Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168476.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_75, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Warning! 1000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 1 of 2
Found at i:391 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 117--2605 Score: 599
Period size: 181 Copynumber: 14.0 Consensus size: 180
107 TTTAGAAAGG
*
117 ATAAAACTAATTTATTAATAGTTCAAAAAATTATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAATTCTATTTA
1 ATAAAACTAATTTATTAATAGTTCAAAAAATTATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAAATCTATTTA
* * * *
182 TCGAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTAT-TTTTTTCAACTCATTATT-A-CTC
66 TCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTT-AAATCATT-TTAACCT-
*
244 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTGTTAAGATAAGTTTGTTCAAAATAAA
128 TTTATTTTGTCATAAAACAATTTTTTTGTTAAGATAAGTTTGTTCAAAATAAA
* * *
297 ATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAAATTAATTAGTAAGAGATTTA-AAAAGTAAATCTATT
1 ATAAAACTAATTTATTAATAGTTCAAAAAATT-ATAAGTAAGAGATTTAGAAAA-TAAATCTATT
* * * * * *
360 TA-CAAAACCATTTCGAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTTTAACCT
64 TATC-AAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTTTAACCT
* * * * * * ** *
424 TTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTTTGATCT-TGCT-ATTTTATTCGGAGTAAA
128 TTTATTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTG-T-TAAGATAAGTTTGTTCAAAATAAA
* * * *** * ** * * * *
478 ATAATACTAATTTAATACTA-TTTTGAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATT
1 ATAAAACTAATTTATTAATAGTTCAAAAAATT-ATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAAATCTATTT
* * * ** * * ** * * *
542 GTCAAACCCA-TTAAAATAGTTAGGA-TGATATAAATGATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCT
65 ATCAAA-CCAGTTCAAATAATTATAACT-ATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTTTAACCT
* ** * * * * * * ** *
605 TTTCTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTTGTTCATACAAGCTTATTCTGATTAAA
128 TTTATTTTGTCATAAAACAATTTTTTTGTTAAGATAAGTTTGTTCAAAATAAA
* * * * * * * * *
658 ATAATACTAATTTAATAATATTTC-GAATA-T-TAA-TAAAAGATTTAAAAAATAATTTTATTTA
1 ATAAAACTAATTTATTAATAGTTCAAAAAATTATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAAATCTATTTA
* * * ** * * * *
719 CCAAATCAGTTCAATTGGTTA-AGACTATTAGAACAATTATTTATTTAAAATCATTCTAACCTTT
66 TCAAACCAGTTCAAATAATTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTTTAACCTTT
* * * * * * * * * * * * *
783 TGTTTAGTTATAAAACAGCTGTTCTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAA
130 TATTTTGTCATAAAACA-ATTTTTTTGTTAAGATAAGTTTGTTCAAAATAAA
* * * * * * * *
835 TTAATAA-TATTTTATTAGCT--TTTAGAAAATTAATGAGAAAGAGATTTAAAAAATAAAT-T-T
1 ATAA-AACTAATTTATTA-ATAGTTCAAAAAATT-ATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAAATCTAT
* ** * * * * *
895 GCT-T---ACCA-TTTGAACAATT-T-TCTATTT----AA--ATC-ATTAT-AA-CCTTTTGA--
63 -TTATCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTTTAACC
* ** * * * * **
942 -TTTA-----TCATAAAATAATTATTTAAGTTAATACAAGCTTAGAT-GGAATAAA
127 TTTTATTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTGTTAAGATAAG-TTTGTTCAAAATAAA
* * * * * * * *
991 ATAATACTAATTTATTAATATTTCCAAAAATAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
1 ATAAAACTAATTTATTAATAGTTCAAAAAATTATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAAATCTATTTA
* * * * ** * * * * * *
1056 TCGAATCAATTAAAATAATTATGGCCATTTGAACGATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTT
66 TCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTTTAACCTTTT
* * * * * ** *
1121 ATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGATCATACAAGCATATTCAAAATAAA
131 ATTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTGTTAAGATAAGTTTGTTCAAAATAAA
* * * * * * *
1172 ATAATACTAATTTTTTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTGAGAGATTTGAAAAAAATAAATATGT
1 ATAAAACTAATTTATTAATAGTTCAAAAAATT-ATAAGTAAGAGATTT--AGAAAATAAATCTAT
** * * * * * * * * **
1236 TTATTGAATCGGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAACTATC-AGTCTCAAATCA--TTAAGA
63 TTATCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTA-TTTTAAATCATTTTAACC
* * * * * * **
1298 TCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTTATCATAG--AAGCTTATT-TAGTTAAAA
127 T-TTTATTTTGTCATAAAACAATT-TTT-TTGTTA-AGATAAGTTTGTTCAAAAT-AAA
* * * * * * *
1354 ATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAA-T-TAA-TAAGAGATTCAAAAAAGAAATTTATTTA
1 ATAAAACTAATTTATTAATAGTTCAAAAAATTATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAAATCTATTTA
* * ** * * * * * * * *
1415 CCCAATTAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAACTATCTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTT
66 TCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTTTAACCTTTT
* * * * ** *** * * ***
1480 CTTTGGTCATAAAA-TATTTGTTTCATATCTTACATGCTTATTTGGAATAAA
131 ATTTTGTCATAAAACAATTTTTTTGTTAAGATA-A-GTTTGTTCAAAATAAA
* * * * * **
1531 AT-AATCTAAATATATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTT-GAAAAGATAAATCCG
1 ATAAAACT-AATTTATTAATAGTTCAAAAAATT-ATAAGTAAGAGATTTAG-AAA-ATAAATCTA
** * * * ** * * *
1593 TTTATTGAACAAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAAATATTTAAAATCATTATGACC
62 TTTATCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTTTAACC
* * * * * * * * *
1658 TTTTGTTTTGACATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAAAAGTTTATCCAAAATAAA
127 TTTTATTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTGTTAAGATAAGTTTGTTCAAAATAAA
* * * * ** * *
1713 AGAATACTAATTTTTTAATATTTC-AAAAATTAATAAACAAGAG-TTTAAGAAAA-AAATTTACT
1 ATAAAACTAATTTATTAATAGTTCAAAAAATT-ATAAGTAAGAGATTT-AGAAAATAAATCTATT
* * * * * ** *
1775 GA--ATAA--A-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCCATTGAAAATCATTATT-ACT
64 TATCA-AACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATT-TTAACC
* * ** * * * * *
1834 TTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTCAAAATGAA
127 TTTTATTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTGTTAAGATAAGTTTGTTCAAAATAAA
* * * * * ** * * *
1889 ATAATACTAATTTGTTAATA-TTCCAAAAATTAATAATTTAGTTATTCA-AAAAGTGAATCTGTT
1 ATAAAACTAATTTATTAATAGTTCAAAAAATT-ATAAGTAAGAGATTTAGAAAA-TAAATCTATT
* * * * ** * * *
1952 TACCATATCAATTCAAATAATTAT-GGTCATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATT-ACC
64 TATCAAACCAGTTCAAATAATTATAACT-ATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATT-TTAACC
* * * * * * *
2015 TTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTTGATCATACAT-A-TTTATTCGAAATAAA
127 TTTTATTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTG-TTA-AGATAAGTTTGTTCAAAATAAA
* ** * * * * *
2070 ATAATACTAATTTATTAATTTTTC-AAAAATTAATATGTAAGAGTTTTACAAAATAAATATGTTT
1 ATAAAACTAATTTATTAATAGTTCAAAAAATT-ATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAAATCTATTT
* * ** * * * * * * * *
2134 ACCGAATTAGTTTAAATAGTTATAATTATTTGAATAATTGTATACTTCAAATCATTTTAACCTTT
65 ATCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTTTAACCTTT
* * * * * * *
2199 TATTCTATCATAAAACAATTATTTCTGTTCATG-TAAGCTTATTCGAAATAAA
130 TATTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTGTT-AAGATAAGTTTGTTCAAAATAAA
* * * * * * * *
2251 ATAATACTAATATAATAATA-TTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATCT
1 ATAAAACTAATTTATTAATAGTTCAAAAAATT-ATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAAATCTATTT
* * * * *
2315 AACAAACTAGTTCAAATAGTTA-AGACTATATGAACAATTATCTATTGTAAATCA---T----TT
65 ATCAAACCAGTTCAAATAATTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTTTAACCTT
* * * *** * * * *
2372 TTGTTTTGCCATAAAACAAAATTTTCAATTCATACT-AGCTTATT-AAGAATAAA
129 TTATTTTGTCATAAAAC-AATTTTTTTGTTAAGA-TAAGTTTGTTCAA-AATAAA
* ** * * *
2425 ATAATA-TGAATTTATTAATA-TTGGAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATT
1 ATAAAACT-AATTTATTAATAGTTCAAAAAATT-ATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAAATCTATT
* * * * * * *
2488 TACCTAACCAATTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTAAATCATTATGACCTT
64 TATCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTTTAACCTT
*** ** * * * * *
2552 TTGCGTTGTTGTAAAATAAATGTTTTTATTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAA
129 TTATTTTGTCATAAAA-CAATTTTTTTGTTAAGATAAGTTTGTTCAAAATAAA
2605 A
1 A
2606 AAATAAAAGC
Statistics
Matches: 1729, Mismatches: 450, Indels: 260
0.71 0.18 0.11
Matches are distributed among these distances:
155 3 0.00
156 63 0.04
157 11 0.01
158 2 0.00
161 6 0.00
162 8 0.00
163 1 0.00
164 10 0.01
165 2 0.00
166 3 0.00
167 2 0.00
168 1 0.00
169 2 0.00
170 3 0.00
171 3 0.00
172 2 0.00
173 20 0.01
174 126 0.07
175 21 0.01
176 273 0.16
177 98 0.06
178 20 0.01
179 28 0.02
180 213 0.12
181 538 0.31
182 191 0.11
183 73 0.04
184 6 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
ATAAAACTAATTTATTAATAGTTCAAAAAATTATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAAATCTATTTA
TCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTTTAACCTTTT
ATTTTGTCATAAAACAATTTTTTTGTTAAGATAAGTTTGTTCAAAATAAA
Found at i:973 original size:156 final size:157
Alignment explanation
Indices: 749--1051 Score: 348
Period size: 156 Copynumber: 1.9 Consensus size: 157
739 AAGACTATTA
* * * * *
749 GAACAATTATTTATTTAAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTTATAAAACAGCTGTTCTAGTTCA
1 GAACAATTATTTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAACTATTCTAGTTAA
* * * * * * *
814 TACAAGCTTA-TTCAGAATAAATTAATAATATTTTATTAGCT-TTTAGAAAATTAATGAGAAAGA
66 TACAAGCTTAGAT-AGAATAAAATAATAATAATTTATTA-ATATTTACAAAAATAATAAGAAAGA
*
877 GATTTAAAAAATAAATTTGCTTACCATTT
129 AATTTAAAAAATAAATTTGCTTACCATTT
* *
906 GAACAATT-TTCTATTT-AAATCATTATAACCTTTTGATTTA-TCATAAAATAATTATT-TAAGT
1 GAACAATTATT-TATTTAAAATCATTATAACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAACTATTCT-AGT
* * * *
967 TAATACAAGCTTAGATGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCAAAAATAATAAGTAAG
63 TAATACAAGCTTAGATAGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTACAAAAATAATAAGAAAG
1032 AAATTTAAAAAATAAATTTG
128 AAATTTAAAAAATAAATTTG
1052 TTTATCGAAT
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 19, Indels: 11
0.80 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
155 2 0.02
156 102 0.84
157 18 0.15
ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (157 bp):
GAACAATTATTTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAACTATTCTAGTTAA
TACAAGCTTAGATAGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTACAAAAATAATAAGAAAGAAA
TTTAAAAAATAAATTTGCTTACCATTT
Found at i:1665 original size:359 final size:359
Alignment explanation
Indices: 902--1680 Score: 770
Period size: 359 Copynumber: 2.2 Consensus size: 359
892 TTTGCTTACC
* * * * *
902 ATTTGAACAATTTTCTATTTAAATCATTATAACCTTTTGATTTATCATAAAATAATTATTTAAGT
1 ATTTGAACAA--TTATATTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTT-ACT
*
967 TAATACAAGCTTAGATGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCAAAAATAATAAGTAAG
63 TAATACAAGCTTAGATGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCCAAAAAT-ATAAGTAAG
* * * * * *** * * *
1032 AAATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATCAATTAAAATAATTATGGCCATTTGAACGATTATC
127 AAATTCAAAAAAGAAATTTATTTACCCAATCAATTAAAATAATTAAAACCATTAGAACAACTATC
* * * *
1097 TATTTCAAATTATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGATCATACAAGCATAT
192 TATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTGGTCATAAAATAATTGTTTATGATCATACAAGCATAT
* * * ** *
1162 TCAAAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGAGAGATTTGAAAAAAA
257 TCAAAATAAAATAATACTAATATATTAACATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAAA
* ** * *
1227 TAAATATGTTTATTGAATCGGTTTAAATAGTTATGACT
322 TAAATACGTTTATTGAATCAATTCAAATAATTATGACT
* * * * *
1265 ATTTGAACAACTATCAGTCTCAAATCATTAAGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-CT
1 ATTTGAACAATTAT-A-T-TTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTACT
* ** * *
1328 TATCATAGAAGCTTATTTAG-TTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTT-CAAAAAT-TAA-TA
63 TA--ATACAAGCTTAGATGGAAT-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCCAAAAATATAAGTA
* * * * * * *
1389 AGAGATTCAAAAAAGAAATTTATTTACCCAATTAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAACTA
125 AGAAATTCAAAAAAGAAATTTATTTACCCAATCAATTAAAATAATTAAAACCATTAGAACAACTA
* * * * * * *
1454 TCTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTTCTTTGGTCATAAAATATTTGTTTCAT-ATCTTACATGCT
190 TCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTGGTCATAAAATAATTGTTT-ATGATCATACAAGCA
***
1518 TATTTGGAATAAAATAAT-CTAAATATATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTG-A
254 TATTCAAAATAAAATAATACT-AATATATTAACATTTC-AAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAA
* *
1580 AAAGATAAATCCGTTTATTGAA-CAAATTCAAATAATTATGACT
317 AAAAATAAATACGTTTATTGAATC-AATTCAAATAATTATGACT
*
1623 ATTTGAACAATTAAATATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAATAATT
1 ATTTGAACAATT--ATATTT-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
1681 GTTTTAGTTC
Statistics
Matches: 335, Mismatches: 67, Indels: 32
0.77 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
357 2 0.01
358 64 0.19
359 166 0.50
360 6 0.02
361 5 0.01
362 9 0.03
363 71 0.21
364 12 0.04
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (359 bp):
ATTTGAACAATTATATTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTACTTAA
TACAAGCTTAGATGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCCAAAAATATAAGTAAGAAAT
TCAAAAAAGAAATTTATTTACCCAATCAATTAAAATAATTAAAACCATTAGAACAACTATCTATT
TCAAATCATTATAACCTTTTATTTGGTCATAAAATAATTGTTTATGATCATACAAGCATATTCAA
AATAAAATAATACTAATATATTAACATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAAATAAA
TACGTTTATTGAATCAATTCAAATAATTATGACT
Found at i:1825 original size:176 final size:176
Alignment explanation
Indices: 1593--1924 Score: 484
Period size: 176 Copynumber: 1.9 Consensus size: 176
1583 GATAAATCCG
* * *
1593 TTTATTGAACAAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAAATATTTAAAATCATTATGACC
1 TTTACTGAACAAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAAACATTGAAAATCATTATGACC
* * *
1658 TTTTGTTTTGACATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAAAAGTTTATCCAAAATAAAAGAATACTAA
66 TTTTGTTTTGACACAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGTTTATCCAAAATAAAAGAATACTAA
* *
1723 TTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAACAAGAGTTTAAGAAAAAAA
131 TTTGTTAATATTCCAAAAATTAATAAACAAGAGTTTAAGAAAAAAA
* * *** * *
1769 TTTACTGAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCCATTGAAAATCATTATTACT
1 TTTACTGAACAAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAAACATTGAAAATCATTATGACC
* * * * *
1834 TTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTCAAAATGAAATAATACTAA
66 TTTTGTTTTGACACAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGTTTATCCAAAATAAAAGAATACTAA
1899 TTTGTTAATATTCCAAAAATTAATAA
131 TTTGTTAATATTCCAAAAATTAATAA
1925 TTTAGTTATT
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 20, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
176 136 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (176 bp):
TTTACTGAACAAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAAACATTGAAAATCATTATGACC
TTTTGTTTTGACACAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGTTTATCCAAAATAAAAGAATACTAA
TTTGTTAATATTCCAAAAATTAATAAACAAGAGTTTAAGAAAAAAA
Found at i:2052 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 902--3089 Score: 1189
Period size: 181 Copynumber: 12.1 Consensus size: 179
892 TTTGCTTACC
* * * * * * **
902 ATTTGAACAATTTTCTATTT-AAATCATTATAACCTTTTGATTTATCATAAAATAATTATTTAAG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG
* * * **
966 TTAATACAAGCTTAGAT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCAAAAA-TAATAAGT
66 ATCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAAATTAATAAGT
* * * * * * *
1029 AAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATCAATTAAAATAATTATGGCC
129 AAG-AATTTAAAAAGTAAATATGTTTA-CCAATCAATTCAAATAGTTATGACT
* * * *
1082 ATTTGAACGATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG
* * * *
1147 ATCATACAAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGA
66 ATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
* ** ** *
1212 GAGATTTGAAAAAAATAAATATGTTTATTGAATCGGTTTAAATAGTTATGACT
131 GA-ATTT--AAAAAGTAAATATGTTTA-CCAATCAATTCAAATAGTTATGACT
* * * * *
1265 ATTTGAACAACTATC-AGTCTCAAATCATTAAGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCT
1 ATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-T
* * ** * *
1328 T-ATCATAGAAGCTTATT-TAGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG
64 TGATCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* * * * * **
1391 --AG-ATTCAAAAAAG-AAATTTATTTACCCAATTAGTTCAAATAGTTAAAACT
128 TAAGAATT-TAAAAAGTAAATATGTTTA-CCAATCAATTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * * * * * *
1441 ATTAGAATAACTATCTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTTCTTTGGTCATAAAATATTTGTTTCAT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TT
* * *** * * * *
1506 -ATCTTACATGCTTATTTGGAATAAAATAAT-CTAAATATATTAACATTCAAAAAATTAATAAGC
65 GATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
* * ** ** *
1569 AAAAGATTTGAAAAGATAAATCCGTTTATTGAA-CAAATTCAAATAATTATGACT
129 AAGA-ATTTAAAAAG-TAAATATGTTTA-CCAATC-AATTCAAATAGTTATGACT
** * * * *
1623 ATTTGAACAATTAAATATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAATAATTGTTTTAG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG
* * * * * * * **
1688 TTCATAAAAGTTTATCCAAAATAAAAGAATACTAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAACAA
66 ATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
* * *
1753 GAGTTTAAGAAA--AAA-A--TTTACTGAATAAATTCAAATAGTTATGACT
131 GAATTTAA-AAAGTAAATATGTTTAC-CAATCAATTCAAATAGTTATGACT
* * ** * * * **
1799 ATTTGAACAATTGTCCATTGAAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCAG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG
* * * * * *
1864 TTCATACAAGTTTATTCAAAATGAAATAATACTAATTTGTTAATATTCCAAAAATTAATAATTTA
66 ATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * *
1929 GTTATTCAAAAAGTGAATCTGTTTACCATATCAATTCAAATAATTATG-GT
131 G-AATTTAAAAAGTAAATATGTTTACCA-ATCAATTCAAATAGTTATGACT
* * * * *
1979 CATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTT
1 -ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
* * * * *
2044 GATCATACATA-TTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTCAAAAATTAATATGT
65 GATCATACA-AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
* * * * * *
2108 AAGAGTTTTACAAAA-TAAATATGTTTACCGAATTAGTTTAAATAGTTATAATT
129 AAGA-ATTTA-AAAAGTAAATATGTTTACC-AATCAATTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * * * * * *
2161 ATTTGAATAATTGTATACTTCAAATCATTTTAACCTTTTATTCTATCATAAAACAATTATTTCTG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG
* ** * * * *
2226 TTCATGTAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAA
66 ATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * * *
2291 GAGATTTAAAAAATAAATTTATCTAACAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACT
131 GA-ATTTAAAAAGTAAATATGTTTACCAATC-AATTCAAATAGTTATGACT
* * ** *
2342 ATATGAACAATTATCTATTGT-AAATC---AT----TTTTGTTTTGCCATAAAACAA-AATTTTC
1 ATTTGAACAATTATCTATT-TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
* * ** *
2398 AATTCATACTAGCTTATT-AAGAATAAAATAATA-TGAATTTATTAATATTGGAAAAATTAATAT
65 GA-TCATACAAGCTTATTCAA-AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
* * * * * * *
2461 GTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTAACCAATTTAAATAATTATGACT
127 GTAAGA-ATTTAAAAAGTAAATATGTTTACC-AATCAATTCAAATAGTTATGACT
** ** * *
2516 ATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTGCGTTGTTGTAAAATAAATGTTTTT-
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG
* * * * * * * * ** *
2579 ATTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAAAAATA-AAAGCTTATCCAA-AATAAAATAACATTACTT
66 A-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA-TTTAT-TAATATTCCAA-AA-ATTA-AT
* * * ** **
2642 TATTAA-TATTTCAAAATTTGAGAAGT-TGGAGATTTAAAAAATTAATCAATTTCTCAAATCAGT
125 AAGTAAGAATTT-AAAAAGT-A-AA-TAT---G-TTT-----ACCAATCAA--T-TCAAAT-AG-
* *
2705 TCAAATAATTATGGCC
172 --------TTATGACT
* ** ** * *
2721 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAAATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG--TTTC
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG
* * ** * * *
2784 ATCATATAAGCCTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAG
66 ATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * *
2849 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAGCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACT
131 GA-ATTTAAAAAGTAAATATGTTTACCAATC-AATTCAAATAGTTATGACT
* ** * *
2900 ATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA---TTATT-
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG
* * * *** *
2961 -T-ATA-AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAA
66 ATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * *
3023 GAGATTT-AAAAGATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTAAAGGCG
131 GA-ATTTAAAAAG-TAAATATGTTTACC-AATCAATTCAAATAGTTATGACT
*
3074 ATTTGAATAATTATCT
1 ATTTGAACAATTATCT
3090 TTTGTTTTGT
Statistics
Matches: 1547, Mismatches: 362, Indels: 204
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
173 16 0.01
174 218 0.14
175 9 0.01
176 196 0.13
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178 9 0.01
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182 217 0.14
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184 2 0.00
185 1 0.00
188 5 0.00
189 6 0.00
190 1 0.00
191 4 0.00
192 6 0.00
193 1 0.00
194 1 0.00
195 5 0.00
196 4 0.00
199 1 0.00
200 3 0.00
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202 9 0.01
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206 29 0.02
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (179 bp):
ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG
ATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
GAATTTAAAAAGTAAATATGTTTACCAATCAATTCAAATAGTTATGACT
Found at i:2519 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 2498--2548 Score: 61
Period size: 16 Copynumber: 2.9 Consensus size: 18
2488 TACCTAACCA
2498 ATTTAAATAATTATGACT
1 ATTTAAATAATTATGACT
* *
2516 ATTTGAACAATTAT--CT
1 ATTTAAATAATTATGACT
*
2532 ATTTAAATCATTATGAC
1 ATTTAAATAATTATGAC
2549 CTTTTGCGTT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 5, Indels: 4
0.74 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
16 13 0.50
18 13 0.50
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.06, T:0.43
Consensus pattern (18 bp):
ATTTAAATAATTATGACT
Found at i:2924 original size:179 final size:174
Alignment explanation
Indices: 2623--3066 Score: 509
Period size: 179 Copynumber: 2.5 Consensus size: 174
2613 AGCTTATCCA
* * * * * * * *
2623 AAATAAAATAACATTACTTTATTAATATTTCAAAATTTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATTAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
2688 CAATTT-CTCAAA-TCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTA
66 CTATTTAC-CAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTA
* *
2751 TGAA-ATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCATCATATAAGCCTATTCG
129 T-AACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATT--T-ATA-AAGCCTATTCG
* *
2802 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAGGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAAT
* *
2867 CTATTTAGCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATA
66 CTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATA
* *
2932 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATAAAGCTTATTCG
131 ACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATAAAGCCTATTCG
* * * * * *
2976 AAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTAT-GAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAGATAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAA
* * *
3040 TTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGT
65 TCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGT
3067 AAAGGCGATT
Statistics
Matches: 228, Mismatches: 33, Indels: 13
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
174 87 0.38
175 4 0.02
176 1 0.00
178 4 0.02
179 131 0.57
180 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (174 bp):
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAAT
CTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATA
ACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATAAAGCCTATTCG
Found at i:3080 original size:174 final size:178
Alignment explanation
Indices: 2670--3087 Score: 508
Period size: 174 Copynumber: 2.4 Consensus size: 178
2660 TGAGAAGTTG
* * * *
2670 GAGATTTAAAAAATTAATCAATTT-CTCAAATCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTA
1 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-CAAACCAGTTCAAATAGTTATGGCCATTTGAATAATTA
* * *
2734 TCTATTTCAAATTGTTATGAAATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCATCATATAAGCCTAT
65 TATATTTCAAATTGTTATGAAATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATT-ATCATATAAGCCTAT
* * * * * *
2799 TCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAG
129 TCGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAA
* * * * *
2849 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAGCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
1 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGGCCATTTGAATAATTAT
* *
2914 ATATTTCAAATTGTTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATT-T-ATA-AAGCTTATT
66 ATATTTCAAATTGTTATGAA-ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTATCATATAAGCCTATT
*
2974 CGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTAT-GAAAATTAATAACTAA
130 CGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATT-TCAAAAATTAATAACTAA
* * * * * *
3023 GAGATTTAAAAGATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTAAAGGCGATTTGAATAATTAT
1 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGGCCATTTGAATAATTAT
3088 CTTTTGTTTT
Statistics
Matches: 205, Mismatches: 31, Indels: 11
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
174 103 0.50
175 4 0.02
176 1 0.00
178 4 0.02
179 93 0.45
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (178 bp):
GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGGCCATTTGAATAATTAT
ATATTTCAAATTGTTATGAAATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTATCATATAAGCCTATTC
GAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAA
Found at i:3528 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 3223--5216 Score: 1496
Period size: 181 Copynumber: 11.1 Consensus size: 179
3213 GTTCAATTAG
* * * ** ***
3223 TTATGACCATTTGTTTTGTCATGAAACAATTGTTTCTATTGATACAATTTTATTTGGAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCATAATAAAAT
** * * * * *
3288 AATGTTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAAAAAAT-AGGGAATTAAAAAAATGAATTTGTTAG
66 AATACTAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATAAGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAATTTGTTA-
* * ** *
3351 CCTGATC-AGTGT-AAATAGTTATAACCGTTTAAACAATTATCTATTTCAAATCA
128 -C-GAACAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
** **
3404 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTGTACAAGCTTATTCATAATAGCAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCATAATAAAAT
** * *
3469 AATTTTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTGTC
66 AATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG-TT-AC
* * * **
3534 GAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTACCTATTCCAAATTG
129 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
3585 CTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAGTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-ATTAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCATAATAAAA
* * * * * * * * *
3649 TAATACAAATTTATTAATATTCAGACAATTAATAAATAAAAGATTTCAAAAATAACTATGTTTAC
65 TAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG-TTA-
* * * * * **
3714 CGAATAAATTCAAATAGTTGTGACTATTTGAATAATTATTTATTTTC-AATTG
128 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCA
* * * *
3766 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAACTTATT--TGAATTAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAT-AA-TAAA
* * * ** * * * * * *
3829 GTAATATTAATTTATTAACATTTTGACAATTAATAAGCAACTA-ATTTTAATAATAAATATGTTT
64 ATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATTTG-TT
* * * * * *
3893 ATTGAACAAGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTA
127 A-CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
** * * * * * *
3947 TTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAATAATTATATC-AGTTCATATAGGCTTATTTGA-AATAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCATAATAAA
** * *
4010 ATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTA
64 ATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT-GTTA
* * * * * **
4075 CCCAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATAAATAATTTTCTATTTCAAATTG
128 -CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* ** * ** *
4128 CTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAATTTTATTTGA-AATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCATAATAAAA
** *
4192 TAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
65 TAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG-TTA
* * ** *
4256 CCAAACAAGTTCAAATAGTTA-CATCTATTTGAATTATTATTTATTTCAAATCA
128 -CGAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * ** * *
4309 TTATGACATTTGGTTTTGTCATAAAACGATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCATAATAAAAT
* * * *
4374 AATGCTAATTTCTTAATATTTAAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAGAATTAAATCTAT-TTAT
66 AATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-T-TGTTA-
* * * * * **
4434 TGTACCATTTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATCTACCTCAAATCA
128 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * *
4486 TTATGATC-TTTGTTTTGTAATAAAACAATTGCTTT-TGTTCATACAGGCTTATT--TGAAGTAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTCAT-AA-TAA
* * * * * * *
4547 AATATTGCTAAATTAATAATATTCT-AAAAACTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTT
63 AATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG-T
* * * * *
4611 TACGAGCCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTTAAATCA
126 TACGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
4665 TTCTTACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCATAATAAAA
* * * *
4729 TAATAGTAATTTATTAACATTCAAAAAATTCATGAA-TAAGAGATTTAAATAAAATAAATCTAT-
65 TAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTT-AA-AAAATAAAT-T-TG
** * *
4792 TTATTAAACAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-ACAGTTA
125 TTA-CGAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCA
* * *
4848 TTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTTCATAAAAACTTATTCAAAATAAA
1 TTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCATAATAAA
* * * * * * *
4912 ATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAACAAGGAAGAGATTT-AAAACTAAAGTTGTTTT
64 ATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG-TTA
** * * *
4976 TTAAGCTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATAT-TAATCTCAAATCA
128 CGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCA
* * * * **
5029 TTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAACAATTATTT-TTTATCATACAAGCTTATTC-GGATAAAC
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTCATAATAAA-
* *
5091 ATAATACTAATTTAATAATATTCT-AAAAATTAGT--G-AA-AGATTTAAAAAATAAATGTAT-T
64 ATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-T-TGT
* * * * * * * *
5150 TGCTGAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATTTATTTTAAATCA
126 TAC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* *
5205 TTCTAACCTTTT
1 TTATGACCTTTT
5217 ATTAATATTT
Statistics
Matches: 1450, Mismatches: 292, Indels: 146
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 8 0.01
176 116 0.08
177 77 0.05
178 12 0.01
179 121 0.08
180 119 0.08
181 830 0.57
182 33 0.02
183 47 0.03
184 87 0.06
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCATAATAAAAT
AATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTACGA
ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
Found at i:3902 original size:362 final size:361
Alignment explanation
Indices: 3224--5202 Score: 1680
Period size: 362 Copynumber: 5.5 Consensus size: 361
3214 TTCAATTAGT
* * * * * ** *
3224 TATGACCATTTGTTTTGTCATGAAACAATTGTTTCTA-TTGATACAATTTTATTT-GGAATAAAA
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTCAGAATAAAA
** ** * * *
3287 TAATGTTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAAAAAT-AGGGAATTAAAAAAATGAAT-T-TGTT
65 TAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATGAATAAGAG-ATTTAAAAAATAAATCTAT-TT
* * ** * * *
3349 AGCCTGATC-AGTGT-AAATAGTTATAACCGTTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
127 A-CC-GAACAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACT
** * * ** **
3412 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTGTACAAGCTTA-TTCATAATAGCATAATTTTA
189 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTGA-AATAAAATAATACTA
* * *
3476 ATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAACTAAATTTGTTTGTCGAACAA
253 ATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG-AAGAGATTTTAAAAA-TAAATATGTTTATCGAACAA
* * * *
3540 GTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTACCTATTCCAAATTGC
316 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTAC
* * * *
3586 TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAGTTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCA-ATTAAAA
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTCAGAATAAAA
* * * * * * * *
3649 TAATACAAATTTATTAATATTCAGACAATTAATAAATAAAAGATTTCAAAAATAACTATGTTTAC
65 TAATACTAATTTATTAATATTCA-AAAATTAATGAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * * *
3714 CGAATAAATTCAAATAGTTGTGACTATTTGAATAATTATTTATTTTC-AATTGTTATGACTTTTT
129 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATTATTATGACTTTTT
* * * * *
3778 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAACTTATTTGAATTAAAGTAATATTAATTTA
193 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * *
3843 TTAACATTTTGACAATTAATAAGCAACTA-ATTTTAATAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTTA
258 TTAATATTTTAAAAATTAATAAG-AA-GAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCA
* * * *
3907 AATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTAT
321 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTAC
** * * * *
3948 TATGACCTTTTGTTTCATCATAAAATAATTATATCAGTTCATATAGGCTTATTTGA-AATAAAAT
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTCAGAATAAAAT
* *
4012 AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACC
66 AATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATGAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC
* * * * * **
4077 CAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATAAATAATTTTCTATTTCAAATTGCTATGA-TATTTTG
130 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACT-TTTTG
* **
4141 TTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
194 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* ** * * *
4206 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAA
259 TAATATTTTAAAAATTAATAAG-AAGAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAA
* ** * * *
4271 TAGTTA-CATCTATTTGAATTATTATTTATTTCAAATCAT
323 TAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTAC
* * ** * **
4310 TATGACATTTGGTTTTGTCATAAAACGATTGTTTCTA-TTCATACAAAATTATTT-AGAATAAAA
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTCAGAATAAAA
* * * * * * **
4373 TAATGCTAATTTCTTAATATT-TAAAA--AATTAATAAGAGATTTAAGAATTAAATCTATTTATT
65 TAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATGAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC
* * * * ** * *
4435 GTACCATTTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATCTACCTCAAATCATTATGA-TCTTTGT
130 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACTTTTTGT
* * ** * * * * *
4499 TTTGTAATAAAACAATTGCTTT-TGTTCATACAGGCTTATTTGAAGTAAAATATTGCTAAATTAA
195 TTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * *
4563 TAATATTCTAAAAACTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTA-CGAGCCAGTTCAAA
259 TAATATTTTAAAAATTAATAAG-AAGAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAA
* * * * *
4627 TAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTTAAATCAT
323 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTAC
* * *
4666 TCTTACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAATT
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTCAGAATAAAAT
* * *
4730 AATAGTAATTTATTAACATTCAAAAAATTCATGAATAAGAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTA
66 AATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATGAATAAGAGATTT-AA-AAAATAAATCTATTTA
*** *
4795 TTAAACAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-ACAGTTATTATGACCTT
128 CCGAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATTATTATGA-CTT
* ** *
4858 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAC
190 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * * ** *
4922 TTTATTAATATTTCAAAAATTAACAAGGAAGAGA-TTTAAAACTAAAGT-TGTTT-TTTAAGCTA
254 TTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA-GAAGAGATTTTAAAAATAAA-TATGTTTATCGAA-CAA
* * * *
4984 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATAT-TAATCTCAAATCAT
316 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATTAC
* * * ** *
5030 TATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAACAATTATTT-TTTATCATACAAGCTTA-TTC-GGATAAAC
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGT-TCATACAAGCTTATTTCAGAATAAA-
* * * *
5091 ATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAGTG---AA-AGATTTAAAAAATAAATGTATTTG
64 ATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATGAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * * * *
5152 CTGAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATTTATTTTAAAT
128 CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
5203 CATTCTAACC
Statistics
Matches: 1308, Mismatches: 265, Indels: 93
0.79 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
355 3 0.00
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359 6 0.00
360 20 0.02
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364 122 0.09
365 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (361 bp):
TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTCAGAATAAAAT
AATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATGAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCG
AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACTTTTTGTT
TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
ATATTTTAAAAATTAATAAGAAGAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAG
TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTAC
Found at i:4254 original size:543 final size:530
Alignment explanation
Indices: 3214--5202 Score: 1821
Period size: 543 Copynumber: 3.7 Consensus size: 530
3204 ACCAAACCAG
** * * * **
3214 TTCAATTAGTTATGACCATTTGTTTTGTCATGAAACAATTGTTTCTATTGATACAATTTTATTTG
1 TTCAATTA-TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTAT-TTCATACAAACTTATTT-
** * * * *
3279 GAATAAAATAATGTTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAA-AAAATAGGGAATTAAAAAAATGA
63 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATAAGA-A---AATT-TAAAACTAA
* * * ** * *
3342 ATT-TGTTAGCCTGATC-AGTGTAAATAGTTATAACCGTTTAAACAATTATCTATTTCAAATCAT
122 ATTGT-TTA--TTGAACAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCAT
* * ** * **
3405 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTTGTACAAGCTTA-TTCATAATAGCA
184 TATGACC-TTTGTTTCGTCATAAAACAATT-ATTC-AGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAA
** * * * * *
3468 TAATTTTAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTG
245 TAATACTAATTTAATAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTA
* * * * * *
3532 TCGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTACCTATTCCAAATTGCTATAACCTTTT
309 CCGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTAT-ACCTTTT
* * * *
3597 GTTTTGTCATAAAATAGTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATAATACAAATTTA
373 GTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * *
3662 TTAATATTCAGACAATTAATAAATAAAAGATTTCAAAAATAACTATGTTTACCGAATAAATTCAA
438 TTAATATTCA-AAAATTAAT-AATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAA
3727 ATAGTTGTGACTATTTGAATAATTATTTATT
501 ATAGTT-TGACTATTTGAATAATTATTTATT
* *
3758 TTCAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAACTTATTTGA
1 TTCAATTATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTAT-TTCATACAAACTTATTTGA
* * * ** *
3823 ATTAAAGTAATATTAATTTATTAACATTTTGACAATTAATAAGCAACTAATTTTAATAA-TAAAT
65 A-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAG-AA--AA-TTTAA-AACTAAAT
* * * *
3887 ATGTTTATTGAACAAGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATG
124 -TGTTTATTGAACAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATG
* * * *
3952 ACCTTTTGTTTCATCATAAAATAATTATATCAGTTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
188 ACC-TTTGTTTCGTCATAAAACAATTAT-TCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
* * * * *
4017 TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCCAACA
251 TAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCGAACA
* * * **
4082 AGTTCAAATAGTTATGACTATATA-AATAATTTTCTATTTCAAATTGCTATGATATTTTGTTTTG
316 AGTTCAAATAGTTAAGACTAT-TAGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTAT-ACCTTTTGTTTTG
* ** *
4146 TCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
379 TCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
**
4211 TTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTT
444 TTC-AAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTT
** *
4276 ACATCTATTTGAATTATTATTTA-T
507 TGA-CTATTTGAATAATTATTTATT
* * * * * *
4300 TTCAAATCATTATGACATTTGGTTTTGTCATAAAACGATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTA
1 TTC-AATTATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTAT-TTCATACAAACTTATTT-
* * * * *
4365 GAATAAAATAATGCTAATTTCTTAATATTTAAAAAATTAATAAG-AGATTTAAGAATTAAATCTA
63 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGAAAATTTAA-AACTAAAT-TG
* * * * * *
4429 TTTATTGTACCA-TTTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATCTACCTCAAATCATTATGAT
126 TTTATTGAACAAGTTT-AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGAC
* * * ** * * * *
4493 CTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGCTTTTGTTCATACAGGCTTATTTGAAGTAAAATATTGCTAA
190 CTTTGTTTCGTCATAAAACAATT-ATTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
4558 ATTAATAATATTCTAAAAACTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTA-CGAGCCAGT
254 TTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCGAACAAGT
* *
4622 TCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTTAAATCATTCT-TACCTTTTGTTTTGTCA
319 TCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAAT--TGCTATACCTTTTGTTTTGTCA
* * *
4686 TAAAATAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAATTAATAGTAATTTATTAACAT
382 TAAAATAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * **
4749 TCAAAAAATTCATGAATAAGAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTATTAAACAAGTTCAAATAGA
445 TC-AAAAATTAAT-AATAAGAGATTT-AA-AAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG-
* *
4814 TTTGACTATTTGAACAATTATCTATT
505 TTTGACTATTTGAATAATTATTTATT
* * * *
4840 TACAGTTATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTTCATAAAAACTTATTCA
1 TTCAATTATTATGA-CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-ATTTCATACAAACTTATT-T
* * * *
4905 AAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAACAAGGAAGAGATTTAAAACTAAAGT
63 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAA-GAA-A-ATTTAAAACTAAA-T
* * * * *
4970 TGTTT-TTTAAGCTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATAT-TAATCTCAAATCATTAT
124 TGTTTATTGAA-CAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCT-ATCTCAAATCATTAT
* *** * *
5033 GATCTTTGTTTTC-TCATAAAACAATTATTTTTTATCATACAAGCTTATTCG-GATAAACATAAT
187 GACCTTTG-TTTCGTCATAAAACAATTATTCAGT-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAA-ATAAT
* * *
5096 ACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAGT--G-AA-AGATTTAAAAAATAAATGTATTTGCTGAA
249 ACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCGAA
* * * * *
5157 CCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATTTATTTTAAAT
314 CAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAAT
5203 CATTCTAACC
Statistics
Matches: 1197, Mismatches: 201, Indels: 98
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
536 6 0.01
537 123 0.10
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539 139 0.12
540 130 0.11
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542 31 0.03
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544 38 0.03
545 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (530 bp):
TTCAATTATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATTTCATACAAACTTATTTGAA
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGAAAATTTAAAACTAAATTGTTTAT
TGAACAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGACCTTTGT
TTCGTCATAAAACAATTATTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATA
ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCGAACAAGTTCAAATA
GTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT
TATTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAA
TAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTTGACTATTTGAATA
ATTATTTATT
Found at i:6007 original size:837 final size:834
Alignment explanation
Indices: 4437--6053 Score: 1697
Period size: 837 Copynumber: 1.9 Consensus size: 834
4427 TATTTATTGT
* * *
4437 ACCATTTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATCTACCTCAAATCATTATGATCTTTGTTTT
1 ACCATTTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATCTACCTCAAATCATTATAACCTTTATTTT
* * * * * *
4502 GTAATAAAACAATTGCTTTTGTTCATACAGGCTTATTTGAAGTAAAATATTGCTAAATTAATAAT
66 GTAATAAAACAATTGCTTCTATTCATACAGGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAATTAATAAT
* * * * *
4567 ATTCTAAAAACTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACGAGCCAGTTCAAATAGTT
131 ATTCTAAAAACTAATAACAAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACGAACCAGTTCAAATAGTT
* * * * * *
4632 AAGACTATTAGAACAATTATCTATTTTAAATCATTCTTACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTA
196 AAGACAATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTA
* *
4697 TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAATTAATAGTAATTTATTAACATTCAAAAAATTCAT
261 TTTCAGATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAGTAATTTATTAACATTCAAAAAATT-AT
**
4762 GAATAAGAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTATTAAACAAGTTCAAATAGATTTGACTATTTGA
325 GAATAAGAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGATTTGACTATTTGA
* * * * * * *
4827 ACAATTATCTATTTACAGTTATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTTCAT
390 ACAATTATCAATTCACAATTACTAAGA-CTATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATATCAT
* * *
4892 AAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAACAAGGAAGAGAT
454 AAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAACAAGGAAAAGAT
* *** * * ** **
4957 TTAAAACTAAAGTTGTTTTTTAAGCTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATTAATCT
519 TTAAAAATAAAGTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAAAACAAATATTAATCT
* * * * *
5022 CAAATCATTATGATCTTTGTTTTCTCATAAAACAATTATTTTTTATCATACAAGCTTATTCGGAT
584 CAAATCATTATAACCTTTGTTTACTCAGAAAACAATTATTTTATATCATACAAGCTTATTCGGAT
* *
5087 AAACATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAGTGAAAGATTTAAAAAATAAATGTATTTG
649 AAACATAATACTAATTTAATAACATTCTAAAAATTAGTGAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTG
* * * * * * *
5152 CTGAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTA-TTAGAATAATTATTTATTTTAAATCATTCTAACCTTT
714 CTCAACAAGTTAAAATAGTGAAGACTATTTA-AACAATTATTTATTTAAAATCATTATAACCTTT
5216 TATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAAATTGTTTACCAA
778 TATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAAATTGTTTACCAA
* * * * **
5273 ACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTGTCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTT
1 ACCATTTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATCTACCTCAAATCATTATAACC-TTTATTT
* * * ** *
5338 TGTCATCAAACAATTGGTTCTATTCATACTA-TTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATA
65 TGTAATAAAACAATTGCTTCTATTCATAC-AGGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAATTAATA
* * * *
5402 ATATT-TCAAAACTTAATAACCAAGAAATTTAAAAAATAAATCTAATTGT-TGAACCATTTCAAA
129 ATATTCTAAAAAC-TAATAACAAAGAAATTTAAAAAATAAATCT-ATT-TACGAACCAGTTCAAA
*
5465 TAG-TAAGACAA-TATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAA
191 TAGTTAAGACAATTA-GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAA
* ** * *
5528 CAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATATTTAATTTATTAATATTTC-A
255 CAATTATTTCAGATCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATA-GTAATTTATTAACA-TTCAA
* *
5591 AAAA-T-T-AATAAGAGATTT-AA-AAAATAAATTTATTTACCAAACCAGTTCAAATA-ATTATG
317 AAAATTATGAATAAGAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGATT-TG
* *
5650 ACTATATT-AGCAATTATCAATCTCA-AATTGCTAAGA-TATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
381 ACTAT-TTGAACAATTATCAAT-TCACAATTACTAAGACTATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * ****
5712 TTC-TAATCAT-AGAGCTTATT-TGGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCCAAAAATTA
444 TTCAT-ATCATAAAAACTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTAATAATATTT-CAAAAATTA
* * *
5774 ATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAAAG-TGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAA
506 ACAAGGAAAAGATTT-AAAAAT-AAAGTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAA
* * * * * ** * * * * *
5838 AATAATTATTTATTTTAAATTGTTCTAACCTTTTGTTTAGTTAGAAAA-TATT-TTTTCATATCT
569 AACAAATATTAATCTCAAATCATTATAACC-TTTGTTTACTCAGAAAACAATTATTTT-ATATCA
* * * * *
5901 TACAATCTTATTTGGAATAAA-AT-ATTCTAAATTTATTGACATT-TAAAAAAGTTAACAAG-GA
632 TACAAGCTTATTCGG-ATAAACATAATACT-AATTTAATAACATTCT-AAAAA-TT----AGTG-
* * * * *
5962 AAAGATTTTAAAAAATAAATCTGTTT-ATCCAACAAGTTAAAATAGTGATGATTATTTAAGCAAT
688 AAAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTGCT-CAACAAGTTAAAATAGTGAAGACTATTTAAACAAT
*
6026 TATTTATTTAAAATCATTATTACCTTTT
751 TATTTATTTAAAATCATTATAACCTTTT
6054 GTTTTGATAT
Statistics
Matches: 634, Mismatches: 116, Indels: 61
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
828 1 0.00
829 33 0.05
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831 94 0.15
832 78 0.12
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (834 bp):
ACCATTTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATCTACCTCAAATCATTATAACCTTTATTTT
GTAATAAAACAATTGCTTCTATTCATACAGGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAATTAATAAT
ATTCTAAAAACTAATAACAAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACGAACCAGTTCAAATAGTT
AAGACAATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTA
TTTCAGATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAGTAATTTATTAACATTCAAAAAATTATG
AATAAGAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGATTTGACTATTTGAA
CAATTATCAATTCACAATTACTAAGACTATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATATCATAA
AAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAACAAGGAAAAGATTT
AAAAATAAAGTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAAAACAAATATTAATCTCA
AATCATTATAACCTTTGTTTACTCAGAAAACAATTATTTTATATCATACAAGCTTATTCGGATAA
ACATAATACTAATTTAATAACATTCTAAAAATTAGTGAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCT
CAACAAGTTAAAATAGTGAAGACTATTTAAACAATTATTTATTTAAAATCATTATAACCTTTTAT
TAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAAATTGTTTACCAA
Found at i:6159 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 5214--7208 Score: 1114
Period size: 180 Copynumber: 11.2 Consensus size: 179
5204 ATTCTAACCT
* * *
5214 TTTATTAATATT-TAGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAAAT-TGTTTACCAAACCA
1 TTTATTAATATTCCA-AAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAAT-AAATCTGTTTACC-AACAA
** * * * * * *
5277 -TTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTGTCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGT
62 GTTT-AAATAGTGATGACTATTTCAACAATTATCTATTTAAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGT
* * * * ** *
5341 CATCAAACAATTGGTTCTA-TTCATACTATTTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
126 TATAAAACAATT-GTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * ** * * ** *
5395 TTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAATTTAAAAAATAAATCTAATTGT-TGAACCA-
1 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAG-AGTTTAAAAAATAAATCT-GTT-TACCAACAAG
* * * * * * * * *
5458 TTTCAAATAGT-AAGACAATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTC
63 TTT-AAATAGTGATGACTATTTCAACAATTATCTATTTAAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTT
* * * *
5522 ATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTTAA
127 ATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-CTAA
* * * *
5576 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AGA-TTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACCAGTT
1 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAATAAATCTGTTTACC-AACAAGTT
* * * * * * * ** * ** *
5638 CAAATAATTATGACTATATT-AGCAATTATCAATCTCAAAT--TGCTAAGATATTTGTTTTGTCA
65 TAAATAGTGATGACTAT-TTCAACAATTATCTATTTAAAATCATTATTACCT-TTTGTTTTGTTA
* * ****
5700 TAAAACAATTGTTTCTA-ATCATA-GAGCTTATT-TGGTTAAAAATAATACTAA
128 TAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAA
* * * ** * *
5751 TTTAATAATATTTCCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAAAGTGTTTGCCAAACCAG
1 TTTATTAATA-TTCCAAAAATTAATAAGTAAGA-GTTTAAAAAATAAATCTGTTTACC-AACAAG
* * ** ** * * * ** * * *
5816 TTCAAATAGTTAAAACTATTAAAATAATTATTTATTTTAAATTGTTCTAACCTTTTGTTTAGTTA
63 TTTAAATAGTGATGACTATTTCAACAATTATCTATTTAAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTTA
* * * * *** *
5881 GAAAA-TATT-TTTTCA-TATCTTACAATCTTATTTGGAATAAAAT-ATTCTAAA
128 TAAAACAATTGTTTT-AGT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AA
* * ** * * *
5932 TTTATTGACATTTAAAAAAGTTAACAAGGAAAAGATTTTAAAAAATAAATCTGTTTATCCAACAA
1 TTTATTAATATTCCAAAAA-TTAATAA-G-TAAGAGTTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAACAA
* * * *
5997 GTTAAAATAGTGATGATTATTT-AAGCAATTATTTATTTAAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGA
62 GTTTAAATAGTGATGACTATTTCAA-CAATTATCTATTTAAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGT
* *
6061 TATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAA
126 TATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * *
6115 TTTCTTAGTATTTCAAAAACTAATAAGCCAAGAGTTTAAAAAAATAAAT-TAGTTTACTGAAGAA
1 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-TAAGAGTTT-AAAAAATAAATCT-GTTTAC-CAACAA
* * * * *
6179 ATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTT
62 GTTTAAATAGTGATGACTATTTCAACAATTATCTATTTAAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTT
* *
6244 ATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
127 ATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * *
6297 TTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-TGT--GA-TTTAAAAAGTGAATCTGTTTACGAA-ATCAGT
1 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAACA--AGT
* * * * * *
6357 TCAAATAATTG-TGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTTA
64 TTAAAT-AGTGATGACTATTTCAACAATTATCTATTTAAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTTA
** * * *
6421 TATGACAACTTTTTTTA-TT-ATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAGTAA
128 TAAAACAA-TTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * *
6472 TTTATTAAT-CTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACATG
1 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTT-AAAAAATAAATCTGTTTACC-AACAAG
* * * * * * * **
6536 TTTAAATAGTTATGACTA-TTGAATAATTGTATACTTCAAAT-AGTTACAACCTTTTGTTTTGTC
63 TTTAAATAGTGATGACTATTTCAACAATTATCTATTTAAAATCA-TTATTACCTTTTGTTTTGT-
* * ** *
6599 T-TAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAGATAAAATAATACTAA
126 TATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* ** * *
6652 TATAAAAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG-TTAGCCAAACTAA
1 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CC-AAC-AA
* * * * * ** * * *
6716 -TTCAAATAGTTA-AACTATATGAACTGTTATCTATTTCAAATC---A-T---TTTTGTTTTCTC
62 GTTTAAATAGTGATGACTATTTCAACAATTATCTATTTAAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTT
* * * *
6772 ATAAAATAAGTT-TTTCAATTCATACTAGCTTATTCAAAATAAAATACA-A-TGAA
127 ATAAAACAA-TTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA-ATACT-AA
* * * *
6825 TTTATTCATATT-AAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTACCTAA-ATAG
1 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACC-AACA-AG
* * * * * *** ** *
6888 TTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCT-TTTCCAAATTGCTACGACCTTTTGTTTTGTC
63 TTTAAATAGTGATGACTATTTCAACAATTATCTATTT-AAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTT
* * * * * * * * *
6952 ATAAAACAAATGTTTTTGTTTATATAAGTTTGTTCAGAATAAAAGAATATTAA
127 ATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * ** *
7005 TCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AGA-TTTATAAAATAAAT-TGTTTATTAAACCAGTT
1 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAACAAGTT
* * * * * ** * * *
7066 CAAATAGTTATGA-TCATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTATGTTAT
65 TAAATAGTGATGACT-ATTTCAACAATTATCTATTTAAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTTAT
** ** * *
7130 AAAACAA-TAATTTATGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATGCTAA
129 AAAACAATTGTTTTA-GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * *
7181 TTTATCAATATTTCAACAATTAATAAGT
1 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
7209 TTAAAATTTG
Statistics
Matches: 1433, Mismatches: 291, Indels: 184
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
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171 1 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAACAAGTTT
AAATAGTGATGACTATTTCAACAATTATCTATTTAAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTTATAA
AACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
Found at i:6633 original size:720 final size:720
Alignment explanation
Indices: 5310--6644 Score: 1532
Period size: 720 Copynumber: 1.9 Consensus size: 720
5300 AATAATTGTC
* * ** **
5310 TATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTATTCATACTATTTTAT
1 TATTTAAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATAAAAGCTTAT
* *
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66 CCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAATTTAAAAAATA
** * *
5440 AATCTAATTGTTGAACCATTTCAAATAGTAAGACAATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTA
131 AATCTAATTGTTGAAAAATTTCAAATAGTAAGACAATATGAACAATTATCTATTTAAAATCATTA
** *
5505 TGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT
196 TGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCAATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
* * *
5570 ATTTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACCA
261 ATCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCA
* * * * *
5635 GTTCAAATAATTATGACTATATTAGCAATTATCAATCTCAAATTGCTAAGATATTTGTTTTGTCA
326 GTTCAAATAATTATGACCATATTAACAATTATCAATCTCAAATTGATAACATATTTGTTTGGTCA
* **** *
5700 TAAAACAATTGTTTCTAATCATAGAGCTTATTTGGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC
391 TAAAACAATTGTTTCTAATCATAAAGCTTATTAAAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATCTC
* *
5765 CAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAAAGTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAA
456 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAAGTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAA
* * * *
5830 ACTATTAAAATAATTATTTATTTTAAATTGTTCTAACCTTTTGTTTAGTTAGAAAATATTTTTTC
521 ACTATTAAAATAATTATATACTTCAAATAGTTCTAACCTTTTGTTTAGTTAGAAAATATTTTTTC
* *
5895 ATATCTTACAATCTTATTTG-GAATAAAATATTCTAAATTTATTGACATTTAAAAAAGTTAACAA
586 ATATCATACAAGCTTATTTGAG-ATAAAATATTCTAAATTTATTGACATTTAAAAAAGTTAACAA
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650 GGAAAAGATTTTAAAAAATAAATCTGTTTATCCAACAAGTTAAAATAGTGATGATTATTTAAGCA
6024 ATTATT
715 ATTATT
* * *
6030 TATTTAAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGAT-ATAAAACAATT-GTTTTAGTTCATAAAAGCTT
1 TATTTAAAATCATTATAACCTTTTATTTTG-TCATAAAACAATTGGTTCTA-TTCATAAAAGCTT
** * *
6093 ATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAGTATTTCAAAAAC-TAATAAGCCAAG-AGTTTAAAA
64 ATCCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAACTTAATAA-CCAAGAAATTT-AAA
* * * * *
6156 AAATAAAT-TAGTT-TACTGAAGAAATTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTA
126 AAATAAATCTAATTGT--TGAA-AAATTTCAAATAG-TAAGACAATATGAACAATTATCTATTTA
* *
6218 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTG-TTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAA
187 AAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCAA-TCATACAAGCTTATTCAAA
* * * * *
6282 ATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-TGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTT
251 ATAAAATAATATCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATT
* * * * * * * * *
6345 TACGAAATCAGTTCAAATAATTGTGGCCAT-TTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCT
316 TACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACCATATT-AACAATTATCAATCTCAAAT--TGATAACAT
* ** * * * *
6409 -TTTGTTTGGTTATATGACAACTT-TTT-TTATTATACAAGTTTATTCAAAAT-AAAATAATAGT
378 ATTTGTTTGGTCATAAAACAA-TTGTTTCTAATCATA-AAGCTTATT-AAAATAAAAATAATACT
* *
6470 AATTT-ATTA-ATCTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATA-TGTTTACCAAA
440 AATTTAATAATATCTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAA-AGTGTTTACCAAA
* ** * *
6532 -CATGTTTAAATAGTTATGACTATT-GAATAATTGTATACTTCAAATAGTTAC-AACCTTTTGTT
503 CCA-GTTCAAATAGTTAAAACTATTAAAATAATTATATACTTCAAATAGTT-CTAACCTTTTGTT
* **
6594 TTGTCTTA-AAACA-ATTATTTTTGT-TCATACAAGCTTATTTGAGATAAAATA
566 TAG--TTAGAAA-ATATT-TTTTCATATCATACAAGCTTATTTGAGATAAAATA
6645 ATACTAATAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (720 bp):
TATTTAAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATAAAAGCTTAT
CCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAATTTAAAAAATA
AATCTAATTGTTGAAAAATTTCAAATAGTAAGACAATATGAACAATTATCTATTTAAAATCATTA
TGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCAATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
ATCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCA
GTTCAAATAATTATGACCATATTAACAATTATCAATCTCAAATTGATAACATATTTGTTTGGTCA
TAAAACAATTGTTTCTAATCATAAAGCTTATTAAAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATCTC
CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAAGTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAA
ACTATTAAAATAATTATATACTTCAAATAGTTCTAACCTTTTGTTTAGTTAGAAAATATTTTTTC
ATATCATACAAGCTTATTTGAGATAAAATATTCTAAATTTATTGACATTTAAAAAAGTTAACAAG
GAAAAGATTTTAAAAAATAAATCTGTTTATCCAACAAGTTAAAATAGTGATGATTATTTAAGCAA
TTATT
Found at i:6643 original size:355 final size:357
Alignment explanation
Indices: 6022--6675 Score: 856
Period size: 355 Copynumber: 1.8 Consensus size: 357
6012 ATTATTTAAG
* *
6022 CAATTATTTATTTAAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGATATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAA
1 CAATTATCTATTTAAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGATATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAA
* * **
6087 AAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAGTATTTCAAAAACTAATAAGCCAAGAGTTT
66 AAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAG-ATCTCAAAAACTAATAAGAAAAGAGTTT
** * * *
6152 AAAAAAATAAATTAGTTTACTGAAGAAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTT
130 AAAAAAATAAATTAGTTTACCAAACAAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATACTT
** *
6217 AAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAA
195 AAAATCATTACAACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAA
* **
6282 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATTGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTA
260 ATAAAATAATACTAATATAAAAATATTCCAAAAATTAATTGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTA
6347 CGAAATCAGTTCAAATAATTGTGGCCATTTCAA
325 CGAAATCAGTTCAAATAATTGTGGCCATTTCAA
* * ** *
6380 CAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTTATATGACAACTTTTTTTA-TT-ATA
1 CAATTATCTATTTAAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGATATAAAACAA-TTGTTTTAGTTCATA
* * * * *
6443 CAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTA-ATCTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGA-T
65 AAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGATCTC-AAAAACTAATAAG-AAAAGAGT
** *
6506 TTAAAAAAATAAA-TATGTTTACCAAACATGTTTAAATAGTTATGACTA-TTGAATAATTGTATA
128 TTAAAAAAATAAATTA-GTTTACCAAACAAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATA
* ***
6569 CTTCAAAT-AGTTACAACCTTTTGTTTTGTCT-TAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTAT
192 CTTAAAATCA-TTACAACCTTTTGTTTTGT-TATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTAT
** *
6632 TTGAGATAAAATAATACTAATATAAAAATATTCCAAAAATTAAT
255 TCAAAATAAAATAATACTAATATAAAAATATTCCAAAAATTAAT
6676 AACTAAGAGA
Statistics
Matches: 253, Mismatches: 37, Indels: 15
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (357 bp):
CAATTATCTATTTAAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGATATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAA
AAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGATCTCAAAAACTAATAAGAAAAGAGTTTA
AAAAAATAAATTAGTTTACCAAACAAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATACTTA
AAATCATTACAACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAA
TAAAATAATACTAATATAAAAATATTCCAAAAATTAATTGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTAC
GAAATCAGTTCAAATAATTGTGGCCATTTCAA
Found at i:7094 original size:176 final size:177
Alignment explanation
Indices: 5518--7207 Score: 565
Period size: 176 Copynumber: 9.5 Consensus size: 177
5508 CCTTTTATTT
** * * * * * *
5518 TGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATATTTAATTTATT
1 TGTCATAAAACAATAATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAAGAATA-CTAATCTATC
* * *
5582 AATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACC-AAACCAGTTCAAATAAT
64 AATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTAAA-CAGTTCAAATAGT
* * * * * * *
5646 TATGACTATATT-AGCAATTA-TCAATCTCAAATTGCTAAGATA-TTTGTTT
128 TATAACTAT-TTAAACAATTATTTATTC-CAAATTGCTACGACATTTTGTTA
** * ** * * ** * *
5695 TGTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATA-GAGCTTATT-TGGTTAAAAATAATACTAATTTAAT-
1 TGTCATAAAACAATAATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAGAAT-AAAAGAATACTAATCT-ATC
* ** *
5757 AATATTTCCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAAAGTGTTTGCC-AAACCAGTTCAA
64 AATATTT-CAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTAAA-CAGTTCAA
* * * ** *
5821 ATAGTTAAAACTATTAAAATAATTATTTATTTTAAATTGTTCTA--ACCTTTTGTT-
123 ATAGTTATAACTATTTAAACAATTATTTATTCCAAATTG--CTACGACATTTTGTTA
* * * * * * ** * * *
5875 TAGT--TAGAA-AATATTTTTTCATATCTTACAATCTTATTTGGAATAAAA-TATTCTAAATTTA
1 T-GTCATAAAACAATAATTTAT-GT-TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAGAATACT-AATCTA
** * * *
5936 TTGACATTTAAAAAAGTTAACAAGGAAAAGATTTTAAAAAATAAATCTGTTTATCC--AACAAGT
62 TCAATATTTCAAAAA-TTAATAA-G---AGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCTAAAC-AGT
* * * * * ** *** ** * *
5999 TAAAATAGTGATGATTATTTAAGCAATTATTTATTTAAAATCATTATTACCTTTTGTTT
119 TCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATTTATTCCAAATTGCTACGACATTTTGTTA
** * * * * * * *
6058 TGAT-ATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTT
1 TG-TCATAAAACAATAATTTAT-GTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAGAATACTAATCTATC
* * * *
6121 AGTATTTCAAAAACTAATAAGCCAAGAGTTTAAAAAAATAAAT-TAGTTTA-CTGAAGA-AATTT
64 AATATTTCAAAAATTAATAAG---AGA-TTT-AAAAAATAAATCT-GTTTACCT-AA-ACAGTTC
* * * * ** *** * * *
6183 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTT
121 AAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATTTATTCCAAATTGCTACGACATTTTGTTA
* ** * * * * *
6240 TGTTATAAAACAATTGTTTCA-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
1 TGTCATAAAACAATAATTT-ATGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAGAATACTAATCTATCA
* * * * * * *
6304 ATATTCCAAAAATTAAT-TGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTA-CGAAATCAGTTCAAATAATT
65 ATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTAAA-CAGTTCAAATAGTT
* ** * * * * *** ** *
6367 GTGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTT-
129 ATAACTATTTAAACAATTATTTATTCCAAATTGCTACGACATTTTGTTA
* ** * * * * * * * * *
6415 TGGTTATATGACAACT-TTTTTTATT-ATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATT
1 T-GTCATAAAACAA-TAATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAGAATACTAATCTATC
* * * *
6478 AATCTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACC-AAACATGTTTAA
64 AATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCTAAACA-GTTCAA
* * * * * * * * * *
6541 ATAGTTATGACTA-TTGAATAATTGTATACTT-CAAATAGTTACAACCTTTTGTTT
123 ATAGTTATAACTATTTAAACAATTATTTA-TTCCAAATTGCTACGACATTTTGTTA
* * * * * * **
6595 TGTCTTAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATT-TGAGATAAAATAATACTAATATAAAA
1 TGTCATAAAACAATAATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAGA-ATAAAAGAATACTAATCTATCA
* * *
6659 ATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG-TTAGCC-AAACTAATTCAAA
65 ATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCTAAAC-AGTTCAAA
* * ** * * * *
6722 TAGTTA-AACTATATGAACTGTTATCTATTTCAAA----T-C-A-TTTTTGTTT
124 TAGTTATAACTATTTAAACAATTATTTATTCCAAATTGCTACGACATTTTGTTA
* * * * * * * *
6768 TCTCATAAAATAAGT-TTTTCA-ATTCATACTAGCTTATTCAAAATAAAATACA-A-TGAATTTA
1 TGTCATAAAACAA-TAATTT-ATGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAGA-ATACT-AATCTA
* * *
6829 TTC-ATA-TTAAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTACCTAAATAGTTCA
62 -TCAATATTTCAAAAATT-A-A--TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTAAACAGTTCA
* *
6892 AATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTT-TTCCAAATTGCTACGACCTTTTGTTT
122 AATAGTTATAACTATTTAAACAATTAT-TTATTCCAAATTGCTACGACATTTTGTTA
* * * * * * * *
6948 TGTCATAAAACAA-ATGTTTTTGTTTATATAAGTTTGTTCAGAATAAAAGAATATTAATCTATTA
1 TGTCATAAAACAATA-ATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAGAATACTAATCTATCA
* *
7012 ATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTATAAAATAAAT-TGTTTA-TTAAACCAGTTCAAATAGTT
65 ATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTAAA-CAGTTCAAATAGTT
* * * * *
7075 ATGA-TCATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTA
129 ATAACT-ATTTAAACAATTATTTATTCCAAATTGCTACGACATTTTGTTA
* * * * * *
7124 TGTTATAAAACAATAATTTATGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATGCTAATTTATCAA
1 TGTCATAAAACAATAATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAGAATACTAATCTATCAA
*
7189 TATTTCAACAATTAATAAG
66 TATTTCAAAAATTAATAAG
7208 TTTAAAATTT
Statistics
Matches: 1181, Mismatches: 232, Indels: 201
0.73 0.14 0.12
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 1 0.00
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185 10 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
TGTCATAAAACAATAATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAGAATACTAATCTATCAA
TATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTAAACAGTTCAAATAGTTAT
AACTATTTAAACAATTATTTATTCCAAATTGCTACGACATTTTGTTA
Found at i:7348 original size:146 final size:147
Alignment explanation
Indices: 7081--7352 Score: 318
Period size: 146 Copynumber: 1.9 Consensus size: 147
7071 AGTTATGATC
* ** * * * *
7081 ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTATGTTATAAAACAATAATTTATG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACACTTTGTTATCTCATAAAAAAATAATTTATG
*** * * * *
7146 TTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATGCTAATTTATCAATATTTCAACAATTAATAAGTTT
66 TTCATACAAGCTTATTAAAAATAAAATAATGCTAAGTTATCAATATCTCAAAAATTAATAAGTTT
7211 AAAATTTGCTCATGACT
131 AAAATTTGCTCATGACT
* * *
7228 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTGTTTTCTCATAAAAAAATTATTT-TG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACACTTTGTTATCTCATAAAAAAATAATTTAT-
* *
7291 GTTCATATAAGCTTATTAAAAATAAAATAATAG-TAAGTTATTAATAATCT-AAAAATTAATAA
65 GTTCATACAAGCTTATTAAAAATAAAATAAT-GCTAAGTTATCAAT-ATCTCAAAAATTAATAA
7353 TTAAGAGATT
Statistics
Matches: 103, Mismatches: 19, Indels: 7
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Matches are distributed among these distances:
145 1 0.01
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (147 bp):
ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACACTTTGTTATCTCATAAAAAAATAATTTATG
TTCATACAAGCTTATTAAAAATAAAATAATGCTAAGTTATCAATATCTCAAAAATTAATAAGTTT
AAAATTTGCTCATGACT
Found at i:7426 original size:16 final size:17
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Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
7384 AACAAGTTTA
7394 AATAATTATAACTATTTG
1 AATAATTAT-ACTATTTG
7412 AATAATTAT-CTATTTG
1 AATAATTATACTATTTG
7428 AA
1 AA
7430 ATCGCTATAA
Statistics
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18 9 0.50
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AATAATTATACTATTTG
Found at i:7732 original size:180 final size:178
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Indices: 7222--7827 Score: 547
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7212 AAATTTGCTC
* * *
7222 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTCTCATAAAAAAATTA
1 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTA
* * * * * * *
7286 TTT-TGGTTCATATAAGCTTATTAAAAATAAAATAATAGTAAGTTATTAATA-ATCTAAAAATTA
66 TTTCT-GTTCA-ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTCGACAAA-TA
* * *
7349 ATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCATTCACAAACAAGTTTAAATAATT
127 ATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCCATTCACAAACAAGTTCAAATAATT
* * * * *
7401 ATAACTATTTGAATAATTATCTATTTGAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTT
1 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT-A-AT
* * * * * ** *
7466 TTTTTCTATTCGTACATGCTTATTTC-GAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGACAATT
64 TATTTCTGTTC-AACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTCGACAAAT
* ** * * **
7530 AATAAATAAAAGATCTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATCTTT
126 AATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCCATTCA-CAAACAAGTTCAAATAATT
* * * * *
7584 ATGACTATTTGAACAGTTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTA
1 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTA
* * *
7649 TTTCTGTTCAACAAGCTTATTCAGATTAAAAAAATATTAATTCATTAATATTTCGACAAATAATA
66 TTTCTGTTCAACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATT-ATTAATATTTCGACAAATAATA
** * * * *
7714 AATAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAATAGGTTCAAA-AAGTC
130 AATAAAAGATTTAAAAAATAAATCCATTCA-CAAACAAGTTCAAATAA-TT
* * * * * * * * * *
7764 ATAAGTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCATTGTGACTTTTTGTGTTGTAATAAAACAATT
1 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
7828 TAGATAATTG
Statistics
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ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTA
TTTCTGTTCAACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTATTAATATTTCGACAAATAATAA
ATAAAAGATTTAAAAAATAAATCCATTCACAAACAAGTTCAAATAATT
Found at i:8725 original size:181 final size:180
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7818 TAAAACAATT
* * * * * * *
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* * * * ** *
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* * * *
7952 TGAACAGAAACAATTGTTTTATTAAAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAA
130 TGAACA-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * * *
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1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT
* * ** * * *
8068 CTCTCACCTATTAA-TTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAACTTGAAT
66 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT
* * * ** * * *
8132 GAATAGAAATAATTATTTTATGGCAATACAAAAGATCATAACTATTTGAAA
131 GAACA-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * *
8183 TAAATAATTGTTCAAATAGACATAATAACTATTTAAACTTGCTT-GGTAAACAGATTTATTTTTT
1 TAGATAATTGTTCAAATAG---TCATAACTATTTGAACTT-ATTCGGTAAATAGATTTATTTTTT
* * * * *
8247 CAAA-----T-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGCATTATTTTATTTTGAATACGCT
62 -AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCT
* *
8306 TGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAA
126 TGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * ***
8362 TAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTTGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAAT
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT
* *
8427 -T-TTACTTATTAATTTTTTTG-AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGGAATAAGCTTA
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* * * * *
8488 TATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAA
128 TATGAACA-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * *
8542 TAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTCGAACTTATTCCGTAAATAGATTCATTTTTTAAAT
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT
* * * * *
8607 CTCTTGCTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGATTAAGCCTATAT
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* * *
8672 TAACAAATACAATTGTTTTATGATGAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAA
131 GAACAAA-ACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * * * *
8723 TAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTCGCTAAACATATTTATTTTTAAAAT
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT
* * * * * * * * *
8788 TTTTTATTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTCTAT
66 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT
* * * * *
8853 GAACAAAAAAAAGTGTTTTTTTATAAAAC-AAA-GTCATAATGATTTGAAA
131 GAAC-AAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * *
8902 TAAAT-ATTGTTCAAATAGTCATATCTATTTGAATTTATTCGGTAAATAGAGTTGTTTTTTAAAT
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT
* * * *
8966 CTTTTACTTATTAATTGTTTG-AATATTAATAAATTTGCATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTGT
66 CTCTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGT
* * * ** * * ** *
9029 ATGAATAGAAAAAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTTATCGCAATTTGAAA
129 ATGAACA-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* *** * * *
9082 TAGGTAATCACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGA-TCGATAAATAGATTCAGTTTTTAAA
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA
* * *
9146 --TC-T-CTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTA-TAATTATGTTATTCCAAATAAGCTTG
65 TCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
* * * * * **
9205 TAGGAATAGAAATAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAA
128 TATGAACA-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * ** * ** * *
9259 TAG---ATTGTTTAAACAATCAAAACTATTTGCA-TTGGTCAAGCCAACAGATTCATTTTTTAAA
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTC-GGTAAATAGATTTATTTTTTAAA
* * * * * * * *
9320 TATGTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATTAATTAGCATTATTTTAGTCCAAATAAAAC-TG
65 TCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT-AAGCTTG
* * * * * * * * * *
9383 TATCAATAGAAAAAACTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGGTTGGAAA
128 TATGAACA-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * *
9437 TAAATAATTGTTCAAATTA-TTATAATTAATTGAA-TTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAA
1 TAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAA
** * * * * *
9500 ATCTC-T-C--ATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-GTTCTGAACAATCTTA
64 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTG
** * * *
9560 TACAAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
128 TATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * * * * *
9614 TAGATAATTATTCATATAGCCTTAATTATTTGAAC-TAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAA
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA
* * * * *
9678 TCTCTTAGTTATTAA-TTTTCATAATATTATTATATTAGTATTATTTTACTTCGAATAAGCTTGT
65 TCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGT
* * * * *
9742 GTGAACATAAATAATTGTTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTAAAA
129 ATGAACA-AAACAATTG-TTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * ** *
9796 TATATAA-TGTTCAAATAATCATAACTATTTGAAC-TAGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAA
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA
* * * * * * * *
9859 TCTCCTACTCATTAATTTTTGAAATAATCATAAATTAATATTATTTTATTCCGAATAGGCTTATA
65 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTA
* * * * * *
9924 TGATGA-AAAACAATTGTTTTATAACAAAATAAATGTTCATAATGATTTGAAA
130 TGA--ACAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * ** * *
9976 TAGATAATTGTTCAAATTGCCATAATTATTTGAACTGATTCAATAAATTGATTTATTTTTGAAAT
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT
** * * * * * * * * *
10041 CTCGAACTTCTCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAACTTTTAA
66 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT
* * *
10106 AAACTAAAACAATTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAA
131 GAAC-AAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * ** * * *
10157 TAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAATTTATTTAGTAAACAAAATTATTTTTTAAAA
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTT--AA
* ** * * * *
10222 ATTTGGTGCTTATTAATTTTCT-AAATGTTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-TAT
64 ATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCT-T
** * * * *
10285 GTATGAATTGAAACAATTATTTTATGATTAAACAAATGGTCAGAACGATTTGAAA
127 GTATGAA-CAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * ** * * * *
10340 TAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAAT
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT
* * ** * * * * *
10405 CTCTTACTTATTAATTTTAG-AATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTAT
66 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT
* * * * *
10469 GGATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACGATTTGAGA
131 GAACA-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* ** * * *
10519 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TGGTCAGGTAAACAAATTTAGTTTTTAAA
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTC-GGTAAATAGATTTATTTTTTAAA
* * * * * * *
10583 TCTCCTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAAGT-GCTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTTT
65 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGT
* * * * *
10647 ATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCGTAAC-ATCTTTAAA
129 ATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGAT-TTGAAA
* * * * * * *
10700 TAGAAAATTGTTTAAGTAGTCA-AATCTATTTGAAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTTA
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTG-AACTTATTCGGTAAATAGATTTA-TTTTTTA
* * * * **
10764 AATCTCTTGCTCATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTG
63 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
** * * * * *
10829 TATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACTAAAAAAAAAGGTCAAAATGATTTAAAA
128 TATGAA-CAAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * *
10884 TAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAATT-TG-ACAA-ACACTTATTTTTTTAA
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTA-AATAGATTTATTTTTTAAA
*
10946 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTGT
65 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAGCTTGT
* * * * *
11010 ATGAGA-AGAAACAATTGTTTTATGA-CAAA-TAAAGATCATAATGATTTGAGA
129 ATGA-ACA-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * * * **
11061 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGTTTTC-ATGAACAAATTTAGCTTTTAAA
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA
** * * * ** *
11125 TCTC---C-TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATCAATATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGA
65 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGT
* * *
11185 ATGAAC---A-AATTGTTTTATGACAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAA
129 ATGAACAAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * *
11234 TAGATAATTGTTCAAAT-G-GATAA--ACTTG----T-TT-GATAAACAGATTTATTTTTTAAAT
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT
* * * * * * * * * *
11289 CTCCTAGC-TATTAA-TTTTCAAAAATAAATATATTAGTATTATTATATTTTGAACAAACTTATA
66 CTCTTA-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTA
* * * *
11352 TGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAA
130 TGAAC-AAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * ** * * *
11404 TAGATAAATATTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTGGTT-GAGTAAACAAAATTATTTTTTAAA
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCG-GTAAATAGATTTATTTTTTAAA
* * * * **
11468 TCCCTTACTAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCGAATAAGCTAAT
65 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGT
* * * *
11532 ATGAATTGAAAA-AGTTGTTTTATG-TCGAAACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
129 ATGAA--CAAAACAATTGTTTTATGAT-AAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * * * * * *
11586 AAGATAATTGTTCATATAATCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCAGCAAAAATATTTATTTTTTGAA
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA
* * * ** * *
11650 TCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTTATTTAAAATAAACTAGT
65 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCGAATAAGCTTGT
* * * * * *
11715 ATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTCAAG
129 ATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * * * *
11768 TATACAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA
* * *
11832 --TC-T-CTTATTGATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTA
65 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTA
* * * * *
11893 TGGTAA-AAAATAATTGTTATATGACT-AAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAA
130 T-G-AACAAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * * ** * *
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1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT
* *
12010 CAT-TTACTTATTAA-TTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
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** * * * *
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* * * * * *
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1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TATTCGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAA
* * * * *
12190 A-CTCTTCCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTT
64 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGT
* * *
12254 ATGAACTAAAACAATTGTTTTATG-TCAAAACAAAGGGTCATAATGATTTTAAA
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* * * ** ** *
12307 TAAATAATTATTCAATTAGTCATAACTATTT-AACTTGCTCAATAAACAGATTTATTTTTTTCAA
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTTA-TTTTTT-AA
* * * * * * * *
12371 ATCTTTTGAC-TATTAATTTTTCAAA-GTTACTAAATTTGGATTATTTTA-TTCTGAATAAACCT
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* * ** * * * * * *
12433 ATAAGATATGAAACAAATATTTTATGACT-AAATAAAAGGTTAGAATGATTTGAAA
127 GTATGA-ACAAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * ** * * * ** * *
12488 TAAATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTT-AAATGAGTTTGACAAACACATTTATGTTTTT-A
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCGGTAAATAGATTTAT-TTTTTAA
* * ** *
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64 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTG
* * * *
12615 TATGATCAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATC-TCAACAATTT-AAGA
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* * * *
12668 TTGATAATTGTTCAAGTAGTCATAACTATTTGAACTGT-TTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAA
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA
* * * * *
12732 TTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATACTAATAAATTA-AATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTA
65 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTA
* ** * * *
12796 TGATAAAAAATTATT-TTCTTTTGACAAAACAAAAAGGTCATAAAGATTTGAAA
130 TGA-ACAAAACAATTGTT-TTATGATAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * * * * * *
12849 TCGATAATTATTCAAATGGCCAAAATTATTTTAACTGATTTGGTAAATA-ATTT-TTTTTAAAAT
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT
* ** * *
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66 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTA
* * * *
12976 TTAACTGAAACAATT-ATTT-T-AT--AAC-AAA--TCA-AA--A---G--G
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** ** *
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* * ** *
13138 AT-ACACTAAAATAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTCAAAATAATTTAAAA
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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131 GAACAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAA-GGTCATAACGATTTGAAA
* ** * * * * * * * * *
13372 TAAATAATCATTCATATAGTCTTAACAATTTGAACCTGTTTGGCAATTAGATTTATTTTTTAATT
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT
* * ** * * * ** *
13437 TTTTTGGTTATTAAGTTTTTG-AATATTATTAAATTAGTATTA-TTTAGTAT-AAATAAAATAGT
66 CTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCGAATAAGCTTGT
* * * * * *
13499 ATGAACAAAACCAATTGTTTCATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGATA
129 ATGAACAAAA-CAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * ** * * *
13552 TCA-ATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTAAAATGGTTTGGTAAATAGATTTACTTTCTAAA
1 T-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA
* * * * *
13616 TCTCTTA-TTGATTAATTTTCT-AAATATTAATATATTAGAATTAATTTATTTTGAACATA-CTT
65 TCTCTTACTT-ATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA-AGCTT
* * * * * **
13678 ATATTAACAAAAACAATTATTTTATGA-AAAATCAAAAAGTAATAATAATTTGAAA
127 GTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGATAAAA-CAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * *
13733 TAGATAATTATTTAAATAGTTATAATTATTTGAAC-TAGTTCGGTAAATAGAATTATTTTCTAAA
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA
* * *
13797 TCTCTTAC--A--AAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTATATTTTCGAATAAGCTTGT
65 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCGAATAAGCTTGT
* * * * * ** * *
13858 ATGAGCTGAAATC-ATTATTTTATGACAAAA-AATAGGTTGTAA-TAATTGCAAA
129 ATGAAC--AAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG-AAA
* * * * * * ** * * * *
13910 TATAAAATTGTTCATATAGTCTTAATTGTTTGAACCAATTTGGCAAATGGATTTATTTTTTAAGT
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT
* * * * * **
13975 CTCGTAGTTATTAATTTTT-AGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCCTAATAAGCTCATA
66 CTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTA
* * *
14039 TGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAA
130 TGAAC-AAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * *
14091 TAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTTTGGTAAATAGATTTACTTTTTAA
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA--TTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAA
* * *
14155 A--TC---CTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTCAAATAAGCTTGT
64 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGT
* * * * * * **
14215 ATGTTTA-AAAACAATTGTTGTATGACAAAGCAAAAAGTAATAATAATTTGAAA
129 ATG--AACAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * *
14268 TA-AGTAGTTGTTCAAATGGCCATAA-TCATTTGAGC-TAGTTTGGTAAACTA-ATTTATTTTTT
1 TAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTA-TTCGGTAAA-TAGATTTA-TTTTT
* * * ** ** * * *
14329 TATATTTCTTACTTATTAACTTTCAAAATATTAATAAGGTAGCATTATTTTATTTTGGATAAGCT
61 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCT
* * * *
14394 TTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAA
126 TGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * *
14450 TGGATAATTGTTCAAATAGTCATAAGTATTTCAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTCAAA
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTT-AAA
* * * * * *
14515 TCTCATGCGTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTAGTCCGAATAAGCTTGT
65 TCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGT
* * * * * *
14579 ATGATCTGAAACAATTGTTATAT-ATCTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAA
129 ATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGAT-AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * ** *** *
14632 TAGATAAATATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAACAAATACA-TT-TTTTTTAAAT
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT
* * *
14695 CTCTT-C---TTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCCAAATAAGCTTGTA
66 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTA
* * * *
14755 TGATCAGAAACAATTGTTTTATGAGAAAAC-AAAGATCATAACTATTTGAA
130 TGAACA-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
14805 CTAGTTTGAA
Statistics
Matches: 5372, Mismatches: 1144, Indels: 572
0.76 0.16 0.08
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162 2 0.00
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Consensus pattern (180 bp):
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CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT
GAACAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
Found at i:9333 original size:355 final size:353
Alignment explanation
Indices: 7895--14804 Score: 3107
Period size: 359 Copynumber: 19.3 Consensus size: 353
7885 TTTAAATCTT
* * * * ** *
7895 TTATTAATTTTTAAAATATTAATATATCAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAACAGA
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* * * * * ** * **
7960 AACAATTGTTTTATTAAAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGAC
65 AAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTT
* * * * * ***
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130 ATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTAAAT-T-T--CTTATTAATTTTTTGA
* * * * *
8089 ATATTAATAAATTA-GTATTATTTTATT-TAGAATAAACTTGA-ATGAATAGAAATAATTATTTT
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* * * *
8151 ATGGCAATACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGACATAATAACTAT
254 ATGACAAAACAAAAG-TCATAA-TAATTTGAAAT--A-GATTGTTCAAATAG---TCATAACTAT
* * * * *
8215 TTAAACTTGCTT-GGTAAACAGATTTATTTTTTCAAA-----T-C
311 TTGAACTT-ATTCAGTAAATAGATTCATTTTTT-AAATCTCTTAC
* * *
8253 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGCATTATTTTATTTTGAATACGCTTGTATGAACAGA
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAGA
* ** * * *
8318 AACAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTT
65 AAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTT
* * *
8383 ATAACTATTTGAATTTGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTTTGA
130 ATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTA-TTTTTAAA-TTT-CTTATTAA-TTTTTTGA
*** * *
8448 ATATTAATAAATT-TATATTATTTTATTTGGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTAT
191 ATATTAATAAATTATATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATAGAAAAAATTGTTTTAT
* *
8512 GACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTCGAAC
256 GACAAAACAAAA-GTCATAATAATTTGAAATAG---ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* *
8577 TTATTCCGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTGC
317 TTATTCAGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * *
8614 TCATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGATTAAGCCTATATTAACA-
1 TTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAG
* * ** * *
8677 AATACAATTGTTTTATGATGAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
64 AA-AAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * *
8742 TTATGACTATTTGAACTTGTTCGCTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTATTTATTAATTATT
128 TTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTT-AAATTTCTTATTAATT--TT-TT
* * * * *
8807 GAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTCTATGAACAAAAAAAAGTGTTT
189 G-AATATTAATAAATTATATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATAGAAAAAATTGTTT
* * * * * *
8871 TTTTATAAAAC-AAAGTCATAATGATTTGAAATAAATATTGTTCAAATAGTCATATCTATTTGAA
253 TATGACAAAACAAAAGTCATAATAATTTGAAAT--AGATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * *
8935 TTTATTCGGTAAATAGAGTT-GTTTTTTAAATCTTTTAC
316 CTTATTCAGTAAATAGA-TTCATTTTTTAAATCTCTTAC
* * *
8973 TTATTAATTGTTT-GAATATTAATAAATTTGCATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATGAATAG
1 TTATTAATT-TTTAGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAACAG
** * ** * * *
9037 AAAAAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTTATCGCAATTTGAAATAGGTAATCACTCAAATAGT
64 AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * *
9102 CATAACTATTTGAACTTGATCGATAAATAGATTCAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAGAAT
129 TATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTA-TTTTTAAATTTCTTATTAATTTTTTGAAT
* * * * *
9167 ATTAATAAATTATA-ATTATGTTATTCCAAATAAGCTTGTAGGAATAGAAATAATTGTTTTGTGA
193 ATTAATAAATTATATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGA
* * * * * **
9231 CAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATTGTTTAAACAATCAAAACTATTTGCA-TTGGT
258 CAAAACAAAA-GTCATAATAATTTGAAATAGATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATT
** * * *
9295 CAAGCCAACAGATTCATTTTTTAAATATGTTAC
322 C-AGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAC
* *** * * *
9328 TTATTAATTTTTAGAATATTAATTAATTAGCATTATTTTAGTCCAAATAAAAC-TGTATCAATAG
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTA-TTTGAAT-AAGCTTGTATGAACAG
* * *** * * *
9392 AAAAAACTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGGTTGGAAATAAATAATTGTTCAAATTA-
64 AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-TAG
* * * * * * ***
9456 TTATAATTAATTGAA-TTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTCATTAATTTTCAAA
128 TTATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAATAGATTTA-TTTTTAAATTTCTTATTAATTTTTTGA
* ** * * * *
9520 ATATTAATAAATTA-ATATTATTTTGTTCTGAACAATCTTATA-CAA-ACAAAAACATTTGTTTT
191 ATATTAATAAATTATATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATAGAAAAA-A-TTGTTTT
* ** * * * * *
9582 ATGACAAAGCAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGCCTTAATTATTTGA
254 ATGACAAAACAAAA-GTCATAATAATTTGAAATAG---ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
** * * * * *
9647 AC-TAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAG
315 ACTTA-TTCAGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * * * *
9686 TTATTAATTTTCATAATATTATTATATTAGTATTATTTTACTTCGAATAAGCTTGTGTGAACATA
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAGA
* * * * * * * *
9751 AATAATTGTTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTAAAATATATAA-TGTTCAAATAAT
65 AAAAATT-ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * *
9815 CATAACTATTTGAACTAGTT-TAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTCATTAA-TTTT
129 TATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAATAGATTTA-TTTTTAAAT-T--T-CTTATTAATTTTT
* * * *
9878 TGAAATAATCATAAATTA-ATATTATTTTATTCCGAATAGGCTTATATG-AT-GAAAAACAATTG
188 TG-AATATTAATAAATTATATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATAG-AAAA-AATTG
* * * * * * *
9940 TTTTATAACAAAATAAATGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGCCATAATTAT
250 TTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAATAATTTGAAATAG---ATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * **
10005 TTGAACTGATTCAATAAATTGATTTATTTTTGAAATCTCGAAC
311 TTGAACTTATTCAGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * ** * * * **
10048 TTCTCAATTTTT-GAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAACTTTTAAAAACTA
1 TTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGCATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAAC-A
* * * * * * * *
10112 -AAACAATTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAA
63 GAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * * *
10176 TCATAACTATTTGAATTTATT-TAGTAAACAAAATTATTTTTTAAAAATTTGGTGCTTATTAATT
128 TTATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAATAGATTTA-TTTTT--AAA-TT--T-CTTATTAATT
* * * * * * *
10240 TTCTAAATGTTAATAAA--ATAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-TATGTATGAATTGAAACAAT
185 TTTTGAATATTAATAAATTATA-TATTATTTTATTCCAAATAAGCT-TATATGAATAGAAAAAAT
* ** * * ** * *
10302 TATTTTATGATTAAACAAATGGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACT
248 TGTTTTATGACAAAACAAA-AGTCATAATAATTTGAAATAG---ATTGTTCAAATAGTCATAACT
** ** * * * *
10367 ATTTGAACTGGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
309 ATTTGAACTTATTCAGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAC
* ** * *** * *
10412 TTATTAA-TTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGGATAGA
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAGA
* * * * * * *
10476 AACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTC
65 AAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTT
* * * * *
10540 ATAATTATTTGAAC-TGGTCAGGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCCTGCTTATTAA-TTTTT
130 ATAACTATTTGAACTTGTTC-GATAAATAGATTTA-TTTTTAAAT-T--T-CTTATTAATTTTTT
* * ** *** * * * *
10603 GAAATATTAGTAAAGT-GCTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTTTATGAACTA-AAACAATTATT
189 G-AATATTAATAAATTATATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAA-TAGAAAAAATTGTT
* * * * *
10666 TTATGACAAAACAAAAGTTCGTAA-CATCTTTAAATAGAAAATTGTTTAAGTAGTCA-AATCTAT
252 TTATGACAAAACAAAAG-TCATAATAAT-TTGAAATAG---ATTGTTCAAATAGTCATAA-CTAT
* * * * *
10729 TTGAAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTGC
311 TTG-AACTTATTCAGTAAATAGATTCA-TTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * **
10774 TCATTAATTTTTCA-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATTG
1 TTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAG
* * * * ** * *
10838 AAATAATTGTTTTATGACTAAAAAAAAAGGTCAAAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAG
64 AAAAAATTATTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
** * * * * * *
10903 TCT-TAACTATTTGAACTAATTTGACAAACA-CTTATTTTTTTAATCTCTTACTTATTAA-TTTT
128 T-TATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATT-TATTTTTAA-AT-TT-CTTATTAATTTTT
* * ** * *
10965 TGAAATATTATTAAATTA-GTATTATTTTAATT-TGAATAAGCTTGTATGAGA-AGAAACAATTG
188 TG-AATATTAATAAATTATATATTATTTT-ATTCCAAATAAGCTTATATGA-ATAGAAAAAATTG
* * *
11027 TTTTATGAC-AAA-TAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
250 TTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAATAATTTGAAATAG---ATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * * **
11090 TTAAATTGTTTTCA-TGAACAAATTTAGCTTTTAAATCTC---C
311 TTGAACT-TATTCAGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * ** * *
11130 -TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATCAATATTATTTTATTCTAAATAA--TT-T-TGAA-TGA
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAGA
* * * *
11189 ACAAATTGTTTTATGACAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAAT-G-
65 AAAAATTATTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * *
11252 ---GA-TA----AACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTAGCTATTAA-TTTTC
129 TATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTA-TTTTTAAAT-TTCT---TATTAATTTTTT
* * * * * * *** * * * *
11308 AAAAATAAATATATTA-GTATTATTATATTTTGAACAAACTTATATGAACA-AAAACATTTGTTT
189 GAATATTAATAAATTATATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATAGAAAA-AATTGTTT
* * * * *
11371 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAAATATTCAAATAGTCATAATTATTTA
253 TATGACAAAACAAAA-GTCATAATAATTTGAAATAGAT---TGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
** * * * *
11436 AACTGGTTGAGTAAACAAAATT-ATTTTTTAAATCCCTTAC
314 AACTTATTCAGTAAA-TAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAC
* * ** *
11476 TAATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATT--CATTTTATTTTATTCCGAATAAGCTAATATGAAT
1 TTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGCA--TTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * ** * * *
11538 TGAAAAAGTTGTTTTATGTCGAAACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAAAAGATAATTGTTCATAT
62 AGAAAAAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * *
11603 AATCT-TAACTATTTGAA-TTGGTTCAGCA-AAA-ATATTTATTTTTTGAATCTCTTAGTTATTA
126 AGT-TATAACTATTTGAACTT-GTTC-G-ATAAATAGATTTA-TTTTTAAATTTCTTA-TTA--A
* * * * ** * *
11664 ATTTTTGAAATATTATTAGATTA-GTATTATTTTTATTTAAAATAAAC-TAGTATGAACA-AAAA
183 TTTTTTG-AATATTAATAAATTATATATTA-TTTTATTCCAAATAAGCTTA-TATGAATAGAAAA
* * ** * * *
11726 TAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTCAAGTATACAATTGTTTAAATAGTCAT
245 -AATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATAATTTGAA--ATA-GATTGTTCAAATAGTCAT
* * ** * * *
11791 AACTATTT-AAATTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-C
305 AACTATTTGAACTT-ATTCAGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * *
11836 TTATTGATTTTT-GAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGGTAA-
1 TTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTAT-G-AAC
* * * * * * * * *
11899 A-AAATAATTGTTATATGACTAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATG
62 AGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
** * * * *
11963 GCCATAATTATTTGAGC-TGATTCAATAAATAGATTCACTTTTTAAATCATTTACTTATTAATTT
127 GTTATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAATAGATTTA-TTTTT-AA--ATTT-CTTATTAATTT
** * *** * * * *
12027 TCAGAATATTAATAAATTA-GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTTT
186 TTTGAATATTAATAAATTATATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATAGAAAAAATTGT
* * ** * * * *
12091 TTTATGATAAAATAAAAAGGTCATAACGATTTTAAGTAGAGAATTGTTGAAATAGTTA-AACTAT
251 TTTATGACAAAA-CAAAA-GTCATAATAATTTGAA--ATAG-ATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * *
12155 TTGAA-TGTATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTTAAA-CTCTTCC
311 TTGAACT-TATTCAGTAAATAGATTCA-TTTTTTAAATCTCTTAC
* * * *
12198 TTATTAATTTTT-GAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTA
1 TTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGCATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAAC-A
* * * * ** * * *
12262 -AAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAGGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTATTCAATTAG
63 GAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * *
12326 TCATAACTATTT-AACTTGCTCAATAAACAGATTTATTTTTTTCAAATCTTTTGACTATTAA-TT
128 TTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTA--TTTTT-AAAT-TTCT---TATTAATTT
* * ** ** * * *
12389 TTTCAA-AGTTACTAAATT-TGGATTATTTTATTCTGAATAAACCTATAAG-ATATGAAACAAA-
186 TTTGAATA-TTAATAAATTATATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATA-GAAA-AAAT
* * * * * * * * * **
12450 TATTTTATGACTAAATAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTTTTAACT
248 TGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATAATTTGAAAT--A-GATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * * *
12515 ATTT-AAATGAGTT-TGACAAACACATTTATGTTTTT-AATCTCTTAC
309 ATTTGAACTTA-TTCAG-TAAATAGATTCAT-TTTTTAAATCTCTTAC
* * * *** * *
12560 TTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAACCGAATAAGCTTTTATGATCAGA
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTA-TTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACAGA
* * * * * *
12625 AACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATC-TCAACAATTT-AAGATTGATAATTGTTCAAGTAG
65 AAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AACAATTTGAA-ATAGATAATTATTCAAATAG
* * *
12687 TCATAACTATTTGAAC-TGTTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTT
128 TTATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAATAGATTTA-TTTTTAAATTTCTTA-TTA--ATTTTT
* * * *
12751 TGAAATACTAATAAATTA-A-ATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATG-ATA-AAAAATTATT-
188 TG-AATATTAATAAATTATATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATAGAAAAA--ATTG
* * * * * * *
12811 TTCTTTTGACAAAACAAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATCGATAATTATTCAAATGGCCAAAAT
250 TT-TTATGACAAAAC-AAAA-GTCATAATA-ATTTGAAAT--A-GATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * ** *
12875 TATTTTAACTGATTTGGTAAATA-ATT--TTTTTTAAAATTTCTTAC
308 TATTTGAACTTATTCAGTAAATAGATTCATTTTTT-AAATCTCTTAC
** * * * * * *
12919 TTATTAA-TTTGGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCATCTAAGCCTGTATTAACTG
1 TTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTGA-ATAAGCTTGTATGAACAG
* * * **
12983 AAACAATTATTTTAT-----AAC-AAA--TC--AA-AA---G--GTAGATAATTGTTCAACCAG-
64 AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * *
13031 TACTAACTATTTGAACTTATTCCATAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTTCTTATTAA-TTT
129 TA-TAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTA-TTTTT-AAA----TTTCTTATTAATTTT
* * * *** * * * *
13095 TT-AAT-TTATTAAATTA-GTATTAATTTATTTTGAATAAGCACGTATA-CACTA-AAATAATTG
187 TTGAATATTAATAAATTATATATTATTTTATTCCAAATAAG--CTTATATGAATAGAAAAAATTG
* * * * * *
13155 TTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATAATTTAAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACCAT
250 TTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATAATTTGAAATAG---ATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * *
13220 TTGTACTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
311 TTGAACTTATTCAGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAC
* ** ** *
13263 TTATTAATTTTT-GAAATATTATTAAATTATTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTACGAACA-
1 TTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGCATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAACAG
* * * * * * * * *
13326 AAATAATTGTTTTACGATAAAACAAAATGGTCATTACGATTTGAAATAAATAATCATTCATATAG
64 AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * ** * * * *
13391 TCT-TAACAATTTGAACCTGTTTGGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTTTTGGTTATTAAGTTT
128 T-TATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTA-TTTTTAA---ATTT-CTTATTAATTTT
* * * ** ** * *
13455 TTGAATATTATTAAATTA-GTATTA-TTTAGTATAAATAA-AATAGTATGAACA-AAACCAATTG
187 TTGAATATTAATAAATTATATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTA-TATGAATAGAAA-AAATTG
* * * * * *
13516 TTTCATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGATATCAATA-ATTATTCAAATAGTCAAAACTA
250 TTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATAATTTG--A--AATAGATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * ** ** * * *
13580 TTTAAAATGGTTTGGTAAATAGATTTACTTTCTAAATCTCTTA-
310 TTTGAACTTATTCAGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * *
13623 TTGATTAATTTTCTA-AATATTAATATATTAGAATTAATTTATTTTGAACATA-CTTATATTAAC
1 TT-ATTAATTTT-TAGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTA-TTTGAATA-AGCTTGTATGAAC
* * * *
13686 A-AAAACAATTATTTTATGA-AAAATCAAAAAGTAATAATAATTTGAAATAGATAATTATTTAAA
62 AGAAAA-AATTATTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * * * * **
13749 TAGTTATAATTATTTGAACTAGTTCGGTAAATAGAATTATTTTCTAAATCTCTTA-CAAAATTTT
125 TAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTT-TAAATTTCTTATTAATTTTTT
* * * * * ** *
13813 GAAATATTAATAAATTAGT-T-TTATTATATTTTCGAATAAGCTTGTATGAGCT-GAAATCATTA
189 G-AATATTAATAAATTA-TATATTATTTTA-TTCCAAATAAGCTTATATGA-ATAGAAAAAATTG
* ** * * * * *
13875 TTTTATGACAAAA-AATAGGTTGTAATAA-TTGCAAATATAAAATTGTTCATATAGTCTTAATTG
250 TTTTATGACAAAACAA-AAGTCATAATAATTTG--AA-AT-AGATTGTTCAAATAGTCATAACTA
** ** * * * * * *
13938 TTTGAACCAATTTGGCAAATGGATTTATTTTTTAAGTCTCGTAG
310 TTTGAACTTATTCAGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAC
* * **
13982 TTATTAATTTTTAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCCT-AATAAGCTCATATGAACA-
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATT--TGAATAAGCTTGTATGAACAG
* * * * * *
14045 AAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAG
64 AAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * *
14110 TCATAACTATTTGAACTAGTTTTGGTAAATAGATTTACTTTTTAAA-TCCTTATTAA-TTCTTGA
128 TTATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAATAGATTTA-TTTTTAAATTTCTTATTAATTTTTTG-
* * * * ** *
14173 AATATTAATAAATTA-GTGTTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTTA-AAAACAATTGTTGT
190 AATATTAATAAATTATATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATAGAAAA-AATTGTTTT
* * * *
14236 ATGACAAAGCAAAAAGTAATAATAATTTGAAATAAGTAGTTGTTCAAATGGCCATAA-TCATTTG
254 ATGACAAAAC-AAAAGTCATAATAATTTGAAAT-AG-A-TTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTG
* ** * * *
14300 AGC-TAGTTTGGTAAACTA-ATTTATTTTTTTATATTTCTTAC
314 AACTTA-TTCAGTAAA-TAGATTCA-TTTTTTAAATCTCTTAC
* * * ** * *
14341 TTATTAACTTTCAAAATATTAATAAGGTAGCATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTA-
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAAC-AG
* * * * *
14405 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATGGATAATTGTTCAAATAGT
64 AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * * * *
14470 CATAAGTATTTCAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTCAAATCTCATGCGTATTAATTTTT
129 TATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTA-TTTTT-AAAT-T--T-CTTATTAATTTTT
* * * * * * *
14535 TGAATGTTAATAAATTA-GTATTATTTTAGTCCGAATAAGCTTGTATG-ATCTGAAACAATTGTT
188 TGAATATTAATAAATTATATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAAT-AGAAAAAATTGTT
* * * * * * *
14598 ATAT-ATCTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAAATATTCTAATAGTCTTAACTATT
252 TTATGA-CAAAACAAAA-GTCATAATAATTTGAAATAGAT---TGTTCAAATAGTCATAACTATT
** ** *
14662 TGAACTGGTTCAACAAATACATT--TTTTTTAAATCTCTT-C
312 TGAACTTATTCAGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAC
* * *** *
14701 ---TTAATTTTT-GAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCCAAATAAGCTTGTATGATCAG
1 TTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGCATTA-TTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACAG
* * * * *
14762 AAACAATTGTTTTATGAGAAAAC-AAAGATCATAACTATTTGAA
64 AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
14805 CTAGTTTGAA
Statistics
Matches: 5142, Mismatches: 1049, Indels: 724
0.74 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
340 28 0.01
341 57 0.01
342 74 0.01
343 106 0.02
344 113 0.02
345 33 0.01
346 2 0.00
347 38 0.01
348 6 0.00
349 14 0.00
350 60 0.01
351 12 0.00
352 56 0.01
353 7 0.00
354 25 0.00
355 363 0.07
356 81 0.02
357 174 0.03
358 652 0.13
359 766 0.15
360 373 0.07
361 641 0.12
362 756 0.15
363 256 0.05
364 358 0.07
365 82 0.02
366 5 0.00
367 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (353 bp):
TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAA
AAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTA
TAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTAAATTTCTTATTAATTTTTTGAATATT
AATAAATTATATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAA
AACAAAAGTCATAATAATTTGAAATAGATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGT
AAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAC
Found at i:12119 original size:359 final size:356
Alignment explanation
Indices: 7828--20697 Score: 6768
Period size: 361 Copynumber: 35.9 Consensus size: 356
7818 TAAAACAATT
* * * ** *
7828 TAGATAATTGCTCACAT-GTCATAACTATTTAAACTATTTTGGTAAACAAATTTAGTTTTTAAAT
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * * * * ** *
7892 CTTTTATTAATTTTTAAAATATTAATATATCAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAAC
66 CTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * *
7957 AGAAACAATTGTTTTATTAAAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATG
131 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * *
8022 GACATAACTATTTGAACTTATTTGATAAATAGATTTA-CTTTGAAATCTCTCACCTATTAATTTC
195 GTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * *
8086 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAACTTGAATGAATAGAAATAATTATTTT
260 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTT
* * * *
8151 ATGGCAATACAAAAGATCATAACTATTTGAAA
325 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * *
8183 TAAATAATTGTTCAAATAGACATAATAACTATTTAAACTTGCTTGGTAAACAGATTTATTTTTTC
1 TAGATAATTGTTCAAATAG---TCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTT-
* * * * *
8248 AAA--TCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGCATTATTTTATTTTGAATACGCTTGTAT
62 AAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT
* * *
8311 GAACAGAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCA
127 GAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * *
8376 AATAGTTATAACTATTTGAATTTG-TTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTA
191 AATAGTCATAACTATTTGAA-CTGATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * *
8438 ATTTTTTTGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGGAATAAGCTTATATGAATAGAAACA
255 A--TTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACA
* *
8502 ATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAA
317 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * ** ** * * *
8542 TAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTCGAACTTATTCCGTAAATAGATTCATTTTTTAAAT
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * *
8607 CTCTTGCTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGATTAAGCCTATAT
66 CTC-T--T-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT
* ** * *
8672 TAACAAATACAATTGTTTTATGATGAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCA
127 GAACAAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * * * * *
8737 AATAGTTATGACTATTTGAACTTG-TTCGCTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTATTTATTA
191 AATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * *** * *** *
8801 ATTATT-GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTCTATGAACAAAAAAAA
255 ATT-TTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAA
* * * * * *
8865 GTGTTTTTTTATAAAAC-AAA-GTCATAATGATTTGAAA
318 TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * ** * * * * *
8902 TAAAT-ATTGTTCAAATAGTCATATCTATTTGAATTTATTCGGTAAATAGAGTTGTTTTTTAAAT
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * *
8966 CTTTTACTTATTAATTGTTTG-AATATTAATAAATTTGCATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTGT
66 C---T-CTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGT
* * * ** * ** * * ***
9029 ATGAATAGAAAAAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTTATCGCAATTTGAAATAGGTAATCACT
125 ATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* *
9094 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGA-TCGATAAATAGATTCAGTTTTTAAATCTCTTA-TTA-
189 CAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * *** * * *
9156 -ATTTTTAGAATATTAATAAATTA-TAATTATGTTATTCCAAATAAGCTTGTAGGAATAGAAATA
253 TAATTTTAGAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACA
* * **
9219 ATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAA
317 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * * *** ** * *
9259 TAG---ATTGTTTAAACAATCAAAACTATTTGCATTGGTCAAGCCAACAGATTCATTTTTTAAAT
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTT-AA-
* * * * * * *
9321 ATGTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATTAATTAGCATTATTTTAGTCCAAATAAAAC-TGT
64 AT-CT-CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT-AAGCTTGT
* * * * * * * * * *
9384 ATCAATAGAAAAAACTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGGTTGGAAATAAATAATTGTT
125 ATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * *
9449 CAAATTA-TTATAATTAATTGAATTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC-T-C--AT
189 CAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * * * ** ***
9509 TAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTGTTCTGAACAATCTTATACAAACAAAAACA
253 TAATTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACA
* * *
9574 TTTGTTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
317 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * * *
9614 TAGATAATTATTCATATAGCCTTAATTATTTGAACTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAAT
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * * * * *
9679 CTCTTAGTTATTAATTTTCATAATATTATTATATTAGTATTATTTTACTTCGAATAAGCTTGTGT
66 CTCTTA-TTA--ATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT
* * * *
9744 GAACATAAATAATTGTTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTAAAATATATAA-TGTTC
127 GAACA-AAACAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * *
9808 AAATAATCATAACTATTTGAACTAGTTTAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTCATT
190 AAATAGTCATAACTATTTGAACT-GATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * ** * *
9872 AATTTTTGAAATAATCATAAATTAATATTATTTTATTCCGAATAGGCTTATATG-A-TGAAAAAC
254 AATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTG--AAAC
* * * * * *
9935 AATTGTTTTATAACAAAATAAATGTTCATAATGATTTGAAA
316 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * *** *** *
9976 TAGATAATTGTTCAAATTGCCATAATTATTTGAACTGATTCAATAAATTGATTTATTTTTGAAAT
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * * * * * * * *
10041 CTCGAACTTCTCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAACTTTTAA
66 CT----CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT
* * * *
10106 AAACTAAAACAATTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCA
127 GAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * * * * ** *
10171 AATAATCATAACTATTTGAATTTATT-TAGTAAACAAAATTATTTTTTAAAAATTTGGTGCTTAT
191 AATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGA-TAAATAGATTTATTTTTT--AAATCTCTTACTTAT
* * **
10235 TAATTTTCTA-AATGTTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-TATGTATGAATTGAAA
253 TAA-TTT-TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT-TGTATGAATTGAAA
** * *
10298 CAATTATTTTATGATTAAACAAATGGTCAGAACGATTTGAAA
315 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * *
10340 TAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAAT
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * ** * * * * *
10405 CTCTTACTT-ATTAATTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTAT
66 CTCTTA-TTAATT--TTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT
* * * *
10469 GGATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTGTTCA
127 GAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * * * *
10533 AATAGTCATAATTATTTGAACTG-GTCAGGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCCTGCTTATTA
191 AATAGTCATAACTATTTGAACTGATTC-GATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * * * * *
10597 ATTTTTGAAATATTAGTAAAGT-GCTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTTTATGAACTAAAACAA
255 ATTTTAG-AATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAA
* * *
10661 TTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCGTAAC-ATCTTTAAA
318 TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT-TTGAAA
* * * * **
10700 TAGAAAATTGTTTAAGTAGTCA-AATCTATTTGAAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTTA
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTG-AACTGGTTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTTA
* * **
10764 AATCTCTTGCTCATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTG
63 AATCTC-T--T-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
** * * * * *
10829 TATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACTAAAAAAAAAGGTCAAAATGATTTAAAATAGATAATTG
124 TATGAA-CAAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * * *
10894 TTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAATTTGA-CAA-ACACTTATTTTTTTAATCTCTTACTTA
187 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * *
10957 TTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAGA-AGAAA
252 TTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ATTGAAA
* * * * *
11021 CAATTGTTTTATGAC-AAA-TAAAGATCATAATGATTTGAGA
315 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * ** * **
11061 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGTTTTCATGAACAAATTTAGCTTTTAAAT
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* ** * * * ** *
11126 CTCCTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATCAATATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGAATGAA
66 CTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAA
* *
11190 C---A-AATTGTTTTATGACAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAAT
130 CAAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * *
11251 -G-GATAA--ACTTG---T--TT-GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTAGC-TATTAATT
194 AGTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAATT
* * * * * * * *** * *
11305 TTCA-AAAATAAATATATTAGTATTATTATATTTTGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGT
258 TT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTAT
* *
11369 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAA
322 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * *
11404 TAGATAAATATTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTGG-TTGAGTAAACAAAATTATTTTTTAAA
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTG-GTAAACAAATTTATTTTTTAAA
* * * **
11468 TCCCTTACTAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCGAATAAGCTAAT
65 T--C-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGT
* * * * * *
11532 ATGAATTGAAAA-AGTTGTTTTATGTCGAAACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAAAAGATAATTG
125 ATGAA--CAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * * * *
11596 TTCATATAATCTTAACTATTTGAATTGGTTCAGCA-AAA-ATATTTATTTTTTGAATCTCTTAGT
187 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTC-G-ATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * * ** * * ***
11659 TATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTTATTTAAAATAAACTAGTATGAACAAA
250 TATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGA
* * * *
11724 AATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTCAAG
313 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * *
11768 TATACAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * *
11833 CTCTTATTGATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGGTA
66 CTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT-G-A
* * * * * * *
11898 A-AAAATAATTGTTATATGACTAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAAT
129 ACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * *
11962 GGCCATAATTATTTGAGCTGATTCAATAAATAGATTCACTTTTTAAATCAT-TTACTTATTAATT
194 AGTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATT
*
12026 TTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTTT
258 TT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTAT
* * * *
12091 TTTATGATAAAATAAAAAGGTCATAACGATTTTAAG
322 TTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * *
12127 TAGAGAATTGTTGAAATAGTTA-AACTATTTGAA-T-GTATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTTA
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGT-TT-GGTAAACAAATTTA-TTTTTTA
* * * *
12189 AACTCTTCCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTT
63 AA-TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGT
* * * * * *
12254 ATGAACTAAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAGGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTATT
125 ATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * *
12319 CAATTAGTCATAACTATTT-AACTTG-CTCAATAAACAGATTTATTTTTTTCAAATCTTTTGAC-
189 CAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCGATAAATAGATTTA-TTTTTT-AAATCTCTT-ACT
** * * * * * * * *
12381 TATTAATTTTTCAA-AGTTACTAAATTTGGATTATTTTATTCTGAATAAACCTATAAG-ATATGA
250 TATTAATTTTAGAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-TGA
* * * * * *
12444 AACAAATATTTTATGACTAAATAAAAGGTTAGAATGATTTGAAA
313 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * ** * ** *
12488 TAAATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTT-AAATGAGTTTGACAAACACATTTATGTTTTTAA
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-GTTTGGTAAACAAATTTAT-TTTTTAA
* * * ** *
12552 TCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCGAATAAGCTTTT
64 -ATC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTGT
* * * *
12616 ATGATCAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATC-TCAACAATTT-AAGATTGATAATTG
125 ATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AACGATTTGAA-ATAGATAATTG
* * * *
12678 TTCAAGTAGTCATAACTATTTGAACTGTTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTA
187 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * ** * *
12743 TTAATTTTTGAAATACTAATAAATTA-AATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATG-A-T-AAAA
252 TTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAAC
* *
12804 AATTATTTTCTTTTGACAAAACAAAAAGGTCATAAAGATTTGAAA
316 AATTA--TT-TTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * * * * * *
12849 TCGATAATTATTCAAATGGCCAAAATTATTTTAACTGATTTGGTAAA-TAATTT-TTTTTAAAAT
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA-
** * *
12912 TTCTTACTTATTAATTTGGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-ATCTAAGCCTGTA
65 -TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTA
* * * *
12976 TTAACTGAAACAATTATTTTAT-----AAC-AAA--TCA-AA--A---G--GTAGATAATTGTTC
126 TGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
** * * * *
13025 AACCAGT-ACTAACTATTTGAACTTATTCCATAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTTCTTAT
190 AAATAGTCA-TAACTATTTGAACTGATTCGATAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTAT
* * * ** * * *
13089 TAATTTT-TAAT-TTATTAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCACGTAT-ACACTAAAATA
253 TAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ATTGAAACA
* * * ** *
13151 ATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATAATTTAAAA
317 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * **
13191 TAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACCATTTGTACTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA-
* * * * *
13256 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTATTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTAC
65 -TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT
* * * * * **
13321 GAACAAAATAATTGTTTTACGATAAAACAAAATGGTCATTACGATTTGAAATAAATAATCATTCA
127 GAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * ** * * * * **
13386 TATAGTCTTAACAATTTGAACCTG-TTTGGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTTTTGGTTATTA
191 AATAGTCATAACTATTTGAA-CTGATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * * * ** * **
13450 AGTTTTTGAATATTATTAAATTAGTATTA-TTTAGTATAAATAAAATAGTATGAA-CAAAACCAA
255 A-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAA-CAA
* * * * * *
13513 TTGTTTCATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGATA
318 TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * * * *
13552 TCA-ATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTAAAATGGTTTGGTAAATAGATTTACTTTCTAAA
1 T-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
* * * * * *
13616 TCTCTTATTGATTAATTTTCT-AAATATTAATATATTAGAATTAATTTATTTTGAACATA-CTTA
65 TCTC---TT-ATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA-AGCTTG
* * * * ** *
13679 TATTAACAAAAACAATTATTTTATGA-AAAATCAAAAAGTAATAATAATTTGAAATAGATAATTA
124 TATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * *
13743 TTTAAATAGTTATAATTATTTGAACT-AGTTCGGTAAATAGAATTATTTTCTAAATCTCTTAC--
187 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * **
13805 A-AAATTTT-GAAATATTAATAAATTAGTTTTATTATATTTTCGAATAAGCTTGTATGAGCTGAA
251 ATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT-GAATAAGCTTGTATGAATTGAA
* ** * *
13868 ATC-ATTATTTTATGACAAAA-AATAGGTTGTAA-TAATTGCAAA
314 A-CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG-AAA
* * * * * * *** * *** *
13910 TATAAAATTGTTCATATAGTCTTAATTGTTTGAACCAATTTGGCAAATGGATTTATTTTTTAAGT
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * * **
13975 CTCGTAGTTATTAATTTTT-AGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCCTAATAAGCTCATA
66 CTC----TTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTA
* * * * *
14039 TGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTT
126 TGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * *
14104 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTTGGTAAATAGATTTACTTTTTAAA--TC---CTTATT
190 AAATAGTCATAACTATTTGAACT-GATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* ** * *
14164 AATTCTT-GAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-TTTAAAAAC
254 AATT-TTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATT-GAAAC
* * * * * **
14227 AATTGTTGTATGACAAAGCAAAAAGTAATAATAATTTGAAA
316 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * *
14268 TA-AGTAGTTGTTCAAATGGCCATAA-TCATTTGAGCTAGTTTGGTAAACTAATTTATTTTTTTA
1 TAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTTA
* * ** ** * * * *
14331 TATTTCTTACTTATTAACTTTCAAAATATTAATAAGGTAGCATTATTTTATTTTGGATAAGCTTT
63 -A-ATC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
* * *
14396 TATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATGGATAATTGT
124 TATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * * *
14461 TCAAATAGTCATAAGTATTTCAACTTG-TTTGGTAAATAAATTTATTTTTTCAAATCTCATGCGT
188 TCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCGATAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTT
* * * **
14525 ATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTAGTCCGAATAAGCTTGTATG-ATCTGAA
251 ATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-TGAA
* * * * *
14589 ACAATTGTTATAT-ATCTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAA
314 ACAATTATTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * **** * *
14632 TAGATAAATATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAACAAATACA-TT-TTTTTTAAAT
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * * * *
14695 CTCTTCTTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCCAAATAAGCTTGTATGAT
66 CTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * *
14759 CAGAAACAATTGTTTTATGAGAAAAC-AAAGATCATAACTATTTGAACTAG-T--TTG--AAAAT
130 CA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * * ** * *
14818 AG-CTTTAGTTTTTAAATCCCTTGCTT--ATTAAT--TTTTGAAATATTGGTAAAGTAGTATTA-
194 AGTCATAACTATTTGAA---C-TGATTCGATAAATAGATTT---AT-TTTTTAAA-T-CTCTTAC
* * * * * **** * *
14877 TT-TT-ATTTTAGATAAGTTTTTATGAACTGAAGCAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTTATA
249 TTATTAATTTTAG--AA-TATTAAT-AAAT-TAG-TATTATTTTAT-TTTGAAT--AAGCTTGT-
* * * ** * * * * * *
14940 ATGACATTAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCAAATC--TA-TTTA-AACTTG-TTTAATAAA
304 ATGA-ATTGA-A-ACAATTATT-TTAT-GACAAAACAAAAGGTCATAAC--GATTT--GAAA
* * * * * * * * * *
14997 CAGATTTATTTTTTAAA-A-TCTCTTACTCA-TTG-A-T-TTTTCAAATGTCAATAAATTAGTAT
1 TAGA-TAATTGTTCAAATAGTC-ATAACT-ATTTGAACTGGTTT----GGTAAACAAATT--TAT
* * * * ** **
15056 TATTTT--AT-T-TTAAATAAGTTTGTATGAACTA-AAAT-AATT-GTTTTATGACTA-AACGAA
57 T-TTTTAAATCTCTT-ATTAA-TTT-T-TGAAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTTCG-A
* ** * * * * ** * *
15113 AGGTCAGAATGATTTGAA-ATAAATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAACA
115 A--TAAGCTTG-TATGAACA-AAACAATTGTT-TTAT-GACAAAAC-A----AA--AGGTC-A-T
** ** *** * * * * ** *** * *
15177 AAC-ACATGTATTTTTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGTTTGTTTGAACTG-TT-TA-AA
165 AACGATTTG-A-AATAGATAAT-TGTT-C-AAAT-AGTCAT-AACTATTTGAACTGATTCGATAA
** * *
15238 ACTATTTGAACTATTTTTGTAAACAGATTTAGTTTTTATATCTCTCATTAATTTTCA-AA-ATTA
223 A-TA---GATTTATTTTT-T----A-A---A-TCTCT-TA-CT-T-ATTAATTTT-AGAATATTA
* * * * *
15301 ATAGATCAGTGTTATTTTATTCTGAATAA--TT-T-T-ACA-TG-AACATATT-GTTTATGACAA
269 ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ATTGAAACA-ATTATTTTATGACAA
* * *
15358 AACAAAAGGTCTTAATGATTTCAAA
332 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * * * *
15383 TAGATAATTATTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTAGTAAAGATATTTATTTTTTAAAT
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA-
* * * * *
15448 TTCCTACCTATTAATTTTT-ATAATATTAAAAAATTAGTATAATTTTA-TTCTAAATAAACTTGT
65 -T-CT-CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGT
* * * * * * *
15511 ATGAATAGAAATAATTGCTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTT
125 ATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
** * * * * * * * * * * * *
15576 CAAGCAATCATAACTATTTGAACTTGCTT-GGTAAACAAAAATAAATTTTTAATTGTTTTCCTTA
189 CAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCGATAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * ***
15640 TCAATTTTTGGAAT-TATAATAAATTAGTACTATTTTTATTTTGAATATGCTTGTATGAACAAAA
252 TTAA-TTTTAGAATAT-TAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAA
** * * *
15704 ACAATTGGTTTATGACAAAAAAAAAATGTCATAACTATTTG---
314 ACAATTATTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* ** ** * *
15745 -A-A-CA-TGTTC-AA-A---A-AACATATTT--A-T--TTT--TTTA-ATTTTTACTTATT-AA
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-TATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
* * * *
15791 --T-TT-TT-G-----G-AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATAA
65 TCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA
* * *
15844 ACAAGAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGGTTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
129 ACAA-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * *
15909 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGA-AAATTG-TTTCATTTTTTAAAACTCTTACTCATTAT
193 TAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCGATAAATAGATTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA-
* * * * * * *
15972 TTTTTGGAATATCAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCCTATATGAATTGACACAATT
255 ATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATT
* ** * *
16037 GTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAA
320 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
** * * * * * *
16074 TAGATAATTACTCAAATAGTTATAACTATTTGATCTTGTTTGGTAAACATATCTATTTTTAAAAT
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * * * * *
16139 CTTTTGCTTATTAATTGTCGAAATATTAA-AAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTAT
66 C---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT
* * ** * * *
16203 AGAGA-AAACCAATTGTTTTATAACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAATTA-AGTAATTATT
127 -GA-ACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA-TAATTGTT
* * * * * * * * *
16266 CAAATAGTTATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTATATCTTTTACTTGTT
189 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * * *
16331 AATAATCTA-AATATTAATAACTTTGTATAATTTTA-TTTGAAATAAGCTTATATGAATAGAAA-
254 AAT--TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAATTGAAAC
* * * * * **
16393 ATTTGTTTTATGATAAAACAAAATGTTATAGTGATTTGAAA
316 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * ** * * * * *
16434 TAGATAATTGTTTAAATGGTCATAACCATTTGAACTTATTCGATAAACAGATTCATTTTTTAAGT
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * * * * *
16499 CTCTTACATATTAA-TTTTAAGAATATTAATAAACTAG-ATTTATGTTATTTTGAATAAACTTTT
66 CTC-T---TATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGT
* ** * * * * *
16562 ACGAACAGAAACAATTACTTTGTGA-TAAATAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
125 ATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * ** * * *
16626 CAAACAGTCTTAATTATTTGCACTGGTTAGGCCAACA-AG-TTCATTTTTTTAAATCTGTTATTT
189 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATT-CGATAA-ATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * * * **
16689 ATTAATTTTTAAAATATCAATAAA-TAGCATTACTTTATTCTGAATAAGAC-TGTATGAACAGAA
251 ATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-CTTGTATGAATTGAA
**
16752 ACAATTATTTTATGACAAAACAATTGGTCATAACGATTTGAAA
314 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * * *
16795 TAAAGAATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAA-TTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * * * * *
16859 CTTTTACTTCTTAATTTTTAAAATA-TAATAAATTAATATTATTTTATTCCGAACAAACTTG--T
66 C---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT
* * * * *
16921 GAACAAAACATTTGTTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAA
127 GAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * *
16986 ATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCGACAAATAAAAGTT-TTTTTTAAATGTCTTACTTATTAA
192 ATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAAT-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * * *
17050 TTTT-GAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTATTCTGAATAAG-TTACTAAGAATTGAATA-AA
256 TTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT-GTATGAATTGAA-ACAA
* * * * *
17112 TTATTTTACGACGAAACAAAAAAGTTATAATGATTTGAAA
318 TTATTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * * * ** * *
17152 TAAAGAATTGTTCACATAGCCCTAACTATTTGAATTGATTCAGCAAATAAATTTATTTTTTAAAT
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * * * * * *
17217 CTCTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTATTGCAA-TAGTGTTATTTTATTTTGAATAAACTTTTA
66 CTC----TTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTA
* * * * * * * * *
17281 TGAATAGAAATAATTATTTTATGACATAACAAAAAGTTATAAC-AATTGAAAAATATAATTGTTC
126 TGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * * *
17345 AAACAGTTATAACTATTTGAGCTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTA
190 AAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * *
17410 ATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATG-A-TGAAAAACA
255 ATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTG--AAACA
* * * * *
17473 ATTGTCTTATGACAAATCAAAAGTTCATAATGATTTGAAA
317 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * * *** * * *
17513 TAGATAACTGTTTAGATGGCCATAATTATTTGAACTAACTTGATAAACTAATTAATTTTTTAAAT
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA-
* * * * * * *
17578 CTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAAT-AAGTAATATTATTTTATTTAGAATAAGATTTTCT
65 -TCT--CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT
* * * * * * * *
17642 GGACTGAAACAATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAAATATATAATTGTTCA
127 GAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * *
17707 AATAGTCATAACTATTTGAACTTG-CTCGGTAAACT-GATTTATTTTTTTAATTTCTTGCTTATT
191 AATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCGATAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* **
17770 AATTTCCTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT-AGACATGTATGAGCTGAAAC
254 AATTT--TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-CTTGTATGAATTGAAAC
* ** * * *
17833 AATTATTTTATAATTAAACAAAAAGTTAGAACGATTTGAAA
316 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * * * * *
17874 -AAAAAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTAAACAGGCTTGGCAAACAAATTTATTTTTTGAAT
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * * * * * * * *
17938 C-CTTATTAATTTTTGAAATAGTAAATTTATTCTA-AATAATTTTCTAT-GAATACCA-ATTATT
66 CTCTTATTAATTTTTGAAATA-TTAA-TAAAT-TAGTATTATTTTATTTCGAATA--AGCTT-GT
* * ** * * * * * * * *
17999 CTGAATAATTCGTATTATTTTACGACATAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGCT
125 ATGAACAAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * **
18064 CAAATAGACATAACTATTTAAACTTG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTAT
189 CAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * *
18128 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTTTTA-TTT-TTTT-AATAAACTTTTATGAATAGAAACA
253 TAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACA
* * * *
18190 ATTGTTTTATGACCAAAGAAAAGATCAT---GATTTGAAA
317 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * *** *** *
18227 TAAATATTTATTGAAATAGTCATAA-TGATTTAAACTCCCTCAATAAACAAAATTATTTTTTAAA
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
* * *
18291 TCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTA
65 TC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTA
* * * * * * ** * *
18356 TGAACAAAAGCAATTGATTTATCACAAAATAAATGGTCATAACAATTTGAAATAAATTTTTTTTT
126 TGAACAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * *
18421 AAATAGTCATAACTATTTAAACGTG-TTCAAAAAAATAAATTTATTGTTTAAAT-TATTATTTAT
190 AAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTC-GATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* *** * * *
18484 TAACTTTT-GAAATATTAATAAATTTA-TGTTATTTTATTCAAAACAAGCTT-TCATGAATAGAT
253 TAA-TTTTAG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT-ATGAATTGAA
* * * * *
18546 CCAATTGCTTTT-TGACAAAACAAAAAGTCATAATG-TGTTTAAA
314 ACAATT-ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT-TTGAAA
** * ** * * *
18589 TAGATAATTGTTCAGGTAGTCATAACTATTTGAACT-CTTTCAATAAATAGATTCATTTTTTTTA
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTT-GGTAAACAAATT--TATTTTTTA
* * * * *
18653 ATTCTTTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCCAATAAACTTA
63 AATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
* * * * * * * *
18718 TATTAACTGAAACAATTGTTTTATTACAAAATAAAAGGTCACAATGATTTAAAATAGATAATTAT
124 TATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * * *
18783 TCAAATAATCATGACAATTTGAATTTG-TTC-AGTAAA-AAAATTA-TTTTTAAATATTTTACTT
188 TCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGATTCGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * * * * *
18844 ATTAATTGTGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTAGAATGAGCTTGT-TGAATAGAAA
251 ATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAA
* * * *
18908 TAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACAATTT---A
315 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * *
18947 T---T-A---TTCAAATAATCATAACGATTTAAATTTGTTTGGTAAAC-AATTTATTTTTTAAAT
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * * ** *
19004 CTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATAAATATATTTGTATTATTTTATTTTAAATAAACTTGT
66 C---T-CTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGT
* * * * * * * *
19067 ATGAATAGAAGATATCT-TTTTATGACAAAATAAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTG
125 ATGAACAAAACA-AT-TGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
** * * * * *
19131 TTCAAATAGTCATATTTATTTAAACTTG-TTTGATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATT
187 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * * * * * *
19195 ATTAATTTTTGGATATTAATAACTTAGCATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTAAAAT
251 ATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAAC
*
19260 AATT-TTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAA
316 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * *
19299 TAGATAATCGTTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTTGGTAAACATATTTAATTTTTT-AA
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTT-ATTTTTTAAA
* * * ** * * * * *
19363 TAT-TT-TTCATTATCAAAATATTAATAAAATAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGGA
65 TCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * * * * ** * * **
19426 TAGATACTATTATTTTATAATAGAACAAAAAGTAATAATAATTTGTAATAAATAATTACTCAAAT
130 CA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * *
19491 AGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTC---C-TATTAATTT
194 AGTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TT
* * *** * * * *** * * *
19552 TTAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCCAAACAAGCTTATTTGAACAAAAATATTTGTT
258 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATT
* *
19617 TTATGAAAAAACTAAAGGTCATAACGATTTGAAA
323 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * ** * *
19651 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTAAAACTGG-TAGGTAAATAGAA-TTATTTTTTAAA
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAA
* * *
19714 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTA-TTCTAAATAAGCTAG
65 --TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTG
* ** * * *
19777 TATGAATTGAAAA-TTTTGTTTTATAACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
124 TATGAA--CAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
* ** * * * *
19841 TTCAAATAGTCATAATTATTAAAACT-AGTAGGT-AATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
187 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * **
19904 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCTGAATAAGCCAGTATGAATTGAAA
252 TTAATTTTAG-AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAA
*** * * * *
19968 TTTTTGTTTTATAACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
315 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * * *
20010 TAGATAACTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAAATTTAATTTTTAAAT
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * * * *
20075 CTCTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTATTAGATTACTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT
66 CTC----TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT
* * * * * * *
20140 GAACATAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTTATTTTTTAAATGATTATTTGAAGTATA
127 GAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCA-----T-AACG---ATTTGAAATAGA
* * * * *
20205 CAATTATGT-AAATAGTCAAAACTATTTGAACTGATTC-AGCAAACAGATTTATTTTTTAAA--T
181 TAATTGT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * * *
20266 -AT-CTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAACAACCTTGCATG-
244 CTTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA
** * * * * * *
20328 ATAAAAAATAATTGTTATATGACTAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAA
308 AT-TGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * * ** * * *
20378 TAGATAATTATTGAGATGGTGATAATTATTTGAACTAATTTGGTAAATC-GATTCACTTTTTAAA
1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAA-CAAATTTATTTTTTAAA
* * *
20442 TCACGTATTAATTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
65 TCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
** * * * * * *
20507 TTGAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTTAAATAGACAATTATTCAAAT
130 -CAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * *
20572 AGTCGTAACTATTTGAATTTG-TTC-AGTAAACAAATTAATTTTTTTAAA-CT-TT-GTGTATTA
194 AGTCATAACTATTTGAA-CTGATTCGA-TAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACT-TATTA
* * * *
20632 ATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTT-AGATAAGCTTTTACGAATTGAAACAA
255 ATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTATGAATTGAAACAA
20696 TT
318 TT
20698 GTGAATGTTA
Statistics
Matches: 9628, Mismatches: 2203, Indels: 1366
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
326 18 0.00
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331 1 0.00
332 1 0.00
333 3 0.00
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335 1 0.00
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337 1 0.00
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391 7 0.00
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408 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (356 bp):
TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
CTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC
AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
TCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTA
GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTA
TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
Found at i:13745 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 13719--13771 Score: 65
Period size: 18 Copynumber: 3.0 Consensus size: 18
13709 TCAAAAAGTA
*
13719 ATAATAATTTGAAATAG-
1 ATAATTATTTGAAATAGT
13736 ATAATTATTT-AAATAGTT
1 ATAATTATTTGAAATAG-T
*
13754 ATAATTATTTGAACTAGT
1 ATAATTATTTGAAATAGT
13772 TCGGTAAATA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 5
0.82 0.05 0.13
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.19
17 9 0.29
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19 5 0.16
ACGTcount: A:0.45, C:0.02, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (18 bp):
ATAATTATTTGAAATAGT
Found at i:14758 original size:175 final size:180
Alignment explanation
Indices: 13150--14804 Score: 603
Period size: 182 Copynumber: 9.2 Consensus size: 180
13140 ACACTAAAAT
* * * * * * * * *
13150 AATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATAATTTAAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTA
1 AATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAAATATTCAAATAGTCATA
* ** * ** *
13215 ACCATTTGTACTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACT-TATTAA-TTTTTGA
66 ACTATTTCAACTGGTTCAACAAATAAATTTATTTTTTCAAATCTC--A-TGTATTAATTTTTTG-
* * * * * * * *
13277 AATATTATTAAATTATTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTACGAAC-AAAAT
127 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAGTCCAAATAAGCTTGTATGATCTGAAAC
* * * ** * * * *
13330 AATTGTTTTACGATAAAACAAAATGGTCATTACGATTTGAAATAAAT-AATCATTCATATAGTCT
1 AATTGTTATATGACAAAACAAAA-GGTCAGAACAATTTGAAATAGATAAAT-ATTCAAATAGTCA
* * *** * * * * ** *
13394 TAACAATTTGAACCT-GTTTGGCAATTAGATTTATTTTTT-AATTTTTTTGGTTATTAAGTTTTT
64 TAACTATTTCAA-CTGGTTCAACAAATAAATTTATTTTTTCAAATCTCAT-G-TATTAATTTTTT
* ** ** * * *
13457 GAATATTATTAAATTAGTATTA-TTTAGTATAAATAAAATAGTATGAAC-AAAACC
126 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAGTCCAAATAAGCTTGTATGATCTGAAA-C
* * * ** * *
13511 AATTGTT-TCATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGATATCA-ATAATTATTCAAATAGTCA
1 AATTGTTAT-ATGACAAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAAT-AGATAAATATTCAAATAGTCA
* * * **** * * * *
13574 AAACTATTTAAAATGGTTTGGTAAATAGATTTACTTTCT-AAATCTCTTAT-TGATTAATTTTCT
64 TAACTATTTCAACTGGTTCAACAAATAAATTTATTTTTTCAAATCTC--ATGT-ATTAATTTTTT
* * * * * ** * * * **
13637 AAATATTAATATATTAGAATTAATTTATTTTGAACAT-A-CTTATATTAACAAAAAC
126 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-GTCCAA-ATAAGCTTGTATGATCTGAAAC
* * * * * * * * *
13692 AATTATTTTATGA-AAAATCAAAAAGTAATAATAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTAT
1 AATTGTTATATGACAAAA-CAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAAATATTCAAATAGTCAT
* * * *** * * **
13756 AATTATTTGAACTAGTTCGGTAAATAGAA-TTATTTTCT-AAATCTC-T-TA-CAAAATTTTGAA
65 AACTATTTCAACTGGTTCAACAAATA-AATTTATTTTTTCAAATCTCATGTATTAATTTTTTG-A
* * * * * *
13816 ATATTAATAAATTAGTTTTATTATATTTTCGAATAAGCTTGTATGAGCTGAAATC
128 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-GTCCAAATAAGCTTGTATGATCTGAAA-C
* * * * * * * *
13871 -ATTATTTTATGACAAAA-AATAGGT-TGTAATAA-TTGCAAATATA-AAATTGTTCATATAGTC
1 AATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTCAG-AACAATTTG-AAATAGATAAA-TATTCAAATAGTC
* * * * *** *** ** * * *
13931 TTAATTGTTTGAACCAATTTGGCAAATGGATTTATTTTTT-AAGTCTCGTAGTTATTAATTTTTA
63 ATAACTATTTCAACTGGTTCAACAAATAAATTTATTTTTTCAAATCTCAT-G-TATTAATTTTTT
* * * ** * **
13995 GAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCCTAATAAGCTCATATGAACAAAAAC
126 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAGTCCAAATAAGCTTGTATGATCTGAAAC
* * * * * * * *
14050 AATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATA
1 AATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAAATATTCAAATAGTCATA
* * **** * * *
14115 ACTATTTGAACTAGTTTTGGTAAATAGATTTACTTTTT-AAATC-C-T-TATTAA-TTCTTGAAA
66 ACTATTTCAACT-GGTTCAACAAATAAATTTATTTTTTCAAATCTCATGTATTAATTTTTTG-AA
* * * * *
14175 TATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-TTTAAAAAC
129 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAGTCCAAATAAGCTTGTATGATCT-GAAAC
* * * * * * ** * * *
14227 AATTGTTGTATGACAAAGCAAAAAGTAATAATAATTTGAAATA-AGTAGTTGTTCAAATGGCCAT
1 AATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGA-TAAATATTCAAATAGTCAT
* * * **** * * * * *
14291 AA-TCATTTGAGCTAGTTTGGTAAACT-AATTTATTTTTTTATATTTCTTACT-TATTAACTTTC
65 AACT-ATTTCAACTGGTTCAACAAA-TAAATTTATTTTTTCA-A-ATCTCA-TGTATTAATTTTT
** ** * * **** * * *
14353 AAAATATTAATAAGGTAGCATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAAC
125 TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAGTCCAAATAAGCTTGTATGATCTGAAAC
* * * * * *
14409 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATGGATAATTGTTCAAATAGTCATA
1 AATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAAATATTCAAATAGTCATA
* * ****
14474 AGTATTTCAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTCAAATCTCATGCGTATTAATTTTTTGAA
66 ACTATTTCAACTGGTTCAACAAATAAATTTATTTTTTCAAATCTCAT--GTATTAATTTTTTGAA
* *
14539 TGTTAATAAATTAGTATTATTTTAGTCCGAATAAGCTTGTATGATCTGAAAC
129 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAGTCCAAATAAGCTTGTATGATCTGAAAC
* * *
14591 AATTGTTATAT-ATCTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAAATATTCTAATAGTCTT
1 AATTGTTATATGA-CAAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAAATATTCAAATAGTCAT
* * *
14655 AACTATTTGAACTGGTTCAACAAATACA-TT-TTTTTT-AAATCTC-T-TCTTAA-TTTTTGAAA
65 AACTATTTCAACTGGTTCAACAAATAAATTTATTTTTTCAAATCTCATGTATTAATTTTTTG-AA
* *
14714 TATTATTAAATTAGTATTATTTTTA-TCCAAATAAGCTTGTATGATCAGAAAC
129 TATTAATAAATTAGTATTA-TTTTAGTCCAAATAAGCTTGTATGATCTGAAAC
* * * * *
14766 AATTGTTTTATGAGAAAAC-AAAGATCATAACTATTTGAA
1 AATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAA
14805 CTAGTTTGAA
Statistics
Matches: 1148, Mismatches: 261, Indels: 138
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
174 23 0.02
175 63 0.05
176 44 0.04
177 201 0.18
178 29 0.03
179 18 0.02
180 183 0.16
181 268 0.23
182 312 0.27
183 7 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAAATATTCAAATAGTCATA
ACTATTTCAACTGGTTCAACAAATAAATTTATTTTTTCAAATCTCATGTATTAATTTTTTGAATA
TTAATAAATTAGTATTATTTTAGTCCAAATAAGCTTGTATGATCTGAAAC
Found at i:15075 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 14864--15216 Score: 424
Period size: 181 Copynumber: 1.9 Consensus size: 181
14854 GAAATATTGG
* * * * *
14864 TAAAGTAGTATTATTTTATTTTAGATAAGTTTTTATGAACTGAAGCAATTATTTTATGACAAAAT
1 TAAAGTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGTTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAAC
* * * *
14929 AAAAGGTTATAATGACATT-AATAGAA-AATTGTTCAAATAGTC-AAATCTATTTAAACTTGTTT
66 AAAAGGTCAGAATGA-ATTAAATA-AATAATTGTTCAAATAGTCTAAA-CTATTTAAACTAGTTC
* * * *
14991 AATAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTACTCATTGATTTTTCAAATGTCAA
128 AACAAACACATGTATTTTTTAAAATCTCTTACTCATTAATTTTTCAAATGTCAA
* * * *
15045 TAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGTTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACTAAAC
1 TAAAGTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGTTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAAC
* * * * *
15110 GAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAA
66 AAAAGGTCAGAATGAATT-AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCTAAACTATTTAAACTAGTTCAA
** *
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Found at i:16001 original size:181 final size:178
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** * **
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* * * * * *
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* * * * **
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* ** ** * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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** * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * *
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* ** * * *
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* * * * * *
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1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT-GGAAAAAG-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * * * * * *
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* * *
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* * * * *
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1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG---GA-AAAAGTTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TT-TGGAAA-AAGTTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
17474 TTGTCTTATGACAAATCAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAACTGTTT
127 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * *** * * * *
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1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGA-AAA--AGTTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * * *
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* * * * *
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* * ** * * *
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* * * *
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* * ** * * * * * *
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* * * ** * * *
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1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG-AAA-AAGTTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * **
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* * *
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* * * * * * *
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* ** **** ** *
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* * * * *
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* * * * ** * ** * *
18369 TTGATTTATCACAAAATAAATGGTCATAACAATTTGAAATAAATTTTTTTTT
127 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * *** * * * *
18421 AAATAGTCATAACTATTTAAACGTGTTCAAAAAAATAAATTTATTGTTTAAAT-TATTATTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT--TGGAAA-AAGTTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * ** * *
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63 AATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGT-ATGAATAGA-AC
* *
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** * ** * * * *
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* * * *
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* * * * *
18729 ACAATTGTTTTATTACAAAATAAAAGGTCACAATGATTTAAAATAGATAATTATTC
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* * * * * * ** * *
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* * * * * *
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* * * **
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * *** *
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** * * *
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1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGA-AAA-AG-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * * * *
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** *
19262 TT-TTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATCGTTC
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* * * *
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1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG-AAA-A-AGTTT-ATTTTTTAA-ATCTCTTACTTA
** * * * * *
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* * * * * * * * * * **
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* *
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* * * *
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* ** * * * *
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* * * *
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* *
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* ** * * * * *
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* ** * *
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* * * *
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* * * * * *
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1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGG-AAA-AAGTTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * ** * *
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* * * * ** ** * * *
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* *
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* ** * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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GTCATAATTATTTGAAATA
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* * * ** *
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* * * * * * * ***
17043 TTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTTGTTTTATTTTATTCTGAAT-AAGTTACTAAGAATTG
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17106 AATAAATT-ATTT-TACGACGAAACAAAAAAG-TTATAATGATTTGAAATAAAGAATTGTTCACA
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* * * * *** ** * * ** *
17168 TAGCCCTAACTATTTGAATTGATTCAGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAG
124 TAGTCATAACTATTTAAACTCCCTCAATAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCCAAC
* * * * * *
17224 TTATTAATTTTTAAAATATTATTGCAA-TAGTGTTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATGAATAG
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACA-
* * * * * * *
17288 AAA-TAATT-ATTTTATGACATAACA-AAAAG-TTATAACAATTGAAA-AATATAATTGTTCAAA
64 AAAGCAATTGA-TTTATCACA-AA-AGAAAAGATCATAA-ATTTGAAATAA-ATATTTATTGAAA
* * * * *** ** * *
17348 CAGTTATAACTATTTGAGCTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTAC
124 TAGTCATAACTATTTAAACTCCCTCAATAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCCAAC
* * ** **
17404 TTATTAATTTTT-GAAATATTAGTAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATGATGAA
1 TTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACAA
* * ** * * ** * * * *
17468 AAACAATTG-TCTTATGACAAATCAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAACTGTTTAGATGG
65 AAGCAATTGAT-TTATCACAAAAGAAAAGATCATAA--ATTTGAAATAAATATTTATTGAAATAG
* * * ** ** * *
17532 CCATAATTATTTGAACTAACTTGATAAAC-TAATTAATTTTTTAAATCTCTAAC
127 TCATAACTATTTAAACTCCCTCAATAAACAAAATT-ATTTTTTAAATCTCCAAC
* * * * * * *
17585 TTATCAATTTTT-GAAATATTAAT-AAGTAATATTATTTTATTTAGAATAAGA-TTTTCTGGACT
1 TTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-ACTTGTATGAAC-
* * * * * * * * * *
17647 GAAA-CAATT-ATTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAAATATATAATTGTTCAAAT
63 AAAAGCAATTGA-TTTATCACAAAAGAAAAGATCATAA--ATTTGAAATAAATATTTATTGAAAT
* ** ** ** * * * ***
17710 AGTCATAACTATTTGAACTTGCTCGGTAAACTGATTTATTTTTTTAATTTCTTGC
125 AGTCATAACTATTTAAACTCCCTCAATAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCCAAC
* * * * *
17765 TTATTAATTTCCTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAGACATGTATGAGCTG
1 TTATTAATTT-TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAAC-A
* * * * * * * **
17829 AAA-CAATT-ATTTTATAATTAAACA-AAAAG-TTAGAACGATTTGAAA-AAAAAATTGTTCTAA
64 AAAGCAATTGA-TTTATCA-CAAA-AGAAAAGATCATAA--ATTTGAAATAAATATTTATTGAAA
* *** **** * *
17889 TAGTCTTAACTATTTAAACAGGCTTGGCAAACAAATTTATTTTTTGAA--T-C--C
124 TAGTCATAACTATTTAAACTCCCTCAATAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCCAAC
* * * * * * *
17940 TTATTAATTTTT-GAA-A-TAGTAAATTTATTCTAAATAATTTT-CTATGAATACCAA-TTATTC
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTA--GT--ATTATTTTATTTTGAATA--AACTT-GTA
* ** * * * * *
18000 TGAA-TAATTCGTATT-ATTT-TACGACATAACAAAATG-TCATAATGATTTGAAATAGATA-AT
58 TGAACAAAAGC-AATTGATTTAT-C-ACAAAAGAAAA-GATCATAA--ATTTGAAATAAATATTT
* * * *** ** * *
18060 AGCTCAAATAGACATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCAAC
117 A-TTGAAATAGTCATAACTATTTAAACTCCCTCAATAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCCAAC
* * *
18124 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTTTTA-TTT-TTTT-AATAAACTTTTATGAATAGA
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACA-A
* * * *
18186 AA-CAATTGTTTTATGACCAAAGAAAAGATCAT-GATTTGAAATAAATATTTATTGAAATAGTCA
65 AAGCAATTGATTTATCACAAAAGAAAAGATCATAAATTTGAAATAAATATTTATTGAAATAGTCA
***
18249 TAA-TGATTTAAACTCCCTCAATAAACAAAATTATTTTTTAAATCTTTTAC
130 TAACT-ATTTAAACTCCCTCAATAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCCAAC
* * *
18299 TTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAA
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACAAA
* * * * * *
18364 AGCAATTGATTTATCACAAAATAAATGGTCATAACAATTTGAAATAAATTTTTTTTTAAATAGTC
66 AGCAATTGATTTATCACAAAAGAAAAGATCAT-A-AATTTGAAATAAATATTTATTGAAATAGTC
** * * *** *
18429 ATAACTATTTAAACGT-GTTCAA-AAAAATAAATTTATTGTTTAAAT-TATTAT
129 ATAACTATTTAAAC-TCCCTCAATAAACA-AAA-TTATTTTTTAAATCTCCAAC
* * *** * * *
18480 TTATTAACTTTT-GAAATATTAATAAATTTA-TGTTATTTTATTCAAAACAAGCTT-TCATGAAT
1 TTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGT-ATGAAC
* ** * * * * * * * * * * **
18542 AGATCCAATTGCTTTTTGACAAAACAAAA-AGTCATAATGTGTTTAAATAGATAATTGTTCAGGT
63 AAAAGCAATTGATTTATCACAAAAGAAAAGA-TCATAA-AT-TTGAAATAAATATTTATTGAAAT
* ** * * * ***
18606 AGTCATAACTATTTGAACTCTTTCAATAAA-TAGATTCATTTTTTTTAATTCTTTTAC
125 AGTCATAACTATTTAAACTCCCTCAATAAACAAAATT-A--TTTTTTAAATCTCCAAC
* ** * * *
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1 TTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAAC-A
* * * * * * * * * *
18727 AAA-CAATTGTTTTATTACAAAATAAAAGGTCACAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAA
64 AAAGCAATTGATTTATCACAAAAGAAAAGATCATAA--ATTTGAAATAAATATTTATTGAAATAG
* * * * *** * * ***
18791 TCATGACAATTTGAATTTGTTCAGTAAA-AAAATTA-TTTTTAAATATTTTAC
127 TCATAACTATTTAAACTCCCTCAATAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCCAAC
* * * * * * * *
18842 TTATTAA-TTGTGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTAGAATGAGCTTGT-TGAATAG
1 TTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACA-
* * * * * * * *
18905 AAA-TAATT-ATTTTATGACAAAACAAAA-AGTTAT-AA----CAAT--TTA-TTATTCAAATAA
64 AAAGCAATTGA-TTTATCACAAAAGAAAAGA-TCATAAATTTGAAATAAATATTTATTGAAATAG
* * *** *** * ***
18959 TCATAACGATTTAAATTTGTTTGGTAAAC-AATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
127 TCATAACTATTTAAACTCCCTCAATAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCCAAC
* * * * *
19011 TTATTAATTGTCTT--AATATAAATATATTTGTATTATTTTATTTTAAATAAACTTGTATGAATA
1 TTATTAATT-T-TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACA
* * * * * * * * * * *
19074 GAAG-ATATCT-TTTTATGACAAAATAAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAA
64 AAAGCA-AT-TGATTTATCACAAAA-GAAAAGATCATA--AATTTGAAATAAATATTTATTGAAA
** *** ** * *
19137 TAGTCATATTTATTTAAACTTGTTTGATAAAC-AGATTCATTTTTTAAATCTCTTAA-
124 TAGTCATAACTATTTAAACTCCCTCAATAAACAAAATT-ATTTTTTAAATCTC-CAAC
* * * * *
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1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAAC-AA
* * * * * * ** *
19257 AA-TAATT-TTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATCGTTCAAATAGT
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* * * *** *** * *
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* * * * * * * * ** * * *
19365 TTTTTCATTATCAAAATATTAATAAAATAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGGATAGA
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACA-A
* * * * * * * * *
19430 TA-CTATT-ATTTTATAATAGAACA-AAAAG-TAATAATAATTTGTAATAAATAATTACTCAAAT
65 AAGCAATTGA-TTTATCACA-AA-AGAAAAGATCAT-A-AATTTGAAATAAATATTTATTGAAAT
* *** ** *
19491 AGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAA-AAGATTTATTTTTTAAATCT-C--C
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* * *** * * * *
19543 -TATTAATTTTTAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCCAAACAAGCTTATTTGAACAAA
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACAAA
** * * * * ** * * * *
19607 AATATTTGTTTTATGAAAAAACTAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
66 AGCAATTGATTTATCACAAAAGAAAAGATCATAA--ATTTGAAATAAATATTTATTGAAATAGTC
* * ** * * * **
19672 ATAATTATTAAAACT-GGT-AGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTAC
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* * * * *
19722 TTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCTAAATAAGCTAGTATGAATT
1 TTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAA--
* ** * * * * * * *
19785 GAAAA--TTTTGTTTTATAACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
62 CAAAAGCAATTGATTTATCACAAAAGAAAAGATCATAA--ATTTGAAATAAATATTTATTGAAAT
* * ** * * * **
19848 AGTCATAATTATTAAAACT-AGT-AGGT-AATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTAC
125 AGTCATAACTATTTAAACTCCCTCA-ATAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCCAAC
* * * ** *
19901 TTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCTGAATAAGCCAGTATGAATT
1 TTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAA-C
* *** * * * * ** * *
19964 GAAA-TTTTTGTTTTATAACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAACTATTCATATA
63 AAAAGCAATTGATTTATCACAAAAGAAAAGATCATAA--ATTTGAAATAAATATTTATTGAAATA
* * * *** ** * * ** *
20028 GTCTTAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTAG
126 GTCATAACTATTTAAACTCCCTCAATAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCCAAC
* * * * ** *
20082 TTATTAATTTTTAAAATATTATTAGATTACTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA
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* * * * * *
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** * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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*
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* * *
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* ** * * * * * *
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* * ** *
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** * * * * * * *
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* * * * * * * * * **
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* * * * ** *
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* * * * * * * *
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** * * * * * * * *
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* *
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* * * ** * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * **
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* * * *
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* * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * ** *
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*
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22618 TCGATAAACA
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*
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*
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1 A
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ATTTATTATTTTCAAATTCT
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* *
22366 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATAAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAAC
1 TTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTATAAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAAC
* ** * *
22431 AACCTTGTATGA-ATAGAAACAATTATTTTAT-TACAAAA-AAAA-GTTATAACAATTTGAAATA
66 AAACTAATATGAGAT-GAAACAATTACTTTATGT-CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
* *
22492 AATAATTATTTAAATAGTCATAACAATTTGACCT-TA-TTCAATAAACATATTTATTTTTCAAAT
129 AATAATTATTCAAATAGTCATAACAATTTGA--TATAGTTCAACAAACATATTTATTTTTCAAAT
** *
22555 CTTTT-ACTTACTAATTATCCTAATATTAATAAATTTA-TATTATTTT-ATTTGAAATAAGCTTG
192 CTTTTGACTTACTAATTATCAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAATCTG-AATAAGCTTG
22617 TTCGATAAACAAAT
255 TTCGATAAACAAAT
* * ** * *
22631 TTTTTTAAAATCTCTTAATTATTAAATTTTGA-AATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTTGA
1 TTTTTT-AAATCTCTTAATTATT-AATTATAAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGA
* * * * * **
22695 ATAAACTAATATGAGCTTAAATAATTCCTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
64 ACAAACTAATATGAGATGAAACAATTACTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
* * * * * * * *
22760 GATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATATAGTTTAGCAAACATATTTATTTTTTAATTTT
129 AATAATTATTCAAATAGTCATAACAATTTGATATAGTTCAACAAACATATTTATTTTTCAAATCT
* *
22825 TTTGACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGT
194 TTTGACTTACTAATTATCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGT
22887 ATGAATAGAA
Statistics
Matches: 210, Mismatches: 35, Indels: 18
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
265 6 0.03
266 70 0.33
267 14 0.07
268 72 0.34
269 44 0.21
270 4 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.07, T:0.44
Consensus pattern (268 bp):
TTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTATAAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAAC
AAACTAATATGAGATGAAACAATTACTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAA
TAATTATTCAAATAGTCATAACAATTTGATATAGTTCAACAAACATATTTATTTTTCAAATCTTT
TGACTTACTAATTATCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTTCGAT
AAACAAAT
Found at i:23134 original size:177 final size:176
Alignment explanation
Indices: 22649--23156 Score: 486
Period size: 182 Copynumber: 2.8 Consensus size: 176
22639 AATCTCTTAA
* * * * **
22649 TTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTTGAATAAACTAATATGAGCTTA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTATATGAACAAA
* ** * *
22714 AATAATTCCTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
66 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAATCAAATAGTC
* * * * * *
22779 ATGACTATTTGATATAGTTTAGCAAACATATTTATTTTTTAATTTTT
131 ATAACTATTT-AAATGGTTTAGCAAACAGATTTATTTTTTAAATATT
* * * * *
22826 TTGACTT-ATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATG
1 TT-A-TTAATT--TT-T-GAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTATATG
* * * ** * * * *
22890 AATAGAAACAATTATCTTATATTAGGATA-AAAA-GTCATAAT-AGTTTGAAAAAAATAATTTAT
60 AACAAAAACAATTAT-TT-TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTAAT
* *
22952 CAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTT-GATAAATAGATTTATTTTTTAAATATT
122 CAAATAGTCATAACTATTTAAA-TGGTTTAG-CAAACAGATTTATTTTTTAAATATT
* ** *
23008 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTGGTATTACCTTATTCTGAACAAACTTATATGAACAAA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTATATGAACAAA
* * **
23073 AACACTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTC
66 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAATCAAATAGTC
*
23138 ATAATTATTTAAATTGGTT
131 ATAACTATTTAAA-TGGTT
23157 AGGTAAACAT
Statistics
Matches: 261, Mismatches: 55, Indels: 30
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 6 0.02
176 6 0.02
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178 5 0.02
179 4 0.02
180 4 0.02
181 9 0.03
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183 6 0.02
184 5 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (176 bp):
TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTATATGAACAAA
AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAATCAAATAGTC
ATAACTATTTAAATGGTTTAGCAAACAGATTTATTTTTTAAATATT
Found at i:23176 original size:177 final size:177
Alignment explanation
Indices: 22649--23178 Score: 503
Period size: 177 Copynumber: 3.0 Consensus size: 177
22639 AATCTCTTAA
* * * * **
22649 TTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTTGAATAAACTAATATGAGCTTA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTATATGAACAAA
* ** * *
22714 AATAATTCCTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
66 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAATCAAATAGTC
* * * * * * *
22779 ATGACTATTTGATATAGTTTA-GCAAACATATTTATTTTTTAATTTTT
131 ATAACTATTT-AAATTGGTTAGGTAAACATATTTATTTTTTAAATATT
* * * * *
22826 TTGACTT-ATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATG
1 TT-A-TTAATT--TT-T-GAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTATATG
* * * ** * * * *
22890 AATAGAAACAATTATCTTATATTAGGATA-AAAA-GTCATAAT-AGTTTGAAAAAAATAATTTAT
60 AACAAAAACAATTAT-TT-TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTAAT
* * * * *
22952 CAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATATT
122 CAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGTTAGGTAAACATATTTATTTTTTAAATATT
* ** *
23008 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTGGTATTACCTTATTCTGAACAAACTTATATGAACAAA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTATATGAACAAA
* * **
23073 AACACTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTC
66 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAATCAAATAGTC
* **
23138 ATAATTATTTAAATTGGTTAGGTAAACATAAATATTTTTTA
131 ATAACTATTTAAATTGGTTAGGTAAACATATTTATTTTTTA
23179 TATCTCTTAC
Statistics
Matches: 274, Mismatches: 65, Indels: 28
0.75 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 6 0.02
176 6 0.02
177 116 0.42
178 5 0.02
179 4 0.01
180 4 0.01
181 11 0.04
182 111 0.41
183 6 0.02
184 5 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTATATGAACAAA
AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAATCAAATAGTC
ATAACTATTTAAATTGGTTAGGTAAACATATTTATTTTTTAAATATT
Found at i:23196 original size:35 final size:36
Alignment explanation
Indices: 23157--23227 Score: 135
Period size: 36 Copynumber: 2.0 Consensus size: 36
23147 TAAATTGGTT
23157 AGGTAAACATAAATA-TTTTTTATATCTCTTACTTA
1 AGGTAAACATAAATATTTTTTTATATCTCTTACTTA
23192 AGGTAAACATAAATATTTTTTTATATCTCTTACTTA
1 AGGTAAACATAAATATTTTTTTATATCTCTTACTTA
23228 TTAATTTTTG
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 0, Indels: 1
0.97 0.00 0.03
Matches are distributed among these distances:
35 15 0.43
36 20 0.57
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.06, T:0.46
Consensus pattern (36 bp):
AGGTAAACATAAATATTTTTTTATATCTCTTACTTA
Found at i:23637 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 23208--24231 Score: 545
Period size: 181 Copynumber: 5.7 Consensus size: 181
23198 ACATAAATAT
* * * *
23208 TTTTTTATATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAA
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAAATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCGAA
* *
23272 TAAGCTAGTATAAACTGAAAAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGGTCATAACATTTTGAAATGA
65 TAAGCTTGTATAAACTGAAAAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATGA
* * *
23337 ATAATTATTCATACAGTCTTAAATATTTGAGATGGTTCAATAAACAAATTTA
130 ACAATTATTCAAACAGTCTTAAATATTTGAGATAGTTCAATAAACAAATTTA
* * * * * * *
23389 -TTTTTAATTATCTTAGTTATTAA-TTATAAAAATATTAGTAGATTAGTATTATTTTATTCCGAA
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAA
* * * * * *
23452 TAAGCTTGTATTAA-TAGAAATAATTGTTTTGTGATAGAAC-AAAAGGTTATAACAATTTGAAGT
65 TAAGCTTGTATAAACT-GAAA-AATTATTTTATGATAAAACAAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * * *
23515 -ATACAATTATTCAAATAGT-TATAACTATTTGA-ACTAGTTTAGTAAACAAATTTA
128 GA-ACAATTATTCAAACAGTCT-TAAATATTTGAGA-TAGTTCAATAAACAAATTTA
* * *
23569 TTTTTTAAATCTCTTATTTATCAATTTTTGAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAAT
** * * * * ** * * *
23634 AAGCTTAAATGATC-AAAAACATT-TGTTATAAGACCAAAC-AAAAGGTAATAACGATTTAAAAT
66 AAGCTTGTATAAACTGAAAA-ATTAT-TT-TATGATAAAACAAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * * * * * * *
23696 -AGATAATT-TTTAAA-ATGGCTATAATTATTTGAAAT-GATTCGATAAACAGATTCA
128 GA-ACAATTATTCAAACA-GTCT-TAAATATTTGAGATAG-TTCAATAAACAAATTTA
* * * * ** * **
23750 CTTTTTAAATCACTTA--TA-CAATTTTTGGAATTTTAATAAATTTGTATTATTTTATTTTGAAT
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAAT
* * * * ** * *
23812 AAGCTTGTACT-ATCT-AAAACATTTTTTTATGACAAAAC-AAAAGATCATAATGATTTTACAT-
66 AAGCTTGTA-TAAACTGAAAA-ATTATTTTATGATAAAACAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATG
* * ** * * * * * *
23873 AGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTAGTTGA-ACTTGTTCGATAAATAGATTTA
129 A-ACAATTATTCAAACAGTCTTAAATATTTGAGA-TAGTTCAATAAACAAATTTA
* ** * * *
23927 TTTTTTTAAATATCCTT-CTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCA
1 -TTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAA-TTTTTGAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCG
* * * * * * * *
23990 AATAAGCTTATATGAACTGAAACAATT-GTTTATAACT-AAAC-AAAAGGTAAGAACGATTTCAA
63 AATAAGCTTGTATAAACTGAAA-AATTATTTTATGA-TAAAACAAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * * ** * * * * *
24052 ATGGATAATTGTTTTAATAGTCTTAACTATATGA-ATTGATTCAA-AAA-AAAATTA
126 ATGAACAATTATTCAAACAGTCTTAAATATTTGAGATAG-TTCAATAAACAAATTTA
* * * * *
24106 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTCAT-AAATATTATTAAATTTA-TATTATTTTTAATCTG
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TTGAAAAATTAATAAA-TTAGTATTA-TTTTATTCCG
** * * * **
24169 AATAAGCTTGTACGAAC--AAAATTTTTTTTTAAGATAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAA
63 AATAAGCTTGTATAAACTGAAAA-ATTATTTTATGATAAAACAAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
24231 T
127 T
24232 AGATAATCGT
Statistics
Matches: 665, Mismatches: 134, Indels: 91
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
176 2 0.00
177 71 0.11
178 138 0.21
179 50 0.08
180 144 0.22
181 239 0.36
182 20 0.03
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAAT
AAGCTTGTATAAACTGAAAAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATGAA
CAATTATTCAAACAGTCTTAAATATTTGAGATAGTTCAATAAACAAATTTA
Found at i:23970 original size:359 final size:358
Alignment explanation
Indices: 23506--24353 Score: 831
Period size: 359 Copynumber: 2.4 Consensus size: 358
23496 GGTTATAACA
* * * * * * * *
23506 ATTTGAAGTATACAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAAATTTA-T
1 ATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAATAGATTTATT
* * * *
23570 TTTTTAAATCTCTTATTTATCAATTTTTGAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAAT
66 TTTTTAAATATCTTACTTATCAATTTTTGAAAAATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTC-AAAT
* * *
23634 AAGCTTAAATGATCAAAAACATTTG-TTATAAGACCAAACAAAAGGTAATAACGATTTAAAATAG
130 AAGCTTAAATGAACAAAAACAATTGTTTAT-A-ACCAAACAAAAGGTAAGAACGATTTAAAATAG
* * * * *
23698 ATAATT-TTTAAA-ATGGCTATAATTATTTGAAATGATTCGATAAACAGATTCACTTTTTAAATC
193 ATAATTGTTTAAATA-GGCT-TAACTATATGAAATGATTC-AAAAAAAAATT-ACTTTTTAAATC
* * * * * *
23761 ACTTA-TA-CAATTT-TTGGAATTTTAATAAATTTGTATTA-TTTTATTTTGAATAAGCTTGTAC
254 ACTTACTATCAATTTCAT-AAATATTAATAAATTTATATTATTTTTAATCTGAATAAGCTTGTAC
* * *
23822 TATCTAAAACATTTTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATG
318 GAAC-AAAACATTTTTTTAAGACAAAACAAAAGATCATAATG
* * * * *
23864 ATTTTACATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTAGTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATT
1 ATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAATAGATTTATT
* **
23929 TTTTTAAATATCCTT-CTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCAAA
66 TTTTTAAATAT-CTTACTTATCAA-TTTTTGAAAAATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCAAA
* ** * * *
23992 TAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTATAACTAAACAAAAGGTAAGAACGATTTCAAATGGA
129 TAAGCTTAAATGAACAAAAACAATTGTTTATAACCAAACAAAAGGTAAGAACGATTTAAAATAGA
* * * * *
24057 TAATTGTTTTAATAGTCTTAACTATATGAATTGATTCAAAAAAAAATTATTTTTTAAATCTCTTA
194 TAATTGTTTAAATAGGCTTAACTATATGAAATGATTCAAAAAAAAATTACTTTTTAAATCACTTA
* *
24122 CTTATTAATTTCATAAATATTATTAAATTTATATTATTTTTAATCTGAATAAGCTTGTACGAACA
259 C-TATCAATTTCATAAATATTAATAAATTTATATTATTTTTAATCTGAATAAGCTTGTACGAACA
** * *
24187 AAATTTTTTTTTAAGATAAAACAAAAGGTCATAATG
323 AAACATTTTTTTAAGACAAAACAAAAGATCATAATG
* * * ** * *
24223 ATTTGAAATAGATAATCGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTCA-TTCAACAATTAGATTTAT
1 ATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACT-AGTTCAATAAATAGATTTAT
* * * ** * * * * * *
24287 TTTTTTAATTTTTTTGGTTATTAA-GTTTCAAAATATTATTAAATTAGCATTATTTTATTTCAAA
65 TTTTTTAAATATCTTACTTATCAATTTTTGAAAA-ATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCAAA
24351 TAA
129 TAA
24354 ATAGTATGAA
Statistics
Matches: 397, Mismatches: 77, Indels: 31
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
356 15 0.04
357 11 0.03
358 106 0.27
359 224 0.56
360 41 0.10
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (358 bp):
ATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAATAGATTTATT
TTTTTAAATATCTTACTTATCAATTTTTGAAAAATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCAAATA
AGCTTAAATGAACAAAAACAATTGTTTATAACCAAACAAAAGGTAAGAACGATTTAAAATAGATA
ATTGTTTAAATAGGCTTAACTATATGAAATGATTCAAAAAAAAATTACTTTTTAAATCACTTACT
ATCAATTTCATAAATATTAATAAATTTATATTATTTTTAATCTGAATAAGCTTGTACGAACAAAA
CATTTTTTTAAGACAAAACAAAAGATCATAATG
Found at i:25918 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 24729--26053 Score: 1119
Period size: 176 Copynumber: 7.4 Consensus size: 181
24719 CTGAAATAAT
* * * **
24729 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATTGTCTTAACTATTTGAACTAATTTAG---A-AGATTT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGA-TT
* * * *
24790 TATTTTTTAAATCTCATAG-TTATGAA-TTTTCATAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TTT
65 TATTTTTTAAATCTC-TTGCTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* * * * *
24852 GAATAAACTTGTATGAACAT-AAATAATTGA-TTTATGA-AGAACAAAAGCTTATA
128 GAATAAGCTTGTATGAAC-TGAAACAATT-ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
** * * * * * *
24905 ACAATTTGAAATAGATAATTGGTCAAATAGTCAGAACTATTTAAACTGGTTTGGTAAACAAATTT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTT
* ** * **
24970 ATTTTTTAAA--T-TT-CTTATCAATTCGTAAAATATTAATAAATTAG---TA-TTT-TTTCCAA
66 ATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
* **** * * * *
25026 TAAGCTTGAATGTTGAGAAACAATTATTTTCTGATAAAATAAAAGGTAATA
131 TAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * **
25077 ATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAAC-TGATTTGGTAAATTGATT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTAGTAAACAGATT
* * * *
25141 TATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTATTACTATTTTATTTTGG
65 TATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
* * * *
25206 ATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATA
130 ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * *
25258 ATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATCGTAACTATTTAAACTTGTTCAATAAATAGATTT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTT
* *
25323 ATTTTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTTATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
66 A--TTTTTT-AAATCTCTTGCTTA-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* *
25387 TGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA--TCTTAA
127 TGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-A
* * * * * ** * * *
25441 ATGATTTGAAATCGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACTAATTCAGCAAACACATTT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTT
* * * *
25506 ATTTTTTAAA--TC-T-CTTACTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCTAA
66 ATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGA
* ** * ** *
25566 ATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTTTTTTATGACAAAA-TGAAGATCATA
130 ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
*** ** * * * * * * * * *
25617 GCAAACTGAGATTGATATTTGTTCAAATTGTTATAACTATTTGAA-TTGGTTCGAAAACCAGCTT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAA-CAGATT
* * * *
25681 TAGTTTTTAAATCTCTTGCCTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGA
65 TATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
* * *
25746 ATAAGTTTTTATGAGCTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
130 ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * *
25798 ATGATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATATCTATTTGAGCTTGTTTGGTAAACATATTT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTT
* * * *
25863 ATTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTTCG
66 ATTTTTT-AAATCTCTTGCTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
*** * * * *
25927 AATAAGCTTGTATGGGTTGAAATAATTATTTTATGACTAATCAAAAGGTCAGA
129 AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
** * * * * * *
25980 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTAGCAAAATACATT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAGATT
26045 TATTTTTTA
65 TATTTTTTA
26054 TTATTAAATT
Statistics
Matches: 904, Mismatches: 204, Indels: 76
0.76 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.00
171 31 0.03
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174 1 0.00
175 41 0.05
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178 4 0.00
179 17 0.02
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183 80 0.09
184 82 0.09
185 9 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (181 bp):
ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTT
ATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
TAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
Found at i:26582 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 26052--26645 Score: 665
Period size: 180 Copynumber: 3.3 Consensus size: 181
26042 ATTTATTTTT
* * * * **
26052 TATTATTAAATTAGTATTATCTTAATTTGAATAAGCTAATATGAA-AAGAAACAATTGTTCT-AC
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAA-AAACAATTGTT-TGAC
* * ** * * * *
26115 GACAAAA-TAAAGATTGTAATGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
64 AACAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAAGAGTCATAACTATTTGAAC
* * *
26179 TAGTTTGGTAAACAGATTTAGTTTTT-AA--ATCT-CTTATTAATTTTTAAAA
129 TTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTATCTACTTATTAATTTTTAGAA
* * ** * *
26228 TTTTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTACAA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTGACAA
* * * * *
26293 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATG-GACATGACTATTTGAATT
66 CAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAA-GAGTCATAACTATTTGAACT
* * * *
26357 TGTTTTGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-CCTACCTATTAATTTTTAGAA
130 TGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TATCTACTTATTAATTTTTAGAA
***
26409 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTGATC-
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTGA-CA
* *
26473 AC-AAACAAAAGATCATAACT-ATTTAAAATAAATAATTATTCAAAGAGTCATAACTATTAGAGC
65 ACAAAACAAAAGATCATAA-TGATTTAAAATAAATAATTATTCAAAGAGTCATAACTATTTGAAC
* *
26536 TTGCTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTATTTACTTATTAATTTTT-GAAA
129 TTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTATCTACTTATTAATTTTTAG-AA
* *
26589 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTG
26646 GTTTATGACA
Statistics
Matches: 350, Mismatches: 54, Indels: 24
0.82 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.00
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178 2 0.01
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182 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTGACAA
CAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAAGAGTCATAACTATTTGAACTT
GTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTATCTACTTATTAATTTTTAGAA
Found at i:27077 original size:176 final size:178
Alignment explanation
Indices: 26739--27179 Score: 509
Period size: 176 Copynumber: 2.5 Consensus size: 178
26729 ATAAATTTGC
* * * *
26739 ATGAACAAAAATAATAT-T-TTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGACAATTGT
1 ATGAACAAAAACAAT-TGTATTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
* **
26802 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTACTCATT
64 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTCATTTTAAAAATCTCTACTCATT
* * * *
26867 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATCAA-CCTAT
129 AA-TTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAAT-AAGCCTAT
* * * ** *
26918 ATGAACTAATACAATTGTTTTATTTCAAAACAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA-TATTC
1 ATGAACAAAAACAATTGTATTATGACAAAACAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * *
26982 AAATAGTTATGACTATTTGGACTTGTTTGATAAACATATTTATTTTAAAAATCTTTTACTTATT-
66 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTCATTTTAAAAATC-TCTACTCATTA
* *
27046 A-TTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGT
130 ATTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCCTAT
** * *
27094 ATGAACAAAAACAATTGTATTATGACAAAACAAAAATCATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTC
1 ATGAACAAAAACAATTGTATTATGACAAAACAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
27159 AAATCA-TCATAACTATTTGAA
66 AAAT-AGTCATAACTATTTGAA
27180 TTTATATAGC
Statistics
Matches: 218, Mismatches: 38, Indels: 14
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
175 2 0.01
176 88 0.40
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179 46 0.21
180 10 0.05
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (178 bp):
ATGAACAAAAACAATTGTATTATGACAAAACAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTCATTTTAAAAATCTCTACTCATTAA
TTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCCTAT
Found at i:27241 original size:165 final size:165
Alignment explanation
Indices: 27052--27349 Score: 399
Period size: 165 Copynumber: 1.8 Consensus size: 165
27042 TATTATTTAA
* *
27052 AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCT-GAATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTGTATT
1 AATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATCTGGAATAAGCTTGTACGAACAGAAAA-AATTAT-TT
27115 ATGACAAAACAAAAA-TCATAACGATTT-AAAATAAATAATTGTTCAAATCA-TCATAACTATTT
63 ATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAAA-AAATAATTGTTCAAAT-AGTCATAACTATTT
*
27177 GAATTTATATAGCAAACAAATTTTTTTTTATTAATTGTCT
126 GAACTTATATAGCAAACAAATTTTTTTTTATTAATTGTCT
** * * * *
27217 AATATTAATAAATTTGTGTTATTTTATTTGGAATAAGCTTGTCCGAATAGAAAAAATTATTTATG
1 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATCTGGAATAAGCTTGTACGAACAGAAAAAATTATTTATG
* * * *
27282 ACAAAACAAAAAGTTATAGCGATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAGTATTTGAACT
66 ACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAAAAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
27347 TAT
131 TAT
27350 TTAGTGAAAA
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 13, Indels: 10
0.83 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
164 21 0.18
165 86 0.75
166 8 0.07
ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (165 bp):
AATATTAATAAATTAATATTATTTTATCTGGAATAAGCTTGTACGAACAGAAAAAATTATTTATG
ACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAAAAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
TATATAGCAAACAAATTTTTTTTTATTAATTGTCT
Found at i:27621 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 27596--27635 Score: 80
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
27586 AAGATTATAT
27596 GAACATAAACAATTGTTTTA
1 GAACATAAACAATTGTTTTA
27616 GAACATAAACAATTGTTTTA
1 GAACATAAACAATTGTTTTA
27636 TGACAAAACG
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 20 1.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.10, G:0.10, T:0.35
Consensus pattern (20 bp):
GAACATAAACAATTGTTTTA
Found at i:28964 original size:357 final size:358
Alignment explanation
Indices: 27702--29719 Score: 1680
Period size: 357 Copynumber: 5.7 Consensus size: 358
27692 ACAAAAGGTT
* * * * * * * *
27702 ATAACAATTTAAAATATATAATTGTTCAATTAGTCAAAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAAA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGA
* ** * * *
27767 TTTATTTTTTAATTCTCCTACTTA-TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTGTATTCC
66 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* ** * * *
27831 GAAT-AGGCTTGTATGATGAAAAACAATTG-TTTATTGACAAAACAAAAGTTAATAATGATTTGA
131 GAATAATGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * **
27894 AATAGATAATTATTCAAATGGTCATAATTATTTGAACTGATTCGATAAACCGATTTATGTTTTAA
195 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG-TTCAAAAAACAAATTTAT-TTTTAA
* * * * * *
27959 ATC-TCTAACTTATCAATTTGTATAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTT
258 ATCTTC-AACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
* * * * *
28023 TATGAACT-GAAACAAATGTTTCATGATAAAATAAAAGCTC
322 TATGAA-TAG-AA-AAATTTTTTATGACAAAA-CAAAGATC
* * *
28063 ATAACGATATT-AAATAGATAATTGCTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC--
1 ATAACAAT-TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAG
* * *
28125 ATTT-TTTTTTTAAT-TTCTTACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT
65 ATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * *
28188 TTGAATAA-GCATGTATGAGCTA-AATCAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTT
129 TCGAATAATGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * ****
28251 AAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGTTTTGGCAAACAAATTTATTTTTT
193 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG-TTCAAAAAACAAATTTA-TTTTT
* * * * ** * * * *
28316 AAGTCCTT--ACTTATTAATGTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCGAATAAACT
256 AAAT-CTTCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCT
** * * *
28379 TGTAAAAATAGAAATAAATGTTTTAGGACGAAACAAAGATC
320 TGTATGAATAG-AA-AAATTTTTTATGACAAAACAAAGATC
** * * * * * *
28420 ATAATGATTTGAGATAGGTAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAAAAGA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGA
** * * *
28485 TTTAGGTTTTAAATC--TT--TTATTAA-TTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
66 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * ** * *
28545 GAATAA--CTTTGTATGAATAGGAACAATTGTTTTACAACAAAAAAAAATGTCATAATGATTTGA
131 GAATAATGC-TTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * * *
28608 AATAGATAA-TAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTCCAAAAAATAGATTAATGTTTTA
195 AATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCAAAAAACAAATTTAT-TTTTA
* *
28672 AATCTTCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTG
257 AATCTTCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
*
28737 TAT-AATAGAAAAATTATTTATGACAAAACAAAGGATC
322 TATGAATAGAAAAATTTTTTATGACAAAACAAA-GATC
* * * * * * *
28774 ATAACAATTTGAAATAAACAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTCGTTTGATAAACATA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGA
** * *
28839 -TTATTTTAAAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATGAGTATTATTTTATTTG
66 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * * * *
28902 GAATAATG-TTTTTTGAACAGAAACAACTGGTTTATGAAAAAACAAATGGTCATAACGATTTGAA
131 GAATAATGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* *
28966 ATAGATAATTATTTAAATAGTCA-AACTATTTGAATGTGTTCAAAAAATAAATTTATTTTTAAAA
196 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-TGTTCAAAAAACAAATTTATTTTT-AAA
** * * * * *
29030 T-TTTTACTTATTAATTTTTGGAACATTAATAAATTTATATTATTTTATTT-GAAATAAGCTCGC
259 TCTTCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGT
* * *
29093 ATGAACAG---AATTGTTTTATGACAAACCAAAAAGTC
323 ATGAATAGAAAAATT-TTTTATGACAAAACAAAGA-TC
*** * * * * *
29128 ATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTTATAACTATTTGAACTTATTTGGCAAACAGA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGA
* **
29193 TTTATTTTTTTAATTCCCTTACTCT-TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
66 TTTA-TTTTTTAAATCTTTTACT-TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * ** ** * * *
29257 TCTAAT-ACGCTTAAATGAATTGAAATAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTG
129 TCGAATAATGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * ****
29321 AAGTAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTAAATTTGTT--TGGTA-AAA-TT-TTTTT-A
194 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCAAAAAACAAATTTATTTTTAA
** * * * * *
29380 ATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTCGT
258 ATCTTCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGT
* * * *
29445 ATGGACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAGAAAGTC
323 ATGAATAGAAA-AATT-TTTTATGACAAAACAA-AGA-TC
* * * *
29485 ATAAGAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGA
*
29550 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATT
66 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* ** * * ***
29613 T-GAAATAA-GCTTGTATGAACA-AAAAAATCATTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAGCAATTC
129 TCG-AATAATGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT-
* * * * *
29675 T-AAATCGATAATTGTTCAAATGGTCATAATTATTTAAACTTGTTC
192 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTC
29720 GGTAAATCAT
Statistics
Matches: 1338, Mismatches: 262, Indels: 119
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
351 3 0.00
352 59 0.04
353 39 0.03
354 139 0.10
355 260 0.19
356 200 0.15
357 331 0.25
358 97 0.07
359 140 0.10
360 15 0.01
361 53 0.04
362 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (358 bp):
ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGA
TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
GAATAATGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTCAAAAAACAAATTTATTTTTAAATC
TTCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG
AATAGAAAAATTTTTTATGACAAAACAAAGATC
Found at i:28964 original size:533 final size:531
Alignment explanation
Indices: 27695--29718 Score: 1675
Period size: 533 Copynumber: 3.8 Consensus size: 531
27685 CTATAGAACA
* * * * * * *
27695 AAAGGTTATAACAATTTAAAATATATAATTGTTCAATTAGTCAAAACTATTTGAACTAGTTCGAT
1 AAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGAT
* * *
27760 AAACAAATTTATTTTTTAATTCTCCTACTTA-TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
66 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * ** * * * *
27824 GTATTCCGAATAGGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTATTGACAAAACAAAAGTTAATAATGA
130 TTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATGGTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
* * * * **
27889 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTCATAATTATTTGAAC-TGATTCGATAAACCGATTTATG
194 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTAGGTAAAAAGATTTATG
* * *
27953 TTTTAAATCTCTAACTTATCAA-TTTGTATAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTG-AAT
258 TTTTAAATCT-T-A-TTATTAATTTTGTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAAT
* * * * * * *
28016 AAGCTTTTATGAACT-GAAACAAATGTTTCATGATAAAATAAAAGCTCATAACGATATT-AAATA
318 AAGCTTGTATGAA-TAGGAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAG-TCATAATGAT-TTGAAATA
* * * ** * * *
28079 GATAATTGCTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATTTTTTTTTTAATTTCTT
380 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTAGAAAAAGATTATTTTTTTAA-ATCTT
* * * * *
28144 -ACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAGC
444 CACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA-A
* *
28208 TA-AATCAATTATTTTATGACTAAAC
508 TAGAA-AAATTA-TTTATGACAAAAC
* ** * *
28233 AAAAGGTCAAAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGTTTTG
1 -AAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTG
** * * * * * *
28297 GCAAACAAATTTATTTTTTAAGTC-CTTACTTATTAATGTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATA
64 ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * ** * * * * * *
28361 TTTTACTCCGAATAAACTTGTAAAAATAGAAATAAATGTTTTAGGACGAAAC-AAAGATCATAAT
128 TTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAA-CAATGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * * *
28425 GATTTGAGATAGGTAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAAAAGATTTAG
192 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTAGGTAAAAAGATTTAT
*
28490 GTTTTAAATCTT-TTATTAATTTTG-AAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAA-
257 GTTTTAAATCTTATTATTAATTTTGTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAG
**
28551 CTTTGTATGAATAGGAACAATTGTTTTACAACAAAAAAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATA
321 C-TTGTATGAATAGGAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATA
* * * * * * * *
28616 ATAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTCCAAAAAATAGATTAATGTTTTAAATCTTCAA
384 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT-TAGAAAA-AGATTATTTTTTTAAATCTTC-A
*
28681 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTAT-AATAG
446 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAG
28745 AAAAATTATTTATGACAAAAC
511 AAAAATTATTTATGACAAAAC
* * * * *
28766 AAAGGATCATAACAATTTGAAATAAACAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTCGTTTGA
1 AAAGG-TCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA
* ** * ** *
28831 TAAACATA-TTATTTTAAAAATCTTTTACTTATTAATTTTGGAATATTAATAAATGAGTATTATT
65 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
** * * * * *
28895 TTATTTGGAATAATG-TTTTTTGAACAGAAACAACTGGTTTATGAAAAAACAAATGGTCATAACG
130 TTATTCCGAATAA-GCTTGTATGAACAGAAACAA-TGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * *
28959 ATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCA-AACTATTTGAA-TGTGTTCA--AAAAATAAATTT
193 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTT-AGGTAAAA-AGATTT
* * *
29020 AT-TTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTT-TGGAACATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGA
255 ATGTTTT-AAA-TCTTA-TTATTAATTTTGT-AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTGA
* * * * *
29082 AATAAGCTCGCATGAACA-G---AATTGTTTTATGACAAACCAAAAAGTCATAATGTTTTGAAAT
315 AATAAGCTTGTATGAATAGGAACAATTGTTTTATGACAAA-AAAAAAGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * * *
29143 AGATAATTGTTTAGATAGTTATAACTATTTGAACTTATTTGGCAAACAGATTTATTTTTTTAATT
379 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTAG-AAAAAGA-TTATTTTTTTAAAT
* * * **
29208 CCCTT-ACTCT-TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCTAATACGCTTAA
441 --CTTCACT-TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGT
* * * *
29271 ATGAATTGAAATAATTGTTTTATTACAAAAGA
503 ATGAATAGAAA-AATT-ATTTATGACAAAA-C
** * * * * * *
29303 AAAGGTCATAATGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTAAATTTGTTTGGT
1 AAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGAT
* * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * *
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256 TGTTTTAAATC--TTA-TTATTAATTTTGTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAAT
* * * ** * * * *** *
29619 AAGCTTGTATGAACA-AAAAAATCATTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAGCAATTCT-AAATCG
318 AAGCTTGTATGAATAGGAACAATTGTTTTATGACAAA-AAAAAAGTCATAATGATT-TGAAATAG
* * *
29682 ATAATTGTTCAAATGGTCATAATTATTTAAACTTGTT
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Statistics
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TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTAGGTAAAAAGATTTATGTTT
TAAATCTTATTATTAATTTTGTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGT
ATGAATAGGAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTAGAAAAAGATTATTTTTTTAAATCTTCACTTATTAATT
TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAATTATT
TATGACAAAAC
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* * **
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* * * * *
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* * * **
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* * * * * *
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* * * * * * * **
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* *
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* * * * *
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* ** * *
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**** * * *
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* * * *
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*
28413 AAAGATCATAATG
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* * * * **
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* *
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* *
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*
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* * *
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* *
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* * * **
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* * * * *
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* * *
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* ** * *
28999 A-TGTGTTCAAAAAATAAATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAACATTAATAAA
575 ATTGT-TTCAAAAAACAAATTTATTTTTAAAATCCTTACTTATTAATGTTTAGAACATT-ATAAA
* * ** * ** *
29063 TTTA-TATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTCGCATGAACAG-AAT-TGTTTTATGAC-AAACCAAA
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29123 AAGTCATAATG
701 AA-TCATAATG
* * * *
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*
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* ** * * * * *
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* * * ***** **
29327 ATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTAAATTTGTTTGGTAAA-ATT-T-TTTT-AATCTTTTA
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* * * * * *
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255 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAG
* * *
29453 AAACAATTGTTTTATGATAAAAC-AAGAAAGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATA
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* *
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382 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATA-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T
* * * * * *
29582 CTTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAA-AAATCATT
445 -TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGGAATAAGCATGTATGAACTAAAACAACT-AGT
* * * * * * * * * * *
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508 TTATGAAAAAACAAAAGGTCAAAACGATT-TAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTA-AACTAT
* ** * ** *
29708 TTAAACTTG-TTCGGTAAATCATTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAATATAGTATTATAT
571 TTGAA-TTGTTTC-AAAAAACA---AA-T-TT-ATTTTT---A-A--AATCCT-TA--CTTAT-T
* * * * * *
29772 AATTATTTA-AACTTATTCGGTAAA--TAG-ATTCATTTTTAAAATCTCCTAATTATTAATTTTT
618 AA-TGTTTAGAAC--ATT--ATAAATTTAGCAAT-A-TTTT---A-CTCCGAA-TA--AA--CTC
* * * * ** * * * *
29833 GGAATACTAATA-ACATAGTATTATTTTATTTTGAATAACCTTATATGAACTGA-AATA
667 GCAA-A--AACAGA-A-A-TA-TGTTTTA---GGACGAAAC--A-A--AAATCATAATG
* * * *
29890 ATTTTTTATGACAA-A-ATAAATGATCATAATAATTTGAAATTGATAATTATTCAAATAGTCGTG
1 A----TT-TGA-AATAGATAATTGTTCA-AAT-AGTT-------AT-A--A--C---TA-T-TTG
* * * * * ** * **
29953 ACAATTTGTTCTAGTTCAATAAACATATTTATTTTTAAAATT-TTTTACTTATTAATTGTCAAAA
41 --AACTAG-T-TAG-GC---AAACAGATTTATTTTT-TAATTCCCTTACTT-TTAATTTTTGAAA
* * * * * * *
30017 TATTAATAAATTAGTATTATATTAATCTAAACAAGCTTGTATGAACAGAAACTATTGTTTTATAA
96 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAA
* * * * * ** *
30082 TAGAACAAAAAGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTT-AAATATTCATAACTATTTGAACTA
160 CA-AAAAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTCATGACTATTTGAACT-
* * * * * *
30146 GTTTGATAGATAAA-TTTATGTTTTAAATC-T---CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTA
223 -TGTCA-A-AAAAAGATTATGTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA
** * * * * * *
30206 GCATTATTTTA-TTCGAAACAAGCTTATATGAACAAAAACATTTATTTTATGACAAAACAAAAGG
285 ATATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTA-TTTATGATAAAAC-AAAGG
* ** * * * * * *
30270 -TTATAATGATTTG-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTGGTTTGGCAAAC
347 ATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC
* * *
30333 AGAATTATTTTTTAAATCTCTTATGA-TTAATT-ATTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTATTT
412 A-TATTATTTTTTAAATCT-TT-T-ACTT-ATTAATTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * * * *
30396 TATTTTGAATAAG-TTAGTAAGAATTGAAAA-AATTATTTTA-CAACAAAACAAAAAGG-CATAA
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* * * * * * * * ** *
30457 CAATTTGAAATAAAGAATTGTTC-ATATAGGCTTAACTATTTGAACTAG-TTCAGCAAATAAATT
532 CGATTTAAAATAGATAATTATTCTA-ATAGTCTAAACTATTTGAA-TTGTTTCAAAAAACAAATT
* * * * * * * * * **
30520 TATTTTTTAAA-CTCTTAGTTATTACTTTTTAGAATATTATTACA-TTAGTATTATTTTATTATG
595 TATTTTTAAAATC-CTTACTTATTAATGTTTAGAACATTA-TAAATTTAGCAATATTTTACTCCG
* * * ** * * * * * **
30583 AATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGTC-AGAACAAAAGGTTATAACA
658 AATAAACTCGCAAAAACAGAAAT-A-TGTTTTAGGACGA-AACAAAA-ATCATAATG
* * * * *
30639 ATTTGAAATATATACTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTT---CAATA-A-A---A-
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTAGGCAA-ACAGATTTAT
* * * *
30695 ---GTAAAT--CTT-C---T-ATTTATT-AAAT-TT--T-GATTAGTATTATTTTCTTTTGAATA
65 TTTTTAATTCCCTTACTTTTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
** * * * *
30745 GGTTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATAATAAAACAAAAGTTAATAATGATTTGAAATAGA
129 -ACTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATAACAAAAAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGA
* * * * * * * **
30809 TAATTGTTTAAATGGTCAT-AATTTTTCGAACTAATTTGATAAACTGATTTATGTTTTAAATC-T
191 TAATTATTCAAATGGTCATGACTATTT-GAACT--TGTCAAAAAAAGA-TTATGTTTTAAATCTT
* * * * * * * *
30872 CTAACTTATCAATTTTTATAATATTAATACAGTAATGTTATTTTATTTCAAAGAAGCTTTTATGA
252 C-AACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA
* * * * * * * *
30937 ATTGAAACAATTATTTTATGATAAAATAAAGG-TCATAACGATTTTAAGTAGACAATTGTTCAAA
316 ATAGAAACAATTA-TTTATGATAAAACAAAGGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAA
* * * *
31001 TAGTCAAAACTATTTGAAATTGTTCGGTAAACAGA-T-TTTTTT-AA---TTT-CTTATTAATTT
380 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TT
* * * * * * *
31059 TCTGAATATTAATAAATTAGTATT-TTTTATTTCGAATAAGCATGTATTAGCTGAAGCAATTACT
444 T-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGGAATAAGCATGTATGAACTAAAACAACTAGT
** * * * * * * *
31123 TTATGACTAAATAAAAGGTTAGAACAATTTGAAAAT-G-------TTCTAATACTCTTAATTATT
508 TTATGAAAAAACAAAAGGTCAAAACGATTT-AAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTAAACTATT
* * *** * * ** * *
31180 TGAACTG-GTCTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATATTTA-TTATTAATGTTTAGAATATTATT
572 TGAATTGTTTC-AAAAAACAAATTTATTTTTAAAATCCTTACTTATTAATGTTTAGAACATTATA
* ** * * * ** *
31243 AATTGAGCAATATTTTACTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAAATGTTTTAGGA-TAGAAC
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* *
31307 AAAGATCAT-ATCA
698 AAAAATCATAAT-G
* * * * * ** *
31320 ATTTGAGATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTCA-GTAATGAGATTTAG
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTT-AGGCAAACAGATTTAT
* * * ** * *
31384 TTATTAAATCTCTTA---TTAATTTTCAAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAA
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* * * * ** * * * * *
31446 TTTTGAATGAATAGAAATAATTGTTTTACGATGAAACAAAATGTCATAATAATTTGAAATACACA
130 -CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA-TAACAAAAAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATA
* * * *
31511 A-TAGTTCAAATGGACATGACT-TTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTAATTTTTTAAATCTTCA
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** * * *
31574 ACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAACTTGTATGAAT
254 ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAAT
* * * ** *
31638 AGAAACAATTACTTTGTGACAAAACAAAGGATTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
318 AGAAACAATTA-TTTATGATAAAACAAAGGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATA
* * * *
31703 GTCATAACTATTTGAACTCGCTTGGTAAAC-TGATTTATTTTTAAAATCTTTTATTTATTAATTT
382 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAT-A-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* * ** * * * *
31767 TGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATTAGGTTTTTTGAA-TAAAAACAATTGGT
445 T-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGGAATAAGCATGTATGAACT-AAAACAACTAGT
* * * * * * * *
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* **** * ** * * *
31895 -AAATGTGTTCAAAAAATTGTTTTATTTTTTAAATTTTTACTTATCAATTTTTGGAACATTAATA
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* * ** * * ** * * *
31959 AATTTA-TATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCA-ATTGTTTTATGACAAAA
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* *
32021 TAAAAGGTCATAAT-
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* * * * *
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* * **
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** * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * ** * ** *
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318 AGAAACAATT-ATTTATGATAAAACAAAGGA-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT
* *** * *
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* * * * * * *
32481 TCTTAATATTAATAAATTTGTATTTTTTTATTTGAAATAAGCTTGTGTGAA-TGGAAAA-AAATC
444 T-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGGAATAAGCATGTATGAACT--AAAACAACT-
* * * * * * ** * * *
32544 AATTTATG-ACAAACTAAAAGGTTAGAGCAATTCCAAATCGATAATTGTT-TAAATGGTC-ATAA
505 AGTTTATGAAAAAAC-AAAAGGTCAAAACGATTTAAAATAGATAATTATTCT-AATAGTCTA-AA
* * *** * * * * * *
32606 TTATTTAAACTTGTTT-GGTAAATATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAACT-TTTCGAA
567 CTATTTGAA-TTGTTTCAAAAAACAAATTTATTTTTAAAATC-CTTACTTATTAA-TGTTTAG-A
* * * * * *** ** * *
32669 ATATTAATAACA--TAGTATTATTTTATTTCC-AATAACCTTATATGAACTGAAATAATTTTTTT
628 ACATT-ATAA-ATTTAGCAATATTTTA-CTCCGAATAAACTCGCAAAAACAGAAAT-A-TGTTTT
* *
32731 ATGAC-ATAACAAAAGGTCATAATG
688 AGGACGA-AACAAAA-ATCATAATG
* * * * * * * * * *
32755 ATTTAAAATAAATAATTATTCAAATTGTCATGACTATTTGATCTAGTTTA-GTAAACATATGTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAG-TTAGGCAAACAGATTTAT
* * ** * *
32819 TTTTTAAAATT--TTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATATGAA
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**** * *
32882 TAAGCTTGTATGAATAGAATTTTTTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAA
127 TAA-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAA-AAAAAGTCATAATGATTTGAAATAG
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190 ATAATT
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Statistics
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Consensus pattern (710 bp):
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TTTTAATTCCCTTACTTTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAC
TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAAAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
ATTCAAATGGTCATGACTATTTGAACTTGTCAAAAAAAGATTATGTTTTAAATCTTCAACTTATT
AATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
TTATTTATGATAAAACAAAGGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACT
ATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGAATATTAAT
AAATTAGTATTATTTTATTTGGAATAAGCATGTATGAACTAAAACAACTAGTTTATGAAAAAACA
AAAGGTCAAAACGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTAAACTATTTGAATTGTTTCAAA
AAACAAATTTATTTTTAAAATCCTTACTTATTAATGTTTAGAACATTATAAATTTAGCAATATTT
TACTCCGAATAAACTCGCAAAAACAGAAATATGTTTTAGGACGAAACAAAAATCATAATG
Found at i:29420 original size:182 final size:182
Alignment explanation
Indices: 27702--29725 Score: 882
Period size: 178 Copynumber: 11.3 Consensus size: 182
27692 ACAAAAGGTT
* * * * * * * * * *
27702 ATAACAATTTAAAATATATAATTGTTCAATTAGTCAAAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAAA
1 ATAAGAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGA
* ** * ** * *
27767 TTTATTTTTTAATTCTCCTACTTA-TAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTGT-ATT
66 -TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTTAATATTATTTTAATT
* *** ** * *
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130 -CGAATAAGCTCAAATGAACAGAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAGAAAG-TC
* * * * * *
27882 ATAATG-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTCATAATTATTTGAAC-TGATTCGATAAACC
1 ATAA-GAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTG-TTCGGTAAACA
* * * * * *
27945 GATTTATGTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTGT-ATAATATTAATAAA-GTAATATTATTTTA
64 GA-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTGTCAAAATATTAATAAATTTAATATTATTTTA
* * *** * * * * *
28008 TTTTGAATAAGCTTTTATGAACTGAAACAAATGTTTCATGATAAAA-TA-AAAGCTC
127 ATTCGAATAAGCTCAAATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAGAAAG-TC
* ** * * *
28063 ATAACG-ATATT-AAATAGATAATTGCTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC-
1 ATAA-GAAT-TTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACA
* * * *** * * *
28125 -ATTTTTTTTTTAAT-TTCTTACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAA-TTAGTATTATTTTAT
64 GATTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTTAATATTATTTTAA
* ** * * * * *
28187 TTTGAATAAGCAT-GTATGAGCTA-AATCAATTATTTTATGACTAAACAA-AAGGTC
128 TTCGAATAAGC-TCAAATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAGAAAGTC
* * * * * * * *
28241 AAAATG-ATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGTTTTGGCAAACA
1 ATAA-GAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTG-TTCGGTAAACA
* * * * * * ** *
28304 AATTTATTTTTTAAGTC-CTTACTTATTAA-TGTTTAGAATATT-ATTAATTTAGCAATATTTTA
64 GA-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTG-TCAAAATATTAATAAATTTAATATTATTTTA
* * * * * * * * * *
28366 CTCCGAATAAACTTGTAAA--AATAGAAATAAATGTTTTAGGACGAAACAA-AGA-TC
127 ATTCGAATAAGC-T-CAAATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAGAAAGTC
* ** * * * * * *
28420 ATAATG-ATTTGAGATAGGTAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAAAAG
1 ATAA-GAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAG
** * * *
28484 ATTTAGGTTTTAAATCTTTTA-TTAATT--TTG---AAATAGTAATAAA-TTAGTATTATTTTAT
65 A-TTATTTTTTAAATCTTTTACTT-ATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTTAATATTATTTTAA
* *** * * **
28542 TTTGAATAA-CTTTGTATGAATAGGAACAATTGTTTTACAACAAAA-AA-AAATGTC
128 TTCGAATAAGC-TCAAATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAGAAA-GTC
* * * * * * *** *
28596 ATAATG-ATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTCCAAAAAATA
1 ATAA-GAATTTGAAATAAATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACA
* ** * * * * *
28659 GATTAATGTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAT
64 GATT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTTAATATTATTTTAA
* *** * * *
28723 TTCGAATAAACTTGTAT-AATAGAAA-AATT-ATTTATGACAAAAC-A-AAGGATC
128 TTCGAATAAGCTCAAATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAGAAAG-TC
* * * * * * * *
28774 ATAACAATTTGAAATAAACAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTCGTTTGATAAACATA
1 ATAAGAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGA
** *** * * * *
28839 TTATTTTAAAAATCTTTTACTTATTAATT-TTGGAATATTAATAAA-TGAGTATTATTTTATTTG
66 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTTAATATTATTTTAATTC
**** * * * **
28902 GAATAATG-TTTTTTGAACAGAAACAACTGGTTTATGAAAAAACAA-ATGGTC
131 GAATAA-GCTCAAATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAGAAAGTC
* * * *** *
28953 ATAACG-ATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCA-AACTATTTGAA-TGTGTTCAAAAAATA
1 ATAA-GAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-TGTTCGGTAAACA
* * * *** *
29015 AATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAACATTAATAAATTT-ATATTATTTT-A
64 GA-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTTAATATTATTTTAA
* ** *
29077 TTTGAAATAAGCTCGCATGAACAG----AATTGTTTTATGACAAACCAA-AAAGTC
128 TTCG-AATAAGCTCAAATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAGAAAGTC
* * * * * * * * * *
29128 ATAATG-TTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTTATAACTATTTGAACTTATTTGGCAAACAG
1 ATAA-GAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAG
* ** * *** *
29192 ATTTATTTTTTTAATTCCCTTACTCT-TTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA
65 A-TTA-TTTTTTAAATCTTTTACT-TATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTTAATATTATTTTA
* * * * ** * * * *
29255 TTTCTAATACGCTTAAATGAATTGAAATAATTGTTTTATTACAAAAGAA-AAGGTC
127 ATTCGAATAAGCTCAAATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAGAAAGTC
* * * * *
29310 ATAATG-ATTTGAAGTAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTAAATTTGTTTGGT-AA-A-
1 ATAA-GAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAG
29371 A-T-TTTTTT-AATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAA-TTAATATTATTTTAATT
65 ATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTTAATATTATTTTAATT
** * *
29432 CGAATAAGCTCGTATGGACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAGAAAGTC
130 CGAATAAGCTCAAATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAGAAAGTC
*
29485 ATAAGAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGA
1 ATAAGAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGA
** *
29550 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTT-GTATTATTTT-ATT
66 -TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTTAATATTATTTTAATT
* *** * ** * * *
29613 TGAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAAAATCATTTTATGACAAATCAA-AAGGTT
130 CG-AATAAGCTCAAATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAGAAAGTC
** * * *
29665 AT-AGCAATTCT-AAATCGATAATTGTTCAAATGGTCATAATTATTTAAACTTGTTCGGTAAA
1 ATAAG-AATT-TGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAA
29726 TCATTTAATT
Statistics
Matches: 1453, Mismatches: 307, Indels: 168
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
173 3 0.00
174 84 0.06
175 161 0.11
176 138 0.09
177 55 0.04
178 283 0.19
179 185 0.13
180 209 0.14
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182 143 0.10
183 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (182 bp):
ATAAGAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGA
TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTTAATATTATTTTAATTC
GAATAAGCTCAAATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAGAAAGTC
Found at i:30198 original size:176 final size:176
Alignment explanation
Indices: 30014--30682 Score: 591
Period size: 176 Copynumber: 3.8 Consensus size: 176
30004 TTAATTGTCA
* * *
30014 AAATATTAATAAATTAGTATTATATTAATCTAAACAAGCTTGTATGAACAGAAACTATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAACAAGCTTGTATGAACAGAAACTATTATTTTA
* * ** * * *
30079 TAATAGAACAAAAAGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTT-AAATATTCATAACTATTTGAA
66 TAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA
*
30143 CTAGTTTGATAGATAAATTTATGTTTTAAATCTCTTATTAA-TTTTTG
131 CTAGTTTGA-A-ATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAACTTTTTG
* * * * *
30190 AAATATTAATAGATTAGCATTATTTTATTCGAAACAAGCTTATATGAACAAAAAC-ATTTATTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAACAAGCTTGTATGAACAGAAACTA-TTATTTT
* * * ** * *
30254 ATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTG-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAA
65 ATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAA
* * *
30318 ACTGGTTTGGCAAACAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTTATGATTAATTATTTTG
130 ACTAGTTT-G-AAATA-AATTTATTTTTTAAATCTC-T-T-ATTAACT-TTTTG
* * * * * * ** **
30371 AAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTATTTTGAATAAG-TTAGTAAGAATTGAAAAAATTATTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAACAAGCTT-GTATGAACAGAAACTATTATTTT
* * * * * * *
30435 ACAACAAAACAAAAAGGCATAACAATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAGGCTTAACTATTTGA
65 ATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAA
*
30500 ACTAGTTCAGCAAATAAATTTATTTTTTAAA-CTCTTAGTTATTACTTTTT-
130 ACTAGTT-TG-AAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA--ACTTTTTG
* * * * * * *
30550 AGAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTATGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-TAATTGTTT
1 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAACAAGCTTGTATGAACAGAAACT-ATTATTT
** * * * * *
30614 TATGTCAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATACTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTA
64 TATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTA
30679 AACT
129 AACT
30683 GGTTCAATAA
Statistics
Matches: 396, Mismatches: 76, Indels: 38
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 14 0.04
176 118 0.30
177 5 0.01
178 3 0.01
179 10 0.03
180 112 0.28
181 81 0.20
182 53 0.13
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (176 bp):
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAACAAGCTTGTATGAACAGAAACTATTATTTTA
TAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA
CTAGTTTGAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAACTTTTTG
Found at i:30628 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 29793--30688 Score: 680
Period size: 180 Copynumber: 5.0 Consensus size: 180
29783 CTTATTCGGT
* * * * * * *
29793 AAATAGATTCATTTTTAAAATCTCCTAATTATTAATTTTTGGAATACTAATAACA-TAGTATTAT
1 AAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATT-ATTTTTAGAATATTAATAA-ATTAGTATTAT
* * * * *
29857 TTTATTTTGAATAACCTTATATGAACT-GAAATAATT-TTTTATGACAAAA-TAAATGATCATAA
64 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAG-GCATAA
** * * * * ** **
29919 TAATTTGAAATTGATAATTATTCAAATAGTCGTGACAATTTGTTCTAGTTCAAT
127 TAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGC
* * * * * * * * * *
29973 AAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATA
1 AAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATT-ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * * * * *
30038 TTAATCTAAACAAGCTTGTATGAACAGAAACT-ATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAATG
65 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-TAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGGCATAATA
* * *
30102 ATTTAAAATAAATAATTGTT-AAATATTCATAACTATTTGAACTAGTT-TG-
129 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGC
* * *
30151 ATAGATAAATTTATGTTTTAAATCTCTTA-TTA--ATTTTT-GAAATATTAATAGATTAGCATTA
1 A-A-ATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * *
30212 TTTTA-TTCGAAACAAGCTTATATGAACAAAAACATTTATTTTATGACAAAAC-AAAAGGTTATA
63 TTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGG-CATA
* * * * * **
30275 ATGATTTG-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTGGTTTGGC
126 ATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGC
* * * *
30329 AAACAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTTATGATTAATTATTTTGA-AATATTAATAAATTTGTTTT
1 AAATA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTA-G-TT-ATTATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
* * * **
30392 ATTTTATTTTGAATAAG-TTAGTAAGAATTGAAAAAATTATTTTACAACAAAACAAAAAGGCATA
62 ATTTTATTTTGAATAAGCTT-GTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGGCATA
* * * * *
30456 ACAATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAGGCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGC
126 ATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGC
* *
30511 AAATAAATTTATTTTTTAAA-CTCTTAGTTATTACTTTTTAGAATATTATTACATTAGTATTATT
1 AAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * *
30575 TTATTATGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGTCAGAAC-AAAAGGTTATAACA
65 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGG-CATAATA
* * * *
30639 ATTTGAAATATATACTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCA
129 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCA
30689 ATAAAAGTAA
Statistics
Matches: 560, Mismatches: 125, Indels: 62
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 19 0.03
176 113 0.20
177 4 0.01
178 6 0.01
179 20 0.04
180 224 0.40
181 104 0.19
182 70 0.12
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
TATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGGCATAATAAT
TTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGC
Found at i:31613 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 30760--33119 Score: 1460
Period size: 180 Copynumber: 13.2 Consensus size: 181
30750 GTATGATGAA
* * * * * * *
30760 AAACAATTGTTTTATAATAAAACAAAA-GTTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* ** * * * * *
30824 TCATAA-TTTTTCGAACTAATTTGATAAACT-GATTTATGTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTT
65 TCATAACTATTT-GAACTTGTTCGATAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* * * * * * * ** *
30887 TTAT-AATATTAATACAGTAATGTTATTTTATTTCAAAGAAGCTTTTATGAATTG
128 TT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAACTTGAATGAATAG
* * * * ** * * * *
30941 AAACAATTATTTTATGATAAAA-TAAAGGTCATAACGATTTTAAGTAGACAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
31005 CAAAACTATTTGAAATTGTTCGGTAAACAGA--T-TTTTTT-AA---TTT-CTTATTAATTTTCT
66 CATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTT
* * * * *
31062 GAATATTAATAAATTAGTATT-TTTTATTTCG-AATAAGCATGTATTAGCT-G
131 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAAATAAACTTGAATGA-ATAG
* ** * * * * * * * *
31112 AAGCAATTACTTTATGACTAAATAAAAGGTTAGAACAATTTG-----AA-AA-TGTTCTAATACT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * * ** * * * *
31170 CTTAATTATTTGAAC-TGGTCTGGCAAACACATTTATTTTTTAAAT-ATTTA-TTATTAATGTTT
66 CATAACTATTTGAACTTGTTC-GATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * * * * *
31232 AGAATATT-ATTAATTGAGCAATATTTTACTTTG-AATAAGCTTGTATGAACAG
130 TGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTA-TTTGAAATAAACTTGAATGAATAG
* * * * * * **
31284 AAATAAATGTTTTAGGATAGAAC-AAA-GATCAT-ATCAATTTGAGATAGGTAATTGTTCAAATA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAAT-AATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
** * *
31346 GTCATAACTATTTGAACTAATTC-AGT-AATGAGATTTAGTTATTAAATC---T-CTTATTAATT
64 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAAT-AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
*** * * **
31405 TTCAAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAATTTTGAATGAATAG
127 TTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAACTTGAATGAATAG
* * ** * * * * *
31460 AAATAATTGTTTTACGATGAAACAAAATGTCATAATAATTTGAAATACACAATAGTTCAAATGGA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * **
31525 CATGACT-TTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTAATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTT
66 CATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTT
*
31589 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAACTTGTATGAATAG
131 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAACTTGAATGAATAG
** * *
31640 AAACAATTACTTTGTGACAAAACAAAGGAT-T-ATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA--ATGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * *
31703 GTCATAACTATTTGAACTCGCTT-GGTAAACT-GATTTATTTTTAAAATCTTTTATTTATTAA-T
64 GTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
* * ** *** *
31765 TTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATTAGGTTTTTTGAATAA
127 TTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAAATAAACTTGAATGAATAG
* * *
31820 AAACAATTGGTTTATGACAAAAC-AAATGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAT-GTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
31884 T-AAAACTATTT-AAATGTGTTCAAAAAATTGTTTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATCAATTTT
65 TCATAACTATTTGAACT-TGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * * *
31946 TGGAACATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAATAG
129 TTGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTGAAATAAACTTGAATGAATAG
* * * * * *
31999 AACCAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATATTTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* *
32064 CATAACTATTTGAACTTGTTCGAT-AATAGATTTATTTTTTTAATTCTCTTGCAC-T-TTAA-TT
66 CATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCT-TT-TACTTATTAATTT
* * * *
32125 TTTGAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTACTTCAAATAAGCTT-ACATGAATTG
128 TTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAACTTGA-ATGAATAG
* * * * * * *
32179 AAACAATTTTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAGTAAATAATTATTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * * *
32244 CATGACTATTTGAACTTGTTCGAT--A-A-A--CATTTTTTAAATCTTTTACTCATTAA-TTGTT
66 CATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTT
* * * * * * *
32302 GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATT-CAATAAACTCGTATGGACAG
131 G-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAACTTGAATGAATAG
* * **
32353 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGCCATAAGGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAATGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
32418 TCATAACGATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTACTAATTGTC
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TT
* * * ** *
32483 TT-AATATTAATAAATTTGTATTTTTTTATTTGAAATAAGCTTGTGTGAATGG
129 TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAACTTGAATGAATAG
* *** * * * ** ** ** * *
32535 AAAAAAATCAATTTATGAC-AAACTAAAAGGTTAGAGCAATTCCAAATCGATAATTGTTTAAATG
1 -AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAATGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * * *
32599 GTCATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAATATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAACTTT
64 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* ** *
32664 TCGAAATATTAATAACA-TAGTATTATTTTATTTCCAATAACCTT-ATATGAACT-G
129 TTG-AATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAACTTGA-ATGAA-TAG
* * * * * * * *
32718 AAATAATTTTTTTATGACATAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATTGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
32783 CATGACTATTTGATCTAGTT-TAGTAAACATATGTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTGT
66 CATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTT
*** * * *
32846 CAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATATG-AATAAGCTTGTATGAATAG
129 TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAAATAAACTTGAATGAATAG
**** * * ** * *
32899 AATTTTTTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATT-TCCTAAATAT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTC-AAATAG
* * * *
32963 TCATAATTATTTGAA-TTGGTTTGATAAATACATTTATTTTTTAAATC---T-CTTAATAA-TTT
65 TCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * ** * * *
33022 TTGAAATATTAATAGATTAATATTATTTTATTCCAAACAAACTT-ATATGAACAA
129 TTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAACTTGA-ATGAATAG
* * * * *
33076 AAACATTTGTTTTACGACAAAATAGAAGGTCATAATAATTTGAA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATAATTTGAA
33120 CTGATTCGAT
Statistics
Matches: 1699, Mismatches: 375, Indels: 214
0.74 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
164 4 0.00
165 29 0.02
166 2 0.00
167 2 0.00
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169 2 0.00
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183 64 0.04
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTT
GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAACTTGAATGAATAG
Found at i:32009 original size:539 final size:538
Alignment explanation
Indices: 31415--32952 Score: 1557
Period size: 539 Copynumber: 2.8 Consensus size: 538
31405 TTCAAAATAG
* ** * * *
31415 TAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTAAATAATTTTGAATGAATAGAAATAATTGTTTTACGATG
1 TAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGAATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGA-A
* * * * *
31479 AAACAAAATGTCATAATAATTTGAAATACACAATAGTTCAAATGGACATGACT-TTTGAACTTGT
64 AAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATACATAATTGTTCAAATGGTCATAACTATTTGAACTTGT
31543 TCGATAAATAGATTAATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGT
129 TCGATAAATAGATTAATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* ** * *
31607 ATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTACTTTGTGACAAAAC-AAAGGATT
193 ATTATTTTATTCTAAATAAACTTATATGAAT-GAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGG-TC
* * *
31671 ATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCTTGGTAAACTGA
256 ATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTAG-TTGGTAAACT-A
* * *
31736 TTTATTTTTAAAATCTTTTATTTATTAATT-TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
319 -TTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTC
* ** ** * * ** *
31800 GAATTAGGTTTTTTGAATAAAAACAATTGGTTTATGACAAAAC-AAATGGTCATAACAATTTGAA
383 -AATAAACTCGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAAAGCCATAACAATTTGAA
* * ****
31864 ATAGATAATTGTTCAAATAGT-AAAACTATTT-AAATGTGTTCAAAAAATTGTTTTATTTTTTAA
447 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCAAAACGATTTGAAAT-TGTTCAAAAAACAAATTTATTTTTTAA
31927 AT-TTTTACTTA-TCAATT-T-TTGGAACAT
511 ATCTTTTACTTACT-AATTGTCTT--AACAT
* **
31954 TAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAA
1 TAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGAATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGA-AA
* * * * *
32019 AATAAAAGGTCATAATATTTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
65 AACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATACATAATTGTTCAAATGGTCATAACTATTTGAACTTGTT
* *
32084 CGAT-AATAGATTTATTTTTTTAATTCTCTTGC-AC-T-TTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTA
130 CGATAAATAGA-TTAATTTTTTAA--ATCTT-CAACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * *
32144 GTATTATTTTACTTC-AAATAAGCTTACATGAATTGAAACAATTTTTTTATTACAAAACAAAAGG
191 GTATTATTTTA-TTCTAAATAAACTTATATGAA-TGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * *
32208 TCACAATGATTTGAAGTAAATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCGATAAAC-
254 TCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTAGTT-GGTAAACT
* *
32272 A-T-TTTTT-AAATCTTTTACTCATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTC
318 ATTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTC
* * * **
32334 AATAAACTCGTATGGACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGCCATAAGGATTTGAAA
383 AATAAACTCGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAAAGCCATAACAATTTGAAA
* * *
32399 TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAAT
448 TAAATAATTGTTCAAATAGTCAAAACGATTTGAAATTGTTCAAAAAACAAATTTATTTTTTAAAT
*
32464 CTTTTACTTACTAATTGTCTTAATAT
513 CTTTTACTTACTAATTGTCTTAACAT
* * ** * *** *
32490 TAATAAATTTGTATTTTTTTATTTGAAATAAGCTTGTGTGAATGGAAAAAAATCAATTTATGACA
1 TAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGAATGAATAG-AAAAAATTGTTTTATGAAA
* * ** ** * * *
32555 AACTAAAAGGTTAGAGCAATTCCAAAT-CGATAATTGTTTAAATGGTCATAATTATTTAAACTTG
65 AAC-AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAC-ATAATTGTTCAAATGGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * * *
32619 TTTGGTAAATATATTCATTTTTTAAATCTCTTAA-TTATTAACTTTTCGAAATATTAATAACA-T
128 TTCGATAAATAGATTAATTTTTTAAATCT-TCAACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAA-ATT
* * * *
32682 AGTATTATTTTATT-TCCAATAACCTTATATGAACTGAAATAATTTTTTTATGACATAACAAAAG
190 AGTATTATTTTATTCT-AAATAAACTTATATGAA-TGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * *
32746 GTCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATTGTCATGACTATTTGATCTAGTTTAGTAAAC
253 GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTAG-TTGGTAAAC
**
32811 ATATGTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
317 -TAT-TA-TTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * **** * * * *
32875 ATATGAATAAGCTTGTATGAATAGAATTTTTTGTTTTATAACAAAAC-AAAAAGTCATAACGATT
379 AT-TCAATAAACTCGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAAAGCCATAACAATT
32939 TGAAATAAATAATT
443 TGAAATAAATAATT
32953 TCCTAAATAT
Statistics
Matches: 829, Mismatches: 129, Indels: 76
0.80 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
533 50 0.06
534 72 0.09
535 36 0.04
536 66 0.08
537 79 0.10
538 26 0.03
539 319 0.38
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542 6 0.01
543 2 0.00
545 78 0.09
546 38 0.05
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (538 bp):
TAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGAATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGAAAA
ACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATACATAATTGTTCAAATGGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
GATAAATAGATTAATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
ATTTTATTCTAAATAAACTTATATGAATGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
GATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTAGTTGGTAAACTATTATTTT
TAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAATAAACT
CGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAAAGCCATAACAATTTGAAATAAATAAT
TGTTCAAATAGTCAAAACGATTTGAAATTGTTCAAAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
TACTAATTGTCTTAACAT
Found at i:32057 original size:359 final size:357
Alignment explanation
Indices: 30721--33119 Score: 1455
Period size: 359 Copynumber: 6.7 Consensus size: 357
30711 TTAAATTTTG
* * * * * ** * *
30721 ATTAGTATTATTTTCTTTTGAATAGGTTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATAATAAAACAA
1 ATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAAT-AAAAACAATTAATTTATGACAAAACAA
* * * ** * * * * ** *
30785 AAGTTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGGTCATAA-TTTTTCGAACTAATTTGAT
65 AAGGTCACAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT--AAATTGTTCGAT
* * * * * * * *
30849 AAACTGATTT-ATGTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTT-ATAATATTAATACAGTAATGTTA
128 AAA-T--TTTCATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * *
30912 TTTTATTTCAAAGAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTATTTTATGATAAAATAAAGGTCATAACG
189 TTTTATTT-AAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAATG
* * * * * * * *
30977 ATTTTAAGTAGACAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATTGTTCGGTAAACAGA--T-TT
253 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-AGTAAACTGATTTATT
*
31039 TTTT--AA---TTT-CTTATTAATTTTCTG-AATATTAATAA
317 TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGT-TGAAATATTAATAA
* * * * * * * * *
31074 ATTAGTATT-TTTTATTTCGAATAAGCATGTATTAGCT-GAAGCAATTACTTTATGACTAAATAA
1 ATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGA-ATAAAAACAATTAATTTATGACAAAACAA
* * * * * * * * *
31137 AAGGTTAGAACAATTTG----A-A-AA-TGTTCTAATACTCTTAATTATTTGAACTGGTCTGGCA
65 AAGGTCACAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGT-TCG-A
* * * * * *
31195 -AACACATTT-ATTTTTTAAAT-ATTTA-TTATTAATGTTT-AGAATATT-ATTAATTGAGCAAT
127 TAA-A-TTTTCATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATT-AGTATT
* * * * * * * * * *
31254 ATTTTACTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAAATGTTTTAGGATAGAACAAAGATCAT-AT
188 ATTTTA-TTTAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAAT
* * ** ** ***
31318 CAATTTGAGATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTCAGTAATGAGATTTA
252 -GATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-AGTAAACTGATTTA
* * * *
31383 GTTATT-AAATC---T-CTTATTAATT-TTCAAAATAGTAATAA
315 TTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTT-GAAATATTAATAA
** ** * * ** * **
31421 ATTAGTATTATTTTATTTTAAATAATTTTGA-ATGAATAGAAATAATTGTTTTACGATGAAACAA
1 ATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT-ATATGAATAAAAACAATTAATTTATGACAAAACAA
* * * * * * * * * *
31485 AATGTCATAATAATTTGAAATACACAATAGTTCAAATGGACATGACT-TTTGAACTTGTTCGATA
65 AAGGTCACAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGTTCGATA
* * **
31549 AATAGATTAATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATT
129 AAT--TTTCATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
** * * *
31613 TTATTCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTACTTTGTGACAAAACAAAGGATTATAATGA
191 TTATT-TAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGG-TCATAATGA
* *
31678 TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCTTGGTAAACTGATTTA-TT
254 TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTAGTAAACTGATTTATTT
* *
31742 TTTAAAATCTTTTATTTATTAATT-TTGGAATATTAATAA
318 TTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAA
* * * * **
31781 ATTAGTATTATTTTATTTCGAATTAGGTTTTTTGAATAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAA
1 ATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAAAAACAATTAATTTATGACAAAACAAA
* * * * *
31846 TGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-AAAACTATTTAAATGTGTTCAAAAA
66 AGGTCACAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAT-TGTTCGATAA
* * * *
31910 ATTGTTTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATCAATTTTTGGAACATTAATAAATTTA-TATTATTT
130 A-T-TTTCATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTT
* * *
31973 TATTTGAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAAT-AT
192 TATTT-AAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGA-
* * *
32037 TTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG-ATAA-TAGATTTATT
254 TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTAGTA-AACT-GATTTATT
* * * *
32100 TTTTTAATTCTCTTGCAC-T-TTAATTTTTGAAATATTAAT-A
317 TTTTAAAATCT-TT-TACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAA
* * * ** ** *
32140 ATTAGTATTATTTTACTTCAAATAAGCTTACATGAATTGAAACAATTTTTTTATTACAAAACAAA
1 ATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAAAAACAATTAATTTATGACAAAACAAA
** * * * * *
32205 AGGTCACAATGATTTGAAGTAAATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCGATAA
66 AGGTCACAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGTTCGATAA
* * * *
32270 A----CATTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAA
130 ATTTTCATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * *
32331 TTCAATAAACTCGTATGGACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGCCATAAGGATTTG
195 TTAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-AAAAAGGTCATAATGATTTG
* * **
32396 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTT-
258 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-AGTAAACTGATTTATTTTTTA
* *
32460 AAATCTTTTACTTACTAATTGTCT-TAATATTAATAA
322 AAATCTTTTACTTATTAATTGT-TGAAATATTAATAA
* * * * *
32496 ATTTGTATTTTTTTATTT-GAAATAAGCTTGTGTGAATGGAAAAA-AATCAATTTATGAC-AAAC
1 ATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTATATGAAT--AAAAACAATTAATTTATGACAAAAC
* * * ** * * * * *
32558 TAAAAGGTTAGAGCAATTCCAAATCGATAATTGTTTAAATGGTCATAATTATTTAAACTTGTTTG
63 -AAAAGGTCACAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA-TTGTTCG
* * * *
32623 GTAAATATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAACTTTTCGAAATATTAATAACA-TAGTAT
126 ATAAAT-T-TTCATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAA-ATTAGTAT
* * * * * *
32687 TATTTTATTTCCAATAACCTTATATGAACT-GAAATAATTTTTTTATGACATAACAAAAGGTCAT
187 TATTTTATTT-AAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACA-AAAAAAAGGTCAT
* * * * * *
32751 AATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATTGTCATGACTATTTGATCTAGTTTAGTAAACAT-AT
249 AATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTAGTAAAC-TGAT
* **
32815 GTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAA
312 TTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAA
* * * **** ** *
32860 ATTAGTATTATTTTAATAT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAATTTTTTGTTTTATAACAAAACAA
1 ATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAGCTTATATGAATAAAAACAATTAATTTATGACAAAACAA
* * * * * * * * *
32924 AAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATT-TCCTAAATATTCATAATTATTTGAATTGGTTTGAT
65 AAGGTCACAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTAAATT-GTTCGAT
* * *
32988 AAATACATTT-ATTTTTTAAATC---T-CTTAATAATTTTTGAAATATTAATAGATTAATATTAT
128 AAAT---TTTCATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * * *
33048 TTTATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTACGACAAAATAGAAGGTCATAATA
190 TTTATT-TAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATG
33113 ATTTGAA
253 ATTTGAA
33120 CTGATTCGAT
Statistics
Matches: 1590, Mismatches: 351, Indels: 205
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
342 5 0.00
343 112 0.07
344 5 0.00
345 33 0.02
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347 37 0.02
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365 45 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (357 bp):
ATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAAAAACAATTAATTTATGACAAAACAAA
AGGTCACAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGTTCGATAAA
TTTTCATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
TAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTAGTAAACTGATTTATTTTTTAAAAT
CTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAA
Found at i:33241 original size:146 final size:142
Alignment explanation
Indices: 32963--33255 Score: 320
Period size: 146 Copynumber: 2.0 Consensus size: 142
32953 TCCTAAATAT
* * * * * *
32963 TCATAATTATTTGAATTGGTTTGATAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTAATAATTTTTGAAA
1 TCATAATAATTTGAACTGATTCGATAAATAAAATTATTTTTTAAATCTCTTAATAATTTTTGAAA
* * ****
33028 TATTAATAGATTAATATTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTACGA
66 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAACAAACTTATAAGAACAAAAACAAAAATTTTACGA
* *
33093 CAAAATAGAAGG
131 CAAAACAAAAGG
33105 TCATAATAATTTGAACTGATTCGATAAATAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTGATCAATTTTT
1 TCATAATAATTTGAACTGATTCGATAAATAAAATTATTTTTTAAATCTCTTA---AT-AATTTTT
* * * * * **
33170 GAAATATTAATAAATTTATTTTATTTTATTTCAAA-TAAGTTAATAAGAGTTAAAAA-AAAAATT
62 GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAACAAACTT-ATAAGA-ACAAAAACAAAAATT
*
33233 TTATGACAAAACAAAAGG
125 TTACGACAAAACAAAAGG
33251 TCATA
1 TCATA
33256 TCGATTGGAA
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 22, Indels: 8
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
142 46 0.37
145 6 0.05
146 66 0.54
147 5 0.04
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (142 bp):
TCATAATAATTTGAACTGATTCGATAAATAAAATTATTTTTTAAATCTCTTAATAATTTTTGAAA
TATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAACAAACTTATAAGAACAAAAACAAAAATTTTACGA
CAAAACAAAAGG
Found at i:33539 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 33113--34296 Score: 651
Period size: 181 Copynumber: 6.6 Consensus size: 179
33103 GGTCATAATA
* * *
33113 ATTTGAACTGATTCGATAAATAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTGATCAATTTTTGAAATATT
1 ATTTGAACTGATTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATCAATTTTTTAAATATT
* * * ***
33178 AATAAATTTA-TTTTATTTTATTTCAAATAAG-TT-AAT-AAGAGTTAAAAAAAAAATTTTATGA
66 AATAAA-TTAGTATTATTTTATTACAAATAAGCTTGTATGAAGA--T-AAAAAATTGTTTTATGA
* * * * * *
33239 CAAAACAAAAGGTCATATCGATTGGAAATAAATAATTGTTCATATAGCCTTAACT
127 CAAACCAAAA-GTTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTT-AAATAGCCATAACT
* ** * * * * *
33294 ATTTGAATTGGCTCTACAAATAAATTTATTTTATAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTTAGAATAT
1 ATTTGAACTGATTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATCAATTTTTTA-AATAT
* ** * * * **
33358 TATTGCATTAGTATTATTTTATTCCCAATAAGCTTGTATGAACATAATTAATTGTTTTATGACAG
65 TAATAAATTAGTATTATTTTATTACAAATAAGCTTGTATGAAGATAAAAAATTGTTTTATGACA-
* * * * *
33423 AACCAAATGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTTAATAGTCATAACT
129 AACCAAAAGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTAAATAGCCATAACT
* * *
33474 ATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATCAATTTTTTAAATATT
1 ATTTGAACTGATTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATCAATTTTTTAAATATT
* * * **
33539 AGTAAATTAGTATTATTTTATTACGAATAGGCTTGTATGCTGA-AAAACAATTGTTTTATGACAA
66 AATAAATTAGTATTATTTTATTACAAATAAGCTTGTATGAAGATAAAA-AATTGTTTTATGACAA
* * * * *
33603 AACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATT
130 ACCAAAAGTT-ATAACGATTTGAAATAAATAATTGTT-AAATAGCCATAACT
* * * * * *
33655 ACTTGAACCGATTTGGTAAACT-AATTTATGTTTTAAATCT-TTAACTTATCAA-TTTGTATAAT
1 ATTTGAACTGATTCGATAAA-TAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATCAATTTTTTA-AAT
* * * * **** * *
33717 ATGAATAAAGTAATATTATTCTATTTTGGATAAGCTTTTATGAAG-TGAAACAATTGTTTTATGA
63 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTACAAATAAGCTTGTATGAAGAT-AAAAAATTGTTTTATGA
* * * * * * *
33781 TACAA-TATAAGGTCATAACGACTTT-AAATAGATAATTGTTAAATAGTCAAAACT
127 CA-AACCA-AAAGTTATAACGA-TTTGAAATAAATAATTGTTAAATAGCCATAACT
* * * *
33835 ATTTGAACTTG-TTCCG-TAAACAAATTT-TTTTCT-AATTTCTTACTTAAT-AATTTTTTGAAT
1 ATTTGAAC-TGATT-CGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATCAATTTTTTAAAT
* * * * * ** *
33895 GTTAATAAATTAGTATTATTTTGCTT-CGAATAAGCATGTATG-AGTTGAAGCAATTATTTTATG
63 ATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTACAAATAAGCTTGTATGAAGAT-AAAAAATTGTTTTATG
* * * * * * ***
33958 ACTAAA-TAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTTTTAACT
126 AC-AAACCAAAA-GTTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTT-AAATAGCCATAACT
* * * * * * *
34014 ATTTTAACT-AGTTCGACAAAGACATTTATATTTTAAGTC-CTTA--T-T-AA-TGTTTAGAATA
1 ATTTGAACTGA-TTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATCAATTTTTTA-AATA
* * * * * * * * * * *
34072 TTATTAATTTA-TCAATAATTTACTCCCAATAAGCTCGT-TGAATAGAAATAAA-TGTTTTAGGA
64 TTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTACAAATAAGCTTGTATGAAGATAAA-AAATTGTTTTATGA
* * * * * **
34134 CAAAAC-AAAGATCATAACGATTAGAGATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACT
127 CAAACCAAAAG-TTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTT-AAATAGCCATAACT
* * * * * * *
34188 ATTTGAACTGGTTCAATAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTA--T-T-AATTTTTGAAATAGT
1 ATTTGAACTGATTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATCAATTTTTTAAATATT
* * **
34249 AATAAATTAGTACTATTTTATT-CTGAATAATTTTGTATGAA-ATAAAAA
66 AATAAATTAGTATTATTTTATTAC-AAATAAGCTTGTATGAAGATAAAAA
34297 CAATTGGTTT
Statistics
Matches: 773, Mismatches: 182, Indels: 103
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
173 1 0.00
174 73 0.09
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176 43 0.06
177 7 0.01
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183 2 0.00
184 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
ATTTGAACTGATTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATCAATTTTTTAAATATT
AATAAATTAGTATTATTTTATTACAAATAAGCTTGTATGAAGATAAAAAATTGTTTTATGACAAA
CCAAAAGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTAAATAGCCATAACT
Found at i:34920 original size:182 final size:176
Alignment explanation
Indices: 34330--36009 Score: 770
Period size: 182 Copynumber: 9.3 Consensus size: 176
34320 TTTTTAAATA
* * *** * * *
34330 AATTTATTTTTGAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAACATTAATAAATTTATATTATTTTATT
1 AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTAATT
* * * * * * * *
34394 TAAAATAAGCTTGA-ATGAATAGAACCAATTATTTTATGATAAAAGAAAAGGTCATAATGTTTTG
66 T-GAATAAGCTT-ATATGAATA-AA-AAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAA-GATTTC
* * * * * * *
34458 AAATAGATAATT-ATTAAGATAGTTATAATTATTTGAGCTTGTTCGATAAAC
126 AAATAGATAATTGTTTAA-ATGGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAAC
* ** * *** **
34509 AGATTTATTTTTTTTAATTCGCTTACTT-TTAAATTTTTGGAATATTAATAAATTGGTATTATTT
1 A-ATTTA--TTTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTA-TT
* * * * * * * *
34573 TTATTTCAAATAAGCTTACATGAATTGAAACAATTGTTTTATCACAAAAAAAAAAGTTACAATGA
61 TAATTT-GAATAAGCTTATATGAA-T-AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAA-GA
* * * * * * * * * *
34638 TTTGAAGTATAAAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAAC
122 TTTCAAATAGATAATTGTTTAAATGGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAAC
* * **
34693 -ATATATTTTTT-AATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTGTAAT
1 AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATT-TAAT
* *
34756 TTGAATAAG-TTCATATGGATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAGAAAATTATAAGAATTT
65 TTGAATAAGCTT-ATATGAATA-AAA-AATTATTTTATGACAAAACAA-AAAGTTATAAG-ATTT
* * * * *
34820 CAAATAAACAATTGTTTGAATGGTCATAACGATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
125 CAAATAGATAATTGTTTAAATGGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAAC
* ** * ** *
34872 AAATTTATTTTTTGAATCTTTTACTTATTAATTGTCTTAACATTAATAAATTTGTATTATTTTAT
1 -AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTAAT
* * * * * * *
34937 TTGACATAAGCTTATATGAACAAATAAAATCATTTAATGAAAAAACCAAAAGGTTATAGTGATTC
65 TTGA-ATAAGCTTATATGAA-TAA-AAAATTATTTTATGACAAAA-CAAAAAGTTATA-AGATTT
* * * * * *
35002 CAAATCGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTAAACTTGTTCGATAAAT
125 CAAATAGATAATTGTTTAAATGGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAAC
* * * * * * *
35054 AGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAGAATATTAATAACA-CAATATTATTTTA
1 A-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAA-ATTAATATTATTTAA
* *
35118 TTTCGAATAACCTTATATGAACTAAAATAAGT-TTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCATAATGATT
64 TTT-GAATAAGCTTATATGAA-TAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTT-ATAA-GATT
* * * * * * * * * *
35181 TGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATGACTATCTGATCTAGTTTGGTAAGC
124 TCAAATAGATAATTGTTTAAATGGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAAC
* * *
35234 ATATTTA-TTTTAAAGATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
1 A-ATTTATTTTTTAA-ATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTA-TTTA
* * * * * *
35298 ATATGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAATATTACTTTTATAACAAAACAAAAAGTCACAACAATT
63 ATTTGAATAAGCTTATATGAATA-AAAA-ATTA-TTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAA-GATT
* * ** ** * * * * * *
35363 TGAAATAAATAATTGCATAAATATTCATAATTATTTGAACTGGTTTGATAAAT
124 TCAAATAGATAATTGTTTAAATGGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAAC
* * ** * *
35416 AGATTTATTTTTTAAA---TAT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTA-T-TTT-AT
1 A-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTAAT
* * * ** * * * *
35474 CCTGAACAAACTTATATGAGCAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTA
65 -TTGAATAAGCTTATATGAATAAAAA-A-TTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAA-GATTTC
* * * * * * *
35539 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTAT-TTAGATAAAT
126 AAATAGATAATTGTTTAAATGGTCATAACTATTTAAACT-TGTTCGGTAAAC
** * * * * * *
35590 AGAAGT-TTTTTT-AATCTCTTACTTATTAATTTTAAAAATATTAATAAAATCATTTTATATT-A
1 A-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTAT-TTAA
** ** ** * * * * *
35652 TTCCAAATAAGCTGGTACAAATTGAGAAAATTCTTTTATGACAAGACAAAAGGTCATAATGATTT
64 TT-TGAATAAGCTTATATGAA-T-AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAA-GATTT
* * * * * * * * ***
35717 GAATTAGATAATTGTTTATATAGTCTTGACTATTTGAACTGGTTCAACAAAC
125 CAAATAGATAATTGTTTAAATGGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAAC
** * * *** * * * * *
35769 AAATTTTATTTTTTAAATCCCTTAGTTATTAATTTTTTGGAATATTATTATATTAGTATTGTTTT
1 -AA-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTA
* * * * * *
35834 ATTTAGAATAAGCTTGTATGAATAAAATAATTGTTTTATGACATAACAATAGGTTATACTGATTT
63 ATTT-GAATAAGCTTATATGAATAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATA-AGATTT
* * * * * *
35899 GAAGAATAG--AATTGTTCAAATAGTCATAA-TATTTGAA-TTGGTTCAGTAAAT
125 -CA-AATAGATAATTGTTTAAATGGTCATAACTATTTAAACTT-GTTCGGTAAAC
* * ** * *
35950 AGATTCA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATGGTTTAAAGATTAAT-AATTATTATTATTT
1 A-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTT
36010 TTATTCCAAA
Statistics
Matches: 1160, Mismatches: 273, Indels: 138
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
172 2 0.00
173 6 0.01
174 79 0.07
175 21 0.02
176 27 0.02
177 18 0.02
178 72 0.06
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180 125 0.11
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185 6 0.01
186 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (176 bp):
AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTAATT
TGAATAAGCTTATATGAATAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAAGATTTCAAATA
GATAATTGTTTAAATGGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAAC
Found at i:35204 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 35172--35204 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
35162 ACAAAAGTTC
35172 ATAATGATTTGAAATAG
1 ATAATGATTTGAAATAG
*
35189 ATAATTATTT-AAATAG
1 ATAATGATTTGAAATAG
35205 TCATGACTAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
17 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (17 bp):
ATAATGATTTGAAATAG
Found at i:35284 original size:362 final size:356
Alignment explanation
Indices: 34890--35564 Score: 779
Period size: 362 Copynumber: 1.9 Consensus size: 356
34880 TTTTTGAATC
** * *
34890 TTTTACTTATTAATTGTCTTAACATTAATAAATTTGTATTATTTT-ATTTGACATAAGCTTATAT
1 TTTTACTTATTAATTGTCAAAACATTAATAAATTAGTATTATTTTAATATGA-ATAAGCTTATAT
* * * *** **
34954 GAACA-AATAAAATCA-TTTAATGAA-AAAACCAAAAGGTTATAGTGATTCCAAATCGATAATTG
65 GAACAGAA-AAAATCACTTTAAT-AACAAAA-CAAAAAGTCACAACAATTCCAAATAAATAATTG
* * * *
35016 -TTCAAATGGCCATAATTATTTAAACTTGTTCGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATT
127 CAT-AAATAGCCATAATTATTTAAACTGGTTCGATAAATAGATTCATTTTTTAAATATCTT-ATT
* * * * *
35080 ATTAATTTTCAGAATATTAATAACACAATATTATTTTAT-TTCGAATAACCTTATATGAACTAAA
190 A--AATTTTCA-AATATTAAT---ACAATAGTATTTTATCCT-GAACAAACTTATATGAACAAAA
* * * *
35144 ATAAGT-TTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCA
248 ACAAGTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
35208 TGACTATCTGATCTAGTTTGGTAAGCATATTTATTTTAAAGATT
313 TGACTATCTGATCTAGTTTGGTAAGCATATTTATTTTAAAGATT
* *
35252 TTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATATGAATAAGCTTGTATG
1 TTTTACTTATTAATTGTCAAAACATTAATAAATTAGTATTATTTTAATATGAATAAGCTTATATG
* * * * **
35317 AATAGAAAATATTACTTTTATAACAAAACAAAAAGTCACAACAATTTGAAATAAATAATTGCATA
66 AACAGAAAAAATCACTTTAATAACAAAACAAAAAGTCACAACAATTCCAAATAAATAATTGCATA
** * * * *
35382 AATATTCATAATTATTTGAACTGGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATATCTTATTAATTTT
131 AATAGCCATAATTATTTAAACTGGTTCGATAAATAGATTCATTTTTTAAATATCTTATTAAATTT
* * * * **
35447 TGAAATATTAATAGATTAGTATTTTATCCTGAACAAACTTATATGAGCAAAAACATTTGTTTTAT
196 TCAAATATTAATACAATAGTATTTTATCCTGAACAAACTTATATGAACAAAAACAAGTGTTTTAT
35512 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
261 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
35565 AATTATTTAA
Statistics
Matches: 261, Mismatches: 45, Indels: 20
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
355 33 0.13
356 57 0.22
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361 4 0.02
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363 17 0.07
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (356 bp):
TTTTACTTATTAATTGTCAAAACATTAATAAATTAGTATTATTTTAATATGAATAAGCTTATATG
AACAGAAAAAATCACTTTAATAACAAAACAAAAAGTCACAACAATTCCAAATAAATAATTGCATA
AATAGCCATAATTATTTAAACTGGTTCGATAAATAGATTCATTTTTTAAATATCTTATTAAATTT
TCAAATATTAATACAATAGTATTTTATCCTGAACAAACTTATATGAACAAAAACAAGTGTTTTAT
GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATCTGATC
TAGTTTGGTAAGCATATTTATTTTAAAGATT
Found at i:35371 original size:544 final size:535
Alignment explanation
Indices: 34324--35749 Score: 1397
Period size: 544 Copynumber: 2.6 Consensus size: 535
34314 CATTAATTTT
34324 TAAATAAATTTA-TTTTTGAAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAACATTAATAAATTTATATTAT
1 TAAATAAATTTATTTTTTG-AATTTTTACTTATTAATTTTT-GAACATTAATAAATTT-TATTAT
* * * ** * *
34388 TTTATTTAAAATAAGCTTGA-ATGAATAGAACCAATTATTTTATGATAAAAGAAAAGGTCATAAT
63 TTTATTTGACATAAGCTT-ATATGAACA-AAAAAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * * *
34452 GTTTTGAAATAGATAATTATT-AAGATAGTTATAATTATTTGAGCTTGTTCGATAAACAGATTTA
126 GATTTAAAATAGATAATTATTCAA-ATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCGATAAATAGA-TTA
* * ** **
34516 TTTTTTTTAATTCGCTTACTT-TTAAATTTTTGGAATATTAATAAATTGGTATTATTTTTATTTC
189 -TTTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTAAGAATATTAATAAA-TCATATTA-TTTTATTTC
* * * * * *
34580 AAATAAGCTTACATGAATTGAAACAATTGTTTTATCACAAAAAAAAAAGTT-ACAATGATTTGAA
250 AAATAAGCTTATATGAATT-AAAAAATTCTTTTATGAC-AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAA
* * * * * * * * *
34644 GTATAAAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAACATATATTTTTTAATTT
313 ATAGATAATTATTTAAATAGTCATGACTATCTAAACTAGTTTGGTAAACATATATTTTTTAATTT
** * *
34709 TTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTGTAATTTGAATAAGTTCATATGG
378 TTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTGTAATATGAATAAGTTCATATGA
* * * * ** *
34774 ATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAGAAAATTATAAGAATTTCAAATAAACAATTGTTTGA
443 ATAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAGAAAATCACAACAATTTCAAATAAACAATTGCATAA
* * *
34839 ATGGTCATAACGATTTGAACTTGTTCGG
508 ATAGTCATAACGATTTGAACTGGTTCGA
*
34867 TAAACAAATTTATTTTTTGAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT-AACATTAATAAATTTGTATTA
1 TAAATAAATTTATTTTTTGAAT-TTTTACTTATTAATT-T-TTGAACATTAATAAATTT-TATTA
* * * *
34931 TTTTATTTGACATAAGCTTATATGAACAAATAAAATCATTTAATGAAAAAACCAAAAGGTTATAG
62 TTTTATTTGACATAAGCTTATATGAACAAA-AAAATTATTTTATGAAAAAA-CAAAAGGTCATAA
** * * * *
34996 TGATTCCAAATCGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTAAACTTGTTCGATAAATAGATTCA
125 TGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCGATAAATAGATT-A
* * *
35061 -TTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAGAATATTAATAACA-CAATATTATTTTATTTCGA
189 TTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAGAATATTAATAA-ATC-ATATTATTTTATTTCAA
* * *
35124 ATAACCTTATATGAACTAAAATAAGT-TTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATA
252 ATAAGCTTATATGAATTAAAA-AATTCTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATA
* * *
35188 GATAATTATTTAAATAGTCATGACTATCTGATCTAGTTTGGTAAGCATAT-TTATTTTAAAGATT
316 GATAATTATTTAAATAGTCATGACTATCTAAACTAGTTTGGTAAACATATATT-TTTT--A-ATT
* * *
35252 TTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATATGAATAAGCTT-GTAT
377 TTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTGTAATATGAATAAG-TTCATAT
* * *
35316 GAATAGAAA-ATATTACTTTTATAACAAAACAA-AAAGTCACAACAATTTGAAATAAATAATTGC
441 GAATAGAAACA-ATTA-TTTTATAACAAAACAAGAAAATCACAACAATTTCAAATAAACAATTGC
* ** *
35379 ATAAATATTCATAATTATTTGAACTGGTTTGA
504 ATAAATAGTCATAACGATTTGAACTGGTTCGA
* * * * * *
35411 TAAATAGATTTATTTTTT-AA-ATAT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGA--TTAGTATTT
1 TAAATAAATTTATTTTTTGAATTTTTACTTATTAATTTTTG-AACATTAATAAATTTTATTATTT
* * * * *
35471 TATCCTGAACA-AA-CTTATATGAGCAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
65 TAT-TTG-ACATAAGCTTATATGAACAAAAA-AATTATTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATG
*
35534 ATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTAT-TTAGATAAATAGA--AGT
127 ATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAACT-TGTTCGATAAATAGATTA-T
* * * *
35596 TTTTTT-AATCTCTTACTTATTAATTTTAAAAATATTAATAAAATCATTTTATATTATTCCAAAT
190 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAGAATATTAAT-AAATCATATTATTTTATTTCAAAT
** ** * * * *
35660 AAGCTGGTACAAATTGAGAAAATTCTTTTATGACAAGACAAAAGGTCATAATGATTTGAATTAGA
254 AAGCTTATATGAATT-AAAAAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGA
* * *
35725 TAATTGTTTATATAGTCTTGACTAT
318 TAATTATTTAAATAGTCATGACTAT
35750 TTGAACTGGT
Statistics
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TAAATAAATTTATTTTTTGAATTTTTACTTATTAATTTTTGAACATTAATAAATTTTATTATTTT
ATTTGACATAAGCTTATATGAACAAAAAAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
AAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCGATAAATAGATTATTTTTTT
AAATCTCTTACTTATTAATTTTAAGAATATTAATAAATCATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA
TATGAATTAAAAAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATT
TAAATAGTCATGACTATCTAAACTAGTTTGGTAAACATATATTTTTTAATTTTTTACTTATTAAT
TGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTGTAATATGAATAAGTTCATATGAATAGAAACAATTA
TTTTATAACAAAACAAGAAAATCACAACAATTTCAAATAAACAATTGCATAAATAGTCATAACGA
TTTGAACTGGTTCGA
Found at i:35560 original size:16 final size:17
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35539 AAATAG-ATAATTATTC
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1 AAATAG-CATAATTATT
35572 TAAACTATTT
Statistics
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AAATAGCATAATTATTC
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37104 GTTTGTTCAA
* * *
37114 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAAAA
1 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAGAAAA-TAA--A-TAAGAAATTTAAAAAGTAAATA
* * **
37179 TGTTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGG-ATAATTATCTATTTCAAATCATTATA
62 TGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTA-TTGGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATA
** **
37243 ACCTTTTATTTTGTCATCAAAAAATTAGTTCTATTCATATTATTTTATTTAG
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* * * * *
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** *** * * *
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62 TGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTAT-TGGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATA
* * * * ** *
37424 ACCTTTTCTTTTG-ATGTAAAACAATT-GTTTTGTTTGTACAAGCTTATTTTG
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* * * * *
37475 ATTAAAATACTACTAATTTAATAATATTTTGAAAATAAATAAGATATTTAAAAAGTAAATTTGTT
1 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAGAAAATAAATAAGAAATTTAAAAAGTAAATATGTT
* * *
37540 TACCGAATCAATTC-AATAGTTAAGACTATTGGAACAATTATCTATTTGAAATCATT
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37596 CTGATATTTT
Statistics
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (176 bp):
AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAGAAAATAAATAAGAAATTTAAAAAGTAAATATGTT
TACCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTGGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTT
TTATTTTGCATCAAAAAATTAGTTCTATTCATACAAGCTTATTTAG
Found at i:39262 original size:168 final size:168
Alignment explanation
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Period size: 168 Copynumber: 1.9 Consensus size: 168
39033 ATAAGAGATT
* *
39043 TAAAAAATGAATTTGTTCACTGAATAAGTTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATCTT-TT
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* *
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128 AGAATAAAATAACACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAA
** *
39211 TAAAAAATAAATTTGTTTGCT-ATATAAATTCAAATAGTTATGA-TAATTTGAACAATTATTTAT
1 TAAAAAATAAATTTGTTCACTGA-ATAAATTCAAATACTTATGACT-ATTTGAACAATTATTTAT
* * * * * * *
39274 TTTAAATCGTTATGATTTTTTGTTTTGTCATAATACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCA
64 TTCAAATCGCTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCAGACAAGCTTATTCA
* * **
39339 GATTAAAATAATATTAATTTATTAATATT
129 GAATAAAATAACACAAATTTATTAATATT
39368 TTGATAAATA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TAAAAAATAAATTTGTTCACTGAATAAATTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTT
CAAATCGCTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCAGACAAGCTTATTCAGA
ATAAAATAACACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAA
Found at i:39529 original size:181 final size:181
Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 2.8 Consensus size: 181
39246 AGTTATGATA
* ** *
39256 ATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATGATTTTTTGTTTTGTCATAATACAATTGTTTTTG
1 ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG
* * * *
39321 TTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGATAAA-TAATAAGTA
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** *
39385 AAAGATTTTTAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTCCAAATAGTCATAACT
130 AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTCCAAATAGTCATAACT
* * * * ** * *
39437 ATTTGAATAGTTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGAAATAAAACAATTGTATTAG
1 ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG
* * *
39502 TTCATATC-GGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATGAGT
66 TTCATA-CAAGCTTATTT-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * *
39565 AAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
129 AAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTCCAAATAGTCATAACT
* * * *
39618 ATTTGAACAATTGTTTATTTCAAATCATTTTGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTG
1 ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG
* ** *
39683 TTCATGCAAATTTATTCTAAATAAAATAATATAAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAG-A
66 TTCATACAAGCTTATT-TAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTCAAAAATTAATAAGTA
39746 AGAA-ATTTAAAAAATAAAT
130 A-AAGATTTAAAAAATAAAT
39765 CCATTTTCTG
Statistics
Matches: 274, Mismatches: 48, Indels: 13
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG
TTCATACAAGCTTATTTAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTCAAAAATTAATAAGTAA
AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTCCAAATAGTCATAACT
Found at i:40133 original size:181 final size:177
Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 3.5 Consensus size: 177
39774 GAACGCATTC
* * * * * * * *
39784 AAATAGTTATAACTTTTTATTTTGTTGTAAACCAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAA
1 AAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGATTATTCAAAA
* * * * * *
39849 TAAAAAAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAATAATTAAAAAAATAAATATG
66 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAAT-AGTAGA-GATTTAAAAAATAAATCTG
* * * ** *
39914 TTTACCAAGCAAGCTCT-AATAGTTATGACTCGTTGAATAATTATTTATTTT
128 TTTA-CAAACAA-ATTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTT
* * * ***
39965 AAATAATTATGATCTTTTGTTTTG-TGATCAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGTTTATTTGGA
1 AAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTTG-TAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGATTATTCAAA
40029 ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCT
65 ATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATA-GTA-GAGATTTAAAAAATAAATCT
* * *
40094 ATTTACAAAACAAATTTAAATAGTCATGTCTATTTGAATAATTATCTATTTT
127 GTTTAC-AAACAAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTT
* *
40146 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAAATTATTCAAAA
1 AAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGATTATTCAAAA
* *
40211 TAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTTAAAAATTAATA--AGAGATTTAAAAACTAAATCTGTT
66 TAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAGTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
** * * * *
40274 TATCAAAC-TGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAATAATTATCTATCTC
130 TA-CAAACAAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTT
* ** * * * * ** * *
40322 AAATCATTACAATC-TTTATTTTGTCGTAGAACAATTGTTTCTT-TTCATATTAGCTTATTCAGA
1 AAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTT-TTATTCATACAAGATTATTCAAA
* * * *
40385 TTAAGATAATACTAATTTAATAATA
65 ATAAAATAATATTAATTTATTAATA
40410 AAAAATAAAT
Statistics
Matches: 372, Mismatches: 63, Indels: 26
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Matches are distributed among these distances:
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176 45 0.12
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178 2 0.01
180 6 0.02
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182 6 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
AAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGATTATTCAAAA
TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAGTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
ACAAACAAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTT
Found at i:41254 original size:183 final size:182
Alignment explanation
Indices: 40435--41323 Score: 786
Period size: 183 Copynumber: 4.9 Consensus size: 182
40425 TTGCTGAATC
* * * * * * * * *
40435 AGTTCAAATAGTTAAGCCTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTGACCTTTTGATTAGT
1 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGT
* * * * * *
40500 CATAAAATAATTATTTGAATCCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAACA-
66 CATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* *
40564 TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACA
131 TTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACA
* * * * *
40617 AGCTAAAATAGA-TATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATA-ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTG
* * *
40681 TCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATA
65 TCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * * *
40746 TTTCAACAATTATTAGGCAAGAGATTT-AAAAATTAAAGCTGGTTT-TTGAACCA
130 TTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAA-TTTGTTTACT-AAACA
* * * ** * ** * * * **
40799 A-TTCAAATACTTAT-AATCATTTGAACAAATATGAATCTCAGTTTGCTATGATC-TTCATTTTG
1 AGTTCAAATAATTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTG
* ** * * * *
40861 TCATAAAAAAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATT-TAGATAAAAATAATACTAATTTAATAAT
65 TCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * **
40925 ATTTCAAAAA-T--T-AGAAAGAGATTT-AAAAAATAAATGTGTTTGCTAAATT
129 ATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACA
* ** * * * * * * *
40974 AGTTCGAATGGTTAAGACTACTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATT-TTAAGATTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAA-CTTTTGTTTTG
* * *
41038 TCATAAAATAACTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA
65 TCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * *
41103 -TTCAAAAAATAAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAAACAAATTTGTTTATTGAATA
130 TTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACA
* * * *
41157 AGTTTAAATAATTACGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGT
* * * * * * *
41222 CATAAAACAATTGTTGT-AGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATACAATAGTACTACTTTATTATTA
66 CATAAAATAATTGTT-TCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
41286 TTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAAT
130 TTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAAT
41324 CAGTTCAAAT
Statistics
Matches: 550, Mismatches: 134, Indels: 47
0.75 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 9 0.02
176 49 0.09
177 66 0.12
178 3 0.01
179 4 0.01
180 69 0.13
181 63 0.11
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ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (182 bp):
AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGT
CATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACA
Found at i:42922 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 42469--43533 Score: 847
Period size: 181 Copynumber: 5.9 Consensus size: 179
42459 ATTAATAAGA
* * * * * * *
42469 AAGATATTTAAAAAAATAAATCTATTTATCGAAA-AAGTTCAACTAGTTATTACTATTTGAACAA
1 AAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAA
* * * * * *
42533 TTGTCTATTTAAAATCATTATGATCTTTTGTTCTGTCATAAAAAAAAATTGTTTCAGAT-AGTAC
64 TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT-TGTCAT-AAAACAAA-TGTTTCTGATCA-TAT
* * *
42597 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCCAAAAA-T-T-AAT
125 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATAAAT
* * * *** * * * *
42649 AAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTATTGAATCATTTCAAATAATTAT-AGCCATTTTAACAAT
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGA-CTATTTGAACAAT
* * * * * * *
42713 TATCTATTTTAAATCGTTATTACCTTTTGTTTGGTCTTATAACAAATGTTTTTGATCATTTAAGC
65 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT-GTCATAAAACAAATGTTTCTGATCATATAAGC
*
42778 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTCAAAAATTGATAAAT
129 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-ATAAAT
*
42830 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATT
* * * ** * * * * * * *
42895 GTATACTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCACAAAACAATTATTTCT-ATTAATACAAGC
66 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT-TGTCATAAAACAAATGTTTCTGA-TCATATAAGC
** * ** * *
42959 TTATTTGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTGATAATTAATAACT
129 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-ATAAAT
* * * ** * * * *
43011 AAGAGAATT-AAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAGCGCAAATATTTAAGACTATATGAATAATT
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATT
* * * * *
43075 AT-TCATTTCAAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAAAT-TTTCAGTTTATACTAA
66 ATCT-ATTTC-AAATCATTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAAATGTTTCTGATCATA-TAA
* ** * *
43137 -ATTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
127 GCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATT-ATAAAT
** * * * * *
43190 AAGAGATTTAAAAAAATATTTATGTTTACCTAACCAATTTAAATAATTATGACTATTTAAACAAT
1 AAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAT
* * * *
43255 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAGTGTTTTTGTTCATATAAGT
65 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAAATGTTTCTGATCATATAAGC
* * * *
43320 TTGTTCAGAATAAAGTAATACCAATCTATTAATATTTCAAAAA-T-T-AAT
129 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATAAAT
* * * * *
43368 AAAATATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGATA-AAT
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGA-ACAAT
* * * ** * * *
43432 TATTTTTTTCAAA-CTATTATGACTTTTTGTCCTAAT-ATAAGACAATTGTTTCT-ATTCATACA
65 TATCTATTTCAAATC-ATTATGACCTTTTGT--TTGTCATAAAACAAATGTTTCTGA-TCATATA
*
43494 AGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
126 AGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
43534 TGACAATTAA
Statistics
Matches: 708, Mismatches: 148, Indels: 61
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
176 2 0.00
177 175 0.25
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183 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATT
ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTGATCATATAAGCTT
ATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATAAAT
Found at i:43249 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 43226--43277 Score: 63
Period size: 18 Copynumber: 2.9 Consensus size: 18
43216 TACCTAACCA
43226 ATTTAAATAATTATGACT
1 ATTTAAATAATTATGACT
*
43244 ATTTAAACAATTAT--CT
1 ATTTAAATAATTATGACT
*
43260 ATTTCAAATCATTATGAC
1 ATTT-AAATAATTATGAC
43278 CTTTTGTTTT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 3, Indels: 5
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.12, G:0.04, T:0.42
Consensus pattern (18 bp):
ATTTAAATAATTATGACT
Found at i:44750 original size:179 final size:179
Alignment explanation
Indices: 43746--44819 Score: 707
Period size: 180 Copynumber: 6.0 Consensus size: 179
43736 ATTTTATCAA
* * *** * *
43746 ACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTAGGATAATTAGTAAGTAAAAGAT
1 ACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
* * * * * * *
43811 TTAAAAAATAAATATGTTTATTGAATAAGGTCAAATCGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATT
65 TTAAAAAATAAATCTG-TTA-CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
** * * *
43876 TCAAATTGTTATGA-CTTTTTGTTTTGTAATAAAA-TATTGTTTCTATTCGT
128 TCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* * * * * *
43926 AGAAGGTTGTTCGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAATAATTAATAAGTAAAAGAT
1 ACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
* * * * * * *
43991 TTAAAAAATAGTTATATTTGTT--GAACAAGTTTGAAATAATAATGA-GATTTGGAATAATTAAA
65 TTAAAAAATA---A-ATCTGTTACGAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTT-GAACAATT-AT
* * * *
44053 CTATTTCAAACTCATT-TGACCTTTTTGGTTTTGTAATAAAACAATTGCTTCAAGTTCAA
123 CTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCAT
* * * *
44112 ATAAGCTTTTTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAAT-TT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGAAT
1 ACAAGCTTATTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
* * * * * ** *
44175 T--AAAATTACTCCTATTACCAGAATATCGTTTGAATAGTTATCGACTATATGAAC-ATTATCTT
66 TAAAAAATAAAT-CTGTTA-C-GAACA-AGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATC-T
* * * * * *
44237 ATTTCAAAAT-ATAATGGCC-TTTTATTTT-TCAATAAAACAATTGCTTTTTTTTCTT
125 ATTTC-AAATCATTATGACCTTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTG-TTTCTATTCAT
* * *
44292 GCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTGT-TTAATA-T-TACAAATTAATAAGT-AAA-A
1 ACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATATTAATT-TATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * * * * * *
44352 TTT-AAAAATAAATTTTATTTTCTTGAACACA-TTGAAATAGTTATAACTATTTCAATAATTATC
64 TTTAAAAAATAAA-TCT-GTTAC--GAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * *
44415 CATTTCAAATCGTTATGA--TCTTTCTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTT-TGTTCATT
124 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCA-T
* * * * *
44469 A-AAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTTTTAGA-ATTCTCAAAATTAATAAATAGAATA
1 ACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTA-ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * *** * *
44532 -TGAAAATAATAAATCTATTTACTGAGTGAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTA
64 TTTAAAA-AATAAATCT-GTTAC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * *
44596 TTTCAAAT-ATTATGATC-TTTTGTCTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCAT
126 TTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* * ***
44648 ACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGAT
1 ACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
* * * * *
44713 TTAAAAAATAAATCTGTTCACGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTCGAACTATTATCTATTT
65 TTAAAAAATAAATCTGTT-ACGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * *
44778 CAAATCTTTAT-AACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
129 CAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
44820 TAGTCTAAAA
Statistics
Matches: 698, Mismatches: 137, Indels: 118
0.73 0.14 0.12
Matches are distributed among these distances:
175 4 0.01
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177 11 0.02
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179 132 0.19
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181 92 0.13
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185 32 0.05
186 12 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
ACAAGCTTATTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
TAAAAAATAAATCTGTTACGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
AATCATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
Found at i:44895 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 44854--44898 Score: 65
Period size: 21 Copynumber: 2.1 Consensus size: 22
44844 TAACATTCAA
*
44854 AAAATTAATAAGCAAGAAATTT
1 AAAATTAATAAACAAGAAATTT
*
44876 AAAA-TAATAAACAAGAAAATT
1 AAAATTAATAAACAAGAAATTT
44897 AA
1 AA
44899 TAAACTTATT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 1
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
21 17 0.81
22 4 0.19
ACGTcount: A:0.67, C:0.04, G:0.07, T:0.22
Consensus pattern (22 bp):
AAAATTAATAAACAAGAAATTT
Found at i:45380 original size:182 final size:182
Alignment explanation
Indices: 44911--45696 Score: 614
Period size: 182 Copynumber: 4.4 Consensus size: 182
44901 AACTTATTCG
* ** ** * *
44911 AAATAAATTAATACTAATTTATTAGCATTCGAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTTAAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAA
* * * * * * ** * * * *
44976 TTAGTTTACCAAACAATTTTAAATAATTATTATTATTTGAACAATTGTCCATTTAAAATCATTAT
66 TTTGTTTACTAAACTAGTTCAAAAAATTATTACCATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTATTAT
* * * * ** *
45041 AACCTTTTGATTTT-TCATAAAACAATTATTTTAGTTAATACAAGCTTAGATG
131 GACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGATCATACAAGCTTATTTA
* * *** * *
45093 GAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTTTTTAAATTAATAAGTAAGAAATTTTAAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAA
* * ** **
45158 TTTGTTTACTGAATTAGTT-AATAAAATTATGGCCATTTGAATGATTATCTATTTTAAATTATTA
66 TTTGTTTACTAAACTAGTTCAA-AAAATTATTACCATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTATTA
45222 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGATCATACAAGCTTATTTA
130 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGATCATACAAGCTTATTTA
*
45275 AAATAAAATCATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAA
* * ** * * * * * *
45340 TTTGTTTATTGAACTAGTTCAATTAGTTATTACTATTTGAACAATTGT-TAATCTCAAATTGTTA
66 TTTGTTTACTAAACTAGTTCAAAAAATTATTACCATTTGAACAATTATCT-ATTTTAAATTATTA
* * * * * * *
45404 AGATC-TTTGTTTTGTCATATAACAGGTGGTTCT-GATCATAAAAGCTTATTCTA
130 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGTTTTAGATCATACAAGCTTATT-TA
** * *
45457 TTA-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG--A-A-ATTTAAAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAA
* * * ** * ** *
45517 TGTGCTTGTA--AAACCAGTTCAAAAAGTTAAAACCATTAGAA-AATTATCTATTTTGGATTGTT
66 TTTG-TT-TACTAAACTAGTTCAAAAAATTATTACCATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTATT
* * * * * * * **
45579 -TGA-TTTGTTGTTTAGTCAT-AAATATTTGTTTCATATCTTACAAGCTTATTCG
129 ATGACCTT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGATCATACAAGCTTATTTA
* * * * * * *
45631 GAATAAAATAATCCAAATTTATTAACATTAAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTGAAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAA
45696 T
66 T
45697 ATATTTAACA
Statistics
Matches: 481, Mismatches: 106, Indels: 37
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
174 5 0.01
175 54 0.11
176 25 0.05
177 43 0.09
178 4 0.01
179 18 0.04
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183 2 0.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (182 bp):
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAA
TTTGTTTACTAAACTAGTTCAAAAAATTATTACCATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTATTAT
GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGATCATACAAGCTTATTTA
Found at i:46107 original size:177 final size:176
Alignment explanation
Indices: 45741--47735 Score: 964
Period size: 177 Copynumber: 11.2 Consensus size: 176
45731 AGTTTATCCA
* * *
45741 AAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATACGCAAGAGTTTAAAAAAATTAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATACG--TGA-TTT-AAAAAA-TAAA
* * * * * * * *
45806 TTGTTTACCGAA-CAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATATTTGTCTATTTAAAATTGTTAT
61 TCGTTTACCAAATC-AGTTCAAATAATTATCACCATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTAT
* *
45870 GACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCG
125 GACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCG
* *
45922 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATACGTGATTTAAAAAGTGAATCGAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATACGTGATTTAAAAAATAAATCG-T
* *
45987 TTACCAAATCAGTTCAAATAATTATCACCATCTT-AATAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACC
65 TTACCAAATCAGTTCAAATAATTATCACCAT-TTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACC
* ** * * *
46051 TTTTGTTTAGTCATATAACAATTGTTT-TTTATCATGCAAGGTTTTTCG
129 TTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAAT-TCATACAAGCTTATTCG
* * * **
46099 AGATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAATATTAATAAAAT-ATTTAAAAAATAAATCTG
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-ACGTGATTTAAAAAATAAATC-G
* * * * * * * * * *
46163 TTTGCCAAATCAGTTTAAATATTTATGACTATTTAAATAATTGTATACTTCAAATAATTATTTAA
64 TTTACCAAATCAGTTCAAATAATTATCACCATTTGAATAATTATCTA-TT-TAA-AATT-GTT--
* * * * *
46228 AAAATAAACCTTTTGTTCTA-TCATAAAAAAATTATTT-ATGTTCATACAAGCTTATTTG
123 ---AT-GACCTTTTGTT-TAGTCATAAAACAATTGTTTCA-ATTCATACAAGCTTATTCG
* * * * * *
46286 AAATAAAATAATAGTAATCTAATAATATTTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAATTAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AC---GTGATTTAAAAAATAAA-
* * * * * ** ** * * * * * **
46351 TTGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTAAAAATATATGAACAGTTATCTAGTTCAAATCATTATG
61 TCGTTTACCAAATCAGTTCAAATAATTATCACCATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATG
* * * * * *
46416 ACCTTTTCTTTTGTTATAAAACAAAAT-TTTCAATTCATACTATCTTATTC-
126 ACCTTTTGTTTAGTCATAAAAC-AATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCG
* *
46466 AGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
1 A-AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATACGT----GATTTAAAAAATAA
* * * * ** * * * **
46530 TTCTATTTACC-TACCAGTTTTAATAATTATGACTATTTGAATAGA-TATCTATTTCAAATCATT
60 ATC-GTTTACCAAATCAGTTCAAATAATTATCACCATTTGAATA-ATTATCTATTTAAAATTGTT
* * * * *
46593 ATGACCTTTTCTTTTGTTATAAAACAAAT-TTTCAATTCATACTAGCTTATTC-
123 ATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCG
* *
46645 AGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
1 A-AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATACGT----GATTTAAAAAATAA
* * * * ** * ** * * *
46709 TTCTATTTACC-TACCAGTTTTAATAATTATGATAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
60 ATC-GTTTACCAAATCAGTTCAAATAATTATCACCATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTA
* ** * * * *** * * * *
46773 TGACCTTTTATTTTTTCATAAAAAAAATATTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTG
124 TGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCG
* * * * * *
46826 GAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTTT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATACGTGATTTAAAAAATAAATC-GT
* * * * * * *
46891 TTATC-AATCCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGTAATTATTTA-TTATAAATTGTTATTAC
65 TTACCAAAT-CAGTTCAAATAATTATCACCATTTGAATAATTATCTATTTA-AAATTGTTATGAC
* * * * *
46954 TTTTTGTTCTA-TTATAAAACAATAGTATCTATTCATACAAGCTTATTCG
128 CTTTTGTT-TAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCG
* * * ** * * ** *
47003 AATTAAAATAATATTATTTTATTAATATTTTGATAATGAA-A--AAAATTAAAAAATTAAGCAT-
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATACGTGATTTAAAAAA-TAA--ATC
* * * * * ** *
47064 GTTTACCAAA-CTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAACGATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
63 GTTTACCAAATC-AGTTCAAATAATTATCACCATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGA
* * * * * *
47128 -CTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTATTTTAGTTCATATAAGCTTATTCA
127 CCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCG
* * * * *
47176 AAATAAAATAATGCTAAGTTATTAATA--TC-CAAA--AA-A---GATTTAAAAAATGAATCTAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATACGTGATTTAAAAAATAAATC-GT
* * * * * * * * * *
47232 TTATCGAA-CAAGTTTAAATAAATATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACC
65 TTACCAAATC-AGTTCAAATAATTATCACCATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACC
* * * * *
47296 TTTTTGTTTTGTCATAAAA-AGATAT-CTTCTATTCATACAAGTTTATTTTG
129 -TTTTGTTTAGTCATAAAACA-AT-TGTTTCAATTCATACAAGCTTA-TTCG
* * * *
47346 -AATAAAATAATACAAATATATTTATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATACGT----GATTTAAAAAATAA
* * ** * **
47408 ATCTGTTTACCAAA-CAAATTTAAATCGTTATGATTATTTGAAT-A--A-C------AAATTGTT
60 ATC-GTTTACCAAATC-AGTTCAAATAATTATCACCATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTT
* * * * * ** * *
47462 ATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTATTCA-ACAAGCTCATTCT
123 ATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCG
* * * * *
47515 AATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCCACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATACGT----GATTTAAAAAATAAAT
** ** * ** * * * * ** *
47580 TTTTTACTGAA-CAAATTCAAATTGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTGTG
62 CGTTTACCAAATC-AGTTCAAATAATTATCACCATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATG
* * * * * * *
47644 ACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTAATATAAGTTTATTTG
126 ACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCG
47695 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
47736 GAGTAAGAGA
Statistics
Matches: 1438, Mismatches: 290, Indels: 173
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
164 2 0.00
166 53 0.04
167 10 0.01
168 22 0.02
169 71 0.05
170 67 0.05
171 32 0.02
172 17 0.01
173 45 0.03
174 27 0.02
175 50 0.03
176 37 0.03
177 290 0.20
178 14 0.01
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180 171 0.12
181 133 0.09
182 53 0.04
186 2 0.00
187 75 0.05
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189 1 0.00
190 1 0.00
191 46 0.03
192 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (176 bp):
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATACGTGATTTAAAAAATAAATCGTT
TACCAAATCAGTTCAAATAATTATCACCATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTT
TTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCG
Found at i:46658 original size:179 final size:179
Alignment explanation
Indices: 46268--47839 Score: 925
Period size: 179 Copynumber: 8.9 Consensus size: 179
46258 ATTATTTATG
* * * * * * *
46268 TTCATACAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATA-GTAATCTAATAATATTTTAAAAATTAATAACT
1 TTCATACTAGCTTATTCAG-AATAAAATAAAATG-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * ** * * *
46331 AAGAGATTTAAAAATTAAATT-TGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTAAAAATATATGAACAGT
64 AAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTATTTACC-AACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAT
*
46395 TATCTAGTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTTATAAAACAAAATTTTCAA
127 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTTATAAAAC-AAATTTTCAA
*
46449 TTCATACTATCTTATTCAGAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
1 TTCATACTAGCTTATTCAGAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* ** *
46514 GAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTACCAGTTTTAATAATTATGACTATTTGAATAGA-TAT
66 GAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACA-ATTAT
46578 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTTATAAAACAAATTTTCAA
130 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTTATAAAACAAATTTTCAA
46628 TTCATACTAGCTTATTCAGAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
1 TTCATACTAGCTTATTCAGAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* **
46693 GAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTACCAGTTTTAATAATTATGA-TAATTTGAACAATTAT
66 GAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCAACCAGTTCAAATAATTATGACT-ATTTGAACAATTAT
* * * ***
46757 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTT-TTCATAAAAAAAATATTTTTG
130 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTT-ATAAAACAAAT-TTTCAA
* * ** * * *
46808 TTCATA-TAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATACT-AATCTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-T
1 TTCATACT-AGCTTATTCAGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * **
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64 AAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCAA-CCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATT
* ** * * * * * * * *
46932 ATTTATTAT-AAATTGTTATTACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATAGTATCTA
128 ATCTATT-TCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTTATAAAACAA-ATTTTCAA
* * * * ** * *
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1 TTCATACTAGCTTATTCAGAA-TAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * *
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65 AGAGATTTAAAAAA-TAATTC-TATTTACC-AACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAT
** * * *
47106 TATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTATTTT-AG
127 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTTATAAAACAA--ATTTTCAA
* * *
47158 TTCATA-TAAGCTTATTCAAAATAAAAT--AATGCTAAGTTATTAATA--TC-------CA-AA-
1 TTCATACT-AGCTTATTCAGAATAAAATAAAATG--AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * *
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63 TAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTATTTA-CCAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAA
* *** * * * * *
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126 TTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTCTTTTGTTATAAAACA-A-ATTTTCAA
* * ** * ** * *
47327 TTCATACAAGTTTATTTTGAATAAAATAATACAAATATATTTATA-TT-AAGACAATTAATAAGT
1 TTCATACTAGCTTATTCAGAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGT
* * * * * * ** *
47390 AAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAATTTAAATCGTTATGATTATTTG---AA-T
64 AAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACC-AACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATT
** * * * * * *
47451 A---A---CAAATTGTTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTT-TA
128 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTTATAAAACAA--ATTTTCAA
* * * * * * *
47498 TTCA-ACAAGCTCATTCTA-ATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCCACAATTAATAAGTA
1 TTCATACTAGCTTATTC-AGAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * ** * *
47561 AAAGATTTAAAAAATAAATT-T-TTTACTGAACAAATTCAAATTGTCATGACTATTTGAATAATT
65 AGAGATTTAAAAAAT-AATTCTATTTAC-CAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * *
47624 ATCTATTTTAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAG
128 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTTATAAAACAAAT-TTTCAA
* * * * *
47677 TTAATA-TAAGTTTATT-TGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAG
1 TTCATACT-AGCTTATTCAG-AATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* ** ** * *
47739 TAAGAGAATTAAAAAAATGAA-TCTATTTATTGAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACA
63 TAAGAG-ATTTAAAAAAT-AATTCTATTTA-CCAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACA
* *
47803 ATTATCTATTT-AAATACATTATGACTTTTTGTTTTGT
125 ATTATCTATTTCAAAT-CATTATGACCTTTTCTTTTGT
47840 CAAAAAGCAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (179 bp):
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GAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATC
TATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTTATAAAACAAATTTTCAA
Found at i:47448 original size:182 final size:178
Alignment explanation
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47198 TAATATCCAA
* * * * * **
47208 AAAAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATCGAACAAGTTTAAATAAATATGACTATTTGAACAATT
1 AAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
*
47273 ATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTTGTTTTGTCATAAAA-AGATATCTTCTATTCATACAAG
66 ATCTATTT-AAATTGTTATAACCTTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATAT-TT-TATTCATACAAG
* * *
47337 TTTATTTTGAATAAAATAATACAAATATATTTATATTAAGACAATTAATAAGT
127 TTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAA-ACAATTAATAAGT
* * * *
47390 AAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAATTTAAATCGTTATGATTATTTG---AA-T
1 AAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * *
47451 A---A--CAAATTGTTATAA-CTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTATTCA-ACAAGCT
66 ATCTATTTAAATTGTTATAACCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TA-TTTTATTCATACAAGTT
* * * **
47509 CATTCT-AATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCCACAATTAATAAGT
129 TATTTTGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTAAACAATTAATAAGT
* ** * * *
47560 AAAAGATTTAAAAAATAAAT-TTTTTACTGAACAAATTCAAATTGTCATGACTATTTGAATAATT
1 AAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
** * * * * *
47624 ATCTATTTTAAATCATTGTGACC-TTTTGTTTTGTAATAAAACAAT-TGTTTCAGTTAATATAAG
66 ATCTA-TTTAAATTGTTATAACCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAT-TTT-A-TTCATACAAG
*
47687 TTTA-TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATGAGT
127 TTTATTTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT-AAACAATTAATAAGT
* * * ** * *
47740 AAGAGAATTAAAAAAATGAATCTATTTATTGAAA-AAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAA
1 AAAAG-ATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
** * *
47804 TTATCTATTTAAATACATTATGA-CTTTTTGTTTTGTCA-AAAAGCAAT-TGGATCTATTCATGA
64 TTATCTATTTAAAT-TGTTATAACCTTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATAT---TTTATTCAT-A
*
47866 -AAGCTTATTTTGAAT-AAATAATA
123 CAAGTTTATTTTGAATAAAATAATA
47889 ATTTAAACAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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184 2 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
AAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
ATCTATTTAAATTGTTATAACCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATATTTTATTCATACAAGTTTA
TTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAACAATTAATAAGT
Found at i:47556 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 47282--47621 Score: 438
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47272 TATCTATTTG
* * *
47282 AAATTGCTATAACCTTTTTGTTTTGTCATAAAAAGATATCTTCTATTCATACAAGTTTATTTTGA
1 AAATTGCTATAACCTTTTTGTTTTGTCATAAAAAGATATCTTCTATTCATACAAGCTCATTCTGA
* *
47347 ATAAAATAATACAAATATATTTATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
66 ATAAAATAATACAAATATATTAATATTAACACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-T
* * *
47412 GTTTACCAAACAAATTTAAATCGTTATGATTATTTGAATAAC
130 GTTTACCAAACAAATTCAAATCGTCATGACTATTTGAATAAC
* *
47454 AAATTGTTATAA-CTTTTTGTTTTGTCATAAAATA-ATTAT-TTTTATTCA-ACAAGCTCATTCT
1 AAATTGCTATAACCTTTTTGTTTTGTCATAAAA-AGA-TATCTTCTATTCATACAAGCTCATTCT
** * **
47515 -AATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCCACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
64 GAA-TAAAATAATACAAATATATTAATATTAACACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* ** *
47579 TTTTTTACTGAACAAATTCAAATTGTCATGACTATTTGAATAA
128 TTGTTTACCAAACAAATTCAAATCGTCATGACTATTTGAATAA
47622 TTATCTATTT
Statistics
Matches: 146, Mismatches: 19, Indels: 9
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Matches are distributed among these distances:
169 37 0.25
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ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (171 bp):
AAATTGCTATAACCTTTTTGTTTTGTCATAAAAAGATATCTTCTATTCATACAAGCTCATTCTGA
ATAAAATAATACAAATATATTAATATTAACACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTG
TTTACCAAACAAATTCAAATCGTCATGACTATTTGAATAAC
Found at i:48756 original size:180 final size:179
Alignment explanation
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Period size: 180 Copynumber: 12.6 Consensus size: 179
48378 TCATACAAAA
* *
48388 TTATT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTCAAAAATTAATAAG---G--ATTCAAA
1 TTATTCTA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTAAAA
* * * ** * * * * *
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* * * * ** * * * * * *
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* * * * *
48562 TCTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAGGAAATTACTAAGCAAGAAATTAAAA
1 T-TATTCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGTAAGAAATTAAAA
* * * *
48627 AAATAAATCAGTTACCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTAAAAT
64 AAATAAATTAGTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * *
48692 CATTATGACATTTTATTTTATCATAAAATAATTGTTTCAGTCCATAAAATC
129 CATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAATC
* * * * * * *
48743 TTATTCTAAATAAATTAATA-TTACTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAA
1 TTATTCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTAAAAA
* * * ** * * * * *
48807 AACAAATTAGTTTATCAAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATCTAAACAATTATCTATTTCAAAT
65 AATAAATTAG-TTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* *
48872 CATTATGA-ACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA--TCATACAAGC
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* * * * * *
48923 CTATTC-AGAATAAAATAAAACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAA
1 TTATTCTA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTAAAA
* * * * *
48987 AAATAAATTTGTTTACCGAACCAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATTTTTCAAA
64 AAATAAATTAG-TTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
** * * * * * *
49052 TTGTTATAACTTTTTGTTATGTCATAAAATAATTATTTCTA-TTCATACAAGT-
128 TCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATA-AAATC
* * * ** * *
49104 TTATTCAAAATAAAATAACACT-ATTGTAATAATATTCTAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAA
1 TTATTCTAAATAAAATAATACTAATT-TATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAAATTAAAA
* * * * * * * *
49168 AAATAAATTTATTTGCTGAATCAA-TTCAAATAGTTAAGGCTATGTGAACAATTCTTTATTTCAA
64 AAATAAA-TTAGTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * * *
49232 ATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCGTAAAATAATT-TATTCAGTTCTTAGTAA-C
127 ATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCAGTTCATA-AAATC
** *
49285 TTATTC-AGAATAAAATAA-AAAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGACATTTAAA
1 TTATTCTA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGA-AATTAAA
** * ** * * * *
49348 AAAA-ATTTTATTTGTCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAA
63 AAAATAAATTAGTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * ** *
49412 ACATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGT-
128 TCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA-AAATC
* * * * * * *
49464 TTGTTCGAAATAAAATAATATTAATTTATT-ATATTTTGAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAA
1 TTATTCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTAAAAA
* ** * * * *
49528 AATAAATTTGTTTACTAAACCAA-TTCAATTAGTTATAACTATTTGAACAATTCTTTATTTCAAA
65 AATAAATTAG-TTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * *
49592 TCATTATGACCA-ATTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAGTC
128 TCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAATC
* * * * * *
49644 TTATTC-AGAATAAAGTAATGCTAATTTATTGATATTTTAAAAATTAATAAATAACGGATTTAAA
1 TTATTCTA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAA-GAAATTAAA
** * * * * * * *
49708 AAAATGAACCT-GTTGGCCTAACCAGTGCAAATAATTAAGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCA
63 AAAAT-AAATTAGTT-ACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * * *
49772 AATCATTATGATC-TTTTATTTTATCACAAAGCAATTGTTTCTGTTCGTAAAAGT-
126 AATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAA-TC
* * * * * * * * *
49826 TTATTCAAAATAACATAA-ATTTAGTTTATTAATATTATTAAAATCAATATGTAAGAGATTTAAA
1 TTATTCTAAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAAATTAAAA
* * * * * *
49890 AAATGAATCT-GTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACCATTTAAAAAATTCTCTATTTCAA
64 AAATAAAT-TAG-TTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * *
49954 ATCACTATAACATTTTGTTTTATCATAAAACAATT-TTTCTA-TTCATATAAGC
127 ATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAATC
* * * * ** * *
50006 TTATT-TCAAATAAAATTATACAAAGTTATTAATAGTTAGACTATTAACAAGT--GAAAGATATA
1 TTATTCT-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGTAAGAAA-TTA-A
* * * * * *
50068 AAAAATAAATTTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTA-CTTAATTC
62 AAAAATAAATTAG-TTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTC
* * * * * *
50132 AAATCGTTATGATATTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGGTTTTC--TCCATACAAGC
125 AAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-G-TTTCAGTTCATAAAATC
* * * * * * **
50187 TTATT-TGGATTAAAATAATATTAATTT-TTAATATTTTGATAATTAATAAGCAA-AAGATTTTA
1 TTATTCT-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTAAA
* * * * ** *
50249 AAAATAGATATATTTACCGAACAAGATCAAATAGTTATAACTATTTGAGTAATTATCTATTTAAA
63 AAAATAAAT-TAGTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * ** * * * **
50314 ATCGTTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATCAATTCATATAGGC
127 ATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAATC
* * * * * **
50367 TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTGATATTCCAAAAAATAATGAGTAAGAGTTTTAAAA
1 TTATTCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGA-AATTAAAA
* ** * * *
50432 AAACGAAACAATTTTCCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
64 AAA-TAAATTAGTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * * *
50497 TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTCCTGTTTATACAAGC
128 TCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAATC
*
50549 TTATT-TGGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTAAA
1 TTATTCT-AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTAAA
*** *
50611 AAAATAAA-TATGTTTTTTGAACATGTTCAAATAGTTATGAC
63 AAAATAAATTA-G-TTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
50652 CTTTTTTTTT
Statistics
Matches: 1624, Mismatches: 377, Indels: 172
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 2 0.00
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176 1 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (179 bp):
TTATTCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTAAAAAA
ATAAATTAGTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
TTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAATC
Found at i:49039 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 48378--58578 Score: 5184
Period size: 181 Copynumber: 56.7 Consensus size: 181
48368 TAATTGGTAT
** * *
48378 TCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTCAAAAA-T--TAA-TAAG
1 TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * * * * * *
48439 -GATTCAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCTGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATT-TT
66 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * ** * * *
48502 TTTTTCAAATCGTTCT-AACTTTTTGTTTAATTATAAAATAATTGTTTTAGC-
131 TATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TCA
* * * * *
48553 TCATACATG-TCTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTT-AGGAAATTACTAAGC
1 TCATACAAGCT-TATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGT
* * * * *
48615 AAGAAATTAAAAAAATAAATCAG-TTACCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
63 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * *
48679 ATATATTTAAAATCATTATG-ACATTTTATTTTATCATAAAATAATTG--TTTCA
128 ATCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA
* * * * * *
48731 GTCCATAAAATCTTATTCTA-AATAAATTAATA-TTACTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGT
1 -T-CATACAAGCTTATTC-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * ** * * * * *
48794 TAGAGATTTAAAAAACAAAT-TAGTTTATCAAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATCTAAACAAT
63 AAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
48858 TATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA
127 TATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA
* * * *
48913 TCATACAAGCCTATTCAGAATAAAATAAAACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGG
1 TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * *
48978 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATA
66 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* ** * * * *
49043 TTTTTCAAATTGTTAT-AACTTTTTGTTATGTCATAAAATAATTATTTCT-A
131 TATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA
* * * * **
49093 TTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAACACT-ATTGTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACC
1 -TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATT-TATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT
* * * * * * * * *
49156 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGCTGAATCAATTCAAATAGTTAAGGCTATGTGAACAATT
63 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * * *
49221 CTTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCGTAAAATAA-T-TTATTCA
128 ATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA
* * **
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* * * * ** * * *
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* * * * **
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128 ATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA
* * * * ** *
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1 TCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
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* * * * *
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65 -GAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * * **
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* * * * * * * * * *
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1 TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTA
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* * *
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* * * * * ** *
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* * * ** * *
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* * * *
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** * * ** * *
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1 T-CATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * * * **
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65 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * ** *
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130 CTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC-A
* * * * * *
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* * ** * * *
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64 AGAGATTTAAAAAATA--AATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* ** **
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127 TATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA
* **
50539 TTATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
1 TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * *** *
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65 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* ** * *** ***
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129 TCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTT-G-TCATA-AAACA-ATT--GTTTTTCA
* * * * ** * * * *
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1 TCATAC-AAGCTTATTCAGAA-T--AAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-TTA-AT
** * ** * * * * ** *
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59 AAG--TA--AGAG--A-TTTAAA-AAATA-AATCTG-TTTACCGA--A-CCAGTTCAAATAGTTA
** * * * * * *
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*
50888 AAATGATACTAATT-TTTTAAT-A
164 TAA--A-AC-AATTGTTTT--TCA
* ** * * * * *
50910 TTATA-AAAATTAATAGGT-AGGAGATTTAAAA-AATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATA
1 TCATACAAGCTT-AT---TCA-GA-A--TAAAATAAT-ACTA-ATTTA-TTAA-TATTTCAAA-A
* * * * * * * *** * *
50972 GTCATGTTCATTTGAA-TAATTATCTATTTGAAATCATTAAGACCTTTTGTTTTG--TCA--TAA
53 ---A--TT-A-AT-AAGTAA-GA--GATTT-AAA-AAATAA-ATCTGTT-TACCGAACCAGTTCA
* * * * * ** * ** * **
51032 AACA-ATATG-TTCATGT-AA-AATTATTTAGAATAAAAT-AACACTGATCTATTAATTTTG--A
103 AATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTA-TGAACT-TTTGTTTTGTCA
** * ** * *
51090 -AAATTAATGAGAGATATAA
164 TAAAACAAT-TG-TTTTTCA
** * * * * * *
51109 AAACTA-AATC-TATTTA-AA-AAAATAGT-TTAAATAGTT-TTAAACAGTTCAAACAAACTAAA
1 TCA-TACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AAT--TTATT-AATA-TT-------TC-AAA
* * *** * * *
51168 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATATATGTGTTTGTTGAACTAGTTCAAATAGCTAAGACT
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* * * ** * * *
51233 ATTAGAACAATTATTTATTTCAAATCATTCTGGCCTTTTGTTTAGTCATAAAATAA-T-TATTTC
116 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC
51296 A
181 A
* * * * * * *
51297 GTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTGACATTTGAAAAATCAATGAGTA
1 --TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
*** * *
51362 AGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTATTAAACAAGTTTAAATAGATT-TGACTATTTGAACAAT
64 AGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * *
51426 TTTCTA-TT-AATGTCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTG--CTTCA
127 TATCTATTTCAA-ATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA
* * * * ** *
51478 GTTCATAAAAACTTA-TCTAAAATAAAATAATACTACTTTACCAATATTTCAAAAATTAATAAGC
1 --TCATACAAGCTTATTC-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * *
51542 AAGGGATTTAAAAACTAAAGT-TGTTT-TCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAA
63 AAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * * *
51605 TATCAATCTCAAAT-AGTTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAAAAATTGTTTCTGA
127 TATCTATTTCAAATCA-TTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA
* * *
51659 TCATACAAGCTTATT-TGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-T--TAAG-AA
1 TCATACAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * **** * * * *
51719 GAGATTTAAAAAATAAATGTATTTGTTAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATATTTAT
65 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
** * * * * * ***
51784 CTATTTCAAATTGTTCTGACCTTTTGTTTAGAT-ATATAACAATTGTATCAGA
130 CTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTTTCA
* * * *
51836 TCATACAAGCTTATTCGGACTAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATACA-CA
1 TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATA-AGTA
* * * *
51899 TGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAAT-GCTTATGACTATTTGAACAAT
64 AGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAAT
* * ** * * * ***
51963 TATCCATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTAGT
127 TATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA
* * * * ** * ** *
52018 TCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATGCTACCTCATTAATATTTTGAAAGTTAATAAGTAAG
1 TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * ** * * * *
52083 AGATATAAAAAATAAAT-TAGTTGACCAAATTAGTTCAAAT-GATTATGGCCATTTGAACAACTG
66 AGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACCGAACCAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTA
* * ** * *
52146 CCTATTTCAAATTATTAT-TTCTTTTTGTTTTGTCATACAACAATTGTTTTTAA
129 TCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA
* * *
52199 ACATACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTTCAAGAA-T--TAA-TAA
1 TCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * ** * *
52259 GAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTTCTAAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTA
65 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-CGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
** * * * **
52324 TCTATTTCAAATTGTTAT-ACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTTTGT
129 TCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA
** * *
52376 TCATATGAGCTTATT-AGGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATA-TTCTAAAAATTAATAAATA
1 TCATACAAGCTTATTCA-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTA
** * * ** * * * *
52439 AGAGATTTAAAAAATAAATAC-AATTGCCAAACTGGTTCAAACAATTAAGACTATATGAACAATT
64 AGAGATTTAAAAAATAAAT-CTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * *
52503 ATATATTTGC-AATTATTA-CAACCTATT-TTTTGTCATAAAATAA-TG-ATTTCA
128 ATCTATTT-CAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA
* * * *
52554 GCTCATACAAGCTTATTCGAAAATATAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT--T--TT
1 --TCATACAAGCTTATTC-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * *
52615 AAGAGATTTAGAAAATAATTCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTAT-ATCTATTTAAACAAT
63 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAAT
** * * * **
52679 TATCTATTTCAAATTGTTAT-TACTTTTTGTTTTTTCATAAAATAATTGTTTTTGT
127 TATCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA
* * * * * * *
52734 TAATATAAG-TATGTTCAAAATAAATTAATTCTAATATATTAATATTT-AGAAAATTAATCAA-T
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* * * * * * * * *
52796 AAGAGATTTAGAAAGTAAATCTATTTACCAAACCATTTTAAATAGTTTTGGCTATTTGAATAATT
63 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * **
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128 ATCT-ATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA
* ** * * * * **
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1 TCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * ** * * * * * * **
52978 AAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCC-AAACAGGTTCAAATTGTTAAGATTATATGAATGATTA
65 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * * *
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129 TCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TCA
* * ** * * * * *
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1 TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * * *
53159 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAATCAGTACAAACAGTTAGGACTATTAT-AACAATTAT
66 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTAT
* * * * *
53223 CTATTTTAAATTATT-TTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATT-ATTTT-A
130 CTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA
* ** * * * *
53273 GTGTATACGTGCTTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTAATAA-AATTCAAAAAATTAATAAGA
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* * ** ** * *
53337 AAGTGATTTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAATAAGTTCAAATAGTTA-GTACTAGTTGAATAA
63 AAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATG-ACTATTTGAACAA
* * * *
53401 TTATCTA---C----C-TTTTG-A--TTTG---T-T-ATAAAAAATTTGTTTCAGTTAA
126 TTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT---TTCA
* ** * * *
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1 TCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTA
* ** * * * * * * *
53504 AGAAATTTTTAAAA-AAA--TATTTACCGAATCAGTTAAAATAATTTTGGCCATTTGAACAATTA
64 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * *
53566 TCGATTTGAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTTA
129 TCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA
* * * * *
53619 TCGTACAAGTTTATT-TGAAATAAAATAAT-TTAATTTATTAGTATTTCAAAAATTAATAAGTAA
1 TCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * *
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65 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * *
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130 CTATTTCAAATC-ATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTCA
* * * * * *
53798 TCATAAAAGCTCATTCAG-TTAAAAATAATACTATTTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
1 TCATACAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * ** * * ** * *
53862 GAGATTGAAAACATAAATGTGTTTGTCAAACCAGTTTAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTAT
65 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * * *
53927 TTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTATTTAGTCATAAAATATTTGTTTCAT-A
130 CTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTCA
* * * * * * * ** *
53979 TCTTACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATCCAAATTTAGTAA-CTTTGAAAAATTAATAACCAAA
1 TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
** * * * *
54043 AGATTTCAAAAAAATAAATCTGTTTATTGAGCAAGTT-AAATAGTTATGACTAATTGAATAATTA
66 AGATTT--AAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * ***
54107 TTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTTAGT
129 TCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA
* * * * *
54160 TCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGGAAG
1 TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * *
54225 AG-TTTAAAAAAATAAATTTGGTTACTGAATACA-TTCAAATAGTTCA--ACTATTTCAACAATT
66 AGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-CCAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATT
* * * * * * *
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*
54340 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTA
1 -TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTA
* * * ** * * * * * *
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* ** * * * * *
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128 ATCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA
* * * *
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1 TCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * *
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65 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * *
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130 CTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTCA
* * ** * * * * *
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1 TCATACAAGCTTATTCAG-AAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * *
54763 AGAGATTTAAAAAATAAATATTTTTGCTGAACCAGTTAAAATAGTTAAGATTATATGAACAATTA
64 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * *
54828 TTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCT-ACATAAAACAA--CTTTTTCAA
129 TCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTGTTTTTC-A
*** * * *
54880 TTCATGTTAGCTTATTCGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGTA
1 -TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * *
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64 AGAGATTTAAAAAATAAA-TCTGTTTAC-CGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* ** * * **
55007 TATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGT
127 TATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA
* * * * * * * ** *
55062 TCATATAAGTTTGTTCAAAATATAATAATACTAATATATTTAT-TTTTGAAAATTAAT-AGCTAG
1 TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAA
* * * *
55125 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAA-CA--T---GT--TTAT--CCATTTGAACAATTAT
65 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
** * * *
55180 CTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTTGCCATAAAACAA-T-TTGTTCA
130 CTATTTCAAATCATTATGAACTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA
* * * **
55231 TTCA-A-AA--TTATTTAGAATAAAATAATATTGATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAA
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* * * * * * *
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65 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCG-AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * *
55352 TCTATCTCAAATCATTATGATC-TTT-ATTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTC-
129 TCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTCA
* *
55403 TCATACAAGCTCATTCA-AATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAA
1 TCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * ** * * * *
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65 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-CCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * *
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129 TCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC-A
* * * * * * *
55582 TTCATACATGCTTATTAAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGCAA
1 -TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* ** * * *
55647 GAGATTTAAAAAA-ACAATTTGTTTACTAAACAAGTTTCAAATAGATT-TGACTACTTAAACAAT
65 GAGATTTAAAAAATA-AATCTGTTTACCGAACCAG-TTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAAT
* * * ** *
55710 TTTCTATTTAAAGAT-GTTACAAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG--TTTCA
127 TATCTATTTCAA-ATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA
* * * * * * *
55763 GTTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTACTAATATTTCAAAAGTTAATAAGCA
1 --TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * *
55828 AGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTACCTG-ACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATT
64 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC-GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* ** * *
55892 ATCTATCTCAAATTGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-A
128 ATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA
** * * * ** * *
55944 TCCATACAAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATA-TTCTAAAATTAATAAGTAA
1 T-CATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * *
56008 GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACAATTAGAACAATTAT
65 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * ** * * * ** *
56073 ATATTTTAAATTGTTCTGACCATTTGTTTAATCATAAAATAATTG--TTTCAA
130 CTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC-A
* * * * *
56124 TTCATACATA-CTTATT-TGAAATAAAATAATACTATTTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGC
1 -TCATACA-AGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * ** ** * *
56187 AACA-AATT-AAAAA-AAAT-TGGTTTACTAAATAAATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAAT
63 AAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * ***
56248 TATCTATTT-AAA--ATTGT-TACATTTTGTTTTATAATAAAAAAATTGTTTTAGT
127 TATCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA
** * * * * * * * * **
56300 TTTTAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAGTATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTTG
1 TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* ** ** * * * *
56365 AGATTTCAAAAATAAATCAATTTATTGAATCAGTTCAAATAATTATGGCAATTTGAACAATTATC
66 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * *
56430 TATTTCAAATCATTATGAACATTTATTTTG-CTATAAAA-ATTTTTTTTTCA
131 TATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTTTCA
* ** ** * * * *
56480 TCATATAAGCCAATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATGAATATTTCAAAAATTAATGAGTAGG
1 TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * *
56545 AGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATA
66 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * **
56610 TATTTCAAAT-GTTAT-AACCTTTTGTTTTATCATAAAAACAATTATTTATGT
131 TATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTTTCA
* * * *
56661 TCATA-AAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTAT-GAAAATTAATAACTA
1 TCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * *
56723 AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAATTA-AAGCTATATGAATAATT
64 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATT
* * * * * **
56787 ACCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGT
128 ATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA
** * * * * * * **
56841 TTGTATAAGATTGTTCAGAACAAAATAATATTAATTTATTAATGTTTTGAAAATTAAT--G--AG
1 TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * *
56902 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAATTAGTTAT-AATAATTTGAACAATTAT
66 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTAT
* ** * * *
56966 TTATTTCAAATCATTATGGCCATTTGTTTTGTCATAAAA-TAGT-TTTTTCTA
130 CTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC-A
* * * ** * * *
57017 TTGAT-GAAGTCTTGTTTGGACTAAAATAATGCTAATTAATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGT
1 -TCATACAAG-CTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT
* * * ** * * * *
57080 AACATATTTAAAAAATGAATCTGTTGGCTTG-ACTAGTGCAAATAGTCT-TGACTGTTTGAACAA
63 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-CGAACCAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACAA
* * * *
57143 TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTATTTCT-A
126 TTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA
* ** * *
57198 TTCCTACAAGCTTATTTGGAATAACATAATTA-TAATTTATTAATA-TTCTGAAAA-T--TAA-T
1 -TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA-TACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT
* * * * * ***
57257 AAGAGATTTAAAAACTGAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGTGATT
63 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* ** * * *
57322 ACCTATTTCAAATTGTGAT-AACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAA-T-TTTTTCTA
128 ATCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC-A
* *
57375 TTCATACAAGCTTATTTA-AATTAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTCAAACAATTAATAAGT
1 -TCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAGT
* * * * * * ** * ** *
57438 AAAAGATTTAAAAAACAACTCTATCTACTGAATAAATTCAAATAAATATGACTATTTGAACAACT
63 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * **
57503 ATTTATTTCAAATCATTATG-AC-TTTGTTTTGTCAAAAAACAAATT-TTTTTGT
128 ATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTTCA
* * * * ** * * *
57555 TCATAGAAGCTTATTTAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGATAATTAATAAATAAA
1 TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
** * * ** * * *
57620 AGATTTTTAAAATAAATATGTTTAGCGAATAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATC
66 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* ** * **
57685 TATTTCAAATCGTTAT-AACATTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATTTGT
131 TATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA
* * * * * *
57736 TAATATAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTCATTAATATTCCAAAAATTAATGAGCAA
1 TCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * ** * *
57800 GAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCGAATAAGTTCGAATAGTTATGACTATTTGAACAATTTT
65 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * *
57865 CTATTTCAAATTATTATG-AC-ATTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCT-A
130 CTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA
* *
57914 TTCATATAAGCTTATTCCA-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAAATTAATAAG
1 -TCATACAAGCTTATT-CAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG
* * *** * * *
57977 TAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTTTTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTAT
62 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * **
58041 TATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGT
127 TATCTATTTCAAATCA-TTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA
* * * * *
58096 TCATACAAGCATATTCAAAATAAAAT-ATGCTATTTTATTAATATTCCAAAAA-T--TAA-T-A-
1 TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * *
58154 AGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCGAGCAAGTTTAAATAGTTATTATGCCTATTTGAACAAT
66 AGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAG---TTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * *
58219 TATTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTG-TATGTCATAAAATAATTATTTCT-A
127 TATCTATTTCAAATCA-TTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA
* * ** *
58272 TTCATTCAAGTTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-TGAAATTAATAGGTA
1 -TCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * ** * * * *
58335 GGAGATTT-CAAAGTAAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAATAATTA
64 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * **
58399 TCTATTTCAAATCGTTAT-AACCTTTTATTTTTTAATAAAACAATTGTTTCTGT
129 TCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA
* * ** * * * *
58452 TAATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTGATCTATTAATATTTTAAAAATTAAT-A--AA-
1 TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * ** * * *
58513 AGATTTAAAAACTAAATTTGTTTACCAAAATAGTTTAAATAGTTATGAC-ATGTGAGCAATTATC
66 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
58577 TA
131 TA
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TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
TATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA
Found at i:49397 original size:18 final size:19
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49361 GTCGAACCAG
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TTCAAATAATTATGACTAT
Found at i:50393 original size:723 final size:719
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48636 AGTTACCGAG
* * * * * * *
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* * * * * * * *
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** * * ** * * * ** **
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* ** * * * *
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* * * * *
48901 AATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTCAGAATAAAATAAAACTAATTTACTAATATTTCAAAA
256 AATTG--TTTCATTCATACAGGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTGATATTTCAAAA
* * *
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319 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATGAAA-CTGTTTACCAAACCAG-TCAAATAGTTATGACT
* * ** * *
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* * * *
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* * * * * * *
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510 AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATCAATTCAAATAGTTAAGACCATGTAAAAAATTC
* ** * * * * * *
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575 TCTATTTCAAATCACTATAACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTTATTCAGTTCATAGTAACTT
* * * *
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640 ATTCAGAATAAAATAAAAAAAGTTATTAATAGTTCAAAAATTAACAAGTAAGACATATAAAAAAA
* ** *
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* * * *
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1 CAAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAATAATTATCTAATTCAAAACATTATGACATTTTCTTTT
* * * * * *
49432 GTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTATA
66 GTCATAAAACAAATGGTTTTCTCCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTATA
* * * * * * *
49497 TTTTGAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAATTCAATTAGTT
131 TTTTGAAAATTAAGAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACCAAATCAAATAGTT
* * **
49562 ATAACTATTTGAACAATTCTTTATTTCAAATCATTATGACCAATTGTTTTGTCATAAAACAATTG
196 ATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * *
49627 TTTCTGTTCATACAGTCTTATTCAGAATAAAGTAATGCTAATTTATTGATATTTTAAAAATTAAT
261 TTTC-ATTCATACAGGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTGATATTTCAAAAATTAAT
* * ** * * * *
49692 AAATAACG-GATTTAAAAAAATGAACCTGTTGGCCTAACCAGTGCAAATAATTAAGACTGTTTGA
325 AAGTAA-GAGATTTAAAAAAATGAAACTGTTTACCAAACCAGT-CAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * * *
49756 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTATTTTATCACAAAGCAATTGTTTCTGTTCGTA
388 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA
* * * * ***
49821 AAAGTTTATTCAAAATAACATAA-ATTTAGTT-TATTAATATTATTAAAATCAATATGTAAGAGA
452 AAAGTTTATTCAAAATAAAATAACA-CTA-TTGTAATAATATTATAAAAATCAATAACCAAGAGA
* * * *
49884 TTTAAAAAATGAATCTGTTTACCGAAT-AAGTTCAAATAGTTATGACCATTTAAAAAATTCTCTA
515 TTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATCAA-TTCAAATAGTTAAGACCATGTAAAAAATTCTCTA
49948 TTTCAAATCACTATAACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTT-TTCTA-TTCATA-TAAGCTTAT
579 TTTCAAATCACTATAACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTTATTC-AGTTCATAGTAA-CTTA-
* * ** *
50010 TTCA-AATAAAATTATACAAAGTTATTAATAGTT-AGACTATTAACAAGTGAA-AGATATAAAAA
641 TTCAGAATAAAA-TAAAAAAAGTTATTAATAGTTCA-AAAATTAACAAGT-AAGACATATAAAAA
*
50072 ATAAATTTGTTTACCAAA
703 A-AAATTTATTTACCAAA
* * * * * * *
50090 TAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTA-CTTAATTCAAATCGTTATGATATTTTGTTT
1 CAAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAATAATTATC-TAATTCAAAACATTATGACATTTTCTTT
* * * * *
50154 TGTTATAAAACAATTGGTTTTCTCCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTT-TTAA
65 TGTCATAAAACAAATGGTTTTCTCCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATT-A
* * * * *
50218 TATTTTGATAATTAATAAGCAAAAGATTTTAAAAATAGATATATTTACCGAA-CAAGATCAAATA
129 TATTTTGAAAATTAAGAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACCAA-ATCAAATA
** * * **
50282 GTTATAACTATTTGAGTAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAA
193 GTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * *
50347 TTGTATCAATTCATATAGGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTGATATTCCAAAAAA
258 TTGTTTC-ATTCATACAGGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTGATATTTCAAAAAT
* * * ** * *
50411 TAATGAGTAAGAGTTTTAAAAAAACGAAACAATTTTCCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
321 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATGAAACTGTTTACCAAACCAG-TCAAATAGTTATGACTATT
* * *
50476 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTCCTGTTT
385 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTC
* *
50541 ATACAAGCTTATT
449 ATAAAAGTTTATT
50554 TGGAATAAAA
Statistics
Matches: 958, Mismatches: 200, Indels: 56
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
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720 3 0.00
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724 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (719 bp):
CAAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAATAATTATCTAATTCAAAACATTATGACATTTTCTTTT
GTCATAAAACAAATGGTTTTCTCCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTATA
TTTTGAAAATTAAGAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACCAAATCAAATAGTT
ATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
TTTCATTCATACAGGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTGATATTTCAAAAATTAATA
AGTAAGAGATTTAAAAAAATGAAACTGTTTACCAAACCAGTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
ATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAG
TTTATTCAAAATAAAATAACACTATTGTAATAATATTATAAAAATCAATAACCAAGAGATTTAAA
AAATAAATCTATTTACCGAATCAATTCAAATAGTTAAGACCATGTAAAAAATTCTCTATTTCAAA
TCACTATAACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTTATTCAGTTCATAGTAACTTATTCAGAATAA
AATAAAAAAAGTTATTAATAGTTCAAAAATTAACAAGTAAGACATATAAAAAAAAATTTATTTAC
CAAA
Found at i:50579 original size:723 final size:718
Alignment explanation
Indices: 47964--58565 Score: 2486
Period size: 716 Copynumber: 14.7 Consensus size: 718
47954 TTTCAAATTG
* * * * * * * *
47964 TTATGACCA-TTTGTTTTGTGATAAATCAATTGCTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
1 TTATGA-CATTTTCTTTTGTCATAAAACAAATGGTTTTCTCCATACAAGCTTATTCGAAATAAAA
* * *** * * * * * *
48028 TAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTAT
65 TAATATTAATTTATT-ATATTTTGAAAATTAAGAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTAC
* *** ** * * * * * * * *
48093 CGAGGGAGTTTAAATAATTATGACTATTTCAACAAATATTTATTTCAAATC---ATGATCTTTTC
129 CAAACCAAATCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * *
48155 TTTGGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGTTTATTCAGAAAAAAATAAAACTAATTTAT
194 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAGGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * ** * * * * * *
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* ** * * * *
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* * * ** * *
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* * * * ** ***
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* * * * * * ** * * * *
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* * * * ** ** * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * ** * * ** * *
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* ** ** * ** * * * *
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* * *
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192 TGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTCATTCATACAGGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATT
* * * * * * *
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* * ** * * *
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318 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * *
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383 AAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAA-ACTAATT-TATTAATATT-
** * * * *
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445 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAAT-AAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * ** * * * * *
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509 GACCATGTAAAAAATTCTCTATTTCAAATCACTATAACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTTAT
* * * *
49270 TCAGTTCTTAGTAACTTATTCAGAATAAAATAAAAAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
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* * ** * * *
49335 TAAGACATTTAAAAAAAATTTTATTTGTCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAATAATT
639 TAAGACATATAAAAAAAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAATAATT
*
49400 ATCTATTTCAAAACA
704 ATCTAATTCAAAACA
* * * * * * *
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1 TTATGACATTTTCTTTTGTCATAAAACAAATGGTTTTCTCCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
* * * * *
49480 AATATTAATTTATTATATTTTGAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTA
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* * * * **
49545 AACCAATTCAATTAGTTATAACTATTTGAACAATTCTTTATTTCAAATCATTATGACCAATTGTT
131 AACCAAATCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * *
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196 TTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAGGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTG
* * * * ** * *
49675 ATATTTTAAAAATTAATAAATAACG-GATTTAAAAAAATGAACCTGTTGGCCTAACCAGTGCAAA
260 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAAA-GAAACTATTTTCCAAACCAGTTCAAA
* * * * * * * *
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323 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * * *
49804 AATTGTTTCTGTTCGTAAAAGTTTATTCAAAATAACATAAATTTAGTTTATTAATATTATTAAAA
388 AATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAAA-CTAATTTATTAATATT-TAAAAA
* * * * * *
49869 TCAATATGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACCATT
451 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACCATG
49934 TAAAAAATTCTCTATTTCAAATCACTATAACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTT-TTCTA-TT
516 TAAAAAATTCTCTATTTCAAATCACTATAACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTTATTC-AGTT
* * **
49997 CATA-TAAGCTTATTTCA-AATAAAATTATACAAAGTTATTAATAGTT-AGACTATTAACAAGTG
580 CATAGTAA-CTTA-TTCAGAATAAAA-TAAAAAAAGTTATTAATAGTTCA-AAAATTAACAAGT-
* * * * *
50059 AA-AGATATAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATT
640 AAGACATATAAAAAA-AAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAATAATT
* *
50123 A-CTTAATTCAAATCG
704 ATC-TAATTCAAAACA
* * * * * * *
50138 TTATGATATTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGGTTTTCTCCATACAAGCTTATTTGGATTAAAAT
1 TTATGACATTTTCTTTTGTCATAAAACAAATGGTTTTCTCCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
* * * *
50203 AATATTAATTT-TTAATATTTTGATAATTAATAAGCAAAAGATTTTAAAAATAGATATATTTACC
66 AATATTAATTTATT-ATATTTTGAAAATTAAGAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACC
* ** * *
50267 GAA-CAAGATCAAATAGTTATAACTATTTGAGTAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTG
130 AAACCAA-ATCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
** * *
50331 TTTCATCATAAAACAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTA
194 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAGGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * *
50395 TTGATATTCCAAAAAATAATGAGTAAGAGTTTTAAAAAAACGAAACAATTTTCCAAACAAGTTCA
257 TTGATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAA-GAAACTATTTTCCAAACCAGTTCA
50460 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
321 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * ***
50525 ACAATTGTTCCTGTTTATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAA
386 ACAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAA-ACT-AATTTATTAATATTT-AA
* * ** * *
50589 AAATTAATAAGTAA-AAATTAAAAAAATAAATATGTTTTTTGAACATGTTCAAATAG-T-T----
448 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACC
* **
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* * * * ** * * * * *
50683 GTTCATA-CAAGCATATTCAAAATAAAATAGACTAATTTATT-ATAATTCCAAAAATTGATAAGG
577 GTTCATAGTAA-CTTATTCAGAATAAAATAAAAAAAGTTATTAATAGTT-CAAAAATTAACAAGT
* * ** * * * * * ** * *
50746 AAAACAGT-TAAAAATTTATTTTTGTTTACCAAGCAAGTTCAAATAGTTATGATTGCTTGAACAA
640 AAGACA-TATAAAAA--AAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAATAA
* * *
50810 TTATTTATTTCAAATA-G
702 TTATCTAATTCAAA-ACA
* * * ** * * * *
50827 TTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAGC-AATTATTTCTATTCATACAAGTTTATT-TAGAATAAA
1 TTATGACATTTTCTTTTGTCATAAAACAAATGGTTT-TCTCCATACAAGCTTATTCGA-AATAAA
* * * * * * * * ** *
50890 ATGATACTAATTTTTTAATATTATAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
64 ATAATATTAATTTATT-ATATTTTGAAAATTAAGAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTA
* * * ** * * *
50955 CTAAA-CAAGTTCAAATAGTCAT-GTTCATTTGAATAATTATCTATTTGAAATCATTAAGACCTT
128 CCAAACCAA-ATCAAATAGTTATAACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
* * * *
51018 TTGTTTTGTCATAAAACAATATG-TTCATGT-A-A-A--ATTATTTAGAATAAAATAACACTGAT
191 TTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCAT-TCATACAGGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAAT
* ** * * * *** **
51077 CTATT-A-ATTTTGAAAATTAAT--G--AGAGATATAAAAACTA-AATCTATTTAAAAAAATAGT
254 TTATTGATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-AAGAAACTATTTTCCAAACCAGT
* * * ** * *** * ** ** ** *
51135 TTAAATAGTTTTAAAC-AGTTCAAACAAACTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATATA
318 TCAAATAGTTAT-GACTA-TTTGAAC-AATTATCTATT--TCA--AA-TCA-TT-ATGACCT-TT
* *** * ** * * * **
51199 TGTGTTTGTTGAACTAGTTCAAATAGCTAAGACTATT-AGAACAATTATTTATTTC-AAATCATT
372 TGT-TTTG-T-CA-TAAAAC-AATTG-T--TTCTGTTCA-TACAA--GTTTA-TTCAAAAT-AAA
* *** * * * * * * *
51262 CTGGCCT--TTTGTTTAGTCA-TAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATA-AA
424 ATAAACTAATTT-ATTAAT-ATTTAAA-AATTA-ATAAG-T-A-A-GAG---ATTTAAAAAATAA
** * * * * * * * * ** * *
51323 ATAATACTAATTTATTGACATTTGAAA-AATCAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGT-
478 AT-ATGTTTACTGAAT-A-AGTTCAAATAGT-TATG----A-CCATGT-AAAAAAT---TCTCTA
* * * * * ** *
51386 TTATTAAA-CAAGTTTAA-A--TAGATTTGA-CTATTTGAACAATTTTCTATT-AATGTCATTA-
530 TT-TCAAATC-ACTATAACATTTTG-TTTTATC-A-TAAAACAA--TT-TATTCAGT-TCA-TAG
* ** * **** * * * *
51444 TGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGCTTCAGTTCATAAAAACTTATCTAAAA-TAA-AA-T
585 T-AAC--TTATTCAG-AATAAAATAA---AAAAAGTT-ATTAATA-GT-TCAAAAATTAACAAGT
* * * * * *** * * *
51506 AATACTACTTTACCAATATTTCAAAAA-TTAATAAGCAAGGGATTTAAAAACTAAAGTTGTTTTC
640 AAGAC-A-TATA--AA-A----AAAAATTTATTTACCAAACAAGTT-CAAA-T-AA----TTAT-
* * * *
51570 AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAA
688 -AACTA-TTTAAATAATTAT--CTAATT---CAAA-A-C-A
* * * * *
51611 TCTCAAATAGTTATGATCTTTGTTTTCTCATAAAA-AAATTG-TTTCTGATCATACAAGCTTATT
1 T-T---AT-G--A-CAT-TTTCTTTTGTCATAAAACAAATGGTTTTCT--CCATACAAGCTTATT
* * * * **
51674 TG-GATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAAGAAG----AGATTTAAAAAATA
55 CGAAAT-AAAATAATATTAATTT-ATTATATTTTGAAAATTAAGAAGCAAAAGATTTAAAAAATA
* *** ** * * * **
51734 AATGTATTTGTTAAACCAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAATATTTATCTATTTCAAATTGT
118 AATATATTTACCAAACCAAATCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * * *
51798 TCTGACCTTTTGTTTAGAT-ATATAACAATTGTATCAGATCATACAAGCTTATTCGGACTAAAAT
182 TATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTCA-TTCATACAGGCTTATTCAGAATAAAAT
* * * * * *
51862 AATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATACA-CATGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTT
245 AATACTAATTTATTGATATTTC-AAAAATTAATA-AGTAAGAGATTTAAAAAAAGAAA-CTATTT
* * * * **
51925 ACCAAACAAGTTCAAAT-GCTTATGACTATTTGAACAATTATCCATTTAAAATTGTTATGACCTT
307 TCCAAACCAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
* * * * * * **
51989 TTGTTTTGTCATAAAATAATTATTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATGCTACC
371 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAA-ACTAAT
* * * * * ** *
52053 TCATTAATATTTTGAAAGTTAATAAGTAAGAGATATAAAAAATAAAT-TAGTTGACCAAATTAGT
434 TTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTACTGAATAAGT
* * * * * * * ** * *
52117 TCAAAT-GATTATGGCCATTTGAACAACTGC-CTATTTCAAATTATTATTTCTTTTTGTTTTGTC
497 TCAAATAG-TTATGACCATGT-AAAAAATTCTCTATTTCAAATCACTATAACATTTTGTTTTATC
* * * ** * ** *
52180 ATACAACAATTGTTTTTA-AACATA-CAAGCTTATTC-GAAATAAAATAACACTAATTTATTAAT
560 ATAAAACAATT-TATTCAGTTCATAGTAA-CTTATTCAG-AATAAAATAA-AAAAAGTTATTAAT
* * * * * * * * * *
52242 ATTTCAAGAATT---AA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTTCTAAAACTAGTTCAAATAG
621 AGTTCAAAAATTAACAAGTAAGACATATAAAAA-AAAATTTATTTAC-CAAACAAGTTCAAATAA
* * * ***
52303 TTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTG
684 TTATAACTATTTAAATAATTATCTAATTCAAAACA
* * * * * * * * ** * *
52338 TTAT-ACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATGAGCTTATTAGGAATAAAAT
1 TTATGACATTTTCTTTTGTCATAAAACAAATGGTTTTCTCCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
* * * * * ** * * * *
52402 AATACTAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATACAATTGCC
66 AATATTAATTTA-TTATATTTTGAAAATTAAGAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACC
**** * * * * * ** *
52467 AAACTGGTTCAAACAATTA-AGACTATATGAACAATTATATATTTGC-AATTATTACAACCTATT
130 AAACCAAATCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTT-CAAATCATTATGACCTTTT
* * * * * *
52530 -TTTTGTCATAAAATAA-TGATTTCAGCTCATACAAGCTTATTCGAAAATATAATAAAACTAATT
193 GTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCA-TTCATACAGGCTTATTC-AGAATAAAATAATACTAATT
* * * ** *
52593 TATTAATATTTCAAAAATT--T--TTAAGAGATTTAGAAAATA-ATTCTATTTACCAAACCAGTT
255 TATTGATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA-AAAAAAGAAACTATTTTCCAAACCAGTT
* * ** * * *
52653 CAAATAATTAT-ATCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACTTTTTGTTTTTTCAT
319 CAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * * * *
52717 AAAATAATTGTTTTTGTTAATATAAGTATGTTCAAAATAAATTAATTCTAATATATTAATATTTA
383 AAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAA-ACTAATTTATTAATATTTA
* * * * ** ** * * *
52782 GAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAGAAAGTAAATCTATTTACCAAACCATTTTAAATAGTTTTG
447 -AAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * * * * * **
52846 GCTATTTGAATAATTAT-TGATATCAAATCATTATAACCA-TTTATTTTGTCATGAAACAATTGG
510 ACCATGTAAAAAATTCTCT-ATTTCAAATCACTATAA-CATTTTGTTTTATCATAAAACAATTTA
** ** ** * ** * * * * * *
52909 TTTTGTTCATACCATTTTATT-TGTAAT-AAATAATACTAATTTAATAATATTTGAAAACTTAAT
573 TTCAGTTCATAGTAACTTATTCAG-AATAAAATAA-AAAAAGTTATTAATAGTTCAAAAATTAAC
** * * * * * * ** * * *
52972 AACCAA-AAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCCAAACAGGTTCAAATTGTTA-AGATTATATGA
636 AAGTAAGACATA-TAAAAAA-AAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATA-ACTATTTAA
* * * * *
53035 ATGATTATTTATTTCAAATCG
698 ATAATTATCTAATTCAAAACA
* ** * * * ** * * * * * * *
53056 TAATGACCCTTTGTTTTATCGTAAAAC-AATTATTTTGTTCGTATAAGCTTATTTGGATTAAAAT
1 TTATGACATTTTCTTTTGTCATAAAACAAATGGTTTTCTCCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
* * ** * ** * * * *
53120 AATAATAATTTAATAATATTTAAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT
66 AATATTAATTT-ATTATATTTTGAAAATTAAGAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACC
* * * * ** * * * *
53185 GAATC-AGTACAAACAGTTAGGACTATTAT-AACAATTATCTATTTTAAATTATTTTAACCTTTT
130 AAACCAAAT-CAAATAGTTATAACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * *
53248 GTTTAGTCATAAAACAATTATTTTAGTGT-ATAC-GTGCTTATTCAGAATAAATTAATACTAATT
193 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-T-TCATACAG-GCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATT
* * * * * * * **
53311 TAAT-AAAATTCAAAAAATTAATAAGAAAGTGATTTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAATA--A
255 TATTGATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAGAAA-CTATTT-TCCAA-ACCA
* *
53373 GTTCAAATAGTTA-GTACTAGTTG---AA-TA---A-TT---ATC----T-ACCTTTTGATTTGT
316 GTTCAAATAGTTATG-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
53421 TATAAAA-AATTTGTTTCAGTTAATACAA-TCTTAGAT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
380 CATAAAACAA-TTGTTTCTGTTCATACAAGT-TTA-TTCAAAATAAAATAA-ACTAATTTATTAA
** * ** * * * *
53483 TATTTTCTAAATTAATAAGTAAGAAATTTTTAAAA-AAATA--TTTACCGAATCAGTTAAAATAA
441 TA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAATAAGTTCAAATAG
* * * * * * * * ** * * *
53545 TTTTGGCCATTTGAACAATTATCGATTTGAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-
505 TTATGACCATGTAAAAAATTCTCTATTTCAAATCACTATAACATTTTGTTTTATCATAAAACAAT
* * * * * *** * * *
53609 TTATT--TTTTATCGTACAAGTTTATT-TGAAATAAAATAATTTAATTTATTAGTATTTCAAAAA
570 TTATTCAGTTCATAGT--AA-CTTATTCAG-AATAAAATAAAAAAAGTTATTAATAGTTCAAAAA
* * * * * * **
53671 TTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAAAC-AGTTCAAATAGTTACGACTAT
631 TTAACAAGTAAGACATATAAAAAA-AAATTTATTTA-CCAAACAAGTTCAAATAATTATAACTAT
* * *
53735 TTGAACAATTATC-AATCTCAAATC-
694 TTAAATAATTATCTAAT-TCAAAACA
** * * * * * * * **
53759 -GCTGAGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTAT-CATAAAAGCTCATTC-AGTTAAA
1 TTATGACAT-TTTCTTTTGTCATAAAACAAATGGTT-TTCTCCATACAAGCTTATTCGAAAT-AA
* * * *** * * * * * * *
53821 AATAATACTATTTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTGAAAACATAAATGTGTTT
63 AATAATATTAATTT-ATTATATTTTGAAAATTAAGAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTT
** ** * * * * * * *
53886 GTCAAACCAGTTTAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTTTGACCTTT
127 ACCAAACCAAATCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * * * * * * *
53951 TATTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATATCTTACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATCCAAATTT
192 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT-TCATACAGGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTT
* * ** * * * ** * *
54016 AGT-A-ACTTTGAAAAATTAATAACCAAAAGATTTCAAAAAAATAAATCTGTTTAT-TGAGCAAG
256 ATTGATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAAAGAAA-CTATTT-TCCAAACCAG
* * * * *
54078 TT-AAATAGTTATGACTAATTGAATAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACA
317 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * *
54142 TAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATT
382 TAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAA-ACTAATTTATTAATATT
* * *
54206 TCAAAAATTAATAAGGAAGAG-TTTAAAAAAATAAATTTGGTTACTGAATACA-TTCAAATAGTT
445 T-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACTGAATA-AGTTCAAATAGTT
* * * * * * * ** * *
54269 CA--ACTATTTCAACAATTCTTTACTTAAAATCGTTATGACCTTTTTGTTTTATCATAAAACAAT
507 -ATGACCATGTAAAAAATTCTCTATTTCAAATCACTAT-AACATTTTGTTTTATCATAAAACAAT
* * * ** *
54332 TGT-TTCAATTCATA-CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAA
570 T-TATTCAGTTCATAGTAA-CTTATTCAGAATAAAATAA-AAAAAGTTATTAATAGTTC-AAAAA
* * * ** * ** * * ** *
54394 TTAATAAGTAA-ATGATTTAAAAAGTGAATCTATTTATTGAATC-AGCTCAAATAATTATGGCCA
631 TTAACAAGTAAGA-CATATAAAAA-AAAATTTATTTA-CCAAACAAGTTCAAATAATTATAACTA
* * * * ***
54457 TTTCAACAATTTTCTATTTCAAATTG
693 TTTAAATAATTATCTAATTCAAAACA
* * * * * ** * *
54483 TTATTACTTTTTGTTTAGTCATATAAC-AATTATTTTTTACCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
1 TTATGACATTTTCTTTTGTCATAAAACAAATGGTTTTCT-CCATACAAGCTTATTCGAAATAAAA
* * * * * *
54547 TAATACTAATTTATTA-ATCTTTCAAAAATCAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
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* * * * * * * * * *
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128 CCAAACCAAATCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * *
54672 GTTTTATCATAAAACAATTATTT-ATTTTCATACTA-GCTTATT-TGAAATAAAAATAATACTAA
193 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA--TTCATAC-AGGCTTATTCAG-AAT-AAAATAATACTAA
** * * * * * * * **
54734 CCTAATAATATTCCCAAAATTAATAACTGAGAGATTT-AAAAAATAAA-TATTTTTGCTGAACCA
253 TTTATTGATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAGAAACTA-TTTT-CCAAACCA
* * * * * *
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** *** * ** *
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* * * ** * *
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* * * * * * * *** * * *
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* * * * * *
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** * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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** * ** ** * * *
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* * * * * * ** * *
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* * ***
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* * * * * *
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* * * * * * * * * * * *
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* * * * * * * * * * ** *
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* * * * * *
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* ** * * * * *
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446 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATG
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* * * **
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* * * * ** * *
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* * * * * * * *
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* * * * ** * *
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* * * * * * * *
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* *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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128 GATTT-AAAAAATAAAT-TGTTTACCAAACTAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * *
51429 CTA-TT--AATGTCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTG-CTTCAGTTCATAAAAAC
190 CTATTTCAAAT-T-ATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGC
* * **
51490 TTA-TCTAAAATAAAATAATACTACTTTACCAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGGGATTTAAA
252 TTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--A--GATTTAAA
* * *
51554 AACTAAAGT-TGTTTTCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
312 AAATAAA-TCTATTTTCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * * * * * *
51598 GAACAAATATCAATCTCAAATAGTTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAAAAATTGTTTCTGATCA
1 GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCA
* * * *
51662 TACAAGCTTATTTG-GATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-T--TAAG-AAGAG
66 TATAAGCTTATTAGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAG
* *** * * * * *
51722 ATTTAAAAAATAAATGTATTTGTTAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATATTTATCTA
129 ATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * * *
51787 TTTCAAATTGTTCTGACCTTTTGTTTAGAT-ATATAACAATTG-TATCAGATCATACAAGCTTAT
193 TTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTAT
* * *
51850 TCGGACTAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATACACATGAGATTTGAAAAAA
256 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT--A-A-GAGATTT-AAAAAA
* *
51914 TAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAAT-GCTTATGACTATTT
315 TAAATCTATTT-TCAAACTAGTTCAAATAG-TTATGACTATTT
* * * * * *
51956 GAACAATTATCCATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTAGTTCA
1 GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCA
* * * ** * * *
52021 TAAAAGCTTATCCA-AAATAAAATAATGCTACCTCATTAATATTTTGAAAGTTAATAAGTAAGAG
66 TATAAGCTTAT-TAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * * **
52085 ATATAAAAAATAAATTAGTTGACCAAATTAGTTCAAAT-GATTATGGCCATTTGAACAACTGCCT
129 ATTTAAAAAATAAATT-GTTTACCAAACTAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCT
** * * **
52149 ATTTCAAATTATTATTTCTTTTTGTTTTGTCATACAACAATTGTTTTTAAACATACAAGCTTATT
192 ATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATT
* * *
52214 CGAAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATCT
257 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
52279 ATTTTCTAAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
322 ATTTTC--AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* *
52315 AAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-ACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCA
1 GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCA
* * * *
52379 TATGAGCTTATTAGGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAATAAATAAGAGA
66 TATAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGA
*** * * * * * * *
52444 TTTAAAAAATAAATACAATTGCCAAACTGGTTCAAACAATTAAGACTATATGAACAATTATATAT
130 TTTAAAAAATAAAT-TGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
52509 TTGC-AATTATTACAACCTATT-TTTTGTCATAAAATAA-TGATTTCAGCTCATACAAGCTTATT
194 TT-CAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATT
* * ** * *
52571 CGAAAATATAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTTTAAGAGATTTAGAAAATAATTC
257 CG-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * *
52636 TATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTAT-ATCTATTT
321 TATTT-TCAAACTAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTT
* * * * * *
52672 AAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACTTTTTGTTTTTTCATAAAATAATTGTTTTTGTTAA
1 GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCA
* * * *
52737 TATAAG-TATGTTCA-AAATAAATTAATTCTAATATATTAATATTTAGAAAATTAATCAA-TAAG
66 TATAAGCT-TATT-AGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAAT-AAGTAAG
* * * * * * * * *
52799 AGATTTAGAAAGTAAATCTATTTACCAAACCATTTTAAATAGTTTTGGCTATTTGAATAATTAT-
127 AGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * * * **
52863 TGATATCAAATCATTATAACCATTTATTTTGTCATGAAACAATTGGTTTTGTTCATACCATTTTA
191 T-ATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTA
* * * * * * * *
52928 TTTGTAAT-AAATAATACTAATTTAATAATATTTGAAAACTTAATAACCAAAAAAATTAAAAAAT
255 TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAAT
** * * * *
52992 AAATCTAATTGCCAAAC-AGGTTCAAATTGTTAAGATTATAT
316 AAATCT-ATTTTCAAACTA-GTTCAAATAGTTATGACTATTT
** * * * * * * *
53033 GAATGATTATTTATTTCAAATCGTAATGACCCTTTGTTTTATCGTAAAACAATT-ATTTTGTTCG
1 GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCA
* * * * * *
53097 TATAAGCTTATTTGGATTAAAATAATAATAATTTAATAATATTTAAAAAATTAATAAGTTAGAGA
66 TATAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGA
** * * *
53162 TTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-TCAGTACAAACAGTTAGGACTATTAT-AACAATTATCT
130 TTTAAAAAATAAA-TTGTTTACCAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTATCT
* * * * **
53225 ATTTTAAATTATTTTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATT-ATTTTAGTGT-ATACGTGCTTA
192 ATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-T-TCATACAAGCTTA
* * *
53288 TTC-AGAATAAATTAATACTAATTTAATAA-AATTCAAAAAATTAATAAGAAAGTGATTTTAAAA
255 TTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG--A--GA-TTTAAAA
** *
53351 AATAAATCTATTTATTGAA-TAAGTTCAAATAGTTA-GTACTAGTT
313 AATAAATCTATTT-TCAAACT-AGTTCAAATAGTTATG-ACTATTT
* * * ** *
53395 GAATAATTATCTA---C---CT-TT-TGA---TTTG--TTAT-A-AAAA-ATTTGTTTCAGTTAA
1 GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCA
* * * ** *
53444 TACAATCTTA-GATGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTCTAAATTAATAAGTAAGAA
66 TATAAGCTTATTA-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAG
** * * * * * * * *
53508 ATTTTTAAAA-AAA-TATTTACCGAA-TCAGTTAAAATAATTTTGGCCATTTGAACAATTATCGA
129 ATTTAAAAAATAAATTGTTTACCAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * *
53570 TTTGAAATCT-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTT-TATCGTACAAGTTTAT
193 TTTCAAAT-TATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT-TCATACAAGCTTAT
* * *
53633 TTGAAATAAAATAAT-TTAATTTATTAGTATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATA
256 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AG--ATTTAAAAAATA
*
53697 AATCTATTTATCGAAAC-AGTTCAAATAGTTACGACTATTT
317 AATCTATTT-TC-AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * * * *
53737 GAACAATTATCAATCTCAAATCGCTGA-GATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTT-AT
1 GAACAATTATCTATTTCAAATTG-TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TTGTT
* * ** * * *
53799 CATAAAAGCTCATTCAGTTA-AAAATAATACTATTTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAG
64 CATATAAGCTTATT-AGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAG
* * ** * * ** * * *
53863 AGATTGAAAACATAAATGTGTTTGTCAAACCAGTTTAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATT
127 AGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
** * * * * * * * * *
53928 TATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTATTTAGTCATAAAATATTTG-TTTCATATCTTACAAGTTTA
191 TATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT-TCATACAAGCTTA
* * * * * *
53992 TTC-AGAATAAAATAATCCAAATTTAGTAA-CTTTGAAAAATTAATAACCAAAAGATTTCAAAAA
255 TTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT----AAGAGATTT--AAAA
* ** * * *
54055 AATAAATCTGTTTATTGAGCAAGTT-AAATAGTTATGACTAATT
313 AATAAATCTATTT-TCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * ** *
54098 GAATAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGA-CATAAAACAATTGTTTTAGTTC
1 GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTT-ATCATAAAACAATTGTTTTTGTTC
* * * *
54162 ATAAAAGCTTATCCA-AAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGGAAGA
65 ATATAAGCTTAT-TAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGA
* * *
54226 G-TTTAAAAAAATAAATTTGGTTACTGAATAC-A-TTCAAATAGTTCA--ACTATTTCAACAATT
128 GATTT-AAAAAATAAA-TTGTTTAC-CAA-ACTAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATT
* * * * ** * * **
54286 CTTTACTTAAAATCGTTATGACCTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGC
188 ATCTATTTCAAATTATTATAACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGC
*
54351 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAATGATTTAAA
252 TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG---A-GATTTAAA
* * ** * * * *
54415 AAGTGAATCTATTTATTGAA-TCAGCTCAAATAATTATGGCCATTT
312 AAATAAATCTATTT-TCAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * * * *
54460 CAACAATTTTCTATTTCAAATTGTTATTACTTTTTG-TTTAGTCATATAACAATTATTTTT-TAC
1 GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTTTGT-T
* * * *
54523 CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAA-T--CAA-TAAGA
64 CATATAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * *
54584 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTGTAT
128 GATTTAAAAAATAAA-TTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * ** * * *
54649 ACTTGAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTATT-TTCATACTAGCTTAT
192 ATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTATTCATACAAGCTTAT
* ** * * *
54713 TTGAAATAAAAATAATACTAACCTAATAATATTCCCAAAATTAATAACTGAGAGATTTAAAAAAT
256 TCGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A---AGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * *
54778 AAATAT-TTTTGCTGAACCAGTTAAAATAGTTAAGATTATAT
316 AAATCTATTTT-C-AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* ** ***
54819 GAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCTA-CATAAAACAACTT-TTTCAATT
1 GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT-TATCATAAAACAA-TTGTTTTTGTT
* * * * * *
54882 CATGTTAGCTTATTCGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAAG
64 CATATAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAG
* * * * *
54946 AGATTTAAAAAA-AAATTTTGTTTACTC-AACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATATTTA
127 AGATTTAAAAAATAAA--TTGTTTAC-CAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * *
55009 TCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTT
189 TCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTT
* * * * * **
55074 GTTCAAAATATAATAATACTAATATATTTAT-TTTTGAAAATTAATAGCTAGGAGATTTAAAAAA
254 ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA---A-GAGATTTAAAAAA
* * *
55138 TAAATCTATTTATCGAAC-A--T---GT--TTAT--CCATTT
315 TAAATCTATTT-TCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* **
55170 GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTT-TGCCATAAAACAATT-TGTTCATT
1 GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTAT--CATAAAACAATTGTTTTTGTT
* * *
55233 CA-A-AA--TTATTTAG-AATAAAATAATATTGATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAG
64 CATATAAGCTTA-TTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAG
* * ** * *
55289 AGATTTAAAAACTAAATTTGTTCATGAAAAC-AATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
127 AGATTTAAAAAATAAA-TTGTTTA-CCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * *
55353 CTATCTCAAATCATTATGATC-TTT-ATTTGTCATAAAACAATTGTTTCTT-CTCATACAAGCTC
190 CTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTATTCATACAAGCTT
*
55415 ATTC-AAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTAAAAAA
254 ATTCGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-A-A--TAAGAGATTTAAAAA
* * * * * * *
55479 ATAAGTGT-TTGTCAAATTCGTTCAAATAGTTAAGACTATTA
314 ATAAATCTATTTTCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* ** * * * * ***
55520 GAACAATTATCTATTTTAAATCATTTTGACCTTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTC
1 GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC-TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTC
* * * * * *
55585 ATACATGCTTATTAAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGCAAGAG
65 ATATAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * *
55650 ATTTAAAAAA-ACAATTTGTTTACTAAACAAGTTTCAAATAGATT-TGACTACTTAAACAATTTT
129 ATTTAAAAAATA-AA-TTGTTTACCAAACTAG-TTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * *
55713 CTATTT-AAAGATGTTACAAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTTCAGTTCATAAAAACT
190 CTATTTCAAA-TTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCT
* * * *
55776 TATTCAAAATAAAATAATACTACTTTACTAATATTTCAAAAGTTAATAAGCAAGAGATTTAAAAA
253 TATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAA
* * ** * *
55841 CTAAATCTATTTACCTGACCAGTTCAAATAATTATGACTATTT
314 ATAAATCTATTT-TCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * * *
55884 GAACAATTATCTATCTCAAATTGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATCCA
1 GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCA
* * * * * * ** *
55948 TACAAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATTCT-AAAATTAATAAGTAAGAGA
66 TATAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * * * *
56012 TTTAAAAAATAAATATGTTTGCCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACAATTAGAACAATTATATAT
130 TTTAAAAAATAAAT-TGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * ** * ** *
56077 TTTAAATTGTTCTGACCATTTGTTTAATCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACATA-CTTATTT
194 TTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACA-AGCTTATTC
* * * * *
56141 GAAATAAAATAATACTATTTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCAACAAATT-AAAAA-AAAT
258 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--A-GATTTAAAAAATAAAT
* * * *
56204 -TGGTTTACTAAA-TAAATTCAAATAGTTATGATTATTT
320 CT-ATTTTC-AAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * * **
56241 GAACAATTATCTATTTAAAATTG-T-T-ACATTTTGTTTTATAATAAAAAAATTGTTTTAGTTTT
1 GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCA
* * * * * * * **
56303 TAAAAGTTTATCCA-AAATAAAATAGTATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTTGAG
66 TATAAGCTTAT-TAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAG
* ** *** * * *
56367 ATTTCAAAAATAAATCAATTTATTGAA-TCAGTTCAAATAATTATGGCAATTTGAACAATTATCT
129 ATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACCAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * **
56431 ATTTCAAATCATTATGAA-CATTTATTTTG-CTATAAAA-ATTTTTTTTTCA-TCATATAAGCCA
192 ATTTCAAATTATTAT-AACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTTT-ATTCATACAAGCTT
* * * *
56492 ATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATGAATATTTCAAAAATTAATGAGTAGGAGATTTAAAAAA
254 ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--A-GAGATTTAAAAAA
* * * *
56557 TAAATTTATTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATGATTATTT
315 TAAATCTATTT-TCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * *
56599 GAACAATTATATATTTCAAA-TGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAAACAATTATTTATGTTC
1 GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCAT-AAAACAATTGTTTTTGTTC
* * * * *
56663 ATA-AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAG
65 ATATAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * *
56727 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAATTA-AAGCTATATGAATAATTACCT
129 ATTTAAAAAATAAA-TTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCT
** * * * * ** * * *
56791 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTTGTATAAGATTGTT
192 ATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATT
* * * ** *
56856 C-AGAACAAAATAATATTAATTTATTAATGTTTTGAAAATTAATGAGAGATTTAAAAAATAAATC
257 CGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * *
56920 TATTTACCAAACCAATTCAATTAGTTAT-AATAATTT
321 TATTT-TCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTT
* ** * * * * * * *
56956 GAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGGCCATTTGTTTTGTCATAAAATAGTT-TTTTCTATTG
1 GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTT-TGTTC
* * * * * * * *
57020 AT-GAAGTCTTGTTTGGACTAAAATAATGCTAATTAATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACA
65 ATATAAG-CTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGA
* * ** *** * *
57084 TATTTAAAAAATGAATCTGTTGGCTTGACTAGTGCAAATAGTCT-TGACTGTTTGAACAATTATC
128 GATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * *
57148 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTATTTCTATTCCTACAAGCTTAT
191 TATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTAT
* * * * * *
57213 TTGGAATAACATAATTA-TAATTTATTAATA-TTCTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTGAA
256 TCGAAATAAAATAA-TACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAA
* *
57276 TCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
319 TCTATTT-TCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
*** * * * * * * *
57314 GAGTGATTACCTATTTCAAATTGTGATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATT-TTTTCTATTC
1 GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTT-TGTTC
* * * * *
57378 ATACAAGCTTATTTA-AATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTCAAACAATTAATAAGTAAAA
65 ATATAAGCTTA-TTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAA-AATTAATAAGTAAGA
* * * * ** * ** * *
57442 GATTTAAAAAACAACTCTATCTACTGAA-TAAATTCAAATAAATATGACTATTTGAACAACTATT
128 GATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACCAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * *
57506 TATTTCAAATCATTATGA-C-TTTGTTTTGTCAAAAAACAAATT-TTTTTGTTCATAGAAGCTTA
191 TATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTTATTCATACAAGCTTA
* * * * * * **
57568 TT-TAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGATAATTAATAAATAAAAGATTTTTAAAA
255 TTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCA-AA--AATTAATAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * *
57632 TAAATATGTTTAGCGAA-TAAGTTCAAATAGTCATAACTATTT
315 TAAATCTATTT-TCAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * * * *
57674 GAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATTTGTTAA
1 GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCA
* * * * *
57739 TATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTCATTAATATTCCAAAAATTAATGAGCAAGAGA
66 TATAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * *
57804 TTTAAAAAATGAATCTATTTACCGAA-TAAGTTCGAATAGTTATGACTATTTGAACAATTTTCTA
130 TTTAAAAAATAAAT-TGTTTACCAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * *
57868 TTTCAAATTATTATGA-C-ATTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATATAAGCTTATTC
193 TTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTC
* * *
57931 CAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAA
258 GAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAA
** * *
57995 ATCTATTTTTTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTT
318 ATCTA-TTTTCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * *
58034 GAACTATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTCA
1 GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCA
* * * * *
58099 TACAAGCATATTCA-AAATAAAAT-ATGCTATTTTATTAATATTCCAAAAA-T--TAA-T-A-AG
66 TATAAGCTTATT-AGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * *
58156 ATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCGAGCAAGTTTAAATAGTTATTATGCCTATTTGAACAATTA
129 ATTT-AAAAAATAAAT-TGTTTACCAAACTAGTTCAAATAG---TTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * * * *
58221 TTTATTTCAAA-TAGTTATGATCTTTTG-TATGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATTCAAGTT
189 TCTATTTCAAATTA-TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCT
** *
58284 TATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-TGAAATTAATAGGTAGGAGATTT-CAAA
253 TATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA---A-GAGATTTAAAAA
* * * * *
58347 GTAAATCTATTTACCAAA-TAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTT
314 ATAAATCTATTT-TCAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * * * * *
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1 GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCA
** ** * *
58455 TGCAAAATTATTCA-AAATAAAATAATACTGATCTATTAATATTTTAAAAATTAAT-A--AA-AG
66 TATAAGCTTATT-AGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * *
58515 ATTTAAAAACTAAATTTGTTTACCAAAATAGTTTAAATAGTTATGAC-ATGTGAGCAATTATCTA
129 ATTTAAAAAATAAA-TTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
58579 AATTGTTTTA
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TTAAAAAATAAATTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
CAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAA
ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
TCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
Found at i:56184 original size:360 final size:361
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* * * * * *
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* * ** *
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* * * * * * * * *
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126 AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
* * * * *
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* *
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* * * *
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* * * **
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* * * * * ** *
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* ** * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * ** * * * *
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* * * * *
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* * *
54126 ACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
* * * *
54190 CTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGGAAGAG-TTTAAAAAAATAAATTTGGTTACTGAA
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* * * * * *
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128 -CCAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGT
* * **
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190 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * *
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255 AATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGA-GATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-CAAGTTCA
* * * * * * *
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* * * * **
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* * *
54551 ACTAATTTATTAATCTTTCAAAAA-T--CAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAA
64 ACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA
* * * * * * * *
54612 CCAATTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTGTATACTTGAAATCGTTATAACCTTTTGTTTT
128 CCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * ** *
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* * * * * * * * *
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257 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAG
* * * * *
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322 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * *** **
54847 ACCTTTTGTTTCT-ACATAAAACAACTT-TTTCAATTCATGTTAGCTTATTCGGAATAAAATAA-
1 ACCTTTTGTTT-TGTCATAAAACAA-TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
* *
54909 AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAA-AAATTTTGTTTACTC
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* * * * * *
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* * * * * * ** * *
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190 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATT
* ** *
55102 TAT-TTTTGAAAATTAAT-AGCTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCGAAC-A--T---
255 AATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAACAAGTTCAA
* * *
55158 GT--TTAT--CCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
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* * *
55198 ACCTTTTGTTTTTGCCATAAAACAATT-TGTTC-ATTCA-A-AA--TTATTTAGAATAAAATAAT
1 ACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
* * ** * * *
55257 ATTGATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTCA-TGAA
64 ACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCG-A
* * * * * * *
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127 ACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
* *
55380 TGTCATAAAACAATTGTTTCT-TCTCATACAAGCTCA-TTCAAATTAAAATAATACTAATTTATT
192 TGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTTGAAA-TAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * ***
55443 AATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTAAAAAAATAAGTGT-TTGT-C-AAATTCGTTCAAA
255 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATT-TACTGAACAAGTTCAAA
* * * * *
55505 TAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTTAAATCATTTTG
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* * * * *
55548 ACCTTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACATGCTTATTAAAAATAAAATAATA
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* * * * **
55613 CTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAA-ACAATTTGTTTACTAAA
65 CTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-AATTTGTTTACCGAA
* * * * * ** *
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128 CCAG-TTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA-ATCGTTATGACCTTTTGT
* * * ** * *
55740 TTTGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTAC
190 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * *
55804 TAATATTTCAAAAGTTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTACCTG-ACCAGTTCAA
254 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTGAACAAGTTCAA
* * *
55868 ATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGTTATG
318 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * *** * * *
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** * * * *
55976 TAAACTAATAATATTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCGAACCA
66 TAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCA
* * * * * * * * **
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131 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * *
56106 ATAAAATAATTGTTTCAATTCATACATA-CTTATTTGAAATAAAATAATACTATTTTATTAACAT
196 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA-AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * * * *
56170 TTAAAAAATTAATAAGCAACA-AATT-AAAAA-AAAT-TGGTTTACTAAATAAATTCAAATAGTT
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* * *
56231 ATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTG-T-T-
324 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * * ** * * * *
56266 ACATTTTGTTTTATAATAAAAAAATTGTTT-TAGTTTTTAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAGTA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
* * * ** * *** ** *
56330 TTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTTGAGATTTCAAAAATAAATCAATTTATTGAAT
65 CTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAC
* * * * * * *
56395 CAGTTCAAATAATTATGGCAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACATTTATTTTG
129 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * ** * * *
56460 -CTATAAAA-ATTTTTTTTTCA-TCATATAAGCCAATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATGAA
194 TC-ATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * *
56522 TATTTCAAAAATTAATGAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACTAGTTCAAATAG
257 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAG
* * *
56587 TTATGATTATTTGAACAATTATATATTTCAAAT-GTTATA
322 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * * *
56626 ACCTTTTGTTTTATCATAAAAACAATTATTTATGTTCATA-AAGCTTATTCGAAATAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
* * * * *
56690 CTAATATAATAATATT-ATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAA
65 CTAATTTATTAATATTCA--AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA
* * * * * * *
56754 CTAGTTCAAATAATTA-AAGCTATATGAATAATTACCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGCTT
128 CCAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
* * * ** * * * * * *
56818 TGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTTGTATAAGATT-GTTCAGAACAAAATAATATTAATTTATTA
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* ** ** *
56882 ATGTTTTGAAAATTAAT--G--AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAA-TTCAATT
256 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-CAAGTTCAAAT
* * *
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* * * * * * * * *** * *
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1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTCAAAATAAAATAATA
* * * * * ** *
57048 CTAATTAATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACATATTTAAAAAATGAATCTGTTGGCTTG-A
65 CTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC-CGAA
* * * *
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128 CCAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
* * * * *
57176 TGTCACAAAACAATTATTTCTATTCCTACAAGCTTATTTGGAATAACATAATTA-TAATTTATTA
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* * *
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*** * * * *
57299 TAGTTATGACTATTTGAGTGATTACCTATTTCAAATTGTGATA
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* * * * *
57342 ACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAATTAAAATAATAC
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
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* * * * * *
57535 CAAAAAACAAATT-TTTTTGTTCATAGAAGCTTATTT-AGATTAAAATAATATTAATTTATTAAT
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** * * * ** * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * ** *
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* *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * *
58185 AAGTTTAAATAGTTATTATGCCTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTG-T
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* * * * * *
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** * * * * ** *
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256 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATA
* * * * *
58377 GTCATGTCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATA
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* * * * * * **
58418 ACCTTTTATTTTTTAATAAAACAATTGTTTCTGTTAATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATAC
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* * * * * **
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* * *
58544 AGTTTAAATAGTTATGAC-ATGTGAGCAATTATCTA
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58579 AATTGTTTTA
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ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAT
GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
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1 TT
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TTCAAATAGCATAATTA
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58568 GCAATTATCT
* * * * * * * *
58578 AAATTGTTTTATTACAAAACAAAAAGTCACAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATACTTAT
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* * * * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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1 AAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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1 AAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * * * * *
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66 AAATATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTAATTATTAATTGTCTAAA
* * *** * **
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* * * *
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1 AAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * *
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* *
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** * * * * * *
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1 AAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT
* ** * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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1 AAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT-GAAATAAATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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1 AAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTA-TTCAAATAGTCA
* * * ** * * * *
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65 TAAATATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTAATTATTAATTGTCT-A
** * * *
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128 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-ATCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* * * * * * *
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1 A-AATTATTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTC
* * ** * * *
59882 ATAACTATTTTAACAGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTT-ATTA--AGTT-T-T
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* * * * * *
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127 -AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATC-GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* ** * * * * * * ** * *
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1 AA-A-TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTC
* * * * * * *
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* * * *
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127 -AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-ATCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* * * * * * * * * *
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1 AAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * *
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* * * * * * *
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127 -AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-ATCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* * * * ** *
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1 AAATTATTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * ** * *
60418 TCACTATTTTAACTTGTTGGATAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTCCTTATTAAATTTTTT
65 TAAATATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTT-AAATC-TTTAATTATT-AATTGTCT
* * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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1 -AAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTA-TTCAAATAGTC
* * * * ** * *
60600 TTAACTATTTGAACTGGTTTGACGAAC--ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTG
64 ATAAATATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTAATTATTAATTGTCT-
* * * * ** *
60662 GAACATTATTAAATTAGTATTATTTTTAA-CCAAATAAGC-TCAATGATTAGAAA
127 AAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTAATCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* * * ** * ** ** *
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1 AAATTATTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * * * *
60778 TAATTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC--T-CTTATTAATT-TTTGAA
65 TAAATATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTAATTATTAATTGTCT-AA
* * * *
60839 ATATTCAA-AAATTAAATATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTCTATG-ATAAAAA
129 ATATT-AATAAATT-AGTATTATTTTA-ATCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* * *
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1 A-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
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Statistics
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Found at i:59238 original size:180 final size:180
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* * * * * * * * *
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* * * * * **
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* * * * * *
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* *
58758 AATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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1 AATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * * * *
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* * * * * *
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130 ATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAT
* * * * *
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1 AATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATA
* * *
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* *
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* * * * *
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1 AATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT-
* * ** *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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1 AATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT-GAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * *
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* * * ** *
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* * * * *
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1 AATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTA-TTCAAATAGTCAT
* * ** * *
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** * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * ** * * * * * ** * * *
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* * * * *
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* * * ** *
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* * * * * * * *
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1 AATTATTTTAT-AACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * *
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* * * ** * ** *
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* * * * ** * *
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1 AATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * ** * *
60420 ACTATTTTAACTTGTTGGATAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTCCTTATTAAATTTTTTAA
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* * * * * * * *** *
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* * * * * * * * **
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1 AATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTA-TTCAAATAGTCAT
* * * ** *
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* * * ** ** *
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* * * ** * ** ** *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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Statistics
Matches: 1715, Mismatches: 345, Indels: 229
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (180 bp):
AATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATA
AGTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTAATTATTAATTTGTTGAATA
TTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAT
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58568 GCAATTATCT
* * * * *
58578 AAATTGTTTTATTACAAAACAAAAAGTCACAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATACTTAT
1 AAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * * * **
58643 GACTATTTGAACCTATTTGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTATTATT-ATTTGTCAAAT
66 AACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTTGAAT
* * * ** * *
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131 ATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGAC
* ** *
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* * * *
58837 TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAGATCTTTTATTTATTAATTGTCT-TAATATTAATAAATTTG
260 TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTA-A-ATTTTACTTATTAATT-T-TGAAATATTAATAAATTAG
* *
58901 TATTATTTTATTCGAAATAAGCATGTACGAATAGAAAA
321 TATTATTTTATTCG-AATAAGCTTGTATGAATAG-AAA
** * * ** * *
58939 AAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
1 AAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * *
59004 AATTATTTAAACTTGTTT-ATGAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTTGAT
66 AACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ATTATTAATTTTTTGAA
* * * * *
59068 TATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTTAATAAGCTTATATGAACCGAAATAATTTTTTTATGA
130 TATTAATAA-TTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGA
* * * * * *
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194 CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA
* * *
59197 GTTCGATAAGCATATTTATTTTTTAAATTTTAAACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAG
259 GTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTT--ACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAG
* * *
59262 TATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACATAAA
321 TATTATTTTATTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
** * * * *
59299 CTATTGTTTTATAACATAAC-AAAGATCATACA--ATTTGAAATAAATAATTGTTC-AATAGTCA
1 AAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATA-ATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCA
* * * *
59360 TAAACTATTTTGAACTGGTTTAATAAACAGATTTATTTTAT-AATATC---TTATTAA-TTTTTG
65 T-AACTA-TTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTTG
* * * * * * * * * *
59420 AAATATTAATAGATTAATATT-CTTTATTCTGAACAAACTTATAT-AA-ACAAACATTTGTTTTA
128 -AATATTAATA-ATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTA
* * * * *
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191 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT-GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * ** *
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255 ACTAGTT-CGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAA
* * *
59608 TTCA-T-TGTATTTTATTCTAAATAAGCTAGTCATGAATTGAAA
317 TT-AGTAT-TATTTTATTC-GAATAAGCTTGT-ATGAATAGAAA
* * * * * * *
59650 AAATTATTTTATGA-GAAAC--AA----A-AATGATTTGAAATAGATAA-CAGTTC-AATAGT-T
1 AAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTA-TTCAAATAGTCA
* ** * *
59704 TAACTATTTGAA-TAGTTTGGCAAACA-AATTA-TTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGA
65 TAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTTGA
** * * * *
59766 ATATTTTTATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTAAG
129 ATATTAATA-ATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATG
* * * * * * * *
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193 ACA-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * *
59896 -AGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTTAAA-TCT-CTTATTAAGTTTTGAGAGATTAATAAATT
257 TA-GTTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATT
* * *
59958 ACTATTATTTTATTCTGAATAAACTTATAT-AATA-AAA
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** * * * ** * *
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1 AA-A-TTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTC
* * * * * * *
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* ** *
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128 AATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTAT
* ** * * * * * *
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192 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * ** * *
60250 TTGTTCGGTAAACTAG-TTTATTTTTTTAAACTCTTGTTTATTAATTTTTGCAATATTAAGAAAT
257 TAGTTCGGTAAAC-AGATTTA-TTTTTTAAA-TTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAAT
* * * *
60314 TAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTGAAA
318 TAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* * * ** *
60354 CAATTGTTTTATATCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGCTCAAATAATCAT
1 AAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * *
60419 CACTATTTTAACTTGTTGGATAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTCCTTATTAAATTTTTTA
66 AACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTT-ATTATT-AATTTTTTG
* * * ** * * *** * *
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128 AATATTAAT-AA-TTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTA
* * * * * * **
60548 TAACTAAACAAAAGGTTAGAA-AGATTTAAAATAAATAACTAT-TTC-AATAGTTTTAACTATTT
191 TGACAAAACAAAAGGTCATAACA-ATTTGAAATAGATAA-T-TGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * *** * * *
60610 GAACTGGTTTGACGAAC--ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAACATTATTA
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** * ** *
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* * * * * * ** ** *
60715 CAATTGTTTTATGACAAAACAAATA--TCTTAATAATTTGAGATTGATAATTGCTCATATAGTCA
1 AAATTGTTTTATAACAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCA
* * * *
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* * ** * * *
60839 ATATTCAAAAATTAAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTCTATGATA-AAAAACAATTGTTTTA
129 ATATT-AATAATT-AGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTATTTTA
*
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191 TGACAAAACAAAAGGTCATAA
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Statistics
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AACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTTGAAT
ATTAATAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACA
AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT
TCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
TTTTATTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
Found at i:59570 original size:172 final size:174
Alignment explanation
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59221 AAATTTTAAA
* * * * * *
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* * *
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* *
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* * *
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* *
59468 AAAC-ATTTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGCATAGCAATTTGGAAA-AGATAATTGTTTAAATA
66 AAACTA-TTGTTTTATAACAAAACAAAGA-GCATA-CAATTT-GAAATAAATAATTG-TTAAATA
* * *
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1 CTTA
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CTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTACTTTAATCTGAACAAACTTATATAAACAT
AAACTATTGTTTTATAACAAAACAAAGAGCATACAATTTGAAATAAATAATTGTTAAATAGTATA
AACTATTTTGAACTGATTTAATAAACAGAATTATTTTATAATAT
Found at i:61840 original size:15 final size:17
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1 TATT
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Statistics
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TATTATTTATTTAGCAA
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Alignment explanation
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* * * * * * * * * **
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* * * * * *
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** * * *
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* * * * *
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* * * *
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* *
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*
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** * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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1 AAAAGGTCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACTTGT-TC
* * * * *
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** **
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* * * ** * *
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1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TATAACTATTTGAACTTGTTCGG
* * * **
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** *
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** *** * * * * * *
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1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACTTGTTCGG
* * * *
62328 TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTAT
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* * * * ** * * **
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* * * * * **
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* * * ** * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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1 AAAAGGTCATAATGATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAG-TATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * * * *
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* * * *
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* *** * * * **
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1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACTTGTTCGG
* * * **
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** * **
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* *
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** * * * * *
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* *** * * * * *
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* * * * * * * * * *
63168 AAATGGTCATCACGATTTGAAACAAATAATT-TTCAAATTGTTATAACAAATTGAACTAGTTTGG
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TATAACTATTTGAACTTGTTCGG
** * * * *
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65 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
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130 TTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAAC
** * * * * *
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1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG--TATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * * * * * *
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* * * * *
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* ** * * *
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* * * *
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* * * * *
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** ** * * * *
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* ** ** * * * * * *
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* ** * * * * ** * *
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* * * * ** * * **
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* * * *
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* * ** * ** * * **
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**** **** **
64063 GAAAAATTGTTTTATG
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* * * * * *
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1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTATAACTATTTGAACTTGTTCGGT
* * * *
64136 AATA-A-ATTTATTTTTTAAA--TCATA-TTATT--TTTTTTGAAT-TTAATATATTAG-A-TAA
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* * * * * * *
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* * * * * **
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** * * * *
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* * * * ** *
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** * * ** * **
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* * * * * * *
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* * * *
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** ** * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * **
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* * * * * *
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* * *
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* * *
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1 AAAAGGTCATAATGATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACTTG-TTC
** * * *
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* * * * *
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1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TATAACTATTTGAACTTG-TTCG
* * *
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* ** * * * * * *
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* * *
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* *
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* * * * * * *
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* * *
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* * **
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* * * * * *
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* * *
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** * * * * *
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* ** * * ** * * *
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** **
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* * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * ** *
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* ** * * * * * * ** *
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* * * * * * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *** *
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* * * ** * *
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** ** * *
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* * **
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* * * * ** *
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* * * * *
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*** * * * * * * * * * *
63127 ATAAAAATATATCAATAGAAACAATTATTTCATGACAAAATAAATGGTCATCACGATTTGAAACA
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* * * * * ** ** * *
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192 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * * *
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* *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * ** *
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* * * *
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* ** *
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* * **
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* * * * *
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** * * * * * ***
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* *
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**
64086 -AATG
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
64203 A-CAT-TA--CACATTAAATAATT-GTTTATGATATAAC-AAAGGTTATAATATATTTG--ATAG
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* * * * * * *
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* * * **
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* * * ** **
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* * * ** * *
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* * * * * * * **
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* * * * * ** ** *
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* * * * *
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** * * ***
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* * * *
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* ** * * * ** **
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1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATT
* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** * * * * * * *
64967 GATAGTTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTAATTCGGCAAATAAATTTCTCTTTTAAA-C-
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* ** *
65030 C-T-CTTATTAATTTTT-GAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACTAAATAAGCTTCTAT
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* * **
65091 G-ATAAGAAATAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCTTAATG
320 GAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACA
* * ** * *
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* * * * *
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** * * * * * * *
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Consensus pattern (362 bp):
ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATT
TTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
GCTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTA
CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACA
Found at i:65253 original size:182 final size:181
Alignment explanation
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64486 TTTTGAATCA
* * * ** * * *
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* ** * * * * ** * * **
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66 ATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAAGATCATAATAATTTGAAATAGATAATCATTCAA
* * ** *
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130 ATAGCCATAACTATTTGAA-CTGATTCAATAAACGAATTTATTTTTTTAATA-T
** * * ** **
64673 CTTGTTTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATT-CTTTTATTTTGGATAAGCTT-T-T-
1 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATACTAAATAAGCTTCTATG
* * * * ** **
64734 AACTAAAACAATTATTTTATGTCAAAATAAAATG-TCATAATAATTTTAAATATTTAATTGTTCA
66 ATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAA-GATCATAATAATTTGAAATAGATAATCATTCA
* * * * *
64798 AATAGTCATAATTATTTGAATTTG-TTCAATAAACGGATTTATTTTTTCAA-AT
129 AATAGCCATAACTATTTGAA-CTGATTCAATAAACGAATTTATTTTTTTAATAT
* * * * * * * *
64850 CTTTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATATATTTAG-ATTA-TTTTATTCCAAACAAGCATG
1 C--TTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTTATACTAAATAAGCTTC
* * * * * * * ** * *
64912 TAAGAT-ATGAAACGAA-TATTTTATGACTAAACAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAGTTA
62 TATGATCA-AAAAC-AATTATTTTATGACAAAAAAAAGATCATAATAATTTGAAATAGATAATCA
* *** * *** ** * *
64975 TTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTAATTCGGCAAATAAATTT-CTCTTTTAA-A-
125 TTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAACGAATTTATTTTTTTAATAT
* *
65029 CCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTA-ACTAAATAAGCTTCTATG
1 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATACTAAATAAGCTTCTATG
* * * * * * **
65092 AT-AAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCTTAATGATTTGAGACT-GATAATTGTTCA
66 ATCAA-AAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAGATCATAATAATTTGA-AATAGATAATCATTCA
*
65155 AATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAAC-ATATTTATTTTTTTCAAATAT
129 AATAGCCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAACGA-ATTTATTTTTTT--AATAT
* ** * * *
65210 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTA-TTTTATTTTGAATATGCTTGTATG
1 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATACTAAATAAGCTTCTATG
*
65274 ATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATCATTCAAA
66 ATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAGATCATAATAATTTGAAATAGATAATCATTCAAA
* * * * ** *
65339 TGGCCATAATTATTTTAATTGATTCGGTAAACGAATTTATTTTTTTAATTT
131 TAGCCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAACGAATTTATTTTTTTAATAT
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1 CTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
65434 ATTCCATCTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (181 bp):
CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATACTAAATAAGCTTCTATG
ATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAGATCATAATAATTTGAAATAGATAATCATTCAAA
TAGCCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAACGAATTTATTTTTTTAATAT
Found at i:65539 original size:157 final size:157
Alignment explanation
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Period size: 157 Copynumber: 2.0 Consensus size: 157
65355 AATTGATTCG
* * * * * * *
65365 GTAAACGAATTTATTTTTTTAATTTCTTACTTATTATTTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTA
1 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCGAAATACTAATAAATTAGTATTA
* ** * * * * *
65430 TTTTATTCCATCTAAGCTTGTATTAACTTA-AATAATTATTTTATAAC-AAATCGAAAGGTTATA
66 ATTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAC-TAGAACAATTATTTTATAACTAAA-CAAAAGGTCAGA
*
65493 ATGATTTTAAATAGGA-AATTGTTCAAATA
129 ATGATTTTAAATA-AATAATTGTTCAAATA
* * * * *
65522 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTGTTTCTCATTAATTTTCTAAATGCTAATAAATTATTATTA
1 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCGAAATACTAATAAATTAGTATTA
* * * *
65587 ATTTATTCTAAATAAGCTTGTGTGAACTAGAACAGTTGTTTTATAACTAAACAAAAGGTCAGAAT
66 ATTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTAGAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTCAGAAT
*
65652 GATTTTAAATAAATAATTGTTCTAATA
131 GATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATA
65679 GT
1 GT
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Statistics
Matches: 130, Mismatches: 26, Indels: 6
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Matches are distributed among these distances:
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158 3 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (157 bp):
GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCGAAATACTAATAAATTAGTATTA
ATTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTAGAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTCAGAAT
GATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATA
Found at i:66190 original size:56 final size:56
Alignment explanation
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Period size: 56 Copynumber: 2.6 Consensus size: 56
66093 TTTATGATAA
*
66103 AACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGCTCATATAGTATTAACTGTTTG
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* *
66160 AACAAAAGGTCTAATAATTTGAAATAAATAATTGCTCATATAGTCTTAACTGTTTG
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* *
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66247 ATATTAATAA
Statistics
Matches: 81, Mismatches: 6, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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AACAAAAGGTCTAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCATATAGTATTAACTGTTTG
Found at i:68186 original size:181 final size:181
Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 10.7 Consensus size: 181
66812 AGAAAATTAT
* * *
66822 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTA-AAATATTAATAAA-TATGCT-TTATTTTATTCCGA
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAAATATTAATAAATTA-G-TATTATTTTATTTCAA
* * * * * * *
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64 ATAAGCTT-GTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAA
* * * * * * * * * * * *
66947 TAAAGAATTGTTCATATAGCCTTAACGATTTAAACTAGTTCAGCAAACAAATTTA
127 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTA
* * *
67002 TTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAG-AATATTATTACATTAGTATTATTTTATTT-AGA
1 -TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA-A
* * * * ** * * * * * * *
67065 ATAAACTTGTGTAAACAGAAATGATTATTTTATGAGATAACAAAAGGTTATAATAGTTTGAAATA
64 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATA
* * * * * * * *
67130 TATAATTATTCAAATAGTTAGAACTATTTAAACTGGTTTGGTAAATAGATTAA
129 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTA
* * * *
67183 CTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTA-AAATATTAGTAAATTACTATTATTTTA-TTCTGA
1 -TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AA
** * * **
67246 ATTGGCTTGTATG-AT-GAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-ATTTATAATGATTTGAAA
64 ATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACAATTTGAAA
* * * ** * * *
67308 TAGATAATTGTTCAAAT-GACTATAATTATTTGAACTAATTTGATTAACTA-ATTTA
127 TAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC-AGATTTA
** * * * ** * *
67363 TTTTTTAAATAGCTAACTTATCAGTTTTT-GAAATATTAATAAAGAAATAGTATTTTATTTCAAA
1 -TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
* * * *** * * * *
67427 TAAACTTTTATGTACT-GAAATGTTTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAACAATTTTAAATA
65 TAAGCTTGTATG-AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATA
* * * *
67491 TG-TAATTATTCAAATATTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAGA-TT-
129 -GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTA
* * * * * * *
67542 TTTTT-AATTTATTACTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAATATTATTATATTTCGAAT
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * * ** *
67605 AAAGCCATGTATAAACT-G-AACAATTATTTT-TGACTAAACCAAAAGATCA-AATGATTTG-GA
66 -AAG-CTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAA
* * * * * * *
67665 TAGATAACTTGTTCTAATAGTCCTTAACTA-TT-AACTGGTTTGGAAAACCAATATTTA
127 TAGATAA-TTATTCAAATAGT-CATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAA-C-AGATTTA
* * * **
67722 TTTTTAAA-----T-CTTATTAATTTTTTGAAATAGTAATGAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * *
67781 -A-TTTGTATGAAATAGAAACAATTACTTTTACGACAAATA-AAATGATCATAACAATTTGAAAT
66 AAGCTTGTATG-AATAGAAACAATT-GTTTTATGACAAA-ACAAAAGATCATAACAATTTGAAAT
** * * *
67843 AGATTAACAAGTTTCAAAATGGACATGCTATTGAACTATTT-AACTTGTTCAGCAAACAGATTTA
128 AGA-TAATTA--TTC-AAAT--A-GT-C-A-T-AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTT-
67907 A
181 A
* * *
67908 TTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAG-AATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAA
1 -TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
* * *
67972 TAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAT
65 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAG
* * *
68037 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTAGAACTTGCTCGTTAAACAGATTTA
130 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTA
* *
68089 TTATTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAGAAATATTAATTAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
1 TT-TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
* * * ** * *
68153 TAGGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGGTTTATGACAAAACAAATTATAATAACAATTTGAAATTG
65 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAG
* * * * *
68218 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCAGAAAACATATTTA
130 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTA
*
68270 TCTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTT-GAAA-ATTTAATAAATTTA-TATTA-TTTATTTCT
1 T-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAAATA-TTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-
* ** * * * *** *
68330 AAATAAGCTTGCATGAATAGATTCAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGTTTTAAAA
62 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAA
* * * * * *
68395 TAGAAAATTATTTAGATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTCATT
127 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATT--TA
* ** *
68452 TTTTTTAAT-TC-T-CTTATTAATTTTTAG-TCTATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAAAT
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
** * * ** * * **
68513 AATATTATATTAACTA-AAACAATTGTTTTATTG-CAAAATGAAAGGTCACAATGATTTGAAATA
66 AAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATA
* *
68576 GATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC-GTATTT-
129 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG-ATTTA
* * * * * *
68628 TTTTTAAATCTTTTACATATTAATTTTCA-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAAT
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* *
68692 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATATCAATT
66 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATT
68748 CTATTTGCAA
Statistics
Matches: 1365, Mismatches: 292, Indels: 178
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
172 6 0.00
173 3 0.00
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191 5 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGA
TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTA
Found at i:69241 original size:182 final size:182
Alignment explanation
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68980 TTCAAATCCA
* * * * * *
68990 TTTGTTTTATCATAAAGCAATTGTTTCTGTTCATACAATCTTATTTGGAATAAAGTAATGCGAAT
1 TTTGTTTTATCACAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAGAAATGCGAAT
* * * * ** *
69055 TTATTAAAATTCTAAAAATTAATAAGTAACG-GATTTAGAAAATGTAGCTA-TTAGCCTGACCAG
66 TTATTAAAATTCCAAAAATTAATAACTAA-GAGATTTAAAAAATGAAGCTATTTA-CCAAACAAG
*
69118 TGCAAATAATTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTTTTGACTT
129 TGCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTTTTGACTT
** * *
69172 TTTGTTTTATCACAAAACAATTATTTCTATTTGTACAAGCTTATTTGGAATAACA-AAATTCTAA
1 TTTGTTTTATCACAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAA-AGAAATGCGAA
* *
69236 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAACAAGT
65 TTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATGAAGCTATTTACCAAACAAGT
* * * *
69301 TCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATT
130 GCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATT
69343 GCTATAACCT
Statistics
Matches: 144, Mismatches: 24, Indels: 6
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
181 1 0.01
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ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (182 bp):
TTTGTTTTATCACAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAGAAATGCGAAT
TTATTAAAATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATGAAGCTATTTACCAAACAAGTG
CAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTTTTGACTT
Found at i:69817 original size:180 final size:181
Alignment explanation
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Period size: 180 Copynumber: 17.1 Consensus size: 181
69410 ACCGAATAAT
* * * ** *
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1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTTGTC
* * * * * * * *
69485 ATAAAACATTTATTTTTGTTCATACTAGCTTATTTGGATAA-AAAA-AATATTAATTTATTAATA
65 ATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* *** * * * * **
69548 TTTCTGCAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATATTTAC-CAAACAAG
128 TTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTT-CTTGAACAAG
* * * **
69603 TTCAAATAGTAATAACTATTTGAACAAGTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTCATCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
69668 TAAAATAATTGTATCGATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAACTTATTACTATTC
66 TAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * *
69733 CAAAAATTAATGAGTAAGAGATTT-AAAAATGAATTTGCTTCTTGAACAAG
131 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTCTTGAACAAG
*
69783 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGCCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* *
69848 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATT
66 TAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT
* * * * * *
69912 CCAAAGATTGATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTGAATATG
130 CCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTCT-TGAACAAG
*
69963 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAGTTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * *
70027 TAAATTAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTT
66 TAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * *** * ***
70092 CAAAAACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAACCAGTTTGC-CGAGTGAG
131 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-CTTGAACAAG
* * * * * * *
70143 TTCAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAATCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* ** * ** *
70208 TACAACCATTGTTTTTATTCATACAAAATTATT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
66 TAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
*** * * * * * *
70272 TTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAATTATATATGTTTATCGAACCAG
130 CCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTCTTGAACAAG
* ** * * *
70320 TTCAAAT-GTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTT-AAATCAATATGATC-TTTGTTTTATG
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * ** * ** *
70382 ATAAAACAATGGTTTCTA-TCTATACAAACTTATTCGAAGCAAAATATTACTAAACTAATAATAT
65 ATAAAATAATTGTTTCTATTC-ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
** * * * **
70446 TTTAAAAATTAATAAGTAA-ACGATTTAAAAAATAAATGTATTTGC-TAAACCTG
129 TCCAAAAATTAATAAGTAAGA-GATTTAAAAAATAAATTTGTTT-CTTGAACAAG
* * * * * * * *
70499 TTCAAATAGTTAAGACTATTGGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTTTAACTTTTTGTTTAGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* *
70564 TAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACATGCTTATTCGAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATT
66 TAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * **
70628 CAAAAAATTAATAAGCAAG-GAATTTAAAAAAATAAATTTGTTTAC-CAAACAAG
130 CCAAAAATTAATAAGTAAGAG-ATTT-AAAAAATAAATTTGTTT-CTTGAACAAG
* * *
70681 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-ATTTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * **
70745 GTAAAACAATTG-TTC-ATTTCATAAAAGCTTATCCCAAAATAACAATAGTATTTTAACTTGTAT
65 ATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTAT-TCGAAATAA-AATA--ATACTAA-TT-TAT
* * * **
70808 TAATAGTT-CAAATATTGAA-AAGTTAGAGA-TTAAAAACATAAA-TTGTTTATCAAATCAA-
123 TAATA-TTCCAAAAATT-AATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAAATTTGTTTCTTGAA-CAAG
* * * * * *
70866 TTTAAAT-GTTTTATGGCCATCTAAACAATTATCTATTTCAAATAATCG-T-TGAAACTTTTGTT
1 TTCAAATAG--TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC--A-AATCGTTATG-ACCTTTTGTT
* * *
70928 TTGTCATAAAATAATTGTTTTTA-TCATACAAGCCTATTC-AGAATAAAATAATGCTAATTTATT
60 TTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * *
70991 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGA-TT-----AT--CTAT-TTAC-TGAACCAG
124 AATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTCTTGAACAAG
* * * * * **
71039 TTTAAATAATTATAACTATTTGAACAATTA-CATATTTCAAGTTGTTAT-AATTTGTTGTTTTGT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCGTTATGACCTT-TTGTTTTGT
* * * * * *
71102 CATAAAAAAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATCTAATAATAT
64 CATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
*** * * * *
71166 TATGAAAATTAATAATTAAGAGATTCAAAAAATAAATTTGTTTGTTGAACCAG
129 TCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTCTTGAACAAG
* * * ** * * * *
71219 TTCAAATAGTTAAGGCTATATGATTAATTATCTATTTCAAATCATTATGTCATTTTGTTTTGTCG
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * * * * *
71284 TAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTT-TAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATTTT
66 TAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
*** * *
71348 TTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC-TAAACTAG
130 CCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-CTTGAACAAG
* * * * * * *
71396 TTCAATTAGTTAT-ACCAATTTAAACAATTATTTACTTCATATCGTTATGACCATTTGTTTTGTC
1 TTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * *
71460 ATAAAATAATTATTTTTATTGATA-TAGACTTATTCAAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATAT
65 ATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
*** * * * * * * ** *
71524 TGTTAAAATTAGTAAGTAACATATTTAAAAAATGAATCTGTTGGCCAG-ACTAG
129 TCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT-TCTTGAACAAG
* * * * * *
71577 TGT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTCATAAACATTTATTTTCTC
1 T-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * * * *
71641 ACAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGCTTATTAGGAATAACATAATTCTAATTTATTAATATT
65 ATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* ** * * ** * * *
71706 CC-AAAATGTAATAAATAAGAGATTTAAAAGCTGAGTTCATTTATCGAATAAG
130 CCAAAAAT-TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTCTTGAACAAG
** *
71758 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-CTTATTTCAAATC-CCATAACCTTTTGTTTTGTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * * *
71821 ATAAAATAATTTTTTCTTTTCCTAAAAACCTTTTTC-AATTAAAATAATACAAATTTATT-ATCA
65 ATAAAATAATTGTTTCTATTCAT-ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-A
* * * * * * * * *
71884 GT-CAGACAA-TAATAAGTAAAATATTTAAAATATAAATCTATTTAC-TAAATAAG
128 TTCCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-CTTGAACAAG
* * * * * * *
71937 TTCATACAGTTGTGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * *
72002 T-AAACAATTGTTTTTTAATCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATTAGTTTATTAATATT
66 TAAAATAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
*** * * * *
72066 TTGACAATTAATAAGT-CGAAGATTTTAAAAATAAATATGTTT-TCTGAACAAG
130 CCAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTCT-TGAACAAG
* * **
72118 ------T--TTA--A--A--T--AC--TTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTCATCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
72165 TAAAATAATTGTAT-TAGTTCATA-TAGTCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATAC
66 TAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAG-CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
** * * * *
72228 TCTGAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-CGAACAAG
129 TCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-CTTGAACAAG
* * *
72281 TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* *
72346 TAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATACTG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATAT
66 TAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAT
* * * * * *
72409 TCCAAAAACTAGTAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTAAACATG
129 TCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTCT-TGAACAAG
72461 TTCAAATAGTTATGACTATT
1 TTCAAATAGTTATGACTATT
72481 GTAAACACCA
Statistics
Matches: 2252, Mismatches: 487, Indels: 281
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
162 4 0.00
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165 1 0.00
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169 9 0.00
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189 6 0.00
190 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
TAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTCTTGAACAAG
Found at i:71054 original size:896 final size:893
Alignment explanation
Indices: 69555--71880 Score: 2036
Period size: 896 Copynumber: 2.6 Consensus size: 893
69545 ATATTTCTGC
*
69555 AATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATAACT
1 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATAACT
* *
69620 ATTTGAACAAGTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAATAATTGTATCGA
66 ATTGGAACAAGTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTCATCATAAAATAATTGTATCGA
* * * * *
69685 TTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAACTTATTACTATTCCAAAAATTAATGAGTAA
131 TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAA
* **
69750 GAGATTTAAAAATGAATTTGCTTCTTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
196 GAGATTTAAAAATAAATTTGCTTCTCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * *
69815 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
261 TATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTACCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTAT
* *
69880 TCCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAGATTGATAAGTAAAAATTTAAAAAATAA
326 CCCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAGATTGAAAAGTAAAAATTTAAAAAATAA
* * * * *
69945 ATATGTTTTCTGAATATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAGTTATCTATTTCAAATCGTTA
391 ATATGTTTTCTAAATATGTTCAAATAGTTATGACCATCTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * **
70010 TGACCTTTTGTTTGTCATAAATTAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATAATA
456 -GAACTTTTGTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATAAAAGCCTATTCAGAATAAAATAATA
* **
70075 CTAATTTATTAAAATTTCAAAAACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAACCAGTTTGCCGAGT
520 CTAATTTATTAAAATTTCAAAAACTAATAAGTAAAAGATTT----AAT--ACCAGTTTACCGAAC
* * * **
70140 GAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAATCTT-TTGTTTT
579 CAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTACATATTTCAAATTGTTATAAT-TTGTTGTTTT
* ** * * * * *
70204 GTCATACAACCATTGTTTTTATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
643 GTCATAAAAAAATTATTTATATTCATACAAAATTATTCA-AATAAAATAATACTAATCTAATAAT
* * * *
70269 ATTTTGAAAA-T-TAA-TAAGAGATTTAAAAATTATATATGTTTATCGAACCAGTTCAAAT-GTT
707 ATTATGAAAATTATAATTAAGAGATTCAAAAAATAAATATGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTT
* *
70330 ATGACTATTTGAATAATTATCTATCTT-AAATCAATATGATCTTTGTTTTATGATAAAACAATGG
772 AAGACTATATGAATAATTATCTAT-TTCAAATCAATATGATCTTTGTTTTATGATAAAACAATGG
70394 TTTCTATCTATACAAACTTATTCGAAGCAAAATATTACTAAACTAATAATATTTTAAA
836 TTTCTATCTATACAAACTTATTCGAAGCAAAATATTACTAAACTAATAATATTTTAAA
* * * * ** *
70452 AATTAATAAGTAAACGATTT-AAAAAATAAATGTATTTGCTAAACCTGTTCAAATAGTTAA-GAC
1 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAG-TAATAAC
* * * * * *
70515 TATTGGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTTTAACTTTTTGTTT-AGTCATAAAATAATTGTTTC
65 TATTGGAACAAGTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTCA-TCATAAAATAATTGTATC
* **
70579 -AGTTCATACATGCTTATTCGAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAG
129 GA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAG
*
70643 CAAG-GAATTTAAAAAAATAAATTTGTTTAC-CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
193 CAAGAG-ATTT--AAAAATAAATTTGCTT-CTCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* *
70706 AATTATC-ATTTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCGTAAAACAATTG-TTC-ATTTCATA
254 AATTATCTA-TTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTACCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA
* * *
70768 AAAGCTTATCCCAAAATAACAATAGTATTTTAACTTGTATTAATAGTT-CAAATATTGAAAAGTT
317 AAAGCTTATCCC-AAATAA-AATA--A-TATAAATT-TATTAATA-TTCCAAAGATTGAAAAG-T
* * *
70832 AGAGA-TTAAAAACATAAAT-TGTTTATC-AAATCAAT-TT-AAAT-GTTTTATGGCCATCTAAA
374 AAAAATTTAAAAA-ATAAATATGTTT-TCTAAAT--ATGTTCAAATAG--TTATGACCATCTAAA
* *
70891 CAATTATCTATTTCAAATAATCGTT-GAAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTA-TCA
433 CAATTATCTATTTC--A-AATCGTTAG-AACTTTTG-TTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCA
* * * * **
70954 TACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGA
493 TAAAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAACTAATAAGTAAAAGA
* * * * *
71019 -TT-AT-CTA-TTTACTGAACCAGTTTAAATAATTATAACTATTTGAACAATTACATATTTCAAG
558 TTTAATACCAGTTTACCGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTACATATTTCAAA
* **
71080 TTGTTATAATTTGTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAATAAA
623 TTGTTATAATTTGTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTATATTCATACAAAATTATTCAAATAAA
* *
71145 ATAATACTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAATTAAGAGATTCAAAAAATAAATTTGTTTG
688 ATAATACTAATCTAATAATATTATGAAAATT-ATAATTAAGAGATTCAAAAAATAAATATGTTTA
* * * *
71210 TTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGATTAATTATCTATTTCAAATCATTATG-TCATTT
752 TCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCAATATGATC--TT
* * * * ** * * * * *
71274 TGTTTTGTCG-TAAAACAAAT-GTTTTTGT-TCATATAAGTTTGTTTAGAA-TAAAATAATATTA
815 TGTTTTAT-GATAAAAC-AATGGTTTCTATCT-ATACAAACTT-ATTCGAAGCAAAATATTACTA
** * * *
71335 ATTTATTAATTTTTTGAA
876 AACTAATAATATTTTAAA
* * * * * * * *
71353 AATTAATAAG----AGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAATTAGTTATACCA
1 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATAACT
** * * * * * * ** * * **
71413 ATTTAAACAATTATTTACTTCATATCGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTA
66 ATTGGAACAAGTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTCATCATAAAATAATTGTATCGA
* * * * * * *** * *
71478 TTGATA-TAGACTTATTCAAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTGTTAAAATTAGTAAGTA
131 TTCATACAAG-CTTATTCGAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCA
* * * * * *
71542 ACATATTTAAAAAATGAATCTG-TTGGC-CAGACTAGTGT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAA
195 AGAGATTT-AAAAATAAATTTGCTT--CTCAAACAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * * * * * * * * *
71604 TTATCTATTTCAAATCGTCATAAACATTTATTTT-CTCACAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAA
256 TTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTAC-CATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAA
**** * * * *
71668 GCTTATTAGGAATAACATAAT-TCTAATTTATTAATATTCCAAA-A-TGTAATAAATAAGAGATT
320 GCTTATCCCAAATAAAATAATAT-AAATTTATTAATATTCCAAAGATTG-AA-AAGTAA-AAATT
** ** * * * * * *
71730 TAAAAGCTGAGTTCAT-TTATC-GAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-CTTA
381 TAAAAAAT-AAAT-ATGTTTTCTAAATATGTTCAAATAGTTATGACCATCTAAACAATTATC-TA
** * * * * * *
71792 TTTCAAATCCCATA-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTTTTCCTAAAAACCTTTTT
443 TTTCAAAT-CGTTAGAACTTTTG-TTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATAAAAGCC-TATT
* *
71856 CA-ATTAAAATAATACAAATTTATTA
505 CAGAATAAAATAATACTAATTTATTA
71881 TCAGTCAGAC
Statistics
Matches: 1160, Mismatches: 200, Indels: 146
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
888 32 0.03
889 33 0.03
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891 44 0.04
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893 4 0.00
894 1 0.00
895 42 0.04
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905 5 0.00
906 67 0.06
907 28 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (893 bp):
AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATAACT
ATTGGAACAAGTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTCATCATAAAATAATTGTATCGA
TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAA
GAGATTTAAAAATAAATTTGCTTCTCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
TATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTACCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTAT
CCCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAGATTGAAAAGTAAAAATTTAAAAAATAA
ATATGTTTTCTAAATATGTTCAAATAGTTATGACCATCTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
GAACTTTTGTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATAAAAGCCTATTCAGAATAAAATAATAC
TAATTTATTAAAATTTCAAAAACTAATAAGTAAAAGATTTAATACCAGTTTACCGAACCAGTTCA
AATAATTATAACTATTTAAACAATTACATATTTCAAATTGTTATAATTTGTTGTTTTGTCATAAA
AAAATTATTTATATTCATACAAAATTATTCAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTATGAAA
ATTATAATTAAGAGATTCAAAAAATAAATATGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATA
TGAATAATTATCTATTTCAAATCAATATGATCTTTGTTTTATGATAAAACAATGGTTTCTATCTA
TACAAACTTATTCGAAGCAAAATATTACTAAACTAATAATATTTTAAA
Found at i:71733 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 69420--72480 Score: 1531
Period size: 181 Copynumber: 17.1 Consensus size: 180
69410 ACCGAATAAT
* * * ** *
69420 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTTGTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACA-TTTG-TTTTGTC
* * * *
69485 ATAAAACATTTATTTTTGTTCATACT-AGCTTATT-TGGATAAAAAAAATAT-TAATTTATTAAT
64 ATAAAACAATTATTTTTGTTCATA-TAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAAT-TCTAATTTATTAAT
* * * * * * * * * *
69547 ATTTCTG-CAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAG
126 A-TTATGAAAATTAATAAATAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTGCTAGACTAG
* * * * * **
69603 TTCAAATAGTAATAACTATTTGAACAAGTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTCATCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACATTTGTTTTGTCA
* * * * * * *
69668 TAAAATAATT-GTATCGATTCATATAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAACTTATTACTAT
65 TAAAACAATTATTTTTG-TTCATATAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATTCTAATTTATTAATAT
*** * * * * * *
69731 TCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTT-AAAAATGAATTTGCTT-CTTGAACAAG
128 TATGAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAG-ACTAG
* * *
69783 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGCCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACATTTGTTTTGTCA
* * * * *
69848 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCCA-AATAAAATAATAT-AAATTTATTAATAT
65 TAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAGCTTATT-CAGAATAAAATAAT-TCTAATTTATTAATAT
** * * * * * *
69911 T-CCAAAGATTGATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCT-GAATATG
128 TATGAAA-ATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAGACTA-G
* * *
69963 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAGTTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT-TGTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTGT-TTTGTCA
** * * * ** * *
70027 TAAATTAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATT-
65 TAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTA
* * * * *** * *
70091 TCAAAAACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAACCAGTTTGC-CGAGTGAG
130 T-GAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAGACT-AG
* * * * * *
70143 TTCAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAATCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAA-CATTTGTTTTGTCA
* * * * * ** * * *
70208 TACAACCATTGTTTTTATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
65 TAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTA
* * * * * *
70273 TGAAAA-T--T-AATAAGAGATTTAAAAATTATATATGTTT-ATCGAACCAG
130 TGAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAG-ACTAG
* ** * * *
70320 TTCAAAT-GTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTT-AAATCAATATGATC-TTTGTTTTATG
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCGTTAT-AACATTTGTTTTGTC
** * * * * * ** *
70382 ATAAAACAATGGTTTCT-ATCTATACAAACTTATTC-GAAGCAAAAT-ATTACTAAACTAATAAT
64 ATAAAACAATTATTTTTGTTC-ATATAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATT-CTAATTTATTAAT
* * * * * *
70444 ATTTTAAAAATTAATAAGTAA-ACGATTTAAAAAATAAATGTATTTGCTAAACCT-G
126 ATTATGAAAATTAATAAATAAGA-GATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAGA-CTAG
* * * * * * *
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1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAC-ATTTGTTTTGTCA
* * ** * * * *
70564 TAAAATAATTGTTTCAGTTCATACATGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATT
65 TAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATTCTAATTTATTAATATT
* ** * * * *
70628 CA-AAAAATTAATAAGCAAG-GAATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAG
129 -ATGAAAATTAATAAATAAGAG-ATTT-AAAAAATAAATTTGTTTGCTAGACTAG
* * * * *
70681 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-ATTTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCGTTAT-AACATTTGTTTTGTC
* * ** * * * *
70745 GTAAAACAATTGTTCAT-TTCATAAAAGCTTATCCCAAAATAACAATAGTATTTTAACTTGTATT
64 ATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAGCTTAT-TCAGAATAA-AATA--ATTCTAA-TT-TATT
* * * * * * *
70809 AATAGT-TCAAATATTGAA-AAGTTAGAGA-TTAAAAACATAAA-TTGTTT-ATCA-AATCAA
123 AATATTATGAAA-ATT-AATAAATAAGAGATTTAAAAA-ATAAATTTGTTTGCT-AGACT-AG
* * * * * *
70866 TTTAAAT-GTTTTATGGCCATCTAAACAATTATCTATTTCAAATAATCGTTGA-AACTTTTGTTT
1 TTCAAATAG--TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC--A-AATCGTT-ATAACATTTGTTT
* * * * * *
70929 TGTCATAAAATAATTGTTTTT-ATCATACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATGCTAATTTATTAA
60 TGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATTCTAATTTATTAA
* * * ** ** *
70993 TATT-TCAAAAATTAATAAGTAGGAGA-TT-----ATCTATTT-ACTG--A-ACCAG
125 TATTAT-GAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAGACTAG
* * * * * **
71039 TTTAAATAATTATAACTATTTGAACAATTA-CATATTTCAAGTTGTTATAATTTGTTGTTTTGTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCGTTATAACAT-TTGTTTTGTC
* * * * * *
71103 ATAAAAAAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATCTAATAATATT
64 ATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATT
* * * *
71167 ATGAAAATTAATAATTAAGAGATTCAAAAAATAAATTTGTTTG-TTGAACCAG
129 ATGAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAG-ACTAG
* * * ** * ** *
71219 TTCAAATAGTTAAGGCTATATGATTAATTATCTATTTCAAATCATTATGTCATTTTGTTTTGTCG
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACA-TTTGTTTTGTCA
* * * * * *
71284 TAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTAGAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATTTT
65 TAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAAT-TCTAATTTATTAATATT
* * *
71348 TTGAAAA-T--T-AATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAG
129 ATGAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAGACTAG
* * * * * * *
71396 TTCAATTAGTTAT-ACCAATTTAAACAATTATTTACTTCATATCGTTATGACCATTTGTTTTGTC
1 TTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACATTTGTTTTGTC
* * * * * *
71460 ATAAAATAATTATTTTTATTGATAT-AGACTTATTCAAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATAT
64 ATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAG-CTTATTCAGAATAAAATAATTCTAATTTATTAATAT
* * * * * * * * * *
71524 TGTTAAAATTAGTAAGTAACATATTTAAAAAATGAATCTGTTGGCCAGACTAG
128 TATGAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAGACTAG
* * *
71577 TGT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTCATAAACATTTATTTTCTC
1 T-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACATTTGTTTTGTC
* * *
71641 ACAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGCTTATT-AGGAATAACATAATTCTAATTTATTAATAT
64 ATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAGCTTATTCA-GAATAAAATAATTCTAATTTATTAATAT
** ** * * ** * * *
71705 T-CCAAAATGTAATAAATAAGAGATTTAAAAGCTGAGTTCATTT-ATCGAATAAG
128 TATGAAAAT-TAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAGACT-AG
** *
71758 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-CTTATTTCAAATC-CCATAACCTTTTGTTTTGTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCGTTATAA-CATTTGTTTTGTC
* * * * * * * * *
71821 ATAAAATAATT-TTTTCTTTTCCTAAAAACCTTTTTCA-ATTAAAATAATACAAATTTATT-ATC
64 ATAAAACAATTATTTT-TGTTCAT-ATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATTCTAATTTATTAAT-
* * * * * * * * * *
71883 AGTCA-GACAA-TAATAAGTAAAATATTTAAAATATAAATCTATTTACTA-AATAAG
126 A-TTATGAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAGACT-AG
* * * * * * * *
71937 TTCATACAGTTGTGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAC-ATTTGTTTTGTCA
* * * * *
72002 T-AAACAATTGTTTTT-TAATCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATAT-TAGTTTATTAATA
65 TAAAACAATTATTTTTGT--TCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAAT-TCTAATTTATTAATA
* * * * * * *
72064 TTTTGACAATTAATAAGT-CGAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTTCT-GA--A-
127 TTATGAAAATTAATAAATAAG-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAGACTAG
* * * **
72114 --C--A-AGTT-T-A--A-AT--AC--TTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTCATCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAA-CATTTGTTTTGTCA
* * * * * ** *
72165 TAAAATAATTGTATTAGTTCATAT-AGTCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATACT
65 TAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAG-CTTATTCAGAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATT
* * * * * * * *
72229 CTGAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-CGAACAAG
129 ATGAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAG-ACTAG
* * * * *
72281 TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACATTTGTTTTGTCA
* * * * * * *
72346 TAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATACTGAATAAAATAATAT-AAATTTATTAATATT
65 TAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAAT-TCTAATTTATTAATATT
*** * * * * * * *
72410 CCAAAAACTAGTAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAAC-ATG
129 ATGAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAGACTA-G
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1 TTCAAATAGTTATGACTATT
72481 GTAAACACCA
Statistics
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AAAACAATTATTTTTGTTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTAT
GAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAGACTAG
Found at i:73600 original size:20 final size:22
Alignment explanation
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Period size: 20 Copynumber: 2.3 Consensus size: 22
73565 GTTAATTTTT
73575 AAAATAAACTT-TAAAAATA-A
1 AAAATAAACTTATAAAAATACA
*
73595 AAAATAAACTTAATAATAATACA
1 AAAATAAACTT-ATAAAAATACA
73618 AAAATAA
1 AAAATAA
73625 TAAAAATGTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (22 bp):
AAAATAAACTTATAAAAATACA
Found at i:81464 original size:31 final size:32
Alignment explanation
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81416 TCTTTTATTG
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81486 TGTATGCAAT
Statistics
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Consensus pattern (32 bp):
TTTTCATCATTTTTTTGCCATTCCATTTTCTC
Found at i:86050 original size:146 final size:144
Alignment explanation
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Period size: 146 Copynumber: 4.0 Consensus size: 144
85738 TCAAGAACAT
* * *
85748 ATGAGATTTTTAAAGTTGTTGAGCCTTTATTGAGATGAGCTTTTTCAAGATGAATTTTAAAGTTG
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* * * * *
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*
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129 AGGAGCCTTTTTTAAG
*
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* * *
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86022 AGGAGCCTTTTTTAAG
129 AGGAGCCTTTTTTAAG
* **
86038 ATGAGATTTTTAAAGTTGTCGAGCCTCTGTTGAGA-GAATTTTTTCAAGATGAATTTTAAAGTTG
1 ATGAGATTTTTAAAGTTGTTGAGCCTCTGTTGAGAGGAGCTTTTTCAAGATGAATTTTAAAGTTG
* * * *
86102 TTAAGCCTCTCCTGTTGAGAGGAGCTTTTTCAAGATGAATTTTAAAGTTGTTGAGCCTCTACTGA
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*
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128 AAGGAGCCTTTTTTAAG
** * *
86182 AT----TTTCAAAAGTTGTTGAGCCTCTGCTT-AGAGAAGCTTTTCCAGGATGATGAATTTTAAA
1 ATGAGATTTTTAAAGTTGTTGAGCCTCTG-TTGAGAGGAGCTTTTTCA--A-GATGAATTTTAAA
* * *
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62 GTTGTTGAGCCTCTAC-TAAGAGGAGCTTTTTCAAGATGAA-TTTTAAA-GTTGTTGAGCCTCTA
* *
86305 CTTAAATGAGCCTTTTT
124 CTAAAAGGAGCCTTTTT
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Statistics
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Consensus pattern (144 bp):
ATGAGATTTTTAAAGTTGTTGAGCCTCTGTTGAGAGGAGCTTTTTCAAGATGAATTTTAAAGTTG
TTGAGCCTCTACTAAGAGGAGCTTTTTCAAGATGAATTTTAAAGTTGTTGAGCCTCTACTAAAAG
GAGCCTTTTTTAAG
Found at i:86147 original size:193 final size:193
Alignment explanation
Indices: 85755--86290 Score: 612
Period size: 193 Copynumber: 2.8 Consensus size: 193
85745 CATATGAGAT
* * * * *
85755 TTTTAAAGTTGTTGAGCCTTTATTGAGATGAGCTTTTTCAAGATGAATTTTAAAGTTGTTGAGCC
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* * * * *
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66 TCTACTAAAAGAAGCCTTTTTCAAGATGATTTTTAAAGTTGTCGAGCCTCTACTGAGAAGAACTT
* *
85885 TTTCAAGATGAGATTTTTAAAGTTGTTGAGCCTCTGTTGAGAGGAGCTTTTTTCAAGATGGAT
131 TTTCAAGATGAGATTTTTAAAGTTGTTAAGCCTCTGTTGAGAGGAGCTTTTTTCAAGATGGAA
* *
85948 TTTTAAAGTTGTTGAGCCTCTGCTAAGAGGAGCTTTTTCAAGATGAATTTTAAAATTGTTAAGCC
1 TTTTAAAGTTGTTGAGCCTCTACTGAGAGGAGCTTTTTCAAGATGAATTTTAAAATTGTTAAGCC
* * ** *
86013 TCTACTAAAAGGAGCCTTTTTTAAGATGAGATTTTTAAAGTTGTCGAGCCTCTGTTGAG-AGAAT
66 TCTACTAAAAGAAGCCTTTTTCAAGAT--GATTTTTAAAGTTGTCGAGCCTCTACTGAGAAGAAC
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129 TTTTTCAAGATGAGATTTTTAAAGTTGTTAAG-C-CT-CTGTTGAGAGGAGCTTTTTTCAAGATG
86138 GAA
191 GAA
* *
86141 TTTTAAAGTTGTTGAGCCTCTACTGAGAGGAGCCTTTTT-AA-AT---TTTCAAAAGTTGTTGAG
1 TTTTAAAGTTGTTGAGCCTCTACTGAGAGGAG-CTTTTTCAAGATGAATTTTAAAA-TTGTTAAG
* * * * * * *
86201 CCTCTGCTTAGAGAAG-CTTTTCCAGGATGATGAATTTTAAAGTTGTTGAGCCTCTACTTA-AAG
64 CCTCTACTAAAAGAAGCCTTTTTCA--A-GATGATTTTTAAAGTTGTCGAGCCTCTACTGAGAA-
* *
86264 GAGCTTTTTTAAGATGA-ATTTTTAAAG
125 GAACTTTTTCAAGATGAGATTTTTAAAG
86291 GTTTTGAGCC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (193 bp):
TTTTAAAGTTGTTGAGCCTCTACTGAGAGGAGCTTTTTCAAGATGAATTTTAAAATTGTTAAGCC
TCTACTAAAAGAAGCCTTTTTCAAGATGATTTTTAAAGTTGTCGAGCCTCTACTGAGAAGAACTT
TTTCAAGATGAGATTTTTAAAGTTGTTAAGCCTCTGTTGAGAGGAGCTTTTTTCAAGATGGAA
Found at i:86309 original size:48 final size:48
Alignment explanation
Indices: 85748--86408 Score: 573
Period size: 48 Copynumber: 13.9 Consensus size: 48
85738 TCAAGAACAT
* *
85748 ATGAGATTTTTAAAGTTGTTGAGCCTTTA-TTGAGATGAGCTTTTTCAAG
1 ATGA-ATTTTTAAAGTTGTTGAGCCTCTACTT-AGAGGAGCTTTTTCAAG
* *
85797 ATGAA-TTTTAAAGTTGTTGAGCCTCTACTGAGAGAAGCCTTTTTCAAG
1 ATGAATTTTTAAAGTTGTTGAGCCTCTACTTAGAGGAG-CTTTTTCAAG
* * *
85845 ATG-ATTTTTAAAGTTGTTGAGCCTTTACTGAGAAGAGCTTTTTCAAG
1 ATGAATTTTTAAAGTTGTTGAGCCTCTACTTAGAGGAGCTTTTTCAAG
*
85892 ATGAGATTTTTAAAGTTGTTGAGCCTCT-GTTGAGAGGAGCTTTTTTCAAG
1 ATGA-ATTTTTAAAGTTGTTGAGCCTCTACTT-AGAGGAGC-TTTTTCAAG
* * *
85942 ATGGATTTTTAAAGTTGTTGAGCCTCTGCTAAGAGGAGCTTTTTCAAG
1 ATGAATTTTTAAAGTTGTTGAGCCTCTACTTAGAGGAGCTTTTTCAAG
* * * * *
85990 ATGAA-TTTTAAAATTGTTAAGCCTCTACTAAAAGGAGCCTTTTTTAAG
1 ATGAATTTTTAAAGTTGTTGAGCCTCTACTTAGAGGAG-CTTTTTCAAG
* * **
86038 ATGAGATTTTTAAAGTTGTCGAGCCTCT-GTT-GAGAGAATTTTTTCAAG
1 ATGA-ATTTTTAAAGTTGTTGAGCCTCTACTTAGAG-GAGCTTTTTCAAG
* *
86086 ATGAA-TTTTAAAGTTGTTAAGCCTCTCCTGTTGAGAGGAGCTTTTTCAAG
1 ATGAATTTTTAAAGTTGTTGAGCCTCTAC--TT-AGAGGAGCTTTTTCAAG
*
86136 ATGAA-TTTTAAAGTTGTTGAGCCTCTACTGAGAGGAGCCTTTTT-AA-
1 ATGAATTTTTAAAGTTGTTGAGCCTCTACTTAGAGGAG-CTTTTTCAAG
** * * *
86182 AT---TTTCAAAAGTTGTTGAGCCTCTGCTTAGAGAAGCTTTTCCAGGATG
1 ATGAATTTTTAAAGTTGTTGAGCCTCTACTTAGAGGAGCTTTTTCA--A-G
* *
86230 ATGAA-TTTTAAAGTTGTTGAGCCTCTACTTAAAGGAGCTTTTTTAAG
1 ATGAATTTTTAAAGTTGTTGAGCCTCTACTTAGAGGAGCTTTTTCAAG
* * * *
86277 ATGAATTTTTAAAGGTT-TTGAGCCTATGCTTAAATGAGCCTTTTT-AA-
1 ATGAATTTTTAAA-GTTGTTGAGCCTCTACTTAGAGGAG-CTTTTTCAAG
** ** **
86324 AT---TTTCAAAAGTCATTGAGCCTCTACTTAGAAAAGCCTTTTT-AA-
1 ATGAATTTTTAAAGTTGTTGAGCCTCTACTTAGAGGAG-CTTTTTCAAG
* * * *
86368 AT---TTTTAAAAGTTGTTGAGCCTCTGCTTAGAAGAGCCTTTT
1 ATGAATTTTTAAAGTTGTTGAGCCTCTACTTAGAGGAGCTTTTT
86409 AAATTTTCAA
Statistics
Matches: 514, Mismatches: 67, Indels: 68
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Consensus pattern (48 bp):
ATGAATTTTTAAAGTTGTTGAGCCTCTACTTAGAGGAGCTTTTTCAAG
Found at i:86608 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 86592--86635 Score: 54
Period size: 6 Copynumber: 7.0 Consensus size: 6
86582 TTTATTATTT
86592 TTTTCTC TTTTTC TTTTTTTC TTTTTC TTTTTC -TTTTC TTTTTC
1 TTTT-TC TTTTTC --TTTTTC TTTTTC TTTTTC TTTTTC TTTTTC
86636 AGTTTAGATT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 0, Indels: 7
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (6 bp):
TTTTTC
Found at i:86608 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 86591--86625 Score: 61
Period size: 14 Copynumber: 2.5 Consensus size: 14
86581 TTTTATTATT
86591 TTTTTCTCTTTTTC
1 TTTTTCTCTTTTTC
*
86605 TTTTTTTCTTTTTC
1 TTTTTCTCTTTTTC
86619 TTTTTCT
1 TTTTTCT
86626 TTTCTTTTTC
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (14 bp):
TTTTTCTCTTTTTC
Found at i:86611 original size:17 final size:15
Alignment explanation
Indices: 86589--86635 Score: 60
Period size: 17 Copynumber: 3.0 Consensus size: 15
86579 TTTTTTATTA
86589 TTTTTTTCTCTTTTTC
1 TTTTTTT-TCTTTTTC
86605 -TTTTTTTCTTTTTC
1 TTTTTTTTCTTTTTC
86619 TTTTTCTTTTCTTTTTC
1 -TTTT-TTTTCTTTTTC
86636 AGTTTAGATT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 5
0.85 0.00 0.15
Matches are distributed among these distances:
14 8 0.29
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ACGTcount: A:0.00, C:0.17, G:0.00, T:0.83
Consensus pattern (15 bp):
TTTTTTTTCTTTTTC
Found at i:87719 original size:20 final size:23
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Indices: 87694--87744 Score: 72
Period size: 20 Copynumber: 2.3 Consensus size: 23
87684 GTTAATTTTT
*
87694 AAAATAAACTTTA-AA-AATA-A
1 AAAATAAACTTAACAATAATACA
87714 AAAATAAACTTAACAATAATACA
1 AAAATAAACTTAACAATAATACA
87737 AAAATAAA
1 AAAATAAA
87745 AAAATGTAAG
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 1, Indels: 3
0.87 0.03 0.10
Matches are distributed among these distances:
20 12 0.44
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22 4 0.15
23 9 0.33
ACGTcount: A:0.71, C:0.08, G:0.00, T:0.22
Consensus pattern (23 bp):
AAAATAAACTTAACAATAATACA
Found at i:89075 original size:181 final size:175
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Indices: 88754--89438 Score: 589
Period size: 181 Copynumber: 3.8 Consensus size: 175
88744 TTAAGACAAC
* * *
88754 TATTTGAACAACTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTATCAT-AAATAAATTATTT
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTATTTTATCATAAAAT-AATTGTTT
* * * * * * **
88817 TTGTTCATACAAGCATATTCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAATGTTCCCAAAATTAATAAG
64 CTGTTCACACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAG
*
88882 TAAAAGATTTAAAAAATAACTAAGTTTACTGAGTAAGTTCAAATAGTTATAAT
129 --AGA-ATTTAAAAAATAACT-AGTTTACTGA-TAAGTTCAAATAGTTAT-AT
* * * * *
88935 TGTTTGAACAATTAT-TCATTTAAAAT-AGTTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAGTAATTGTTT
1 TATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTATTTTATCATAAAATAATTGTTT
* ** * *
88998 CTATTCACACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAAGTAATAGG
64 CTGTTCACACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAG
* ** * * *
89063 CAGGTAATTTAAAAAATAAATCT-GCTTACCAAATAAGTTTAAGTAGTCATAT
129 -A-G-AATTTAAAAAAT-AA-CTAGTTTA-CTGATAAGTTCAAATAGTTATAT
* * * * *
89115 CAATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTT
1 -TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAATAATTGTTTC
** * * * *
89180 TGTTCATGCAAAATTTTTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGA
65 TGTTCACACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGA
* * *
89245 G-ATTTAAAAACTAAATCTA-TTTACTGAAACAGTTCAAATAGTTATGAC
130 GAATTTAAAAAAT-AA-CTAGTTTACTGATA-AGTTCAAATAGTTAT-AT
* * *
89293 TATTTGAATAATTATCTATCTT-AAATCATTATGATC-TTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTC
1 TATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAATAATTGTTTC
* * ** * * *
89356 TTTTCATACAAACTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TCAAAACTTAATAAG
65 TGTTCACACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAA-TTAATAAG
*
89420 TAAAAGATTTAAAAAATAA
129 --AGA-ATTTAAAAAATAA
89439 ATGTGTTAGC
Statistics
Matches: 411, Mismatches: 74, Indels: 40
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 5 0.01
176 74 0.18
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178 4 0.01
179 3 0.01
180 15 0.04
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183 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (175 bp):
TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAATAATTGTTTCT
GTTCACACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGAG
AATTTAAAAAATAACTAGTTTACTGATAAGTTCAAATAGTTATAT
Found at i:89924 original size:180 final size:180
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Period size: 180 Copynumber: 10.1 Consensus size: 180
89486 AATACACTTA
* * * * * *
89496 AATATTTAAGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTTTCAT-AA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * ** * * * *
89560 ACTAATTGTTTCTATTCATACATGCATATTTGAAATAAAATAATACTAGTTTATTCATATTCCAA
66 AC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAA
* ** * *
89625 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTTAGCAAGTTTA
130 AAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAG-TTC
* * * * * *
89678 AATACTTATGTCTAGTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
*
89743 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAA
66 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAA
* * * *
89808 AATTAATAGGTGAGAGATTTAAAAACTAAATTTGCTTACCAAACAAGTTC
131 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTC
* * *
89858 AATAGTCATGTCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * *
89923 ACAATTGTTTCTATTTATGCGAA-ATTATTCAAAATAAAATAATATTTATCTATTAATATTTTGA
66 ACAATTGTTTCTATTCATAC-AAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAA
* * * * * *
89987 AAA-T--TAA-TAAGACATTTAAAAATTAAATCTATTTTCCAAA-ATAATTC
130 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACA-AGTTC
* * * **
90034 AAATAGTTATGACTATTATGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTAAGACCTTTTGTTTTGTTGTA
1 -AATAGTTATGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * * * * * *
90099 TAACAAATATTTTTGTTCATATAAGTTTATT-AGGAATAAAATAATAATAATTTATTAACATTTT
64 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCT
* * *
90163 AAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACCAA-TTT
128 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAA-CAAGTTC
* ** * * * * *
90212 AATTAGTTATAAGAATTTGAA-ACATTGTTTATTTCAAATTGTTATGACCATTTATTTTGTCATA
1 AA-TAGTTATGACTATTTGAACA-ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * **
90276 AAAGAATTGTTTCTATTGATGC-AGCTTTATTCAAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCT
64 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC-TTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCT
* * * * * * ** * * *
90340 GAAAATTAATAAGTAACGAAATTAAAAAAAATGAATCTGCTGGCCTCAGCAA-TGC
128 AAAAATTAATAAGTAA-GAGATT-TAAAAAATAAATTTGTTTACC-AAACAAGTTC
* * * * * * * * *
90395 AAATAATTATGACTAATTGTACAATAATCTATTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCACAA
1 -AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* ** * * ** * * *
90460 AACAATTATTTCTATTTGTACTAGCATATTCGGAATAACATAATTTTAATTTATTAATATTCCAA
65 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAA
* * * *** *
90525 AAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATTGAACAAGTTTA
130 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAG-TTC
* * * * * *
90577 AATGGTTATGACTATTTTAACAATTA-CATATTTCAAATAGCTATAACCTTTT-TTTTCATCATA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT-GTCATA
* * * * *
90640 AAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AATTAAAATAATA-CAATTTATTAATCTTC-
64 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCT
* * * * * *
90702 AAACCATTAAAAAGTAAAAGAATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATAAGTTC
128 AAA-AATTAATAAGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTC
* * * * * *
90757 AAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATATT-AAATCATTTTGACATTTTCTTTTGTCATA
1 -AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * *
90821 AAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TG
64 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTA
* * * * * ***
90885 ATAACTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTC
129 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTC
* * * * * * * **
90937 ATATAGTCATAACTACTTGAATACTTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTCATCATAA
1 A-ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * *
91002 AACAATTGTAT-TAGCTCATATAGGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTGTA
65 AACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTA
* *
91066 AAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTC
129 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTC
* * * * * *
91118 AAATAGTTATGACTATTTGAATAGTT-TTTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGCCATAA
1 -AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * ** * * *
91182 AATAATTGTTTATGCTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATA-TAAATTATTAATATTCCAA
65 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAA
* * * * *
91246 AAATTAATAAGTAA-AAATTAAAAAAATAAATCTT-TTT-CCTGAACACGTTA
130 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTGTTTACC-AAACAAGTTC
91296 AATAGTTATGAC
1 AATAGTTATGAC
91308 CTTTCGCTTT
Statistics
Matches: 1309, Mismatches: 276, Indels: 95
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.00
176 33 0.03
177 120 0.09
178 163 0.12
179 40 0.03
180 358 0.27
181 301 0.23
182 161 0.12
183 125 0.10
184 7 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAA
AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTC
Found at i:90347 original size:355 final size:354
Alignment explanation
Indices: 89677--91254 Score: 937
Period size: 361 Copynumber: 4.4 Consensus size: 354
89667 TAGCAAGTTT
* * * *
89677 AAATACTTATGTCTAGTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATACTTATGACTAGTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTAAGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * *
89742 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAA
66 AACAAATATTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAACATTCTAA
* * ** *
89807 AAATTAATAGGTGAGAGATTTAAAAACTAAATTTGCTTACCAAACAAGTTCAATAGTCATGTCTA
131 AAATTAATA---GAGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTACCAAACAAGTTCAATAGTCATAACAA
* *
89872 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
193 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
* * * *
89937 TTATGCGAAATTATTCAAAATAAAATAATATTTATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGACAT
258 TGATGCGAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGACAT
90002 TTAAAAATTAAATCTATTTTCCAAAATAATTC
323 TTAAAAATTAAATCTATTTTCCAAAATAATTC
* * * * **
90034 AAATAGTTATGACTATTATGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTAAGACCTTTTGTTTTGTTGTA
1 AAATACTTATGACTAGT-TGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTAAGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * *
90099 TAACAAATATTTTTGTTCATATAAGTTTATT-AGGAATAAAATAATAATAATTTATTAACATTTT
65 AAACAAATATTTCTATTCATACAAGTTTATTCA-AAATAAAATAATAATAATTTATTAACATTCT
* * * * *
90163 AAAAATTAATA-AGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACCAA-TTTAATTAGTTATAAGA
129 AAAAATTAATAGAGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTACCAAA-CAAGTTCAA-TAGTCATAACA
* * *
90226 ATTTGAA-ACATTGTTTATTTCAAATTGTTATGACCATTTATTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCT
192 ATTTGAACA-ATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
** * * *
90290 ATTGATGC-AGCTTTATTCAAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGT
256 ATTGATGCGA-AATTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCTGAAAATTAATAAG-
* * * ** ** ** ** *
90354 AACGAAATTAAAAAAAATGAATCTGCTGGCCTCAGCAATGC
319 -AC---ATT-TAAAAATTAAATCTATTTTCCAAAATAATTC
* * * * * * *
90395 AAATAATTATGACTAATTGTACAATAATCTATTTTAAATCA-TTATA-ACCTTTTGTTTTATCAC
1 AAATACTTATGACTAGTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTA-AGACCTTTTGTTTTGTCAT
* ** * ** ** * ** * *
90458 AAAACAATTATTTCTATTTGTACTAGCATATTCGGAATAACATAATTTTAATTTATTAATATTCC
64 AAAACAAATATTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAACATTCT
* * * * *** * * * *
90523 AAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATTGAACAAGTTTAAATGGTTATGA
129 AAAAATTAAT-AG--AGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTACCAAACAAG-TTCAATAGTCATAA
* * * * * * * * *
90588 CTATTTTAACAATTA-CATATTTCAAATAGCTATAACC-TTTTTTTTCATCATAAAATAATTTTT
190 CAATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATTGTTATGACCATTTATTTT-GTCATAAAACAATTGTT
* * * * * *
90651 TCTATTCATAC-AAGCTTATTTC-AATTAAAATAATAC-AATTTATTAATCTTC--AAACCATTA
253 TCTATTGATGCGAA-ATTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCTGAAA--ATT-
* * * *
90711 AAAAGTAAAAGA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTAT-C-GAATAAGTTC
313 --AA-T--AAGACATTTAAAAATTAAATCTATTT-TCCAAAATAA-TTC
* * * * ** * *
90757 AAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATATT-AAATCA-TTTTGACATTTTCTTTTGTCAT
1 AAATACTTATGACTAGTTGAACAATTATCTAT-TTCAAAT-AGTTAAGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * * * *
90820 AAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATT-T
64 AAAACAAATATTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAACATTCT
* * * * * * ***
90884 GATAACTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCATATAGTCATAA
129 AAAAATTAAT-AG--AGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTACCAAACAAGTTCA-ATAGTCATAA
* * * * ** * * * **
90949 CTACTTGAATACTTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATT
190 CAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTATTTTGTCATAAAACAATTGT-TT
* * * * *
91014 AGCTCA-T-ATAG-G--CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTGTAAAAATTAA
254 --CT-ATTGAT-GCGAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCTGAAAATTAA
* * * * *
91074 TAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACA-AGTTC
315 T-A---AGACATTTAAAAATTAAATCTATTTTCCAAA-ATAATTC
* * * * * * * *
91118 AAATAGTTATGACTATTTGAATAGTT-TTTATTTCAAATCA-TTATGACATTTTGTTTTGCCATA
1 AAATACTTATGACTAGTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTAAGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * ** * * * * *
91181 AAATAATTGTTTATGCTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAAT-ATAAATTATTAATATTCCA
65 AAACAAATATTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAACATTCTA
91245 AAAATTAATA
130 AAAATTAATA
91255 AGTAAAAATT
Statistics
Matches: 966, Mismatches: 195, Indels: 118
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
354 33 0.03
355 118 0.12
357 19 0.02
358 104 0.11
359 19 0.02
360 179 0.19
361 197 0.20
362 142 0.15
363 35 0.04
364 104 0.11
365 9 0.01
366 2 0.00
367 2 0.00
369 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (354 bp):
AAATACTTATGACTAGTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTAAGACCTTTTGTTTTGTCATAA
AACAAATATTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAACATTCTAA
AAATTAATAGAGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTACCAAACAAGTTCAATAGTCATAACAATTT
GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTGA
TGCGAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGACATTTA
AAAATTAAATCTATTTTCCAAAATAATTC
Found at i:91565 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 91295--96889 Score: 3451
Period size: 180 Copynumber: 31.2 Consensus size: 180
91285 TGAACACGTT
* * * * * *
91295 AAATAGTTATGACCTTTCGCTTTGTCATAAATCAATTTTTTCTATTCA-ACAAGCATATTCGAAA
1 AAATA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTAGAAA
* *
91359 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATTTG
65 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTG
* * ** * * * * * * *
91424 TTCACCGAGTAAGTTAAAATAGTTATGGCTATTTTAATAATTTTTTATTTT
130 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * *
91475 AAATAGTTATAATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-TTCATTAGAA
1 AAATA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT-ATTAGAA
* * *
91539 ATAAAATAATACTAATTTACTAATA-TTCTAAAAATTAA-AAGGTAGAAGATTTAAAACATAAAT
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA-GTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * *
91602 CTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTCATG-CTATTTGAACAATTATCTATTTC
127 TTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * ** *
91655 AAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTGTTCATGCAAAATTAGTCA-AA
1 AAA-TATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTAGAA
* * * ** ** *
91719 ATAAATTAATACTGATATATTAATATTTTGAAAATTAATAAG----AGATTTAAAATCTAAATCT
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * *
91780 GTTTACCGAAACAA-TTTAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTA-TCC
129 GTTTATCG-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * *
91831 AAAATAGTTACAATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-TTCCATACAAGCTTATTCAG
1 -AAATA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT-CATACAAGCTTATT-AG
* * * * * * *
91894 -ATTAAAATAATGCTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTATGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
62 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* ** * * * * * *
91958 ATGTTTGCCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATTTAATTG
127 TTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * ** * *
92012 AAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATGATTATTT-AAGTTC--ACAAGCTTATTCA-A
1 AAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT-AGA
* * * *
92073 AATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAGTAAGCAAAAGATTTTTAAAAA-AAA
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* * * * *
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** * *
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*
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* *
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*
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* *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * ***
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CAAAATTAGTCAAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTA
AAAAAATAAATCTTTTTCCTGAACACGTTAAATAGTTATGACCTTTCGC
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* ** *
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* ** * **
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* * * * *** * *
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* * * * * * *
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* * * *
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*** ** * * * * * * ** * * *
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* * * * *
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* ** *
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1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAA
* * * * * *
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* * * * * * * * **
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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131 TTTA-CCAACT-GTTC-AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * ** * *
93999 CTTCTGTTTAGTCTTAAAATAATT-TTTTCAATTCATACAAGCTTATTC-AGAATAAATTAATAT
193 CTTTTGTTTA-TCATAAAATAATTGTTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATAC
* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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1 AAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAA
** * * *
94232 ATAAAATAATACTAATTCCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAG-TTT-AAAAAATAATTT
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* * * * *
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193 CTTTTGTTT-ATCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA
* * ** * * *
94425 ATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAGGAAATCTATTTACTAAATCAG
257 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAA-CAA
* * * * * *
94486 TTTAAACAATTATGGCAATTTCAACAATTATCTATTTC
321 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
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94524 AAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTTGA-TCATACAAGCTTATTCGAA
1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCGAA
* * *
94588 ATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-TAAAAATAATC
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAAATT
* * * * * *
94651 TGTTTACCAAACCAGTTCAAATTGTTATGACTATTT-AAGCAATTATATACTTCAAATCATTATA
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* * * *
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* * * * * *
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255 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAA-C
* * * * *
94845 AAATCAAATTGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTC
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* * * * * *
94885 AGATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAAATCATACTAGCTTATTCGAAA
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* *
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* * * * *
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* * * **
95141 AGATTTATTAATA-T-TAAGACAATTAATACA-TAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAA
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* * *
95203 ACAAGTTTAAATCA-TTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTC
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* * * ** *
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1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAA
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* * * * *
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95503 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTACAAAGTAGGAGAATAAAAAAATGAATCTACTTA-CCAAAA
255 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACA
*
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1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAA
* **
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* * * * *
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* * * ** * * * **
95794 TGACAATTTTTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCAAACAAGC-TATTTTAGAATAAAATAA
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* * * * *
95858 TACTAATTTATTAATA-T-TAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAACAAAAT-TGTTTACT-
252 TACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAAAA-TAAATCTATTTATTG
* * *
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* * * * * *
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* **
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65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAAAAAATT
* * * * * * * * * *
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* * * * *
96155 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAG-TTATT-TAGAATAAAATAA
190 GACCTTTTG-TTTATCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATAC-AAGCTTATTCGA-AATAAAATAA
** * * * * ***
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* * * * *
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** * * * ** * *
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* * * ** * * *
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* * * * * * *
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* * ** * * * *
96506 ATTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTTATGCATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
193 CTTTTGTTTA-TCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA
* * * * * **
96571 ATTTA-TAACATT-TAAAAATTAATAAGCAAGAA-ATTAATAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAT
257 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAAAAAGTAA-AAGATT--TAAAAAATAAATCTATTTATTGAA-
* * *
96633 AAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTA
318 CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * *
96674 AAATC-ATAGTGACTTTTTATTTTATCATAAAATAGTTGTTTC-AGTTCATA-AAACTTATTTGA
1 AAATCGTTA-TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGA
* * * * * * * * *
96736 AATAAAATAATATTACTTTATTAACATTTTAAAAATTGATAAGTTAGAGAGTTAAAACATAAATC
64 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAAATT
* ** * * * * *
96801 AG-TTATTGAATCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
129 TGTTTA-CCAA-CTGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * *
96865 ACTTTTGCTTTGTCATAAAAAAATTATTTTTG
192 CCTTTTG-TTTATCATAAAATAATTGTTTTTG
96897 AAATATTAAT
Statistics
Matches: 4099, Mismatches: 912, Indels: 462
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Matches are distributed among these distances:
344 5 0.00
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Consensus pattern (358 bp):
AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAA
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAAATTTG
TTTACCAACTGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
TTGTTTATCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT
ATTAATATTCTAAAAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAATTCAA
ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
Found at i:96534 original size:174 final size:178
Alignment explanation
Indices: 93767--96747 Score: 761
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93757 GTCGAACCAG
* * * * *
93767 TTCAAATAGTTAAGACTATGT-GAACGATTATCTATTTCAAATCGTTA-TGACCTTTTCTTTTAT
1 TTCAAATAGTTAAGACTAT-TAGAACAATTATCTATTTAAAATC-ATAGTGACATTTTATTTTAT
* * * * * * * * *
93830 CGTAAAATAATTATTT-TGTTCATAAAAGCTTATTCGAATTAAAATAATACTAATTTAATAATAT
64 CATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA-TTAACAACA-
* * * * ** * *
93894 TTTAACAATTAATAAGTAAGAGATT-TAAAAAATAAATTTGCTTATTGAATTAG
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* * * ** * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
106068 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAGGTTTATATG-ATGAAA
130 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGA
* * * *
106119 AACAATT-TTTTGATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAAT-GG
1 AACAATTGTTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* ** * *** *
106182 CTATAATTATTTGAACTGATTCGATAAATTGATTTAGTTTTTAAATCTCCAACTTCTTAATTTTT
65 C-ATAACTATTTGAACT-ATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * * *
106247 GAAATATTAATAAAGTAATATTA-TTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACT-GA
128 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGA
* * * * *
106299 AACAATTATTTTATTATAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATA-T
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * * *
106362 CATAATTATTTGAATTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTTAAT-TTCTTGCTTACTAATTTT
65 CATAACTATTTGAA-CTATTCGATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAA-TTT
* * * * *
106426 TTG-AATGTTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATGTATTAACT-GA
126 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGA
* * * * *
106480 AACAATTATTTTATGACTAAACAAAAAGGTCA-AAATAATTTGAAATCGATAATTGTTCTAATAG
1 AACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * ** * * * * * *
106544 CCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACATATTCATTTTTGAAATATCTTACTTATTAATTTTA
64 TCATAACTATTTGAACT-ATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* ** * * * * * *
106609 G-AATATTATTAGTTTAGCAATATTTTA-CTCTAAATAAGCTTGTATAAACAGA
128 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * * * *
106661 AACATTTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAA-TGATTTGAGATAAATAATTGTTCAAATAGT
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
106724 CATAACTATTTAAATTGGTTCGGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTG
65 CATAACTATTTGAACT-ATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
* ** *
106785 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAAA
129 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGA
* ** * * *
106837 AACAATTGTTTTACGACAAAACAAAATATCATAAC-AATT--AA-AGATAATAT-TTCAAATGGA
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAAT-TGTTCAAATAGT
* * * * * * * ** *
106897 CATGACTATTTAAACTTGTTCGATAAACAGATTAATTCTTTGAGTC-TCCAATTCATTAA-TTTT
65 CATAACTATTTGAAC-TATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT-ATTAATTTTT
* * * * *
106960 -ATAATACTAATAAATTAGTATTATTTAATTTCAAATCAA-ATAGTATGAATAGA
128 GA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT-AAGCTTGTATGAATAGA
* * ** * *
107013 ACCAATTGTTTGATGACAAAATGAAAGGTTTATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
107077 TCAAAACTATTTAAAATGATT-GATAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTA-TTGATTAATTTT
64 TCATAACTATTTGAACT-ATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT-ATTAATTTT
* * *
107140 CT-AAATATTAATAAATTAAGTATTATTTTATTTTGACA-AA-CTTATATGAACA-A
127 -TGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAATAGA
* * * * * * * *
107193 AACAATTGTTTTACGATAAAACAAAAAGTAATAA-TGATTAGAAATATATAATTATTTAAATAGT
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * * *
107257 TATAATTATTTGAACTGGTTC-AGTAAATAAAATTATTTTTT-AATCTCTTACTTATAAAATTTT
65 CATAACTATTTGAACT-ATTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * *
107320 GAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTTATTTC-AATAAACTTGTATTAGCT-GA
128 GAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA-ATAGA
* * * *
107373 AATAATTGTTTTATGACAAAAC-AAATGTCATAACGA-TTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTC
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * ** *
107436 TTAACTATTTGAACTGATTC-AGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTTCTTATTTAAGATTTTTT
66 ATAACTATTTGAACT-ATTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTA-ATTTT
* * * * *
107500 TG-AATATT-TTTAATTAAGTATTATTTTATTCCAAAATAAACTTGTATGAATAGA
127 TGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * * * * *
107554 AATAATTGCTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTG-AATAGATAATTGTTCAAATAGTC
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * *
107618 ATAACTATTT-AACTAGTTC-ACAAATAAATTTAATTTTTTAAATC---T-CTTACTAATTCTTG
66 ATAACTATTTGAACTA-TTCGATAAACAGATTT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
* * * *
107677 AAATATTAAT--A--A-TATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTATG-TTTGA
129 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * * * ** *
107723 AAGC-ATTGTTTTATGACAAAACGAAAGGTAATAAATGATTTTCATTTCAAATAAGCTTG-T---
1 AA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-A-TTTGAAAT-AGATAA--TTGTTCAA
* * * ** * ** * * * * *
107783 AT-GTTGAAAACAATTGTTTTA-TAATAAATCAAA-AGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTG
60 ATAG-TCATAACTA-T-TTGAACTATTCGAT-AAACA-G-ATTTAT-TTTTTAAAT--CT--TT-
* * * * * * * * * * * * *
107845 TAC-AAGCCATAACTATTTGAACTTATTCAGAGAATAATTTATT-TTTTAAATCTCTTACTTA-T
113 TACTTA---TTAA-TTTTTGAA-ATATTAATA-AATTA-GTATTATTTT--ATTTC-GAATAAGC
* * **
107907 TATTTTTGAAATATT
168 T-TGTATG-AATAGA
* * ** * **** **** ** * * * * * **
107922 AATAA-AGTAGTATTATTTTA-TTTTGGAGAT-CCTTTTATGAACTGAAACAATTGTT-TTAT-G
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATT-TGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * * * * * *
107982 ACAAAACAAAAGTTCAT-AACAATT--TTAAATAGA-TAATTGTTCAAATAATCATAAC-TATTT
64 TCATAAC--TA-TT--TGAACTATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAAT-CT-TTTACTTA-TT
* * * *** * * * *** *
108042 GAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTTATGCTTA-TT--AAT-TTTTTGAATGT
121 -AA-TT-TT---TGAA-ATATTAATAAATT--AGTATTAT-TTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-
108103 TAATA-A
175 -AATAGA
** * ** * ** **** * * * ***
108109 ATTAGTATTATTTTAT--CTTGAATAAACTTGT-ATGAACTAAAACAATTATTTGATGACTAAAC
1 A--ACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAA-AGGTCAT-AACTATTTGAA--A-TAGATAATTGTTC
* * * * * * * *
108171 AAA-AGGTCAGAACAATTT-AA--AATAGATAATTATTCTAATAGTTGTACCTATTTGAA-CTAA
58 AAATA-GTCATAACTATTTGAACTATTCGATAA--A--C--AGA-TT-TA-TTTTTTAAATCT--
* ** ** * * * * *
108231 TTCGGCAAACACATTTGTTTTCT-AAATCACTTACT-TATTAATTTTGTTTTATTT-GAATAAGC
111 TT-----TACTTATTAATTTT-TGAAAT-A-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGC
108293 TTGTATG-ATCAGA
168 TTGTATGAAT-AGA
* * * * * *
108306 AATAA-TGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAA-TGATTTGAGATTGATATTTATTCAAATAGT
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * *
108368 CATAACTAGTTGAACTGATTTGGA-AAACA-ACTTTAGTTTTTAAAT-TTCTTGCTTATTAACTT
65 CATAACTATTTGAACT-A-TTCGATAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAA-TT
* * * * *
108430 TTT-AAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTT-TAGATAAGTTTTTATGAACT-TA
125 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAA-TAGA
* * * * *
108485 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAACGTCAAAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATATTC
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * ** * *
108550 ATATA-TGTTTGAACTTGTTTGGCAAATAGATTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTT
66 ATA-ACTATTTGAAC-TATTCGATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAA-TTTT
* * * * *
108614 TG-AATGTTAACAAATTAGCATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAACTA-A
127 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGA
* * * * *
108667 AATAATTGTTTTATGACAAAAACAAAAGGTAAGAA-TGATTTGAAAT-GGTAATAGTTCTAATAG
1 AACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTC-AA-A-
* * * * ** * *
108730 TCTTAACAGTCTTAACTATTTAAATTGGTTTAACAAACACATTTATTTTTTAAAT-TTCTTA-TG
61 ---T---AGTCATAACTATTTGAACT-ATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACT-
* * * * * * * *
108793 TATTAGTTTTT-AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGCATGAAAAGA
117 TATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * * * * * * *
108857 AATAATTGTTTTATGGCAAAA-TAAAGATCAAAACAATTTGAGATATATAATTGTTCAAAT-GTC
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * **
108920 ATAACTATTTAAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTAATTAATTTTCAA
66 ATAACTATTTGAACT-ATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * * * *
108981 AATATTCATAAATCAGTATTATTTTAATTCTATTTAATTCTT-TATGAACAGA
130 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAA-GCTTGTATGAATAGA
* * ** * * *
109033 AAGAATTGTTTAACAACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGGA
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * * **
109097 CATGACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACAAAGTTATATGACTATTTGAATTTGTTTGGTAAACAA
65 CATAACTATTTGAA-CTATTCGATAAACAGA-TT-TAT---T-TTTTAA-ATCTTT--T--ACTT
* * ** ** * * * * * * *
109162 AGTT-ATATTTT-AAATCTCCTACCTATTAATTTCTAAAATATTA-AT-AAATTAG-TATATTTT
118 A-TTAAT-TTTTGAAATAT--TA---ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCT-TGTATG
* **
109222 ATTCTA
175 AATAGA
* ** * * ** * *
109228 AATAA-ACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTCTATGAAAAAACTATTTGAAATAAATAATTGTTC
1 AACAATTGTTTTATG-ACA-AAACAAAAGGTC-AT-----AACTATTTGAAATAGATAATTGTTC
** * *
109292 AAATAGTCATAACTATTTGTGCT-TGCTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
58 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAT--TCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* *
109356 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGA
121 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * * * * * *
109416 AATAATTGGTTTATGA-AAATATAAAAGGTCATAACTTTTTGATATAGATAATTATTCAAATAAT
1 AACAATTGTTTTATGACAAA-ACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
109480 CAAAAACTATTTGAACGTGTTC-AGGAAATATATTTATTTTTTTAAT-TTTTACTTATTAATTTT
65 C-ATAACTATTTGAAC-TATTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* ** * * *
109543 TG-AA-A--AATAAATT-TTACTTA-TCAATTGCTGAA-ATA--TT-AATAAATTAG-
127 TGAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTC-GAATA-AGCTTGTATGAA-TAGA
* ** * * * ** * ** *
109590 TATTATT-TTAATT-TGA-ATAAGC-AAA--T-ATGAAC-AATTG--TTTTATAATAGAACAAAA
1 AACAATTGTT--TTATGACA-AAACAAAAGGTCAT-AACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * *
109645 AGTCATAACGATTTGAACTAGTTTGATAAATAAATTTATTTTTCAAATC---T-CTTATTAATAT
62 AGTCATAACTATTTGAACTA-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* * * * * * *
109706 TTGAAATACTAATAGATTAGTATTACTTTATTTCGAACAAACTTATATGAACA-A
126 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGA
*** * *
109760 ATATTTTTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAA
1 A-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * *
109824 TCATAATTATTTGAACTAGTTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTCT
64 TCATAACTATTTGAACTA-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * *
109889 GAAATATTAATAAATTCA-T-TTCATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATTAAGA
128 GAAATATTAATAAATT-AGTATT-ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-T-AGA
* * * * *
109944 AAAAACTTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGT
1 AACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
110009 CTTAAATATTTGAACTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTT-AATTTTCTTAGTTATTAATTTTT
65 CATAACTATTTGAACTA-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTT
* * * * * * *
110073 GGAATATTATTAGATTAGCATTATTTTA-TTCTGAATAAACTTGTATGAACAAA
128 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * * * * * * *
110126 AATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAGT-TACAATTGTTCAAATAGTC
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * *
110190 AT-A-TATTTAAACTAGTTC-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC---T-CTTGTTAATTTTTG
66 ATAACTATTTGAACTA-TTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
* * * * *
110248 AAAGATTAATAAATTACTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTGGAATG-ATAAAA
129 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAAT-AGA
* * * * * * * *
110300 AACAATTGTTATATGACTAAACAAAAGGCCATAA-TTTTTAGTAAACAAATAATTCTTCATATAG
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTT-G-AAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * ** * * * * * *
110364 TCTTAATTGTTTGAATTGTTTTAGCAAATAGGTTTATTTTTTTGAATCTCCTT-CTTATCAATTT
64 TCATAACTATTTGAACTATTCGA-TAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTT
** * * * * * *
110428 TCAAAATAATATTACATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAAATA-A
126 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-AATAGA
* * * * *
110483 AACAATTATTTTATAACAGAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG--
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * **
110546 A-AACTA---G-----TTCGGTAAACAAAATTATTTTTTAAACCTCCTACTTATTAATTTTTGAA
66 ATAACTATTTGAACTATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * *
110602 ATATTAATAAATTAGTTTTGTTTTATTTTGAATAGGCTTGTATG-AT-GA
131 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGA
* ** * * * *
110650 AA-AATAATGTTTTATGACAAAACAAAAGTTTGTAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAGT-G
1 AACAAT--TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * * **
110713 ACCATAATTATTTAAACCAATTTGATAAACTGACTTATTTTTTAAATCTTTAACTTATTGGTTTT
64 -TCATAACTATTTGAA-CTATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * * *
110778 TGAAGTATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTC-AGATAAGCTTTTATGAACTA-A
127 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAA-TAGA
** * ** *
110832 GGCAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTCT-AAATAGATAATTGTTTAAATAGT
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * **
110896 TATGACAATTTGAAATTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAAAT-TTCTTGTTTATTAATTTT
65 CATAACTATTTG-AACTATTCGATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTT-TTACTTATTAA-TTT
* * * *
110960 TTG-AATGTTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACTA-A
126 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGA
* * * ** * * * *
111014 AACAATTATTTTATGACTAAACAAAAAG--ATAA-T-TGTTCTAATAGTCTTAACTATTTAAATT
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTAT-TTGAAATAG--ATAATTGTTCAAA-T
* * ** *** *
111075 AGTTCGGTAAACAAATTT--A-T-TT-TTTAAATCTCTTTCTTTTTTTTAGAA-----TA-TTAT
62 AG-TC-AT-AAC-TATTTGAACTATTCGATAAA-CAGATT-TATTTTTTA-AATCTTTTACTTAT
* * * * * * * * * * * * *
111129 TAA-TTTAGCAATATT--TTACTCT-GAATAAGTTTGTATC-AATAGAAGCAGTTGTTTTATTAC
120 TAATTTTTGAAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTTCGAAT--AAGC--TTGTATGAATAG
111189 A
180 A
** * * * *** * * ** *
111190 AA-ATAAAG-ATCATAACAATTTGAGATA-G--ATAATTGCTT-AAATAGCCATAAGTAT-TTGA
1 AACA-ATTGTTTTATGACAA-AACA-AAAGGTCATAACTATTTGAAATAG--ATAA-T-TGTTCA
* * * * ** ** ** * * * * *
111248 ACTAGTTCAATAAATAGATTT-AATTCTTAAAT-CTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
59 AATAG-TC-ATAACT--ATTTGAACTATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT--TTACTT
* * * * * * * * * ** ** * * *
111311 AGT-ATTATTT-TATTCTAAATAATTTTGTATAAATAGA-AAC-AAT-CG-TTTTATG-ACA-A
118 ATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * * **** * * * * *
111367 AACAAAATGTCATAATGATTTGA-AATA-G--ATAA-TAATTCAAATAGACATGACTAT-TTGAA
1 AAC-AATTGT-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAG--AT-AAT-TGTTCAA
* * * * ** * ** * * * *
111426 CTTGTTCAGTAAACAAATTT--ACTTTTTAAATTCCAACCTA-TTAATTATTAGAATATTAATAA
60 ATAG-TCA-T-AAC-TATTTGAAC-TATTCGA-T-AAACAGATTTATTTTTTA-AATCTT--TTA
* * * * ** ** * *
111488 ATTAGT-ATTATTTG---T-TTCAAATAAAATT-GTATGAATACA-AAC-AATTA--TTTTATGA
115 CTTATTAATT-TTTGAAATATT--AAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA
111543 CA-A-A
176 -ATAGA
* * * * * * * *
111547 ACA-AAATGATTTGAAAT-A-AATAATTGTTCAAAGGGTCATAACTATTTGAACTCG---CTCGG
1 A-ACAATTG-TTT--TATGACAA-AA-----CAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGT
*** * * * ** * ** * *
111606 T-AAATAGAT-ATTTTTTTTTAAATCT-TT---T-TACTTATTAATTTTTGGAA--TTTTAATAA
56 TCAAATAG-TCATAACTATTTGAA-CTATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT-T
* * * * * * *** * *
111662 ATTAGTATTATTT----TATT-CTATATAAGCTTTTATGAATAAAAAC-AAT-TGGTT-TATG-A
118 ATTA--ATT-TTTGAAATATTAATAAATTAG-TATTAT--TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
*
111718 CA-A
177 TAGA
* * * * * *
111721 AACAA------AAGGTCATAAC---A----AT------TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTT
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * *
111767 ATAACTATTTGAACGTGTTTAGA-AAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAACTATT-
66 ATAACTATTTGAAC-T-ATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
* * * *
111829 AGAATATTAATAAATTTA-TATTATGTTATTT-GAAATAAACTTGCATGAACA-A
129 A-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGA
* * * * * *
111881 AACTAATTTTTTTACGATAAAACAAAAGGTCATAA-TGTTTTGAAATAGATAA-TGTTTAGATAG
1 AAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * * * *
111944 TTATAACTATTCGAACATGTTCTG-TGAATAGATTAATTTTTTAATTCTCTGACTCATTAATTTT
64 TCATAACTATTTGAAC-TATTC-GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * *
112008 T-ATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATTAACT-GA
127 TGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGA
* * * *
112062 AACAATTGTTTTATTA-AAAA-AAAAGGTCACAA-TGATTTGAAATA-ATTAATTATTCAAATAT
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAG
* * * * *
112123 TCATGACTATTTGAATTTGTTCGAT-AACATATTTA-TTTTAAAAT-TTTTACTTATT-ATTTGT
64 TCATAACTATTTGAA-CTATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT-T
** * * * *
112184 CAAAATATTAATAAATTAATATT-TTTTAATCCAAATAAGCTTG-ATGAATAGA
127 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * *
112236 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-ACAAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGC
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
** * * * * *
112300 CATAAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTAGATATTTTACTTATTAATTGTAT
65 CATAACTATTTGAAC-TATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-T
* *
112364 T--AATA-TAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAGTTTGTATGAATAGAA
127 TGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAG-A
* *** * * * * *
112416 AAAAATCAATTTATGACAAAACAAAAGGTAATAGCGATTTCAAATAGATAATTGCTCAAATAGTC
1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * * *
112481 ATAATTATTTAAACATCTTC-ATTAAATAGATTTTATTTTTTAAATATCTTAATTATTAAGTTTT
66 ATAACTATTTGAAC-TATTCGA-TAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * * *
112545 -AGAATATTAATAACTTCGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATAAACT-GA
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** * *
112598 AATGATT-TTTCTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
1 AACAATTGTTT-TATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
112662 CATGACTATTTGATCTAGTTTGGTAAGCATATTTA-TTTTTAAATTTTTTTACTTATTAATTGTT
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* * * *
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128 GAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * * * * *
112777 AACTATTGTTTTATAATAGAAA-AAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCCAAATAG
1 AACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTT-CAAATAG
* * *
112841 TCATAACTATTTAAACTAATTTGATGAACAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTT
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* * * * * * *
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128 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * ** * *
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* * * * * * * * * **
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* * * *
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* * * * ** *
113132 AA-ATTTTGTTTTATG---ATA-AAAA----AT---GATTTGAAATAAATAACGGTTCATATAGT
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* * * * * * * * *
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* ** * * * *
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* * ** * * *
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1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * **
113546 CACAATTATTTGAGCTGATTTGGTTAACCGATTTACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTT-
65 CATAACTATTTGAACT-ATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
* *
113610 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGA
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* *
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** * * * * *
113726 TTGTAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACTA-ATTTATTTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTT
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* * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * * * * * * * *
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1 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
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* * ** * *
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* * * * * * **
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* * * * * * *
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* * * *
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* **
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* *** * ** * *
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* * * ** * * *
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128 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* *
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* * * * *
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* *
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GG
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* *
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* * * *
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* *
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* * *
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* * * * * *
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AATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATCTTGAAGAAACTTGTATGAACT
Found at i:109137 original size:35 final size:35
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Done.