Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168481.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_8, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 67000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 76 of 127
Found at i:14538276 original size:355 final size:357
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Indices: 14537600--14538277 Score: 744
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* * *** * ** **
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* *
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* * * * * *
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* *** * * * *
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* * * * * * *
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*
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1 TTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTCCAAATAAACTTAGATGAATAA
* * * * *
14538021 AAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGA-TTGAAATAGATAATTGCTCAAA-A-T
65 AAACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGT
** * * *
14538083 CATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAATATAATTATTTTTTAAATCTTTT-ACTCATTAATTTTT
130 CAT-ATTATTTGAACTAATTAGGTAAACATAATTATTTTTAAAAT-TTTTGACTCATTAATTGTT
* * * * *
14538147 AAAAAATTAATAAATTTA-TTTTATTTTACTCCAAATAAGCTAGTATGAATTCAAA-AACTTATT
193 AAAAAATTAATAAA-TTAGTATTACTTTAATCCAAATAAACTAGTATGAATACAAACAA-TTATT
* * * * *
14538210 TTACGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTTATATAATCT-TAAATAT
256 TTACAACAAAACTAAAA-GTCATAACGATTTAAAATAAAAAATTGCTCAAATAAT-TATAAATAT
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319 TTGAA
14538278 CCGGTTCAAC
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TTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTCCAAATAAACTTAGATGAATAAA
AACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTC
ATATTATTTGAACTAATTAGGTAAACATAATTATTTTTAAAATTTTTGACTCATTAATTGTTAAA
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ACAAAACTAAAAGTCATAACGATTTAAAATAAAAAATTGCTCAAATAATTATAAATATTTGAATT
AGTTTGATAAATAGGTTTCCTTTCTAAATCTC
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14537350 GGATAATTTT
* * * * * * *
14537360 TCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTCAGAAAACATATTTA-TTTTTAAAATTTTTACTAA
1 TCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-AGTTCAGTAAACAGATTTACTTTCT-AAA-TCTTACTTA
* * * * * * * *
14537423 TTAATTTTTGGAATACTAATAAATTTA-AATTATTTTATTCAAAATAAACTTGCATGAACAGAAC
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* * * * * *
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* *
14537552 AATTATTTAAACCTGTTCAGTAAATAT-ATTCATTTTTTAAATCCTTTA-TTATTAATTTTTTGA
190 AATTATTTGAA-CTGTTCAGTAAATATAATT-ATTTTTTAAAT-CTTTACTTATTAATTTTTAGA
* ** * * *
14537615 TTATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAATTGAAACAA-TTCTTTTA
252 ATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTCAAA-AACTTATTTTA
* * * * *
14537678 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCAT-ATTATTTGAT
315 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTATATAGTCTTAAATATTTGAA
* *** * * * *
14537742 CTAATTTGTTAAACATATTTATTTTTAAAATT-T-TTGACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAA
380 CAAATTCAATAAACAAATTTATTTTT--AATTCTCTT-AGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAA
* * *
14537805 ATTAGTATTACTTTAATTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAATAGAACTAA
442 ATTAGTATTA-TTTAATTTGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATAATAGAACTAA
*
14537870 AAGTTATAATGATTTGAAATAAAAAATTGC
506 AAGTTATAATGATTTGAAATAAAAAATAGC
* * * * * * *
14537900 TCAAATAGTTATAACTATTTGAATTAGTT-TGATAAATAGGTTTCCTTTCTAAATC-T-CTTATT
1 TCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAG-TAAACAGATTTACTTTCTAAATCTTACTTATT
* *
14537962 AATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTCCAAATAAACTT-AGATGAATAAAAACA
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* * *
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* * *
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* * * * *
14538154 TAATAAATTTATTTTATTTTACTCCAAATAAGCTAGTATGAATTCAAAAACTTATTTTACGACAA
256 TAATAAATTTATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTCAAAAACTTATTTTATGACAA
* * * * ***
14538219 AACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTTATATAATCTTAAATATTTGAACCGGTT
321 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTATATAGTCTTAAATATTTGAACAAATT
* *
14538284 CAACAAATAAATTTATTTGTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTAT
386 CAATAAACAAATTTATTT-TTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTAT
* ** * * *
14538349 TATTTTATTTCGAATAAGTTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGATAG-ACTAAAGGGTTAT
450 TATTTAATTT-GAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATAATAGAACTAAA-AGTTAT
* ** * *
14538413 AATGATTTGAAGTTTACAATAGT
513 AATGATTTGAAATAAAAAATAGC
* * * *
14538436 TCAAATAGTCATAGCTATTTAAACTAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTA
1 TCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAGTAAACAGATTTACTTTCTAAATCTTACTTATTA
* ** * * * *
14538501 AATTTTGAAAGCTTAATAAATTGGTATTATTTTATT-CGAATAAGCTTGAATG-TTGAAAAACAT
66 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGAATGAAT-AAAAACAT
* * * ***
14538564 TTGTTATATGATC-AAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAACAGATAATTGTTGACAAGGCCATAA
130 TTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT--CAAAAACATAA
* * * * * *
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192 TTATTTGAACT-GTTCAGTAAATATAATTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTAGAATAT
** * * *
14538690 TAATAAATTGGTATTATTTTATTTCAAGTAAGCTTGTATGAA--CTAAAACTATTGTTTTATGAC
256 TAATAAATTTATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTCAAAAAC--TTATTTTATGAC
* * * * * * * * *
14538753 AAAATAAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTCTTCATGTAGTCTTAACTGTTTAAACAA
319 AAAA-CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTATATAGTCTTAAATATTTGAACAA
* * * * ** *
14538818 CTTCAATAAAGAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATAAG
383 ATTCAATAAACAAATTTA-TTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAG
* * * * *** * *
14538883 TATTA-TCATATTCTAAAT-AAGTGTGTACGAATTGAAAGAATTATTTTACAATAGAAC-AAAAG
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* *
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508 GTTATAATGATTTGAAATAAAAAATAGC
* * ** * ** * * * * *
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1 TCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAGTAAACAGATTTACTTTCTAAATC--TTACTTAT
* * * ** * *
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* * * **
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128 ATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT-ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA--AACAT
* * * * ** * *
14539148 AATTATTTTAATTGATTCGGTAAACA-AATTCCCTTTTTAAATCACTTT-CTCATTAATTTTTAA
190 AATTATTTGAACTG-TTCAGTAAATATAATT-ATTTTTTAAAT--CTTTACTTATTAATTTTTAG
* * * * *
14539211 AATATTAATAAATAT-TATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTTTGAA--CGAAAATAATTGTTTT
251 AATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTC-AAAA-ACTTATTTT
** * * * * * * *
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314 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTATTTATATAGTCTTAAATATTTG
**** * * * * *
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* * * * * * ** * * * *
14539399 TAAATAAAT-TTATTTTATTTTGGATAACCTTTTATGAATTAAATCAATTGTTTTATAACAAAAC
439 TAAATTAGTATTA-TTTAATTTGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATAATAGAAC
* ** * *
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503 TAAAA-GTTATAATGATTTGAAATAAAAAATAGC
*
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1 TCAAATAGTCATAACTATTT
14539515 GAGTTTGCTC
Statistics
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AATTTATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTCAAAAACTTATTTTATGACAAAACAA
AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTATATAGTCTTAAATATTTGAACAAATTCAATA
AACAAATTTATTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTA
ATTTGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATAATAGAACTAAAAGTTATAATGATTT
GAAATAAAAAATAGC
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* *
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* * * *
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**
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* *
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* * * *
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CAAAATTTCAGAGATTCTCATT
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* * *
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* *
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*
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*
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AAAATTTCAGAGATTCACATCAA
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* *
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TTTTTCTTTTCCTTTTCTCA
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Indices: 14547531--14547574 Score: 56
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14547521 TCAAGCTTAC
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*
14547552 TTTCTTTTAGTTCTCCTATTTT
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1 T
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Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 3
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TTTCTTCTAGTTCTCCTATTTT
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14548668 CTTTTTTGAA
* * * * * *
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* * * ***
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* * * * *
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* * *
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* ** * *
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* * * *
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* * * *
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* * * *
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* *
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* * * * *
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* * * * *
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** *
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* * * *
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* * * ****
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*
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* * *
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* *
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GGAGGACTTACAAATTATACCT
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* *
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* *
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GTCTTAAAGATTATACCTAGAG
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** * * * * ** *
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* * * * *
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* * *
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* * *
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14550780 TCATGATAAA
*
14550790 CT CT TT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT
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CT
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14551102 TAGATAATGT
* * * * *
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* *
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AAATGCAAATGTCTTTTTCATAATGCAGATGCTAGTGATAC
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14551305 CAAATGCAAG
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** ** *
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* * * * * *
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* *
14551496 TACAAATGTG-AT-TTTTTTTTGTGATGTAGATGTGAATGCAAATGTCTTTCTTATGATGCACAA
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66 GCAAGTATGAATGCGAGTGA
* * *
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* * * * * *
14551643 CAAATGTCTTTCTCATG-ATGTA-G-ATGCTAGTGA
55 ---ATG--ATGCACAAGCAAGTATGAATGCGAGTGA
* * * * *
14551676 TACAAATGTAAAT-TTTTTTTTGTGATGTAGATATGAATGCAAATGTCTTTCTTATGATGCACAC
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* * * *
14551740 GTAATTATGAATACAAGTGA
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**
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14551305 CAAATGCAAG
* *
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66 CAAGCAAGTATGAATGCGAGTGA
** * *
14551400 TGCAAATACGAATGTCTTTTTTTTTGTGATACAGATGCAAGTGCAAATACAAATGTCTTT-TTGC
1 TGCAAATGTGAATGTCTTTTTTTTTGTGATGCAGAT----GT-C-AATGCAAATGTCTTTCTT--
* * * * * *
14551464 AAATGTCTTTCTCATG-ATGTA-G-ATGCTAGTGA
58 --ATG--ATGCACAAGCAAGTATGAATGCGAGTGA
* * *
14551496 TACAAATGTG-A----TTTTTTTTTGTGATGTAGATGTGAATGCAAATGTCTTTCTTATGATGCA
1 TGCAAATGTGAATGTCTTTTTTTTTGTGATGCAGATGTCAATGCAAATGTCTTTCTTATGATGCA
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66 CAAGCAAGTATGAATGCGAGTGA
*
14551579 TGCAAATGTGAATGTCTTTTTTTTTGTGATGCAAATG-CAAGTGCAAAT
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CAAGCAAGTATGAATGCGAGTGA
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14551307 AATGCAAGTG
*
14551317 CAAATGTGAATGTCTTTTTTGTGATGTAGATGTGAATGCAAATGTCTTTCTTATGATGCACAAGC
1 CAAATGTG-AT-TTTTTTTTGTGATGTAGATGTGAATGCAAATGTCTTTCTTATGATGCACAAGC
* * *
14551382 AAGTATGAATGCGAGTGATGCAAATACGAATGTCTTTTTTTTTGTGATACAGATGCAAGTGCAAA
64 AAGTATGAATGCGAGTGATGCAAATGCGAATGTCTTTTTTTTTGTGATGCAAATGCAAGTGCAAA
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129 TACAAATGTCCTTTTTGCAAATGTCTTTCTCATGATGTAGATGCTAGTGATA
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1 CAAATGTGATTTTTTTTTGTGATGTAGATGTGAATGCAAATGTCTTTCTTATGATGCACAAGCAA
*
14551563 GTATGAATGCGAGTGATGCAAATGTGAATGTCTTTTTTTTTGTGATGCAAATGCAAGTGCAAATA
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131 CAAATGTCCTTTTTGCAAATGTCTTTCTCATGATGTAGATGCTAGTGATA
* * * *
14551678 CAAATGTAAATTTTTTTTTGTGATGTAGATATGAATGCAAATGTCTTTCTTATGATGCACACGTA
1 CAAATGT-GATTTTTTTTTGTGATGTAGATGTGAATGCAAATGTCTTTCTTATGATGCACAAGCA
* * * * * * * *
14551743 ATTATGAATACAAGTGATGCAAATGCAAATGTC-CTTTTTTTGTGATGCATAGGGAAGTGCAAAT
65 AGTATGAATGCGAGTGATGCAAATGCGAATGTCTTTTTTTTTGTGATGCAAATGCAAGTGCAAAT
14551807 GTGAATTTTT
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CAAATGTGATTTTTTTTTGTGATGTAGATGTGAATGCAAATGTCTTTCTTATGATGCACAAGCAA
GTATGAATGCGAGTGATGCAAATGCGAATGTCTTTTTTTTTGTGATGCAAATGCAAGTGCAAATA
CAAATGTCCTTTTTGCAAATGTCTTTCTCATGATGTAGATGCTAGTGATA
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* * **
14552314 AATGATTACTATTTGGAATGCTCATGGATGGCATGATTGGA-AATTCAATTTTTTCACT-AGTGG
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64 GCATATTTCAAAAAAGGCTC
* * *
14552397 AATGATTACTATTTAGAATATTTATGGATGGGATGATTGATAATTCAAAATTTTCACTGATGGGC
1 AATGATTACTATTTAGAATACTCATGGATGGCATGATTGATAATTCAAAATTTTCACTGATGGGC
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66 ATATTTCAA
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ATATTTCAAAAAAGGCTC
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14553212 CTTTTTTTTT
* * * * * *
14553222 TTTTTTTTGGAAACATTAGACTTTAAT-TTTAGCATTCTACTTTCTTTAATTTTATTTTCCTGAA
1 TTTTTTTTGGAAACATTAGAC-TTAATATTTAGCAATCAAC-TTCTTGAAATCTATTTTCCTAAA
* *
14553286 GTTTCATTCACTTATTGCCCTAG-ACTCTCATTTTCGAAATGCATTGCTTT-TTTTCTTTGCTTT
64 GCTTCATTCACTTATTACCC-AGAACTCTCATTTTCGAAATGCATTGCTTTCTTTT-TTTGCTTT
14553349 CCCCC
127 CCCCC
* * * *
14553354 TTTTTTTTGG-GACATTTGACTTCATATTTAGCAATCAACTTCTTGAAATCTATTTTCTTAAAGC
1 TTTTTTTTGGAAACATTAGACTTAATATTTAGCAATCAACTTCTTGAAATCTATTTTCCTAAAGC
* * * * * *
14553418 TTCATTCACTTTTTACCCCGAACTCTCATTTTTGAAGTGTATTTCTTTCTTTTTTTGCTTTCC
66 TTCATTCACTTATTACCCAGAACTCTCATTTTCGAAATGCATTGCTTTCTTTTTTTGCTTTCC
14553481 TCTCTCTTTT
Statistics
Matches: 106, Mismatches: 18, Indels: 8
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
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TTCATTCACTTATTACCCAGAACTCTCATTTTCGAAATGCATTGCTTTCTTTTTTTGCTTTCCCC
C
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14553982 GATAAAAAGT
*
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*
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1 TTTTC-TTTGTTTTTATTTT
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Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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TTTTCTTTGTTTTTATTTTCA
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14554003 TTTGTTTTCA
*
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*
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14554047 AGAACCATCA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 3, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
10 21 1.00
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Consensus pattern (10 bp):
TTTTTATTTT
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14556127 TTAAGAAAAC
* *
14556137 TTTTTTTTGTTAGTTTCT-TTTTTTTTCCT
1 TTTTTTTTGTTAGTTTCTGTTTTATATCCT
*
14556166 TTTTTTTTGTTTGTTT-TGGTTTTATATCCT
1 TTTTTTTTGTTAGTTTCT-GTTTTATATCCT
14556196 TTTTTTT
1 TTTTTTT
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Statistics
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29 15 0.47
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TTTTTTTTGTTAGTTTCTGTTTTATATCCT
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*
14558072 TTATATTTGCTTATAGT
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1 T
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Statistics
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TTATTTTGATTATAGT
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14563037 GTATGCTTAT
*
14563047 AACAATTGATAT-AGGAGTTTA
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* *
14563068 AACATTTGTTATAACGAGTTTA
1 AACAATTGATATAACGAGTTTA
14563090 AACAA
1 AACAA
14563095 AAAAGGGGTG
Statistics
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AACAATTGATATAACGAGTTTA
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14562874 AGGGGGAGAA
**
14562884 AGTTTATGGATATTTCTCTTGTATAATTATAGTAATTGATATAGGAGCTTAAACATTTGGTATAA
1 AGTTTATGGATATTTCTCTTGTATAATTATAACAATTGATATAGGAGCTTAAACATTTGGTATAA
*
14562949 AGAATTTAAACAAAAAGAGGGTGAAATGTTTCACGAATATATTTGCTAATACCTTCTTTTTGTGT
66 AGAATTTAAACAAAAAGAGGGTGAAATGTTTCACGAATATATTTGCTAATACCTTATTTTTGTGT
14563014 TT
131 TT
** * *
14563016 AGTTTATGGATATTTCTTCTTGTATGCTTATAACAATTGATATAGGAGTTTAAACATTTGTTATA
1 AGTTTATGGATATTTC-TCTTGTATAATTATAACAATTGATATAGGAGCTTAAACATTTGGTATA
* * *
14563081 ACGAGTTTAAACAAAAA-AGGGGTGAAATGTTTCATGAATATATTTGCTAATACCTTATTTTTGT
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129 GTTT
14563149 A
1 A
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Statistics
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AGTTTATGGATATTTCTCTTGTATAATTATAACAATTGATATAGGAGCTTAAACATTTGGTATAA
AGAATTTAAACAAAAAGAGGGTGAAATGTTTCACGAATATATTTGCTAATACCTTATTTTTGTGT
TT
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14573027 AAGAATTTAA
14573037 AAATAAAAC
1 AAATAAAAC
14573046 AAATAAAAC
1 AAATAAAAC
14573055 AAATAAAA
1 AAATAAAA
14573063 TGAAATAGGA
Statistics
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1.00 0.00 0.00
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9 17 1.00
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AAATAAAAC
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14573897 GATGTCTACA
** * *
14573907 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTC
1 ATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACTAATTTGATAAACAAATTTATTTTTTTAATCTC
* *
14573972 --T-T-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAT
65 TTTCTAATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-
** * *
14574033 AAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTAAAATAG
128 ACTAAAACAATTATTTTATGAC-AAACAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAG
* * * *
14574085 ATAATTGTTCAAATGGCTATAATTATTTTAACTAATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTAA--T-
1 ATAATTGTTCAAATAG-TATAACTATTTGAACTAATTTGATAAACAAATTTATTTTTTTAATCTC
* * * * * *
14574147 TTTCTACTTATTATTTTAGTAAGTATTAATAAATTAGTATT-ATTTA-ATTGTATCTAGGCATGT
65 TTTCTAATTA--ATTTT--TAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTG-A-ATAAGCTTGT
* * *
14574210 ATTAACTAAAACAATTATTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAGTGATGTTAAATAG
124 ATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAA-CAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAG
* * **
14574266 ACAATTGTTCAAATAGTAACAACTATTTGAACTTTTTTGATAAACAAATTTATTTTATTTTAATC
1 ATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACTAATTTGATAAACAAATTTA-TTT-TTTTAATC
* *
14574331 TCTTTCTAATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTTGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTGTATG
63 TCTTTCTAATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTGTATG
* * * *
14574396 AACTAAAACAATTTTTTTATGACTAAACAAAAAGTCAAAATGATTTTAAATAG
127 AACTAAAACAATTATTTTATGAC-AAACAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAG
* * * * * * * * * *
14574449 ATAATTATTCTAATAATCTTAACCATTTGAACTGA-TTCAGTAAATAAATTTATTTTCTAAATCT
1 ATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACTAATTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTTAATCT
* * * * * * ** * * * *
14574513 CTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGCATTATTTTA-ATCAAAAAAGCCTATACGA
64 CTTTCTAATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA
* * * *
14574577 A-TAAAACAATTATTTTACAAT-AAAAGAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
128 ACTAAAACAATTATTTT---ATGACAA-ACAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAG
** * * ** ** * ** * * *
14574630 ATAATCATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAACAATTAGATTTATTTTTGTAATTTT
1 ATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACTAATTTGATAAACAAATTTATTTTTTTAA-TCT
** * * * * * * ** *
14574695 CTTAGTTAGTAAGTTTAAGAATATTATTAAATTACTATT-ATGTTATTTTGAATAAAATAGTATG
64 CTTTCTAATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTAAT-TTATTTTGAATAAGCTTGTATG
* * * * ** * * * *
14574759 AAC-AGGAATAATTGTTTGATGACAAAACAAAAAATAACAAAGATTTGAAATAG
127 AACTA-AAACAATTATTTTATGAC-AAACAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAG
* * * * * * *
14574812 ATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATAATTT-AGTAAGCAGATTTACTTTTTAAATCT
1 ATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACTAATTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTTAATCT
* * * * * * * *
14574876 CTTACTGATGAATTTTCTAAAATATTTATAAATTAGTA-TAATTTTATTTCGAACAAACTATATA
64 CTTTCTAATTAATTTT-T-AAATATTAATAAATTAGTATTAA-TTTATTTTGAATAAGCT-TGTA
* * * * * * *
14574940 TTAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATAATTTGAAATAA
125 TGAACT-AAAACAATTATTTTATGAC-AAACAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAG
* * ** * * * * * *
14574995 ATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAGTTAGTTCGACAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
1 ATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACTAATTTGATAAACAAATTTATTTTTTTAATCTC
** * * * * * *
14575060 TTAGTTATTAATTTTTAAAATATTACTAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATAT-AA
65 TTTCTAATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * ** *
14575124 ATAGAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAATGTTATAACAATTTGAAATAG
129 CTA-AAACAATTATTTTATGACA-AACAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAG
* * ** * * *
14575176 ATGATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAATAGATTTATTTTGTTAAATCT
1 ATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACTAATTTGATAAACAAATTTATTTT-TTTAATCT
* * * ** *
14575241 C--T-T-ATTAATTCTTAAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTCTAT--
64 CTTTCTAATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA
** * * * * ** *
14575300 TTTGAAAAGCAATTGTTTCATGAGAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAAT--
128 ACT-AAAA-CAATTATTTTATGA-CAAACAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAG
* * * ** *
14575352 -TGA-TGTTTAAAT-G-AT--C-A--T-AA-TTATTTG---AACTGATTTATTTTTTTAATTTCT
1 ATAATTGTTCAAATAGTATAACTATTTGAACTAATTTGATAAACAAATTTATTTTTTTAATCTCT
** * * * * * * * * *
14575403 TAGTTATTAGCTTTTGAAATATTAATATAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGATTTTATGAAC
66 TTCTAATTA-ATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * ** *
14575468 TAAAAAAATT-GTTTATAACTAAAAAAAAGGTCATAACAATTTTAAATTG
130 TAAAACAATTATTTTATGAC-AAACAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAG
** ** *
14575517 ATAATTGTTCAAATAGCCT-TAACTATTTGAACTTGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTCAAATC
1 ATAATTGTTCAAATAG--TATAACTATTTGAACTAATTTGATAAACAAATTTATTTTTT-TAATC
* * * ** ** *
14575581 TCTTGCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTGTTTTATTCCGAATAAGCTTGTTTG
63 TCTTTCTAATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTGTATG
* * * * * *
14575646 AATTGAAACAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTAAAATTA-
127 AACTAAAACAATTATTTTATGAC-AAACAAAAGGTTATAATGATTTTAAA-TAG
* * * * * * ** * * * * *
14575699 AAAATTATTCTAATAATCTTAACTATTTTAACTGGTTCGACAAATACATTTATTTTTTAAATCTC
1 ATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACTAATTTGATAAACAAATTTATTTTTTTAATCTC
* * ** * * * *
14575764 TTACTGA-T--TTTTGGAATATTATTAAATTACTATT-ATTT-TTATCCGAATAAGATTGTATG-
65 TTTCTAATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATT-T-TGAATAAGCTTGTATGA
* * * * * *
14575823 ATTAGAAACAATTGTTTTATGA-GAACAAAA-ATCATAATGA-TTTAAGATTG
128 ACTA-AAACAATTATTTTATGACAAACAAAAGGTTATAATGATTTTAA-ATAG
*
14575873 ATATTTGTTCAAATAGTCATAACT
1 ATAATTGTTCAAATAGT-ATAACT
14575897 TGCTTTTTAA
Statistics
Matches: 1411, Mismatches: 310, Indels: 186
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
160 7 0.00
161 12 0.01
163 30 0.02
164 50 0.04
165 8 0.01
166 4 0.00
167 8 0.01
168 2 0.00
169 1 0.00
170 1 0.00
171 2 0.00
172 1 0.00
173 7 0.00
174 35 0.02
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179 22 0.02
180 46 0.03
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183 237 0.17
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185 4 0.00
186 9 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
ATAATTGTTCAAATAGTATAACTATTTGAACTAATTTGATAAACAAATTTATTTTTTTAATCTCT
TTCTAATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT
AAAACAATTATTTTATGACAAACAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAG
Found at i:14574611 original size:364 final size:358
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Indices: 14573909--14575293 Score: 950
Period size: 364 Copynumber: 3.8 Consensus size: 358
14573899 TGTCTACAAT
*
14573909 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* *
14573974 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGATAAAAAA
66 ATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTATATGATAAAAAA
* * * * *
14574039 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATGGCTA
131 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAAAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGCTA
** * ** * * *
14574104 TAATTATTTTAACTAATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTAATTTTCTACTTATTATTTTAGTAA
196 TAACCATTTGAACTAATTCAGTAAACAAATTTATTTTCTAAATTCTCTACTTATTATTTTAG-AA
* * * *** * * ** **
14574169 GTATTAATAAATTAGTATTATTTAATTGTATCTAGGCATGTATTAACTAAAACAATTATTTTATG
260 ATATTAATAAATTAGCATTATTTAATTGCAAAAAAGCATATACGAACTAAAACAATTATTTTACA
* ** * *
14574234 ACAAATCAAAAGGTTATAGTGATGTT-AAATAGAC
325 AAAAAAAAAAAGGTCATAATGAT-TTGAAATAGAC
* * ** *
14574268 AATTGTTCAAATAGTAACAACTATTTGAACTTTTTTGATAAACAAATTTATTTTATTTTAATCTC
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTA-TTT-TTTAAATCTC
* * *
14574333 TTTCTAATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTTGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-
64 --T-T-ATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTATATGAT
** * * * *
14574397 ACTAAAACAATTTTTTTATGACTAAACAAAAAGTCAAAATGATTTTAAATAGATAATTATTCTAA
125 AAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAAAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAA
* * *
14574462 TAATCT-TAACCATTTGAACTGATTCAGTAAATAAATTTATTTTCTAAA-TCTCTTACTTATTAA
190 T-AGCTATAACCATTTGAACTAATTCAGTAAACAAATTTATTTTCTAAATTCTC-TACTTATT-A
* *
14574525 TTTTTA-AAATATTATTAAATTAGCATTATTTTAA-T-CAAAAAAGCCTATACGAA-TAAAACAA
252 -TTTTAGAAATATTAATAAATTAGCATTA-TTTAATTGCAAAAAAGCATATACGAACTAAAACAA
*
14574586 TTATTTTACAATAAAAGAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
315 TTATTTTACAA-AAAA-AAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAC
** * * ** * ** * * *
14574632 AATCATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAACAATTAGATTTATTTTTGTAATTTTCT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTT-TAAATCTCT
** * * * **
14574697 TAGTTAGTAAGTTTAAGAATATTATTAAATTACTATT-ATGTTATTTTGAATAA-AATAGTATGA
65 TA-TTA--ATTTTTCA-AATATTAATAAATTAGTATTAAT-TTATTTTGAATAAGCTTA-TATGA
* ** * * * * *
14574760 -ACAGGAATAATTGTTTGATGACAAAACAAAAAAT-AACAAAGATTTGAAATAGATAATTATTCA
124 TAAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAA-AATGATTTAAAATAGATAATTATTCA
* * * * * * *
14574823 AATAG-TCAAAACTATTTGAAATAATTTAGTAAGCAGATTTACTTTT-TAAA-TCTCTTACTGAT
188 AATAGCT-ATAACCATTTGAACTAATTCAGTAAACAAATTTA-TTTTCTAAATTCTC-TACTTAT
* * * * * * * **
14574885 GAATTTTCTA-AAATATTTATAAATTAGTATAATTTTATTTCGAACAAA-CTATATATTAA-TAA
250 -TA-TTT-TAGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTAATTGC-AAAAAAGC-ATATACGAACT-A
* ** * * * * * *
14574947 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATAATTTGAAATAAAT
309 AAACAATTATTTTACAAAAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAC
* * ** * * * * *
14574997 AATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAGTTAGTTCGACAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC--
* * * * *
14575062 AGTTATTAATTTTTAAAATATTACTAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATAT-A-AA
64 --TTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTATATGATAA
* * * * * * ** * * *
14575125 TAGAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAATGTTATAACAATTTGAAATAGATGATTGTTCAAAT
127 -AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAAAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * *
14575190 AG-TCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAATAGATTTATTTTGTTAAA---TCT-CTTATTAAT
191 AGCT-ATAACCATTTGAACTAATTCAGTAAACAAATTTATTTT-CTAAATTCTCTACTTATT-AT
* * * * *
14575250 TCTTA-AAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC
253 T-TTAGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTAATTGCAAAAAAGC
14575294 TTCTATTTTG
Statistics
Matches: 818, Mismatches: 163, Indels: 89
0.76 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
359 50 0.06
360 40 0.05
361 17 0.02
362 31 0.04
363 169 0.21
364 320 0.39
365 150 0.18
366 20 0.02
367 18 0.02
368 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (358 bp):
AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
ATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTATATGATAAAAAA
ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAAAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGCTA
TAACCATTTGAACTAATTCAGTAAACAAATTTATTTTCTAAATTCTCTACTTATTATTTTAGAAA
TATTAATAAATTAGCATTATTTAATTGCAAAAAAGCATATACGAACTAAAACAATTATTTTACAA
AAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAC
Found at i:14576099 original size:491 final size:491
Alignment explanation
Indices: 14575414--14576385 Score: 1265
Period size: 491 Copynumber: 2.0 Consensus size: 491
14575404 AGTTATTAGC
* * *
14575414 TTTTGAAATATTAATATAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGATTTTATGAACTAAAAAAATTG
1 TTTTGAAATATTAATATAGTAGTATTATTTCATTTCGAATAAGATTTTATGAACTAAAAAAATTG
* * * * *
14575479 TTTATAACTAAAAAAAAGGTCATAACAATTTTAAATTGATAATTGTTCAAATAGCCTTAACTATT
66 TTTATAACTAAAAAAAAGATCATAACAACTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCTAAAATATT
* *
14575544 TGAACTTGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTCAAATGTTAA
131 TGAACTTGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTCAAATGTTAA
* * ** * *
14575609 TAAATTAGTATTGTTTTATTCCGAATAAGCTTGTTTGAATTGAAACAATTATTATATGACTAAAC
196 TAAATTAGCATTATTTTATTCCGAATAAAATTGTATGAATTAAAACAATTATTATATGACTAAAC
* *
14575674 AAAAGGTCAGAATGATTT-AAA-AT-TAAAAATTATTCTAATAATCTTAACTATTTTAACTGGTT
261 AAAAGGTCAGAATGATTTGAAACATGT---AATTATTCTAACAATCTTAACTATTTGAACTGGTT
*
14575736 C-GACAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTGATTTTTGGAATATTATT-AA-A-TTACTAT
323 CAG-CAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTAC---TTATT--AAT-TT-TTGAATATTTACTAT
* ** *
14575797 TATTTTTATCCGAATAAGATTGTATGATTAGAAACAATTGTTTTATGA-GAACA-AAA-ATCATA
380 TATTTTAATCCGAATAAGATTGTATGAAAAGAAACAACTGTTTTATGATGAA-ATAAAGATCATA
* * *
14575859 ATGATTTAAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTTGCTTTTTAAT
444 A-AATTTAAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTTGCTTTTTAAT
* *
14575908 TTTTGAAATATT-A-ATA-TAGTATTATTTCATTTCGAATAAGATTTTATGAACTAAAATAGTTG
1 TTTTGAAATATTAATATAGTAGTATTATTTCATTTCGAATAAGATTTTATGAACTAAAAAAATTG
* *
14575970 TTTTATGAC-AAAACAAAAGATC-TAACAACTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-AAATAT
66 -TTTATAACTAAAA-AAAAGATCATAACAACTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCTAAA-AT
* * * * *
14576032 ATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTCGAATGT
128 ATTTGAACTTGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTCAAATGT
** * *
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* * * *
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258 AACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAACATGTAATTATTCTAACAATCTTAACTATTTGAACTGGTT
*
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* *
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TGAACTTGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTCAAATGTTAA
TAAATTAGCATTATTTTATTCCGAATAAAATTGTATGAATTAAAACAATTATTATATGACTAAAC
AAAAGGTCAGAATGATTTGAAACATGTAATTATTCTAACAATCTTAACTATTTGAACTGGTTCAG
CAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTTACTATTATTTTAATCC
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GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTTGCTTTTTAAT
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* * * * *
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* *
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* *
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* * * * * *
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* * * ** * * * *
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* * *
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* * * *
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* ** * * *
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* * * * *
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* * * ** * *
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194 AATAAAT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAATTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAA
* * * **
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258 ACAAAAGGTAACAAAAATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTT
* * *
14576577 GATAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCCTACCTA
322 GA-AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* *
14576610 TTAATTTTCAT-AATATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAA
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* *
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* *
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126 TAATAACTATTTAAACT-GTTTGATAAATAGATTTATTTTTTTAAACTCTTATTAATTTTTAGAA
** ** * *
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190 TATTAATAAA-TAGTATTATTTTATTTTGAATAAATTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGA
* ** * * *
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254 CAAAACAAAAGGTAACAAAAATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-T
* *
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* *
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* * * ** *
14577032 AAC-ATTATTTTATGAC---ATAAA-TTCATAATGATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATA--GT
62 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCGT
* * * *
14577090 CATAACTATTCAAACTTGTCT-AGTAAATAGATTCA-TTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTT
127 AATAACTATTTAAAC-TGTTTGA-TAAATAGATTTATTTTTTTAAA-CTC-T--T-ATTAATTTT
* * * *** * * * ** * *
14577153 CAAAATATTAATAAATTAGTA-TATTTTATTTCGAATAAGCCTATATCATCTTATACAATTGTTT
185 TAGAATATTAATAAA-TAGTATTATTTTATTTTGAATAAATTTGTATGAACAGAAATAATTGTTT
* * * ** * *
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312 TGAA-TTGTT
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Statistics
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TTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
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ACTATTTAAACTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTTAAACTCTTATTAATTTTTAGAATATTAA
TAAATAGTATTATTTTATTTTGAATAAATTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACA
AAAGGTAACAAAAATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTGAAA
ATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
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*
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*
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1 ATAATTATTTGAA
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Statistics
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ATAATTATTTGAAATAGC
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1 AAATAG-CATAATTATT
14576925 TGAATGTGTT
Statistics
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14575893 AACTTGCTTT
** * * * **
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* * * * * * *
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*
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * ** * *
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* *
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* * * **
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* * * **
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* * * * *
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130 ACTATTTGAACTTGTTAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTC-ATTAATTTTCAAAA
* * *
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* *
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* * * *
14576753 CTCGTTTGA-TAAATAGACTTATTTTTTTAAA-T-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAACTA
318 -TCGGTTCAGCAAATACACTTA-TTTTTTAAATTACTTATTAATTTTTGGAATA-T--T----TA
* * * * * * *
14576815 GTATTATTTTATTTCAAATACGTTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGT
374 GTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAACTGGTTTATGACAAAA-AAAAGAT
* * *
14576880 AATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TGTGTTCAGA-AAAT
438 AATAA-AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGT-TTC-GATAAAT
* * * *
14576943 AGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTA
500 AAATTTAGTTTCTAAA--TCT-CTTA
*** * ** **
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* * * * * ** *
14577033 A-CATTATTTTA-T-GACAT-AAA-TTCATAATGATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCAT
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** *
14577093 AACTATTCAAACTTGTCTAGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTCAAAA
129 AACTATTTGAACTTGT-TAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTCAAAA
* * * * * * *
14577158 TATTAATAAATTAGTATATTTTATTTCGAATAAGCCTATATCATCTTATACAATTGTTTTATGAT
193 TATTAATAAATTAGTATATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGA-ATAAAACAATTGTTTTATGA-
* * *
14577223 GAAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
256 CAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAATTAATTGTTCAAA
14577266 TAGTTATGAC
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Matches are distributed among these distances:
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TAATAAATTAGTATATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
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ATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAACTGGTTTATGACAAAAAAAAGATAATAAAATTTGAAATAGA
TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGTTTCGATAAATAAATTTAGTTTCTAAATCTCT
TA
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14575914 AATATTAATA
* * * * *
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* * * *
14575988 GATC-TAACAACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATATATTTGAACTTGTTTAGTA
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* *
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* * ** * * *
14576105 TAGCATTATTTTATTTTGAATAAAATTGTATGAATTA-AAATAATTATTTTATGACTAAACAAAA
1 TAGTA-TATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT-AA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * ** * ** * * * *
14576169 GGTTAGAATGATTTGAAACATGTAATTGTTCTAACAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCAGCAA
63 GGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAA
* * ** *
14576233 ATACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATT--T--AG
127 ATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAGAATATTAATAAAT
* * * * ** * *
14576282 TA-T-TATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAACTGTTTTATGATGAAA-TAAAGA
1 TAGTATATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT-AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * *
14576344 TCATAA-AATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TGTTTC-GATAAA
65 TCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAG-TAAA
* * * * *
14576406 TAAATTTAGTTTCTAAATCTC-T--T-ATTAATTTTCAAAATATTAATAGAT
128 TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAGAATATTAATAAAT
* * * ** ** * * * * *
14576454 CAGTGTTATTTTATTTTGAATAATTTTACATGAACAGAAATAATTGTTTTATTAAAAAATAAAAG
1 TAGT-ATATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT-AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * ** *
14576519 GTCACAAAAATTTGAAA-AAGATAATTGTTCAAATGGAGATAACTATTTGAACTTGTT-TGATAA
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* * *
14576582 ACAGATTTA-TTTTTAAATCTCCTAC-CTATTAATTTTCATAATATTAATAAAT
127 ATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTC-ATTAATTTTCAGAATATTAATAAAT
* * * * *
14576634 TAGTGTTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAATAG
1 TAGT-ATATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT-AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * *
14576699 ATCATAACTATTTGAAATAATTAATTGTTCAAACAGGCGTAATAACTATTTAAACTCGTT-TGAT
64 GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA---GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-T
* ** *
14576763 AAATAGACTTATTTTTTTAAA--TC-T--T-ATTAATTTTTGGAATATTAATAAAC
125 AAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAGAATATTAATAAAT
* * * * *
14576813 TAGTATTATTTTATTTCAAATACGTTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAG
1 TAGTA-TATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT-AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * *
14576878 GTAATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TGTGTTCAGAAAA
64 GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAA
* * **
14576942 TAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTTGGAATATTAATAAATT
128 TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAA-TTTTCAGAATATTAATAAA-T
* * * *
14576995 TA-TATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAATGGAAAC-ATTATTTTATGAC---A-TAAA-
1 TAGTA-TATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT-AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* ** **
14577053 TTCATAATGATTTGAAATAGAA-AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTCAAACTTG-TCTAGTAA
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* * *
14577116 ATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTCAAAATATTAATAAAT
127 ATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAGAATATTAATAAAT
* * * ** * *
14577169 TAGTATATTTTATTTCGAATAAGCCTATATCATCTTATACAATTGTTTTATGATGAAAA-AAAAG
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* * *
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129 A
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ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAGAATATTAATAAAT
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* *
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1 CCAATCGATCCCTTCCATGAGGGGATTGATTGGTTCAAGTTTTATGCCATTTCTTGATTAAAAAT
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66 CATGAC
* * *
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CATGAC
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*
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* * * * * * * * * **
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* * * * *
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** * *
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128 CT
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TTACTTATCTAAATATTAATAAATTTATTTT
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* *
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* *
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* * *
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* ** * * * * * *
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** * * * * * * * * *
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* * ***
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* * * *
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* * * * * * **
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* * * **
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* * * * * *
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* * * *
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** * * * * * *
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* * ** * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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** * * * * * *
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* ** * * * * * **
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* * * * * *
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*** * *
14581312 GCTTATTTGTGTTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTA
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* * * * * *
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* * ** * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
14581611 TCATCTATTTAAAATCGTTATAACCATTTGATTTGTCATAAAACAATTATTTCAG-TAATTATAA
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* * * *
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*** * * * * *
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* * ** * *
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* * * *
14581856 AGATTATTCGAAATGAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAA-ATTTA
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*
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* * * * * * * * *
14581973 TTTTCAATCTCCAATCATTAAGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT-TTATCATAGAA
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* ** * * * *
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* * *** * * ** * *
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129 AAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
* ** ** * * *
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1 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGT-TCATACAA
* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * * *
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* ** * * * ** *
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* * * * *
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* * * * *
14582516 TTGTCTATTTAAAATCGTTA-GACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAG
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* * *
14582580 CTTATTTGAAATAAAATAACACTAATTTATTAA-AATTCTAAAAATTAATAAG----TGATTTAA
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* * * *
14582640 AAAAGTGAATTTGTTTACCGAATCAA-TTCAAATAATTATCG-CCATTTCAATAA
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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Statistics
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* * * **
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AATATTAATAACATAGTATTAT
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** * ** * * * *
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* ** * ***
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* * ** * ** * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * **
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* ** * *
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* * *
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* * * *
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1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATAAGAATAG-AAAA-AATTATTT
* * ** * * ** * * * *
14584438 TATGACAAAATAAAAATTAATAACGATTTGAAATAGCTAATTGTTTAAATGGTCATAATTATTTG
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* * * * ** * * * *
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* * * ** * * * *
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1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATAAGAATAGAAAAAATTATTTTA
* * * * * * * *
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** ** * * * *
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1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATAAGAATAGAAAAAATTATTTTA
* * ** ** * * * *
14584799 TGACT-AAACAAAAGGTGAGAACCATTTGAAATAGGTAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGA
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* *** ** * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * ** * * *
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** ** * * * * *
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1 AAATAT-TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATAAGAATAGAAAAAATTATTTT
* * * ** * ** * * * *
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65 ATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAA
* ** * * *
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130 ACTGGTTCAACAAACAGAATT-ATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTTG
* * * *
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1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATA-AGAATAGAAAAAATTATTTT
* * *
14585335 ATGACAAAAC-AAAGGATTATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTA-TTA
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* ** * * * *
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* * * ** *
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1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATAAGAATAGAAAAAATTAT--TT
* * ** * * * *
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* ** * * *
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* * * * ** * *** *
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1 AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATAAGAATAGAAAAAATTATTTT
* *
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65 ATGATAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTG----AAA---T-A-AA-----T---A------ATT
* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* **** * * * * * * **
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* * *
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* * * * *
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* * * ** * * * * * * *
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* **** * * *
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* * *
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** * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* *** * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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** * * * * **
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* *
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14588019 TTTTGTATGA
Statistics
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Indices: 14583657--14600172 Score: 3787
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* * * *
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* * * * **
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * *
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129 AATTGATTCGATAAACTGATTTAT-TTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAA
* * * * * * *
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* * * * * * *
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256 AGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-AGTAA
* * *
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* * * * * * *
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* * * * * **
14584826 GAAATAGGTAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAGCTGGTTCGGTAAGGACATTTATTTTTT
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* *
14584891 AAATC-CTTACTTATTAATGTTTAGAATATTATTAATTTAGCATTATTTTACTT-CGAATTAGCT
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* * * ** *
14584954 TGTATGAACATAAATAAATGTTTTAGGATAGAACAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTG
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* *
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14585082 AATTTTTG
707 AATTTTTG
* * *** * *
14585090 AAAT-TGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATGGAAACAATTTTTTT
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* ** * *
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* *
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* *** * * *
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* * * *
14585345 AAAGGATTATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTAGAACTCGCTTAG
254 AAAGG-TCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTAG
* * * *
14585410 TAAA-TAGATTGATTTTTAAAATCTTTTACATATTAA--TTTTGAATATTAATAAATTAGTATTA
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* * * * * * * *
14585472 TTTTATTCCAAATAAGGTTTTTTGAATAGAAAC-ATATGGTTTATGACAAAACAAATGGTCATAA
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* * *** **
14585536 CAATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-GCGTTCAAAAAATTGATTT
444 CGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTG-GTTCGGCAAATACATTT
* * * * * *
14585600 ATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAACATTAATAAATTTATGTTATTTTATTTGAAA
508 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATT-ATTAATTTA-G-CA--TTATTT----
* * * ** *
14585664 TAAGCTTGCATGAATAGAGCCAATTGTTTTATG-ACA-AAATAAAAGGTCATAATATTTTGAAAC
564 T-A-CTT--ACGAATA-AG-C--TTG---TATGAACAGAAAT-AAATGT--T-TTATGATAAAAC
* *** * * * *
14585727 AAAGGGTCATAATGCTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTACTTAAACTTGTTCGA
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* * *
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* ** *
14585835 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCATACATGAATTA-AAATAATTGTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCATGTATGAA-TAGAAACAATTGTTT
* * * * * * * * * *
14585898 TATTACAAAACAAAAGGCCAAAATGATTTGAAATAGATAGTTATTCAAATAGTCATGACTATTTG
64 TATGACAAATCAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTCATAACTATTTG
* * * * * * * **
14585963 AACTTG-TTTGGTAAAC--ATATATTTTTAAAATATTTTACTTATTAAATGTCAAAATATTAATA
129 AA-TTGATTCGATAAACTGATTTATTTTT-AAATCTCTAACTTATT-AATTTTTAAATATTAATA
* * * * * * *
14586025 AATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTCGTAT-AGATAAAAATAATTGTTTCAAGAC-AAAAA
191 AATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAA
* * * *
14586088 AA-GTCATAA-GAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACGATTTGAATTTGTTTGAT
255 AAGGTCATAATG-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTAG-T
* * * * * * * * *
14586151 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTGTCTCAATATTAATAAATTTGTATTATC
318 AAACAAAATTATTTTTT-AATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * ** * *
14586216 TTA-TTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATCATTTTATGAC-AAACCAAAAGGTTATAGC
382 TTATTTC-AAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAA-CAAAAGGTCATAAC
* * * * * * * * * * * *
14586279 GATTCCAAATTGATAATTGTTCAAATGGTCATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAATAGATTCAT
445 GATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAATACATTTAT
* * * * * *
14586344 TTTTTAAATCTCTAAATTATTAATTTTTGGAATATTAATAATATT-GCATTATTGTA-TTTCGAA
510 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAT-TTAGCATTATTTTACTTACGAA
* * * * * * ** *
14586407 TAACCTTATATGAACTGAAATAATTTTTTTATGACAAAA-AAAG-TCATAATGATTTAAAATAGA
574 TAAGCTTGTATGAACAGAAATAAATGTTTTATGATAAAACAAAGATCATAACAATTTGAAATAGA
* * * * ** * * * * * *
14586470 TAATTATTCAAATAGTCATGACTATCTGATCTAATTTGGTAAACATATTTATCTTTTAAATTTTT
639 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTAT-TTTTAAATCTAT
*
14586535 TACTT-ATTAGTTGTC
703 TA-TTAATT--TT-TG
* * * * *
14586550 AAA-ATATAATAAATTAGTATTATATTAATCTAAATAAGCATATGTGAATAGAAACTATTGTTTT
1 AAATAT-TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCATGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * * * * * * * **
14586614 ATAATAGATAAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTG-GCTAAATATTCATAACTATTTG
65 ATGACAAATCAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATGGTCATAACTATTTG
*
14586678 AATT-AGTTTGATAAA-TAGATTT-TTTTTAAA--TCT--CTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
129 AATTGA-TTCGATAAACT-GATTTATTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTT-AAATATTAATA
* * * * * * * *
14586736 GATTAGTATTATTTTATTCTGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACACAAAAA
191 AATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG--ACAAAAA
* * * * *
14586801 AAAGGTCAAAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTTGG
254 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-G-TTAG
* * * * * *
14586865 CAAACATAATTATTTTTTAAATCTCTTACTGATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTA
317 TAAACAAAATTATTTTTT-AATCTTTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * *
14586929 TTTTATTTCAAATAAG-TTAGTAAGAACTGAAAAAATTGTTTTA-CAATAAAACAAAAGGTCATA
380 TTTTATTTCAAATAAGCTTA-TATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * *
14586992 ATGATTTGAAATCA-AGAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAATTTGCTT-GGCAAATATAT
443 ACGATTTCAAAT-AGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAA-CTGGTTCGGCAAATACAT
* * * * * *
14587055 TTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAAAATTATTGCA-TTAGTATTATTTT-TTTC
506 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATT-AATTTAGCATTATTTTACTTA
* * * * * *
14587118 CTAATAAGCTTGTATGAATAGAATTAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAA
570 CGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAAATGTTTTATGATAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAA
* *
14587183 ATATATAATTGTTCAAATAGTCA-AA-TCATTTGAACTGGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAA
634 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTA-TTTTTAA
*
14587246 ATCTCCTACTTATTAATTTTTT
697 A--T-CTA-TTATTAATTTTTG
* ** * * * * *
14587268 AAATATTAATAAAATAAAATTATTTTATTTTGAATAGGCATGTATG-AT-GAAAAATGATTATTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCATGTATGAATAGAAACA--ATTGTTT
* * *
14587331 TATGACAAAACAAAA-GTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTT
64 TATGACAAATCAAAATG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTCATAACTATTT
* * * *
14587395 AAATTGATTCGATAAACTAATTTATGTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTATAATATTAAAA
128 GAATTGATTCGATAAACTGATTTAT-TTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTA-AATATTAATA
* ** * * *
14587460 AAGTAATATTATTTTATTTT-AGATATTCTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGATGAAAT
191 AATTAATATTATTTTATTTTGA-ATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAA
* * * * * *
14587523 ATAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAAAAATATTTTAACTTGTTTGG
253 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTAG
* * * * *
14587588 CAAAC-AGATT-TTTTCTAAT-TTCTTACTTAATAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAT
317 TAAACAAAATTATTTTTTAATCTT-TTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * * * * * *
14587650 TTTATTTTGAATAAGCATGTATGAGTTGAAGCAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATG
381 TTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * ** *
14587715 ATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAATTATTTGAATTGGTTATGCAAACACATTTATT
446 ATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAATACATTTATT
* * * * *
14587780 TTTTAAATC-CTTACATATTAATGTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTAC-TCCAAATA
511 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCATTATTTTACTTACGAATA
* ** * * * *
14587843 AGCTTGT-TGAATAGAAATAAAAATTTTAGGACAAAACAAAGATCATAACAATTAGAGATAGATA
576 AGCTTGTATGAACAGAAATAAATGTTTTATGATAAAACAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATA
* *
14587907 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTA
641 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTATTA
**
14587972 TTAATTTTCA
705 TTAATTTTTG
* * ***
14587982 AAATAGTAACAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCATGTATGAATAGAAACAATT-GTTTT
* ** * * * * * * *
14588047 -GGA-ACAAT-AATTTTTAAATAA--ATTTTAAA-AAAAAATT-TATTATTAATTTTTGGAACAT
65 ATGACA-AATCAAAATGT-CATAACGATTTGAAATAGATAATTGT-TCA--AA----TGG-TCAT
* * * * * * * *
14588105 TACTAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGAATGAATAAAACCAATTGTTT-TATGTCA
120 AACT--ATTT-GA--A-TTGATTCG--ATAAAC-TG-AT---T------TATT-TTTAAATCTC-
* ** * * *
14588169 AAACAAAAGGTCTAATGTTTTGAAATAGGTTATTATTAAGATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
164 TAAC-TTA--T-TAAT-TTTT-AAATA--TTA--A-TAA-AT--TAAT-ATTATTT-TA-TT-TT
* * * ****** * * ** ***** *
14588234 CAATAAAC--ATATTAATTTTTTTAATTCTCTTACT-ATTTAATTTTTGGAAT-ATTAATAAATT
211 GAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA-TGA-CAAAAAAAAGG--TCA-TAAT-GATT
* * * ** * * * *
14588295 AGTATTATTTTA-T-TTCAAATAAG-C-TTACATGAATTGAAACAATTGTT-TTATAACAAAACA
270 TGAAATAAATAATTGTTCAAAT-AGTCATAAC-T-ATTTG-AAC--TTGTTAGTA-AAC-AAA-A
** ** ** * * ** * * ** * * * * * * *
14588355 AAAGGTTACAATGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAATAATCATGACTATTTGAACTTGTTTGAT
326 TTATTTTTTAAT-CTTTTACTTA-TTAATTTTTTGAATATTAAT-A-AATTAGTA-TTATTTTAT
** * **** * * * * ** ** *
14588420 AAACATATTTTTTTAAATCTTTTATTTCGGTAAACATATTTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAAT
386 -TTCAAATAAGCTT--A--TATGAATT--G-AAACA-ATTGTTTTATGA-C-TAAAC--A--AAA
* *** * * * *** **
14588485 TGTTGCAA-TATTAAT-AAATTA-ATATTATTTTAATCCAAATAAGATCATATGGATGGGAACAA
436 GGTCATAACGATT--TCAAA-TAGATA--A--TT-ATTCAAAT-AG-TCTTAACTATTTGAAC--
* ** * * *** ** ** * * * * *
14588547 ATGTTTTATGAAAAAACAAAAAAGTCATAAGAT-T-TTGAAATAAATAATTATTCA-AATAATCA
489 -TG-GTTCGGCAAATACATTTATTTTTTAA-ATCTCTT--ACTTATTAATT-TTTAGAAT-ATTA
* * * * ** * * * ** * *
14588609 TAACGATTT-GAATT-TGTTTA-GTA-AACATATTCATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGT
547 TTA--ATTTAGCATTAT-TTTACTTACGA-ATAAGC-TTGTATGAA-C----A-GAAATAAATGT
* ** * ** * * ** *
14588670 CTTAAT-ATTAATAA-ATTTGTATTAT-ATTATTGGAAATATGCAT-ATAGGAACAAATAAAATC
601 -TTTATGA-TAA-AACA-AAG-ATCATAACAATTTGAAATA-G-ATAAT-TGTTCAAAT--AGTC
* *** * * * *
14588731 ATTA-TATGACAAACCAAAAGGTTATAGTGATTCCAAATCA-A-TAATTGTTCAAATGGCCATAA
656 ATAACTAT-TTGAA-C---TGG-T-T--CGA-T--AAAT-AGATTTATT-TTTAAAT---C-T-A
*
14588793 TTGTTCAACTTGTTTGG
702 TTATT-AA-TT-TTT-G
* * *** * * * *
14588810 TAAACAGATTTATTTTCTCTTAATTATTAATTTTCAAAATATTAATAA-CATAGTATTATGTTAT
1 --AA-ATA-TTA--ATAAATT-AGTATT-ATTTT---ATTCTAAATAAGCAT-G---TATG--A-
* * * * ** * **** * * * *
14588874 TTCGAATA-ACCTTATATGAATTGAAATAATTTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTG
48 ATAGAA-ACA-ATTGT-TTTA-TGACA-AA-TCAAAATGTCATAAC----G---AT-TTGA---A
* * * * *
14588938 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATTATTATTTG-ATCT-AGTTCGGTAAAC--A--TATTTTT
96 A--TAGATAATTGTTCAAATGGTCATAACTATTTGAAT-TGA-TTCGATAAACTGATTTATTTTT
* ** * * * *** *
14588997 ---T-T-T-ACATATTAATTGTCAAAATATTAAAAAATTAGTATTATTCTCA-TCCAAATAAGCT
157 AAATCTCTAACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAATATTATT-TTATTTTGAATAAACT
* * * *
14589055 TGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATAATAGAACAAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAAATAAT
220 TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA-AA-AAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAAT
* * * * * *
14589119 TGCTCAAATAGTCATAACTGTTTCAA-TTAGTTTGATAAATAAATTTATTTTTTAAATC----AC
283 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTAG-TAAACAAAATTATTTTTT-AATCTTTTAC
* * **
14589179 TTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTA-TTCTAAATAAACTTATATGAACA
345 TTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAATT
* * * * * * * * *
14589242 AAAACATTTG-TTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAG
408 GAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * * * * *
14589306 TCATAATTATTTGAATTGGTTAGGTAAATAGAATTA-TTATTAAA-ATC-T-CTTATTAATTTTT
473 TCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * ** *
14589367 -GAAATATTAATAAATT--CATTTTATTTTA-TTCCGAATAAGCTAGTATGAATTGAAAAAAATT
538 AG-AATATTATTAATTTAGCA--TTATTTTACTTACGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAAA-T
* * * * * * *
14589428 CTTTTATGATAAGACAAAAGGTCATAACAATTTGAATTAGATAATTGTTCATATAATCTTAACTA
599 GTTTTATGATAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * *
14589493 TTTGAACTGGTTCGACAAAAAAAATTATTTTTAAATCCCTTAGTTATTAATTTTTG
663 TTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTAAAT--C-TA-TTATTAATTTTTG
* * * * * * * * * *
14589549 GAATATTATTAGATTAGTATTGTTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATAGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCATGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * * * * *
14589613 ATGACATAA-CAAAAGGTTATAACGATTT-AAAGTATAGAATTGTTTGAAA--GT-ATGACT-TT
65 ATGACA-AATCAAAATGTCATAACGATTTGAAA-TAGATAATTG-TTCAAATGGTCATAACTATT
* * * * *
14589672 T-TATT--TT--AT----TCA--T-TTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATA
127 TGAATTGATTCGATAAACTGATTTATTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTT-AAATATTAATA
* * * * * * * * * *
14589725 AATTATTTTTATTTTATTTCGAGTGAGCTTGTATG-ATCAAAAACAAATGTTATATGACCAAACA
191 AATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAAA
* * * * * ** *
14589789 AAAGGTGATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAAT-GACCATAGTTATTTGAACTAAT-TTG
254 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACT--TGTTA
* * * * ** * *
14589852 GCAAA-TATATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATT
316 GTAAACAAAATT-A-TTTTTTAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
14589916 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
379 ATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * * * * * *
14589981 CAATTTTAAATAGATAGTTATTCAAATTGTCATAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAAGAAATTTA
444 CGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAATACATTTA
* * * * * * *** * **
14590046 TTTTTTTATTTTGGATAAGCTTTCATGAATTGAAATAATTATT-TTAAGTCAAAACAAAAGGTCA
509 TTTTTTAAATCT--CTTA-C-TT-ATTAATTTTTAGAA-TATTATTAA-T-------TTA-G-CA
* * ** *
14590110 TAACAATTTTA-TATA--AATAA--TTGT-TGAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTT-TGGT-
558 T---TATTTTACT-TACGAATAAGCTTGTATG-AACAG--A-AA-TA---AATGTT-TTATGATA
* ** ** ** *
14590167 AAACAAATTTATTTTTTCAAATCTTTTG-CTTA-TTAATT-TTCCAAAT-GTCCATAA--ATTTG
610 AAACAAA--GATCATAAC-AA---TTTGAAATAGATAATTGTT-CAAATAGT-CATAACTATTT-
* ** * * ** * ** ** **
14590226 GATTATTTTATTCTAAATAAGACATGAAATAAATATTTTATGA-CTAAAAGAAAGGTTTG
666 GA--A-CTGGTTC--GAT-A-A-AT-AGATTTAT-TTTTA-AATCTATTATTAATTTTTG
* **
14590285 -AATGATT--TGAAA-TAGATAATTATTTTAATTGT-TTTAA-CTAT-T-TGAACTAGTTTGGCA
1 AAAT-ATTAAT-AAATTAG-T-ATTATTTT-ATTCTAAATAAGC-ATGTATGAA-TA-----G-A
** * * * * * *
14590342 AACATATT-TATTT-T-TTAAATC----TCTTACTAA--TTTTTAAATTAGTATTATTTTTAACC
53 AACA-ATTGT-TTTATGACAAATCAAAATGTCA-TAACGATTTGAAA-TAG-ATAATTGTT---C
* * * **** * * * **
14590398 GAATAGGCTTCTATGATTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC--AAATA-TTTTAATGAT-T-T
110 AAAT-GG--TC-ATAACTA-TTTGAATTG-ATT-CGA-TAAACTGATTTATTTTTAA--ATCTCT
* * * ** * * * *
14590458 GAGA-TTGA-TAATTGTTCAAATAGTCAT-AATT-AT-TTGA-ACTAGTTCGGTAAACAAATTTA
165 -A-ACTT-ATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAATATT-ATTTTA-TT--TTGAATAAA---C
* * * ** * * * ** * * **
14590517 TTGTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTT-TGA-AATATTAA--TCAATTAGTATTATTTTATTTT
219 TTGTATGAAT-AGAAAC-AATT-GTTTTATGACAAAAAAAAGGTC-A-TA--ATGATTTGA-AAT
* * * * ** * * ** *
14590578 GAATAAGCTTGTATGATAA-A--AAAAAC-ATTTG-TTTTATGACAAAATAAAAAGGTCATAATG
276 AAATAA--TTGT-TCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTAGTAAA-CAAAA--T--T-AT-
* * ** *
14590638 ATTTGAAATAGATAATTATT-CAAATGGCCATAATTATTTT-AACTGATTTAGTAAA-TAG-ATT
330 -TTT---TTA-AT-CTT-TTACTTAT-----TAATT-TTTTGAA-T-ATTAA-TAAATTAGTA-T
** * * * ** * * ** *
14590699 TATTTTTTAAATTTCTTACTTATTGATTTAGAAAATATTAATAAATGAGTATTCCTTTATTCCAT
378 TA--TTTT--ATTTC--AAATA-AG-CTTATATGA-ATT--GAAA-CA--ATTGTTTTA-T-GA-
* * *** * * * *
14590764 CTAAGCTTGTATTAACTGAAAATAATTGTTTTATGACAAATTAAAAGGTTATAATGATTTTAAAT
426 CTAAAC----A--AA-AGGTCATAA-CG-ATT-T--CAAA-T---A-G--ATAATTA-TTCAAAT
* * * * * *
14590829 AGACAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAACTTGTTTGGTATACAAATTTATTTTTTAAATC
471 -----A--G-TC------T--TAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAATACATTTATTTTTTAAATC
* * * * * * *
14590894 TCTTTCTTATTAATTTTCTA-AATTTTAATACA-TTAGTATTAATTTATTCTAAATGTTAATAAA
520 TCTTACTTATTAATTTT-TAGAATATTATTA-ATTTAGCATT-ATTT-TACT-TACG--AAT-AA
* ** * * * * * * * *
14590957 ACTTGTATGAATTGAAACAACTATTTTATGACTAAAA-AATTG-TCAAAACGATTTGAAGTATAT
577 GCTTGTATGAACAGAAATAAATGTTTTATGA-TAAAACAA-AGATCATAACAATTTGAAATAGAT
* * * * * * * * * * *
14591020 AATTATTCTAATAGCCTTAACCATTTGAAATGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
640 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTATT
*
14591085 ATTAGTTTTT-
704 ATTAATTTTTG
* * * * * ** *
14591095 AAATATT-GTGAAATTAGTATTATTTTAATATGAATAAGCTTGTACAAACA-AAACAATTGTTTT
1 AAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCATGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
** * * ** * * * **
14591158 ATGACAAAAGAAAAGGTCATAACGATTTCAAATAGATAATCATTTATATAGTTTTAACTATTTGA
65 ATGACAAATCAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTCATAACTATTTGA
* ** * * * * *** * *
14591223 ATTGGTTC-AGCAATTAGA-TT-TTTTAAAATTTTTTTGGTTATTAAGTTTTCAAATATTATTAA
130 ATTGATTCGATAAACT-GATTTATTTTTAAA-TCTCTAACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAA
*** ** * * * * * * *
14591285 ATTTGCATTATTTTATTTCAAATAAAATAGTATAAATA-TAACAAATTATTTGATGAAAAAATAA
192 ATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAAC-AATTGTTTTATGACAAAA-AA
* * * * * * *
14591349 AAAGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAA-TTGGTATGGC
255 AAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GT-TAGT
** * * * * * * *
14591413 AAGTAGATTTACTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTTTAAATATTTTAAATATTAATAAATTA
318 AAACAAAATTATTTTTTAATCT-TT--TACTT-A----TT-AATTTTTTGAATATTAATAAATTA
* * * *** *
14591478 GTATT-TTTTCAATTTCAAACAAACTTATATTAACAAAAAAACAATTGTTTTATGAC-AAAAAGA
374 GTATTATTTT--ATTTCAAATAAGCTTATA-TGA-ATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACA-A
** * * * * * * * * * * * ** *
14591541 AAATTAATAATGACTTGAAATAGATGATTGTGCAAAAAGT-TATAATTATTTAAATTGGTTTTGT
434 AAGGTCATAACGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAACTGGTTCGGC
* * * * * * ***
14591605 AAGTAGAATTATTTTCTAAATCTCTTA--TA--AATTTTT-GAAATATTAATAAATTAATTTTAT
498 AAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTATTAATTTAGCATTAT
* * * * * ** * * * *
14591665 TCTA-TTTCAAATAAGCTTCTATGAGCTTAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAA-ATGTTATAA
562 TTTACTTACGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAAATGTTTTATGATAAAACAAAGA--TCATAA
* * * ** * * * * * *
14591728 CAATTTGAAATAAATAATTTTTTATGTAGTCTTAATTGTTTGAACTGGTTCAACAAACAGATTTA
625 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTA
*
14591793 TTTTTTAAATCTCATAGTTATTGATTTTT-
690 -TTTTTAAA--TC-TA-TTATTAATTTTTG
* * * * * * * * * * *
14591822 AGAATATTACTAAATTATTATTACTTTGTTTTGAATAAGCTTGCATGAACATAAACAATTTTTTT
1 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCATGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * * * ** *
14591887 ATGATAGAA-C-AAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAAAGTCATAACTATTTA
65 ATGACA-AATCAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTCATAACTATTTG
* * * * * *
14591950 AACTAGA-TCAACAAACAT-ATTTCTTTTTTAAA--TCT--CTTATTAATTCGTAAAATATTAAT
129 AA-TTGATTCGATAAAC-TGATTT-ATTTTTAAATCTCTAACTTATTAATT-TTTAAATATTAAT
* * * ** * * * *
14592009 AAATTAGTATTATTTTATGTAGAA-ATGCTTGTATG-TTGAAAAAAAATTATTTTATGACAAAAG
190 AAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-
* * * * * * * * *
14592072 AAAAGGTAATAATGATTTAAAATAGATAGTTGTTTAAATGGCCATGATTATTTGAA-TTGATTCA
253 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TT-A
* *** * * ** *
14592136 TTAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCTTGTTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATT
316 GTAAACAAAATTATTTTTT-AATCTTTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * * *
14592200 ATTCTATTTTAGATAAGCTTTTACGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAA
379 ATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * * * * * *
14592265 TGATTTTAAATAGATAATTGTTAAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTA
444 CGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAATACATTTA
* * * * * * * ** *
14592330 TTTTTTCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTGAATGTCAATAAATTAATATTATTTTA-TT-CTA
509 TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCATTATTTTACTTAC-G
* * * * * * **
14592393 AATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTATTATATGACT-AAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAA
572 AATAAGCTTGTATGAACAGAAATAAATGTTTTATGA-TAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAAA
* * * * * ** ***
14592457 TAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTTGGCAAACCTATTTATTTTTTAAAT
635 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTA-TTTTTAAAT
* * *
14592522 CTCTTATTAA-TTATC
699 CTATTATTAATTTTTG
* * * * * *
14592537 AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGATAAAAAAACAA-TCTT
1 A-AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCTAAATAAGCATGTATGA-ATAGAAACAATTGTT
* * * * ** * * *
14592600 TTATGAGAAA--ACAATGATCATAACAATTTGAGATTTATATTTGTTCAAATAGTCATGACTATT
63 TTATGACAAATCAAAATG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTCATAACTATT
* * * * ** *
14592663 TAAAGTGGTTCAGA-AAA-TAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCATATTAATTTTTGAAATATTA
127 TGAATTGATTC-GATAAACT-GATTTA-TTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTT-AAATATTA
* * ** ** * * * * *
14592726 ATAAAGTAGTATT-TTTTATTTCAAATAAGTTTTTATAAATTGAAACAATTGTTTTATGATAGAC
188 ATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA-AA
* * * * * *
14592790 CAAAAGGTCATAACGACTTT-AAATAGATAATTATTCAAATAGTTCA-AATCTATTTAAACTTAT
252 AAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG-TCATAA-CTATTTGAACTT-G
* * * * * * *
14592853 TTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTT-CTCATTAATTTTTCGAATGTTAATAAATTAAT
313 TTAGTAAACAAAATTATTTTTT-AATCT-TTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGT
* * * * * *
14592917 ATTATTTTA-TTCTGAATGAGCTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGTT
376 ATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTC
* * * *
14592981 AAAACGATTTGAAATAGATAATTATT-ATAATAGTCTTTAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAACA
440 ATAACGATTTCAAATAGATAATTATTCA-AATAGTC-TTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAATA
* * * *
14593045 CATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-
503 CATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCATTATTTTAC
* * ** ** *
14593109 AT-CAAATAAGCTTGTATGAA-AGGAAGCACTTGTTTTATGATAAAATAAAGATCATAA-AGATT
567 TTACGAATAAGCTTGTATGAACA-GAAATAAATGTTTTATGATAAAACAAAGATCATAACA-ATT
* * * * ** * *
14593171 TGAGATAGATAATTGTTCAAATAATCACAAATATTTGAACTATTTCGGTAAATAGATTTTGTTTT
630 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGA-TTTATTTT
* * **
14593236 TAAATCTCTTATTAATTATCA
694 TAAATCTATTATTAATTTTTG
* * *** ** *
14593257 AAATATTAATAGATCA-TAATTATTTTATTCTAAATAATTTTACATGAACAGAAACAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTCTAAATAAGCATGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
** * * * * * ** * *
14593321 ACAACAAAACCAAATGTCATTATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGAACATGACTATTTAA
65 ATGACAAATCAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTCATAACTATTTGA
* * ** *
14593386 ACTTG-TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TAAACTTATTAATTTTTAGAATACTAATA
130 A-TTGATTCGATAAACTGATTTA-TTTTTAAATCTCT-AACTTATTAATTTTTA-AATATTAATA
* ** *
14593449 AATTACTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
191 AATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AA
* ** ** * * **
14593514 AAGATCATAACAATTCAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGCTCGGTA
255 AAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTAGTA
** *
14593579 AACAATTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATT
319 AACAAAATTATTTTTT-AATCTTTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * ** * *
14593643 TTATTTTAAAAAAGATTTTATGAACAGAAATAATTGGTTTT-TGACTAAACAAAAGGTCATAATG
382 TTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATT-GTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * * * *
14593707 ATTTGAAATACATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATGTGTTCAGAAAACATATTTAT
446 ATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTG-GTTCGGCAAATACATTTAT
* * * *
14593771 TTTTAAAAT-T-TTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTA-TT-TGA
510 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATT-ATTAATTTAGCATTATTTTACTTACG-
* * ** * * * ***
14593830 AATAAGCTTGCATGAACA-AAACCAGTTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAA
572 AATAAGCTTGTATGAACAGAAA-TAAATGTTTTATGATAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAAA
** * * * ** * * *
14593894 TAGATAATAATTTAGATAGTCATAACTATTTTAACTTATTTGATAAATATATTCTTTTTTTAATT
635 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATT-TATTTTTAA--
* * * *
14593959 TTCTTAGTCACTAA-TTTTC
697 ATC-TA-TTATTAATTTTTG
* * * * *
14593978 AGAATATTAATAAATTAGTATTATCTTACTTC-AAATAAGCTTATATGAATTGAAACAAGTGTTT
1 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAGCATGTATGAATAGAAACAATTGTTT
* ** * * * * * *
14594042 TATTACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATTGTCATGACTATTTA
64 TATGACAAATCAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTCATAACTATTTG
* * * * * ** *
14594107 AACTTG-TTTGGTAAAAAT-ATTTATTTTCAAAATCAT-TTACTTATTAATTGTCAAAATATTTA
129 AA-TTGATTCGAT-AAACTGATTTATTTT-TAAATC-TCTAACTTATTAATT-TTTAAATATTAA
* * * *** * *
14594169 TCAATTAATATTTTTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATTACAAAAC
189 TAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-
* ** * * * * * * *
14594234 AAAAAGTCATAACAAGTTGAAATAACTAATTGCTCAAATAGCCACAACGATTTGAACTTGTTTGA
253 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTAG-
* * * * * *
14594299 TAAACATATTTATTTTTTCAATCTTTTACTAATTAATTATCTT-AATATTAACAAATTTGTATTA
317 TAAACAAAATTATTTTTT-AATCTTTTACTTATTAATT-TTTTGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * *** * * * *
14594363 TTTTATTTGAAATAAGCTTAGATGAACAAAAAAAAAATTTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
380 TTTTATTTCAAATAAGCTTATATG-A-ATTGAAACAA-TTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * * ** * *
14594428 AGCTATTTCAAATAGATAATTATTCAAACAGTCTTAATTATTTAAATTTGTTTTGTAAAT--AGT
442 AACGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAATACATT
* ** * * * * **
14594491 CATTTTTTAAATCTCTTTA-TTATTAATTTTTTTATTATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTT
507 TATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCATTATTTTACTTAC
* * * * * * *
14594554 GAATAAGTTTATATGAACTGAAA-ACAAT-TCTTCTGTGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTG
571 GAATAAGCTTGTATGAACAGAAATA-AATGT-TT-TATGATAAAAC-AAAGATCATAACAATTTG
* * * * * * * * * *
14594617 AAATAGATAATTATTCAAATTGTTATGATTATTTGATCTAGTGT-GGTAAACATATTTATTTTTA
632 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGT-TCGATAAATAGATTTATTTTT-
* * **
14594681 AAAATTTTTACTTATTAATTGTCA
695 -AAA--TCTA-TTATTAATTTTTG
* * * *
14594705 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCATGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * * ** * * *
14594770 TAATAGAA-CAAAAAGTCAAAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCA
66 TGACA-AATCAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTCATAACTATTTGA
* * * *
14594834 ACTAGTTTC-ATACA-TAGATTTATTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGATATATTAATA
130 A-TTGATTCGATAAACT-GATTTA-TTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTT-AAATATTAATA
* * *** * * * *
14594893 AATTAGTATTACTTTATTCCAAATAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAA
191 AATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AA
* ** * * *
14594958 CAA-GTAATAATGATTTGAAATGTATAATTGTTAAAATAGT-ATAATTATTTGAACTGGTTAGGT
255 -AAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTA-GT
* * * * * *
14595021 AAATATAATTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATCAATAAATTTA-TTTTA
318 AAACAAAATTATTTTTT-AATCTTTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAA-TTAGTATTA
* * * *
14595084 TTTTATTTCGAATAAAC-TAGTATGAATTGAGAA-AATTCTATTATGAC-AAGACAAAAGGTCAT
380 TTTTATTTCAAATAAGCTTA-TATGAATTGA-AACAATTGTTTTATGACTAA-ACAAAAGGTCAT
* * * * * * * *
14595146 AACGATTTGAATTAGATAGTTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGACAAACAAATT
442 AACGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAATACATT
* * * * * *
14595211 TATTTTTTAAATCCCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGA-TTAGTATTGTTTTA-TTTC
507 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTA-ATTTAGCATTATTTTACTTAC
* * * * * * * * * *
14595274 GAATAAGTTTCTTTGAACAAAAATAATTGTTTTATGACATAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAG
571 GAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAAATGTTTTATGATAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAAA
* * * ** *
14595339 T-GTAGAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTC-AGTAAGCAAATTTATTTTTTAA
635 TAG-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGA-TAAATAGATTTA-TTTTTAA
*
14595402 ATCTCTTATTAATTTTTG
697 ATCTATTATTAATTTTTG
* * * * * * *
14595420 AAAGATTAATAAATTATTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGCATGATTA-AAAGCAATTGTTAT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCATGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTT
* * * * * * *** * *
14595484 ATGACCAAA-CAAAAGGTGATAACAATTTGAAATATATAATTATTGAAATAACCATAATTATGTG
65 ATGA-CAAATCAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTCATAACTATTTG
*** * * * * * *
14595548 AACCAACTC-AGCAAA-TAGATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAAT
129 AATTGATTCGA-TAAACT-GATTTA-TTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTT-AAATATTAAT
* *
14595611 AAATTAGA-ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTATTTTATGACAAAA
190 AAATTA-ATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * * * * * *
14595674 CAAAAGCTCATAACGATTTTACATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATCTAAATTTATTCG
253 -AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTAG
* * ** *
14595739 ATAAACAAATTTATTTTTTTAAACTCCTGCTTATT-A---TTT---T-TT--T--A--A--A--A
317 -TAAACAAAATTA-TTTTTTAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTA
** * * * * * *
14595786 ---T-TTT-GGATAAGCTTTTATGGATTGAAACAATTATTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAAT
380 TTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * * * * * * *
14595846 GATTTCATATAAATAATTGTTCAAAGAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAAATTTAT
445 GATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAATACATTTA-
* * * * *
14595911 TTTTTTCAAATCTTTTACTTATTAATTTTCCA-AATGTTCATAAATTT-GGATTATTTTA-TT-C
509 TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAGAATATT-ATTAATTTAGCATTATTTTACTTAC
* * * * * **
14595972 TGAATAAGCTTGTAAG-ACATGAAACAAATATTTTATGACT-AAACAAAAGGT-TTGAATGATTT
571 -GAATAAGCTTGTATGAACA-GAAATAAATGTTTTATGA-TAAAAC-AAAGATCAT-AACAATTT
* * * ** * * * * * *
14596034 GAAATAGATAATTATTCTAATTGTTTTAACTATTAGATCTGCTT-TAGTAAACACATTTATTTTT
631 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGA-TAAATAGATTTA-TTTT
*
14596098 TAGATC-ACTTATTAATTTTT-
694 TAAATCTA-TTATTAATTTTTG
* * * ** * * * *
14596118 AGAATATTATTAAATTAG-GTT-TTTTA-ACCGAATAAGCTTTTATGATTAGAAACAATTATTTT
1 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCATGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * * * * * *
14596180 ATGACAAAACAAAGAT-T-TTAATGATTT-AAGATTGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTT
65 ATGACAAATCAAA-ATGTCATAACGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATGGTCATAACTATTT
* * * * *
14596242 GAATTGGTTTTG-TAAA-TAGATTTATTGTTTAAATCTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAA
128 GAATT-GATTCGATAAACT-GATTTATT-TTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTT-AAATATTAA
* * * * * *
14596305 TCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGATTAAAAAAACAATTGTTTTATGACAAA
189 TAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGA--ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * * * *
14596370 ATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTTAAC-TGATT
252 A-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG--T
* * * * * ** * **
14596434 TGGTAAATAGATTTATTTTTTAATTTTTTTACTTATTAA-TTTAGGAAATATTAAGAAATTAGCC
314 TAGTAAACAAAATTATTTTTTAA-TCTTTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTA
** * * * * * *
14596498 TTATTTTA-TTCTATCTAAGCTTGTATTAACTGAAACAATTGTTTTATGA-GAAATTAAAAGGTT
377 TTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAA-CAAAAGGTC
* * * ** * ** * * *
14596561 ATAACGATTTTAAATAGACAATTATTCAAATAATAATAACTATTTGAACTTGTTAAGTAAACAAA
440 ATAACGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAATACA
* * * * * * *
14596626 TTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATCTTCT-GAA-AGTTAATAAATTAGTATTAATTTATT
505 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTTAGAATA-TTATTAATTTAGCATTATTTTA-C
* ** ** * * * * **
14596689 TTA--TATAAGCTTGTAAAAATTGAAACAATTGTTTTATGACT-AAACAAATGGTCAAAATGATT
567 TTACGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAAATGTTTTATGA-TAAAACAAA-GATCATAACAATT
* * * * * * * * * * *
14596751 TGAAGTATATATTTATTCTAATAGTCTTAACCATTTAAAATGATTC-AGTAAATAAATTTATTTT
630 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGA-TAAATAGATTTA-TTT
*
14596815 TTAAATCTCTTACTTATTAGTTTTT-
693 TTAAA--TC-TA-TTATTAATTTTTG
* * * * * ** * *
14596840 AAATATT-ATGAAATTAGTATTAGTTTAATATGAATAAGCTTGTACAAACA-AAACAATTATTTT
1 AAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCATGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
** * * ** * * * ** *
14596903 ATGACAAAAGAAAA-GCTCATAACAATTTAAAATAGATAATCATTTATATAGTTTTAACTATTAG
65 ATGACAAATCAAAATG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTCATAACTATTTG
* * * * * * * *
14596967 AATTGGTTCAGCAATTATATTTATTT-TTTTTAATTTTCTCGA-TTATTAAGTTTTGAAATATTA
129 AATTGATTC-G--A-TAAACTGATTTATTTTTAAATCTCT-AACTTATTAA-TTTTTAAATATTA
* ** * * * * * *
14597030 TTAAATTTGTATTATTTTA-TTTGAACAAAATAGTAT-AAGTAGAACCAATTATTTGATGACAAA
188 ATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * * * * *
14597093 ATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAAAATTATTTGAA-ATGATT
252 A-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG--T
* * * * * ** *
14597157 TGGCAAGC-ATATT-TTTTTTAAAATCTCTTA-TTGATTAATTTTTAAAATTTTAATAAATTAGT
314 TAGTAAACAAAATTATTTTTT--AATCTTTTACTT-ATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGT
* * * *** * * * * *
14597219 ATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTGTAACAAAATGAAAA-GTA
376 ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAA-CAAAAGGTC
* * * * * * * *
14597283 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTACAAATAGT-TATAATTATTTGAACTAGTTTC-GTAAGTA
440 ATAACGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAACT-GGTTCGGCAAATA
* * * * **
14597346 GAATTATTTTTTAAATATCTTA--TA--AATTTTT-GAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTA
503 CATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATT-ATTAATTTAGCATTATTTTA
* * * * ** * * * *
14597405 -TTTCAAATAAGCTTCTATGAGCTTAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAA-AGGCTATAACAAT
566 CTTACGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAAATGTTTTATGATAAAACAAAGA-TC-ATAACAAT
* * * * * * * *
14597468 TTGAAATAAATAATTTTTCATATTGTCTTAATTATTTGAACTGGTTCGACAAATGGATTTATTTT
629 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTA-TTT
* *
14597533 TTAAATCTCATAGTTATTTATTTTCAG
693 TTAAA--TC-TA-TTATTAATTTT-TG
* * * * ** **
14597560 AATATCACTAA-ATTATTATTATTATTTTATT-TCGAATAAGTTTGTATGAGCAGAAAACAATTG
1 AA-AT-ATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCATGTATGAATAG-AAACAATTG
** * * * * * * *
14597623 TTTTATGATGAAGC-AAAGGTTATAACAATTT-AAATAGATAATTGTTTAATTAGTCATAACTAT
61 TTTTATGACAAATCAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTCATAACTAT
* * * * *
14597686 TTGAACTGGA-TCAACAAA-TAGATTTCTTTTTTAAATCT-T---TTATTAATTCTTGAAATATT
126 TTGAA-TTGATTCGATAAACT-GATTT-ATTTTTAAATCTCTAACTTATTAATT-TTTAAATATT
* * * * * *
14597745 AATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAA-AAAGCTTGTTTG-TTGAAAAACAATTGTTTTATAACA
187 AATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAA-CTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * * * *
14597808 AAACAAAAGGTAATAATGATTTAAAATAGATAGTTGTTTAAATGGCCA-AGATTATTTGAA-TTG
250 AAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAACTTG
* * *
14597871 ATTTAGTAAA-ATGATTTATTTTTTAAATC---T-C---TTAA-TTTTTGAAATATTAATAAAGT
313 --TTAGTAAACA-AAATTATTTTTT-AATCTTTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATT
**** * * * * *
14597927 AGTATTATTTTATTTTGGTTAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAAACAAATG
373 AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATGAC-TAAACAAAAG
* * * * * * * *
14597992 GTTATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC
437 GTCATAACGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAAT
* * * * * * * *
14598057 ATATTTATTTTTTCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA
502 ACATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCATTATTTTA
* * * ** * * ** * * **
14598122 -TTTCAAATAAACTTGTATGAATTGAAATAATTATCATATGACT-AAACAAAAGGTCAAAATGAT
566 CTTACGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAAATGTTTTATGA-TAAAAC-AAAGATCATAACAAT
* * * * *
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629 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGA-TAAAT-AGATTTA-T
* * * *
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691 TTTTAAATCTATTATTAATTTTTG
* * *
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1 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCT-AAATAAGCATGTATGAAT-AGAAACAATTGT
* * * * *
14598332 TTTATAAGA-AAAT--AAA-GATCATAACAATTTGAGATTA-ATATTTGTTC--AT-TTGAT--C
62 TTTAT--GACAAATCAAAATG-TCATAACGATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATGGTCATAAC
* * * * * ** *
14598387 TA---G---T--TT-GGTAAACAT-ATTTGTTTTTTAAAT-T-TTACTTATCAGTTTCAAAAAAA
123 TATTTGAATTGATTCGATAAAC-TGATTT-ATTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTT-TTAAATA
* * * * * * * *
14598440 TTAATAAATTAGA-ATTATTTTAATCTGAAGAAGCATGTATGAACAGAAAC-ATTATTTTATAAC
185 TTAATAAATTA-ATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * *
14598503 AGAACAAAAA-ATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA
249 A-AA-AAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * * *
14598567 GTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTCA-TATTTGAAATATTAATAGATTA
312 GTTAG-TAAACAAAATTATTTTTT-AATCTTTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTA
** * ** *** *
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374 GTATTATTTTATTTC-AA-ATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAG
* * * * * * * * *
14598690 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAATCATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAAT
437 GTCATAACGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAAT
* ** * * *
14598755 AGAAGTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATT--CATTTTATTT
502 ACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTATTAATTTAGCA--TTATTT
* * * * * * * * *
14598817 TA-TTCCAAATAAGCTAT-TGTGAATTAAAAAAAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATA
564 TACTTACGAATAAGCT-TGTATGAA-CAGAAATAAA--TGTTTTATGATAAAACAAAGA-TCATA
* * * * * * ** *
14598880 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTTATATAGTCTTAAATATTTGAACTAGTTCGGCAAATAAATTT
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*
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689 A-TTTTTAA--ATC-TA-TTATTAATTTTTG
* * * * * * * * * * * *
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1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCATGTATGAATAGAAACAATT-GTTTT
* * * * * ** * * **
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* * * * *
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130 ATTGA-TTCGA-TAAACT-GATTTA-TTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTT-AAATATTAAT
* * * * * *
14599168 AAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGAATG-TTCA-AATACAATTGTTATATGAAAAAA
190 AAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAAT-AGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAA
* *** * * * * * * *
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253 -AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTA
* * * * *
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316 G-TAAACAAAATT-ATTTTTTAATCTTTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTAT
* * * * *
14599355 TATTTTATTTCGAATAAGCTTCTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATA
378 TATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * * ** *
14599420 ACGATTTCAAATAGATAATTGTTCATATACTCTTAACTGTTTGAATTGCTACAGTGAATAGATTT
443 ACGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAATACATTT
* * * * * * * *
14599485 ATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGATTATTATTAAATTAGTATTA-TTTAATTCCAA
508 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCATTATTTTACTTACGA
* * * * * * * * * *
14599549 ATAAGCTTATACGAACTGAAACAATTAGTTTACAAT-ATAACAA-AAAGGTTATAGCAATTTAAA
573 ATAAGCTTGTATGAACAGAAATAAAT-GTTT--TATGATAA-AACAAAGATCATAACAATTTGAA
* **
14599612 ATAGATAATTGTTC--A-A---AT-A--A---GAACTGATTC-AGTAAGCAGATTTATTTTTTAA
634 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGA-TAAATAGATTTA-TTTTTAA
14599664 ACCTCCTACTTATTAATTTTTG
697 A--T-CTA-TTATTAATTTTTG
* * * * * *
14599686 AAATTTTAATAAATTAATATTATTTTATTCAAAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCATGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTT
* * ** * *
14599750 ATGAAAAAACAAACAT-TTGTAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGG-CTATAATTATTT
65 ATGACAAATCAAA-ATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTC-ATAACTATTT
* *** * * * * **
14599813 AAACCAATTCG----A-TGA-AT-TTTTTAAATCTCTAA-TATATCAAATTTTGAAGTACCAATA
128 GAATTGATTCGATAAACTGATTTATTTTTAAATCTCTAACT-TAT-TAATTTTTAAATATTAATA
* * * * * *
14599870 AAGTAATATTATTTTA-TTTCAGATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACA
191 AATTAATATTATTTTATTTTGA-ATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-A
* * * * * * *
14599934 AAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTATTCAAATGGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAT
254 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTAG-T
* ** ** * * ** *
14599999 AAACAAATTTATTTTTTAAAATTTGCTGTTTATTAATTTTCTAAATGCTAATAAATTAGAATTAT
318 AAACAAAATTATTTTTTAATCTTT--TACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * * * * * * *
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381 TTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACA-ATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAAC
* * * *
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445 GATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTG
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ATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTC
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TTATTTTTTAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
ATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTCAAATA
GATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAATACATTTATTTTTTAAATCT
CTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCATTATTTTACTTACGAATAAGCTTGTATG
AACAGAAATAAATGTTTTATGATAAAACAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
TAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTAAATCTATTATTAATTTTTG
Found at i:14585883 original size:205 final size:202
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* * *
14585520 AAACAAATGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGCGT
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* *
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* * * ** *
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*** * * * **
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* * * * *
14585788 TCGATAAATAGATTTATTTTTTTAATTTTCTTAC-ACTTCAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTA
66 TCAAAAAATAGATTTA-TTTTTAAAATTT-TTACTA-TT-AATTTTTGGAACATTAATAAATTTA
* *
14585851 GTATTATTTTATTTCAAATAAGCATACATGAATTAAAATAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGG
127 -TATTATTTTATTTCAAATAAGCATACATGAATTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (202 bp):
AAACAAAGGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTACTTAAACGCGT
TCAAAAAATAGATTTATTTTTAAAATTTTTACTATTAATTTTTGGAACATTAATAAATTTATATT
ATTTTATTTCAAATAAGCATACATGAATTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
TATTTTG
Found at i:14587038 original size:357 final size:355
Alignment explanation
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14585722 GAAACAAAGG
** * * * *
14585732 GTCATAATGCTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTACTTAAACTT-GTTCGATAAA
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* * *
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* * * * * * *
14585859 TTATTTC-AAATAAGCATA-CATGAATTA-AAATAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGCCAAAA
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* * * * *
14585921 TGATTTGAAAT-AGATAGTTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATA-TA
190 CGATTTGAAATAAGA-A-TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTA
* * * * * ** * *
14585984 TTTTTAAAATATTTTACTTATTAAATGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAAT
253 TTTTT-TAA-ATCTCA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTT-ATTTGAAT
* * *
14586049 AAGCTCGTATA-G-ATAAAAATAATTGTTTCAAG-ACAAAAAAA
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* * * * *
14586090 GTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACGATTTGAATTTGTTTGATAAAT
1 GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGATAAAT
* * * * * *
14586155 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTGTCT-CAATATTAATAAATTTGTATTATCTTA
66 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* ** * * * *
14586219 TTCAAAATAAGCTT-GTATGAATAGAAAAAATCATTTTATGACAAACCAAAAGGTTATAGCGATT
130 TTCAAAATAAGCTTAGTAAGAATAGAAAAAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
** * * * * *
14586283 CCAAATTGATAATTGTTCAAATGGTCATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAATAGATTCATTTTT
195 TGAAA-TAAGAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATT-ATTTTT
* * * * *
14586348 TAAATCTCTAAATTATTAATTTTTGGAATATTAATA-ATATTGCATTATTGTATTTCGAATAACC
258 TAAATCTC---ATTATTAATTTTTGAAATATTAATAGAT-TAGTATTATTTTATTT-GAATAAGC
** *
14586412 TTATATGAACTGAAATAATTTTTTTATG-ACAAAAAAA
318 TTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGAACAAAAAAA
* * * * * ** *
14586449 GTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATCTG-ATCTAATTTGGTAAA
1 GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-TGGTTTGATAAA
* * * * * * * ** *
14586513 CATATTTATCTTTTAAATTTTTTACTTATTAGTTGTCAAAATA-TAATAAATTAGTATTATATTA
65 TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * ** * *
14586577 ATCTAAATAAGCATATGT--GAATAGAAACTATTGTTTTATAATAGATAA-AAAA-GTCATAACA
130 TTCAAAATAAGCTTA-GTAAGAATAGAAAAAATTGTTTTATAACA-A-AACAAAAGGTCATAACG
* * * *
14586638 ATTTGAAATAAATAATTG-GCTAAATATTCATAACTATTTGAA-TTAGTTTGATAAATAGATT-T
192 ATTTGAAAT-AAGAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAATAGATTAT
* *
14586700 TTTTTAAATCTC-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCTGAACAAAC
254 TTTTTAAATCTCATTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGC
* *
14586764 TTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACACAAAAAAAA
318 TTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGA-AC-AAAAAAA
* * **
14586804 GGTCAAAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGGCAAA
1 -GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGATAAA
* * * * * *
14586869 CATAATTATTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTA
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* * *
14586934 TTTC-AAATAAG-TTAGTAAGAACT-GAAAAAATTGTTTTACAATAAAACAAAAGGTCATAATGA
130 -TTCAAAATAAGCTTAGTAAGAA-TAGAAAAAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGA
* * * * * *
14586996 TTTGAAATCAAGAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAATTTGCTTGGCAAATATATTTATTT
193 TTTGAAAT-AAGAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGA-TTATTT
* *
14587061 TTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAAA-ATT-ATTGCATTAGTATTATTTT-TTTCCTAAT
256 TTTAAATCTC--A-TTATTAATTTTT-GAAATATTAATAG-ATTAGTATTATTTTATTT--GAAT
* * * *
14587123 AAGCTTGTATGAATAGAATTAATTGTTTTATGATA-AAACAAAA
314 AAGCTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGA-ACAAA-AAAA
* * * *
14587166 GGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCA-AA-TCATTTGAACTGGTTTGATAA
1 -GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAATTGGTTTGATAA
* * * **
14587229 ATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAAATAAAATTATTTT
64 ATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
*** * * * * * *
14587294 ATTTTGAATAGGCAT-GTATG-AT-GAAAAATGATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACG
129 ATTCAAAATAAGCTTAGTAAGAATAGAAAAA--ATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * *
14587356 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTT-AAATTGATTCGATAAACTA-ATTTA
192 ATTTGAAATA-AGAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAA-TAGA-TTA
* * * * * * *
14587419 TGTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTT-ATAATATTAAAAAAGTAATATTATTTTATTTTAGA
253 TTTTTTAAATCTC--A-TTATTAATTTTTGA-AATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTGA-A
** * ** * ** *
14587483 TATTCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATGAAATATAAG
313 TAAGCTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGAACAAA-A-AAA
* * * * * * **
14587528 GTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAAAAATATTTTAACTT-GTTTGGCAAA
1 GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTTGATAAA
* * * * *
14587592 CAGA-TT-TTTTCT-AATTTCTTACTTAATAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTT
65 TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
*** * * * * ** * * * * *
14587653 ATTTTGAATAAGCAT-GTATGAGTTGAAGCAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGAT
129 ATTCAAAATAAGCTTAGTAAGAATAGAAAAAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * * * * * * *
14587717 TTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAATTATTTGAA-TTGGTTAT-GCAAACACATTTATT
194 TTGAAATA-AGAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTT-TGGTAAATAGA-TTATT
* * * * ***
14587780 TTTTAAATCCTTACA-TATTAATGTTT-AGAATATTATTA-ATTTAGCAATATTTTACTCCAAAT
255 TTTTAAAT-C-T-CATTATTAATTTTTGA-AATATTAATAGA-TTAGTATTATTTTA-TTTGAAT
* * * *** *
14587842 AAGCTTGT-TGAATAGAAATAAAAATTTTA-GGACAAAACAAA
314 AAGCTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGAACAAAA-AAA
* * * *
14587883 GATCATAACAATTAGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAA
1 G-TCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGATAAA
* ** * *
14587948 TAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATAGTAACAAATTAGTATTATTTTA
65 TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * *
14588009 TTCTAAATAA-TTTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTT
130 TTCAAAATAAGCTTAGTAAGAATAGAAAAAATT-GTTTT
14588047 GGAACAATAA
Statistics
Matches: 1548, Mismatches: 317, Indels: 186
0.75 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
352 64 0.04
353 3 0.00
354 7 0.00
355 69 0.04
356 173 0.11
357 256 0.17
358 225 0.15
359 314 0.20
360 34 0.02
361 266 0.17
362 73 0.05
363 60 0.04
364 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (355 bp):
GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGATAAAT
AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
TCAAAATAAGCTTAGTAAGAATAGAAAAAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
GAAATAAGAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTATTTTTTAA
ATCTCATTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTATATGA
ACAAAAATAATTGTTTTATGAACAAAAAAA
Found at i:14589132 original size:170 final size:173
Alignment explanation
Indices: 14588491--14589529 Score: 566
Period size: 176 Copynumber: 5.9 Consensus size: 173
14588481 TAATTGTTGC
* * * * * * * *
14588491 AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGA-TCATATGGATGGGAACAAATGTTTTA
1 AATATTAAAAAATTAGTATTA-TTTATTCCAAATAA-ACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * **
14588555 TGAAAAAACAAAAAAGTCATAA-GATTTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACGATTTG
64 TGACAAAAC-AAAAAGTCATAATGA-TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTG
* * * * * **
14588619 AATTTGTT-TAGTAAACATATTCATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT
127 -ATTAGTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTT-AATC----AC-TATTAATTTTCAA
* * ** ** * * * * ** *
14588673 AATATTAATAAATTTGTATTATATTATTGGAAATATGCATATAGGAACA-AATAAAATCATTATA
1 AATATTAAAAAATTAGTATTAT-TTATTCCAAATAAACTTATATGAATAGAA-ACAATTGTTTTA
* * * * ** * * * * **
14588737 TGACAAACCAAAAGGTTATAGTGATTCCAAATCAATAATTGTTCAAATGGCCATAATTGTTCAAC
64 TGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGA-
* * * * ** * *
14588802 TT-GTTTGGTAAACAGATTTATTTTCTCTTAATTATTAATTTTCAA
128 TTAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAATCACTATTAATTTTCAA
* * * * * *
14588847 AATATTAATAACA-TAGTATTATGTTATTTCGAATAACCTTATATGAATTGAAATAATT-TTTTA
1 AATATTAA-AAAATTAGTATTAT-TTATTCCAAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * *
14588910 TGACAAAAC-AAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATTATTATTTGA
64 TGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGA
* * *
14588974 TCTAGTTCGGTAAACATA-TT-TTTTTT-A-CA-TATTAATTGTCAA
128 T-TAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAATCACTATTAATTTTCAA
* * *
14589016 AATATTAAAAAATTAGTATTATTCTCA-TCCAAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTA
1 AATATTAAAAAATTAGTATTATT-T-ATTCCAAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * * * * * *
14589080 TAATAGAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTGTTTCAA
64 TGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTT-GA
* * **
14589145 TTAGTTTGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGA
128 TTAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTT-AATCAC-TATTAATTTTCAA
* * * * *
14589193 AATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTCTAAATAAACTTATATGAACAAAAACATTTG-TTTAT
1 AATATTAAAAAATTAGTATTA-TTTATTCCAAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* *
14589257 GACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAT
65 GACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTG-AT
* * * * ** * **
14589322 TGGTTAGGTAAATAGAA-TTATTATTAAAATCTCTTATTAATTTTTGA
129 TAGTTCGATAAACA-AATTTATT-TTTTAATCAC-TATTAATTTTCAA
* * * * * * *
14589369 AATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCGAATAAGC-TAGTATGAATTGAAAAAAATTCTTT
1 AATATTAAAAAATT-AGTATTA-TTTATTCCAAATAAACTTA-TATGAATAG-AAACAATTGTTT
* * * ** * * * * * *
14589432 TATGATAAGACAAAAGGTCATAACAATTTGAATTAGATAATTGTTCATATAATCTTAACTATTTG
62 TATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTG
* * * * * *
14589497 AACTGGTTCGACAAAAAAAATTATTTTTAAATC
127 -ATTAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAATC
14589530 CCTTAGTTAT
Statistics
Matches: 659, Mismatches: 164, Indels: 73
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.01
169 54 0.08
170 65 0.10
171 9 0.01
172 16 0.02
173 51 0.08
174 60 0.09
175 9 0.01
176 132 0.20
177 76 0.12
178 74 0.11
179 1 0.00
180 19 0.03
181 40 0.06
182 49 0.07
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (173 bp):
AATATTAAAAAATTAGTATTATTTATTCCAAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
ACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGATTA
GTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAATCACTATTAATTTTCAA
Found at i:14589521 original size:178 final size:175
Alignment explanation
Indices: 14588476--14590050 Score: 645
Period size: 181 Copynumber: 9.0 Consensus size: 175
14588466 AAATCTTTTA
* * * * * * *
14588476 CTTATTAATTGTTGCAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGATCA-TATGGATG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCT-AGTATGAAT-
* * * * * *
14588540 GGAACAAATGTTTTATGAAAAAACAAAAAAGTCATAA-GATTTTGAAATAAATAATTATTCAAAT
64 GAAAAAAATTTTTTATGATAAGAC-AAAAAGTCATAACGA-TTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
* * * * *
14588604 AATCATAACGATTTGAATTTGTTTAG-TAAA-CATATTCATTTTTTAAATCTTTT
127 AGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTAGATAAATAAAATT-A-TTTTTAAATC---T
* * * * *
14588657 ACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATATTATT-GGAAATATGCATA-TAGG
1 -CTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCG-AATAAGC-TAGTATG
* * * * * * ** ** *
14588718 AA-CAAATAAAATCATTATATGACAA-ACCAAAAGGTTATAGTGATTCCAAATCAATAATTGTTC
61 AATGAAA-AAAAT-TTTTTATGATAAGA-CAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTC
* * * * * * * * *
14588781 AAATGGCCATAA-T-TGTTCAACTT-GTTTGGTAAACAGATTTA-TTTT--CTCTT
123 AAATAGTCATAACTAT-TTGAA-TTGGTTAGATAAATAAAATTATTTTTAAATC-T
* ** * * *
14588831 AATTATTAATTTTCAAAATATTAATAACA-TAGTATTATGTTATTTCGAATAACCTTA-TATGAA
1 -CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGC-TAGTATGAA
* * * * * *
14588894 TTG-AAATAATTTTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
63 -TGAAAAAAATTTTTTATGATAAGACAAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
* * * * * * * *
14588957 TAGTCATTATTATTTG-ATCTAGTTCGGTAAA-CATATT-TTTTT---T-A
126 TAGTCATAACTATTTGAAT-TGGTTAGATAAATAAAATTATTTTTAAATCT
* * ** * * * * *
14589001 CATATTAATTGTCAAAATATTAAAAAATTAGTATTATTCTCA-TCCAAATAAGCTTGTATAAAT-
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTCCGAATAAGCTAGTATGAATG
* * *
14589064 AGAAACAATTGTTTTATAAT-AGAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAAT
65 A-AAAAAATT-TTTTATGATAAG-ACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
* * * * * *
14589128 AGTCATAACTGTTTCAATTAGTTTGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCA
127 AGTCATAACTATTTGAATTGGTTAGATAAATAAAATTA-TTTTTAAATCT
* ** * *
14589178 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTCTAAATAAACTTA-TATGAA-C
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGC-TAGTATGAATG
* * * * * *
14589241 AAAAACATTTGTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAG
65 AAAAAAATTT-TTTATGATAAGACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * *
14589306 TCATAATTATTTGAATTGGTTAGGTAAATAGAATTATTATTAAAATCT
129 TCATAACTATTTGAATTGGTTAGATAAATAAAATTATT-TTTAAATCT
*
14589354 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCGAATAAGCTAGTATGAATT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTAGTATGAA-T
* * * * *
14589418 GAAAAAAATTCTTTTATGATAAGACAAAAGGTCATAACAATTTGAATTAGATAATTGTTCATATA
64 GAAAAAAATT-TTTTATGATAAGACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
14589483 ATCTTAACTATTTGAACTGGTTCGACAAAAAAAATTATTTTTAAATCCCTT
128 GTCATAACTATTTGAATTGGTTAGATAAATAAAATTATTTTTAAAT--C-T
* * * * * * * *
14589534 AGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTGTTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-C
1 -CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTAGTATGAATG
* * * * * * * **
14589598 ATAAATAATAGTTTTATGACATA-ACAAAAGGTTATAACGATTT-AAAGTATAGAATTGTTTGAA
65 A-AAAAAAT-TTTTTATGATA-AGACAAAAAGTCATAACGATTTGAAA-TAAATAATTGTTCAAA
* * *
14589661 -AGT-ATGACT-TTT-TATT--TT--AT---T--CA-T-TTTTTAAATCTATT
126 TAGTCATAACTATTTGAATTGGTTAGATAAATAAAATTATTTTTAAATC---T
* * * * * * *
14589699 ACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTATTTTTATTTTATTTCGAGTGAGCTTGTATG-ATC
1 -CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTAGTATGAAT-
* * * * * * * *
14589763 AAAAACAAATGTTATATGACCAA-ACAAAAGGTGATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAAT
64 GAAAA-AAATTTTTTATGA-TAAGACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
* ** * ** * ** *
14589827 -GACCATAGTTATTTGAACTAATTTGGCAAAT-ATATTCACTTTTTAAATCACTT
127 AG-TCATAACTATTTGAATTGGTTAGATAAATAAAATT-A-TTTTTAAAT--C-T
* * *
14589880 ACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC
1 -CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTAGTATGAA-
* * * * * * * * *
14589944 TG-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAGTTATTCAAAT
63 TGAAAAAAATT-TTTTATGATAAGACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
* * * * * *
14590008 TGTCATAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAAGAAATTTATTTTT
127 AGTCATAACTATTTGAATTGGTTAGATAAATAAAATTATTTTT
14590051 TTATTTTGGA
Statistics
Matches: 1067, Mismatches: 233, Indels: 188
0.72 0.16 0.13
Matches are distributed among these distances:
163 1 0.00
164 1 0.00
165 106 0.10
166 10 0.01
167 4 0.00
168 6 0.01
169 54 0.05
170 61 0.06
171 12 0.01
172 8 0.01
173 56 0.05
174 67 0.06
175 10 0.01
176 146 0.14
177 60 0.06
178 92 0.09
179 11 0.01
180 71 0.07
181 225 0.21
182 61 0.06
183 3 0.00
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (175 bp):
CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTAGTATGAATGA
AAAAAATTTTTTATGATAAGACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
ATAACTATTTGAATTGGTTAGATAAATAAAATTATTTTTAAATCT
Found at i:14589739 original size:346 final size:346
Alignment explanation
Indices: 14589354--14589986 Score: 821
Period size: 346 Copynumber: 1.8 Consensus size: 346
14589344 ATTAAAATCT
* *
14589354 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTCCGAATAAGCTAGTATGAATTG
1 CTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTCATTTTATTTTATTCCGAATAAGCTAGTATG-A-TC
* * * * *
14589419 AAAAA-AATTCTTTTATGA-TAAGACAAAAGGTCATAACAATTTGAATTAGATAATTGTTCATAT
64 AAAAACAAATCTTATATGACCAA-ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * ** * *
14589482 AATCTTAACTATTTGAACTGGTTCGACAAAAAAAATT-A-TTTTTAAATCCCTTAGTTATTAATT
128 AACCATAACTATTTGAACTAATTCGAC-AAAAAAATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATT
* * * * * *
14589545 TTTGGAATATTATTAGATTAGTATTGTTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAT-AAATAA-TA
192 TTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC-TGAAACAATTA
* * *
14589608 GTTTTATGACATAACAAAAGGTTATAACGATTTAAAGTATAGAATTGTTTGAAAGTATGACTTTT
256 -TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAGTATAGAATTGTTTGAAAGTATGACTTTT
14589673 TATTTTATTCATTTTTTAAATCTATTA
320 TATTTTATTCATTTTTTAAATCTATTA
* * * *
14589700 CTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATT-ATTTTTATTTTATTTCGAGTGAGCTTGTATGATCA
1 CTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCGAATAAGCTAGTATGATCA
* * * * *
14589764 AAAACAAATGTTATATGACCAAACAAAAGGTGATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGA
65 AAAACAAATCTTATATGACCAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAA
** * * * *
14589829 CCATAGTTATTTGAACTAATTTGGCAAATATATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTT
130 CCATAACTATTTGAACTAATTCGACAAAAAAATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTT
14589894 AGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTT
195 AGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTT
14589959 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
260 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
14589987 TAAATAGATA
Statistics
Matches: 243, Mismatches: 37, Indels: 14
0.83 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
344 13 0.05
345 68 0.28
346 160 0.66
347 2 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (346 bp):
CTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTCATTTTATTTTATTCCGAATAAGCTAGTATGATCAA
AAACAAATCTTATATGACCAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAAC
CATAACTATTTGAACTAATTCGACAAAAAAATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTA
GAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTA
TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAGTATAGAATTGTTTGAAAGTATGACTTTTTATTTT
ATTCATTTTTTAAATCTATTA
Found at i:14589821 original size:165 final size:164
Alignment explanation
Indices: 14589520--14589994 Score: 388
Period size: 165 Copynumber: 2.8 Consensus size: 164
14589510 AAAAAAATTA
* * * * * * *
14589520 TTTTTAAATCCCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTGTTTTATTTCGAATA
1 TTTTTAAATCCATTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA
* * * * *
14589585 AGCTTGTATGAACATAAATAATAGTTTTATGACATAACAAAAGGTTATAACGATTTAAAGTATAG
66 AGCTTGTATGAACAAAAAAAATAGTTATATGACATAACAAAAGGTGATAACGATTTAAAGTAGAG
14589650 AATTGTTTGAAAGTATGACTTTTTATTTTATTCAT
131 AATTG-TTGAAAGTATGACTTTTTATTTTATTCAT
* * * * *
14589685 TTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTATTTTTATTTTATTTCGAGTG
1 TTTTTAAATCCATTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA
*
14589750 AGCTTGTATGATCAAAAACAAAT-GTTATATGACCA-AACAAAAGGTGATAACGATTTGAAA-TA
66 AGCTTGTATGAACAAAAA-AAATAGTTATATGA-CATAACAAAAGGTGATAACGATTT-AAAGTA
* * * * *
14589812 GATAATTGTTGAAATGACCATAGTTATTTGAACTAATTTGGCAAATATATTCAC
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* *
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Statistics
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* *
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* *
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* * * ** * ** * * *
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** * * * * * * * *
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** * * * * ** * *
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* *
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* * * * * * ** *
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* * * * * * * * ** * *
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* * * *
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387 AT-AAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * *
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*
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* * * *
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* * * * *
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*
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * **
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** * * * * * *
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* * * * *
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442 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGA-TTCAGTAAATAGATTTAT-TTTTTAAATCTCT
* ** * *
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* * ** ** ** * *
14593273 TAATTATTTTATTCTAAATAATTTTACATGAAC-AGAAACAATTGTTTTACAACAAAACCAAATG
1 T-ATTATTTTATTTTAGATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * *
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* * * *
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** * * **
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191 ATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
** * * * * *
14593528 TCAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTG-CTCGGTAAACA-ATTTTATT
255 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAAC-TGATTTGGTAAACATA-TTTATT
* * * *
14593591 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTTAAAAA
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* * * * *
14593655 AGATTTTATGA-ACAGAAATAATTGGTTTT-TGACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAC
377 AGCTTGTATGATA-A-AAAAAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * *
14593718 ATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATGTG-TTCAGAAAACATATTTATTTTTAAAAT-T
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* * * * * *
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1 TATTATTTTATTTTAGATAAGCTTGTATGAACTAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * * * *
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* * * *
14594008 TC-AAATAAGCTTATATGAATTGAAACAAGTGTTTTATTACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTG
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* * * * * *** *
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322 AAATC---T-CTTATTAATT-TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTT-ATTTGAATAAGCT
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* * * * * * * * *
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* *
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* * * * *
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1 TATTATTTTATTTTAGATAAGCTT-GTATGAAC--TAAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * ***
14594676 TTTTAAAAATTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATA
317 TTTT-TAAA--TCT-CTTATTAATT-TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTTGAATA
* * * * * * * * *
14594741 AGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTCAAAATAATTTGAAATAAAT
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* * * * *
14594806 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTAGTTTCA-TACATAGATTTATTTTTTAAATCAC-
441 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCT
*
14594869 -TTATTAATTTTTGATATATTAATAAATTAG
505 TTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* ** * * * * *
14594899 TATTACTTTATTCCAAATAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAACAA-GT
1 TATTATTTTATTTTAGATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA-AAGGT
* * * * * * *
14594963 AATAATGATTTGAAAT-GTATAATTGTTAAAATAGT-ATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAATA
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* * *
14595026 TAA-TTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATCAATAAATTTA-TTTTATTTT
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* * * * * * *
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* * * * ** *
14595151 TTTGAATTAGATAGTTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGACAAACAAATTTATTT
254 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTTGGTAAACATATTTATTT
* * * * *
14595216 TTTAAATCCCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATT-GTTTTATTTCGAATAA
319 TTTAAAT--C-T-CTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTT-GAATAA
* * * * * ** *
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378 GCTTGTATGATA-AAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG-A
* * * ** *
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* *
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504 TTTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * *
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1 TATTATTTTATTTTAG-ATAAGCTTGTATGAACTAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* ** * * ** * * **** ** * *
14595500 TGATAACAATTTGAAATATATAATTATTGAAATAACCATAATTATGTGAACCAACTCAGCAAATA
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* *
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* * ** * * *
14595868 AAAGAGTCATAACTATTTAAACTTG-TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTCAAATCTTTTACTTA
449 AAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTCAGTAAATAGATTTA-TTTTTT-AAATCTCTT--TTA
** * * *
14595932 TTAATTTTCCAAATGTTCATAAATTTG
509 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * * * *
14595959 GATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTAAG-ACATGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGG
1 TATTATTTTATTTTAG-ATAAGCTTGTATGAAC-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * ** * * *
14596022 T-TTGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATTGTTTTAACTATTAGATC-TGCTTTAGTAAA
64 TCAT-AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAA
* * * * *
14596085 CACATTTATTTTTTAGA--TC--ACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAG-GTT-TTTTA
127 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* ** * * * **
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192 TTCTAAATAAGCTTGTATGAATT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * * * * * *
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256 TGAA-ATAGATAATTATTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAACTGATTTGGTAAACATATTTATTT
* * *
14596269 TTTAAATCTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTA-TTTTATTTTGAATAA
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* *
14596333 GCTTATATGATTAAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
378 GCTTGTATGA-T-AAAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * * * * * ** * * *
14596398 TAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAATTTTTT
440 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCT
** *
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505 T--TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
** * ** * * * ** *
14596496 CCTTATTTTATTCTATCTAAGCTTGTATTAACTGAAACAATTGTTTTATGAGAAATTAAAAGGTT
1 TATTATTTTATTTTAGATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * **
14596561 ATAACGATTTTAAATAGACAATTATTCAAATAATAATAACTATTTGAACTTGTTAAGTAAACAAA
66 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAA
* * * * *
14596626 TTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATCTTCTGAA-AGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTT
131 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* ** * * *
14596690 TATATAAGCTTGTAAAAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAATGGTCAAAATGATTTGAA
195 TAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * * * * ** * *
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* * *
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325 TCTCTTA-TTA--A--TTTTAGAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTTATTTGAATAAGCTTGT
* * * * ** * **
14596883 A-CA-AACAAAACAATTATTTTATGACAAAAGAAAAGCTCATAACAATTTAAAATAGATAATCAT
384 ATGATAA-AAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * ** * * * * * * **
14596946 TTATATAGTTTTAACTATTAGAATTGGTTCAGCAATTATATTTATTTTTTTTAATTTTCTCGATT
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* * *
14597011 ATTAAGTTTTGAAATATTATTAAATTTG
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* * ** * * * * * *
14597039 TATTATTTTATTTGA-ACAAAATAGTAT-AAGTAGAACCAATTATTTGATGACAAAATAAAAGGT
1 TATTATTTTATTTTAGATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * *
14597102 TATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAAAATTATTTGAA-ATGATTTGGCAAGCA
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* * ** *
14597166 TATTT-TTTTTAAAATCTCTTA-TTGATTAATTTTTAAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTAT
129 AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * *** * * * *
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193 TCT-AAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATGATT
* * * * ** * *
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256 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAACTGA-TTTGGTAAACATATTTATTT
* * * * *
14597355 TTTAAATATCTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATT--TATTTTATTTTATTTCAAATAAGCT
319 TTTAAATCTCTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTTATTT-GAATAAGCT
* * * * ** *
14597418 TCTATGAGCT-TAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGG-CTATAACAATTTGAAATAAATAA
381 TGTATGA--TAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAATGATTTGAAATAGATAA
* * * * * * * * *
14597481 TTTTTCATATTGTCTTAATTATTTGAACTGGTTC-GACAAATGGATTTATTTTTTAAATCTCATA
443 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC-T-
* * * * * *
14597545 GTTATTTA-TTTTCAGAATATCACTAAATTAT
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* * * * * ** *
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1 TATTATT-TTAT-TTTAG-ATAAGCTTGTATGAAC-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* ** * * * * * ****
14597640 GGTTATAACAATTT-AAATAGATAATTGTTTAATTAGTCATAACTATTTGAACTGGATCAACAAA
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* * * *
14597704 TAGATTTCTTTTTTAAA--TCTT--TTATTAA-TTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
127 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * *
14597764 ATT-TAGAAAAAGCTTGTTTG--TTGAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTAATAATG
191 ATTCTA-AATAAGCTTGTATGAATTG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * ** * * *
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* * **
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* * * * *
14597950 CTTTTATGA-ACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAAACAAATGGTTATAATGATTTTAAATAGAT
379 CTTGTATGATA--AAAAAAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
* ** * *
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* *
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* * * * * * * ** *
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1 TATTATTTTATTTTAGATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * ** *
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* * ** *
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130 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-
** * * * * **
14598299 TCTGAAA-AAGCTTGTATG-ATAAAAAACAATTGTTTTATAAGAAAA-TAAAGATCATAACAATT
193 TCT-AAATAAGCTTGTATGAAT-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * ** *
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* * * *
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* * *
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** ** * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * **
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* ** * **
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* *
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* * ** * *
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* *** * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *** * * *
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* * * * **
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* * * * ** * * * *** *
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* ** *
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* * *
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505 -TTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
** * * *** * *
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** * * * * * ***
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* ** * * * ** * *
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* * * * *
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192 TTCT-AAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * * *
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* ** *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * *
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** * ** *
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* ** * *
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* * * ** * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* *
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** ** ** * * * **
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* * * * * * *
14590877 AATTTATTTTTT-AAATCTCTTTCTTATTAATTTTCTAAATTTTAATACATTAGTATTAATTTAT
129 TATTTATTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTA-
* * * * * * * ** *
14590941 TCTAAATGTTAATAAAACTTGTATGAATTGAAACAACTATTTTATGACTAAA-AAATTGTCAAAA
192 T-T---TG-AAAT-AAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * * * * *
14591005 CGATTTGAAGTATATAATTATTCTAATAGCCTTAACCATTTGAAATGATTCGGTAAACAAATTTA
251 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTTGGTAAACATATTTA
* ** * *
14591070 TTTTTTAAATCTCTTATTAGTT-TTTAAATATT-GTGAAATTAGTATTATTTTAATAT-GAATAA
315 TTTTTTAAATCTCTTATTAATTATCAAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTT-AT-TCAAATAA
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14591132 GCTTGTACAAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAACGATTTCAAATAGATA
377 GCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATA
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14591196 ATCATTTATATAGTTTTAACTATTTGAA-TTGGTT--CAGCAAT-TAGATTTTTTAAAATTTTTT
442 ATTATTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTTGGTAAAAATATTTATTTTTT-AAA--TCTT
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14591257 TGGTTATTAAGTTTTCAAATATTATTAAATTTGCATTATTTTATTTCAAATAAAATAGTATAAAT
504 TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAAT
* * * * * * * * *
14591322 A-TAACAAATTATTTGATGAAAAAATAAAA-AGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
569 AGAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAA-CAATTGAAATAAATAATTATTCAAA
* * * * ** * * *
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631 TAGTCATAACTATTTAAACTT-GTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCT-TT--TACTT-A-
14591448 TTTTTAAATATTTT-AAATATTAATAAATTAG
690 ---TT-AAT-TTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * * * *
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1 TATTATTTT--ATTTTAAATAAGCTTTTATGAAC-AAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACA-AA
** * * * * * * * * * *
14591542 AATTAATAATGACTTGAAATAGATGATTGTGCAAAAAGTTATAATTATTT-AAATTGGTTTTGTA
62 AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATT-G-TTCGGA
** * * * *
14591606 AGTAGAATTATTTTCT-AAATCTCTTA--TA--AATTTTTGAAATATTAATAAATTA-ATTTTAT
125 AACATATTTATTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGA-ATTAT
* * * * * * * * * **
14591665 TCTATTTCAAATAAGCTTCTATGAGCTTAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAATGTTATAACA
188 TTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * ** * * * * **** *
14591730 ATTTGAAATAAATAATTTTTTATGTAGTCTTAATTGTTTGAACTGGTTCAACAAACAGATTTATT
253 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTTGGTAAACATATTTATT
* * * * * * **
14591795 TTTTAAATCTCATAGTTATTGATTTTTAGAATATTACTAAATTATTATTACTTTGT-TTTGAATA
317 TTTTAAATCTC----TTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTT-TATTCAAATA
** * * * * * * * *
14591859 AGCTTGCATGAACATAAACAATTTTTTTATGATAGAAC-AAAGGTTATAACAATTTGAAATAGAT
376 AGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGAT
* * * * * **** * *
14591923 AATTGTTCAAAAAGTCATAACTATTTAAACTAGATCAACAAACATATTTCTTTTTTAAATC--T-
441 AATTATTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTTGGTAAAAATATTTATTTTTTAAATCTTTA
** ** * *
14591985 CTTATTAATTCGTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATGTAGAAAT--GCTTGTATG-TTG
506 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCCAAATAAACTTGTATGAAT-
* * * * * * * * * * * * * *
14592047 AAAAAAAATTATTTTATGACAAAAGAAAAGGTAATAATGATTTAAAATAGATAGTTGTTTAAATG
569 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA-CAATTGAAATAAATAATTATTCAAATA
* * * * *** * * **
14592112 GCCATGATTATTTGAA-TTGATTCATTAAA-TTGATTTATTTTTTAAATCTCTTGTTTATTAATT
633 GTCATAACTATTTAAACTTG-TTTGGTAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
*
14592175 TTTGAAATATTAATAAAGTAG
696 TTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * * *
14592196 TATTATTCTATTTTAGATAAGCTTTTACGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGT
1 TATTATTTTATTTTAAATAAGCTTTTATGAACAAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * *
14592260 CATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTAAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAA
66 CATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTCGG-AAACAT
* * * * *
14592325 ATTTATTTTTTCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTGAATGTCAATAAATTA-ATATTATTTTAT
130 ATTTATTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGA-ATTATTTTAT
* * * * * *
14592389 TCT-AAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTT
193 T-TGAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * *
14592453 GAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTTGGCAAACCTATTTATTTTTT
257 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTTGGTAAACATATTTATTTTTT
* * ** *
14592518 AAATCTCTTATTAATTATCAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTTGAATAAGCTTGTAT
321 AAATCTCTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCAAATAAGCTTATAT
* * * * * * * * * ** * *
14592583 GATAAAAAAACAA-TCTTTTATGAGAAAAC-AATGATCATAACAATTTGAGATTTATATTTGTTC
385 GA-ATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTC
* * ** * * *
14592646 AAATAGTCATGACTATTTAAAGTGGTTCAG--AAAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCATAT
449 AAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTTGGTAAAAATA--TTTATTTTTTAAATCT-TTACTTAT
* * * ** * * *
14592709 TAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATT-TTTTATTTCAAATAAGTTTTTATAAATTGAAACA
511 TAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACA
* * * * * * *
14592773 ATTGTTTTATGATAGACCAAAAGGTCATAACGACTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTTCA-A
576 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAC-AATTGAAATAAATAATTATTCAAATAG-TCATA
* *
14592837 ATCTATTTAAACTTATTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTT-CTCATTAATTTTTCG-
639 A-CTATTTAAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTT-GA
* *
14592900 AATGTTAATAAATTAA
701 AATATTAATAAATTAG
* * * * ** * *
14592916 TATTATTTTATTCTGAATGAGCTTGTATGAA-TTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGT
1 TATTATTTTATTTTAAATAAGCTTTTATGAACAAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * *
14592980 TAAAACGATTTGAAATAGATAATTATT-ATAATAGTCTTTAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAAC
66 CATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAGTC-ATAACTATTTGAAATTGTTCGG-AAAC
* * * * *
14593044 ACATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA
128 ATATTTATTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGAATTATTTTA
* * *** * * * * * *
14593109 -ATCAAATAAGCTTGTATGAAAGGAAGCACTTGTTTTATGATAAAA-TAAAGATCATAAAGATTT
192 TTTGAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * * * * *
14593172 GAGATAGATAATTGTTCAAATAATCACAAATATTTGAACTATTTCGGTAAATAGATTT-TGTTTT
257 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTT-GGTAAACATATTTAT-TTTT
* * ** *
14593236 TAAATCTCTTATTAATTATCAAAATATTAATAGATCA-TAATTATTTTATTCTAAATAATTTTAC
320 TAAATCTCTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTC-AAATAAGCTTAT
* * * * * *
14593300 ATGAACAGAAACAATTGTTTTACAACAAAACCAAATGTCATTATGATTTGAAATAGATAA-TAGT
383 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTA-T
* *
14593364 TCAAAT-GAACATGACTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTTAAACTT
447 TCAAATAG-TCATGACTATTTAAACTTGTTTGGTAAA-AATATTTATTTTTTAAATCTT-TACTT
* * * * *
14593427 ATTAATTTTTAGAATACTAATAAATTACTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAA
509 ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAA
*
14593492 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTCAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT
574 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATT-GAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT
* *
14593557 AACTATTTAAACTTGCTCGGTAAACA-ATTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA
638 AACTATTTAAACTTGTTTGGTAAACATA-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA
*
14593621 ATTTTAATAAATTAG
702 ATATTAATAAATTAG
* * *
14593636 TATTATTTTATTTTAAAAAAGATTTTATGAAC-AGAAATAATTGGTTTT-TGACTAAACAAAAGG
1 TATTATTTTATTTTAAATAAGCTTTTATGAACAAGAAATAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * *
14593699 TCATAATGATTTGAAATACATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATGTGTTCAGAAAAC
65 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAT-TGTTC-GGAAAC
14593763 ATATTTA-TTTTTAAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-AATTATTTT
128 ATATTTATTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAA-TTAGAATTATTTT
* * * *
14593824 ATTTGAAATAAGCTTGCATGAAC-AAAACCAGTTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGTT
191 ATTTGAAATAAGCTTGTATGAACTAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * *
14593888 TTGAAATAGATAATAATTTAGATAGTCATAACTATTTTAACTTATTTGATAAATATATTCT-TTT
255 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTTGGTAAACATATT-TATTT
* * * * *
14593952 TTTAATTTTCTTAGTCACTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATCTTACTTCAAATAAG
318 TTTAAATCTCTTA-T---TAATTATCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAG
* * * * *
14594017 CTTATATGAATTGAAACAAGTGTTTTATTACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
378 CTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAA
* **
14594082 TTATTCAAATTGTCATGACTATTTAAACTTGTTTGGTAAAAATATTTATTTTCAAAATCATTTAC
443 TTATTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTTGGTAAAAATATTTATTTTTTAAATC-TTTAC
* * * * * * *
14594147 TTATTAATTGTCAAAATATTTATCAATTAATATTTTTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAATAGA
507 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGA
* * * ** *
14594212 AATAATTGTTTTATTACAAAACAAAA-AGTCATAACAAGTTGAAATAACTAATTGCTCAAATAGC
572 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACAA-TTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
* * * * * *
14594276 CACAACGATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTCAATCTTTTACTAATTAATTATCT
635 CATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-T
* *
14594341 T--AATATTAACAAATTTG
698 TGAAATATTAATAAATTAG
* ** * * *
14594358 TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTAGATGAACAAAAAAAAAATTTCTTTTATGACAAAACAAAAG
1 TATTATTTTATTTTAAATAAGCTTTTATGAAC-AAGAAATAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * ** *
14594423 GTTATAGCT-ATTTCAAATAGATAATTATTCAAACAGTCTTAATTATTT-AAATTTGTTTTGTAA
64 GTCATA-ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAA-TTGTTCGGAAA
* * * * *
14594486 -ATAGTCATTTTTT-AAATCTCTTTA-TTATTAATTTTTTTATTATTAATAAATTAGTATTATTT
127 CATATTTATTTTTTAAAATCTC-TTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGAATTATTT
* * * * * *
14594548 TATTTTG-AATAAGTTTATATGAACTGAAAACAATTCTTCTGTGACAAAACAAAAGGTCATAATA
190 TA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * *
14594612 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATTGTTATGATTATTTGATCTAGTGTGGTAAACATATTTATT
253 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTTGGTAAACATATTTATT
* * * *
14594677 TTTAAAAATTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAA
317 TTT-TAAA--TCT-CTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCAAATAA
* * * * * * *
14594742 GCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTCAAAATAATTTGAAATAAATA
377 GCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATA
* * * * ** * * *
14594807 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTAGTTTCATACATAGATTTATTTTTTAAATC---AC
442 ATTATTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTTGGTAAAAATATTTATTTTTTAAATCTTTAC
* * * * * *
14594869 TTATTAATTTTTGATATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTCCAAATAAACTTATATGAACAAA
507 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGA
* * * * ** * *
14594934 AACATTTGTTTTATGACAAAACAACAAG-TAATAATGATTTGAAATGTATAATTGTTAAAATAGT
572 AACAATTGTTTTATGACAAAACAA-AAGATCATAA-CAATTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
* * * * * * * *
14594998 -ATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAATATAATTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTG
635 CATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
*
14595062 AAATATCAATAAATTTA-
700 AAATATTAATAAA-TTAG
* ** * ** ** * * *
14595079 TTTTATTTTATTTCGAATAAACTAGTATGAA-TTGAGAA-AATTCTATTATGACAAGACAAAAGG
1 TATTATTTTATTTTAAATAAGCTTTTATGAACAAGA-AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * * * * *
14595142 TCATAACGATTTGAATTAGATAGTTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGACAAACA
65 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTCG-GAAACA
* * * * * * *
14595207 AATTTATTTTTT-AAATCCCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTGTTTTAT
129 TATTTATTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGAATTATTTTAT
* * * * * * * **
14595271 TTCG-AATAAGTTTCTTTGAACAAAAATAATTGTTTTATGACATAACAAAAGGTTATAACAATTT
193 TT-GAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * * ** * *
14595335 GAAGT-GTAGAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAGTAAGCAAATTTATTTTT
257 GAAATAG-ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTTGGTAAACATATTTATTTTT
* ** * * * **
14595399 TAAATCTCTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTATTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGCA
320 TAAATCTCTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTATA
* * * * * * *
14595464 TGATTA-AAAGCAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTGATAACAATTTGAAATATATAATTATT
384 TGAATAGAAA-CAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATT
* ** * * * * **** ** * * * * * *
14595528 GAAATAACCATAATTATGTGAACCAACTCAGCAAATAGATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATT
448 CAAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTTGGTAAAAATATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATT
** * *** *
14595593 AATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACA
512 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACA
* * * * * *
14595657 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGCTCATAACGATTTTACATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA
576 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAC-AATTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAA
* * * * * * ** *
14595722 CTATCTAAATTTATTCGATAAACAAATTTATTTTTTTAAA-CTCCTGCTTATT-A----T----T
640 CTATTTAAACTTGTTTGGTAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAT
14595777 -TT--T---TTA-
704 ATTAATAAATTAG
** * ** * * *
14595783 -A--A----ATTTTGGATAAGCTTTTATGGA-TTGAAACAATTATTTTATGTCAAAACAAAAGGT
1 TATTATTTTATTTTAAATAAGCTTTTATGAACAAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * *
14595840 CATAATGATTTCATATAAATAATTGTTCAAAGAGTCATAACTATTT-AAACTTGTTTGGTAAACA
66 CATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAA-TTGTTCGG-AAACA
* * * ** * * * *
14595904 AATTTATTTTTTTCAAATCTTTTACTTATTAATTTTCCAAATGTTCATAAATTTGGATTATTTTA
129 TATTTA-TTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTA
* * * * * *
14595969 TTCTG-AATAAGCTTGTAAG-ACATGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGT-TTGAATGA
192 TT-TGAAATAAGCTTGTATGAAC-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AATGA
* * ** * * * * *
14596031 TTTGAAATAGATAATTATTCTAATTGTTTTAACTATTAGATCTGCTTTAGTAAACACATTTATTT
254 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTTGGTAAACATATTTATTT
* * * * * * * ** * *
14596096 TTTAGATCACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAG-GTT-TTTTAACCGAATAAGCTTTT
318 TTTAAATCTCTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAATAAGCTTAT
* * * * ** * * *
14596159 ATGATTAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATTTTAATGATTT-AAGATTGATAATTGT
383 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAA-ATAGATAATTAT
* * * * * * * * *
14596222 TCAAATAGTTATAATTATTTGAA-TTGGTTTTGTAAATAGATTTATTGTTTAAATCTGTTACCTA
447 TCAAATAGTCATGACTATTTAAACTT-GTTTGGTAAAAATATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTA
* * *** * * * *
14596286 TTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGATTAAAAAA
510 TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGA--ATAGAA
* * * * * * *
14596351 ACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCA
573 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA-CAATTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCA
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14596416 TAATTATTTTAAC-TGATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAATTTTTTTACTTATTAATTTAGGA
637 TAACTATTTAAACTTG-TTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
*
14596480 AATATTAAGAAATTAG
701 AATATTAATAAATTAG
** * ** * * * * * **
14596496 CCTTATTTTATTCTATCTAAGCTTGTATTAAC-TGAAACAATTGTTTTATGAGAAATTAAAAGGT
1 TATTATTTTATTTTAAATAAGCTTTTATGAACAAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * * * * *
14596560 TATAACGATTTTAAATAGACAATTATTCAAATAATAATAACTATTTGAACTTGTTAAGTAAACAA
66 CATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTT-CGGAAACAT
* * * *
14596625 ATTTATTTTTT-AAATCTCTTTCTTATTAATCTTCTGAA-AGTTAATAAATTAGTATTAATTTAT
130 ATTTATTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTTGAATA-TTAATAAATTAGAATTATTTTAT
* * ** * * * * *
14596688 TTTATATAAGCTTGTAAAAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAATGGTCAAAATGATTTG
193 TTGAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * * * * ** * *
14596753 AAGTATATATTTATTCTAATAGTCTTAACCATTTAAAATGATTCAGTAAATAAATTTATTTTTTA
258 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTTGGTAAACATATTTATTTTTTA
** * *
14596818 AATCTCTTACTT-ATTAGTTTTTAAATATT-ATGAAATTAGTATTAGTTTAATAT-GAATAAGCT
322 AATCTCTTA-TTAATTA---TCAAAATATTAAT-AAATTAGTATTA-TTTTAT-TCAAATAAGCT
* ** * * * * * * * *
14596880 TGTACAAACA-AAACAATTATTTTATGACAAAAGAAAAGCTCATAACAATTTAAAATAGATAATC
380 TATATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATT
* * ** * ** * ** * *
14596944 ATTTATATAGTTTTAACTA-TTAGAA-TTGGTTCAGCAATTATATTTATTTTTTTTAAT-TTTCT
445 ATTCAAATAGTCATGACTATTTA-AACTT-GTTTGGTAAAAATATTTA-TTTTTTAAATCTTT-A
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14597006 CGATTATTAAGTTTTGAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTATTTGAACA-AAA-TAGTAT-AA
506 C--TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAA-ATAAACTTGTATGAA
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14597068 GTAGAACCAATTATTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
568 -TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA-CAATTGAAATAAATAATTATTCAAA
* * * * * * *
14597133 TAGTTAAAATTATTTGAAA--TGATTTGGCAAGCATATTT-TTTTTAAAATCTCTTA-TTGATTA
631 TAGTCATAACTATTT-AAACTTG-TTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT-ATTA
* *
14597194 ATTTTTAAAATTTTAATAAATTAG
693 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * * * * * *
14597218 TATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATTAACAA-AAACAATTGTTTTGTAACAAAATGAAAA-G
1 TATTATTTTATTTTAAATAAGCTTTTATGAACAAGAAATAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGG
* * * * * * * * **
14597281 TAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTACAAATAGTTATAATTATTTGAACTAGTTTCGTAAGTA
65 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTG-TTCGGAAACA
* * * **
14597346 GAATTATTTTTT-AAATATCTTA--TA--AATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTA
129 TATTTATTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAA-TTAGAATTATTTTA
* * * * * * **
14597405 TTTCAAATAAGCTTCTATGAGCTTAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGG-CTATAACAATT
192 TTTGAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAATGATT
* * * * * * ** *
14597469 TGAAATAAATAATTTTTCATATTGTCTTAATTATTTGAACTGGTTCG-ACAA-ATGGATTTATTT
256 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTGGTA-AACAT--ATTTATTT
* * * * * * *
14597532 TTTAAATCTCATAGTTATTTATTTTCAGAATATCACTAAATTATTATTATTATTTTATTTCGAAT
318 TTTAAATCTC----TTATTAATTATCAAAATATTAAT-AA--ATTAGTATTATTTTA-TTCAAAT
* * ** * ** * * *
14597597 AAGTTTGTATGAGCAGAAAACAATTGTTTTATGATGAAGC-AAAGGTTATAACAATTT-AAATAG
375 AAGCTTATATGAATAG-AAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAG
* * * * * * * **** * * *
14597660 ATAATTGTTTAATTAGTCATAACTATTTGAACTGGATCAACAAATAGATTTCTTTTTTAAATC-T
439 ATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTTGGTAAAAATATTTATTTTTTAAATCTT
* * * *
14597724 T--TTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAGAA-AAAGCTTGTTTG-
504 TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA-AATAAA-CTTGTATGA
* * * * * * * * * * * *
14597784 TTGAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTAAAATAGATAGTTGTTTAA
567 AT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA-CAATTGAAATAAATAATTATTCAA
* * * * *
14597849 ATGGCCA-AGATTATTTGAA-TTGATTTAGTAAA-ATGATTTATTTTTTAAATC---T-C---TT
630 ATAGTCATA-ACTATTTAAACTTG-TTTGGTAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
*
14597904 AATTTTTGAAATATTAATAAAGTAG
692 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
*** * * *
14597929 TATTATTTTATTTTGGTTAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAAACAAATGG
1 TATTATTTTATTTTAAATAAGCTTTTATGAACAAGAAATAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGG
* * * *
14597993 TTATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACA
65 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTCGG-AAACA
* * * * *
14598058 TATTTATTTTTTCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTAT
129 TATTTATTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTAT
* * * * * * ** * *
14598123 TTCAAATAAACTTGTATGAATTGAAATAATTATCATATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTG
193 TTGAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * ** **
14598188 AAATAGATAATTATTCAACTAGTCTTAACTATTTGAACTATTCAGTAAATC-CGTTTATTTTTTA
258 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTGGTAAA-CATATTTATTTTTTA
* * * * *
14598252 AATCTCTTGTTAATTATCATAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCTGAAA-AAGCTTGTAT
322 AATCTCTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTAT-TCAAATAAGCTTATAT
* * * * * *
14598316 G-ATAAAAAACAATTGTTTTATAAGAAAA-TAAAGATCATAACAATTTGAGAT---TAA-TATT-
385 GAAT-AGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * * * *
14598374 ---T-GT--T--C-ATTTGATCTAGTTTGGTAAACATATTTGTTTTTTAAAT-TTTACTTATCAG
449 AAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTTGGTAAAAATATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAA
** * * * ** * * * *
14598429 TTTCAAAAAAATTAATAAATTAGAATTATTTTAATCTGAAGAAGCATGTATGAACAGAAAC-ATT
514 TTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATT
* * * * * * **
14598493 ATTTTATAACAGAACAAAAAATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTA
579 GTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA-CAATTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * * *
14598558 TTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTCATATTTGAAATATTA
643 TTTAAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
*
14598619 ATAGATTAG
708 ATAAATTAG
** ** * * **
14598628 TATTGCTTTATTCCGAACAT-A-CTTATATGAATAA-AAATGTTTGTTTTATGACAAAACAAAAG
1 TATTATTTTATT-TTAA-ATAAGCTTTTATGAACAAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * *
14598690 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAATCATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAAT
64 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTCGG-AAAC
* ** * **
14598755 AGAAGTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTT
128 ATATTTATTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATT-AGAATTATTTT
** * * * * * *
14598818 ATTCCAAATAAGCTAT-TGTGAATTAAAAAAAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAC
191 ATTTGAAATAAGCT-TGTATGAACT--AAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * * * * * *
14598882 GATTTGAAATAGATAATTGTTTATATAGTCTTAAATATTTGAACTAGTTCGGCAAATAAATTTAT
252 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTTGGTAAACATATTTAT
* * *** * * * **
14598947 TTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAATATTATTTTATTTTGAATA
316 TTTTTAAATCTC----TTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATA
* * * * * * * * **
14599012 AGCTTATATGAAGAAAAATAATTATTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGTTTA
376 AGCTTATATGAATAGAAACAATT-GTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGA
* * * ** * *
14599077 TAATTGTTCAAATAGTCTTTG-CTATTTGAA-TTAGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAACTAT
440 TAATTATTCAAATAGTC-ATGACTATTTAAACTT-GTTTGGTAAAAATATTTATTTTTTAA--AT
* * * * * * * *
14599140 C-TTATTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGAATG
501 CTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATG
* * * * * * * * *
14599204 -TTCA-AATACAATTGTTATATGAAAAAACAAAAGGTGATAGCAATTTAAAATAGATAATTGTTC
566 AAT-AGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAA-TTGAAATAAATAATTATTC
* * * * * * * * * *
14599267 ACATGGCCATAATTATTTGAA-TTGATTTGATAAACAGATTCACTTTTTAAA----TAACTTATT
628 AAATAGTCATAACTATTTAAACTTG-TTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
*
14599327 AATTTTTGAAATGTTAATAAATTAG
692 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
** * ** * * *
14599352 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTCTATGAA-TTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATGGT
1 TATTATTTTATTTTAAATAAGCTTTTATGAACAAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * * * *
14599416 CATAACGATTTCAAATAGATAATTGTTCATATACTCTTAACTGTTTG-AATTGCTACAGTG-AAT
66 CATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTG-TTC-G-GAAAC
* * * * * *
14599479 AGATTTATTTTTT-AAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGATTATTATTAAATTAGTATTATTTAA
128 ATATTTATTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGAATTATTTTA
** * * * ** * * * ***
14599543 TTCCAAATAAGCTTATACGAACTGAAACAATTAG-TTTACAATATAACAAAAAGGTTATAGCAAT
192 TTTGAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATT-GTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGAT
* * * * *
14599607 TTAAAATAGATAATTGTTCAAATA---AGAACTGA-TT---C-A----GTAAGCAGATTTATTTT
255 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTATTTGGTAAACATATTTATTTT
* ** * * *
14599660 TTAAACCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAATATTATTTTATTCAAAATAGGC
319 TTAAA--T-CT-CTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGC
* * * **
14599725 TTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGAA-AAAACAAACA-TTTGTAA-AGATTTGAAATAGA
379 TTATATGAAT-AGAAACAATTGTTTTAT-AACAAAACAAA-AGGTCATAATA-ATTTGAAATAGA
* * * * *** *
14599786 TAATTGTTCAAAT-GGCTATAATTATTTAAAC-CAATTCG-----ATGA---ATTTTTTAAATCT
440 TAATTATTCAAATAGTC-ATGACTATTTAAACTTGTTTGGTAAAAAT-ATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * * ** * * * * * *
14599841 CTAATATATCAAATTTTGAAGTACCAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAGATAAGCTTTTATGA
503 TTACT-TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGA
* * * ** * * *
14599906 ATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTATTCAAA
567 ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATA-ACAATTGAAATAAATAATTATTCAAA
* * * * * * **
14599971 TGGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAAAT-TTGCTGTTTATTAA
631 TAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTT-AAATCTT-TTACTTATTAA
**
14600035 TTTTCT-AAATGCTAATAAATTAG
694 TTTT-TGAAATATTAATAAATTAG
* * * * * * * *
14600058 AATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAAC-TGAAA-ATACTATTTTATGAC-AACCAAAAGG
1 TATTATTTTATTTTAAATAAGCTTTTATGAACAAGAAATA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * *
14600120 TCAGAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA
65 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
14600170 CTGATTTAGC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
694 2 0.00
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Consensus pattern (716 bp):
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TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATC
TCTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAATAAGCTTATATGAATAG
AAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
CATGACTATTTAAACTTGTTTGGTAAAAATATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTAA
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
GACAAAACAAAAGATCATAACAATTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT
TGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
G
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Alignment explanation
Indices: 14591628--14595780 Score: 1213
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14591618 TTCTAAATCT
* * * * * * * * **
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* * * * * ** * * **
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* * * * * ** * * *
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* * * * * * * * * * * *
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192 A-AAGATCAATAAATTTATT-TTATTTTATTTCGAATAAACTAGCATGAA-TTGAAAAAATTCTA
* * * *
14591885 TTATGA-TAGA-ACAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-AAGTCATAACTAT
254 TTATGACAAGACA-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAA-CCATAACTAT
* * * *
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317 GTGAAC-A-ACTCAGACAAACA-AATTCACTTTTTAAATCACTTA
** ** * * * * ***
14591985 CTTATTAATTCGTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATGTAGAA-ATGCTTGTATGTTGAA
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* * * * * * * *
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66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTT-GAAT-GTATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * ***
14592113 CCATGATTATTTGAA-TTGATTCATTAAATTGATTTATTTTTTAAATCT-CTTGTTTATTAATTT
129 TCATAACTATTTAAACTAG-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTAC----TTATTAATTT
* * * * * * * *** * *
14592176 TTGAAATATTAATAAA-GTAGTATTATTCTATTT-TAGATAAGCTTTTACGAACT-AAAACAATT
189 TTGAAAGATCAATAAATTTA-TTTTATTTTATTTCGA-ATAAACTAGCATGAATTGAAAA-AATT
* * * * ** * * * *
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251 CTATTATGACAAGACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAACCATAACTA
* *** ** ** * * * * *
14592303 TTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCATG
316 TGTGAACAACTCAGACAAACAAATTCACTTTTT-AAATCACTTA
* * * * * * *
14592347 CTTATTAATTTTTTGAATGTCAATAAATTAATATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAACT
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTATATGAACA
* * * * * * * *
14592411 GAAATAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTCAA-AATGATTTGAAATAG-ATAATTATTCTAAT
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-AATAACGATTTG-AAT-GTATAATTGTTCAAAT
* * ** * ** *
14592474 AGTCTTAACTATTTGAACT-GATTTGGCAAACCTATTTATTTTTTAAATCT-CTTATTAA-TTAT
127 AGTCATAACTATTTAAACTAG-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTT
* * * * * * * * ** *
14592536 CAGAATATTATTAAA-TTAGTATTATTTTTATTT-GAATAAGCTTGTATG-ATAAAAAAACAATC
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* * * * * * ** * * ** *
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252 TATTATGACAAGACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAACCATAACTAT
* * **** * ** * * * *
14592662 TTAAAGTGGTTCAGA-AAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTG
317 GTGAA-CAACTCAGACAAACAAATTCACTTTTTAAATCACTTA
* * * * * * * ***
14592704 CATATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATT-TTTTATTTCAAATAAGTTTTTATAAATTG
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACAA
* * * * * *
14592768 AAACAATTGTTTTATGATAGACCAAAAGGTCATAACGACTTTAAATAG-ATAATTATTCAAATAG
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGA-TTTGAAT-GTATAATTGTTCAAATAG
** *
14592832 TTCA-AATCTATTTAAACTTA-TTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCT-CTTTCTCATTAAT
129 -TCATAA-CTATTTAAAC-TAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTAC--T-T-ATTAAT
* * * * * * * * *
14592894 TTTTCGAATG-TTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCTGAATGAGCTTGTATGAATTGAAATAAT
187 TTTT-GAAAGATCAATAAATTTATTTTATTTTATTTC-GAATAAACTAGCATGAATTGAAAAAAT
* * * * * * * **
14592957 TGTTTTATGACTAA-ACAAAAAGTTAAAACGATTTGAAATAGATAATTATT-ATAATAGTCTTTA
250 TCTATTATGAC-AAGACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATA-ACCATA
* ** * * * * *
14593020 ACTATTTGAACTAGTTC-GGCAAACACATTTATTTTTTTAAATCTCTTA
312 ACTATGTGAAC-AACTCAGACAAACAAATTCA-CTTTTTAAATCACTTA
* * * * *
14593068 CTTACTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-ATCAAATAAGCTTGTATGAA-AG
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACA-
* * * * * * * *
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65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGA-AT-GTATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * * * **
14593194 ATCACAAATATTTGAACTATTTCGGTAAATAGATTT-TGTTTTTAAATCT-CTTATTAATTATCA
128 GTCATAACTATTTAAACTAGTTCAGTAAACAAATTTAT-TTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTG
* * * * * * ** ** * * *
14593257 AAATATTAATAGA-TCATAATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTA-CATGAACAGAAACAATTGTT
192 AAAGATCAATAAATTTAT-TTTATTTTATTTC-GAATAA-ACTAGCATGAATTGAAAAAATTCTA
** * * * * ** *
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254 TTATGACAAGACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAAT-AACCATAACTAT
* * *** ** ** * *
14593382 TTAAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT--CTTAAA
317 GTGAACAACTCAGACAAACAAATTCACTTTTTAAATCACTT--A
* * * * ** * * *
14593424 CTTATTAATTTTTAGAATACTAATAAATTACTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAG
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* * * ** ** *
14593489 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTCAAAATAAATAATTATTCAAATAGT
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATT-TGAATGTATAATTGTTCAAATAGT
* * * *
14593554 CATAACTATTTAAACTTGCTCGGTAAACAATTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
130 CATAACTATTTAAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC---TACTTATTAATTTTTG
** * * * * * *** ** * *
14593619 AAATTTTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTT-TAAAAAAGATTTTATGAACAGAAATAATTGGT-
192 AAAGATCAATAAATTTA-TTTTATTTTATTTCGAATAAA-CTAGCATGAATTGAAAAAATT-CTA
* ** * * ** *
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* * **
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* * * * * * ** * *
14593847 AAAACCAGTTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAG-ATAATAATTTAGAT
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* * * * * * *
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127 AGTCATAACTATTTAAAC-TAGTTCAGTAAACAAATT-TATTTTTTAAATCTACTTA-T---TAA
* * * * * * * * * *
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* * * * * * ** *** *
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* * *** ** ** * * *
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* *** * * * * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * ***
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* * * * * * * ** *
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* * ** ****** * *
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313 CTATGTGAACAACTCAGACAAACAAAT--TCACTTTTTAAATCAC-TTA
** * * * *
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* * * * ** * *
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* * * * * * * * * *
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** * * * * * * * * * * * *
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* * * * * * **
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* * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * *
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* * *
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* * * * ** * *
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*** ** * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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*
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* * * *
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* * * *
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* *
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* * * **
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1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACAA
* * * * **
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66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGA-ATGTATAATTGTTCAAATAGT
* * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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** * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * ** * * ** * * *
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* *** * *
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* * * * * *
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* ** *** * * * * *
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* * * * * * ** * *
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* * * * * *
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* ** * * * * * **
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* * * *** * * * *
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* * * *
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* ** * * * * * * * * *
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** * * * * * * *
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* * * *
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* * * ** *
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* * ** * * * * * *
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* * * *
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* * ** * ** *
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* * * * * * * * *
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* * ** * * **
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* * * * * * * *
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* *
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***
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* * * * *
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* * ***
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* * * * *
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* *
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* * *
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* *** * * ** * * *
14598131 AA-CTTGTATGAATTGAAATAATTATCATATGAC-TAAACAAAAGGTCAA-AATGATTTGAAATA
1 AAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAAACAAAAGGT-AATAATGATTTAAAATA
* * * * *
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* * * * *
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* * * * * ** * *
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1 AAGCTTTTATGA-ACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAAACAAAAGGTAATAATGATTTAAAATA
* * * * *
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** * *
14598533 ATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTT-G-ATAAATAGATTTATTTTTTAAATC
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* * ** **
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* * * *** * * *
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1 AAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAAACAAAAGGTAATAATGATTTAAAATAG
* * ** * * **
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* * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * * * ** * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * ** * * *
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* * * * ** *
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* * * * * * *
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126 ATC-----TCTTAATTCTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTAGAAA
** ** * * * * ***
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1 AAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAAACAAAAGGTAATAATGATTTAAAATAG
* * * * * *
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* * * * * *
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* *** * * * * * *
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1 AAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAAACAAAAGGTAATAATGATTTAAAATAG
* * * * ** *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * ** * * * * * *
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* * * **
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* * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * ** * ** *
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* * * * ** * * *
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* * * * ** * *
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* * * * *
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** * * * *
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* * * * * * ** ** *
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* * * * *
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** * * ** * ** * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * ** * *
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* *
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* * * * *** * * * *
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1 ATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * * * *
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*
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* * * * **
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* * * * * * * * ** *
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* * * * * * * *
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* *** ** * * **
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* * * * **** *
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*
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* * * * *
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* * * * * *
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* ***
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* * * * * * *
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* * *
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* * *
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* ** * * *
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* * * * * *
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* * *** * * * *
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* * ** * * * **
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* * * *
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* ** *
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* ** ***
14598645 CAT-A-CTTATATGAATAAAAATGTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
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* * * * * **
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65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC
* * *
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* * * * * * * *
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* * * * * **
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** * ** ** *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* ** * **
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* * * * * * *
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* *
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14601105 ATAGTTATGA
*
14601115 CTATTTGAAAA-ATTAT
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1 CTATTTCAAAACATTAT
14601148 AACCTTTTGT
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CTATTTCAAAACATTAT
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* * * * *
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** * * *
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* * * * * * ** *
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* ** * * * * * * * * *
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* *
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*** ***
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* *** * * *** *
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* * *
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** * * *
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1 CAAATAGGT-ATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGTCATA
* * *
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* * * **
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* * * *
14601102 CGAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAAACATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
1 CAAATAGGTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTGTCATA
* ** * ** **
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* *
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128 AAAAATTAATAAGTAAAAATT--AAAAAATAAATAT-GTTTCTAAACAAGTT
* ** *
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1 CAAATAGGTATGA-CTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTGTCAT
** * * * * * * * *
14601347 AAACCAATTGTTTCTATTCACACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTT
64 AAAATAATTGATTCAAGTCATAGAAGCTTATTTAAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTG
* * *** *
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128 AAAAATTAATAAG-TA-AAAATTAAAAAATAAA--TATGTTTCTAAACAAGTT
* * ** * *
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1 CAAATAGGT-ATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTGTCAT
* * * * * ** * * *
14601527 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
64 AAAATAATTGATTCAAGTCATAGAAGCTTATTTAAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTG
* * * * * * * * * *
14601592 AAGAATTAGTAAG--AGATTTAAAAACTAAATCTATCTATGAAACCAGTT
128 AAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAATAAATATGTTTCT-AAACAAGTT
* * * *
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1 CAAATAGGTATGACTATTTGAAAAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTGTCAT
* * ** * * ** * * * * *
14601703 AAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAGTAAAATATTCCTAAATTAATAATATTCT
64 AAAATAATTGATTCAAGTCATAGAAGCTTATTTAAAATAAAATAAT-ATAATTTATTAATATT-T
* * * * * * * *
14601768 -AAAAAGTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATGTGTTTATTGAGCTAGTT
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* * * * * ** *
14601820 TAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTAGTTATA
1 CAAATAGGTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT-GTCATA
* * * * * * *
14601885 AAATAATTGTTTC-AGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAACTCTAATTAATTAACATTT-
65 AAATAATTGATTCAAG-TCATAGAAGCTTATTTAAAATAAAATAA-TATAATTTATTAATATTTG
** * * * *
14601948 AGAAAATTAATAAACAAGATATTTAAAAAAATAATTTTGTTTACCAAACAAGTT
128 A-AAAATTAATAAGTAA-A-AATT-AAAAAATAAATATGTTT-CTAAACAAGTT
* * * * * * *
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1 CAAATAGGTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTGTCATA
* ** * ** * * * *
14602067 AAACAATT-ATTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAGTAAAATAATATTACTTTACTAATATTTT
65 AAATAATTGATTCAAG-TCATAGAAGCTTATTTAAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTG
* * * * * **
14602131 AAAAATTGATAAGTTAGACATTTAAAAAATAAGTCAAT-TTAT-TGAATTAGTT
128 AAAAATTAATAAG-TA-AAAATTAAAAAATAAAT--ATGTT-TCTAAACAAGTT
* ** * * ** * * *
14602183 TAAATAATTATGGCCATTTGAGCAATTATGTATTTCAAATCATTATGAACTTTAGTTTTGTCATA
1 CAAATAGGTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTGTCATA
* * * * **
14602248 AAACAATTGCTTTCCA-TCATACAAG-TCTA-TTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
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* * * * * * *
14602310 CAAAAATTAATAAG--AGATTTAAAAAATAAATCT-ATT-T-ATC--GAT
127 GAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAATAAATATGTTTCTAAACAAGTT
* ** * * * * *
14602353 C---CA-GT-T-TTTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTCTATTATA
1 CAAATAGGTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT-TGTCATA
* * * * **
14602412 AAATAATTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCC
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* * * ** ** **
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128 AAAAATTAATAAGTAAAA-A-TTAAAAAATAAATATGTTT-CTAAACAAGTT
* * * * * * *
14602528 TAAATAGTTAAGA-TCATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCAT
1 CAAATAGGTATGACT-ATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTGTCAT
* ** * * * *
14602592 AAAATATTTTTTTC-AGCTTATATAAGCTTATCTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
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* * * * * * * * **
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** * * * *
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1 CAAATAGGTATGA-CTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTG-TCAT
* * *** * * * *
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* * * * * * *
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125 TTGAAAAATTAATAAGTAA-A-AATTAAAAAATAAATATGTTT-CTAAACAAGTT
* ** * ** * * *
14602886 CAAATAGTTATGGTTATTT-AAACAATTGTAAACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCGT
1 CAAATAGGTATGACTATTTGAAA-AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTGTCAT
* *** * * * * *
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* * * * *
14603009 CAAAAATTAATAACTAAAATTTAAAAAA-AAATTTGTTTACTGAATC-AGTT
127 GAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAATAAATATGTTT-CT-AAACAAGTT
* ** * * ** * *
14603059 TAAATATTTAAGACTATATGAACGATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGCCATT
1 CAAATAGGTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT-GTCATA
** * ** ** * * *
14603124 AAATAAGTTTTTTTTTATTTCATACTAGCTTATTTGAAATAAAATAA-ACAAATTTCTTAATATT
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* * * * * * * *
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* ** * * *
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1 CAAATAGGTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTGTCATA
* * *** * *** ** * *
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* * * * * * * *
14603369 -CAAAATT--TAA-TAAAAGATTTAAAAATAAGTCTATTTACCAATCTAGTT
127 GAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTAAAAAATAAATATGTTT-CTAAACAAGTT
* * * * * * * **
14603417 CAAATAGTTATGACTATTT-AAGCAATTATTTATTTCAATTCGTTATGACTTTTTGTTCTATTTT
1 CAAATAGGTATGACTATTTGAA-AAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT-TGTCAT
* ** * * * * ** *
14603481 AAAACAATTTTTTCTATTTATACAAGCTTATTT-GGATCAAAATGATACTAATTTATTAATATTT
64 AAAATAATTGATTCAAGTCATAGAAGCTTATTTAAAAT-AAAATAATA-TAATTTATTAATATTT
* * * * ** * * * *
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127 GAAAAATTAATAAGTA--AAAATTAAAAAATAAATATGTTT-CTAAACAAGTT
* * * * * *
14603598 CAAATA-ATCATGATTATTT-AAGTAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGCCA
1 CAAATAGGT-ATGACTATTTGAA-AAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTGTCA
* * * * * ** *
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63 TAAAATAATTGATTCAAGTCATAGAAGCTTATTTAAAATAAAATAATA-TAATTTATTAAT-ATT
* * * * * * *
14603726 T-AAAAATTAATAA-TAAAGAGATTTAAAAAATGATTCTATTTATTGAATAAGTT
126 TGAAAAATTAATAAGTAAA-A-A-TTAAAAAATAAATATGTTT-CTAAACAAGTT
* ** ** * * * *** * *
14603779 TAAATAATTACAACTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTCTAACCTTTTGTTTTGTCATA
1 CAAATAGGTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTGTCATA
* * * * ** *
14603844 AAATAATAT-TTTCTATTCATAAAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATA-AT-
65 AAATAAT-TGATTCAAGTCATAGAAGCTTATTTAAAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTTG
* * * * *
14603906 AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATATAAATCTATTTATTGAACAAATT
128 AA-A-AATTAATAAGTAAAA-A-TT-AAAAA-ATAAATATGTTT-CTAAACAAGTT
* * * ** * * ** * * *
14603962 TAAATTGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAACTTGTGATGACTTTTTGTTTTGACATA
1 CAAATAGGTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTGTCATA
* * * * * * * *** *
14604027 AAACAAGTGTTTCTATTCATACAAGGTTATTCGTATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCG
65 AAATAATTGATTCAAGTCATAGAAGCTTATTTAAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTT-G
* * * * *
14604092 -ATAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAAAATACATATGTTTATCAAATAAGTT
128 AAAAATTAATAAGTAAAA-A-TTAAAAAATAAATATGTTTCT-AAACAAGTT
* * * * *
14604143 CAAATA-GTCATGACTATTTGAATAGTTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTCTTTTGTAAT
1 CAAATAGGT-ATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTGTCA-
* * * * * *
14604207 TAAAACAATTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTTGAAGTAAAATAATATTAATTTATTAATTTT
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*
14604271 TG-AAAATTAATGAGTAAGATAATTAAAAAA
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14604301 GAATTTGTTC
Statistics
Matches: 2916, Mismatches: 633, Indels: 370
0.74 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
162 1 0.00
163 6 0.00
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Consensus pattern (176 bp):
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AATTAATAAGTAAAAATTAAAAAATAAATATGTTTCTAAACAAGTT
Found at i:14601789 original size:356 final size:356
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14600389 ATAGTATTGA
* * * * * * *
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* * *
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* * * * * * * * *
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* *** * * ** *
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* * * * * *
14600653 AAGATTAGTTTG-ATTAAAATAATACAAATTTAGTAATA-TTAAGACAATTAATAGGTAAAAGAT
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* * * * * ** *
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* * * *
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** * * * *
14600823 T-T-TGT--TACAAGTTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
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* * * * *
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* * * * ** * ** * *
14600946 TAATTATTTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTG--TTGT-AAAAAATGATTGATTCAAGTCATAT
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* * * * *
14601008 AAGTTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATGAGTAAGAGAATT
251 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * * ** *
14601073 AAAATATGAATATGTTAATAGAACATA-TTCGAATAGTTATGA
315 AAAAAATAAATCTATTTATTGAAC-TAGTTTAAATAGTTATGT
* ** * *
14601115 CTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAA-ACATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGGTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGA-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTT
* ** * ** *
14601179 T-TGTTCATGGAAGCTTATTTTC-AATAAAATAATA-TAAATTTACCAATATTTGAAAAATTAAT
64 TCTATTCATACAAACTTA--TTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * ** *
14601241 AAATAAAAATTCAAAAAAATAAATATGGTT-TCTAAA-CACGTTCAAATAGGTAT-ATCTATTTG
126 --A-AAAGATT-TAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACCA-GTTCAAATAGTTATGA-CTATTTG
** * * * *
14601303 AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGCTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCAC
184 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCAT
** * *
14601368 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTTAAAAATTAATAAGTTAGAGAT
249 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* ** * * * *
14601433 TTAAAAAATAAACCTATACACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGT
313 TTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACTAGTTTAAATAGTTATGT
* * *
14601477 CCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTGATATGACATTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGATATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * *
14601541 TATTCATACAAAATTATTCAAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAGTAAGA
66 TATTCATACAAACTTATTCAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAA
* * *
14601606 GATTTAAAAACTAAATCTATCTATGAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
130 GATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
*
14601671 ATCTT-AAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTAT
195 AT-TTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTAT
* * * * * * * *
14601734 TCGAAGTAAAATATTCCTAAATTAATAATATTCTAAAAAGTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTA
259 TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * *
14601799 AATGTGTTTATTGAGCTAGTTTAAATAGTTAAGA
323 AATCTATTTATTGAACTAGTTTAAATAGTTATGT
* * * * *
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** * *
14601898 -AGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAACT-CTAATTAATTAACATTT-AGAAAATTAATA
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* * * * * * *
14601960 AACAAGATATTTAAAAAAATAATTTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAAT
126 AA-AAG--ATTT-AAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * *
14602025 AATTATCTATTTAAAATAAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-ATTTTAGTTCATAA
187 AATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATAC
** * * * * * *
14602089 AAGCTTA-TCCAAAGTAAAATAATATTACTTTACTAATATTTTAAAAATTGATAAGTTAGACATT
251 AAGCTTATTTGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * *
14602153 TAAAAAATAAGTCAATTTATTGAATTAGTTTAAATAATTATGG
314 TAAAAAATAAATCTATTTATTGAACTAGTTTAAATAGTTATGT
* * * * * *
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGA-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TT
* * **
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* * *
14602323 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGATCCAG------T--TT-T---TATTTGAACAATTAT
128 AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * *
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* * * * * *
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** ** * *
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* * * * * * *
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGATATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * *
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* * * ** * * *
14602668 AATGATTTAAAAAGTGAATCTATTTACCAAATTAGTTCAAATAATTATGACCT-TGTCAACAATT
128 AA-GATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATT
* * * *
14602732 ATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTG-TTTGATCATATAACAATTGTTTTTGA-CCAGT-CAA
191 ATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTTT-ATTCA-TACAA
*
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253 GCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
*
14602858 AAAAATAAATCTGTTTATTGAACTA-TTTCAAATAGTTATGGT
316 AAAAATAAATCTATTTATTGAACTAGTTT-AAATAGTTAT-GT
* * ** * * * *
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGA-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * ** * * * *
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65 CTATTCATACAAACTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA--
* * * * * * * * * *
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128 AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * *
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192 TCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA--TTGTTTTTA-TTCATACAAG
* * *
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* * * * * * *
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* * * *
14603255 CTATTTTAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGA-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * ** * * *
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65 CTATTCATACAAACTTA-TTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * *
14603382 AAGATTT-AAAAATAAGTCTATTTACCAATCTAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-AAGCAATTA
128 AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTA
* * * * * ** *
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192 TCTATTTCAAATCATTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TATTCATACAAGC
* * * *
14603508 TTATTTG-GATCAAAATGATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGT-AGTAAATTTAA
255 TTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAA
* ** * * * * * * *
14603571 AACATGCATATGTTTAGTGAACTAGATCAAATAATCATGAT
317 AAAATAAATCTATTTATTGAACTAGTTTAAATAGTTATG-T
* * * * * *
14603612 -TATTT-AAGTAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGCCATAAAAGAATTGTTT
1 CTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATTGATATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * *
14603675 CAATTCATATAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-ATCTAAAAATTAATAA
65 CTATTCATACAAACTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAA-T--TAA
* * ** ** * * ** *
14603739 TAAAGAGATTTAAAAAATGATTCTATTTATTGAATAAGTTTAAATAATTACAACTGTTTGAACAA
125 TAAA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* *** * * * * * *
14603804 TTATCTATTTGAAATTGCTCTAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATAT-TTTCTATTCATAAAA
189 TTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTTTATTCATACAA
* *
14603868 GCTTATTTTG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-ATAAGACAATTAATAAGTAAAAGATT
253 GCTTA-TTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATT
* * * *
14603930 TAAAAAATATAAATCTATTTATTGAACAAATTTAAATTGTTATGA
314 T-AAAAA-ATAAATCTATTTATTGAACTAGTTTAAATAGTTATGT
* * * * * *
14603975 CTATTTGAGCAATTATTTATTTCAACTTG-TGATGACTTTTTGTTTTGACATAAAACAAGTGTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGAT-ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
** * * * * *
14604039 CTATTCATACAAGGTTATTCGTATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCGATAATTAAAAAG
65 CTATTCATACAAACTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT---AA-
* * * ** * * *
14604104 TAAAAGATTTAAAAAATACATATGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAGT
125 TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * *
14604169 TATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTCTTTTGTAATTAAAACAATTG-TTTCAGTTCATATAA
190 TATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAA
* * * * * * *
14604233 GCTTATTTGAAGTAAAATAATATTAATTTATTAATTTTTGAAAATTAATGAGTAAGATAATTAAA
253 GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
14604298 AAA
318 AAA
14604301 GAATTTGTTC
Statistics
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343 1 0.00
344 8 0.00
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352 1 0.00
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Consensus pattern (356 bp):
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ATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
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GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
CTATTTATTGAACTAGTTTAAATAGTTATGT
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Alignment explanation
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14600178 GCAAACACAT
* * * * *
14600188 TTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATTAGTTCAAATAGTTATGACTACTTCAG--CAATTATTT
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* * * * *
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* * * *
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**
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * * ***
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** * * *
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* *
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* * * * ** *
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1 TTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACTAGTTTAAATAGTTATGACTA-TTAGAACAATTATC-T
* * *
14600778 ATTTCAAATTGCTATGACTATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-T-TGT--TACAAGTTTAT
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* * * *
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126 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
*
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* * ** * ** *
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* * * * * *
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* * * *
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381 A-AACCAGT-TT-AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC-TT
* * * **
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** *
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* * * * * * *
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* *
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* * * * *
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** * ** * * *
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* * *
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* * *
14601568 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAA-T-TAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATCTATG
317 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AATTATAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATG
* * * *
14601631 AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTT-AAATCATTATGATCTTTGT
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* * * *
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* *
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509 TAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * * *
14601788 TTTAAAAACTAAATGTGTTTATTGAGCTAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTAT
1 TTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTAT
* * *
14601853 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACATGCTTATTC
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* * * ** * *
14601917 AAAATAAAATAACT-CTAATTAATTAACATTT-AGAAAATTAATAAACAAGATATTTAAAAAAAT
128 GAAATAAAATAA-TACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAAT
* * ** * * * *
14601980 AATTTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAA-TAATTATCTATTTAAAATAA
190 AAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
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255 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAA-CTTATTCAAA-TAAAA
* * * * * * *
14602108 TAATATTACTTTACTAATATTTTAAAAATTGATAAGTTAGACATTTAAAAAAT-AAGTCAATTTA
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** * * * *
14602172 TTG-AATTAGTTTAAATAATTATGGCCATTTGAGCAATTATGTATTTCAAATCATTATGAA-CTT
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** *
14602235 TAGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTTCCA-TCATACAAG-TCTA-TTGGAATAAAATAATACTAA
442 T-GTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTTATTCATACAAGCT-TATTTCGAATAAAATAATACTAA
*
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* * * *
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** * * * * * *
14602380 TTCAAATCATTATAACTTTTTGTTCTATTATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTT
66 TTCAAATTGTTATGAC-TTTTGTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC
* * * * *
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** * ** * * * * *
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* * * * * *
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* * **
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320 ATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTATAGTAAGA-GATTTAAAAAATGAATCTATTTATGAA
** * * * *
14602698 ATTAGTTCAAATAATTATGACCT-TGTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTT-TGT
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* * *
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446 TTG-TCATAAAACAATTGTTTTT-ATTCA-TACAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATACTAAATT
* *
14602823 ATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
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** * **
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1 TTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACTAGTTT-AAATAGTTATGACTA-TTAGAACAATTATCT
* ** * * * * * **
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64 ATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * * *
14602982 ---AA-AAAA-AATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACT-AAA-ATTTAAAAAA-AA
127 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * *
14603039 ATTTGTTTACTGAATC-AGTTTAAATATTTAAGACTATATGAAC-GATTATCTATTTCAAATCAT
192 ATATGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * * * *
14603102 TATGACCTTTTGTTTAGCCATTAAATAAGTTTTTTTTTATTTCATACT-AGCTTATTTGAAATAA
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* * *
14603166 AATAA-ACAAATTTCTTAATATTTCAAAACTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTTTT
316 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA-TT-AT-AGTAAGAGATTTAAAAAATGAA-TCTATT
* * *
14603229 TAT-ATTACCAATTTAAATAATTATGACTATTTTAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCT
377 TATGA-AACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC-
* * * * ** *
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* *
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* * ** * * *
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* ** * *
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* * * * * *
14603512 TTG-GATCAAAATGATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAGTAA-ATTTAAAACA
126 TCGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AAAGATTTAAAAAA
** * * * * * *
14603575 TGCATATGTTTAGTGAACTAGATCAAATAATCATGATTATTT-AAGTAATTATCTATTTCAAATC
189 TAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTAATTATCTATTTCAAATC
* * * * *
14603639 GTTATGATCTTTTGTTTTGCCATAAAAGAATTGTTTCAATTCATATAAACTTATTCGAAATAAAA
254 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAACTTATTC-AAATAAAA
* * * *
14603704 TAATACTAATTTATTAATAATCTAAAAATTAATAATAAAGAGATTTAAAAAATGATTCTATTTAT
318 TAATACTAATTTATTAAT-ATTTCAAAATT-ATAGT-AAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTA-
** * * *** *
14603769 TGAATA--AGTTTAAATAATTACAACTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTCTAACCTTT
379 TGAA-ACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC-TT
* * * *
14603832 TGTTTTGTCATAAAATAATAT-TTTCTATTCATAAAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAAT
442 TGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACTAAA-
*
14603895 TTATTAATA-ATAAGACAATTAATAAGTAAAAGA
505 TTATTAATATTTAA-A-AATTAATAAGTAAAAGA
* * * * * * *
14603928 TTTAAAAAATATAAATCTATTTATTGAACAAATTTAAATTGTTATGACTATTTGAGCAATTATTT
1 TTT-AAAAA-ATAAATCTGTTTATTGAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCT
* * * * *
14603993 ATTTCAACTTGTGATGACTTTTTGTTTTGACATAAAACAAGTGTTTCTATTCATACAAGGTTATT
64 ATTTCAAATTGTTATGAC-TTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * * * * * *
14604058 CGTATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCGATAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAAAATAC
127 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
* * *
14604123 ATATGTTTA-TCAAATAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAA-TAGTTATCTATTTCAAATCAT
192 ATATGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * *
14604186 TATGATCTTTTCTTTTGTAATTAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGAAGTAAAAT
256 TATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAACTTA-TTCAAATAAAAT
* * * * * * * *
14604251 AATATTAATTTATTAATTTTTGAAAATTAATGAGTAAGATAATTAAAAAA-GAATTTGTTCACTG
319 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAATT-AT-AGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTA-TG
* * **
14604315 AATA--AGTTTAAAT-AGTATGACCT-TTTG------T-T-T-TGTC--AT-A--A-AACAATTG
381 AA-ACCAGTTTAAATAATTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTG
* ** ** ** * * *
14604361 GTTT-T-ATTAATGCAA--G--TTTATT--TGGAA--TTAAAT--AATTTAAAT-TTATTAATAT
444 TTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTCGAA-TAAAATAATACTAA-AT
* * *
14604413 T-TCAAAAATT---AA-TAAGT-A--AAA---
506 TATTAATATTTAAAAATTAA-TAAGTAAAAGA
* * * * *
14604434 TTTAAAAAATAAATCTATTT-TCTGAA-TACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTT
1 TTTAAAAAATAAATCTGTTTAT-TGAACTA-GTTTAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCT
* * * *
14604497 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTATTCATAAAAGCTTAT
64 ATTTCAAATTGTTATGA-C-TTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * * * *
14604562 TCGAAA-AAAATAATTCTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATATGTAAAATATTTAAAAAATA
126 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
* * * * * * * * * * *
14604626 AATCTATTTA-TCGAGCGAGTTTAGATAATTATTACTATTTGAA-TAATTTTTTATTTCAAATCA
191 AATATGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * ** *
14604689 TTACGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTA-TTCATACAAGTTTATTCAAAATAGAA
255 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCAGTTCATATAAACTTATTC-AAATAAAA
* * * * ** * *
14604753 TAATACTAAATTATTAATGTTTTAAAAATCAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGT
318 TAATACTAATTTATTAAT-ATTTCAAAAT-TAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTAT
* * * * * * * *** * *
14604818 CAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGGAA-AATTATCTAATTCAAATTGCTCTGACCTTTT
380 GAAACCAGTTTAAATAATTATGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC-TTT
* * * *
14604882 GTTTAT-TCATGAAATAATTG-TTTTAGTTCATACATGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAAT
443 GTTT-TGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATACTAAA
* * **
14604944 TTATTAACATTCATAAAATTAATAAACAAGAA-A
505 TTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGTAA-AAGA
*** * * *** * * * *
14604977 TTTTTTTAAA-AATTATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTA
1 -TTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTA
* *** * * * * *
14605041 TTTAAAATAAATATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAACTGTTT-TAGTTCATAAAATCTTATC
65 TTTCAAATTGTTATG-ACTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT
* * * * **
14605105 CAAAATAAAATAAT-CTCAATTTATTACTATTTCAAAAATTGATAAGTTAGTGATTTAAAAAATA
127 CGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
* * * * * * *
14605169 AGTCA-GCTTA-TCGAATC-AGTTCAAATAATTATGGCCATTT-AAGC-AATTATGTATTTCAAA
191 AAT-ATGTTTACT-GAA-CAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAA-CTAATTATCTATTTCAAA
* * * * * * *
14605229 TTATTATGAACTTTTATTTTTTCAT-AAACAATTGCTTTTCA--TCATACAAGCCTATTCAAAGT
252 TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTCAGTTCATATAAACTTATTCAAA-T
** * *
14605291 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGGGAGATTTAAAAAATAAAAT-TG
314 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATT-AT-AGTAAGAGATTTAAAAAAT-GAATCTA
* * *
14605355 TTTACT-AAACCAG---------TTCT---TATTTGAACAATTATCTATATCAAATCGTTATAAC
375 TTTA-TGAAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC
* *** * * ** * *
14605407 CCTTGTTCCATTATAAAATAATTGTTTCAATTTATATAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTA
439 CTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATACTA
* * *
14605471 ATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG----ATA
503 AATTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGA
** * * * * * *
14605502 TTTAAAAAATAAATCTGTTTGCTGAAGC-AATATAAACAATTAAGAATA-TATGAACAATTATCT
1 TTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAA-CTAGTTTAAATAGTTATGACTATTA-GAACAATTATCT
* * * * *
14605565 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGGTTTTGTCATTAAACAAATGTGTC-AGTTCATACAAGTTTA
64 ATTTCAAATTGTTATGA-CTTTT-G-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA
* * * **
14605629 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATGTTTCAAAAATTAAAAAGTAAGTGATTTAAAAAAT
125 TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * * ** * * *
14605694 AAATTTGTTTATTGAATC-AGTTCAAACAATTATGACCCTATCAAC-AATTATCAATTTCAAATC
190 AAATATGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTAATTATCTATTTCAAATC
* * * ** * ** * **
14605757 ATTATTACCTTTTGTTTGGTTATATGACAATTGCTT---TTCATGCAAGCTTATTTGGAATAAAA
254 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAACTTA-TTCAAATAAAA
* * * * * *
14605819 TAATACTAATTTATTATTTTTTAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT
318 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTA-T-AGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTA-T
* * * * * * * *
14605884 G-AACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTGT-AAGCTTCAAATCATTATAACCTTTT
380 GAAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATAACC-TTT
* * * * * * * * *
14605947 GTTCTATCA-AGAAAAAATTATTTTTGTTGATGCAAGCTTA-TTCAAAATAAAGTAATACT-AAT
443 GTTTTGTCATA-AAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATACTAAAT
* * * *
14606009 CTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGA
506 -TATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGA
* *
14606042 ATTAAAAAATAAATATGTTT
1 TTTAAAAAATAAATCTGTTT
14606062 TGACATAAGA
Statistics
Matches: 4239, Mismatches: 780, Indels: 643
0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
502 2 0.00
503 46 0.01
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505 65 0.02
506 9 0.00
507 1 0.00
509 3 0.00
511 4 0.00
512 4 0.00
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547 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (536 bp):
TTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTAT
TTCAAATTGTTATGACTTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAA
ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATAT
GTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAACTTATTCAAATAAAATAATACTA
ATTTATTAATATTTCAAAATTATAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATGAAACCAGTTT
AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTGTTTTGTCATAAA
ACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACTAAATTATTAATATTTAAAA
ATTAATAAGTAAAAGA
Found at i:14604459 original size:143 final size:145
Alignment explanation
Indices: 14604176--14604479 Score: 311
Period size: 143 Copynumber: 2.1 Consensus size: 145
14604166 AGTTATCTAT
* * *
14604176 TTCAAATCA-TTATGATCTTTTCTTTTGTAATTAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATT
1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTCTTTTGTAATTAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTATT
** * *
14604240 TGAAGTAAAATAATATTAATTTATTAATTTTTGAAAATTAATGAGTAAGATAATTAAAAAAGAAT
65 TGAAGTAAAATAATATTAATTTATTAATTTTCAAAAATTAATAAGTAAGATAATTAAAAAAAAAT
* *
14604305 TTGTTCACTGAATA-A
130 CTATTCACTGAATACA
* * * * * *
14604320 GTTTAAATAG-TATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGGTTTTA-TTAATGCAAGTTTAT
1 -TTCAAATAGTTATGACCTTTTCTTTTGTAATTAAAACAATT-GTTTCAGTTAATACAAGCTTAT
* *
14604382 TTGGAA-TTAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTAAAAAA
64 TT-GAAGTAAAATAATATT-AATTTATTAAT-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGATAATTAAAAAA
**
14604443 TAAATCTATTTTCTGAATACA
126 -AAATCTATTCACTGAATACA
14604464 TTCAAATAGTTATGAC
1 TTCAAATAGTTATGAC
14604480 TATTTGAACA
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 20, Indels: 17
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
142 11 0.08
143 64 0.49
144 50 0.38
145 6 0.05
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (145 bp):
TTCAAATAGTTATGACCTTTTCTTTTGTAATTAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTATTT
GAAGTAAAATAATATTAATTTATTAATTTTCAAAAATTAATAAGTAAGATAATTAAAAAAAAATC
TATTCACTGAATACA
Found at i:14604548 original size:180 final size:177
Alignment explanation
Indices: 14604330--14606055 Score: 1107
Period size: 181 Copynumber: 9.7 Consensus size: 177
14604320 GTTTAAATAG
* * * * *
14604330 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTTTATTAATGCAAGTTTATTTGGAATTAAATA
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATT-GTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
*
14604395 AT-TTAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTGA
64 ATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTGA
* * *
14604459 ATACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGT
128 ATACATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* *
14604509 TATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTATTCATAAAAGCTTATTCGAAA-AAAAT
1 TATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAA-CAATTG-TTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * *
14604573 AATTCTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATATGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTATTTATC
63 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTT-TC
* * * * * * *
14604638 -G-A-GCGAGTTTAGATAATTATTACTATTTGAATAATTTTTTATTTCAAATCAT
125 TGAATAC-A-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * ** *
14604690 TACGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAGAATA
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATT-GTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * * * * *
14604755 ATACTAAATTATTAATGTTTTAAAAATCAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGTC-
64 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-T-AAAATTTAAAAAATAAATCTATTT-TCT
* * * * ***
14604819 -AA-ACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGGAA-AATTATCTAATTCAAATTGC
126 GAATA-C-ATTCAAATAATTATGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * *
14604871 TCTGACCTTTTGTTTAT-TCATGAAATAATTGTTTTAGTTCATACATGCTTATTTGAAATAAAAT
1 TATGACCTTTTGTTT-TGTCAT-AAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* ** ****
14604935 AATACTAATTTATTAACA-TTCATAAAATTAATAAACAAGAAATTTTTTTAA-AAAT-TATGTTT
63 AATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAAT-AAGTA-AAATTTAAAAAATAAATCTAT-TTT
* * * *
14604997 AC-CAA-ACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAA
124 -CTGAATAC-A-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * ***
14605052 TATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAACTGTTTTAGTTCATAAAATCTTATCCAAAATAAAATA
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * ** * *
14605117 AT-CTCAATTTATTACTATTTCAAAAATTGATAAGTTAGTGATTTAAAAAATAAGTC-AGCTTAT
64 ATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TA-AAATTTAAAAAATAAATCTA--TTTT
* * * *
14605180 C-GAAT-CAGTTCAAATAATTATGGCCATTT-AAGCAATTATGTATTTCAAATTAT
124 CTGAATACA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * *
14605233 TATGAACTTTTATTTTTTCATAAACAATTGCTTTTCA-TCATACAAGCCTA-TTCAAAGTAAAAT
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACAATTG-TTTT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAA-TAAAAT
* * *
14605296 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGGGAGATTTAAAAAATAAA---ATTGT-T
63 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT--AAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTCT
** * * *
14605357 ---TAC--T-AAACCAGT-T--CTTATTTGAACAATTATCTATATCAAATCGT
126 GAATACATTCAAATAATTATGAC-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * *** * * * * * *
14605401 TATAACC-CTTGTTCCATTATAAAATAATTGTTTCAATTTATATAAGCTTATTCGAAATAAAATA
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * * *
14605465 ATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG--ATATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCTGAA
64 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTGAA
* * * * * *
14605528 -GCAATAT-AAACAATTAAGAATATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
129 TAC-AT-TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * **
14605577 TATGACCTTTTGGTTTTGTCATTAAACAAATGTGTCAGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAAT
1 TATGACCTTTT-GTTTTGTCA-TAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * * *
14605642 AATACTAATTTATTAATGTTTCAAAAATTAAAAAGTAAGTGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAT-
63 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA--AATTTAAAAAATAAATCTATTT-TC
* ** * * *
14605706 TGAAT-CAGTTCAAACAATTATGACCCTATCAACAATTATCAATTTCAAATCAT
125 TGAATACA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * *
14605759 TATTACCTTTTGTTTGGTTATATGACAATTG-CTT-TTCATGCAAGCTTATTTGGAATAAAATAA
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AACAATTGTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
* * * * * *
14605822 TACTAATTTATT-ATTTTTTAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGA
65 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTGA
* * * * *
14605886 ACTA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTGT-AAGCTTCAAATCAT
128 A-TACATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCAT
* * * * * * * * * ** *
14605936 TATAACCTTTTGTTCTATCAAGAAAAAATTATTTTTGTTGATGCAAGCTTATTCAAAATAAAGTA
1 TATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAACAATT-GTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * * * *
14606001 ATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAAT
64 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTAAAAAATAAAT
14606056 ATGTTTTGAC
Statistics
Matches: 1219, Mismatches: 241, Indels: 172
0.75 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
164 15 0.01
167 14 0.01
168 85 0.07
169 7 0.01
170 6 0.00
171 1 0.00
173 1 0.00
174 8 0.01
176 38 0.03
177 99 0.08
178 110 0.09
179 57 0.05
180 220 0.18
181 459 0.38
182 96 0.08
183 2 0.00
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACAATTGTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTGAATA
CATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
Found at i:14604602 original size:323 final size:325
Alignment explanation
Indices: 14604006--14604623 Score: 756
Period size: 323 Copynumber: 1.9 Consensus size: 325
14603996 TCAACTTGTG
* * *
14604006 ATGACTTTTTGTTTTGACATAAAACAAGTGTTTCTATTCATACAAGGTTATTCGTATTAAAATAA
1 ATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAAGTGTTTCTATTAATACAAGGTTATTCGAATTAAAATAA
* * * *
14604071 TATTAATTTATTAATATTTCGATAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAAAATACATATGTTTATCAA
66 TATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCAA
* * *
14604136 ATAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAGTTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTCTTT
131 ATAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTT
* * *
14604201 TGTAATTAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGAAGTAAAATAATATTAATTTATTA
196 TGTAATTAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCGAAGAAAAATAATATTAATTTATTA
* *** *
14604266 ATTTTTGAAAATTAATGA-GTAAGATAATTAAAAAAGAATTTGTTCACTGAATAAGTTTAAATAG
261 AATTCCAAAAATTAAT-ATGTAAAATAATTAAAAAAGAATTTGTTCACTGAATAAGTTTAAATAG
14604330 T
325 T
* * * * *
14604331 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTT-TATTAATGCAAGTTTATTTGGAATT-AAAT
1 ATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAAGT-GTTTCTATTAATACAAGGTTA-TTCGAATTAAAAT
* *
14604394 AAT-TTAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTT-T
64 AATATT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTAT
* * * *
14604455 CTGAATACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
128 C-AAATA-AGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TT
* * * *
14604519 TTGTTTTGTCA-TAAACCAATTGTTTTTA-TTCATAAAAGCTTATTCGAA-AAAAATAAT-TCTA
190 TTCTTTTGTAATTAAAACAATTG-TTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCGAAGAAAAATAATAT-TA
*
14604580 ATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATATGTAAAATATTTAAAAAA
253 ATTTATT-AAATTCCAAAAATTAATATGTAAAATAATTAAAAAA
14604624 TAAATCTATT
Statistics
Matches: 249, Mismatches: 34, Indels: 22
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
321 1 0.00
322 20 0.08
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324 21 0.08
325 73 0.29
326 10 0.04
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (325 bp):
ATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAAGTGTTTCTATTAATACAAGGTTATTCGAATTAAAATAA
TATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCAA
ATAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTT
TGTAATTAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCGAAGAAAAATAATATTAATTTATTA
AATTCCAAAAATTAATATGTAAAATAATTAAAAAAGAATTTGTTCACTGAATAAGTTTAAATAGT
Found at i:14604803 original size:504 final size:508
Alignment explanation
Indices: 14603826--14604804 Score: 1165
Period size: 504 Copynumber: 1.9 Consensus size: 508
14603816 AATTGCTCTA
* * *
14603826 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATATTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTTGAATAAAATAATAT
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATATTTTCTATTAATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAT
14603891 AAATTTATTAATAATAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATATAAATCTATTTATTGAA
66 AAATTTATTAATAATAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATATAAATCTATTTATTGAA
* * * * *
14603956 CAAATTTAAATTGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAACTTGTGATGACTTTTTGTTTT
131 CAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTGATGACTTTTTGTTTT
* * ** *
14604021 GACATAAAACAAGTGTTTCTATTCATACAAGGTTATTCGTATTAAAATAATATTAATTTATTAAT
196 GACATAAAACAAGTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCGTAAAAAAATAATATTAATTTATTAAA
* * * * * * *
14604086 ATTTCGATAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAAAATACATATGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGT
261 ATTCCAAAAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACAAGTTCAAATAAT
* * *
14604151 CATGACTATTTGAATAGTTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTCTTTTGTAATTAAAACAAT
326 CATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTACGACCTTTTCTTTTGTAATTAAAACAAT
* ** * * * * *
14604216 TGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGAAGTAAAATAATATTAATTTATTAATTTTTGAAAATTAA
391 TGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAATTATTAATTTTTAAAAATCAA
* *
14604281 TGAGTAAGATAATTAAAAAAGAATTTGTTCACTGAATAAGTTTAAATAGTATG
456 TAAGTAAGAGAATTAAAAAAGAATTTGTTCACTGAATAAGTTTAAATAGTATG
** * *
14604334 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGGTTT-TATTAATGCAAGTTTATTTGGAATTAAATAAT
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAT--TTTCTATTAATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATAAT
* *
14604397 TTAAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGT-AAA-ATTT-AAAAA-ATAAATCTATTT-T
64 ATAAATTTATTAATA-AT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATATAAATCTATTTAT
* * *
14604455 CTGAATACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
127 -TGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTGATGA-CTTTT
* * * *
14604520 TGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTATTCATAAAAGCTTATTCG-AAAAAAATAAT-TCTAATT
190 TGTTTTGACATAAAACAAGTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCGTAAAAAAATAATAT-TAATT
* * * * * * * *
14604583 TATTAAAATTCCAAAAATTAATATGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAGCGAGTTT
254 TATTAAAATTCCAAAAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACAAGTTC
* * * * * * *
14604648 AGATAATTATTACTATTTGAATAATTTTTTATTTCAAATCATTACGACCTTTTGTTTTGTCA-TA
319 AAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTACGACCTTTTCTTTTGTAATTA
* * * * *
14604712 AAATAATTATTTTTA-TTCATACAAGTTTATTCAAAATAGAATAATACTAAATTATTAATGTTTT
384 AAACAATT-GTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAATTATTAAT-TTTT
** *
14604776 AAAAATCAATAAGTTGGAGATTTAAAAAA
447 AAAAATCAATAAGTAAGAGAATTAAAAAA
14604805 TAAATCTATT
Statistics
Matches: 393, Mismatches: 69, Indels: 22
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
503 47 0.12
504 207 0.53
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (508 bp):
ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATATTTTCTATTAATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAT
AAATTTATTAATAATAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATATAAATCTATTTATTGAA
CAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTGATGACTTTTTGTTTT
GACATAAAACAAGTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCGTAAAAAAATAATATTAATTTATTAAA
ATTCCAAAAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACAAGTTCAAATAAT
CATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTACGACCTTTTCTTTTGTAATTAAAACAAT
TGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAATTATTAATTTTTAAAAATCAA
TAAGTAAGAGAATTAAAAAAGAATTTGTTCACTGAATAAGTTTAAATAGTATG
Found at i:14604964 original size:685 final size:689
Alignment explanation
Indices: 14603711--14604966 Score: 1470
Period size: 685 Copynumber: 1.8 Consensus size: 689
14603701 AAATAATACT
* *
14603711 AATTTATTAATAATCTAAAAATTAATAATAAAGAGATTTAAAAAATGATTCTATTTATTGAATAA
1 AATTTATTAATAATCTAAAAATTAATAATAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAATAA
* * * * *
14603776 GTTTAAATAATTACAACTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTCTAACCTTTTGTTTTGTC
66 GTTCAAATAATTACAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTC
* * *
14603841 ATAAAATAATATTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATAAT
131 ATAAAACAATATTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTCGAAAAAAATAATATAAATTTATTAATAAT
* **
14603906 AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATATAAATCTATTTATTGAACAAATTTAAATTGTT
196 AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATATAAATCTATTTATCGAACAAATTTAAATAATT
* * ** * * *
14603971 ATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAACTTGTGATGACTTTTTGTTTTGACATAAAACAAGTG
261 ATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATGACGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAAGTA
** * * * * * *
14604036 TTTCTATTCATACAAGGTTATTCGTATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCGATAATTAAA
326 TTTCTATTCATACAAGGTTATTCAAAATAAAATAATACTAAATTATTAATATTTCAAAAATCAAA
* * * * *
14604101 AAGTAAAAGATTTAAAAAATACATATGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAAT
391 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTCAAGACTATTGGAAT
* * * * *
14604166 AGTTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTCTTTTGTAATTAAAACAATTGTTTCAGTTCATAT
456 AATTATCTAATTCAAATCACTATGACCTTTTCTTTTGTAATTAAAACAATTGTTTCAGTTCATAC
* * **
14604231 AAGCTTATTTGAAGTAAAATAATATTAATTTATTAATTTTTGAAAATTAATGAGTAAGATAATTA
521 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTCATGAAAATTAATGAGTAAGATAATTA
14604296 AAAAAGAATTTGTTCACTGAATAAGTTTAAATAGTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
586 AAAAAGAATTTGTTCACTGAATAAGTTTAAATAGTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
14604361 GTTTTATTAATGCAAGTTTATTTGGAATTAAATAATTTA
651 GTTTTATTAATGCAAGTTTATTTGGAATTAAATAATTTA
*
14604400 AATTTATTAAT-ATTTCAAAAATTAATAAGT-AA-A-ATTTAAAAAATAAATCTATTT-TCTGAA
1 AATTTATTAATAATCT-AAAAATTAATAA-TAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAT-TGAA
* ** * * *
14604460 TACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTGTT
63 TA-AGTTCAAATAATTACAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACC-TTTTGTT
* * *
14604524 TTGTCATAAACCAAT-TGTTTTTATTCATAAAAGCTTA-TTCGAAAAAAATAAT-TCTAATTTAT
126 TTGTCATAAAACAATAT-TTTCTATTCATAAAAGCTTATTTCGAAAAAAATAATAT-AAATTTAT
* * * * *
14604586 TAA-AATTCCAA-A-AATTAATATGTAAAATATTT-AAAAA-ATAAATCTATTTATCGAGCGAGT
189 TAATAA-T--AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATATAAATCTATTTATCGAACAAAT
* * * * * *
14604646 TTAGATAATTATTACTATTTGAATAATTTTTTATTTCAAATCATTACGACCTTTTGTTTTGTCAT
251 TTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATGACGACCTTTTGTTTTGACAT
* * * * * * *
14604711 AAAATAATTATTTTTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAGAATAATACTAAATTATTAATGTTTT
316 AAAACAAGTATTTCTATTCATACAAGGTTATTCAAAATAAAATAATACTAAATTATTAATATTTC
* *** * * *
14604776 AAAAATCAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGTCAAACCAA-TTCAAATAGTTAAG
381 AAAAATCAAAAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAA-CAAGTTCAAATAGTCAAG
** * * * * *
14604840 ACTATTAGGAA-AATTATCTAATTCAAATTGCTCTGACCTTTTGTTTAT-TCA-TGAAATAATTG
445 ACTATT-GGAATAATTATCTAATTCAAATCACTATGACCTTTTCTTT-TGTAATTAAAACAATTG
* *
14604902 TTTTAGTTCATACATGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAT-AAAATTAA
508 TTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATT-A-ATTCATGAAAATTAA
14604966 T
571 T
14604967 AAACAAGAAA
Statistics
Matches: 466, Mismatches: 86, Indels: 34
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
684 51 0.11
685 214 0.46
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687 109 0.23
688 45 0.10
689 27 0.06
690 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (689 bp):
AATTTATTAATAATCTAAAAATTAATAATAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAATAA
GTTCAAATAATTACAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTC
ATAAAACAATATTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTCGAAAAAAATAATATAAATTTATTAATAAT
AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATATAAATCTATTTATCGAACAAATTTAAATAATT
ATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATGACGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAAGTA
TTTCTATTCATACAAGGTTATTCAAAATAAAATAATACTAAATTATTAATATTTCAAAAATCAAA
AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTCAAGACTATTGGAAT
AATTATCTAATTCAAATCACTATGACCTTTTCTTTTGTAATTAAAACAATTGTTTCAGTTCATAC
AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTCATGAAAATTAATGAGTAAGATAATTA
AAAAAGAATTTGTTCACTGAATAAGTTTAAATAGTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
GTTTTATTAATGCAAGTTTATTTGGAATTAAATAATTTA
Found at i:14605492 original size:19 final size:21
Alignment explanation
Indices: 14605470--14605511 Score: 54
Period size: 20 Copynumber: 2.1 Consensus size: 21
14605460 AAATAATACT
*
14605470 AATTTAAT-A-ATATTTCAAA
1 AATTTAATAAGATATTTAAAA
14605489 AA-TTAATAAGATATTTAAAA
1 AATTTAATAAGATATTTAAAA
14605509 AAT
1 AAT
14605512 AAATCTGTTT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 4
0.79 0.04 0.17
Matches are distributed among these distances:
18 5 0.26
19 3 0.16
20 11 0.58
ACGTcount: A:0.57, C:0.02, G:0.02, T:0.38
Consensus pattern (21 bp):
AATTTAATAAGATATTTAAAA
Found at i:14605745 original size:182 final size:178
Alignment explanation
Indices: 14605444--14606061 Score: 522
Period size: 177 Copynumber: 3.5 Consensus size: 178
14605434 CAATTTATAT
*
14605444 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG--A-T-ATTT
1 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTT
* * * * *
14605505 AAAAAATAAATCTGTTTGCTGAAGCAATATAAACAATTAAGAATATATGAACAATTATCTATTTC
66 AAAAAATAAATATGTTTACTGAAGCAATATAAACAATTAAGAACATATCAACAATTATCAATTTC
* *
14605570 AAATCGTTATGACCTTTTGGTTTTGTCAT-TAAACAAATGTGTCAGTTCATAC
131 AAATCATTATGACCTTTT-GTTTGGTCATAT-AAC-AAT-TG-CAGTTCATAC
* * * *
14605622 AAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATGTTTCAAAAATTAAAAAGTAAGTGATTT
1 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTT
* * * * * * *
14605687 AAAAAATAAATTTGTTTATTGAATCAGT-TCAAACAATTATGACCCTATCAACAATTATCAATTT
66 AAAAAATAAATATGTTTACTGAAGCAATAT-AAACAATTAAGAACATATCAACAATTATCAATTT
* * * ** *
14605751 CAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTTATATGACAATTGCTTTTCATGC
130 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGCAGTTCATAC
* * * * * *
14605800 AAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATT-ATTTTTTAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTT
1 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTT
* * * * * *
14605864 AAAAAATAAATATGTTTACTGAA-CTAAT-TCAAATAGTTATG-ACTATTTAAACAATTGT-AAG
66 AAAAAATAAATATGTTTACTGAAGC-AATAT-AAACAATTAAGAAC-ATATCAACAATTATCAA-
* * * * * * *** * *
14605925 CTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCT-ATCAAGAAAAAATTATTTTTGTTGATGC
127 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT-TGGTC-ATATAACA--ATTGCAGTTCATAC
* * * * * * * *
14605980 AAGCTTATTCAAAATAAAGTAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATT
1 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTT
14606045 AAAAAATAAATATGTTT
66 AAAAAATAAATATGTTT
14606062 TGACATAAGA
Statistics
Matches: 359, Mismatches: 67, Indels: 25
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 4 0.01
177 93 0.26
178 92 0.26
179 2 0.01
180 42 0.12
181 53 0.15
182 73 0.20
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (178 bp):
AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTT
AAAAAATAAATATGTTTACTGAAGCAATATAAACAATTAAGAACATATCAACAATTATCAATTTC
AAATCATTATGACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGCAGTTCATAC
Found at i:14606683 original size:299 final size:298
Alignment explanation
Indices: 14606095--14606702 Score: 714
Period size: 299 Copynumber: 2.0 Consensus size: 298
14606085 TCATACAAGG
* * * *
14606095 TTATTTGAATTAAAATAATCTTAATTTATTCATATTTCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
1 TTATTTCAAATAAAATAATCTTAATTTATTAATATTCCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
**
14606160 TATATATGTTTATCGAACAAATTCAAATAGTCATGACTGTTTAAATAATTATCTATTTCAAATCA
66 TATATATGTTTATCGAACAAATTCAAATAGTCATGACAATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * ** *
14606225 TTATGACTTTTTTATTTTGTAATTAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTGAAGTAAA
131 TCATGACTCTTTTAGTTTGTAATTAAAACAATTGTTTCAATGCATAAAAACATATTCAAAATAAA
* * * *
14606290 ATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAAAATCTGTTTACG
196 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAAAATCTGTTTACG
*
14606355 AAATAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATT
261 AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTA-T
14606394 TTATTTCAAATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAA-AAGGTAAAA-ATTTCA
1 TTATTTCAAATAAAATAATCTT-AATTTATTAATATTCC-AAAATTAATAA-GTAAAAGATTT-A
* * * ** * *
14606456 AAAATGAATCTAT-TTT-TTGAATATGTTCAAATAGTTATGACAATTTGAATAATTATCTATTTC
62 AAAAT--ATATATGTTTATCGAACAAATTCAAATAGTCATGACAATTTAAATAATTATCTATTTC
* * *
14606519 AAATCATCATGAC-CTTTT-GTTTGTCA-TAAACCAATTGTTTCTATGCATAAAAACATATTCAA
125 AAATCATCATGACTCTTTTAGTTTGTAATTAAAACAATTGTTTCAATGCATAAAAACATATTCAA
* * *
14606581 AATAAAATAATCCTAATTTATTTAA-ATTTCAAAATTTAATAAGTAAAAGATCTTAAAAATAAAT
190 AATAAAATAATACTAATTTA-TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-ATTAAAAA-AAAT
* * *
14606645 TTGTTTAC-AAAGTGAGTTCAAATAGTTATGATTATTTAAATAATTAT
252 CTGTTTACGAAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTAT
14606692 TTATTTCAAAT
1 TTATTTCAAAT
14606703 CATCATGATC
Statistics
Matches: 262, Mismatches: 37, Indels: 21
0.82 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
297 66 0.25
298 34 0.13
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ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (298 bp):
TTATTTCAAATAAAATAATCTTAATTTATTAATATTCCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
TATATATGTTTATCGAACAAATTCAAATAGTCATGACAATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCA
TCATGACTCTTTTAGTTTGTAATTAAAACAATTGTTTCAATGCATAAAAACATATTCAAAATAAA
ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAAAATCTGTTTACG
AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTAT
Found at i:14606702 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 14606401--14606983 Score: 596
Period size: 180 Copynumber: 3.2 Consensus size: 178
14606391 ATTTTATTTC
* * *
14606401 AAATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAA-AAGGTAAAA-ATTTCAAAAATGA
1 AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAA-GTAAAAGATTTCAAAAATAA
* * * * * * *
14606463 ATCTATTTTTTGAATATGTTCAAATAGTTATGACAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATCA
63 ATTTGTTTATCGAACATGTTCAAATAGTTATGATAATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATCA
* *
14606528 TGACCTTTTG-TTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATGCATAAAAACATATTCA
128 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATG-ATAAAAA-TTATTCA
* *
14606580 AAATAAAATAATCCTAATTTATTTAA-ATTTCAAAATTTAATAAGTAAAAGATCTT-AAAAATAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTA-TTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGAT-TTCAAAAATAA
* *
14606643 ATTTGTTTA-C-AA-AGTGAGTTCAAATAGTTATGATTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCA
63 ATTTGTTTATCGAACA-T--GTTCAAATAGTTATGATAATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * ** **
14606705 TCATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGTTTATTTT
125 TCATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TGATA-AAAATTATTCA
* *** *
14606761 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAA-AATTTGGAGATTTCAAAAATACAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTCAAAAATAAAT
* * * *
14606825 TTGTTTATCGAACATGTTCAAATAGTCAT-ATCCATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAATCATTA
65 TTGTTTATCGAACATGTTCAAATAGTTATGAT-AATTT-AAATAATTATCTATTTCAAATCATCA
* ** *
14606888 TGACATTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTTTATTGATACAAAATTATTCA
128 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TGATA-AAAATTATTCA
14606941 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAA
14606984 TAGATTTAGA
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183 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTCAAAAATAAATT
TGTTTATCGAACATGTTCAAATAGTTATGATAATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATCATGA
CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATGATAAAAATTATTCA
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14607072 TTTAGAGTAA
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1 AATATTTCTAAAATTAAT
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1 AATATTTCT-AAAATTAAT
14607117 AA
1 AA
14607119 GAGATTTAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (18 bp):
AATATTTCTAAAATTAAT
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Period size: 180 Copynumber: 6.8 Consensus size: 179
14607088 TCTAAAATAA
* * * ** *
14607098 TAATATTCTAAAAATTAAT-AA-GAG-ATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCAAACCAA-TTCAAA
1 TAATATTATAAAAATTAATAAATAAGAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAA
* ** * * * * * * * *
14607159 TAATTAAAACTATTAGAACAATTAACTATGTCAAATCATTCTTATC-TTTGTTTAGTCATAAAAT
65 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* *
14607223 AATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTATTTTAT
130 AATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * **
14607274 TAACATTAAAAAAATTAATAAATAAGAATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTTGAA
1 TAATATTATAAAAATTAATAAATAAGAATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAA
* * * *
14607339 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATTAGAAAAC
65 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * *
14607404 AATTGTTTCATATCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTAT
130 AATTGTTTTAT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * ** * * * *
14607455 TAATAGTT-CAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAGTAAATCAGTTTATCGAATCAA-TCCA
1 TAATA-TTATAAAAATTAATAAATAAGA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTCA
* * * *** * *
14607518 AATA-TTATGGCCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATTAACTTTTGTTTTGTCATAAA
63 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* *** *
14607582 ACAATTGTTCTTCA-TCATATAAGCTTATTTTGAATAATATAATACTAATTTAT
128 ACAATTGTT-TT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * ** * * * *
14607635 TAATTTTTTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTACCCCAACTAGTTCAA
1 TAATATTATAAAAATTAATAAATAAGA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCGAACAAGTTCAA
* * * * ** *
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* * * * * *
14607765 CAATTATTTATCTTCATTCAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA-TCAA
129 CAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * **
14607816 TAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAACCAA-TTCAA
1 TAATATTATAAAAATTAATAAATAAG-AATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAA
* * * * ** * * **
14607880 ATAGTTAAGCCCATATGAATTATTATATATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTTGTAAAA
64 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * ** *
14607945 CAAATGTTTTTATTCATATAAGTTTTTTTGAAATAAAATAATATTAATTTAT
129 CAATTG-TTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * *
14607997 TAATATTTTAAAAATTAAT-AA-GAG-ATTTAAAAAATAAATCTGTCTACC-AAC-TGTTCAATT
1 TAATATTATAAAAATTAATAAATAAGAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAAT
* * * *
14608057 AGTTATGACAATTTGAATAATTATTTATTTGAAATCATTATGACCATTTT-TTTTGTCATAAAAC
66 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * **
14608121 AATTGTTTCTATTGACACAATCTTATTCAAAATAAAGTAATGGTAATTTAT
130 AATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * ** * * *
14608172 CAATATTCTAAAAATTAATAAATAATGGATTTAAAAAATGAATCTATTGGCTTGACCAA-TACAA
1 TAATATTATAAAAATTAATAAATAA-GAATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-CGAACAAGTTCAA
* * * *
14608236 ATAGTTATAACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC-TTT-TTTTGTCACAAAA
64 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
14608299 CAATTGTTTT
129 CAATTGTTTT
14608309 TGTTCGTACC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
174 3 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
TAATATTATAAAAATTAATAAATAAGAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAAT
AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
ATTGTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
Found at i:14608702 original size:181 final size:182
Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 4.4 Consensus size: 182
14608363 TGCTATAACA
* * * * * * * *
14608373 TTTTGTTTTGTCATAAAATAGTT-TTTGTTATTCATACAA-CTTATTTCAATTAAAATAATTCAA
1 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
* * * * *
14608436 ATTTATTGATA-TT-TAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAATA
65 ATTTATTAATATTTCTA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATTTGTTTACCAAACA
* * * * * **
14608499 AATTTAAATAGTAATGACTATTTGAACAAATT-TTTATTTCAAATCGTTATGAAT
129 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * *
14608553 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAATTAAAAAAATATTAA
1 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * * *
14608618 TTCATTAATATTTC-CACAATCAGTAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAATAAG
66 TTTATTAATATTTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAG
* * * * * *
14608682 TTCAAAAAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACT
131 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * ** * * *
14608734 TTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATCAGTTTATATAGGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
** * * ** * *
14608799 TTTATTAATA-TTCTAAAAATTGTTGAGTAAGAGA-TTTAAAATATGGATTTGCTTACCGAACAA
66 TTTATTAATATTTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAA-ATAAATTTGTTTACCAAACAA
* * *
14608862 GTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCCATTTTAAATCATTATGACC
130 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * **
14608915 TTTTGTTTTTTC-TAAAATAATTATTTTTGTTCATACAA-CTTTTTTTG-AATAAAATAATAAAA
1 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGC-TTATTTGAAATAAAATAATACTA
* * *
14608977 ATTTATTAAT-TTTCTAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAATTTGTTTTCTAAACAC
65 ATTTATTAATATTTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAA
* * * *
14609040 GTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATGTCAAATAATTATGACC
130 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * *
14609093 TTTTGTTTTATCATAAACCAATTCTTTTTGTTCACACAAGCATATTCGAAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
*
14609158 TGTATTAATATTT
66 TTTATTAATATTT
14609171 AAAATTTTAA
Statistics
Matches: 505, Mismatches: 99, Indels: 27
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Matches are distributed among these distances:
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179 75 0.15
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ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.08, T:0.42
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TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
TTTATTAATATTTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAG
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
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Indices: 14608504--14609174 Score: 823
Period size: 359 Copynumber: 1.9 Consensus size: 361
14608494 AAATAAATTT
** * *
14608504 AAATAGTAATGACTATTTGAACAAATTTTTATTTCAAATCGTTATGAATTTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTAATGACTATTTGAACAAATTTCCATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAA
* ** *
14608569 AACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAATTAAAAAAATATTAATTCATTAATATTTCCA
66 AACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAATTAAAAAAATAAAAATTCATTAATATTTCAA
* * * *
14608634 CAATCAGTAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAATAAGTTCAAAAAGTCATAACT
131 AAATCAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAAAAGTCATAACT
* * * ** * *
14608699 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATCAG
196 ATTTGAACAATTATCAATGTCAAATAATTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTCTATCAG
* * * * * * *
14608764 TTTATATAGGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTGTTGAGTAA
261 TTCACACAAGCATATTCGAAATAAAATAATACTAATGTATTAATATT-TAAAAATTGTTGAGTAA
14608829 GAGATTTAAAATATGGATTTGCTTACCGAACAAGTTC
325 GAGATTTAAAATATGGATTTGCTTACCGAACAAGTTC
* * * * *
14608866 AAATAGTTATGATTATTTGAAC-AATTATCCATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTTTC-TA
1 AAATAGTAATGACTATTTGAACAAATT-TCCATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATA
* * * *
14608929 AAATAATTATTTTTGTTCATACAA-CTTTTTTTGAA-TAAAATAATAAAAATTTATTAAT-TTTC
65 AAACAATTATTTTTGTTCATACAAGC-TTATTTGAATTAAAAAAATAAAAATTCATTAATATTTC
* * * * * * * * *
14608991 TAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAATTTGTTTTCTAAACACGTTTAAATAGTTATG
129 -AAAAATCAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAAAAGTCATA
* * *
14609055 ACTATTTGAACAATTATCAATGTCAAATAATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAACCAATTCTTT
193 ACTATTTGAACAATTATCAATGTCAAATAATTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTCTAT
**
14609120 TTGTTCACACAAGCATATTCGAAATAAAATAATACTAATGTATTAATATTTAAAA
258 CAGTTCACACAAGCATATTCGAAATAAAATAATACTAATGTATTAATATTTAAAA
14609175 TTTTAAAAAA
Statistics
Matches: 257, Mismatches: 49, Indels: 10
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
358 5 0.02
359 135 0.53
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ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (361 bp):
AAATAGTAATGACTATTTGAACAAATTTCCATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAA
AACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAATTAAAAAAATAAAAATTCATTAATATTTCAA
AAATCAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAAAAGTCATAACT
ATTTGAACAATTATCAATGTCAAATAATTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTCTATCAG
TTCACACAAGCATATTCGAAATAAAATAATACTAATGTATTAATATTTAAAAATTGTTGAGTAAG
AGATTTAAAATATGGATTTGCTTACCGAACAAGTTC
Found at i:14609274 original size:165 final size:164
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Indices: 14609007--14609334 Score: 406
Period size: 165 Copynumber: 2.0 Consensus size: 164
14608997 TTAATAAGTA
* * * * * *
14609007 AAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTTCTAAACACGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
1 AAAATTTTAAAAATAAATCTATTTTCTAAACAAGTTCAAATACTTAGGACTATTTGAACAATTAT
* * * *
14609072 CAATGTCAAATAATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAACCAATTCTTTTTGTTCACACAAGCATA
66 CAATGTCAAATAATTATGACCTTTGGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTATTCACACAAGCATA
*
14609137 TTCGAAATAAAATAATACTAATGTATTAATATTT
131 TTCAAAATAAAATAATACTAATGTATTAATATTT
**
14609171 AAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACAAGTTCAAATACTTAGGACTATTTGAATTATT
1 AAAATTTT-AAAAATAAATCTATTT-TCTAAACAAGTTCAAATACTTAGGACTATTTGAACAATT
** * * * * ** * **
14609235 ATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTGGTTTTGTCATAAAATGATTATTTTTATTCATACAAGTT
64 ATCAATGTCAAATAATTATGACCTTTGGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTATTCACACAAGCA
*
14609300 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
129 TATTCAAAATAAAATAATACTAATGTATTAATATT
14609335 CCAAAAATTA
Statistics
Matches: 137, Mismatches: 25, Indels: 3
0.83 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
164 8 0.06
165 127 0.93
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Consensus pattern (164 bp):
AAAATTTTAAAAATAAATCTATTTTCTAAACAAGTTCAAATACTTAGGACTATTTGAACAATTAT
CAATGTCAAATAATTATGACCTTTGGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTATTCACACAAGCATA
TTCAAAATAAAATAATACTAATGTATTAATATTT
Found at i:14609486 original size:181 final size:174
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Indices: 14609176--14609706 Score: 526
Period size: 181 Copynumber: 3.0 Consensus size: 174
14609166 TATTTAAAAT
* * * * *
14609176 TTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCAAACAAGTTCAAATACTTAGGACTATTTGAATTATTATTTA
1 TTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTA
** ** * *
14609240 TTTCAAATAGTTATGATCTTTGGTTTTGTCATAAAATGATTATTTTTATTCATACAAGTTTATTC
65 TTTCAAATA-TTATGAT-TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-TTCATACAAGATTATTC
* *
14609305 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAGGTAGGAGA
127 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA---A-GAAA
* * * * * *
14609357 TTTAAAAAATAAATCTATTTACTGATCAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTCAATAATTACCTAT
1 TTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * *
14609422 TTCAAACCATTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTTATAAAAAATTATTCA
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* ***
14609487 GAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAAA
128 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAA
* * * * *
14609534 TTTAAAAAGTAAATCTATTTACTGAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGGACAAATATCTA
1 TTTAAAAAATAAATCTATTTACTG-AACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTA
* * * ** * * **
14609598 TCTCAAATTGTTATGATATTTATTTCATCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACGAGCTTATTTG
65 TTTCAAA-TATTATGATTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTTTCATACAAGATTATTCA
* * *
14609663 GATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTAAG
128 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
14609707 TAAGAGTGTT
Statistics
Matches: 285, Mismatches: 60, Indels: 15
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
176 73 0.26
177 65 0.23
178 5 0.02
181 139 0.49
182 3 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (174 bp):
TTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
TTCAAATATTATGATTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTTCATACAAGATTATTCAGAA
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAA
Found at i:14609496 original size:346 final size:343
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Indices: 14608857--14609516 Score: 768
Period size: 346 Copynumber: 1.9 Consensus size: 343
14608847 TTGCTTACCG
* * * * *
14608857 AACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCCATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTT
1 AACAAGTTCAAATACTTAGGACTATTTGAACAATTATCCATTTCAAATCATTATGACCTTTGGTT
* * ***
14608922 TTTTCTAAAATAATTATTTTTGTTCATACAACTTTTTTTGAATAAAATAATAAAAATTTATTAAT
66 TTGTCTAAAATAATTATTTTTATTCATACAACTTTTTCAAAATAAAATAATAAAAATTTATTAAT
* * * * * * * * * *
14608987 TTTCTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTTCTAAACACGTTTAAATAGTT
131 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAATC
* * * * * *
14609052 ATGACTATTTGAACAATTATCAATGTCAAATAATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAACCAATTC
196 ATGACCATTTCAACAATTACCAATGTCAAACAATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTC
** *
14609117 TTTTTGTTCACACAAGCATATTCGAAATAAAATAATACTAATGTATTAATATTTAAAATTTTAAA
261 TTTTTGTTCACACAAAAATATTCGAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTAAAATTTTAAA
14609182 AAATAAATCTATTTATCA
326 AAATAAATCTATTTATCA
** ** *
14609200 AACAAGTTCAAATACTTAGGACTATTTGAATTATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTGGT
1 AACAAGTTCAAATACTTAGGACTATTTGAACAATTATCCATTTCAAATCA-TTATGACCTTTGGT
* * **
14609264 TTTGTCATAAAATGATTATTTTTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
65 TTTGTC-TAAAATAATTATTTTTATTCATACAACTTT-TTCAAAATAAAATAATAAAAATTTATT
* * * * *
14609329 AATATTCCAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGATCAAGTTCAAAT
128 AATATTCCAAAAATTAATAAGTA-AAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAAT
* * * * * * *
14609394 AATCATGTCCATTTCAATAATTACCTATTTCAAACCATTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACA
192 AATCATGACCATTTCAACAATTACCAATGTCAAACAATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACA
* * *
14609459 ATTGTTTTTGTTTATA-AAAAATTATTC-AGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTT
257 ATTCTTTTTGTTCACACAAAAA-TATTCGA-AATAAAATAATACTAATCTATTAATATTT
14609517 TGAAAATTAA
Statistics
Matches: 258, Mismatches: 53, Indels: 9
0.81 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
342 1 0.00
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AACAAGTTCAAATACTTAGGACTATTTGAACAATTATCCATTTCAAATCATTATGACCTTTGGTT
TTGTCTAAAATAATTATTTTTATTCATACAACTTTTTCAAAATAAAATAATAAAAATTTATTAAT
ATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAATC
ATGACCATTTCAACAATTACCAATGTCAAACAATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTC
TTTTTGTTCACACAAAAATATTCGAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTAAAATTTTAAA
AAATAAATCTATTTATCA
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14612015 AAGTAAAAAT
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1 AAATTTATTAGAAAAAGAA
*
14612043 AAATTTGATTTGAAAAAGAA
1 AAATTT-ATTAGAAAAAGAA
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1 A
14612064 TTTGATGAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAATTTATTAGAAAAAGAA
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1 TGCTTGAAGTATG
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1 T
14615234 TTGTTCTATG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TGCTTGAAGTATG
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*
14617946 AAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACAAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAATAATT
1 AAGAAATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACAAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAATAATT
* * * * * *
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* *
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131 TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTA-CATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAA
* * * * *
14618141 AATATATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAA
195 AATAAATCT-ATTAACAAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAA
** * * **
14618204 GATGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAAATTATTTGAAATA
258 -ACATTATGACC-TTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGATTATTCAAAATA
* * *
14618269 AAATAATACTACTTTTTTAATATTTCAAAACTTAGTAAGCAAGAGATTTAAAATCTAAAGCTGTT
320 AAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAA--TAGTAAGCAAGAGATTTAAAATATAAAGCTATT
* * * *
14618334 TTTCGAACCAATTCCAATAGTTATGAATATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATCTT
383 TATCGAACCAATTCAAATAATTATGAACATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATCTT
* * * ** *
14618399 TGTTTTCTTATAAAACAATTGTGTTTGATCATAGGAGCTTATTCGGATAAAAATAATACTAATTT
448 TGTTTTCTCATAAAACAATTGTGTTTCAACATACAAGCCTATTCGGATAAAAATAATACTAATTT
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513 AATAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * *
14618485 AAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCCAACCAGTTAAAATATTTAAGACTATTAGAATAATT
1 AAGAAATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACAAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAATAATT
* * * * * *
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66 ATTTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGTT
* * *
14618615 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTTACATTCAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTGAAAA
131 TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTA-TTACATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAA
* * *
14618680 AAATAAATCTATCAACCAAACAAGTTCAAACAGTTATGACTATTTGAACAATTATCCATTTGAAA
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* * *
14618745 ACACTATGACCATTTGCTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAA
258 ACATTATGACC-TTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGATTATTCAAAATAA
* * * *
14618810 AATAATACTACTTTATTAATATTTTAAAA-ATTAA-TAAGAGATTT-AAATAATAAA-TTAATTT
321 AATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAATAGTAAGCAAGAGATTTAAAAT-ATAAAGCT-ATTT
* * ** ** * * * * *
14618871 ATCGAATCATTTCAAATAATTATGGCCATTTGGCCAATTATCTATTTCAAATCGTTATTA-CTTT
384 ATCGAACCAATTCAAATAATTATGAACATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATC-TT
* * *
14618935 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCCTATT-TGA-AATAAACTAATACTAAT
448 TGTTTTCTCATAAAACAATTGTGTTTCAACATACAAGCCTATTCGGATAA-AAA-TAATACTAAT
*
14618998 TTATTAATATTT-AAAAATTAAT
511 TTAATAATATTTCAAAAATTAAT
* * ** * * *
14619020 AAGTAAAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATACTT-AGAATTGTTTA-A
1 AAG---AAA-TTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACAAGTTCAAATAATTAAG-ACT-ATTAGA
* * * * * *
14619083 ATAATTATTTATTTCAAATAGTTATAATCTTTGGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCAT
60 ATAATTATTTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCAT
* * * * * *
14619147 ACAAGTTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAAAT
124 ACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTT-ATTACATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGAT
* * * * * * * *
14619212 TT-AAAAAATAAATGTGTTTGACAAACTAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTATTTA-
188 TTAAAAAAATAAATCT-ATTAACAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
14619275 TTGCAAATCATTCTAACCTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTTATATAAGTTTATTCA
252 TTG-AAAACATTATGACCTTTGTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGATTATTCA
* ** * * *
14619340 AAATAAAATAATACTAATTTATTAGCATTCCAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAATGTATA
315 AAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTC-AAAA-TAGTAAGCAAGAGA--T-----T-TA-A
* *
14619405 TATATATATATATTTCTATTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGATT-TG-ACTATTTGAACAATTAT
369 -A-ATATA-A-A--GCTATTTATCGAACCAA-TTCAAATA-ATTATGAAC-ATTTGAACAAATAT
* * ** * * * * *
14619467 CTAT-TTAAAGTTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA-T-TGTTTCAGTTCATAAAAAC
425 CAATCTCAAA-TCATTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTGTTTCA--ACATACAAGC
* * * * * **
14619529 TTA-TCCGAAATAAAATAATAGTACTTTTTTAATATTTCAAAAATTAAT
486 CTATTCGGATA-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * * * ** * *
14619577 AAGCAAGAGATTTAAAAACTTAAACTAT-TTTTCGAATCAA-TTCCAATGGTTATGACTATTTGA
1 AAG--A-A-ATTTAAAAA-ATAAA-TGTGTTTGCCAAACAAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGA
* * ** * * * * * ** * * ***
14619640 ACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAGACAATTATTTTTTTTATCA
60 ATAATTATTTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATT-GTTTCAGT-TCA
* * * * *
14619704 TA-AGAGCTTATTC-GGATAAAAATAATACTAATTTAATAGTATTTCAAAAATTAAT----AAGA
123 TACA-AGTTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTA-CATTCCAAAAATTAATAAGCAAGA
* * ** * * * * * * * *
14619763 GATTTAAAAAAATAAATGTGTTTGCCTAACTAGTTAAAATATTTAAGACTACTAGAATAATTATC
185 GATTTAAAAAAATAAATCT-ATTAACAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * * * * *
14619828 GATTTCAAATCGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTAT
249 TATTTGAAAACATTATGACC-TTTGTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGATTAT
* * * *
14619893 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTGGAAAA-
312 TCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTC--AAAA-TAGTAAGCAAGAGATTT--AAAAT
* ** * * * ** *
14619956 ATAAATCTATCAATTGAA-CAAGTTCAAATAATTATG-ACTAGTTGAACAATTATTTAT-TTAAA
372 ATAAAGCTATTTATCGAACCAA-TTCAAATAATTATGAAC-ATTTGAACAAATATCAATCTCAAA
** * * * ** * * ** *
14620018 AAATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTGACTTCATAAAAGCTTA-TCCAAAAT
435 TCATTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTGTT-TCAACATACAAGCCTATTCGGATA-
* *
14620081 AAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAT
497 AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-T--T-AAT
* ** * ** * ** * * * * *
14620122 AAGAGATTTAAATTATATAT-TAGTTTATCGAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGACTAAT
1 AAGAAATTTAAAAAATAAATGT-GTTTGCCAAACAAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAATAAT
* * * * *
14620186 TATTTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA--ACATACAA
65 TATTTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTG--TTTCAGTTCATACAA
* * * * * * *
14620249 -TCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTC-AAAATTAATAAGTAAAAAATTT-
128 GT-TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATT-ACATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTA
* * * * * * * *
14620311 TAAAAATAAATCTATTTAGCAAACAAGTTCAAATACTTAGGACTCTTTGAATAATTATTTATTTC
191 AAAAAATAAATCTA-TTAACAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTG
* * ** * * * *
14620376 AAATA-GTTATGATCTTTGGTTTTGTCATAAAATGATTGTTTTTA-TTCATACAAGTTTATTCTA
255 AAA-ACATTATGACCTTT-G-TTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATAAAAGATTATTCAA
* * * * * ** *
14620439 AATAAAATAAAACCAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT-AGGTAGAAGATTTAAAA-A-AAAA
316 AATAAAATAATACTACTTTATTAATA-TTTCAAAA-TAGTAAGCAAG-AGATTTAAAATATAAAG
* * * ** * * * *
14620501 TTATTTA-CTGGA-CAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAACAAGTATCTAT-TTAAATAATTA
378 CTATTTATC-GAACCAA-TTCAAATAATTATGAACATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTA
* * **** * *** **
14620563 TGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT-TCTTGTTTATAAAAAATTATTTAGA-ATAAAAT
441 TGATC--TTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTGT-TTCAACATACAAGCCTATTCGGATA-AAAAT
* * * *
14620625 AATACTAATCTATTTATATTAT-GAAAATTAAT
502 AATACTAATTTAATAATATT-TCAAAAATTAAT
* * * * * * * * * *
14620657 AAGAAATTTAAAAAATAAATCTTTTTACTGAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGGACAAA
1 AAGAAATTTAAAAAATAAATGTGTTTGC-CAAACAAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAATAAT
* * * * * * * ** *
14620721 TATCTATCTCAAATCGTTATGA--TATTTATTTTGTCATAAAACAATTGATTCTTTTTATACAAG
65 TATTTATTTCAAATCGTTCTAACCT-TTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAG
* * * * *
14620784 CTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAA-T--T-AGTAAGAGATTT-AA
129 TTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTT-ATTACATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAA
* * ** * * ** * * * * *
14620844 AAAATAAATGTGTTTGCCAAATAAGTTCAAATAATTAAAACTATTAGAATAGTTATTTATTTTAA
193 AAAATAAATCT-ATTAACAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAA
* * * * * * * * * * * *
14620909 ATCATTCTAACCTTTTGTTTACTCATAAAATAATTATTTCAATTTATACAAGTTTACTCAGAATA
257 AACATTATGACC-TTTGTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGATTATTCAAAATA
*
14620974 AAATAATACTAATTTATTA
320 AAATAATACTACTTTATTA
14620993 GCATTCCAAA
Statistics
Matches: 2009, Mismatches: 379, Indels: 248
0.76 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
530 7 0.00
531 118 0.06
532 7 0.00
533 1 0.00
534 60 0.03
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549 2 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (533 bp):
AAGAAATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACAAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAATAATT
ATTTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGTT
TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTACATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAA
ATAAATCTATTAACAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAAACA
TTATGACCTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGATTATTCAAAATAAAATAA
TACTACTTTATTAATATTTCAAAATAGTAAGCAAGAGATTTAAAATATAAAGCTATTTATCGAAC
CAATTCAAATAATTATGAACATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTCT
CATAAAACAATTGTGTTTCAACATACAAGCCTATTCGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATAT
TTCAAAAATTAAT
Found at i:14619150 original size:180 final size:178
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14617939 TCTAACAAAG
* * ** * * *
14617949 AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACAAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAATAATTATT
1 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAATT-AGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * * * * *
14618014 TATTGCAAATCA-TTCTAACATTTTGTTTAGTCATAAAACAATT-ATTTCAGTTTATATAAGTTT
65 TATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTT
* * ** * *
14618077 ATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAGCATTCCAAAAATTAATGAGCAA
128 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGCAA
* * * * *
14618129 GAGATTTAAAAAAATATATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGATTTGACTATTTGAACAATTA
1 -AGATTT-AAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATA-ATTAGACTATTTGAACAATTA
* * * * **
14618194 TCTATTT-AAAGATGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATAAAAAA
63 TCTATTTCAAATA-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGC
** * * * *
14618257 TTATTTGAAATAAAATAATACTACTTTTTTAATATTTCAAAACTTAGTAAGCAA
126 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGCAA
** * * * * * * * *
14618311 GAGATTTAAAATCTAAAGCTGTTTTTCGAACCAA-TTCCAATAGTTATGAATATTTGAACAAATA
1 -AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACAAGTTCAAATAATTA-GACTATTTGAACAATTA
* * * * * * **
14618375 TCAATCTCAAATCA-TTATGATC-TTTGTTTTCTTATAAAACAATTGTGTTTGA-TCATAGGAGC
63 TCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTTTATTCATACAAGC
** *
14618437 TTATTC-GGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG---
126 TTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGCAA
* * ** * * * * * *
14618488 AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCCAACCAGTTAAAATATTTAAGACTATTAGAATAATTATC
1 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAATT-AGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * * * *
14618553 TATTTCAAATCGTTCTAACCTTTTATTTAGTCATATAATAATTG-TCTCAGTTCATACAAGCTTA
65 TATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTA
* * * *
14618617 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTTACATTCAAAAAATTAATAAGCATG
129 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGCA-A
** * * *
14618669 AGATTTGAAAAAAATAAATCTATCAACCAAACAAGTTCAAACAGTTATGACTATTTGAACAATTA
1 AGATTT--AAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAATTA-GACTATTTGAACAATTA
* * ** * * *
14618734 TCCATTTGAAA-ACACTATGACCATTTGCTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTAGTTCATAAAAGC
63 TCTATTTCAAATA-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGC
*
14618797 TTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG---
126 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGCAA
* * * * * **
14618848 AGATTTAAATAATAAAT-TAATTTATCGAATC-ATTTCAAATAATTATGGCCATTTGGCCAATTA
1 AGATTTAAAAAATAAATCT-ATTTATC-AAACAAGTTCAAATAATTA-GACTATTTGAACAATTA
* * * *
14618911 TCTATTTCAAATCGTTATTA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-ACATACAAGCC
63 TCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-ATTCATACAAGCT
** * *
14618974 TATTTGAAATAAACTAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAA
127 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGCAA
* * * * * *
14619026 AAATTTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATACTTAGAATTGTTTAAATAATTAT
1 AGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAATTAG-ACTATTTGAACAATTAT
* * * * *
14619091 TTATTTCAAATAGTTATAATCTTTGGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGTTTA
64 CTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTA
** * * * *
14619156 TTCGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAA
129 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGCAA
* * * * *
14619207 GAAATTTAAAAAATAAATGTGTTTGA-CAAACTAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTA
1 -AGATTTAAAAAATAAATCTATTT-ATCAAACAAGTTCAAATAATT-AGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * * * * *
14619271 TTTATTGCAAATCA-TTCTAACC-TTTGTTTAGTCATAAAACAATT-ATTTCAGTTTATATAAGT
63 TCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGC
** * *
14619333 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGCATTCCAAAAATTAATGAGCAA
126 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGCAA
* *
14619387 GAGATTTAAAAATGTATATATATATATATATTTCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGATTTGAC
1 -AGATTT----A---A-A-A-A-ATA-A-A--TCTATTTATCAAACAAGTTCAAATA-ATTAGAC
* *
14619452 TATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG-TTT
49 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * * * * * * *
14619515 CAGTTCATAAAAACTTATCCGAAATAAAATAATAGTACTTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAG
113 TA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAG
14619580 CAA
176 CAA
* * * * ** *
14619583 GAGATTTAAAAACTTAAA-CTATTTTTCGAATCAA-TTCCAATGGTTATGACTATTTGAACAAAT
1 -AGATTTAAAAA-ATAAATCTATTTATC-AAACAAGTTCAAATAATTA-GACTATTTGAACAATT
* * * * * * *
14619646 ATCAATCTCAAATCA-TTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAGACAATTATTTTTTTTATCATA-AG
62 ATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTTAT-TCATACA-
** * *
14619708 AGCTTATTC-GGATAAAAATAATACTAATTTAATAGTATTTCAAAAATTAATAAG---
123 AGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGCAA
* * ** * * * * * * *
14619762 AGATTTAAAAAAATAAATGTGTTTGCCTAACTAGTTAAAATATTTAAGACTACTAGAATAATTAT
1 AGATTT-AAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAATT-AGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * *
14619827 CGATTTCAAATCGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTT
64 CTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTT
* * *
14619891 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCATG
128 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGCA-A
* ** ** *
14619944 AGATTTGGAAAAATAAATCTATCAATTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTAGTTGAACAATTAT
1 AGATTT-AAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAATTA-GACTATTTGAACAATTAT
* * * * * *
14620009 TTATTT-AAAAAATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTGACTTCATAAAAGCTT
64 CTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTT
* * **
14620072 ATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAA
128 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGCAA
** * * ** * *
14620124 GAGATTTAAATTATATAT-TAGTTTATCGAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTG-ACTAATT
1 -AGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATCAAACAAGTTCAAATAATTA-GACTATTTGAAC-AATT
* * * *
14620187 ATTTATTTCAAATCA-TTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-ACATACAAT
62 ATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-ATTCATACAAG
* * * *
14620250 CCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAATTAATAAGTAAA
125 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAG-CAA
* * * * * * *
14620305 AAATTTTAAAAATAAATCTATTTAGCAAACAAGTTCAAATACTTAGGACTCTTTGAATAATTATT
1 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAATTA-GACTATTTGAACAATTATC
* * ** *
14620370 TATTTCAAATAGTTATGATCTTTGGTTTTGTCATAAAATGATTGTTTTTATTCATACAAGTTTAT
65 TATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTAT
* * * * * *
14620435 TCTAAATAAAATAAAACCAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGA
130 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGCA-A
** * * * *
14620486 AGATTTAAAAAA-AAAT-TATTTA-CTGGACAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAACAAGTAT
1 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACAAGTTCAAATAATTA-GACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * **
14620548 CTATTT-AAATAATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTCTTGTTTATAAAAAATTA
64 CTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTA
* * * * *
14620612 TTTAGAATAAAATAATACTAATCTATTTATATTATGAAAATTAATAAG--A
129 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGCAA
* * * * *
14620661 A-ATTTAAAAAATAAATCTTTTTACTGAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGGACAAATAT
1 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCAAACAAGTTCAAATAATTA-GACTATTTGAACAATTAT
* * *
14620724 CTATCTCAAATCGTTATGA--TATTTATTTTGTCATAAAACAATTGATTCTTT-TT-ATACAAGC
64 CTATTTCAAATAGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TT-TTTATTCATACAAGC
* * * * *
14620785 TTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTAAG---
126 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGCAA
* * ** * * * * * *
14620836 AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAATAAGTTCAAATAATTAAAACTATTAGAATAGTTATT
1 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAATT-AGACTATTTGAACAATTATC
* * * ** * * ** * *
14620901 TATTTTAAATCA-TTCTAACCTTTTGTTTACTCATAAAATAATTATTTCAATTTATACAAGTTTA
65 TATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTA
* * ** * * *
14620965 CTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAGCATTCCAAAAATTAATGAGCAGG
129 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGCA-A
* * * *
14621017 AGATTTAAAAAAAATATATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGATTTGACTATTTGAACAATTA
1 AGATTT--AAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATA-ATTAGACTATTTGAACAATTA
* * ** * *
14621082 T-TGATTT-AAAGTCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAAC
63 TCT-ATTTCAAA-TAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGC
* * *
14621145 TTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAA
126 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGCAA
* * * * * ** * * * *
14621199 GAGATTTAAAAACTGAAGCTATTTTTTGAGCCAATTTC-AATAGTTATGACTATTTAAACAAATA
1 -AGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATCAAACAAGTTCAAATAATTA-GACTATTTGAACAATTA
* * * * * *
14621263 TCAATCTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAACAACTGTTTTTGATT-ATA-AGAGC
63 TCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-ATTCATACA-AGC
** *
14621325 TTATTC-GGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAG---
126 TTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGCAA
* * * * * *
14621376 AGATTTAAAAAGTAAATGTGTTTA-CTAAACCAA-TTCAAATATTTAAGACTATTAGAATAATTA
1 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAA-CAAGTTCAAATAATT-AGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * *
14621439 TATATTTCAAATTA-TTCTGACTTTTTGTTTAGTCATATAATAATTG-TTTTAGTTCATACAAGT
63 TCTATTTCAAA-TAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGC
* * * * *
14621502 TTATTTAAAAAAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCATG
126 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGCA-A
* * * * * *
14621557 AGATTTGGAAAAATAAATCT-GTCAGTCGAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTA
1 AGATTT-AAAAAATAAATCTATTTA-TCAAACAAGTTCAAATA-ATTAGACTATTTGAACAATTA
* * *
14621621 TCTATTT-AAAAACATTATGACCATTTGTTTTAGTTCATAAAA-AATT
63 TCTATTTCAAATA-GTTATGACCTTTTGTTTT-G-TCATAAAACAATT
14621667 ATCCAAAATA
Statistics
Matches: 2764, Mismatches: 600, Indels: 344
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
174 10 0.00
175 44 0.02
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177 277 0.10
178 167 0.06
179 167 0.06
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Consensus pattern (178 bp):
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ATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATT
CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGCAA
Found at i:14621354 original size:540 final size:537
Alignment explanation
Indices: 14618086--14621666 Score: 2763
Period size: 540 Copynumber: 6.6 Consensus size: 537
14618076 TATTTAGAAT
* ** * * *
14618086 AAAATAATACTAATTTATTAGCATTCCAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAATATATTTG
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** * * * * * * * * * *
14618151 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAGAT-GTTATGA
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* * ** **
14618214 CCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAAATTATTTGAAATAAAATAATAC
124 CCTTTTG-TTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * * * * * ** ** * *
14618278 TACTTTTTTAATATTTC-AAAACTTAGTAAGCAAGAGATTT-AAAATCTAAAGCTGTTTTTCGAA
188 TAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAGGAGATTTAAAAAAATAAATTTATTTATCGAA
* * * * * * *
14618341 CCAA-TTCCAATAG-TTATGAATATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTT
252 -CAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTAAATAATTATGACCTTTTGTT
* * * * ** * * ** * **
14618403 TTCTTATAAAACAATTGTGTT-TGATCATAGGAGCTTATTC-GGATAAAAATAATACTAATTTAA
314 TTATCATAAAACAATTGT-TTCAGTTCATAAAAACTTATCCAAAAT-AAAATAATACTACTTTTT
* * *
14618466 TAATATTTCAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAA-ATAA--ATGTGTTTGCCCAACC-AGTT
377 TAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTTAACTAT-TTTTTG---AACCAATTT
* * * * * * * * * * *
14618523 AAAATATTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACCTTT-TATTTAGTCAT
438 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCGTTATGATCTTTGT-TTT-GTCAT
* * * * * *
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501 AAAACAATTGTTTTTA-TT-ATACAAGCTTATTCGGATA
* * * * * *
14618624 TAAAATAATACTAATTTATTTACATTCAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTGAAAAAAATAAATC
1 -AAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGT-A--A-GAGATTT--AAAAAATAAATG
* *** * * * * * * ** * * * * *
14618689 TATCAACCAAACAAGTTCAAACAGTTATGACTATTTGAACAATTATCCATTTGAAAACACTATGA
59 TGTTTGCCAAATAAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATCATTCTAA
* * * * *
14618754 CCATTTGCTTT-GTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
124 CCTTTTG-TTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * ** * *
14618818 TACTTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-A--A-GAGATTT-AAATAATAAATTAATTTATCGAAT
188 TAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAGGAGATTTAAAAAAATAAATTTATTTATCGAA-
* * * ** ** *
14618878 C-ATTTCAAATA-ATTATGGCCATTTGGCCAATTATCTATTTCAAATCGTTATTA-CTTTTGTTT
252 CAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATAATTATGACCTTTTGTTT
* * * * * *** * * *
14618940 TGTCATAAAACAATTGTTTTTCA--ACATACAAGCCTATTTGAAATAAACTAATACTAATTTATT
315 TATCATAAAACAATTG--TTTCAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTTTT
* * * * * * * *
14619003 AATATTT-AAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAAATAAATCTA-TTTATCAAACAAGTTCAA
378 AATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGA-TTTAAAAACTTAA-CTATTTTTTGAACCAATTTCAA
* * * * * * ** * * *
14619065 ATACTTA-GAATTGTTTAAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATAATCTTTGGTTTTGTCATAAA
441 ATAGTTATG-ACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCGTTATGATCTTT-GTTTTGTCATAAA
*
14619129 ACAATTGTTTTTATTCATACAAGTTTATTCGGA-A
504 ACAATTGTTTTTATT-ATACAAGCTTATTCGGATA
14619163 TAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATGTG
1 -AAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTAAG--AG--ATTTAAAAAATAAATGTG
* * *
14619228 TTTGACAAACT-AGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTATTTATTGCAAATCATTCTAAC
61 TTTGCCAAA-TAAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATCATTCTAAC
* * * *
14619292 C-TTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTTATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTA
125 CTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * *
14619356 ATTTATTAGCATTCCAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAATGTATATATATATATATATTTC
190 ATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAGGAGATTT---AA---A-A-A-A-ATA-A-A-TT-
**
14619421 TATTTATCGAACAAGTTCAAATAGATTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAGTTGTTATGA
241 TATTTATCGAACAAGTTCAAATAGATTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAA-TAATTATGA
* *
14619486 CCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCCGAAATAAAATAATAGT
305 CCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACT
* *
14619551 ACTTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTTAAACTATTTTTCGAATCA
370 ACTTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTT-AACTATTTTTTGAACCA
* * * *
14619616 A-TTCCAATGGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTCTC
434 ATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCGTTATGATCTTTGTTTTGTC
* * * *
14619680 ATAAGACAATTATTTTTTTTATCATAAGAGCTTATTCGGATA
499 ATAAAACAATTGTTTTTATTAT-A-CA-AGCTTATTCGGATA
* * *
14619722 AAAATAATACTAATTTAATAGTATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAATAAATGTGTTTG
1 AAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATGTGTTTG
* * * * ** *
14619787 CCTAACT-AGTTAAAATATTTAAGACTACTAGAATAATTATCGATTTCAAATCGTTCTAACCTTT
65 CC-AAATAAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATCATTCTAACCTTT
* *
14619851 TGTTTAGTCATATAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
129 TGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
* ** * ** *
14619916 ATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTGGAAAAATAAATCTATCAATTGAACAAGTTC
194 ATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAGGAGATTTAAAAAAATAAATTTATTTATCGAACAAGTTC
* * * * *
14619981 AAATA-ATTATGACTAGTTGAACAATTATTTATTTAAAAAATTATGACCATTTGTTTTGTCATAA
259 AAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAATAATTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
* * * *
14620045 AACAATTGTTTGACTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAA
323 AACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTTTTAATATTTCAA
** ** * *
14620110 AAATTAATAAATAAGAGATTT--AAA-TTATA-TATTAGTTTATCGAA-TTAGTTCAAATAATTA
388 AAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTTA-ACTATT--TTT-T-GAACCAATTTCAAATAGTTA
* * * ** * * * *
14620170 TGGCCATTTG-ACTAATTATTTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
448 TGACTATTTGAAC-AAATATCAATCTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
** * * * *
14620234 TTTTTCAACATACAATCCTATTC-AAAA
511 TTTTT-ATTATACAAGCTTATTCGGATA
* * * * * * * * *
14620261 TAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATCTAT
1 -AAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCCAAA--AATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGT
* * * * * * * *
14620326 TTAG-CAAACAAGTTCAAATACTTAGGACTCTTTGAATAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGAT
62 TT-GCCAAATAAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATCA-TTCTAAC
* * * * * * *
14620389 CTTTGGTTTTGTCATAAAATGATTGTTTTTA-TTCATACAAGTTTATTCTAAATAAAATAAAACC
125 CTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTG-TTTCAGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACT
* *** * * * *
14620453 AATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGAAGATTT-AAAAAA-AAA-TTATTTA-CTGGAC
189 AATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAGGAGATTTAAAAAAATAAATTTATTTATC-GAAC
* * * * * *
14620514 AAGTTCAAATA-ATCATGTCCATTTGAACAAGTATCTATTTAAATAATTATGACATTTTGTTTTG
253 AAGTTCAAATAGAT-TTGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAATAATTATGACCTTTTGTTTTA
* * * * ** * * *
14620578 TCATAAAATAATTG-TTCTTGTTTATAAAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATCTATTT-A
317 TCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACT-TTTTTAA
* * * * *
14620641 TATTAT-GAAAATTAATAAG--A-A-ATTTAAAAAATAAATCT-TTTTACTGAAACAA-TTCAAA
380 TATT-TCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTTAA-CTATTTT-TTGAACCAATTTCAAA
* * * *
14620699 TAGTTATGACTATTTGGACAAATATCTATCTCAAATCGTTATGATATTTATTTTGTCATAAAACA
442 TAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCGTTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACA
* *
14620764 ATTGATTCTTT-TTATACAAGCTTATTCAGATT
507 ATTG-TT-TTTATTATACAAGCTTATTCGGATA
14620796 AAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGC
1 AAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGC
* * *
14620861 CAAATAAGTTCAAATAATTAAAACTATTAGAATAGTTATTTATTTTAAATCATTCTAACCTTTTG
66 CAAATAAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTG
* * * * * *
14620926 TTTACTCATAAAATAATTATTTCAATTTATACAAGTTTACTCAGAATAAAATAATACTAATTTAT
131 TTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * *
14620991 TAGCATTCCAAAAATTAATGAGCAGGAGATTTAAAAAAAATATATTTGTTTATCAAACAAGTTCA
196 TAACATTCAAAAAATTAATAAGCAGGAGATTT-AAAAAAATAAATTTATTTATCGAACAAGTTCA
**
14621056 AATAGATTTGACTATTTGAACAATTAT-TGATTTAAAGTCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
260 AATAGATTTGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTAAA-TAATTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
*
14621120 AACAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTTTTAATATTTCAA
323 AACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTTTTAATATTTCAA
* *
14621185 AAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTGAAGCTATTTTTTGAGCCAATTTC-AATAGTTATGAC
388 AAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTTAA-CTATTTTTTGAACCAATTTCAAATAGTTATGAC
* * *
14621249 TATTTAAACAAATATCAATCTCAAATCGTTATGATCTTTGTTTTCTCATAAAACAACTGTTTTTG
452 TATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCGTTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-
14621314 ATTATA-AGAGCTTATTCGGATA
516 ATTATACA-AGCTTATTCGGATA
** * * *
14621336 AAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATGTGTTTAC
1 AAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGC
* * * * * * *
14621401 TAAACCAA-TTCAAATATTTAAGACTATTAGAATAATTATATATTTCAAATTATTCTGACTTTTT
66 CAAA-TAAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATCATTCTAACCTTTT
* * * *
14621465 GTTTAGTCATATAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGTTTATTTAAAAAAAAATAATACTAATTTA
130 GTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* ** * * *
14621530 TTAACATTCAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTGGAAAAATAAATCT-GTCAGTCGAACAAGTTC
195 TTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAGGAGATTTAAAAAAATAAATTTATTTA-TCGAACAAGTTC
* * *
14621594 AAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAAACATTATGACCATTTGTTTTAGTTCAT
259 AAATAGATTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAATA-ATTATGACCTTTTGTTTTA--TCAT
14621659 AAAA-AATT
321 AAAACAATT
14621667 ATCCAAAATA
Statistics
Matches: 2453, Mismatches: 451, Indels: 275
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
530 5 0.00
531 150 0.06
532 1 0.00
533 12 0.00
534 58 0.02
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536 282 0.11
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538 25 0.01
539 369 0.15
540 489 0.20
541 178 0.07
542 208 0.08
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544 2 0.00
545 1 0.00
546 3 0.00
547 2 0.00
548 2 0.00
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550 2 0.00
551 3 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (537 bp):
AAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGC
CAAATAAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTG
TTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
TAACATTCAAAAAATTAATAAGCAGGAGATTTAAAAAAATAAATTTATTTATCGAACAAGTTCAA
ATAGATTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAATAATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAC
AATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTTTTAATATTTCAAAAA
TTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTTAACTATTTTTTGAACCAATTTCAAATAGTTATGACTATT
TGAACAAATATCAATCTCAAATCGTTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTAT
ACAAGCTTATTCGGATA
Found at i:14622395 original size:174 final size:174
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Period size: 174 Copynumber: 2.7 Consensus size: 174
14622164 AGTTTGTTCA
* *
14622174 AAATAAAATAATATTAATTTTTTAATATTTAAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAAT
* * *
14622239 CTGCTGGCCAAAATATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATTTATTTCGAATTC-TTAT
66 CTGCTGGCCAAAACATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTC-AAATCATTAT
*** *
14622303 ATCCTTTTATTTGAATAGTTTTGACTGTTCGTACTATTTTATTTG
130 AAAATTTTATTTGAATAGTTTTGACTGTTCATACTATTTTATTTG
* *
14622348 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAGTAAGAGGTTCAAAAAGTAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAAT
*
14622413 CTGCTTGCCAAAACATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATA
66 CTGCTGGCCAAAACATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATA
14622478 AAATTTTATTTGAATAGTTTTGACTGTTCATACTATTTTATTTG
131 AAATTTTATTTGAATAGTTTTGACTGTTCATACTATTTTATTTG
* * ** * * * * * *
14622522 AAATAAAATAATACTAATTTAATAACATTGCAAAACTTAATAACTAAGAAAATTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAAT
** * * * *** * *
14622587 CTAATTGCCAAATCAGTTCAAATAGTTAAAACTATATGAATGATTATCTATTTCAAAT
66 CTGCTGGCCAAAACATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
14622645 TGTCATGACC
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AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAAT
CTGCTGGCCAAAACATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATA
AAATTTTATTTGAATAGTTTTGACTGTTCATACTATTTTATTTG
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14621769 TTTTTTTATT
* * * *
14621779 ATAAAACAATTGTTTT-TCAACATACAAGCCTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
1 ATAAAACAATTGTTTTGT--TCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * * **** *
14621843 CTCAAGAA-T--TAA-TAAGAGATTTGAAAAATAAATTTATTTTTTGAACCAGTTCAAATAGTTA
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* * * * * * **
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* * *
14621956 ATAAAACAATTGTTTCTAG-CCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTTTGTAATA
1 ATAAAACAATTGTTT-T-GTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT-TAATA
* * * * * * *
14622020 TTCT-GAAAATTAATAACTATGAGATTTAAAAAATAAATCCGTTTACCGAATCAATTCAAATAAT
63 TT-TAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATCAGTTCAAATAGT
* * * * * * * * * *
14622084 TAAGACTGTATGAACAATTATTTATTTTAAATTGATATGACATTTTGTTTTGTC
127 TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTC
* * * ** * *
14622138 ATAAAACAATTGGTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATTTTTTAATATT
1 ATAAAACAATT-GTTTTGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * ** * *
14622203 TAAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTGCTGGCCAAAAT-ATTTCAAATAGTTT
65 TAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC-AAATCAGTTCAAATAGTTA
* * * *
14622267 TGACTATTTGAATAATTATTTATTTCGAATTC-TTATATCCTTTT-ATTTG--
129 TGACTATTTGAATAATTATCTATTTC-AAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTC
* *** ** * **
14622316 --AATAGTTTTG-ACTGTTCGTACT-ATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
1 ATAAAACAATTGTTTTGTTCATA-TAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * * * *
14622377 TAAAAAATTAATCAGTAAGAGGTTCAAAAAGTAAATCTGCTTGCCAAAACATTTCAAATAGTTTT
65 TAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTAT
* ** *
14622442 GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAAAATTTT-ATTTG--
130 GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTC
* *** ** ** * *
14622490 --AATAGTTTTG-ACTGTTCATACT-ATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAACATT
1 ATAAAACAATTGTTTTGTTCATA-TAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
** * * * * ** * *
14622551 GCAAAACTTAATAACTAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCCAAATCAGTTCAAATAGTTAA
65 TAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * *
14622616 AACTATATGAATGATTATCTATTTCAAATTGTCATGACCTTTTCTTTTGTC
130 GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTC
* * * *
14622667 GTAAAACAATTGTTTTGTTCATATAAGCTTATTTGAATTAAAATAATACTAATTTAATAAAATTT
1 ATAAAACAATTGTTTTGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * ** * * * *
14622732 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAACTTTGTTTACTGAATCAATTCAAATGGATAAG
66 AAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
14622797 ACTATTAGAATAATTATATATTGCAAATCGTTTTAACCTTTTGCTTAGTC
131 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTC
* * *** * * *
14622847 ATAAAACAACTATTTCAAATCATACAAGCTTATTT-AGAATAAATTAATACTAATTTATTAACAT
1 ATAAAACAATTGTTT-TGTTCATATAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* ** *
14622911 TCAAAAAATTAATAACAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGT
64 TTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAATC-AGTTCAAATAGT
* * * * * **
14622975 TAT---TATTTGTACAATTGTCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTAATTTGTC
127 TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTC
* * ***
14623026 ATAAAACAATTGTTTTAGTTAATACAAGCTTA-GACAAGATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
1 ATAAAACAATTGTTTT-GTTCATATAAGCTTATTTGAA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
*** * * * * * ** * *
14623090 TTCCTAAACTAATTAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATCAGTTAAAATAATTA
64 TTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTA
* * * * * * * *
14623155 TGGCCATTTGAATGATTATCTACTACAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTC
129 TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTC
* * * *
14623207 ATAAAACAATTATTTTTTATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAGTACTAATTTATTAATATT
1 ATAAAACAATTGTTTTGT-TCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * *
14623272 TTAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CAGAATCAGTTTAAATAGTTA
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** * * *
14623336 TGACTATTTGAGCAATTAT-TAATCTCAAATCGTTAAAATC-TTTGTTTTGTC
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* * * * * * *
14623387 ATAAAACAATTATTTTTTATCATAGAAGCTTATTCG-ATTAAAAATAATACTGA-TTAATAATAT
1 ATAAAACAATTGTTTTGT-TCATATAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * *
14623450 TTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACC-AACCTAGTTCAAATGGTT
64 TTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATC-AGTTCAAATAGTT
** * * * * *
14623510 AAAACTATTAGAATAATTATCTATTTAAAATCGTTCTAACCTCTTATTTAT-TC
128 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTT-TGTC
* * ** * * * ** * * *
14623563 ATAAAATATTTGTTTCATATCTTACAGGCTTATTCAAAATAAAATAATCCAAATTTATTAACA-T
1 ATAAAACAATTGTTTTGT-TCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * * * *
14623627 TCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTATCTATCGAA-CAAGTTAAAATAATT
65 TAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAATC-AGTTCAAATAGTT
* * * ** * * *
14623691 ATTACTATTTAAATAATTATTTATTT-AAATTTATTATGATCTTTTCTTTT-TAC
128 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATAACCTTTTGTTTTGT-C
* * *** * *
14623744 ATAAAAACAATT-TTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTAATTTTTTAATAT
1 AT-AAAACAATTGTTT-TGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
** * * * * *
14623808 TTCCAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATAAATTCAAATAGTT
64 TTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAATCAGTTCAAATAGTT
** * * * * * * * *
14623872 ACAACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCGTTATGACATTTTGTTCTATT
128 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTC
* * ** * *
14623925 ATAAAATAATTGTTTCAT-TTCATACAAATTTAATTGAAACAAAATAATACTAA-TTATTAATAT
1 ATAAAACAATTGTTT--TGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* *
14623988 TTCAAAAGTTAATAAGT
64 TTAAAAAATTAATAAGT
14624005 GATTTACTGA
Statistics
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AAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTATG
ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTC
Found at i:14623122 original size:360 final size:355
Alignment explanation
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Period size: 360 Copynumber: 4.1 Consensus size: 355
14622505 TCATACTATT
* * * * *
14622515 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAACATTGCAAAACTTAATAACTAAGAAAATTAAAA
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* * * * * * ** *
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** * * * * * * *
14622645 TGTCATGACCTTTTCTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTTGTTCATATAAGCTTATTTGAA-TTAAA
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* ** * * * *
14622709 ATAATACTAATTTAATAAAATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAACTTTGTTTA
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* * *
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* * *
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*
14622876 TTATTT-AGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAACAAAGAGATTTAAA
1 TTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTC-AAAAATTAATAACAAAGAGATTT-AA
* *
14622940 AAAATAAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATTATTTGTACAATTGTCTATTTAAAAT
63 AAAATAAATCTATTTACCGAATC-AGTTCAAATAGTTATTATTTGTACAATTATCTATTTAAAAT
* **
14623004 CATTATAACCTTTTAATTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTAATACAAGCTTAGACAAGATAAA
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* * * * *
14623069 ATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAACTAATTAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTA
189 ATAATACTAATTTAATAATATTTCCAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTATTTA
* * * * * * * * * * * *
14623134 CTGAATCAGTTAAAAT-AATTATGGCCATTTGAATGATTATCTACTACAAATCATTATGACATTT
254 CTGAATCAATTCAAATGGA-TAAGACTATTAGAATAATTATCTATTACAAATCGTTATAACCTTT
* **
14623198 TGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTTATCATACAAGC
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* * * ** *
14623236 TTATTTGAAATAAAATAGTACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAA
1 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAATTAATAACAAAGAGATTTAAAA
* * * *
14623301 AATAAATCTATTTACAGAATCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTG-AGCAATTAT-TAATCTCAA
65 AATAAATCTATTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTAT---TATTTGTA-CAATTATCT-ATTTAAA
* * * * *
14623364 ATCGTTAAAATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT-TTATCATAGAAGCTTATTC--GATT
125 ATCATTATAACCTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTA--ATAAAAGCTTATTCAAGA-T
* * * *
14623426 AAAAATAATACTGA-TTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATGTA
186 -AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCCAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTA
* * * * * *
14623486 TTTAC-CAACCTAGTTCAAATGGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTA-AAATCGTTCTAA
250 TTTACTGAATC-AATTCAAATGGATAAGACTATTAGAATAATTATCTA-TTACAAATCGTTATAA
* * * * * * * *
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313 CCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCATATCATACAAGC
** * *
14623592 TTATTCAAAATAAAATAATCCAAATTTATTAACATTCAAAAATTAATAAGCAAA-AGATTTGAAA
1 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAATTAATAA-CAAAGAGATTT-AAA
* * * * * *
14623656 AAATAAATCTATCTATCGAA-CAAGTTAAAATAATTATTACTATT-TAAATAATTATTTATTTAA
64 AAATAAATCTATTTACCGAATC-AGTTCAAATAGTTATTA-T-TTGT--ACAATTATCTATTTAA
* * * * * * * * *
14623719 ATTTATTATGATCTTTTCTTTTTACATAAAAACAATT-TTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAA
124 AATCATTATAACCTTTT-TTTGT-CAT-AAAACAATTGTTT-TGTTAATAAAAGCTTATTCAAGA
* ** * *
14623783 TAAAATAATATTAATTTTTTAATATTTCCAAAATTAATAAGT-AAGAGTTTAAAAAAATAAATTT
185 TAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCCAAAATTAATAAGTAAAAAATTT-AAAAAATAAATTT
* * * * * * *
14623847 GTTTA-TCGAATAAATTCAAATAGTTACA-ACTATTTGAACAATTGTCTATTTA-AAATCGTTAT
249 ATTTACT-GAATCAATTCAAATGGATA-AGACTATTAGAATAATTATCTA-TTACAAATCGTTAT
* * * * * * **
14623909 GACATTTTGTTCTA-TTATAAAATAATTGTTTCATTTCATACAAAT
311 AACCTTTTGTT-TAGTCATAAAACAATTATTTCATATCATACAAGC
* * * *
14623954 TTAATTGAAACAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTCAAAAGTTAATAA
1 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAATTAATAA
14624003 GTGATTTACT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (355 bp):
TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAATTAATAACAAAGAGATTTAAAAA
ATAAATCTATTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTATTATTTGTACAATTATCTATTTAAAATCATT
ATAACCTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTAATAAAAGCTTATTCAAGATAAAATAATAC
TAATTTAATAATATTTCCAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAATC
AATTCAAATGGATAAGACTATTAGAATAATTATCTATTACAAATCGTTATAACCTTTTGTTTAGT
CATAAAACAATTATTTCATATCATACAAGC
Found at i:14623706 original size:18 final size:16
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14623673 GAACAAGTTA
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14623701 AAATAATTATTTATTT
1 AAATAATTATTTATTT
14623717 AAAT
1 AAAT
14623721 TTATTATGAT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 2
0.91 0.00 0.09
Matches are distributed among these distances:
16 9 0.45
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Consensus pattern (16 bp):
AAATAATTATTTATTT
Found at i:14623749 original size:537 final size:534
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14622512 ATTTTATTTG
* * *
14622522 AAATAAAATAATACTAATTTAATAACATTGC-AAAACTTAATAA-CTAAGAAAA-TTAAAAAATA
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* ** * * ** * * * * * * **
14622584 AATCTAAT-TGCCAAATCAGTTCAAATAGTTAAAACTATATGAATGATTATCTATTTCAAATTGT
63 AATCT-ATCTACTGAATCAGTTAAAATAATTATGACCATTTAAATAATTATCTACTACAAATCAT
* * * *
14622648 CATGACCTTTTCTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTTGTTCATATAAGCTTATTTGAATTAAAATAA
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* * *
14622713 TACTAATTTAATAAAATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAACTTTGTTTACTGA
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* * * * **
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254 ATCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATATATTGCAAATCGTTAAAACCTTTTGCTT
* *
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319 AGTCATAAAACAACTATTTCAAATCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAA
*
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* * * * *
14622973 GTTATTATTTGTACAATTGTCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTAATTTGTCATAAAACAATTG
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*
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* * * ** * *
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* * * *
14623127 CTATTTACTGAATCAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAATGATTATCTACTACAAATCATTATG
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* * * *
14623192 ACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTTATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAGTAC
131 AC-TTTTCTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTGT-TCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
* * *
14623257 TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACAGAATC
193 TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC-GAATC
* * * * * * *
14623322 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTAT-TAATCT-CAAATCGTTAAAATC-TTTGTTTT
257 AATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATAT-AT-TGCAAATCGTTAAAACCTTTTGCTTA
* *** * * * *
14623384 GTCATAAAACAATTATTTTTTATCATAGAAGCTTA-TTCGATTAAAAATAATACTGA-TTAATAA
320 GTCATAAAACAACTATTTCAAATCATACAAGCTTATTTAGAAT-AAAATAATACTAATTTAATAA
* * * *
14623447 TATTTC-AAAAATTAAT-AAGAGATTT-AAAAAATAAATGTATTTACC-AACCTAGTTCAAATGG
384 CA-TTCAAAAAATTAATAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CAAGTTCAAATAG
* * * * * *
14623508 TTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTAAAATCGTTCTAACCTCTT-ATTTATTCATAAAATAT
447 TT---ACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTCTTAATTT-GTCATAAAACAA
** * **
14623572 TTGTTTCA-TATCTTACAGGCTTATTCA
508 TTGTTTCAGT-TAATACAAGCTTAGACA
* * *
14623599 AAATAAAATAATCCAAATTTATTAACA-TTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATACAAATTTATTAACATTTCAAAAACTAATAAGCAAAAAATTT-AAAAAATAAA
* * * * * *
14623663 TCTATCTA-TCGAA-CAAGTTAAAATAATTATTACTATTTAAATAATTATTTATTTA-AATTTAT
65 TCTATCTACT-GAATC-AGTTAAAATAATTATGACCATTTAAATAATTATCTA-CTACAAATCAT
* ***
14623725 TATGATCTTTTCTTTT-TACATAAAAACAATTTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAAT
127 TATGA-CTTTTCTTTTGT-CAT-AAAACAATTTTT-TGTTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * **
14623789 AATATTAATTTTTTAATATTTCCAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAAATAAATTTGTTTAT
188 AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTA-
* * * ** ** *
14623853 CGAATAAATTCAAATAGTTACA-ACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCGTTATGACATTTT
251 CGAATCAATTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATATATTGCAAATCGTTAAAACCTTTT
* * * * * ** ** * *
14623917 GTTCTA-TTATAAAATAATTGTTTCATTTCATACAAATTTAATT-GAAACAAAATAATACTAA-T
315 GCT-TAGTCATAAAACAACTATTTCAAATCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATT
* * * * * * * *
14623979 TATTAATATTTC-AAAAGTTAAT-AAGTGATTT-----ACTGAAT-T-TGTT--CAAATAA-TT-
378 TAATAACA-TTCAAAAAATTAATAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTAT-TTACCGAACAAGTTC
** * * *
14624031 --AT-G-T-CTATT-TTA-AATTAT-TA-TT----TCCTT-T----T-GT--TTAGTCATATAAA
441 AAATAGTTACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTCTTAATTTGTCATA-AAA
** * * ** *
14624075 -AATTGTTT-TTTTCATACAAGTTTATTCG
505 CAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTAGACA
* ** * ** *
14624103 AAATAAAATAGTATTAATTTATTAATC-TTTCAAAAA-TCAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAA
1 AAATAAAATAATACAAATTTATTAA-CATTTCAAAAACT-AATAAGCAAAAAATTTAAAAAATAA
* * * * * * * * * * * **
14624166 ATCTGTTTAC-CAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATACTTCAAATTGTT
64 ATCTATCTACTGAATC-AGTTAAAATAATTATGACCATTTAAATAATTATCTACTACAAATCATT
* * * * * *
14624230 ATAACTTTT-TGTTATGTCATGAAGCAATTATTTCTATTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATA
128 ATGACTTTTCT-TT-TGTCATAAAACAATT-TTT-TGTTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATA
** * * * ** * * *
14624294 GCACTAATCTAATAA-AATAAAAAAATTAATAACTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTG
189 ATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC-G
* * * * * ** ** *
14624358 -ACCAATTCAAATAATTTAGACTA--TGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTT
253 AATCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATATATTGCAAATCGTTAAAACCTTTTGCT
* * * * * * * * * * *
14624420 TTGTCATTAAACAAGTTTTTCAACTCATAGAAGCTTATTCAGAATAGAATAAAACTAATTCATTA
318 TAGTCATAAAACAACTATTTCAAATCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATA
* * * * *
14624485 ATATTTCAAAAACTTAAAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAATTCTATTTACCGAACTAGTTCAAAT
383 ACA-TTCAAAAAATTAATA--AAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAAT
* * * * * * * * **
14624549 AATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACA
445 -AGT-T-ACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTCTTAATTTGTCATAAAACA
* * * ***
14624614 ATTGTTTTTAG-TAATATAAG-TTTGTTTG
507 ATTG-TTTCAGTTAATACAAGCTTAG-ACA
* * ** * * *
14624642 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAACTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACAAATTTATTAACATTTCAAAAACTAATAAGCAAAAAATTTAAAAAATAAAT
** * * * * * * ** * * *
14624706 CGCT-TAAC-AAATTATTTTAAATAATTATGACTATTTGAGCAATTAT-TTCTTTCAAATTATTA
66 CTATCT-ACTGAATCAGTTAAAATAATTATGACCATTTAAATAATTATCTAC-TACAAATCATTA
* * *
14624768 TGACTTTT-TGTTCTGTTATAAAACAATAGTTTTTGTTCATATAAGCTTATTT-AGATTAAAATA
129 TGACTTTTCT-TT-TGTCATAAAACAAT--TTTTTGTTCATAAAAGCTTATTTGA-AATAAAATA
* * * * * * * * * * *
14624831 TTA-TTATTTTTTATTATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTGCCG
189 ATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-ACG
* * * * * * * ** *
14624895 AA-CTAGA-TCAAATAGTCATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTAG
253 AATC-A-ATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATATATTGCAAATCGTTAAAACCTTTTG
* * * * ** * * *
14624958 TTTTA-TAATAAAAAAAATATTTCAGTTCATATAAGCTTATCT-GAAATAAAATAATACTAAGTT
316 -CTTAGTCATAAAACAACTATTTCAAATCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTT
** * * * * * **
14625021 GTTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAAATGATTCTATTTATTGAACAAGTTT
379 AATAACATTCAAAAAATTAAT-A--AAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAG-TT
* * * * * **
14625086 CAATAATTA-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCACTATAACCTTTTGCTTTGTCATA
440 C-A-AA-TAGTTACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTCTTAATTTGTCATA
** * * **
14625150 AAATGATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTC-
502 AAACAATTGTTTC-AGTTAATACAAGCTTA-GACA
* * * * * *
14625183 GAATAAAATAATATAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAAAATTTAGAAAATA
1 AAATAAAATAATACAAATTTATTAACATTTCAA-A-AACTAATAAG-CAAAAAATTTAAAAAATA
* * * * ** * * * * * * *
14625246 AATCTATTTATTGTA-CAAGTTTAAATTGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTAT
63 AATCTATCTACTGAATC-AGTTAAAATAATTATGACCATTTAAATAATTATCTACTACAAATCAT
* * * * * *
14625310 TATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCATATTAAAAT
127 TATGAC-TTTTCTTTTGTCATAAAACAATT-TTT-TGTTCATAAAAGCTTATTTGA-AATAAAAT
* * * * * * * * *
14625374 AATATTTATTTATTAATGTTTCAATAATTAATAAGTAAAAAATTAAAAAAAAATAAATATGTTTA
188 AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT--TAAAAAATAAATTTGTTTA
14625439 CTGAA-CAAGTTCAAATAGT
251 C-GAATCAA-TTCAAATAGT
14625458 CATGATTATT
Statistics
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Consensus pattern (534 bp):
AAATAAAATAATACAAATTTATTAACATTTCAAAAACTAATAAGCAAAAAATTTAAAAAATAAAT
CTATCTACTGAATCAGTTAAAATAATTATGACCATTTAAATAATTATCTACTACAAATCATTATG
ACTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
TTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACGAATCAATT
CAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATATATTGCAAATCGTTAAAACCTTTTGCTTAGTCATA
AAACAACTATTTCAAATCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAACATTCAA
AAAATTAATAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTACTATTA
GAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTCTTAATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAA
TACAAGCTTAGACA
Found at i:14624578 original size:16 final size:17
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14624536 AACTAGTTCA
14624546 AATAATTATAACTATTTG
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14624579 CAAATTATTA
Statistics
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AATAATTATACTATTTG
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14624044 ATTATTATTT
* * *
14624054 CCTTTTG-TTTAGTCATATAAA-AATTGTTTT-T-TTCATACAAGTTTA-TTCGAAATAAAATAG
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* * * ** * * *
14624114 TATTAATTTATTAATCTTTCAA-A-AATCAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC
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* * * * * *
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* * * ** * * * * * **
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* * ** * * ** ** * *
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253 TTAATATTCCAAAAACTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAAATAAATCTACTTAAC-AAACAAGTT
* * * *
14624365 CAAATAATT-TAGACTA--TGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGA
316 TAAATAATTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAA
* * * * * * * *
14624411 CCTTTTGTTTTGTCATTAAACAA-GTTTTTCAACTCATAGAAGCTTATTCAGAATAGAATAAAAC
1 CCTTTTGCTTTGTCATAAAACAATG-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-
* * * * *
14624475 T-AATTCATTAATATTTCAA-A-AACTTAA-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCG
64 TAAATTTATTAATA-TT-AAGACAA-TTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTACCG
* * *
14624536 AACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATTACTTTTTGTT
126 AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACTTTTTGTT
* * * * * * * * *
14624601 TTGTCATAAAACAATTGTTTTTAGTAATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
191 TTATCATAAAAAAAATGATTTCAGTAATATAAGCTTATCTGAAATAAAATAATACTAAGTTATTA
*** * * ** *
14624666 ATATTTTGAAAACTAAT-AGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATC-GCTTAACAAATTATTTTAAAT
256 ATATTCCAAAAACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTACTTAACAAACAAGTTTAAAT
* * * * * *
14624728 AATTATGACTATTTGAGCAATTATTTCTTTCAAATTATTATGA
321 AATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAA
* * * * * *
14624771 CTTTTTG-TTCTGTTATAAAACAATAGTTTT-TGTTCATATAAGCTTATTTAGATTAAAATATTA
1 CCTTTTGCTT-TGTCATAAAACAAT-GTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA
* * * ** * * *
14624834 T-TATTTTTTATTATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTGCCGAAC
64 TAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTACCGAAC
* * * * * *
14624898 TAGATCAAATAGTCATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTAGTTTTA
129 TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACTTTTTGTTTTA
* * *
14624963 TAATAAAAAAAAT-ATTTCAGTTCATATAAGCTTATCTGAAATAAAATAATACTAAGTTGTTAAT
194 TCATAAAAAAAATGATTTCAG-TAATATAAGCTTATCTGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAAT
* * * * * *** *
14625027 ATTCCAAAAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAAATGATTCTATTTATTGAACAAGTTTCAATAA
258 ATTCCAAAAACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTACTTAACAAACAAGTTTAAATAA
*
14625092 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCACTATAA
323 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAA
** * *
14625133 CCTTTTGCTTTGTCATAAAATGATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATA
1 CCTTTTGCTTTGTCATAAAACAATGTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATA
* ** * *
14625198 AATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAAAATTTAGAAAATAAATCTATTTATTGTACA
66 AATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAAATTTTA-AAAATAAATCTATTTACCGAACT
* * * *
14625263 AGTTTAAATTGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACTTTTTGTTTTAT
130 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACTTTTTGTTTTAT
* * * * * * * * * *
14625328 CATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTAT-TCATATTAAAATAATATTTATTTATTAAT
195 CATAAAAAAAATGATTTC-AGTAATATAAGCTTATCTGA-AATAAAATAATACTAAGTTATTAAT
* * * * * *
14625391 GTTTCAATAATTAATAAGTAAAAAATTAAAAAAAAATAAAT
258 ATTCCAAAAACTAATAAGTAAAAGATT-TAAAAAAATAAAT
14625432 ATGTTTACTG
Statistics
Matches: 806, Mismatches: 179, Indels: 64
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
355 1 0.00
356 7 0.01
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (363 bp):
CCTTTTGCTTTGTCATAAAACAATGTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATA
AATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTACCGAACTA
GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACTTTTTGTTTTATC
ATAAAAAAAATGATTTCAGTAATATAAGCTTATCTGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATT
CCAAAAACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTACTTAACAAACAAGTTTAAATAATTA
TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAA
Found at i:14625178 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 14624054--14625480 Score: 801
Period size: 182 Copynumber: 7.9 Consensus size: 179
14624044 ATTATTATTT
* * *
14624054 CCTTTTG-TTTAGTCATATAAA-AATTGTTT-TTTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAGTA
1 CCTTTTGCTTTA-TCATA-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-GAAATAAAATAATA
* * * ** * * ***
14624116 TTAATTTATTAATCTTTCAAAAATCAATAAGTAGGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAA
63 -TAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAATTAAAAAATTTAAAAAAATAAATCTATTTATTGAA
* * * * * ***
14624180 CTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATACTTCAAATTGTTATAA
126 CAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAA
* * * * * * * **
14624234 CTTTTTG-TTATGTCATGAAGCAATTATTTCTATTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAGCAC
1 CCTTTTGCTT-TATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATA-
* * * ** * * * * ** *
14624298 TAATCTAATAAAATAAAAAAATTAATAACTAAGAAATTT-AAAAAATAAATTTGTTTGCTGACCA
63 TAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAATTAAAAAATTTAAAAAAATAAATCTATTTATTGAACA
* * * *
14624362 A-TTCAAATAATT-TAGACTA--TGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGA
128 AGTTTAAATAATTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAA
* * * * * * * * *
14624411 CCTTTTGTTTTGTCATTAAACAAGTT-TTTCAACTCATAGAAGCTTATTCAGAATAGAATAAAAC
1 CCTTTTGCTTTATCATAAAACAA-TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTGA-AATAAAATAATA-
* * * * * **
14624475 TAATTCATTAATATTTCAAAAACTTAA-AAGTAAGAGATTT-AAAAAATAATTCTATTTACCGAA
63 TAATTTATTAATA-TTCAAAAA-TTAATAATTAAAAAATTTAAAAAAATAAATCTATTTATTGAA
* * * * * * *
14624538 CTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATTA
126 CAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAA
* * * * * * * * *
14624592 CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAGTAATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATACT
1 CCTTTTGCTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT-ATTGAAATAAAATAATA-T
** * * * * ** *** **
14624657 AATTTATTAATATTTTGAAAACTAAT-AGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATC-GCTTAACAAATT
64 AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAATTAAAAAATTTAAAAAAATAAATCTATTTATTGAACA
* * * * * * *
14624719 ATTTTAAATAATTATGACTATTTGAGCAATTATTTCTTTCAAATTATTATGA
128 AGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAA
* * * * * * * * * *
14624771 CTTTTTG-TTCTGTTATAAAACAATAGTTTTTGTTCATATAAGCTTATTTAGATTAAAATATTAT
1 CCTTTTGCTT-TATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTGA-AATAAAATAATAT
* * * ** * * * * * *** *
14624835 TATTTTTTATTATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTT-TAAAAATAAATATGTTTGCCGAACT
64 AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAATTAAAAAATTTAAAAAAATAAATCTATTTATTGAACA
* * * * * * *** *
14624899 AGATCAAATAGTCATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
128 AGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAA
* * * * * * *
14624951 CCTTTAGTTTTATAATAAAAAAAATATTTC-AGTTCATATAAGCTTATCTGAAATAAAATAATAC
1 CCTTTTGCTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTAT-TGAAATAAAATAATA-
* * * * *
14625015 TAAGTTGTTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAAATGATTCTATTTATTGAAC
63 TAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAATTAAAAAATTTAAAAAAATAAATCTATTTATTGAAC
* *
14625080 AAGTTTCAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCACTATAA
127 AAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAA
* ** *
14625133 CCTTTTGCTTTGTCATAAAATGATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATAT
1 CCTTTTGCTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TT-GAAATAAAATAATAT
* * *
14625197 AAATTTATTAATATT-AAGACAATTAATAAGTAAAAAAATTT-AGAAAATAAATCTATTTATTGT
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * *
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* ** * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* ** * *
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* * * * * * * *
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* * ** * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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*
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* * *
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* *
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* * * *
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* * * * *
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* *
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*
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*
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*
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* *
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* * *
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*
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*
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* * * *
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*
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*
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* *
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*
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* * * *
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*
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* *
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* * *
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14641131 GGGTCTTATC
** *
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* * *
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* *
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* * *
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*
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14643892 AGGAACTGTA
* *
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** * * * *
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* *
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* *
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* *
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* * * *
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* *
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* * * * * *
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* *
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14644470 TCCTGCACAA
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14643891 TAGGAACTGT
* * * *
14643901 AAAAATAAAATATTTTTAAGGAAAAATTGAAAGTATCAATTTTCCT-TAAAATAAA-TTTTCAAA
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*
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** * *
14644018 AAAAAAAACGGTTTTTGAGGGAAAGTTGAAAGTATCAATTTCCCTCGAAATTAAAGTTTTCAAAA
1 AAAAAAAA-AATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTCGAAATTAAAGTTTTCAAAA
* *
14644083 AAATATTTTTGGAGAAAAGTTGAAAGTTTCAATTTTTCTTAAAAATAAATTTTC
65 AAATATTTTTGG-GAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAATTTTC
* * *
14644137 --AAAAAATATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTCGAAAATCAAAGTTTCCAAAA
1 AAAAAAAAAATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTCG-AAATTAAAGTTTTCAAAA
*
14644200 AAATATTTTTGGGAAAAAGTTGAAAGTATTAATTTTCCTTAAAAATAAATTTTC
65 AAATATTTTTGGG-AAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAATTTTC
* * *
14644254 AAAAAAATAAATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTTCTTGAAATGAAAG-TTTCAAAA
1 AAAAAAA-AAATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTCGAAATTAAAGTTTTCAAAA
* *
14644318 GAATTTTTTTGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAATTTTC
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* * * *
14644371 AAAAAAAAAAGTTTTTGAGGAAAAGTTGAAAATATTAATTTTCCTCGAGATTAACA--TTTCTAA
1 AAAAAAAAAA-TTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTCGAAATTAA-AGTTTTCAAA
*
14644434 AAAATATTTTGGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTT
64 AAAATATTTTTGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTT
14644470 TCCTGCACAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.45, C:0.07, G:0.13, T:0.36
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AATATTTTTGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAATTTTC
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14643897 CTGTAAAAAT
* * *
14643907 AAAATATTTTTAAGGAAAAATTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAATAAATTTTCAAAAAAAATAT
1 AAAATATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTTCTTAAAATAAATTTTC--AAAAAATAT
* **
14643972 TTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAGTAAATTT-AAAAAAAACGGTTTTTGA
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* * *
14644036 GGGAAAGTTGAAAGTATCAATTTCCCTCGAAATTAAAGTTTTCAAA
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*
14644082 AAAATATTTTTG-GAGAAAAGTTGAAAGTTTCAATTTTTCTTAAAAATAAATTTTCAAAAAATAT
1 AAAATATTTTTGAG-GAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTTCTT-AAAATAAATTTTCAAAAAATAT
* * *
14644146 TTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTCGAAAATCAAAGTTTCCAAAAAAATATTTTTG
64 TTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCT-AAAAAT-AAA-TTTCAAAAAAAAAATTTTTG
** *
14644211 -GGAAAAAGTTGAAAGTATTAATTTTCCTTAAAAATAAATTTTCAAA
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* *
14644257 AAAATAAATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTTCTTGAAATGAAAGTTTCAAAAGAAT
1 AAAAT--ATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTTCTTAAAAT-AAATTTTCAAAA-AAT
*
14644322 TTTTTTG-GGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAATTTTCAAAAAAAAAAGTTTT
62 ATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCC-TAAAAATAAA-TTTCAAAAAAAAAA-TTTT
* * *
14644386 TGAGGAAAAGTTGAAAATATTAATTTTCCTCGAGATTAACA-TTTCTAA
124 TGAGGAAAAGTTGAAAGTATTAATTTTCCTCGAAATTAA-ATTTTCAAA
*
14644434 AAAATA-TTTTGGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTTC
1 AAAATATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTTC
14644472 CTGCACAAAA
Statistics
Matches: 344, Mismatches: 30, Indels: 33
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (171 bp):
AAAATATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTTCTTAAAATAAATTTTCAAAAAATATTT
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AAGTTGAAAGTATTAATTTTCCTCGAAATTAAATTTTCAAA
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14644925 CGTTATGACA
* * * * ** *
14644935 ATTATAACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTA-TCTAAAATAAA
1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTC-AAAATAAA
* * * * * *
14644999 ATAATATTATTTTATTAATATTTTAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAATATAAATC-AGTTT
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* * * * * * *
14645063 ATCGAATCTA-TTCAAATAATTATGGCCATTTGAGCAATTATTTATTTTAAATC
129 A-CCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATC
** * * * ***
14645116 ATTATGAAATTTTGTTTTTTCATAAAAAAATTATTTTTCA-TCATACAAGCCTATTTGGAATAAA
1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * * *
14645180 ATAATACTAATTAATTAATATTTCACAAATTAATGAGTAGGAGATTTGAAAAATAAATCTATTTA
65 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * *
14645245 CCAAACCGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCGAATT
130 CCAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATC
* * * * * * * * *
14645296 ATTATAACATTTTGTTCTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCACACATGTTTATTCAAAATATAA
1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* ** * * * *
14645361 TAATGCTAACGTAATAATATTAT-GAAAATTAAT-AGCTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
66 TAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
* * * * * ** * * *
14645424 GCTAAATCAGTTTAAATAGTTA-AAGTTATAGGAATAATTTTTTATTTCAAATT
129 ACCAAA-CAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATC
* * * * * * *
14645477 GTTATGACCTTTTGTTCTGTCGTAAAATAA--ATCTTTAGTTCTTACTAA-CTTATTCGAAATAA
1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTA-TTCATAC-AAGCTTATTCAAAATAA
* * * * * * * * * * *
14645539 AATAAAACAAATTTTTTAGTACTTGAAAAATTAATTAGTAAGAAATTTGAAAAATAATTTTGATT
64 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATT
** * * *
14645604 GT-TGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
128 -TACCAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATC
* * * *
14645657 ATTATGACCTTTTGTTTTGTGATAAAACAA--A-TGTT-TT--T----G----GTCAGAATAAAA
1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * ** *
14645708 TAATATTAATTTATTGATATTTTGAAAATTAATAAG--AGA-A-TTAAAAAATAAATC-GTTTAC
66 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * *
14645768 TGAAACAATTC-AATAAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATC
131 -CAAACAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATC
* * * * * * ** * * *
14645819 ACTATGACCGTTTGTTTTGTCATATAACAATTGTTTCTGTTCATTGAATCTTATTCATAATAAAG
1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * * * **
14645884 TAATGCTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAACGA-ATTTAAAAAATGAATATGTTGG
66 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
** * * * *
14645948 CTTGACCAATGT-AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTAATTCAAATC
130 C-CAAACAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATC
* ** * * * * * *
14646000 ATTATAACCTTTTGTTTCATCTTAAAACAATTGTTTCTATTTATGCAAGCTTATTCAAAATAACA
1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * * * * *
14646065 TAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAGTTAAAAAGTAATAGATTTAAAAAATGAATCTATTTAT
66 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
*
14646130 CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-C
131 CAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATC
* * * *
14646180 -TGCTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-TTTTCTACTCATACAAGCTTATTTC-ATAT
1 AT--TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT-TATTCATACAAGCTTA-TTCAAAAT
* * *
14646242 AAAATAATACAAATTTATTAATATTT-AAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTG
62 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * *
14646306 TTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATC
126 TTTACCAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATC
* * * * * * *
14646362 ATTATGA-CTTTTAATTTTCTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAGATTAAA
1 ATTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * * * * *
14646426 ATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAG-AAAAAAATT-AAAAATAAATATGTTTA
65 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * ** * *
14646489 CTAAACAAGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
130 CCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATC
* ** * * * *
14646541 GTTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATT-GTATCAGTTCATATAAGCTTATT-AAAA-AAA
1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * *
14646603 ATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTA
65 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
*
14646668 CCATACAAGTTCAAATAG---T---TA--T-AAC---------TTTCAAATC
130 CCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATC
* ***
14646702 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTT-TTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAA
1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * *
14646765 TAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTACTAAGT-AGAAATTTAAAAAACAAATCTATTTT
66 TAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTT
*** * *
14646828 TTGAACACA-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTCAAAT-
129 ACCAA-ACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTA-TTTCAAATC
* * * * * * * * * *
14646880 AGCTATGATCTTTTGTTTTATCAT-AAACTAATTGTCTCTGTTCATATAAACTTATTCGAAATAA
1 A-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAA
* ** * *
14646944 AATAATACAAATTTGCTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
64 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
* * *
14647009 ATCAAGCAAGCTCAAATAGTTATGA
129 ACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGA
14647034 TTGTTTGACA
Statistics
Matches: 1510, Mismatches: 315, Indels: 185
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
159 15 0.01
160 32 0.02
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169 3 0.00
170 2 0.00
171 1 0.00
173 2 0.00
175 1 0.00
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183 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
CAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATC
Found at i:14646709 original size:161 final size:160
Alignment explanation
Indices: 14646531--14647031 Score: 474
Period size: 161 Copynumber: 3.0 Consensus size: 160
14646521 ATAATTATCT
* * *
14646531 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATCAGTTCATATAAGCTTATT
1 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGT-TCTGTTCATATAAGCTTATT
* * *
14646596 AAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAAT
65 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
*
14646661 CTATTTACCATACAAGTTCAAATAGTTATAAC
130 CTATTTATCA-ACAAGTTCAAATAGTTATAAC
* * *
14646693 -TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TTTTCATACAAGCTTATTT
1 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTCTGTTCATATAAGCTTA--T
* * * * *
14646756 TGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTACTAAGT-AGAAATTTAAAAAACAA
64 TAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* *
14646819 ATCTATTTTTTGAACACA-TTCAAATAGTTATAAC
128 ATCTA-TTTATCAACA-AGTTCAAATAGTTATAAC
*
14646853 TATTTGAACAATTATCTATTTTCAAATAGCTATGATCTTTTGTTTTATCAT-AAACTAATTGTCT
1 -ATTT---C-A--A---A---TC--AT---TATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAC-AATTGT-T
* * **
14646917 CTGTTCATATAAACTTATTCGAAATAAAATAATACAAATTTGCTAATATTCCAAAAATTAATAAG
46 CTGTTCATATAAGCTTATT--AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* *
14646982 TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAGCAAGCTCAAATAGTTAT
109 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAA-CAAGTTCAAATAGTTAT
14647032 GATTGTTTGA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
159 13 0.05
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162 3 0.01
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168 1 0.00
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ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (160 bp):
ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTCTGTTCATATAAGCTTATTA
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
TATTTATCAACAAGTTCAAATAGTTATAAC
Found at i:14647029 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 14646357--14647031 Score: 885
Period size: 342 Copynumber: 2.0 Consensus size: 340
14646347 TATTTATTTT
* * * *
14646357 AAATCATTATGACTTTTAATTTTCTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAGAT
1 AAATCATTATGACTTTTAATTTTCTCATAAAACAATTAGTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAA
* * * *
14646422 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGAAAAAAATTAAAAATAAATATGTT
66 TAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAAAAATTAAAAACAAATATATT
* * *
14646487 TACTAAACAAGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT
131 TACTAAACAAGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGCTATGACCTT
* *
14646552 TTGTTTCATCATAAAACAATTGTATCAGTTCATATAAGCTTATTAAAAAAAATAATACTAATTTA
196 TTGTTTCATCATAAAACAATTGTATCAGTTCATATAAACTTATTAAAAAAAATAATACAAATTTA
* * * * *
14646617 TTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCATACAAGTTCAA
261 CTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCATACAAGCTCAA
14646682 ATAGTTATAACTTTC
326 ATAGTTATAACTTTC
* * **
14646697 AAATCATTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTT-TTCATACAAGCTTATTTTGA
1 AAATCATTATGA-CTTTTAATTTTCTCATAAAACAATTAGTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGA
* * * * *
14646759 ATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTACTAAGTAGAAATTTAAAAAACAAATCTA
65 ATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAAAAATT-AAAAACAAATATA
** * * *
14646824 TTTTTTGAACACA-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTCAAATAGCTATGA
129 TTTACTAAACA-AGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATAGCTATGA
* * * * *
14646888 TCTTTTGTTTTATCAT-AAACTAATTGTCTCTGTTCATATAAACTTATTCGAAATAAAATAATAC
192 CCTTTTGTTTCATCATAAAAC-AATTGTATCAGTTCATATAAACTTATT--AAAAAAAATAATAC
* *
14646952 AAATTTGCTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCA-AGC
254 AAATTTACTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCATA-C
14647016 AAGCTCAAATAGTTAT
318 AAGCTCAAATAGTTAT
14647032 GATTGTTTGA
Statistics
Matches: 288, Mismatches: 39, Indels: 14
0.84 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
338 61 0.21
339 57 0.20
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341 6 0.02
342 83 0.29
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (340 bp):
AAATCATTATGACTTTTAATTTTCTCATAAAACAATTAGTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAA
TAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAAAAATTAAAAACAAATATATT
TACTAAACAAGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGCTATGACCTT
TTGTTTCATCATAAAACAATTGTATCAGTTCATATAAACTTATTAAAAAAAATAATACAAATTTA
CTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCATACAAGCTCAA
ATAGTTATAACTTTC
Found at i:14648316 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 14647039--14648313 Score: 629
Period size: 181 Copynumber: 7.0 Consensus size: 178
14647029 TATGATTGTT
* * * * * * *
14647039 TGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATATAA-AATTATTCAAATAGTCATAACTATTCGA
1 TGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATA-AATAATTATTTAAATAGCCATAATTATTTGA
* ** ** * * *
14647102 ACTTA-TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAGTTGTCT-AAATATTAATA
65 A-TTAGTTCGACAAAC-AATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATAAATT-TTTAAAATATTAATA
* * * * * * *
14647165 AATTTGTATTATTTTAATT-GAAACAAGCTTGTATGAATAAAAAAAATATTTTA
127 AATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTT-TATGAACAAAACAATTGTTTTA
** * *** * * *
14647218 CAACAAAACGAAAA-GTTATAGA-GATTTGAAATGGGTAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTG
1 TGACAAAA-TAAAAGGTTATA-ATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGCCATAATTATTTG
** * * * * *
14647281 ACTATTTGAACTTGTTTTATAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
64 A--A-TT--A---GTTCGACAAAC-AATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATAAATTTTTAAAAT
* * * * * *
14647346 ATTAATAAGTTAG-ATTTATGTTATTCCCAATCAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTG
120 ATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTCGAATAAGCTT-TATGAAC-AAAACAATTGTTTTA
* ** * * * * * *** *
14647407 TGATAAAACGAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAATTATAACTATTT-AT
1 TGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGCCATAATTATTTGA-
* * * * * * **
14647471 ACT-GGTC-ATGCCAACAAATTCATTTTTTAAATC-CATTACTTATTAATTTTTGGAATATTAAT
65 ATTAGTTCGA--CAAAC-AATTTATTTTTTAAATCTC-CTACTTATAAATTTTTAAAATATTAAT
* ** * * * * * *
14647533 AAATTAGCATTGCTTTATTCCAAATAAGACTGTATCAATAGAA-AATT-TGTTTA
126 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-CTTTATGAACAAAACAATTGT-TTTA
* * ** * ** * * * ** * * *
14647586 TGGCAAAACAAATTGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTGTTATAACTAATTGTA
1 TGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGCCATAATTATTTGAA
* * ** * * * * * *
14647651 CTGGTTTTTATATA-GATTTATTTTTTAAATCT--T--TTATTAACTTTCAAAATATTAATAAAT
66 TTAG-TTCGACAAACAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATAAATTTTTAAAATATTAATAAAT
* ** * **
14647711 TAATATTATTTTATTAT-GAGCGAA-TTTATATGAACAAAAACCTTTTGTTTTA
130 TAGTATTATTTTATT-TCGA-ATAAGCTT-TATGAAC-AAAA-CAATTGTTTTA
* * * * * *
14647763 TGAAAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGAGAATTATTCATATAGCCATAACTATTTGAA
1 TGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGCCATAATTATTTGAA
* * * * * * * *
14647828 TTGGTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAATATTATTAGAT
66 TTAGTTCGACAAAC-AATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATAAATTTTTAAAATATTAATAAAT
* * * *
14647893 TAGTATTACTTTATTTCGAATAAGCCTGTATGAACATAAATAATTATTTTA
130 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-CTTTATGAACA-AAACAATTGTTTTA
* * * *
14647944 TGACAAAATAAAAGGTTATAACT-ATTTAAAATATATAATTACTTAAATAGCCACAATTATTTGA
1 TGACAAAATAAAAGGTTATAA-TGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGCCATAATTATTTGA
*
14648008 ATTAGTTCGACAAGCATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATAAATTTTTAAAATATTAATAAA
65 ATTAGTTCGACAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATAAATTTTTAAAATATTAATAAA
* ** *
14648073 TTGGTATTATTTTATTTCGAATTGGCTTGTATGATGA-AAAACATTTGTTTTA
129 TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT-TATGA--ACAAAACAATTGTTTTA
* * * * * *
14648125 TAACAAAA-CAAATGTTCATAATGATTTGGAATAAATAATTGTTTAAATGGCCATAATTATTTGA
1 TGACAAAATAAAAGGTT-ATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGCCATAATTATTTGA
* * * * * *
14648189 ATTAATTCGATAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAATTTTTGAAATATTAATAAA
65 ATTAGTTCGACAAAC-AATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATAAATTTTTAAAATATTAATAAA
* * * *
14648254 GTAATATTATTTTATGTT-GGATAAGCTATTATGAACTAAAAGAATTGTTTTA
129 TTAGTATTATTTTAT-TTCGAATAAGCT-TTATGAAC-AAAACAATTGTTTTA
*
14648306 TGATAAAA
1 TGACAAAA
14648314 CAATTATTCG
Statistics
Matches: 850, Mismatches: 189, Indels: 112
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
173 1 0.00
174 40 0.05
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176 6 0.01
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180 63 0.07
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186 1 0.00
187 5 0.01
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ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
TGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGCCATAATTATTTGAA
TTAGTTCGACAAACAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATAAATTTTTAAAATATTAATAAATT
AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTATGAACAAAACAATTGTTTTA
Found at i:14649074 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 14648323--14649181 Score: 609
Period size: 181 Copynumber: 4.8 Consensus size: 177
14648313 ACAATTATTC
* * * * * * *
14648323 GATAAACAAATTCATTTTTAAAAATTTTTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAAAAATAGC
1 GATAAACAAATTTATTTTT-TAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAAT--AAATTAGT
* * * * *
14648388 ATTATTGTATTTCA-AAT-AAGTATGTATGAACT-GAAACAATTATTTTGTGACTAAACAAAAGG
62 ATTATTTTATTT-AGAATAAACT-TGTATGAA-TAGAAACAA-T-TTTTATGACAAAACAAAAGA
* * * *
14648450 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTT
122 TCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
* * ** * * ** * *
14648506 CG-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTGGTTATTAATTTTTAAAATATTATTATTTTAGCAA
1 -GATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTAT
* ** * * * * *
14648570 TATTTTACTCCGAATAAGCTTATATGAATAGAAATAATTTTTTATAATAAAACAAAA-ATCATAA
64 TATTTTATTTAGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAA-TTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA
** * * *
14648634 TGATTTGAGATAAATAATTATTTAAATAATCATAACTATTTGAATTAGTTT
128 CAATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TT
* * * *
14648685 GGTAAGCATATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
1 GATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATT
** * * * ** *
14648746 ATTTTA-TTATGAATAATTTTGTATGAATAAAAACAA---TT-TG--TAAATAAAATCTCATAAT
65 ATTTTATTTA-GAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAC
* ** * * * * * *
14648804 GATTAAAAATAGATAA-TAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTT
129 AATTTGAAATAAATAATTA-TTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
* * * *** *
14648853 TAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAAGAAATTAGTAT
1 GA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTAT
* * *
14648918 TATTTTATTTATAATAAACTTGTATGAATAGAAACATATGTTTTATGACAAAATAAGAGATCATA
64 TATTTTATTTAGAATAAACTTGTATGAATAGAAACA-AT-TTTTATGACAAAACAAAAGATCATA
* *
14648983 ACAATTTGAAGTAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTT
127 ACAATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTT
* * *
14649035 GACAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATT
1 GATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * *
14649100 GTTTTGTTTCGAATCAACTTTTATGAATAGAAACAATTAGTTTATGACAAAAGAAAAGGTAATAA
65 ATTTTATTTAGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATT--TTTATGACAAAACAAAAGATCATAA
** *
14649165 TGATTTGAAATAGATAA
128 CAATTTGAAATAAATAA
14649182 AATTATTATA
Statistics
Matches: 527, Mismatches: 118, Indels: 63
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 11 0.02
169 59 0.11
170 1 0.00
171 2 0.00
173 59 0.11
174 6 0.01
175 54 0.10
176 1 0.00
178 48 0.09
179 41 0.08
180 34 0.06
181 168 0.32
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183 15 0.03
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
GATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTA
TTTTATTTAGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAA
TTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
Found at i:14650191 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 14649873--14650242 Score: 479
Period size: 182 Copynumber: 2.0 Consensus size: 181
14649863 GGTTATGATG
** * * * *
14649873 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATT
1 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGACATAACTATTTGAACTTACTCGGTAAACAGATTTAGT
* **
14649938 TTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAATATTTATAAATCAATATTAGTTTATTTTGAATAA
66 TTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATCAATATTAGTTTATTTCAAATAA
**
14650003 ACTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGATAACAACT
131 ACTTGTATAAATAGAAACAATTGGATTATGAAAAAACAAAAGATAACAACT
** * *
14650054 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGTGATAACTATTTGAATTTGCTCGGTAAACAAGATTTAG
1 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGACATAACTATTTGAACTTACTCGGTAAAC-AGATTTAG
** * * * * *
14650119 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
65 TTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATCAATATTAGTTTATTTCAAATA
* * * * * *
14650184 CACTTGTATGAATAGAAACAATTGGATTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT
130 AACTTGTATAAATAGAAACAATTGGATTATGAAAAAACAAAAGATAACAACT
14650236 ATTTGAA
1 ATTTGAA
14650243 TGTGTTCAGA
Statistics
Matches: 160, Mismatches: 28, Indels: 1
0.85 0.15 0.01
Matches are distributed among these distances:
181 47 0.29
182 113 0.71
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGACATAACTATTTGAACTTACTCGGTAAACAGATTTAGT
TTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATCAATATTAGTTTATTTCAAATAA
ACTTGTATAAATAGAAACAATTGGATTATGAAAAAACAAAAGATAACAACT
Found at i:14650359 original size:144 final size:149
Alignment explanation
Indices: 14650083--14650388 Score: 405
Period size: 146 Copynumber: 2.1 Consensus size: 149
14650073 TCAAACAGTG
* * * *
14650083 ATAACTATTTGAATTTGCTCGGTAAACAAGATTTAGTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
1 ATAACTATTTGAATGTGCTCAGTAAACAAGATTTAGTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTCTA
* *
14650148 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATACACTTGTATGAATAGAAACAATTGGATTA
66 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACACACTTGTATGAACAGAAACAATTGGATTA
14650213 TGAC-AAAAC-AAAAGGTC
131 TGACAAAAACAAAAAGGTC
* *
14650230 ATAACTATTTGAATGTGTTCAG-AAA-ATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTCT
1 ATAACTATTTGAATGTGCTCAGTAAACA-AGATTTAGTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTCT
* *
14650292 AGAATATTAATAAATT--TATATATTTTA-TTCAGAC-CAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGT
65 AGAATATTAATAAATTAGTAT-TATTTTATTTCAAACAC-A-CTTGTATGAACAGAAACAATTGG
*
14650353 TTTATGACAAAAACAAAAAGGTC
127 ATTATGACAAAAACAAAAAGGTC
*
14650376 ATAACAATTTGAA
1 ATAACTATTTGAA
14650389 GTAGATAATT
Statistics
Matches: 141, Mismatches: 12, Indels: 13
0.85 0.07 0.08
Matches are distributed among these distances:
142 1 0.01
143 9 0.06
144 35 0.25
145 38 0.27
146 39 0.28
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Consensus pattern (149 bp):
ATAACTATTTGAATGTGCTCAGTAAACAAGATTTAGTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTCTA
GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACACACTTGTATGAACAGAAACAATTGGATTA
TGACAAAAACAAAAAGGTC
Found at i:14650550 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 14650227--14651076 Score: 702
Period size: 181 Copynumber: 4.7 Consensus size: 180
14650217 AAAACAAAAG
* *
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14650950 GTCATAACTATTACAACTTGTTC-GATAAACAGATTCAATTTTTAAATCACTTATTTATTAATTT
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64 TTAGAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATT-CAGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGT
14651077 GAATAGCTTT
Statistics
Matches: 533, Mismatches: 115, Indels: 43
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
179 7 0.01
180 186 0.35
181 209 0.39
182 128 0.24
183 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTCATTAATTTTT
AGAATATTAATAAATTATATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTA
TGATAAAACAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
Done.