Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168492.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_9, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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Warning! 122000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 42 of 126
Found at i:8465491 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 8465453--8465492 Score: 53
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
8465443 CCACATTATA
* *
8465453 CTCCATCATAGCATCATTTTT
1 CTCCATCATAACACCATTTTT
*
8465474 CTCCATCATAACCCCATTT
1 CTCCATCATAACACCATTT
8465493 ATCTTCATAT
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CTCCATCATAACACCATTTTT
Found at i:8472675 original size:6 final size:6
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8472657 GTCCTGCAAT
* * * *
8472667 AATAAT AATAAC AATAAT AACAAC AATAAC AATAAC -ATCAC AATAAC
1 AATAAC AATAAC AATAAC AATAAC AATAAC AATAAC AATAAC AATAAC
* * *
8472714 AATAAC AATAAC AATAAC AAT--- AATAAC AATAAC AACAAT AACAAC
1 AATAAC AATAAC AATAAC AATAAC AATAAC AATAAC AATAAC AATAAC
8472759 AATAAC A
1 AATAAC A
8472766 TCACCAATAT
Statistics
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3 3 0.04
5 4 0.05
6 71 0.91
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Consensus pattern (6 bp):
AATAAC
Found at i:8472682 original size:9 final size:9
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Indices: 8472664--8472763 Score: 103
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8472654 TCAGTCCTGC
*
8472664 AATAATAAT
1 AATAACAAT
8472673 AATAACAAT
1 AATAACAAT
*
8472682 AATAACAAC
1 AATAACAAT
8472691 AATAACAAT
1 AATAACAAT
* * *
8472700 AACATC-AC
1 AATAACAAT
8472708 AATAACAAT
1 AATAACAAT
* * *
8472717 AACAATAAC
1 AATAACAAT
8472726 AATAACAAT
1 AATAACAAT
8472735 AATAACAAT
1 AATAACAAT
*
8472744 AACAACAAT
1 AATAACAAT
*
8472753 AACAACAAT
1 AATAACAAT
8472762 AA
1 AA
8472764 CATCACCAAT
Statistics
Matches: 74, Mismatches: 16, Indels: 2
0.80 0.17 0.02
Matches are distributed among these distances:
8 5 0.07
9 69 0.93
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Consensus pattern (9 bp):
AATAACAAT
Found at i:8472765 original size:15 final size:15
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Indices: 8472682--8472757 Score: 104
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8472672 TAATAACAAT
8472682 AATAACAACAATAAC
1 AATAACAACAATAAC
8472697 AATAACATCACAATAAC
1 AATAACA--ACAATAAC
8472714 AAT---AACAATAAC
1 AATAACAACAATAAC
*
8472726 AATAACAATAATAAC
1 AATAACAACAATAAC
8472741 AATAACAACAATAAC
1 AATAACAACAATAAC
8472756 AA
1 AA
8472758 CAATAACATC
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 2, Indels: 10
0.82 0.03 0.15
Matches are distributed among these distances:
12 11 0.20
14 1 0.02
15 31 0.57
17 11 0.20
ACGTcount: A:0.66, C:0.18, G:0.00, T:0.16
Consensus pattern (15 bp):
AATAACAACAATAAC
Found at i:8472809 original size:18 final size:19
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Indices: 8472673--8472815 Score: 76
Period size: 18 Copynumber: 8.0 Consensus size: 19
8472663 CAATAATAAT
* *
8472673 AATAACAATAATA-ACAAC
1 AATAACAACAACATACAAC
*
8472691 AATAACAATAACAT-C-AC
1 AATAACAACAACATACAAC
* *
8472708 AATAACAATAACA-ATAAC
1 AATAACAACAACATACAAC
*
8472726 AATAACAA-TA-AT--AAC
1 AATAACAACAACATACAAC
*
8472741 AATAACAACAATA-ACAAC
1 AATAACAACAACATACAAC
* *
8472759 AATAACATCACCAATATC-AC
1 AATAACAACAAC-ATA-CAAC
*
8472779 TAATATCAACAACATA-AAC
1 -AATAACAACAACATACAAC
*
8472798 AATAACATCAACA-ACAAC
1 AATAACAACAACATACAAC
8472816 TAAGACCAAG
Statistics
Matches: 99, Mismatches: 12, Indels: 28
0.71 0.09 0.20
Matches are distributed among these distances:
15 11 0.11
16 2 0.02
17 18 0.18
18 49 0.49
19 3 0.03
20 6 0.06
21 10 0.10
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Consensus pattern (19 bp):
AATAACAACAACATACAAC
Found at i:8475289 original size:228 final size:228
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Indices: 8474878--8476017 Score: 1205
Period size: 228 Copynumber: 5.0 Consensus size: 228
8474868 GATATAATAG
* * * * *
8474878 ATGCAAATCTTTGTCAAAACCCTCACTGGCAAGACAATCACCCTT-GAGGTGGAGAGTTCTGACA
1 ATGCAAATCTTTGTCAAGACTCTCACTGGAAAGACAATTA-CCTTGGAGGTTGAGAGTTCTGACA
* * *
8474942 CCATCGACAATGTGAAGGCCAAGATCCAGGATAAGGAAGGGATCCCACCAGACCAGCAAAGGCTT
65 CCATTGACAATGTGAAGGCCAAGATCCAGGACAAGGAAGGGATCCCACCAGACCAGCAGAGGCTT
* * * * *
8475007 ATCTTTGCTGGCAAACAACTTGAAGATGGTCGCACGCTAGCTGACTACAACATCCAGAAGGAATC
130 ATTTTTGCTGGCAAACAGCTTGAAGATGGTCGCACTCTAGCTGACTATAACATCCAGAAGGAGTC
* *
8475072 CACCCTCCATTTGGTTCTTCGACTTCGTGGTGGT
195 CACCCTCCATTTGGTCCTTCGTCTTCGTGGTGGT
* * * * *
8475106 ATGCAAATATTCGTCAAGACTCTCACTGGAAAGACAATTACCTTGGAGGTGGAAAGCTCTGACAC
1 ATGCAAATCTTTGTCAAGACTCTCACTGGAAAGACAATTACCTTGGAGGTTGAGAGTTCTGACAC
* * * * * * *
8475171 CATTGATAATGTCAAGGCTAAGATCCAAGACAAGGAAGGAATCCCTCCAGACCAACAGAGGCTTA
66 CATTGACAATGTGAAGGCCAAGATCCAGGACAAGGAAGGGATCCCACCAGACCAGCAGAGGCTTA
* * * * *
8475236 TCTTTGCTGGCAAACAGCTTGAAGATGGTCGTACACTGGCAGACTATAACATCCAGAAGGAGTCC
131 TTTTTGCTGGCAAACAGCTTGAAGATGGTCGCACTCTAGCTGACTATAACATCCAGAAGGAGTCC
* * ** * * *
8475301 ACACTTCACCTGGTGCTTCGTCTTCGAGGTGGC
196 ACCCTCCATTTGGTCCTTCGTCTTCGTGGTGGT
* * * * * *
8475334 ATGCAAATCTTTGTCAAAACCCTTACTGGCAAGACTATTACTCTT-GAGGTTGAGAGTTCTGATA
1 ATGCAAATCTTTGTCAAGACTCTCACTGGAAAGACAATTAC-CTTGGAGGTTGAGAGTTCTGACA
* * * * *
8475398 CCATTGACAATGTGAAGGCGAAAATCCAAGACAAAGAAGGGATCCCACCAGACCAGCAAAGGCTT
65 CCATTGACAATGTGAAGGCCAAGATCCAGGACAAGGAAGGGATCCCACCAGACCAGCAGAGGCTT
* * * *
8475463 ATTTTTGCTGG-AAAGCAACTTGAAGATGGCCGCACCCTAGCTGACTACAACATCCAGAAGGAGT
130 ATTTTTGCTGGCAAA-CAGCTTGAAGATGGTCGCACTCTAGCTGACTATAACATCCAGAAGGAGT
* ** * *
8475527 CCACCCTTCACCTGGTCCTTCGTCTTCGAGGTGGC
194 CCACCCTCCATTTGGTCCTTCGTCTTCGTGGTGGT
* * *
8475562 ATGCAAATCTTTGTCAAGACTCTCACTGGAAAAACAATTACCTTGGAGGTTGAGAGTTCAGATAC
1 ATGCAAATCTTTGTCAAGACTCTCACTGGAAAGACAATTACCTTGGAGGTTGAGAGTTCTGACAC
* * * * * * *
8475627 CATTGATAATGTCAAAGCCAAAATTCAGGACAAAG-AGGGTATCCCACCAGACCAGCAGA-GATT
66 CATTGACAATGTGAAGGCCAAGATCCAGGACAAGGAAGGG-ATCCCACCAGACCAGCAGAGGCTT
* ** * * * * *
8475690 GATTTTTGCTGGAAAACAGCTTGAAGATGGAAGGACTCTTGCTGATTATAATATTCAGAAGGAGT
130 -ATTTTTGCTGGCAAACAGCTTGAAGATGGTCGCACTCTAGCTGACTATAACATCCAGAAGGAGT
* * * * *
8475755 CAACTCTCCATTTGGTTCTCCGCCTTCGTGGTGGT
194 CCACCCTCCATTTGGTCCTTCGTCTTCGTGGTGGT
* * * * * * * *
8475790 ATGCAGATCTTTGTGAAGACTCTGACTGGAAAGACTATCACTTTGGAGGTTGAAAGTTCAGACAC
1 ATGCAAATCTTTGTCAAGACTCTCACTGGAAAGACAATTACCTTGGAGGTTGAGAGTTCTGACAC
* * * *
8475855 CATTGACAATGTGAAGGCAAAGATTCAGGACAAGGAGGGGATCCCACCTGACCAGCAGAGG-TTA
66 CATTGACAATGTGAAGGCCAAGATCCAGGACAAGGAAGGGATCCCACCAGACCAGCAGAGGCTT-
* * * * ** * * * *
8475919 ATTTTTGCTGGGAAGCAGCTGGAGGATGGGAGAACTCTTGCAGATTATAACATCCAGAAGGAGTC
130 ATTTTTGCTGGCAAACAGCTTGAAGATGGTCGCACTCTAGCTGACTATAACATCCAGAAGGAGTC
* * *
8475984 TACTCTGCATCTT-GTCCTTCGTCTTCGTGGTGGT
195 CACCCTCCAT-TTGGTCCTTCGTCTTCGTGGTGGT
8476018 TTGTAAGTTT
Statistics
Matches: 772, Mismatches: 130, Indels: 20
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
227 17 0.02
228 743 0.96
229 12 0.02
ACGTcount: A:0.30, C:0.23, G:0.24, T:0.24
Consensus pattern (228 bp):
ATGCAAATCTTTGTCAAGACTCTCACTGGAAAGACAATTACCTTGGAGGTTGAGAGTTCTGACAC
CATTGACAATGTGAAGGCCAAGATCCAGGACAAGGAAGGGATCCCACCAGACCAGCAGAGGCTTA
TTTTTGCTGGCAAACAGCTTGAAGATGGTCGCACTCTAGCTGACTATAACATCCAGAAGGAGTCC
ACCCTCCATTTGGTCCTTCGTCTTCGTGGTGGT
Found at i:8475751 original size:456 final size:455
Alignment explanation
Indices: 8474878--8476016 Score: 1377
Period size: 456 Copynumber: 2.5 Consensus size: 455
8474868 GATATAATAG
* * *
8474878 ATGCAAATCTTTGTCAAAACCCTCACTGGCAAGACAATCACCCTTGAGGTGGAGAGTTCTGACAC
1 ATGCAAATCTTTGTCAAAACCCTCACTGGCAAGACTATCACTCTTGAGGTTGAGAGTTCTGACAC
* * *
8474943 CATCGACAATGTGAAGGCCAAGATCCAGGATAAGGAAGGGATCCCACCAGACCAGCAAAGGCTTA
66 CATTGACAATGTGAAGG-CAAAATCCAGGACAAGGAAGGGATCCCACCAGACCAGCAAAGGCTTA
* * * *
8475008 TCTTTGCTGGCAAA-CAACTTGAAGATGGTCGCACGCTAGCTGACTACAACATCCAGAAGGAATC
130 TTTTTGCTGG-AAAGCAACTTGAAGATGGCCGCACCCTAGCTGACTACAACATCCAGAAGGAGTC
* * * *
8475072 CACCCTCCATTTGGTTCTTCGACTTCGTGGTGGTATGCAAATATTCGTCAAGACTCTCACTGGAA
194 CACCCTCCATCTGGTCCTTCGTCTTCGTGGTGGCATGCAAATATTCGTCAAGACTCTCACTGGAA
* * * * *
8475137 AGACAATTACCTTGGAGGTGGAAAGCTCTGACACCATTGATAATGTCAAGGCTAAGATCCAAGAC
259 AAACAATTACCTTGGAGGTGGAAAGCTCAGACACCATTGATAATGTCAAAGCCAAAATCCAAGAC
* * * * **
8475202 AAGGAAGGAATCCCTCCAGACCAACAGAGGCTTATCTTTGCTGGCAAACAGCTTGAAGATGGTCG
324 AAAGAAGGAATCCCACCAGACCAACAGAGGATTATCTTTGCTGGAAAACAGCTTGAAGATGGAAG
* * * * *
8475267 TACACTGGCAGACTATAACATCCAGAAGGAGTCCACACTTCACCTGGTGCTTCGTCTTCGAGGTG
389 GACACTGGCAGACTATAACATCCAGAAGGAGTCAACACTCCACCTGGTGCTCCGCCTTCGAGGTG
8475332 GC
454 GC
* * *
8475334 ATGCAAATCTTTGTCAAAACCCTTACTGGCAAGACTATTACTCTTGAGGTTGAGAGTTCTGATAC
1 ATGCAAATCTTTGTCAAAACCCTCACTGGCAAGACTATCACTCTTGAGGTTGAGAGTTCTGACAC
* *
8475399 CATTGACAATGTGAAGGCGAAAATCCAAGACAAAGAAGGGATCCCACCAGACCAGCAAAGGCTTA
66 CATTGACAATGTGAAGGC-AAAATCCAGGACAAGGAAGGGATCCCACCAGACCAGCAAAGGCTTA
8475464 TTTTTGCTGGAAAGCAACTTGAAGATGGCCGCACCCTAGCTGACTACAACATCCAGAAGGAGTCC
130 TTTTTGCTGGAAAGCAACTTGAAGATGGCCGCACCCTAGCTGACTACAACATCCAGAAGGAGTCC
* * * * *
8475529 ACCCTTCACCTGGTCCTTCGTCTTCGAGGTGGCATGCAAATCTTTGTCAAGACTCTCACTGGAAA
195 ACCCTCCATCTGGTCCTTCGTCTTCGTGGTGGCATGCAAATATTCGTCAAGACTCTCACTGGAAA
* * * * * *
8475594 AACAATTACCTTGGAGGTTGAGAGTTCAGATACCATTGATAATGTCAAAGCCAAAATTCAGGACA
260 AACAATTACCTTGGAGGTGGAAAGCTCAGACACCATTGATAATGTCAAAGCCAAAATCCAAGACA
* * * *
8475659 AAGAGGGTATCCCACCAGACCAGCAGA-GATTGATTTTTGCTGGAAAACAGCTTGAAGATGGAAG
325 AAGAAGGAATCCCACCAGACCAACAGAGGATT-ATCTTTGCTGGAAAACAGCTTGAAGATGGAAG
* * * * * * * ** * *
8475723 GACTCTTGCTGATTATAATATTCAGAAGGAGTCAACTCTCCATTTGGTTCTCCGCCTTCGTGGTG
389 GACACTGGCAGACTATAACATCCAGAAGGAGTCAACACTCCACCTGGTGCTCCGCCTTCGAGGTG
*
8475788 GT
454 GC
* * * * * * * *
8475790 ATGCAGATCTTTGTGAAGACTCTGACTGGAAAGACTATCACT-TTGGAGGTTGAAAGTTCAGACA
1 ATGCAAATCTTTGTCAAAACCCTCACTGGCAAGACTATCACTCTT-GAGGTTGAGAGTTCTGACA
* * * *
8475854 CCATTGACAATGTGAAGGCAAAGATTCAGGACAAGGAGGGGATCCCACCTGACCAGCAGAGG-TT
65 CCATTGACAATGTGAAGGCAAA-ATCCAGGACAAGGAAGGGATCCCACCAGACCAGCAAAGGCTT
* * * * ** * * * * * *
8475918 AATTTTTGCTGGGAAGCAGCTGGAGGATGGGAGAACTCTTGCAGATTATAACATCCAGAAGGAGT
129 -ATTTTTGCTGGAAAGCAACTTGAAGATGGCCGCACCCTAGCTGACTACAACATCCAGAAGGAGT
* * * *
8475983 CTACTCTGCATCTTGTCCTTCGTCTTCGTGGTGG
193 CCACCCTCCATCTGGTCCTTCGTCTTCGTGGTGG
8476017 TTTGTAAGTT
Statistics
Matches: 581, Mismatches: 96, Indels: 12
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
455 14 0.02
456 567 0.98
ACGTcount: A:0.30, C:0.23, G:0.24, T:0.24
Consensus pattern (455 bp):
ATGCAAATCTTTGTCAAAACCCTCACTGGCAAGACTATCACTCTTGAGGTTGAGAGTTCTGACAC
CATTGACAATGTGAAGGCAAAATCCAGGACAAGGAAGGGATCCCACCAGACCAGCAAAGGCTTAT
TTTTGCTGGAAAGCAACTTGAAGATGGCCGCACCCTAGCTGACTACAACATCCAGAAGGAGTCCA
CCCTCCATCTGGTCCTTCGTCTTCGTGGTGGCATGCAAATATTCGTCAAGACTCTCACTGGAAAA
ACAATTACCTTGGAGGTGGAAAGCTCAGACACCATTGATAATGTCAAAGCCAAAATCCAAGACAA
AGAAGGAATCCCACCAGACCAACAGAGGATTATCTTTGCTGGAAAACAGCTTGAAGATGGAAGGA
CACTGGCAGACTATAACATCCAGAAGGAGTCAACACTCCACCTGGTGCTCCGCCTTCGAGGTGGC
Found at i:8476421 original size:229 final size:229
Alignment explanation
Indices: 8476011--8476448 Score: 738
Period size: 229 Copynumber: 1.9 Consensus size: 229
8476001 TTCGTCTTCG
* * * *
8476011 TGGTGGTTTGTAAGTTTTAAATCCTGGAATCTGGTTAACCAGTTAAGGCTGTTTGGTCTTTTATG
1 TGGTGGTTTCTAAGTTTTAAATCCTGGAATCTGGTTAACCAGTGAAGGCTATTTGGTCTTTAATG
* * * *
8476076 GAGTTGTTTGTGTTTGTTGGCCATTTGGGTTTTAGGTGATATCTGAAACTCATTTGGATTTAGCT
66 GAGTTGTTTGCGTTTGTTGGCCATTTGGCTTTTAGATGATATCTGAAACTCATTTGAATTTAGCT
*
8476141 GTTTGGTTTATTGCTTAATGGTTGTGTTGTGGTATTAAACTTGTAATGGGTTATA-CTAGATCTA
131 GTTTGGTTTATTGCTTAATGGATGTGTTGTGGTATTAAACTTGTAATGGGTTATATC-AGATCTA
8476205 ATATGTTTCCATTTATGTCTTGGCGTTCATCTTTA
195 ATATGTTTCCATTTATGTCTTGGCGTTCATCTTTA
*
8476240 TGGTGGTTTCTAAGTTTTAAATCCTGGAATCTGGTTAACCAGTGAAGTCTATTTGGTCTTTAATG
1 TGGTGGTTTCTAAGTTTTAAATCCTGGAATCTGGTTAACCAGTGAAGGCTATTTGGTCTTTAATG
8476305 GAGTTGTTTGCGTTTGTTGGCCATTTGGCTTTTAGATGATATCTGAAACTCATTTGAATTTTAGC
66 GAGTTGTTTGCGTTTGTTGGCCATTTGGCTTTTAGATGATATCTGAAACTCATTTGAA-TTTAGC
8476370 TGTTTGGTTTATTGCTTAATGGATGTGTTGTGGTATTAAA-TT-TATATGGGTTATATCAGATCT
130 TGTTTGGTTTATTGCTTAATGGATGTGTTGTGGTATTAAACTTGTA-ATGGGTTATATCAGATCT
8476433 AATATGTTTCCATTTA
194 AATATGTTTCCATTTA
8476449 GAGATGTCTT
Statistics
Matches: 196, Mismatches: 10, Indels: 6
0.92 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
228 2 0.01
229 148 0.76
230 46 0.23
ACGTcount: A:0.21, C:0.10, G:0.23, T:0.46
Consensus pattern (229 bp):
TGGTGGTTTCTAAGTTTTAAATCCTGGAATCTGGTTAACCAGTGAAGGCTATTTGGTCTTTAATG
GAGTTGTTTGCGTTTGTTGGCCATTTGGCTTTTAGATGATATCTGAAACTCATTTGAATTTAGCT
GTTTGGTTTATTGCTTAATGGATGTGTTGTGGTATTAAACTTGTAATGGGTTATATCAGATCTAA
TATGTTTCCATTTATGTCTTGGCGTTCATCTTTA
Found at i:8478231 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 8478226--8478288 Score: 54
Period size: 2 Copynumber: 31.5 Consensus size: 2
8478216 CGGAAATAGG
* * * * *
8478226 GT GT GT GT GT GT GT GT GT GC GC GT GT GC GT GT GC GT GT GC GT
1 GT GT GT GT GT GT GT GT GT GT GT GT GT GT GT GT GT GT GT GT GT
* * *
8478268 GT GA GT GT GC GC GT GT GT GT G
1 GT GT GT GT GT GT GT GT GT GT G
8478289 GTTGCACACC
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 12, Indels: 0
0.80 0.20 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 49 1.00
ACGTcount: A:0.02, C:0.11, G:0.51, T:0.37
Consensus pattern (2 bp):
GT
Found at i:8478237 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 8478230--8478288 Score: 64
Period size: 6 Copynumber: 9.8 Consensus size: 6
8478220 AATAGGGTGT
* * * *
8478230 GTGTGT GTGTGT GTGCGC GTGTGC GTGTGC GTGTGC GTGTGA GTGTGC
1 GTGTGC GTGTGC GTGTGC GTGTGC GTGTGC GTGTGC GTGTGC GTGTGC
* *
8478278 GCGTGT GTGTG
1 GTGTGC GTGTG
8478289 GTTGCACACC
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 8, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 45 1.00
ACGTcount: A:0.02, C:0.12, G:0.51, T:0.36
Consensus pattern (6 bp):
GTGTGC
Found at i:8479926 original size:31 final size:31
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Indices: 8479809--8479926 Score: 107
Period size: 31 Copynumber: 3.8 Consensus size: 31
8479799 TAATAAATCT
* * *
8479809 ATTTTTGAAAATGATCTAAAATTTTTACATA
1 ATTTTTGAAAATGATATGAAATTTTTACTTA
* * *
8479840 ATATTTT-AACATGATAT-AGAGTTTTTATTTA
1 AT-TTTTGAAAATGATATGA-AATTTTTACTTA
*
8479871 ATTTCTGAAAATGATAT-AACATTTTTACTTA
1 ATTTTTGAAAATGATATGAA-ATTTTTACTTA
* *
8479902 ATTTTTTAAAATGATATGTAATTTT
1 ATTTTTGAAAATGATATGAAATTTT
8479927 GAAAAAATTA
Statistics
Matches: 70, Mismatches: 12, Indels: 10
0.76 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
30 5 0.07
31 60 0.86
32 5 0.07
ACGTcount: A:0.38, C:0.05, G:0.08, T:0.49
Consensus pattern (31 bp):
ATTTTTGAAAATGATATGAAATTTTTACTTA
Found at i:8493243 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 8493230--8493378 Score: 61
Period size: 2 Copynumber: 79.5 Consensus size: 2
8493220 CTTTTATTTT
* * * * *
8493230 TA TA TA TT TA TA TA TT TA T- TT TA TT TA TA TA T- TT TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
* *
8493270 TA TT TA TA TA TA -A TA TA TA TA -A TA TA -A TA -A AA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
* * * * *
8493308 TA -A TA -A TA -A TA AA T- TT TT TT TA TA TA TT TA TA TA TGA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T-A TA
* * *
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ATTGCATTGATAATTTAATATT
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8509374 TTGTAATTAA
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1 TATTATTGCATGATAATTTTAT
**
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*
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TATTATTGCATGATAATTTTAT
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* *
8509595 ATTTTTTAAATCCTACCAACATATTCGAGGATAATTCTCGATAAAAAATCTTACTAATATATTAA
1 ATTTTTT-AATCCTACCAACATATTCGAGAATAATTCTCGATAAAAAATCTTACTAACATATTAA
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65 AAGATATTTCTGAAAATAAATTGTTTTCATAAACAAATAA
* * * *
8509700 ATTTTTT-ATCCTACCAACATATTGGAGAATAATTTTTGATAGAAAA-CTTAGC-AACATATTAA
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*
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ATTTTAAATGTATTTAT
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8519970 TATTCCGAAG
* * *
8519980 AAAATAATATAAATTTACTAATATTCTAAAGATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTT
1 AAAATAATATAAATTTACTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAACAAAAATGTT
* * * * * *
8520045 TTCTAAACATATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTAACTT
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* *
8520110 TTGTTTTATCATAAACCAATTATTTCTATTCATAAAAGATTATTCAGAATAAAATAATACTAATT
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* * *
8520175 TATTAAAATTTTAAAAATTAATAAATAAAATATTTTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCGAGCGAG
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8520304 TAAAACGATAGTTTCTTATAGTTTATTCAAAAT
319 TAAAACGATAGTTTCTTATAGTTTATTCAAAAT
** * * *
8520337 AAAATAATACT-AATTTGTTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAACAAAAATG
1 AAAATAATA-TAAATTTACTAATATTCTAAAAATTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAACAAAAATG
* * * *
8520401 TTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTCATGTCAATATGAACTATTATCTATTTCAAATCGTTATG-A
64 TTTACCAAACATA-TTCAAATAATCATGACAATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA
* * *
8520464 CATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAA-ATTATTCAAAATAAAATAATAC
128 C-TTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATA-AAAGATTATTCAAAATAAAATAATAC
* * * * * *
8520528 TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAATAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTACTGGACCAATT
191 TAATTTATTAAAATTTTAAAAATTAATAATAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTCGACCAATT
8520593 CAAATATTTATGACTATTTAAATAATTAT
256 CAAATATTTATGACTATTTAAATAATTAT
8520622 CTATCCCAAA
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AAAATAATATAAATTTACTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAACAAAAATGTT
TACCAAACATATTCAAATAATCATGACAATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTT
TTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATAAAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
TATTAAAATTTTAAAAATTAATAATAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTCGACCAATTCAAAT
ATTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTTTTATGATCTTTCGTTTTGTTATAAAACG
ATAGTTTCTTATAGTTTATTCAAAAT
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8520585 GACCAATTCA
* *
8520595 AATATTTATGACTATTTAAATAATTATCTATCCCAAATCAAAATGATCTTTGTTTTGTCATAAAA
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* * * * *
8520660 TAATTGTTTCTATTCATTCAAACTTATTTAAAGTAAAATATTGCAAAACTAGTAATATTTTAAAA
66 TAATTATTTCTATTCATACAAACTTATTTAAAGTAAAATATTGCAAAACAAATAATATTCTAAAA
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131 ATTAAT
* * ***
8520731 AATAGTTATGACTA-TTAGAACAATTATCTATCTCTAATCGGTATGATCTTTGTTTTGTCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTA-AACAATTATCTATCCCAAATCAAAATGATCTTTGTTTTGTCATAAA
* ** *
8520795 ATAATTATTTCTGTTCATACAAACTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAACAAATAATATTCTAAA
65 ATAATTATTTCTATTCATACAAACTTATTTAAAGTAAAATATTGCAAAACAAATAATATTCTAAA
8520860 AATTAAT
130 AATTAAT
8520867 AA
1 AA
8520869 GTTAGATTTA
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AATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATCCCAAATCAAAATGATCTTTGTTTTGTCATAAAA
TAATTATTTCTATTCATACAAACTTATTTAAAGTAAAATATTGCAAAACAAATAATATTCTAAAA
ATTAAT
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* * * * * * *
8520731 AATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATCTCTAATCGGTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAA
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* * * * * * * * *** *
8520795 ATAATTATTTCTGTTCATACAAACTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAACAAATAATA-TTCTAA
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* * * * *
8520859 AAATTAATAAGTT--AGATTTAAAAAATAAGTGTATTTACCGAACCAGTT-A
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* * *
8520908 AATAAGTTA-ATACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACATTTTG-TTTAGTCAT
1 AAT-AGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTA-TCAT
* * * * * * *
8520971 -AAATAATTGTCTCAGTTCATACATGATTATTCAAAATAAAATAATACT-ATTTAATTAACA-TT
63 AAAACAATTGTTTC-TTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTT
* * * * *
8521033 CAAAAAATTAATAAG-GAAAGAATTAAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCA
126 C-AAAAATTAATAAGTTAAAG-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCA
* * *
8521089 AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATTATAAA
1 AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAA
* * * * * *
8521154 ACAATTGTTTCATTTTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAA
66 ACAATTGTTTC-TTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * **
8521219 AATTGAGAAGTTGAAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAATC-AGTTCA
130 AATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAA-CAAGTTCA
* * * * * * * *
8521270 ACTAGTTATAGCCATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCATTTTGAACTTTT-TTTCTATAATAA
1 AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT-TATCATAA
* * * * *
8521334 AACAATTGCTTT-TCATCATACAAGCCTATTCGAAAGAAAATAATATTAATTCATTAATATTTCA
65 AACAATTG-TTTCT-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
*
8521398 AAAATTAATAAG-TAGGAGA--T------T--ATTTGTTTATCGAACAAGTTCA
128 AAAATTAATAAGTTA-AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCA
* * * * * * ** **
8521441 AATAATTATGACTA-TTGAACAATTATTTATTTCAAGTCATTATAATATTTT-TTTGGTCATAAA
1 AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAA
* * * * * * * *
8521504 ATAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCGAAATTAAATAATACTAATCTAATAATATAAT-GA
66 ACAATTGTTTCT-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTCAA
* *
8521568 AAACTAATAA-TTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG-TT-T-G--C----TGA
129 AAATTAATAAGTTAA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCA
* * * * * * * * * *
8521611 AATAGTTA-AGGCTATATCAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATGTCATTTTGTTTTGTCGTAA
1 AATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
* * * * * * * **
8521675 AACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTGGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGA
65 AACAATTGTTTCT-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * **
8521740 AAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATTTGTTCACCAAATTAGTTCA
129 AAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCA
* * * * * *
8521788 ATTAGTTATAA-TAATTTGAACAATTATTTATTTCATATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAA
1 AATAGTTATAACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
* * * * * * * * *
8521852 AATAATTGTTTCTATTGATACAATCTTATTTGGAATAAAGTAATGCTAATGTATTAATA-TTCTA
65 AACAATTGTTTCT-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * ** * ** *
8521916 AAATTAATAA-CTAACAGATTTAAAAAATGAATTTATTGGCTTG-ACTGGTGCA
129 AAATTAATAAGTTAA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTT-TATCGAACAAGTTCA
** * * **
8521968 AATAGTTATGCCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTATCGCAAA
1 AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAA
** * ** * * *
8522033 ATTATTATTTCTATTTGTACAAGCTTATT-GGAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAA
66 ACAATTGTTTCT-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * *
8522097 AATTAATAA-ATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCA
130 AATTAATAAGTTAA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCA
* * * * *
8522148 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
1 AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAA
** * * * *
8522213 ATTATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AATTAAAATAATACAAATTTATTACTA-TTCAA
66 ACAATTGTTTCT-TTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * ** * *
8522276 ACAATGAATAAGTAAAAGGTTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAATAAGTTCA
129 A-AATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCA
* * * *
8522329 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAA
1 AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAA
* * * * * * * * ** *
8522394 ATAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTGTTAATATTTTGAT
66 ACAATTGTTTCT-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * * * * *
8522459 AGTTAATAAGTAAAATATTTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCA
130 AATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCA
* * * * *
8522510 AATAGTCGA-AACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATCACCCTTTGTTTCATCATAA
1 AATAGT-TATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
* * * * * *
8522574 AACAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTCAAAAT-AAA-AATACTAATTTATTAATATTCCAA
65 AACAATTGTTTC-TTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * * *
8522637 AAGTTAATGAG-TAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATCGAACAAGTTCA
129 AAATTAATAAGTTAA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCA
* * * * * *
8522689 AATAGTTATGACTATTTGATCAACTATCTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTTGT-AAAAA
1 AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAA
* * * * * *
8522753 ACCAATTGTTTTTGTTCATACATGCTT-TTTG-AAGAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAC
66 A-CAATTGTTTCT-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * *
8522816 AAATTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTGAGC-A---C-
129 AAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-GAACAAGTTCA
* * * *
8522862 AATAGTTATAACAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
1 AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAA
* * * * * *
8522927 CCAATTGCTTT-TATTCACACAAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTATTATTCCAA
66 ACAATTG-TTTCT-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * * *
8522991 AAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATTTATTTACCGAGCAAGTTCA
129 AAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCA
* * * * * ** ** *
8523043 AATAGTTATGATTGTTT-AACAATTATTTATGTCAAAT-AATATTGATTTTTTGTTTCATCATAA
1 AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA-TGACCTTTTGTTTTATCATAA
* * * *
8523106 AACAATTGTTTCTATTTATACAAGTTTATTC-AGAGTAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTA
65 AACAATTGTTTCT-TTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-T-
* * * * * * *
8523170 AAAAAATTAATAAG-CAGGAGATTTAACAAATGAATTTGTTTACCGAACAAGTTGA
126 CAAAAATTAATAAGTTA-AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCA
* ** * * * * *
8523225 AATAGTCATGTCTATTTGAAC-A--AT-TATTT-AAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTTAGAAA
1 AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAA
* * * * *
8523285 ACAATTGTTTTTATTCATAAAAGTTTATTCGGATTAAAATAA
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8523327 AATTAAATTT
Statistics
Matches: 1910, Mismatches: 413, Indels: 191
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Matches are distributed among these distances:
168 23 0.01
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ATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCA
Found at i:8522628 original size:541 final size:540
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* * * *
8520731 AATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATCTCTAATCGGTATG--ATCTTTGTTTTGTCATAA
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* * * * * * * *** *
8520794 AATAATTATTTCTGTTCATACAAACTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAACAAATAATATTCTAA
64 AATAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAA
* * * * *
8520859 AAATTAATAAGT--TAGATTTAAAAAATAAGTGTATTTACCGAACCAGTT-AAATAAGTTAAT-A
129 AAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCAAAT-AGTT-ATGA
* * * *
8520920 CTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACATTTTGTTT-AGTCAT-AAATAATTGTCT
192 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTCA-TCATAAAATAATTGTTT
* * * *
8520983 CAGTTCATACATGATTATTCAAAATAAAATAATACT-ATTTAATTAACA-TTCAAAAAATTAATA
256 CAATTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAATAATACTAATTT-ATTAATATTTC-AAAAATTAATA
* * * *
8521046 AGGA-AAGA-ATTAAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
318 A--ATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * * *
8521109 CAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATTATAAAA-CAATTGTTTCATTTTATA
381 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACCAATTTTTTTA-TTCATA
* * ** * * **
8521173 AAAGCTTA-TCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGAAGAT
445 CAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAA-TGATAAGTAAAAGAT
** * * *
8521237 TTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAATCAGTTCA
508 TTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATAAGTTCA
* * * * * * *
8521270 ACTAGTTATAGCCATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCATTTTGA-ACTTTT-TTTCTATAATA
1 AATAGTTATA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACA-TTTTGTTT-TGTCATA
* * * * * * * *
8521333 AAACAATTGCTTTTCA-TCATACAAGCCTATTCGAAAGAAAATAATATTAATTCATTAATATT-T
63 AAATAATTG-TTTTTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT
** * * *
8521396 CAAAAATTAATAAGTAGGAGA---T-----T--ATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAATTATG
127 -AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * ** ** *
8521451 ACTA-TTGAACAATTATTTATTTCAAGTCATTATAATATTTT-TTTGGTCATAAAATAATTATTT
191 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAATAATTGTTT
* * * * * * *
8521514 -ATGTTCATACAAGCTTATTCGAAATTAAATAATACTAATCTAATAATATAAT-GAAAACTAATA
256 CA-ATTCATACAAGCTTATTC-AAAATAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTCAAAAATTAATA
* * * * * * * *
8521577 ATTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG-TT-T-G--C----TGAAATAGTTAAGGCTATATCAATA
318 AATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* ** * * * * * * *
8521633 ATTATCTATTTTAAATTGTTATGTCATTTTGTTTTGTCGTAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAA
383 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACCAATTTTTTTATTCATACAA
* * ** ** ** *
8521698 GTTTGTTGGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAAT--TAA-TAAGAGATTTAAA
448 GCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATGATAAGTAAAAGATTTAAA
* *
8521760 AAATAAATTTGTTCACCAAATTAGTTCA
513 AAATAAATTTGTTTACCAAATAAGTTCA
* * * * *
8521788 ATTAGTTATAATAATTTGAACAATTATTTATTTCATATTGTTATGACCA-TTTGTTTTGTCATAA
1 AATAGTTATACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * *
8521852 AATAATTGTTTCTATTGATACAATCTTATTTGGAATAAAGTAATGCTAATGTATTAATATTCT-A
64 AATAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAA
* * * * ** * ** * *
8521916 AAATTAATAACTAACAGATTTAAAAAATGAATTTATTGGCTTG-ACTGGTGCAAATAGTTATGCC
129 AAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATTTATTTAC-CGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * ** * * *
8521980 TATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTATCGCAAAATTATTATTTCT
193 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAATAATTGTTTCA
** ** *
8522045 ATTTGTACAAGCTTATT-GGAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATA
258 ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAA-ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATA
*
8522109 AGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
322 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * **
8522174 CCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-TTATTTTTTCTATTCATACAAGCT
387 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACCAATTTTTT-TATTCATACAAGCT
* * *
8522238 TATTTCAATTAAAATAATACAAATTTATTACTA-TTCAAACAATGAATAAGTAAAAGGTTTAAAA
451 TATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAA-AATG-ATAAGTAAAAGATTTAAAA
*
8522302 AATAAATTTGTTTGCCAAATAAGTTCA
514 AATAAATTTGTTTACCAAATAAGTTCA
* * *
8522329 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAA
1 AATAGTTAT-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * * *
8522394 ATAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTGTTAATATTTTGAT
65 ATAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA
* * * * * * *
8522459 AGTTAATAAGTAAAATATTTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCGA-AACT
130 AATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGT-TATGACT
* * * * *
8522523 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATCACCCTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATCAA
194 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAATAATTGTTTCAA
* * * * * *
8522588 TTCATATAGGCTTATTCAAAATAAA-AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAGTTAATGAGTAAG
259 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAG
* * * *
8522652 AGATTTAAAAAATGAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAACTATC
324 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * *
8522717 TATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTTGT-AAAAAACCAATTGTTTTTGTTCATACATGCTT-
389 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACCAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTA
* * * *
8522780 TTT-GAAGAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCACAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAAT
453 TTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCA-AAAATGATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * *
8522843 AAATATGTTT-TC---TGAG--CA
517 AAATTTGTTTACCAAATAAGTTCA
* * * *
8522861 CAATAGTTATAACAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
1 -AATAGTTAT-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAA
** * * * *** * *
8522926 ACCAATTGCTTTTATTCACACAAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTATTATTCCAA
64 AATAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAA
* *
8522991 AAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATTTATTTACCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGATT
129 AAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * ** ** * *
8523056 GTTT-AACAATTATTTATGTCAAAT-AATATTGATTTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTTTCT
194 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA-TGACCTTTTGTTTCATCATAAAATAATTGTTTCA
* * * * * * *
8523119 ATTTATACAAGTTTATTCAGAGTAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAAAATTAATAAG
258 ATTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATT-T-CAAAAATTAATAAA
* * * * * * * * *
8523184 CAGGAGATTTAACAAATGAATTTGTTTACCGAACAAGTTGAAATAGTCATGTCTATTTGAAC-A-
320 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
** * * * *
8523247 -AT-TATTT-AAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTTAGAAAA-CAATTGTTTTTATTCATAAAAG
385 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACCAATT-TTTTTATTCATACAAG
*
8523308 TTTATT
449 CTTATT
8523314 CGGATTAAAA
Statistics
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TAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAA
ATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAATAATTGTTTCAATT
CATACAAGCTTATTCAAAATAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAG
ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACCAATTTTTTTATTCATACAAGCTTATTT
CAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATGATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
TTGTTTACCAAATAAGTTCA
Found at i:8523147 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 8521419--8523326 Score: 1499
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8521409 GTAGGAGATT
* * * * *
8521419 ATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAATTATGACTA-TTGAACAATTATTTATTTCAAGTCATTA
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* ** ** * * * * *
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* * **** * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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66 TGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAA
* ***
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130 TACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
* * ** * * * * *
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1 ATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * * ** *
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* * * * * *
8521895 TGCTAATGTATTAATATT-CTAAAATTAATAACTAACAGATTTAAAAAATGA
130 TACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
* ** * ** * * *
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1 ATTTGTTTAC-CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* ** ** * ** * *
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* * * * *
8522074 TTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAACTAA
130 TACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
* * * *
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1 ATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * ** * *
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* * * *
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130 TACTAATTTATTAATATTCCAAA-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
* * * * *
8522307 ATTTGTTTGCCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTA
1 ATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * ** *
8522372 TGACATTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAAT
66 TGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAT
* * *** * * * *
8522437 ATTAATTTGTTAATATTTTGATAGTTAATAAGTAAAATATTTTAAAAATAA
131 ACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
* * * * *
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1 ATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * * * * *
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65 ATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
* * * *
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130 TACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
* * * * * *
8522667 ATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAACTATCTATTTCAAATCGTTC
1 ATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * * *
8522732 TGACCTTTTGTTTTGT-AAAAAACCAATTGTTTTTGTTCATACATGCTT-TT-TGAAGAAAATAA
66 TGACCTTTTGTTTTATCATAAAA-CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
* * *
8522794 TACAAATTTATTAATATTTCACAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAA
130 TACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * * *
8522845 ATATGTTTTCTGAGC-A---C-AATAGTTATAACAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTA
1 ATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * *
8522905 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGCTTT-TATTCACACAAGCATATTCAAAATAAAATAA
66 TGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
* *
8522969 TACTAATTTATTATTATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAA
130 TACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * **
8523021 ATTTATTTACCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTT-AACAATTATTTATGTCAAAT-AATA
1 ATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
** * * * *
8523084 TTGATTTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGTTTATTCAGAGTAAAATAA
66 -TGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
* * * ** * *
8523149 TATTAATTTATTAATATTCTAAAAAAATTAATAAGCAGGAGATTTAACAAATGA
130 TACTAATTTATTAATATTC--CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
* * * *
8523203 ATTTGTTTACCGAACAAGTTGAAATAGTCATGTCTATTTGAAC-A--AT-TATTT-AAATTGTTA
1 ATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * * * * *
8523263 TGACTTTTTGTTTTGTTAGAAAACAATTGTTTTTATTCATAAAAGTTTATTCGGATTAAAATAA
66 TGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
8523327 AATTAAATTT
Statistics
Matches: 1372, Mismatches: 309, Indels: 97
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Matches are distributed among these distances:
168 22 0.02
170 13 0.01
171 26 0.02
172 69 0.05
173 69 0.05
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ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
ATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
TGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAT
ACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
Found at i:8525610 original size:714 final size:710
Alignment explanation
Indices: 8523417--8529914 Score: 3757
Period size: 714 Copynumber: 9.1 Consensus size: 710
8523407 CAAATTTATT
* * * * **
8523417 TTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTCAGAATATTATTACA-TAGTATTATTTTATTCCGAA
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* * * * * * * * * * ** *
8523480 TAAGCTTG-ATGAACAAAAATAATTATTTTATGATAGAACAAAATGTTATAACAATTTGAAATAT
64 TAAGCTAGTATCAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
** * * * * * * *
8523544 ATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCCA-TAAATAGATTTATATTTTAAATCT
129 ATAATT-TTTTAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTCAGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCT
* * * * * * *
8523608 CTTACTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTTATTCCTAATATGCCTGTATG
193 CTTACTT-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCGAATAAGCTTATATG
** * * ** * * *
8523673 ATGAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATTTCATAACGATTAGAAATAGATAATTACTCAA
256 AACAAAAACAATTGTTTTATTACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATATATAATT--T--A
* * * * * * * *
8523738 ATGGCCATAATTATTTGAAC-TGATTCGAAAAACTA-ATTTATGTTTTAAATCTCTAACTTATCA
316 ATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* * * * ** * *
8523801 ATGTTTTAAATATTAATAAAGTAATATTA-TTTACGTT-GGATAAGCTT-TATGAGCTAAAACAA
379 AT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAA
* * * * * *
8523863 TTGTTTTATGATAAAA-TAAAAGATCATAACAATTTTAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAA
442 TTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * *
8523927 CTATTTGAACATATTTGGTAAACATGATTTTATTTTTTTTTAAGATTTGCTTAACTTATTAATTT
506 CTATTTGAACTTATTCGGTAAACA-GA-TTTA----TTTTTAA-ATCT-CTT-ACTTATTAA--T
* * * *
8523992 TTTTAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATTAGCATGTATGAACT-GAAACAATTAT
560 TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAA-AATTAT
** * ** * * * * * *
8524056 TTTATGATTAAACAGAAGGCCAAAATGATTCAAAATCGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATT
622 TTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATT-TAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA--
* * * * * *
8524121 TTTTTAGCTAGTTCA-GCAAATACATTTA
684 -TTTGAACT-GTTTAGGTAAACAGATTTA
** ** * * * * *
8524149 TTTTTTAAATC-CATACTTATTAATTTTT-AGAATATTTTTAATTTAGCAATATTTTACTCCAAA
1 TTTTTTAAATCTTTTA-TTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAA
* * * * * * * * *
8524212 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAAATGTATTAGGACAAAA-TAATGATCATAATGATTTGAGATAG
64 TAAGCTAGTATCAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
** * ** * * * * ** *
8524276 ATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAATTT-GGTAAAGAGATTTAGATTTTAAATGT
129 ATAATT-TTTTAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTCAGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCT
** * * ** *
8524340 CTTA---TTAATTTTCAAAATAGTAATAAATTAGTGTTATTTTATTCTC-AATAATTTTGTATGA
193 CTTACTTTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTATATGA
* * * * ** ** *
8524401 AGAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATCTCATAATGATTAAAAATATATAATAGCTCAAA
257 ACAAAAACAATTGTTTTATTACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATATATAAT---T-TAA
* * * * * * **
8524466 TGGACATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATT
317 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
* * * * * * *
8524531 TTTAGAATATTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTTTATGAATAGAAATAATTGT
382 TTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGT
* * * *
8524596 TTTATGATAAAAC-AAAAGATCATAACAACTCGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTAT
446 TTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * **
8524660 TTGAACTTGCTT-AGTATACAGATTTATTGTTTAAATCT-TTCACTTATTAATGTTGGAATATTA
510 TTGAACTT-ATTCGGTAAACAGATTTATT-TTTAAATCTCTT-ACTTATTAAT-TTTAAATATTA
* * * * * * * **
8524723 ATAAATTAATATTATTTGATTCCGAACAAGCTTATTTGAATAGAACTAATTGGTTTATGACAAAA
571 ATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAA-AAATTATTTTATGACAAAA
* * * * * *
8524788 CAAATGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAATTAGTCATAGCTATTTGAA-TGGGTTC
634 CAAAAGGTTATAATGATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT--GTTT
** *
8524852 AGAAAAAAAGATTTA
696 AGGTAAACAGATTTA
* * * *
8524867 TTTTTT-AATTTTTTACTTATT-TTTTTTGAAATTTTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAA
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* * *
8524929 TAAGCTAGCATCAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAG
64 TAAGCTAGTATCAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * *
8524994 ATAATTTTTTAGGTACTCATAACTATTTAAACTTGTTTGA-TAAACAAAAAT-TTTTTTAATTCT
129 ATAATTTTTTA-ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTCAGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCT
*
8525057 CTTACTCTTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGA
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* * *
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* * * * **
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* * * * *
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*
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* * * *
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** * * * * *
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* * * * * *
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* *
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* * * *
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** * ** *
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* * * * * *
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* * *
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* ** * ** *
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* * * * *
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* * ** * * *
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* * * *
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* *
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* *
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** * * ** * * * * *
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* * * * * * * * ** *
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* *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * * * * ** *
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* * * * *
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* * *
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* ** * * *
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Period size: 221 Copynumber: 2.0 Consensus size: 222
8529685 AATTTTTTGA
* * *
8529695 ATATTATTATATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAACTTGTATGAAAAAAAATAATTGTTTTATG
1 ATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAACTTGTATGAAAAAAAATAATTGTTATATG
* ** * * *
8529760 ACAAAACAAAAGGTTCTAATGATTTGAAGTATACAATTATTCAAATAGTCATAACTA-TTCAAAC
66 ACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAAACAATTATTAAAATAGTCATAACTATTTCAAA-
* * *
8529824 TGGTTTGGTAAATAGATT-TATTCTTTAAA-AC-T-CTTATTAATTTTTGAAAGAATAATAAATT
130 TGATTTGGTAAATAGATTCAATT-TTTAAACACTTACTTATTAACTTTTGAAAGAATAATAAATT
*
8529885 AGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATG
194 AGTATTATTTTATT-TCAA-AAGCTTGTATG
* *
8529916 ATATTAATAAATTAGTATT-ATTTATTTTCGAATAAACTTGTATGATAAAAATTAATTGTTATAT
1 ATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTT-GAATAAACTTGTATGAAAAAAAATAATTGTTATAT
* * * * * * *
8529980 GACCAAATAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTAAAATGGTCATAATTATTTGAAA
65 GACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAAACAATTATTAAAATAGTCATAACTATTTCAAA
* * * * * *
8530045 TGATTTTGTAAATGGATTCAATTTTTAAATCACTTACTTATTAACTTTTGGAATATTAATAAGTT
130 TGATTTGGTAAATAGATTCAATTTTTAAA-CACTTACTTATTAACTTTTGAAAGAATAATAAATT
8530110 AGTATTATTTTATTTCAAAAGCTTGTAT
194 AGTATTATTTTATTTCAAAAGCTTGTAT
8530138 AAACTAAAAC
Statistics
Matches: 187, Mismatches: 28, Indels: 12
0.82 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
220 9 0.05
221 116 0.62
222 8 0.04
223 12 0.06
224 4 0.02
225 38 0.20
ACGTcount: A:0.41, C:0.06, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (222 bp):
ATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAACTTGTATGAAAAAAAATAATTGTTATATG
ACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAAACAATTATTAAAATAGTCATAACTATTTCAAAT
GATTTGGTAAATAGATTCAATTTTTAAACACTTACTTATTAACTTTTGAAAGAATAATAAATTAG
TATTATTTTATTTCAAAAGCTTGTATG
Found at i:8530221 original size:179 final size:180
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Period size: 179 Copynumber: 4.2 Consensus size: 180
8529906 AGCTTGTATG
* ** * *
8529916 ATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTTCGAATAAACTTGTATGATAA--AAATTAATTGTTAT
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTC-AATAAGCTTGTAT-A-AACTAAAACAATTATTTT
* * * * * *
8529978 ATGACCAAATAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTAAAATGGTCATAATTATTTGA
62 ATGACCAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTG-
*
8530043 AATGATT-TT-G-TAAATGGATTCAATTTTTAAATCACTTACTTATTAACTTTTGGA
126 AAT--TTCTTCGATAAATAGATTCAATTTTTAAATCACTTACTTATTAACTTTTGGA
*
8530097 ATATTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTCAA-AAGCTTGTATAAACTAAAACAATTATTTTATGA
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAATAAGCTTGTATAAACTAAAACAATTATTTTATGA
* * * * *
8530161 CGAAACAAAAGGTTATTATGATTTGAAATAGATAATTGTTTATATAGTCTTAACTATTTGAATTT
66 CCAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAATTT
* * * * *
8530226 CTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGA
131 CTTCGATAAATAGATTCAATTTTTAAATCACTTACTTATTAACTTTTGGA
* * * *
8530276 ATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTATTTTAT-
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAATAAGCTTGTATAAACTAAAACAATTATTTTATG
** ** * * *
8530340 AATAGAACAAAAGGTTATAACAATCTGAAATAGATAATTGTTCAAATA---AGAACTA---G---
65 ACCA-AACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAAT
* * * * * *
8530396 -T-TT-GCTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAA-TTTTTGA
129 TTCTTCGATAAATAGATTCAATTTTTAAATCACTTACTTATTAACTTTTGGA
* * * * * * *** *
8530444 AT-TTGGATAAACTAGTATTATTTTATTCCAAATATGCTTATATGATGAAAAACAATTGTTTTAT
1 ATATT-AATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AATAAGCTTGTATAAACTAAAACAATTATTTTAT
* * * * * *
8530508 GACAAAACAAAA-GTTCCTAATGATTTGATATAAATAATTGTTTAAAT-GTCCATAATTATTT-A
64 GACCAAACAAAAGGTT-ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGT-CATAACTATTTGA
* ** * * * * * *
8530570 TACTGATTCGATAAATTGACTT-ATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTGAA
127 -ATTTCTTCGATAAATAGA-TTCAATTTTTAAATCACTTACTTATTAACTTTTGGA
* *
8530625 ATATTAATAAAATAATATTATTTTATTT
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
8530653 TGGATAACTA
Statistics
Matches: 452, Mismatches: 74, Indels: 60
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
167 5 0.01
168 87 0.19
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170 2 0.00
171 6 0.01
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179 137 0.30
180 38 0.08
181 117 0.26
182 6 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAATAAGCTTGTATAAACTAAAACAATTATTTTATGA
CCAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAATTT
CTTCGATAAATAGATTCAATTTTTAAATCACTTACTTATTAACTTTTGGA
Found at i:8530677 original size:132 final size:132
Alignment explanation
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Period size: 132 Copynumber: 1.9 Consensus size: 132
8530520 GTTCCTAATG
* * * **
8530530 ATTTGATATAAATAATTGTTTAAAT-GTCCATAATTATTT-ATAC-TGATTCGATAAATTGACTT
1 ATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGT-CATAACTATTTGA-ACTTGATTAG-TAAACAGA-TT
8530592 -ATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTG
62 AATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTCT-AAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTG
8530655 GATAACT
126 GATAACT
* *
8530662 ATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTAATT
1 ATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATTAGTAAACAGATTAATT
* * * * * *
8530727 TTTTAAATTTCTCATTTATTAATTTTCTAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
66 TTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTCTAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTT
8530785 CAAATAAGCA
Statistics
Matches: 105, Mismatches: 13, Indels: 10
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
131 2 0.02
132 94 0.90
133 9 0.09
ACGTcount: A:0.37, C:0.06, G:0.07, T:0.49
Consensus pattern (132 bp):
ATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATTAGTAAACAGATTAATT
TTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTCTAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTGGATAA
CT
Found at i:8530878 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 8530656--8533383 Score: 2038
Period size: 180 Copynumber: 15.3 Consensus size: 180
8530646 TTTATTTTGG
* *
8530656 ATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGA
1 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGA
* * * *
8530721 TTAATTTTTTAAATTTCTCATTTATTAATTTTCTAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
66 TTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * * *
8530786 AAATAAGCATATATGAGTTGAAACAATTATTTTATGACTAAA-AAAAGATC
130 GAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTC
* * * * ** *
8530836 AGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA-TTAGTTTAACAAACAC
1 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTAGTAAACAG
* * * * * *
8530900 ATTTATTTTTTAAA-ATC-T-CTTTTTAATTTTTAGAATATT-ATTAATCTAGCAATATTTGACT
65 ATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTA-T
* * * * * * * *
8530961 TT-GAACAAGCTTATATGAAAAAAAATAATTATTTTATGACAAAAC-GAAGATC
127 TTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTC
* * *
8531013 ATAACGATTTGAGATGGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TAATTT-AAATTAGTTT-GATAAAC
1 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTT-GTTTAG-TAAAC
* * * *
8531075 AGATTTAGTTTTTAAATATCTTA-TTA--AATTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
63 AGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * ** * *
8531137 AT-GAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACAAC-AAA-AAAATGTG
128 -TCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTC
* * * * * * * * * ** *
8531188 ATAACAATTTAAAATAGATAATAGTTTAAATGGACATGATTGTTTGAACTTGTTCGGTAAATAGA
1 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGA
* * *
8531253 TTTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTTGAATATTAA-AAATTAGTATTATTTTATTT
66 -TTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* ** * * *
8531317 CAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATC
129 CGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTC
* * * * * * *
8531369 ATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAATCATAACTATTTGAACTCGCTTAGT-AACAGA
1 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGA
* *
8531433 TTTATTTTTTAAATCTT-TTGCTTATTAATTTTTAGAAT-TTGAATAAATTAGAATTATTTTATT
66 TTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTTA-AATATT-AATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * *
8531496 TTGAATAAGTTTTTATGAATAGAAATAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGATC
128 TCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTC
* * * * * * **
8531549 ATAATGATTTGCAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTG-GCTGTGTTTAGAAAACTT
1 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTTAGTAAACAG
* * * *
8531613 ATTTATTTTTTTAAAATT-TAAATTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-T
65 ATTTA-TTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT
* ** * *
8531675 TCAAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTC
128 TC-GAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTC
* * * * * * * ** *
8531728 ATAAAG-TTTTAGAACAGATAATTGTTCCAATAGTCATAATTATTTGAACATGTTCAACAAACAT
1 ATAACGATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAG
* * *
8531792 ATTCATTTTTT-AATTCTCTTACTCATTAATTTTCTTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
65 ATTTATTTTTTAAATT-TCTTACTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * *
8531856 TCAAATAAGTTTATATGGACT-GAAACAATTTTTTTATTAC-ATAACAAAAGGTC
128 TCGAATAAGCTTATAT-GAATAGAAACAATTGTTTTATGACTA-AACAAAAGGTC
* * * * * *
8531909 -TCAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGA-TGATTTTAAGTTGTTCAGTAAACA
1 AT-AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTTAGTAAACA
* * *
8531972 TATTTGTTTCTTAAATATT-TTACTTATT-ATTTGTTGAAATATTAATAAATTA--A-TA-TTTA
64 GATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTT-TT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * *
8532031 ATT-GAATAAAC---T-T---CAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTT
126 TTTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTC
* * * * ** * **
8532078 ATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAATTGA
1 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGA
*
8532143 TTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTGTCTT-AATATTAATAAATTTGTATT-TTTTATT
66 TTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATT-T-TTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * ** * *
8532205 T-GAAATAAGCTTTTATGAATAGAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTT
128 TCG-AATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTC
*** * * ** * * **
8532258 ATAGTAATTTCAAATAGATAATCT-TTAAAATAGTCATAGTTATTTAAACTTG-TTCGATAAATT
1 ATAACGATTTGAAATAGATAAT-TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACA
* * * *
8532321 GATTCT-TTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTAATAACTTAATATTATTTTAT
64 GATT-TATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* ** * * * *
8532385 TTTGAATAATTTTATATAAATTGAAATAATTTTTTTATGA-TAAAACAAAAGGTC
127 TTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTC
* * * * * * * * * *
8532439 ATAACAATTTGAAATAGATATTTATTCAAAAAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCAATAAACATA
1 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGA
* * * *
8532504 TTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCC
66 TTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * **
8532569 GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTGTTTTAT-AATAGAACAAAAAATC
130 GAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACTA-AACAAAAGGTC
* * * ** * * *
8532620 ATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAACGGTCATAGCTATTTAAACTAGTTT-GATAAACAG
1 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAG
* *
8532684 ATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATATATTAGTATTTTTTTATTT
65 ATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * *
8532745 CGAACAAACTTATATGAACAAAAATATTTGTTTTATGAC-AAAGCAAAAGGTA
129 CGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACTAAA-CAAAAGGTC
* * * *
8532797 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-ATAATTATTTGAAC-TGATTAGGCAAACAG
1 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTA-GTAAACAG
* * * * *
8532860 AATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTGGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATT
65 ATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * * *
8532924 TCGAATAAACTTGTGTG-ATCAAAAATATTTGTTATATGACTAACCAAAAGGTA
128 TCGAATAAGCTTATATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTC
* * * * ** *
8532977 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAAT-GACCATAATTATTTGAACTAATTTAGTAACCAG
1 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAG
* * ** *
8533041 ATTCACTTTTTTGAATCACTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
65 ATTTA-TTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * *
8533106 TTGAATTAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTATTTTGTGA-TAAAACAAAAGGTC
128 TCGAATAAGCTTATATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTC
** * * * * * * * *
8533159 ATAACGATTTTTAATAGAGAATTGCTCAAATAGTCGTAACTATTTGAATTTGTTCAATAAAAAAA
1 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGA
* * *
8533224 TTTATTTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTT
66 TTTA-TTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * * *
8533288 TGGATAATCTTTTATAAACT-GAAACAATTTTTTTAT-ATCAAAACAAAAGGTA
129 CGAATAAGCTTATATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA-CTAAACAAAAGGTC
* * *
8533340 ATAA-TATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-TTTG
1 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
8533384 CTTATTAATT
Statistics
Matches: 2031, Mismatches: 406, Indels: 223
0.76 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 109 0.05
170 5 0.00
171 4 0.00
172 9 0.00
173 7 0.00
175 54 0.03
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184 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGA
TTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
AATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTC
Found at i:8531401 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 8531369--8531401 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
8531359 ACAAAAGATC
8531369 ATAATGATTTGAAATAA
1 ATAATGATTTGAAATAA
*
8531386 ATAATTATTT-AAATAA
1 ATAATGATTTGAAATAA
8531402 TCATAACTAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
17 9 0.60
ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.06, T:0.39
Consensus pattern (17 bp):
ATAATGATTTGAAATAA
Found at i:8531822 original size:539 final size:535
Alignment explanation
Indices: 8530668--8533377 Score: 2216
Period size: 539 Copynumber: 5.1 Consensus size: 535
8530658 AACTATTTGA
* * * *
8530668 AATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTAATTTTTTAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTCATTTTTTAA
* * * * * * *
8530733 ATTTCTCATTTATTAATTTTCTAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCA-TA
66 ATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA-AATTA
* * * * * * *
8530797 TATGAGTTGAAACAATTATTTTATGACTAAA-AAAAGATCAGAACGATTTGAAATAGATAATTAT
130 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
* * * * * ** * *
8530861 TCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTAGTTTAACAAACACATTTATTTTTTAAAATC---T-CTTT
195 TCAAATAATCATAACTATTTGAACTAG-TTCAGTAACAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTA
* * * * * * *
8530922 TTAATTTTTAGAATATT-ATTAATCTAGCAA-TATTTGACTTTGAACAAGCTTATATGAAAAAAA
258 TTAATTTTTAGAATATTAATAAAT-TAG-AATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * * ** *
8530985 ATAATTATTTTATGACAAAAC-GAAGATCATAACGATTTGAGATGGATAATTGTTCAAATAGTCA
321 ATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCA
* * * *
8531049 TAA-TAATTTAAATTAGTTTGATAAACAGATTTAGTTTTT-AAATATCTTATTAAATTTTGAAAT
386 TAACT-ATTTGACTT-GTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAAATTTCTTATT-AATTTTGAAAT
* * **
8531112 ATTAATAAATTAATATTATTTTATT-ATGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT-T-AC
448 ATTAATAAATTTATATTATTTTATTCA-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTATGAC
* * * *
8531174 AACAAAAAAATGTGATAACAATTTAA
512 AA-AACAAAAGGTAATAA-AATTTAG
* * * * * * * * *
8531200 AATAGATAATAGTTTAAATGGACATGATTGTTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTTATTTTTTA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGA-TTCATTTTTTA
* *
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65 AATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTA
* *
8531329 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTAT
130 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
* * *
8531394 TTAAATAATCATAACTATTTGAACTCGCTT-AGTAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTAT
195 TCAAATAATCATAACTATTTGAACTAG-TTCAGTAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* *
8531458 TAATTTTTAGAAT-TTGAATAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAAGTTTTTATGAATAGAAAT
259 TAATTTTTAGAATATT-AATAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAT
* * *
8531522 AATTGGTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGCAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATA
323 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATA
* ** *
8531587 ACTATTTGGCTGTGTTTAGA-AAACTTATTTATTTTTTTAAAATTTAAATTATTAATTTTGAAAT
388 ACTATTTGACT-TGTTT-GATAAACAGATTTA-TTTTTTAAAATTT--CTTATTAATTTTGAAAT
* *
8531651 ATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTATGACA
448 ATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTATGACA
* *
8531716 AAACAAAAGGTCATAAAGTTTTAG
513 AAACAAAAGGTAATAAA-ATTTAG
* * * ** *
8531740 AACAGATAATTGTTCCAATAGTCATAATTATTTGAACATGTTCAACAAACATATTCATTTTTTAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTCATTTTTTAA
* * **
8531805 TTCTCTTACTCATTAATTTTCTT-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTA
66 ATCTCTTACTTATTAATTTT-TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTA
* * * *
8531869 TATGGACT-GAAACAATTTTTTTATTACATAACAAAAGGTC-TCAATGATTTGAAATAGATAATT
130 TAT-GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AATGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * * * *
8531932 ATTCAAATAGTCATGA-TGATTTTAAGTTGTTCAGTAAACATATTTGTTTCTTAAATATTTTACT
193 ATTCAAATAATCATAACT-ATTTGAACTAGTTCAGT-AACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * *
8531996 TATT-ATTTGTT-GAAATATTAATAAATT--AA-TA-TTTA-ATTGAATAAAC---T-T---CAG
256 TATTAATTT-TTAG-AATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * *
8532047 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAA
319 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAG
** * ** *
8532111 TCATAAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAATTGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTC
383 TCATAACTATTTG-ACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAA--ATTT-CTTATTAATT-T-
* * ** * *
8532176 T-TAATATTAATAAATTTGTATT-TTTTATTTGAAATAAGCTTTTATGAATAGAAAAAATCAT-T
442 TGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT--TGT
* *
8532238 TTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTAATTTCA-
505 TTATGACAAAACAAAAGGTAATA-AAATTT-AG
* * * ** *
8532270 AATAGATAATCT-TTAAAATAGTCATAGTTATTTAAACTTGTTC-GATAAATTGATTCTTTTTTT
1 AATAGATAAT-TGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTCATTTTTT
* * * * ** **
8532333 AAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTTGAATAATTTT
64 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATT
* * * * * ** *
8532398 ATATAAATTGAAATAATTTTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATATTTA
129 ATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA
* * * * *
8532463 TTCAAA-AAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTTACTT
194 TTCAAATAA-TCATAACTATTTGAACTAGTTCAGT-AACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* * * * **
8532527 ATTAATTGTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
257 ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* * * * * **
8532592 CT-ATTGTTTTATAATAGAACAAAAAATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAACGGTCA
322 -TAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCA
* * * *
8532656 TAGCTATTTAAACTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTATTAATTTTTGAAATA
386 TAACTATTT-GACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAAATTTCTTATTAA-TTTTGAAATA
* * * * * * * *
8532720 TTAATATA-TTAGTATTTTTTTATTTCGAACA-AA-CTTATATGAACAAAAATATTTGTTTTATG
449 TTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTC-AAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG-TTTATG
* *
8532782 ACAAAGCAAAAGGTAATAATGATTT-G
510 ACAAAACAAAAGGTAATAA-AATTTAG
*
8532808 AAATAGATAATTGTTCAAATAGT-ATAATTATTTGAAC-TGATT-AGGCAAACAGAATT-ATTTT
1 -AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTG-TTCA-GTAAACAG-ATTCATTTT
* * * *
8532869 TTAAATCTCTTACATATTAA-TTTTGGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTTCGAATAA
62 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
* * * * * * * * * *
8532932 ACTTGTGTG-ATCAAAAATATTTGTTATATGACTAACCAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGAT
125 AATTATATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
* * * * * * * * * **
8532996 AATTGTTGAAATGACCATAATTATTTGAACTAATTTAGTAACCAGATTCACTTTTTTGAATCACT
189 AATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAA-CAGATTTA-TTTTTTAAATCTTT
* * *
8533061 TACCTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATTAGCTTGTATGAA
252 TACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * ** * *
8533125 CT-GAAACAATTATTTTGTGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTTAATAGAGAATTGCTCAAA
316 -TAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAA
* * ** * * *
8533189 TAGTCGTAACTATTTGAATTTGTTCAATAAAAAAATTTATTTTTTTAAACTCTTGCTTATTAATT
380 TAGTCATAACTATTTG-ACTTGTTTGATAAACAGATTTA-TTTTTTAAAAT-TT-CTTATTAA-T
* **** * * *
8533254 TTTGAAATATTAAGAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGGATAATCTTTTATAAACT-GAAACAATT
440 TTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAA-T
* *
8533317 TTTTTAT-ATCAAAACAAAAGGTAATAATATTTTA-
502 TGTTTATGA-CAAAACAAAAGGTAATAA-AATTTAG
*
8533351 AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
8533378 CTTTTGCTTA
Statistics
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0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (535 bp):
AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTCATTTTTTAA
ATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTAT
ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATT
CAAATAATCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAAT
TGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACT
ATTTGACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAAATTTCTTATTAATTTTGAAATATTAATAA
ATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTATGACAAAACAAAA
GGTAATAAAATTTAG
Found at i:8534205 original size:20 final size:20
Alignment explanation
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Period size: 20 Copynumber: 2.4 Consensus size: 20
8534172 AAAACCGATA
8534182 GATCCCTTCTTGAAGGGATC
1 GATCCCTTCTTGAAGGGATC
8534202 GATCCCTTCTTGAAGGGATC
1 GATCCCTTCTTGAAGGGATC
8534222 GATCCCTT
1 GATCCCTT
8534230 GCCAGGTAAT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (20 bp):
GATCCCTTCTTGAAGGGATC
Found at i:8535154 original size:43 final size:42
Alignment explanation
Indices: 8535102--8535187 Score: 145
Period size: 43 Copynumber: 2.0 Consensus size: 42
8535092 GACATTTTGA
*
8535102 ATAACTCCCCCTTAATTTATGCATTCTAATCCAACACATCTC
1 ATAACTCCCCCTTAATTTATGCATGCTAATCCAACACATCTC
*
8535144 ATAAGCTCCCCCTTAATTTATGTATGCTAATCCAACACATCTC
1 ATAA-CTCCCCCTTAATTTATGCATGCTAATCCAACACATCTC
8535187 A
1 A
8535188 ACAAACATAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (42 bp):
ATAACTCCCCCTTAATTTATGCATGCTAATCCAACACATCTC
Found at i:8541150 original size:361 final size:354
Alignment explanation
Indices: 8540233--8541150 Score: 819
Period size: 362 Copynumber: 2.5 Consensus size: 354
8540223 ACTGATTCAA
* * *
8540233 AAATAGATTTAATTTTTAAATTTCTTATTACTTATTATTTTAAGAAATATTAATAAATTAATATT
1 AAATAGATTTAATTTTTAAATTTCTTACTAATTATT-TTTT---AAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * * * *
8540298 ATTTTATTCCATCTATGCTTCTATTAACTTAAACAATTGTTTTATGATAAATCAAAAGGTTATAA
62 ATTTTATTCAAAC-AAGCTTAT-TTAAC-AAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTAATAA
* * * * * * * * *
8540363 CGATTTTAAATAGACAATTGCTCAAATAGTGATAATTGTTTAAACTT-GTTTGATAAACAGATTT
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* * * * *
8540427 ATTTTTTTATCTTTCTTATTAATTTTCAAATGTTAATAAATTAATATTAATTTATTCTAAATAAG
187 ATTTTTTAATCTTTCTTATTAAGTTTCAAATATTAATAAATTAATATTAATTTATTCCAAATAAA
* * * * * * **
8540492 CTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGCTCAAAATGATTTCAAATAAATAA
252 ATAGTATGAACTAAAACAATTGTTTGATGACTAAAAAAAAGCTCAAAACAATTTCAAATAAATAA
* * ** *
8540557 TTGCTCTAATAGTCTTAACCATTTGAATTGAATTTGGT
317 TTACTCAAATAGTCAAAACCATTTGAAATGAATTTGGT
* * * * * *
8540595 AAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTACTAAATTAGTATTATT
1 AAATAGATTTAATTTTTAAATTTCTTACTAATT-ATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * *
8540660 TTAATT-AGAATAAGCTTATTTGAACAAAATAATTATTTTACAACAAAAGAAAAAATCATAACAA
65 TT-ATTCA-AACAAGCTTATTT-AACAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTAATAACGA
* * * ** * *
8540724 TTTGAAATAGATAATCGTTCAAATAATCT-TAACTATTTGAACTAGTTCAACAATTA-AATTTAT
127 TTTG-AATAGATAATTGTTCAAATAAT-TATAATTATTTGAATTAGTTTGATAAATAGAA-TTAT
* *
8540787 TTTTTAAT-TTTCTTAGTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTCCAAAT
189 TTTTTAATCTTTC----TTATTAAGTTTC-AAATATTAATAAATTAATATTAATTTATTCCAAAT
* *
8540851 AAAATAGTATGAAC-AAAACCAATTGTTTGATGA-TAAAATAAAAAGC-CATAACAATTTGAAAT
249 AAAATAGTATGAACTAAAA-CAATTGTTTGATGACT-AAA-AAAAAGCTCAAAACAATTTCAAAT
* * * *
8540913 AGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATG-GTTTGGT
311 AAATAATTACTCAAATAGTCAAAACCATTTGAAATGAATTTGGT
* *
8540956 AAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTACTTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATT
1 AAATAGATTTAATTTTTAAATTTCTTACTAATTA-TTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * *
8541021 TTATTTCAAACAAACTTATCTTAACAAAAACAACTGTTTTATAACCAAACAAAAAGTAATAATGA
65 TTA-TTCAAACAAGCTTAT-TTAAC-AAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTAATAACGA
* * *
8541086 TTTGAATAGATAATTGTTCAAATACTTATAATTACTTGAATTAGTTTGGTAAATAGAATTATTTT
127 TTTGAATAGATAATTGTTCAAATAATTATAATTATTTGAATTAGTTTGATAAATAGAATTATTTT
8541151 CTAAATCTCT
Statistics
Matches: 436, Mismatches: 97, Indels: 47
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
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358 74 0.17
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (354 bp):
AAATAGATTTAATTTTTAAATTTCTTACTAATTATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
TATTCAAACAAGCTTATTTAACAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTG
AATAGATAATTGTTCAAATAATTATAATTATTTGAATTAGTTTGATAAATAGAATTATTTTTTAA
TCTTTCTTATTAAGTTTCAAATATTAATAAATTAATATTAATTTATTCCAAATAAAATAGTATGA
ACTAAAACAATTGTTTGATGACTAAAAAAAAGCTCAAAACAATTTCAAATAAATAATTACTCAAA
TAGTCAAAACCATTTGAAATGAATTTGGT
Found at i:8541159 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 8540145--8541162 Score: 621
Period size: 181 Copynumber: 5.7 Consensus size: 180
8540135 CTATATGATT
* * * * ** * **
8540145 AAAACAATTATTTTATAACAAAA-AAAATGTCATAACAATTTCAAATAGACAATCATTTAAATGG
1 AAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAA
** * * * * *** * * *
8540209 CCATAATTATTTTAACT-GATTCAAAAATAGATTTAATTTTTAAATTTCTTA-TTACTTATTATT
66 TTATAACTATTTGAATTAGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-TTA--ATT
* * * ** ** * *
8540272 TTAAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCATCTATGCTTCTATTAACT
128 TTTA-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTAT-TTAACA
* * * * * * * * * * *
8540327 TAAACAATTGTTTTATGATAAATCAAAAGGTTATAACGATTTTAAATAGACAATTGCTCAAATAG
1 AAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAA
* * * * * * * *
8540392 TGATAATTGTTTAAACTT-GTTTGATAAACAGATTTATTTTTT-TATCT-TT-CTTATTAA-TTT
66 TTATAACTATTTGAA-TTAGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * * * *
8540452 TCAAATGTTAATAAATTAATATTAATTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAACT
130 TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTAT-TTAACA
* * * * * ** * * * *
8540504 GAAATAATTGTTTTATGACTAAAC-AAAAGCTCAAAATGATTTCAAATAAATAATTGCTCTAATA
1 AAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * *
8540568 GTCT-TAACCATTTGAATTGAATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATT
65 AT-TATAACTATTTGAATT-AGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * *
8540632 TTTGAAATATTACTAAATTAGTATTATTTTAATT-AGAATAAGCTTATTTGAAC-
128 TTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAACTTATTT-AACA
* * * * * *
8540685 AAAATAATTATTTTACAACAAAAGAAAAAATCATAACAATTTGAAATAGATAATCGTTCAAATAA
1 AAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAA
* **** * * * * *
8540750 TCT-TAACTATTTGAACTAGTTCAACAATTAAATTTATTTTTTAATTTTCTTAGTTATTAAGTTT
66 T-TATAACTATTTGAATTAGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * *
8540814 CAAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAA-ATAGTATGAACA
130 TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTA-T-TTAACA
* * * * * * * *
8540866 AAACCAATTGTTTGATGATAAAATAAAAAGCCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
1 AAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAA
* * * * * * * *
8540931 TCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTACTTTTT
66 TTATAACTATTTGAATTAGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* *
8540996 TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATCTTAACA
131 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTAT-TTAACA
* * * ** *
8541047 AAAACAACTGTTTTATAACCAAACAAAAAGTAATAATGATTTG-AATAGATAATTGTTCAAATAC
1 AAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAA
* * *
8541111 TTATAATTACTTGAATTAGTTTGGTAAATAGAA-TTATTTTCTAAATCTCTTA
66 TTATAACTATTTGAATTAGTTTGGTAAATA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTA
8541163 TAAATTTTCT
Statistics
Matches: 649, Mismatches: 164, Indels: 48
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 8 0.01
177 95 0.15
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179 6 0.01
180 134 0.21
181 245 0.38
182 69 0.11
183 48 0.07
184 20 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAA
TTATAACTATTTGAATTAGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATTTAACA
Found at i:8541171 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 8541146--8541196 Score: 102
Period size: 20 Copynumber: 2.5 Consensus size: 20
8541136 AAATAGAATT
8541146 ATTTTCTAAATCTCTTATAA
1 ATTTTCTAAATCTCTTATAA
8541166 ATTTTCTAAATCTCTTATAA
1 ATTTTCTAAATCTCTTATAA
8541186 ATTTTCTAAAT
1 ATTTTCTAAAT
8541197 ATTAATAAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 31 1.00
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Consensus pattern (20 bp):
ATTTTCTAAATCTCTTATAA
Found at i:8541958 original size:185 final size:185
Alignment explanation
Indices: 8541628--8541968 Score: 418
Period size: 185 Copynumber: 1.8 Consensus size: 185
8541618 AGATTAATAT
* * * *
8541628 TTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGAAAACAGTTTTAGTTTTTAAATCTCTTAC
1 TTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTAAACTTGTTCGGAAAACAATTTTA-TTTTTAAATCTCTTAC
* * * ***
8541693 TTATTAATTTTCTAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCTGATAAATATTTATGAATTGA
65 TCATTAATTTTCTAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGGATAAATATGTATGAACCAA
8541758 AACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAACTTTAAATAGTTAGAATGA
130 AACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAACTTTAAATAGTTAGAATGA
* * * *
8541814 TTGTTCAAATAGTTAAATCTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAAATTTT-TTTTTAAATCTCTTGC
1 TTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTAAACTTGTTCGGAAAAC-AATTTTATTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * *
8541878 TCATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTAT-GGATAAGCT-TGTATTAACC
65 TCATTAATTTTCTAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATT-TCGGATAA-ATATGTATGAACC
* * *
8541941 AAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAA
128 AAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAA
8541969 TATTTGAACG
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 23, Indels: 7
0.81 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
185 87 0.67
186 37 0.29
187 5 0.04
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (185 bp):
TTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTAAACTTGTTCGGAAAACAATTTTATTTTTAAATCTCTTACT
CATTAATTTTCTAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGGATAAATATGTATGAACCAAA
ACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAACTTTAAATAGTTAGAATGA
Found at i:8542458 original size:181 final size:180
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Indices: 8541349--8543237 Score: 1155
Period size: 181 Copynumber: 10.5 Consensus size: 180
8541339 TGAAATAAAT
* * * * * * *
8541349 AAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAACTATTAT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTT
* * * * * ** * * *
8541413 ATG-ACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGCCTTAACTATTTA
65 A-GAACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATAGTCATAACTATTTG
* *** *
8541477 AACTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTT--TTA--AATTTTG
129 AACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTG
** * ** * * * * * *
8541526 GTATATTATTAAATTAGTATTACTTTTA-TCCAAATAAGTTTGGATGACCGGAAATAATTATTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTT
** * ** * * * *
8541590 ATTAGAAAAC-AAA-GATCATAGTGATTTGAGATTA-ATATTTGTTTAAATAGTCATAACTATTT
65 AGAACAAAACAAAATG-TCATAACGATTTGA-AATAGATAATTATTGAAATAGTCATAACTATTT
* * * * *
8541652 GAACTTGTTCGGA-AAACAGTTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCT
128 GAACTTGTTC-AATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-G
* * * * ** *
8541706 AAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCT-GATAA-ATATTTATGAATTGAAACAATTGCTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-TAAATAAGCT-TGTATGAACAGAAACAATTGTTT
* * * * *
8541769 TATG-ACAAAACAAAAGGTCATAACAACTTT-AAATAGTTAGAATGATTGTTCAAATAGTTA-AA
64 TA-GAACAAAACAAAATGTCATAACGA-TTTGAAATAG--ATAATTATTG---AAATAGTCATAA
* ** * * * *
8541831 TCTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAAATTT-TTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTTG
122 -CTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA--TTTTG
* * ** * *
8541892 -AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGGATAAGCTTGTATTAACCA-AAATAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAA-CAGAAACAATTGTTTT
* * * * ** ** * *
8541955 ATG-ACTAAACAAAATAT-TTGAACGATTTGAAATAGACAATTGCTCTAATAGTCTTAACAATTT
65 A-GAACAAAACAAAATGTCAT-AACGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATAGTCATAACTATTT
** * * * *
8542018 GAA-TTGTTTTGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATT--TTTTT
128 GAACTTG-TTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTG
* * * ** * * *
8542068 AAATATTATTAAATTAGTAATATTTTAATCCAAATAAGTTTG-AT-AAAAGAAAACAATTGTTCT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAG-AAACAATTGTTTT
* * * * * * *
8542131 ATG-ACAAAATAAAA-ATCATAAGGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTA
65 A-GAACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATAGTCATAACTATTTG
* * * *
8542194 AAC-TGTTTCAA-AAA-AAAATTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTAA
129 AACTTG-TTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-G
** * * ** * ** * *
8542241 AAATATCGATAGATCAACATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTA
* * * *
8542306 CGAA-AAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATGGACATGATTATTTGA
66 -GAACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * *
8542370 ACTTGTTCAAAAAATAGATTTGTTTTTTAAGTCTTTTA-TCTATTAATTTTG
130 ACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT-TATTAATTTTG
* * * *
8542421 AAAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTTAAATAAACTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTT
1 -AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTT
* * *
8542486 ATG-ACAAAACAAAA-GAACATAACTATTTGAAATA-AGTAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
65 A-GAACAAAACAAAATG-TCATAACGATTTGAAATAGA-TAATTATTGAAATAGTCATAACTATT
* * ** * *
8542548 TGAACTTGCTT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATAGTTTACTTACTAATTTTTT
127 TGAACTTG-TTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTG
* * ** * * *
8542603 TAATATGAATAAACCAGTATTATTTTATTTTGAATACAG-TTGAATGAACAGAAACAATTGGTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATA-AGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTT
* * * * * * * * *
8542667 ATAACAAAACAAAATATAATAACTATTCGAAATACATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAA
65 AGAACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * *
8542732 ACGTGTTTAGA-AAACATATTTCTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATGTTTG
130 ACTTGTTCA-ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT-TTTG
** * *
8542783 -AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTATTTT
1 AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTT
* * * * *
8542846 ATAACAAAACAAAATGTCATAACGATATGAACTAGAAAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTGA
65 AGAACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * *
8542911 ACTTGTTCAATAGATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTG
130 ACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTG
* * * * * * * *
8542963 GAATATTAATGAGTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAACTGATACAATTGTTTCA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTT--
* * * *
8543028 TGATGAAACAAAAGAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCG-AATAGTTATGACT
64 T-A-G-AACAAAA-CAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATT-GAAATAGTCATAACT
** * * * * *
8543092 ATTCAAACTTATTCGATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTA
124 ATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTG
* * ** * **
8543150 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTGTGAATTGAAACAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTA
*
8543215 TG-AC-CAA-AAAA-GTCATAACGATT
66 -GAACAAAACAAAATGTCATAACGATT
8543238 AGAACTTATT
Statistics
Matches: 1331, Mismatches: 295, Indels: 171
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
170 6 0.00
172 4 0.00
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Consensus pattern (180 bp):
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTA
GAACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATAGTCATAACTATTTGAA
CTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTG
Found at i:8542855 original size:360 final size:364
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8541624 ATATTTGTTT
** * * *
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1 AAATAGTCATAACTATTCAAACTTATT-AGATAAACA-TATTTA-TTTTTAAAATCTTTTACTTA
* * * * * *
8541696 TTAATTTTCTAAATATTAATAAA-GTAGTATTATTTTATTTCTG-ATAA-ATATTTATGAATTGA
63 TTAATGTT-TGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTC-GAATAAGCT-TGTATGAATAGA
* * * * * * *
8541758 AACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAACT-TTAAATAGTTAGAATGATTGTTCAA
124 AACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATGACATAACGA-TATGAAATAG--A-AA--ATTATTCAA
* * ** * * *
8541822 ATAGTTA-AATCTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAAATT-TTTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAA
183 ATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCACTAA
* * * ** ** * * * *
8541885 TTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTAT-GGATAAGCTTGTATTAACCA-AAATAA
247 TTTTTGGAATATGAATAAACCAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCCTATATGAA-CAGAAACAA
* * * * * * * **
8541948 TT-GTT-TTAT-GACTAAAC-AAAA-TATTTGAACGATTTGAAATAGACAATTGCTC
310 TTGGTTATGATAAACAAAACAAAAAGTA-AT-AACGATTCGAAATACATAATTATTC
* * * ** * * * * * *
8542000 TAATAGTCTTAACAATTTGAA-TTGTTTTGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATT
1 AAATAGTCATAACTATTCAAACTT-ATTAGATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATT
* * * * * * * * *
8542063 --TTTTTAAATATTATTAAA-TTAGTAATATTTTAATCCAAATAAGTTTG-AT-AAAAGAAAACA
65 AATGTTTGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACA
* * * * * * * *
8542123 ATTGTTCTATGACAAAATAAAA--ATCATAAGGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
128 ATTGTTTTATAACAAAACAAAATGA-CATAACGATATGAAATAGAAAATTATTCAAATAGTCATA
* * * ***
8542186 ACTATTTAAAC-TGTTTCAA-AAAAAAATT-AGTTTTTAAATCTCTTA-T---TAATTTTAAAAA
192 ACTATTTGAACTTG-TTCAATAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCACTAATTTTTGGAA
* * ** *** * * * *
8542244 TATCG-ATAGATCAACATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGTATGAACATAAATAATT-GTT-TT
256 TAT-GAATAAACCAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCCTATATGAACAGAAACAATTGGTTATG
** * * * * *
8542305 ACGAA-AAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTG
319 ATAAACAAAACAAAAAGTAATAACGATTCGAAATACATAATTATTC
* * * * ** * * * * * * *
8542350 AAATGGACATGATTATTTGAACTTGTTCA-AAAAATAGATTTGTTTTTTAAGTCTTTTA-TCTAT
1 AAATAGTCATAACTATTCAAACTTATT-AGATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACT-TAT
* ** * *
8542413 TAAT-TTTGAAAATATTAATAAA-TTAGTATTGTTTTATTTTAAATAAACTTGTATAAATAGAAA
64 TAATGTTTG--AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* * * *
8542476 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GAACATAACTATTTGAAATA-AGTAATTATTCAAATAGTC
126 CAATTGTTTTATAACAAAACAAAATG-ACATAACGATATGAAATAGA-AAATTATTCAAATAGTC
* * * *
8542539 ATAACTATTTGAACTTGCTT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATAGT-TTACTTACTAATTTTT
189 ATAACTATTTGAACTTG-TTCAATAAACAAATTCATTTTTTAAAT-CTCTTACTCACTAATTTTT
** ** *
8542602 TTAATATGAATAAACCAGTATTATTTTATTTTGAATACAG-TTGA-ATGAACAGAAACAATTGGT
252 GGAATATGAATAAACCAGTATTATTTTATTTCAAATA-AGCCT-ATATGAACAGAAACAATTGGT
* *
8542665 T-T-AT-AACAAAACAAAATA-TAATAACTATTCGAAATACATAATTGTTC
315 TATGATAAACAAAACAAAA-AGTAATAACGATTCGAAATACATAATTATTC
* *
8542712 AAATAGTCATAACTATTTAAACGTGT-TTAGA-AAACATATTTCTTTTTAAAAT-TTTTACTTAT
1 AAATAGTCATAACTATTCAAAC-T-TATTAGATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTAT
* * *
8542774 TAATGTTTGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAA
64 TAATGTTTGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
* * * * *
8542839 TTATTTTATAACAAAACAAAATGTCATAACGATATGAACTAGAAAATTGTTGAAATAGTCATAAC
129 TTGTTTTATAACAAAACAAAATGACATAACGATATGAAATAGAAAATTATTCAAATAGTCATAAC
* * * *
8542904 TATTTGAACTTGTTCAATAGATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATAT
194 TATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCACTAATTTTTGGAATAT
* * *** * * *
8542969 TAATGAGTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAACTGATACAATTGTTTCATGATGA
259 GAATAAACCAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAACAGAAACAATTGGTT-ATGAT-A
* * * *
8543034 AACAAAAGAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
322 AACAAAACAAAAA-GTAATAACGATTCGAAATACATAATTATTC
* * * *
8543078 GAATAGTTATGACTATTCAAACTTATTCGATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTCAAACTTATTAGATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTA
** * * * *
8543143 ATTGTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTGTGAATTGAAACAAT
66 A-TGTTTGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
8543208 TGTTTTAT
130 TGTTTTAT
8543216 GACCAAAAAA
Statistics
Matches: 965, Mismatches: 183, Indels: 134
0.75 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
348 1 0.00
349 3 0.00
350 117 0.12
351 11 0.01
352 4 0.00
353 2 0.00
354 57 0.06
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360 203 0.21
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368 61 0.06
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (364 bp):
AAATAGTCATAACTATTCAAACTTATTAGATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTA
ATGTTTGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT
GTTTTATAACAAAACAAAATGACATAACGATATGAAATAGAAAATTATTCAAATAGTCATAACTA
TTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCACTAATTTTTGGAATATGA
ATAAACCAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAACAGAAACAATTGGTTATGATAAACA
AAACAAAAAGTAATAACGATTCGAAATACATAATTATTC
Found at i:8542889 original size:716 final size:715
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Indices: 8541647--8543223 Score: 1509
Period size: 716 Copynumber: 2.2 Consensus size: 715
8541637 TAGTCATAAC
** * *
8541647 TATTTGAACTTGTTCGGAAAACAGTTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCTAAATAT
1 TATTTGAACTTGTTCAAAAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATAT
* * * *
8541712 TAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCTGATAAATATTTATGAATTGAAACAATTGCTTTATGACAA
66 TAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCTAATAAATATGTATAAATAGAAACAATTGCTTTATGACAA
** * * *
8541777 AACAAAAGGTCATAACAACTTTAAATAGTTAGAATGATTGTTCAAATAGTTAAATCTATTTAAAC
131 AACAAAAGAACATAACAACTTTAAATA--TAG-ATAATTATTCAAATAGTCAAATCTATTTAAAC
* * * * * **
8541842 TTGTTCGGTAAACAAATTTTTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTA
193 TTGTTCAGTAAACAAATTTTTTTTTAAATCTCTTACTCACTAATTTTTTGAATATGAATAAACCA
* * * * * * *
8541907 GTATTATTTTATTATGGATAAGCTTGTATTAACCAAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAATAT
258 GTATTATTTTATTATGAATAAGCTTGAATGAACCAAAACAATTGGTTTATAACAAAACAAAATAT
* * * * * * * *
8541972 TTGAACGATTTGAAATAGACAATTGCTCTAATAGTCTTAACAATTTGAATTGTTTTGACAAACAC
323 ATGAACGATTCGAAATACACAATTGCTCAAATAGTCATAACAATTTAAAGTGTTTAGACAAACAC
* * *
8542037 ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTTTTTTAAATATTATTAAATTAGTAATATTTTAATCCAAA
388 ATTTATTTTTAAAATCTCTTATTATTTGTTTAAATATTAATAAATTAGTAATATTTTAATCCAAA
* * * * * * *
8542102 TAAGTTTGATAAAAGAAAACAATTGTTCTATGACAAAATAAAAATCATAAGGATTTGAGATAGAT
453 TAAGCTTGATAAAAGAAAACAATTATTCTATAACAAAACAAAAATCATAACGATATGAGATAGAA
8542167 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TGTTTCAA-AAAAAAATT-AGTTTTTAAATCTCT
518 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTG-TTCAATAAAAAAATTCAGTTTTTAAATCTCT
8542229 TATTAATTTTAAAAATATCGATAGATCAACATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAACATAA
582 TATTAATTTTAAAAATATCGATAGATCAACATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAACATAA
8542294 ATAATTGTTTTACGAAAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATGGACA
647 ATAATTGTTTTACGAAAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATGGACA
8542359 TGAT
712 TGAT
* * * *
8542363 TATTTGAACTTGTTCAAAAAATAGATTT-GTTTTTTAAGTCTTTTA-TCTATTAATTTTGAAAAT
1 TATTTGAACTTGTTCAAAAAACAGATTTAG-TTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTCAAAAT
* * *
8542426 ATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTT-TAAATAAACT-TGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATG
64 ATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCT-AATAAA-TATGTATAAATAGAAACAATTGCTTTATG
* *
8542489 ACAAAACAAAAGAACATAACTA-TTTGAAATA-AG-TAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTG
127 ACAAAACAAAAGAACATAACAACTTT-AAATATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AATCTATTTA
* * *
8542550 AACTTGCTT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATAGT-TTACTTACTAATTTTTTTAATATGAAT
190 AACTTG-TTCAGTAAACAAATTT-TTTTTTAAAT-CTCTTACTCACTAATTTTTTGAATATGAAT
*
8542613 AAACCAGTATTATTTTATTTTGAATACAG-TTGAATGAA-CAGAAACAATTGGTTTATAACAAAA
252 AAACCAGTATTATTTTATTATGAATA-AGCTTGAATGAACCA-AAACAATTGGTTTATAACAAAA
* * * *
8542676 CAAAATATAAT-AACTATTCGAAATACATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACGTGTTT
315 CAAAATAT-ATGAACGATTCGAAATACACAATTGCTCAAATAGTCATAACAATTTAAA-GTGTTT
* * * * *
8542740 AGA-AAACATATTTCTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATGTTTGAATATTAATAAATTTA-TAT
378 AGACAAACACATTTATTTTTAAAATCTCTTA-TTATT--TGTTTAAATATTAATAAA-TTAGTAA
* *** * * * *
8542802 TATTTTATTTGGAATAAGCTTGTATGAACAG-AAATAATTATTTTATAACAAAACAAAATGTCAT
439 TATTTTAATCCAAATAAGCTTG-AT-AAAAGAAAACAATTATTCTATAACAAAACAAAA-ATCAT
* * * * *
8542866 AACGATATGA-ACTAGAAAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAGATAGAT
501 AACGATATGAGA-TAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAATAAAAAAAT
* *** ** * **
8542930 TCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAAT-GAGTTAGTATTATTTTATT-T
565 TCAGTTTTTAAATCTC-T--T-ATTAATTTTAAAAATATCGATAGA-TCAACATTATTTTATTCT
*** * * * * * *
8542993 CAAATAAGCCTATATGAAC-TGATACAATTGTTTCATGATGAAACAAAAGAAAAAGGTCATAACG
625 -AAATAATTTTGTATGAACAT-AAATAATTGTTT--T-ACG-AA-AAAA-CAAAATGTCATAACG
* ** *
8543057 ATTTGAAATAGATAATTATTCG-AATAGTTATGAC
682 ATTTGAAATAGATAATTATT-GAAATGGACATGAT
** * * * * *
8543091 TATTCAAACTTATTCGATAAACATATTTA-TTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTT-AAAAT
1 TATTTGAACTTGTTCAAAAAACAGATTTAGTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATT-TTCAAAAT
* * * * * * * * *
8543154 ATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCT-TGTGTGAATTGAAACAATTGTTTTATGA
64 ATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCTAATAA-ATATGTATAAATAGAAACAATTGCTTTATGA
8543218 CCAAAA
128 -CAAAA
8543224 AAGTCATAAC
Statistics
Matches: 698, Mismatches: 118, Indels: 77
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
711 45 0.06
712 150 0.21
713 13 0.02
714 34 0.05
715 34 0.05
716 180 0.26
717 9 0.01
718 13 0.02
719 1 0.00
721 5 0.01
722 53 0.08
724 1 0.00
725 2 0.00
726 2 0.00
727 9 0.01
728 138 0.20
729 9 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (715 bp):
TATTTGAACTTGTTCAAAAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATAT
TAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCTAATAAATATGTATAAATAGAAACAATTGCTTTATGACAA
AACAAAAGAACATAACAACTTTAAATATAGATAATTATTCAAATAGTCAAATCTATTTAAACTTG
TTCAGTAAACAAATTTTTTTTTAAATCTCTTACTCACTAATTTTTTGAATATGAATAAACCAGTA
TTATTTTATTATGAATAAGCTTGAATGAACCAAAACAATTGGTTTATAACAAAACAAAATATATG
AACGATTCGAAATACACAATTGCTCAAATAGTCATAACAATTTAAAGTGTTTAGACAAACACATT
TATTTTTAAAATCTCTTATTATTTGTTTAAATATTAATAAATTAGTAATATTTTAATCCAAATAA
GCTTGATAAAAGAAAACAATTATTCTATAACAAAACAAAAATCATAACGATATGAGATAGAAAAT
TGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAATAAAAAAATTCAGTTTTTAAATCTCTTATT
AATTTTAAAAATATCGATAGATCAACATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAACATAAATAA
TTGTTTTACGAAAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATGGACATGAT
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* * * * **
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* * * * **
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* * **
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* * * * * * *
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*
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322 GTCATAACTATTTAAACTGTTTCAAAAAAAAATTACTTTTTAAATCTCTTATTAATTTT-AAAAT
* * ** * *
8542245 ATCGATAGATCAACATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTACGAA
386 ATCAATAAATCAACATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTACGAA
* * * * *
8542310 AAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATGGACATGATTATTTGAACTTG
451 AAAACAAAATGTCATAACGATATGAAATAGAAAATTATTGAAATAGACATAACTATTTGAACTTG
**
8542375 TTCAAAAAATAGATTTG
516 TTCAAAAAATAGATTCA
* * * *
8542392 TTTTTTAAGTCTTTTA-TCTATTAATTTTGAAAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTTAAA
1 TTTTTTAAATCTCTTACTC-ATTAATTTTG-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAA
* * *
8542456 TAAACTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGAACATAACTATTTGAAATA-
64 TAAGCTTGTATAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGAACATAACGATTTGAAATAG
*
8542520 AGTAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATA
129 A-TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATTAGATAAACAAATTTATTTTTTAAAT-
* * * * ***
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192 CTTTACTTA-TAATTTTTTAAATATGAATAAACCAGTAATATTTTAATCCAAATA-AGTTTG-AT
* *
8542648 GAACAG-AAACAATTGGTT-TATAACAAAACAAAATATAATAACTATTCGAAATACATAATTGTT
254 -AAAAGAAAACAATT-GTTCTATAACAAAACAAAA-ATAATAACGATTCGAAATACATAATTGTT
* * * *
8542711 CAAATAGTCATAACTATTTAAACGTGTTT-AGAAAACATATTTCTTTTTAAAATTTTTACTTATT
316 CAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TGTTTCA-AAAAAAAATTACTTTTT-AAA--TCT-CTTATT
* * ** * *
8542775 AATGTTT-GAATATTAATAAATTTATATTATTTTATT-TGGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATA
375 AAT-TTTAAAATATCAATAAATCAACATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAATA
* * * *
8542838 ATTATTTTA-TAACAAAACAAAATGTCATAACGATATGAACTAGAAAATTGTTGAAATAGTCATA
438 ATTATTTTACGAA-AAAACAAAATGTCATAACGATATGAAATAGAAAATTATTGAAATAGACATA
* *
8542902 ACTATTTGAACTTGTTCAATAGATAGATTCA
502 ACTATTTGAACTTGTTCAAAAAATAGATTCA
* * *
8542933 TTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATGAGTTAGTATTATTTTATTTCAAAT
1 TTTTTTAAATCTCTTACTCATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAAT
* * * * **
8542998 AAGCCTATATGAACT-GATACAATTGTTTCATGATGAAACAAAAGAAAAAGGTCATAACGATTTG
65 AAGCTTGTAT-AACTAGAAACAATTGTTT--T-ATG--ACAAAA-CAAAAGAACATAACGATTTG
* * * ** * * *
8543062 AAATAGATAATTATTCGAATAGTTATGACTATTCAAACTT-ATTCGATAAACATATTTATTTTTA
123 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATTAGATAAACAAATTTATTTTTT
* * * ** * * * *
8543126 AAATCTTTTACTTATTAATTGTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTT
188 AAATC-TTTACTTA-TAATTTTTTAAATATGAATAAACCAGTAATATTTTAATCCAAATAAG-TT
** * * * * * * * *
8543191 GTG-TGAATTG-AAACAATTGTTTTATGAC-CAA-AAAAGTCATAACGATT--AGA-ACTTATTT
250 -TGAT-AAAAGAAAACAATTGTTCTATAACAAAACAAAAATAATAACGATTCGAAATACATAATT
* * *
8543249 GGT-AACTAG--AGT---TA--T----T-TTT------AAAA-T--TTGTT--A--T-TTATTAA
313 GTTCAAATAGTCA-TAACTATTTAAACTGTTTCAAAAAAAAATTACTTTTTAAATCTCTTATT-A
* * * **** * * *
8543287 ATGTCT-GAATATTAATAAATTTTTATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAA
376 AT-TTTAAAATATCAATAAATCAACATTATTTT-ATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAA
* * ** * * *** * * ** * * *
8543350 TTATTTTATGACAAAATGAAAGGTTATAGTAATTTGATATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAAC
439 TTATTTTACGAAAAAACAAAATGTCATAACGATATGAAATAGAAAATTATTGAAATAGACATAAC
** * *
8543415 TATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTCA
504 TATTTGAACTTGTTCAAAAAATAGATTCA
** * * * * *
8543444 GCTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCCT-AG
1 TTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTT-GGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TTAAA
* * * * * * * ** ** *
8543508 TAAGTTTGTACGAAC-AAAAATAATTATTTTGTGACAAAATAAAAAGGTCATAATAATTTAAAAT
64 TAAGCTTGTA-TAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGAACATAACGATTTGAAAT
* * * * * * * * *
8543572 AGATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGCACTAG-TCAAACCAATC-GATTCGA-TTTTTAA
127 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATTAGA-TAAACAAATT-TATTTTTTAA
* ** * ** ** * * * *
8543634 ATCCATTACACATAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAACATTATTTTATTCCAAATAAAACTAT
190 AT-CTTTACTTATAATTTTTTA-AATATGAATAAACCAGTAATATTTTAATCCAAAT--AAGTTT
* * * * * ** * * * *
8543698 -ATCAATAGAAAA-AGA-TGTTTTATGATAAAATAAATGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATT
251 GAT-AAAAGAAAACA-ATTGTTCTATAACAAAACAAA-AATAATAACGATTCGAAATACATAATT
* * * * ** * * *
8543760 GTTCAAATTGTTATAACTAATTAAACCGGTTTGGTAAACAAACTTA-TTTTTCAAATCTTTTATT
313 GTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA-CTGTTT-CAAAAAAAAATTACTTTTT-AAATCTCTTATT
* * * * * * * * * * *
8543824 GATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTAGTTTATTCTGAACAAACTTATATGAACA-AAACAT
375 AATTTT-AAAATATCAATAAATCAACATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAA
* * * * * * * * *
8543888 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA-AATAATTATTCATATAGTCATAA
439 TTATTTTACGAAAAAACAAAATGTCATAACGATATGAAATAGAA-AATTATTGAAATAGACATAA
* * *** *
8543952 CTATTT-AAATTGGATCGGTAAAT-GATTTA
503 CTATTTGAACTT-GTTCAAAAAATAGATTCA
* * * * * *
8543981 GTTTTTAAA--TATT--T-ATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTCTAAAT
1 TTTTTTAAATCTCTTACTCATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAAT
** * * * * * *
8544041 AATTTTGTATGAAC-AAAAATAATTATTTTA-GAACAAAGCAAAATG-TC--AATGATTTGAAAT
65 AAGCTTGTAT-AACTAGAAACAATTGTTTTATG-ACAAAACAAAA-GAACATAACGATTTGAAAT
* * * * * *
8544101 AAATAA-TAGTTCAAAT-GGCATGACTATTTAAACTT-ATTTAG-T-----AA---A--TCTTCA
127 AGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGA-TTAGATAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * ** * * * **
8544152 A-C--TA-AT-TAATTTTAT-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTAT
190 ATCTTTACTTATAATTTTTTAAATATGAATAAACCAGTAATATTTTAATCCAAATAAGTTTG-AT
* * * * * *
8544211 GAATAG-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGA-ACATAACGATTTGAAATAAATAATTGTT
254 -AAAAGAAAACAATTGTTCTATAACAAAACAAAA-ATA-ATAACGATTCGAAATACATAATTGTT
* ** * * *
8544274 CAAATAGTCATAACTATTTAAACT-TGCTCGTTAAACATATT-TTTTTTAAATCTTTTACTTATT
316 CAAATAGTCATAACTATTTAAACTGT-TTC-AAAAAAAAATTACTTTTTAAATC---T-CTTATT
** *** * *
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375 AA-TTTTAAAATATCAATAAATCAACATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAA
* * * * * * * * * *
8544399 TTGA-TTTATG-ACAAAGAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
439 TT-ATTTTACGAAAAAACAAAATGTCATAACGATATGAAATAGAAAATTATTGAAATAGACATAA
*** * *
8544462 CTATTTGAACACATTCAGAAAATAGATTTA
503 CTATTTGAACTTGTTCAAAAAATAGATTCA
* * * * **
8544492 TTTTTAAAAT-TTTTACT-TTTAAATTTTTTGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAA
1 TTTTTTAAATCTCTTACTCATT-AA-TTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTAA
* * * * * ** * *
8544554 ATAAGCTTGCATGATTAGAACCAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGTTTTGAAATA
63 ATAAGCTTGTATAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGAACATAACGATTTGAAATA
* * *** ** * * * *
8544618 GATAATTGTTCAGATAGTCATAAC-AAAAG-A-TTTTTTTG-T-GACAAATTCT-TTTTTGAATT
128 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATTAGATAAACAAATT-TATTTTTTAAAT
* * * ** * ** * ** * *
8544677 CTCTTACTCATTTATTGTCGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTCTTCAAAAAAGCTTAT-A
192 CT-TTACTTA-TAATTTTTTAAATATGAATAAACCAGTAATATTTTAATCCAAATAAG-TT-TGA
** * ** * * * *
8544741 TGAACTG-AAACGATTGTT-T-T---ATTAC-AAAAGAA-AA-G-GTC---ATA-ATGA-T-TTG
253 T-AAAAGAAAACAATTGTTCTATAACAAAACAAAAATAATAACGATTCGAAATACATAATTGTTC
* * * * *
8544790 AAATAGTTATAATTATTTGAACTAG-TTCGATAAATAAAATTA-TTTTCTAAATCTCTTATAAAT
317 AAATAGTCATAACTATTTAAACT-GTTTC-A-AAAAAAAATTACTTTT-TAAATCTCTTATTAA-
* * ** * * * ** * *
8544853 TTTTTAAATAT-AATAAAT-TAGTTTCATTCT-TTCTTGAGTAAATTTGTATGAGCTA-AAACAA
377 TTTTAAAATATCAATAAATCAACATT-ATTTTATTC-TAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAATAA
* * * * * * * * *
8544914 TTGTTTTATGACAAAACAAAA-GCTCATAACAATTTGAAATA-AATAATTATTCATATAGTCTTA
439 TTATTTTACGAAAAAACAAAATG-TCATAACGATATGAAATAGAA-AATTATTGAAATAGACATA
* * ** * *
8544977 ATTATTTGAATTTGTTCAGCAAA-CGAATTTA
502 ACTATTTGAACTTGTTCAAAAAATAG-ATTCA
* * ** * * **
8545008 TTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATGTTACTAAATTAGTATTATTTTGA-TCCAAA
1 TTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTT-GGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTTAAA
* * * * *
8545072 TAAGCTTGTATGAA-TTGAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAAGTTA-A-AACAATTTGAAA
64 TAAGCTTGTAT-AACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAG-AACATAACGATTTGAAA
* * * *
8545134 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTAAAC-TGATTTAG-CAAACAAATTTATTTTTTAA
126 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGA-TTAGATAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * * ** * * * * * **
8545197 AAC--T-CTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAACTTG-T
190 ATCTTTACTTA-TAATTTTTTAAATATGAATAAACCAGTAATATTTTAATCCAAATAAGTTTGAT
*** * * * * * * * * **
8545258 ATGTTGAAAAATAAATGTTTTATGATAAAACACAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAGCTGTT
254 A-AAAG-AAAACAATTGTTCTATAACAAAACA-AAAATAATAACGATTCGAAATACATAATTGTT
** * *** * * *
8545323 CAAATAACCATAATTATTTAAACTGATTT-AGCAAATTGATTTATTTTTTAAATATCTTACTTGT
316 CAAATAGTCATAACTATTTAAACTG-TTTCA--AAAAAAAATTACTTTTT-AA-ATC-T-CTTAT
* ** * ** * *
8545387 TAGTTTTTAAAATAAT-AATAAAGT-AGTATTATTTTATTTTGGATAAACTTTTATGAACTA-AA
374 TA-ATTTTAAAAT-ATCAATAAA-TCAACATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAA
* * * * * * * * *
8545449 ATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTTAAATA-AATGATTGTTCAAATA-AT
435 ATAATTATTTTACGAAAAAACAAAATGTCATAACGATATGAAATAGAA-AATTATTGAAATAGA-
* * *** * *
8545512 GATAATTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTA
498 CATAACTATTTGAACTTGTTCAAAAAATAGATTCA
* * * * **
8545547 TTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAA
1 TTTTTT-AAATCTCTTACTCATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAA
* ** * * * * * * * *
8545612 TAAACTTGTACGACTTGAAACAATTGTTATATAACCAAACAAAAGATCAAAACAATTTTAAATAG
64 TAAGCTTGTATAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGAACATAACGATTTGAAATAG
** * * * * * *
8545677 ATAATTATTTTAATAATCTTAACTATTTGAAC-TGGTTCGGTAAACACATTTATTTTTTAAATC-
129 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATTAGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
** * * * ** * * * * *
8545740 -T-CTTATTAATTTTAGAAATGTTATTAAATTAGTATTATTTTTATCCAAATAAGCTTGTATGAC
194 TTACTTA-TAATTTTTTAAATATGAATAAACCAGTAATATTTTAATCCAAATAAGTTTG-ATAAA
* * * * * * * * * ** *
8545803 A-AAAACAATTATTTTATGAGAAAACAAAGATCATAACAATTTGAGATTTATAGTTGTTCAAATA
257 AGAAAACAATTGTTCTATAACAAAACAAAAATAATAACGATTCGAAATACATAATTGTTCAAATA
* * * * * *** *
8545867 GTAATAATTATTTGAACTGGTTCTGAAAACATCTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
322 GTCATAACTATTTAAACT-GTT-TCAAAAAAAAATTACTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTT
* *** * ** * * *** * *
8545932 CAAAATATTAATAAAGT-TGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGATTTGAAACAATTGTT
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* * * *
8545996 TTATGACAAAACAAAATGTCATAACGACT-TGAAATTA-ATAAATTATTTAAATAGTA-A-AATA
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* * * *
8546057 TATTTGAACTTGTTTAGTAAAGT-G-TT-T
504 TATTTGAACTTGTTCA-AAAAATAGATTCA
* * * * *
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1 TTTTTTAAATCTCTTACTCATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAAT
* ** * ** * *
8546149 AAGCTTGTATGAA-TTGAAATGATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTC-TGAATGATTTGAAACA
65 AAGCTTGTAT-AACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGAACAT-AACGATTTGAAATA
*
8546212 GATAATTATTCTAATAG---T--C---TT-AAC-T-A-T---T--AC--ATTTATTTTTTAAATC
128 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATTAGATAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* * ** * * *
8546258 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGA-AAATTATTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTAT
193 T-TTACTTA-TAATTTTTTAAATATGA-ATAAACCAGTAATATTTTAATCCAAATAAGTTTG-AT
* * * * * * * * * *
8546322 GAAAAG-GAATAATTGTT-TGATGACAAAATAAAGATCATAACAATT-TAAGATAGATAATT-AT
254 -AAAAGAAAACAATTGTTCT-ATAACAAAACAAAAATAATAACGATTCGAA-ATACATAATTGTT
* * * * *
8546383 CTGAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTTAAAAAATAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAAT
316 C-AAATAGTCATAACTATTTAAACTGTTTCAAAAAA-AAA-TTACTTTTTAAATCTCTTATTAAT
** * * ** * ** * * *
8546448 TTTCAAAATATTGATAGATTAGTATTATTTTA-TCTTGAATAATTTTGCATGAACAAAAACAATT
378 TTT-AAAATATCAATAAATCAACATTATTTTATTC-TAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATT
* * * * * * * * *
8546512 GTTTTAGGACAAAATAGAAA-GGCATAATGATTTGAAATA-AACAATTATTCAAAT-GAACATGA
441 ATTTTACGAAAAAACA-AAATGTCATAACGATATGAAATAGAA-AATTATTGAAATAG-ACATAA
* **** * *
8546574 CTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAGATTTA
503 CTATTTGAACTTGTTCAAAAAATAGATTCA
* * * ** * * *
8546604 GTTCTTAAATCTCCTAC-CTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTATGAA
1 TTTTTTAAATCTCTTACTC-ATTAATTTT-GGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAA
* * * * * * * *
8546668 TAAACTTGTATGAA-AAGAAAAAAATATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTACTTGAAATA
64 TAAGCTTGTAT-AACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGAACATAACGATTTGAAATA
* * * * * * * *
8546732 AATAATTGTTCACATAGTAATAACTATTTGAACTTGCTCT-G-TAAATAGATTTAGTTTTTAAAT
128 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGAT-TAGATAAACAAATTTATTTTTTAAA-
* * * * * ** * ** *
8546795 TTTTTACTTATTGATTGTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTT-ATTTAGAATAAGCTTGC
191 TCTTTACTTA-TAATTTTTTAAATATGAATAAA-CCAGTAATATTTTAATCCA-AATAAGTTTG-
* * * * * * * **
8546858 ATGAACAG-AAACAATTGTTTTATAACAAATCAAAAGGTCATAATGATTTC-AATTTGATAATTG
252 AT-AAAAGAAAACAATTGTTCTATAACAAAACAAAA-ATAATAACGA-TTCGAAATACATAATTG
* * * * * * *
8546921 TTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTATTTGATAAATAGATT--TTTTTAAATCTCTTAGTCAT
314 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TGTTTCAAAAAAAAATTACTTTTTAAATCTC-T--T-AT
* * * ** * * * * * *
8546984 TAATTTTCATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAAC-GATACA
374 TAATTTT-AAAATATCAATAAATCAACATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATA
* * ** * * * * * * *
8547048 ATTGTTTTATGATGAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA-ATTATG
438 ATTATTTTACGAAAAAACAAAATGTCATAACGATATGAAATAGAAAATTATTGAAATAGA-CATA
* *** * * *
8547112 ATTATTTGAACTTGTTCGGCAAACATATTTA
502 ACTATTTGAACTTGTTCAAAAAATAGATTCA
* * * ** * * **
8547143 TTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAAT
1 TTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTT-GGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAAT
* * * * * * * * *
8547208 AAGCTTATATGAGC-AAAAACAATTATTTTATGACAAAAGAAAACATCATAACGATTTAAAATAA
65 AAGCTTGTAT-AACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGAACATAACGATTTGAAATAG
* * * *
8547272 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTT-ATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
129 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATTAGATAAACAAATTTATTTTTTAAATC-
* * * * * ** * * ** **
8547336 TTTATTTATTAATTATCTAACTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAACAATAAACTTGTATG
193 TTTACTTA-TAATTTTTTAAATATGAATAAACCAGTAATATTTTAATCCA-AATAAGTTTG-AT-
* * * * * ** * * * * *
8547401 AATAG-AAACTATTGTTTTATGACAAAATATATGATCATAATGATTTGAAATAAATAATT-TTTA
254 AAAAGAAAACAATTGTTCTATAACAAAACA-AAAATAATAACGATTCGAAATACATAATTGTTCA
* * * * * * *
8547464 AATAGTCATAACTATTTGAACT-TACTCAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTTTTACTCATTA
318 AATAGTCATAACTATTTAAACTGT-TTCA--AAAAAAAATTACTTTTTAAATC---T-CTTATTA
* * * * ** * * * * *
8547528 ATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAAT
376 A-TTTTAAAATATCAATAAATCAACATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAAT
* * * * * * * * **
8547593 T-GTTTATGACAAAAC-AAATGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAAC
440 TATTTTACGAAAAAACAAAAT-GTCATAACGATATGAAATAGAAAATTATTGAAATAGACATAAC
* * * * * *
8547656 CATTTAAACGTGTTTAGAAAATA-ATTTA
504 TATTTGAACTTGTTCAAAAAATAGATTCA
* * * * *
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** *
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* * * * **
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*
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TAACTATTTAAACTGTTTCAAAAAAAAATTACTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTAAAATATCAA
TAAATCAACATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTACGAAAAAAC
AAAATGTCATAACGATATGAAATAGAAAATTATTGAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTCAA
AAAATAGATTCA
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* * * * * *
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* * *
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** ** *
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* ** ** *
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** * ** * *
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* * * ** *
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* * ** * ** * * *
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* * * * *
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* * ** * *
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* ** * * * * *
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*** * * * * *
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* * * * ** *
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129 AACTA
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TTTTTAAATATTTATTAA
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*
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* * * *
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* * *
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* *
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130 TT
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GACAAAACAAAAGAACAAACGATTTGAAATAAATAATAGTTCAAATAGGCATAACTATTTAAACT
TATTTAGTAAATCTTCAACTAATTAATTTTAT
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8544157 TTAATTTTAT
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* * *
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* * *
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* *
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* *
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* * * * * *
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* *
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** * *
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* * *
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* * * *
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* * *
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* *
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*
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* * * *
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* * * ** * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *** * * *
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* * * *
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* * * * ** *
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63 CTTGTATGA-ATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
* * * * * * * *
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* * *** * * *
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* * * * * * * **
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* * * *
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* * * *
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** ** * * * **
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* * * * ** * * * ** *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * * ** *
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* ** * * * * * * *
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128 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGCT-AGTAAA-ACAGATT-TTTTT
* * * *
8545734 TAAATC---T-CTTATTAA-TTTTAGAAATGTTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCCAAATAAG
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* * ** * ** *
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* * * * **
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* *** * * ** *
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* * * * * * *
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* * * * * * ** *
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* ** * * *
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65 TGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGGTCAT-AATGATTTGAAATAGATAAT
* * * *
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* * *
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* * * * * * * **
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* * * ** * * *
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127 TTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTAAACT-TGCTAGTAAAACAGATTT--TTTT
*** * * * **
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* * * * * * * *
8546492 TTGCATGAACAAAAACAATTGTTTTAGGACAAAATAGAAAGG-CATAATGATTTGAAATAAACAA
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* * * * * *
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127 TTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTAAACTTG-CTAGTAAAACAGATTT--TTTT
** * *** * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * ** * *
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* * * * * *
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* * * * * ** *
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* * * * * * * * ** *
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*** * *
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* ** * * ** * * *
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** * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * *
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64 TTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA-GGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * * * * *
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** * *
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*
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64 TTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * * * * *
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128 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGCTAGTA-AAACAGATT--TTTTT
* * * * *
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1 TAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTCTAAATAAGCT
* * * *** * *
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* * * ** * * *
8547994 ATTCAAATAGCCACAACTATTTGAATTTTTTCCA-TAAATATATGCA-TTTTTT
129 GTTCAAATAGTCATAACTATTT-AA-ACTTGCTAGTAAA-ACA-G-ATTTTTTT
* * ** * * *
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1 TAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTCTAAATAAG-C
* ** * * * *
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64 TTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAA-CAAAGGTCAT
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TCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGCTAGTAAAACAGATTTTTTT
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* *
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* * *
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* * * ** * * * *
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** * ** * * * *
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* **
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* * **
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* * * * * ** * *
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* * * * *
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** * * * *
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* * *
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* * *** *
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*** * * *
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** * * * * *
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* **
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* * ** *
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* * * * * * *
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* ** * *
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* * * * ** * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* ** * *
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1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * ** * * *
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* * ** * ** *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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** * * * * *
8547533 TGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACAA
127 CAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATAG
** * *
8547586 AAACAATTG-TTTATGACAAAACAAATGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * * * * *
8547650 TATAACCATTTAAACGTGTTTAGAAAATAATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATCCTT-G
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* * *
8547713 GAATATTAGTAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAG
129 AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * *
8547764 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
** * *
8547829 CATAACTATTTGAACATGTTT-GATAAACAAATTCCTTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTT
66 CATAACTATTTGAAC-TGTTTAG-TAAAC-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTC
** * *
8547893 GGAATATTAATAAGTTAGTATTATTTTA-TTT---TGA-CTTGTATGAATAG
128 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * * * * *
8547940 AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTAAAATAGATAGTTATTCAAATAGC
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * ** * * *
8548005 CACAACTATTTGAATTTTTTCCA-TAAATATATGCATTTTTTTAACCTATTACTTATTAATTTT-
66 CATAACTATTTGAACTGTTT--AGTAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTC
* * **
8548068 AAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAG
128 AA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAG
8548108 ACTATATGAG
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CATAACTATTTGAACTGTTTAGTAAACAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAA
ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATAG
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8544905 CTAAAACAAT
* * * * * * *
8544915 TGTTTTATGACAAAACAAAAGCTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGTCTTAATT
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* * * * * * *
8544980 ATTTGAATTTGTTCAGCAAA-CGAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATGT
66 ATTTGAACTTGTTTAGTAAATAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATAT
* *** *** *
8545044 TACTAAATTAGTATTATTTTGA-TCCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATA
130 TAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * ** * * *
8545108 GAACAAAAAGTTAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTAAAC-TGA
194 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTG-
** * * *
8545172 TTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAA-AC-T-CTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAATA
258 TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTCTTACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAATA
*
8545234 TTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATG-TTGAAAAATAAA
322 TTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATGAAAAATAAA
* * ** * * *
8545273 TGTTTTATGATAAAACACAAAG-TAATAACGATTTGAAATAGATAGCTGTTCAAATAACCATAAT
1 TGTTTTATGACAAAACA-AAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAAC
* * * * * *
8545337 TATTTAAAC-TGATTTAGCAAATTGATTTATTTTTTAAATATCTTACTTGTTAGTTTTTAAAATA
65 TATTTGAACTTG-TTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATA
* * * * * * * *
8545401 ATAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAACTTTTATGAACTAAAATAATTATTTTATGACA
129 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * *
8545466 AAACAAAAGGTCATAAAGATTTTAAATAAATGATTGTTCAAATAATGATAATTATTTGAACTTGT
194 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGT
*
8545531 TCGGTAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAA
259 TCGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAAT-TCTTACTTATTAA--TTTTGAAATATTAATAAATTAA
* * * *
8545595 TATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTACGACTTGAAACAAT---
320 TATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGA-ATGAAA-AATAAA
* * * * * * ** *
8545636 TGTTATATAACCAAACAAAAGATCAAAACAATTTTAAATAGATAATTATTTTAATAATCTTAACT
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACT
* ** * * *
8545701 ATTTGAACTGGTTCGGTAAACACATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAA-TTTTAGAAATGT
66 ATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AAATAT
* *** * *
8545761 TATTAAATTAGTATTATTTT-TATCCAAATAAGCTTGTATG-ACAAAAACAATTATTTTATGAGA
130 TAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACA
* ** * ** * * * * * *
8545824 AAAC-AAAGATCATAACAATTTGAGATTTATAGTTGTTCAAATAGTAATAATTATTTGAACTGGT
194 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGT
* * ** * * *
8545888 TCTGAAAACATCTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAGTT-GT
259 TCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTT-GAAATATTAATAAA-TTAAT
* * ** * *
8545952 ATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGATTTGAAACAAT---
321 ATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGA-ATGAAA-AATAAA
* * * *
8545992 TGTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAACGACTTGAAATTA-ATAAATTATTTAAATAGT-AAA
1 TGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAACGATTTGAAA-TAGAT-AATTATTCAAATAATCATA
* * **
8546054 ATATATTTGAACTTGTTTAGTAAAGT-G-TTT-TTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGA
63 A-CTATTTGAACTTGTTTAGTAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAA
* *** **
8546116 ATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATGATTGTTTTATG
126 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATG
* * * *
8546181 ACTAAACAAAAGGTC-TGAATGATTTGAAACAGATAATTATTC---TAAT-AGT--C---TT-AA
191 ACAAAACAAAAGGTCAT-AATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCA-TAACTATTTAAA
*
8546235 C-T-AT---T--AC--ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGA-AAA
254 CTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTA-ATAAA
* * * * * * *
8546290 TTATTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA--AAGGAATAAT
316 TTAATATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATGAA-AAATAAA
* * * * *
8546335 TGTTTGATGACAAAA-TAAAGATCATAACAATTT-AAGATAGATAATTA-TCTGAATAGTCATAA
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAA-ATAGATAATTATTC-AAATAATCATAA
** * * *
8546397 CTATTTGAACTAT-TTTAAAAAATAAATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAAT
64 CTATTTGAACT-TGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* * * ** * *
8546457 ATTGATAGATTAGTATTATTTTATCTTGAATAATTTTGCATGAACAAAAACAATTGTTTTAGGAC
128 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAC
* * * *
8546522 AAAATAGAAAGG-CATAATGATTTGAAATAAACAATTATTCAAATGAA-CATGACTATTTAAACT
193 AAAACA-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT-AATCATAACTATTTAAACT
* * * * * *
8546585 TGTTTGGTAAACAGATTTAGTTCTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTA
256 TGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTT-GAAATATTAATAAATTA
*
8546650 ATATTATTTTATTAT-GAATAAACTTGTATGAA--AAGAAAAAAA
319 ATATTATTTTATT-TCGAATAAACTTGTATGAATGAA-AAATAAA
* * * * * * * *
8546692 TATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTACTTGAAATAAATAATTGTTCACATAGTAATAACT
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACT
* * * * * * *
8546757 ATTTGAACTTGCTCT-GTAAATAGATTTAGTTTTTAAATTTTTTACTTATTGATTGTTGAAATAT
66 ATTTGAACTTG-TTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATAT
* * * *
8546821 TAATAAATTTA-TATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGCATGAACAGAAACAATTGTTTTATAACA
130 TAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACA
* * * ** * *
8546885 AATCAAAAGGTCATAATGATTTCAATTTGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTAT
194 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGT
* * * * * * *
8546950 TTGATAAATAGA--T-TTTTTTAAATCTCTTAGTCATTAATTTTCATAATATTAATAAATTAGTA
259 TCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAATA
* * * * * *
8547012 TTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACGATACAAT---
322 TTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATGA-AAAATAAA
** * * * *
8547050 TGTTTTATGATGAAACAAAA-AGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATTATGAT
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAAC
** * * * * * *
8547114 TATTTGAACTTGTTCGGCAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATAT
65 TATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATAT
* * *** * * *
8547179 TAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTATATGAGCAAAAACAATTATTTTATGACAA
130 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAA
* ** * * * *
8547244 AAGAAAACATCATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATT
195 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTT
* * * * *
8547309 CGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTATCT-AACTATTAATAAATTAGTA
260 CGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATT-T-TGAAATATTAATAAATTAATA
* *
8547373 TTATTTTATTTAAC-AATAAACTTGTATGAAT-AGAAACT-AT
322 TTATTTTATTT--CGAATAAACTTGTATGAATGA-AAAATAAA
* * * * * * *
8547413 TGTTTTATGACAAAATATATGATCATAATGATTTGAAATAAATAATT-TTTAAATAGTCATAACT
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACT
** * * * * * *
8547477 ATTTGAACTTACTCAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATTTTTGAAATTTT
66 ATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATT
*
8547542 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTG-TTTATGACAAA
131 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * * * * * * *
8547606 ACAAATGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACCATTTAAACGTGTTT
196 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTC
* * * * * * * *
8547671 AGAAAATA-ATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATCCTTGGAATATTAGTAAATTTATATTA
261 GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTCTTACTTATTAAT-TTTGAAATATTAATAAATTAATATTA
* * * *
8547735 TTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAAT
325 TTTTATTTCG-AATAAACTTGTATGAATGAAAAATAAA
* * * **
8547771 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGTCATAACT
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACT
* * * ** * **
8547836 ATTTGAACATGTTT-GATAAACAAATTCCTTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGGAATAT
66 ATTTGAACTTGTTTAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATAT
* *
8547900 TAATAAGTTAGTATTATTTTATTTTG----A-CTTGTATGAATAGAAAA-AATTGTTTTATGACA
130 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACA
8547959 AAACAAAAGGT
194 AAACAAAAGGT
8547970 TATAGCAATT
Statistics
Matches: 2151, Mismatches: 429, Indels: 237
0.76 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
339 94 0.04
340 14 0.01
341 35 0.02
342 27 0.01
343 86 0.04
344 6 0.00
345 2 0.00
347 2 0.00
348 3 0.00
349 1 0.00
350 2 0.00
352 3 0.00
353 3 0.00
354 19 0.01
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365 8 0.00
366 3 0.00
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Consensus pattern (361 bp):
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AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAA
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GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAATATTAT
TTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATGAAAAATAAA
Found at i:8547099 original size:539 final size:532
Alignment explanation
Indices: 8546242--8553901 Score: 2744
Period size: 541 Copynumber: 14.2 Consensus size: 532
8546232 TAACTATTAC
*
8546242 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGA-AAATTATTATTATTTTAAT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA-ATAAATTAGTATTATTTT-AT
** * * * *
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64 TTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAATA-AAAGATCATAACAATTTAA
* * * * *
8546370 GATAGATAATTATCTGAATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTTTAAAAAATAAATTTAGTTTTTA
128 -ATAGATAATTTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTCATAAATAGATTTA-TTTTTA
* * * *** *
8546434 AATCTC-T--T-ATTAATTTTCAAAATATTGATAGATTAGTATTATTTTATCTTGAATAATTTTG
189 AATCTCTTACTCATTAATTTTC-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTA
* * * * * * *
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* * * ** *
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318 TCAAAT-AATATGACTATTTAAACTTGTTTGGAAAACA-ATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTAT
* *
8546625 TAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTATGAATAAACTTGTATGAAAAGAAAAA
380 TAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACA
* * * *
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444 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* *
8546755 CTATTTGAACTTGCTCTGTAAATAG
509 CTATTTGAACTTG-TCTGTAAACAA
* * * * *
8546780 ATTTAGTTTTTAAATTTTTTACTTATTGATTGTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT
* * * * **
8546844 TAGAATAAGCTTGCATGAACAGAAACAATTGTTTTATAACAAATCAAAAGGTCATAATGATTTCA
65 TA-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAT-AAAAGATCATAACAATTT-A
* * * *
8546909 ATTTGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTATTTGATAAATAGA-TT-TTTTTAAA
127 AATAGATAATT-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTCATAAATAGATTTATTTTTAAA
*
8546972 TCTCTTAGTCATTAATTTTCATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATA
191 TCTCTTACTCATTAATTTTCA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATA
* * **
8547037 TGAAC-GATACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
255 TGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * *
8547101 AAATAATTATGATTATTTGAACTTGTTCGGCAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTA
320 AAATAA-TATGACTATTTAAACTTGTTTGGAAAACA-ATTTATTTTT-AAATCTTTTACTTATTA
*** * *
8547166 ATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTATATGAGCAA-AAACAA
382 ATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGA-AAAGAAACAA
* * * *
8547230 TTATTTTATGACAAAAGAAAACATCATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
445 TTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * *
8547295 TATTTAAACTTATTCGGTAAACAA
510 TATTTGAACTT-GTCTGTAAACAA
* * * *
8547319 ATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTATCT-AACTATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * **
8547383 TAACAATAAACTTGTATGAATAGAAACTATTGTTTTATGACAAAATATATGATCATAATGATTTG
65 T-A-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAATAAAAGATCATAACAATTT-
* * *
8547448 AAATAAATAATTTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-CTCAGTAAATAGATTTAGTTTTTA
126 AAATAGATAATTTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTCA-TAAATAGATTTA-TTTTTA
* * * * *
8547512 AATCTTTTACTCATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTT
189 AATCTCTTACTCATTAA-TTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTA
** *
8547577 TATGAACAAAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAATGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
253 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
* * * * * *
8547641 TCAAATAGTTATAACCATTTAAACGTGTTTAGAAAATAATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATT
318 TCAAATA-ATATGACTATTTAAACTTGTTTGGAAAACAATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATT
* ** * * *
8547705 AATCCTT-GGAATATTAGTAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
381 AAT-TTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAAAAGAAACA
* * * *
8547769 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGTCATA
444 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
* *
8547833 ACTATTTGAACATGTTTGATAAACAA
508 ACTATTTGAACTTGTCTG-TAAACAA
** * * *
8547859 ATTCCTTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAGTTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * *
8547924 ---TGA-CTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTAAAA
66 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAATAAAAGATCATAACAATTT-AAA
* * * * * ** *
8547985 TAGATAGTTATTCAAATAGCCACAACTATTTGAA-TTTTTTCCATAAATATATGCATTTTTTTAA
129 TAGATAATT-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTT-CATAAATAGATTTA-TTTTTAAA
* * * * * * *** *
8548049 CCTATTACTTATTAATTTTAAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGACTATA
191 TCTCTTACTCATTAATTTTCA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATA
* * * * * * ** * * * *
8548114 TGAGCATAAACAATTATTTCATGATAAAACCAATGGTCATTATAACTAATTGAACT-GGT--TT-
255 TGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGA-T--TTGAAATAGATAATTA
** * * * * * ** ** *
8548175 GGCAAACAA-ATTTATTTTTTAAA-TCT-CTT----ATTAATTT-TTAATAAATTTGATTTA-TT
317 TTCAAATAATA-TGACTATTTAAACT-TGTTTGGAAAACAATTTATTTTTAAATCT--TTTACTT
* * ** ** * * * ** ** *
8548231 -TT-ATTCTGAATAAGTTAGCAAGAGTAAAAAAAAATTGTTTTACAATCAAATAAAATGTCATAA
378 ATTAATTTTCAA-AA--TA-TTA-A-TAAATTAATATTATTTT--ATTTGAATAAGCT-T-GT-A
*** * * * ** * ** * * * * *
8548294 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAT-A-TAGCCTTAATTAT-TTGTAGTAGTTTGGCAAACAATT
432 TGAAAAGAAACA-ATTATT-TT-ATGACAAAAC-AAAAGATCAT-AACTA-TTT-G-AAATAA-A
* * * * * **
8548356 TTATTTTTTAAAT-CTCTTAGTTA-TT-AA-TTGTC---AAA-ATA
488 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTCTGTAAACA-A
* * ** * * * * *
8548394 CTATTAGATTAGTATTAT-T-TTATTTCAAATAAGCTTGTT-AGA-A-TAA-AAA-TA--ATTAT
1 AT-TTA-TTTTTTA-AATCTCTTACTT--ATTAA--TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * * * * * ** * *
8548450 TTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATATATAATTGT-T--CAAAT---AG-TTAT
59 TTTAT---TTAA-ATAAGCTTGT-ATGAATAGAAACA-ATTGTTTTATGACAAATAAAAGATCAT
** * * * * * * *
8548508 AATTATTTAAACT-GGT--TTAAT-AAATAG-AATTA-TTTTTAAATCTCTTACTT-ATAAAT--
118 AACAATTTAAA-TAGATAATT-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAA---CTTATTTCATAAATAG
* * * * * * * * ** * * * **
8548564 TTTTGAAATATT-AATATATTAGT--TTTATTTT--ATTACGAATAAACTT-GGATGA-ATTAAA
178 ATTT--ATTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT
* * * * ** * * * **** * * ** * *
8548622 AT-AATTA--TTTTAT-AAC-AAAACAAAAG-GTCATAACTATTTGAAATAGATAATTCTTCATA
240 TTGAATAAGCCTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAAG-TCA-TAATGATT
* ** * * * *
8548681 T--AGT-CTTAACTGT-TTGAACTAAT-T--CGA--TAAA------TGG-----ATTTAT-TTTT
302 TGAAATAGATAA-T-TATTCAAATAATATGACTATTTAAACTTGTTTGGAAAACAATT-TATTTT
* * * * * * * * ** *
8548725 TATATGTTTTAGTTATGAATTTTCATAATATTATTAATTTAGTATTATTTTATTCAAAATAAACT
364 TAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TGAATAAGCT
* * * * * * * * **
8548790 TATATGAATAGAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAAAAATTTGAAATAGAAATAA
428 TGTATGAAAAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAAT--AAATAA
* * * * * * * *
8548855 TTGTTTAAATAGTTATAATTA-TCGAAATTGGTTCGGTATACAG
491 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-G-TCTGTAAACAA
* ** **
8548898 ATTTATTTTTTGAATCTCGTACTAATTCTTGAAACAATT-ATTTTATGACAA-AACAA-AAGGTA
1 ATTTATTTTTTAAATCTC-T--T-A--CTT------ATTAATTTT-TGA-AATATTAATAAATTA
* * * * * * * *
8548960 CTAATAATTTTATTTCAAATAATCTTGTATG--TTGAAAAGCAATTCTTCTATAACAAAACGAAA
52 GT-ATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAATAG-AAA-CAATTGTTTTATGAC-AAA-TAAA
* * ** * * * **
8549023 AGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-GACCATAATTATTTGAACTGATTTGGTA
111 AGATCATAACAATTT-AAATAGATAATT-TTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTATTTCATA
* *
8549087 AACTA-ATTTATTTTTTAAATCTC-T--T-ATTAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTAATATT
173 AA-TAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTC-AAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * *
8549147 TTATTTTGGATAAACGTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCGTAACG
235 TTATTTTGAATAAGCCTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATG
* * * * * * * ** * *
8549211 ATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCGTAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATT
299 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAAT-ATGACTATTTAAACTTGTTTGGAAAACA-ATTTA-T
* ** * * * *
8549276 TTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAAA-GTTAATAAATTAGTATTATTTTCTTTCAAAT
361 TTTT-AAATCTTTTACTTATTAA-TTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT-GAAT
*** * * *
8549340 AAGCTTGTATGAACTTAAACAATTATTTTAT-----AAC-TAA-AT-AGAA-TGATTTGAAATAG
423 AAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAA
* * * * * * *
8549396 ATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTTATTTAGCAAACAC
487 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTCT-GTAAACAA
* * * *
8549443 ATTTTTTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAGTTAGTATTATTTTTATC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATT
** * * * * **
8549504 CGAATCAGCTTGTATG-ATAAAAAACAATTATTTTATGATAAA-ATAAAG-TCATAATGATTTAA
65 TAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAATA-AAAGATCATAACAATTTAA
* * * * **
8549566 GATTGATATTTTTTCAAATAGTCATAGCTATTTGATC-TGGTTCA-AAA-A-ACTTTAGTTTTTA
128 -ATAGATA-ATTTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTCATAAATAGA-TTTA-TTTTTA
* * * * * * * * * * *
8549627 AATCTCTTGCTTAATAATTTTTGAAATATTACTAAAGTAGTAATGTTTTATTTTGGATAAG-TTT
189 AATCTCTTACTCATTAA-TTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTA
* *** * ** * ** *
8549691 TCATTAATTGAAATAATTGTTTTATGAC-AAA-AAAATTTCAAAATGATTTTCAATAGATAATTG
253 T-ATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA
* * * * * * * * **
8549754 TTCAAATAGTCAT-ATCTAATTGAACTTATTTAGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTGTT
317 TTCAAATAAT-ATGA-CTATTTAAACTTGTTTGGAAAACA-ATTTA--TTTTTAAATCTTTTACT
* * * * *
8549818 TATTCATTTTTC-AAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCGAATAAGCTTGTATGAACTA-
377 TATT-AATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAA-AAG
* * * * * * * * *
8549881 AAATAGTTGTTTTATGACTAAACAAAA-AGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAG
439 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * *
8549945 CCTTAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAA-AA
503 TCATAACTATTTGAACTTG-TCTGTAAACAA
* * **
8549975 TATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGTAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAAC
1 -ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * * * * * * *
8550040 CCAATAAGCTTGTATAAAAAGAAACAATTGTTGTATGACAAA-ATAAATATTATAACGATTTGAG
65 TAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAATA-AAAGATCATAACAATTT-AA
* * ** * * *
8550104 ATAGATAATTATTCAAATGGTCATAACTATTTTAACTGGTTT-AGCAAACAAATTTAGTTTTTAA
128 ATAGATAATT-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTCA-TAAATAGATTTA-TTTTTAA
* * * * * ** *** *
8550168 ATCACTTA-T--TGATTTTTAAAATATTAATAAATCAACATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTA
190 ATCTCTTACTCATTAATTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATA
* * ** * * * * *
8550230 TGAACAAAAACGATTATTTTACAACAAAACAAAAGGGTTATAATAATGTGAAATAGATAATTGTT
255 TGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * * * * * ** *
8550295 CAAATGGACATAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCCTACCTATT
319 CAAAT-AATATGACTATTTAAACTTGTTTGGAAAACA-ATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * * * *
8550360 AATTTGCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-CTTGTATGAATAGAAATAA
381 AATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAA
* * *
8550424 TTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAAAAATTTTATTCAAACAGTCATA
445 TTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAA--TTGTTCAAATAGTCATA
* * * *
8550489 ACTATTTGAGCTT-ACTTAATAAACAG
508 ACTATTTGAACTTGTC-T-GTAAACAA
* * * *
8550515 ATATATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TT
* * * * * * *
8550580 TGAATAAAACTTTTATGAATAGCAACAATTAG-TTTATCACAAAACAAAACG-TCATAACTATTT
65 TAAAT-AAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTTATGAC-AAATAAAA-GATCATAACAATTT
* * * * * * * *
8550643 GAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACATGTTTAAAAAACAAATTTATTTTTT
126 -AAATAGATAATT-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTCATAAATAGATTTA-TTTTT
*
8550708 AAAT-T-TTCACTTATTAAATTTT-AGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTTGAAATAA
188 AAATCTCTT-ACTCATT-AATTTTCA-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTG-AATAA
* * ** * * *
8550768 GCTTGTATGAGTAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAGCA-TCATAATGATTTGAAATAGAT
248 GCCTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AAGTCATAATGATTTGAAATAGAT
* ** * * * *** * * *
8550832 AATTGTTCAAATTGTCATAACTATTTGAACTTCTACAGTAAACAAATTCATTTTTTAAAATCTCT
312 AATTATTCAAATAAT-ATGACTATTTAAACTTGTTTGGAAAAC-AATTTA-TTTTT-AAATCTTT
* * * * * * *
8550897 TACTAATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTAATATTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAAT
373 TACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAA-
* * * * * * *
8550962 TA-ATACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
436 AAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
* * * ** *
8551026 AGTTATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAGTAT
501 AGTCATAACTATTTGAACTTG-TCTGTAAACAA
* * * *
8551059 ATTTA-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATA
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATT
* * * * *
8551123 TGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAA-ACAAATGGTCATAACAATTTGA
65 TAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAATA-AAA-GATCATAACAATTT-A
*
8551187 AATA-ACTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTT-AGTAAACAGA-TTATTTTTT
127 AATAGA-TAATT-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTCA-TAAATAGATTTA-TTTTT
* * * ** * *
8551249 AAATCTTTTAC-CTTTTGATTATTTGAATATTAATAAATTTGTATAATTTTA-TTTGAAATAAGC
188 AAATCTCTTACTC-ATTAATT-TTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGC
* * * * * **
8551312 ATGTATGAATAGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTGAAATAGATAA
250 CTATATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
* * * ** * * * * *
8551376 TTGTTCAAATAGTCATAAC-ATTTGTACTTATTCGGTAAAA-AGATTCATTTTTTAAATCTCTAA
314 TTATTCAAATAAT-ATGACTATTTAAACTTGTTTGG-AAAACA-ATTTA-TTTTTAAATCTTTTA
* * * * * * * *
8551439 GTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGA-ATTATGTTGTTTCGAATAAGCTTATATTAACA
375 CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAAAA
* * * * * *
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438 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * **
8551567 GTCATAACTACTTGCACTAGT-TAGGCCAACAA
502 GTCATAACTATTTGAACTTGTCT--GTAAACAA
* * * *
8551599 ATTCATTTTTTAAAT-TCGTTACTTATTGATTTTT-ATAATATTAATAAATTAGCATTACTTTAT
1 ATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * ** * * * **
8551662 TCTGAATAAGAC-TGTATGAACATAAATGATTGTTTTATGATAAATCAAATGGTCATAATGATTC
64 T-TAAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAT-AAAAGATCATAACAATT-
* * * * * * * **
8551726 GAAATAAAGAATTGTTGAAATAGTTATAACTAATTAAACTGGTTT-AGTAAATAGATTTATTTTT
125 TAAATAGATAATT-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTCA-TAAATAGATTTATTTTT
* * * *** * *
8551790 AAAATTTTTTACTTC-TTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAACAAAC
188 -AAATCTCTTAC-TCATTAATTTTC-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC
* * * * * * * **
8551854 TTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATAATAAAATAGAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT
250 CTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * ** * * * *
8551919 TGTTTAAATGGTCATAATTATTTGAA-TTGGTTT-GACAAACAATATTATTTTTTGAAT-TTATT
315 TATTCAAATAAT-ATGACTATTTAAACTT-GTTTGGA-AAACAAT-TTA-TTTTTAAATCTT-TT
* * ** ** * * * * *
8551981 ACTAACTAATTTTTTAAATATTAAT-AATTTTTTTTGTTTTATTTTGAATAAG-TTACTAAGAAC
374 ACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTGAATAAGCTT-GTATGAAA
* * * * * *
8552044 TGAAA-AATTATTTTACGACAAAACAGAAGGTCATAACTATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATA
437 AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
** * * * *
8552108 ACCTTAACTATTTG-AGTTAGTTCGGCAAACAA
502 GTCATAACTATTTGAACTT-G-TCTGTAAACAA
** * *
8552140 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGATATTAATTTTT-AGAATATTATTACATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * * * *
8552204 CTGAATAAACTTGTGTGAACAGAAATAATTATTTTATGAGATAACAAAAGGTTATAACAATTTGA
65 -TAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA-AATAAAAGATCATAACAATTT-A
* * * * *
8552269 AATATATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTAGTTCGATAAACAGATTAATGTTTTA
127 AATAGATAATT-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTC-ATAAATAGATTTAT-TTTTA
* * * * ** * * * *
8552333 AATCTTTTACTTATTAATTTTTGACATATTAGCAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAGGCTTG
189 AATCTCTTACTCATTAA-TTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTA
** * * * * * *
8552398 TATGATGAAAAAAAATTGTTTTATGA-TAAA-AAAAATTTATAATGATTTAAAATAGATAATTGT
253 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
* *** * * * ** * * *
8552461 TTAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTT-GATAAACTGATTTATTTTTAAATCTCTAACTTAT
318 TCAAAT-AATATGACTATTTAAACTTGTTTGGA-AAAC-AATTTATTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * * * *
8552525 CAAATTTT-GAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTAGATAAACTTTTAT-AAACTA-AA
380 -TAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGA-ATAAGCTTGTATGAAA--AGAA
* * * * *
8552587 ACAATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAA-TGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTT
441 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
* *
8552651 ATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAA
505 ATAACTATTTGAACTTGTCT-GTAAACAA
* * * * * ** * *
8552680 ATTTGTTTTTTTTATTTTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AACGTTAATAAATTAGCATTATTATAT
1 ATTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * *
8552744 TTCAAATAAGCATGTATGAACTA-AAACAATTATTTTTTTACTAAACAAAA-AGTTAGAACAATT
64 TT-AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAATAAAAGA-TCATAACAATT
* * * * * ** * ** *
8552807 TGAAATAGATTATTATTCTAATAGTCTTAACTATATAAAC-TGGTTCGACAAGCACATTT-TTTT
125 T-AAATAGATAATT-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTC-ATAAATAGATTTATTTT
* * * * * * ***
8552870 T-AA--TCTT--T-ATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTGGTGTTATTTTATTCTAAATAATTT
187 TAAATCTCTTACTCATTAA-TTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCC
* * * * ** ** * *
8552929 TGTATGAATAGAAACGATTGTTTTACAACAAAACAAAATCTCATAATAATTTGAAACAGATAA-T
251 TATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * *
8552993 AGTTTAAATGGACATGACTATTTGAA-TT-TATTCGATAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTA
316 A-TTCAAAT-AATATGACTATTTAAACTTGT-TTGGA-AAACA-ATTTA--TTTTTAAATCTTTT
* * * * ** * * *
8553056 ATTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGCATGAATA
374 ACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAAAA
* * * *
8553121 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATAACATAA-TGATTTGAAATAAATAACTGTTCAAATA
438 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTC-----
* * *
8553185 AATAATGATTTGAAATAAATAATTACTTAAATAGTCATATCTATTTGAACTCGCTTGATAAACAG
497 -A-AAT-A---G---T-CATAACTA-TT---T-G--A-A-C---TTG---T--C-TG-TAAACAA
* * * *
8553250 ATTTATTTTTTAAAATATTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAATATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * *
8553315 CTAAATACGCTTTTATGAACAAAAACAATTAG-TTTATGACAGAACAAAAGGTCAAAACAATTTG
65 -TAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTTATGACA-AATAAAAGATCATAACAATTT-
* * * *
8553379 AAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACCATTTGAAC--ATGTTCAAGAAACAGATTTATTTTT
126 AAATAGATAATT-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAT-TTC-ATAAATAGATTTATTTTT
* * * * * *
8553442 AAAAT-TTTTATTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATGTA-TATTATATTA-TTTGAAATAAG
188 -AAATCTCTTACTCATTAA-TTTTCAAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTTTG-AATAAG
* ** * * * * * * *
8553504 CTTGCATGAACAGAACCAACTGTTTCATGACAAAAACAAATAGTCATAATGTTTTGAAATAGTTA
249 CCTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATA
* * * * * * ** * ** *
8553569 ATTGTAT-AGATAGTCATAACTTTTTGAACTTG-TTCAATAAACGGATTTATATTTTTAGTTCTC
313 ATTAT-TCAAATAAT-ATGACTATTTAAACTTGTTTGGA-AAAC--AATT-TATTTTTAAATCTT
* ** * * * * * *
8553632 TTACTCATTAATTTTTTAGATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATTAA
372 TTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * * * *
8553697 CTAA-AAA-AATTGTTTTATTACAAAACAGAAGGTCA-CAGTGATTTGAAATAGATAATTATTTA
436 --AAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCA
* *
8553759 AATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAA-AA
498 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTCT-GTAAACAA
* * ** *
8553794 TATTTATTTTTTAAATCGT-TTGCTTATTAATTTTAGAAATATTAATCCATTAATATTATTTTAA
1 -ATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-A
*** * * *
8553858 TCCGAATAAGCTTGTATGAACACAAACAATTATTTTATGACAAA
63 TTTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
8553902 ACAAAAAGTC
Statistics
Matches: 5428, Mismatches: 1233, Indels: 917
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
495 3 0.00
496 12 0.00
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580 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (532 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAATAAAAGATCATAACAATTTAAATA
GATAATTTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTCATAAATAGATTTATTTTTAAATCTCT
TACTCATTAATTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACA
AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAA
TATGACTATTTAAACTTGTTTGGAAAACAATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAA
ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTATTTTATGA
CAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
GTCTGTAAACAA
Found at i:8548642 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 8548282--8553921 Score: 3366
Period size: 180 Copynumber: 31.1 Consensus size: 180
8548272 ACAATCAAAT
* * * * * * * * *
8548282 AAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGCCTTAATTATTTGTAGTAGTTTGG
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG
* * * * ** * * *
8548347 CAAACA-ATTTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTGTCAAAATACTATTAGATTAGTATTA
66 TAAACAGA-ATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * *
8548411 TTTTATTTCAAATAAGCTTGT-TAGAATAAAAATAATTATTTTATGACAAAAC
130 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT-GAAT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * *
8548463 AAAAGGTTATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGGTTTAA
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG
* * * *
8548528 TAAATAGAATTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATATATTAGTTTTAT
66 TAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * *
8548592 TTTATTACGAATAAACTTGGATGAATTAAAATAATTATTTTATAACAAAAC
131 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * ** *
8548643 AAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTCTTCATATAGTCTTAACTGTTTGAAC-TAATTC
1 AAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTA
** * * * * * * * * *
8548706 GATAAATGGATTTATTTTTTATATGTTTTAGTTATGAA-TTTTCATAATATTATTAATTTAGTAT
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* *
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Statistics
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8548272 ACAATCAAAT
* ** * * * * * * *
8548282 AAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGCCTTAATTATTTGTA-GTAGTTTG
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* * * * ** *** *
8548664 ATAGATAATTCTTCATATAGTCTTAACTGTTTGAACTAATTC-GATAAATGGATTTATTTTTTAT
380 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * * * * * * * * *
8548728 ATGTTTTAGTTATGAATTTTCATAATATTATTAATTTAGTATTATTTTA-TTCAAAATAAACTTA
444 ATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTG
* * * * * *
8548792 TATGAATAGAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAAAAATTTGAAATAGAAATAATT
508 TATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAG--ATAATT
* * * * * * * * **
8548857 GTTTAAATAGTTATAATTA-TCGAAATTGGTTCGGTATACAGATTTATTTTTTGAATCTCGTACT
571 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTC-ATAAATAGATTTATTTTTAAAATCTC-T--T
** ** * * ** *
8548921 AATTCTTGAAACAATT-ATTTTATGACAA-AACAA-AAGGTACTAATAATTTTATTTCAAATAAT
631 -A--CTT------ATTAATTTT-TGA-AATATTAATAAATTAAT-ATTATTTTATTTTGAATAAG
* *** * * * *
8548983 CTTGTATGTTGAAAAGCAATTCTTCTATAACAAAAC
684 CTTTTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* ** * * * *
8549019 GAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-GACCATAATTATTTGAACTGATTT
1 -AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTATTT
* * ** * *
8549083 GGTAAACTA-ATTTATTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTAAT
64 AGTAAAC-AGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATT
* * *
8549144 ATTTTATTTTGGATAAACGTT-TATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCGT
127 ATTTTATTTTGAATAAGC-TTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCAT
* * * * ** *
8549207 AACGATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCGTAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATT
190 AACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAAAAAACAGATT
* *
8549272 TATTTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAA-AGTTAATAAATTAGTATTATTTTCTTTC
255 TATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * *
8549336 AAATAAGCTTGTATGAACT-TAAACAATTATTTTAT-----AACTAAAT-AGAATGATTTGAAAT
318 AAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATCATAATGATTTGAAAT
* * * * * * * *
8549394 AGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTTATTTAGCAAACACATTTTTTTTTTAAA--
382 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* * * * *
8549457 TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAGTTAGTATTATTTT-TATCCGAATCAGCTTGTAT
447 TCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTAT
* * * * * * *
8549519 G-ATAAAAAACAATTATTTTATGATAAAA-TAAA-GTCATAATGATTT-AAGATTGATATTTTTT
511 GAAT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAA-ATAGATAATTGTT
* * * * *
8549580 CAAATAGTCATAGCTATTTGATCTGGTTCA-AAA-A-ACTTTAGTTTTT-AAATCTCTTGCTTAA
574 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCATAAATAGA-TTTA-TTTTTAAAATCTCTTACTTAT
* * * * * * * *** *
8549641 TAATTTTTGAAATATTACTAAAGTAGTAATGTTTTATTTTGGATAAG-TTTTCATTAATTGAAAT
637 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTT-ATGAACAAAAAC
8549705 AATTGTTTTATGAC-AAA-
701 AATTGTTTTATGACAAAAC
** * ** ** * *
8549722 AAAATTTCAAAATGATTTTCAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATATCTAATTGAACTTATTTAG
1 AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAG
* * ** * * *
8549787 TAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTGTTTATTCATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTA
66 TAAACAGATTTA-TTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
8549852 TTTTACTTCGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAATAGTTGTTTTATGACTAAACAAAAAGTCAAAA
128 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAA
* * * * * * * *
8549916 CAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGCCTTAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAAA-ATATTT
192 CTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-AAAAACAGATTT
* ** *
8549980 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GTAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-ACCCA
256 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * * * *
8550043 ATAAGCTTGTAT-AAAAAGAAACAATTGTTGTATGACAAAATAAATATTATAACGATTTGAGATA
320 ATAAGCTTGTATGAATAA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-ATCATAATGATTTGAAATA
* * * * * * *
8550107 GATAATTATTCAAATGGTCATAACTATTTTAACTGGTTTAGCAAACAAATTTAGTTTTTAAA--T
383 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
* * ** * **
8550170 C--ACTTATTGATTTTTAAAATATTAATAAATCAACATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGA
448 CTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA
* * * ** * *
8550233 ACAAAAACGATTATTTTACAACAAAACAAAAGGGTTATAATAATGTGAAATAGATAATTGTTCAA
513 ATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * ** * * * *
8550298 ATGGACATAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAA-
577 ATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCATAAATAGATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * *
8550362 -TTTGCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-CTTGTATGAATAGAAATAAT
641 TTTTG-A-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAAT
*
8550425 TATTTTATGACAAAAC
704 TGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * * *
8550441 AAAAGATCATAACTATTTGAAATAAAAAATTTTATTCAAACAGTCATAACTATTTGAGCTTACTT
1 AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA--TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTT
* *
8550506 AATAAACAGATATATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATT
64 AGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATT
* * * *
8550571 ATTTTATTTTGAATAAAACTTTTATGAA-TAGCAACAATTAG-TTTATCACAAAACAAAACGTCA
127 ATTTTATTTTGAAT-AAGCTTGTATGAACTAGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAA-GTCA
* * * * *
8550634 TAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACATGTTTAAAAAACAAAT
189 TAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAAAAAACAGAT
*
8550699 TTATTTTTTAAAT-T-TTCACTTATTAAATTTTAGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTT
254 TTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTT
* * * *
8550761 GAAATAAGCTTGTATGAGTAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAGCATCATAATGATTTGAA
317 CAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA--ATCATAATGATTTGAA
* * * *
8550826 ATAGATAATTGTTCAAATTGTCATAACTATTTGAACTTCTACAGTAAACAAATTCATTTTTTAAA
380 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTT-AA
* * * * *
8550891 ATCTCTTACTAATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTAATATTTTATTTCAAATAAGCCTAT
444 ATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGT
* * * *
8550956 ATGAATTAATACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
509 ATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * *
8551021 CAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAGTATATTTA-TTTTAAAATCTTTTACTTATT
574 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-TAAATAGATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATT
* * *
8551085 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATATGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAA
638 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAA
*
8551150 TTGTTTTATAACAAAAC
703 TTGTTTTATGACAAAAC
*
8551167 AAATGGTCATAACAATTTGAAATA-ACTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTA
1 AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTA
* * *
8551231 GTAAACAGA-TTATTTTTTAAATCTTTTACCTT-TTGATTATTTGAATATTAATAAATTTGTATA
65 GTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTA-CTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATT
* * *
8551294 ATTTTA-TTTGAAATAAGCATGTATGAA-TAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
127 ATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCAT
* * * * **
8551357 AGCGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-ATTTGTACTTATTCGGTAAAA-AGAT
190 AACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-AAAAAACAGAT
* * * * * * *
8551420 TCATTTTTTAAATCTCTAAGTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTGTTTCG
254 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* * * * * * *
8551485 AATAAGCTTATATTAACAGAAACAATTGTTTTGTTATAAAACAAAAAGTCATAACT-ATTTGAAA
319 AATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAA-TCATAA-TGATTTGAAA
* * * * ** *
8551549 TAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTACTTGCACTAGTT-AGGCCAACAAATTCATTTTTTAAA
381 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-GTAAACAAATTTATTTTTTAAA
* * * *
8551613 T-TCGTTACTTATTGATTTTTATAATATTAATAAATTAGCATTACTTTA-TTCTGAATAAGAC-T
445 TCTC-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAG-CTT
* * ** * * * * * * *
8551675 GTATGAACATAAATGATTGTTTTATGATAAATCAAATGGTCATAATGATTCGAAATAAAGAATTG
507 GTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * * * * *
8551740 TTGAAATAGTTATAACTAATTAAACTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTC
572 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-TAAATAGATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTA
** *** * * *
8551805 TTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAAC
636 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACAAAAAC
* * * *
8551870 ATTTGTTTTATAATAAAAT
701 AATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * *
8551889 AGAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGGTCATAATTATTTGAA-TTGGTTT-
1 AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTTA
* * * * * ** *
8551952 GACAAACA-ATATTATTTTTTGAATTTATTACTAACTAATTTTTTAAATATTAAT-AATTTTTTT
65 G-TAAACAGAT-TTATTTTTTAAATTT-TTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * *
8552015 TGTTTTATTTTGAATAAG-TTACTAAGAACT-GAAA-AATTATTTTACGACAAAACAGAAGGTCA
126 TATTTTATTTTGAATAAGCTT-GTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGTCA
* * * ** * * *** *
8552077 TAACTATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAACCTTAACTATTTG-AGTTAGTTCGGCAAACAAA
189 TAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAAAAAACAGA
** * *
8552141 TTTATTTTTTAAATCTCTTAGATATTAATTTTTAGAATATTATTACATTAGTATTATTTTA-TTC
253 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * * * * * * * **
8552205 TGAATAAACTTGTGTGAACAGAAATAATTATTTTATGAGATAACAAAAGGTTATAACAATTTGAA
318 -AAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA--TCATAATGATTTGAA
* * * * *
8552270 ATATATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTAGTTC-GATAAACAGATTAATGTTTTA
380 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTA
* * * ** *
8552333 AATCTTTTACTTATTAATTTTTGACATATTAGCAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAGGCTTG
443 AATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
* * * * * *
8552398 TATG-ATGAAAAAAAATTGTTTTATGATAAAA-AAAA-TTTATAATGATTTAAAATAGATAATTG
508 TATGAAT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * *
8552460 TTTAAATGGCCATAATTATTTGAACTAAT-TTGATAAACT-GATTTATTTTT-AAATCTCTAACT
572 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT--TGTTCATAAA-TAGATTTATTTTTAAAATCTCTTACT
* * * * * *
8552522 TATCAAATTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTT-AGATAAACTTTTATAAACTAA
634 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTTTATGAACAAA
* * *
8552586 AACAATTATTTTATGATAAAAT
698 AACAATTGTTTTATGACAAAAC
** * * *
8552608 AAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTATTTAG
1 AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAG
* * * * * ** *
8552673 TAAACAAATTTGTTTTTTTTATTTTCTTGCTTATTAATTTTTTGAACGTTAATAAATTAGCATTA
66 TAAACAGATTT-ATTTTTTAAATTT-TTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * * * * * * *
8552738 TTATATTTCAAATAAGCATGTATGAACTA-AAACAATTATTTTTTTACTAAACAAAAAGTTAGAA
128 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAA
* * * * * * * * * * * *
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192 CTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAAAAAACAGATTTA
* * *
8552865 TTTTTT-AA--TC-T--TTATTAATTTTT-GAAATAGTAATAAATTGGTGTTATTTTA-TTCTAA
257 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AA
** * * ** * *
8552922 ATAATTTTGTATGAATAGAAACGATTGTTTTACAACAAAACAAAATCTCATAATAATTTGAAACA
320 ATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA--TCATAATGATTTGAAATA
* * * * * * * *
8552987 GATAATAGTTTAAATGGACATGACTATTTGAATTTATTC-GATAAACAGATTTATTTTTTTAAAT
383 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAAATTTA-TTTTTTAAAT
* * * * * * *
8553051 CTCTAATTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGCAT
446 CTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT
*
8553116 GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATAACATAATGATTTGAAATAAATAACTGTTCA
511 GAATAAAAACAATTGTTTTATG-----AC--AA-AACA-AA--A---G------------G-TC-
* * * * *
8553181 AATAAATAATGATTTGAAATAAATAATTACTT-AAATAGTCATATCTATTTGAACTCGCTTGATA
548 -AT-AAT-A--ATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCATA
* * * *
8553245 AACAGATTTATTTTTTAAAATATTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAATATTATT
606 AATAGATTTA-TTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATT
* * * *
8553310 TTATTCTAAATACGCTTTTATGAACAAAAACAATTAG-TTTATGACAGAAC
670 TTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATT-GTTTTATGACAAAAC
* * * * * * *
8553360 AAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACCATTTGAACATGTTCAA
1 AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATT-TA
* * *
8553425 G-AAACAGATTTATTTTTAAAATTTTTATTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATGTA-TATTA
65 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAAT-TAGTATTA
* * * * *
8553488 TATTA-TTTGAAATAAGCTTGCATGAAC-AGAACCAACTGTTTCATGACAAAAACAAATAGTCAT
128 TTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAA-AGTCAT
* * * * * *
8553551 AA-TGTTTTGAAATAGTTAATTGTAT-AGATAGTCATAACTTTTTGAACTTGTTCAATAAACGGA
190 AACT-ATTTGAAATAGATAATTGT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAAAAAACAGA
** * *
8553614 TTTATATTTTTAGTTCTCTTACTCATTAATTTTTTAG-ATAATAATAAATTAGTATTATTTTATT
253 TTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * *
8553678 TCAAATAAGCTTATATTAACTAAAAA-AATTGTTTTATTACAAAACAGAAGGTCACAGTGATTTG
316 TCAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AA-ATCATAATGATTTG
* * * **
8553742 AAATAGATAATTATTTAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAA-AATATTTATTTTTT
378 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAA-ATTTATTTTTT
* ** * * *
8553806 AAATCGT-TTGCTTATTAA-TTTTAGAAATATTAATCCATTAATATTATTTTAATCCGAATAAGC
442 AAATC-TCTTACTTATTAATTTTTA-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGC
* * * *
8553869 TTGTATGAACACAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATAATTT
505 TTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTT
8553922 TGTTTGTTGA
Statistics
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Consensus pattern (719 bp):
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TAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
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TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC
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TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
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TTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACA
AAAC
Found at i:8553202 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 8553146--8553207 Score: 83
Period size: 17 Copynumber: 3.6 Consensus size: 17
8553136 TGACAAAACA
8553146 AAATAACATAATGATTTG
1 AAATAA-ATAATGATTTG
*
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1 AAATAAATAATGATTTG
8553197 AAATAAATAAT
1 AAATAAATAAT
8553208 TACTTAAATA
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 2, Indels: 7
0.81 0.04 0.15
Matches are distributed among these distances:
15 2 0.05
16 12 0.31
17 17 0.44
18 8 0.21
ACGTcount: A:0.55, C:0.05, G:0.08, T:0.32
Consensus pattern (17 bp):
AAATAAATAATGATTTG
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Indices: 8553192--8553921 Score: 535
Period size: 181 Copynumber: 4.0 Consensus size: 178
8553182 ATAAATAATG
* * * * * *
8553192 ATTTGAAATAAATAATTACTT-AAATAGTCATATCTATTTGAAC-TCGCTT-GATAAACAGATTT
1 ATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGCCATAACCATTTGAACAT-G-TTCAAGAAACAGATTT
8553254 ATTTTTTAAAATATTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAA
63 A-TTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATT-ATATTATTTTATT-TAA
* ** * *
8553319 ATACGCTTTTATGAACAAAAACAATTAGTTTATGACAGAACAAAAGGTCAAAACA
124 ATAAGCTTGCATGAACAAAAACAACTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACA
8553374 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACCATTTGAACATGTTCAAGAAACAGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACCATTTGAACATGTTCAAGAAACAGATTTATT
* *
8553439 TTTAAAATTTTTATTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATGTATATTATATTATTTGAAATAAG
66 TTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAAT-TATATTATTTTATTT-AAATAAG
* * * **
8553504 CTTGCATGAACAGAACCAACT-GTTTCATGACAAAAACAAATA-GTCATAATG
129 CTTGCATGAACAAAAACAACTAGTTT-ATGAC-AAAACAAA-AGGTCAAAACA
* * * * * ** * * *
8553555 TTTTGAAATAGTTAATTGTAT-AGATAGTCATAACTTTTTGAACTTGTTCAATAAACGGATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTAT-TCAAATAGCCATAACCATTTGAACATGTTCAAGAAACAGATTTAT
* * * * * **
8553619 ATTTT-TAGTTCTCTTACTCATTAATTTTTTAGATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
65 -TTTTAAAATT-T-TTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTA-TATTATTTTATTT-AAA
** * * * * * ***
8553683 TAAGCTTATATTAACTAAAAA-AA-TTGTTTTATTACAAAACAGAAGGTCACAGTG
125 TAAGCTTGCATGAAC-AAAAACAACTAG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACA
* * * * * ** * *
8553737 ATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTT-TGGTAAAAATATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACCATTTGAACATGTTCAAG-AAACAGATTTAT
* * * * * ** ***
8553801 TTTTTAAATCGTTTGCTTATTAATTTTAGAAATATTAATCCATTAATATTATTTTAATCCGAATA
65 TTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATT-ATATTATTTT-ATTTAAATA
* * * * * * *
8553866 AGCTTGTATGAACACAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATA
127 AGCTTGCATGAACAAAAACAACTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACA
8553918 ATTT
1 ATTT
8553922 TGTTTGTTGA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACCATTTGAACATGTTCAAGAAACAGATTTATT
TTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTATATTATTTTATTTAAATAAGCT
TGCATGAACAAAAACAACTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACA
Found at i:8554255 original size:181 final size:180
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8554042 AAAATAATAT
*
8554052 TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAACATAAATTTGTTT-GCCAAAC
1 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA-ATAAATTT-TTTAGCCAAAC
* * * * **
8554116 TAGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATT-ATTATGGCCATTT-GCTT
64 TAATGCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATGTATTT-AAATTCATTATAACC-TTTCGCTT
**** * * * *
8554179 TATCATTGGACATTTGTTTTTGATCATACAA-TTTAATTTGGAATAA-AGTAAAGC
127 TATCACAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTT-ATTCGAAATAACA-TAAAGC
** **
8554233 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACGA-ATTTACAAAATGTATTTTTTAGCCTGAC
1 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTA-AAAATAAATTTTTTAGCCAAAC
* * * * *
8554297 TAATGCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATGTATTTTAATTCATTATAACCTTTCGTTTTG
64 TAATGCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATGTATTTAAATTCATTATAACCTTTCGCTTTA
* * * ***
8554362 TCACAAAACAATTGTTTTTGTTCGTAGAAGCTTATTCGAAATAACATAATTT
129 TCACAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCGAAATAACATAAAGC
* * *
8554414 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATATGTTTA-CTAAAC
1 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAAT-TTTTTAGCCAAAC
* ** * *** * * * * *
8554478 AAATTTAAATAATTATGGTTATTGGAACAATTATCTATTTCAAATT-GTTATAACCTTTTGTTTT
64 TAATGCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATGTATTT-AAATTCATTATAACCTTTCGCTTT
* * *
8554542 GTCATAAAACAATT-TTTTCT-ATTCATTCAAGCTTATT
128 ATCACAAAACAATTGTTTT-TGA-TCATACAAGCTTATT
8554579 TCAAATTTGT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (180 bp):
TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATTTTTTAGCCAAACTA
ATGCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATGTATTTAAATTCATTATAACCTTTCGCTTTATC
ACAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCGAAATAACATAAAGC
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8554469 TTACTAAACA
** **
8554479 AATTTAAATAATTATGGTTATTGGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGT
1 AATTTAAATAATTATGACTATTGGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
*
8554544 CATAAAACAATT-TTTTCTATTCATTCAAGCTTATTTCAAATTTGTTTACCAAAT
66 CATAAAACAATTATTTT-TATTCATACAAGCTTATTTCAAATTTGTTTACCAAAT
* * * * * *
8554598 AATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATCACTTTTTGTTTTG
1 AATTT-AAATAATTATGACTATTGGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTG
* *
8554663 TCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTT
65 TCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTT
8554700 ATATTAAAAT
Statistics
Matches: 87, Mismatches: 13, Indels: 3
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Matches are distributed among these distances:
119 5 0.06
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121 4 0.05
ACGTcount: A:0.33, C:0.11, G:0.07, T:0.48
Consensus pattern (119 bp):
AATTTAAATAATTATGACTATTGGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
CATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTTCAAATTTGTTTACCAAAT
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Period size: 301 Copynumber: 1.8 Consensus size: 301
8554292 CTGACTAATG
* * *
8554302 CAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATGTATTTTAATTCATTATAACCTTTCGTTTTGTCACA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATGTATTTCAAATCATTATAACCTTTCGTTTTGTCACA
* * * * *
8554367 AAACAATTGTTTTTGTTCGTAGAAGCTTATTCGAAATAACATAATTTTAATTTATTAATATTCTA
66 AAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTA
* * * * ***
8554432 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATATGTTTACTAAACAAATTTAAATAATTATGGT
131 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAATTCAAATAATAATAAC
* ** *
8554497 TATTGGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCT
196 TATTGGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGGTTTGTCATAAAACAATTTTTTCT
8554562 ATTCATTCAAGCTTATTTCAAATTTGTTTACCAAATAATTT
261 ATTCATTCAAGCTTATTTCAAATTTGTTTACCAAATAATTT
* * * * * *
8554603 CAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATCACTTTTTGTTTTGTCATA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATGTATTTCAAATCATTATAACCTTTCGTTTTGTCACA
* * *
8554668 AAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATT-TATATTAAAATAATATTAATTTATTAATATT-T
66 AAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCT
* * *
8554731 CAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTAATA
130 -AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAATTCAAATAATAATA
* * *
8554796 ACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGGTTTGTTATAAAACAAT
194 ACTATTGGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGGTTTGTCATAAAACAAT
8554856 CATACAAGCT
Statistics
Matches: 217, Mismatches: 34, Indels: 4
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
300 2 0.01
301 215 0.99
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (301 bp):
CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATGTATTTCAAATCATTATAACCTTTCGTTTTGTCACA
AAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTA
AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAATTCAAATAATAATAAC
TATTGGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGGTTTGTCATAAAACAATTTTTTCT
ATTCATTCAAGCTTATTTCAAATTTGTTTACCAAATAATTT
Found at i:8555172 original size:182 final size:180
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Indices: 8554855--8558836 Score: 2909
Period size: 181 Copynumber: 22.2 Consensus size: 180
8554845 TATAAAACAA
* * * * *
8554855 TCATACAAGCTTATTTCGAAGAAAATAATA-TAACTTTACTAATATTCCAAAGATTAATAAGTAA
1 TCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * *
8554919 AAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAACATGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATC
65 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* *
8554984 TATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTAT
130 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
* * *
8555035 TCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAAAATTCCAAAATTTAATAAGTAAA
1 TCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAA
* * * *
8555100 TGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTAT
66 -GATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * *
8555165 TTATTTCAAATCATTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATAGTTTCTAT
129 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
* * * * **
8555217 TCATATAAGTTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGG
1 TCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-TAA
* ** * * * * * * *
8555282 AGA-TTAAAAAATAAA-ATATTTACTGAATAAGTTCAAATAATCATGTCAATTTGAACTATTATA
65 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * *
8555345 TTTTTCAAA-CTATTATGACATTTTGTTTTATTATAAATCAATTGTTTCTAT
130 TATTTCAAATC-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
* ***
8555396 TCATACAAA-ATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG---
1 TCATA-AAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
* * *
8555457 AGATTTAAGAACTAAATCTA--TACCAGACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
65 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCA-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* *** * * * * *
8555519 CTATCTCAAATCGGAATGATC-TTTGTTTTATCATAAAATAATTATTCCTAT
129 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
* ** ** * * ** * *
8555570 TCGTACAAA-CTTATTCGGTGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA
1 TCATA-AAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * *
8555634 TAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCGAACCAGTTCAAATAATTAAT-ACTATTAGAACAATTA
65 -AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTA
* * * *
8555698 TCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTC-AGT
128 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-T
* * * * * * *
8555751 TCATACATGCTTATTCAAAACAAAATAATAC-----TATTCA-A----AAAAATTAATAAGGAAA
1 TCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAA
* * * *
8555806 GAATTTAAAAAAATAAATCTATTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATAACTACTTGAACAATTAT
66 G-ATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * *
8555871 CTATTTTAAATCATTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAGCAATTGTTTC-ATT
129 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-T
* ** * * * * * * **
8555923 TTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGG
1 TCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-TAA
* ** *
8555988 AGATTTAAAAAATAAATCAATTTATTGAATCAA-TTCAAATAGTTATAGAC-ATTTGAACAATTA
65 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTA
* * * * *
8556051 TCTATTTGAAATCATTTTGAACTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGGTTT-TCA-
128 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCT-AT
* * * * * ** *
8556104 TCATACAAGCCTATTCAAAATAAACTAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAGG
1 TCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA-A
* * * * * * * *
8556169 AGA--T------T--ATCTGTTTATCAAACCAGTTTAAATAATTATGATTATTTGAATAATTATA
65 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * *
8556224 TATTTCAAGTCATTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTATGT
130 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
* * * * ** * *
8556275 TCACACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTATAAAAACTAATAACTAA
1 TCATAAAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * *** *
8556339 GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAACCAA-TTCAAATAGTTAAGGCTATACAAATAATTA
65 -AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
** * * * * *
8556403 TCTATTTCAAATTGTTATGTCATTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGT
128 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
* * * * * * * * * *
8556456 TCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATTATATTGATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AG--GA
1 TCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAA
* * * * * * * * *
8556518 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAATAACTATTT
66 GATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * *
8556583 ATTTCATATCGTTATGACATTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTAT
131 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
* * * * * * * **
8556633 TGATAAAATCTTACTTGGAATAAAGTAATACAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGTGTAAC
1 TCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-
* * * ** * * *
8556698 AGATTTAAAAAATGAATTTGTTGGCCTGAAC-AGTACAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTAT
65 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
** * * * *
8556762 CTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCACAAAACAAATT-TTTTTGT
129 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTAT
* * * * ** * * *
8556814 TCGTACAAGCTTA-TTCGAAATAACATAATTTTAGTTTCTTAATATTCCAAAAATTAATAAATAA
1 TCATAAAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-A
* * * * *
8556878 AAGATTTAAAAACTAAATCTATCTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-
64 AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
*** * * *
8556942 CATATCTT-AAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAGTTTTTTCTAT
129 C-TAT-TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
** * * *
8556995 TCATGCAAGCTTATTTCA-ATTAAAATAATACAAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATATGTAA
1 TCATAAAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-A
* * * * * *
8557058 AAGCTTTAAAAACATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTTAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTA
64 AAGATTTAAAAA-ATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * **
8557123 TTTATTTCAACTCATTATGA-CATTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGC
128 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
* * * * * * *
8557174 TCATACAAGTTTA-TTAGGATTAAAATAATATTTATTTATTAAT-TT-TAGACAATTAATAAGTA
1 TCATAAAAGCTTATTTA-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA-AAAATTAATAAGT-
* * * * * ** * *
8557236 AAAGATTTCAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATGAAAACTATTTAAATAATTA
63 AAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * * * * *
8557301 TTTATTTTAAATCGTTATCACCCTTTGTTTCGTCAAAAAATAATTGTATCAAT
128 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
* * * * * *
8557354 TCATATAGGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAG
1 TCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-
8557419 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
65 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * *
8557484 TATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGT
130 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
* * * *
8557535 TCATAGAAGCTTA-TT-GAATGAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATGAATAAGTAT
1 TCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA-
* * * * * * * *
8557597 AA-ATTTAAAAAGTAAATCTATTTTCTAAGCATGTTCAAACAGTTATTACTATTTGAATAATTAT
64 AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * *
8557661 CTATTTCAAAATAAGTTATG-GCTCTTTGTTTTTGTCATACAACCAATTGGTTTTTTGT
129 CTATTTC-AAATCA-TTATGACCT-TTTG-TTTTGTCATA-AAACAATT-G-TTTCTAT
* ** *
8557719 TCATACAAGCAGATTT-GAA-ATAAATAATACTAATTTATTATTATTCCAAAAATTAATAAGTAA
1 TCATAAAAGCTTATTTAGAATA-AAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-A
* * * * * *
8557782 AAGATTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAGCAAATTTAAATAGTTATGACTGTTT-AACAATTAT
64 AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* ** ** *
8557846 TTATTTCAAAT-AGTTACAATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT
129 CTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
* * *
8557898 TCATAAAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAAAG
1 TCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-
* * * * * *
8557963 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACAAAACAAGTTGAAATAGTCT-TGTCCATTTTGAACAATTA
65 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGT-TATGACTA-TTTGAACAATTA
* ** * *
8558027 TCAATTTCAAATTGTTATGACCTTCTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTAT
128 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
* * * * * *** *
8558080 TCATGTAAAA--TTATTCAGAATTAAATAATACTGATCTACTAATATTTTGAAAACTAATAAG--
1 TCA--TAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA
* * * * *
8558141 AA-ATCTAAAAACTAAATATATTTACCAAA-ATAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTA
64 AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * *
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* ** * * *
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* * *** * * * * ** *
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* * * * * * **
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* * * * * * * * * *
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** * **** * * *
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* * * *
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* * * * *
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1 TCATAAAAGCTTATTTAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
* * * ** * * ** *
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65 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* ** * * *
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* * *
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* *
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* * *
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* * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * *
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504 TTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATTTA
* *
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* **
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* *
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* * ** * * *
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** * * * *
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* * *** * * *
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* * * * *** * * ** *
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* * * * * *
8555630 GTAATAGATTTAAAAAATAAATATATTTA-TCGAACCAGTTCAAATAATTAATACTAT-TAGAAC
317 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-AAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATAT-GAAC
* ** * * * ** *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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572 AAATCATTATGAC-TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAT-AAA-TTTAT-TAA
* * * **
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633 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATG-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * *
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696 TCTA-TTACTGAATCAG
* * *
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*
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* * * * * *
8556150 TAAAAAATTAATAAGTAGGAGA-T-T-ATCTGTTTATCAAACCAGTTTAAATAATTATGATTATT
129 TCAAAAATTAATAAGTAGAAGATTATAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * *
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* * ** * * *
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259 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * ** *
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** * * *
8556407 TTTCAAATTGTTATGTCATTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTC
389 TTTCAAATCATTATGTCATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAAGTTTATTC
* * * * *
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454 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * *
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519 TGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGA
* * ** *
8556600 CATTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTGATA-AAATCTTACTTGGAATAAAGTAATAC
584 C-TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAAT-TTA-TTAAAATAAAATAATAC
* * * * * * *
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646 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATT--ACTGAAT
8556728 CAG
709 CAG
* ** * * *
8556731 TACAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTATCA
* * ** * * ** * *
8556796 CAAAACAAATTTTTTTGTTCGTACAAGCTTATTCGAAAT-AACATAATTTTAGTTTCTTAATATT
66 TAAAAC-AATTGTTTTCATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAC-TAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * **
8556860 CCAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAACTAAATCTATCTATCGAATAAGTTCAAATAGTTAT
129 TCAAAAATTAATAAGTAGAAGA-TT----A-T-AATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTAT
* *** * * *
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187 GACTATTTGAACAATTATATAT-TTCAAATCATTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT
* * * * *
8556989 TTCTATTCATGCAAGCTTATTTCAATTAAAATAATACAAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATA
251 TTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATA
* * * * * * * * *
8557053 TGTAAAAGCTTTAAAAACATAAATCTGTTTACCAAA-TAAGTTTAAATAGTTATGACTGTTTGAA
316 AGTAAAAGATTTAAAAA-ATAAATATGTTTACTAAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATATGAA
* * * * * *
8557117 TAATTATTTATTTCAACTCATTATGACA-TTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGCTCATAC
379 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGTCATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAA
* * * * *
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* * * * *
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505 TTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATTTATT
* * * * * * * * * * **
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570 TCAAATCATTATGA-CTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAATTTATT-AA
*
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633 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* *
8557437 TATTTAC-CAAACAAG
698 TA-TTACTGAATC-AG
* * * *
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1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTATCA
* ** * *
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66 TAAAACAATTG-TTTTCATCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAACTAATACT-AATTTATTAATAT
* * * * *
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* * * * ** *
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* * * ** * *
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* * * * * * * *
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* * **
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* *
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* * * ** * * *
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** ** * * * *
8558024 TTATCAATTTCAAATTGTTATGACCTTCTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATGTAAA
561 TTATTTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAA
* * * * * * * * * * *
8558089 ATTATTCAGAATTAAATAATACTGATCTACTAATATTTTGAAAACT-A--A-TAAGAAATCTAAA
625 TTTATT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAA
* * **
8558150 AACTAAATATATTTACCAAAAT-AG
689 AAATAAATCTA-TTA-CTGAATCAG
* * * * * * *
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1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTATCA
* ** * *** * *
8558238 TAAAAGAATTGTTTTTTTTTTCATAAAAG-TGTATTCAGGTTAAAATAATACTAATTTAATAATA
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* * * ** *
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* * ** * * * * * * *
8558365 TTAAGACTGTTAAAATAATTATATATTTCAAATCATTCTGACCTTTTATTTTGTAATAAAATAAT
183 TTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
** * * ** * * * *
8558430 TATTTGAATTAATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATGCTACTTTAGTAATATTTCAAAAATTA
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* * ** * * * * * *
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313 ATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAA-TATGTTTACTAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATAT
* * * * * *
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* * * * * *
8558620 CATCAAAGCTTATT-TGGATAAAAATAATACTAATGTAATAATATTTCAAAAATTAAT-A-AGAG
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* * ** * *
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* * ** * * * * * **
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**
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Statistics
Matches: 2808, Mismatches: 562, Indels: 305
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Consensus pattern (711 bp):
TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTATCA
TAAAACAATTGTTTTCATCATACAAGCTTATTCAAAATAAACTAATACTAATTTATTAATATTTC
AAAAATTAATAAGTAGAAGATTATAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
AACAATTATATATTTCAAATCATTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCAT
ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
TTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATT
TCAAATCATTATGTCATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAAGTTTATTCAG
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACT
TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAATTTATTAAAATAAAATAATACTAATT
TATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTACTGAATCAG
Found at i:8558240 original size:358 final size:356
Alignment explanation
Indices: 8554876--8558836 Score: 2615
Period size: 359 Copynumber: 11.1 Consensus size: 356
8554866 TATTTCGAAG
* * *
8554876 AAAATAATA-TAACTTTACTAATATTCCAAAGATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGT
1 AAAATAATACTAA-TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG---AAATTTAAAAAATAAATATAT
* * *
8554940 TTTCTAAACAT-GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC
62 TTACCAAA-ATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC
* * *
8555004 TTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAA
126 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAA
* * * * * * * *
8555069 TTTAATAAAATTCCAAAATTTAATAAGTAAA-TGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAGCGA
191 TTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTA-CAAACAA
* * * * *
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252 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * *
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* *
8555238 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGA-TTAAAAAATAAA-ATAT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA----GAAATTTAAAAAATAAATATAT
** * * * * * * *
8555301 TTA-CTGAATAAGTTCAAATAATCATGTCAATTTGAACTATTATATTTTTCAAA-CTATTATGA-
62 TTACCAAAAT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-ATTATGAT
* * * * **
8555363 CATTTTGTTTTATTATAAATCAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACT
125 C-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT
* * * * *
8555428 AATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT----AAGAGATTTAAGAACTAAATC--TATACCAGACCA
189 AATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CA-AACA
* * ** * *
8555487 A-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGGAATGATC-TTTGTTTTAT
251 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * **
8555550 CATAAAATAATTATTCCTATTCGTACAA-ACTTATTCGGTGT
316 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGA-TTATTCAGAAT
* * ** * *
8555591 AAAATATTGCTAAACTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATAAATATAT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG--A-A-ATTTAAAAAATAAATATAT
* * ** * * * * *
8555656 TTATCGAACCAGTTCAAATAATTAAT-ACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACC
62 TTACCAAAATAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC
* * * * * * *
8555720 TTTTGTTTAGTCATAAAATAATTG-TTTCAGTTCATACATGCTTATTCAAAACAAAATAATAC--
126 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTA
* * *
8555782 ---TATTCA-A---AAAAATTAATAAGGAAAGA-ATTTAAAAAAATAAATCTATTTATCAAATAA
190 ATTTATTAATATTTAAAAATTAATAA-GAAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTA-CAAACAA
* * * * * * *
8555839 GTTCAAATAGTTATAACTACTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACTTTTTGTTTTATC
252 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * *
8555904 ATAAAGCAATTGTTTC-ATTTTATAAAAGCTTATCCAAAAT
317 ATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATATAAGATTATTCAGAAT
* * * ** *
8555944 AAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCA-A
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATT---AA-TAAGAAATTTAAAAAATAAAT-ATA
*** * * *
8556008 TTTA-TTGAATCAATTCAAATAGTTATAGAC-ATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCATTTTGA
61 TTTACCAAAAT-AGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * * * * *
8556071 ACTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGGTTTTCA-TCATACAAGCCTATTCAAAATAAACTAATAC
124 TCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATAC
* * *
8556135 TAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAGGAGA--T------T--ATCTGTTTATCAAACC
188 TAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CAAACA
* * * * * * * *
8556190 AGTTTAAATAATTATGATTATTTGAATAATTATATATTTCAAGTCATTATAATCTTTTGTTTTGT
251 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * * *
8556255 CATAAAATAATTATTTATGTTCACACAAGCTTATT-TGAAAT
316 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGATTATTCAG-AAT
* * ** * * *
8556296 AAAATAATACTAATCTAATAATATTATAAAAACTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA-T--TAA-TAAGAAATTTAAAAAATAAATATAT
* * ** * * * *** * **
8556361 TTGCTAAACCAATTCAAATAGTTAAGGCTATACAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATG-TCA
62 TTACCAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC-
* * * * * * * * * *
8556425 TTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATTATATTGA
126 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAA
* *
8556490 TTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AG---GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGT
191 TTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CAAACAAGT
* * * * * * * *
8556551 TCAATTAGTTATAACAATTTGAATAACTATTTATTTCATATCGTTATGACATTTTATTTTGTCAT
254 TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * ** *
8556616 AAAATAATTGTTTCTATTGATAAAATCTTACTT-GGAAT
319 AAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGATTA-TTCAGAAT
* * * * * * * *
8556654 AAAGTAATACAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGTGTAACAGATTTAAAAAATGAATTTGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAA----TAAGAAATTTAAAAAATAAATATAT
** ** * * * ** *
8556719 TGGCCTGAACAGTACAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCT
62 TTACCAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCT
* * * * * * **
8556784 TTTATTTTGTCACAAAACAAATT-TTTTTGTTCGTACAAGCTTA-TTCGAAATAACATAATTTTA
127 TTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTA
* * * * * * * * *
8556847 GTTTCTTAATATTCCAAAAATTAATAA-ATAAAAGATTTAAAAACTAAATCTATCTATCGAATAA
190 ATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGA-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CAAACAA
* * * *
8556911 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-CATATCTT-AAATTGCTATAACCTTTTGTTTTG
252 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC-TAT-TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * ** * *
8556974 TCATAAAACAGTTTTTTCTATTCATGCAAGCTTATTTCA-ATT
315 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGATTA-TTCAGAAT
* * * *
8557016 AAAATAATACAAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATATGTAAAAGCTTTAAAAACATAAATCTG
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG--AAA--TTTAAAAA-ATAAATATA
* * * * *
8557080 TTTACC-AAATAAGTTTAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATTTATTTCAACTCATTATGA-
61 TTTACCAAAAT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAT
* ** * * *
8557143 CATTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGCTCATACAAGTTTA-TTAGGATTAAAATAATATT
125 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTA-GAATAAAATAATACT
* * * *
8557206 TATTTATTAAT-TTTAGACAATTAATAAGTAAA-AGATTTCAAAAATAAATATGTTTACCAAACA
189 AATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CAAACA
* * ** * * * * * *
8557269 AGTTCAAATAATGAAAACTATTTAAATAATTATTTATTTTAAATCGTTATCACCCTTTGTTTCGT
251 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * *
8557334 CAAAAAATAATTGTATCAATTCATATAGGTTTATTCAAAAT
316 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGATTATTCAGAAT
* *
8557375 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATT-A--A-TAAGAAATTTAAAAAATAAATATAT
* *
8557440 TTACCAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACC
62 TTACCAAA-ATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC
* * * *
8557504 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATAGAAGCTTA-TT-GAATGAAATAATA-TAA
126 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT-A
* * * * * * *
8557566 ATTTATTAATATTTCAAAAATGAATAAGTATA-A-ATTTAAAAAGTAAATCTATTTTCTAAGCAT
190 ATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-AAACAA
* * * *
8557629 GTTCAAACAGTTATTACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAATAAGTTATG-GCTCTTTGTTTT
252 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC-AAAT-CGTTATGACCT-TTTG-TTT
* * * * * *
8557693 TGTCATACAACCAATTGGTTTTTTGTTCATACAAGCA-GATT-TGAA-
313 TGTCATA-AAACAATT-G-TTTCTATTCATATAAG-ATTATTCAGAAT
* * * *
8557738 ATAAATAATACTAATTTATTATTATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTAAAAAAATAAATCTG
1 A-AAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG---AA-ATTTAAAAAATAAATATA
* * * **
8557803 TTTACCAAGCAA-A-TTTAAATAGTTATGACTGTTT-AACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTACA
61 TTTACCAA--AATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATG
* * *
8557864 ATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATAAAAGTTTATTTAGAATAAAATAATAC
123 ATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATAC
*
8557929 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACAAAACA
188 TAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-AAACA
* * * * * * *
8557994 AGTTGAAATAGTCT-TGTCCATTTTGAACAATTATCAATTTCAAATTGTTATGACCTTCTGTTTT
251 AGTTCAAATAGT-TATGACTA-TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * *
8558058 GTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATGTAAAATTATTCAGAAT
314 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGATTATTCAGAAT
* * * * *** * * *
8558101 TAAATAATACTGATCTACTAATATTTTGAAAACTAATAAGAAATCTAAAAACTAAATATATTTAC
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATATATTTAC
* * * *
8558166 CAAAATAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTA
66 CAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTG
* * * * **
8558230 TTTTGTCATAAAAGAATTGTTTTTTTTTTCATAAAAG-TGTATTCAGGTTAAAATAATACTAATT
131 TTTTGTCATAAAACAATTG--TTTTTATTCATACAAGCT-TATTTAGAATAAAATAATACTAATT
* ** * ** *
8558294 TAATAATATTTCAAAAATTAATAA-ATAAGAGATTTAAAAAATAAATAAGTTTTCTGCACCAGTT
193 TATTAATATTT-AAAAATTAATAAGA-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-AAACAAGTT
* * * ** * * * * *
8558358 CAAATAATTAAGACTGTTAAAATAATTATATATTTCAAATCATTCTGACCTTTTATTTTGTAATA
255 CAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * ** * * *
8558423 AAATAATTATTTGAATTAATACAAGATTATTCAAAAT
320 AAACAATTGTTTCTATTCATATAAGATTATTCAGAAT
* * * * **
8558460 AAAATAATGCTACTTTAGTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAGCTAAA-ACTA
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG--A-A-ATTTAAAAAATAAATA-TA
**** ** * * *
8558524 TTTTTTGAACCAGTTCAAGTAGTTATGACTATTTGAACAAATAT-TAATATCAAATCATTATGAT
61 TTTACCAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGAT
* * * *
8558588 C-TTTGTTTTCTCATAAAATAATTGTTTCTGA-TCAT-CAAAGCTTATTT-GGATAAAAATAATA
125 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTATTCATAC-AAGCTTATTTAGAAT-AAAATAATA
* * * * *
8558649 CTAATGTAATAATATTTCAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTGAAC
187 CTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-AAAC
* * ** * * * *
8558710 TAA-TTCAAACAGTTAAGACTATCAGAATAATTATCTATTTCAAGTTGTTTTGACCTTTTGTTTA
250 -AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * **
8558774 GTCA-AATAATAATTGTTT-TAATTTATATAAGCTTATTTGGAAT
314 GTCATAA-AACAATTGTTTCT-ATTCATATAAGATTATTCAGAAT
8558817 AAAATAATACTAA-TTATTAA
1 AAAATAATACTAATTTATTAA
8558837 CATTTTTTAT
Statistics
Matches: 2828, Mismatches: 600, Indels: 348
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
345 9 0.00
348 4 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (356 bp):
AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATATATTTAC
CAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTG
TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAT
TAATATTTAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACAAACAAGTTCAAATA
GTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
TTGTTTCTATTCATATAAGATTATTCAGAAT
Found at i:8558790 original size:540 final size:535
Alignment explanation
Indices: 8554623--8558792 Score: 2597
Period size: 539 Copynumber: 7.8 Consensus size: 535
8554613 TGACTATTTG
* * * * * * ***
8554623 AATAATTATTTATTTCAAATCATTATCACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCAT
1 AATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTAATAAAATAATTGTTTGAATTCAT
* * * * * * *
8554688 ACAAGTTTATTTATATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGAT
66 ACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * *
8554753 TTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAA-AAATTATCT-A
131 TTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAA-TAT-TAA
* * * *
8554816 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGGTTTGTTATAAAACAA-----TC-A-T-A--C-AAGCTTATT
194 TATCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAAGCTTATT
* * * *
8554870 TCGAA-GAAAATAATA-TAACTTTACTAATATTCCAAAGATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATA
259 T-GAATAAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AAATTTAAAAAATA
* * * * * * * * *
8554933 AATATGTTTTCTAAACATGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
319 AATCTATTTACTAAATA-ATTCAAACAGTTATGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * * **
8554998 ATGATCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTG--TTTCTATTCATAAAAGCT-TATTTAGAATAAAA
383 ATGA-CCTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTTGTTCATACAAG-TGTA-TTAGGTTAAAA
* * * * * * *
8555060 TAATACTAATTTAATAAAATTCCAAAATTTAATAAGTAAATGATTTAAAAAAATAAATCTATTTA
444 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTA
* * * *
8555125 CCAAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA
508 CC-A-CAAGTTCAAATAATTAAGACT-GTTA
* * * * **
8555156 AATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATAGTTTCTATTCAT
1 AATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTAATAAAATAATTGTTTGAATTCAT
* * * **
8555221 ATAAGTTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGA-
66 ACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* ** * * * * * *
8555285 TTAAAAAATAAA-ATATTTACTGAATAAGTTCAAATAATCATGTCAATTTGAACTATTATATT--
131 TTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-A-AATATTAA
* * * * * * * *
8555347 TTTCAAACTATTATGACATTTTGTTTTATTATAAATCAATTGTTTCTATTCATACAAA-ATTATT
194 TATCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAAGCTTATT
** * * *
8555411 TAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAGAACTAAATC
259 T-GAATAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATC
* ** * * * * ***
8555475 TA--TACCAGACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGGAATGA
323 TATTTACTA-AATAATTCAAACAGTTATGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * ** * * * * * *
8555538 TCTTTGTTTTATCATAAAATAA-T-TATTCCTATTCGTACAAACT-TATTCGGTGTAAAATATTG
387 CCTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTTGTTCATAC-AAGTGTATTAGGT-TAAAATAATA
** * * * *
8555600 CTAAACTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCGAA
449 CTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-C-CA
* * *
8555664 CCAGTTCAAATAATTAATACTATTA
511 CAAGTTCAAATAATTAAGACTGTTA
* * * * * * * * *
8555689 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCA
1 -AATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTAATAAAATAATTGTTTGAATTCA
* * * * *
8555754 TACATGCTTATTCAAAACAAAATAATAC-----TATTCA-A----AAAAATTAATAAGGAA-AGA
65 TACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAG-
* * * * *
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* * * * * * * *
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** * * * ** *
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* * * * * * *
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* * * * ** ** ***
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* * ** *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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*
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CACAACTTTGGAAAAATAAAATGCTCCTCTACAAAGAGGCAACACAAATATGAAAAAATAAAACG
CTCCTCTAAATAGAGGCAACCACAACTTTGGAAAATAAAATGCCCTTCTAAATAATGGCAAC
Found at i:8562587 original size:14 final size:13
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Period size: 14 Copynumber: 4.5 Consensus size: 13
8562560 TTATTTTTCA
*
8562570 TTTTTCTCTCATT
1 TTTTTCTCTCTTT
8562583 TTTTTCT-T-TTT
1 TTTTTCTCTCTTT
8562594 TCTTTTCTCTCTTT
1 T-TTTTCTCTCTTT
*
8562608 GTTTTTCTTTTCTTT
1 -TTTTTC-TCTCTTT
8562623 TTTTTC
1 TTTTTC
8562629 CTTTTTTCTC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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15 7 0.18
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Consensus pattern (13 bp):
TTTTTCTCTCTTT
Found at i:8562593 original size:27 final size:25
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8562543 TTGAGTCTTC
*
8562553 TTTTTTTTTATTTTTCATTTTTCTCTCA
1 TTTTTTTCT-TTTTTC--TTTTCTCTCA
*
8562581 TTTTTTTCTTTTTTCTTTTCTCTCT
1 TTTTTTTCTTTTTTCTTTTCTCTCA
8562606 TTGTTTTTCTTTT
1 TT-TTTTTCTTTT
8562619 CTTTTTTTTC
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 2, Indels: 4
0.85 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
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TTTTTTTCTTTTTTCTTTTCTCTCA
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8562561 TATTTTTCAT
*
8562571 TTTTCTCTCATTTTTTTCTTTTTTC
1 TTTTCTCTCATTTTTTTCTCTTTTC
8562596 TTTTCTCTC-TTTGTTTT-TCTTTTC
1 TTTTCTCTCATTT-TTTTCTCTTTTC
8562620 TTTT
1 TTTT
8562624 TTTTCCTTTT
Statistics
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25 13 0.50
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TTTTCTCTCATTTTTTTCTCTTTTC
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8562545 GAGTCTTCTT
* *
8562555 TTTTTTTATTTTTCATTTTTCTCTCA
1 TTTTTTTCTTTTT-TTTTTTCTCTCA
* *
8562581 TTTTTTTCTTTTTTCTTTTCTCTCT
1 TTTTTTTCTTTTTTTTTTTCTCTCA
8562606 TTGTTTTTCTTTTCTTTTTTT
1 TT-TTTTTCTTTT-TTTTTTT
8562627 TCCTTTTTTC
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 5, Indels: 3
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TTTTTTTCTTTTTTTTTTTCTCTCA
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8571959 AATGATGCAA
* *
8571969 ATGATAATGTTAAACATGATCATGAAAATGATGCATAGAATGAAATGAT
1 ATGATAATCTTAAACATGAGCATGAAAATGATGCATAGAATGAAATGAT
* *
8572018 ATGATAATCTTAAAACATGAGGAT-AGAAATGATGCATAGAATGATATGAT
1 ATGATAATCTT-AAACATGAGCATGA-AAATGATGCATAGAATGAAATGAT
8572068 A
1 A
8572069 ATGTTGTGAT
Statistics
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0.87 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
49 11 0.24
50 34 0.76
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ATGATAATCTTAAACATGAGCATGAAAATGATGCATAGAATGAAATGAT
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Period size: 188 Copynumber: 1.9 Consensus size: 189
8573345 AAAAAAATAC
* **
8573355 AATTATTTGTATTGAAATTTCACCTAAATTATTCCACCTTTTGAGCTAAATTTAGAGGGAAATTT
1 AATTATTTGTATTGAAATTTCACCTAAATTATTCCACCATTTGAGCTAAATTTAGAGCAAAATTT
*
8573420 TCACCTAGAGATTTCTTAGAAAATTTACCATTTGAAATTTCTAAGAATCTCATCCTTAGGTAATT
66 TCACCTAGAGATTTCTTAGAAAATTTACCATTTGAAATTTCTAAGAATCTCATCATTAGGTAATT
** * *
8573485 TGTATTTAATTTCAAAATTTTTTATCTTTTTATGTTTTTTTTGTTTGAAAATAAATATT
131 AATATTTAATTTAAAAATTTATTATCTTTTTATGTTTTTTTTGTTTGAAAATAAATATT
* *
8573544 AATTA-TTGTTATTGAAACTTT-ATCTAAATTATTCCACCATTTGGGAC-AAATTTAGA-CAAAA
1 AATTATTTG-TATTGAAA-TTTCACCTAAATTATTCCACCATTTGAG-CTAAATTTAGAGCAAAA
*
8573605 TTTCTTACCTA-AGAATTT-TATAG-AAATTTACCATTTGAAATTTCTATA-AAT-TCCATCATT
63 TTT-TCACCTAGAG-ATTTCT-TAGAAAATTTACCATTTGAAATTTCTA-AGAATCT-CATCATT
* *
8573665 -GGATAATTAATATTT-ATTCTAAAAATTTATTGTTTTTTTAT
123 AGG-TAATTAATATTTAATT-TAAAAATTTATTATCTTTTTAT
8573706 TTCATTTTTA
Statistics
Matches: 139, Mismatches: 13, Indels: 21
0.80 0.08 0.12
Matches are distributed among these distances:
187 6 0.04
188 72 0.52
189 57 0.41
190 4 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.11, G:0.09, T:0.46
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AATTATTTGTATTGAAATTTCACCTAAATTATTCCACCATTTGAGCTAAATTTAGAGCAAAATTT
TCACCTAGAGATTTCTTAGAAAATTTACCATTTGAAATTTCTAAGAATCTCATCATTAGGTAATT
AATATTTAATTTAAAAATTTATTATCTTTTTATGTTTTTTTTGTTTGAAAATAAATATT
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Period size: 181 Copynumber: 9.4 Consensus size: 180
8574688 GTTTGTTTGA
* * * * * * *
8574698 AATAAAATAATACTAACTTATTAATATTTAGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCA-AAAAATAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * ** * * * * ** * *
8574763 TGTTTGCCAAACTATTTCAAA-AATTTTTTCTATTTGAATAATTA-CATATTTCGAATCATTATA
65 TATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC-TATTTCAAATCATTATG
* * * * * * * ** *
8574826 ACGTTTT-ATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTGTTTATACTATTTTATTTAG
129 ACCTTTTGA-TTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTAAG
* ** ** **
8574878 AATAAAATAATACTAATTTCA-TAATATTTTGAAACTTAATAACCAAGAAGA-TTAAAAAATAAA
1 AATAAAATAATATTAATTT-ATTAATA-TTCAAAAAATAATAAGAAAG-AGATTTAAAAAATAAA
* ** * * *
8574941 TCTAATTGTTGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
63 TCTATTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * * ** * * *
8575005 TGACCTTTTTATTTTATCATAAAGTAGTTGTTT-TGTTTGTATATGCTTATTATG
127 TGACCTTTTGA-TTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTAAG
* * * * *
8575059 ATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAA-ATAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATAATAAGA-AAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * * * * *
8575123 TTGTTTACCGAATC-AGTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAACAATTTTTTATTTGAAATCGTTCT
64 CTATTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
**
8575187 GATATTTT-ATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTAAG
128 GACCTTTTGATTT-GTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTAAG
* * *
8575240 AATAAATTAATAATAATTTATTAACATTCGAAAAAATAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTC-AAAAAATAATAAGAAAGAGATTT-AAAAAATAAAT
** * * * * * * *
8575305 CTATTTGTTGAGCAAGTTCAAATAGTTATTACCATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATA
64 CTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * ** *
8575370 ACCTTTTGAGTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTAAGACAAGC-AAAGATGG
129 ACCTTTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTA-AG
* ** * * * * *
8575422 AATAAAATAAT-TCTAATTTATCAATATTTCCTAAAATACTAAGTAAGAAATTCAAAAAATACAT
1 AATAAAATAATAT-TAATTTATTAATA-TTCAAAAAATAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * *
8575486 TTATTTACCT-AATC-AGTTAAAATAATTATGGCTATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCGTTA
64 CTATTTA-CTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * *** *
8575549 TGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTTTATCATACAAGCTTATT-CG
127 TGACCTTTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTAAG
* * * * * *
8575603 AAATAAAATAATATTAAATTATTAGTATTTCAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATATAT
1 -AATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * ** * * * * ** *
8575668 ATGTTTACCAAACCAGTTCAAGTAGTTATGACTATTTGAATAATTAT-AATCTCAAATTGTTAAG
64 CTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * **
8575732 ATC-TTT-ATTTTGTCATAAAATGATTGTTTCTA-ATCATAGAAGTTTATTTGG
129 ACCTTTTGA-TTTGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTAAG
* * * *
8575783 TAA-AAAATAATATTAATTTAATAATTTTTTAAAAATTAGTAAGTAAGAAATTTGAAATTTAAAA
1 -AATAAAATAATATTAATTTATTAA-TATTCAAAAA--A-TAA-TAAGAAA---GAGATTTAAAA
* * ** * * * * ** *
8575847 AATAAATGTGTTTGGTAAACCAGTTGAAGTAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAAT
57 AATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
* * * **
8575912 CATTTTGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAATATTTGTTTCA-TATCTTACAAGCTTATTTGG
122 CATTATGACCTTTTGATTT-GTCATAAAATAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTAAG
*** * *
8575971 AATAAAATAATCCAAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAA-ATATTTGAAAAAATAAA
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAA-TAATAAG-AAAGAGATTT-AAAAAATAAA
* * * *
8576035 TCTATTTATCT-AACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATTATTA
63 TCTATTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * * * * *
8576099 TGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTTAGCTCATAAAAACTTATCAAG
127 TGACCTTTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTAAG
* * *
8576153 AAT-AAATAATATTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGTG-TTTAAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATAATAAGAAAGAGATTT-AAAAAATAAAT
* * * * * * ** *
8576216 TTTTTTACCGAACAAATTC-AA-AGTTAT-AGCTATTTGAATAATTGTTTATTGAAAATTATTAT
64 CTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * * *
8576278 AACATTTTGTTTTGTCACAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAA-
128 GACCTTTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT-AAG
* ** * * ** * * * *
8576331 AATAAAATATTACAAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAATTAAGTGATTTGAAAAGTGAATC
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATC
8576396 TATTT
65 TATTT
8576401 GCCAAATTAG
Statistics
Matches: 1189, Mismatches: 276, Indels: 117
0.75 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
177 1 0.00
178 80 0.07
179 97 0.08
180 142 0.12
181 354 0.30
182 354 0.30
183 18 0.02
184 4 0.00
185 7 0.01
186 54 0.05
187 26 0.02
188 52 0.04
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
ATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
CTTTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTAAG
Found at i:8576007 original size:188 final size:183
Alignment explanation
Indices: 8574952--8576372 Score: 572
Period size: 182 Copynumber: 7.8 Consensus size: 183
8574942 CTAATTGTTG
* * * * * * *
8574952 AACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTAT
1 AACCAGTTCAAGTAGTTAAAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTT-G
* * * ** * * *
8575017 TTTATCATAAAGTAGTTGTTT-TGTTTGTATATGCTTATTAT-GATTAAAATAATACT-AATTTA
64 TTTGTCATAAAATA-TTGTTTCT-ATCATACAAGCTTATT-TGGAATAAAATAATA-TAAATTTA
* * * * * *
8575079 ATAATATTTTAAAAATTAAT-A--AATAA---GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCG
125 TTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCA
* * * * * * * * * * ** *
8575133 AATCAGTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAACAATTTTTTATTTGAAATCGTTCTGATATTTTATT
1 AACCAGTTCAAGTAGTTAAAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
** *
8575198 TAGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTAAGAATAAATTAATA-ATAATTTAT
66 T-GTCATAAAAT-ATTGTTTCTA--TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATA-AATTTAT
* * * * * ****
8575261 TAACATTCGAAAA--AATAA-TAAGAAA---GAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTGTTG
126 TAATATTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTGAAATTT-AAAAAATAAATATGTTTACCA
* * * ** * * * * * * *
8575315 AGCAAGTTCAAATAGTTATTACCATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGAG
1 AACCAGTTCAAGTAGTTAAAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-T
* * * ** ** * *
8575380 TTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTAAGACAAGCAAAGATGGAATAAAATAAT-TCTAATTTATC
65 TTGTCATAAAAT-ATTGTTTCTA-TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAT-AAATTTATT
* * * * * * *
8575444 AATATTTCCTAAAA-TACTAAGT---AA---GAAATTCAAAAAATACATTTATTTACCT
127 AATA-TT-CAAAAATTAATAAGTAAAAATTTGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCA
* * * * *** *
8575496 AATCAGTTAAAATAATTATGGCTATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
1 AACCAGTTCAAGTAGTTAAAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-T
* * * * *
8575561 TTGTTATAAAACAATTGTTTTTTTATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAAA-TTAT
65 TTGTCATAAAA-TATTG--TTTCTATCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATA-TAAATTTAT
* * *
8575625 TAGTATTTCAAAAATTAATAAGT-AACA---G--ATTTAAAAAATATATATGTTTACCA
126 TAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCA
** * * * * *
8575678 AACCAGTTCAAGTAGTTATGACTATTTGAATAATTAT-AATCTCAAATTGTTAAGATCTTTAT-T
1 AACCAGTTCAAGTAGTTAAAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT-TGT
* * * *
8575741 TTGTCATAAAATGATTGTTTCTAATCATAGAAGTTTATTTGGTAA-AAAATAATATTAATTTAAT
65 TTGTCATAAAAT-ATTGTTTCT-ATCATACAAGCTTATTTGG-AATAAAATAATATAAATTTATT
* * * * ***
8575805 AATTTTTTAAAAATTAGTAAGTAAGAAATTTGAAATTTAAAAAATAAATGTGTTTGGTA
127 AA-TATTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCA
* * * *
8575864 AACCAGTTGAAGTAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTT
1 AACCAGTTCAAGTAGTTAAAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
* **
8575929 TAGTCATAAAATATTTGTTTCATATCTTACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATCCAAATTTATTA
66 T-GTCATAAAATA-TTGTTTC-TATCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATAAATTTATTA
* * * * *
8575994 ACATTCAAAAAATTAATAAGT-AAAA--T---ATTTGAAAAAATAAATCTATTTATCT
128 ATATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAATTTGAAATTT-AAAAAATAAATATGTTTACCA
* * * ** * * **
8576046 AACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATTATTATGACCTTTTGTT
1 AACCAGTTCAAGTAGTTAAAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-T
* * * * *** * *
8576111 TTGACATAAAACAATTGTTT-TAGCTCATAAAAACTTATCAAGAAT-AAATAATATTAATTTCTT
65 TTGTCATAAAA-TATTGTTTCTA--TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATAAATTTATT
* * * *
8576174 AATATTTCAAAAATTAATAAG---AAA-GTG---TTTAAAAAAATAAATTTTTTTACCG
127 AATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTGAAATTT-AAAAAATAAATATGTTTACCA
* * * * * * ** ** * *
8576226 AACAAATTCAA--AGTTATAGCTATTTGAATAATTGTTTATTGAAAATTATTATAACATTTTGTT
1 AACCAGTTCAAGTAGTTAAAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-T
* * * *** * * *
8576289 TTGTCACAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATATTACAAATTTTTT
65 TTGTCATAAAA-TATTGTTTCTA--TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATAAATTTATT
8576353 AATATTTCAAAAATTAATAA
127 AATA-TTCAAAAATTAATAA
8576373 TTAAGTGATT
Statistics
Matches: 964, Mismatches: 218, Indels: 118
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
178 91 0.09
179 85 0.09
180 79 0.08
181 225 0.23
182 308 0.32
183 15 0.02
184 10 0.01
185 4 0.00
186 58 0.06
187 25 0.03
188 63 0.07
189 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (183 bp):
AACCAGTTCAAGTAGTTAAAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
TGTCATAAAATATTGTTTCTATCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATAAATTTATTAATA
TTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCA
Found at i:8576945 original size:195 final size:194
Alignment explanation
Indices: 8576692--8577071 Score: 575
Period size: 195 Copynumber: 2.0 Consensus size: 194
8576682 CCCAAAACCA
* * *
8576692 AATCAAATCCACTATTAAAAAGACTAATCGACACCTTAAACAAGTTTTAAAATTGCAATTGAACA
1 AATCAAATCCACTATTAAAAACACTAATCGAAACCTTAAACAAGTTTCAAAATTGCAATTGAACA
* * *
8576757 ATTAATTATCAAAATAGAACATGAACTGCATGGATTAAACAACTATAAAACAAAAATCATAACTT
66 ATTAATTATCAAAACAGAACATGAACTGAATGGATTAAACAACTATAAAACAAAAATCAAAACTT
8576822 GTAAACATAAAGAACAAAAACTAAATT-CAAAGATCCAATCTTTAAACCAA-AATTACTTGAGCT
131 GTAAACATAAAGAACAAAAAC-AAATTGCAAAGATCCAATCTTTAAA-CAAGAATTACTTGAGCT
8576885 G
194 G
* * * *
8576886 AATCAAATCCACTCTTAGAAACACTAATCGAAAACCTTACACAAGTTTCAAAATTGCAATTGAAT
1 AATCAAATCCACTATTAAAAACACTAATCG-AAACCTTAAACAAGTTTCAAAATTGCAATTGAAC
* *
8576951 GATTAATTATCAAAACAGAACATGAATTGAATGGATTAAACAACTATAAAACAAAAATCAAAACT
65 AATTAATTATCAAAACAGAACATGAACTGAATGGATTAAACAACTATAAAACAAAAATCAAAACT
* * * *
8577016 TGTAAACATAAAGAACCATAACCAATTGCAAAGATCTAATCTTTAAACAAGAATTA
130 TGTAAACATAAAGAACAAAAACAAATTGCAAAGATCCAATCTTTAAACAAGAATTA
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* *
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* * *
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* * * *
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* * * ** *
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* * * * *
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8592685 CATGCACCAT
* * * * * *
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* *
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*
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* * * * * * *
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*
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*
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* * *
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TGCATTCC
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* * * *
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* * * *
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* *
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* * *
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* * * *
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* * *
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** * * * * *
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* * *
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* * *
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* **
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* * * * *
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*
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*
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* *
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1 AACTTAAATTAATCAATT
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*
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1 T
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*
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*
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**
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*
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*
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*
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*
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*
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**
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*
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* *
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*
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*
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*
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* *
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*
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*
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* *
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0.84 0.05 0.11
Matches are distributed among these distances:
18 1 0.03
19 14 0.38
20 21 0.57
21 1 0.03
ACGTcount: A:0.18, C:0.00, G:0.31, T:0.51
Consensus pattern (20 bp):
TTTAGGGTTTAGAGTTTGGT
Found at i:8635447 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 8635424--8635479 Score: 55
Period size: 18 Copynumber: 3.1 Consensus size: 19
8635414 TTAAGATTTA
8635424 TGGTTTGGAGTTTA-GGTT
1 TGGTTTGGAGTTTAGGGTT
8635442 TGGTTTAGGA-TTTAGGGTT
1 TGGTTT-GGAGTTTAGGGTT
* * *
8635461 AGGTTTAG-GTTTATGGTT
1 TGGTTTGGAGTTTAGGGTT
8635479 T
1 T
8635480 AGTTGAGGGT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 4, Indels: 6
0.76 0.10 0.15
Matches are distributed among these distances:
18 19 0.61
19 12 0.39
ACGTcount: A:0.14, C:0.00, G:0.36, T:0.50
Consensus pattern (19 bp):
TGGTTTGGAGTTTAGGGTT
Done.