Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168481.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_8, whole genome shotgun sequence
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Warning! 67000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 77 of 127
Found at i:14650550 original size:326 final size:327
Alignment explanation
Indices: 14649929--14650568 Score: 754
Period size: 326 Copynumber: 2.0 Consensus size: 327
14649919 TTTGGTAAAC
* *
14649929 AGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAATATTTATAAATCAATATTAGTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTCTAGAATATTAATAAATCAATATTAGTTTAT
** * * *
14649994 TTTGAATAAACTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGATAACAACTATTTG
66 TCAGAACAAACTTGTATAAACAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGATAACAACAATTTG
* * * * * * * *
14650059 AAATAAATAATTGTTCAAACAGTGATAACTATTTGAATTTGCTCGGTAAACAAGATTTAGTTTTT
131 AAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAACTTGATC-GAAAAAAAGAATCAGTTTTT
* * * *
14650124 AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATACACTT
195 AAATCTTTTACTCAGTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATACACCT
* * *
14650189 GTATGAATAGAAACAATTGGATTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAATGTGTTCAGAA
260 ATATGAATAGAAACAATTGGATTATGACAAAACAAAAGGTCACAACAATTTGAATGTGTTCAGAA
14650254 AAT
325 AAT
** * ** *
14650257 AGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTCTAGAATATTAATAAATTTATA-TATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTCTAGAATATTAATAAATCAATATTAGTTTAT
* * * * * *
14650320 TCAGACCAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAACAAAAAGGTCATAACAATT
66 TCAGAACAAACTTGTATAAACAGAAACAATTGTTTTATGA-AAAAAC-AAAAGATAACAACAATT
* * * *
14650385 TGAAGTAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGATC-AAAAAATAGAATCATTTT
129 TGAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAACTTGATCGAAAAAA-AGAATCAGTTT
**
14650449 TTAAAT-TTCTTACTCAGTAATTTTTAGAATATT-ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA-A
193 TTAAATCTT-TTACTCAGTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATACA
* ** ** *
14650511 GCCTATATGAACT-GATACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTTACAACAATTTGAA
257 -CCTATATGAA-TAGAAACAATTGGATTATGACAAAACAAAAGGTCACAACAATTTGAA
14650569 ATGGATAATT
Statistics
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0.81 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
325 1 0.00
326 117 0.45
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328 69 0.27
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Consensus pattern (327 bp):
AGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTCTAGAATATTAATAAATCAATATTAGTTTAT
TCAGAACAAACTTGTATAAACAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGATAACAACAATTTG
AAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAACTTGATCGAAAAAAAGAATCAGTTTTTA
AATCTTTTACTCAGTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATACACCTA
TATGAATAGAAACAATTGGATTATGACAAAACAAAAGGTCACAACAATTTGAATGTGTTCAGAAA
AT
Found at i:14650604 original size:180 final size:182
Alignment explanation
Indices: 14650228--14650787 Score: 480
Period size: 182 Copynumber: 3.1 Consensus size: 182
14650218 AAACAAAAGG
* * * * * *
14650228 TCATAACTATTTGAA-TGTGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTCT
1 TCATAACTATTTGAACTGTGATCAAAAAATAGAATCATTTTTTAAATTTTTACTCAGTAATTTCT
* * *
14650292 AGAATATTAATAAATTTATATATTTTATTCAGACCAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTA
66 AGAATATTAATAAATTTATATATTTTATTCAGAACAAGCCTATATGAACAGAAACAATTGTTTTA
* * *
14650357 TGACAAAAACAAAAAGGTCATAACAATTTGAAGTAGATAATTGTTCAAATAA
131 TGACAAAAACAAAAAGGTCACAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAA
*
14650409 TCATAACTATTTGAACT-TGATCAAAAAATAGAATCATTTTTTAAATTTCTTACTCAGTAATTTT
1 TCATAACTATTTGAACTGTGATCAAAAAATAGAATCATTTTTTAAATTT-TTACTCAGTAATTTC
** * * *
14650473 TAGAATATT-ATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACTGATACAATTGTT
65 TAGAATATTAATAAATTTA-TA-TATTTTATTCAGAACAAGCCTATATGAACAGAAACAATTGTT
** * * *
14650536 TTATGA-TGAAAC-AAAAGGTTACAACAATTTGAAATGGATAATTATTCAAATAG
128 TTATGACAAAAACAAAAAGGTCACAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAA
* ** * * * * * *
14650589 TTATGCCTATTTGAACTAGTTTGGT--AAACAT--ATTTATTTTTAAAATCTTTTAC-CTATTAA
1 TCATAACTATTTGAACT-G--TGATCAAAAAATAGAATCATTTTTTAAAT-TTTTACTC-AGTAA
* * * * * * * * *
14650649 TTGTC-AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAAT
61 TT-TCTAGAATATTAATAAATTTATA-TATTTTATTCAGAACAAGCCTATATGAACAGAAACAAT
** * * * * * * *
14650713 AATTTTATGA-TAAAACAAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAG
124 TGTTTTATGACAAAAACAAAAAGGTCACAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAA
*
14650771 TCATAGCTATTTGAACT
1 TCATAACTATTTGAACT
14650788 TATTCGATAA
Statistics
Matches: 308, Mismatches: 57, Indels: 27
0.79 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
179 1 0.00
180 81 0.26
181 106 0.34
182 117 0.38
184 3 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (182 bp):
TCATAACTATTTGAACTGTGATCAAAAAATAGAATCATTTTTTAAATTTTTACTCAGTAATTTCT
AGAATATTAATAAATTTATATATTTTATTCAGAACAAGCCTATATGAACAGAAACAATTGTTTTA
TGACAAAAACAAAAAGGTCACAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAA
Found at i:14651011 original size:362 final size:362
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Indices: 14650276--14651073 Score: 796
Period size: 362 Copynumber: 2.2 Consensus size: 362
14650266 TTTTAAATTT
* * * **
14650276 TTACTTATTAATTTCTAGAATATTAATAAATTTATA-TATTTTATTCAGACCAAGCTTGTATGAA
1 TTACTTATTAATTTC-AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAA
** * * *
14650340 CAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAACAAAAAGGTCATAACAATTTGAAGTAGATAATTGTTCAA
65 CAGAAACAATAATTTTATGACAAAAACAAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
*
14650405 ATAATCATAACTATTTGAACTTGATCAAAAAATAGAATCATTTTTTAAATTTCTTACTCAGTAAT
130 ATAATCATAACTATTTGAACTTGATCAAAAAACAGAATCATTTTTTAAATTTCTTACTCAGTAAT
* * * * **
14650470 TTTTAGAATATTATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACTGATACAATTGT
195 TTCTAGAATATTATAAATTAGTATTATTTTATATTGAATAAGCCTATATGAACTGAAAAAATAAT
* ** * * * **
14650535 TTTATGATGAAACAAAAGGTTACAACAATTTGAAATGGATAATTATTCAAATAGTTATGCCTATT
260 TTAATGACAAAACAAAAGGTTACAACAATTTGAAATGGAGAATTATCCAAATAGTCATAACTATT
** * * * * **
14650600 TGAACTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTT
325 ACAACTAGTTCGATAAACAGATTAATTTTTAAAATCAC
* * *
14650638 TTACCTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATAAA
1 TTACTTATTAATT-TCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAA
* * *
14650703 CAAAAACAATAATTTTATGA-TAAAACAAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAT
65 CAGAAACAATAATTTTATGACAAAAACAAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
* * * * * * * *
14650767 ATAGTCATAGCTATTTGAACTT-ATTCGATAAACA-AAT-TTATTTTTAAATCTT-TTAGTTATT
130 ATAATCATAACTATTTGAACTTGA-TCAAAAAACAGAATCAT-TTTTTAAAT-TTCTTACTCAGT
* * * *
14650828 AATTGTCTA-AATATTAATAAATTTAG-ATTGTTTTA-ATTGATATAGGCTTGTATGAA-TAGAA
192 AATT-TCTAGAATATT-ATAAA-TTAGTATTATTTTATATTGA-ATAAGCCTATATGAACT-GAA
* * *** *
14650889 AAAATAATTTAATGACAAAATAAAAGGTTATAGTGATTTGAAATAGG-GAATTGTCCAAATAGTC
252 AAAATAATTTAATGACAAAACAAAAGGTTACAACAATTTGAAAT-GGAGAATTATCCAAATAGTC
*
14650953 ATAACTATTACAACTTGTTCGATAAACAGATTCAATTTTT-AAATCAC
316 ATAACTATTACAACTAGTTCGATAAACAGATT-AATTTTTAAAATCAC
* *** * *
14651000 TTATTTATTAATTTTTTTAATA-TAATAAATTAGA-ATTATGTTATTCCAAATAAGCTTGTATGA
1 TTACTTATTAA-TTTCAAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGA
14651063 ACAGAAACAAT
64 ACAGAAACAAT
14651074 TGTGAATAGC
Statistics
Matches: 354, Mismatches: 68, Indels: 29
0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
360 1 0.00
361 79 0.22
362 218 0.62
363 56 0.16
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.10, T:0.39
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TTACTTATTAATTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAAC
AGAAACAATAATTTTATGACAAAAACAAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
TAATCATAACTATTTGAACTTGATCAAAAAACAGAATCATTTTTTAAATTTCTTACTCAGTAATT
TCTAGAATATTATAAATTAGTATTATTTTATATTGAATAAGCCTATATGAACTGAAAAAATAATT
TAATGACAAAACAAAAGGTTACAACAATTTGAAATGGAGAATTATCCAAATAGTCATAACTATTA
CAACTAGTTCGATAAACAGATTAATTTTTAAAATCAC
Found at i:14651059 original size:180 final size:182
Alignment explanation
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Period size: 180 Copynumber: 4.4 Consensus size: 182
14650270 AAATTTTTAC
* **
14650280 TTATTAATT-TCTAGAATATTAATAAATT--TATATATTTTATT-CAGACCAAGCTTGTATGAAC
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** * * * * * *
14650341 AG-AAACAATTGTTTTATGACAAAAACAAAAAGGTCATAACAATTTGAAGTAGATAATTGTTCAA
63 AGAAAACAATAATTTAATGAC-AAAACAAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAAGAATTGTCCAA
* ** * * * * * ** *
14650405 ATAATCATAACTATTTGAACTTGA-TCAAAAAATAGAATCATTTTTTAAATTTCTTAC
127 ATAGTCATAACTATTACAACTT-ATTCGATAAACA-AATTAATTTTTAAATCACTTAG
* * * * *** * * *
14650462 TCAGTAATT-TTTAGAATATT-ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACTG
1 TTATTAATTGTCTA-AATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAG
* ** * ** * * * ** * * *
14650525 -ATACAATTGTTTTATGATGAAAC-AAAAGGTTACAACAATTTGAAATGGATAATTATTCAAATA
65 AAAACAATAATTTAATGACAAAACAAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAAGAATTGTCCAAATA
* ** ** * * * * ** *
14650588 GTTATGCCTATTTGAAC-TAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTAC
130 GTCATAACTATTACAACTTA-TTCGATAAACAAATTAATTTTT-AAATCACTTAG
* * * * *
14650642 CTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATAAACA-
1 TTATTAATTGTCTAAATATTAATAAATTAGA-ATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAG
* * * * *
14650705 AAAACAATAATTTTATGATAAAACAAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATA
65 AAAACAATAATTTAATGACAAAACAAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAAGAATTGTCCAAATA
* ** * **
14650770 GTCATAGCTATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTTATTTTTAAATCTTTTAG
130 GTCATAACTATTACAACTTATTCGATAAACAAATTAATTTTTAAATCACTTAG
* * * * *
14650823 TTATTAATTGTCTAAATATTAATAAATTTAG-ATTGTTTTAATT-GATATAGGCTTGTATGAATA
1 TTATTAATTGTCTAAATATTAATAAA-TTAGAATTATTTT-ATTCCAAATAAGCTTGTATGAACA
* * * *** **
14650886 GAAAA-AATAATTTAATGACAAAA-TAAAAGGTTATAGTGATTTGAAATAGGGAATTGTCCAAAT
64 GAAAACAATAATTTAATGACAAAACAAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAAGAATTGTCCAAAT
* * *
14650949 AGTCATAACTATTACAACTTGTTCGATAAACAGATTCAATTTTTAAATCACTTAT
129 AGTCATAACTATTACAACTTATTCGATAAACAAATT-AATTTTTAAATCACTTAG
* * * *
14651004 TTATTAATTTTTTTAATA-TAATAAATTAGAATTATGTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAG-
1 TTATTAATTGTCTAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGA
14651067 AAACAAT
66 AAACAAT
14651074 TGTGAATAGC
Statistics
Matches: 487, Mismatches: 105, Indels: 42
0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
178 1 0.00
179 18 0.04
180 167 0.34
181 165 0.34
182 131 0.27
183 5 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (182 bp):
TTATTAATTGTCTAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGA
AAACAATAATTTAATGACAAAACAAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAAGAATTGTCCAAATAG
TCATAACTATTACAACTTATTCGATAAACAAATTAATTTTTAAATCACTTAG
Found at i:14652551 original size:182 final size:180
Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 17.1 Consensus size: 180
14651096 ATCTCTTGTA
* * * * * * *
14651106 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAGATAAGTTTTTATGAATTGAA
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAA
** *
14651171 ATGATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAACTTT-AAATAGATAATTATTCAAATAGTC
66 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * *
14651235 A-AATCTATTTCAACTTGTTTTGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCT
130 ATAA-CTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACT
* * * * ** * *
14651287 CATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTTGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAA
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAA
* * * * *
14651352 ATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTCA-AATGATTTTAAATAGATAATTGTTCTAATAGTC
66 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * * * *
14651416 TTAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAACACATTTGTTTTTTTAAATCTCTTACT
130 ATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTT-ATTTTTTAAATCT-TTACT
* * ** * * * * *
14651469 CACTAATTTTTTTAATATCATTAAATTAGTATTATTTTA-ATCGAATAAGCTTGTATGAA--AAA
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAA
* * * * * *
14651531 A-ATATTGTTTTATGA-AAAA-ATAATGATCATAAAGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAAT
66 ACA-ATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * *
14651593 CATAA-TATTTAAACTAT-TTTGGTAAATAGA-TT-TTTTTAAAATC--T-CT
129 CATAACTATTTGAACT-TGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTACT
* ** * ** * * ** * *
14651639 TATTAATTATCAAAATATTAATAGATCGGTATTATTTTA-CTCTGAATAATTTTACAT-AAATAG
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAACTA-
** * * * *
14651702 AAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAATGTCATTATGATTTAAAATAGATAA-TAGTTTAAAT-G
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAG
* * * * **
14651765 AACATGACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCAAACT
128 -TCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACT
* * * *
14651820 TATTAATTTTT-AGAATACTAATAAATTAATAATATTTTATTTCAAATAA-CATTGTATGAA-TA
1 TATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC-TTATATGAACTA
* * * * *
14651882 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCGTAA-CATTTTGAAACAAATAATTATTCAAATA
64 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* **** * *
14651946 GTCATAATTATTTGAACTTGCCCAGTAAAAAGATTTATTTTTTAAAATTTTTACT
127 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTTTACT
* * * * * *
14652001 TATTAACTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAAGCTTTTATGAACAAAA
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAA
* * * * *
14652066 ACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAATTA
66 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* **** * * *
14652131 TAACTATTTGAACATGTTCAAAAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTAAT
131 TAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTACT
* ** * ** *
14652180 TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAAAATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAGC-AAA
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAA
* *
14652244 ACCAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTTGAAATAGATAATTATTCAGATAGT
66 A-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * *
14652308 CATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTCTTTTTTTTAAATCTTTTACT
129 CATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATT-TATTTTTTAAATC-TTTACT
* * * * *
14652362 CATTAATTTTTGTAATATTAATAAATTAGCATTATCTTACTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAA
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAA
* * * *
14652427 ACAAGTGTTTTATTACAAAAGAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATTATTATTCAAATAGTC
66 ACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * *
14652492 ATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTGTACT
130 ATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TACT
* ** * * * * * **
14652544 TATTAATTGTCAAAATATTTAA-AAATTAATATTATTTCA-ATCTAAATAAACATGCATGAA-TA
1 TATTAATTTTTGAAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAACTA
* * ** * * ***
14652606 GAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTGAAATAAAATAATGGCTCAAATA
64 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT-AGATAATTATTCAAATA
* * * * *
14652671 GCCACAACGATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACT
127 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TTTACT
* * * *
14652725 TATTAATTATCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTT-GAA-AAGCTTAGATGAACAG
1 TATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAC-T
* * * * * *
14652786 AAAAAAATTCTTTTATGACAAAACAAAATGTTATAGCT-ATTTCAAATAGATAATTATTCAAATA
63 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * * *
14652850 GTCCTAATTATTTAAATTTGTTTAGTAAATAGACTTATTTTTTAAATGTCTTTA-T
127 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA--TCTTTACT
* * * ** * * *
14652905 TATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTTTAATAAGCTTATCTGAATTGAA
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAA
* **
14652970 ACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATTA-TC
66 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-TAGTC
* * * * ** * * *
14653034 ATGATTATTTGATCTAGAGTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACT
130 ATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA-TCTTTACT
* * ** * * * * *
14653086 TATTAACTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTAGTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAA-TAGA
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTA-A
* * * ** * *
14653150 AACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCAAAACAATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATAGT
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAATAGT
* * ** * *
14653214 CATAACTATTTGAGCTAGTTTAATACATAGATTTATTTTTTAAATC---ACT
129 CATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTACT
* * * * * *
14653263 TATTAATTATTGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTTCAAATAAACTTATATAAACAAAA
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* * * * *
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* * * * * *
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** * * * * * *
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* * * * * ** * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* ** * * * * * *
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* ** ** * * * *
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* ** * * * *
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* ** * * *
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66 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * *** * * *
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Statistics
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* *
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* *
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* * * * * * ** *
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* * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* *
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* ***
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* * * *
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*** * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * ** * ** *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * ** * * * * * **
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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*** * * * * *
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* * ** * * * ** *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* ** * *
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* * * ** * * *
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* * ** * * *
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* * * *
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* * * ** * * ** * * ** *
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* * * * ** * *
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** * ** *
14654149 A-CTCCTGCTTATTAA------T--T-TT--T---TT--TATT-TTGGA-TT----AGCTTTTAT
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*** * ** * * * * *
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* * * * * *
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322 AATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTAGTAAATATA
* * * *** *
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* * * * * * * * * * *** **
14654356 TCCAAATAAGCTTGTAAGACAT-GAAACAAATATTTAATGACTAAACTAAAGGTTGGAATGATTT
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* * ** ** * *
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* * * * * ***
14654483 TTAAATCTCTTA-TTAGTT--TTT-AG-AATATTATTGAATTAGTATTATTTTCAACCAAATAAG
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* ** * * * * ** ** * *
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** * * * * * *
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** * * * * *
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** * * * * * ** * * * *
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* * * * * *
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** ** * *
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* * * * * **
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* * * ** * * * * ** *
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* * * * * * * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * * *
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* * * * *
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* *** * * * ***
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* * * * *
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*** * *
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* *
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* * ** ** *
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* * * * * * *
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* * ** * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * *
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*
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* * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * ** * * * ***
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* * * * * * * * * * *
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* * ** * * * ** *
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* * *
14653770 TCGATAAACAAATTCATTTTTTAAATCTTTTACT
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* * * * *
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* * ** * * * * * *
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* ** * * * *
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* ** * * ** * **
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192 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTGTTTT
* * ** * * * *
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* * ** * * * **
14654119 ATTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAA-C---TCCTGCTT-A-T-T---AAT-TTT--T--
322 ACTAGTT-GGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAACTGTCAAAATATTTAATAA
** * * ** *
14654169 -TT--TATT-TTGGA--T---T-AGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAA
386 ATTAGTATTATTTAATCTAAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * *
14654224 GGTCATAACGATTTTATATAAATAATTG-TACAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTAT-GGTA
451 AGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCT-CAAATAATCATAACTATTTGAACTTGT-TCGGTA
*
14654287 AACAAATTTATTTTTTCAAATCTTTTACT
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* * * * * ** *
14654316 TATTAATTTTCTAAATGTTCATAAATTTGGATTATTTTATTCCAAATAAGCTT-G-TAAGACATG
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14654379 AAACAAATATTTAATGACTAAACTAAAGGTTGGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATTA-
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** * * * * * * *
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* * * ** * *
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* * ** * * * **
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * ** * * *
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** ** * * * * * * **
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*** * * *
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* * * *
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*
14656434 CTTGTTCCGTAAACA
503 CTTGTTCGGTAAACA
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TATTAATTATTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTAGATAAACAAAAAC
AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
ATTATTTAAACTTGTTTAGTAAATAAACTTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTTTGAAA
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATGA
CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTA
GTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAACTGTCAAAATATTTAATAAATTAG
TATTATTTAATCTAAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCA
TAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATAT
TTATTTTTAAATCTACT
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14654002 ATTAGAATTA
* * * *
14654012 TTTTATTTTGAATAAACTTTTATGACCTGAAATAATTAATTTATAACAAAACAAAATGTCATAAT
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* * *
14654077 GATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATCTAAATTTGT-TCAATAAACAAATTTA
66 GATTTTAAATAAATAATTATACAAATAGTCATAACTATCTAAACTTGTAT-AATAAACAAATTTA
*
14654141 TTTTTT-AAA-CTCCTGCTTATTAATTTT
130 TTTTTTCAAATCTCCTACTTATTAATTTT
* * * * ** **
14654168 TTTTATTTTGGATTAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAAC
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* * * **
14654233 GATTTTATATAAATAATTGTACAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTATGGTAAACAAATTTAT
66 GATTTTAAATAAATAATTATACAAATAGTCATAACTATCTAAACTTGTATAATAAACAAATTTAT
**
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131 TTTTTCAAATCTCCTACTTATTAATTTT
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Statistics
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TTTTATTTTGAATAAACTTTTATGAACTGAAACAATTAATTTATAACAAAACAAAAGGTCATAAC
GATTTTAAATAAATAATTATACAAATAGTCATAACTATCTAAACTTGTATAATAAACAAATTTAT
TTTTTCAAATCTCCTACTTATTAATTTT
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14654172 ATTTTGGATT
* * * * *
14654182 AGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTATATAAAT
1 AGCTTTTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAGATAAAT
* **
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66 AATTGTACAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTATGGTAAACAAATTTATTACTTCAAATCTTT
* * * *
14654312 TACTTATTAATTTTCTAAATGTTCATAAATTTGGATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTAAGACA
131 TACCTATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGGATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTAAGACA
* * * ** * *
14654377 TGAAACAAATATTTAATGACTAAACTAAAGGTTGGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATT
196 TAAAAAAAATATTTAATGACTAAAATAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCGAATG
*** * *** * *
14654442 ATTTTAACTATTTGAATTGGTTTAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTAGTT-TTTA
261 ACCATAACTATTTGAACTAAATTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-TTATCTA
* *
14654505 -G-AATATTATTGAATTAGTATTATTTTCAACCAAATA
325 GGTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTCAACCAAATA
* ** **
14654541 AGCTTTTATG-ATTAGAAACAATTATTTTATGACGAAAC-AAAGATTTTAACGATTTGAGATTGA
1 AGCTTTTATGAATT-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAGATAAA
* * *
14654604 TAATTGCT-CAAATAGTCATAATTATTTAAACTGGTTTGGTGAACAAATTTATTACTT-AAAT-T
65 TAATTG-TACAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTATGGTAAACAAATTTATTACTTCAAATCT
* * * * *
14654666 TATTACCTATTAATTTT-TGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT
129 T-TTACCTATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGGATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTAA
* * * *
14654730 GATA-AAAAAATAATTATTTTATGAC-AAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATGGATAATTAT
192 GACATAAAAAA-AA-TATTTAATGACTAAAAT-AAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTAT
* * * * *
14654793 TCGAATGGCCATAATTATTTTAACTAAATT-GCTAAGCAAATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTA
254 TCGAATGACCATAACTATTTGAACTAAATTAGC-AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
** **
14654857 TTAATCTAGGTAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCATCTA
318 TT-ATCTAGGTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTCA-ACCAAATA
* * * * * * * ** * * * * * * *
14654903 AACTTGTATTAACTAAAACAATTGTTTTATGCCAAATTAAAAGGTTATAACAATTTTAAATAGAC
1 AGCTTTTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAGATAAAT
* * * * * *
14654968 AATTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAACTTGT-TCTGTAAACAAATTTATT--TTCTAAATCT
66 AATTGTACAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTAT-GGTAAACAAATTTATTACTTC-AAATCT
* * * * * * *** * *
14655030 CTTT-CTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAACTTGTATG
129 -TTTACCTATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGGATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTAAG
* * * * * * * * * * *
14655094 A-ATTGAAACAACTGTTTTATGACTAAACA-AATGGTTAAAACGATTTGAAGTATATAATTATTC
193 ACA-TAAAAAAAATATTTAATGACTAAA-ATAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * * * * * * *
14655157 TAAT-AGTCTTAACCATTTGAAATGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
256 GAATGA-CCATAACTATTTGAACTAAATTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
14655221 A
320 A
14655222 GTTTTTTAAA
Statistics
Matches: 540, Mismatches: 112, Indels: 56
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (362 bp):
AGCTTTTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAGATAAAT
AATTGTACAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTATGGTAAACAAATTTATTACTTCAAATCTTT
TACCTATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGGATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTAAGACA
TAAAAAAAATATTTAATGACTAAAATAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCGAATG
ACCATAACTATTTGAACTAAATTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATCTAG
GTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTCAACCAAATA
Found at i:14655059 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 14654197--14656448 Score: 1426
Period size: 181 Copynumber: 12.5 Consensus size: 180
14654187 TTATGAATTG
* * * * * * *
14654197 AAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTATATAAATAATTGTACAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* *
14654262 CATAACTATTTAAACTTGTATGGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCT-TTTACTTATTAATTTT
66 CATAACTATTTGAACTTGT-TTGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTT-CTTATTAATTTT
* * * * * * * *
14654326 CT-AAATGTTCATAAATTTGGATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTA--AGACATG
128 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AATAAACTTGTATTA-AC-TA
* * * * * ** * *
14654379 AAACAAATATTTAATGACTAAACTAAAGGTTGGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATTA-
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC-AAATAG
** * * *
14654443 TTTTAACTATTTGAA-TTGGTTTAGCAAACACATTTATTTTTTAAA--TC--TCTTATTAGTTTT
65 TCATAACTATTTGAACTT-GTTT-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTT
* * * ** * * * *
14654503 TAG-AATATTATTGAATTAGTATTATTTTCA-ACCAAATAAGCTTTTA-TGATTA
128 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTC-AATAAACTTGTATTAACTA
* * * * * * **
14654555 GAAACAATTATTTTATGACGAAAC-AAAGATTTTAACGATTTGAGATTGATAATTGCTCAAATAG
1 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * ** * * * *
14654619 TCATAATTATTTAAACTGGTTTGGTGAACAAATTTATTACTTAAATTTATTACCTATTAA-TTTT
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTT-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTT
* * *
14654683 TGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATAA-AA
129 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AATAAACTTGTAT--TAACTA
* * * * * * * * *
14654737 AAATAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATGGATAATTATTCGAATGGC
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * *** * * * * **
14654802 CATAATTATTTTAACTAAATTGCTAAGCAAATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAA-TCTAG
66 CATAACTATTTGAACTTGTTTG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTT
* *
14654866 GTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCATCTAAACTTGTATTAACTA
130 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA-ATAAACTTGTATTAACTA
* ** * * * * *
14654918 AAACAATTGTTTTATGCCAAATTAAAAGGTTATAACAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAAT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* *
14654983 AATAACTATTTGAACTTGTTCTGTAAACAAATTTATTTTCTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTT
66 CATAACTATTTGAACTTGTT-TGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTT
* * * * * *
14655048 G-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATTG
130 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAATAAACTTGTATTAACTA
* * * * * * *
14655099 AAACAACTGTTTTATGACTAAACAAATGGTTAAAACGATTTGAAGTATATAATTATTCTAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * *
14655164 CTTAACCATTTGAA-ATGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAGTTTT
66 CATAACTATTTGAACTTG-TTT-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTT-CTTATTAATTTT
* * **
14655227 TT-AAATATT-ATGAAATTAGTATTATTTTAATATGAATAAACTTGTACAAAC-A
128 TTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTT-ATTTCAATAAACTTGTATTAACTA
* * * * * *
14655279 AAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATCATTTATATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
** ** ** * * * ** *
14655344 TTTAACTATTTGAA-TTGGTTCAATAATTAGATTTA-TTTTTAATTTTCTTGGTTATTAA-GTTT
66 CATAACTATTTGAACTT-GTT-TGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTT
* * * * *
14655406 TGAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTATTTCGAATAAAATAGTA-TAAATA
129 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AATAAACTTGTATTAACTA
* * * * * **
14655458 GAACCAATTATTTGATGAAAAAATAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
1 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * * * * * *
14655523 TCAAAACTATTTGAAATTGTTTGGCAAGCATATTTACTTTTTAAATATCTTACTGATTAATTTTC
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTT-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTT
* * * * * *
14655588 T-AAATTTTAATAAATTAATATTATATTATTTCAAACAAACTTATATTAACAA
129 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AATAAACTTGTATTAACTA
* * * * *
14655640 AAACAATTGTTTTGTGACAAAACGAAAA-GTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTGCAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * ** * *
14655704 TTATAATTATTTGAACTAGTTTCATAAGTAGAA-TTATTTTCTAAATCTC--TC--A-TAAATTT
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTT-GTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTT
* * * * * * * * * *
14655763 TTGAAATATTAATAAATAAATTTTATTCTATTCCGAATAAGCTTCTATGAGCTT
128 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AATAAACTTGTATTAACTA
* * * * *
14655817 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTTTTCATATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * *** * **
14655882 CTTAACTGTTTGAACTGGTTCAACAAATAGAA-TTATTTTTTAAATCTCATAGC-TATTAA-TTT
66 CATAACTATTTGAACTTGTT-TGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTC-TTTCTTATTAATTTT
** * * *
14655944 TCAAAATATTACTAAATTATTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAAC-A
128 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AATAAACTTGTATTAACTA
* * * * *
14655997 GAAACAATTGTTTTATGATAAAA-ACAAATGTTATGACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATA
1 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
** * *
14656061 GTCATAACTATTTGAA-TTGGAT-TAACAAATAGATTTCTTTTTTAAA----TTTCTTATTAA-T
64 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGTAA-ACA-A-ATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATT
* ** * * **
14656119 TCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTGGTTTAGAAAAAACTTGT-TT-GTTGA
126 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-CAATAAACTTGTATTAACT-A
* * * * * * * *
14656174 AAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTAAAATAGATAGTTGTTTAAAT-GG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * **
14656238 CTATGATTATTTGAA-TTGATTCGATAAATTAATTTATTTTTTAAATCTCTTGT-TTATTAA-TT
66 C-ATAACTATTTGAACTTG-TTTG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-TCTTATTAATTT
* * * * ** * * *
14656300 TTTGAAATATTAATAAAGTAGCAATATTTTTTTTTGGATAAGCTTTTATGAACTA
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* * ** * *
14656355 AAATAATTGTTTTATGACAAAAC-AAATGTTCATAATAATTTTAAATAGATAATTATTGAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT-ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
*
14656419 TCATAACTATTTGAACTTGTTCCGTAAACA
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Statistics
Matches: 1598, Mismatches: 391, Indels: 163
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (180 bp):
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACTTGTTTGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTG
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAATAAACTTGTATTAACTA
Found at i:14656061 original size:358 final size:352
Alignment explanation
Indices: 14654677--14656440 Score: 1264
Period size: 358 Copynumber: 4.9 Consensus size: 352
14654667 ATTACCTATT
* * * ** *
14654677 AATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATAAAAAAATA
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* * * ** ** * * *
14654742 ATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATGGATAATTATTCGA-ATGGCCATA
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* * * *** * * ***
14654806 ATTATTTTAACTAAATT-GCTAAGCAAATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATCTAGGT-A
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*
14654869 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-ATCTAAACTTGTATTAACTAAAACAATTGTTTTAT
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* * * * * * * *
14654933 GCCAAATTAAAAGGTTATAACAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAAC
251 GACAAA-AAAAATGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC
** *
14654998 TTGTTCTGTAAACA-AATTTATTTTCTAAATCTCTTTCTTATTA
315 TTGTTCAATAAATAGAA-TTATTTTCTAAATCTC--TC--A-TA
* * * *
14655041 ATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATTGAAACAA
1 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-TTTATTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATT-AAACAA
* * * * * * *
14655105 CTGTTTTATGACTAAACAAATGGTTAAAACGATTTGAAGTATATAATTATTC-TAATAGTCTTAA
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* * * * * *
14655169 CCATTTGAAATGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAGTTTTTTAAATA
128 CTATTTGAAATGGTTTGGCAAACAAA-TTATTTTTTAAATCTCTTAC-TATTAATTTTCTAAATA
* **
14655234 TT-ATGAAATTAGTATTATTTTAATAT-GAATAAACTTGTACAAACAAAACAATTGTTTTATGAC
191 TTAAT-AAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAACTTGTATTAACAAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * *
14655297 AAAAGAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATCATTTATATAGTTTTAACTATTTGAA-TTG
254 AAAA-AAAATGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTT-
* * * * * *
14655361 GTTCAATAATTAGATTTATTTT-TAATTTTCTTGGTTATT
317 GTTCAATAAATAGAATTATTTTCTAA--ATC-T-CTCATA
* * * * * * *
14655400 AAGTTTTGAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTATTTCGAATAAAATAGTAT-AAATAGAACCA
1 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTA-TTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATTA-AA-CA
* * * * * * * **
14655464 ATTATTTGATGAAAAAATAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAA
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* * * * * *
14655529 CTATTTGAAATTGTTTGGCAAGCATATTTACTTTTTAAATATCTTACTGATTAATTTTCTAAATT
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* * * * * *
14655594 TTAATAAATTAATATTATATTATTTCAAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTGTGACA
191 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATTAAC-AAAACAATTGTTTTATGACA
* ** * * * *
14655659 AAACGAAAA-GTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTGCAAATAGTTATAATTATTTGAACTAG
255 AAA--AAAATGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTG
*
14655723 TTTC-ATAAGTAGAATTATTTTCTAAATCTCTCATA
318 -TTCAATAAATAGAATTATTTTCTAAATCTCTCATA
* * * * * * *
14655758 AATTTTTGAAATATTAATAAATAAATTTTATTCTATTCCGAATAAGCTTCTATGAGCTTAAATAA
1 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATT-TATTTCGAATAAACTTGTATGA-ATTAAACAA
*
14655823 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTTTTCATATAGTCTTAAC
64 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGTCTTAAC
* * *** * * *
14655888 TGTTTGAACTGGTTCAACAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCATAGCTATTAATTTTCAAAATAT
129 TATTTGAAATGGTTTGGCAAACA-AATTATTTTTTAAATCTCTTA-CTATTAATTTTCTAAATAT
* * * *
14655953 TACTAAATTATTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAA
192 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATTAACA-AAACAATTGTTTTATGACAA
* * *
14656018 AAACAAATGTTATGACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGA
256 AAA-AAATGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTT-G-
* * * * * * *
14656082 TT-AACAAATAGATTTCTTTTTTAAATTTCTTATT
318 TTCAATAAATAGAATTATTTTCTAAATCTCTCATA
* * * * * *
14656116 AATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTGGTTTAGAAAAAACTTGTTTG--TTGAAAACA
1 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTT-ATTTCGAATAAACTTGTATGAATT--AAACA
* * ** * * * * * * * *
14656179 ATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTAAAATAGATAGTTGTTTAAAT-GGCTATG
63 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGTCT-TA
* * * * ** * * **
14656243 ATTATTTGAATTGATTCGATAAATTAATTTATTTTTTAAATCTCTTGTTTATTAATTTT-TGAAA
127 ACTATTTGAAATGGTTTGGCAAA-CAAATTATTTTTTAAATCTCTT-ACTATTAATTTTCT-AAA
* * * * * * * * * *
14656307 TATTAATAAAGTAGCAATATTTTTTTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGA
189 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATTAAC-AAAACAATTGTTTTATGA
* * * * *
14656372 CAAAACAAATGTTCATAATAATTTTAAATAGATAATTATTGAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
253 CAAAAAAAATGTT-ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTT
14656437 GTTC
317 GTTC
14656441 CGTAAACAGA
Statistics
Matches: 1103, Mismatches: 247, Indels: 107
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
355 2 0.00
356 13 0.01
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358 317 0.29
359 24 0.02
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361 169 0.15
362 146 0.13
363 42 0.04
364 9 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (352 bp):
AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATTAAACAATT
GTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGTCTTAACTA
TTTGAAATGGTTTGGCAAACAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTATTAATTTTCTAAATATTAAT
AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATTAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAA
ATGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCAATAA
ATAGAATTATTTTCTAAATCTCTCATA
Found at i:14656384 original size:19 final size:21
Alignment explanation
Indices: 14656343--14656384 Score: 52
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 21
14656333 TTGGATAAGC
* *
14656343 TTTTATGAACTAAAATAATTG
1 TTTTATGAACTAAAACAAATG
14656364 TTTTATG-AC-AAAACAAATG
1 TTTTATGAACTAAAACAAATG
14656383 TT
1 TT
14656385 CATAATAATT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 2
0.83 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
19 10 0.53
20 2 0.11
21 7 0.37
ACGTcount: A:0.43, C:0.07, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (21 bp):
TTTTATGAACTAAAACAAATG
Found at i:14658893 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 14658389--14658900 Score: 533
Period size: 177 Copynumber: 2.8 Consensus size: 181
14658379 TTTTAAAATT
* * * *
14658389 TTACTTATCAATTGTC-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAG-AATGTATG
1 TTACTTATTAATT-TCTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTATATATG
* * * *
14658452 AACAAAAACAATTGTTTTA-TAGCAGAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTACTT-
65 AACAAAAA-AATTGTTTTATTA-TAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT-GTTC
* * *
14658515 AAATAGTCATAAATATTTGAATTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
127 AAATAGTCATAAATATTTGAATTGGTTAGATAAATAGAATTATTTTTTAAATCTC
* * * *** * *
14658570 TTA-TTAAT-A-TT-TGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTTTGAACAAACT-TATATGA
1 TTACTTATTAATTTCTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTATATATGA
* * * *
14658630 ACAAAAACATTTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
66 ACAAAAA-AATTGTTTTATTATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * *
14658695 TAATCATAATTATTTGAATTGGTTAGGTAAATAGAATTATTTTTTGAATCTC
130 TAGTCATAAATATTTGAATTGGTTAGATAAATAGAATTATTTTTTAAATCTC
* *
14658747 TTACTTATTAATTTCTAAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAT-TATG
1 TTACTTATTAATTTCTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTATATATG
* * * *
14658810 AATTAAAAAAACTTATTTTATTATAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAGTAGATAATTGTTCA
65 AA-CAAAAAAA-TTGTTTTATTATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * *
14658875 TACAGTCTTAAGTATTTGAACTGGTT
128 AATAGTCATAAATATTTGAATTGGTT
14658901 TTGCAAAATT
Statistics
Matches: 268, Mismatches: 51, Indels: 23
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
176 2 0.01
177 138 0.51
178 6 0.02
179 2 0.01
180 5 0.02
181 41 0.15
182 74 0.28
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TTACTTATTAATTTCTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTATATATGA
ACAAAAAAATTGTTTTATTATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
AGTCATAAATATTTGAATTGGTTAGATAAATAGAATTATTTTTTAAATCTC
Found at i:14659025 original size:525 final size:526
Alignment explanation
Indices: 14658405--14659400 Score: 1170
Period size: 527 Copynumber: 1.9 Consensus size: 526
14658395 ATCAATTGTC
*
14658405 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGAATGTATGAACAAAAACAATTGTTTT
1 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGAATATATGAACAAAAACAATTGTTTT
* * * *
14658470 ATAGCAGAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATT-ACTTAAATAGTCATAAATATTTG
66 ATAGCAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAATAAACAATTGAC-CAAATAGTCATAAATATTTG
* * * * *
14658534 AATTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTT-AA-A-TCT-CTTATTAATATTTGAAATATTAATAG
130 AACTAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATATTCTACTTATTAATATTTGAAAGATTAATAG
* * *
14658595 ATTAGTATTACTTTATTTTGAACAAACTT-ATATGAACAAAAAC-ATTTGTTTTATGATAAAATA
195 ATTA-TACTACTTTATTATGAACAAACTTGA-ATGAACAAAAACAATTT-TTATATGATAAAA-A
* ** * * * * *
14658658 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AATCATAATTATTTGAATTGGTTAGG
256 AAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGAA-CATAATTATTTAAACTGATTAGA
* * * ** *
14658722 TAAATAGAATTATTTTTTGAATCTCTTACTTATTAATTTCTAAAATATTAATAAATTCA-TTTTA
320 TAAACAGAATTACTTTTTAAATAACTTACTTATTAATTTCTAAAATATTAATAAATT-AGTATTA
* *
14658786 TTTTATTCCAAATAAGC-TATTATGAATTAAAAAAACTTATTTTATTA-TAAAACAAAAAGTCAT
384 TTTTATTCCAAATAAGCTTA-TATGAACTAAAAAAA-TTATTTTA-CACTAAAACAAAAAGTCAT
* * *
14658849 AACGATTTGAAGTAGATAATTGTTCATACAGTCTTAAGTATTTGAACTGGTTTTGCAAAATTCTC
446 AACAATTTAAAATAGATAATTGTTCATACAGTCTTAAGTATTTGAACTGGTTTTGCAAAATTCTC
14658914 CTAGTTATTAATTTTT
511 CTAGTTATTAATTTTT
* * * * * ** *
14658930 GAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACAAAAATAATTGTTTT
1 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGAATATATGAACAAAAACAATTGTTTT
* * * ** ***
14658995 AT-GACAAAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAGTTTACAATTGACCAAATAGTCATTGCTATTTG
66 ATAG-CAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAATAAACAATTGACCAAATAGTCATAAATATTTG
* * *
14659059 AACTAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAT
130 AACTAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATATTCTACTTATTAATATTTGAAAGATTAATAG
* * * * ** * *
14659124 ATTATGCTATTTTATTATGAATAAGCTTGAATGTTCAAATACAATTTTTATATGATAAAACAAAG
195 ATTATACTACTTTATTATGAACAAACTTGAATGAACAAAAACAATTTTTATATGATAAAAAAAAG
* * * *
14659189 GTAATAACAATTTGAAATAGATAATTATTGACATGGACATAATTATTTAAACTGATTTGATAAAC
260 GTAATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGAACATAATTATTTAAACTGATTAGATAAAC
* * *
14659254 AGATTTACTTTTTAAATAACTTACTTATTGATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
325 AGAATTACTTTTTAAATAACTTACTTATTAATTTCTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * *
14659319 TCTAAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATTATTTTACACTAAAACAAAAGGTTATAACAATTTA
390 TCCAAATAAGCTTATATGAACTAAAAAAATTATTTTACACTAAAACAAAAAGTCATAACAATTTA
14659384 AAATAGATAATTGTTCA
455 AAATAGATAATTGTTCA
14659401 AATAGGAACC
Statistics
Matches: 388, Mismatches: 71, Indels: 23
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
524 1 0.00
525 129 0.33
526 50 0.13
527 132 0.34
528 44 0.11
529 32 0.08
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (526 bp):
GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGAATATATGAACAAAAACAATTGTTTT
ATAGCAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAATAAACAATTGACCAAATAGTCATAAATATTTGA
ACTAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATATTCTACTTATTAATATTTGAAAGATTAATAGA
TTATACTACTTTATTATGAACAAACTTGAATGAACAAAAACAATTTTTATATGATAAAAAAAAGG
TAATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGAACATAATTATTTAAACTGATTAGATAAACA
GAATTACTTTTTAAATAACTTACTTATTAATTTCTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
CCAAATAAGCTTATATGAACTAAAAAAATTATTTTACACTAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAA
AATAGATAATTGTTCATACAGTCTTAAGTATTTGAACTGGTTTTGCAAAATTCTCCTAGTTATTA
ATTTTT
Found at i:14659939 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 14658918--14660752 Score: 1039
Period size: 181 Copynumber: 10.3 Consensus size: 179
14658908 ATTCTCCTAG
* * * *
14658918 TTATTAA-TTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAAC-A
1 TTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTA
* * * * * ** * **
14658981 AAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAGTTTACAATTGACCAAATAG
65 AAAACAA-T-TTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
** *
14659046 TCATTGCTATTTGAACTAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATATTTTAC
128 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTAC
* * ** * **
14659099 TTATTAA-TTTTTGAAAGATTAATATATTA-TGCTATTTTATTAT-GAATAAGCTTGAATGTTC-
1 TTATTAATTTTTTGAATG-TTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGAACT
* * ** * * * * *
14659160 AAATACAATTTTTATATGATAAAAC-AAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTATTGACATG
64 AAAAACAA-TTTT-TATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * * * * **
14659224 GACATAATTATTTAAAC-TGATTTGATAAACAGATTTACTTTTTAAATAACTTAC
127 GTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTAC
* ** * * *
14659278 TTATTGATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTATATGAACT-
1 TTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACTA
* * * * ** * *
14659341 GAAATAATTATTT-TACACTAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATA
65 AAAACAATT-TTTAT-GA-TAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * * * * **
14659405 G-GA-ACCCA-TT---C-----AG-TAAATAAATTTATTTTTTAAACCTCCTAC
127 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAA-TTTTTAC
* ** * * * * * *
14659447 TTATTAA-TTTTTGAAATTTTAGCAATTTAATATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATG-A-TG
1 TTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTA
* * ** *
14659509 AAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGTTTGTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
65 AAAACAA-T-TTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * ** * * * *
14659574 CCATAATTATTTGAAC-----C-A-ATTC-AATGTATTTTTTAAATCTCTAA
128 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTAC
* * * * *
14659618 TATATCAA-TTTTTGAA-GTATCAATAAAATAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAA-
1 T-TATTAATTTTTTGAATGT-T-AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC
** * * * * *
14659680 TTGAAACAATTGCTTTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTTTATATAGATAATTGTTCAAAT
63 TAAAAACAATT--TTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
*
14659745 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAAATTTGTTAT
126 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTT-AAATTT-TTAC
* * *
14659801 TTATTAATTTTTTGAATGCTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACTAA
1 TTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAA
* * * * *
14659866 AAATAATATTTTATGAT-AAGCAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAAATAGTTGTTCTAATAGTC
66 AAACAAT-TTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
* * ** * ** * * * *
14659930 TTAACTATTTAAACTAATTTGGCAAACACATTTATATTTTGAA--TCT-C
130 ATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTAC
* * * * *
14659977 TTATTAATTTTTTGAATATTATTAATTTA-TCAATATTTT-TCTCCGAATAAGCTTGTATGAAC-
1 TTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGT-ATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * * *
14660039 AAAAACAATTGCTTTATGACAAAAC-AAATGTCATAACGATTTTAGATAGATAATTGTTCAAAAA
64 AAAAACAATT--TTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * *
14660103 TTCATTATTATTTGAA-TTAGTTTGATATACATATTTAATTTTT-AATTTTT-T
127 GTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTAC
* **
14660154 TTATTAA-TTTTTGAAATAG-TAATAAA--A--ATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGTATGAA-
1 TTATTAATTTTTTG-AAT-GTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAAC
* * * ** * * *
14660211 TAGAAACAATTGTTTTACGATAAAACAAGATATCATAATGATTTGATATAGATAATAGTTCAAAT
63 TAAAAACAA-T-TTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
* * * * * ***
14660276 GGACATAACCATTTGAGCTTGTTCGATGAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAAC
126 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTAC
* * * * *
14660331 TTAGTAATTTTTAGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGGAATAAACTTGTATGAA-TAG
1 TTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAA
* ** * *
14660395 AAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAAATCATAACGGTTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
66 AAACAA-T-TTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
*** *
14660460 CATAACTATTTGAACTCACTC-AGTAAACAAATTTA-TTTTAAAATCTTTTAC
129 CATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTAC
* * * * * *
14660511 TTATTAA-CTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTAGTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGGAC-A
1 TTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTA
* *
14660574 AAAACAATTGGTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
65 AAAACAATT--TTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
** * * * * *
14660639 TCATAA-TAAGCATTTGAAAGTGTT-AAAAAATATATTTA-TTTTAAAATTTTTAC
128 TCATAACT----ATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTAC
* ** * * *
14660692 TTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTTCTATTATTTT-TTTCAAAATAAGTTTGCATGAA
1 TTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAA
14660753 TAGAAAATGT
Statistics
Matches: 1276, Mismatches: 293, Indels: 170
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 51 0.04
169 68 0.05
170 8 0.01
171 10 0.01
172 60 0.05
173 108 0.08
174 63 0.05
175 21 0.02
176 123 0.10
177 37 0.03
178 13 0.01
179 102 0.08
180 211 0.17
181 297 0.23
182 73 0.06
183 28 0.02
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAA
AAACAATTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
TAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTAC
Found at i:14660990 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 14660756--14661708 Score: 781
Period size: 181 Copynumber: 5.3 Consensus size: 181
14660746 GCATGAATAG
* * * * * *
14660756 AAAATGTCATAAT-ATTTTAAAATAGATAATTGTTCAGATAATCATAACTATTTGAACATGTTCA
1 AAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA
* *
14660820 ATAACAAGATTCATTTTTTAATTCTCTTTCTCATT-ATTTTCTAGAATATTAATAAATTAGTATA
65 ATAACAAGATTCATTTTTTAAATCTCTTTCTCATTAATTTTCTAGAATATTAATAAATTAGTATT
*
14660884 ATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATTACAAAAA
130 ATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-TGAAACAATTATTTTATTACAAAAA
* * * * * *
14660937 AAAAGGTCACAATGATTTAAAATAGATAATTATTTAGATAGTCATAACTATTTGAGCATGTTCAA
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAA
* * *
14661002 TAGCAAGATTCTTTTTTTAATTCTCTTTCTCATTAATTTT-T-GAAATATTAATAAATTAGTATT
66 TAACAAGATTCATTTTTTAAATCTCTTTCTCATTAATTTTCTAG-AATATTAATAAATTAGTATT
* * * *
14661065 ATTTTATTTCAAAGAAGCTTACATGAACTGAAACAATTGTTTTATTACAAAAC
130 ATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-TGAAACAATTATTTTATTACAAAAA
* * * * * * *
14661118 CAAAGGTTACATTGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTAGTTGAACTTGTTCGG
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC--
* * * * * * *
14661183 AA-AAC-ATATTTATTTTTTAAATGT-TTTACTTATTAATTGTC-AAAATATTAATAAATTAATA
64 AATAACAAGATTCATTTTTTAAATCTCTTT-CTCATTAATTTTCTAGAATATTAATAAATTAGTA
* * * *
14661244 -T-TTTTA-TTCGAAATAAGCATGTATG-ATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACA
128 TTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAAT-GAAACAATTATTTTATTACAAAA-A
*** * * * ** **
14661297 AAAA-GTCATACCAATTTGAAATAAATAATTTTTCAAATTA-TCAAAAAGATTT-AA-TTGTTTG
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA
* * * * * * *
14661358 GTAA-ATAGATTTAATTTTTAAATCT-TTTACTCAGTAATTGTCT-TAATATTAATAAATTTGTA
65 ATAACA-AGATTCATTTTTTAAATCTCTTT-CTCATTAATTTTCTAGAATATTAATAAATTAGTA
* * * * *
14661420 TTATTTTA-TTCAAAATAAGCTT-GATGAATAGAAAAAAAATCATTTTATGACAAAAT
128 TTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAAT-G--AAACAATTATTTTATTACAAAAA
* * * * * * * **
14661476 AAAAGGTTATAGTGATTTCAAATAGATAATT-GTCAAAATAGTCAAAATTATTTAAACTTGTTTG
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA
* ** * * * *
14661540 ATAA-ATACATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTC-ATAATATTAATAACTTAGTGT
65 ATAACA-AGATTCATTTTTTAAATCTCTTTCTCATTAATTTTCTAGAATATTAATAAATTAGTAT
* * * *
14661603 TATTTTATTTCGAATAAGCTTATATTAATTGAAATAATT-TTTTA-T-GAAAAA
129 TATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-TGAAACAATTATTTTATTACAAAAA
* *
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TAACAAGATTCATTTTTTAAATCTCTTTCTCATTAATTTTCTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
TTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATGAAACAATTATTTTATTACAAAAA
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* **
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* * * * * * ** *
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* * * * *
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* *
14661239 TAAT-AT-TTTTA-TTCGAAATAAGCATGTA-TGATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAA
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* * *
14661300 AGTCATACCAATTTGAAATAAATAATTTTTCAAATTA-TCAAAAAGATTTAAT-T-GTTTGGTAA
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320 ATAGATTTAATTTTTAAATCTTTTACTCAGTAATTGTCTT
* * *
14661402 AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTT-GATGAA-TAGAAAAAAAATCATT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAAGAAGCTTACATGAACT-G--AAAAAATCATT
* * * *
14661464 TTATGACAAAATAAAAGGTTATAGTGATTTCAAATAGATAATT-GTCAAAATAGTCAAAATTATT
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* * * *
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* * * * *
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* * * * ** *
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* * *
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TTGTTGGATAAACACATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATT
AATGATATTTTATTTCGAATAAGCATATATTAATAGAAATAATTTTTTATGAAAAAAAAAAGTCA
TAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAAAGATTTAATCTAGTTCGGTAAATAGAT
TTAATTTTTAAATCTTTTACTCAGTAATTGTCTT
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* *
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AAACTCTCCCTTAATTCATGCACACTAATCCAACACATCTCAT
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14670373 ACTAGTTCAG
* * *
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* * ** * * ** * *
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* * * * * * **
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * *
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* * * ** * *
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* * *
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1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * *
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66 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGACATAACG
* * ** * * *
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** * * * *
14671294 TTTTAAATCTTCAACCTATTAATATTTAGAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTGAAACAA
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** * *
14671359 AATTGTATGAATAGAAATAATTATTTT-TGACAAAACAAAAGATCAAAATGATTTGAAATAAATA
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* * ** *
14671423 ATTGTTCGAAGGGTCCTAACTATTTGAACACGTTCGA
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* * *
14671460 TAAGCAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * *
14671525 TTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAACAGAAACAATTGATTTATGACAAAATAAAAGGCCATAACA
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* * * * *
14671590 ATTTCAAATAAATAGTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAGCGTGTTCAGA-AAACATATTTAT
131 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GATAAACAAATTTA-
* *
14671654 TTTTTTTAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTAAAA
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* * * * *
14671717 TAAGCTTGCATGAATAGAACTAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGTTCATAAT-ATTTTGAAATA
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* * * *
14671781 GATAATTATTCAGATAATCATAACTATTTAAACATGTT-TA
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* * * * * ** *
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1 -TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATT
** * * * * * * *
14671885 ATTTTATTTCAAATAGGCTTATATGAACTA-AAACAATTATTTTATTACAAAACAAACGGTCACA
64 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGACATA
* * * * * *
14671949 ATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATACTCATGACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTT
128 ACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTT
* * *
14672014 ATTTTTTAAATCTTTTACTTTTTATTTTTTGAAATATTAATAAATTA--ATT-TTTTAAAATCTG
193 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT---ATTTG
* * * * * * *
14672076 AATTAGCTTGTATAAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAA-CATTTGAAAT
254 AATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAAT
* * * * ** *
14672139 AAATAATTGTTTAAATAGTTATAAAGATTTGAACTTGTTC-A
319 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-AGTTCGA
* ** * * * *
14672180 GTAAACAGATTTATTTTTTTGATCTTTTACTTATTAA-TTGTCATAATATTAATAAATTTGTATT
1 -TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATT
*** * * ** **
14672244 ATTTTATTAAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
64 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGACAT
* * * * *
14672309 AACGATTTCAAATATATAATTGGTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTC-ATTAAACAAAT
127 AACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAAAT
* * * *
14672373 TCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTG
191 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTG
* * * *
14672438 AATAAGCTTATATGAACT-GAAATGATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
254 AATAAGCTTGTATGAA-TAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAA
* * * *
14672501 TAGATAATTATTCAAATAATCATGATTATTTGATCTAGTTC-A
318 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-AGTTCGA
* ** * * **
14672543 GTAAGCATGTTTATTTTTAAAAAT-TTTTACTTATTAATCGTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
1 -TAAACAAATTTATTTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * *
14672607 ATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACTATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGACATAA
64 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGACATAA
* ** ** * * *
14672672 CAATTTTCAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAGATTTA
129 CGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTA
* * * *
14672737 TTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTTATAGATTAGTATTCTTTTATTCTGAAC
194 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAT
* * * * * * * * * *
14672798 AAACTTATATGAACAAAAACATTTATTTTATGACAAAACAAAGGGTCATAGTGATTTGAAAAAGA
257 AAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGA
* * *
14672863 TAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTAGG
322 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-AGTTCGA
* * * * *
14672902 TAAATAGAA-TTA---TTTAAATCTCCTA-TATATTAATTTTT-TAATATGAATAAATTCA-TTT
1 TAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTAT
* * ** ** * * *
14672960 TATTTTATTTTGAATAAGCTAGCACAAATTGAAAAAATTATTTTATAACAAAAC-AAA--A-AT-
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* ** * * **
14673020 --GATTTGAAATAGATAACAGTTCATATAGTC-TAAACTATTTGAACTAGTTTATAGTAAACAAA
128 ACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTTG-TTCGA-TAAACAAA
* * ** * *
14673082 TTTATTTTTTAAATCTCTCT-GTTATTAATTTTTGAAATATTTTTATATTAATATTATTTTATTT
190 TTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TT
* * * * *
14673146 TGAATATGCTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAAAATAAAATG-TTATGACT-ATTTG
252 TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GATCAT-AATGATTTG
* * * ** *
14673209 AAGTATACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTCAAACTAGATCGA
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* * * * ** **
14673255 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGATAGATTAATAAGCTACCATTAT
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * *
14673320 TTTATTTCGAATAAACTTGTAT-AATAAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAAGTA-ATAA
66 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-CAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGACATAA
* * * * * * **
14673383 CGATTTGAAATAGAT-ATTGTTGAAATAGCCATAATTATTTGAAC-TGATTTGATAAATAGGTTT
129 CGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAAATTT
* ** *
14673446 ATTTTCTAAATCACTTACTTATTAATTTTGAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
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* * *
14673511 TAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAATGATTTTAAATA
256 TAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAATGATTTGAAATA
* * * ** ** * *
14673575 GACAATTGTTTAAATAGTTGTAACTATTTGAATTTGTTTGG
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* * *
14673616 TAAACTAATTTATTTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTA
1 TAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
** * * * * *
14673680 TTTTATTTTGGGTAAGCTTTTATGACCTGAAACAATTGTTTTAT-ATCAAAACAAAAAGTCATAA
65 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGACATAA
** * * * * *
14673744 TAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAAAAGTCACT-ACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGACTT
129 CGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTT
* * ** * * *
14673808 ATTTTTTCAAATCTTGTCCCAATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTCCT-
193 ATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT--TG
* * * * * * * * * * *
14673872 AATAAGATTGTAAG-ATATGAAACAAATATTTTCTAACTAAACAAAA-AGTTAGAA-CATTTAAA
254 AATAAGCTTGTATGAATA-GAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAA
* ** ** *
14673934 ATATATAATTATTTTAATAGTTTTAACTATTTGAATTAGTTCGA
317 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CAGTTCGA
* * * * *
14673978 CAAACACATTTATTTTTTAAATATCTTA-TTA--ATTTTTTG-AATATTATTAAATTAGTATTAT
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
**** * **
14674039 TTT-TAACCAAATAAGC-TCTATGATTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAA-GATCATAA
66 TTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGA-CATAA
* ** ** * *** *
14674100 TGATTT-AAGATTGATAATTACTCAAATAGTCATAATTATTTGAACGAATTCGATAAACAACTTT
129 CGATTTGAA-ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTT
*
14674164 ATTTTTTTAACTCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
193 A-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGA
* * * *
14674229 ACAAGCTTGTATG-ATCATAAATAATTGTTTTATGA-TAAACAAAA
255 ATAAGCTTGTATGAAT-AGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAA
14674273 AAATAATAAT
Statistics
Matches: 2796, Mismatches: 602, Indels: 267
0.76 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
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** * * * *
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127 TTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAG
* * * * * * * *
14675050 AAATAATTGTTTTATGAC-AAACAATAGGTAAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGT
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * ** * * * *
14675114 CTTAACTATTTAAAC-TGATTTAACAAACATATTTATTTTTCAAAGC--TT--TTATTAATTTTT
66 CATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * * * * * *
14675174 GAAATATTATTAATTTAGCAATATTTTATTCCGAATAAGTTTGTATGAACAT
130 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAG
* * * * * * * * *
14675226 AAGCAATTGTTTAATTACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTTAGATAGAT-AATGATTTTAGATA
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CAATTT-GA-A-ATAAAT-A-ATT-G-TT
* ** ** * *
14675289 CAAAACAAAGATCATAACTATTCAAACTCATTC-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
58 C--AA-ATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
* * * * * * * *
14675353 TGATTAATTTTTGAAATTTTAATTAATTAGTATTTTTTTATTCTAAATAAGCTTTTATGAACAA
118 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAG
** * * * * * *
14675417 AAACAATTGGTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATAATTTCAAATAGATAATTATTTAAATAGT
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * *
14675482 CATAACTATTTAAACGTGTTCGAAAAATATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTA
66 CATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA
* * * * *
14675546 TACTATTAATGAATTTA-TATTTTTTTATT-TGAAATAAGCTTGCATGAACAG
131 AAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTATGAACAG
* * * *** * *
14675597 AATCAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAAT-AGTAATTGTTCAGATAGT
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
14675661 CATAACTATTTGAACATGTTCGATAAATAGATTAATTTTTTAATTCTCTTACTCT-TTAATTTTT
66 CATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACT-TATTAATTTTT
* * * **
14675725 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTATATGAATTG
130 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAACAG
* * * * ** * * *
14675777 AAACAATTATTTTATTATTAAAA-AAAAGTGTAACAATGATTTGGAATAATTAATTATTCAAATA
1 AAACAATTATTTTATGA-CAAAACAAAAG-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* *
14675841 CTCATGACTATTTGAACTTGTTCGATAAATATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTG
64 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT-
* * *
14675904 TCAAAATATTAATAAATTAATATT-TTTTAATCTGAATAAGCTTGTATG-ACAG
128 TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAG
*
14675956 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
** * * * *
14676021 CATAAAAGATTTGAACTTGTTCAATAAATAAATTTATTTGTTAGATCTTTTACTTATTAATTGTC
66 CAT-AACTATTTGAACTTGTTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-
* * ** * *
14676086 TT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTTTTCAAAATAAGCTTGTATGAATTAAAA
128 TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATG-A--ACAG
* * * * *
14676141 AAAAAAGTCATTTTATGACAAAGCAAAAGG-CTATAGA-AATTTCAAATAGATAATTGTTCAAAT
1 AAACAA-TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATA-ACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
* * * * * * *
14676204 AGTCATAATTATTTAAACTTATTC-ATTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATT
63 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
* * ** * * * * * *
14676268 TTCATAATATTGGTAACTTAGTATTATTTCATTTTGAATAAGCTTATATAAACCG
127 TTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAG
* * * * * * * *
14676323 AAATGATTTTTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGACATAGATAATTATTGAAATAG
1 AAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * * ** * * *
14676388 TCATGACTATTTGATCTAGTTCGGTAAGCATATTTATGTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGTT
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * * * * *
14676453 GACATATTAATAAATT-GATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTCTATAAACAA
130 AAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAG
* * * *
14676505 AAACTATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGT
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* *
14676570 TATAACTATTTGAA-TTGGTTTGATAAATAT
66 CATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAATAT
14676600 TAATAAATTA
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CATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAG
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14674713 ATATCTTAAC
* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * *
14674851 AAGTTTTTATGAA-ATGAAACAATTATTTCATGACAAAACAAAAGGTCATAACAACTTT-AAATA
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* * ** *
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
14675085 GATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTAAAC-TGATT-TAACAAACATATTT
1 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTG-TTCGAA-AAACATATTT
* * * * * * *
14675148 ATTTTTCAAAGC--TT--TTATTAATTTTTGAAATATTATTAATTTAGCA-ATATTTTATTCCGA
64 ATTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA--ATATTTTTTAATCTGA
* * * * * * * * *
14675208 ATAAGTTTGTATGAACATAAGCAATTGTTTAATTACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTTAGATA
126 ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CAATTT-GA-A
* * * ** ** * *
14675272 GATAATGATTTTAGATACAAAACAAAGATCATAACTATTCAAACTCATTCAGTAAACAAATTTAT
188 -ATAAT-A-ATT-G-TTC--AA-ATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAAATTTAT
* * * * *
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* ** * * *
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* * * * *
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1 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGAAAAACATATTTA-
* * * * * *
14675518 TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTATACTATTAATGAATTTATATTTTTTTATTTGAAATA
65 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTTTTTAATCTG-AATA
* * * * *** *
14675582 AGCTTGCATGAACAGAATCAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGTA
129 AGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAATA
* * * * * *
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194 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* *
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259 CT-TATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAAC
* * *
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* * * * * *
14675814 GATTTGGAATA-ATTAATTATTCAAATACTCATGACTATTTGAACTTGTTCGATAAATATATTTA
1 GATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGAAAAACATATTTA
*
14675878 TTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTTTTTAATCTGAATA
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*
14675942 AGCTTGTATG-ACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAAT
129 AGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT-AAT
** * * *
14676006 AATTGTTCAAATAGTCATAAAAGATTTGAACTTGTTCAATAAATAAATTTATTTGTTAGATCTTT
193 AATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCT
* * *
14676071 TACTTATTAATTGTCTT-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTTTTCAAAATAAGCTTGTATGAA
257 TACTTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA
* * * ** * *
14676135 TTAAAAAAAAAAGTCATTTTATGACAAAGCAAAAGGCTATAGAA-
320 CT---GAAACAA-TTGTTTTATGACAAA-AAAAAGG-TA-ACAAT
* * * * * * * *
14676179 -ATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTATTC-ATTAAATAGATTCA
1 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGA-AAAACATATTTA
* * * * ** * * * * *
14676242 TTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCATAATATTGGTAACTTAGTATTATTTCATTTTGAAT
65 -TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATT-TTTTAATCTGAAT
* * * * * * * *
14676307 AAGCTTATATAAACCGAAATGATTTTTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGACATAG
128 AAGCTTGTATGAACAGAAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA-
* * * * * ** ** * * * *
14676372 ATAATTATTGAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCGGTAAGCATATTTATGTTTTAAATTTT
191 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * ** * *
14676437 TTACTTATTAATTGTTGACATATTAATAAATT-GATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTCTATAA
256 TTACTTATTAATTTTTGA-ATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGA
** * * * * * * *
14676501 ACAAAAACTATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAAC
319 ACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTAACAAT
* * ** *
14676541 AATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTTATAACTATTT
1 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
14676581 GAATTGGTTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (357 bp):
GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGAAAAACATATTTAT
TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTTTTTAATCTGAATAAG
CTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAATAAT
TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
TATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAA
CAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTAACAAT
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Alignment explanation
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14676446 AATTGTTGAC
* * * *
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1 ATATTAATAAATTGATATTATTTTAATCCGAACAAACTTATATAAACAAAAACAATTATTTTATA
* * *
14676521 ACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTTATAACTATTTGAATT
66 ACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAAATAACTGCTCAAATAGTTATAACTATTTGAACT
**
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131 GGTTCAATAA
* ** *
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1 ATATTAATAAATTGA-TATTATTTTAATCCGAACAAACTTATATAAACAAAAACAATTATTTTAT
* * ** * *
14676659 TACAAAATAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAAATAACTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAAC
65 AACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAAATAACTGCTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC
14676724 TGGTTCAATAA
130 TGGTTCAATAA
14676735 ATA
1 ATA
14676738 GAATTATTTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATATTAATAAATTGATATTATTTTAATCCGAACAAACTTATATAAACAAAAACAATTATTTTATA
ACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAAATAACTGCTCAAATAGTTATAACTATTTGAACT
GGTTCAATAA
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Indices: 14676594--14676976 Score: 398
Period size: 177 Copynumber: 2.1 Consensus size: 179
14676584 TTGGTTTGAT
** *
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1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATGAACTAAAAAAATTATTTTA
* * * * *
14676658 TTACAAAATAAAAAGTAATAATGATTTGAA-ATAAATAACTGTTCAAATAGT-TATAATTATTTG
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* * **
14676721 AACTGGTTCAATAAATAGAATTATTTTCTAAATCTCTTA-TA-AATTTTTG
129 AACTGGTTCAACAAACAGAATTATTTTCTAAATCTCTTAGTATAATTTTCA
* * * * * * * * *
14676770 AAATATTAATAAATTAGTTTTACTCTATTTCAAATAAGCTTCTATGAGCTAAAATAATTGTTTTA
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* * * * *
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* ** * * *
14676900 TTGGTTTGACAAACGGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCA
131 CTGGTTCAACAAACAGAATTATTTTCTAAATCTCTTAG-TA-TAATTTTCA
*
14676951 AAATATTACTAAATTAGTATTATTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
14676977 GTTCTTAATA
Statistics
Matches: 164, Mismatches: 36, Indels: 9
0.78 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
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AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATGAACTAAAAAAATTATTTTA
TGACAAAACAAAAAGTAATAATAATTTAAGATAAATAACTGTTCAAATAATCTTAACTATTTGAA
CTGGTTCAACAAACAGAATTATTTTCTAAATCTCTTAGTATAATTTTCA
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Alignment explanation
Indices: 14677206--14677585 Score: 474
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14677196 CAATAAATTG
* * *
14677206 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAACTTTTGAAATAATAATAAAGTAGTAGTATTTTCTTT
1 ATTTATTTTTCAAATCTCTTAATTATTAACTTTTGAAATAATAATAAAGTAGTAGTATTTTATTC
* * * * * * *
14677271 TGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAA
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* *
14677336 ATCGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTCTTTAAACTTGTTCGATAAACAC
131 ATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTCTTTAAACTTGTTCGATAAACAC
* * ** * *
14677387 ATTTATCTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATGCTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTAT-TTTTCAAATCTCTTAATTATTAACTTTTGAAATAATAATAAAGTAGTAGTATTTTATT
* *
14677452 CTGAATAAGCGTGTATGAACTAAAACAATTATTATAGGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGA
65 CTGAATAAGCGTGTATGAACTAAAACAATTATTATAGGACAAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGA
* * * * * ** *
14677517 AATAGATAATTATTCTAATAGTCT-TAACTATTTTAACTAGTTTGGCAAATAC
130 AATAGATAATTATTCAAATAGT-TATAACTCTTTAAACTTGTTCGATAAACAC
*
14677569 ATTTATTTTTTAAATCT
1 ATTTATTTTTCAAATCT
14677586 TTCACTAATT
Statistics
Matches: 168, Mismatches: 29, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
181 16 0.10
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183 1 0.01
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Consensus pattern (181 bp):
ATTTATTTTTCAAATCTCTTAATTATTAACTTTTGAAATAATAATAAAGTAGTAGTATTTTATTC
TGAATAAGCGTGTATGAACTAAAACAATTATTATAGGACAAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAA
ATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTCTTTAAACTTGTTCGATAAACAC
Found at i:14677547 original size:471 final size:466
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Indices: 14676668--14677582 Score: 1088
Period size: 471 Copynumber: 2.0 Consensus size: 466
14676658 TTACAAAATA
* * ** *
14676668 AAAAGTAATAATGATTTGAAATAAATAACTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTCAAT
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* * * **
14676733 AAATAGAATTATTTTCTAAATCTCTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTACTCTAT
66 AAATAGAATTATTTTCTAAATCTCTTATAAACTTTTGAAATAATAATAAAGTAGTAGTACTCTAT
* * *
14676798 TTCAAATAAGCTTCTATGAGCTAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTA
131 TTCAAATAAGCTTCTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTA
* * * * ** *
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196 AGATAAATAATTGTTCAAATAATCTTAACTCTTTAAATTGGTTCGACAAACACATTTATTTTTCA
* * * * *
14676928 AATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATTACTAAATTAGTATTATTTTGTTCTTAATAAGCATG
261 AATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCATG
* ** ** * *
14676993 TATAAATAGAAACAATTATTTTATTATAGAACAAAATTTTATAACAATTTGAAATAGTTAAATTA
326 TATAAATAGAAACAATTATTATAGGATAGAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGATAAATTA
*
14677058 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAAATTTATATTTTAAAAAGTAATTGTT
391 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGCAAACAAATTTATATTTTAAAAAGTAATTGTT
14677123 TTATGATAGAC
456 TTATGATAGAC
** *
14677134 AAAAGATAATAATAATTTGAAAAAAATAGTTGTTCAAAT-GACCATAATTATTTGAACTTATTCA
1 AAAAG-TAATAATAATTTGAAAAAAATAACTGTTCAAATAG-CCATAATTATTTGAACTGATTCA
* * *
14677198 ATAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAACTTTTGAAATAATAATAAAGTAGTAGTA
64 ATAAATAGAATTATTTTCTAAATCTCTT-A-TA--AACTTTTGAAATAATAATAAAGTAGTAGTA
* * * *** *
14677263 TTTTCTTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
125 CTCTATTTCAAATAAGCTTCTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* ** * *
14677328 GATTTTAA-ATCGATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTCTTTAAACTT-GTTCGATAAACACATT
190 -AATTTAAGATAAATAATTGTTCAAATAATCT-TAACTCTTTAAA-TTGGTTCGACAAACACATT
** *
14677390 TATCTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATGCTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG
252 TAT-TTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG
* * **
14677455 AATAAGCGTGTATGAACTA-AAACAATTATTATAGGACTA-AACAAAAGGTTAGAATGATTTGAA
316 AATAAGCATGTAT-AAATAGAAACAATTATTATAGGA-TAGAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAA
* * * * * * *
14677518 ATAGAT-AATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTTAACTAGTTTGGCAAATACATTTATTTTTTAA
379 ATAGATAAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGCAAACAAATTTATATTTTAA
14677582 A
444 A
14677583 TCTTTCACTA
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Consensus pattern (466 bp):
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AAATAGAATTATTTTCTAAATCTCTTATAAACTTTTGAAATAATAATAAAGTAGTAGTACTCTAT
TTCAAATAAGCTTCTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTA
AGATAAATAATTGTTCAAATAATCTTAACTCTTTAAATTGGTTCGACAAACACATTTATTTTTCA
AATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCATG
TATAAATAGAAACAATTATTATAGGATAGAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGATAAATTA
TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGCAAACAAATTTATATTTTAAAAAGTAATTGTT
TTATGATAGAC
Found at i:14679058 original size:535 final size:535
Alignment explanation
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* * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * **
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* * * *
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* *
14677995 CAATCCCAATATCAAGAGCATTCGTATGTAAGCCCACAAATTCCTCAGAGCATTCATGAATTCTC
389 CAATCCCAATATCAAGAGCATTCATATGTAATCCCACAAATTCCTCAGAGCATTCATGAATTCTC
* ** * * * * *
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454 CTAAAAATGTATCTAAAGCAAATAAGTATGAAACATAACGAAAAATGAAAATTGTGCAAAATTGT
* * *
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519 TTTTGTATGACAATTTG
* * * * * * *
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1 AAATTATGCAGATGATTTTTATGCCTATAATTGTTAAAAAATAGATTTTGATATTTTAATCTCCA
* * * * ** * *
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* * *
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130 TTTGTTTGAGCAAGTTTAAAAACATTGGATTCAAGATATTCAAATTCAATTCTA-TTTAAGAACT
* * * * * * *
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259 AAAATTTCAAAAGCATTAGGCTTTGAGTGCTCCCTCGAAGTTTGTGCATAAATATAAAAACAAGT
* * * * **
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324 TGGCACGCAATTAATCACGTCAAGCACCAATAACAATTTCACAAATAATATCCAAATCATTCACG
14678529 CAATCCCAATATCAAGAGCATTCATATGTAATCCCACAAATTCCTCAGAGCATTCATGAATTCTC
389 CAATCCCAATATCAAGAGCATTCATATGTAATCCCACAAATTCCTCAGAGCATTCATGAATTCTC
* * *
14678594 CTAAACATGTATCTAAAGTAAATAAGTATGAAACATAATGAAAAATGAAAATTGTGCAAAATTGT
454 CTAAAAATGTATCTAAAGCAAATAAGTATGAAACATAACGAAAAATGAAAATTGTGCAAAATTGT
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519 TTTTGTATGACAATTTG
* *
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1 AAATTATGCAGATGATTTTTATGCCTATAATTGTTAAAAAATAGATTTTGATATTTTAATCTCCA
*
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66 AAGTCCTTTATAACTTGCACTTAACACTATGAAAAATTAAAACCAATGAAAGTTATCGTGTTTCT
* * *
14678806 TTGTTTGAGTAAATTTAAAAACATTGGATTCAAGATACTCAAATTCAATTCTATTTAAGAACTTG
131 TTGTTTGAGCAAGTTTAAAAACATTGGATTCAAGATATTCAAATTCAATTCTATTTAAGAACTTG
* *
14678871 CTAAAACAATATTTCATAATTCAAAGCTTAACTTTAGCGAAAGTTATTTTTCAAGCAAAACATAA
196 CTAAAACAATATTTCATAATTCAAAGCTTAACTCTAGCGAAAGTCATTTTTCAAGCAAAACATAA
* *
14678936 AATTTCAAAAGCATTAAGCTTTGAGTGCTCCCTCGAAATTTGTGCATAAATATAAAAACAAGTTG
261 AATTTCAAAAGCATTAGGCTTTGAGTGCTCCCTCGAAGTTTGTGCATAAATATAAAAACAAGTTG
14679001 GCACGCAATTAATCACGTCAAGCACCAATAACAATTTCACAAATAATATCCAAATCATTCACGCA
326 GCACGCAATTAATCACGTCAAGCACCAATAACAATTTCACAAATAATATCCAAATCATTCACGCA
* * * *
14679066 ATCCTAATATCAAGAGCATTCATATGTAATCCCACAAACTCCTTAGAGCATTCATGAATTCTCTT
391 ATCCCAATATCAAGAGCATTCATATGTAATCCCACAAATTCCTCAGAGCATTCATGAATTCTCCT
14679131 AAAAATGTATCTAAAGCAAATAAGTATGAAACATAACGAAAAATGAAAATTGTGCAAAATTGTTT
456 AAAAATGTATCTAAAGCAAATAAGTATGAAACATAACGAAAAATGAAAATTGTGCAAAATTGTTT
14679196 TTGTATGACAATTTG
521 TTGTATGACAATTTG
* * *
14679211 AAATTATGTAGATGATTTTTATGCCTACAATTGTTAAAAAACAGATTTTGATATTTTAATCTCCA
1 AAATTATGCAGATGATTTTTATGCCTATAATTGTTAAAAAATAGATTTTGATATTTTAATCTCCA
* *
14679276 AAGTCCTTTATAACTTGTACTTAACACTATGAAAAATTAAAACCAATGGAAGTTATCGTGTTTCT
66 AAGTCCTTTATAACTTGCACTTAACACTATGAAAAATTAAAACCAATGAAAGTTATCGTGTTTCT
* *
14679341 TTGTTTGACCAAGTTTAAAAACATTGGATTTAAGATATTCAAATTCAATTCTATTTAAGAACTTG
131 TTGTTTGAGCAAGTTTAAAAACATTGGATTCAAGATATTCAAATTCAATTCTATTTAAGAACTTG
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196 CTAAAACAATATTTCATAATTCAAAGCTTAACTCTAGCGAAAGTCATTTTTCAAGCAAAACATAA
*
14679471 AATTTCAAAAGCATTAGGCTTTGAGTGCTCCCTCGAAGTTTGTGCATAAATATAAAAATAAGTTG
261 AATTTCAAAAGCATTAGGCTTTGAGTGCTCCCTCGAAGTTTGTGCATAAATATAAAAACAAGTTG
*
14679536 GCACGCAATTAATCACGTCAAGCATCAATAACAATTTCACAAATAATATCCAAATCATTCACGCA
326 GCACGCAATTAATCACGTCAAGCACCAATAACAATTTCACAAATAATATCCAAATCATTCACGCA
* *
14679601 ATCCCAATAGCAAGAGCATTCATATGTAATCCCACAAATTCCTCAGAGCATTCATGAATTCTCTT
391 ATCCCAATATCAAGAGCATTCATATGTAATCCCACAAATTCCTCAGAGCATTCATGAATTCTCCT
*
14679666 AAAAATGTATCTAAAGCAAATAAGTATGAAACATAACGAAAAATGAAAATTGTGCAAAATTATTT
456 AAAAATGTATCTAAAGCAAATAAGTATGAAACATAACGAAAAATGAAAATTGTGCAAAATTGTTT
14679731 TTGTATGACAATTTG
521 TTGTATGACAATTTG
14679746 AAATTATGCAGATGATTTTTATGCCTATAATTGTTAAAAAATAGATTTTGATATTTTAATCTCCA
1 AAATTATGCAGATGATTTTTATGCCTATAATTGTTAAAAAATAGATTTTGATATTTTAATCTCCA
* * *
14679811 AAGT-CTTTATAACTTGCACTTAACACTATGAAAAATTAAAACCAATGGAAGTTATCATGTTTTT
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*
14679875 TTGTTTGAGCAAGTTTAAAAACATTGGATTCAAGATATTCAAATTCAATTTTATTTAAGAACTTG
131 TTGTTTGAGCAAGTTTAAAAACATTGGATTCAAGATATTCAAATTCAATTCTATTTAAGAACTTG
* *
14679940 CTAAAACAATATTTCATAATTCAAAGTTTAACTCTAGCGAAAGTCATTTTTCAAGTAAAACATAA
196 CTAAAACAATATTTCATAATTCAAAGCTTAACTCTAGCGAAAGTCATTTTTCAAGCAAAACATAA
* *
14680005 AATTTCAAAAGCATTAGGCTTTGAGTGCTCCCTCGAAGTTTATGCATAAATATAAAAATAAGTTG
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*
14680070 GCACGCAATTAATCACGTCAAGCACCAATAACAGTTTCACAAATAATATCCAAATCATTCACGCA
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*
14680135 ATCCCAATATCAAGAGCATTCATATGTAATCCCACAAATTCCTCAAAGCATTCATGAATTCTCCT
391 ATCCCAATATCAAGAGCATTCATATGTAATCCCACAAATTCCTCAGAGCATTCATGAATTCTCCT
* * *
14680200 AAAAATGTATCTAAAGCAAATAAGTATGAAACGTAACAAAAAATGAAAATTCTGCAAAATTGTTT
456 AAAAATGTATCTAAAGCAAATAAGTATGAAACATAACGAAAAATGAAAATTGTGCAAAATTGTTT
14680265 TTGTATGACAATTTG
521 TTGTATGACAATTTG
*
14680280 AAATTATGCAGATTATTTTTATGCCTATAATTGTTAAAAAATAGATTTTGATATTTTAATCTCCA
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*
14680345 AAGTCCTTTATAACTTGCACTTAACACTATGAAAAATTAAAACCAAT-AGAAGTTATTGTGTTTC
66 AAGTCCTTTATAACTTGCACTTAACACTATGAAAAATTAAAACCAATGA-AAGTTATCGTGTTTC
* * *
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*
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260 AAATTTCAAAAGCATTAGGCTTTGAGTGCTCCCTCGAAGTTTGTGCATAAATATAAAAACAAGTT
* * * *
14680604 GGCACGTAATTAATCATGTCAAGCACCAATAATAGTTTCACAAATAATATCCAAATCATTCACGC
325 GGCACGCAATTAATCACGTCAAGCACCAATAACAATTTCACAAATAATATCCAAATCATTCACGC
* *
14680669 AATCCCAATATCAAAAGCATTCATATGTAATCCCACAAATTCCTCAGAGCATTCATGAATTCTCT
390 AATCCCAATATCAAGAGCATTCATATGTAATCCCACAAATTCCTCAGAGCATTCATGAATTCTCC
* *
14680734 TAAAAATGTATCTAAAGTAAATAAGTATGAAACATAACGAAAAAT-AAAAGTTGTGCAAAATTAT
455 TAAAAATGTATCTAAAGCAAATAAGTATGAAACATAACGAAAAATGAAAA-TTGTGCAAAATTGT
14680798 TTTTGTATGACAATTTG
519 TTTTGTATGACAATTTG
*
14680815 TAATTATGCAGATGATTTTTATGCCTATAATTGTTAAAAAATAGATTTTGATATTTTAATCTCCA
1 AAATTATGCAGATGATTTTTATGCCTATAATTGTTAAAAAATAGATTTTGATATTTTAATCTCCA
*
14680880 AAGTCCTTTATAACTTGCACTTAACACTATGAAAAATTAAAACCAATGGAAGTTATCGTGTTTCT
66 AAGTCCTTTATAACTTGCACTTAACACTATGAAAAATTAAAACCAATGAAAGTTATCGTGTTTCT
*
14680945 TTGTTTGAGCAAGTTTAAAAATATTGGATTCAAGATATTCAAATTCAATTCTATTTAAGAACTTG
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*
14681010 CTAAAACAATATTTCATAATTCAAAACTTAACTCTAGCGAAAGTCA-TTTTCAAAGCAAAACATA
196 CTAAAACAATATTTCATAATTCAAAGCTTAACTCTAGCGAAAGTCATTTTTC-AAGCAAAACATA
** * * * * *
14681074 AAATTTCAAAAATATTAGGCTTTGAGTGCTCCCTCTAAGTCTATACATAAATATAAAAATAAGTT
260 AAATTTCAAAAGCATTAGGCTTTGAGTGCTCCCTCGAAGTTTGTGCATAAATATAAAAACAAGTT
* * * * *
14681139 GGCACGCAATTAATCACGTCAAGCTCTAATAAAAATTTCACAAATAATATCTAAATCATTCACAC
325 GGCACGCAATTAATCACGTCAAGCACCAATAACAATTTCACAAATAATATCCAAATCATTCACGC
* * * **
14681204 AATCCCAATATCAAGAGTATTCATATGTAATCTCACAAATTCCTCAAATTATTCATGAATTCTCC
390 AATCCCAATATCAAGAGCATTCATATGTAATCCCACAAATTCCTCAGAGCATTCATGAATTCTCC
* * * * *
14681269 TGAAAAA-GTATCGAAGGCAAATAAGTATGAAACAT-ACGAAAAATTAAAATTGTACAAAATGGT
455 T-AAAAATGTATCTAAAGCAAATAAGTATGAAACATAACGAAAAATGAAAATTGTGCAAAATTGT
*
14681332 TTTTATATGACAATTTG
519 TTTTGTATGACAATTTG
* * * * *
14681349 AAATTGTGCAAATGATTTTTATG-CTCATAATTGTTCAAAAATAAATTTTGATATTTTAAGCTCC
1 AAATTATGCAGATGATTTTTATGCCT-ATAATTGTTAAAAAATAGATTTTGATATTTTAATCTCC
** * *
14681413 AAAGTCCTTTATAACTTGCACTTCGCACTATGAAAAATTAAAACCAATGCAAGTTATCATGTTTC
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* * *
14681478 TTTGTTTGAGCAAATTTAAAAACATTAGATTCAAGATATTC--A-T--A---TATTT--G--TTT
130 TTTGTTTGAGCAAGTTTAAAAACATTGGATTCAAGATATTCAAATTCAATTCTATTTAAGAACTT
* * * * *
14681531 GCTAAAACAATATTTTATACTTTAAAGCTTGACTCTAGCGGAAGTCA-TTTTCAAAGCAAAACAT
195 GCTAAAACAATATTTCATAATTCAAAGCTTAACTCTAGCGAAAGTCATTTTTC-AAGCAAAACAT
* * * * * * **
14681595 AAAATTTTTAAAA-TATTAGGCTTTAAGTGATCCCCCTAAGTTTGCACATAAATATAAAAACAAG
259 AAAA-TTTCAAAAGCATTAGGCTTTGAGTGCTCCCTCGAAGTTTGTGCATAAATATAAAAACAAG
** ** *
14681659 TTGGCACATAATTAATCACGTCAAGCACCGGTAACAGTTTCACAAATAATATCCAAATCATTCAC
323 TTGGCACGCAATTAATCACGTCAAGCACCAATAACAATTTCACAAATAATATCCAAATCATTCAC
* * * * *
14681724 GCAATCTCAATATCAAGAGCATTTATATGTAATCCCATAGATTCCTCAAAGCATTCATGAATTCT
388 GCAATCCCAATATCAAGAGCATTCATATGTAATCCCACAAATTCCTCAGAGCATTCATGAATTCT
* * * * * * * *
14681789 CCTAAAAATATATCCAAAGCAAATAAGTATGAAACAAAAGGAAAAGTTAAAATTGTGGAAAATGG
453 CCTAAAAATGTATCTAAAGCAAATAAGTATGAAACATAACGAAAAATGAAAATTGTGCAAAATTG
* *
14681854 TTTTTATATCACAATTTG
518 TTTTTGTATGACAATTTG
* * * * * * * *
14681872 AAATTAAGCAAATGGTTTTTATGCCCACAATTGTTCAAAAATAGTTTTTGATATTTTAAGCTCCA
1 AAATTATGCAGATGATTTTTATGCCTATAATTGTTAAAAAATAGATTTTGATATTTTAATCTCCA
* * * *
14681937 AAGTCCTTTACAACTTGCACTTAACACTGTGAAAAATTAAAACCAATGCAACTTATCGTGTTTTT
66 AAGTCCTTTATAACTTGCACTTAACACTATGAAAAATTAAAACCAATGAAAGTTATCGTG--TTT
* * * * * *
14682002 TTTTGTTTGAGCAAGTTTAAAAACGTTGGATTCAAGATATTCAAATTTAGTTCAATTTAA-AATT
129 CTTTGTTTGAGCAAGTTTAAAAACATTGGATTCAAGATATTCAAATTCAATTCTATTTAAGAA-C
* * * * * *
14682066 TTGCTGAAACAGTATTTTATATTTTAAAGCTTGACTC
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14682103 CAGAAAAAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.16, G:0.11, T:0.33
Consensus pattern (535 bp):
AAATTATGCAGATGATTTTTATGCCTATAATTGTTAAAAAATAGATTTTGATATTTTAATCTCCA
AAGTCCTTTATAACTTGCACTTAACACTATGAAAAATTAAAACCAATGAAAGTTATCGTGTTTCT
TTGTTTGAGCAAGTTTAAAAACATTGGATTCAAGATATTCAAATTCAATTCTATTTAAGAACTTG
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ATCCCAATATCAAGAGCATTCATATGTAATCCCACAAATTCCTCAGAGCATTCATGAATTCTCCT
AAAAATGTATCTAAAGCAAATAAGTATGAAACATAACGAAAAATGAAAATTGTGCAAAATTGTTT
TTGTATGACAATTTG
Found at i:14682269 original size:187 final size:189
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Period size: 187 Copynumber: 2.0 Consensus size: 189
14681925 TTTTAAGCTC
14681935 CAAAGTCCTTTACAACTTGCACTTAACACTGTGAAAAATTAAAACCAATGCAACTTATCGTGTTT
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* * * *
14682000 TTTTTTGTTTGAGCAAGTTTAAAAACGTTGGATTCAAGATATTCAAATTTAGTTCAATTTAAAAT
66 TTTTTTGTTTGAGCAAGTTTAAAAACATTAGATTCAAAATATTCAAATTTAGTTCAATTTAAAAA
*
14682065 TTTGCTGAAACAGTATTTTATATTTTAAAGCTTGACTCCAGAAAAAATCATTTTCAAAG
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*
14682124 CAAAGTCCTTTACAACTTGCACTTAACACTGT-AAAAATTAAAACCAATGCAATTTATCGTG-TT
1 CAAAGTCCTTTACAACTTGCACTTAACACTGTGAAAAATTAAAACCAATGCAACTTATCGTGTTT
*
14682187 TTTTTTGTTTGAGCAAGTTTAAAAACATTAGATTCAAAATATTCAAATTTAGTTCCATTTAAAAA
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* * *
14682252 CTTGTTGAAATAGTATTTTATATTTTAAAGCTTGACTCCAGCAAAAATCATTTTCAAAG
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1 CAAA
14682315 ACATAAAATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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*
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* * *
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** * *
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*
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* *
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*
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* * * * * ** *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* *
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* *
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* * *
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* * *
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* *
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* ** * *
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*
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* * *
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* * *
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* * * * * *
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*
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* * *
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* * * *
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* * * *
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* * *
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* *
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* *
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* * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * *
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* * *
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*
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*
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* *
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Found at i:14746169 original size:24 final size:23
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14746120 ACGAGTAGTG
14746130 TGGGCACATAGGCAGACACATGCA
1 TGGGCACATAGGCAGAC-CATGCA
* *
14746154 TGGGCACCTAGTCAGACCATG
1 TGGGCACATAGGCAGACCATG
14746175 GTGGGAGTAC
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TGGGCACATAGGCAGACCATGCA
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14746830 AAGCTTTCAT
* * * * * * *
14746840 AGTAGGCCATAGAGTCTGATACCAAGTGGTATTAGAGCTTGGTTTGGAGGAGCTAAG
1 AGTAGGCCACAAAGTCTGATACCAAGTAGTATTAGAGCCTAGTTAGGAGGAGCCAAG
* * * * *
14746897 AGTAGGCCACAAAGTTTGATACCAAGTAGTATTTGTGCCTAGTTAGGGGGAGCCGAG
1 AGTAGGCCACAAAGTCTGATACCAAGTAGTATTAGAGCCTAGTTAGGAGGAGCCAAG
14746954 AGTAGGC
1 AGTAGGC
14746961 AGCAAGACCA
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AGTAGGCCACAAAGTCTGATACCAAGTAGTATTAGAGCCTAGTTAGGAGGAGCCAAG
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14752512 TGGTCAAGGT
* * * *
14752522 AAGTGCTTGTACTAAAGGGTTAGCTTGTGTCGATAGTGCTTGAGGT
1 AAGTGCTTGTAC-CAAGGGCTAGCTTGTGTCGATAGTGATTGAGGC
* *
14752568 AAGTGCTTGTACCAAGGGCTAGCTTGTGTTGATGGTGATCT-AGGC
1 AAGTGCTTGTACCAAGGGCTAGCTTGTGTCGATAGTGAT-TGAGGC
* *
14752613 ATGTGCTTGCACCA
1 AAGTGCTTGTACCA
14752627 TGTGCAGGCA
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AAGTGCTTGTACCAAGGGCTAGCTTGTGTCGATAGTGATTGAGGC
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14761861 CGAAGGTCTA
14761871 CATGTGCCGATGGTGGTTGAGG
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1 CATGTGCCGATGGTGGTTGAGG
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CATGTGCCGATGGTGGTTGAGG
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Period size: 45 Copynumber: 2.1 Consensus size: 45
14762057 TTACTGATGG
** *
14762067 TGGTTGAGGCATGTGCCTGAATTATACACCAATATATGCTGTTGA
1 TGGTTGAGGCATGTGCCTGAACCATACACCAACATATGCTGTTGA
* * * * *
14762112 TGGTTGAGGCATGTG-CTCGTACCATGCACCAGCATTTGTTGTTGA
1 TGGTTGAGGCATGTGCCT-GAACCATACACCAACATATGCTGTTGA
14762157 TGGT
1 TGGT
14762161 CAAGACTTGG
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TGGTTGAGGCATGTGCCTGAACCATACACCAACATATGCTGTTGA
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Period size: 45 Copynumber: 2.6 Consensus size: 45
14763307 TACCCGCATA
* * * * *
14763317 AAGGGCTAGCATGTGTTGATGGTGGTCAAAGCATGTATCGAGACC
1 AAGGGCCAACATGTCTTGATGGTGGTCAAAGCATATATCAAGACC
* * * *
14763362 AAGGGCCAACATATCTTGATGGCGGTCAAAGTATATATTAAGACC
1 AAGGGCCAACATGTCTTGATGGTGGTCAAAGCATATATCAAGACC
* *
14763407 AAGGGCCAACATGTCCTAATGGTGGTCAA
1 AAGGGCCAACATGTCTTGATGGTGGTCAA
14763436 GGTATGTGCA
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Consensus pattern (45 bp):
AAGGGCCAACATGTCTTGATGGTGGTCAAAGCATATATCAAGACC
Found at i:14788461 original size:10 final size:11
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Indices: 14788438--14788463 Score: 52
Period size: 11 Copynumber: 2.4 Consensus size: 11
14788428 TTTTTTACAG
14788438 TTTAAAATTTT
1 TTTAAAATTTT
14788449 TTTAAAATTTT
1 TTTAAAATTTT
14788460 TTTA
1 TTTA
14788464 GAAGGAGTTT
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1.00 0.00 0.00
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11 15 1.00
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Consensus pattern (11 bp):
TTTAAAATTTT
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Indices: 14815402--14815455 Score: 72
Period size: 22 Copynumber: 2.5 Consensus size: 22
14815392 CCCTTGGTCA
14815402 CAGCACATGCCTCGACCACAAT
1 CAGCACATGCCTCGACCACAAT
* * * *
14815424 TAGCACATGCCTCGATCGCCAT
1 CAGCACATGCCTCGACCACAAT
14815446 CAGCACATGC
1 CAGCACATGC
14815456 TAACCCTTTA
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22 27 1.00
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Consensus pattern (22 bp):
CAGCACATGCCTCGACCACAAT
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Indices: 14826320--14826347 Score: 56
Period size: 14 Copynumber: 2.0 Consensus size: 14
14826310 CAATGAGATA
14826320 CATAACAGTAGTGC
1 CATAACAGTAGTGC
14826334 CATAACAGTAGTGC
1 CATAACAGTAGTGC
14826348 TTACCTTTAT
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Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
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14 14 1.00
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Consensus pattern (14 bp):
CATAACAGTAGTGC
Found at i:14827534 original size:9 final size:9
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Indices: 14827520--14827545 Score: 52
Period size: 9 Copynumber: 2.9 Consensus size: 9
14827510 CTCATGCTGG
14827520 TGTGCCTGA
1 TGTGCCTGA
14827529 TGTGCCTGA
1 TGTGCCTGA
14827538 TGTGCCTG
1 TGTGCCTG
14827546 GTGCGTCGAC
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
9 17 1.00
ACGTcount: A:0.08, C:0.23, G:0.35, T:0.35
Consensus pattern (9 bp):
TGTGCCTGA
Found at i:14839539 original size:26 final size:27
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Indices: 14839509--14839569 Score: 70
Period size: 27 Copynumber: 2.3 Consensus size: 27
14839499 AAGATGACTC
* * *
14839509 ATTTTTTATTTTTC-ACAATTTTTGAA
1 ATTTTTTACTATTCAACAATTTTTAAA
**
14839535 ATTTTTTACTATTCAACCTTTTTTAAA
1 ATTTTTTACTATTCAACAATTTTTAAA
14839562 ATTTTTTA
1 ATTTTTTA
14839570 AAAAAGAGTT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 5, Indels: 1
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
26 12 0.41
27 17 0.59
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Consensus pattern (27 bp):
ATTTTTTACTATTCAACAATTTTTAAA
Found at i:14841153 original size:24 final size:24
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Indices: 14841117--14841182 Score: 71
Period size: 24 Copynumber: 2.8 Consensus size: 24
14841107 GTGATCCTCT
* *
14841117 AACCATGAGAACTCATGGTCCACC
1 AACCATCACAACTCATGGTCCACC
* * *
14841141 GACCAAT-GCAACTTATGGTCCACC
1 AACC-ATCACAACTCATGGTCCACC
14841165 AACCATCACAACTCATGG
1 AACCATCACAACTCATGG
14841183 CTTCAATCCT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 7, Indels: 4
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
23 2 0.06
24 29 0.88
25 2 0.06
ACGTcount: A:0.33, C:0.33, G:0.15, T:0.18
Consensus pattern (24 bp):
AACCATCACAACTCATGGTCCACC
Found at i:14843700 original size:22 final size:22
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Indices: 14843673--14843715 Score: 68
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
14843663 TCGACACATG
14843673 CCTCGACCACCACCAACATATT
1 CCTCGACCACCACCAACATATT
* *
14843695 CCTCGACCACCATCAGCATAT
1 CCTCGACCACCACCAACATAT
14843716 GCTGGCCCTT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 19 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.44, G:0.07, T:0.19
Consensus pattern (22 bp):
CCTCGACCACCACCAACATATT
Found at i:14847619 original size:22 final size:22
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Indices: 14847584--14847638 Score: 65
Period size: 22 Copynumber: 2.5 Consensus size: 22
14847574 ACCCTTAGTC
*
14847584 TCGACGCATGCCTCGACCACCA
1 TCGACACATGCCTCGACCACCA
* * *
14847606 TCGACACATTCCTCGATCGCCA
1 TCGACACATGCCTCGACCACCA
*
14847628 TCGGCACATGC
1 TCGACACATGC
14847639 TGGCCCCTTA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 6, Indels: 0
0.82 0.18 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 27 1.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.42, G:0.18, T:0.18
Consensus pattern (22 bp):
TCGACACATGCCTCGACCACCA
Found at i:14848274 original size:22 final size:22
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Indices: 14848249--14848299 Score: 75
Period size: 22 Copynumber: 2.3 Consensus size: 22
14848239 CCTTGGTCTC
*
14848249 GGCACATTCCTTGACCGCCATT
1 GGCACATACCTTGACCGCCATT
*
14848271 GGCACATACCTTGATCGCCATT
1 GGCACATACCTTGACCGCCATT
*
14848293 AGCACAT
1 GGCACAT
14848300 GCTCGCCCTT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 3, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 26 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.33, G:0.18, T:0.25
Consensus pattern (22 bp):
GGCACATACCTTGACCGCCATT
Found at i:14864056 original size:464 final size:465
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Indices: 14863160--14864486 Score: 1313
Period size: 464 Copynumber: 2.8 Consensus size: 465
14863150 GGGCACTTGT
* * * * *
14863160 TCGACCAACATCAGCACATGCATGCCTCGATCAGCATCGACACAATCTCGAG-TCGATGCGGGTA
1 TCGACCAACATCAGCACAAGCATGCCTCGATCAGCATCGACACAATCTAGAGCT-GGTGCAGGCA
* * ** ** * *
14863224 CATGCCTCGATCACCATCAGTACATGCTGGCCTATGGTGCACCCCAAGCCACTAGGCCAAGGGCA
65 CATGCCTCAATCACCATCAGCACATGCTGGCCCGTGGTGCACCCCAAGAAACTAGGTCGAGGG--
* * * * * * ** * *
14863289 CACCACCGACTTGGAGACATCATTGTC-CCCCT--TC-AAA-CCCCCTGCTCATCGGGCTCAGAA
128 CACGACTG-CCTGGAG--AT-GTCGTCACCCCTCCTCTAAACCCCCCTGCCCATCAAGTTCAGGA
*** * * * *
14863349 GGAGGGA-GAGGGTGAAAGATGGCCTCTCATGATCCGGTC-AGTCGTGGTTGGCCTAAAAATGAG
189 -GAAAAACG-GGGTGAAAGATGGCCTCCCATGATCTGATCGA-TCGTGGTTGGCCCAAAAATGAG
* * * * *
14863412 TCCTTGGTAATGATAGCATCGTAACCGTCGATGATAAAGCTCTCGGCATGA-CTCATCTCTGGTG
251 TCCTCGGTAATGACAGCATCGTGACCGTCGATGATAAAGCTCTCGGCAT-ACCTCGTCTCTAGTG
* ** * * * ** * *
14863476 ATGCATGCTCGTTGTCCACCCGAACCTTGTTGGACACCCCACATCACTTAATCGATGCTCGCGTA
315 ATGCACGCTCGTTGTCCACCCG-ACCTCATCGAACCCCCCACATCACCCAGTCGATGCTCGCGTC
* * ** * * *
14863541 G-AGACCCCAGGTCGGTGCTAGCATATGGTGCGGGTACATGCATCGATCATCATCGGTACAAGCT
379 GTA-ACCTCAGGTCGGTGCTAGCATATGGTGCAGACACATACATCAATCATCATCGGCACAAGCT
* *
14863605 AGCCCTTGGTACGGGCACTTACC
443 AGCCCTTCGTACAGGCACTTACC
* * *
14863628 TCGACTAACATCAGCACAAGCATGTCTTGATCAGCATCGACACAATCT-GAAGCTGGTGCAGGCA
1 TCGACCAACATCAGCACAAGCATGCCTCGATCAGCATCGACACAATCTAG-AGCTGGTGCAGGCA
* ** *
14863692 CATGCCTTAATCACCATC-GACACATGCTGGCCCGTGGTGCACCCCAAGCCATTAGGTCGAGGGC
65 CATGCCTCAATCACCATCAG-CACATGCTGGCCCGTGGTGCACCCCAAGAAACTAGGTCGAGGGC
* * * * * *
14863756 ACGACTGCCTGGAGATGTCGTCGCCCC-CCTCT-GATCCCCCTGTCCATCAGGTT-TGAGAGAAA
129 ACGACTGCCTGGAGATGTCGTCACCCCTCCTCTAAACCCCCCTGCCCATCAAGTTCAG-GAGAAA
* *
14863818 AACGGGGTGGAAGATGGCCTCCCATGATCTGATCGATCGTGGTTGGCCCAAAAATGAGTCCTCGA
193 AACGGGGTGAAAGATGGCCTCCCATGATCTGATCGATCGTGGTTGGCCCAAAAATGAGTCCTCGG
* * * * *
14863883 TAATGACAGTATCGTGACCGCCGATGATAAAGCTCTCGACATACCTTGTCTCCAGTGATGCACGC
258 TAATGACAGCATCGTGACCGTCGATGATAAAGCTCTCGGCATACCTCGTCTCTAGTGATGCACGC
*
14863948 TCGTTGTCTACCCAGACCTCATCGAACCCCCCACATCACCCAGTCGATGCTCGCGTCGTAACCTC
323 TCGTTGTCCACCC-GACCTCATCGAACCCCCCACATCACCCAGTCGATGCTCGCGTCGTAACCTC
* ** * * *
14864013 AGGTCGGTGCTGGTGTATGGTGCAGACGCATACATCAATCATCATTGGCACAAGTTAGCCCTTCG
387 AGGTCGGTGCTAGCATATGGTGCAGACACATACATCAATCATCATCGGCACAAGCTAGCCCTTCG
*
14864078 TACAGGCACTTGCC
452 TACAGGCACTTACC
* *
14864092 TCGACCAACATCGGCACAAGCATGCCTCGATCAGCATCGACACAATCTAGAGCTGGTGTAGGCAC
1 TCGACCAACATCAGCACAAGCATGCCTCGATCAGCATCGACACAATCTAGAGCTGGTGCAGGCAC
* * * * **
14864157 ATGCCTCGATCATCATCAGCATATGCTGGCTCGTGGTGTGCCCCAAGAAACTAGGTCGAGGGCAC
66 ATGCCTCAATCACCATCAGCACATGCTGGCCCGTGGTGCACCCCAAGAAACTAGGTCGAGGGCAC
* * * *** *
14864222 GCCTGCTTGGAGATGTCGTCACCCCTCCTCTAAACCCCCCTGCCCATCAAGTTCAGGGGAGGGAG
131 GACTGCCTGGAGATGTCGTCACCCCTCCTCTAAACCCCCCTGCCCATCAAGTTCAGGAGAAAAAC
* *
14864287 GGGGCCGAAAGATGGCCTCCTATGAT-TCGATCGATCGTGGTTGGCCCAAAAATGAGTCC-CTGG
196 GGGG-TGAAAGATGGCCTCCCATGATCT-GATCGATCGTGGTTGGCCCAAAAATGAGTCCTC-GG
* * * *
14864350 TAATGACAGCATCGTGACCATCGAAGTTAAAGCTCTCGGCATGCCTCGTCTCTAGTGATGCACGC
258 TAATGACAGCATCGTGACCGTCGATGATAAAGCTCTCGGCATACCTCGTCTCTAGTGATGCACGC
* * * *** * * *
14864415 TCATTATCCACTCGGACC-CAGTCGAACCCCCTGTATCACCCGGTCGATGCTCACGTCGTGACCT
323 TCGTTGTCCAC-CCGACCTCA-TCGAACCCCCCACATCACCCAGTCGATGCTCGCGTCGTAACCT
*
14864479 TAGGTCGG
386 CAGGTCGG
14864487 ATGATGGTCG
Statistics
Matches: 710, Mismatches: 125, Indels: 49
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
462 4 0.01
463 7 0.01
464 359 0.51
465 32 0.05
466 35 0.05
467 165 0.23
468 107 0.15
469 1 0.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.30, G:0.25, T:0.22
Consensus pattern (465 bp):
TCGACCAACATCAGCACAAGCATGCCTCGATCAGCATCGACACAATCTAGAGCTGGTGCAGGCAC
ATGCCTCAATCACCATCAGCACATGCTGGCCCGTGGTGCACCCCAAGAAACTAGGTCGAGGGCAC
GACTGCCTGGAGATGTCGTCACCCCTCCTCTAAACCCCCCTGCCCATCAAGTTCAGGAGAAAAAC
GGGGTGAAAGATGGCCTCCCATGATCTGATCGATCGTGGTTGGCCCAAAAATGAGTCCTCGGTAA
TGACAGCATCGTGACCGTCGATGATAAAGCTCTCGGCATACCTCGTCTCTAGTGATGCACGCTCG
TTGTCCACCCGACCTCATCGAACCCCCCACATCACCCAGTCGATGCTCGCGTCGTAACCTCAGGT
CGGTGCTAGCATATGGTGCAGACACATACATCAATCATCATCGGCACAAGCTAGCCCTTCGTACA
GGCACTTACC
Found at i:14877668 original size:26 final size:27
Alignment explanation
Indices: 14877622--14877681 Score: 70
Period size: 27 Copynumber: 2.3 Consensus size: 27
14877612 AAGATGACTC
** *
14877622 ATTTTTTATTTTTCACGA-TTTTTGAA
1 ATTTTTTATGGTTCACGATTTTTTAAA
14877648 ATTTTTTATGGTTCGAC-ATTTTTTAAA
1 ATTTTTTATGGTTC-ACGATTTTTTAAA
14877675 ATTTTTT
1 ATTTTTT
14877682 TTAAGAGTTT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 3, Indels: 3
0.83 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
26 13 0.45
27 16 0.55
ACGTcount: A:0.23, C:0.07, G:0.08, T:0.62
Consensus pattern (27 bp):
ATTTTTTATGGTTCACGATTTTTTAAA
Found at i:14882914 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 14882887--14882938 Score: 70
Period size: 22 Copynumber: 2.4 Consensus size: 22
14882877 CTTGAACTCG
* *
14882887 GCACATGCCTCGAGCACCATC-
1 GCACATGCCTCAACCACCATCA
14882908 GACACATGCCTCAACCACCATCA
1 G-CACATGCCTCAACCACCATCA
14882931 GCACATGC
1 GCACATGC
14882939 TGGCTCTTTA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 3
0.84 0.06 0.09
Matches are distributed among these distances:
21 1 0.04
22 25 0.93
23 1 0.04
ACGTcount: A:0.29, C:0.42, G:0.15, T:0.13
Consensus pattern (22 bp):
GCACATGCCTCAACCACCATCA
Found at i:14885906 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 14885884--14885920 Score: 65
Period size: 17 Copynumber: 2.2 Consensus size: 17
14885874 CATGCCCCGA
*
14885884 CATCGATGTGCTCTCGG
1 CATCGACGTGCTCTCGG
14885901 CATCGACGTGCTCTCGG
1 CATCGACGTGCTCTCGG
14885918 CAT
1 CAT
14885921 TGACCTATAG
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 0
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Consensus pattern (17 bp):
CATCGACGTGCTCTCGG
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*
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1 TGCCTCGACCAATATTGGCACATGCA
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1 TGCCTCGA
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TGCCTCGACCAATATTGGCACATGCA
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14893431 GTCTCGACAT
* *
14893441 ATGCCTCAACCACCATCGGTAC
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**
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ATGCCTCAACCACCATCAGCAC
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14894261 GGTCAGGTTC
* *
14894271 TCCAACGATGC
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*
14894282 TCTAGCGATGG
1 TCCAGCGATGG
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1 TCCAGCGATGG
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1 TCCAGCGATGG
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1 TCC
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TCCAGCGATGG
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14895261 TTGGTCTTGG
*
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1 CACATG-CTTGACCACCATCGA
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CACATGCTTGACCACCATCGA
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14899065 TTTGGTCTTG
*
14899075 GCACATGCCTCGACCACTATCA
1 GCACATGCCTCGACCACCATCA
* *
14899097 GCACATTCCTCGACTACCATCA
1 GCACATGCCTCGACCACCATCA
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GCACATGCCTCGACCACCATCA
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14901786 AAGATGGCAC
* *
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1 ATTTTTTATTATTCGA-GATTTTTTAAA
*
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1 ATTTTTT
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ATTTTTTATTATTCGAGATTTTTTAAA
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14902574 GACCCTTGGT
* **
14902584 ATCGACACATGCCTTGACCACC
1 ATCGGCACATGCCTCAACCACC
*
14902606 ATCGGCACATGCCTCAATCACC
1 ATCGGCACATGCCTCAACCACC
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1 ATCGGCACATGC
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ATCGGCACATGCCTCAACCACC
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14902994 AGATGACTTG
*
14903004 TTTTTATATTTCACG-A-TTTTTAAAAT
1 TTTTTATAGTTCA-GTATTTTTTAAAAT
*
14903030 TTTTTATGGTTCAGTATTTTTTAAAAT
1 TTTTTATAGTTCAGTATTTTTTAAAAT
14903057 TTTTT
1 TTTTT
14903062 TAAAAAGAGT
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Consensus pattern (27 bp):
TTTTTATAGTTCAGTATTTTTTAAAAT
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Indices: 14903381--14903411 Score: 53
Period size: 11 Copynumber: 2.8 Consensus size: 11
14903371 TCAGGTTCTC
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1 CGACGATGGTT
*
14903392 TGACGATGGTT
1 CGACGATGGTT
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1 CGACGATGG
14903412 GGCCATGGGT
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CGACGATGGTT
Found at i:14904597 original size:22 final size:22
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Indices: 14904571--14904613 Score: 68
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
14904561 CTTGGTCTCG
14904571 ACACATGCCTTGACCACCATCA
1 ACACATGCCTTGACCACCATCA
* *
14904593 ACACATTCCTTGATCACCATC
1 ACACATGCCTTGACCACCATC
14904614 GGTACATGGT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 0
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ACACATGCCTTGACCACCATCA
Found at i:14906967 original size:26 final size:28
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Indices: 14906935--14906996 Score: 74
Period size: 26 Copynumber: 2.3 Consensus size: 28
14906925 AAGATGACTC
** *
14906935 TTTTTTTATTTTTCATGA-TTTTT-AAA
1 TTTTTTTATAATTCAAGATTTTTTAAAA
*
14906961 TTTTTTTGTAATTCAAGATTTTTTAAAA
1 TTTTTTTATAATTCAAGATTTTTTAAAA
14906989 TTTTTTTA
1 TTTTTTTA
14906997 GAAGAAGTTT
Statistics
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Consensus pattern (28 bp):
TTTTTTTATAATTCAAGATTTTTTAAAA
Found at i:14910122 original size:25 final size:26
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Indices: 14910070--14910122 Score: 63
Period size: 26 Copynumber: 2.1 Consensus size: 26
14910060 TTTTTCATGA
* * *
14910070 TTTTTAAAATTTTTTCGGTTCGAGAT
1 TTTTTAAAATTTTTTCAGATCGAAAT
*
14910096 TTTTTAAAATTTTTTTAGAT-GAAAT
1 TTTTTAAAATTTTTTCAGATCGAAAT
14910121 TT
1 TT
14910123 CAGCCCCAGA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 4, Indels: 1
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
25 6 0.26
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TTTTTAAAATTTTTTCAGATCGAAAT
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Indices: 14910940--14911069 Score: 118
Period size: 45 Copynumber: 2.9 Consensus size: 44
14910930 GCCATCATTG
* *
14910940 GCATAAGTTGGACCTTGGTATGGGCACTTACGTCGACCAACATCA
1 GCATAAGCT-GACCTTGGTACGGGCACTTACGTCGACCAACATCA
* * * * * * * **
14910985 GCATATGCT-AGCGTATGGTGCGAGCACTTGCATCGACCATCATTG
1 GCATAAGCTGA-CCT-TGGTACGGGCACTTACGTCGACCAACATCA
14911030 GCATAAGCTGACCCTTGGTACGGGCACTTACGTCGACCAA
1 GCATAAGCTGA-CCTTGGTACGGGCACTTACGTCGACCAA
14911070 TATCGGCACA
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 19, Indels: 6
0.72 0.22 0.07
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43 1 0.02
44 2 0.03
45 57 0.90
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Consensus pattern (44 bp):
GCATAAGCTGACCTTGGTACGGGCACTTACGTCGACCAACATCA
Found at i:14911083 original size:90 final size:90
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Indices: 14910918--14911172 Score: 316
Period size: 90 Copynumber: 2.8 Consensus size: 90
14910908 TATTATGCTG
* *
14910918 GCACATGCATC-AGCCATCATTGGCATAAGTTGGA-CCTTGGTATGGGCACTTACGTCGACCAAC
1 GCACTTGCATCGA-CCATCATTGGCATAAGTT-GACCCTTGGTACGGGCACTTACGTCGACCAAC
* * *
14910981 ATCAGCATATGCTAGCGTATGGTGCGA
64 ATCGGCACATGCTAGCATATGGTGCGA
* *
14911008 GCACTTGCATCGACCATCATTGGCATAAGCTGACCCTTGGTACGGGCACTTACGTCGACCAATAT
1 GCACTTGCATCGACCATCATTGGCATAAGTTGACCCTTGGTACGGGCACTTACGTCGACCAACAT
*
14911073 CGGCACATGCTAGCATATGGTGTGA
66 CGGCACATGCTAGCATATGGTGCGA
* * * * ** * * *
14911098 GCACTTGCATCGACTATCATCGGTATAAGTTGGCCCTCAGTACAGGCATTTACCTCGACCAACAT
1 GCACTTGCATCGACCATCATTGGCATAAGTTGACCCTTGGTACGGGCACTTACGTCGACCAACAT
*
14911163 TGGCACATGC
66 CGGCACATGC
14911173 ATGCCTCGAT
Statistics
Matches: 143, Mismatches: 20, Indels: 4
0.86 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
89 2 0.01
90 140 0.98
91 1 0.01
ACGTcount: A:0.25, C:0.27, G:0.24, T:0.25
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GCACTTGCATCGACCATCATTGGCATAAGTTGACCCTTGGTACGGGCACTTACGTCGACCAACAT
CGGCACATGCTAGCATATGGTGCGA
Found at i:14911102 original size:45 final size:45
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Indices: 14910963--14911103 Score: 133
Period size: 45 Copynumber: 3.1 Consensus size: 45
14910953 CTTGGTATGG
* * *
14910963 GCACTTACGTCGACCAACATCAGCATATGCTAGCGTATGGTGCGA
1 GCACTTACGTCGACCAATATCGGCATATGCTAGCATATGGTGCGA
* * * * * * * *
14911008 GCACTTGCATCGACC-ATCATTGGCATAAGCTGACCCT-TGGTACGG
1 GCACTTACGTCGACCAAT-ATCGGCATATGCT-AGCATATGGTGCGA
* *
14911053 GCACTTACGTCGACCAATATCGGCACATGCTAGCATATGGTGTGA
1 GCACTTACGTCGACCAATATCGGCATATGCTAGCATATGGTGCGA
14911098 GCACTT
1 GCACTT
14911104 GCATCGACTA
Statistics
Matches: 72, Mismatches: 20, Indels: 8
0.72 0.20 0.08
Matches are distributed among these distances:
44 4 0.06
45 63 0.88
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Found at i:14911120 original size:45 final size:45
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Indices: 14910963--14911120 Score: 124
Period size: 45 Copynumber: 3.5 Consensus size: 45
14910953 CTTGGTATGG
* * * *
14910963 GCACTTACGTCGACCAA-CATCAGCATATGCTAGCGTATGGTGCGA
1 GCACTTGCATCGA-CAATCATCGGCATATGCTAGCATATGGTGCGA
* * * * * * *
14911008 GCACTTGCATCGACCATCATTGGCATAAGCTGACCCT-TGGTACGG
1 GCACTTGCATCGACAATCATCGGCATATGCT-AGCATATGGTGCGA
* * * *
14911053 GCACTTACGTCGACCAAT-ATCGGCACATGCTAGCATATGGTGTGA
1 GCACTTGCATCGA-CAATCATCGGCATATGCTAGCATATGGTGCGA
*
14911098 GCACTTGCATCGACTATCATCGG
1 GCACTTGCATCGACAATCATCGG
14911121 TATAAGTTGG
Statistics
Matches: 84, Mismatches: 24, Indels: 10
0.71 0.20 0.08
Matches are distributed among these distances:
44 8 0.10
45 70 0.83
46 6 0.07
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Consensus pattern (45 bp):
GCACTTGCATCGACAATCATCGGCATATGCTAGCATATGGTGCGA
Found at i:14914379 original size:8 final size:8
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Indices: 14914366--14914396 Score: 62
Period size: 8 Copynumber: 3.9 Consensus size: 8
14914356 AGATAACGAA
14914366 AAATAATG
1 AAATAATG
14914374 AAATAATG
1 AAATAATG
14914382 AAATAATG
1 AAATAATG
14914390 AAATAAT
1 AAATAAT
14914397 TTATAATATT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
8 23 1.00
ACGTcount: A:0.65, C:0.00, G:0.10, T:0.26
Consensus pattern (8 bp):
AAATAATG
Found at i:14919553 original size:14 final size:14
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Indices: 14919534--14919566 Score: 66
Period size: 14 Copynumber: 2.4 Consensus size: 14
14919524 CACAGGCACT
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14919548 TGCCTTGACCACCA
1 TGCCTTGACCACCA
14919562 TGCCT
1 TGCCT
14919567 CAATCAGCAT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 19 1.00
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TGCCTTGACCACCA
Found at i:14921660 original size:6 final size:7
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Indices: 14921634--14921685 Score: 79
Period size: 7 Copynumber: 7.6 Consensus size: 7
14921624 GAGTTTAGCA
14921634 TTTAGGG
1 TTTAGGG
14921641 TTTAGGG
1 TTTAGGG
14921648 TTTAGGG
1 TTTAGGG
14921655 -TTAGGG
1 TTTAGGG
*
14921661 TTTAGAG
1 TTTAGGG
*
14921668 TTTAAGG
1 TTTAGGG
14921675 TTTAGGG
1 TTTAGGG
14921682 TTTA
1 TTTA
14921686 AAGATAATTA
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 4, Indels: 2
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
6 6 0.15
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TTTAGGG
Found at i:14921660 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 14921635--14921685 Score: 77
Period size: 20 Copynumber: 2.5 Consensus size: 21
14921625 AGTTTAGCAT
*
14921635 TTAGGGTTTAGGGTTT-AGGG
1 TTAGGGTTTAGAGTTTAAGGG
*
14921655 TTAGGGTTTAGAGTTTAAGGT
1 TTAGGGTTTAGAGTTTAAGGG
14921676 TTAGGGTTTA
1 TTAGGGTTTA
14921686 AAGATAATTA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 2, Indels: 1
0.90 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
20 15 0.54
21 13 0.46
ACGTcount: A:0.20, C:0.00, G:0.37, T:0.43
Consensus pattern (21 bp):
TTAGGGTTTAGAGTTTAAGGG
Found at i:14921664 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 14921621--14921685 Score: 96
Period size: 34 Copynumber: 1.9 Consensus size: 34
14921611 TTTATTATTA
*
14921621 TTAGAGTTTAGCA-TTTAGGGTTTAGGGTTTAGGG
1 TTAGAGTTTAG-AGTTTAAGGTTTAGGGTTTAGGG
*
14921655 TTAGGGTTTAGAGTTTAAGGTTTAGGGTTTA
1 TTAGAGTTTAGAGTTTAAGGTTTAGGGTTTA
14921686 AAGATAATTA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 2, Indels: 2
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
33 1 0.04
34 27 0.96
ACGTcount: A:0.22, C:0.02, G:0.34, T:0.43
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TTAGAGTTTAGAGTTTAAGGTTTAGGGTTTAGGG
Found at i:14921678 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 14921621--14921686 Score: 55
Period size: 14 Copynumber: 4.8 Consensus size: 14
14921611 TTTATTATTA
*
14921621 TTAGAGTTT-AGCAT
1 TTAGAGTTTAAG-GT
* *
14921635 TTAGGGTTTAGGGT
1 TTAGAGTTTAAGGT
* *
14921649 TTAG-GGTTAGGGT
1 TTAGAGTTTAAGGT
14921662 TTAGAGTTTAAGGT
1 TTAGAGTTTAAGGT
*
14921676 TTAGGGTTTAA
1 TTAGAGTTTAA
14921687 AGATAATTAA
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 7, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
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Found at i:14933383 original size:182 final size:181
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** * * * *
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* * * * * *
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* * * ** * * *
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* * *
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* * *
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* * * * *
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1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * *** * *
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* * * *
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* * * * * * * * * *
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* * *
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* ** * * **
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* * * * *
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* * * * *
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1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * * ** * * *
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* * * * * *
14936873 ATAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCGAACCAA-TTTAAATAGTTAAGACT
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* * * * * * * * * *
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1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-
* * * * * * * *
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1 -ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
*** * * * * *
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65 GTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
**** *
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* ** * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG
* * * * * * *
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66 TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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** * * * *
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* * * * * * * * * *
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*
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** * * * ** * * *
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** * * * *
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* * *
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* * * * *
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** * * * *
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254 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-ATAAAATT-A--A-TATGAGATTTAA
* * ** * *
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314 AAAATAATCTGTTTACTAGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAA
* * ** ** * * *
14936053 A-CATTATAACTTTCTGTTTTGTTTTAAAACAATTGGTTCTATTTATGCAAGCTTATTTAGAATA
379 ATTATTATAACTTT-TGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATA
* * *
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* ** * * * * *
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* * **
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* * *
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*
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* * * *
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**
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* * * * *
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126 TAGAAATTTAAAAAATAAATTGATTTATTAAACAAATTCAAATAGTCATGACT-ATTTGAACTAT
* * ** * * **
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190 TATCTATTTCAAATTATTATAACATTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGC
* * *
14936645 TTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTTAAAATTAATATGAGATTTAAAAACTA
255 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTATAAAATTAATATGAGATTTAAAAAATA
* *
14936710 ACTCTGTTTACTAG-ACCAGTTCAAATTA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTA
320 A-TCTGTTTACTAGAACCAGTTCAAA-TAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTA
* * *
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383 TTATAACT-TTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* * *
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* * * * * *
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* * *
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* ** * * *
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** * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * ** * * * *
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* *
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* * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * * * *
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* **
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* * *
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* * * *
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* ** * *
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* * *
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** ** ** * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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*
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** * * * * * *
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* * ** * * ** * *
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* ** *
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* * * * * * *
14943959 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TTACTTATTAATATTGCAAAAATTCATAATTTAGAGATTT
1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATT
* * * * * * * * *
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* * * *
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129 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TGTTTCATTCATAT
* * * * *
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1 AAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTAT-TAATATTTCAAAAATTA-ATAAGTAAGAGA
* * * * *
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** * * * * * *
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* * * * * *
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1 AAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGAA
* ** * * * * * *
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* ** * * * *
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126 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-TTCATA-T
* * * * * *
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1 AAGCTTATTTGA-AATAAAAT-AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAA
* * ** * *
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* * * * * * **
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* * * ** *
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1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATT
* * ** * * * * *
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* * * *
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* * * ** *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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** * * *
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1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATT
* ** * *
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* * * *** * * * * *
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131 AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATAT
* * * * * *
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1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAGTAAGAGAAT
* * * * * *
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*** * * * * * * * *
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128 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT-TCATAT
* * * * * * *
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1 -AAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAA
* * ** * * * *
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64 --TTAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * * ** * *
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127 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCA--TTCATAT
** * * **
14945564 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAAAGTTTT
1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATT
* *
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* *
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* * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * *
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* *
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* * * * * *
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* * *
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* * *
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* ** **
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* * * *
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1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
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* ** * * ** * *
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126 AACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA-AATCATAACTA-TTTGAACTTGTTCGA
* ** * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** * *
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1 -TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * **
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14945649 GAACAAGTTT
* *
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* * * * ** *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * **
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* * *
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* * *
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65 TTTAATTTGAATAAGCTTTGATG-ATTAAAGAAATTGTTTTATATCAAAACAAAAGGTTATAACG
* * * * *
14946144 ATTTTAAATAAATAATTGTTCAAAAAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGAAAAACAGATTTATT
129 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAAAGTCATAACTATTTGAACTAATTCGATAAACAAATTTATT
* * * *
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194 TTTT-AAATCATTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGGATTATTTTATTCCAAATA
* *
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* * * * * *
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* *
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* * * * * * * *
14946442 TTTAA-TCGAATATGCTTCT-ATGATTATAAGTAATTGTTTTATAACGAAATAAAAAGTTTTAAC
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* *
14946505 GATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAA-TCATAACTACTTT-AAC-AAGTTCGATAAACAAATT
128 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-AAGTCATAACTA-TTTGAACTAA-TTCGATAAACAAATT
* * ** *
14946567 TATTTTTTAAATC-TGTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATCAAGTAATATTATTTTATTTCA
190 TATTTTTTAAATCAT-TT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGGATTATTTTATTCCA
* * ** * * * * **
14946631 AATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTAATGACA-ATA-AAAGAGGTTATAATGATTTGAA
253 AATAAGCTTGTATAAAC-TGAACAATTGTTTTATGACAGA-ACAAA-AGATCACAACAATTTGAA
* * * * * ** ** *
14946694 ATAAATAATCATTCAAATGATCATAATTACTTT-AACTAATTTGGT
315 ATAAACAATTATTCAAATAATTATAACTA-TTTGAACTGGTTCAGC
* ** * * * *
14946739 AAATAGGTTTATTTTTAAAATTTATTACTTATTAA-TTTAGAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * * * *
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65 TTTAATTTGA-ATAAGCTT-TGA-TGATT-AAAGAAATTGTTTTAT-ATCAAAACAAAAGGTTAT
* * * * * * * * * *
14946864 AACAATTTTAAATAGACAATTGTT-AAAATAATAATAATTATTTGAACTTATTC-AGCAAATAGA
125 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAA-AGTCATAACTATTTGAACTAATTCGA-TAAACAAA
* * * * * *
14946927 TTTATTTTTTAAATCTCTTTTTTATTAATTTTCTG-AATGTTAGTAAATTAGTATTAATTTATTC
188 TTTATTTTTTAAATC-ATTTCTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGGATTATTTTATTC
* * * **
14946991 TAAATAACCTTGTATGAAA-TGAAATAATTGTTTTATGACTCAACAAAAG
251 CAAATAAGCTTGTAT-AAACTG-AACAATTGTTTTATGACAGAACAAAAG
14947040 GTCAAAAACA
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AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTAATTTGAATAAGCTTTGATGATTAAAGAAATTGTTTTATATCAAAACAAAAGGTTATAACGAT
TTGAAATAGATAATTGTTCAAAAAGTCATAACTATTTGAACTAATTCGATAAACAAATTTATTTT
TTAAATCATTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGGATTATTTTATTCCAAATAAGCT
TGTATAAACTGAACAATTGTTTTATGACAGAACAAAAGATCACAACAATTTGAAATAAACAATTA
TTCAAATAATTATAACTATTTGAACTGGTTCAGC
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14947205 TTTGGTAATT
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1 AGATTTATTTTTTAATTTT
14947254 CTTGGTAGAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AGATTTATTTTTTAATTTTAG
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Indices: 14947343--14947406 Score: 85
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14947333 AAACTTATAT
14947343 TAACAAAAATAATTGGTTTAT-AACA
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*
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*
14947393 AAACAAAAAGTAAT
1 TAACAAAAA-TAAT
14947407 AATGATTTAA
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 2, Indels: 3
0.88 0.05 0.08
Matches are distributed among these distances:
25 29 0.83
26 6 0.17
ACGTcount: A:0.56, C:0.06, G:0.08, T:0.30
Consensus pattern (25 bp):
TAACAAAAATAATTGGTTTATGAAA
Found at i:14947891 original size:177 final size:178
Alignment explanation
Indices: 14947369--14948378 Score: 906
Period size: 178 Copynumber: 5.6 Consensus size: 178
14947359 TTTATAACAT
* * * * *
14947369 AACAAAAATAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAAGTAATAATGATTTAAAATAAATAATTGTCCAA
1 AACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
* * * * * * *
14947434 ATAGTTATAATTATTTAAATTGGTTCAGTAAATAAAATTATTTTCTAAATCTTTTACTTATAAAT
66 ATAGTCATAATTATTTAAACTGGTTTAGCAAATAAATTTATTTTTTAAA---TTTACTTATTAAT
* * * * *
14947499 TTTTTAAATATTAATAATTTTATTTTATTTTATTTCGAATAAACTTGTAT-
128 TTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG
** ** *
14947549 AAGCTGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCA
1 AA-CAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCA
* * * * * * * * *
14947614 TATAGTCTTAACTGTTTAAACT-TTTTGGCAAATAGATTCATTTTTTAAATCTTAGTTATTAATT
65 AATAGTCATAATTATTTAAACTGGTTTAGCAAATAAATTTATTTTTTAAAT-TTACTTATTAATT
** * * *
14947678 TTTTTAATATTACTAAATTAGTATTATTTAATTTCGAATAAGCTTGTATG
129 TTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG
* * * * * * * *
14947728 AACAAAAATAATT-TTTTATGATAGAACAAAAGGGTTATAATAATTTGAAATAGATAGTTATTCA
1 AACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCA
* * * * * * *
14947792 AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAACAAACAAATTTATTTTTTAAATGT-CTTATTAATTC
65 AATAGTCATAATTATTTAAACTGGTTTAGCAAATAAATTTATTTTTTAAATTTACTTATTAATTT
* *
14947856 TTGAAATATTAAAAAATTAATATTATTTTATTTCGAAAAAAGCTTGTATG
130 TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATG
*** * * * * * * *
14947906 TTGAAAAACAAATGTTTTATAACAAAACAATAAA-TTATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTCA
1 AACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAA-AAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCA
* ** * *
14947970 AATAGTCATAATTATTTAAACTAGTTTAATAAATAGATTTATTTTTTAAA-TCACTTATTAATTT
65 AATAGTCATAATTATTTAAACTGGTTTAGCAAATAAATTTATTTTTTAAATTTACTTATTAATTT
* * * * * *
14948034 TTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTA-TTCTAAACAAACTTATATG
130 TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATG
* * *
14948083 AACAAAAACATTTATTTTATGACAAAACAAAATA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
1 AACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCA
* * *
14948147 AATAGTCATAATTAATTAAACTGG-TTAGGTAAACAGAA-TTATTTTTTAAATTCTTACTTATTA
65 AATAGTCATAATTATTTAAACTGGTTTA-GCAAATA-AATTTATTTTTTAAA-T-TTACTTATTA
* * * * *
14948210 ATTTTTGAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATG
126 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG
* * * * * *
14948263 AATTCAAAAAAAACTTATATTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATACTTGTT
1 AA--CAAAAATAA-TTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTT
* * * * * * * *
14948328 CATATAGTCTTAAATATTTGAATTGGTTTGGCAAAGAAATTTATTGTTTAA
63 CAAATAGTCATAATTATTTAAACTGGTTTAGCAAATAAATTTATTTTTTAA
14948379 TATTCTACCA
Statistics
Matches: 669, Mismatches: 138, Indels: 43
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
176 5 0.01
177 158 0.24
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179 36 0.05
180 75 0.11
181 70 0.10
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183 81 0.12
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.07, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
AACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
ATAGTCATAATTATTTAAACTGGTTTAGCAAATAAATTTATTTTTTAAATTTACTTATTAATTTT
TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG
Found at i:14948044 original size:355 final size:354
Alignment explanation
Indices: 14947369--14948262 Score: 980
Period size: 355 Copynumber: 2.5 Consensus size: 354
14947359 TTTATAACAT
* * * *
14947369 AACAAAAATAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAAGTAATAATGATTTAAAATAAATAATTGTCCAA
1 AACAAAAATAATTATTTTATGAAAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * *
14947434 ATAGTTATAATTATTTAAATTGGTTCAGTAAATAAAATTATTTTCTAAATCTTTTACTTATAAAT
66 ATAGTCATAATTATTTAAACTGGTTCAGTAAA-CAAATTATTTTTTAAA--TTTTACTTATTAAT
* * * * * *
14947499 TTTTTAAATATTAATAATTTTATTTTATTTTATTTCGAATAAA-CTTGTATAAGCTGAAATAATT
128 TTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTATTTTATTTCGAAAAAAGCTTGTAT--GCTGAAACAAAT
* * * * *
14947563 ATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGTCTTAACTG
191 ATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTA
* ** * ** *
14947628 TTTAAACTTTTTGGCAAATAGATTCATTTTTTAAATCTTAGTTATTAATTTTTTTAATATTACTA
256 TTTAAACTGTTTAACAAATAGATTCATTTTTTAAATC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* * * *
14947693 AATTAGTATTATTTAATT-TCGAATAAGCTTGTATG
320 AATTAGTATTATTTAATTCT-AAACAAACTTATATG
* * * * * * *
14947728 AACAAAAATAATT-TTTTATGATAGAACAAAAGGGTTATAATAATTTGAAATAGATAGTTATTCA
1 AACAAAAATAATTATTTTATGAAAAAACAAAA-AGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * ** *
14947792 AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAACAAACAAATTTATTTTTTAAA-TGT-CTTATTAATT
65 AATAGTCATAATTATTTAAACTGGTTCAGTAAACAAA-TTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATT
* * * * *
14947855 CTTGAAATATTAAAAAATTAATATTATTTTATTTCGAAAAAAGCTTGTATGTTGAAAAACAAATG
129 TTTGAAATATTAATAAATTAATTTTATTTTATTTCGAAAAAAGCTTGTATGCTG--AAACAAATA
* * * *
14947920 TTTTATAACAAAACAATAAA-TTATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAATTA
192 TTTTATAACAAAACAA-AAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTA
* *
14947984 TTTAAACTAGTTTAATAAATAGATTTATTTTTTAAATC-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
256 TTTAAACT-GTTTAACAAATAGATTCATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* *
14948048 GATTAGTATTATTTTATTCTAAACAAACTTATATG
320 AATTAGTATTATTTAATTCTAAACAAACTTATATG
* * * *
14948083 AACAAAAACATTTATTTTATGACAAAACAAAATA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
1 AACAAAAATAATTATTTTATGAAAAAACAAAA-AGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
*
14948147 AATAGTCATAATTAATTAAACTGGTT-AGGTAAACAGAATTATTTTTTAAATTCTTACTTATTAA
65 AATAGTCATAATTATTTAAACTGGTTCA-GTAAACA-AATTATTTTTTAAATT-TTACTTATTAA
* * * *
14948211 TTTTTGAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTA-TTCCAAATAAGCTAGTATG
127 TTTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTATTTTATTTCGAAAAAAGCTTGTATG
14948263 AATTCAAAAA
Statistics
Matches: 443, Mismatches: 78, Indels: 30
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
354 4 0.01
355 170 0.38
356 94 0.21
357 44 0.10
358 56 0.13
359 75 0.17
ACGTcount: A:0.43, C:0.07, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (354 bp):
AACAAAAATAATTATTTTATGAAAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
ATAGTCATAATTATTTAAACTGGTTCAGTAAACAAATTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTT
TGAAATATTAATAAATTAATTTTATTTTATTTCGAAAAAAGCTTGTATGCTGAAACAAATATTTT
ATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTAA
ACTGTTTAACAAATAGATTCATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
TATTATTTAATTCTAAACAAACTTATATG
Found at i:14950440 original size:110 final size:111
Alignment explanation
Indices: 14950258--14950459 Score: 255
Period size: 110 Copynumber: 1.8 Consensus size: 111
14950248 CTCTTCTTTT
* * * * *
14950258 GTCATAAAATAATTGTTTTGTTCGTTCAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTAATAA-T
1 GTCATAAAACAATTGTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAGTAAAATAATACTAATTTAATAACA
** *
14950322 TTTTAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTATTTTTGACCTTTTGTTGA
66 TTCAAAAAATTAATAAGAAAAGAGATTATTTTTGACCTTTTGTTGA
* * * * * *
14950367 GTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAGAAGCTTATTTAGAGTATATTAATACTAATTTACTAAC
1 GTCATAAAACAATTGTTTT-GTTCATACAAGCTTATTCAAAGTAAAATAATACTAATTTAATAAC
14950432 ATTCAAAAAATTAATAAGAAAAGAGATT
65 ATTCAAAAAATTAATAAGAAAAGAGATT
14950460 TAAAAAATAA
Statistics
Matches: 76, Mismatches: 14, Indels: 3
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
109 18 0.24
110 35 0.46
111 15 0.20
112 8 0.11
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (111 bp):
GTCATAAAACAATTGTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAGTAAAATAATACTAATTTAATAACA
TTCAAAAAATTAATAAGAAAAGAGATTATTTTTGACCTTTTGTTGA
Found at i:14950944 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 14950526--14951030 Score: 439
Period size: 181 Copynumber: 2.8 Consensus size: 180
14950516 TGTCTATTTA
* * * * * **
14950526 AAATCATTATAACC-TTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGT--TAATACAAGCTTAAACA
1 AAATCATTAAAACCATTTTTA-TTATCATAAAACAATTATTT-A-TAATCATACAAGCTTATTC-
* * *
14950588 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-TAAATTAATAAGTAATAAATTTAAATAATAAAT
62 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACAAATTTAAACAATAAAT
** * ** * * *
14950652 ATGTTTACCGAATTAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAATGATTATCTATTTT
127 ATGTTTACCGAACCAGTTAAAATAATAATGGCCATTTGAACAATTATCAATCTC
** * * * * *
14950706 AAATCATTATGACCATTTTTATTGTCATAAAACAATTGTTTTTTATCATACAAGCTTATTTGAAA
1 AAATCATTAAAACCATTTTTATTATCATAAAACAATTATTTATAATCATACAAGCTTATTCG-AA
* * * *
14950771 TAAAATAATATTAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAACAATAAATCTG
65 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACAAATTTAAACAATAAATATG
** * * * * *
14950836 TTTATTGAACCGGTTCAAGTAGTAATGAG-TATTTGAACAATTATCAATCTC
130 TTTACCGAACCAGTTAAAATAATAATG-GCCATTTGAACAATTATCAATCTC
* * * * * **
14950887 AAATCATTAAAACC-TTTTGTTTTATTATAAAATAATTATTTATAATTATAGAAGCTTATTCGGT
1 AAATCATTAAAACCATTTT-TATTATCATAAAACAATTATTTATAATCATACAAGCTTATTCGAA
* * * * * *
14950951 TAGAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATTAATGT
65 TA-AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACAAATTTAAACAATAAATAT
*
14951015 ATTTACCGAACCAGTT
129 GTTTACCGAACCAGTT
14951031 CACATAGTTA
Statistics
Matches: 262, Mismatches: 55, Indels: 16
0.79 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
178 1 0.00
179 1 0.00
180 125 0.48
181 134 0.51
182 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (180 bp):
AAATCATTAAAACCATTTTTATTATCATAAAACAATTATTTATAATCATACAAGCTTATTCGAAT
AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACAAATTTAAACAATAAATATGT
TTACCGAACCAGTTAAAATAATAATGGCCATTTGAACAATTATCAATCTC
Found at i:14951061 original size:361 final size:362
Alignment explanation
Indices: 14950351--14951343 Score: 908
Period size: 361 Copynumber: 2.7 Consensus size: 362
14950341 AGAGATTATT
* * * * * *
14950351 TTTGACCTTTTGTTGAGTCATAAAACAATTGTTTTAGT-TCATAGAAGCTTATTT-AGAGTATAT
1 TTTGACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTTA-TATCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAA
* * * *
14950414 TAATACTAATTTACTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTG
64 TAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAACAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * * * * * * *
14950479 CTGAACAAGTTTCAATAGTTATTATTATTTTAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATAACCTTTT
129 CTGAACAAGGTTCAATAGTAATGAGTATTTGAACAATTATCAATCTAAAATCATTAAAACCTTTT
* * *
14950544 GATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTAAACAGAATAAAATAATACTAATTTA
194 GATTTATCATAAAACAATTATTTCAATTAATACAAGCTTAAACAGAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * **
14950609 TTAATATTTCTAAATTAATAAGTAATAAATTTAAATAATAAATATGTTTACCGAATTAGTTAAAA
259 ATAATATTTCAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACCAGTTAAAA
*** ** * *
14950674 TAATTATGGCCATTTGAATGATTATCTATTTTAAATCA-
324 TAATTAAAACCATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCAC
*
14950712 TTATGACCATTTT-TATT-GTCATAAAACAATTGTTTTTTATCATACAAGCTTATTTGAAATAAA
1 TT-TGACC-TTTTAT-TTAGTCATAAAACAATTGTTTTATATCATACAAGCTTATTTGAAATAAA
* * * * *
14950775 ATAATATTAATTGATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-TAACAGATTTAAACAATAAATCTGTT
63 ATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGAAAACAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
* * *
14950838 TATTGAAC-CGGTTCAAGTAGTAATGAGTATTTGAACAATTATCAATCTCAAATCATTAAAACCT
127 TACTGAACAAGGTTCAA-TAGTAATGAGTATTTGAACAATTATCAATCTAAAATCATTAAAACCT
* * * * * ** **
14950902 TTTGTTTTATTATAAAATAATTATTTATAATT-ATAGAAGCTTATTC-GGTTAGAAATAATACTA
191 TTTGATTTATCATAAAACAATTATTT-CAATTAATACAAGCTTAAACAGAATA-AAATAATACTA
* * *
14950965 ATTTAATAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATTAATGTATTTACCGAACCAG
254 ATTTAATAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACCAG
* * * * *
14951029 TTCACATAGTTAAAACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATTAC
318 TTAAAATAATTAAAACCATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCAC
* * * * * *
14951074 TTTGACCTTTTATTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATATCTTACAAACTTATTTGGAATAAAATA
1 TTTGACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTTATATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * * *
14951139 ATCCAAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAA-A-ATTTGAAAAAATAAATTTATTTA
66 ATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAG-AAAACAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTA
* * * ** * * *
14951202 CTGAATAA-GTTCAAATAGTTATGA-CATTT-AAGCAATTATTTATTTAAAATCGTTATAACCTT
129 CTGAACAAGGTTC-AATAGTAATGAGTATTTGAA-CAATTATCAATCTAAAATCATTAAAACCTT
* * * ** *
14951264 TTGTTTTGAT-ATAAAACAATTGTTTCAATTCAT-CAAAGCTTATCCA-AATTAAAATAATATTA
192 TTGATTT-ATCATAAAACAATTATTTCAATTAATAC-AAGCTTAAACAGAA-TAAAATAATACTA
**
14951326 ATTTCTTAATATTTCAAA
254 ATTTAATAATATTTCAAA
14951344 GAGTTTAAAA
Statistics
Matches: 508, Mismatches: 98, Indels: 52
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
360 27 0.05
361 352 0.69
362 116 0.23
363 13 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (362 bp):
TTTGACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTTATATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
ATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAACAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT
GAACAAGGTTCAATAGTAATGAGTATTTGAACAATTATCAATCTAAAATCATTAAAACCTTTTGA
TTTATCATAAAACAATTATTTCAATTAATACAAGCTTAAACAGAATAAAATAATACTAATTTAAT
AATATTTCAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACCAGTTAAAATA
ATTAAAACCATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCAC
Found at i:14951289 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 14950355--14951343 Score: 762
Period size: 180 Copynumber: 5.5 Consensus size: 178
14950345 ATTATTTTTG
** * * ** * * *
14950355 ACCTTTTGTTGAGTCATAAAACAATTGTTTTAGT-TCATAGAAGCTTATTTAGAGTATATTAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-TATCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATA
* * *
14950419 CTAATTTACTAACATTCAAAAAATTAATAAG-AAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTGA
65 CTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAAA-A-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGA
* * *
14950483 ACAAGTTTC-AATAGTTATTATTATTTTAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATA
127 ACAAG-TTCAAATAGTTATGA-CA-TTTAACAATTATCTATTTAAAATCATTATA
* * ** *
14950537 ACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TAATACAAGCTTAAACAGAATAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-TATCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATA
* * * * * *
14950601 CTAATTTATTAATATTTC-TAAATTAATAAGTAATAAATTTAAATAATAAATATGTTTACCGAAT
65 CTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAC
* * * * ** * *
14950665 TAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAATGATTATCTATTTTAAATCATTATG
129 AAGTTCAAATAGTTAT-GACATTT-AACAATTATCTATTTAAAATCATTATA
* ** * *
14950717 ACCATTTT-TATTGTCATAAAACAATTGTTTTTTATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
1 ACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATATCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATA
* * * * * * *
14950781 TTAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAACAATAAATCTGTTTATTGAAC
65 CTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAC
** * * * * * * *
14950846 CGGTTCAAGTAGTAATGAGTATTTGAACAATTATCAATCTCAAATCATTAAA
129 AAGTTCAAATAGTTATGA-CATTT-AACAATTATCTATTTAAAATCATTATA
* * * * * * *
14950898 ACCTTTTGTTTTATTATAAAATAATTATTT-ATAATTATAGAAGCTTATTCGG-TTAGAAATAAT
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT-ATCATACAAGCTTATTCGGAATA-AAATAAT
* * * * * * *
14950961 ACTAATTTAATAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATTAATGTATTTACCGAAC
64 ACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAC
* * ** * * * * *
14951026 CAGTTCACATAGTTAAAACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATTACTT-TG
129 AAGTTCAAATAGTTATGAC-ATT-TAACAATTATCTATTTAAAATCA-TTATA
* * * * * * * *
14951078 ACCTTTTATTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATATCTTACAAACTTATTTGGAATAAAATAATCC
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATATCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAC
* * * * *
14951143 AAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAAATTTGAAAAAATAAATTTATTTACTGAAT
66 TAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAAATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACTGAAC
* *
14951208 AAGTTCAAATAGTTATGACATTTAAGCAATTATTTATTTAAAATCGTTATA
129 AAGTTCAAATAGTTATGACATTTAA-CAATTATCTATTTAAAATCATTATA
**
14951259 ACCTTTTGTTTTGAT-ATAAAACAATTGTTTCA-ATTCAT-CAAAGCTTA-TCCAAATTAAAATA
1 ACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTCATA-TCATAC-AAGCTTATTCGGAA-TAAAATA
* *
14951320 ATATTAATTTCTTAATATTTCAAA
62 ATACTAATTTATTAATA-TTCAAA
14951344 GAGTTTAAAA
Statistics
Matches: 630, Mismatches: 151, Indels: 53
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
179 6 0.01
180 270 0.43
181 245 0.39
182 106 0.17
183 3 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATATCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAC
TAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAA
GTTCAAATAGTTATGACATTTAACAATTATCTATTTAAAATCATTATA
Done.