Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168481.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_8, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 67000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 1 of 127
Found at i:735 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 712--746 Score: 52
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702 TTTACGTGAG
*
712 TTAAATCAATTTGATATA
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*
730 TTAAATTAACTTGATAT
1 TTAAATCAACTTGATAT
747 GTATAATATT
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TTAAATCAACTTGATATA
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3254 ATAGGTCTAA
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1 TTTTACTTATATTTTATATTAT
* *
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1 TTTTACTTATATTTTATATTAT
3308 ATATATTCTT
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TTTTACTTATATTTTATATTAT
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3263 ATTTTACTTA
* *
3273 TATTTTATATTATTTTTATTTT
1 TATTTTATATTATATATATTTT
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1 TATTTTATATTATATATATT
3315 CTTTTGTATT
Statistics
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TATTTTATATTATATATATTTT
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3263 ATTTTACTTA
*
3273 TATTTTATA-TTATTTTTATTTT
1 TATTTTATATTTATTATTATTTT
*
3295 TATTTTATATTATATATATTCTTTT
1 TATTTTATATT-TAT-TATTATTTT
3320 GTATTTTATGTATTTATTATTTATTTATT
1 -TATTTTA--TATTTATTA-TTA-TT-TT
3349 TATTATTACTATTTATTA
1 TATT-TTA-TATTTATTA
3367 ATATATATTT
Statistics
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TATTTTATATTTATTATTATTTT
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3314 TCTTTTGTAT
* * *
3324 TTTA TGTA TTTA -TTA TTTA TTTA TTTA -TTA TTACTA TTTA TTAA TATA
1 TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TT--TA TTTA TTTA TTTA
* * * * * * *
3372 TATT- TTTA -TTA TTT- TTT- TTCTT TTTC TTTC TTT- TCTG TTAA TATA
1 T-TTA TTTA TTTA TTTA TTTA TT-TA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA
* * * * *
3417 TATA TTTTA TTTA TCTA GTTA TATA TTTA -TTA -TTA TTTA TCTA TTTA
1 TTTA -TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA
* * * * *
3464 TATA TTATAA TTTA TCTA -TTA -TTA TTT- TTAA TTTA TTTG TTAA TTT-
1 TTTA TT-T-A TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA
* * * *
3510 TTTA GTTTA TCTGA TTATT TTTA TTTA ATTA TCTA TTAATA TTT- TTTA
1 TTTA -TTTA T-TTA TT-TA TTTA TTTA TTTA TTTA TT--TA TTTA TTTA
3558 TTTGA -TT- TTTA TTTA TTTGA TTT
1 TTT-A TTTA TTTA TTTA TTT-A TTT
3581 TTTTTTCGTC
Statistics
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TTTA
Found at i:3437 original size:26 final size:25
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3402 TTTTCTGTTA
3412 ATATATATATTTTATTTATCTAGTT
1 ATATATATATTTTATTTATCTAGTT
* *
3437 ATATATTTATTATTATTTATCTATTT
1 ATATATATATT-TTATTTATCTAGTT
*
3463 ATATATTATAATTTAT
1 ATATA-TATATTTTAT
3479 CTATTATTAT
Statistics
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ATATATATATTTTATTTATCTAGTT
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3409 TTAATATATA
3419 TATT-TTATTTATC
1 TATTATTATTTATC
*
3432 TAGTTATATATTTATTAT
1 TA-TTAT-TATTTA-T-C
*
3450 TATTTATCTATTTATA
1 TA-TTAT-TATTTATC
*
3466 TATTATAATTTATC
1 TATTATTATTTATC
3480 TATTATTATTT
1 TATTATTATTT
3491 TTAATTTATT
Statistics
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TATTATTATTTATC
Found at i:3469 original size:22 final size:22
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3405 TCTGTTAATA
3415 TATATATT-TTATTTATCTAGTT
1 TATATATTATTATTTATCTA-TT
3437 ATATATTTATTATTATTTATCTATT
1 -TATA--TATTATTATTTATCTATT
*
3462 TATATATTATAATTTATCTA-T
1 TATATATTATTATTTATCTATT
*
3483 TAT-TATTTTTAATTTAT
1 TATATATTATT-ATTTAT
3500 TTGTTAATTT
Statistics
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Consensus pattern (22 bp):
TATATATTATTATTTATCTATT
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3406 CTGTTAATAT
*
3416 ATATATTTTA-TTTATCTAGTTATATATTTATTATTATTTATCTATTT
1 ATAT-TTTTAGTTTATCTA-TTAT-TATTT-TTA--ATTTATCTATTA
* * * *
3463 ATATATTATAATTTATCTATTATTATTTTTAATTTATTTGTTA
1 ATAT-TTTTAGTTTATCTATTATTATTTTTAATTTATCTATTA
*
3506 AT-TTTTTAGTTTATCTGATTATTTTTATTTAA-TTATCTATTA
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3548 ATATTTTT
1 ATATTTTT
3556 TATTTGATTT
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ATATTTTTAGTTTATCTATTATTATTTTTAATTTATCTATTA
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3544 ATTAATATTT
3554 TTTATTTGATTTTTA
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1 TTTATTTGATTTTT
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TTTATTTGATTTTTA
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4086 TCGAGTTTTT
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1 AGAGAGAAGGGAAG
*
4109 AGAAGAGAAAGGAAG
1 AG-AGAGAAGGGAAG
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1 AGAGAGA-AGGGAAG
4138 AGAG
1 AGAG
4142 GGTTCTGCTA
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AGAGAGAAGGGAAG
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4463 ATTTTTATTTTC
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1 ATTTTTATTTTC
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1 ATTTTTATTTTC
4496 ATTATTTTATTTTC
1 A-T-TTTTATTTTC
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Statistics
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ATTTTTATTTTC
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4450 ATTTTTTTCC
4460 TTTATTTTTATTTTCATT
1 TTTA-TTTTATTTTCATT
4478 TTTATTTTATTTT-ATT
1 TTTATTTTATTTTCATT
4494 TCATTATTTTATTTTC
1 T--TTATTTTATTTTC
4510 TTTAAATAAA
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TTTATTTTATTTTCATT
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4450 ATTTTTTTCC
4460 TTTATTTTTATTTTCA-T-TTTTAT
1 TTTA-TTTTA-TTTCATTATTTTAT
4483 TTTATTTTATTTCATTATTTTAT
1 TTTATTTTATTTCATTATTTTAT
4506 TTT
1 TTT
4509 CTTTAAATAA
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TTTATTTTATTTCATTATTTTAT
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*
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1 ATTTTTGAGAAAAAGTTGAAAGTATCA
* * * *
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1 ATTTTTGAGAAAAAGTTGAAAGTATCA
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1 ATTTTT
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ATTTTTGAGAAAAAGTTGAAAGTATCA
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1 TTTTTTTC
*
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1 TTTTTTTC
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1 TT
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TTTTTTTC
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*
4645 TTTTTTTTTCTTTTTTTC
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1 TTTTTTTTTTTATTTTC
4680 TT
1 TT
4682 GAATTTCTTT
Statistics
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17 9 0.50
18 9 0.50
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7737 TTTGTATACA
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7763 TGCA-TTTTCATTCAT
1 TGCATTTTTCATTCAT
7778 T
1 T
7779 ACACTTAACA
Statistics
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*
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1 AGGAGCCATTTATTT-TTCAAAGTCGTTGAGCCTCTGATTAG
* * *
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* *
16154 AGGAGCTTTATTTATTTTTCAAAGTCGTTGAGCCTCTGCTTAG
1 AGGAGC--CATTTATTTTTCAAAGTCGTTGAGCCTCTGATTAG
16197 A
1 A
16198 TAAGTTTTGA
Statistics
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*
16394 TATTTTG
1 TATTTTA
16401 TATTTTA
1 TATTTTA
16408 TATTTTA
1 TATTTTA
16415 TATTTTA
1 TATTTTA
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1 TATTTTA
16428 TA-TTTA
1 TATTTTA
16434 TATTTTA
1 TATTTTA
*
16441 TATTATA
1 TATTTTA
*
16448 TATATATA
1 TAT-TTTA
16456 TATTTT
1 TATTTT
16462 TTTTTCCTTT
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 3, Indels: 4
0.89 0.05 0.06
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16384 ATTTTACTTT
*
16394 TATTTTGTATTTTATATTTTATATTTTA
1 TATTTTATA-TTTATA-TTTATATTTTA
*
16422 TA-TTTATATTTATATTTTATATTATA
1 TATTTTATATTTATA-TTTATATTTTA
*
16448 TATATATATATTT
1 TAT-TTTATATTT
16461 TTTTTTCCTT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 3, Indels: 4
0.83 0.07 0.10
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TATTTTATATTTATATTTATATTTTA
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Indices: 16404--16456 Score: 88
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16394 TATTTTGTAT
*
16404 TTTATATTTTATATTTTATATTTATA
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*
16430 TTTATATTTTATATTATATATATATA
1 TTTATATTTTATATTTTATATATATA
16456 T
1 T
16457 ATTTTTTTTT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
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26 25 1.00
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TTTATATTTTATATTTTATATATATA
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*
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* *
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1 TATATA-TTATAATTTATCTAT
* * *
16632 TA-ATTTTCTAGTTTATCTAAT
1 TATATATTATAATTTATCT-AT
*
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TATATATTATAATTTATCTAT
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* *
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*
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*
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Statistics
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ATTTATCTAATTATTTTCTA
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TTTTATTTGATTTTTTG
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*
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* *
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* *
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* * *
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* * *
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* *
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* * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * *
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*
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* *
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*
27813 AT AT CAT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AC AT AT AT AT AT AT
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AT
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27803 TTTTATTATC
*
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*
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* *
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66 AAAGT
* * * * * * **
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AAAGT
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*
33933 TTTTCTGCAAATTTTGA
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1 TT
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*
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*
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1 TTA
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*
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* * * *
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* * * *
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*
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* * * * * *
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* * *
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* *
37146 TCTAACCAGAGGCAACGAAACTTTAAATT-TATAAAGCTCC
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* * *
37186 TTTAACCAAAGGCAACGAAACTTTAAAT
1 TCTAACCAGAGGCAATGAAACTTTAAAT
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* * * *
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* * * *
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* * * *
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1 AGGCAATGAAACTTTAAATGTTGAAAGGCTCCTCTGACCAGAGGCAATGAACTTTAAATT-CAAT
*
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*
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1 AGGCAATGAAACTTTAAATGTTGAAA
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43942 ATGGAACAAG
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*
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43454 TAGTATAACT
* * * *
43464 TTTTGCTTTGTCATAAAACAATT-TTTCCTATTCATACAAGCTTA-TTGAAAAGAAAAT-TTACA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-CTATTCATACAAGCTTATTTG-AAATAAAATAATACT
* ** *
43526 AATTTATTAATATT-CAAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTGCTAAATA
64 AATTTATTAATATTCCAAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTAAACA
* * * * *
43589 AGTTCAAACAGTTAAGACTATTTGAACAATTATTTATTCCAAATTGTTATGACA
128 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACA
* * * ** * * * *
43643 TTTT-TTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTCTTTGTACCAGCTTA-TTCATATTAAAATAATAATA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTA
** * * * * **
43706 ATTTATTAATACTT-TGACAATTAATAAGTAAAAGATTT-TAAAATAAATATGTTTACCAAACAA
65 ATTTATTAATA-TTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTAAACAA
* * * * * *
43769 GTTCACATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC
129 GTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACA
* * * *
43822 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * * * **
43887 TTTATTAATATTCCATAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAATGAATCTATTTATGGAACAAG
66 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATTAAACAAG
* * * *
43952 TTTAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACA
130 TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACA
* *
44004 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATATAAGCTTATTCTG-AATAAAAATAATA-
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATT-TGAAAT-AAAATAATAC
* *
44066 TAAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTAAA
63 T-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT-TAAA
* * * * *
44128 CAAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATAGTTATGACA
126 CAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACA
* * * ** *
44184 TTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTGTTCAAAATAAAATAATGCTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * * * *
44249 TTTATTAATATTCCAAAGATTAA-AAGGT-A-AGCTTT-AAAAATAAATCTGTTTTTTTAGA-AT
66 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG-TTTATTAAACAA
* * * * * * * *
44309 GCTTAAATAGTAATTACTATTCGAACAATTATTTATTTTAAATAGTTATGTTC-
129 GTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG-ACA
* *
44362 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTAGAAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * * *
44427 TTAATTAGTATTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAA-T
66 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTAAACAAGT
* ** *
44491 TTCAAATAGTCATGTTTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCA
131 TT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CA
* * ** ** *
44544 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAAGACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* *** * * * *
44609 TCTATTAATATT--TTGAA-TATTAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTACTGAAAC-AG
66 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TTAAACAAG
* * * ** *
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130 TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CA
* * * * ** * **
44721 TTTTATTTTGTCATAGAACAATTGTTT-TTTTCAAACAAGGGTATTCGAGTTAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
44785 TATAATATTATTCCAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAATAAATATGTTTGTTGAATC-AG
66 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATT-AAACAAG
* * * * * * *
44845 TTGAATTA-TTAAGACTATTAGGACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTGACC
130 TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACA
* * * * *
44896 TTTTGTTTGGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTTATACAAGCTT-GTTCAGAATAAAATAATACT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACT
* * * *
44959 AATTTATTACTATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTAAACA
64 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATTAAACA
* * * *
45024 AGTTTAAATAGATATGACTATTTGAACAATTATCTGTTTAAAATCT-TTATGACCT
128 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-TGTTATGA-CA
* * * * *** *
45079 TTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTATTTC-AGTTTATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATGCTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
* ** * * * * * *
45142 CTTTATTAATACTT-C-AAAATGTGTTAAGCATGAGATTTAAAAACTAAAACTATTT-TCTGAAC
65 ATTTATTAATA-TTCCAAAAAT-TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT-TAAAC
* * * * * * * *
45204 CAGTTCAAATAGTTAGGACAATTTGAACAAATATCAATTTCAAATTGTTTTGA-T
127 AAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACA
* * * **
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1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTA
* * * * * *
45322 ATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-ATGTCTATCGAATC-A
65 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT-TAAACAA
* * * * * * * * * *
45385 GTTGAAATAGTTAAGGCAATTAGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTTTAAC-
129 GTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACA
* * ** * * *
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1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
* ** * * * ** * ** *
45500 ATTTATTAACT-TT-C-AAAATAAATTATCTGAACA-AGTT--CAAATAGTTATGAGTATTTGAA
65 ATTTATTAA-TATTCCAAAAATTAA-TAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TTAAA
* * * * *
45559 CAATTATCTGTTTAAAATCA-TTATTAACTTTTGTTTTGTCATAAAAATAT-TGTTTC-AA-T-T
126 C-A--A---GTTT-AAAT-AGTTA-TGAC---T-ATTTG--A-ACAATTATCTATTTCAAATTGT
* * *
45619 CATAAAA
175 TATGACA
* * ***** * * * * * * *
45626 GTTT-ATCCAAAATAAAATAA-TATTACT-TT-AT-TAA---TATTT-TAA-AAATTAATAATAG
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA-
** * * * * * * *
45681 ATTTAAAAAATAAATCAGCTTATTAAATCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAAT-TAT-T
65 ATTT-ATTAAT-ATTC--C--A--AAA--A--TT-AATAAGTAAGA-GATTTAAAAAATAAATCT
* * ** ** * * * ** *
45744 -TATT-TCAAATCATTATTACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTT
116 GT-TTATTAAA-CA--AGT---TTAAATAGT-T-AT--GAC--T---ATTTGAACA-ATTATC-T
* * * *
45807 ATTTGAAATAAAATTGATATTACC
163 AT-T----TCAAATTGTTATGACA
* * * * *
45831 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGA-ACATACAAGCTTATTTGAAATAAAGTAATTCTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
* * * * * ** *
45895 ATTTATTAATATTTCAAGAA-T--T-AGTACA-AGATTCAAAAAGTAAATCTATTTACCAAACTA
65 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA-AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTAAACAA
* * *
45955 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACA
129 GTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACA
* * ** * *
46008 TTTT-TTTTGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTTATTTAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
* * * * * * * * *
46071 AATTAATAATACTCTAAAAATTCATAACTAAGAG-TTTAAAAGATCAAT-TCATTTATTAAATC-
65 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTATTAAA-CA
* * * * * *
46133 AGTTCAAACA---AT---TATATGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACC
128 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACA
* * * * * * * *
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1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACT
* ** * *
46240 AATTTATTAATATTTCAAAAATTTGTAAGTAAGAGATTT---AAAT--A----TTTA-CAAAGCC
64 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTAAA-CA
* * * * * * *
46295 AGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATAACC
128 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACA
* ** * * * * *
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1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * *** * * * * * *** * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAA--TTGTTTCTA-TTCATAC-AAGCTTATTT-GAAATAAAATAAT
* * * * ***
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* * * * * *
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126 -CAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACA
* * * * * * * ** *
46709 TTTTATTTTGTCATAAAATAAATATTTTTCTTCATATAA-CTTTATTCAAAATAAAATAATATTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC-TTATTTGAAATAAAATAATACTA
* *** * * ** *
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65 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTAAACAAG
* * * * *
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130 TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACA
* ** * * * * * *
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1 TT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTT-ATTTGAAATAAAATAATAC
* * * ** * *** *
46940 TAATTTTTTAATATTCTC-AAAATTAATGAGTAACG-GATTTAGAAAATGCATTTGTTGGCCTGA
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* * * * * * ** *
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125 ACAAGTT-TAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACA
* * * ** * ** * *
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1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * * * *
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66 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTAAACAAGT
* * * * *
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131 TTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACA
* * *
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Found at i:44416 original size:178 final size:177
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* * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * * ** *
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* * * ** * *
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*** * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * ** * * *
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* * *
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* *
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* * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * ** *
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1 TCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
* * * *
44405 ATT-AGAAATAAAATAATACTAATTAATTAGTATTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAA
66 ATTCAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA--AGATTTAAAAA
* * * * **
44469 ATAAATTTGTTTACTGAACAATTTCAAATAGTCATGTTTATTTGAACAATTA
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* * * **
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* * *** * *
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* * * *
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* * * * * * * * **
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** * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * *
44938 TGTTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTACTATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
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* * * * *
45002 AAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTTAAATAGATATGACTATTTGAACAATTA
127 AAATAAATATGTTT-TTTAA-AA-TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * ** * * * *
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* * * ** *
45119 TTATCCA-AAATAAAATAATGCTACTTTATTAATACTT-C-AAAATGTGTTAAGCATGAGATTTA
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* * * * * * * *
45181 AAAACTAAAACTAT-TTTCTGAACCAGTTCAAATAGTTAGGACAATTTGAACAAATA
125 AAAAAT-AAA-TATGTTTTTTAA--AATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * * **
45237 TCAATTTCAAATTGTTTTGA-TTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTCTTTCTAATCATACAAGCAG
1 TCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
* * *
45301 ATT-TG-AATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
66 ATTCAGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-A-AGATTTAAAA
* ** * * * * * * *
45364 AATAAA-ATGTCTATCGAATCAGTTGAAATAGTTAAGGCAATTAGAATAATTA
128 AATAAATATGT-TTTTTAA--AATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * *
45416 TCTATTTTAAATCGTTTTAACC-TTT-TTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TAATTCATACAAGCT
1 TCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCT
* * * *
45478 TATAC-GGAAGAAAATACTACTAATTTATTAA
65 TATTCAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
45509 CTTTCAAAAT
Statistics
Matches: 1514, Mismatches: 294, Indels: 159
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (177 bp):
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ATTCAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGATTTAAAAAAT
AAATATGTTTTTTAAAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
Found at i:44548 original size:540 final size:535
Alignment explanation
Indices: 43464--45517 Score: 1795
Period size: 540 Copynumber: 3.8 Consensus size: 535
43454 TAGTATAACT
* * * * *
43464 TTTTGCTTTGTCATAAAACAATTTTTCCTATTCATACAAGCTTA-T-TGAAAAGAAAAT-TTACA
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* *
43526 AATTTATTAATATTCAAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGTTTGCTAAATAAG
65 AATTTATTAATATTCAAA-AATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATTGTTTACTAAACAAG
* * *
43591 TTCAAACAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATTTATTCCAAATTGTTATGACATTTTTTTTGTCA
128 TTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACATTTTTTTTGTCA
* ** * * *
43655 TAAAATAATTGTTTTTCTTTGTACCAGCTTATTCATATTAAAATAATAATAATTTATTAATACTT
192 T-AAACAATTGTTTTT-TTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT
** * * ** * * * *
43720 TGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAATAAATATGTTTACCAAACAAG-TTCACATAGTCATA
254 CCAAAATTAATAAGT--AAGATTTAAAAATAAATATGTTTATTAGA-ATGCTTCAAATAGTAATA
* * *
43784 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTAT
316 ACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * *
43849 CAATTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCATAAATTAAT-GA
381 CTATTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAG-
* * * *
43913 GTAAGAGATTTAAAAAAATGAATCTATTTA-TGGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTAAAT
445 GTAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACT-GAACAAGTTTAAAT-AGTATGACTATTTGAAC
*
43977 AATTATCTATTTCAAATTATTATGA-CA
508 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCA
*
44004 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TCA-TCATATAAGCTTATTCTGAATAAAAATAATAT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCTGAATAAAAATAATAT
* *
44067 AAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAACAAA
64 AAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACTAAACAAG
*
44132 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATAGTTATGACATTTTGTTTTGTCA
128 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACATTTT-TTTTGTCA
* * *
44197 TAAACCAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTGTTCAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTC
192 TAAA-CAATTGTTT-TTTTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * * *
44262 CAAAGATTAA-AAGGTAAGCTTTAAAAATAAATCTGTTTTTTTAGAATGCTT-AAATAGTAATTA
255 CAAA-ATTAATAA-GTAAGATTTAAAAATAAATATG-TTTATTAGAATGCTTCAAATAGTAATAA
* * * * **
44325 CTATTCGAACAATTATTTATTTTAAATAGTTATGTTCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
317 CTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * *
44390 TATTCATACAAGTTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTAATTAGTATTCTAAAAATTAATAGGT
382 TATTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAGGT
* * * **
44455 AGGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAA-TTTCAAATAGTCATGTTTATTTGAACAA
447 AAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTT-AAATAGT-ATGACTATTTGAACAA
*
44518 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCA
510 TTATCTATTTCAAATCATTATGACCA
* ** ** *
44544 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAAT-AAAATAAGACT-
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCTGAATAAAAATAATA-TA
* ** * * *
44607 AATCTATTAATATTTTGAATATTAATAAG---AGATTTAAAAACTAAATTTGTTTACTGAAAC-A
65 AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAA-TTGTTTACT-AAACAA
* * * * *
44668 GTTTAAATAGTTGTGACTATTTGAACAATTATTTATCTCAAATCA-TTTTGATC-TTTTATTTTG
127 GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGA-CATTTT-TTTTG
* ** * * * * *
44731 TCATAGAACAATTGTTTTTTTCAAACAAGGGTATTCGAGTTAAAATAATACTAATATAATATTAT
189 TCATA-AACAATTGTTTTTTTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * *
44796 TCCAAAAATTAATAAGT--GATTTAAAAAATAAATATGTTTGTT-GAAT-CAGTTGAATTATTAA
253 TCC-AAAATTAATAAGTAAGATTT-AAAAATAAATATGTTTATTAGAATGC--TTCAAATAGTAA
* * * * *
44857 -GACTATTAGGACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTGACCTTTTGTTTGGTCATAAAACAATTAT
314 TAACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * *
44921 TT-TAGTTTATACAAGCTTGTTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTACTATTCAAAAAATTAA
379 TTCTA-TTCATACAAGCTTATT-AGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAA
* *
44984 TAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTTAAATAGATATGACTATTTGA
442 TAGGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTTAAATAG-TATGACTATTTGA
* * * *
45049 ACAATTATCTGTTTAAAATCTTTATGACCT
506 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCA
* * * * * ** *
45079 TTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTATTTC-AGTTTATAAAAACTTATCCAAAAT-AAAATAATGCT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCTGAATAAAAATAAT-AT
* ** * * * * * * * *
45141 -ACTTTATTAATACTTC-AAAATGTGTTAAGCATGAGATTTAAAAACTAAAACTATTTTCTGAAC
64 AAATTTATTAATA-TTCAAAAAT-TAATAAGTA-AAAATTTAAAAAAT-AAATTGTTTACTAAAC
* ** * * ** * * *
45204 CAGTTCAAATAGTTAGGACAATTTGAACAAATATCAATTTCAAATTGTTTTGA-TTTTTGTTTTG
125 AAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACATTTT-TTTTG
* * ** ** ** * *
45268 TTATAAAACAATTCTTTCTAATCATACAAGCAGATTTGAATAAAAATAATACTAATTTAATAATA
189 TCAT-AAACAATTGTTT-TTTTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * *
45333 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-ATGTCTA-TCGAAT-CAGTTGAAATAG
252 -TTCCAAAATTAATAAGT-A-AGATTT-AAAAATAAATATGTTTATTAGAATGC--TTCAAATAG
* * * * * * *
45395 T--TAAGGCAATTAGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTTTAACC-TTT-TTTTGTCATAAAATA
311 TAATAA--CTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * *
45456 ATTGTTT-TAATTCATACAAGCTTA-TACGGAAGAAAATACTACTAATTTATTAACT-TTCAAAA
374 ATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTA-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTCAAAA
45518 TAAATTATCT
Statistics
Matches: 1256, Mismatches: 193, Indels: 130
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
532 1 0.00
533 11 0.01
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (535 bp):
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCTGAATAAAAATAATATAA
ATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATTGTTTACTAAACAAGTTC
AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACATTTTTTTTGTCATAAA
CAATTGTTTTTTTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAT
TAATAAGTAAGATTTAAAAATAAATATGTTTATTAGAATGCTTCAAATAGTAATAACTATTAGAA
CAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
AAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAGGTAAGAGATTT
AAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTTAAATAGTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
AAATCATTATGACCA
Found at i:45834 original size:67 final size:67
Alignment explanation
Indices: 45757--45885 Score: 222
Period size: 67 Copynumber: 1.9 Consensus size: 67
45747 TTCAAATCAT
*
45757 TATTACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAAATT
1 TATTACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAAATT
45822 GA
66 GA
* * *
45824 TATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGAACATACAAGCTTATTTGAAATAAA
1 TATTACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAA
45886 GTAATTCTAA
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 4, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (67 bp):
TATTACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAAATT
GA
Found at i:47394 original size:120 final size:120
Alignment explanation
Indices: 47185--47540 Score: 362
Period size: 130 Copynumber: 2.9 Consensus size: 120
47175 TTTACTGAAC
* * * *
47185 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTG
* * * *
47250 TCATAAAACAAAATTTTCTATTCATACAAGATTATTTCAAATA-T-GTTTATTAAAT
66 TCATAAAAC-AATTTTTTTGTTCATACAAGATTATTTCAAATATTAATTTATT-AAT
* **
47305 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCATTATGACTTTTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTG
* **
47370 TCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACATGTTTATTTGGATTAAAAAAATATTAATTTATTAAT
66 TCATAAAACAATT-TTTTTGTTCATACAAG---A-TT--ATT--TCAAATATTAATTTATTAAT
* * * *
47434 -ATTTGAACAATCA-TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTGTTGTT
1 AAGTT-CA-AAT-AGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTT
* *
47497 TTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAT
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47541 TAAAAAATAT
Statistics
Matches: 195, Mismatches: 27, Indels: 27
0.78 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
119 3 0.02
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Consensus pattern (120 bp):
AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTG
TCATAAAACAATTTTTTTGTTCATACAAGATTATTTCAAATATTAATTTATTAAT
Found at i:47535 original size:130 final size:129
Alignment explanation
Indices: 47317--47573 Score: 388
Period size: 130 Copynumber: 2.0 Consensus size: 129
47307 GTTCAAATAG
* * * *
47317 TTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTGTTGTTTTATCATAAAACAAT
* * * *** *
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66 TATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAATT-AAAAAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATCA
**
47447 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTGTTGTTTTATCATAAAACAAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTGTTGTTTTATCATAAAACAAT
47512 TATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAAAATATTAATTTATTAATATTTCAACAAT
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47574 TAATAAGTAA
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 13, Indels: 1
0.89 0.10 0.01
Matches are distributed among these distances:
129 31 0.27
130 83 0.73
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TATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAAAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATCA
Found at i:47821 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 47447--49138 Score: 1429
Period size: 182 Copynumber: 9.4 Consensus size: 180
47437 TGAACAATCA
* ** *
47447 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTGTTGTTTTATCATAAAACAA
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT-TTGTTTTGTCATAAAACAA
* ** * * * *
47511 TTATTTTTGTTCATACAAG-CTTATTCAAATTAAAA-AATATTAATTTATTAATATTTCAACAAT
65 TTGTTTCAGTTCATA-AAGTCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAAT
* * *
47574 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATATGTTTA-CTGAATAAGTTCAAATAA
129 TAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAG
* * * *
47627 TAATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTCGTCATAAAACAAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* ** *
47692 TGTATCAGTTCATATGGTCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTCCAAAAATTA
66 TGTTTCAGTTCATAAAGTCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTA
* * * * * * *
47757 ATATGTAGGAGATTTAAAAAATGAATATGTGTATCAAACAAGTTTAGATAG
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*
47808 TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * *
47873 TGTTTCTA-TTCATACAAG-CGTATTCCAAATAAAATAATA-TAAATTTACTAATATTCCAAAAA
66 TGTTTC-AGTTCATA-AAGTCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAA
** * * * * * ** *
47935 TTAATAACCAAA-ATTAAAAAAATAAATCTATTTTTTGAACGTGTTTAAATAG
128 TTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAG
* * *
47987 TTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTAAGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * * * * *
48052 TGTTT-ATGTTCATAAAAT-TTATTTAGAGTAAAATATTACTAATTTATTAAAATTTCAAAAACT
66 TGTTTCA-GTTCATAAAGTCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATT
* *** *
48115 AATAAGTAAAAGACTTTAAAAAA-AAAAAGCTGTTTATCGAGTGAGTCCAAATAG
130 AATAAGT-AAAGA-TTTAAAAAATAAATA--TGTTTATCGAACAAGTTCAAATAG
* * * * * ** *
48169 TTATGACTATTTAAACAATTATTTGTTTTAAATCGTTATGATATTTTGTTTTGTCAAAAAAACAA
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAA
* * * * *
48234 TTGATTCTA-TTCATACAAGT-TTA-TCTGAAATAAAATAATTCTAATTTGTTAATATTCAAAAA
65 TTGTTTC-AGTTCATA-AAGTCTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAA
* * * *
48296 ATTAATAAGTTAGAGATTAAAAAAATAAACATATTTATCGAACAAGTTCAAATAG
127 ATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAG
* * * * * ** *
48351 TCAT-ATCTATTTGAACTATTATCTATTTTAAATCATTATGACATTTTCTTTTACCATAAAATAA
1 TTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* ** ** * * * *
48415 TTATTTTTGTTCATACAA-AATTATTTAGAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTC-AAAA
65 TTGTTTCAGTTCATA-AAGTCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAAA
** * * * *
48478 TTAATAAG--AA-ATTTAAAAGCTAAATCCT-TTTA-CTAGACTAGTTCAAATAT
128 TTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTATCGA-ACAAGTTCAAATAG
* * * *
48528 TTATGATTATTTGAACAATTTATCTATCTCAAATCATTATGATCTTTT-TTTTGTCATAAAATAA
1 TTATGACTATTTGAACAA-TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * * * * * *
48592 TTGTTTCTA-TTCATACAAAT-TTATTTAGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCTAAAAA
65 TTGTTTC-AGTTCATA-AAGTCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA
* * ** * *
48655 TTACT-A--AAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACAAATTCAAATAG
128 TTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAG
* * * *
48705 TTAAGACTATTAT-AACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAA
1 TTATGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * * * * *
48769 TTGCTTCAATTCATATA-TGCTTATTCGAAATAAGATAATACTATTTTATTAACATTCAAAAAAT
65 TTGTTTCAGTTCATAAAGT-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAAT
* *
48833 TAATAAGTAAAAAATTTAAAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAG
129 TAATAAGT-AAAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAG
* * * * * *
48887 TTATGAATATTTGAACAATGATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAATAAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * *
48952 TGTTTCAGTTCATAAAAG-CTTA-TCAAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAAT
66 TGTTTCAGTTCAT-AAAGTCTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAAT
* * * * *
49015 TGAGAAGTTGGAA-A-TTAAAAAAAAAAAATTAGTTTATCGAATCAA-TTCAAATAG
129 TAATAAG-T-AAAGATTTAAAAAATAAATA-T-GTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAG
* *** * **
49069 TTATGACAATTTGAACAATTATCTATTTTTGATCATTATAATTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
49134 TGTTT
66 TGTTT
49139 TTCATCATGC
Statistics
Matches: 1217, Mismatches: 237, Indels: 114
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.00
176 36 0.03
177 210 0.17
178 72 0.06
179 106 0.09
180 95 0.08
181 264 0.22
182 347 0.29
183 35 0.03
184 49 0.04
185 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
TGTTTCAGTTCATAAAGTCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTA
ATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAG
Found at i:48480 original size:543 final size:530
Alignment explanation
Indices: 47447--49138 Score: 1647
Period size: 543 Copynumber: 3.1 Consensus size: 530
47437 TGAACAATCA
* ** *
47447 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTGTTGTTTTATCATAAAACAAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTT-TTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * ** * * * * * *
47512 TATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAA-AATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTA
65 TGTTTATGTTCATACAAATTTATTTAGAGTAAAATATTACTAATTTATTAATATTTCAA-AAATA
* * * * *
47576 ATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATA-TGTTTACTGAATAAGTTCAAATAATAATGACTATTTG
129 ATAAGTAAAAGATTTAAAA-AAAAAAAGTGTTTAC-GAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA
* * * *
47640 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTCGTCATAAAACAATTGTATCAGTTCAT
192 AACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGT-TCA-TTCAT
** * * * *
47705 ATGGTCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTCCAAAAATTAATATG-TAGGAGA
255 AAAGT-TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTTA-GAGA
* * * * * *
47769 TTTAAAAAATGAATATGTGTATCAAACAAGTTTAGATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTA
318 TTAAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACT-ATTATCTA
* * * * * * *
47833 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCGTATTC
382 TTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATT-
* * *
47898 CAAATAAAATAATATAAATTTACTAATATTCCAAAAATTAATAACCAAAATTAAAAAAATAAAT-
446 AAAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAA--AAAATTAAAAAAATAAATC
* * *
47962 CTATTT-TTTGAACGT-GTTTAAATAG
507 CT-TTTACTAG-AC-TAGTTCAAATAG
* * *
47987 TTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTAAGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
*
48052 TGTTTATGTTCATA-AAATTTATTTAGAGTAAAATATTACTAATTTATTAAAATTTCAAAAACTA
65 TGTTTATGTTCATACAAATTTATTTAGAGTAAAATATTACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-TA
* * *
48116 ATAAGTAAAAGACTTTAAAAAAAAAAAGCTGTTTATCGAGTGAGTCCAAATAGTTATGACTATTT
129 ATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAAAAAAAG-TGTTTA-CGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * ** * *
48181 AAACAATTATTTGTTTTAAATCGTTATGATATTTTGTTTTGTCAAAAAAACAATTGATTCTATTC
191 AAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTC-ATAAAACAATTG-TTC-ATTC
* *
48246 ATACAAGTTTA-TCTGAAATAAAATAATTCTAATTTGTTAATATTCAAAAAATTAATAAGTTAGA
253 ATA-AAGTTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTTAGA
* * *
48310 GATTAAAAAAATAAACATATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCAT-ATCTATTTGAACTATTATC
316 GATTAAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACTATTATC
* * * * * *
48374 TATTTTAAATCATTATGACATTTTCTTTTACCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAAATTAT
380 TATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTA-
* * * * **
48439 TTAGAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTCAAAATTAATAAGAAATTTAAAAGCTAAATC
444 TTAAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAATAAAAAATTAAAAAAATAAATC
*
48504 CTTTTACTAGACTAGTTCAAATAT
507 CTTTTACTAGACTAGTTCAAATAG
* * *
48528 TTATGATTATTTGAACAATTTATCTATCTCAAATCATTATGATCTTTT-TTTTGTCATAAAATAA
1 TTATGACTATTTGAACAA-TTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * *
48592 TTGTTTCTATTCATACAAATTTATTTAGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATA-TTCTAAAAAT
64 TTGTTTATGTTCATACAAATTTATTTAGAGTAAAATATTACTAATTTATTAATATTTC-AAAAAT
* * * * * * * *
48656 --T-ACTAAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACAAATTCAAATAGTTAAGACTA-TTA
128 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAAAAAAAGTGTTT-ACGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA
*
48717 TAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGCTTCAATTCA
192 -AACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTG-TTC-ATTCA
* * * * * * * *
48782 TATATGCTTATTCGAAATAAGATAATACTATTTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAAA
254 TA-AAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTTAGAGA
* * * *
48847 TTTAAAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAACAATGATCTA
318 -TTAAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTATTATCTA
*
48912 TTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATA-AAAGCTTATC
382 TTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAA-CTTAT-
* * *** *
48976 AAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAAATTAAAAAAAAAA
445 TAAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTC-AAAATT---AA-TAAAAAATT-AAAAAAATA
*** * * *
49041 AATTAGTTTA-TCGAATCAATTCAAATAG
503 AATCCTTTTACTAGACT-AGTTCAAATAG
* *** * *
49069 TTATGACAATTTGAACAATTATCTATTTTTGATCATTATAATTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
49134 TGTTT
65 TGTTT
49139 TTCATCATGC
Statistics
Matches: 949, Mismatches: 164, Indels: 77
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
535 80 0.08
536 198 0.21
537 14 0.01
538 8 0.01
539 19 0.02
540 141 0.15
541 142 0.15
542 134 0.14
543 200 0.21
544 13 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (530 bp):
TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
GTTTATGTTCATACAAATTTATTTAGAGTAAAATATTACTAATTTATTAATATTTCAAAAATAAT
AAGTAAAAGATTTAAAAAAAAAAAGTGTTTACGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACA
ATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTCATTCATAAAGTT
TATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTTAGAGATTAAAAAA
ATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTATTATCTATTTAAAATC
ATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATTAAAATAAAAT
AATATAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAAAAATTAAAAAAATAAATCCTTTTACTAGACTA
GTTCAAATAG
Found at i:49012 original size:718 final size:719
Alignment explanation
Indices: 47447--49109 Score: 1738
Period size: 718 Copynumber: 2.3 Consensus size: 719
47437 TGAACAATCA
* *
47447 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAC-TTGTTGTTTTATCATAAAACAA
1 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCGTTATGACATT-TTGTTTTATCATAAAACAA
* ** * *
47511 TTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAA-AATATTAATTTATTAATATTTCAACAATT
65 TTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * * * * * *
47575 AATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATATGTTTA-CTGAATAAGTTCAAATAATAATGACTATTT
129 AATAAGTTAGAGATTAAAAAAATAAAAATATTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTAATGACTATTT
* * * ** *
47639 GAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTCGTCATAAAACAATTGTATCAGTTC
193 GAACT-ATTATCTATTTTAAATCATTATAACATTTTCTTTCACCATAAAACAATTATATCAGTTC
***** *
47703 ATATGGTCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTCCAAAAATTAATATGTAGGAG
257 ATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTCCAAAAATTAATA--TAGGAA
* * * *
47768 ATTTAAAAAATGAATATGTGTATCAAACAAGTTTAGATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA
320 ATTTAAAAAATAAATATGTGTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* *
47833 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCGTATTC
385 TCTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACGTATTC
*
47898 CAAATAAAATAATATAAATTTACTAATATTCCAAAAATTAATAACCAAAATTAAAAAAATAAATC
450 CAAATAAAATAATATAAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAA-CAAAATTAAAAAAATAAATC
**** *** * *
47963 TATTTTTTGAACGTGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTAAGA
514 TATTTGCCAAACAAATTCAAATAGTTAAGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTAAGA
* * * * * * *
48028 CCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTATGTTCATAAAATTTATTTAGAGTAAAATATTACTA
579 CCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTCATATTCATAAAATTTATTGAGAATAAAATAATACTA
* * ***
48093 ATTTATTAAAATTTCAAAAACTAATAAGTAAAAGACTTTAAAAAAAAAAAGCTGTTTATCGAGTG
644 ATTTATTAAAATTTCAAAAACTAATAAGTAAAAGAATTTAAAAAAAAAAAGATGTTTATCGAACA
48158 AGTCCAAATAG
709 AGTCCAAATAG
* * * * * *
48169 TTATGACTATTTAAACAATTATTTGTTTTAAATCGTTATGATATTTTGTTTTGTCAAAAAAACAA
1 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCGTTATGACATTTTGTTTTATC-ATAAAACAA
* * * *
48234 TTGATTCTA-TTCATACAAGTTTATCTGAAATAAAATAAT-TCTAATTTGTTAATA-TTCAAAAA
65 TTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATC-AAAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTC-AAAA
* *
48296 ATTAATAAGTTAGAGATTAAAAAAATAAACATATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCAT-ATCTA
126 ATTAATAAGTTAGAGATTAAAAAAATAAAAATATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTAATGA-CTA
* * * * **
48360 TTTGAACTATTATCTATTTTAAATCATTATGACATTTTCTTTTACCATAAAATAATTATTTTTGT
190 TTTGAACTATTATCTATTTTAAATCATTATAACATTTTCTTTCACCATAAAACAATTATATCAGT
* * * * *
48425 TCATACAAAATTATTTAGAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTC-AAAATTAATA-A-GA
255 TCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATA-TTCCAAAAATTAATATAGGA
** * * * * * *
48487 AATTTAAAAGCTAAATCCT-TTTA-CTAGACTAGTTCAAATATTTATGATTATTTGAACAATTTA
319 AATTTAAAAAATAAAT-ATGTGTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TTA
* * **
48550 TCTATCTCAAATCATTATGATCTTTT-TTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAATTT
381 TCTATCTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACGT
* * * * * * * *
48614 ATT-TAGAGTAAAATATTGCTAAA-TTAATAATATTCTAAAAATTACTAA-AAGATTTAAAAAAT
446 ATTCCA-AATAAAATAAT-ATAAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACAAAATTAAAAAAAT
* * *
48676 AAATGTGTTTGCCAAACAAATTCAAATAGTTAAGACTA-TTATAACAATTATCTATTTTAAATCA
509 AAATCTATTTGCCAAACAAATTCAAATAGTTAAGACTATTTA-AACAATTATCTATTTCAAATCA
* * *
48740 TTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGCTTCA-ATTCAT-ATATGCTTATTCGA-AATAA
573 TTAAGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTG-TTCATATTCATAAAAT--TTATT-GAGAATAA
* * * * * *
48802 GATAATACTATTTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAAA-AATTTAAAAAAATAAATATG
634 AATAATACTAATTTATTAAAATTTC-AAAAACTAATAAGTAAAAGAATTTAAAAAAAAAAAGATG
* *
48865 TTTATTGAACAAGTTCAAATAG
698 TTTATCGAACAAGTCCAAATAG
* * * * *
48887 TTATGAATATTTGAACAATGATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAATAAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAAT
* * *
48952 TGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCAAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTG
66 TGTTTCAGTTCATACAAGCTTATC-AAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * * * *
49017 AGAAGTTGGAAATTAAAAAAA-AAAAATTAGTTTATCGAATCAA-TTCAAATAGTTATGACAATT
130 ATAAGTTAGAGATTAAAAAAATAAAAA-TA-TTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTAATGACTATT
* **
49080 TGAACAATTATCTATTTTTGATCATTATAA
192 TGAACTATTATCTATTTTAAATCATTATAA
49110 TTTTTTGTTT
Statistics
Matches: 773, Mismatches: 139, Indels: 62
0.79 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
716 5 0.01
717 83 0.11
718 230 0.30
719 52 0.07
720 113 0.15
721 33 0.04
722 48 0.06
723 39 0.05
724 165 0.21
725 5 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (719 bp):
TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAAT
TGTTTCAGTTCATACAAGCTTATCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
TAAGTTAGAGATTAAAAAAATAAAAATATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTAATGACTATTTGAA
CTATTATCTATTTTAAATCATTATAACATTTTCTTTCACCATAAAACAATTATATCAGTTCATAC
AAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTCCAAAAATTAATATAGGAAATTTAA
AAAATAAATATGTGTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAA
ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACGTATTCCAAATA
AAATAATATAAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACAAAATTAAAAAAATAAATCTATTTGC
CAAACAAATTCAAATAGTTAAGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTAAGACCTTTTG
TTTAGTCATAAAACAATTGTTCATATTCATAAAATTTATTGAGAATAAAATAATACTAATTTATT
AAAATTTCAAAAACTAATAAGTAAAAGAATTTAAAAAAAAAAAGATGTTTATCGAACAAGTCCAA
ATAG
Found at i:49187 original size:177 final size:180
Alignment explanation
Indices: 48690--49192 Score: 425
Period size: 182 Copynumber: 2.8 Consensus size: 180
48680 GTGTTTGCCA
* * * * * * *
48690 AACAAATTCAAATAGTTAAGACTATTAT-AACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTG-
1 AACAAGTTCAAATAGTTATGAATATT-TGAACAATGATCTATTTAAAATCATTATAACATTTTGT
* * * * * * * * *
48753 TTTAGTCATAAAATAATTGCTTCAATTCATATATGCTTATTC-GAAATAAGATAATACTATTTTA
65 TTTA-TCATAAAACAATTG-TT-TATTCATAAAAGCTTA-GCAAAAATAAAAAAATACTAATTTA
* * * *** * * *
48817 TTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAAATAAATATGTTTATTG
126 TTAAAATTTC-AAAAATTGAGAAGTTGGAAATTAAAAAAAAAAAATATGTTTATCG
*
48872 AACAAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAACAATGATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTGTT
1 AACAAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAACAATGATCTATTTAAAATCATTATAACATTTTGTT
* * * * *
48937 TTATCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCAAAAATAAAATAATATTACTTTATTA
66 TTATCATAAAACAATTGTTT-A-TTCATAAAAGCTTAGCAAAAATAAAAAAATACTAATTTATTA
*
49002 ATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAAATTAAAAAAAAAAAAT-TAGTTTATCG
129 AAATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAAATTAAAAAAAAAAAATAT-GTTTATCG
* *** **
49054 AATCAA-TTCAAATAGTTATGACA-ATTTGAACAATTATCTATTTTTGATCATTATAATTTTTTG
1 AA-CAAGTTCAAATAGTTATGA-ATATTTGAACAATGATCTATTTAAAATCATTATAACATTTTG
* * * ** *
49117 TTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTCAT-CATGC-T-GCCTAGATGAAAAAAATACTAATTTATT
64 TTTTATCATAAAACAATTGTTTATTCATAAAAGCTTAGCAAAAAT-AAAAAAATACTAATTTATT
49178 AAAATTTCAAAAATT
128 AAAATTTCAAAAATT
49193 AATAAGTAAG
Statistics
Matches: 270, Mismatches: 41, Indels: 25
0.80 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
176 4 0.01
177 31 0.11
178 3 0.01
179 5 0.02
181 7 0.03
182 209 0.77
183 11 0.04
ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (180 bp):
AACAAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAACAATGATCTATTTAAAATCATTATAACATTTTGTT
TTATCATAAAACAATTGTTTATTCATAAAAGCTTAGCAAAAATAAAAAAATACTAATTTATTAAA
ATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAAATTAAAAAAAAAAAATATGTTTATCG
Found at i:50596 original size:182 final size:173
Alignment explanation
Indices: 50212--51038 Score: 482
Period size: 179 Copynumber: 4.7 Consensus size: 173
50202 TGAAATAATT
* *
50212 ATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCATTATGACCTTTTATATTGTCATAAAACAAATG
1 ATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTATATTATCATAAAACAAATG
* * *
50277 CTTTTGTTCATATAAGCTTGTTCAGAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTCAAAAATTAATA
65 CTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCAAAAATTAATA
* * * * *
50342 AGAGATTTAAAAAAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTT
130 AGAAATTTAAAAAAAATATATTTATCAAACTAGATCAAATACTC
* * * * *
50386 ATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTATTTGTTTTATTATAAAACAATTG
1 ATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACT-TTTATATTATCATAAAACAAATG
* * ** *
50451 CTTTATGTTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAA-CTTATTAATATTTTGATAATTA
65 CTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATC-TATTAATA-TTCAAAAATTA
* *
50515 ATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTA-CTATACTAGATCAAATACTC
127 ATAAG----AAA-TTTAAAAA-AAATATATTTATC-AAACTAGATCAAATACTC
* * ** * * * * *
50568 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTGTTATTTTGTCAT-TAA-AAATT
1 ATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTATATTATCATAAAACAAATG
* * * * * * *
50631 ATTTCAGTTTATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACT-ATGTTATTAATATTTCAAAAATTA
65 CTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAAT-CTATTAATA-TTCAAAAA-T-
* * * * * * * * *
50695 ATAATTAAGAGATTTAAAAGATAATTTATTTA-CTGAACAAGTTTAAATAATT
125 -TAA-TAAGAAATTTAAAA-AAAATATATTTATC-AAACTAGATCAAATACTC
* * * *** * * * ** *
50747 ATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTGAAATTGCTATAATCTTTTATTTTGTCAT-AAA-TGATT
1 ATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTATATTATCATAAAACAAATG
* * ** * *
50810 TTTTCTATTCATACAAGGGTATTGCA-AATAAAATAATACAAATTTATTAATATT-AAGACAATT
65 CTTT-TGTTCATACAAGCTTATT-CAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCAA-A-AATT
* * * * * * * * *
50873 AATAAGTAAA---AAGAATAAATTTGTTCAGCAAACAAGTTCTAAT-CTTT
126 AATAAG-AAATTTAA-AAAAAATATATTTATCAAACTAGATCAAATAC-TC
* ** *
50920 ATGACTATTCGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTT-TATTTAGTCATAAAACAATT
1 ATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTATA-TTA-TCATAAAACAAAT
* * * *
50984 G-TTTCAAGTTCATACAAGCTTATTC-GAATTAATATAATATTAATTTATTAATATT
64 GCTTT--TGTTCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATCTATTAATATT
51039 TTGACAATAA
Statistics
Matches: 515, Mismatches: 104, Indels: 67
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
171 1 0.00
172 7 0.01
173 62 0.12
174 72 0.14
175 82 0.16
176 18 0.03
177 2 0.00
178 4 0.01
179 123 0.24
180 57 0.11
181 12 0.02
182 66 0.13
183 5 0.01
184 4 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (173 bp):
ATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTATATTATCATAAAACAAATGC
TTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCAAAAATTAATAA
GAAATTTAAAAAAAATATATTTATCAAACTAGATCAAATACTC
Found at i:50959 original size:534 final size:524
Alignment explanation
Indices: 50113--52119 Score: 1660
Period size: 534 Copynumber: 3.7 Consensus size: 524
50103 TCATACTAAC
* * *
50113 TTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTGTTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
1 TTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * * *
50177 AATTAATTCTGTTTATCT-AACCAATTGAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAA
65 AAATAATTCTATTTA-CTGAA-CAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAA
* * * * * ** * *
50241 ATCATTATGACCTTTTATATTGTCATAAAACAAATGCTTTTGTTCATATAAGCTTGTTCAGAATA
128 ATTACTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAA-TAATTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCA-AATA
* * * *
50306 AAGTAATACTAATCTATTAATATTCAAAAATTAATAAG-AGATTTAAAAAAAATCTAT-TTATCA
191 AAATAATACAAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTA-A---AAAAAAAA--TATGTTAGCA
* * *
50369 AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTATTTGTT
250 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACT-TTTGTT
*
50434 TTATTATAAAACAATTGCTTTATGTTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAACTTATT
314 TTATCATAAAACAATTG-TTTATGTTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAA-TTATT
* *
50499 AATATTTTGATAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACTATACTAGATCAAAT
377 AATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTAC-A-ACTAGATCAAAT
** * * * *
50564 ACTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTGTTATTTTGTCATTAAA-A
440 A-TCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACA
* *
50628 ATTATTTCAGTTTATATAAGT
504 ATTGTTTCAGTTCATATAAGT
** *
50649 TTATTCAAAATAAAATAATACT-ATGTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAA
1 TTATTTGAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * *
50713 AGATAATT-TATTTACTGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTGAAA
65 AAATAATTCTATTTACTGAACAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAA
* * * * **
50777 TTGCTATAATCTTTTATTTTGTCAT-AAATGATTTTTTCTATTCATACAAGGGTATTGCAAATAA
129 TTACTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTTTTT-TGTTCATACAAGCTTATT-CAAATAA
*
50841 AATAATACAAATTTATTAATATT-AAGACAATTAATAAGTAAAAAGAATAAATTTGTTCAGCAAA
192 AATAATACAAATTTATTAATATTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAA-AA-AAATATGTT-AGCAAA
* ** * *
50905 CAAGTTCTAATCTTTATGACTATTCGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTT-TATTT
252 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACTTTTGT-TTT
* * * *
50969 AGTCATAAAACAATTGTTTCAAGTTCATACAAGCTTA-TTCGAATTAATATAATATTAATTTATT
316 A-TCATAAAACAATTGTTT-ATGTTCATACAAGCTTATTTAG-ATTAAAATAATACTAA-TTATT
* * * * * *
51033 AATATTTTGACAATAAATAATTAAAAGATTCAAAAAATAAATATGTTTAC--C-A-AACAAGT-T
377 AATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACAACTAGATCAAATAT
* ***
51093 CA--A-TATTTGAATAATTATCTATTTCAAACCATTGCAACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATT
442 CATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATT
*
51155 GTTTCAGTTCATATAAGC
507 GTTTCAGTTCATATAAGT
* * * * *
51173 ATATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATCAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAA
1 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * *
51238 AATAATTCTATTTATTGAACACATTCGAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTAAATA
66 AATAATTCTATTTACTGAACA-ATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-T---TA
* * *
51303 ATTATCTATTTCAAAATATTATAGCCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATGCAA
126 A--A---A-TT---ACTA-TA-A-CCTTTTATTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTGTTCATACAA
** *
51368 GCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAA
178 GCTTA-TTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGT-AAAA---AAA
* * * *
51433 AAATATGTT-GCTTGAACACGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTA
237 AAATATGTTAGC--AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTA
* * * * * * * * *
51497 TTATAACTTTTCGTTTTGTCATAAACCACTTGTTTTTGTTCATAAAAGCTCATTTGGGA-CAAAA
300 TTATGACTTTT-GTTTTATCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTT-AGATTAAAA
* * * * * *
51561 TGATACTAATTAATTAAAATTCTAACAATTAATAAGTAAAAGAA-TTAAAAAATAAATCTATTTA
363 TAATACTAATT-ATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAA-AATTTAAAAAATAAATATGTTTA
* * * * * * **
51625 CCAAGTAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATATCTTTCAAATCATTATGATATTTT
426 -CAACT-AGATCAAATA-TCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* *
51690 GTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAGAAGT
488 GTTTTGTAATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATATAAGT
* **
51727 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTATTA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAA
1 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * * * * **
51791 AAATAAATT-TGTTCACTGAACAAGTTCAAATAATCT-TGTCCATTTGACCTATTATCTATTGCA
65 AAAT-AATTCTATTTACTGAACAA-TTCAAATAAT-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAA
* * * * * * * * ** *
51854 AATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAAATTTTCTATTCATACAAAATTAATTTAAAAT
127 AATTACTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTTTTTTGTTCATACAAGCTT-A-TTCAAAT
** *
51919 AAAATAATATTAATTTATGAATATTTCAAAAATTAATAA-TAGATTTAAAAACTAAATCTAT-TT
190 AAAATAATACAAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTA-A---AAAAA--AAA--TATGTT
* ** * * * * ** *
51982 ATCAAATTAGTTTAAATAATTATGACTATTTTAACAATTATCTATCCCAAATTGTTATGA-TCTT
246 AGCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACT-TT
* * * * * * * *
52046 TGTTTTGTCCTAAGACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAATT
310 TGTTTTATCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACT-AATT
*
52111 AATAATATT
374 ATTAATATT
52120 CAAAAAATTA
Statistics
Matches: 1185, Mismatches: 203, Indels: 164
0.76 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
523 44 0.04
524 80 0.07
525 45 0.04
526 5 0.00
528 5 0.00
529 3 0.00
530 1 0.00
531 1 0.00
532 6 0.01
533 24 0.02
534 196 0.17
535 80 0.07
536 60 0.05
537 24 0.02
538 122 0.10
539 58 0.05
540 6 0.01
541 21 0.02
542 59 0.05
543 77 0.06
544 83 0.07
545 7 0.01
546 2 0.00
548 2 0.00
549 4 0.00
550 1 0.00
551 2 0.00
553 6 0.01
554 155 0.13
555 6 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (524 bp):
TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
AATAATTCTATTTACTGAACAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATT
ACTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATA
ATACAAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAAAAAAATATGTTAGCAAACAAGTTCAA
ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACTTTTGTTTTATCATAAAAC
AATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTATTAATATTTTGACAAT
TAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACAACTAGATCAAATATCATGACTATTTGAA
TAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAT
AAGT
Found at i:51766 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 50112--52175 Score: 1020
Period size: 181 Copynumber: 11.5 Consensus size: 180
50102 CTCATACTAA
* * * *
50112 CTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTGTTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
1 CTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
* * * * * * *
50175 AAAATTAATTCTGTTTATCTAACCAA-TTGAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTT
64 AAAAATAAATCTATTTA-CCAA-CAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * * *
50239 AAATCATTATGACCTTTTATATTGTCATAAAACAAATGCTTTTGTTCATATAAG
127 AAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAAG
* * * *
50293 CTT-GTTCAGAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTC-AAAAATTAATAAG----AGATTT-A
1 CTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
* * * * *
50351 AAAA-AAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAA
65 AAAATAAATCTATTTA-CCAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * *
50415 ATCATTATGACTA-TTTGTTTTATTATAAAACAATTGCTTTATGTTCATACAAG
129 ATCATTATGA-TATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTTGTTCATAAAAG
* * * * * * *
50468 CTTATTT-AGATTAAAATAATACTAACTTATTAATATTTTGATAATTAATAAGTAAAAAATTTTA
1 CTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
* * * * * * * *
50532 AAAATAAATATGTTTACTATACTAGATCAAATACTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
65 AAAATAAATCTATTTACCA-ACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
** ** * * * * ** * *
50597 ATTGTTATGACCTGTTATTTTGTCATTAAA-AATTATTTCAGTTTATATAAG
129 ATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAAG
* ** * *
50648 TTTATTCAAAATAAAATAATACT-ATGTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTA
1 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
* * * * * *
50711 AAAGAT-AATTTATTTACTGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTGA
64 AAAAATAAATCTATTTAC-CAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
*** * * * ** * *
50775 AATTGCTATAATCTTTTATTTTGTCAT-AAATGATT-TTTTCTATTCATACAAG
128 AATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TGTTCATAAAAG
** *
50827 GGTA-TTGCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-T-TAAGACAATTAATAAGT---A-A---
1 CTTATTTG-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * * * * ** * *
50882 AAAGAATAAATTTGTTCAGCAAACAAGTTCTAATCTTTATGACTATTCGAACAATTATTTATTTC
63 AAAAAATAAATCTATTTA-CCAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * ** *
50947 AAATTGTTATGACT-TTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAAGTTCATACAAG
127 AAATCATTATGA-TATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGTTCATAAAAG
* * * * * * * * * *
51002 CTTATTCGAATTAATATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATAAATAATTAAAAGATTCAAA
1 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA
* *
51067 AAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTC-AAT-ATT-TGA--A--T----AATTATCTATTTCAAA
66 AAATAAATCTATTTACC-AACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* *** ** * ** *
51121 CCATTGCAACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAG
130 TCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAAG
* * * * * *
51172 CATATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATCAATATT-TCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAA
1 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
* ** * * * *
51236 AAAATAATTCTATTTATTGAACACA-TTCGAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCT-A
65 AAAATAAATCTATTTA-CCAACA-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * ***** * * ** ** *
51299 AATAATTAT-CTATTTCAAAATATTAT-AGCCTTTTG-TTTTG-TCATAAAATA
128 AATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAA-G
* * **** * *** * * * * * * **
51349 ATTGTTTTTGTTCATGCAA-GCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAA-
1 CTTATTTGAAATAAAATAATAC-TAATTT--AT-TAATATTCTAAA--AATTAATAAGT-AAAAG
** * * * * *
51412 ATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATATGTTGCTTGAACACGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
59 ATT--T-A--AAAAA--T-AAATCTAT-TTAC--CAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAA
* * *
51477 CAATTATCTATTTCAAATTATTAT-A-ACTTTTCGTTTTGTCATAAACCACTTGTTTTTGTTCAT
113 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGATA-TTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCAT
51540 AAAAG
176 AAAAG
* ** * * * * * *
51545 CTCATTTGGGACAAAATGATACTAATTAATTAAAATTCTAACAATTAATAAGTAAAAGAATTAAA
1 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA
* * * * *
51610 AAATAAATCTATTTACCAAGTAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATATCTTTCAAA
66 AAATAAATCTATTTACCAA-CAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * *
51675 TCATTATGATATTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATAGAAG
130 TCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAAG
* * ***
51726 TTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTATTATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAA
1 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA
* * * * * * * * *
51791 AAATAAATTTGTTCACTGAACAAGTTCAAATAATCT-TGTCCATTTGACCTATTATCTATTGCAA
66 AAATAAATCTATTTAC-CAACAAGTTCAAATAAT-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * *
51855 ATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAAAT-TTTCTATTCATACAAA-
129 ATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATA-AAAG
* * * *
51906 ATTAATTTAAAATAAAATAATATTAATTTATGAATATT-TCAAAAATTAATAA-T---AGATTTA
1 CTT-ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
* * * * **
51966 AAAACTAAATCTATTTATCAA-ATTAGTTTAAATAATTATGACTATTTTAACAATTATCTATCCC
64 AAAAATAAATCTATTTACCAACA--AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * *
52030 AAATTGTTATGAT-CTTTGTTTTGTCCTAAGACAATTGTTTTTGTTCATACAAG
127 AAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAAG
* * * * * * *
52083 CTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCAAAAAATTAATAAG----AGATTTAAA
1 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA
* * * *
52144 AAATAAATGTGTTTATCGAACCAGTTCAAATA
66 AAATAAATCTATTTA-CCAACAAGTTCAAATA
52176 GTTAAGAACC
Statistics
Matches: 1424, Mismatches: 355, Indels: 213
0.71 0.18 0.11
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 80 0.06
171 46 0.03
172 7 0.00
173 72 0.05
174 85 0.06
175 96 0.07
176 120 0.08
177 96 0.07
178 16 0.01
179 130 0.09
180 121 0.08
181 298 0.21
182 114 0.08
183 10 0.01
184 2 0.00
185 1 0.00
186 5 0.00
187 5 0.00
188 1 0.00
189 2 0.00
190 9 0.01
191 12 0.01
192 39 0.03
193 19 0.01
194 6 0.00
195 6 0.00
196 16 0.01
197 9 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA
AAATAAATCTATTTACCAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
CATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAAG
Found at i:52542 original size:182 final size:182
Alignment explanation
Indices: 52182--52558 Score: 406
Period size: 182 Copynumber: 2.1 Consensus size: 182
52172 AATAGTTAAG
* * * * * * * *
52182 AACCTTTTATTTAGTCATAAAATAACTTTTTCAGTTCTTACATGCTTATTTGAAATAAAATCATA
1 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAACTTTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAAAAAAATAATA
* * *
52247 CTAATTTATTAACATTCAGAAAGTTAATAAATAAGAAATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAA
66 CTAATCTAATAACATTCAGAAAGTTAATAAATAAGAAATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCGAA
* * *
52312 CTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTACATATCTCAAATTGTTTT
131 CTAATTCAAATAGTTATAACTATATAAACAATTACATATCTCAAATTGTTGT
52364 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTATTT-ATGTTCATACAAGCTTATTCGAAAAAAAATAA
1 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAACTT-TTTCA-GTTCATACAAGCTTATTCGAAAAAAAATAA
* * * * * * *
52427 TACTAATCTAATAATATT-ATGAAATTTAATAACTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTGCC
64 TACTAATCTAATAACATTCA-GAAAGTTAATAAATAAGAAATTTAAAAAAATAAATCTATTTACC
* * * * *
52490 GAA-TCAATTCAAATAGTTA-AGGCTATATGAATAATTATATATTTCAAAATTGTTGT
128 GAACT-AATTCAAATAGTTATA-ACTATATAAACAATTACATATCTC-AAATTGTTGT
**
52546 GTCCTTTTGTTTT
1 AACCTTTTGTTTT
52559 CTAAACAATT
Statistics
Matches: 161, Mismatches: 28, Indels: 12
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
180 2 0.01
181 54 0.34
182 105 0.65
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (182 bp):
AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAACTTTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAAAAAAATAATA
CTAATCTAATAACATTCAGAAAGTTAATAAATAAGAAATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCGAA
CTAATTCAAATAGTTATAACTATATAAACAATTACATATCTCAAATTGTTGT
Found at i:53397 original size:181 final size:176
Alignment explanation
Indices: 52185--53581 Score: 682
Period size: 181 Copynumber: 7.8 Consensus size: 176
52175 AGTTAAGAAC
* * * * * *
52185 CTTTTATTTAGTCATAAAATAACTT-TTTCA-GTTCTTACATGCTTATTTGAAATAAAATCATAC
1 CTTTT-TTTTGTCATAAAATAA-TTGTAT-ATGTTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATA-
* * * * * * *
52248 TAATTTATTAACATT-CAGAAAGTTAATAAATAAGAAATTTAAAAAAATAAATCTATTTA-CTGA
61 TAATTTATTAATATTCCA-AAAATTAATAAGTAA-AGATTT-TAAAAATAAATATGTTTATC-GA
* * * * * ** * *
52311 ACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTA-CATATCTCAAATTGTTTTAA
122 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTGAAATCATTATGA
* * * *
52366 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCGAAAAAAAATAATACT
1 -CTTTT-TTTTGTCATAAAATAATTGTATATGTTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATA-T
* * *** * * * * **
52431 AATCTAATAATATTATGAAATTTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCGAATCA
62 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTTAAAAATAAATATGTTTATCGAA-CA
* * * * * * ** * *
52496 A-TTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATATATTTCAAAATTGTTGTGTC
125 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-GAAATCATTATG-A
* * * * * * * * *
52549 CTTTTGTTT-TC-T-AAACAATTGTTTCTACTT-ATA-TAGTCATATTCAGAATAAAGTAATGCT
1 CTTTTTTTTGTCATAAAATAATTGTATAT-GTTCATACAAG-CTTATTC-GAATAAAATAAT-AT
** * * ** *** *
52609 AATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAATGGA-TTTAGAAAATGTACCA-GTTGGCCTAAC
62 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTTA-AAAAT-AAATATGTTTATCGAA-
* * * * * * * *
52672 CAA-TGCAAAGAGTTATGATTGTTTGAATAATCATCTATTTCAAATCGTTATGA
123 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCATTATGA
* * * * * * * ** * * * *
52725 CATTTTGTTTTGCCACAAAACAATTATCTCTATTTGTACAAGCTGATTCAAAATAACATAATTCT
1 C-TTTT-TTTTGTCATAAAATAATTGTATATGTTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAA-TAT
* * ** *
52790 AATTTATTAATATTCCAAAGAA-TAACAAG---AGA-TTTAAAAACTGAATCGGTTTATCCAACA
62 AATTTATTAATATTCCAAA-AATTAATAAGTAAAGATTTTAAAAA-TAAATATGTTTATCGAACA
* ** * * *
52850 AGTTCAAAAAGTTATGACTATTTGAATGATTACCTATTTCAAATTGCTATAAT-A
125 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAA-T-C-ATTATGA
* * * * * * *
52904 -TTTTATTTTGTCATAAAAT-ATTTTTTCTATTCATACAATCTTATTTC-AATTAAAATAGTACA
1 CTTTT-TTTTGTCATAAAATAATTGTATATGTTCATACAAGCTTA-TTCGAA-TAAAATAATATA
* * ** * * * *
52966 AATTATCAATATT-CAGGCAATTAAAAAGTGAAAGA-TTTACAAAAT-AA-AT-TTTACCAAATA
63 ATTTATTAATATTCCA-AAAATTAATAAGT-AAAGATTTTA-AAAATAAATATGTTTATCGAACA
* * * *
53026 AGTTTAAATTGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTGAAATCATTATGA
125 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCATTATGA
* * * * * * *
53078 CTTTTTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTTATACAAGCTTATTTGGATTAAAATCATATTAC
1 CTTTTTTTTGTCATAAAATAATTGTATATGTTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATA-TAA
* * * *
53143 TTTATTGATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATCGAATAAGT
64 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGT
* * *
53208 TTAAATAGTTATGA-TGATTTGAATAATTATCTATTTGAAATCATTCTGA
128 TCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCATTATGA
** * * * *
53257 GCTTTTCTTTCATCATAAAACAATTGTATAAGTTCATATAGGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
1 -CTTTT-TTTTGTCATAAAATAATTGTATATGTTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATA-T
* * *
53322 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGA-TTTAAAATATAAATCTATTTATCGAACA
62 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTTAAAA-ATAAATATGTTTATCGAACA
* *
53386 AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
125 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCATTATGA
* * * **
53438 CCTTTTGTTTTGTCTTAAAATAATTG-ACTCTCTTCATACAAGCTT-TTCGAATAAGCTAATATA
1 -CTTTT-TTTTGTCATAAAATAATTGTA-TATGTTCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAATAT-
* * * * * *
53501 AATTTACTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTTAAAATAAATGTGTTTTTTGAACACA
62 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATCGAACA-A
53566 -TTCAAATAGTTATGAC
126 GTTCAAATAGTTATGAC
53582 CTTTTGTTTT
Statistics
Matches: 947, Mismatches: 209, Indels: 122
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
173 4 0.00
174 20 0.02
175 56 0.06
176 107 0.11
177 91 0.10
178 147 0.16
179 117 0.12
180 33 0.03
181 268 0.28
182 104 0.11
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (176 bp):
CTTTTTTTTGTCATAAAATAATTGTATATGTTCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAATATAATT
TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCA
AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCATTATGA
Found at i:53589 original size:143 final size:146
Alignment explanation
Indices: 53423--53726 Score: 354
Period size: 143 Copynumber: 2.1 Consensus size: 146
53413 AATTATCTAT
* * *
53423 TTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCTTAAAATAATTGA-CTCTCTTCATACAAGCTT-TT
1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATCTCTATTCATACAAGCTTATT
* **
53485 CG-AA-TAAGCTAATA-TAAATTTACTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAA-TTTTTAAAAT
64 CGAAATTAA-ATAATAGT-AATTTACTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAGTTTAAAAAAT
* * *
53546 AAATGTGTTTTTTGAACACA-
127 AAATCTGTTTATCGAACA-AG
* * * *
53566 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTTTCATAAACCAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATCTCTATTCATACAAGCTTATTCG
* * *
53631 AAATTAAATAATAGTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATCAGTAAAAAGTTTAAAAAATTAAT
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*
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AAATTAAATAATAGTAATTTACTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAGTTTAAAAAATAAAT
CTGTTTATCGAACAAG
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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** * * **
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* *
53812 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGTTAAGAGATTTAAAAAAATAAA
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAG-TAA-AGATTT-AAAAAAT-AA
* * * *
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* * * **
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1 TTCAAAT-AGTTATTATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
** * * * * * * *
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64 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAGTAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * *
54056 CTCTTTA-CCAAAGCAA-TTAAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
129 CTGTTTATCTAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * *
54107 CTCAAATCGTTATGAT-ATTTATTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTTTTTATACAAGCTTATTTG
1 TTCAAATAGTTATTATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * ** * * *
54171 GATTAAAATAATACTAATTTAACAATATCCCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATT
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* ** * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* *
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* * * * * * *
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1 TTCAAA-TAGTTATTATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT
* * * * *
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* * ** *
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* * ** * * * *
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1 TTCAAATAGTTATTATCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
* * ** *
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65 GAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAGTAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * *
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* * ** * * * *
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1 TTCAAAT-AGTTATTATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTAT
* * ** *
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* * * * *
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125 AAATCTGTTTATCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * *
55003 TTAAAATCA-TTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-AAGTTCATAAAAGCTTATC
1 TTCAAAT-AGTTATTATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT
** *
55066 AAAAATAAAATGATACTACA-TTATTAATAGTT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAA
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* * *
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* * * * * * * *
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1 TTCAAATAGTTATTATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTT
* * ** * *
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65 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAGTAAAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
55424 CAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAATA--AGAGATTTAAATAATAAAT
65 GA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAGTAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * *
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* * * * * * *
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1 TTCAAA-TAGTTATTA-TCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * * * * *
55600 TCG-AATAGAATAAAATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAAAGATTTAGAAAATA
64 T-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-AGT-AAAGATTTAAAAAATA
* * * * * * * *
55664 ATTCTATTTA-CTGAACTAGCTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTAT
126 AATCTGTTTATCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * * *
55718 TTTAAATCA-TTATTA-CTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTAACATAAGTTTGTT
1 TTCAAAT-AGTTATTATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * *
55781 TGAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATATT-TAGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTA
64 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA-AAAATTAAT-AGTAA-AGATTTAAAAAATA
*** * * * * * *
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126 AATCTGTTTATCTAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * ** * **
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1 TTCAAAT-AGTTATTATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
* * * *
55962 -AGAATAAAATAATACAAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATA
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AATAATTATACTATTTG
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*
55686 AAATAATTATAACTATTT
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*
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*
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Statistics
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* * * *
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* * * * ** * * * *
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** * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * ** * * * *
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* * ** *
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* * * * *
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** * * ** **
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* *
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* * * ** * * *
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*
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* * *
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* * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * *
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310 TTTCTTTTATCA-TAAAACAATTGTTTTTGT-TCATACAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATACT
* *
54725 AATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGT-GTTTGTCGAA-TCAGT
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* * * * * * **
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* * * *
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* * * * * *
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* * * ** *
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*
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* * *
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* * *
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* * * * *
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** * *
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* **
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* *
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* * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * **
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**
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* * *
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** * * * * * * * **
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65 T-TAGTTAACAAATCAAGTTCAAATAATTATGATC-ATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTGTT
* * * * * ** * ** * *
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* * * * ** * * *
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* * ** * *** * *
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* * * * * * * * * *
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** * * *
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* * * *
56324 AATAA-CAA-AGA---AAATTAA-AA-------A-C-AA--A--TC---TA---AT---TA-CTG
569 TATAAGTAAGAGATTTAAA-AAATAATTTGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTG
* * * * * *
56360 AGC------C-ATTTTAAATCATTATGACCTTTTCTTTTATCATAAAATAATTATTT-TGTTCAT
633 AACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTAAGTT-A-
*
56417 AC-AAGCTTATT-T
696 ACAAAG-TT-TTCA
* * * * * ** *
56429 GGATTAAAATAATACTGACTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
1 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* ** * * * * * * * *
56494 TTTGTTTGCCGAATC-AGTTCAAATAGTTAAGA-CTATTAGAACCATTACCTATTTCAAATCGTT
65 TTAG-TTAACAAATCAAGTTCAAATAATTATGATC-ATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTGTT
* * * * * * * *
56557 -TTGATATTTTATTTAGTTATAAAACAATT-CTTTCAGTCCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAC
128 ATT-ATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-T-CATACAAACTTATTCAAAATAAAAT
* *
56620 AATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTTAAAAAAATAAATCTATTT
190 AATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT----AATAGA-TTT-AAAAAATAAATCTATTT
*** ** * * * * * *
56684 ACCGAATAAGTT-AAATAGTTATTATTAATTGAATAATTGTCTATTTAAAATCGTTATAATC-TT
248 ATTAAACCAGTTCAAATAGTTA-TATTATTTGAACAAATATCTATTTCAAATCATTATAA-CATT
** * ** * * **** *
56747 TTGATTTATCATAAAATAATTGTTTCAGTTAATATAAGCTTAGAGGGAATAAAATAATATTAATT
311 TTCTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATT
* * ** * ** *
56812 TATTAGTATTTCCTAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCT-GTTTATTGAA-TCAAT
376 TAATAATATTT-AAAAATTAATAAG--AG--ATTT-AAAAATAAATCTCGTTTGTCAAACT-AGT
* * * * * * * * *
56875 TAAAATAATTATGGCCATTTGAA-ATTTATCTCTTTCAAA-CAATTAT-GACCTTTTGTTTTGTC
434 TAAAATAGTTAAGACTA-TTGAACAATTATCTATTTCAAATC-GTTATAG-CATTTTATTTTGTC
* *** *
56937 ATAAAACAATTGTTTTTTTATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
496 ATAAAATAATTGTTTCAAT-TCATACAAGCTTATTTGGAAT-AAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * *
57002 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACCAGTTTAGATAGTTA
559 TTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTA
* * * * * ** * * * * * *
57067 TGACTATTTGAGCAATTATCAATCTCAAATTGTTA-AAATCTTTGTTTTGTCGTTAAACAATTAT
623 TAACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTAT
* *
57131 TT--TTTATCATAGAAGCTTATT--
688 TTAAGTTA--ACA-AAG-TT-TTCA
* * ** *
57152 TAATTAAAAATAATACTAATTT-TATAATATTTTAAAATTAATAAGTAAG-GATTTAAAAAATAA
1 GAAAT-AAAATAATACTAATTTAT-TAATATTCAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
**** * * * * * * * * **
57215 ATGT-GTTTGTTGAAGCAA-TTCAAATAGTTA-AAACTATTAGAATAAATATCTATTTCAAATCA
64 AT-TAG-TTAACAAATCAAGTTCAAATAATTATGATC-ATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTG
* * * ** * * * *
57277 TTCTGA-CATTTTGTTTAGTCATAAAGTATTTGTTTCATATCTTACAAGCTTATTCAAAATAAAA
126 TTATTATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTATCATACAAACTTATTCAAAATAAAA
* * * * * * *
57341 TAAT-CCAAGGTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAACAAAAGATTTAAGAAAATAAATTTCTTT
189 TAATACTAA-TTTATTAATATTTCAAAAATTAAT----AATAGATTTAA-AAAATAAATCTATTT
* * * * * * *
57405 ATTAAACAAGTTCAGATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTT-AAATTCATTACAACCTT
248 ATTAAACCAGTTCAAATAGTTAT-ATTATTTGAACAAATATCTATTTCAAA-TCATTATAACATT
* *** * * * * *
57469 TTGTTTTGA-CATAAAACAATTGTTCCAGTTTATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTAAT
311 TTCTTTT-ATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAAT
** * * * * * *
57533 TTCCTAATATTTCAAAAATTAATAGGCAAGAGTTTAAAAAAATAAAT-TTGTTT-ACTGAACAAA
375 TTAATAATATTT-AAAAATTAATAAG--AGA-TTT--AAAAATAAATCTCGTTTGTC-AAACTAG
* ** * * * * * * * *
57596 TTCAAATAGTTACTACTATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATCATTGT-GACCTTTTGTTTTGTT
433 TTAAAATAGTTAAGACTA-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAG-CATTTTATTTTGTC
* *** *
57660 ATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
496 ATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * * * * *
57725 TCAAAAAATAATAAGTAAGTGATCTAAAAAGTGAA-TCGATTTACTGAA-TCAATTTAAATAATT
560 TCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTG-TTTACCGAACT-AGTTCAAATAGTT
** * * * * * * ** *
57788 ATGGCCATTTCAATAATTATCTATTTTAAAT-AGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATT
622 ATAACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCA-TTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATT
* * *
57852 GTTT--TTTATGCAACAAGTTTATTCA
686 ATTTAAGTTA-AC-A-AAG-TT-TTCA
* * * * * *
57877 -AAATAAAATAATGCTAATTTATAAATCTTTCAAAAATTAATAAGCAATAGATTTAAAAAATAAA
1 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * ** * * * * *
57941 TCT-GTTTACTGAA-CTAA-TTTAAATGGTTATGA-CTATTTGAAGAATTCTATACTTCAAATTG
65 T-TAGTTAAC-AAATC-AAGTTCAAATAATTATGATC-ATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTG
* * * * * * * * *
58002 TTATAACCTTTTATTCTATCATAAAACAATTATTTCTGT-TCATACAAACATATTCGAAATAAAG
126 TTATTATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-T-TATCATACAAACTTATTCAAAATAAAA
* * * * * * *
58066 TACTACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAATTAAATTTGTTTAT
189 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-T---AGATTTAAAAAATAAATCTATTTAT
** * * * * * * *
58131 CGAACTAGTTCAAATAGTTAGGACTATATGAGCAACTATCTA-TTC----CA--A-ATCATTTT-
250 TAAACCAGTTCAAATAGTTA-TATTATTTGAACAAATATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTC
* * * ** ** * * *
58187 TGTTGTCATAAAACAAAAT-TTTTAATTCATATTAGCTTATTCAAAATAAAATAA-AATGAAGTT
314 TTTTATCATAAAAC-AATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTT
* * * * * * ** * * *
58250 ATTAATATTTCAAAAGCTAATATGTAAGAAATTTAAAAAGTAATTCT-ATTTACCTAACCAGTTC
377 AATAATATTT-AAAA---ATTA-ATAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTCGTTTGTCAAACTAGTTA
* * * * * * *
58314 AAATAATTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTAT-GACCTTTTATTTTGTCATA
436 AAATAGTTAAGACTA-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAG-CATTTTATTTTGTCATA
* * * *** * * * * * *
58378 AAACAAATATTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATTATATTAATCTATTAATATTTCA
499 AAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * * * *
58443 AAAA--T-TAA-TAATAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGAC
563 AAAATTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATAAC
* * * * * *
58504 TATTT-AAGCAATTATTTATTTCAAAGT-GTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATAATTT
627 TATTTGAA-CAATTATCTATTT-AAAATCATTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTT
** * *
58567 CTGTTTATAC-AAGCTTATCT
690 AAG-TTA-ACAAAG-TTTTCA
* ** * * * *
58587 G-AATTAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAAT-AGGTAAAAAATTTTAAAAATAA
1 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATCA-GTAAGAGATTTAAAAAATAA
* *** * ** ** * * * * **
58650 ATATATTTATTGAA-CTAGACCAAATTGTCAT-AACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
64 AT-TAGTTAACAAATCAAGTTCAAATAATTATGATC-ATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTGT
* * * * **** **
58713 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCATT-TCATATGTGCTTATTTGAAATAAAAT
127 TATTATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT--TTATCATACAAACTTATTCAAAATAAAAT
* * * * * *
58777 AATAGTAAGTTATTAATATTTTAAAATTTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTATT
190 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-T---AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATT
* * * * * * * **
58842 AAACAAATTTAAAATAATTATGACTATTTGAACTATTATCTATTT-AAATCGCTATAAC-TATTT
251 AAAC-CAGTTCAAATAGTTAT-ATTATTTGAACAAATATCTATTTCAAATCATTATAACAT-TTT
* * * ** * * * * *
58905 GTTTTGTCATATAATGATT-TTTTTATTTATGCAAGCTTATTTCA-ATTAAAATAATACAAATTT
313 CTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTT
* * * * ** * *
58968 ATTAATA-TTAAGACAATTAATAATAAAAGATTTAAAAATAAATCT-ATTTATTGAA-TAAATTC
377 AATAATATTTAA-A-AA-T--TAATAAGAGATTTAAAAATAAATCTCGTTTGTCAAACT-AGTTA
** * * * * * * *
59030 AAATCTTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTC-AATTGTTGT-G-ACTAATTGTTTTGTCAT
436 AAATAGTTAAGACTA-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAGCA-T-TTTATTTTGTCAT
* * *
59092 AAAATAATTG-----ATTCATATAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC
498 AAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * * * * * * * * *
59152 AATAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATATATTTACTGAACAAATTTAAATAGTCATG
562 AAAAATTTATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAAT-AATTTGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATA
** * * * * * * *
59217 ACTATTTGAGTAAGTATCTATTTCAAATCATTGTGA-TCATTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTT
625 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACT-TTTTGTTTTATCATAAAACAATTATT
* * * *
59281 TCAACTCATA-TAAGCTTATT-T
689 T-AAGTTA-ACAAAG-TT-TTCA
* * * ** *
59302 GAAATAAACTAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAAATAAAAAAAATGA
1 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATCAGTAAG-AGATTTAAAAAATAA
* * * * * * * * * * *
59367 ATTTGTTTACTGAAT-ATGTTCAAATACTTATGA-CTATCTAAAGAATTATCTATTTCAAAATAT
64 ATTAGTTAAC-AAATCAAGTTCAAATAATTATGATC-ATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTGT
* * * * * * * * *
59430 TATGA-CATTTCGTTTTG-CATAAAACTATTGGTTCTATACATGCAAGCTTATTTC-GAATAAGA
127 TATTATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT-CATACAAACTTA-TTCAAAATAAAA
* * * * * * *
59492 TAACA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAAAATTCAAAAAATAAATATGTTT-T
189 TAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--ATAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAT
* * * * * *
59555 CTAAATACA-TTCAAATAGTTATGAGTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATAACCTT
250 -TAAA-CCAGTTCAAATAGTTAT-ATTATTTGAACAAATATCTATTTCAAATCA-TTATAACATT
* * * * * *
59618 TT-TGGTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTA
311 TTCT--TTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTA
* * ** * * * * *
59681 ATTTATTAA-CTTCCAAAATTAATAACTAAACGATTTAAAAAATAAAT-TTGTTTATC-GAGTGA
373 ATTTAATAATATTTAAAAATTAAT-A--AGA-GATTT-AAAAATAAATCTCGTTTGTCAAACT-A
* * * * * * * *
59743 GTTCAAATAGTTATA-ACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTAGGATC-TTTTGTTTTG
432 GTTAAAATAGTTA-AGACTA-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA-TAGCATTTTATTTTG
* * * * * * *
59806 TCATAAAATTATTGTTTCTATTCATACGAGTTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA
494 TCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAAT-AAATAATACTAATTTATTAATA
* ** * *
59871 -TTCTAAAAATTAATAAGTTTGAGATTTAAAATATAAATTTGTTTACTC-AACAAGTTCAAATAG
558 TTTC-AAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTGTTTAC-CGAACTAGTTCAAATAG
* ** * * * * * * *
59934 TCATGTCCATTTGAACTAGTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTATTTTATCGTAAAACAAT
620 TTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAAT
* *
59999 TATTTCTA-TTCATACAAAATTATTCA
685 TATTT-AAGTT-A-ACAAAGTT-TTCA
* * * * * *
60025 -TAATAAAATAATACCAGTTTATTGATATGTCAAAAATT-A--A-TAAGAGATTGAAAAACTAAA
1 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TCAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* ** ** * * * * * * * *
60085 TTTATTTATTAAA-CCGGTTTAAATAGTTATGA-CTATTTAAATAATTATTTATCTCAAATTATT
65 -TTAGTTAACAAATCAAGTTCAAATAATTATGATC-ATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTGTT
* * * * ** *
60148 ATGATC-TTTGTTTTGTTATAAAGCAATTGCTTTTGT-TCATACAAGCTTATTCGGAGTAAAATA
128 ATTATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTT-TATCATACAAACTTATTCAAAATAAAATA
* * * * * * * * * *
60211 TTGCTAAATTAATAATATTTTAAAGATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCA
191 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-T---AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTA
* * * * * * ** * * *
60276 AACTAGTTCAAATGGTTAATACTATTAGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTCTAACCTTTT-GT
252 AACCAGTTCAAATAGTT-ATATTATTTGAACAAATATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTCTT
* * ** * * *
60340 TTAGTTATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACATGTTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTAT
316 TTA-TCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTAA
* * * * * * * * * ** * *
60404 TAACATTCAAAAAATAATAAACAAGAAATTAAAAA-ATAATTTTGCTTATTGAACAAGTTTAAAT
379 TAATATTTAAAAATTAAT-AA-GAG-ATTTAAAAATA-AATCTCGTTTGTCAAACTAGTTAAAAT
* * * * * *
60468 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAGTTATAACCTTTTGTTTTGTTATAATAT
440 AGTTAAGACTA-TTGAACAATTATCTATTTCAAATC-GTTATAGCATTTTATTTTGTCATAAAAT
* ** * * * *
60533 AATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACAAATTTAATACTATTACAAAAA
503 AATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * * * * * *
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567 TTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATA-ACTAT
* * ** * * *
60661 ATGAACAATTATATATTCCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTT
630 TTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTAAGTT
*
60726 CATAC-AAGCTTATT-T
695 -A-ACAAAG-TT-TTCA
*
60741 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAATTAAT
1 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAAT
60782 AAGTGATTTA
Statistics
Matches: 4939, Mismatches: 1102, Indels: 782
0.72 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
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647 110 0.02
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700 12 0.00
701 8 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (707 bp):
GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
TAGTTAACAAATCAAGTTCAAATAATTATGATCATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATT
ATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACT
AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAACCAGTTC
AAATAGTTATATTATTTGAACAAATATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTCTTTTATCATAAA
ACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAA
ATTAATAAGAGATTTAAAAATAAATCTCGTTTGTCAAACTAGTTAAAATAGTTAAGACTATTGAA
CAATTATCTATTTCAAATCGTTATAGCATTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATAC
AAGCTTATTTGGAATAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTA
AAAAATAATTTGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTAAA
ATCATTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTAAGTTAACAAAGTTTTCA
Found at i:56644 original size:324 final size:323
Alignment explanation
Indices: 55716--56556 Score: 1243
Period size: 323 Copynumber: 2.6 Consensus size: 323
55706 ATAATTATCT
* * * * * * * * *
55716 ATTTTAAATCATTATTACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTAACATAAGTTTGTT
1 ATTTTAAATCATTATGACCTTTT-TTTTATCATAAAATAATT-ATTTTGTTCATACAAGCTTATT
* * * * * * * * *
55781 TGAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAA
64 TGGATTAAAATAATACTGACTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* ** ** * * ** *
55846 ATCTACATAACAAATCATTTCAAATAGTTTTGACTGTTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTA
129 ATTTATTTGCCGAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTGTTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTA
55911 TAACCTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTGCTCATACTATTTTATTTAGAATAAAATAATA
194 TAACCTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTGCTCATACTATTTTATTTAGAATAAAATAATA
* * *
55976 CAAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACGAAGAAAACTAAAAATAAATCTAATTACTGAGCC
259 CTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACAAAGAAAACTAAAAACAAATCTAATTACTGAGCC
* * * **
56041 ATTTCAAACCATTATGACCTCTTTTTGGTCATAAAATAATTATTTTGTTCATACAAGCTTATTTG
1 ATTTTAAATCATTATGACCTTTTTTTTATCATAAAATAATTATTTTGTTCATACAAGCTTATTTG
56106 GATTAAAATAATACTGACTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
66 GATTAAAATAATACTGACTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
*
56171 TTATTTGCCGAATCAGTTCAAATAGTTAAAACTGTTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATA
131 TTATTTGCCGAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTGTTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATA
*
56236 ACCTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTGCTCATACTATTTTATTTAGAATAAAATAATGCT
196 ACCTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTGCTCATACTATTTTATTTAGAATAAAATAATACT
*
56301 AATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACAAAGAAAATTAAAAACAAATCTAATTACTGAGCC
261 AATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACAAAGAAAACTAAAAACAAATCTAATTACTGAGCC
56364 ATTTTAAATCATTATGACCTTTTCTTTTATCATAAAATAATTATTTTGTTCATACAAGCTTATTT
1 ATTTTAAATCATTATGACCTTTT-TTTTATCATAAAATAATTATTTTGTTCATACAAGCTTATTT
56429 GGATTAAAATAATACTGACTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
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*** ** * * *
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* * * **
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* * *
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* *
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*
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* * * * * * * * ***
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* * * * * *
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* * * *
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* * * *
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** * * ** * *
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* * * *
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* * * **
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561 TTTGTCATAAAATAATTG-----ATTCATATAAGCTTATTCGGAATAAAATAATATTAATTTATT
* * * * * * *
57719 AATATTTCAAAAAATAATAAGTAAGTGATCTAAAAAGTGAATCGATTTACTGAATCAA-TTTAAA
621 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-CAAGTTCAAA
* * * * ** *
57783 TAATTATGGCCATTTCAATAATTATCT
685 TAGTCATGACCATTTGAGCAAGTATCT
* * * ** * * ** * *
57810 ATTTTAAAT-AGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTTTATGCA-ACAAGTTTA
1 ATTTCAAATCA-TTATGA-CATTTGTTTTATCATAAAACAATT-ATTTCAATTCATACAAGCTTA
** * * * * * * *
57873 TTCAAAATAAAATAATGCTAATTTATAAATCTTTCAAAAATTAATAAGCAA-TAGATTTAAAAAA
63 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAAATTAAAAAAA
* * * * * * * * * * * * *
57937 TAAATCTGTTTACTGAACTAATTTAAATGGTTATGACTATTTGAAGAATTCTATACTTCAAATTG
128 TAAATTTATTTATTGAA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAAATA
* * ** * * * * *
58002 TTATAACCTTT-TATTCTATCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAACATA-TTCGAAATAAA
192 TTATGA-CTTTGT-TT-TGTCATAAAACAATTGCTTCTATACATGCAAGCTTATTTCG-AATAAA
* * ** * * *
58065 GT-AC-TACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAATTAAATTTGTT
253 ATAACATA--AAT-TATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTT
* * * * * * * * * *
58128 TATCGAACTAGTTCAAATAGTTAGGACTATATGAGCAACTATCTA-TTC-CA-A---AT--CATT
315 TATCTAAATAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATAACCTT
* * ** ** *
58185 TTT-G-TTGTCATAAAACAAAATT-TTT-AATTCATATTAGCTTATTCAAAATAAAATAA-AATG
380 TTTGGTTTGTCAT--AA-ATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-
* * * * * * * *
58245 AAGTTATTAATATTTCAAAAGCTAATATGTAAGA-AATTTAAAAAGT-AATTCTATTTACCT-AA
441 AATTTATT-A-ACTTCAAAA-TTAATA-ATAA-ACGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTA-TTGAA
** * * *
58307 CCAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTT
499 TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * *
58372 GTCATAAAACAAATATTTTTG-TTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATTATATTAATCTATTAA
564 GTCAT---A-AAATA--ATTGATTCATATAAGCTTATTCGGAATAAAATAATATTAATTTATTAA
* *
58436 TATTTCAAAAATTAATAA-T---AGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCAAACTAGTTCAAATA
623 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAACAAGTTCAAATA
* * * * *
58496 GTTATGACTATTTAAGCAATTATTT
687 GTCATGACCATTTGAGCAAGTATCT
* * * * * ** *
58521 ATTTCAAAGT-GTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATAATTTCTGTTTATACAAGCTTAT
1 ATTTCAAA-TCATTATGAC-ATTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTAT
* * ** * * **
58585 CTG-AATTAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAGGTAA-AAAATTTTAAAAAT
64 TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAAATTAAAAAAAT
* ** * * * *
58648 AAATATATTTATTGAACTAGACCAAATTGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTC-AAATCA
129 AAATTTATTTATTGAA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAAAT-A
* ** * * *
58712 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCATTTCATATG--TGCTTATTT-GAAATAA
192 TTATGA-C-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTC-TAT-ACATGCAAGCTTATTTCG-AATAA
* * * * * *
58774 AATAATAGTAAGTTATTAATATTTTAAAATTTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTT
252 AATAACA-TAAATTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT
* * * * * * *
58839 AT-TAAACAAATTTAAAATAATTATGACTATTTGAACTATTATCTATTT-AAATCGCTATAA-CT
316 ATCTAAA-TAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATAACCT
* * * * * * * * *
58901 ATTTGTTTTGTCATATAATGATT-TTTTTATTTATGCAAGCTTATTTCAATTAAAATAATACAAA
379 TTTTGGTTTGTCATA-AATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
58965 TTTATTAATATTAAGACAATTAATAATAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTATTGAATAAATT
443 TTTATTAA-CTTCA-A-AATTAATAATAAACGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAATAAGTT
** * *
59029 CAAATCTTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTC-AATTGTTGTGA-CTAATTGTTTTGTCAT
505 CAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCAT
* * *
59092 AAAATAATTGATTCATATAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAATAA
569 AAAATAATTGATTCATATAAGCTTATTCGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * * *
59157 TTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATATATTTACTGAACAAATTTAAATAGTCATGACTAT
634 TTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACCAT
*
59222 TTGAGTAAGTATCT
698 TTGAGCAAGTATCT
* * * * * *
59236 ATTTCAAATCATTGTGATCATTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAACTCATATAAGCTTATT
1 ATTTCAAATCATTATGA-CATTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATT
* * *
59301 TGAAATAAACTAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAAATAAAAAAAATG
65 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAAATTAAAAAAATA
* * * * *
59366 AATTTGTTTACTGAATATGTTCAAATACTTATGACTATCTAAAGAATTATCTATTTCAAAATATT
130 AATTTATTTATTGAATA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAAATATT
* * *
59431 ATGACATTTCGTTTTG-CATAAAACTATTGGTTCTATACATGCAAGCTTATTTCGAATAAGATAA
194 ATGAC-TTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGCTTCTATACATGCAAGCTTATTTCGAATAAAATAA
** * * *
59495 CATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAA-AAATTCAAAAAATAAATATGTTT-TCTA
257 CATAAA-TTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCTA
* *
59558 AATACATTCAAATAGTTATGAGTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTTGG
321 AATA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTTGG
* *
59623 TTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATT
385 TTTGTCATAAA-TAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * *
59688 AACTTCCAAAATTAATAACTAAACGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAGTGAGTTCAAATAG
449 AACTT-CAAAATTAATAA-TAAACGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAATAAGTTCAAATAG
* * ** * * *
59753 TTATAACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTAGGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATTAT
512 TTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT
* * *
59818 TGTTTCTATTCATACGAGTTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATT
577 TGATTC-A-T-ATA--AGCTTATTCGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATT
** * * * * *
59882 AATAAGTTTGAGATTTAAAATATAAATTTGTTTACTCAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTG
636 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTG
* *
59947 AACTAGTATCT
701 AGCAAGTATCT
* * * **
59958 ATTTCAAATCATTATGACATTTTATTTTATCGTAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTA-T
1 ATTTCAAATCATTATGACA-TTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATT
* * * * * * *
60022 TCATAATAAAATAATACCAGTTTATTGATATGTCAAAAATTAATAAG--AG---ATTGAAAAACT
65 TGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAAATTAAAAAAAT
* ** * * * *
60082 AAATTTATTTATTAAACCGGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATCTCAAATTAT
129 AAATTTATTTATTGAA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAAATAT
* * * * * * *
60147 TATGATCTTTGTTTTGTTATAAAGCAATTGCTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCGGAGTAAAATA
193 TATGA-CTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTCTATACATGCAAGCTTATTTC-GAATAAAATA
* * * * *
60211 TTGC-TAAATTAATAATATTTTAAAGATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTC
256 --ACATAAATTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC
* * * * *
60275 -AAACTAGTTCAAATGGTTAAT-ACTATTAGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTCTAACC-TTT
319 TAAA-TAATTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATAACCTTTT
* * * *
60337 T-GTTTAGTTATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACATGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT
382 TGGTTT-GTCAT-AAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
* * * *
60400 TTATTAACATTCAAAA--AATAATAAACAAGAAATTAAAAAATAATTTTGCTTATTGAACAAGTT
444 TTATTAAC-TTCAAAATTAATAATAAAC--G-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAATAAGTT
* * * * * *
60463 TAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAGTTATAACCTTTTGTTTTGTTAT
505 CAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAAT-TGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * ** * * *
60528 AATATAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACAAATTTAATACTATTAC
569 AAAATAATTG-----ATTCATATAAGCTTATTCGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC
* * * * *
60593 AAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAAC-GAA-GAGTTCAAACAGTTAAG
629 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-ACTGAACAAGTTCAAATAGTCATG
* * * *
60656 ACCATATGAACAATTATAT
693 ACCATTTGAGCAAGTATCT
* * * * *
60675 ATTCCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATT
1 ATTTCAAATCATTATGA-CATTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATT
* * * *
60740 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAATTAATAAGT--G--ATTTAAAAAGA-G
65 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAAATTAAAAAAATA
* * *** * * ** * *
60799 AATCTGTTTACCAAATCAGTTCGAAA-AATTATGGCCCTATAAAAAATTATCTATTTC-AAATCA
130 AATTTATTTATTGAAT-AGTTC-AAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAAAT-A
* *
60862 TTATTAC---CTTTTG---T-------TTG-----A-A-AT---A----A-----AAT--AAT-A
192 TTATGACTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTCTATACATGCAAGCTTATTTCGAATAAAATAA
** * * * * * * * * *
60892 C-TATTTTATTAATCTCTCAAAAACTAATAAGTAAGAGATTTGAAAAATAAATCTATTTACCGAA
257 CATAAATTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCTAA
* * * * * ** * *
60956 CTAGTT-AAATTGGTTATGATTATTTGAA-AATTGTAAACTTCAAATA-TTATAACC-TTTTGTT
322 ATAATTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTTGGT
* * * * * * ** * * *
61017 TTGTAATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAACACTAATCTAATA
386 TTGTCAT-AAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * *
61082 ATATTCCAAAAATTAATAACTAAGA-GAATT----AA-AAATTTATTTACCT-AATCAGTTCAAA
450 A-CTT-C-AAAATTAATAA-TAA-ACGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TTGAATAAGTTCAAA
* * * * ** *
61140 TATTTAGGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAT
509 TAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT
* * * *
61205 AAGTTTTTTGAATTCATACT-AGCTTATTTGGAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTTAAA
574 AA-----TTG-ATTCATA-TAAGCTTATTCGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * *
61269 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACTTG-ACTAGTTC--A-A---AT-A--
632 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-TGAACAAGTTCAAATAGTCATGACC
*
61324 A-TT----ATG-A-CT
696 ATTTGAGCAAGTATCT
* * * * * * * *
61333 ATTT-GAATCGTTATGACCTTTTGGTTTGTCAT-AAACAAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTAT
1 ATTTCAAATCATTATGA-CATTTGTTTTATCATAAAAC-AATTATTTCAATTCATACAAGCTTAT
* * * * * * *
61396 TTGAAAGAAAATAATACTAATATA-TAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAGAAAAT
64 TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAAATTAAAAAAAT
* ** * * *** * * * *
61459 -AATTCTATTTATCGGACCAGTTCAAATAATTATAACTATAGGAACAATTATGTATTTCAAATTG
129 AAATT-TATTTAT-TGAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAAATA
* * * * * * **
61523 CTATTACTTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTGTTA-ATATAAG-TT-TGTTCGAAATAA
192 TTATGAC--TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTCT-ATACATGCAAGCTTAT-TTCG-AATAA
* * * * * * * **
61585 AATCATAC-TAATTTATTAATA-TTTAGAAACTTAATCAGTAAAAAATTT-AAAAGTAAATCTAC
252 AAT-A-ACATAAATTATTAATATTTTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGT
* * * * * * * * *
61647 CTA-CTAAACCATTTCAAATAGTTTTGATTATTTGAATAATTATCTGTTTCAAATCGTTATAA--
314 TTATCTAAA-TAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATAACC
** * * * * ** ** *
61709 TTTTTTATTTCGTCATCAAACAATTGGTTCTATTCGTACTATTTTATTCAAAATAAAATAATACA
378 TTTTTGGTTT-GTCAT-AAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT
* * * * * * * ** **
61774 AATTTAATAATATTCCAAAACATAATAACTAAGA-AAATTATAAAATAAATCTAATTACCGAAGT
441 AATTTATTAA-CTT-CAAAA-TTAATAA-TAA-ACGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAA-T
* * ** * ** ** * **
61838 AA-TTCAAATATTTAAGACTACATGAATGATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTAATG
500 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * ** * * *
61902 TCATAAAACAATTGTTTTGTTCGTACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTAATAA-AT
565 TCATAAAATAATTG----ATTCATATAAGCTTATTCGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
* * * * * * *
61966 TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTA-TCAATC-TGTTTAAATGGTT
626 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTC
** * * ** *
62029 AAAACTATTAGAATAATTATCT
690 ATGACCATTTGAGCAAGTATCT
* * * *
62051 ATTTCAAATCGTTTTGACATTT-TATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGTTTA-
1 ATTTCAAATCATTATGACATTTGT-TTTA-TCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTAT
* * * ** * *
62114 TTCAGAATAAATTAATACTAATTTATTAATATTCCTTAAATTAATAAGTTAG-AAATTTAAAAAA
64 TTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAAATTAAAAAAA
* * * * * * * * *
62178 TAAATCTATTTATTGAATAGGTT-ATAATAATTATGGCCACTTGAATGATTATCT-CTTCCAAAT
128 TAAATTTATTTATTGAATA-GTTCA-AATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAAAT
* * * * * *
62241 CATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAACTGTTTTTTTATCATACAAGCTAATTT-GAAATA
191 -ATTATGAC--TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTCTATA-CATGCAAGCTTATTTCG-AATA
* * * * *
62305 AAATCATAC-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACAAATTTAAAAAATAAATTTGT
251 AAAT-A-ACATAAATTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGT
* * * ** *
62369 TTA-CCAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATGTT-AAATTGTTA-AA-
314 TTATCTAAA-TAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTAT-TTCAAATAGTTATAAC
* * * * * * **
62430 ATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAGAAGCTTTTTTG-GTTAAAAATAATAC
377 CTTTTTGGTTTGTCAT-AAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATAC
* ** * * * * *
62494 TAATTTAATATTTTTAAAA--AATTAATAAGA-GATTTAAAAAAT-AATTGTGTTGACTAAACCA
440 TAATTTATTAACTTCAAAATTAA-TAATAA-ACGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTATTGAA-TA
* ** ** * * ** * *
62555 A-TTCCAATAGTTAAAACTATTGGAATAATTATTTATTTCAAGTCATTCA-GACCTTTTCTTTAG
501 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTGTT-ATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * *
62618 TTATAAAATAGTTGTTTCATATCTTACAAGCCTATTTGGAATAAAATAAT-TCAAATTTATTAAT
565 TCATAAAATAATTGATTCATA---T--AAGCTTATTCGGAATAAAATAATAT-TAATTTATTAAT
* * * * * * *
62682 ATTTGAAAAATTAATATGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAG
624 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAG
* * * * *
62747 TTATGACTATTTGAACAATTATTT
688 TCATGACCATTTGAGCAAGTATCT
* ** * * * * * *
62771 ATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTT-TACATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTAA
1 ATTTCAAATCATTATGA-CATTTGTTTTAT-CATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTAT
*** * * * * *
62835 CCAAAATTAAATAATACAAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAAT-AG---GCAATTTAAAAAAAT
64 TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAAATTAAAAAAAT
* *** * * * * * * * * *
62896 AAATTTGTTTACCAAACAAATTCAAACAGTTACGGCTATTTGAATAATTGTCTCTTT-AAAATCT
129 AAATTTATTTATTGAA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAAAT-A
* * * ** * * *
62960 TTATGACTTTTTGTTTTTTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTTATACAAGTTTA-TTCAAAATAAA
192 TTATGAC--TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTCTA-TACATGCAAGCTTATTTC-GAATAAA
* * * * * * * *
63023 ATAATACTAATTTATTAGTATTTCAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAGTGAATCTATTTA
253 ATAACA-TAAATTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
* * * * * * ** *
63084 -CCAAATCAGTTCCAATAGTTATGGCCATTTCAACAATTATCCATTTCAAATTA-TTATTACC-T
317 TCTAAAT-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA-TAGTTATAACCTT
* * * * **
63146 TTTGCTTGGTCATATAACAATTGTTTTTGA-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
380 TTTGGTTTGTCATA-AATAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * ** * *
63210 TTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-GATTTAACAATTAAAAATGTTTATCGTACT-A
443 TTTATTAA-C-TTC-AAAATTAATAA-TAA-ACGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTG-AATAA
* * * * * * * * *
63273 GTTTAATTAGTTATGACTATTTGAATAATTGTATACTTCGAATCGTGTTTGTCGAACCAATTGAA
502 GTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAAT--TG-TTAT-G-ACC--TT---
* ** *
63338 ATAGTTAGGACTATTAGAATAATTCTCTATTTTGAATTGTTTTGACCTTTTATTTAGTCATAAAA
557 -TTGTTTTGTC-A-T---A-AA------A---T-AA-----TTG-------A--T--TCAT---A
** * * **
63403 TAATTGTTTCCGTTGATACATTCTTATTCAAAATAAAATAATCCTAATTTATTAACATTAAAAAA
586 TAA--G----C--T--T--ATTCGGAAT-AAAAT--AAT-AT--TAATTTATTAATATTTCAAAA
* * * * * * * *
63468 ATTAACAAGCAAGAAATTAAAAAAATAAATCTATTCACTGAAAAAGTTCAAATAGTTATGATTC-
633 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGA-CCA
** *
63532 TTTGAATAATTATCT
697 TTTGAGCAAGTATCT
* * * * * * * * *
63547 ATTTAAAACCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAACCTA-T
1 ATTTCAAATCATTATGA-CATTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATT
** * * * * * * * * *
63611 CCAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGATAATTTAG-AGATTTAAAACATA
65 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAAATTAAAAAAATA
* * * * * * * * *
63675 AA-TCAGTTTATTGAATCAATTCAAATAATTATG-GTCATTTGAACAATTATCTATTGCAAATTG
130 AATTTA-TTTATTGAAT-AGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTAAATAATTATCTATTTCAAAATA
* * * * * * *
63738 TCATGAACTTTTGTTTTTTCTTAAAACAATTGTTTTTCAT-CATAG-AAGCCTATTTAGAATAAA
192 TTATG-AC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTCT-ATACAT-GCAAGCTTATTTCGAATAAA
* * * *
63801 ATAATACT-AATGTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTTAAAAAATAAATTTGTT
253 ATAACA-TAAAT-TATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATATGTT
** * * * * *
63865 TA-CTGAACCATTTCAAATAGTTTTAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTA-TTATAA--
315 TATCT-AAATAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA-TAGTTATAACC
* * * * * * ** *
63926 TATTTTGTTTTGTCATCAAATAATTGATTATGTTCACACCATTTTATTTGAAATAAAATAATATT
378 T-TTTTGGTTTGTCAT-AAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT
* * * ** ** * * ** ** * **
63991 AATTTAATAATATTTCAACACTTAATAACCATGGAACTTAAAAAATAAATCTAATTGCTAAACCA
441 AATTT-ATTA-ACTTCAA-AATTAATAATAAACG-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAATAA
* * * * * * **
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567 ATAAAATA--ATTGAT-TCA-TATAAGCTTATTCGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
* * * ** * * * *
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628 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAAT-AGTCAT
* * *
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** * * * * *
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1 ATTTCAAATCATTATGA-CATTTGTTTTA-TCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTAT
** * * * * *
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* ** * * * * *
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** * * * *
64455 CATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTA-AT-AAAAC-TAATACGGAAT
191 -ATTATGA-C-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTCTA--TACATGCAAGCTTATTTC-GAAT
* *
64516 AAAATAATACT-AATATGTTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATA
250 AAAATAACA-TAAAT-TATTAATATTT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATA
* ** * ** **
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* * * * * * * **
64642 TGA--TCTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTT-TTTATCATA-AGAGCTTATTCG-GTTAAAAA
373 TAACCTTTTTGGTTTGTCAT-AAATAATTGTTTCTAT-TCATACA-AGCTTATTTGAAAT-AAAA
* * * *
64702 TAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAC-ATTTAAAAAATAAATGTGTTTG
434 TAATACTAATTT-ATTA-ACTTC-AAAATTAATAA-TAA-ACGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
** * * * *
64766 TTGAACT-AGTTCAAATAGTTAAAACTA-TTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTT
494 TTGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTT
* ** * * * ** *
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* * * *
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AAATTAATAATAAACGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTA
TTTAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGATTCATA
TAAGCTTATTCGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
TAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTGAGCAAGTATCT
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61163 ATTTATTTCA
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* * * ** * *
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* * *
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* *
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GAAAATAAAATGAATATATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTA
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61310 GACTAGTTCA
* *
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* * * * * * * *
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* ** * * * *
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* * ** * * * * *
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* ** ** * * * *
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* * * * * ** * * **
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* * * * ** * *
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* * * *
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* * * * * * *
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130 TTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTG
* * * * *
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* * * * ** *
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** * * ** * *
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130 TTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCA-GTTCA-AATAGTTATAACTATTTG
* * * * * * * *
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1 AATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCA
* * *
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* * * * * *
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* * * ** *
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* * ** * * *
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65 TACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAA
* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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1 AATAATTATCTATTTCAAATCGTT-ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TC
* * * * * * * *
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* * ** * *
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129 -ATTT-AAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTG
* * * *
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1 AATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT-CATAAAACAATTGTTTCTA-TTC
* **** * * * *
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64 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAA
* * * * * * ***
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129 ATTT-AAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTG
* * * * * * * *
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1 AATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCA
* ** *
63002 TACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGTATTTCAAAAATTAATAAGT--G--A
65 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAA
* * * * * ** * *
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130 TTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTG
* * ** * * * * *
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1 AATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCA
** * *
63179 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
65 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAA
* * ** * ** * * * *
63244 TTTAACAATTAAAAATGTTTATCGTACTAGTTTAATTAGTTATGACTATTTG
130 TTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTG
* * * * * * ** * * *
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1 AATAATTATCTATTTCAAATC--G-TTAT-G-ACC--TT----TTGTTTTGTC-A-TAAAACAAT
* ** * ** *** * * * ** * * **
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53 TGTTTCTATTCATACAAGCTT-ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTTCAAAAAT
* **** * * * * * * *
63416 TGATACA-T-TCTTATTCAAAATAAAATAATCCTAATTTAT-TAA-CA-TTAAAAAAATTAACAA
116 TAATA-AGTAAGAAATTTAAAA-AATA-AAT-CT-ATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTT-ATAA
* **
63476 GCAAGAAATTAAAAA
175 -C----TATT---TG
* * * * *
63491 AATAAATCTATTCACTGAAAAAGTTCAAATAGTTATGA-TTCTTTGAATAATTATCTATTTAAAA
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** * *
63555 CCGTTATGACCTTT-TATTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAACCTATCCAAATAA
49 -CAAT-TG---TTTCTA---T-TCAT---ACAA--GCTT--ATT--T-GAAA--TA---AAAT--
* * * * * * *
63619 AATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGATAATTTAGAGATTTAAAACATAAATC-AGTT
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** * * * **
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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** * ** * * * * * *
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* ** * * * * ** * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
64142 TATAAGCTTATTT-AGATTAAAATAATA-TAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAGTAAGTAAGA
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* * * * * * * *
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*** * * * *
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1 AATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCA
** * * * *
64323 TACAAGCTTATTTGGCATAAATTAATCCTAGTTTATTAA-AATTCAAAAAATTAATAA-TAAAGA
65 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT-AAGA
* * * * * * *
64386 GA-TTAAAAAAT---TTTACTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTG
128 AATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTG
* * * * * *
64436 AACAATTGTCTATTT-AAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTAA
1 AATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCA
* * ** * * * * *
64499 TA-AAACTAATACGGAATAAAATAATACTAATATGTTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGAGA
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* * * * * ** *
64563 TTTAAAAAAATAAATATGTTTATCGAGCTAGTTTGAATAGTTAATGACTATTTG
130 TTT-AAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTT-ATAACTATTTG
* * * * * *
64617 AACAATTATCAATCTT-AAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTT-TTTATC
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* ** *
64679 ATA-AGAGCTTATTCG-GTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
64 ATACA-AGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * ** * * *
64742 ACATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTTGAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAG
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* * ** * *
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* * * * * * * *
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*
64924 ATTTGAAAAAATAAATCTGTTTA
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* * * ** * * * * *
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* ** * * * * * *
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* * * * * * * **
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1 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTA-GTCATAAAACAATTGTTTTATTCAT
* * * *
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* * * ** * *
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65 ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* ** * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* ** ** * * *
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* * * * * * * *
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* ** * * * * * *
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* * **
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* * * ** *
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* ** * * * *
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* * * * * *
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* * * * * ** * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* *
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* * ** * * * * *
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* * * * * * ** ** ** * ** *
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1 AATAATTATCTATTTCAAATC---ATTAT-G-ACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATT-GTTTT
* ** ** * * **
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** * * * * ** * * *
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* ** **
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169 ATG--A-CTATT---TG
* *
63491 AATAAATCTATTCACTGAAAAAGTTCAAAT-AGTTATGA-TTCTTTGAATAATTA-TCTATTTAA
1 AAT-AAT-TA-T--CT-----ATTTCAAATCA-TTATGACCT-TTTG--T--TTAGTC-A--TAA
** * *
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* * * * * * * *
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90 --ACTAATT------TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA-
** * * *
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* * ** * * ** *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * ** * * * * * *
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1 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCAT
* ** * * * * * ** *
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* * * * * * * * * * *
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* * ** * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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129 TTTAAAAAATAAATTTATTTACCAATC-AGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTG
*** ** * *
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1 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCAT
** * * * * *
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* *
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* * * * * * *
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1 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCAT
* * * * * * *
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65 ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * * **
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* * * * * *
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** *
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* * * *** ** *
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* * * * * * * *
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1 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAT-TCAT
* ** * * * *
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65 ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAGTAAGAGA
* *
64925 TTTGAAAAAATAAATCTGTTTACC
129 TTT-AAAAAATAAATTTATTTACC
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Statistics
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0.70 0.18 0.12
Matches are distributed among these distances:
174 7 0.00
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TAAAAAATAAATTTATTTACCAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
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*
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* * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * *
62065 TGACATTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAATTAAT
130 TAAAATTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAAT
* * * * * * * * **
62130 ACTAATTTATTAATATTCCTTAAATTAATAAGTTAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAA
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* * * * * * **
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260 TAGATTATAATAATTAAGACCACATGAATGATTATCTATTCCAAATCATTATGACATTTTCTAAT
*
62260 GTCATAAAACAACTGTTTTTTTATCATACAAGCTAATTT
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* *
62299 GAAATAAAATCATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACAAATTTAAAAAATAAA
1 GAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACAAATTTAAAAAATAAA
* ** * * *
62364 TTTGTTTACCAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATGTT-AAAT--TGT
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* *
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62468 GAAGCTTTTT
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Matches are distributed among these distances:
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364 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (363 bp):
GAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACAAATTTAAAAAATAAA
TTTATTTACCAAACTAGTTTAAATAGTTAAAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTT
AAAATTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATA
CAAATTTAATAATATTCCTAAAAATAATAACTAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTACCGAAT
AGATTATAATAATTAAGACCACATGAATGATTATCTATTCCAAATCATTATGACATTTTCTAATG
TCATAAAACAACTGTTTTTGTATCATACAAGCTAATTT
Found at i:62566 original size:175 final size:178
Alignment explanation
Indices: 62252--63236 Score: 452
Period size: 177 Copynumber: 5.5 Consensus size: 178
62242 ATTATGACAT
* * *
62252 TTTGTTTTGTCATAAAACAACTGTTTTTTTATCATACAAGCTAATTTGAAATAAAATCATACTAA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAACTGTTTCTATATCATACAAGCTAATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * * * *
62317 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGT
66 TTTAATAATATTTAAAAAATTAATAAG--A-AAATTTAAAAAATAAATTTGTTGACCAAACCAAT
* ** *
62382 TTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATGTTAAATTGTTAAAATC
128 TCAAATAGTTAAAACTATTGGAACAATTATCAATGTTAAATTGTTAAAATC
* * ** **
62433 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATAGAAGCTTTTTTG-GTTAAAAATAATACTA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAACTGTTTCTATATCATACAAGCTAATTTGAAAT-AAAATAATACTA
* * *
62496 ATTTAAT-ATTTTTAAAAAATTAATAAG-AGATTTAAAAAAT-AATTGTGTTGACTAAACCAATT
65 ATTTAATAATATTTAAAAAATTAATAAGAAAATTTAAAAAATAAATT-TGTTGACCAAACCAATT
* * ** * ** * * *
62558 CCAATAGTTAAAACTATTGGAATAATTATTTAT-TTCAAGTCATTCAGACC
129 CAAATAGTTAAAACTATTGGAACAATTATCAATGTT-AAATTGTTAAAATC
* * ** * * *
62608 TTT-TCTTTAGTTATAAAATAGTTGTTTC-ATATCTTACAAGCCT-ATTTGGAATAAAATAATTC
1 TTTGT-TTT-GTCATAAAACAACTGTTTCTATATCATACAAG-CTAATTTGAAATAAAATAATAC
* * * * * * ***
62670 AAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATATGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATATGTTTATTGAA-
63 TAATTTAATAATATTTAAAAAATTAATAAG--AAA-ATTT-AAAAAATAAATTTGTTGACCAAAC
** * ** ** *
62734 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTAT-TTAAAATTGTTATGACC
124 CAA-TTCAAATAGTTAAAACTATTGGAACAATTATCAATGTT-AAATTGTTAAAATC
* * *** *
62790 TTTTGTTTT-TACATAAAACAATTGTTT-TAGT-TCATAAAAGCTTAA-CCAAAATTAAATAATA
1 -TTTGTTTTGT-CATAAAACAACTGTTTCTA-TATCATACAAGC-TAATTTGAAATAAAATAATA
* ** * ** * *
62851 CAAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAAT-AGGCAATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAA
62 CTAATTTAATAATATTTAAAAAATTAATAAGAAAATTT-AAAAAATAAATTTGTTGACCAAACCA
* *** * * * ** * * *
62915 ATTCAAACAGTTACGGCTATTTGAATAATTGTCTCT-TTAAAATCT-TTATGACTT
126 ATTCAAATAGTTAAAACTATTGGAACAATTATCAATGTT-AAAT-TGTTA-AAATC
* * * * * * **
62969 TTTGTTTTTTCATAAAATAATTGTTTC-AGT-TTATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAACTGTTTCTA-TATCATACAAGCTAATTTGAAATAAAATAATACTA
* * * ** * * * * * * *
63032 ATTTATTAGTATTTCAAAAATTAATAAG-TGATTTAAAAAGTGAATCTATTTACCAAATCAGTTC
65 ATTTAATAATATTTAAAAAATTAATAAGAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTGACCAAACCAATTC
* *** * ** * * ** *
63096 CAATAGTTATGGCCATTTCAACAATTATCCAT-TTCAAATTATTATTACC
130 AAATAGTTAAAACTATTGGAACAATTATCAATGTT-AAATTGTTAAAATC
* * * * * **
63145 TTTTGCTTGGTCATATAACAATTGTTT-T-TGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
1 -TTTGTTTTGTCATAAAACAACTGTTTCTAT-ATCATACAAGCTAATTTGAAATAAAATAATACT
* * *
63208 AATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAG
64 AATTTAATAATATTTAAAAAATTAATAAG
63237 TAAGAGATTT
Statistics
Matches: 631, Mismatches: 138, Indels: 74
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
174 7 0.01
175 67 0.11
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181 37 0.06
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183 11 0.02
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
TTTGTTTTGTCATAAAACAACTGTTTCTATATCATACAAGCTAATTTGAAATAAAATAATACTAA
TTTAATAATATTTAAAAAATTAATAAGAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTGACCAAACCAATTCA
AATAGTTAAAACTATTGGAACAATTATCAATGTTAAATTGTTAAAATC
Found at i:64379 original size:361 final size:363
Alignment explanation
Indices: 63714--64948 Score: 798
Period size: 361 Copynumber: 3.4 Consensus size: 363
63704 TATGGTCATT
* * *
63714 TGAACAATTATCTATTGCAAATTGTCATGAACTTTTGTTTTTTCTTAAAACAATTGTTTTTCATC
1 TGAACAATTATCAATTGCAAATTGTCATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATC
* *
63779 ATAGAAGCCTATTTAGAATAAAATAATACTAATGTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAG
66 ATAGAAGCCTATTTAGAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
** * * * * *
63844 ATTTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCATTTCAAATAGTTTTAACTATTTGAATAATTATCT
131 ATTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGATTTAACCATTAGAACAATTATCT
* * * * **
63909 ATTTCAAATTATTATAATATTTTGTTTTGTCATCAAATAATTGATTATGTTCACACCATTTTATT
196 ATTTCAAATTATTATAATATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGATTATGTTCACACAAGCTTATT
* * * *
63974 TGAAATAAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAACACTTAATAACCATGGAACTTAAAAAATAA
261 TGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATAATTCAAAAATTAATAACCATGGAACTTAAAAAATAA
64039 ATCTAATTGCTAAACCAGTTCAAACAATTAAGACTGTG
326 ATCTAATTGCTAAACCAGTTCAAACAATTAAGACTGTG
* * * * * * *
64077 TGAACAATTATCAATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAGTT-TTTTT-GTT
1 TGAACAATTATCAATTGCAAATTGTCATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATC
* * * * *
64140 AGTATAAGCTTATTTAGATTAAAATAATA-TAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAGTAAGTAAG
66 A-TAGAAGCCTATTTAGAATAAAATAATACT-AATGTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * **
64204 AGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACGAGTTCATAT-GATTTAGACCATTAGAACGGTTA
129 AGATTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGATTTA-ACCATTAGAACAATTA
* * * * * *
64267 TCTATTTCAAATTGTTTTGATCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTG-TTTTAGTTCATACAAGCT
193 TCTATTTCAAATTATTATAATATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGATTAT-GTTCACACAAGCT
** * * * * * **
64331 TATTTGGCATAAATTAATCCTAGTTTATTAA-AATTCAAAAAATTAATAA-TAAAGAGA-TTAAA
257 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATAATTC-AAAAATTAATAACCATGGA-ACTTAAA
* * * ** * * * ** * *
64393 AAAT---TTTACTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATT
320 AAATAAATCTAATTGCTAAACCAGTTCAAACAATTAAGACTGTG
* * * ** * * * *
64434 TGAACAATTGTCTATT-TAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TATTTCAGT
1 TGAACAATTATCAATTGCAAATTGTCATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA--
* * * * ** *
64496 TAATA-AA-ACTA-ATACGGAATAAAATAATACTAATATGTTAATATTTCTAAAATTAATAAGTA
64 TCATAGAAGCCTATTTA--GAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * ** * * *
64558 AGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTATCGAGCTAGTTTGAATAG-TTAATGACTATTTGAACAA
127 AGAGATTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGATT--TAACCATTAGAACAA
* * * * * * * * *
64622 TTATCAATCTT-AAATCATTATGAT-CTTTGTTTTGTTATAAAACAATTG-TTTTTTATCATA-A
190 TTATCTAT-TTCAAATTATTATAATATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGATTATGT-TCACACA
* ** * ** * *
64683 GAGCTTATTCG-GTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AGACAT
253 -AGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTAATAATAATTCAAAAATTAATAACCATGGA-AC
* ** * * * * * * *
64746 TTAAAAAATAAATGTGTTTGTTGAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTAT-
315 TTAAAAAATAAATCTAATTGCTAAACCAGTTCAAACAATTAAGACTGTG
* * * * ** * * ** * * **
64794 TAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTCTTGAGTCATAAAATATTTGTTCAT-AT
1 T-GAACAATTATCAATTGCAAATTGTCATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAT
* * * * * * * * * *
64858 CAAACAAGCTTGTTTGGAATAAAATAATCCTAATATATTAACA-TTCAAATAATTAATAAGCAAG
65 CATAGAAGCCTATTTAGAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTTCAAA-AATTAATAAGTAAG
* *
64922 AGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACC
129 AGATTTTAAAAAATAAATTTGTTTACC
64949 GAACAAACTC
Statistics
Matches: 684, Mismatches: 154, Indels: 69
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
354 2 0.00
355 7 0.01
356 78 0.11
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359 3 0.00
360 25 0.04
361 177 0.26
362 151 0.22
363 50 0.07
364 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (363 bp):
TGAACAATTATCAATTGCAAATTGTCATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATC
ATAGAAGCCTATTTAGAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
ATTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGATTTAACCATTAGAACAATTATCT
ATTTCAAATTATTATAATATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGATTATGTTCACACAAGCTTATT
TGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATAATTCAAAAATTAATAACCATGGAACTTAAAAAATAA
ATCTAATTGCTAAACCAGTTCAAACAATTAAGACTGTG
Found at i:65241 original size:327 final size:326
Alignment explanation
Indices: 64633--65244 Score: 711
Period size: 327 Copynumber: 1.9 Consensus size: 326
64623 TATCAATCTT
* * ** * ***
64633 AAATCATTATGATCTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTTATCATAAGAGCTTATTCGGTTA
1 AAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTAGTATCATAAGAGCTTATCCAAATA
* **
64698 AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGACATTTAAAAAATAAATGTGT
66 AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGACATTTAAAAAATAAATAAGT
* * * * * *
64763 TTGTTGAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCT
131 TTGTTCAACTAATTCAAATAGTTAAAACTATTAGAACAATTATATATTTAAAATCATTTTGACCT
* * * * * * **
64828 TTTCTTGAGTCATAAAATATTTGTTCATATCAAACAAGCTTGTTTGGAATAAAATAATCCTAATA
196 TTTCTTGAGCCATAAAACAATTGTTCATATCAAACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAATA
64893 TATTAACATTCAAATAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAACT
261 TATTAACATTCAAATAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAACT
64958 C
326 C
*
64959 AAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATAA-AGCTTATCCAAA
1 AAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-AGTATCATAAGAGCTTATCCAAA
* *
65022 -ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAAT
64 TA-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGACATTT-AAAAAATAAAT
** * * *
65086 AAGTTT-TCTCAAC-ACATTCAAATAGTTATTATTATTTGAACAATTGTATATTTAAAATCATTA
127 AAGTTTGT-TCAACTA-ATTCAAATAGTTAAAACTATTAGAACAATTATATATTTAAAATCATT-
* ** * *
65149 TT-ACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTT-TTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATA
189 TTGACCTTTTCTTGAGCCATAAAACAATTGTTCATA--TCAAACAAGCTTATTCGAAATAAAATA
* *
65212 ATAATAAT-TTTTAATATTCTAAA-AATTAATAAG
252 ATAATAATATATTAACATTC-AAATAATTAATAAG
65245 TGATTTAAAA
Statistics
Matches: 236, Mismatches: 40, Indels: 19
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
325 1 0.00
326 71 0.30
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328 35 0.15
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (326 bp):
AAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTAGTATCATAAGAGCTTATCCAAATA
AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGACATTTAAAAAATAAATAAGT
TTGTTCAACTAATTCAAATAGTTAAAACTATTAGAACAATTATATATTTAAAATCATTTTGACCT
TTTCTTGAGCCATAAAACAATTGTTCATATCAAACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAATA
TATTAACATTCAAATAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAACT
C
Found at i:66423 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 66400--66436 Score: 58
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 19
66390 TAATACTAAT
66400 TTAATAAAAT-TTTAAAAA
1 TTAATAAAATATTTAAAAA
*
66418 TTAATAAGATATTTAAAAA
1 TTAATAAAATATTTAAAAA
66437 ATAAATGTGT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
18 9 0.53
19 8 0.47
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Consensus pattern (19 bp):
TTAATAAAATATTTAAAAA
Found at i:66716 original size:19 final size:21
Alignment explanation
Indices: 66692--66730 Score: 64
Period size: 19 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
66682 CATTTTGACC
66692 AATTGTTTT-G-TCATAAAAA
1 AATTGTTTTAGTTCATAAAAA
66711 AATTGTTTTAGTTCATAAAA
1 AATTGTTTTAGTTCATAAAA
66731 GCTTATCCAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
19 9 0.50
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Consensus pattern (21 bp):
AATTGTTTTAGTTCATAAAAA
Found at i:66916 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 66131--68515 Score: 1430
Period size: 181 Copynumber: 13.3 Consensus size: 179
66121 CAAAAAACTA
* * * * * *
66131 ATCTA-TTCAAAGTCATTATGACATTTTGTTTTATCGTAAAACAACTG--TTTCAATTCATAAAA
1 ATCTATTTCAAA-TCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC-A-TCATACAA
* * * * *
66193 ACTTATTCGAAATAAAATAGTACTACTTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
63 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* ** * * * * * *
66258 AAACTAAAGTTGTTT-TCCAAACTAATTTAAATAGTTATGACTATTTGGACAAAT
128 AAAATAAA-TCATTTATCAAAAC-AGTTCAAATAGTTA-AACTATTTGAACAATT
* * ** ** * *
66312 ATCAATCTCAAATCATTA-TAATTTTTGTTTTCCCATAAAACAATTGTTTCTGATCATACAAGCT
1 ATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCT
* * * *
66376 TATTC-AAATAAAAATAATACTAATTTAATAAAATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGATATTTAAAA
66 TATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
** ** * * *
66436 AATAAATGTGTTTGCCAAATCAGTTCAAATAGTTGAAACTATTAGAATAATT
130 AATAAAT-CATTTATCAAAACAGTTCAAATAGTT-AAACTATTTGAACAATT
* * * * * * * *** *
66488 ATATATTCCAAATCATT-TTACATTTTGGTTAGTCATATAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGTT
1 ATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCT
* * * ** *
66552 TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTAAAAAAATTAATAAACATGAGATTTGAAAA
66 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAA
* * *
66617 AATAAATCTATTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTACTTGAACAATT
130 AATAAATC-ATTTATCAAAAC-AGTTCAAATAGTTA-AACTATTTGAACAATT
* ** * *** *
66669 ATCTATTTAAAATCATT-TTGACCAATTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTAGTTCATAAAAGC
1 ATCTATTTCAAATCATTATT-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGC
* *
66733 TTATCCAAAATAAAATAATACTACA-TTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTCAGAGATTTAAA
65 TTATTCAAAATAAAATAATACTA-ATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* ** *
66797 AAATAAATCAGTTTATCAAAACAGTTCAAATAATTATTGCTATTTGAACAACT
129 AAATAAATCA-TTTATCAAAACAGTTCAAATAGTTA-AACTATTTGAACAATT
* * * ** *
66850 ATTTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAAGATATAAGCT
1 ATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCT
* * *
66915 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTCATTAATATTTCAAGAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAA
66 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * * *
66976 ATAAATTTATTTA-CTGAACCAGTTTAAGTAGTTATAACTATTTGAATAATT
131 ATAAA-TCATTTATC-AAAACAGTTCAAATAGTTA-AACTATTTGAACAATT
* *
67027 ATCTATTTCAAATTC-TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGC-TCATACAAG
1 ATCTATTTCAAA-TCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTCATCATACAAG
* * * * * *
67090 TTTAATT-AGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATA-TTATGAAAATTAATAACTAAGATATTTA
64 CTT-ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * ** * * *
67153 AAAAATAAATCCATTT-GCTAAACCAGTTCAAGCAGTTAAGACTATATAAACAATA
127 AAAAATAAAT-CATTTATC-AAAACAGTTCAAATAGTTAA-ACTATTTGAACAATT
* * ** * *
67208 ATTTATTTGAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TATTTCAACTCATACAAG
1 ATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC-A-TCATACAAG
* * * * * *
67271 CTTATTCAAAACAAATTGAA-ACTAATTTATTAATATTTGAAAAATTTATAAGTAAAAGATTTAG
64 CTTATTCAAAATAAAAT-AATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * * *
67335 AAAACAATTCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAATTGTAACTATTTGAACAATT
128 AAAATAAATC-ATTTATCAAAACAGTTCAAATAGTT-AAACTATTTGAACAATT
* * * * * * *
67389 ATCAATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTTTCTTAATATAAGTT
1 ATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCT
* * * *
67454 TGTTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
66 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * * * * * *
67519 GTGAAT-TTGCTTA-CTAGACTATTTCAAATAATTTTAACTATTTGAATAATT
131 ATAAATCAT--TTATCAAAAC-AGTTCAAAT-AGTTAAACTATTTGAACAATT
* ** * * * * * ** * **
67570 ATCTATTTTAAATTTTTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACCATTGGTTTTGTTCATACTATTT
1 ATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCT
* ** * * * * * *
67635 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCT-GGAACTTGATAACTAAGAAAATAAAAA
66 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * *
67699 AATAAATCTAATCACCTAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATT
130 AATAAATC-ATTTATCAAAACAGTTCAAATAGTTAA-ACTATTTGAACAATT
** * ** * * * * *
67751 ATCTATTTCAAATTGTTATGATATTTT-TTTTTTCGTAAAATAATTGTTTTGT--TCATATAGGC
1 ATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TCATCATACAAGC
* * * * * * * *
67813 TAATAT-AGATTGAAATAATATTAGTTTAATAATATTTCAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAA
65 TTAT-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* ** * * * * * * *
67873 AAATACATTTGTTTACCGAATCAATTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATT
129 AAATA-AATCATTTATCAAAACAGTTCAAATAGTTAA-ACTATTTGAACAATT
* ** * * * *
67926 ATCCATTTCAAATTGTTCTAACCTTTTGTTTAGTTATAAAACAATTG--TTTCAGTTCATACAAG
1 ATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA--TCATACAAG
* * * * * * * * *
67989 CTTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTGTTAACACTCAAAAAATTAAAAAGAAAAAGATTTAAA
64 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AA
* * *
68054 AAAATAAATC-TGTTCACTGAATA-AGTT-AAATAGTTATTACTATTTGAACAATT
128 AAAATAAATCAT-TT-A-TCAAAACAGTTCAAATAGTTA-AACTATTTGAACAATT
* * * * * *
68107 GTCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAACAA------TT-A--ATACGAGCT
1 ATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCT
* ** *** * * * **
68163 TAGAT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCCAAATTAATAACTAAAAAATTTTTAA
66 TA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
** * * ** * * * ** *** *
68227 AATAAATTTGTTTACCTATTCAGATAAAATAATTATGGCCGGTTGAACGATT
130 AATAAA-TCATTTATCAAAACAGTTCAAATAGTTA-AACTATTTGAACAATT
* * * * *
68279 ATCTATTTCAAATCACTATGACCTTTGGTTTTATCATAAAATAATTGTTTTTCATCATACAAGCT
1 ATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCT
* * * *
68344 TATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAACAAGTAAGAGACTTAAAAA
66 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * ** * *
68409 GTAAAT-ATGTTTACCAAACCAACTGAAATAGTTATGAC-ATTTGAACAATT
131 ATAAATCA--TTTATCAAAACAGTTCAAATAGTTA-AACTATTTGAACAATT
* ** * * *
68459 AT-TAATATCAAATCATTAAGA-TTTTTG-TTTGTCATAAAATAATTGTTTTTTATCATA
1 ATCT-ATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATA
68516 AAATCTATTC
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TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
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Found at i:67158 original size:539 final size:538
Alignment explanation
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* * * *
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* * *
66194 CTTATTCGAAATAAAATAGTACTACTTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
64 CTTATTCAAAATAAAATAATACTA-ATTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * * * * *
66259 AACTAAAGTTGTTT-TCCAAACTAATTTAAATAGTTATGACTATTTGGACAAATATCAATCTCAA
128 AAATAAA-TAGTTTATCAAAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAA
** ** * * **
66323 ATCATTA-TAATTTTTGTTTTCCCATAAAACAATTGTTTCTGATCATACAAGCTTATTC-AAATA
191 ATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAAGATACAAGCTTATTCAAAAT-
* * * * * *
66386 AAAATAATACTAATTTAATAAAATTTTAAAAATTAATAAGATATTTAAAAAATAAATGTGTTTGC
255 AAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
** * * * * * * *
66451 CAAATCAGTTCAAATAGTTGA-AACTATTAGAATAATTATATATTCCAAA-TCATT-TTACATTT
320 TGAACCAGTTTAAATAGTT-ATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTCATTATAACCTTT
* * * *
66513 TGGTTAGTCATATAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGTTT-ATTCAGAATAAAATAATACTAATT
384 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-GTTCATACAAGTTTAATTCAGAATAAAATAATACTAATT
* ** * * * * *
66577 TATTAACATTAAAAAAATTAATAAAC-ATGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGT
448 TATTAATATTATGAAAATTAAT-AACTAAGAAATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCTAACCAGT
*
66641 TCAAATAGTTATGACTACT-TGAACAATT
511 TCAAATAGTTAAGACTA-TATGAACAATT
* * * * * *
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1 ATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAATTCATAAAAGCT
* * *
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66 TATTCAAAATAAAATAATACTA-ATTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * **
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130 ATAAAT-AGTTTATCAAAACAATTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAAT
* * *
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193 CATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAAGATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * *
66928 ATAATACTAATTCATTAATATTTCAAGAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGA
258 ATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGA
*
66993 ACCAGTTTAAGTAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTC-TTATAACCTTTTGTT
323 ACCAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTCATTATAACCTTTTGTT
* *
67057 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTGCTCATACAAGTTTAATT-AGAATAAAATAATACTAATTTAGT
388 TTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGTTTAATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * *
67121 AATATTATGAAAATTAATAACTAAGATATTTAAAAAATAAATCCATTT-GCTAAACCAGTTCAAG
452 AATATTATGAAAATTAATAACTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCT-AACCAGTTCAAA
* * *
67185 CAGTTAAGACTATATAAACAATA
516 TAGTTAAGACTATATGAACAATT
* * ** * * * * * *
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1 ATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAATTCATAAAAGCT
* * * * * *
67273 TATTCAAAACAAATTGAA-ACTAATTTATTAATATTTGAAAAATTTATAAGTAAAAGATTTAGAA
66 TATTCAAAATAAAAT-AATACTAA-TTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * * *
67337 AACAATTCTA-TTTATCAAACCAGTTCAAATAATTGTAACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAA
129 AATAA--ATAGTTTATCAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAA
* * * * * * *
67401 TCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTTTCTTA-ATATAAGTTTGTTTAAAATA
192 TCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC-AAGATACAAGCTTATTCAAAATA
* * *
67465 AAATAATACTAATTTATTAACATTT-ATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAGTGAATTTGC
256 AAATAATACTAATTTATTAACATTTCA-AAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
* * * * *
67529 TTACT-AGACTA-TTTCAAATAATTTTAACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATT-TTTATAA
316 TTACTGA-ACCAGTTT-AAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTCATTATAA
* * * * * *
67591 CCTTTTATTTTGTCATCAAACCATTGGTTTTGTTCATACTA-TTTTATTCAAAATAAAATAATAC
379 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTGTTCATACAAGTTTAATTCAGAATAAAATAATAC
* * * * * * * * *
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443 TAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCTAACC
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508 AGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATT
** * * * * * * * *
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1 ATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAATTCATAAAAGCT
* * * * * * * *
67814 AATAT-AGATTGAAATAATATTAGTTTAATAATATTTCAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAA
66 TAT-TCAAAATAAAATAATACTA-ATTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * * * * * *
67874 AATACATTTGTTTACCGAATCAATTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCCATTTCAAAT
129 AATA-AATAGTTTATCAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAAT
** * * * * *
67939 TGTTCTAACCTTTTGTTTAGTTATAAAACAATTG--TTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAGAAT
193 CATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAAG---ATACAAGCTTATTCAAAAT
* * * * *
68001 AAATTAATACTAATTTGTTAACA-CTCAAAAAATTAAAAAGAAAAAGATTTAAAAAAATAAATCT
255 AAAATAATACTAATTTATTAACATTTC-AAAAATTAATAAG----AGATTT-AAAAAATAAATTT
* ** * * * * *
68065 GTTCACTGAATAAG-TTAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTCTATTT-AAAATCGTTATAA
314 GTTTACTGAACCAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTCATTATAA
* * * * *
68128 CCTTTTGATTTGTCATAAAACAA--------TTAATACGAGCTTAGA-T-GGAATAAAATAATAC
379 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTCATACAAGTTTA-ATTCAGAATAAAATAATAC
** * ** * * **
68183 TAATTTATTAATATT-TCCCAAATTAATAACTAAAAAATTTTTAAAATAAATTTGTTTACCTATT
443 TAATTTATTAATATTAT-GAAAATTAATAACTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCTAAC
* * * * * ** *
68247 CAGATAAAATAATTATGGCCGGT-TGAACGATT
507 CAGTTCAAATAGTTA-AGACTATATGAACAATT
* * * *
68279 ATCTATTTCAAATCACTATGACC-TTTGGTTTTATCATAAAATAATTGTTTTTCA-TCATACAAG
1 ATCTATTTCAAATCATTATGACCATTT-GTTTTATCATAAAACAATTG-TTTTAATTCATAAAAG
* * *
68342 CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAACAAGTAAGAGACTTAAA
64 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * * * * *
68407 AAGTAAATATGTTTACCAAACCAACTGAAATAGTTATGAC-ATTTGAACAATTATTAATATCAAA
128 AAATAAATA-GTTTATCAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAA
** * *
68471 TCATTAAGA-TTTTTG-TTTGTCATAAAATAATTGTTTTT
192 TCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
68509 TATCATAAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (538 bp):
ATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAATTCATAAAAGCT
TATTCAAAATAAAATAATACTAATTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
TAAATAGTTTATCAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCAT
TATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAAGATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
ATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACC
AGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTCATTATAACCTTTTGTTTTG
TCATAAAACAATTGTTTTGTTCATACAAGTTTAATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
TTATGAAAATTAATAACTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCTAACCAGTTCAAATAGTT
AAGACTATATGAACAATT
Found at i:69762 original size:180 final size:178
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Indices: 68982--72666 Score: 2344
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68972 CTTCAATCAT
** *
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1 TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGA
** * ** * *
69046 ATTGAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAA
64 A-CAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * ** * * *
69110 TAGTC-GAACTATTTAAATTTATT-TAGTAAACAAATTTATTTTCTTAAA-CTC
127 TAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGA-TAAATAGATTTATTTT-TTAAATCTC
* * * * * *
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1 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * *
69225 CTAAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAATGGTCATAATAATTTTAAATAAATAATAT-TTGAAA
65 C-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-GATCATAACAATTTGAAATAGATAAT-TGTTCAAA
* * * * *
69289 TAGTTA-AACTATTTG-ACTTGCTT-GATGAATAGATTTATTTTTTTAAATATT
127 TAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTTCGATAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTC
* * * * * * * *
69340 TTGCTTATTAATTTTTTG-AA-GTTAATAAATTAGAATTATTTTGTTCTGAATAAACTTATA-AA
1 TTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGA
* * * ** * * * * * *
69402 ATATGAAACAAATATTTTGCGACTAAACAAA-ATGTCAGAATAATTTGAAATAGAAAATTATTCT
64 ACA--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA--TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
** * * * * * * * **
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125 AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * ** * * *
69518 -T-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTTGTATTATGTTTAACCAAAAAAGCTTTTATGAT
1 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTCAAATAAGCTTGTATGAA
* * * *
69581 CAAAAGCAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCTTAACAATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATA
65 CAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * *
69646 GTCATAACTATTTAAACTGGTTCGATAAAGAGATTTATTTTTTAAATTTC
129 GTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * *
69696 TTACTTATTAATTTATGAAATATTAATAAATTAGGATTATATTAGTTCAAATAAGCTTGTATGAT
1 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAA
* * * ** * *
69761 CAAAAACAATTGTTTTATAATAAAACAAGAGGTCATAATGATTTGAAATCGATAATCGTTCAAAT
65 C-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA-AGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * * * *
69826 GGCCATAAATATTTTAACTGATT-TAGTAAACAGATTAATTTCTTAAATTTC
128 AGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
* ** * *** *
69877 TTACTTATTACTTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGTCTAAGCTTGTATTAA
1 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * *
69942 CTGAAACAATTGTTTTATGACAAATCTAAAGGTTATAACGATTCT-AAATATACAATTGTTCAAA
65 C-AAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACAATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * *
70006 -AATAATAACTATTTCAACTGGTTC-AGTAAATAGA-TTATTTTTTTAAATCTC
127 TAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGA-TAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTC
* * * * *
70057 TTTCTTATTAATTTTCT-TAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAG-TATGTATG
1 TTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCT-TGTATG
* * * * ** *
70120 AACTGAAACAATTTTTTTATGACTAAACAAATGATCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTA
63 AAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-GATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
** * * * * *
70185 ATAGTTTTAAAC-ATTTGAACTGATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCCC
126 ATAGTCAT-AACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * *
70238 TTATTTATTAATTTTT---A-A--AAT--A-T--TATTATTTTAATCTGAATAAGCTTATATGAA
1 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAA
* ** * * **
70292 CAAAATAATTGTTTTACAACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCATTTA
65 CAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * ** * * *
70357 GTCTTAACTATTTGAATTGGTTTAATAATTAGATTTATTTTTTAATTTTC
129 GTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
** * * * *
70407 TTGGTTATTAAGTTTT-AGAATATTATTAAATTAGTATT-TTTT-TGTCACGAATAAGATAGTAT
1 TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCA--AATAAGCTTGTAT
* * * * ** * *
70469 GAACAGAACCAATTGTTTCATTACAAAATACAAAG-TTATAATGATTTAAAATCA-ATAATTATT
62 GAACA-AAACAATTGTTTTATGAC-AAA-ACAAAGATCATAACAATTTGAAAT-AGATAATTGTT
* * * * *
70532 CAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTT-TAGTAAATAGATATACTTTTTAAAATCTC
123 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGA-TAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTC
* * * * * * *
70589 TAACTTATTAGTTTTCT-AAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATTA
1 TTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGA
* * * *
70653 ACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAA
64 AC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * * * *
70718 TAGTTATAATTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGAATTATTTTCTAAA-CTT
127 TAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * *
70769 TTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-TCTATTCTATTCCAAATAAGTTTTGTATG
1 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT-TATTTTATT-CAAATAAG-CTTGTATG
* * * * * * * * ** * **
70833 AGCTGAAATAACTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCTTAACAATTACAAATATATAATTGTTCTT
63 AAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * *
70898 ATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAACAAATGGATTTA-TTTTTAAATCTC
126 ATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * *
70950 TTAATTATTAATTTTT-AGAATATTACTAAATTAATATTATTTTATTCCTAATAAGCTTGTTTGA
1 TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CAAATAAGCTTGTATGA
* ** * *
71014 ACAAAAACAATTTTTTTATGTTAAAACAAAAGGTTATAA-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
64 AC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* *
71078 TAGTCATAA-TGATTTGAATTGGTTCGATAAATAGATTTA-CTTTTAAA--TC
127 TAGTCATAACT-ATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
* *
71127 -T-CTTATTAATTCTTGAAATATTAATGAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTT
1 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATG--
* * * * *
71190 GA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAA
63 AACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * *
71254 -ATGCCATAA-TCATTTAAACTGATTTGGTAAACT-GATTAATTTTTTAAATCTC
127 TA-GTCATAACT-ATTTGAACTGGTTCGATAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * *** * *
71306 TTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGCATTATTTTATTTTGGATAACCTTTTATGAA
1 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAA
** * *
71371 CTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTTAAATAGATAACTGTTCAAAT
65 C-AAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * *
71436 AGTCATAACTATTTTAACTTGTT-TAGTAAATAGATCTATCTTTTCAAATCTT
128 AGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGA-TAAATAGATTTAT-TTTTTAAATCTC
* * * * *
71488 TTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAGGCTTGTATAA
1 TTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGA
** * * * * * *
71552 ATTGAAACAATTATTGTT-TGACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAAATATT-AT
64 A-CAAAACAATTGTT-TTATGACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA-
* * * ** * *
71615 AATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTC-AGCAAGCACATTTATCTTTTAAA--TC
125 AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
** * * *
71667 -T-CTTATTAATTTTTGAAATATTGTTAAATTAGTATTATTTT-TATCTGAATAAGTTTTTATGA
1 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TC-AAATAAGCTTGTATGA
* * * * * * ** * *
71729 TCATAAATAATTGTTTTATAAGAAGACAAAGATCATAACTATTTGGGATTGATACTTGTTCAAAT
64 ACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* *
71794 AGTCATAACTATTTGAACTGGGTT-GA-AAACA-ACTTTAGTTTTTAAATCTC
128 AGTCATAACTATTTGAACT-GGTTCGATAAATAGA-TTTATTTTTTAAATCTC
* * * * * * *
71844 TTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTTAGGATAAGTTTTTATGAA
1 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCA-AATAAGCTTGTATGAA
* * * *
71909 CTAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAACCTT-AAATAGAAAATTGTTCAAA
65 C-AAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAGATCATAACAA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * *
71973 TAGTCA-AATCTATTTGTATTTGTTC-AGTAAACAGATTTATTTTTTTAATCTC
127 TAGTCATAA-CTATTTGAACTGGTTCGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * *
72025 TTACTCATTAATTTTTCAAATGTTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAA
1 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * * *
72090 CTAAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAATAATTTGAAATAAATAACTGTTC-AAT
65 C-AAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * *
72154 AGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGCA-AAA-ATATTTATTTTTTTTAAATCTC
128 AGTCATAACTATTTGAACTGGTTC-G-ATAAATAGATTTA--TTTTTTAAATCTC
** * * *
72207 TTACTTATTAATTTTTGGTATATTATTAAATTTGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAA
1 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * * * *
72272 AAGAAACAATTATTTTATAACAAAATAAAGGTTATAACGATTT-AAGATAGATAATTATTTAAAT
65 CA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAACAATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * *
72336 A-TCATAACTATTTAAACTGTTTTTG-TAAACA-AGTTTAGTTTTTAAA--TC
128 AGTCATAACTATTTGAACTG-GTTCGATAAATAGA-TTTATTTTTTAAATCTC
* * * ** * *
72384 TT--TTATTAATTTTTAAAATATTAATAGATCAGTATTATTTTATT-ATGAAT-ATTTTG-CTGG
1 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCA--AATAAGCTTGTATGA
* * * * * *
72444 A-ATAGC--TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTCAAATAGATAATTATTC-AAT
64 ACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * *
72505 GGACATGACTATTTGAACTTGTT-TAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
128 AGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * *
72556 TTACATATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGAATGA
1 TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CAAATAAGCTTGTATGA
* * * * *
72620 ATAGAAATAATTTTTTATAATGA-AATA-AAAGATCATAACTATTTGAA
64 ACA-AAACAATTGTTT-T-ATGACAAAACAAAGATCATAACAATTTGAA
72667 CTTGCTTGAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (178 bp):
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AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
Found at i:70189 original size:718 final size:710
Alignment explanation
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68972 CTTCAATCAT
* * ** *
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1 TTACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAGTTCAAATAAGCTTGTATG-A
** * * *
69047 T-TGAAACAATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAAT
64 TCAAAAACAATTGTTTTATGAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * *
69111 AGTCGAACTATTTAAATTTATTTAGTAAACAAATTTATTTTCTTAAA-CTCTTCCTTATTA-TTT
129 AGTCAAAATATTTAAACTGATTTAGTAAACAGA-TTAATTTCTTAAATCTCTTACTTATTACTTT
* * * *
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* * * *
69238 TTTATGTCAAAACAAATGGTCATAATAATTTTAAATAAATAATAT-TTGAAATAGTTA-AACTAT
257 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAA-TTTAAATAAATAAT-TGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * *
69301 TTG-ACTTGCTTGA-TGAATAGATTTATTTTTTTAAATATTTTGCTTATTAATTTTTTGAA-GTT
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* * * * * * **
69363 AATAAATTAGAATTATTTTGTTCTGAATAAACTTATA-AAATATGAAACAAATATTTTGCGACTA
382 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-ATGAAACAATTATTTTATGACTA
* * * * * *
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*
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* * * * * *
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573 TTTAACCGAATAAGCTTTTATGAACAAAA-CAATTGTTTTATAACAAAACAAAGATCATAACAAT
* * * *
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69687 TTAAATTTC
702 TTAAATTTC
* *
69696 TTACTTATTAATTTATGAAATATTAATAAATTAGGATTATATTAGTTCAAATAAGCTTGTATGAT
1 TTACTTATTAATTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAGTTCAAATAAGCTTGTATGAT
* * * *
69761 CAAAAACAATTGTTTTATAATAAAACAAGAGGTCATAATGATTTGAAATCGATAATCGTTCAAAT
65 CAAAAACAATTGTTTTATGA-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * *
69826 GGCCATAAATATTTTAACTGATTTAGTAAACAGATTAATTTCTTAAATTTCTTACTTATTACTTT
129 AGTCA-AAATATTTAAACTGATTTAGTAAACAGATTAATTTCTTAAATCTCTTACTTATTACTTT
* * * ** * *
69891 AGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGTCTAAGCTTGTATTAACTGAAACAATTGTT
193 ATGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTT
* * * ** * * * *
69956 TTATGACAAATCTAAAGGTTATAACGATTCTAAATATACAATTGTTCAAA-AATAATAACTATTT
258 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATT-TAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* *
70020 CAACTGGTTCAGTAAATAGATTATTTTTTTAAATCTCTTT-CTTATTAATTTTCTTAATGTTAAT
322 GAACTAGTTCAGTAAATAGATTATTTTTTTAAATCT-TTTGCTTATTAATTTT-TTAATGTTAAT
* * *
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385 AAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCT-TGTATGAAATGAAACAATTATTTTATGACTAAAC
* * ** * *
70148 AAATGATCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTTTTAAAC-ATTTGAACT-GATTT
449 AAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTT-AACTATTTGAACTAG-TTT
* * * * * * *
70211 GATAAACAAATTTATTTTTTAAATCCCTTA-T--TTATT-AAT-TT-TTAAAATATTATTATTTT
512 GACAAACACATTTA-TCTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT
* * * * * *
70270 AATCTGAATAAGCTTATATGAACAAAATAATTGTTTTACAACAAAACAAAAAGTCATAATAATTT
576 AA-CCGAATAAGCTTTTATGAACAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAGA-TCATAACAATTT
** * * ** *
70335 GAAATAGATAATTGTTCATTTAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTAATAATTAGATTTATTTTTT
639 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTT
*
70400 AATTTTC
704 AAATTTC
** * * * *
70407 TTGGTTATTAAGTTTT-AGAATATTATTAAATTAGTATT-TTTTTG-TCACGAATAAGATAGTAT
1 TTACTTATTAA-TTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAGTTCA--AATAAGCTTGTAT
* * * * * * * * *
70469 GAACAGAACCAATTGTTTCATTACAAAATACAAA-GTTATAATGATTTAAAATCA-ATAATTATT
62 GATCAAAAACAATTGTTTTATGA-AAAACA-AAAGGTCATAATGATTTGAAAT-AGATAATTGTT
* * * *
70532 CAAATAGTCAAAACTATTTGAAA-TGGTTTAGTAAATAGATATACTTT-TTAAAATCTCTAACTT
124 CAAATAGTCAAAA-TATTT-AAACTGATTTAGTAAACAGAT-TAATTTCTT-AAATCTCTTACTT
* * * * * * * *
70595 ATTAGTTT-TCTAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATTAACAAAA
185 ATTACTTTAT-GAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAA
* * * * * * *
70659 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTA
249 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTT-AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
* ** * * * *
70724 TAATTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGAATTA-TTTTCTAAA-CTTTTACTTATAAATTTTTGA
313 TAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAG-ATTATTTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTT-T
* * ** * ** * *
70787 AATATTAATAAATTAGT-TCTATTCTATTCCAAATAAGTTTTGTATGAGCTGAAATAACTATTTT
376 AATGTTAATAAATTAGTAT-TATTTTATTCTGAATAAG-CTTGTATGAAATGAAACAATTATTTT
* * ** ** * * *
70851 ATAACAAAACAAAAGGTCTTAACAATTACAAATATATAATTGTTCTTATAGTCTTAACTATTTGA
439 ATGACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGA
* ** *** * *
70916 ACTGGTTCAACAAATGGATTTATTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTACTAAAT
504 ACTAGTTTGACAAACACATTTATCTTTAAATCTC----TTATTAATTTTTA-AATATTATTAAAT
* * * * ***
70981 TAATATTATTTTATTCCTAATAAGCTTGTT-TGAACAAAAACAATTTTTTTATGTTAAAACAAAA
564 TAGTATTATTTTA-ACCGAATAAGCTT-TTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATAACAAAAC-AAA
* * *
71045 GGTTATAA-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TGATTTGAATTGGTTCGATAA
625 GATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTGGTTCGATAA
*
71108 ATAGATTTA-CTTTTAAA--TC
689 ATAGATTTATTTTTTAAATTTC
* * *
71127 -T-CTTATTAATTCTTGAAATATTAATGAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTT
1 TTACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAGTTCAAATAAGCTTGTATGAT
* * * * *
71190 GAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAA-
65 CAAAAACAATTGTTTTATGA-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * *
71254 ATGCCATAATCATTTAAACTGATTTGGTAAACTGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACT
129 A-GTCAAAAT-ATTTAAACTGATTTAGTAAACAGATTAATTTCTTAAATCTCTTACTTATT-ACT
* * * * * * *
71319 TT-TGAAATATTAATAAAGTAGCATTATTTTATTTTGGATAACCTTTTATGAACTAAAACAATTG
191 TTATGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTG
* * * *
71383 TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTTAAATAGATAACTGTTCAAATAGTCATAACTAT
256 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-AATTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * *
71448 TTTAACTTGTTTAGTAAATAGATCTATCTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTA
320 TTGAACTAGTTCAGTAAATAGAT-TATTTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTT-AATGTTA
*
71513 ATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAGGCTTGTAT-AAATTGAAACAATTATTGTT-TGACT
383 ATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAAA-TGAAACAATTATT-TTATGACT
* * *
71575 AAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAAATATTATAATAGTCTTAACTATTTGAACTAG-
445 AAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGT
* * *
71639 TTCAGCAAGCACATTTATCTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTGTTAAATTAGTATTA
510 TTGA-CAAACACATTTATC-TTTAAATCTCTTATTAATTTTT-AAATATTATTAAATTAGTATTA
* * * * * * * *
71704 TTTTTATCTGAATAAGTTTTTATGATCATAAATAATTGTTTTATAAGAAGACAAAGATCATAACT
572 -TTTTAACCGAATAAGCTTTTATGAACA-AAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAGATCATAACA
** * * *
71769 ATTTGGGATTGATACTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGGTT-GA-AAACA-ACTTTA
635 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GGTTCGATAAATAGA-TTTA
* *
71831 GTTTTTAAATCTC
698 TTTTTTAAATTTC
* * * * * * *
71844 TTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTA-TTTAGGATAAGTTTTTATGA
1 TTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAGTTCA-AATAAGCTTGTATGA
* * * ** * *
71908 ACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAACCTT-AAATAGAAAATTGTTCAA
64 TCAAAAACAATTGTTTTATGA-AAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * ** * * * * * *
71972 ATAGTCAAATCTATTTGTATTTG-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTTAATCTCTTACTCATTAA
127 ATAGTCAAA-ATATTT-AAACTGATTTAGTAAACAGATTAATTTCTTAAATCTCTTACTTATTAC
* * * * ** *
72036 TTTTTCAAATGTTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATT
190 TTTATGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATT
* * * * *
72101 ATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAATAATTTGAAATAAATAACTGTTC-AATAGTCTTAACTA
255 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTT-AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * *
72165 TTTGAACTAGTTCAGCAAAAATATTTATTTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGT-ATA
319 TTTGAACTAGTTCAGTAAATAGA-TTA-TTTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTT--TAATG
* * * * * *
72229 TTATTAAATTTGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTATTTTATAAC-
380 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTATTTTATGACT
* * * * *
72293 AAA-ATAAAGGTTATAACGATTT-AAGATAGATAATTATT-TAAATA-TCATAACTATTTAAACT
445 AAACA-AAAGGTCAGAACAATTTGAA-ATAGATAATTATTCT-AATAGTCTTAACTATTTGAACT
* * * * * *
72354 -GTTTTTG-TAAACA-AGTTTAGTTTTTAAATCTTTTATTAATTTTTAAAATATTAATAGATCAG
507 AG--TTTGACAAACACA-TTTA-TCTTTAAATCTCTTATTAATTTTT-AAATATTATTAAATTAG
* * * * * * *
72416 TATTATTTTATTA-TGAAT-A--TTTTGCTGGA-ATAGC--TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGT
567 TATTATTTTA--ACCGAATAAGCTTTT-ATGAACAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAGA-T
* * * * * * * *
72474 CATAACGATTTCAAATAGATAATTATTC-AATGGACATGACTATTTGAACTTGTT-TAGTAAATA
628 CATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGA-TAAATA
*
72537 GATTTATTTTTTAAATCTC
692 GATTTATTTTTTAAATTTC
* * * *
72556 TTACATATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAAATAAACTTGAATGA
1 TTACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAGTT-CAAATAAGCTTGTATGA
72620 ATAGAAATAA
Statistics
Matches: 2347, Mismatches: 451, Indels: 254
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
709 3 0.00
710 37 0.02
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712 267 0.11
713 125 0.05
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725 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (710 bp):
TTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAGTTCAAATAAGCTTGTATGATC
AAAAACAATTGTTTTATGAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
TCAAAATATTTAAACTGATTTAGTAAACAGATTAATTTCTTAAATCTCTTACTTATTACTTTATG
AAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTA
TGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
TAGTTCAGTAAATAGATTATTTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTAATGTTAATAAATTA
GTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGT
CAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGACAAACAC
ATTTATCTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAACCGAATAA
GCTTTTATGAACAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAAT
TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTC
Found at i:71469 original size:899 final size:884
Alignment explanation
Indices: 68981--72639 Score: 2377
Period size: 899 Copynumber: 4.1 Consensus size: 884
68971 CCTTCAATCA
**
68981 TTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-TTTGTAT
1 TTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTCCGAATAAGTTTTGTAT
* * * * * * * *
69044 GAATTGAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCA
64 GAACTGAAATAATTGTTTTATAACAAAAC-AAAGGTCTTAA-CAATTCAAATATATAATTGTTC-
* * * ** * * *
69108 AATAGTC-GAACTATTTAAATTTATTTAGTAAACA-AATTTATTTTCTTAAA-CTCTTCCTTATT
126 AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCA--AAA-ATGATTTA-TTT-TTAAATCTCTTACTTATT
* * *
69170 -ATTTTTAAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTTAGATAAGCTT-TTATGAACTAAAACA
186 AATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA-ATAAG-TTGTT-TGAACTAAAACA
* * * * * *
69233 ATTGTTTTATG-TCAAAACAAATGGTCATAATAATTTTAAATAAATAATAT-TTGAAATAGT--T
247 ATTTTTTTATGAT-AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT-TGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * * *
69294 AAACTATTTGACTTGCTT-GATGAATAGATTTATTTTTTTAAATATTTTGCTTATTAATTTTTTG
310 AATC-ATTTGAATTGGTTCGATAAACAGATTTA-TTTTTT-AA-A-TCT-CTTATTAA-TTATTA
* * * * * * * * * * *
69358 AA-GTTAATAAATTAGAATTATTTT-GTTCTGAATAAACTTATA-AAATATGAAACAAATATTTT
368 AATATTAA-GAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAA-A--AAATAATTGTTTT
** * * * * * * * * *** * **
69420 GCGACTAAACAAAATGTCAGAATAATTTGAAATAGAAAATTATTCTAATAGTTTTAATTATTGGA
428 ATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAA
* * ** * *
69485 ACT-AGTTTGACA-AAC-ACATTTATACTTTAAA--TC-T-CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAT
493 ACTGA-TTT-A-ATAACTAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTAG-AATATTAA
* * * * * * * * *
69542 TAAATTTGTATTATGTTTAAC-CAAAAAAGCTTTTATGATCAAAAGCAATTATTTTATGACAAAA
554 TAAAGTAGCATTAT-TTTATCACGAATAACCTTTTATGAACAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAA
* ** * * * * *
69606 C-AAAGATCTTAACAATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TGGTTC
617 CAAAAGATCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTA
* * * * * *
69669 GATAAAGAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTATGAAATATTAATAAATTAGGATT
682 G-TAAATAGATATATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTT-TTAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * * *
69734 ATATTAGTTCAAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATAATAAAACAAGAGGTCATAA
745 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAA
** * * * * ** *
69799 TGATTTGAAATCGATAATCGTTCAAATGGCCATAAATATTTTAACT-GATTTAGTAAACAG-ATT
810 CAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATAAATATTTGAACTAG-TTTAGTAAACAGAATT
*
69862 AATTTCTTAAATT
874 ATTTTC-TAAA-T
* ** * * ** *
69875 TCTTACTTATTACTTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGTCTAAG-CTTGTAT
1 T-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTCCGAATAAGTTTTGTAT
* * * * * *
69939 TAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAATCTAAAGGT-TATAACGATTCTAAATATACAATTGTTC
64 GAACTGAAATAATTGTTTTATAACAAAAC-AAAGGTCT-TAACAATTC-AAATATATAATTGTTC
* * * * * * *
70003 AAAAATAATAACTATTTCAACTGGTTCAGTAAATAGATTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAA
126 AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCA-AAAAT-GATT-TATTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * * *
70068 TTTTCTTAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGTATGTATGAACTGAAACAATT
188 TTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AATAAGT-TGTTTGAACTAAAACAATT
* * * ** * ** *
70133 TTTTTATGACT-AAACAAATGATCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTTTTAAAC
250 TTTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATC
* * * * * * *
70197 ATTTGAACTGATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCCCTTA-T--TTATTAATTTTTAA-AA
314 ATTTGAATTGGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTATTAAATATTAAGAA
* * * * **
70258 -TATTATTATTTTA-ATCTGAATAAGCTTATATGAACAAAATAATTGTTTTACAACAAAACAAAA
379 TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAA-AAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * ** * * * * * *
70321 AGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCATTTAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTAATAAT
442 AGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTGATTTAATAAC
* * * ** * * * * * *
70386 TAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTTTTTTG
507 TAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTAGAATATTAATAAAGTAGCATTATTTTA
** ** * * * * *
70451 TCACGAATAAGATAGTATGAACAGAACCAATTGTTTCATTACAAAATACAAAG-TTATAATGATT
572 TCACGAATAACCTTTTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGATCATAATGATT
* * *
70515 TAAAATCA-ATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAA-TGGTTTAGTAAATAGATATACTT
635 TAAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAACTTGTTTAGTAAATAGATATA-TT
* * * *
70578 TTTAAAATCTCTAACTTATTAGTTTTCTAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAA
697 TTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
* * * *
70643 ACTTATATTAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATA
761 GCTTGTATAAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATA
* * *
70708 ATTGTTTAAATAGTTATAATTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGAATTATTTTCTAAACT
826 ATTGTTTAAATAGTTATAAATATTTGAACTAGTTTAGTAAACAGAATTATTTTCTAAA-T
* *
70768 TTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-TCTATTCTATTCCAAATAAGTTTTGTAT
1 TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT-TATT-TATTCCGAATAAGTTTTGTAT
* * *
70832 GAGCTGAAATAACTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCTTAACAATTACAAATATATAATTGTTCT
64 GAACTGAAATAATTGTTTTATAACAAAAC-AAAGGTCTTAACAATT-CAAATATATAATTGTTC-
* * *
70897 TATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAACAAATGGATTTATTTTTAAATCTCTTAATTATTAAT
126 AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAA-AAAT-GATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * *
70962 TTTTAGAATATTACTAAATTAATATTATTTTATTCCTAATAAGCTTGTTTGAACAAAAACAATTT
189 TTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CTAATAAG-TTGTTTGAACTAAAACAATTT
* * *
71027 TTTTATGTTAAAACAAAAGGTTATAA-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATGAT
251 TTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATCAT
* * *
71091 TTGAATTGGTTCGATAAATAGATTTA-CTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAATATTAATGAA
316 TTGAATTGGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTATT-AAATATTAA-GAA
* *
71155 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
379 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG--AAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * **
71220 AGTAATAACGATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAA-ATGCCATAA-TCATTTAAACTGATTTGGTA
442 AGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-GCCATAACT-ATTTAAACTGATTTAAT-
71283 AACT-GATTAATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTT-GAAATATTAATAAAGTAGCATTAT
504 AACTAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTAG-AATATTAATAAAGTAGCATTAT
*** *
71346 TTTATTTTGGATAACCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATG
568 TTTATCACGAATAACCTTTTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATG
* * * *
71411 ATTTTAAATAGATAACTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAACTTGTTTAGTAAATAGATCTATC
632 ATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTAGTAAATAGATATAT-
* * * * * *
71476 TTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA
696 TTTTAAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
* *** *
71541 GGCTTGTATAAATTGAAACAATTATTGTT-TGACTAAACAAAAGGTCAA-AACAATTTGAAATAG
760 AGCTTGTATAAACAAAAACAATTATT-TTATGACAAAACAAAAGGT-AATAACAATTTGAAATAG
* * * * * * * *
71604 ATAAAT-ATTATAATAGTCT-TAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAGCACATTTATCTTT-TAAA-
823 ATAATTGTTTA-AATAGT-TATAAATATTTGAACTAGTTTAGTAAACAGAATTAT-TTTCTAAAT
* ** * *
71665 TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTGTTAAATTAGTATTATTTTTATCTGAATAAGTTTT-TATG
1 TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTAT-TCCGAATAAGTTTTGTATG
* * * * * * *** *
71728 ATCAT-AAATAATTGTTTTATAAGAAGACAAAGATCATAACTATTTGGGAT-TGATACTTGTTCA
65 AAC-TGAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAGGTCTTAAC-AATTCAAATAT-ATAATTGTTC-
* *
71791 AATAGTCATAACTATTTGAACTGGGTTGAAAACA--ACTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTA
126 AATAGTCATAACTATTTGAACT-GGTTCAAAA-ATGA-TTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * *
71854 ATTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATT-TAGGATAAGTTTTTATGAACTAAAACAA
187 ATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA--ATAAGTTGTT-TGAACTAAAACAA
* * * * *
71918 TTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAACCTT-AAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCA-AA
248 TTTTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * *
71981 TCTATTTGTATTTGTTC-AGTAAACAGATTTATTTTTTTAATCTCTTACTCATTAATTTTTCAAA
312 TC-ATTTGAATTGGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-T--T-ATTAATTATT-AAA
* * *
72045 TGTTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTATTTTATGA
370 TATTAAG-AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA--AAAATAATTGTTTTATGA
* * * * * * * * * *
72110 CTAAACAAAAGGTCAGAATAATTTGAAATAAATAACTGTTC-AATAGTCTTAACTATTTGAACT-
432 CAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTG
* * * * * * * * *
72173 AGTTCAGCAAAAATA-TTTATTTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGTATATTATTAAA
497 A-TTTA--ATAACTAGATTA-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTAGAATATTAATAAA
* * * * * * * * *
72237 TTTGTATTATTTTAATCTA--AATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTATTTTATAACAAAA-TA
558 GTAGCATTATTTT-ATC-ACGAATAACCTTTTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * * *
72299 AAGGTTATAACGATTTAAGATAGATAATTATTTAAATA-TCATAACTATTTAAAC-TGTTTTTGT
620 AAGATCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTG-TTTAGT
* * * *
72362 AAACA-AGTTTAGTTTTT-AAA--TCTT--TTATTAATTTTTAAAATATTAATAGATCAGTATTA
684 AAATAGA-TATA-TTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * ** * * * * *
72421 TTTTATTAT-GAAT-ATTTTG-CT--GGAATAGC--TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA
746 TTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAA
* * * * * ** * * * * *
72479 CGATTTCAAATAGATAATT-ATTCAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTTA
810 CAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATAAATATTTGAACTAGTTTAGTAAACAGAATTA
*
72543 TTTTTTAAAT
875 TTTTCTAAAT
* * ** *
72553 CTCTTACATATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA-ACTTGA
1 -T-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTCCGAATAAGTTTTGT
72616 ATGAA-TAGAAATAATT-TTTTATAA
62 ATGAACT-GAAATAATTGTTTTATAA
72640 TGAAATAAAA
Statistics
Matches: 2196, Mismatches: 436, Indels: 270
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
885 1 0.00
886 6 0.00
887 117 0.05
888 64 0.03
889 9 0.00
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902 3 0.00
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Consensus pattern (884 bp):
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TCATAACTATTTGAACTGGTTCAAAAATGATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
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AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATCATTTGAATTGGT
TCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTATTAAATATTAAGAATTAGTATTATTT
TATTTCAAATAAGCTTGTATGAAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTT
GAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTGATTTAATAACTAGATTAATTTTTT
AAATCTCTTACTTATTAACTTTTAGAATATTAATAAAGTAGCATTATTTTATCACGAATAACCTT
TTATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAAATAGATAATTGT
TCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTAGTAAATAGATATATTTTTAAAATCTCTTACTTAT
TAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAA
TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATAAA
TATTTGAACTAGTTTAGTAAACAGAATTATTTTCTAAAT
Found at i:71960 original size:356 final size:358
Alignment explanation
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* * * * * * *
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* * ** * * *
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* * * * * * * * *
69111 AGTC-GAACTATTTAAATTTA-TTTAGTAAACAAATTTATTTTCTTAAACTCTTCCTTATT-ATT
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* * * * * *
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** * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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1 CTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATT-TAGAATAAGCTTGTATAAACT
* * * * * * * *
69404 ATGAAACAAATATT-TTGCGACTAAACAAAATGTCAGAATAATTTGAAATAGAAAATTATTCTAA
65 A--AAACAATTATTGTT-TGACAAAACAAAAGGTCAAAACAACTTGAAATAGAAAA-TATTATAA
* * * * * *
69468 TAGTTTTAATTATTGGAACTAGTT-TGACAAACACATTTATAC-TTTAAATCTCTTATTAATTTT
126 TAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAG-CAAGCACATTTAT-CTTTTAAATCTCTTATTAACTTT
* * * * * ** * * * *
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* * ** * * *
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* * * * * * *
69658 TAAACT-GGTTCGATAAAGAGATTTAT-TTTTTAAATTTCTTA
317 TGAACTGGGTTAGA-AAACAGATCTATCTTTTCAAATCTCTTG
* * * * * * *
69699 CTTATTAA-TTTATGAAATATTAATAAATTAGGATTATATTAGTTCA-AATAAGCTTGTATGATC
1 CTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAAGTAGTATTATTTTA-TTTAGAATAAGCTTGTATAAAC
* * * * * * ** * * * *
69762 AAAAACAATTGTT-TTATAATAAAACAAGAGGTCATAATGATTTGAAATCGATAATCGTTCA-AA
64 TAAAACAATTATTGTT-TGACAAAACAAAAGGTCAAAACAACTTGAAATAGAAAAT-ATT-ATAA
* * * * * * * * * * *
69825 TGGCCATAAATATTTTAACT-GATTTAGTAAACAGATTAAT-TTCTTAAATTTCTTACTTATTAC
126 TAGTCTTAACTATTTGAACTAG-TTCAGCAAGCACATTTATCTT-TTAAATCTCTTA-TTA--AC
* * ** ** * * * *
69888 TTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TCGTCTAAGCTTGTATTAACTGAAACAAT
186 TTT-TGAAATATTAATAAAGTAGCATTATTTTATTCT-GAATAACCTTTTATGAACTAAAACAAT
* * * * * * * * * * *
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* * * * * *
70015 TATTTCAACT-GGTTCAGTAAATAGAT-TATTTTTTTAAATCTCTTT
313 TATTTGAACTGGGTT-AGAAAACAGATCTATCTTTTCAAATCTCTTG
* * * *
70060 CTTATTAATTTTCTT-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCT-GAATAAG-TATGTATGAA
1 CTTATTAATTTT-TTGAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATT-TAGAATAAGCT-TGTATAAA
* * * * * * ** * * * *
70122 CTGAAACAATT-TTTTTATGACTAAACAAATGATCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAA
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* * * * * * * * *
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126 TAGTCTT-AACTATTTGAACT-AGTTCAGCAAGCACATTTATCTTTTAAATCTCTTATTAACTTT
* * ** * * * *
70246 T--AAT-TT-TTAAAATATTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTATATGAAC-AAAATAATTGTTT
189 TGAAATATTAATAAAGTAGCATTATTTTATTCTGAATAACCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTT
* * * ** *
70306 TACAACAAAACAAAA-AGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCATTTAGTCTTAACTATTT
254 TATAACAAAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAACTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * ** * * * *
70370 GAATTGGTTTA-ATAATTAGATTTAT-TTTTTAATTTTCTTG
318 GAACTGGGTTAGA-AAACAGATCTATCTTTTCAAATCTCTTG
* * * * * * * * *
70410 GTTATTAAGTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATT-TTTT-TGTCACGAATAAGATAGTATGAAC
1 CTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTAT-TTA-GAATAAGCTTGTATAAAC
* * * * * ** * * *
70473 -AGAACCAATTGTT-TCATT-ACAAAATACAAA-GTTATAATGATTTAAAATCA-ATAATTATTC
64 TA-AAACAATTATTGT--TTGACAAAACA-AAAGGTCAAAACAACTTGAAAT-AGA-AAATATT-
** * * * * ** * * *
70533 A-AATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTAGTAAATAGATATA-CTTTTTAAAATCTCTAACTTA
122 ATAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAGCACATTTATC-TTTT-AAATCTCTTA-TTA
* * * * * * * * * * *
70596 TTAGTTTTCTAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAACAAACTTATATTAACAAAAA
184 --ACTTTT-GAAATATTAATAAAGTAGCATTATTTTATTCT-GAATAACCTTTTATGAACTAAAA
* * * ** * * *
70660 CAATTATTTTATGACAAAACAAAA-AGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTA
245 CAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAACTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * * *
70724 TAATTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGAAT-TA--TTTTCTAAA-CTTTTA
309 TAACTATTTGAACTGGGTTAGAAAACAG-ATCTATCTTTTC-AAATCTCTTG
* * * * * *
70772 CTTA-TAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-TCTATTCTATTCCA-AATAAGTTTTGTATGA
1 CTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAAGTAGTAT-TATTTTATT-TAGAATAAG-CTTGTATAA
* * * * * ** * * * * *
70834 GCTGAAATAACTATT-TTATAACAAAACAAAAGGTCTTAACAA-TTACAAATATATAATTGTTCT
62 ACTAAAACAATTATTGTT-TGACAAAACAAAAGGTCAAAACAACTT-GAAATAGA-AAATATTAT
* * * **** *
70897 TATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAACAAATGGATTTAT-TTTTAAATCTCTTAATTATTAA
124 AATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAGCACATTTATCTTTTAAATCTCTT-ATTA--AC
* * * ** * *
70961 TTTTTAGAATATTACTAAATTAATATTATTTTATTCCT-AATAAGCTTGTT-TGAACAAAAACAA
186 TTTTGA-AATATTAATAAAGTAGCATTATTTTATT-CTGAATAACCTT-TTATGAACTAAAACAA
* *** * * * *
71024 TTTTTTTATGTTAAAACAAAAGGTTATAA-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-
248 TTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAACTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * *
71087 TGATTTGAA-TTGGTTCGATAAATAGATTTA-CTTTT-AAA--TC-T-
313 T-ATTTGAACTGGGTTAGA-AAACAGATCTATCTTTTCAAATCTCTTG
* * * ****
71128 CTTATTAA-TTCTTGAAATATTAATGAATTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAGCTTGTATGTTG
1 CTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTT-AGAATAAGCTTGTATAAAC
* * * * * ** * *
71191 AAAAACAATTGTT-TTATGACAAAACAAAAAGT-AATAACGATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAA
64 TAAAACAATTATTGTT-TGACAAAACAAAAGGTCAA-AACAACTTGAAATAGA-AAATATT-ATA
* * * ** * * ** * *
71254 AT-GCCATAA-TCATTTAAACT-GATTTGGTAAACTGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
125 ATAGTCTTAACT-ATTTGAACTAG-TTCAGCAAGCACATTTATCTTTTAAA--TC-T-CTTATTA
* *
71316 ACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGCATTATTTTATTTTGGATAACCTTTTATGAACTAAAACAAT
184 ACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGCATTATTTTATTCTGAATAACCTTTTATGAACTAAAACAAT
* *
71381 TGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTTAAATAGATAACTGTTCAAATAGTCATAACT
249 TGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAACTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * *
71446 ATTTTAACTTGTTTAGTAAATAGATCTATCTTTTCAAATCTTTTG
314 ATTTGAACTGGGTTAGAAAACAGATCTATCTTTTCAAATCTCTTG
* * * * * *
71491 CTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAGGCTTGTATAAATTG
1 CTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATAAACTA
* *
71556 AAACAATTATTGTTTGACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAAATATTATAATAGT
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*
71621 CTTAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAGCACATTTATCTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAAT
130 CTTAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAGCACATTTATCTTTTAAATCTCTTATTAACTTTTGAAAT
** * * ** * *
71686 ATTGTTAAATTAGTATTATTTT-TATCTGAATAAGTTTTTATGATC-ATAAATAATTGTTTTATA
195 ATTAATAAAGTAGCATTATTTTAT-TCTGAATAACCTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATA
* * ** *
71749 AGAAGAC-AAAGATCATAACT-ATTTGGGATTGAT-ACTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
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*
71811 CTGGGTT-GAAAACA-ACTTTAGT-TTTT-AAATCTCTTG
321 CTGGGTTAGAAAACAGA-TCTA-TCTTTTCAAATCTCTTG
* * * * *
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* * * *
71911 AAAACAATTGTT-TTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAACCTT-AAATAGAAAATTGTTCA-AA
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* * * * * * * * * *
71973 TAGTC-AAATCTATTTGTATTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTTAATCTCTTACTCATTAAT
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* * * * * * * * * * *
72037 TTTTCAAATGTTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTA
186 TTTTGAAATATTAATAAAGTAGCATTATTTTATTCTGAATAACCTTTTATGAACTAAAACAATTG
* * * * * * *
72102 TTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAATAATTTGAAATAAATAACTGTTC-AATAGTCTTAACTAT
251 TTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAACTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * *
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* * * * * *
72210 CTTATTAATTTTTGGTATATTATTAAATTTGTATTATTTTAATCTA-AATAAGCTTGTATGAAA-
1 CTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAAGTAGTATTATTTT-ATTTAGAATAAGCTTGTAT-AAAC
* * * * * * *
72273 -AGAAACAATTATT-TTATAACAAAA-TAAAGGTTATAACGA-TTTAAGATAGATAATTATT-TA
64 TA-AAACAATTATTGTT-TGACAAAACAAAAGGTCAAAACAACTTGAA-ATAGA-AAATATTAT-
* * ** * * * *
72333 AATA-TCATAACTATTTAAACT-GTTTTTGTAAACA-AGTTTAGT-TTTTAAATCTTTTATTAAT
124 AATAGTCTTAACTATTTGAACTAG-TTCAGCAAGCACA-TTTA-TCTTTTAAATCTCTTATTAAC
* * * * * *
72394 TTTTAAAATATTAATAGA-TCAGTATTATTTTATTATGAAT-A--TTTTGCTGGAA-T--AGC--
186 TTTTGAAATATTAATAAAGT-AGCATTATTTTATTCTGAATAACCTTTT-AT-GAACTAAAACAA
* * * * * * * *
72450 TTGTTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAACGATTTCAAATAGATAATTATTC-AATGGACATGA
248 TTGTTTTATAACAAAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAACTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * * *
72513 CTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTTAT-TTTTTAAATCTCTTA
312 CTATTTGAACTGGGTTAGAAAACAGATCTATCTTTTCAAATCTCTTG
* * *
72559 CATATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
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CTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATAAACTA
AAACAATTATTGTTTGACAAAACAAAAGGTCAAAACAACTTGAAATAGAAAATATTATAATAGTC
TTAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAGCACATTTATCTTTTAAATCTCTTATTAACTTTTGAAATA
TTAATAAAGTAGCATTATTTTATTCTGAATAACCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATAACA
AAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAACTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGG
TTAGAAAACAGATCTATCTTTTCAAATCTCTTG
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72502 AATGGACATG
*
72512 ACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTT-AGAA
1 ACTATTTGAACTTGTTGAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGA-AA
* * *
72576 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGAATGAATAGAAATAATT-TTTTATAA
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** *
72640 TGAAATAAAAGATCATA
130 CAAAACAAAAGATCATA
* * * *
72657 ACTATTTGAACTTGCTTGA-TAAATAGATTTATTTTTTAACTCTTTTACTTATTTATTTTTGAAA
1 ACTATTTGAACTTG-TTGAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAA
* ** *
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72786 CAAAACAAAAGATCATA
130 CAAAACAAAAGATCATA
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ATTAATAAACTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGAATGAATAGAAACAATTGGTTTATAAC
AAAACAAAAGATCATA
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*
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TTTTTTTTCTATT
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Alignment explanation
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74831 AGCACTTTGA
* * * *
74841 CATTTTACCCCATCAATTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGGTGGAGCACATCAT
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* **
74900 CATTTTGCCCCATCAATTTCTTTTTTTTTTTGTTTTCTATTTTTTTTGTTGGTGGAACATATTGG
1 CATTTTGCCCCATCAATTT-TTTTTTTTTTT-TTTT-T-TTTTTTTTG--GGTGGAACACATCAG
* **
74965 CATTTTGCCCCATTAATTTTTTTTCCTTTTTTTTT
1 CATTTTGCCCCATCAATTTTTTTTTTTTTTTTTTT
75000 CAACAAAAAG
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CATTTTGCCCCATCAATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGGTGGAACACATCAG
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78630 AAATAAAACC
*
78640 AAAAAAATAAAATGGGTTAA
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* *
78660 AAATAAAATAAAATCAAAA
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1 AA-AAAAATAAAATGAGAA
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1 AA-AAAAA
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AAAAAAATAAAATGAGAA
Found at i:79466 original size:3 final size:3
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79448 TTTTGGTCCC
79458 AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT -AT AAT A
1 AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT A
79494 CTATACAATG
Statistics
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Consensus pattern (3 bp):
AAT
Found at i:79986 original size:177 final size:176
Alignment explanation
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79638 TTACTTATTA
* * * * * *
79648 ATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCGAATAAGACTGTATGAATAGAAACAAT
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** *
79713 TATTTTATGACAAAACAAATGGTTTTAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATTATAACT
66 TATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACT
* * *
79778 AATTGAACTAGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTCAAATTTTTTCTT
131 AATTGAACTAGTTTAGCAAACAGAATTATTTTTCAAATTTTTTCTT
*
79824 ATTTTTCAAAATATAAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAA-ACTTATATGAATAAAAACA
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* * * * *
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64 ATTATTTTATGACAAAAC-AAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATA
* * * *
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79988 TTAAATCTCT
Statistics
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ATTTTTAAAATATAAATAAATTAATATTACTTTATTTCAAACAAGACTATATGAATAAAAACAAT
TATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACT
AATTGAACTAGTTTAGCAAACAGAATTATTTTTCAAATTTTTTCTT
Found at i:80887 original size:180 final size:180
Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 9.2 Consensus size: 180
80113 ACTAAAAATA
* * * * * *
80123 AATTGTTTTATGACAAAACGAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAGCCTTA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATA
* *
80188 ACTATTTGAAC-TAGTTC-AGCAAACAAA-T-TTTTTTAAATCTT-TTAGTTATTAATTTTT-AG
66 ACTATTTGAACTTA-TTCGA-TAAACAAATTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTTGA-
* * * * * ** * *
80247 AATATTATTATATTAGTATTATTTTATTCCAAAAAAACTTGTGCGAACAAAAAT
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* * * * ** * *
80301 AATTTTTTTATGAGATAACAAAATGAT-ATAACAATTTGAAATATATAATTATTCAAAT-GATCA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGA-CA
* * * * * *
80364 TAACTATTTAAACTGATTCGGTAAACAGATTAACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
64 TAACTATTTGAACTTATTCGATAAACAAATT-ATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * ***
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* * * *
80482 ATTTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTACATAATGATTTGAAACAGATAATTGTTCTAAT-GGCTA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGAC-A
* * * * ** * * ** *
80545 TAATTATTCGAACTAATTTGATAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCAAACTTATCAATTTTTGAA
64 TAACTATTTGAACTTATTCGATAAA-CAAATTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * ** * * * *
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* * * * ** *
80663 AGTTGTTTTATAATAAAATAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATA
* * * **
80728 ACTATTTAAACTTATTCAATAAATAGAATT-TTTTAAAAATTTCTTACTTATTAATTTTTTG-AA
66 ACTATTTGAACTTATTCGATAAACA-AATTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAA
* * * * * *
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129 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAC
* * * * * ** ***
80843 AATTATTTTTTGACTAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTGATAGTTTTA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATA
* * *
80908 ACTATTT-AAATTGATTCAGA-AAACACATT-TATTTTTAAA--TC---CTTATTCATTTTTGAA
66 ACTATTTGAACTT-ATTC-GATAAACAAATTAT-TTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * **
80965 ATAGTAATAAATTGGTATTATTTT-TTT-GAATAATTTTGTATGAA-TAGAAAC
128 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAAC
* * * ** ** * *
81016 AATTATTTTATGACAAAATAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAACAGTTCAAAT-GATATG
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATA
* * * * * *
81080 ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTAGAAAT
66 ACTATTTGAACTTATTCGATAAACAAA-TTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * *
81145 ATTAATAAATTAGTAATATTTTA-TTCTGAGTAAGCTTGTATGAACAAAAAC
130 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACTAAAAC
* * ** ** *
81196 AATTGGTTTATGGCAAAACAAATTGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATA
* * * * *
81261 ACTATTTGAACGTGTTCAGA-AAATATATTTATTTTTAAAATTT-TTACTTATTAATTTTTGAAA
66 ACTATTTGAACTTATTC-GATAAACA-AATTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * *
81324 TTTTAATAAATT--TATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGCACGAAC-AGAACC
129 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACTA-AAAC
* * * * **** *
81374 AATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTTTTGTAGTCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATA
* * * *
81439 ACTATTTAAACTTGA-TCGGTAAACAAATTCATTTTTTTAATTCTCTTACTCT-TTAATTTTTGG
66 ACTATTTGAACTT-ATTCGATAAACAAATT-ATTTTTTAAATT-TCTTACT-TATTAATTTTTGA
* * * * *
81502 TATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATTAACTGAAAC
127 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAC
* * * *
81556 AATTGTTTTATTACAAAA-AATAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA-ATCT
1 AATTGTTTTATGACAAAACAA-AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGA-CA
* * * * *
81619 TGACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAAATTT-TTACTTATTAATTGTTGA
64 TAACTATTTGAACTTATTCGATAAACA-AATTATTTTTT-AAATTTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * *
81683 AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAACAAGCTTGTATGAA-TATAAAC
127 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAAC
* * *
81737 AATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
81768 CAATTCTGTT
Statistics
Matches: 1146, Mismatches: 264, Indels: 111
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (180 bp):
AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATA
ACTATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAC
Found at i:82176 original size:182 final size:182
Alignment explanation
Indices: 81821--82182 Score: 395
Period size: 182 Copynumber: 2.0 Consensus size: 182
81811 AAAAATTATC
* * * * * * * * * *
81821 TATTTCAAATCGTCATTACCTTTTTTTTTGTCTTAAAACAAATGTTTTTGTTTATATAAGTTTGT
1 TATTTCAAATCATCATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAAATGTTTCTATTCATATAAGTTTAT
* *
81886 TCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATA
66 TCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * ** * *
81951 AATCTATTTACCAAACCATTTCAATTAGTTGTAAATATTTGAACAATTATTT
131 AATCTATTGACCAAACCAGTGCAAACAATTATAAATATTTGAACAATTATTT
* *
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* * ** *
82067 TTCAGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAACG-GATTTAGAAAA
65 TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAA
* * ** * * *
82131 TATATCTATTGGCCTGACCAGTGCAAACAATTATGATTGTTTGAACAATTAT
129 TAAATCTATTGACCAAACCAGTGCAAACAATTATAAATATTTGAACAATTAT
82183 GATTGTTTGA
Statistics
Matches: 145, Mismatches: 33, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
181 1 0.01
182 143 0.99
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Consensus pattern (182 bp):
TATTTCAAATCATCATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAAATGTTTCTATTCATATAAGTTTAT
TCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
AATCTATTGACCAAACCAGTGCAAACAATTATAAATATTTGAACAATTATTT
Found at i:82179 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 82156--82200 Score: 90
Period size: 18 Copynumber: 2.5 Consensus size: 18
82146 GACCAGTGCA
82156 AACAATTATGATTGTTTG
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1 AACAATTATGATTGTTTG
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1 AACAATTAT
82201 CTATTTCAAA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (18 bp):
AACAATTATGATTGTTTG
Found at i:82872 original size:177 final size:178
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Indices: 82452--85049 Score: 1305
Period size: 180 Copynumber: 14.4 Consensus size: 178
82442 AGCTTATTTC
* * * * * * * **
82452 AAATCTGTTTACTAAATAATTTCAAATCGATATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATTGT
1 AAATCTGTTTACTGAACAACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * * *** * *
82517 TATGACCTTATGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCACACTAGCTTATTTGGATTAAAATT
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATA
* * * * *
82582 ATATTAATTTTTTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAGT
131 ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT--AA-ATTTAAAAAAT
* * * * * *
82633 AAATATGTTTACTGAACAAGTTAAAATAGTAATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
1 AAATCTGTTTACTGAACAACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
** * * * ** *
82698 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTCAAAACAAAATA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATA
* * * *
82763 ATACTAACTTATTACTATTCCAAAAATTAATAAGT-GATCTAAAAAAT
131 ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAATTTAAAAAAT
** * * *
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1 AAATCTGTTTACTGAACAACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
** * * * ***
82875 TATGATATTTTGTTTTGCCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATA
* * *
82940 AT-GTAAATTTACTAATATTCCAAAGATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAAT
131 ATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT--AAATTTAAAAAAT
* ** * **
82990 AAATCTATTTTTTGAAC-ACGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTG
1 AAATCTGTTTACTGAACAAC-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
83054 TTAGGACCTTTT-CTTTGTCATAAACCAATTGCTTCTATTCATAAAAACTTATT-AAGAATAAGA
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCAA-AATAAAA
* * *
83117 TAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTATTAAGTAAAAAATTAAAAAAAT
129 TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT---AAATTTAAAAAAT
** * * * * *
83170 AAATCTGTTTACTGAATGAGTTCAAATACTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCAT
1 AAATCTGTTTACTGAACAACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * *
83235 TATGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATACATACAAAATTAGTCATAATAAGATA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATA
* * ** * *
83300 AAATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG-ATATTTAAAAACT
131 ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAATTTAAAAAAT
* *
83347 AAATCTGTTTA-TCGGACTAAC-TCAAACAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTT-AAAT
1 AAATCTGTTTACT-GAAC-AACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAAT
*** * * * * *
83409 TGGTATGATC-TTCGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTCTA-TCTATAC-AACTTATTCAGAGTAA
63 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC-ATACAAACTTATTCAAAATAA
* * ** * * *
83471 AATATTGCTAAACTAATAATATTCTAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
127 AATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-A-A-ATTTAAAAAAT
* * * ** * * ** *
83526 AAATGTATTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTACATTTCTATTT---C-A--ATC-ATTTTAAATC
1 AAATCTGTTTACTGAACAACTTCAAATAGTT--ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * **
83584 ATTTTGA-------TTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACATGCTTATTCAAAATAAAA
64 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAA
* * *
83642 TAATACTATTTTATTAACATT-CAAAAATTAATAAGCAAAGAATTTAAAAAAAT
129 TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG--TA-AATTT-AAAAAAT
* * ** * * * * * *
83695 AAATATATTTACCAAACAAGTACAAATAGCTATGACTATTTGAATAATTATC-ATTTTAATATCG
1 AAATCTGTTTACTGAACAACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA-ATCA
* * * * *
83759 TTATAATCTTTTGTTTTATCATAAAA-AATTATTTC-ATTTCATA-AAAGCTTATCCAAAAT-AA
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAA-CTTATTCAAAATAAA
* * * ** *
83820 ATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAATAATGTTACTTTGTTTCAAAAATT
128 ATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATT----AATAA-G-TA---AATTT-AAAAAAT
* * * * * * * *
83881 GAAA---GTTGAAATTAAAAACAT-AAATTAGTTTATCGAAT-TGGTTCAA-ATAGTTATGGCCA
1 -AAATCTGTT-TACTGAACAACTTCAAA-TAG-TTAT-GACTAT--TTGAACA-A-TTAT--CTA
* **
83940 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGAACTTTGGTTTTGTCATAAAACAATTGGTATTC-
55 TTT---CAA--ATC-A-TT---ATGA-CCT----TTT-GTTTTGTCATAAAACAATT-GT-TTCT
* * * *
84004 A-TCATACAAGCCTATTCAAAAGAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AG-
102 ATTCATACAAACTTATTCAAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
** *
84066 --A--TAGGAGAT
166 AAATTTAAAAAAT
* * * * * * *
84075 -TATCTGTTTACTGAACCAGTTCTAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAGTCAT
1 AAATCTGTTTACTGAACAACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * *
84139 TATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTATATTCATACAAGCTTCTTCTAAATAAAA-A
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATA
* * * *** * *
84203 TATAATAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAATTAAGAGATTTGAAAAAT
131 -ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-A-A-ATTTAAAAAAT
* ** * * ** * * * *
84255 AAAATTTGTTTGTTGAATCAA-TTCAAGTAGTTAAGGTTATATGAATAATTATCTATTTCTAATT
1 -AAATCTGTTTACTGAA-CAACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * * **
84319 GTTATGTCCTTTTGTTTTGTCATAAAAACAAATATTTTTGTTCATATAAGTTTGA-TCAAAATAA
64 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTT-ATTCAAAATAA
* ** * *
84383 AATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAAATGAATAA-TAGATTT-AAAAAT
127 AATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAAATTAATAAGTAAATTTAAAAAAT
* * * * * * * * ** *
84434 AAATTTGTTTA-TCAAACCAA-TTCAATTAGTTATAACAATTTAAATAATTATTTATTTCTTATT
1 AAATCTGTTTACT-GAA-CAACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * ** **
84497 GTTATGA-CTATTTGTTTTGTCTTAAAACAATTATTTCTATTGATATAGTCTTATTCGGAATAAA
64 ATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCAAAATAAA
** * **
84561 GCACTACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAAT
128 ATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-A-A-ATTTAAAAAAT
* ** * * * *
84615 GAATCTGTTGGCCTG-ACCAGTGCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
1 AAATCTGTT-TACTGAACAACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * * *
84679 TTATGATCTTTTATTTTGTTATAAAATAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATT-AGGAATAACA
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCA-AAATAAAA
* * * * *
84743 TAATTCTAATTTATTAATATTACAAAATTTAATAAATAAGAGATTT-AAAACT
129 TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-A-A-ATTTAAAAAAT
* * * * **
84795 AAATTTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGC
1 AAATCTGTTTACTGAACAACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * *
84860 CATAACCTTTTGTTTTGTCATAACATAATAT-TTTCTATTGC-TACAAGCTTATT-ACAATTAAA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCTATT-CATACAAACTTATTCA-AAATAAA
* *
84922 ATAATA-AAATTTATT-ATCATT-CATACAATTAATAAGTAAAGGATTTAAAAAAT
128 ATAATACTAATTTATTAAT-ATTCCA-AAAATTAATAAGT-AA--ATTTAAAAAAT
* * * * * * *
84975 AAATTTGTTTACT-ATATAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAAATATTTATTTCAAATTA
1 AAATCTGTTTACTGA-ACAACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
85039 TTATGA-CTTTT
65 TTATGACCTTTT
85050 AACGATTTGG
Statistics
Matches: 1855, Mismatches: 430, Indels: 266
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
167 8 0.00
168 41 0.02
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
AAATCTGTTTACTGAACAACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATA
ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAATTTAAAAAAT
Found at i:85417 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 85113--85613 Score: 589
Period size: 181 Copynumber: 2.8 Consensus size: 178
85103 ATAAAGAGAA
* * *
85113 TTATTTTTTAAATCTCTTATA-AAATTTTGAAATATTAACAAATTAGTTTTATTTTATTTCGAAT
1 TTATTTTTTAAATCTCTTATATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
* ** *
85177 AAACTTGTATGAGTTGAAATAATT-ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
66 AAACTTGTATGAATAAAAATAATTGA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * * *
85241 ATAATTGTTCATATTGTCTTAATTGTTTAAATTCGTTCAGGAAA-TGAAT
130 ATAATTGTTCAAATTGTCATAACTATTTAAATTCGTTCAGGAAACAG-AT
* *
85290 TTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCG
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* * * * * * *
85355 AATAAACATGTATGAACAAAAATAATTGATTTATGATAGAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAAT
63 AATAAACTTGTATGAATAAAAATAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * *
85420 GGATAATTGTTCAAATTGTCATAACTATTTAAATTGGTTTAGTAAACAGAT
128 AGATAATTGTTCAAATTGTCATAACTATTTAAATTCGTTCAGGAAACAGAT
* * *
85471 TTATTTTTTAAATCTCTTA-CTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTC-ATA
1 TTATTTTTTAAATCTCTTATATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-A
* * * * *
85534 TAAGCTTGTATGATTTAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAACGATTTGAAATA
65 TAAACTTGTATGA-ATAAAAATAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
**
85599 GATAATCATTCAAAT
129 GATAATTGTTCAAAT
85614 GGCTATATAA
Statistics
Matches: 271, Mismatches: 45, Indels: 15
0.82 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
176 1 0.00
177 66 0.24
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181 146 0.54
182 2 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
TTATTTTTTAAATCTCTTATATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
AAACTTGTATGAATAAAAATAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
TAATTGTTCAAATTGTCATAACTATTTAAATTCGTTCAGGAAACAGAT
Found at i:86826 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 85631--87217 Score: 1204
Period size: 180 Copynumber: 8.9 Consensus size: 179
85621 TAACATTTTC
* * * * * *
85631 AACAATTATTTATTTAAAATCATTATGATCATTTATTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTA-CTAA
1 AACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCA
* * * *
85694 TACAATCTTATTCGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACG-G
65 TAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-AA-GAG
* * ** * * *
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128 ATTTAAAAAATAAAT-TTTTTACC-AAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTG
* ** * ** * ** **
85811 AACAATTATCTATTTCAAATTGTTGTGA-CTTTTGTTTTAACACAAAACAATTGTTTTTGTTTGT
1 AACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCAT
* * * * * * * *
85875 ACAATCTTATTTTG-AATAACATAATTCTAATTTATTAGTATTCCAAAAATTAATATGTAAGAGA
66 AAAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-AAGAGA
* * * *
85939 TTTAAAAACTAAGACTATTTATCAAACAAGTTCT-AATAGTTATGACTATTTG
129 TTTAAAAAATAA-ATTTTTTACCAAACAAGTT-TAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * *
85991 AATAATTATCTAGTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTGGTTT--TTATC
1 AACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCAGT-TC
* * * * *
86054 ATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATCAATATTTTAGAAATTAAT---AAGAGA
64 ATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAAGAGA
* ** * * * *
86116 TTTAAGAAATAAATTTGTTGGCTAAACTAGTTTAAATATTTATGCCTATTTG
129 TTTAAAAAATAAATTT-TTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * *
86168 AACAATTATC-AGTCTT-AAATCATTAAGA-TTTTTGTTTTGTCGTAAAATAACTGTTTCTGATC
1 AACAATTATCTA-T-TTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTC
* * *
86230 ATATAAA-CTTATTCG-ATTAAAAATAATACCAATTTAATAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAA
64 ATA-AAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAG-AA
* * * * * **
86292 GAGATTTAAAAAATAAATGTTTTTGTCGAATCAA-TTCAAATATTTAAAACTA-TT-
125 GAGATTTAAAAAATAAAT-TTTTT-ACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * *
86346 -AGAATTATCAATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGT-A-AAAATTATTTGTTTCA-TATC
1 AACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTCAGT-TC
* * * * * * *
86407 TTACAAGTTTATTC-AGAATAAAATAATCCAAATTTATTAACATT-TGAAAAATTAATAAGAAAA
64 ATAAAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAG-AAG
** *
86470 AGATTTGAAAAAATAAATCTTTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTACAACTATTTA
126 AGATTT-AAAAAATAAAT-TTTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * * *
86526 AATAATTGTTTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGACATAAAAGAATTGTTTCAATTTAT
1 AACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCAT
* * * * *
86591 ATAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATT-TCCAAAATTAATAAGCAAGAG-
66 AAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAG-AAGAGA
* *
86654 TTTAAACAAATAAATTTGTTTACGAAACAAATTTAAATAGTTATGACTATTTG
129 TTTAAA-AAATAAATTT-TTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTG
* * *
86707 AACAATTGTCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTT-TTTGGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCAT
1 AACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCAT
* * * *
86771 AAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATCAATATTCTAAAACTTAATAATGAAGTGAT
66 AAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA-GAAGAGAT
* * ** * * *
86836 TTAAAAAATTAGTTTGTTTACCAAATCAA-TCCAAATAGTCATGTCCATTTG
130 TTAAAAAATAAATTT-TTTACCAAA-CAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * **
86887 AATAATTATCTATTTCAAA-CTGTTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TTTTCA
1 AACAATTATCTATTTAAAATC-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA
* *
86949 TGCAAAA--TTATT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGCAAG
65 T--AAAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-AAG
* ** * * *
87011 AGATTTGAAAAAATAAATCTATTTAATAAACAAGTTCAATTAGTTATGATTATTTG
126 AGATTT-AAAAAATAAAT-TTTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTG
* ** * *
87067 AACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGAATTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAGTTCCT
1 AACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCAT
* * * *
87132 AAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATGCTACTTTATTAATATT-TCAAAAATTAAT---AAGAGAT
66 AAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGAAGAGAT
87193 TTAAAAAATAAATTATTTTACCAAA
130 TTAAAAAATAAATT-TTTTACCAAA
87218 TCAAATCAAA
Statistics
Matches: 1127, Mismatches: 214, Indels: 135
0.76 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 7 0.01
176 75 0.07
177 168 0.15
178 57 0.05
179 80 0.07
180 405 0.36
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182 109 0.10
183 7 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
AACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCAT
AAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAAGAGATT
TAAAAAATAAATTTTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTG
Found at i:87151 original size:361 final size:356
Alignment explanation
Indices: 85631--87302 Score: 924
Period size: 357 Copynumber: 4.7 Consensus size: 356
85621 TAACATTTTC
* * * * *
85631 AACAATTATTTATTTAAAATCATTATGATCATTTATTTT-GTCAT-AAACAATTGTTTCTA-CTA
1 AACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGAAC-TTT-TTTTGGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTC
* * * * * * *
85693 ATACAATCTTATTCGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAACG
63 ATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATCAATATTTC-AAAAATTAATAAG--A--
* ** ** * * * * *
85757 GATTTAAAAAATGAATCTA-TTGGCCTGATC-AGTGTAAATA-GTTATGACTATTTGAACAATTA
123 GATTTAAAAAATAAAT-TATTTTACCAAATCAAAT-CAAATATGTCATG-CCATTCGAACAATTA
* * * ** ** * * ** * **
85819 TCTATTTCAAATTGTTGTGA-CTTTTGTTTTAACACAAAACAATTGTTTTTGTTTGTACAATCTT
185 TCGATTTCAAACTGTTATGACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTATTTTT-TTCATGCAAAATT
* * * ** * * *
85883 ATTTTGAATAACATAATTCTAATTTATTAGTATTCCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAA-AA
249 ATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAG-TTTAAACAA
* ** * *
85947 CTAAGA-CTATTTATCAAACAAGTTCTAATAGTTATGACTATTTG
313 ATAA-ATCTATTTAAGAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * ** * *
85991 AATAATTATCTAGTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTGGTTT--TTATC
1 AACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGAACTTTT-TTTGGTCATAAAACAATT-GTTTCAGT-TC
* * * * * *
86054 ATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATCAATATTTTAGAAATTAATAAGAGATTT
63 ATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATCAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTT
* ** * ** * * *
86119 AAGAAATAAATT-TGTTGGCTAAA-CTAGTTTAAATAT-TTATGCCTATTTGAACAATTATC-AG
128 AAAAAATAAATTAT-TTTACCAAATC-AAATCAAATATGTCATGCC-ATTCGAACAATTATCGA-
* * * ** * * * * ** ** *
86180 TCTT-AAA-TCATTAAGA-TTTTTGTTTTGTCGTAAAATAACTGTTTCTGATCATATAAACTTA-
189 T-TTCAAACT-GTTATGACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTATTT-TTTTCATGCAAAATTAT
* * * * * *
86241 TTCGATTAAAAATAATACCAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA-AAA
251 TTAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAG-TTTAAACAAA
* * ** * * **
86305 TAAATGTTTTTGTCGAATC-AATTCAAATATTTAAAACTA-TT-
314 TAAATCTATTT-AAGAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * * * *
86346 -AGAATTATCAATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGT-A-AAAATTATTTGTTTCA-TATC
1 AACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGAACTTTT-TTTGGTCATAAAA-CAATTGTTTCAGT-TC
* * * * * * * * * *
86407 TTACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATCCAAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGAAAAAG
63 ATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATCAATATTTCAAAAATTAATAAG----AG
* * * * ** *
86472 ATTTGAAAAAATAAATCT-TTTTACCAAA-CAAGTTTAAATA-GTTACA-ACTATTTAAATAATT
124 ATTT-AAAAAATAAAT-TATTTTACCAAATCAA-ATCAAATATG-T-CATGCCATTCGAACAATT
* ** * * * ** * * * * ** *
86533 GTTTATTT-AAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGACATAAAAGAATTGTTTCAATTT-ATATAAG
184 ATCGATTTCAAACT-GTTATGACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTATTT--TTTTCATGCAAA
* ** * * * *
86596 CTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCCAAAATTAATAAGCAAGAGTTTAAAC
246 ATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGTTTAAAC
* * * *
86661 AAATAAATTTGTTTACGAAACAAATTTAAATAGTTATGACTATTTG
311 AAATAAATCTATTTAAGAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTG
* *
86707 AACAATTGTCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTTTTGGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA
1 AACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGAACTTTTTTTGGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA
* * * *
86772 AAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATCAATA-TTCTAAAACTTAATAATGAAGTGAT
66 AAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATCAATATTTC-AAAAATTAATAA-G-A--GAT
* * * * *
86836 TTAAAAAATTAGTT-TGTTTACCAAATC-AATCCAAATA-GTCATGTCCATTTGAATAATTATCT
126 TTAAAAAATAAATTAT-TTTACCAAATCAAAT-CAAATATGTCATG-CCATTCGAACAATTATCG
*
86898 ATTTCAAACTGTTATGACCTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTTTCATGCAAAATTATTT
188 ATTTCAAACTGTTATGACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTTTCATGCAAAATTATTT
86962 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAA-AAAT
253 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAG-TTT-AAACAAAT
* * * *
87025 AAATCTATTTAATAAACAAGTTCAATTAGTTATGATTATTTG
315 AAATCTATTTAAGAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * *
87067 AACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGAATTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAGTTCCT
1 AACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGAACTTTT-TTTGGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCAT
* * *
87132 AAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATGCTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAA
65 AAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATCAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAA
* *
87197 AAAATAAATTATTTTACCAAATCAAATCAAATATTTCTTGCCATTCGAACAATTATCGATTTCAA
130 AAAATAAATTATTTTACCAAATCAAATCAAATATGTCATGCCATTCGAACAATTATCGATTTCAA
** * * *
87262 TTTGTTATTATCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
195 ACTGTTATGACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTATTTTT
87303 CAACATCAAG
Statistics
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Consensus pattern (356 bp):
AACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGAACTTTTTTTGGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA
AAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATCAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAA
AAATAAATTATTTTACCAAATCAAATCAAATATGTCATGCCATTCGAACAATTATCGATTTCAAA
CTGTTATGACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTTTCATGCAAAATTATTTAGAATAAA
ATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGTTTAAACAAATAAATCTATTTA
AGAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTG
Found at i:87639 original size:181 final size:180
Alignment explanation
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87320 AATAAAATTA
* *** * **
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1 TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAAT
* * *
87391 AATA-TAATTTATTAATATTTCAAGAA-T--T-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACC
66 AATACTAATTTATTAATATTTGAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAAC
* *
87451 AAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTG-ATCAATTATTTATTTCAAATTG
130 AAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT-AATTATCTATTTCAAATCG
* * *
87502 TTATAACCTTTTATTCTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCACACAAGTTTATTCAAAATAAAAT
1 TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAAT
* * ** ***
87567 AATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCCTTTGTT
66 AATACTAATTTATTAATA-TTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAAC
* * * * * *
87632 GAACCAATTCAAACAGTTAAGACTATATGAATAATTACCTATTTCAAATAG
130 AAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * ** * ***
87683 TTATGACATTTTGTTTTATCATAAGACAATTATTTCAGCTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAAT
1 TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAAT
* * * * * *
87748 AAAACTAATTTGTTAATATTTCAAAGTTTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAATAATTCTATTTA
66 AATACTAATTTATTAATATTTGAAA-ATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAAAATAAATCTATTTA
* * * *** * * *
87813 ACAAACTAATTCAAATAATTATAACTATTTGCCCAATTATCTATTTTAGATCA
128 ACAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * *
87866 TTA-ATACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTAAAAATAAAA
1 TTATA-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAA
* * * * * *
87930 TAAAACTAATTTATTAATATTT-AGAAATTAATCATTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTGTTTAC
65 TAATACTAATTTATTAATATTTGA-AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAA
* * * * * * *
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129 CAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * ** ** *
88046 TTATAACATTTTCTTTTATCATCAAACAATTGGTTTTGTTCATATTATTTTATTCAAAATAAAAT
1 TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAAT
* ** ** * * * **
88111 AATACTAATTTAATAATATTCCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCC
66 AATACTAATTTATTAATATTTGAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAAC
* ** * * * * *
88176 GAACCGGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAA-ATATTATCAATTTTAAATCA
130 AAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA-ATTATCTATTTCAAATCG
* * ** * * *
88227 TTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATT-TTTTTGTTTGTACAAGCTTATTCGAATTAAAAT
1 TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAAT
* * * * * * * *
88291 AATACAAATTTAATAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGATATTAAGAAAAATAAATTTGTTTATC
66 AATACTAATTTATTAATATTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA-AAAAATAAATCTATTTAAC
* * * * * * *
88356 AAACCAGTTCATATGGTTAAGACTACTAGAATAATTATCTATTTCAAATCA
130 AAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * ** * *
88407 TTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAGAA-TATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAT
1 TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA-AACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAA
* * *
88471 TAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGAAACAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTA
65 TAATACTAATTTATTAATATTTG-AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * *
88536 CCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAATAATTGTCTACTTAAAATTG
128 ACAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * * * * *
88589 TTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTACTTTAGTTAATATAAGCTTATACATAATAAAAT
1 TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAAT
* * * *
88654 AACACAAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAATAAG
66 AATACTAATTTATTAATATTT-GAAAATTAATAAGTAAG
88693 GTTATACAAA
Statistics
Matches: 932, Mismatches: 230, Indels: 48
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (180 bp):
TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAAT
AATACTAATTTATTAATATTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAACA
AACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCG
Found at i:88450 original size:361 final size:359
Alignment explanation
Indices: 87328--88692 Score: 1224
Period size: 361 Copynumber: 3.8 Consensus size: 359
87318 TAAATAAAAT
* * * * * * **
87328 TATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCAG--CATACAAGCTTATTTGAAAT--
1 TATTATGACATTTTG-TTTATCATAAGACAA-TTATTTCAGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAA
* * *
87389 AA-AATA-TAATTTATTAATATTTCAAGAA-T--T-AGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATATT
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* * * * **
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129 TACCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGA-AAATTATCTATTTTAAATCATTATAACCTT
* * * *
87512 TTATTCTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCACACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
193 TTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACAAATT
* * * ** * **
87577 TATTAATATTTTGAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCCTTTGTTGAACCAATTC
258 TATTAATA-TTTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAATTC
* * *
87642 AAACAGTTAAGACTA-TATGAATAATTACCTATTTCAAA
322 ATATAGTTAAGACTACTA-GAATAATTATCTATTTCAAA
* ***
87680 TAGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAGACAATTATTTCAGCTCATACAAGTTTATTTGGAATAA
1 TA-TTATGACATTTTG-TTTATCATAAGACAATTATTTCAGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAA
* * ** * * *
87745 AATAAAACTAATTTGTTAATATTTCAAAGTTTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAATAATTCTAT
64 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTT-AAAAAAATAAATCTAT
* * * ** *
87810 TTAACAAACTAATTCAAATAATTATA-ACTATTTGCCCAATTATCTATTTTAGATCATTA-ATAC
128 TTACCAAACCAATTCAAATAGTTA-AGACTATTTG-AAAATTATCTATTTTAAATCATTATA-AC
* * * * * * * * * *
87873 TTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTAAAAATAAAATAAAACTA
190 CTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACAA
* * * * * * *
87938 ATTTATTAATATTTAGAAATTAATCATTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTGTTTACCAAATCATT
255 ATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAAT
**
88003 TC-TAATAGTTTTGACTACTAGAATAATTATCTATTTCAAA
320 TCAT-ATAGTTAAGACTACTAGAATAATTATCTATTTCAAA
* * * * * ** *
88043 TTGTTATAACATTTTCTTTTATCATCAA-ACAATTGGTTT-TGTTCATATTATTTTATTCAAAAT
1 -TATTATGACATTTT-GTTTATCAT-AAGACAATT-ATTTCAGTTCATACAAGTTTATTCAAAAT
* * * ** * *
88106 AAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAACTTAATAACCAAGAAAATT-AAAAAATAAATCTA
62 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTA
* * * ** * *
88170 ATTGCCGAACCGGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAAATATTATCAATTTTAAATCATTATAACC
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* * * ** * *
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* * * * * *
88299 TTTAATAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGATATTAAGAAAAATAAATTTGTTTATCAAACCAGT
256 TTTATTAATATTTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTA-AAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAAT
*
88364 TCATATGGTTAAGACTACTAGAATAATTATCTATTTCAAA
320 TCATATAGTTAAGACTACTAGAATAATTATCTATTTCAAA
* * *
88404 TCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAGA-ATATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATA
1 T-ATTATGACATTTTGTTTA-TCATAAGACA-ATTATTTCAGTTCATACAAGTTTATTCAAAATA
* * * *
88468 AATTAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGAAACAGATTTAAAAAAATAAATCTAT
63 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTAT
** * * * ** *
88533 TTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAATAATTGTCTACTTAAAATTGTTATGACC
128 TTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAA-AATTATCTATTTTAAATCATTATAACC
* * * * * * *
88597 TTTTATTTTGTCATAAAACAATTACTTTAGTTAATATAAGCTTATACATAATAAAATAACACAAA
191 TTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACAAA
*
88662 TTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAATAAG
256 TTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAATAAG
88693 GTTATACAAA
Statistics
Matches: 807, Mismatches: 169, Indels: 62
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
352 10 0.01
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (359 bp):
TATTATGACATTTTGTTTATCATAAGACAATTATTTCAGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAA
TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTA
CCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAAAATTATCTATTTTAAATCATTATAACCTTTTA
TTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACAAATTTAT
TAATATTTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAATTCATAT
AGTTAAGACTACTAGAATAATTATCTATTTCAAA
Found at i:88711 original size:56 final size:56
Alignment explanation
Indices: 88632--88748 Score: 189
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88622 TTTAGTTAAT
* *
88632 ATAAGCTTATACATAATAAAATAACACAAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAA
1 ATAAGCTTATACAAAATAAAATAACACAAATTTATTAACATTTCTAAAATTAATAA
* * *
88688 ATAAGGTTATACAAAATAAAATAATACAAATTTATTAACATTTCTAAATTTAATAA
1 ATAAGCTTATACAAAATAAAATAACACAAATTTATTAACATTTCTAAAATTAATAA
88744 ATAAG
1 ATAAG
88749 AGATTTAGAA
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 5, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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ATAAGCTTATACAAAATAAAATAACACAAATTTATTAACATTTCTAAAATTAATAA
Found at i:88735 original size:28 final size:28
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Indices: 88648--88735 Score: 65
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88638 TTATACATAA
* *
88648 TAAAATAACACAAATTTATTAATATTTC
1 TAAAATAATACAAATTTATTAACATTTC
* * ***
88676 TAAAATTAATAAATAAGGTTA-T-ACA-AAA
1 TAAAA-TAATACA-AA-TTTATTAACATTTC
88704 TAAAATAATACAAATTTATTAACATTTC
1 TAAAATAATACAAATTTATTAACATTTC
88732 TAAA
1 TAAA
88736 TTTAATAAAT
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 12, Indels: 12
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (28 bp):
TAAAATAATACAAATTTATTAACATTTC
Found at i:88903 original size:237 final size:238
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Indices: 88456--88922 Score: 537
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88446 TCATACAAGC
* * * *
88456 TTATTCAAAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGAAACAGATTTAAAA
1 TTATACAAAATAAAATAATACAAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGAAACAGATTTAAAA
* * * * * * *
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** * * *
88586 TTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTACTTTAGTTAATATAAGCTTATACATAATAA
131 TCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTACTTTAGATAATACAAGCTTATACATAACAA
*
88651 AATAACACAAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAATAAGG
196 AATAACACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGG
* * * *
88694 TTATACAAAATAAAATAATACAAATTTATTAACATTTCTAAATTTAATAA-ATAAGAGATTTAGA
1 TTATACAAAATAAAATAATACAAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGA-AACAGATTTAAA
* * * * * * *
88758 AACA-AAATTTGTTTACTAAATC-AGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAACAACTCTCTATTTCA
65 AAAATAAATCTATTTACCAAA-CAAGTTAAAATAATTATGACCATTTGAACAACTCTCTACTTAA
* * * * * * **
88821 AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGCTTTTGATCATACAAGCTTGT-TTTAAA
129 AATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTACTTTAGATAATACAAGCTTATACAT-AA
* *
88885 CAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
193 CAAAATAACACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
88923 GATAGATTTA
Statistics
Matches: 188, Mismatches: 38, Indels: 7
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (238 bp):
TTATACAAAATAAAATAATACAAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGAAACAGATTTAAAA
AAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTAAAATAATTATGACCATTTGAACAACTCTCTACTTAAAA
TCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTACTTTAGATAATACAAGCTTATACATAACAA
AATAACACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGG
Found at i:89448 original size:180 final size:177
Alignment explanation
Indices: 88700--89605 Score: 704
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88690 AAGGTTATAC
* * * * * *
88700 AAAATAAAATAATACAAATTTATTAACATTTCTAAATTTAATAAATAAGAGATTTAGAAACA-AA
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* * * * * * * * *
88764 ATTTGTTTACTAAATCAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAACAACT-CTCTATTTCAAATCATT
64 ATCTGTTTACCAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACT-TATTTAAAATCGTT
* * * *
88828 ATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGCTTTT-GATCATACAAGCTTGTTT
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* * *
88881 TAAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT--G-ATAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
88943 CTATTTACCGAATCAGTTCGAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTA-TCAATCTCAAATTGTTAT
66 CTGTTTACC-AAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACT-TATTTAAAATCGTTAT
* * * * *
89006 GA-TTTTGTTTTGTCTTAAAATAATTGTTTCT-GATCATAGAAGCTTATTT
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*** *
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1 AAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGAGATTT-AAAAAATAA
* ** * ** * * * * *
89116 ATGTGTTTGTCAAACTAGTTCAAGTAGTTAAAACTATTAGAATAATTA-TT-TTTTAAATTGTTT
64 ATCTGTTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACTTATTTAAAATCGTTA
* * * * *
89179 TGACCTTTTTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCA-TATCATACAAGCTCATTT
128 TGACCTTTTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTTAGT-TCATAAAAGCTTATTT
** * * * *
89230 TGAATAAAATAATCCTAATATATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAGATA
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* *
89294 AATCTGTTTACCAAACAAGCTCAATTAGTTATGACTATTTGAACAATTACTTATTTAAAATCGTT
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* **
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127 ATGACCTT-TTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTT
* *
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* * * ** * * *
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*
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*
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Statistics
Matches: 584, Mismatches: 111, Indels: 59
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Consensus pattern (177 bp):
AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGAGATTTAAAAAATAAAT
CTGTTTACCAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACTTATTTAAAATCGTTATGA
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Found at i:90099 original size:179 final size:180
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89827 CAAATTGTTA
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* * * *
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* * * ** *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * * * *
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1 TTTT-GTCATAAAACAA-TTGTTTT-AGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATT
* * * * * *
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* * * * * *
90326 CTAATAATTATGACTATTT-AGCAATTATCTATTTTAAATTGTAATGACCTTTTG
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** * * * * *
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* ** * * *
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*
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1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCGAAA-TAAAATAATACTAATTT
* * * * * *
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* * * * *
90682 ATAATCATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTCTG
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* * * * * *
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1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * *
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* * * * * * *
90862 ATAATTATGATTGTTTGAACATTTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTT
129 ATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTG
* * * *
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1 TTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTAGTTCATACAAGCTTATT-CGAAATAAAATAATACT-AATT
* * * *
90976 TATTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTGAA-TACGTTC
63 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACTA-GTTC
* * * * *
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* * * * *
91094 TTTTGCCAT-AAGCAAATTGTTTCT-GTTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
1 TTTTGTCATAAAAC-AATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * * * * *
91157 ATTAAAATTTTAAAAA-GAACAAGTAAAATATTTATTAAAAACAAATCTATTTACCAAGCGAGTT
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* * * * * * * * *
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126 CAAATAATTATGACTATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTG
* * * * * *
91276 TTTTGTCACAAAATAATTATTTCTA-TTCGTACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTA
** * * * * * *
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* * * * * * * **
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127 AAATAATTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTG
* * * *
91457 TTTTGCCATAAAACAATTATTTTTA-TTCATACAAACTAAGTCTATTTACTGAGCCAATTCAAAT
1 TTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTAGTTCATACAAGC----T-TA-TT-C-GA---AA-TAAAAT
** * ** ** * *** * *
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* * * * * * * *** *
91585 TTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTC-GAT-GTTA--AATATTACTA-AATTAGTAATATTCTA
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* * * ***
91644 AAAAT--TAATAA-ATAAAAG
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* * * * * * * * * ** *
91662 -ATT-T-AAAAAATAAATGTGTTT-GTTGA-ACCAG-TTCAAATAGTTAATCTTATTAGA-AC-A
1 TTTTGTCATAAAACAATTGT-TTTAGTTCATACAAGCTT--ATTCG-AAAT-AAAATA-ATACTA
* * ** *** * *
91719 A-TTATT--TATTTCAAATCATT-CTGACCT-TTTATTTATTCATAAAATAATTGTTTCAGTTTG
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* * * * * ***
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*** * *** *
91841 AAATTTAAAAACCAAATC
164 ATCGTT-ATAACCTTTTG
** * **** * * ** * * *
91859 CATT-T-ATTAAACAAGTTCAAATAGTT-AT--GA-C-TATTCGAACAATTATCTATTTCAAATC
1 TTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCG-A-AATAAAATAATACTAA--
** * * *
91917 TTTATGACCTTTTGTTTTATCAAAAA-TAATTGTTTCAGTTCATAAAGGCTTATCCAAAATAAAA
61 -TT-T-A---TTAATATT-TCAAAAATTAA-----TAAG----TAAA-GATT-T----AA-AAAA
* * * * * * * * *
91981 TAATAT-TACTTTATTAAAAT-TTTGAAAATTAATGAGTTGGA-GATTTAAAAAATAAATC-AGT
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* **
92042 TT-ATTGAATCAATTCA-AA--TAAT-
159 TTCA---AATC-GTT-ATAACCTTTTG
* * * ** ** * * *
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1 TTTTGTCA-TAAAACAATT-G---TTTTAGTTCA-TA-CAAGC--TT-ATTCG--A-AATAA-AA
* * * * *
92127 TTGTTTTTAATCATTACTTATCTATTAATACTTCAAAAATTAAT---TAGATATTTAAAAAATAA
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* * * * * * *
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*
92253 ATGA-CTTTTG
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* * * * * * *
92263 TTCTATTATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTAT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * *
92328 TAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAACA-AAATATGTTTA-TCGAAGTAGATCA
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* ** * *
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* * * ** *
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1 TTTTGTCATAAA-ACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * ** * **
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* * * ***
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* * * * *
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1 TTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATT
* ** * * * * * *
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* * * *
92746 TCAAATATTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTATTG
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* * * * *
92802 TTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCGTTCATACAAGCTTATAT-GGATTAAAACAATATTAATTTA
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTAT-TCGAAATAAAATAATACTAATTTA
** * * * * * * * * *
92865 TTAATATTTTGATAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATGAATATGATTT-TTGAGCAAATTCA
65 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTTACTAAACTAGTTCA
* * * * * * ** * *
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* * ** * **
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1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * ** * * * *
93042 TTAATATTTCAAAAATTATTGAGTATGAGAATTAAAAAATGTATC-GTTCAATGAAAAT-GTTCA
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* * * * * * * * *
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128 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTG
* * * * *
93158 TTTTGTCATAAAATAATAGGTTCTAG-TCATGCAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATA-TAAATT
1 TTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTTAGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATT
* * * * * * *
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* * * * * *
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* *
93338 -TTTGTC-T-AAACTAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTT
1 TTTTGTCATAAAAC-AATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT
* * *
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* ** * * * **
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* * * *
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1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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127 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTG
* * * ** *
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1 TTTTGTCATAAAACA--ATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAAT
* * * * *
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* ** * *
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127 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTG
* * * * * * *
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1 TTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * *
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* ** * ** * * *
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* * * *
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1 TTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTTAGTTCATACA-AGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT
* * ** * * * *
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* * * ***
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* * * * *
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1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACT-AATTT
* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-AGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTA
** * * *
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* * * * *
94565 TTCTATTTC-TAAAATAATTGTTTCAAG-TCATATAAGCTTATT-TAGAATAAAATAATACTAAT
1 TT-T-TGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAAT
* * * * *
94627 TTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAA-AAAGTCTATTTGCCAAAATAG
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* * * * * * * **
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * **
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* * * * *
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* ** * *
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95020 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACTAGTTCAAAT
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91388 TTATCGAACA
* * * * *
91398 AATTCAAATAATTATATCCATTTTAACTATTGTATATTTCAAATCGTTGTGATATTTTGTTTTGC
1 AATTCAAATAATTATATCCATTTGAACTATTATATATCTCAAATCGTTATGATACTTTGTTTTGC
*
91463 CATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAACTAAGTCTATTTACTGAGCC
66 CATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAACTAAGTCTATTTACTGAGCC
* * *
91512 AATTCAAATAATTATGA-CTATTTGAAC-ATTATCTATCTCAAATTGTTATGAT-CTTTGTTTTG
1 AATTCAAATAATTAT-ATCCATTTGAACTATTATATATCTCAAATCGTTATGATACTTTGTTTTG
* * * *
91574 TCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAA
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CATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAACTAAGTCTATTTACTGAGCC
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92166 TTAATTAGAT
* * * * * *
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** * * *
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* * * *
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* * **
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* * * * * *
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** * * * *
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* * * ** * ** * * *
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1 ATTTAAAAAA-AAATATGTTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * *
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*
92664 TC-AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA---AAAAGATGATTAATAAGTAAAAG
128 TCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAA-A--ATTAATAAGTAAAAG
* * * * ** * * * *
92716 GTAT-AAAATAAATTTGTTTGCCAAACAAGTTCAAATATTTATGACTATTTGAACAATTATTTAT
1 ATTTAAAAAAAAATATGTTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * *
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* * * * ** * *
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129 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * * * * * * *
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1 ATTTAAAAAA-AAATATG-TTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * ** * * **
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* * **
93022 T-GAAATAAAATAATACTAA---ATTAATATTTCAAAAATTATTGAGTATGAG
128 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG
* ** * * * * * * *
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1 ATTTAAAAAAAAATAT-GTT-TATCGAACTA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * *
93133 TATTTCAAAACATTATGATCTTATGTTTTGTCATAAAATAATAGGTTCTAG-TCATGCAAGCTTA
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* * *
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* * * * * *
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1 ATTTA-AAAAAAAATATGTTTATC-GAACTA-GTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAAT-TA
* ** * * * *
93311 TTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG-TTTGTC-TAAACTAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTT
61 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTT
* *
93374 ATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTC-AAAATTAATAAGTAAAAG
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* * * * * * *
93428 ATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CCAAGTGAGTTCAAGTAGCTATGACTA-TTGAACAATTATTT
1 ATTTAAAAAA-AAATATGTTTATCGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
** * * * * * *
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64 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT
* * * **
93555 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAATATTAATACGTTGAAG
129 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * * * * * *
93607 ATAT-AAAAAAAATCTGTTAATCGAA-TAGTTTAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTAT
1 ATTTAAAAAAAAATATGTTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * **
93670 TTCAAATCATTATGACATTTT-TTTTATCGTAAAA-AGTATTGTTTCTATTCATAAAAAATTATT
66 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATA--ATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT
*
93733 -TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT----G
129 CGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * **
93781 ATTTAAAAACTAAATTTGTTTATTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATGATTATCTA
1 ATTTAAAAA-AAAATATGTTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * ** * *
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* * * * * * *
93910 GAAGTAAAATATTTCTAAATTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAATAG
130 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * ** * **
93961 ATTTAAAAAATAAATGTGTTTATTGAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAGTAATTATCTA
1 ATTTAAAAAA-AAATATGTTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * **
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65 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT-AATTGTTTTTGTTCATACA-AGCTTAT
* * * **
94089 TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACACTT-AAAAATTTAATAAACAAGAA-
128 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-TTAATAAGTAA-AAG
* *
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1 ATTTAAAAAAA-AATAT-G-TTTATC-GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * * *
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* * * *
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127 TTC-GAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * * * * *
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1 ATTTAAAAAAAAATAT-GTTTATCGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
** * ** *
94385 ATTTCAAATCATTATGAATTTTTGTTTTGTGATAAAATAATT-TTTTTCATCATACAAGCCTATT
64 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT
* * * * ***
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* * * * * *
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1 ATTTAAAAAA-AAATATGTTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* ** *
94549 TTGT----T-A-TA--ACCTTTTGTTCTATTTC-TAAAATAATTGTTTCAAG-TCATATAAGCTT
65 TT-TCAAATCATTATGACCTTTTGTT-T-TGTCATAAAATAATTGTTT-TTGTTCATACAAGCTT
* * * *
94604 ATT-TAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGAG
126 ATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAG
* * ** * * * * * *
94659 ATTTAAAAAAAAAGTCTATTTGCCAAAATAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTA
1 ATTTAAAAAAAAA-TATGTTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * ** * * * **
94724 TTTCTAATCGTTATGA-CTTTCCATTTTGTCACAAAACAACTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT
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* *
94788 CAAAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT----G
129 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG
* ** * * * * * * * *
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1 ATTTAAAAA-AAAAT-ATGTTTATC-GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* ** * * * * * * * *
94899 TATTTCAAGTTGTTATTG-CCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTATTTGAAT-GTTCAATCTT
63 TATTTCAAATCATTA-TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTG-TTCATACAAGCTT
* * ** * *
94962 ATTCGAAATAAAAGAATACTAATTTATTATTCCTTGAAAAATTTATAAGTAAAAG
126 ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG
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1 AAAT
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Statistics
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Statistics
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* *
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*
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* * * *
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* ** * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * **
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* * * * * * *
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1 ATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * * * *
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** * * * * * *
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* * ** * * *
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1 ATTCAAATAGTT-ATGACTATTTA-AACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * *
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* * * ** * *
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* * * *
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1 A-TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * * * *
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64 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTA-A
* * *
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* * * * * * * * *
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1 ATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
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Found at i:98848 original size:360 final size:363
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* * * * * *
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* ** * * *** * *
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* * * * * *
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127 GTTATAACCTTTTATTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAT
*
98345 AATACAAATTTAATAATATTCCAAAACATAATAACCAAGAAAATTATAAAATAAATCTAATTACC
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* * * *
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*
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* * * *
98515 -AGATTAAAATAATACTAATTTAATAA-ATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATA
1 GA-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACAAATTTAAAAAAAT-
* * * *
98577 AAATTTATTTATCAATCT-GTTTAAATGGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGT
64 AAATTTATTTACCAAACTAGTTTAAATAGTTAAAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * *
98641 TTTGACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAATTA
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* * * * *** * * **
98706 ATACTAATTTATTAATATTCCTTAAA-TTAATAAGTTAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATT
192 ATACAAATTTAATAATATTCC-AAAACATAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTACC
* * * * * *
98770 GAA-TAGGTT-ATAATAATTATGGCCACTTGAATGATTATCTCTTCCAAATCATTATGACTTTTT
256 GAAGTA-ATTCA-AATAATTAAGACCACATGAATGATTATCTATTCCAAATCATTATGACCTTTT
* ** * *
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* *
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* ** * * *
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* * * * ***
99007 AAAATCTTTGT-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAGAAGCTTTTTTGGTTAA-AAATA
130 ATAACCTTT-TATTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-TTTATT-CAAAATAAATA
* * ** * * * * **
99070 ATACTAATTTAAT-ATTTTTTAAAA-A-ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAAT-AAT-TTGTGTGAC
192 ATACAAATTTAATAATATTCCAAAACATAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAAT-T-AC
** ** * * * * * * * * * **
99129 TAAACCAATTCCAATAGTTAAAACTA-TTGGAATAATTATTTATTTCAAGTCATTCGGACCTTTT
255 CGAAGTAATTCAAATAATTAAGACCACAT-GAATGATTATCTATTCCAAATCATTATGACCTTTT
* ** * * ** *
99193 CT-TTAGTTATAAAA-TAGT-TGTTTCATATCTTACAAGCCTA-TTT
319 CTAAT-GCCATAAAACAACTGTGTTTTTTATCATACAAG-CTACTTT
* * * * * * * *
99236 GGAATAAAATAATTCAAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATATGCAA-AAGATTTGAAAAAATA
1 GAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACAA-ATTTAAAAAAATA
* * *** * * ** * * * *
99300 AATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATTGTT
65 AATTTATTTACCAAACTAGTTTAAATAGTTAAAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * **
99365 ATGACCTTTTATTTTTACATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCTTAACCAAAATTAAATA
130 ATAACCTTTTATTTGT-CATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTCAAAA-TAAATA
** *
99429 ATACAAATTTCTTAATATTTCAAAA
192 ATACAAATTTAATAATATTCCAAAA
99454 ATTAATAGGC
Statistics
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0.77 0.16 0.07
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366 5 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (363 bp):
GAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACAAATTTAAAAAAATAA
ATTTATTTACCAAACTAGTTTAAATAGTTAAAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTA
TAACCTTTTATTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAATAATAC
AAATTTAATAATATTCCAAAACATAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTACCGAAGT
AATTCAAATAATTAAGACCACATGAATGATTATCTATTCCAAATCATTATGACCTTTTCTAATGC
CATAAAACAACTGTGTTTTTTATCATACAAGCTACTTT
Found at i:99373 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 98075--99815 Score: 840
Period size: 177 Copynumber: 9.7 Consensus size: 180
98065 AACTATAGGT
* * * * * * * *
98075 AACAATTATGTATTTTTAAATTGTTATTACTTTTTGTTTATCATAAAATAATTGTTTTCTGT-TA
1 AACAATTATCTA-TTTAAAATTGTTATGACCTTTT-TTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAGTATC
* * * *
98139 ATATTAAG-TTGTTCGAAATAAAATGCATTACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATCA-GT
63 ATA-CAAGCTTATTTGAAATAAAAT--AATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAAT-ATG-
* * * * *** * * * * *
98201 AAAAAATTT-TAAAAGTAAATCTACCTACTAAACCATTTCAAATAGTTTTGATTATTTG
122 CAAAAATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * * *
98259 AATAATTATCTGTTTCAAATCGTTATAACTTTTTATTTCGTCATCAAACAATTGGTTC--TATTC
1 AACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTT-TTT-GTCATAAAACAATTGTTTCAGTA-TC
* * ** ** * * * **
98322 GTACTATTTTATTCAAAAT-AAATAATACAAATTTAATAATATTCCAAAACA-TAATAACCAAGA
63 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA-ATTAATATGCAA-A
* * * ** ** * **
98385 AAATT-ATAAAATAAATCTAATTACCGAAGTAA-TTCAAATAGTTAAGACTACATG
126 AATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
** * * ** * * * * *
98439 AATGATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTAATGCCATAAAACAATTGTTT--TTTTCG
1 AACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTT-T-TTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTATCA
* * * * * *
98502 TACAAGCTTATTT-AGATTAAAATAATACTAATTTAATAA-ATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAG
64 TACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGCAA-AA
* * * * * * ** *
98565 ATTT-AAAAAATAAAATTTATTTATCAATC-TGTTTAAATGGTTAAAACTATTAG
127 ATTTAAAAAAAT-AAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * *
98618 AATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAAT-TCA
1 AACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTT-TTT-GTCATAAAACAATTGTTTCAGTATCA
* * * * ** * * *
98682 TACAAGTTTA-TTCAGAATAAATTAATACTAATTTATTAATATTCCTTAAATTAATAAGTTAGAA
64 TACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATG-CAAAA
* * *** * * * * * *
98746 ATTT-AAAAAATAAATCTATTTATTGAATAGGTT-ATAATAATTATGGCCACTTG
127 ATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCA-AATAGTTATGACTATTTG
** * ** ** * * ***
98799 AATGATTATCTCTTCCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAACTGTTTTTTTTATC
1 AACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGAC-CTTT-TTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAGTATC
* * *
98864 ATACAAGC-TACTTTGAAATAAAATCATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACA
63 ATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGCAA-A
* *
98928 AATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTG
126 AATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* ** *
98983 AACAATTATCAATGTT-AAATTGTTAAAATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC--TATTC
1 AACAATTATCTAT-TTAAAATTGTTATGACCTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTA-TC
* * ** * * * * * *
99045 ATAGAAGCTTTTTTG-GTTAAAAATAATACTAATTTAATATTTTTTAAAAAATTAATA---AGAG
63 ATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGCAAAA
* * * ** *
99106 ATTT-AAAAAAT-AATTTGTGTGACTAAACCAA-TTCCAATAGTTAAAACTATTGG
127 ATTTAAAAAAATAAATTTGT-TTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * ** ** * * * *
99159 AATAATTATTTATTTCAAGTCATTCGGACCTTTTCTTTAGTTATAAAATAGTTGTTTCA-TATCT
1 AACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTT-TTT-GTCATAAAACAATTGTTTCAGTATCA
* * * * *
99223 TACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATTCAAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATATGCAAAAGA
64 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGCAAAA-A
* * ***
99288 TTTGAAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
128 TTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* *
99341 AACAATTATTTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTATTTTTACATAAAACAATTGTTTCAGT-TCA
1 AACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTT-TTTGT-CATAAAACAATTGTTTCAGTATCA
* **** * * * *
99405 TAAAAGCTTAACCAAAATTAAATAATACAAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAGGC---AAT
64 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGCAAAAAT
* * *
99467 TTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAATTCAAACAATT-TCGACTATTTG
129 TTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTG
* * * * * * *
99519 AATAATTGTCTGTTTAAAATCT-TTATGACTTTTTGTTTTCTCATAAAATAATTGTTTCAGT-TT
1 AACAATTATCTATTTAAAAT-TGTTATGAC-CTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTATC
* ** * ***
99582 ATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA---AGTGA
63 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGCAAAAA
* * * * * * *
99644 TTT-AAAAAGTGAATCTATTTACCAAATC-AGTTCCAATAGTTATG-GTCATTTC
128 TTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTG
* * * * * **
99696 AACAATTATCCATTTGAAATTGTTATTACCTTTTGCTTGGTCATATAACAATTGTTTTTG-ATCA
1 AACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTT--TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTATCA
** *
99760 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATA
64 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
99816 AGTAAGAGAT
Statistics
Matches: 1207, Mismatches: 283, Indels: 141
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 11 0.01
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185 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTATCATA
CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGCAAAAATTT
AAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
Found at i:100428 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 99906--101531 Score: 994
Period size: 180 Copynumber: 9.0 Consensus size: 180
99896 TCGTGTTTGT
* * * * * ** * * *
99906 CGAACCAATTGAAATAGTTAGGACTATTAGAATAATTCTCTATTTTGAATTGTTTTGACCTTTTA
1 CGAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTG
* * * * * ** * * *
99971 TTTAGTCATAAAATAATTG-TTTCCGTTGATACATTCTTATTCAAAATAAAATAATCCTAATTTA
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC-ATCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * *
100035 TTAACA-TTCAAAAAATTAACAAGCAAGAAATTAAAAAAATAAATCTA-TTCAC
129 TTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-AGTTTAC
* * * * * * * *
100087 TGAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTCTTTGAATAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTA
1 CGAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTG
* * * * * ** * *
100152 TTTTATCATAAAACGATTG--TTTCAATTCATAAAAACCTATCCA-AATAAAATAATATTACTTT
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC-A-TCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * *
100214 ATTAATATTTTAAAAATTGATAATTTAGAGATTTAAAACATAAATCAGTTTAT
128 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTAC
* * * * *
100267 TGAATCAATTCAAATAATTATG-GTCATTTGAACAATTATCTATTGCAAATTGTCATGAACTTTT
1 CGAA-CAATTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTT
* * * *
100331 GTTTTTTCTTAAAACAATTGTTTTTCATCATAGAAGCCTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTA
64 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTA
* **
100396 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
129 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCAGTTTAC
* * * * * * *
100449 AGAACCATTTCAAATAGTTTTAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTAT-AATATTTT
1 CGAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAA-CTTTT
* * * * ** * * * ** * *
100513 GTTTTGTCATCAAATAATTGATTATGTTAACACCATTTTATTT-GAAATAAAATAATATTGATTT
64 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTT
* * * ** * * * *
100577 AATAATATTTCAACACTTAATAACCATG-GAACTTAAAAAATAAATCTA-ATTGC
128 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAATC-AGTTTAC
** * * * * * * * * *
100630 TAAACCAGTTCAAACAATTAAGACTGTGTGAACAATTATCAATTTCAAACTGTTATGACCTTTTG
1 CGAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTG
* * * * * * *
100695 TTTTGTCGTAAAATAATT-TTTTT-GTTAGTATAAGCTTATTTAGATTAAAATAATA-AAGATTT
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCA-TACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTA-ATTT
* * **
100757 AATAATATTTCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
128 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTAC
* * * * * * * *
100810 CAAACGAGTTCATATGATTTA-GACTATTAGAACGATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTT
1 CGAAC-AATTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTT
* *** * * * * *
100874 GTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGGCATAAATTAATCCTAGTTTA
64 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTA
* * * *
100939 TTAA-AATTCAAAAAATTAATAA-TAAAGAGA-TTAAAAAAT--TTTA-CTTAC
129 TTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTAC
* * ** *
100987 CGAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTCTATTT-AAATCATTATG-ACGATTT
1 CGAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAAC-TTTT
* * * * *** *
101050 GTTTTGTCATAAAACAA-T-TATTTCAGTTAATACAAACTAATACGGAATAAAATAATACTAATA
64 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA--TCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATT
* * *
101113 TGTTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTAT
127 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTAC
* * ** * * ** *
101167 CGAGCTAGTTTGAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATCTCAAATCATTATGATC-TTTG
1 CGAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTG
* * **
101231 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTATCATA-AGAGCTTA-TTCGGTTAAAAATAATACTAATTT
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACA-AGCTTATTTAGAAT-AAAATAATACTAATTT
* * ** **
101294 AATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGACATTTAAAAAATAAATGTGTTTGT
128 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTAC
* * ** * * * *
101347 TGAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTT-TTAACCTTTT
1 CGAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAA-CTTTT
* ** * * ** * * * * *
101411 CTTGAGTCATAAAATATTTGTTCAT-ATCAAACAAGCTTGTTTGGAATAAAATAATCCTAATATA
64 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTA
* * * *
101475 TTAACA-TTCAAATAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTAT
129 TTAATATTTCAAA-AATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCAGTTTAC
101528 CGAA
1 CGAA
101532 TAAACTCAAA
Statistics
Matches: 1117, Mismatches: 274, Indels: 108
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 3 0.00
175 2 0.00
176 80 0.07
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178 3 0.00
179 17 0.02
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183 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (180 bp):
CGAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGT
TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATT
AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTAC
Found at i:100960 original size:361 final size:363
Alignment explanation
Indices: 100295--100960 Score: 783
Period size: 361 Copynumber: 1.8 Consensus size: 363
100285 TATGGTCATT
* * * *
100295 TGAACAATTATCTATTGCAAATTGTCATGAACTTTTGTTTTTTCTTAAAACAATTGTTTTTCATC
1 TGAACAATTATCAATTGCAAACTGTCATGAACTTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTTTCATC
* * *
100360 ATAGAAGCCTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAG
66 ATAGAAGCCTATTTAGAATAAAATAATACAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * *
100425 ATTTTAAAAAATAAATTTGTTTACAGAACCATTTCAAATAGTTTTAACTATTTGAATAATTATCT
131 ATTTTAAAAAATAAATTTGTTTACAGAACCAGTTCAAATAGATTTAACTATTAGAACAATTATCT
* * * * * **
100490 ATTTCAAATTATTATAATATTTTGTTTTGTCATCAAATAATTGATTATGTTAACACCATTTTATT
196 ATTTCAAATTATTATAACATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGATTATGTTAACACAAGCTTATT
* * * *
100555 TGAAATAAAATAATATTGATTTAATAATATTTCAACACTTAATAACCATGGAACTTAAAAAATAA
261 TGAAATAAAATAATATAGATTTAATAATAATTCAAAAATTAATAACCATGGAACTTAAAAAATAA
100620 ATCTAATTGCTAAACCAGTTCAAACAATTAAGACTGTG
326 ATCTAATTGCTAAACCAGTTCAAACAATTAAGACTGTG
* * * * * *
100658 TGAACAATTATCAATTTCAAACTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCGTAAAATAATT-TTTTT-GTT
1 TGAACAATTATCAATTGCAAACTGTCATGAACTTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTTTCATC
* * * *
100721 AGTATAAGCTTATTTAGATTAAAATAATA-AAGATTTAATAATATTTCAAAAATTAGTAAGTAAG
66 A-TAGAAGCCTATTTAGAATAAAATAATACAA-ATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * *
100785 AGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCA-AACGAGTTCATAT-GATTTAGACTATTAGAACGATT
129 AGATTTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CAGAACCAGTTCAAATAGATTTA-ACTATTAGAACAATT
* * * * * * *
100847 ATCTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTG-TTTTAGTTCATACAAGC
192 ATCTATTTCAAATTATTATAACATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGATTAT-GTTAACACAAGC
** * * *
100911 TTATTTGGCATAAATTAATCCTAG-TTTATTAA-AATTCAAAAAATTAATAA
256 TTATTTGAAATAAAATAAT-ATAGATTTAATAATAATTC-AAAAATTAATAA
100961 TAAAGAGATT
Statistics
Matches: 249, Mismatches: 47, Indels: 16
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
360 12 0.05
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ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (363 bp):
TGAACAATTATCAATTGCAAACTGTCATGAACTTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTTTCATC
ATAGAAGCCTATTTAGAATAAAATAATACAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
ATTTTAAAAAATAAATTTGTTTACAGAACCAGTTCAAATAGATTTAACTATTAGAACAATTATCT
ATTTCAAATTATTATAACATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGATTATGTTAACACAAGCTTATT
TGAAATAAAATAATATAGATTTAATAATAATTCAAAAATTAATAACCATGGAACTTAAAAAATAA
ATCTAATTGCTAAACCAGTTCAAACAATTAAGACTGTG
Found at i:101821 original size:327 final size:326
Alignment explanation
Indices: 101210--101824 Score: 735
Period size: 327 Copynumber: 1.9 Consensus size: 326
101200 AATTATCAAT
* ** * * **
101210 CTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTATCATAAGAGCTTATTCGG
1 CTCAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTAATATCATAAGAGCCTATCCAA
* * *
101275 TTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGACATTTAAAAAATAAATG
66 ATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGACATTTAAAAAATAAATA
* * * * * * *
101340 TGTTTGTTGAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTAA
131 AGTTTGTTCAACTAATTCAAATAGTTAAAACTATTAGAACAATTATATATTTAAAATCATTTTAA
* * * * * **
101405 CCTTTTCTTGAGTCATAAAATATTTGTTCATATCAAACAAGCTTGTTTGGAATAAAATAATCCTA
196 CCTTTTCTTGAGCCATAAAACAATTGTTCATATCAAACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATA
101470 ATATATTAACATTCAAATAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATAA
261 ATATATTAACATTCAAATAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATAA
101535 A
326 A
*
101536 CTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAAT-TCATAA-AGCCTATCC
1 CTCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-AATATCATAAGAGCCTATCC
* *
101599 AAA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATA
64 AAATA-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGACATTT-AAAAAATA
* * * *
101663 AATAAGTTT-TCTCAAC-ACATTCAAATAGTTATAATTATTTGAACAATTGTATATTTAAAATCA
127 AATAAGTTTGT-TCAACTA-ATTCAAATAGTTAAAACTATTAGAACAATTATATATTTAAAATCA
* ** * *
101726 TTATT-ACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTT-TTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAA
190 TT-TTAACCTTTTCTTGAGCCATAAAACAATTGTTCATA--TCAAACAAGCTTATTTGAAATAAA
* *
101789 ATAATAATAAT-TTTTAATATTCTAAA-AATTAATAAG
252 ATAATAATAATATATTAACATTC-AAATAATTAATAAG
101825 TGATTTAAAA
Statistics
Matches: 241, Mismatches: 38, Indels: 19
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Matches are distributed among these distances:
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ATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGACATTTAAAAAATAAATA
AGTTTGTTCAACTAATTCAAATAGTTAAAACTATTAGAACAATTATATATTTAAAATCATTTTAA
CCTTTTCTTGAGCCATAAAACAATTGTTCATATCAAACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATA
ATATATTAACATTCAAATAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATAA
A
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*
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TTAATAAAATATTTAAAAA
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* * * * *
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** *
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* * * * * * *
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* * * * ** * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * ** * *
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** * *
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1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA-
* * *
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* * * * * *
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* *
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* * * *
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* * * *
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* *
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1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTT-ATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * *
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** * * * * *
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* *** * *
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* * * * * *
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* * * ** * *
103934 TTCAAATAATTGTA-ACTATTTGAAACAATTATCAATTTCAAATCATT-TTACT
126 TTCAAATAGTT-AAGACTATTTG-AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACC
* * * * * *
103986 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTTTCTTAATATAAGTTTGTTTAAAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * **
104167 TTTTATTTTGTCATCAAACCATTGGTTTTGTTCATACTATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* ** * * ** **
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* * **
104294 TTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATA
126 TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACC
* * * * * * * * * *
104346 TTTT-TTTT-TCGTAAAATAATTGTTTTGTTCATATAGGCTAATAT-AGATTGAAATAATATTAG
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTCATACAAGCTTAT-TCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * ** * *
104408 TTTAATAATATTTCAAAAATTAAT-A-AA-AGATTTAAAAAATACATTTGTTTACCGAATCAATT
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* * * * *
104470 CAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCCATTTCAAATTGTTCTAACC
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* * * * *
104520 TTTTGTTTAGTTATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAATTAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * ** * * * * * * **
104585 TTTGTTAACACTCAAAAAATTAAAAAGAAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTCACTGAATAAGT
65 TTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATT-TCTAAACCAGT
** *
104650 T-AAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACC
127 TCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACC
* * * * **
104700 TTTTGATTTGTCATAAAACAA--------TTAATACGAGCTTAGAT-GGAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAA
** * * ** * * **
104756 TTTATTAATATTTCCCAAATTAATAACTAAAAAATTTTTAAAATAAATTTGTTTACCT-ATTCAG
65 TTTATTAATATTT-AAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT--CTAAACCAG
* * * * * ** * ** *
104820 ATAAAATAATTATGGCTGGTTGAACGATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
126 TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACC
* * * *
104872 TTTGGTTTTGTCATAAAATAGTTGTTTT-TCATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGT--TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * * * *
104936 ATTTATTAATATTTTAAAAATTAACAAGTAAGAGACTTAAAAAGTAAATCTGTTTACCAAACCAA
64 ATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-CTAAACCAG
* * * * ** *
105001 CTGAAATAGTTATGAC-ATTTGAACAATTAT-TAATATCAAATCATTA-AGA-T
126 TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATTGTTATA-ACC
* * * *
105051 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTTATCATAAAATCTTATTC
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGT-TCATACAAGCTTATTC
105098 TGTTAAAAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
TTATTAATATTTAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTCTAAACCAGTTCAA
ATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACC
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105098 TGTTAAAAAT
* ***
105108 TAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTATTGAGCAAGTCAATAGTTTAACTATTTGAACA
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* * *
105173 ATTATTTATTTAAAATCATTAAGATCATTTGTTTTGACATAAAACAATT-GTTTAGTTCATA-AA
66 ATTATCTATTTAAAATCATTAAGACCATTTATTTTGACATAAAACAATTAGTTTAGTTCATACAA
* *
105236 GCTTA-TCTAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTCCAAAAATTAG
131 GCTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAA
* *
105285 TAAGCAAAAGA-TTAAAAAAATAAATTTGTTTAGCAAATG-AATTCAAATAGTTATGACTATTTG
1 TAAGCAAAAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTA-CAAA-GCAAGTC-AATAGTT-TAACTATTTG
* * * * * *
105348 AACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAGTTATTTTAGTTCAT
62 AACAATTATCTATTTAAAATCATTAAGACCATTTATTTTGACATAAAACAATTAGTTTAGTTCAT
*
105413 ACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAA
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105466 TAAG
1 TAAG
105470 TATGTGATTT
Statistics
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TAAGCAAAAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACAAAGCAAGTCAATAGTTTAACTATTTGAACA
ATTATCTATTTAAAATCATTAAGACCATTTATTTTGACATAAAACAATTAGTTTAGTTCATACAA
GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAA
Found at i:106449 original size:181 final size:179
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105540 CTTCAATCAT
* ** *
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*** * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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1 TTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC
* * * ** * *
105794 TAAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAATGGTCATAATAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATA
66 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * *
105859 GT--TAAACTATTTG-ACTTGCTT-GATGAATATATTTATTTTTTTAAATCTT
131 GTCATAAA-TATTTGAAC-TGTTTAG-TAAATAGA-TTAATTTTTTAAATCTC
* * * * * * *
105908 TTGCTTATTAATTTTTTG-AA-GTTAATAAATTAGAATTATTTTA-TTCTGAATAAACTTATA-A
1 TTACTTATTAA--TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATG
* * * * ** * * * ** * * *
105969 AATATGAAACAAATATTTTGCGACTAAACAAAATGTCAGAATAATTTGAAATAGAAAATTATTCT
63 AACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
** * * * * * * **
106034 AATAGTTTTAATTATTGGAACTAGTTT-GACAAACACATTTATACTTTAAATCTC
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* * * ** * *
106088 TTA-TTA--ATTTTTGAAATATTATTAAATTTGTATTATGTTTA-ACCAAA-AAGCTTTTATGAT
1 TTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * *
106148 CAAAAGCAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCTTAACAATTTGAGATTGATAATTGTTCAAAT
65 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * *
106212 AGTCATAACTATTTAAACTGGTTCGATAAAGAGATTTATTTTTTAAATTTC
130 AGTCATAAATATTTGAACTGTTTAG-TAAATAGATTAATTTTTTAAATCTC
* * * *
106263 TTACTTATTAATTTATGAAATATTAATAAATTAGGATTATATTAGTTCAAATAAGCTTGTATGAT
1 TTACTTATTAATTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * *
106328 CAAAAACAATTGTTTTATAATAAAACAAGAGGTCATAATGATTTGAAATCGATAATCGTTCAAAT
65 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * *
106393 GGCCATAAATATTTTAACTGATTTAGTAAACAGATTAATTTCTTAAATTTC
130 AGTCATAAATATTTGAACTG-TTTAGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTC
* * * *** *
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1 TTACTTATTAATTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
** * * * * *
106509 CTGAAACAATTGTTTTATGACAAATCTAAAGGTTATAACGATTCT-AAATATACAATTGTTCAAA
65 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * * *
106573 AAATAATAACTATTTCAACTGGTTCAGTAAATAGATTATTTTTTTAAATCTC
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* ** * * *
106625 TTTCTTATTAATTTTCTTAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTA-TTCTGAATAAG-TATGTATG
1 TTACTTATTAATTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCT-TGTATG
** * * * * * * *
106688 AACTGAAACAATTTTTTTATGACTAAACAAATGATCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTA
63 AACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
** * * * * *
106753 ATAGTTTTAAACATTTGAACTGATTT-GATAAACAAATTTATTTTTTAAATCCC
128 ATAGTCATAAATATTTGAACTG-TTTAG-TAAATAGATTAATTTTTTAAATCTC
* * * * *
106806 TTATTTATTAA--TT----T-TT-A-AAA-TATTATTATTTTA-ATCTGAATAAGCTTGTACGAA
1 TTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAA
* ** * ** **
106860 C-AAAATAATTGTTTTACAACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCATTT
65 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * *
106924 AGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTAATAATTAGACTT-ATTTTTTAATTTTC
130 AGTCATAAATATTTGAACT-GTTTAGTAAATAGA-TTAATTTTTTAAATCTC
** * * * *
106975 TTGGTTATTAAGTTTT-AGAATATTATTAAATTAGTATT-TTTT-TTGTTATGAATAAGATAGTA
1 TTACTTATTAA-TTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCA--AATAAGCTTGTA
* * * * * * * * * *
107037 TGAACAGAACCAATTGTTTCATTACAAAATAAAAAGTTATAATGATTTAAAATCA-ATAATTATT
61 TGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT-AGATAATTGTT
* * *
107101 CAAATAGTCA-AAACTATTTGAAATTGTTTAGTAAATAGATATACTTTTTAAAATCTC
125 CAAATAGTCATAAA-TATTTG-AACTGTTTAGTAAATAGAT-TAATTTTTTAAATCTC
* * * * * * * * ** *
107158 TAACTGAGTAGTTTTCTAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTCATATTAA
1 TTACTTATTAATTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * *
107223 CAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTAAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAAT
65 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * *
107288 AGTTATAATTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGAATT-ATTTTCTAAA-CTT
130 AGTCATAAATATTTGAACT-GTTTAGTAAATAG-ATTAATTTTTTAAATCTC
* * * *
107338 TTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-TCTATTATATTCCAAATAAGTTTTGTATG
1 TTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT-TATTTTATTTCAAATAAG-CTTGTATG
* ** * * * * * * ** * **
107402 AGCTGAAATAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCTTAACAATTACAAATATATAATTGTTCTT
63 AACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * ** * *
107467 ATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAACAAATGGATTTA-TTTTTAAATCTC
128 ATAGTCATAAATATTTGAACT-GTTTAGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTC
* * * * * * *
107519 TTAGTTATTAATTTTTAGAATATTACTAAATTACTATTATTTTATTCCTAATAAGCTTGTTTGAA
1 TTACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
* ** * *
107584 CAAAAACAATTTTTTTATGTTAAAACAAAAGGTTATAA-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
65 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * *
107648 AGTCAT-AATGATTTGAATTGGTTCGATAAATAGATTTA-CTTTGAAA--TC
130 AGTCATAAAT-ATTTGAACTGTTTAG-TAAATAGATTAATTTTTTAAATCTC
* *
107696 -T-CTTATTAATTCTTGAAATATTAATGAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-T
1 TTACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
* * * *
107758 CAAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAA
65 C-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * *
107823 -ATGCCAT-AATCATTTAAACTGATTTGGTAAATTGATTAATTTTTTAAATCTC
129 TA-GTCATAAAT-ATTTGAACTG-TTTAGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTC
* * *** * *
107875 TTACTTACTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTTAGCATTATTTTATTTTTGGATAACCTTTTATG
1 TTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA-TTTCAAATAAGCTTGTATG
* * * * ***
107940 AACTAAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTTAAATAGATAACCATTCAA
63 AACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * ** *
108004 ATAGTCATAACTATTTTAACTTGTTTAGTAAATAGATCT-ATCTTTCCAAATCTT
128 ATAGTCATAAATATTTGAAC-TGTTTAGTAAATAGAT-TAAT-TTTTTAAATCTC
* * ** *
108058 TTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATGA
1 TTACTTATTAA--TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA
*** * * * ** * *
108122 ATTGAAACAATTATTGTT-TGACTAAACAAAAGGTCAAAATAATTTGAAATAGATAAATATT-AT
64 ACAAAAACAATTGTT-TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-
* * * * * ** * * *
108185 AATATTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAGCACATTTATCTTTTAAATCTC
127 AATAGTCATAAATATTTGAACT-GTTTAGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTC
* * ** * * * *
108239 TTA-TTA--ATTTTTAAAATATTGTTAAATTAGTATTATTTT-TATCTGAATAAGTTTGTATGAT
1 TTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * ** * *
108300 CATAAATAATTGTTTTATGAGAAGAC-AAAGATCATAACTATTTGGGATTGATACTTGTTCAAAT
65 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * *
108364 AGTCATAACTATTTGAACTGGGTT-GAAAACA-ACTTTAGTTTTTAAATCTC
130 AGTCATAAATATTTGAACT-GTTTAGTAAATAGA-TTAATTTTTTAAATCTC
* * * * * * * *
108414 TTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAAGTACTATTATCTTATTT-ATGATAAGTTTTTATGA
1 TTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAGCTTGTATGA
* * * * *
108478 ACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAACCTT-AAATAGAAAATTGTTCAA
64 ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* ** * * * *
108542 ATAGTCA-AATCTATTTGTATTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTTAATCTC
128 ATAGTCATAA-ATATTTG-AACTGTTTAGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTC
* * * * *
108595 TTACTCATTAATTTTTCAAATGTTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAA
1 TTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
* * * * ** * * * *
108660 CTAAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATAATTTGAAATAAATAACTATT-TAAT
65 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * ** **
108724 AGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAAAATTTTTTTTTTTTAAATCTC
130 AGTCATAAATATTTGAACT-GTTTAGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTC
** * * *
108775 TTACTTATTAATTTTTGGTATATTATTAAATTTGTATTATTTTA-ATCTAAATAAGCTTGTATGA
1 TTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGA
* * * * *
108839 A-AAGAAACAATTGTTTTATAACAAAA-TAAAGGTTATAACGATTT-AAGATAGATAATTATTTA
64 ACAA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCA
* * * * * * *
108901 AATAGTCATAACTATTTAAATTGTTTTTGTAAACA-AGTTTAGTTTTTAAA--TC
127 AATAGTCATAAATATTTGAACTG-TTTAGTAAATAGA-TTAATTTTTTAAATCTC
* * * * **
108953 TT--TTATTAATTTTTAAAATATTAATAGATCAGTATTATTTTA-TT-ATGAT-ATTTTGCT-TG
1 TTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAGCTTG-TATG
* * * * * *
109012 ---AATAGC--TTGTTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTATTCA
63 AACAAAAACAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * *
109072 AATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
127 AATAGTCATAAATATTTGAAC-TGTTTAGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTC
* * * * *
109126 TTACATATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGAATGAA
1 TTACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
* * * * ** * * *
109191 TAGAAATAATTGTTTTATAATGAAATAAAAGATCATAACTATTTGAA
65 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
109238 CTTGCTTGAT
Statistics
Matches: 2707, Mismatches: 652, Indels: 298
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 95 0.04
170 44 0.02
171 71 0.03
172 10 0.00
173 6 0.00
174 18 0.01
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182 330 0.12
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184 13 0.00
185 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC
AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
GTCATAAATATTTGAACTGTTTAGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTC
Found at i:107461 original size:714 final size:702
Alignment explanation
Indices: 105550--108857 Score: 2220
Period size: 718 Copynumber: 4.6 Consensus size: 702
105540 CTTCAATCAT
* *
105550 TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TT-TGAATAAGTTTGTATG
1 TTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT-TTTTTTGTTATGAATAAGATTGTATG
** * * *
105613 AATTGAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAA
64 AACAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATCAATAATTGTTCAA
* * * *
105677 ATAGTC-GAACTATTTAAATTTATTTAGTAAACAAATTTATTTTCTTAAA-CTCTTCCTTATTAT
129 ATAGTCAAAACTATTTAAA-TTGTTTAGTAAACAGA-TTA-TTT-TTAAATCTCTTACTTATTAT
* * * *
105740 TTTTAAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTTAGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTG
190 TTTT-AAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTCAGACAAGCTTATATTAACTAAAACAATTG
* * * *
105805 TTTTATGTCAAAACAAATGGTCATAATAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTA-AACTAT
254 TTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAA-TTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAT
* * * * * * *
105869 TTG-ACTTGCTTGATGAATATATTTATTTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTGAA-GTTA
318 TTGAACTAGTTTGGTAAATAGAATTATTTTTTTAAATCTTTT-CTTA-TAAATTTTTGAATGTTA
* ** * * * * **
105932 ATAAATTAGAATTATTTTATTCTGAATAAACTTATA-AAATATGAAACAAATATTTTGCGACTAA
381 ATAAATTAG-TTTA-TTTATTCTGAATAAGTTTGTATGAA-CTGAAACAATTATTTTATGACTAA
* * ** *
105996 ACAAAATGTCAGAATAATTTGAAATAGAAAATTATTCTAATAGTTTTAATTATTGGAACT-AGTT
443 ACAAAATGTCAGAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTTTTAAACATTTGAACTGA-TT
* ** * *
106060 TGACAAACACATTTATACTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTATT-AAATTTGTATTAT
507 TGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-T--TTATT--AAT-TT-TTAAAATAT-TATTAT
* * * ** * *
106124 GTTTAACCAAAAAGCTTTTATGATCAAAAGCAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCTTAACAAT
564 GTTTAACCAAAAAGCTTGTACGAACAAAAGCAATTATTTTACAACAAAACAAAAATCATAACAAT
* * * *
106189 TTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCGATAAAGAGATTTATTTT
629 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCAATAAAGAGACTTATTTT
106254 TTAAATTTC
694 TTAAATTTC
* * * * *
106263 TTACTTATTAA-TTTATGAAATATTAATAAATTAGGATTATATTAGTTCA--AATAAGCTTGTAT
1 TTACTTATTAATTTTA-G-AATATTAATAAATTAGTATTTTTTTTGTT-ATGAATAAGATTGTAT
* * * * * * *
106325 GATCAAAAACAATTGTTTTATAATAAAACAAGAGGTCATAATGATTTGAAATCGATAATCGTTCA
63 GAACAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATCAATAATTGTTCA
* * * * *
106390 AATGGCCATAAA-TATTTTAACTGATTTAGTAAACAGATTAATTTCTTAAATTTCTTACTTATTA
128 AATAGTCA-AAACTATTTAAATTG-TTTAGTAAACAGATT-ATTT-TTAAATCTCTTACTTATTA
** * * * * *
106454 CTTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-GTCTAAGCTTGTATTAACTGAAACAA
189 -TTT-TTAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTCAGAC-AAGCTTATATTAACTAAAACAA
* * * * * * * * *
106518 TTGTTTTATGACAAATCTAAAGGTTATAACGATTCTAAATATACAATTGTTCAAAAAATAATAAC
251 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATT-TAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAAC
* * ** * *
106583 TATTTCAACTGGTTCAGTAAATAG-ATTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTCTTAATG
315 TATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGAATTATTTTTTTAAATCT-TTTCTTATAAATTTT-TGAATG
* *
106647 TTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGTATGTATGAACTGAAACAATTTTTTTATGACT
378 TTAATAAATTAGT-TT-ATTTATTCTGAATAAGTTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACT
*
106712 AAAC-AAATGATCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTTTTAAACATTTGAACTGA
441 AAACAAAATG-TCAGAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTTTTAAACATTTGAACTGA
* *
106776 TTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCCCTTATTTATTAATTTTTAAAATATTATTAT-TTTAA
505 TTTGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTAAAATATTATTATGTTTAA
* * * * *
106840 TCTGAATAAGCTTGTACGAACAAAA-TAATTGTTTTACAACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTG
570 -C-CAAAAAGCTTGTACGAACAAAAGCAATTATTTTACAACAAAACAAAAA-TCATAACAATTTG
** * * * * **
106904 AAATAGATAATTGTTCATTTAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTAATAATTAGACTTATTTTTTA
632 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCAATAAAGAGACTTATTTTTTA
*
106969 ATTTTC
697 AATTTC
** * *
106975 TTGGTTATTAAGTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTTTTTTTGTTATGAATAAGATAGTATGA
1 TTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTTGTTATGAATAAGATTGTATGA
* * * * * * *
107040 ACAGAACCAATTGTTTCATTACAAAATAAAAAGTTATAATGATTTAAAATCAATAATTATTCAAA
65 ACAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATCAATAATTGTTCAAA
* * * *
107105 TAGTCAAAACTATTTGAAATTGTTTAGTAAATAGATATACTTTTTAAAATCTCTAACTGAGTAGT
130 TAGTCAAAACTATTT-AAATTGTTTAGTAAACAGAT-TA-TTTTT-AAATCTCTTACTTATTA-T
* * * * *
107170 TTTCTAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTCATATTAACAAAAACAATTA
190 TTT-TAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTCAGACAAGCTTATATTAACTAAAACAATTG
* * * * *
107235 TTTTATGACAAAACAAAAAGTAAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATAATTAT
254 TTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTT-AAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAT
* *
107300 TTGAACTAGTTTGGTAAATAGAATTA-TTTTCTAAA-CTTTTACTTATAAATTTTTGAAATATTA
318 TTGAACTAGTTTGGTAAATAGAATTATTTTTTTAAATCTTTT-CTTATAAATTTTTG-AATGTTA
** * * * *
107363 ATAAATTAGTTCTATTATATTCCAAATAAGTTTTGTATGAGCTGAAATAATTATTTTATAACAAA
381 ATAAATTAGTT-TATT-TATTCTGAATAAG-TTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACTAA
* ** * ** * * * *
107428 ACAAAAAGTCTTAACAATTACAAATATATAATTGTTCTTATAGTCTT-AACTATTTGAACTGGTT
443 ACAAAATGTCAGAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTTTTAAAC-ATTTGAACTGATT
** *** *
107492 CAACAAATGGATTTA-TTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTACTAAATTACTAT
507 TGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTT--AA-A--A-T--A-T--TAT
* * ** * * **** * *
107556 TAT-TTTATTCCTAATAAGCTTGTTTGAACAAAAACAATTTTTTTATGTTAAAACAAAAGGTTAT
561 TATGTTTA-ACC-AAAAAGCTTGTACGAACAAAAGCAATTATTTTACAACAAAACAAAA-ATCAT
* * * * *
107620 AA-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TGATTTGAATTGGTTCGATAAATAGAT
623 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTAAACTGGTTCAATAAAGAGAC
* *
107683 TTA-CTTTGAAA--TC
687 TTATTTTTTAAATTTC
* * *
107696 -T-CTTATTAATTCTT-GAAATATTAATGAATTAGTATTATTTTATT-TCA--AATAAGCTTGTA
1 TTACTTATTAATT-TTAG-AATATTAATAAATTAGTATT-TTTT-TTGTTATGAATAAGATTGTA
* * * * * * *
107755 TGTCAA-A-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAAT-AGATAGTTG
62 TG--AACAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATCA-ATAATTG
* * * * **
107817 TTCAAA-ATGCCATAA-TCATTTAAACTGATTTGGTAAATTGATTAATTTTTTAAATCTCTTACT
124 TTCAAATA-GTCAAAACT-ATTTAAATTG-TTTAGTAAACAGATT-A-TTTTTAAATCTCTTACT
* * * * ** * * * *
107880 TACTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTTAGCATTATTTTATTTTTGGATAACCTTTTATGAACTA
184 TA-TTA-TTTTTAAATATTAA-AAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAGACAAGCTTATATTAACTA
* * * * * ***
107945 AAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTTAAATAGATAACCATTCAAATAGT
245 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAA-CAATTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * ** *
108009 CATAACTATTTTAACTTGTTTAGTAAATAG-ATCTATCTTTCCAAATCTTTTGCTTATTAATTTT
309 TATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGAAT-TATTTTTTTAAATCTTTT-CTTA-TAAATTT
* * * *
108073 TTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTG
371 TTGAATGTTAATAAATTAGT-TTA-TTTATTCTGAATAAGTTTGTATGAACTGAAACAATTATT-
* * * * *
108138 TT-TGACTAAACAAAAGGTCAAAATAATTTGAAATAGATAAATATTATAATA-TTCTT-AACTAT
433 TTATGACTAAACAAAATGTCAGAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTT-TTAAAC-AT
* * * * * *
108200 TTGAACT-AGTTCAGCAAGCACATTTATCTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTGTTAA
496 TTGAACTGATTTGA-CAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-T--TTATT--AAT-TT-TTAA
* * * * * * * * * * * ** * *
108264 ATTAGTATTATTTTTATCTGAATAAGTTTGTATGATCATAAA-TAATTGTTTTATGAGAAGACAA
553 AATATTATTATGTTTAAC-CAAAAAGCTTGTACGAACA-AAAGCAATTATTTTACAACAAAACAA
* * ** * * * *
108328 AGATCATAACTATTTGGGATTGATACTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGGTT-GA-A
616 AAATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-GGTTCAATA
* * *
108391 AACA-ACTTTAGTTTTTAAATCTC
680 AAGAGAC-TTATTTTTTAAATTTC
* * * * * * * * *
108414 TTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAAGTACTATTATCTTAT-TTATG-ATAAGTTTTTATG
1 TTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATT-TTTTTTGTTATGAATAAGATTGTATG
* * ** * *
108477 AACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAACCTT-AAAT-AGAAAATTGTT
64 AAC-AGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTAAAATCA-ATAATTGTT
* * * * * *
108539 CAAATAGTCAAATCTATTTGTATTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTTAATCTCTTACTCATT
126 CAAATAGTCAAAACTATTT-AAATTGTTTAGTAAACAGA-TTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * * * * *
108604 AATTTTTCAAATGTTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAA
188 -ATTTTT-AAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTCAGACAAGCTTATATTAACTAAAACAA
* * * * *
108669 TTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAA-AATAATTTGAAATAAATAACTATT-TAATAGTCT-TA
251 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-AATAACAATTT-AAATAAATAATTGTTCAAATAGT-TATA
** * * * * * *
108731 ACTATTTGAACTAGTTCAGCAAA-A-ATTTTTTTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGT
313 ACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGA-ATTATTTTTTTAAATCT-TTTCTTATAAATTTTT-GA
* * * * * * ** *
108794 ATATTATTAAATTTGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTAT
375 ATGTTAATAAATTAGT-TTA-TTTATTCTGAATAAGTTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTAT
108858 AACAAAATAA
Statistics
Matches: 2052, Mismatches: 413, Indels: 256
0.75 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
710 5 0.00
711 34 0.02
712 140 0.07
713 226 0.11
714 285 0.14
715 61 0.03
716 200 0.10
717 149 0.07
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719 206 0.10
720 201 0.10
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722 1 0.00
723 10 0.00
724 86 0.04
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726 2 0.00
727 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (702 bp):
TTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTTGTTATGAATAAGATTGTATGAA
CAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATCAATAATTGTTCAAAT
AGTCAAAACTATTTAAATTGTTTAGTAAACAGATTATTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTTTAA
ATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTCAGACAAGCTTATATTAACTAAAACAATTGTTTTATG
ACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTA
GTTTGGTAAATAGAATTATTTTTTTAAATCTTTTCTTATAAATTTTTGAATGTTAATAAATTAGT
TTATTTATTCTGAATAAGTTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAATGTCAGA
ATAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTTTTAAACATTTGAACTGATTTGACAAACAAATTT
ATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTAAAATATTATTATGTTTAACCAAAAAGCTTGTACG
AACAAAAGCAATTATTTTACAACAAAACAAAAATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
TAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCAATAAAGAGACTTATTTTTTAAATTTC
Found at i:108637 original size:537 final size:534
Alignment explanation
Indices: 105553--109208 Score: 2717
Period size: 537 Copynumber: 6.8 Consensus size: 534
105543 CAATCATTTA
* * *
105553 CTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAA-T
1 CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TCTAAATAAGTTTGTATGAACA
* * *
105616 TGAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAA-TGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAAT
64 T-AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * *
105679 AGTC-GAACTATTTAAATTTATTTAGTAAACAAATTTATTTTCTTAAA-CTCTTCCTTATT-ATT
126 AGTCATAACTATTTAAACTGATTTGGAAAAC-AATTTATTTT-TTAAATCTCTTACTTATTAATT
* *
105741 TTTAAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTT-TAGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTG
189 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAT-GATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTG
* * * * *
105805 TTTTATGTCAAAACAAATGGTCATAATAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTAAACTATT
253 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAACTATT
* * * * * * *
105870 TG-ACTTGCTT-GATGAATATATTTATTTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTGAA-GTTA
318 TGAACTTGTTTAG-TAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTA
* * * * * * * * **
105932 ATAAATTAGAATTATTTTATTCTGAATAAACTTATA-AAATATGAAACAAATATTTTGCGACTAA
380 ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-CTGAAACAATTGTTTTATGACTAA
* * * * ** * *
105996 ACAAAATGTCAGAATAATTTGAAATAGAAAATTATTCTAATAGTTTTAATTATTGGAACTAGTT-
444 ACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTC
* * *
106060 TGACAAACACATTTATAC-TTTAAATCT
509 AG-CAAATAGATTTAT-CTTTTAAATCT
* * * * *
106087 CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTTGTATTATGTTTAACCAAA-AAGCTTT-TATGATCA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATCTAAATAAG-TTTGTATGAACA
* * * * *
106150 -AAAGCAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCTTAACAATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAG
64 TAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
106214 TCATAACTATTTAAACTG-GTTCGATAAAGAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTA
128 TCATAACTATTTAAACTGATTTGGA-AAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * * *
106278 TGAAATATTAATAAATTAGGATTATATTAGTTCA-AATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTT
191 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTATGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTT
* * * * * * * * * *
106342 TTATAATAAAACAAGAGGTCATAATGATTTGAAATCGATAATCGTTCAAATGGCCATAAATATTT
255 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTT
* * * * * * **
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* * ** *
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382 AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAA-C
* * ** * * * * * * * *
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* *
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* * * * *
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1 CTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TCTAAATAAGTTTGTATGAACA
* * * *
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** * * *
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* * * * *
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** * * ** *
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* * * * * ** *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * * * ** ** *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * ** *
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* * ** * *
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* * * * ** *
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* * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * *
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* *** * * *
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* * *
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* * * ***
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252 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTA
* * ** * * * *
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* * *
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* * * *
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** *
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* ** * *
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* * * ** * *
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* ** * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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** * *
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** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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*
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*** * * *
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1 A
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* * **
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*
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Done.