Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168476.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_75, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 125211
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.11, T:0.39
Warning! 1000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 2 of 2
Found at i:112233 original size:534 final size:541
Alignment explanation
Indices: 111177--112886 Score: 1489
Period size: 534 Copynumber: 3.2 Consensus size: 541
111167 ATAGAAGCAG
* * * * * *
111177 TTGTTTTATTACAAAA-TAAAGATCATAACAATTTGAGATAGATAATTGCTT-AAATAGCCATAA
1 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTG-TTCAAATAGTCATAA
* ** * * * * *
111240 GTATTTGAACTAGTTCAATAAATAGATTTAATTCTT-AA-A-TCT-CTTATTAATT-TTTGAAAT
65 CTATTTGAACT-GTTTGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTATG-AAT
* * ** * * * * ** *
111300 ATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATAAATAG-AAACAATCGTTTTATG
127 A-TAATAAATTTA-TATTATGTTATTCAAAATAAACTTGCATGAACAGAAAAAAATCAATTTACG
* * * * *** * * ** *
111363 ACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAATTCAAATAGACATGACTATTTGAACT
190 ACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTCAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTCAAACA
* * * * * * *
111428 TGTTCAGTAAACAAATTT-ACTTTTTAAAT-TC-CAACCTATTAA-TTATTAGAATATTAATAAA
255 TCTTCATTAAATAGATTTAATTTTTTAAATATCTGAATC-ATTAAGTT-TTAGAATATTAATAAA
* ** *
111489 TTAGTATTA-TTTGTTTCAAATAAAATTGTATGAATAC--AAACAATTATTT-TATGACAAAACA
318 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATAT-AA-ACTGAAACAATT-TTTCTATGACAAAACA
* * ** * * * *
111550 AAA--T------GATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAGGGTCATAACTATTTGAACTCGCTCGGT
380 AAAGGTCACAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTC-G-
* * * * *** * *
111607 AAATAG-ATATTTTTTTTTAAATCTTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATT
443 ATA-AGCATATTTATTTTTAAATATTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATT
* * * *
111671 ATTTTATTCTATATAAGCTTTTATGAATAAAAACAA
507 ATTTTAATCCAAATAAGC-TTGATGAATAAAAACAA
* * * *
111707 TTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAAC
1 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
*
111772 TATTTGAACGTGTTTAGAAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAACTAT-TA-GAAT
66 TATTTGAAC-TGTTT-GAAAACAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAA-T-TGTATGAAT
** ** ***
111834 ATTAATAAATTTATATTATGTTATTTGAAATAAACTTGCATGAACA-AAACTAATTTTTTTACGA
127 A-TAATAAATTTATATTATGTTATTCAAAATAAACTTGCATGAACAGAAAAAAATCAATTTACGA
* * * * * * * * * *
111898 TAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAA-TGTTTAGATAGTTATAACTATTCGAACAT
191 CAAAACAAAAGGTAATAACGATTTCAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTCAAACAT
* * * * * * *
111962 GTTC-TGTGAATAGA-TTAATTTTTTAATTCTCTGACTCATTAATTTTTATAATATTAATAAATT
256 CTTCAT-TAAATAGATTTAATTTTTTAAATATCTGAATCATTAAGTTTTAGAATATTAATAAATT
* *
112025 AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATTAACTGAAACAATTGTTT-TATTA-AAAA-AAAAG
320 AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATAAACTGAAACAATT-TTTCTATGACAAAACAAAAG
* * *
112087 GTCACAATGATTTGAAATA-ATTAATTATTCAAATATTCATGACTATTTGAAT-TTGTTCGATAA
384 GTCACAACGATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTG-ATCTAGTTCGATAA
*
112150 -CATATTTA-TTTTAAA-ATTTTTACTTATTATTTGTCAAAATATTAATAAATTAATATT-TTTT
447 GCATATTTATTTTTAAATATTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTT
*
112211 AATCCAAATAAGCTTGATGAATAGAAACAA
512 AATCCAAATAAGCTTGATGAATAAAAACAA
*
112241 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-ACAAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAA
1 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-AATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA
** * * *
112305 AGATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTAGATATTTTACTTATTAATTGTATTAATA
65 CTATTTGAAC-TGTTT-GAAAACAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTATGAATA
* ** * * *
112369 TAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGTTTGTATGAATAGAAAAAAATCAATTTATGACA
128 TAATAAATTTATATTATGTTATTCAAAATAAACTTGCATGAACAGAAAAAAATCAATTTACGACA
* * *
112434 AAACAAAAGGTAATAGCGATTTCAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTAAACATCT
193 AAACAAAAGGTAATAACGATTTCAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTCAAACATCT
* * * * *
112499 TCATTAAATAGATTTTATTTTTTAAATATCTTAATTATTAAGTTTTAGAATATTAATAACTTCGT
258 TCATTAAATAGATTTAATTTTTTAAATATCTGAATCATTAAGTTTTAGAATATTAATAAATTAGT
**
112564 ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATAAACTGAAATGATTTTTCTATGACAAAACAAAAGGTCA
323 ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATAAACTGAAACAATTTTTCTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * *
112629 TAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTTGGTAAGCATAT
388 CAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCGATAAGCATAT
* ** * * * *
112694 TTATTTTTAAATTTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAAATGATATTATTTTAGT-CG
453 TTATTTTTAAATATTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCA
* * *
112758 AATAAGCGTGTATGAA-CAAAACTA
518 AATAAGCTTG-ATGAATAAAAACAA
* * *
112782 TTGTTTTATAATAGAAA-AAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCCAAATAGTCATA
1 TTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTT-CAAATAGTCATA
* * *
112846 ACTATTTAAACTAATTTGATGAACAGATTTATTTTTTAAAT
64 ACTATTTGAACT-GTTTGA-AAACAGATTTATTTTTTAAAT
112887 CTCTTATTAA
Statistics
Matches: 959, Mismatches: 166, Indels: 97
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
530 16 0.02
531 63 0.07
532 7 0.01
533 96 0.10
534 278 0.29
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536 121 0.13
537 13 0.01
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540 9 0.01
541 132 0.14
542 49 0.05
543 8 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (541 bp):
TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
TATTTGAACTGTTTGAAAACAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTATGAATATAA
TAAATTTATATTATGTTATTCAAAATAAACTTGCATGAACAGAAAAAAATCAATTTACGACAAAA
CAAAAGGTAATAACGATTTCAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTCAAACATCTTCA
TTAAATAGATTTAATTTTTTAAATATCTGAATCATTAAGTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
ATTTTATTTCAAATAAGCTTATATAAACTGAAACAATTTTTCTATGACAAAACAAAAGGTCACAA
CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCGATAAGCATATTTA
TTTTTAAATATTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAAT
AAGCTTGATGAATAAAAACAA
Found at i:114194 original size:363 final size:359
Alignment explanation
Indices: 111282--114701 Score: 1026
Period size: 354 Copynumber: 9.6 Consensus size: 359
111272 TCTTAAATCT
* * * * ** * * *
111282 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATAAATAG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTAGTATTTTATACCAAATAA-GCTCTATGAACAG
* * * *
111347 AAACAATCGTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAATTCAAATA
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAA-GATCTTAATGATTTGAAATAAATAACT-ACTCAAATA
* * * * * * ** * *
111410 GACATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTACTTTTTAAAT-TCCAACCTATTAATTAT
127 GTCATAACTATTTGAACTGGTTCTGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * ** *
111474 TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTGT-TT-CAAATAAAATTGTATGAATACAAACAATTATT
192 TA-AATATTAATAAATTAGGATTATTT-TATTCCAAATAAGATTGTAAGAATTGAAACAAATATT
* * * * * ** **
111537 TTATGACAAAACAAAA--T------GATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAGGGTCATAACTATTT
255 TTATAACAAAACAAAAGGTCAAAACGATTTAAAATAGACAATTATTCAAATAGTTGTAACTATTT
* * * * * ** * * *
111594 GAACTCGCTCGGTAAA-TAGATATTTTTTTTTAAATCTTTTTA
320 AAATTGGTTAGACAAACTA-ATGTATTTTTTTAAA-C-TCTTA
* * * * * * * * * *
111636 CTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTATATAAGCTTTTATGAATAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTAGTATTTTATACCAAATAAGC-TCTATGAACAG
* * * ** * * *
111701 AAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGATCTTAATGATTTGAAATAAATAACTACTCAAATAGT
* * * * * *
111766 TATAACTATTTGAAC-GTGTT-TAGAAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAACTAT
129 CATAACTATTTGAACTG-GTTCT-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * ** * * ** *
111828 TAGAATATTAATAAATTTA-TATTATGTTATTTGAAATAA-ACTTGCATGAA-CAAAACTAAT-T
192 TA-AATATTAATAAA-TTAGGATTATTTTATTCCAAATAAGA-TTGTAAGAATTGAAACAAATAT
* * * * * * * * *
111889 TTTTTACGATAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATGT-TT-AGATAGTTATAACT
254 TTTATA--ACAAAACAAAAGGTCAAAACGATTTAAAATAGACAAT-TATTCAAATAGTTGTAACT
* * ** * * *
111952 ATTCGAACA-T-GTTCTG-TGAA-TAGAT-TAATTTTTTAATTCTCTGA
316 ATT-TAA-ATTGGTT-AGACAAACTA-ATGTATTTTTTTAA-ACTCTTA
* * * ** * * *
111996 CTCATTAATTTTT-ATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATTAACT
1 CTTATTAATTTTTGA-AATATTAAGAAATTAGTAGTATTTTATACCAAATAAGC-TCTATGAACA
* * ** * * * *
112060 GAAACAATTGTTTTATTA-AAAAAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAATTAATTATTCAAATATT
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGATCTTAATGATTTGAAATAAATAACTACTCAAATAGT
* * * * * *
112124 CATGACTATTTGAATTTGTTC-G-ATAACATATTTA-TTTTAAAAT-TTTTACTTATT-ATTTGT
129 CATAACTATTTGAACTGGTTCTGTA-AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-T
* ** * * * * * *
112184 CAAAATATTAATAAATTAATATT-TTTTAATCCAAATAAGCTTG-ATGAATAGAAACAATTGTTT
192 -TAAATATTAATAAATTAGGATTATTTTATTCCAAATAAGATTGTAAGAATTGAAACAAATATTT
* * * * * *** **
112247 TATGACAAAACAAAAGGTCATACAA--ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAAAGATT
256 TATAACAAAACAAAAGGTCA-A-AACGATTTAAAATAGACAATTATTCAAATAGTTGTAACTATT
* * ** * ** * *
112310 TGAACTT-GTTTGGTAAAC-AGATTTATTTTTAGATA-TTTTA
319 T-AAATTGGTTAGACAAACTA-ATGTATTTTTTTAAACTCTTA
* * * * * *
112350 CTTATTAATTGTATT--AATA-TAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGTTTGTATGAA
1 CTTATTAATT-T-TTGAAATATTAAGAAA-TTAGTAGTATTTTATACCAAATAAG-CTCTATGAA
* * *** * ** ** * * * *
112411 TAGAAAAAAATCAATTTATGACAAAACAAAAGGTAATAGCGATTTCAAATAGATAATTGCTCAAA
62 CAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGATCTTAATGATTTGAAATAAATAACTACTCAAA
* * * * * *
112476 TAGTCATAATTATTTAAACAT-CTTCAT-TAAATAGATTTTATTTTTTAAATATCTTAATTATTA
125 TAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTTC-TGTAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * * * * * * **
112539 AGTTTTAGAATATTAATAACTTCGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATA-AACTGAAA-TG
187 ATTTTTA-AATATTAATAAATTAGGATTATTTTATTCCAAATAAGATTGTA-AGAATTGAAACAA
* * * * * ** *
112602 ATTTTTCTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGA
250 ATATTT-TATAACAAAACAAAAGGTCAAAACGATTTAAAATAGACAATTATTCAAATAGTTGTAA
* * * ** * * * *
112667 CTATTT-GATCTAGTTTGGTAAGC-ATAT-T-TATTTTTAAATTTTTTTA
314 CTATTTAAAT-TGGTTAGACAAACTA-ATGTATTTTTTTAAA--CTCTTA
* * * * * *
112713 CTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAAAT-GATATTATTTTAGT--CGAATAAGCGTGTATGAAC
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAG-TAGTATTTTA-TACCAAATAAGC-TCTATGAAC
* * * * ** * **
112775 A-AAACTATTGTTTTATAATAGAAAAAAA-AGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCCAAA
63 AGAAACAATTGTTTTATGACA-AAAAAAAGA-TCTTAATGATTTGAAATAAATAACTACT-CAAA
* ** *
112838 TAGTCATAACTATTTAAACTAATT-TGATGAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAAT
125 TAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCTG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * ** * * * *** **
112898 TTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTCTTTTATTCTGAACAA-ACTTATATGAACAAAAACATTT
189 TTTT-AAATATTAATAAATTAGGATTATTTTATTCCAAATAAGA-TTGTAAGAATTGAAACAAAT
* * * *** * * ** *
112962 GTTTTATGACAAAACGAAAGGTCATTGCTATTTGAAAA-AGATAATTATTCAAATAGTCATAATT
252 ATTTTATAACAAAACAAAAGGTCAAAACGATTT-AAAATAGACAATTATTCAAATAGTTGTAACT
* * ** *
113026 ATTTGAACTGGTTAGGTAAACAAAAT-TA-TTTTTTAAACCTCTTA
316 ATTTAAATTGGTTAGACAAAC-TAATGTATTTTTTTAAA-CTCTTA
* ** * * * ** * * * * *
113070 CATATTAATTTTTTTAGTATGAATAAATTCA-TTTTATTTT-T---GAATAAGTTAGTGTGAATT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATT-AGTAGTATTTTATACCAAATAAGCT-CTATGAA-C
* * *** *
113130 A-AAA-ATTTTGTTTTATG-----ATAAA-A----AATGATTTGAAATAAATAACGGTTCATATA
63 AGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAAAAAAGATCTTAATGATTTGAAATAAATAACTACTCAAATA
* * * * * * * *
113183 GTCTTAACTATTTAAACTAGTT-TAGCAACCAAATTTATTTTTTTAAATCTCTCAGTTATTAATT
127 GTCATAACTATTTGAACTGGTTCT-GTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* ** * * * *** * * ** * * *
113247 TTTGGAATATTTTTATATTTGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGT
190 TTT-AAATATTAATAAATTAGGATTATTTTATTCCAAATAAGATTGTAAGAATTGAAACAAATAT
* * * * * ** * ** *
113312 TTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACTATTT-GAAGCGTACAACTATTCAAATAGTCATAATTAT
254 TTTATAACAAAACAAAAGGTCAAAACGATTTAAAATAG-ACAATTATTCAAATAGTTGTAACTAT
* * *
113376 TTAAATTGTTTAG-TAAA-TAGAT-T-TATTTTTAAATCTCTTA
318 TTAAATTGGTTAGACAAACTA-ATGTATTTTTTTAAA-CTCTTA
* * * * * * * ** * * * *
113416 CTTATTAATTTTTGAGAGATTAACAAAATACTATTATTTTATTCTGAATAAACT-TGTACAATAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTAGTATTTTATACCAAATAAGCTCTAT-GAA-CA
* * * * ** ** * * ** * *
113480 AAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAGTAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGG
64 GAAACAATTGTTTTATGA-CAAAAAAAAGATCTTAATGATTTGAAATAAATAACTACTCAAATAG
* * * * * * * * *
113545 CCACAATTATTTGAGCTGATT-TGGTTAACCGATTTACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTT
128 TCATAACTATTTGAACTGGTTCT-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* *** * * * *
113609 TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTT
192 TA-AATATTAATAAATTAGGATTATTTTATTCCAAATAAGATTGTAAGAATTGAAACAAATATTT
* * * * *
113674 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAATTAGACAATTATTCAAATAGTTGTAACTATTTG
256 TATAACAAAACAAAAGGTCAAAACGATTTAAAATAGACAATTATTCAAATAGTTGTAACTATTTA
* * ** * *
113739 AATTTGTTCGGTAAACTAATTTATTTTTTTAAACTCTTG
321 AATTGGTTAGACAAACTAATGTATTTTTTTAAACTCTTA
* ***** * *
113778 CTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTAGTATTTTATACCAAATAAGC-TCTATGAACAG
* * * **
113843 AAACAATTGTTTTAT-ATCAAAACAAAAGGT-TATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATA
65 AAACAATTGTTTTATGA-CAAAA-AAAAGATCT-TAATGATTTGAAATAAATAACTACTCAAATA
* * * * *
113906 GTCATCACTATTTGAATTTGTTC-GATAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTTTTCCTTATTAATT
127 GTCATAACTATTTGAACTGGTTCTG-TAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATT
* *
113970 TTTCAAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTCCAAATAAGATTGTAAG-ATATGAAACAAATA
190 TTT-AAATATTAATAAATTAGGATTATTTTATTCCAAATAAGATTGTAAGAAT-TGAAACAAATA
* * * * * * * * *
114034 TTTTCTAACTAGACAAATGGTCAAAACGATTTAAAATATATAATTATTCTAGTAGTTTTAACTAT
253 TTTTATAACAAAACAAAAGGTCAAAACGATTTAAAATAGACAATTATTCAAATAGTTGTAACTAT
*
114099 TTAAATTGGTTAGACAAAC-ATATGTA-TTTTTTAAATCTTTTA
318 TTAAATTGGTTAGACAAACTA-ATGTATTTTTTTAAA-CTCTTA
** ** *
114141 CTTATTAATTTTTTTAATATTATTAAATTAGTAGTATTTT-TAACCAAATAAGCTCTATGATCAG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTAGTATTTTAT-ACCAAATAAGCTCTATGAACAG
* * **
114205 AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGATCTTAATGATTTGAGATTGATAACTACTCAAATAGTC
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGATCTTAATGATTTGAAATAAATAACTACTCAAATAGTC
* * * * *
114270 ATAATTATTTGAACTGGTTCTGTAAATAGATTGATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTAA
130 ATAACTATTTGAACTGGTTCTGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAA
* * *** * ** * *
114335 ATATTAATAAATT-GATATTACTTTATTTTGAATAAGCA-TGTATG-ATCAAAAACAATTGTTTT
195 ATATTAATAAATTAG-GATTATTTTATTCCAAATAAG-ATTGTAAGAAT-TGAAACAAATATTTT
** * * * * * **
114397 AGGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TGTTCATGTAGTCT-T-ACTATTTG
257 ATAACAAAACAAAAGGTCAAAACGATTTAAAATAGACAATTATTCAAATAGT-TGTAACTATTT-
* * * * *
114459 AAA-GGGTTCGAC-AATTAGATTTA-TTTTTT-AA-T-TTT
320 AAATTGGTTAGACAAACTA-ATGTATTTTTTTAAACTCTTA
* * * ** * ** ** * * **
114494 CTTAGTTAAGTGTTGGAATATTATTAAATTAGT-GTTATTTTATTCTGAATAAAATAGTACGAGT
1 CTTA-TTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTAG-TATTTTATACCAAATAAGCT-CTATGAAC
* * ** * * *
114558 AG-AACTAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGT-TATAACAAATTGAAAT-AATAATTATTCAAA
63 AGAAAC-AATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGATCT-TAATGATTTGAAATAAATAACTACTCAAA
* * * * *
114620 TAGTCAAAACTATTTGAAATGGTT-TGGTAAATAGTTTTATTTTTTAAATCTCTTACTGATTAAT
125 TAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCT-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
114684 TTTCTAAATATTAATAAA
189 TTT-TAAATATTAATAAA
114702 AGGTTAGAAT
Statistics
Matches: 2389, Mismatches: 515, Indels: 322
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
343 34 0.01
344 30 0.01
345 2 0.00
346 49 0.02
347 6 0.00
348 124 0.05
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350 19 0.01
351 1 0.00
353 49 0.02
354 315 0.13
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364 22 0.01
365 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (359 bp):
CTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTAGTATTTTATACCAAATAAGCTCTATGAACAGA
AACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGATCTTAATGATTTGAAATAAATAACTACTCAAATAGTCA
TAACTATTTGAACTGGTTCTGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAA
TATTAATAAATTAGGATTATTTTATTCCAAATAAGATTGTAAGAATTGAAACAAATATTTTATAA
CAAAACAAAAGGTCAAAACGATTTAAAATAGACAATTATTCAAATAGTTGTAACTATTTAAATTG
GTTAGACAAACTAATGTATTTTTTTAAACTCTTA
Found at i:115265 original size:182 final size:178
Alignment explanation
Indices: 114709--116305 Score: 1343
Period size: 176 Copynumber: 8.9 Consensus size: 178
114699 AAAAGGTTAG
* ** * *
114709 AATGATTTGAAATGGATAATTGTTTTAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTT-AGCAAATACAT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTCA-TAAATACAT
* * *
114773 TTATTTTTTAAATCTTTCAC-TATT--TTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTTTATTC-A
65 TTATTTTTTAAATCTTT-ACTTATTAATTTTTGAA-ATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCTA
* * * *
114834 AATAAGCTTGTATGATTAGAAACAATTATTTTATAAGAAAAC-AAAGATCAT
127 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* ** * * *
114885 ATTGATTTGCGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCA-AAA-ACCAC
1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTCATAAATA-CA-
* * * *
114947 TTTA-GTTTTAAATCTCTTGCTTTTTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATT-T
64 TTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTG-AA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* * *
115010 CGAATAAG-TTTTATGAA-ATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
126 -AAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* ** * * *
115063 GACAACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTTGTTTGATAAAT-GAT
1 AATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTCATAAATACAT
* * * *
115126 TTATTTTATTTAAATCTTTTGCTCATTTATTTTTTGAAAGTTAATAAATTACTATTATTTTATTC
65 TTA-TTT-TTTAAATC-TTTACTTA-TTAATTTTTGAAA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * *
115191 TAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAATAATTATTTTATGACTAAACAAAAGAT-AGG
125 TAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCA-T
* * * * * * * *
115245 AATAATTTGAAATTGATAATTGTTCTAATAGTCTTAATTATTTGAAC-TGGTTCAATTACTACAT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTC-ATAAATACAT
* * * * * * *
115309 TTATTTTTCAAAGC--T-GTTATTAATTTTTGAAATATTATTAATTTAGCAATATTTTAATTC-A
65 TTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTG-AA-ATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTA
* * *
115370 AATAAGTTTGTATGAATAGAAGCAATTGTTTTATTACAAAAC-AAAGATCAT
127 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* * * * *
115421 AATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAGTATTTGAA-TTGGTTTGATAAACAAAT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTCATAAATACAT
* * *
115485 TTAATTCTTAAATC--T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTTA
65 TTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTG-AA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAA
** **
115547 ATAATTTTGTATGAATAGAAACAATCATTTTATGAC-AAACAAAATG-TCAT
128 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCAT
*** * * * *
115597 AATGATTTGAAATAGATAACAATTCAAATAGACATAACTACTTGAACTTG-TTCAGTAAGTAGAT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTCA-TAAATACAT
** *
115661 TTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTAC-A
65 TTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CTA
** *
115725 AATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAA
127 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* * * ** * * * * *
115777 AATGATTTGAAATAAATAATTATTCGAAGGGTCATAATTATTCGAACTTG-CTCAGTAAACATAT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTCA-TAAATACAT
* * *
115841 TTATTTTTGAAATCTTTTACTTATTATTTTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
65 TTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTA-ATTTTTGAAA--TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* * * * * * *
115906 CAATAAGCTTTTATGAATAGAGACAATTGGTTTATGACAAAGCAAAAGGTAAT
126 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
** * * *
115959 AACAATTTGAAATATATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA--TGTGTTCATAAAATATA
1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT-TTCAT-AAATACA
* *
116022 TTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATAAATAAATTTA-TATTATTTTATT-T
64 TTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAAAT-T-AATAAA-TTAGTATTATTTTATTCT
* * *
116085 GAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAATAAAA-AGTCAT
126 -AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCAT
* * * * * ** *
116139 AATGTTTTGAAATAGATAATTATTCAGATAG-CATAA-TA-TTAAACATGTTTGGTAAATAGATT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTCATAAATACATT
* * *
116201 AATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCA
66 TATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTT-GAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-A
* *
116265 AATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTATTACAAAA
127 AATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
116306 AAATAATTAA
Statistics
Matches: 1152, Mismatches: 200, Indels: 136
0.77 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
173 1 0.00
174 16 0.01
175 22 0.02
176 251 0.22
177 126 0.11
178 153 0.13
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180 199 0.17
181 80 0.07
182 213 0.18
183 5 0.00
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTCATAAATACATT
TATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATA
AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
Found at i:115465 original size:176 final size:177
Alignment explanation
Indices: 114709--117066 Score: 1414
Period size: 180 Copynumber: 13.3 Consensus size: 177
114699 AAAAGGTTAG
* ** * * ** *
114709 AATGATTTGAAATGGATAATTGTTTTAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTTAGCAAATACATT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAACTACATT
* * * * * *
114774 TATTTTTTAAATCT-TTCACTATTTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTTTATTCAAATA
66 TATTTTTTAAATCTCTT-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATA
* * * * *
114838 AGCTTGTATGATTAGAAACAATTATTTTATAAGAAAAC-AAAGATCAT
130 AGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* ** * * * * *
114885 ATTGATTTGCGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAAAAACCAC-TT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAACTACATT
* * * * *
114949 TA-GTTTTAAATCTCTTGCTTTTTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGA
66 TATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAA
*
115013 ATAAGTTT-TATGAA-ATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
127 ATAAGTTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* ** * * ** * *
115063 GACAACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTTGTTTGATAAAT-GAT
1 AATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAACTACAT
* * * *
115126 TTATTTTATTTAAATCTTTTGCTCATTTATTTTTTGAAA-GTTAATAAATTACTATTATTTT-AT
65 TTA-TTT-TTTAAATC---T-CTTA-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAAT
* * * * *
115189 TCTAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAATAATTATTTTATGACTAAACAAAAGAT-AGG
123 TC-AAATAAGTTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCA-T
* * * * * *
115245 AATAATTTGAAATTGATAATTGTTCTAATAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTCAATTACTACATT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAACTACATT
* * * * * * *
115310 TATTTTTCAAAGCTGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAATTTAGCAATATTTTAATTCAAATAA
66 TATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAA
* *
115375 GTTTGTATGAATAGAAGCAATTGTTTTATTACAAAAC-AAAGATCAT
131 GTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* * * ** *
115421 AATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAGTATTTGAATTGGTTTGATAAAC-AAAT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAAT-AACTACAT
* * *
115485 TTAATTCTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTTAAT
65 TTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTC-AAAT
* **
115549 AATTTTGTATGAATAGAAACAATCATTTTATGAC-AAACAAAATG-TCAT
129 AAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCAT
*** * * * * * *
115597 AATGATTTGAAATAGATAACAATTCAAATAGACATAACTACTTGAACTTGTTCAGTAAGTAGATT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAACTACATT
*
115662 TATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTACA
66 TATTTTTTAAATCT----CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-CA
** *
115725 AATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAA
126 AATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* * * ** * * * * * *
115777 AATGATTTGAAATAAATAATTATTCGAAGGGTCATAATTATTCGAACTTGCTCAGTAAAC-ATAT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAAT-AACTACAT
* * * *
115841 TTATTTTTGAAATCTTTTACTTATTATTTTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
65 TTATTTTTTAAATC---T-CTTATTA-ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-ATT
* * * * *
115906 C-AATAAGCTTT-TATGAATAGAGACAATTGGTTTATGACAAAGCAAAAGGTAAT
124 CAAATAAG-TTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
** * * * *
115959 AACAATTTGAAATATATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTC-ATAAAATATA
1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-GTTCAAT-AACTACA
* * * * *
116022 TTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATAAATAAATTTA-TATTATTTTATTTG
64 TTTATTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAATTC
* * * *
116086 AAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAATAAAA-AGTCAT
125 AAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCAT
* * * * *** * *
116139 AATGTTTTGAAATAGATAATTATTCAGATAG-CATAA-TA-TTAAACAT-GTTTGGTAAATAGAT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTTCAATAACTACAT
* * *
116200 TAATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
65 TTATTTTTTAAATCTC-T--T-ATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTC
* * *
116264 AAATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTATTACAAAA-AAATA-AT--T
125 AAATAAGTTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGATCAT
* * * * * * * * **
116314 AATTA-CTCAAATAG-TCA-TG-AC-CAT--T--TGAACT-TGTT---C--GATAAATATA-TTT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTAT-TTGAACTGGTTCAATA-ACTAC
** ** * *** * *
116363 ATTT-TTTACAT-CTTTTACTTATT-ATTTGCCAAAATATTAATAAATTAATATT-TTTTAATCC
63 ATTTATTT-TTTAAATCT-CTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTC
* * * *
116424 AAATAAGCTTGTATGATTAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
125 AAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
** * * ** * * *** * *
116477 AACAATTAGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAATTTGTTTGGTAAATAGATT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAACTACATT
* * *
116542 TATTTGTTAGATCTTTCACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTT-ATTC
66 TATTTTTTAAATC--T--CTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTC
* * ** *
116604 AAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAA-AGTTAT
125 -AAATAAGTTTGTATGAATAG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCAT
** * * * * ** *
116660 AGCGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAA-TAATTTAAATTTATTCATTAA--ACAT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTGGTTCAATAACTACAT
** * * *
116722 ATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAAAATATTGATAACTTAGTATTATTTTATTT
65 -TT-ATTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT
** * * * ** * * *
116787 TGAATAAGCTTATATGAATCGAAATGATTTTTTTATGACAAAATAAAAGGTCAT
124 CAAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* * * * * *
116841 AACT-ATTTG-AATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCGATAAGC-ATA
1 AA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAA-CTACA
* * * * *
116903 TTTATGTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTAATCC
64 TTTAT-TTTTTAA-A-TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTC
* * * * * * * *
116968 GAATAA-TCTTGTATGAACAAAAACTATTGCTTTATAATAGAACAAAA-AGTCAT
125 AAATAAGT-TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCAT
** * ** *
117021 AAAAATTTGAAATAAATAATTGCCCAAATAGTTATAACTATTTGAA
1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
117067 TTGGATTTGA
Statistics
Matches: 1690, Mismatches: 360, Indels: 259
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
159 2 0.00
160 47 0.03
161 26 0.02
162 2 0.00
163 4 0.00
164 12 0.01
165 12 0.01
166 3 0.00
167 3 0.00
168 4 0.00
169 1 0.00
170 5 0.00
171 5 0.00
172 3 0.00
173 2 0.00
174 15 0.01
175 22 0.01
176 277 0.16
177 119 0.07
178 173 0.10
179 84 0.05
180 333 0.20
181 171 0.10
182 218 0.13
183 140 0.08
184 7 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAACTACATT
TATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAA
GTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
Found at i:116460 original size:338 final size:341
Alignment explanation
Indices: 115984--116621 Score: 805
Period size: 338 Copynumber: 1.9 Consensus size: 341
115974 ATAATTGTTT
*
115984 AAATAGTCATAACTATTTGAATGTGTTCATAAAATATATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAA
1 AAATAGTCATAACCATTTGAATGTGTTCATAAAATATATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAA
*** * * ** *
116049 TTTTTGAAATATAAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATT
66 TTTCCAAAATATAAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGCATGAATAGAAACAATT
* * *** * * * *
116114 GTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTCAGATAG-CAT-AATA
131 GCTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTAGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAAGA
*
116177 -TTAAACATGTTTGGTAAATAGATTAATTTTTTA-ATTCTCTT-ACTCATTAATT-T-TTAGAAT
196 TTTAAACATGTTTGGTAAATAGATTAATTTGTTAGA-TCT-TTCACTCATTAATTGTCTT--AAT
116237 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATTA
257 ATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATTA
116301 CAAAAAAATAATTAATTACTC
321 CAAAAAAATAATTAATTACTC
* * *
116322 AAATAGTCATGACCATTTGAACT-TGTTCGAT-AAATATATTTATTTTTTACATCTTTTACTTAT
1 AAATAGTCATAACCATTTGAA-TGTGTTC-ATAAAATATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTAT
* * *
116385 T-ATTTGCCAAAATATTAATAAATTAATATT-TTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGATTAGAAAC
63 TAATTT-CCAAAATATAAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGCATGAATAGAAAC
* *
116448 AATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTAGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
127 AATTGCTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTAGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATA
* ** * *
116513 AAGATTTGAATTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTGTTAGATCTTTCACTTATTAATTGTCTTAAT
192 AAGATTTAAACATGTTTGGTAAATAGATTAATTTGTTAGATCTTTCACTCATTAATTGTCTTAAT
* *
116578 ATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAA
257 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTATATGAA
116622 TAGAAAAAAA
Statistics
Matches: 254, Mismatches: 34, Indels: 21
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
338 124 0.49
339 36 0.14
340 8 0.03
341 82 0.32
342 2 0.01
343 2 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (341 bp):
AAATAGTCATAACCATTTGAATGTGTTCATAAAATATATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAA
TTTCCAAAATATAAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGCATGAATAGAAACAATT
GCTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTAGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAAGA
TTTAAACATGTTTGGTAAATAGATTAATTTGTTAGATCTTTCACTCATTAATTGTCTTAATATTA
ATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATTACAAAA
AAATAATTAATTACTC
Found at i:117128 original size:141 final size:141
Alignment explanation
Indices: 116937--117207 Score: 301
Period size: 141 Copynumber: 1.9 Consensus size: 141
116927 TTAATTGTTG
** * * *
116937 AAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTAATCCGAATAATCTTGTATGAACAAA-AACTATTGCTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTACTATTTTAATCCGAACAAACTTATATGAACAAACAA-TATTGCTTT
* * * * *
117001 ATAATAGAACAAAAAGTCATAAAAATTTGAAATAAATAATTGCCCAAATAGTTATAACTATTTGA
65 ATAACAAAACAAAAACTAATAAAAATTTGAAATAAATAATTGCCCAAATAGATATAACTATTTGA
117066 ATTGGATTTGAT
130 ATTGGATTTGAT
* *** * *
117078 AAATATTAATAAATTAGTACTATTTTACTTTTAACAAACTTATATTAACAAACAATATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTACTATTTTAATCCGAACAAACTTATATGAACAAACAATATTGCTTTA
* * ** * *** *
117143 TTACAAAATAAAAACTAATAATTATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGATATAATTATTTGAA
66 TAACAAAACAAAAACTAATAAAAATTTGAAATAAATAATTGCCCAAATAGATATAACTATTTGAA
117208 CTAGTTCAGT
Statistics
Matches: 104, Mismatches: 25, Indels: 2
0.79 0.19 0.02
Matches are distributed among these distances:
141 102 0.98
142 2 0.02
ACGTcount: A:0.46, C:0.07, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (141 bp):
AAATATTAATAAATTAGTACTATTTTAATCCGAACAAACTTATATGAACAAACAATATTGCTTTA
TAACAAAACAAAAACTAATAAAAATTTGAAATAAATAATTGCCCAAATAGATATAACTATTTGAA
TTGGATTTGAT
Found at i:117182 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 117159--117207 Score: 66
Period size: 17 Copynumber: 2.8 Consensus size: 18
117149 AATAAAAACT
117159 AATAATTATTTGAAATAG
1 AATAATTATTTGAAATAG
*
117177 -ATAATTGTTT-AAATAG
1 AATAATTATTTGAAATAG
117193 ATATAATTATTTGAA
1 A-ATAATTATTTGAA
117208 CTAGTTCAGT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 5
0.79 0.06 0.15
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.23
17 9 0.35
18 9 0.35
19 2 0.08
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.10, T:0.43
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AATAATTATTTGAAATAG
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117232 TTTAACTCTC
* * * * *
117242 TTATAAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTTTTACTTTATTTTGAATGAGCTTCTAATAGCTAA
1 TTATAAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTCTAAATAAGCTTCTAATAGATAA
* * *
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* * **
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130 CATAACTATTTCG-ATTGGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTATATCTATTAG
* * * * *
117423 TTATTAATTTTT-AGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGT-ATGGATA
1 TTATAAATTTTTCA-AATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTCTAAATAAGCTTCTAATAGATA
* * * * * * * *
117486 GAAACAATTGTTTTATTATAAAATAAAATGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
65 -AAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
*
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AACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTC
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GTCATAATTATTCGAGATA
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117590 TTTGAAAAAT
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* * ** * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * *
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* ** * **
117909 TGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCATGTATGAATTGAAAC
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* * ** * * * * * *
117961 AA---TTATAAGATGAAACAAAAGGTTAGAACTATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCCTA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
** * * * *
118023 ACTATTTGAA-TTGGTTTGACAAATACATTTATTTTTTAAATC-CTT-C--AGTAAGTCTTGGAA
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* ** * * *
118083 TATTATTAAATTTAGTATTATTTT-TGTCCAAATAAGCTTGTATGATCATAAAT
130 TATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAT-TTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* * ** * * * * * * * *
118136 GATTGCTTTATGAGGAAAC-AAAGATCATAATC-ATTTCAGATTGATATTTGTTCCAATACTCCA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-CA
* * * * * * * ** *
118199 -AACTATTTAAACTAGTTTAGAAAACAACTTTA-GTTTTAAATCTCTTGTTTATTAATTTTTGAA
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* * * * *
118262 ATATTAATAAAGTAGTGTTATTTTATTTCT-AATAAGTTTTTATGGAA-TGAAAC
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* * * * ** * * *
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1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
118498 AATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAGTAGATAATTATT-ATAATAGTCTT
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAGTCAT
* * * * * * * *
118562 AACTATTT-AAGCTAGTTTAGCAAACACATTTATTTTTCAAA--GC-T-CTTATTAATTTTTAGA
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* * * * * *
118622 ATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAAT
129 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* * * * * * * * *
118675 AATTGTTTTATAAC-AAA-ATAAGTATGATAACGATTTTAGATAGATAATTATTCAAATAATAAT
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * **
118738 AACTATTT-AAGTTGTTTCGGTAAACAAATTTA-GTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAA
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* * ** * *
118797 ATATTGATAAATTGGTATTATTTTATTTTAAATAATTTTGCATGGACAGAAAC
129 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* * * * * * *
118850 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATGATTGTTCATATAGACATG
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
*** * ** *
118915 ACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACACATTAATTTTTAGAAT
66 ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAAT
* * * *
118980 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGCATGAATAGAAAC
131 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* * * * * * * *
119031 AATTGTTTTATGATAAAACAAATGATCATAACTATTTGAAATAAATAGTTGTTCAAACAAG-CAT
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-TAGTCAT
* ** ** * * *
119095 AATTATTTGAACTTACTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACATATTAATTTTTGGAA
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* * * *
119160 TATTAATAAACTAGTAATA-TTTATTTTGAATATGCTTGTATGAACAGAAAC
130 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* * * * ** * * *
119211 AATTGGTTTATTATAAAACAAAATGTCATAATTATTCGAGATAGATAATTATTCAGATAGTCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
*
119276 ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAAT
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* * ** * * * * *
119341 ATTAATAAAATAATATTATTTTATTTCGAATAAGCCTATATGAACTGATAT
131 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
** * * * * * *
119392 AATTGTTTTATGACGTAATAAAAGATCATAAGAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATG
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* ** * * * * ***
119457 ACTATTTAAACTTGTTTAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTGTCAAAAT
66 ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAAT
* *
119522 GTTAATAAATTA--A-TA--TTA--TT---T---CTTGTATGAACAAAAAC
131 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* * * * * * * * *
119560 ATTTGTTTTATGGCAAAACAAAAAGTCCTAACGATTTGAAATAAATATTTATTTAAATAGTCACA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * ** * * * *
119625 ACTATTTGAATTTATTTGGTAAATGTAGTTATTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTGTAT-GAA
66 ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGGAA
* * * * *
119689 TATTAATAAATTTGTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA
130 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* * * * * * **
119741 AATTATTTTATGACAAAACAAAATGTTATAGCAATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAATTGTA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * *
119806 ACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTA--TA--AATTTTTGAAAT
66 ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAAT
* ** ** **
119867 ATTAATAAATTAGAATTATGATATTCCAAATAAGCTTGTATGAATGGAAAC
131 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* * * * * * *
119918 AATTGTCTTGTAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATTATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* *** ** * * * *
119983 ACTATTTGCA-TTGGTCAAGCCAATAGATTCATTTTTTAAAT-TCGTTACTTAATAATTTTTAGA
66 ACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGGA
* * ** * * * *
120046 ATATTAATAAACTAGCATTATTTTATTCCAAATAAAAC-TATATCAATAGAAAC
129 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAAT-AAGCTTGTATGAACAGAAAC
* * * *
120099 AATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATTGTTATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * *
120164 ACTATTTGAAATAGTTTGGTAAATATATTTATATTTTAAATCTCTTA
66 ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
120211 ATGTTAGCCT
Statistics
Matches: 1905, Mismatches: 457, Indels: 138
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 121 0.06
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174 21 0.01
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Consensus pattern (181 bp):
AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAAT
ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
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117651 TCAAATGGCC
* * * * *
117661 ATAATTATTTGAACTTATTC-AGTAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAACTTTC
1 ATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAA-TAGATTTAGTTTTTAAATCTCTT-A-TA--AATTTTT
* * * * * * * * *
117724 GAAATAATAATAAAGTAGTATATTTTCTTTTCAATAAGCTTTTTTGAATTA-AAACAATTGTTTT
60 AAAATATTAATAAATTAGAATA-TTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAA-CAGAAACAATTGTTTT
* * * * * * * *
117788 ATGAAAAAACAAAAGGTCTTAACAATTTTAAATCGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTCTTTGA
123 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGA
* * * * * * * *
117853 ACTTGTTC-GGTAAACACATTTATCTTTTCAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGGAATGTTAATA
188 ACTTGGTCAAGTAAATAAATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATA
* * * * * **
117917 AATTAGTATTATTTT-ATTCCAAATAAGCATGTATGAATTGAAACAA---TTATAAGATGAAACA
252 AATTAGTATTATTTTAATTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * * * * *
117978 AAAGGTTAGAACTATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTC
317 AAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATT
* * * * * * * **
118020 CTAACTATTTGAA-TTGGTTTGACAAATACATTTATTTTTTAAATC-CTTCAGT-AAGTCTTGGA
1 ATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTT-A-TAAATTTTTAAA
* * * * * ** *
118082 ATATTATTAAATTTAGTATTATTT-TTGTCCAAATAAGCTTGTATGATCATAAATGATTGCTTTA
63 ATATTAATAAA-TTAG-AATATTTATT-T-TAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTA
** * * * * * * * * *
118146 TGAGGAAAC-AAAGATCATAATC-ATTTCAGATTGATATTTGTTCCAATACTCCA-AACTATTTA
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* ** * * * * **
118208 AAC-TAGTTTAGAAAACAACTTTA-GTTTTAAATCTCTTGTTTATTAATTTTT-GAAATATTAAT
187 AACTTGGTCAAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAAT
* * * * * * * *
118270 AAAGTAGTGTTATTTTATTTC-TAATAAGTTTTTATGGAAT-GAAACAATTATTTTATAACAAAA
251 AAATTAGTATTATTTTAATTCGAAATAAGCTTGTAT-GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* ** * * * * *
118333 -AAAAAGATCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTCCAAATAGTC
315 CAAAATG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATT
* * * * * *
118377 A-AATCTATTTGAACGTATTTGATAAATAGATTTATATTTTTTAAATCTTTTGCTCAATAATTTT
1 ATAA-CTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGA-TT-TAGTTTTTAAATCTCTT-AT--A-AATTTT
** * * * * * * * * *
118441 TTGAATGTTAATAAATTACTATTATTTTATTCTGAATAAGATTGTATGAACTGAAATAATTATTT
59 TAAAATATTAATAAATTA-GAATA-TTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTT
* * * * *
118506 TATGACTAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAGTAGATAATTATT-ATAATAGTCTTAACTATTT
122 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAATCATAACTATTT
* ** * * * * * *
118570 -AAGC-TAGTTTAGCAAACACATTTATTTTTCAAA--GC-T-CTTATTAATTTTTAGAATATTAT
186 GAA-CTTGGTCAAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAA
* * *
118629 TAAATTAGTATTATTTTAA-TCTG-AATAAGCTTGTATGAAAAGAAATAATTGTTTTATAACAAA
250 TAAATTAGTATTATTTTAATTC-GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * * * *
118692 ATAAGTATG--ATAACGATTTTAGATAGATAATTATTCAAATAATA
314 ACAA-AATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATT
* * * * *
118736 ATAACTATTT-AAGTTGTTTCGGTAAACAAATTTAG-TTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAAT
1 ATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATAAATTTTTAAAAT
* * * ** * * *
118799 ATTGATAAATTGGTATTATTTTATTTTAAATAATTTTGCATGGACAGAAACAATTATTTTATGAC
65 ATTAATAAATTAG-AATA-TTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * *
118864 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATGATTGTTCATATAGA-CATGACTATTTGAACTT
128 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA-ATCATAACTATTTGAACTT
* * **
118928 GTTCAA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACACATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTA
192 GGTCAAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTA
* * * *
118992 GTATTATTTT-ATTCTAAATAAACTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAAC-AAATG
257 GTATTATTTTAATTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATG
* * * * * **
119055 ATCATAACTATTTGAAATAAATAGTTGTTCAAACAAGC
322 -TCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATT
* ** * * *
119093 ATAATTATTTGAACTTACTC-AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACATATTAATTTTTG
1 ATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTT--ATA--AATTTTTA
* * * * *
119157 GAATATTAATAAACTAGTAATATTTATTTTGAATATGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTAT
61 AAATATTAATAAATTAG-AATATTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTAT
* * * ** * * * *
119222 TATAAAACAAAATGTCATAATTATTCGAGATAGATAATTATTCAGATAGTCATAACTATTTGAAC
125 GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAAC
*** * * *
119287 TT-GTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAAA
190 TTGGTCAAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
* * * * * * ** *
119351 TAATATTATTTTATTTCG-AATAAGCCTATATGAACT-GATATAATTGTTTTATGACGTAATAAA
255 TAGTATTATTTTAATTCGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * *
119414 A-GATCATAAGAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTT
319 ATG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATT
* * ** * * * * * *
119454 ATGACTATTTAAACTTGTTTAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTGTCAA
1 ATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATAAATTTTTAA
* * * *
119519 AATGTTAATAAATT--AATA-TTA--TT---T---CTTGTATGAACAAAAACATTTGTTTTATGG
62 AATATTAATAAATTAGAATATTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * *
119573 CAAAACAAAAAGTCCTAACGATTTGAAATAAATATTTATTTAAATAGTCACAACTATTTGAA-TT
127 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTT
** *** ** * * * *
119637 TATTTGGTAAATGTAGTTATTTTTTAAATCTTTTATTTATTAA-TTGTATGAATATTAATAAATT
192 GGTCAAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-GAATATTAATAAATT
* * *
119701 TGTATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAT
256 AGTATTATTTTAATTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAT
* * *
119765 GTTATAGCAATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAATT
321 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATT
* *
119803 GTAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATAAATTTTTGAAATA
1 ATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATAAATTTTTAAAATA
* ** ** * * *
119868 TTAATAAATTAGAATTATGATATTCCAAATAAGCTTGTATGAATGGAAACAATTGTCTTGTAACA
66 TTAATAAATTAGAA-TAT-TTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * *
119933 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATTATAACTATTTGCA-TTGG
129 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGG
** * * * *
119997 TCAAGCCAATAGATTCATTTTTTAAAT-TCGTTACTTAATAATTTTTAGAATATTAATAAACTAG
194 TCAAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAG
* * * * *
120061 CATTATTTT-ATTCCAAATAAAAC-TATATCAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAATG
258 TATTATTTTAATTCGAAAT-AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAT-
* **
120123 GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATTGTT
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* * * * *
120161 ATAACTATTTGAAATAGTTTGGTAAATATATTTA-TATTTTAAATCTCTTA
1 ATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTAGT-TTTTAAATCTCTTA
120211 ATGTTAGCCT
Statistics
Matches: 1700, Mismatches: 392, Indels: 199
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
345 24 0.01
346 1 0.00
347 2 0.00
348 9 0.01
349 240 0.14
350 3 0.00
352 128 0.08
353 7 0.00
354 66 0.04
355 33 0.02
356 152 0.09
357 153 0.09
358 271 0.16
359 103 0.06
360 75 0.04
361 267 0.16
362 79 0.05
363 76 0.04
364 9 0.01
365 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (358 bp):
ATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATAAATTTTTAAAATA
TTAATAAATTAGAATATTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGGTC
AAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTAT
TATTTTAATTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCAT
AACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATT
Done.