Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168481.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_8, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 67000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 78 of 127
Found at i:14951505 original size:168 final size:167
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14951188 AATAAATTTA
* * * *
14951198 TTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACATTTAAGCAATTATTTATTTAAAATCGTTATAACCT
1 TTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATGACATTTAAGCAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCT
*
14951263 TTTGTTTTGATATAAAACAATTGTTTCAATTCATCAAAGCTTATCCAAATTAAAATAATATTAAT
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*
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131 TTATTAATATTTCAAAGAGTTTAAAAAGCTAAATTCG
* * *
14951365 TTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTGTCTATTTAAAATCATTTTGAC
1 TTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATGAC-ATTT-AAGCAATTATCTATTTAAAATCATTATAAC
*** * * * *
14951429 CTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTTTGTTCAT-ACAAGTTTATTCGAAA-TAAAGTAATG
64 CTTTTGTTTTGAT-ATAAAACAATTGTTTCAATTCATCA-AAGCTTA-TCCAAATTAAAATAATA
14951491 CTAATTTATTAATATT
126 CTAATTTATTAATATT
14951507 CTAAAAATTA
Statistics
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TTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATGACATTTAAGCAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCT
TTTGTTTTGATATAAAACAATTGTTTCAATTCATCAAAGCTTATCCAAATTAAAATAATACTAAT
TTATTAATATTTCAAAGAGTTTAAAAAGCTAAATTCG
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14951398 TGAACAATTG
* * *
14951408 TCTATTTAAAATCATTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTT
1 TCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTT
* * * * *
14951473 ATTCGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTGTTTTAAAAATTAAA
66 ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAAGTGATTT-AAAA-TAAA
14951538 TATGTTTA
129 TATGTTTA
* * * *
14951546 TCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTTATACAAGTTT
1 TCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTT
* *
14951611 ATTC-ATAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATT-TCAAAAGTTAATAAGT
66 ATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCT-AAAAATTAATAAGT
14951661 AAAAGATTTA
Statistics
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137 2 0.02
138 98 0.98
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TCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTT
ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAAGTGATTTAAAATAAATA
TGTTTA
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14952399 AACTGCTTCA
* *
14952409 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAAAATATTATTAAAGTAGTATTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTGTAAAATATTAATAAAGTAGTATTA
* ** * * *
14952474 TTTTATTATGAATAAGTTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATAACAGAATAAAAGGTT-ATAA
66 TTTTATTATGAACAAACTTGTATG-A-TG-AA-AAGT-TTTT-TAACAAAACAAAA-GTTCATAA
14952538 TGATTTGAAAT-GCATAATTATTCAAATAGGAACTAGTTTG
124 TGATTTGAAATAG-ATAATTATTCAAATAGGAACTAGTTTG
* * * *
14952578 GTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTGTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTGTAAAATATTAATAAAGTAGTATTA
* * *
14952642 TTTTATTCTGCACAAACTTGTATGATGAAAAGTTTTTTGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTG
66 TTTTATTATGAACAAACTTGTATGATGAAAAGTTTTTTAACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTG
14952707 AAATAGATAATTATTCAAAT
131 AAATAGATAATTATTCAAAT
14952727 GATCATAATT
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 15, Indels: 11
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Matches are distributed among these distances:
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GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTGTAAAATATTAATAAAGTAGTATTA
TTTTATTATGAACAAACTTGTATGATGAAAAGTTTTTTAACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTG
AAATAGATAATTATTCAAATAGGAACTAGTTTG
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14953008 TTGGATAAGT
*
14953018 TTTTATGTACTAAAATAATTA
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1 TTTTATGTACTAAAACAATTA
14953058 CAAGAAAATG
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
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TTTTATGTACTAAAACAATTA
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14955797 ATATTTTTTA
* * * *
14955807 TTGTCATAAAACAATTATTTTTTTATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATAGATT
1 TTGTCATAAAACAATTATTTTATAATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATAGAAT
* * * * * *
14955872 AATATTTCAAAAATTAATAAGCAATAGATTTAAAGAATAAATCTATTTATTGAATCAGTTCAAGT
66 AATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCGAACCAGTTCAAAT
* ** * * *
14955937 AGTTATGATTATTTGGACAATTATCAATCTTAAATCGTTAAAACCTTTCATT
131 AGATAAAACTATTAGAACAATTATCAATCTTAAATCGTTAAAACCTTTCATT
* * ** **
14955989 TTGTTATAAAACAATTA-TTTATAATCATAGAAGCTTATTTG-GTTAAAAATAATACTAATTTAA
1 TTGTCATAAAACAATTATTTTATAATCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATAGAA
* * *
14956052 TAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCGAACCAGTTCAA
65 TAATATTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCGAACCAGTTCAA
* * * ** * **
14956116 ATAGATAAAACTATTAGAATAATTATCTAT-TTCAAATTGCTT-TGATCTTTTGTT
129 ATAGATAAAACTATTAGAACAATTATCAATCTT-AAATCG-TTAAAACCTTTCATT
* * * * * * * *
14956170 TAGTCATAAAATATTTGTTTCAT-ATCTTACAAACTTATTTGGAATAAAATAAT-C---TA-AAT
1 TTGTCATAAAACAATTATTTTATAATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATAGAAT
* * * * * * * **
14956229 -TTA-TT--AATATT--T--G-AAAAGATTTGAAAAAATGACTCTGTTTATCGAATAAGTTCAAA
66 AATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAATATATTTATCGAACCAGTTCAAA
** * * * * * * ** *
14956285 TAGTTATTGAACAATTTGAATAATTATCTA-CTTCAAATCATTATAATATTTTATT
130 TAG--ATAAAACTATTAGAACAATTATCAATCTT-AAATCGTTAAAACCTTTCATT
* * * ** * **
14956340 TTGTCATCAAACAATTGGTTCTGT-TAAT-AT--TATTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT
1 TTGTCATAAAACAATT-ATT-T-TATAATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATAG
* * * * * * * * * *
14956401 AATAATATTTTGAAACA-TAATAA-CTAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGTCAAACAAATT
63 AATAATA-TTTCAAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCGAACCAGTT
* * * ** ** * * **
14956464 CAATTAGTTAAGACTA-TATGAATGATTATTTAT-TTCAAATTGTTATAACCTTTTGTT
126 CAAATAGATAAAACTATTA-GAACAATTATCAATCTT-AAATCGTTAAAACCTTTCATT
* * * * **
14956521 TTGTCAT-AAACAATTATTTTGT--TCATACAAGTTTA-TTCATATTAAAATAATACTAATTTAA
1 TTGTCATAAAACAATTATTTTATAATCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATAGAA
* * * * * * *
14956582 TAATAGTTCAAAAATTAATAA--AA-A-TTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAGTTCAAA
65 TAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCGAACCAGTTCAAA
* * * * *** **
14956643 TAGTTAAGACTATTAGAATAATTAT--ATACTTTAAATCATTTTGACCTTTTGTT
130 TAGATAAAACTATTAGAACAATTATCAAT-C-TTAAATCGTTAAAACCTTTCATT
* * * * * * * * * * **
14956696 TAGTTATAAAATAATTGTTTCAGT--TGATACAAGCTTA-TTCAGAGTAAATTAATATTAATTTA
1 TTGTCATAAAACAATTATTTTA-TAATCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATAGA
* * * * * * ** *
14956758 TTAACATTTAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCGAATAAGTTTA
64 ATAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAATATATTTATCGAACCAGTTCA
*** * * * * *
14956823 AATAG-TTTTACTATTTGAACAATTGTCTAT-TTAGAATC-TTATAACCTTTGGA-T
128 AATAGATAAAACTATTAGAACAATTATCAATCTTA-AATCGTTAAAACCTTT-CATT
* * * * * * ** *
14956876 TTGTTATAAAACAATTGTTTTAGT--TAATACATGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTAT
1 TTGTCATAAAACAATTATTTTA-TAATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATAGAA
* * * * *
14956939 TAATA--TGAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAGTAAATATATTTA-CTGAACAAGTTC
65 TAATATTTCAA-A-AATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATC-GAACCAGTTC
* ** * * ** * ** ** *
14957001 AAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTAT-TTCAATTTATTATGA-CTTT-TTGT
127 AAATAGATAAAACTATTAGAACAATTATCAATCTT-AAATCGTTAAAACCTTTCAT-T
* * ** * * * * ** ** *
14957056 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT--TCATATAAATTTATTCGGATTGAAATAATTTTAATTTAT
1 TTGTCATAAAACAATTATTT-TATAATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATAGAA
** * * * * * **
14957119 TAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATAAGTTCAAA
65 TAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCGAACCAGTTCAAA
*** * * * * ** ** *
14957184 TAG-TCATGGCTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTATTATGACCTTT-TTT
130 TAGAT-AAAACTATTAGAACAATTATCAATCTTAAATCGTTAAAACCTTTCATT
* * * * * * * ** *
14957236 TTGTAATAAAACAATTGTTTCA-ATTCATATAAGCTTATTTGAAGTAAAATAAAACTAATTTATT
1 TTGTCATAAAACAATTATTTTATAATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATAGAAT
* * * * * *
14957300 AATATTTAAAAAATTAATGAGTAAAAGAATTAAAAAA-AGAATCTATTTAT
66 AATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATA-AATATATTTAT
14957350 TGAAAATATT
Statistics
Matches: 1060, Mismatches: 228, Indels: 148
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
167 8 0.01
168 31 0.03
169 2 0.00
170 68 0.06
171 4 0.00
172 8 0.01
173 4 0.00
174 1 0.00
175 76 0.07
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184 6 0.01
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Consensus pattern (182 bp):
TTGTCATAAAACAATTATTTTATAATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATAGAAT
AATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCGAACCAGTTCAAAT
AGATAAAACTATTAGAACAATTATCAATCTTAAATCGTTAAAACCTTTCATT
Found at i:14957516 original size:181 final size:179
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14956266 TTTATCGAAT
* * * * ** *
14956276 AAGTTCAAATAGTTATTGAACAATTTGAATAATTATCTACTTCAAATCATTATAATATTTTATTT
1 AAGTTCAAATAGTTA-TG-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * * ** * * *
14956341 TGTCATCAAACAATTGGTTCTGTTAATATTATTTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTAATA
64 TATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTA
* * * * * *
14956405 ATATTTTGAAACA-TAATAACTAAGAA-AATTAAAAAATAAATCTAATTGT-C-AAAC
127 ATA-TTTAAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAA-AAATAT-ATT-TACTGAAC
* * * * ** * ** * *
14956459 AAATTCAATTAGTTAAGACTATATGAATGATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA
* * * *
14956524 TCAT-AAACAATTATTT-TGTTCATACAAGTTTATTCAT-ATTAAAATAATACT-AATTTAATAA
66 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATT--TGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAA
* * * * * **
14956585 TAGTTCAAAAATTAAT-A--AAAA-TTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATC
128 TATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA-AAATATATTTACTGAA-C
* * * * *
14956635 -AGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATATACTTT-AAATCATTTTGACCTTTTG-TTT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * * * *
14956697 AGTTATAAAATAATTGTTTC-AGTTGATACAAGCTTATTCAGAGTAAATTAATATTAATTTATTA
65 A-TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATT-TGAATAAAATAATATAAATTTATTA
* * * *
14956761 ACATTTAAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCGAAT
127 ATATTTAAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTT-AAAAAA-AAATATATTTACTGAAC
* * * * * *
14956816 AAGTTTAAATAGTT-TTACTATTTGAACAATTGTCTATTT-AGAATC-TTATAACCTTTGGATTT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * * *
14956878 GTTATAAAACAATTGTTT-TAGTTAATACATGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAA
65 ATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTT-GAATAAAATAATATAAATTTATTAA
* * *
14956942 TA-TGAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAGTAAATATATTTACTGAAC
128 TATTTAA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-AAAATATATTTACTGAAC
* * * * * *
14956995 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAATTTATTATGACTTTTTG-TTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA
* * * * * * *
14957059 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAATTTATTCGGATTGAAATAATTTTAATTTATTAATA
66 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATT-TGAATAAAATAATATAAATTTATTAATA
** * * * *
14957124 TTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAAT
130 TTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA-AAATATATTTACTGAAC
* * * * * *
14957175 AAGTTCAAATAGTCATGGCTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTATTATGACCTTTT-TTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA
* * * * *
14957239 TAATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTGAAGTAAAATAAAACT-AATTTATTAAT
66 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAA-TAAAATAATA-TAAATTTATTAAT
* * * *
14957303 ATTTAAAAAATTAATGAGTAAAAGAATTAAAAAAAGAATCTATTTATTGAA-
129 ATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAA-AATATATTTACTGAAC
* * * * * *
14957354 AATATTCAAATAGTTATGACTATCTAAATACTTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTT
1 AA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * *
14957419 ATCTTAAAAAAATTGGTTCTGTTTATACAAGTTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAAT
65 ATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTA-TTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAAT
** * * * *
14957484 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAATCTATTTTCTTAAC
129 ATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAAAAATATATTTACTGAAC
** * *
14957535 TCGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTCTGTTTT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT-TGTTTT
* * *
14957600 ATCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAA-TCTTATTCGTAATAAAAT-A-AT--ATTAATT--
65 ATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGT-TTATTTG-AATAAAATAATATAAATTTATTAA
* * * * * *
14957658 TA-TT-AAAAGTTAATAAGTAAAACATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAGC
128 TATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA-AAATATATTTACTGAAC
* * * * * *
14957709 AAGTTCAACTAGTTATGA-T-TTATGAACAGTTATTTATTTCAAATCATTATAAACTTTTATTTT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * **
14957772 GTCATAAAATAATTGTTTCTACTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAA
65 ATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATT-TGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAA
* * * ** * * * *
14957836 TA--TAATAAAATTAATGAGTTGAAA-ACTTAAAAATTTAGTCTGTTTATTGAAC
128 TATTTAA-AAAATTAATAAG-TAAAAGATTTAAAAA-AAAATATATTTACTGAAC
* * * ** * * *
14957888 AAGTTTCAAA-AGTTATGTCCATTTAAATTATTATCTATTTCGAATCATTATGACATTTTATTTT
1 AAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * ** * * * *
14957952 GTCGTAAAACAATT-TTTCTATTGATACAAAATTATTCAGAATAAAAAAATATTAATGTATTAAT
65 ATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATT-TGAATAAAATAATATAAATTTATTAAT
* ** * * * * * *
14958016 ATTT-CAAAATT--TAA-TATGAGATTTAAAAACTAACTCTGTTTATTAGACC
129 ATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-AAAATATATTTACT-GAAC
* * * * *
14958065 AA-TTCAAATTGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTATTATGA-TTTTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA
* * * ** * * * * * *
14958128 TTATAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAACTTATTCAGAGTAAAATATTGCTAAA-CTAATAAT
66 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATT-TGAATAAAATAAT-ATAAATTTATTAAT
* ** *
14958192 ACTCT--AAAATTAATAAGTAATAA-ATTTAAAAAATAAATAGGTTTACCGAAC
129 A-TTTAAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAA-AAATATATTTACTGAAC
* * * ** * * **
14958243 CAGTTAAAATAGTTAAGACTATTAAAACAATTATTTATTTCAAATCATTTTGATATTTTG-TTTA
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA
* * * * * *** * * * * *
14958307 GTCATAAAATAATTGTTT-TAGCTCACAAAAGCTTATCCAAAAGAAAACAATATTACTTTATTAT
66 -TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTAT-TTGAATAAAATAATATAAATTTATTAA
** * * * * *
14958371 TATTTCGAAAGTTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTACTGAAT
128 TATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA-AAAT-ATATTTACTGAAC
* * * * * * * ** * * ** *
14958424 AACTTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATTTATTTTAAATTGTTATTACTTTTTAATTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA
* * * * * * * *
14958489 TCATAAAATAATTATTTTTCA-ACATACAAGCTTATTTGAAATAAAAAAATATTAATTTACTAAT
66 TCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGTTTATTTG-AATAAAATAATATAAATTTATTAAT
* * * * * *
14958553 ATTTCAAGAA-T--TAA-TAAAAGATTTAAAAATAAATCTGTTTA-TCAAATC
129 ATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAAAATATATTTACT-GAA-C
* * * * ** *
14958601 AA-TTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTATTACAATC-TTT-TTTTA
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA
* * * * * * * * *
14958663 TAATAAAATAATTATTTCTATTTATATAAGCTTATTCGTAACAAAATAATACT-AATTTAATAAT
66 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAAT
** * * * * * *
14958727 A-TTATGAAATTAATAACTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTGTCAGACC
129 ATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA-AAATATATTT-ACTGAAC
* * * * * * * * * * * *
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*
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TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATAT
TTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAAAATATATTTACTGAAC
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* * * * * * *
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* ** ** * * * * *
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* * ** * * * * **
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* * * * * * * * * **
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* * *
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* * * * * * * *
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* ** * * * * * * * * *
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375 TCATTAT-AAATTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-CTCACAAAAGCTTATCCAAAAG-
** * * * * *
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* * * * ** *
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* * * * * ** *
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* * * * ** **
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* * * *
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* * * * * * * *
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183 AATTATCTATTTCAAATTATTA-CAATTTTTGTTTTATAATAAAATAATTGTTTCTATTCATACA
* * * * ** * * *
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** * * * ** * * * *
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* ** * * * * * * ***
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* * * *
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* ** * * *
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497 C-AGTTTACTGAACAAGCTTCAAA-AATTATGGCC
* * * * ** * * * * *
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1 ATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTAATTTGTCATAAAACAATT-TTTCTA
** * * * *
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* * * * *
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* * * * ** *
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* * *
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* * * *
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* * * * * *
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378 TTATAAA-TTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTACTCACAAAAGCTTATCCAAAAGAAAAC
* * * * *
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* * *
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507 AACAAGCTTCAAAAATTATGGCC
* * * *
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1 ATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTAATTTGTCATAAAACAATTTTTCTAT
** * * * **
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* * * * *
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129 TTTAAAAA-TAAATCTGTTTATCAAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** * * *
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* * * ** * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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*
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* * * ** * * * *
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1 ATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTAATTTGTCATAAAACAATT-TTTCT-
* *
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* *
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128 ATTTAAAAATAAATCTGTTTATCAAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
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* * *
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258 AATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TAT-AAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATAT
* * * * * * *
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*
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384 ATTTTATTTTGTCATAAAATAATT
14958856 ATTATGACCT
Statistics
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ACATACAAGATTATTTGAAATAAAAAAATATTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAAAGATT
TAAAAATAAATCTGTTTATCAAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
AAATTATTACAATTTTTGTTTTATAATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCGTAAT
AAAATAATACTAATTTAATAATATATAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTA
CCGACCAATTCAAACAGTTAAGATTATATGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAAATTTTAT
TTTGTCATAAAATAATTGTTTCTACTCACAAAAGCTTATCCAAAAGAAAACAATACTAATTTATT
AATATAATAAAATTAATGAGTTGAAAACTTAAAAAATAAATCAGTTTACTGAACAAGCTTCAAAA
ATTATGGCC
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*
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*
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*
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CCATTTTACCTGTTCTCTTT
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* *
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*
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* *
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* * * ** * **
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* * *
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** * * *
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* * *
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* * * *
14976357 GAGTAATCACATCATAAAAATTTATGAAGGAATTATTGAAGGCATTTTTAGCCAGAAATACC-
64 GAGTAATCACATCATAAAAATTTATAAAGG-ATTATTGAAGGTATTTTTGGCCAAAAATACCG
* * ** *
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61 CTTGAGTAATC
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*
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65 G
** * *** * *
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1 TTTTTGGTAAAAAATACC-TTGAGTAA-TCACATCATAAAAATTTATGAGTAAGATTACTGAATG
14976335 TG
64 TG
* *
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1 TTTTTGGTAAAAAATACCTTGAGTAATCACATCATAAAAATTTATGA
14976384 AGGAATTATT
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Matches are distributed among these distances:
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TTTTTGGTAAAAAATACCTTGAGTAATCACATCATAAAAATTTATGAGTAAGATTACTGAATGTG
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14976188 TTTTTTTTGA
* * *
14976198 GATTATTCAAAGCATTTTTGGTAAAAAATACCTTGAGTAATCACATCATAAAAATTTATGAGTG
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* *** ** * * * *
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14976323 -
63 G
* * ** * *
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Statistics
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GATTATTGAAGGCATTTTTGGTAAAAAATACCTTGAGTAATCACATCATAAAAATTTATGAAG
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14976444 TTTTTTGGGA
* * * * *
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* * * *
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* ** * * * *
14976582 TTATTGAAAGTG-TTTTTGGTCAAAAATACCTTTACTAATCCCCTCATAAAATTTTATG-CTATG
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** * **
14976645 ATTACTCAAGATATTTTTGGTTAAAAACA-CTTTGAATAATAC-C-AAAAAAAA-TTTAATGAGG
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* * **
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1 TTATTAAAGGC-TTTTTGGCCAAAAACGCCTTCAATAATCCCCTAATAAAATTTTATGACGTGAT
* ** * * *
14976771 TACTCAAGGCATTTTTCACCAAAAATGTCTTAAATAATTTCAAAAAAAATTTTTAAT-AGGG
65 TACTCAAGGCATTTTTCGCCAAAAACATCTTGAATAATCTCAAAAAAAAATTTTAATGA-GG
* * * * * * * * * * *
14976832 CTATTGAAA-GCATCTCTAG-CAAAAATGCTTTAAATAATCTCTTCATAAATTTTTATGACGTGA
1 TTATT-AAAGGC-TTTTTGGCCAAAAACGCCTTCAATAATCCCCTAATAAAATTTTATGACGTGA
*
14976895 TTACTCTAGGCATTTTTC
64 TTACTCAAGGCATTTTTC
14976913 ATCAAAAAAA
Statistics
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Consensus pattern (125 bp):
TTATTAAAGGCTTTTTGGCCAAAAACGCCTTCAATAATCCCCTAATAAAATTTTATGACGTGATT
ACTCAAGGCATTTTTCGCCAAAAACATCTTGAATAATCTCAAAAAAAAATTTTAATGAGG
Found at i:14980622 original size:32 final size:32
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Period size: 32 Copynumber: 1.9 Consensus size: 32
14980567 TAGTCGATAG
*
14980577 TTGTAAGAGTCACTAAATGCTACACGATGGAA
1 TTGTAAGAATCACTAAATGCTACACGATGGAA
* * *
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1 TTGTAAGAATCACTAAATGCTACACGATGG
14980639 TCTGATGTGA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (32 bp):
TTGTAAGAATCACTAAATGCTACACGATGGAA
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Indices: 14980582--14981514 Score: 899
Period size: 323 Copynumber: 2.9 Consensus size: 318
14980572 GATAGTTGTA
* * * ** * *
14980582 AGAGTCACTAAATGCTACACGATGGAATTGTAGGAATCACTAAGTGCTATACGATGGTCTGATGT
1 AGAGTAACTAAGTGCTACACGGTGG-GCTGTAGGAATCACTAAGTGCTACATGATGGTCTG-TGT
* * * * ** * *
14980647 GATCTTCGTCTTGTGGTTGGACTCGACTTCACAAAATGTCAAGCTTTAAATGTGGAGAGATTGTA
64 GATCTTAGTCCTGTGGTTAGACTCG-CTTGACAGGATGTCAAGCTTTAAAGGTGAAGAGATTGTA
* * *
14980712 ACGCCCCCAATCCCATATTAAAAGAATGTGTGAATAAGAAATGATATATA-T--ATATCTAAACC
128 ATGCCCCCAATCCCATATTAGAAGAATGTGTGAATAAGAAATGATATATATTAAAGATCTAAACC
* *** * * ** *
14980774 TAAATCTAT-AAGGTGTCTTTTGTGGGATAAAATCGTGAGACTTTTGGGTCAAAGCAAACAATAC
193 CAAATCTATGAAGCACT-TTTTGTGAGATAAAATCGTGAGACCTTCAGGTCAAAACAAACAATAC
* * * * * * *
14980838 TTCGTAGGTTGGGTGTG-GCTCTCTACAAATGGTATCAGAGCAATCACCAGTCAACAATTGTG
257 CTCGTAGGTTGGGTGCGAG-TCTCCACAAATGGTATCAAAGCAATCACCAATCAACAACTATG
* * *
14980900 GGAGTAACTAAGTGCTACATGGTGAGGCTGTAGGAATCACTAAGTGCTACATGATAGTCTAGTGT
1 AGAGTAACTAAGTGCTACACGGTG-GGCTGTAGGAATCACTAAGTGCTACATGATGGTCT-GTGT
* * * *
14980965 AATCTTAATCCTGTGGTTAGACTCAGCTTGACAGGGATATCAAGCTTTAAAGGTGAAGAGATTAT
64 GATCTTAGTCCTGTGGTTAGACTC-GCTTGACA-GGATGTCAAGCTTTAAAGGTGAAGAGATTGT
* * * *
14981030 AATGCCTCTAATCCCATATTAGAAGAATGTGTGGATAAAAAATGATATATATGTAAAGATCTAAA
127 AATGCCCCCAATCCCATATTAGAAGAATGTGTGAATAAGAAATGATATATAT-TAAAGATCTAAA
**
14981095 CCCAAATCTATGAAGCACTTTTTGTGAGATAAAATCGTGAGACCTTCAGGTCAAAACGGACAATA
191 CCCAAATCTATGAAGCACTTTTTGTGAGATAAAATCGTGAGACCTTCAGGTCAAAACAAACAATA
* *****
14981160 CCTCGTAGGTTGGGTGCGAGTCTCCACAAATGGTATCAAAGCAATCACTAATCGGTGGCTATG
256 CCTCGTAGGTTGGGTGCGAGTCTCCACAAATGGTATCAAAGCAATCACCAATCAACAACTATG
* * * * * * * * *
14981223 AGAGTCATTAAGTGCTACACGGTGGGGTCATAAGAGTCACTAAGTTCTTCATGGTGGTCTGGTGT
1 AGAGTAACTAAGTGCTACACGGTGGGCT-GTAGGAATCACTAAGTGCTACATGATGGTCT-GTGT
* * * * * *
14981288 GATCTTGGTTCTGTAGTTAGACTTGGCTTGACAAGGATGTCAAGCTCTAAAGGT-AGGGAGATTG
64 GATCTTAGTCCTGTGGTTAGAC-TCGCTTGAC-AGGATGTCAAGCTTTAAAGGTGA-AGAGATTG
*
14981352 TAATGCCCCCAATCCCACATTAGAAGAATGTGTGAATAAGAAATGATATATATTTATAGAGATCT
126 TAATGCCCCCAATCCCATATTAGAAGAATGTGTGAATAAGAAATGATATATA-TTA-A-AGATCT
* * * * * * * * * *
14981417 AAACCCAAATCTATGAGGCACCTTTTATAAAACAAAACCATGAGACCTTC-GAGTCAAAATAAAT
188 AAACCCAAATCTATGAAGCACTTTTTGTGAGATAAAATCGTGAGACCTTCAG-GTCAAAACAAAC
* * * *
14981481 AATACCTTGTAGGTTGAGTGCGGGTCCCCACAAA
252 AATACCTCGTAGGTTGGGTGCGAGTCTCCACAAA
14981515 AAAATAATGA
Statistics
Matches: 500, Mismatches: 97, Indels: 29
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Matches are distributed among these distances:
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AGAGTAACTAAGTGCTACACGGTGGGCTGTAGGAATCACTAAGTGCTACATGATGGTCTGTGTGA
TCTTAGTCCTGTGGTTAGACTCGCTTGACAGGATGTCAAGCTTTAAAGGTGAAGAGATTGTAATG
CCCCCAATCCCATATTAGAAGAATGTGTGAATAAGAAATGATATATATTAAAGATCTAAACCCAA
ATCTATGAAGCACTTTTTGTGAGATAAAATCGTGAGACCTTCAGGTCAAAACAAACAATACCTCG
TAGGTTGGGTGCGAGTCTCCACAAATGGTATCAAAGCAATCACCAATCAACAACTATG
Found at i:14987216 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 14987197--14987229 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
14987187 TAATAATTTG
14987197 AAATAG-ATAATTATTC
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14987213 AAATAGCCATAATTATT
1 AAATAG-CATAATTATT
14987230 AGAACTAGTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
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Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTATTC
Found at i:14988074 original size:181 final size:182
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Indices: 14987822--14988233 Score: 484
Period size: 181 Copynumber: 2.3 Consensus size: 182
14987812 TTTTAAATCA
* * * * * *
14987822 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATTATTATTATATTTCAAATAAACTTCTATGAATTG
1 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTCTATAAACTA
* * *
14987887 AAACAATTATTTTATAACAAAATAAAAGGCCATAACGATTTTAAATAGACAATTATTCAAATAGT
66 AAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGCCATAACGATTTTAAATAAACAATTATTCAAATAAT
* * ** * *
14987952 CATAATTATTTGAATTTGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTTAAA-CTGTTG
131 CATAACTATTTGAACTTGTTTAACAAACAAATTTATTTTTTCAAATATGTTG
* *** * *
14988003 CTTATTAATTTTTAAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATAAACTA
1 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTCTATAAACTA
* ** * * *
14988068 AAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAAT
66 AAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGCCATAACGATTTTAAATAAACAATTATTCAAATAAT
* * *
14988133 CATAACTGTTTGAACTTGTTTAATAAACAAATTTATTTTTTCAAATATTTTG
131 CATAACTATTTGAACTTGTTTAACAAACAAATTTATTTTTTCAAATATGTTG
** * * * * *
14988185 CTTATTTGTTTTCAAAATGTTAATAAATTTGAATTATTTTATTCCAAAT
1 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
14988234 TGTGCGATGA
Statistics
Matches: 189, Mismatches: 41, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTCTATAAACTA
AAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGCCATAACGATTTTAAATAAACAATTATTCAAATAAT
CATAACTATTTGAACTTGTTTAACAAACAAATTTATTTTTTCAAATATGTTG
Found at i:14988928 original size:181 final size:181
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Indices: 14988606--14991989 Score: 1916
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14988596 TTATTTTTCA
** * * * * *
14988606 TCATACAAGCCTATTCGGTATAAAATAATAGC-AATTTACTCATATT-TCAAAAATTAATAAATA
1 TCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * * * * * *
14988669 AAATATATAAAAAATAAATTTGTTTATCGAA-TCAATTCAAATAATTATGATTATTTGAATAGTT
64 AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACT-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATT
* * * *
14988733 ATATATTTCAAATTATTATAACCTTTTATTATATCTTAAAAAAATTATTTATGT
128 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTATCATAAAAAAATTATTTATGT
** * * * *
14988787 TCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATGAAATAATATTCTGAAAATCAATAACTAAG
1 TCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * * * * * *
14988852 ATATTTGAAAAATAAATTTATTTGTCAAACTAATTCAAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTCTT
66 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATC
* * * * *
14988917 TATGTCAAATTATTATAACCTTTTATTTTATCGTAAAATAATTTTTTCA-GT
131 TATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTATCATAAAAAAATTATTT-ATGT
* * * * * *
14988968 TCTTAGTAA-CTTACTCAAAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGT
1 TCATA-CAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGT
* * * * * * * * *
14989030 AAGAAATTTAAAAAATAACTCTGTTTTTCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATT
63 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATT
* * * * *
14989095 ATCTATTTCAAATCATTTTTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATTCTTT-TGT
128 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTATCATAAAA-AAATTATTTATGT
* ** * * * * * *
14989149 TCATATAAGTTTATTTGGATTTAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAAG-AAA
1 TCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * *
14989210 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAACTAGTTTAATTAGTTATA-ACTATTTAAATAATTAT
66 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * * * *
14989274 TTATTTCAAATCATGATGACCATTTGTTTTGTAATAAAAGAATTATTTCTAT
130 CTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTATCATAAAAAAATTATTTATGT
* *
14989326 TCATAC-AGTCTTATTC-GAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAATAAGTA
1 TCATACAAGT-TTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTA
* ** ** * * * *
14989388 ATG-GATTTAAGAAATAAAT-T-TGTTGGCCTATTCAGTGCAAATAGTTATGATTATTTGAACAA
64 A-GAGATTTAAAAAATAAATCTAT-TTATCAAACT-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAA
* * * * *
14989450 TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCACAAAACAATTGTTTATAT
126 TTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTATCATAAAAAAATTATTTATGT
* * * * * *
14989506 TCATACAAGCTTATCCAAAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAG
1 TCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAG
* *
14989571 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATC
66 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATC
*** * * * * * * *
14989636 TATTTCAAATTGCTATAATCGTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTGTCTAT
131 TATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTATCATAAAAAAATTATT-TATGT
* * * * * * *
14989687 TCATAAAAGTTTATTTAAAATAAAATTACACAAATTTATTAATATTC-AGATAATTAATAAGTAA
1 TCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATAAGTAA
* * * * * * *
14989751 AAGA-TTAAAAATGTAAATATATTTATCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTAAACAATT
65 GAGATTTAAAAA-ATAAATCTATTTATCAAACT-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATT
* * * * * * * * *
14989814 ATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTCT
128 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTATCATAAAAAAATTATTTATGT
* * ** * * * * * *
14989868 TCTTGCAAACTTATCCAGATTAAAATAATATTAATTTGTTAAT-TTTTCAACAATTAATAAGTAA
1 TCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAA
* ** * * * *
14989932 AAGATTTTTAAAATAAATATGTTTA-CTATACAAGTTCAAATAGTCATAAGTCATAACTATTTGA
65 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACTAGTTCAAATAGT--TAAG-----ACTATTTGA
** * * ** * * * **
14989996 GTAATTATATATTTAAAATTGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTCCCA-GT
122 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTATCATAAAAAAATTAT-TTATGT
* * * * * *
14990056 TCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATGAGTAA
1 TCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAA
* * ** * * * *
14990120 GAGTTTTAAAAAATGAAA-CTATTTACCGCACAAGTTCAAATTGTTATA-ATTATTTAAACAATT
65 GAGATTTAAAAAAT-AAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATT
* * * * * * * * *
14990183 ATCTATTTAAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAT
128 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTATCATAAAAAAATTATTTATGT
** *
14990237 TCATACAACCTTAGTTC-GAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAAT
1 TCATACAAGTTTA-TTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGT
* * * * * *
14990299 AA-AAATTTAAAAATTAAAT-AAGTTTTTTTAACAC-A-TTCAAATAGTTATAG-TTATTTGAAC
63 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTA--TTTATCAA-ACTAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAAC
* * * * * ** * *
14990359 AATTATATATTTTAAAT-AGTTATGACC-TTT-TGTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGT
124 AATTATCTATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTATTTTATCATAAAAAAATTATTTATGT
* ** * * * * *
14990415 TCATATAAGCATATTCAAAATAAAATAATATTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTGATAAGTAA-
1 TCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * ** * * * * *
14990479 AAATTTAAAAAATAAATTTGTTT-TCCAAA-TAAGTTCAAATTGTTGTGATTGTCTAAATAATTA
66 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTAT-CAAACT-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * * * *
14990542 TTTATTTAAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTAT
129 TCTATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTATTTTATCATAAAAAAATTATTTATGT
* * *
14990595 TCATACAAGTTTAGTT--GAATAAAATAATACTAATTTATTTATATTCTGAAAATTAATATGT-A
1 TCATACAAGTTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * * * * * *
14990657 GTATATTT-TAAAA-AAATTTATTTACCGAACAAGATCGAATAATTATGACTATTTGAATAATTA
65 G-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTA
* ** * * ** * * * * * *
14990720 TCTATTTTAAATTGTTATAGCCTTTTGTTCCATAATAAAACAATTGTGTCTAT
129 TCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTATCATAAAAAAATTATTTATGT
* * * * *
14990773 TCATACAAGTTCATT-TGAA-ATAAATAATATTAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAATAACTAA
1 TCATACAAGTTTATTCAGAATA-AAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA
* ** * * * *
14990836 GAAATTTAAAAAATTAAATCTATTTGCCAAA-TCAGTTTAAATAATTAAGACTATATAAACAATT
65 GAGATTTAAAAAA-TAAATCTATTTATCAAACT-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATT
* ** * * * * * *
14990900 ATTTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTCA-GC
128 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTATCATAAAAAAATTATTT-ATGT
* * * * *
14990954 TCATACAAGCTTATCCA-AA-AAAAAAATACTACTTTATTAATATT-TCAAAAGTTAATAAGTAA
1 TCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAA
* * * * * *
14991016 GAGATTTAAAAAATAAATC-AGTTTACTGAAAC-AGTTCAAATAATTATGGCTATTTGAATAACT
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* * * * * * * **
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* * *
14991134 T-ATACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATATTAAGTTATTAATATT-TAAAGAA-T--TAA-TA
1 TCATACAAGTTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA-AATTAATAAGTA
* * * * * * * ** *
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64 AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACT-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATT
** * * * *
14991256 ATCTATTTCAAATTGTTATAACATTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTCTGT
128 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTATCATAAAAAAATTATTTATGT
* * * * *
14991310 TCATACAGGCTTATTCATAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAATAACTAAG
1 TCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAG
** * * * * * * *
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66 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * *
14991436 TATTTTC-ACTTATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTT-TAGC
131 TA-TTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTATCATAAAAAAATTATTTAT-GT
* * ** * * * * *
14991487 TCATACGAGCTTATTTGGAACAGAATAAAACTAATTTATTATTATTTTAAAAATT--T-AGTAAG
1 TCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAG
* * * ** * *
14991549 AG-TTTAGAAAATAATTCCATTTATTGAACTAATTCAAAT-GATTATA-ACTATTTTAACAATTA
66 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAG-TTA-AGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * *
14991611 TCAATTTCAAATCATTATTACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT
129 TCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTATCATAAAAAAATTATTTATGT
* * * * *
14991664 TAAT-GAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAGAAAATTAATCAGTAA
1 TCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATAAGTAA
* * * ** *
14991727 GAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAACTATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTAT
65 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * ** *
14991792 CTACTTT-AAATCGTTATAACCTTTTTATTTTGTTATCAAACAATTGGTTCTGT
130 CTA-TTTCAAATCATTATAACC-TTTTATTTTATCATAAAAAAATTATTTATGT
* * * * * * *
14991845 TCATACTATTTTATTCATAATAAAATAATACTAA-TTAATAATATTTTGAAACTTAATAA-TCAA
1 TCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT-AA
* * * * * * * * *
14991908 GAAAATTAAAAAATAAATATAATTATCAAACAAGTTTAAATAGTTAAGACAATAT-AAGCGATTA
65 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAA-CAATTA
*
14991972 TCTATTTCAAATTATTAT
129 TCTATTTCAAATCATTAT
14991990 GACTATTGAG
Statistics
Matches: 2501, Mismatches: 568, Indels: 268
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
173 3 0.00
174 11 0.00
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TCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAG
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TATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTATCATAAAAAAATTATTTATGT
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*
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*
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ATTATAACTAGTTTAAATA
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GAATAATTATACTATTT
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* * *
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* * * ** * * * * * ** *
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* * * * * * *** * *
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* * * * * ***
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* * ** * * * * * *
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* * * * * * ** *
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* * ** ** ** * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * ** * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * ** * * * ** * * * *
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* * *** * * * * * *
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313 GTTCTATCATAAAATAATTATTTCAGC-TCATACAAGCTTATCCA-A-AAAAAAAATACTAATTT
* * * * ** *
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** * * * ** * *
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* **** * * * * *
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* * *
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1 -AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAGT-A
* * * * ** * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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**** * * * * ** * * * * *
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* ** * * * * * * * *
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310 TTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTCAGCTCATACAAGCTTATCCAAAA-AAAA-AATACTAAT
* * ** * * *
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** * * * * * * * * *** * * * *
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436 TCAAATAATTATAACTATTTGAACAACTACCAATTTCAAATCA-TTATTACT-TTTTATTTTGTC
*
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499 ATAAAACAATTGTTTTT-TTAATACAAGTTT-GTTC
* * * *
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* * ** * *
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* * ** * * *
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*
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* * * * *
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*
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* *
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** * * * *
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* ** * *
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* *
14991149 GAAATAAAATAATATTAAGTTATTAATATTTA-AAGAATT-A-A-TAAGAGATTTAAAAAGTAAA
1 -AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAA-AATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAA
* * * * *
14991210 TATGTTTATCGAA-TAAGTTT-AAACAATTATT-AGTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGT
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* * *
14991272 TATAACATTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTCTGTTCATACAGGCTTATTCATAATAAAATA
125 TATAACATTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACA-G-TTATTCATAATAAAATA
*
14991337 ATACTAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAAAAT-TATTTGCCAAA
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* * * * *
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* * ** * *
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* * * * *
14991528 TTATTTTAAAAATT-T-AGTAAGAG-TTTAGAAAATAATTCCA-TTTATTG-AACTAATTCAAAT
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* * * *
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*
14991653 ATTGTTTTTGTTAAT-GAAGTTTGTTC
507 ATTGTTTTT-TTAATACAAGTTTGTTC
14991679 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAA
1 -AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAGTAAA
* * * *
14991744 TCTATTTACCAAACTATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTACTTTAAATCGTTAT
64 TATATTTACCGAACTATTTCAAATAATTTTGACTATTTGAATAATTATCTA-TTTAAATTGTTAT
* * * * * * *
14991809 AACCTTTTTATTTTGTTATCAAACAATTGGTTCTGTTCATACTATTTTATTCATAATAAAATAAT
128 AA-CATTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAC-A-GTTATTCATAATAAAATAAT
* * * * * * * **
14991874 ACTAA-TTAATAATATTTTGAAACTTAATAA-TCAAGAAAATTAAAAAATAAATATAATTATCAA
190 ACTAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAATAACT-AAG-AAATTTAAAAA-AAATCTATTTGCCAA
* * * * * * * * *
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ATTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAGTTATTCATAATAAAATAATACTAAT
TTAGTAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAAATTTAAAAAAAATCTATTTGCCAAACCAGTTGA
AACAATTAAAACTATATAAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTCTATCATAAA
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TTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACTGAAACAATTCAAATAATTATAACTATTT
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* *
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* * * * * * *
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*
14998798 G
63 C
* ** *
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14998863 C
63 C
*
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*
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* * *
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* **
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*
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*
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* * *
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* *
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1 A
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*
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* * * *
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* **
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* * * * * * *
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* ** * *
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* * *
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* *
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** * *
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*
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*
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* *
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* *
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* *
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** ** *
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* *
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*
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* * * *
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* *
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* ** * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * ** * **
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*
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* * * *
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63 GAATGTGTGAACGATTTGGATATAATTTCTGAAATTATTATTGGTGCTTGGTAGTTGTTAATTAC
* * * * * *
15064761 ATGCTATA-TTGTTTTTATATTTATGCGCAAACTTAGGAGG-AGTACTAAAAGTC-TAATGTTTT
128 ATGCTA-ACTTGTTTTTATAGTAATGCGCAAAATTAGG-GGAAGCACTAAAAGCCAT-ATGGTTT
* *
15064823 TGAAATTTTATGTTTTGCTTCGAAAATGAC-TTTGGCTAAAGTTAAGCTTTAAAACATGAAATAT
190 TGAAATTTTATGTTTTGCTTCGAAAATGACTTTTGG-TAAAGTAAAGCTTTAAAACATGAAATAC
*** * * * *
15064887 TGTTTTACCAAGTTTTTATGTGGAACTAAATTTGAATATTTTGAATCAAATGTTTTAAACTTTCT
254 TGTTTTACCAAGTTACCAAGTGAAACTAAATTTGAATATCTTGAATCAAATGTTTTAAACTTGCT
** *
15064952 CAAGTAAAGAAACATGATAACTTAGATTGGTTTTAATTTTTCGCAGTGCTAAGTGTAAGTCATAA
319 CAAACAAAGAAACATGATAACTTAGATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGCTAAGTGTAAGTCATAA
*
15065017 A-GACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTATTTTTGAACAATTATGGGCATAAAAATCAATTGC
384 AGGACTTTGGAACTTAAAATATCAAAATTTATTTTTGAACAATTATGGGCATAAAAATCAATTGC
* * *
15065081 ACAATTTCAAATTGTGATATAAAAATCATTTTGTACAATTTTAACTTTTCCTTGCGTTTTATACT
449 ACAAATT-AAATT-T--T-T---AATCATGTT-T-C-A---T-A------C-T---TATTA-AC-
* * *
15065146 TATTTGCTTTAGATACAT
487 --TTTAC---ATATAC-G
* * * ** * * **
15065164 TTTTAGGAGAATTCATGAATGCTTTAAGAAATTTTTGGGATTTCACATGAATGCTGTTGAAATTG
1 TTTT--GAGAATTCA--AATGCTTTAAGGAATTTGTGGGATTACATGTGAATGATCTTGATGTTG
* * * * * * * *
15065229 GGATTGTGTCAATGATTTGGATATTATTTGTGAAATTGTTATTGGTACTTGATA--TGATTAATT
62 GGAATGTGTGAACGATTTGGATATAATTTCTGAAATTATTATTGGTGCTTGGTAGTTG-TTAATT
* * * * * * ** *
15065292 GCATGCCAACTTGTTTTTATATTTACAT--GCAAACTTATGCGAAGCACTCCAAGCC-TAATGTT
126 ACATGCTAACTTGTTTTTATA-GTA-ATGCGCAAAATTAGGGGAAGCACTAAAAGCCAT-ATG-G
* * * *** ** * * * *
15065354 TTTTAAAATTTTATGTTTTGCTTCGAAAATAAATTTCACTGGAGTCAAGCTTCAAAATATGAAGT
187 TTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTCGAAAATGACTTTTGGTAAAGTAAAGCTTTAAAACATGAAAT
* * *** * * * * * *
15065419 ATTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGAAATTGAATTTGAATATCTTGAATCTAACGTTTTAAACTTA
252 ACTGTTTTACCAAGTTACCAAGTGAAACTAAATTTGAATATCTTGAATCAAATGTTTTAAACTTG
* * * * * *
15065484 CTCAAACAAAGAAACATAATAACTT-GCATTGGTATTAATTTTTCATAATGTTAAGTGTAAGTTA
317 CTCAAACAAAGAAACATGATAACTTAG-ATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGCTAAGTGTAAGTCA
* * * * * * *
15065548 TAATGGATTTTTGAGCTAAAAATATCAAAATTTGTTTTTGAACAATTATGAGCATAAAAA
381 TAAAGGACTTTGGAACTTAAAATATCAAAATTTATTTTTGAACAATTATGGGCATAAAAA
15065608 GCTCTGATGA
Statistics
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0.80 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.33, C:0.10, G:0.17, T:0.41
Consensus pattern (498 bp):
TTTTGAGAATTCAAATGCTTTAAGGAATTTGTGGGATTACATGTGAATGATCTTGATGTTGGGAA
TGTGTGAACGATTTGGATATAATTTCTGAAATTATTATTGGTGCTTGGTAGTTGTTAATTACATG
CTAACTTGTTTTTATAGTAATGCGCAAAATTAGGGGAAGCACTAAAAGCCATATGGTTTTGAAAT
TTTATGTTTTGCTTCGAAAATGACTTTTGGTAAAGTAAAGCTTTAAAACATGAAATACTGTTTTA
CCAAGTTACCAAGTGAAACTAAATTTGAATATCTTGAATCAAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAA
AGAAACATGATAACTTAGATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGCTAAGTGTAAGTCATAAAGGACTT
TGGAACTTAAAATATCAAAATTTATTTTTGAACAATTATGGGCATAAAAATCAATTGCACAAATT
AAATTTTTAATCATGTTTCATACTTATTAACTTTACATATACG
Found at i:15065991 original size:425 final size:423
Alignment explanation
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Period size: 422 Copynumber: 4.0 Consensus size: 423
15065189 AAGAAATTTT
* * ** * **
15065199 TGGGATTTCACATGAATGCTGTTGAAATTGGGATTGTGTCAATGATTTGGATATTATTTGTGAAA
1 TGGGATTACACATGAATGCTCTTGATGTTGGGATTGCGGGAATGATTTGGATATTATTTGTGAAA
** * ** **
15065264 TTGTTATTGGTACTTGATATGATTAATTGCATGCCAACTTGTTTTTATATTTACATGCAAACTTA
66 TTGTTATTCATGCTTGACGTGATTAATTGCATGCCAACTTGTTTTTATATTTAGGTGCAAACTTA
* * * * * *
15065329 TGCGAAGCACTCCAAGCCTAATGTTTTTTAAAATTTTATGTTTTGCTTCGAAAATAAATTTCACT
131 GGGGAAGCACTCAAAGCCTAATG-TTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTCGAAAATGACTTTCACT
* * * * *
15065394 GGAGTCAAGCTTCAAAATATGAAGTATTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGAAATTGAATTTGAATA
195 GGAGTCAAGCTTTAAAATATAAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTAAAATGAAACTGAATTTGAATA
* * * ** *
15065459 TCTTGAATCTAACGTTTTAAACTTACTCAAACAAAGAAACATAATAACTTGCATTGGTATTAATT
260 TCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACACGATAACTTGCATTGGTTTTAATT
* * *
15065524 TTTCATAATGTTAAGTGTAAGTTATAATGGATTTTTGAGCTAAAAATATCAAAATTTGTTTTTGA
325 TTTCACAATGTTAAGTGTAAGTTGTAATGGATTTTGGAGCTAAAAATATCAAAATTTGTTTTTGA
*
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* *
15065623 TGGGATTACATATGAATGCTCTTGATGTTGGGATTGCGGGAATGATTTGGATGTTATTTGTGAAA
1 TGGGATTACACATGAATGCTCTTGATGTTGGGATTGCGGGAATGATTTGGATATTATTTGTGAAA
* *
15065688 TTGTT-TTCATGCTTGATGTGATTAATTATTGCATGCCAA-TCTGTTTTTATATTTAGGCGCAAA
66 TTGTTATTCATGCTTGACGTGATT-A--ATTGCATGCCAACT-TGTTTTTATATTTAGGTGCAAA
** * * * *
15065751 CTTAGGGGGGGCATTCAAAGCCTAATGTTTTTGAAATTTTATTTTTTGCTTTGAAAATGACTTTT
127 CTTAGGGGAAGCACTCAAAGCCTAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTCGAAAATGACTTTC
* * * *
15065816 GCTGGAGTTAAGCTTTAAAATATAAAATATTATTTTAGCAAGTTTTAAAATGAAATTGAATTTGA
192 ACTGGAGTCAAGCTTTAAAATATAAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTAAAATGAAACTGAATTTGA
* *
15065881 ATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACACGGTAACTTGCATTAGTTTTA
257 ATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACACGATAACTTGCATTGGTTTTA
*
15065946 ATTTTTCACAATGTTAAGTGTAAGTTGTAATGGATTTTGGAGCTAAAATTATCAAAATTTGTTTT
322 ATTTTTCACAATGTTAAGTGTAAGTTGTAATGGATTTTGGAGCTAAAAATATCAAAATTTGTTTT
15066011 TGAACAATTATGAGCATAAAAAGCTCT-AGGGAGTTTG
387 TGAACAATTATGAGCATAAAAAGCTCTGA-GGAGTTTG
* *
15066048 TGGGATTACACATGAATGCTTTTGATGTTGGGATTGAGGGAATGATTTGGACT-TTATTTGTGAA
1 TGGGATTACACATGAATGCTCTTGATGTTGGGATTGCGGGAATGATTTGGA-TATTATTTGTGAA
* * *
15066112 GTTGTT-TTCATGCTTGACGTGATTAATTGCATGCCAATTTGTTTCTATATTTAGGTGCAAACTT
65 ATTGTTATTCATGCTTGACGTGATTAATTGCATGCCAACTTGTTTTTATATTTAGGTGCAAACTT
* * * *
15066176 AGGAGG-AGTACTCAAAGCCTAATGTTTTTGAAATATTATGTTTTGCTTCAAAAATGACTTTCAT
130 AGG-GGAAGCACTCAAAGCCTAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTCGAAAATGACTTTCAC
* *
15066240 TGGAGTCAAGCTTTAAAATATAAAATGTTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGAAACTGAATTTGAAT
194 TGGAGTCAAGCTTTAAAATATAAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTAAAATGAAACTGAATTTGAAT
* * * *
15066305 ATCTTGAATCTAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGATAATTTTCATTGGTTTTAAT
259 ATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACACGATAACTTGCATTGGTTTTAAT
* * * * * * *
15066370 TTTTCATAGTTTTAAGCGTAAGTTGTAATGGATTTTTGAGCTGAAAATATCAAATTTTGTTTTTG
324 TTTTCACAATGTTAAGTGTAAGTTGTAATGGATTTTGGAGCTAAAAATATCAAAATTTGTTTTTG
*
15066435 AACAATTATGAGCTTAAAAAGCTCTGAGGAGTTTG
389 AACAATTATGAGCATAAAAAGCTCTGAGGAGTTTG
* * **
15066470 TGGGATTACATATAAATGCTCTTGATGTTGGGATTGCATGAATGATTTGGATATTATTTGTGAAA
1 TGGGATTACACATGAATGCTCTTGATGTTGGGATTGCGGGAATGATTTGGATATTATTTGTGAAA
* ** * * *
15066535 TTGTTACTGGTGCTTGACGTGATTAATTGCGTGTCAACTTGTTTTTATATTTATGTGCAAAACTT
66 TTGTTATTCATGCTTGACGTGATTAATTGCATGCCAACTTGTTTTTATATTTAGGTGC-AAACTT
* * * * **
15066600 AAGGGAAACACTCAAAGCCAAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTG-AAATGACTTTTGCT
130 AGGGGAAGCACTCAAAGCCTAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTCGAAAATGACTTTCACT
* * * * *
15066664 GGAGTCAAGCTCTAAATATATGAAATATTGTTTCAGCAAGATTTTAATA-G-AACTGAATTTCAA
195 GGAGTCAAGCTTTAAA-ATATAAAATATTGTTTTAGCAAG-TTTTAAAATGAAACTGAATTTGAA
* *
15066727 TATCTTGAATCCAATGTTCTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAA-AGCGATAAGTTGTATTGGTTTT
258 TATCTTGAATCCAATGTT-TTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACA-CGATAACTTGCATTGGTTTT
* * * * * *
15066791 AATTTTTCACAGTGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTT
321 AATTTTTCACAATGTTAAGTGTAAGTTGTAATGGATTTTGGAGCTAAAAATATCAAAATTTGTTT
15066856 TTGAACAATTAT-AGGCATAAAAA
386 TTGAACAATTATGA-GCATAAAAA
15066879 CCATTTGTAC
Statistics
Matches: 1105, Mismatches: 133, Indels: 36
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
421 1 0.00
422 355 0.32
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ACGTcount: A:0.32, C:0.10, G:0.18, T:0.39
Consensus pattern (423 bp):
TGGGATTACACATGAATGCTCTTGATGTTGGGATTGCGGGAATGATTTGGATATTATTTGTGAAA
TTGTTATTCATGCTTGACGTGATTAATTGCATGCCAACTTGTTTTTATATTTAGGTGCAAACTTA
GGGGAAGCACTCAAAGCCTAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTCGAAAATGACTTTCACTG
GAGTCAAGCTTTAAAATATAAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTAAAATGAAACTGAATTTGAATAT
CTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACACGATAACTTGCATTGGTTTTAATTT
TTCACAATGTTAAGTGTAAGTTGTAATGGATTTTGGAGCTAAAAATATCAAAATTTGTTTTTGAA
CAATTATGAGCATAAAAAGCTCTGAGGAGTTTG
Found at i:15067466 original size:536 final size:520
Alignment explanation
Indices: 15066468--15071593 Score: 5730
Period size: 536 Copynumber: 9.8 Consensus size: 520
15066458 CTGAGGAGTT
* * * *
15066468 TGTGGGATTACATATAAATGCTCTTGATGTTGGGATTGCATGAATGATTTGGATATTATTTGTGA
1 TGTGGGATTACATATGAATGCTCTTGATATTGGGATTGCGTGAATGATTTGGATACTATTTGTGA
* * *
15066533 AATTGTTACTGGTGCTTGACGTGATTAATTGCGTG-TCAACTTGTTTTTATATTTATGTGCAAAA
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* *
15066597 CTTAAGGGAAACACTCAAAGCCAAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTG-AAATGACTTTT
129 CTT-A-GG------TCAAAGCCTAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGACTTTC
* * * * * * *
15066661 GCTGGAGTCAAGCTCTAAATATATGAAATATTGTTTCAGCAAGATTTT-AATAGAACTGAATTTC
186 GCTGGACTCAAGCTTTAAA-ATATGAAATACTGTTCCAGCAAGTTTTTAAATGGAACTGAATTTG
* * * * *
15066725 AATATCTTGAATCCAATGTTCTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAA-AGCGATAAGTTGTATTGGTT
250 AATATCTTGAATCCAAAGTTTTTAAACTTGCTCAAGCAAAGAAACA-TGATAAGTTGCATTGGTT
* *
15066789 TTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGT
314 TTAGTTTTTCACAGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGT
* * * * *
15066854 TTTTGAACAATTATAGGCATAAAAACCATTTGTACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTT
379 TTTTGAACAATCATGGGCATAAAAACCACTTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAATCATTTT
* * * *
15066919 ACGCAA-TTTTAACTTTTCATTGTGTTTTATACTTATTTGCTTTGGATACATTTTGTGGAGAATT
444 GCACAAGTTTTAACTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTGGATACATTTT-TGGAGAATT
15066983 CATGAATGCTCTGAGGAA
508 CATGAATG-TCT---G-A
* * *
15067001 TCTGTGGGATTACATAT-ATATGCTCTTGATATTGAGACTGCGTGAATGATTTGGATATTATTTG
1 --TGTGGGATTACATATGA-ATGCTCTTGATATTGGGATTGCGTGAATGATTTGGATACTATTTG
* * * *
15067065 TGAAATTGTTACTGGTGCTTGA-GTGATTAATTGCGCGCTAACTTGTTTTTATATTTATGCGCTA
63 TGAAACTGTTACTGGTGCTTGACGTGATTAATTGCGTGCTAACTTGTTTTTATATTTGTGCGCAA
* *
15067129 ACTTAAGGGGAACAGTCAAAGCCAAAATGTTTTTGAAATTATATGTTTTGCTTTGAAAATGACTT
128 ACTT-A---G----GTCAAAGCC-TAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGACTT
** * * * *
15067194 TCGCTGGAGGCAAG-TTTCAAAATATGAAATACTGTTTCAGCCAGTTTTTTAATGGAACTTAATT
184 TCGCTGGACTCAAGCTTT-AAAATATGAAATACTGTTCCAGCAAGTTTTTAAATGGAACTGAATT
* * * *
15067258 TTAATATCTTGAATCCAAAGTTTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGATAAGCTGCATTTG
248 TGAATATCTTGAATCCAAAG-TTTTTAAACTTGCTCAAGCAAAGAAACATGATAAGTTGCATTGG
* * * * * * * *
15067323 TTTTAATTTTTTATAGTGTTAGGTGCAAGTTGTAAAGGATTTTGGTGCTTAAAACATCAAAATCT
312 TTTTAGTTTTTCACAGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCT
* * ** * *
15067388 ATTTTTGAACAATTATAAGCATAAAAATCATTTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAA-CTAT
377 GTTTTTGAACAATCATGGGCATAAAAACCACTTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAATC-AT
* *
15067452 TTTGCACAA-TTTTAACTGTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTGGATACATTTTTAGAAGA
441 TTTGCACAAGTTTTAACTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTGGATACATTTTT-GGAGA
*
15067516 ATTCTTGAATGCTCTGAGGAA
505 ATTCATGAATG-TCT---G-A
* * * * * * * *
15067537 TTTGTTGGATTACATATGAATGCTCTTGATATTGAGATTGTGTGAACGATTAGCATATTATTTAT
1 --TGTGGGATTACATATGAATGCTCTTGATATTGGGATTGCGTGAATGATTTGGATACTATTTGT
* * * * *
15067602 GAAACTGTTACTGGTGCTTGATGTGATTAATTGCATG-TCAACTTGTTTTTGTATTTATGAGCAA
64 GAAACTGTTACTGGTGCTTGACGTGATTAATTGCGTGCT-AACTTGTTTTTATATTTGTGCGCAA
* *
15067666 ACTTAGGGGGAACACTTAAAGCCAAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTT-AAAAGTGACTT
128 ACTTA---GG-----TCAAAGCCTAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAA-TGACTT
* * *
15067730 TCAG-TGGACCCAAGCTTTAAAATATGAAATACGGTTCCAGCAAGTTTTTAAATGAAACTGAATT
184 TC-GCTGGACTCAAGCTTTAAAATATGAAATACTGTTCCAGCAAGTTTTTAAATGGAACTGAATT
* * * * * *
15067794 GGAATATCTTCAATGCAACGTTTTAAAACTTGCTCAAGCAAAGAAATATGATAAGTTGCATTGGT
248 TGAATATCTTGAATCCAAAGTTTTTAAACTTGCTCAAGCAAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGT
* * * * *
15067859 TTTAATTTTTCATAGCATTAAGTGTAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATATG
313 TTTAGTTTTTCACAGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTG
**
15067924 TTTTTTTGAACAATCATGGGCATAAAAATTACTTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAATCAT
378 --TTTTTGAACAATCATGGGCATAAAAACCACTTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAATCAT
* * * * *
15067989 TTTGGACAAGTTTTTAATTTTTCGTTGTGTTTTATACTTATTTGCTTTGGATATATTTTTAAGAG
441 TTTGCACAAG-TTTTAACTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTGGATACATTTTT-GGAG
*
15068054 AATTCGTGAATG-C---
504 AATTCATGAATGTCTGA
* * * *
15068067 TGTGAGATAACATATGAATGCTCATGATATTGGGATTGCATGAATGATTTGGATACTA---GTGA
1 TGTGGGATTACATATGAATGCTCTTGATATTGGGATTGCGTGAATGATTTGGATACTATTTGTGA
* * * **
15068129 AACTGTTACTGGTGCTTAACTTGATTAATTGCGTGCCAACTTGTTTTTATATTTGTGTACAAACT
66 AACTGTTACTGGTGCTTGACGTGATTAATTGCGTGCTAACTTGTTTTTATATTTGTGCGCAAACT
* * * * * *
15068194 TACGTCAAACCCTAATGTTTTTGAAATTTTGTGTTTTACTTT-AAAAGTGAATTTCGCTGGACGC
131 TAGGTCAAAGCCTAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAA-TGACTTTCGCTGGACTC
* * * *
15068258 AAGCCTTAAAATATGAAATACTGTTCTATCAAGTTTTTAAATCGAACTGAATTTGAATAT-TGTG
195 AAGCTTTAAAATATGAAATACTGTTCCAGCAAGTTTTTAAATGGAACTGAATTTGAATATCT-TG
* * * *
15068322 AATCCAACA-TTTTTAAACTTGTTCAAGCAAAGAAACATGAGAATTTGCATTGGTTTTAATTTTT
259 AATCCAA-AGTTTTTAAACTTGCTCAAGCAAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTT
* * * * * *
15068386 CAGAGCATTAAGTGCAAGTTGTAAAGGTCTTTCGAGCTTAAAATATCAAAATTTGTTTTTTGGAC
323 CACAGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTG-TTTTTGAAC
15068451 AATCATGGGCATAAAAACCACTTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAATCATTTTGCACAAGT
387 AATCATGGGCATAAAAACCACTTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAATCATTTTGCACAAG-
* * *
15068516 TTTTCACTTTTCGTTGTGTTTCATAATTATTTGCTTTGGATACATTTTATGGGGAATTCATGAAT
451 TTTTAACTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTGGATACATTTT-TGGAGAATTCATGAAT
15068581 G--T--
515 GTCTGA
* * * * * *
15068583 TGTGAGATTACATATGAATGCCCATGATATTGGGATTGCGTGAAATGATTGGGATATTACTTGTG
1 TGTGGGATTACATATGAATGCTCTTGATATTGGGATTGCGTG-AATGATTTGGATACTATTTGTG
* * * * **
15068648 AAATTATTACTGGTGCTTTGACATGATTAATTGCGTG-TCAACTTGTTTTTATATTTTTATGCAA
65 AAACTGTTACTGGTGC-TTGACGTGATTAATTGCGTGCT-AACTTGTTTTTATATTTGTGCGCAA
* * * * *
15068712 AGTTAGGTCAAAGCCTAATGTTTTTTAAAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAGTGAATTTCGTTGG
128 ACTTAGGTCAAAGCCTAATG-TTTTT-GAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGACTTTCGCTGG
* * * * * *
15068777 ACCCAAGCTTCAAAATATGAAATACTGTTCTAGCAAGTGTTTAAAATGAAATTGAATTTGAATAT
191 ACTCAAGCTTTAAAATATGAAATACTGTTCCAGCAAGT-TTTTAAATGGAACTGAATTTGAATAT
* * * *
15068842 ATTCAATCCAACGTTTTTAAACTTGATCAAGCAAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTT
255 CTTGAATCCAAAGTTTTTAAACTTGCTCAAGCAAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTT
* * * *
15068907 TTTTACAGCGCTAAGTGCAAGTTGTAAAGCACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTATTGA
320 TTTCACAGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGA
* *
15068972 ACAATCATGGGCA-AGAAAATCGCTTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAATCATTTTGCACA
385 ACAATCATGGGCATA-AAAACCACTTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAATCATTTTGCACA
* * * *
15069036 AGTTTTTAACTTTTCGTTGTGTTTCATATTTATTTTCTTTGGATACATTTTCAGGAGACTTCATG
449 AG-TTTTAACTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTGGATACATTTT-TGGAGAATTCATG
*
15069101 -A--T-TGC
512 AATGTCTGA
* * * * *
15069106 TGTGGGATTGCATATGAATACACTTGATATTTGGATTGCGTGAATGACTTGGATACTATTTGTGA
1 TGTGGGATTACATATGAATGCTCTTGATATTGGGATTGCGTGAATGATTTGGATACTATTTGTGA
* * * * * **
15069171 AATTGTTATTGGTGCTTGACGTAATTAATTGTGTGCCAACTTGTTTTTATATTCGTGTGCG-TTA
66 AACTGTTACTGGTGCTTGACGTGATTAATTGCGTGCTAACTTGTTTTTATATT--TGTGCGCAAA
* * *
15069235 --TAGGTCAAAGCCTAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTAAAAATGACTTTCGTTAGACT
129 CTTAGGTCAAAGCCTAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGACTTTCGCTGGACT
* * * *
15069298 TAAGCTTTAAAATATGAAATACTGTTTCAACAAGTTTTTTAAATGGTACTGAATTTGAATATCTT
194 CAAGCTTTAAAATATGAAATACTGTTCCAGCAAG-TTTTTAAATGGAACTGAATTTGAATATCTT
* * *
15069363 GAAT-CAAACATTTTTAAGCTTGCTCAAAG-AAAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAGTTT
258 GAATCCAAA-GTTTTTAAACTTGCTC-AAGCAAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTT
* * * *
15069426 TTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTGTAAAGTACTTTGGAGCTTAAAATATC-AAA-CTCTTTTTGAA
321 TTCACAGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAA
* * * *
15069489 CAATCATGGGCATGAAAACCACTTGCATAATTTTAAATTGTGATATAAAAACCATTTTGCACAAG
386 CAATCATGGGCATAAAAACCACTTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAATCATTTTGCACAAG
* *
15069554 TTTTTAACTTTTCGTTG-GATTTCATACTTATTTGCTTTGGATATATTTTTAGGATAATTCATG-
451 -TTTTAACTTTTCGTTGTG-TTTCATACTTATTTGCTTTGGATACATTTTT-GGAGAATTCATGA
15069617 ATG-CT-A
513 ATGTCTGA
* *
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1 TGTGGGATTACATATGAATGCTCTTGATATTGGGATTGCGTGAATGATTTGGATACTATTTGTGA
* * * * *
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* * * * *
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130 TTAGGTCAAAGCCTAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGACTTTCGCTGGACTC
* * * ** *
15069803 AAGATTTAAAATATGAAATATTGTTCCAACAAG--TTTAAATAAAACTGAATTCGAATATCTTGA
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* * *
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260 AT-CCAAAGTTTTTAAACTTGCTCAAGCAAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTTC
* *
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324 ACAGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAA
* * * * *
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* * *
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453 TTAACTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTGGATACATTTT-TGGAGAATTCATGAATGT
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517 CTGA
* * * **
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* * * * *
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* * * *
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130 TTAGGTCAAAGCCTAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGACTTTCGCTGGACTC
*
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195 AAGCTTTAAAATATGAAATACTGTTCCAGCAAGTTTTTAAATGGAACTGAATTTGAATATCTTGA
* * * *
15070382 ATCCAATGTTTTTAAACTTGATCAAGCAAAGAAACTTGATAAGTTGTATTGGTTTTAGTTTTTCA
260 ATCCAAAGTTTTTAAACTTGCTCAAGCAAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCA
* * * *
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325 CAGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAAT
* * * * * * ** *
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390 CATGGGCATAAAAACCACTTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAATCATTTTGCACAAG-TTT
* * * *
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454 TAACTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTGGATACATTTT-TGGAGAATTCATGAATGTC
*
15070638 TGT
518 TGA
* * * * *
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1 TGTGGGATTACATATGAATGCTCTTGATATTGGGATTGCGTGAATGATTTGGATACTATTTGTGA
* * * * * * * *
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* * *
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* *
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196 AGCTTTAAAATATGAAATACTGTTCCAGCAAGTTTTTAAATGGAACTGAATTTGAATATCTTGAA
* * * *
15070893 TCTAATGCTTTTAAACTTGCTCAAGCAAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCAT
261 TCCAAAGTTTTTAAACTTGCTCAAGCAAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCAC
*
15070958 AGCGTTAAGTGCTAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAATC
326 AGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAATC
* * * * *
15071023 ATGGGCATGAAAGCCACCTGCACAATTTCAAATTGTGATATAGAAATCATTTTGCATAAGGTTTT
391 ATGGGCATAAAAACCACTTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAATCATTTTGCACAA-GTTTT
* * * * *
15071088 TACTTTTCGTTGCGTTTCATACTATTTTTGTTTTGGATACATTTTCAGGAGAATTCATGAATG-C
455 AACTTTTCGTTGTGTTTCATACT-TATTTGCTTTGGATACATTTT-TGGAGAATTCATGAATGTC
15071152 ---
518 TGA
* * *
15071152 TGTGGGATTGCATATGAATGCTCTTGACATTGGGATTGCGTGAATGATTTGTATACTATTTGTGA
1 TGTGGGATTACATATGAATGCTCTTGATATTGGGATTGCGTGAATGATTTGGATACTATTTGTGA
* * * * * * * * *
15071217 AACTATTACTGGTGCATGACGTAAATAATTGCGAGCCAACTTGGTTTTATATTTGTGCACCAACT
66 AACTGTTACTGGTGCTTGACGTGATTAATTGCGTGCTAACTTGTTTTTATATTTGTGCGCAAACT
* * * * * *
15071282 TAGGTCAAAGCTTAGTGTTTTTGAAATTTTTATGTTTTGTTTTGAAAATGGCTTTTAG-TAGACT
131 TAGGTCAAAGCCTAATGTTTTTGAAA-TTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGAC-TTTCGCTGGACT
* * *
15071346 CAATCTTTAAAATATGAAACACTGTTCCAGCAAGTTTTTAAATTGAACTGAATTTGAATATCTTG
194 CAAGCTTTAAAATATGAAATACTGTTCCAGCAAGTTTTTAAATGGAACTGAATTTGAATATCTTG
* * * * *
15071411 AATCTAATGTTTTTAAACTTACTCAAGCAAAGAAACATGATACGTTGCATTCGTTTTAGTTTTTC
259 AATCCAAAGTTTTTAAACTTGCTCAAGCAAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTTC
*
15071476 ACAGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGTCGTTT-GAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACA
324 ACAGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGAC-TTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACA
* * * * * *
15071540 ACCATGGGCA-AGAAAATCACTTGTACAGTTTCAAATTATGATATAAAAACCATT
388 ATCATGGGCATA-AAAACCACTTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAATCATT
15071594 ACAGCAAGTT
Statistics
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Found at i:15069476 original size:518 final size:519
Alignment explanation
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15066458 CTGAGGAGTT
* * * *
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* * *
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* *
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* * * * * * *
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* * * *
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* *
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* * * * *
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* * * * **
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* * *
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* * * * *
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* *
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** * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * ** * *
15067388 ATTTTTGAACAATTATAAGCATA-AAAATCATTTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAA-CTA
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* * *
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*
15067514 GAATTCTTGAATGCTC
506 GAATTCATGAATG--C
* * * * * *
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1 T---G----TG--GGATTACATATGAATGCTCTTGATATTGGGATTGCGTGAATGATTTGGATAC
* * * * * *
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* * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * *
15067851 GCATTGGTTTTAATTTTTCATAGCATTAAGTGTAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATC
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* **
15067916 AAAATATGTTTTTTTGAACAATCATGGGCATA-AAAATTACTTGCACAATTTCAAATTGTGATAT
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* * * *
15067980 AAAAATCATTTTGGACAAGTTTTTAATTTTTCGTTGTGTTTTATACTTATTTGCTTTGGATATAT
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* * *
15068045 TTTTAAGAGAATTCGTGAATGC
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* * * *
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* *
15068129 AACTGTTACTGGTGCTTAACTTGATTAATTGCGTGCCAACTTGTTTTTATATTTGTGT--ACAAA
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* * * * *
15068192 CTTACGTCAAACCCTAATGTTTTTGAAATTTTGTGTTTTACTTT-AAAAGTGAATTTCGCTGGAC
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* * * * *
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194 TCAAGCTTTAAAATATGAAATACTGTTCCAGCAAGTTTTTAAATGGAACTGAATTTGAATATCT-
** * * * *
15068320 TGAATCCAACATTTTTAAACTTGTTCAAGCAAAGAAACATGAGAATTTGCATTGGTTTTAATTTT
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* * * * * *
15068385 TCAGAGCATTAAGTGCAAGTTGTAAAGGTCTTTCGAGCTTAAAATATCAAAATTTGTTTTTTGGA
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* * *
15068514 GTTTTTCACTTTTCGTTGTGTTTCATAATTATTTGCTTTGGATACATTTT-ATGGGGAATTCATG
451 GTTTTTAACTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTGGATACATTTTCA-GGAGAATTCATG
*
15068578 AATGT
515 AATGC
* * * * * *
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1 TGTGGGATTACATATGAATGCTCTTGATATTGGGATTGCGTG-AATGATTTGGATACTATTTGTG
* * * * * *
15068648 AAATTATTACTGGTGCTTTGACATGATTAATTGCGTGTCAACTTGTTTTTATATTTTTATGCA-A
65 AAACTGTTACTGGTGC-TTGACGTGATTAATTGCGTGCCAACTTGTTTTTATATTTGTGTGCACA
** * * * *
15068712 AGTTAGGTCAAAGCCTAATGTTTTTTAAAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAGTGAATTTCGTTGG
129 AACTAGGTCAAAGCCTAATG-TTTTT-GAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGACTTTCGCTGG
* * * * * *
15068777 ACCCAAGCTTCAAAATATGAAATACTGTTCTAGCAAGTGTTTAAAATGAAATTGAATTTGAATAT
192 ACTCAAGCTTTAAAATATGAAATACTGTTCCAGCAAGT-TTTTAAATGGAACTGAATTTGAATAT
* * * *
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* * * *
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* *
15068972 ACAATCATGGGCAAGAAAATCGCTTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAATCATTTTGCACAA
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* * *
15069037 GTTTTTAACTTTTCGTTGTGTTTCATATTTATTTTCTTTGGATACATTTTCAGGAGACTTCATGA
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*
15069102 TTGC
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* * * * *
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1 TGTGGGATTACATATGAATGCTCTTGATATTGGGATTGCGTGAATGATTTGGATACTATTTGTGA
* * * * * ***
15069171 AATTGTTATTGGTGCTTGACGTAATTAATTGTGTGCCAACTTGTTTTTATATTCGTGTGC-GTTA
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* * * *
15069235 -TAGGTCAAAGCCTAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTAAAAATGACTTTCGTTAGACTT
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* * *
15069299 AAGCTTTAAAATATGAAATACTGTTTCAACAAGTTTTTTAAATGGTACTGAATTTGAATATCTTG
196 AAGCTTTAAAATATGAAATACTGTTCCAGCAAG-TTTTTAAATGGAACTGAATTTGAATATCTTG
* ** * *
15069364 AATCAAACATTTTTAAGCTTGCTCAAAG-AAAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAGTTTTT
260 AATCCAATGTTTTTAAACTTGCTC-AAGCAAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTT
* * * *
15069428 CACAGTGTTAAGTGTAAGTTGTAAAGTACTTTGGAGCTTAAAATATC-AAA-CTCTTTTTGAACA
324 CACAGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACA
* * * *
15069491 ATCATGGGCATGAAAACCACTTGCATAATTTTAAATTGTGATATAAAAACCATTTTGCACAAGTT
389 ATCATGGGCAAGAAAACCACTTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAATCATTTTGCACAAGTT
* * *
15069556 TTTAACTTTTCGTTG-GATTTCATACTTATTTGCTTTGGATATATTTTTAGGATAATTCATG-AT
454 TTTAACTTTTCGTTGTG-TTTCATACTTATTTGCTTTGGATACATTTTCAGGAGAATTCATGAAT
15069619 GC
518 GC
* * *
15069621 TATGGGATTGCATATGAATGCTCTTGATATTGGGATT--GTG--TGA-----AT--TATTTGTAA
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* * * * *
15069675 AACTGTTACTAGTGCTTGATGTGATTAATTGGGTGTCAACTT-ATTTTATA-TT-TGTGCACAAA
66 AACTGTTACTGGTGCTTGACGTGATTAATTGCGTGCCAACTTGTTTTTATATTTGTGTGCACAAA
* * * * *
15069737 CTTAGATCAAAGCCTAATGTTTTTGAAAATTTATGTTTTGCTTTGAAAATGGCTTTTGTTGGACT
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* * * ** *
15069802 CAAGATTTAAAATATGAAATATTGTTCCAACAAG--TTTAAATAAAACTGAATTCGAATATCTTG
195 CAAGCTTTAAAATATGAAATACTGTTCCAGCAAGTTTTTAAATGGAACTGAATTTGAATATCTTG
* * * *
15069865 AATCCCATATTTTTAAATTTGCTCAAGCAAAGAAACTTGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTTC
260 AATCCAATGTTTTTAAACTTGCTCAAGCAAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTTC
* *
15069930 ACAGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATAT--AAGTCTGTTTTTGAAAAA
325 ACAGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAA
* * * * *
15069993 TCTTGGGCATGAAAGCCAATTGCTCAATTTCAAATTGTGATATAAAAATCATTTTGCACAAGTTT
390 TCATGGGCAAGAAAACCACTTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAATCATTTTGCACAAGTTT
* * *
15070058 TTAACCTTTCGTTGTGTTTCATGCTTATTTGCTTTGGATACATTTTAAGGAGAATTCATGAATGC
455 TTAACTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTGGATACATTTTCAGGAGAATTCATGAATGC
* * * * **
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1 TGTGGGATTACATATGAATGCTCTTGATATTGGGATTGCGTGAATGATTTGGATACTATTTGTGA
* * * *
15070188 AACTGTTACTGGTGCTTGACGTGATTAATTGCATGCCAACTTGTTTTTTTTATTTGTGAG--CGA
66 AACTGTTACTGGTGCTTGACGTGATTAATTGCGTGCCAACTTG-TTTTTATATTTGTGTGCACAA
* *
15070251 ACATAGGTCAAAGCTTAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGACTTTCGCTAGAC
130 AC-TAGGTCAAAGCCTAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGACTTTCGCTGGAC
* *
15070316 TTAAGCTTTAAAATATGAAATACTATTCCAGCAAGTTTTTAAATGGAACTGAATTTGAATA-CTT
194 TCAAGCTTTAAAATATGAAATACTGTTCCAGCAAGTTTTTAAATGGAACTGAATTTGAATATCTT
* * *
15070380 GAATCCAATGTTTTTAAACTTGATCAAGCAAAGAAACTTGATAAGTTGTATTGGTTTTAGTTTTT
259 GAATCCAATGTTTTTAAACTTGCTCAAGCAAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTT
* * * *
15070445 CACAGCATTAAATGCAAGTTTTTAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACA
324 CACAGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACA
* * * * * * ** *
15070510 ATCGTGGGTATGAAAACCACATGCACAATTTAAAATTTTGATATAAAAGCCTTTTTGCACAAGTT
389 ATCATGGGCAAGAAAACCACTTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAATCATTTTGCACAAGTT
* * * *
15070575 TTTAACTTTTCATTGTGTTTCATACTTGTTTGCTTTGGATACATTTTCAGGAGACTTCATGATTG
454 TTTAACTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTGGATACATTTTCAGGAGAATTCATGAATG
*
15070640 T
519 C
* * * * *
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1 TGTGGGATTACATATGAATGCTCTTGATATTGGGATTGCGTGAATGATTTGGATACTATTTGTGA
* * * * *
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66 AACTGTTACTGGTGCTTGACGTGATTAATTGCGTGCCAACTTGTTTTTATATTTGTGTGCACAAA
* *
15070765 CATAGGTCAAAGCC----GTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGAGTTTCGCTAGACT
131 C-TAGGTCAAAGCCTAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGACTTTCGCTGGACT
* * *
15070826 TAAGCTTTAAAATATGAAATACTGTTCCAGCAAGTTTTTAAATTGAAATGAATTTGAATATCTTG
195 CAAGCTTTAAAATATGAAATACTGTTCCAGCAAGTTTTTAAATGGAACTGAATTTGAATATCTTG
* *
15070891 AATCTAATGCTTTTAAACTTGCTCAAGCAAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTTC
260 AATCCAATGTTTTTAAACTTGCTCAAGCAAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTTC
* *
15070956 ATAGCGTTAAGTGCTAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAA
325 ACAGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAA
* * * * *
15071021 TCATGGGCATGAAAGCCACCTGCACAATTTCAAATTGTGATATAGAAATCATTTTGCATAAGGTT
390 TCATGGGCAAGAAAACCACTTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAATCATTTTGCACAA-GTT
* * *
15071086 TTT-ACTTTTCGTTGCGTTTCATACTATTTTTGTTTTGGATACATTTTCAGGAGAATTCATGAAT
454 TTTAACTTTTCGTTGTGTTTCATACT-TATTTGCTTTGGATACATTTTCAGGAGAATTCATGAAT
15071150 GC
518 GC
* * *
15071152 TGTGGGATTGCATATGAATGCTCTTGACATTGGGATTGCGTGAATGATTTGTATACTATTTGTGA
1 TGTGGGATTACATATGAATGCTCTTGATATTGGGATTGCGTGAATGATTTGGATACTATTTGTGA
* * * * * * *
15071217 AACTATTACTGGTGCATGACGTAAATAATTGCGAGCCAACTTGGTTTTATA-TT-TGTGCACCAA
66 AACTGTTACTGGTGCTTGACGTGATTAATTGCGTGCCAACTTGTTTTTATATTTGTGTGCACAAA
* * * * * *
15071280 CTTAGGTCAAAGCTTAGTGTTTTTGAAATTTTTATGTTTTGTTTTGAAAATGGCTTTTAG-TAGA
131 C-TAGGTCAAAGCCTAATGTTTTTGAAA-TTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGAC-TTTCGCTGGA
* * *
15071344 CTCAATCTTTAAAATATGAAACACTGTTCCAGCAAGTTTTTAAATTGAACTGAATTTGAATATCT
193 CTCAAGCTTTAAAATATGAAATACTGTTCCAGCAAGTTTTTAAATGGAACTGAATTTGAATATCT
* * * *
15071409 TGAATCTAATGTTTTTAAACTTACTCAAGCAAAGAAACATGATACGTTGCATTCGTTTTAGTTTT
258 TGAATCCAATGTTTTTAAACTTGCTCAAGCAAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTT
*
15071474 TCACAGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGTCGTTT-GAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAA
323 TCACAGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGAC-TTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAA
* * * * * *
15071538 CAACCATGGGCAAGAAAATCACTTGTACAGTTTCAAATTATGATATAAAAACCATT
387 CAATCATGGGCAAGAAAACCACTTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAATCATT
15071594 ACAGCAAGTT
Statistics
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CAGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAAT
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TAACTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTGGATACATTTTCAGGAGAATTCATGAATGC
Found at i:15070486 original size:516 final size:517
Alignment explanation
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15066458 CTGAGGAGTT
* * * *
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* * * *
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* *
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* * * * * * *
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* * * *
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* *
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* * * * * * *
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* * * **
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509 CATGAA-----T---G---C
* * *
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* * * * * *
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* *
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** * * * * *
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186 GCTGGACTCAAGCTTT-AAAATATGAAATACTGTTCCAGCAAGTTTTTAAATGGAACTGAATTTG
* * * *
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250 AATATCTTGAATCCAATG-TTTTTAAACTTGCTCAAGCAAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTT
* * * * * * * * *
15067325 TTAATTTTTTATAGTGTTAGGTGCAAGTTGTAAAGGATTTTGGTGCTTAAAACATCAAAATCTAT
314 TTAGTTTTTCACAGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATC-AAATCTGT
* ** * * *
15067390 TTTTGAACAATTATAAGCATAAAAATCATTTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAA-CTATTT
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* * *
15067454 TGCACAA--TTTTAACTGTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTGGATACATTTTTAGAAGAA
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*
15067517 TTCTTGAATGCTC
507 TTCATGAATG--C
* * * * * *
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* * * * * *
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* *
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* * *
15067724 TGACTTTCAG-TGGACCCAAGCTTTAAAATATGAAATACGGTTCCAGCAAGTTTTTAAATGAAAC
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* * * * * *
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* * * *
15067853 ATTGGTTTTAATTTTTCATAGCATTAAGTGTAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAA
307 ATTGGTTTTAGTTTTTCACAGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATC-A
* * **
15067918 AATATGTTTTTTTGAACAATCATGGGCATAAAAATTACTTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAA
371 AATCTG--TTTTTGAACAATCATGGGCATGAAAACCACTTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAA
* * * *
15067983 AATCATTTTGGACAAGTTTTTAATTTTTCGTTGTGTTTTATACTTATTTGCTTTGGATATATTTT
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*
15068048 TAA-GAGAATTCGTGAATGC
498 TAAGGAGAATTCATGAATGC
* * * *
15068067 TGTGAGATAACATATGAATGCTCATGATATTGGGATTGCATGAATGATTTGGATACTA---GTGA
1 TGTGGGATTACATATGAATGCTCTTGATATTGGGATTGCGTGAATGATTTGGATACTATTTGTGA
* *
15068129 AACTGTTACTGGTGCTTAACTTGATTAATTGCGTGCCAACTTGTTTTTATATTTGTGTA-CAAAC
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* * * * * *
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130 TTAGGTCAAAGCCTAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAA-TGACTTTCGCTGGACT
* * * *
15068257 CAAGCCTTAAAATATGAAATACTGTTCTATCAAGTTTTTAAATCGAACTGAATTTGAATAT-TGT
194 CAAGCTTTAAAATATGAAATACTGTTCCAGCAAGTTTTTAAATGGAACTGAATTTGAATATCT-T
** * * * *
15068321 GAATCCAACATTTTTAAACTTGTTCAAGCAAAGAAACATGAGAATTTGCATTGGTTTTAATTTTT
258 GAATCCAATGTTTTTAAACTTGCTCAAGCAAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTT
* * * * * *
15068386 CAGAGCATTAAGTGCAAGTTGTAAAGGTCTTTCGAGCTTAAAATATCAAAATTTGTTTTTTGGAC
323 CACAGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATC-AAATCTG-TTTTTGAAC
*
15068451 AATCATGGGCATAAAAACCACTTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAATCATTTTGCACAAGT
386 AATCATGGGCATGAAAACCACTTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAATCATTTTGCACAAGT
* * * *
15068516 TTTTCACTTTTCGTTGTGTTTCATAATTATTTGCTTTGGATACATTTTATGGGGAATTCATGAAT
451 TTTTAACTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTGGATACATTTTAAGGAGAATTCATGAAT
*
15068581 GT
516 GC
* * * * * *
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1 TGTGGGATTACATATGAATGCTCTTGATATTGGGATTGCGTG-AATGATTTGGATACTATTTGTG
* * * * *
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65 AAACTGTTACTGGTGC-TTGACGTGATTAATTGCGTGCCAACTTGTTTTTATATTTGTGA-GCAA
* * * * *
15068712 AGTTAGGTCAAAGCCTAATGTTTTTTAAAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAGTGAATTTCGTTGG
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* * * * * *
15068777 ACCCAAGCTTCAAAATATGAAATACTGTTCTAGCAAGTGTTTAAAATGAAATTGAATTTGAATAT
191 ACTCAAGCTTTAAAATATGAAATACTGTTCCAGCAAGT-TTTTAAATGGAACTGAATTTGAATAT
* * * *
15068842 ATTCAATCCAACGTTTTTAAACTTGATCAAGCAAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTT
255 CTTGAATCCAATGTTTTTAAACTTGCTCAAGCAAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTT
* * * *
15068907 TTTTACAGCGCTAAGTGCAAGTTGTAAAGCACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTATTGA
320 TTTCACAGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATC-AAATCTGTTTTTGA
* * *
15068972 ACAATCATGGGCAAGAAAATCGCTTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAATCATTTTGCACAA
384 ACAATCATGGGCATGAAAACCACTTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAATCATTTTGCACAA
* * * *
15069037 GTTTTTAACTTTTCGTTGTGTTTCATATTTATTTTCTTTGGATACATTTTCAGGAGACTTCATGA
449 GTTTTTAACTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTGGATACATTTTAAGGAGAATTCATGA
*
15069102 TTGC
514 ATGC
* * * * *
15069106 TGTGGGATTGCATATGAATACACTTGATATTTGGATTGCGTGAATGACTTGGATACTATTTGTGA
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* * * * * * **
15069171 AATTGTTATTGGTGCTTGACGTAATTAATTGTGTGCCAACTTGTTTTTATATTCGTGTGC--GTT
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* * * *
15069234 ATAGGTCAAAGCCTAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTAAAAATGACTTTCGTTAGACTT
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* * *
15069299 AAGCTTTAAAATATGAAATACTGTTTCAACAAGTTTTTTAAATGGTACTGAATTTGAATATCTTG
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* ** * *
15069364 AATCAAACATTTTTAAGCTTGCTCAAAG-AAAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAGTTTTT
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* * * *
15069428 CACAGTGTTAAGTGTAAGTTGTAAAGTACTTTGGAGCTTAAAATATCAAA-CTCTTTTTGAACAA
323 CACAGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAATCTGTTTTTGAACAA
* * *
15069492 TCATGGGCATGAAAACCACTTGCATAATTTTAAATTGTGATATAAAAACCATTTTGCACAAGTTT
388 TCATGGGCATGAAAACCACTTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAATCATTTTGCACAAGTTT
* * *
15069557 TTAACTTTTCGTTG-GATTTCATACTTATTTGCTTTGGATATATTTTTAGGATAATTCATG-ATG
453 TTAACTTTTCGTTGTG-TTTCATACTTATTTGCTTTGGATACATTTTAAGGAGAATTCATGAATG
15069620 C
517 C
* * *
15069621 TATGGGATTGCATATGAATGCTCTTGATATTGGGATT--GTG--TGA-----AT--TATTTGTAA
1 TGTGGGATTACATATGAATGCTCTTGATATTGGGATTGCGTGAATGATTTGGATACTATTTGTGA
* * * * *
15069675 AACTGTTACTAGTGCTTGATGTGATTAATTGGGTGTCAACTT-ATTTTATATTTGTGCA-CAAAC
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* * * * *
15069738 TTAGATCAAAGCCTAATGTTTTTGAAAATTTATGTTTTGCTTTGAAAATGGCTTTTGTTGGACTC
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* * * ** *
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195 AAGCTTTAAAATATGAAATACTGTTCCAGCAAGTTTTTAAATGGAACTGAATTTGAATATCTTGA
* * * *
15069866 ATCCCATATTTTTAAATTTGCTCAAGCAAAGAAACTTGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCA
260 ATCCAATGTTTTTAAACTTGCTCAAGCAAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCA
* *
15069931 CAGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATAT-AAGTCTGTTTTTGAAAAATC
325 CAGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAATCTGTTTTTGAACAATC
* * * *
15069995 TTGGGCATGAAAGCCAATTGCTCAATTTCAAATTGTGATATAAAAATCATTTTGCACAAGTTTTT
390 ATGGGCATGAAAACCACTTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAATCATTTTGCACAAGTTTTT
* *
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66 AACTGTTACTGGTGCTTGACGTGATTAATTGCGTGCCAACTTG-TTTTTATATTTGTGAGCAAAC
* * * *
15070253 ATAGGTCAAAGCTTAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGACTTTCGCTAGACTT
130 TTAGGTCAAAGCCTAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGACTTTCGCTGGACTC
*
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260 ATCCAATGTTTTTAAACTTGCTCAAGCAAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCA
* * * *
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325 CAGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATC-AAATCTGTTTTTGAACAAT
* * * * * ** *
15070512 CGTGGGTATGAAAACCACATGCACAATTTAAAATTTTGATATAAAAGCCTTTTTGCACAAGTTTT
389 CATGGGCATGAAAACCACTTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAATCATTTTGCACAAGTTTT
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1 TGTGGGATTACATATGAATGCTCTTGATATTGGGATTGCGTGAATGATTTGGATACTATTTGTGA
* * * * * * *
15070706 AACTGTTACAGGTGCTTCACGTG----ATTGTGTGCCAACTTGTTTTTTTATATGTGTGCAAACA
66 AACTGTTACTGGTGCTTGACGTGATTAATTGCGTGCCAACTTGTTTTTATATTTGTGAGCAAACT
* * *
15070767 TAGGTCAAAGCC----GTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGAGTTTCGCTAGACTTA
131 TAGGTCAAAGCCTAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGACTTTCGCTGGACTCA
* *
15070828 AGCTTTAAAATATGAAATACTGTTCCAGCAAGTTTTTAAATTGAAATGAATTTGAATATCTTGAA
196 AGCTTTAAAATATGAAATACTGTTCCAGCAAGTTTTTAAATGGAACTGAATTTGAATATCTTGAA
* * *
15070893 TCTAATGCTTTTAAACTTGCTCAAGCAAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCAT
261 TCCAATGTTTTTAAACTTGCTCAAGCAAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCAC
*
15070958 AGCGTTAAGTGCTAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAATC
326 AGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATC-AAATCTGTTTTTGAACAATC
* * * *
15071023 ATGGGCATGAAAGCCACCTGCACAATTTCAAATTGTGATATAGAAATCATTTTGCATAAGGTTTT
390 ATGGGCATGAAAACCACTTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAATCATTTTGCACAA-GTTTT
* * * *
15071088 T-ACTTTTCGTTGCGTTTCATACTATTTTTGTTTTGGATACATTTTCAGGAGAATTCATGAATGC
454 TAACTTTTCGTTGTGTTTCATACT-TATTTGCTTTGGATACATTTTAAGGAGAATTCATGAATGC
* * *
15071152 TGTGGGATTGCATATGAATGCTCTTGACATTGGGATTGCGTGAATGATTTGTATACTATTTGTGA
1 TGTGGGATTACATATGAATGCTCTTGATATTGGGATTGCGTGAATGATTTGGATACTATTTGTGA
* * * * * * *
15071217 AACTATTACTGGTGCATGACGTAAATAATTGCGAGCCAACTTGGTTTTATATTTGTGCA-CCAAC
66 AACTGTTACTGGTGCTTGACGTGATTAATTGCGTGCCAACTTGTTTTTATATTTGTG-AGCAAAC
* * * * * *
15071281 TTAGGTCAAAGCTTAGTGTTTTTGAAATTTTTATGTTTTGTTTTGAAAATGGCTTTTAG-TAGAC
130 TTAGGTCAAAGCCTAATGTTTTTGAAA-TTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGAC-TTTCGCTGGAC
* * *
15071345 TCAATCTTTAAAATATGAAACACTGTTCCAGCAAGTTTTTAAATTGAACTGAATTTGAATATCTT
193 TCAAGCTTTAAAATATGAAATACTGTTCCAGCAAGTTTTTAAATGGAACTGAATTTGAATATCTT
* * * *
15071410 GAATCTAATGTTTTTAAACTTACTCAAGCAAAGAAACATGATACGTTGCATTCGTTTTAGTTTTT
258 GAATCCAATGTTTTTAAACTTGCTCAAGCAAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTT
*
15071475 CACAGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGTCGTTT-GAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAAC
323 CACAGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGAC-TTTGGAGCTTAAAATATC-AAATCTGTTTTTGAAC
* * * * * * *
15071539 AACCATGGGCAAGAAAATCACTTGTACAGTTTCAAATTATGATATAAAAACCATT
386 AATCATGGGCATGAAAACCACTTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAATCATT
15071594 ACAGCAAGTT
Statistics
Matches: 4009, Mismatches: 482, Indels: 215
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
500 5 0.00
501 244 0.06
502 40 0.01
503 13 0.00
504 133 0.03
505 1 0.00
506 5 0.00
509 103 0.03
510 193 0.05
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527 3 0.00
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540 5 0.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.12, G:0.18, T:0.39
Consensus pattern (517 bp):
TGTGGGATTACATATGAATGCTCTTGATATTGGGATTGCGTGAATGATTTGGATACTATTTGTGA
AACTGTTACTGGTGCTTGACGTGATTAATTGCGTGCCAACTTGTTTTTATATTTGTGAGCAAACT
TAGGTCAAAGCCTAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGACTTTCGCTGGACTCA
AGCTTTAAAATATGAAATACTGTTCCAGCAAGTTTTTAAATGGAACTGAATTTGAATATCTTGAA
TCCAATGTTTTTAAACTTGCTCAAGCAAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCAC
AGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAATCTGTTTTTGAACAATCA
TGGGCATGAAAACCACTTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAATCATTTTGCACAAGTTTTTA
ACTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTGGATACATTTTAAGGAGAATTCATGAATGC
Found at i:15071761 original size:222 final size:222
Alignment explanation
Indices: 15071370--15072257 Score: 1190
Period size: 222 Copynumber: 4.0 Consensus size: 222
15071360 TGAAACACTG
* * *
15071370 TTCCAGCAAGTTTTTAAATT-GAACTGAATTTGAATATCTTGAATCTAATGTTTTTAAACTTACT
1 TTCCAGCAAGTTTTT-AATTGGAACTGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTTAAACTTGCA
* * *
15071434 CAAGCAAAGAAACATGATACGTTGCATTCGTTTTAGTTTTTCACAGCGTTAAGTGCAAGTTGTAA
65 CAAGCAAAGAAACATGATAAGTTGCATTAGTTTTAGTTTTTCACAGCGTTAAGGGCAAGTTGTAA
* * *
15071499 AGGTCGTTT-GAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAACCATGGGCAAGAAAATCACTTG
130 AGGAC-TTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAATCATGGGCAAGAAAACCACTTG
* * *
15071563 TACAGTTTCAAATTATGATATAAAAACCA
194 CACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCA
* * *
15071592 TTACAGCAAGTTTTTTAA-TGGAACTAAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTTAAACTTGCT
1 TTCCAGCAAG-TTTTTAATTGGAACTGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTTAAACTTGCA
* * * * *
15071656 CAAGCAAATAAACATGATAATTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCGCAGCGTTAAGTGCGAA-TTGTA
65 CAAGCAAAGAAACATGATAAGTTGCATTAGTTTTAGTTTTTCACAGCGTTAAGGGC-AAGTTGTA
* ** * *
15071720 AAGCACTTTCAAGCTTAAAATATTAAAATCTGTTCTTGAACAATCATGGGCAAGAAAACCACTTG
129 AAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAATCATGGGCAAGAAAACCACTTG
* *
15071785 CACAATTTCTAATTGTGATATAAAAATCA
194 CACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCA
* * *
15071814 TTCCAGCAAGTTTTTAATTGGTACTGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTTAAAATTGCAA
1 TTCCAGCAAGTTTTTAATTGGAACTGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTTAAACTTGCAC
* * * *
15071879 AAGCAATGAAACATGATAAATTGCATTTGTTTTAGTTTTTCACAGTGTTAAGGGCAAGTTGTAAA
66 AAGCAAAGAAACATGATAAGTTGCATTAGTTTTAGTTTTTCACAGCGTTAAGGGCAAGTTGTAAA
* * * *
15071944 AGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAATCATGGGTAGGAAAACCACTTGTA
131 GGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAATCATGGGCAAGAAAACCACTTGCA
* *
15072009 TAATTTCAAATTGTGATATAAAAACGA
196 CAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCA
* * * * *
15072036 TTCCGGCAAGTTTTTAATTGGTACTGAATTTCAATATTTTGAATCCAACGTTTTTAAACTTGCAC
1 TTCCAGCAAGTTTTTAATTGGAACTGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTTAAACTTGCAC
* * * *
15072101 AAGCAAAGAAACATGATAAGTTGCATTAGTTTTAGTTTTTGATAGCATTAAGGGCAAATTGTAAA
66 AAGCAAAGAAACATGATAAGTTGCATTAGTTTTAGTTTTTCACAGCGTTAAGGGCAAGTTGTAAA
* * * * ****
15072166 GGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAATTTTGTTTTTGAACAATAATGGGCATGAAAGTGGCTTGCA
131 GGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAATCATGGGCAAGAAAACCACTTGCA
*
15072231 CAATTTCAAATTTTGATATAAAAACCA
196 CAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCA
15072258 ATTTGTACAA
Statistics
Matches: 585, Mismatches: 75, Indels: 12
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
221 13 0.02
222 565 0.97
223 7 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (222 bp):
TTCCAGCAAGTTTTTAATTGGAACTGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTTAAACTTGCAC
AAGCAAAGAAACATGATAAGTTGCATTAGTTTTAGTTTTTCACAGCGTTAAGGGCAAGTTGTAAA
GGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAATCATGGGCAAGAAAACCACTTGCA
CAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCA
Found at i:15073392 original size:539 final size:532
Alignment explanation
Indices: 15072041--15074369 Score: 2501
Period size: 534 Copynumber: 4.4 Consensus size: 532
15072031 AACGATTCCG
* * * * * * *
15072041 GCAAGTTTTTAATTGGTACTGAATTTCAATATTTTGAATCCAACGTTTTTAAACTTGC-ACAAGC
1 GCAAGTTTTTAAATAGAACTGAATTTGAATATCTTCAATCCAATGTTTTTAAACTTGCTA-AA-C
* * * * ** * *
15072105 AAAGAAACATGATAAGTTGCATTAGTTTTAGTTTTTGATAGCATTAAGGGCAAATTGTAAAGGAC
64 AAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGAC
* * * * * ****
15072170 TTTGGAGCTTAAAATATCAAATTTTGTTTTTGAACAATAATGGGCATGAAAGTGGCTTGCACAAT
129 TTTAGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAATCATGGGCATAAAAACCACTTGCACAAT
* * * * ** * * *
15072235 TTCAAATTTTGATATAAAAACCAATTTGTACAAGCTTTTAATTTTTCGTTGTGTTTTATACTTCT
194 TTCAAATTGTGATATAAAAGCCATTTTGCACAA--TTTTAACATTTCATTGTGTTTCATACTTAT
* * * * *
15072300 TTGCTTTGGATACATTTTCAGGACAATTCATGAA------A-G---CTGTGGTATTGCAGATG-A
257 TTGCTTTGGATACATTTTTAGGAGAATTCATGAATGCTTGAGGAATCTGTGGGATTACATATGAA
* ** * * *
15072354 ATGCTCTTGTTATTGGTG-TTGTGTGAATGATTTGGATACTATTTATGAAACTGTTATTGGTGCC
322 ATGCTCTTGATATTGG-GATTGCATGAATGATTTGGATACTATTTGTGAAACTGTTACTGGTGCT
* * * * *
15072418 TGAAGTGATTAATTGCGTGCTAACTTGTTTTTATATTTGTGCGCAAACTTAGGAGGAATAGTCAA
386 TGATGTGATTAATTGCATGCCAACTTGTTTTTATATTTATGCGCAAACTTAGGGGGAA-AGTCAA
* ** * *
15072483 TGCCAAATGTTTTCAAAATTTTATGTTATTCTTTGAAAATGACTTTTGCTGGAGCCAAGCATTAA
450 GGCCAAATGTTTTTGAAATTTTATGTT-TTTTTTGAAAATGACTTTTGCTGGACCCAAGC-TTAA
15072548 AAATATGAAATACTGTTTCA
513 AAATATGAAATACTGTTTCA
* * * *
15072568 ACAAGTTTTTAAATGGAAATGAATTTTAATATCTTCAATCCAATGTTTTTAAACTTGCT---CAA
1 GCAAGTTTTTAAATAGAACTGAATTTGAATATCTTCAATCCAATGTTTTTAAACTTGCTAAACAA
* * * *** *
15072630 AGAAACATGATAATTTGCACTAGTTTTAATTTTTTGTAGGGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTT
66 AGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTT
* * * * * * *
15072695 TGGAGCTTAAAATATCAAATTTTGTTTTTGAATAATTATAGGCATAAAAACCATTTGCACAATTT
131 TAGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAATCATGGGCATAAAAACCACTTGCACAATTT
* *
15072760 CAAATTGTGATAT-AAAGACCATTTTGCACAATTTTAACTTTTCATTGTATTTCATACTTATTTG
196 CAAATTGTGATATAAAAG-CCATTTTGCACAATTTTAACATTTCATTGTGTTTCATACTTATTTG
*
15072824 CTATGGATACATTTTTAGGAGAATTCATGAATGCTTTGAGGAATCCTGTGGGATTACATTAAATG
260 CTTTGGATACATTTTTAGGAGAATTCATGAATGC-TTGAGGAAT-CTGTGGGATTACA-T--AT-
* *
15072889 GAAATGATC-TGATATTGGGATTGCATGAATGATTTGGATATTATTTGTGAAACTGTTACTGGTG
319 GAAATGCTCTTGATATTGGGATTGCATGAATGATTTGGATACTATTTGTGAAACTGTTACTGGTG
* *
15072953 CTTGATGTGATTAATTGCGTGCCAACTTGTTTTTATATTTATGCGCAAACTTAGGGGGAACATTC
384 CTTGATGTGATTAATTGCATGCCAACTTGTTTTTATATTTATGCGCAAACTTAGGGGGAA-AGTC
* * * ***
15073018 GAA-GCCAAATATTTTTGAAATTTTATATTTTGTTTTGAAAATGAATTTTGCTGGAGTTAAGCTC
448 -AAGGCCAAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTT-TTTTGAAAATGACTTTTGCTGGACCCAAGCT-
*
15073082 T-AAAATATGAAATATTGTTTCA
510 TAAAAATATGAAATACTGTTTCA
* * * *
15073104 GCAAGTTTTT-AATAGAACTGAATTTCAATATCTTGAAGCCAATGTTCTTAAACTTGCTCAAACA
1 GCAAGTTTTTAAATAGAACTGAATTTGAATATCTTCAATCCAATGTTTTTAAACTTGCT-AAACA
** * *
15073168 AAGAAACCCGATAAGCTGTATTGGTTTTAA-TTTTCGACAGTGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGAC
65 AAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTAATTTTTC-ACAGTGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGAC
* * * * * * *
15073232 TTTAGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTGTTGAAAAATTATGGGCATAAAAATCATTTGTATAAT
129 TTTAGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAATCATGGGCATAAAAACCACTTGCACAAT
* * ** * * *
15073297 TTGAAAATTGTGATATAAAAGCGATTTTGTGCAATTTTAAC-TTCCGTTGTGTTTCATATTTATT
194 TT-CAAATTGTGATATAAAAGCCATTTTGCACAATTTTAACATTTCATTGTGTTTCATACTTATT
*
15073361 TGCTTTGGATACATTTTTAAGAGAATTCATGAATGCTCTGAGGAATCTGTGGGATTACATAT-AA
258 TGCTTTGGATACATTTTTAGGAGAATTCATGAATGCT-TGAGGAATCTGTGGGATTACATATGAA
* * * *
15073425 ATGCTCTTGATATTGGGATTACATGAATGATTTGGATATTATTTGTGAAATTGCTACTGGTGCTT
322 ATGCTCTTGATATTGGGATTGCATGAATGATTTGGATACTATTTGTGAAACTGTTACTGGTGCTT
* * * *
15073490 GATGTGATTCATTGCATGCCAACTTATTTTTATATTTATGCGCAAACTTAAGGGGAAGAGTCAAA
387 GATGTGATTAATTGCATGCCAACTTGTTTTTATATTTATGCGCAAACTTAGGGGGAA-AGTCAAG
* * *
15073555 GCCAAATGTCTTTGAAATTTTATGTTTTTCTTT-AAAAGTGGCTTTCGCTGGACCCAAGCTTAAA
451 GCCAAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTT-TTTGAAAA-TGACTTTTGCTGGACCCAAGCTTAAA
*
15073619 AATATGAAATACTGTTCCA
514 AATATGAAATACTGTTTCA
* *
15073638 GCAAGTTTTTAAAT-GAAACTGAATTTGAATACCTTCAATCCAACGTTTTTAAACTTGCTAAAGC
1 GCAAGTTTTTAAATAG-AACTGAATTTGAATATCTTCAATCCAATGTTTTTAAACTTGCTAAA-C
* *
15073702 AAAGAAAGATGATAAGTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACA-TCATTATA-TGCAAGTTGTAAAGG
64 AAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGT-GTTA-AGTGCAAGTTGTAAAGG
* * * * * *
15073765 AC-TTCGAAACTTAAAATATCAAAATCTGCATTCTGAACAATCATGGGCGTAAAAAGCACTTGCA
127 ACTTTAG-AGCTTAAAATATCAAAATCTG-TTTTTGAACAATCATGGGCATAAAAACCACTTGCA
* *
15073829 CAATTTCAAATTGTGTTATGAAAA-CCATTTTGCACAAGTTTTTCACATTTCATTGTGTTTCATA
190 CAATTTCAAATTGTGATAT-AAAAGCCATTTTGCACAA--TTTTAACATTTCATTGTGTTTCATA
*
15073893 CTTATTTGCTTTGGATACATTTTCT-GGAGAATTCGTGAATGC-T---G----T-T-GGATTACA
252 CTTATTTGCTTTGGATACATTTT-TAGGAGAATTCATGAATGCTTGAGGAATCTGTGGGATTACA
* *
15073947 TATG-AATGCTCTTGATATTGGGATTGCGTGAATGATTTGGATACTATTTTTGAAACTGTTACTG
316 TATGAAATGCTCTTGATATTGGGATTGCATGAATGATTTGGATACTATTTGTGAAACTGTTACTG
* * * * *
15074011 GTGCTTGACGTGATTAATTACATGCCAACTTGGTTTTATATTTGTGCGCAGACTTA----G---G
381 GTGCTTGATGTGATTAATTGCATGCCAACTTGTTTTTATATTTATGCGCAAACTTAGGGGGAAAG
* * * * * *
15074069 TCAAGGCCTAATGTTTTTGAGATTTTTATGTTTTGTTGTGAAAATGGCTTTTGGTGGACTCAAGC
446 TCAAGGCCAAATGTTTTTGA-AATTTTATGTTTT-TTTTGAAAATGACTTTTGCTGGACCCAAGC
* *
15074134 TTTAAAATATGAAATACTGTTTCG
509 TTAAAAATATGAAATACTGTTTCA
* * * *
15074158 GAAAGTTTTTAAATGGAACTGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTTAAACTTGCTCAAGCA
1 GCAAGTTTTTAAATAGAACTGAATTTGAATATCTTCAATCCAATGTTTTTAAACTTGCT-AAACA
* * *
15074223 AAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCAAAGTGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGGCT
65 AAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACT
* * * *
15074288 TTAGAGCTTAAACTATTAAAA-CTGTTTTTGGACAATCATGGGCA-AGAAAACCACTTGTACAAT
130 TTAGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAATCATGGGCATA-AAAACCACTTGCACAAT
15074351 TTCAAATTGTGATATAAAA
194 TTCAAATTGTGATATAAAA
15074370 ACCTTTCGTT
Statistics
Matches: 1541, Mismatches: 202, Indels: 128
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
517 5 0.00
518 45 0.03
519 22 0.01
520 177 0.11
521 68 0.04
522 3 0.00
523 139 0.09
527 164 0.11
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529 2 0.00
533 27 0.02
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535 175 0.11
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538 78 0.05
539 170 0.11
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541 4 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.12, G:0.18, T:0.38
Consensus pattern (532 bp):
GCAAGTTTTTAAATAGAACTGAATTTGAATATCTTCAATCCAATGTTTTTAAACTTGCTAAACAA
AGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTT
TAGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAATCATGGGCATAAAAACCACTTGCACAATTT
CAAATTGTGATATAAAAGCCATTTTGCACAATTTTAACATTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGC
TTTGGATACATTTTTAGGAGAATTCATGAATGCTTGAGGAATCTGTGGGATTACATATGAAATGC
TCTTGATATTGGGATTGCATGAATGATTTGGATACTATTTGTGAAACTGTTACTGGTGCTTGATG
TGATTAATTGCATGCCAACTTGTTTTTATATTTATGCGCAAACTTAGGGGGAAAGTCAAGGCCAA
ATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTTTTTGAAAATGACTTTTGCTGGACCCAAGCTTAAAAATATGA
AATACTGTTTCA
Found at i:15074978 original size:130 final size:130
Alignment explanation
Indices: 15074745--15075012 Score: 385
Period size: 130 Copynumber: 2.1 Consensus size: 130
15074735 TGTTTCATAC
* * * *
15074745 TTATTTGCTTTGGATACATTTTCAGGAGAATTCCCGAATGCTGTGAGATTGCATATGAATGCTCT
1 TTATTTGTTTTGGATACATTTTCAGGACAATTCACGAATGCTGTGAGATTGCAGATGAATGCTCT
*
15074810 TGATGTTGGGATTGCATAAATGATTTGGATACTATTTGTGAAACTGTTACAGGTGCTTGACGTGA
66 TGATATTGGGATTGCATAAATGATTTGGATACTATTTGTGAAACTGTTACAGGTGCTTGACGTGA
* * *
15074875 TTATTTGTTTTGGATACATTTTCAGGACAATTCATGAATG-TGGTGGGATTGCAGATGAATGCTT
1 TTATTTGTTTTGGATACATTTTCAGGACAATTCACGAATGCT-GTGAGATTGCAGATGAATGCTC
* * * * * *
15074939 TTGTTATTTGTATTGCATGAATGATTTGGATACTATTTGTGAAACTGTTACTGGTGTTTGACGTG
65 TTGATATTGGGATTGCATAAATGATTTGGATACTATTTGTGAAACTGTTACAGGTGCTTGACGTG
15075004 A
130 A
*
15075005 TTAATTGT
1 TTATTTGT
15075013 GTGCCAACTT
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 15, Indels: 2
0.88 0.11 0.01
Matches are distributed among these distances:
129 1 0.01
130 121 0.99
ACGTcount: A:0.25, C:0.10, G:0.24, T:0.41
Consensus pattern (130 bp):
TTATTTGTTTTGGATACATTTTCAGGACAATTCACGAATGCTGTGAGATTGCAGATGAATGCTCT
TGATATTGGGATTGCATAAATGATTTGGATACTATTTGTGAAACTGTTACAGGTGCTTGACGTGA
Found at i:15075728 original size:515 final size:515
Alignment explanation
Indices: 15074906--15075867 Score: 1375
Period size: 515 Copynumber: 1.9 Consensus size: 515
15074896 TCAGGACAAT
* * * * * *
15074906 TCATGAATGTGGTGGGATTGCAGATGAATGCTTTTGTTATTTGTATTGCATGAATGATTTGGATA
1 TCATGAATGTGGTGGGATTCCAGAAGAATGCTCTTGATATTAGGATTGCATGAATGATTTGGATA
* * **
15074971 CTATTTGTGAAACTGTTACTGGTGTTTGACGTGATTAATTGTGTGCCAACTTGTTTTTATAGTTA
66 CTATTTATGAAACTGTTACTGGTGCTTGACGTGATTAATTGCATGCCAACTTGTTTTTATAGTTA
* * * * *
15075036 TGCGCAAACTTATGTCAAAGCCTAATGTTTTCTTAAATTTTATGTTTTGCTTTGGAAATGACTTT
131 TGCGCAAACTTAGGTCAAAGCCTAATGTTTTCTGAAATTTTATCTTTTACTTTGAAAATGACTTT
* * * * * * * *
15075101 CGCTGGACTTAAGCTTTAAAATATGAAATACTGTTCCAGTAAGTTTTTAAGTGGAACTGAATTTG
196 CGCAGGACTCAAGCTTTAAAACATGAAATACTGTTACAGCAAGTTTTTAAATGGAACTAAATTTA
* * * * * *
15075166 AATATCTTGAATCTAACATTTTTAAACTTGCTTAAGCAAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTT
261 AATATCTTGAATCCAACATTATTAAACTTACTGAAGCAAAGAAACATGATAAGTTACATTCGTTT
15075231 TAGTTTTTCATAGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTT
326 TAGTTTTTCATAGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTT
* *
15075296 TTTGAACAATCATGGGCATG-A-AAGCGACTTGTACAATTTCAAATTCTAATATAAAAACCATTT
391 TTTGAACAATCATGGGCA-GCAGAA-CCACTTGTACAATTTCAAATTATAATATAAAAACCATTT
15075359 TGCATGACTTTATAACTTTTCTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTGGTTATATCAGTAGAAG
454 TGCATGACTTTATAACTTTTCTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTGGTTATATCAGTAGAAG
* *
15075421 TCATGAATGCT-GTGGGATTCCATAAGAATGCTCTTGATATTAGGATTGCTTGAATGATTTGGAT
1 TCATGAATG-TGGTGGGATTCCAGAAGAATGCTCTTGATATTAGGATTGCATGAATGATTTGGAT
* *
15075485 ATTATTTATGAAACTGTTGCTGGTGCTTGACGTGATTAATTGCATGCCAACTTGGTTTTT-TA-T
65 ACTATTTATGAAACTGTTACTGGTGCTTGACGTGATTAATTGCATGCCAACTT-GTTTTTATAGT
15075548 T-TGCGTGCAAACTTAGGTCAAAGCCTAATGTTTTC-GAAATTTTTATCTTTTACTTTGAAAATG
129 TATGC--GCAAACTTAGGTCAAAGCCTAATGTTTTCTGAAA-TTTTATCTTTTACTTTGAAAATG
*
15075611 GCTTTCAG-AGGACTCAAGCTTTAAAACATGAAATACTGTTACAGCAAGTTTTTAAATGGAACTA
191 ACTTTC-GCAGGACTCAAGCTTTAAAACATGAAATACTGTTACAGCAAGTTTTTAAATGGAACTA
** **
15075675 AATTTAAATATCTTGAATCCAAGGTTATTAAACTTACTGAATTAATA-AAACATGATAAGTTACA
255 AATTTAAATATCTTGAATCCAACATTATTAAACTTACTGAAGCAA-AGAAACATGATAAGTTACA
* *
15075739 TTCGTTTTAGTTTTTCATAGTGTTAAGTGCAAGTTGTAAATGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAA
319 TTCGTTTTAGTTTTTCATAGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAA
* * *
15075804 ATCTGTTTTTGAGCAATCGTGGGCAGCAGAACCACTTGTACAATTTCAAATTATGATATAAAAA
384 ATCTGTTTTTGAACAATCATGGGCAGCAGAACCACTTGTACAATTTCAAATTATAATATAAAAA
15075868 TCAATACAAC
Statistics
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0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
513 3 0.01
514 6 0.02
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516 11 0.03
ACGTcount: A:0.31, C:0.12, G:0.18, T:0.39
Consensus pattern (515 bp):
TCATGAATGTGGTGGGATTCCAGAAGAATGCTCTTGATATTAGGATTGCATGAATGATTTGGATA
CTATTTATGAAACTGTTACTGGTGCTTGACGTGATTAATTGCATGCCAACTTGTTTTTATAGTTA
TGCGCAAACTTAGGTCAAAGCCTAATGTTTTCTGAAATTTTATCTTTTACTTTGAAAATGACTTT
CGCAGGACTCAAGCTTTAAAACATGAAATACTGTTACAGCAAGTTTTTAAATGGAACTAAATTTA
AATATCTTGAATCCAACATTATTAAACTTACTGAAGCAAAGAAACATGATAAGTTACATTCGTTT
TAGTTTTTCATAGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTT
TTTGAACAATCATGGGCAGCAGAACCACTTGTACAATTTCAAATTATAATATAAAAACCATTTTG
CATGACTTTATAACTTTTCTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTGGTTATATCAGTAGAAG
Found at i:15076069 original size:163 final size:163
Alignment explanation
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Period size: 163 Copynumber: 2.0 Consensus size: 163
15075789 GCTTAAAATA
* * * *
15075799 TCAAAATCTGTTTTTGAGCAATCGTGGGCAGCAGAACCACTTGTACAATTTCAAATTATGATATA
1 TCAAAATCTGTGTTTGAACAATCATGGGCAGCAAAACCACTTGTACAATTTCAAATTATGATATA
*
15075864 AAAATCAATACAACAAGTTTTTAAATGGAACTGAAATTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTTAAA
66 AAAACCAATACAACAAGTTTTTAAATGGAACTGAAATTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTTAAA
15075929 CATGCTCAAGCAAAGAAACATGATAAGTTGCTT
131 CATGCTCAAGCAAAGAAACATGATAAGTTGCTT
* * *
15075962 TCAAAATCTGTGTTTGAACAATCATGGGCAAG-AAAACCACTTGTGCAGTTTCAAATTTTGATAT
1 TCAAAATCTGTGTTTGAACAATCATGGGC-AGCAAAACCACTTGTACAATTTCAAATTATGATAT
* * * * *
15076026 AAAAACCATTCCAGCAAGTTTTTAACTGGAAGTGAAATTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTTAA
65 AAAAACCAATACAACAAGTTTTTAAATGGAACTGAAATTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTTAA
*
15076091 ACTTGCTCAAGCAAAGAAACATGATAAGTTGC
130 ACATGCTCAAGCAAAGAAACATGATAAGTTGC
15076123 ATTTGTTTTA
Statistics
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0.90 0.09 0.01
Matches are distributed among these distances:
163 144 0.99
164 2 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.15, T:0.31
Consensus pattern (163 bp):
TCAAAATCTGTGTTTGAACAATCATGGGCAGCAAAACCACTTGTACAATTTCAAATTATGATATA
AAAACCAATACAACAAGTTTTTAAATGGAACTGAAATTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTTAAA
CATGCTCAAGCAAAGAAACATGATAAGTTGCTT
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Period size: 517 Copynumber: 4.5 Consensus size: 487
15076028 AAACCATTCC
* * *
15076038 AGCAAGTTTTTAACTGGAAGTGAAAT-TGAATATCTTGAATCCAATGTTTTTAAACTTGCTCAAG
1 AGCAAGTTTTTAAATTGAACTG-AATCTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTTAAACTTGCTCAAG
* * * ** * *
15076102 CAAAGAAACATGATAAGTTGCATTTGTTTTAGTTTTTCACAGCATTAAGCACAAGTTATGAAGGA
65 CAAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCACAGCGTCAAGTGCAAGTTGTAAAGGA
* * * * * *
15076167 CTTCGGAGGTTAAAATATCAAAATCCGTTATTCAACAATCATGGGCAA-AAAATCCACTTAAACA
130 CTTTGGAGCTTAAAATATCAAAAT-CTTTTTTGAACAATCATGGGCAAGAAAA-CCACTTGAACA
* *
15076231 ATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTTGCACAATTTTTTAACTTTTTGTTGTGTTTCATACTT
193 ATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTTGCACAAGTTTTTAACTTTTTGTTGTGTTTCACACTT
* * * * *
15076296 ATTTGCTTTGGATACATTTTCTGGAGATTTCATGAATGGTATGGGATTGCATGATTGATTTCGAT
258 ATTTGCTTTGGATACATTTTCAGGAGAATTCATG-ATGCTATGGGATTGCATGAATGAATTCGAT
* * * * *
15076361 ACTATTTGCGAAACTGTTACCA-CTGCTTGACGTGATTAATTGCATGCCAACTTCTTTTTATATT
322 GCTATTTGTGAAACTGTTA-CAGGTGCTTGACATGATTAATTGCTTGCCAACTTCTTTTTATATT
* * ** * *
15076425 TGTCCACAAACTCGGGTCAAAGCATAATGTTTTTGAAA-TTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGACT
386 TGT-GACGAACTTAGGTCAAAGCCTAATGTTTTTGAAATTTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGGCT
* * * **
15076489 TTGGCTGGACT-TAAGCTTTAAAATATGAAATACTGTTCC
450 TCGG-TGGACTCT-TGCTTTAAAATATGAAATGCTGTTTT
* *
15076528 AGCAAGTTTTTAAATTGAACTGAATTTGAATATCTTGAGTCCAATGTTTTTAAACTTGCTCAAGC
1 AGCAAGTTTTTAAATTGAACTGAATCTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTTAAACTTGCTCAAGC
* *
15076593 AAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCACAGCGTCAAGTGCAAGTTGTAAAGTAA
66 AAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCACAGCGTCAAGTGCAAGTTGTAAAGGAC
* * * * * *
15076658 TATGGAGCTTAAAATGTCAAAACCTTTTTTTGAACAATCAGGGGCATGAAAACCACTTGCACAAT
131 TTTGGAGCTTAAAATATCAAAATC-TTTTTTGAACAATCATGGGCAAGAAAACCACTTGAACAAT
* * * *
15076723 TTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTTGCAC-AGGTTTTAGCTTTTCGTTATGTTTCACACTTAT
195 TTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTTGCACAAGTTTTTAACTTTTTGTTGTGTTTCACACTTAT
*
15076787 TTGCTTTGGATACATTTTCAGGAGAATTCATGAATGCTGTGGGATTGCATATGAATGCTCTTGAT
260 TTGCTTTGGATACATTTTCAGGAGAATTCATG-ATGCTATGGGATTGC--ATGAA------TGA-
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315 ------A-T---T--C-GA--T-G---CTATTTGTGAAACTGTTACAGGTGCTTGACATGATTAA
** *
15076917 TTGCTTGCCAACTTGGTTTTATATTTGTGACGAACTTAGGTCAAAGCCTAGTGTTTTTGAAATTT
361 TTGCTTGCCAACTTCTTTTTATATTTGTGACGAACTTAGGTCAAAGCCTAATGTTTTTGAAATTT
* *
15076982 TTATGTTTTTCTTTGAAAATGGGTATCGGTGGACTCTTGCTTTAAAATATGAAATGCTGTTTT
426 TTATGTTTTGCTTTGAAAATGGCT-TCGGTGGACTCTTGCTTTAAAATATGAAATGCTGTTTT
* *
15077045 AGCAAGTTTCTAAATGGAACTGAATCTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTTAAACTTGCTCAAGC
1 AGCAAGTTTTTAAATTGAACTGAATCTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTTAAACTTGCTCAAGC
* * * *
15077110 AAAGAAACATGATAAGTTGCATTTGTTTTACTTTTTCACAGCGTTAAGTGCAAGTTGTGAAGGAC
66 AAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCACAGCGTCAAGTGCAAGTTGTAAAGGAC
* * * * * *
15077175 TTTGGAGGTTAAAATATCAAAAGCCATTATTGAACAATCATGGGCAAAAAAACCACTTAAACAAT
131 TTTGGAGCTTAAAATATCAAAA-TCTTTTTTGAACAATCATGGGCAAGAAAACCACTTGAACAAT
* *
15077240 TTCAAA-TGTTGATATAAAAACCATTTTGCACAATTTTTTTAACTTTTTGTTGTGTTTCATACTT
195 TTCAAATTG-TGATATAAAAACCATTTTGCACAA-GTTTTTAACTTTTTGTTGTGTTTCACACTT
* *
15077304 ATTTGCTTTGGATACATTTTCTGGAGATTTCATGATGCTATGGGATTGCATGAATGAATTCGATG
258 ATTTGCTTTGGATACATTTTCAGGAGAATTCATGATGCTATGGGATTGCATGAATGAATTCGATG
* *** * ** *
15077369 CTATTTGCGAAACTGTTACTTCTGCTAGATTTGATTAATTGCATGCCAACTTCTTTTTATATTTG
323 CTATTTGTGAAACTGTTACAGGTGCTTGACATGATTAATTGCTTGCCAACTTCTTTTTATATTTG
* * * * *
15077434 TCCACAAACTTAGGTCAAAGCATAATGTTTTTGAAA-TTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGACTTT
388 T-GACGAACTTAGGTCAAAGCCTAATGTTTTTGAAATTTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGGCTTC
* * * **
15077498 GGCTGGACT-TAAGCTTTAAAAAATGAAATACTGTTCC
452 GG-TGGACTCT-TGCTTTAAAATATGAAATGCTGTTTT
* * * *
15077535 AGCAAGTTTTTAAATTGAACTGAATTTCACTATCTTGAATCTAATGTTTTTAAACTTGCTCAAGC
1 AGCAAGTTTTTAAATTGAACTGAATCTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTTAAACTTGCTCAAGC
*
15077600 AAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCACAGCGTCAAGTGCAAGTTGTAAAGTAC
66 AAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCACAGCGTCAAGTGCAAGTTGTAAAGGAC
* * * * *
15077665 TTTCGAGCTTAAAATGTCAAAATCTTTCTTTGAACAATCAGGGGCATGAAAACCACTTGCACAAT
131 TTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTTT-TTTGAACAATCATGGGCAAGAAAACCACTTGAACAAT
*
15077730 TTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTTGCACAAGTTTTTAGCTTTTTGTTGTGTTTCACACTTAT
195 TTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTTGCACAAGTTTTTAACTTTTTGTTGTGTTTCACACTTAT
*
15077795 TTGCTTTGGATACATTTTCAGGAGAATTCATGAATGCTGTGGGATTGCATATGAATGCTTTTGAT
260 TTGCTTTGGATACATTTTCAGGAGAATTCATG-ATGCTATGGGATTGC--ATGAA------TGA-
* *
15077860 GTTGGGATTGCATAAATGATTTGGATACTATTTGTGAAACTGTTACAGGAGCTTGACGTGATTAA
315 ------ATT-C------GA--T-G---CTATTTGTGAAACTGTTACAGGTGCTTGACATGATTAA
* *
15077925 TTGCTTGCCAACTTTTTTTTATA-TTGTGACGAACTTAGGTCAAAGCCTAATGTTTTCGAAATTT
361 TTGCTTGCCAACTTCTTTTTATATTTGTGACGAACTTAGGTCAAAGCCTAATGTTTTTGAAATTT
* * * *
15077989 TTATGTTTCGCATTGAAAATGGGCATCGGTGGACTCTTGCTTTAAAATATGAAATGCTATTTT
426 TTATGTTTTGCTTTGAAAAT-GGCTTCGGTGGACTCTTGCTTTAAAATATGAAATGCTGTTTT
* * * *
15078052 AGCAACTTTTTAAA-TGCAACTGAATCTGAATATCTTGAATCCAAAGTTTTTAAGCTTCCTCAAG
1 AGCAAGTTTTTAAATTG-AACTGAATCTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTTAAACTTGCTCAAG
* * *
15078116 CAAAGAAACATGATAAGTTGCTTTGGTTTTAGTTTTTCACAGTGTTGAA-TGCAAGTTGTAAAGG
65 CAAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCACAGCG-TCAAGTGCAAGTTGTAAAGG
* * * *
15078180 ACATTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAGTCATGGGCAAGAAAATCACTTGTACA
129 ACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCT-TTTTTGAACAATCATGGGCAAGAAAACCACTTGAACA
*
15078245 ATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTTG-GCAAGTTTTT
193 ATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTTGCACAAGTTTTT
15078285 TAAATTGAAC
Statistics
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0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (487 bp):
AGCAAGTTTTTAAATTGAACTGAATCTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTTAAACTTGCTCAAGC
AAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCACAGCGTCAAGTGCAAGTTGTAAAGGAC
TTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTTTTTTGAACAATCATGGGCAAGAAAACCACTTGAACAATT
TCAAATTGTGATATAAAAACCATTTTGCACAAGTTTTTAACTTTTTGTTGTGTTTCACACTTATT
TGCTTTGGATACATTTTCAGGAGAATTCATGATGCTATGGGATTGCATGAATGAATTCGATGCTA
TTTGTGAAACTGTTACAGGTGCTTGACATGATTAATTGCTTGCCAACTTCTTTTTATATTTGTGA
CGAACTTAGGTCAAAGCCTAATGTTTTTGAAATTTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGGCTTCGGTG
GACTCTTGCTTTAAAATATGAAATGCTGTTTT
Found at i:15078510 original size:223 final size:221
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15078042 ATGCTATTTT
* * * *
15078052 AGCAACTTTTTAAATGCAACTGAATCTGAATATCTTGAATCCAAAGTTTTT-AAGCTTCCTCAAG
1 AGCAAGTTTTTAAATGAAACTGAATTTGAATATCTTGAATCCAAAGTTTTTAAAG-TTGCTCAAG
* *
15078116 CAAAGAAACATGATAAGTTGCTTTGGTTTTAGTTTTTCACAGTGTTGAA-TGCAAGTTGTAAAGG
65 CAAAGAAACATGATAACTTGCTTTGGTTTTAGTTTTTCACAGCGTT-AAGTGCAAGTTGTAAAGG
* * * *
15078180 ACATTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAGTCATGGGCAAGAAAATCACTTGTACA
129 AC-TTTGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAATCATGGGCAAGAAAACCACTTGCACA
**
15078245 ATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTT
193 ATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTCC
* * *
15078274 GGCAAGTTTTTTAAATTG-AACTCAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTTAAAGTTGCTCAA
1 AGCAAG-TTTTTAAA-TGAAACTGAATTTGAATATCTTGAATCCAAAGTTTTTAAAGTTGCTCAA
* * * * *
15078338 GCAAAGAAACTTGATAACTTCCTTTGGTTTTAGTTTTTCGCAGCATTAAGTGCAAGTTGTAAAGC
64 GCAAAGAAACATGATAACTTGCTTTGGTTTTAGTTTTTCACAGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGG
*
15078403 ACTTTCGAGCTTAAAATATCAAAATATGTTTTTAGAACAATCATGGGCAAGAAAACCACTTAG-A
129 ACTTT-GAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTT-GAACAATCATGGGCAAGAAAACCACTT-GCA
* *
15078467 CAATTTCAAATTTTGATATAAAATCCATTCC
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* * *
15078498 AGCAAGTTTTTAAATGAAACTGAAATTGAATATCTTGAATCCAACGTTTTTAAACTTGCTCAAGC
1 AGCAAGTTTTTAAATGAAACTGAATTTGAATATCTTGAATCCAAAGTTTTTAAAGTTGCTCAAGC
* * * *
15078563 AAAGAAACATGATAAGC-TGCATAGATTTTAGTTTTTCACAGCGTTAAGTGCAAGTTGCAAAGGA
66 AAAGAAACATGATAA-CTTGCTTTGGTTTTAGTTTTTCACAGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGA
* * *
15078627 CTTTGCAG--T---ATATCAAAATCTGTTATTGAACAATCATGGGCAA-AACCACTACTTGCACA
130 CTTTG-AGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAATCATGGGCAAGAA-AACCACTTGCACA
*
15078686 ATTTCAAATTGTAATAT
193 ATTTCAAATTGTGATAT
15078703 TGAAACGGTT
Statistics
Matches: 376, Mismatches: 41, Indels: 29
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
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222 11 0.03
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225 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (221 bp):
AGCAAGTTTTTAAATGAAACTGAATTTGAATATCTTGAATCCAAAGTTTTTAAAGTTGCTCAAGC
AAAGAAACATGATAACTTGCTTTGGTTTTAGTTTTTCACAGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGAC
TTTGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAATCATGGGCAAGAAAACCACTTGCACAATT
TCAAATTGTGATATAAAAACCATTCC
Found at i:15079604 original size:221 final size:219
Alignment explanation
Indices: 15079013--15079891 Score: 1103
Period size: 222 Copynumber: 4.0 Consensus size: 219
15079003 AATGCTGTTT
* * *
15079013 CAGCAAGTTTTTAAATGAAAACTGAATCTGAATATCTTGAATCTAATCTCTTTAAACTTGCTCAG
1 CAGCAAGTTTTTAAATG-GAACTGAATTTGAATATCTTGAATCTAAT-T-TTTAAACTTGCTCAA
* * *
15079078 GCAACGAAACATGATAAGTTGCTTTGGTTTTACTTTTTCACAGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGG
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* *
15079143 ACTTTAGAGCTTAAAA-ATTCAAAATCTGTTTTTGAACAATCATGTGCAAGAAAAACACTTGTAC
128 ACTTTGGAGCTTAAAATA-TCAAAATCTGTTTTTGAACAATCATGGGCAAGAAAAACAC-TGTAC
*
15079207 AATGTCAAATTGTGATATAAAAACCATTC
191 AATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTC
* *
15079236 CAGCAAGTTTTTAAATGGAACTGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTTTAAACTTGCTTAA
1 CAGCAAGTTTTTAAATGGAACTGAATTTGAATATCTTGAATCTAA---TTTTTAAACTTGCTCAA
* * * * *
15079301 GCAAAGAAACTTGATCAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCACTGCATTAAGTGCAAGTTGTAAAGC
63 GCAAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTACTTTTTCACAGCATTAAGTGCAAGTTGTAAAGG
* * * * * *
15079366 ACTTTCGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTCGAACAATCATAGTCAAGAGAACCACTGTACAA
128 ACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAATCATGGGCAAGAAAAACACTGTACAA
15079431 TTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTC
193 TTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTC
* *
15079458 TAGCAAGTTTTTAAATGGAACTGAATTTAAATATCTTGAATCTAATATTTTAAAACTTGCTCAAG
1 CAGCAAGTTTTTAAATGGAACTGAATTTGAATATCTTGAATCTAAT-TTTT-AAACTTGCTCAAG
* *
15079523 CAAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTACTTTTTCACAACGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGA
64 CAAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTACTTTTTCACAGCATTAAGTGCAAGTTGTAAAGGA
* * * *
15079588 CTTTGGTA-CTTAAAATATCAAAATTTGTTTTTGAACAATCATGGGCAAGAAAACCATTAGTGCA
129 CTTTGG-AGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAATCATGGGCAAGAAAAACACT-GTACA
*
15079652 ATTTCAAATTGTGATATAAAAACAATTC
192 ATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTC
* ** * ** * * ** *
15079680 GAGCAAGTTTTTATTTGGTACTGAATTTCTATA-C---AA-C--GTTTCTAAACTTGCAAAAGAA
1 CAGCAAGTTTTTAAATGGAACTGAATTTGAATATCTTGAATCTAATTTTTAAACTTGCTCAAGCA
* * *
15079738 AAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCACAGCATTAAGGGCATGTTGTAAAGGACT
66 AAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTACTTTTTCACAGCATTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACT
* * * *
15079803 TTGGAGCTTAAAATATATCAAAATCTGCTTTTGAACAATCATGGGCATGAAAGACACT-TGCAAG
131 TTGGAGCTT-AAA-ATATCAAAATCTGTTTTTGAACAATCATGGGCAAGAAAAACACTGTACAA-
15079867 TTTTCAAATTGTGATATAAAAACCA
193 -TTTCAAATTGTGATATAAAAACCA
15079892 ATTTGCCCAA
Statistics
Matches: 579, Mismatches: 64, Indels: 34
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
212 1 0.00
213 84 0.15
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220 4 0.01
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225 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.16, T:0.34
Consensus pattern (219 bp):
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AAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTACTTTTTCACAGCATTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACT
TTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAATCATGGGCAAGAAAAACACTGTACAATTT
CAAATTGTGATATAAAAACCATTC
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15081113 ATGAAATACT
* * *
15081123 ATTCCAGCAAGTTTTTAAATGGAACTGAATTCGAATATCTTAAATCCAATGTTTTTAAACTTGCT
1 ATTCCAGCAAGTTTTTAAATGGAACTAAATTCGAATATATTAAATCCAATGTTTTAAAACTTGCT
* * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
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* *
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15081491 CATGGCCAAG
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AAAGCAAAGAAACAAGATAAGTTGCAACGGTTTCAGTTTTTCACACTGTTAAGTGCAAGTTGTAA
AGCAATTTGGACCTTAAAATATAAAAATCTGTTTTTGAACAATTTCAAATTGTGATATTAAAACC
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* * *
15081286 TTTGGACAATTTCAAATTGTGATATTAAAACCATTCCAGCAGGTTTTTAAATGGAACTAAATTTG
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* *
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* * * *
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130 TAGTTTTTGACAGCATTAAGTGCAAGTTGTAAAGCACTTATGACCTTAAAATATAAAAATCTGCT
* *
15081481 TTTGAACAATCATGGCCAAGAAAACCA
195 ATTGAACAATCATGGACAAGAAAACCA
* * * *
15081508 TTTGCACAATTTTAAATTTTGGTATAAATACCATTCCAGCAAGTTTTTAAATGGAACTGAATTTC
1 TTTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAA-ACCATTCCAGCAAGTTTTTAAATGGAACTAAATTTC
* * * *
15081573 AATATCTTGAATCCAATGTTTTTAAACTTGCTCAAGCAAAGAAACATGATAAGTTGAATTGGTTT
65 AATATATTGAATCCAATGTTTTAAAACTTGCTCAAGCAAAGAAACAAGATAAGTTGAATTCGTTT
* * *
15081638 TAGGTTTTTGACAGCATTAAGTGC-AGTTGTAAAGGACTT-TAGAGCTTAAAATATCAAAATCTG
130 TA-GTTTTTGACAGCATTAAGTGCAAGTTGTAAAGCACTTAT-GACCTTAAAATATAAAAATCTG
*
15081701 CTATTGAACAATCATGGATAAGAAAACCA
193 CTATTGAACAATCATGGACAAGAAAACCA
*
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AGTTTTTGACAGCATTAAGTGCAAGTTGTAAAGCACTTATGACCTTAAAATATAAAAATCTGCTA
TTGAACAATCATGGACAAGAAAACCA
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* *
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* * * *
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** **
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* ** * ** * * *
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** * *
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*
15083987 GCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTCTGAACAATCATGGGCATGACAACGAGTGCAAAATTTCAAA
326 GCTT-AAATATCAAAATCTGTTTTCTGAACAACCATGGGCATGACAACGAGTGCAAAATTTCAAA
* *
15084052 TTGTTATATAAAAAACCATTTTCGCACAAGTTTTTTAACTTTTCGTTGTGTTTTACACTTATTTG
390 TTGTGATATAAAAAACCATTTTCGCACAAGTTTTTTAACTTTTCGTTGTGTTTCACACTTATTTG
*
15084117 CTTTGGATATATTTTCAGGAGAAATCGTGAATGCAT
455 CTTTGGATACATTTTCAGGAGAAATCGTGAATGCAT
15084153 ATTGGGATTGCGTGAATGATTTGGAAACTATTCT-TGAAACTATTACTGGTGCTCGACATGATTA
1 ATTGGGATTGCGTGAATGATTTGGAAACTATT-TGTGAAACTATTACTGGTGCTCGACATGATTA
* *
15084217 ATTGCATGCCAACTTGCTTTTATATTTGTGTGCAAACTTAGGTCAAAGCCTAATG-TTTTAAAAA
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* * * *
15084281 TTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGACCGGCACTGGACT-AAAGCTTTAAAATATGAAATAGTTTTT
129 -TTTATGTTTTACTTTGAAAATGACCGGCACTGGACTCAAA-CTTTAAAATATGAAATACTGTTC
* * * *
15084345 CAGCAAGTTTT-TAAATGGACTTGAATTCGAAAATCTTGAATCCAACATTTTTAAACATGCTCAA
192 CAGCAAGTTTTCAAAATGGACCTGAATTCGAAAATCCTAAATCCAACATTTTTAAACATGCTCAA
* *
15084409 GCAAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTCACTA-CCTTAAGTGCAAGTTGTGAAGG
257 GCAAAGAAACATG---AGTTGCATTGATTTTACTTTTCAC-AGCCTTAAGTGCAAGTTGTGAAGG
* * * * *
15084473 ACTTTGGAGCTT-AATATCAAAATCTGTTTTTTGAACAACCATGGGCATGA-ATTCTACTTGCAC
318 ACTTTGGAGCTTAAATATCAAAATCTGTTTTCTGAACAACCATGGGCATGACA-ACGA-GTGCAA
* * *
15084536 AATTTCAAATTGTGATAT-AAAAGCCATTTT-GCACAATTTTTTTAACTTTTCGTTGTGTTTCAT
381 AATTTCAAATTGTGATATAAAAAACCATTTTCGCACAAGTTTTTTAACTTTTCGTTGTGTTTCAC
* * * *
15084599 ACTTATTTTCTTTGGATACATTTTTAGGAGGATTCGTGAATGC
446 ACTTATTTGCTTTGGATACATTTTCAGGAGAAATCGTGAATGC
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Statistics
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ATTGGGATTGCGTGAATGATTTGGAAACTATTTGTGAAACTATTACTGGTGCTCGACATGATTAA
TTGCATGCCAACTTGCTTTTATATTTGTGCGCAACTTAGATCAAAGCCTAATGTTTTTAAAAATT
TATGTTTTACTTTGAAAATGACCGGCACTGGACTCAAACTTTAAAATATGAAATACTGTTCCAGC
AAGTTTTCAAAATGGACCTGAATTCGAAAATCCTAAATCCAACATTTTTAAACATGCTCAAGCAA
AGAAACATGAGTTGCATTGATTTTACTTTTCACAGCCTTAAGTGCAAGTTGTGAAGGACTTTGGA
GCTTAAATATCAAAATCTGTTTTCTGAACAACCATGGGCATGACAACGAGTGCAAAATTTCAAAT
TGTGATATAAAAAACCATTTTCGCACAAGTTTTTTAACTTTTCGTTGTGTTTCACACTTATTTGC
TTTGGATACATTTTCAGGAGAAATCGTGAATGCAT
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* * *
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15087917 ATGAATGCTC
* * *
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1 TGGGATTGCGATGAATGATATGGATA
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Statistics
Matches: 22, Mismatches: 3, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
26 12 0.55
28 10 0.45
ACGTcount: A:0.25, C:0.08, G:0.32, T:0.36
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TGGGATTGCGATGAATGATATGGATAT
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* * * ** *
15088165 CTGAATTTGAATATCTTGCATTAAACATTCCTAAACTTGCTCAAAGCAAATAAACATGATAAGTT
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* * *
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* * * * * *
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* ***
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* * * *
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* *
15088452 CATTCGTTTTAGTTATTTCACAGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGCACTTTCGAGCTTAAAATATC
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* *
15088517 AAAATCT-TCTTTTGAACAGTCATGGGCGAGAAAAGCACTTGCACAATTTCAAATTTTGATATAA
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193 AAACCATTCCAGCAAGTTTTTAAACAAAA
* * *
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1 CTGAATTTGAATATCTTGAATTCAACGTTTTTAAACTTGCTCAAGCAAAGAAACATGATAAGTTG
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66 CATTGGTTTTAGTTTTTCACAGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTT-CGAGCTTAAAATATC
* * *
15088739 AAAATCTGTTATTGAACAATCATGGGCA-AAAACACAACTTGCACAATTTCAAATTGTAATATAA
130 AAAATCTGTTTTTGAACAATCATGGGCAGAAAA-AC-ACTTGCACAATTTCAAATTTTGATATAA
15088803 AAACCATTC
193 AAACCATTC
15088812 TGCACAATTT
Statistics
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CTGAATTTGAATATCTTGAATTCAACGTTTTTAAACTTGCTCAAGCAAAGAAACATGATAAGTTG
CATTGGTTTTAGTTTTTCACAGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTCGAGCTTAAAATATCA
AAATCTGTTTTTGAACAATCATGGGCAGAAAAACACTTGCACAATTTCAAATTTTGATATAAAAA
CCATTCCAGCAAGTTTTTAAACAAAA
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Period size: 222 Copynumber: 4.5 Consensus size: 222
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* * * * *
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* * * * * *
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* * *
15089759 AAATGGAACTGAATTTGAATATCTTCAATCCAATGTTTTTAAACTTGCTCAAGAAAAGAAACAAG
129 AAATGAAACTGAAATTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTTAAACTTGCTCAAGAAAAGAAACAAG
* *
15089824 ATAAGTTGGATTGGATTTAGTTTTTCACA
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*
15089853 GCTTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAATCA
1 GCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAATCA
** * *
15089918 TGGGCAAGAAAACCACTTACACAATTTCAAATTTTGATATAAAAACCATTCCAGCAAGTTTTTAA
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* * * * * *
15089983 GTGAAACTTAAATTGAATATCTTGAATCCAACGTTTTCAAACTTGCTCAAGCAAAGAAACATGAT
131 ATGAAACTGAAATTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTTAAACTTGCTCAAGAAAAGAAACAAGAT
*
15090048 AAGTTGCTTTGGTTTTAGTTTTTCACA
196 AAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCACA
* * *
15090075 GCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGAATTTGGAGCTTAAAAAATCAAAATCCGTTTTTGAACAATCA
1 GCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAATCA
* *
15090140 TGGGCAAGAAAAACACTTGTACAATTTCAAATTGTGATAT-AAAACAATTCTAGCAAGTTTTTAA
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* * * * ***
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*
15090268 ATAAGTTCCATTGGTTTTAGTTTTTCACA
194 ATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCACA
* * * * *
15090297 GCGTTAAGTGCAACTTGTAAAGCACATTCGAGCTTAAAATATCAGAATCTGTTTTTGAACAATCA
1 GCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAATCA
* * * * *
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* * * * *
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* *
15090491 TAAGTTGCATTGGTTTCAGTTTTTCATA
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* * * * *
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* *
15090584 CT-GGCAA-AAGAACCACTTGCATAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATT
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Statistics
Matches: 676, Mismatches: 96, Indels: 18
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Matches are distributed among these distances:
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GCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAATCA
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ATGAAACTGAAATTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTTAAACTTGCTCAAGAAAAGAAACAAGAT
AAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCACA
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Indices: 15091656--15091919 Score: 438
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15091646 AATCCAATGT
* * * * *
15091656 TTTTAAACTTGCTCAAGCAAATAAACTTGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCACAGCATTAA
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*
15091721 GTGCAAGTTGTAAAGCACTTTCGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAATCATGGGCAA
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15091786 GA
131 GA
* * * *
15091788 TTTTAAATTTGCTCAAGCAAAGAAAGATGGCAACTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCACAACGTTAA
1 TTTTAAACTTGCTCAAGCAAAGAAACATGACAACTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCACAACATTAA
15091853 GTGCAAGTTGTAAAGCACTTTCAAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAATCATGGGCAA
66 GTGCAAGTTGTAAAGCACTTTCAAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAATCATGGGCAA
15091918 GA
131 GA
15091920 AAACCACTTG
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 10, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
132 122 1.00
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TTTTAAACTTGCTCAAGCAAAGAAACATGACAACTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCACAACATTAA
GTGCAAGTTGTAAAGCACTTTCAAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAATCATGGGCAA
GA
Found at i:15092780 original size:223 final size:221
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Indices: 15092231--15092896 Score: 978
Period size: 221 Copynumber: 3.0 Consensus size: 221
15092221 AATGCTGTTT
* * *
15092231 CAGCAAGTTTTTAAATGGAAC-GGAATCTGAATATCTTGAATCCATTGTTTTTAAACTTGTTCAA
1 CAGCAAGTTTTTAAATGGAACTGAAAT-TGAATATCTTGAATCCAATGTTTTTAAACTTGCTCAA
** * * * *
15092295 GCAAAGAAGCATGATAAGTTGCTTTGGTTTTTGTTTTTCACAGCGTTGAGTGCAGGTTGTAAAAG
65 GCAAAGAAATATGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCACAGCGTTAAGTGCAAGTTGT-AAAG
* * * *
15092360 ACTTTGGAGATTAAAATATCAAAATCTATTTTTGAACAATCAAGGGCAAGAAAATCACTTGTACA
129 ACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAATCATGGGCAAGAAAACCACTTGTACA
*
15092425 ATTTCAAATTTTGAT-TAAAAACCATTC
194 ATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTC
* * *
15092452 CAGCAAGTTTTTAAATGGAACTGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTCAAACCTGCTCAAG
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*
15092517 CAAAGAAACT-TGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCACAGCATTAAGTGCAAGTTGTAAAGC
66 CAAAGAAA-TATGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCACAGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAG-
* *
15092581 ACTTTCGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAATCATGGGCAAGAAAACCACTGGTACA
129 ACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAATCATGGGCAAGAAAACCACTTGTACA
15092646 ATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTC
194 ATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTC
*
15092674 CAGCAAGTTTTTAAAATGGAACTAAAATTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTTAAACTTGCTCAA
1 CAGCAAGTTTTT-AAATGGAACTGAAATTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTTAAACTTGCTCAA
** *
15092739 GTGAAGAAATATGATAAGTTGCACTGGTTTTAGTTTTTCACAGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGG
65 GCAAAGAAATATGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCACAGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAA-G
* * * **
15092804 ACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTATTTAAACAATAATGGGCAAAAAAACCACTTGCGC
129 ACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTT-TTTGAACAATCATGGGCAAGAAAACCACTTGTAC
*
15092869 AATTTCAAATTGTGATATAAAACCCATT
193 AATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATT
15092897 TTGCACAATT
Statistics
Matches: 401, Mismatches: 36, Indels: 13
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
220 4 0.01
221 179 0.45
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223 134 0.33
224 56 0.14
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.16, T:0.33
Consensus pattern (221 bp):
CAGCAAGTTTTTAAATGGAACTGAAATTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTTAAACTTGCTCAAG
CAAAGAAATATGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCACAGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGAC
TTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAATCATGGGCAAGAAAACCACTTGTACAAT
TTCAAATTGTGATATAAAAACCATTC
Found at i:15094259 original size:509 final size:512
Alignment explanation
Indices: 15093120--15094319 Score: 1682
Period size: 509 Copynumber: 2.3 Consensus size: 512
15093110 GTGAGCCAAC
* * **
15093120 TTTTTAAATGGAACTGAATTTGAATATCTTGAATCCAACATTTTTAAACTTGCTCAAGCAAAGAA
1 TTTTTAAATCGAATTGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTTAAACTTGCTCAAGCAAAGAA
* * *
15093185 ACAAGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCACAGCGTCAAGTGCAAGTTGCAAAGTACTTTGGA
66 ACAAGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCACAGCATTAAGTGCAAGTTGTAAAGTACTTTGGA
* * *
15093250 GCTTAAAATGTCAAAATCTGTTTTTGAACAATCATGGGTATGAAAACCACTCGCACAATTTCACA
131 GCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAATCATGGGCATG------A-TCGCACAATTTCAAA
* *
15093315 TTGTGATATAAAAACCATTTTGCACAAGTTTTTAGCTTTTCATTGTGCTTCATACTTATTTGCTT
189 TTGTGATATAAAAACCATTTTGCACAAGTTTTTAACTTTTCATAGTGCTTCATACTTATTTGCTT
* * *
15093380 TGGATACATTTTCAGGAGAATTCATGAATGCTGTGGGATTGCATATGAATGCTCTGCATGTTGGG
254 TGGATACATTTTCAAGAGAATTCATGAATGCTGTGGGATTGCATATGAATACTCTGCATATTGGG
* *
15093445 ATTGCGTGAACGATTTGGATACTATTTGTGAAACTGTTACTGGTGCTTGATGTGATTAATTGCAT
319 ATTGCGTGAAAGATTTGGATACTATTTGTGAAACTGTTACTGGTGCTTGATGTGATTAATTGAAT
** * * *
15093510 GCCAACTTGGTTTTAAATTTGTGCACAAAGTTAGGTCAACGCCTAATGTTTCTGAAATTTTTATG
384 GCCAACTTGGTTTTAAATTTGTGCACAAACATAGGTCAAAGCCTAATGTTTCTGAAATTTTCATA
* * * * ** * *
15093575 TTTTACTTTGAAAACGGCTATTGGTGGACTCATGCTTTAAAATATGAAATGTTTTTTCAGCAAG
449 TTTTACTTTGAAAACGACTATTCGCGGACTCAAGCTTTAAAATATGAAATAATATTCCAGCAAG
* * * * *
15093639 TTCTTAAATCGAATGGAATCTGACTATCTTGAATCCATTGTTTTTAAACTTGCTCAAGCAAAGAA
1 TTTTTAAATCGAATTGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTTAAACTTGCTCAAGCAAAGAA
* * * *
15093704 ACATGAAAAG-TGCTTTGGTTTCT-GTTTTTCACAGCATTGAGTGCAAGTTGTAAAAG-ACTTTG
66 ACAAGATAAGTTGCATTGGTTT-TAGTTTTTCACAGCATTAAGTGCAAGTTGT-AAAGTACTTTG
*
15093766 GAGCTTAAAATATCAAAACCTGTTTTTGAACAATCATGGGCATG-T-GCACAATTTCAAATTGTG
129 GAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAATCATGGGCATGATCGCACAATTTCAAATTGTG
* * *
15093829 ATATAGAAACCATTTTGCACAAGTTTTTAACTTTTCATAGTGTTTCATTCTTATTTGCTTTGGAT
194 ATATAAAAACCATTTTGCACAAGTTTTTAACTTTTCATAGTGCTTCATACTTATTTGCTTTGGAT
* *
15093894 ACATTTTCAAGAGAATTCGTGAATGCTGTGGGATTGCATATGAATACTCTTG-ATATTTGGATTG
259 ACATTTTCAAGAGAATTCATGAATGCTGTGGGATTGCATATGAATACTC-TGCATATTGGGATTG
*
15093958 CGTGAAAGATTTGGATACTATTTGTGAAACTGTTACTGGTGCTTGACT-TGATTAATTTAATGCC
323 CGTGAAAGATTTGGATACTATTTGTGAAACTGTTACTGGTGCTTGA-TGTGATTAATTGAATGCC
* * * *
15094022 TACTTGTTTTTATATTTGTGCACAAACATAGGTCAAAGCCTAATG-TTCTTGGAA-TTTCATATT
387 AACTTGGTTTTAAATTTGTGCACAAACATAGGTCAAAGCCTAATGTTTC-TGAAATTTTCATATT
* *
15094085 TTGCTTTGAAAATGACT-TTCGCGGCACTCAAGCTTTAAAATATGAAATAATATTCCAGCAAG
451 TTACTTTGAAAACGACTATTCGCGG-ACTCAAGCTTTAAAATATGAAATAATATTCCAGCAAG
* *
15094147 TTTTTAAATTGAATTGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTTAAATTTGCTCAAGCAAAGAA
1 TTTTTAAATCGAATTGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTTAAACTTGCTCAAGCAAAGAA
* * * * *
15094212 ACACGATAAGTTGCATTCGTTTTAGTTTTTCACATCATTAAGTGCAAGTTATACAGTACTTTGGA
66 ACAAGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCACAGCATTAAGTGCAAGTTGTAAAGTACTTTGGA
15094277 GCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAATCATGGGCATGA
131 GCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAATCATGGGCATGA
15094320 AAACCACTTG
Statistics
Matches: 603, Mismatches: 68, Indels: 29
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
507 5 0.01
508 126 0.21
509 318 0.53
510 4 0.01
518 81 0.13
519 69 0.11
ACGTcount: A:0.30, C:0.14, G:0.18, T:0.38
Consensus pattern (512 bp):
TTTTTAAATCGAATTGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTTAAACTTGCTCAAGCAAAGAA
ACAAGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCACAGCATTAAGTGCAAGTTGTAAAGTACTTTGGA
GCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAATCATGGGCATGATCGCACAATTTCAAATTGTGAT
ATAAAAACCATTTTGCACAAGTTTTTAACTTTTCATAGTGCTTCATACTTATTTGCTTTGGATAC
ATTTTCAAGAGAATTCATGAATGCTGTGGGATTGCATATGAATACTCTGCATATTGGGATTGCGT
GAAAGATTTGGATACTATTTGTGAAACTGTTACTGGTGCTTGATGTGATTAATTGAATGCCAACT
TGGTTTTAAATTTGTGCACAAACATAGGTCAAAGCCTAATGTTTCTGAAATTTTCATATTTTACT
TTGAAAACGACTATTCGCGGACTCAAGCTTTAAAATATGAAATAATATTCCAGCAAG
Found at i:15096233 original size:514 final size:511
Alignment explanation
Indices: 15094837--15096696 Score: 2228
Period size: 514 Copynumber: 3.6 Consensus size: 511
15094827 TTTGAAACTG
* * *
15094837 TTTGTGTGCAAA-TACAGGTCAAAGCCTAATGTTTTTGAAATTTTGTGTTTTGCTTTGAAAATGA
1 TTTGTGTGCAAACT-TAGGTCAAAGCCTAATGTTTTTGAAACTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGA
* * * * *
15094901 CTTTTGCTGGACTCAAGCTTTAAAATATGAAGTACTGTTCCAGCAGTTTTTAAATGGAACCGAAT
65 CTTTCGCTGGACTCAAGCTTTAAAATATGAAATACTGTT---TCAGTTTTTAAATGGAACTGAAA
* * * *
15094966 TTGAATATCTTGAATCCCACGTTTTTAAATTTGTTCAAGCAATGAAACATGATAAGTTGCA----
127 TTGAATATCTTGAATCCAACGTTTTTAAACTTGCTCAAGCAAAGAAACATGATAAGTTGCATTGG
* *
15095027 --TTAG-TTTT---AGCGTTAAGTGCAAGTTGTAATGGACTTTGGAGCTTAAAATATAAAAATCT
192 TTTTAGTTTTTCACAGCATTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATAAAAATCT
* *
15095086 GTTTTTGAACAATCTT-GGCATGAAAGCCACTTTCGCAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATT
257 GTTTTTGAACAATCTTGGGCATGAAAGCCACTTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATT
* *
15095150 TTGCACCAGTTTTTAACTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGGTTTGGATACATTTTCAAGAGA
322 TTGCACAAGTTTTTAACTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTGGATACATTTTC-AGAGA
* * * * *
15095215 ATTCATGAATGCTGTGGGATCACATATGAATACTCTTTATATTTGGATTGCGTGAATGATTTGGA
386 ATTCATGAATGCTGTGGGATTACATATGAATGCTCTTGATATTGGGATTGAGTGAATGATTTGGA
* * *
15095280 TACTATTTATGAAACTGTTACTGGTGCTTGACGTGATTAATTGCATGCCAACTTGGTTTTATA
451 TACCATTTGTGAAACTGTTACTGGTGCTTGACGTGATTAATTG-TTGCCAACTT-GTTTTATA
* * ** *
15095343 TTTGTGCGCAAACTTAGGTCAAAGCCTAATGTTTTTGAAATTTTTATGTTTTGC-TT-CCAATGG
1 TTTGTGTGCAAACTTAGGTCAAAGCCTAATGTTTTTGAAA-CTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGA
* * * * * * *
15095406 CTTTCGGT-GACTTAAGCTTTAAAATCTGAAATACTGCTCCAGCAAATTTTGAAATGAAACT-AA
65 CTTTCGCTGGACTCAAGCTTTAAAATATGAAATACTGTTTCAG----TTTTTAAATGGAACTGAA
* * * *
15095469 ATTTGAATATCTTGAATCCAACCTTTTTATACTTTCTCAAGCAATGAAACATGATAAGTTGCATT
126 A-TTGAATATCTTGAATCCAACGTTTTTAAACTTGCTCAAGCAAAGAAACATGATAAGTTGCATT
*** * * *
15095534 GGTTTTAGTTTTTCACAATGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGTACTTTGGAGCTTAAAACATTAAAAT
190 GGTTTTAGTTTTTCACAGCATTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATAAAAAT
* * ** * *
15095599 CTATTTTTCAACAATCTTGTTCATGGAAGCCACTTGCACAATTTCAAATAGTGATATAAAAACCA
255 CTGTTTTTGAACAATCTTGGGCATGAAAGCCACTTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCA
* * * *
15095664 TTTTGCACAAGTTTTTAACTTTACGTTGTGTTTCATAATTATTTGCTTTGGATACATTTTCAGGT
320 TTTTGCACAAGTTTTTAACTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTGGATACATTTTCA-GA
* * * * *
15095729 GAATTCATCAATTCTGTGGGATTGCATATGAATGTTCTTGATATTGGGATTGAGAGAATGATTTG
384 GAATTCATGAATGCTGTGGGATTACATATGAATGCTCTTGATATTGGGATTGAGTGAATGATTTG
* ** * *
15095794 CATACCATTTGTGAATTTGTTACTGGTGCTTGACGTGATTAATTGTGTGTCAGCTTGTTTTCATA
449 GATACCATTTGTGAAACTGTTACTGGTGCTTGACGTGATTAATTGT-TGCCAACTTGTTTT-ATA
* * ** *
15095859 TTTGTGTGCAAACTTAGATCAAAGCCTAATGTTTTTGAAACTTTATGTTTTGCTTTAAAAAAAAA
1 TTTGTGTGCAAACTTAGGTCAAAGCCTAATGTTTTTGAAACTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGAC
* * * *
15095924 TTTCGTTGGAATCATGATTTAAAATATGAAATACTGTTTCAGTTTTTAAATGGAACTGAAATTGA
66 TTTCGCTGGACTCAAGCTTTAAAATATGAAATACTGTTTCAGTTTTTAAATGGAACTGAAATTGA
* * * **
15095989 ATAT-TTAAATCCCACGTTTTTAAACTTGCTCAAGAAAAGAAACACAATAAGTTGCATTGGTTTT
131 ATATCTTGAATCCAACGTTTTTAAACTTGCTCAAGCAAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTT
* * * *
15096053 AGTTTTTTCGCAGCATTAAGTGCATGTTGTAAAGGACTATGGAGCTTAAAAAATAAAAATCTGTT
196 AG-TTTTTCACAGCATTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATAAAAATCTGTT
* ** * *
15096118 TTTGAGCAATCTTGGGCATGAAAGGAACTTGTACAATTTCAAATTGTGATATAAAACCCATTTTG
260 TTTGAACAATCTTGGGCATGAAAGCCACTTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTTG
* * *
15096183 CACAAGTTTTTAACTTTTCATTGTGTTTCGTACTTGTTTACTTTGGATACATTTTCTAGAGAATT
325 CACAAGTTTTTAACTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTGGATACATTTTC-AGAGAATT
* * * *
15096248 CATGAATGCTATGGGATTACATACGAATGCTCTTGATATTGGGTTTGTGTGAATGATTTGGATAC
389 CATGAATGCTGTGGGATTACATATGAATGCTCTTGATATTGGGATTGAGTGAATGATTTGGATAC
*
15096313 CATTTGTGAAACTGTTAATGGTGCTTGACGTGATTAATTGCTTGCCAACTTGTTTT-TA
454 CATTTGTGAAACTGTTACTGGTGCTTGACGTGATTAATTG-TTGCCAACTTGTTTTATA
* * * * * * *
15096371 TAGTGTCTACAAACATAGGTCAAAGCCCAATGTCTTTGAAACTTTATGTTTTGCTTTGAAAATTA
1 T-TTGTGTGCAAACTTAGGTCAAAGCCTAATGTTTTTGAAACTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGA
* * * * *
15096436 TTTTCACTGGACTCAAGCTTTAAAATATGGAATGCAGTTTGAGCAAGTTTTTAAATGGAACTGAA
65 CTTTCGCTGGACTCAAGCTTTAAAATATGAAATACTGTTT---C-AGTTTTTAAATGGAACTGAA
* * * * ** ** *
15096501 TTTTAATACCTTGAATCTAACGTTTTCGAAGGTGCTCAAGCAAAGAAACATGATAAGTTGGATTG
126 ATTGAATATCTTGAATCCAACGTTTTTAAACTTGCTCAAGCAAAGAAACATGATAAGTTGCATTG
* *
15096566 GTTTTAGTTTTTCACA-AAGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAAT
191 GTTTTAGTTTTTCACAGCA-TTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATAAAAAT
* * * *
15096630 ATGTTTTTGAACAATCATGGGCAAGAAAACCACTTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCA
255 CTGTTTTTGAACAATCTTGGGCATGAAAGCCACTTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCA
15096695 TT
320 TT
15096697 CCAGCAAGTT
Statistics
Matches: 1140, Mismatches: 179, Indels: 59
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
501 3 0.00
504 28 0.02
505 77 0.07
506 38 0.03
507 13 0.01
511 4 0.00
512 7 0.01
513 137 0.12
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515 82 0.07
516 244 0.21
517 141 0.12
518 78 0.07
ACGTcount: A:0.31, C:0.13, G:0.18, T:0.38
Consensus pattern (511 bp):
TTTGTGTGCAAACTTAGGTCAAAGCCTAATGTTTTTGAAACTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGAC
TTTCGCTGGACTCAAGCTTTAAAATATGAAATACTGTTTCAGTTTTTAAATGGAACTGAAATTGA
ATATCTTGAATCCAACGTTTTTAAACTTGCTCAAGCAAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTT
AGTTTTTCACAGCATTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATAAAAATCTGTTT
TTGAACAATCTTGGGCATGAAAGCCACTTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTTGC
ACAAGTTTTTAACTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTGGATACATTTTCAGAGAATTCA
TGAATGCTGTGGGATTACATATGAATGCTCTTGATATTGGGATTGAGTGAATGATTTGGATACCA
TTTGTGAAACTGTTACTGGTGCTTGACGTGATTAATTGTTGCCAACTTGTTTTATA
Found at i:15097116 original size:221 final size:222
Alignment explanation
Indices: 15096477--15097140 Score: 940
Period size: 223 Copynumber: 3.0 Consensus size: 222
15096467 ATGCAGTTTG
* * * ** **
15096477 AGCAAGTTTTTAAATGGAACTGAATTTTAATACCTTGAATCTAACGTTTTCGAAGGTGCTCAAGC
1 AGCAAGTTTTTAAATGGAACTGAATTTGAATATCTTGAATCAAACGTTTTTAAACTTGCTCAAGC
* *** *
15096542 AAAGAAACATGATAAGTTGGATTGGTTTTAGTTTTTCACAAAGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGAC
66 AAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCACTGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGCAC
*
15096607 TTTGGAGCTTAAAATATCAAAATATGTTTTTGAACAATCA-TGGGCAAGAAAACCACTTGCACAA
131 TTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAAT-ATTGGGCAAGAAAACCACTTGCACAA
15096671 TTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTCC
195 TTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTCC
* * * * *
15096699 AGCAAGTTTTTAAATGCAACTGAATTTGAATATGTTGAATCCAACGTTTTTAAACTTCCTTAAGC
1 AGCAAGTTTTTAAATGGAACTGAATTTGAATATCTTGAATCAAACGTTTTTAAACTTGCTCAAGC
* * * * *
15096764 -AAGCAAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTATTTCA-TGGCTTTAAGTACATGTTGTAAAC
66 AAAG--AAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCACT-GCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAG
* * * *
15096827 CACTTTCGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACATTCTTGGGCAAGAAAACCACTTACAC
128 CACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAATATTGGGCAAGAAAACCACTTGCAC
*
15096892 AATTTCAAATTGTGTTATAAAAACCATTCC
193 AATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTCC
** *
15096922 AGCAAGTTTTTAAATGGAACCAAATTTGAATATCTTGAAT-AAACATTTTTAAACTTGCTCAAGC
1 AGCAAGTTTTTAAATGGAACTGAATTTGAATATCTTGAATCAAACGTTTTTAAACTTGCTCAAGC
* *
15096986 AAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCACTGCGTTAAATGCAAGTTGTAAAGTAC
66 AAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCACTGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGCAC
* *
15097051 TTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAATATTGGGCATGAAAGCCACTTGCACAAT
131 TTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAATATTGGGCAAGAAAACCACTTGCACAAT
*
15097116 TTCTAATTGTGATATAAAAACCATT
196 TTCAAATTGTGATATAAAAACCATT
15097141 TTGCACAAGC
Statistics
Matches: 386, Mismatches: 50, Indels: 13
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
221 137 0.35
222 75 0.19
223 174 0.45
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.16, T:0.34
Consensus pattern (222 bp):
AGCAAGTTTTTAAATGGAACTGAATTTGAATATCTTGAATCAAACGTTTTTAAACTTGCTCAAGC
AAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCACTGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGCAC
TTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAATATTGGGCAAGAAAACCACTTGCACAAT
TTCAAATTGTGATATAAAAACCATTCC
Found at i:15098493 original size:222 final size:220
Alignment explanation
Indices: 15098018--15098573 Score: 785
Period size: 222 Copynumber: 2.5 Consensus size: 220
15098008 TTTTCATAGT
* * * *
15098018 GTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACATTGGGGCTTAAAATATCAAAATCTATTTTTGAACAGTCATG
1 GTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAATCATG
* ** * *
15098083 GGCAGGAAAACCACAAGCG-CAATTTCAAATAGTGATATAAAAACCATTCCAACAAGTTTTAATT
66 GGCAAGAAAACCACTTG-GACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTCCAACAAGTTTTAAAT
* * * *
15098147 GGAACTGAATTTGAATATGTTGAATCCAATTTTTTAAATTTGCTCAAGCAAAGAAACATGATAAG
130 GGAACTAAATTTGAATATCTTGAATCCAAGTTTTTAAATTTGCTCAAGCAAAGAAACACGATAAG
*
15098212 TTTCATTGGTTTTAGTTTTTCACAGC
195 TTTCATTGGTTTTAGTTTTTCACAAC
* * *
15098238 GTTAAGTGCAAGTTGTAAAGCACTTTCGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAATAATG
1 GTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAATCATG
* *
15098303 GGCAAGAAAACCACTTGGACAATTTCAAATTGTGATATAAACACCATTCCAGCAAGTTTTTAAAT
66 GGCAAGAAAACCACTTGGACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTCCAACAAG-TTTTAAAT
* * *
15098368 GGATCTAAATTTTAATATCTTGAATTCAACGTTTTTAAATTTGCTCAAGCAAAGAAACACGATAA
130 GGAACTAAATTTGAATATCTTGAATCCAA-GTTTTTAAATTTGCTCAAGCAAAGAAACACGATAA
15098433 GTTGT-ATTGGTTTTAGTTTTTCACAAC
194 GTT-TCATTGGTTTTAGTTTTTCACAAC
* *
15098460 GTTAAGGGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGGTTTTGAACAATCATG
1 GTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAATCATG
* * * *
15098525 TG-AATGAAAGCTACTTGCACAATTTTCAAATTGTGATATAAAAACCATT
66 GGCAA-GAAAACCACTTGGACAA-TTTCAAATTGTGATATAAAAACCATT
15098574 TTGCACAAGC
Statistics
Matches: 298, Mismatches: 32, Indels: 9
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
219 1 0.00
220 106 0.36
221 33 0.11
222 132 0.44
223 26 0.09
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.17, T:0.33
Consensus pattern (220 bp):
GTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAATCATG
GGCAAGAAAACCACTTGGACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTCCAACAAGTTTTAAATG
GAACTAAATTTGAATATCTTGAATCCAAGTTTTTAAATTTGCTCAAGCAAAGAAACACGATAAGT
TTCATTGGTTTTAGTTTTTCACAAC
Found at i:15100038 original size:521 final size:513
Alignment explanation
Indices: 15098623--15100141 Score: 1865
Period size: 511 Copynumber: 2.9 Consensus size: 513
15098613 TTTGCTTTGG
* ** *
15098623 ATTGGTTTTAGTTTTTCACAGTGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAATTATCAA
1 ATTGGTTTTAG-TTTTCACTGACTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAA
* * * * * **
15098688 AATATGATATTGAACAATCATGGGAAAGAAAATGACTTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAA
65 AATCTGTTTTTGAACAATCATGGGCATG-AAACCACTTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAA
15098753 CCATTTTGCACAAGTTTTTAACTATTT-GTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTGGATACATTTTC
129 CCATTTTGCACAAGTTTTTAACT-TTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTGGATACATTTTC
* *
15098817 AGGAGAATTCATGAATGCTGTGGGATTGCATGTGAATGCTCTTGATATTGGGATTGCGTGAATGA
193 AGGAGAATTCATGAATGCTGTGGGATTGCATATGAATGCTCTTGATATTGGAATTGCGTGAATGA
* *
15098882 TTTGGATACTATTTGTGAAACAGTTACTT-GTGCTTGATGTGATTAATTGCATGCTAACTTGTTC
258 TTTGGATACTATTTGTGAAACTGTTA-TTGGTGCTTGATGTGATTAATTG-TTGCTAACTTGTTC
* * * *
15098946 CTATGTTT-ATGCACGAGCTTGGGTCAAAGCCAAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAA
321 TTATATTTGATGCA--AACTTAGGTCAAAGCCAAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAA
* ** * * * * * *
15099010 AATGACTTTCACTAAACTGGAGATTTAAAACATTAAGTACTATTATAGCATGTTTTTAAATGCAA
384 AATGACTTTCACTAGACTAAAGCTTTAAAATATGAAATACTGTTATAGCAAGTTTTTAAATG-AA
* * *
15099075 CTGAATTTGAATATCTTGAATCCCACATTTTTAAACTTGCTCAAGTAAAGAAACATGATAAGTTG
448 CTGAATTTGAATATCTTGAATCCAACGTTTTTAAACTTGCTCAAGCAAAGAAACATGATAAGTTG
*
15099140 T
513 C
* * ** * * *
15099141 ATTGGTTTTAATTTT---TTAC-T-A-TGCAAGTTACAAAAGAATTTGGAGCTTAAAATATAAAA
1 ATTGGTTTTAGTTTTCACTGACTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAA
* * *
15099200 ATCTGTTTTTGAATAATCTTGGGCATGAAAGCCACTTGCACAATTTCAAATTGTGATGTAAAAAC
66 ATCTGTTTTTGAACAATCATGGGCATGAAA-CCACTTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAAC
* * * * *
15099265 CATTTTGCATAAGTTTTTAACTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGATTTCGATACATTTTAAG
130 CATTTTGCACAAGTTTTTAACTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTGGATACATTTTCAG
* * * *
15099330 GAGAATTCATAAATGCTGTGGGATTGGATATGAATGCTCTTGATATTGGAATTGCATGTATGATT
195 GAGAATTCATGAATGCTGTGGGATTGCATATGAATGCTCTTGATATTGGAATTGCGTGAATGATT
* ** * * *
15099395 TGGATACTATTTGTGAAACTGTTACTGGTGCTTGACATGATTAGTTGCTTGCTAACTTATTGTTA
260 TGGATACTATTTGTGAAACTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTG-TTGCTAACTTGTTCTTA
* * * * * * *
15099460 TACTTGTATGCAAACATAGGCCAAAGCCCAATGTTTTTGAAGTTTTATATGTTGCTTTGAAAATG
324 TATTTG-ATGCAAACTTAGGTCAAAGCCAAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATG
* *
15099525 ACTTTCGCTAGACTAAAGCTTTAAAATATGAAATACTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGAAACTGA
388 ACTTTCACTAGACTAAAGCTTTAAAATATGAAATACTGTTATAGCAAGTTTTTAAATG-AACTGA
15099590 ATTTGAATATCTTGAATCCAACGTTTTTAAACTTGCTCAAGCAAAGAAACATGATAAGTTGC
452 ATTTGAATATCTTGAATCCAACGTTTTTAAACTTGCTCAAGCAAAGAAACATGATAAGTTGC
* * *
15099652 ATTGGTTTTAGTTTTCACTGCCTTAAGTGCAAGTTGTGAAGGACTATGGAGCTTAAAATATCAAA
1 ATTGGTTTTAGTTTTCACTGACTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAA
* *
15099717 ATCTGTTCTTTGAACAACCATGGGCATGAATACCACTTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAG
66 ATCTGTT-TTTGAACAATCATGGGCATGAA-ACCACTTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAA
* * *
15099782 CCATTTTGCACAAGTCTTTTTTAACTTTTCGTGGTGTTTCAAACTTATTTTCTTTGGATACATTT
129 CCATTTTGCACAAG---TTTTTAACTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTGGATACATTT
* * * * * * **
15099847 TCAGGAGGATTGATGAATGCTGTTGGATTGCCTATGGATTCTCTTGATATTGTCATTGCGTGAAT
191 TCAGGAGAATTCATGAATGCTGTGGGATTGCATATGAATGCTCTTGATATTGGAATTGCGTGAAT
* * * * *
15099912 GATTTTGAAAGTATTTGTGAAACTGCTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTGTGTGCCAACTTGCT
256 GATTTGGATACTATTTGTGAAACTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTGT-TGCTAACTTG-T
* * * *
15099977 T-TTATATTTGCATGCAAACTTAGGTCAAAGCCTAATATTTTTAAAATTTTATGTTTTGCTTTTA
319 TCTTATATTTG-ATGCAAACTTAGGTCAAAGCCAAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGA
* * **
15100041 AAATGACTTGCACT-GAACTCAAGCTTTAAAATATGAAATACTGCTCCT-GCAAGTTTTTAAATG
383 AAATGACTTTCACTAG-ACTAAAGCTTTAAAATATGAAATACTG-TTATAGCAAGTTTTTAAATG
** *
15100104 GTCTTGAATTTGAATATCGTGAATCCAACGTTTTTAAA
446 AAC-TGAATTTGAATATCTTGAATCCAACGTTTTTAAA
15100142 TTGGTTTTAG
Statistics
Matches: 849, Mismatches: 131, Indels: 39
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
510 7 0.01
511 425 0.50
512 1 0.00
513 6 0.01
514 2 0.00
515 1 0.00
516 1 0.00
517 42 0.05
518 73 0.09
519 1 0.00
520 3 0.00
521 283 0.33
522 4 0.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.13, G:0.18, T:0.39
Consensus pattern (513 bp):
ATTGGTTTTAGTTTTCACTGACTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAA
ATCTGTTTTTGAACAATCATGGGCATGAAACCACTTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACC
ATTTTGCACAAGTTTTTAACTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTGGATACATTTTCAGG
AGAATTCATGAATGCTGTGGGATTGCATATGAATGCTCTTGATATTGGAATTGCGTGAATGATTT
GGATACTATTTGTGAAACTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTGTTGCTAACTTGTTCTTATA
TTTGATGCAAACTTAGGTCAAAGCCAAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGACT
TTCACTAGACTAAAGCTTTAAAATATGAAATACTGTTATAGCAAGTTTTTAAATGAACTGAATTT
GAATATCTTGAATCCAACGTTTTTAAACTTGCTCAAGCAAAGAAACATGATAAGTTGC
Found at i:15101750 original size:171 final size:166
Alignment explanation
Indices: 15101503--15101841 Score: 459
Period size: 166 Copynumber: 2.0 Consensus size: 166
15101493 AATGGACCTG
* * * * *
15101503 AATTTGAAAATCTTGAATCCAACATTTCTAAACTTGATCATAGCAAAGAAACATGATAAGTTGCG
1 AATTTGAAAATCTTGAATCCAACATTTCTAAACTTGATCAAAGCAAAGAAAAATAATAAGGTGCA
* **
15101568 TTGGTTTTAGTTTTTGACTGCGTTAGGTTTAAGTTGTGAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAA
66 TTGGTTTTAGTTTTTGAC--AG--A-GTGCAAGTTGTGAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAA
*
15101633 ATCTGTTTTTGAACAATCATTGGCATGAAAACCACCTGCAC
126 ATCTGTTTTTGAACAATCATGGGCATGAAAACCACCTGCAC
* * *
15101674 AATTTGAATATCTTGAAT-CAA-ATGTTCCTAAACTTGCTCAAAGTC-AAGAAAAATAATATGGT
1 AATTTGAAAATCTTGAATCCAACAT-TT-CTAAACTTGATCAAAG-CAAAGAAAAATAATAAGGT
* *
15101736 GCATTGGTTTTAGTTTTTTACAGAGTGCAAGTTGTGAAGGACTTTGGAGCTTAAACTATCAAAAT
63 GCATTGGTTTTAGTTTTTGACAGAGTGCAAGTTGTGAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAAT
15101801 CTGTTTTTGAACAATCATGGGCATGAAAACCACCTGCAC
128 CTGTTTTTGAACAATCATGGGCATGAAAACCACCTGCAC
15101840 AA
1 AA
15101842 AATTGTGACA
Statistics
Matches: 151, Mismatches: 14, Indels: 11
0.86 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
166 78 0.52
167 1 0.01
169 3 0.02
170 5 0.03
171 63 0.42
172 1 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.18, T:0.33
Consensus pattern (166 bp):
AATTTGAAAATCTTGAATCCAACATTTCTAAACTTGATCAAAGCAAAGAAAAATAATAAGGTGCA
TTGGTTTTAGTTTTTGACAGAGTGCAAGTTGTGAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTG
TTTTTGAACAATCATGGGCATGAAAACCACCTGCAC
Found at i:15102104 original size:681 final size:678
Alignment explanation
Indices: 15101016--15102324 Score: 1713
Period size: 681 Copynumber: 1.9 Consensus size: 678
15101006 ACCAACGTGT
* ** *
15101016 CTAAACTTGCTCAAAGTAAAGAAACATGGTAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCACAGCGTTAGG
1 CTAAACTTGCTCAAAGTAAAGAAAAATAATAAGGTGCATTGGTTTTAGTTTTTCACA-CG-TAGG
15101081 TGCAAGATGTGAAGGACTTTGAAGCATAAAACATCAAAATCTGTTTTTGAACAATCATGGGAATG
64 TGCAAGATGTGAAGGACTTTGAAGCATAAAACATCAAAATCTGTTTTTGAACAATCATGGGAATG
* * * * *
15101146 AAAACCGCCTGCACAATTTCAAATTGTGACATAAAAACTATTTTGCATAAGTTTTTTAACCTTTC
129 AAAACCACCTGCACAA--T-AAATTGTGACATAAAAACCATTTTGCACAAGCTTTTCAACCTTTC
* * * * *
15101211 ATGCTTTTTTTTTTCTTTGGATATATTTTCCATGAGGATTCGTGAATGATGTGGGATTGCATATG
191 ATGCTTTTTTTTTTCTTTGGATACATTTTCCAGGAGAATTCGGGAATGATATGGGATTGCATATG
* * *
15101276 AATGTTTTTCATATTGGGATCACATCAATGATTCGGATACTATTTGTGAAACTGTTACTGGTGCA
256 AATGCTCTTCATATTGGGATCACATCAACGATTCGGATACTATTTGTGAAACTGTTACTGGTGCA
* * * * *
15101341 TAACGTAATTACTTGCGTGCCAACTTGTTCTTATATTTGTGGGCTAACTTTGGGCAAAGCCTAAT
321 TAACGTAATTAATTGCGTGCCAACTTCTTCCTATATTTGTGCGCCAACTTTGGGCAAAGCCTAAT
* * *
15101406 GTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATTACTTTTCCTGGACTCAACCATTAAAATATGAA
386 GTTATTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGACTTTGCCTGGACTCAACCATTAAAATATGAA
**
15101471 ATACTGTTCCAGCAGGTTCTTAAATGGACCTGAATTTGAAAATCTTGAATCCAACATTTCTAAAC
451 ATACTGTTCCAGCAGGTTCTTAAACAGACCTGAATTTGAAAATCTTGAATCCAACATTTCTAAAC
* * * * * * * * **
15101536 TTGATCATAGCAAAGAAACATGATAAGTTGCGTTGGTTTTAGTTTTTGACTGCGTTAGGTTTAAG
516 TTGATCAAAGCAAAGAAACACGACAAGTTGCATTGATCTTAG-TTTTCACAGCGTTAGGTGCAAG
15101601 TTGTGAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAATCATTGGCATGAAAACC
580 TTGTGAAGGA-TTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAATCATTGGCATGAAAACC
15101666 ACCTGCACAATTTGAATATCTTGAATCAAATGTTC
644 ACCTGCACAATTTGAATATCTTGAATCAAATGTTC
* * *
15101701 CTAAACTTGCTCAAAGTCAAGAAAAATAATATGGTGCATTGGTTTTAGTTTTTTACA-G-A-GTG
1 CTAAACTTGCTCAAAGTAAAGAAAAATAATAAGGTGCATTGGTTTTAGTTTTTCACACGTAGGTG
* * * *
15101763 CAAGTTGTGAAGGACTTTGGAGC-TTAAACTATCAAAATCTGTTTTTGAACAATCATGGGCATGA
66 CAAGATGTGAAGGACTTTGAAGCATAAAAC-ATCAAAATCTGTTTTTGAACAATCATGGGAATGA
* * *
15101827 AAACCACCTGCAC-A-AAATTGTGACATAAAAACCATTTTGCACATGCTTTTCAACTTTTCGTTG
130 AAACCACCTGCACAATAAATTGTGACATAAAAACCATTTTGCACAAGCTTTTCAACCTTTC-ATG
*
15101890 -TGTTTCATACTTATTTGCTTTGGATACATTTTTCAGGAGAATTCGGGAATGATATGGG-TTGCA
194 CT-TTT--T--TT-TTT-CTTTGGATACATTTTCCAGGAGAATTCGGGAATGATATGGGATTGCA
* ** ** *
15101953 TATGAATGCTCTTGATATTTTGATTGCATGAACGAGTT-GGATACTATTTG-GAAAACTGTTACT
252 TATGAATGCTCTTCATATTGGGATCACATCAACGA-TTCGGATACTATTTGTG-AAACTGTTACT
* * * * * *
15102016 GGTGCTTGATGTGATTAATTGTGTGCCAACTTCTTCCTATGTTTGTGCGCCAAC-TTGGGTCAAA
315 GGTGCATAACGTAATTAATTGCGTGCCAACTTCTTCCTATATTTGTGCGCCAACTTTGGG-CAAA
* * * * *
15102080 GCCTAATGTTATTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGACTTTGGCTGGACTGAATCTTTTAA
379 GCCTAATGTTATTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGACTTTGCCTGGACTCAACCATTAAA
* * *
15102145 ATATGAAATACTGTTCCAGCAGGTTCTTAAACAGATCTGAATTTGAATATCTTGAATCCAACGTT
444 ATATGAAATACTGTTCCAGCAGGTTCTTAAACAGACCTGAATTTGAAAATCTTGAATCCAACATT
* * *
15102210 TCTGAACTTGCTTAAAGCAAAGAAACACGACAAGTTGCATTGATCTTAGTTTTCACAGCGTTAGG
509 TCTAAACTTGATCAAAGCAAAGAAACACGACAAGTTGCATTGATCTTAGTTTTCACAGCGTTAGG
* *
15102275 TGCAAGTTGTGAAGTATTTGGATCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAA
574 TGCAAGTTGTGAAGGATTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAA
15102325 ACCACATGCA
Statistics
Matches: 539, Mismatches: 73, Indels: 30
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
675 40 0.07
676 5 0.01
678 1 0.00
679 39 0.07
680 104 0.19
681 262 0.49
682 37 0.07
683 1 0.00
685 50 0.09
ACGTcount: A:0.30, C:0.15, G:0.19, T:0.37
Consensus pattern (678 bp):
CTAAACTTGCTCAAAGTAAAGAAAAATAATAAGGTGCATTGGTTTTAGTTTTTCACACGTAGGTG
CAAGATGTGAAGGACTTTGAAGCATAAAACATCAAAATCTGTTTTTGAACAATCATGGGAATGAA
AACCACCTGCACAATAAATTGTGACATAAAAACCATTTTGCACAAGCTTTTCAACCTTTCATGCT
TTTTTTTTTCTTTGGATACATTTTCCAGGAGAATTCGGGAATGATATGGGATTGCATATGAATGC
TCTTCATATTGGGATCACATCAACGATTCGGATACTATTTGTGAAACTGTTACTGGTGCATAACG
TAATTAATTGCGTGCCAACTTCTTCCTATATTTGTGCGCCAACTTTGGGCAAAGCCTAATGTTAT
TGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGACTTTGCCTGGACTCAACCATTAAAATATGAAATACT
GTTCCAGCAGGTTCTTAAACAGACCTGAATTTGAAAATCTTGAATCCAACATTTCTAAACTTGAT
CAAAGCAAAGAAACACGACAAGTTGCATTGATCTTAGTTTTCACAGCGTTAGGTGCAAGTTGTGA
AGGATTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAATCATTGGCATGAAAACCACCTGCA
CAATTTGAATATCTTGAATCAAATGTTC
Found at i:15103781 original size:521 final size:519
Alignment explanation
Indices: 15102745--15103849 Score: 1503
Period size: 521 Copynumber: 2.1 Consensus size: 519
15102735 AAATACTTAA
* * * *
15102745 AGCTTAAGAA-ATCAAAATTTGTTTTT-CAGCAATCATGGGAATGAAAACCATCTCCACAATTTC
1 AGCTTAA-AATATCAAAATTTGTTTTTGAAG-AATCATGGGCATGAAAACCACCTACACAATTTC
* * *
15102808 AAATTGTGACATAAAAACCATTTTGCACAAGTTTCTCAACTTTTCGTTGTGTTTCGTACTTATTT
64 AAATTGTAACATAAAAACCATTTTGCACAAGTTTCTCAACTCTTAGTTGTGTTTCGTACTTATTT
* * * *
15102873 CCTTTGTATATATTTTTCAAGAGAATTTATGAACGCTGTGGGATTGCATATGAATGCTCTTAATA
129 CCTTTGGATATATTTTTCAAGAGAATTCAGGAACGCTGCGGGATTGCATATG-A-GCTCTTAATA
* ** *
15102938 TTGGGATTATATGAATGATTTGGATACTATTTGTGAAACTGTTACTAGTGCTTGACATGATTAAT
192 TTGGGATTACATGAATGATTTCAATACTATTTGTGAAACTGCTACTAGTGCTTGACATGATTAAT
*** * *
15103003 TGTGTGCCAACTTGTTCTTATTTGTGTGCGAACTTGCATCTAAGCCTAATGTTTTTTAAATTTAT
257 TGCAAGCCAACTTGTTCTTATTTGTGTGCGAACTTGCATCAAAGCCTAATGTTTTTGAAATTTAT
* * * *
15103068 TGTTTTGCTTTGAAAATGACTTTCACTGGACTCAACCTTCAAAACATGAAATACCATTCCAGTAG
322 TCTTTTCCTTTGAAAATGACTTTCACTGGACTCAACATTCAAAACATGAAATACCATTCCAGCAG
*
15103133 GTTCTTAAACGGACCTGAATTTTACAAATATCTTGAATCCAACGTTTCTAAACTTGCTCAAAGCA
387 GTTCTTAAACGGACCTGAATTTTA-AAATATCTTGAATCCAACGTTCCTAAACTTGCTCAAAGCA
** * *
15103198 AAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCACAGTGTTAAGTGCAAGTTGTGAAGGACT
451 AAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCACAGCATTAAGTGCAACTTATGAAGGACT
15103263 TTGG
516 TTGG
* *
15103267 AGCTTAAAATATCAAATTTTGTTTTTGAAGATTCATGGGCATGAAAACCACCTACACAATTTCAA
1 AGCTTAAAATATCAAAATTTGTTTTTGAAGAATCATGGGCATGAAAACCACCTACACAATTTCAA
* * * *
15103332 ATTGTAACATAAACACCATTTTGCACAAGTTTTTTAACTCTTAGTTGTGTTTCGTTCTTATTTTT
66 ATTGTAACATAAAAACCATTTTGCACAAGTTTCTCAACTCTTAGTTGTGTTTCGTACTTA--TTT
* * * *
15103397 GCTTTGGAT-TCATTTTTCAGGAGAATTCAGGAATGCTGCGGGATTGC-TATTG-GCTCTTGATA
129 CCTTTGGATAT-ATTTTTCAAGAGAATTCAGGAACGCTGCGGGATTGCATA-TGAGCTCTTAATA
* * *
15103459 TTGGGATTGCGTGAATGATTTCAATACTATTTGTGAAAACTGCTAC-AGGTGCTTGACGTGATTA
192 TTGGGATTACATGAATGATTTCAATACTATTTGTG-AAACTGCTACTA-GTGCTTGACATGATTA
* ** *
15103523 ATTGCAAGCCAACTTGTTCTTATATT-TGTTCGTGAACTTGGGTCAAAGTCTAATGTTTTTGAAA
255 ATTGCAAGCCAACTTGTTCTTAT-TTGTG-T-GCGAACTTGCATCAAAGCCTAATGTTTTTGAAA
** * *
15103587 TTT-TATCTTTTCCTTTGAAAATGACTTTGGCTGGACTCAATCATT-AAAATATGAAATACCGTT
317 TTTAT-TCTTTTCCTTTGAAAATGACTTTCACTGGACTCAA-CATTCAAAACATGAAATACCATT
*
15103650 CCAGCAGGTTCTTAAACGGACCTGAA-TTT-GAATATCTTGAATCCAACGTTCCTAAACTTGCTC
380 CCAGCAGGTTCTTAAACGGACCTGAATTTTAAAATATCTTGAATCCAACGTTCCTAAACTTGCTC
15103713 AAAGCAAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCACAGCATTAAGTGCAACTTATGA
445 AAAGCAAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCACAGCATTAAGTGCAACTTATGA
15103778 AGGACTTTGG
510 AGGACTTTGG
* * *
15103788 AGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAATCATGGGCATGAAAACCACCTGCACAATTT
1 AGCTTAAAATATCAAAATTTGTTTTTGAAGAATCATGGGCATGAAAACCACCTACACAATTT
15103850 TAATATCTTG
Statistics
Matches: 514, Mismatches: 56, Indels: 27
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
521 202 0.39
522 152 0.30
523 12 0.02
524 145 0.28
525 3 0.01
ACGTcount: A:0.30, C:0.16, G:0.17, T:0.37
Consensus pattern (519 bp):
AGCTTAAAATATCAAAATTTGTTTTTGAAGAATCATGGGCATGAAAACCACCTACACAATTTCAA
ATTGTAACATAAAAACCATTTTGCACAAGTTTCTCAACTCTTAGTTGTGTTTCGTACTTATTTCC
TTTGGATATATTTTTCAAGAGAATTCAGGAACGCTGCGGGATTGCATATGAGCTCTTAATATTGG
GATTACATGAATGATTTCAATACTATTTGTGAAACTGCTACTAGTGCTTGACATGATTAATTGCA
AGCCAACTTGTTCTTATTTGTGTGCGAACTTGCATCAAAGCCTAATGTTTTTGAAATTTATTCTT
TTCCTTTGAAAATGACTTTCACTGGACTCAACATTCAAAACATGAAATACCATTCCAGCAGGTTC
TTAAACGGACCTGAATTTTAAAATATCTTGAATCCAACGTTCCTAAACTTGCTCAAAGCAAAGAA
ACATGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCACAGCATTAAGTGCAACTTATGAAGGACTTTGG
Found at i:15105387 original size:521 final size:516
Alignment explanation
Indices: 15103943--15105678 Score: 2249
Period size: 521 Copynumber: 3.3 Consensus size: 516
15103933 TAAGTGTAAG
* * * * ** *
15103943 TTGTGACATAAAAACCATTTTGCACAAGTTTTTTTAACTTTTCCTTGTATTTCGTGGTTATTTGC
1 TTGTGACATAAAAACCATTTTGCACAAG-TTTCTCAACTTTTCGTTGTGTTTCGTACTAATTTGC
* * * * * *
15104008 TTTGGATACCTTTTTTAGGAGGATTCGTGAATGATGTGGGATTTGCATATGAATGGTCTTGATAT
65 TTTGCATA-CATTTTTAGGAGAATTCGTGAATGCTGTGGGATTGGCA-A-GAATGCTCTTGAT-T
* * **
15104073 TTGGG-TTGCGTGAATGATTTGGATA-TAATTTGTGAAACTGTTACTAGTGCTTGATGTGATTAA
126 TTGGGATGGCGTGAATGATTTGGATACT-ATTTGTGAAACTGTTACTGGTGCTTGACATGATTAA
* * *
15104136 TTGCATGCCAACTTGTTCTTATGTTTG-TGCATGAACTTGGGTCAAAGCCTAATATTTCTGAAAT
190 TTGCGTGCCAACTTGTTCTTATGTTTGCTGCA-GAATTTGGGTCAAAGCCTAATGTTT-TGAAAT
* * * *
15104200 TTTATGTTTTGCTTTGAAAATGACTTTGGTTGGACTCAACCTTTAAAATATGAAATACCGTTCCA
253 TTTATATTTTGCTTTGAAAATGACTTTCGCT-GACTCAACCTTTAAAATATGAAATACCATTCCA
* * * * * * ** *
15104265 CCAGGTTCTTAATCGGA-CTAGAATTTTAATATCTTGAATCCAAAGTTCCTAAGCTTTTTCAATG
317 GCAGGTTCTTAAACAGACCT-GAATTTGAATATCTTGAATCCAACGTTCCTAAACTTGCTCAAAG
* ** *
15104329 CGAAGAAACATGATAAGTTGCACTGGTTTTAGTTTTTCGTAGTGTTAAGTGCAAGTTGTGAAGGA
381 CGAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCACAGTGTTAAGTGCAAGTTGTGAAGGG
* * * * *
15104394 CTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTTTCAACAGTCAC-GTGCATGAACACCACCTGCACA
446 CTTTGGAGCTTAAAATAT-AAAATTTATTTTTGAACAATCACAG-GCATGAAAACCACCTGCACA
15104458 ATTTCAAA
509 ATTTCAAA
* * * * * *
15104466 TTGTGACA-CAAAACCATTTTGCACAAGTTTTTTAACTTTTTGTTATGTTTCGTACTTATTTTTG
1 TTGTGACATAAAAACCATTTTGCACAAGTTTCTCAACTTTTCGTTGTGTTTCGTAC-TA-ATTTG
* * * * *
15104530 CTTTTG-ATACATTTTTCATGAGAATTCGTGAACGCTGTGGGATTGCGC-TGAATGTTCCTGA-T
64 C-TTTGCATACATTTTT-AGGAGAATTCGTGAATGCTGTGGGATTG-GCAAGAATGCTCTTGATT
* * **
15104592 TTGGGATGGCGTGAATGATTTGGATTCTATTTTTGAAACTGTTACTGCCGCTTGACATGATTAAT
126 TTGGGATGGCGTGAATGATTTGGATACTATTTGTGAAACTGTTACTGGTGCTTGACATGATTAAT
15104657 TGCGTGCCAACTTGTTCTTATGTTTGCGTGCA-AATTTGGGTCAAAGCCTAATGTTTTGAAATTT
191 TGCGTGCCAACTTGTTCTTATGTTTGC-TGCAGAATTTGGGTCAAAGCCTAATGTTTTGAAATTT
* * * * *
15104721 TATTTTTTGCGTTGTAAATGACTTTTGCTGTACTCAACCTTTAACATATGAAATACCATTCCAGC
255 TATATTTTGCTTTGAAAATGACTTTCGCTG-ACTCAACCTTTAAAATATGAAATACCATTCCAGC
*
15104786 AGGTTCTTAAA-TGCACCTGAATTTGAATA-CTTTGAATCCAACGTTCCTAAACTTGCTCAAAGC
319 AGGTTCTTAAACAG-ACCTGAATTTGAATATC-TTGAATCCAACGTTCCTAAACTTGCTCAAAGC
* * *
15104849 GAAGAAACATGATAAGTTGCTTTGGTTTTAGTTTTTCACAGTGCTAAATGCAAGTTGTGAAGGGC
382 GAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCACAGTGTTAAGTGCAAGTTGTGAAGGGC
* *
15104914 TTTGGAGCTTAAAATATAGAAATTTTTTTTTGAAGAATCACAGGCATGAAAACCACCTGCACAAT
447 TTTGGAGCTTAAAATATA-AAATTTATTTTTGAACAATCACAGGCATGAAAACCACCTGCACAAT
15104979 TTCAAA
511 TTCAAA
* * * *
15104985 TTGTGACA-AAAAAGCCATTTTGCGCAAGTTTCTCAACTTTTCGTTGTCTTTGGTACTAAATTGC
1 TTGTGACATAAAAA-CCATTTTGCACAAGTTTCTCAACTTTTCGTTGTGTTTCGTACTAATTTGC
*
15105049 TTTGCATACATTTTTAGGAGAATTCGTGAATGCTGTGGGATTGGACAAGAATGCTCTTCATTTTG
65 TTTGCATACATTTTTAGGAGAATTCGTGAATGCTGTGGGATTGG-CAAGAATGCTCTTGATTTTG
*
15105114 GGATGGCGTGAATTATTTGGATACTATTTGTGAAAACTGTTACTGGTGCTTGACATGATTAATTG
129 GGATGGCGTGAATGATTTGGATACTATTTGTG-AAACTGTTACTGGTGCTTGACATGATTAATTG
*
15105179 CGTGCAAACTTGTTCTTATGTTTGTCTG-AGAATTTGGGTCAAAGCCTAATGTTTATGAAATTTT
193 CGTGCCAACTTGTTCTTATGTTTG-CTGCAGAATTTGGGTCAAAGCCTAATGTTT-TGAAATTTT
15105243 ATATTTTGCTTTGAAAATGACTTTCGCTAGACTCAACCTTTAAAATATGAAATACCATTCCAGCA
256 ATATTTTGCTTTGAAAATGACTTTCGCT-GACTCAACCTTTAAAATATGAAATACCATTCCAGCA
*
15105308 AGTTCTTAAACAGACCTGAATTTGAATATCTTGAATCCAACGTTCCTAAACTTGCTCAAAGCGAA
320 GGTTCTTAAACAGACCTGAATTTGAATATCTTGAATCCAACGTTCCTAAACTTGCTCAAAGCGAA
**
15105373 GAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCACAGCATTAAGTGCAAGTTGTGAAGGGCTTT
385 GAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCACAGTGTTAAGTGCAAGTTGTGAAGGGCTTT
* * *
15105438 GGAGCTTAACATATAAAAATTTATTTTTGAATAATCACAGGCATGAAAACCACCTACACAATTTC
450 GGAGCTTAAAATAT-AAAATTTATTTTTGAACAATCACAGGCATGAAAACCACCTGCACAATTTC
15105503 AAA
514 AAA
* * * * * *
15105506 TTGTGACATAAAAACCATTTTGAACATGTTTCACAACTTTTTGTTGTGTTTTGTACTTATTTGCT
1 TTGTGACATAAAAACCATTTTGCACAAGTTTCTCAACTTTTCGTTGTGTTTCGTACTAATTTGCT
* * *
15105571 TTGCATACATTTTTTGGACAATTCGTGAATGCTGTGGGATTGGACAAGAATGCTCTTGATATTGG
66 TTGCATACATTTTTAGGAGAATTCGTGAATGCTGTGGGATTGG-CAAGAATGCTCTTGATTTTGG
* * * *
15105636 GATGGCATGAATTATTTGCATACTATTTTGTGAAACGGTTACT
130 GATGGCGTGAATGATTTGGATACTA-TTTGTGAAACTGTTACT
15105679 TAACTGCATG
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Consensus pattern (516 bp):
TTGTGACATAAAAACCATTTTGCACAAGTTTCTCAACTTTTCGTTGTGTTTCGTACTAATTTGCT
TTGCATACATTTTTAGGAGAATTCGTGAATGCTGTGGGATTGGCAAGAATGCTCTTGATTTTGGG
ATGGCGTGAATGATTTGGATACTATTTGTGAAACTGTTACTGGTGCTTGACATGATTAATTGCGT
GCCAACTTGTTCTTATGTTTGCTGCAGAATTTGGGTCAAAGCCTAATGTTTTGAAATTTTATATT
TTGCTTTGAAAATGACTTTCGCTGACTCAACCTTTAAAATATGAAATACCATTCCAGCAGGTTCT
TAAACAGACCTGAATTTGAATATCTTGAATCCAACGTTCCTAAACTTGCTCAAAGCGAAGAAACA
TGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCACAGTGTTAAGTGCAAGTTGTGAAGGGCTTTGGAGCT
TAAAATATAAAATTTATTTTTGAACAATCACAGGCATGAAAACCACCTGCACAATTTCAAA
Found at i:15107062 original size:520 final size:516
Alignment explanation
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Period size: 520 Copynumber: 4.4 Consensus size: 516
15105715 AACTTAACTG
* * * *
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* *
15105790 ACATTCCTAAACTTGCTCAAAGCAAAGAAACATGATAAGTTGCGTTGGTTTTAGTTTATCACAGC
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* * * * *
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* *
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* *
15105984 CTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTTCTTTGCATACATTTTTAGAAGAATTCGTGAATGCTGTG
259 CTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTGCATACATTTTTAGAAGAATTCGTGAATGCTGTG
* * * *
15106049 GGATTGCATATGAATGCTC------TT--GAT-CCTGAATAATTTGGATACTATTTGTGAAACTG
324 GGATTGCACAAGAATGCTCTTGATATTGGGATGCGTGAATTATTTGGATACTATTTGTGAAACTG
** * * *
15106105 TTACTGGTGCTTGACGTGATTAGCTGTGTGCCAACTTGTTCTTATGTTTGTGCCCGAACTTGGGC
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* * *
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454 CAAAGCCTAATGTTTTTA-AATTTTATATTTTGCTTTGAAAATGACTTTCA-CTGGACTCAACCT
* *
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1 TTAAAATATGAAATAACATTCCAACAGGTTCTT-AA-AGAACTGAATTTGAATATCTTGAATCCA
* * ** * *
15106289 ACATTCCTAAACTTGCTCAAAGCAAAGAAACATGATAAGTTGCATTAATCTTAGTTTTTCACAGT
64 ACGTTCCTAAACTTGCTCAAAGCAAAGAAACATGATAAGTTGCGTTGGTTTTAGTTTTTCACAGC
* * * * *
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129 GTTAAGTGCAAGTTGTGAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTATTTTTGAACAATCATA
* * * *
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194 GGCATGAAAACCACCTGCACAATTTCAAATTGTGACATAAAAACCATTTTGCACAAGTTTCTCAA
* * *
15106483 CTTTTCGTTGTGTTTCATA-TCTA-TTGCTTTGGATACATTTTTCAGGAGAATTAGTGAATGCTG
259 CTTTTCGTTGTGTTTCATACT-TATTTGCTTTGCATACATTTTT-AGAAGAATTCGTGAATGCTG
*
15106546 TGGGATTGGACAAGAATGCTCTTGATATTGGGATGGCGTGAATTATTTGGATACTATTTGTGAAA
322 TGGGATTGCACAAGAATGCTCTTGATATTGGGAT-GCGTGAATTATTTGGATACTATTTGTG-AA
* * * *
15106611 ACTATTGCTGGTACTTGACGTGATTAATTGTGTGCCAACTTGTTCTTATTTTTGTGCGCGAATTT
385 ACTGTTACTGGTGCTTGACGTGATTAATTGTGTGCCAACTTGTTCTTATGTTTGTGCGCGAATTT
* ** * * *
15106676 GGGTCAAAACCTAACATTTCTGAAATTTTATATTTTGCTTTGAAAATGAATTTCACTGGACACAA
450 GGGTCAAAGCCTAATGTTT-TTAAATTTTATATTTTGCTTTGAAAATGACTTTCACTGGACTCAA
15106741 CCT
514 CCT
* *
15106744 TTAAAATATGAAATAACATTCCAGCAGGTTCTTAAATGCAACTGAATTCGAATA-CTTTGAATCC
1 TTAAAATATGAAATAACATTCCAACAGGTTCTTAAA-G-AACTGAATTTGAATATC-TTGAATCC
*
15106808 AACGTTCCTAAACTTGCTCAAAGCGAAGAAACATGATAAGTTGCGTTGGTTTTAGTTTTTCACAG
63 AACGTTCCTAAACTTGCTCAAAGCAAAGAAACATGATAAGTTGCGTTGGTTTTAGTTTTTCACAG
* ** * * *
15106873 TGCAAAGTGCAAGTTGTGAAGGGCTTTGGAGCTTAAAATATAGAAAAT-TTTTTTTGAACAATCA
128 CGTTAAGTGCAAGTTGTGAAGGACTTTGGAGCTTAAAATAT-CAAAATCTATTTTTGAACAATCA
* * *
15106937 CATGCATGAAAACCACCTGTACAATTTCAAATTGTGACA-AAAAAGCCA-TTTGCACAAGTTTCT
192 TAGGCATGAAAACCACCTGCACAATTTCAAATTGTGACATAAAAA-CCATTTTGCACAAGTTTCT
* * **
15107000 CAACTTTTCGTTGTGTTTCGTACTAATTTGCTTTGCATACATTTTTAGGGGAATTCGTGAATGCT
256 CAACTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTGCATACATTTTTAGAAGAATTCGTGAATGCT
* * * * *
15107065 GTGGGATTGGACAAGAATGCTCTTCATTTTGGGTTAGCGTGAATTATTGGGATACTATTTGTGAA
321 GTGGGATTGCACAAGAATGCTCTTGATATTGGGAT-GCGTGAATTATTTGGATACTATTTGTG-A
* *
15107130 AACTGTTACTGGTGCTTGACGTGATTAATTGCGTGCCAACTTGTTCTTATGATTGT-CTGCGAAT
384 AACTGTTACTGGTGCTTGACGTGATTAATTGTGTGCCAACTTGTTCTTATGTTTGTGC-GCGAAT
*
15107194 TTGGGTCAAAGCCTAATGTTTATAAAATTTTATATTTTGCTTTGAAAATGACTTTCACTGGACTC
448 TTGGGTCAAAGCCTAATGTTT-TTAAATTTTATATTTTGCTTTGAAAATGACTTTCACTGGACTC
15107259 AACCT
512 AACCT
* *
15107264 TTAAAATATGAAATACCATTCCAACAGGTTCTTAAACGGACCTGAATTTGAATATCTTGAATCCA
1 TTAAAATATGAAATAACATTCCAACAGGTTCTTAAA--GAACTGAATTTGAATATCTTGAATCCA
* * *
15107329 ACGTTCCTAAACTTACTCAAAGCGAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCACAGC
64 ACGTTCCTAAACTTGCTCAAAGCAAAGAAACATGATAAGTTGCGTTGGTTTTAGTTTTTCACAGC
* * * *
15107394 ATTAAGTGCAAGTTGTGAAGGACTCTGGAGTTTAAAATATCAAAATCTAATTTTGAACAATCATA
129 GTTAAGTGCAAGTTGTGAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTATTTTTGAACAATCATA
* * * *
15107459 GGCATGAAAACCACCTGCACAAATTCAAATTGTGACATAAAAACCACTTTGCACAATTTTTTTC-
194 GGCATGAAAACCACCTGCACAATTTCAAATTGTGACATAAAAACCATTTTGCACAA-GTTTCTCA
* * ** * * * ** * *
15107523 ACTTTTTGTTGTGTTTCGTGGTTATTTGATTTGGATACCTTTTTCTAAGGATTCGTGAATGATGT
258 ACTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTGCATACATTTTTAGAAGAATTCGTGAATGCTGT
* **
15107588 GGGATTGCA-AATGAATGCTCTTGATATTGGGATTGCGTGAATGATACGGATACTATTTGTGAAA
323 GGGATTGCACAA-GAATGCTCTTGATATTGGGA-TGCGTGAATTATTTGGATACTATTTGTGAAA
* * *
15107652 CTGTTACTGGTGCTTGATGTGATTAATTGTGTGCCAACTTGTTCTTATATTTGTGCGCTAACTTT
386 CTGTTACTGGTGCTTGACGTGATTAATTGTGTGCCAACTTGTTCTTATGTTTGTGCGCGAA-TTT
* * ** *
15107717 -GGTCAAAGCCTAATGTTTTTTAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATTACTTTGGCTGAACTCAA
450 GGGTCAAAGCCTAATG-TTTTTAAATTTTATATTTTGCTTTGAAAATGACTTTCACTGGACTCAA
*
15107781 CCA
514 CCT
* * *
15107784 TTAAATTATGAAAT-ACTATTCCAACAGGTTCTTGAACAGACCTGAATTTGAATATCTTGAAACC
1 TTAAAATATGAAATAAC-ATTCCAACAGGTTCTT-AA-AGAACTGAATTTGAATATCTTGAATCC
* * * * *
15107848 AATGTTCCCAAACTTGCTCAAAGCAAAAAAATATGATAAGTTGCGTTGGTTTTAGTTTTTGACAG
63 AACGTTCCTAAACTTGCTCAAAGCAAAGAAACATGATAAGTTGCGTTGGTTTTAGTTTTTCACAG
* * *
15107913 CGTTAGGTGCAAGTTGTGAAGGACTTTGGAGCATAAAATATCAAAATCTGTTTTTGAACAATCAT
128 CGTTAAGTGCAAGTTGTGAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTATTTTTGAACAATCAT
*
15107978 GGGCATGAAAACCACCTGCACAATTT
193 AGGCATGAAAACCACCTGCACAATTT
15108004 GAATATCTTG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (516 bp):
TTAAAATATGAAATAACATTCCAACAGGTTCTTAAAGAACTGAATTTGAATATCTTGAATCCAAC
GTTCCTAAACTTGCTCAAAGCAAAGAAACATGATAAGTTGCGTTGGTTTTAGTTTTTCACAGCGT
TAAGTGCAAGTTGTGAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTATTTTTGAACAATCATAGG
CATGAAAACCACCTGCACAATTTCAAATTGTGACATAAAAACCATTTTGCACAAGTTTCTCAACT
TTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTGCATACATTTTTAGAAGAATTCGTGAATGCTGTGGG
ATTGCACAAGAATGCTCTTGATATTGGGATGCGTGAATTATTTGGATACTATTTGTGAAACTGTT
ACTGGTGCTTGACGTGATTAATTGTGTGCCAACTTGTTCTTATGTTTGTGCGCGAATTTGGGTCA
AAGCCTAATGTTTTTAAATTTTATATTTTGCTTTGAAAATGACTTTCACTGGACTCAACCT
Found at i:15108058 original size:171 final size:171
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15107818 AACAGACCTG
* * *
15107828 AATTTGAATATCTTGAAACCAATGTTCCCAAACTTGCTCAAAGCAAAAAAATATGATAAGTTGCG
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* * * * *
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* *
15107958 ATCTGTTTTTGAACAATCATGGGCATGAAAACCACCTGCAC
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* * *
15107999 AATTTGAATATCTTGAATCCAACGTTCCCAAACTTGCTCAAAGTGAAGAAAAT-TGATAAGGTGC
1 AATTTGAATATCTTGAAACCAACGTTCCCAAACTTGCTCAAAG-CAAAAAAATATGATAAGGTGC
* *
15108063 ATTGGTTTTAGTTTATCACAGCATTAAGTGCAAATTGTGAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATCAA
65 ATTGGTTTTAGTTTATCACAGCATTAAGTGCAAATTGTGAAGGACTTTGGAGCATAAAATATCAA
*
15108128 AATCTATTTTTGAACAATCAAGGGCATGAACACCACCTGCAC
130 AATCTATTTTTGAACAATCAAGGGCATGAAAACCACCTGCAC
15108170 AATTT
1 AATTT
15108175 CAAATTGTGA
Statistics
Matches: 159, Mismatches: 16, Indels: 2
0.90 0.09 0.01
Matches are distributed among these distances:
171 152 0.96
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ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.18, T:0.31
Consensus pattern (171 bp):
AATTTGAATATCTTGAAACCAACGTTCCCAAACTTGCTCAAAGCAAAAAAATATGATAAGGTGCA
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ATCTATTTTTGAACAATCAAGGGCATGAAAACCACCTGCAC
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Indices: 15108589--15117581 Score: 10026
Period size: 523 Copynumber: 17.3 Consensus size: 517
15108579 AAGTTTTTCA
* * * * * *
15108589 TGGACTCAAGCTTTAAAATACGAAATACTATTCCAGCAAGTTTTTAAATGGAACTGAATTTGAAT
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* * * *
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* * * *
15108718 GTTTTTCATAGCGTTAAGAGCAAGTTGTAAAGGACTTTAGAGCTTAAAATATCAAAATCTATTTT
131 GTTTTTCACAGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCT-GTTT
** * * *
15108783 TGAACAATCATGGGTATGAAAACCATTTGCACATTTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTTGCA
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* * * *
15108848 CAAGTTTTAAACTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTCGCTTTGTATACATTTTCAGGAGAATTCA
260 CAAGTTTTTAACTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTGGATACATTTTCAAGAGAATTCA
* * *
15108913 TTAATGCTGT-GGATTGCATATGAATGCTCTTGATGTTGGGATTGCGTGAATGATTTGGATACTA
325 TGAATGCTGTGGGATTGCATATGAATGCTCTTGATATTGGGATTGCATGAATGATTTGGATACTA
* * * *
15108977 TTTGTGAAAC-GTTACTGGTGCTTTGCTTAACGTGATAAATTACTTGCCAACTTGTTTTTATATT
390 TTTGTGAAACTGTTACTAGTGC-TTG----ACGTGATTAATTGCGTGCCAACTTGTTTTTATATT
* *
15109041 TGTACGC--A---A-GTCAAAGCCTAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTAAAAATGACTT
450 TGTGCGCAAACTTAGGTC-AAGCCTAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGACTT
*
15109100 TCAC
514 TCGC
* * * * * * *
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* * * * * *
15109168 ATCTTGAATCCAACGTTTTTAAACCTACTC-AAGTGAAGAGACACGATAAGTTGCATTGGTTTTA
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* ** * * *
15109232 CTTTTTCACAATGTTAAGTGCAAGTTTTAAAAGACTTTAGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTT
131 GTTTTTCACAGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTG-TTT
* * * * *
15109297 TGAACAATTATGGGCGTGAAAGCTACTTGCACAATTTCATATTGTGATATAAAAACCATTTTGCA
195 TGAACAATCATGGGCGTGAAAACCACTTGCACAATTTCAAATTGTGACATAAAAACCATTTTGCA
* * *
15109362 CAAGTTTTTAACTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTGGATACATTTTTAAAAGAATTCA
260 CAAGTTTTTAACTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTGGATACATTTTCAAGAGAATTCA
* * * * * *
15109427 TAAATACTCTGAGGAATCTATGGGATTACAAATGAATGCTCTTAATATTGGGATTGCATGAGTGA
325 T-GA-A---T---G---CTGTGGGATTGCATATGAATGCTCTTGATATTGGGATTGCATGAATGA
* * * *
15109492 TTTGGATATTATTTGTGAAACTGTTGCT-GATGCTTGACGTGGTTAATTGCGAGCCAACTTGTTT
379 TTTGGATACTATTTGTGAAACTGTTACTAG-TGCTTGACGTGATTAATTGCGTGCCAACTTGTTT
* * **
15109556 TTATATTTGTGCTCAAACTTAGGTCGAAGCCTAATGTTTTTGAAATTATATGCCTTGCTTTGAAA
443 TTATATTTGTGCGCAAACTTAGGTC-AAGCCTAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAA
15109621 ATGACTTTCGC
507 ATGACTTTCGC
* * * * * * * ** * *
15109632 TGGACTCAAGCTTTAAAAATATGAATTACTATTCAAACAAGTTTTTAATTGGAATTGGATTTGAA
1 TGGACTCAACCTTT-AAAATATGAAATACTGTTCCAGCAGGTTCTTAAACGGAACTGAATTTGAA
* * * *
15109697 TATCTTGAATCCAACATTT-TTAACTTGCTC-AAGCAAAGAAACACGATAAAGTTGCATTGGTTT
65 TATCTTGAATCCAACGTTTCTAAACTTGCTCAAAGCGAAGAAACATGAT-AAGTTGCATTGGTTT
* *
15109760 TAGTTTTTCACAGCGTTAAGGGCAAGTTGTAATGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTT
129 TAGTTTTTCACAGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTT
* * * * *
15109825 TTGAATAATCATGAGCGTGAAAACTACTTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCACTTTGC
194 TTGAACAATCATGGGCGTGAAAACCACTTGCACAATTTCAAATTGTGACATAAAAACCATTTTGC
* ** * *
15109890 ACAAG-TTTTACACTTTTCTTTGTGTTTCATACTTATTCACTTTGTATATATTTTCAAGAGAATT
259 ACAAGTTTTTA-ACTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTGGATACATTTTCAAGAGAATT
* * * * * **
15109954 CATTAATGCTGTTGGATTGCATATGAATGCTCTTCAAACTGGGATTGTTTGAATGATTTGGATAC
323 CATGAATGCTGTGGGATTGCATATGAATGCTCTTGATATTGGGATTGCATGAATGATTTGGATAC
*
15110019 TATTTGTGAAACTGTTACTAGTGCTTCACGTGATTAATTGCGTGCCAACTTGTTTTTATATTTGT
388 TATTTGTGAAACTGTTACTAGTGCTTGACGTGATTAATTGCGTGCCAACTTGTTTTTATATTTGT
* * * *
15110084 GTGCAAACTTAGGTCAATGTCTAATGTTTTTGAAATTTTCTGTTTTGCTTTGAAAATGACTTTCC
453 GCGCAAACTTAGGTCAA-GCCTAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGACTTTCG
15110149 C
517 C
* * ** * * * * *
15110150 TGGACTCAAGCTTTCAAATACAAAATTCTGTTCCAGCAAGATT-TTAAATGGAATTAAATTTGAA
1 TGGACTCAACCTTTAAAATATGAAATACTGTTCCAGC-AGGTTCTTAAACGGAACTGAATTTGAA
* * * * * *
15110214 TATCTTGAATTCAATGTTTTTAAACTTGCTC-AGGTGAAGAAACATGATAAGTTGAATTGGTTTT
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* * * * * *
15110278 AGTTTTTCACAGTGTTAACTGCAAGTTGTAAAGGACATTAGAGCCTGAAATATCAAAATCTGTTT
130 AGTTTTTCACAGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTG-TT
** * * *
15110343 TTGAGTAATCATGGGCATGAAAACCACTTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTTTC
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* * * *
15110408 ACAAGTTTTAAACTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTGCATACATTTTTAAGAGAATTC
259 ACAAGTTTTTAACTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTGGATACATTTTCAAGAGAATTC
* * * * * *
15110473 ATGAATACTCTGAGGAATCTGTGAGATTACAAATGAATGCTCTTGATATTGTGATTGCGTGAGTG
324 ATG-A-A---T---G---CTGTGGGATTGCATATGAATGCTCTTGATATTGGGATTGCATGAATG
* * * *
15110538 ATTTGGATACTATTTGTGAAACTATTGCTGGTGCTTGACGTGATTAATTACGTGCCAACTTGTTT
378 ATTTGGATACTATTTGTGAAACTGTTACTAGTGCTTGACGTGATTAATTGCGTGCCAACTTGTTT
* * * * *
15110603 TTATATTTGTGCGCAAACTTAGGTTGAAG-CGAATGTTTTTGAAATTATATATTTTGCTTTCAAA
443 TTATATTTGTGCGCAAACTTAGG-TCAAGCCTAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAA
15110667 ATGACTTTCGC
507 ATGACTTTCGC
* * * * ** * *
15110678 TGGACTCAAGCTTTAAAAATATGAATTACTGTTCCAGCAAGTTTTTAAGTGAAACTGGATTTGAA
1 TGGACTCAACCTTT-AAAATATGAAATACTGTTCCAGCAGGTTCTTAAACGGAACTGAATTTGAA
* ** * ** *
15110743 TACCTTGAATCCAATATTTTTAAACTTGCTC-AAGCGAAGAAACACAATAAGTTGCATTAGTTTT
65 TATCTTGAATCCAACGTTTCTAAACTTGCTCAAAGCGAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTT
* * *
15110807 AGTTTTTCACAGCGTTAAGTGCAAGTTGTGAAGGACATTAGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTT
130 AGTTTTTCACAGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTG-TT
* *
15110872 TTAAACAAATCATGGGCGTGGAAACCACTTGCACAATTTCAAATTGTGACATAAAAACCATTTTG
194 TTGAAC-AATCATGGGCGTGAAAACCACTTGCACAATTTCAAATTGTGACATAAAAACCATTTTG
* ** * *
15110937 CGCAAGTTTTTTAACTTTTTGTTGTGTTTCGTACTTATTTTTGCTTTGCATACATTTTTCAAGAG
258 CACAAG-TTTTTAACTTTTCATTGTGTTTCATACTTA--TTTGCTTTGGATACA-TTTTCAAGAG
* * * *
15111002 AATTCGTGAATGTTGTGGGATTGCATATCAATGCTCTTGATATTGGGATTGCGTGAATGATTTGG
319 AATTCATGAATGCTGTGGGATTGCATATGAATGCTCTTGATATTGGGATTGCATGAATGATTTGG
* *
15111067 ATACTATCTT-TGAAACTGTTACTGGTGCTTGACATGATTAATTGCGTGCCAAC-------T-TA
384 ATACTAT-TTGTGAAACTGTTACTAGTGCTTGACGTGATTAATTGCGTGCCAACTTGTTTTTATA
* **
15111123 ---G-G-TC--A---A--T---GCCTAATAATTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGACT
448 TTTGTGCGCAAACTTAGGTCAAGCCTAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGACT
*
15111173 TTCAC
513 TTCGC
* * * * *
15111178 TGAACTCAACCTTTAAAATATGAAATACCGTTCCAGCAGATTCTTAAACGGACCTAAATTTGAAT
1 TGGACTCAACCTTTAAAATATGAAATACTGTTCCAGCAGGTTCTTAAACGGAACTGAATTTGAAT
* * *
15111243 ATCTTGAATCCAACGTTTCAAAACTTGCTCAAAGCGAAGAAACATGATAGGTTGCGTTGGTTTTA
66 ATCTTGAATCCAACGTTTCTAAACTTGCTCAAAGCGAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTA
* * * * * *
15111308 GTTTTTCATAGCATTAAGTGCAAGTTGTGAAGGACATTGGAGCTTAAAGA-GTCAAAATCTATTT
131 GTTTTTCACAGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAA-ATATCAAAATCT-GTT
* * * *
15111372 TTGAACAATCATGGGCCTGAAAACCATTTGCACAATTTCAAATTGTGACAGAAAAAACATTTTGC
194 TTGAACAATCATGGGCGTGAAAACCACTTGCACAATTTCAAATTGTGACATAAAAACCATTTTGC
* * *
15111437 ACAAGTTTTTTAACTTTTCATTCTGTTTCATACTATTTTTGCTTTAGATACATTTTTCAAGAGAA
259 ACAAG-TTTTTAACTTTTCATTGTGTTTCATACT-TATTTGCTTTGGATACA-TTTTCAAGAGAA
* * * * **
15111502 TTCATGAATGTTGTGGGATTGCATGTGAATACTCTAGATATTGGGATTGTGTGAATGATTTGGAT
321 TTCATGAATGCTGTGGGATTGCATATGAATGCTCTTGATATTGGGATTGCATGAATGATTTGGAT
* ** * * *
15111567 ACTATTTGTGAAACTGTTATTAGTGCTTGACGTGATTAATTGTATGCCAACTTCTTGTTGTATTT
386 ACTATTTGTGAAACTGTTACTAGTGCTTGACGTGATTAATTGCGTGCCAACTTGTTTTTATATTT
* * * * * * *
15111632 GTGCGCGAACCTGGGTCAAAGCCTAGTGTTTTTGAAATTTTATGTTTGGCTTTGAAAATAACCTT
451 GTGCGCAAACTTAGGTC-AAGCCTAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGACTTT
15111697 CGC
515 CGC
* * * * * *
15111700 TGGA-T--ACCTTTAAAACATGAAATACCGTTCTAACAGGTTCTTAAACGGACCTGAACTTGAAT
1 TGGACTCAACCTTTAAAATATGAAATACTGTTCCAGCAGGTTCTTAAACGGAACTGAATTTGAAT
* * * *
15111762 ATCTTGAATCCAACATTTCTAAACTTGCTCAAAGCGAAGAAACATGATAAGTTACGTTGCTTTTA
66 ATCTTGAATCCAACGTTTCTAAACTTGCTCAAAGCGAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTTA
* * * **
15111827 GTTTTCCACAACGTTAAGTGCAAGTTGTGAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCCATTTT
131 GTTTTTCACAGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTTT
15111892 CGAACAATCATGGGCGTGAAAACCACTTGCACAATTTCAAATTGT-ACATAAAAACCATTTTGCA
196 -GAACAATCATGGGCGTGAAAACCACTTGCACAATTTCAAATTGTGACATAAAAACCATTTTGCA
* * *
15111956 CAAGTTTTTTTAACTTTTCGTTGTGTTTCGTACTTATTTTTGCTTTGGATTCATTTTTCAAGAGA
260 CAAG--TTTTTAACTTTTCATTGTGTTTCATACTTA--TTTGCTTTGGATACA-TTTTCAAGAGA
* ** ** *
15112021 ATTCGTGAATGCTGTGAAATTGCATATGAATGCTCTTGATATTCAGATTGCGTGAATGATTTGGA
320 ATTCATGAATGCTGTGGGATTGCATATGAATGCTCTTGATATTGGGATTGCATGAATGATTTGGA
* * * * *
15112086 TACTATTTGTGAAACTATTACTAGTGCTTCACATGATTAATTGCGTGCCAATTTGTTCTTATATT
385 TACTATTTGTGAAACTGTTACTAGTGCTTGACGTGATTAATTGCGTGCCAACTTGTTTTTATATT
* *
15112151 TGTGCGCAAACTTAGGTCAAAGCCTAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGTTTTGAAAATTACTT
450 TGTGCGCAAACTTAGGTC-AAGCCTAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGACTT
*
15112216 TTGC
514 TCGC
** ** **
15112220 TGCCCTCAACCTTTAAAATATGAAATACCATTCCAGTGGGTTCTTAAAC-GAACCTGAATTTGAA
1 TGGACTCAACCTTTAAAATATGAAATACTGTTCCAGCAGGTTCTTAAACGGAA-CTGAATTTGAA
* * * * *
15112284 TATCTTAAATCCAATGTTTCTAAACTTGCTGAAAGCGAAGAAACATGATAAGTTGCGTTTGTTTT
65 TATCTTGAATCCAACGTTTCTAAACTTGCTCAAAGCGAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTT
* * * * *
15112349 AATTTTTTACAGCGTTAAGTGCAAGTTGTGAATGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAAGCTGTTT
130 AGTTTTTCACAGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTG-TT
* * *
15112414 TTGATCAATCATGGGTGTGAAAACCACTTGCACAATTTCAAATTGTGACATAAAAACCATTTTGT
194 TTGAACAATCATGGGCGTGAAAACCACTTGCACAATTTCAAATTGTGACATAAAAACCATTTTGC
* * * *
15112479 ACAAGTTTTTTAACTTTTCATTCTGTTTCGTACTTTTTTTTGCTTTGGATACATTTTTCAAGAAA
259 ACAAG-TTTTTAACTTTTCATTGTGTTTCATAC--TTATTTGCTTTGGATACA-TTTTCAAGAGA
* * ** * * *
15112544 ATTCGTGAATTCCATGGGATTGCATATGAATGCTTTTGATATTGGGATCGCATGAATGATTTGAA
320 ATTCATGAATGCTGTGGGATTGCATATGAATGCTCTTGATATTGGGATTGCATGAATGATTTGGA
* * * *
15112609 TACTATTTGTGAAACTGTTACTAGTGCTTGACATGATTAATCGCGTGTCAACTTGTTCTTATATT
385 TACTATTTGTGAAACTGTTACTAGTGCTTGACGTGATTAATTGCGTGCCAACTTGTTTTTATATT
* * * *
15112674 TGTGCACAAACTTAGGTCAAGGCCTAATGGTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTCAAAATAACTT
450 TGTGCGCAAACTTAGGTCAA-GCCTAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGACTT
*
15112739 TCGT
514 TCGC
* ** ** *
15112743 TGGACTCAACCTTTAAAATATGAAATACAGTTCCAAAAGGTTCTTAAACGGGCCTAAATTTGAAT
1 TGGACTCAACCTTTAAAATATGAAATACTGTTCCAGCAGGTTCTTAAACGGAACTGAATTTGAAT
* * * ** *
15112808 ATCTT-AGATCCAACATTTCTACACTTGCTCAAAGCGAAGAAATATGATAAGTTGGGTTGCTTTT
66 ATCTTGA-ATCCAACGTTTCTAAACTTGCTCAAAGCGAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTT
* *
15112872 AGTTTTTCACAACGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATATGTTT
130 AGTTTTTCACAGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTG-TT
* * * *
15112937 TTCAACAATCATGGGCATGAAAACCACTTCCACAATTTTAAATTGTGACATAAAAACCATTTTGC
194 TTGAACAATCATGGGCGTGAAAACCACTTGCACAATTTCAAATTGTGACATAAAAACCATTTTGC
* * *
15113002 ACAAGTTTTTTTAACTTTTCATTGTGTTTCGTACTTATTTTTCCTTTGGATACATTTTTAAGAGA
259 ACAAG--TTTTTAACTTTTCATTGTGTTTCATACTTA--TTTGCTTTGGATACATTTTCAAGAGA
* * * ** *
15113067 ATTAATGAATGTTTTAAGATTGCATATGAATGCTCTTGATATTGGGATTGCATTAATGATTTGGA
320 ATTCATGAATGCTGTGGGATTGCATATGAATGCTCTTGATATTGGGATTGCATGAATGATTTGGA
* * * *
15113132 TACTATTTGTGAAACTATTACTAGTGCTTGACGTGAGTAATCGCGTGCCAACTTGTTCTTATATT
385 TACTATTTGTGAAACTGTTACTAGTGCTTGACGTGATTAATTGCGTGCCAACTTGTTTTTATATT
*
15113197 TGTGTGCAAACTTAGGTCAAAGCCTAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTT-AACAATGACT
450 TGTGCGCAAACTTAGGTC-AAGCCTAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAA-AATGACT
*
15113261 TTTGC
513 TTCGC
* * * * *
15113266 TAGACTCAACCTTTAAAATATGAAATACCGTTCTAGCAGGTTATTAAATGG-ACTTGAATTTGAA
1 TGGACTCAACCTTTAAAATATGAAATACTGTTCCAGCAGGTTCTTAAACGGAAC-TGAATTTGAA
* * * * *
15113330 TATCTTGAATCGAACGTTTCTAGACTTGCTCAAAGTGAAGAAACATGATAACTTGCGTTGGTTTT
65 TATCTTGAATCCAACGTTTCTAAACTTGCTCAAAGCGAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTT
* * * *
15113395 AGTTTTTCACAGTGTTAAGTGGAAGTTGTAAAGAACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTATTT
130 AGTTTTTCACAGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCT-GTT
* * * * * * *
15113460 TTCAACAATCTTGGGCGTGAAAACCATTTACACAACTTCAAATTGTGACATAAAAATCATTTTAC
194 TTGAACAATCATGGGCGTGAAAACCACTTGCACAATTTCAAATTGTGACATAAAAACCATTTTGC
* * * * *
15113525 ACAAGTTTTTTAACTTTTCGTTGTGTTCCGTACTTATTTTTGCTTTTGATACATTTTTCAAGAAA
259 ACAAG-TTTTTAACTTTTCATTGTGTTTCATACTTA--TTTGCTTTGGATACA-TTTTCAAGAGA
* * * * * * *
15113590 ATTCGTGAATTCTGTGGGATTGCATATGAATACTTTTGATATTGGGATTGCACGAAAGATTTGAA
320 ATTCATGAATGCTGTGGGATTGCATATGAATGCTCTTGATATTGGGATTGCATGAATGATTTGGA
* * * *** * *
15113655 TACTATTTGTGAAACTGTTACTAGTGCTTGATGTAATAAATCATGTACTAACTTGTTTTTATATT
385 TACTATTTGTGAAACTGTTACTAGTGCTTGACGTGATTAATTGCGTGCCAACTTGTTTTTATATT
* *
15113720 TGTGCGTAAACTTAAGTCAAGGCCTAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGACTT
450 TGTGCGCAAACTTAGGTCAA-GCCTAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGACTT
15113785 TCGC
514 TCGC
* * * *
15113789 TGAACTCAACCTTTAAAATATGAAATACCGTTCTAGTAGGTTCTTAAAC-GAACCTGAATTTGAA
1 TGGACTCAACCTTTAAAATATGAAATACTGTTCCAGCAGGTTCTTAAACGGAA-CTGAATTTGAA
* * ** * *
15113853 TATCTTAAATCCAACGTTTCTAAACTTGCTTAAAGCGAAGAAACATGATAAGTTGTGTTTGTTTC
65 TATCTTGAATCCAACGTTTCTAAACTTGCTCAAAGCGAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTT
* * *
15113918 AGTTTTTCACAGCATTAAGTGTAAGTT-TAGAAGGACTTTAGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTT
130 AGTTTTTCACAGCGTTAAGTGCAAGTTGTA-AAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTG-T
*
15113982 TTTGAACAATCATGGGCGTGAAAACCACTTGCACAATTTCAAAATGTGACATAAAAACCATTTTG
193 TTTGAACAATCATGGGCGTGAAAACCACTTGCACAATTTCAAATTGTGACATAAAAACCATTTTG
* ** * * *
15114047 CACAAGTTTTTTAACTTTTCATTGTGTTTCGTACTTATTTTTATTTTTGATACATTTTAAAAGAA
258 CACAAG-TTTTTAACTTTTCATTGTGTTTCATACTTA--TTTGCTTTGGATACATTTT-CAAGAG
* * * * * * * * *
15114112 AATTCGTGAATTCTATGGGATTGCATATGAATGCTTTTAATATTGGGATCGCATGAATAAATTGA
319 AATTCATGAATGCTGTGGGATTGCATATGAATGCTCTTGATATTGGGATTGCATGAATGATTTGG
* * * * *
15114177 ATACTATTTGTGAAATTGTTACTAGTGCTTGACATGATTCATCGCGTGCCAACTTGTTCTTATAT
384 ATACTATTTGTGAAACTGTTACTAGTGCTTGACGTGATTAATTGCGTGCCAACTTGTTTTTATAT
* * * * *
15114242 TTGTGTGCAAACTTAGGTCAAGGGCTAATGATTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTCAAAATAACT
449 TTGTGCGCAAACTTAGGTCAA-GCCTAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGAC-
15114307 TTTCGC
512 TTTCGC
* * * *
15114313 TGGACTCAACCTTCAAAATATGAAATACCGTTCCAACAGGTTATTAAACGG-ACTTGAATTTGAA
1 TGGACTCAACCTTTAAAATATGAAATACTGTTCCAGCAGGTTCTTAAACGGAAC-TGAATTTGAA
*
15114377 TATCTTGAATCCAACGTTTCTAAACTTGCTCAAAGCGAAAAAAACATGATAAGTTGCATTGGTTT
65 TATCTTGAATCCAACGTTTCTAAACTTGCTCAAAGCG-AAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTT
* * * *
15114442 TAGTTTTTCACAGCGTTAAGTGTAAGTTGTAAAGGACTTTGAAGTTTAAAATATCAAAATCTATT
129 TAGTTTTTCACAGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTT
*
15114507 TTCGAACAATCATGGGCGTGAAAACCACTTGCACAATTTCAAATTGTGACATAAAAATCATTTTG
194 TT-GAACAATCATGGGCGTGAAAACCACTTGCACAATTTCAAATTGTGACATAAAAACCATTTTG
* ** * * * *
15114572 CACAAG-TTTTCACTTTTTGTTATGTTTCATACTTATTTACTTTAGATACATTTTTAAGAGAATT
258 CACAAGTTTTTAACTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTGGATACATTTTCAAGAGAATT
* * * *
15114636 AATGAATGTTGTGGGATTGCATATGAATACTCTTGAT-TTGGGATTGCATGAATGATTTGAATAC
323 CATGAATGCTGTGGGATTGCATATGAATGCTCTTGATATTGGGATTGCATGAATGATTTGGATAC
* * * * *
15114700 TATTTGTAAAACTGTTACTAGTGCTTAACGTGATTAATCGCGTGCCGACTTGTTCTTATATTTGT
388 TATTTGTGAAACTGTTACTAGTGCTTGACGTGATTAATTGCGTGCCAACTTGTTTTTATATTTGT
* * * * * *
15114765 GTGCAAACTTAGATCAAAACCTAATGTTTTTTAAATTATATGTTTTGCTTTGAGAATGACTTTCG
453 GCGCAAACTTAGGTC-AAGCCTAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGACTTTCG
15114830 C
517 C
** **
15114831 TGGACTCAACCTTTAAAATATGAAATACCATTCCAATAGGTTCTTAAAC-GAACCTGAATTTGAA
1 TGGACTCAACCTTTAAAATATGAAATACTGTTCCAGCAGGTTCTTAAACGGAA-CTGAATTTGAA
* * **
15114895 TATCTCGAATCCAACGTTTCTAAACTTGCTCAAAGCGAAGAAATATGATAAGTCACGA-TGGTTT
65 TATCTTGAATCCAACGTTTCTAAACTTGCTCAAAGCGAAGAAACATGATAAGTTGC-ATTGGTTT
* * * * *
15114959 TAATTTTTCACAGCGTTAAGTGCAAG-TGATGAAGAATTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTAT
129 TAGTTTTTCACAGCGTTAAGTGCAAGTTG-TAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCT-G
* * *
15115023 TTTTCAACAATCATTGGCGTGAAAACCACTTGCACAATTTTAAATTGTGACATAAAAACCATTTT
192 TTTTGAACAATCATGGGCGTGAAAACCACTTGCACAATTTCAAATTGTGACATAAAAACCATTTT
* * *
15115088 GCATAAATTTTTTAACTTTTCATTGTGTTTCGTACTTATTTTTGCTTTGGATACATTTTTCAA-A
257 GCA-CAAGTTTTTAACTTTTCATTGTGTTTCATACTTA--TTTGCTTTGGATACA-TTTTCAAGA
* * * * * *
15115152 AAACTTCATGAATTCTATGGGATTGCATATGAATGCTTTTGATATTGAGATGGCATGAATGATTT
318 GAA-TTCATGAATGCTGTGGGATTGCATATGAATGCTCTTGATATTGGGATTGCATGAATGATTT
* *
15115217 GAATACTATTTGTGAAACTGTTACTAGTGCTTGACGTGATTAATTGCGTGCCAA---GTTCTTAT
382 GGATACTATTTGTGAAACTGTTACTAGTGCTTGACGTGATTAATTGCGTGCCAACTTGTTTTTAT
* * * * *
15115279 CTTTGTGCGCAAACTTAGATCAAGACTTAATGTTTTTGAAATGTTATGTTTTACTTTGAAAATGA
447 ATTTGTGCGCAAACTTAGGTCAAG-CCTAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGA
15115344 CTTTCGC
511 CTTTCGC
* * *
15115351 TGGACTCAACCTTTAAAATATGAAATA-TCGTTCCAGCAGGTTATTAAACGGACCTAAATTTGAA
1 TGGACTCAACCTTTAAAATATGAAATACT-GTTCCAGCAGGTTCTTAAACGGAACTGAATTTGAA
* * * * *
15115415 TATCTTGAATCCAACGTTTCTAAACTTTCTCAAAGCGAAAAAACATGATAAATTACGTTGGTTTT
65 TATCTTGAATCCAACGTTTCTAAACTTGCTCAAAGCGAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTT
* *
15115480 AGTTTTTCACAGCGTTAAGTGCAAGTTATAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATTAAAATCTGTTT
130 AGTTTTTCACAGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGTTT
* * * * * *
15115545 TCGAATAATCATAGGCATGTAAAA-CATTTGCACAATTTCAAATTGCGACATAAAAACCATTTCG
195 T-GAACAATCATGGGCGTG-AAAACCACTTGCACAATTTCAAATTGTGACATAAAAACCATTTTG
* * * *
15115609 CACAAGTTTTTCACTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTGAATACATTTT-TAGAAGAAT
258 CACAAGTTTTTAACTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTGGATACATTTTCAAG-AGAAT
* * * **
15115673 TAATGAATGCTGTGGGATTGCATATGAATGC-CATTTATATTGGGATTGCATCAATGATTTAAAT
322 TCATGAATGCTGTGGGATTGCATATGAATGCTC-TTGATATTGGGATTGCATGAATGATTTGGAT
* * * *
15115737 ACTATTTGTGAAACTGTTACTAGTGCTTGACATGATTAATCGCATGCCAACTTATTCTTT-TATT
386 ACTATTTGTGAAACTGTTACTAGTGCTTGACGTGATTAATTGCGTGCCAACTTGTT-TTTATATT
* * * * *
15115801 TGTGTGCAAACTTAGGTCAAAGCCAAAT-TTTTTGAAATTTTATGTTTTGTTTTTACAATGAC-T
450 TGTGCGCAAACTTAGGTC-AAGCCTAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGACTT
15115864 T---
514 TCGC
* *
15115865 T--ACTCAACCTTTAAAATATGAAATACTGTTCCAACAGGTTCTTACAC-GAACCTGAATTTGAA
1 TGGACTCAACCTTTAAAATATGAAATACTGTTCCAGCAGGTTCTTAAACGGAA-CTGAATTTGAA
* * * *
15115927 TATCTTGGATCCAACATTTCTAAACTTAG-TCAAAGTGAAGAAATATGATAAGTTGCATTGGTTT
65 TATCTTGAATCCAACGTTTCTAAACTT-GCTCAAAGCGAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTT
* *
15115991 TAGTTTTTCACAGCGTTAAGTGCAAGTGGTGAAA-GATTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTGT
129 TAGTTTTTCACAGCGTTAAGTGCAAGTTGT-AAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCTG-
* * * *
15116055 TTTTCAACAATCATGGGCATGAAAACCACTTCCACAATTTTAAATTGTGACATAAAAACCATTTT
192 TTTTGAACAATCATGGGCGTGAAAACCACTTGCACAATTTCAAATTGTGACATAAAAACCATTTT
* * * *
15116120 GCATAAGTTTTTTAACTTTTTATTGTGTTTCGTACTTATTTTTGCTTTGGATACATTTTTTAAGA
257 GCACAAG-TTTTTAACTTTTCATTGTGTTTCATACTTA--TTTGCTTTGGATACA-TTTTCAAGA
* ** * * * * * * **
15116185 AAATTCATGAATTTTATGAGATTGTATATGAATGCTTTTAATATTAGGATTGTGTGAATGATTTG
318 GAATTCATGAATGCTGTGGGATTGCATATGAATGCTCTTGATATTGGGATTGCATGAATGATTTG
* * * * *
15116250 AATACTATTTGTGAAACTGTTACTAGTGCTTAACGTGATTAATGGGGTGCCAACTTGTTTTTATC
383 GATACTATTTGTGAAACTGTTACTAGTGCTTGACGTGATTAATTGCGTGCCAACTTGTTTTTATA
*
15116315 TTTGTGCGCAAACTTAGGTCAAGGCCTAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGTTTTGAAAATGAC
448 TTTGTGCGCAAACTTAGGTCAA-GCCTAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGAC
*
15116380 TTTCGT
512 TTTCGC
* * *
15116386 TGAACTCAACCTTTAAAATATGAAATA-------AGC---TTATTAAACGGACCTGAATTTGAAT
1 TGGACTCAACCTTTAAAATATGAAATACTGTTCCAGCAGGTTCTTAAACGGAACTGAATTTGAAT
* * * * * **
15116441 ATCTTAAATTCAACGTCTCTAGACTTGCAT-AAAGTGAAGAAACATGATAAGTTGTGTTGGTTTT
66 ATCTTGAATCCAACGTTTCTAAACTTGC-TCAAAGCGAAGAAACATGATAAGTTGCATTGGTTTT
* * * * * *
15116505 AGTTTTTCACAGCATTAAGTGAAAGTTTTAAAGGACTTTGAAACTTAAAATATCAAAATCTATTT
130 AGTTTTTCACAGCGTTAAGTGCAAGTTGTAAAGGACTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATCT-GTT
* * * *** *
15116570 TTCATCAATCATAGGCGTGAAAACCACTCATACAACTTCAAATTGTGACATAAAAACCATTTTGC
194 TTGAACAATCATGGGCGTGAAAACCACTTGCACAATTTCAAATTGTGACATAAAAACCATTTTGC
** * *
15116635 ACAAGTTTTTTAACTTTTTGTTGTGTTTCATACTTATTTTTGCTTTGGATACATTTTTCAAAAAA
259 ACAAG-TTTTTAACTTTTCATTGTGTTTCATACTTA--TTTGCTTTGGATACA-TTTTCAAGAGA
* * * * * * *
15116700 ATTCGTGAATTCTATGAGATTGCATATGAATGCTTTTGATATTGGGATTGCATGAAAGATTTGAA
320 ATTCATGAATGCTGTGGGATTGCATATGAATGCTCTTGATATTGGGATTGCATGAATGATTTGGA
* * * * *
15116765 TACTATTTGTGAAACTGTCACTAGTCCTTAACGTAATTAATCGCGT-CCTAACTTGTTTTTATAT
385 TACTATTTGTGAAACTGTTACTAGTGCTTGACGTGATTAATTGCGTGCC-AACTTGTTTTTATAT
* * *
15116829 TTGTGCGCAAACTTAGGTTAAGACCTAATATTTTTGAAATTTTATGTGTTGCTTTGAAAATGACT
449 TTGTGCGCAAACTTAGGTCAAG-CCTAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGACT
*
15116894 TTCAC
513 TTCGC
** ** * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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** * ** *
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* * * ** * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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**
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* * * * * *
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* * * * * *
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* *
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AT
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*
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*
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*
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* *
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Found at i:15197775 original size:15 final size:14
Alignment explanation
Indices: 15197742--15197775 Score: 50
Period size: 14 Copynumber: 2.4 Consensus size: 14
15197732 TTGAAAATAC
*
15197742 GAAAATTATTTTTT
1 GAAAATCATTTTTT
15197756 GAAAATCATTTTTT
1 GAAAATCATTTTTT
15197770 GCAAAA
1 G-AAAA
15197776 CAAATTGAGC
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
14 14 0.78
15 4 0.22
ACGTcount: A:0.41, C:0.06, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (14 bp):
GAAAATCATTTTTT
Found at i:15198340 original size:61 final size:61
Alignment explanation
Indices: 15198270--15198390 Score: 179
Period size: 61 Copynumber: 2.0 Consensus size: 61
15198260 AAGGTGTTTC
* * **
15198270 TTCCTTGAAACACCTTAATTGCTATACATCAAATGTTTTTTTTTTTAAACACCTTAATTGA
1 TTCCTTGAAACACCTTAATTGCTATACATCAAACGTTTCTTCATTTAAACACCTTAATTGA
* * *
15198331 TTCCTTGAAACGCCTTAATTGCTATATATCAAGCGTTTCTTCATTTAAACACCTTAATTG
1 TTCCTTGAAACACCTTAATTGCTATACATCAAACGTTTCTTCATTTAAACACCTTAATTG
15198391 GAAGAAACGC
Statistics
Matches: 53, Mismatches: 7, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
61 53 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.20, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (61 bp):
TTCCTTGAAACACCTTAATTGCTATACATCAAACGTTTCTTCATTTAAACACCTTAATTGA
Done.