Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168481.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_8, whole genome shotgun sequence
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Warning! 67000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 2 of 127
Found at i:111503 original size:17 final size:16
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1 T
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TTTCTTTTTTTTTTGT
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* * *
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*
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TTTATTTGAAAAC
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115044 TTCTATCTTT
** *
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*
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1 ATTTTTT
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ATTTTTTTTGAAAACATTTTTTGAAAAA
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115243 GGTTCAAAAT
*
115253 AAAATAAAATCAAAAAATA
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* *
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1 AAAA
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AAAATAAAATCAAAAAAGA
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116038 TTTTGGTCCC
116048 AAT AAT AAT AA- AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT
1 AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT
116095 AAT AAT AAT AAT AAT -AT AAT A
1 AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT A
116116 CTATACAATG
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AAT
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116257 CCGTTACTTA
* * * * * *
116267 TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCGAATAAGACTGTATGAATAGAAAC
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* ** *
116332 AATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTTTTAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATA
66 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * *
116397 ACTAACTGAAATAGTTTAGTAAATATATTTATTTTTCAAATTTTTTC
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*
116444 TTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAA-ACTTATATGAATAAAAA
1 TTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTACTTTATTTCAAACAAGAC-TATATGAATAAAAA
* * * *
116508 CATTTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
65 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
* ** *
116573 AATTATTTGAATTAG-TTAGGCAAACATAATTATTTTT
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116610 TTAAATCTTT
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TTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTACTTTATTTCAAACAAGACTATATGAATAAAAAC
AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
ACTAACTGAAATAGTTTAGCAAACATAATTATTTTTCAAATTTTTTC
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116848 AACAAAAATT
* * * *
116858 TTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTT-AGAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTCCAAAA
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* * * * * *
116922 AAACTTGTGCGAACAAAAATAATTT-TTTTATGAGATAACAAAAGGATATAACAATTTGAAATAT
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* * *
116986 ATAATTATTCAAATGG-TCATAACTATTTAAACTGATTCGGTAAACAAATTAAC
129 ATAATTATTCAAATGGCT-ATAACTATTCAAACTAATTCGATAAACAAATTAAC
* *
117039 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAAA
** * ** * * **
117104 GGCTTGTATGATGAAAAACATTTATTTTATGACAAAACAAAAGTACATAATGATTTGAAACAGAT
66 AACTTGTACGAACAAAAAAATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGACATAACAATTTGAAACAGAT
* * * * * *** * *
117169 AATTGTTCTAATGGCTATAATTATTCGAACTAATTTGATAAATTGATTTAT
131 AATTATTCAAATGGCTATAACTATTCAAACTAATTCGATAAACAAATTAAC
** * *
117220 TTTTTAAATCTCAAACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATT
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
117278 TTAGATAAAT
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AACTTGTACGAACAAAAAAATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGACATAACAATTTGAAACAGAT
AATTATTCAAATGGCTATAACTATTCAAACTAATTCGATAAACAAATTAAC
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118429 TATAAGTTTG
* * ** *
118439 TTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAAT
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* * * ** * * * *
118504 AAATCTATTTACCAAACCATTTCAATTAGTTGTAAATATTTGAACAATTATTTTATTTCAAATTA
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* * ** * * *
118569 TTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAATCTTA
131 TTATGACCATTTATTTTATCACAAAACAATTCATTCTATTCATACAAGCTAA
** *
118621 TTCAAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAACG-GATTTAGAAAA
1 TTCAAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAA
* * ** * * *
118685 TATATCTATTGGCCTGACCAGTGCAAACAATTATGATTGTTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATC
65 TAAATCTATTGACCAAACCAGTGCAAACAATTATAAATATTTGAACAATTATTCTATTTCAAATC
* ** *
118749 ATTCTGACTTTTTATTTTGTCACAAAACAATTACATT-TATTCATACAAGCTAA
130 ATTATGACCATTTATTTTATCACAAAACAATT-CATTCTATTCATACAAGCTAA
** * * *
118802 TTTGAAATAACA-TATTTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAA
1 TTCAAAATAA-AGTAATGCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * * * ** * *
118866 TGAATC-AGTGTACAAAACAAGTTCAAATAGTTATAGCTATTTAAAAAATT-TTCTATTTCAAAT
65 TAAATCTATTG-ACCAAACCAGTGCAAACAATTATAAATATTTGAACAATTATTCTATTTCAAAT
118929 TGCTATGACC
Statistics
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0.77 0.19 0.04
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180 4 0.02
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183 1 0.00
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TTATGACCATTTATTTTATCACAAAACAATTCATTCTATTCATACAAGCTAA
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118999 ACTAAATAAT
* * * * *
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** * * * * * * * * * *
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* * * *
119139 CAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCTAACAAG
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* * * * *
119190 TTAAAATAGTAATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
** * * * * * * * *
119255 TAAAATGATTG-TAT-TAATTCATATATGCTTATTCAAAACAAAATAATACTAACTTAATACTAT
66 TAAAACAATTGCT-TCT-ATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
** *
119318 TCCAAAAATTAATAAG--TGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCCAACAAC-
129 TCCAAAAATTAATAAGAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAC-ACG
* *
119367 TTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGCCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * *
119432 TAAAACAATTGCTTCAATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAAT-GTAAATTTACTAATATT
66 TAAAACAATTGCTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT
* * * * ***
119496 CCAAAGATTAACAAGCAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTTTTGAACACG
130 CCAAAAATTAATAAG-AAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACACG
* * *
119547 TTCAAATAGTTATGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTCTTTTG-CA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * *
119611 -ACAAACCAATTGCTTCTATTCATAAAAACTTATTAAGAATAAAATAATACTAATTTATTCAA-A
66 TA-AAA-CAATTGCTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATT-AATA
* * * **
119674 TTCCAAAAATTAGTAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATCTGTTTATCGAGTGA-G
128 TTCCAAAAATTAATAAG--AAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGA-ACACG
* * * * * * *
119728 TTCAAATACTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTATTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * ** * * * * * * *
119793 TAAAATAATTGTTTCTATACATACAAAATTAGTCATAATAAGATAAAATTAATTTATTAATATTT
66 TAAAACAATTGCTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * * * * *
119858 TAAAAATTAATAAG-AGAA-TTAAAAACTAAATCTGCTTATCTGACCAAC-
131 CAAAAATTAATAAGAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCGAAC-ACG
* * * *
119906 -TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCAG-TATGATC-TTCGTTTTGTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-TGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * ** *
119968 ATAAAACAATTGTTTCT-GTCTATACAAACTTA-TTCGAAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATA
65 ATAAAACAATTGCTTCTATTC-ATACAAGCTTATTTAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * *
120031 TTCTAAAAATGT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTGCC-AA-AC-
128 TTCCAAAAAT-TAATAAG-AA-AAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACACG
* ** * * * * *
120082 --C--AT--TTCA--A--A-TAG-ACAATTATCTATTTCAAATCATTTTAATCTTTTATTTAGTC
1 TTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * * *
120135 ATAAAATAATTGTTTCAATTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAACATT
65 ATAAAACAATTGCTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * *
120200 CAAAAAATTAATAAGCAAAGAATTTAAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAG
130 CCAAAAATTAATAAG-AAA-AATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAACACG
* * * * * * * * *
120253 TACAAATAGCTATGACTATTTAAATAATTATC-ATTTTAATATCGTTATAATCTTTTGTTTTATC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA-ATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * ** * * * *
120317 ATAAAA-AATTGTTTC-ATTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAACAATATTACTTTATTAATAT
65 ATAAAACAATTGCTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* ** * * *
120380 TTCAAAAATTGAGAAATAATG-ACTATTTAAATAAT-TATCAT-TTTA---ATA-TCG
129 TCCAAAAATT----AATAA-GAAAAATTTAAAAAATAAATC-TGTTTACCGA-ACACG
* * * * ** * * * **** * ***
120431 TT-ATAAT-CTTTTG--TTTTATCATA-AAAAAT-TGTTTC--ATT-TCATAAAAGCTT-ATCCA
1 TTCA-AATAGTTATGACTATT-TGA-ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTG
** * * * * * *
120486 AAATAAAACAATAT--TACT-TT-AT-TAA---TATTTCAAAAATTGAGAAATAAT-GTTA-CT-
63 TCATAAAACAAT-TGCTTCTATTCATACAAGCTTATTT--AGAA-T-A-AAATAATACTAATTTA
* ** * *
120540 TT-GT-TT-CAAAAATTGAA-AAGTTGGAAA-TTAAAAACATAAAT-TAGTTTATCGAATGA-G
122 TTAATATTCCAAAAATT-AATAAG--AAAAATTTAAAAA-ATAAATCT-GTTTACCGAA-CACG
* * * * * * *
120597 TTCAAATAGTTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTTTGAACTTTGGTTTTGTTA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * * *
120662 TAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACCAGCCTATTCAAAACAAAAATAATACTAACTTATTAATAT
66 TAAAACAATTGCTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* ** * * *
120726 TTCAAAAATTAAT-----AAA--TAGGAGAT-TATCTGTTTACTGAAC-CAG
129 TCCAAAAATTAATAAGAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAC-G
* * * * ** * *
120769 TTCTAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAGTCATTATAACCTTTTGTTTTATCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
** * * * * *
120834 TAAAACAATTATTTATATTCATACAAGCTTCTTCTA-AATAAAATAATAATAATCTAATAATATT
66 TAAAACAATTGCTTCTATTCATACAAGCTTATT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
*** * * * * *** *
120898 ATGAAAATTAATAATTAAGAGATTTGAAAAATAAATTTGTTTGTTGAATCA-A
130 CCAAAAATTAATAA-GAA-AAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-CACG
* * ** * * * *
120950 TTCAAGTAGTTAAGGTTATATGAATAATTATCTATTTCTAATTGTTATGTCCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* ** * * * * * * *
121015 TAAAACAAATATTTTTGTTCATATAAGTTTGA-TCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
66 TAAAACAATTGCTTCTATTCATACAAGCTT-ATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
*** * * * * * * *
121079 TTGAAAATGAAT-A-ATAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTATCAAAC-CAA
130 CCAAAAATTAATAAGAAAAATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAC-G
* * * * * * **
121128 TTCAATTAGTTATAACAATTTAAATAATTATTTATTTCTTATTGTTATGA-CTATTTGTTTTGTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCT-TTTGTTTTGTC
* ** * * ** * *
121192 TTAAAACAATTATTTCTATTGATA-TAGTCTTATTCGGAATAAAGTACTACTAATTTATTAATAT
65 ATAAAACAATTGCTTCTATTCATACAAG-CTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
** * * * * ** *
121256 TTTAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATGAATATGCTGGCCTGACCA-G
129 TCCAAAAATTAATAAG-AA-AAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC-GAACACG
* * * ** ** * *
121309 TGCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATTTTTTATTTTGCCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
** * * *
121374 TAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTAGGAATAACATAATTCTAATTTATTAATATT
66 TAAAACAATTGCTTCTATTCATACAAGCTTATTTA-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * ** *
121438 CCAAAATTTAATAA-ATAAGAGATTT-AAAACTAAATTTGTTTATTGAACAAG
130 CCAAAAATTAATAAGA-AA-A-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACACG
* * * ** *
121489 TTCAAATAGTTACGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGCCATAACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * ** * * *
121554 TAACATAATTTTTTCTATTCCTACAAGCTTA-TTACAATTAAAATAATA-AAATTTATT-ATCAT
66 TAAAACAATTGCTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAAT-AT
* * *
121616 T-CAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC-ATATAAG
129 TCCA-AAAATTAATAAG-AAAA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGA-ACACG
* * * *
121669 TTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAAATATTTATTTCAAATTATTATGA-CTTTT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT
121724 AACAATTTGG
Statistics
Matches: 1917, Mismatches: 460, Indels: 316
0.71 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
159 1 0.00
160 2 0.00
161 9 0.00
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164 8 0.00
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175 14 0.01
176 87 0.05
177 228 0.12
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TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
TAAAACAATTGCTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
CAAAAATTAATAAGAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACACG
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118999 ACTAAATAAT
* * * * *
119009 TTCAAATCGATATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTATGTTTTTTCA
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* * * ** * ** * * * * *
119074 TAAAACAATTATTTTTGTTCACACTAGCTTATTTGGATTAAAATTATATTAATTTTTTAATATTT
66 TAAAACAATTACTTCTATTCACAAAAACTTATTAAGAATAAAATAATACTAATTTTTCAATATTC
* * * *
119139 CAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCTAACAAGTTAAAATAGTAATA
131 CAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTAAAATACTAATA
* * *
119204 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTGTAT
196 ACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTAT
* * *** * * *
119269 TAATTCATATATGCTTATTCAAAACAAAATAATACTAACTTAATACTATTCCAAAAATTAATAAG
261 TAATACATACAAAATTAGTCAAAACAAAATAAAACTAACTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAG
* * *
119334 TGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCCAACAACTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
326 AGAATTAAAAAATAAATCTGCTTACCCAACAACTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * *
119399 TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGCTTCAATTCATACAAGCTTAT
391 TATCTCAAATAGTTATGACCTTTCGTTTTGCCATAAAACAATTGCTTC-ATTCATACAAACTTAT
* * * * *
119464 TTTGAATAAAATAATGTAAATTTACTAATATTCCAAAGATTAACAAGCAAAAATTTTAAAAATAA
455 TTCGAATAAAATAATGTAAATCTAATAATATTCCAAAAATTAACAAGCAAAAATTTAAAAAATAA
119529 ATCTATTTTTTGAACACG
520 ATCTATTTTTTGAACACG
*
119547 TTCAAATAGTTATGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTT-T-TCTTTTGC
1 TTCAAATAGATATGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTATGT-TTTTGC
* *
119610 A-ACAAACCAATTGCTTCTATTCATAAAAACTTATTAAGAATAAAATAATACTAATTTATTCAA-
65 ATA-AAA-CAATTACTTCTATTCACAAAAACTTATTAAGAATAAAATAATACTAATTT-TTCAAT
* * * * *** *
119673 ATTCCAAAAATTAGTAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATCTGTTTATCGAGTGAGTTCAAATACT
127 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTAAAATACT
* * * *
119738 TATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAATAATT
192 AATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATT
* * * * * * * **
119803 GT-TTCTATACATACAAAATTAGTCATAATAAGATAAAATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTA
257 GTATT-AATACATACAAAATTAGTCAAAACAAAATAAAACTAACTTAATAATATTCCAAAAATTA
* ** * *
119867 ATAAGAGAATTAAAAACTAAATCTGCTTATCTGACCAAC-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
321 ATAAGAGAATTAAAAAATAAATCTGCTTA-CCCAACAACTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * *
119931 ATTATCTATCTCAAATCAG-TATGATC-TTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TGTCTATAC
385 ATTATCTATCTCAAAT-AGTTATGACCTTTCGTTTTGCCATAAAACAATTGCTTCAT-TC-ATAC
* * * * *
119993 AAACTTA-TTCGAAGTAAAATATTGCTAAA-CTAATAATATTCTAAAAATGT-ATAAGTAAGAGA
447 AAACTTATTTCGAA-TAAAATAATG-TAAATCTAATAATATTCCAAAAAT-TAACAAGCAA-AAA
*
120055 TTTAAAAAATAAATGTATTT
508 TTTAAAAAATAAATCTATTT
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TTCAAATAGATATGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTATGTTTTTGCA
TAAAACAATTACTTCTATTCACAAAAACTTATTAAGAATAAAATAATACTAATTTTTCAATATTC
CAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTAAAATACTAATA
ACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTAT
TAATACATACAAAATTAGTCAAAACAAAATAAAACTAACTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAG
AGAATTAAAAAATAAATCTGCTTACCCAACAACTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
TATCTCAAATAGTTATGACCTTTCGTTTTGCCATAAAACAATTGCTTCATTCATACAAACTTATT
TCGAATAAAATAATGTAAATCTAATAATATTCCAAAAATTAACAAGCAAAAATTTAAAAAATAAA
TCTATTTTTTGAACACG
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120254 ACAAATAGCT
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1 ATGACTATTTAAATAATTATCATTTTAATATCGTTATAATCTTTTGTTTTATCATAAAAAATTGT
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120535 TTACTTTGTT
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ATGACTATTTAAATAATTATCATTTTAATATCGTTATAATCTTTTGTTTTATCATAAAAAATTGT
TTCATTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAACAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGA
AATA
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121777 ATAAATAGAA
* * * *
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* * * * * *
121851 AAA-CTTGTACGAGCTG-AAGTAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTAAAATA
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* * * * * * * * * *
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* * ** * * ** *
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* *
122043 AACAAAAATAATTGATTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATGGATAATTGTTCAA
254 AACAAAAACAATTGATTTATGATA-AACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* *
122108 ATTGTCATAACTATTTAAATTGGTTTAGTAAACATAT
318 ATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTAGTAAACATAT
* * **
122145 TTATTTTTTAAATCTTTTACTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTTAAAA
1 TTATTTTTTAAATCTTTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCGAAAA
* ** * *
122210 AGCTTGTATGTGAGAAGCAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAATGATTTGAAATATATA
66 AGCTTGTATGTGA-AAGCAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATA
* * *
122275 ATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTCAGTAAACTA-ATTTATTTTTTAAAGCTCTT
130 ATTATTCAAATAGTCATAATTATTT-AACTGATTCAGTAAA-TACATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * *
122339 ATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATACTATTATTTTATTTTGGATAAGA-TTTTATGAAC
193 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATAA-ACTTGTATGAAC
* * ** * *
122403 TAAAACAACT-ATTTTATGATAAAACAAAA-GTTCATAATGATTTTAAAAAGATAATTGTTCAAA
257 AAAAACAATTGA-TTTATGAT-AAACAAAAGGTT-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* *
122466 TAATCATAACTATTTAAAC----CT-GTAAACATAT
319 TAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTAGTAAACATAT
* * *
122497 TTATTTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTTGTATTACTTTATTT
1 TTATTTTTT-AAA--TCTT--TTACTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTT
* * * * ** *
122561 CGAATAAGTTTGTATGAACTGAAA-CAATTATTTTATGATAAAATAAAATTTTAA-AACAATTTG
60 CGAAAAAGCTTGTATG---TGAAAGCAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GGTAATAACGATTTG
* * ** * * * *
122624 AAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACTAATTTAGCAAACACATTTATTTTTTA
121 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTT-AACTGATTCAGTAAATACATTTATTTTTTA
* *
122689 AATCTCTTAC----TAATTTTTGAAATATT-ATGAAATTAGTATTATTTT-TATTTGAATAAGCT
185 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAAATAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAACT
* * ** * * * *** * *
122748 TATATGATCAAAAACAATTTTTTTATGACAAA-ATAAAGATCATAGTGATTTGAGATTA-ATATT
248 TGTATGAACAAAAACAATTGATTTATGATAAACA-AAAGGTTATAACAATTTGA-AATAGATAAT
* * * *
122811 TGTTCAAATGGTCGTAACTATTTAAACTGGTTCA--AAAAATAGCT
311 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTAGTAAACATA--T
* * * * *
122855 TTAATTTTTAAATCTCTTACTTAATAACTTTTGCAATATTAGTAAAGTAGTATTACTTTATTTCG
1 TTATTTTTTAAATCTTTTAC-TAAT---TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCG
* * * ** * * * *
122920 AATAAGTTTTTAAACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTTAAATA
62 AAAAAGCTTGT-ATGTGAAAGCAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATA
* * * ** *
122984 GTTAATTTTTCAAATAGTCA-ATTTATTTAAGCTTG-TTTGGTAAATATATTTATTTTTTTAAAT
126 GATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAA-C-TGATTCAGTAAATACATTTA-TTTTTTAAAT
* *
123047 CTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAAT-AAATAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTA
188 CTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTA
*** * * * *
123110 TGAATTGAAATAATTGTTTTATAACTAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
252 TGAACAAAAACAATTGATTTATGA-TAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * *
123175 TAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTT-G---ACA-A-
316 AAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTAGTAAACATAT
* * * * *
123208 --A------ATA-C-ATT--T-ATTTTT----TATTATTAAATTAGTATTA-TCTTA-ATCCAAA
1 TTATTTTTTAAATCTTTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACT-TTATTTCGAAA
** * * * * * *
123254 TAAGCTAATATG-AAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATTATAACGATTTGAGATA
65 -AAGCTTGTATGTGAAAG---CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATA
* * * * * * *
123317 GATAATTATTCAAACAGTCATAACTAATTGAACTGGTTTAGTAAATATATTTAGTTTTTAAA--T
126 GATAATTATTCAAATAGTCATAA-TTATTTAACTGATTCAGTAAATACATTTATTTTTTAAATCT
**
123380 C-T-CTTATTAA-TTTCAAAATATTAAT-AAATCAGTATTATTTTA--TT---T--A----TATG
190 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAAT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATG
* * ** * * * ** *
123430 AACAAAAATAATTGTTTTACAACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
254 AACAAAAACAATTGATTTATGA-TAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * * *
123495 ATGGACA-AGAGTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAAT
318 ATAGTCATA-ACTATTTAAACTGGTTTAGTAAACATAT
** * *
123532 TTATTTTTTAAATCTCCTACCTTTTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTGGTATTATTTTA-TTC
1 TTATTTTTTAAATCTTTTA-C---TAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTC
* * * * * ** * * *
123595 CAAATAAACTTGTATGAATAGAAA-TAATTGTTTGAACACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGA
61 GAAA-AAGCTTGTATG--T-GAAAGCAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGA
* * * * * * *
123659 AATAAATAATTATTCAAACAGCCATAAATA-TTAGAGTTTGCTT-AGTAAATAGATTTATTTTTT
122 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTA-A--CTGATTCAGTAAATACATTTATTTTTT
* * * *
123722 AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGTAATATTAAT-AAATCAGTATTATTTTACTTTGAATAAGCT
184 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAAT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAACT
* * * * * * * * * *
123786 TGTATGAACATAAATAGTTGGTTTATGACATAACAAAAGGTCATAACTATTTCAAATAAAAAATT
248 TGTATGAACAAAAACAATTGATTTATGATA-AACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * *
123851 GTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TGTGATCAGAAAATAAAT
312 GTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTG-GTTTAGTAAACATAT
* * * * * * *
123894 TTATATTTGAAATTTCTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTGTTT-G
1 TTATTTTTTAAA--TCT-TTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTACTTTATTTCG
* * * * *
123957 AAATAAGCTTGTATTAATAGAAA-TAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCAA-AACAATTTGA
62 AAA-AAGCTTGTA-T-GT-GAAAGCAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT-AATAACGATTTGA
* * ** * * * *
124020 AATGGATAATTACTCAAATAGTCATAACCATTTTGAACTTGGTT-GGTAAATAGATTCATTTTTT
122 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTA-TTT-AAC-TGATTCAGTAAATACATTTATTTTTT
* * * * *
124084 AAATCTTTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC-T
184 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTT
* * * * * * * * *
124148 ATATGAACTAATACAATTGTTTTATTACAAA-ATAAATGGTCATAACGATTTGAAATAGATAACT
249 GTATGAACAAAAACAATTGATTTATGATAAACA-AAA-GGTTATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * * *
124212 ATTCAAATAGTTATGACTATTTTAACTTGTTTGGTAAACATAT
312 GTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTAGTAAACATAT
* ** * * * * * * * *
124255 TAATTTTAAAAATCCTTTAATTATTATTTTTCAAAATGTTAATAAATTAATATTATTTTA-ATCC
1 TTATTTTTTAAAT-CTTTTACTA--ATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCG
** * * * * *
124319 AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAA-GTCATAATGATTTAAAA
62 AAA-AAGCTTGTATG--TGAAAGCAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAA
* * * * * ** * *
124383 TAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
124 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTT-AACTGATTCAGTAAATACATTTATTTTTTAAAT
* * * * * * * *
124448 CTTTTATTTTTTAATTGTCTG-AATATTAA-AAATTTGTGTTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGT
188 CTCTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTG-AATAAACTTGT
* * *** *
124510 ATGAATAGAAAA-AATT-ATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTGAAAAAGATAATTG
251 ATGAACA-AAAACAATTGA-TTTATGA-TAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * *
124573 TTCAAATAGTCATAAGTATTTGAACTTGTTCAGTAAATACAT
313 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTAGTAAACATAT
* * * * *
124615 TTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTT-AGAATGTTAATAAGTTAGAATTA-TGTTATTTC-AA
1 TTATTTTTTAAATCTTTTACTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTACT-TTATTTCGAA
* * * * * * *
124677 ATAAGGTTGTATGAATAGAAA-CTATTGA-TTTGTGATAAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAA
64 A-AAGCTTGTATG--T-GAAAGCAATT-ATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAA
* * * *
124740 TAGATAATTTTTCCAATAGTC---A--A---AAC-----C----AATAGATTGATTTTTTAAAT-
124 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAACTGATTCAGTAAATACATTTATTTTTTAAATC
* * * * **
124787 TCATTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTGTTACTTTATTCAGAATAAGAC-TGTA
189 TC-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATAA-ACTTGTA
* * * * * * * *
124851 TGAACATAAACAATTGTTTTATAACAGAACAAAGGGTCATAACAATTTGAAACAAATAATTGTTC
252 TGAACAAAAACAATTGATTTATGATA-AACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * *
124916 AAATAGT-TTAACTA-TTGAACCGATTTAATAAACATAT
316 AAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTAGTAAACATAT
* * * * *
124953 TTATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTAT-
1 TTATTTTTTAAATCT-TT--T-ACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATT-TC
* * ** * * * * * * *
125017 GAACAAA-CTTATTTGACCAAAAACATTTGTTTTCTGATAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAA
61 GAA-AAAGCTTGTATG--TGAAAGCAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAA
* * * * * * * * * *
125081 ATATATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGCACTAGTTTGA-TAAACATACTTATTTTTTAA
123 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTT-AACT-GATTCAGTAAATACATTTATTTTTTAA
* * * * ** ***
125145 TTCACCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATTGGCTTGT
186 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGT
** * * *
125210 ATGATGAAAAA-AATT-ATTTTATGACAAAACAAAA-ATTAATAACGATTTGAAATAGATAATTG
251 ATGAACAAAAACAATTGA-TTTATGA-TAAACAAAAGGTT-ATAACAATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * *
125272 TTTAAAT-GACCATAATTATTTTGAACT-GATTCGATAAAC-TGAT
313 TTCAAATAG-TCATAACTA-TTTAAACTGGTTTAG-TAAACAT-AT
* * * * * * * * * * *
125315 TTATGTTTTAAATATCTAACTTATCAATTTTCATAATATCAATAAAGTAATATTATTTTATTT-T
1 TTATTTTTTAAATCTTTTAC-TA--ATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCG
* * * * * * * * *
125379 ACATAAGCTTTTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGATAAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTA
62 A-AAAAGCTTGTATG---TGAAAGCAATTATTTTATGA-CAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGA
* * *
125443 AATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTTG-TTCAGT-AA-ACA---AATTTTT-
122 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTT-AAC-TGATTCAGTAAATACATTTATTTTTTA
* * * * * * *
125501 --T-T-TTACTTATTAATTTTT-TAATGTCAATAAATTAGTATTATTTTATTTCT-AGTAAGCAT
185 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTT-TGAATAAACTT
* ** * * * * ** *
125560 GTATGAGCTGAAACAATT-ATTTTATGACTAAAAAAAAAGTCAAAATGATTTGAAATAGACAATT
249 GTATGAACAAAAACAATTGA-TTTATGA-TAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * * *
125624 ATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGCAATAC--AT
312 GTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTAGTAA-ACATAT
* * * * * * * * * *
125666 TTATGTTTTAAATC-TTTACTTATTAATGTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCG
1 TTATTTTTTAAATCTTTTACTAATT--T-TTGA-AATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCG
* * * * * * * * * *
125730 GATAAGCTTGTATGAATAGAAA-TAAATGTTTTAGGACAAAAC-AAAGATCATAACTATTTGAGA
62 AAAAAGCTTGTATG--T-GAAAGCAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAA
* * * ** * * *
125793 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAAAAGATTTAATTTTTAAA-
124 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTT-AACTGATTCAGTAAATACATTTATTTTTTAAAT
* * * * **
125857 -T-AT-CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATTTTGTAT
188 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTAT
* * * * * ** *
125919 GAATAGAAATAATT-ATTTTATGATAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTC
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* * * * * * *
125983 AATTGGACATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC-TAAT
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1 TTATTTTTTAAATCTT----TTACTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTC
* * *
126085 GAACAAA-CTTGTATGAATAGAAA-CAATTATTTTGTGACAAAAC-AAAGGATCATAATGATTTG
61 GAA-AAAGCTTGTATG--T-GAAAGCAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG-TAATAACGATTTG
* ** * * * * * *
126147 AAATAAATAATTGCTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTCG-CTC-GATAGACAGATTTATTTTT
121 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTT-AACT-GATTCAG-TAAATACATTTATTTTT
* * * * * **
126210 AAAATCTTTTACTCATTAATTTTT-TAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGGT
183 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATAAACT
* * * * * * * * ** * *
126274 TTTTTGAACAAAAACAATTGGTCTATAACAAA-ACAAGTAGTCATAATGATTTAAAATAAATAAT
248 TGTATGAACAAAAACAATTGATTTATGATAAACAAAAG--GTTATAACAATTTGAAATAGATAAT
* * * * * *
126338 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT-GTTCA-AAAAGTAGAT
311 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TGGTTTAGTAAA-CATAT
* * * *
126382 TTATTTTTAAAAT-TTTTACCTATTAATTTTTGGAACATCAATAAATTTA-TATTA-TTATATTT
1 TTATTTTTTAAATCTTTTA-C---TAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTACTT-TATTT
* * * * * *
126444 -GAAAAAAGCTTGCATGAATG-AACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGTTTTGA
60 CG-AAAAAGCTTGTATG--TGAAAGCAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGA
* * * ** * *
126507 AATAGATAATTTTTCATATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGCAAATAGATTTATTTTTTT
122 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTT-AAC-TGATTCAGTAAATACATTTA-TTTTTT
* * * * * * * ** * * *
126571 AATTCTCTTACTCATT--TTATTTCAAACAAGTTTACAT-GAATTGAAACA-ATTGTTTT-ATTA
184 AAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAA-TA--TTA-ATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * * * * *
126631 AGCTTGTATGAACAAAAA-AAATCATTTTATAATAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGAT
244 AACTTGTATGAACAAAAACAATTGA-TTTATGATAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGAT
* * * * * * ** * *
126695 AATTATTTAAATAGCCATAATTATTTAAACTTGCTCGGTAAATAGAT
308 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTAGTAAACATAT
* * * * *
126742 TCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAAATTTTGAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTA-TTCT
1 TTATTTTTTAAA--TCTT--TTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTC-
* ** * * ** * *
126806 GAATAAGCTTAG-ATGAACT-AAAATAACTCTTTTATGACAAAAGTAAAGGTTATAACAATTTGA
61 GAAAAAGCTT-GTATG---TGAAAGCAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGA
** * * * *
126869 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATGCTTATTTGATCT-AGTTCAATAAATATATTTATTTTTAA
122 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTT-AACTGA-TTCAGTAAATACATTTATTTTTTA
* * * * * * * * * ***
126933 AATTTTTTACTTATTAATTGTTAAAATATTAATAAATTATTATTATTTTAATCTAAATCTGCTTG
185 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTG
* * * * * ** *
126998 TATGAACAAAAACTATT-ATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTG
250 TATGAACAAAAACAATTGA-TTTATGA-TAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * * *
127062 CTCAAGTAGTCATAAATATTTGAACTAGTTTGGTAAACAAAT
313 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTAGTAAACATAT
* * * * * *
127104 TTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAATATTATTTTA-TTCTAAAC
1 TTATTTTTTAAATCTTTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCGAAA-
* ** * * * * **
127168 AAAC-TGATATGAACAAAAACATTTGTTTTATAACAAAACAAAAGG-ACATAAAAATTTGAAATA
65 AAGCTTG-TATG--TGAAAGCAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTA-ATAACGATTTGAAATA
* * ** *
127231 GATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGATTTGGTAAATACAATTA-TTTTTAAATCT
126 GATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTT-AACTGATTCAGTAAATACATTTATTTTTTAAATCT
** * * *
127295 CTTACAGATTAATTTTTG-----------AAATA-T-TTATTTTATTTTGATTAAACTAGTGTGA
190 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGA
** * * * * * * * * *
127347 ATTGAAAA-ATTTGTTTTATGACAAAACAAAAATGATT-TGA-AA-TAGATAACCA-TTCATCTA
255 A-CAAAAACAATTGATTTATGA-TAAAC-AAAA-GGTTATAACAATTTGA-AA-TAGATAAT-T-
* * * * ***
127407 G-TCAAATATTTA-AACTAGTT---C-GG--CAAACA--A-AT
312 GTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTAGTAAACATAT
* * * * * *
127439 TTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTATTTTA-TTCT
1 TTATTTTTTAA--ATCTT--TTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTC-
* * * ** * * * *
127503 TAATAAGCTTGTATGATCCAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAG
61 GAAAAAGCTTGTATG-T-GAAAGCAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAA
** * * * ** *
127568 TTTACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-AGTTCAAAAAATATATTTATTTTTTAAA
124 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTT-AACTGA-TTCAGTAAATACATTTATTTTTTAAA
* * *
127632 --TC-T-CTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTCATT--ATAAACTTG
187 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATT--TTGAATAAACTTG
* * * * * * *** * *
127691 TATGATCAAAAAAAATTG-TTATATAACCAAACAAAGGGTAATAGTGATTTAAAATAAATAATTG
250 TATGAACAAAAACAATTGATT-TATGA-TAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * *
127755 TTGAAAT-GGC-TAGACTTATTTGAACTGATTCAGTAAA-AAAT
313 TTCAAATAGTCATA-AC-TATTTAAACTGGTTTAGTAAACATAT
* * * * *
127796 TCACTTTTTAAAT-TATTTACTTATTAATTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTT-
1 TTATTTTTTAAATCT-TTTACTAATT--TTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTA-TTTC
* * * * *
127859 GAAGAAGCTTGTATAAACTGAAA-CAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTAATAATGATTTTAA
61 GAAAAAGCTTGTAT---GTGAAAGCAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAA
* * ** * * * ** * *
127923 ATAGACAATTGTTCAAATAGTTGTAACTCTTTGAATTTG-TTTTGTAAACAAATTTACTTCTTTT
123 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTT-AA-CTGATTCAGTAAATACATTTA-TT-TTTT
* * * * * ** * ** * *
127987 -AA-CTTTTGCGTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTAAGTGATTGAGGATAAGCTT
184 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTT
* *** ** * ** * *
128050 TTATGAATTGAAACAATTTTTTTATG-TCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATT
249 GTATGAACAAAAACAATTGATTTATGAT--AAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * **
128114 GTTCAAAAAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATGAATAGGT
312 GTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTAG-TAAACATAT
* * * ** * * * *
128157 TTGTTTTTTCAAGTCTTTTGCTTATTAATTTTTTTAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTA-TTC
1 TTATTTTTT-AAATC--TT--TTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTC
* * * * * * * * ** *
128221 CAAATAAACTCGTAAGATATGAAA-CAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAGTGATTGGA
61 GAAA-AAGCTTGT---ATGTGAAAGCAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGA
** * * * *
128285 AATAGATAATTATTCAAATAGTTTTAACTATTTGAACTAGCTCCA-TAAACACATTTATTTTTTA
122 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTT-AACT-GATTCAGTAAATACATTTATTTTTTA
* ** *
128349 AATCTCTCACTTATTAATTTTTGAAATATT-ATAAAATTAGTATTATTTT-TAACTGAATAAGCT
185 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAA-TAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAACT
* * * * * * * * * * *
128412 TCTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA-ACAAAGATCT-TAGCGATTTGAGATTGGTAAT
248 TGTATGAACAAAAACAATTGATTTATGATAAACA-AAAGGT-TATAACAATTTGAAATAGATAAT
* * * * *
128475 TGTTCACATAGTCATGACTATTTAAACTGGTTTGGTAAATAGAT
311 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTAGTAAACATAT
* *
128519 TTATTTTTTAAAT-TTGTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTC
1 TTATTTTTTAAATCTT-TTAC----TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTC
* * * * * * *
128583 -ATACAAGCTTGTATGATTTAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAGCGATTTGA
61 GA-AAAAGCTTGTATG---TGAAAGCAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGA
*
128647 AATAGATAATCATTCAAAT
122 AATAGATAATTATTCAAAT
128666 GGCTAATATA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (354 bp):
TTATTTTTTAAATCTTTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCGAAAA
AGCTTGTATGTGAAAGCAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAA
TTATTCAAATAGTCATAATTATTTAACTGATTCAGTAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
TATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACAAAA
ACAATTGATTTATGATAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
AACTATTTAAACTGGTTTAGTAAACATAT
Found at i:122560 original size:177 final size:176
Alignment explanation
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Period size: 177 Copynumber: 8.0 Consensus size: 176
121777 ATAAATAGAA
* * * *
121787 TTATTTTTTAAATCTCTTA--TA--AAATTTTGAAATATTAACAAATTAGTTTTACTTTATTTCG
1 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTTG
* * * * * ** * *
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* * * * * * * *
121912 TAGACAATTGTTCATATTGTCTTAATTGTTTAAA-TTAGTTCAGGAA-ATGAAT
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* * * ** * * **
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1 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTTG
** * * * * * *
122029 AATAAACATGTATGAACAAAAATAATTGA-TTTATGATAGAACAAAAGGTT-ATAACAATTTGAA
66 AAT-AAGTTTTATGAACTAAAACAATT-ATTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAACGATTTGAA
* * *
122092 ATGGATAATTGTTCAAATTGTCATAACTATTTAAA-TTGGTTTAGTAAACATAT
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* * * *
122145 TTATTTTTTAAA--TCTT--TTACTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTT
1 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTTG
* * * * ** * * *
122206 AAAAAGCTTGTATG---TGAGAAGCAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAATGATTTGAA
66 AATAAG-TTTTATGAACT-A-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAA
* * * * * *
122268 ATATATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAA-CTGATTCAGTAAAC-TAAT
128 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACCTG-----GTAAACAT-AT
* * * * *
122321 TTATTTTTTAAAGCTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATACTATTATTTTATTTTG
1 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTTG
* * * * * *
122386 GATAAGATTTTATGAACTAAAACAACTATTTTATGATAAAACAAAAGTTCATAATGATTTTAAAA
66 AATAAG-TTTTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAAT
*
122451 AGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACCT-GTAAACATAT
130 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACCTGGTAAACATAT
* *
122497 TTATTTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTTGTATTACTTTATTT
1 TTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTT
* * * * * * * *
122561 CGAATAAGTTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGATAAAATAAAATTTTAAAACAATTTGAA
64 TGAATAAGTTT-TATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAA
* * * * ** * * *
122626 ATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACTAATTTAGCAAACACAT
128 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT--A--AACCTGGTAAACATAT
*
122679 TTATTTTTTAAATCTCTTAC----TAATTTTTGAAATATT-ATGAAATTAGTATTA-TTTTTATT
1 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTACTTTAT-TT
* * * * * * **
122738 TGAATAAGCTTATATGATCAAAAACAATTTTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAGTGATTTGAG
64 TGAATAAG-TTTTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGA-
* * * * *
122802 ATTA-ATATTTGTTCAAATGGTCGTAACTATTTAAA-CTGGTTCAAAAAATAGCT
127 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACCTGG-T--AAACATA--T
* * * * * * *
122855 TTAATTTTTAAATCTCTTACTTAATAACTTTTGCAATATTAGTAAAGTAGTATTACTTTATTTCG
1 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTTG
* * *
122920 AATAAGTTTT-TAAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT-ATAACGATTTTAAAT
66 AATAAGTTTTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAACGATTTGAAAT
* * ** * * *
122983 AGTTAATTTTTCAAATAGTCA-ATTTATTTAAGCTTGTTTGGTAAATATAT
130 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC----CTGGTAAACATAT
* * *
123033 TTATTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAA-TAGTATTATTTTATTT
1 TTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTT
* * * * * * * * * *
123096 TGAATAAACTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTATAACTAAACAAAAGGTT-AGAACAATTTGA
64 TGAAT-AAGTTTTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAACGATTTGA
* * *
123160 AATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA-CTGGT
127 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACCTGGT
123201 TTGACAAAAT
Statistics
Matches: 972, Mismatches: 200, Indels: 131
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
171 2 0.00
172 2 0.00
174 6 0.01
175 5 0.01
176 174 0.18
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178 71 0.07
179 72 0.07
180 158 0.16
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182 25 0.03
183 7 0.01
184 1 0.00
185 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (176 bp):
TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTTG
AATAAGTTTTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATA
GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACCTGGTAAACATAT
Found at i:123037 original size:354 final size:351
Alignment explanation
Indices: 121789--123192 Score: 867
Period size: 357 Copynumber: 3.9 Consensus size: 351
121779 AAATAGAATT
* * * *
121789 ATTTTTTAAATCTCTTA--TAA-AA--TTTTGAAATATTAACAAATTAGTTTTACTTTATTTCGA
1 ATTTTTCAAATCTCTTACTTAATAATCTTTTG-AATATTAATAAAGTAGTATTACTTTATTTCGA
** ** * * ** * * * * * *
121849 ATAAACTTGTACGAGCTGAAGTAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTAAAATA
65 ATAAGTTTGTATAAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATA
** * * * * * * * *
121914 GACAATTGTTCATATTGTCTTAATTGTTT-AAATTAGTTCAGGAAATGAATTTATTTTTTCAATC
130 GTTAATTATTCAAATAGTC--AATTATTTGAACTT-GTTTAGTAAAT-AATTTATTTTTTAAATC
* ** * * * ** * *
121978 TCTTAGTTATGAATTTTTGGGATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA-ACATGTAT
191 TCTTA---CT-AATTTTTGAAATATTAATAAAATACTATTATTTTATTTTGAATAAGA-TTATAT
* * * * * * ** **
122042 GAACAAAAATAATTGA-TTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATGGATAATTGTTC
251 GAACAAAAACAACT-ATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAAAAGATAATTGTTC
** *
122106 AAATTGTCATAACTATTTAAA-TTGGTTTAGTAAACATATTT-
315 AAATAATCATAACTATTTAAACCT-G--TA--AAA-ATATTTA
* * * * **
122147 ATTTTTTAAATCTTTTAC-TAAT--TC--TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTTA
1 ATTTTTCAAATCTCTTACTTAATAATCTTTTG-AATATTAATAAAGTAGTATTACTTTATTTCGA
* * * * * * *
122207 AAAAGCTTGTAT---GTGAGAAGCAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAATGATTTGAAA
65 ATAAGTTTGTATAAACT-A-AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAA
* * *
122269 TA-TATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAAC-TGATTCAGTAAACTAATTTATTTTTTAA
128 TAGT-TAATTATTCAAATAGTC--AATTATTTGAACTTG-TTTAGTAAA-TAATTTATTTTTTAA
* * * *
122332 AGCTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATACTATTATTTTATTTTGGATAAGATTTT
188 A--TC-T-CTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAAATACTATTATTTTATTTTGAATAAGATTAT
* * * *
122397 ATGAACTAAAACAACTATTTTATGATAAAACAAAAGTTCATAATGATTTTAAAAAGATAATTGTT
249 ATGAACAAAAACAACTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAAAAGATAATTGTT
*
122462 CAAATAATCATAACTATTTAAACCTGTAAACATATTTA
314 CAAATAATCATAACTATTTAAACCTGTAAAAATATTTA
* * * * * *
122500 TTTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTTGTATTACTTTATTTCGAA
1 ATTTTTCAAATCTCTTACTTAATAATCTTTTGAATATTAATAAAGTAGTATTACTTTATTTCGAA
* * * * ** * *
122565 TAAGTTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGATAAAATAAAATTTTAAAACAATTTGAAATAG
66 TAAGTTTGTATAAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAG
* * ** ** * *
122630 ATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACTAATTTAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTC
131 TTAATTATTCAAATAGTC--AATTATTTGAACTTGTTTAGTAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTC
* * * *
122695 TTACTAATTTTTGAAATATT-ATGAAATTAGTATTATTTT-TATTTGAATAAGCTTATATGATCA
193 TTACTAATTTTTGAAATATTAAT-AAAATACTATTATTTTAT-TTTGAATAAGATTATATGAACA
* * * * ** * *
122758 AAAACAATTTTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAGTGATTTGAGATTA-ATATTTGTTCAAATG
256 AAAACAACTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGA-AAAAGATAATTGTTCAAATA
* *
122821 GTCGTAACTATTTAAA-CTGGTTCAAAAAATAGCTTTA
320 ATCATAACTATTTAAACCT-G-T--AAAAATA--TTTA
*
122858 ATTTTT-AAATCTCTTACTTAATAA-CTTTTGCAATATTAGTAAAGTAGTATTACTTTATTTCGA
1 ATTTTTCAAATCTCTTACTTAATAATCTTTTG-AATATTAATAAAGTAGTATTACTTTATTTCGA
* *
122921 ATAAGTTT-T-TAAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTTAAATA
65 ATAAGTTTGTATAAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATA
* *
122984 GTTAATTTTTCAAATAGTCAATTTATTT-AAGCTTGTTTGGTAAATATATTTATTTTTTTAAATC
130 GTTAATTATTCAAATAGTCAA-TTATTTGAA-CTTGTTTAGTAAATA-ATTTA-TTTTTTAAA--
* * * *
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*** * * * * * * * * ** *
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** * *
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* * * * * * * ** * * *
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* * * * * ***
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** *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * **
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTT-GTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTAT
** * * * *
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* * ** * *
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* * *
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* * * **
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* *
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* ** ** *
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* * *
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*
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Indices: 125333--125650 Score: 437
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 172
125323 TAAATATCTA
* *
125333 ACTTATCAATTTTCATAATATCAATAAAGTAATATTATTTTATTTTACATAAGCTTTTATGAACT
1 ACTTATCAATTTTCATAATATCAATAAAGTAATATTATTTTATTTTACATAAGCATGTATGAACT
* * * *
125398 AAAACAATTGTTTTATGATAAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATA
66 AAAACAATTATTTTATGATAAAAATAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGACAATTATTCAAATA
125463 GTCAAAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTTTTTTT
131 GTCAAAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTTTTTTT
* * * * * * *
125505 ACTTATTAATTTT-TTAATGTCAATAAATTAGTATTATTTTATTTCTA-GTAAGCATGTATGAGC
1 ACTTATCAATTTTCATAATATCAATAAAGTAATATTATTTTATTT-TACATAAGCATGTATGAAC
* *
125568 TGAAACAATTATTTTATGACTAAAAA-AAAA-GTCAAAATGATTTGAAATAGACAATTATTCTAA
65 TAAAACAATTATTTTATGA-TAAAAATAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGACAATTATTCAAA
**
125631 TAGTCTTAACTATTTGAACT
129 TAGTCAAAACTATTTGAACT
125651 GGTTTGGCAA
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 17, Indels: 6
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 47 0.37
171 60 0.47
172 20 0.16
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (172 bp):
ACTTATCAATTTTCATAATATCAATAAAGTAATATTATTTTATTTTACATAAGCATGTATGAACT
AAAACAATTATTTTATGATAAAAATAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGACAATTATTCAAATA
GTCAAAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTTTTTTT
Found at i:125694 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 125348--125694 Score: 387
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 170
125338 TCAATTTTCA
* * * *
125348 TAATATCAATAAAGTAATATTATTTTATTTTACATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTA
1 TAATGTCAATAAAGTAATATTATTTTATTTTACATAAGCATGTATGAACTAAAACAATTATTTTA
* * *
125413 TGATAAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGA
66 TGATAAAAATAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGA
* * * ** * *
125478 ACTTGTTCAGTAAACAAATTTTTTTTTACTTATTAATTTTT
131 ACTGGTTCAGCAAAC-AATTTTGTTTTAAATATTAACTTAT
* * * * *
125519 TAATGTCAATAAATTAGTATTATTTTATTTCTA-GTAAGCATGTATGAGCTGAAACAATTATTTT
1 TAATGTCAATAAAGTAATATTATTTTATTT-TACATAAGCATGTATGAACTAAAACAATTATTTT
* **
125583 ATGACTAAAAA-AAAA-GTCAAAATGATTTGAAATAGACAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTT
65 ATGA-TAAAAATAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTT
** * *
125646 GAACTGGTTTGGCAATAC-ATTTATGTTTTAAATCTTTACTTAT
129 GAACTGGTTCAGCAA-ACAATTT-TGTTTTAAATATTAACTTAT
125689 TAATGT
1 TAATGT
125695 TTAGAATATT
Statistics
Matches: 146, Mismatches: 26, Indels: 9
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.03
170 72 0.49
171 62 0.42
172 8 0.05
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (170 bp):
TAATGTCAATAAAGTAATATTATTTTATTTTACATAAGCATGTATGAACTAAAACAATTATTTTA
TGATAAAAATAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGA
ACTGGTTCAGCAAACAATTTTGTTTTAAATATTAACTTAT
Found at i:129215 original size:179 final size:180
Alignment explanation
Indices: 128688--129397 Score: 612
Period size: 181 Copynumber: 4.0 Consensus size: 180
128678 AATTTTCAAC
* * ** * * * * *
128688 AATTATTTATTTAAAATCATTATGACCATTTATTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTA-CTAATAC
1 AATTATCTATTTCAAATTGTTATCACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTC-AGTTTATAC
* * ** **
128751 AATCTTA-TTCGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAATAACGA-AT
64 AAGCTTATTTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGTTAA-GAGAT
** * * *
128814 TTAAAAAATGAATATATTGGCCTGATC-AGTGT-AAATAGTTATAACTATTTGAAT
128 TT-AAAAATGAATATATTTACC-AAACAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * * ** * * *
128868 AATTATTTATTTCAAATTGTTTTGC-CTTTTTGTTTTAACACAAAACAATTGTTTCTGTTTGTAC
1 AATTATCTATTTCAAATTGTTAT-CACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTCAGTTTATAC
* * * * * *
128932 AATCTTATTTTG-AATAACATAAT-TCTAATTTATTAGTATTCCAAAAATTAATA-TGCAAGAGA
64 AAGCTTATTTCGAAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGT-TAAGAGA
* * *
128994 TTTAAAAACT-AAGTCTATTTATCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
127 TTTAAAAA-TGAA-TATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* *
129049 AATTATCTATTTC-AATTGTTATCACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTATCAGTTCATA-T
1 AATTATCTATTTCAAATTGTTATCACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTT-TCAGTTTATACA
* * *
129112 AGGTTA-TTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTGTGAAAATTAATGAGTTAAGAGATT
65 AGCTTATTTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT-AGTTAAGAGATT
* * *
129176 TAAAAATGAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGCCTATTTGAAT
129 TAAAAATGAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
** *
129228 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA-TTTATAC
1 AATTATCTATTTCAAATTGTTATCACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTTTTC-AGTTTATAC
* * * *
129292 AAGCTTATTTC-AAATAAAATAATATAAATTTATTAATATT-TCAAAATTAAAAAG-TAA-AAAT
64 AAGCTTATTTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATT-AATAGTTAAGAGA-
* * * * *
129353 TTTAAAAATAAATATGTTTTCTAAACATGTTCAAATAGTTATGAC
127 TTTAAAAATGAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
129398 CTTTTGTTTT
Statistics
Matches: 435, Mismatches: 70, Indels: 51
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
178 5 0.01
179 134 0.31
180 142 0.33
181 148 0.34
182 6 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AATTATCTATTTCAAATTGTTATCACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTCAGTTTATACAA
GCTTATTTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGTTAAGAGATTTA
AAAATGAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
Found at i:129732 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 129382--133049 Score: 1878
Period size: 181 Copynumber: 20.2 Consensus size: 180
129372 TCTAAACATG
* * * *
129382 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGT--TACAAACTAATTGTTTCT-GTTCATATAAGCTTAT
1 TTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCATA-AAAC-AATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTAT
** *
129444 TTGAAATAAAATAATTA-TAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
63 TCAAAATAAAATAA-TACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT-AGAGATTTAAAAAA
* ** * * * * *
129507 TAAATCTGTTTACTGAGCAAGTTTAAATAGATT-TAACTATTTGAACAATTATCTAA
125 TAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
129563 TT-AAAGTCATTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTTATAAAAACTTATCC
1 TTCAAA-TCGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTC
* * * *
129627 AAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGCTTGAGCTTTAAAAACTAAA
65 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * **
129692 GCTATTTTCCAAACCAGTTCAAATATTTATGACCATTTGAACAATTATGAAT
129 TCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * * *
129744 CTCAAATTGTTATGA--TTTTGTTTTGTCTTAGAACAATTGTTTCT-GATCATATAAACTTATT-
1 TTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTC
*** * *
129805 TTGATAAATATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAAT-A--AGAGATTTAAAAAATAAA
65 AAAATAAA-ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * *
129867 TGTATTTGCCAAATTGGTTCAAATTTATGACTATTAGAATTATGACTATTAGAATAATTATCTAT
129 TCTATTTACCAAA------CCAGTTCA--A--A-TAG--TTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
129932 TTCAAATCATTTTGAA-CTTTTG-TTTAGTCATATAATAATTGTTTCAGTTCATACAAACTTATC
1 TTCAAATCGTTAT-AACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATT
* * * *
129995 CAAAAGAAAATAATATTAATTTATTAACA-TTCAAAAATTTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAAT
64 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-TTAATAAG-TAGAGATTT-AAAAAAT
* * *
130059 AAATCTGTTTACCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
126 AAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * ** *
130114 TTCAAATCGTTATTACCCTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATA-AAGGCATA-TC
1 TTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAA-GCTTATTC
* * *
130177 AAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTGAAAAATAA
65 -AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * *
130242 AT-TAGTTTACCGAATCAATTTAAATAATTATGGCTATTTGAACAATTATCTAT
128 ATCTA-TTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * ****
130295 TTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCAAAAAACAATCGTTTTTCAACATACAAGCTTATTCA
1 TTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCA
* * * *
130360 AAATAAAATGATACTAATTTATTAATATTTTAAGAATTAAT-A--AGAGATTT-AAAAATAAATA
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * *
130421 TATTTACAAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
131 TATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* *
130471 TTCAAATCGTTAT-ACCTTTT-TTTCTATCATAAAATAATT-TATTCT-GTTTATACAAGCTTAT
1 TTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTT-TATCATAAAACAATTGT-TT-TAGTTCATACAAGCTTAT
*
130532 TCAAAATAAAAT-ATACTAATTTAGTAATA--T------TT--TAA--A-A-A-TTAAAAAATAA
63 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAA
* * ** * * * *
130581 ATCTGTTTGCCAAATTAGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATTTAT
128 ATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * *
130634 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGCTCATACAAGTTTATTCA
1 TTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCA
** * * * * *
130699 AAATGGAATAAAACTAATTTATTACTATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAATT
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * *
130764 ATATTTACCAAAACAGTTCAAATAATTGTAACGATTTAAACAATTATCTTT
130 CTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * * *
130815 TTTAAATTGTTATTACCTTTTATTTTATCATAAAATAATCT-TTTTTGTTAATATAAGTTTGA-T
1 TTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAT-TGTTTTAGTTCATACAAGCTT-ATT
* * * **
130878 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AGAAAACTAATCAGTAAGAGATTTAAAATGTA
64 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGT-AGAGATTTAAAAAATA
* * * *
130942 AATCTATTTACTAAACCA-TTCCAAATAGTTTTGATTATTTGAATAATTATCTAT
127 AATCTATTTACCAAACCAGTT-CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * ** * **
130996 TTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTATCATTCAACAATTGGTTCTA-TTCATACTTTG-TTATT
1 TTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-GTTTTAGTTCATAC-AAGCTTATT
* * ** * * *
131059 CGAAATAAAATAATACTAATTCAACAATATTTCAAAACTTAATAA-TCAAGAAAATTAAAAAATA
64 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT--AGAGATTTAAAAAATA
* ** * * * * *
131123 AATCTAATTGTCATACCATTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTAT
127 AATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
131177 TTCAAATTGTTATACCCTATTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTT-GGTCATACAAGCTTATTCG
1 TTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCA
* * * *
131241 AATTAAAATAACACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * * *
131306 TTGTTTATCGAATCAATTCAAATGGTGAAGACTATTAGAACAATTATCTAT
130 CTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * * *
131357 TTCAAATTGTTCTGACCTTTT-ATTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATATAAACTTATTT
1 TTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTC
* * * * * *
131421 AGAAA-AAATTAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAAATAATAGGAAAGAGATTTAAAAAAATA
65 A-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAGAGATTT-AAAAAATA
* *** * * * *
131485 AATCTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTTAACAATTATCTAA
127 AATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * **
131539 TTAAAATTGTTATAACCTTTTGATTTATCATAAAATAATTGTTTCAGTT-AGTACAAACTTAGAC
1 TTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCA-TACAAGCTTATTC
** * * ** * *
131603 GGAATAAAATAATATTAATTTGTTAATATTTCCTAAATTAATAAATAAGAAATTTAAAAAATAAA
65 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * ** * * * *
131668 TATGTTTA--AGA--A-TTTAAA-AAATA-AATCTGTTT-ACCAA--AT-TAG
129 TCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTAT
* ** ** * * * *
131710 TTAAAATAATTATGGCCATGTGAATATTTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTTATC
1 TTCAAATCGTTATAACCTTTTG--T-TTTATC-A--T-AAAACAAT-TG---TTTTAG---T-TC
* * ** * * * * * * * * ** *
131774 ATA-AAACAATTAGTTTTTATCATACAAGTTTATTCGAA-ATA-AAATAATACTAATTTATCAAT
51 ATACAAGC--TTA---TTCAAAATA-AA-ATAATACTAATTTATTAATATTTC-AA-AAATTAAT
** * * * * ** **
131836 ATTTTAGA-AATTAATAAGTAAGA--GATTTAAGAAATAAATTTGTTCACTGAACTAGTTTAAAT
107 A-AGTAGAGATTTAAAAAATAA-ATCTATTTACCAAA-CCA---GTTCA---AA-TAG-------
*
131898 ACTTATGACTATTTGAACAATTATCAAT
155 --TTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * * * * * * * *
131926 CTT-AAATTATTA-AGATC-TTTGTTTTGTCGTAAAACAACTGTTTTTGATCATAGAAACTTATT
1 -TTCAAATCGTTATA-ACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATT
*** * * *
131988 C-GGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAACAAATA
64 CAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGAGATTTAAAAAATA
* * ** * * * * ** * *
132052 AATGTGTTTGTCGAAGCAATTCAAATATTTAAAACTATTAGAATAATTATCTAT
127 AATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * ** * *
132106 TTCAAATCATTTTGACCTTTTG-TTTAGT-A-AAAATTATT-TGTTCA-TATC-TGACAAGTTTA
1 TTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGT-TTTAGT-TCAT-ACAAGCTTA
* * * * * *
132165 TTCAGAATAAAATAAT-CTAAATTTATTAACATTTGAAAAATTAACAAGAAAAAGATTTGAAAAA
62 TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAGAGATTT-AAAAA
* * * * * * * *
132229 GTAAATCTTTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTACGACTATTTGAATAATTGTTTAT
124 ATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * * *
132286 TTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGA-CATAAAAGATTTGTTTCAATTTATATAAGCTTATCC
1 TTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTT-ATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTC
* * * *
132350 AAAATAAACTAATACTAATTTCTTAATATTTCCAAAATTAATAAGCA-AGAGTTTAAACAAATAA
65 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAGA-TTTAAA-AAATAA
* * * * *
132414 ATTTGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTAT
128 ATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * *
132467 TTAAAATCATTATAACATTTT-TTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCG
1 TTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCA
* ** * * * *
132531 AAATAAAATAATATTAATTTATCGATA-TTCTAAAAATTAATAATTAAGTGATTTAAAAAATTAG
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT-AGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * * *
132595 TTTGTTTACCAAATCAATCCAAATAGTCATGTCCATTTGAATAATTATATAT
129 TCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * ** * ** *
132647 TTCAAATTGTTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTTTTCATGCAAAATTATTTA
1 TTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCA
* * * *
132711 GAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCTGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAA
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-TAGAGATTT-AAAAAATAA
** * * *
132775 ATCTATTTAATAAACAAGTTCAATTAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTAT
128 ATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
132828 TTAAAATCGTTATGAA-TTTTTGTTTGT-TTATAAAACAATTGTTTCAGTTCCTA-AATGCTTAT
1 TTCAAATCGTTAT-AACCTTTTGTTT-TATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAA-GCTTAT
* * * * *
132890 CCAAAATAAAATAATGCTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AGAGATTTCAAAAATTA
63 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAA
* ** * * * * *
132952 AT-TAGTTTACCAAATCAAATCAAATATTTCTGGCCATTCGAACAATTATCTAT
128 ATCTA-TTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * ** *
133005 TTCAATTTGTTATTATCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
1 TTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTT
133050 TCAACATCAA
Statistics
Matches: 2658, Mismatches: 632, Indels: 398
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
162 2 0.00
163 64 0.02
164 48 0.02
165 20 0.01
166 2 0.00
167 1 0.00
171 18 0.01
172 3 0.00
173 2 0.00
174 31 0.01
175 81 0.03
176 73 0.03
177 88 0.03
178 24 0.01
179 142 0.05
180 469 0.18
181 851 0.32
182 390 0.15
183 27 0.01
184 8 0.00
185 5 0.00
186 6 0.00
187 1 0.00
188 30 0.01
189 32 0.01
190 70 0.03
191 22 0.01
192 1 0.00
193 4 0.00
194 10 0.00
195 35 0.01
196 18 0.01
197 14 0.01
198 3 0.00
200 3 0.00
201 7 0.00
202 4 0.00
203 1 0.00
204 4 0.00
205 1 0.00
207 2 0.00
208 5 0.00
209 1 0.00
212 12 0.00
213 6 0.00
215 5 0.00
216 10 0.00
217 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCA
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAATC
TATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
Found at i:129835 original size:504 final size:502
Alignment explanation
Indices: 128910--129846 Score: 1099
Period size: 504 Copynumber: 1.9 Consensus size: 502
128900 TTTTAACACA
** * * * *
128910 AAACAATTGTTTCTGTTTGTACAATCTTATTTTGAATAACATAATTCTAATTTATTAGTATTCCA
1 AAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATTATAATTTATTAATATTCCA
* * * * *
128975 AAAATTAATATGCAAGAGATTTAAAAACTAAGTCTATTTATCAAACAAATTCAAATAGTTATGAC
66 AAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAATTCAAATAGTTATAAC
* * * ** * * *
129040 TATTTGAATAATTATCTATTTCAATTGTTATCACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTATCAG
131 TATTTGAACAATTATCTAATTAAATCATTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTTTATCAG
* ** * * * * * *
129105 TTCATATAGGTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTGTGAAAATTAATGAGTTAA
196 TTCATAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTGTAAAAATTAATAAGTT-A
* * * *
129170 GAGATTTAAAAATGAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGCCTATTTGAATAATTATC
260 GAGATTTAAAAATAAAGCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGCCTATTTGAACAATTATC
* * * *
129235 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTTATACAAGCTTAT
325 AATCTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATATATACAAGCTTAT
* *
129300 TTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAAAAAGTAAAAATTTTAAAAATAA
389 TTCAAATAAAATAATATAAATTTAATAATATTTTAAAAATTAAAAAGTAAAAATTTTAAAAATAA
129364 ATATGTTTTCTAAACATGTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTTAC
454 ATATGTTTTCTAAACATGTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTTAC
*
129413 AAACTAATTGTTTCTGTTCATATAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATTATAATTTATTAATATTC
1 AAAC-AATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATTATAATTTATTAATATTC
* * * * * * *
129477 TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAGCAAGTTTAAATAGATT-
64 CAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACAAATTCAAATAG-TTA
129540 TAACTATTTGAACAATTATCTAATTAAAGTCATTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGT
127 TAACTATTTGAACAATTATCTAATTAAA-TCATTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATT-T
* *
129605 T-TTAGTTTATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATT-TCAAAAATTAA
190 TATCAGTTCAT-AAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTGT-AAAAATTAA
* * * *
129668 TAAGCTT-GAGCTTTAAAAACTAAAGCTATTTTCCAAACCAGTTCAAATATTTATGACC-ATTTG
253 TAAG-TTAGAGATTTAAAAA-TAAAGCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG-CCTATTTG
* ** * *
129731 AACAATTATGAATCTCAAATTGTTATGA-TTTTGTTTTGTCTTAGAACAATTGTTTCTGATCATA
315 AACAATTATCAATCTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-AT-ATA
**
129795 TA-AA-CTTATTT-TGATAAATATAATACT-AATTTAATAATATTTTAAAAATTAA
378 TACAAGCTTATTTCAAATAAA-ATAATA-TAAATTTAATAATATTTTAAAAATTAA
129847 TAAGAGATTT
Statistics
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Consensus pattern (502 bp):
AAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATTATAATTTATTAATATTCCA
AAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAATTCAAATAGTTATAAC
TATTTGAACAATTATCTAATTAAATCATTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTTTATCAG
TTCATAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTGTAAAAATTAATAAGTTAG
AGATTTAAAAATAAAGCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGCCTATTTGAACAATTATCA
ATCTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATATATACAAGCTTATTT
CAAATAAAATAATATAAATTTAATAATATTTTAAAAATTAAAAAGTAAAAATTTTAAAAATAAAT
ATGTTTTCTAAACATGTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTTAC
Found at i:129911 original size:15 final size:15
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129881 TGGTTCAAAT
129891 TTATGACTATTAGAA
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1 TTATGACTATTAGAA
129921 T
1 T
129922 AATTATCTAT
Statistics
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15 16 1.00
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TTATGACTATTAGAA
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130426 ACAAAACTAA
* * * *
130436 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-ACCTTTT-TTTCTATC
1 TTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT-TATC
* * * *
130499 ATAAAATAATT-TATTCTGTTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT-ATACTAATTTAGTAATAT
65 ATAAAATAATTAT-TTCAGCTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTAGTAATAT
*
130562 TTTAAAAATTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAATTAG
129 TTCAAAAATTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAATTAG
* *
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* ** * *
130664 TAAAATAATTATTTCAGCTCATACAAGTTTATTCAAAATGGAATAAAACTAATTTATTACTATTT
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131 CAAAAATT
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CAAAAATTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAATTAG
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131366 TTCTGACCTT
131376 TTATTTAG-TCATA-AAAC
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1 TTATTTAG
131423 AAAAAATTAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTATTTAGTTCATATAAAC
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130589 GCCAAATTAG
* * *
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* * * * ** * *
130663 ATAAAATAATTATTTCAGCTCATA-CAAGTTTATTCA-AAATGGAATAAAACTAATTTAT-TACT
65 ATAAAACAATTATTTCAGTTCATATAAAGCTTATT-AGAAATAAAATAATACTAATTTATCAAC-
* * * * * * * * * *
130725 ATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAATTATATTTACCAAA-ACAGTTCAAATAA
128 ATTTGAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACA-ATTTCAAATAG
* * * * * * * * * *
130789 TTGTAACGATTTAAACAATTATCTTTTTTAAATTGTTATTACCTTTTATTTTATCATAAAATAAT
192 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * **
130854 CT-TTTTTGTTAATATAAGTTTGA-TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AGAAAA
256 -TGTTTTAG-TCATACAAACTT-ATTCG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAA
* * ** * * * *
130916 CTAATCAGTAAGAGATTTAAAATGTAAATCTATTTA-CTAAACCA
316 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAAACAA
** * * * * *
130960 TTCCAAATAGTTTTGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTA-T
1 TT-CAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTAGT
** ** ** * * *
131024 CATTCAACAATTGGTTCTA-TTCATACT-TTG-TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTCAACAA
64 CATAAAACAATTATTTC-AGTTCATA-TAAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATCAA
* * * ** * * ** * * *
131086 TATTTCAAAACTTAATAATCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGTCATACCATTTCAAATAG
127 CATTTGAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAATTTCAAATAG
* * * * * *
131151 TTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATACCCTATTGTTTTGTCGTAAAACAAT
192 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACCT-TTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * *
131216 TGTTTTGGTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAACACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAA
256 TGTTTTAGTCATACAAACTTATTCGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* *
131281 TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATCAA
320 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAAACAA
* * ** * *
131322 TTCAAATGGTGAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTGACCTTTTATTTAGTCA
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCA
* *
131387 TAAAACAATTATTTCAGTTCATATAAA-CTTATTTAGAAA-AAATTAATACTAATTTATTAACAT
66 TAAAACAATTATTTCAGTTCATATAAAGCTTA-TTAGAAATAAAATAATACTAATTTATCAACAT
* * ** *
131450 TTGAAAAAATAATAGGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTT
130 TTGAAAAATTAATAAGAAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAATTTCAAATAGTT
* * * * * *
131515 ATTACTATTTTAACAATTATCTAATTAAAATTGTTATAACCTTTTGATTTATCATAAAATAATTG
194 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * ** * * **
131580 TTTCAGTTAGTACAAACTTAGACGGAATAAAATAATATTAATTTGTTAATATTTCCTAAATTAAT
258 TTTTAGTCA-TACAAACTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * ** *
131645 AAATAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTAAGAATTTAAAAAATAAA
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*
131693 TCTGTTTACCAAATTAGTTAA-AATAATTATGGCCATGTGA-ATATTTATCTATTTCAAATCATT
1 -----TT--CAAA-TAGTTAAGACT-ATTA--G--A----ACA-A-TTATCTATTTCAAATCATT
* *
131756 ATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTAGTTT---TT-ATCATACAAGTTTATTCGAAATAA
47 ATGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTA-TTTCAGTTCAT-ATA-AAGCTTATTAGAAATAA
* * * * * * *
131816 AATAATACTAATTTATCAATATTTTAGAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAGAAATAAATTTGTTC
108 AATAATACTAATTTATCAACATTTGAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
* * * * * *
131881 A-CTGAACTAGTTT-AAATACTTATGACTATTTGAACAATTATCAATCTT-AAATTATTA-AGAT
173 ATC-AAAC-AATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTAAAATTGTTATA-AC
* * * * **
131942 CTTTGTTTTGTCGTAAAACAACTGTTTTTGATCATAGAAACTTATTCGGTTAAAAATAATACTAA
234 CTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAG-TCATACAAACTTATTCGAAT-AAAATAATACTAA
* * * * * *
132007 TTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAACAAATAAATGTGTTTGTCGAAGCAA
297 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAAACAA
* * * *
132071 TTCAAATATTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAG---
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCA
* *
132133 T-AAA-AATTATTT--GTTCATATCTGACAAGTTTATTCAG-AATAAAATAAT-CTAAATTTATT
66 TAAAACAATTATTTCAGTTCATA--T-A-AAGCTTATT-AGAAATAAAATAATACT-AATTTATC
* * * * *
132192 AACATTTGAAAAATTAACAAGAAAAAGATTTGAAAAAGTAAATCTTTTTACCAAACAAGTTT-AA
125 AACATTTGAAAAATTAATAAGAAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAA-TTTCAA
* * * * ** *
132256 ATAGTTACGACTATTTGAATAATTGTTTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGACATAAAA
188 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACC-TTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * * * * * * * *
132321 GATTTGTTTCAATTTATATAAGCTTATCCAAAATAAACTAATACTAATTTCTTAATATTTCCAAA
252 CAATTGTTT-TAGTCATACAAACTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
* *
132386 ATTAATAAGCAAGAG-TTTAAACAAATAAATTTGTTTA-CCAAACAAA
315 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAA-AAATAAATTTGTTTATCGAAAC-AA
* * * * * * *
132432 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATAACATTTT-TTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCA
* * * *
132496 TAAAACAATTATTTCAGTTCATA-AAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATCGATATT
66 TAAAACAATTATTTCAGTTCATATAAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATCAACATT
** * * * * * * *
132560 CT-AAAAATTAATAATTAAGTGATTTAAAAAATTAGTTTGTTTACCAAATCAA-TCCAAATAGTC
131 -TGAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAA-CAATTTCAAATAGTT
* * * * * * *
132623 ATGTCCATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT
194 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-G
** * * * * *
132688 TTTTTTTCATGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCTGAAAATTAAT
258 TTTTAGTCATACAAACTTA-TTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT
* * *
132752 AAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTAAT--AAACAA
321 AAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTT-ATCGAAACAA
* * * * * * **
132792 GTTCAATTAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGAATTTTTGTTT-GTT
1 -TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAG-T
* * * * * * * * *
132856 TATAAAACAATTGTTTCAGTTCCTA-AATGCTTATCCA-AAATAAAATAATGCTACTTTATTAAT
64 CATAAAACAATTATTTCAGTTCATATAAAGCTTAT-TAGAAATAAAATAATACTAATTTATCAAC
* * * * *
132919 ATTTCAAAAATTAAT----AAGAGATTTCAAAAATTAAT-TAGTTTACCAAATCAA-ATCAAATA
128 ATTTGAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTATCAAA-CAATTTCAAATA
* * * * * * * * * *
132978 TTTCTGGCCATTCGAACAATTATCTATTTCAATTTGTTATTATCTTTCATTTTGTCATAAAACAA
191 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACCTTT-GTTTTGTCATAAAACAA
* * * ** * *
133043 TTGTTTT--TCA-ACATCAAGCTTATT-AAATAAAATTATTATTACCTT-TT-GTTTTGTCATAA
255 TTGTTTTAGTCATACA--AA-CTTATTCGAATAAAA-TAATACTAATTTATTAATATT-TCA-AA
* * ** * * *
133102 AA-TAATTTTTTTCAGCATACA-AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT--TAATAT
314 AATTAA------TAAG--TA-AGAG---ATTT--AA-AAAATAA-ATTTGTTTATCGAAACAA
* * * * * * *
133161 TTCAAGAATTAG-TAAGA-GATTTA-AAAAATAAATATATTTACCGAACCAATTCAAAT-A-GTT
1 TTC-A-AA-TAGTTAAGACTA-TTAGAACAAT-TATCTATTT--CAAATC-ATT---ATGACCTT
* ** * * * * * ** * * * **
133221 ATGACTATTTGAT-CAACTATTTATTTCAAATTGTTAT-AATCTTTTGTTCTGTCATAAAATAAT
55 TTGTTTA-GTCATAAAAC-AATTATTTC-AGTTCATATAAAGC--TTATT-AGAAATAAAATAA-
** * * * * *
133284 TA-TTTTTGTGCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTA-ATTTAATAATATTTTAAAAAT
113 TACTAATT-T--AT-CAA---CATTT-GAA-AAATTAATA--AGA---AA-GAGA-TTTAAAAAA
** * * ** * *
133347 TCATAA-CTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCCTTTGTTGAACCAGTTCA-AAC-AGTT-AAGCCT
162 T-A-AATCT----G-TTTATCAAA-CAA------T-TTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAA--C-
* * * * * * * *
133408 ATATGAATAATTACCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATTAT-AAATAATTATTTCAG
208 A-AT---T-A-T--CTATTTAAAATTGTTATAACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAG
* * * * ** *
133472 CTCATA-AAAGTTTATCCGAAATAAAATAAAACTAATTTGTTAATATTTCAAAGTTTTATAAGTA
264 -TCATACAAA-CTTATTCG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * *
133536 AGAGATTTAAAAAA-ATAATTCTATTTA-CCAAATTAA
326 AGAGATTTAAAAAATA-AATT-TGTTTATCGAAA-CAA
* * * * * * * * * *
133572 TTCAAATAATTATA-ACTATTTGCATAATTTTCTATTTTAGATCATTATTACTTTTTGTTTTGTC
1 TTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTC
* ** * * * * * **
133636 ATAAAATAATTATTTTTGTTCATAT-AAGTTTGTTCA-AAATAAAATAAAACTGATTTATTAATT
65 ATAAAACAATTATTTCAGTTCATATAAAGCTTATT-AGAAATAAAATAATACTAATTTATCAACA
* * * * * * * *
133699 TTTAAAAAATTAATCAGTTAAGAGCTTTAAAAAGTAAATATGTTTACCAAATC-ATTTCTAATAG
129 TTTGAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAA-CAATTTCAAATAG
* * * * * * *
133763 TTTTGACTA-TTGAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATTTTCTTTTATCATCAAACAA
192 TTATGACTATTTG-AACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAAC-CTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * ** ** * * * *
133827 TTGGTTTCGTTCATATTATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAACTT
255 TTGTTTTAG-TCATACAAACTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
** * * * ** * * **
133892 AATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTACCGAATCGG
318 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAAACAA
* * * *
133935 TTCAAATAGTTAAGACTA-TATGAA-ATATTATCAATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGT
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTA-GAACA-ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGT
* * ** * * *
133998 TATAAAATAATT-TTTTTGTTCATA-CAAGCTTATTCGAATTAAAATAATA-TAAATTTAAT-AA
64 CATAAAACAATTATTTCAGTTCATATAAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACT-AATTT-ATCAA
* * * * * * * * * * *
134059 TATTT-AAAAATTAATAAGTAAGATATTAAGAAAAATAAATTTATTTATCGAACCAGTTCATATG
127 CATTTGAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTA-AAAAATAAATCTGTTTATCAAACAATTTCAAATA
* * * * * ** * * * * *
134123 GTTAAGACTACTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATATGAA-T
191 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACC-TTTGTTTTGTCATA-AAACA
* * * * * * * * *
134187 ATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAATTAATAATAATTTATTAACATTTGATAAAT
254 ATTGTTTTAG-TCATACAAACTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * ** *
134252 TAATAAGAAACAGATTTAAAAAA-AAAACTATTTATC-AAACAA
317 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAAACAA
** * * * * ** * *
134294 GTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTCTACTTAAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTC
1 -TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTC
* * * * * * * *
134359 ATAAAATAATTATTTTAGTTAATAT-AAGCTTA-TACAGAATAAAATAACACAAATTTATTAATA
65 ATAAAACAATTATTTCAGTTCATATAAAGCTTATTAGA-AATAAAATAATACTAATTTATCAACA
** * ** *
134422 TTTCTAAAATTAATAA-ATAAG-G-TTATACAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCTA
129 TTTGAAAAATTAATAAGA-AAGAGATT-T--AAAA-AATA-AAT-C-TGTTTATCAA-A---C--
** * * *
134484 AAATTAAT-AAATAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTACCAA--ATCAATTAAAATAATTATG
180 -AATT--TCAAAT---AG--TT-ATGACT--ATTTG---AACAATTATCTATT-TAA-AA-T-T-
* * ** ** * * * * *
134546 GTCATTTGAACAACTCTCTATTTCAAATCATTATTAC-CTTTTGTTTTGTTATA-AAAC-AATT-
226 GT--TAT-AAC--CT-T-TGTTT--TGTCA-TAAAACAATTGT-TTTAGTCATACAAACTTATTC
** ** * * * * * * *
134607 GCTTTTGATTATATAAGCTTATTCTAAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
280 G-AATAAAATA-AT-A-CTAATT-T------ATTAATA-T--TTCA--AA-AATT-AATAAGTAA
* * * *
134672 TGATAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAA
327 -G--AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAAACAA
* * * * * *
134709 TTCAAATAGTTATGAC-ATTTGAACAATTATCAATCTCAAATCGTTATGATCTTTAT-TTT-GTC
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT-TGTTTAGTC
* * **
134771 TTAAAACAATTATTTC---TCATCATAGAAGCTTATTTCGTTA-AAAATAATACTAATTTAAT-A
65 ATAAAACAATTATTTCAGTTCAT-ATA-AAGCTTA-TTAGAAATAAAATAATACTAATTT-ATCA
* * * * * * *
134831 ATATTTCAAAAATTAAT---AAA-ATATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCAAACTAGTTCAAATA
126 ACATTTGAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAATTTCAAATA
* ** * * * * ** * * *
134892 ATTAAAACTATTAGAATAATTAT-T-TTTTAAATTGTTTTGGCCTTT-TTTTAGTCACAAAATAT
191 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTGTTTT-GTCATAAAACAA
* * * *
134954 TTGTTTCATA-TCATACAAGCTCATTCTGAATAAAATAAT-CATAATATATTAACA-TTCAAAAA
255 TTGTTT--TAGTCATACAAACTTATTC-GAATAAAATAATAC-TAATTTATTAATATTTC-AAAA
* * * * * *
135016 ATTAATAAGCAAGATATTTGAAAAGATAAATCTATTTA-CCAAACAA
315 ATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTATCGAAACAA
* * * * * * * *
135062 GCTCAATTAGTTATGACTATTTGAATAATTA-CTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATCTT-T
1 -TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATC-TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT-TTAG
* * * * *
135125 TCATAAAA-AATTGTTTTAGTTCATA-AAAGCTTATCCA-AAATAAAATAAAACTAATTTATTAA
63 TCATAAAACAATTATTTCAGTTCATATAAAGCTTAT-TAGAAATAAAATAATACTAATTTATCAA
* * * * * * * *
135187 TATTTCAAAAATTACTAAGCAAGAGATTTTAAAAAATAAATATATTT-TCTGAACAAATTCAAAT
127 CATTTGAAAAATTAATAAGAAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAATTTCAAAT
* * * *
135251 AGTTATGACTATTTGAACAATTGTAC-ATTTAAAATCGTTATGACCTCTTATTTTGTCATAAAAC
190 AGTTATGACTATTTGAACAATTAT-CTATTTAAAATTGTTATAACCT-TTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * * * * *
135315 AATTGTTTCAGTTCAAATAAGCTTATTTAGAATAAAATATTAATATTTTATTAATATTTCAAAAA
253 AATTGTTTTAG-TCATACAAACTTA-TTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * * * *
135380 TTAAAAAGAAAGTGATATAAAAAA-AGGAATATGTTTA-CCAAATCAA
316 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA--AATTTGTTTATCGAAA-CAA
* * * * * * * *
135426 TTAAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGT-A
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCA
* * * * * * * *
135490 -AAAA-TATT-TTTCA--TCATA-CAAGCCTGTTTGAAATAAAATAACACTAATTTATTAATATT
66 TAAAACAATTATTTCAGTTCATATAAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATCAACATT
* * *
135549 TCAAATATTAATAAG-TAGAAGATTTAAAAAATAAATCTG-TT-T---AC----T-AAAGTAG-T
131 TGAAAAATTAATAAGAAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAATTTCAAA-TAGTT
* * * * * * * * *
135602 -T-CCTATTTGAATAATTACCTATTTTAAAATTGTTATAACATTTTGTTCTATTATAATATAATT
194 ATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTAAAATTGTTATAAC-CTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * *
135665 GTTTTAGTGCATACAAACTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAA
257 GTTTTAGT-CATACAAACTTA-TTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * * *
135730 TAACTAAAAAATTTTAAAAATAAATCT-ATT-T-G------
320 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAAACAA
* * * * *
135762 TTC--A-AG--CAG-C---T----CAA--ATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTATTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCA
* ** * * * * * * *
135812 TAAAATAATCGTTTTAGTTCATACAAGCTTA-TTTAAAATA-AAATAATACTAATTTATTAGTAT
66 TAAAACAATTATTTCAGTTCATATAA----AGCTT--ATTAGAAATAA-AATAA--TACTAAT-T
* * * * * * * * ** *
135875 TATGAA-A-TT-AAATAAGTGATTTAA-AAAGTGAATT------T-G--C---TTACCGAATTAG
121 TATCAACATTTGAAA-AA-TTA-ATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAT
* * * * * *
135924 TTCAAATAATTATGGCCATGTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT----TTTG----GTCAT
183 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * * * *
135981 ATAACAATTGTTTTTGACATTCAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACAAATTTATTAATCTTTCA
248 AAAACAATTGTTTTAGTCATACAAACTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * *
136046 AAAATTAATAAGT-A-AGATCTAAAAAATAAATCTATTTATCG-AACTAGC
312 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAAAC-A-A
* * ** *
136094 TT-AAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTGTAAACTTT-AAATCATTATAACCTTTTGTTCT-G
1 TTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT-TAG
* * * * ** *
136155 TCATAAAACAATTATTTTAATTCATA-CAAGCTTATTCGAAATAAAATAATGTTAATATAAT-AA
63 TCATAAAACAATTATTTCAGTTCATATAAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAAT-TTATCAA
* * * * * * * * * * *
136218 TAGTCT-AAAAATTAATAACTAAA-ATAATTAAAAAATAAATTTCTTTAACGAATC-AGTTCTAA
127 CA-TTTGAAAAATTAATAA-GAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAATTTCAAA
* * * * * * * * **
136280 TATTTAAGATTATATGAAAAATTATCTTTTTCAAATCGTT-TCAACCTTTTGTTTTGTTGTAAAA
189 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTAT-AACC-TTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * * *
136344 TAAGTTTTTTTTTTAATTCATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTT
252 CAA----TTGTTTT-AGTCATACAAACTTA-TTCGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT
** * * * * * * **
136408 TTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAATTTTATTTACCTAACCTG
310 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAAACAA
* * * * * * * *
136459 TTCTAATAATTATGACTATTTAG--CATTTATCTATTTTAAATTATAATGACCTTTTGTTTTGTC
1 TTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTC
* * * * * *
136522 ATAAAACATATT-TTT--GTTCATCT-AAGTTTGTTCA-AAATAAAATAATACTAATCTATTAAT
65 ATAAAACA-ATTATTTCAGTTCATATAAAGCTTATT-AGAAATAAAATAATACTAATTTATCAAC
* * * * *
136582 ATTTAAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATATT
128 ATTTGAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAATTTCAAATAGT
** * * * *
136643 TATGACTATTTGAGTAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTAAGTTTTGTTATAAAACAAT
193 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACCTTT--GTTTTGTCATAAAACAAT
* * * *
136707 TGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAA-TA
256 TGTTTTAG-TCATACAAACTTATTCGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * * * *
136771 ATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATT-TTTAAC-AAACTAG
319 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTGTTTATCGAAAC-AA
* * * * * * * *
136813 GTCAAATAATCATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCA
* * * * * * * * * *
136878 TAAAAGAATTGTTTTAGTTTATAT-AAGCTTATTCGAAATAAATTAATAATAATTTATTAATAAT
66 TAAAACAATTATTTCAGTTCATATAAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATCAACATT
** * * * * *
136942 CCAAAAATTAATAATAAAG-GATTTAAAAAATGAAA-ATGTTTA-CTGAACTAGTTT-AAATAAT
131 TGAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTATC-AAAC-AATTTCAAATAGT
* * * * * * **
137003 TAAGATTGTTTGAACATTTATCTGTTTGAAATTACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
193 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * * *
137068 GGTTCTATTCATGCAAGCATATTATGAATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
257 -GTTTTAGTCATACAAACTTATT-CGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * * * *
137132 ATTAGTAA-AAATTTTAAAAAT-AATTCTATTT-TCTGAATAC-G
319 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTATC-GAA-ACAA
* * * * *
137173 TTCAAATAGTTAAAACTA-TATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTGTTGTTTTGCC
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTA-GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTC
* ** * * * *
137237 AT-AAACAAATTGTTTTTGTTCATA-AAAGTTTATTCA-AAATAAAATAATACTACTTTATTAAA
65 ATAAAAC-AATTATTTCAGTTCATATAAAGCTTATT-AGAAATAAAATAATACTAATTTATCAAC
* * * * * * * * * *
137299 ATTTAAAAAATTAACAAGTAAA-A-TTTTATTAAAAACAAATCTATTTACCAAGCGAGTTAAAAT
128 ATTTGAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTA--AAAAATAAATCTGTTTATCAAACAATTTCAAAT
* * * * * * ** * * *
137362 AGCTATGAATATTT-ACATAATTATTTATGTCAAATCATTATGA--TTTTTTTTGTCACAAAACA
190 AGTTATGACTATTTGA-ACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * *
137424 ATTGTTTCTATTCATAC-AAGTTCATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAA
254 ATTGTTT-TAGTCATACAAACTT-ATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAA
** * *
137487 ATTAATAAGTTGGAGATTTAGATAATAAATTTGTTTATCGAA
315 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAA
137529 CAAGTTTAAA
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TAGTCATACAAACTTATTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAAACAA
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*
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131699 TA
1 TA
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (26 bp):
TAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTT
Found at i:133518 original size:180 final size:181
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133068 AATAAAATTA
* * **
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* * *
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* * * * * *
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* * * ** * * * *
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* * * ** ***
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* * *
133384 GAACCAGTTCAAACAGTTAAGCCTATATGAATAATTACCTATTTCAAATCG
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* * * * * * *
133435 TTATGACCTTTTGTTTTATTAT-AAATAATTATTTCAGCTCATAAAAGTTTATCCGAAATAAAAT
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* * * ** * *
133499 AAAACTAATTTGTTAATATTTCAAAGTTTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAATTCTATTTAC
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* ** * * * * * * * *
133564 CAAATTAATTCAAATAATTATA-ACTATTTGCATAATTTTCTATTTTAGATCA
130 CGAACCAGTTCAAATAGTTA-AGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCG
* * ** * * *
133616 TTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * * * * *
133681 AAAACTGATTTATTAAT-TTTTAAAAAATTAATCAGTTAAGAGCTTTAAAAAGTAAATATGTTTA
66 AATACTAATTTATTAATATTTT-AAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * ** *
133745 CCAAATCATTTCTAATAGTTTTGACTAT-TGAAATAATTATCTATTTCAAATTG
129 CCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATG-AATAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * * * ** **
133798 TTATAACATTTTCTTTTATCATCAAACAATTGGTTTC-GTTCATATTATTTTATTCAAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-ATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* ** * ** * * *
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* * *
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130 CGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATA-ATTATCTATTTCAAATCG
* * ** * *
133979 TTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAATAATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * *
134043 AATA-TAAATTTAATAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGATATTAAGAAAAATAAATTTATTTA
66 AATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA-AAAAATAAATCTATTTA
* * * *
134106 TCGAACCAGTTCATATGGTTAAGACTACTA-GAATAATTATCTATTTCAAATCA
129 CCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TATGAATAATTATCTATTTCAAATCG
* * * *
134159 TTTTGACCTTTTGTTTAGTCATATGAAT-ATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * * * * * *
134223 TAATAATAATTTATTAACATTTGATAAATTAATAAGAAACAGATTTAAAAAA-AAAACTATTTAT
65 TAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * ** * * * * * *
134287 CAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTCTACTTAAAATTG
130 CGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * *
134339 TTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTTAGTTAATATAAGCTTATACAGAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * *
134404 AACACAAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAATAAG-G-TTATACAAAATAAAATAATACA
66 AATACTAATTTATTAATATTT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATT-T--AAAA-AATA-AAT-C-
* ** * * * * * ** * *
134466 AATTTA-TTAA-TATTTCTAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAACTAAATT-TGT-TTACCAA
123 TATTTACCGAACCAGTTC--AAA-TAGT---TAAGA-CTATATGAA-T-AATTATCTATT-TCAA
*
134527 ATCAA
178 ATC-G
** ** * * * ** ** * * *
134532 TTAAAATAATTATGGTCATTTG--A-ACAACT-CTCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTT
1 TTATGA-CCTT-TTGT--TTTGTCATA-AAATAAT-TATTTCAGTTCA-TACAAGC--TT-ATTC
*** * * ** * * *
134593 GTTATAAAACAATTGCTTTTGATTATATAAGCTTATTCTAAACAAAATAATACTAATTTATTA-A
56 AAAATAAAATAA-TACTAAT--TTAT-TAA---TATT-T-TA-AAAAT--TAATAA-GTA--AGA
* * *
134657 TATTTCAAAAATTAATGATAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAATTCAAATAGTTAT
106 GATTT--AAAA--AAT-A-A-A--T-----------CTATTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTAA
* * * *
134722 GAC-ATTTGAACAATTATCAATCTCAAATCG
151 GACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * *** * ***
134752 TTATGATC-TTTATTTTGTCTTAAAACAATTATTTCTCATCATAGAAGCTTATTTCGTTA-AAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAA
* * * * * **
134815 TAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAAT-A--AA-ATATTTAAAAAATAAATGTGTTTGT
65 TAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * * *
134876 CAAACTAGTTCAAATAATTAAAACTAT-TAGAATAATTAT-T-TTTTAAATTG
130 CGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATAT-GAATAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * * * **
134926 TTTTGGCCTTTT-TTTAGTCACAAAATATTTGTTTCA-TATCATACAAGCTCATTCTGAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * ** * * *
134989 TAAT-CATAATATATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGATATTTGAAAAGATAAATCTATTT
65 TAATAC-TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTT
* * * * * * * *
135053 ACCAAACAAGCTCAATTAGTTATGACTATTTGAATAATTA-CTTATTTAAAATCA
128 ACCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATC-TATTTCAAATCG
* * * * *
135107 TTATGACCTTTTATCTTT-TCATAAAA-AATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGT-TTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * * * *
135170 TAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTACTAAGCAAGAGATTTTAAAAAATAAATATATTTT
65 TAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * * * *
135235 CTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTAC-ATTTAAAATCG
129 CCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTAT-CTATTTCAAATCG
* * * * * * * *
135288 TTATGACCTCTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCAAATAAGCTTATTTAGAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * * * * * * * *
135353 ATTAATATTTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAGAAAGTGATATAAAAAA-AGGAATATGTTTA
66 AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA--AATCTATTTA
* * * * * * * * * * *
135417 CCAAATCAATTAAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
129 CCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCG
* * * **
135470 TTATGAACTTTTGTTTTGT-A-AAAAT-ATT-TTTCA--TCATACAAGCCTGTTTGAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * *
135529 AACACTAATTTATTAATATTTCAAATATTAATAAGT-AGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-
66 AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * * *
135592 CTAA--AG------TAGTT---CCTATTTGAATAATTACCTATTTTAAAATTG
130 CGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTA-TTTCAAATCG
* * * * * * * * * * * *
135634 TTATAACATTTTGTTCTATTATAATATAATTGTTTTAGTGCATACAAACTTATTTAGAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * * *
135699 AATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAACTAAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTT
66 AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
135761 GTTCAAGCAG
Statistics
Matches: 1889, Mismatches: 481, Indels: 280
0.71 0.18 0.11
Matches are distributed among these distances:
163 16 0.01
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167 3 0.00
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171 1 0.00
172 1 0.00
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185 3 0.00
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188 1 0.00
189 1 0.00
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229 3 0.00
230 4 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC
GAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCG
Found at i:133790 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 133078--134436 Score: 1074
Period size: 180 Copynumber: 7.5 Consensus size: 179
133068 AATAAAATTA
* *** * **
133078 TTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTCAGCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
1 TTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAAT
* *
133142 AATACTAATTTATTAATATTTCAAGAA-T--TAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCG
66 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCG
* * * *
133204 AACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTG-ATCAACTATTTATTTCAAATTG
131 AATCAATTCAAATAGTTATGACTA-TTGAAT-AATTATCTATTTCAAATCG
* * * * *
133254 TTA-TAATCTTTTGTTCTGTCATAAAATAATTATTTTTGTGCATACAAGTTTATTTAGAATAAAA
1 TTATTACT-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAA
* * * * ** **
133318 TAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCCTTTGT
65 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * * * *
133383 TGAACCAGTTCAAACAGTTAAGCCTATATGAATAATTACCTATTTCAAATCG
129 CGAATCAATTCAAATAGTTATGACTAT-TGAATAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * ** * * * *
133435 TTATGACCTTTTGTTTTATTAT-AAATAATTATTTCAGCTCATAAAAGTTTATCCGAAATAAAAT
1 TTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAAT
* * ** * *
133499 AAAACTAATTTGTTAATATTTCAAAGTTTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAATTCTATTTAC
66 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * * * * * *
133564 CAAATTAATTCAAATAATTATAACTATTTGCATAATTTTCTATTTTAGATCA
129 CGAATCAATTCAAATAGTTATGACTA-TTGAATAATTATCTATTTCAAATCG
* *
133616 TTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAAT
1 TTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAAT
* * * * * * * *
133681 AAAACTGATTTATTAATTTTTAAAAAATTAATCAGTTAAGAGCTTTAAAAAGTAAATATGTTTAC
66 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * *
133746 CAAATCATTTCTAATAGTTTTGACTATTGAAATAATTATCTATTTCAAATTG
129 CGAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTG-AATAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * * ** * ** *
133798 TTATAACATTTTCTTTTATCATCAAACAATTGGTTTCGTTCATATTATTTTATTCAAAATAAAAT
1 TTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAAT
* * * ** * * *
133863 AATACTAATTTAATAATATTCCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTACC
66 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC
** * *
133928 GAATCGGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAA-ATATTATCAATTTCAAATCG
130 GAATCAATTCAAATAGTTATGACTAT-TGAATA-ATTATCTATTTCAAATCG
* * * * *
133979 TTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAATAATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAAT
1 TTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAAT
* * * *
134043 AATA-TAAATTTAATAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGATATTAAGAAAAATAAATTTATTTA
66 AATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTA-AAAAATAAATCTATTTA
* * * * * * * *
134106 TCGAACCAGTTCATATGGTTAAGACTACTAGAATAATTATCTATTTCAAATCA
128 CCGAATCAATTCAAATAGTTATGACTA-TTGAATAATTATCTATTTCAAATCG
* * * ** *
134159 TT-TTGACCTTTTGTTTAGTCATATGAAT-ATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
1 TTATT-ACTTTTTGTTTTGTCATA-AAATAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAA
* * * * * * * *
134222 TTAATAATAATTTATTAACATTTGATAAATTAATAAGAAACAGATTTAAAAAA-AAAACTATTTA
64 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * * * *
134286 TC-AAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTCTACTTAAAATTG
128 CCGAATCAA-TTCAAATAGTTATGACTA-TTGAATAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * * * * *
134339 TTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTTAGTTAATATAAGCTTATACAGAATAAAAT
1 TTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAAT
* * *
134404 AACACAAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATA
66 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
134437 AATAAGGTTA
Statistics
Matches: 930, Mismatches: 225, Indels: 53
0.77 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
175 2 0.00
176 25 0.03
177 52 0.06
178 1 0.00
179 28 0.03
180 309 0.33
181 286 0.31
182 218 0.23
183 9 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
TTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAAT
AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCG
AATCAATTCAAATAGTTATGACTATTGAATAATTATCTATTTCAAATCG
Found at i:133940 original size:544 final size:537
Alignment explanation
Indices: 133077--134437 Score: 1278
Period size: 544 Copynumber: 2.5 Consensus size: 537
133067 AAATAAAATT
**
133077 ATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTCAGCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
1 ATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTCAGCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * *
133142 AATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAAC
66 AAAACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAAC
* * *
133207 CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAACTATTTATTTCAAATTGTTATAATCTTTTGTTCTG
131 CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAACTATCTATTTCAAATTGTTATAATCTTTTCTTCTA
* * * * *
133272 TCATAAAATAATTATTTTTGTGCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATA
196 TCATAAAACAATTAGTTTCGTGCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA
** * * * * ** ***
133337 TTTTAAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCCTTTGTTGAACCAGTTCAAACAGTT
261 TTCCAAAAATTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCCAATTACCGAACCAGTTCAAACAGTT
* *
133402 AAGCCTATATG-AATAATTACCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATTAT-AAATAATT
326 AAGACTATATGAAAT-ATTACCAATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATTATAAAATAATT
* ** ** *
133465 ATTTCAGCTCATAAAAGTTTATCCGAAATAAAATAAAACT-AATTTGTTAATATTTCAAAGTTTT
390 -TTTCAGCTCATAAAAGCTTATCCGAAATAAAATAAAA-TAAATTTAATAATATTT-AAAAATTA
133529 ATAAGTAAGAGATTTAA-AAAAAT-AATTCTATTTACCAAATTAATTCAAATAATTATAACTATT
452 ATAAGTAAGAGA-TTAAGAAAAATAAATT-TATTTACCAAATTAATTCAAATAATTATAACTATT
133592 TGCATAATTTTCTATTTTAGATC
515 TGCATAATTTTCTATTTTAGATC
* *** * * *
133615 ATTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAA
1 ATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTCAGCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * * *
133680 TAAAACTGATTTATTAATTTTTAAAAAATTAATCAGTTAAGAGCTTTAAAAAGTAAATATGTTTA
65 TAAAACTAATTTATTAATATTTAAAAAA-T--T-AG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTA
* * * * *
133745 CCAAATCATTTCTAATAGTTTTGACTA-TTGAAAT-AATTATCTATTTCAAATTGTTATAA-CAT
125 CCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTG--ATCAACTATCTATTTCAAATTGTTATAATC-T
* * * * ** *
133807 TTTCTTTTATCATCAAACAATTGGTTTCGTTCATATTATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
187 TTTCTTCTATCATAAAACAATTAGTTTCGTGCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * *
133872 TTAATAATATTCCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTACCGAATCGGTT
252 TTAATAATATTCCAAAAATTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCCAATTACCGAACCAGTT
* * * *
133937 CAAATAGTTAAGACTATATGAAATATTATCAATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTTATA
317 CAAACAGTTAAGACTATATGAAATATTACCAATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATTATA
** * * * * *
134002 AAATAATTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAATATAAATTTAATAATATTTAAA
382 AAATAATTTTTCAGCTCATAAAAGCTTATCCGAAATAAAATAAAATAAATTTAATAATATTTAAA
* * * ** * * **
134067 AATTAATAAGTAAGATATTAAGAAAAATAAATTTATTTATCGAACCAGTTCATATGGTTA-AGAC
447 AATTAATAAGTAAGAGATTAAGAAAAATAAATTTATTTACCAAATTAATTCAAATAATTATA-AC
* * * * * *
134131 TACTAGAATAATTATCTATTTCAAATC
511 TATTTGCATAATTTTCTATTTTAGATC
* * *
134158 ATT-TTGACCTTTTGTTTAGTCATATGAAT-A-TTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATA
1 ATTATT-ACCTTTTGTTTTGTCATA-AAATAATTTTTTTCAG--CATACAAGCTTATTCAAAATA
* * * * *
134220 AATTAATAA-TAATTTATTAACATTTGATAAATTAATAAGAAACAGATTTAAAAAA-AAA-ACTA
62 AAATAA-AACTAATTTATTAATATTT-A-AAA--AATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATA-TA
* * * * * * * * *
134282 TTTATCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTCTACTTAAAATTGTTATGAC
121 TTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAACTATCTATTTCAAATTGTTATAAT
* * * * * * ** * * * * * *
134346 CTTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTTAGTTAATATAAGCTTATACAGAATAAAATAACACAA
185 CTTTTCTTCTATCATAAAACAATTAGTTTCGTGCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * *
134411 ATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAA
250 ATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAA
134438 ATAAGGTTAT
Statistics
Matches: 658, Mismatches: 136, Indels: 55
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
538 31 0.05
539 47 0.07
540 5 0.01
541 124 0.19
542 25 0.04
543 129 0.20
544 278 0.42
545 16 0.02
546 1 0.00
547 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (537 bp):
ATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTCAGCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
AAAACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAAC
CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAACTATCTATTTCAAATTGTTATAATCTTTTCTTCTA
TCATAAAACAATTAGTTTCGTGCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA
TTCCAAAAATTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCCAATTACCGAACCAGTTCAAACAGTT
AAGACTATATGAAATATTACCAATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATTATAAAATAATTT
TTCAGCTCATAAAAGCTTATCCGAAATAAAATAAAATAAATTTAATAATATTTAAAAATTAATAA
GTAAGAGATTAAGAAAAATAAATTTATTTACCAAATTAATTCAAATAATTATAACTATTTGCATA
ATTTTCTATTTTAGATC
Found at i:134450 original size:56 final size:56
Alignment explanation
Indices: 134382--134498 Score: 207
Period size: 56 Copynumber: 2.1 Consensus size: 56
134372 TTTAGTTAAT
*
134382 ATAAGCTTATACAGAATAAAATAACACAAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAA
1 ATAAGCTTATACAAAATAAAATAACACAAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAA
* *
134438 ATAAGGTTATACAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAA
1 ATAAGCTTATACAAAATAAAATAACACAAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAA
134494 ATAAG
1 ATAAG
134499 AGATTTAAAA
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 3, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
56 58 1.00
ACGTcount: A:0.55, C:0.07, G:0.04, T:0.34
Consensus pattern (56 bp):
ATAAGCTTATACAAAATAAAATAACACAAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAA
Found at i:134848 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 134825--134863 Score: 53
Period size: 20 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
134815 TAATACTAAT
*
134825 TTAAT-AATATTTCAAAAA
1 TTAATAAATATTTAAAAAA
134843 TTAATAAAATATTTAAAAAA
1 TTAAT-AAATATTTAAAAAA
134863 T
1 T
134864 AAATGTGTTT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
18 5 0.28
20 13 0.72
ACGTcount: A:0.59, C:0.03, G:0.00, T:0.38
Consensus pattern (19 bp):
TTAATAAATATTTAAAAAA
Found at i:136835 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 135779--137621 Score: 1166
Period size: 180 Copynumber: 10.3 Consensus size: 180
135769 AGCTCAAATT
* * * * *
135779 TATTTCAAATCATTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAATAATCGTTTTAGTTCATACAAGCTTAT
1 TATTTCAAATCATTATGA-CCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTAT
* * * *
135844 TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGTA-TT-ATGAAATTAAATAAGT----GA-TTTAAAAA
65 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATT-AATAAGTAAAAAATTTTAAAAA
* * ** * * * * * * * *
135902 GTGAATTTGCTTACCGAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATGTCAACAATTATC
128 -TAAATCTATTTAACAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATC
** * * *
135956 TATTTCAAATTGTTAT----TTTG----GTCATATAACAATTGTTTTTG-ACATTCAAGCTTATT
1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT
* * * * * *
136012 CAAAATAAAATAAAACAAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGT--AAGATCTAAAAAATAA
66 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAA
* * * * * * *
136075 ATCTATTTATCGAACTAGCTT-AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTGTA
131 ATCTATTTAACAAACTAG-TTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATC
* * * * **
136125 AACTTT-AAATCATTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTTAATTCATACAAGCTTA
1 TA-TTTCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA
* ** * * * * *
136189 TTCGAAATAAAATAATGTTAATATAATAATA-GTCTAAAAATTAATAACTAAAATAA-TTAAAAA
64 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAA-AATTTTAAAA
* * * * * * * * *
136252 ATAAATTTCTTTAACGAA-TCAGTTCTAATATTTAAGATTATATGAAAAATTATC
127 ATAAATCTATTTAACAAACT-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATC
* * * ** * * * *
136306 TTTTTCAAATCGTT-TCAACCTTTTGTTTTGTTGTAAAATAAGTTTTTTTTTTAATTCATACTAG
1 TATTTCAAATCATTAT-GACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAA---TTGTTTTT-GTTCATACAAG
*** * ** * *
136370 CTTATTTGGAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTTTAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTA
60 CTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTA
* * * * * *
136433 GAAAATAATTTTATTTACCTAACCT-GTTCTAATAATTATGACTATTTAGCAT--TTATC
124 -AAAATAAATCTATTTAAC-AAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTT-GAATAATTATC
* * * * * *
136490 TATTTTAAATTATAATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-A-TATTTTTGTTCAT-CTAAGTTTG
1 TATTTCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAC-AAGCTTA
* * * *
136552 TTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTAAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAAT
64 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAAT
* * * *
136613 AAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATATTTATGACTATTTGAGTAATTATT
129 AAATCTATTTAACAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATC
** *
136665 TATTTCAAATTGTTATGA-CTTTAAGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA
1 TATTTCAAATCATTATGACCTTT--GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA
* *
136729 TTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAA-TAATAAGTAAAAAATTTTAAAAAT
64 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAAT
* * * * *
136793 AAATATTTTTAACAAACTAGGTCAAATAATCATGATTATTTGAATAATTATC
129 AAATCTATTTAACAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATC
* * * *
136845 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTTAGTTTATATAAGCTTAT
1 TATTTCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTAT
* * * * * ** *
136910 TCGAAATAAATTAATAATAATTTATTAATAATCCAAAAATTAATAA-TAAAGGATTTAAAAAATG
65 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAAT-
* * * * * * * * *
136974 AAA-ATGTTT-ACTGAACTAGTTTAAATAATTAAGATTGTTTGAACATTTATC
129 AAATCTATTTAAC-AAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATC
* * * * * * * * * *
137025 TGTTTGAAATTACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGCAAGCATAT
1 TATTTCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTAT
* * *
137090 T-ATGAATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGT-AAAAATTTTAAAAA
65 TCA-AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAA
* * * * ** * *
137152 TAATTCTATTT-TCTGAA-TACGTTCAAATAGTTAAAACTATATGAACAATTATC
128 TAAATCTATTTAAC-AAACTA-GTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATC
* * * *
137205 TATTTCAAATCATTATAACCTGTTGTTTTGCCAT-AAACAAATTGTTTTTGTTCATAAAAGTTTA
1 TATTTCAAATCATTATGACCT-TTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA
* * * * **
137269 TTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAAAATTTAAAAAATTAACAAGTAAAATTTTATTAAAAA
64 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATT-TTAAAAA
* * * * * ** * *
137334 CAAATCTATTTACCAAGCGAGTTAAAATAGCTATGAATATTT-ACATAATTATT
128 TAAATCTATTTAACAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGA-ATAATTATC
* * * * *
137387 TATGTCAAATCATTATGA--TTTTTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-TTCAT
1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTT-AT
*** * *
137449 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGA-TTTAGATAA
65 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTA-AAAA
* * * * * * * * * * * *
137512 TAAATTTGTTTATCGAACAAGTTTAAATAATTATGTCCATTTTAATTATTGTA
128 TAAATCTATTTAACAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATC
* * ** * * *
137565 TATTTCAAATCGTTGTGATATTT-TGTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAA
1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAA
137622 ACTAAGTCTA
Statistics
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0.75 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
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187 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TATTTCAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT
CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAA
ATCTATTTAACAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATC
Found at i:137153 original size:540 final size:536
Alignment explanation
Indices: 136003--137506 Score: 1424
Period size: 540 Copynumber: 2.8 Consensus size: 536
135993 TTTGACATTC
* * * * *
136003 AAGCTTATTCAAAATAAAATAAAAC-AAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGT-AAGATCT
1 AAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAAAGATTT
* *
136066 AAAAAATAAATCTATTTATCGAACTAGCTT-AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTGTAAACTT
66 AAAAAATAAATCTATTTATCGAACTAG-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATA-TT
* * **
136130 T-AAATCATTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTTAATTCATACAAGCTTATTCGA
129 TCAAATCATTATAACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-A
** * * * * *
136194 AATAAAATAATGTTAATATAATAATA-GTCTAAAAATTAATAACTAAAATAA-TTAAAAAATAAA
192 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAA-AATTTTAAAAATAAA
* * * * * * * * *
136257 TTTCTTTAACGAA-TCAGTTCTAATATTTAAGATTATATGAAAAATTATCTTTTTCAAATCGTT-
255 TTT-TTTAACAAACT-AGTTCAAATAATCATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTA
* ** * * * *
136320 TCAACCTTTTGTTTTGTTGTAAAATAAGTT-TTTTTTTTAATTCATACTAGCTTATTTGGAATAA
318 T-GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTTATTT-A-T-ATA--AGCTTATTCGAAATAA
* * * **
136384 AATAA-AATAAATTTATTAATATTTTTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAATTTTATT
376 AATAATAAT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATAATATT
* * * *
136448 TACCTAACCTGTTCTAATAATTATGACTATTTAGCATTTATCTATTTTAAATTATAATGACCTTT
440 TACCTAACCTGTTCTAATAATTAAGACTATTTAACATTTATCTATTTGAAATTATAATAACCTTT
*
136513 TGTTTTGTCATAAAACATATTTTTGTTCATCT
505 TGTTTTGTCATAAAACATATTTTTATTCATCT
** * * * *
136545 AAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACT-AATCTATTAATATTTAAAAAATTAA-TA--AGAGATTT
1 AAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAAAGATTT
* * * ** *
136606 AAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATATTTATGACTATTTGAGTAATTATTTATTTC
66 AAAAAATAAATCTATTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTC
** * *
136671 AAATTGTTATGA-CTTTAAGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAA
131 AAATCATTATAACCTTT--GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAA
*
136735 TTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAA-TAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATAT
194 -TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAAT-T
*
136799 TTTTAACAAACTAGGTCAAATAATCATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
257 TTTTAACAAACTAGTTCAAATAATCATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* *
136864 CTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTTAGTTTATATAAGCTTATTCGAAATAAATTAATAATA
322 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTTATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATA
* * *
136929 ATTTATTAATAATCCAAAAATTAATAA-TAA-AGGATTTAAAAAATGAA-AATGTTTA-CTGAA-
386 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGA-GATTTAAAAAAT-AATAATATTTACCT-AAC
* * *
136989 CTAGTT-TAAATAATTAAGATTGTTTGAACATTTATCTGTTTGAAATTACT-ATAACCTTTTGTT
448 CT-GTTCT-AATAATTAAGACTATTT-AACATTTATCTATTTGAAATTA-TAATAACCTTTTGTT
137052 TTGTCATAAAACA-ATTGGTTCTATTCATGC-
509 TTGTCATAAAACATATT--TT-TATTCAT-CT
* * *
137082 AAGCATATT-ATGAATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAAAAATT
1 AAGCATATTCA-AAATAAAATAATACTAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAAAGATT
* * * * *
137145 TTAAAAATAATTCTATTT-TCTGAA-TACGTTCAAATAGTTAAAACTATATGAACAATTATCTAT
65 TAAAAAATAAATCTATTTATC-GAACTA-GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATAT
* * *
137208 TTCAAATCATTATAACCTGTTGTTTTGCCAT-AAACAAATTGTTTTTGTTCATAAAAGTTTATTC
128 TTCAAATCATTATAACCT-TTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTC
* * * * ** *
137272 AAAATAAAATAATACTACTTTATTAAAATTTAAAAAATTAACAAGTAAAATTTTATTAAAAACAA
191 -AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATT-TTAAAAATAA
* * * * * * * * *
137337 ATCTATTTACCAAGCGAGTTAAAAT-AGCTATGAATATTT-ACATAATTATTTATGTCAAATCAT
254 AT-TTTTTAACAAACTAGTTCAAATAATC-ATGATTATTTGA-ATAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * *
137400 TATGA--TTTT-TTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-TTCATTCAAAATAAAAT
316 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTTATATAAGCTT-ATTCGAAATAAAAT
* **
137461 AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTA
379 AATAATAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
137507 GATAATAAAT
Statistics
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0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
533 6 0.01
534 41 0.05
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ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (536 bp):
AAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAAAGATTT
AAAAAATAAATCTATTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTC
AAATCATTATAACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAATA
AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATTTTTT
AACAAACTAGTTCAAATAATCATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTTATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAATTTA
TTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATAATATTTACCTAACCTGTTCTA
ATAATTAAGACTATTTAACATTTATCTATTTGAAATTATAATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
ATATTTTTATTCATCT
Found at i:137537 original size:540 final size:532
Alignment explanation
Indices: 135783--137544 Score: 1315
Period size: 540 Copynumber: 3.3 Consensus size: 532
135773 CAAATTTATT
* * * * *
135783 TCAAATCATTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAATAATCGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAA
1 TCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAA
* * * * *
135848 AATAAAATAATACTAATTTATTAGTATTAT-GAAATTAAATAAG-T---GATTTA-AAAAGTGAA
65 AATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCTAAAAATT-AATAAGTTAGAGATTTAGAAAA-TAAA
* ** * * * * * * * *
135907 TTTGCTTACCGAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATGTCAACAATTATCTATTTCAAATTGT--T
128 TTTGTTTA-CGAACAAGTTTAAATAATTAAGACTAT-TTAACATTTATCTATTTGAAATTATAAT
* *
135970 -A--TTTTG----GTCATATAACA-ATTGTTT-TTGACAT-TCAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
191 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATATT-TTTATT--CATCT-AAGCATATTCAAAATAAAATAA
* * * * * * * *
136025 AACAAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGATCTAAAAAATAAATCTATTTATCGAAC
252 TACTAATCTATTAATATTTAAAAAATTAATAA--AAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAC
* * * ** * *
136090 TAGCTT-AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTGTAAACTTT-AAATCATTATAACCTTTTGTTC
315 TAG-TTCAAATAGTTAAAACTATATGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATAA-CTTTAGTTT
* * ** * * ** * *
136153 TGTCATAAAACAATTATTTTAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATGTTAATATAATAA
377 TGCCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * * * * * * **
136218 TAGTCTAAAAATTAATAACTAAAATAA-TTAAAAAATAAATTTCTTTAACGAATC-AGTTCTAAT
442 -AATTTAAAAAATAACAAGTAAAA-AATTTTAAAAACAAATATATTTAAC-AAACGAGGTAAAAT
* * * * * * * *
136281 ATTTAAGATTATATGAAAAATTATCTTTT
504 AATCATGAATATTTGAATAATTATCTATG
* * *** * * * *
136310 TCAAATCGTT-TCAACCTTTTGTTTTGTTGTAAAATAAGTTTTTTTTTTAATTCATACTAGCTTA
1 TCAAATCATTAT-GA-CTTTTGTTTTGTCACAAAACAA----TTGTTTTAGTTCATACAAGCTTA
*** * * *
136374 TTTGGAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTTTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAGAAAA
60 TTCAAAATAAAATAATAAT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAGAAAA
* * * ** * * *
136438 TAATTTTATTTACCTAACCTGTTCT-AATAATTATGACTATTTAGCATTTATCTATTTTAAATTA
124 TAAATTTGTTTA-CGAACAAGTT-TAAATAATTAAGACTATTTAACATTTATCTATTTGAAATTA
* * ** *
136502 TAATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATATTTTTGTTCATCTAAGTTTGTTCAAAATAAAATAA
187 TAATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATATTTTTATTCATCTAAGCATATTCAAAATAAAATAA
* *
136567 TACTAATCTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTA
252 TACTAATCTATTAATATTTAAAAAATTAATAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTA
* ** * ** * ** * **
136632 GTTCAAATATTTATGACTATTTGAGTAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTAAGTTTTGTT
317 GTTCAAATAGTTAAAACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTT-AGTTTTGCC
* * *
136697 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATT
381 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATT
* * * * * * *
136762 TCAACAATAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATTTTTAACAAACTAGGTCAAATAATCATG
446 TAAAAAATAACAAGTAAAAAATTTTAAAAACAAATATATTTAACAAACGAGGTAAAATAATCATG
* *
136827 ATTATTTGAATAATTATCTATT
511 AATATTTGAATAATTATCTATG
* * * * *
136849 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTTAGTTTATATAAGCTTATTCGA
1 TCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAA
* * * * *
136914 AATAAATTAATAATAATTTATTAATAATCCAAAAATTAATAA--TAAAGGATTTAAAAAATGAAA
65 AATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAGA-GATTTAGAAAAT-AAA
* * * * *
136977 -ATGTTTACTGAACTAGTTTAAATAATTAAGATTGTTTGAACATTTATCTGTTTGAAATTACT-A
128 TTTGTTTAC-GAACAAGTTTAAATAATTAAGACTATTT-AACATTTATCTATTTGAAATTA-TAA
*
137040 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGGTTCTATTCATGC-AAGCATATT-ATGAATAAAAT
190 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATATT--TT-TATTCAT-CTAAGCATATTCA-AAATAAAAT
* * * * *
137102 AAT-TTAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAAAAATTTTAAAAATAATTCTATTT-TC
250 AATACT-AATCTATTAATATTTAAAAAATTAA-TA--AAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATC
*
137165 TGAA-TACGTTCAAATAGTTAAAACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTGTT
311 -AAACTA-GTTCAAATAGTTAAAACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAA-CT-TT
* *
137229 -GTTTTGCCAT-AAACAAATTGTTTTTGTTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTACTT
372 AGTTTTGCCATAAAAC-AATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
** * * * *
137292 TATTAAAATTTAAAAAATTAACAAGTAAAATTTTATTAAAAACAAATCTATTTACCAAGCGAGTT
436 TATTAAAATTTAAAAAA-TAACAAGTAAAAAATT-TTAAAAACAAATATATTTAACAAACGAGGT
* *
137357 AAAAT-AGCTATGAATATTT-ACATAATTATTTATG
499 AAAATAATC-ATGAATATTTGA-ATAATTATCTATG
137391 TCAAATCATTATGA-TTTT-TTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAG-TTCATTCA
1 TCAAATCATTATGACTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTT-ATTCA
* * *
137452 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAGATAATAAAT
64 AAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAGAAAATAAAT
137517 TTGTTTATCGAACAAGTTTAAATAATTA
129 TTGTTTA-CGAACAAGTTTAAATAATTA
137545 TGTCCATTTT
Statistics
Matches: 993, Mismatches: 180, Indels: 111
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
526 1 0.00
527 29 0.03
530 2 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (532 bp):
TCAAATCATTATGACTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAA
ATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAGAAAATAAATTT
GTTTACGAACAAGTTTAAATAATTAAGACTATTTAACATTTATCTATTTGAAATTATAATAACCT
TTTGTTTTGTCATAAAACATATTTTTATTCATCTAAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAATCT
ATTAATATTTAAAAAATTAATAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATA
GTTAAAACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTAGTTTTGCCATAAAACAAT
TGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTAAAAAATAA
CAAGTAAAAAATTTTAAAAACAAATATATTTAACAAACGAGGTAAAATAATCATGAATATTTGAA
TAATTATCTATG
Found at i:138052 original size:57 final size:57
Alignment explanation
Indices: 137983--138106 Score: 221
Period size: 57 Copynumber: 2.2 Consensus size: 57
137973 ATTTAAAAAC
*
137983 CAAATCCATTTATTGAACAAGTTCAAGTAGTTATGACTATTCAAACAATTATCTATTT
1 CAAAT-CATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTCAAACAATTATCTATTT
*
138041 CAAATCATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTCGAACAATTATCTATTT
1 CAAATCATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTCAAACAATTATCTATTT
138098 CAAATCATT
1 CAAATCATT
138107 ATGACCTTTT
Statistics
Matches: 64, Mismatches: 2, Indels: 1
0.96 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
57 59 0.92
58 5 0.08
ACGTcount: A:0.39, C:0.15, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (57 bp):
CAAATCATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTCAAACAATTATCTATTT
Found at i:138269 original size:237 final size:238
Alignment explanation
Indices: 137814--138286 Score: 535
Period size: 237 Copynumber: 2.0 Consensus size: 238
137804 AATGCGTTTG
* * *
137814 TTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTAATAGAACAATTATTTATTTCAAATCATTCTAACTTTTG
1 TTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTAATAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTG
** * * * *
137879 GTTTATTCATAAAATAATTGTTTCAATTTGTACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTATTTTT
66 GTTTATTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATCTAAAATAAAATAATACTACTTTA
137944 TTAAAATTCAAAAAATTAATGAGCAAAAAATTTAAAAACCAAATCCATTTATTGAACAAGTTCAA
131 TTAAAATTCAAAAAATTAATGAGCAAAAAATTTAAAAACCAAATCCATTTATTGAACAAGTTCAA
* * * *
138009 GTAGTTATGACTATTCAAACAATTATCTATTTCAAATCATTTA
196 ATAATTATGACCATTCAAACAATTAGCTATTTCAAATCATTTA
* * * *
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AAAAGTTCAAAGTTTCTCATTCGAGTTCAAAGATTC
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154413 CTCATTTAAG
* * * *
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1 TTCAAAGATTCACATTCGATAAATTTTAGAGTTTCACATCTAAATTCAAAGGTTCTCATTCAAAA
* * * *
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* *
154531 TTCAAAGATTCACATTTGATAAATTTTAGAGTTTCACATCTAAATTCAAAGGTTCTCATTTAAAA
1 TTCAAAGATTCACATTCGATAAATTTTAGAGTTTCACATCTAAATTCAAAGGTTCTCATTCAAAA
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66 AAATTCAGCGATTCACATCCAAAACTTCAAAACTTCTCA
154635 TCAAAATTTT
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TTCAAAGATTCACATTCGATAAATTTTAGAGTTTCACATCTAAATTCAAAGGTTCTCATTCAAAA
AAATTCAGCGATTCACATCCAAAACTTCAAAACTTCTCACTCGAA
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* * * * * *
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1 ATTTCAAAACAAAT-TCTATCCATTGATCCACATTATTTTCATCACTTGATCATAACTCACAAGT
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* * * * * *
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1 ATTTCAAAACAAATTCT-ATCCATTGATCCACATTATTTTCATCACTTGATCATAACTCACAAGT
**
155338 TTCTCATTACTAGCA
65 TTCTCAGCACTAGCA
* * *
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1 ATTTCAAAACAAATTCTATCCATTGATCCACATTATTTTCATCACTTGATCATAACTCACAAGTT
* * *
155418 TCTTAGCGCTAGTA
66 TCTCAGCACTAGCA
* * * ***
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1 ATTTCAAAACAAATTCTATCCATTGATCCACATTATTTTCATCACTTGATCATAACTCACAAGTT
*** *
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66 TCTCAGCACTAGCA
* * * * *
155511 ATTTCAGAACAAATTTTGTCTATTGATCCACATTATTTTTATCACTTGATCATAACTC
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ATTTCAAAACAAATTCTATCCATTGATCCACATTATTTTCATCACTTGATCATAACTCACAAGTT
TCTCAGCACTAGCA
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155186 AGCAATAACC
* * * *
155196 ATTTCAAAACAAATGTC-ATCGATTGATCCACATTATTTCCATCATTTGATCATAACT-TATAAG
1 ATTTCAAAACAAAT-TCTATCCATTGATCCACATTATTTTCATCACTTGATCATAACTCT-CAAG
* * * *
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64 CTTCTCAGCACTAGCAATTCAAAACAAGATTCATTCACTGATCCACATTATTTTCATCACTTGAT
*
155324 CATAACTCACAAGTTTCTCATTACTAGCA
129 CATAACTCACAAGTTTCTCAATACTAGCA
* * *
155353 ATTTCATAACAAATTCTATCCATTGATCCACATTATTTTCATCACTTGATCACAACTCTCAAGTT
1 ATTTCAAAACAAATTCTATCCATTGATCCACATTATTTTCATCACTTGATCATAACTCTCAAGCT
* * * * *
155418 TCTTAGCGCTAGTAATTTCAAAACAA-ATT-ATGTCCATTGATCTACATTATTTTCATCACTTGA
66 TCTCAGCACTAGCAA-TTCAAAACAAGATTCAT-T-CACTGATCCACATTATTTTCATCACTTGA
*** * *
155481 TCATAACTTTTAAGTTTCTCAATGCTGGCA
128 TCATAACTCACAAGTTTCTCAATACTAGCA
* * * * *
155511 ATTTCAGAACAAATTTTGTCTATTGATCCACATTATTTTTATCACTTGATCATAACTCTCA
1 ATTTCAAAACAAATTCTATCCATTGATCCACATTATTTTCATCACTTGATCATAACTCTCA
155572 GATTATGTCA
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ATTTCAAAACAAATTCTATCCATTGATCCACATTATTTTCATCACTTGATCATAACTCTCAAGCT
TCTCAGCACTAGCAATTCAAAACAAGATTCATTCACTGATCCACATTATTTTCATCACTTGATCA
TAACTCACAAGTTTCTCAATACTAGCA
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1 ATTTTTTTCTTT
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ATTTTTTTCTTTC
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*
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*
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156188 TTCTCTTTTC
Statistics
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TTTTTCTTTTCATTTTTTCC
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* *
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156164 --TTTTCTATTTTTC
1 AATTTTCT-TTTTTC
** *
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1 AATTTTCTTTTTTC
**
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*
156205 AATTTT-TAATTTTC
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1 AATTTTCTTTTTTC
156233 A
1 A
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Statistics
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AATTTTCTTTTTTC
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Indices: 156137--156233 Score: 81
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156127 TTTTTTGTAA
*
156137 TTTT-TTTCTTTC-ATTTTTTTCTTTTTC
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**
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* **
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1 TTTTCTTTTTTCA
156234 TATCTCATTT
Statistics
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TTTTCTTTTTTCAATTTTTTTTTTCTC
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Indices: 156152--156277 Score: 65
Period size: 7 Copynumber: 18.9 Consensus size: 7
156142 TTCTTTCATT
156152 TTTTTC-
1 TTTTTCA
156158 TTTTTC-
1 TTTTTCA
156164 -TTTTCTA
1 TTTTTC-A
*
156171 TTTTTCC
1 TTTTTCA
156178 TTTTT-A
1 TTTTTCA
156184 TTTTTTC-
1 -TTTTTCA
*
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1 TTTTTC-A
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*
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* *
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1 TTTTTCA
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1 TTTTTCA
* *
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1 TTTTTCA
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1 TTTTTCA
156248 -TTTT--
1 TTTTTCA
*
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*
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1 TTTTTCA
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1 TTTTTCA
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Statistics
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TTTTTCA
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Indices: 156629--156670 Score: 50
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*
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*
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Indices: 160620--160658 Score: 51
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160610 TACTTAAAAA
* * *
160620 AAAT AAAT AAAC AAAC AAAT AAAT AAAT AGAT AAAT AAA
1 AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT AAA
160659 AAAAACCAAA
Statistics
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AAAT
Found at i:162836 original size:21 final size:21
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Indices: 162768--162838 Score: 54
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* *
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* *
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1 CATTTCCTTTTGTTTCTATTC
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1 CATT
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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CATTTCCTTTTGTTTCTATTC
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169697 TAGGACTTCC
*
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1 TCTGTGTCTGGGTTTTTCTGATTTCGAAT
169764 T
1 T
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Statistics
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1 GGAGAGAGAGAGAG
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1 GAGAGAGAGAGAG
170172 CAGGGCTTGA
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GAGAGAGAGAGAG
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Indices: 172912--172957 Score: 83
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*
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1 AT
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*
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*
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*
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1 AAA
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*
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*
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*
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Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 4
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* * * **
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*
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*
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* * *
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Statistics
Matches: 44, Mismatches: 5, Indels: 8
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Matches are distributed among these distances:
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26 2 0.05
27 2 0.05
28 21 0.48
ACGTcount: A:0.35, C:0.23, G:0.10, T:0.32
Consensus pattern (29 bp):
GGATGAAATTTACCCTATTATTAACCCTA
Found at i:179388 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 179331--179403 Score: 85
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179321 TGAAGAAGTT
*
179331 GGATGAAATTTACCCTATTATTAACCCA
1 GGATGAAATTTA-CC--TTACTAACCCA
179359 GGATGAAATTTACCTTACTAACCCTA
1 GGATGAAATTTACCTTACTAACCC-A
*
179385 -GATGAAATTCACCTTACTA
1 GGATGAAATTTACCTTACTA
179404 TTAACCCTCG
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27 2 0.05
28 12 0.29
ACGTcount: A:0.36, C:0.22, G:0.11, T:0.32
Consensus pattern (25 bp):
GGATGAAATTTACCTTACTAACCCA
Found at i:182600 original size:29 final size:29
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182558 GTAAGGAATG
*
182568 TAAAATTTTTGTGTTGCGTTAGAAAAATA
1 TAAAATTTTTGTATTGCGTTAGAAAAATA
* *
182597 TAAAATTTTTGTATTTCGTTAGAAGAATA
1 TAAAATTTTTGTATTGCGTTAGAAAAATA
182626 TAA
1 TAA
182629 GATTACCTAA
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Consensus pattern (29 bp):
TAAAATTTTTGTATTGCGTTAGAAAAATA
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Alignment explanation
Indices: 182787--182812 Score: 52
Period size: 2 Copynumber: 13.0 Consensus size: 2
182777 AAAATATTTG
182787 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
182813 GTTAAGTTGC
Statistics
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1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (2 bp):
TA
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Indices: 185912--185941 Score: 60
Period size: 2 Copynumber: 15.0 Consensus size: 2
185902 AATCTATGTC
185912 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
185942 GATAAAGATG
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
AT
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Alignment explanation
Indices: 187457--187503 Score: 64
Period size: 2 Copynumber: 24.5 Consensus size: 2
187447 TCTCTTTCCT
187457 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA -A T- TCA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T-A TA TA TA
187498 -A TA TA T
1 TA TA TA T
187504 TACACATCAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
1 3 0.07
2 37 0.90
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ACGTcount: A:0.49, C:0.02, G:0.00, T:0.49
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:195245 original size:71 final size:72
Alignment explanation
Indices: 195169--195773 Score: 421
Period size: 71 Copynumber: 8.5 Consensus size: 72
195159 GTGTATATTA
* *
195169 AAATTTTATTTTTAAAATTTTAAAATTTTAACAAAAACCGTATTTTGAGCATAAAAAACATAATG
1 AAATTTTATTTTTAAAATTCTAAAATTTTAACAAAAATCGTATTTTGAGCATAAAAAACATAATG
195234 GATGTTG
66 GATGTTG
* * *
195241 -AATTTTATTTTTAAAATTAC-GAAATTTTAACAAAAATCGCATTCTTAAG-ATAAAAAACATAC
1 AAATTTTATTTTTAAAATT-CTAAAATTTTAACAAAAATCGTATT-TTGAGCATAAAAAACATA-
** *
195303 A-AAATGTTT
63 ATGGATGTTG
* * * * ** ** *
195312 AAATTTTATTTTCAAAATTCTAAAATGTTAATC-AAAATTGTATTTTTAAAATAAAAAATGTAGT
1 AAATTTTATTTTTAAAATTCTAAAATTTTAA-CAAAAATCGTATTTTGAGCATAAAAAACATAAT
*
195376 GGATGTTA
65 GGATGTTG
* * * * * ** * *
195384 AAACTCTA-TTTTCAAATTTTAAAAATGTTAACAAAAATTATGTTTTAAGCAT-AAAAACATAAT
1 AAATTTTATTTTTAAAATTCT-AAAATTTTAACAAAAATCGTATTTTGAGCATAAAAAACATAAT
*
195447 AGATGTTG
65 GGATGTTG
* ** * * * * *
195455 AAACTTTATTTTCGAAATTCTAACATTTTAATAAAAA-C-TATATTTCAAGCAT-AAAAACGTAG
1 AAATTTTATTTTTAAAATTCTAAAATTTTAACAAAAATCGTAT-TTT-GAGCATAAAAAACATAA
*
195517 TGAATGTTG
64 TGGATGTTG
* * * * * *
195526 AAACTTTATTTTTAAAATTCTAGAATTTTATCAAATATTGTATTTTGAGCATAAAAAACGTAATG
1 AAATTTTATTTTTAAAATTCTAAAATTTTAACAAAAATCGTATTTTGAGCATAAAAAACATAATG
*
195591 GATATTG
66 GATGTTG
* * * * * * ** *
195598 AAATTTTATTATCAAAATTTTAGAATTTTAACAAAGA-C-TAGTTTTGAGCATAATAAGTATAGT
1 AAATTTTATTTTTAAAATTCTAAAATTTTAACAAAAATCGTA-TTTTGAGCATAAAAAACATAAT
*
195661 GAATGTTG
65 GGATGTTG
* * * * * * * * * *
195669 AAATGTTATTATTCAAATTCTAGAATTTTAATAAAAATCATGTTTTGAGTATAAAAAA-ATAGTA
1 AAATTTTATTTTTAAAATTCTAAAATTTTAACAAAAATCGTATTTTGAGCATAAAAAACATAATG
*
195733 TATGTT-
66 GATGTTG
* *
195739 AAATTTTATTTTCAAAATT-TCAGAATTTTAACAAA
1 AAATTTTATTTTTAAAATTCT-AAAATTTTAACAAA
195774 TATTGTGTTT
Statistics
Matches: 421, Mismatches: 92, Indels: 42
0.76 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
69 3 0.01
70 33 0.08
71 223 0.53
72 157 0.37
73 5 0.01
ACGTcount: A:0.44, C:0.07, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (72 bp):
AAATTTTATTTTTAAAATTCTAAAATTTTAACAAAAATCGTATTTTGAGCATAAAAAACATAATG
GATGTTG
Found at i:195322 original size:143 final size:144
Alignment explanation
Indices: 195169--195773 Score: 509
Period size: 143 Copynumber: 4.2 Consensus size: 144
195159 GTGTATATTA
* *
195169 AAATTTTATTTTTAAAATTTTAAAATTTTAACAAAAACCGTATTTTGAGCATAAAAAACATAATG
1 AAATTTTATTTTCAAAATTTTAAAATTTTAACAAAAACCGTATTTTGAGCATAAAAAACATAGTG
* * * *
195234 GATGTTG-AATTTTATTTTTAAAATTACGA-AATTTTAACAAAAATCGCAT-TCTTAAG-ATAAA
66 AATGTTGAAACTTTATTTTTAAAATT-CTAGAATTTTAACAAAAAT--CATGTTTTAAGCATAAA
* *
195295 AAACATACA-AAATGTTT
128 AAACATA-ATAGATGTTG
* * ** * ** **
195312 AAATTTTATTTTCAAAATTCTAAAATGTTAATC-AAAATTGTATTTTTAAAATAAAAAATGTAGT
1 AAATTTTATTTTCAAAATTTTAAAATTTTAA-CAAAAACCGTATTTTGAGCATAAAAAACATAGT
* * * * * * * *
195376 GGATGTTAAAACTCTA-TTTTCAAATTTTAAAAATGTTAACAAAAATTATGTTTTAAGCAT-AAA
65 GAATGTTGAAACTTTATTTTTAAAATTCT-AGAATTTTAACAAAAATCATGTTTTAAGCATAAAA
195439 AACATAATAGATGTTG
129 AACATAATAGATGTTG
* * * * * ** ** *
195455 AAACTTTATTTTCGAAATTCTAACATTTTAATAAAAACTATATTTCAAGCAT-AAAAACGTAGTG
1 AAATTTTATTTTCAAAATTTTAAAATTTTAACAAAAACCGTATTTTGAGCATAAAAAACATAGTG
* * ** * *
195519 AATGTTGAAACTTTATTTTTAAAATTCTAGAATTTTATCAAATATTGTATTTTGAGCATAAAAAA
66 AATGTTGAAACTTTATTTTTAAAATTCTAGAATTTTAACAAAAATCATGTTTTAAGCATAAAAAA
* * *
195584 CGTAATGGATATTG
131 CATAATAGATGTTG
* * * * **
195598 AAATTTTATTATCAAAATTTTAGAATTTTAACAAAGA-C-TAGTTTTGAGCATAATAAGTATAGT
1 AAATTTTATTTTCAAAATTTTAAAATTTTAACAAAAACCGTA-TTTTGAGCATAAAAAACATAGT
* * * * *
195661 GAATGTTGAAA-TGTTATTATTCAAATTCTAGAATTTTAATAAAAATCATGTTTTGAGTATAAAA
65 GAATGTTGAAACT-TTATTTTTAAAATTCTAGAATTTTAACAAAAATCATGTTTTAAGCATAAAA
* *
195725 AA-ATAGTATATGTT-
129 AACATAATAGATGTTG
* *
195739 AAATTTTATTTTCAAAATTTCAGAATTTTAACAAA
1 AAATTTTATTTTCAAAATTTTAAAATTTTAACAAA
195774 TATTGTGTTT
Statistics
Matches: 369, Mismatches: 80, Indels: 28
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
141 35 0.09
142 66 0.18
143 246 0.67
144 22 0.06
ACGTcount: A:0.44, C:0.07, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (144 bp):
AAATTTTATTTTCAAAATTTTAAAATTTTAACAAAAACCGTATTTTGAGCATAAAAAACATAGTG
AATGTTGAAACTTTATTTTTAAAATTCTAGAATTTTAACAAAAATCATGTTTTAAGCATAAAAAA
CATAATAGATGTTG
Found at i:195569 original size:214 final size:204
Alignment explanation
Indices: 195137--195784 Score: 600
Period size: 214 Copynumber: 3.0 Consensus size: 204
195127 AAAAAAAGCA
* * * *
195137 TATTTTTAAAATAAGAAACGTGGTGTATATTAAAATTTTATTTTTAAAATTTTAAAATTTTAACA
1 TATTTTTAAAATAAAAAACGTAGTGGATATTAAAATTTTA-TTTTCAAATTTTAAAATTTTAACA
** * * * *
195202 AAAACCGTATTTTGAGCATAAAAAACATAATGGATGTTGAATTTTATTTTTAAAATTACGAAATT
65 AAAACTATGTTTTGAGCAT-AAAAACATAAT-GATGTTGAAATTTA-TTTTCAAATT-CTAAATT
* * **
195267 TTAACAAAAATCGCATTCTTAAGATAAAAAACATACAAAATGTTTAAATTTTATTTTCAAAATTC
126 TTAATAAAAA-C-TATT-TTAAGAT-AAAAACATA-GTAATG-TTAAATTTTATTTTCAAAATTC
* *
195332 TAAAATGTTAATCAAA-ATTG
185 TAGAAT-TTTATCAAATATTG
* * * * *
195352 TATTTTTAAAATAAAAAATGTAGTGGATGTTAAAACTCTATTTTCAAATTTTAAAAATGTTAACA
1 TATTTTTAAAATAAAAAACGTAGTGGATATTAAAATTTTATTTTCAAATTTT-AAAATTTTAACA
* *
195417 AAAATTATGTTTTAAGCATAAAAACATAATAGATGTTGAAACTTTATTTTCGAAATTCTAACATT
65 AAAACTATGTTTTGAGCATAAAAACATAAT-GATGTTGAAA-TTTATTTTC-AAATTCTAA-ATT
* * *
195482 TTAATAAAAACTATATTTCAAGCATAAAAACGTAGTGAATGTTGAAACTTTATTTTTAAAATTCT
126 TTAATAAAAACTAT-TTT-AAG-ATAAAAACATAGT-AATGTT-AAATTTTATTTTCAAAATTCT
195547 AGAATTTTATCAAATATTG
186 AGAATTTTATCAAATATTG
* ** * * * *
195566 TATTTTGAGCATAAAAAACGTAATGGATATTGAAATTTTATTATCAAAATTTTAGAATTTTAACA
1 TATTTTTAAAATAAAAAACGTAGTGGATATTAAAATTTTATTTTC-AAATTTTAAAATTTTAACA
* ** *
195631 AAGACTA-GTTTTGAGCATAATAAGTATAGTGAATGTTGAAATGTTATTATTCAAATTCTAGAAT
65 AAAACTATGTTTTGAGCATAA-AAACATAATG-ATGTTGAAAT-TTATT-TTCAAATTCTA-AAT
* * *
195695 TTTAATAAAAATCATGTTTTGAGTATAAAAAAATAGTATATGTTAAATTTTATTTTCAAAATT-T
125 TTTAATAAAAA-C-TATTTTAAG-ATAAAAACATAGTA-ATGTTAAATTTTATTTTCAAAATTCT
*
195759 CAGAATTTTAACAAATATTG
186 -AGAATTTTATCAAATATTG
*
195779 TGTTTT
1 TATTTT
195785 AGGCATAAGA
Statistics
Matches: 359, Mismatches: 54, Indels: 42
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
212 1 0.00
213 69 0.19
214 191 0.53
215 96 0.27
216 2 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.07, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (204 bp):
TATTTTTAAAATAAAAAACGTAGTGGATATTAAAATTTTATTTTCAAATTTTAAAATTTTAACAA
AAACTATGTTTTGAGCATAAAAACATAATGATGTTGAAATTTATTTTCAAATTCTAAATTTTAAT
AAAAACTATTTTAAGATAAAAACATAGTAATGTTAAATTTTATTTTCAAAATTCTAGAATTTTAT
CAAATATTG
Found at i:196223 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 196199--196239 Score: 64
Period size: 19 Copynumber: 2.2 Consensus size: 19
196189 TTTTTTTTAA
196199 TATTTTTTCTCTCAAAAAT
1 TATTTTTTCTCTCAAAAAT
* *
196218 TATTTTTTTTCTCAAAATT
1 TATTTTTTCTCTCAAAAAT
196237 TAT
1 TAT
196240 GAATTCATGA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 20 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.12, G:0.00, T:0.59
Consensus pattern (19 bp):
TATTTTTTCTCTCAAAAAT
Found at i:198192 original size:550 final size:551
Alignment explanation
Indices: 196881--198534 Score: 2789
Period size: 550 Copynumber: 3.0 Consensus size: 551
196871 AAAGATGCTT
*
196881 AAATAAACGTCTAGGTTTCTCTCAAAACTCTTTCACCTGCCATGACCAAAGC-AAAAAAAAAAAA
1 AAATAAACGTCTAGGTTTCTCTCAAAACTCATTCACCTGCCATGACCAAAGCAAAAAAAAAAAAA
*
196945 AAAGCAAAAAACCAACAATTTTCGATCGATTCAAAGACTTGAAAGCTCCACCAGTGGGCTTGTTG
66 AAAGCAAAAAACCAACAATTTTCAATCGATTCAAAGACTTGAAAGCTCCACCAGTGGGCTTGTTG
*
197010 AACTGTCAGAGCTTTCGATTCGAAGCACCATAGAAAAAGAGCAAAAAAAGAAGCAGCAAGCGCTA
131 AAC-GTCAGAGCTTTCGATTCGAAGCACCATAGAAAAAGAGCAAAAAAGGAAGCAGCAAGCGCTA
* *
197075 CATGAACTAGGGGTGAATGGTGTTGGACAAGTCGATGTAACGGTAGGCCATGCCTATCAATGCCA
195 CATGAACTAGGGGTGGATGGTGTTGGACAAGTCGATGTAACGGTAGGCCACGCCTATCAATGCCA
197140 ATCCTGGTTGCTCCAAAGCCCTAGATGTAATGCTAGGAATGGATTGCTCATCAATCGGTTAATC-
260 ATCCTGGTTGCTCCAAAGCCCTAGATGTAATGCTAGGAATGGATTGCTCATCAATCGGTTAATCG
* *
197204 ACAATTGAGGGATTTGTTACAAACAGAGCATGAAAAGAGTAAAAAAGAGTAGTATTTTTCATAAT
325 ACAACTGAGGGATTTGCTACAAACAGAGCATGAAAAGAGTAAAAAAGAGTAGTATTTTTCATAAT
*
197269 AATGTAGAAATTTGAGGGTAATTTGAAAAAAATAAAAGTTTCTTTGGTGAATTCTTTGATGAAAC
390 AATGTAGAAATTTGAGGGTAATTTGAAAGAAATAAAAGTTTCTTTGGTGAATTCTTTGATGAAAC
*
197334 TGAAAAGGTTTTAAATCCTAAAAATGAAAAAGAATGAAAAGATATAACACCAAGCAGCTGTAAGA
455 TGAAGAGGTTTTAAATCCTAAAAATGAAAAAGAATGAAAAGATATAACACCAAGCAGCTGTAAGA
* *
197399 AAAAGTTGGCATCTGGTTCAAAAGCAAATACC
520 AAAAGTTGGTATCTGGATCAAAAGCAAATACC
*
197431 AAATAAACGTCTAGGTTTCTCTCAAAACTTATTCACCTGCCATGACCAAAGCAAAAAAAAAAAAA
1 AAATAAACGTCTAGGTTTCTCTCAAAACTCATTCACCTGCCATGACCAAAGCAAAAAAAAAAAAA
197496 AAAGCAAAAAACCAACAATTTTCAATCGATTCAAAGACTT-AGAAGCTCCACCAGTGGGCTTGTT
66 AAAGCAAAAAACCAACAATTTTCAATCGATTCAAAGACTTGA-AAGCTCCACCAGTGGGCTTGTT
* * * * ** *
197560 GAACCGTCAAAGCTTTCGATTCGAAGCACTATAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAAACAGCAAGCGCT
130 GAA-CGTCAGAGCTTTCGATTCGAAGCACCATAGAAAAAGAGCAAAAAAGGAAGCAGCAAGCGCT
197625 ACATGAACTAGGGGTGGATGGTGTTGGACAAGTCGATGTAACGGTAGGCCACGCCTATCAATGCC
194 ACATGAACTAGGGGTGGATGGTGTTGGACAAGTCGATGTAACGGTAGGCCACGCCTATCAATGCC
*
197690 AATCCTGGTTGCTCTAAAGCCCTAGATGTAATGCTAGGAATGGATTGCTCATCAATCGGTTAATC
259 AATCCTGGTTGCTCCAAAGCCCTAGATGTAATGCTAGGAATGGATTGCTCATCAATCGGTTAATC
*
197755 GACAACTGAGGGATTTGCTACAAACAGAGCATGAAAAGAGTAAAAAGGAGTAGTATTTTTCATAA
324 GACAACTGAGGGATTTGCTACAAACAGAGCATGAAAAGAGTAAAAAAGAGTAGTATTTTTCATAA
197820 TAATGTAGAAATTTGAGGGTAATTTGAAAGAAATAAAAGTTTCTTTGGTGAATTCTTTGATGAAA
389 TAATGTAGAAATTTGAGGGTAATTTGAAAGAAATAAAAGTTTCTTTGGTGAATTCTTTGATGAAA
* *
197885 CTGAAGAGGTTTTAAATCCTAAAAATGAAAAAAAATGAAAAAATATAACACCAAGCAGCTGT-A-
454 CTGAAGAGGTTTTAAATCCTAAAAATGAAAAAGAATGAAAAGATATAACACCAAGCAGCTGTAAG
197948 AAAAAGTTGGTATCTGGATCAAAAGCAAATACC
519 AAAAAGTTGGTATCTGGATCAAAAGCAAATACC
* * * *
197981 AAATAAACGTTTGGGTTTCTCTCAAAACTCCTTCACCTGTCATGACCAAAGCAAAAAAAAAAAAA
1 AAATAAACGTCTAGGTTTCTCTCAAAACTCATTCACCTGCCATGACCAAAGCAAAAAAAAAAAAA
* *
198046 AAAGCAAAAAACCAACAATTTTTAATCGATTCAAAGACTTGAAAGCTCCACCAGTGGGCTTATTG
66 AAAGCAAAAAACCAACAATTTTCAATCGATTCAAAGACTTGAAAGCTCCACCAGTGGGCTTGTTG
*
198111 AATCGTCAGAGCTTTCGATTCGAAGCACCATAGAAAAAGAGCAAGAAAGGAAGCAGCAAGCGCTA
131 AA-CGTCAGAGCTTTCGATTCGAAGCACCATAGAAAAAGAGCAAAAAAGGAAGCAGCAAGCGCTA
* ** * * *
198176 CATGAACTAAGGGTGGATAATGTTGGACAAATCGATGTAAAGGTAAGG-CACACCTATCAATGCC
195 CATGAACTAGGGGTGGATGGTGTTGGACAAGTCGATGTAACGGT-AGGCCACGCCTATCAATGCC
* * * *
198240 AATCCTGGTTGCTCCAAAACCCTAGATGTAATGCTAGGAATGGATTGTTTATAAATCGGTTAATC
259 AATCCTGGTTGCTCCAAAGCCCTAGATGTAATGCTAGGAATGGATTGCTCATCAATCGGTTAATC
* *
198305 GATAACTGAGGGATTTGCTACAAACAGAGCATGAAAAGAGTAAAAATGAGTAGTATTTTTCATAA
324 GACAACTGAGGGATTTGCTACAAACAGAGCATGAAAAGAGTAAAAAAGAGTAGTATTTTTCATAA
*
198370 TAATGTAGAAATTTGAGGGTAATTTGAAAGAAATAAAAGTTTATTTGGTGAATTCTTTGATGAAA
389 TAATGTAGAAATTTGAGGGTAATTTGAAAGAAATAAAAGTTTCTTTGGTGAATTCTTTGATGAAA
* * * * *
198435 TTGAAGAGGTTTTAAATCCTAAAAATGAAAAAGAACGGAAAGATATAACACCAAGCAGCTATCAG
454 CTGAAGAGGTTTTAAATCCTAAAAATGAAAAAGAATGAAAAGATATAACACCAAGCAGCTGTAAG
198500 AAAAAGTTGGTATCTGGATCAAAAGCAAATACC
519 AAAAAGTTGGTATCTGGATCAAAAGCAAATACC
198533 AA
1 AA
198535 GATTAGCTTA
Statistics
Matches: 1037, Mismatches: 59, Indels: 14
0.93 0.05 0.01
Matches are distributed among these distances:
550 556 0.54
551 261 0.25
552 220 0.21
ACGTcount: A:0.41, C:0.16, G:0.20, T:0.24
Consensus pattern (551 bp):
AAATAAACGTCTAGGTTTCTCTCAAAACTCATTCACCTGCCATGACCAAAGCAAAAAAAAAAAAA
AAAGCAAAAAACCAACAATTTTCAATCGATTCAAAGACTTGAAAGCTCCACCAGTGGGCTTGTTG
AACGTCAGAGCTTTCGATTCGAAGCACCATAGAAAAAGAGCAAAAAAGGAAGCAGCAAGCGCTAC
ATGAACTAGGGGTGGATGGTGTTGGACAAGTCGATGTAACGGTAGGCCACGCCTATCAATGCCAA
TCCTGGTTGCTCCAAAGCCCTAGATGTAATGCTAGGAATGGATTGCTCATCAATCGGTTAATCGA
CAACTGAGGGATTTGCTACAAACAGAGCATGAAAAGAGTAAAAAAGAGTAGTATTTTTCATAATA
ATGTAGAAATTTGAGGGTAATTTGAAAGAAATAAAAGTTTCTTTGGTGAATTCTTTGATGAAACT
GAAGAGGTTTTAAATCCTAAAAATGAAAAAGAATGAAAAGATATAACACCAAGCAGCTGTAAGAA
AAAGTTGGTATCTGGATCAAAAGCAAATACC
Found at i:199458 original size:72 final size:71
Alignment explanation
Indices: 199245--199502 Score: 293
Period size: 71 Copynumber: 3.6 Consensus size: 71
199235 TGTTTTTATA
* * * * *
199245 TTAATAAAGACTT-CAGTTTTAAGATAAAAATGTAATGAATGTTAAAATTATATTTTTGAAATTA
1 TTAATAAAGA-TTACATTTTTAAGATAAAAACGTAATGGATGTTAAAATTATATTTTTAAAATTC
199309 TGAAATT
65 TGAAATT
* * * * **
199316 TTAATAAAGATTACATTTTTAATATAAAAACATGATAGATGTTGGAATTATATTTTTAAAATTCT
1 TTAATAAAGATTACATTTTTAAGATAAAAACGTAATGGATGTTAAAATTATATTTTTAAAATTCT
199381 GAAATT
66 GAAATT
* * ** * *
199387 TTAATAAATATCATGTTTTTAAGATAAAAAACGTAATGGATGTTTAAATTTTATTTTTAAAATTC
1 TTAATAAAGATTACATTTTTAAGAT-AAAAACGTAATGGATGTTAAAATTATATTTTTAAAATTC
*
199452 TAAAATT
65 TGAAATT
* **
199459 TTAACAAAGATTACATTTTTAAGATAAAAAATTTAATGGATGTT
1 TTAATAAAGATTACATTTTTAAGAT-AAAAACGTAATGGATGTT
199503 GAAAGTCATA
Statistics
Matches: 155, Mismatches: 30, Indels: 3
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
70 2 0.01
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* * * *
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1 ATATAT ATATAT ATATAT ATATAT ATATAT ATATAT ATATAT ATATAT
259494 AT
1 AT
259496 GCAATATGTA
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ATATAT
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259437 AAATATATGC
* * * *
259447 ATAT -TAT ATAT ATTT ATAT ATAT ATAT ATAT GTAT ATAT GTAT GTAT
1 ATAT ATAT ATAT ATAT ATAT ATAT ATAT ATAT ATAT ATAT ATAT ATAT
259494 AT
1 AT
259496 GCAATATGTA
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ATAT
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260877 GTTTGTTTTA
260887 TTTTATTTTATTTTA-ATT
1 TTTTATTTTATTTTATATT
*
260905 TTTTA-TTTATTCTATATT
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*
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TTTTATTTTATTTTATATT
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260924 TGTATTTTAT
* * *
260934 TTATCTA TTATTA CTATTTA TTAATA TATATTTA TTATTA CTTATCTGT
1 TTAT-TA TTATTA TTA-TTA TTATTA T-TA-TTA TTATTA -TTAT-T-A
*
260983 TTATATA TCTATTA TTATTA TTATTA TTATTTA TCTAATTA CATATTA
1 TTAT-TA T-TATTA TTATTA TTATTA TTA-TTA T-T-ATTA -TTATTA
* * *
261031 TCATTTA TCTATTA ATATATA TT-TTA -TATT- TTATT- TTATT- TTGTT-
1 TTA-TTA T-TATTA TTAT-TA TTATTA TTATTA TTATTA TTATTA TTATTA
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261095 TTTTGGTTGA
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TTATTA
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260919 TATTTTGTAT
* * *
260929 TTTATTTATCTATTATTACTATTTATTAATATATATTTATTATTACTTATCTG
1 TTTATATATCTATTATTACTATTTATTAATATATATTAATTAATACTTATCTG
* * *
260982 TTTATATATCTATTATTATTA-TTATTATTATTTATCTAATTACATA-TTATC
1 TTTATATATCTATTATTACTATTTATTAATATATAT-TAATTA-ATACTTATC
261033 ATTTATCTAT
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TTTATATATCTATTATTACTATTTATTAATATATATTAATTAATACTTATCTG
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260984 TATATATCTA
* *
260994 TTAT-TATTATTATTATTAT
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TTATCTATTAATATTATCAT
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260924 TGTATTTTAT
* * * * * *
260934 TTATCTATTATTACTATTTATTAATATATATTTATTATTACTTATCTGTTTATATATCTATTA
1 TTAT-TATTATTATTATTTATTAATATACA-TTATTATCACTTATCTATTAATATATATATTA
* *
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TTATTATTATTATTATTTATTAATATACATTATTATCACTTATCTATTAATATATATATTA
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261047 ATATATTTTA
*
261057 TATTT TATTT TATTT TGTTT TATTT TATTAT TATT
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TATTT
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261994 TGTTTAATAC
*
262004 TTTTTA -TTTTA TTTTTA TTTTTA TTTTTT TATTTTA TTTT
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TTTTTA
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1 AAAAAATATTTTTGAGAAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTTCTTGAAAATAAGCTTTCT
* *
262114 AAAAAAAATATTTTTGAGAAAAAGTTGAAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTTCTTAAAAATAAGTT
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*
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1 AAAAAA--TATTTTTGAGAAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTTCTTGAAAATAAGCTTTCT
* * * * *
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* * *
262299 AAAAAATA-TTTTGGGAAAAAATTGAAAGTATCAATTTTCCTTG
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265079 TTAAGTATAT
*
265089 TAA TAC TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TA
1 TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TA
265121 TATTAATTAA
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TAA
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265220 CAACCTCTCG
*
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* *
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1 ACTAACCACCCTACAGCCAC
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1 ATTTTTTTTT
* *
266168 A--TATTATT
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1 ATTTTTTTTT
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*
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*
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1 TTTTTATATTT
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Done.