Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168483.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_81, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 111682
ACGTcount: A:0.31, C:0.19, G:0.20, T:0.30
File 2 of 2
Found at i:105436 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 105398--105439 Score: 59
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
105388 GATTGGTAAT
*
105398 AATTAAAAGTTTTAAATATTTA
1 AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
105420 AATTAAAA-TATTAAAATATT
1 AATTAAAAGT-TTAAAATATT
105440 ATTAGTTAAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 1 0.06
22 17 0.94
ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.02, T:0.43
Consensus pattern (22 bp):
AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
Found at i:106292 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 106261--106302 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
106251 CACAGTTATT
*
106261 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
106279 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
*
106296 AACTATT
1 AATTATT
106303 TGTTATGTGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.62, C:0.02, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:107225 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 107194--107235 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
107184 CACAATTATT
*
107194 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
107212 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
*
107229 AACTATT
1 AATTATT
107236 TGTTATGTGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.62, C:0.02, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:107332 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 107307--107346 Score: 62
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
107297 TTCATAATTA
107307 ATAAATAATTAAAAATTAAT
1 ATAAATAA-TAAAAATTAAT
*
107327 ATAAATCATAAAAATTAAT
1 ATAAATAATAAAAATTAAT
107346 A
1 A
107347 ATTATATTAT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 12 0.63
20 7 0.37
ACGTcount: A:0.65, C:0.03, G:0.00, T:0.33
Consensus pattern (19 bp):
ATAAATAATAAAAATTAAT
Found at i:107535 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 107495--107544 Score: 61
Period size: 14 Copynumber: 3.2 Consensus size: 16
107485 ATCTATACAG
107495 TTATAATTAA-TTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
107510 TTA-AA-TAATTTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
107524 TTATCAATTAATTTATAA
1 TTAT-AATTAATTT-TAA
107542 TTA
1 TTA
107545 ATAAAAACTA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 7
0.81 0.00 0.19
Matches are distributed among these distances:
13 3 0.10
14 10 0.33
15 3 0.10
16 2 0.07
17 6 0.20
18 6 0.20
ACGTcount: A:0.46, C:0.02, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (16 bp):
TTATAATTAATTTTAA
Found at i:107918 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 107882--107919 Score: 62
Period size: 16 Copynumber: 2.4 Consensus size: 17
107872 TATTTGAAAT
107882 AAATAATTATGGCCTTG
1 AAATAATTATGGCCTTG
107899 -AATAATTAT-GCCTTG
1 AAATAATTATGGCCTTG
107914 AAATAA
1 AAATAA
107920 CTAAGTGATT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 3
0.87 0.00 0.13
Matches are distributed among these distances:
15 6 0.30
16 14 0.70
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (17 bp):
AAATAATTATGGCCTTG
Found at i:108874 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 108843--108884 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
108833 CACAATTATT
*
108843 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
108861 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
*
108878 AACTATT
1 AATTATT
108885 TGTTATGTCA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.62, C:0.02, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:109791 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 109760--109801 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
109750 CACAGTTATT
*
109760 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
109778 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
*
109795 AACTATT
1 AATTATT
109802 TGTTATGTGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.62, C:0.02, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:110712 original size:16 final size:18
Alignment explanation
Indices: 110681--110716 Score: 58
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
110671 CACAGTTATT
110681 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATTAAAAATA
110699 AATTA-TAA-TAAAAATA
1 AATTATTAATTAAAAATA
110715 AA
1 AA
110717 ACTATTTGTT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
16 10 0.56
17 3 0.17
18 5 0.28
ACGTcount: A:0.67, C:0.00, G:0.00, T:0.33
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATTAAAAATA
Found at i:110757 original size:935 final size:931
Alignment explanation
Indices: 108262--111677 Score: 5292
Period size: 917 Copynumber: 3.7 Consensus size: 931
108252 CTTTTTGTCA
* *
108262 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAACTTATTTGAAACAAAATAATACTAA-TTTTTAATACTT
1 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATAATAATTTTTTAATACTT
* * *
108326 TAAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAGGTTTAAATAATTATGACCA
66 CAAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATGACCA
* *
108391 CTTCAATTAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTTTTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGGCAT
131 CTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAAT-AAAAAA-GCAT
* *
108456 ATAGATAATAATTATGATTTAAAACGTCAGATTTTGTTTCTGAACAATTTTTGGCTTAAAAACCA
194 ATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGATTTTGTTTCTGAACAATTTTGGGCTTAAAAACCA
*
108521 TTCGCACAATTATTGCACGATTTTTATTTTTCATTGTATTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACA
259 TTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACA
* * *
108586 TTTTTAGGTGCTCAAAGAATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATTATTGAATTTTTAGAAAT
324 TTTTTAGGTGCTCAAAGGATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTAGAAAT
* *
108651 TTCACATATTAGTATCTTATTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTCA
389 TTCAAATATTAGTATCTTATTATTTAAAATTAAACAAATTGAAAC----ATTA-AAT-ATA-TGA
108716 AATAGTTATGAATATTTGAATGCATTAACATAACCATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTA
447 AATAGTTATGAATATTTGAATGCATTAACATAACCATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTA
108781 GCTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAATTATTAAT
512 GCTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAATTATTAAT
*
108846 TATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTCAT-ATA-AT-TATATTA
577 TATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATAATATATATATATTA
* *
108908 CATAATTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTC----------------AT-AA--T
642 TATGATTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTCATAATTAAAAATTAATATAAATCT
* * * *
108954 TAAAAATTAATATTTAAATATGTTTGCCAATTAATAATTATATTCTGAATAAAATCTTTAATTTT
707 TAAAAATTAATATTTAAATATGTTTACCAATTAATAATTATATTTTGAATAAAAGCTTTAAATTT
* *
109019 GTCTTGAGATCTTATATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAAATTAATTCAAATTGAATTA
772 GTCCTGAGATCTTATATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTCAAATTGAATTA
*
109084 TCTAATAAAATATATATAACAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAA
837 TCTAATAAAATATATATAACAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAG
*
109149 TTATAATTAATTTAATTAAATAATTTTAAT
902 TTATAATTAATTTAATTAAATAATTTTATT
*
109179 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
1 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATAATAATTTTTTAATACTT
* *
109244 CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACTAAACCGGTTTAAATAATTATGACCA
66 CAAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATGACCA
* *
109309 CTTTAAATAGTTATTACTATTTGAACAAATATCTATTTCAAATTATTATAAATAGAAAAAGCCAT
131 CTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATA-AAAAAG-CAT
* * * *
109374 ATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTCGTTTCTAAACAATTCTGGGCTTAAAAACCA
194 ATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGATTTTGTTTCTGAACAATTTTGGGCTTAAAAACCA
* * *
109439 TTCGCACAATTATTGCAAGATTTTAATTTTTCATTTTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACA
259 TTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACA
*
109504 TTTTTA-GTGCTCAAAGGATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTTGAAAT
324 TTTTTAGGTGCTCAAAGGATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTAGAAAT
* *
109568 TTCAAATATTAGTATCTTATTATTTAAAATCAAACAAATTTAAACTTAAATTAGAATAATATTGA
389 TTCAAATATTAGTATCTTATTATTTAAAATTAAACAAATTGAAAC----ATTA-AAT-ATA-TGA
109633 AATAGTTATGAATATTTGAATGCATTAACATAACCATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTA
447 AATAGTTATGAATATTTGAATGCATTAACATAACCATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTA
*
109698 GCTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAGTTATTAAT
512 GCTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAATTATTAAT
109763 TATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGAT-ATA-AT-TATATTA
577 TATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATAATATATATATATTA
109825 TATGATTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTCATAATTAAAAATTAATATAAATCT
642 TATGATTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTCATAATTAAAAATTAATATAAATCT
109890 TAAAAATTAATATTTAAATATGTTTACCAATTAATAATTATATTTTGAATAAAAGCTTTAAATAT
707 TAAAAATTAATATTTAAATATGTTTACCAATTAATAATTATATTTTGAATAAAAGCTTTAAAT-T
109955 T-TCCTGAGATCTTATATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTCAAATTGAATT
771 TGTCCTGAGATCTTATATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTCAAATTGAATT
110019 ATCTAAT-AAATATATATAACAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACA
836 ATCTAATAAAATATATATAACAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACA
110083 GTTATAATTAATTTAATTAAATAATTTTATT
901 GTTATAATTAATTTAATTAAATAATTTTATT
110114 TAAAACAATTGATTTTCAAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAAT-ATAATAATTTTTTAATACT
1 TAAAACAATTGATTTTC-AACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATAATAATTTTTTAATACT
*
110178 TCAAGAATTAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATTTATTTACCAAACCGGTTTTAAATAATTATGAC
65 TCAAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCGG-TTTAAATAATTATGAC
110242 CAC-TCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTAATAAATAAAAAAGCA
129 CACTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATT-ATAAATAAAAAAGCA
* * *
110306 TATAGATAATAATTATGATTT-AAACGTCAGATTTTGTTTTTGAACAATTTTTGGCTTAAAAACC
193 TATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGATTTTGTTTCTGAACAATTTTGGGCTTAAAAACC
110370 ATTCGCACAATTATTGCACGA-TTTAA-TTTTCATTGTATTTCATACTTATTTGCTTTTAGATAC
258 ATTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTCATACTTATTTGCTTTTAGATAC
*
110433 ATTTTTAGGTGCTCTAA-GATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTAGAAA
323 ATTTTTAGGTGCTCAAAGGATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTAGAAA
*
110497 TTTCAAATATTAGTATATTATTATTTAAAATT-AACAAATTGAAAC-TTAAAT-TA-GAAATAGT
388 TTTCAAATATTAGTATCTTATTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACATTAAATATATGAAATAGT
*
110558 TATGAATATTTTGAATGCATTAACATAACCATATTTATTGTTATAAAATAATTTTTACTTAGCTA
453 TATGAATA-TTTGAATGCATTAACATAACCATATTTATTGTTAT-AAATAATTTTTAATTAGCTA
*
110623 CTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAGTTATTAATTATT
516 CTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAATTATTAATTATT
110688 AATTAAAAATAAATTATAAT-AAAAATAAAACTATTTGTTATGTGAT-ATA-AT-TAATATTATA
581 AATTAAAAATAAATTATAATAAAAAAT-AAACTATTTGTTATGTGATAATATATAT-ATATTATA
*
110749 TGATTATATAAATTTATACGCTATCTAATAAATTTATTCATAATTAAAAATTAATATAAAATCTT
644 TGATTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTCATAATTAAAAATTAATAT-AAATCTT
110814 -AAAATTAATAATTTAAATATGTTTACCAATTAATAATTATATTTTGAATAAAAGCTTTAAATTT
708 AAAAATTAAT-ATTTAAATATGTTTACCAATTAATAATTATATTTTGAATAAAAGCTTTAAATTT
110878 GTCCTGAGATCTTATATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAAATTTAATTCAAATTGAATT
772 GTCCTGAGATCTTATATCTACTATTATCTAATTTATCATAAAT-AAATTTAATTCAAATTGAATT
110943 ATCTAATAAAATATATATAACAATAATTAAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTAT-ATCTATAC
836 ATCTAATAAAATATATATAACAATAATT-AAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATAC
111007 ACGTTTATAATTAATTTAATTAAATAATTTTATT
900 A-G-TTATAATTAATTTAATTAAATAATTTTATT
111041 T-AAACAATTGATTTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATAATAATTTTTTAATACT
1 TAAAACAATTGA-TTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATAATAATTTTTTAATACT
*
111105 TCAAGAATTAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATAACG
65 TCAAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATGAC-
* *
111169 CAGTTCAAATAGTTTTTACTATTTTGAAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAGAAAG
129 CACTTCAAATAGTTATTACTA-TTTG-AACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAA-AAAG
* * * *
111234 CATATAGATAATAATTACGATTTTAAAACATCAGACTTCCTGCTTTAGTGAACAATTATGGGCTT
191 CATATAGATAATAATTATGA-TTTAAAACATCAGA-TT-TTG-TTT-CTGAACAATTTTGGGCTT
* * * *
111299 -AAAACCATTCTTACACAA-TATTTGCAC-ATTTTAATTTTTTATTGTGTTTGATACTTATTTGC
251 AAAAACCATTC--GCACAATTA-TTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTCATACTTATTTGC
* *
111361 TTTTAGATACAATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGAGAATAAAT-ATAAATTATCCAATTATGG
313 TTTTAGATAC-ATTTTTAGGTGCTCAAAGGATGTTGAGAATAAATAAT-AATTATCCAATGATGG
* *
111425 AATTTTTTGAAATTTCAAATATTAGTATCTTGTTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATT
376 AATTTTTAGAAATTTCAAATATTAGTATCTTATTATTTAAAATTAAACAAATTGAAAC----ATT
* * * *
111490 AAATAATATTCAAATAGTTATGAATATTT-AA-CCATTGACATAACTATATTTATTGTTTATAAA
437 AAAT-ATA-TGAAATAGTTATGAATATTTGAATGCATTAACATAACCATATTTATTG-TTATAAA
* *
111553 TAATTTTCAATTAGCTACTTAATAAATCAAAT-A-ATATATATTTAACAAAGTAGCTACAATT-A
499 TAATTTTTAATTAGCTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAA
111615 CACAATTATTAATTATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAAT-AACTATTTGTTATGTGATA
564 CACAATTATTAATTATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATA
111678 TAATT
Statistics
Matches: 2336, Mismatches: 89, Indels: 121
0.92 0.03 0.05
Matches are distributed among these distances:
917 397 0.17
918 255 0.11
919 16 0.01
920 41 0.02
921 131 0.06
922 75 0.03
923 104 0.04
924 31 0.01
925 29 0.01
926 86 0.04
927 96 0.04
928 16 0.01
929 25 0.01
930 165 0.07
931 16 0.01
932 65 0.03
933 27 0.01
934 77 0.03
935 180 0.08
936 173 0.07
937 18 0.01
938 34 0.01
939 19 0.01
940 72 0.03
941 13 0.01
943 18 0.01
944 37 0.02
945 33 0.01
946 7 0.00
947 54 0.02
948 8 0.00
949 3 0.00
950 15 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (931 bp):
TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATAATAATTTTTTAATACTT
CAAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATGACCA
CTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAGCATAT
AGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGATTTTGTTTCTGAACAATTTTGGGCTTAAAAACCATT
CGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATT
TTTAGGTGCTCAAAGGATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTAGAAATTT
CAAATATTAGTATCTTATTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACATTAAATATATGAAATAGTTAT
GAATATTTGAATGCATTAACATAACCATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTAGCTACTTAA
TAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAATTATTAATTATTAATTA
AAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATAATATATATATATTATATGATTAT
ATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTCATAATTAAAAATTAATATAAATCTTAAAAATTA
ATATTTAAATATGTTTACCAATTAATAATTATATTTTGAATAAAAGCTTTAAATTTGTCCTGAGA
TCTTATATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTCAAATTGAATTATCTAATAAA
ATATATATAACAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATAATTA
ATTTAATTAAATAATTTTATT
Found at i:111656 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 111625--111660 Score: 56
Period size: 17 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
111615 CACAATTATT
*
111625 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
111643 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
111660 A
1 A
111661 CTATTTGTTA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
17 12 0.71
18 5 0.29
ACGTcount: A:0.67, C:0.00, G:0.00, T:0.33
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Done.