Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168481.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_8, whole genome shotgun sequence
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Warning! 67000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 127 of 127
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TATG
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25794503 ATATAATCTA
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AT
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TAATTTTTTAA
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25795534 CTTTGACTTT
* *
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*
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1 TA TA TA TA TA TA
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TA
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* *
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AAATTTTAAATATAATTAAAT
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* * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* *
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* *
25803998 TTATTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAAAATTAATTTATTTCAAATAAACTTGTGTAAA
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* * * * * * * *
25804063 TTGAAATAATTGTTTTATGATAAAAC-AAAAGTTAAAACGATTTAAAATAAATAATTATTCATAT
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* * ** * *
25804127 AATCTTAATTATTTAAATTACTTTGGCAAATAGATTTATTTTTTAAA
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* * * ** *
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* * * * *
25804238 ATGAATTAAAACGATTATTTTATAACAAAACAAAAAATTATAATAATTTGAAATAAATAATTATT
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1 ATAATTATTTAAATAA
*
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1 ATAA
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* *
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* * * * ** * * * * ** *
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** * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* *** * * * *
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* * * ** * *
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* ** *
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* * *
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* * * * * *
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** ** *
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* * * * *
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* * * * * *
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254 TTATATAAAACAAAATATCATAATGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTATTAACTATTTG
* * *
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* * * * * * *
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381 TAATATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAA
* * * * * * **
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* *
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* * *
25804949 AACAATTGTTTTACGACAAAACAAAATGACATAACGATTTGAAATAGATAATAATTCAAATTGAT
64 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATTGAT
* * *
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128 ATAATTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAAT-TTCTAACTTATTAATTTTTA
* * * * * *
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192 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATTTGAACTA-AAACAATTATTTT
* * * * * *
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256 A-TATAAAACAAAATATCATAATGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTATTAACTATTTGA
** **
25805207 ACTTGCTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAAT-TTTT--TTA--AATTTTTTGAATTTTAA-TAA
320 A-TTATTCA-TAAATAAATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTT-AA-AATAATTAA
* * * * * * * *
25805266 ATTAATATTA-TTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTAGTTTATCATAAAATAAA
379 TTTAATATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTATGATAAAACAAA
* * * *
25805330 AAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAACTAGTGATAACTATTTGAAC--GTGTG-TAA
443 AA-TCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAA
* * *
25805392 AAATATATTTATTTTTTAAATTTTTAC
507 ACAGAT-TTTA-TTTTTAAA--TCTAC
* * *
25805419 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAACTT-GCATGAATAA
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTG-AATAAATTTAG-ATAAATAA
* * *** * ** *
25805483 AACCAATTGTTTTATGCCAAAATAAAAAAAGATAA-TATTTTGAAATAGATAATTATTCTGATAG
64 AA-CAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATTG
*** * * * * * *
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126 ATATAATTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAA--ATTTCTAACTTATTAATTT
* * * *
25805610 TTAAAATATTAATAAATGAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATTTGAACTGAAACAATTGTT
189 TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATTTGAACTAAAACAATTATT
* * * * *
25805675 TTATTACAAAACAAAATGTCATAATGATTTTGTAAT-ATTAATTATTCAAATAGTCA--GACTAT
254 TTA-TATAAAACAAAATATCATAATGATTTT-AAATAAATAATTATTCAAATAGT-ATTAACTAT
* * * * *
25805737 TTCAGCTTATTCGATAAATATATTTATTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTATTGAAATATTAA-
316 TTGA-ATTATTC-ATAAATAAATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTAAA-A-TAAT
* * * * * *
25805801 TAAATTAATATTATTTAAATTTGAATAACCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC
376 TAATTTAATATTATTT-TATTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTATGATAAAAC
*** * * *
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440 -AAAAATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTAGTTTG
*
25805930 ATAAACAGA-TTTATTTGTAAAATCTTTAAC
503 ATAAACAGATTTTATTT-TTAAATC--T-AC
* * ** * *
25805960 TTATTAATTGTCTT--AATAATAATAAATTTATATTATTTTATTTGAA-ATAAGCTCGTATAAAC
1 TTATTAATT-T-TTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGAATA-AATTTAG-ATAAAT
* * * * * * * * * *
25806022 AAAA-ATTTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCTAAA-ATATAACTGTTTAAA-
62 AAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTT-GAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * *
25806084 TAATCATAATTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTCA-TTTTTAAATTTCTTAA-TTATTAAT
124 TGAT-ATAATTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATTTC-TAACTTATTAAT
*** * * * * *
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187 TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATTTGAACTAAAACAATTA
* * * * * * *
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252 TTTTAT-ATAAAACAAAATA-TCATAATGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTAT-TAACT
* * * ** * *
25806275 ATTTG-ATCTAGTCTATAAATATATTTATTTTAAAAAATTTTACTTATTAATTGTATACATATTA
314 ATTTGAAT-TATTC-ATAAATAAATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTA-A-AATA
* * * * *
25806339 A-TAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTATATTAAACAGAAATAATTATTTTATAATAA
374 ATTAATTTAATATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTA-TGAACAGAAATAATTATTTTATGAT-A
* * *
25806403 AATAAAAAAATCATAACGATTTGAAATAAATAAGTT-GTCAAAAAGTCATAACTATTCT-AACTA
436 AA-ACAAAAATCATAACGATTTGAAATAAATAA-TTATTCAAATAGTCATAACTATT-TGAACTA
* * * *
25806466 ATTTGATAAATA-AATTTATTTTTTAGATCT-C
498 GTTTGATAAACAGATTTTA-TTTTTAAATCTAC
* * * * * * * *
25806497 TTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTCCGAACAAATTTATATGAATAGA
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TGAATAAATTTAGATAAATA-A
* * * * *
25806562 AATATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG-TC
64 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATTGAT-
* ** *
25806626 ATAATTATTTGAACTGGTTAAGTAAATAGAA-TTATTTTTTAAAATTT-T---TTATCAATTTTT
128 ATAATTATTTGAACTTGTTCGGTAAATA-AATTTATTTTTT-AAATTTCTAACTTATTAATTTTT
* ** * * * * **
25806686 GAAATATTAATTATTTTA-TTTTATTTTA-TTCTGAATAAACTTGTTTGAATTAAAAAAATTGCT
191 AAAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAACTTATTTGAACTAAAACAATTATT
* * * * * * * *
25806749 TTATAAGAAAACAAAA-AGGTTATAA-CATTTTGAAATAAATTATTATTTATATAGTCTTAAATA
254 TTAT-ATAAAACAAAATA--TCATAATGATTTT-AAATAAATAATTATTCAAATAGTATTAACTA
* * * * * * *
25806812 TTTGAACTAGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTAATTCTCTTAGTTATT-ATTTTTCAAAATATTA
315 TTTGAATTA-TTCA-TAAATAAATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAAATAAT-
* * * * *
25806876 TAAGTTTAGTATTATTTTATTTAAAATAAGTTTGTATAAACAGAAATAATTATCTTATGATAAAA
376 TAA-TTTAATATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTATGATAAAA
* * * * * * *
25806941 TAAAAAGTTATAACAATTTGAAATATACAATT-TTGTAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTT
439 CAAAAA-TCATAACGATTTGAAATAAATAATTATT-CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTT
* *
25807005 GATAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTAC
502 GATAAACAGATTT-TATTTTTAAA--TC-TAC
* * * * * *
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1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TGAATAA-ATT-TA-GATAAAT
* ** * * * * *
25807101 AAAA-ATTTTGTTAAATCACCAAAGAAAAGTTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT-AAA-T
62 AAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATT
* * * * * * *
25807163 GGTCATAATTATTTGAA-ATGATTTGGTAAACAGATTCAATTTTTAAA--TC--ACTTATTAATT
125 GAT-ATAATTATTTGAACTTG-TTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATTTCTAACTTATTAATT
* * ** * * **
25807223 TTTAAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTCGTATGAATTGGAACAATTA-
188 TTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATTTGAACTAAAACAATTAT
* ** *
25807287 TTT-TAT-------GA-A--AT-A-GA---T-AAT---TGTTTATT----TAGTCTTAACTATTT
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* * * *
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* * * * * * * * * * * *
25807393 AATTAGTATTTTTTTATTCTGAATAAACGTATAGGTACTA-AAACAATTATTTTATAACAGAACA
378 ATTTAATATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAATAATTATTTTATGATAAAACA
* * * * *
25807457 AAAATGTTATAATGATTTGAAATAAGTAATTATTCAAATAG----AAC--------CTGGTTTGG
441 AAAA--TCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA
* **
25807510 TAAA-AAAAATTATTTTTTAAATCTCTTAC
504 TAAACAGATTTTA-TTTTTAAA--TC-TAC
* * * *** *
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1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT-GAATAAATTTAG-ATAAAT-A
* * * *
25807602 AAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGTTTATAACGATTT-AAGATAGATAATTATTGAAA-TG
63 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAA-ATAGATAATTATTCAAATTG
* * * * ** *
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126 A-TATAATTATTTGAACTT-GTTCGGTAAATAAATTTAT-TTTTTAAATTTC-TAACTTATTAAT
* * * * ** *
25807727 TTTTAAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTACGAACTAAAACAATTG
187 TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATTTGAACTAAAACAATTA
* * **
25807792 TTTTATGATAAAATAAAATATCATAATGATTTTAAATATAA-AATTATTTAAATAGTCGTAACTA
252 TTTTAT-ATAAAACAAAATATCATAATGATTTTAAATA-AATAATTATTCAAATAGTATTAACTA
* * * * *
25807856 TTTGAATTTATTCATAAAATAAATTTATTTGTTTAAATATCTTACTGATTAATTTTTGCAATATT
315 TTTGAA-TTATTCAT-AAATAAATTTA-TT-TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT--AAAATA
* * * * * ** * * *
25807921 AGTAATTTAGTATTATTTTATTTTAGATAAGCTTTTAGGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAA
374 ATTAATTTAATATTATTTTATTTGA-ATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTATGATAAA
* * * * *
25807986 ACAAAATGTCATAACGATTTTAAATAAGTAATTGTTTAAATAGTC-TAACTATTT-AAGCTTA-T
438 ACAAAA-ATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-C-TAGT
* * * *
25808048 TTGGTAAATATA-TTTATTTTTTCAAATCTCTTGC
500 TTGATAAACAGATTTTA-TTTTT-AAA--TC-TAC
** * * * *
25808082 TTATTAATTTTTTGAATGTTAATATATT-ATGATTATTTTATTCCT-TATAAGTTT-GTATAATA
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAAT-ATTATTTTATT--TGAATAAATTTAG-ATAA-A
* * * * * * * ** * *
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* * ** ** * * * *
25808208 GACCATAATTATTTTAACTAATTCATTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACGTATTAA-TT
125 GA-TATAATTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATTTCTAACTTATTAATTT
** * * ** * * * *
25808272 TTAAAATAGCAATAAATTAGTGTTATTTTATTGCTTAT-AA---GTTTGTA-T-TAAC--TGA--
189 TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATTTGAACTAAAACAATTATT
* * * * * *
25808327 -TA-ACAAAACAAAATGTCATAACGATTTTAAATAGATAATCATTCAAATAGTAATAACTATTTG
254 TTATATAAAACAAAATATCATAATGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTATTAACTATTTG
** * **
25808390 AACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTTAGAT-TTATATTTTTAAATCTCTTT
319 AA-TTA-TTCATAAATAAATTTA--TTTTTAAATCT-TTTACTTATTA-ATTTTTAAA-------
** * *
25808454 CTTATTAATTTTTTCAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCAAATAAGTTTGTATGAACTGA
371 ---A-TAA----TT-AAT-TTAAT--A-T--TA-T--TTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACAGA
* * * **
25808519 AATAATTATTTTATGACT-AAACAAAATGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAGT
418 AATAATTATTTTATGA-TAAAACAAAA-ATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
* * * ** * * *
25808583 CTTAACAATATGAACT-GGCTCAGTAAACA-AATTAATTTTTTAAATCTTTTAC
481 CATAACTATTTGAACTAGTTTGA-TAAACAGATTTTA-TTTTTAAATC---TAC
* * * * * * * * *
25808635 TTAGTAATTTTCAAAATATTATTAAATTTATATTATTTTAATCTGTATAAGTTT-GCACAAACAA
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTTGAATAAATTTAG-ATAAATAA
* * * * * * * *
25808699 AAAAATTATTTTATGACAAAACAAAATATCATAACGATTTGCAATTGATAATTGTTCATATAG-T
64 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATTGAT
* * *** * * * * *
25808763 CTAAACTATTTGAA-TTGGTTCAACAATTAAGA-TTA-TTTTTAATTTTCTTAGTTATTAAGTTT
128 AT-AATTATTTGAACTT-GTTCGGTAAATAA-ATTTATTTTTTAAATTTCTAACTTATTAATTTT
* * * * *
25808825 TGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAA--AAGTATGAAC-AAAATGAATTAT
190 TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTA-TTTGAACTAAAA-CAATTAT
* * * * * * * *
25808887 TTGATGACAAAACAAAATGTTATAACGATTTGAAATATATAATTATTTAAATA
253 TTTAT-ATAAAACAAAATATCATAATGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATA
25808940 ATTAAAACAA
Statistics
Matches: 3557, Mismatches: 722, Indels: 579
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Matches are distributed among these distances:
498 2 0.00
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ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATTTGAACTAAAACAATTATTTTATATA
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CATAAATAAATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATAATTAATTTAATATTATT
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TGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAGATTTTATTTT
TAAATCTAC
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* * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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1 GATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTAACTTATTAATTTTTAAAAT-ATTAATAAATTAATAT
* ** * * * * *
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* * * * *
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* * *
25804857 GATAAGTAGATTT-TATTTTTAAATC--T--CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATAA
1 GATAAATAAATTTAT-TTTTTAAATCTTTAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATAT
* *
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* * * *
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* * * * **
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1 GATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATT
* * * *
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66 ATTTTA-TTTGAATAATTTTG-ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGA-CATA
* * * * *
25805163 ATAATTTGAAATAAATAATCATTCAAATAATAATAACTATTTGAACTTGCTC
128 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACTTGTTC
* ** *
25805215 -AGTAAATAAATTTATTTTTTAAAT-TTT---TT-TAAATTTTTTGAATTTTAATAAATTAATAT
1 GA-TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATAT
* * * * * *
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* * *
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* * * *
25805388 GTAAAAATATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTATAT
1 G-ATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATAT
** * * ** *
25805452 TATTTTATTTGAAATAAACTTGCATGAATA-AAACCAATTGTTTTATGCCAAAATAAAAAAAGAT
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** ** * *
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127 AATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TATAACTATTTGAACTTGTTC
* * * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* ** * *
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* * * *
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* * * * * * *
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** * * * * **
25805992 TTATTTTATTTGAAATAAGCTCGTAT-AA-ACAAA-AATTTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTT
64 TTATTTTATTTG-AATAATTTTG-ATGAATAGAAACAA--TTGTTTTATGACAAAACAAAATGAC
*** * * * * * * * *
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* * * * *** *
25806109 GGTAAATAGATTCA-TTTTTAAATTTCTTAA-TTATTAATTTTTTGTATATTAATAAATTAGTAT
1 GATAAATAAATTTATTTTTTAAATCT-TTAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATAT
* ** * * * * *
25806172 TATTTTCTTTCGAATAAAATTATT--TGAATTTAAACAATTCTTTTATGATAAAATAAAAAGTCA
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* * * * * *
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* * ** * *
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1 GATAAATAAATTTATTTT-TTAAATCTTTAACTTATTAATTTTTA-AAATATTAATAAATTAATA
* * * * * * * * * **
25806350 TTATTTTAATCTGAATAAGCTTAT-ATTAAACAGAAATAATTATTTTATAATAAAATAAAAAAAT
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* * * * ** *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* ** * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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** * * * * * *
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* * * *
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* ** * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * **
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * ** ** *
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* * *
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* * * * * **
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* ** *
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* * * * *
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* * ** *
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*
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* * * * *
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* *
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* *
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** **
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* *
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* * * * *
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* *
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* * * *
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* ***
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* * * * ** * * *
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* * * * * * * * * * * *
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* * * * * *
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*** * * * * * **
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* * * * * ** *
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* * * * * * * *
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* * * ** * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * * ** * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * ** * *
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* * * * * * * * * *
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* * ** * *
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* * * * * * *
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183 TTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-AAATAAACTT-ATTTGAATAGAAACAA
* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** * * *
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* * * * * ** * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * ** * *
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* ** * ** * * *
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* * * * * *
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* ** * * **
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* * * * * * * * * *
25807793 TTTATGATAAAATAAAATATCATAATGATTTTAAATATAAAATTATTTAAATAGTCGTAACTATT
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* * * *
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* ** * * * * * * * *
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* ** ** * * * *
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TAAATATATTTATTTTTTAAATTTTTTAC
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* * *
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*
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** * * * * *
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* * * *
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156 1 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.05, G:0.10, T:0.48
Consensus pattern (152 bp):
TGAAATAGATAATTGTTAAATAGTCATAACTATTTGAAATGATTTAGTAAACAGATTCAATTTTT
AAACTCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTCGT
ATGAATTGGAACAATTATTTTA
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Period size: 181 Copynumber: 4.4 Consensus size: 178
25807500 CCTGGTTTGG
* * * *
25807510 TAAAAAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTAGTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAA
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
25807575 TTTATTTAGAATAGGCTTGCATG-ATAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGT-TTATAAC
66 TTTATTTTGAATAAGCTTGTA-GAATTAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAA-TATCATAAC
* * * *
25807638 GA-TTTAAGATAGATAATTATTGAAATGACTATAATTATTTGAATTAATTCA
129 GATTTTAA-ATAGATAATTATTTAAATGTC-ATAACTATTTGAACTAATTCA
* * * * *
25807689 GTGAACAAA-TTATCTTTTTAAATCACTTAATTATTAAATTTTAAAATATTAATAAATTATTATT
1 -TAAACAAATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * *
25807753 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTACGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAATATCATAA
64 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTA-GAATTAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAATATCATAA
* * * * * *
25807818 TGATTTTAAATATAAAATTATTTAAATAGTCGTAACTATTTGAATTTATTCA
128 CGATTTTAAATAGATAATTATTTAAAT-GTCATAACTATTTGAACTAATTCA
* * * ** * *
25807870 TAAAATAAATTTATTTGTTTAAATATCTTACTGATTAATTTTTGCAATATTAGTAATTTAGTATT
1 T-AAACAAATTTATTT-TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
25807935 ATTTTATTTT-AGATAAGCTTTTAGGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATA
64 ATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTA-GAATTAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAATATCATA
* * **
25807999 ACGATTTTAAATA-AGTAATTGTTTAAATAGTC-TAACTATTT-AAGCTTATTTGG
127 ACGATTTTAAATAGA-TAATTATTTAAAT-GTCATAACTATTTGAA-C-TAATTCA
* * * ** * *
25808052 TAAATATATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATATATTA-TGATT
1 TAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGT-ATT
* * * * * *
25808116 ATTTTATTCCTT--ATAAGTTTGTATAATATGAAATAAATATTTTATGACT-AAATAAAATATCA
64 ATTTTATT--TTGAATAAGCTTGTAGAAT-TAAAACAATTATTTTATGA-TAAAACAAAATATCA
** * * * * * *
25808178 TAATAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATGACCATAATTATTTTAACTAATTCA
125 TAACGATTTTAAATAGATAATTATTTAAATG-TCATAACTATTTGAACTAATTCA
* ** *
25808233 TTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACGTATTAA-TTTTAAAATAGCAATAAATTAGTGTTA
1 -TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA
25808297 TTTTATT
65 TTTTATT
25808304 GCTTATAAGT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
179 4 0.01
180 108 0.22
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182 161 0.32
183 4 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.08, T:0.45
Consensus pattern (178 bp):
TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTTTGAATAAGCTTGTAGAATTAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAATATCATAACGA
TTTTAAATAGATAATTATTTAAATGTCATAACTATTTGAACTAATTCA
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25808395 ATTTGGTAAA
*
25808405 TAGATTTATTTTTTTAAATCTCTT
1 TAGATTTATATTTTTAAATCTCTT
25808429 TAGATTTATATTTTTAAATCTCTT
1 TAGATTTATATTTTTAAATCTCTT
25808453 T
1 T
25808454 CTTATTAATT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
24 24 1.00
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Consensus pattern (24 bp):
TAGATTTATATTTTTAAATCTCTT
Found at i:25808467 original size:25 final size:24
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25808395 ATTTGGTAAA
*
25808405 TAGATTTATTTTTTTAAATCTCTT
1 TAGATTAATTTTTTTAAATCTCTT
* *
25808429 TAGATTTATATTTTTAAATCTCTT
1 TAGATTAATTTTTTTAAATCTCTT
**
25808453 TCTTATTAATTTTTT
1 T-AGATTAATTTTTT
25808468 CAATGTTAAT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 5, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
24 24 0.73
25 9 0.27
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Consensus pattern (24 bp):
TAGATTAATTTTTTTAAATCTCTT
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Period size: 178 Copynumber: 9.5 Consensus size: 176
25809299 AAATCTCTCG
* ** * *
25809309 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCGAATAAGCTAGTATGAATT
1 CTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT-TTAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * * * * * *
25809373 GAAAAAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCATAGAA
63 GAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAATGTTATAACGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAA
* * * * *
25809438 TCTTAACTATTTGAA-TTGGTTTAGCAAACAAA-TTATTTTTTAAATCTCTTT-
128 T-ATAATTATTTGAACTT--TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTAA-CT-TTTA
* * * * * *
25809489 GTTATTAATTTTTGAAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAGCA
1 CTTATTAATTTTT--AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-TAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * * ** * * * * *
25809554 GAAATAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTACAATAATTTGAAGTATATACTTATTCAAATAA
63 GAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAATGTTATAACGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAA
* * * *
25809619 TCATAACTATTTTAACTATTTTAGTAAATAAATTTA------T---TTTTA
128 T-ATAATTATTTGAACT-TTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTAACTTTTA
* *
25809661 CTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTCATGTGAT-AA
1 CTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT-AATAAGCT--TGT-ATGAA
* * * * * * ** * * * *
25809725 ---AAACAATTGTTATATGACCAACAGAAAAGGTAATAATAATTTGAAATAGATAGTTATTGAAA
61 CTGAAACAATTGTTTTATGA-TAAAATAAAATGTTATAACGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAA
* * * ** * ** * *
25809787 TGACTATAATTATTCGAACTGATTCAGTAAACAGATGCA-CTTTTTAAC--TCA
125 T-AATATAATTATTTGAACT-TTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTAACTTTTA
* * * *
25809838 TTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATAATTTTATTTTAATTAAGCTTGTATGAACTT
1 CTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAA-TAAGCTTGTATGAACTG
* * * *
25809903 AAGCAACTGTTTTATGATAAAATAAAATGTTATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAAT
64 AAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAATGTTATAACGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAAT
* * *
25809968 ATAATTATATGAA-TTTTTAGGTAAACGAATTTATTTTTTTAACTTTTG
129 ATAATTATTTGAACTTTTT-GGTAAACAAATTTATTTTTTTAACTTTTA
* * * * * *
25810016 CTTATTAATTTTTACAATATTAAGAAATCAATATTATTTTATTTTTGATAAGGTTTTATGAACTG
1 CTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTTAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * ** * * * *
25810081 AAATAATTATTTTATG-TCAAAATAAAA-GTTCACAATAATTTTAAATAAATAATTATTCAAATG
64 AAACAATTGTTTTATGAT-AAAATAAAATGTT-ATAACGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAAT-
** * * * * * * *
25810144 GTTATAACTGTTTGAACTTATTTGATAAACAGATTTATTTTTTCAAATTTTTTG
126 AATATAATTATTTGAACTT-TTTGGTAAACAAATTTATTTTTT-TAA-CTTTTA
* * ** * *
25810198 CTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTTGGT-TTATTTTATTCCAAATAAGTTTGTAAG-ACA
1 CTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT-TTAATAAGCTTGTATGAAC-
* * * * * * * **
25810261 TGAAACAAATATTTTATGACT-ACATAAAATGTTAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTTTAAT
62 TGAAACAATTGTTTTATGA-TAAAATAAAATGTTATAACGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAAT
* * * * * *
25810325 AGTTTTAACTATTTAAAC----TGGTTAAACAAATATATTTATTTTTAAATTTCTCA
126 A-ATATAATTATTTGAACTTTTTGG-TAAACAAATTTA-TT-TTTTTAACTTT-T-A
* ** * * * *
25810378 CTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAACTGAATAAGTTTCTATG-ATTA
1 CTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTTAATAAGCTTGTATGAACT-
* * ** *
25810442 GAAACAATTG-TTTATGATAAAATAAAGAT-CT-TAACGATTTGAGATTTACAATTGTTTAAATA
63 GAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAA-ATGTTATAACGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATA
* * * * * * *
25810504 GTTATAATTATTTGAATTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
127 -ATATAATTATTTGAACTT-TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTAA-CTTTTA
* *
25810557 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-GATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATCA
1 CTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTT-AATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * * * *
25810621 AAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATCA-ATAATTGTTGAAATG
63 GAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAATGTTATAACGATTTGAAAT-AGACAATTGTTCAAATA
* * * *
25810685 ATCATAATTATTTTAACTAATTTAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAA-ATTT-
127 AT-ATAATTATTTGAACT-TTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTAACTTTTA
*** * * * * *
25810734 CTTATTAACTTAGAAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTCCGT-CTAAGCTTGTATTAATT
1 CTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT--TTAATAAGCTTGTATGAACT
* * * *
25810798 GAAACAATTATTTTATGAT-AAATCAAAAAGTTATAACGATTTTAAATAGGCAATTGTTCAAATA
63 GAAACAATTGTTTTATGATAAAAT-AAAATGTTATAACGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATA
* * * * *
25810862 ATAATAATTATTTAAACTTATTCGGTAAA-TAA-TT-TTTTTTTAATTTCTTT
127 AT-ATAATTATTTGAACTT-TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTAACTT-TTA
* * * *
25810912 CTTATTAATTTTTTGAATGTTAAGAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTG
1 CTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT-AATAAGCTTGTATGAACTG
*
25810977 AAACAATTGTTATATGAATAAA
64 AAACAATTGTTTTATG-ATAAA
25810999 CAAAATGAAC
Statistics
Matches: 1164, Mismatches: 258, Indels: 176
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
170 14 0.01
171 96 0.08
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173 4 0.00
174 6 0.01
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176 32 0.03
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184 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (176 bp):
CTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAATAAGCTTGTATGAACTGAA
ACAATTGTTTTATGATAAAATAAAATGTTATAACGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAATAT
AATTATTTGAACTTTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTAACTTTTA
Found at i:25811665 original size:177 final size:173
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Indices: 25811200--25811693 Score: 463
Period size: 177 Copynumber: 2.8 Consensus size: 173
25811190 GGTTTAATAT
* * * * * *
25811200 ATAGATTTAGTTTTT-AATTTCTTATTATTTTTTGAAATATTAAGAAATT-ATAATTATGTTATT
1 ATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAAT-ATTATTTTA-T
** * * **
25811263 TCGAATAAGCTTGTATAACAAAAATAATTATTTTTGACAAAATAAAAGGTCATAGTAATTTGAAA
64 TCGAATAAAATTGTATAACAAAAACAATTATTTTTGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAA
* * * *
25811328 TAGATAATTGTTCAAACAGTCATAAGTATTTGTATTGGTGAGGCCA
128 TAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTAATTGAATTGATGAGGCCA
* * ** * *
25811374 ATAGATTT-TTTTTTAAAATTCATTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGCAATACTT
1 ATAGATTTATTTTTT-AAA-TC--T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTT
* * * * *
25811438 TATTCTGAATAAAAGTGTACTAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATGATCATAACGAT
61 TATTC-GAATAAAATTGTA-TAACAAAAACAATTATTTT-TGACAAAACAAAAG-TCATAACAAT
* ** * ** **
25811503 TTGAAATAAATAATTGTTCAAATTGTTATAACTAATTGAATTGATTTGGTTA
122 TTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTAATTGAATTGATGAGGCCA
25811555 ATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTACTT
1 ATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TT
* * * * * *
25811620 CGAATAAATTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTGCGATAAAACAAAAGTCATAACAATTTGAAA
65 CGAATAAAATTGTAT-AACAAAAACAATTATTTT-TGACAAAACAAAAGTCATAACAATTTGAAA
25811685 TAGATAATT
128 TAGATAATT
25811694 ACTCATATAG
Statistics
Matches: 252, Mismatches: 54, Indels: 26
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
173 5 0.02
174 8 0.03
175 2 0.01
176 25 0.10
177 70 0.28
178 8 0.03
179 40 0.16
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ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (173 bp):
ATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC
GAATAAAATTGTATAACAAAAACAATTATTTTTGACAAAACAAAAGTCATAACAATTTGAAATAG
ATAATTGTTCAAACAGTCATAACTAATTGAATTGATGAGGCCA
Found at i:25812760 original size:177 final size:176
Alignment explanation
Indices: 25812166--25812960 Score: 538
Period size: 177 Copynumber: 4.4 Consensus size: 176
25812156 TTTGGTTTCT
* * * * * * * * **
25812166 TACTTATTGATTTTTTGAATGTAAATAAAATAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCATGTAAAAAC
1 TACTTATTAATTTTAT-AATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCGAATAAACTTGTATGAA-
* ** * * * * * * *
25812231 T-GAAATAATTATTTTATAACTAAATAAAATA-TCAGAACGATTTGAAATAGATAACTGTTCTAA
63 TAGAAACAATTATTTTACGACAAAACAAAA-AGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAA
* * *** * * *
25812294 TAGTCTTAACTATTTTG-ACTGGTTCAGCAAGCATATTTATTTTTTAAATCTCC
127 TAGACATAACTA-TTTGAACTTACTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--T-C
* * ** * * * *
25812347 TACTTATTAATATTTAGAATATTATTAGTTTAACAATATTTTACTCTGAATAAGCTTGTATGAAT
1 TACTTATTAAT-TTTATAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC-GAATAAACTTGTATGAAT
* * * * ** * * * * *
25812412 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGA-TTGTAACAATTTGAGATAGATAATTATTTAATTA
64 AGAAACAATTATTTTACGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATA
* * * * *
25812475 -ATCATAACTATTTAAAATGGT-C-CGGTAAATAAATTTACTTTTTAAATC
129 GA-CATAACTATTTGAACT--TACTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
*
25812523 T-CTTATTAATTTGTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAATTTGTATGAA
1 TACTTATTAATTT-T-ATAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC-GAATAAACTTGTATGAA
* * * * *
25812586 TAGAAACAATTATTTTACGAGAAAACAAAATGTTATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAA
63 TAGAAACAATTATTTTACGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTA-TTCAAA
* * **
25812650 TGGACATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
127 TAGACATAACTATTTGAACTTACTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* *
25812700 TCAAACTCATTAATTTTATAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TTC-AATAAACTTGTATGAA
1 T---ACTTATTAATTTTATAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCGAATAAACTTGTATGAA
* * * *
25812763 TAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGGTTTGAAATAAATAATTATTTAAAT
63 TAGAAACAATTATTTTACGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT
* * * *
25812828 AGTCATAACTATTTGGACTTACTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC
128 AGACATAACTATTTGAACTTACTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* * * * *
25812877 TTTTACTTATTTATTTT-TGAAATTTTAATAAATTAATATTATTTTATTATGAATAAGCTAGTAT
1 ---TACTTATTAATTTTAT--AATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-CGAATAAACTTGTAT
* * *
25812941 AAATAGAAACGATTAGTTTA
60 GAATAGAAACAATTATTTTA
25812961 TGAATAGATA
Statistics
Matches: 483, Mismatches: 102, Indels: 58
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
174 2 0.00
175 52 0.11
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178 29 0.06
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182 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (176 bp):
TACTTATTAATTTTATAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCGAATAAACTTGTATGAATAG
AAACAATTATTTTACGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGA
CATAACTATTTGAACTTACTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
Found at i:25813342 original size:16 final size:17
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Indices: 25813310--25813342 Score: 50
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25813300 GAAAAAGGTC
*
25813310 ATAATTATTTGAAATAG
1 ATAATTATTTCAAATAG
25813327 ATAATTA-TTCAAATAG
1 ATAATTATTTCAAATAG
25813343 TTCACACTAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 8 0.53
17 7 0.47
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ATAATTATTTCAAATAG
Found at i:25813519 original size:179 final size:177
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Indices: 25812963--25813940 Score: 753
Period size: 179 Copynumber: 5.5 Consensus size: 177
25812953 TTAGTTTATG
* * * *
25812963 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTACTTGAA-TGTATTAAGA-AAAC-TGATTTTTTTTT
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACT-TATT-CGATAAACAT-ATTTATTTTT
* ** * *
25813025 TAA-TTTTACTTATTAATTTTGAAGTATTAA-AAATTTATATTATTTT-ATTCGAAATAAGCTTG
63 AAATTTTTACTTATTAATTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTC-AAATAAGCTTG
* * * ** * * * *
25813087 GATGTATAGAACCAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAATATTTTGA
127 TATGAACA-AAAAAATAGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGA
* * * * * * *
25813139 AATAGATAATTGTTTAAATACTTATAACTATTTTAA-TTAATTTGGTAAACATATATATTTTTTA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTT-ATTCGATAAACATATTTATTTTTAA
* *** * * * *
25813203 ATTCTCTTACTCATTAACTTTTGTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCAAATATGCTTA
65 ATT-T-TTACTTATTAA-TTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTG
* * * * * * **
25813268 TATAAACTGAAACAAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAAGGTCATAATTATTTGA
127 TATGAAC--AAAAAAATAGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTTATAACAATTTGA
* * * *
25813322 AATAGATAATTATTCAAATAGTTCA-CACTATTTGAACTTATTCGGTAAATATATTTATTTTTAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTT-ATAACTATTTGAACTTATTCGATAAACATATTTATTTTTAA
* *
25813386 ATTTTTACTTATTAATTATCAAAATACTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTCGTA
65 ATTTTTACTTATTAATT-TCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTA
* * *
25813451 TGAACAAAAATAATAGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTGA
129 TGAACAAAAA-AATAGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGA
* * * *
25813501 AATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACGAATTGAACTTATTCGATAAAC-TAATTTATTTTGAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTATTCGATAAACAT-ATTTATTTTTAA
** * *
25813565 ATCTTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTTATATTATTTT-ATTATAAATAAGCTTG
65 AT-TTTTACTTATTAATT-TCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATT-CAAATAAGCTTG
* * * * * *
25813629 TATGAGCAGAAAAATTA-TTTTATCACAAAACAAAAGGTTATAGCTATTTTA
127 TATGAACA-AAAAAATAGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGA
* * * * *
25813680 AATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTTGTTCAATAAACATA-TTAGTTTTTTA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTATTCGATAAACATATTTA-TTTTTAA
* * * * ** * ** * *
25813744 ATCTATGAATTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTAT
65 AT-TTTTACTTATTAA-TTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGT
* * * * * *
25813809 ATGAATTAAAATAAT-TTTTTAATGACAAAATAAAAGGTTATACCGATTTGA
128 ATGAA-CAAAAAAATAGTTTT-ATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGA
* * * * * * * *
25813860 AATAGATAATTATTTAAATAATCATGACTATTCGATC-TAGTTCGCTAAACATATATT-TTTTTA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTA-TTCGATAAACATAT-TTATTTTTA
*
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Statistics
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AATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTATTCGATAAACATATTTATTTTTAAA
TTTTTACTTATTAATTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATG
AACAAAAAAATAGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGA
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * *
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196 AAGAAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTCAAACTATTTAAACTTAT
** * * * *
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* *
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* * * * * *
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* *
25813529 GAATTGAACTT-ATTCGATAAAC-TA-AT-TTATTTTGAAATCTTTTACTTATTAA-TTGTCT-T
65 GAATTGAA-TTAATTCGATAAACATATATATT-TTTT-AAATCTCTTACTCATTAACTT-T-TGT
* * * *
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* * * * * *
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188 TATCACAAAAGAAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTCA-AACTATT
* * * * *
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** * ** * **
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* * * * *
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25813880 ATCATGACTA
Statistics
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Consensus pattern (361 bp):
TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATACTTATAACG
AATTGAATTAATTCGATAAACATATATATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAACTTTTGTAATATT
AATAAATTAGTATTATTTTACTTCAAATAAGCTTATATAAACAGAAACAAATTATTTTATCACAA
AAGAAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTCAAACTATTTAAACTTAT
TCAATAAACATATTTATTTTTAAATTATGAATTATTAATTATCAAAATACTAATAAATTAATATT
ATTTTAATTCAAATAAACTCATATGAACAAAAATAA
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* *
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*
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* * * * * * * *
25813791 TATTTTGAATAAACTTATATGAATTAAAATAATTTTTTAATGACAAAATAAAAGGTTATACCGAT
131 AATTTTGAATAAACATATATGAACTAAAACAATTTTTTAATGACAAAACAAAAGGTTAAAACAAT
* * *
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196 TTGAAATAGATAATTATTTAAATAATCATAACTATTCGAACTAGTTCACTAAACATATATATTTT
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**
25813945 AAAGGTTATATTTATTTTAAATAGATAAGTGTTCAAATA-TT-TAACTATTTAAACTTGTTCAAT
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* * * * * * *
25814008 AAACATATTTA-TTTTTTAAATTTCTTATTTATTAATTTTTTA-AATGTTAATAACTTAGTATTA
66 AAACATA-TTAGTTTTTT-AATCTATGAATTATTAA-TTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * *
25814071 TTTAATTTTGAATAAGCATATATGAACTGAAACAATTATTTT-ATGACTAAACAAAATGTTAAAA
128 TTTAATTTTGAATAAACATATATGAACTAAAACAATT-TTTTAATGACAAAACAAAAGGTTAAAA
* * * *
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255 TATTTTTTAA
25814208 ATCTCCTACT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAACATATTAGTTTTTTAATCTATGAATTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
AATTTTGAATAAACATATATGAACTAAAACAATTTTTTAATGACAAAACAAAAGGTTAAAACAAT
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TTAATTTTTTACTTATTAATTATTC
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25813948 GGTTATATTT
* * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAGATTTA
* * * *
25814200 TTTTTTAAATCTCCTACTTATTATTTTTTAAAATATTATTAATTTAGCA--A---TATTTGAATA
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* * *
25814260 AGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAATG--ATAACA
128 AGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAATGTCATAACA
* ** * * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACAGATTTAT
* * * * *
25814375 TTTTGAAAT-T-T-CATATTAATTTTCAAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTGTTAATAA
65 TTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAA
** * * **
25814437 TTTTTTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATG
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* * * *
25814488 ATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTT-AAGCTTGTTCGTTAAACAGATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTTGTTCGATAAACAGATTTAT
* *
25814552 TTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTATAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATA
65 TTTTTAAATCTCT-ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATA
** * * **
25814617 AATTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGAGAAAACAAAA-GATCATAATG
128 AGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAACA
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1 ATTTGAAATAGATAA
25814683 ATTGTAATTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATT
TTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGC
TTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACA
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* * * * * *
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**
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* * * *
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*
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66 ACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAA
25814790 TTATTAAAAT
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Consensus pattern (107 bp):
AATAAATTAATATTATTTTATTCCCAATAAATTTGTATGAATAAAAACAATTAGTTTATGACAAA
ACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAAATTGTAATTTC
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** * * * * **
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* * ** * * *
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* *
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* * * * *
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* * * * * **
25814938 ATAAAATGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAATCATAACTATAAGAACTTGTTC
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* * * ** * *
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131 AGTAAACATATTTATTTTAAAATCT-T-TTACTTATTAATTTTTG-AATATT
* * ** * * *
25815054 AATAAA-TTAGTATTA-TTTATT-TCAAATAAGCTTATCTGAATTGAAACTATTGTTTTATTACA
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* * * * *
25815116 AAACAAAAAGTCATAATGATTT-AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTAT
64 AAATAAAATGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* * * * * *
25815180 TCGGTAGACATTTTTATTTGTTAAATCTTTTTCTTATTAATTGTTGAAATATT
129 TCAGTAAACATATTTATTT-TAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATT
* * * * * * * *
25815233 GATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAACCTTGTATGAGCAGAAATAATTATTTTATGATAAA
1 AATAAATTTATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAA
** * * * * *
25815298 A-AAAA--TCATAACAATTTGAAATAAAAAATTGTTTAAATAGTCATAAC-AATTCAA-TGTGTT
66 ATAAAATGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTT
* * * * * *
25815358 -TGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTCAATATT
130 CAG-TAAACATATTTA-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTGAATATT
* * ** *
25815410 AATAAATTTATATTATTTTATT-TGAAATAAACCTGTATGAATTGAAA-AATTTATTTTATAACA
1 AATAAATTTATATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAA-TTATTTTATGACA
* * * * * * * *
25815473 AAATAAAATGTTATAGCT-ATTTCAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTAAACTTA
64 AAATAAAATGTCATA-ATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* *
25815537 TTCAGTAAACATATTT-TTTTAAAATCTTTGAATTATTAAATTTTAT-AATATT
128 TTCAGTAAACATATTTATTTTAAAATCTTTTACTTATT-AATTTT-TGAATATT
* * * * * * * *
25815589 AATAAATTGATATTATTTTATTCTGAATAAGTTTATATAAACTGAAACAATTCTTTTATGATAAA
1 AATAAATTTATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAA
* * * * * *
25815654 ATAAAATGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATGGTCATGACTATGTGATCTAGTT-
66 ATAAAATGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
* * ***
25815718 TGCTAAACATATTTATTTTTAAAAAT-ATTTACTTATTAATTGTCAAAATATT
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* * * * * * * * *
25815770 CATAAA-TTAGCATTATTATAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATAATAG
1 AATAAATTTA-TATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAA
* * * * * * * * *
25815834 AATAAAAAGTTATAACT-ATTTGAAATAAATAATT-TGTCAAATAATAAAAACAACTTAAACTGG
65 AATAAAATGTCATAA-TGATTTGAAATAAATAATTAT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * *
25815897 TT-TGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATT
128 TTCAG-TAAACATATTTA-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATT
* * * * * * * * * *
25815947 AATAGA-TTAGTATTACTTTATTTTGAATAA-ATAGATATGAACAAAAACATTTATTTAATGATA
1 AATAAATTTA-TATTATTTTATTCTAAATAAGCTTG-TATGAACAGAAACAATTATTTTATGACA
* * * * * *
25816010 AAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAAGT-ATAATTTTTTGAAC-TG
64 AAATAAAATGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * **
25816073 ATT-AGGTAAACA-AATTACTTTTTAAATCTTTGACATATTAATTCTTCAAATATT
128 -TTCA-GTAAACATATTTA-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTGAATATT
* * * * * * ** *
25816127 AATAAATTCATTTTATTTT-TTGTGAGTAAGCTAGTATGAATTGAAAAAATTATTTTATGACAAA
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* * * * * * ** * * *
25816191 ATAAAA-GTTCATAA-CATTTTGAAATAGATAATTGTTTATATAATTTTAAATATTTAAACTAGT
66 ATAAAATG-TCATAATGA-TTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* * * * * * * *
25816254 TCGGCAAATAAATTTATTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATT
129 TCAGTAAACATATTTATTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATT
* * * * * * * * *
25816306 ATTAGA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATAAACATAAATAATT-GTTTATGACAA
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* * * * * * * *
25816369 GACAAAAAGTTATAACGATGTGAAGT-AACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGT
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** * * * * *
25816432 TTGGTAAATATATATT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTGAAAGATT
129 TCAGTAAACATAT-TTATTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATT
** * * * * * * ** * * ***
25816484 AATAAATTGGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGAATGATCAAAAACGTTTGTTTTAAGATTGA
1 AATAAATTTATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAA
* * * * * * *
25816549 ATAAAAGGTAATAATAATTTGAAATAAATAATTGTT-AGAAT-GACCATAATTATTTGAA-ATGA
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* * * * * *
25816611 TT-TGATAAATAGATTCACTTTTTAAATC----ACTTATTAATTTTTAACATATT
128 TTCAG-TAAACATATTTA-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-ATATT
* * ** * *
25816661 AATAAATTTATATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATGATTGTTTTATGATAA
1 AATAAATTTATATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAA
* * * * * * * * * **
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* * * * * * *
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* * * ** * *
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1 AATAAATTTATATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGA-CA
* ** * *
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** * * ** *
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* ** * *
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1 AATAAATTTA-TATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAA
* * * * * * * *
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65 AATAAAATGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTG-
* * * * *
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128 TTCAGTAAACATATTTA-TTTTAAAATCT-TTTACTTATTAATTTTT-GAATATT
* * * * *
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* * * * * * * * * * * * *
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* * * * **
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* * * * ** * **
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1 AATAAATTTA-TATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAA
* * * *
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* * * * *
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* * * * ** *
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1 AATAAATTTAT-ATT-ATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTATTTTATGA
* * * ** * * * ** * *
25817611 CTAAACAAAA-GATTA-AAACATTTTAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAATTATTTTAACT
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** * * * * *
25817674 AATTGCATTGGTTTAACAAACACATTTATTTTTTAAGTCTCTAACTTATTAATTTTTGAAATATT
126 TGTT-CA---G--T---AAACATATTTA-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATT
* * * ** *
25817739 -ATGAAA-TTAGTATTATTTT-TAACTGAATAAGCTTCTATGATTAGAAATAATTATTTTATGAC
1 AAT-AAATTTA-TATTATTTTAT-TCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGAC
* * ** ** * * ** *
25817801 AAAACAAAGAT-T-ATAATAATTTGGGATTGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTCAAACTC
63 AAAATAAA-ATGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * * *
25817864 GTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATATCTCACTTATTAATTTTTGAAATACT
127 GTTCAGTAAACATATTTA-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATT
* * * * * *
25817919 AATAAATTAATATTATTTTCCTTC-AAATAAGCTTGTAT-AATAAAAAACAATTGTTTTATAACA
1 AATAAATTTATATTATTTT-ATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-CAGAAACAATTATTTTATGACA
* * * *** * *
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1 CAAATAGTCATAATTATT
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* * * * * * * ** * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * ** *
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* *
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* * * ** * * *
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* * * * * * * **
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* * *
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* ** * * *
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* * * * * * *
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* *
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* ** * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * * * *
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** *
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* * * * *
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* * *
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* *
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129 ATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* *
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* *
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* *
25816094 TTAAATCTTTGACATATTAATTCTTCAAATATTAATAAATTCATTTTATTTT-TTGTGAGTAAGC
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* * * *
25816158 TAGTATGAATTGAAAAAATTATTTTATGACAAAATAAAAGTTCATAA-CATTTTGAAATAGATAA
382 TAGTATGAACTGAAAAAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATCA-TTTAAAATAGATAA
* ** * * * *
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* *
25816287 TATTAATTTTTAGAATATTAT
510 TATTAATTGTTAAAATATTAT
* * *** * * * *
25816308 TAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATAAACATAAATAATT-GTTTATGACA-AG-
1 TAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTAT-A-ATAGA
* * * * * * * *
25816370 ACAAAAAGTTATAACGATGTGAAGT-AACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTT
64 ACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAAC-AATTAAACTGGTTT
* * * * * *
25816434 GGTAAATATATAT-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTGAAAGATTAATAAATTGGTATT
128 GATAAATAGATTTATTTTTTAAA--TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * *** *
25816498 ATTTTATTTTGAATAAGTTTGAATGATCAAAAACGTTTGTTTTAA-GATTGAATAAAAGGTAATA
191 ATTTTATTTTGAATAA-ATTGTATGAACAAAAACATTT-ATTTAATGACAAAATAAAAGGTCATA
** ** * * * * *
25816562 ATAATTTGAAATAAATAATTGTTAGAATGACCATAATTATTTGAAATGATTTGATAAATAGATTC
254 ACGATTTGAAATAAATAATTGTTA-AAT-AGTATAATTATTTGAACTGATTAGGTAAACAAATT-
*
25816627 ACTTTTTAAATC----ACTTATTAATTTTTAACATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTCGAA
316 ACTTTTTAAATCTTTGACATATTAA-TTTTAA-ATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTT-GAA
* ** * * *
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* * * * *
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* **
25816818 TTAGTTATTAAATT-TTGGAATATTAT
505 TTACTTATT-AATTGTTAAAATATTAT
** * * * ** * *
25816844 TAAATTTTTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGT-TGAATTGAAAAAATTATTTTATAGTAGAAC
1 TAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTATAATAGAAC
* * * *
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* * * *
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131 AAATAGATTTATTTTTTAAATCT--TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * ** ** * * * * * * *
25817027 TTATTCTAAATAGGCTTGTATGATGACAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-TTCATAATGA
194 TTATTTTGAATA-AATTGTATGAACAAAAACATTTATTTAATGACAAAATAAAAGGTCATAACGA
* * * * *
25817091 TTTGAAATAGATAAGTGTTGAAATGGCTACAATTA-TTGAACTGATTCGGTAAACAAATTTACTT
258 TTTGAAATAAATAATTGTT-AAATAG-TATAATTATTTGAACTGATTAGGTAAACAAA-TTACTT
* *
25817155 TTTAAAT-TACTTG-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTTGAATA
320 TTTAAATCT--TTGACATATTAA-TTTT-AAATATTAATAAATTA-TATTATTTTA-TTTGAATA
* * * * * * * *
25817218 AGCTTGTATGAATTAAAATAAATTTTTTATTACAAGACATAAGGTCATAA-CGATTTTAAATATA
379 AGCTAGTATGAACTGAAA-AAATTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATC-ATTTAAAATAGA
* * * * * * * * *
25817282 CAATTGTTCA-AGTAGTCA-AAGTATTTAAATTTGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTTCAAAATC
442 TAATTGTTTATA-TAGTCATAAATATTTGAACTAGTTCGGCAAATAAATTTA-TTTTT--AAATC
* ** * * *
25817345 TCTTGTTTATTAATTTTTGAAATATTAA
503 TATTACTTATTAATTGTTAAAATATTAT
* * *** * ** * **
25817373 TAAATTAGTGTTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAATTGAAAGAATTATTTTATGTTA-AA-
1 TAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTATAATAGAAC
* * * * * * * * *
25817436 AAAAAGTCATAACGATTTTAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCA
66 AAAAAGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAAC-AATTAAACTGGTTTGA
* * * * *
25817500 GTAAATATATTTATTTTTCAAATCTCTTGCTTA-TAATTTTTTG-AATGTTAATATATTA-TAAT
130 -TAAATAGATTTATTTTTTAAA--TCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-AT
** * * ** ** * * * * *
25817562 TAATTTTATTTCAAATAAACCTATATGATA-TTAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGATTA
190 T-ATTTTATTTTGAATAAA-TTGTATGA-ACAAAAACATTTATTTAATGACAAAATAAAAGGTCA
* * * * * * * *
25817626 AAAC-ATTTTAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAATTATTTTAACTAATTGCATTGGTTTAA
252 TAACGATTTGAAATAAATAATTGTT-AAATAG-TATAATTATTTGAACTGATT--A--GG--T--
* * * * * *
25817690 CAAACACATTTATTTTTTAAGTCTCTAACTTATTAATTTTTGAAATATT-ATGAAATTAGTATTA
307 -AAACA-AATTACTTTTTAAATCTTTGACATATTAA-TTTT-AAATATTAAT-AAATTA-TATTA
** ** * * * *
25817754 TTTTTAACTGAATAAGCTTCTATG-ATTAGAAATAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATTATAA
366 -TTTTATTTGAATAAGCTAGTATGAACT-GAAAAAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* *** * * * * * ** * * * *
25817817 TAATTTGGGATTGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTCAAACTCGTTCAGTAAATAGATTTA
428 TCATTTAAAATAGATAATTGTTTATATAGTCATAAATATTTGAACTAGTTCGGCAAATAAATTTA
* * * * * * *
25817882 TTTTTTAAATATCTCACTTATTAATTTTTGAAATACTAA
493 -TTTTTAAATCTATTACTTATTAATTGTTAAAATATTAT
* ** * * * * * * *
25817921 TAAATTAATATTATTTTCCTTCAAATAAGCTTGTAT-AATAAAAAACAATTGTTTTATAACAAAA
1 TAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA-CAGAAATAATTATTTTATAATAGAA
* * * * * * * ** ** **
25817985 CAAAAAGTAATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGACCAT---AATT-ATTTTATTCAA
65 CAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACAATTAAACTGGTTTGA
* * * *
25818046 TAAA-AAATGTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTAT
130 TAAATAGATTTATTTTTTAAA--TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
25818107 ATTA
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Consensus pattern (530 bp):
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AAAAAGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACAATTAAACTGGTTTGAT
AAATAGATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
ATTTTGAATAAATTGTATGAACAAAAACATTTATTTAATGACAAAATAAAAGGTCATAACGATTT
GAAATAAATAATTGTTAAATAGTATAATTATTTGAACTGATTAGGTAAACAAATTACTTTTTAAA
TCTTTGACATATTAATTTTAAATATTAATAAATTATATTATTTTATTTGAATAAGCTAGTATGAA
CTGAAAAAATTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATCATTTAAAATAGATAATTGTTTATATA
GTCATAAATATTTGAACTAGTTCGGCAAATAAATTTATTTTTAAATCTATTACTTATTAATTGTT
AAAATATTAT
Found at i:25816724 original size:714 final size:711
Alignment explanation
Indices: 25815212--25816770 Score: 1547
Period size: 714 Copynumber: 2.2 Consensus size: 711
25815202 AAATCTTTTT
* * * * *
25815212 CTTATTAATTGTTGAAATATTGATAAATTAATATTATTTTA-ATCTGAATAACCTTGTATGAGCA
1 CTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTC-GAATAA-CTTGTATGAAC-
* * *
25815276 GAAATAATTATTTTATGATAAAAAAAA--TCATAACAATTTGAAATAAAAAATTGTTTAAATAGT
62 GAAATAATT-TTTTATGATAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
25815339 CATAACAATTCAATGTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTC
126 CATAACAATTCAATGTATTAGATAAACAGAATTACTTTTTAAATCTTTGACATATTAATTCTCTC
* *
25815404 AATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAACCTGTATGAATTGAAAAATTTATTTTAT
191 AATATTAATAAATTCATATTATTTTATTTGAAATAAACCTGTATGAATTGAAAAAATTATTTTAT
* * *
25815469 AACAAAATAAAATGTTATAGCTATTTCAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTAAAC
256 AACAAAATAAAATGTTATAACTATTTCAAATAAATAATTGTTTAAATAATCATAAATATTTAAAC
* * *
25815534 TTATTCAGTAAACATATTTTTTTAAAATCTTTGAATTATTAAATTTTATAATATTAATAAATTGA
321 TTATTCAGCAAACAAATTTTTTTAAAATCTTTGAATTATTAAATTTTAGAATATTAATAAATTGA
* * * * *
25815599 TATTATTTTATTCTGAATAAGTTTATATAAACTGAAACAATTCTTTTATGATAAAATAAAATGTC
386 TATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATAAACTGAAACAATTCGTTTATGACAAAACAAAAAGTC
* * * * *
25815664 ATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATGGTCATGACTATGTGATCTAGTTTGCTAAACATA
451 ATAACGATGTAAAATAAACAATTATTCAAATAGTCATAACTATGTGATCTAGTTTGCTAAACATA
* *
25815729 TTTATTTTTAAAAATATTTACTTATTAATTGTCAAAATATTCATAAATTAGCATTATTATAATCC
516 TTTATTTTT-AAAATATTTACTTATTAATTGTCAAAAGATTAATAAATTAGCATTATTATAATCC
* * *
25815794 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATAATAGAATAAAAAGTTATAACTATTTGAAA
580 AAATAAGCTTGAATGAATAAAAACAATTATTTTATAATAGAATAAAAAGTAATAACTATTTGAAA
* * * *
25815859 TAAATAATTTGTCAAATAATAAAAACAACTTAAACTGGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAAT
645 TAAATAATTTGTCAAATAACAAAAACAACTTAAACTGATTTGATAAATAGATTCACTTTTTAAAT
*
25815924 CT
710 CA
* * * * *
25815926 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGA-TTAGTATTACTTTATTTTGAATAAATAGATATGAAC-
1 CTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTCGAATAACTTG-TATGAACG
* *
25815989 AAAAACATTTATTTAATGATAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATA
63 AAATA-ATTT-TTT-ATGATAAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT-
*** * *
25816054 AGT-ATAATTTTTTGAACTG-ATTAGGTAAACA-AATTACTTTTTAAATCTTTGACATATTAATT
123 AGTCATAA-CAATTCAA-TGTATTAGATAAACAGAATTACTTTTTAAATCTTTGACATATTAATT
* * *
25816116 CT-TCAAATATTAATAAATTCATTTTATTTT-TTGTG-AGT-AAGCTAGTATGAATTGAAAAAAT
186 CTCTC-AATATTAATAAATTCATATTATTTTATT-TGAAATAAACCT-GTATGAATTGAAAAAAT
* * * * **
25816177 TATTTTATGACAAAATAAAA-GTTCATAAC-ATTTTGAAATAGATAATTGTTTATATAATTTTAA
248 TATTTTATAACAAAATAAAATGTT-ATAACTA-TTTCAAATAAATAATTGTTTAAATAATCATAA
* * * * * *
25816240 ATATTTAAAC-TAGTTCGGCAAATAAATTTATTTTTAATTCTCTT-AGTTATTAATTTTTAGAAT
311 ATATTTAAACTTA-TTCAGCAAACAAATTT-TTTTAAAATCT-TTGAATTATTAAATTTTAGAAT
* * * *
25816303 ATTATTAGATT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATAAACAT-AAATAATT-GTTTATG
373 ATTAATAAATTGA-TATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATAAAC-TGAAACAATTCGTTTATG
* * * * *
25816365 ACAAGACAAAAAGTTATAACGATGTGAAGT-AACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-
436 ACAAAACAAAAAGTCATAACGATGTAAAATAAACAATTATTCAAATAGTCATAACTATGTG-ATC
* * * **
25816428 TAGTTTGGTAAATATATATT-TTTTT-AAATCTCTTACTTATTAAATT-TTGAAAGATTAATAAA
500 TAGTTTGCTAAACATAT-TTATTTTTAAAATAT-TTACTTATT-AATTGTCAAAAGATTAATAAA
* * * * *** * ** * *
25816490 TTGGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGAATG-ATCAAAAACGTTTGTTTTA-AGATTGAATAA
562 TTAGCATTATTATAATCCAAATAAGCTTGAATGAAT-AAAAACAATTATTTTATA-ATAGAATAA
* * * * * ** *
25816553 AAGGTAATAA-TAATTTGAAATAAATAA-TTGTTAGAATGACCATAATTATTTGAAA-TGATTTG
625 AAAGTAATAACT-ATTTGAAATAAATAATTTGTCA-AATAACAAAAACAACTT-AAACTGATTTG
25816615 ATAAATAGATTCACTTTTTAAATCA
687 ATAAATAGATTCACTTTTTAAATCA
25816640 CTTATTAATTTTTAACATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTG
1 CTTATTAATTTTTAA-ATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTCGAATAA-CTTGTATGAAC-G
* * * * * * *
25816705 AAATGATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTTATATAGT
63 AAATAATT-TTTTATGATAAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
25816770 C
126 C
25816771 CTAATTGTTT
Statistics
Matches: 687, Mismatches: 119, Indels: 78
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
712 5 0.01
713 31 0.05
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715 79 0.11
716 128 0.19
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718 18 0.03
719 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.06, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (711 bp):
CTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTCGAATAACTTGTATGAACGAAA
TAATTTTTTATGATAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA
CAATTCAATGTATTAGATAAACAGAATTACTTTTTAAATCTTTGACATATTAATTCTCTCAATAT
TAATAAATTCATATTATTTTATTTGAAATAAACCTGTATGAATTGAAAAAATTATTTTATAACAA
AATAAAATGTTATAACTATTTCAAATAAATAATTGTTTAAATAATCATAAATATTTAAACTTATT
CAGCAAACAAATTTTTTTAAAATCTTTGAATTATTAAATTTTAGAATATTAATAAATTGATATTA
TTTTATTCTGAATAAGCTTATATAAACTGAAACAATTCGTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAC
GATGTAAAATAAACAATTATTCAAATAGTCATAACTATGTGATCTAGTTTGCTAAACATATTTAT
TTTTAAAATATTTACTTATTAATTGTCAAAAGATTAATAAATTAGCATTATTATAATCCAAATAA
GCTTGAATGAATAAAAACAATTATTTTATAATAGAATAAAAAGTAATAACTATTTGAAATAAATA
ATTTGTCAAATAACAAAAACAACTTAAACTGATTTGATAAATAGATTCACTTTTTAAATCA
Found at i:25816784 original size:714 final size:716
Alignment explanation
Indices: 25815374--25816948 Score: 1549
Period size: 714 Copynumber: 2.2 Consensus size: 716
25815364 ATAGATTTAT
* * * *
25815374 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTCAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATA
1 TTTTTAAATCTTTGACATATTAATTCTCTCAATATTAATAAATTCATATTATTTTATTTGAAATA
* *
25815439 AACCTGTATGAATTGAAAAATTTATTTTATAACAAAATAAAATGTTATAGCTATTTCAAATAAAT
66 AACCTGTATGAATTGAAAAAATTATTTTATAACAAAATAAAATGTTATAACTATTTCAAATAAAT
* * * *
25815504 AATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTAAACTTATTCAGTAAACATATTTTTTTAAAATCTTTGAA
131 AATTGTTTAAATAATCATAAATATTTAAACTTATTCAGCAAACAAATTTTTTTAAAATCTTTGAA
* *
25815569 TTATTAAATTTTATAATATTAATAAATTGATATTATTTTATTCTGAATAAGTTTATATAAACTGA
196 TTATTAAATTTTAGAATATTAATAAATTGATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATAAACTGA
* * * * * * * *
25815634 AACAATTCTTTTATGATAAAATAAAATGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATGGTC
261 AACAATTCGTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATGTAAAATAAACAATTATTCAAATAGTC
*
25815699 ATGACTATGTGATCTAGTTTGCTAAACATATTTATTTTTAAAAATATTTACTTATTAATTGTCAA
326 ATAACTATGTGATCTAGTTTGCTAAACATATTTATTTTT-AAAATATTTACTTATTAATTGTCAA
* * * *
25815764 AATATTCATAAATTAGCATTATTATAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTAT
390 AAGATTAATAAATTAGCATTATTATAATCCAAATAAGCTTGAATGAATAAAAACAATTATTTTAT
* *
25815829 AATAGAATAAAAAGTTATAACTATTTGAAATAAATAATTTGTCAAATAATAAAAACAACTTAAAC
455 AATAGAATAAAAAGTAATAACTATTTGAAATAAATAATTTGTCAAATAACAAAAACAACTTAAAC
* * * * *
25815894 TGGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTA
520 TGATTTGATAAATAGATTCACTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* *
25815959 TTACTTTATTTTGAATAAATAGATATGAACAAAAACATTTATTTAATGATAAAATAAAAGGTCAT
585 TTACTTTATTTCGAATAAATAGATATGAACAAAAACATTTATTTAATGATAAAACAAAAGGTCAT
* * *
25816024 AACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAAGTATAATTTTTTGAACTGATTAGGTAAACAAATT
650 AACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAAGTATAATTGTTTGAACTGATTAGGTAAACAAATT
25816089 AC
715 AC
* *
25816091 TTTTTAAATCTTTGACATATTAATTCT-TCAAATATTAATAAATTCATTTTATTTT-TTGTG-AG
1 TTTTTAAATCTTTGACATATTAATTCTCTC-AATATTAATAAATTCATATTATTTTATT-TGAAA
* * *
25816153 T-AAGCTAGTATGAATTGAAAAAATTATTTTATGACAAAATAAAA-GTTCATAAC-ATTTTGAAA
64 TAAACCT-GTATGAATTGAAAAAATTATTTTATAACAAAATAAAATGTT-ATAACTA-TTTCAAA
* * ** * * * *
25816215 TAGATAATTGTTTATATAATTTTAAATATTTAAAC-TAGTTCGGCAAATAAATTTATTTTTAATT
126 TAAATAATTGTTTAAATAATCATAAATATTTAAACTTA-TTCAGCAAACAAATTT-TTTTAAAAT
* * * * *
25816279 CTCTT-AGTTATTAATTTTTAGAATATTATTAGATT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTAT
189 CT-TTGAATTATTAAATTTTAGAATATTAATAAATTGA-TATTATTTTATTCTGAATAAGCTTAT
* * * * *
25816342 ATAAACAT-AAATAATT-GTTTATGACAAGACAAAAAGTTATAACGATGTGAAGT-AACAATTAT
252 ATAAAC-TGAAACAATTCGTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATGTAAAATAAACAATTAT
* * * *
25816404 TCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-TAGTTTGGTAAATATATATT-TTTTT-AAATCTCTTACTT
316 TCAAATAGTCATAACTATGTG-ATCTAGTTTGCTAAACATAT-TTATTTTTAAAATAT-TTACTT
** * * * * *** *
25816466 ATTAAATT-TTGAAAGATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGAATG-ATCAAA
378 ATT-AATTGTCAAAAGATTAATAAATTAGCATTATTATAATCCAAATAAGCTTGAATGAAT-AAA
** * * * * *
25816529 AACGTTTGTTTTA-AGATTGAATAAAAGGTAATAA-TAATTTGAAATAAATAA-TTGTTAGAATG
441 AACAATTATTTTATA-ATAGAATAAAAAGTAATAACT-ATTTGAAATAAATAATTTGTCA-AATA
* * ** *
25816591 ACCATAATTATTTGAAA-TGATTTGATAAATAGATTCACTTTTTAAATCACTTATTAATTTTT-A
503 ACAAAAACAACTT-AAACTGATTTGATAAATAGATTCACTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGA
* * * * **
25816654 ACATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG-TATGAACTGAAATGATTGT-T
567 A-ATATTAATAAA-TTAGTATTACTTTATTTCGAATAA-ATAGATATGAAC-AAAAACATT-TAT
* * * * *
25816716 TT-ATGATAAAACAAATGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTTATAT-AGTCCTAATTGT
627 TTAATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAAGT-ATAATTGT
* ** * *
25816779 TTGAACT-ACTTCGACAAATAAATTTAT
691 TTGAACTGA-TTAGGTAAACAAA-TTAC
** * * ** *
25816806 TTTTTAAATCTATT-AGTTATTAAATT-T-TGGAATATTATTAAATTTTTATTATTTTATTTCAA
1 TTTTTAAATCT-TTGACATATT-AATTCTCT-CAATATTAATAAATTCATATTATTTTATTTGAA
*** ** * ** * * *
25816868 ATAAGTTTGT-TGAATTGAAAAAATTATTTTATAGTAGAACGAAATGTTATATCGATTTGAAATA
63 ATAAACCTGTATGAATTGAAAAAATTATTTTATAACAAAATAAAATGTTATAACTATTTCAAATA
* *
25816932 AATAATTATTCAAATAA
128 AATAATTGTTTAAATAA
25816949 AAACTGGTTT
Statistics
Matches: 698, Mismatches: 125, Indels: 72
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
713 20 0.03
714 238 0.34
715 174 0.25
716 141 0.20
717 122 0.17
718 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.06, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (716 bp):
TTTTTAAATCTTTGACATATTAATTCTCTCAATATTAATAAATTCATATTATTTTATTTGAAATA
AACCTGTATGAATTGAAAAAATTATTTTATAACAAAATAAAATGTTATAACTATTTCAAATAAAT
AATTGTTTAAATAATCATAAATATTTAAACTTATTCAGCAAACAAATTTTTTTAAAATCTTTGAA
TTATTAAATTTTAGAATATTAATAAATTGATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATAAACTGA
AACAATTCGTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATGTAAAATAAACAATTATTCAAATAGTC
ATAACTATGTGATCTAGTTTGCTAAACATATTTATTTTTAAAATATTTACTTATTAATTGTCAAA
AGATTAATAAATTAGCATTATTATAATCCAAATAAGCTTGAATGAATAAAAACAATTATTTTATA
ATAGAATAAAAAGTAATAACTATTTGAAATAAATAATTTGTCAAATAACAAAAACAACTTAAACT
GATTTGATAAATAGATTCACTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
TACTTTATTTCGAATAAATAGATATGAACAAAAACATTTATTTAATGATAAAACAAAAGGTCATA
ACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAAGTATAATTGTTTGAACTGATTAGGTAAACAAATTA
C
Found at i:25817636 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 25816968--25818024 Score: 580
Period size: 180 Copynumber: 5.8 Consensus size: 179
25816958 TGGTAAACAA
* * **
25816968 ATTTA-TTTTTTAAATCTCCTATTTATTAA-TTTTTGTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 ATTTACTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTA-TATTATTTTAT
* * * * * * * * * * *
25817031 TCTAAATAGGCTTGTATG-ATGACAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATTCATAATGATTTG
64 TTTGAATAAGCTTATATGAATTA-AAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGTCATAACGATTTT
* * * * * * * * * * *
25817095 AAATAGATAAGTGTTGAAAT-GGCTACAATTA-TTGAAC-TGATTCGGTAAACAA
128 AAATAAAAAATTGTTCAAATAGTC-A-AACTATTTAAACTTG-TTCAGAAAATAG
*
25817147 ATTTACTTTTT-AAAT-TACTTGCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTATTATTATTTTAT
1 ATTTACTTTTTCAAATCT-CTTGCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTA-TATTATTTTAT
* * * * *
25817210 TTTGAATAAGCTTGTATGAATTAAAATAAATTTTTTATTAC-AAGACATAAGGTCATAACGATTT
64 TTTGAATAAGCTTATATGAATTAAAACAAATATTTTATGACTAA-ACA-AAAGTCATAACGATTT
* * * * *
25817274 TAAATATACAATTGTTCAAGTAGTCAAAGTATTTAAATTTGTTCAGAAAATAG
127 TAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCAAACTATTTAAACTTGTTCAGAAAATAG
* * *
25817327 ATTTATTTTTTCAAAATCTCTTGTTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTA
1 ATTTACTTTTTC-AAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTA-TATTATTTTA
* * * * * *
25817391 TTTTGAATAAGCTTTTATGAATTGAAAGAATTATTTTATG-TTAAAAAAAAGTCATAACGATTTT
63 TTTTGAATAAGCTTATATGAATTAAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGTCATAACGATTTT
* * *
25817455 AAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAT
128 AAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTAAACTTGTTCAGAAAATAG
* *
25817508 ATTTA-TTTTTCAAATCTCTTGCTTA-TAATTTTTTGAATGTTAATATATTATAATTAATTTTAT
1 ATTTACTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAT-ATT-ATTTTAT
** * * * *
25817571 TTCAAATAAACCTATATGATATT-AAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGATTAAAAC-ATTT
64 TTTGAATAAGCTTATATGA-ATTAAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAG-TCATAACGATTT
* * * * ** * * * *
25817634 TAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAATTATTTTAACTAATTGCATTGGTTTA-ACAAACAC
127 TAAATAAAAAATTGTTCAAATAG-TCAAACTA-TTT-A--AA---C-TT-GTTCAGA-AAATAG
* * **
25817697 ATTTA-TTTTTTAAGTCTCTAACTTATTAA-TTTTTGAAATATT-ATGAAATTAGTATTATTTT-
1 ATTTACTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATATTAAT-AAATTA-TATTATTTTA
** * * * * * **
25817758 TAACTGAATAAGCTTCTATG-ATTAGAAATAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATTATAATAAT
63 T-TTTGAATAAGCTTATATGAATTA-AAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAG-TCATAACGAT
*** ** * * * * *
25817821 TTGGGATTGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTCAAACTCGTTCAGTAAATAG
125 TTTAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTAAACTTGTTCAGAAAATAG
* * ** * **
25817877 ATTTA-TTTTTTAAATATCTCACTTATTAA-TTTTTGAAATACTAATAAATTAATATTATTTTCC
1 ATTTACTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATT-ATATTATTTTAT
** * * * * * * * * *
25817940 TTCAAATAAGCTTGTAT-AATAAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTAATAGCAATTT
64 TTTGAATAAGCTTATATGAAT-TAAAACAAATATTTTATGACTAAAC-AAAAGTCATAACGATTT
* * *
25818004 GAAATAGATAATTGTTCAAAT
127 TAAATAAAAAATTGTTCAAAT
25818025 GACCATAATT
Statistics
Matches: 696, Mismatches: 133, Indels: 96
0.75 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
177 1 0.00
178 21 0.03
179 134 0.19
180 241 0.35
181 79 0.11
182 80 0.11
183 1 0.00
184 2 0.00
185 2 0.00
187 5 0.01
188 16 0.02
189 97 0.14
190 16 0.02
191 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (179 bp):
ATTTACTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTATATTATTTTATTT
TGAATAAGCTTATATGAATTAAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGTCATAACGATTTTAAA
TAAAAAATTGTTCAAATAGTCAAACTATTTAAACTTGTTCAGAAAATAG
Done.