Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168488.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_86, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.10, T:0.40
Warning! 1000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 1 of 2
Found at i:2682 original size:178 final size:178
Alignment explanation
Indices: 2394--4281 Score: 1223
Period size: 181 Copynumber: 10.5 Consensus size: 178
2384 AATAATAAGA
* * *
2394 AAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTA-TCGAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAA
1 AAGAGATTTAAAAAAATAAATGTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * * * *
2458 TTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGATTT-GTTATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAT
65 TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAA
*** * * *
2522 GCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAATAAAATTCCAAAAATTATT
129 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTATT
* * *
2572 AAGAGATTTAAAAAAAAATAAATGTGTTTGCTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TTGAACA
1 AAGAGATTT--AAAAAAATAAATGTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* ** * * * *
2636 ATTTTC-ATTTCAAATTGTTCTAACCTATTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAT-TTCATACA
64 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTC-TGTTCATACA
* * *
2699 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGC
128 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATT-AT---T
* * * * *
2754 AAAAGATTT--TAAAA-AAATCTGTTTACCGAACAAGTTTAAATAGATT-TGACTA-TTGAACAA
1 AAGAGATTTAAAAAAATAAATGTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAA
* * * * *
2814 TTATCTATTT-AAAGTCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTATTT-TAGTTCATGA-
65 TTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCAT-AC
* * * * * *
2876 AAACTTA-TCTGAAATAAAATAATACTACTCTATTAATATTTCAAAAATTAAT
127 AAGCTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTATT
* * * * * *
2928 AAGCAAGGAATTAAAAAAACTAAA-GCTGTTTTCTAAACCAGTTTAAATAGTTATGAATATTTGA
1 AAG--A-GATTTAAAAAAA-TAAATG-TGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * ** * ** * * * *
2992 ACAAATATCAACCTCAAATCATTATGA--TATTTCTTTTCTCGTAAAACAACTATTTCTGATCAT
61 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT
* * * * * *
3055 ACAAGCCTATTC-AGATAAAAATAATACTACTTTAATAATATTCTAAAAATTAAT
125 ACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTATT
* * * * ** * *
3109 AAGAGATTT-AAAAAATAAACGTGTTTGCCGAACCAA-TTCTAATAGTTAAAACTATTAGAATAA
1 AAGAGATTTAAAAAAATAAATGTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* *
3172 TTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATATAATA-AATTGTTTCAGTTCATACA
65 TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATA-AA-ACAATTGTTTCTGTTCATACA
** * * ** *
3236 AGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATA
128 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATT-ATT
* * * **
3288 AGCATGAGATTTGAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
1 A--A-GAGATTTAAAAAAATAAATGTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * *
3353 AATTATCTATATAAAAACAATATGATCATTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATA
63 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATA
* * * *
3416 AAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
126 CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATT-AT---T
* * * * * **
3473 AAGAGATTT-AAATAATAAAT-TAGTTTATTGAATCAA-TTCAAATAATTATGGCCATTTGGCCA
1 AAGAGATTTAAAAAAATAAATGT-GTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * *** *
3535 ATTATCTATTTCAAATTATTATTACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTCTT-TCAACATATA
64 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGT-TTCTGTTCATACA
* * * * *
3598 AGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTCAAGAATTAAT
128 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTATT
* * ** * * *
3649 AAGAGA-TT-AAAAAATAAATTTATTTTTTGAACTAGTACAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
1 AAGAGATTTAAAAAAATAAATGTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * *
3712 TATCTATTTCAAAT-AGTTATAACCTTTTGTTCTA-TCATAAAACAATTGTGTATGGTCATATAA
66 TATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTT-TAGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAA
* * *
3775 GCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAATAACT
129 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATT-AT---T
* ** ** * * * *
3829 AAAAGATTT-AAAAAATAAATCCGTTTACCAAATCAA-TTCAAACAATTA-GACTATATGAGCAA
1 AAGAGATTTAAAAAAATAAATGTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * * * * *** *
3891 TTATTTATTTTAAAGT-TTTATGACCTTTTGCTTT-GTCGTAAAATAATTATTTCAACTCATAAA
65 TTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACA
** * * *
3954 AGCTTATTCGGAATAGAATAAGACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGT
128 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA-TTAT---T
* * * * * ** * * * *
4009 AAGAGATTT-AGAAAATAATTCTTTTTGCCAAACCAA-TTTAAATAATTATAACTATTTGAATAA
1 AAGAGATTTAAAAAAATAAATGTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * * * * *
4072 TTATCTATTTCAAATCGTTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAG
65 TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAG
* * ** * **
4137 TTTGTTTGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAGT
130 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATT-AT---T
* * * * * * * * * * *
4190 AAAAGATTT-AAAAAGTAAATCTGCTTGC-CAAAACATTTCAAATAGTTTTAACT-TTTAGAATA
1 AAGAGATTTAAAAAAATAAATGTGTTTACTGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTT-GAACA
*
4252 ATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTT
64 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
4282 ATTTGAATAG
Statistics
Matches: 1355, Mismatches: 277, Indels: 153
0.76 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
174 5 0.00
175 67 0.05
176 125 0.09
177 75 0.06
178 236 0.17
179 32 0.02
180 266 0.20
181 355 0.26
182 117 0.09
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184 4 0.00
185 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (178 bp):
AAGAGATTTAAAAAAATAAATGTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGC
TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTATT
Found at i:3731 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 3686--3732 Score: 53
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3676 TGAACTAGTA
3686 CAAATAGTTATGACTATTT
1 CAAATAGTTAT-ACTATTT
* *
3705 -GAATAATTAT-CTATTT
1 CAAATAGTTATACTATTT
3721 CAAATAGTTATA
1 CAAATAGTTATA
3733 ACCTTTTGTT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 4, Indels: 5
0.71 0.13 0.16
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.27
17 8 0.36
18 8 0.36
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (18 bp):
CAAATAGTTATACTATTT
Found at i:3750 original size:356 final size:355
Alignment explanation
Indices: 2359--4281 Score: 1535
Period size: 356 Copynumber: 5.4 Consensus size: 355
2349 AAGGCCAACA
* * * *
2359 AATACTAATTTATTAACATT-AAAAAAATAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTA
1 AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTT-AAAAAATAAAT-TGTTTA
* * * * * *
2422 TCGAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTT
63 CCGAACAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * ** * * *
2487 GATTTGTTATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACATGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTA
127 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TCATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * *
2552 ATAAAATTCCAAAAATTATTAAGAGATTTAAAAAA-AAATAAATGTGTTTGCTGAACTAGTTCAA
191 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATAT-T-TTT--TGAACCAGTTCAA
* * * * *
2616 ATAGTTAAGACTA-TTGAACAATTTTC-ATTTCAAATTGTTCTAACCTATTG-TTTAGTCATAAA
252 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTA-TCATAAA
* * *
2678 ACAATTATTTCATTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
316 ACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * * *
2718 AATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGCAAAAGATTT-TAAAA-AAATCTGTTTACC
1 AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACC
* *
2781 GAACAAGTTTAAATAGATT-TGACTA-TTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCGTTATGACCTTTT
65 GAACAA-TTCAAATA-ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTT
* * * * * * *
2843 GTTTTGTTATAAAATAATTATTTT-AGTTCATGA-AAACTTATCTGAAATAAAATAATACTACTC
127 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCA--TCAT-ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
* ** * * *
2906 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGGAATTAAAAAAACTAAAGCTGTTTTCTAAACCAGTT
189 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--A-G-ATTTAAAAAA-TAAATATATTTTTTGAACCAGTT
* * * * ** * * * *
2971 TAAATAGTTATGAATATTTGAACAAATATCAACCTCAAATCA-TTATGA--TATTTCTTTTCTCG
249 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATAACCT-TTTGTTTTATCA
* * * * *
3033 TAAAACAACTATTTCT-GATCATACAAGCCTATTC-AGATAAAAAT
312 TAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAAT
* * * *
3077 AATACTACTTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAACGTGTTTGCC
1 AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-TTGTTTACC
* * ** * * *
3138 GAACCAATTCTAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGT
65 GAA-CAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* *
3203 TTAGTCATATAATA-AATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTT
129 TTTGTCATA-AA-ACAATTGTTTTCA--TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
* * **** *
3266 ATTAACATTTGAAAAATTAATAAGCATGAGATTTGAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTC
190 ATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--A-GAGATTT-AAAAAATAAATATATTTTTTGAACCAGTTC
* * ** * * *
3331 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATAT-AAAAACAATATGATCATTTGTTTTATCATA
250 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATA-GTTATAACCTTTTGTTTTATCATA
* *
3395 AAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAAT
314 AAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * *
3437 AATACTACTTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAATAATAAATTAGTTTAT
1 AATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATT-GTTTAC
* * * ** * *
3501 TGAATCAATTCAAATAATTATGGCCATTTGGCCAATTATCTATTTCAAATTATTATTACCTTTT-
64 CGAA-CAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * *
3565 TTTTGTCATAAAACAATTGTCTTTCAACATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTAT
128 TTTTGTCATAAAACAATTGT-TTTCATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * *
3630 TAATTTTTCAAGAATTAATAAGAGA-TTAAAAAATAAATTTATTTTTTGAACTAGTACAAATAGT
192 TAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTTTTGAACCAGTTCAAATAGT
* *
3694 TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATT
257 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT
* * * *
3759 G-TGTATGGTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAAT
322 GTTTTA-GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * *
3793 AATACTAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATCCGTTTACC
1 AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACC
* * * * * * *
3858 AAATCAATTCAAACAATTA-GACTATATGAGCAATTATTTATTTTAAAGT-TTTATGACCTTTTG
65 GAA-CAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTG
* * * * * * * * *
3921 CTTTGTCGTAAAATAATT-ATTTCAACTCATAAAAGCTTATTCGGAATAGAATAAGACTAATTTA
128 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTC-A-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * *
3985 TTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAAT-AAT-T-CTTTTTGCCAAACCAATT
191 TTAATATTTCAAAAA--T-TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTTTTG---AACCAGTT
* * * * * * * *
4047 TAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACTTTTTGTTTTGTCATA
249 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTATCATA
* * * * * **
4112 AAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTTGAAATAAAAT
314 AAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * * *
4154 AATGCTAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATCAGTAAAAGATTTAAAAAGTAAATCTGCTTGC
1 AATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTAC
* * * * * * *
4218 CAAAACATTTCAAATAGTTTTAACT-TTTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTT
64 C-GAACAATTCAAATAATTATGACTATTT-GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
4282 ATTTGAATAG
Statistics
Matches: 1264, Mismatches: 227, Indels: 143
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
354 4 0.00
355 46 0.04
356 343 0.27
357 62 0.05
358 91 0.07
359 221 0.17
360 135 0.11
361 181 0.14
362 97 0.08
363 11 0.01
364 73 0.06
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (355 bp):
AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGTTTACCG
AACAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
TGTCATAAAACAATTGTTTTCATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
ATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTTTTGAACCAGTTCAAATAGTTATG
ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT
TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
Found at i:4770 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 4379--7567 Score: 2393
Period size: 180 Copynumber: 17.8 Consensus size: 180
4369 AATTAAAAAT
* * * ** *
4379 AAATCATTATGACTTTTTGTTCTG-CTATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAACTTATGT-GA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGTTTAT-TCAA
* *
4442 AATAAAAT-ATA-TGAA-TTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGT--G--ATTTAAAAAATGAAT
63 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAAT
* * ** * * * * *
4500 TTGTTTATCGAATTAGTTCCAATAATTAT-ATCCATTTCAACAATTATCTATTTT
127 CTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * * * *
4554 AAATTGTTATTACCCTTTGTTTGGTCATATAGCAATTGTTTTTTTCATACAAGTTTATTCAAAAT
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATACAAGTTTATTCAAAAT
* * * * *
4619 AAAATAGTATTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAATATAAATCTAT
66 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * *
4684 TTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATACTTC
131 TTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * * * * * *
4734 AAATTGTTTTGACCTTTTGTTATGTCATGAAGCAATTATTTTTGTTGATACAAGTTTATTCGAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTATTCATACAAGTTTATTCAAAA
* * * * ** * * *
4799 TAAAATAGTACTAATCTAATAAAATTAAAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
65 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTG
**** * *
4864 TTTGTTAAATC-AGTTCAAATAGTTAAGACTA--TGAACAATTATCTATTAC
130 TTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * *
4913 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTAACTT-ATAGATGCTTATTCAGA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-A-TTCATACAAGTTTATTCAAA
* * * * * * * *
4977 ATAGAATAAAAATAATTTATTAATATTTTAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAATTCT
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCT
* ** * * * * *
5042 ATTTATTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTTTCTATTTC
129 GTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * *
5094 AAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTTGGTAATATAAGTTTGCTT-GA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAT--TCATACAAGTTT-ATTCAA
* * * *
5157 AATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTAAAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAAT
63 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AAGTAAGAAATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * *
5221 -TGCTTAACAAACCATTTCAAATAGTT-TGAC-ATTTTGAGCAATTATTTCTTTC
127 CTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * * * *
5273 AAATTATTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATAGTTTTTGTTCATATAAGCTTATTTAGAT
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATACAAGTTTATTCAAAA
** * * * * *
5338 TAAAATAAT-CTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATCAATATG
65 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTG
* * * *
5402 TTTACCGAACTA-TATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATCATCTATTTC
130 TTTACCGAACAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * *
5453 AAAT-GTTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAAAAATTATTTTAGTTCATATAAGCTTATTCGAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGTTTATTCAAAA
* * * * ** *
5517 TAAAATAATACTAAGTTGTTAATATTCCAAAAATTAATAATTAA-AAGATTTAAAAAACGATTCT
65 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATCT
* * *
5581 ATTTATCGAACAAGTTTC-AATAAG-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTG
129 GTTTACCGAACAAG-TTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * ** * ** * *
5633 AAATCACTATAATCTTTTACTTTGTCATTAAATGATT-TTTCTATTCATACCAGCTTGT-TTC-G
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAG-TT-TATTCAA
* * * *
5695 AATAAAATAATACAAATTTATTAACA--TGAAGACAATTAATATGTAA-AATATTTAAAAAATAA
63 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAA
* * *
5757 ATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATTGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC
125 ATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * * * * * *
5813 AAATTGTTATAACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAGGCTTATTTAGAT
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGTTTATTCAAAA
* * * * * *
5878 TAAAATAATATTTATTTATTAATATTTCAATAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATTAAATAT
65 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAA-TTTAAAAAATAAATCT
* * *
5943 GTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGATTATTTGAATAATTATCTATTTC
129 GTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * **
5995 AAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAGAATAATTGTTTTAGGTCATATAAGTTTATTTGAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGTTTATTCAAAA
* *
6060 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA-AGAGTAAGAGAA-TTAAAAAATGAATT
65 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AGTAAGA-AATTTAAAAAATAAATC
* * * **
6123 TGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAGTATCT-AA-AAAAACTCTATTTC
128 TGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TCTATTTC
* * * * * *
6175 AAAACATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGATTTTGTTCATACAAGCTTATTTC-CA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATACAAGTTTA-TTCAAA
* * * *
6239 ATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TTCCAAAATTATTAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAATT
64 ATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATC
* ** * *
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128 TGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * *
6353 AAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCAT-AAACTAGTTTGTTCTATTCAAACAAGTTTATTCGAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-A-ATTGTTTTATTCATACAAGTTTATTCAAA
* *
6417 ATAAAATAATACTAATTTATTAATA-CTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATT
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATC
* * * *
6480 TATTTACCTAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC
128 TGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * ***
6533 AAGTCGTTATGATCTTTTTTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGTTTATTCAAAA
* * * *
6598 TAAAATAATACTAATTTTTTATTA-TTCTAAAAATTAATAAGT-TGAAGATTTAAAAAATTAATC
65 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * * * *
6661 TGCTTACTGAACAAATTCAAATAATCATGTCCATTTGAACTATTATCAATTTT
128 TGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * ** * *
6714 AAATCACTAAGACATTTTGTTTTATCTTAAAACAAATGTTTCTATTCATACAAAATTATTTAGAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGTTTATTCAAAA
* * * * * *
6779 TAAAACAATACTAATTTATTACTATTTCAAAAA--AA-AAATAAGACATTTAAAAACTAAATCTC
65 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * * **
6841 TTTATCGAACCAGTTCAAATATTTATAACTATTTAAACAATTATCTATCAC
130 TTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * ** *
6892 ATATCGTTATGA-TTTTTGTTTTGTCCTAAAACATTTGTTTCTATTCATACAAATTTATTCTGAG
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGTTTATTCAAAA
* * * * *
6956 TAAAAT-ATAGCTAAATTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAG-AATTTAAAAAATGAATGT
65 TAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCT
* * * * *
7019 GTTTA-CTAAGCCAA-TGCAAATAGTTAAGACTA-TTAAAGCGATTATCTATTTC
129 GTTTACCGAA--CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTC
* * * * * * *
7071 AAATCATTTTGGCCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACATGGTTATTCAAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGTTTATTCAAAA
* * *
7136 TAAAATAATACTAATTTATGAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTTAAAAAAATAAAT
65 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAAA-TTT-AAAAAATAAAT
* * * * * * *
7200 CTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAATTTTGCCTATTAGAAAAATTATCTATTTA
127 CTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * * * * * * * *
7254 AAATTGTTATAAACTTATATTTTATCATAAAACATTTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTA-CCTAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGTTTATTC-AAA
* * * * * *
7318 ATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGATAAGTTAA-AGATTTAAAACATAAATC
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAGAAATTTAAAAAATAAATC
* * ** * * *
7382 AGTTTATCGAATTAGTTCAAATAATTATGGCTATTTGAGA-AATTATCTATTTT
128 TGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA-ACAATTATCTATTTC
** * ***
7435 AAATCATTATGA-AATTT-TTTT-TCATAAAACAATTGTTTT-TCATCATACAAGTCTATTTGGA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAT--TCATACAAGTTTATTCAAA
* * * * *
7496 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATGTCAAAAATTATTAAGTAGGATATTTAAAAAATAAATTT
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCT
7561 GTTTACC
129 GTTTACC
7568 AAACTATTTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (180 bp):
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AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGT
TTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
Found at i:6287 original size:901 final size:887
Alignment explanation
Indices: 4379--7558 Score: 2630
Period size: 901 Copynumber: 3.5 Consensus size: 887
4369 AATTAAAAAT
* * * * *
4379 AAATCATTATGACTTTTTGTTCTG-CTATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAACTTATGTGAA
1 AAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTT-GTTCATACAAGCTTATTTCAA
* * * * *
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64 ATAAAATAATAT-AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATATG
* * * * * * * *
4503 TTTATCGAATTAGTTCCAATAATTAT-ATCCATTTCAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATTAC
127 TTTATCGAACTA-TTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TGTTATGAC
* * * ** * * * * * *
4567 CCTTTGTTTGGTCATATAGCAATTGTTTT-TTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAGTATTA
189 CTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATT-TTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA
* * * * * *
4631 ATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAATATAAA-TCTATTTACCAAACT
253 ATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAATTAA-AAGATTTAAAA-AAAAATTCTATTTATCGAACA
* * * *** * * * *
4694 AGTTCAA-ATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATACTTCAAATTGTTTTGACCTTTT-GTTAT
315 AGTTCAATA-AG-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAATCTTTTACTT-T
* * * * * * * * * * *
4757 GTCATGAAGCAATTATTTTTGTTGATACAAGTTTA-TTCGAAATAAAATAGTACTAATCTAATAA
377 ATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATACAAATTTATTAA
* ** * * * ** ****
4821 AATTAAAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTTAAATC-AGTTCAAATA
441 CATTCGAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTACTTACCGAA-CAAGTTCAAATA
* * * * *
4885 GTTAAGACTA--TGAACAATTATCTATTACAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
505 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTTTATCATAAAACAA
* * * * * * *
4948 TT-TTTTTAACTT-ATAGATGCTTATTCAGAATAGAATAAAAATAATTTATTAATATTTTAAAAA
570 TTGTTTCT-A-TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATAATAATTTATTAATA-TTTCAAAA
* * * *
5011 TTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAATTCTATTTATTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATT
632 TTAATAAGTAAGAAATTTA-AAAATAAATCTATTTATCGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATT
* * * * *
5076 TGAATAATTTTCTATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTGGTA
696 TGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGGTC
** *
5141 ATATAAGTTTGCTTGAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTAAAAAATTAATCAA-TAAGA
761 ATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAA--AAGTAAGA
* * * * * * * *
5205 GATTTAAAAAGT-AAATTGCTTAACAAACCATTTCAAATAGTT-TGACATTTTGAGCAATTATTT
824 GATTTAAAAAATGAATTTG-TTTACTAA-CAATTCAAATAGTTATG--ATATT-A-AAATTATCT
*
5268 CTTTC
883 ATTTC
* * * *
5273 AAATTATTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATAGTTTTTGTTCATATAAGCTTATTT-AGA
1 AAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTGTTCATACAAGCTTATTTCA-A
* * ** * *
5337 TTAAAATAATCTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATCAATATG
64 ATAAAATAATATAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGT-AAAAATTTTAAAAATAAATATG
* * *
5402 TTTACCGAACTATATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATCATCTATTTCAAATGTTATGACCT
127 TTTATCGAACTAT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATGTTATGACCT
* * *
5467 TTTGTTTTGTAATAAAAAAATTATTTTAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAG
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* **
5532 TTGTTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAACGATTCTATTTATCGAACAAGTT
255 TTATTAATATT-CAAAAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAAAAATTCTATTTATCGAACAAG-T
* * *
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318 TCAATAAGTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAATCTTTTACTTTATCATA
** * *
5662 AAATGATT-TTTCTATTCATACCAGCTTGTTTCGAATAAAATAATACAAATTTATTAACA-T-GA
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* * * *
5724 AGACAATTAATATGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATTGTTATG
448 A-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTACTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * *
5789 ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT
511 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT
* * * *
5854 CTATTCATACAGGCTTATTTAGATTAAAATAATATTTATTTATTAATATTTCAATAATTAATAAG
576 CTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAA-AATTAATAAG
* * * * * * * * *
5919 TAAAAAATTTTAAAAATTAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGATTATTTGAATAA
640 TAAGAAA-TTTAAAAA-TAAATCTATTTATCGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAA
* * * *
5984 TTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAGAATAATTGTTTTAGGTCATATAAG
703 TTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGGTCATATAAG
* *
6049 TTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAGAGTAAGAGAATTAAA
768 TTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAA-AGTAAGAGATTTAAA
**
6114 AAATGAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAGTATCTAAAAAAACTCTATTTC
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* * *
6175 AAAACATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGATTTTGTTCATACAAGCTTATTTCCAA
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* * *
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65 TAAAATAATAT-AATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATATGTT
* * * * *
6305 T-TCTAAATCATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTTTCTATTTCAAATCATTATGACCAT
129 TATCGAACT-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-GTTATGACCTT
** * *
6369 TTGTTTTGTCATAAACTAGTTTGTTCTA-TTCA-AACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
192 TTGTTTTGTCATAAAAAAATTT-TT-TAGTTCATAA-AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * * *
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254 TTTATTAATATTCAAAAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAA-AAATTCTATTTATCGAACAAGT
* * ** * **
6496 TCAA-ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAGTCGTTATGATCTTTTTTTTTATCA
318 TCAATA-AG-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAATCTTTTACTTTATCA
* * * * **
6560 TAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTTTTATTATTC
381 TAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACAAATTTATTAACATTC
* ** * * * * * *
6625 TAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAATCTGCTTACTGAACAAATTCAAATAATCATG
446 GAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTACTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * ** * *
6690 TCCATTTGAACTATTATCAATTTTAAATCACTA-AGACATTTTGTTTTATCTTAAAACAAATGTT
511 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATA-ACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTT
** * * * * *
6754 TCTATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAACAATACTAATTTATTACTATTTCAAAA--AAAAAA
575 TCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAG
* * * * *
6817 TAAGACATTTAAAAACTAAATCTCTTTATCGAACCAGTTCAAATATTTATAACTATTTAAACAAT
640 TAAGAAATTTAAAAA-TAAATCTATTTATCGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAAT
** * * * * * * * *
6882 TATCTATCACATATCGTTATGA-TTTTTGTTTTGTCCTAAAACATTTGTTTCTA-TTCATACAAA
704 TATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TAGGTCATATAAG
* * * *
6945 TTTATTCTG-AGTAAAAT-ATAGCTAAATTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTA
768 TTTATT-TGAAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAA-AAGTAAGAGATTTA
* * *
7007 AAAAATGAATGTGTTTACTAAGCCAATGCAAATAGTTAAGACTATTAAAGCGATTATCTATTTC
830 AAAAATGAATTTGTTTACTAA--CAATTCAAATAGTTATGA-TATTAAA---ATTATCTATTTC
* * * * * * * *
7071 AAATCATTTTGGCCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACATGGTTA-TTCAAA
1 AAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTC-AA
* * *
7135 ATAAAATAATACTAATTTATGAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTTAAAAAAATAAAT
64 ATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAA-AAATTTT--AAAAATAAAT
* * * * * * * * *
7200 CTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAATTTTGCCTATTAGAAAAATTATCTATTTAAAATTGTTATA
124 ATGTTTATCGAACTA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TGTTATG
* * * * * * *
7265 AACTTATATTTTATCAT-AAAACATTTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTA-CCTAAAATAAAATAAT
187 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTT-TTT-AGTTCATAAAAGCTTATTC-GAAATAAAATAAT
* * * * *
7328 ATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGATAAGTT-AAAGATTTAAAACATAAA-TC-AGTTTATC
249 ACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAA-TTAAAAGATTTAAAA-AAAAATTCTA-TTTATC
** * * * * *
7390 GAATTAGTTCAAATAATTATGGCTATTTGAGA-AATTATCTATTTTAAATCATTATGAA-ATTTT
310 GAACAAGTTC-AATAAGTATGACTATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAATCACTAT-AATCTTTT
* * * *
7453 --TTT-TCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAG-TCTATTTGGAATAAAATAATACTAATT
372 ACTTTATCATAAAACAATTATTTCT-ATTCATACAAGCT-TATTTCGAATAAAATAATACAAATT
* * ** *
7513 TATTAATATGTC-AAAAATTATTAAGTAGGATATTTAAAAAATAAAT
435 TATTAACAT-TCGAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
7559 TTGTTTACCA
Statistics
Matches: 1852, Mismatches: 347, Indels: 169
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (887 bp):
AAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTCATACAAGCTTATTTCAAAT
AAAATAATATAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTA
TCGAACTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATGTTATGACCTTTTGT
TTTGTCATAAAAAAATTTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
ATATTCAAAAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAAAAATTCTATTTATCGAACAAGTTCAATAAG
TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAATCTTTTACTTTATCATAAAACAATT
ATTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACAAATTTATTAACATTCGAAAAATTAA
TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTACTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
CAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
AAGCTTATTTAGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGTAAGAAATTTA
AAAATAAATCTATTTATCGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
ATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGGTCATATAAGTTTATTTGAAATA
AAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTT
ACTAACAATTCAAATAGTTATGATATTAAAATTATCTATTTC
Found at i:7897 original size:180 final size:177
Alignment explanation
Indices: 7592--8368 Score: 533
Period size: 181 Copynumber: 4.3 Consensus size: 177
7582 ACAATCATAA
* * * * * * * *
7592 TTATTTTTTAAATCTCCTACTTAATAATTTTTGAAATATTAGTAAATT-TTTTTATTTTATTCCA
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** * * * * **
7656 AAT-AGGTTAGTAAGAATTGAAA-ATTTGTTTTACGAC-AAACTAAAAGGCCATAACAATTTGAA
64 AATAAACTTA-TATGAA-TGAAATAATTATTTTACGACAAAACAAAAAGGTTATAACAATTTGAA
* * * *
7718 ATAGATAA-TGTTCATACATCCTTCACTATTTGTAGTGGTTTGGCAAATAAAT
127 ATAGATAATTGTTCATA-AT-CTTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAATAAAT
* * ***
7770 TTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTGTCAGAATCTTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTG
1 TTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCA-AATATTATTA-ATTAGTATTATTTTATTACA
* **
7835 AATAAGCTTATATGAATAGAAATAATTATTTTACGACAAAAC-AAAAGGTTATAATGATTTGAAA
64 AATAAACTTATATGAAT-GAAATAATTATTTTACGACAAAACAAAAAGGTTATAACAATTTGAAA
* * *
7899 TATATAATTGTTCA-AATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTCGAG-AAATAATAT
128 TAGATAATTGTTCATAAT--CT-TAACTATTTGAACTGGTTCG-GCAAATAA-AT
* * * * * * ** * *
7952 TTTTTTTTTGAAATCTCTAACTTCTAAAATTTTGAAATATTAAAAAAGTAGTTTTATTTTATTAC
1 TTATTTTTT-AAATCTCTTAGTTAT-TAATTTTCAAATATT-ATTAATTAGTATTATTTTATTAC
** * * * * * * *
8017 AAATAAACTTGGATGAGCTGAAATAATT-CTTTATGATAAAAC-AAAAGATAATAACGATTTGAA
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* * * *
8080 ATAGATAATTCTTCATATTATCTTAACTATTTGAACTGGTTCAGCAAACAGAT
127 ATAGATAATTGTTCATA--ATCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAATAAAT
* * * * *
8133 TTATTTTTTAAATCTCCTAGTTA-TGATTTTCAAAATATTTTTAATTTTGTATTATTTTATTCCA
1 TTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTC-AAATATTATTAA-TTAGTATTATTTTATTACA
* * * * *
8197 AATAAACTTATATGAATGAAAAAACTATTTTATGACAGAACAAAAAGGTTATAACAAATTGAAAT
64 AATAAACTTATATGAATGAAATAATTATTTTACGACAAAACAAAAAGGTTATAACAATTTGAAAT
* ** * *
8262 AGATAAATTGTTCA-AATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAGAT
129 AGAT-AATTGTTCATAAT--CT-TAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAATAAAT
* * * *
8314 TTATTTTTTGAATCTC--A--TACTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
1 TTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATT-TTCAAATATT-ATTAATTAGTATTATTTT
8369 TTTTAAAATA
Statistics
Matches: 470, Mismatches: 98, Indels: 62
0.75 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
177 8 0.02
178 74 0.16
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ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
TTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAATATTATTAATTAGTATTATTTTATTACAAA
TAAACTTATATGAATGAAATAATTATTTTACGACAAAACAAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAG
ATAATTGTTCATAATCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAATAAAT
Found at i:8743 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 8431--9923 Score: 689
Period size: 180 Copynumber: 8.2 Consensus size: 181
8421 GATAATAACA
* * * ** **
8431 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT--ATTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGCAAT
1 ATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACTG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
** * * * * * *
8494 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTCATAATTATTTGTAGTGATTCAATAAACTGTTT
64 AACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAACAGATT
* * *
8559 TATTTTGTAAATCTTTTACTTATTGA-TCTTCAAAATATTAACAAAGTAATA-T
129 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTCTTCAAAA-ATTAACAAAGTAATATT
* **** * * *
8611 CTTTTATTTTGGATAAACTTTTATGAACTGCAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTTATAA
1 ATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA
*
8676 CAACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACCTG-TTCAATAAACAGATT
66 CAA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGATTCAATAAACAGATT
* * * * * * * *
8739 TATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTAGAAGTTAATAAATTAGTATT
129 TATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTCTTCAAAAATTAACAAAGTAATATT
* * * * *
8793 ATTTTCTTCCAAATAAACTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAA
1 ATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA
* * * *
8858 CAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACACATTTA
66 CAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAACAGATTTA
* ** * *
8923 TTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATT-TTCAAAATAATATTAAATTAGTATT
131 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTCTTCAAAA-ATTAACAAAGTAATATT
* * * * * *
8970 ATTTTTATT-CGAATAAGCTTGTATG-ATTAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCAT
1 A-TTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
** * * * * * * * *
9032 AATGATTTGAGATTGATATTTGTTTAAATAAT-AGTAACTATTTGAACTGGTTCGAA-AAATA-A
64 AACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTGATTC-AATAAACAGA
* * * ** * * * * * **
9094 CTCTAGTTTTTAAATCTCCTGGTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTGTTATT
127 -TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTCTTCAAAAATTAACAAAGTAATATT
** * ** * * *
9150 ATTTTATTTTAGATAATTTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAA-AAAA-GTCATAA
1 ATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA
* * * * ** * * *
9213 TAATTTTAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATATTTATTTGAACTTG-TTTAGTAAACA-AATT
66 CAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCAATAAACAGATTT
* * * * ** * * * *
9276 ACTATTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTGAAAGTTAATAAATTAGTATT
130 A-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTCTTCAAAAATTAACAAAGTAATATT
* * * * * * * * * * * *
9329 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATAAACTTAAATAATTATTTTATGACTAAACGAAAGATCAGAA
1 ATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA
** * * * * *
9394 TGATTTGAAATAGATAACTGTTCCAATACTCCTAACTATTTGAACT-ATTTCGACAAATATATTT
66 CAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TT---C-AATA-A---
* * * * * * ** *
9458 ATTTTTA-ATATATTTATTTTTAAATCTCGTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATA
122 A----CAGAT-T-TAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTCTTCAAAAATTAACAAAGTAATA
9522 TT
180 TT
* ** ** * * * *
9524 ATTTTAATCCAAATATGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATTA-AAAA-TAAAGATTATAT
1 ATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA
** * * * ** *
9587 TGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTT
66 CAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCAATAAACAGATTT
* * * * * * *
9651 ATTTTTTCAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTCAAAAGTTAATAAATTAGTATT
130 ATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTCTTCAAAAATTAACAAAGTAATATT
** * * * * * ** * *
9704 ATTTT-TATCTGAGTCAACCTGTATGATC-GAAAATAATTACTTTATGACAAAACAATTA--TCA
1 ATTTTAT-TCCAAATAAACTTGTATGAACTG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAA-AAGGTTA
** * * * * * * * * * *
9765 TAATGATTT-AAGATTGATATTTGTTTAAATAGTCATAACTATTGGAATTGGTTCAAAAAATAGC
63 TAACAATTTGAA-ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAACAGA
* * * ** * * *
9829 TTTAGTTTTTAAATCTCTTA---A-TAATTTTTGAAATGTTAATAAAGCAGTATT
127 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTCTTCAAAAATTAACAAAGTAATATT
* ** * *
9880 ATTTTATTTCAAATAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTATTTTA
1 ATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTA
9924 AATAGATAAT
Statistics
Matches: 1005, Mismatches: 249, Indels: 122
0.73 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.00
176 124 0.12
177 66 0.07
178 12 0.01
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185 4 0.00
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195 77 0.08
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (181 bp):
ATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA
CAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAACAGATTTA
TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTCTTCAAAAATTAACAAAGTAATATT
Found at i:9286 original size:179 final size:178
Alignment explanation
Indices: 8612--9410 Score: 626
Period size: 179 Copynumber: 4.4 Consensus size: 178
8602 AAGTAATATC
* * * * * *
8612 TTTTATTTTGGATAAACTTTTATGAACTGCAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTTATAAC
1 TTTTATTTTAGATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAAGATCATAAC
* * * * * *
8677 AACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACCTGTTCAATAAACAGATTTA
65 AA-TTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATAACTATTTGAA-CTGTTCAGTAAACACAATTA
* * * *
8741 TTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTAGAAGTTAATAAATTAGTATTA
128 TATTTT-AAATCTCCTGCTTATTAATTTTTGA-AAATTAATAAATTAGTATTA
* ** * * * * * *
8794 TTTTCTTCCAAATAAACTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAAC
1 TTTTATTTTAGATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGAC-AAAAAAAAGATCATAAC
*
8859 AATTTGAAATAGATAATTATTCT-AATAGTCT-TAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACACATTT
65 AATTTGAAATAGATAATTATT-TAAATAGT-TATAACTATTTGAACTG-TTCAGTAAACACAATT
* * *
8922 ATTTTTTAAA--T-CT-CTTATTAA-TTTTCAAAATAATATTAAATTAGTATTA
127 ATATTTTAAATCTCCTGCTTATTAATTTTTGAAAAT--TAATAAATTAGTATTA
* * * * *
8971 TTTT-TATTCGAATAAGCTTGTATG-ATTAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATAA
1 TTTTATTTTAG-ATAAACTTGTATGAACT-GAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAGATCATAA
** * * * * * * *
9034 TGATTTGAGATTGATATTTGTTTAAATA-ATAGTAACTATTTGAACTGGTTC-G-AAAAATAACT
64 CAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTA-TAACTATTTGAACT-GTTCAGTAAACACAA-T
* * *
9096 CTAGT-TTTTAAATCTCCTGGTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGT-GTTATTA
126 -TA-TATTTTAAATCTCCTGCTTATTAATTTTTGAAA-ATTAATAAATTAG-TATTA
** * * * *
9151 TTTTATTTTAGATAATTTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAAAAAAG-TCATAATA
1 TTTTATTTTAGATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAGATCATAACA
* ** *
9215 ATTTTAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATATTTATTTGAACTTGTTTAGTAAACA-AATTACT
66 ATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATAACTATTTGAAC-TGTTCAGTAAACACAATTA-T
* * *
9279 ATTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTGAAAGTTAATAAATTAGTATTA
129 ATTTTAAATCTCCTGCTTATTAA-TTTTTGAAAATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * ** *
9330 TTTTA-TTTCGAATAAGCTTGTATAAACTTAAATAATTATTTTATGACTAAACGAAAGATCAGAA
1 TTTTATTTTAG-ATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGAC-AAAAAAAAGATCATAA
**
9394 TGATTTGAAATAGATAA
64 CAATTTGAAATAGATAA
9411 CTGTTCCAAT
Statistics
Matches: 494, Mismatches: 88, Indels: 71
0.76 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
174 6 0.01
175 6 0.01
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177 60 0.12
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183 3 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
TTTTATTTTAGATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAGATCATAACA
ATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATAACTATTTGAACTGTTCAGTAAACACAATTATAT
TTTAAATCTCCTGCTTATTAATTTTTGAAAATTAATAAATTAGTATTA
Found at i:9469 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 9449--9480 Score: 64
Period size: 15 Copynumber: 2.1 Consensus size: 15
9439 TATTTCGACA
9449 AATATATTTATTTTT
1 AATATATTTATTTTT
9464 AATATATTTATTTTT
1 AATATATTTATTTTT
9479 AA
1 AA
9481 ATCTCGTACT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 17 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.00, G:0.00, T:0.62
Consensus pattern (15 bp):
AATATATTTATTTTT
Found at i:10304 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 10091--10528 Score: 434
Period size: 177 Copynumber: 2.5 Consensus size: 177
10081 TAAAGGCCAG
* * * * * *
10091 AACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCCTAACTATTTGAATTGGTTCA-ACAAATATAT
1 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTT-AGACAAACAGAT
* *** *
10155 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTT
65 TTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAA-TTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTT
* * * *
10220 GAAT-ATGCTTGTTTGAAAAGAAACAATAGTTCTATGACAAAA-TAAAGATCAT
125 CAATAATGC-TATATGAAAAGAAACAATAGTTCTATGACAAAACAAAAGATCAT
* * *
10272 AACGATTT-AAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAGCTGGTTAGATAAACAGAT
1 AACGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTAGACAAACAGAT
* *
10336 TTGGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAGTTTCAATA
65 TTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTCAATA
* * ** * *
10401 ATTCTATATGAACAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
130 ATGCTATATGAAAAGAAACAATAGTTCTATGACAAAACAAAAGATCAT
* * * * * * * * * * *
10449 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAGTGGACATGACTATGTCAACTTGTTCGGCAAACAAATT
1 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTAGACAAACAGATT
*
10514 TATTTTTTAAATCTC
66 TAGTTTTTAAATCTC
10529 CTACCTATTA
Statistics
Matches: 210, Mismatches: 42, Indels: 14
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
176 62 0.30
177 80 0.38
178 3 0.01
179 2 0.01
180 3 0.01
181 60 0.29
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTAGACAAACAGATT
TAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTCAATAA
TGCTATATGAAAAGAAACAATAGTTCTATGACAAAACAAAAGATCAT
Found at i:10692 original size:145 final size:146
Alignment explanation
Indices: 10405--10696 Score: 469
Period size: 145 Copynumber: 2.0 Consensus size: 146
10395 TCAATAATTC
* *
10405 TATATGAACAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
1 TATATGAACAAAAACAAATTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * *
10470 GTTCAAGTGGACATGACTATGTCAACTTGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCT
66 GTTCAAGTGGACATGACTATGTCAACTTGTTCAGCAAACAAACTTATTTTTTAAATCTCCTACCA
10535 ATTAAATCGCAGAATA
131 ATTAAATCGCAGAATA
*
10551 TATATGAACAAAAATAAATTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
1 TATATGAACAAAAACAAATTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * *
10616 GTT-AAGTGGACATGACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAACTTATTTTTTAAATCTCCTACCA
66 GTTCAAGTGGACATGACTATGTCAACTTGTTCAGCAAACAAACTTATTTTTTAAATCTCCTACCA
* *
10680 ATTGAATTGCAGAATA
131 ATTAAATCGCAGAATA
10696 T
1 T
10697 TAATAAATTA
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 12, Indels: 1
0.91 0.08 0.01
Matches are distributed among these distances:
145 69 0.51
146 65 0.49
ACGTcount: A:0.41, C:0.13, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (146 bp):
TATATGAACAAAAACAAATTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
GTTCAAGTGGACATGACTATGTCAACTTGTTCAGCAAACAAACTTATTTTTTAAATCTCCTACCA
ATTAAATCGCAGAATA
Found at i:10879 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 10567--11601 Score: 870
Period size: 181 Copynumber: 5.7 Consensus size: 181
10557 AACAAAAATA
** * *
10567 AATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-AAGTGGA-CAT
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AATCAT
* ** * ** ** ***
10629 GACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAACTTATTTTTTAAATCTCCTACCAATTGAATTGCAG-A
65 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTTTTGAA
* * * *
10693 ATATTAATAAATTAGTATGATTTTATTCAGAATAAACTTGTTTGAATAGAAAT
129 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
* * * *
10746 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGAG-CATAACT-ATTTGAAAAAAATAATTGTTCAAACAATCA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCA
* * * *
10809 TAACTATTTTAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTCATTTTTGAA
64 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA
*
10874 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTTCA-AATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
129 ATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
* * *
10927 AATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGGTAATTGTTTAAATATTTAA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAA-A--T--
* * ** *
10991 ATAGTCATAATTATTTGTACAAGTTCAGG-AAACAAATTTATTTTTTTTAAT-TTTTACTTATTA
59 A-A-TCATAACTATTTGAACTTGTTC-GGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* * *
11054 ATTTTTGAAATATTAACAAATT--TAATT-TTTTATTC-GAAAGAAGCTTGCATGAATAGAAAC
120 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTCAG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
* * * * * *
11114 AATTGCTTTATGACAAAATAAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCCAATAGTCAT
1 AATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCAT
* * * * * ***
11179 AACCAATTGAACTTATTCGGTAAGCAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTACACGTTAATTTTT-AG
65 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-
* * * *
11243 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCCTATATGAACT-GATAC
128 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAC
* ** * * * * * *
11297 AATTGTTTTATAATGAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTTACATAGTTATG
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCAT-
* * * ****
11362 AA-TATTTGAACTTGTTCAGTAAATAAATTTA-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGGCAAAA
65 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * * * *
11425 TATTAATAAATTCA-CATTATTTAAATCCA-AATAAGTTTGTGTGAAGAAAAAC
130 TATTAATAAATT-AGTATTATTT-TATTCAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
* ** * * * *
11477 AATTGTTTTATGATAAAACAAAAATTTATAATGATTTTGAAATAAATAATTTTTCAAATAGTCAT
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCAT
* * *
11542 AACTATTTGAACTTATTAGGTAAA-AAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTT
65 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
11602 ATTTGAAATA
Statistics
Matches: 689, Mismatches: 127, Indels: 77
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
179 6 0.01
180 172 0.25
181 217 0.31
182 97 0.14
183 41 0.06
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186 4 0.01
187 48 0.07
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190 11 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATA
ACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAT
ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
Found at i:11253 original size:370 final size:360
Alignment explanation
Indices: 10572--11601 Score: 891
Period size: 370 Copynumber: 2.8 Consensus size: 360
10562 AAATAAATTT
* * * * * ** *
10572 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT-GTTAAGTGGACATGACTATT
1 TTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGAATATT
** * * * * ** ** *
10636 TGAACTTGTTTAGTAAACAAACTTATTTTTTAAATCTCCTACCAATTGAATT-GCAGAATATTAA
66 TGAACAAGTTCAGGAAACAAATTTA-TTTTAAAATCTTTTACTTATT-AATTGGCAAAATATTAA
* * * * * * * ** * *
10700 TAAATT-AGTATGATTT-TATTCAGAATAAACTTGTTTGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAA
129 CAAATTCA-CATTATTTAAATCCA-AAGAAGCTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * * * * * *
10763 ACAAAAGAG-CATAACT-ATTTGAAAAAAATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTTAACTTGT
192 AAAAAAG-GTTATAA-TGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAT
* * ** *
10826 TCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTCATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
255 TCGGT-AACAAATTTATTTTTTAAATATCTTACACATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * *
10891 TTATTTTGTTTCA-AATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGG
319 TTATTTTATTT-AGAATAAGCCTATATGAACT-GAAACAATTGG
* * * *
10933 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGGTAATTGTTTAAATATTTAAATAGTC
1 TTTATAACAAAACAAAAGGTCATAA-TAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTT--AT-G--
* ** ****
10997 ATAATTATTTGTACAAGTTCAGGAAACAAATTTATTTTTTTTAAT-TTTTACTTATTAATTTTTG
60 --AA-TATTTGAACAAGTTCAGGAAACAAATTTA--TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGGCA
* * * * *
11061 AAATATTAACAAATTTA-ATT-TTTTATTCGAAAGAAGCTTGCATGAATAGAAACAATTGCTTTA
120 AAATATTAACAAATTCACATTATTTAAATCCAAAGAAGCTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * *
11124 TGACAAAATAAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCCAATAGTCATAACCAATTGA
185 TGACAAAA-AAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* *
11189 ACTTATTCGGTAAGCAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTACACGTTAATTTTT-AGAATATTAATA
249 ACTTATTCGGTAA-CAAATTTA-TTTTTTAAATATCTTACACATTAATTTTTGA-AATATTAATA
* *
11253 AATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCCTATATGAACTGATACAATTGT
311 AATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCCTATATGAACTGAAACAATTGG
** *
11303 TTTATAATGAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTTACATAGTTATGAATATT
1 TTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGAATATT
** * * *
11368 TGAACTTGTTCAGTAAATAAATTTATTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGGCAAAATATTAATA
66 TGAACAAGTTCAGGAAACAAATTTATTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGGCAAAATATTAACA
* * ** * * *
11433 AATTCACATTATTTAAATCCAAATAAGTTTGTGTGAAGAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAA
131 AATTCACATTATTTAAATCCAAAGAAGCTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AA
* * *
11498 AAA-TTTATAATGATTTTGAAATAAATAATTTTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTAGG
195 AAAGGTTATAATGA-TTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGG
* * **
11562 TAAAAAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTT
259 TAACAA-ATTTATTTTTTAAATATCTTACACATTAATTTT
11602 ATTTGAAATA
Statistics
Matches: 535, Mismatches: 106, Indels: 55
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
360 7 0.01
361 71 0.13
362 66 0.12
363 99 0.19
364 2 0.00
365 1 0.00
367 1 0.00
368 43 0.08
369 70 0.13
370 164 0.31
371 11 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (360 bp):
TTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGAATATT
TGAACAAGTTCAGGAAACAAATTTATTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGGCAAAATATTAACA
AATTCACATTATTTAAATCCAAAGAAGCTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAA
AAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTA
ACAAATTTATTTTTTAAATATCTTACACATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
ATTTAGAATAAGCCTATATGAACTGAAACAATTGG
Found at i:11671 original size:155 final size:154
Alignment explanation
Indices: 11453--11756 Score: 425
Period size: 155 Copynumber: 2.0 Consensus size: 154
11443 ATTTAAATCC
* * * * *
11453 AAATAAGTTTGTGTGAAGAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAATTTATAATGATTTTGAA
1 AAATAAGCTTGTATGAAGAAAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAAGTTATAATGATTTTGAA
* *
11518 ATAAATAATTTTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATT-AGGTAAAAAGATTTATTTTTTAA
66 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCA-GTAAAAAGATTAATTTTTTAA
*
11582 ATATTTTACTTATTAATTTTATTTG
130 ATATCTTACTTATTAATTTTATTTG
* *
11607 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAA-AATTGTTTTACGACAAAATAAAAAGGTTATAGTGA-TTT
1 AAATAAGCTTGTATG-A-AGAAAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAA-GTTATAATGATTTT
* * *
11670 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTAATTTTTT
63 GAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAAAAGATTAATTTTTT
*
11735 AAATCTCTTACTTATTAATTTT
128 AAATATCTTACTTATTAATTTT
11757 TGGAATATTA
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 14, Indels: 7
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
154 13 0.10
155 103 0.78
156 16 0.12
ACGTcount: A:0.42, C:0.06, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (154 bp):
AAATAAGCTTGTATGAAGAAAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAAGTTATAATGATTTTGAA
ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAAAAGATTAATTTTTTAAA
TATCTTACTTATTAATTTTATTTG
Found at i:11930 original size:337 final size:335
Alignment explanation
Indices: 11316--11934 Score: 708
Period size: 337 Copynumber: 1.8 Consensus size: 335
11306 ATAATGAAAC
* * *
11316 AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTTACATAGTTATGAATATTTGAACTTGTTCAG
1 AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGAATATTTGAACTTGTTCAG
* * *
11381 TAAATAAATTTATTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGGCAAAATATTAATAAATTCACATTATT
66 TAAATAAATTAATTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTGGCAAAATATTAATAAATTCAAATTATT
* *** * * * *
11446 TAAATCCAAATAAGTTTGTGTGAAGAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAATTTATAATGA
131 TAAATCCAAAT-AGCTTGTACAAACAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATGA
* * * * * * * ***
11511 TTTTGAAATAAATAATTTTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTAGGTAAAAAGATTTATT
195 TTTTGAAATAAATAATTATTCAAACAATCATAACTATTTGAACTGATCAAGCAAAAAGACGCATT
*
11576 TTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAATTGTTTT
260 TTTTAAATATGTTACTTATTAATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAATTGTTTT
11641 ACGACAAAATA
325 ACGACAAAATA
* * * *
11652 AAAAGGTTATAGTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTTGTTCA
1 AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGAA-TATTTGAACTTGTTCA
* * *****
11716 GTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT-AGAATT
65 GTAAATAAATTAA-TTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTGGCAAAATATTAATAAATTCA-AATT
** ** * *
11780 ATATTATTTTGAACAT-GCTTGTACAAACAGAAACAATTATTTTGTGATAAAACAAAAAGGTCAT
128 AT-TTAAATCCAA-ATAGCTTGTACAAACAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAA-GTCAT
* * * * *
11844 AATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAACAATCATAACTATTTGCACTGGTCAAGCCAATAGAC
190 AATGATTTTGAAATAAATAATTATTCAAACAATCATAACTATTTGAACTGATCAAGCAAAAAGAC
11908 GCATTTTTTAAAT-TCGTTACTTATTAA
255 GCATTTTTTAAATAT-GTTACTTATTAA
11935 CTTCAGAATA
Statistics
Matches: 229, Mismatches: 47, Indels: 13
0.79 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
335 2 0.01
336 67 0.29
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338 14 0.06
339 2 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (335 bp):
AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGAATATTTGAACTTGTTCAG
TAAATAAATTAATTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTGGCAAAATATTAATAAATTCAAATTATT
TAAATCCAAATAGCTTGTACAAACAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATGAT
TTTGAAATAAATAATTATTCAAACAATCATAACTATTTGAACTGATCAAGCAAAAAGACGCATTT
TTTAAATATGTTACTTATTAATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAATTGTTTTA
CGACAAAATA
Found at i:12190 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 12162--12210 Score: 80
Period size: 25 Copynumber: 2.0 Consensus size: 25
12152 ACAAACTTAT
*
12162 ATGAACAAAAACATTTGTTTTATGA
1 ATGAACAAAAACATTAGTTTTATGA
*
12187 ATGAACAAAAAGATTAGTTTTATG
1 ATGAACAAAAACATTAGTTTTATG
12211 TCATAATGAT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 22 1.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.06, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (25 bp):
ATGAACAAAAACATTAGTTTTATGA
Found at i:12699 original size:362 final size:362
Alignment explanation
Indices: 11652--12936 Score: 963
Period size: 362 Copynumber: 3.5 Consensus size: 362
11642 CGACAAAATA
* * * * * * * * *
11652 AAAAGGTTATAGTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCA
1 AAAAGGTAATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCTTAATTATTTGAAATGGTTTGA
* * * * *** *
11716 GTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTA
66 -CAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * ** * ** * * * *
11781 TATTATTTTGAACATGCTTGTACAAACAGAAACAATTATTTTGTGATAAAACAAAAAG-GTCATA
130 TTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA-ATAACAAAAGGTGTCATA
* * * * * *** * * *
11845 ATGATTTGAAA-TAGATAATT-ATTCAAACAATCATAACTATTTGCACTGGTCAAGCCAATAGAC
194 ATAATTTGAAATTA-ATAATTGA-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACAGAA
** * * * ** * * *
11908 GCATTTTTTAAAT-TCGTTACTTATTAACTTCAG-AATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCC
257 TTATATTTTAAATCTC-TTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * ** * * * * *
11971 GAATAAGATT-ATATGAATAGAAACAATTATTTTATGAC-AAA-
321 AAATAAGCTTGA-A-GACCAAAAACATTTGTTATATCACTAAAC
* * * * * *
12012 AAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAG-TTATAACTAATTGAATTGGTTT
1 AAAA-GGTAATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCT-TAATTATTTGAAATGGTTT
* * * * * *
12076 -ACTAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTCTTACTTTTCAAAATATTAATAAATTAATCTT
64 GACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATT
* ** * * *
12140 ATTTCATTTTGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGAATGAACAAAAAGATTAGT
129 ATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAAT-AAC-AAAAG----G-
* * * *
12205 TTTATGTCATAATGATTTGAAATTAATAATTGATCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTTGG
187 ----TGTCATAATAATTTGAAATTAATAATTGATCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGG
* * ** *
12270 CAAATAGAATTATATTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTTTTTTAT
248 CAAACAGAATTATATTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * *
12335 TTTATTTCAAATAAGTTACTG-AGAACTGAAAAA-A-TTGTTCTA-CAGC-AAAGC
313 TTTATTTCAAATAAGCT--TGAAG-AC-CAAAAACATTTGTTATATCA-CTAAA-C
* * * * * *
12386 TAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAGCCTTAATTATTTGAACTGGTTTGG
1 AAAAGGTAATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCTTAATTATTTGAAATGGTTTGA
* * *
12451 CAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATTATTACATTAGTATTAT
66 CAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * *
12516 TTTATTTCAAATAAACTTGTGTGAACAGAAATAATTGTTTTATGACATAACAAAAGGT-T-ATAA
131 TTTATTTCAAATAAACTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA-ATAACAAAAGGTGTCATAA
* * * *
12579 TAATTTGAAA-TATATAGTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTT
195 TAATTTGAAATTA-ATAATTGATCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACAGAATT
* * * *
12643 AGT-TTTTAAATCTTTTGCATATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTCGA
259 A-TATTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
*
12707 ATAAGCTTGAATGACCAAAAACATTTGTTATATTACTAAAC
323 ATAAGCTTGAA-GACCAAAAACATTTGTTATATCACTAAAC
* * * * * *
12748 AAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCCTAATTATTTGAAATGATTCGA
1 AAAAGGTAATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCTTAATTATTTGAAATGGTTTGA
* * * * * *** *
12813 TAAACATATTCATTTTTTAAATCGCTTATTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTGTATTAT
66 CAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
12878 TTTATTTCAAATAAGCTTTTTATGAACTGAAACGATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGT
131 TTTATTTCAAATAAAC-TTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA-ATAACAAAAGGT
12937 CAAAATGATT
Statistics
Matches: 742, Mismatches: 144, Indels: 75
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
359 1 0.00
360 101 0.14
361 57 0.08
362 250 0.34
363 41 0.06
364 1 0.00
365 1 0.00
369 1 0.00
371 79 0.11
372 47 0.06
373 57 0.08
374 104 0.14
375 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (362 bp):
AAAAGGTAATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCTTAATTATTTGAAATGGTTTGA
CAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTTCAAATAAACTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAATAACAAAAGGTGTCATAAT
AATTTGAAATTAATAATTGATCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACAGAATTAT
ATTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
AGCTTGAAGACCAAAAACATTTGTTATATCACTAAAC
Found at i:12893 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 11652--12895 Score: 768
Period size: 181 Copynumber: 6.8 Consensus size: 178
11642 CGACAAAATA
* * * * **
11652 AAAAGGTTATAGTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCA
1 AAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAAC-TGATTTG
* * * * *
11716 GTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTA
65 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * * * ** * * * * * *
11781 TATTATTTTGAACATGCTTGTACAAACAGAAACAATTATTTTGTGATAAAAC
130 TTTTATTTCAAATAAGCTTGAATGACCA-AAA-AATTGTTATATCA-CAAAC
* * * * ** * * * ***
11833 AAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAATCATAACTATTTGCACTGGTCAA
1 -AAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAACTGATTTG
** * * *** * ** *
11898 GCCAATAGACGCATTTTTTAAAT-TCGTTACTTATTAACTTCAG-AATATTAATAAATTAGCATT
65 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * ** * * *
11961 ACTTTATTCCGAATAAGATT-ATATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAA-
129 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGA-ATGACCA-AAA-AATTGTTATATCACAAAC
* * ** * * * * *
12012 AAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTTATAACTAATTGAATTGGTTTA
1 AAAA-GGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAACTGATTTG
* * * * ** * *
12077 CT-AATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTCTTACTTTTCAAAATATTAATAAATTAATCTTA
65 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * * * *
12141 TTTCATTTTGAACAAACTT-ATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGAATGAACAAA-
130 TTTTATTTCAAATAAGCTTGA-ATGACCAAAAA-A-TTG--TTAT--AT-CACAAAC
* * * *
12196 AAGATTAGTTTTATGTCATAATGATTTGAAATTAATAATTGATCAAATAGTCATAATTATTTGAA
1 AA-A--AG------GTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAA
* * * * *
12261 TTGGTTTGGCAAATAGAA-TTATATTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
57 CTGATTTGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
** * * * *
12325 TTTTTTTTATTTTATTTCAAATAAG-TT-ACTGAGAACTGAAAAAATTGTTCTA-CAGCAAAGC
121 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGAAT--G-AC-CAAAAAATTGTTATATCA-CAAA-C
* * * * *
12386 TAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAGCCTTAATTATTTGAACTGGTTTGG
1 AAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAACTGATTTGG
* * ** * *
12451 CAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATTATTACATTAGTATTAT
66 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* ** * * *
12516 TTTATTTCAAATAAACTTGTGTGAACAGAAATAATTGTTTTATGACATAAC
131 TTTATTTCAAATAAGCTTGAATGACCA-AAA-AATTGTTATATCACA-AAC
* * * * *
12567 AAAAGGTTATAATAATTTGAAATATATAGTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTTG
1 AAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAACTGA-TTTG
* * * * * *
12631 GTAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTTTTGCATATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTA
65 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* *
12696 TTTTATTTCGAATAAGCTTGAATGACCAAAAACATTTGTTATATTACTAAAC
130 TTTTATTTCAAATAAGCTTGAATGACCAAAAA-A-TTGTTATATCAC-AAAC
* * * * * * * *
12748 AAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCCTAATTATTTGAAATGATTCGA
1 AAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAACTGATTTGG
* * * * * *
12813 TAAACATATTCATTTTTTAAATCGCTTATTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTGTATTAT
66 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
12878 TTTATTTCAAATAAGCTT
131 TTTATTTCAAATAAGCTT
12896 TTTATGAACT
Statistics
Matches: 847, Mismatches: 172, Indels: 87
0.77 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
177 1 0.00
178 35 0.04
179 93 0.11
180 13 0.02
181 456 0.54
182 92 0.11
183 3 0.00
184 7 0.01
185 1 0.00
186 1 0.00
187 4 0.00
188 4 0.00
189 2 0.00
190 1 0.00
191 4 0.00
192 55 0.06
193 66 0.08
194 4 0.00
195 5 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
AAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAACTGATTTGG
TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTTCAAATAAGCTTGAATGACCAAAAAATTGTTATATCACAAAC
Found at i:12967 original size:100 final size:99
Alignment explanation
Indices: 12844--13045 Score: 332
Period size: 100 Copynumber: 2.0 Consensus size: 99
12834 TCGCTTATTT
* * *
12844 ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTTATGAACTGAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC-TTATATGAACTGAA
* *
12909 ACGATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCAAAATG
65 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATG
12944 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAA
* *
13009 CAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATG
66 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATG
13043 ATT
1 ATT
13046 TAAAATAGAT
Statistics
Matches: 95, Mismatches: 7, Indels: 1
0.92 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
99 47 0.49
100 48 0.51
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (99 bp):
ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAA
CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATG
Found at i:13174 original size:281 final size:280
Alignment explanation
Indices: 12663--13218 Score: 677
Period size: 281 Copynumber: 2.0 Consensus size: 280
12653 TCTTTTGCAT
* * *
12663 ATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGAATGACCAAAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGAATGAACAAAAA
* * * * * * ** **
12728 CATTTGTTATATTACTAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCCT
66 CAATTGTTATATTACAAAACAAAAGGTAACAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAACAGCCAG
* * * * * * ***
12793 AATTATTTGAAATGATTCGATAAACATATTCATTTTTTAAATCGCTTATTTATTAATTTTTGGAA
131 AACTATTTGAAATGATTCAAAAAACATATTCATTTCTTAAATCGCTTACTTATTAATTGTCAAAA
** * * * * *
12858 TATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTTATGAACTGAAACGATTGTTTTATG
196 TATTAATAAATTAATATTATTTAATTTCAAATAAGC-TTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATG
* *
12923 ATAAAACAAAAGGTCAAAATG
260 ACAAAACAAAAAGTCAAAATG
**
12944 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-ATATGAACTGAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGA-ATGAACAAAA
* * *
13008 ACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAACAGTCA
65 ACAATTGTTATATTACAAAACAAAAGGTAACAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAACAGCCA
* * * **
13073 GGACTATTTGAACTTG-TTCAAAAAACATATTTATTTCTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAA
130 GAACTATTTGAA-ATGATTCAAAAAACATATTCATTTCTTAAATCGCTTACTTATTAATTGTCAA
*
13137 AATATTAATAAATTAATATTATTGTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTA
194 AATATTAATAAATTAATATTATT-TAATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTA
13201 TGACAAAACAAAAAGTCA
258 TGACAAAACAAAAAGTCA
13219 TAAGAATTTG
Statistics
Matches: 230, Mismatches: 42, Indels: 7
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
280 39 0.17
281 184 0.80
282 7 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (280 bp):
ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGAATGAACAAAAA
CAATTGTTATATTACAAAACAAAAGGTAACAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAACAGCCAG
AACTATTTGAAATGATTCAAAAAACATATTCATTTCTTAAATCGCTTACTTATTAATTGTCAAAA
TATTAATAAATTAATATTATTTAATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGA
CAAAACAAAAAGTCAAAATG
Found at i:13527 original size:643 final size:641
Alignment explanation
Indices: 12301--13588 Score: 1520
Period size: 643 Copynumber: 2.0 Consensus size: 641
12291 TCTCTTACTT
** *
12301 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTTTTTTATTTTATTTCAAATAAGTTACTGAGAACTGAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTACTGAGAACTGAAA
* * * * * * * * **
12366 AAATTGTTCTACAGCAAAGCTAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAGCCTT
66 AAATTGTTCTACAGCAAAACAAAAGGTCACAATGATTTAAAATAAAGAATTATTCAAACAGCCAG
* **** * * *
12431 AATTATTTGAACTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAA
131 AACTATTTGAACTGGTTCAAAAAACAAATTTATTTCTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTCAAAA
* * * * * * *
12496 TATTATTACATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTGTGAACAGAAATAATTGTTTTATGA
196 TATTAATAAATTAATATTATTTAATTTCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGA
* * * * * * * *
12561 CATAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATATATAGTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA
261 CAAAACAAAAAGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTA
* * * *
12626 GTTTGGTAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTTTTGCATATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAG
326 GTTTGGTAAACAAATTTAATTTTTAAATCTTTTACATATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAG
* * * * *
12691 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGAATGACCAAAAACATTTGTTATATTACTAAACAAAAGGTA
390 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGAATGACCAAAAAAATATGTTATATGACAAAACAAAAGGTA
** * * * * * * *
12756 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCCTAATTATTTGAAATGATTCGATAAACATA
455 ATAACAATTTCAAAAAGATAATTATTGAAATAGCCATAATTATTTGAAATGATTCGACAAACAGA
* *
12821 TTCATTTTTTAAATCGCTTATTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTC
520 TTCATTTTTTAAATCGCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * *
12886 AAATAAGCTTTTTATGAACTGAAACGATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCAAAATG
585 AAATAAGC-TTATATAAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATG
12944 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA-T-ATGAACTGA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-TTACTGA-GAACTGA
* * * * * *
13007 AACAATTGTTTTATTA-CAAAACAAAAGGTCACAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAACAGT
64 AAAAATTGTTCTA-CAGCAAAACAAAAGGTCACAATGATTTAAAATAAAGAATTATTCAAACAGC
* * * *
13071 CAGGACTATTTGAACTTGTTCAAAAAACATATTTATTTCTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCA
128 CAGAACTATTTGAACTGGTTCAAAAAACAAATTTATTTCTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTCA
* *
13136 AAATATTAATAAATTAATATTATTGTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTT
193 AAATATTAATAAATTAATATTATT-TAATTTCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTATTTT
*
13200 ATGACAAAACAAAAAGTCATAAGAATTTGAAGTAAATAATTATTCAAATAGTCATAA-GATTTGA
257 ATGACAAAACAAAAAGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACGATTTGA
* * * *
13264 ACTTGTTTGGTAAACAAATTTAATTTTTAAATGTTTTACTTATTAATTATCTT-TATATTAATAA
322 ACTAGTTTGGTAAACAAATTTAATTTTTAAATCTTTTACATATTAATT-T-TTAAATATTAATAA
* * **
13328 ATTTGTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTATGAATGGAAAAAAATCAT-TT-TATGACAAAA
385 ATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGAATG-A-CCAAAAAAAT-ATGTTATATGACAAAA
* * *
13390 CAAAAGGTTATAGCAATTTCAAAAAGATAATTATTGAAATAGTCATAATTATTT-AAACTTG-TT
446 CAAAAGGTAATAACAATTTCAAAAAGATAATTATTGAAATAGCCATAATTATTTGAAA--TGATT
* *
13453 CGACAAACAGATTCATTTTTTAAAT-GCCTTAATTATTAATTTTTGTAATATTAATAACTTAGTA
509 CGACAAACAGATTCATTTTTTAAATCG-CTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTA
** * * * * *
13517 TTATTTTATTTTGAGTAAGCTTATATAAACTGAAATAATTTTTTTATGACAAAACGAAAGGTCAT
573 TTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATAAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAA
13582 AATG
638 AATG
13586 ATT
1 ATT
13589 TGAAAAGATA
Statistics
Matches: 539, Mismatches: 93, Indels: 27
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
641 3 0.01
642 133 0.25
643 380 0.71
644 22 0.04
645 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (641 bp):
ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTACTGAGAACTGAAA
AAATTGTTCTACAGCAAAACAAAAGGTCACAATGATTTAAAATAAAGAATTATTCAAACAGCCAG
AACTATTTGAACTGGTTCAAAAAACAAATTTATTTCTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTCAAAA
TATTAATAAATTAATATTATTTAATTTCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGA
CAAAACAAAAAGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTA
GTTTGGTAAACAAATTTAATTTTTAAATCTTTTACATATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGT
ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGAATGACCAAAAAAATATGTTATATGACAAAACAAAAGGTAA
TAACAATTTCAAAAAGATAATTATTGAAATAGCCATAATTATTTGAAATGATTCGACAAACAGAT
TCATTTTTTAAATCGCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
AATAAGCTTATATAAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATG
Found at i:13567 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 12944--14786 Score: 1324
Period size: 180 Copynumber: 10.3 Consensus size: 180
12934 GGTCAAAATG
12944 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAA
* * * * *
13009 CAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTT-AAAATAGATAATTATTCAAACAGTCA
66 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAAA-AGATAATTATTCAAATAGTCA
** * * * *
13073 GGACTATTTGAACTTGTTCAAAAAACATATTTATTTCTTAAATCTTTTACTT
130 TAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TTTACTT
* ** * * * * *
13125 ATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTGTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAGAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAA
* * *
13189 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAGAATTTGAAGTAA-ATAATTATTCAAATAGTC
65 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAA-AAAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * * * *
13253 ATAA-GATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTAATTTTTAAATGTTTTACTT
129 ATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAAT-CTTTACTT
* * *
13305 ATTAATTATCTT--TATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTATGAA-TG
1 ATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAACT-
* * * ** * *
13366 GAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAAAAGATAATTATTGAAATA
62 G-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAAAAGATAATTATTCAAATA
* * * * * *
13431 GTCATAATTATTTAAACTTGTTCGACAAACAGATTCATTTTTTAAATGCCTTAATT
126 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAAT-CTTTACTT
* * ** * *
13487 ATTAATTTTTGTAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAGTAAGCTTATATAAACTGAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAA
* * * *
13552 TAATTTTTTTATGACAAAACGAAAGGTCATAATGATTTG-AAAAGATAATTATTCAAATAGTCAT
66 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAAAAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * * *
13616 GACTATTTG-ATTTAGTT-TAGTAAACATATTCATTTTTAAAATTTTTTACTT
131 AACTATTTGAACTT-GTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAA-TCTTTACTT
* ** * * * * *
13667 ATTAAATGGTGAAATATTGATAAATTAGTATTATTTTA-ATCGAATAGGCTTGTATGAA-TGGAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT-GAA
* * * * ** *
13730 ACAATGATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAA-ATAATTGCTAAAATAGTC
65 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAA-AAGATAATTATTCAAATAGTC
* * *
13794 ATAACTATTT-AAGCTTTTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC--T-CTT
129 ATAACTATTTGAA-CTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTT
* * * * * **
13843 ATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAA
* * * * * * *
13908 CATTTGTTTTATGACAAGACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAATGTTCAAATAGTCAT
66 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAAAAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * *
13973 AATTATTTGAAC-TGTTTAGGTAAATAGAATTA-TTTTAAAATC--T-CTT
131 AACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTT
* *
14019 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTT-TGTTCCAAATAAGC-TAGTATGAATT
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTAT-TT-CAAATAAGCTTA-TATGAACT
* * * * * * *
14081 GAAAAAAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGTGATTTGAAATAGATAATTGTTTATA
62 G--AAACAA-TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAAAAGATAATTATTCAAA
* * * * * * * * *
14146 TAGTCTTAAATATTTGAACTAGTTTGGTGAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAATT
124 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTT
** * * * * * **
14204 ATTAATTTTCAAAATAATATTAGATTAGTATT-TTTT-TTTAAAATAAGCTTCTATGAACAAAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAA
* * * * * * * * **** * * *
14267 TAATTGTTGTATGATAGAACAAAAGCTTATAACAATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAAATAGTTA
66 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAAAAGATAATTATTC-AAATAGTCA
* * *
14332 T-A-TATTTGAA-TTAGCTTAG-TAAACAGATTTATTTTTTCAATCTCT--TT
130 TAACTATTTGAACTT-G-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTT
* * * * **
14379 ATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAGGCTTGA-ATGATCAAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-ATATGAACTGAA
* * * * * * * *
14443 ACAATTGTTATATGATC-AAACAAAAGGCCATAAT--TTTTATAAATAAATAATTGTTCATATAA
65 ACAATTATTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGA-AAA-AGATAATTATTCAAATAG
* * * * * * * *
14505 TCGTAATTGTTT-AAATTGCTTTGACAAACAGATTTATTTTTTACATCTCTTAGTT
127 TCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTT
* * * * *
14560 ATTAATTTTTGGAATACTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACTAAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAA
* * * * * *
14625 CAATTATTTTATAATC-GAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC--A-A---A
66 CAATTATTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAAAAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * *
14683 TAA--A----AACTAGTTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
130 TAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTT
* * * * *
14729 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTACTTTATTCCAAATAGGCTTGTATGA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGA
14787 TGAAAAAAAG
Statistics
Matches: 1313, Mismatches: 285, Indels: 140
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 81 0.06
170 4 0.00
175 36 0.03
176 96 0.07
177 168 0.13
178 62 0.05
179 104 0.08
180 311 0.24
181 301 0.23
182 106 0.08
183 11 0.01
184 7 0.01
185 26 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAA
CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAAAAGATAATTATTCAAATAGTCAT
AACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTT
Found at i:14212 original size:717 final size:708
Alignment explanation
Indices: 12953--14684 Score: 1691
Period size: 717 Copynumber: 2.4 Consensus size: 708
12943 GATTAATTTT
* * *
12953 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTT
1 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAGGCTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTT
* * * * * * **
13018 TATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAACAGTCAGGACTATTTG
65 TATAACAAAACAAAAGGTCATAA-AATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-
* ** * * * **
13083 AACTTGTTCAAAAAACATATTTATTTCTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAA
128 AACTTCTTTGAAAAACAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
* ** * *
13148 ATTAATATTATTGTAATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
189 ATTAGTATTATT-T-ATTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGAC-AAACAA
* * *
13212 AAAGTCATAA-GAATTTGAAGTAAATAATTATTCAAATAGTCATAAGATTTGAACTTGTTTGGTA
251 AAGGTCATAATG-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAGATTTGAACTTGTTTGGTA
* * * **
13276 AACAAATTTAATTTTTAAATGTTTTACTTATTAATTATCTTTATATTAATAAATTTGTATTATTT
315 AACAAATTTAATTTTTAAA-GATCTACTTATTAATTATCTTAATATTAATAAATTCATATTATTT
* * *
13341 TATTCAAAATAAGCTTGTATGAATGGAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAA
379 TATTCAAAATAAGCTAGTATGAATGAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAA
* * *
13406 TTTCAAAAAGATAATTATTGAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCGACAAACAGATTCATTT
444 TTTCAAAAAGATAATTATTGAAATAGTCATAAATATTTAAACTAGTTCGACAAACAAATTCATTT
*** * ** *
13471 TTTAAATGCCTTAATTATTAATTTTTGTAATATTAATA-ACTTAGTATTATTTTATTTTGAGTAA
509 TTTAAATGCCTTAATTATTAATTTTCAAAATAATAATAGA-TTAGTATT-TTTT-TTTAAAATAA
** * * * * ** *
13535 GCTTATATAAACTGAAATAATTTTTTTATGACAAAACGAAAGGTCATAATGATTTGAA-AAGATA
571 GCTTATATAAACAAAAATAATTGTTGTATGACAAAACAAAAGCTCATAACAATTTGAAGAAGACA
* * * * *
13599 ATTATTC-AAATAGTCATGACTATTTGATTTAGTTTAGTAAACATATTCATTTTTAAAATTTTTT
636 ATTATTCAAAATAGTCAT-A-TATTTGAATTAGCTTAGTAAACAGATTCATTTTTAAAA-TCTCT
13663 ACTTATTAAATGG
698 --TTATTAAATGG
* *
13676 TGAAATATTGATAAATTAGTATTATTTTA-ATCGAATAGGCTTGTATGAATGGAAACAA-TGATT
1 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAGGCTTGTATGAAT-GAAACAATTG-TT
* * * *
13739 TTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTAAAATAGTCATAACTATTT
64 TTATAACAAAACAAAAGGTCATAA-AATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * *
13804 AAGCTTTTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATT
128 AA-CTTCTTTGAAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* * * *
13869 AGTATTACTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAGACAAAAGG
192 AGTATTA-TTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAA-ACAAAAGG
* * * *
13934 TCATAATGATTTGAAATAGATAAATGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TGTTTAGGTAAAT
255 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-GATTTGAACTTGTTT-GGTAAAC
*
13998 AGAA-TT-A-TTTTAAA-ATCT-CTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTCATTTTATTTT
318 A-AATTTAATTTTTAAAGATCTACTTATTAATTATCTT--AATATTAATAAATTCATATTA-TTT
* * * *
14056 TGTTCCAAATAAGCTAGTATGAATTGAAAAAAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGT
379 TATTCAAAATAAGCTAGTATGAA-TGAAAAAAAA-TCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGC
* * * * * * * * * *** *
14121 GATTTGAAATAGATAATTGTTTATATAGTCTTAAATATTTGAACTAGTTTGGTGAACAAATTTAT
442 AATTTCAAAAAGATAATTATTGAAATAGTCATAAATATTTAAACTAGTTCGACAAACAAATTCAT
* *
14186 TTTTT-AATTCTCTTAATTATTAATTTTCAAAATAATATTAGATTAGTATTTTTTTTTAAAATAA
507 TTTTTAAATGC-CTTAATTATTAATTTTCAAAATAATAATAGATTAGTATTTTTTTTTAAAATAA
* * * * * ***
14250 GCTTCTATGAACAAAAATAATTGTTGTATGATAGAACAAAAGCTTATAACAATTTGAAGTTTACA
571 GCTTATATAAACAAAAATAATTGTTGTATGACAAAACAAAAGCTCATAACAATTTGAAGAAGACA
* * * **
14315 ATTGTTCAAAATAGTTATATATTTGAATTAGCTTAGTAAACAGATTTATTTTTTCAATCTCTTTA
636 ATTATTCAAAATAGTCATATATTTGAATTAGCTTAGTAAACAGATTCATTTTTAAAATCTCTTTA
* **
14380 TTAATTTT
701 TTAAATGG
* * *
14388 TGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAGGCTTGAATG-ATCAAAAACAATTGTT
1 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAGGCTTGTATGAAT--GAAACAATTGTT
* * * ** * * * * *
14452 ATATGATC-AAACAAAAGGCCATAATTTTTATAAATAAATAATTGTTCATATAATCGTAATTGTT
64 TTAT-AACAAAACAAAAGGTCATAAAATTTA-AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * *
14516 TAAATTGCTTTGACAAACAGATTTATTTTTTACATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATACTATT
127 TAACTT-CTTTGAAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * *
14581 AAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTATTTTATAATCGAATA
187 AAATTAGTATTA-TTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGA-CAAACA
*
14646 AAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
250 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
14685 AAAACTAGTT
Statistics
Matches: 825, Mismatches: 154, Indels: 66
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
712 44 0.05
713 98 0.12
714 34 0.04
715 109 0.13
716 26 0.03
717 242 0.29
718 114 0.14
719 21 0.03
720 2 0.00
721 5 0.01
722 102 0.12
723 28 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (708 bp):
TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAGGCTTGTATGAATGAAACAATTGTTTT
ATAACAAAACAAAAGGTCATAAAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAC
TTCTTTGAAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
TTATTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAACAAAAGGTCATAA
TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTAA
TTTTTAAAGATCTACTTATTAATTATCTTAATATTAATAAATTCATATTATTTTATTCAAAATAA
GCTAGTATGAATGAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTCAAAAAGAT
AATTATTGAAATAGTCATAAATATTTAAACTAGTTCGACAAACAAATTCATTTTTTAAATGCCTT
AATTATTAATTTTCAAAATAATAATAGATTAGTATTTTTTTTTAAAATAAGCTTATATAAACAAA
AATAATTGTTGTATGACAAAACAAAAGCTCATAACAATTTGAAGAAGACAATTATTCAAAATAGT
CATATATTTGAATTAGCTTAGTAAACAGATTCATTTTTAAAATCTCTTTATTAAATGG
Found at i:15718 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 14907--16592 Score: 1227
Period size: 182 Copynumber: 9.4 Consensus size: 180
14897 TAACAAAACA
* * * *
14907 AAAT-GTCATGACTATTTGATCTAGTTTGGTAAACA-ATTTATTTTTTTAAAT-T-TTGCTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* ** * * * * **
14968 AATTGTCAAAATATTAATAGAA-TAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAATT
64 AATTTTTGAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * * * ** * *
15032 ATTGCTTTGTAATAGAACAAAAAATCATAACAATTTGAAACAAATAATTGCTT-
128 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTG-TTC
* * *
15085 AAATAGTCATAACTTTTTGAACTAGTTTGATAAAAAGATTTTATTTTTTAAA--TC-TA-TTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAG-TAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * * * * *
15146 AATTTTTGAAATATAAATAGATTAGTATTATTTTATTCTAAACAAACTTATATGAATAAAAAACA
64 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACA
* * * *
15211 TTTGTTTTATGACAAAACAAGAGGTCATAGCAATTTGAAATAAATAATTGTTC
128 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTC
* * * *
15264 AAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTAGGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTA-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * * *
15329 ATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCTAAATAAGCTAGTATGAAGT-GAAAAA
65 ATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACA
* *
15392 ATTGTTTTATGACAAAACAAAA----AT---GATTTTAAATAGATAATTGTTC
128 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTC
* * * * * * *
15438 ATATAGTCTTAACTATTTGTACTAGTTTGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
** * * *
15503 ATTTTTGAAATATTTTTATATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAAT
65 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* * * * *
15568 TGTTTTATGATAGAACAAAAGGGT-ATAACGATTTGAACTATACAATTGTTC
130 TGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTC
* *
15619 AAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTCTAGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT-TAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * * * *
15684 AATTTTTGAAAGATTAATAAATTACTACTATTTTATTTTGAATAAACATATATG-ATCAAAAACA
64 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACA
* * * * * * * ** *
15748 GTTGTTATATGACCAAATAAAATGTAATAATGATTTGAAATGGATAATTGTTG
128 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTC
* * * * * * * * *
15801 AAATGGCCATAATTATTTAAACTAATTCGGTAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* **
15866 A-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTTT-AACTAAGCTTGTATGAATTCAAACAA
65 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA-TAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
* * * * * * * *
15929 TTATTTTATGACAAAACAAAATGTCAAAATGATTTTAAATAGACAATTATTC
129 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTC
* * * * * *
15981 TAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCAATAAACAAATTTA--TTTTAAA-CTTTTACTTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * * * * * *
16043 ATTTTTGAATTATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATACGTTTTTATGAATTGAAACAAA
65 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* * * * *
16108 TGTTTTATGTCAAAATAAATGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTC
130 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTC
* * * * * *
16159 AAATAGTCATCACTATTTAAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTCAAATCAT-TTCCTTTT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAG-TAAACAGATTTATTTTTT-AAATC-TCTTACTTAT
* * * *** * *
16223 TAGTTTTTTG-AATGTTAATAAACTTAG-ATTCTTTTATTCCAAATAAGCTTGGAAG-ATATGAA
63 TA-ATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATA-GAA
* * * * * * *
16285 ACAAATATTTTATGACTAAGA-AAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTC
125 ACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTC
* ** ** * * ** * * *
16341 TAATAGTTTTAACTATTCAAATTGACTGGGCAAACACATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * **** * * * *
16405 AATTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTT-TAACCAAATAAGTTTTTA-CAATTGGAAACA
65 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACA
* * * * ** *
16468 ATTGTTTTATGACAAAAC-ATAGATCTTAACAATTTGGGATTAATAATTGTTC
128 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTC
* * * * *
16520 AAATAGTCATAACTATTTAAATTGGTTTAGTAAACATATTAATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
16581 ATTTTTGAAATA
65 ATTTTTGAAATA
16593 AATCAAATAA
Statistics
Matches: 1195, Mismatches: 259, Indels: 110
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
173 2 0.00
174 142 0.12
176 18 0.02
177 16 0.01
178 208 0.17
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180 201 0.17
181 118 0.10
182 302 0.25
183 18 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT
GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTC
Found at i:16176 original size:540 final size:535
Alignment explanation
Indices: 14976--16212 Score: 1302
Period size: 540 Copynumber: 2.3 Consensus size: 535
14966 TTAATTGTCA
* * * * * * ** * *
14976 AAATATTAATAGAA-TAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAATTATTGCTTT
1 AAATATTAAGA-AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAAATGTTTT
* * ** * * *
15040 GTAATAGAACAAAA-AATCATAACAATTTGAAACAAATAATTGCTT-AAATAGTCATAACTTTTT
65 ATGATAGAACAAAAGGGT-ATAACGATTTGAAATAAATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTT
* * *
15103 GAACTAGTTTGATAAAAAGATTT-TATTTTTTAAA--TCTATTATTAATTTTTGAAATATAAATA
128 AAACTAGTTAGATAAAAAGATTTAT-TTTTTTAAATCTCTATTATTAATTTTTGAAAGATAAATA
* * * * * *
15165 GATTAGTATTATTTTATTCTAAACAAACTTATATGAATAAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACA
192 AATTACTACTATTTTATTCTAAACAAACATATATGAATAAAAAACAGTTGTTATATGACAAAACA
* * * * * **
15230 AGAGGTCATAGCAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTAGGT
257 AAAGGTAATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTAAACTAATTAGGT
* * *
15295 AAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATTTTATT
322 AAACAGAATTACTTTTTAAATCACTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATATTATT
* *
15360 TTATTCTAAATAAGCTAGTATGAAGTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAATGATTTTAAA
387 TTATTCTAAATAAGCTAGTATGAAGTCAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAATGATTTTAAA
* * * * **
15425 TAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGTACTAGTTTGACAAACAAATTTATTTTTTAAAT
452 TAGACAATTATTCATATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAACAAACAAATTTA-TTTTTAAAT
15490 CTCTTAATTATTAATTTTTG
516 CTCTTAATTATTAATTTTTG
*** * * *
15510 AAATATTTTTATATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTA
1 AAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAAATGTTTTA
* * *
15575 TGATAGAACAAAAGGGTATAACGATTTGAACTATACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA
66 TGATAGAACAAAAGGGTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA
* *
15640 CTAGTCTAG-TAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAA
131 CTAGT-TAGATAAAAAGATTTATTTTTTTAAATCTC-TA-TTATTAATTTTTGAAAGATAAATAA
* * * * * *
15704 ATTACTACTATTTTATTTTGAATAAACATATATG-ATCAAAAACAGTTGTTATATGACCAAATAA
193 ATTACTACTATTTTATTCTAAACAAACATATATGAATAAAAAACAGTTGTTATATGACAAAACAA
* ** ** * * *
15768 AATGTAATAATGATTTGAAATGGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTAAACTAATTCGGTA
258 AAGGTAATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTAAACTAATTAGGTA
*
15833 AACAG-ATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTAT
323 AACAGAATT-ACTTTTTAAATCACTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TATTAT
* * * * * *
15895 TTTGTTTTAACTAAGCTTGTATGAATTCAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCAAAATG
386 TTTATTCTAAATAAGCTAGTATGAAGTCAAAAAATTATTTTATGACAAAAC---A----AAAATG
* * *
15960 ATTTTAAATAGACAATTATTC-TAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCAATAAACAAATTTA-
444 ATTTTAAATAGACAATTATTCAT-ATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAACAAACAAATTTAT
* *
16023 TTTTAAA-CTTTTACTTATTAATTTTTG
508 TTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTG
* * * * * **
16050 AATTATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATACGTTTTTATGAATTGAAACAAATGTTTTA
1 AAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAAATGTTTTA
* * * *
16115 TG-TCA-AA-ATAAATGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATCACTATTT
66 TGAT-AGAACA-AAAGGGT-ATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * *
16177 AAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTCAAATC
128 AAACTAGTTAGATAAAAAGATTTATTTTTTTAAATC
16213 ATTTCCTTTT
Statistics
Matches: 581, Mismatches: 99, Indels: 40
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
533 3 0.01
534 126 0.22
535 5 0.01
536 73 0.13
537 104 0.18
538 51 0.09
539 12 0.02
540 141 0.24
541 7 0.01
542 1 0.00
543 58 0.10
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (535 bp):
AAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAAATGTTTTA
TGATAGAACAAAAGGGTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA
CTAGTTAGATAAAAAGATTTATTTTTTTAAATCTCTATTATTAATTTTTGAAAGATAAATAAATT
ACTACTATTTTATTCTAAACAAACATATATGAATAAAAAACAGTTGTTATATGACAAAACAAAAG
GTAATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTAAACTAATTAGGTAAAC
AGAATTACTTTTTAAATCACTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATATTATTTTAT
TCTAAATAAGCTAGTATGAAGTCAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAATGATTTTAAATAGA
CAATTATTCATATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAACAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTT
AATTATTAATTTTTG
Found at i:16326 original size:540 final size:531
Alignment explanation
Indices: 14976--16437 Score: 1258
Period size: 540 Copynumber: 2.7 Consensus size: 531
14966 TTAATTGTCA
* * * * * * ** * *
14976 AAATATTAATAGAA-TAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAATTATTGCTTT
1 AAATATTAAGA-AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAAATGTTTT
* * ** * * * *
15040 GTAATAGAACAAAA-AATCATAACAATTTGAAACAAATAATTGCTT-AAATAGTCATAACTTTTT
65 ATGATAGAACAAAAGGGT-ATAACGATTTGAAATAAACAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * *
15103 GAACTAGTTTGA-TAAAAAGATTTTATTTTTT-AAA--TC-TA-TTATTAATTTTTGAAATATAA
128 AAACTAG-TCGAGTAAACAGA-TTTATTTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTA
* * * * * * * * ** *
15162 ATAGATTA-GTATTATTTTATTCTAAACAAACTTATATGAATAAAAAACATTTGTTTTATGACAA
191 ATAAATTACG-ACTATTTTATTCCAAATAAACATAGAAG-ATCAAAAACAAATATTTTATGACAA
* * * **
15226 AACAAGAGGTCATAGCAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTT
254 AA-AA-AGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTAATT
* *
15291 AGGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TT
317 AGGTAAACAG-ATTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATT-AGTA
* *
15355 TTATTTTATTCTAAATAAGCTAGTATGAAGTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAATGATT
378 TTATTTTATTCTAAATAAGCTAGTATGAAGTCAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAATGATT
* * * * **
15420 TTAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGTACTAGTTTGACAAACAAATTTATTTTT
443 TTAAATAGACAATTATTCATATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAACAAACAAATTTA-TTTT
15485 TAAATCTCTTAATTATTAATTTTTG
507 TAAATCTCTTAATTATTAATTTTTG
*** * * *
15510 AAATATTTTTATATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTA
1 AAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAAATGTTTTA
* *
15575 TGATAGAACAAAAGGGTATAACGATTTGAACTATACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA
66 TGATAGAACAAAAGGGTATAACGATTTGAAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA
* * *
15640 CTAGTCTAGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAA
131 CTAGTCGAGTAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAA
* *** * * ** * *
15705 TTACTACTATTTTATTTTGAATAAACATATATGATCAAAAACAGTTGTTATATGACCAAATAAAA
196 TTACGACTATTTTATTCCAAATAAACATAGAAGATCAAAAACAAATATTTTATGA-CAAA-AAAA
* * ** * * * * *
15770 TGTAATAATGATTTGAAATGGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTAAACTAATTCGGTAAA
259 GGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTAATTAGGTAAA
* *
15835 CAGATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTGT
324 CAGATT-A-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * *
15900 TTTAACTAAGCTTGTATGAATTCAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCAAAATGATTTT
387 TCTAAATAAGCTAGTATGAAGTCAAAAAATTATTTTATGACAAAAC---A----AAAATGATTTT
* * *
15965 AAATAGACAATTATTC-TAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCAATAAACAAATTTA-TTTTA
445 AAATAGACAATTATTCAT-ATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAACAAACAAATTTATTTTTA
* *
16028 AA-CTTTTACTTATTAATTTTTG
509 AATCTCTTAATTATTAATTTTTG
* * * * * **
16050 AATTATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATACGTTTTTATGAATTGAAACAAATGTTTTA
1 AAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAAATGTTTTA
* * * * *
16115 TG-TCA-AA-ATAAATGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATCACTATTT
66 TGAT-AGAACA-AAAGGGT-ATAACGATTTGAAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * *
16177 AAACTTGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTCAAATCAT-TTCCTTTTTAGTTTTTTGAATG-TT
128 AAACTAG-TCGAGTAAACAGATTTATTTTTTCAAATC-TCTTACTTATTA-ATTTTTGAAAGATT
* * * * * *
16239 AATAAACTTA-GATTCTTTTATTCCAAATAAGCTTGGAAGAT-ATGAAACAAATATTTTATGACT
190 AATAAA-TTACGACTATTTTATTCCAAATAAACATAGAAGATCA-AAAACAAATATTTTATGAC-
* * * ** * * * * *
16302 AAGAAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTCAAATTGAC
252 AA-AAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTAAT
* * * * * *
16367 TGGGCAAACACATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAAATTTTGAAATATTATTAGATTAGTAT
316 TAGGTAAACAGA-TTATTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
16432 TATTTT
379 TATTTT
16438 TAACCAAATA
Statistics
Matches: 752, Mismatches: 142, Indels: 62
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
533 15 0.02
534 116 0.15
535 2 0.00
536 73 0.10
537 98 0.13
538 56 0.07
539 32 0.04
540 275 0.37
541 26 0.03
542 1 0.00
543 58 0.08
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (531 bp):
AAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAAATGTTTTA
TGATAGAACAAAAGGGTATAACGATTTGAAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA
CTAGTCGAGTAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAA
TTACGACTATTTTATTCCAAATAAACATAGAAGATCAAAAACAAATATTTTATGACAAAAAAAGG
TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTAATTAGGTAAACA
GATTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA
AATAAGCTAGTATGAAGTCAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAATGATTTTAAATAGACAAT
TATTCATATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAACAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTAATT
ATTAATTTTTG
Found at i:17030 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 16598--19035 Score: 1457
Period size: 182 Copynumber: 13.6 Consensus size: 179
16588 AAATAAATCA
* * * *
16598 AATAAGATTGTATG-ATAAAAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAA
1 AATAAGCTTGTATGAAT-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAAAACGATTTGAAA
** * * * * *
16661 TAGATAATCATTCAAATTG-CTATAATTATTTTAACTAAT-TTGA-TAAACTGATTTATTTTTT-
65 TAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACT--TGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTA
* * * *
16722 AA-GTTT-CTTATT-ATTTTAGTAAGTATTAATAAATT-GATATTATTTTA-ATCC
127 AATCTTTACTTATTAATTTT--TAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTCG
* * * * * * * * * * *
16773 ATTTAA-CTTGTATTAACTGAAACAAATGTTTTATGACAAATCATAAGGCTATAACAATTTTAAA
1 A-ATAAGCTTGTATGAATTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAAAACGATTTGAAA
* * * *
16837 TTGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTTAAA
65 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAA
* * * *
16902 TCTATTTCTTATTAATTTTATAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTGTCTT-G
129 TCT-TTACTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCG
* * * * * * *
16955 AATAAGCTTGTTTGAATTGAAACAATTGTTTTATAACTAAACAAAAGTTTAAAATGATTTCAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAAAACGATTTGAAAT
* * * * * ** * *
17020 AGATAATTGTTCTAATAATCTTAACCATTT-AAATTGATTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAAT
66 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT
* * * *
17084 CTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGCATTATTTTAATTAG
130 C-TTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
* * * * * * *
17136 AATAAGCTCGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTACGACAAAAGAAAAAGGTCATAATGATTTGGAA
1 AATAAGCTTGTATGAATTAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTTAAAACGATTTGAAA
** * * ** **
17200 TAGATAATCATTCATATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCAACAATTAGATTTATTTTTTTAA
65 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAA
* * ** ** * *
17264 TTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGGAATATTATTAAATTTGTATTATTTTATTAT-G
128 ATCT-TTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCG
** * * * * * * *
17318 AATAAAATAGTTTGAA-TAGGACCAATTGTTTGATGACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAA
1 AATAAGCTTGTATGAATTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAAAACGATTTGAAA
* * * * * * * *
17382 TAGATAATTATTCAAATAGTTAAAACTATTTGAAATGGTTTAGTAAACAAATTTACTTTTTAAAT
65 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT
* * * * *
17447 ATCATACTGATTAATTTTTTAAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTGG
130 CT-TTACTTATTAA-TTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
* * * * ** * * * *
17500 AACAAACTTATATTAACAAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAA
1 AATAAGCTTGTATGAATTAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAAAACGATTTGAAA
* * * * * **
17565 TAAATAATTGTTTATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAATGGATTTATTTTTTAAAT
65 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT
* * * * *
17630 CTCTTAGTTATTAGTTTTCAAAATATTACTAAATTAG---TA----CTTT-G
130 CT-TTACTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
* * * * *
17674 AATAAGCTTATAT-AAATAGAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAAA-AATTTGAA
1 AATAAGCTTGTATGAATTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTA-AAACGATTTGAA
* * * * *
17737 ATAGAGAATTGTTCCAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA
64 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAA
* * * *
17802 TC--T-CTTATTAATTCTTGAAATATTAGTAAATTAGCATTATTTTATTTCA
129 TCTTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
* * * * *
17851 AATAAGCTTTTAT--ATTGAAAAGCAATTATTTTATGAGAAAACAAAAGG-TAACAACAATTTAA
1 AATAAGCTTGTATGAATT-AAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAA-AACGATTTGA
* * * * * * * * * * *
17913 AATATATCATTTTTTAAATGGCCATAATTTTTTGAA-ATGATTCAATAAACTGATTTATTTTTTA
63 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTA
* * * *
17977 AATCTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATACA--ACT-TTATTTTATTTTG
127 AATCT-TTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
* * * * * * * *
18029 GATCAGCTTTTATGAACTAAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAAAACGATTTGAAAT
** * * * *
18093 AGATAATTGTTCTATTTAGTCATAACTATTTAAACTGGTT-TGATAAAAAGATTTATTTTTTAAA
66 AGATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAA
* * *
18157 TC--T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTGGCATTATTTTA-TTCG
129 TCTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
* * * * * * * *
18205 AAACAAACTTATATGAATAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACCAAAGGTTATAACGATTTCAAA
1 -AATAAGCTTGTATGAATTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAAAACGATTTGAAA
* * * * * * *
18270 TTGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATTATTAGAAATGGTT-ACGTAAATAGAATTATTTTTTAAA
65 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-GTAAACAGATTTATTTTTTAAA
* * *
18333 TC--T-CTTGTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTA-TTCTA
129 TCTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-G
* * * ** * * *
18382 AATAAGCTAGTATGAATTGAAAA-AATTGTTTTATGGCAAAAGAAAACATCATAATGATTTGAAA
1 AATAAGCTTGTATGAATT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAAAACGATTTGAAA
** * * * ** * * *
18446 TAGATAATTACTCATATAGTCTTAACTATTT-AAATTGGTTTGGCAAACAAATTTAATTTTTAAA
65 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAA
* * * * *
18510 TCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATT-ATCATATTACTATTATTTTATTTCA
129 TCT-TTACTTATTAATTTT-TAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCG
* * * * * * *
18563 AATAAACTTTTATGAA-TATAGATAATTGTTTAATGATAGAACAAAAGGTTTTATTTTTAAAATA
1 AATAAGCTTGTATGAATTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG--------TT--AA-A
* * * * * ** *
18627 ATTGATTTGAAATATACATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATT
54 A-CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATT
* * *
18692 TATTTTTTAAATC-TTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTG
118 TATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
* * * * ** * *
18754 AACAACCTTGTATG-ATAAAAAGCAATTGTTATATGATGAAACAAAA-GATAATAATGATTTGAA
1 AATAAGCTTGTATGAATTAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAA-AACGATTTGAA
* * * * * * * *
18817 ATAGATAATTATTGAGATGGCCATATCTATTTGAGCTTGTTC-GATAAACATATTTATTTTTTTA
64 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTA-TTTTTTA
* * * *
18881 AATCTCTTGCTTATTAAGTTTTTTAATTTTAATAAATTGGTATTATTTTATTTCG
127 AATCT-TTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
* * ** * * * *
18936 AATAAGCCTGTATAAAGCAAAATAATTGTTTTTTGACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAAAACGATTTGAAAT
* ** **
19001 AGATAATTTTTTTAATAGTTTTAACTATTTGAACT
66 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
19036 GGTTTGGCAA
Statistics
Matches: 1746, Mismatches: 409, Indels: 209
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 24 0.01
170 3 0.00
172 2 0.00
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191 69 0.04
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193 59 0.03
194 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
AATAAGCTTGTATGAATTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAAAACGATTTGAAAT
AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC
TTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
Found at i:18177 original size:355 final size:352
Alignment explanation
Indices: 16598--19033 Score: 1345
Period size: 363 Copynumber: 6.8 Consensus size: 352
16588 AAATAAATCA
* * * **
16598 AATAAGATTGTATGATAA-AAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAA
1 AATAAGCTTATATGA-AATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* * * * * ** ** *
16661 TAGATAATCATTCAAATTG-CTATAATTATTTTAACTAATTTGATAAACTGATTTATTTTTTAAG
65 TAGATAATTATTCATATAGTC-ATAACTATTTAAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAA
* * * * * *** *
16725 TTTCTTATT-A-TTTTAGTAAGTATTAATAAATT-GATATTATTTTA-ATCCATTTAACTTGTAT
129 TCTCTTATTAATTTTTA--AAATATTAATAAATTAG-CATTATTTTATTTCAAACAAACTTATA-
* * * * * *
16786 TAACTGAAA-CAAATGTTTTATGACAAATCATAAGGCT-ATAACAATTTTAAAT-TGACAATTGT
190 TAA-TAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TAATAACAATTTAAAATAT-ATAATTGT
* * * * * * * *
16848 TCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACATATTTATTTTTTTAAATCTATTTCTT
252 TTAAATAGTCATAATTATTTGAA-ATGATTCAGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTT
* *
16912 ATTAA-TTTTATAAATGTTAATAAATTAGTATTAATT-TGTCTTG
315 ATTAACTTTT-GAAATATTAATAAATT--TATT--TTAT-T-TTG
* * * * * * * * * ** *
16955 AATAAGCTTGTTTGAATTGAAACAATTGTTTTATAACTAAACAAAAGTTTAAAATGATTTCAAAT
1 AATAAGCTTATATGAAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * * * * * * *
17020 AGATAATTGTTC-TAATAATCTTAACCATTTAAATTGATTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAAT
66 AGATAATTATTCAT-ATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * * * * **
17084 CTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGCATTATTTTAATT-AGAATAAGCTCGTA
130 C---T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCA-AACAAACTTATA
* * * ** ** * **
17148 TGAATAAAA-CAATTGTTTTACGACAAAAGAAAAAGGTCATAATGATTTGGAATAGATAATCATT
190 T-AATAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTAATAACAATTTAAAATATATAATTGTT
* * * * * * ** * * * **
17212 CATATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCAACAATTAGATTTATTTTTTTAATTTTCTTGGTTAT
253 TAAATAGTCATAATTATTTGAAATGATTCAGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * *
17277 TAAGTTTTGGAATATTATTAAATTTGTATTATTTTATTATG
317 TAACTTTTGAAATATTAATAAA----T-TTATTTTATTTTG
** * * * * * * *
17318 AATAA-AATAGTTTG-AATAGGACCAATTGTTTGATGACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAA
1 AATAAGCTTA-TATGAAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * * *
17381 ATAGATAATTATTCAAATAGTTAAAACTATTTGAAA-TGGTTT-AGTAAACAAATTTACTTTTTA
64 ATAGATAATTATTCATATAGTCATAACTATTT-AAACTGGTTTGA-TAAACAAATTTA-TTTTTT
* * * **
17444 AATATCATACTGATTAATTTTTTAAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTGGAACAAACTT
126 AA-ATC-T-CTTATTAA-TTTTTAAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCAAACAAACTT
* * * * *
17509 ATATTAACAAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAAATAATT
187 ATA-TAA-TAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTAAAATATATAATT
* * * * * *
17574 GTTTATATAGTCTTAACTATTTGAACT-AGTTCAGTAAATGGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGT
250 GTTTAAATAGTCATAATTATTTGAAATGA-TTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * * * *
17638 TATT-AGTTTTCAAAATATTACTAAA-TTA--GTACTTTG
314 TATTAACTTTT-GAAATATTAATAAATTTATTTTATTTTG
* * * *
17674 AATAAGCTTATAT-AAATAGAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAAAAATTTGAAA
1 AATAAGCTTATATGAAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* * * * * * *
17738 TAGAGAATTGTTCCA-ATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA
65 TAGATAATTATT-CATATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAA
* * * * * * *
17802 TCTCTTATTAATTCTTGAAATATTAGTAAATTAGCATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATATT
129 TCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATAAT
* * * * *
17867 GAAAAGCAATTATTTTATGAGAAAACAAAAGGTAACAACAATTTAAAATATATCATTTTTTAAAT
194 -AAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTAAAATATATAATTGTTTAAAT
* * * *
17932 GGCCATAATTTTTTGAAATGATTCAATAAACT-GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACT
258 AGTCATAATTATTTGAAATGATTCAGTAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACT
17996 TTTGAAATATTAATACAACTTTATTTTATTTTG
322 TTTGAAATATTAATA-AA-TTTATTTTATTTTG
* * * * *
18029 GATCAGCTTTTATGAACTAAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAAT
1 AATAAGCTTATATGAAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* *
18093 AGATAATTGTTCTATTTAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTGATAAA-AAGATTTATTTTTTAAA
66 AGATAATTATTC-ATATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTGATAAACAA-ATTTATTTTTTAAA
* * *
18157 TCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTGGCATTATTTTA-TTCGAAACAAACTTATATGA
129 TCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTC-AAACAAACTTATAT-A
* * * * * * *
18221 ATAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACCAAAGGTTATAACGATTTCAAAT-TGATAATTGTTCAA
192 ATAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTAAAATAT-ATAATTGTTTAA
* * * *
18285 ATAGTCA-AATTATTAGAAATGGTT-ACGTAAATAGAATTATTTTTTAAA--TC-T-CTTGTTAA
256 ATAGTCATAATTATTTGAAATGATTCA-GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* *
18344 TTTTTGAAATATTAATAAATTTATTTTATTTTATTCTA
320 CTTTTGAAATATTAATAAATTTATTTTA---T-TT-TG
* * * ** **
18382 AATAAGC-TAGTATGAATTGAAAA-AATTGTTTTATGGCAAAAGAAAACATCATAATGATTTGAA
1 AATAAGCTTA-TATGAAAT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * * ** *
18445 ATAGATAATTACTCATATAGTCTTAACTATTTAAATTGGTTTGGCAAACAAATTTAATTTTTAAA
64 ATAGATAATTATTCATATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAA
* * * *
18510 TCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATT-ATCATATTA-CTATTATTTTATTTCAAATAAACTTT
129 TCTC----TTATTAATTTTTAAAATATTAAT-AAATTAGC-ATTATTTTATTTCAAACAAACTTA
* * * * * *
18573 TATGAAT-ATAGATAATTGTTTAATGATAGAACAAAAGGTTTTATTTTTAA-AATAATTGATTTG
188 TAT-AATAAAAG-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG---TA---ATAACAAT--TT-A----
* * * * * * **
18636 AAATATACATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTA
238 AAATATATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAAATGATTCAGTAAATAGATTTATTTTTTA
* *
18701 AA--TCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTG
303 AATCTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAAT-AA--A-T-TTATTTTATTTTG
* * * * * ** * * **
18754 AACAACCTTGTATGATAA-AAAGCAATTGTTATATGATGAAACAAAAGATAATAATGATTTGAAA
1 AATAAGCTTATATGA-AATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* * * * * * * * * *
18818 TAGATAATTATTGAGATGGCCATATCTATTTGAGCTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTTAAA
65 TAGATAATTATTCATATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTGATAAACAAATTTA-TTTTTTAAA
* * * * * * *
18883 TCTCTTGCTTATTAAGTTTTT-TAATTTTAATAAATTGGTATTATTTTATTTCGAATAAGCCTGT
129 --TC-T-CTTATTAA-TTTTTAAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCAAACAA-ACT-T
* * * * * * * * * *
18947 ATA-AAGCAAAA-TAATTGTTTTTTGACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTT
187 ATATAA-TAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTAAAATATATAATTG
* ** *
19010 TTTTAATAGTTTTAACTATTTGAA
251 TTTAAATAGTCATAATTATTTGAA
19034 CTGGTTTGGC
Statistics
Matches: 1624, Mismatches: 337, Indels: 232
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
348 9 0.01
349 2 0.00
350 137 0.08
351 51 0.03
352 12 0.01
353 71 0.04
354 127 0.08
355 179 0.11
356 107 0.07
357 92 0.06
358 83 0.05
359 1 0.00
360 1 0.00
361 30 0.02
362 58 0.04
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364 94 0.06
365 71 0.04
366 24 0.01
367 3 0.00
368 3 0.00
369 21 0.01
370 39 0.02
371 4 0.00
372 107 0.07
373 71 0.04
374 9 0.01
375 8 0.00
376 2 0.00
377 9 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (352 bp):
AATAAGCTTATATGAAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
AGATAATTATTCATATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATC
TCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATAATAA
AAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTAAAATATATAATTGTTTAAATAGT
CATAATTATTTGAAATGATTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTG
AAATATTAATAAATTTATTTTATTTTG
Found at i:19605 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 19061--20264 Score: 992
Period size: 181 Copynumber: 6.7 Consensus size: 179
19051 ATTTATTTTT
* * * * * * * * *
19061 TATTATTAAATTAGCATTATCTTAATCCGAATAAGCTTATATGAAAAGAAACAATTGTTCTATTA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * *
19126 CAAAA-TAAAGATCATAATGATTTGAGATATATAATTGTTCAAA-AAGTCATAACTATTTGAAC-
66 CAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAA-TCATAACTATTTGAACT
* * * **
19188 TAGTTCGGTAAACAAATTTAGTTTTCAAT-AC-T-CTTATTAATTTTTAAAA
129 TA-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAA
* * * *** * * *
19237 TGTTAATGAATCAGTATTATTTT-ATTTTGATAA-TTCTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTACG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCT-TGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
* * * ** * *
19300 ACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTTTTTCAAATGGA-CATGACTATTTAAA
65 ACAAAACAAAAGGTCAT-AATATTTGAAATAAATAA-TTGTTCAAA-CAATCATAACTATTTGAA
* * * * *
19364 CTTATTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAA
127 CTTATTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAA
* * *
19418 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* * *
19483 CAAAATAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAA-TATTCAAACAATCATAACTATTT-AAGCT
66 CAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAA-CT
* * * * * * *
19546 TGTTCAGCAAACAGATTCATATTTTAAATCCCTTACTCATTAATTTTTGGAA
129 TATTCGGTAAACAAATTTAT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAA
* ** ** * * ** **
19598 TATTAATAAATTAGAATTATTTTTTTTTGAATAAGCCTATATGAATTGGTACAATTGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * ** * * * *
19663 CGAAACAAAAGGTCATAATGATCTGAAATAGATAATTATTCAAGTAGTTATGACTATTAGAACTT
66 CAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAACTT
* * *
19728 GTTCGGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAA---TTGGCAAA
130 ATTCGGTAAACAAATTTATTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGG--AA
* * * *
19778 AAGTTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTCGTATGAACA-AAACAATAGTTTTATG
1 TA-TTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
19842 ATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
65 ACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAACT
* * * *
19907 TATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTAATTAGTTGTCT-GAA
129 TATTCGGTAAACAAATTTA-TTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGGAA
* * * * * *
19960 TATTAATAAATTTGTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATGAATA-AAAAAATTATTTTATAA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* * *
20024 CAAAACAAAAGGTTATAGCA-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAGAATCATAACTATTTGAACT
66 CAAAACAAAAGGTCATA--ATATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAACT
* * * *
20088 TAATCGATAAACAGATTTAGTTTTTCAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAA
129 TATTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAA
* * * * *
20140 TATTAATAAATTAG-ATT-TGTGTT-ATTCTAAGTTAGCTTGTACGAACAAAAACAATTGTTTTG
1 TATTAATAAATTAGTATTAT-T-TTAATTC-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTA
* * * * * * *
20202 TAACAAAACAAAAGGTTATAACACTTTAAAATAAATAATTGTTCAAACAGTTATATCTATTTG
63 TGACAAAACAAAAGGTCATAATA-TTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTG
20265 TACTGAAAAC
Statistics
Matches: 827, Mismatches: 163, Indels: 71
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 1 0.00
175 33 0.04
176 38 0.05
177 38 0.05
178 14 0.02
179 17 0.02
180 283 0.34
181 335 0.41
182 64 0.08
183 2 0.00
184 1 0.00
185 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (179 bp):
TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
CAAAACAAAAGGTCATAATATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAACTTA
TTCGGTAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAA
Found at i:19747 original size:361 final size:359
Alignment explanation
Indices: 19061--20264 Score: 1136
Period size: 361 Copynumber: 3.3 Consensus size: 359
19051 ATTTATTTTT
* * * * * * * * *
19061 TATTATTAAATTAGCATTATCTTAATCCGAATAAGCTTATATGAAAAGAAACAATTGTTCTATTA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* * *
19126 CAAAA-TAAAGATCATAATGATTTGAGATATATAATTGTTCAAA-AAGTCATAACTATTTGAACT
66 CAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAA-TCATAACTATTTGAACT
* * * * * * *
19189 AGTTCGGTAAACAAATT-TAGTTTTCAAT-AC-T-CTTATTAATTTTTAAAATGTTAATGAATCA
130 TGTTCGGTAAACAAATTATA-TTTTAAATCACTTACTAATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTA
* ** * *
19250 GTATTATTTTATTTTG-ATAATTCTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGT
193 GTATTATTTTTTTTTGAATAAGCCTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * *
19314 CATAAAGATTTGAAATAGATAATTTTTTCAAATGGACATGACTATTTA-AACTTATTTGGTAAAC
257 CATAAAGATTTGAAATAGATAA-TTATTCAAGTAGTCATGACTA-TTAGAACTTATTCGGTAAAC
* *
19378 ATATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAA
320 ATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA
* * *
19418 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* *
19483 CAAAATAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAA-TATTCAAACAATCATAACTATTT-AAGC
66 CAAAACAAAAGATCATAA-TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAA-C
* * * * *
19545 TTGTTCAGCAAACAGATTCATATTTTAAATCCCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT
129 TTGTTCGGTAAACAAATT-ATATTTTAAATCACTTACTAATTAATTTTT-GAATATTAATAAATT
* * *** *
19610 AGAATTATTTTTTTTTGAATAAGCCTATATGAATTGGTACAATTGTTTTATGACGAAACAAAAGG
192 AGTATTATTTTTTTTTGAATAAGCCTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * *
19675 TCATAATGATCTGAAATAGATAATTATTCAAGTAGTTATGACTATTAGAACTTGTTCGGTAAACA
256 TCATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTCAAGTAGTCATGACTATTAGAACTTATTCGGTAAACA
* * ***
19740 TATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGGCA-AA
321 TATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA
* * * *
19778 AAGTTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTCGTATGAACA-AAACAATAGTTTTATG
1 TA-TTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
* * * *
19842 ATAAAACAAAA-AGTCATAATGATTTGAAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
65 ACAAAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAAC
* * ** * *
19906 TTATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTAATTAGTTGTCTGAATATTAATAAAT
129 TTGTTCGGTAAACAAA-TTATATTTT-AAATCACTTACTAATTAATT-TTTGAATATTAATAAAT
* ** * * * *
19971 TTGTATTA-TTTTAATTGAAATAAGCTTGTATGAATAAAAAAATTATTTTATAACAAAACAAAAG
191 TAGTATTATTTTTTTTTG-AATAAGCCTGTATGAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * *
20035 GTTATAGCA-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAG-AATCATAACTATTTGAACTTAATCGATAA
255 GTCATA-AAGATTTGAAATAGATAATTATTC-AAGTAGTCATGACTATTAGAACTTATTCGGTAA
* * * *
20098 ACAGATTTAGTTTTTCAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAA
318 ACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA
* * * * *
20140 TATTAATAAATTAG-ATT-TGTGTT-ATTCTAAGTTAGCTTGTACGAACAAAAACAATTGTTTTG
1 TATTAATAAATTAGTATTAT-T-TTAATTC-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTA
* * * * * * * *
20202 TAACAAAACAAAAGGTTATAA-CACTTTAAAATAAATAATTGTTCAAACAGTTATATCTATTTG
63 TGACAAAACAAAAGATCATAATGA-TTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTG
20265 TACTGAAAAC
Statistics
Matches: 688, Mismatches: 130, Indels: 53
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
356 2 0.00
357 93 0.14
358 33 0.05
359 7 0.01
360 59 0.09
361 312 0.45
362 180 0.26
363 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (359 bp):
TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
CAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAACTT
GTTCGGTAAACAAATTATATTTTAAATCACTTACTAATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTA
TTATTTTTTTTTGAATAAGCCTGTATGAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
AAGATTTGAAATAGATAATTATTCAAGTAGTCATGACTATTAGAACTTATTCGGTAAACATATTT
ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA
Found at i:22018 original size:182 final size:178
Alignment explanation
Indices: 20400--22615 Score: 881
Period size: 181 Copynumber: 12.3 Consensus size: 178
20390 TTAGTTTTCA
* * * * * * * *
20400 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCAAAACAAACTTATATGAGCAAAAACATTTGTTTCA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTA
* * * * * * * * *
20465 AGATAAAACAAAAGGTCATAACGGTTTGAAATAGATAATTATTTATATAG-CTTTAACTATTTGA
65 TGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATGACTATTTGA
* * * * * * *
20529 ATTGGTTTGATAAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATT-AATTATC
129 ATT-GTTT-AGAAAATAGATTTA-TTTTTAAAACTTTTACTTATTAAATTTTG
* * * * ** * *
20580 ATAATATTATTAGATTAGTATTATTGTGTTCTGAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTATTTT
1 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTT
* * * * *
20645 ATGACAAAACAAAAGGTTA-AAGCGATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
64 ATGACAAAACAAAAAGTCATAA-CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATGACTATTTG
* ** * ** * * ** *
20709 AACTGGTTCGGTAAGCATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTG
128 AA-TTGTTTAGAAAATAGATTTA-TTTTTAAAACTTTTACTTATTAAATTTTG
** *
20762 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-GGAATAGGCTTGTATGATGA-AAAACAATTGTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCCAAATAAGCTTGTATGA--ACAAAACAATTGTTT
* * * * * *
20825 TATAACAAAAC-AAAAGATCATAAAGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAAT-GGCGATAATTATT
63 TATGACAAAACAAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATGACTATT
* * * *** * * *
20888 TGAATTGATTCA-ATGAACT-GATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAATTTTTG
126 TGAATTG-TTTAGA--AAATAGATTTA-TTTTTAAAACTTTTACTTATTAAATTTTG
* * * **** * * **
20943 AAATATTAATAAAATAATAGTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTTTGAATTGAAACAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-CAAAACAATTGTTTTA
* * * * * * * *
21008 TGATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAA-CGTCCATAAATATTTGC
65 TGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-CATGACTATTTG-
** * * * * *
21072 CTCTTGTTT-GATAGACAGATTT-TTTTT-TAACTTTTTGCTTTATT-ATTTTTG
128 -AATTGTTTAGA-AAATAGATTTATTTTTAAAAC-TTTTAC-TTATTAAATTTTG
** * * ** *
21123 -AATATTAA-AATAAGAGTATTATTTTATTTCAAA-AAG-ATGTATGAAACTGGAACAATTTATT
1 AAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATG-AAC-AAAACAA-TTGTT
** * * * * * * *
21184 TTATGATTAAACAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATTGATAAATTATTCTAATAGTCTTAACTATT
62 TTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGAT-AATTGTTCAAATAGTCATGACTATT
* * *
21249 TGAATTGGTTTAAGTTAAACACATTTGATTTCTT-AAA-TTCTTACTTATT-AATTTT-
126 TGAATT-GTTT-AG-AAAATAGATTT-ATTT-TTAAAACTT-TTACTTATTAAATTTTG
* * * * * *
21304 TAAT-TTAA-AATTATTTAGGCAATA-TTTACTT-CGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATGG
1 AAATATTAATAA--A-TTA-GTATTATTTTA-TTCCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAAT--
* * * * * *
21365 TTTTTTAATGACAAAACAAAGA-TCCTAAGGAATT-AAGA-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
58 TGTTTT-ATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATGA
* * * * ** *
21427 CTATTTGAAACTGATTTTATAAACA-A-ATTTGGTTTTT-AAAGTCGT-CTTATTAATTTTTGG
121 CTATTTG-AATTG--TTTAGAAA-ATAGATTT-ATTTTTAAAACTTTTACTTATTAAATTTT-G
* *** ** * *
21487 AAATTATTAATAAATTAGTA-TATTTTTTTTTGAATAATTTTGCATGAA-TAAA-AATTGTTTT-
1 AAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAACAATTGTTTTA
* * * * * * * * *
21548 T-ACCACAAATAAAATGTCATTAAC-AATTCACAT-GAGAATTAGTTTAAAT-GAACATGACTGT
65 TGA-CA-AAACAAAAAGTCA-TAACGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAG-TCATGACTAT
* * * * * * *** * *
21609 TTAAACTTATTCAGTAAAACCAAATTTATTTTT-AATCTCCAAATTATT-AATTTTT
125 TTGAA-TTGTTTAG-AAAA-TAGATTTATTTTTAAAACTTTTACTTATTAAATTTTG
* *
21664 AGAACATTAATAAA-TAGTATTTATTTTATT-CAAATAA-CTTGTATGAAGTAGAAACAATTGTT
1 A-AATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-CA-AAACAATTGTT
* * * * * *
21726 TTAATG-CCAAA-AAAAAGATTATAA-TAATTG-AATAAATAATTGTTTAAATA-TCAT-ACTAT
62 TT-ATGACAAAACAAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATGACTAT
* * * *
21785 TTGAACTCG-CTACGGTACAAGGTAGA-TTATTTTTTAAATCTTCTTACTTATTAAATTTTG
125 TTGAA-TTGTTTA--G-A-AA-ATAGATTTA-TTTTTAAAACTT-TTACTTATTAAATTTTG
* * * *
21845 AAATTTTAATAAATTTAGTATTATTTTATTCCCAAATAAGCTTTTATGAACAAAACCAATGGGTT
1 AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT-CCAAATAAGCTTGTATGAACAAAA-CAATTGTTT
* *
21910 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATGACTATTTG
63 TATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATGACTATTTG
* *
21975 AATGTGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTAAAAGTTTTACTTATTAATTTTTG
128 AAT-TGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTAAAACTTTTACTTATTAAATTTTG
* ** *** * * * *
22027 GAATATTAATAAATTAAAATTATTTTATTTGGAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTG
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTA
* * * * * *
22092 TGATAAAACAAAAAGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCCA-AACTATTTGA
65 TGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-CATGACTATTTG-
* * * * ** * *
22156 ACATT-TTCAGTATATAGATTCTTTTTTTAATTCTTTTACTCATTAATTTTTG
128 A-ATTGTTTAGAAAATAGATT-TATTTTTAAAACTTTTACTTATTAAATTTTG
* * * * * * * * *
22208 GAATAGTAGTAAATTAGTATCATTTTAGTTCGAGCA-AA-CTTATATGAACTGAAATAATTGTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCA-AATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTT
* * * * * * * *
22271 TATTATAAAAGAAAAGGTCATTATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTGATGACTATTTG
63 TATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATGACTATTTG
*
22336 AACTTGTTCTATAAACAT--ATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATT-AATTGTTG
128 AA-TTGTT-TAGAAA-ATAGATTTA-TTTTTAAAA-CTTTTACTTATTAAATT-TTG
* * **
22390 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAGTAGAAACAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTA
* * * * *** * * * * *
22455 TTACAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTGAAATAAATAATTACACATATAGTCGTAACGATTTAAA
65 TGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAA
* * * * *
22520 CTTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTGCCTT-
130 -TTGTTTAGAAAATAGATTTA-TTTTTAAAACTTTTACTTATTAAATT---TTG
* **
22572 -AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTAT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTAT
22616 TTGAAATAGA
Statistics
Matches: 1556, Mismatches: 339, Indels: 281
0.72 0.16 0.13
Matches are distributed among these distances:
174 1 0.00
175 4 0.00
176 33 0.02
177 52 0.03
178 80 0.05
179 106 0.07
180 185 0.12
181 622 0.40
182 246 0.16
183 96 0.06
184 53 0.03
185 46 0.03
186 19 0.01
187 11 0.01
188 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAACAATTGTTTTAT
GACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAAT
TGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTAAAACTTTTACTTATTAAATTTTG
Found at i:22764 original size:317 final size:318
Alignment explanation
Indices: 22296--22932 Score: 811
Period size: 317 Copynumber: 2.0 Consensus size: 318
22286 GGTCATTATG
* * * *
22296 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTGATGACTATTTGAACTTGTTCTATAAACATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCTACAAACATATTTATT
22361 TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATA
66 TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATA
* * * *
22426 AACTTGTATGAGTAGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTGAAATAAAT
131 AACTTATATGACTAGAAACAATTCTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTGAAATAAAT
* * * * *
22491 AATTACACATATAGTCGTAACGATTTAAACTTA-TTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTT
196 AATTACACAAATAATCATAACGATTTAAAC-TAGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTT
* * *
22555 TACTTATTAATTGCCTT-AATATTAATAAATTTGTATTATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGT
260 TACTTATTAATTG-CTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTG-AATAACCTTGT
* * * *
22614 ATTTGAAATAGATAATTGTTCCAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTC-AGCAAATATATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCTA-CAAACATATTTAT
* * * * * *
22678 TTTTT-AAATCTCTTTA-TTATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTATTATTATTTTATTCCCAA
65 TTTTTAAAATCT-TTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAA
* * *
22741 TAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTCTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAATA
129 TAAACTTATATG-ACTAGAAACAATTCTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTGAAATA
** * ** * * * *
22805 AATAATTATTCAAATAATCATGATTATTTGATCTAGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATTT
193 AATAATTACACAAATAATCATAACGATTTAAACTAGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
* *
22870 TTTACTTATTAATTGTTTGAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTAATCTGAATAACCTTGT
258 TTTACTTATTAATTGCTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAACCTTGT
22931 AT
1 AT
22933 AAACAAAAAC
Statistics
Matches: 273, Mismatches: 40, Indels: 13
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
316 4 0.01
317 199 0.73
318 70 0.26
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.08, T:0.44
Consensus pattern (318 bp):
ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCTACAAACATATTTATT
TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATA
AACTTATATGACTAGAAACAATTCTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTGAAATAAAT
AATTACACAAATAATCATAACGATTTAAACTAGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTT
ACTTATTAATTGCTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAACCTTGT
Found at i:22944 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 22614--27113 Score: 2665
Period size: 181 Copynumber: 25.1 Consensus size: 180
22604 ATAAGCTTGT
* * * * * * *
22614 ATTTGAAATAGATAATTGTTCCAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTC-AGCAAATATATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA-TAAACAGATTTAT
* * **
22678 TTTTTAAATCTCTTTA-TTATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTATTATTATTTT-ATTCCCAA
65 TTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-TGAA
* * * * *
22741 TAAGCTTATATGAACTAAAACAATTCTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAATA
127 TAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
* * * * * * * *
22795 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATGATTATTTGATCTAGTTCAATAAACATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATT
* * *
22860 TTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGTTTGAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTAATCTGAATAA
66 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAA
* * * *
22925 CCTTGTATAAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTTATAATG
130 GCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
* * * * * * * * * * *
22976 ATTTAAAATAAATGATTGCTCAAATAGTCTTAAGTATGTAAACTAGTTTGATAAATAGGTTT-TT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATT
* * *** * * *
23040 TTTTAAACCTTTTA-TTAAT-A-TTCAAAATATTAATAGAA-TAGTATTACTTTATTTTGAACAA
66 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTAATTTGAATAA
* * * * * * * *
23101 ACTTATATAAACAAAAACATTTGCTTTATGACAAAATAAAAGGGCATAATG
130 GCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
* * * * * *
23152 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTCTTTGAACTAGTTAGGTAAATAGAATTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATT
** ** * **
23217 TTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTT-ATTCCAAAT
66 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTAATT-TGAAT
* * * * * * *
23280 AAGCTAGTATGAATTCGAAAAA-ACTTATTTTATGACTAAATAGAAGGTCATAATG
128 AAGCTTGTATGAA--C-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
* * * * * *
23335 ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAAATATTT-AAGCTAGTTCAACAAACAAATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTAGTTCGATAAACAGATTTAT
* * * *
23399 TTTTTAATTCTTTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTATTTT-ATTTCGAAT
65 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTT-GAAT
* * * * *
23463 AAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATAACAATACAAAAAGTTATAAGG
128 AAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
* ** * * * * *
23516 ATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTAGAGA-TAGTTTGGTAAATA-AGTTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTAGTTCGATAAACAGA-TTTA
** * * *
23579 TTTTTTAAATCACTTAGTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAGTTAGTATTATTTT-ATTCTGAA
64 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-TGAA
* * ** * * * * * *
23643 TAAACTTGAATGTTCAAATATAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATG
127 TAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
* * *** * * * * * **
23697 ATCTCAAATAGATAATTGTTGGCATGGCCATAATTATTTGAACT-GATTCGATAAATAGGTTTGC
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGATAAACAGATTTAT
* ** ** *
23761 TTTGTAAATCACTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTATTATTATTATTATTATTATT
65 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAAT--A--A--ATTAGTATTATT-TTA--
* ** * * *
23826 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCTTAAT-
120 --ATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
* * * * * * * * *
23889 ATTTGAAATAGATAGTTGTTCATATTGTCTTAATTGTTTGAACT-GCTTCGACAAATAGATTAAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGATAAACAGATTTAT
* * * ** *
23953 TTTTTAAATCTCTTAGTTGTTAATTTTTAGAATATTGTTAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAAT
65 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTT-GAAT
* * * * * * * * * **
24017 AAGTTTATATGAACTACAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTTATAACA
128 AAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
* ** * * *
24070 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT--T--GGA--A-TTG-----GTTTGGTAAATAGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATT
** *
24123 TTTTAAATCTCGTACTTATT-A-TTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTATGAATA
66 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-TGAATA
* ** * * * *
24185 GGCTTGTATGATGAAAAACAATTATTTTATAACAAAAC-AAAAGTTCGTAACG
129 AGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATG
* * *
24237 ATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATT
** * *
24302 TTTTAAAAT-TTGTTGTTTATTAATTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAAT
66 TTTT-AAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTT-GAAT
* *** * * *
24365 AAGCATGTATGAATTGAAA-AATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATG
128 AAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
* * * * * ** *
24417 ATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAA-TCATTTGAATTGGTTTGGCAAACACATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTAT
* * * * * * * * * ***
24481 TGTTTAAATC---T-GTTATTAATTTTTAGAATACTATTAATTTAGCAATAATTTACTGCAAATA
65 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATA
* * * * * *
24542 AGCTTGGAAGAATATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA-TAATAATG
129 AGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
* * * * * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATT
* ** * * *
24658 TTTTAAATC---T-CTTCTTAATTTTCAAAATATTGATAAATTGGTATTATTTTATTTTGAATAA
66 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAA
** * * *
24719 TTTTGTATGAATC--AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACG
130 GCTTGTATGAA-CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
* * * * * * * * *
24769 ATTTGAAATAGATAATAGCTCAAATGGAT-ATGACTATTTGAACTTGTTTGGTGAACAAATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTAT
*** ** * * *
24833 TTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTAAAGAATATTAATAAGTTAGTGTTATTTTATTTTGAATA
65 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT-TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATA
* * * * * ***
24898 AACTTATATGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAAC-AAAAGATCATAGCA
129 AGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATG
* * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGATAAACAGATTTAT
* * *
25014 TTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAAAT
65 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-TGAAT
* * * * * **
25078 AAGCTTTTATGAACAGAAAGAATTGGTTTATGTCAAAACAAAAAGTCATAACA
128 AAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
* * * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTCGATAAACAGATTTAT
* **
25195 TTTTTAAAT-TTTTACTTATTACCTTTTCAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTT-ATTTGAAA
65 TTTTTAAATCTTTTACTTATTA-ATTTTTGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAATTTG-AA
* ** * * * * *
25257 TAAACTTACATAAACAGAATCAATTATTTTATGACAAAACAAAAATGTTATAAT-
127 TAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA-GTCATAATG
* * * * * *
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1 A-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTCGA-TAAACAGATTT
* * * * * *
25374 ATTTTTTAATTCTCTTACTCATTATTTTTTGAAATATTAATAAATTGGTATTATTTT-ATTTCAA
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* * * * * *
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* * * ** * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATT
** * * * * * *
25557 GCTTAAATCTTTTACTTAGTAATTGTTGAAATATTAAGAAATTAATATTATTGTAATTTGAATAG
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* * * *
25622 GCTTGTATGAATAGAAACTATTGTTTTATGACAAAACAGAAAGTCATAA-G
130 GCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
* * * * * *
25672 AATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAA-GATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTAT
1 -ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTAT
* * ** **
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65 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-T-T-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-TGA
* * ** * ***
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126 A-TAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTC-ATAATG
* * * * * ** * * * * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATT
* *
25918 TTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGTAATATTAATAACTTAGTATTATTTT-ATTTCAAATA
66 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTT-GAATA
* ** * * * **** * *
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129 AGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAAGTCATAATG
* * ** *
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1 ATTTGAAATAG--ATAA-T-TGTTCAAATAG-TC-AT-AACTATTTGAAC-TAGTTCGATAAACA
* ** *
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* * * * *
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* * * * ** *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTAGTTCGATAAACAGATTTAT
* * * * *
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* * * * * * *
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* ** * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATT
* * **
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* * * * * *
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128 AAGCTTGTATGAA--CAAAAACAA-TTGTTTTATGAC-AAAACAAAAAGTCATAATG
* * * * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA-TAAACAGATTTAT
* * * * *
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* * * * *
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* ** * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATT
* * **
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** * * * * *
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129 AGCTTGTATGA-ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
* * * * * * * * * * * *
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1 ATTT-GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTC-GATAAACAGATTTA
* * * * * ***
26969 TTTTTTAAATCTCTTAATTATCAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTACTCCAAAT
64 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAAT
* * * * * * * * *
27034 AAGCTTATATGAACTAAAATAATTATTTTATAATAGAACAAAAGGTTATAATG
128 AAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
*
27087 ATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAG
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
27114 AAACTACTTT
Statistics
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23792 ATATTAATAA
23802 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT -TT ATT
1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT
23831 TCAAATAAGC
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ATT
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* * * * ** *
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*
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*
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*
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* * *
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* *
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TTATTTCAAATAAGTTTATATGAACACAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGTTCATAACAAT
TTAAAATAAATAATTGTTCAAATTGGAATTGGTTTGGT
Found at i:24428 original size:180 final size:179
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Indices: 23814--36500 Score: 5627
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23804 TATTATTATT
*
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* * * * * * * * * **
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* * * * * **
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* * * * *
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* * * * ** *
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* **
24111 AATAGATTTATTTTTTAAATCTCGTACTTATT-A-TTTTGAAATATTAATAA
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* * * * *
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1 ATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACA
* * * *
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** *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * ** *
24647 ATAGATTTAGTTTTTAAA--TCT-CTTCTTAATTTTCAAAATATTGATAA
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* ** ** *
24694 ATTGGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAAT-CAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
1 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
* * * * *
24758 ATGTCATAACGATTTGAAATAGATAA-TAGCTCAAATGGAT-ATGACTATTTGAACTTGTTTGGT
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* * *** **
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* * ** * * **
24874 GTTAGTGTTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAA
1 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
* * * *
24939 AGATCATAGCAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTT-GGTA
66 AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTA
*
25003 AACAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAA
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* * * ** *
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1 ATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
* * * ***
25119 AAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAGTTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTCAAA
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* * **
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* * ** * * *
25235 ATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAACTTACATAAACAGAATCAATTATTTTATGACAAAACAA
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* * * * * * * * *
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* * *
25362 GTAAACAGATTCATTTTTT-AATTCTCTTACTCATTATTTTTTGAAATATTAATAA
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* * * * *
25417 ATTGGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATAAACTA-AAACAATTGTTTTATTACAAAACAA
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* * * * ** **
25481 AAGGTCACAATGATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGTCAGGACTATTTGAACTTGTTC-AAA
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* ** * * *
25545 AACATATTTATTGCTTAAATCTTTTACTTAGTAATTGTTGAAATATTAAGAA
130 AACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAA
* * * * * *
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* * * *
25661 AAA-GTCATAA-GAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAA-GATTTGAACTTGTTCGG
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* *
25723 TAAACAAATTTATTTTTTAAATGTTTTACTTATTAAGTGTCTTT--ATATTACTAA
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** * *
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* * * * * * ** * * * * *
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* * *
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* * * * *
25954 CTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATG-ACA-AAACAA--A----A-GATCATAACGA
1 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGA-CAAAACAA
*** ** * * * * * ****
26010 TTTGAAAT-A-GA--T-AATTA-TTCAA--A-T--AGT---CATAACTATTTGATCTAGTTCAAT
65 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT-AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGG
* * * * ** * * *
26061 AAACATA-CTTAT-TTCTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTCAAATATTTATAA
128 TAA-ACAGATT-TATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAA
* * * *
26114 ATTAGTATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACGAAACAA
1 ATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
* * ** * * * ***
26178 CAA-GTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTTAATTTATTTTAT
65 -AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGT
* * * *
26242 AAATAGATTTATTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAACAG
129 AAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAA
* * * * * * * * *
26291 ATTAGTATTACTTTA-TTCGAAACAAACTTATATAAACA-ACAATATTTGTTTTATGACAAAACA
1 ATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGA-AACAATTATTTTATGACAAAACA
* * * ** * *
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64 AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGT
* * * *
26419 AAACAAAATTATTTTTTAAA--TCT-CTTGTTAATTTTTGAAATATTAATAA
129 AAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAA
* * * * * * *
26468 ATTTA-TTTTATTTTATTCCAAATTAGCTAGTATAAATTCA-AAAAAAGTTATTTTACG-CTAAA
1 A-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-T-AGAAACAA-TTATTTTATGAC-AAA
* * * * * *
26530 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAAATATTTGAACTGGTTC
61 ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
* * * * * * *
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126 GGTAAACAGATTTAT-TTTTTAAATT-T-TTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAA
* * * * * * * *
26651 ATTAGTATTA-TTTAATTCTGAATAAGATTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAGAACAA
1 ATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
* * * ** * * * *
26715 AAGGTTATAATGATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTTAT-A-TATTTGAA-TTAGTTCGAT
65 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGT
* * *
26777 AAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAA
129 AAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAA
* ** * * * * *
26830 ATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTAAATG-ATAAAAAAAATTGTTATATGACCAAACAAA
1 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
* *** * * * * * * * * **
26894 AGGTAATAATTTTTTATAAACAGACAATTGTTCATATAATCTTAATTATTTGAAC-TACTCTGGT
66 AGGTCATAACGATTT-GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GGT
* * * * * *
26958 AAATAGATTTGTTTTTTAAATCTCTTAATTATCAATTTTTGGAATATTATTAA
129 AAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAA
* * * * * * *
27011 ATTAGTATTATTTTACTCCAAATAAGCTTATATGAACTA-AAATAATTATTTTATAATAGAACAA
1 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
* * * *
27075 AAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAG--A-AACTACTTT-AA---------T
65 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAACTTGTTCGGT
* * *
27127 AAATAGATTTATTTGTTTAAATCTCTTGCTTATTAAATTTTTGAA-A--AAT--
129 AAACAGATTTATTT-TTTAAAT-TTTTACTTATT-AATTTTTGAATATTAATAA
* * ** ** * ****
27176 -TTAGTA-TATTTTA-TTC-AA-AA--TTTTATGACA-A-AAATAAAAAAGTT-CGAACGATTTG
1 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTATTTTATG-AC-AAAAC
* * * ** * ** * *** *
27231 AAATA-G--AAAATTG-TTT-AAATGACATAA-TATT-TGA-AGGCGATTTCGATAAAAATATTT
63 AAA-AGGTCATAA-CGATTTGAAAT-AGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTAT-TTGA-ACTT
* * * *
27288 TTTC--T--A-A-ATCTTATCTTTTTACCATTTTTGA---AATAA---TT--ATA--AGT-A
122 GTTCGGTAAACAGAT-TTAT-TTTTTA-AATTTTT-ACTTATTAATTTTTGAATATTAATAA
* * * ** **
27333 A-TA-TATT-TATTA-TTCATATACAGC-T-TATGAATTG-AACAATTGGTTT-T--C--ATGAA
1 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATA-AGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
* * * * *
27386 AA-GT--TAAC-TTCTTATAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA
65 AAGGTCATAACGAT-TT-GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGG
* * * ** * *
27447 TAAATAAATTTATTTTTTAAAATTTCATGTTTATTAATTTTCTAAATGTTAATAA
128 TAAACAGATTTATTTTTT-AAATTT-TTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAA
** * *
27502 ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACTA-AAA-AATTATTTTATGACTAAACAA
1 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
* * * * * * * *
27565 AAGGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAGTAGTCTTAACTATTTGAACTGGTACAGCA
65 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTA
* * * * *
27630 AACACATTTACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGGATATTATTAA
130 AACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAA
* * * * * * * *
27682 TTTAGCAAT-TTTTACTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTCTTATGACCAAAC-AA
1 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
* * * * * * * * *
27745 AGATCATAACAATTTGAGATAGATAATTGTTGAAGTAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAA
66 AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAA
* * *
27810 ATAGATTTAATTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
131 ACAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAA
** * * * * *
27857 ATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGTATAAATAGAAATAATTGTTTTACGACAAAACTA
1 ATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
* * * * * * * * *
27921 AATGTTATAACCATTTGAAATAGATAA-TAGCTCAAACAGACATGACTATTTGAACATGTTTGGT
65 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGT
* * ***
27985 GAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAA
129 AAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAA
** * * *
28038 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATTAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAA
1 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
* ** * * * *
28103 ATGTCATAATAATTTGAAATAAAAAATTATTCAAAAAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCGGTAA
66 AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAA
* *
28168 ATAGATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATTTTAATAA
131 ACAGATTTA-TTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAA
* * * * **
28219 ATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAA
1 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
** * * * * * * *
28284 AAATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTACAAATATTTGAA-TGTGTTCAGAA
66 AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGGTA
*
28348 AACATATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
130 AACAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAA
* ** *
28399 ATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGCATGAATAG-AACTAATCGTTTTATGACAGAAC
1 A-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC-AATTATTTTATGACAAAAC
** * * * * * * * **
28461 AAAATATCATAATGTTTTGAAATAAATAATTATCCAGATAGTCATAATTATTTGAACATGTTTAG
63 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGG
* * *
28526 TAAACAGATTAATTTTTTTAATTCTTTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAA
128 TAAACAGATTTA-TTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAA
* * * * * *
28581 GTTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACT-GAAACAATTGTTTTATTACAAAACAA
1 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
* * *
28645 AAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AGACTATTTGAACTTGTTTGGT
65 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAACTTGTTCGGT
* * *
28709 AAACATA-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTGTTGAAATATTTATAT
129 AAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTT-TTG-AATATTAATAA
* * *
28761 ATTAATATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
1 ATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
* * * * ** *
28825 AA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAATTAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTTGGTA
65 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTA
* *
28889 AACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTGTCTT-AATATTAATAA
130 AACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATT-T-TTGAATATTAATAA
* * * **
28941 ATT-GTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATCATTTGGTGACAAAA-AA
1 ATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
* * * * * * * *
29003 AAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTC-ATA
65 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTA
* * * * *
29067 AATAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAAT-A
130 AACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAA
* * *
29118 CTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAC-TGATATGAACTA-AAACAATTTTTTTATGACAAAACA
1 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG-TATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACA
* * * * * * *
29181 AAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATACTTATTCGAATAGTCATGACTATTTAAACTAGTTTGGT
64 AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGT
* * ***
29246 AAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAA
129 AAACAGATTTATTTTTTAAA-TTTTTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAA
* * * * * * *
29299 ATTAGTATAATTTTAATCCTAATAAG-TTTTCATG-A-ACAAA-AATTATTGTT-T-CCAATAGA
1 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGT-ATGAATAGAAACAATTATT-TTATGAC-A-A-A
* ** * * * * * *
29358 AGAAAAAATCATAACAATTTGCAATAAATAATTACTT-AAATAGTCATAACTTTTTAAACTAGTT
61 ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
* * * * * *
29422 TGATAAACAAATTTATTTTTTAAA--TCTA-TTATTAATTTTTGAAATACTAATAG
125 CGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAA
* ** * * * * * *
29475 ATTAGTTTTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTATTTTATGACAAAACAAA
1 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
* ** * * * * *
29540 AGGTCATAGCGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATGATTATTTGAACTAGTTAGGCAA
66 AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAA
* * ** *
29605 ATAGAATTATTTTTTAAATCTGATACATATTAATTTTTGAAATATTAATAA
131 ACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAA
* * * * **
29656 ATTCA-TTTTATTTTA-TTCTAAATAAGCTAGTATGAATTGAAAAAATTGCTTTATGACAAAAC-
1 ATT-AGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACA
* * * * * * * *
29718 -AA----A-AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTATTTGAACTAGTTTGGC
64 AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGT
* * * * ** *
29777 AAACAAATTTGTTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTTTTAT
129 AAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAA
** ** * * * * ***
29830 ATTAGTACCATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATGGAACAAA
1 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
* * ** * * * *
29895 ATGTTATAAC-AGTTT-ACGGTATG-CAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTTG
66 AGGTCATAACGA-TTTGA-AATA-GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCG
* * * * * *
29957 ATAAACAAATTGATTTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTGAA-A-GATTAA
127 GTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAA
* * * * * * * * * *
30006 ATTACTATTATTTTATTTCGAATAAACATATATGATTAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAA
1 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
* * * * * * * *
30071 AGGTAATAACGATTTGAAATTGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAAC-TGATTCAGTA
66 AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTA
* * * ** *
30135 AATAGATTCACTTTTTAAATCACTTGCTTATTAATTCTTTGAATATTAATAA
130 AACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAA
* ** * ** * * *
30187 ATTAATATTATTTTATTTTGACTAAGCTTGTATGAATTCAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAA
1 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAA-CAA
* * * * * *
30252 AAGGTCATAACAATTTTAAATAGACAATTATTCAAATAGTCATAACAATTTGAATTTGTTTGGTA
65 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTA
* * *
30317 AACAAATTTATTTTAAACTCATGCTTATTAATTTTTAAATTATTTAATTTTTGAATTATTAAGAA
130 AACAGATTTA--TT----T--T--TTA--AATTTTT-ACTTA-TTAATTTTTGAA-TATTAATAA
*** * * * * *
30382 ATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTGTGAACT-GAAACAAATGTTTTATGTCAAAACAA
1 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
* * * * * *
30446 AAGGTCATAATGATTT-AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATCACTATTTAAACTTGTTCAGTA
65 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTA
* ** ** * *
30510 AATAGATTTATTTTGCCAAATCATTCCTTATTAATTTTATGAATGTTAATAA
130 AACAGATTTATTTT-TTAAATTTTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAA
* * * ** *
30562 ATTTAG-ATTATTTTATTTCGAATAAGCTCGTATG-ATACGAAACAAATATTTTATGACTTAATA
1 A-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTATTTTATGACAAAACA
* * * * * *
30625 AAAAGTCAGAATGATTTGAAATCA-ATAATTATTCTAATAG-CTTTAACTATTTGAA-TTGGCTC
64 AAAGGTCATAACGATTTGAAAT-AGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTT-GTTC
** * *
30687 GGTAAACACTTTTATTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATT-ATTA
126 GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAA
* * ** * * * *
30738 ACTATTATTATTTT-TAACCAAATAAGCTTCTATGATTAAAAACAATTATTTTTTGACAAAACAA
1 ATTAGTATTATTTTAT-TTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
* * * * * ** ***
30802 ATA--TCTTAATGACTTGAGAT-GAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAGGTTTAA
65 A-AGGTCATAACGATTTGAAATAG-ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGG
* *
30864 TAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
128 TAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAA
** * * *
30918 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAATTTGTATG-ATCAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAA
1 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
* ** * * * * * * ** * *
30982 AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCGTT-TAATCGACTATAATTATTTTAGCTAATTTGAT
65 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTCGGT
* * * * * * *
31046 AAATAGATTTATATTTTAAGTTTTTTACTTGTT-ATTTTGGTAAGTAGT-ATAT
129 AAACAGATTTATTTTTTAA-ATTTTTACTTATTAATTTTTG-AA-TATTAATAA
* * * * * *
31098 TTTGGTA--A----ATATC---TAAGCTTGTATTAACT-GAAACAATTATTTTATGACTAATCAA
1 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
* * * * * * * * * * *
31153 ATGGTTATAACAATTTTAAATAGACATTTGTTCAAATAGTAATAATTATTTAAACTTGTTCGTTA
65 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTA
* * * *
31218 AATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTT-CTAATTAATTTCTGAATGTTAATAA
130 AACAGATTTA-TTTTTTAAAT-T-TTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAA
* * * * **
31270 ATTAGTACTAATTTATTAT-AAATAAGCTAGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTACAACAAAACA
1 ATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACA
** * * * * ** *
31333 AAAGGTC-TGAATAATTTCAAATAGATAATTGTTCTTAAA-A-TCTTAACCATTTGAACTAATTT
64 AAAGGTCAT-AACGATTTGAAATAGATAATTATTC--AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
* * * * ** *
31395 GGCTAAA-AAAATTATTTTTTAAATATCTTATTTATTAATTTTCAAAATATTATTAA
126 GG-TAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAA
* * * * *
31451 ATTAGCATTATTTTA-ATCAGAAAAAGCTTGTGTGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAGGA-
1 ATTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAA--AC
** * * * * * * * *
31513 AAAAGGTCATAATAATTTGGAACAAATAATCATTCATATCA-TCTTAACTATTTGAACTAGTTTG
63 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* ** * ** * * **
31577 GCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTAGAGTATTCTTAA
127 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATTT-TTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAA
** ** * * *
31632 ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTATGAATAG--ACTAATTGTTTGATGAC-AAACTA
1 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC-AATTATTTTATGACAAAAC-A
** * * * * * * **
31694 AGAACCT-ATAAAGATTTGAAATAGATAGTCATTCAAATAGTCAAAAACTATTTGAAATGGTTTA
64 A-AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * *
31758 GTAAACAGATTTACTTTTTAAACCTCTTA-TTAATTAATTTTCTAAAATATTAATAA
127 GTAAACAGATTTATTTTTTAAA-TTTTTACTT-ATTAATTTT-T-GAATATTAATAA
* * * * * * *
31814 ATTAGTATTATTTTATTTCGAACAAACTTATATTAATA-AAGACAATTGTTTTATGAGAAAACAA
1 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAA-ACAATTATTTTATGACAAAACAA
* * * ** * * ** *
31878 AAGGTCATAACAATTTGAAATAAAATAATTGTTCATGTAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTAGC
65 AAGGTCATAACGATTTGAAAT-AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGT
** * * *
31943 AAATGGATTTATTTTTTAAATTTCTTAGTTATTAATTTTCAGAATATTACTAA
129 AAACAGATTTATTTTTTAAATTT-TTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAA
* * * * * * * *
31996 ATTAGTATTATTTTATTCCGAATAGGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTCTATGATAGAACAAA
1 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
* * * * ** * *
32061 AGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAATTTGATAA
66 AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAA
* * * *
32126 ATAGATTTATTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTCTTGAAATATTAGTAA
131 ACAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAA
* * * * * *
32173 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAGGCTTCTAT--ATTGAAAAGCAATTGTTTTAGGAGAAAACA
1 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG-AAA-CAATTATTTTATGACAAAACA
* * * * * * * * *
32236 AAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAGTTGTTTAAATGGCCATAATTATTTGAA-----T---T
64 AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGT
* * * *
32293 -----GATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTAACT--TTTG-AAATATTAATACA
129 AAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTT-ATTAATTTTTGAATATTAATA-A
*** * * *
32338 A-TAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATT-GTTTATGGCAAAACAA
1 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
* * * * * * *
32400 AAGGTCATAATGATTTTAAATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTCGAATTTGTTCGATA
65 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTA
* * *
32465 AACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAA
130 AACAGATTTATTTTTT-AAAT-TTTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAA
* * *
32518 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTATTCTATGACTAAATAA
1 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
* * * * ** * *
32582 AAGGTTAGAATGATTTGAAATTA-AAAATTATTTTAATAGTCTTTAACTATTTGAACTGGTTCAG
65 AAGGTCATAACGATTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTC-G
* * * * * * *
32646 CT-AATATATTTATTTTTTAAA-ATCT-CTTACTAATTTTTAGAATATTATTAA
127 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAA
* * * * *
32697 ATTAGTATTATTTT-TATCTGAATAAGCTTATATG-ATCAGAAATAATTATTTTATGAGAAAAC-
1 ATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACA
* * * * * * * * *
32759 AAAGATCATAATGATTTGATATTGATATTTGTTTAAATAGTCATAACTTGCTTTTTAA-TT-TT-
64 AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC-T--ATTTGAACTTGTTC
* * **** * * * *
32821 TG-AAA-A-ATTAATAAGGTAGTATTATTTTATTTCGGA-TAAGGTTTT---TATGAACTGAA
126 GGTAAACAGATTTATTTTTTA--AAT-TTTTACTT---ATTAA-TTTTTGAATATTAA-T-AA
* * ** *** * ** *
32877 A-CA--ATTGTTTTATGACAAAATAA-AAGGTAT-AAT-GACTTTA-AATTGATAAT-TGTTCAA
1 ATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGA---AACAATT-ATTTTATG-ACAA
* * ** * * * * *
32934 ATAGTC-AAA--TCTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAAATTTTTTTTTAAAT-CTCCT-GC-AT
60 A-A--CAAAAGGTC-A--T-AAC--GATTT-G-AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * **
32992 ATT-AA-TTTTTCAAGTATTAATA-AATTA-GTTTT--A-TTTTA-TT-TTAAATAAGCTTG--T
114 -TTGAACTTGTTC-GGTA--AACAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATT-AAT--TTTTGAAT
*
33046 ATGAAT--
172 ATTAATAA
** * *** * *** *
33052 -TTA-TATTATTTTATTTGGAAT-A--TT-AAT-AA-ATTTA-TATTATTTTAT---TTGA-ATA
1 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
* * * * * * * * *
33104 AGCTTAT-ATGAATAGAAACA-ATTATTTTATGGCAAAACAAAATGTCATAA-TGATTTGAA-TT
66 AGGTCATAACGATTTGAAATAGA-TA-ATTAT-TC---A-AATA-GTCATAACT-ATTTGAACTT
** * * * * * * *
33165 AGAAAATT-ATTCAAATAG-TCATTACTATTTGAACTTGTTCAATAAATATATTCATTTTTTAA-
122 -G----TTCGGT-AAACAGAT--TTA-TTTTTTAAATT-TT---T-ACT-TATTAATTTTTGAAT
** **
33227 ATCTCTTGCTC
172 AT-TAAT--AA
* * * * *** * * *
33238 ATT-G-ATT-TTTGGAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTTTTCGAATA-AACCTATATTA--A
1 ATTAGTATTATTT----TATT--TCAAATAAG-CTTGTATGAATAGAA-ACAA-TTATTTTATGA
* * ** * * **** ** ** * *
33296 CGATACAATTGTTTTATGAA-GAAACAAAAT-GTAATAACAATTTGAA-A-TATATAATTATTT-
57 CAAAACAAAAG-GTCAT-AACGATTTGAAATAG--ATAATTATTCAAATAGT-CATAACTATTTG
* * * * * * *
33356 AAATAGTT--AT-AAC-TATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTA-TTTTTAAAATTTTTTACT
117 AACTTGTTCGGTAAACAGATTT--A-TT-TT---TTAA-ATTTTTACTTATT--AA-----T--T
*
33416 TATTAATTGTCAAAATATTAATAA
165 T-TT-G-------AATATTAATAA
* * * * * * *
33440 ATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTCTATGAACA-AAAGCAATTGTTTTTTATGA-AATA-
1 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAA-T-TATTTTATGACAAAAC
* * * * *
33502 AAAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TATATTCA
63 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCG
* * * *
33565 GTAAATC-GAGTTGT-TTTTTTAAATCATTTACTTATTAATTGTCTAAATATTAACAA
127 GTAAA-CAGA-TT-TATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAA
* * * * * *
33621 ATTTA-TATTA-TTTAATTGAAATAAGATTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATAACAAAAAAA
1 A-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
* * * * * * * * *
33684 AAGGTTATAGCAATTTGAAATAGGTAATCACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGATA
65 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTA
* * *
33749 AACAAATTTAGTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAA
130 AACAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAA
* * ** * * * * *
33797 ATTAGAATTATGTTATTTTGAATAAGCTTGTAGGAACATAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAA
1 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
* * * * * * * * **
33862 AGGCCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAATCAAAACTATTTGCA-TTGGTTAGGCC
66 AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTA
* * *
33926 AACA-ATTCATTTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT-T
130 AACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAA
* * ** * *
33976 ATTAGCATTATTTTATTTCGAATAAGAGTGTATCAATAGGAAA-AACTATTTTATGACAAAACAA
1 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
** * * * * * * * * *
34040 ATTGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTGTGATAATTAATTGAACTAGTTTGATA
65 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTA
* *
34105 AATAGATTTATTTTTTAAA--TTT-CTCATTAA----T-AA-A-T--T--
130 AACAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAA
* * * * * * * *
34141 A-T--TATTATTTTATTCTGAACA-AA-CTTATATGAACAAAAACATTTGTTTCATGACAAAGCA
1 ATTAGTATTATTTTATT-TCAA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACA
* * * * * * * *
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* * * * *
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** * * * * *
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1 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
* * * * *
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* ** *
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* * * * * * *
34500 ATTAGTATTATTTTTATTCCAAATAGGCTTATATG-ATGAAAAACAATTGTTTCATGACAAAATA
1 ATTAGTATTA-TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACA
* * * * * * * * *
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** * * *
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* * *** ** * ** * * * *
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1 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAA-CA
* * * * * *
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* * *
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* * * ** *
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1 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
* * * * * * * * *
34928 AATGTCAAAATGATTTGAACTAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGCA
65 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTA
* * * * * *
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130 AACAGATTTATTT-TT-----TA-A-A----TTT-TT--A---CTTATTAATTTTTGAATATTAA
*
35058 TAG
177 TAA
* * ** * * * * *
35061 TTTAGCAACATTATACTCCAAATAAGCTTGTATGGATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AA
1 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
* * * * * *
35125 AGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAGCTAGTCCGGTAA
66 AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAA
* * * * *
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131 ACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGA-ATATTAATAA
* * * * * *
35241 AGTAGCATTATTTTATTTCGAATAAGTTTTTATGAACT-GAAACAATTATTTT-TAGACAAACCA
1 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTAT-GACAAAACA
* * * * * * *
35304 AAAGTTCGTAATG-TCTTTAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTGAACTTGTTCA
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* * * * * * *
35367 GTAAATAGATTTAATTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTCATATGTTAGTAA
127 GTAAACAGATTT-ATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGA-ATATTAATAA
* * * * * *
35423 ATTAGTGTTATTTTATTTTAAATAAGCTTGCATGAACT-GAAATAATTGTTTTATGACTAAA-AA
1 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
* * * * * ** * * ** * *
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65 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTA
* * * * *
35551 AAC--ACTTATTTTTTTAATCTCTTACTTATTATTTTTTCGAATATTATTAA
130 AACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAA
* * * * *
35601 ATTAGTACTATTTTA--TCGAAA-AAGTTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAA
1 ATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
* * * * * *
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65 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGGT
* * * * * * ** *
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* * *
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1 ATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC-AATTATTTTATGACAAAACA
* * * * * * *
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* ** * *
35898 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTAGC-TATTAATTTTCAGAATATAAAT-A
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*** * * * * * *
35950 ATTAGTATTATTTTATTTTGGACAAACTTATATGAATAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAA
1 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
* * * * * * * * *
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66 AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAA
* * *
36080 ACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
131 ACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAA
* * * * * * *
36131 ATTCA-TTTTATTTTATTTCGAATAAGCTAGTATGAATTGAAA-AAGTTGTTTTATGTCAAAATA
1 ATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA-TTATTTTATGACAAAACA
* * * * * * **
36194 AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGAC
64 AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGT
* * * ** * * * *
36259 AAAAAAAATTATTTTAAAAATCTCTTAGTTATTAATTTTGGGAATA-TAATTAG
129 AAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAA-TAA
* * * * *
36312 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTATGAACA-AAAGTAATTGTTTTATGACAGAACAA
1 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTATTTTATGACAAAACAA
* * * * * * * *
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65 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGT
* *
36438 AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAA
129 AAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAA
*
36491 ATCAGTATTA
1 ATTAGTATTA
36501 AGGATTTAAA
Statistics
Matches: 9557, Mismatches: 2164, Indels: 1573
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152 6 0.00
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Found at i:25195 original size:362 final size:362
Alignment explanation
Indices: 22614--36500 Score: 7388
Period size: 362 Copynumber: 38.8 Consensus size: 362
22604 ATAAGCTTGT
* * * ** * *
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* * * ***
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* * * * *
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* * * * * ** * *
22805 AATAATTATTCAAATAATCATGATTATTTGATCTAGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATTT
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTGTTCAATAAACAGATTTA
* * * *
23038 TTTTTTAAA-C-CTT--TTATTAATATTCAAAATATTAATAGAA-TAGTATTACTTTATTTTGAA
65 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTTGAA
* * * * * * * ** *
23098 CAAACTTATATAAACAAAAACATTTGCTTTATGACAAAATAAAAGGGCATAATGATTTGAAATAG
129 TAAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAA
* * * * *
23163 ATAATTGTTCAAATAGTCATAATTCTTTGAACTAGTTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCA-
194 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-AT
* ** * * *
23227 CTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATG
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* * *
23291 AATTCGAAAA-AACTTATTTTATGACTAAATAGAAGGTCATAATG
322 AA--C-AAAACAA-TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * *
23335 ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAAATATTT-AAGCT-AGTTCAACAAACAAATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGTGTTCAATAAACAGATTTA
* * * * * * *
23398 TTTTTTAATTCTTTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
65 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * * * * * * * **
23463 AAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATAACAATACAAAA-AGTTATAAGGATTTGAAGTTT
130 AAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAA
* * * *
23527 ACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTAGAGA-TAGTTTGGTAAATA-AGTTTATTTTTTAAATC
194 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTAGTTCGGTAAACAGA-TTTATTTTTTAAAT-
* * * * * * *
23590 A-CTTAGTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAGTTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGAAT
256 ATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTAT
** * * * * *
23654 GTTCAAATATAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATG
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* * *** * * * * * * * **
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTGTTCAATAAACAGATTTAT
* * * * *
23761 TTTGTAAATCACTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTATTATTATTATTATTATT-AT
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* * * *
23825 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCTTAAT
128 ---A--T---A-AA-CTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAT
* * * * * * * ** * *
23889 -ATTTGAAATAGATAGTTGTTCATATTGTCTTAATTGTTTGAACT-GCTTCGACAAATAGATTAA
182 GATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAACAGATTTA
* * * * **
23952 TTTTTTAAATCTCTTAGTTGTTAATTTTT-AGAATATTGTTAAATTAGTATTATTTTATT-TCAA
246 TTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AA
* * * * * * **
24015 ATAAGTTTATATGAACTACAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTTATAACA
309 ATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* ** ** *
24070 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT--T--GGA--A-TTG----GT-TT-GGTAAATAGATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTGTTCAATAAACAGATTTAT
* * * *
24122 TTTTTAAATCTCGTACTTATT-ATTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTATGAATA
66 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
** * * * * * * *
24185 GGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGTTCGTAACGATTTAAAATAGA
131 AACTTGTATGAAT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAA
*
24249 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA-ATTT
195 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATA-TT
** * *
24313 GTTGTTTATTAATTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCATGTATG
259 -TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATG
** *
24376 AATTGAAA-AATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATG
322 AA-CAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * **** *
24417 ATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAA-TCATTTGAATTG-GTTTGGCAAACACATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTGTGTTCAATAAACAGATTTA
* * * * * * * * * ***
24480 TTGTTTAAA--TC-T-GTTATTAATTTTTAGAATACTATTAATTTAGCAATAATTTACTGCAAAT
65 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * * * * *
24541 AAGCTTGGAAGAATATAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATAATAATGATTTGAGATAAA
130 AAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAA
* * * * * * * *
24605 TAATTGTTCAAATAATCATAACTATTAGAACTGGTTTGATAAATAGATTTAGTTTTT-AA-A-TC
195 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATATTT
* ** * * * * **
24667 T-CTTCTTAATTTTCAAAATATTGATAAATTGGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAAT
260 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-
* *
24731 C-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACG
324 CAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * *** * *
24769 ATTTGAAATAGATAATAGCTCAAATGGAT-ATGACTATTTGAACT-TGTTTGGTGAACAAATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTGTGTTCAATAAACAGATTTA
** ** * *
24832 TTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTAAAGAATATTAATAAGTTAGTGTTATTTTATTTTGAAT
65 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * * ***
24897 AAACTTATATGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAGCAATTTGAAATAAA
130 AAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAA
* *
24962 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTT-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATATT
195 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATATT
* * *
25026 TTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTTTATGAA
259 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA
* ** * * **
25091 CAGAAAGAATTGGTTTATGTCAAAACAAAAAGTCATAACA
324 CA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * *
25131 ATTTGAAATAGATAGTTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTCAAAAAACATATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTGTTCAATAAACAGATTTAT
* * *
25195 TTTTTAAAT-TTTTACTTATTACCTTTTCA-AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTTGAA
66 TTTTTAAATCTCTTACTTATTA-ATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTG-A
** * * * * * *
25256 ATAAACTTACATAAACAGAATCAATTATTTTATGACAAAACAAAA-ATGTTATAAT-ATTTTGAA
128 ATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA--TCATAATGA-TTTGAA
* * * * * * * *
25319 ATAGATAATTATTTAGATAATCATAACTATTT-AAATAAGTTCAGTAAACAGATTCATTTTTTAA
190 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAA
* * * * * * *
25383 TTCTCTTACTCATTATTTTTTGAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTA
254 ATATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTG
* * * *
25447 TATAAACTAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATG
318 TATGAAC-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * ** *
25493 ATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGTCAGGACTATTTGAACT-TGTTCAA-AAACATATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTGTTCAATAAACAGATTTAT
** * * * * * * *
25556 TGCTTAAATCTTTTACTTAGTAATTGTT-GAAATATTAAGAAATTAATATTATTGTAATTTGAAT
66 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
** * *
25620 AGGCTTGTATGAATAGAAACTATTGTTTTATGACAAAACAGAAAG-TCATAA-GAATTTGAAATA
130 AAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGATCATAATG-ATTTGAAATA
* * * * *
25683 AATAATTGTTTAAATAGTCATAA-GATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATGT
193 AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATAT
* ** *
25747 TTTACTTATTAAGTGTCTTT---ATATTACTAAATTTTTATTATTTTATTCAAAATTAA-CTTGT
258 TTTACTTATTAA-T-T-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAA-TAAGCTTGT
* * * ***
25808 ATGAATAGAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGG-CTATAGCA
319 ATG-A-ACAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAATG
* * * * * ** * * * * *
25854 ATTTCAAAAAAAAAATTATTGGAATAGTCATAATTATTTAAAGT-TGCTCAATAAACAGATTCA-
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTGTTCAATAAACAGATTTAT
*
25917 TTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTT-GTAATATTAATAACTTAGTATTATTTTA--TT---T
66 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * * *
25972 ---C----A--AAT--AAGC-----TTATATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGA
130 AAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAA
* * ** * * * * *
26021 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGATCTAGTTCAATAAACATACTTATTTCTAAAATTTTT
195 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATATTT
* * *
26086 TACTTATTAATTTTTCAAATATTTATAAATTAGTATTATTTTAATT-TGAATAAGCTTGTATGAA
260 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAAGCTTGTATGAA
* * * *
26150 TAGAAACAATTGTTTTATAACGAAACAACAA-GTCATAACT-
324 CA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAA-AAGGTCATAA-TG
* * * * * ** *
26190 ATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTTAA-TTTATTTTATAAATAGATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTGTTCAATAAACAGATTTAT
* * * *
26254 TTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTT-GAAATATTAACAGATTAGTATTACTTTA-TTCGAAA
66 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AA
* * * * * * * *
26313 CAAACTTATATAAACAACAATATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAA-A
129 TAAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA-TGATTTGAAATA
** * * *
26376 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAGTTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTT-AA-A
193 A-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATA
* * * * * *
26439 -TCT-CTTGTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTCCAAATTAGCTAGTAT
257 TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTAT
* * *
26501 AAATTCAAAAAAAGTTATTTTACG-CTAAAACAAAAGGTCATAATG
321 GAA--CAAAACAA-TTATTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAATG
* * * ** * *
26546 ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAAATATTTGAACTG-GTTCAGCAAGCAAATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTGTTCAATAAACAGATTTAT
* * * * * *
26610 CTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTCT--AATATTATTATATTAGTATTATTTAATTCTGAA
66 -TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
* * * * * * *
26673 TAAGA-TTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTT
129 TAA-ACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATA
* * * * * * *
26737 TACAATTGTTCAAATAGTTAT-A-TATTTGAATTAGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCT
193 AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATAT
* * * **
26800 CTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTAAATGA
258 TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGA
* * * * * *
26865 TA-AAAAAAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATT
323 -ACAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * * * ** ** *
26905 TTTTATAAACAGACAATTGTTCATATAATCTTAATTATTTGAAC--TACTCTGGTAAATAGATTT
1 ATTT-GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTGTTC-AATAAACAGATTT
* * * * * * ***
26968 GTTTTTTAAATCTCTTAATTATCAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTACTCCAAA
64 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
* * * * * * * * *
27033 TAAGCTTATATGAACT-AAAATAATTATTTTATAATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATA
129 TAAACTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATA
* * *
27097 GATAATTGTTTAAATAG--A-AACTACTTT--A--A------TAAATAGATTTATTTGTTTAAAT
193 AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTT-TTTAAAT
* * * *
27149 CTCTTGCTTATTAAATTTTTG-AA-A--AAT---TTAGTA-TATTTTATTC--AA-AA--TTTTA
256 ATTTTACTTATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTA
* * *
27201 TG-AC---A-AA--A----AT-----AA-AAAAGTTC-GAACG
320 TGAACAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * *
27226 ATTTGAAATAGAAAATTGTTTAAAT-GACATAA-TATTTGAAGGC-GAT-TTCGATAAA-A-ATA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA--CTG-TGTTCAATAAACAGAT-
* * * * *
27285 TT-TTTTCTAAA--TCTTATCTTTTTACCATTTTT-GAA-A-TAAT-TATAAGTAATATATTTAT
62 TTATTTTTTAAATCTCTTA-CTTATTA--ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTAT
* * ** * ** **
27343 TATTCATATACAGC-T-TATGAAT-TGAACAATTGGTTT-T--C--ATGAAAAG-T--TAACTTC
123 T-TTGA-ATA-AACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA-TGA
* * * * *
27397 TTAT-AAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAAATTTATT
184 TT-TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATT
** * * *
27461 TTTTAAA-ATTTCATGTTTATTAATTTTCT-AAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
248 TTTTAAATATTT--TACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAA
* * * *
27524 TAAGCATGTATGAACTAAAA-AATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAACG
310 TAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * ** * *
27577 ATTTGAAATAGATAATTATTCTAGTAGTCTTAACTATTTGAACTG-GTACAGCAAACACATTTAC
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTGTTCAATAAACAGATTTAT
* * * * * * **
27641 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGGATATTATTAATTTAGCAAT-TTTTACTTCAAATA
66 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * * * * ** * *
27705 AGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTCTTATGACCAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAGATAGAT
131 AACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAAT
* * * * * * *
27769 AATTGTTGAAGTAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTAATTTTT-AA-A-TCT
196 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATATTTT
** * *
27831 -CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATAAATA
261 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * * **
27895 GAAATAATTGTTTTACGACAAAACTAAATGTTATAACC
326 -AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * ** * *
27933 ATTTGAAATAGATAATAGCTCAAACAGACATGACTATTTGAACATGT-TT-GGTGAATAGATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTGTTCAATAAACAGATTTA
** **
27996 TTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
65 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * * * *
28061 AAAATTGTATTAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAATG-TCATAATAATTTGAAATAA
130 AAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAATGATTTGAAATAA
* * * * * * *
28125 AAAATTATTCAAAAAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCT
194 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATAT
* * *
28190 TTTACTTATTAATTTTTG-AATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTTTATG
258 TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATG
** ** **
28253 AACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACA
322 AAC-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * *
28295 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTACAAATATTTGAA-TGTGTTCAGA-AAACATATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTGTTCA-ATAAACAGATTTA
* ***
28358 TTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAA
65 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGA
* * * * * * *
28420 ATAAGCTTGCATGAAT-AGAACTAATCGTTTTATGACAGAACAAAATATCATAATGTTTTGAAAT
128 ATAAACTTGTATGAATAAAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAAT
* * * * ** * *
28484 AAATAATTATCCAGATAGTCATAATTATTTGAAC-ATGTTTAGTAAACAGATTAATTTTTTTAAT
192 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-GTTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAA
* * * * * *
28548 TCTTTTACTCATTAATTTTT-AGAATATTAATAAGTTAATATTATTTTATT-TCAAATAAACTTA
255 TATTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTG
* * * *
28611 TATGAACTGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATG
318 TATGAAC-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* *** *
28657 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AGACTATTTGAACT-TGTTTGGTAAACATA-TTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAACTGTGTTCAATAAACAGATTTA
* * * * *
28719 TTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTGTT-GAAATATTTATATATTAATATTATTTTAATTTGA
65 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
* * **
28782 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACAATTTGAAATA
128 ATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATA
* ** * * * *
28846 AATAATTGTTCAATTAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
193 AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATAT
* *
28911 TTTACCTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATT-GTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTAT
258 TTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTAT
* * ** * ***
28973 GAACAGAAAAAATCATTTGGTGACAAAA-AAAAGGTTATAGCA
321 GAACA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * *
29015 ATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACT-TGTTC-ATAAATAAATTCAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTGTTCAATAAACAGATTTAT
* * **
29078 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAAT-ACTTAGTATTATTTTATTTCAAATA
66 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * *
29142 AAC-TGATATGAACT-AAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAA
131 AACTTG-TATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAA
* * * * * * * * *
29205 ATACTTATTCGAATAGTCATGACTATTTAAACTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTT
194 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATATT
* ** * * *
29270 TTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATAATTTTAATCCT-AATAAG-TTTTCATG
259 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAAGCTTGT-ATG
* * ** **
29333 AAC-AAA-AATTATTGTT-T-CCAATAGAAGAAAAAATCATAACA
322 AACAAAACAATTATT-TTATGAC-A-A-AACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * *
29374 ATTTGCAATAAATAATTACTT-AAATAGTCATAACTTTTTAAACTAGT-TT-GATAAACAAATTT
1 ATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTGTTCAATAAACAGATTT
* * *
29436 ATTTTTTAAA--TC-TA-TTATTAATTTTT-GAAATACTAATAGATTAGTTTTATTTTATTTTGA
64 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
* * * * * * **
29496 ACAAACTTATATGAACAAAAACATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCGATTTGAAATA
128 ATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATA
* * * * * * * * *
29561 GATAATTGCTCAAATAGTCATGATTATTTGAACTAGTTAGGCAAATAGAATTATTTTTTAAATCT
193 AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATAT
** * * *
29626 GATACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCTAAATAAGCTAGTATG
258 TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATG
* ** *
29690 AATTGAAAA-AATTGCTTTATGACAAAACAAAA----A-CA--
322 AA--CAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * *** * *
29725 ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTATTTGAACTAGT-TT-GGCAAACAAATTTG
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTGTTCAATAAACAGATTTA
* * ** * **
29788 TTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTTTTATATTAGTACCATTTTATTTTGAAT
65 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * * *** * * **
29853 AAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATGGAACAAAATG-TTATAA-CAGTTT-ACGGT
130 AAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAATGA-TTTGA-AAT
*** * * * * * * * *
29915 ATGCAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTTGATAAACAAATTGATTTTTTTAA-
192 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT
* * * * * * *
29979 A-TCT-CTTATTAATTTTTGAAAGA-T--TAAATTACTATTATTTTATT-TCGAATAAACATATA
256 ATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTA
* * * * *
30038 TGATTA-AAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAACG
320 TGA--ACAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * * * * *
30082 ATTTGAAATTGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAACTG-ATTCAGTAAATAGATTCAC
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTGTTCAATAAACAGATTTAT
* * * *
30146 TTTTTAAATCACTTGCTTATTAATTCTTT-GAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGACT
66 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* ** * * * ** * *
30210 AAGCTTGTATGAATTCAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAG
130 AAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGATCATAATGATTTGAAATAA
* * * * * * *
30275 ACAATTATTCAAATAGTCATAACAATTTGAATTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTAAACTCATG
194 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTA--TT----T--T-
* * * * **
30340 CTTATTAAT-TTTTAAATTATTTAATTTTTGAATTATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGA
250 -TTA--AATATTTT-ACTTA-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAA
* * * * * *
30404 TAAGCTTTTGTGAACTGAAACAAATGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATG
310 TAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * *
30458 ATTT-AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATCACTATTTAAACT-TGTTCAGTAAATAGATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTGTTCAATAAACAGATTTAT
** * * * *
30521 TTTGCCAAATC-ATTCCTTATTAA-TTTTATGAATGTTAATAAATTTAG-ATTATTTTATTTCGA
66 TTT-TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-GAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGA
* * * * * * *
30583 ATAAGCTCGTATG-ATACGAAACAAATATTTTATGACTTAATA-AAAAG-TCAGAATGATTTGAA
128 ATAAACTTGTATGAATA-AAAACAATTGTTTTATGAC--AAAACAAAAGATCATAATGATTTGAA
* * * * * * * **
30645 ATCAATAATTATTCTAATAG-CTTTAACTATTTGAATTGGCTCGGTAAACACTTTTATTTTTT-A
190 ATAAATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAA
* * * * * * *
30708 A-A-TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATT-ATTAACTATTATTATTTT-TAACCAAATAAGCTTC
254 ATATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTAAATAAGCTTG
* *
30768 TATGATTA-AAAACAATTATTTTTTGACAAAACAAATA--TCTTAATG
318 TATGA--ACAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATG
* * * * *
30813 ACTTGAGAT-GAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAG-GTTTAATAAACATATTTA
1 ATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTGTTCAATAAACAGATTTA
* * **
30876 TTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
65 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
* * *
30940 TAAATTTGTATG-ATCAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
129 TAAACTTGTATGAAT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATA
* * * * * * * * * * * * * * *
31004 GATAATCGTT-TAATCGACTATAATTATTTTAGCTAATTTGATAAATAGATTTATATTTTAAGTT
193 AATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATA
* * * * ** * *
31068 TTTTACTTGTT-ATTTTGGTAAGTAGT-ATATTTTGGTA--A--ATA-TC----TAAGCTTGTAT
257 TTTTACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTAT
* * * * * * **
31122 TAACTGAAACAATTATTTTATGACTAATCAAATGGTTATAACA
321 GAAC-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * ** *
31165 ATTTTAAATAGACATTTGTTCAAATAGTAATAATTATTTAAACT-TGTTCGTTAAATAGATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTGTTCAATAAACAGATTTA-
* * * * * * * *
31229 TTTTTTAAATCTCTTTCTAATTAATTTCT-GAATGTTAATAAATTAGTACTAATTTATTATAAAT
65 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * * ** * * *
31293 AAGCTAGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTC-TGAATAATTTCAAATA
130 AAACTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT-AATGATTTGAAATA
* * * * * * *
31356 GATAATTGTTCTTAAA-A-TCTTAACCATTTGAACTAATTTGGCTAAA-AAAATTATTTTTTAAA
193 AATAATTGTTC--AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGG-TAAACAGATTTATTTTTTAAA
* * ** * * * *
31418 TATCTTATTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGCATTATTTTAATC-AGAAAAAGCTTGT
255 TATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA-AATAAGCTTGT
* * * *
31482 GTGAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAGGA-AAAAGGTCATAATA
319 ATGAACAAAACAATTATTTTATGACAAA--ACAAAAGGTCATAATG
* * * ** * * *
31527 ATTTGGAACAAATAATCATTCATATCA-TCTTAACTATTTGAACTAGT-TTGGCAAT---TAGAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAACT-GTGTT--CAATAAACAGAT
* * ** * * **
31587 TTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTAGAGTATTCTTAAATTAGTATTATTTTATTTTG
62 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
* * * * * * *
31652 AATAAAATAGTATGAAT--AGACTAATTGTTTGATGAC-AAAC-TAAGAACCTATAAAGATTTGA
127 AATAAACTTGTATGAATAAAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-ATC-ATAATGATTTGA
* * ** * * * ** *
31713 AATAGATAGTCATTCAAATAGTCAAAAACTATTTGAAATGGTTTAGTAAACAGATTTACTTTTTA
189 AATAAATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTA
** * * *
31778 AACCTCTTA-TTAATTAATTTTCTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAACA-AA-
253 AATATTTTACTT-ATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAA-ATAAG
* * * * * **
31840 CTTATATTAATAAAGACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAGGTCATAACA
314 CTTGTATGAACAAA-ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* ** * ** **
31890 ATTTGAAATAAAATAATTGTTCATGTAGTCTTAACTATTTGAACTAGT-TT-AGCAAATGGATTT
1 ATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTGTTCAATAAACAGATTT
* * * * **
31953 ATTTTTTAAATTTCTTAGTTATTAATTTTCAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCCGAA
64 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
** * * * * * * * ** *
32018 TAGGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTCTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAG
129 TAAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAA
* * * * *
32083 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAATTTGATAAATAGATTTATTTTTT-AA-A-T
194 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATATT
* * * * *
32145 CT-CTTATTAATTCTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAGGCTTCTAT-A
259 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGA
** * * * * * **
32207 TTGAAAAGCAATTGTTTTAGGAGAAAACAAAAAGTAATAACA
323 -ACAAAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * *
32249 ATTTGAAATAGATAGTTGTTTAAATGGCCATAATTATTTGAA------T---T-----GATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTGTTCAATAAACAGATTTAT
* * *
32300 TTTTTAAATCTCTTA-TTA--ACTTTTGA-AATATTAATACAA-TAGTATTATTTTATTTTGGAT
66 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * * * * **
32360 AAGCTTTTATGAACT-AAAACAATTG-TTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATTG
130 AAACTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAA
* * * * * *
32423 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTCGAATTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTCAAATCT
194 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATAT
* *
32488 CTTGCTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTAT
258 TTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTAT
* * * * *
32551 GAACTAAAACAATTATTCTATGACTAAATAAAAGGTTAGAATG
321 GAAC-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * ** * * * *
32594 ATTTGAAATTA-AAAATTATTTTAATAGTCTTTAACTATTTGAACTG-GTTCAGCT-AATATATT
1 ATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTGTGTTCA-ATAAACAGATT
* *
32656 TATTTTTTAAAATCTCTTAC----TAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCT
63 TATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTT
* * * * * * *
32716 GAATAAGCTTATATG-ATCAGAAATAATTATTTTATGAGAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAT
126 GAATAAACTTGTATGAAT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAA
** * * * * ** * ****
32779 ATTGATATTTGTTTAAATAGTCATAACTTGCTTTTTAA-T--TTTTG-AAA-A-ATTAATAAGGT
190 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-T--ATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTT
* * * * * * * *
32838 AGTATTATTTTATTTCGGA-TAAGGTTTT----TATGAACTGAAA-CA--ATTGTTTTATGACAA
252 A--AATATTTTACTT---ATTAA-TTTTTGAAATATTAA-T-AAATTAGTATTATTTTAT-TCTA
* * *** ** *
32895 AATAAAAGGTAT-AATG-ACTTTA-AATTGATAAT-TGTTCAAATAGTC-AAA--TCTATTTGAA
308 AAT--AAGCT-TGTATGAACAAAACAATT-ATTTTATG-ACAAA-A--CAAAAGGTC-A--T-AA
32953 CTTG
361 --TG
* * ** * * ** * * * * *
32957 -TTTGGTAAACAAATTTTTTTTTAAATCTCCTGCATATTAATTTTTCAA--GTATT-AATAAATT
1 ATTT-G-AAATAGATAATTGTTCAAA--TAGT-CATA--ACTATTTGAACTGTGTTCAATAAA-C
* ** * * * ** * * *
33018 AGTTTTATTTTATTTTAAATAAGCTT--GTATGAATTTATATTATTTTATTTGGAATATTAATAA
58 AGATTTA--TT-TTTTAAAT-CTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTA-AT--AA-ATTAGT--
* * * * * *
33081 ATTTATATTATTTTATTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGGCAAAACAAAA
113 A-TT--ATT-TTAT-TTTGAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * **
33146 TG-TCATAATGATTTGAATTAGAA-AATTATTCAAATAGTCATTACTATTTGAACTTGTTCAATA
173 -GATCATAATGATTTGAAATA-AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTA
* * * * * * * * *
33209 AATATATTCATTTTTTAAATCTCTTGCTCATTGATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
236 AACAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * * * * * * * **
33274 TTTTC-GAATAAACCTATATTAACGATACAATTGTTTTATGA-AGAAACAAAATGTAATAACA
301 TATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAACAATTATTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * *
33335 ATTTGAAATATATAATTATTTAAATAGTTATAACTATTTGAACT-TGTTCGATAAACATATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTGTTCAATAAACAGATTTAT
* * * * * * * * ***
33399 TTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATA
66 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * * * * **
33464 AGCTTCTATGAACAAAAGCAATTGTTTTTTATGA-AATA-AAAAG-TCATAACAATTTGAAATAA
131 AACTTGTATGAATAAAAACAATTG--TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAA
* *
33526 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TATATTCAGTAAATC-GAGTTGT-TTTTTTAAA
194 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-GTTCGGTAAA-CAGA-TT-TATTTTTTAAA
* * * * *
33588 TCA-TTTACTTATTAATTGTCT-AAATATTAACAAATTTA-TATTATTTAATT-GAAATAAGATT
255 T-ATTTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTT
* * * * * ***
33649 GTATGAATAGAAAAAATTATTTTATAACAAAAAAAAAGGTTATAGCA
317 GTATGAACA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* *** * ** * *
33696 ATTTGAAATAGGTAATCACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TATTTGATAAACAAATTTAG
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTGTTCAATAAACAGATTTAT
* *
33760 TTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTTGAATA
66 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * * * * ** *
33821 AGCTTGTAGGAACATAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGCCATAATGATTTGAAATAGAT
131 AACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAAT
* * * * * * * ** * * *
33886 AATTGTTCAAACAATCAAAACTATTTGCATTGGTTAGGCCAACA-ATTCATTTTTTAAATCTGTT
196 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATATTTT
* * * ** *
33950 ACTTATTAATTTTT-AGAATATTAAT-TATTAGCATTATTTTATT-TCGAATAAGAGTGTATCAA
261 ACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAA
* * ** *
34012 TAGGAAA-AACTATTTTATGACAAAACAAATTGTCATAACG
324 CA--AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * *
34052 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTGTGATAATTAATTGAACTAGT-TT-GATAAATAGATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTGTTCAATAAACAGATTTA
* * *
34115 TTTTTTAAA--T-TT-CTCATTAA----T--AA-A-T--T--A-T--TATTATTTTATTCTGAAC
65 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * * * * * * *
34161 AAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTCATGACAAAGCAAAAGGTCATAATGATTTGAAAGAGA
130 AAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAA
* * * * * * * * * *
34226 TAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT
195 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATATTT
* * * * * **
34291 TAGTTATTAA-TTTTCATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATACCGAATAAGCTTGTATGAA
260 TACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA
* * * *
34355 CATAAATAATTATTTTTTGACAAAACAAAAGGTTATAACG
324 CA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * *
34395 ATTTGAAATATATAATAGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTCGATAAACAGATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTGTTCAATAAACAGATTTAT
* * * ***
34459 TATTTAAATCTCCTACTCATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCCAAA
66 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTTGAA
** * * * * *
34523 TAGGCTTATATG-ATGAAAAACAATTGTTTCATGACAAAATAAATGTTCATAATGATTTGAAATA
129 TAAACTTGTATGAAT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATA
* * * * * **
34587 GATAATTGTTCAAATTA-CCATAATTATTTAAACTTA-TTCGATAAATTGATTTATTTTTTAAAT
193 AATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT
* * * * * * ** ** *
34650 -TTTCAACTTCTCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAATTTTTA
256 ATTT-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTA
** * * * *
34714 AAAACTAAAACAATTGTTTTATTATAAAATAAAAAGGTCATAATG
320 TGAAC-AAAACAATTATTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATG
* * * *** *
34759 ATTTCAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTTGTTTGGTAAATAGATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTGTTCAATAAACAGATTTAT
* * * * * **
34823 TTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTCTA-AATGTTAATAAAATAGTATTATTTTAGTTCAAAT
66 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * * * ** * * *
34887 AAGCATGTATGAACT-GAAACAATTATTTTATGATTAAACAGAATG-TCAAAATGATTTGAACTA
130 AAACTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGATCATAATGATTTGAAATA
* * * * * * * *
34950 GATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACATATTTGTTTCTTCGGCAA
193 AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTT-TT---TAA
* ** * * * * *
35015 ACATATTTGTTTCTTAAATCTCTTAT-AAATTTTAGAATATTATTAGT-TTAGCAACATTATACT
254 ATAT-TTTACTTATT-AAT-T-TT-TGAAATATT--AATA-AATTAGTATT------ATTTTATT
* * * * * *
35078 CCAAATAAGCTTGTATGGATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACG
305 CTAAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * ** * *
35136 ATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAGCT-AGTCCGGTAAACATATTTAG
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTGTTCAATAAACAGATTTAT
* * * * *
35200 TTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT-GAGATATTAGTAAAGTAGCATTATTTTATTTCGAAT
66 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
** * * * * * * *
35264 AAGTTTTTATGAACT-GAAACAATTATTTT-TAGACAAACCAAAAGTTCGTAATG-TCTTTAAAT
130 AAACTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTAT-GACAAAACAAAAGATCATAATGAT-TTGAAAT
* * *
35326 AGAA-AATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTAATTTTTTAA
192 A-AATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTT-ATTTTTTAA
* * * * * * * * * * *
35389 ATCTCTTGCTCATTAATTTTTCATATGTTAGTAAATTAGTGTTATTTTATTTTAAATAAGCTTGC
254 ATATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGT
* * * * * * *
35454 ATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAA-AAAATGTTAGAATG
319 ATGAAC-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
** * * ** ** *
35498 ATTTGAAATAGATAATTGTTTTAATAGTCGTAATTATTTGAACT-AATTCAGCAAAC--ACTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTGTTCAATAAACAGATTTAT
* * * * * *
35560 TTTTTTAATCTCTTACTTATTATTTTTTCGAATATTATTAAATTAGTACTATTTTA--TCGAA-A
66 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * * * *
35622 AAGTTTGTATGAA-AAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAA-ATCATAACGATTTGAGATAG
131 AA-CTTGTATGAATAA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAA
* * * * * * *
35685 ATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAACT-GTTTTC-ATGAACATATTTAGTTTTT--A-A
194 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG--TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATA
* * * ** * * ** *
35745 GTCT-CTTTTTAATTTTCAAAATATTAATAGATCAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGAATG
257 TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATG
* * *
35809 AAC---A-AATTGTTTTATGACAAAACCAAAGGTCATAACG
322 AACAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * ** *
35846 ATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATTGACATGACTATTTGAA-TTTATTCGGTAAACAAATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTGTTCAATAAACAGATTTAT
* * * * *
35910 TTTTTAAATCTCCTAGC-TATTAATTTTCAGAATATAAAT-AATTAGTATTATTTTATTTTGGAC
66 TTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * * ** * *
35973 AAACTTATATGAATAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAA-AGTCAAAACAATTTTAAATAG
130 AAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAA
* * * * * * *
36037 ATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTAGAACTAGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTC
194 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATATT
* * *
36102 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATT-TCGAATAAGCTAGTATG
259 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATG
* * * * * **
36165 AATTGAAAA-AGTTGTTTTATGTCAAAATAAAAGGTCATAACA
322 AA--CAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * ** * * * *
36207 ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTG-GTTTGACAAAAAAAATTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTGTTCAATAAACAGATTTAT
** * ** * **
36271 TTTAAAAATCTCTTAGTTATTAATTTTGGGAATA-TAATTAGATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
66 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * * ** * * * * * *
36335 AAGCTAGTATGAACAAAAGTAATTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAACGA-TT-AAGTATA
130 AAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAA
* * * * * * *
36398 CAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGATTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTT
195 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATATT
* *
36462 TTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATCAGTATTA
259 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
36501 AGGATTTAAA
Statistics
Matches: 10462, Mismatches: 2295, Indels: 1538
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
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309 23 0.00
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TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
AACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAAT
AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATATTTT
ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACA
AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
Found at i:26733 original size:360 final size:356
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* * * * *
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* * * * * * * * * *
26049 ATCTAGTTCA-ATAAACATACTTATTTCTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTCAAATATTTATA
64 AACTAGTT-AGATAAACAAAATTATTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATA
** ** * * * * *
26113 AATTAGTATTATTTTAATT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACGAAACA
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* * * * * * * * * * * * *
26177 ACAA-GTCATAACT-ATTT-GAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTTAATTTATTT
188 A-AAGGTAATAA-TGATTTAGAAACAGACAATTGTTCATATAATCTTAAATATTTGAA-CTACTC
* * * ** *
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250 TAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATCAATTTTTG-AATATTATTAAATTAGTAT
* * * * * *
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314 TA-TTTAACTCCAAATAAGA-TTATATGAACAAAAATAATTGTTT
* * *
26342 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAATAGTCATAGTTATTT
1 TATGACAGAACAAAAGGTTATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA--TATTT
* * *
26406 GAACTAGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAA-TC-T-CTTGTTAATTTTTGAAATATTAATAA
63 GAACTAGTTAGATAAACAAAATTATTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAA
* * * * *
26468 ATTTA-TTTTATTTTATTCCAAATTAGCTAGTATAA-ATTCAAAAAAA-GTTATTTTACGCTAAA
128 A-TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCT--TA-AATA-TAAAAAAAATGTTATATGAC-C--AA
* * * * **
26530 ACAAAAGGTCATAATGATTT-GAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAAATATTTGAACTGGT-
185 ACAAAAGGTAATAATGATTTAGAAACAGACAATTGTTCATATAATCTTAAATATTTGAACTACTC
* * * * *
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250 T-AGCAAACAAATTTAT-TTTTTAAATCTCTTAATTATCAATTTT-TGAATATTATTAAATTAGT
* ** *
26657 ATTATTTAATTCTGAATAAGATTGTATGAACAAAAATAATTGTTT
312 ATTATTTAACTCCAAATAAGATTATATGAACAAAAATAATTGTTT
* ** * *
26702 TATGACAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTTATATATTTGAA
1 TATGACAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATATATTTGAA
* * * *
26767 TTAGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAAT
66 CTAGTTAGATAAACAAAATTATTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAAT
26832 TAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTAAATGATAAAAAAAATTGTTATATGACCAAACAAAAGG
130 TAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTAAAT-ATAAAAAAAA-TGTTATATGACCAAACAAAAGG
** * * * * *
26897 TAATAATTTTTTATAAACAGACAATTGTTCATATAATCTTAATTATTTGAACTACTCTGGTAAAT
193 TAATAATGATTTAGAAACAGACAATTGTTCATATAATCTTAAATATTTGAACTACTCTAGCAAAC
* * *
26962 AGATTTGTTTTTTAAATCTCTTAATTATCAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAC
258 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATCAATTTTT-GAATATTATTAAATTAGTATTATTTAAC
* * *
27027 TCCAAATAAGCTTATATGAACTAAAATAATTATTT
322 TCCAAATAAGATTATATGAACAAAAATAATTGTTT
* * *
27062 TATAATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAG
1 TATGACAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
27114 AAACTACTTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TATGACAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATATATTTGAA
CTAGTTAGATAAACAAAATTATTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATT
AGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTAAATATAAAAAAAATGTTATATGACCAAACAAAAGGTAA
TAATGATTTAGAAACAGACAATTGTTCATATAATCTTAAATATTTGAACTACTCTAGCAAACAAA
TTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATCAATTTTTGAATATTATTAAATTAGTATTATTTAACTCCA
AATAAGATTATATGAACAAAAATAATTGTTT
Found at i:28757 original size:23 final size:23
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28704 TTGGTAAACA
* *
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1 TATTATTT-TTGAAATCATTTA
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TATTATTTTTGAAATCATTTACT
Found at i:30359 original size:15 final size:15
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30331 AAACTCATGC
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*
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTATTAATTTTTAAA
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Period size: 195 Copynumber: 1.9 Consensus size: 195
30155 CACTTGCTTA
* *
30165 TTAATTCTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGACTAAGCTTGTATGAATTCAAAC
1 TTAATTCTTTGAATATTAAGAAATTAATATTATTTTATTTTGACTAAGCTTGTATGAACTCAAAC
* * *
30230 AATTGTTTTGTGACAAAATAAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGACAATTATTCAAATAGTCAT
66 AAATGTTTTATGACAAAATAAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAACAATTATTCAAATAGTCAT
* * **
30295 AACAATTTGAATTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTAAACTCATGCTTATTAATTTTTAAATTAT
131 AACAATTTAAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTAAACTCATGCTTATTAATTTTTAAATTAT
* * * *
30360 TTAATT-TTTGAATTATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGA-TAAGCTTTTGTGAACTGAA
1 TTAATTCTTTGAA-TATTAAGAAATTAATATTATTTTATTTT-GACTAAGCTTGTATGAACTCAA
* * ** * *
30423 ACAAATGTTTTATGTCAAAA-CAAAAGGTCATAATGA-TTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
64 ACAAATGTTTTATGACAAAATAAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAACAATTATTCAAATAGTC
* * * *
30486 ATCACTATTTAAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTT
129 ATAACAATTTAAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTT
30524 GCCAAATCAT
Statistics
Matches: 139, Mismatches: 23, Indels: 6
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Matches are distributed among these distances:
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TTAATTCTTTGAATATTAAGAAATTAATATTATTTTATTTTGACTAAGCTTGTATGAACTCAAAC
AAATGTTTTATGACAAAATAAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAACAATTATTCAAATAGTCAT
AACAATTTAAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTAAACTCATGCTTATTAATTTTTAAATTAT
Found at i:32746 original size:179 final size:175
Alignment explanation
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Period size: 179 Copynumber: 2.9 Consensus size: 175
32284 ATTTGAATTG
*
32294 ATTTATTTTTT-AAATCTCTTATTAACTTTTGAAATATTAATACAA-TAGTATTATTTTATTTTG
1 ATTTATTTTTTAAAATCTCTTATTAATTTTTG-AATATTAATA-AATTAGTATTATTTTA-TTTG
* * * * * *
32357 GATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATT
63 AATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTATTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATT
* * * * *
32422 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTCGAATTTGTTCGATAAACAA
128 AAAAATTATTCAAATAGTCATAACTATTCGAACTGGTTCGATAAACAA
*
32470 ATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTT-AAA-ATC-T-CTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * *
32535 TCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTCTATGACTAAATAAAAGGTTAGAATGATTTGA
61 T-GAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTATT-TATGACAAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGA
** * * * * *
32600 AATTAAAAATTATTTTAATAGTCTTTAACTATTTGAACTGGTTCAGCT-AATAT
124 AATTAAAAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTCGAACTGGTTC-GATAAACAA
* * *
32653 ATTTATTTTTTAAAATCTCTTACTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCTGA
1 ATTTATTTTTTAAAATCTCTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTGA
* * * * * *
32718 ATAAGCTTATATGATC-AGAAATAATTATTTTATGAGAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGATAT
64 ATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAAT
* * * * *
32781 TGATATTTGTTTAAATAGTCATAACT
127 TAAAAATTATTCAAATAGTCATAACT
32807 TGCTTTTTAA
Statistics
Matches: 277, Mismatches: 45, Indels: 29
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
176 11 0.04
177 5 0.02
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184 2 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (175 bp):
ATTTATTTTTTAAAATCTCTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAT
AAGCTTATATGAACTAAAACAATTATTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATTAAA
AATTATTCAAATAGTCATAACTATTCGAACTGGTTCGATAAACAA
Found at i:35012 original size:21 final size:21
Alignment explanation
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34976 TTTGAACTGG
34986 TTCGGCAAACATATTTGTTTC
1 TTCGGCAAACATATTTGTTTC
35007 TTCGGCAAACATATTTGTTTC
1 TTCGGCAAACATATTTGTTTC
35028 TT
1 TT
35030 AAATCTCTTA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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TTCGGCAAACATATTTGTTTC
Found at i:36999 original size:181 final size:180
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Indices: 36532--38747 Score: 1068
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36522 TCTGTCGAAT
* * * * * * * * * *
36532 AGTTCAAATAGTTAAGACTA-TGGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCT-AACCTTCTATTTAG
1 AGTTCAAATAATTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTG
* * * * **
36595 TCATAAAATAA-T-TGTTTCAGTTCATACATGTTTATTCAAAATAAAATAATACTT--TTTATTA
65 TCATAAAACAATTATTTTTCA--TCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATA-TTAATTTATTA
* ** * * * *
36656 ACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC
127 ATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAC
* * * * * *
36710 AAGTTTAAAT-AGT-TGCCTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTACG-ACTTTTTATTTT
1 -AGTTCAAATAATTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTT
* * * * * *
36772 ATCATAAAATAA-T-TGTTTCAGTTCATAAAAGCTTA-TCTGAAATAAAATAATATTACTTTATT
64 GTCATAAAACAATTATTTTTCA--TCATACAAGCTTATTC-GGAATAAAATAATATTAATTTATT
* ** *
36834 AATATTTTAAAAATTGATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATCAAATC
126 AATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAA-C
* * *
36890 AATTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAATTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGT
* * * *
36955 CATAAAACAATTATTTTTCATCATACAATCCTATTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATAT
66 CATAAAACAATTATTTTTCATCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
* * * * * * *
37020 TTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTT-AAAAATAAGTATGTTTACCTAACC
131 TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAAC
** * * ** * *
37070 AGTTCAAATGGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTAT-AACCTTGTGTTCTG
1 AGTTCAAATAATTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTG
* ** * * * * *
37134 TCATAAAACAATTTTTTTTGTTCGTACAAGCTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATGTAATAAT
65 TCATAAAACAATTATTTTTCATCATACAAGC-TTATTCGGAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
* * * * * * *
37199 ATTCTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAACAATAAATTTA-TT-TGAACC
129 ATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAC
* * * * * * * * * *
37249 AGTTCAAATAGTTAAGGGTATATGAACAATTTTTTATTTCAAATCATTATCACCCTTTGTTTT-A
1 AGTTCAAATAATTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGT
* * * ** *
37313 CTATAAAAC-A--ATTTTTCAGTTCTTAGCAA-CTTATTCAGAATAAAATAAAACAAATTTAATA
66 C-ATAAAACAATTATTTTTCA--TCATA-CAAGCTTATTCGGAATAAAATAATATTAATTTATTA
* * * * * * *
37374 ATATTTTAAAAA-TAATTAGCAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTGTCCAAC
127 ATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAC
* * * *
37427 TAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCGATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
1 -AGTTCAAATAATTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTG
* * * *
37492 TCATAAAACAAATT-TTTTT--TCAAATAAGTTTATTGGGAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
65 TCATAAAAC-AATTATTTTTCATCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
* * * * * *
37554 ATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGAGTTAAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAACC
129 ATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAAC
* * *** * * *
37607 AGTTCAATTAGTT-TAATTATTTGAACAATTATTTTTATTTCAAAAAT-GTTATG-ACATTTGTT
1 AGTTCAAATAATTATGGCTATTTGAACAATTA--TCTATTTC--AAATCATTATGAACTTTTGTT
* * * * * **
37669 TTGTAATAAGAACAATT-TGTTTCTGTCATAC-AGTCTTAGTT-AGAATAAAGTAATGCTAATTT
62 TTGTCATAA-AACAATTATTTTTC-ATCATACAAG-CTTA-TTCGGAATAAAATAATATTAATTT
* * * * * * **
37731 ATTAATATTCTAAAAATTAATAAATAA-ATGAATTTAAACTAAT-TATGTTTGCCTTA-C-GCC
123 ATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGA-G-ATTTAAA-AAATAAATCTAT---TTATCAAAC
* * * ** * * * * * * *
37791 AATGCAAATATTTATGATTGTTTGACCAAGTATCTATTTCAAATCGTTAT-ACCTTTTAGTATTA
1 AGTTCAAATAATTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTT-GTTTTG
* * * * * * * * **
37855 TC--CAATCAATTGGTTTCTATTCAATTATTA-TAG-TTATTTTGAAATAACATAAT-TCTAGCT
65 TCATAAAACAATT--ATT-T-TTC-ATCA-TACAAGCTTA-TTCGGAATAAAATAATAT-TAATT
* * * *
37915 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTATTAAAC
122 TATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAC
* * * ** *
37974 AAGTTAAAATAGA-TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGCTA-CAACCTTTTGTTT
1 -AGTTCAAATA-ATTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTT
* * * * **
38037 TGTCATAAAACAA-T-TTTTTCTATTCATTCAAGCTTATTTC-AAATAACATAACACAAATTTAT
63 TGTCATAAAACAATTATTTTTC-A-TCATACAAGCTTA-TTCGGAATAAAATAATATTAATTTAT
*
38099 TAATA-TTCAAACAA-T--TAA--AA-AG----------TAAATCTATTTATCGAATA-
125 TAATATTTTAAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AA-AC
* * * * * *
38140 AGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATG-AC-TCT-TTTT-T
1 AGTTCAAATAATTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGT
* ** * *
38201 -ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATAT
66 CATAAAACAATTATTTTTCATCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
* * * * * * *
38265 TTTGACAAA-TAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAAAA
131 TTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAAC
* * * ** * * *
38316 AGTCCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATG-ACTTTT-ATTTGA
1 AGTTCAAATAATTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTG-
** * * * * ** *
38379 TTTTAAAACAA-T-TGTATCAGTTCATA-TAGACTTCTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
65 TCATAAAACAATTATTTTTCA--TCATACAAG-CTTATTCGGAATAAAATAATATTAATTTATTA
* ** * * * *
38441 ATATTCCT-AAAATTAATGAA-TAAGAGATTTAAAAAATGCATCTGTTCACCAAATA
127 ATATT-TTAAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAA-C
* * * ** * * *
38496 AGTTTAAATAGTCATCACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAATTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGT
* * ** * * *
38561 CATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTTTTTC-AAATAAAATAATATAAATTTATTAATA
66 CATAAAACAATTATTTTTCATCATACAAGC-TTATTCGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATA
* * * * * * *
38625 TTTCAAAAGTTAATAAG-AAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAACAC
130 TTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTTATCAA-AC
* * * * *
38677 A-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAATTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGAACTTTTGTTTTG
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65 TCATAAAA
38748 ATAAAATAAT
Statistics
Matches: 1574, Mismatches: 338, Indels: 249
0.73 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
159 3 0.00
160 42 0.03
161 7 0.00
162 11 0.01
163 5 0.00
164 2 0.00
165 55 0.03
166 4 0.00
167 1 0.00
175 3 0.00
176 91 0.06
177 54 0.03
178 147 0.09
179 220 0.14
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182 55 0.03
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184 79 0.05
185 63 0.04
186 14 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AGTTCAAATAATTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGT
CATAAAACAATTATTTTTCATCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAC
Found at i:37144 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 36532--38123 Score: 923
Period size: 181 Copynumber: 8.8 Consensus size: 180
36522 TCTGTCGAAT
* * * * * * * *
36532 AGTTCAAATAGTTAAGACTA-TGGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACCTTCTATTTAGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * * *
36596 CATAAAATAA-T-TGTTTCAGTTCATACATGTTTATTCAAAATAAAATAATACT-TTTTATTAAC
66 CATAAAACAATTATTTTTCA--TCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATAATAATTTATTAAT
* * * * * * *
36658 A-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAACA
129 ATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATT-TAAAAATAAATATGTTTACCTAACC
* * * * * * * *
36711 AGTTTAAATAG-T-TGCCTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTACGACTTTTTATTTTAT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * *
36774 CATAAAATAA-T-TGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAAT
66 CATAAAACAATTATTTTTCA--TCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATAATAATTTATTAAT
* * ** * * * *
36837 ATTTTAAAAATTGATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCA-ATTTATCAAATC
129 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAAT-ATGTTTACCTAACC
* * * * * * *
36890 AATTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * **
36955 CATAAAACAATTATTTTTCATCATACAATCCTATTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATAT
66 CATAAAACAATTATTTTTCATCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATAT
* *
37020 TTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAATAAGTATGTTTACCTAACC
131 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATATGTTTACCTAACC
* * * * * *
37070 AGTTCAAATGGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTGTGTTCTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* ** * ** * * *
37135 CATAAAACAATTTTTTTTGTTCGTACAAGCTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATGTAATAATA
66 CATAAAACAATTATTTTTCATCATACAAGC-TTATTTAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATA
* * * * *
37200 -TTCTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAACAATAAATTTATTT---GAACC
130 TTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA-AATAAATATGTTTACCTAACC
* ** * * * * * * *
37249 AGTTCAAATAGTTAAGGGTATATGAACAATTTTTTATTTCAAATCATTATCACCCTTTGTTTT-A
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
37313 CTATAAAAC-A--ATTTTTCAGTTCTTAGCAA-CTTATTCAGAATAAAATAA-AACAAATTTAAT
66 C-ATAAAACAATTATTTTTCA--TCATA-CAAGCTTATTTAAAATAAAATAATAA-TAATTTATT
* * * * * * *
37373 AATATTTTAAAAA-TAATTAGCAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTGTCC-AACT
126 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATATGTTT-ACCTAACC
* * * *
37428 AGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCGATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *** *
37493 CATAAAACAAATT-TTTTT--TCAAATAAGTTTATTGGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATA
66 CATAAAAC-AATTATTTTTCATCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATA
** * * *
37555 TTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGAGTTAAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAACC
130 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TT-TAAAAATAAATATGTTTACCTAACC
* * * * *
37607 AGTTCAATTAGTT-TAATTATTTGAACAATTATTTTTATTTCAAAAAT-GTTATGA-CATTTGTT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA--TCTATTTC--AAATCGTTATGACCTTTTGTT
* * * * * * **
37669 TTGTAATAAGAACAATT-TGTTTCTGTCATAC-AGTCTTAGTTAGAATAAAGTAATGCTAATTTA
62 TTGTCATAA-AACAATTATTTTTC-ATCATACAAG-CTTATTTAAAATAAAATAATAATAATTTA
* * * * *
37732 TTAATA-TTCTAAAAATTAATAAATAA-ATGAATTT-AAACTAATTATGTTTGCCTTACGCC
124 TTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGA-G-ATTTAAAAATAAATATGTTTACC-TA-ACC
* * * * * * * * *
37791 AATGCAAATATTTATGATTGTTTGACCAAGTATCTATTTCAAATCGTTAT-ACCTTTTAGTATTA
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-GTTTTG
* * * * * * * ** **
37855 TC--CAATCAATTGGTTTCTATTCAATTATTA-TAG-TTATTTTGAAATAACATAATTCTAGCTT
65 TCATAAAACAATT--ATT-T-TTC-ATCA-TACAAGCTTA-TTTAAAATAAAATAATAATAATTT
* * * *
37916 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTA-TTAAACA
123 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATATGTTTACCT-AACC
* * * * **
37975 AGTTAAAATAGATATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGCTACAACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *
38040 CATAAAACAA-T-TTTTTCTATTCATTCAAGCTTATTTCAAATAACATAACACA-AATTTATTAA
66 CATAAAACAATTATTTTTC-A-TCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATA-ATAATTTATTAA
*
38102 TA-TTCAAACAATTAAAAAGTAA
128 TATTTCAAA-AATTAATAAGTAA
38124 ATCTATTTAT
Statistics
Matches: 1092, Mismatches: 246, Indels: 148
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
176 31 0.03
177 40 0.04
178 143 0.13
179 215 0.20
180 164 0.15
181 232 0.21
182 40 0.04
183 70 0.06
184 66 0.06
185 67 0.06
186 24 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
CATAAAACAATTATTTTTCATCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATAT
TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATATGTTTACCTAACC
Found at i:37447 original size:358 final size:358
Alignment explanation
Indices: 36992--37650 Score: 830
Period size: 358 Copynumber: 1.8 Consensus size: 358
36982 ATCCTATTTG
* * * *
36992 GAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAATAAGTA
1 GAATAAAATAATAAAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAATAAGTA
** * **
37057 TGTTTACCTAACCAGTTCAAATGGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAA
66 TGTTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATAGATTTCAAATCATTATAA
* **
37122 CCTTGTGTTCTGTCATAAAACAATTTTTTTTGTTCGTACAAGCTTTATTCGAAATAAAATAATAC
131 CCTTGTGTTCTGTCATAAAACAA-ATTTTTT-TTCAAACAAG-TTTATTCGAAATAAAATAATAC
* * *
37187 TAATGTAATAATATTCTGAAAATTAATAACTAAGAGA-TTTAAACAATAAATTTATTT-GAACCA
193 TAATGTAATAATATTCTGAAAATTAATAACTAAAAGAGTTAAAAAAATAAATTTATTTAGAACCA
37250 GTTCAAATAG-TTAAGGGTATATGAACAA-T-TTTTTATTTCAAATCATTATCACCCTTTGTTTT
258 GTTCAAATAGTTTAA--GTATATGAACAATTATTTTTATTTCAAATCATTATCACCCTTTGTTTT
37312 ACTATAAAACAATTTTTCAGTTCTTAGCAACTTATTCA
321 ACTATAAAACAATTTTTCAGTTCTTAGCAACTTATTCA
* * *
37350 GAATAAAATAA-AACAAATTTAATAATATTTTAAAAA-TAATTAGCAAGAGATTTAAAAAATAAT
1 GAATAAAATAATAA-AAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAATAAG
* * * * *
37413 TTTGTTTGTCC-AACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCGATTTCAAATCATTA
64 TATGTTT-ACCTAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATAGATTTCAAATCATTA
* * * * * * *
37477 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATTTTTTTTCAAATAAGTTTATTGGGAATAAAATAATAT
128 TAACCTTGTGTTCTGTCATAAAACAAATTTTTTTTCAAACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATAC
* * * * * *
37542 TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGAGTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTAACC
193 TAATGTAATAATATTCTGAAAATTAATAACTAAAAGAGTTAAAAAAATAAATTTATTTA-GAACC
* * *
37607 AGTTCAATTAGTTTAATTATTTGAACAATTATTTTTATTTCAAA
257 AGTTCAAATAGTTTAAGTATATGAACAATTATTTTTATTTCAAA
37651 AATGTTATGA
Statistics
Matches: 253, Mismatches: 39, Indels: 17
0.82 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
355 51 0.20
356 24 0.09
357 32 0.13
358 127 0.50
359 19 0.08
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (358 bp):
GAATAAAATAATAAAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAATAAGTA
TGTTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATAGATTTCAAATCATTATAA
CCTTGTGTTCTGTCATAAAACAAATTTTTTTTCAAACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
TGTAATAATATTCTGAAAATTAATAACTAAAAGAGTTAAAAAAATAAATTTATTTAGAACCAGTT
CAAATAGTTTAAGTATATGAACAATTATTTTTATTTCAAATCATTATCACCCTTTGTTTTACTAT
AAAACAATTTTTCAGTTCTTAGCAACTTATTCA
Found at i:38786 original size:148 final size:149
Alignment explanation
Indices: 38598--38896 Score: 419
Period size: 149 Copynumber: 2.0 Consensus size: 149
38588 AGCTTTTTTC
*
38598 AAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAG-AAGAA-ATTTAAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAA
* ** *
38661 TATGTTTTTTGAACACAT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTA
65 TATATTTACTGAACA-ATATCAAATAGTTATGACCATTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTA
*
38725 TGACCTTTTGTTTTGTCATAA
129 TGACATTTTGTTTTGTCATAA
*
38746 AAATAAAATAATACT-AATTTATTAGTA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
1 AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
* * *
38809 ATCTATTTACTGAGCAATATCAAATAGTTATGACCGTTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTA
64 ATATATTTACTGAACAATATCAAATAGTTATGACCATTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTA
* *
38874 TTATATTTTGTTTTGTCATAA
129 TGACATTTTGTTTTGTCATAA
38895 AA
1 AA
38897 TTATTATTTC
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 12, Indels: 9
0.86 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
147 3 0.02
148 40 0.30
149 91 0.68
ACGTcount: A:0.45, C:0.06, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (149 bp):
AAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
ATATTTACTGAACAATATCAAATAGTTATGACCATTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATG
ACATTTTGTTTTGTCATAA
Found at i:39016 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 38747--39275 Score: 480
Period size: 182 Copynumber: 2.9 Consensus size: 181
38737 TTGTCATAAA
* *
38747 AATAAAATAATACTAATTTATTAGTATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
* ** * ** * * * *
38812 TATTTACTGAGCAATATCAAATAGTTATGACCGTTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATTA
66 CATTTACCAAACAATATCAAATAGCCATGACCATTTGAATAATTATCTATGTCAAATAGTTATGA
** * ** * *
38877 TATTTTGTTTTGTCATAAAATTATTATTTCCATTCATATAAGTTTATTTGG
131 TATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCCATTCATACAAAATTATATAG
* ***
38928 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAAATTAATAGGTTGGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* *
38993 CCATTTACCAAACAAGT-TCAAATAGCCATGTCCATTTGAATAATTATCTATGTCAAATTGTTAT
65 CCATTTACCAAACAA-TATCAAATAGCCATGACCATTTGAATAATTATCTATGTCAAATAGTTAT
* ** * * ** *
39057 GATTTTTTGTTTTGTTGTAGAACAATTGTTTCTGTTCATGCAAAATTATATAG
129 GATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCCATTCATACAAAATTATATAG
* * * * *
39110 AATAAAATAATATTGATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TCAAAGATTTAAAAACTAAATT
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
** * * ** * * * * *
39171 TGTTTACTAAATCAGT-TCAAATAGTTATGACTACTTAAACAATTATCTATCTCAAATCA-TTAT
66 CATTTACCAAA-CAATATCAAATAGCCATGACCATTTGAATAATTATCTATGTCAAAT-AGTTAT
* * * **
39234 GAT-CTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAA
129 GATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCCATTCATACAA
39276 GCTTATTTGG
Statistics
Matches: 283, Mismatches: 61, Indels: 13
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
176 32 0.11
177 66 0.23
178 4 0.01
180 1 0.00
181 33 0.12
182 146 0.52
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
CATTTACCAAACAATATCAAATAGCCATGACCATTTGAATAATTATCTATGTCAAATAGTTATGA
TATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCCATTCATACAAAATTATATAG
Found at i:39631 original size:183 final size:183
Alignment explanation
Indices: 39312--40756 Score: 497
Period size: 181 Copynumber: 8.0 Consensus size: 183
39302 TTTAATAATA
* * * *
39312 AAAAAAATAAATGTGTTTTACCCATCCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATT
1 AAAAAAATAAATATGTTTTACCCAACAAGTTCAAATAGATAAGACTATTAGAACAATTATCTATT
* * * * * ** *
39377 TCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAGTTTATACAAGCTTATTTGA
66 TAAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAAATTATCTGA
*
39442 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT
131 AATAAAATAATACTAATTCATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTT
* * * * * * *
39495 AAAAAAATTAATATG-TTTACCTAACAAGTTCAAGTAGATATGATTATTTGAATAATTATCTATT
1 AAAAAAATAAATATGTTTTACCCAACAAGTTCAAATAGATAAGACTATTAGAACAATTATCTATT
* *
39559 TAAAATCGTTATGACCTTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAAATTATCT
66 TAAAATCATTATGACC-TTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAAATTATCT
* * * *
39623 GTAATAAAATAATGCTACTTCATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGATTT
129 GAAATAAAATAATACTAATTCATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT
* * ** * * * *
39678 -GAAAACTAAAGCTAT-TTTT--TGAACCAGTTCAAAT---TACA-ACCATTTGAACAAATAT-T
1 AAAAAAATAAA--TATGTTTTACCCAACAAGTTCAAATAGATA-AGACTATTAGAACAATTATCT
* * ** * * * *
39734 AATCTCAAATCGCTATGATCTTTAT-TTT-GTTATGAAAA-AATTATTTC-TTATCAT-ACAAA-
63 -ATTTAAAATCATTATGACCTTT-TGTTTAGTCAT-AAAACAATTATTTCAGT-TCATAAAAAAT
* * * * * *
39793 -CT-TG--TTCAGAT--TA--AA---A-TAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
124 TATCTGAAATAAAATAATACTAATTCATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT
* * * * * *
39841 -AAAAAATAAATCA-G-TTTATCAAATC-AGTTTAAATA-ATTATA-ACCATTTGAACAATTATA
1 AAAAAAATAAAT-ATGTTTTACCCAA-CAAGTTCAAATAGA-TA-AGACTATTAGAACAATTATC
* * * * * **
39900 TATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTCTTTTTCA--ACATACAAGCT
62 TATTTAAAATCATTATGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAA-T-TATTTCAGTTCATAAAAAAT
* ** * * * *
39962 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTCCAAGAA-T--T-AGTAAGAGATCT
124 TATCTGAAATAAAATAATACTAATTCATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT
* * * * * * * *
40018 --AAAAATAAATCT-ATTTA-CCAAAATAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
1 AAAAAAATAAATATGTTTTACCCAACA-AGTTCAAATAGATAAGACTATTAGAACAATTATCTAT
* * * * **
40079 TTCAAATTC-TCATAACCTTTTGTTCTA-TCATAAAACAATTATTT-ATGTTCATACAAGTTTAT
65 TT-AAAATCATTATGACCTTTTGTT-TAGTCATAAAACAATTATTTCA-GTTCATAAAAAATTAT
* * * * * *
40141 -TTAGAATAAAATAATACTAATTGAATAATA-TTCTACAAATTCATAA-CTAAAAGATTT
127 CTGA-AATAAAATAATACTAATTCATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGC-AAGAGATTT
*** ** * * *
40198 -AAAAAATAAAT-CCATTGGCCGAACCAA-TTCAAACA-ATTAAGACTATATA-AACAACTATCT
1 AAAAAAATAAATATGTTTTACCCAA-CAAGTTCAAATAGA-TAAGACTAT-TAGAACAATTATCT
* * ** * ** **
40258 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTATTTCAGCTCATTCAAGTTTATT
63 ATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAAATTA-T
* ** * * *
40323 TTG-AATAAAATAATACTAATTTGTTAATATTTCAAAATTTTATAAGCAAAAGATTT
127 CTGAAATAAAATAATACTAATTCATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT
* * * * * * * *
40379 -AAAAAATAATTAT-ATATACCAAATC-AGTTTAAATAATTATAAAATAATTATAACTATTTGAA
1 AAAAAAATAAATATGTTTTACCCAA-CAAG-TT---CAA--AT-AGAT-A--A-GACTATTAGAA
* * * * * * * * ** *
40441 CAATTATTTGTTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCAACAAAACAATTGTTTTTGATCATA
54 CAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTC-ATAAAACAATTATTTCAGTTCATA
* ** * * * * * *
40506 TAAGTTTGT-TCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAA-TATGAGA
118 AAAAATTATCT-GAAATAAAATAATACTAATTCATTAATATTTCAAAAATTAAT-AAGCAAGAGA
40569 TTT
181 TTT
** * * * * ** *
40572 -AAAAAATAAATCCG-TTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTA-TATGAATAATTATCTAT
1 AAAAAAATAAATATGTTTTACCCAACAAGTTCAAATAGATAAGACTATTA-GAACAATTATCTAT
* * * * * * ** * ** * *
40634 TTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATCAAACCATTGGTTCTGTTCAT-ACTATTTCATTT
65 TTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAAATT-ATCT
* * * * * * *
40698 GGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAATT
129 GAAATAAAATAATACTAATTCATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT
40753 AAAA
1 AAAA
40757 GATAAATCTA
Statistics
Matches: 959, Mismatches: 204, Indels: 199
0.70 0.15 0.15
Matches are distributed among these distances:
161 4 0.00
162 1 0.00
163 47 0.05
164 2 0.00
165 1 0.00
166 40 0.04
167 13 0.01
168 2 0.00
169 6 0.01
170 1 0.00
171 6 0.01
173 7 0.01
174 5 0.01
175 12 0.01
176 113 0.12
177 36 0.04
178 9 0.01
179 32 0.03
180 20 0.02
181 215 0.22
182 130 0.14
183 96 0.10
184 13 0.01
185 2 0.00
186 2 0.00
187 3 0.00
188 2 0.00
189 4 0.00
191 3 0.00
192 44 0.05
193 86 0.09
194 2 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (183 bp):
AAAAAAATAAATATGTTTTACCCAACAAGTTCAAATAGATAAGACTATTAGAACAATTATCTATT
TAAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAAATTATCTGA
AATAAAATAATACTAATTCATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT
Found at i:40070 original size:176 final size:174
Alignment explanation
Indices: 39829--40733 Score: 656
Period size: 181 Copynumber: 5.0 Consensus size: 174
39819 AAAATTAATA
* * * *
39829 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-CAGTTTATCAAATCAGTTTAAATAATTATAACCATTTGAAC
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCA-TTTACCAAAT-AATTTAAATAATTATGACTATTTGAAC
* * *
39893 AATTATATATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTCTTTTTCAACATACA
64 AATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-TTTTTCATCATACA
* *
39958 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTCCAAGAATT
128 AGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA-AATT
* * *
40006 AGTAAGAGATCT-AAAAATAAATCTATTTACCAAAATAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCATTTACC-AAATAATTTAAATAATTATGACTATTTGAACA
* * * **
40070 ATTATCTATTTCAAATTC-TCATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTATGTTCATACA
65 ATTATCTATTTCAAA-TCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-TTTTTCATCATACA
* * *
40134 AGTTTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTGAATAATATTCTACAAATTCATA
128 AGTTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC--CAAA---ATT
* * ** ** * * * * *
40186 ACTAAAAGATTTAAAAAATAAATCCATTGGCCGAACCAATTCAAACAATTAAGACTATATAAACA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCATTTACC-AAATAATTTAAATAATTATGACTATTTGAACA
* * * * * *
40251 ACTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTCTCATAAAACAA-TTATTTCAGCTCATTCA
65 ATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTTCA--TCATACA
* *
40315 AGTTTATTTTG-AATAAAATAATACTAATTTGTTAATATTTCAAAATTTT
128 AGTTTA-TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAA--TT
* * **
40364 A-TAAGCAAAAGATTTAAAAAATAATTATATATACCAAATCAGTTTAAATAATTATAAAATAATT
1 AGTAAG----AGATTT--AAAA-AA-TA-A-AT-CC-ATTTA--CCAAATAATT-T-AAATAATT
* * * * * * *
40428 ATAACTATTTGAACAATTATTTGTTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCAACAAAACAATT
50 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATC-ATAAAACAATT
* * * ** **
40493 GTTTTTGATCATATAAGTTTGTTCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATT
114 -TTTTTCATCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAATT
* * ** * * *
40556 AATCAATATGAGATTTAAAAAATAAATCCGTTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATATG
1 AGT--A-A-GAGATTTAAAAAATAAATCCATTTACCAAATAATTT-AAATAATTATGACTATTTG
* * * * * * * **
40621 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATCAAACCATTGGTTCTGTTCAT
61 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-TTTTTCATCAT
* * * *
40686 ACTA-TTTCATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAA
125 ACAAGTTT-ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAA
40734 CTTAATAACC
Statistics
Matches: 569, Mismatches: 115, Indels: 85
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.00
176 126 0.22
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178 5 0.01
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197 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.12, G:0.06, T:0.40
Consensus pattern (174 bp):
AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCATTTACCAAATAATTTAAATAATTATGACTATTTGAACAA
TTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTTCATCATACAAGT
TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAATT
Found at i:41135 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 40894--41415 Score: 470
Period size: 182 Copynumber: 2.9 Consensus size: 181
40884 AATAAAAAAA
* * * * * * *
40894 TTTAAAAATATGAATCTGTTTACTGAAA-AAGTTTAAATAATTATGACT-GTTGAACAATTATCT
1 TTTAAAAA-ATAAATATGTTTAC-CAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * *
40957 ATTTGAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATT-TTATCTATTCATGCAA-TCATA
64 ATTT-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TCTATTCATACAAGT-ATA
* * *
41020 TTTCA-AATAATATAA-ATCAAATTTATTAATATTAAGACAATTAAAAATGTAAAAGA-
126 TGT-AGAATAAAATAATAT-AAATTTATTAATATTAAGACAATTAAAAA-GCAAAAGAT
* * * * * ** *
41076 TTTAAAAAAT-AATTTTTTTACCGAACAAGTTCAAATTGTTATGACTATTTGCGCAATTATTTAT
1 TTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
41140 TTCAACCTGTTATGGCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATGTA
66 TTAAATC-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTATATGTA
* * ** *
41205 GATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGCAAAAGAT
130 GAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTAAGACAATTAAAAAGCAAAAGAT
* *
41257 TTTAAAAAGTAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTAT
1 TTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTA-
** * * * * * *
41322 TTTAAATAATTATGACCTTTTCTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGTTTAT-TT
65 TTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTATATGTA
41386 GAAGTAAAATAATACT-AATTTATTAATATT
130 GAA-TAAAATAATA-TAAATTTATTAATATT
41416 CCAAAAATTA
Statistics
Matches: 274, Mismatches: 54, Indels: 24
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
179 2 0.01
180 37 0.14
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182 126 0.46
183 6 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
TTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTAT
TTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTATATGTAG
AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTAAGACAATTAAAAAGCAAAAGAT
Found at i:41357 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 40800--41565 Score: 500
Period size: 181 Copynumber: 4.2 Consensus size: 179
40790 TAAGTCTTTG
* * * ** * * * *
40800 TTTTATCATAAAAGAAATGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCA-AAATAAAATAATGCTAATTTA
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATT-AGAAGTAAAATAATACTAATTTA
* * * * * *
40864 TTAGTAATCCAA-A-AATTAATAA-TAAAAAAATTTAAAAATATGAATCTGTTTACTGAAA-AAG
65 TTAAT-AT-TAAGACAATTAATAAGT-AAAAGATTTAAAAA-AT-AATATATTTAC-CAAACAAG
* * * * * *** * *
40925 TTTAAATAATTATGACT-GTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGCTATAACCTTTTG
124 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT-TATTTTAAATAATTATGACCTTTTC
* * * * * ** * * *
40981 TTTTGTCATAAAAGAATT-TTATCTATTCATGCAA-TCATATTTCAAATAATATAA-ATCAAATT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTT-TTTGTTCATACAAGT-TTATTAGAAGTAAAATAATA-CTAATT
* * * *
41043 TATTAATATTAAGACAATTAAAAATGTAAAAGATTTAAAAAATAATTTTTTTACCGAACAAGTTC
63 TATTAATATTAAGACAATTAATAA-GTAAAAGATTTAAAAAATAATATATTTACCAAACAAGTTC
* *** * * * * * *
41108 AAATTGTTATGACTATTTGCGCAATTATTTATTTCAACCT-GTTATGGCTTTTTG
127 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA-TTATTTTAA-ATAATTATGACCTTTTC
* *
41162 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATGTAG-ATTAAAATAATATTAATTTA
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTAT-TAGAAGTAAAATAATACTAATTTA
** * * *
41226 TTAATATTTTGACAATTAATAAGCAAAAGATTTTAAAAAGTAAATATGTTTACCAAACAAGTTCA
65 TTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAAT-AATATATTTACCAAACAAGTTCA
*
41291 AATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATAATTATGACCTTTTC
128 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT-TATTTTAAATAATTATGACCTTTTC
* *** * *
41344 TTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGTTTATTTGAAGTAAAATAATACTAATTTAT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTAGAAGTAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * *
41409 TAATATTCCAA-A-AATTAATGAGTAAAATAACTAAAAAAATAATCTATTTACCAAATAAGTTTA
66 TAATATT--AAGACAATTAATAAGTAAAA-GATTTAAAAAATAATATATTTACCAAACAAGTTCA
* * * *
41472 AATAGTTATGACTATCTGACTAACTATTGACTTTAAA-ATATTATGACC-TTTC
128 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATT-ATTTTAAATA-ATTATGACCTTTTC
* * * * *
41524 ATTTTGCCACAAAACAATTGGTTTTGTTCATGCAAGCTTATT
1 -TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATT
41566 TTAAATTTAT
Statistics
Matches: 461, Mismatches: 97, Indels: 54
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
179 4 0.01
180 44 0.10
181 251 0.54
182 159 0.34
183 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTAGAAGTAAAATAATACTAATTTAT
TAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAATATATTTACCAAACAAGTTCAAAT
AGTTATGACTATTTGAATAATTATTATTTTAAATAATTATGACCTTTTC
Found at i:41874 original size:334 final size:333
Alignment explanation
Indices: 41281--41899 Score: 712
Period size: 334 Copynumber: 1.9 Consensus size: 333
41271 ATGTTTACCA
* * *
41281 AACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATAATTATGACCTTTTCTT
1 AACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGACCATTTCTT
* **
41346 TTGTAATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGTTTATTTGAAGTAAAATAATACTAATTTATTA
66 TTGTAATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATTTGAAGTAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * *
41411 ATATTCCAAAAATTAATGAGTAAAATAACTAAAAAAATAATCTATTTACCAAATAAGTTTAAATA
131 AAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGAACTAAAAAAATAATCTATTTAACAAATAAGTTCAAATA
* * *
41476 GTTATGACTATCTGACTAACTATTGACTTTAAAATATTATGACCTTTCATTTTGCCACAAAACAA
196 GTTATGACTATCTAACTAACTATTGACTTTAAAATATTACGACCTTTCATTTTACCACAAAACAA
* *
41541 TTGGTTT-TGTTCATGCAAGCTTATTTTAAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGAAAAAAA
261 TT-GTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTAAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGAAAAAAA
41605 TGTTTTCTG
325 TGTTTTCTG
* * * * * *
41614 AACATGTTCAAATAGTTATGAGTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TATGATCATTTGTT
1 AACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGACCATTTCTT
* ***
41678 TTGTCAT-AAACTAATTGTTTTTTGTTCATAAAAACTTATTTGGAA-TAAAAATAATACTAATTT
66 TTGTAATAAAAC-AATTG-TTTCAATTCATAAAAACTTATTT-GAAGT-AAAATAATACTAATTT
* * * * ** * *
41741 ATTAAAATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAG-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTAATGAGTGAGTTC
127 ATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGAACTAAAAAAAT-AATCTATTTAACAAATAAGTTC
* * * * * * ** * *
41805 AAATAGTTATGACTATTTAAAC-AATTATTTA-TTTCAAATTGTTACGATCTTTTGTTTTATCAT
191 AAATAGTTATGACTATCT-AACTAACTATTGACTTT-AAAATATTACGACCTTTCATTTTACCAC
*
41868 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATT
254 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
41900 CAAAATAAAA
Statistics
Matches: 233, Mismatches: 45, Indels: 15
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
331 4 0.02
332 22 0.09
333 78 0.33
334 127 0.55
335 2 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (333 bp):
AACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGACCATTTCTT
TTGTAATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATTTGAAGTAAAATAATACTAATTTATTA
AAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGAACTAAAAAAATAATCTATTTAACAAATAAGTTCAAATA
GTTATGACTATCTAACTAACTATTGACTTTAAAATATTACGACCTTTCATTTTACCACAAAACAA
TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTAAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGAAAAAAAT
GTTTTCTG
Found at i:42344 original size:175 final size:178
Alignment explanation
Indices: 41620--43374 Score: 980
Period size: 180 Copynumber: 9.9 Consensus size: 178
41610 TCTGAACATG
* * *
41620 TTCAAATAGTTATGAGTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TATGATCATTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAGTATGATCTTTTATTTTGTCA
* * * * * *
41684 T-AAACTAATTGTTTTTTGTTCATAAAAACTTATTTGGAATAAAAATAATACTAATTTATTAAAA
66 TAAAAC-AATTG-TTTTTATTCATACAAACTTATTTAGAAT-AAAATAATACTAAATTAATAATA
* *** *** *
41748 TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAATGAGTGAG
128 TTCTAAAAATTAATAAG---AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACCAA
* * * * * *
41802 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAAT-TGTTACGATCTTTTGTTTTATC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAG-TATGATCTTTTATTTTGTC
* ** * * * *
41866 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTATATT
65 ATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAACTTATTTAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATATT
* *
41930 CTAAAAATTAATAAGCTGCAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCGAA-CAA
130 CTAAAAATTAATAA---G-AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACCAA
** * * * *
41981 GTTCAAATAGCCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CATTTTATTTTGT
1 -TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAGTATGATC-TTTTATTTTGT
** * * *
42045 TGTAAAACAATTG-TTTTATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
64 CATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAACTTATTTAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATAT
* * * * *
42109 T-TCAAAAATTAATTAAG-AGATTTAAAAACTAAATTTATTTACCAAACGAG
129 TCT-AAAAATTAA-TAAGAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACCAA
* * * *
42159 TTTAAATAGTTATGACTATTTCAATAATTATCTATCTCAAAT-AGTATGATCTTTT-TTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAGTATGATCTTTTATTTTGTCA
* * * * * * *
42222 TAAAACAATTGTTTTTGTTTATGCAAGCTTATTTAGAGTAAAATAATGCTAAACTAATAATATTC
66 TAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAACTTATTTAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTC
* *
42287 TAAAAATTAATAAG-AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACCAA
131 TAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACCAA
* * * * * *
42334 TT-ATAATAGTTAAGACTATTAGAA-AATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTATTTTATC
1 TTCA-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAGTATGATCTTTTATTTTGTC
* * * * * ** *
42397 AT--AA-ATTTTTTTTTAGTTCATACAACCTAATTT-GAAATAAAATAATA-TAATTTTGTTAAC
65 ATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAACTTATTTAG-AATAAAATAATACTAA-ATTAATAAT
* * *
42457 ATT-TAGAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAA
127 ATTCTA-AAAATTAATAAG-AAG--ATTT-AAAAAATAAATATGTTTACCAAACCAA
* * * * * * * * *
42512 GTTCAAATAATTATGACTATTTGTACAATTATCTAATTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATT
1 -TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAGTATGATCTTTTATTTTGTC
* ** * * ** *
42577 ATAAAACAATTG-TTTCAGTTCAATA-AAACTTATCCAAAATAAAA-AATATTACTTTATTAATA
65 ATAAAACAATTGTTTTTA-TTC-ATACAAACTTATTTAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATA
* * * * * *
42639 TT-TCAAAAATTGAGAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATCGAATCAG
128 TTCT-AAAAATTAATAAG--A-AGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTACCAAACCAA
* *
42693 TTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTC-AA--A-T-TG-----------T-T-A
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAGTATGATCTTTTATTTTGTCA
** * * ** *
42740 TAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGTTTATTTGGAATACAATAATACTACTTTATTAATAGT
66 TAAAACAATTGTTTTT-ATTCATACAAACTTATTTAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATA-T
* *
42804 TC-AAAAATTAATAAGTAGGAGAATTGAAAAATAAATATAG-TTACCAAACCAA
129 TCTAAAAATTAATAAG-A--AGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTACCAAACCAA
* * * ** * * *
42856 TTTAAATAGTTATTACTATTTGAATAACGATATATTTCAAATC-GTTAT-AACTTTTTGTTTTGT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAG-TATGATC-TTTTATTTTGT
* * * * *
42919 CATAAAACAATTATATATGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT-AATCTAATAATA
64 CATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAACTTATTTAGAATAAAATAATACTAAAT-TAATAATA
** * * * * * ****
42983 TGATGAAAATCAATAACTATGAGATTTTAAAAATAAATTTGTTTGTTGAACCAA
128 TTCTAAAAATTAATAA-GA--AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACCAA
* * * * * * * * * * *
43037 TT-AAATAATTAAGGCTATATAAATAATTATCTATTTCAATTC-GTTATAACCTTTTGTTTTGTT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAG-TATGATCTTTTATTTTGTC
* * * * * ** * * * *
43100 GTAAAACAAATATTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCT-GAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
65 ATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAACTTATT-TAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATAT
* * * * *
43164 TTTGAAAATTAATAAG-AGATTTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAA
129 TCTAAAAATTAATAAGAAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACCAA
* * * * * * ** *
43214 TTCAAGTAGTTAT-AATAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTGCTTAGTC
1 TTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAGTATGATCTTTTATTTTGTC
* * ** * * * * *
43278 ATAAAACAATTGTTTGTATTGATACAGTCTTA-TTCGAAATAAAGTAATGCT-AATTTATCGATA
65 ATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAACTTATTTAG-AATAAAATAATACTAAATTAAT-AATA
* *
43341 TTTTAAAAATTAATATGTAACAGATTTAAAAAAT
128 TTCTAAAAATTAATAAG--A-AGATTTAAAAAAT
43375 GAATCTACTG
Statistics
Matches: 1227, Mismatches: 256, Indels: 181
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
161 3 0.00
162 28 0.02
163 86 0.07
164 9 0.01
167 1 0.00
168 1 0.00
173 14 0.01
174 61 0.05
175 79 0.06
176 77 0.06
177 91 0.07
178 101 0.08
179 77 0.06
180 324 0.26
181 150 0.12
182 89 0.07
183 32 0.03
184 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAGTATGATCTTTTATTTTGTCA
TAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAACTTATTTAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTC
TAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACCAA
Found at i:42570 original size:711 final size:694
Alignment explanation
Indices: 41623--43355 Score: 1722
Period size: 711 Copynumber: 2.5 Consensus size: 694
41613 GAACATGTTC
* * * * * *
41623 AAATAGTTATGAGTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TATGATCATTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
41687 ACTAATTGTTTTTTGTTCATAAAAACTTATTTGGAATAAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCT
66 A-T--TT-TTTTTTGTTCATAAAAACTTATTT-GAAT-AAAATAATACTAATTTATTAAAATT-T
***
41752 A-AAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAAT-GAGTGAGTTCAAATAGTTA
124 AGAAAATTAATAAG-AAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ATCGAACAAGTTCAAATAGTTA
* ** * *
41814 TGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTACGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGT
186 TGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGT
41879 TTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTATATTCTAAAAATTAATAA
251 TTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTATATT-TAAAAATTAATAA
* * *
41944 GCT-GCAAATTTAAAAAATAAA-TATGTTTGCCGAA-CAAGTTCAAATAGCCATGTCCATTTGAA
315 GCTAG-AAATTTAAAAAATAAATTA-GTTTACCGAATC-AGTTCAAATAACCATGACCATTTGAA
*
42006 CTATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTATTTTGTTGTAAAACAATTG-TTTTATTCATAC
377 CAATTATCTATTTC-AA--A-T-TG-----TTA--------TAAAACAATTGTTTTTA-TCATAC
* *
42070 AAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-TAAGAG-ATTTA
423 AAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAGTTCAAAAATTAATATAAGAGAATTGA
* * * * ** *
42133 AAAACTAAATTTATTTACCAAACGAGTTTAAATAGTTATGACTATTTCAATAATTATCTATCTCA
488 AAAA-TAAATATAGTTACCAAACCAATTTAAATAGTTATGACTATTTCAATAACGATATATCTCA
* * * * * * *
42198 AATAG-TATGA-TCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTTATGCAAGCTTATTTAGAG
552 AATAGTTATAACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATATATGTTCATACAAGCTTATTTAGAA
* ** *
42260 TAAAATAATGCTAAACTAATAATATTCT-AAAA-ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGT
616 TAAAATAATACTAAACTAATAATATGATGAAAACAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGT
42322 TTGCCAAACCAATT
681 TTGCCAAACCAATT
* *
42336 ATAATAGTTAAGACTATTAGAA-AATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTATTTTATCATA
1 A-AATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATA
* * * * *
42400 AATTTTTTTTTAGTTCATACAACCTAATTTGAAATAAAATAATA-TAATTTTGTTAACATTTAGA
65 AATTTTTTTTT-GTTCATAAAAACTTATTTG-AATAAAATAATACTAA-TTTATTAAAATTTAGA
*
42464 AAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAATTATGAC
127 AAATTAATAAG-AAGAAATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * *
42529 TATTTGTACAATTATCTAATTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATTATAAAACAATTGTTTC-
190 TATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCT
** * * * * *
42593 AGTTCAATA-AAACTTATCCAAAATAAAA-AATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAG
255 A-TTC-ATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT-ATATTT-AAAAATTAATAAG
* * * **
42656 TTAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTATCGAATCAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAAT
316 CTAGAAATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCGAATCAGTTCAAATAACCATGACCATTTGAACAAT
** * *
42721 TATCTATTTCAAATTGTTATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGTTTATTTGGAATACAATAA
381 TATCTATTTCAAATTGTTATAAAACAATTGTTTTT-ATCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAA
* *
42786 TACTACTTTATTAATAGTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGAATTGAAAAATAAATATAGTTACCAA
445 TACTAATTTATTAATAGTTCAAAAATTAAT-A-TAAGAGAATTGAAAAATAAATATAGTTACCAA
* * * *
42851 ACCAATTTAAATAGTTATTACTATTTGAATAACGATATATTTCAAATCGTTATAACTTTTTGTTT
508 ACCAATTTAAATAGTTATGACTATTTCAATAACGATATATCTCAAATAGTTATAACTTTTTGTTT
*
42916 TGTCATAAAACAATTATATATGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATCTAATAA
573 TGTCATAAAACAATTATATATGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAAACTAATAA
* * * ***
42981 TATGATGAAAATCAATAACTATGAGATTTTAAAAATAAATTTGTTTGTTGAACCAATT
638 TATGATGAAAA-CAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACCAATT
* * * * * * * *
43039 AAATAATTAAGGCTATATA-AATAATTATCTATTTCAATTCGTTATAACCTTTTGTTTTGTTGTA
1 AAATAGTTAAGACTAT-TAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT-AT-CA
* ** * * ** * * * *
43103 AAACAAATATTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCTGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTG
63 TAA-ATTTTTTTTTGTTCATAAAAACTTATT-TGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTAG
* * * * *
43168 AAAATTAATAAG-AG-ATTTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAA-TTCAAGTAGTTAT-AA
126 AAAATTAATAAGAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGAC
* *
43229 TAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTG-CTTAGTCATAAAACAATTGTTT
190 T-ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTT
* * * * * *
43293 GTATTGATAC-AGTCTTATTCGAAATAAAGTAATGCTAATTTATCGATATTTTAAAAATTAATA
253 CTATTCATACAAGT-TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT-TATA-TTTAAAAATTAATA
43356 TGTAACAGAT
Statistics
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Consensus pattern (694 bp):
AAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
ATTTTTTTTTGTTCATAAAAACTTATTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTAGAAAAT
TAATAAGAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
AACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
ACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTATATTTAAAAATTAATAAGCTAGAAATTT
AAAAAATAAATTAGTTTACCGAATCAGTTCAAATAACCATGACCATTTGAACAATTATCTATTTC
AAATTGTTATAAAACAATTGTTTTTATCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAT
TAATAGTTCAAAAATTAATATAAGAGAATTGAAAAATAAATATAGTTACCAAACCAATTTAAATA
GTTATGACTATTTCAATAACGATATATCTCAAATAGTTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
TTATATATGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAAACTAATAATATGATGAAAACA
ATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACCAATT
Found at i:43831 original size:183 final size:179
Alignment explanation
Indices: 43406--44019 Score: 473
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43396 ACAAATAATT
* * * * * ** * *
43406 AAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTAGTAATTAATTGTCAAAATATTATTAGATTAGTATTATTT
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** ** * *
43471 TATT-CTAAATAAGCTT-GTACCAACAAAAATAATTATTTTATGAA-AAAATAAAAGGTTATAAC
66 TATTAC-AAATAAATTTAG-ATGAACAAAAA-AATTATTTTAT-AACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * * * * *
43533 AAATTGAAATATATAATTGTTCAAGTAGTCATAATTATTTGAATTAGTTCGAT
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* * * *
43586 AAATAACA-TTATTTTTTAAATC---T-CTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTAT
1 AAACAA-ATTTA-TTTTAAAATCTATTAGTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * *
43646 TTTATTACAAATAAATTTGGATGAGCTGAAATAATTGTTTTATAACAAAACCAAAGGTCATAACT
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* * *
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* * *
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1 AAACAAATTTATTTTAAAATCTATTAGTTATAAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * *
43830 TTATTTCGAATAAATTTATATGAACAAAAAAATTATTTTATGATAGAATAAAAGGTTATAACAAT
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** * **
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* * ** *
43945 AAATAGATTTATTTTTTGAATC--TT-G-TACT-AATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 AAACAAATTTA-TTTTAAAATCTATTAGTTA-TAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
*
44005 TTTATTTCAAATAAA
64 TTTATTACAAATAAA
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
AAACAAATTTATTTTAAAATCTATTAGTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
TATTACAAATAAATTTAGATGAACAAAAAAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAAC
Found at i:44631 original size:181 final size:180
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Indices: 44100--48974 Score: 3688
Period size: 181 Copynumber: 27.2 Consensus size: 180
44090 GCATGTTGAA
* * * * *
44100 AAACAATTGTTTTATAACAAAATGAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATA-T
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * ** *
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* ** * * * * *
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128 CAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* ** * *
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1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
44342 TATAGCTATTTGAACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTCCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT
65 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTT-TAAATCTCTTACTTATTAA-TTTT
** * * * * *
44407 TGAAA-GTTAATAAATTAGTATTATTTTCTTTCGAATAAGCTTGTATGAATTG
128 CAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * * * *
44459 AAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATC
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * ** * *
44524 TTAATTATTTGAACTAATTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAA
66 ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAA
* * *
44589 AATATCATTAAATTAGTATTATTTT-TTACCCAAATCAGCTTGTATG-ATCAG
131 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT--CCAAATAAGCTTGTATGAAT-AG
* * * * * * * *
44640 AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAATCATAACGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAATT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * ** ** * * *
44705 GTAACTATTAGAA-TTGCTTCAAAAAACA-ACTTTAGCTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTT
66 ATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTC
* **** * * *
44768 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATTAACT-G
129 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAG
* * * ** *
44820 AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTAAAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * *
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65 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTA-ATTTT
* *
44950 C-AAATGTTAATAAATTAGTACTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTA-
128 CAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAG
* * * * ** *
45002 AAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
45067 CTTAACTATTTGAACTAGTT-TGACAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTC
65 CATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTC
* * * * * * * * *
45131 AGAATATTATTAAATTATTATCATTTTAAT-CGAATAAGCTTATGTGAAAAG
129 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * *
45182 AAACAATT-TTTGTACGACAAAA-TAAAGATCATTA-GATTTGATATAGATAATTATTCAAATAG
1 AAACAATTGTTT-TATGACAAAACAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* ** ** ** *
45244 TCATAACCATTTGAACAAGTTTGGTAAATGGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTC
64 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTC
* * *** * * *
45305 AAAATATTAATAAATCAGTAATATTTTATTTTGAATAA-TTCTATATGAACAG
129 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCT-TGTATGAATAG
* *
45357 CATCAATTGTTTTACT-ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT-GAATAATTGTTCAAAT-
1 AAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATA
* * * * *
45419 GACATGACTATTTGAACTTGTTC-GATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTT
63 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * ** *
45483 GCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAATAG
127 TCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAG
** * * * * *
45537 AAACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGATCATAACT-ATTAGAAATAAAAAATTGCTCAAACAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
45601 TCATAACTATTT-AAGCTTACTT-AGTAAACATATTTGTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
64 TCATAACTATTTGAA-CTT-GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
*** * * *** * * *
45664 TTGGAATATTAATAAATTAGCATCATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGGACAA
127 TCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * *
45718 AAACAATTGGTTTATCACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATGATTGTTCAAATAA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * *
45782 TTAGAATTATTTGAACGTGTTCAGAAAACCA-ATTTATTTTTTTAA-CTTTTACTTATTAAATTT
64 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAA-CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
** * *
45845 -GGAATATTAATAAATT--TAATTATTTTATTCGAAATAAACTTGTATGAATAG
128 CAAAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * **
45896 AAATAATTATTTTATGACAAAACCAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
45961 CATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTA
65 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCA
* * * *
46026 GAATATTAATAAATTAGTGA-TATTTTATTTCC-AATAAGCCTATATGAATTG
130 AAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTA-TTCCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * *
46077 ATACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGACATAGATAATTATTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
46142 TATGACTCTTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTT-TATTTTAAAATATTTTACTTATTAATTTTT
65 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTC
* * * * * * *
46206 AAAATCTTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAGGCTTGTATGAAGAA
129 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * *
46258 AAACAATTGTGTCATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA-T
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
46322 CATAACTATTTGAACTTATT-TGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTACT-ATGTGT
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** *
46385 C-AAATATTAATAAATT--TATGTAATTTTATTTAAAATAAGCTTTTATGAATAG
128 CAAAATATTAATAAATTAGTAT-T-ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * ** *
46437 AAA-ATTTTGTTTTATGACAAAACAAAATGTTATAGCGATTTGAAATAGATAATTGTTCACATAG
1 AAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
46501 TCATAATTATTTGTACCTT-TT-TGTTAAACAGATTCATTTTTTAAATATCTTATTTATTAATTT
64 TCATAACTATTTG-AACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * **
46564 TCAAAATATTAATAAAATAGAATTATGTTATT-CAAATATGCTTGTACAAATAG
127 TCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * * *
46617 AAACAATTATTTTGTGATAAAACAACATGTTACAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAA-AAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
46682 CATAACTATTT-ACAC-TGGTCAG-ACCAACA-ATTTCATTCTTTAAATTTGTTACTTATTAGTT
65 CATAACTATTTGA-ACTTGTTCAGTA--AACAGATTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * * *
46743 TTCAAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTCTAAATAAGATTGTACGAACAT
126 TTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * *
46798 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * *
46863 TATAACTAATTGAACTGGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTCTTAATTTTCA
65 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCA
* * * *
46928 AAATATTAATAAA-T--T-TTATTCTA----AACA-AA-CTTATATGAACAA
130 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAA-ATAAGCTTGTATGAATAG
* *
46970 AAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTC
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * *
47035 ATAATTATTTGAAC-TGTT-AGGCAAACATAATTGT-TTTTTTCAATCTTTTACTAATTAAGTTT
66 ATAACTATTTGAACTTGTTCA-GTAAACA-GATT-TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTT
* * * * * *
47097 T-GAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTCTAAATAAG-TTACTAAGAACTAA
127 TCAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTT-GTATGAA-TAG
* * * * **
47151 AAAC-ATT-TTTT-TGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATA-AAAAATGTTCATAT-CC
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
47211 CTTAACTATTTAAACTAGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCA
65 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCA
* * * *** * * * *
47276 TAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTCGTGTGAACAG
130 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * * * * ** * *
47327 AAATAATTATTTTATCAGATAACAAAAGGTTATAA-CATTACAAAATATATAATTATTCAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * ** * *
47391 TCATAACTATTTAAACTGGTTCAGTAAATAGA-TTAAGTTTT--ATATC-T-CTTATTAATTTTT
64 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTC
* * * * *
47451 GAAATATTAGTAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATG-ATGAA
129 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAT-AG
*
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1 AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
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64 TCATAACTATTTGAACT--TGTTCAGTAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT-TAAT
* * * **** ** * *
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* * * * * ** * *
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* * ** * * **
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65 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCA
* * * * * * *
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* * * * * ** * **
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* * * ** *
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* * * *** ** *
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* * * * * * *** * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * ** * * *
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* * * ** *
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* ***
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* * * *
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1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA--AGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
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** * * * *
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* * * ** * * * * *
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* ** * *
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65 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTT
**** ** * * * *
48709 TGGTATATTAATAAATTAAAATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATTAATTG
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* * * *
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* * * *
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65 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCA
* * ** *
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* *
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Statistics
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* * * * *
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* *
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* *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * ***
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* * * * *
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** * * *
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* **
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
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** * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * **
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* * * * *** *
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* * ** * *
46543 AAATATCTTATTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAATAGAATT
316 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * ** * * * * * *
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*
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * **
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* * * * ** *
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1 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAAT
* * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * *** * *
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* * * *
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* * * * * * * * * * *
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* ** * * * * * *
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** * ** * *
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* * * *
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* ** * * ** **
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* * * * *
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* * ** * * * * * * *
47655 ATTTTATTTTGGATAAATTTTTATGCACTGAAATAGTTATTTTATGATAAAATAAAATGTCATAA
1 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-AATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAA
** * * * * ** *
47720 CAATTTTAAATAGATAATTGTTCAACTAGTCATAACTATTTAAACTTATTTGGTAAATA-ATTT-
64 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTA
* *** * * * * *
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* * * * * * * * ** *
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** * * * *
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* *
47972 --TC---CTTATTAA-TTTTGAAAATAGTAATAAATTGGTATT
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* ** * * * * *
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* * *** * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * ** *
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* * * * ** * ** *
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* *
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* * *
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* * * * *
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* ** * *
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** **
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64 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTA
* * * * * **
48860 TTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCGGAAT
129 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
* * * *
48925 AAGCTTGTATGAACA-AAAAAATTGTTTTATAACAAAACAAAATGTCATAA
194 AAGCTTGTATGATCAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
48975 CAATTATGTT
Statistics
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
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ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATG
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATT
TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA
GCTTGTATGATCAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
ATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
Found at i:49674 original size:120 final size:119
Alignment explanation
Indices: 49525--49748 Score: 288
Period size: 120 Copynumber: 1.9 Consensus size: 119
49515 ACTAAACAAG
* * * * *
49525 TTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAATTTGCTATAACCTTTTGTATTGTCA
1 TTCAAACACTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTCTATTATCA
49590 TAAAACAAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATCTCAAATTTGTTTACCAAATAAT
66 TAAAAC-AATTATTTTTATTCATACAAGCTTAT-TCAAATTTGTTTACCAAATAAT
* * * * * * *
49645 TTCAAACACTTATGTCTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTCTTTTATTA
1 TTCAAACACTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTCTATTATCA
* * *
49710 TAAAACAATTATTTTTGTTCATACTAGTTTATTCAAATT
66 TAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAATT
49749 AAAATAATAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
119 11 0.12
120 77 0.88
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Consensus pattern (119 bp):
TTCAAACACTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTCTATTATCA
TAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAATTTGTTTACCAAATAAT
Found at i:49913 original size:301 final size:295
Alignment explanation
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Period size: 301 Copynumber: 1.9 Consensus size: 295
49341 CTAACTAGTA
* *
49351 CAAACAATTATGACATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATAATGACCTTTTGTTTTGTCACAA
1 CAAACAATTATGACATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATAATGACCTTTTCTTTTATCACAA
* * * * *
49416 AATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAACATTATTCTAATTTATTAATATTCCAA
66 AACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAA
* * * * **
49481 AAATTAATAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGGCTATTT
131 AAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATAACTATTT
* * **
49546 GAACAATTATCTATTTCAATTTGCTATAACCTTTTGTATTGTCATAAAACAAATTTTTTTATTCA
196 GAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTATTGTCATAAAACAAATTTATCAATTCA
49611 TACAAGCTTATCTCAAATTTGTTTACCAAATAATTT
261 TACAAGCTTAT-TCAAATTTGTTTACCAAATAATTT
* * * * ** * * *
49647 CAAACACTTATGTCTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTCTTTTATTATA
1 CAAACAATTATGAC-ATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATAATGACCTTTTCTTTTATCACA
* * * *
49712 AAACAATTATTTTTGTTCATACTAGTTTA-TTCAAATTAAAATAATAT-TAATTTGTTAATATTT
65 AAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTCAAA-TAAAATAAT-TCTAATTTATTAATATTC
** * * *
49775 TGACAATTAATAAGTCAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTAATA
128 CAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATA
* * * * * * * *
49840 ACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAGAAC-AATTGTA
189 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTATTGTCATAAAACAAATT-TA
* *
49904 TCAATTCATATAGGCTTATTCAAA
253 TCAATTCATACAAGCTTATTCAAA
49928 ATAAAATAAT
Statistics
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0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
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298 1 0.00
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301 103 0.45
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CAAACAATTATGACATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATAATGACCTTTTCTTTTATCACAA
AACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAA
AAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATAACTATTT
GAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTATTGTCATAAAACAAATTTATCAATTCA
TACAAGCTTATTCAAATTTGTTTACCAAATAATTT
Found at i:50259 original size:179 final size:177
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Indices: 49645--53388 Score: 2093
Period size: 181 Copynumber: 21.1 Consensus size: 177
49635 ACCAAATAAT
* * * * * ** * * *
49645 TTCAAACACTTATGTCTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTCTTTTATTA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
49710 TAAAACAATTATTTTTGTTCATACTAG-TTTATTCAAATTAAAATAATATTAATTTGTTAATATT
66 T-AAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTT-TTCAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * *
49774 TTGACAATTAATAAGTCAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAG
128 CTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACTGAAC-AG
* * * * * ** *
49826 TTCAAATAGTAATAACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* ** * * * *
49891 TAGAACAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA-TTATTACTATTC
66 TA-AACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTTTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * * ** *
49955 TAAAAATTAATGAA-TAAGAGATTCAAAAAATGAATCTGTACACTAAACAAG
129 TAAAAATTAAT-AAGTAAAAGATT-TAAAAATAAATCTGTTTACTGAAC-AG
* * *
50006 TTCAAATAGTTATGGCTATTTGAATAATTATC---TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGCCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * *
50068 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGGTTCTTTCAAATAAAATAATA-AAAATTACTAATATTC
66 T-AAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTT-TTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * * * *
50132 CAAAGATTAATAAGTAAAAGTTTTAAAAATAAATCTATTTTCTGAACACG
129 TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACTGAACA-G
* * *
50182 TTCAAATAGTTATGGCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * *
50247 TAAACTAATTGTTTTTGTTCAT-CAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATT
66 TAAAC-AATTGTTTCTGTTCATAC-AAGCTTTTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * *
50311 CT-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAAAAAT-TGTTTAC-CAAGTGAG
128 CTAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAATAAATCTGTTTACTGAA--CAG
* * * * *
50361 TTCAAATAGTTATGAATATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* ** * * * *
50426 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAATAAAATAACACTATTTTATTAATATTGT
66 T-AAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTTTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT
* * *
50491 GAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAACTAAATCTGTTTACCAGACCAG
130 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-TAAATCTGTTTA-CTGAACAG
* * * ***
50537 TTCAAATAGTTATGAGTATTTGAACAATTATCCATCTCAAATTGGTATGA--TATTTGTTTTGTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTC
* * * * * * * ** *
50600 ATAAAACAATTGTTTCTGTCCATACAAACTTATTCGGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATT
65 AT-AAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTTTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * **
50665 CTAAAAATTTATAAGCAAGACATTTAAAACATAAATGTATTTGTTGAACCAG
128 CTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA-ATAAATCTGTTTACTGAA-CAG
* ** * * * ** * *
50717 TTCAAATAGCTAAAAAACTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTAGT
1 TTCAAATAG-T-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * *
50782 TATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACATA-CTTATTTGAAATAAAATAATACTATTTTATTAACA
64 CAT-AAACAATTGTTTCTGTTCATACA-AGCTT-TTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* **
50846 TTCAAAAAATTAATAAGT-AAAGAATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACATG
126 TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAG-ATTT--AAAAATAAATCTGTTTACTGAACA-G
* **
50901 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-ATTTTAAAATCATTATGACCTTTT-TTTAATC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * *
50964 ATAAAACAATAGTTT-TATTTCATAAAAGC-TTATCAAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATA
65 AT-AAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTTTTC--AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * *** * *
51027 TT-TCAAAAATTGAGAA-TTGGAGATTTAAAACATAAATCAGTTTA-TCAAATCAG
126 TTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA-ATAAATCTGTTTACT-GAA-CAG
* * * * ** * *
51080 TTCAAATATTTATGGCCATTTGAACAATTATCTCTTTCAAATTGTTTTGAACTTTTG-TTTGATC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-TC
* * ** * *
51144 ATAAAAGAATTGTTTTTCATCATACAAGC-CTATCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
65 AT-AAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTTTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
**
51208 -TAAAAAATTAATAAGTAGGAGA-TT----AT---T-TGTTTACTGAACTAG
128 CT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACTGAAC-AG
* * * * * * * * *
51250 TTCAAATAATTATGACAATTTAAACAATTATATATTTCAAGTCGTTATAAACTTTTGTTTTATCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
51315 TAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTA
66 T-AAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTT-TTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * ** * * **
51380 TGTAAAATTAATAATTATGAGATTTAAAAGATAAATTTATTTGTTGAACTAG
129 T-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA-ATAAATCTGTTTACTGAAC-AG
* * * * * * * * *
51432 TTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCCATTTCAAAT-AAT-TGTCTTTTTGTTTTGTTA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
51495 TAAAACAAATGTTTTTGGTCATATAAG-TTTGTTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
66 T-AAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTT-TTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * **
51559 -TAAAAATTAATAAG----ACATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAG
128 CTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAG
* * * * * * * * * *
51606 TTCAACTAGTTATAACAATTTAAACAATTATTTATTTCATATCGTTATCACCATGTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* ** * * * * *
51671 TAAAACAATTATTTCTAATGATA-AAGTCTTATTCGAAATAAAGTATTGCTAATTTATTAATATT
66 T-AAACAATTGTTTCTGTTCATACAAG-CTTTTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
** * * * * *
51735 CTAAAAATTAATAAGTAATGGGTTTAAAAAATGAATTTGTTGGT-GTGACCAG
128 CTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTGTT--TACTGAACAG
* * * * **
51787 TGCAAAGAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTTAAATCATTATGACCTTTTACTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * *
51852 CAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATTCAGAATAATATAATTCTAATTTATTAATAATC
66 -TAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTTTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * * * * *
51917 TAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAGAACTGAATTTGTTTA-TCGAATAAG
129 TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA-AAATAAATCTGTTTACT-GAA-CAG
* *
51968 TTCAAATAGTTATGACTATTT---C-A--A---A-TT---GTCA-TA--ACCTTTTGTTTTATCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * * *
52017 TAAAATAAATTTTTTCTATTCCTACAAACTTATTTCAATTAAAATAATACAAAGTTATT-ATCAT
66 T-AAA-CAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTT-TTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-AT
* * ** *
52081 TC-AGACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAG
127 TCTA-AAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAG
* * * * ** * * *
52134 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAATATTTATTTTAAATTGTTCTGA--ATTT-TTGT-TCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * * * * *
52195 T--ACAAGCTT-ATTCGGAATAAAACAATG-TTAGTTT---AT-TAATATTTCGACA---GTTAA
66 TAAACAA--TTGTTTCTG-TTCATACAA-GCTT--TTTCAAATAAAATAATACTA-ATTTATTAA
** * * * * * * * *
52249 TAAGC-AAAAGATT-TTAA-AAATAAGTATGTT--TACTGAA-CAAGTTGA---AATAG
124 TATTCTAAAA-ATTAATAAGTAA-AAG-AT-TTAAAAATAAATC-TGTTTACTGAACAG
** * ** **
52299 TT-ATAACTA-TT-TGA--A--T-AATTATC---TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTCAT
1 TTCA-AA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * *
52353 CATAAATAATTGTATCAT-TTCATATAGGCTTATTCAAAAAAAATAATACTAATTTATTAATACT
64 CATAAACAATTGTTTC-TGTTCATACAAGCTTTTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * *
52417 CTGAAAATTAATGAG-AAAGAGATTTAAGAAATGAATCTATTTA-TCGAACAAG
128 CTAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAA-AAATAAATCTGTTTACT-GAAC-AG
* * *
52469 TTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * *
52534 TAAAATAATTGCTTT-TGTTCATACAAGCTAATATT-GAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA
66 T-AAACAATTG-TTTCTGTTCATACAAGCT--TTTTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA
* * *
52596 TTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAATAAATTTGTTTTCTGAACATG
126 TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACTGAACA-G
* * *
52648 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTTAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * *
52712 ATAAACTAATTGTTTTTGTTCATACAAGCGTATTTGAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATT
65 ATAAAC-AATTGTTTCTGTTCATACAAGC-TTTTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* *
52777 -TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTACAAAGTAAATCAGTTTACCATGTAA-A-
128 CT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA-AAAATAAATCTGTTTA-C-TG-AACAG
* * * * * *
52829 TTTAAATAGTTATAACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTTTTTTGTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * *
52893 ATAAAGCAATTGTTTCTATTCACACAAG-TTTATTTAGAAT-AAATAATACTAATTTATTAATAT
65 ATAAA-CAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTT-TTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* ** * * *
52956 TCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTATAAAATAAATTTGCTTACTAAACAAG
127 TCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA-AAAATAAATCTGTTTACTGAAC-AG
* * * * *
53009 TTCAAATAGTCATGTCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTCTT-TTTTATC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT-TTGTTTTGTC
* ** * * * *
53073 ATAAAACAATTGTTTCTGTT-AGTGCAAAATTATTCAGAATAAAATAATATTGATCTATTAATAT
65 AT-AAACAATTGTTTCTGTTCA-TACAAGCTTTTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * *
53137 TTTGAAAATTAATAAG----GGATTTAAAAACTAAATCTATTTACTCAAACAA
127 TCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-TAAATCTGTTTACT-GAACAG
* * * * * * * *
53186 TCCAAATAGTAATGATTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATTATTATGATCTTTATTTTGTTGT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT-TGTT-TTGT
* * * * *
53251 -A-AAACAATTGTTTCTTTTCATACCAGCTTATTCAAATTAAAATAATATTAATTTAATAATATT
64 CATAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTTTTCAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * **
53314 CCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGCTTGTTGAACAAG
128 CTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACTGAAC-AG
* *
53366 CTCAAATAGTTAAGACTACTTTG
1 TTCAAATAGTTATGACTA-TTTG
53389 TCATAAAACA
Statistics
Matches: 2760, Mismatches: 580, Indels: 446
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
156 16 0.01
158 5 0.00
159 7 0.00
160 13 0.00
161 4 0.00
162 11 0.00
163 2 0.00
164 17 0.01
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168 4 0.00
169 15 0.01
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185 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
TAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTTTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA
AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAG
Found at i:50664 original size:176 final size:174
Alignment explanation
Indices: 49709--51929 Score: 1020
Period size: 179 Copynumber: 12.4 Consensus size: 174
49699 TTCTTTTATT
* * * ** * * *
49709 ATAAAACAATTATTTTTGTTCATACTAGTTTATTCAAATTAAAATAATATTAATTTGTTAATATT
1 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATTCGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * *
49774 TTGACAATTAATAAGTCAAAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTA
65 CT-AAAATTAATAAG---AAGATTTTAAAAAA-AAAT-TGTTTACC-AAGCCAGTTCAAATAGTT
* * * * * * ** *
49837 ATAACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTC
123 ATGAGTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAT-ATTTGTTTTGTC
* * ** * ** * *
49890 ATAGAACAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA-TTATTACTATT
1 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * ** * * *
49954 CTAAAAATTAATGAATAAGAGATTCAAAAAATGAATCTGTACACTAAACAAGTTCAAATAGTTAT
65 CT-AAAATTAAT-AAGAAGA-TTTTAAAAAA-AAAT-TGTTTACCAAGCCAGTTCAAATAGTTAT
* * *
50019 G-GCTATTTGAATAATTATC---TTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGCC
125 GAG-TATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA--TATTTGTTTTGTC
** * * * * *
50067 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGGTTCTTTCAAATAAAATAATA-AAAATTACTAATATT
1 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTT-ATTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * *
50131 CCAAAGATTAATAAGTAAAAGTTTTAAAAATAAATCTATTTTCTGAA--CACGTTCAAATAGTTA
65 CTAAA-ATTAATAAG-AAGA-TTTTAAAAAAAAAT-TGTTTAC-CAAGCCA-GTTCAAATAGTTA
50194 TG-GCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-ACTTTTGTTTTGTC
124 TGAG-TATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATA--TTTGTTTTGTC
* *
50246 AT-AAACTAATTGTTTTTGTTCAT-CAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAA
1 ATAAAAC-AATTGTTTCTGTTCATACAAA-CTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
**
50309 TTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAAAAATTGTTTACCAAGTGAGTTCAAATAGTTAT
63 TTCTAAAATTAATAAG---AAGATTTTAAAAAAAAATTGTTTACCAAGCCAGTTCAAATAGTTAT
* * * *
50374 GAATATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTC
125 GAGTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAT-ATTTGTTTTGTC
* * * * * *
50425 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAATAAAATAACACTATTTTATTAATATTG
1 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
*
50490 TGAAAATTAATAAG-AGA-TTTAAAAACTAAATCTGTTTACC-AGACCAGTTCAAATAGTTATGA
66 T-AAAATTAATAAGAAGATTTTAAAAA-AAAAT-TGTTTACCAAG-CCAGTTCAAATAGTTATGA
* * * ***
50552 GTATTTGAACAATTATCCATCTCAAATTGGTATGATATTTGTTTTGTC
127 GTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATATTTGTTTTGTC
* * * * ** *
50600 ATAAAACAATTGTTTCTGTCCATACAAACTTATTCGGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATT
1 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * *** *
50665 CTAAAAATTTATAAGCAAGACATTTAAAACATAAATGTATTTGTTGAA-CCAGTTCAAATAGCTA
65 CT-AAAATTAATAAG-AAGA-TTTTAAAA-AAAAAT-TGTTT-ACCAAGCCAGTTCAAATAGTTA
* ** * * ** * * *
50729 -AAAAACTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTTTGACCT-TTTGTTTAGTT
124 TGAGTA-T-TTA-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA--TATTTGTTTTGTC
* * * * * *
50783 ATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACATACTTATTTGAAATAAAATAATACTATTTTATTAACATT
1 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATTCG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * *
50848 CAAAAAATTAATAAGTAAAGAATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAA-ACATGTTCAAATAGTT
65 C-TAAAATTAATAAG--AAG-ATTTTAAAAAA-AAAT-TGTTTACCAAGCCA-GTTCAAATAGTT
* * * ** *
50912 ATGACTATTTGAACAATTATC-ATTTTAAAATCATTATGACCTTT-TTTTAATC
123 ATGAGTATTTAAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGATATTTGTTTT-GTC
* * * * *
50964 ATAAAACAATAGTTT-TATTTCATA-AAAGCTTA-TCAAAAATAAAATAATATTACTTTATTAAT
1 ATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAA-CTTATTC--GAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * * ** *
51026 ATTTCAAAAATTGAGAATTGGAGA-TTTAAAACATAAATCAGTTTATCAAATCAGTTCAAATATT
62 A-TTCTAAAATTAATAA--GAAGATTTTAAAA-AAAAAT-TGTTTACCAAGCCAGTTCAAATAGT
* * * ** *
51090 TATG-GCCATTTGAACAATTATCTCTTTCAAATTGTTTTGA-ACTTT-TGTTTGATC
122 TATGAG-TATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATA-TTTGT-TTTG-TC
* * ** * * *
51144 ATAAAAGAATTGTTTTTCATCATACAAGCCTA-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
1 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* ** * * * *
51208 -TAAAAAATTAATAAGTAGGAGATT-------ATTTGTTTACTGAA-CTAGTTCAAATAATTATG
65 CT--AAAATTAATAAG-AAGATTTTAAAAAAAAATTGTTTAC-CAAGCCAGTTCAAATAGTTATG
** * * * * *
51264 ACAATTTAAACAATTATATATTTCAAGTCGTTAT-AAACTTTTGTTTTATC
126 AGTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATA--TTTGTTTTGTC
* * * * * *
51314 ATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATT
1 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATTCG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-T
* * * * *** *
51379 ATGTAAAATTAATAATTATGAGA-TTTAAAAGATAAATTTATTTGTTGAA-CTAGTTCAAATAGT
64 -TCTAAAATTAATAA-GA--AGATTTTAAAA-A-AAAATTGTTT-ACCAAGCCAGTTCAAATAGT
* * * * * * * * * *
51442 TAAG-GCTATATGAATAATTATCCATTTCAAATAATTGT-CTTTTTGTTTTGTT
122 TATGAG-TATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATATTTGTTTTGTC
* * * * ** * * *
51494 ATAAAACAAATGTTTTTGGTCATATAAGTTTGTTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
1 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTT-ATTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * *
51559 -TAAAAATTAATAAG-ACA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAACTAGTTATAA
65 CT-AAAATTAATAAGAAGATTTTAAAAAA-AAA-TTGTTTACCAAGCCAGTTCAAATAGTTATGA
** * * * * * *
51621 CAATTTAAACAATTATTTATTTCATATCGTTATCACCATGTGTTTTGTC
127 GTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-TATTTGTTTTGTC
* ** * * * * *
51670 ATAAAACAATTATTTCTAATGATA-AAGTCTTATTCGAAATAAAGTATTGCTAATTTATTAATAT
1 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAA-ACTTATTCG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
** * *** * *
51734 TCTAAAAATTAATAAGTAATGGGTTTAAAAAATGAATTTGTTGGT-GTGA-CCAGTGCAAAGAGT
64 TCT-AAAATTAATAAG-AA-GATTTTAAAAAA--AAATTGTT--TACCAAGCCAGTTCAAATAGT
* * * * **
51797 TATGACTATTTGAACAATTATATATTTTAAATCATTATGACCT-TTTACTTTGTC
122 TATGAGTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA--TATTTGTTTTGTC
* * * * *
51851 ACAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATTCAGAATAATATAATTCTAATTTATTAATAAT
1 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
51916 CTAAAAATTAATAA
65 CT-AAAATTAATAA
51930 ATAAGAGATT
Statistics
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0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (174 bp):
ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
TAAAATTAATAAGAAGATTTTAAAAAAAAATTGTTTACCAAGCCAGTTCAAATAGTTATGAGTAT
TTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATATTTGTTTTGTC
Found at i:51148 original size:719 final size:711
Alignment explanation
Indices: 49631--51222 Score: 1605
Period size: 719 Copynumber: 2.2 Consensus size: 711
49621 TCTCAAATTT
* * * * *
49631 GTTTACCAAATAATTTCAAACACTTATG-TCTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA
1 GTTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTATGAAC-ATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA
* * * * * * * * *
49695 CCTTTTCTTTTATTATAAAACAATTATTTTTGTTCATACTAGTTTATTCAAATTAAAATAATATT
65 ACTTTTGTTTGATCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGATTATTCAAA-TAAAATAATACT
* *
49760 AATTTGTTAATATTTTGACAATTAATAAGTCAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAA
129 AATTTATTAATA-TTTGAAAATTAATAAG---AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAA
* ** * * * *
49825 GTTCAAATAGTAATAACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTC
190 GTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACAATTATCCATCTCAAATTGGTATGATCATTTGTTTTGTC
* * * ** * * *
49890 ATAGAACAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTATTACTATTC
255 ATAAAACAATTGTATCAATCCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTAATAATATTC
* * * * * **
49955 TAAAAATTAATGAATAAGAGATTCAAAAAATGAATCTGTACACTAAACAAGTTCAAATAGTTATG
320 TAAAAATTAATGAACAAGACATTCAAAAAATAAATCTATACACTAAACAAGTTCAAATAGTAAAA
* * * *
50020 GCTATTTGAATAATTATCTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTCTG
385 ACTATTAGAATAATTATCTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGCCATAAAACAATTGTTTCAG
* * * * *
50085 TTCATACAAGGTTCTTTCAAATAAAATAATAAAAATTACTAATATTCCAAAGATTAATAAGTAAA
450 TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAAAAATTACTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAA
* * * ** *
50150 AGTTTTAAAAATAAATCTATTTTCTGAACACGTTCAAATAGTTATGGCTATTTAAACAATTATCT
515 AATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCT
* ** * *
50215 ATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAACTAATTGTTTTTGTTCATCAAAGCTTATT
580 ATTTAAAATCATTATGAACTTTTGTTTAATCATAAACTAATAGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATT
* * *
50280 CAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAAAAA
645 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCAAAAATTAAGAAGTAAAAGATTTTAAAAAAAAA
*
50345 TT
710 TA
* * * * ** *
50347 GTTTACCAAGTGAGTTCAAATAGTTATGAATATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGAT
1 GTTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTATGAACATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAA
* * *
50412 CTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAATAAAATAACACTA
66 CTTTTG-TTTGATCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGATTATTCAAATAAAATAATACTA
* * * *
50476 TTTTATTAATATTGTGAAAATTAATAAG-AGATTTAAAAACTAAATCTGTTTACC-AGACCAGTT
130 ATTTATTAATATT-TGAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGA-ACAAGTT
* * *
50539 CAAATAGTTATGAGTATTTGAACAATTATCCATCTCAAATTGGTATGAT-ATTTGTTTTGTCATA
193 CAAATAGTAATAACTATTTGAACAATTATCCATCTCAAATTGGTATGATCATTTGTTTTGTCATA
* ** ** * * *
50603 AAACAATTGTTTCTGTCCATACAAACTTATTCGGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATTCTA
258 AAACAATTGTATCAATCCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACT-AACTAATAATATTCTA
* * * * **** * *
50668 AAAATTTAT-AAGCAAGACATTTAAAACATAAATGTATTTGTTGAACCAGTTCAAATAGCTAAAA
322 AAAATTAATGAA-CAAGACATTCAAAAAATAAATCTATACACTAAACAAGTTCAAATAG-T-AAA
* ** * ** *
50732 AACTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTGTT
384 AACTATTAGAATAATTA--T-CTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGCCATAAAACAATTGTT
* * ** *
50797 TCAGTTCATACATA-CTTATTTGAAATAAAATAATACTATTTTATTAACATTCAAAAAATTAATA
446 TCAGTTCATACA-AGCTTATTTCAAATAAAATAATA-AAAATTACTAACATTCAAAAAATTAATA
* * *
50861 AGTAAAGAATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
509 AGTAAA-AATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAAC
*
50926 AATTATC-ATTTTAAAATCATTATGACCTTTT-TTTAATCATAAAAC-AATAGTTTTAT-TTCAT
572 AATTATCTA-TTTAAAATCATTATGAACTTTTGTTTAATCAT-AAACTAATAGTTTT-TGTTCAT
* * * * ***
50987 AAAAGCTTA-TCAAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAA-TTGGAGA
634 AAAAGCTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCAAAAATTAAGAAGTAAAAGA
*
51050 -TTTAAAACATAAATCA
697 TTTTAAAA-AAAAAT-A
* * ** * * * *
51066 GTTTATCAAATCAGTTCAAATATTTATGGCCATTTGAACAATTATCTCTTTCAAATTGTTTTGAA
1 GTTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTATGAACATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAA
* **
51131 CTTTTGTTTGATCATAAAAGAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTA-TCAAAATAAAATAATACT
66 CTTTTGTTTGATCATAAAACAATTGTTTTT-ATTCATACAAGATTATTC-AAATAAAATAATACT
*
51194 AATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAG
129 AATTTATTAATATTT-GAAAATTAATAAG
51223 TAGGAGATTA
Statistics
Matches: 708, Mismatches: 142, Indels: 49
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
710 52 0.07
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712 1 0.00
713 15 0.02
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720 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (711 bp):
GTTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTATGAACATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAA
CTTTTGTTTGATCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGATTATTCAAATAAAATAATACTAA
TTTATTAATATTTGAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAA
ATAGTAATAACTATTTGAACAATTATCCATCTCAAATTGGTATGATCATTTGTTTTGTCATAAAA
CAATTGTATCAATCCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTAATAATATTCTAAAAA
TTAATGAACAAGACATTCAAAAAATAAATCTATACACTAAACAAGTTCAAATAGTAAAAACTATT
AGAATAATTATCTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGCCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA
CAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAAAAATTACTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAATTTA
AAAAATAAATCTATTTACCAAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAA
AATCATTATGAACTTTTGTTTAATCATAAACTAATAGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCAAAAT
AAAATAATACTAATTTATTAAAATTCAAAAATTAAGAAGTAAAAGATTTTAAAAAAAAATA
Found at i:51674 original size:356 final size:354
Alignment explanation
Indices: 49645--53349 Score: 2111
Period size: 356 Copynumber: 10.4 Consensus size: 354
49635 ACCAAATAAT
* * * ** ** * * *
49645 TTCAAACACTTATGTCTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTCTTTTATTA
1 TTCAAATAGTTATGGCTATTTGAATAATTATCCATTTCAAATCATT-TGA-CTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * *
49710 TAAAACAATTATTTTTGTTCATACTAGTTTATTCAAATTAAAATAATATTAATTTGTTAATATTT
64 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * * * * * *
49775 TGACAATTAATAAGTCAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTAATA
128 TAAAAATTAATAAG--AAA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * *
49840 ACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAGAACAATTGTAT
190 ACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT-T
* * * * *
49905 CA-ATTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT-TATTACTATTCTAAAAATTAATGA
254 TATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATT-TAAAAATTAAT-A
* * * * * ** * *
49968 A-TAAGAGATTCAAAAAATGAATCTGTACACTAAACAAG
317 AGTAAGAGATTTAAAACATAAATTTATTTA-TCAACTAG
*
50006 TTCAAATAGTTATGGCTATTTGAATAATTAT-C--TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGCCA
1 TTCAAATAGTTATGGCTATTTGAATAATTATCCATTTCAAATCATT-TGA-CTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
50068 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGGTTCTTTCAAATAAAATAATA-AAAATTACTAATATTC
64 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTT-ATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * * * * **
50132 CAAAGATTAATAAGTAAAAGTTTTAAAAATAAATCTATTTTCTGAA-CACGTTCAAATAGTTATG
128 TAAAAATTAATAAG-AAAA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCA-GTTCAAATAGTTATG
* * * *
50196 GCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTT
190 ACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTATT
* * * *
50260 TTTGTTCAT-CAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCT-AAAATTAATA
254 TATGTTCATAC-AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATT-TAAAAATTAATA
* * * * *
50323 AGTAAAAGATTTTAAAA-A-AAAATTGTTTACCAAGTGAG
317 AGTAAGAGA-TTTAAAACATAAATTTATTTATCAACT-AG
** * **
50361 TTCAAATAGTTATGAATATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGGCTATTTGAATAATTATCCATTTCAAATCATT-TGA-CTTTTGTTTTGTCA
* ** * * *
50426 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAATAAAATAACACTATTTTATTAATATTGT
64 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT
* * * * *
50491 GAAAATTAATAAG-AGATTTAAAAACTAAATCTGTTTACCAGACCAGTTCAAATAGTTATGAGTA
129 AAAAATTAATAAGAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTA
* ** * * * * *
50555 TTTGAACAATTATCCATCTCAAATTGGTATG-A-TATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG
194 TTTAAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGAACT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATG
* * ** * * * * * * *
50618 TCCATACAAACTTATTCGGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATTCTAAAAATTTATAAGCAA
258 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAA
* * * * *
50683 GACATTTAAAACATAAATGTATTTGTTGAACCAG
322 GAGATTTAAAACATAAATTTATTT-ATCAACTAG
* *** * ** ** *
50717 TTCAAATAGCTAAAAAACTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTAGT
1 TTCAAATAG-T-TATGGCTATTTGAATAATTATCCATTTCAAA-TCATTTGA-CTTTTGTTTTGT
* * * * * *
50782 TATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACATA-CTTATTTGAAATAAAATAATACTATTTTATTAACA
62 CATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACA-AGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
*
50846 TTCAAAAAATTAATAAGTAAAGAATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CATGTTCAAATAG
125 TTCTAAAAATTAATAAG--AA-AATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCA-GTTCAAATAG
* * * * * **
50910 TTATGACTATTTGAACAATTA-TCATTTTAAAATCATTATGACCTTTT-TTTAATCATAAAACAA
185 TTATGACTATTTAAACAATTATTTA-TTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * *
50973 -TAGTTTTAT-TTCATAAAAGCTTA-TCAAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAA
249 TTA--TTTATGTTCATACAAGCTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTT-AAAA
* * ** * *
51035 ATTGAGAA-TTGGAGATTTAAAACATAAA-TCAGTTTATCAAATCAG
310 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAACATAAATTTA-TTTATCAACT-AG
* * * **
51080 TTCAAATATTTATGGCCATTTGAACAATTATCTC-TTTCAAATTGTTTTGAACTTTTG-TTTGAT
1 TTCAAATAGTTATGGCTATTTGAATAATTATC-CATTTCAAA-TCATTTG-ACTTTTGTTTTG-T
* * ** *
51143 CATAAAAGAATTGTTTTTCATCATACAAGCCTA-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
62 CATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
** * * * ** * *
51207 T-TAAAAAATTAATAAG------TAGGAGAT-TATTTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAATTATG
126 TCT-AAAAATTAATAAGAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATG
* * * * *
51264 ACAATTTAAACAATTATATATTTCAAGTCGTTATAAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTT
190 ACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT
** * *
51329 ATGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTATGTAAAATTAATAA
255 ATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATT-T-AAAAATTAATAA
* * * * *
51394 TTATGAGATTTAAAAGATAAATTTATTTGTTGAACTAG
318 GTAAGAGATTTAAAACATAAATTTATTT-ATCAACTAG
* * * * *
51432 TTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCCATTTCAAAT-AATTGTCTTTTTGTTTTGTTAT
1 TTCAAATAGTTATGGCTATTTGAATAATTATCCATTTCAAATCATTTGAC-TTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * * *
51496 AAAACAAATGTTTTTGGTCATATAAGTTTGTTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-T
65 AAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT
* * * * *
51560 AAAAATTAATAAG-ACATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAACTAGTTATAACAA
129 AAAAATTAATAAGAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * * **
51624 TTTAAACAATTATTTATTTCATATCGTTATCACCATGTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTAA
194 TTTAAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATGT
* * * * * *
51689 TGATA-AAGTCTTATTCGAAATAAAGTATTGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA
259 TCATACAAG-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * *
51753 TG-GGTTTAAAAAATGAATTTGTTGGTGT-GACCAG
322 -GAGATTTAAAACATAAATTTATT--TATCAACTAG
* * * * ** * **
51787 TGCAAAGAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTTAAATCATTATGACCTTTTACTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGGCTATTTGAATAATTATCCATTTCAAATCATT-TGA-CTTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
51852 CAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATTCAGAATAATATAATTCTAATTTATTAATAATC
64 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * * * * * * **
51917 TAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAGAACTGAATTTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATG
128 TAAAAATTAAT-AAGAA-A-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATG
* * * * *
51982 ACTATTT---CAA--A--T-TGTC--A----TA--ACCTTTTGTTTTATCATAAAATAAATTTTT
190 ACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTATT
* * * * * * * *
52031 TCTATTCCTACAAACTTATTTC-AATTAAAATAATACAAAGT-TATT-ATCATTCAGACAATTAA
254 TATGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAA-TCTATTAAT-ATTTA-AAAATTAA
* * * * * *
52093 TAAGTAAAAAATTTTAAAA-ATAAATCTGTTTACCAAATAAG
315 TAAGTAAGAGA-TTTAAAACATAAATTTATTTATCAACT-AG
* **
52134 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA--AT--ATTT---AT--TTT-A-AATTG---T-TC-T-
1 TTCAAATAGTTATGGCTATTTGAATAATTATCCATTTCAAATCATTTGACTTTTGTTTTGTCATA
* * * ** *
52182 ---GAA-T-TTT-TGTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAACAATGTTAGTTTATTAATATT-TC
66 AAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-
* * * * * * ** * * *
52240 GACAGTTAATAAGCAAAAGATTTTAAAAATAAGTATGTTTACTGAACAAGTTGAAATAGTTATAA
129 AAAAATTAATAAG--AAA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * ** * * *
52305 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTCATCAT-AAATAATTGTATC
191 CTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT-TT
* * * * * *
52369 AT-TTCATATAGGCTTATTCAAAA-AAAATAATACTAATTTATTAATACTCTGAAAATTAATGAG
255 ATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAG
* * * *
52432 AAAGAGATTTAAGAA-ATGAATCTATTTATCGAACAAG
319 TAAGAGATTTAA-AACATAAATTTATTTATC-AACTAG
* * * * * *
52469 TTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGGCTATTTGAATAATTATCCATTTCAAATCATT-TGA-CTTTTGTTTTGTCA
* *
52534 TAAAATAATTGCTTT-TGTTCATACAAGCTAATATT-GAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA
64 TAAAACAATTG-TTTCTGTTCATACAAGCT--TATTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA
* * * **
52596 TTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTT-AAAAATAAATTTGTTTTCTGAA-CATGTTCAAATAGTT
125 TTCTAAAAATTAATAAG--AAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCA-GTTCAAATAGTT
* * * * * * *
52659 ATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTTAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTTAT-AAACTAATT
187 ATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATT
* * * ** * *
52723 GTTTTTGTTCATACAAGCGTATTTGAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTTCAAAAATTAA
251 ATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTT-AAAAATTAA
* * * * ** *
52788 TAAGTAAAAGATTTACAAA-GTAAA-TCAGTTTACCATGTAAA
315 TAAGTAAGAGATTTA-AAACATAAATTTA-TTTATCAACT-AG
* ** * * ** *
52829 TTTAAATAGTTATAACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTTTTTTGTC
1 TTCAAATAGTTATGGCTATTTGAATAATTATCCATTTCAAATCA-TT-TGA-CTTTTGTTTTGTC
* * * * *
52893 ATAAAGCAATTGTTTCTATTCACACAAGTTTATTTAGAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATT
63 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * * *
52957 CTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTATAAAATAAATTTGCTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCAT
127 CTAAAAATTAATA---AGAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * * *
53022 GTCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTCTT-TTTTATCATAAAACAATTGT
189 GACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGAACTT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTAT
* * ** * * * *
53086 TTCTGTT-AGTGCAAAATTATTCAGAATAAAATAATATTGATCTATTAATATTTTGAAAATTAAT
253 TTATGTTCA-TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATA-TTTAAAAATTAAT
* *
53150 AAG---G-GATTTAAAA-ACTAAATCTATTTACTCAAAC-AA
316 AAGTAAGAGATTTAAAACA-TAAATTTATTTA-TC-AACTAG
* * ** * * * * **
53186 TCCAAATAGTAATGATTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATTATTATGA-TCTTTATTTTGTTG
1 TTCAAATAGTTATGGCTATTTGAATAATTATCCATTTCAAATCATT-TGACT-TTTGTTTTGTCA
* * * *
53250 TAAAACAATTGTTTCTTTTCATACCAGCTTATTCAAATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTC
64 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* *
53315 CAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT
128 TAAAAATTAAT-AAGAA-A-ATTTAAAAAATAAAT
53350 GTGCTTGTTG
Statistics
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TTCAAATAGTTATGGCTATTTGAATAATTATCCATTTCAAATCATTTGACTTTTGTTTTGTCATA
AAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAA
AAATTAATAAGAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATT
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ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA
TTTAAAACATAAATTTATTTATCAACTAG
Found at i:53077 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 52189--53388 Score: 1051
Period size: 179 Copynumber: 6.7 Consensus size: 178
52179 TCTGAATTTT
* * ** * * * *
52189 TGTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAACAATGTTAGTTTATTAATATT-TCGACAGTTAATAAG
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* * * * * * *
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* ** * *
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* * * * * *
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* * * * *
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*
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*
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* * * *
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63 AGTAAGAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * *
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128 TTATCTATTTCAAATA-TTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTC
* * *
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* * * * * * *
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* * *
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126 AATTATCTATTTCAAATA-TTATGA-CCTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * *
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1 TGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT
* * * * * * * *
52973 AGGAGATTTATAAAATAAATTTGCTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTCAACAATT
66 AAGAGATTTA-AAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
*
53038 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTCTTTTTTATCATAAAACAATTGTTTC
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* ** * * * * *
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1 TGTTCA-TACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
* * * * * *
53153 ---G-GATTTAAAAACTAAATCTATTTACTCAAACAA-TCCAAATAGTAATGATTATTTGAATAA
65 TAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * **
53213 TTATCTATCTCAAATTATTATGATCTTTATTTTGTTGTAAAACAATTGTTTC
128 TTATCTATTTCAAA-TATTATGACCTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * *
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1 TGTTCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
* * ** * *
53329 TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGCTTGTTGAACAAGCTCAAATAGTTAAGACTACTTTG
65 TAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTG
53389 TCATAAAACA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
TGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT
AAGAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
TCTATTTCAAATATTATGACCTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
Found at i:53775 original size:184 final size:181
Alignment explanation
Indices: 53401--53775 Score: 391
Period size: 184 Copynumber: 2.1 Consensus size: 181
53391 ATAAAACACA
* * *
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* * ** **
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** ** *
53531 CAAAAGTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTACTTAATGAGCAAT
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* * * *
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* * * ** *
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* * * *
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53766 TTCAAATAGT
1 TTCAAATAGT
53776 CATGTATTTG
Statistics
Matches: 157, Mismatches: 29, Indels: 13
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
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CAAAAACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTACTTAATGAAAAAG
Found at i:55194 original size:172 final size:172
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Period size: 172 Copynumber: 2.3 Consensus size: 172
54819 ATACAAGTGC
* * * * *
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* *
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* *
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* * * *
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* * * *
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* *
55130 TT-ATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTATTCTTACTAT-TTT
127 TTAAT-A-C-TTT-TTTTGTCATAAAACAATT-GTTATTCTTAATATATTT
* *
55179 ATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTGAAATTTAATAA
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55226 CCAAGAAAAT
Statistics
Matches: 185, Mismatches: 25, Indels: 25
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (172 bp):
ATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAGAAAAT
AATTCTATTTACCAAACCAATTCAAATAATTATATATTTAACAATTATCTATTTCAAATCATTAA
TACTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTATTCTTAATATATTT
Found at i:56993 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 56689--57383 Score: 637
Period size: 181 Copynumber: 3.9 Consensus size: 177
56679 NNNNNNNNCA
* * * *
56689 AAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTGTCTATTTTAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
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* * * *
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*** *
56817 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAGTAAATCAGTTTACCATGTAAGTTT
128 AAAAATTAATAAGT--AAGATTTAAAAA-TAAATCAGTTTACCAAACAAGTTC
* * * *
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* * * * * *
56934 AAAGCAATTGTTTCTATTCACACAAGTTTATTTAGAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTTT
64 AAA-CAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC
* ** * *
56998 AAAAATTAATAGGTAGGAGATTTATAAAATAAATTTGCTTACTAAACAAGTTC
128 AAAAATTAATAAGTA--AGATTTA-AAAATAAATCAGTTTACCAAACAAGTTC
* * * * * *
57051 AAATAGTCATGTCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTCTTTTTTATCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTTGTCAT-A
* ** * *
57116 AACAATTGTTTCTGTT-AGTGCAA-AATATTCAGAATAAAATAATATTAATCTATTAATATTTTA
65 AACAATTGTTTCTGTTCA-TACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCA
* * *
57179 AAAATTAATAAG--GGATTTAAAAACTCAATCTA-TTTACTCAAACAA-TCC
129 AAAATTAATAAGTAAGATTTAAAAA-TAAATC-AGTTTAC-CAAACAAGTTC
* * * * *
57227 AAATAGTAATGATTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGATCTTTATTTTGTTGT-A-
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT-TTTT-TTGTCAT
* * * *
57290 AAACAATTGTTTCTTTTCATACCAGCTTATTCA-AATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTCC
64 AAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC
*
57354 AAAAATTAATAAG--GGATTTAAAAAATAAAT
128 AAAAATTAATAAGTAAGATTT-AAAAATAAAT
57384 GTGCTTGTTG
Statistics
Matches: 423, Mismatches: 72, Indels: 43
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Matches are distributed among these distances:
175 25 0.06
176 113 0.27
177 16 0.04
178 3 0.01
179 11 0.03
180 65 0.15
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182 47 0.11
183 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTTGTCATAA
ACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAA
AATTAATAAGTAAGATTTAAAAATAAATCAGTTTACCAAACAAGTTC
Found at i:57183 original size:180 final size:175
Alignment explanation
Indices: 56701--57409 Score: 592
Period size: 176 Copynumber: 4.0 Consensus size: 175
56691 ATAGTTTTGA
* *
56701 CTATTTGAACAATTGTCTATTTTAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAAC-AATTGTT
* * ** * *
56764 TTTGTTCATACAAGCGTATT-TGAAATAAAATAATATTATTTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
63 TCTATTCATACAA-ATTATTCAG-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * *** * * **
56828 AGTAAAAGATTTAAAAAGTAAATCAGTTTACCATGTAAGTTTAAATAGTTATAA
126 AG----GGATTTAAAAACTAAATCTGCTTACTAAACAAGTTCAAATAGTAATGT
* * * *
56882 CTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTTTTTTTGTCATAAAGCAATTGTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGA-C-CTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * *
56946 TCTATTCACACAAGTTTATTTAGAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAG
63 TCTATTCATACAA-ATTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-
* *
57010 GTAGGAGATTTATAAAA-TAAATTTGCTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATGT
126 --AGG-GATTTA-AAAACTAAATCTGCTTACTAAACAAGTTCAAATAGTAATGT
* * *
57063 CCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTCTTTTTTATCATAAAACAATTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT-TTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * *
57128 TGTT-AGTGCAAAATATTCAGAATAAAATAATATTAATCTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGG
65 TATTCA-TACAAATTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGG
* ** *
57192 GATTTAAAAACTCAATCTATTTACTCAAACAA-TCCAAATAGTAATGAT
129 GATTTAAAAACTAAATCTGCTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTAATG-T
* * * * **
57240 -TATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGATCTTTATTTTGTTGTAAAACAATTGTTTCT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* ** * *
57304 TTTCATACCAGCTTATTCA-AATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGG
66 ATTCATA-CAAATTATTCAGAA-TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGG
* * ** * *
57368 GATTTAAAAAATAAATGTGCTTGTTGAACAAGCTCAAATAGT
129 GATTTAAAAACTAAATCTGCTTACTAAACAAGTTCAAATAGT
57410 TAAGACTACT
Statistics
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0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 36 0.08
176 134 0.31
177 10 0.02
179 12 0.03
180 65 0.15
181 125 0.29
182 40 0.09
183 8 0.02
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (175 bp):
CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
ATTCATACAAATTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGGGA
TTTAAAAACTAAATCTGCTTACTAAACAAGTTCAAATAGTAATGT
Found at i:57770 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 57435--57806 Score: 501
Period size: 181 Copynumber: 2.1 Consensus size: 181
57425 ATAAAACACA
* * *
57435 TTCATATAGTTATTACTAGTTAAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTTA
1 TTCAAATAGTTATGACTAGTTAAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * *
57500 TAAACCAATTGTTTCTATTCATACATGCGTATTCGAAATAAAATAACACTAGTTTATTCATATTC
66 TAAACCAATTGTTTATATTCATACAAGCGTATTCGAAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTC
* * *
57565 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTACTTAATGAGCAAT
131 CAAAAACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTACTTAATGAACAAG
* * * * *
57616 TTTAAATAGTTATGATTAGTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTAGTTAAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* ** * * *
57681 TAAAGCAATTGTTTATATTCATACAAGTTTATTCGGAATAAAGTAATACTAATTTATTAATATTC
66 TAAACCAATTGTTTATATTCATACAAGCGTATTCGAAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTC
* * ** * *
57746 TAAAAACTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAG
131 CAAAAACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTACTTAATGAACAAG
57797 TTCAAATAGT
1 TTCAAATAGT
57807 CATGTCGACC
Statistics
Matches: 163, Mismatches: 28, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
181 163 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TTCAAATAGTTATGACTAGTTAAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
TAAACCAATTGTTTATATTCATACAAGCGTATTCGAAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTC
CAAAAACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTACTTAATGAACAAG
Found at i:57833 original size:149 final size:145
Alignment explanation
Indices: 57667--57931 Score: 341
Period size: 149 Copynumber: 1.8 Consensus size: 145
57657 TAGTTATGAT
* ** * *
57667 CTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTATATTCATACAAGTTTATTCGGAATAAAGTAATACTA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATACTA
*
57732 ATTTATTAATATTCTAAAAACTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAG
66 ATCTATTAATATTCTAAAAACTAATA---A-GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAG
57797 TTCAAATAGTCATGTCGAC
127 TTCAAATAGTCATGTCGAC
* * * * * *
57816 CTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATATTT
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATACTA
* * * * *
57881 ATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGATATTTAAAAACTAAATCTATTT
66 ATCTATTAATATTCTAAAAACTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
57932 TTTCGAAATA
Statistics
Matches: 99, Mismatches: 17, Indels: 4
0.82 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
145 22 0.22
146 1 0.01
149 76 0.77
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (145 bp):
CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATACTA
ATCTATTAATATTCTAAAAACTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCA
AATAGTCATGTCGAC
Found at i:59855 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 59490--60777 Score: 1019
Period size: 181 Copynumber: 7.2 Consensus size: 180
59480 TTGTTTAGTC
* * * * * *
59490 ATAAAATAATCCAAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGTAAAAGGTTTGAAAAAATAAATC
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-GTTT-AAAAAATAAATT
** * * * *
59555 TGTTTATTGAAA-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATG
64 TGTTTA-CCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATG
* * * * * * *
59619 ATCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTATTTCGGCTCATAAAAGTTTATCCAAA
128 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTCAAA
* *
59672 ATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGTTTAAAAAAATAAATTT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTT-AAAAAATAAATTT
* * * * * * *
59737 TTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTGTCTA-TTCAAAATTGTTATGA
65 GTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATTATTATGA
* * * * * *
59801 CCTTTTATTTTGTTACAAAATAATTGTTTCAGTTCATGCAAGCTTATTCAAA
129 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTCAAA
* * * * * *
59853 ATAAAATGATACTAATTTATTAATATTCCAAAAGTTAGTAAGTAAGTGATTTAAAAAATGAATTT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATTT
* * * * * * * *
59918 GTTTACCAAA-TCAGTTTAAATAATTATGGCCATTTCAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATTA
65 GTTTACCAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGA
* * ** * * *
59982 CCTTTTGTTTGGTCATACAACAATTGTTTTTGGTCATACAAGTTTATTTAGA
129 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTCAAA
* **
60034 ATAAAATAATAATAATTTATTAATCCTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG------------A--TG
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAATAAATTTG
* * * * * * * *
60085 TTTACCAAACTAGTTTAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTGTATACTTCAAATCATTATAACC
66 TTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACC
* * * * * * *
60150 TTTTGCTCTATTATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAA
131 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTCAAA
* * ** * *
60200 ATAAAATAATACTAATATAATAATATTTTGAAAATTAATAACTAAGATTTTTTTAAAAAAATAAA
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA---GTTT-AAAAAATAAA
** * * *
60265 TTTGTTTGTCGAACTAGTT-ATAATAATTAAGACTATATT-AACAATTATCTATTTCAAATTATT
62 TTTGTTTACCAAACTAGTTCA-AATAGTTATGACTAT-TTGAACAATTATCTATTTCAAATTATT
* * * **
60328 -TG--C----GTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTCATACTAGTTTATTCGGA
125 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTCAAA
* * * * *
60377 ATAAACTAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATATGTAAGAGATTAAAAAATAAATTT
1 ATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAATAAATTT
* * * * * *
60441 GTTTACCTAA-TCAATTCACATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGA
65 GTTTACCAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGA
* ** * * * *
60505 CCTTTTATTTTGTCATAAAA-ACATATGTTTTTGTTCATATACGTTTGTTCAGA
129 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-AT-TGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTCAAA
* * ** *
60558 ATAAAAAAAGACTAACCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AGA-TTTAAAAAATAAATCTG
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAATAAATTTG
* * * * *
60620 TTTACCGAACTGGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-C
66 TTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACC
* * * * *
60684 TTTT-TTTTGTTATAAAATAATAGTTT-ATGTTCATACAAGCTTATTCGAA
131 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-GTTCATACAAGTTTATTCAAA
* * * *
60733 TTAAAATAATATTAATTTATTAATATTAT-GACAATTAATAAGTAA
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAA
60778 ATATGTTTAT
Statistics
Matches: 869, Mismatches: 191, Indels: 97
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
166 131 0.15
167 1 0.00
168 1 0.00
172 3 0.00
173 58 0.07
174 5 0.01
175 51 0.06
176 18 0.02
177 78 0.09
178 66 0.08
179 5 0.01
180 20 0.02
181 334 0.38
182 49 0.06
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184 45 0.05
185 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAATAAATTTG
TTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACC
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTCAAA
Found at i:60102 original size:166 final size:166
Alignment explanation
Indices: 59917--60215 Score: 370
Period size: 166 Copynumber: 1.8 Consensus size: 166
59907 AAAATGAATT
* * * ** *
59917 TGTTTACCAAATCAGTTTAAATAATTATGGCCATTTCAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATTA
1 TGTTTACCAAATCAGTTTAAATAATTATGACCATTTCAATAATTATATACTTCAAATCATTATAA
* * * * *
59982 CCTTTTG-TTTGGTCATACAACAATTGTTTTTGGTCATACAAGTTTATTTAG-AATAAAATAATA
66 CCTTTTGCTCT-ATCATAAAACAATTGTTTCTGGTCATACAAGCTTA-TTAGAAATAAAATAATA
60045 ATAATTTATTAATCCTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
129 ATAATTTATTAATCCTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* ** * *
60083 TGTTTACCAAA-CTAGTTTAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTGTATACTTCAAATCATTATA
1 TGTTTACCAAATC-AGTTTAAATAATTATGACCATTTCAATAATTATATACTTCAAATCATTATA
* * * *
60147 ACCTTTTGCTCTATTATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
65 ACCTTTTGCTCTATCATAAAACAATTGTTTCTGGTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATAA
60212 TAAT
130 TAAT
60216 ATAATAATAT
Statistics
Matches: 110, Mismatches: 20, Indels: 6
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
165 4 0.04
166 104 0.95
167 2 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (166 bp):
TGTTTACCAAATCAGTTTAAATAATTATGACCATTTCAATAATTATATACTTCAAATCATTATAA
CCTTTTGCTCTATCATAAAACAATTGTTTCTGGTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATAAT
AATTTATTAATCCTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
Found at i:60485 original size:173 final size:174
Alignment explanation
Indices: 60255--62274 Score: 460
Period size: 180 Copynumber: 11.4 Consensus size: 174
60245 GATTTTTTTA
* ** * *
60255 AAAAAATAAATTTGTTTGTCGAACTAGTT-ATAATAATTAAGACTATATT-AACAATTATCTATT
1 AAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAATTCA-AATAATTATGACTAT-TTGAACAATTATCTATT
* *
60318 TCAAATTATT-TG-C-GTTTTGTCAT-AAAACA-AT-TTTTTCAATTCATACTA-GTTTATTCGG
64 TCAAATTATTATGACTATTTTGTCATAAAAACATATGTTTTT--ATTCATA-TACGTTTATTCAG
* ** *
60376 AATAAACTAAA-A-TGAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATATGTAAGAGA-TT
126 AATAAA-AAAAGACT-AACCTATTAATATTTCAAAAATT-A-A--TAAGAGATTT
* * *
60428 AAAAAATAAATTTGTTTACCTAA-TCAATTCACATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
1 AAAAAATAAATCTGTTTACCGAACT-AATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * *
60492 TAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAAACATATGTTTTTGTTCATATACGTTTGTTCAG
65 CAAATTATTATGA-C---TATTTTGTCATAAAAACATATGTTTTTATTCATATACGTTTATTCAG
60557 AATAAAAAAAGACTAACCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTT
126 AATAAAAAAAGACTAACCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTT
** * * *
60606 AAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTGGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTC
1 AAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * *
60671 AAATTGTTATGACTTTTTTTTGTTATAAAATA-ATA-GTTTATGTTCATACAAGCTTATTC-GAA
66 AAATTATTATGAC--TATTTTGTCATAAAA-ACATATGTTTTTATTCATATACGTTTATTCAGAA
* * * * *
60733 T---TAAA-A-TAA--TATTAAT-TTAT-TAATATT-AT--GACAATT
128 TAAAAAAAGACTAACCTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGAGATTT
* * * * * * * * * *
60769 AATAAGTAAATATGTTTATCAAACTAGA-TCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAATATTTATTT
1 AAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTA-ATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * *
60833 CAAATCATTATGACCTTTGGTTTTGTCATAAAAA-A-AT-TATTTTAGTTCATATAAGCTTATTC
65 CAAATTATTATGA-C--T-ATTTTGTCATAAAAACATATGT-TTTTA-TTCATATACGTTTATTC
* * * ** * *
60895 AAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTCTGAAAATTAATAATTAAGAGATTT
124 AGAATAAAAAAAGACTAACCTATTAATATT-TCAAAA--ATTAA-TAAGAGATTT
* ** * *
60950 AAAAAATAAATTTGTTTATTGAAC-AAGTTTAAATAATTATGATTA-TT------TTATCTATTT
1 AAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* ** * * * * * * *
61007 GAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAA-TTAT-TTTTAAAGTTCATACAAGCTTATTT
65 CAAATTATTATGA-C---TATTTTGTCATAAAAACATATGTTTT-TA-TTCATATACGTTTA-TT
* * * * ** * * * * *
61069 C-TAATAAAATAATACAAATTTACTAATAGTATGACAATTAA-TAAGTAAAATATTT
123 CAGAATAAAAAAAGACTAACCTATTAATA-T-T-TCAA-AAATTAA-TAAGAGATTT
* * * * ** *
61124 AAAAAATAAATCTATTCACCAAACAAATTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC
1 AAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * *
61189 -AATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCAT-AAAACA-ATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTCGG
66 AAATTATTATGAC----TATTTTGTCATAAAAACATA-TGTTTTTATTCATATACGTTTATTCAG
* * * * ** * ***
61251 ATTAAAATAATATTAATTTATTAGTATTTCGGCAATTAATAAGTAAAAGATTT
126 AATAAAAAAAGACTAACCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTT
* ** * * * * *
61304 AAAAAATAAATATGTGTT-TTGAA-TAAGTTTAATTAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATT
1 AAAAAATAAATCTGT-TTACCGAACTAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * ** * *
61367 TCAAATTATTGTGACCTTATGTTTTGTAAT-AAAACA-ATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATT-
64 TCAAATTATTATGA-C-TA--TTTTGTCATAAAAACATA-TGTTTTTATTCATATACGTTTATTC
* * * * ** * *
61429 TGAGATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-TAAAATTAATGAGTAGGAGAATT
124 AGA-ATAAAAAAAGACTAACCTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--A-GAGATTT
* * * * *
61484 AAAAAATGAATTTGTTTACC-AA-AAATGTTCAAATAGTTATGACTATCTT-AAGAATTATCTAT
1 AAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAA--TTCAAATAATTATGACTAT-TTGAACAATTATCTAT
* * * * *
61546 TTCAAAATATTATGGCCTTTTATTTTGTCAT-AAAACA-ATTGGTTTTGTTCATGCA-AGCTTTT
63 TTCAAATTATTAT-GAC---TATTTTGTCATAAAAACATA-TGTTTTTATTCAT--ATA-CGTTT
* * ** *
61608 A-TC-GAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTT
120 ATTCAGAATAAAAAAAGACT-AACCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGATTT
* * ** *
61664 AAAAAATAAATATGTTTTCTAAAC-ACATTCAAATAGTTATGACTATTCTATTTGAACAATTATC
1 AAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTA-ATTCAAATAATTATG---A--CTATTTGAACAATTATC
* * * * * * *
61728 TATTTCAAATCATTATGAC-ATTTTGTTTCGTCATAAACCA-ATTGTTTCTATTCATAAAAGCTT
60 TATTTCAAATTATTATGACTATTTTG--TCAT-A-AAAACATA-TGTTTTTATTCATATACGTTT
* * * ** * *** *
61791 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAAGACCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTT
120 ATTCAGAATAAAAAAAGACTAACCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGA-TTT
* * * * * *
61851 AAAAAATAAATCTGTCTA-CTAA--AGATTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTT
1 AAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTA-ATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
** * * * * * *
61913 CAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATA-AT-TCTTTCTATTCATACAAGTTTATT-T
65 CAAATTATTATGA-C---TATTTTGTCATAAAA-ACATATGTTTTTATTCATATACGTTTATTCA
* ** ***
61975 GAAATAAAATATTACTAGTTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTT
125 G-AATAAAAAAAGACTAACCTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA----GAGATTT
* ** * * **
62030 AAAAAATAAATCTGTTCACCGAAC-AAGTTCAAATGGTCAT-ATCCATTTGAATTATTATCTATT
1 AAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAA-TTCAAATAATTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * ****
62093 TCAAA-TAGTTATGA-TATTTTGTTTTGTCATAAAATA-AT-TGCTTATATTTATACAAAACTAT
64 TCAAATTA-TTATGACTA-----TTTTGTCATAAAA-ACATATGTTTTTATTCATATACGTTTAT
* * ** *
62154 TCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATT-ATAAGAGATTT
122 TCAGAATAAAAAAAGACTAACCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTT
* * * * * * * *
62206 AAAAACA-AAATCTATTTATC-AAATCAATTTAAATAGTTATGAGTATTTGAACAATAATCTATC
1 AAAAA-ATAAATCTGTTTACCGAACT-AATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
62269 TCAAAT
64 TCAAAT
62275 CGTTATAATC
Statistics
Matches: 1442, Mismatches: 260, Indels: 286
0.73 0.13 0.14
Matches are distributed among these distances:
163 70 0.05
164 9 0.01
165 30 0.02
166 10 0.01
167 8 0.01
169 5 0.00
170 2 0.00
171 6 0.00
172 3 0.00
173 72 0.05
174 122 0.08
175 35 0.02
176 80 0.06
177 21 0.01
178 69 0.05
179 40 0.03
180 390 0.27
181 298 0.21
182 23 0.02
183 14 0.01
184 9 0.01
185 101 0.07
186 7 0.00
187 18 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (174 bp):
AAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
AAATTATTATGACTATTTTGTCATAAAAACATATGTTTTTATTCATATACGTTTATTCAGAATAA
AAAAAGACTAACCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTT
Found at i:60813 original size:163 final size:165
Alignment explanation
Indices: 60634--60938 Score: 427
Period size: 165 Copynumber: 1.9 Consensus size: 165
60624 CCGAACTGGT
* * * ** * *
60634 TCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTT-TTTTTGTTAT
1 TCAAATAGTCATGACTATTTGAACAAATATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTGGTTTTGTCAT
* * * * *
60697 AAAATAA-TAGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTA
66 AAAAAAATTAGTTTA-GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTA
*
60761 TGACAATTAATAAGTAAATATGTTTATCAAACTAGA
130 TGAAAATTAATAAGTAAATATGTTTATCAAACTAGA
*
60797 TCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAATATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTGGTTTTGTCAT
1 TCAAATAGTCATGACTATTTGAACAAATATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTGGTTTTGTCAT
* * *
60862 AAAAAAATTATTTTAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTCT
66 AAAAAAATTAGTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTAT
60927 GAAAATTAATAA
131 GAAAATTAATAA
60939 TTAAGAGATT
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 17, Indels: 4
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
163 43 0.35
164 4 0.03
165 69 0.57
166 6 0.05
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (165 bp):
TCAAATAGTCATGACTATTTGAACAAATATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTGGTTTTGTCAT
AAAAAAATTAGTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTAT
GAAAATTAATAAGTAAATATGTTTATCAAACTAGA
Found at i:61259 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 60788--62274 Score: 1224
Period size: 180 Copynumber: 8.3 Consensus size: 180
60778 ATATGTTTAT
* * * * * * *
60788 CAAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAATATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTGG
1 CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTG
* * * * *
60853 TTTTGTCATAAAAAAATTATTT-TAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTA
66 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * *
60917 TTAATATTCTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAT
130 TTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTCAC
** * * * * ** *
60969 TGAACAAGTTTAAATAATTATG---A-TT--AT-TTTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTG
1 CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTG
** ** * *
61027 TTTTGTCATAAAATTATT-TTTAAAGTTCATACAAGCTTATTTC-TAATAAAATAATACAAATTT
66 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * *
61090 ACTAATAGTATGACAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTATTCAC
129 ATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTCAC
* ** * * * *
61143 CAAACAAATTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC-AATTGTTATGACTTTTTG
1 CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTG
* * * *
61207 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTTAT
66 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* *** * **
61272 TAGTATTTCGGCAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTGT-TT
131 TAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGT-TCAC
** * * * * * *
61323 TGAATAAGTTTAATTAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTGTGACCTTATG
1 CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTG
* * * * *
61388 TTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATT-TGAGATAAAATAATATTAATTTA
66 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGA-ATAAAATAATACTAATTTA
* * ** * * * *
61452 TTAATATTTTAAAATTAATGAGTAGGAGAATTAAAAAATGAATTTGTTTAC
130 TTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTCAC
* * *
61503 CAAA-AATGTTCAAATAGTTATGACTATCTT-AAGAATTATCTATTTCAAAATATTATGGCCTTT
1 CAAACAA-GTTCAAATAGTTATGACTAT-TTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTT
* * * *
61566 TATTTTGTCATAAAACAATTGGTTT-TGTTCATGCAAGCTTTTATC-GAATAAAATAATA-TAAA
64 TGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TCAGAATAAAATAATACT-AA
* **
61628 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTTC
126 TTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTCAC
* * *
61683 TAAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
1 CAAACA-AGTTCAAATAGTTATG---A--CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGAC
* * * * *
61747 ATTTTGTTTCGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
60 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTA
* *** *
61812 ATTTATTAAAAGACCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTTAAAAAATAAATCTG-TCTAC
125 ATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTC-AC
* * * * ** *
61870 TAAA-GA-TTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTG
1 CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTG
* * * * * *
61933 TTTTGTCATAAAATAATTCTTTCTATTCATACAAGTTTATT-TGAAATAAAATATTACTAGTTTA
66 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTA
***
61997 TTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTCAC
130 TTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTCAC
* * * * * **
62049 CGAACAAGTTCAAATGGTCAT-ATCCATTTGAATTATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGATATTT
1 CAAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTA-TTATGACCTTT
* * * * *
62112 TGTTTTGTCATAAAATAATTGCTTATATTTATACAAAAC-TATTCAGAATAAAATAATACTAATT
64 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATT
* * *
62176 TATTAATATTTTAAAAATT-ATAAG----AGATTTAAAAACA-AAATCTATTTAT
128 TATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-ATAAATCTGTTCAC
* * * * *
62225 CAAATCAA-TTTAAATAGTTATGAGTATTTGAACAATAATCTATCTCAAAT
1 CAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
62275 CGTTATAATC
Statistics
Matches: 1051, Mismatches: 202, Indels: 110
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
173 3 0.00
174 127 0.12
175 6 0.01
176 53 0.05
177 8 0.01
178 3 0.00
179 30 0.03
180 425 0.40
181 239 0.23
182 7 0.01
183 1 0.00
184 8 0.01
185 117 0.11
186 3 0.00
187 21 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTG
TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAT
TAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTCAC
Found at i:61582 original size:361 final size:360
Alignment explanation
Indices: 60797--62280 Score: 1346
Period size: 361 Copynumber: 4.1 Consensus size: 360
60787 TCAAACTAGA
* * *
60797 TCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAATATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTGGTTTTGTCAT
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * *
60862 AAAAAAATTATTTTAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTCT
66 AAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT
* * * * * * *
60927 GAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACAAGTTTAAATAATTATGA
130 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-TTGAACAAGTTCAAATAGTCATGA
* ** * * **
60992 T-TA--T---T--TTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATTATT-TTT
194 TCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * * * *
61048 AAAGTTCATACAAGCTTATTTCTA-ATAAAATAATACAAATTTACTAATAGTATGACAATTAATA
259 CAA-TTCATAAAAGCTTATTT-AAGATAAAATAATACTAATTTATTAATAGTTTTAAAATTAATA
* * *
61112 AGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTATTCACCAAACAAAT
322 AGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-AATT
** * ** *
61152 TCAAATCTTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC-AATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCAT
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * *
61216 AAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTTATTAGTATT-T
66 AAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT
*** * * *
61280 CGGCAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTGTTTTGAATAAGTTTAATTAGTCATG
130 -AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGT-TTTTGAACAAGTTCAAATAGTCATG
* * * *
61345 A-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTGTGACCTTATGTTTTGTAATAAAACAATTGTT
193 ATCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * *
61409 TCAATTCATATAAGCTTATTTGAGATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTTAAAATTAATGA
258 TCAATTCATAAAAGCTTATTTAAGATAAAATAATACTAATTTATTAATAGTTTTAAAATTAATAA
** * * * *
61473 GTAGGAGAATTAAAAAATGAATTTGTTTACCAAAAATGT
323 GTAAAATATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAAAT-T
* * * *
61512 TCAAATAGTTATGACTATCTT-AAGAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGGCCTTTTATTTTGTC
1 TCAAATAGTTATGACTAT-TTGAATAATTATTTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * *
61575 ATAAAACAATTGGTTTTGTTCATGCAAGCTTTTATCG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA
64 ATAAAACAATT-GTTTTATTCATACAAGCTTAT-TCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA
*
61638 TT-TCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAACACA-TTCAAATAG
126 TTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTT-TGAACA-AGTTCAAATAG
* * * *
61700 TTATGACTATTCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTCGTCATAAA
188 TCATG---A-TCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * ****
61765 CCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAAGACCAAA
249 ACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTTAAGATAAAATAATACTAATTTATTAATAGTTTTAA
* * *
61830 AATTAATAAGTAAAATATTTTAAAAAATAAATCTGTCTACTAAAGATT
314 AATTAATAAGTAAAATA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAAATT
* *
61878 T-AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCAT
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * *
61942 AAAATAATTCTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATATTACTAGTTTATTAATATTCT
66 AAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT
*** * *** *
62007 AAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTCACCGAACAAGTTCAAATGGTCAT-A
130 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTT-TTTGAACAAGTTCAAATAGTCATGA
* * * * *
62071 TCCATTTGAATTATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGCT
194 TCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTA-TTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * *
62135 T-ATATTTATACAAAAC-TA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTTAAAAATT-
258 TCA-ATTCATA-AAAGCTTATTTAAG-ATAAAATAATACTAATTTATTAATAGTTTT-AAAATTA
* * *
62195 ATAAG----AGATTTAAAAACA-AAATCTATTTATCAAATCAATT
319 ATAAGTAAAATATTTAAAAA-ATAAATCTGTTTACCAAA--AATT
* * * * * *
62235 T-AAATAGTTATGAGTATTTGAACAATAATCTATCTCAAATCGTTAT
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTAT
62281 AATCTAATTT
Statistics
Matches: 920, Mismatches: 163, Indels: 90
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
353 1 0.00
354 128 0.14
355 56 0.06
356 4 0.00
357 44 0.05
359 6 0.01
360 112 0.12
361 254 0.28
362 20 0.02
363 1 0.00
364 11 0.01
365 207 0.22
366 53 0.06
367 23 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (360 bp):
TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
AAAACAATTGTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA
AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTTGAACAAGTTCAAATAGTCATGATC
TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA
ATTCATAAAAGCTTATTTAAGATAAAATAATACTAATTTATTAATAGTTTTAAAATTAATAAGTA
AAATATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAAATT
Found at i:62178 original size:726 final size:704
Alignment explanation
Indices: 59490--63559 Score: 2342
Period size: 726 Copynumber: 5.7 Consensus size: 704
59480 TTGTTTAGTC
* * * * * *
59490 ATAAAATAATCCAAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGTAA-AAGGTTTGAAAAAATAAAT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAAATAAAT
* * * *
59554 CTGTTTATTGAAA-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTAT
65 TTGTTTATT-AAACAAGTTCAAATAATTATGA-TA-TT-AACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* *** * *
59618 GATCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTATTTCGGCTCATAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAATA
126 GA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTCAATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
* ** * * * * *
59683 CTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGT-TTAAAAAAATAAATTTTTTTACCAAA
189 CTAATTTATTAATAGATCAAAAATTAATAAGTAA-AATATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA
* * * *
59747 CAAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTGTCTA-TTCAAAATTGTTATGACCTTTTATTT
253 CAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCGTTATGACCTTTTATTT
* * * * *
59811 TGTTACAAAATAATTGTTTC-AGTTCATGCAAGCTTATTCAAAATAAAATGATACTAATTTATTA
317 TGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * * *
59875 ATATTCCAAAAGTTAGTAAGTAAGTGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCAAATC-AGTTTAAAT
381 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAAT
* * * * * * * *
59939 AATTATGGCCATTTCAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATACAACA
445 AGTCATGACCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* ** * * * * **
60004 ATTGTTTTTGGTCATAC-AAGTTTATTTAGAATAAAATAATAATAATTTATTAATCCTTCAAAAA
510 ATTGTTTATATTCATACAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAAT-ATTTTAAAA
* * * *
60068 TTAATAAGTAAGA-GATGTTTACCAAACTAGTTTAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTGTATA
574 TTAATAAGTAAAATGATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATA
* * * * * *
60132 CTTCAAATCATTATAACCTTTTGCTCTATTATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTC
639 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTC
60197 GAA
703 G-A
* * ** * **
60200 ATAAAATAATACTAATATAATAATATTTTGAAAATTAATAACTAAGATTTTTTTAAAAAAATAAA
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA--AATTTAAAAAAATAAA
* ** * * *
60265 TTTGTTTGTCGAACTAGTT-ATAATAATTAAGACTATATTAACAATTATCTATTTCAAATTATT-
64 TTTGTTTATTAAACAAGTTCA-AATAATTATG---ATATTAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
** * ** *
60328 TG-C----GTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTCATACTAGTTTATTCGGAATAAACTAA-A
125 TGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTTTTCAATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
* ** * * * * *
60387 ATGAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATATGTAAGAGA-TTAAAAAATAAATTTGTTTACCTAA
189 CT-AATTTATTAATAGATCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC-AA
* * * * *
60451 TC-AATTCACATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTATTT
252 ACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTT
* * * * * * * * **
60515 TGTCATAAAA-ACATATGTTTTTGTTCATATACGTTTGTTC-AGAATAAAAAAAGACTAACCTAT
317 TGTCATAAAATA-AT-TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTAT
**
60578 TAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTGGTTCAAA
379 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAA
* * ** * * * *
60639 TAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTT-TTTTGTTATAAAAT
444 TAGTCATGACCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * *
60702 AATAGTTTATGTTCATAC-AAGCTTATTC-GAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTATGAC
509 AATTGTTTATATTCATACAAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TTAA
* * * * *
60765 AATTAATAAGT-AAAT-ATGTTTATCAAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAATATT
572 AATTAATAAGTAAAATGATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATA
* * * *
60828 TATTTCAAATCATTATGACCTTTGGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTTAGTTCATATAAGCTTAT
637 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-GTTCATACAAGCTTAT
*
60893 TCAAA
701 TC-GA
* * * *
60898 ATAAAATAATACTAAGTTATTAATA-TTCTGAAAATTAATAATTAAGAGATTT-AAAAAATAAAT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAAATAAAT
* * * *** *
60961 TTGTTTATTGAACAAGTTTAAATAATTATGATTATT-----TTATCTATTTGAAATTGCTATAAC
65 TTGTTTATTAAACAAGTTCAAATAATTATGA-TATTAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-
** * * * *
61021 CTTTTGTTTTGTCATAAAATTATTTTTAAAGTTCATACAAGCTTATTTC-TAATAAAATAATACA
128 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTCAA-TTCATAAAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT
* * * * *
61085 AATTTACTAATAGTAT-GACAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTATTCACCAAACA
191 AATTTATTAATAG-ATCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACA
** * * * *
61149 AATTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC-AATTGTTATGACTTTTTGTTTTGT
255 AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGT
* * * * * *
61213 CATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTTATTAGTAT
320 CATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
*** * * ** * * *
61278 TTCGGCAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTGTT-TTGAATAAGTTTAATTAGTC
385 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT-TTACCGAACAAGTTCAAATAGTC
* * * *
61342 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTA-TTGTGACCTTATGTTTTGTAATAAAACAATT
449 ATGACCATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* *
61406 GTTTCA-ATTCATA-TAAGCTTATT-TGAGATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAATT
513 GTTT-ATATTCATACAAAGCTTATTCAGA-ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAATT
*
61468 AATGAGTAGGAGAATTAAAAAATGAATTTGTTTACCAAA-AATGTTCAAATAGTTATGACTATCT
576 -A--A-TA--AG---T--AAAATG-A--TGTTTACCAAACTA-GTTCAAATAGTTATGACTAT-T
* * * *
61532 T-AAGAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGGCCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTTTTGTT
625 TGAATAATTATATATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTGTT
* *
61595 CATGCAAGCTTTTATCGA
688 CATACAAGCTTAT-TCGA
61613 ATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTT-AAAAAATAAAT
1 ATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAAATAAAT
* *
61675 ATGTTT-TCTAAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
65 TTGTTTAT-TAAACA-AGTTCAAATAATTATG---A---TA-TT-AACAATTATCTATTTCAAAT
* * *
61738 CATTATGACATTTTGTTTCGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAA
120 CATTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTCAATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAA
* * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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** *
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* * **
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* * * * *
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** * * * * *
62188 AAAAATT-ATAAGAGATTTAAAAACAAAATCTATTTATCAAA-TCAATTTAAATAGTTATGAGTA
570 -AAAATTAAT-A-AG---T--AAA-ATGA--TGTTTACCAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTA
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* ** ** *
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* * ** ** * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * * **
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* * * *** * *
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* * * * * * ***
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* * * * **
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* * * * * * * ***
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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*** * * * * * * * *
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* * *
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* * *
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* * * * * * * * * * * * ** *
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* * ** * *
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** * ** * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* *** *
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* * * * * *
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** * *
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** * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * ** * * * * ** *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * ** * * * **
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*
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** * * *
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* ** *
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* * * * * ** **
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* * * * * *
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128 CTATTTCAAATC-TGTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTT
* *** *
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1 CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCTAAAATTAATAAGTAAG
** * * * * * **
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*
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* * * * *
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1 CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * *
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* * * * **
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * ** * * *
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* * * * * *
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* *** * * *
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1 CA-TACAAGCTTATTTGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAA
** * * * *
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* * * * * * *
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* ** * *
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1 CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAAG
* *** *** * * ** * *
66283 -GATTTAAAAAGTGAATCCATTTATAAAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATC
65 AGATTTAAAAAAT-AATTTGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATC
* * * * * *
66347 TATTTCAAAT-TGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTATTTTTTTAT
129 TATTTCAAATCTG-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGT-T
* * * * * *
66400 CATACAAGCTTATTTGGAATAAAATACTACTAATTTATTAATCTTTC-AAATTTTAATAAATGAG
1 CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAA-ATTAATAAGTAAG
* ** * * * * * *
66464 AGATTTAAAACATAAAATATTTACCGAACCCA-TTCAAATTGTTATGATTATTTGAACAA-T-TG
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* * *
66526 TA-TTCAAATC-GTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATT
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Statistics
Matches: 1821, Mismatches: 385, Indels: 219
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (180 bp):
CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGA
GATTTAAAAAATAATTTGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTA
TTTCAAATCTGTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTT
Found at i:64892 original size:361 final size:357
Alignment explanation
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64066 TTATTTCAAC
* * * * *
64076 ATACAAGCTTTTTTGAACTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAAT----AAGAC
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* * ** * * *
64137 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTG-CTA-AACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
65 AATTAAAAAATAAATCTAATTGCCCAGAA--A-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATC
** * * * * * *
64200 TATTTCAAATTGTTATAACTTTTTTTTTCTATCATAAAA-ATTTGTTTCTATTCATACAAGATTA
127 TATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTGTTT-TTTTAATACAA-ATT-
* * * * * *
64264 T-TT-AGAATAGAATAATGCTAATTT-GTAATATTCTGAAAATTAATAACT-A-AGATTTAAAAA
188 TGTTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAA
* ** * * * * * * *
64324 ATGAATTTGTTTGTCGAACTAGATCAAATAGTTAAGATTATATGAACAATTATTTATTTCAAAT-
251 ATAAATTTGTTTACCGAATTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
* * * * ** *
64388 -TGT-CGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTGCTC
316 AT-TATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTA
* * * * * * *** *
64429 ATACAAGCTTATTTGAAATAGAATAAAATTAATTTATTAATATTTCTAAAATTTATAATTGAGAG
1 ATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAATTAATAAAAAAGAA
* * * * * * *
64494 ATTTAGAAAATAATTCT-GTCT-ACC-GAATTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATCAT
65 AATTAAAAAATAAATCTAAT-TGCCCAGAA--A-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTAT
* * *
64556 CTATTTCATATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTTTTTAATAGAAATTTGT
126 CTATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTTAATACAAATTTGT
* * * *
64621 TCGAAATAAAATAAGACTAATTTATTTATATTTAGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTA
191 TCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * *
64686 AATTTGTTTGCCAAACTATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATT
254 AATTTGTTTACCGAATTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATT
* * *
64751 ATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTATTA
319 ATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTA
* ** * * **
64790 ATACTATTTTATTTGAAATAAAATAATACCAATTTAATAATATTCCAAAACTTAATAACCAAGAA
1 ATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAA-TTAATAAAAAAGAA
* * **
64855 AATTAAAAAGTAAATCTAATTGCCCA-ACCAATTCAAATAGTTA-AGACTATATGAATGATTATC
65 AATTAAAAAATAAATCTAATTGCCCAGA--AATTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATC
* * * * * ** *
64918 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTT-GTACAAGCTTAT
127 TATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TTTAATACAAATTTGT
* * * *
64982 TTGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAATATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
191 TCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * **
65047 AGTTTGTTTACCGAATTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATC-TT
254 AATTTGTTTACCGAATTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATT
* *** *
65111 TTGACCTTTTATCGAGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTT
319 ATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTA
* * * **
65150 ATACAAACTTATTT-AGATTAAATTAATACTAA-TTATTAACATTTGGAAAATTAATAAAAAAGA
1 ATACAAACTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAATTAATAAAAAAGA
* * * **** * * * * *
65213 GATTTAAAAAATAAATCTATTTTTGGAGAAGTTCAAATAGTTATTATTATTTTAACAATTGTCTA
64 AAATTAAAAAATAAATCTAATTGCCCAGAAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTA
* * ** * *
65278 TTTAAAATCATT-TTAACTTTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTAG-
129 TTTCAAATCATTATT-ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTTTAATACAA-ATTTGT
* ** *
65341 ACGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTCTAAATT-A-A-TAAGAAATTTAAAAAATAA
191 TCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
** * * * *
65403 ACCTATTTACCGAATTAGTTAAAATAATTAT-AGCTATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCATT
255 ATTTGTTTACCGAATTAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATT
* *
65467 ATGACCTTTT-GTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCTA-TC
319 ATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTA
* * * * * ** *
65505 ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATGCTAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACAA
1 ATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAATTAATAAAAAAGAA
* * * ** ** *
65570 ATTTAAAAAACAAATTTGCTT-ATC-GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-
65 AATTAAAAAATAAATCTAATTGCCCAGAA--A-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * ** * * ** *
65632 TAATCTCAAATCGTTA-AAC-CTTTGTTTTGTCATAAAATAGTTGTTTTAATCATAGAAGCTTAT
127 T-ATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTTAATACAAATTTGT
* * * *
65695 TCAG-ATAAAAATCATACTAATTTAATAATATTTTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
191 TCGGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTT--AAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAA
* * ** * * *
65759 ATAAATGT-TTTACCAAACCAGTTGCAAATA--TA-CACTAATTAGAATAAATCATCT-TTT-AA
251 ATAAATTTGTTTACCGAATTAGTT-CAAATAGTTATGACT-ATTTGAAT-AATTATCTATTTCAA
* * * * * *
65818 AT-TTTTTGACC-CTT-TGTAGTCAT-AAA-TATTGTTTCATATCT-
313 ATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TAT-TA
* * * * *
65859 -TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT-CTAAATTTGTTAACATTCGAAAAATTACTAAGCAAAA
1 ATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTC-CAAAATTAATAA--AAAA
* * * * * * * * *
65922 G--ATTTGAAAAAAGAAATCTGCTTATTG--AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGGATAAT
62 GAAAATT-AAAAAATAAA--T-CTAATTGCCCAGAAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAAT
* * * * * * * * *
65983 TATTTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAATAA-T-TTTTTTTAGTTC--ATT
123 TATCTATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTTAATACAAATT
** * *
66044 AATGCTTACCCAAATTAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAG-TT
188 --TG-TT--CGGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAAT-AGTAAGAGATT
* ** * * * *
66108 TAAAAAAATACATTTGTTTACC-ATAAAAATTCAGATAGTTATGACTATTTGAATAATTGTTTAT
245 T-AAAAAATAAATTTGTTTACCGA-ATTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
** * * * * *
66172 TT-AAATTTGTTATGACCTTCTGTTTTGCCATAAAATAATTGTTT-TCAGTTC
308 TTCAAA-TCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-A-TTA
* * ** * * * **
66223 ATACAAGCTTACTCAAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT----AAGTG
1 ATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-CAAAATTAATAAAAAAGAA
* * * * *** * * ** * *
66284 ATTTAAAAAGTGAATC-CATT-TATAAAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATC
65 AATTAAAAAATAAATCTAATTGCCCAGAA--A-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATC
** * * * * ** *
66347 TATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTATTTTTTTATCATACAAGCTTA
127 TATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTTA--ATACAAATTTG
* * * ** * * *
66412 TTTGGAATAAAATACTACTAATTTATTAATCTTTCAAATTTTAATAAATGAGAGATTTAAAACAT
190 TTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * ** * * * * *
66477 AAA-ATATTTACCGAACCCA-TTCAAATTGTTATGATTATTTGAACAA-T-TGTA-TTCAAATCG
253 AAATTTGTTTACCGAA-TTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * * *
66537 TTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATT
317 TTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATT
66568 AAAATCTATT
Statistics
Matches: 1643, Mismatches: 378, Indels: 233
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
352 10 0.01
353 101 0.06
354 102 0.06
355 156 0.09
356 192 0.12
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358 119 0.07
359 195 0.12
360 221 0.13
361 278 0.17
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363 7 0.00
364 12 0.01
365 44 0.03
366 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (357 bp):
ATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAATTAATAAAAAAGAAA
ATTAAAAAATAAATCTAATTGCCCAGAAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATT
TCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTTAATACAAATTTGTTCGGA
ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
TTACCGAATTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTA
Found at i:66625 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 66594--66628 Score: 54
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
66584 ACAAGTTTAG
66594 ATAATTATGACTATTTGA
1 ATAATTAT-ACTATTTGA
66612 ATAATTAT-CTATTTGA
1 ATAATTATACTATTTGA
66628 A
1 A
66629 ATTGTTATAA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 2
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
16 9 0.53
18 8 0.47
ACGTcount: A:0.40, C:0.06, G:0.09, T:0.46
Consensus pattern (17 bp):
ATAATTATACTATTTGA
Found at i:67428 original size:359 final size:356
Alignment explanation
Indices: 66583--67908 Score: 1206
Period size: 359 Copynumber: 3.7 Consensus size: 356
66573 CTATTTACTA
* * * * *
66583 AACAAGTTTAGATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTGAAATTGTTATAACCTTTTGTT
1 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTT
** * *
66648 TTGACATAAAATAATTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAAATTATT
66 TTCTCATAAAATAA-TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAAATTATT
* * * * * * * *
66713 AATATTCAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAATAAGTTTAAAT
130 AATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAACAAGTTCAAAT
* * ** * ** *
66778 -GTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATTGTTGTGACTCTTTGTTTTGTCATAAACAA
194 AGTTAAGTCTATTTGAACAATTAGCTATTTCAAATCATTATGACT-TTTGTTTTGTCATAAAC-A
* * * * * *
66842 TTGTTTCTATTCATACAAGGTTATTTG-GAT---TAA-AATAA--TATTAATATTTTGACACTTA
257 TTGTTTCTATTCA-ACAAGATTATTTGAAATAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTA
66900 ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCA-
320 ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAG
** * * * * * *** *
66936 AACAAGTTGTAATAGTCATGATTATTTCAATAATTAACTATTTCAAAACATTATAACCTTTTCTT
1 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTT
* * * * *
67001 TTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTGATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTATTT
66 TTCTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAAATTA-TT
* * * *
67065 AATATTAAAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAATTTTATTTTCTAAACATGTTCAAATA
130 AATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAACAAGTTCAAATA
*
67130 GTTATA-TCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAACCT
195 GTTA-AGTCTATTTGAACAATTAGCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAA-C-
* * * *
67194 ATTGTTTTTGTTC-A-AAGCTTATTTGAAATAAACTAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATT
256 ATTGTTTCTATTCAACAAGATTATTTGAAATAAA-TAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATT
*
67257 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTA-CAG
319 AATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACCAG
* * * * * *
67295 AGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTC
1 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTT
* * * * *
67360 TTCTCATAAAATAATTATTTCTTTTCATACAAGTTTA-TTCGAAATAAAGTAATACTAATTTATT
66 TTCTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAAATTATT
* * * *
67424 AATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATAAATTTATTCACTAAACAAGTTCAAAT
130 AATATTCAAAAAATTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAACAAGTTCAAAT
* * * * *
67489 AGTCAAGTTTATTCT-AACTATTAGCTACTTCAAATCATTATGACATTTTCTTTTGTCATAAAAC
194 AGTTAAGTCTATT-TGAACAATTAGCTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTGTTTTGTCAT-AAAC
* * ** **
67553 AGTAGTTTCTATTCATACAATATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAT
256 A-TTGTTTCTATTCA-ACAAGATTATTTGAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAT
* ** * *
67618 T--TAA-TAAAATATTTAAAAACCAAATTTGTTTATC-G
318 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAG
* * * * * *
67653 AACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATGTGAACAATTATCTATCTAAAATTGTTATGATCTTTTTT
1 AA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AACCTTTTG
* * * * * *
67717 TTTTCTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTA-TTCAGAGTAAAATATTACTAAATTA
64 TTTTCTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAAATTA
* * * * * * *
67781 ATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATGTGTTTACCAAACCAA-CTCA
128 TTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAA-CAAGTTCA
** * * * * *
67844 AATAGTTAAGAATATTAGAATAATTAGCTATTTCAAATCGTTCTGATCTTTTGTTTAGTCATAAA
191 AATAGTTAAGTCTATTTGAACAATTAGCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAA
67909 ATAATTGTTT
Statistics
Matches: 794, Mismatches: 143, Indels: 68
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
350 10 0.01
351 38 0.05
352 111 0.14
353 78 0.10
355 3 0.00
356 4 0.01
357 6 0.01
358 165 0.21
359 231 0.29
360 103 0.13
361 4 0.01
362 6 0.01
363 32 0.04
364 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (356 bp):
AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTT
TTCTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAAATTATTA
ATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAACAAGTTCAAATAG
TTAAGTCTATTTGAACAATTAGCTATTTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTGTCATAAACATTGT
TTCTATTCAACAAGATTATTTGAAATAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGT
AAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAG
Found at i:67588 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 66569--67909 Score: 940
Period size: 181 Copynumber: 7.5 Consensus size: 179
66559 AAAACAATTA
* * * * * * * * **
66569 AAATCTATTTACTAAACAAGTTTAGATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTGAAATTGT
1 AAATTTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * **
66634 TATAACCTTTTGTTTTGACATAAAATAATTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAA
66 TATGATCTTTTCTTTTGTCATAAAA-CA-TAGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAA
* * * *
66698 TAATACAAAATTATTAATATTCAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
128 TAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * * * * **
66751 AAATATGTTTATTGAATAAGTTTAAAT-GTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATTGT
1 AAATTTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * *
66815 TGTGA-CTCTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGGTTATTTGGATTAAAAT
66 TATGATCT-TTTCTTTTGTCATAAAAC-ATAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
* * * *
66878 -A-A-T-A-TTAAT-AT-TTTGACACTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
129 AATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * ** * * * * * *
66922 AAATATGTTTACCAAACAAGTTGTAATAGTCATGATTATTTCAATAATTAACTATTTCAAAACAT
1 AAATTTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * *
66987 TATAACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTGATGCAAGCTTATTTC-AAATAAAAT
66 TATGATCTTTTCTTTTGTCATAAAAC-ATAGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAAT
* *
67051 AATA-TAAATTATTTAATATTAAAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAAT
129 AATACTAATTTA-TTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * *
67102 AATTTTATTTTCTAAACATGTTCAAATAGTTATA-TCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
1 AAATTTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
67166 TTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAACCTATTGTTTTTGTTC--A-AAGCTTATTTGAAATAAACT
65 TTATGATCTTTTCTTTTGTCATAAAAC-ATAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
*
67228 AATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAAT
129 AATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAAT
* * * * * * * **
67281 AAATCTGTTTAC-AGAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTG
1 AAATTTATTTACTA-AACAAGTTCAAATAGTCAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
67345 TTATGATCTTTTGTCTTCTCATAAAATAATTA-TTTCTTTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAG
65 TTATGATCTTTTCTTTTGTCATAAAA-CA-TAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAA
**
67409 TAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAAT
128 TAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* ** * * *
67462 AAATTTATTCACTAAACAAGTTCAAATAGTCAAGTTTATTCT-AACTATTAGCTACTTCAAATCA
1 AAATTTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCAAGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCA
** *
67526 TTATGA-CATTTTCTTTTGTCATAAAACAGTAGTTTCTATTCATACAATATTATTCAAAATAAAA
65 TTATGATC-TTTTCTTTTGTCATAAAACA-TAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAA
** * **
67590 TAATACTAATTTATTAATATTTTGAAATT--TAA-TAAAATATTTAAAAACC
128 TAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * * **
67639 AAATTTGTTTATCGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATGTGAACAATTATCTATCTAAAATTG
1 AAATTTATTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTCAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * *
67703 TTATGATCTTTTTTTTTTCTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTC-AGAGTAAA
65 TTATGATC-TTTTCTTTTGTCATAAAA-CATAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAA
* * * *
67767 ATATTACTAAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAT
127 ATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * * * *
67820 AAATGTGTTTACCAAACCAA-CTCAAATAGTTAAGAATATTAGAATAATTAGCTATTTCAAATCG
1 AAATTTATTTACTAAA-CAAGTTCAAATAGTCAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * *
67884 TTCTGATCTTTTGTTTAGTCATAAAA
65 TTATGATCTTTTCTTTTGTCATAAAA
67910 TAATTGTTTC
Statistics
Matches: 920, Mismatches: 196, Indels: 88
0.76 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
171 49 0.05
172 44 0.05
173 36 0.04
174 7 0.01
175 3 0.00
176 4 0.00
177 106 0.12
178 85 0.09
179 124 0.13
180 127 0.14
181 246 0.27
182 88 0.10
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AAATTTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
TATGATCTTTTCTTTTGTCATAAAACATAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
TACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
Found at i:67872 original size:358 final size:364
Alignment explanation
Indices: 67042--67945 Score: 873
Period size: 358 Copynumber: 2.5 Consensus size: 364
67032 AGCTTATTTC
* ** * *
67042 AAATAAAATAATA-TAAATTATTTAATATTAAAAAAATTAATAAGTA-AAAATTTAAAAAATAAT
1 AAATAAAATAATACTAAATTA-ATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAA
* ** * * * * ** * * * *
67105 TTTATTTTCTAAACATGTTCAAATAGTTATA-TCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
65 TGTATTCACCAAACAAGCTCAAATAGTCA-AGAATATTAGAACTATTAGCTACTTCAAATCATTA
* * * * * * * * ** *
67169 TGATCTTTTGTTTTGTCATAAACCTATTGTTT---TT-GTTCAA--AGCTTATTTGAAATAAACT
129 TGATCTTTTCTTTAGTCATAAAACAATAGTTTCAATTCATACAATTATC-TATTCAAAATAAAAT
*
67228 AATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTAC
193 AATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATT-ATAAGTAAAAGATTTAAAAAAACAAATCTGTTTAC
* * * * * * *
67293 AGAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTG
257 AGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATGTGAACAATTATCTATCTAAAATTGTTATGATCTTTTG
67358 TCTTCTCATAAAATAATTATTTCTTTTCATACAAGTTTATTCG
322 TCTTCTCATAAAATAATTATTTCTTTTCATACAAGTTTATTCG
* * * *
67401 AAATAAAGTAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * ** **
67466 TTATTCACTAAACAAGTTCAAATAGTCAAGTTTATTCTAACTATTAGCTACTTCAAATCATTATG
66 GTATTCACCAAACAAGCTCAAATAGTCAAGAATATTAGAACTATTAGCTACTTCAAATCATTATG
* * *
67531 A-CATTTTCTTTTGTCATAAAACAGTAGTTTCTATTCATACAA-TAT-TATTCAAAATAAAATAA
131 ATC-TTTTCTTTAGTCATAAAACAATAGTTTCAATTCATACAATTATCTATTCAAAATAAAATAA
* ** * * *
67593 TACTAATTTATTAATATTT-TGAAATT-TAA-TAAAATATTT-AAAAACCAAATTTGTTTATC-G
195 TACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTATAAGTAAAAGATTTAAAAAAACAAATCTGTTTA-CAG
*
67653 AACCAATTCAAATAGTTATGACTATGTGAACAATTATCTATCTAAAATTGTTATGATCTTTTTTT
259 AACCAATTCAAATAGTTATGACTATGTGAACAATTATCTATCTAAAATTGTTATGATC-TTTTGT
* * *
67718 TTTCTCATAAAATAATTGTTT-TTGTTCATATAAGTTTATTC-
323 CTTCTCATAAAATAATTATTTCTT-TTCATACAAGTTTATTCG
* *
67759 AGAGTAAAATATTACTAAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTA-AGAGATTT-AAAAATAA
1 A-AATAAAATAATACTAAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAGA-AGATTTAAAAAATAA
* * * * *
67822 ATGTGTTTACCAAACCAA-CTCAAATAGTTAAGAATATTAGAA-TAATTAGCTATTTCAAATCGT
64 ATGTATTCACCAAA-CAAGCTCAAATAGTCAAGAATATTAGAACT-ATTAGCTACTTCAAATCAT
* * * * * *
67885 TCTGATCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTTATACAATTATCTATTTAAAAT
127 TATGATCTTTTCTTTAGTCATAAAACAATAGTTTCAATTCATACAATTATCTATTCAAAAT
67946 CATTATAACC
Statistics
Matches: 453, Mismatches: 73, Indels: 37
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Matches are distributed among these distances:
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365 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (364 bp):
AAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAAT
GTATTCACCAAACAAGCTCAAATAGTCAAGAATATTAGAACTATTAGCTACTTCAAATCATTATG
ATCTTTTCTTTAGTCATAAAACAATAGTTTCAATTCATACAATTATCTATTCAAAATAAAATAAT
ACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTATAAGTAAAAGATTTAAAAAAACAAATCTGTTTACAGAA
CCAATTCAAATAGTTATGACTATGTGAACAATTATCTATCTAAAATTGTTATGATCTTTTGTCTT
CTCATAAAATAATTATTTCTTTTCATACAAGTTTATTCG
Found at i:68305 original size:33 final size:35
Alignment explanation
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68247 ACCGAACAAG
* * *
68257 TTCAAATGGTCATAACTTTTTGAATAA-TCTCTAT
1 TTCAAATGCTCATAACTATTTGAATAATTATCTAT
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1 TTCAAATGCTCATAACTATTTGAATAATTATCTAT
68325 TTCAAAT
1 TTCAAAT
68332 TGCTATGACC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.05, T:0.44
Consensus pattern (35 bp):
TTCAAATGCTCATAACTATTTGAATAATTATCTAT
Found at i:68789 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 68442--69391 Score: 853
Period size: 180 Copynumber: 5.3 Consensus size: 181
68432 CTGTTTGCCG
* * *
68442 AACAAGTTCAAATGGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTACAAATCGTTATGACCTTTT-TT
1 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTT
* * * * ** * * *
68506 TGTGTCATAAAATAATTGTTTATGTTCATACAAGTTTATTTTGAATAAAATAATGCAAATTTATT
66 T-TGTCATAAAACAATTTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTATTTTATT
* * ****
68571 AATATTTCAAAAATTAATAAGAAAAAATTTT-AAAAATAAATTTATTTTTTG
130 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTACCA
*
68622 AACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTG-
1 AACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGT
* * * *
68685 TTTGTCATAAACCAATTTTTTTTGTTCATACAAACGTATTTAAAACAAAATAATACTATTTTATT
65 TTTGTCATAAAACAATTTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTATTTTATT
* **
68750 AATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTATTA
130 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTACCA
* * * * * * *
68802 AGCAAGTTCATATCGTTATGA-TGGTTTGAACAATTATTTTTTTTCAAATAGTTATGAGCTTTTG
1 AACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTG
* * * * *
68866 TTTTTTCATAAAATAATTTTTTTTTCTGTTCATACAAGTTTATTTAGATTAAAATAATACTATTT
64 TTTTGTCATAAAACAA--TTTTTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTATTT
* * * * *
68931 TATTAATA-TTCTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCA
126 TATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTA-AAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTACCA
* * *
68988 AACAAGTTTAAATAGATT-TAACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTTGTTATGACCTTTTT
1 AACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGACC-TTTT
* ** * * * *
69051 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCGGTTCATAAAAACTTATCTGAAATAAAATAATACTACTTTT
63 GTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTA-TTTT
* * * * * *
69116 -TTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGA-TTCAAAAACTAAAGCTATTTTCCA
127 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAAATAAATCTATTTACCA
* * * * *
69170 AACCAA-TTCAAATAGTTCTAACTATTTGAACAAATATCAATCTT-AAATCA-TTATGATC-TTT
1 AA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAAT-AGTTATGACCTTTT
* * * ** *
69231 GTTTTCTCATAAAACAATTGTTTTTT-ATCATATAAGCTTATTT-GGATAAAAATAATACTAATT
63 GTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAAAAT-AAAATAATACTATTT
* * * * * *
69294 TAATAATATTTC-AAAATTAAT-A--AAAGA-TTTAAAAAATTAATGTGTTTGCCA
126 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTACCA
* * * * *
69345 AACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCGATTTCAAA
1 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
69392 ATCGCTCTGA
Statistics
Matches: 633, Mismatches: 109, Indels: 61
0.79 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
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187 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTT
TTGTCATAAAACAATTTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTATTTTATTA
ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTACCA
Found at i:69200 original size:368 final size:361
Alignment explanation
Indices: 68444--69391 Score: 894
Period size: 368 Copynumber: 2.6 Consensus size: 361
68434 GTTTGCCGAA
* * *
68444 CAAGTTCAAATGGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA--TTACAAATCGTTATGACCTTTT-TT
1 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TATTTTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTT
* * * * * * *
68506 TGTGTCATAAAATAA-TTGTTTATGTTCATACAAGTTTATTTTGAATAAAATAATGCAAATTTAT
65 T-TCTCATAAAATAATTTTTTTTTGTTCATACAAGTTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTAT
* * ****
68570 TAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAAAATTTTAAAAATAAATTTATTTTTTGAACACATTCAAAT
129 TAATATTT-AAAAATTAATAAGAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACACATTCAAAT
* *
68635 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTGTCATAAACCAA
193 AGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTGTCATAAAACAA
* ** * *
68700 TTTTTTTTGTTCATACAAACGTATTTAAAACAAAATAATACTATTTTATTAATATTCCAAAAATT
258 TTGTTTCGGTTCATAAAAACGTATCTAAAACAAAATAATACTATTTTATTAATATTCCAAAAATT
* * * * *
68765 AATAAGTAAAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAG
323 AATAAGCAAAAATTTCAAAAAATAAAGCTATTTATAAAC
* * * * *
68804 CAAGTTCATATCGTTATGA-TGGTTTGAACAATTATTTTTTTTCAAATAGTTATGAGCTTTTGTT
1 CAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATTATTTTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTT
* *
68868 TTTTCATAAAATAATTTTTTTTTCTGTTCATACAAGTTTATTTAGATTAAAATAATACTATTTTA
65 TTCTCATAAAATAA-TTTTTTTT-TGTTCATACAAGTTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTA
* * ** * *
68933 TTAATATTCTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAACA-AGTTT
128 TTAATATT-TAAAAATTAATAAG-AAAAAATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACACA-TTC
* *
68997 AAATAGATT-TAACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTTGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCA
189 AAATAG-TTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATAACC-TTTTG-TTTGTCA
* * *
69060 TAAAACAATTGTTTCGGTTCATAAAAACTTATCTGAAATAAAATAATACTACTTTT-TTAATATT
250 TAAAACAATTGTTTCGGTTCATAAAAACGTATCTAAAACAAAATAATACTA-TTTTATTAATATT
* * *
69124 TCAAAAATTAATAAGCAAGAGA-TTCAAAAACTAAAGCTATTT-TCCAAAC
314 CCAAAAATTAATAAGCAA-AAATTTCAAAAAATAAAGCTATTTAT--AAAC
* * * * * * *
69173 CAA-TTCAAATAGTTCTAACTATTTGAACAAATATCAATCTT-AAATCA-TTATGATC-TTTGTT
1 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTATTTTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTT
* * * * * * * *
69234 TTCTCATAAAACAATTGTTTTTT-ATCATATAAGCTTATTTGGATAAAAATAATACTAATTTAAT
65 TTCTCATAAAATAATTTTTTTTTGTTCATACAAGTTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * * *
69298 AATATTTCAAAATTAAT---AAAAGATTTAAAAAATTAATGTGTTTGCCAAACTA-GTTCAAATA
130 AATATTTAAAAATTAATAAGAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC-ACATTCAAATA
* * *
69359 GTTA-AGACTATTAGAATAATTATCGATTTCAAA
194 GTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
69392 ATCGCTCTGA
Statistics
Matches: 483, Mismatches: 80, Indels: 52
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (361 bp):
CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTATTTTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTT
TCTCATAAAATAATTTTTTTTTGTTCATACAAGTTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTATTA
ATATTTAAAAATTAATAAGAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACACATTCAAATAGT
TATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTGTCATAAAACAATTG
TTTCGGTTCATAAAAACGTATCTAAAACAAAATAATACTATTTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
AAGCAAAAATTTCAAAAAATAAAGCTATTTATAAAC
Found at i:69710 original size:314 final size:314
Alignment explanation
Indices: 69114--69746 Score: 1241
Period size: 314 Copynumber: 2.0 Consensus size: 314
69104 AATACTACTT
69114 TTTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTCAAAAACTAAAGCTATTTTCCAAACCAATTC
1 TTTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTCAAAAACTAAAGCTATTTTCCAAACCAATTC
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66 AAATAGTTCTAACTATTTGAACAAATATCAATCTTAAATCATTATGATCTTTGTTTTCTCATAAA
69244 ACAATTGTTTTTTATCATATAAGCTTATTTGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAA
131 ACAATTGTTTTTTATCATATAAGCTTATTTGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAA
69309 ATTAATAAAAGATTTAAAAAATTAATGTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGA
196 ATTAATAAAAGATTTAAAAAATTAATGTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGA
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261 ATAATTATCGATTTCAAAATCGCTCTGACCTTTTATTTAGTCACACAATAATTG
69428 TTTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTCAAAAACTAAAGCTATTTTCCAAACCAATTC
1 TTTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTCAAAAACTAAAGCTATTTTCCAAACCAATTC
69493 AAATAGTTCTAACTATTTGAACAAATATCAATCTTAAATCATTATGATCTTTGTTTTCTCATAAA
66 AAATAGTTCTAACTATTTGAACAAATATCAATCTTAAATCATTATGATCTTTGTTTTCTCATAAA
69558 ACAATTGTTTTTTATCATATAAGCTTATTTGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAA
131 ACAATTGTTTTTTATCATATAAGCTTATTTGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AA
69623 AATTAATAAAAGATTTAAAAAATTAATGTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAG
195 AATTAATAAAAGATTTAAAAAATTAATGTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAG
*
69688 AATAATTATCTATTTC-AAATCGCTCTGACCTTTTATTTAGTCACACAATAATTG
260 AATAATTATCGATTTCAAAATCGCTCTGACCTTTTATTTAGTCACACAATAATTG
69742 TTTTA
1 TTTTA
69747 GTTCATACAA
Statistics
Matches: 317, Mismatches: 1, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (314 bp):
TTTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTCAAAAACTAAAGCTATTTTCCAAACCAATTC
AAATAGTTCTAACTATTTGAACAAATATCAATCTTAAATCATTATGATCTTTGTTTTCTCATAAA
ACAATTGTTTTTTATCATATAAGCTTATTTGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAA
ATTAATAAAAGATTTAAAAAATTAATGTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGA
ATAATTATCGATTTCAAAATCGCTCTGACCTTTTATTTAGTCACACAATAATTG
Found at i:69761 original size:177 final size:176
Alignment explanation
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Period size: 177 Copynumber: 5.2 Consensus size: 176
69420 AATAATTGTT
* * * * * * *
69430 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTCAAAAACTAAAGCTATTTTCCAAACCAATTCAA
1 TTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAATAAA-TTGTTTACCAAACTAGTTCAA
* * * * * * * * **
69495 ATAGTTCTAACTATTTGAACAAATATCAATCTT-AAATCATTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAA
61 ATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTAT-TTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAA
* * *
69558 ACAATTGTTTT-TTATCATATAAGCTTATTT-GGATAAAAATAATACTAATTTA
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* * *
69610 ATAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATTAATGTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAG
1 TTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACCAAACTAGTTCAAATAG
* ** * * * * * *
69675 TTAAGACTA-TTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGCTCTGACCTTTTATTTAGTCACACAATAA
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*
69739 TTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTA
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* * * *
69787 TTAACATTAT-AAAAATTAGTAAGCATGAGATTTGAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTC
1 TTAATATT-TCAAAAATTAATAA--A--AGATTT-AAAAAATAAAT-TGTTTACCAAACTAGTTC
* * *
69851 AAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCATTTGTTTTGTCATAA
59 AAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAA
* * * * ** * *
69916 AATAGTTGTTTTAGTTCATAAAATCTTATCCA-AATAAAATACTACTACTTTA
124 AACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTA
* * *
69968 TTAATATTTCAAAAGTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACGAAA-TCAATTCA
1 TTAATATTTCAAAA---ATTAA-TAAAAGATTTAAAAAATAAATT-GTTTACCAAACT-AGTTCA
* * * * * * * *
70032 AATAATTATGGCCATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAA
60 AATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAA
**** * *
70097 ACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
125 ACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTA
* ** * **
70149 TTAATATTTCAAGAATTAATATGAGATTTAAAAAATATATTTGTTTACCAAACCGGTTCAAATAG
1 TTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATA-AATTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAG
* **
70214 TTATGACTATTTAAATAATTATCTATCTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTA-TCATAAAACAA
65 TTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT-TAGTCATAAAACAA
70278 TTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTA
129 TTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTA
*
70326 GTAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 TTAATATTTC-AAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAATAAAT
70370 CCGTTTGTTG
Statistics
Matches: 617, Mismatches: 113, Indels: 60
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 4 0.01
176 62 0.10
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184 3 0.00
185 3 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (176 bp):
TTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGT
TATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATT
GTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTA
Found at i:70399 original size:54 final size:54
Alignment explanation
Indices: 70341--70452 Score: 188
Period size: 54 Copynumber: 2.1 Consensus size: 54
70331 ATTCTAAAAA
* *
70341 TTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCGTTTGTTGAACCTATTCAGACAG
1 TTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCATTTGTTGAACCTATTCAAACAG
* *
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1 TTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCATTTGTTGAACCTATTCAAACAG
70449 TTAA
1 TTAA
70453 GAATATATGA
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 4, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (54 bp):
TTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCATTTGTTGAACCTATTCAAACAG
Found at i:71194 original size:358 final size:364
Alignment explanation
Indices: 70517--71487 Score: 859
Period size: 358 Copynumber: 2.7 Consensus size: 364
70507 AAAAAATTAT
* * * * *** * * *
70517 TTCAGCTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAAACTGATTTTTTAATATTTCAAAAATTTAT-
1 TTCA-CTCATGCAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAACAACATTTAAAAAATTAATA
* * * * * ** * *
70581 A-AATAAGAGATTTAG-AAAATAATTCTATTTACCAAACCAGTTTGAATAATTATA-ACTATTTG
65 ACAAAAAGAGATTTAGAAAAATAAATCTAATTACCGAACAAGTTCAAATAGTTA-AGACTATATG
* * * * * ** *
70643 AACAATTATTTATTTCAAATCATTAT-----TATG-TTATGTCTTAAAGCAATTGTTTTTGTTAA
129 AACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCATTTGATT-TGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAG
* * * * * * * * *
70702 TATAAG-TTTGTTCGAAAGAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAGTAAGAG
193 TACAAGCTTAGGTAG-AATAAAATAATACTAATTCAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * *
70766 ATTTAAAAAGTAAATATGCTTATCAAACCATTTTAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTA
257 ATTTAAAAAATAAATATGCTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTTAGACTATTAGAATAATTATCTA
* * *
70831 TTTCAAATCATTATAACATTTTATTTTGTCATCAAACAATTGG
322 TTTCAAATCATTATAACATTTTATTTAGTCATAAAACAAATGG
* * * * * * * *
70874 TTCTA-T-TTGTACGATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAACAATATTTCAAAACTTAGT
1 TTC-ACTCATGCAAG-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAACAACATTTAAAAAATTAAT
* *** *
70937 AACCAAGAA-A-A-TTA-AAAAATAAATCTAATTGTTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATAT
64 AA-CAAAAAGAGATTTAGAAAAATAAATCTAATTACCGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATAT
* * * * * * * *
70998 GAACGATTATCTATTTCAAA-CTGTTA-AACCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTT-TGTTC
128 GAACAATTATCTATTTAAAATC-ATTATAACCATTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTA
** * * *
71060 GTACAAGCTTATTTAGATTTAAATAATACTAATTCAATGATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
192 GTACAAGCTTAGGTAGAATAAAATAATACTAATTCAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * *
71124 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATAAGTTCAAATGGTTTAGACTATTAGAATAATTATCTA
257 ATTTAAAAAATAAATATGCTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTTAGACTATTAGAATAATTATCTA
* * * * * *
71189 TTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTTATAAAACAAATGT
322 TTTCAAATCATTATAACATTTTATTTAGTCATAAAACAAATGG
* **
71232 TTCAGCTCATGCAAGCTTATTCAAAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATA
1 TTCA-CTCATGCAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAACAACATTTAAAAAATTAATA
* ** ** *
71297 ACAAAAAGAGATTTAGAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGA
65 ACAAAAAGAGATTTAGAAAAATAAATCTAATTACCGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGA
* *
71362 GCAATTGTCTATTTAAAATCATTATAACCATTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAGTA
130 ACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCATTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAGTA
* *
71427 CAAGCTTAGGTAGAATAAAATAATACTAATTCAGTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGA
195 CAAGCTTAGGTAGAATAAAATAATACTAATTCAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
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Statistics
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TTCACTCATGCAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAACAACATTTAAAAAATTAATAA
CAAAAAGAGATTTAGAAAAATAAATCTAATTACCGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAA
CAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCATTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAGTAC
AAGCTTAGGTAGAATAAAATAATACTAATTCAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
AAAAAATAAATATGCTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTTAGACTATTAGAATAATTATCTATTTC
AAATCATTATAACATTTTATTTAGTCATAAAACAAATGG
Found at i:71342 original size:184 final size:182
Alignment explanation
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Period size: 180 Copynumber: 9.2 Consensus size: 182
70385 ATTCAGACAG
* * * * * ** * *
70395 TTAATAAC--TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGTTGAACCTA-TTCAAACGGTTAAGAAT
1 TTAATAACAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTTAGACT
* ** * * * * * *
70457 A-TATGAACAATTATTTATTTCAAATTTTTATGATCATTTGATTTT-TCAAAAAAAAATTATTTC
65 ATTA-GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * **
70520 AGCTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAAACTGATTTTTTAATATTTCAAAAA
128 AG-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA
* * * * * * ** *
70576 TTTAT-A-AATAAGAGATTTAGAAAAT-AATTCTATTTACCAAACCAGTTTGAATAATTATA-AC
1 TTAATAACAATAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTT-TAGAC
* * * * * * **
70637 TATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCA-T-T-A--TTATGTTATGTCTTAAAGCAATTGTTTTT
64 TATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA
* * * * * * * *
70697 GTTAATATAAGTTTGTTCGAAAGAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAA
129 G-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA
* * * * * * * * *
70752 TTAAT--CAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATATGCTTATCAAACCATTTTAAATAGTTTTGACTA
1 TTAATAACAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTTAGACTA
* * * * * * *
70815 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTAT
66 TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AG
** * * * *
70880 TTGTACGA-TTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAACAATATTTCAAAAC
130 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA
* * * ** * * * *
70932 TTAGTAACCAAGAA-A-A-TTAAAAAATAAATCTAATTGTTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACT
1 TTAATAA-CAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTTAGACT
* * *
70994 A-TATGAACGATTATCTATTTCAAA-CTGTTA-AACCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTT-
65 ATTA-GAACAATTATCTATTTCAAATC-ATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * * * *
71055 TGTTCGTACAAGCTTATTTAGATTTAAATAATACTAATTCAATGATA-TTCAAAAA
128 AG-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA
* * *
71110 TTAAT-A-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATAAGTTCAAATGGTTTAGACTA
1 TTAATAACAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTTAGACTA
* * * * * *
71173 TTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTTATAAAACAAATGTTTCAGC
66 TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAG-
* * * * *
71238 TCATGCAAGCTTATTCAAAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAA
130 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA
* * *
71291 TTAATAACAAAAAGAGATTTAGAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAG-TTATTAC
1 TTAATAACAATAAGAGATTTA-AAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTTA-GAC
* * * * * *
71355 TATTTGAGCAATTGTCTATTTAAAATCATTATAACCATTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCA
64 TATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA
* * * * * *
71420 GTTAGTACAAGCTTAGGT-AGAATAAAATAATACTAATTCAGTAATATTTCTAAAA
129 GTCA-TACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA
* * * *** * * *
71475 TTAAT-A-AGTAAGATATATGAAAAACTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTATTTACT
1 TTAATAACAATAAGAGAT-T-TAAAA--AATAA--ATTTG-TTT-----ATCGAA-CAAGTT-C-
* * * * * * *
71537 AAACCAGTTCAAACAGTTATAACTATTTGAACAATTTTCAATCTCAAATCATTA-AGA-TTTTTG
51 AAA-TAGTT----TAG-----ACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATA-ACCTTTTG
* * * * * *
71600 TTTTGTCATTAAACAATTGTTTTTTA-TCATAGAAGCTTATTC-GATTAAAAATAATTCTAATTT
105 TTTTGTCATAAAACAATTG--TTTCAGTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTT
* *
71663 AATAGTATTCCAAAAA
167 AATAATATTTCAAAAA
* * * * * * * *
71679 -T--T---AATAAGAGATTT-AAAAGTAAATGTGTTTGTAGAACTAGTTCAAATAATTAAAACTA
1 TTAATAACAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTTAGACTA
* ** * * ** * * *
71737 TTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTCTGATATTTTGTTTAGTCATAAAAACATTTATTTCAT
66 TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTCA-
* * * * * * ** *
71802 ATCTTACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATCCAAATTTATTAGCATTTGAAAAA
129 GTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA
*
71856 TTAATAAGC-A-AA-AGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTA-CTGAACAAGTTTAAATAG-TTATG
1 TTAATAA-CAATAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTTA-G
* * * * * * * * *
71916 ATTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATTATTATGACCTTCTGTTTTGACATAAAACAATTATTT
62 ACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * ** *
71981 TAGTTCATAAAAGCATATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTTAAAAA
127 CAG-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA
72038 TTAATAAGC---AAGAG-TTTAAAAAAATAAATTTGTT
1 TTAATAA-CAATAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTT
72072 CATATAAGTT
Statistics
Matches: 1126, Mismatches: 282, Indels: 176
0.71 0.18 0.11
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (182 bp):
TTAATAACAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTTAGACTA
TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGT
CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA
Found at i:71521 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 71471--71522 Score: 68
Period size: 24 Copynumber: 2.2 Consensus size: 24
71461 TAATATTTCT
* * *
71471 AAAATTAATAAGTAAGATATATGA
1 AAAACTAATAAGTAAGAGATATAA
*
71495 AAAACTAATAAGTAAGAGATTTAA
1 AAAACTAATAAGTAAGAGATATAA
71519 AAAA
1 AAAA
71523 TAAATCTATT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 4, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
24 24 1.00
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Consensus pattern (24 bp):
AAAACTAATAAGTAAGAGATATAA
Found at i:71681 original size:204 final size:205
Alignment explanation
Indices: 71302--71686 Score: 438
Period size: 204 Copynumber: 1.9 Consensus size: 205
71292 TAATAACAAA
* * * * * *
71302 AAGAGATTTAGAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAGCAAT
1 AAGAGATTTAGAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAACAGTTATAACTATTTGAACAAT
* * *
71367 TGTCTATTTAAAATCATTATAACCATTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAGTACAAGC
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* * *
71432 TTAGGTAGAATAAAATAATACTAATTCAGTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGATATATGAAA
130 TTAGGTAGAATAAAATAATACTAATTCAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGATATATGAAA
71497 AACTAATAAGT
195 AACTAATAAGT
* *
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1 AAGAGATTTAGAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAACAGTTATAACTATTTGAACAAT
* * ** * * * *
71572 TTTCAATCTCAAATCATTA-AGA-TTTTTGTTTTGTCATTAAACAATTGTTT-TTTATCATAGAA
66 TGTCAATCTAAAATCATTATA-ACCATTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTAGTTA--ATACAA
* * * * * *
71634 GCTTA-TTCGATTAAAAATAATTCTAATTTAATAGTATTCCAAAAATTAATAAG
128 GCTTAGGTAGAAT-AAAATAATACTAATTCAATAATATTCCAAAAATTAATAAG
71687 AGATTTAAAA
Statistics
Matches: 147, Mismatches: 28, Indels: 10
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (205 bp):
AAGAGATTTAGAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAACAGTTATAACTATTTGAACAAT
TGTCAATCTAAAATCATTATAACCATTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTAGTTAATACAAGCT
TAGGTAGAATAAAATAATACTAATTCAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGATATATGAAAA
ACTAATAAGT
Found at i:72018 original size:563 final size:565
Alignment explanation
Indices: 70948--72050 Score: 1322
Period size: 563 Copynumber: 2.0 Consensus size: 565
70938 ACCAAGAAAA
** * * * * *
70948 TTAAAAAATAAATCTAATTGTTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACGATTATCTATT
1 TTAAAAAATAAATCTAATTACTAAACCAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGAACAATTATCAATC
* * *
71013 TCAAACTGTTAAACCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTTGTTCGTACAAGCTTATTTAGAT
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* *
71078 TTAAATAATACTAATTCAATGATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
131 TAAAATAATACTAATTCAATGATATTCAAAAATT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGT
* ** * * *
71143 TTATCGAATAAGTTCAAATGGTTTAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCT
195 TTATAGAATAAGTTCAAATAATTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACAT
* * * * * *
71208 TTTGTTTAGTTATAAAACAAATGTTTCAGCTCATGCAAGCTTATTCAAAATAAATTAATACTAAT
260 TTTGTTTAGTCATAAAACAAATATTTCAGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACAAAT
71273 TTATTAACATTTAAAAAATTAATAACAAAAAGAGATTTAGAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAA
325 TTATTAACATTTAAAAAATTAATAAC-AAAAGAGATTTAGAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAA
* * * *
71338 GTTCAAATAGTTATTACTATTTGAGCAATTGTCTATTTAAAATCATTATAACCATTTGATTTGTC
389 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCATTTGATTTGAC
* * * ** *
71403 ATAAAACAATTGTTTCAGTTAGTACAAGCTTAGGTAGAATAAAATAATACTAA-TTCAGTAATAT
454 ATAAAACAATTATTTCAGTTAGTAAAAGCATAGCCAAAATAAAATAATACTAATTTC-GTAATAT
*
71467 TTCT-AAAATTAATAAGTAAGATATATGAAAAACTAATAAGTAAGAGAT
518 TT-TAAAAATTAATAAGCAAGATATATGAAAAACTAATAAGTAAGAGAT
* * *
71515 TTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACCAGTTCAAACAGTTATA-ACTATTTGAACAATTTTCAAT
1 TTAAAAAATAAATCTAATTACTAAACCAGTTCAAACAGTTA-AGACTATATGAACAATTATCAAT
* * * *
71579 CTCAAA-TCATTAAGA-TTTTTGTTTTGTCATTAAACAATTGTTTTTTATCATAGAAGCTTA-TT
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* * * *
71641 CGATTAAAAATAATTCTAATTTAAT-AGTATTCCAAAAA-T-TAA-TAAGAGATTT-AAAAGTAA
127 AGATT-AAAATAATACTAATTCAATGA-TATT-CAAAAATTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* **
71701 ATGTGTTTGTAGAACT-AGTTCAAATAATTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
189 ATGTGTTTATAGAA-TAAGTTCAAATAATTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATT
* ** * * *
71765 CTGATATTTTGTTTAGTCATAAAAACATTTATTTCATATCTTACAAGCTTATTCGAAATAAAATA
253 CTGACATTTTGTTTAGTCAT-AAAACAAATATTTCAGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
* * *
71830 ATCCAAATTTATTAGCATTTGAAAAATTAATAAGC-AAA-AGATTT-GAAAAAATAAATTTGTTT
317 ATACAAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAA-CAAAAGAGATTTAG-AAAAATAAATTTGTTT
* * * * * *
71892 ACTGAACAAGTTTAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATTATTATGACC-TT
380 ACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCATT
* * *
71956 CTGTTTTGACATAAAACAATTATTTTAGTTCA-TAAAAGCATATCCAAAATAAAATAATACTAAT
445 -TGATTTGACATAAAACAATTATTTCAGTT-AGTAAAAGCATAGCCAAAATAAAATAATACTAAT
*
72020 TTCTTAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAGA
508 TTCGTAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAGA
72051 GTTTAAAAAA
Statistics
Matches: 453, Mismatches: 68, Indels: 34
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (565 bp):
TTAAAAAATAAATCTAATTACTAAACCAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGAACAATTATCAATC
TCAAACTATTAAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGAT
TAAAATAATACTAATTCAATGATATTCAAAAATTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTT
TATAGAATAAGTTCAAATAATTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACATT
TTGTTTAGTCATAAAACAAATATTTCAGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACAAATT
TATTAACATTTAAAAAATTAATAACAAAAGAGATTTAGAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGT
TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCATTTGATTTGACAT
AAAACAATTATTTCAGTTAGTAAAAGCATAGCCAAAATAAAATAATACTAATTTCGTAATATTTT
AAAAATTAATAAGCAAGATATATGAAAAACTAATAAGTAAGAGAT
Found at i:72705 original size:438 final size:444
Alignment explanation
Indices: 72210--73030 Score: 1081
Period size: 438 Copynumber: 1.9 Consensus size: 444
72200 AATTGTTCTA
* **
72210 ACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATAGTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACT
1 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAGTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACT
* * * *
72275 AATTTATTATTATTTCGACAATTATTAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTA-TCGAACT
66 AATTTATTAATATTTCGACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-GAACA
*
72339 AGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTAT-CTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTG
130 AGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATAC-ATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTG
* * * *
72402 TCATAAAAAAATTATTTTAGCTCATATAAGGTTATTCGAAATAAAATAATACTAAGTTGTTAATA
194 TAATAAAAAAATTATTTTAGCTCAAATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATA
* ** *
72467 CTCTAAAAATTAATAA-TGAAGAGATTTA-AAAAATGAAACTATTTA-TGAAACAAGTGT-AAAT
259 CTCCAAAAATTAATAAGT-AAGAGAACTAGAAAAATGAAACTATTTACT-AAACAAGT-TCAAAG
* ** *
72528 AATTATGACTATTTAAACAATTAGCTATTTGGAATCACTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAAAG
321 AATTATGACTATCTAAACAATTAGCTATTTCAAAACACTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAAAG
72593 ATTTCATCTATTCATATAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTGAACAACTAATTATTATG
386 ATTTCATCTATTCATATAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTGAACAACTAATTATTATG
* * *
72652 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTA-TT-T-TT-ATACAAGCTT-TTTAAATTAAAATAATAT
1 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TAGTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATAC
** *
72712 TAATTTATTAATATTTTTACAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACA
65 TAATTTATTAATATTTCGACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACA
** *
72777 ATTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATACATTTCAAATCATTGTGACCATTTGTTTTGT
130 AGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATACATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGT
* * * * * * * * *
72842 AATAAAACAATTGTTTTAGTTTAAATAAGCTTATTTGGAGTAAAATAATACTAATTTATTAATAT
195 AATAAAAAAATTATTTTAGCTCAAATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATAC
* * * * *
72907 TCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAACTAGAAAAATTAATCTATTTACTAAACGAGTTCAAAGAGTT
260 TCCAAAAATTAATAAGTAAGAGAACTAGAAAAATGAAACTATTTACTAAACAAGTTCAAAGAATT
** * *
72972 ATGACTATCTAAACAATTATTTATTTCAAAACATTATAATCTTTTGTTTTATCATAAAA
325 ATGACTATCTAAACAATTAGCTATTTCAAAACACTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAA
73031 TAATTGGTTC
Statistics
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Consensus pattern (444 bp):
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AATTTATTAATATTTCGACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAA
GATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATACATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTA
ATAAAAAAATTATTTTAGCTCAAATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATACT
CCAAAAATTAATAAGTAAGAGAACTAGAAAAATGAAACTATTTACTAAACAAGTTCAAAGAATTA
TGACTATCTAAACAATTAGCTATTTCAAAACACTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAAAGATTTC
ATCTATTCATATAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTGAACAACTAATTATTATG
Found at i:73381 original size:181 final size:178
Alignment explanation
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72636 ACAACTAATT
* * *
72646 ATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-ATT-T-TT-ATACAAGCTT-TTT-AAATTAAA
1 ATTATGACATTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAA-TAAA
* *** * * * *
72705 ATAATATTAATTTATTAATATTTTTACAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATATGTTTA
64 ATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTTTTA
* * * * *
72770 CTGAACAATTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATAC-ATTTCAAATC
128 C-CAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-CTATTTCAAATC
* * * * * * *
72822 ATTGTGACCA-TTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTT-TAGTTTAAATAAGCTTATTTGGAGTAA
1 ATTATGA-CATTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAA
* ** * *
72885 AATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAACTAGAAAAATTAATCTATT
63 AATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA-AAAAATAAAT-TTTT
* * * * * * *
72950 TACTAAACGAGTTCAAAGAGTTATGACTATCTAAACAATTATTTATTTCAAAAC
126 TAC-CAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * ** * *
73004 ATTATAATC-TTTTGTTTTATCATAAAATAATTGGTTCTGCTCATCCACGCTTATTTTG-AATAA
1 ATTATGA-CATTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAA
* * * *
73067 AATAAT-GTAAATTAATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAA-A-ACTTTGAAAAATAAATTTGT
63 AATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATTT-T
* * * * * *
73129 TTTCTGAA-CACGTTCAAATAGTAATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATT
125 TTAC-CAACCA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * *
73184 GTTATGGCCA-TTTATTTTGACATAAACTAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAA
1 ATTAT-GACATTTTGTTTTGTCATAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAA
* * * *
73248 ATAGTACTAATTTATTAAAAATCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTA
64 ATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTTTTA
** *
73313 CCAAGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATC
128 CCAA-CCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * *
73365 ATTATGATATTTTATTTTGTAATAAAACAACTGTTTCTATTCATAAAAGTTTATTTGGAATAAAA
1 ATTATGACATTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * * *
73430 TAATATTAATTTTTTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATATATTTGTTTAC
65 TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT-TTTAC
* * * * * * *
73495 CAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGAACTATCATCTATTTCGAACC
129 C-AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * *
73546 ATTACGACATTTTGTTTTGTAATAAAATAATACCAATTATTCTGAATAATTGGTATTCATTCAAA
1 ATTATGACATTTTGTTTTG---T--CATAA-A-C-A--A-T-TG--T--TT-CTATTCATACAAG
* * *
73611 ATTATTT-AGAATAAAATAATACCAATTTATTACTAGTT-CAAAAA-T--TAA-TAAGA-ATTTA
49 CTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * * * * *
73669 AAAAATAAATGTGTTTACCAAACCAGTTCTAATAGTTAAGCCAACTAGAACAATTATCTATTTCA
112 AAAAATAAAT-TTTTTACC-AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
73734 AATC
175 AATC
*** * * * ** **
73738 ATTCCAAC-CTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTGAATTCATACATA-CTTATTCAAAATAAA
1 ATTATGACATTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTATTCATACA-AGCTTATTTGAAATAAA
* * * * * * *
73801 ATAATATTAATTTATTAACATT-TAGAAAATTAATAAGCAAGAAATTAAAAAAATAAATCTGTTT
64 ATAATACTAATTTATTAATATTCCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTTTT
* * * *
73865 ACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTTAAAATT
127 ACC-AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATC
* * * * * * * * *** *
73919 GTTATGTCCTTTTATTTTTATCGTAAAACAATTGTTTC-AGTACATAAAAGCTTATCCAAAAAAA
1 ATTATGACATTTT-GTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAA
* * * * * * *
73983 AATAATA-TTACTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTC
63 AATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TTTT
* * * * * * * * *
74047 ATCGAATCAATTCAAATAATTATGGCCATTTAAATAATTATCTATTTTAAATC
127 A-CCAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * **
74100 ACTATGA-ACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTCTTTGGTATAA
1 ATTATGACA-TTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAA
* ** * * * * *
74163 AATAATACTAATTTACTAATATTTTAAAATTTAATAAGTAGGAGATGTAAAAATTAAATCTCTTT
63 AATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTTTT
* * * * * *
74228 ACTAAACCAATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATATATTTTAAATT
127 AC-CAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * * * * * * * * **
74281 ATTGTAACCTTCTGTTATATCATAAAATAATTATTTTTGTTCGTAAAAGTTTATTCAAAATAAAA
1 ATTATGACATTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * *** *
74346 TAATACTAATGTAATAATATTTTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATGAATTTGT
65 TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT---TTT-T
* * * * * * * *
74411 T--GAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAGTTCTTTATTTTAAATC
126 TACCAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * * * * *
74462 GTTATGACCTTTTCTTTTTTCGTAAAACAATTTTTTCAATTCTTAGTAA-CTTA-TTAAGAATAA
1 ATTATGACATTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTATTCATA-CAAGCTTATTTGA-AATAA
* * * *
74525 AATAAGA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AATTCTAT
63 AATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-T-T
* * * *
74588 TTGCCGAACCAGTTCAAATAATTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTCAAATT
125 TTACC-AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * * *
74643 GTTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGCTTT-TGTTCATATAAGTTTGTTTTG-AATAA
1 ATTATGACATTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTT-ATTTGAAATAA
* ** *
74706 AATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
63 AATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT-TTT
* * * * * * * * * *
74771 ACTAAACTAGTTTAATTAATTATAACTATTTGAACCACTATTTACTTT-GAATC
127 AC-CAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATC
* * * * * * *
74824 GTGATGACCA-TTTATTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCTATTCATACAATCTTATTCGGAATAAA
1 ATTATGA-CATTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAA
* * * * * * * * * **
74888 GTAATGCTAATTTATTAACATTCTAAAAGTTATTAAGTAACAAATTTAAAAAATGAATTTGTTGG
64 ATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT-TTTA
** * * * *
74953 CTTGACTAGTGCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATT
128 C-CAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * * *
75005 GTTATGACCTTTTATTTTATCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATCTAAAATAAGA
1 ATTATGACATTTTGTTTTGTCA-TAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * *
75070 TAATTCTAATTTATTAATATCCCAAAAA-T--TAA-TAAGATATTTAAAAAATGAATTTGTTTAC
65 TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT-TTTAC
* * * * *
75131 CAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATATCAAATT
129 C-AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
** * * *
75182 GCTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCT-AAATAAA
1 ATTATGACATTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-TGAAATAAA
* *
75246 ATAATACAAATTTGTTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTTAAAAAAT-AATTTTTTA
64 ATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATTTTTTA
* * * * * **
75308 --AATACA-TTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTAACCATTTTGAAT-
128 CCAA-CCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * *
75356 AGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAACTAATTGTTTCTGTTCATACAAGCATATTTGAAATTAA
1 A-TTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAA
* ** * * *
75421 ATAATACTAGTTTATTAATATTCTGAAAATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
64 ATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTTTTA
* * * * * * *
75486 CCAAGCAAGTTTAAATAGTTATGACTGTTTGAACAACTGTTTATTTAAAAT-
128 CCAA-CCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * ** * * *
75537 AGTTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACATTTATTTCTATTCATATGAGTTTATTGGGAATAA
1 A-TTATGA-CATTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAA
* * * * *
75601 AAAAATACTAATTTATTAATATTCTC-AAAATTAATAAGTAGGACATTCAAAAAAAAAATTTGTT
63 AATAATACTAATTTATTAATATTC-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT-TT
* * * * * *
75665 TACTAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTGAAATC
126 TAC-CAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* ** ** **
75719 ATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGTAAAATTATTCAAAATAAAA
1 ATTATGACATTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* ** *
75784 TAATACTAATCTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTAT
65 TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT-TTTA-
** * * * * * * * *
75845 GGAAACAGTTTAAACAGTTATAACTATTTAAATAATTATCTATCTCAAATT
128 CCAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * *
75896 GTTATG--ATCTTTATTTTGTCATAAA-ATAGTTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTTGGATTAA
1 ATTATGACAT-TTTGTTTTGTCATAAACA-A-TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAA
* * * *
75958 AATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTT
63 AATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTTTT
* * * * * * *
76023 GCTAAACCAATTCAAATGGTTAAGACTATTAGAACAATTATTTATTTCAAATC
127 AC-CAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * **
76076 ATTTTGACCTTTT-TTTTAGTCATAAAATAATTATTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAA
1 ATTATGACATTTTGTTTT-GTCAT-AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAA
* * * ** * *
76139 AATAATAATAATTTGTTAACATTTGAAAAATTAATGAGTAAGAGA-TT--AAAA-AAATTGTTTA
63 AATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTTTTA
* * * *
76200 CTGAACAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTAAATAATTATCTATTT-AAAGTC
128 C-CAACCAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TC
* * * * * * * ***
76252 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTGGTTCAATACATAAAAACTTATCCCAAATAAAA
1 ATTATGACATTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * * * *
76317 TAATACAAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAACTAAAGTTGTTTTT
65 TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TT-TTTTA
* * * *
76382 CGAACCAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCGACTATTTGAACAAATATC
128 CCAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT---CTATTT---C-AA-ATC
* *
76441 AGTCTCAAATAGTTATGATTCTTGTTTTCTCATAAA-ACATTGTTTCTGA-TCATACAAGCTT-T
1 A-T-T---AT-G--A-CATT-TTGTTTTGTCATAAACA-ATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTAT
* * * * * * *
76503 TTTAGATAAAAATAATATTAATATAATAATATTCTAAAAATTAATAAG--AGA-TTTTAAAAAA-
54 TTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * * *
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118 AAATTTTTTACC-AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * * * * *
76625 ATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAACTGGTTCAATTTATACAAGCTTAGTCGAAATAAAA
1 ATTATGACATTTTGTTTTGTCATA-AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * * * *
76690 TAATACCAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAGAAATAAATCTGTTTA
65 TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAAT-TTTTTA
* * * * * *
76755 TCGAACAAGTTCAATTAGTTATGGCTATTTGAA-AATTATCTATTTAAAATT
128 -CCAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * ***
76806 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACCATTGTTT-TAGTTCATA-AAGGCTTATCCAAAATAA
1 ATTATGACATTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAA-GCTTATTTGAAATAA
* * * **
76869 AATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTT
63 AATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTTTT
* * * * * ** * *
76934 ACCAAAACAGTTCAAATAATTATGGCCATTT-AATAGCTACCTATTTCATATC
127 ACC-AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * *
76986 GTTATTAC-TTTT-TGTTGTCTTAAAATAATTGTGTT-TCA-ACATACAAGCTTATTTCAAATAA
1 ATTATGACATTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGT-TTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAA
* * * *
77047 AATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAGAA-T--TAA-TAAGAGATGTAAAAAATAAATTTATTT
63 AATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT-TTT
* * *
77108 ATCGAACCAGTGCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATT
127 A-CCAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * **
77161 GTTATAACATTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
1 ATTATGACATTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * * *
77226 TAATACTAATTTAGTAATATTCAAAAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAAATAAAACTGTTTAC
65 TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATTTTTTAC
* * * * * * * *
77290 CAAACCAGTTCATACAATTAAGACTATATGAATAATTATTTATTTCAAATT
129 C-AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* ** * * * * *
77341 ATTATGACCTTTTACTTTATCATAAAACAGTTATTTC-AGCTCATATAAGCTTATCCTT-AAA-A
1 ATTATGACATTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTAT--TTGAAATA
* * * *
77403 AAATAATATTACTTTATTAGTATTTCAAAA
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77433 TAAATCAGTT
Statistics
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0.75 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
ATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTTTTACCA
ACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
Found at i:75499 original size:714 final size:716
Alignment explanation
Indices: 72647--78038 Score: 3495
Period size: 714 Copynumber: 7.5 Consensus size: 716
72637 CAACTAATTA
* * * * *
72647 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTT-T-T--ATACAAGCTT-TT-TAAATTAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATACATACAATCTTATTCGAAA-TAAAA
* * * * * *
72706 TAATATTAATTTATTAATATTTTTACAA-TTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATATGTT-T
65 TAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTCT
* * * * * ** *
72769 ACTGAACAATTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATAC-ATTTCAAATCATTGTGACCA-
129 --TGAACCAGTGCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-CTATTTCAAATTGTTATGA-CAT
* * * * * *** *
72832 TTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTT-TAGTTTAAATAAGCTTATTTGGAGTAAAATAATACTAA
190 TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* ** * * * *
72896 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAACTAGAAAAATTAATCTATTTACTAAACGAG
254 TTTATTAATATTCTAAAAATT-A--A-TAAGAGATTTA-AAAAATAAATTTGTTTACCAAAC-AG
* * * * * * ** * * * *
72961 TTCAAAGAGTTATGACTATCTAAACAATTATTTATTTCAAAACATTATAATCTTTTGTTTTATCA
313 TTCAAACAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTATTTTGTCA
* * *** * * * * ** *
73026 TAAAATAATTGGTTCTGCTCATCCACGCTTATTTTGAATAAAATAATGTAAATTAATTAATATTC
378 TAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCTAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTC
* * * * ** * *
73091 CAAAAATTAATAAGCAA-A-ACTTTGAAAAATAAATTTGTTT-TCTGAACACGTTCAAATAGTAA
443 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTGTTTAT-AAAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * * * * *
73153 TGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATGGCCATTTATTTTGACAT-AAACTAATTG
507 TGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTG
** * * ***
73217 TTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAGTACTAATTTATTAAAAATCCAAAAATTAA
571 TTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT-AATATTTGAAAATTAA
* * * ** *
73281 TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTACCAAGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
634 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAA-CAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAA
* * *
73346 CAATTATTTATTTCAAATCA
698 CAACTATCTATTT-AAATCG
** * * * * * * *
73366 TTATGATATTTTATTTTGTAATAAAACAACTGTTTCTATTCATAAAAGT-TTATTTGGAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATACATACAA-TCTTATTCGAAATAAAA
* * * * *
73430 TAATATTAATTTTTTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATATATTTGTT-T
65 TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTCT
** * * * * * * * *** *
73493 ACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGAACTATCATCTATTTCGAACCATTACGACATTT
129 --TGAACCAGTGCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTT
* * * * ** * *
73558 TGTTTTGTAATAAAATAATACCAATTATTCTGAATAATTGGTATTCATTCAAAATTATTTAGAAT
192 TG-TTT-T-AT--CATAA-AAC-A--A-T-TG--T--TT-CTATTCATACAAGCTTATTCAAAAT
* * *
73623 AAAATAATACCAATTTATTACTAGTTC-AAAAATTAATAAGA-ATTTAAAAAATAAATGTGTTTA
241 AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
* * * * * * * * ***
73686 CCAAACCAGTTCTAATAGTTAAGCCAACTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCCAACC-TTT
305 CCAAA-CAGTTCAAACAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTT
* * * * * **
73750 GTTTAGTCATAAAATAATTGTTTGAATTCATACATA-CTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTT
369 ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACA-AGCTTATTCTAAATAAAATAATACAAATTT
* * * * * **
73814 ATTAACATT-TAGAAAATTAATAAGCAAGA-AATTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTT
433 ATTAATATTCCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTGTTTATAAAACAAGTT
* * * * * *
73877 CAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTTAAAATTGTTATGTCCTTTTATTTTTATCG
497 CAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTA-TTTCAAATAGTTATGACCTTTT-GTTTTGTCA
* * * * * * *
73942 TAAAACAATTGTTTCAGTACATAAAAGCTTATCCAAAAAAAAATAATA-TTACTTATTAATATTT
560 TAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * *
74006 CAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTCATCGAATCAA-TTCAAATAATTA
625 -GAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTA-CCAA-CAAGTTCAAATAATTA
* * * * * *
74069 TGGCCATTTAAATAATTATCTATTTTAAATCA
686 TGACTATTTGAACAACTATCTA-TTTAAATCG
* * * * * * * * **
74101 CTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTCAT-CATACAAGCCTCTTTGGTATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATACATACAATCTTATTCGAAATAAAA
* * * * * *
74165 TAATACTAATTTACTAATATTTTAAAATTTAATAAGTAGGAGATGTAAAAATTAAATCTCT-TTA
65 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-T-TGTT-
* * * * * * * * * * *
74229 C-TAAACCAATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATATATTTTAAATTATTGTAACCTTC
127 CTTGAACCAGTGCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTT
* * * * * * * * *
74293 TGTTATATCATAAAATAATTATTTTTGTTCGTAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATGT
192 TGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
* * * *** *** *
74358 AATAATATTTTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATGAATTTGTTGAACCAGTTCA
257 ATTAATATTCT-AAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-ACCAAACAGTTCA
* * * * * * * * ** * * *
74423 AATAATTAAGACTATATGAACAGTTCTTTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTCTTTTTTCGTAAA
317 AACAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAA
* * * * * * *
74488 ACAATTTTTTCAATTCTTAGTAA-CTTATT-AAGAATAAAATAAGATAAATTTATTAATATTTCA
382 ACAATTGTTTCAATTCATA-CAAGCTTATTCTA-AATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCCA
* * * * **** * *
74551 AAAATTAGTAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAATTCTATTTGCCGAACCAGTTCAAATAATTATGA
445 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTGTTTATAAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
74615 ATATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGCTTT
510 CTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTT
* * * *** * * *
74680 T-GTTCATATAAGTTTGTTTTGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAGAAG
574 TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTGAAAATTAATAAG
* * * * * * *
74744 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTTAATTAATTATAACTATTTGAACCAC
638 TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC-CAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAC
* *
74809 TATTTACTTTGAATCG
702 TATCTA-TTTAAATCG
* * * * * * *
74825 TGATGACCATTTATTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCTATTCATACAATCTTATTCGGAATAAAGT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATACATACAATCTTATTCGAAATAAAAT
* * * * * *
74890 AATGCTAATTTATTAACA-TTCTAAAAGTTATTAAGTAACAAATTTAAAAAATGAATTTGTTGGC
66 AATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT--C
* * *
74954 TTG-ACTAGTGCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT
128 TTGAACCAGTGCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTT
* * * *
75018 ATTTTATCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TCTAAAATAAGATAATTCTAATTT
193 GTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * *
75082 ATTAATATCCCAAAAATTAATAAGATATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATA
257 ATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAC-AGTTCAAACA
* * * ** * * *
75147 GTCATGACTATTTGAATAATTATCTATATCAAATTGCTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
321 GTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAA
* * *
75212 TTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCTAAATAAAATAATACAAATTTGTTAATATTCCAAAAATT
386 TTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCTAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCCAAAAATT
*
75277 AATAAGTAA-A-ATTTTAAAAAAT-AAT-T-TTT-TAAATAC-A-TTCAAATAGTTATGACTATC
451 AATAAGTAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTGTTTATAAA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * ** *
75334 TAAACAATTAACCATTTTGAATAGTTATGACATTTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCT-GT
515 TAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTT-TAGT
* ** * * * *
75397 TCATACAAGCATATTTGAAATTAAATAATACTAGTTTATTAATATTCTGAAAATTGATAAGTAAA
578 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TGAAAATTAATAAGTAAG
* * * * *
75462 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAGCAAGTTTAAATAGTTATGACTGTTTGAACAACTGTT
642 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAA-CAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAACTATC
*
75527 TATTTAAAATAG
706 TATTT-AAATCG
* * * * * * * *
75539 TTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTATTTCTATTCATATGAGT-TTATTGGGAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATACATA-CAATCTTATTCGAAATAAAA
* * * * *
75603 AAATACTAATTTATTAATATTCTCAAAA-TTAATAAGTAGGACATTCAAAAAAAAAATTTGTT-T
65 TAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTCT
* * * * * * * ** *
75666 ACTAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCATTATGACTTTT
129 --TGAACCAGTGCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTT
* ** ** *
75731 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGTAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATCT
192 TGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
* * ** *
75796 ATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTATGGAAACAGTTTAAACA
257 ATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CCAAACAGTTCAAACA
* * * * *
75861 GTTATA-ACTATTTAAATAATTATCTATCTCAAATTGTTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAATA
321 GTTA-AGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACA
* ** * * ** *
75924 GTTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATT-TGGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAA
385 ATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCT-AAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCCAAAAA
* * * * * *
75988 TTAATAACTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTAAACCAA-TTCAAATGGTTAAGACTA
449 TTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTGTTT-ATAAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * *
76051 -TTAGAACAATTATTTATTTCAAATCA-TTTTGACCTTTT-TTTTAGTCATAAAATAATTATTTT
513 TTTA-AACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTT
* * * *
76113 AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTGTTAACATTTGAAAAATTAATGAGT
575 AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTG-AAAATTAATAAGT
* * * *
76178 AAGAGA-TT--AAAA-AAAT-TGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTAAATAAT
639 AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC-CAACAAGTTCAAATA-ATTATGACTATTTGAACAAC
*
76237 TATCTATTTAAAGTCA
702 TATCTATTTAAA-TCG
* * * * * * *
76253 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTGGTTCAATACATAAAAACTTATCCCAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATACATACAATCTTATTCGAAATAAAAT
* * * * * * *
76318 AATACAAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAACTAAAGTTGTTTTTC
66 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTCTT-
* ** *
76383 GAACCAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCGACTATTTGAACAAATATCAGTCTCA
130 GAACCAGTGCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT---CTATTT---CAAAT-T--GT-T--
* * ** *
76448 AATAGTTATGATTCTTGTTTTCTCATAAAAC-ATTGTTTCTGA-TCATACAAGCTT-TTTTAGAT
183 -AT-G--A-CATT-TTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAAT
* * * * * *
76510 AAAAATAATATTAATATAATAATATTCTAAAAATTAATAAGAGATTT-TAAAA-AAATATGTTTG
241 -AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
* * * *
76573 CCAAACTAGTTC-AACTAGTTAAGACTACTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTT
305 CCAAAC-AGTTCAAAC-AGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTT
* * * * * * * * * *
76637 TGTTTAGTCATATAATAACTGGTTCAATTTATACAAGCTTAGTCGAAATAAAATAATACCAATTT
368 TATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCTAAATAAAATAATACAAATTT
* * * * * **
76702 ATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAGAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTC
433 ATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTGTTTATAAAACAAGTTC
* * * * *
76767 AATTAGTTATGGCTATTTGAA-AATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
498 AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * *
76831 AACCATTGTTTTAGTTCATA-AAGGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCA
563 AACAATTGTTTTAGTTCATACAA-GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGA
* * *
76895 AAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCA-ATTTACCAAAACAGTTCAAATAATTATGG
627 AAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTACCAACA-AGTTCAAATAATTATGA
* * * * *
76959 CCATTT-AATAGCTACCTATTTCATATCG
689 CTATTTGAACAACTATCTATTT-AAATCG
* * * * *
76987 TTATTA-CTTTT-TGTTGTCTTAAAATAATTGTGTT-TCA-ACATACAAGCTTATTTC-AAATAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCT-ATACATACAATCTTA-TTCGAAATAA
* * *
77047 AATAATTCTAATTTATTAATATTTC--AAG--AATTAA-TAAGAGATGTAAAAAATAAATTTATT
63 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAGTTAA-TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
*
77107 -TATCGAACCAGTGCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACAT
127 CT-T-GAACCAGTGCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACAT
* * *
77171 TTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
190 TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * **
77236 TTAGTAATATTCAAAAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAAATAAAACTGTTTACCAAACCAGTT
255 TTATTAATATTCTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAA-CAGTT
* * * * * *
77300 CATACAATTAAGACTATATGAATAATTATTTATTTCAAATTATTATGACCTTTTACTTTATCATA
315 CAAACAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTATTTTGTCATA
* * ** * * * *
77365 AAACAGTTATTTCAGCTCATATAAGCTTATCCT---TAAAA-AA-A-TAA--TATTACT-TT---
380 AAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCTAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCCA
* * * * *
77418 ---A-T--T-AGT-----A-TTT-CAAAATAAATCAGTTTACCAAAA-TAGTTCAAATAATTATG
445 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TAAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * ** * * * *
77468 GCCATTTAAACAGCTA-CATATTTCAAATTGTTATTACTTTTTGTTTTGTCTTAAAACAATTGTT
509 ACTATTTAAACAATTATC-TATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
**** *
77532 TTTCAACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAA-T--TAA
573 TTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAA-AATTAATAA
* ** *
77594 -TAAGAGATTTAAAAAGTAAATATGTTTACCAAACTGGTTCAAATATTTATGACTATTTGAACAA
637 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACC-AACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAA
* *
77658 TTATCTATTTCAAATTG
701 CTATCTATTT-AAATCG
* ** * * * **
77675 TTATAACCTTTTG-TTCATCATAAAACAATTATTTCTATTCATATAGGCTTATTC-ATAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATACATACAATCTTATTCGA-AATAAAA
* * * * *
77738 TAATACCAATTTAGTAATATTAT-AAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAATAAT-AATTCTGTT-
65 TAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTC
* ** * * * * * * *
77800 TGCTAAATTAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTA
128 T--TGAACCAGTGCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATT
* * * * * *
77865 TTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-AGCTT-ATACAAGCTTATTTAGAATAGAATAAAACTAA
191 TTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA--TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * *
77928 TTTATTAATATT-TCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAAT-AATTCTATTTATCGAACTA
254 TTTATTAATATTCT-AAAAA--T-TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACCAAAC-A
* * *
77991 GTTCAAA-TGATTATA-ACTATTTGAACT-ATTATCAATTTCAAATCATTA
312 GTTCAAACAG-TTA-AGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATTATTA
78039 CTATTAATTT
Statistics
Matches: 3688, Mismatches: 784, Indels: 427
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
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687 45 0.01
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697 2 0.00
698 1 0.00
700 1 0.00
701 1 0.00
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739 3 0.00
740 42 0.01
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (716 bp):
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AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTCTTG
AACCAGTGCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTT
TTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
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GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTT
TCAATTCATACAAGCTTATTCTAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
GTAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTGTTTATAAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACA
ATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAA
GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
AAATAAATATGTTTACCAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAACTATCTATTTAAATC
G
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Alignment explanation
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72637 CAACTAATTA
* * * * *
72647 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-ATT-T-TT-ATACAAGCTT-TTTAAATTAAAAT
1 TTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* ** * *
72707 AATATTAATTTATTAATATTTTTACAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATATGTTTACT
66 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC-
* * * * * * * * *
72772 GAACAA-TTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATAC-ATTTCAAATCA-TTGTGACCATT
130 CAACAAGTTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAAATGT-CTATTTAAAAT-AGTTATGATCTTT
* * * * * * *
72834 TGTTTTGTAATAAAACAATTGTTT-TAGTTTAAATAAGCTTATTTGGAGTAAAATAATACTAATT
192 TGTTTTGTCATAAAAC-ATTGTTTCT-GTTCATATAAG-TTTTTTTGAATAAAATAATATTAATT
* * ** * * * *
72898 TATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAACTAGAAAAATTAATCTATTTACTAAACGAGTT
254 TATTAATATTCTAAAAATTAA-AAGTAAGAGATTTA-AAAAA-AAATTTGTTTACTAAACTAGTT
* * * * * * * * * *
72963 CAAAGAGTTATGACTATCTAAACAATTATTTATTTCAAAACATTATAATCTTTTGTTTTATCATA
316 CAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTT-GAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * ** * ** * * * *
73028 AAATAATTGGTTCTGCTCATCCACGCTTATTTTG-AATAAAATAAT-GTAAATTAATTAATATTC
380 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAACATT-
* * * * *
73091 CAAAAATTAATAAGCAA-A-ACTTTGAAAAATAAATTTGTTT-TCTGAACACGTTCAAATAGTAA
442 CTAAAATTATTAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-GAACA-GTTCAAATAGTTA
* * * *
73153 TGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATGGCCATTTATTTTGACAT-AAACTAATTG
504 TGACTATTTGAA-AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAAC-AATTG
* * * * * *
73217 TTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAGTACTAATTTATTAAAAATCCAAAAATTAA-
567 TTTCTATTCATACAAGCTTATCTAAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAC
* ***
73281 TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTACCAAGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
632 TAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * * * * * *
73346 CAATTATTTATTTCAAATCATTATGA-TATTTTATTTTGTAATAAAACAACTGTTTCTATTCATA
693 TAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACT-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATA
* * * ** *
73410 AAAGTTTATT-TGGAATAAAATAATATTAATTTTTTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGA
757 CAAGCTTATTCT-AAATAAAATAATACAAATTTGTTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-TA-AGA
* * * * *
73473 TTTAAAAAATATATTTGTTTACCAA-ACAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGAACTATCATCTA
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* **
73537 TTTCGAACCA-
878 TTT-TAAATAG
* * * * * **
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1 TTATGACATTTTGTTTTGTCAT---A-AA-A-C-A--A-T-TG--T--TT-CTGTTCATACAAGC
* * * * *
73612 TTATTTAGAATAAAATAATACCAATTTATTACTAGTTCAAAAATTAATAAG----A-ATTTAAAA
50 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
* * * * * * * * * *
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** * * * * *** * * * ***
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* * * * *
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240 AAATAATATTAATTTATTAATATTCTA-AAAATTAA-AAGTAAGAGATTTAAAAAA-AAATTTGT
* * * * * ** *
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* * * * * * *
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365 TTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAA-CTTATTCGAAATAAAATAATAC
* * * * * * *
73990 TTACTTATTAATATTTCAAAAATTGA-TAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTCATCGAAT
427 TAATTTATTAACA-TTCTAAAATT-ATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAA-
* * * * * * *** * *
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* * * * * *** * *
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** * * * * *
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* * * * ** * * * * *
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* * * * * * * ** **
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * ** * *
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1 TTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA-CAAGCTTATTCAA-AATAAA
* * * * *
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* * * * * * * * * *
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*
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*
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253 TTATTAATATTCTAAAAATTAA-AAGTAAGAGATTTAAAAAA-AAATTTGTTTACTAAACTAGTT
* * * * * * * * * *
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316 CAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTA-TTTGAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * *
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* * * ** * *
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* * *
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* *
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* * * *
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* * * *
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* *
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* * * *
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* ** *
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* * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* ** * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * *
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76252 A-
886 AG
* * * ** * * * * *
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* * * * * *
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* *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* *
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* * * *
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* * *
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* * * * * * * * * * * * *
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** * * * * * **
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * ** *
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* * * * * * **
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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*
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* *
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Indices: 77925--78156 Score: 283
Period size: 118 Copynumber: 2.0 Consensus size: 118
77915 AGAATAAAAC
* * * * * * *
77925 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAATTCTATTTATCGAACT
1 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACC
*
77990 AGTTCAAATGATTATAACTATTTGAACTATTATCAATTTCAAATCATTACTAT
66 AGTTCAAATGATTATAACTATTTGAACTATTATCAATTCCAAATCATTACTAT
*
78043 TAATTTATTAATATTT-AGCAAATTAATCAA-TAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA
1 TAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAAT-AAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA
* * * *
78106 CCATTTCAAAT-AGTTTTGACTATTTGAA-TAATTATCTATTCCAAATCATTA
64 CCAGTTCAAATGA-TTATAACTATTTGAACT-ATTATCAATTCCAAATCATTA
78157 TAATCTTTTT
Statistics
Matches: 97, Mismatches: 13, Indels: 8
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
117 3 0.03
118 92 0.95
119 2 0.02
ACGTcount: A:0.44, C:0.10, G:0.06, T:0.41
Consensus pattern (118 bp):
TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACC
AGTTCAAATGATTATAACTATTTGAACTATTATCAATTCCAAATCATTACTAT
Found at i:78955 original size:363 final size:360
Alignment explanation
Indices: 78043--79355 Score: 981
Period size: 363 Copynumber: 3.6 Consensus size: 360
78033 TCATTACTAT
* * *
78043 TAATTTATTAATA-TTTAGCAAATTAATCAA-TAAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAA
1 TAATTTATTAATAGTTCA-AAAATTAAT-AAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACCAA
** * * * * ** * *
78105 ACCA-TTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTCCAAATCATTATAATCTTTTTAT
62 ATAAGTTT-AAATA-TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTTGT
* * * * * ** * * **
78169 TTTGTCATCAAACAATTGGTTCTGTTGATACTATTTTATTTGAAATAAAATAATATTGATTTAGC
124 TTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATT
* ** * * ** * **
78234 AATATTTTAAAAATTAATAACCAAGAAA-A-TTAAAAAATAAATCTAATAGCCAAACAAGTTCAA
189 AACATTCAAAAAATTAATAA-GAA-AAAGATTTAAAAAATAAATATCTTTGCTGAACAAGTTCAA
* * * ** ** * ** ** *
78297 ATAGTTGA-GACTATAT-GAATGATTATTTATTTTAATTCATTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAA
252 ATAG-TCATGACAAT-TCAAACAATTATCCATTTCAAAGCATTAAAACCTTTTATTTTGTTGTAA
* * * *
78360 AATAATTGTTTT-GTTCGTGCAAGCTTA-TTCGGATTAAAATAATAC
315 AATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATAC
* * *
78405 TAATTTAATAATAGTTCAAAAA-T-A-AA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATC
1 TAATTTATTAATAGTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-TTGTTTACCAAATA
* * * * * * *
78466 AGTTTAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTCTGACCTTTTG-TTTAG
65 AGTTTAAAT-ATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTA-
* * ** * * * *
78530 TCATAAAATAATTATTTCAATTCATACAAGTTTA-TTGTAAATAAATTAATACTAATTTATTAAC
128 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTG-GAATAAAATAATATTAATTTATTAAC
* * *
78594 ATTCAAAAAATTAATGAGAAAAAGATTTTAAAAACTAAATCTACTTAT-C-GAACAAGTTCAAAT
192 ATTCAAAAAATTAATAAGAAAAAGA-TTTAAAAAATAAATAT-CTT-TGCTGAACAAGTTCAAAT
* * * * * *
78657 AGTTATTACAATTCAAACAATTGTCCATTT-AGAAGCTTTAAAACCTTTTAATTTGTTGTAAAAC
254 AGTCATGACAATTCAAACAATTATCCATTTCA-AAGCATTAAAACCTTTTATTTTGTTGTAAAAT
*
78721 AATTGTTTTAGTTAATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAC
318 AATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAC
* * *
78764 AAATTTATTAATA-TT-AAGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCGAA
1 TAATTTATTAATAGTTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACCAAA
* * *
78827 TAAGTTCAAATCATTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAATTTGTTATGACTTTTTGTTTT
63 TAAGTTTAAAT-ATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTT
* * * * *
78892 ATCATAGAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATTTGGATTAAAATAATTTTAATTTATTAAT
127 ATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAAC
*** * * * *
78957 ATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTGAGCAAGTTCAAATAGT
192 ATTCAAAAAATTAATAAGAAAAAGATTTAAAAAATAAATATCTTTGCTGAACAAGTTCAAATAGT
* ** * * ** * * **
79022 CATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTCTTTTGTAATAAAATAATT
257 CATGACAATTCAAACAATTATCCATTTCAAAGCATTAAAACCTTTTATTTTGTTGTAAAATAATT
*
79087 GTTTTAGTTCATATAAGCTTATTT-AAAGTAAAATAATAC
322 GTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTCAAA-TAAAATAATAC
* * * *
79126 TAATTTATTAATATTTCAAAAATCAATGAGTAAGAA-AATTAAAAAATATAAGTTGTTTACCAAA
1 TAATTTATTAATAGTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATA-AA-TTGTTTACCAAA
* * * ***
79190 CAAGTTTAAATAGTTATGACTATCTAAACAATT-TTCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTT-TT
63 TAAGTTTAAATA-TTATGACTATTTGAACAATTATT-TATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTTGTT
* * * * * * *
79253 TTCTCTTAAAACAACTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTA
125 TTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTA
* ** *
79318 ATATT-TTAAAATTAATAAG-TAAA-ATTTAAAAAATAAAT
190 ACATTCAAAAAATTAATAAGAAAAAGATTTAAAAAATAAAT
79356 CTATTTTCTT
Statistics
Matches: 761, Mismatches: 152, Indels: 78
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
355 3 0.00
356 9 0.01
357 71 0.09
358 147 0.19
359 43 0.06
360 21 0.03
361 11 0.01
362 176 0.23
363 264 0.35
364 16 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (360 bp):
TAATTTATTAATAGTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGTTTACCAAATAA
GTTTAAATATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTATCA
TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTC
AAAAAATTAATAAGAAAAAGATTTAAAAAATAAATATCTTTGCTGAACAAGTTCAAATAGTCATG
ACAATTCAAACAATTATCCATTTCAAAGCATTAAAACCTTTTATTTTGTTGTAAAATAATTGTTT
TAGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAC
Found at i:79221 original size:544 final size:535
Alignment explanation
Indices: 78079--79355 Score: 1203
Period size: 544 Copynumber: 2.4 Consensus size: 535
78069 TCAATAAGAA
* * * * * ** * * *
78079 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTA
1 ATTTAAAAAATAAATCTACTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACAATTCAAACAATTGTCCA
* * * * * * * * * * * **
78144 TTCCAAATCATTATAATCTTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTGTTGATACTATTTTATT
66 TTTCAAAACATTA-AAACCTTTTAATTTCTCTTAAAACAACTGGTTCTGTTAATACAAGCTTATT
* *** ** ** *
78209 TGAAATAAAATAATATTGATTTAGCAATATTTTAAAAATTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAA
130 TCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAA-GTA-AAATTTAAAAAATAA
* ** * * * * *** *
78274 ATCTAATAGCCAAACAAGTTCAAAT-AGTTGA-GACTATATGAATGATTATTTATTTTAATTCAT
192 ATATGTTTGCCGAATAAGTTCAAATCA-TT-ATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAATTCAT
* ** * * * *
78337 TATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAATAATTGTTTTGTTCGTGCAAGCTTATTCGGATTAAAATAA
255 TATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTGTTCATACAAACTTATTCGGATTAAAATAA
* * *
78402 TACTAATTTAATAATAGTTCAAAAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCA
320 TACTAATTTAATAATAGTTCAAAAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAAGCA
* * * * ** * * * *
78467 GTTTAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTCTGACCTTTTGTTTAGTC
385 GTTCAAATAGTCAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTCTTTAGTA
* *
78532 ATAAAATAATTATTTCAATTCATACAAGTTTATTGTAAATAAATTAATACTAATTTATTAACATT
450 ATAAAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTGTAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATT
*
78597 CAAAAAATTAATGAGAAAAAG
515 CAAAAAATCAATGAGAAAAAG
* * * *
78618 ATTTTAAAAACTAAATCTACTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATTACAATTCAAACAATTGTCC
1 A-TTTAAAAAATAAATCTACTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACAATTCAAACAATTGTCC
* * * * *
78683 ATTT-AGAAGCTTTAAAACCTTTTAATTTGT-TGTAAAACAA-TTGTTTTAGTTAATACAAGCTT
65 ATTTCA-AAACATTAAAACCTTTTAATTTCTCT-TAAAACAACTGGTTCT-GTTAATACAAGCTT
78745 ATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTAAGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
127 ATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTAA-A-AATTAATAAGT-AAA-ATTTAAAAA
*
78809 ATAAATATGTTTGCCGAATAAGTTCAAATCATTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAATTT
188 ATAAATATGTTTGCCGAATAAGTTCAAATCATTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAATTC
* * * *
78874 GTTATGACTTTTTGTTTTATCATAGAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATTTGGATTAAAA
253 ATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAACTTATTCGGATTAAAA
** * * * * *
78939 TAATTTTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-G
317 TAATACTAATTTAATAATA-GTT--CAA-AAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
** * *
79003 CTGAGCAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTT
378 CAAAGC-AGTTCAAATAGTCAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTT
* * * * *
79068 CTTTTGTAATAAAATAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATT-TAAAGTAAAATAATACTAATTT
442 CTTTAGTAATAAAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTGTAAA-TAAAATAATACTAATTT
*
79132 ATTAATATTTC-AAAAATCAATGAGTAAGAAA-
506 ATTAACA-TTCAAAAAATCAATGAG-AA-AAAG
** * * *
79163 A-TTAAAAAATATAAGT-TGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTA-TCTAAACAATTTT
1 ATTTAAAAAATA-AA-TCTACTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACAATTC-AAACAATTGT
* ** ** * *
79225 CTATTTCAAAACATTATGACCTTTTTTTTTCTCTTAAAACAACTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTA
63 CCATTTCAAAACATTAAAACCTTTTAATTTCTCTTAAAACAACTGGTTCTGTTAATACAAGCTTA
** * *
79290 TTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTTAAAATTAATAAGTAAAATTTAAAAAATAAA
128 TTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAATTTAAAAAATAAA
79355 T
193 T
79356 CTATTTTCTT
Statistics
Matches: 593, Mismatches: 118, Indels: 52
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
537 4 0.01
538 9 0.02
539 154 0.26
540 99 0.17
541 17 0.03
542 3 0.01
543 32 0.05
544 255 0.43
545 17 0.03
546 3 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (535 bp):
ATTTAAAAAATAAATCTACTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACAATTCAAACAATTGTCCA
TTTCAAAACATTAAAACCTTTTAATTTCTCTTAAAACAACTGGTTCTGTTAATACAAGCTTATTT
CAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAATTTAAAAAATAAATAT
GTTTGCCGAATAAGTTCAAATCATTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAATTCATTATGAC
CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTGTTCATACAAACTTATTCGGATTAAAATAATACTAA
TTTAATAATAGTTCAAAAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAAGCAGTTCAA
ATAGTCAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTCTTTAGTAATAAAA
TAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTGTAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAA
ATCAATGAGAAAAAG
Found at i:79289 original size:182 final size:177
Alignment explanation
Indices: 78043--79469 Score: 1021
Period size: 182 Copynumber: 7.9 Consensus size: 177
78033 TCATTACTAT
* *
78043 TAATTTATTAATATTTAGCAAATTAATCAA-TAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC
1 TAATTTATTAATATTTA-AAAATTAAT-AAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC
* * * * * * *
78107 CATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTCCAAATCATTATAATCTTTTTATTTT
63 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTT-TTTT
* * * ** *
78172 GTCATCAAACAATTGGTTCTGTTGATACTATTTTATTTGAAATAAAATAATAT
127 GTCATAAAACAA-TGGTTCTGTTCATACAAGCTTATTT-AAATAAAATAATAC
* ** ** * **
78225 TGATTTAGCAATATTTTAAAAATTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCT-AATAGCCAAAC
1 TAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAAC
* ** * * * *
78289 AAGTTCAAATAGTTGA-GACTATATGAATGATTATTTATTTTAATTCATTATGACCTTTTGTTTT
63 AAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTT
** * * * * * ** *
78353 GTTGTAAAATAATTGTTTTGTTCGTGCAAGCTTATTCGGATTAAAATAATAC
127 GTCATAAAACAATGGTTCTGTTCATACAAGCTTATT-TAAATAAAATAATAC
* * * * *
78405 TAATTTAATAATAGTTCAAAAATAAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATC-
1 TAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CA
* * * * * ** * * *
78466 AGTTTAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTCTGACCTTTTGTTTAGT
64 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTTGT
* ** ** * *
78531 CATAAAATAATTATTTCAATTCATACAAGTTTATTGTAAATAAATTAATAC
129 CATAAAACAA-TGGTTCTGTTCATACAAGCTTATT-TAAATAAAATAATAC
* * * * * ** * *
78582 TAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGAAAAAGATTTTAAAAACTAAATCTACTTATCGAAC
1 TAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAA-A-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC
* * ** * * * * ** **
78647 AAGTTCAAATAGTTATTACAATTCAAACAATTGTCCATTT-AGAAGCTTTAAAACCTTTTAATTT
63 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCATTATGACCTTTTTTTTT
** * * *
78711 GTTGTAAAACAATTGTTTTAGTTAATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAC
127 GTCATAAAACAATGGTTCT-GTTCATACAAGCTTATTT-AAATAAAATAATAC
* * * * *
78764 AAATTTATTAATA-TTAAGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCGAAT
1 TAATTTATTAATATTTAA-A-AATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC
* * * **
78828 AAGTTCAAATCA-TTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAATTTGTTATGA-CTTTTTGTTT
63 AAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTT-TTT
* * * * * * **
78891 TATCATAGAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATTTGGATTAAAATAATTT
126 TGTCATAAAACAA-TGGTTCTGTTCATACAAGCTTATTT-AAATAAAATAATAC
* * * * ** *
78945 TAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTGAGCA
1 TAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACA
* * *
79010 AGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTCTTTTGT
64 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTTGT
* * * * *
79075 AATAAAATAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTAAAGTAAAATAATAC
129 CATAAAACAATGGTTCT-GTTCATACAAGCTTATTTAAA-TAAAATAATAC
* * *
79126 TAATTTATTAATATTTCAAAAATCAATGAGTAAGAAAATTAAAAAATATAAGT-TGTTTACCAAA
1 TAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATA-AA-TCTGTTTACCAAA
* * * * *
79190 CAAGTTTAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTTTCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTTTTTT
62 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTT
* * * *
79255 CTCTTAAAACAACTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-
127 GTCATAAAACAA-TGGTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTTAAATAAAATAATAC
* * * ** **
79307 TAAATTTATTAATATTTTAAAATTAATAAGT-AAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTTAACTT
1 T-AATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAA
* ** * * * * * * *
79371 GTTCAAA-ATTTATGGTTATCTGAATATTTATCTATTTCAAATCACTATGACATTTTGTTTCGTC
65 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTTGTC
* *
79435 ATAAACCAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTT
130 ATAAAACAA-TGGTTCTGTTCATACAAGCTTATTT
79470 GTAATTTATT
Statistics
Matches: 965, Mismatches: 241, Indels: 84
0.75 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.00
176 85 0.09
177 124 0.13
178 16 0.02
179 13 0.01
180 68 0.07
181 300 0.31
182 340 0.35
183 18 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
TAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAG
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTTGTCA
TAAAACAATGGTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAAATAAAATAATAC
Found at i:79492 original size:177 final size:176
Alignment explanation
Indices: 78043--79495 Score: 836
Period size: 181 Copynumber: 8.1 Consensus size: 176
78033 TCATTACTAT
* *
78043 TAATTTATTAATA-TTTAGCAAATTAATCAA-TAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA
1 TAATTTATTAATATTTTA--AAATTAAT-AAGTAA-AAATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACTAAA
* * * * * * * *
78106 CCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAA-TTATCTATTCCAAATCATTATAATCTTTTTATT
61 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAA-AATTTATCTATTTCAAATCATTATGA-CATTTTGTT
* * * * * ** *
78170 TTGTCATCAAACAATTGGTTCTGTTGATACTATTTTATTTGAAATAAAATAATA
124 TCGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTT-TAATAAAATAATA
* ** ** * ** *
78224 TTGATTTAGCAATATTTTAAAAATTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCT-AATAGCCAAA
1 -TAATTTATTAATATTTT-AAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAAT-TGTTTA-CTAAA
* * * * * *
78288 CAAGTTCAAATAGTTGA-GACTATATGAATGA-TTATTTATTTTAATTCATTATGACCTTTTGTT
61 CAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATCTGAA-AATTTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTT
* ** * * * ** *
78351 TTGTTGTAAAATAATTGTTT-TGTTCGTGCAAGCTTATTCGGATTAAAATAATA
124 TCGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT-TTAATAAAATAATA
* * * * * *
78404 CTAATTTAATAATA-GTTCAAA--AATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATC
1 -TAATTTATTAATATTTTAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAA-TTGTTTACTAAA-C
* * * ** * *
78466 -AGTTTAAATGGTTAAGACTAT-TAGAATAA-TTATCTATTTCAAATTGTTCTGACCTTTTGTTT
62 AAGTTCAAATAGTTATGACTATCT-GAA-AATTTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTT
* * * ** * * *
78528 AGTCATAAAATAATTATTTCAATTCATACAAGTTTATTGTAAATAAATTAATA
125 CGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT-TTAATAAAATAATA
* ** * * * ** *
78581 CTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGAAAAAGATTTTAAAAACTAAATCTACTTA-TCGA
1 -TAATTTATTAATATT-TTAAAATTAATAAGTAAAA-A-TTTAAAAAATAAAT-TGTTTACT-AA
* * * * * * * * ** * *
78645 ACAAGTTCAAATAGTTATTACAAT-TCAAACAATTGTCCATTT-AGAAGCTTTAAAACCTTTTAA
60 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAAA-ATTTATCTATTTCA-AATCATTATGACATTTT-G
** * *
78708 TTT-GTTGTAAAACAATTGTTT-TAGTTAATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA
122 TTTCGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTT-TAATAAAATAATA
* * * **
78763 CAAATTTATTAATA-TTAAGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCGAA
1 -TAATTTATTAATATTTTA-A-AATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACTAAA
* * * * * ** *
78827 TAAGTTCAAATCA-TTATGACTATTTGAGCAA-TTATTTATTTCAATTTGTTATGACTTTTTGTT
61 CAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATCTGA-AAATTTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTT
** * * * * *
78890 TTATCATAGAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATTTGGATTAAAATAATTT
124 TCGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTT-TAATAAAATAA-TA
* * * *
78945 TAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTGAGCA
1 TAATTTATTAATATTTT-AAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACTAAACA
* * * *
79010 AGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAA-TTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTCTTTTG
63 AGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAA-AATTTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTCG
* * * *
79074 TAATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATATAAGCTTATTTAAAGTAAAATAATA
127 TCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTTTAA-TAAAATAATA
* * * * *
79125 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATCAATGAGTAAGAAAATTAAAAAATATAAGTTGTTTACCAAA
1 -TAATTTATTAATATTT-TAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATA-AA-TTGTTTACTAAA
* * * * *
79190 CAAGTTTAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTT-TCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTTTTT
61 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAA-AATTTATCTATTTCAAATCATTATGA-CATTTTGTT
* * * *
79254 TC-TCTTAAAACAACTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA
124 TCGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTT-AATAAAATAATA
* * * **
79307 TAAATTTATTAATATTTTAAAATTAATAAGT-AAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTTAACTT
1 T-AATTTATTAATATTTTAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACTAAACAA
* ** * *
79371 GTTCAAA-ATTTATGGTTATCTGAATATTTATCTATTTCAAATCACTATGACATTTTGTTTCGTC
64 GTTCAAATAGTTATGACTATCTGAAAATTTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTCGTC
* ** *
79435 ATAAACCAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGTAATTTATTAATA
129 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTT-TAATAAAATAATA
79484 GTAATTTATTAA
1 -TAATTTATTAA
79496 AATTCTCTTT
Statistics
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (176 bp):
TAATTTATTAATATTTTAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATTGTTTACTAAACAAGT
TCAAATAGTTATGACTATCTGAAAATTTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTCGTCAT
AAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTTAATAAAATAATA
Found at i:79863 original size:174 final size:177
Alignment explanation
Indices: 79554--80019 Score: 406
Period size: 174 Copynumber: 2.6 Consensus size: 177
79544 TTATTTGGAA
* * ** * * *
79554 AAAATAATACTAATCTATTATTATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTTAT
1 AAAATAATACCAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAG--AGAAATTT-AAAAA-AAATCTAT
* * * * * * ** ** * * *
79619 TTATC-GAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAGCTGTTATCTATTATAAATTATTATGA-C
62 TTA-CAGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTCCAAATCATTCTAATC
* *
79682 ATTTTGTTTTGTTATAAAATAATTATTTCTA-TTCATACAAAATTATTCAAAAT
126 -TTTTGTTTAGTTAAAAAATAATTATTTC-AGTTCATACAAAATTATTCAAAAT
*** ** ** * *
79735 AAAATAATACCAATTTATT-ACTATTTTGAAAATTAATAAG-GATTTTTAAAAAATGTGT-TTTT
1 AAAATAATACCAATTTATTAAC-ATTCAAAAAATTAATAAGAGAAATTTAAAAAAAATCTATTTA
*
79797 C-GAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTCCAAATCATTCTAATCTTTT
65 CAGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTCCAAATCATTCTAATCTTTT
* *** **
79861 GTTTAGTTAAAAAATAATTGTTTCAGTTCATACATGCTTATTTGAAAT
130 GTTTAGTTAAAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAAATTATTCAAAAT
* **
79909 ATAATAATATTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAAAATCTATTT
1 AAAATAATACCAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAG--AGAAATTTAAAAAAAATCTATTT
* *
79974 ACAGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATT
64 ACAGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATT
80020 TAAAATTGTT
Statistics
Matches: 227, Mismatches: 49, Indels: 20
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Matches are distributed among these distances:
173 1 0.00
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ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
AAAATAATACCAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAGAAATTTAAAAAAAATCTATTTAC
AGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTCCAAATCATTCTAATCTTTTG
TTTAGTTAAAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAAATTATTCAAAAT
Found at i:81099 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 79502--81568 Score: 1385
Period size: 180 Copynumber: 11.5 Consensus size: 179
79492 TTAAAATTCT
* * **
79502 CTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGT-TTATTTGGAAAAAATAATACTA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTCTTA-TTCAAAAAAATAATACTA
* * * * * * *
79566 ATCTATTATTATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCGAACAAG
65 ATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAACCAG
* * * * ** * *
79631 TTCAAATAGTCATGTCCATTTGAGCTGTTATCTATTAT-AAATTATTATGAC
129 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATT-TCAAATCATTATGAC
* * * * ** *
79682 ATTTTGTTTTGTTATAAAATAATTATTTCTATTCATACAA-AATTATTCAAAATAAAATAATACC
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTCTTATTC-AAA-AAAATAATACT
* * ** * *
79746 AATTTATTACTATTTTGAAAATTAATAAG---GATTTTTAAAAAAT--GTGTT-TTT-CGAACCA
64 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTGTTTACTAACCA
* * * * * * *
79804 GTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTCCAAATCATTCTAAT
128 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * * * *
79856 CTTTTGTTTAGTTAAAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACATG-CTTATTTGAAATATAATAATAT
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTCTTA-TTCAAA-AAAATAATAC
* ** * * * * **
79919 TAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAA-AAATCTATTTACAGAATA
63 TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC-TAACC
* * * ** *
79982 AGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGAA
127 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * * * *
80035 TTTTTATTTTATTATAAAA-AAATATTTC-AGTACATAAAAG-CTTA-TCTAAAATAAAGTACA-
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTCTTATTC-AAAA-AAA-TA-AT
* ** * * * * *** *
80095 ATTTCTTTATTGATATTTTAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTCAAAAATAAATCAATTTATCAAA
61 ACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAA
** * * * * * ** *
80160 TTAGTTCAAATAATTAT-AGCCATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAA
125 CCAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGAC
* * ** * * * *
80215 CTTTTGTTTT-TCCAT-AAAGAATTGTTTTTCGTCATACAA-ACCTATTTGGAATAAAATAATAC
1 CTTTTGTTTTGT-CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTCTTA-TT-CAAAAAAATAATAC
* * * * * * * * *
80277 TAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAGAAAGTTAATCTATTTACCGAACT
63 TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAACC
* * * * ** *
80342 AGTTCAAATAATTTTGACTATTTGAACAATTATATAATTCAAATTGTTATAAC
127 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * * *
80395 CTTTTGTTATT-TGATAAAATAATTATTTCTATTTACACAAGT-TTATTTGGAATAAAATAATAC
1 CTTTTGTT-TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTCTTA-TT-CAAAAAAATAATAC
* * * * * *
80458 TAATGTAATAATATTCTGAAAATTAATAACTAA-ATGATTTGAAAAATAAATTTGTTTACTAA--
63 TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGA-GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAACC
* * * *
80520 A--T-AAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTTTTTATTTCAAATCATTATGAC
127 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * *
80570 CTTTTGTTTTGTCGTAAGACAATTTTTTC-AGTTCTTAGTAA--CTTATTCAAAATAAAATAAAA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA-CAAGTCTTATTC-AAA-AAAATAATA
* * * * * **
80632 CAAATTTATTAATATTTCAAAACTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTATGTGCCTAAC
62 CTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT-TTACTAAC
* * *
80697 CAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGAC
126 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * ** * * * *
80751 CTTTTGTTTTGTCACAAAACAAATGTTTTTGTTCATGTAAGT-TTGTTTGGAATAAAATAATATT
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTCTT-ATT-CAAAAAAATAATACT
* * * *
80815 AATTTATTAATATTTTGAAAATTAAAAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAGCCA
64 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAA-CCA
* * **
80880 GTTCAACTAGTTATAACTATTTGAGTAATTATTTATTTCAAATCATTATGAC
128 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGAC
*
80932 CATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-AGTCTTATTCAAAAAAAGTAATACTA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTCTTATTCAAAAAAA-TAATACTA
* * ** *
80996 ATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAATG-GATTTAAAAAGTGAATTTGTTGGCCTGACCA
65 ATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATTTGTT-TACTAACCA
* * * * *
81060 GTGCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATGAC
128 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGAC
* * ** * * * * * *
81112 TTTTTGTTTTATCACCAAACAATTGTCTCTATTCGTACTAG-CTTATTTGAAATAACATAATTCT
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTCTTA-TTCAAA-AAAATAATACT
* * * * * *
81176 ATTTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTATCAAACAA
64 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAACCA
* * ** *** *
81241 GTACAAATAATTATGACTATTTGAATGATTATTTATTTCAAATTGCTATAAC
128 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGAC
* * * *
81293 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTTATACAAG-CTTATTTCAAAAAAATTATACAA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTCTTA-TTCAAAAAAATAATACTA
* * * * * * * * **
81357 ATTTATTAACA-TTCAGACAACTAATAAGTAAAAAATTAAAAAAATAAATTTGTTTATTGAATAA
65 ATTTATTAATATTTTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AACCA
* * * *
81421 GTTTAAATAGTTATGACCATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGAC
128 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * * *
81473 TTTTTGTTTTGTCGTGACACAATTGTTTTTCTTCATACAAG-CCTATTCAGATTAAAATATAA-A
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTCTTATTCA-A--AAAA-ATAATA
81536 -TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA
62 CTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA
81569 AATATATATC
Statistics
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0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
173 1 0.00
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183 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTCTTATTCAAAAAAATAATACTAA
TTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAACCAGTT
CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGAC
Found at i:81119 original size:361 final size:356
Alignment explanation
Indices: 79502--81403 Score: 1173
Period size: 361 Copynumber: 5.3 Consensus size: 356
79492 TTAAAATTCT
* * * ** *
79502 CTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGT-TTATTTGGAAAAAATAATACTA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATAC-AGTCTTA-TTCAAAAAAATAATACAA
* * * * * ** * *
79566 ATCTATTATTA-TTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCGAACAA
64 ATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTATGTGCCTAACCA
* * * * * * ** * * * *
79630 GTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAGCTGTTATCTATTAT-AAATTATTATGACATTTTGTTTTGT
128 GTGCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATT-TCAAATCACTATGACCTTTTGTTTTAT
* * * * * * * ** *** ** *
79694 TATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTATTACTAT
192 CACAAAACAAATGTCTCTATTCGT--AAGTTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
* ** * * * *
79759 TTTGAAAATTAATAAG---GATTTTTAAAAAAT--GTGT-TTTTCGAACCAGTTCAAATAGTTA-
255 TCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAA-CAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * *
79817 AGACTATTAGAACAATTATCTATTCCAAATCATTCTAAT
319 A-ACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * * * *
79856 CTTTTGTTTAGTTAAAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACA-TGCTTATTTGAAATATAATAATAT
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA-TTCATACAGT-CTTA-TTCAAA-AAAATAATAC
* * * * * * ** *
79919 TAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAA-AA-TCTATTTACAGAAT
62 AAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTATGTGCCTAAC
* * * * * *** ** *
79981 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGAATTTTTATTTTA
126 CAGTGCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATGACCTTTTGTTTTA
* * * * * * * * ** * ** *
80046 TTATAAAA-AAATATTTC-AGTACATAAAAGCTTATCTAAAATAAAGTACA-ATTTCTTTATTGA
191 TCACAAAACAAATGTCTCTA-TTCGT--AAGTTTATTTGGAATAAAATA-ATATTAATTTATTAA
* * * * * * * *
80108 TATTTTAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTCAAAAATAAATCA-ATTTATCAAATTAGTTCAAATA
252 TATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTA-CTAA-CAGTTCAAATA
* * * * * ** *
80172 ATTATAGCCATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAA
314 GTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGAC
* ** ** * * *
80215 CTTTTGTTTT-TCCAT-AAAGAATTGTTTT-TCGTCATACAAACCTATTTGGAATAAAATAATAC
1 CTTTTGTTTTGT-CATAAAACAATT-TTTTCTATTCATACAGTCTTA-TT-CAAAAAAATAATAC
* * ** * * * *
80277 TAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAGAAAGTTAA-TCTATTTACCGAAC
62 AAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA-AAAAATAATTTTATGTGCCTAAC
* * * * * *** *
80341 TAGTTCAAATAATTTTGACTATTTGAACAATTATATAATTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTATT
126 CAGTGCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATGACCTTTTGTT-TT
* * * * * * ** * * *
80406 -TGATAAAATAATTATTTCTATTTACACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATGTAATAAT
190 ATCACAAAACAAATGTCTCTA-TT-CGTAAGTTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
* * *
80470 ATTCTGAAAATTAATAACTAA-ATGATTTGAAAAATAAATTTGTTTACTAA-A--T-AAATAGTT
253 ATTCTGAAAATTAATAAGTAAGA-GATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAACAGTTCAAATAGTT
* * * *
80530 A-AGGCTATATGAACAATTTTTTATTTCAAATCATTATGAC
317 ATA-ACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGAC
* * * *
80570 CTTTTGTTTTGTCGTAAGACAATTTTTTC-AGTTC-T-TAGTAACTTATTCAAAATAAAATAAAA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA-TTCATACAGT--CTTATTC-AAA-AAAATAATA
*
80632 CAAATTTATTAATATTTCAAAACTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTATGTGCCTAAC
61 CAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTATGTGCCTAAC
* * * *
80697 CAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTG
126 CAGTGCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATGACCTTTTGTTTTA
* * * *
80762 TCACAAAACAAATGTTTTTGTTCATGTAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATA
191 TCACAAAACAAATGTCTCTATTC--GTAAGTTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATA
* * * *
80827 TTTTGAAAATTAAAAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAGCCAGTTCAACTAGTT
254 TTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAA--CAGTTCAAATAGTT
*
80892 ATAACTATTTGAGTAATTATTTATTTCAAATCATTATGAC
317 ATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGAC
* * *
80932 CATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAGTCTTATTCAAAAAAAGTAATACTAA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAGTCTTATTCAAAAAAA-TAATACAAA
* * *
80997 TTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAATG-GATTTAAAAAGTGAATTTGT-TG-GCCTGACC
65 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAAT-AATTT-TATGTGCCTAACC
* * * *
81059 AGTGCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATGACTTTTTGTTTTAT
127 AGTGCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATGACCTTTTGTTTTAT
* * * * * *
81124 CACCAAACAATTGTCTCTATTCGTACTAGCTTATTTGAAATAACATAAT-TCTATTTTATTAATA
192 CACAAAACAAATGTCTCTATTCGTA--AGTTTATTTGGAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATA
* * * * * *
81188 TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTATCAAACAAGTACAAATAATT
254 TTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTAAC-AGTTCAAATAGTT
* * *** *
81253 ATGACTATTTGAATGATTATTTATTTCAAATTGCTATAAC
317 ATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGAC
* *
81293 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTTATACAAG-CTTATTTCAAAAAAATTATACAA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATAC-AGTCTTA-TTCAAAAAAATAATACAA
* * * * * *
81357 ATTTATTAACA-TTCAGACAACTAATAAGTAAAAAATTAAAAAAATAA
64 ATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
81404 ATTTGTTTAT
Statistics
Matches: 1236, Mismatches: 244, Indels: 130
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
351 1 0.00
352 55 0.04
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355 126 0.10
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363 6 0.00
364 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (356 bp):
CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAGTCTTATTCAAAAAAATAATACAAAT
TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTATGTGCCTAACCAGTG
CAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATGACCTTTTGTTTTATCACA
AAACAAATGTCTCTATTCGTAAGTTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTGAA
AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAACAGTTCAAATAGTTATAACTATT
TGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGAC
Found at i:82165 original size:25 final size:26
Alignment explanation
Indices: 82125--82181 Score: 73
Period size: 25 Copynumber: 2.2 Consensus size: 26
82115 ATGGGCCAAA
*
82125 TTAATTTATAAATTAA-TTACTACATAT
1 TTAA-TTATAAATTAATTTAATA-ATAT
82152 TTAATTAT-AATTAATTTAATAATAT
1 TTAATTATAAATTAATTTAATAATAT
82177 TTAAT
1 TTAAT
82182 CAATATTTAA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 1, Indels: 4
0.85 0.03 0.12
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.46, C:0.04, G:0.00, T:0.51
Consensus pattern (26 bp):
TTAATTATAAATTAATTTAATAATAT
Found at i:82198 original size:26 final size:25
Alignment explanation
Indices: 82135--82200 Score: 71
Period size: 26 Copynumber: 2.6 Consensus size: 25
82125 TTAATTTATA
* *
82135 AATTAATT-ACTACATATTTAATTAT
1 AATTAATTAAATA-ATATTTAATAAT
*
82160 AATTAATTTAATAATATTTAATCAAT
1 AATTAATTAAATAATATTTAAT-AAT
*
82186 ATTTAATTAAATAAT
1 AATTAATTAAATAAT
82201 TGTACGAATA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
25 17 0.49
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Consensus pattern (25 bp):
AATTAATTAAATAATATTTAATAAT
Found at i:82263 original size:27 final size:30
Alignment explanation
Indices: 82209--82274 Score: 77
Period size: 27 Copynumber: 2.3 Consensus size: 30
82199 ATTGTACGAA
*
82209 TAATATATTATAACATATTTATAATAATAT
1 TAATATATTACAACATATTTATAATAATAT
*
82239 TAAT-TATTACAA-ATATTT-TATTAATAT
1 TAATATATTACAACATATTTATAATAATAT
*
82266 TTATA-ATTA
1 TAATATATTA
82275 ATTATTATAC
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 3, Indels: 5
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (30 bp):
TAATATATTACAACATATTTATAATAATAT
Found at i:82494 original size:25 final size:24
Alignment explanation
Indices: 82466--82519 Score: 65
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82456 GTGATGATTA
82466 ATTATAATTA-TTAAACATATAAATT
1 ATTAT-ATTAGTTAAACATAT-AATT
**
82491 ATTATATTAGTTAATTATATAATT
1 ATTATATTAGTTAAACATATAATT
82515 ATTAT
1 ATTAT
82520 TAATAAATAG
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 3
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25 13 0.50
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Consensus pattern (24 bp):
ATTATATTAGTTAAACATATAATT
Found at i:82607 original size:22 final size:20
Alignment explanation
Indices: 82582--82639 Score: 55
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82572 AATTATCAAT
*
82582 AATAATAATATGTCATCATTAC
1 AATAATAATATGTAAT-A-TAC
* *
82604 AATAATTATA-GTAATATAT
1 AATAATAATATGTAATATAC
*
82623 AATAATAATATTTAATA
1 AATAATAATATGTAATA
82640 ATAATATTTT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 5, Indels: 4
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Consensus pattern (20 bp):
AATAATAATATGTAATATAC
Found at i:82657 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 82615--82648 Score: 59
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82605 ATAATTATAG
*
82615 TAATATATAATAA
1 TAATATTTAATAA
82628 TAATATTTAATAA
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1 TAATATTT
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Consensus pattern (13 bp):
TAATATTTAATAA
Found at i:83758 original size:19 final size:16
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Indices: 83725--83763 Score: 53
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83715 AATATTAATC
83725 ATTATAATTAAATATT
1 ATTATAATTAAATATT
*
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1 ATTA-TAATTAAATATT
83757 ATTATAA
1 ATTATAA
83764 ATAGTTAGGA
Statistics
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17 9 0.43
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Consensus pattern (16 bp):
ATTATAATTAAATATT
Found at i:85258 original size:30 final size:29
Alignment explanation
Indices: 85224--85292 Score: 68
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85214 TATTATATAA
85224 TATTAATTAAAGATAATCATTATTAGTAAT
1 TATTAATTAAAGATAAT-ATTATTAGTAAT
** *
85254 TATTAGGA-TAATTATAATATTATTAGTATT
1 TATTA--ATTAAAGATAATATTATTAGTAAT
*
85284 TATAAATTA
1 TATTAATTA
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Matches: 32, Mismatches: 4, Indels: 7
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Consensus pattern (29 bp):
TATTAATTAAAGATAATATTATTAGTAAT
Found at i:85292 original size:17 final size:19
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Indices: 85251--85295 Score: 58
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85241 CATTATTAGT
85251 AATTATTAGGATAATTATA
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*
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1 A-ATTATTAGGATAATTATA
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1 AATTATTA
85296 AAATAATTAA
Statistics
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Consensus pattern (19 bp):
AATTATTAGGATAATTATA
Done.