Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168494.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_91, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 100055
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.42
File 1 of 3
Found at i:165 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 123--166 Score: 54
Period size: 18 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
113 TAATTTATAA
123 AAATATTATAATAATATT
1 AAATATTATAATAATATT
* *
141 AATTATTAGTAATATTA-T
1 AAATATTA-TAATAATATT
159 AAATATTA
1 AAATATTA
167 ACATAATAAA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 3, Indels: 2
0.81 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
18 15 0.68
19 7 0.32
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.02, T:0.45
Consensus pattern (18 bp):
AAATATTATAATAATATT
Found at i:344 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 318--353 Score: 56
Period size: 15 Copynumber: 2.3 Consensus size: 16
308 TAAAATCAAT
*
318 AATAATTAAATAATCA
1 AATAATTAAATAAACA
334 AATAATT-AATAAACA
1 AATAATTAAATAAACA
349 AATAA
1 AATAA
354 AATTAATAGT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
15 12 0.63
16 7 0.37
ACGTcount: A:0.67, C:0.06, G:0.00, T:0.28
Consensus pattern (16 bp):
AATAATTAAATAAACA
Found at i:1583 original size:21 final size:23
Alignment explanation
Indices: 1543--1585 Score: 63
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 23
1533 TTCATAACTA
1543 TTTAAATATTATTCTAATTTAAG
1 TTTAAATATTATTCTAATTTAAG
*
1566 TTTAAAT-TTGTT-TAATTTAA
1 TTTAAATATTATTCTAATTTAA
1586 AAATTAAATA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.09
Matches are distributed among these distances:
21 8 0.42
22 4 0.21
23 7 0.37
ACGTcount: A:0.37, C:0.02, G:0.05, T:0.56
Consensus pattern (23 bp):
TTTAAATATTATTCTAATTTAAG
Found at i:2632 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 2328--2675 Score: 464
Period size: 181 Copynumber: 1.9 Consensus size: 181
2318 TTGTCATGAC
* * * * *
2328 TATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATAG
1 TATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTGTTGAAATAG
* * * * * *** * ****
2393 TGATAAGTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCCTATATGAATTGATATAATTGTTTTATGGTGA
66 TAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCCTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATAACAA
*
2458 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAGATAATTATTAT
131 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAGATAATTATTAT
* * * *
2509 TATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATAT
1 TATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTGTTGAAATAG
2574 TAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAG-CTAATATGAACAAAAATAATTGTTTTATAACA
66 TAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCCT-ATATGAACAAAAATAATTGTTTTATAACA
*
2638 AAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTATT
130 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATT
2676 TCAATAGTCA
Statistics
Matches: 142, Mismatches: 24, Indels: 2
0.85 0.14 0.01
Matches are distributed among these distances:
180 2 0.01
181 140 0.99
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (181 bp):
TATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTGTTGAAATAG
TAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCCTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATAACAA
AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAGATAATTATTAT
Found at i:2708 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 2356--2717 Score: 431
Period size: 181 Copynumber: 2.0 Consensus size: 181
2346 AAATAGATTC
* * * * * * *
2356 ATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATAGTGATAAGTTAGTATTATTTTATTTCGAA
1 ATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTGTTGAAATAGTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAA
*** * **** *
2421 TAAGCCTATATGAATTGATATAATTGTTTTATGGTGAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
66 TAAGCCTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAA
* * * ** * *
2486 ATAATTATTCAGATAATTATTATTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTT
131 ATAATTATTCAGATAATCATAACTATTCAAAATTATTCGGTAAACAAATTT
* * *
2537 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAA
1 ATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTGTTGAAATAGTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAA
*
2602 TAAG-CTAATATGAACAAAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATA
66 TAAGCCT-ATATGAACAAAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* *
2666 AATAATTATTTCA-ATAGTCATAACTATTCAAAATTATTCGGTAAACAGATTT
130 AATAATTA-TTCAGATAATCATAACTATTCAAAATTATTCGGTAAACAAATTT
2718 GAAATAAGCT
Statistics
Matches: 150, Mismatches: 29, Indels: 4
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
180 2 0.01
181 144 0.96
182 4 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
ATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTGTTGAAATAGTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAA
TAAGCCTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAA
ATAATTATTCAGATAATCATAACTATTCAAAATTATTCGGTAAACAAATTT
Found at i:3239 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 2837--3299 Score: 465
Period size: 181 Copynumber: 2.6 Consensus size: 178
2827 TAAACATATT
* *
2837 CATTTTTTAAATCTCTCACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCTTA
1 CATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-ATTAT-TTATT-TTA
* * * * *
2902 ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTGTGAGAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATA
63 ATAAGATTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAAAGATTTGAAATA
* * * * ** *
2967 GATAATTATTCAAATAGTCATAATTGTTTGCACTAGTCAAGCCAAAAGAGA
128 AATAATTAGTCAAACAGTCATAACTAATTGAACTAGTCAAGCCAAAAGAGA
* * **
3018 CATTTTCTAAATC-CTTTAGTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTTG
1 CATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-ATTA-TTTATTTT-
* *
3082 AATAAGATTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGATAAAAC-AATGGTCATAACAG-TTTGAAA
62 AATAAGATTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAA-AGATTTGAAA
* * * * **
3145 TAAATATTTAGTCAAACGGTTATAACTAATTGAACTGGT-ATAG-CAAATAGATT
126 TAAATAATTAGTCAAACAGTCATAACTAATTGAACTAGTCA-AGCCAAA-AGAGA
* * **
3198 TATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTA-ATATATTTTATTCCAA
1 CATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAT-TA-TTTATTTTAA
* *
3261 -AAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAA
64 TAAGA-TTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
3300 TTGATATTAT
Statistics
Matches: 234, Mismatches: 39, Indels: 22
0.79 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
176 3 0.01
177 35 0.15
178 8 0.03
179 10 0.04
180 88 0.38
181 89 0.38
182 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (178 bp):
CATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGATTATTTATTTTAATA
AGATTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAAAGATTTGAAATAAAT
AATTAGTCAAACAGTCATAACTAATTGAACTAGTCAAGCCAAAAGAGA
Found at i:3680 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 3656--3698 Score: 54
Period size: 19 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20
3646 AATAATAATA
*
3656 AATTAT-TATCTATTTATT-T
1 AATTATGTAT-TATGTATTAT
3675 AATTATGTATTATGTATTAT
1 AATTATGTATTATGTATTAT
3695 AATT
1 AATT
3699 TATTTAAATT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 3
0.84 0.04 0.12
Matches are distributed among these distances:
19 13 0.62
20 8 0.38
ACGTcount: A:0.35, C:0.02, G:0.05, T:0.58
Consensus pattern (20 bp):
AATTATGTATTATGTATTAT
Found at i:3850 original size:21 final size:19
Alignment explanation
Indices: 3826--3868 Score: 50
Period size: 21 Copynumber: 2.2 Consensus size: 19
3816 TAATACTTAA
*
3826 TATTAAATTATTTATTTAAAT
1 TATTAAATAATTTA--TAAAT
*
3847 TATTATATAATTTATAAAT
1 TATTAAATAATTTATAAAT
3866 TAT
1 TAT
3869 AATTTGTTAT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 2
0.83 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
19 8 0.40
21 12 0.60
ACGTcount: A:0.44, C:0.00, G:0.00, T:0.56
Consensus pattern (19 bp):
TATTAAATAATTTATAAAT
Found at i:4031 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 4000--4034 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
3990 TTCCAATCTG
*
4000 TATATAATAGAATTAATA
1 TATATAATACAATTAATA
*
4018 TATATAATTCAATTAAT
1 TATATAATACAATTAAT
4035 TATGAATAAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 2, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 15 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.03, G:0.03, T:0.43
Consensus pattern (18 bp):
TATATAATACAATTAATA
Found at i:4135 original size:29 final size:30
Alignment explanation
Indices: 4103--4161 Score: 84
Period size: 29 Copynumber: 2.0 Consensus size: 30
4093 ATAATAGTTA
*
4103 ATTAAATAAATACTTA-ATTTATTTAATAT
1 ATTAAATAAATACTTATAATTATTTAATAT
*
4132 ATTAAATAAATTCTTATTAATTATTTAATA
1 ATTAAATAAATACTTA-TAATTATTTAATA
4162 GAATAGAATA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 2
0.87 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
29 15 0.58
31 11 0.42
ACGTcount: A:0.47, C:0.03, G:0.00, T:0.49
Consensus pattern (30 bp):
ATTAAATAAATACTTATAATTATTTAATAT
Found at i:4271 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 4249--4294 Score: 55
Period size: 17 Copynumber: 2.8 Consensus size: 18
4239 TTTTTAAGAA
*
4249 AATTAATATT-ATTATAT
1 AATTAATATTAATAATAT
4266 AATTAA-ATTAATAATAT
1 AATTAATATTAATAATAT
4283 AA-TAATA-TAATA
1 AATTAATATTAATA
4295 TTTATTATAT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 5
0.81 0.03 0.16
Matches are distributed among these distances:
16 11 0.42
17 15 0.58
ACGTcount: A:0.57, C:0.00, G:0.00, T:0.43
Consensus pattern (18 bp):
AATTAATATTAATAATAT
Found at i:4369 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 4333--4391 Score: 64
Period size: 21 Copynumber: 2.7 Consensus size: 21
4323 AATATATAAA
4333 AATATTATATAATTATCCTAAT
1 AATATTA-ATAATTATCCTAAT
* * **
4355 AGTATTAATGATTATGTTAAT
1 AATATTAATAATTATCCTAAT
4376 AATATTAAGTAATTAT
1 AATATTAA-TAATTAT
4392 TAATATTAAT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 6, Indels: 2
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
21 18 0.60
22 12 0.40
ACGTcount: A:0.44, C:0.03, G:0.07, T:0.46
Consensus pattern (21 bp):
AATATTAATAATTATCCTAAT
Found at i:4397 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 4375--4419 Score: 58
Period size: 17 Copynumber: 2.7 Consensus size: 17
4365 ATTATGTTAA
4375 TAATATTAAGTAATTAT-
1 TAATATTAAGTAATT-TC
*
4392 TAATATTAATTAATTTC
1 TAATATTAAGTAATTTC
4409 TAA-ATTAAGTA
1 TAATATTAAGTA
4420 CTTTTAATTT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 3
0.83 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
16 8 0.32
17 17 0.68
ACGTcount: A:0.47, C:0.02, G:0.04, T:0.47
Consensus pattern (17 bp):
TAATATTAAGTAATTTC
Found at i:4533 original size:20 final size:18
Alignment explanation
Indices: 4482--4535 Score: 63
Period size: 20 Copynumber: 2.8 Consensus size: 18
4472 AAATATTAGT
*
4482 TATTTAATAATTATCAAT
1 TATTTAATAATTATCAAA
4500 TATTTGAATAAATTATCCAAA
1 TATTT-AAT-AATTAT-CAAA
4521 TATTATAATAATTAT
1 TATT-TAATAATTAT
4536 AATAATATTA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 1, Indels: 6
0.82 0.03 0.16
Matches are distributed among these distances:
18 5 0.16
19 3 0.10
20 12 0.39
21 10 0.32
22 1 0.03
ACGTcount: A:0.46, C:0.06, G:0.02, T:0.46
Consensus pattern (18 bp):
TATTTAATAATTATCAAA
Found at i:4689 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 4667--4723 Score: 60
Period size: 17 Copynumber: 3.2 Consensus size: 17
4657 AATATTTATT
4667 ATTTATTATAAATTTTA
1 ATTTATTATAAATTTTA
* *
4684 ATTTATCATAAATATTA
1 ATTTATTATAAATTTTA
*
4701 ATAATTACTATAAATATTTA
1 AT--TTATTATAAAT-TTTA
4721 ATT
1 ATT
4724 CAATTAATAT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 5, Indels: 5
0.76 0.12 0.12
Matches are distributed among these distances:
17 17 0.53
18 1 0.03
19 9 0.28
20 5 0.16
ACGTcount: A:0.46, C:0.04, G:0.00, T:0.51
Consensus pattern (17 bp):
ATTTATTATAAATTTTA
Found at i:4867 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 4839--4894 Score: 60
Period size: 22 Copynumber: 2.6 Consensus size: 21
4829 TCCAAAATAA
4839 AATAATTATTTTATTATAATATT
1 AATAATTATTTTATTAT--TATT
*
4862 AA-AATTATCTTAATTATTATT
1 AATAATTAT-TTTATTATTATT
*
4883 AATATTTATTTT
1 AATAATTATTTT
4895 TAATATTAAA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 3, Indels: 6
0.76 0.08 0.16
Matches are distributed among these distances:
21 8 0.29
22 11 0.39
23 9 0.32
ACGTcount: A:0.41, C:0.02, G:0.00, T:0.57
Consensus pattern (21 bp):
AATAATTATTTTATTATTATT
Found at i:4968 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 4941--4994 Score: 53
Period size: 19 Copynumber: 3.0 Consensus size: 19
4931 ATATAAATAA
*
4941 TTATAATATATTAATCTAT
1 TTATTATATATTAATCTAT
*
4960 TTATTATATAATAAT-TAT
1 TTATTATATATTAATCTAT
4978 TATATT-TAT-TT-ATCTAT
1 T-TATTATATATTAATCTAT
4995 CAATATTAAT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 3, Indels: 6
0.77 0.08 0.15
Matches are distributed among these distances:
16 2 0.07
17 4 0.13
18 7 0.23
19 17 0.57
ACGTcount: A:0.39, C:0.04, G:0.00, T:0.57
Consensus pattern (19 bp):
TTATTATATATTAATCTAT
Found at i:4976 original size:23 final size:24
Alignment explanation
Indices: 4942--4987 Score: 67
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 24
4932 TATAAATAAT
*
4942 TATAATATATTAATCTATTTATTA
1 TATAATATATTAATATATTTATTA
*
4966 TATAATA-ATTATTATATTTATT
1 TATAATATATTAATATATTTATT
4988 TATCTATCAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 1
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
23 13 0.65
24 7 0.35
ACGTcount: A:0.41, C:0.02, G:0.00, T:0.57
Consensus pattern (24 bp):
TATAATATATTAATATATTTATTA
Found at i:4999 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 4943--5011 Score: 65
Period size: 27 Copynumber: 2.6 Consensus size: 27
4933 ATAAATAATT
* *
4943 ATAATATATTA-ATCTATTTATTATATA
1 ATAAT-TATTATATTTATTTATTATACA
4970 ATAATTATTATATTTATTTATCTAT-CA
1 ATAATTATTATATTTATTTAT-TATACA
4997 AT-ATTAATTAT-TTTA
1 ATAATT-ATTATATTTA
5012 ATTAATACTA
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 2, Indels: 7
0.80 0.04 0.15
Matches are distributed among these distances:
26 12 0.32
27 22 0.59
28 3 0.08
ACGTcount: A:0.41, C:0.04, G:0.00, T:0.55
Consensus pattern (27 bp):
ATAATTATTATATTTATTTATTATACA
Found at i:5165 original size:12 final size:11
Alignment explanation
Indices: 5147--5211 Score: 53
Period size: 12 Copynumber: 5.7 Consensus size: 11
5137 TAAGAATAAT
5147 TAATTATTATA
1 TAATTATTATA
5158 TCAATTATT-T-
1 T-AATTATTATA
*
5168 TAATAATTAATA
1 TAATTATT-ATA
*
5180 TAATAATTATA
1 TAATTATTATA
*
5191 TTAAATTATTACA
1 -T-AATTATTATA
5204 TAATTATT
1 TAATTATT
5212 TACTTATAAT
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 3, Indels: 12
0.75 0.05 0.20
Matches are distributed among these distances:
9 6 0.13
10 1 0.02
11 13 0.29
12 17 0.38
13 8 0.18
ACGTcount: A:0.46, C:0.03, G:0.00, T:0.51
Consensus pattern (11 bp):
TAATTATTATA
Found at i:5181 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 5108--5194 Score: 69
Period size: 24 Copynumber: 3.8 Consensus size: 24
5098 CTATTATTTA
*
5108 TAATATAATAATTATATTTAT-AT
1 TAATATAATAATTATATTAATAAT
* * *
5131 TATTATTAAGAA-TA-ATTAATTAT
1 TAATA-TAATAATTATATTAATAAT
* *
5154 T-ATAT--CAATTATTTTAATAAT
1 TAATATAATAATTATATTAATAAT
5175 TAATATAATAATTATATTAA
1 TAATATAATAATTATATTAA
5195 ATTATTACAT
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 9, Indels: 13
0.69 0.13 0.19
Matches are distributed among these distances:
19 2 0.04
20 2 0.04
21 9 0.19
22 11 0.23
23 9 0.19
24 15 0.31
ACGTcount: A:0.48, C:0.01, G:0.01, T:0.49
Consensus pattern (24 bp):
TAATATAATAATTATATTAATAAT
Found at i:5231 original size:25 final size:22
Alignment explanation
Indices: 5160--5232 Score: 58
Period size: 25 Copynumber: 3.1 Consensus size: 22
5150 TTATTATATC
* *
5160 AATTATTTTAATAATTAATATAAT
1 AATTATATT-ATAATT-ATAAAAT
* *
5184 AATTATATTA-AATTATTACAT
1 AATTATATTATAATTATAAAAT
5205 AATTATTTACTTATAATTATAAAAT
1 AATTA--TA-TTATAATTATAAAAT
5230 AAT
1 AAT
5233 AAAATTAATA
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 6, Indels: 7
0.75 0.12 0.13
Matches are distributed among these distances:
21 9 0.23
22 4 0.10
23 3 0.08
24 11 0.28
25 12 0.31
ACGTcount: A:0.49, C:0.03, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (22 bp):
AATTATATTATAATTATAAAAT
Found at i:6199 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 6176--6222 Score: 64
Period size: 17 Copynumber: 2.6 Consensus size: 19
6166 TAATAGTTAA
6176 TAAATTAAATATAAT-AGT
1 TAAATTAAATATAATAAGT
6194 TAAATT--ATATAATAAGT
1 TAAATTAAATATAATAAGT
6211 TAAATTATAATA
1 TAAATTA-AATA
6223 ATTAATTAGT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 6
0.81 0.00 0.19
Matches are distributed among these distances:
16 7 0.28
17 9 0.36
18 6 0.24
20 3 0.12
ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.04, T:0.40
Consensus pattern (19 bp):
TAAATTAAATATAATAAGT
Found at i:6277 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 6257--6362 Score: 53
Period size: 17 Copynumber: 6.2 Consensus size: 17
6247 ATAATATATT
6257 TAATTTATTTAATTATA
1 TAATTTATTTAATTATA
* *
6274 TAATATCATAT-A-TAT-
1 TAAT-TTATTTAATTATA
* *
6289 TAA-ATATTTAAATTAAA
1 TAATTTATTT-AATTATA
6306 T-ATTTATTATAA-TATAA
1 TAATTTATT-TAATTAT-A
*
6323 TAAATATTATATAATTATA
1 T-AAT-TTATTTAATTATA
* *
6342 TTATTAATTTAATTATA
1 TAATTTATTTAATTATA
6359 TAAT
1 TAAT
6363 AATATTAATT
Statistics
Matches: 64, Mismatches: 13, Indels: 24
0.63 0.13 0.24
Matches are distributed among these distances:
13 3 0.05
15 4 0.06
16 8 0.12
17 28 0.44
18 7 0.11
19 7 0.11
20 7 0.11
ACGTcount: A:0.48, C:0.01, G:0.00, T:0.51
Consensus pattern (17 bp):
TAATTTATTTAATTATA
Found at i:6305 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 6287--6311 Score: 50
Period size: 13 Copynumber: 1.9 Consensus size: 13
6277 TATCATATAT
6287 ATTAAATATTTAA
1 ATTAAATATTTAA
6300 ATTAAATATTTA
1 ATTAAATATTTA
6312 TTATAATATA
Statistics
Matches: 12, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 12 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (13 bp):
ATTAAATATTTAA
Found at i:6352 original size:41 final size:40
Alignment explanation
Indices: 6256--6370 Score: 103
Period size: 41 Copynumber: 2.9 Consensus size: 40
6246 TATAATATAT
* * * *
6256 TTAATTTATTTAA-TTATATAATATCATATATATTAAATAT
1 TTAAATTA-TTAATTTATATAATATAATAAATATTAAATAA
* *
6296 TTAAATTA-AATATTTATTATAATATAATAAATATTATATAA
1 TTAAATTATTA-ATTTA-TATAATATAATAAATATTAAATAA
* *
6337 TTATATTATTAATTTA-ATTATATAAT-AATATTAA
1 TTAAATTATTAATTTATATAATATAATAAATATTAA
6371 TTTTATTAAG
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 10, Indels: 10
0.75 0.12 0.12
Matches are distributed among these distances:
38 8 0.13
39 10 0.16
40 10 0.16
41 32 0.52
42 1 0.02
ACGTcount: A:0.49, C:0.01, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (40 bp):
TTAAATTATTAATTTATATAATATAATAAATATTAAATAA
Found at i:6370 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 6334--6379 Score: 58
Period size: 17 Copynumber: 2.7 Consensus size: 17
6324 AAATATTATA
*
6334 TAATTATATTATTAATT
1 TAATTATATTAATAATT
6351 TAATTATA-TAATAATAT
1 TAATTATATTAATAAT-T
*
6368 TAATTTTATTAA
1 TAATTATATTAA
6380 GCAATTGAAT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 3
0.83 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.24
17 16 0.64
18 3 0.12
ACGTcount: A:0.46, C:0.00, G:0.00, T:0.54
Consensus pattern (17 bp):
TAATTATATTAATAATT
Found at i:6378 original size:22 final size:25
Alignment explanation
Indices: 6327--6378 Score: 74
Period size: 22 Copynumber: 2.2 Consensus size: 25
6317 ATATAATAAA
6327 TATTATATAATTATATTATTAATTT
1 TATTATATAATTATATTATTAATTT
*
6352 AATTATATAA-TA-A-TATTAATTT
1 TATTATATAATTATATTATTAATTT
6374 TATTA
1 TATTA
6379 AGCAATTGAA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 3
0.83 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
22 13 0.52
23 1 0.04
24 2 0.08
25 9 0.36
ACGTcount: A:0.44, C:0.00, G:0.00, T:0.56
Consensus pattern (25 bp):
TATTATATAATTATATTATTAATTT
Found at i:6572 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 6556--6597 Score: 50
Period size: 12 Copynumber: 3.2 Consensus size: 13
6546 ATAATAAACA
6556 AATTTATTAAATT
1 AATTTATTAAATT
*
6569 AATTTA-TAAAAT
1 AATTTATTAAATT
*
6581 AATTAATATAAATT
1 AATTTAT-TAAATT
6595 AAT
1 AAT
6598 AATATAGATA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 3, Indels: 3
0.80 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
12 10 0.42
13 6 0.25
14 8 0.33
ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (13 bp):
AATTTATTAAATT
Found at i:6788 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 6767--6855 Score: 53
Period size: 16 Copynumber: 5.6 Consensus size: 16
6757 ATAATTAAGT
6767 TAATATTATAATTATA
1 TAATATTATAATTATA
* *
6783 TAATATAATAATTTTCA
1 TAATATTATAATTAT-A
* *
6800 TATTA-TATAATTGTTA
1 TAATATTATAATT-ATA
6816 TAAATAATTATAA--ATA
1 T-AAT-ATTATAATTATA
*
6832 TTA-ATTATAATTA-A
1 TAATATTATAATTATA
*
6846 TATTATTATA
1 TAATATTATA
6856 GTAATAAATT
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 9, Indels: 17
0.68 0.11 0.21
Matches are distributed among these distances:
13 7 0.12
14 2 0.04
15 8 0.14
16 24 0.43
17 9 0.16
18 1 0.02
19 5 0.09
ACGTcount: A:0.48, C:0.01, G:0.01, T:0.49
Consensus pattern (16 bp):
TAATATTATAATTATA
Found at i:7746 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 7728--7775 Score: 60
Period size: 13 Copynumber: 3.5 Consensus size: 13
7718 AATAACCAAT
*
7728 TAATTAAGTTATA
1 TAATTAATTTATA
7741 TAATTAATTTATA
1 TAATTAATTTATA
7754 TAACTATCAATTTATA
1 TAA-T-T-AATTTATA
7770 TAATTA
1 TAATTA
7776 TTAATATTAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 1, Indels: 6
0.82 0.03 0.16
Matches are distributed among these distances:
13 16 0.52
14 2 0.06
15 2 0.06
16 11 0.35
ACGTcount: A:0.46, C:0.04, G:0.02, T:0.48
Consensus pattern (13 bp):
TAATTAATTTATA
Found at i:7808 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 7764--7810 Score: 58
Period size: 20 Copynumber: 2.4 Consensus size: 19
7754 TAACTATCAA
* *
7764 TTTATATAATTATTAATAT
1 TTTATATAATAATAAATAT
7783 TATTATATAATAATAAAATAT
1 T-TTATATAATAAT-AAATAT
7804 TTTATAT
1 TTTATAT
7811 GATATTTAAA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 3
0.83 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
19 1 0.04
20 17 0.71
21 6 0.25
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.00, T:0.53
Consensus pattern (19 bp):
TTTATATAATAATAAATAT
Found at i:7880 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 7832--7881 Score: 52
Period size: 19 Copynumber: 2.5 Consensus size: 21
7822 TTAAAGTTAT
* *
7832 AATTATTAAACTATTAATATA
1 AATTATTATACTATTAAAATA
7853 AA-T-TTATACT-TTATAAATA
1 AATTATTATACTATTA-AAATA
7872 AATTATTATA
1 AATTATTATA
7882 TATAATAATT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 6
0.75 0.06 0.19
Matches are distributed among these distances:
18 3 0.12
19 12 0.50
20 2 0.08
21 7 0.29
ACGTcount: A:0.50, C:0.04, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (21 bp):
AATTATTATACTATTAAAATA
Found at i:7928 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 7872--7928 Score: 53
Period size: 19 Copynumber: 2.8 Consensus size: 19
7862 TTTATAAATA
7872 AATTATTATATATAATAATTAT
1 AATTATTAT-T-TAAT-ATTAT
*
7894 AATTAATTAATT-ATATTAT
1 AATT-ATTATTTAATATTAT
*
7913 ACTTATTATTTAATAT
1 AATTATTATTTAATAT
7929 AACTAAAATT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 3, Indels: 7
0.75 0.08 0.17
Matches are distributed among these distances:
18 6 0.20
19 12 0.40
20 2 0.07
21 1 0.03
22 5 0.17
23 4 0.13
ACGTcount: A:0.46, C:0.02, G:0.00, T:0.53
Consensus pattern (19 bp):
AATTATTATTTAATATTAT
Found at i:8072 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 8038--8100 Score: 74
Period size: 30 Copynumber: 2.1 Consensus size: 30
8028 ATATACAAAT
8038 TATAATCTATTCAATAAATAATTAT-ATTAA
1 TATAATCTATTCAAT-AATAATTATAATTAA
* * * *
8068 TATAATTTATTTAATTATTATTATAATTAA
1 TATAATCTATTCAATAATAATTATAATTAA
8098 TAT
1 TAT
8101 TATTAATTAT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 4, Indels: 2
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
29 7 0.25
30 21 0.75
ACGTcount: A:0.46, C:0.03, G:0.00, T:0.51
Consensus pattern (30 bp):
TATAATCTATTCAATAATAATTATAATTAA
Found at i:8105 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 8058--8110 Score: 56
Period size: 21 Copynumber: 2.5 Consensus size: 21
8048 TCAATAAATA
* *
8058 ATTA-TATTAATATAATTTAT
1 ATTATTATTATTATAATTAAT
8078 -TTAATTATTATTATAATTAAT
1 ATT-ATTATTATTATAATTAAT
8099 ATTATTAATTAT
1 ATTATT-ATTAT
8111 CTTAGATTTC
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 6
0.77 0.06 0.17
Matches are distributed among these distances:
19 2 0.07
20 1 0.04
21 17 0.63
22 7 0.26
ACGTcount: A:0.43, C:0.00, G:0.00, T:0.57
Consensus pattern (21 bp):
ATTATTATTATTATAATTAAT
Found at i:8213 original size:13 final size:15
Alignment explanation
Indices: 8195--8240 Score: 51
Period size: 15 Copynumber: 3.1 Consensus size: 15
8185 CAAATTTAAA
8195 ATTAATA-AATTA-T
1 ATTAATATAATTATT
8208 ATTAATATTAATTATT
1 ATTAATA-TAATTATT
* *
8224 ATTAACATAATAATT
1 ATTAATATAATTATT
8239 AT
1 AT
8241 CATTATTAAA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 2, Indels: 4
0.82 0.06 0.12
Matches are distributed among these distances:
13 7 0.25
15 14 0.50
16 7 0.25
ACGTcount: A:0.50, C:0.02, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (15 bp):
ATTAATATAATTATT
Found at i:8234 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 8210--8262 Score: 60
Period size: 21 Copynumber: 2.5 Consensus size: 22
8200 TAAATTATAT
8210 TAATATTAATTATTATT-AACA
1 TAATATTAATTATTATTAAACA
*
8231 TAATAATT-ATCATTATTAAACA
1 TAAT-ATTAATTATTATTAAACA
8253 -AAT-TTAATTA
1 TAATATTAATTA
8263 AAAATATTAT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 7
0.75 0.06 0.19
Matches are distributed among these distances:
19 2 0.07
20 3 0.11
21 15 0.56
22 7 0.26
ACGTcount: A:0.49, C:0.06, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (22 bp):
TAATATTAATTATTATTAAACA
Found at i:8605 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 8578--8650 Score: 57
Period size: 19 Copynumber: 4.1 Consensus size: 19
8568 AGTTTTAAAT
*
8578 TATTTTAATATAATTATTA
1 TATTATAATATAATTATTA
*
8597 TATTATAATATTATT-TT-
1 TATTATAATATAATTATTA
*
8614 T-TTATAACAT-ATTATTAA
1 TATTATAATATAATTATT-A
* *
8632 TAGTATTATA-AATTATTA
1 TATTATAATATAATTATTA
8650 T
1 T
8651 TAACAAATTA
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 6, Indels: 11
0.72 0.10 0.18
Matches are distributed among these distances:
15 3 0.07
16 10 0.23
17 1 0.02
18 5 0.12
19 24 0.56
ACGTcount: A:0.41, C:0.01, G:0.01, T:0.56
Consensus pattern (19 bp):
TATTATAATATAATTATTA
Found at i:8877 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 8852--8962 Score: 73
Period size: 20 Copynumber: 5.2 Consensus size: 20
8842 ATTATTAAAT
*
8852 TAAATAAGTATTTAATTATA
1 TAAATAAATATTTAATTATA
8872 TAAATATAAT-TATTAATTTAATTAA
1 TAAATA-AATAT-TTAA-TT-A-T-A
* * *
8897 TTAATAATTAATTAATTATA
1 TAAATAAATATTTAATTATA
*
8917 TAAGATAAAT-TTTAATTGTA
1 TAA-ATAAATATTTAATTATA
8937 TAAATTAAATTAATTTAATTATA
1 TAAA-TAAA-T-ATTTAATTATA
8960 TAA
1 TAA
8963 TTAATACTAA
Statistics
Matches: 70, Mismatches: 9, Indels: 21
0.70 0.09 0.21
Matches are distributed among these distances:
19 1 0.01
20 25 0.36
21 13 0.19
22 3 0.04
23 15 0.21
24 7 0.10
25 6 0.09
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.03, T:0.47
Consensus pattern (20 bp):
TAAATAAATATTTAATTATA
Found at i:8898 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 8849--8914 Score: 55
Period size: 4 Copynumber: 16.2 Consensus size: 4
8839 ATTATTATTA
* * * *
8849 AATT AAAT AAGT ATTT AATT ATATA AATAT AATT -ATT AATTT AATT AATT
1 AATT AATT AATT AATT AATT A-ATT AAT-T AATT AATT AA-TT AATT AATT
8899 AA-T AATT AATT AATT A
1 AATT AATT AATT AATT A
8915 TATAAGATAA
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 7, Indels: 10
0.75 0.10 0.15
Matches are distributed among these distances:
3 6 0.12
4 34 0.68
5 10 0.20
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.02, T:0.47
Consensus pattern (4 bp):
AATT
Found at i:8917 original size:45 final size:44
Alignment explanation
Indices: 8847--8962 Score: 132
Period size: 45 Copynumber: 2.6 Consensus size: 44
8837 AAATTATTAT
* *
8847 TAAATTAAATAAGTATTTAATTATATAA-ATATAATTATTAATT-TAA
1 TAAATT-AATAATTAATTAATTATATAAGATA-AATT-TTAATTGT-A
*
8893 TTAATTAATAATTAATTAATTATATAAGATAAATTTTAATTGTA
1 TAAATTAATAATTAATTAATTATATAAGATAAATTTTAATTGTA
8937 TAAATT-A-AATTAATTTAATTATATAA
1 TAAATTAATAATTAA-TTAATTATATAA
8963 TTAATACTAA
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 4, Indels: 9
0.83 0.05 0.12
Matches are distributed among these distances:
42 6 0.10
43 13 0.21
44 12 0.19
45 24 0.38
46 8 0.13
ACGTcount: A:0.51, C:0.00, G:0.03, T:0.47
Consensus pattern (44 bp):
TAAATTAATAATTAATTAATTATATAAGATAAATTTTAATTGTA
Found at i:9131 original size:26 final size:29
Alignment explanation
Indices: 9108--9161 Score: 78
Period size: 26 Copynumber: 2.0 Consensus size: 29
9098 TATTTAATTC
*
9108 TTATATTTAT-AAT-TTGTAAA-TAATAA
1 TTATATTAATAAATATTGTAAACTAATAA
9134 TTATATTAATAAATATTGTAAACTAATA
1 TTATATTAATAAATATTGTAAACTAATA
9162 TATATTTAAA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 3
0.86 0.04 0.11
Matches are distributed among these distances:
26 9 0.38
27 3 0.12
28 7 0.29
29 5 0.21
ACGTcount: A:0.48, C:0.02, G:0.04, T:0.46
Consensus pattern (29 bp):
TTATATTAATAAATATTGTAAACTAATAA
Found at i:9170 original size:28 final size:25
Alignment explanation
Indices: 9109--9170 Score: 65
Period size: 28 Copynumber: 2.4 Consensus size: 25
9099 ATTTAATTCT
9109 TATATTT-ATAATTTGTAAATAATA
1 TATATTTAATAATTTGTAAATAATA
9133 -ATTATATTAATAAATATTGTAAACTAATA
1 TA-TAT-TTAAT-AAT-TTGTAAA-TAATA
9162 TATATTTAA
1 TATATTTAA
9171 ACATTAATAA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 0, Indels: 10
0.76 0.00 0.24
Matches are distributed among these distances:
23 1 0.03
24 3 0.10
25 2 0.06
26 2 0.06
27 3 0.10
28 11 0.35
29 8 0.26
30 1 0.03
ACGTcount: A:0.48, C:0.02, G:0.03, T:0.47
Consensus pattern (25 bp):
TATATTTAATAATTTGTAAATAATA
Found at i:9725 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 9706--9813 Score: 56
Period size: 16 Copynumber: 6.9 Consensus size: 14
9696 ATAGTTATCT
9706 AAATTATTATTATA
1 AAATTATTATTATA
9720 AAATTATTGATTAATA
1 AAATTATT-ATT-ATA
*
9736 AGAATATATTCATTTTA
1 A-AAT-TATT-ATTATA
*
9753 ATAATATATAATT-TA
1 A-AAT-TATTATTATA
*
9768 AAATTATAATTTATA
1 AAATTATTA-TTATA
* *
9783 TAAAATATATATTTTA
1 -AAATTAT-TATTATA
9799 AAATTTATATATTAT
1 AAA-TTAT-TATTAT
9814 TTAAAATATA
Statistics
Matches: 76, Mismatches: 9, Indels: 16
0.75 0.09 0.16
Matches are distributed among these distances:
13 5 0.07
14 13 0.17
15 11 0.14
16 26 0.34
17 14 0.18
18 7 0.09
ACGTcount: A:0.49, C:0.01, G:0.02, T:0.48
Consensus pattern (14 bp):
AAATTATTATTATA
Found at i:9777 original size:13 final size:15
Alignment explanation
Indices: 9749--9796 Score: 55
Period size: 13 Copynumber: 3.2 Consensus size: 15
9739 ATATATTCAT
9749 TTTAATAATATATAA
1 TTTAATAATATATAA
9764 TTTAA-AAT-TATAA
1 TTTAATAATATATAA
*
9777 TTTATATAAAATATATA
1 TTTA-ATAATATATA-A
9794 TTT
1 TTT
9797 TAAAATTTAT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 1, Indels: 6
0.80 0.03 0.17
Matches are distributed among these distances:
13 9 0.32
14 4 0.14
15 7 0.25
16 4 0.14
17 4 0.14
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (15 bp):
TTTAATAATATATAA
Found at i:9819 original size:32 final size:31
Alignment explanation
Indices: 9739--9824 Score: 102
Period size: 32 Copynumber: 2.6 Consensus size: 31
9729 ATTAATAAGA
9739 ATATATTCATTTTAATAATATATAATTTAAAATT
1 ATATATT-A-TTTAA-AATATATAATTTAAAATT
* *
9773 ATA-ATTTATATAAAATATATATTTTAAAATTT
1 ATATA-TTATTTAAAATATATAATTTAAAA-TT
9805 ATATATTATTTAAAATATAT
1 ATATATTATTTAAAATATAT
9825 TTAAGACTAT
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 3, Indels: 8
0.81 0.05 0.14
Matches are distributed among these distances:
31 15 0.33
32 23 0.50
33 3 0.07
34 5 0.11
ACGTcount: A:0.49, C:0.01, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (31 bp):
ATATATTATTTAAAATATATAATTTAAAATT
Found at i:9822 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 9706--9825 Score: 57
Period size: 17 Copynumber: 7.6 Consensus size: 14
9696 ATAGTTATCT
9706 AAAT-TATTATTATA
1 AAATATATTATT-TA
9720 AAAT-TATTGATTAATA
1 AAATATATT-ATT--TA
9736 AGAATATATTCATTTTA
1 A-AATATATT-A-TTTA
*
9753 ATAATATATAATTTA
1 A-AATATATTATTTA
*
9768 AAATTATAATTTATATA
1 AAA-TAT-A-TTATTTA
9785 AAATATA-TATTTTAA
1 AAATATATTA-TTT-A
9800 AATTTATATATTATTTA
1 AA---ATATATTATTTA
9817 AAATATATT
1 AAATATATT
9826 TAAGACTATA
Statistics
Matches: 86, Mismatches: 6, Indels: 28
0.72 0.05 0.23
Matches are distributed among these distances:
13 2 0.02
14 19 0.22
15 15 0.17
16 9 0.10
17 24 0.28
18 13 0.15
19 4 0.05
ACGTcount: A:0.49, C:0.01, G:0.02, T:0.48
Consensus pattern (14 bp):
AAATATATTATTTA
Found at i:9889 original size:11 final size:12
Alignment explanation
Indices: 9866--9898 Score: 50
Period size: 12 Copynumber: 2.8 Consensus size: 12
9856 AAAATATCAA
9866 TAATTATATTTT
1 TAATTATATTTT
9878 TAATTA-ATTTT
1 TAATTATATTTT
9889 TAATTTATAT
1 TAA-TTATAT
9899 ATTATAAATT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 3
0.86 0.00 0.14
Matches are distributed among these distances:
11 8 0.42
12 9 0.47
13 2 0.11
ACGTcount: A:0.36, C:0.00, G:0.00, T:0.64
Consensus pattern (12 bp):
TAATTATATTTT
Found at i:10240 original size:24 final size:22
Alignment explanation
Indices: 10201--10256 Score: 60
Period size: 24 Copynumber: 2.5 Consensus size: 22
10191 AAAATAAAGG
*
10201 ATAATTTA-ATATTTATTATAAT
1 ATAATTTATATAATTATT-TAAT
*
10223 ATAATTTATATTAATTATTTTAT
1 ATAATTTATA-TAATTATTTAAT
10246 AGTAATTTATA
1 A-TAATTTATA
10257 AATAAAATTA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 2, Indels: 4
0.83 0.06 0.11
Matches are distributed among these distances:
22 8 0.28
23 5 0.17
24 16 0.55
ACGTcount: A:0.43, C:0.00, G:0.02, T:0.55
Consensus pattern (22 bp):
ATAATTTATATAATTATTTAAT
Found at i:10646 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 10598--10659 Score: 54
Period size: 17 Copynumber: 3.6 Consensus size: 17
10588 ATTTTAAACT
*
10598 ATTAAAAAATTAATAAT-
1 ATTAAAATATTAAT-ATG
* *
10615 ATCAACAATACTAATATG
1 ATTAA-AATATTAATATG
*
10633 ATTAAAATATTAATACG
1 ATTAAAATATTAATATG
*
10650 ATTATAATAT
1 ATTAAAATAT
10660 AAAATAATAT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 7, Indels: 4
0.77 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
17 25 0.69
18 11 0.31
ACGTcount: A:0.55, C:0.06, G:0.03, T:0.35
Consensus pattern (17 bp):
ATTAAAATATTAATATG
Found at i:10957 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 10912--10957 Score: 51
Period size: 19 Copynumber: 2.4 Consensus size: 20
10902 TTTGTGATAA
*
10912 AAAAATAAACTATTTTAATT
1 AAAAATAAAATATTTTAATT
*
10932 -ATAATAAAATAATTTT-ATT
1 AAAAATAAAAT-ATTTTAATT
10951 AAAAATA
1 AAAAATA
10958 TTGTACGTGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 3, Indels: 4
0.75 0.11 0.14
Matches are distributed among these distances:
19 11 0.52
20 10 0.48
ACGTcount: A:0.59, C:0.02, G:0.00, T:0.39
Consensus pattern (20 bp):
AAAAATAAAATATTTTAATT
Found at i:11309 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 11281--11329 Score: 53
Period size: 20 Copynumber: 2.5 Consensus size: 20
11271 TAAGAAAATT
* *
11281 TAATGTTATAATATATAAAA
1 TAATTTTATAATAAATAAAA
* *
11301 TAATTTTATATTAAATAAAT
1 TAATTTTATAATAAATAAAA
*
11321 TTATTTTAT
1 TAATTTTAT
11330 GTATTTTTAA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 5, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 24 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.02, T:0.51
Consensus pattern (20 bp):
TAATTTTATAATAAATAAAA
Found at i:11598 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 11576--11630 Score: 53
Period size: 17 Copynumber: 3.4 Consensus size: 16
11566 TTTACTTGAT
11576 AATTTATATATATTATA
1 AATTTATATATA-TATA
*
11593 AATTTATATTTATAT-
1 AATTTATATATATATA
11608 AA-TTATA-ATAATATA
1 AATTTATATAT-ATATA
11623 TAATTTAT
1 -AATTTAT
11631 TAATTTTTAT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 2, Indels: 8
0.76 0.05 0.19
Matches are distributed among these distances:
13 1 0.03
14 9 0.28
15 2 0.06
16 5 0.16
17 15 0.47
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.00, T:0.53
Consensus pattern (16 bp):
AATTTATATATATATA
Found at i:11622 original size:22 final size:23
Alignment explanation
Indices: 11577--11630 Score: 65
Period size: 23 Copynumber: 2.3 Consensus size: 23
11567 TTACTTGATA
*
11577 ATTTATATATATTATAAATTTAT
1 ATTTATATATATTATAAATATAT
11600 ATTTATATA-ATTATAATAATATAT
1 ATTTATATATATTAT-A-AATATAT
11624 AATTTAT
1 -ATTTAT
11631 TAATTTTTAT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 1, Indels: 4
0.84 0.03 0.12
Matches are distributed among these distances:
22 5 0.19
23 10 0.37
24 6 0.22
25 6 0.22
ACGTcount: A:0.46, C:0.00, G:0.00, T:0.54
Consensus pattern (23 bp):
ATTTATATATATTATAAATATAT
Found at i:11634 original size:24 final size:23
Alignment explanation
Indices: 11574--11635 Score: 74
Period size: 24 Copynumber: 2.7 Consensus size: 23
11564 AATTTACTTG
*
11574 ATAATTTATATATATTATAAATTT
1 ATAATTTATATA-ATTATAAATAT
11598 AT-ATTTATATAATTATAATAATAT
1 ATAATTTATATAATTAT-A-AATAT
11622 ATAATTTAT-TAATT
1 ATAATTTATATAATT
11636 TTTATTTAAT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 1, Indels: 6
0.83 0.02 0.15
Matches are distributed among these distances:
22 5 0.15
23 10 0.29
24 13 0.38
25 6 0.18
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.00, T:0.53
Consensus pattern (23 bp):
ATAATTTATATAATTATAAATAT
Found at i:12347 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 12325--12363 Score: 53
Period size: 19 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
12315 AAAAAGCAAC
* *
12325 AATTAATTAATTAT-ATTAT
1 AATTAAATAAATATAATTAT
12344 AATTAAATAAATATAATTAT
1 AATTAAATAAATATAATTAT
12364 TTATTAATCT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 1
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 12 0.71
20 5 0.29
ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (20 bp):
AATTAAATAAATATAATTAT
Found at i:14667 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 14630--14677 Score: 66
Period size: 19 Copynumber: 2.5 Consensus size: 20
14620 AAATAAATAT
14630 TAAATAATAACTATTATTTA
1 TAAATAATAACTATTATTTA
14650 TAAAT-ATAA-TATTAATTTA
1 TAAATAATAACTATT-ATTTA
14669 T-AATAATAA
1 TAAATAATAA
14678 ATTATGAATA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 5
0.84 0.00 0.16
Matches are distributed among these distances:
18 7 0.27
19 14 0.54
20 5 0.19
ACGTcount: A:0.54, C:0.02, G:0.00, T:0.44
Consensus pattern (20 bp):
TAAATAATAACTATTATTTA
Found at i:15337 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 15282--15337 Score: 71
Period size: 25 Copynumber: 2.2 Consensus size: 25
15272 AGAATTATAG
15282 TATAATATAAATTTATATTAATTAT
1 TATAATATAAATTTATATTAATTAT
15307 TAATAA-AT-AATTGTATATTAATTTAT
1 T-ATAATATAAATT-TATATTAA-TTAT
15333 TATAA
1 TATAA
15338 GCTAGTTACA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 6
0.82 0.00 0.18
Matches are distributed among these distances:
24 4 0.14
25 15 0.54
26 9 0.32
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.02, T:0.50
Consensus pattern (25 bp):
TATAATATAAATTTATATTAATTAT
Found at i:15814 original size:17 final size:15
Alignment explanation
Indices: 15796--15825 Score: 53
Period size: 15 Copynumber: 2.1 Consensus size: 15
15786 TACATTAGTT
15796 ATTATT-AAATATAA
1 ATTATTAAAATATAA
15810 ATTATTAAAATATAA
1 ATTATTAAAATATAA
15825 A
1 A
15826 CTAAATAAAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 1
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
14 6 0.40
15 9 0.60
ACGTcount: A:0.60, C:0.00, G:0.00, T:0.40
Consensus pattern (15 bp):
ATTATTAAAATATAA
Found at i:15911 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 15899--15948 Score: 50
Period size: 9 Copynumber: 5.7 Consensus size: 9
15889 TTAAATAATA
15899 ATAATATTT
1 ATAATATTT
15908 ATAATATTT
1 ATAATATTT
*
15917 A-AAGTAATT
1 ATAA-TATTT
* *
15926 ATAATCTCT
1 ATAATATTT
15935 -TAATATTT
1 ATAATATTT
15943 ATAATA
1 ATAATA
15949 AGATTATAAA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 6, Indels: 6
0.73 0.14 0.14
Matches are distributed among these distances:
8 8 0.25
9 22 0.69
10 2 0.06
ACGTcount: A:0.46, C:0.04, G:0.02, T:0.48
Consensus pattern (9 bp):
ATAATATTT
Found at i:15919 original size:26 final size:25
Alignment explanation
Indices: 15889--15949 Score: 68
Period size: 26 Copynumber: 2.3 Consensus size: 25
15879 AAATAGATAA
*
15889 TTAAATAATAATAATATTTATAATAT
1 TTAAATAATAATAATATCT-TAATAT
* *
15915 TTAAAGTAATTATAATCTCTTAATAT
1 TTAAA-TAATAATAATATCTTAATAT
15941 TTATAATAA
1 TTA-AATAA
15950 GATTATAAAT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 3, Indels: 4
0.81 0.08 0.11
Matches are distributed among these distances:
26 17 0.57
27 13 0.43
ACGTcount: A:0.49, C:0.03, G:0.02, T:0.46
Consensus pattern (25 bp):
TTAAATAATAATAATATCTTAATAT
Found at i:16312 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 16256--16315 Score: 57
Period size: 21 Copynumber: 2.8 Consensus size: 20
16246 AATAGTTATA
*
16256 TAAATATTATAATAATATTAT
1 TAAATATT-TAATAATAATAT
* *
16277 TATATATATTGAATATTAAATAT
1 TA-A-ATATTTAATAAT-AATAT
16300 TAAATATTTAATAATA
1 TAAATATTTAATAATA
16316 TTTATAATAA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 7
0.72 0.12 0.16
Matches are distributed among these distances:
20 1 0.03
21 12 0.39
22 7 0.23
23 11 0.35
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.02, T:0.47
Consensus pattern (20 bp):
TAAATATTTAATAATAATAT
Found at i:16367 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 16258--16379 Score: 57
Period size: 14 Copynumber: 8.8 Consensus size: 14
16248 TAGTTATATA
16258 AATATTATAATAA-T
1 AATATTA-AATAATT
* *
16272 ATTATTATATATATT
1 AATATTAAATA-ATT
16287 GAATATTAAAT-ATT
1 -AATATTAAATAATT
*
16301 AAATATTTAATAA-T
1 -AATATTAAATAATT
16315 -AT-TTATAATAATT
1 AATATTA-AATAATT
16328 ATTATAGTT-AAT-ATT
1 A--ATA-TTAAATAATT
16343 -AT-TTGAAATAATT
1 AATATT-AAATAATT
16356 AATATTAAATAATT
1 AATATTAAATAATT
*
16370 ATTA-TAAATA
1 AATATTAAATA
16380 TTTTATTAGT
Statistics
Matches: 84, Mismatches: 8, Indels: 33
0.67 0.06 0.26
Matches are distributed among these distances:
10 2 0.02
11 2 0.02
12 12 0.14
13 13 0.15
14 33 0.39
15 7 0.08
16 13 0.15
18 2 0.02
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.02, T:0.48
Consensus pattern (14 bp):
AATATTAAATAATT
Found at i:16502 original size:9 final size:10
Alignment explanation
Indices: 16462--16519 Score: 50
Period size: 9 Copynumber: 5.9 Consensus size: 10
16452 ATGTTTATTA
16462 TATATTATAAT
1 TATA-TATAAT
16473 TATATATAAT
1 TATATATAAT
* *
16483 AAATATGTAAT
1 -TATATATAAT
16494 TATAT-TAAT
1 TATATATAAT
*
16503 TATA-ATATT
1 TATATATAAT
16512 TATA-ATAA
1 TATATATAA
16520 ATAAAAATTT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 5, Indels: 6
0.78 0.10 0.12
Matches are distributed among these distances:
9 18 0.45
10 10 0.25
11 12 0.30
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.02, T:0.48
Consensus pattern (10 bp):
TATATATAAT
Found at i:16536 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 16462--16552 Score: 98
Period size: 36 Copynumber: 2.5 Consensus size: 36
16452 ATGTTTATTA
* **
16462 TATATTATAATTATATATAATAAATATGTAATTATAT
1 TATATTATAA-TATTTATAATAAATATAAAATTATAT
16499 TA-ATTATAATATTTATAATAAATA-AAAATTTAGTAT
1 TATATTATAATATTTATAATAAATATAAAA-TTA-TAT
*
16535 TATATTAT-TTATTTATAA
1 TATATTATAATATTTATAA
16553 AACATTATAT
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 4, Indels: 7
0.81 0.07 0.12
Matches are distributed among these distances:
34 2 0.04
35 17 0.36
36 21 0.45
37 7 0.15
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.02, T:0.49
Consensus pattern (36 bp):
TATATTATAATATTTATAATAAATATAAAATTATAT
Found at i:16544 original size:32 final size:34
Alignment explanation
Indices: 16458--16546 Score: 94
Period size: 35 Copynumber: 2.6 Consensus size: 34
16448 TATTATGTTT
* **
16458 ATTATA-TATTATAATTATATATAATAAATATGTA
1 ATTATAGTATTAT-ATTATTTATAATAAATATAAA
* *
16492 ATTATATTAATTATAATATTTATAATAAATA-AAA
1 ATTATAGT-ATTATATTATTTATAATAAATATAAA
16526 ATT-TAGTATTATATTATTTAT
1 ATTATAGTATTATATTATTTAT
16547 TTATAAAACA
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 6, Indels: 6
0.80 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
32 13 0.28
33 3 0.06
34 10 0.21
35 16 0.34
36 5 0.11
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.02, T:0.49
Consensus pattern (34 bp):
ATTATAGTATTATATTATTTATAATAAATATAAA
Found at i:16987 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 16948--16981 Score: 59
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 16
16938 GCTATTCATG
*
16948 ATATTATATTTAATTA
1 ATATTATATTTAAATA
16964 ATATTATATTTAAATA
1 ATATTATATTTAAATA
16980 AT
1 AT
16982 TGTATAGATT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 17 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.00, T:0.53
Consensus pattern (16 bp):
ATATTATATTTAAATA
Found at i:17076 original size:11 final size:13
Alignment explanation
Indices: 17038--17073 Score: 63
Period size: 14 Copynumber: 2.7 Consensus size: 13
17028 ACTAATAAAA
17038 TATTTATAATAAT
1 TATTTATAATAAT
17051 TATTTAATAATAAT
1 TATTT-ATAATAAT
17065 TATTTATAA
1 TATTTATAA
17074 ATTTATTGTA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 2
0.92 0.00 0.08
Matches are distributed among these distances:
13 9 0.41
14 13 0.59
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.00, T:0.53
Consensus pattern (13 bp):
TATTTATAATAAT
Found at i:18436 original size:356 final size:351
Alignment explanation
Indices: 17514--18472 Score: 858
Period size: 356 Copynumber: 2.7 Consensus size: 351
17504 GGTTAAGACT
* * * * * *
17514 ATTAGAATAATTATATACTTCAAATCGTTTTGACCATTTTTTAGTCATAAAAAAATTGTTTCAAT
1 ATTAGAATAATTATCTATTTCAAATAG-TTAGACCTTTTTTTAGTCAT-AAAAATTTGTTTC-AT
* * *
17579 TCATACAAGCCTATTTAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACACTTAGAAAATTAATAAGAAAG
63 TCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTTGAAAATTAATAAGAAA-
* * * *
17644 AAATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAACAAGTTCAAATAGTTATTATTATTTGAACAATTGTC
126 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-
* * * * *
17709 TATTTAAAA-CGTTATAACATTTTAATTTGTCATAAAACAATTGATTCAGTTAATACAAGCTTAG
190 TATTTAAAATCATTATAACATTTT-AGTTGTCATAAAACAATTGATTCAGATAATACAAACCTAG
* **
17773 ATGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAAAT
254 ATGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAAAT
* *** *
17838 ATGTTTACCAAATCAATTAAAATAATTATGGCC
319 ATGTTTACCAAATCAATTAAAATAATAAAAACA
* * * *
17871 ATTTGAATAATTATCAATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTATTTTGTCATAATACAATTGTTTTT
1 ATTAGAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTTA-GACCTTTT-TTTAGTCATAA-A-AATT-TGTTT
** * * * * * * **
17935 TTTATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTTCAAAAATAATTGGT
60 CAT-TCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAAATTAATAAG-
* * * * * * *
18000 AACAGATTTAAACAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTACGACTATTTGAACAATT
123 AAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * * *
18065 ATCAATCTCAAATCATTA-AA-ATATTT-GTTGTCATAAAACATTTGTTTCTA-ATCATAGAAAC
188 AT-TATTTAAAATCATTATAACAT-TTTAGTTGTCATAAAACAATTGATTC-AGATAATACAAAC
* * * *
18126 CTA-TTTGATTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTT-AAAAAT
250 CTAGATGGAAT-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAAT
* * * ** * *
18189 TAAATATGTTTGCTAAATCGGTTCAAATAGTAAAAACA
314 AAAATATGTTTACCAAATCAATTAAAATAATAAAAACA
*
18227 ATTAGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTCAAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCAT
1 ATTAGAATAATTATCTATTTCAAATAGTT-AGACCTTTT-TTTAGTCATAAAA-ATTTGTTTCAT
* * * * * *
18292 GTCTTATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATCCAAATTTATGAACATTTGGAAAATTAATAAGCAA
63 -TCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTT-GAAAATTAATAAG-AA
* * *
18357 AAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACAAGTTTACAA-AGTTATGACTATTTGATCAATT
125 AAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTGCCAAACAAGTTCA-AATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * *
18421 ATTTTTATAAAATCATTATGACCTTTT-GTTTTGACATAAAACAATTGTTTCA
188 ATTATT-TAAAATCATTATAACATTTTAG--TTGTCATAAAACAATTGATTCA
18473 ATTCATAAAA
Statistics
Matches: 472, Mismatches: 107, Indels: 45
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
354 43 0.09
355 23 0.05
356 136 0.29
357 108 0.23
358 14 0.03
359 100 0.21
360 48 0.10
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (351 bp):
ATTAGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTAGACCTTTTTTTAGTCATAAAAATTTGTTTCATTCA
TACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAAATTAATAAGAAAAGATT
TAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTATTTA
AAATCATTATAACATTTTAGTTGTCATAAAACAATTGATTCAGATAATACAAACCTAGATGGAAT
AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAAATATGTTTA
CCAAATCAATTAAAATAATAAAAACA
Found at i:18487 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 17500--18488 Score: 732
Period size: 177 Copynumber: 5.5 Consensus size: 180
17490 GAATCAATTT
* * * * * * * * * *
17500 AAATGGTTAAGACTATTAGAAT-AATTATATACTTCAAATCGTTTTGACCATTT-TTTAGTCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTG-ATCAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * **
17563 AAAAAATTGTTTCAATTCATACAAGCCTATTTAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACACTTAG
65 AAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCC
* *
17628 AAAATTAATAAGAAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAACAAGTTC
130 AAAATTAATAAGAAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAACAAGTTC
* * * * * * * **
17680 AAATAGTTATTATTATTTGAACAATTGTCTATTT-AAAACGTTATAACATTTTAATTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGATCAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * ** * *
17744 AACAATTGATTCAGTTAATACAAGCTTAGATGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCT
66 AACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCA
* *
17809 AAATTAATAAG--AA-ATTTAAAAAATAAAATATGTTTACCAAATCAA-TTA
131 AAATTAATAAGAAAAGATTTAAAAAAT-AAATATGTTTGCCAAA-CAAGTTC
* * * * * *
17857 AAATAATTATGGCCATTTGAAT-AATTATCAATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTG-ATCAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
* *** * * *
17921 ATACAATTGTTTTTTTTATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTT
65 AAACAATTG-TTTCAAT-TCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* ** * * * * * *
17986 -CAAAAATAATTGGTAACAGATTTAAACAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTC
128 CCAAAATTAATAAG-AAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAACAAGTTC
* * * * * *
18039 AAATAATTACGACTATTTGAACAATTATCAATCTCAAATCATTA-AA-ATATTTG--TTGTCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGATCAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCT-TTTGTTTTGTCATA
* * * * * *
18100 AAACATTTGTTTCTAA-TCATAGAAACCTATTT-GATTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTT
65 AAACAATTGTTTC-AATTCATACAAGCTTATTTAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * *
18163 CAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAATTAAATATGTTTGCTAAATC-GGTTC
128 CCAAAATTAATAAGAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAA-CAAGTTC
* ** * * *
18213 AAATAGTAAAAACAATTAGAAT-AATTATCTATTTCAAAT-AGTTCA-AACCTTTTGTTTAGTCA
1 AAATAGTTATGACTATTTG-ATCAATTATCTATTTCAAATCA-TT-ATAACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * * * *
18275 TAAAATATTTGTTTC-ATGTCTTATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATCCAAATTTATGAACATT
63 TAAAACAATTGTTTCAAT-TCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
** * *
18339 TGGAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACAAGTTT
127 TCCAAAATTAATAAG-AAAAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTGCCAAACAAGTTC
* * * *
18395 ACAA-AGTTATGACTATTTGATCAATTAT-TTTTATAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACAT
1 A-AATAGTTATGACTATTTGATCAATTATCTATT-TCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCAT
*
18458 AAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTAT
64 AAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTAT
18489 CCAAAATAAA
Statistics
Matches: 626, Mismatches: 143, Indels: 78
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
173 1 0.00
174 57 0.09
175 10 0.02
176 14 0.02
177 141 0.23
178 52 0.08
179 41 0.07
180 135 0.22
181 20 0.03
182 140 0.22
183 15 0.02
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (180 bp):
AAATAGTTATGACTATTTGATCAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
AACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCA
AAATTAATAAGAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAACAAGTTC
Found at i:19389 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 18505--20779 Score: 1769
Period size: 181 Copynumber: 12.7 Consensus size: 181
18495 TAAAAAGAAT
* * * * * * * * * *
18505 TTAATAAGCAGGAG-TTTAAAAAAATAAATTTGTTTATCGAGCAAATTTAGATAGTTACGACTAT
1 TTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * *
18569 TTAAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGA-----TGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTTTAGT
65 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-T
* ** * *
18628 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAA
129 TCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * * * * ** ** * *
18681 TTAATAA-TAAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTATTTGCAAAATTAGTTTAAATAATTATGA-TCA
1 TTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACT-A
* * * ** * * * *
18744 TTTCAGCAACTATCTATTTCAAATCGCTATCACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTT-T
64 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT
* * * * * *
18808 ATCATACATGATTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATCTGTCAAAAA
129 -TCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* *
18862 -T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATGAATATGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGGCTATT
1 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * * * *
18923 TGAACAATTCTATACTTCAAATCATTAT-AATCTTTTGTTATGTCACAAAACAATTATTTTTGTT
66 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATT
* * * ** * * * *
18987 TATACAAGCTTAATCAAAATAAAACAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAA
130 CATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * * * * *
19039 TTAATAATTAAGGGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCGAACCATTTCAAATAGTTAAGACTATA
1 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * **
19104 TGAACGATTTTCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTCTTGTCATAAAACAATT-TTCTCAATT
66 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TTTATT
** *
19168 CATACT-AGCTTATTCAAAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAA
130 CATA-TAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * * * * * *
19220 ATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTATTTACCTAACCAGCTCAAAAAATTAT-ACTATT
1 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * * *
19284 TGAACAATTGTATATTTCAAATCCTTATTACTTTTTGTTTTGTCATACAACAAATGTTTTTATTA
66 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTC
** * *
19349 ATATAATTTTATTTGAAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAA
131 ATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * * * * * * *
19400 TTAATAAGT----GATTTAGACAATAAATCTATGTATCAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATT
1 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * ** *
19461 TCAGCAATTATTTATTTCAAATTATTATGACTTTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTCTATTC
66 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTC
* * * * * ** *
19526 ATACAATCTTATTTGTATTAAAATAACACTAATTTATTAATATTTTGACAA
131 ATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * * * * * * *
19577 TTAGTAAGTAAAAAATTT---TAA-AAATATG-TTACC-ACACTAGATCAAATAATCATGACAAT
1 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGA-ACCAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * * *
19636 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGATTTGTCATAAAATAGTTG-TTTTAGT
65 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-T
** * *
19700 TCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATCCAAAAA
129 TCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * ** * * * * *
19753 TTAATAA-TAAAGAGATTTAAAAAATGACTTTGTTTACTAAACAAATTTAAATAATTAGGACTAT
1 TTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * * *
19817 TTGAATAATTATCTATTTGAAAT-ACCTATAACTTTTTGTTTTGTAATAAAAGAATT-TTTTCTA
65 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TA
* *
19880 TTCATCTAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGACAA
128 TTCATATAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AA
* * *
19934 TTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATATGTTTA-CGAA-CACGTTCTAATCA-TTATGGCTA
1 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACCA-GTTCAAAT-AGTTATGACTA
** * * * * *
19995 TTTGAGTAATTATTTATTTCAACAT-GTTATGATTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA
64 TTTGAACAATTATCTATTTCAA-ATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA
* * * * * * ** *
20059 TTCATACAAGTTTATTCGAATTAAAATAATATTAATTAATTAATATTTTGACAA
128 TTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * * * * *
20113 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATTAATATT
1 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * * * **
20178 TCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-CTTTCTAATAAAACACTTGTTTCAATTC
66 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTC
* * *
20242 ATATAAGCTTATTTGAAGTAAGATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA
131 ATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * * **
20293 TTAATGAGTGAGAGAATTAAAAAA-AGAATATGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
1 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-AATATGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * ** *
20357 CTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTCATTGTT
65 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATT
** * *
20422 CATGCAAGCTTATTTCG-AATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTCCAAAAA
130 CATATAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAA
*
20474 TTAATAAGTAA-A-ATTTTAAAAAATAAATATGTTT-CTGAA-CACGTTCAAATAGTTATGACTA
1 TTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACCA-GTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * * * * *
20535 TTTGAAGAATTATTTATTTCAAATCGTTATGAC-CTTTATTTTGTCATGAACCAATTGTTTCTAG
64 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT
* * * * *
20599 TCATAAAAGCTTTTTTG-AATAAAATAGTACTAATTTATTAA-AATTCCAAAA
129 TCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * * *
20650 CTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
1 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * ** *
20715 TGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-TCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTCTAT
66 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TAT
20778 TC
129 TC
20780 GAGATAGTAA
Statistics
Matches: 1654, Mismatches: 373, Indels: 141
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 7 0.00
176 235 0.14
177 282 0.17
178 106 0.06
179 196 0.12
180 322 0.19
181 493 0.30
182 13 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATT
TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTC
ATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
Found at i:19563 original size:357 final size:362
Alignment explanation
Indices: 18600--20779 Score: 1849
Period size: 357 Copynumber: 6.1 Consensus size: 362
18590 ATCATTATGA
* * *
18600 TGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATTCTAATT
1 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATT
* * * **
18664 TATTAATATTCCAAAAATTAATAATAAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTA--TTTGCAAAATTAGT
65 TATTAATATTCCAAAAATT-ATAAT-AAGTGATTTAAAAAATAAATCTATGTTTGCTAAACAAGT
* * * ** * *
18727 TTAAATAATTATGA-TCATTTCAGCAACTATCTATTTCAAATCGCTATCACCTTTTGTTTGGTCA
128 TTAAATAGTTATGACT-ATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * *
18791 TATAACAATTGTTT-TTTATCATACATGATTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATCTG
192 TAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* *
18855 TCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATGAATATGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTAT
256 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACCAGTTCAAATAATTAT
* * * * *
18916 GGCTATTTGAACAATTCTATACTTCAAATCATTAT-AATCTTT
321 GACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACT-TTT
* * * * * * * * *
18958 TGTTATGTCACAAAACAATTATTTTTGTTTATACAAGCTTAATCAAAATAAAACAATACTAATCT
1 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT
* * ** *
19023 AATAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGGGATTTAAAAAATAAAT-T-TGTTTGCCGAACCA-TT
66 ATTAATATTCCAAAAATT-ATAA-TAAGTGATTTAAAAAATAAATCTATGTTTGCTAAACAAGTT
* * * * * *
19085 TCAAATAGTTAAGACTATATGAACGATTTTCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTCTTGTCAT
129 T-AAATAGTTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * ** *
19150 AAAACAATT-TTCTCAATTCATACTAGCTTATTCAAAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATT
193 AAAACAATTGTT-TCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT
* * * * * * * *
19213 TCAAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTATTTACCTAACCAGCTCAAAAAATTAT
256 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACCAGTTCAAATAATTAT
* * *
19278 -ACTATTTGAACAATTGTATATTTCAAATCCTTATTACTTTT
321 GACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACTTTT
* * * * ** * * *
19319 TGTTTTGTCATACAACAAATGTTTTTATTAATATAATTTTATTTGAAATAAAGTAATACTAATCT
1 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * *
19384 ATTAATATTTCAAAAA-T-TAATAAGTGATTTAGACAATAAATCTATGTAT-C-AAACTAGTTTA
66 ATTAATATTCCAAAAATTATAATAAGTGATTTAAAAAATAAATCTATGTTTGCTAAACAAGTTTA
* * * * **
19445 AATAGTTATGACTATTTCAGCAATTATTTATTTCAAATTATTATGACTTTTTGTTTTGTTGTAAA
131 AATAGTTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * ** *
19510 ACAATTGTTTCTATTCATACAATCTTATTTGTATTAAAATAACACTAATTTATTAATATTTTGAC
196 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * * * * *
19575 AATTAGTAAGTAAAAAATTT---TAA-AAATATG-TTACC-ACACTAGATCAAATAATCATGACA
261 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGA-ACCAGTTCAAATAATTATGACT
* * *
19634 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
325 ATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACTTTT
* * * * *
19672 TGATTTGTCATAAAATAGTTG-TTTTAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
1 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATT
* * * * * *
19736 TATTAATAATCCAAAAATTAATAATAAAGAGATTTAAAAAAT-GA-CTTTGTTTACTAAACAAAT
65 TATTAATATTCCAAAAATT-ATAAT-AAGTGATTTAAAAAATAAATCTATGTTTGCTAAACAAGT
* * * * * * * * *
19799 TTAAATAATTAGGACTATTTGAATAATTATCTATTTGAAAT-ACCTATAACTTTTTGTTTTGTAA
128 TTAAATAGTTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * *
19863 TAAAAGAATTTTTTCTATTCAT-CTAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATACAAATTTATTAATA-
192 TAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-AAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* *
19925 TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATATGTTTA-CGAA-CACGTTCTAATCA
255 TTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACCA-GTTCAAATAA
* ** * *
19986 TTATGGCTATTTGAGTAATTATTTATTTCAACAT-GTTATGATTTTT
317 TTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAA-ATCGTTATGACTTTT
* * * * * *
20032 TGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAATTAAAATAATATTAATTA
1 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT
*** * ** * * *
20097 ATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA--TATATTTACCAAACAAGTT
66 ATTAATATTCCAAAAATT-ATAA-TAAGTGATTTAAAAAATAAATCTATGTTTGCTAAACAAGTT
* * * * * * * *
20160 CAAATAGTCATTAATATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-CTTTCTAATA
129 TAAATAGTTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * *
20224 AAACACTTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTGAAGTAAGATAATACTAATTTATTAATATTCCA
194 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * * * ** *
20289 AAAATTAATGAGTGAGAGAATTAAAAAA-AGAATATGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGA
259 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA-AATATGTTTACCGAACCAGTTCAAATAATTATGA
* * * * *
20353 CTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTT
323 CTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACTTTT
** * * *
20393 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTCATTGTTCATGCAAGCTTATTTCG-AATAAAATAAT-TTAAAT
1 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AAT
* * *
20456 TTATTAATATTCCAAAAA-T-TAATAAGTAAAATTTTAAAAAATAAA--TATGTTT-CTGAACAC
64 TTATTAATATTCCAAAAATTATAATAAGT--GA-TTTAAAAAATAAATCTATGTTTGCTAAACAA
* * * * * *
20516 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTATTTTGTC
126 GTTTAAATAGTTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * *
20580 ATGAACCAATTGTTTCTAGTCATAAAAGCTTTTTTG-AATAAAATAGTACTAATTTATTAA-AAT
191 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * *
20643 TCCAAAACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAGCAAGTTCAAATAGTTAT
256 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACCAGTTCAAATAATTAT
* * *
20708 GACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-TCTTT
321 GACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACT-TTT
*
20750 TGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTCTATTC
1 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TATTC
20780 GAGATAGTAA
Statistics
Matches: 1460, Mismatches: 300, Indels: 125
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
351 1 0.00
352 24 0.02
353 99 0.07
354 3 0.00
355 7 0.00
356 12 0.01
357 400 0.27
358 251 0.17
359 170 0.12
360 231 0.16
361 217 0.15
362 45 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (362 bp):
TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT
ATTAATATTCCAAAAATTATAATAAGTGATTTAAAAAATAAATCTATGTTTGCTAAACAAGTTTA
AATAGTTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTA
TTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACTTTT
Found at i:20809 original size:540 final size:534
Alignment explanation
Indices: 18523--20779 Score: 1936
Period size: 540 Copynumber: 4.2 Consensus size: 534
18513 CAGGAGTTTA
* * * * * * * * * * *
18523 AAAAAATAAATTTGTTTATCGAGCAAATTTAGATAGTTACGACTATTTAAACAATTGTCTATTTA
1 AAAAAATAAA-TTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
* * * * *
18588 AAATCATTATGA-----TGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAA
65 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATA-TAGCTAATTCAAAA
* * ** *
18648 TAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATAAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTA
129 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATAAAGAGATTTAAAAAAAGAATTTA
* * ** * * * * * *
18713 TTTGCAAAATTAGTTTAAATAATTATGA-TCATTTCAGCAACTATCTATTTCAAATCGCTATCAC
194 TTTACTAAACAAGTTCAAATAATTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAAAC-CTATAAC
* * * * * *
18777 CTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTT-TATCATACATGATTATTTGAAATAAAATAA-TAA
257 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATTTA
* * *
18840 TAATTTATTAATCTGTCAAAAATTAATAAG-AGATTTAAAAAATGAATATGTTTACCGAAC-CAG
321 -AATTTATTAATAT-TCAAAAATTAATAAGTAAATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CGAACAC-G
* * * * * * *
18903 TTCAAATAGTTATGGCTATTTGAA-CAATTCTATACTTCAAATCATTATAATCTTTTGTTATGTC
382 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGCAATTATTTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTGTTTTGTC
* * * *** * * *
18967 ACAAAACAATTATTT-TTGTTTATACAAGCTTAATCAAAATAAAACAATACTAATCTAATAAT-A
446 ATAAAACAATTATTTCTAG-TCATACAAGCTT-ATTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAA
* **
19030 TTCCAAAAATTAATAATTAAGGGATTT
509 TTCC-AAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * * * * ** *
19057 AAAAAATAAATTTGTTTGCCGAACCATTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACGATTTTCTATTTC
1 AAAAAATAAA-TTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
* *
19122 AAATCATTATGACCTTTTGTCTTGTCATAAAACAATT-TTCTCAATTCATACTAGCTTATTCAAA
65 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TCAATTCATA-TAGCTAATTCAAA
* * * *
19186 ATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAAATAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATA-AT
128 ATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-TAAAGAGATTTAAAAAA-AGAA
* * * * * *
19248 TTTATTTACCT-AACCAGCTCAAAAAATTAT-ACTATTTGAACAATTGTATATTTCAAATCCTTA
190 TTTATTTA-CTAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACC-TA
* * * * * ** *
19311 TTACTTTTTGTTTTGTCATACAACAAATGTTTTTATTAATATAATTTTATTTGAAATAAAGTAAT
253 TAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
* * * * * * *
19376 ACT-AATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-GATTTAGACAATAAATCTATGTAT-CAAAC
318 -TTAAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAATTTAAAAAATAAA--TATGTTTACGAAC
* * * *
19438 TA-GTTTAAATAGTTATGACTATTT-CAGCAATTATTTATTTCAAATTATTATGACTTTTTGTTT
379 -ACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGCAATTATTTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTGTTT
** * * * * *
19501 TGTTGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAATCTTATTTGTATTAAAATAACACTAATTTATTAA
442 TGTCATAAAACAATTATTTCTAGTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
* ** * * *
19566 TATTTTGACAATTAGTAAGTAAAAAATTT
506 TAATTCCAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * * *
19595 TAAAAAT--A-TG-TTACC-ACACTAGATCAAATAATCATGACAATTTGAATAATTATCTATTTC
1 AAAAAATAAATTGTTTACCGA-ACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
* * * * * * *
19655 AAATCGTTATGACCTTTTGATTTGTCATAAAATAGTTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTCAAAA
65 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAT-AGCTAATTCAAAA
* * * *
19720 TAAAATAATACTAATTTATTAATAATCCAAAAATTAATAATAAAGAGATTTAAAAAATGACTTTG
129 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATAAAGAGATTTAAAAAAAGAATTTA
* * * * *
19785 TTTACTAAACAAATTTAAATAATTAGGACTATTTGAATAATTATCTATTTGAAATACCTATAACT
194 TTTACTAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-ACCTATAACT
* * **
19850 TTTTGTTTTGTAATAAAAGAATT-TTTTCTATTCAT-CTAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATAC
258 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TATTCATAC-AAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATTT
19912 AAATTTATTAATATT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATATGTTTACGAACA
320 AAATTTATTAATATTCAA-A-AATTAATAAGT--AA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTACGAACA
* * * * **
19975 CGTTCTAATCA-TTATGGCTATTTG-AGTAATTATTTATTTCAACAT-GTTATGATTTTTTGTTT
380 CGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAAGCAATTATTTATTTCAA-ATCATTATGA-CCTTTGTTT
* * * * *
20037 TGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAATTAAAATAATATTAATTAATTAA
442 TGTCATAAAACAATTATTTCTAGTCATACAAGCTTATTTGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAA
* ** *
20102 TATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTT
506 TAATTCCAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * * *
20131 AAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATTAATATTTCAATAATTATCTATTTC
1 AAAAAATAAAT-TGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
* * * * * ** *
20196 AAATCATTATGACCTTTT-CTTTCTAATAAAACACTTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTGAAG
65 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAT-AGCTAATTCAAAA
* * * * *
20260 TAAGATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGT-GAGAGAATTAAAAAAAGAATAT
129 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-AATAAAGAGATTTAAAAAAAGAATTT
* * * * * * *
20324 GTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGAC
193 ATTTACTAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAAC-CTATAAC
* ** * *
20389 ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTCATTGTTCATGCAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATTTA
257 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATTTA
20453 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTT-CTGAACACG
321 AATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGT-AAA-TTTAAAAAATAAATATGTTTAC-GAACACG
* *
20517 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAG-AATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTATTTTGTCA
382 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGCAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
20581 TGAACCAATTGTTTCTAGTCATAAAAGCTTTTTTGAATAAAATAGTACTAATTTATTAA-AATTC
447 TAAAACAATTATTTCTAGTCATACAAGCTTATTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTC
*
20645 CAAAACTAATAAGTAAAAGATTT
512 CAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * *
20668 AAAAAATAAATCTGTTTACCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTC
1 AAAAAATAAAT-TGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
** * * * *
20733 AAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTC
65 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTC
20780 GAGATAGTAA
Statistics
Matches: 1397, Mismatches: 254, Indels: 140
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
532 7 0.01
533 165 0.12
534 161 0.12
535 14 0.01
536 139 0.10
537 109 0.08
538 280 0.20
539 169 0.12
540 284 0.20
541 66 0.05
542 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (534 bp):
AAAAAATAAATTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAGCTAATTCAAAATA
AAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATAAAGAGATTTAAAAAAAGAATTTATT
TACTAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACCTATAACTTTT
TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATTTAAATTT
ATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACGAACACGTTCAAATAG
TTATGACTATTTGAAGCAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
TATTTCTAGTCATACAAGCTTATTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTCCAAAATTAA
TAAGTAAAAGATTT
Found at i:21058 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 21034--21072 Score: 53
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
21024 TAAGAATCAT
*
21034 TAATTAATAAT-TGTATTAA
1 TAATTAACAATAT-TATTAA
21053 TAATTAACAATATTATTAA
1 TAATTAACAATATTATTAA
21072 T
1 T
21073 GGCTATTGAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
19 17 0.94
20 1 0.06
ACGTcount: A:0.49, C:0.03, G:0.03, T:0.46
Consensus pattern (19 bp):
TAATTAACAATATTATTAA
Found at i:21522 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 21491--21531 Score: 50
Period size: 14 Copynumber: 3.1 Consensus size: 14
21481 AATACTTTAT
*
21491 TAATAAT-TAAGT-
1 TAATAATATAATTA
*
21503 TAATAATATATTTA
1 TAATAATATAATTA
21517 TAATAATATAATTA
1 TAATAATATAATTA
21531 T
1 T
21532 TTAGTTTTAT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 3, Indels: 2
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
12 7 0.29
13 3 0.12
14 14 0.58
ACGTcount: A:0.51, C:0.00, G:0.02, T:0.46
Consensus pattern (14 bp):
TAATAATATAATTA
Found at i:21591 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 21520--21599 Score: 81
Period size: 23 Copynumber: 3.4 Consensus size: 23
21510 ATATTTATAA
* *
21520 TAATATAATTATTTAGTTTTATATT
1 TAAT-TAATTAATTATTTTTA-ATT
*
21545 TAATTAATTAATTATTATCT-ATT
1 TAATTAATTAATTATT-TTTAATT
*
21568 TACTTAATTAATTATTTTTAATT
1 TAATTAATTAATTATTTTTAATT
*
21591 TAAATAATT
1 TAATTAATT
21600 GCAATAGTTT
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 7, Indels: 6
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
22 2 0.04
23 28 0.61
24 10 0.22
25 6 0.13
ACGTcount: A:0.39, C:0.03, G:0.01, T:0.57
Consensus pattern (23 bp):
TAATTAATTAATTATTTTTAATT
Found at i:21807 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 21788--21820 Score: 50
Period size: 16 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
21778 TAATTATTAA
21788 TTTATTAAATA-TAAAT
1 TTTATTAAATATTAAAT
*
21804 TTTATTATATATTAAAT
1 TTTATTAAATATTAAAT
21821 AATATTTAAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 10 0.67
17 5 0.33
ACGTcount: A:0.45, C:0.00, G:0.00, T:0.55
Consensus pattern (17 bp):
TTTATTAAATATTAAAT
Found at i:23174 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 23122--23195 Score: 121
Period size: 36 Copynumber: 2.1 Consensus size: 36
23112 AATCTACAAC
*
23122 TTCTTAATTTTTGAAATAATAATAAAGTAATATTAT
1 TTCTCAATTTTTGAAATAATAATAAAGTAATATTAT
* *
23158 TTCTCAATTTTTGAAATATTGATAAAGTAATATTAT
1 TTCTCAATTTTTGAAATAATAATAAAGTAATATTAT
23194 TT
1 TT
23196 TATTTTGGAT
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 3, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
36 35 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.04, G:0.07, T:0.49
Consensus pattern (36 bp):
TTCTCAATTTTTGAAATAATAATAAAGTAATATTAT
Found at i:23347 original size:216 final size:215
Alignment explanation
Indices: 22947--23375 Score: 469
Period size: 216 Copynumber: 2.0 Consensus size: 215
22937 CCTACTTATT
*
22947 AATTTTTGAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTCTAATTAAGCTTGTGTGATGAAAAACAA
1 AATTTTTGAAATATTAATAAACTAATATTATTTTATTCTAATTAAGCTTGTGTGATGAAAAACAA
* * ** * * *
23012 TTGTTTTATGACAAACAAAAGTTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAAGT
66 TTGTTTTATGAAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACT
* *
23077 ATTTAAACTGATTCGATAAAATGATTTATGTTTTAAATCTACAACTTCTTAA-TTTTTGAAATAA
131 ATTTAAACTGATTCGATAAAATAATTTATGTTTTAAATCTA-AACTTATTAATTTTTTG-AATAA
*
23141 TAATAAAGTAATATTATTTCTC
194 TAATAAAATAATATTATTTCTC
* * * *
23163 AATTTTTGAAATATTGATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGA-TAAGCTT-T-T-ATGAAATGAA
1 AATTTTTGAAATATTAATAAACTAATATTATTTTATTCT-AATTAAGCTTGTGTGATGAAA--AA
* * *
23224 GCAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAAAT-GATAATTGTTTAAATAGTC
63 -CAATTGTTTTATGA-AAAACAAAAGGTCAAAACAA-TTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGCC
* * * * * **
23288 ATAACTATTTAAACTTATTTGGTAAACA-AATTTATTTTTTAATTCCT-TGCTTATTAATTTTTT
125 ATAACTATTTAAACTGATTCGATAAA-ATAATTTATGTTTTAAAT-CTAAACTTATTAATTTTTT
**
23351 GAATGTTAATAAAATAATATTATTT
188 GAATAATAATAAAATAATATTATTT
23376 TATTTTGAAT
Statistics
Matches: 177, Mismatches: 27, Indels: 18
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
213 6 0.03
214 1 0.01
215 3 0.02
216 84 0.47
217 73 0.41
218 10 0.06
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (215 bp):
AATTTTTGAAATATTAATAAACTAATATTATTTTATTCTAATTAAGCTTGTGTGATGAAAAACAA
TTGTTTTATGAAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACT
ATTTAAACTGATTCGATAAAATAATTTATGTTTTAAATCTAAACTTATTAATTTTTTGAATAATA
ATAAAATAATATTATTTCTC
Found at i:24133 original size:173 final size:174
Alignment explanation
Indices: 23225--24532 Score: 803
Period size: 176 Copynumber: 7.3 Consensus size: 174
23215 TGAAATGAAG
* * * *
23225 CAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAA-ATGATAATTGTTTAAATAGTCA
1 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA-GATAATTGTTCAAATAGTTA
* * * * * * * *
23289 TAACTATTTAAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTT-AATTCCTTGCTTATTAATTTTTTGA
65 TTACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATT-TTTACTTATTAATTATTGGA
* * * ** * **
23353 ATGTTAATAAAATAATATTATTTTATTTTGAATAAGCATATATGAAC-TGAA
129 ATATTAGTAGAAT--TA-TA---TATTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAA
* * * ** *
23404 CAATTATTTTATGACTAAAA-AAAATGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTATT-ATAATAGTC
1 CAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGT-
* * *** * * * * *
23467 T-TAACTATTTGAACTGGTTCAACAAATACATTTATTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTAG
63 TATTACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTATTGG
* * * * * *
23528 AATATTATTAG-TTTAGTAATATTTTACTCCGAATAAGTTTGTATGGACAAAAA
128 AATATTAGTAGAATTA-T-ATA--TT--T-CAAATAAGCTTATATGAACAAAAA
* * * * * * *
23581 CAATTGTTTTATGACGAAAC-AAAGATCATACCGATTT-AAGATAGATAATTATTCTAATAGTCA
1 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTTA
* * * * * * * *
23644 TAACTATTTGAA-TTAGTCCGATAAACAAATATAATTTTTAAATCTCTTATTTATTTTCAAAATA
65 TTACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTA--TT--AATTA
** ** ** * * *
23708 TT--AATAAATTAGTATTATT-T-TATTTTGAATAATTTTGTATGAATAGAAA
124 TTGGAAT--ATTAGTAGAATTATATATTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAA
* * * * * * * *
23757 CAATTGTTTTATTACAAAACAAATGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCAT
1 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTAT
* * ** * *
23822 AATTATTTGAACTCACTT-GGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGA
66 TACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTATTGG
* * * * *
23886 AATTTTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAATAGAAA
128 AATATTAGTAGAA-T--TA-TA---TATTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAA
* *
23939 CAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTTAT
1 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTAT
* * *** * *
24004 TATTATTTTGAACGTGTTCAAAAAACAAATTTATTTTATACATTTTTACTTATTAATCT-TTGGA
66 TACTA-TTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAAT-TATTGGA
* *
24068 ATATTAGTA-AATT-TATATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAA
129 ATATTAGTAGAATTATATATTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAA
* * *
24112 CAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTCCAAATAGTCAT
1 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTAT
* * * * * *
24177 AACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATTTCTTACTCATTAATTATTGGAA
66 TACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTT-TTACTTATTAATTATTGGAA
* * * *** *
24242 TAGTAATAAGTTAGTATTAATTTATTTCAAATAAGCCTATATGAATTGATA
130 TA-T--T-AG-TAGAATT-ATATATTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAA
* * * * * *
24293 TAATTG-TTTATGGCGAAACAAAAGGTCATAACGAA-TTGAAATAGATAATTATTTAGATAGTTA
1 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTA
* * *
24356 TTACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAA
65 TTACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTATTGGA
* *
24421 ATATTAATA-AATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTAATATGAACAAAAA
129 ATATTAGTAGAATT-ATA-TA--TT--T-CAAATAAGCTTATATGAACAAAAA
* * * *
24473 TAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCCAATA
1 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
24533 ATCATAACTA
Statistics
Matches: 887, Mismatches: 175, Indels: 132
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
171 2 0.00
172 30 0.03
173 113 0.13
174 19 0.02
175 9 0.01
176 149 0.17
177 81 0.09
178 25 0.03
179 83 0.09
180 141 0.16
181 104 0.12
182 99 0.11
183 19 0.02
184 11 0.01
185 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (174 bp):
CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTAT
TACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTATTGGAAT
ATTAGTAGAATTATATATTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAA
Found at i:24175 original size:532 final size:530
Alignment explanation
Indices: 23171--24544 Score: 1410
Period size: 532 Copynumber: 2.6 Consensus size: 530
23161 TCAATTTTTG
* * * * *
23171 AAATATTGATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAA-ATGAAGCAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-CTTTTATGAATA-GAAACAATTGTTTT
* * * * *
23235 ATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAA-ATGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTA
64 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA-GATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTG
* * * *
23299 AACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTT-AATTCCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATA
128 AAC-TACTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATT-TTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATA
* ** *
23362 AAATAATATTATTTTATTTTGAATAAGCATATATGAACT-G-AACAATT-ATTTTATGACTAAAA
190 AATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-TAGAAACAATTGA-TTTATGAC-AAAA
* * * *
23424 -AAAATGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTATT-ATAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTC
252 CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTC
* * * * * * **
23487 AACAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAGAATATTATTAGTTTAGTAATATTT
317 AAAAAACAAATTTATTTTATAAATCTCTTATTAATCTTTAGAATATTAGTAAATTA-TAATATTT
* * * * * *
23552 TACTCCGAATAAGTTTGTATGGACAAAAACAATTGTTTTATGACGAAACAAAGATCATACCGATT
381 GA---C-AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAACAATT
* *
23617 TAAGATAGATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGTCCGATAAACAAATAT-AATT
442 TAAGATAGATAATTATCCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTCCGATAAACAAAT-TCAATT
23680 TTTAAATCTCTTA-T-TT-ATT-TTCA
505 TTTAAATCTCTTACTATTAATTATT-A
*
23703 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAACTTT-TATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * * *
23768 TTACAAAACAAATGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAATTATTTGAA
65 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAA
*
23833 CTCACTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAA
130 CT-ACTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* *
23898 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAA
192 TTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAA
* * * *
23963 GGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATGGT-TATTATTATTTTGAAC-GTGTTCAA
257 GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATAATAGTCT-TAACTA-TTTGAACTG-GTTCAA
* * *
24025 AAAACAAATTTATTTTATACATTTTTACTTATTAATCTTTGGAATATTAGTAAATT-T-ATATTT
319 AAAACAAATTTATTTTATA-A-ATCT-CTTATTAATCTTTAGAATATTAGTAAATTATAATATTT
* *
24088 GA-AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
381 GACAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACAATTT-A
* ** * * * *
24152 A-ATAGATAATTGTCCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTCATTTTTTA
444 AGATAGATAATTATCCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTCCGATAAACAAATTCAATTTTTA
* *
24216 AATTTCTTACTCATTAATTATTG
509 AATCTCTTACT-ATTAATTATTA
* * * * ** * * * * *
24239 GAATAGTAATAAGTTAGTATTAATTTATTTCAAATAAGCCTATATGAATTGATATAATTG-TTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-CTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * * * *
24303 TGGCGAAACAAAAGGTCATAACGAATTGAAATAGATAATTATTTAGATAGTTATTACTATTTGAA
65 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAA
** * *
24368 CTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAAT
130 CTACTT-GGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
* * * * * * *
24433 TAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTAATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
193 TAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAG
* * * *
24498 GTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTC-CAATAATCATAACTATT
258 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATAATAGTCTTAACTATT
24545 CAAAATTATT
Statistics
Matches: 701, Mismatches: 109, Indels: 63
0.80 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
531 43 0.06
532 195 0.28
533 22 0.03
534 194 0.28
535 130 0.19
536 86 0.12
537 5 0.01
538 2 0.00
539 24 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (530 bp):
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAACTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAAC
TACTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAA
TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTC
ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAAAAAACAA
ATTTATTTTATAAATCTCTTATTAATCTTTAGAATATTAGTAAATTATAATATTTGACAATAAGC
TTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAACAATTTAAGATAGATAATT
ATCCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTCCGATAAACAAATTCAATTTTTAAATCTCTTACTA
TTAATTATTA
Found at i:24455 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 24089--24544 Score: 553
Period size: 180 Copynumber: 2.5 Consensus size: 181
24079 TTTATATTTG
** *
24089 AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAAC-AATTTGAA
1 AAATAAGCTAATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAACGAA-TTGAA
* * *
24153 ATAGATAATTGTCCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAAA
65 ATAGATAATTATCCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTCATTTTTTAAA
* * * * *
24218 TTTCTTACTCATTAATTATTGGAATAGTAATAAGTTAGTATTAATTTATTTC
130 TTTCTTACTCATTAATTATTGAAATAGTAATAAATTAATATTAATTTAATCC
*** * *
24270 AAATAAGCCT-ATATGAATTGATATAATTG-TTTATGGCGAAACAAAAGGTCATAACGAATTGAA
1 AAATAAG-CTAATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAACGAATTGAA
** * * * * *
24333 ATAGATAATTATTTAGATAGTTATTACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAA
65 ATAGATAATTATCCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTCATTTTTTAAA
* * * *
24398 TCTT-TTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCC
130 T-TTCTTACTCATTAATTATTGAAATAGTAATAAATTAATATTAATTTAATCC
* *
24450 AAATAAGCTAATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
1 AAATAAGCTAATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAACGAATTGAAA
* * *
24515 TAAATAATTGTTCC-AATAATCATAACTATT
66 TAGATAATT-ATCCAAATAGTCATAACTATT
24545 CAAAATTATT
Statistics
Matches: 228, Mismatches: 41, Indels: 12
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
179 2 0.01
180 147 0.64
181 76 0.33
182 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (181 bp):
AAATAAGCTAATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAACGAATTGAAA
TAGATAATTATCCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTCATTTTTTAAAT
TTCTTACTCATTAATTATTGAAATAGTAATAAATTAATATTAATTTAATCC
Found at i:24497 original size:534 final size:529
Alignment explanation
Indices: 23225--24544 Score: 1384
Period size: 534 Copynumber: 2.5 Consensus size: 529
23215 TGAAATGAAG
* * *
23225 CAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAC-AATTTTAAA-ATGATAATTGTTTAAATAGTC
1 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAA-TTGAAATA-GATAATTATTTAAATAGTC
* * * *
23288 ATAACTATTTAAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAATTC-CTTGCTTATTAATTTTTTG
64 ATAACTATTTGAACTTA-TTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTG
* * ** ** *
23352 -AATGTTAATAAAATAATATTATTTTATTTTGAATAAGC-ATATATGAAC-TGAACAATTATTTT
127 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTA-ATATGAACAAAAACAATTGTTTT
* * * *
23414 ATGACTAAAA-AAAATGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTATT-ATAATAGTCTTAACTATTT
191 ATGAC-AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATAATAGTCTTAACTATTT
* * * * * * **
23477 GAACTGGTTCAACAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAGAATATTATTAGTTT
255 GAACTGGTTCAAAAAACAAATTTATTTTATAAATCTCTTATTAATCTTTAGAATATTAGTAAATT
* * * *
23542 AGTAATATTTTACTCCGAATAAGTTTGTATGGACAAAAACAATTGTTTTATGACGAAACAAAGAT
320 A-TAATATTTGA---C-AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGAT
* * * *
23607 CATACCGATTTAAGATAGATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTCCGATAAACAA
380 CATAACAATTTAAGATAGATAATTATCCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTCCGATAAACAA
* * **
23672 ATATAATTTTTAAATCTCTTATTTATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
445 ATATAATTTTTAAATCTCTTATTTATTTTCAAAATAGTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCAAA
*** *
23737 TAATTTTGTATGAATAGAAA
510 TAAGCCTATATGAATAGAAA
* * * * *
23757 CAATTGTTTTATTACAAAACAAATGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCAT
1 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAATTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCAT
* * *
23822 AATTATTTGAACTCACTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGAA
66 AACTATTTGAACTTA-TTGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA
* * ** * * *
23887 ATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGATTTATG
129 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTAATATGAACAAAAACAATTGTTTTATG
* * * *
23952 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATGGT-TATTATTATTTTGA
194 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATAATAGTCT-TAACTA-TTTGA
* * *
24015 AC-GTGTTCAAAAAACAAATTTATTTTATACATTTTTACTTATTAATCTTTGGAATATTAGTAAA
257 ACTG-GTTCAAAAAACAAATTTATTTTATA-A-ATCT-CTTATTAATCTTTAGAATATTAGTAAA
* *
24079 TT-T-ATATTTGA-AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCA
318 TTATAATATTTGACAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCA
* ** * * *
24141 TAACAATTTGAA-ATAGATAATTGTCCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAATAG
382 TAACAATTT-AAGATAGATAATTATCCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGTCCGATAAACAA
* * ** *
24204 AT-TCATTTTTTAAATTTCTTACTCATTAATTATT-GGAATAGTAATAAGTTAGTATTAATTTAT
445 ATAT-AATTTTTAAATCTCTTA-T--TT-ATT-TTCAAAATAGTAATAAATTAGTATTAATTTAT
* *
24267 TTCAAATAAGCCTATATGAATTGATA
504 TTCAAATAAGCCTATATGAATAGAAA
* * * * *
24293 TAATTG-TTTATGGCGAAACAAAAGGTCATAACGAATTGAAATAGATAATTATTTAGATAGTTAT
1 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAATTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCAT
* * * *
24357 TACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAA
66 AACTATTTGAACTTATT-GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * *
24422 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTAATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGA
130 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTAATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * *
24487 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTC-CAATAATCATAACTATT
195 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATAATAGTCTTAACTATT
24545 CAAAATTATT
Statistics
Matches: 649, Mismatches: 112, Indels: 53
0.80 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
531 39 0.06
532 152 0.23
533 24 0.04
534 189 0.29
535 129 0.20
536 86 0.13
537 4 0.01
538 2 0.00
539 24 0.04
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (529 bp):
CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAATTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCAT
AACTATTTGAACTTATTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAT
ATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTAATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAC
AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATAATAGTCTTAACTATTTGAACTG
GTTCAAAAAACAAATTTATTTTATAAATCTCTTATTAATCTTTAGAATATTAGTAAATTATAATA
TTTGACAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAACAATTT
AAGATAGATAATTATCCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTCCGATAAACAAATATAATTTTT
AAATCTCTTATTTATTTTCAAAATAGTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCAAATAAGCCTATAT
GAATAGAAA
Found at i:24680 original size:120 final size:120
Alignment explanation
Indices: 24450--24687 Score: 273
Period size: 120 Copynumber: 2.0 Consensus size: 120
24440 ATTTTAATCC
* *
24450 AAATAAGCTAATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
1 AAATAAGCTAATATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* * * *
24515 TAAATAATTGTTCCAATAATCATAACTATTCAAAATTATTTGGTAAATAGATTTG
66 TAAATAATTGTTCAAATAACCATAACTATTCAAAATTATTCGGTAAACAGATTTG
** * * * *
24570 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTATTTTATGACAATACAAAAGGTTATAGCAATTT-AA
1 AAATAAGCTAATATGAACA-AAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * * ** * *
24633 ACTAGATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATT
65 A-TAAATAATTGTTCAAATAACCATAACTATTCAAAATTATTCGGTAAACAGATT
24688 CATTTTTTAA
Statistics
Matches: 97, Mismatches: 19, Indels: 4
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
119 3 0.03
120 90 0.93
121 4 0.04
ACGTcount: A:0.45, C:0.09, G:0.12, T:0.33
Consensus pattern (120 bp):
AAATAAGCTAATATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
TAAATAATTGTTCAAATAACCATAACTATTCAAAATTATTCGGTAAACAGATTTG
Found at i:24995 original size:480 final size:481
Alignment explanation
Indices: 24084--25024 Score: 1282
Period size: 480 Copynumber: 2.0 Consensus size: 481
24074 GTAAATTTAT
* *
24084 ATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAACAATT
1 ATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
* * *
24149 TGAAATAGATAATTGTCCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTCATTTTT
66 TGAAATAGATAATTGTCCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTCATTTTT
* * * *
24214 TAAATTTCTTACTCATTAATTATTGGAATAGTAATAAGTTAGTATTAATTTATTTCAAATAAGCC
131 TAAATCTCTCACTCATTAATTATTGGAATAGTAATAAATTAGAATTAATTTATTTCAAATAAGCC
* * * * *
24279 TATATGAATTGATATAATTGTTTATGGCGAAACAAAAGGTCATAACGAATTGAAATAGATAATTA
196 TATATGAATAGAAATAATTGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAATTGAAATAAATAATTA
* * * * * * * * * *
24344 TTTAGATAGTTATTACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
261 GTAAAATAGTTATAACTAATTGAACTGGTTCGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACGTA
* * *
24409 TTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTAATATGAACAAAAAT
326 TTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAACAAACTAATATGAACAAAAAC
* * * *
24474 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCCAATAATCATA
391 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATA
24539 ACTATTCAAAATTATTTGGTAAATAG
456 ACTATTCAAAATTATTTGGTAAATAG
* * * *
24565 ATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTATTTTATGACAATACAAAAGGTTATAGCAAT
1 ATTTGAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAT
* *
24629 TT-AAACTAGATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTCATTT
65 TTGAAA-TAGATAATTGTCCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTCATTT
* * * **
24693 TTTAAATCTCTCACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATT-ATGTTATTTTGAATAA
129 TTTAAATCTCTCACTCATTAATTATTGGAATAGTAATAAATTAGAATTAAT-TTATTTCAAATAA
* * * * * *
24757 GCTTGTATGAATAGAAATAA-T-TTTATGATAAAACAAATGGTCATAACGATTTTAAATAAAATA
193 GCCTATATGAATAGAAATAATTGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAATTGAAAT-AAATA
* *
24820 TTTGGTAAAATAGTTATAACTAATTGAACTGGTAT-GGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
257 ATTAGTAAAATAGTTATAACTAATTGAACTGGT-TCGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * *
24884 ACGTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACA
321 ACGTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAACAAACTAATATGAACA
* * *
24949 AAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
386 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAA
*
25014 TCATAATTATT
451 TCATAACTATT
25025 TGAAATAGTT
Statistics
Matches: 398, Mismatches: 57, Indels: 11
0.85 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
479 30 0.08
480 187 0.47
481 177 0.44
482 4 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (481 bp):
ATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
TGAAATAGATAATTGTCCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTCATTTTT
TAAATCTCTCACTCATTAATTATTGGAATAGTAATAAATTAGAATTAATTTATTTCAAATAAGCC
TATATGAATAGAAATAATTGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAATTGAAATAAATAATTA
GTAAAATAGTTATAACTAATTGAACTGGTTCGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACGTA
TTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAACAAACTAATATGAACAAAAAC
AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATA
ACTATTCAAAATTATTTGGTAAATAG
Found at i:25013 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 24992--25024 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
24982 TAACAATTTG
24992 AAATAG-ATAATTATTC
1 AAATAGCATAATTATTC
25008 AAATAGTCATAATTATT
1 AAATAG-CATAATTATT
25025 TGAAATAGTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.06, T:0.39
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTATTC
Found at i:25032 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 24987--25033 Score: 62
Period size: 19 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
24977 GGTAATAACA
24987 ATTTGAAATAG-ATAATT
1 ATTTGAAATAGTATAATT
*
25004 A-TTCAAATAGTCATAATT
1 ATTTGAAATAGT-ATAATT
25022 ATTTGAAATAGT
1 ATTTGAAATAGT
25034 TTTGTAAACA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 4
0.81 0.06 0.13
Matches are distributed among these distances:
16 8 0.32
17 1 0.04
18 7 0.28
19 9 0.36
ACGTcount: A:0.45, C:0.04, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (18 bp):
ATTTGAAATAGTATAATT
Found at i:27640 original size:720 final size:701
Alignment explanation
Indices: 25050--27749 Score: 2070
Period size: 720 Copynumber: 3.8 Consensus size: 701
25040 AACAAAATTG
* * * * * * *
25050 TTATG-ACTTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGCTTATTCGGATTAAAA
1 TTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAATCTTATTTGGAATAAAA
* * * * * * *
25114 TAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAACAAGTGAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
65 TAATACTAATTTATCAATA-TTTAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-C
* * * * * * * *
25179 TAAACAAGTTCAAATAGTCAAGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAATTGT-AACCTTCT
127 T-AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGAACATT-T
* * * * * * * *
25243 ATTTTGT-ACTAAAATAATTTTTTC-AGTTAACATAAGCTTATTTGAAATAAAATAGCT-CTAAT
190 GTTTTATCA-TAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGATTATTTGAAATAAAATA-ATACT-AT
*** * * * *
25305 TTATTAATATACCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATTTGTTTACCGAACAAGTT
251 TTATTAATATTTTAAAAATT-A--A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAA-TT
* * * * * * * ***
25370 CAAATAGTTATGACTATCTAAATAATTATCTGTTTCAAAACATTATAATGATTTGTTTTGTCATA
311 -AAATAATTA-GACTATTTGAACAATTATCT-ATTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTC-TA
* * * * * * * * * * *
25435 AAATAATTAGTTTT-GTTCATGCAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTATTAAAACTCC
372 AAACAA--AATTTTCATTTATACAAGCTTATTTCAAATAAAGTAATACAAATTTATTAATATTTC
* * * *** * * * *
25499 AAAAATTAATAA-ATAAAAATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTTTTGAACACA-TT-GAATAGTTAT
435 AAAACTTAATAAGA-AGAGATTT-AAAAA-AAATCA---TTTACCAAAAAAGTTCAAATAATTAT
* * * *
25560 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAATTTGTTTTTTCAT-AAACTAAT-TA
494 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTATTTTATCATAAAACAAATGT-
* * * * *
25623 TTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAAT
557 TTTGTA--CATAAAAG-TTTTTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-TAAAATTAAG
* * ** *
25688 AAGTAA-AAGATTTAAATAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAA
618 AAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAAATTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
* * *
25752 CAACTATATATTTCAAATCT
682 TAATTATATATTTCAAATCA
* * * *
25772 TTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCACACAAGT-TTATTTGGAATAAAA
1 TTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAATCTTATTTGGAATAAAA
* * * * * *
25836 TAATACTAATTTATTATTATTCTAAAAATTAATAAGTTAGATATTTAAAATATAAATCTGTTTAT
65 TAATACTAATTTATCAATATT-TAAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATCT-ATT-T
* * * * * * * *
25901 CGAACAAGTTTAAATAGTCATGTCTATTTGAGCT-GTTATTTATTTCAAATCGTTATG-ACATTT
126 CTAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA-ATAATTATTTATTTCAAATCATTATGAACA-TT
* * *
25964 TGTTTTATTATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTT-AGAATAAAATAATACCAATT
189 TGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTTGA-AATAAAATAATA-CTATT
* * *
26028 TATTACTATTTCAAAAATTAATAAG-GATTT-AAAAATAAATGTGCTTT-CTGAAGC-ATTCAAA
252 TATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG-TTTACTGAA-CAATT-AAA
* * ** * * * *
26089 TAGTTAAACTATTTGAACAATTATCTATTCCAAATTATTTTGATCTTTTGTTTAGTC-AAAA-AA
314 TAATTAGACTATTTGAACAATTATCTATT-CAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCTAAAACAA
* * * *
26152 TAATTGCTTCAGTTCATACATGCTTA-TTCGAAATATAGTAATA-ATAATTTATTAAAATTT-AG
378 -AATT--TTCA-TTTATACAAGCTTATTTC-AAATAAAGTAATACA-AATTTATTAATATTTCA-
* * *
26214 AAAATTAATAAG-A-A-ATTTTAAAAAAATCTATTTA-CAAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTA
436 AAACTTAATAAGAAGAGATTTAAAAAAAATC-ATTTACCAAAA-AAGTTCAAATAATTATGACTA
* * *
26275 TTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGT
499 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTATTTTATCATAAAACAAATGTTTT-GT
* ** * *
26340 ACATAAAAGTTTTTTCAAAATAAAATAATATTGCTTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTTAG
562 ACATAAAAGTTTTTT-GAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-TAAAATTAAGAAGTAAG
** * ** * ** *
26405 AGTTTTAAAAAAT-AAATCAGTTTA-TCAAATTA-TTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTA
625 AAATTTAAAAAATAAAAT-TGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTA
* *
26467 TCTATTTCAAATCG
688 TATATTTCAAATCA
* * * *
26481 TTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTTGGAATAAAA
1 TTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATAAAATCTTATTTGGAATAAAA
* *
26545 TAATACTAATTTA-CTAATATTTCAAACATTAAT-A--AAAGATTTAAAAAATTAATCTATTTAC
65 TAATACTAATTTATC-AATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-C
* * * ** *
26606 TGAACC-GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTTTTAT-AACCTTTT
127 T-AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGAA-CATTT
* * * * * * *
26669 GTTATCTCATAAAACAATTATTTCTATTCACACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATATA
190 GTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTTGAAATAAAATAATACT-ATTTA
* * * *
26734 ATAATATTCTAAAAATTAGTAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTAGTTTAA
254 TTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAC-A-ATTAA
* * * * * *
26799 ATATTTAAGGCTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTTGTAAAA
313 ATAATT-AGACTATTTGAACAATTATCTA-TTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTG-TCTAAAA
* * * ** *
26864 CAAATTTTTCATTTCTTAGTAA-CTTATTTGGAATAAAGTAAAACAAATTTATTAATATTTCAAA
375 CAAAATTTTCATTT-ATA-CAAGCTTATTTCAAATAAAGTAATACAAATTTATTAATATTTCAAA
* * **
26928 ACTTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAACAATTCAGTTTGCCTAACCAGTTCAAATAATTATGACTA
438 ACTTAATAAG-AAGAGATTTAAAAAA-AA-TCA-TTTACCAAAAAAGTTCAAATAATTATGACTA
* *
26993 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGTTCTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGCTTTTGT
499 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACTTTTATTTTATCATAAAACAAATG-TTTTGT
* * *
27058 ACATATAAGTTTGTTTGGAATAAAACAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAGAAGTAAG
562 ACATAAAAGTTT-TTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTT-AAAATTAAGAAGTAAG
* *
27123 AAATTTAAAAAAGTAAAATTGTTTACTAAACCAGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAATAATTAT
625 AAATTTAAAAAA-TAAAATTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTAT
*
27188 TTATTTCAAATCA
689 ATATTTCAAATCA
* * * * * * * * * * *** *
27201 TTATGACCATTTGTATTGCCATAAAATAATTATTTCTGTTTATATATTCTTATTCAAAATAAAGT
1 TTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAATCTTATTTGGAATAAAAT
** *
27266 AATACTAATTTATCAATATTTTGAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATGAAT-TAATTGGTC
66 AATACTAATTTATCAATATTTAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCT-ATT--TC
* * *
27330 TTACCAGTGCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGAACATTTGT
127 TAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGAACATTTGT
* * * * * *
27395 TTTATCACAAAATAATTGTTTCT-GTCTGTACTAGATTATTTGAAATAATATAATTCTATGTTAT
192 TTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTC-ATACAAGATTATTTGAAATAAAATAATACTAT-TTAT
* *
27459 TAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTATTGAACAAATATAAATAAT
255 TAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAC-AAT-TAAATAAT
* * *
27524 TATGACTATTTGAATAATTATCTACTTCTAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCCTAAAACAAAA
318 TA-GACTATTTGAACAATTATCTA-TTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGT-CTAAAACAAAA
* *
27589 TTTTCTATTTATACAAGCTTATTTCAAATAAAATTATACAAATTTATTAATA-TTCAAACAAC-T
380 TTTTC-ATTTATACAAGCTTATTTCAAATAAAGTAATACAAATTTATTAATATTTC-AA-AACTT
* *
27652 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATCAAAAAAGTTTAAATAATTATGACTATTTG
442 AATAAG-AAGAGATTT-AAAAA-AAATC-ATTTACCAAAAAAGTTCAAATAATTATGACTATTTG
* **
27717 AACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTT
503 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTT
27750 TGTTTTCTCA
Statistics
Matches: 1580, Mismatches: 290, Indels: 219
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
703 2 0.00
704 107 0.07
705 23 0.01
707 6 0.00
708 11 0.01
709 137 0.09
710 147 0.09
711 27 0.02
712 93 0.06
713 16 0.01
714 90 0.06
715 15 0.01
716 25 0.02
717 11 0.01
718 144 0.09
719 41 0.03
720 309 0.20
721 24 0.02
722 202 0.13
723 39 0.02
724 108 0.07
725 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (701 bp):
TTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAATCTTATTTGGAATAAAAT
AATACTAATTTATCAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTCTAAC
CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGAACATTTGTTTTA
TCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTTGAAATAAAATAATACTATTTATTAATAT
TTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAATTAAATAATTAGACTAT
TTGAACAATTATCTATTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCTAAAACAAAATTTTCATTTAT
ACAAGCTTATTTCAAATAAAGTAATACAAATTTATTAATATTTCAAAACTTAATAAGAAGAGATT
TAAAAAAAATCATTTACCAAAAAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
ATCATTATGACTTTTATTTTATCATAAAACAAATGTTTTGTACATAAAAGTTTTTTGAAATAAAA
TAATATTAATTTATTAATATTTTAAAATTAAGAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAAATTGTTTACT
AAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCA
Found at i:27755 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 25050--27769 Score: 2031
Period size: 181 Copynumber: 15.2 Consensus size: 181
25040 AACAAAATTG
* * * * * * *
25050 TTATGACTTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGCTTA-TTCGGATTAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAA
* ** * * *
25114 TAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAACAAGTGAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
65 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * * *
25178 -CTAAACAAGTTCAAATAGTCAAGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAA
129 TC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * * *
25231 TTGTAACCTTCTATTTTGT-ACTAAAATAATTTTTTC-AGTTAACATAAGCTTATTTGAAATAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAA
* ** * * * *
25294 ATAGCT-CTAATTTATTAATATACCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATTTGTTT
64 ATA-ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
* * * * * * *
25358 ACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAATAATTATCTGTTTCAAAACA
128 ATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* *** * * * *
25412 TTATAATGATTTGTTTTGTCATAAAATAATTAGTTT-TGTTCATGCAAGCTTATTTCGAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAA
* * * * * * *
25476 TAATA-TAAATTTATTAAAACTCCAAAAATTAATAAATAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTT
65 TAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
** *
25539 TTGAACACA-TT-GAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
129 TCAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
** * *
25591 TTATGACAATTTGTTTTTTCAT-AAACTAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAA
* * * * *
25654 ATAATATTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAATAATAAATTTGTTTA
64 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * * * *
25719 CCGAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAACTATATATTTCAAATCT
129 TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * **
25772 TTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCACACAAGTTTATTTGGAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAAT
* * * *
25837 AATACTAATTTATTATTA-TTCTAAAAATTAATAAGTTAGATATTTAAAATATAAATCTGTTTAT
66 AATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT
* * * * * ** * *
25901 CGAACAAGTTTAAATAGTCATGTCTATTTGAGCTGTTATTTATTTCAAATCG
130 CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * **
25953 TTATGACATTTTGTTTTATTATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTT-AGAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAA
* * * *
26017 TAATACCAATTTATTACTATTTCAAAAA-T--TAA-TAAG-GATTT-AAAAATAAATGTGCTTTC
65 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG-TTTA
* * * * *
26076 TGAAGC-A-TTCAAATAGTTA-AACTATTTGAACAATTATCTATTCCAAATTA
129 TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * *
26126 TTTTGATCTTTTGTTTAGTCAAAAAATAATTGCTTC-AGTTCATACATGCTTA-TTCGAAATATA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAA
* * * * *
26189 GTAATAATAATTTATTAAAATTT-AGAAAATTAATAAG--A-A-ATTT-TAAAA-AAATCTATTT
64 ATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
* * *
26247 A-CAAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCA
128 ATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
26301 TTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTT-TAGTACATAAAAG-TTTTTTCAAAATAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAA
* ** * * * *
26364 ATAATATTGCTTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTTAGAGTTTTAAAAAATAAATCAGTTTA
64 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
** * * * * *
26429 TCAAATTA-TTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCG
129 TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * **
26481 TTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTTGGAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAA
* * * *
26545 TAATACTAATTTACTAATATTTCAAACATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAATTAATCTATTTA-
65 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT
* * * * **
26605 CTGAAC-CGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTT
130 C-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
26657 TTATAACCTTTTGTTATCTCATAAAACAATTATTTCTATTCACACAAGTTTATTTGAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAAT
* * * * *
26722 AATACTAATATAATAATA-TTCTAAAAATTAGTAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-
66 AATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT
* * * * * * * * * *
26785 CTGAACTAGTTTAAATATTTAAGGCTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCG
130 C-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* ** * * **
26838 TTATAACCTTTTGTTTTGTTGTAAAACAAATT-TTTC-ATTTCTTAGTAA-CTTATTTGGAATAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTA-TTCATA-CAAGCTTATTTCAAATAA
* * * * * * * *
26900 AGTAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAACTTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAACAATTCAGTTT
63 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
** * * *
26965 GCCTAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
128 ATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
** * * * * * * * **
27019 TTATGTTCTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGCTTT-TGTACATATAAGTTTGTTTGGAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAA
* * ** * *
27083 CAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAGAAGTAAGAAATTTAAAAAAGTAAAAT-TGTTT
65 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-T-AAATCTGTTT
* * * * *
27147 A-CTAAACCAGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCA
128 ATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * ** *
27201 TTATGACCATTTGTATTGCCATAAAATAATTATTTCTGTTTATATATTCTTA-TTCAAAATAAAG
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAA
* ** * * * **
27265 TAATACTAATTTATCAATATTT-TGAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATGAAT-TAATTGG
65 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTA
** * * * * *
27328 TCTTACCAGTGCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAATCA
129 TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * * * *
27381 TTATGAACATTTGTTTTATCACAAAATAATTGTTTCT-GTCTGTACTAGATTATTTGAAATAATA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC-ATACAAGCTTATTTCAAATAAAA
* * *
27445 TAATTCT-ATGTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTA
65 TAATACTAAT-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
** * * * * * *
27505 TTGAACAAATAT-AAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTACTTCTAATCG
129 TCAAACAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
27558 CTATAACCTTTTGTTTTGTCCTAAAACAAAAT-TTTCTATTTATACAAGCTTATTTCAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAA
* * * **
27622 TTATACAAATTTATTAATA-TTCAAACAACTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTA
65 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * * **
27686 TCAAAAAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTG
129 TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * *
27739 TTATGACTTTTTGTTTTCTCATGACACAATT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
27770 TAATATCTAT
Statistics
Matches: 1997, Mismatches: 451, Indels: 183
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
172 9 0.00
173 94 0.05
174 34 0.02
175 118 0.06
176 154 0.08
177 125 0.06
178 24 0.01
179 124 0.06
180 328 0.16
181 845 0.42
182 139 0.07
183 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAAT
AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC
AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
Found at i:28234 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 28218--28242 Score: 50
Period size: 13 Copynumber: 1.9 Consensus size: 13
28208 TTGTTATGTA
28218 ATATAATTATATT
1 ATATAATTATATT
28231 ATATAATTATAT
1 ATATAATTATAT
28243 AAATTTATAA
Statistics
Matches: 12, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 12 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (13 bp):
ATATAATTATATT
Found at i:28543 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 28503--28552 Score: 61
Period size: 14 Copynumber: 3.2 Consensus size: 16
28493 ATCTATACAG
28503 TTATAATTAA-TTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
28518 TTA-AA-TAATTTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
28532 TTATCAATTAATTTATAA
1 TTAT-AATTAATTT-TAA
28550 TTA
1 TTA
28553 ATAAAAACTA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 7
0.81 0.00 0.19
Matches are distributed among these distances:
13 3 0.10
14 10 0.33
15 3 0.10
16 2 0.07
17 6 0.20
18 6 0.20
ACGTcount: A:0.46, C:0.02, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (16 bp):
TTATAATTAATTTTAA
Found at i:28707 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 28678--28744 Score: 73
Period size: 26 Copynumber: 2.5 Consensus size: 26
28668 AATACTTATA
28678 ATTTATTATTAATTATCTGAA-TATTG
1 ATTT-TTATTAATTATCTGAATTATTG
* * * *
28704 ATTTTAATTTAAATATTTTAATTATTG
1 ATTTTTA-TTAATTATCTGAATTATTG
28731 ATTTTTATTAATTA
1 ATTTTTATTAATTA
28745 ATAGATATCT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 6, Indels: 4
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
25 2 0.06
26 20 0.61
27 11 0.33
ACGTcount: A:0.36, C:0.01, G:0.04, T:0.58
Consensus pattern (26 bp):
ATTTTTATTAATTATCTGAATTATTG
Found at i:28709 original size:27 final size:29
Alignment explanation
Indices: 28679--28746 Score: 70
Period size: 27 Copynumber: 2.4 Consensus size: 29
28669 ATACTTATAA
28679 TTTATTATTAATTATCTGAA-TATTGA-T
1 TTTATTATTAATTATCTGAATTATTGATT
* * * *
28706 TTTAAT-TTAAATATTTTAATTATTGATT
1 TTTATTATTAATTATCTGAATTATTGATT
28734 TTTATTAATTAAT
1 TTTATT-ATTAAT
28747 AGATATCTAA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 6, Indels: 5
0.74 0.14 0.12
Matches are distributed among these distances:
26 10 0.32
27 11 0.35
28 6 0.19
30 4 0.13
ACGTcount: A:0.35, C:0.01, G:0.04, T:0.59
Consensus pattern (29 bp):
TTTATTATTAATTATCTGAATTATTGATT
Found at i:28912 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 28872--28956 Score: 170
Period size: 35 Copynumber: 2.4 Consensus size: 35
28862 AAATAAAAGG
28872 TCATAATTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAA
1 TCATAATTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAA
28907 TCATAATTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAA
1 TCATAATTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAA
28942 TCATAATTATTTGAA
1 TCATAATTATTTGAA
28957 CTGGTTAGGT
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
35 50 1.00
ACGTcount: A:0.49, C:0.06, G:0.04, T:0.41
Consensus pattern (35 bp):
TCATAATTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAA
Found at i:29702 original size:182 final size:177
Alignment explanation
Indices: 28909--29752 Score: 503
Period size: 182 Copynumber: 4.6 Consensus size: 177
28899 TCAAATAATC
* * * * * * * *
28909 ATAATTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAGCATA
1 ATAATGATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GATCGGTAAACA-A
* *
28974 ATTATTTGTTAAA--TC-T-CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATT-CATTTTATTTTATT
64 ATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTTGAAATATTAATAAATTAC-TATTATTTTA-T
* ** * * *
29033 CTAAATAAGCTAGTATGAATTGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATC
127 -TAAA-AAGCTTGTATG-ATAAAAAACAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTA
** * * * * * * ** *
29086 ATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTAAACTAGTTTAGCAAACGAA
1 ATAATGATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GATCGGTAAAC-AA
* * * * * * * *
29151 TTTAATTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA--TTTTCAGAGTATTATTAGATTAGTATTATTTTATT
64 ATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTTGA-AATATTAATAAATTACTATTATTTTA-T
* ** * *
29214 TCGAATAAGCTTGTATGA-ACATGAATAATTGTT-TAATGACAGAACAAAAAAGGTTTAAGTTTT
127 T--AAAAAGCTTGTATGATA-AAAAACAATTGTTAT-ATGACA-AA-ACAAAA-G-----G---T
29277 AA
177 -A
* * * * * * * *
29279 ATAACTGATTT-AAACTATACATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACGGGTTCGATAAATA
1 ATAA-TGATTTCAAA-TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATCGGTAAACA
* * * *
29343 AATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAACTGTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
63 AA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTAT
* * *
29408 TATAAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAATGTA
127 TAAAAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTA
* * * * * * *
29459 ATATTGATTTCAAATAGATAATTGTTGAAATAGCCATAATTATTTGAACTAATTTGGTAAACATA
1 ATAATGATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TCGGTAAACA-A
* *
29524 ATCATTTTTTAAATCGCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTTATT
64 ATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTTGAAATATTAATAAATTACTATTA-TTTTA--
** * * * * *
29588 TTAAATAAGCTTGTATGA-ACTGAACCAATTGTTTTTTGTCAAAACAAAAGGTC
126 TTAAA-AAGCTTGTATGATA-AAAAACAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTA
* *
29641 ATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGATCGGTAAACAGA
1 ATAATGATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATCGGTAAACA-A
* * * * * *
29706 TTTATTTTTTCATATCTTTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAA
64 ATTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAACTTTTTGAAATATTAATAA
29753 TTAAAAATTT
Statistics
Matches: 512, Mismatches: 112, Indels: 80
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
177 58 0.11
178 26 0.05
179 72 0.14
180 20 0.04
181 58 0.11
182 100 0.20
183 31 0.06
184 8 0.02
190 5 0.01
191 2 0.00
192 29 0.06
193 11 0.02
194 66 0.13
195 22 0.04
196 4 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
ATAATGATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATCGGTAAACAAAT
TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTAAA
AAGCTTGTATGATAAAAAACAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTA
Found at i:29788 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 29751--29793 Score: 52
Period size: 14 Copynumber: 3.0 Consensus size: 14
29741 GAATGTTAAT
29751 AATTAAAA-ATTTTA
1 AATTAAAATA-TTTA
*
29765 AATTTTAAATATTTA
1 AA-TTAAAATATTTA
29780 AATTAAAATATTTA
1 AATTAAAATATTTA
29794 GTTTTTATTA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 4
0.81 0.06 0.13
Matches are distributed among these distances:
14 13 0.52
15 11 0.44
16 1 0.04
ACGTcount: A:0.53, C:0.00, G:0.00, T:0.47
Consensus pattern (14 bp):
AATTAAAATATTTA
Found at i:30371 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 30067--30666 Score: 569
Period size: 181 Copynumber: 3.4 Consensus size: 177
30057 AGCAATGACT
* * ** * * * *
30067 ATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATTGTTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTAG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAG
***
30132 TTCATACAGGCTTATTCAAAATAAAATAAA-ACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAACCA
66 TTCAT-CAAAATTATTCAAAATAAAA-AAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA--A
* * * *
30196 AGTGATTTAAAAAGTTAATTTGTTTATCAAATCAGTTCAAATAGTTATGTCC
127 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CAAATCAGTTCAAATAGTTATGTCC
* * * *
30248 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTGCTT-TCATAAAACAATTCTTTTT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGT-TTTATCATAAAACAATTGTTTTA
*
30312 GTTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAAAAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTA
65 GTTCAT-CAAAATTATTCAAAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA--A
*
30377 AGAGATTTGAAAAAAATAAATCTGTTTACTAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGAT-T
127 AGAGATTT--AAAAAATAAATCTGTTTAC-AAATC-AGTTCAAATAGTTATG-TCC
* ** * *
30431 ATTTGAGCAATTATCTATTTAAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAG
* * *
30496 -T-AT-AAAAGCTTATGCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATT-TCAAAAATTAAT--AA
66 TTCATCAAAA--TTATTCAAAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAAA
* * * * * * *
30555 GAGATATAAAAAATAAATCAGCTTACCAAATTAGATCAAATAATTATGGCC
128 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CAAATCAGTTCAAATAGTTATGTCC
* * * * *
30606 --TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTG-CCTTTCGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTA-TGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTT
30667 CCAACATACA
Statistics
Matches: 350, Mismatches: 54, Indels: 38
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
173 48 0.14
174 2 0.01
175 33 0.09
176 1 0.00
177 8 0.02
179 4 0.01
180 4 0.01
181 155 0.44
182 7 0.02
183 87 0.25
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAG
TTCATCAAAATTATTCAAAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAAAGAG
ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACAAATCAGTTCAAATAGTTATGTCC
Found at i:31724 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 31269--31852 Score: 538
Period size: 181 Copynumber: 3.2 Consensus size: 179
31259 GGTATTTAAC
* * * * ** * *
31269 ATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTAAAAAACATAAATCA-GTTTACTGAACAAGTTAAAATT
1 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAAAT-ATGTTTACCAAACTAGTTAAAATA
* * * * * *
31333 GTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCATCATGACCTTTTATTTTATCATAAAATAA
64 GTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGAACTTTT-GTTTGTCATAAACTAA
* ** * * * *
31398 TTG--TTTCAGTGCGCAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTACTTATTAAT
128 TTGTTTTTTA-T-CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTATTTAATAAT
* * * * * * *
31450 ATTTCAAAAATTGATAAGTTAGGGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATCAAATTAGTTCAAATAA
1 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTACCAAACTAGTTAAAATAG
* * * *
31514 TTAT-AGCCATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTCGTCATAAACTAA
65 TTATGA-CTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTT-GTCATAAACTAA
* * * * *
31578 TTGTTTTTTATCATACAAGCCTATTCGGATTAAAATAAAACTAATTTACTAAT
128 TTGTTTTTTATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-ATTTAATAAT
* *
31631 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGTTTAAATAGT
1 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGTTAAAATAGT
* *
31696 TATGACTATTTGAACAGTTATATATTTCAAATTATTAT-AACCTTTTGTTATGTCATAAAAC-AA
66 TATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTT-TGTCAT-AAACTAA
* * **
31759 TTATTTCTTT-TCATACAAGTTTATTAAAAATAAAATAATACTATTGTAATAAT
128 TTGTTT-TTTATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTATT-TAATAAT
* *
31812 A-TTCTAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATTAAATA
1 ATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-TAAATA
31853 AATTAGAATA
Statistics
Matches: 325, Mismatches: 62, Indels: 31
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
179 4 0.01
180 103 0.32
181 198 0.61
182 20 0.06
ACGTcount: A:0.45, C:0.09, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (179 bp):
ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGTTAAAATAGT
TATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTGTCATAAACTAATTG
TTTTTTATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTATTTAATAAT
Found at i:32072 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 32021--32084 Score: 73
Period size: 24 Copynumber: 2.8 Consensus size: 24
32011 GATTTTTACT
*
32021 TAATTATTATTATA-T-ATTTATA
1 TAATTAATATTATATTAATTTATA
32043 TAATTAATATTATATTAATTTATA
1 TAATTAATATTATATTAATTTATA
32067 -ATATTAATAATTA-ATTAA
1 TA-ATTAAT-ATTATATTAA
32085 AAACCAATTA
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 1, Indels: 6
0.84 0.02 0.14
Matches are distributed among these distances:
22 13 0.35
23 2 0.05
24 18 0.49
25 4 0.11
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.00, T:0.53
Consensus pattern (24 bp):
TAATTAATATTATATTAATTTATA
Found at i:33480 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 33439--33489 Score: 77
Period size: 26 Copynumber: 2.0 Consensus size: 25
33429 AATATATATT
33439 TAGTTTTACTCTTAG-TTTTCCACA
1 TAGTTTTACTCTTAGTTTTTCCACA
*
33463 TAGTTTTATTTCTTAGTTTTTCCACA
1 TAGTTTTA-CTCTTAGTTTTTCCACA
33489 T
1 T
33490 GGTATGAGAG
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 2
0.89 0.04 0.07
Matches are distributed among these distances:
24 8 0.33
25 6 0.25
26 10 0.42
ACGTcount: A:0.20, C:0.18, G:0.08, T:0.55
Consensus pattern (25 bp):
TAGTTTTACTCTTAGTTTTTCCACA
Found at i:33868 original size:279 final size:281
Alignment explanation
Indices: 33405--33958 Score: 927
Period size: 279 Copynumber: 2.0 Consensus size: 281
33395 GATAATATTG
* *
33405 ATAATTCCTTACGAGCAGTTTTTCAATATATATTTAGTTTTACTCTTAGTTTTCCACATAGTTTT
1 ATAATTCCTTACGAGCAGTTTTTCAATATATATTTAGTTTTACTCTTAGTTTTCCACACAATTTT
33470 ATTTCTTAGTTTTTCCACATGGTATGAGAGCCAGGACTTTCTTTCTGTTGCCCTTTCCTAATTTG
66 ATTTCTTAGTTTTTCCACATGGTATGAGAGCCAGGACTTTCTTTCTGTTGCCCTTTCCTAATTTG
*
33535 TCAGGTGGAAGGCTTCTTGCCTCTTCACCTACACGTGATAAGGGCCTATTAAAAGTTTAAATAAC
131 TCACGTGGAAGGCTTCTTGCCTCTTCACCTACACGTGATAAGGGCCTATTAAAAGTTTAAATAAC
33600 TAATATTATATCTAAAAATTATTT-A-ATTTTTATTTTAATATTAATAATTTAATAAGTTTATTA
196 TAATATTATATCTAAAAATTATTTAATATTTTTATTTTAATATTAATAATTTAATAAGTTTATTA
33663 TACAAGCACATAATTGCTTGT
261 TACAAGCACATAATTGCTTGT
* *
33684 ATAATTCTTTATGAGCAGTTTTTCAATATATATTTAGTTTTACTCTTAGTTTTCCACACAATTTT
1 ATAATTCCTTACGAGCAGTTTTTCAATATATATTTAGTTTTACTCTTAGTTTTCCACACAATTTT
*
33749 ATTTCTTAGTTTTTCCACATGGTATGAGAGCCATGACTTTCTTT-TCGTTGCCCTTTCCTAATTT
66 ATTTCTTAGTTTTTCCACATGGTATGAGAGCCAGGACTTTCTTTCT-GTTGCCCTTTCCTAATTT
* * * *
33813 GTCACGTGGAAGGCTTCTTTCCTTTTCACCTACATGTGATAA-GGCCTTGTTAAAAGTTTAAATA
130 GTCACGTGGAAGGCTTCTTGCCTCTTCACCTACACGTGATAAGGGCC-TATTAAAAGTTTAAATA
*
33877 ACTAATATTATATCTAAAAATTATTTAATTTTTATTTTTATTTTAATATTAATAATTTAATAATT
194 ACTAATATTATATCTAAAAATTATTTAA----TATTTTTATTTTAATATTAATAATTTAATAAGT
33942 TTATTATACAAGCACAT
255 TTATTATACAAGCACAT
33959 TAGGTTTATA
Statistics
Matches: 256, Mismatches: 11, Indels: 10
0.92 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
278 5 0.02
279 202 0.79
280 1 0.00
285 48 0.19
ACGTcount: A:0.29, C:0.15, G:0.11, T:0.45
Consensus pattern (281 bp):
ATAATTCCTTACGAGCAGTTTTTCAATATATATTTAGTTTTACTCTTAGTTTTCCACACAATTTT
ATTTCTTAGTTTTTCCACATGGTATGAGAGCCAGGACTTTCTTTCTGTTGCCCTTTCCTAATTTG
TCACGTGGAAGGCTTCTTGCCTCTTCACCTACACGTGATAAGGGCCTATTAAAAGTTTAAATAAC
TAATATTATATCTAAAAATTATTTAATATTTTTATTTTAATATTAATAATTTAATAAGTTTATTA
TACAAGCACATAATTGCTTGT
Found at i:34081 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 34056--34099 Score: 70
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
34046 ACTTTTTGTC
*
34056 CTTAATTCTAGGGATACAAATA
1 CTTAATTCTAGAGATACAAATA
*
34078 CTTAATTCTAGAGATATAAATA
1 CTTAATTCTAGAGATACAAATA
34100 TAAATATACA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 20 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.11, T:0.34
Consensus pattern (22 bp):
CTTAATTCTAGAGATACAAATA
Found at i:34500 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 34445--34510 Score: 57
Period size: 21 Copynumber: 3.2 Consensus size: 21
34435 AAGGTAGGTT
* *
34445 TAATAACCAATAATTCACATA
1 TAATAACTAATAATTCAAATA
*
34466 TAATTA-TAATTAATT-AAATTA
1 TAATAACTAA-TAATTCAAA-TA
*
34487 TAATAACTAATAATTCTAAT-
1 TAATAACTAATAATTCAAATA
34507 TAAT
1 TAAT
34511 TAATATTCCA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 5, Indels: 9
0.72 0.10 0.18
Matches are distributed among these distances:
20 8 0.22
21 23 0.64
22 5 0.14
ACGTcount: A:0.52, C:0.09, G:0.00, T:0.39
Consensus pattern (21 bp):
TAATAACTAATAATTCAAATA
Found at i:34529 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 34465--34530 Score: 80
Period size: 31 Copynumber: 2.1 Consensus size: 31
34455 TAATTCACAT
*
34465 ATAATTATAATTAATTAAATTATAATAACTA
1 ATAATTATAATTAATTAAATTACAATAACTA
* * *
34496 ATAATTCTAATTAATTAATATTCCAA-AATTA
1 ATAATTATAATTAATTAA-ATTACAATAACTA
34527 ATAA
1 ATAA
34531 GTAAAAGATT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 4, Indels: 2
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
31 25 0.83
32 5 0.17
ACGTcount: A:0.53, C:0.06, G:0.00, T:0.41
Consensus pattern (31 bp):
ATAATTATAATTAATTAAATTACAATAACTA
Found at i:34825 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 34495--34831 Score: 439
Period size: 181 Copynumber: 1.9 Consensus size: 181
34485 TATAATAACT
* * * *
34495 AATAATTCTAATTAATTAATATTCCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTT
1 AATAATACTAATTAATTAACATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATTAGTTT
* * * ** *
34560 ACAGAGTGAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTT
66 ACAGAATCAGTTCAAATAGTCATGATCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTT
* *
34625 TGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAA
131 TATTTTGTTACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAA
** *
34676 AATAATACTAA-TATATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTT-AAAAAATTAATTAGT
1 AATAATACTAATTA-ATTAACATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATTAGT
* * *
34739 TTACCGAATCAGTTCAAATAGTCATG-TCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-C
64 TTACAGAATCAGTTCAAATAGTCATGAT-CATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATC
*
34802 ATTTTATTTTGTTGCAAAACAATTGTTTCT
128 -TTTTATTTTGTTACAAAACAATTGTTTCT
34832 TATCGATCAA
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 19, Indels: 8
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
180 4 0.03
181 109 0.82
182 20 0.15
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
AATAATACTAATTAATTAACATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATTAGTTT
ACAGAATCAGTTCAAATAGTCATGATCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTT
TATTTTGTTACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAA
Found at i:35436 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 35398--35444 Score: 51
Period size: 21 Copynumber: 2.2 Consensus size: 21
35388 AATATTTAAC
35398 AAATATTTTAATAATTATTATT
1 AAATATTTTAATAATTA-TATT
* *
35420 AAATA-TTTACTAGTTATATT
1 AAATATTTTAATAATTATATT
*
35440 TAATA
1 AAATA
35445 CTATAATATA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 3, Indels: 2
0.81 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
20 8 0.36
21 9 0.41
22 5 0.23
ACGTcount: A:0.45, C:0.02, G:0.02, T:0.51
Consensus pattern (21 bp):
AAATATTTTAATAATTATATT
Found at i:35585 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 35543--35595 Score: 56
Period size: 17 Copynumber: 3.1 Consensus size: 17
35533 GAATAATTGT
35543 TATAATTAA--ATAATAA
1 TATAATTAATTATAAT-A
*
35559 TCTAATTTAATTATAATA
1 TATAA-TTAATTATAATA
*
35577 TATAATTAATTAAAATA
1 TATAATTAATTATAATA
35594 TA
1 TA
35596 ATATAAATAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 3, Indels: 5
0.79 0.08 0.13
Matches are distributed among these distances:
16 4 0.13
17 17 0.55
18 5 0.16
19 5 0.16
ACGTcount: A:0.55, C:0.02, G:0.00, T:0.43
Consensus pattern (17 bp):
TATAATTAATTATAATA
Found at i:35586 original size:22 final size:23
Alignment explanation
Indices: 35545--35600 Score: 73
Period size: 22 Copynumber: 2.6 Consensus size: 23
35535 ATAATTGTTA
35545 TAATTA-AATA-ATAATCTAATT
1 TAATTATAATATATAATCTAATT
35566 TAATTATAATATATAAT-TAATT
1 TAATTATAATATATAATCTAATT
* *
35588 AAAATATAATATA
1 TAATTATAATATA
35601 AATATTTAAA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 3
0.86 0.06 0.08
Matches are distributed among these distances:
21 6 0.19
22 20 0.65
23 5 0.16
ACGTcount: A:0.55, C:0.02, G:0.00, T:0.43
Consensus pattern (23 bp):
TAATTATAATATATAATCTAATT
Found at i:35747 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 35731--35755 Score: 50
Period size: 13 Copynumber: 1.9 Consensus size: 13
35721 AATACAAATA
35731 AATCTAATTATTT
1 AATCTAATTATTT
35744 AATCTAATTATT
1 AATCTAATTATT
35756 AATAAAGTAT
Statistics
Matches: 12, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 12 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (13 bp):
AATCTAATTATTT
Found at i:37651 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 37629--37677 Score: 59
Period size: 19 Copynumber: 2.5 Consensus size: 20
37619 TATTGGTTAA
37629 AATATATTATATAATT-TA-T
1 AATATATTA-ATAATTATATT
37648 AATATAATTAATAATTATATT
1 AATAT-ATTAATAATTATATT
37669 AATA-ATTAA
1 AATATATTAA
37678 AAATATTATT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 6
0.82 0.00 0.18
Matches are distributed among these distances:
19 16 0.59
20 6 0.22
21 5 0.19
ACGTcount: A:0.53, C:0.00, G:0.00, T:0.47
Consensus pattern (20 bp):
AATATATTAATAATTATATT
Found at i:37654 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 37637--37674 Score: 51
Period size: 12 Copynumber: 3.2 Consensus size: 12
37627 AAAATATATT
*
37637 ATATAATTTATA
1 ATATAATTAATA
37649 ATATAATTAATA
1 ATATAATTAATA
37661 AT-TATATTAATA
1 ATATA-ATTAATA
37673 AT
1 AT
37675 TAAAAATATT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 2
0.89 0.04 0.07
Matches are distributed among these distances:
11 2 0.08
12 22 0.92
ACGTcount: A:0.53, C:0.00, G:0.00, T:0.47
Consensus pattern (12 bp):
ATATAATTAATA
Found at i:38026 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 37979--38033 Score: 56
Period size: 22 Copynumber: 2.5 Consensus size: 21
37969 TGTTTATCAT
*
37979 TATTAATAGTTAATAATTCTA
1 TATTAATAGTTAATAATTATA
* * *
38000 AATTAATATTATAATCATTATA
1 TATTAATAGT-TAATAATTATA
38022 TATTAAATAGTT
1 TATT-AATAGTT
38034 TTGTTATCAA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 6, Indels: 3
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
21 8 0.31
22 13 0.50
23 5 0.19
ACGTcount: A:0.45, C:0.04, G:0.04, T:0.47
Consensus pattern (21 bp):
TATTAATAGTTAATAATTATA
Found at i:38926 original size:10 final size:11
Alignment explanation
Indices: 38905--38944 Score: 50
Period size: 10 Copynumber: 3.9 Consensus size: 11
38895 ATGTTTAACA
*
38905 TAATTCATAAT
1 TAATTAATAAT
38916 TAATT-ATAAT
1 TAATTAATAAT
38926 TAATTAATAA-
1 TAATTAATAAT
38936 T-ATTAATAA
1 TAATTAATAA
38945 ATAAATTATT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 4
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
9 8 0.29
10 11 0.39
11 9 0.32
ACGTcount: A:0.53, C:0.03, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (11 bp):
TAATTAATAAT
Found at i:38942 original size:13 final size:12
Alignment explanation
Indices: 38913--38965 Score: 56
Period size: 13 Copynumber: 4.4 Consensus size: 12
38903 CATAATTCAT
38913 AATTAATT-AT-
1 AATTAATTAATA
38923 AATTAATTAATA
1 AATTAATTAATA
*
38935 ATATTAATAAATA
1 A-ATTAATTAATA
*
38948 AATTATTTATATA
1 AATTAATTA-ATA
38961 AATTA
1 AATTA
38966 TTTGATAATT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 3, Indels: 5
0.82 0.07 0.11
Matches are distributed among these distances:
10 8 0.22
11 2 0.06
12 7 0.19
13 19 0.53
ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (12 bp):
AATTAATTAATA
Found at i:40064 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 40034--40077 Score: 67
Period size: 16 Copynumber: 2.6 Consensus size: 18
40024 AATTATAGTT
40034 ATATTATTAATAATAATA
1 ATATTATTAATAATAATA
40052 ATATTATT--TAATAATA
1 ATATTATTAATAATAATA
40068 ATATT-TTAAT
1 ATATTATTAAT
40078 GTTATTATAA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 5
0.83 0.00 0.17
Matches are distributed among these distances:
15 2 0.08
16 13 0.54
17 1 0.04
18 8 0.33
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (18 bp):
ATATTATTAATAATAATA
Found at i:41241 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 40883--41497 Score: 560
Period size: 181 Copynumber: 3.4 Consensus size: 180
40873 TTTAGAAAAT
* * * * *
40883 AATTCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA-TAT
1 AATT-TATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTAT
* * * * * * * * * *
40947 TATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG-ATAAGATAAGTTTGTTAAAAATAAAAT
65 TATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTTTTGTTTATGCT-AGTTTATTTAGAATAAAAT
* * *
41011 AATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAA-ATAGTAAGAGATTTAAAAAGTA
129 AATACTAATTTAATAATATTTA-AAAATTAATA-AGTAAGAAAATTAAAAAGTA
* * *
41064 AATTTATTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
1 AATTTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATT
* * * * *
41129 ATAACCTTTTATTTTGTCATTAAATAATTGGTTCTGTTTATGCTATTTTATTTAGAATAAAATAA
66 ATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTTTTGTTTATGCTAGTTTATTTAGAATAAAATAA
* * ** *
41194 TATTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATA
131 TACTAATTTAATAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAAAATTAAAAAGTA
* * **** * * * * * * *
41245 AATCTAATTGTTGAACTAATTAAAATAGTTATGA-TGATATGAATGATTATCTATTTTAAATCAT
1 AATTTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTAT
* ** * * * * *
41309 TATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTGTTCGTACAAGCTTATTTTGATTAAAATA
65 TATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTTTTGTTTATGCTAGTTTATTTAGAATAAAATA
*
41373 ATACTAATTTAATAATATTTAAAAATTAATAAGTAAG-AAATTTAAAAGATA
130 ATACTAATTTAATAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAAAATTAAAAAG-TA
* * * * ** * *
41424 AATTTGTTTA-CAAATCAGTTCAAATGGTTAAGACTATTAAAATAATTATCTATTTAAAATTGTT
1 AATTTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATT
*
41488 CTGACCTTTT
66 ATGACCTTTT
41498 TGTTTAGTTA
Statistics
Matches: 343, Mismatches: 84, Indels: 17
0.77 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
178 55 0.16
179 23 0.07
180 94 0.27
181 165 0.48
182 6 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AATTTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATT
ATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTTTTGTTTATGCTAGTTTATTTAGAATAAAATAA
TACTAATTTAATAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAAAATTAAAAAGTA
Found at i:41536 original size:180 final size:177
Alignment explanation
Indices: 41003--41563 Score: 531
Period size: 181 Copynumber: 3.1 Consensus size: 177
40993 GTTTGTTAAA
* *
41003 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAA-ATAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTA-AAAATTAATA-AGTAAGAAATTTAAAAA-TAAAT
* * * * * *
41067 TTATTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATA
63 TTATTTA-CAAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTAGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATG
* * * * * * **
41132 ACCTTTTATTTTGTCATTAAATAATTGGTTCTGTTTATGCTATTTTATTTAG
127 ACCTTTTATTTTGTTAATAAACAATT-GTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAG
* * ** *
41184 AATAAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAG-AAATTTAAAAATAAAT-
* ** * * * * **
41249 TAATTGTTGAACT-AATTAAAATAGTTATGA-TGA-TATGAATGATTATCTATTTTAAATCATTA
63 TTATT-TACAAATCAATTCAAATAGTTATGACT-ATTA-GAATAATTATCTATTTAAAATTGTTA
* * * * *
41311 TGACCTTTTCTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTTGTTCGTACAAGCTTATTTTG
125 TGACCTTTTATTTTGTTAAT-AAACAATTGTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAG
*
41364 ATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAGATAAATTT
1 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAA-ATAAATTT
* * * * * *
41429 GTTTACAAATCAGTTCAAATGGTTAAGACTATTAAAATAATTATCTATTTAAAATTGTTCTGACC
65 ATTTACAAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTAGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACC
*
41494 TTTT-TGTTTAGTTAATAAACAATTGTTCTAGTTCACACAAGCTTATTTAG
130 TTTTAT-TTT-GTTAATAAACAATTGTTCT-GTTCATACAAGCTTATTTAG
* *
41544 AATAAATTAATAATAATTTA
1 AATAAAATAATACTAATTTA
41564 TTAGCATTCA
Statistics
Matches: 301, Mismatches: 63, Indels: 33
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
177 5 0.02
178 58 0.19
179 36 0.12
180 84 0.28
181 100 0.33
182 17 0.06
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAATAAATTTA
TTTACAAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTAGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCT
TTTATTTTGTTAATAAACAATTGTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAG
Found at i:42067 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 41604--42105 Score: 453
Period size: 181 Copynumber: 2.8 Consensus size: 178
41594 AAATTTGTTT
* * * * * * * * *
41604 ACCATTTGAACAATTTTCTATTTAAAATCATTCTAACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTATTC
1 ACCATTTAAACAATTATCAATCTCAAATCA-TATAACCTTTGGTTTTGTCATAAAACAATTATTT
** * * * * * *
41669 AAGTTAATACTAGCTTA-GAGGGAATAAAATAATACTAATTCATTAATATTTCCTAAAATAATAA
65 TTGATCATACAAGCTTATTA-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-C-AAAATAATAA
* * * *
41733 GTAAGAAATTT-AAAAATAAATTTGTTTACCGAATCAATTAAAATAATTATG
127 ATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACCAATTAAAATAATTATG
* * ** * * * * *
41784 GCCATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCATATAACCTTTGGTTTTGTCATAAAATATTTGTTTT
1 ACCATTTAAACAATTATCAATCTCAAATCATATAACCTTTGGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT
* * *
41849 TGATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATATTACTAATTTTTTAATATTTCAAAAATGAATAAAT
66 TGATCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAT-AATAAAT
* * * *
41914 AAGAGATTTAAAAAGATAAATATGTTTATCGAACCAGTTTAAATAGTTATG
129 AAGAGATTTAAAAA-ATAAATATGTTTACCGAACCAATTAAAATAATTATG
* *
41965 ACTATTTAAACAATTATCAATCTCAAATCAT-TAAGATCTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTATT
1 ACCATTTAAACAATTATCAATCTCAAATCATAT-A-ACCTTTGGTTTTGTCATAAAACAATTATT
* ** * *
42028 TCTT-ATCATAGAAGCTTATTCAGTTA-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAT--TTA
64 T-TTGATCATACAAGCTTATT-AGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATAATAA
42089 ATAAGAGATTTAAAAAA
127 ATAAGAGATTTAAAAAA
42106 AAAAATTTCC
Statistics
Matches: 263, Mismatches: 51, Indels: 20
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 1 0.00
177 18 0.07
178 6 0.02
179 80 0.30
180 35 0.13
181 114 0.43
182 9 0.03
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (178 bp):
ACCATTTAAACAATTATCAATCTCAAATCATATAACCTTTGGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT
TGATCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATAATAAATAA
GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACCAATTAAAATAATTATG
Found at i:43949 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 43922--43991 Score: 77
Period size: 22 Copynumber: 3.2 Consensus size: 21
43912 TATAGAATTA
*
43922 ATTAATAATAACTAATATTGAT
1 ATTAATAATAA-TAATATTAAT
*
43944 ATTAATAATAAATACTATTAAT
1 ATTAATAAT-AATAATATTAAT
* *
43966 ATTTAGTTATAATAATATTAAT
1 A-TTAATAATAATAATATTAAT
43988 ATTA
1 ATTA
43992 TTATTTTAGG
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 5, Indels: 5
0.80 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 3 0.07
22 30 0.73
23 8 0.20
ACGTcount: A:0.50, C:0.03, G:0.03, T:0.44
Consensus pattern (21 bp):
ATTAATAATAATAATATTAAT
Done.