Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167892.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_159, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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Warning! 1000 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1387 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 6--3797 Score: 2532
Period size: 180 Copynumber: 21.5 Consensus size: 180
1 CTTTA
* * * *
6 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTT-TTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAACAATACTAATTTA
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTCATCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * *
70 ATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAATAATAAA--TGTGT--CAAACTAATTTCA
64 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACT-AGTTCA
* * * * * *
131 AATAGTTAAGAACTATTAGAACAATTATC-AATTCAAATCATTCTGACCTTTTG
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* * * *** ** *
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1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * * **
249 AACATTTGAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTG-A--AGAACAAA
66 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAGTTCAAA
* * *
311 TAGATT-TGAGTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTTGTTATGACCTTTTG
130 TAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGAACTTTTG
* * * ** * *
362 -TTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGC-TCATAAAAACTTATTTAAATAAAATAATACTACTTTAC
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TCATCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * *
425 TAATATTT-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTACAG-ACCAGTTCAAA
65 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAGTTCAAA
* * * *
488 TAGTTATGAC--TTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTCT-ATC-TTTG
130 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTG
* * * * * * * **
535 TTTTGTCATAAAACAATTGCTTCT-ATTCATACAAGCATATTTGGAGTAAAATATTGCTAAACTA
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * *
599 ATAATA-TTCTAAAATTAATAAGTAAGAGTTTTAAAAACTAAATATGTTT-GCGAACTAATTCAA
64 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAGTTCAA
* *
662 ATAGTTA-GACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAAT--TTCT-AA-TTTTG
129 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTG
* * * * *
709 TTTAGTCATAAAA-AATT-TTTAGT--TCATACATGCTTATTCAAATAAAATAATACTATTTTAT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTCATCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * *
770 TAATA-TT--AAAATTAATAAG-AAAAAATTTTAAAAAATAAAT-TGTTTACCGAAACTAATTCA
65 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCG-AACTAGTTCA
* * * *
830 AATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATT-CG-ACATTTTG
128 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAAC-TTTTG
* * * *
882 -TTT-T-ATAATAACAATTG--TTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATGAAATAATA-TAATT
1 TTTTGTCATAA-AACAATTGTTTTTCA--TCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATT
* * *** * * *
941 TATTAATA-TTCAAAAATTAA-AAGT--TA-A-TTGAAAAATAAAT-AAATTATCGAACAAATTC
62 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAGTTC
* * * * *
999 AAATAGTTAGGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAAT-GTTGTG-AC-ATTG
127 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTG
* * *
1050 TTTT-T-ATAAAACAA----TTTTCATCATA-AAGCTTATCCAAAT-AAA-AATATTAATTTATT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * *
1106 AATATTTCAAAAATTATTGAGT-GGAGA-TTAAAAAATAAATC--TTTATTCGAACTAGTTTAAA
66 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCGAACTAGTTCAAA
* * * * *
1167 TA-TTATGGCAATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGAACATTTG
130 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTG
* * *
1217 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATATAAGCCTATTCGAATAAAATAGTACTAATTTATT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * **
1282 AATATTTCAAAAATTATTGAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACTAGTTCAAAT
66 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAGTTCAAAT
* *
1347 AGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTAT-AACCTTTT-
131 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAA-CTTTTG
* * * ** * * *
1396 TTTTGTCATAAAATAATTATTTATGTTCATACAAACTTATTCAGAATAAAATAATACTAATCTAA
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * * *
1461 TAATATTAT-GAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAGTAAATTTGTTTGCCAAACCAATTCAA
65 TAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAGTTCAA
* * * * * * * * *
1525 TTAGTGAAGCCTATATGAA-TATTATCTATTTCAAATGGTTATGACCTTTTT
129 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTG
* ** * * * * *
1576 TTTTGT-AGTAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCTTAATAAAATAATATTAATTTA
1 TTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTA
* * *
1640 TTAATATTT-TAAAA-T--TAA-TAA-AGATTT-AAAAATAAAT-TAATTTACC-AAATCAGTTC
64 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACCGAACT-AGTTC
* * * * *
1696 AATTAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCTAAT--TTATG-ACTATTTG
127 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACT-TTTG
* * * **
1748 TTTTGTCATAAAACAA-T-TTTTTCTATTGATACAATCTTATTCAGAATAAAGTAATGTTAATTT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC-A-TCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTT
* * * * *
1811 ATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAATG-GACTTAAAAAATGAATCT-TATTGGCTTG-ACCA
63 ATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATCTGT-TT-AC-CGAACTA
* * * * * *
1872 ATGCAAA-AGTTTTGACTATTTTGAACAAATATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
123 GTTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTG
* * * * ** **
1930 TTTTGTCACAAAGCAATTGTTTTGT--TCCTACAAGCTTATTTGGAATAATTTAATTTTAATTTA
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TCATCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * *
1993 TTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAACTGAATCTGTTTATCGAA-TAAATTCA
64 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACT-AGTTCA
* * * *
2057 AATAGTTATGACTATTTGAGCGATTACCTATTTCAAATCGCTAT-AACCTTTTG
128 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAA-CTTTTG
* *
2110 TTTTGTCATAAAATAA-T-TTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AATTAAAATAATACAAATT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC-A-TCATACAAGCTTA-TTCGAA-TAAAATAATACTAATT
* * * * *
2172 TATTAATA-TTCAAACATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA-CAA-CTCTTTACCGAA-TAAATT
62 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACT-AGTT
* * *
2233 C-AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATG-ACTCTTT-
126 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACT-TTTG
* ** * * * * * *
2286 TTTTGTCAT-AAA-AATAGTTTTTGTTCATAGAAGCTTATTTGGATTAGAGTAATATTAATTTA-
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * **
2348 TAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTCAAAAACAAATATGTTTACCTAAAAAGTTCAAA
65 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAGTTCAAA
* * *
2413 TAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACCTTTTG
130 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAA-CTTTTG
** * * * * * *
2464 TTTCATCATAAAATAATTG--TATCAATTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAATAATACTTATTT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC-A-TCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATACTAATTT
* ** * * * * * * **
2527 ATTAATATTCCAAAAATTAATGGGCAAGAGATTTAAAAAATGAATTTATTTACTGAACAAGTTTG
63 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAGTTCA
* * * *
2592 AATTGTTATGATTATTTGAACAATTTTCTATTTCAAATCGTTATG-ACATTTG
128 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTG
* * *
2644 TTTTGTCATAAAATAATT-TTTTGT--TCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATATTAATTTA
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TCATCATACAAGCTTATT-CGAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * *
2706 TTAATATTCCAAAAAATTAATAAG-AAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTTCTGAAC-ATGTTC
64 TTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTA-GTTC
* * *
2769 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATGTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTG
127 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTG
* * * *
2823 TTTTGTCATAAACCAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCGTATTCGAAATAAAATAATACTAGTTTA
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATACTAATTTA
* * * * *
2887 TTAATATTCCAAAAA-T--TAA-T-A-AGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTG-AGTAAGTTT
64 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAACT-AGTTC
* * * *
2945 AAATAGTTATTATACCTATTTGAACAATTAT-TTTTTCAAATAGTTATGATCTTTTG
127 AAATAGTTA-T-GA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTG
* * * *
3001 TTTTGTCGTAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTATTTTA
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTA
** * * * * * *
3065 TTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTT-AAAGATAAAATCTGTTTACCAAACAAGTTTA
64 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTACCGAACTAGTTCA
** * * * *
3129 AATAGTCGTGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTA
128 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTG
* * * ** * ** * * *
3182 TTTTTTAATAAAACAATTATTTTTGTTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTGATATAT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTAT
** * * * * * *
3247 TAATATTT-TGAAAGT--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTACAGAAAC-AATTTAA
65 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCG-AACTAGTTCAA
* * * * * * * * *
3307 ATAATTTTGACTATGTGAAGAATTATCTATCTCAAATCATTGTGATC-TTTA
129 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTG
** * * * * * * *
3358 TTTCATCATAAAAAAATTGTTTCTCTTCATACAAACTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTAA
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * *
3423 TAATATTCCAAAAATTAA-AAGTAAGACA-TTAAAAAA-AAATGTGTTTGCCAAACTAGTTCTAA
65 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAGTTCAAA
* * * * * * * * * *
3485 TAGTTAAGACTATTAGAATAATTTTATGTTTGAAATCATTTTGACCTTTTG
130 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTG
* * * * * * * *
3536 TTTAGTCATAAAATAATT-ATTTTAATTTATACAAGCTTATTCATAACAAAGTAATACTAATTTA
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * *
3600 TTAACA-TTCAAAAATTTAATGAGTAAGAGATTTTAAAAA-AAATCTATTTACCGAACAAGTTCA
64 TTAATATTTCAAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAGTTCA
* * * *
3663 AATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATTTATTT-AAAGTCATTA-GACCTTTTA
128 AATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGAACTTTTG
* * * * * *
3715 TTTTGACATAAAACAATTGTTTCAATTCATCA-A-AA-ATTGTTTGAAATAAAAAAATACTACTT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTT---TTCATCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATACTAATT
3777 TATTAATATTTCAAAAATTAA
62 TATTAATATTTCAAAAATTAA
3798 AAAGCAAGTT
Statistics
Matches: 2885, Mismatches: 540, Indels: 377
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
160 4 0.00
161 16 0.01
162 15 0.01
163 13 0.00
164 36 0.01
165 32 0.01
166 7 0.00
167 15 0.01
168 36 0.01
169 37 0.01
170 108 0.04
171 38 0.01
172 70 0.02
173 69 0.02
174 179 0.06
175 144 0.05
176 219 0.08
177 365 0.13
178 395 0.14
179 235 0.08
180 444 0.15
181 329 0.11
182 38 0.01
183 29 0.01
184 11 0.00
185 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
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AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAGTTCAAAT
AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTG
Found at i:2668 original size:713 final size:707
Alignment explanation
Indices: 6--3797 Score: 2887
Period size: 713 Copynumber: 5.4 Consensus size: 707
1 CTTTA
* * * * * * *
6 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAACAATACTAATTTAA
1 TTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTAT
* * *
71 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAATAATAAA--TGTGT--CAAACTAATTTCAA
65 TAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA-AA-AAATCTGTTTACCGAA-TAAATTCAA
* * * * * *
132 ATAGTTA-AGAACTATTAGAACAATTA-TCAATTCAAATCATTCTGAC-CTTTTGTTTAGGCATA
126 ATAGTTATAG-ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTCTTTT-TTT-GTCAT-
* * * *
194 AAACAATTA-TTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAAAAAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGA
187 AAA-AA-TAGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-C
* * * * * * *
258 AAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAGAA---CAAATAGAT-TTG
249 AAAATTAATAAGTAAAAGATTT--AAAAATAAATATGTTTAC-CAAAAAGTTCAAATAG-TCATG
*
319 AGTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTTGTTATGACCTTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTT
310 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA--TGTTATGACCTTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* ** * *
383 TAGCTCATAAAAACTTATTT-AAATAAAATAATAC-TACTTTACTAATATT-TAAAAATTAATAA
373 CAATTCATACAAACTTATTTCAAATAAAATAATACTTA-TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA
* * * *
445 GCAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTACAG-ACCAGTTCAAATAGTTATGAC--TTTGAACAA
437 G-AAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACAGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * *
507 TTATCTATCTCAAATCATTCT-ATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTCTATTCATACAAGC
501 TTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTGTTCATACAAGC
* * * * * ** * * *
571 ATATTTGGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATT-CTAAAATTAATAAGTAAGAGTTTTAAAA
565 TTATTTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * *
635 ACTAAATATGTTTGCGAACTAATTCAAATAGTTA-GACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAAT-
630 A-TAAATCTGTTTTCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATC
*
698 -TTCTAA--TTTTG
694 GTTATAACCTTTTG
* * *
709 TTTAGTCATAAAA-AA--TTTT-TAGTTCATACATGCTTATTCAAATAAAATAATACTATTTTAT
1 TTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTAT
*
770 TAATATT--AAAATTAATAAG-AAAAAATTTTAAAAAATAAAT-TGTTTACCGAA-ACTAATTCA
65 TAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTT-AAAAA-AAATCTGTTTACCGAATA--AATTCA
* * * * * *
830 AATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATT-CGACAT-TTTGTTTTATAATA
125 AATAGTTATAGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGAC-TCTTT-TTTTGTCATA
* * ** * ** *
892 ACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATGAAATAATA-TAATTTATTAATA-TTCAAA
188 AAAATAGTTTTTGTTCATACAAGCTTAT-TTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AA
* * ** * * *
955 AATTAA-AAGT--TA-ATTGAAAAATAAATA-AATTATCGAACAAA-TTCAAATAGTTAGGACTA
251 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATATGTTTA-CCAA-AAAGTTCAAATAGTCATGACTA
* * * * *
1014 TTTAAACAATTATCTATTTAAAATGTTGTGA-C-ATTGTTT-TTATAAAACAA-T-TTTC-A-TC
314 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATGTTATGACCTTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTC
* * * * **
1072 ATA-AAGCTTA-TCCAAAT-AAA-AATA-TTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTATTGAGTGGA
379 ATACAAACTTATTTCAAATAAAATAATACTT-ATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGAAGA
* * *
1131 GA-TTAAAAAATAAATCTT-TATT-C-GAACTAGTTTAAATA-TTATGGCAATTTGAACAATTAT
442 GATTTAAAAAATAAAT-TTAT-TTACAGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* ** * * *
1191 ATATTTCAAATTGTTATGAACATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TCATCATATAAGCCT
505 CTATTTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGT--TCATACAAGCTT
* * * * *
1255 A-TTCGAATAAAATAGTACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATTGAGTAGGAGATTTAAAAAA
567 ATTTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAA
* *
1319 TAAATCTGTTTATTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTG
631 TAAATCTGTTT-TCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCG
1384 TTATAACCTTTT-
695 TTATAACCTTTTG
* * * * * *
1396 TTTTGTCATAAAATAATTATTTATGTTCATACAAACTTATTCAGAATAAAATAATACTAATCTAA
1 TTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * **
1461 TAATATT-ATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAGTAAATTTGTTTGCCAAACCAATTCAA
65 TAATATTCA--AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA--AAATCTGTTTACCGAATAAATTCAA
* * * * * * * *
1525 TTAGTGA-AGCCTATATGAA-TATTATCTATTTCAAATGGTTATGACCTTTTTTTTTGT-AGTAA
126 ATAGTTATAGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGA-CTCTTTTTTTGTCA-TAA
* * * * * * *
1587 AACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCTTAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAA
189 AA-ATA-GTTTTTGTTCATACAAGCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * * * *
1652 AA-T--TAA-T-AAAGATTTAAAAATAAAT-TAATTTACCAAATCAGTTCAATTAGTTATAACAA
251 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATAT-GTTTACCAAA-AAGTTCAAATAGTCATGACTA
* * * *
1711 TTTGAACAATTATTTATTTCTAAT-TTATGA-CTATTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTAT
314 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATGTTATGACCT-TTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAAT
* * * *
1774 TGATACAATCTTA-TTCAGAATAAAGTAAT-GTTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTA
377 TCATACAAACTTATTTCA-AATAAAATAATACTT-ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-A
* * ** * * ** *
1837 ATG-GACTTAAAAAATGAATCTTATTGGCTTGACCAA-TGCAAA-AGTTTTGACTATTTTGAACA
439 A-GAGATTTAAAAAATAAAT-TTATTTAC-AGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTA-TTTGAACA
* * * * *
1899 AATATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAGCAATTGTTTTGTTCCTACAAG
500 ATTATCTATTTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTCATACAAG
* ** ** *
1964 CTTATTTGGAATAATTTAATTTTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA
564 CTTATTTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * * **
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*
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* *
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* *
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*
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* * * * * *
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* *
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* * * * * *
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** * * **
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* * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * *
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702 CTTTTG
** * * *
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** * * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* ** * * * * * *
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* * * * ***
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * ** * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* *
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* * * * *
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* * * * * *
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* *
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* *** ** * * *
3725 AAACAATTGTTTCAATTCAT-CAAAAATTGTTTGAAATAAAAAAATACTACTTTATTAATATTTC
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * *
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* * * *
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* * *** * * *
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* * * *
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* *
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* * ** *
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* * * ** * *
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* * * *
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* * ** *
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* *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * ** *
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* * * * * * **
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190 ACAATTG-TTTTGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAA
* * ** * * *
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* *
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* * ** * * **
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* * *
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* * ** ** **
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* * *
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* * * * *
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* * * *
2110 TTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATAATACAAATTTAT
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* * * * * * * *
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* * * *
2238 GTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATGA-CTCTTT-TTTTGTCAT-AAA-A
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* * ** * * * * *
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* * * * * *
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** * * *
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* * *
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Statistics
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Consensus pattern (353 bp):
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AATATTCAAAAATTAATAAGAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAATTTAAATAGT
TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
GTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAA
GTAAAAGATTTAAAAATAAATCTGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
TATCTATTTCAAATGTTATGACCTTTTG
Found at i:5724 original size:180 final size:181
Alignment explanation
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3938 TTTGCTGAAC
* * * * ** *
3948 TAGTTCAAATATTTAAT-ACTATTAGAATAATT-TTTAATTTCAAATTATTCTGACCTTTTGTTT
1 TAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
* * ** * * * *
4011 AGTCATAAAATAA-TG-TTTCAATTCATACAAGCCTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTAATA
64 TGTCATAAAACAATTGTTTTTGA-TCATACAAGCTTATTCGAAAAAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * *
4074 ACA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTGAAAAAATAACTTTG-TTA-CTAAAC
128 ATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATC-GAAT
* * * * * * * * * *
4128 AAGTTCAAATAGTTATGATTATCTAAATAATTATCAATTTAAAATCGTTACGACTTTTTGTTTTA
1 TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * * * * *
4193 TCATAAAA-AAATGTTTTAGTTTACAAAAACTTA-TCCAAAATAAAATAATACTACTATATTAAT
66 TCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCGAAAA-AAAATAATACTAATTTATTAAT
* *
4256 ATTTCAAGAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTA-C-AATGT
130 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTATCGAA--T
* * * * * * * * * *
4308 TAGTTCAAATAATTATGGCCATTTAAATAACTATCTATTTCAAATTGTTATTACATTTTGTTTTC
1 TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * *
4373 TCACAAAACAATTGTTTTTCAAT-ATAGAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTACTAAT
66 TCATAAAACAATTGTTTTT-GATCATACAAGCTTATTCGAAAAAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * *
4437 ATTTTAAGAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTATT-CCCAAC
130 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT-TTATCGAAT
* * * * * * * *
4485 TAGTTCAGATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTACTTCATATTGTTATAACCTTTTGTTCTA
1 TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * ** * *
4550 TCATAAGATAATTTTTTTCTGTTCATATAAATTTATTC-AGAATAAAATAATACTAATTTAAGTA
66 TCATAAAACAATTGTTTT-TGATCATACAAGCTTATTCGA-AAAAAAATAATACTAATTT-ATTA
* *
4614 ATATTTTTAGAAAATTAAGTCAGTAAGCAGAATTTTAAAAACATATAATCTAGTTTA-CGTAACC
128 ATA-TTTCA-AAAATTAA-TAAGTAAG-AG-A-TTTAAAAA-ATA-AATCT-GTTTATCG-AA--
*
4678 C
181 T
* * * * * * * * *
4679 CA-TTTAAGATTCGTTTTTGACTATTTTGAATAAATTA-CTATTTTCTAATCATTATAACTTTTT
1 TAGTTCAA-A-TAG-TTATGACTA-TTTGAA-CAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGAC-CTTT
* * ** ** * *
4742 TATTTTGTCATCAAACAATTGGTCCTTG-TCAT-CACTCCTTTAATC-AAAATAAAACAATACTA
59 TGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTTGATCATACA-AGC-TTATTCGAAAA-AAAATAATACTA
* * * ** * * *
4804 ATTGTAATAATATTTTGAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAAATAAATCTAATTTAAAAAC
120 ATT-TATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATCT-GTTT----A-
* * *
4869 CCAAAC
176 TCGAAT
* * * ** * *
4875 CAGTTCAAATCAGTTAAGAGCTAATATGAATGATTATCTTGTTTCAAATCATTATGACCTTTCTT
1 TAGTTCAAAT-AGTTATGA-CT-ATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCGTTATGACC-TT-TT
* * * ** * **
4940 CTTTTATCGTAAAACAA-TGTTTATT--TCTATGACAAAGCTTATTCTGATTAGAAATAATGTTA
60 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGATC-AT-AC-AAGCTTATTC-GAAAAAAAATAATACTA
* * * *
5002 ATTTAATAATAATTTCAAAAATTGAATAAGTAAGATACTTGTAAAAAAATAAATTTTTTTATGCG
120 ATTTATTAAT-ATTTCAAAAATT-AATAAGTAAGAGA-TT-T-AAAAAATAAATCTGTTTAT-CG
5067 AAT
179 AAT
* * * * * * * * *
5070 TAGTTTCAAATGGTTAAGATTATTAGAATAGTTATCTATTTGAAATCGTTTCTGACCATTTGTTT
1 TAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG-TTATGACCTTTTGTTT
* ** * * * *
5135 AGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTTATACAAGCTTATTC-AGAATAAATTAATACTAATTTATTA
64 TGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCGA-AAAAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * *
5199 ACA-TTCAAAAAATTAATAAGAAAGA-ATCT--AAAA-AAATCTGTTTA-CCAAC
128 ATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAAT
* * * * * * **
5248 AAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTAATTTG
1 TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *** * * *
5313 TCACAAAACAATTGTTTTAGTTAATACAAGCTTAGAAGGAATAAAATAATACTAATATATTAATA
66 TCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCGAAAAAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * *
5378 CTTACTAAAA-CAATAAGTAAGAAACTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-AAT
131 -TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAAT
* * * * * *
5428 TAGTT-AAATAATTAT-AGCCATTTGAA-GATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTATTTT
1 TAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * *
5490 GTCATAAAACAATTATTTTTCATCATACAAACTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTGTTAA
65 GTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCGAAAA-AAAATAATACTAATTTATTAA
* *
5554 TATCTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAAT
129 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAAT
* * * * *
5607 TAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTAT-TAATCTCAAATCGTTAAGATC-TTTGTTTT
1 TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * ** *
5670 GTCATAAAACAATTGTTTCTGATCATAGAAGCTTATTCGATTAAAAATAATACTAATTTAATAAT
65 GTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCGAAAAAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * ** *
5735 ATTTTATAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATGTATTTGCCGAGT
130 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAAT
* * * ** * * * * * * *
5787 CAATTTAAATAGTTAAAACTATTAGAATAAATATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTATTTAG
1 TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * ** * *
5852 TCGTAAAATATTTGTTTCAT-ATTTTAAAAGCTTATTC-AGAATAAAATAAT-CTAAATTTATTA
66 TCATAAAACAATTGTTT-TTGATCATACAAGCTTATTCGA-AAAAAAATAATACT-AATTTATTA
** * * * *
5914 ATATTAAAAAAATTAATAAGGAA-ATGATTTGAAAAAATAAATCTATTTATCAAAA
128 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-GATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCGAAT
* * * * * * ** * *
5969 AAGTTCAAATAGTGATGACTATTTAAATAATTATTTATTTAAAATTATTATGATCTTTTGTTTTA
1 TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* ** * *
6034 ACATAAAACAATTG-TTTCAATTCATAACAAGCTTA-TCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTA
66 TCATAAAACAATTGTTTTTGA-TCAT-ACAAGCTTATTCGAAAA-AAAATAATACTAATTTATTA
* * * *
6097 ATAATTCAAAAATTAATAACTAAGAG-TTT--AAAATAAATTTGTTTATCGAAC
128 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAAT
* * * *
6148 AAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAAT-G-TAGTGACCTTTTGTTTT
1 TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA-TGACCTTTTGTTTT
* *
6211 GTCATAAAGCAATTG--TTTGAATTCATACAAGCTTAGTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATT
65 GTCATAAAACAATTGTTTTTG-A-TCATACAAGCTTATTCGAAAA-AAAATAATACTAATTTATT
* * ** * * *
6273 AATATTTCAAAAATTGAT--G--AGCGATTTAAAAGGTGAATCTATTTACCG-AT
127 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAAT
* * * * *
6323 TCAGTTCAAATAATTATGACCATTTTAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTG
1 T-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
** * * * * *
6388 GTCATGTAACAATTGATTTTT-ATCATATATGTTTATTCGAAATAAAATAATAGTAATTTATTAA
65 GTCATAAAACAATTG-TTTTTGATCATACAAGCTTATTCGAAAAAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * * *
6452 TCTTTGAAAAACTAATAAGTAAGATA-TTAAAAAAAAAATCTTTTTACCGAAC
129 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAAT
* * * * * * * * *
6504 TAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAATAGTTGTATACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTG
1 TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
6569 TCATAAAACAATTATTTTTGCTCATACAAGCTTATTC-AAAATAAAACAATACTAATATGA-AAA
66 TCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCGAAAA-AAAATAATACTAAT-TTATTAA
* * * * * ** * *
6632 TATTT-TAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAATATAAATTTATTTGCCAAAC
129 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAAT
* *
6684 TAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATC---AT----TTTTGTTTTG
1 TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * *
6742 TCATAAAACAATT-TTTTTCAATTCATACTAGCTTATTTGAAAAACAA-AAT--TGAATTTATTA
66 TCATAAAACAATTGTTTTT-GA-TCATACAAGCTTATTCGAAAAAAAATAATACT-AATTTATTA
* * * * * *
6803 ATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAATTATGTTTACCTAAA
128 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAAT
* * * * *
6857 CAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGCTATGACCTTTTGTTTTG
1 TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * *
6922 TCATAAAACAAATGTTTTTGTTCACATAAGTTTGTTC-AAAACAAAATAATACTAATCTATTAAT
66 TCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCGAAAA-AAAATAATACTAATTTATTAAT
* *
6986 ATTTCAAAAATTAATAA-T-AGA-TTTTAAAAAATAAATTCTGTTTATCAAAT
130 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTGTTTATCGAAT
* * * * * ** *
7036 CACTTCAAAAAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTT-AAATTC-TTATGATTTTTTGTTCT
1 TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * * ** * * * * **
7099 ATTACAAAACCATAATTTTTGCTCGTAAAAGCTTATT-TAGATTAAAATAATACTAATTTATT-A
65 GTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCGA-AAAAAAATAATACTAATTTATTAA
* ** * *
7162 TATTTCAACAATTAATAAGTAA-A-ATTTTTTAAAATAAAATATGTTTATTGAA-
129 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAAT-AAATCTGTTTATCGAAT
* ** * * * * * * * * *
7214 CAAATCAACTAGTCATGACTATTTGAATAAGTATTTATTTGAAATTGTTATGACC-TTTATTTTA
1 TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * ** * * * *
7278 TCATAAAA-AATTATTTTAGTTCGTATTAGC-TAGTTTG-AAATAAATATTACTAAGTTATTAAT
66 TCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTA-TTCGAAAAAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * * *
7340 A-TTCTAAAAGTT-ATAATTAAGAGATTT-AAAATTGAATATATTTACCAACAT
130 ATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGA-AT
* * * ** *
7391 T--TT-AAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCACTATAAACCTTTTGTTTT
1 TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-GACCTTTTGTTTT
* * * *
7453 GTCACCAAAA-GATT-TTTTCT-ATTCATACAAGTTTATTTCTG-AATAAAATAATA-TAATTTA
65 GTCA-TAAAACAATTGTTTT-TGA-TCATACAAGCTTA-TTC-GAAAAAAAATAATACTAATTTA
* * * * * *
7513 TTAATA-CT-AAGACAATTAAT-AGTTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAAC
125 TTAATATTTCAA-A-AATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAAT
* ** * * *
7571 AAGTTCAAATCTTTATGGCTAATTGAACAATTATTTATTTCAAAT
1 TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
7616 TGTTGGGTAG
Statistics
Matches: 2666, Mismatches: 633, Indels: 375
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
171 3 0.00
172 15 0.01
173 106 0.04
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
TCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCGAAAAAAAATAATACTAATTTATTAATA
TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAAT
Found at i:6174 original size:721 final size:707
Alignment explanation
Indices: 4974--7618 Score: 2000
Period size: 717 Copynumber: 3.7 Consensus size: 707
4964 TTCTATGACA
* **
4974 AAGCTTATTCTGATTAGAAATAATGTTAATTTAATAATAATTTCAAAAATTGAATAAGTAAGATA
1 AAGCTTATTC-GATTAAAAATAATACTAATTTAATAAT-ATTTCAAAAATT-AATAAGTAAGATA
* * * * *
5039 CTTGTAAAAAAATAAATTTTTTTATG-CGAATTAGTTTCAAATGGTTAAGATTATTAGAATAGTT
63 -TT-T-AAAAAATAAA-TCTTTT-TGCCG-ATCAGTTT-AAATAGTTAAAACTATTAGAATAGTT
* * *
5103 ATCTATTTGAAATCGTTTCTGACCATTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTTATACAAGC
121 ATCTATTTCAAATCATTT-TGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCA-TTTATACAAGC
* * *
5168 TTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAATCT--AAA
184 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-AAAAAATTAATAAGAAAG-ATTTAAAAA
* * * *
5231 A-AAATCTGTTTACCAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCA
247 ATAAATCTATTTACAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAAT-A
* ** * * * *
5295 TTATAACCTTTTAATTTGTCACAAAACAATTGTTTTAGTTAATACAAGCTTA-GAAGGAATAAAA
311 TTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATGAA--AATAAAA
* * * * * *
5359 TAATACTAATATATTAATACTTACTAAAA-CAATAAGTAAGAAACTTAAAAAATAAATTTGTTTA
374 TAATACTAATTTATTAATAATT-CAAAAATTAATAAGTAAG--AGTT-TAAAATAAATTTGTTTA
* * * *
5423 TCAATTAGTT-AAATAATTAT-AGCCATTTGAA-GATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTT
435 TCAA-AAGTTCAAATAATTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTG-TATGACCTTTT
* * * *
5485 ATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCATCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTG
497 GTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTAATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* *
5550 TTAATATCTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAATTAGTTCAA
561 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATTAGTTCAA
* * * *
5615 ATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTAATCTCAAATCGTTAAGATC-TTTGTTTTGTCATAAAA
625 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATT-ATCTCAAATCGTTAAGACCTTTTGTTTGGTCATAAAA
5679 CAATTG-TTTCTGATCATAG
689 CAATTGATTT-TGATCATAG
* *
5698 AAGCTTATTCGATTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTATAAATTAATAAGTAAGATATTT
1 AAGCTTATTCGATTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTT
* * * **
5763 AAAAAATAAATGTATTTGCCGAGTCAATTTAAATAGTTAAAACTATTAGAATAAATATCTATTTC
66 AAAAAATAAATCTTTTTGCCGA-TCAGTTTAAATAGTTAAAACTATTAGAATAGTTATCTATTTC
* * * * * *
5828 AAATCATTTTGACCTTTTATTTAGTCGTAAAATATTTGTTTCATATTTTAAAAGCTTATTCAGAA
130 AAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAT-TTATACAAGCTTATTCAGAA
5893 TAAAATAAT-CTAAATTTATTAATATTAAAAAAATTAATAAGGAAATGATTTGAAAAAATAAATC
194 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-AAAAAATTAATAA-GAAA-GATTT-AAAAAATAAATC
* * * * * *
5957 TATTTATCAAAAAAGTTCAAATAGTGATGACTATTTAAATAATTATTTATTTAAAATTATTATGA
254 TATTTA-CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAA-TATTATAA
** *
6022 TCTTTTGTTTTAACATAAAACAATTGTTTCAATTCATAACAAGCTTATCCAAAATAAAATAATAC
317 TCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCAT-ACAAGCTTAT-GAAAATAAAATAATAC
* * *
6087 TAATTTCTTAATAATTCAAAAATTAATAACTAAGAGTTTAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAAT
380 TAATTTATTAATAATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAATAAATTTGTTTATC-AA-AAGT
* * *
6152 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTT-AAAATGTAGTGACCTTTTGTTTTGTCAT
443 TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTA-TGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * *
6216 AAAGCAATTGTTTGAATTCATACAAGCTTAGTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
507 AAAACAATTTTTTTAA-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * ** * * * *
6281 AAAAATTGAT--G-AGCGATTTAAAAGGTGAATCTATTTACCG-ATTCAGTTCAAATAATTATGA
571 AAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATT-AGTTCAAATAGTTATGA
* * * ** **
6342 CCATTTTAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATGTAACAATTGATTT
635 CTATTTGAACAATTAT-TATCTCAAATCGTTAAGACCTTTTGTTTGGTCATAAAACAATTGATTT
* *
6407 TTATCATAT
699 TGATCATAG
* * * * * * * *
6416 ATGTTTATTCGA-AATAAAATAATAGTAATTTATTAATCTTTGAAAAACTAATAAGTAAGATA-T
1 AAGCTTATTCGATTA-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATT
* * * * * * * *
6479 TAAAAAAAAAATCTTTTTACCGAACTAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAATAGTTGTATACTT
65 TAAAAAATAAATCTTTTTGCCGATC-AGTTTAAATAGTTAAAACTATTAGAATAGTTATCTATTT
* * * *
6544 CAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT--TTGCTCATACAAGCTTATTCA
129 CAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCATT--T-ATACAAGCTTATTCA
* * * * ** * *
6607 AAATAAAACAATACTAATATGA-AAATATTTTAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAATATAAAT
191 GAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTAAAAAATTAATAA-GAA-AGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
6671 TTATTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTT--CA-A--ATCA
253 CTATTT-ACAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATATTATAA
* * *
6731 T-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCAATTCATACTAGCTTATTTGAAAA-ACAA-AAT-
317 TCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCAATTCATACAAGCTTA--TGAAAATAAAATAATA
* * * *
6792 -TGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAATTATGTTTACCTAA
379 CT-AATTTATTAATAATTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAATA-AATT-TGTTTATC-AA
*
6856 ACAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGCTATGACCTTTTGTTTT
439 A-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTG-TATGACCTTTTGTTTT
* ** * * * * * *
6921 GTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCACATAAGTTTGTTCAAAACAAAATAATACTAATCTATTAAT
502 GTCATAAAAC-AATTTTTTTAATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * *
6986 ATTTCAAAAATTAATAA-TAGA-TTTTAAAAAATAAATTCTGTTTATCAAATCACTTCAAAAAGT
566 ATTTCAAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTGTTTATCGAATTAGTTCAAATAGT
* * * ** * * * *
7049 TATGACTATTTGAGCAATTATTTAT-TTAAATTC-TTATGATTTTTTGTTCT-ATTACAAAACCA
630 TATGACTATTTGAACAATTA-TTATCTCAAA-TCGTTAAGACCTTTTGTT-TGGTCATAAAACAA
* * * *
7111 -TAATTTTTGCTCGTAA
692 TTGA-TTTTGATCATAG
* * * *
7127 AAGCTTATTTAGATT-AAAATAATACTAATTT-ATTATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAT-TT
1 AAGCTTA-TTCGATTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATT
** * * *** * ** * * * ** * *
7189 TTTAAAATAAAATATGTTTATTGAACAAATCAACTAGTCATGACTATTTGAATAAG-TATTTATT
65 TAAAAAAT-AAATCTTTTTGCCGATCAGTTTAAATAGTTAAAACTATTAGAAT-AGTTATCTATT
* ** * * * ** **
7253 TGAAATTGTTATGACCTTTAT-TTTA-TCATAAAA-AATTATTTTAGTTCGTATTAGC-TAGTT-
128 TCAAATCATTTTGACCTTT-TGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCA-TTTATACAAGCTTA-TTC
* * * * * * * *
7313 TGAA-ATAAATATTACTAAGTTATTAATATTCTAAAAGTT-ATAATTAAGAGATTT-AAAATTGA
190 AGAATA-AAATAATACTAATTTATTAATATT-AAAAAATTAATAA-GAA-AGATTTAAAAAATAA
* * * * * * * *
7375 ATATATTTACCAAC-ATTTTAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCACTAT
251 ATCTATTTACAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAAT-ATTAT
* * * * * * ***
7439 AAACCTTTTGTTTTGTCACCAAAA-GATTTTTTCTATTCATACAAGTTTATTTCTGAATAAAATA
315 -AATCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTA--TGAAAATAAAATA
* *
7503 ATA-TAATTTATTAAT-ACT-AAGACAATTAAT-AGTTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
376 ATACTAATTTATTAATAATTCAA-A-AATTAATAAG-TAAGAG-TTT--AAAATAAATTTGTTTA
* ** * * *
7564 CCAAAACAAGTTCAAATCTTTATGGCTAATTGAACAATTATTTATTTCAAATTGT
435 TC--AA-AAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGT
7619 TGGGTAGTAC
Statistics
Matches: 1542, Mismatches: 292, Indels: 185
0.76 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
704 33 0.02
705 5 0.00
706 47 0.03
707 46 0.03
708 57 0.04
709 73 0.05
710 155 0.10
711 115 0.07
712 66 0.04
713 47 0.03
714 51 0.03
715 140 0.09
716 70 0.05
717 196 0.13
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719 27 0.02
720 26 0.02
721 193 0.13
722 66 0.04
723 24 0.02
724 12 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (707 bp):
AAGCTTATTCGATTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTT
AAAAAATAAATCTTTTTGCCGATCAGTTTAAATAGTTAAAACTATTAGAATAGTTATCTATTTCA
AATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCATTTATACAAGCTTATTCAGAATA
AAATAATACTAATTTATTAATATTAAAAAATTAATAAGAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATATTATAATCTTTTGTT
TTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATGAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
TAATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAATAAATTTGTTTATCAAAAGTTCAAATAATTATG
ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTT
AATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
TATCTCAAATCGTTAAGACCTTTTGTTTGGTCATAAAACAATTGATTTTGATCATAG
Found at i:6602 original size:898 final size:886
Alignment explanation
Indices: 5138--7078 Score: 2103
Period size: 898 Copynumber: 2.2 Consensus size: 886
5128 TTTGTTTAGT
* * * *
5138 CATAAAACAATTGTTTCAGTTTATACAAGCTTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTATTAA-CA
1 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAA
* * * * * *
5202 TTCAAAAAATTAATAAGAAAGAATCTAAAA-AAATCTGTTTA-CCAACAAGTTCAAATAGTTATT
66 TTC-AAAAATTAATAA-TAAGAATTTAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAATTCAAATAGTTATG
*
5265 ACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTAATTTGTCACAAAACAATTGTTT
129 ACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAAT-AGTATAACCTTTTAATTTGTCACAAAACAATTGTTT
* *
5330 TAGTTAATACAAGCTTAGAAGGAATAAAATAATACTAATATATTAATACTTACTAAAACAATAAG
193 GAATTAATACAAGCTTAGAA-GAATAAAATAATACTAATATATTAATACTTACTAAAACAATAAG
* * * *
5395 TAAGAAACTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAATTAGTTAAATAATTATAGCCATTTGAAGATTAT
257 TAAGAAACTTAAAAAATAAATCTATTTACCAATTAGTTAAATAATTATAGCCATTTGAAAATTAT
* * *
5460 CTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCATCATACAAACTTA
322 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTGGTCATAAAACAATTATTTTTCATCATACAAACTTA
* * *
5525 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTGTTAATATCTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
387 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATCTCAAAAACTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAA
* * * * * *
5590 AAATATGTTTATCGAATTAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTAATCTCAAATCGT
452 AAATATGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTAATCTCAAATCAT
* * * * * *
5655 TAAGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGATCATAGAAGCTTATTC-GATTAAAAATA
517 TAAGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGATCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAACA
* *
5719 ATACTAAT-TTAATAATATTTTATAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATGTATTTGCC
581 ATACTAATATGAA-AATATTTTA-AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTGCC
* * * * *
5783 -GAGTCAATTTAAATAGTTAAAACTAT-TAGAATAAATATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTT
644 AAACT-AATTCAAATAGTTAAAACTATAT-GAACAAATATCTATTTCAAATCA-TTT----TTGT
* * * *
5846 ATTTAGTCGTAAAA-TATTTGTTTCATATT-TTAAAAGCTTATTCAGAATAAA-ATAATCTAAAT
702 -TTT-GTCATAAAACAATTTGTTTCA-ATTCATAAAAGCTTATT-AGAA-AAACAAAAT-TAAAT
* *
5908 TTATTAATATTAAAAAAATTAATAAGGAA-ATGATTTGAAAAAATAAATCTATTTATCAAAAAAG
761 TTATTAATATTAAAAAAATTAATAAGGAAGA-GATTT-AAAAAATAAATATATTTACCAAAAAAG
* * * *
5972 TTCAAATAGTGATGACTATTTAAATAATTATTTATTTAAAATTATTATGATCTTTTGTTTTAA
824 TTCAAATAATGATGACTATTTAAATAATTATCTATTTAAAATTACTATGACCTTTTGTTTTAA
* * *
6035 CATAAAACAATTGTTTCAATTCATAACAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATA
1 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCAT-ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* *
6100 ATTCAAAAATTAATAACTAAGAGTTTAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAATTCAAATAGTTATG
65 ATTCAAAAATTAATAA-TAAGAATTTAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAATTCAAATAGTTATG
* ** * *
6165 ACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAAT-GTAGTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTT
129 ACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATAGTA-TAACCTTTTAATTTGTCACAAAACAATTGTTT
* * * * *
6229 GAATTCATACAAGCTTAGTCAA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTC-AAAA-ATTGA
193 GAATTAATACAAGCTTAG--AAGAATAAAATAATACTAATATATTAATACTTACTAAAACAATAA
* ** * ** * * *
6290 -TGAGCGATTTAAAAGGTGAATCTATTTACCGATTCAGTTCAAATAATTAT-GACCATTTTAACA
256 GTAAGAAACTTAAAAAATAAATCTATTTACCAATT-AGTT-AAATAATTATAG-CCATTTGAA-A
* * ** *
6353 ATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATGTAACAATTGATTTTT-ATCATATA
317 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTGGTCATAAAACAATT-ATTTTTCATCATACA
*** * * * * * *
6417 TGTTTATTCGAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATCTTTGAAAAACTAATAAGTAAGATA-TTA
381 AACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATCTCAAAAACTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * * * * *
6481 AAAAAAAAATCTTTTTACCGAACTAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAATAGTTGTATACT-TC
446 AAAAAAAAATATGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTAT-TAATCTC
* *
6545 AAATCATTATA-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGCTCATACAAGCTTATTCAAA
510 AAATCATTA-AGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGATCATACAAGCTTATTCAAA
* * *
6609 ATAAAACAATACTAATATGAAAATATTTTAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAATATAAATTTA
573 ATAAAACAATACTAATATGAAAATATTTTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTA
* * *
6674 TTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTTGTT
638 TTTGCCAAACTAATTCAAATAGTTAAAACTATATGAACAAATATCTATTTCAAATCATTTTTGTT
* ** * *
6739 TTGTCATAAAACAATTTTTTTCAATTCATACTAGCTTATTTGAAAAACAAAATTGAATTTATTAA
703 TTGTCATAAAACAATTTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTAGAAAAACAAAATTAAATTTATTAA
** * * * * * *
6804 TATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAATTATGTTTACCTAAACAGTTCAAATAA
768 TATTAAAAAAATTAATAAGGAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAAAAAGTTCAAATAA
* * * * **
6869 TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGCTATGACCTTTTGTTTTGT
833 TGATGACTATTTAAATAATTATCTATTTAAAATTACTATGACCTTTTGTTTTAA
* ** * * * * * * *
6923 CATAAAACAAATGTTTTTGTTCACATAAGTTTGTTCAAAACAAAATAATACTAATCTATTAATAT
1 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAA
* * *
6988 TTCAAAAATTAATAAT-AGATTTTAAAAAATAAATTCTGTTTATCAAATC-ACTTCAAAAAGTTA
66 TTCAAAAATTAATAATAAGAATTT--AAAATAAATT-TGTTTATCAAA-CAAATTCAAATAGTTA
* * *
7051 TGACTATTTGAGCAATTATTTATTTAAA
127 TGACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAA
7079 TTCTTATGAT
Statistics
Matches: 873, Mismatches: 144, Indels: 63
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
885 6 0.01
886 1 0.00
887 58 0.07
888 140 0.16
889 38 0.04
890 19 0.02
891 22 0.03
892 3 0.00
895 23 0.03
896 11 0.01
897 180 0.21
898 231 0.26
899 92 0.11
900 47 0.05
901 2 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (886 bp):
CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAA
TTCAAAAATTAATAATAAGAATTTAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAATTCAAATAGTTATGAC
TATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATAGTATAACCTTTTAATTTGTCACAAAACAATTGTTTGAA
TTAATACAAGCTTAGAAGAATAAAATAATACTAATATATTAATACTTACTAAAACAATAAGTAAG
AAACTTAAAAAATAAATCTATTTACCAATTAGTTAAATAATTATAGCCATTTGAAAATTATCTAT
TTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTGGTCATAAAACAATTATTTTTCATCATACAAACTTATTCA
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATCTCAAAAACTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAAAT
ATGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTAATCTCAAATCATTAAG
ACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAACAATACT
AATATGAAAATATTTTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTGCCAAACTAA
TTCAAATAGTTAAAACTATATGAACAAATATCTATTTCAAATCATTTTTGTTTTGTCATAAAACA
ATTTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTAGAAAAACAAAATTAAATTTATTAATATTAAAAAAATT
AATAAGGAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAAAAAGTTCAAATAATGATGACTATTTA
AATAATTATCTATTTAAAATTACTATGACCTTTTGTTTTAA
Found at i:6896 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 6864--6896 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
6854 AAACAGTTCA
6864 AATAATTATGACTATTTG
1 AATAATTAT-ACTATTTG
6882 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
6897 CAAATTGCTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.06, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTG
Found at i:6896 original size:533 final size:524
Alignment explanation
Indices: 5128--7258 Score: 1591
Period size: 533 Copynumber: 4.0 Consensus size: 524
5118 TTTCTGACCA
* * * * * *
5128 TTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTTATACAAGCTTATTCAGAATAAATTAATACTAAT
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATT-TGAA-AAA--AAAATTAAT
* * * * *
5193 TTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGAAAGA-ATCT-AAAAA-AATCT-GTTTACC-AA-CAAG
62 TTATTAATATTTC-AAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAAT-TATTTTACCGAATC-AG
* * * * * * * *
5251 TTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTAATTT-GTC
124 TTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTT-GTTTAGTC
*** * * * ** *
5315 ACAAAACAATTG-TTTTAGTTAATACAAGCTTA-GAAGGAATAAAATAATACTAATATATTAATA
188 ATGTAACAATTGTTTTTA--TCATATAAGTTTATTCA--AATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * *
5378 CTTACTAAAAC-AATAAGTAAGAAACTTAAAAAATAAAT-TTGTTTATCAATTAG-TTAAATAAT
249 -TTACAAAAACTAATAAGTAAGATACTTAAAAAATAAATCTT-TTTATCAAATAGTTTAAATAGT
* * * * * * *
5440 TATAGCCATTTGAAGATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTA
312 TATAACTATTTGAATATTATATATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA
*
5505 TTTTTCATCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTGTTAATATCTCAAAAATTAAT
377 TTTTTC-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTGTTAATAT-TCAAAAATTAAT
* * * * *
5570 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAATTAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAAC
440 AACTAAGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* *
5635 AATTAT-TAATCTCAAATCGTTAAGATC
504 AATTATCT-ATTTCAAATC------ATT
* * * *
5662 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGA-TCATAGAAGCTTATTCGATTAAAAATAATACTAA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AATTCATACAAGCTTATTTGA--AAAAA-AA-ATTAA
* * * * * * * *
5726 TTTAATAATATTTTATAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATGTA-TTTGCCGAGTCAA
61 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAT-TATTTTACCGAATCAG
* * ** * * * *
5790 TTTAAATAGTTAAAACTATTAGAATAAATATCTATTTCAAATCATT-TTGACCTTTTATTTAGTC
124 TTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATT-ACCTTTTGTTTAGTC
* * ** * *
5854 --GTAAAATATTTGTTTCATATTTTAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAAT-CTAAATTTATTAAT
188 ATGTAACA-A-TTGTTT-TTATCATATAAGTTTATTCA-AATAAAATAATACT-AATTTATTAAT
* * * * * * *
5916 ATTAAAAAAATTAATAAGGAA-ATGATTTGAAAAAATAAATCTATTTATCAAAAAAGTTCAAATA
248 ATTACAAAAACTAATAAGTAAGAT-ACTT-AAAAAATAAATCTTTTTATC-AAATAGTTTAAATA
* * * * * * **
5980 GTGATGACTATTTAAATAATTATTTATTTAAAATTATTATGATCTTTTGTTTTAACATAAAACAA
310 GTTATAACTATTTGAAT-ATTATATATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * *
6045 TTGTTTCAAT-TCATAACAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATAATTCAAAAA
374 TTATTT--TTCTCAT-ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTGTTAAT-ATTCAAAAA
* *
6109 TTAATAACTAAGAG-TTT-AAAATAAATTTGTTTATCGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTT
435 TTAATAACTAAGAGATTTAAAAATAAATTTGTTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * *
6172 GAACAATTGTCTATTTAAAATGTAGTGACCT
500 GAACAATTATCTATTTCAAAT-CA-T----T
* * * **
6203 TTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTGAATTCATACAAGCTTAGTCAAAATAAAATAATACTAAT
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAA-AAAA-AAT--TAAT
* * ** *
6268 TTATTAATATTTCAAAAATT--GATG--AGCGATTTAAAAGGTGAATCTA-TTTACCGATTCAGT
62 TTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAT-TATTTTACCGAATCAGT
* * * *
6328 TCAAATAATTATGACCATTTTAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTGGTCAT
125 TCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTAGTCAT
* * * **
6393 GTAACAATTGATTTTTATCATATATGTTTATTCGAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATCTTTG
190 GTAACAATTG-TTTTTATCATATAAGTTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAC
* * *
6458 AAAAACTAATAAGTAAGATA-TTAAAAAAAAAATCTTTTTACCGAACTAGTTTAAATAGTTATAA
253 AAAAACTAATAAGTAAGATACTTAAAAAATAAATCTTTTTATC-AAATAGTTTAAATAGTTATAA
* * * *
6522 CTATTTGAATAGTTGTATACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT
317 CTATTTGAATA-TTATATATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT
* * ** ** *
6587 TGCTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAACAATACTAATATGAAAATATTTTAAAATTAATAATTA
381 T-CTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTGTTAATATTCAAAAATTAATAACTA
* ** * * *
6652 AGAGATTTAAAATATAAATTTATTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTA
445 AGAGATTTAAAA-ATAAATTTGTTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
6717 TCTATTTCAAATCATT
509 TCTATTTCAAATCATT
* *
6733 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCAATTCATACTAGCTTATTTGAAAAACAAAATTGAATT
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAAAA-AAAATT-AATT
* *
6798 TATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAATTATGTTTACCTAAACAGTTC
63 TATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAATTAT-TTTACCGAATCAGTTC
* * * * **
6863 AAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
127 AAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTAGTCATGT
* * * * * * *
6928 AACAAATGTTTTTGTTCACATAAGTTTGTTCAAAACAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAA
192 AACAATTGTTTTT-ATCATATAAGTTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTACAA
* * * * * * *
6993 AAATTAATAA-T-AGAT-TTTAAAAAATAAATTCTGTTTATCAAATCACTTCAAAAAGTTATGAC
255 AAACTAATAAGTAAGATACTTAAAAAATAAA-TCTTTTTATCAAAT-AGTTTAAATAGTTATAAC
* * ** * * * * * *
7055 TATTTGAGCA-ATTATTTATTT-AAATTCTTATGATTTTTTGTTCTATTACAAAACCATAATTTT
318 TATTTGA--ATATTATATATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT
* * * * * * * *
7118 TGCTCGTAAAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTATT-ATATTTCAACAATTAATAAGT
381 T-CTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTGTTAATA-TTCAAAAATTAATAACT
* ** * * * ** * * * *
7182 AAAATTTTTTAAAATAAAATATGTTTATTGAAC-AAATCAACTAGTCATGACTATTTGAATAAGT
444 AAGAGATTTAAAAAT-AAATTTGTTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* *
7246 ATTTATTTGAAAT
508 ATCTATTTCAAAT
7259 TGTTATGACC
Statistics
Matches: 1267, Mismatches: 256, Indels: 152
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
528 1 0.00
529 23 0.02
530 64 0.05
531 146 0.12
532 46 0.04
533 163 0.13
534 110 0.09
535 98 0.08
536 62 0.05
537 134 0.11
538 35 0.03
539 108 0.09
540 26 0.02
541 124 0.10
542 17 0.01
543 51 0.04
544 56 0.04
545 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (524 bp):
TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAAAAAAAATTAATTTAT
TAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAATTATTTTACCGAATCAGTTCAAAT
AATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTAGTCATGTAACA
ATTGTTTTTATCATATAAGTTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTACAAAAACTA
ATAAGTAAGATACTTAAAAAATAAATCTTTTTATCAAATAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAA
TATTATATATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCTCATACAA
GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTGTTAATATTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAA
AATAAATTTGTTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
CATT
Found at i:9851 original size:180 final size:175
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Period size: 177 Copynumber: 4.4 Consensus size: 175
9466 AGTCATAATG
* * * * *
9476 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAATTCTTTGAACTGGTTCGATAAATAAAATTATT
1 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTCGATAAACAAATTTATT
** * * * * * *
9541 TCCTAAATCTCTTA-TAAAGTTTTGAAATATTAATAAATTATTTCTCCTCTAATTC-GAATAAGC
66 TTTTAAATCTCTTATTAAA-TTTTCAAATATTAATAAATTAGTACT-ATTTTATTCTGAATAAGC
** * * * *
9604 TTGTATGAGCTGAGGTAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAAA
129 TTGTATGA--TGAAATAAATGTTTTATTATAAAACAAAAGGTAATAACA
* * * * ***
9653 ATTTGAGATAAATAATTGTTCATATAGTCATAATTGTTTGAATTGGTTCGACAAATGGATTTATT
1 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTCGATAAACAAATTTATT
*
9718 TTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAGAATATTACTAAATTAGTA-TATTTTATTCTGAATAA
66 TTTTAAATCTCTTA-TTA--AATTTTCA-AATATTAATAAATTAGTACTATTTTATTCTGAATAA
* * * * *
9782 GCTTGTATGAATAGAAATAAATGTTTTGTTATAGAATAAAATGTTATAACA
127 GCTTGTATG-AT-GAAATAAATGTTTTATTATAAAACAAAAGGTAATAACA
* * * *
9833 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGATTTGGTTCGGTAAACAAATTTATT
1 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTCGATAAACAAATTTATT
* * ** * * * *
9898 TTTTAAACCTCTTATTAAATTTTGAAATATTTGTAAATTAATATTATTTTATTTTAAATAAGCTT
66 TTTTAAATCTCTTATTAAATTTTCAAATATTAATAAATTAGTACTATTTTATTCTGAATAAGCTT
* * *
9963 GTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTAATAACA
131 GTATGATGAAATA-AA-TGTTTTATTATAAAACAAAAGGTAATAACA
* * * * * * ** * **
10010 ATATGAAACAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTAAACTTATTTAG-TAAACCGATTTAT
1 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTGGTTCGATAAACAAATTTAT
* * * * * *
10074 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTCAAAATAATAATAAAGTAGCACTATTTTCTTTTGAATA
65 TTTTTAAATCTCTTA-TTA--AATTTTC-AAATATTAATAAATTAGTACTATTTTATTCTGAATA
* * * * * * * * **
10139 AGCTTTTGTGAACTAAAATAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATG
126 AGCTTGTATG-A-TGAAATAAATGTTTTATTATAAAACAAAAGGTAATAACA
* ** * * * * *
10191 ATTTTAAATCGATAATTGTTCAAATAATAATAACTCA-TTGAACTTGTTTAG-TAAACAAATTTA
1 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TTATTTGAA-TTGGTTCGATAAACAAATTTA
*
10254 TATTTTCAAATCTCTT
64 T-TTTTTAAATCTCTT
10270 GCTTATTAAT
Statistics
Matches: 494, Mismatches: 103, Indels: 35
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 5 0.01
176 18 0.04
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182 16 0.03
183 5 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (175 bp):
ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTCGATAAACAAATTTATT
TTTTAAATCTCTTATTAAATTTTCAAATATTAATAAATTAGTACTATTTTATTCTGAATAAGCTT
GTATGATGAAATAAATGTTTTATTATAAAACAAAAGGTAATAACA
Found at i:11139 original size:181 final size:177
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Indices: 10801--11549 Score: 660
Period size: 180 Copynumber: 4.2 Consensus size: 177
10791 ACACTCTGGA
** * * *
10801 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAATT-CTTGAACTGGTTCGATAAA
1 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCCATAATTATTTGAATTGGTTCGA-AAA
* * * * * * * * *
10864 TAAAATTATTTTCTAAATTTCTTA-TA--AAGTTTTGAAATATTAATAAATTATTTCTACTCTAT
65 T-GATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAA-TTTTCAAATATTAATAAATTAGTACTATTTTAT
* * ** * *
10926 TTCGAATAAGCTTGTATGAGCTAAGGTAATTGTTTTATGATAAAACAAAAG
128 TTTGAATAAGCTTGTATGA-ATAAAATAATTGTTTTATTACAAAACAAAAG
* * * * *
10977 GTCATAAAAATTTGAGATAAATAATTGTTCATATAGTCCATAATTGTTTGAATTGGTTCGACAAA
1 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCCATAATTATTTGAATTGGTTCGA-AAA
*
11042 TGGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAGAATATTACTAAATTAGTA-TATTTTA
65 T-GATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTCA-AATATTAATAAATTAGTACTATTTTA
* * * * *
11106 TTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATTATAGAATAAAAT
127 TTTTGAATAAGCTTGTATGAATA-AAATAATTGTTTTATTACAAAACAAAAG
* * *
11158 GTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-CATAACTATTTGATTTGGTTCGGTAAA
1 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCCATAATTATTTGAATTGGTTC-G-AAA
* * * ** * *
11222 CA-AATTTATTTTTTAAACCTCTTATTA--AATTTTGAAATATTTGTAAATTAATATTATTTTAT
64 -ATGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTCAAATATTAATAAATTAGTACTATTTTAT
* * *
11284 TTTAAATAAGCTTGTATG-TTGAAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAG
128 TTTGAATAAGCTTGTATGAAT--AAAATAATTGTTTTATTACAAAACAAAAG
* * * * ** *
11335 GTAATAACAATATGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GGCCATAATTATTTAAACTTATTTAGTAAA
1 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCCATAATTATTTGAA-TTGGTTCG-AAA
* * * * * *
11399 CTGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTCAAAATAATAATAAAGTAGCACTATTTTC
64 ATGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTC-AAATATTAATAAATTAGTACTATTTTA
* * *
11463 TTTTGAATAAGCTTTTGTGAACTAAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAG
127 TTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAATAATTGTTTTATTACAAAACAAAAG
* * * *
11515 GTCATAACGATTTTAAATTGATAAATGTTCAAATA
1 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
11550 ATAATAACTC
Statistics
Matches: 464, Mismatches: 85, Indels: 43
0.78 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
176 63 0.14
177 116 0.25
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182 20 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCCATAATTATTTGAATTGGTTCGAAAAT
GATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTCAAATATTAATAAATTAGTACTATTTTATTTT
GAATAAGCTTGTATGAATAAAATAATTGTTTTATTACAAAACAAAAG
Found at i:11547 original size:357 final size:358
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Indices: 10801--11567 Score: 836
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10791 ACACTCTGGA
* * *
10801 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAA-TTCTTGAACTGGTTCGATAAAT
1 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTTCTTGAACTGGTTCGATAAAC
** * *
10865 AAAATTATTTTCTAAATTTCTTATAAAGTTTTGAAATATTAATAAATTATTTCTACTCTATTTCG
66 AAAATTATTTTCTAAACCTCTTATAAAGTTTTGAAATATTAATAAATTATATCTACTCTATTTCA
* *** * * * *
10930 AATAAGCTTGTATGAGCTAAGGTAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAAAATTTGAGAT
131 AATAAGCTTGTATGAGCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAAAAATATGAAAT
* * * * * *
10995 AAATAATTGTTCATATAGTCCATAATTGTTTGAATTGGTTCGACAAATGGATTTATTTTTTAAAT
196 AAATAATTGTTCAAATAGGCCATAATTATTTAAATTAGTTAGACAAATGGATTTATTTTTTAAAT
* * * * * * *
11060 CTCTTAGTTATTAATTTTCAGAATATTACTAAATTAGTATATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATG
261 CTCTTACTTATTAACTTTCAAAATAATAATAAAGTAGCATATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATG
* * * * *
11125 AATAGAAATAATTGTTTTATTATAGAATAAAAT
326 AATAGAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAG
* * * ** *
11158 GTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT-TTGATTTGGTTCGGTAAA
1 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACT-TCTTGAACTGGTTCGATAAA
* * ** * *
11222 CAAATTTATTTTTTAAACCTCTTATTAAA-TTTTGAAATATTTGTAAATTAATAT-TATTTTATT
65 CAAAATTATTTTCTAAACCTCTTA-TAAAGTTTTGAAATATTAATAAATT-ATATCTACTCTATT
* * * *
11285 TTAAATAAGCTTGTATGTTG-AAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTAATAACAATATG
128 TCAAATAAGCTTGTATG-AGCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAAAAATATG
* * *
11349 AAATAGATAATTGTTCAAAT-GGCCATAATTATTTAAACTTATTTAGTA-AACT-GATTTA-TTT
192 AAATAAATAATTGTTCAAATAGGCCATAATTATTTAAA-TTAGTTAG-ACAAATGGATTTATTTT
* *
11410 TTAAATCTCTTACTTATTAACTTTCAAAATAATAATAAAGTAGCACTATTTTCTTTTGAATAAGC
255 TTAAATCTCTTACTTATTAACTTTCAAAATAATAATAAAGTAGCA-TATTTTATTCTGAATAAGC
* *
11475 TTTTGTGAACTA-AAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAG
319 TTGTATGAA-TAGAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAG
* * * *
11515 GTCATAACGATTTTAAATTGATAAATGTTCAAATAATAATAAC-TCATTGAACT
1 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTTC-TTGAACT
11568 TGTTTAGTGA
Statistics
Matches: 335, Mismatches: 64, Indels: 22
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
355 1 0.00
356 41 0.12
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358 137 0.41
359 10 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (358 bp):
GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTTCTTGAACTGGTTCGATAAAC
AAAATTATTTTCTAAACCTCTTATAAAGTTTTGAAATATTAATAAATTATATCTACTCTATTTCA
AATAAGCTTGTATGAGCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAAAAATATGAAAT
AAATAATTGTTCAAATAGGCCATAATTATTTAAATTAGTTAGACAAATGGATTTATTTTTTAAAT
CTCTTACTTATTAACTTTCAAAATAATAATAAAGTAGCATATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATG
AATAGAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAG
Found at i:12501 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 12131--15405 Score: 2337
Period size: 180 Copynumber: 18.3 Consensus size: 180
12121 ACACTCTGGA
* * * * * *
12131 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTCTTTGAGCTGGTTCGATAAAT
1 GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ATTGTTCGATAAAT
* * * * * *
12196 AAAATTATTTTCTAAATCTCTTA--TA--AAGTTTT-GAAATATTAATAAATTA-T-TCTACTCT
65 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTAT-TATTTT
* * * *
12254 ATTTTGAATAAGCTTGTATGAGCT-G-AGCTAATTGTTTTATGATAAAACAAAAG
128 ATTCTGAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * *
12307 GTCATAAAAATTTGAGATAAATAATTGTTCATATAGTCATAATTGTTTGAATTGGTTCGACAAAT
1 GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTCGATAAAT
* * *
12372 GGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTACTAAATTAGTA-TATTTTAT
65 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * *** * *
12436 TCTGAACAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATTATGGAATAAAAT
130 TCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * *
12487 GTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGATTTGGTT-TAGTAAA
1 GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTCGA-TAAA
* * * * ** *
12551 CAAATTTATTTTTTAAACCTCTTA-TTA--AATTTTGA-AATATTTGTAAATTAATATTATTTTA
64 TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * *
12612 TTTTAAATAAGCTTGTATG--TTGAAAAGCAATTGTTTTATTACAAAACAAAAG
129 TTCTGAATAAGCTTGTATGAATAG-AAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * * *
12664 GTAATAACAATATGAAACAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTTATT-TAGTAAA
1 GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGA-TAAA
* * * * * *
12728 CT-GATTTATTTTTTAAA--TC-TA-TTA-T--TTTTCAAAATAATAATAAAGTAGCACTATTTT
64 -TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * *
12785 CTTTTGAATAAGCTTTTGTGAACTA-AAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAG
128 ATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * *
12838 GTCATAAAAATTTTAAATCGATAATTGTTCAAATAATAATAACTCA-TTGAACTTGTT-TAGTAA
1 GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAA-TTGTTCGA-TAA
* * * * * *
12901 ACAAATTTATATTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTAGAATGTTAATGAATTAGTATTATTT
63 ATAGATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * *
12966 TATTCTAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTATTATAGGACTAAACAAAAG
127 TATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * * * * * **
13020 GTTAGAATGATTTAAAATATATAATTATTCTAATAGTCTTAGCTATTTGAACTAGTTTGGCAAAT
1 GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGATAAAT
* * * * * *
13085 ACATTTATTTTTAAAATCT-TT-C--ACTAATTGTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-T
65 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * *
13145 ATCCGAATAAGCTTGTGTGATTAGAAATAATTATGTTATAAGAAAAC-AAAG
130 -TCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * *
13196 ATCATAATAATTTGAGATTA-ATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAAAAAA
1 GTCATAATAATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGATAAA
* * * * *
13260 CA-ACTTTA-GTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT-GAAATGTTAATAAAGTAGTATTATTT
64 TAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * *
13322 TATTTTGAATAAGATTTTATGAA-ATGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAT
127 TATTCTGAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * *
13376 GTCATAACGACTTT-AAATAAATAATTATTCAAATAGTCA-AATATATTTGAACTTGTTTGATAA
1 GTCATAA-TAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAA-TTGTTCGATAA
* * * *
13439 ATAGATTTATTTTATTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTTGAA-AGTTAATAAATTACTATTAT
63 ATAGATTTA-TTT-TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA-TTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
13503 TTTATTTTGAATAATCTTGTATGAACT-GAAATAATTGTTTTATGACTAAATAAAAG
125 TTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * *
13559 GTAAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAAC
1 GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTCGATAAA-
* * * * * *
13624 T-CATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTATTTTTTAGAATATTATTAATTTAGTAATATTTTA
64 TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* *
13688 CTT-TGAATAAGCTTGTATGAACA-AAAGCAATTGTTTTATTACAAAAC-AAAG
129 -TTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * *
13739 ATCATAATGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAGTATTTGAATTGGTTCGATAAAC
1 GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTCGATAAAT
* * ** *
13804 AGATTTAATTCTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTACAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
65 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * ** * *
13865 TCTGAATAATTTTGTATTAATAGAAACAATCATTTTATGATAAAACAAAAT
130 TCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* ** * * * *
13916 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATAATTCAAATAGACATGACTATTTAAACTTGTTC-AGTAGA
1 GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGA-TAAA
** *
13980 TAGATTTATTTTTTCAAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTCATAAATTAGTATTA-TT
64 TAGATTTATTTTTT--AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * ** * *
14044 TATTTTCAAATAAAATTGTATGGATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAG
127 TATTCT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * ** * * *** *
14099 ATCAAAATGATTTGAAATAAATAATTATTTGAAGAGTCATAACTATTTGACTCACTCGGTAAATA
1 GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTCGATAAATA
* *
14164 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAAT-TTAATAAATTAGTATCATTTTATT
66 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * * * *
14228 CCAAATAAGCTTTTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGAC-GAAC-AAAG
131 CTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * * *
14276 CTCATAACAATTTCAAATGGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACATGTTCAAAAAAC
1 GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGATAAAT
* * * *
14341 ATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTTA-TATTACTTT
65 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTT
** * *
14403 ATTCAAATATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAACA-
128 ATTCTGA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AG
* ** * * * *
14457 ATCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAATCATAACTATTTGAACATGTTCGATAAAT
1 GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGATAAAT
* * *
14522 AGA-TTAATTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTACTTTAT
65 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * *
14586 T-TCAAATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAA
130 TCT-GAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * *
14637 GTCACAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATACTCATGACCATTTGAACTTGTTCGATAAAC
1 GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGATAAAT
* * *
14702 ATG-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTGTT-GAAATATTAATAAATTAATATTTTTT
65 A-GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * *
14764 TAATCTGAATAAGCTTGTATAAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAG
127 TATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * ** * *
14817 CT-ATAACAATTTGAAATAAATAACTGTTCAAATTA-TCATAAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAA
1 GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGATAAA
* * * *
14880 TAGATTTATTTGTTAGATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAATTTTA-TATTATT
64 TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTAGAATATTAATAA-ATTAGTATTATT
* * * ** * *
14942 TTATTC-GAAATAAACTTCTATGAATAGAAAAAAAATCATTTTATAACTAAACAAAAG
126 TTATTCTG-AATAAGCTTGTATGAATAG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* ** * * * * * *
14999 GTTATAGCAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTAAATTTGTTCGTTAAAC
1 GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGATAAAT
* * * *
15064 AGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCA-AATATTAATAACTTAGTATTA-TTTAT
65 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * * * *
15127 T-TCGAATAAGCTCATTTGAATCA-AAA-TATTTTTTTATGACAAAACAAAAA
130 TCT-GAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * *
15177 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAATCATGACTATTTG-ATCTAGTTTGGTAAG
1 GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-T-GTTCGATAAA
* * * * * * * * *
15241 CATATTTATTTTTAAAAT-TTTTATTTATTCATTGTT-GAAATATTAATAAATTGGTATTAATTT
64 TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* ** * * * * * *
15304 AATCCAAATAAGCTTGTATGAACATAAACTATTGTTTTAATAATAGAACAAAAAG
128 ATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT-ATGACAAAAC-AAAAG
* * * * *
15359 TTAATAACAATTTGAAATAAATAATTG-CCTAAATAGTCATAAC-ATTT
1 GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTT
15406 TTTACTGGTT
Statistics
Matches: 2468, Mismatches: 504, Indels: 249
0.77 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
173 5 0.00
174 118 0.05
175 28 0.01
176 217 0.09
177 334 0.14
178 157 0.06
179 294 0.12
180 426 0.17
181 338 0.14
182 222 0.09
183 325 0.13
184 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTCGATAAATA
GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
CTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
Found at i:13279 original size:356 final size:359
Alignment explanation
Indices: 12790--14890 Score: 865
Period size: 359 Copynumber: 5.8 Consensus size: 359
12780 ATTTTCTTTT
* * * * *
12790 GAATAAGCTTTTGTGAACTAAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAAAAATTTTAAA
1 GAATAAGCTTGTGTGAACTAAAATAATTATGTTATAACAAAACAAAAGATCATAAAAATTTGAAA
* * * **
12855 TCGATAATTGTTCAAATAATAATAACTCATTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATATTTTCAAA
66 TCAATAATTGTTCAAATAATAATAACTCATTGAACTAGTTCAAAAAACAAATTTATATTTTCAAA
* * *
12920 TCTCTTGCTTATTAATTTTT-AGAATGTTAATGAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGT
131 TCTCTTGCTTATTAATTTTTGA-AATGTTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGATTGT
* * * * *
12984 ATGAACTGAAACAATTATTATAGGACTAAACAAAAGGTTAGAATGA-TTTAAAATATATAATTAT
195 ATGAAATGAAACAATTATTATAGGACAAAACAAAAGGTCAGAACGACTTT-AAATAAATAATTAT
* ** * *
13048 TCTAATAGTCTTAGCTATTTGAACTAGTTTGGCAAATACATTTATTTTTAAAATCTTTCACTAAT
259 TCAAATAGTCAAAGATATTTGAACTAGTTTGACAAATACATTTATTTTTAAAATCTTTCACTAAT
13113 TGTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCC
324 TGTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCC
* * * *
13149 GAATAAGCTTGTGTG-ATTAGAAATAATTATGTTATAAGAAAAC-AAAGATCATAATAATTTGAG
1 GAATAAGCTTGTGTGAACTA-AAATAATTATGTTATAACAAAACAAAAGATCATAAAAATTTGAA
* * * * * *
13212 ATTAATATTTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTAGTTCAAAAAACAACTTTA-GTTTT-A
65 ATCAATAATTGTTCAAATAATAATAACTCA-TTGAACTAGTTCAAAAAACAAATTTATATTTTCA
* * *
13274 AATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATGTTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGATTT
129 AATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATGTTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGATTG
* * * * * *
13339 TATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAATGTCATAACGACTTTAAATAAATAATTAT
194 TATGAAATGAAACAATTATTATAGGACAAAACAAAAGGTCAGAACGACTTTAAATAAATAATTAT
* * * * *
13404 TCAAATAGTCAAATATATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTATTTAAATCTCTTGCTC
259 TCAAATAGTCAAAGATATTTGAACTAGTTTGACAAATACATTTA--TT-TTTAAA-ATCTT--TC
* * * * * **
13469 ATTAATTTTTTGAA-AGTTAATAAATTACTATTA-TTTTATTTT
318 ACTAATTGTTGGAATA-TTATTAAATTAGTATTATTTTTA-TCC
* * * * * * * * * * * **
13511 GAATAATCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAATAAAAGGTAAGAATGATTTGAAA
1 GAATAAGCTTGTGTGAACTAAAATAATTATGTTATAACAAAACAAAAGATCATAAAAATTTGAAA
* * ** * * **** ** *
13576 T-AGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACT-ATTTGAATTGGTTTGGTAAACTCATTTAT-TTTTTA
66 TCA-ATAATTGTTCAAATAATAATAACTCA-TTGAACTAGTTCAAAAAACAAATTTATATTTTCA
* * * * ** * * *
13638 AATCTCTTTCTTATT-ATTTTTTAGAATATTATTAATTTAGTAATATTTTACTT-TGAATAAGCT
129 AATCTCTTGCTTATTAATTTTTGA-AATGTTAATAAAGTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAGAT
* * ** * * * * *
13701 TGTATGAACA--AAAGCAATTGTTTTATTACAAAAC-AAAGATCATAATGA-TTTGAGATAGATA
192 TGTATGAA-ATGAAA-CAATTATTATAGGACAAAACAAAAGGTCAGAACGACTTT-AAATAAATA
* * * * * * *
13762 ATTATTCAAATAGTCATAAG-TATTTGAATTGGTTCGATAAACAGATTTAATTCTT-AAATCTCT
254 ATTATTCAAATAGTCA-AAGATATTTGAACTAGTTTGACAAATACATTT-ATTTTTAAAATCT-T
* *** * *
13825 T-ATTAATT-TACAAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCT
316 TCACTAATTGT-TGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTA-TCC
** * * * * * * * **
13868 GAATAATTTTGTATTAA-TAGAAACAATCATTTTATGATAAAACAAAATG-TCATAATGATTTGA
1 GAATAAGCTTGTGTGAACTA-AAATAATTATGTTATAACAAAACAAAA-GATCATAAAAATTTGA
** * * * * ** * * * *
13931 AAT-AGATAATAATTCAAATAGA-CATGACT-ATTTAAACTTGTTCAGTAGATAGATTTATTTTT
64 AATCA-ATAATTGTTCAAATA-ATAATAACTCA-TTGAACTAGTTCAAAAAACAAATTTATATTT
*** * * * *
13993 TCAAAATCTCCAACTTATTAATTTTT-AGAATATTCATAAATTAGTATTA-TTTATTTTCAAATA
126 TC-AAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGA-AATGTTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCT-AAATA
* * * * * * * * *
14056 AAATTGTATG-GATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGATCAAAATGA-TTTGAAATAA
188 AGATTGTATGAAAT-GAAACAATTATTATAGGACAAAACAAAAGGTCAGAACGACTTT-AAATAA
** * * * * ** * *
14119 ATAATTATTTGAAGAGTCATAA-CTATTTG-ACTCA-CTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC
251 ATAATTATTCAAATAGTCA-AAGATATTTGAACT-AGTTTGACAAATACATTTATTTTTAAAATC
* * * * *
14181 TTTTACTTATTAATTTTTAGAAT-TTAATAAATTAGTATCA-TTTTATTCC
314 -TTT-C--ACTAATTGTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTA-TCC
* * * * * * * * * *
14230 AAATAAGCTTTTATGAAC-AGAAACAATT-GGTTTATGAC-GAAC-AAAGCTCATAACAATTTCA
1 GAATAAGCTTGTGTGAACTA-AAATAATTATG-TTATAACAAAACAAAAGATCATAAAAATTTGA
** * * *
14291 AATGGATAATTGTTCAAATAGTTATAACT-ATTTGAAC-ATGTTCAAAAAACATATTTAT-TTTT
64 AATCAATAATTGTTCAAATAATAATAACTCA-TTGAACTA-GTTCAAAAAACAAATTTATATTTT
* * * * * * *
14353 AAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTACTTTATTCAAATATAAG
127 CAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATGTTAATAAA-GTAGTATTATTTTATTCTAA-ATAAG
* * * * * * * * * * *
14416 CTTGCATG-AATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAACA-ATCATAATG-TTTTGAAATAGA
190 ATTGTATGAAAT-GAAACAATTATTATAGGACAAAACAAA-AGGTCAGAACGACTTT-AAATAAA
* * * * * * * * * *
14478 TAATTGTTTAGATAATCATAA-CTATTTGAAC-ATGTTCGATAAATAGATTAATTTTT-AATTCT
252 TAATTATTCAAATAGTCA-AAGATATTTGAACTA-GTTTGACAAATACATTTATTTTTAAAATCT
* * * *
14540 CTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATT-T-C
315 -TT-C--ACTAATTGTTGGAATATTATTAAATTAGTATTA-TTT-TTATCC
* * * * * * * * **
14589 AAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAA-AGTCACAATGATTTGAA
1 GAATAAGCTTGTGTGAACTAAAATAATTATGTTATAACAAAACAAAAGA-TCATAAAAATTTGAA
* * * * * * * * ** *
14653 ATAAATAATTATTCAAATACTCATGAC-CATTTGAACTTGTTCGATAAACATGTTTAT-TTTTTA
65 ATCAATAATTGTTCAAATAATAATAACTCA-TTGAACTAGTTCAAAAAACAAATTTATATTTTCA
* * * * * * * * *
14716 AATCTTTTACTTATT-ATTTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTTTTTTAATCTGAATAAGCTT
129 AATCTCTTGCTTATTAATTT-TTGAAATGTTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGATT
* * * * * * * *
14780 GTATAAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGCT-ATAAC-AATTTGAAATAAATAAC
193 GTATGAA-ATGAAACAATTATTATAGGACAAAACAAAAGGTCAGAACGACTTT-AAATAAATAAT
* * * ** *
14841 TGTTCAAATTA-TCATAA-AGATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTT
256 TATTCAAA-TAGTCA-AAGATATTTGAACTAGTTTGACAAATACATTTATTT
14891 GTTAGATCTT
Statistics
Matches: 1400, Mismatches: 258, Indels: 168
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
356 145 0.10
357 170 0.12
358 200 0.14
359 258 0.18
360 130 0.09
361 119 0.09
362 157 0.11
363 144 0.10
364 74 0.05
365 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (359 bp):
GAATAAGCTTGTGTGAACTAAAATAATTATGTTATAACAAAACAAAAGATCATAAAAATTTGAAA
TCAATAATTGTTCAAATAATAATAACTCATTGAACTAGTTCAAAAAACAAATTTATATTTTCAAA
TCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATGTTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGATTGTA
TGAAATGAAACAATTATTATAGGACAAAACAAAAGGTCAGAACGACTTTAAATAAATAATTATTC
AAATAGTCAAAGATATTTGAACTAGTTTGACAAATACATTTATTTTTAAAATCTTTCACTAATTG
TTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCC
Found at i:15814 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 15420--16612 Score: 1065
Period size: 181 Copynumber: 6.7 Consensus size: 179
15410 CTGGTTTGAT
* * * * ** *
15420 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAA-ACAACTTATATTAA-CAAAATCAATTATTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATA-AGCTTGTATGAATTGAAA-CAATTGTTT
* * * * * * *
15483 TATGACAAAATAAAAAATAATAATAATTTGAAAGAGATAATTGTTCAAATAGT-TTAATTATTTG
64 TATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * *
15547 AACTGGTTTAGTAAA-AGAATTATTTTCTAAATCTCTTA-TA--AATTTTT-
129 AACTGGTTCAGTAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTATTAATTTTTG
* * * * *
15594 AAATATTAATAAATTAGTTTTACTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAGTTGAAATAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTA
* * * * *
15659 TGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAGATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTTGAA
66 TGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * *
15724 TTGGTTCGGCAAATGAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGCTATTAATTTTT-
131 CTGGTTCAGTAAAT-AATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTATTAATTTTTG
* * *
15774 AGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
1 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTT
* * * * *
15839 ATTATAGAACAAAATG-TTATAACAATATGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
65 ATGACAAAACAAAA-GATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
*
15903 AACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-T--TATTAATTTTTG
129 AACTGGTTCAGTAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTATTAATTTTTG
* * * *
15952 AAATATTAGTAAATTAATATTATTTTATT-TCAAACAAGCTTATATG--TTGAAAAACAATTGTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATTG--AAACAATTGTT
* * * * * * * * * *
16014 TTATGATAAAACAAAAGGTAATAACAAATTGAAACAAATAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATTT
63 TTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
** *
16079 GAACTTATTCAGTAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTG
128 GAACTGGTTCAGTAAA-TAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-TATTAATTTTTG
* * * * ** * * *
16133 AAATAATAATAAAGTAGTATTATTTTCTTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTA
* * *
16198 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGAATTT-AAATCA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTTTTTG
66 TGACAAAACAAAAGATCATAA-CAATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * *
16261 AACTTGTTCAGTAAACAAATTTATCTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTG
129 AACTGGTTCAGTAAA-TAATTTAT-TTTTTAAATCTCTTAC-TATTAATTTTTG
* * * * * * *
16315 GAATGTTAATAAATTAGTATTATTCTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTATA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTA
* * * * * ** * * *
16380 GGACTAAA-AAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA
66 TGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
** * *
16444 CTGGTTTGGCAAATATATATATATTTTTAAATCTC--AC---TAATTTTTG
131 CTGGTTCAGTAAATA-ATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTATTAATTTTTG
* * **
16490 AAATATTATTAAATTAGTATT-TTTT-TGTCTAAATAAGCTTTTATG-ATAAAAACAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTT
* * ** * * *
16552 ATGAGAAAAC-AAATATCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATT
65 ATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
16613 AATTTTTGAA
Statistics
Matches: 834, Mismatches: 152, Indels: 67
0.79 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
173 60 0.07
174 109 0.13
175 53 0.06
176 20 0.02
177 146 0.18
178 5 0.01
179 1 0.00
180 16 0.02
181 331 0.40
182 92 0.11
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTA
TGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
CTGGTTCAGTAAATAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTATTAATTTTTG
Found at i:16103 original size:358 final size:357
Alignment explanation
Indices: 15420--16612 Score: 995
Period size: 358 Copynumber: 3.4 Consensus size: 357
15410 CTGGTTTGAT
* * ** * * * *
15420 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAA-ACAACTTATATTAAC-AAAATCAATTATTT
1 AAATAATAATAAAGTAGTATTATTTTATTCCAAATA-AGCTTGTATGAACTAAAA-CAATTGTTT
* ** * * * * *
15483 TATGACAAAATAAAAAATAATAATAATTTGAAAGAGATAATTGTTCAAATAGT-TTAATTATTTG
64 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAA-TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * *
15547 AACTGGTTTAGTAAA-AGAATTATTTTCTAAATCTCTTATAAATTTTT-AAATATTAATAAATTA
128 AACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * * *
15610 GTTTTACTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAGTTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA
193 GTATTATTTTATTTCTAAACAAGCTTATAT-AGTTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA
* * * * * * * * * *
15674 TCATAACAATTTGAGATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTTGAATTGGTTCGGCAAATG
257 TAATAACAAATTGAAACAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAATTGATTCAGCAAATG
*
15739 AATTTATTTTTTAAATCTCTTAGC-TATTAA-TTTTT
322 AATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAACTTTTG
* * *
15774 AGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTT
1 A-AATAATAATAAAGTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTT
* * * * *
15838 TATTATAGAACAAAATGTTATAACAATATGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
64 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
*
15903 AACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTA
128 AACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* *
15968 ATATTATTTTATTTC-AAACAAGCTTATAT-GTTGAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAG
193 GTATTATTTTATTTCTAAACAAGCTTATATAGTTG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * *
16031 GTAATAACAAATTGAAACAAATAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTT-ATTCAGTAAA
256 ATAATAACAAATTGAAACAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAA-TTGATTCAGCAAA
16095 CT-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTG
320 -TGAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTG
* **** *
16133 AAATAATAATAAAGTAGTATTATTTTCTTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTA
1 AAATAATAATAAAGTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTA
* * *
16198 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGAATTTAAATCA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTTTTTGA
66 TGACAAAACAAAAGGTCATAA-CAATTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * *
16262 ACTTGTTCAGTAAACAAATTTATCTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGGAATGTTAATAA
129 ACTGGTTCAGTAAACAGATTTAT-TTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
* * * * ** * * * *
16327 ATTAGTATTATTCTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTATAGGACTAAA-AA
189 ATTAGTATTATTTTATTTCTAAACAAGCTTATAT-AGTTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * ** * * * * * * * * * **
16390 AAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGCA
253 AAGATAATAACAAATTGAAACAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAATTGATTCAGCA
* *
16455 AAT-ATATATATATTTTTAAATCTC--AC----TAATTTTTG
318 AATGA-ATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTG
* * * * *
16490 AAATATTATTAAATTAGTATT-TTTT-TGTCTAAATAAGCTTTTATG-A-TAAAAACAATTGTTT
1 AAATAATAATAAAGTAGTATTATTTTAT-TCCAAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTGTTT
* * * * * *
16551 TATGAGAAAACAAATA--TCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATT
64 TATGACAAAACAAA-AGGTCATAA-CAATTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
16613 AATTTTTGAA
Statistics
Matches: 690, Mismatches: 116, Indels: 66
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
354 42 0.06
355 118 0.17
356 51 0.07
357 56 0.08
358 257 0.37
359 24 0.03
361 7 0.01
362 57 0.08
363 76 0.11
365 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (357 bp):
AAATAATAATAAAGTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTA
TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
TGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
TTATTTTATTTCTAAACAAGCTTATATAGTTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATAAT
AACAAATTGAAACAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAATTGATTCAGCAAATGAATT
TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTG
Found at i:16136 original size:855 final size:858
Alignment explanation
Indices: 14559--16154 Score: 1839
Period size: 855 Copynumber: 1.9 Consensus size: 858
14549 TAATTTTTAG
* *
14559 AATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACTAAAACAATTATTTTAT
* * * * * *
14624 TACAAAACAAAAAGTCACAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATACTCATGACCATTTGAAC
66 GACAAAACAAAAAATAACAATAATTTGAAAGAAATAATTATTCAAATACTCATAACCATTTGAAC
* * * * * *
14689 TTGTTCGATAAACATGTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTGTTGAAATATTAATAAATT
131 TGGTTAGATAAACATGATTATTTTCTAAATCTCTTAC-TATAATTTGTTGAAATATTAATAAATT
* *
14754 AATATTTTTTTAATCTGAATAAGCTTGTATAAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGCT
195 AATATTTCTTTAATCTGAATAAGCTTGTATAAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGAT
* *
14819 ATAACAATTTGAAATAAATAACTGTTCAAATTATCATAAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGA
260 ATAACAATTTGAAATAAATAACTGTTCAAATTATCATAAAGATTTGAACTTGTTCGGCAAATAGA
* * * *
14884 TTTATTTGTTAGATCTTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAATTTTATATTATTTTATTCG
325 TTTATTTGTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAATATTATATTATTTTATTCC
* * *
14949 AAATAAACTTCTATGAATAGAAAAAAAATCATTTTATAACTAAACAAAAGGTTATAGCAATTTTA
390 AAATAAACTTCTATGAATAG-AAAAAAATCATTTTATAACTAAACAAAAGGTTATAACAATATGA
* * *
15014 AATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTAAATTTGTTCGTTAAACAGATTCATTTTTTAA
454 AATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTGGTTCGTTAAACAGATTCATTTTTTAA
* * * *
15079 ATCTCTTAATTATTAATTTTCAAATATTAATAACTTAGTATTATTTATTTCGAATAAGCTCATTT
519 ATCTCTTAATTA-TAATTTTCAAATATTAATAAATTAATATTATTTATTTCAAACAAGCTCATTT
* * * * *
15144 GAATCAAAATATTTTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAA
583 GAA-CAAAATATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACAAATTGAAACAAATAATTATTCAA
* * * ** * * * *
15209 ACAATCATGACTATTTGATCTAGTTTGGTAAGCATATTTATTTTTAAAATTTTTATTTATTCATT
647 ACAACCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTAAAATTCTTACTTATTAATT
* * *
15274 GTTGAAATATTAATAAATTGGTATTAATTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACATAAACTATTGT
712 GTTGAAATAATAATAAAGTAGTATTAATTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACATAAACTATTGT
15339 TTTAATAATAGAACAAAAAGTTAATAACAATTTGAAATAAATAATTGCCTAAATAGTCATAACAT
777 TTTAATAATAGAACAAAAAGTTAATAACAATTTGAAATAAATAATTGCCTAAATAGTCATAACAT
15404 TTTTTACTGGTTTGATA
842 TTTTTACTGGTTTGATA
* * *
15421 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAA-ACAACTTATATTAAC-AAAATCAATTATTTT
1 AATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCAAATA-AACTTATATGAACTAAAA-CAATTATTTT
* * * * * * **
15484 ATGACAAAATAAAAAATAATAATAATTTGAAAGAGATAATTGTTCAAATAGT-TTAATTATTTGA
64 ATGACAAAACAAAAAATAACAATAATTTGAAAGAAATAATTATTCAAATACTCATAACCATTTGA
15548 ACTGGTTTAG-TAAA-A-GAATTATTTTCTAAATCTCTTA-TA-AATTT-TT-AAATATTAATAA
129 ACTGG-TTAGATAAACATG-ATTATTTTCTAAATCTCTTACTATAATTTGTTGAAATATTAATAA
* * * ** *
15606 ATTAGT-TTTACTTTATTCTGAATAAGCTTGTAT-GAGTTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACA
192 ATTAATATTT-CTTTAATCTGAATAAGCTTGTATAAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAA-A
* * * * *
15669 AAAGATCATAACAATTTGAGATAAATAATTGTTCATA-TAGTCTTAACTG-TTTGAA-TTGGTTC
254 AAAGAT-ATAACAATTTGAAATAAATAACTGTTCAAATTA-TCATAA-AGATTTGAACTT-GTTC
* *
15731 GGCAAAT-GAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGC-TATTAATT-T-TTAGAATATTACTAA-ATTA
315 GGCAAATAG-ATTTATTTGTTAAATCTCTTA-CTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAATATTA
* * * ** * *
15791 GTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATTA-TAGAACAAAAT
376 -TATTATTTTATTCCAAATAAACTTCTATGAATAGAAAAAAATCATTTTATAACTA-AACAAAAG
* *
15854 GTTATAACAATATGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAG-TAAA
439 GTTATAACAATATGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTGGTTC-GTTAAA
* * * *
15918 CAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ATTA-ATTTTTGAAATATTAGTAAATTAATATTATTTTATT
503 CAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATAATTTTCAAATATTAATAAATTAATATTA-TTTATT
* * *
15981 TCAAACAAGCTTATATGTTGAA-AAACA-ATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAACAAATT
567 TCAAACAAGC-T-CAT-TTGAACAAA-ATATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACAAATT
* * *** *
16044 GAAACAAATAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTTA-TTCAGTAAAC-TAATTTATTTT
628 GAAACAAATAATTATTCAAACAACCATAACTATTTGAAC-TAGTTCAGTAAACAT-ATTTATTTT
*
16107 TTAAATCTCTTACTTATTAACTT-TTGAAATAATAATAAAGTAGTATTA
691 TAAAAT-TCTTACTTATTAA-TTGTTGAAATAATAATAAAGTAGTATTA
16155 TTTTCTTTTG
Statistics
Matches: 611, Mismatches: 96, Indels: 61
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
852 24 0.04
853 15 0.02
854 95 0.16
855 194 0.32
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857 118 0.19
858 4 0.01
859 1 0.00
860 18 0.03
861 21 0.03
862 96 0.16
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (858 bp):
AATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACTAAAACAATTATTTTAT
GACAAAACAAAAAATAACAATAATTTGAAAGAAATAATTATTCAAATACTCATAACCATTTGAAC
TGGTTAGATAAACATGATTATTTTCTAAATCTCTTACTATAATTTGTTGAAATATTAATAAATTA
ATATTTCTTTAATCTGAATAAGCTTGTATAAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGATA
TAACAATTTGAAATAAATAACTGTTCAAATTATCATAAAGATTTGAACTTGTTCGGCAAATAGAT
TTATTTGTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAATATTATATTATTTTATTCCA
AATAAACTTCTATGAATAGAAAAAAATCATTTTATAACTAAACAAAAGGTTATAACAATATGAAA
TAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTGGTTCGTTAAACAGATTCATTTTTTAAAT
CTCTTAATTATAATTTTCAAATATTAATAAATTAATATTATTTATTTCAAACAAGCTCATTTGAA
CAAAATATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACAAATTGAAACAAATAATTATTCAAACAA
CCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTAAAATTCTTACTTATTAATTGTTG
AAATAATAATAAAGTAGTATTAATTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACATAAACTATTGTTTTA
ATAATAGAACAAAAAGTTAATAACAATTTGAAATAAATAATTGCCTAAATAGTCATAACATTTTT
TACTGGTTTGATA
Found at i:16430 original size:539 final size:530
Alignment explanation
Indices: 15420--16564 Score: 1322
Period size: 539 Copynumber: 2.1 Consensus size: 530
15410 CTGGTTTGAT
* * *
15420 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAAACAA-CTTATAT-TAACAAAATCAATTATTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAAACAAGCTTATATGTTA-AAAA-CAATTGTTT
* * * * * **
15483 TATGACAAAATAAAAAATAATAATAATTTGAAAGAGATAATTGTTCAAATAGTTTAATTATTTGA
63 TATGACAAAACAAAAAATAATAACAAATTGAAACAAATAATTGTTCAAATAGCATAATTATTTGA
* * * * * *
15548 ACTGGTTTAGTAAAAGAATTATTTTCTAAATCTCTTATAAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTT
128 ACTGATTCAGTAAAAGAATTATTTTCTAAATCTCTTATAAATTTTGAAATAATAATAAAGTAGTA
** * *
15613 TTACTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAGTTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
193 TTACTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* * * * **
15678 AACAATTTGAGATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTTGAATTGGTTCGGCAAATGAATT
258 AACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTGTTTGAATTGGTTCAGCAAACAAATT
* * *
15743 TATTTTTTAAATCTCTTAGCTATTAATTTTTAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCCAA
323 TATTTTTCAAATCTCTTAGCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTCTATTCCAA
* * ** * *
15808 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATTATAGAACAAAATGTTATAACAATATGAAATA
388 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTATAGGATAGAACAAAAGGTTAGAACAATATGAAATA
* * *
15873 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTAT-TTTTTAAATC
453 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGCAAACAGATATATATTTTTAAATC
*
15937 TCTTATTAATTTTTG
518 TC--ACTAATTTTTG
* *
15952 AAATATTAGTAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAGCTTATATGTTGAAAAACAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAGCTTATATGTT-AAAAACAATTGTTTTA
* ** * *
16017 TGATAAAACAAAAGGTAATAACAAATTGAAACAAATAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAA
65 TGACAAAACAAAAAATAATAACAAATTGAAACAAATAATTGTTCAAATAG-CATAATTATTTGAA
* ** *
16082 CTTATTCAGTAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGAAATAATAATAAAG
129 CTGATTCAGTAAAAGAA-TTATTTTCTAAATCTCTTA--TA--AA-TTTTGAAATAATAATAAAG
* * * * *
16147 TAGTATTATTTTCTTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
188 TAGTATTACTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * *
16212 GTCATAATGAATTT-AAATCAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTTTTTGAACTT-GTTCAGTAA
253 ATCATAA-CAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTGTTTGAA-TTGGTTCAGCAA
* *
16275 ACAAATTTATCTTTTCAAATCTCTT-GCTTATTAATTTTTGGAATGTTAATAAATTAGTATTATT
316 ACAAATTTAT-TTTTCAAATCTCTTAGC-TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
** *
16339 CTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTATTATAGGACTA-AA-AAAAGGTTAGAAT
379 CTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTATAGGA-TAGAACAAAAGGTTAGAAC
* * * * ** * *
16401 GATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAATATATATAT
442 AATATGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGCAAACAGATATAT
16466 ATTTTTAAATCTCACTAATTTTTG
507 ATTTTTAAATCTCACTAATTTTTG
* * * * *
16490 AAATATTATTAAATTAGTATT-TTTT-TGTCTAAATAAGCTTTTATGATAAAAACAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAACAAGCTTATATGTTAAAAACAATTGTTTTA
*
16553 TGAGAAAACAAA
65 TGACAAAACAAA
16565 TATCATAATG
Statistics
Matches: 515, Mismatches: 80, Indels: 32
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
531 9 0.02
532 82 0.16
533 29 0.06
534 19 0.04
536 32 0.06
537 18 0.03
538 31 0.06
539 190 0.37
540 102 0.20
541 3 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (530 bp):
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAGCTTATATGTTAAAAACAATTGTTTTAT
GACAAAACAAAAAATAATAACAAATTGAAACAAATAATTGTTCAAATAGCATAATTATTTGAACT
GATTCAGTAAAAGAATTATTTTCTAAATCTCTTATAAATTTTGAAATAATAATAAAGTAGTATTA
CTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAC
AATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTGTTTGAATTGGTTCAGCAAACAAATTTAT
TTTTCAAATCTCTTAGCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTCTATTCCAAATA
AGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTATAGGATAGAACAAAAGGTTAGAACAATATGAAATAGAT
AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGCAAACAGATATATATTTTTAAATCTCA
CTAATTTTTG
Found at i:16930 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 16609--19594 Score: 1965
Period size: 181 Copynumber: 16.7 Consensus size: 179
16599 TAGTCATAAC
* * * * *
16609 TATTAA-TTTTTGAAATTTTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTTTATGAA-ATG
1 TATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAATA-G
* * * *
16672 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGACTTT-AAATAGATAACTATTCAAATAG
63 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * *
16736 T-TAAATTTATTTGAACTTGTTTAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTGCT
127 TAT-AA-CTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * *
16790 CATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTACTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATTA-A
1 TATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAA-TAGA
* * * * * * **
16854 AATAATTATTTTATTACTAAACAAAATGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAGTC
64 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-
* * * * * * *
16919 TTAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAACACATTTATTTTTCAAAGC---T-CT
128 ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * *
16967 TATTAA-TTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAAAAGA
1 TATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * * * * * *
17031 AACAATTGTTTTATGATAAAATAAATA--TCACAACGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATATT
64 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * * *
17094 AATAATTATTTAAACTAT-ATCGGTAAACAGATGTAGTTTTTAAATC---T-CT
128 -ATAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
** ** *
17143 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAATAGAA
1 TATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* ** * * * * *
17208 ACAATTGTTTTAGGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAGATGGACA
65 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TA
* * * * *
17273 TGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTT-TTTTTAAAATCTTCTACC
129 TAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * *
17323 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTAAGAATAGAA
1 TATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* ** * ** * * * ** *
17388 ATAATTGTTTTACAATAAAACAAAACATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACGGGCA
65 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-TAGTA
* * *
17453 TAGCTATTTGAACTTATTCTGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
129 TAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * *
17504 TATT-ATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTTGAATATGCTTGTATGAATAGAA
1 TATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* ** * *
17568 ACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATTATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTA
65 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TA
* * ** *
17633 TAACTATTTGAACGTGCTCAAAAAACATATTTA-TTTTTAAA--TTTTACT
129 TAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * *
17681 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGCAATAAGCTTGAATGAACATA
1 TATTAATTTTTTGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAATAGA
* * * ** * * * * * *
17745 AGCAATTATTTTATTACAAAACAAAATATAATAACAATTTGGAATAAAAAATTATTTATATAGTT
64 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-T
* * ** ** * *
17810 ATAACTATTTAAACTTCTTTGGTAAGTAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
128 ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * * *
17862 CATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAGCT-G
1 TATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGA-ATAG
* * ** * *
17925 ATATAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGT
63 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-
* * * ** * * * *
17990 TATGATTATTTAAACTTGGCCAATAAACATATTTATTTTTAAAATCTGTTACT
127 TATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* ** * * * *
18043 TATTAA-TTATCAAACTGTTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAA
1 TATTAATTTTTTGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * * * *
18107 AATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATATTTATTTAAATAGTA
64 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-
* * * * * * *
18172 ATAATTTTTTGAA-TATATTCAGTAAACATAGTTATTTTTTAAGTCTTTTATT
128 ATAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * * * ** **
18224 TATTCACTGTCTAAATATTAATAAATTTTTATTATTTTAATTAAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
1 TATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * * * *
18289 A-ACATTATTTTATGACAAAA-AAAAGG-CTATAGCAATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAAT
65 ACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * *
18351 CATAACTATTTGTACTTGTTCAATAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACT
128 -ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * *
18404 TATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGAATTATTCTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAAAA
1 TATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * ** * *
18469 ACAATTGTTTTCA-GACTAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTT
65 ACAATTGTTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-T
* * * ** * * **
18533 ATAACTGTTTGCA-TTGGTCAGGCCAACATATTCATTTTTTAAATCCATTACT
128 ATAACTATTTGAACTTGTTCA-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * * * * * *
18585 TATTAGTTTTTAGAACATTAATAAATTAGCATTATTTTTATTTCAAATAAGATTGCATCAATAGA
1 TATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * ** * * * * *
18650 GACAATTGTTTTATAACAAAA-ATATTGGTTATAACGATTGGAAATAAATAATTATTCAAATTAT
64 AACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-TAG
* * ** * *
18714 TATAACTAATTGAACTAGTTTGGTAAAC--ATATATATTTTAAATC---T-CT
127 TATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* *** * * * * * *
18761 TAATAATTTTCAAAATATTAATAATTTAATATTATTTTATTTCGAACAAACTTATATGAACCA-A
1 TATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAA-TAGA
* ** * * *
18825 AACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAGTCATTCATATAGCC
64 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG--
* * * ** * * * *
18890 T-TTACTACTTCAA-TTGGTTTGGCAAACAAATTT-TTTTTTAAATCTCTTAGT
127 TATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * * * *
18941 TATTAATTTTCAT-AATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACATA
1 TATTAATTTT-TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * * * ** * * ** * * *
19005 AATAATTATTTTATTATAAAACAAAAAATTATAACGATTTGAAATATCTAATTGTTTAAATAGAC
64 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-T
* * **
19070 ATAATTATTTGAACTAGTTC-GCTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACT
128 ATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * ** * **
19122 CATTAA-TTTTTGAAATACTAATAAATTAGTATTACTTTATTCCAAATAGGCTTAAATG-AT-GA
1 TATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATAG-
* * * * *
19184 AAAGTAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAGATGG
63 AAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * ** ***
19249 CCACAATTATTTGAAC-TGATT-TGATAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCCAACT
127 -TATAACTATTTGAACTTG-TTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * * ** * * *
19303 TCTCAA-TTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTTTATAACCTTTTATGTACT-G
1 TATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATG-AATAG
* * * * *
19366 AAATAATTGTTTTATTATAAAACAAAAGG---T--C-A-TT---AT-G---ATT-TTAAAATGGT
63 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * * *
19416 CATAATTATTAGAACTGGTT-AGGTAAA-TGAATTATTTTTTAAATCTCTTACT
128 -ATAACTATTTGAACTTGTTCA-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * * **
19468 TAATAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTTATTTTATTTTAATTTATTTCAAATAAGCAAGTATGA
1 TATTAATTTTTTG-AATATTAATAAA-TTA--GTA--TTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGA
* * *
19532 ATTGGAAA-AAATGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
59 A-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCA
19595 TAACGATTTG
Statistics
Matches: 2207, Mismatches: 486, Indels: 220
0.76 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
165 44 0.02
166 27 0.01
167 5 0.00
168 2 0.00
169 4 0.00
170 40 0.02
171 6 0.00
173 1 0.00
174 5 0.00
175 89 0.04
176 194 0.09
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178 122 0.06
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182 105 0.05
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184 3 0.00
185 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTATA
ACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
Found at i:18572 original size:361 final size:357
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16599 TAGTCATAAC
* * * ** * * *
16609 TATTAATTTTTGAAATTTTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTTTATGAA-ATGA
1 TATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACA-AA
* * * *
16673 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGACTTT-AAATAGATAACTATTCAAATAGT
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
* *** * * * * *
16737 TA-AATTTATTTGAACTTGTTTAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTCATTAATTTTT
129 TATAA-CTATTTGAACTTG-TCGGTAAACA-AATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-A-TTTT
* * * *
16801 TG-AATGTTAATAAATTACTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAATTA-AAATA-ATTA
189 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAA-ACATTG
* * * * * * * *
16862 TTTTATTACTAAACAAAATGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAGTCTTAACTAT
251 TTTTATGAC-AAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAATCATAACTAT
* * ** * *
16927 TTGAACTAGTTTAGCAAACACATTTATTTTTCAAA--GC-T-CT
315 TTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTT-AAATCTCTTACT
* * * *
16967 TATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAA-AAGA
1 TATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAA-A
* * * * * *
17031 AACAATTGTTTTATGATAAAATAAATA--TCACAACGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATA-T
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
* * * * * *
17093 TAATAATTATTTAAACTATATCGGTAAACAGATGTAGTTTTTAAATCTCTTA-TTA--ATTTTTA
129 T-ATAACTATTTGAACT-TGTCGGTAAACAAAT-TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTTTG
** ** *
17155 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAATAG-AAACAATTGTTTT
191 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAC-ATTGTTTT
* ** * * *
17219 AGGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAGATGGA-CATGACTATTTG
255 ATGACAAAA-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAAT-AATCATAACTATTTG
* * *
17283 AACTTGTTCAGTAAACAAATTT-TTTTTAAAATCT-TCTACC
318 AACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTT-AAATCTCT-TACT
* * * * *
17323 TATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTAAGAATAGA
1 TATTAATTTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAA
* ** * ** * * ** **
17387 AATAATTGTTTTACAATAAAACAAAACATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACGGGC
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTT
* * * * * *
17452 ATAGCTATTTGAACTTATTCTGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTTTGGA
130 ATAACTATTTGAACTT-GTCGGTAAACA-AATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTTTGAA
* ** * *
17517 ATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTTGAATATGCTTGTATGAATAG-AAACAATTGGTTTAT
193 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAC-ATTGTTTTAT
** * * * *
17581 GACAAAACAAAAGGTCATAATTATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC
257 GACAAAA-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAATCATAACTATTTGAAC
* * *
17646 GTGCTCAAAAAACATATTTATTTTTAAAT-T-TTACT
321 TTGTTCAATAAACATATTTATTTTTAAATCTCTTACT
*
17681 TATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTTGCAATAAGCTTGAATGAACA
1 TATTAATTTTTTA-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACA
* * * * ** * * * * * *
17743 TAAGCAATTATTTTATTACAAAACAAAATATAATAACAATTTGGAATAAAAAATTATTTATATAG
63 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
* * * ** *
17808 TTATAACTATTTAAACTTCTTTGGTAAGTAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTT
128 TTATAACTATTTGAACTT-GTCGGTAAACAAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATTTTT
* * * *
17873 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAGCT-GATATA-ATTGTT
190 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-ATAGA-AAACATTGTT
* * * * * * * *
17936 TTATGATGAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGATTATTT
253 TTATGA-CAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAATCATAACTATTT
* ** *
18001 AAACTTGGCCAATAAACATATTTATTTTTAAAATCTGTTACT
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* * * * *
18043 TATTAA-TTATCAAACTGTTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAA
1 TATTAATTTTTTAAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAA
* * * * * *
18107 AATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATATTTATTTAAATAGTA
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTT
* * * * * * * * * *
18172 ATAATTTTTTGAA-TATATTCAGTAAACATAGTTATTTTTTAAGTCTTTTATTTATTCACTGTCT
130 ATAACTATTTGAACT-T-GTCGGTAAACA-AATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-A-TTTTT
** * * *
18236 -AAATATTAATAAATTTTTATTATTTTAATTAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAACATTATTTT
190 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAACATTGTTTT
* * * *
18300 ATGACAAAAAAAAGG-CTATAGCAATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGT
255 ATGACAAAAAAAAGGTC-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAATCATAACTATTTGA
*
18364 ACTTGTTCAATAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACT
319 ACTTGTTCAATAAACATATTTA-TTTTTAAATCTCTTACT
* * *
18404 TATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGAATTATTCTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAAAA
1 TATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAA
* * * * *
18469 ACAATTGTTTTCA-GACTAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTT
66 ACAATTGTTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTT
* * ** *
18533 ATAACTGTTTGCA-TTGGTCAGGCCAACATATTCATTTTTTAAATC-CATTACTTATTAGTTTTT
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* * * * * *
18596 -AGAACATTAATAAATTAGCATTATTTTTATTTCAAATAAGATTGCATCAATAG-AGACAATTGT
190 GA-AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAC-ATTGT
* ** * * * * * * * * *
18659 TTTATAACAAAAATATTGGTTATAACGATTGGAAATAAATAATTATTCAAATTATTATAACTAAT
252 TTTATGACAAAAA-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAATCATAACTATT
* *** *
18724 TGAACTAGTTTGGTAAACATATATA-TTTTAAATCTCTTA--
316 TGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTAAATCTCTTACT
** * * * * * * *
18763 -A-TAATTTTCAAAATATTAATAATTTAATATTATTTTATTTCGAACAAACTTATATGAACCAAA
1 TATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAA
* * * * * *
18826 ACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAGTCATTCATATAGCCT
66 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG--T
* * * * * * * *
18891 T-T-ACTACTTCAA-TTGGTTTGGCAAACAAATTTTTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCA
129 TATAACTATTTGAACTT-G-TCGGTAAACAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTTTGA
* * * * *
18953 TAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACATAAATA-ATTATTTT
192 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-ACATTGTTTT
* * ** * * ** *
19017 ATTATAAAACAAAAAATTATAACGATTTGAAATATCTAATTGTTTAAATAGA-CATAATTATTTG
255 ATGACAAAA-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATA-ATCATAACTATTTG
* ** * *
19081 AACTAGTTCGCTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACT
318 AACTTGTTCAATAAACATATTTA-TTTTTAAATCTCTTACT
* * * * *** * ** **
19122 CATTAATTTTTGAAATACTAATAAATTAGTATTACTTTATTCCAAATAGGCTTAAATGATGAAAA
1 TATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAA
** * * * * * * **
19187 GTAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAGATGGCCA
66 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTA
* * * * ** * ** * *
19252 CAATTATTTGAAC-TGATTTGATAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAATTTTTGA
131 TAACTATTTGAACTTG--TCGGTAAA-CAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT-TATTTTTGA
* *
19316 AATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTT
192 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
19345 TTTATAACCT
Statistics
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Consensus pattern (357 bp):
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ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTA
TAACTATTTGAACTTGTCGGTAAACAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTTTGAAATA
TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAACATTGTTTTATGACA
AAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTT
CAATAAACATATTTATTTTTAAATCTCTTACT
Found at i:19603 original size:27 final size:27
Alignment explanation
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19555 AAACAAAAGG
* *
19565 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
1 TCATAACAATTTGAAATAAATAATTAT
*
19592 TCATAACGATTTGAAATAAATAATTAT
1 TCATAACAATTTGAAATAAATAATTAT
19619 TCA
1 TCA
19622 AATAGTTATA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 3, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
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TCATAACAATTTGAAATAAATAATTAT
Found at i:20580 original size:181 final size:180
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19834 AACAAAATTG
* * * * * *
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* * * * *
19909 AATATTAATTTATTAATATTT-TGACAATTAATAAGTAAAATACTT--AAA-AAATATGTTTA-C
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* * * *
19969 TGAACAAGTTCAAATAATCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
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* * * * *
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* * * * * * * * *
20084 TAATTCTAATTTATTAACA-TACTAAAAATTAATGAG--AGA-ATTAAAAAAATGAATTTGTTTG
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* * * * * * * *
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* * *
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1 TTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAA
* * * * * *
20262 TAATA-TAAATTTATTAA-AATTCCAAAATTAATAAG-AAAAAATTAAAAAAATAAATATGTTTT
65 TAATACT-AATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATT-TAAAAATAAATCTGTTTA
* * *
20324 TTGAACACGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
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** * *
20377 TTATGACAATTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTCATATAAGCTTATTTAGAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAAT
*
20442 AATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAATAATAAATCTATTTATC
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* * * * *
20507 GAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAGTTATATATTTCAAATCG
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* * * * * * * *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAAT
* * * * *
20623 AACACTAATTTATTATTA-TTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
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* * * * * ** *
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* * * **
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAAT
* * * * * * *
20804 AATACCAATTTATTACTATTT-TGAAAATTAATAAG-----GATTTAAAAGTAAATGTATTTTTT
66 AATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTGTTTATC
* * * * * ** * **
20863 GAACCAA-TTTAAATGGTTAAGACTGTTAGAATGATTATCTATTCCAAATTG
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* * * * * * * * *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACA-AGCTTATTTAG-AATAAA
* ** * * *
20977 ATAATACTAATTTATTAAAATTTAAAAAATTAATTAGTAAGAA-ATTTTAAAA-AAAT-TATTTA
64 ATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAATAAATCTGTTTA
* * * * *
21039 TTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTGTTCGAACAATTAT-GA--T---AT--
128 TCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * * *
21084 TT-T-A-------TTTTATCATAAAACAACTATTTCAGTAT-ATAAAGGTTTATTCAAAATTAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGT-TCATACAAGCTTATTTAGAATAAAA
* * * * *
21139 TAATATTACTTTTATTAATATTTC-AATAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTT
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* ** * * *
21202 TATCAAATTAGTTCAAATAATTAT-AGCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCG
126 TATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * ** * *
21257 TTATGAACTTTTGTTTTATCGTAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCCTCTTT-GAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAA
* * * * *
21321 TAATATTAATTT-TCTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAGGTTAATCTGTTTA
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* * * * **
21385 -CTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTG
128 TC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAAT
** * * * * *
21503 AATACTAATGCAATAATATTAT-GAAAATTAATAACT-AAAGATTTAAAAAATAAATTTTTTTA-
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* * * * * * * * * *
21565 CTAAACTAGTTTAAATAGTTAAG-GTATATGAA-TATTTTTTATCTCAAATCA
129 C-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* ** * * ** * * *
21616 TTATAACCTTTTGTTTTGTTGTAAAACAATT-TTTTTAGTTCTTAGTAGCATGTTAAGAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAA
* * *
21680 TAA-AATAAATTTATTAATATTTC-AAAACTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ACAATTATGTT
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** * * * * * *
21742 TGCCTAACCAGTTCAAACAATTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
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* * * * * * * *
21797 TTATGACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAGAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAAT
* * *
21862 AATAATAATTTATTAATATTT-TGAAAATTAAGAAGTAAGAA-ATTTAAAAATAAATTTGTTTA-
66 AATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAATAAATCTGTTTAT
* * * * * *
21924 CTAAACCAGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAACAATCATTTATTTCAAATCA
129 C-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
21977 TTACGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTCTGTTCATA-TAGTCTAATTTGGAATAAAG
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAG-CTTATTTAGAATAAAA
* * *
22040 TAATGCTAATTTATTAATATTT-TGAAAACTAATAAGTAACAA-ATTTAAAGAATGAAA-CTATT
65 TAATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAA-AAT-AAATCTGTT
*** * * *
22102 GGCCTAACTAGTGCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
126 TATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * **
22157 TTATGACCTTTTGTTTTATCACAAAATAATTGTTTCTATTCGTATAAGCTTATTT-GAATAACGT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAAT
* * * * * *
22221 AATTCTATTTTATTAATA-TTCTGAAAATCAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTAT
66 AATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTAT
* * * * *
22285 TGAACAAGTACAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCG
129 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
22337 CTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAAT-ATTCTATTCATAAAAGCTTATTTCA-AATAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTT-AGAATAAA
** * *
22400 AT--TACATAAATTTATTAATATTTAGACACA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-AAATTTGTT
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* *
22461 TATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAGT-TATTTCAAATCA
126 TATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * * * *
22516 TTAAGACTTTTTATTTTGTCATGACACAATTGTTTTTCTTCATACAAGCCTACTTGGATTAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAAT
* * * ** *
22581 ATTATTAATTTATTAATATTT-TAAAAGTTAATAAGTAAAAGATTTTAAAATAAA-CACATTTAC
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* * * * * * *
22644 CAAACAAGTTTAAAGAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCG
129 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * ** * * **
22696 TTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTCGGAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAAT
* * * * * *
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* **
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* * * *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT-TAGAATAAAA
* * *
22942 TAAT--TAAATTTATTAATA-TTCCAAAATTTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAATTAAT-T-TTTT
65 TAATACT-AATTTATTAATATTTCTAAAA-TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTGTTTA
* * *
23001 TCGAACACA-TTCAAATAGTTTTAACTATTTGAACAATCATCTATTTCAAAT-A
128 TCGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* ** * * * *
23053 GTTATGACCTTTTGTTTTATGGTAAACCAATTGTTTCTATCCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAA
1 -TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAA
* *
23117 ATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
64 ATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTA
** * * * * *
23182 -CTGAGTAAGCTCAAATAGTTATGACTGTTTGAGCAATTTTTTATTTCAAAT-A
128 TC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
** * * *
23234 GTCGTGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTT-GAAATAAA
1 -TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAA
* * * * ** *
23298 ATAATACTATTTTGTT-ATGATTT-TGCAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
64 ATAATACTAATTTATTAAT-ATTTCT-AAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTGTT
* * * * * * *
23361 TACCAAACAAGTTCAAATAGTCATG-TTCATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCG
126 TATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* ** * * * * *
23416 TTATGACATTTTAATTTGT-AGTAAAATAATTGTTTTTGTACATAC-AGAATTATTCAGAATAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAG-CTTATTTAGAATAAA
* * * * * *
23479 ATAATATTGATTTATTAGTATTT-TGAAAAGTAATAAG----AGATTTAAAAACTAAATTTATTT
64 ATAATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-TAAATCTGTTT
* ** *
23539 ATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCACAAATCG
127 ATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
23593 TAATGATC-TTTATTTTGTCATACAACAATTGTTTCCT-TTCACATAAGCTTATTT-GATTAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-CTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAA
* * * * * *
23655 TGATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAGGTAAGAA-ATTTAAAAATAAATATGCTTG
65 TAATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAATAAATCTGTTTA
* * * *
23718 TCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCA
128 TCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * ** * * * *
23771 TTCTAACCTTTTGTTGAGTCATAAAACAATTATTCCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAAT
* * * * *
23836 AATGCTAATTTATTAACATTT-GAATAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATATATATATGTTTA
66 AATACTAATTTATTAATATTTCTAA-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATA-A-ATCTGTTTA
* * * * * * * **
23900 -CTAAACAATTTCAATTAGATATGACTATGTGAACAATTATTTATTTAAAATTG
128 TC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * * **
23953 TTTTAACCTTTTATTTTGTCACAAAACAATTATTTCAGTTAATAAAAACTTATCGA-AATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAAT
* * * * * * * *
24017 AATGCTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTT-TC
66 AATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-TAAATCTGTTTATC
* * * * *
24081 TGAAGCAA-TTCCAGTAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCA
130 -GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * **
24133 TTATGATC-TTTATTTTCTCATAAAACAATTGTTT-TTTATCATATAAGCTGA-TTCGGGTAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGT-TCATACAAGCTTATTTAGAAT-AAA
* ** * *
24195 ATAAAACTAATTTAAAAATATTT-TGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTT
64 ATAATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTGTTT
* * * * * * *
24259 ACCGAATGAA-TTCAAATAGTTAAGATTATTAGAATAATTGTCTATTTCAAATCA
127 ATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
24313 TTTTGA-CTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGC-TATTT-GAAAGAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAA
* * * * *
24375 TAATACTAATTTATTAA-CTTTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATATGTTT
65 TAATACTAATTTATTAATATTTC-TAAAATTAATAAGTAAAAGATTT--AAAAATAAATCTGTTT
* * * * * *
24439 A-CTGAACAAGCTCAAATAGCTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTA
127 ATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * ** * *
24493 TTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCACAAAAGTTTATCCAAAATTAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAAT
* *
24558 AATACTACTTTATTAATATTT-TGAAAATTAACAAG----AGATTTAAAAAATAAAAT-TAGTTT
66 AATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAT-AAATCT-GTTT
* * * * *
24617 A-CTGAATC-AGTTTAAATAATTGTGGA-TATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCA
127 ATC-GAA-CAAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* **
24671 TTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAA-AATTTGTTT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTT
24706 TTCAACATGC
Statistics
Matches: 3706, Mismatches: 777, Indels: 403
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
161 41 0.01
162 28 0.01
163 4 0.00
164 6 0.00
165 35 0.01
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168 2 0.00
169 1 0.00
170 2 0.00
171 2 0.00
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183 7 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAAT
AATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTGTTTATCG
AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
Found at i:21700 original size:359 final size:354
Alignment explanation
Indices: 21149--24705 Score: 2333
Period size: 359 Copynumber: 9.9 Consensus size: 354
21139 TAATATTACT
* * * ** **
21149 TTTATTAATATTTCAATAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTA-TCAAATTAG
1 TTTATTAATATTTGAA-AATTAATAAG-TAAAGATTT-AAAAATAAATTTTTTTACT-AAACAAG
* * * * * *
21213 TTCAAATAATTATAGCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTATCG
62 TTCAAATAGTTA-AGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * *** * * * *
21278 TAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCCTCTT-TGAAATAAAATAATATTAATTT-TCTAATAT
126 TAAAACAATTATTCTAGTTCATA-AAGCATATTCAG-AATAAAATAA-AATAATTTAT-TAATAT
* * *
21341 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAGGTTAATCTGTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTA
187 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA-ATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * * *
21406 TGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTATCTCATAAAACAATTAT
251 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * *
21471 TTCTGTTCACACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
316 TTCTGTTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAA
** * * *
21511 TGCAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAAGATTTAAAAAATAAATTTTTTTACTAAACTAGTT
1 TTTATTAATATT-TGAAAATTAATAAGTAAAGATTT-AAAAATAAATTTTTTTACTAAACAAGTT
* * * * * * * * **
21576 TAAATAGTTAAGGTATATGAA-TATTTTTTATCTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTTGTAA
64 CAAATAGTTAAGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * *
21640 AACAATTTTTTTAGTTCTTAGTAGCATGTTAAGAATAAAATAAAATAAATTTATTAATATTTCAA
129 AACAATTATTCTAGTTCATA-AAGCATATTCAGAATAAAATAAAAT-AATTTATTAATATTTCAA
* * * * * *
21705 AACTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ACAATTATGTTTGCCT-AACCAGTTCAAACAATTATGA
192 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATA-AA-TCTGTTT-ACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * * *
21768 TTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAAATGTTTT
254 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * *
21833 TGTTCATATAAGTTTGTTCAGAATAAAATAATAATAA
319 TGTTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAA
* * * *
21870 TTTATTAATATTTTGAAAATTAAGAAGTAAGAAATTTAAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAGTT
1 TTTATTAATA-TTTGAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAATAAATTTTTTTACTAAACAAGTT
* * * * * *
21935 CAATTAGTTATAACTATTTGAACAATCATTTATTTCAAATCATTACGACCATTTGTTTTGTCATA
64 CAAATAGTTA-AGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* ** * ** *
22000 AAACAATTATTCT-GTTCATATAGTC-TAATTTGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTT
128 AAACAATTATTCTAGTTCATAAAG-CAT-ATTCAGAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTC
* * * * * ** * *
22063 GAAAACTAATAAGTAACAAATTTAAAGAATGAAA-CTATTGGCCT-AACTAGTGCAAATAGTTAT
190 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA-AAT-AAATCTGTT-TACTAAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * *
22126 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCACAAAATAATTGTT
252 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * ** * *
22191 TCTATTCGTATAAGCTTATTTGAATAACGTAATTCTAT
317 TCTGTTCATACAAGCTTATTAGAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
22229 TTTATTAATATTCTGAAAATCAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATTGAACAAGT
1 TTTATTAATATT-TGAAAATTAATAAGTAA-AGATTT-AAAAATAAATTTTTTTACTAAACAAGT
* * * * ** *
22294 ACAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCAT
63 TCAAATAGTTAAG-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * *
22359 AAAACAAAATATTCTA-TTCATAAAAGCTTATTTCA-AATAAAATTACATAAATTTATTAATATT
127 AAAAC-AATTATTCTAGTTCAT-AAAGCATA-TTCAGAATAAAATAAAAT-AATTTATTAATATT
* * * *
22422 T-AGACACA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-AAATTTGTTTA-TCAAATAAGTTCAAATAGTT
188 TCA-A-AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * *
22483 ATGACTATTTGAACAATTAGT-TATTTCAAATCATTA-AGACTTTTTATTTTGTCATGACACAAT
250 ATGACTATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATCGTTATA-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * * * *
22546 TGTTTTTCTTCATACAAGCCTACTTGGATTAAAATATTATTAA
313 TGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACTAA
* * **** *
22589 TTTATTAATATTTTAAAAGTTAATAAGTAAAAGATTTTAAAATAAACACATTTACCAAACAAGTT
1 TTTATTAATATTTGAAAA-TTAATAAGT-AAAGATTTAAAAATAAATTTTTTTACTAAACAAGTT
* * * * *
22654 TAAAGAGTCATAA-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCAT
64 CAAATAGT--TAAGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * *
22718 AAAACAATTGTATC-AATTCATATAGGCTTATTCGGAATAAAATATCATTAATTTATTAATATTT
127 AAAACAATTAT-TCTAGTTCATA-AAGCATATTCAGAATAAAATA-AAATAATTTATTAATATTT
** * * * * * *
22782 TGAAAATAAATGAGTAAGAGATATAAAAAAATGAATCTGTTTACTGAACAAGTTTAAATAGTTAT
189 CAAAAATTAATAAGTAAGAGAT-T-TAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTAT
* *
22847 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTT
252 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
*
22912 TCTGTTCATACAGGCTTATTCCA-AATAAAATAAT--TAAA
317 TCTGTTCATACAAGCTTATT--AGAATAAAATAATACT-AA
** * * *
22950 TTTATTAATATTCCAAAATTTAATAAGTAAAAATTTAAAAATTAATTTTTTT-C-GAACACA-TT
1 TTTATTAATATTTGAAAA-TTAATAAGTAAAGATTTAAAAATAAATTTTTTTACTAAACA-AGTT
* * **
23012 CAAATAGTTTTAA-CTATTTGAACAATCATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTATGG
64 CAAATAG--TTAAGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
23075 TAAACCAATTGTTTCTA-TCCATACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
126 TAAAACAATT-ATTCTAGTTCATA-AAGCATATTCAG-AATAAAATAA-AATAATTTATTAATAT
* * * ** *
23138 TCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAGTAAGCTCAAATAGTTA
187 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * * ** * *
23203 TGACTGTTTGAGCAATTTTTTATTTCAAATAGTCGTGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
251 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * *
23268 TTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAT
316 TTCTGTTCATACAAGCTTATTAG-AATAAAATAATACTAA
* * * * * *
23308 TTTGTT-ATGATTTTGCAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAG
1 TTTATTAAT-A-TTTGAAAATTAATAAGTA-AAGATTT-AAAAATAAATTTTTTTACTAAACAAG
* * * * * * * **
23372 TTCAAATAGTCATGTTCATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTAATTTGT-A
62 TTCAAATAGTTAAGCT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * * * * *
23436 GTAAAATAATTGTTTTTGTACATACAGAATTATTCAGAATAAAATAATATTGATTTATTAGTATT
126 -TAAAACAATTATTCTAGTTCATAAAGCA-TATTCAGAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATT
** * * * * *
23501 T-TGAAA--AGTAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATTTATTTA-TCGAACCAGTTCAAATAGTTA
188 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTA
** * * * * *
23561 TGACTATTTGAACAATTATCTATCACAAATCGTAATGATC-TTTATTTTGTCATACAACAATTGT
251 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * *
23625 TTCCT-TTCACATAAGCTTATTTGATTAAAATGATACTAA
316 TT-CTGTTCATACAAGCTTATTAGAATAAAATAATACTAA
* * * * * * *
23664 TTTAATAATATTCTAAAAATTAATAGGTAAGAAATTTAAAAATAAATATGCTTGT-C-AAACTAG
1 TTTATTAATATT-TGAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAATAAAT-T-TTTTTACTAAACAAG
* * * **
23727 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTGAGTCA
62 TTCAAATAGTTAAG-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * ** ** *
23792 TAAAACAATTATTCCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATGCTAATTTATTAACATTT
126 TAAAACAATTATTCTAGTTCATA-AAGCATATTCAGAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTT
* * * * * *
23857 GAATAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATATATATATGTTTACTAAACAATTTCAATTAGATAT
189 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATA-A-ATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * * *
23922 GACTATGTGAACAATTATTTATTTAAAATTGTTTTAACCTTTTATTTTGTCACAAAACAATTATT
252 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * * *
23987 TCAGTTAATAAAAACTTA-TCGAAATAAAATAATGCTAC
317 TCTGTTCATACAAGCTTATTAG-AATAAAATAATACTAA
* * * * * *
24025 TTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTTT-CTGAAGCAA
1 TTTATTAATATTT-GAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAA-TAAA-TTTTTTTACT-AAACAA
* * * * * * * * *
24089 -TTCCAGTAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATC-TTTATTTTCTC
61 GTTCAAATAGTTAAG-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* ** ** **
24152 ATAAAACAATTGTT-TTTTATCATATAAGC-TGATTC-GGGTAAAAATAAAACTAATTTAAAAAT
125 ATAAAACAATTATTCTAGT-TCATA-AAGCAT-ATTCAGAAT-AAAATAAAA-TAATTTATTAAT
** * * **
24214 ATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCGAATGAA-TTCAAATAG
185 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTA-CTAAACAAGTTCAAATAG
* * * * * * * * * *
24278 TTAAGATTATTAGAATAATTGTCTATTTCAAATCATTTTGA-CTTTTGTTTAGTCATAAAATAAT
248 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * *
24342 TATTTCAGTTCATACAAGC-TATTTGAAAGAAAATAATACTAA
313 TGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTAG-AATAAAATAATACTAA
** * * * *
24384 TTTATTAACT-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAA
1 TTTATTAA-TATT-TGAAAATTAATAAGTAA-AGATTT--AAAAATAAATTTTTTTACTAAACAA
* * * * *
24448 GCTCAAATAGCTATAA-CTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTATTATGAACTTTTGTTTTGT
61 GTTCAAATAG-T-TAAGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * ** * * * * *
24512 CATAAAACAATTGTT-TCAGTTCACAAAAGTTTATCCAAAATTAAATAATACTACTTTATTAATA
124 CATAAAACAATTATTCT-AGTTCA-TAAAGCATATTCAGAATAAAATAA-AATAATTTATTAATA
** * * *
24576 TTTTGAAAA-T--TAA-CAAGAGATTTAAAAAATAAAAT-TAGTTTACTGAATC-AGTTTAAATA
186 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAT-AAATCT-GTTTACT-AAACAAGTTCAAATA
* * * * * * **
24635 ATTGTGGA-TATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAA-A
247 GTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
24698 ATTTGTTT
311 A-TTGTTT
24706 TTCAACATGC
Statistics
Matches: 2511, Mismatches: 547, Indels: 277
0.75 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
355 111 0.04
356 45 0.02
357 190 0.08
358 287 0.11
359 681 0.27
360 479 0.19
361 422 0.17
362 285 0.11
363 11 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (354 bp):
TTTATTAATATTTGAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAATAAATTTTTTTACTAAACAAGTTCA
AATAGTTAAGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
CAATTATTCTAGTTCATAAAGCATATTCAGAATAAAATAAAATAATTTATTAATATTTCAAAAAT
TAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT
ACAAGCTTATTAGAATAAAATAATACTAA
Found at i:22125 original size:180 final size:177
Alignment explanation
Indices: 21211--24701 Score: 1948
Period size: 180 Copynumber: 19.4 Consensus size: 177
21201 TTATCAAATT
* * * * *
21211 AGTTCAAATAATTAT-AGCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTA
1 AGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * *
21275 TCGTAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTCTTTGAAATAAAATAATATTAATTT-TCTAA
65 TCATAAAACAATT-TTTCT-ATTCATA-TAGCTTATTTGGAATAAAATAAT-CTAATTTAT-TAA
** * * * * * * *
21338 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAGGTTAATCTGTT-TACTAAACC
125 TATTTTGAAAACTAATAAGTAAGAAATTTAAAA--ATAAACTATTGTACTGAACA
* * ** * * *
21392 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTATCT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *** ** *
21457 CATAAAACAATTATTTCTGTTCACACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATGCAATAATAT
66 CATAAAACAATT-TTTCTATTCATA-TAGCTTATTTGGAATAAAATAAT-CTAATTTATTAATAT
* * * * * * * * *
21522 TATGAAAATTAATAACTAA-AGATTTAAAAAATAAATTTTTTTACTAAACT
128 TTTGAAAACTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAATAAACTATTGTACTGAACA
* * * * * * * * *
21572 AGTTTAAATAGTTAAG-GTATATGAA-TATTTTTTATCTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
** * * * * ** **
21635 TGTAAAACAATTTTTTTAGTTCTTAGTAGCATGTTAAGAATAAAATAAAATAAATTTATTAATA-
66 CATAAAACAATTTTTCTA-TTCATA-TAGCTTATTTGGAATAAAATAATCT-AATTTATTAATAT
* * * * * *
21699 TTTCAAAACTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ACAATTATGTTTGCCT-AACC
128 TTTGAAAAC-TAATAAGTAAGAAATTTAAAAATA-AACTAT-TGT-ACTGAACA
* * * * * *
21751 AGTTCAAACAATTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTAGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * ** *
21816 CATAAAACAAATGTTTT-TGTTCATATAAGTTTGTTCAGAATAAAATAATAATAATTTATTAATA
66 CATAAAAC-AAT-TTTTCTATTCATAT-AGCTTATTTGGAATAAAATAAT-CTAATTTATTAATA
* * * *
21880 TTTTGAAAATTAAGAAGTAAGAAATTTAAAAATAAA-T-TTGTTTACTAAACC
127 TTTTGAAAACTAATAAGTAAGAAATTTAAAAATAAACTATTG--TACTGAACA
* * * * * *
21931 AGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAACAATCATTTATTTCAAATCATTACGACCATTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *
21996 CATAAAACAATTATTCTGTTCATATAGTCTAATTTGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATT
66 CATAAAACAATTTTTCTATTCATATAG-CTTATTTGGAATAAAATAAT-CTAATTTATTAATATT
* ** *
22061 TTGAAAACTAATAAGTAACAAATTTAAAGAATGAAACTATTGGCCT-AACT
129 TTGAAAACTAATAAGTAAGAAATTTAAA-AAT-AAACTATTGTACTGAACA
* *
22111 AGTGCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTAT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * ** *
22176 CACAAAATAATTGTTTCTATTCGTATAAGCTTATTT-GAATAACGTAATTCTATTTTATTAATAT
66 CATAAAACAATT-TTTCTATTCATAT-AGCTTATTTGGAATAAAATAA-TCTAATTTATTAATAT
* * * *
22240 TCTGAAAA-TCAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATT-TATTGAACA
128 TTTGAAAACT-AATAAGTAAGAAATTT-AAAAAT-AAACTATTGTACTGAACA
* * * ** *
22291 AGTACAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * ** *
22356 CATAAAACAAAATATTCTATTCATAAAAGCTTATTTCAAATAAAATTACAT-AAATTTATTAATA
66 CATAAAAC-AATTTTTCTATTCAT-ATAGCTTATTTGGAATAAAA-TA-ATCTAATTTATTAATA
* * * *
22420 TTTAG-ACACATAATAAGTAA-AAGATTTAAAAA-AAA-T-TTGTTTA-TCAAATA
127 TTTTGAAAAC-TAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAATAAACTATTG--TACT-GAACA
* * *
22470 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAGT-TATTTCAAATCATTAAGACTTTTTATTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * * *
22534 TCATGACACAATTGTTTTTCTTCATACAAGCCTACTTGGATTAAAATATTAT-TAATTTATTAAT
65 TCATAAAACAATT-TTTCTATTCATA-TAGCTTATTTGGAATAAAATA--ATCTAATTTATTAAT
* * * **
22598 ATTTT-AAAAGTTAATAAGTAA-AAGATTTTAAAATAAACACATT-TACCAAACA
126 ATTTTGAAAA-CTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAATAAAC-TATTGTACTGAACA
* * * * * * *
22650 AGTTTAAAGAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * *
22715 CATAAAACAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTCGGAATAAAAT-ATCATTAATTTATTAATA
66 CATAAAACAATT-TTTCTATTCATATA-GCTTATTTGGAATAAAATAATC--TAATTTATTAATA
* ** * *
22779 TTTTGAAAA-TAAATGAGTAAGAGATATAAAAAAATGAATCTGTT-TACTGAACA
127 TTTTGAAAACT-AATAAGTAAGA-A-ATTTAAAAAT-AAACTATTGTACTGAACA
* ** *
22832 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * ***
22897 CATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAGGCTTATTCCAAATAAAATAAT-TAAATTTATTAATA-
66 CATAAAACAATT-TTTCTATTCATATA-GCTTATTTGGAATAAAATAATCT-AATTTATTAATAT
** * * * * *
22960 TTCCAAAATTTAATAAGTAA-AAATTTAAAAATTAA-TTTTTTTC-GAACA
128 TTTGAAAA-CTAATAAGTAAGAAATTTAAAAATAAACTATTGTACTGAACA
* * *
23008 CA-TTCAAATAGTTTTAACTATTTGAACAATCATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTT
1 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTT
* ** * * * * *
23071 ATGGTAAACCAATTGTTTCTATCCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
64 GTCATAAAACAATT-TTTCTATTCATA-TAGCTTATTTGGAATAAAATAAT-CTAATTTATTAAT
*** * * **
23136 ATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTT-TACTGAGTA
126 ATTTTGAAAACTAATAAGTAAGAA-ATTT-AAAAATAAA-CTATTGTACTGAACA
* * * * * ** *
23189 AGCTCAAATAGTTATGACTGTTTGAGCAATTTTTTATTTCAAAT-AGTCGTGATCTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
23253 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTATTTTGTT-ATG
65 TCATAAAACAATT-TTTCTATTCATA-TAGCTTATTTGGAATAAAATAAT-CTAATTTATTAAT-
* * * * * **
23317 ATTTTGCAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAA-T-TTGTTTACCAAACA
126 ATTTTGAAAACTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAATAAACTATTG--TACTGAACA
* * * * * * **
23370 AGTTCAAATAGTCATG-TTCATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTAATTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * ** * * *
23434 T-AGTAAAATAATTGTTTTTGTACATACAGAATTATTCAGAATAAAATAATATTGATTTATTAGT
65 TCA-TAAAACAATT-TTTCTATTCATATAG-CTTATTTGGAATAAAATAAT-CTAATTTATTAAT
* * *
23498 ATTTTGAAAAGTAATAAG--AG--ATTTAAAAACTAAATTTATT-TA-TCGAACC
126 ATTTTGAAAACTAATAAGTAAGAAATTTAAAAA-TAAA-CTATTGTACT-GAACA
** * * * *
23547 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCACAAATCGTAATGATC-TTTATTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
23611 CATACAACAATTGTTTCCT-TTCACATAAGCTTATTT-GATTAAAATGATACTAATTTAATAATA
66 CATAAAACAATT-TTT-CTATTCATAT-AGCTTATTTGGAATAAAATAAT-CTAATTTATTAATA
* * * * * *
23674 TTCTAAAAATTAATAGGTAAGAAATTTAAAAATAAA-TATGCTTGT-C-AAACT
127 TTTTGAAAACTAATAAGTAAGAAATTTAAAAATAAACTA---TTGTACTGAACA
* * * * **
23725 AGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTGAGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *
23790 CATAAAACAATTATTCCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATGCTAATTTATTAACA-
66 CATAAAACAATTTTTCTA-TTCATA-TAGCTTATTTGGAATAAAATAAT-CTAATTTATTAATAT
* * * *
23854 TTTGAATAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATATATA-TATGTTTACTAAACA
128 TTTGAA-AACTAATAAGTAAGAAATTTAAAAATA-A-ACTAT-TGTACTGAACA
* * * * * * ** * * *
23907 ATTTCAATTAGATATGACTATGTGAACAATTATTTATTTAAAATTGTTTTAACCTTTTATTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * *
23972 CACAAAACAATTATTTC-AGTTAATAAAAACTTA-TCGAAATAAAATAATGCTACTTTATTAATA
66 CATAAAACAATT-TTTCTA-TTCAT-ATAGCTTATTTGGAATAAAATAAT-CTAATTTATTAATA
** * * * * *
24035 TTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTATT-TTCTGAAGCA
127 TTTTGAAAACTAATAAGTAAGAAATTTAAAAA-TAAA-CTATTGTACTGAA-CA
* * * * * * * *
24088 A-TTCCAGTAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATC-TTTATTTTCT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * **
24151 CATAAAACAATTGTTT-TTTATCATATAAGCTGATTCGG-GTAAAAATAAAACTAATTTAAAAAT
66 CATAAAACAATT-TTTCTAT-TCATAT-AGCTTATTTGGAAT-AAAAT-AATCTAATTTATTAAT
* * * * * *
24214 ATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TGTGTTTACCGAATGA
126 ATTTTGAAAACTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAATAAACTAT-TGTACTGAA-CA
* * * * * * *
24268 A-TTCAAATAGTTAAGATTATTAGAATAATTGTCTATTTCAAATCATTTTGA-CTTTTGTTTAGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *
24331 CATAAAATAATTATTTC-AGTTCATACAAGC-TATTTGAAAGAAAATAATACTAATTTATTAACT
66 CATAAAACAATT-TTTCTA-TTCATA-TAGCTTATTTGGAATAAAATAAT-CTAATTTATTAA-T
*** * * * *
24394 -TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAA-TATGTTTACTGAACA
126 ATTTTGAAAACTAATAAGTAAGAAATTT--AAAAATAAACTAT-TGTACTGAACA
* * * * * * *
24447 AGCTCAAATAGCTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTATTATGAACTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * **** * *
24512 CATAAAACAATTGTTTC-AGTTCACAAAAGTTTATCCAAAATTAAATAATACTACTTTATTAATA
66 CATAAAACAATT-TTTCTA-TTCA-TATAGCTTATTTGGAATAAAATAAT-CTAATTTATTAATA
* * *
24576 TTTTGAAAA-T--TAA-CAAGAGATTTAAAAAATAAAATTAGTT-TACTGAATC-
127 TTTTGAAAACTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAAT-AAACTA-TTGTACTGAA-CA
* * * * * * **
24625 AGTTTAAATAATTGTGGA-TATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATTACCTTTCATTTTG
1 AGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
24689 TCATAAAA-AATTT
65 TCATAAAACAATTT
24702 GTTTTTCAAC
Statistics
Matches: 2616, Mismatches: 536, Indels: 321
0.75 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 34 0.01
176 142 0.05
177 119 0.05
178 260 0.10
179 383 0.15
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181 651 0.25
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183 19 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
CATAAAACAATTTTTCTATTCATATAGCTTATTTGGAATAAAATAATCTAATTTATTAATATTTT
GAAAACTAATAAGTAAGAAATTTAAAAATAAACTATTGTACTGAACA
Found at i:22235 original size:540 final size:534
Alignment explanation
Indices: 21149--24735 Score: 2742
Period size: 540 Copynumber: 6.6 Consensus size: 534
21139 TAATATTACT
* * * **
21149 TTTATTAATATTTCAATAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTA-GTTTATCAAATTAG
1 TTTATTAATATTTCAA-AATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAA-AAATTATGTTTA-CTAACAAG
* * *
21213 TTCAAATAATTAT-AGCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTATC
62 TTCAAATAATTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * ** * * * *
21277 GTAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCCTCTTTGAAATAAAATAATATTAATTT-TCTAATAT
126 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAG--TTTTTCAAATAAAATAATAATAATTTAT-TAATAT
* * * * * *
21341 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAGGTTAATCTGTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTA
188 TTCGAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAA-ATAAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTA
* * ** * * *
21406 TGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTT-TGTTATCTCATAAAACAATTA
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* * *** ** *
21470 TTTCTGTTCACACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATGCAATAATATTATGAAAATTAAT
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* * * * * * *
21535 AACTAAAGATTTAAAAAATAAATTTTTTTA-CTAAACTAGTTTAAATAGTTAAG-GTATATGAA-
380 AAGTAAAAATTTAAAAAATAAA-CTATTTACCT-AACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAAC
* * * * * * ** * * *
21597 TATTTTTTATCTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTTGTAAAACAATT-TTTTTAGTTCTTAG
443 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATAC
* * * * * *
21661 TAGCATGTTAAGAATAAAATAAAAT-AAA
508 AAGCTTATT-TGAATAAAAT-AATTCTAA
* *
21689 TTTATTAATATTTCAAAACTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAACAATTATGTTTGCCTAACCAGT
1 TTTATTAATATTTCAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-AATTATGTTT-ACTAACAAGT
* * * * * *
21754 TCAAACAATTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTAGTCAT
63 TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * *
21819 AAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTT
128 AAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGTTT-TTCA-AATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTC
* * * *
21884 GAAAATTAAGAAGTAAGAAATTTAAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAGTTCAATTAGTTATAAC
191 GAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * *
21949 TATTTGAACAATCATTTATTTCAAATCATTACGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTCT
256 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * * * *
22013 GTTCATA-TAGTCTAATTTGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTGAAAACTAATAAGT
320 GTTCATACAAG-CTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGT
* ** * *
22077 AACAAATTTAAAGAATGAAACTATTGGCCTAACTAGTGCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
384 AA-AAATTTAAAAAAT-AAACTATTTACCTAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATT
* * * *
22142 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCACAAAATAATTGTTTCTA-TTCGTATAAGC
447 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACAAGC
** *
22206 TTATTTGAATAACGTAATTCTAT
512 TTATTTGAATAAAATAATTCTAA
* * *
22229 TTTATTAATATTCTGAAAATCAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTA--TTTATTGAACAA
1 TTTATTAATATT-TCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA--AAT-TATGTTTACT-AACAA
* * * *
22292 GTACAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTC
61 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * *
22357 ATAAAACAAAAT-ATTCTATTCATAAAAGCTTATTTCAAATAAAAT--TACATAAATTTATTAAT
126 ATAAAAC-AATTGTTTCTGTTCATAAAAG-TT-TTTCAAATAAAATAATA-AT-AATTTATTAAT
* * * **
22419 ATTTAGACACA-TAATAAGTAA-AAGATTTAAAAA-AAATTTGTTTA-TCAAATAAGTTCAAATA
186 ATTTCGA-AAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAATAAATTTGTTTACT-GAACCAGTTCAAATA
* * * *
22480 GTTATGACTATTTGAACAATTAGT-TATTTCAAATCATTAAGACTTTTTATTTTGTCATGACACA
248 GTTATGACTATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTATTTTGTCATAAAACA
* * * * * * * *
22544 ATTGTTTTTCTTCATACAAGCCTACTTGGATTAAAATATTATTAATTTATTAATATTTT-AAAAG
311 ATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAA-
* * * * * * *
22608 TTAATAAGTAAAAGATTT-TAAAATAAACACATTTACCAAACAAGTTTAAAGAGTCATA-ACTAT
375 TTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAAC-TATTTACCTAACTAGTTCAAATAGTTA-AGACTAT
* * * * * *
22671 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTATC-AAT
437 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAGT
* * *
22735 TCATATAGGCTTATTCGGAATAAAAT-A-TCATTAA
502 TCATACAAGCTTATT-TGAATAAAATAATTC--TAA
* * * * * *
22769 TTTATTAATATTTTGAAAATAAATGAGTAAGAGATATAAAAAAATGAATCTGTTTACTGAACAAG
1 TTTATTAATA-TTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAA--ATTATGTTTACT-AACAAG
* * * *
22834 TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA
62 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
22899 TAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAGGCTTATTCCAAATAAAATAATTA-AATTTATTAATA-TT
127 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAG-TT-TTTCAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTT
* * * *
22962 CCAAAATTTAATAAGTAA-AAATTTAAAAATTAATTT-TTTTC-GAACACA-TTCAAATAGTTTT
190 CGAAAA-TTAATAAGTAAGAAATTTAAAAATAAATTTGTTTACTGAAC-CAGTTCAAATAGTTAT
* * * * ** *
23023 AACTATTTGAACAATCATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTATGGTAAACCAATTGT
253 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * * ***
23087 TTCTATCCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
316 TTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATA
* * * * * * *
23152 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAGTAAGCTCAAATAGTTATGACTGTTTGAGC
381 AGTAAAA-ATTTAAAAAATAAA-CTATTTACCTAACT-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAAC
* * ** * *
23216 AATTTTTTATTTCAAAT-AGTCGTGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA
443 AATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATA
* * *
23279 CAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAT
507 CAAGCTTATTTG-AATAAAATAATTCTAA
* * * *
23308 TTTGTT-ATGATTTTGC-AAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACCAAACA
1 TTTATTAAT-A-TTT-CAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAA-AAATTATGTTTA-CTAACA
* * * * * * **
23370 AGTTCAAATAGTCATG-TTCATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTAATTTG
60 AGTTCAAATAATTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * *
23434 T-AGTAAAATAATTGTTTTTGTACATACAGAA-TTATTCAGAATAAAATAATATTGATTTATTAG
124 TCA-TAAAACAATTGTTTCTGTTCATA-A-AAGTTTTTCA-AATAAAATAATAATAATTTATTAA
* * *
23497 TATTTTGAAAAGTAATAAG--AG--ATTTAAAAACTAAATTTATTTA-TCGAACCAGTTCAAATA
185 TATTTCGAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAA-TAAATTTGTTTACT-GAACCAGTTCAAATA
** * * * *
23557 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCACAAATCGTAATGATCTTTATTTTGTCATACAACAAT
248 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTATTTTGTCATAAAACAAT
* * * * * *
23622 TGTTTCCT-TTCACATAAGCTTATTT-GATTAAAATGATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATT
313 TGTTT-CTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATT
* ** * *
23685 AATAGGTAAGAAATTT-AAAAATAAA-TATGCTTGTCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTA
377 AATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAACTAT--TTACCTAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTT
* * * * *
23748 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTG-TTGAGTCATAAAACAATT-ATTCCAGTT
439 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTAGTT
*
23811 CATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATGCTAA
503 CATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAATTCTAA
* * * *
23844 TTTATTAACATTTGAATAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATATATATATGTTTACTAAACAAT
1 TTTATTAATATTTCAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-AAAT-TATGTTTACT-AACAAG
* * * * * * * *
23909 TTCAATTAGA-TATGACTATGTGAACAATTATTTATTTAAAATTGTTTTAACCTTTTATTTTGTC
62 TTCAAATA-ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * ** * ** *
23973 ACAAAACAATTATTTCAGTTAATAAAAACTTATCGAAATAAAATAATGCTACTTTATTAATATTT
126 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGTTTTTC-AAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTT
* * * * ** * * * * * *
24038 CAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTTTCTGAAGCAATTCCAGTAGTTATG
190 CGAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAA-TAAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATG
* * * * *
24103 ACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATCTTTATTTTCTCATAAAACAATTGTTT-
254 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * * *
24167 TTTATCATATAAGCTGATTCGG-GTAAAAATAAAACTAATTTAAAAATATTTTGAAAATTAATAA
319 TGT-TCATACAAGCTTATTTGGAAT-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAA
* * * * * * * *
24231 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCGAA-TGAATTCAAATAGTTAAGATTATTAGAATA
382 GTAA-AAATTTAAAAAATAAA-CTATTTACCTAACT-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACA
* * * *
24295 ATTGTCTATTTCAAATCATTTTGA-CTTTTG-TTTAGTCATAAAATAATTATTTC-AGTTCATAC
444 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATAC
* *
24357 AAGC-TATTTGAAAGAAAATAATACTAA
508 AAGCTTATTTG-AATAAAATAATTCTAA
* * *
24384 TTTATTAA-CTTTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAA
1 TTTATTAATATTTC--AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAA-AATTATGTTTACT-AACAA
* ** * * * ** *
24448 GCTCAAATAGCTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTATTATGAACTTTTGTTTTGTC
61 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * *
24513 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCACAAAAGTTTATCCAAAATTAAATAATACTACTTTATTAATATT
126 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGTTT-TTC-AAATAAAATAATAATAATTTATTAATATT
* * * * * * *
24578 TTGAAAATTAACAAG--AG--ATTTAAAAAATAAAATTAGTTTACTGAATCAGTTTAAATAATTG
189 TCGAAAATTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAAT-AAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTA
* * *
24639 TGGA-TATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAA-AATTT
252 T-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT-ATTTTGTCATAAAACAA-TT
* *** * *
24702 GTTTTTCAACATGCAAGCTTATTTGAAATAAAAT
314 GTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAAT
24736 TGTTAGTACT
Statistics
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Consensus pattern (534 bp):
TTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAATTATGTTTACTAACAAGTTCA
AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
ACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGTTTTTCAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCGAAAA
TTAATAAGTAAGAAATTTAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT
ACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAATT
TAAAAAATAAACTATTTACCTAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
AAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACAAGCTTATTTGAA
TAAAATAATTCTAA
Found at i:25163 original size:185 final size:179
Alignment explanation
Indices: 24781--25395 Score: 543
Period size: 185 Copynumber: 3.5 Consensus size: 179
24771 TTTTGAACAC
* * * * *
24781 ACAAGTTTATTTGAAATAAAACAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAGT-AC---GAGAT
1 ACAAGTTTATTTGTAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTT-AAAAATTA-TAACTAAGAGAT
* *
24842 TCAAAAAATAAATTTGTTTAC-TGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
64 TTAAAAAATAAATTTGTTT-CTTGAA-AAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTAT-TAT
* * * * * **
24906 -TTT-AAGTTGTTATAACTTTTTATTCTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCAT
126 ATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTATTTCAGTTCAT
* * * *
24958 ATAAATTTATTTGAAATAAAATAATACTAAATTAATAACATTCTAAAAATTCATAACTAAGAGAT
1 ACAAGTTTATTTGTAATAAAATAATACTAAATTAATAATATT-TAAAAATT-ATAACTAAGAGAT
* * *
25023 TTAAAAAGTAAATTTGTTTCTTGAAACAGTTCAAATAGTTTAAAACTATATGAATAATTATTTAT
64 TTAAAAAATAAATTTGTTTCTTGAAA-AGTTCAAATAG-TTATAACTATTTGAATAATTA-TTA-
* *
25088 TATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTCAGCTCAT
125 TATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTATTTCAGTTCAT
* * * * * *
25143 CCAAGTTTACTTGTAATAAAATAAAATTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-T-A-T-AGAGATT
1 ACAAGTTTATTTGTAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTT-AAAAATTATAACTAAGAGATT
* * * * * *
25204 TAAAAAAT-AA--TATTACTT----ATTTTAAATAATTATAACTATTTGAACAATTA-TATATTT
65 TAAAAAATAAATTTGTTTCTTGAAAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATTATATTT
* *
25261 CAATTTGTTATAACCTTTTGTTTTTTTCATAAAATAATTATTTCTA-TTCAT
130 CAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTT-ATAAAATAATTATTTC-AGTTCAT
* * * * **
25312 AGAAGCTTATTTATAATAAAATAATACT-AATCTAATAATATTTTGACTATTAATAACTAAGAGA
1 ACAAGTTTATTTGTAATAAAATAATACTAAAT-TAATAATA-TTTAAAAATT-ATAACTAAGAGA
25376 TTTAAAAAATAAATTTGTTT
63 TTTAAAAAATAAATTTGTTT
25396 AACTATTTGT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (179 bp):
ACAAGTTTATTTGTAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTTAAAAATTATAACTAAGAGATTT
AAAAAATAAATTTGTTTCTTGAAAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATTATATTTC
AAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTATTTCAGTTCAT
Found at i:25914 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 25499--29318 Score: 2512
Period size: 181 Copynumber: 21.4 Consensus size: 180
25489 AAATATCAAT
* * * *
25499 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTA-TTTAAAT
1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTAGTTCAAAT
* * * * * *
25563 TGTTATAACTACTTGAATTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTCTTAAATCTCTTA-TTA--ATTT
66 AGTCATAACTATTTGAATT-GTTCGATAAACAGATTTATTTT-TTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * * *
25625 TTAAAATATTAATAAATTAATATTATTGTATTT-AGAACAAACTTATATGAAC
129 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAGCTTGTATGAAC
* * * * ** * *
25677 AAAAATATTTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGGA-TCAAAATAGATAATTACTT-ATA
1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-GATTTGAAATAGATAATTAGTTCAAA
* * * * * * *
25740 TAGCCTTAACTATTTGAATTGGTTCAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTGATT
65 TAGTCATAACTATTTGAATT-GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * *
25805 TTCATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAC
129 TTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * *
25858 AGAAATAATTGTTTTATGACAAACCAAAAGATTATAACAATTTGAAATATATAATTA-TTCAAAT
1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTAGTTCAAAT
* * * * * * *
25922 AGTAATAACTATTTAAACTAGTCCGAT-AACTATATTTATTTTTTAATTCTCCTACTTATTAATT
66 AGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGATAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * *
25986 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTAT-GAATAAACTTGTAT-AATG
129 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAA-C
* * * * *
26038 AAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGTTTATAACAAATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAA
1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-GATTTGAAATAGATAATTAGTTCAAA
* * * * ** * *
26102 T-GGCTATAATTATTTGAATTGGTTCGAGAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAAT
65 TAGTC-ATAACTATTTGAATT-GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-
** * * *** *
26166 TTTTGAAATGGTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAG-TTTTATTGAAC
127 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTA-TGAAC
* * * * *
26220 TGAAACAATTCTTTTATGATAAAACAAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATT-GTTCAAA
1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTAGTTCAAA
* * * * *
26284 TAGTCATAACTAATTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTTAAAATTTCTTGCTTATTAA
65 TAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGATAAACAGATTTA-TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA
* * *
26349 TTTTCTAAATGTTAATAAAATTA-TATTATTTTATTTCAAAATTAGCTTGTATGAAC
127 TTTT-GAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * * *
26405 TAAAAAAAAAT-TTTTATGAC-AAA-AAAAGGTTAGAACGTTTTGAAATAGATAATTA-TTCTAA
1 -AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTAGTTCAAA
* * *
26466 TAGTCTTAACTATTAT-AACTGGTTCGGCATATAC--ATTTA--TTTTAAA--TC-T-CTTATTA
65 TAGTCATAACTATT-TGAA-TTGTTC-G-ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * ** * * * *
26522 ATTTTTATAATATTATTAGTTTAGTATTATTTTACTTT-GAACAAGCTTGCATGAAT
126 ATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * * * *
26578 AGAAATAAATG-TTTATTACAAAAC-GAAGATCAT-ACTATTTGAGATAAATAATTA-TTCAAAT
1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTAGTTCAAAT
* * * * * *
26639 AGTCATAACTATTTAAACTCGTT-GGTAAAAAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTA-TTA--ATTTT
66 AGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * **
26700 TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAAATAATTTTGTATGAA-
130 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAAATAAGCTTGTATGAAC
* ** * ** *
26751 ATAAAACAATTGTTTTACAACAAAATAAAATATCATAA-TATTTGAAATAGACT-ATTAGTTCAA
1 A-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA-TAATTAGTTCAA
* ** ** * * * *
26814 A-ATGACATGGCTATTTGAACTTGTTC-AGCAATATATTTATTTTTTACATCT-TCAACTTATTA
64 ATA-GTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTA
* * ** * *
26876 ATTTT-AGAA-ATTAATAAACTAATTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGCATGAA-
126 ATTTTGA-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * *
26930 ATAGCACAATTATTTTTATGACAAAA-AAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATT-GTTCAA
1 AGA-AACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTAGTTC-A
* * * * *
26993 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCCATTAACTAGATTTACTTTTTAAATCTTTTTACTTATT
63 AATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGATAAAC-AGATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATT
* * * * *
27058 AATTTTTAGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTT-TATTCTGAATAAGTTTTTATGAAC
125 AATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTC-AAATAAGCTTGTATGAAC
* * * *
27116 AAAAACAATTAG-TTTATAACAAAACAAAA-ATCATATA--ATTTGAAATAGATAATT-GTTTAA
1 AGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ACGATTTGAAATAGATAATTAGTTCAA
* *
27176 ATAGTCATAACTATTTGAATGTGTTC-A-AAA-A-A--TA-TGTTT---T-TCTTA-TTAGT--T
64 ATAGTCATAACTATTTGAAT-TGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* *
27227 TCT-AGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGCATGAA-
128 TTTGA-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * * * *
27279 AAAAACCAATTGTTTTGTGGCAAAACGAAATGTCATAA-TATTTTAAAATAGATAATTA-TTCAG
1 AGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTAGTTCAA
* * ** * *
27342 ATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAATAGATTCT-TTTTTTAGTTCTCTTAGTCATTAA
64 ATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGATAAACAGATT-TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * * *
27406 TTTTTGGAATATTAATAAATTAAT-TATATTTTACTTCAAATAAACTTATATGAAC
127 -TTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT-TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC
* * * *
27461 TA-AAACAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAGGTCATAATGACTTGAAATAGATAATTA-TTCAAA
1 -AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTAGTTCAAA
* * * * * * *
27524 TAGTCATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAAATTTTTTACTTATTAAT
65 TAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAAT
* * * *
27589 TATTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATAT-GAATAAACTT-TATGAAC
128 T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * *
27642 ATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGT-ATAACAAGTTGAAATAAATAATT-GCAT-AA
1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTAG-TTCAA
* * * * * * *
27704 ACAGTCATAACAATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACATTTTTAA
64 ATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-TTATTAA
* * * * *
27769 CTGTCTT--AATATTAATAAATTTG-ATTTATATTATTTGAAATAAGATTGTATGAAT
127 -T-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * * * *
27824 AGATA-AATTCTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATT-GTTCAAAC
1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTAGTTCAAAT
* * * * * *
27887 AGTCATAATTATTTAAACTTTTTCAATAAACAGATTCATATTTTTAAATTTCTTTA-TTATTAAT
66 AGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGATAAACAGATTTAT-TTTTTAAATCTC-TTACTTATTAAT
* * * * * * *
27951 TTTGGATTACTAATAAATCAGCATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTATATGAAC
128 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * *
28003 TGAAACAATTCTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTAAAAA
1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTAGTTCAAAT
* * * * * * *
28067 AATCATGATTATTTG-ATCTAGTTCAAT-AACATATTTGTTTTTTAAAT-T-TTACTTATCAATT
66 AGTCATAACTATTTGAAT-T-GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * *
28128 GTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGC--ATAT--A-
129 -TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * *
28176 TG-AACAATTGTTTTATAACAGAAA-AAAA-GTCATAACGATTTGAAATAAATAATTA-CTAAAA
1 AGAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTAGTTCAAA
* * * * * *
28237 TAGTCAAAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTA-TTAAT-A-T
65 TAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
** * * * * * * *
28298 TCAAAATATTAATAGATTAGCATTACTTTATTTCGAACAAACTTATATGAAC
129 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC
* * ** *
28350 AAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAACT-GTTCAAAT
1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTAGTTCAAAT
* * * * * * * *
28414 AATCATAATTATTTGAACTAGTTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACGTATTAATTT
66 AGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* *
28479 CTGAAATATTAATAAATTCA-T-TTCATTTTATTCCAAATAAGCTAT-TATGAATTA
130 -TGAAATATTAATAAATT-AGTATT-ATTTTATTTCAAATAAGCT-TGTATGAA--C
* * * * *
28533 AAAAAAAACTTATTTGATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATT-GTTCATA
1 AGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTAGTTCAAA
* * * * ** * * *
28596 TAGTCTTAAATATTTGAACTAGTTTGGCAAACAAATTTA-TTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATT
65 TAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-T
* *
28660 TTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC
128 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * * ** *
28713 AAAAATAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGATTATAACAATTTGAAGTTTACAATT-GTTCAAAT
1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTAGTTCAAAT
* ** * * *
28776 AGTTATTGCTATTTGAACTGGATC-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
66 AGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-T
* ** * **
28840 TTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGAATGTTC
128 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * *
28893 A-AACACAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATT-GTTGACA
1 AGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTAGTTCAAA
* * * * * * * **
28956 TAGCCATAATTATTTGAACTGATTCGATAAATAGATTCACTTGTTAAATAACTTACTTATTAATT
65 TAGTCATAACTATTTGAATTG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * *
29021 TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTCTATGAAC
129 TTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * *
29073 TGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAACGATTTCAAAGAGATAATTA-TTCATAT
1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTAGTTCAAAT
* * * * ** * *
29137 AGTCTTAACTGTTTGAACTGCTTTGGCAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTAGTTATTAGTTT
66 AGTCATAACTATTTGAATTG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA-ATT
* * * *
29201 TTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAAC
129 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC
* ** ** * * * *
29253 TGAAACAATAATTTTACAATAGAAA-AAAAGGTTATAAC-AATTGAAAATAGATAATT-GTCCAA
1 AGAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAACGATTTG-AAATAGATAATTAGTTCAA
29315 ATAG
64 ATAG
29319 GAACCGATTC
Statistics
Matches: 2891, Mismatches: 561, Indels: 378
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
163 6 0.00
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167 2 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTAGTTCAAAT
AGTCATAACTATTTGAATTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC
Found at i:26052 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 25501--32980 Score: 4492
Period size: 180 Copynumber: 41.9 Consensus size: 179
25491 ATATCAATAG
* * * * * *
25501 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATTGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
25566 TATAACTACTTGAATTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTCTTAAATCTCTTA-TTA--ATTTTTA
66 CATAACTATTTGAACTAGTTCGAT-AACAGATTTATTTT-TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTG
* * * * * *
25628 AAATATTAATAAATTAATATTATTGTATTTAGAACAAACTTATATGAA-CAA
129 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAATGAA
* * * ** * *
25679 AAATATTTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGGA-TCAAAATAGATAATTACTT-ATATA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-GATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATA
* * * * * * * * *
25742 GCCTTAACTATTTGAATTGGTTCAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTGATTTT
64 GTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA-TAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * ** * *
25807 CATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-CAG
128 GA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATGAA
* * * * * * *
25860 AAATAATTGTTTTATGACAAACCAAAAGATTATAACAATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
25925 AATAACTATTTAAACTAGTCCGATAACTATATTTATTTTTTAATTCTCCTACTTATTAATTTTGA
66 CATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGA
*
25990 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAACTTGTAT-AATGAA
130 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATGAA
* * * *
26040 AAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGTTTATAACAAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-G
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * ** * *
26104 GCTATAATTATTTGAATTGGTTCGAGAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAATTTT
65 TC-ATAACTATTTGAACTAGTTCGA-TAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTT
** * * * *
26169 TGAAATGGTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAG-TTTTATTGAACTG--
127 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTA-TGAA-TGAA
* * * *
26222 AAACAATTCTTTTATGATAAAACAAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
26287 TCATAACTAATTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTTAAAATTTCTTGCTTATTAATTT
65 TCATAACTATTTGAACTAGTTCGAT-AACAGATTTA-TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * *
26352 TCTAAATGTTAATAAAATTA-TATTATTTTATTTCAAAATTAGCTTGTATGAACT-AA
127 T-GAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTT--GAATAAGCTTGTATGAA-TGAA
* * * * * * *
26408 AAAAAAAT-TTTTATGAC-AAA-AAAAGGTTAGAACGTTTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* *
26470 CTTAACTATTAT-AACTGGTTCGGCATATAC--ATTTA--TTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTT
66 CATAACTATT-TGAACTAGTTC-G-ATA-ACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * ** * *
26526 TTATAATATTATTAGTTTAGTATTATTTTACTTTGAACAAGCTTGCATGAATAGAA
127 TGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAAT-GAA
* * * * * * * *
26582 ATA-AA-TG-TTTATTACAAAAC-GAAGATCAT-ACTATTTGAGATAAATAATTATTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
26642 CATAACTATTTAAACTCGTT-GGTAAAAAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTA-TTA--ATTTTTGA
66 CATAACTATTTGAACTAGTTCGAT-AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGA
* **
26703 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAAATAATTTTGTATGAA--ATA
130 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTG-AATAAGCTTGTATGAATGA-A
** * ** *
26754 AAACAATTGTTTTACAACAAAATAAAATATCATAA-TATTTGAAATAGACT-ATTAGTTCAAA-A
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA-TAATT-GTTCAAATA
* ** * * * * * *
26816 TGACATGGCTATTTGAACTTGTTC-AGCAATATATTTATTTTTTACATCT-TCAACTTATTAATT
64 -GTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA-TAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATT
* * * *
26879 TT-AGAA-ATTAATAAACTAATTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGCATGAA--ATA
126 TTGA-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAATGA-A
** * * *
26933 GCACAATTATTTTTATGACAAAA-AAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAATA
1 AAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATA
* * * * *
26997 GTCATAACTATTTGAACTTGCTCCATTAACTAGATTTACTTTTTAAATCTTTTTACTTATTAATT
64 GTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA-TAAC-AGATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATT
* * * * *
27062 TTTAGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCTGAATAAGTTTTTATGAA-CAA
126 TTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATGAA
* * *
27118 AAACAATTAG-TTTATAACAAAACAAAA-ATCATATA--ATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATA
1 AAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * *
27179 GTCATAACTATTTGAA-TGTGTTC-A-AA-A-A-ATA-TGTTT---T-TCTTA-TTAGT--TTCT
64 GTCATAACTATTTGAACT-AGTTCGATAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
** *
27230 -AGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAA--AA
128 GA-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATGAA
* * * * * * * *
27281 AAACCAATTGTTTTGTGGCAAAACGAAATGTCATAA-TATTTTAAAATAGATAATTATTCAGATA
1 AAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* ** * *
27345 GTCATAACTATTTGAACTTA-TTCGATAAATAGATTCT-TTTTTTAGTTCTCTTAGTCATTAATT
64 GTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCGAT-AACAGATT-TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-T
* * ** * *
27408 TTTGGAATATTAATAAATTAAT-TATATTTTACTTCAAATAAACTTATATGAACT--A
125 TTTGAAATATTAATAAATTAGTAT-TATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAA-TGAA
* * * * *
27463 AAACAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAGGTCATAATGACTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
27528 CATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTATT
66 CATAACTATTTGAACTAGTTCGAT-AACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATT-TT
* * * * *
27593 GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATATGAATAAACTT-TATGAA-CAT
128 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAATGAA
* * * * *
27644 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGT-ATAACAAGTTGAAATAAATAATTGCAT-AAACA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATA
* * * * * * *
27707 GTCATAACAATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACATTTTTAACTG
64 GTCATAACTATTTGAACTAGTTCGAT-AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-TTATTAA-T-
* * * *
27772 TCTT--AATATTAATAAATTTG-ATTTATATTATTTGAAATAAGATTGTATGAAT-AG
125 T-TTGAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAATGAA
* * * * * * * *
27826 ATA-AATTCTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAACAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * ** * * *
27890 CATAATTATTTAAACTTTTTCAATAAACAGATTCATATTTTTAAATTTCTTTA-TTATTAATTTT
66 CATAACTATTTGAACTAGTTCGAT-AACAGATTTAT-TTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTT
* * * * * * *
27954 GGATTACTAATAAATCAGCATTATTTTATTCGAATAAGCTTATATGAACTG--
128 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAA-TGAA
* * * * * * *
28005 AAACAATTCTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTAAAAAAAT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * *
28070 CATGATTATTTGATCTAGTTCAATAACATATTTGTTTTTTAAAT-T-TTACTTATCAATTGTTGA
66 CATAACTATTTGAACTAGTTCGATAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTGA
** *
28133 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGC--ATAT--ATG--
130 AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAATGAA
* * ** *
28178 -AACAATTGTTTTATAACAGAAA-AAAA-GTCATAACGATTTGAAATAAATAATTACTAAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * **
28240 TCAAAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTA-TTAAT-A-TTCA
65 TCATAACTATTTGAACTAGTTCGAT-AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTG
* * * * * * *
28301 AAATATTAATAGATTAGCATTACTTTATTTCGAACAAACTTATATGAA-CAA
129 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAATGAA
* ** * *
28352 AAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAACTGTTCAAATAAT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
28417 CATAATTATTTGAACTAGTTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACGTATTAATTTCTG
66 CATAACTATTTGAACTAGTTCGAT-AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TG
** *
28482 AAATATTAATAAATTCA-T-TTCATTTTATTCCAAATAAGCTAT-TATGAATTAAA
129 AAATATTAATAAATT-AGTATT-ATTTTATT-TGAATAAGCT-TGTATGAA-TGAA
* * * *
28535 AAAAAACTTATTTGATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAG
1 AAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
28599 TCTTAAATATTTGAACTAGTTTGGCA-AACAAATTTA-TTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTT
65 TCATAACTATTTGAACTAG-TTCG-ATAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTT
* * * *
28662 TGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-CAA
127 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAATGAA
* * * * * ** *
28715 AAATAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGATTATAACAATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* ** * * *
28779 TATTGCTATTTGAACTGGATC-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
66 CATAACTATTTGAACTAGTTCGA-T-AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTT
* * ** * * *
28843 GAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGAATG-TTCAA
128 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAATGAA
* * * * * * *
28895 ACACAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGACATAGC
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * ** *
28960 CATAATTATTTGAACT-GATTCGATAAATAGATTCACTTGTTAAATAACTTACTTATTAATTTTT
66 CATAACTATTTGAACTAG-TTCGAT-AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTG
*
29024 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTCTATGAACTG--
129 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAA-TGAA
* * * * * *
29075 AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAACGATTTCAAAGAGATAATTATTCATATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
29140 CTTAACTGTTTGAACT-GCTTTGGCA-AACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTAGTTATTAGTTTT
66 CATAACTATTTGAACTAG--TTCG-ATAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA-ATTT
* * ** *
29202 TGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACTG--
127 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAA-TGAA
** ** * * * *
29255 AAACAATAATTTTACAATAGAAA-AAAAGGTTATAAC-AATTGAAAATAGATAATTGTCCAAATA
1 AAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAACGATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * *
29318 G-GA-ACCGA-TT---C-AG-T--A-AACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTT-CTTATTAATTTT
64 GTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAACAGATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAA-TTT
* * ** *
29371 TGAAATTTTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATG-ATGAA
127 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATGAA
* * ** * * *
29424 AAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGCTTGTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGC
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
29489 CATAATTATTTGAACCAATTCGAT----G---TATTTTTTAAATCTC-TAATATATCAAAATTTG
66 CATAACTATTTGAACTAGTTCGATAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TAT-TAATTTTG
* * * * *
29546 AAGTATTAATAAAGTAATATTATTTTATTCT-AGCTAAGCTTTTATGAATTG--
129 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGA-ATAAGCTTGTATGAA-TGAA
* *** *
29597 AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAA-G-CATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * **
29660 CATAACTATTTGAACTTGTTCAAAAAATAAATTTATTTTTTAAAATTTGTTGTTTATTAATTTTC
66 CATAACTATTTGAACTAGTTC-GATAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTT-
* ** *
29725 TAAATGCTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACTGAA
128 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAA-TGAA
* * * * * * *
29779 AATAC---TATTTTATGAC-AAGCAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCTAATAT
1 AA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
29840 TCTTAACTATTTGAATTGGTTTGGCA-AACACATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTT
65 TCATAACTATTTGAACTAG-TTCG-ATAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * ** *
29900 TAGAATATTATTAATTTA-TCAATATTTTACTCAAATAAGCTTGTATGAA-CAA
128 GA-AATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAATGAA
* * * *
29952 AAACAATTGCTTTATGACAAAACAAATA--TCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAAAAA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATA
* * * * * * *
30015 ATCATAATTATTTGAATTGGTTTGATATACAGATTAAGTTTTTAAA--TCTT--TTATTAATTTT
64 GTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATA-ACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTT
* * ** *
30076 TGAAATACTAATAAATTAGAATTATTTTATTCTGAATAATTTTGTATGAAT-AG
127 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATGAA
* * * * * *
30129 AAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGATATAGATAATAGTTCAAATGGA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-
* * * * * **
30194 T-ATGACTATTTGAGCTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTT-
65 TCATAACTATTTGAACTAGTTCGAT-AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTG
* * *
30257 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAAT-AG
129 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAATGAA
* * * * * * *
30309 AAACAATTGTTTTATAATAAAACAGAAGATTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * *
30374 CATAACTATTTGAACTCGCTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
66 CATAACTATTTGAACTAGTTCGAT-AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTG
* * * * * *
30439 GAATTTTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAAT-AG
129 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAATGAA
* *
30490 AAAC-ATTGGTTTATGACCAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * *
30554 CATAACTATTTGAAAGT-GTTCAAAAATATATTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTCATTAATTTTTG
66 CATAACTATTTG-AACTAGTTCGATAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTG
** * * *
30616 AAATATTAATAAATTTTTATTATTTTA-TTGAAATAAGCTTGCATGAGT-AG
129 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAATGAA
* * * * * * * *
30666 AACCAGA-TGTTTTATGAGAAAACAAAATGTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTATTCAGATAG
1 AAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
30730 TCATAAC-ATTTGAAC-ATGTTC-AGTAACAAGATTCATTTTTTAATTCTCTTTCTCATTAATTT
65 TCATAACTATTTGAACTA-GTTCGA-TAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * *
30792 CTGGAATA-T--T-AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT--A
127 -TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAA-TGAA
* * * ** *
30842 AAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATAATTCATATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
30907 CATAACTATTTGAAC-ATGTTTGGTAACAAGA-TTCTTTTTTAATTCTCTTTCTCATTAATTTTT
66 CATAACTATTTGAACTA-GTTCGATAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTT
* * * *
30970 GGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTG--
128 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAA-TGAA
* * * * *
31022 AAACGATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGA-TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
31086 TATGACTAGTTGAACTTGTTTGGAAAACATATTTATTTTTTAAATGT-TCTAC-TATTAATTGTT
66 CATAACTATTTGAACTAG-TTCGATAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATT-TT
* * * * ** * * *
31149 GAAATATTAAAAAATAAATATT-TTGTGAATCGGAATAAACATGTATG---GCAT
128 GAAATATTAATAAATTAGTATTATT-T-TATTTGAATAAGCTTGTATGAATG-AA
* * * * * * * * *
31200 AAATAATTATTTTACGACAAAACAAAAAGTCATACCAATTTCAAATAAATAATTTTTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
** * * * * * *
31265 CATAAAGATTTTAAATTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCT
66 CATAACTATTTGAACTAGTTCGAT-AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-T
* ** * *
31330 -TAATATTAATAAAGTT-GTATTATTTTATTCAAAATAAACTTGTATGAAT-AG
128 GAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATGAA
** * *** *
31381 AAA-AATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTAATTTTG-AATAAATAATTG-TCGAAATA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATA
* * * * * * * *
31443 GTCAAAATTATTTAAACTTGTTCGACAAACAGATTCATTTTTTAAATCTATTAATTATTAATTTT
64 GTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA-TAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * **
31508 CATAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTACATGAATTG--
128 GA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAA-TGAA
* * * * *
31561 AAATAATT-TTTTAAGACAAAACAAAATGTCA-AAGCGATTTAAAATAGATAATTATTCCAAATA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CGATTTGAAATAGATAATTGTT-CAAATA
* * * * * *
31624 GTCATGACTATTTGATCTAGTTTC-AGTAAACATATTTACTTTTTAAAT-TAATTACTTATCAAT
64 GTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGA-T-AACAGATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAAT
* * *
31687 TGTCGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAACTTGAATAAGCTTGTATGAAT-AG
125 T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAATGAA
* * * * * *
31743 AAACAATTGTTTTATAACAGAACAAAAAGTCATAATGATTTG-AATAAATAATTGCTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * *
31807 CAAAACTATTTGAACTATTTAAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA-
66 CATAACTATTTGAAC----T--A---GTTCGAT-AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * * * * *
31870 -ATTTTTGAGATATTAATATATTAATATTACTTTATTTTGAACACA-CGTATATGAA-CAA
121 TAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATA-AGCTTGTATGAATGAA
* * * *
31928 AAACATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAAT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * *
31993 CATAATTACTTGAACTAGTTAGGTAAACATAATTGTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
66 CATAACTATTTGAACTAGTTCGAT-AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTG
* * * *
32058 AAATATTAATAAATTCA-T-TT-TTTTAATTTAAAATAACCTAGTATGAATTCCAA
129 AAATATTAATAAATT-AGTATTATTTT-ATTT-GAATAAGCTTGTATGAA-T-GAA
* * * *
32111 AAAC--TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * *
32174 CTTTAAATATTTAAACTAGTTCAGCA-AACAAATTTACTTTTTAATTTTCTTACTTATTAATTTT
66 C-ATAACTATTTGAACTAGTTC-G-ATAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTT
* * * * * *
32238 TGGAATATTATTACATTAGCATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAA-CAA
127 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATGAA
* * * * * * * *
32291 AAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAGT-TACAATTATTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * *
32355 CAT-A-TATTTAAACTAGTTC-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TCTT--TTGTTAATTTTT
66 CATAACTATTTGAACTAGTTCGA-T-AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTT
* * * * *
32413 GAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTAGAATG-ATAAA
128 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAATGAA
* * * * * *
32465 AAACAATTGTTATATGACTAAACAAAAGGCCATAA--TTTTAGTAAATAAATAATTGTTCATATA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT-G-AAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * * * *
32528 GTCTTAATTGTTTGAA-TTGTTTTAGCA-AATAGGTTTATTTTTTTGAATCTCCTT-GTTATCAA
64 GTCATAACTATTTGAACTAG--TTCG-ATAACAGATTTA-TTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAA
* * * ** *
32590 TTTTCAAAGTAATATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACT--A
124 TTTTGAAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAA-TGAA
* * * * *
32647 AAACAATTATTTTATAACAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * *
32711 -A-AACTAGTT---C-A-AT--A-AACAAAATTATTTTTTAAACCTCCTATTTATTAATTTTTGA
66 CATAACTATTTGAACTAGTTCGATAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGA
* * * *
32766 AATATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTTTAATAGGCTTGTCTG-ATGAA
130 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAATGAA
* * * * ** * * *
32815 AAATAATTGTTTTACGATAAAACAAAAGTTTGTAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAGT-GA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-
* * * * * * * * **
32879 CCATAATTATTTAAACCAATTTGATAAACTGACTTATTTTTTAAATCT-TTAACTTATTGGTTTT
65 TCATAACTATTTGAACTAGTTCGAT-AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATT-AATTT
* *
32943 TGAAATATTAATAAAGTAATATTA-TTTATTTTGAATAA
127 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAA
32981 CTTTTGTTTT
Statistics
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0.75 0.14 0.11
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163 6 0.00
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190 3 0.00
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AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACTAGTTCGATAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGAA
ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAATGAA
Found at i:27355 original size:166 final size:166
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Indices: 27046--27360 Score: 388
Period size: 166 Copynumber: 1.9 Consensus size: 166
27036 TTTTTAAATC
* * ** * **
27046 TTTTTACTTATTAATTTTTAGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCTGAATAAGTTTTTA
1 TTTTTACTTATTAATTTCTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCAAAATAAGCTTGCA
* * *
27111 TGAACAAAAACAATTAGTTTATAACAAAACAAAAATCATATAATTTGAAATAGATAATTGTTTAA
66 TGAACAAAAACAATTAGTTTATAACAAAACAAAAATCATATAATTTAAAATAGATAATTATTCAA
27176 ATAGTCATAACTATTTGAATGTGTTCAAAAAATATG
131 ATAGTCATAACTATTTGAATGTGTTCAAAAAATATG
*
27212 TTTTT-CTTATTAGTTTCTAGAATATTAATAAATTTA-TATTA-TTTTATTCAAAATAAGCTTGC
1 TTTTTACTTATTAATTTCTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTTATTCAAAATAAGCTTGC
* ** ** *
27274 ATGAA-AAAAACCAATT-GTTTTGTGGCAAAACGAAATGTCATAATATTTTAAAATAGATAATTA
65 ATGAACAAAAA-CAATTAG-TTTATAACAAAAC-AAAAATCAT-ATAATTTAAAATAGATAATTA
*
27337 TTCAGATAGTCATAACTATTTGAA
126 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
27361 CTTATTCGAT
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 18, Indels: 10
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
163 6 0.05
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165 36 0.29
166 48 0.38
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (166 bp):
TTTTTACTTATTAATTTCTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCAAAATAAGCTTGCA
TGAACAAAAACAATTAGTTTATAACAAAACAAAAATCATATAATTTAAAATAGATAATTATTCAA
ATAGTCATAACTATTTGAATGTGTTCAAAAAATATG
Found at i:27893 original size:891 final size:870
Alignment explanation
Indices: 25501--32548 Score: 4179
Period size: 891 Copynumber: 7.9 Consensus size: 870
25491 ATATCAATAG
* * *
25501 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATTGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAT-GTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * **
25566 TATAACTACTTGAA-TTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTCTTAAATCTC-TTATTAATTTTTAA
64 CATAACTATTTGAACTT-ATTTGATAAACAGATTTA-TTT-TTAAATCTCTTTATTAATTTTTGG
* * * * * *
25629 AATATTAATAAATTAATATTATTGTATTTAGAACAAACTTATATGAACAAAAATATTTGTTTTAT
126 AATATTAATAAATTAATA-TATTTTATTCA-AATAAACTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTAT
* ** ** * *
25694 GATAAAACAAAAGGTCATAACGGA-TCAAAATAGATAATTACTT-ATATAGCCT-TAACTATTTG
189 GACAAAACAAAAGGTCATAA-TAATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAG--TATGACTATTTG
*** * * * *
25756 AA-TTGGTTCAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTGATTTTCATAATATTATTA
250 AACTT-GTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGA-AATATTAATA
* * * * * * *
25820 GATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAACCAA
313 AATTAATATTATTTTAATCCAAATAAACTT-TATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * * * * **
25885 AAGATTATAACAATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTAAACTAGTCCGAT-
377 AAG-GTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-AATTTGAACTTGTTTGATA
* * ** *
25949 AACTATATTTATTTTTTAATTCTCCTACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
440 AAC-AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATT
* * * * *
26013 TTATTAT-GAATAAACTTGTAT-AATGAAAAACAATTGTTTTATAACAAAAC-AAAAGTTTATAA
502 TTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAAT--AGAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAA
* * * * *
26075 CAAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GGCTATAATTATTTGAA-TTGGTTCGAGAAACTGAT
562 C-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTT-G-TCCATAAACAGAT
* *** * * * *
26138 TTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAATTTTTGAA-ATGGTAATAAAGTAATATTATTTTATTTT
623 TTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAATAT--TAATAAATTAGTATTATTTTA-TTT
* * ** * * * *
26202 GGATAAG-TTTTATTGAACTGAAACAATTCTTTTATGATAAAACAAAAAGGTCATAATGATTTTA
685 GAATAAGCTTGTA-TGAACAAAAACAATT-GTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATAATTTGA
* * * *
26266 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAATTGAACT-TGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTT
747 AATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTG-TTCA-AAACAGA--TA------T
* * *
26330 AAAATTTCTTGCTTATTAATTTTCTA-AATGTTAATAAAATTA-TATTATTTTATTTCAAAATTA
801 ---GTTT-TT-CTTATTAA-TTTCTAGAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTA-TTC-AAATAA
*
26393 GCTTGTATGAACTAA
857 GCTTGCATGAAC-AA
* * * * * *
26408 AAAAAAAT-TTTTATGACAAAA-AAAGGTTAGAACGT-TTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGTCATAA--TATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* ** * * **
26470 CTTAACTATTAT-AACTGGTTCGGCATATAC--ATTTA-TTTTAAATCTC-TTATTAATTTTTAT
64 CATAACTATT-TGAACTTATT-TG-ATAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTTTATTAATTTTTGG
* ** * ** * * ** * *
26530 AATATTATTAGTTTAGTATTATTTTACTTTGAACAAGCTTGCATGAA-TAGAAATAAATG-TTTA
126 AATATTAATAAATTAATA-TATTTTA-TTCAAATAAACTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTA
* * * * * * * *
26593 TTACAAAAC-GAAGATCATACT-ATTTGAGATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAA
188 TGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-ATGACTATTTGAA
* * *
26656 CTCGTT-GGTAAA-AAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTA-TTA--ATTTTTGAAATATTAATAAAT
252 CTTGTTCGGTAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAAT
* ** ** ** *
26716 TAATATTATTTTATTTTGAAATAATTTTGTATGAA-ATAAAACAATTGTTTTACAACAAAATAAA
316 TAATATTATTTTA-ATCCAAATAAACTT-TATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
** * * * *** *
26780 ATATCATAA-TATTTGAAATAGACT-ATTAGTTCAAA-ATGACATGGCTATTTGAACTTG-TTCA
378 AGGT-ATAACGATTTGAAATA-AATAATT-GTTCAAATA-GTCAT-AAAATTTGAACTTGTTTGA
** * * * ** * *
26841 GCAATATATTTATTTTTTACATCTTCAACTTATTAATT-TTAGAAATTAATAAACTAAT-TATTA
438 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTCTTA-ATATTAATAAA-T-TTGTATTA
** * * * *
26904 TTTTATTTTGAATAAACTTGCATGAAATAGCACAATTATTTTTATGAC-AAA-AAAAAGATCATA
500 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-AATAG-AAAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATA
* * *
26967 ACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCCATTAACTAGAT
561 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TCCATAAAC-AGAT
* *
27032 TTACTTTTTAAATCTTTTTACTTATTAATTTTTAGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTTATTC
623 TTATTTTTTAAAT-TTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATT-
* * * *
27097 TGAATAAGTTTTTATGAACAAAAACAATTAGTTTATAACAAAACAAAA-ATCAT-ATAATTTGAA
684 TGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATT-GTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAA
27160 ATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATGTGTTCAAAA-A-ATATGTTTTTCTTATT
748 ATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATGTGTTCAAAACAGATATGTTTTTCTTATT
*
27223 AGTTTCTAGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAA-AA
813 AATTTCTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGCATGAACAA
* * * *
27281 AAACCAATTGTTTTGTGGCAAAACGAAATGTCATAATATTTTAAAATAGATAATTATTCAGATAG
1 AAA-CAATTGTTTTATGACAAAAC-AAATGTCATAATA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * **
27346 TCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAATAGATTCTTTTTTTAGTTCTCTTAGTCATTAATTTTT
63 TCATAACTATTTGAACTTATTTGATAAACAGATT-TATTTTTAAATCTCTT--T-ATTAATTTTT
27411 GGAATATTAATAAATTAATTATATTTTACTTCAAATAAACTTATATGAACTAAAACAATTGTTTT
124 GGAATATTAATAAATTAA-TATATTTTA-TTCAAATAAACTTATATGAACTAAAACAATTGTTTT
* * * * *
27476 ATTACAAAAGAAAAGGTCATAATGACTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTATTTGA
187 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-ATGACTATTTGA
* * * *
27541 ACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTATTGAAATATTAATAA
251 ACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAA
*** *
27606 ATTAATATTATTTTAATATGAATAAACTTTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
314 ATTAATATTATTTTAATCCAAATAAACTTTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAA
* * * * *
27671 AGGTATAACAAGTTGAAATAAATAATTGCAT-AAACAGTCATAACAATTTGAACTTGTTTGGTAA
378 AGGTATAACGATTTGAAATAAATAATTG-TTCAAATAGTCATAA-AATTTGAACTTGTTTGATAA
* * *
27735 ACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACATTTTTAACTGTCTTAATATTAATAAATTTG-ATTTATA
441 ACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC-TTATTAA-T-TCTTAATATTAATAAATTTGTA-TTATT
* * * * *
27799 TTATTTGAAATAAGATTGTATGAATAGATAAATTCTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAGCAAT
502 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGA-AAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAAT
* * * * * * *
27864 TTCAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAATTATTTAAACTTTTTCAATAAACAGATTCATATT
566 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TTGTCCATAAACAGATTTAT-TT
* * * * * *
27929 TTTAAATTTCTTTA-TTATTAATTTTGGATTACTAATAAATCAGCATTATTTTATTCGAATAAGC
629 TTTAAATTT-TTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGC
* ** * * *
27993 TTATATGAACTGAAACAATTCTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
693 TTGTATGAACAAAAACAATT-GTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * * * * *
28058 TATTAAAAAAATCATGATTATTTG-ATCTAGTTCAATAACATATTTGTTTTTTAAATTTTACTTA
757 TGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATGT-GTTCAA-AACAGATATG--TTTT---TCTTA-TTA
* * * * * * *
28122 TCAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAA----GCAT--ATAT
814 --ATTTCTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCAAATAAGCTTGCATGAACAA
* * * * * * *
28177 GAACAATTGTTTTATAACAGAAA-AAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTACTAAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAATGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * ***
28241 CAAAACTATTTGAAC-TAGTTTGATAAATAAATTTATTTTTAAATCTC-TTATTAATATTCAAAA
64 CATAACTATTTGAACTTA-TTTGATAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTTTATTAATTTTTGGAA
* * * * * *
28304 TATTAATAGATTAGCAT-TACTTTATTTCGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATG
128 TATTAATAAATTA--ATATATTTTA-TTCAAATAAACTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
28368 ACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAACTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACT
190 ACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-ATGACTATTTGAACT
* * * *
28433 AGTTAGGTAAATAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACGTATTAATTTCTGAAATATTAATAAATT
254 TGTTCGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TGAAATATTAATAAATT
* * * * * * *
28497 CAT-TTCATTTTATTCCAAATAAGCTATTATGAATTAAAAAAAAACTTATTTGATGACAAAACAA
317 AATATT-ATTTTAATCCAAATAAACT-TTATGAA--CAAAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * **
28561 AA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAAATATTTGAACTAGTTTGGCA
377 AAGGT-ATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAA-ATTTGAACTTGTTTGATA
* * * * * * * *
28625 AACAAATTTA-TTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTT
440 AACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTT
* * *
28689 TATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGAC-AAAC-AAAAGATTATAACAA
503 TATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACAA
* ** * * ** * *
28752 TTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTTATTGCTATTTGAACTGGAT-CAGTAAACAAATTTATT
565 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TCCA-TAAACAGATTTATT
* * * *
28816 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
628 TTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAA
** * ** * * *
28881 AATTGAATGTTCAAACACAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATA
691 GCTTGTATGAACAAAAACAATTGTT-TATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATA
* * * * * *
28946 ATTGTTGACATAGCCATAATTATTTGAACTG-ATTCGATAAATAGATTCACTTGTTAAATAACTT
755 ATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTC-A-AAACAGA-T-A--TGTT---T---TT
* ** *
29010 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTT-CTATGAACT
807 -CTTATTAATTTCTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAATAAGCTTGC-ATGAACA
*
29074 G
870 A
* * * * *
29075 AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAACGATTTCAAAGAGATAATTATTCATATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAT-GTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * ** ** *
29140 CTTAACTGTTTGAACTGCTTTGGCAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTTAGTTATTAGTTTTTGG
64 CATAACTATTTGAACTTATTTGATAAACAGATTTATTTTTAAATCTC-T--TTATTAATTTTTGG
* * * * ** *
29205 AATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATAATTTTAC
126 AATATTAATAAATTAATA-TATTTTATT-CAAATAAACTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTAT
* * * * * * **
29270 AATAGAAA-AAAAGGTTATAACAA-TTGAAAATAGATAATTGTCCAAATAG---GA--A-CCG-A
189 GACA-AAACAAAAGGTCATAATAATTTG-AAATAGATAATTATTCAAATAGTATGACTATTTGAA
* *
29326 ----TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTT-CTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAA
252 CTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAA
* ** ** *
29386 TTAATATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAA
315 TTAATATTATTTTAATCCAAATAAACTT-TATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * * * **
29451 GCTTGTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAAC------CA-ATT
379 G-GTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-AATTTGAACTTGTTTGATAAA
* * * * * * **
29509 C-GATGTATTTTTTAAATC-TCTAATATATCAAAATT-TGAAGTATTAATAAAGTAATATTATTT
442 CAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT-TAT--TAATTCTTAA-TATTAATAAATTTGTATTATTT
** * * * ***
29571 TA-TTCTAGCTAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAAC-AAAAG-CATATTTA
503 TATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAG-AA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAA
* * * * *
29633 TTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAAAAAATAAATTTATTT
565 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TCCATAAACAGATTTATTT
* ** * **
29698 TTTAAAATTTGTTGTTTATTAATTTTCTAAATGCTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
629 TTT-AAATTTTTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAA
* * * * * *
29763 GCATGTATGAACTGAAAATACTA-T-TTTATGAC-AAGCAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAAA
691 GCTTGTATGAAC--AAAA-ACAATTGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGA
* * ** *
29825 TAATTGTTCT-AATATTCTTAACTATTTGAAT-TGGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCT
753 TAATTGTT-TAAATAGTCATAACTATTTGAATGT-G-TT--CAAA-ACAGATA-TGTTT---T-T
* * * * * *
29888 CTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTA-TCAATATTTTACTCAAATAAGCTTGTATGAACAA
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* * * * * *
29952 AAACAATTGCTTTATGACAAAACAAATATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAAAAAAT
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* * * * *
30017 CATAATTATTTGAA-TTGGTTTGATATACAGATTAAGTTTTTAAATCT-TTTATTAATTTTTGAA
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* * ** *
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127 ATATTAATAAATTA-ATA-TATTTTATTC-AAATAAACTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTA
* * * * *
30143 CGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGATATAGATAA-TAGTTCAAATGGATATGACTATTTGA
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* **
30207 GCTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTT-AGAATATTAATAAA
251 ACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAA
* * * * * * * *
30271 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAATAAAACAGAA
315 TTAATATTATTTTAATCCAAATAAACTT-TATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * **
30336 GATTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCTCAATAAA
379 G-GTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-AATTTGAACTTGTTTGATAAA
* * * *
30401 CAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAGTTAGTATTATTTTA
442 CAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA
* * * * *
30466 TTTCAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACATTGGTTTATGACCAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
505 TTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTG
** * * * *
30531 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAGTGTTCAAAAATATATTTA-TTTTTAA
569 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTCCATAAACAGATTTATTTTTTAA
* ** *
30595 A-TTTTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTTTATTATTTTA-TTGAAATAAGCTTGC
634 ATTTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGT
** * * * * ** * *
30658 ATGAGTAGAACCAGA-TGTTTTATGAGAAAACAAAATGTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTAT
697 ATGAACAAAAACA-ATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGT
* * ** * *
30722 TCAGATAGTCATAAC-ATTTGAACATGTTCAGTAACAAGATTCATTTTTTAATTCTCTTTCTCAT
760 TTAAATAGTCATAACTATTTGAATGTGTTCA-AAAC-AGA-T-A--TGTT--TT-TC--T-T-AT
* ** *
30786 TAATTTCTGGAATA-T--T-AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTA
812 TAATTTCTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGCATGAACAA
* * * * *
30842 AAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATAATTCATATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAATGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * *
30907 CATAACTATTTGAACATGTTTGGT-AACAAGATTCT-TTTTTAATTCTCTTTCTCATTAATTTTT
64 CATAACTATTTGAACTTATTTGATAAAC-AGATT-TATTTTTAAATCTC-TT-T-ATTAATTTTT
* * *
30970 GGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACGATTGTTTT
124 GGAATATTAATAAATTAATA-TATTTTA-TTCAAATAAACTTATATGAACTAAAACAATTGTTTT
* * * *
31035 ATTACAAAACAAAAGGTCACAATGA-TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTAGTTGA
187 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TATGACTATTTGA
* * * * *
31099 ACTTGTTTGGAAAACATATTTATTTTTTAAATGT-TCTAC-TATTAATTGTTGAAATATTAAAAA
251 ACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAA
* * ** * * * * * *
31162 ATAAATATT-TTGTGAATCGGAATAAACATGTATG-GCATAAATAATTATTTTACGACAAAACAA
314 ATTAATATTATT-TTAATCCAAATAAAC-TTTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * * *
31225 AAAGTCATACCAATTTCAAATAAATAATTTTTCAAATAGTCATAAAGATTTTAAATTGTTTGATA
377 AAGGT-ATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAA-ATTTGAACTTGTTTGATA
* *
31290 AATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAAGTTGTATTATTT
440 AACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-T-TCTTAATATTAATAAATTTGTATTATTT
* ** * * **
31355 TA-TTCAAAATAAACTTGTATGAATAGAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTAAT
503 TATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAG-AAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAA-
* * * * * * *
31419 TTTG-AATAAATAATTG-TCGAAATAGTCAAAATTATTTAAACTTGTTCGACAAACAGATTCATT
565 TTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TCCATAAACAGATTTATT
* * * * *
31482 TTTTAAATCTATTAATTATTAATTTTCAT-AATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTTGAATA
628 TTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTT--TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATA
* ** *** * * * * ** *
31546 AACTTACATGAATTGAAATAATTTTTTAAGACAAAACAAAATGTCA-AAGCGATTTAAAATAGAT
690 AGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TAATTTGAAATAGAT
* * * * * *
31610 AATTATTCCAAATAGTCATGACTATTTG-ATCTAGTTTCAGTAAACATATTTACTTTTTAAATTA
754 AATTGTT-TAAATAGTCATAACTATTTGAATGT-G-TTCA--AAACAGA--TA---TGT---TT-
* * * *
31674 ATTACTTATCAATTGTCGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAACTT-GAATAAGCTTGTAT
805 -TT-CTTATTAATT-TCTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-A-TTCAAATAAGCTTGCAT
* *
31737 GAATAG
865 GAACAA
* * * * **
31743 AAACAATTGTTTTATAACAGAACAAAAAGTCATAATGATTTG-AATAAATAATTGCTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAATGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* *
31807 CAAAACTATTTGAACTATTTAAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTATTAA
64 CATAACTATTTGAAC---TT--A----TTTGATAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTTATTAA
* * ** * * * * *
31871 TTTTT-GAGATATTAATATATTAATATTACTTTATTTTGAACACACGTATATGAACAAAAACATT
119 TTTTTGGA-ATATTAATAAATTAATA-TATTTTA-TTCAAATAAACTTATATGAACTAAAACAAT
* * * * * *
31935 TATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATT
181 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-ATGACT
* * * *
32000 ACTTGAACTAGTTAGGTAAACATAA-TTGTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
245 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATAT
* ** * * *
32064 TAATAAATTCAT-TT-TTTTAATTTAAAATAACCTAGTATGAATTCCAAAAAC--TTATTTTATG
308 TAATAAATTAATATTATTTTAA-TCCAAATAAACT-TTATGAA---CAAAAACAATTGTTTTATG
* * * * * *
32125 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTTAAATATTTAAAC
368 ACAAAACAAAAGGT-ATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC-ATAAA-ATTTGAAC
* * * * * * * * *
32190 TAG-TTCAGCAAACAAATTTACTTTTT-AATTTTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTACA
430 TTGTTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTCTT--AATATTAATAAA
* * * * * * * *
32253 TTAGCATTATTTTA-TTCTGAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAA
491 TTTGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * * * * * * * *
32317 AGGTTATAACGATTTGAAGT-TACAATTATTCAAATAGTCAT-A-TATTTAAACTAGTTCAGTAA
553 AAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTCCA-TAA
* * * *
32379 ACAAATTTATTTTTTAAA--TCTT--TTGTTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTT
617 ACAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * *
32440 ATTTCAAATAAGCTAGAATGATA-AAAAACAATTGTTATATGACTAAACAAAAGGCCATAAT--T
681 ATTT-GAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAACAATTGTT-TATGACAAAACAAAAGGTCATAATAAT
* * * * * *
32502 TTAGTAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAATTGTTTGAAT-TGTT
743 TT-G-AAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATGTGTT
32549 TTAGCAAATA
Statistics
Matches: 4830, Mismatches: 950, Indels: 727
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
873 11 0.00
874 96 0.02
875 47 0.01
876 56 0.01
877 161 0.03
878 18 0.00
879 9 0.00
880 7 0.00
881 121 0.03
882 128 0.03
883 70 0.01
884 26 0.01
885 130 0.03
886 82 0.02
887 73 0.02
888 127 0.03
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891 501 0.10
892 294 0.06
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899 81 0.02
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Consensus pattern (870 bp):
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGTCATAATATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
TAACTATTTGAACTTATTTGATAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTTTATTAATTTTTGGAATAT
TAATAAATTAATATATTTTATTCAAATAAACTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
CAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTATGACTATTTGAACTTGTTCGG
TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATT
TTAATCCAAATAAACTTTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTATAACGATT
TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTT
AAATCTTTTACTTATTAATTCTTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGT
ATGAATAGAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTCCATAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAAT
TTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTT
TATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTG
AATGTGTTCAAAACAGATATGTTTTTCTTATTAATTTCTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
TATTCAAATAAGCTTGCATGAACAA
Found at i:28277 original size:713 final size:714
Alignment explanation
Indices: 25501--32710 Score: 4631
Period size: 713 Copynumber: 10.1 Consensus size: 714
25491 ATATCAATAG
* ** * * * *
25501 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATTGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * *
25566 TATAACTACTTGAA-TTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTCTTAAATC---T-CTTATTAATTTT
66 CATAACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAACAAATTTATTTT-TTAAATCTTTTACTTATTAATTCT
* * * * * * *
25626 TAAAATATTAATAAA-TTAATATTATTGTATTT-AGAACAAACTTATATGAACA-AAAATATTTG
129 T--AATATTAATAAATTTGAT-TTATTTTATTTCA-AATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-A-TTA
* * * ** * * * * *
25688 TTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGGA-TCAAAATAGATAATTACTT-ATATAGCCTTAACT
188 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAATT
** * * * *
25751 ATTTGAA-TTGGTTCAACAAACAAATT-TATTTTTTAAATCTC-TTAGTTATTGA-TTTTCATAA
251 ATTTGAACTT-GTTCAGTAAACAGATTATA-TTTTTAAATTTCTTTA-TTATTAATTTTTGA-AA
* * * * *
25812 TATTATTAGATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGA
312 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * * *
25877 CAAACCAAAAGATTATAACAATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTAAACTA
376 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTA
* * * *
25942 G-TCCG-ATAACTATATTTATTTTTTAATTCTCCTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATT
441 GTTCAGTA-AAC-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* *
26004 AGTATTATTTT-ATT-ATGAATAAACTTGTATAATGAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAA
504 AGTATTATTTTAATTCA--AATAAGC-TATATAATG--AAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAA
* ** * * * *
26067 GTTTATAACAAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GGCTATAATTATTTGAA-TTGGTTCGAG
564 G-TCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTT-GTTTGAT
*** * * ** * *
26130 AAACT-GATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAATTTTTGAAATGGTAATAAAGTAATATTAT
625 AAA-TAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * **
26194 TTTATTTTGGAT-AAGTTTTATTGAAC-T
687 TTTAATTTGAATAAACATTTA-TGAACAT
* * ** *
26221 GAAACAATTCTTTTATGATAAAACAAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATA
1 -AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * *
26286 GTCATAACTAATTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTTAAAAT-TTCTTGCTTATTAAT
64 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTT-AAATCTT-TTACTTATTAA-
* * * * *
26350 TTTCTAAATGTTAATAAAATT-ATATTATTTTATTTCAAAATTAGCTTGTATGAACTA-AAAAAA
125 -TTCTTAATATTAATAAATTTGAT-TTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAAAT
* * * * * * * * * *
26413 AATTTTTATGAC-AAA-AAAAGGTTAGAACGTTTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAAC
186 TA-TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
* * * * * * *
26476 TATTAT-AACTGGTTCGGCATATACATT-TA-TTTTAAA--TC--TCTTATTAATTTTT-ATAAT
250 TATT-TGAACTTGTTCAGTAAACAGATTATATTTTTAAATTTCTTTATTATTAATTTTTGA-AAT
* ** * * * * * *
26533 ATTATTAGTTTAGTATTATTTTACTTTGAACAAGCTTGCATGAA-TAGAAATAAATG-TTTATTA
313 ATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * * *
26596 CAAAAC-GAAGATCAT-ACTATTTGAGATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTC
376 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTA
* *
26659 GTT-GGTAAA-AAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
441 GTTCAGTAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * ** * * * * *
26718 ATATTATTTTATTTTGAAATAATTTTGTATGAAATAAAACAATTGTTTTACAACAAAATAAAATA
505 GTATTATTTTA-ATTCAAATAA-GCTATAT--AATGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAA-G
* ** * **
26783 TCATAAT-ATTTGAAATAGACT-ATTAGTTCAAA-ATGACATGGCTATTTGAACTTG-TTCAGCA
565 TCATAATGATTTGAAATAGA-TAATT-GTTCAAATA-GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAA
* * ** * *
26844 ATATATTTATTTTTTACATCTTCAACTTATTAATTTT-AGAA-ATTAATAAACTAATTATTATTT
627 ATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTT
* *
26907 TATTTTGAATAAAC-TTGCATGAA-AT
689 TAATTTGAATAAACATT-TATGAACAT
* * * * *
26932 AGCACAATTATTTTTATGACAAAA-AAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAAT
1 A-AACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAAT
* *** * * *
26996 AGTCATAACTATTTGAACTTGCTCCATTAACTAGATTTACTTTTTAAATCTTTTTACTTATTAAT
63 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC-AAATTTATTTTTTAAATC-TTTTACTTATTAAT
* * * * * * * *
27061 TTTTAGAATTTTAATAAATTAG-TATTATTTT-TATTCTGAATAAGTTTTTATGAACAAAAACAA
126 TCTT--AATATTAATAAATTTGAT-TTATTTTAT-TTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AA
* * * * *
27124 TTAGTTTATAACAAAACAAAAA-TCAT-ATAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAAC
185 TTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
* * * *
27187 TATTTGAA-TGTGTTC---AAA-A-A--ATA-TGTT---TTTC-TTATTAGT--TTCTAG-AATA
250 TATTTGAACT-TGTTCAGTAAACAGATTATATTTTTAAATTTCTTTATTATTAATTTTTGAAATA
* * ** * *
27236 TTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAA-AAAAACCAATTGTTTTGTGG
314 TTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTC-GAATAAGCTTGTATGAACTGAAA-CAATTGTTTTATGA
* * * * * *
27299 CAAAACGAAATGTCATAA-TATTTTAAAATAGATAATTATTCAGATAGTCATAACTATTTGAACT
376 CAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAAC-
* * ** * * *
27363 TA-TTC-GATAAATAGATTCT-TTTTTTAGTTCTCTTAGTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAA
439 TAGTTCAG-TAAACAAATT-TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * * * * *
27425 TTAAT-TATATTTTACTTCAAATAAACTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATTACAAAAGAAA
502 TTAGTAT-TATTTTAATTCAAATAAGC-TATAT-AA-TGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAA
* * * * *
27489 AGGTCATAATGACTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAA
563 A-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAA
* * *
27554 ACATATTTATTTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAATATTATTT
627 ATAGATTTATTTTTT-AAA-TTTTTACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
*
27619 TAATATGAATAAAC-TTTATGAACAT
689 TAATTTGAATAAACATTTATGAACAT
* * * *
27644 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGT-ATAACAAGTTGAAATAAATAATTGCAT-AAACA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATA
* *
27707 GTCATAACAATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACATTTTTAACTG
64 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAC-TTATTAA-T-
* * * * *
27772 TCTTAATATTAATAAATTTGATTTATATTATTTGAAATAAGATTGTATGAATAGATAAATTCTTT
126 TCTTAATATTAATAAATTTGATTTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAATTATTT
* *** * * *
27837 TATGACAAAACAAAAAGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAATTATTTA
191 TATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTG
* * * * *
27902 AACTTTTTCAATAAACAGATTCATATTTTTAAATTTCTTTATTATTAA-TTTTGGATTACTAATA
256 AACTTGTTCAGTAAACAGATT-ATATTTTTAAATTTCTTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* * * * *
27966 AATCAGCATTATTTTATTCGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTCTTTTATGATAAAACAAA
320 AATTAGTATTATTTTATTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * * * * *
28031 AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTAAAAAAATCATGATTATTTGATCTAGTTCAAT-A
385 AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTAGTTCAGTAA
* * * *
28095 ACATATTTGTTTTTTAAAT-T-TTACTTATCAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
450 ACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * *
28158 AATCCGAATAAGC-ATAT-ATG-AACAATTGTTTTATAACAGAAA-AAAAGTCATAACGATTTGA
515 AATTCAAATAAGCTATATAATGAAACAATTGTTTTATAACA-AAACAAAAGTCATAATGATTTGA
* ** * * * *
28219 AATAAATAATTACTAAAATAGTCAAAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAAATTTA-TTTTTAA
579 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAA
* ** * * * *
28283 A--TCT-CTTATTAATATTCAAAATATTAATAGATTAGCATTACTTT-ATTTCGAACAAAC-TTA
644 ATTTTTACTTATTAAT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTT-GAATAAACATT-
*
28343 TATGAACAA
706 TATGAACAT
* * * *
28352 AAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAACTGTTCAAATAAT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
28417 CATAATTATTTGAACTAGTTAGGTAAATAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACGTATTAATTTCT
66 CATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTCT
* * * *
28481 GAAATATTAATAAA-TTCATTTCATTTTATTCCAAATAAGCTAT-TATGAATTAAAAAAAAACTT
129 -TAATATTAATAAATTTGATTT-ATTTTATTTCAAATAAGCT-TGTATGAA-T--AGAAAAA-TT
* * * * *
28544 ATTTGATGACAAAAC-AAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAAATA
187 ATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTA
* ** * *
28608 TTTGAACTAGTTTGGCAAACAAATT-TATTTTT-AA-TTCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATAT
252 TTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTATATTTTTAAATTTCT-TTA-TTATTAATTTTTGAAATAT
* * * ** *
28670 TATTAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGAC-A
315 TAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * ** * * * * *
28734 AACAAAAGATTATAACAATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTTATTG-CTATTTGAACTGGA
379 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-TGACTATTTGAACTAGT
*
28798 TCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTA
443 TCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * * *
28863 TTATTTTATTTCAAATAA--AAT-TGAATGTTCAAACACAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGT
508 TTATTTTAATTCAAATAAGCTATAT-AATG----AA-ACAATTGTTTTATAACAAAACAAAA-GT
* ** * * * * *
28925 AATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGACATAGCCATAATTATTTGAAC-TGATTCGATAAATA
566 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGATAAATA
* * * ** *
28989 GATTCACTTGTTAAATAACTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-AT
630 GATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAAT
*
29053 TTGAATAAGC-TTCTATGAAC-T
693 TTGAATAAACATT-TATGAACAT
* * * * * * *
29074 GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAACGATTTCAAAGAGATAATTATTCATATAG
1 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * *
29139 TCTTAACTGTTTGAAC-TGCTTTGGCAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTAGTTATTAGTTTT
65 TCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTCT
* * * * *
29202 TGGAATATTATTAAATTAG-TATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATAAT
129 T--AATATTAATAAATTTGAT-TTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAA-AATTAT
** * * * * *
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189 TTTATGACA-AAACAAAAAGTCATAATGATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTA
* * * * * * *
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252 TTTGAACTTG-TTCAGTAAACAGATTATA-TTTTTAAATTTCTTTATTATTAATTTTTGAAATAT
* * * *
29379 TAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATG-A-TGAAAAACAATTGTTTTATGAA
315 TAATAAATTAGTATTATTTTATT-CGAATAAGCTTGTATGAACTG--AAACAATTGTTTTATGAC
* ** * * * * * * * *
29442 AAAACAAAAGCTTGTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACCAA
377 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTAG
* * * ** * * *
29507 TTC-G-------ATGTATTTTTTAAATCTC-TAATATATCAAAATTTGAAGTATTAATAAAGTAA
442 TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
** * * *
29563 TATTATTTT-ATTCTAGCTAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAG-C
506 TATTATTTTAATTC-AAATAAGC-TATAT-AA-TGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGTC
* * * ** * *
29626 ATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAAAAAATAAA
567 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGA
** * ** *
29691 TTTATTTTTTAAAATTTGTTGTTTATTAATTTTCTAAATGCTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
632 TTTATTTTTT-AAATTT-TTACTTATTAATTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT
* *
29756 TGAATAAGCATGTATGAAC-T
694 TGAATAAACATTTATGAACAT
* * * * * *
29776 GAAA-ATACTATTTTATGAC-AAGCAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCTAATA
1 -AAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * *
29839 TTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTT
64 GTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTC
* * * * * *
29899 TTAGAATATT-ATTAATTT-ATCAATATTTTA-CTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTG
128 TT--AATATTAATAAATTTGAT--TTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AATTA
* * * * *
29961 CTTTATGACAAAACAAATA-TCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAAAAAATCATAATTA
188 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATAGTCATAATTA
* *
30025 TTTGAA-TTGGTT-TGATATACAGATTA-AGTTTTTAAA--TC-TT-TTATTAATTTTTGAAATA
252 TTTGAACTT-GTTCAG-TAAACAGATTATA-TTTTTAAATTTCTTTATTATTAATTTTTGAAATA
* * ** *
30083 CTAATAAATTAGAATTATTTTATTCTGAATAATTTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTACGAC
314 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-GAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * *
30147 AAAACAAAATGTCATAACAATTTGATATAGATAA-TAGTTCAAATGGAT-ATGACTATTTGAGCT
377 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAG-TCATGACTATTTGAACT
* * ** *
30210 TGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTA
440 AGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * *
30274 GTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAATAAAACAGAAGAT
505 GTATTATTTTAATTCAAATAAGC-TATAT-AAT-GAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAG-T
* * * * ** *
30339 TATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCTCAATAAACAG
566 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAG
* * *
30404 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAGTTAGTATTATTTT-ATT
631 ATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT
* * * * *
30468 TCAAATAAGCTTTTATGAATAG
694 T-GAATAAACATTTATGAACAT
* * *
30490 AAAC-ATTGGTTTATGACCAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
** *** * * * *
30554 CATAACTATTTGAAAGTG-TTCAAAAATATATTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTCATTAATTTTTG
66 CATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTCTT-
* * * * * *
30616 AAATATTAATAAATTT-TTATTATTTTA-TTGAAATAAGCTTGCATGAGTAGAACCAGA-TGTTT
130 -AATATTAATAAATTTGAT-TTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAA--AAATTATTT
* * * * * * *
30678 TATGAGAAAACAAAATGTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTATTCAGATAGTCATAA-CATTTG
191 TATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTG
* * * * *
30742 AACATGTTCAGT-AACAAGATTCAT-TTTTT-AATTCTCTTTCTCATTAATTTCTGGAATA-T--
256 AACTTGTTCAGTAAAC-AGATT-ATATTTTTAAATT-TCTTTATTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * *
30801 T-AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATTACAAAAC
318 TAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * **
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * **
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* *
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* * * * * * * *
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** * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * ** * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * ** *
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* * * * * * *
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* * * * **
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * ** * * *
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* * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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** *
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* * * * **
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* * * * *
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** * * ** ** * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * *
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* ** * * * * * *
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* * * *
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** * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
41657 TATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTTTGTTCTTACAAGC
66 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
* * * * * *
41722 TTA-TTCGAATTAAAATAATATTAATTTATTAACATTTTGACAATTAATAAG
131 TTATTTGGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
* * ** *** * * * *
41773 TAATAGATTTAAAAAATAAATATGCTTATTAAACAAGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAATAAT
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
* * * * * * * *
41838 TATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTATTTCGTCATAAAACAATTATATC-AGTTCATATAGG
66 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAG
* * * * *
41902 CTTATTCGAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAG
130 CTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
* *
41954 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAATAAT
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
* ** * * * *
42019 TATCTATCTCAAATAATTATGACATTTTGTTTTATCATAAACCAATTGTTTCTGTTCATACAAGC
66 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
* *** * * * *
42084 ATATTCAAAAT-AAATATTACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTAATATG
131 TTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
* * * * * * *
42134 TAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAGCAAGTTCAAATAATTATG-CTTGTTTGAACAA
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC-TATTTGAATAA
* * * *
42198 TTATTTATTTCAAATAGTTATGATCC-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAA
65 TTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
* * *
42262 GTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATATG
129 GCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
* * * * * * *
42315 TAAGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAATTCAAATAGTCATGTCTATATGAACAAT
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
* ** **
42379 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCAGGCAAAA
66 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
*** * *
42444 TTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATT-TTAAAA-T--TAA-
131 TTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
* * * *
42490 TAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTACCGAA-ACAGCTT-AAATAGTTATTATTATTTGAATA
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACA-AG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* * * * * *
42553 ATTATCTATTTAAAATCGTTAT--CATATTTATTTTGTTATAAAACAATTATTTCTTTTCATACA
64 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * *
42616 AGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAA-T--TAA-
128 AGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
* * * * * ** * * *
42666 TAAGAGCTTTGAAAAATAAATGTGTTTGCTAAACTAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAT-AATAA
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT-TGAATAA
* * * *
42730 TTATCTACTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAA
65 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAA
* ** * * * *
42794 TCTTATTCAGAATAAAATAATAGTAATTTATTAACATT-AAAATAATTAATGAG
129 GCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA-AATTAATAAG
* * * * * * * * *
42847 CAAAAGATTTAAAAAATATAAATCTATTTATCAAATATGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGGAC
1 TAAGAGATTT-AAAAA-ATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAAT
* * * *
42911 AATTATCTATTT-AAAGTCATTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTC-ATTTCATA
63 AATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA
* * * * * * *
42974 AAAACTTATTAGAAATAAAATAACACTACTTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAA
126 CAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAG
* ** * * * ** * * * * * *
43030 CAAGAGATTT-AAAGCTAAAGTTGTTTTCTAAACTAGTTTAAATAGTTAGGACTATTGGAACAAA
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
* * * * * ** * * **
43094 TACCAATCTC--ATCATTATGATC-TTTGTTTCCTCATAAAGCGATCATTTCTGA-TCATACAAG
66 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAG
* * *
43155 CTTATTTGGACA-AAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAACTTAGT--G
130 CTTATTTGGA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
** ** * * * *
43205 -AAG-GATTTAAAAAATAAAGGTATTTGTCAAACCAGTTCAAATAGTTAGGACTATTAGAATAAT
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
* * * * * * * * * *
43268 TATTTATTTCAAATAGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCTTATAATAATTGTTTCAATTCATACACGC
66 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
* * *
43333 TTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAG
131 TTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
* * * * * * *
43384 CAAGAGATTTGAAAAGATAAATGTGTTTACCGAACAAGTTCAAAGAGTTATGACTATTTAAACAA
1 TAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
* * * * * * *
43449 TTATCGATTTAAAATTGTTAAGA-CTTTTGTTTTTTCAT-AAACAATTGTTT-TAGTTCAGAAAA
65 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAA
** * * * * *
43511 GCTTA-TTCAAGAGAAAATAATACTACTTTATTATTATT-TCAAAAGTTAATAAT
129 GCTTATTTGGA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAG
* * * * * **
43564 TAAGAGATTTAAAAAATAAA-TTAGTTTACTGAATAAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGACCAA
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA-TTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
* * ** * * * * * ***
43628 CTATTTATTTCAAATTATTATTACCTTTTG-TCTGTCATAAAGCAATTATTTTTCAAAAAATA-A
65 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TGTTTCTATTCATACA
* * * * * * ** **
43691 ATCTGT-TTACT-GAATTAATTCAA-A-TAA-TTATGACTATT-TGAACAATTTTCTATT
128 AGCT-TATT--TGGAATAAAAT-AATACTAATTTATTAATATTCT-AA-AAATTAATAAG
* ** * * * * ** *** **
43745 TCAA-ATTG-TTATAACATTTTATTTTATAATA--AAACAATCGTTTC-TGTCCATACAAGCTTA
1 T-AAGA--GATT-TAAAAAATAAATTTAT-TTACCGAACAA--G-TTCAAATAGTTATGA-C-TA
* * * * ** ** * *
43805 TTTAGAATAAAATAATACTAATTT-AGTAAT-ATTCTAAAAATTAATAACTAATAGAT-ATAAAA
56 TTT-GAAT--AATTAT-CT-ATTTCA--AATCGTTAT-GACCTT--T-TGT-TTTG-TCATAAAA
*** * * ** *** *
43867 -AA-TAAATCCATT--TACCAAACCAATTCAAACAGTTAAGACTATATAAAC-AA-TTATT--TA
108 CAATTGTTTCTATTCATA-CAAGCTTATTTGGA-A--TAA-A--ATA-ATACTAATTTATTAATA
* * ** **
43924 -TCTTAAATTGTTCTGACCT
165 TTCTAAAAAT-TAAT-A-AG
** *** * * * * ** * **
43943 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGCTCATAGAAGCTCA-TTCGAAATAAAG-TAAAACTA
1 TAAGAGAT-T--TAAAA-AATAAATTTA-TTTACCGAA-C-AAGTTC-AAAT--AGTTATGACT-
* * ** ** * *
44006 ATTT-ATTAA-TATTTGAAAATTT-ATAAGAGATT-TAGAAAATAATTTTATTTACTGAACTAGT
55 ATTTGAATAATTATCT----ATTTCA-AATCG-TTAT-G---A-CCTTTTGTTT--TG-TC-A--
* * * * * * * * * * * *
44067 TCAAATAATTATATCTATTTAAACAA--TTATCT--ATTTCAAATAATTATTAGTTT-TT-ATTT
103 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGA-ATAAAATAA-TACTAATTTATTAATAT
* * *
44126 TGTAATAA--AACAA-
166 TCTAAAAATTAATAAG
** ** * * * * *** * * * * *
44139 T-ATTG-TTTGTTAATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAGTACTAAT--TTATTAATATTT--AT
1 TAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTATT-TACCGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * * * * ** * * * **
44198 CAA--A-CCAGTTCAAATAGTTAT-AACTATTTG---AG-C---AATTATTTATTTCAAATTGTT
63 -AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TATTCAT
** *** ** * **
44252 ATGA-CTT-TTTGTTCTATTATAA-AGC-AATAGTT-TT--TGTTCATACAAGCTT-AT---
125 ACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATA-CTAAT--TTATTAATATTC-TA-AAAATTAATAAG
* * * * *
44303 T-CG-GA-TTAAAATAACACTAATTTATTAATATTTC-AACAA-TT--AATAAG-TA-AAATATT
1 TAAGAGATTTAAAA-AATA--AATTTATT--TA--CCGAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATT
* * * *** * ** * ** * *
44359 TAAAACATAAATATGCT-TATCAAA-C--TA-GATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAA-T-TA
58 T--GA-ATAATTAT-CTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTC-A-TAAAACAATTGTT
* * ** * * * *
44417 TCTATTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAAAAATCATTTCGATTCATATAAGCTTA
116 TCTATTCATA-C---A--AGC--TTA-TTTGGAATAAAATAAT-A-CT-AATTTAT-TAA---TA
* *
44482 TTCAAAATAAAATAATACTAAG
165 TTC----TAAAA-ATTAATAAG
* * ** * * *
44504 TTATCA-ATATTCTGAAAATTAAT-AATTAAGAGATTTAAAAAATGAATACGTTTAATGAATAAA
1 -TA--AGAGATT-T-AAAA--AATAAATT----TATTT----ACCGAACAAG-TTCA--AAT--A
* * * * * * *
44567 TTTAAATTATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCA
46 GTT--ATGA--CT----ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
44632 TAAAATGATTTTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATA
103 TAAAA-CA--ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
44697 -T-TAAGACAATTAATAAG
165 TTCTAA-A-AATTAATAAG
* * * * * ** *
44714 TAA-AAATCTAACAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAAT
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
* * * *
44778 TATTTATTTCTAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTCTATTCATACAAGC
66 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
** * * ***
44843 TTA-TTCAAATTAAAAAAATATTAATTTATTAATATTTCGGCAAA-TAATAAG
131 TTATTTGGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAG
* * * * * *
44894 TAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCGAACAAGTTCAAATGGTCATGACTATTTGAGTAAT
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
** * * * * *
44959 TAAT-TATTTCAAATCAATGTGATCTTTTTTTTTGTAATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATATAA
66 T-ATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAA
* *
45022 GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAG
129 GCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
* * * ** * * *
45075 TAAGAGAATT-AAAAATTAATCTATTTACTAAACATGTTTAAATAGTTATG-CTATCTGAATAAT
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
* * * * * * *
45138 TATCTATTTCAAAACATTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAGTTGGTTT-TATTCGTGCAAG
66 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAG
* * *
45202 CTTATTTCGAATAAAATAATA-TAAGTTTATTTATATT-TCAAAATTAATAAG
130 CTTATTTGGAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
* * * * * * *
45253 TAA-AAATTT-AAAAATAAATATGTTTTCTGAACATA-TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
* * * *
45315 TTACCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAG
65 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG
** *
45380 CTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-ATT-TCAAAAAATAATAAG
130 CTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAG
* * * * * ** *
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1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
* * * * **
45494 TATTTATTTCAAATCATTTTGATCTTTTGTTTT-TCATAAAA-AATTGTTTCTATTCATACAATT
66 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
*
45557 TTATTTGCAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAATAAG
131 TTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
** * * * * **
45607 TTGGAGATTTAAAAAATAAATCTACTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGTCTATTTGAATTGT
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
* * * ** **
45672 TATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTG-TTTGTCGTAAAATGATTGTTTCTATTCATACAAAA
66 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
**
45736 TTATTAAGAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAA-T--TAA-
131 TTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAG
* * * * * * *
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1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
* * * * * *
45846 TTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTAATAAAACAATTGCTTCTATTCATACAAA
65 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG
* * * * *
45910 CTTA-TTCGAAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATT-TCAAAAA-T--TAA-
130 CTTATTTGGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAG
* * *** * ** * * * * *
45958 TAAGAGCTTTGAAAAATAAATGCGTTAATTGAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAAT
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
* ** * * *
46023 TATCAATTTCAAATTATTCCT-ACCTTTT-TTTAGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATACAA
66 TATCTATTTCAAATCGTT-ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAA
* * *
46085 GCTTATTTAGAATAAAATAATAGTAATTTATTAACT-TTC-AAAAATTAATGAG
129 GCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTCTAAAAATTAATAAG
* * * * * *
46137 CAAAAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAAC
1 TAAGAGATTT-AA-AAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAAT
* *
46201 AATTATCTATTT-AAAGTTGTCATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTTCATA
63 AATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA
* * * * *
46263 AAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG
126 CAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAG
* * * * *** * * *
46319 CAAGAGATTT-AAAACTAAAGTTGTTTTTTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAA
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
* * ** * * * *
46383 TATCAATCTCAAATCAATATGATC-TTTGTTTTCTTATAAAATAATTGTTTCTGA-TCATACAAG
66 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAG
* * *
46446 CTTATTT-GAATAAAAATAATATTAATTTAATAATATTC-CAAAA--AAT-AG
130 CTTATTTGGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
* * ** * * *
46494 TGAA-AGATTTAAAAAATAAATGTATTTGCTAAACGAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAA
1 T-AAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
46558 TTATCTATTTCAAATC
65 TTATCTATTTCAAATC
46574 ATTCTAACCT
Statistics
Matches: 4007, Mismatches: 982, Indels: 701
0.70 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
162 15 0.00
163 18 0.00
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169 2 0.00
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186 10 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
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TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
TTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
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Alignment explanation
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Period size: 360 Copynumber: 46.8 Consensus size: 356
41050 TAACATTAAG
* * * * * *
41060 AGATTTAAAATATAAATATATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACAATTTGAATAATTATT
1 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
* * * * * * *
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65 TATTTCAAAT-ATTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAT-TTCATACAAG-CTT
* * * * * *
41188 ATTCGGAATAAAATAATGCTAGTTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACGA-ATTTAAAAA
127 ATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAA-GAGATTTAAAAA
* * ** * * * * * * *
41252 ATGAATTTATTGGCTTGACCAA-TGCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
191 ATAAATTTGTTTAC-TAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATCTC-AAT
* * * * ** **
41316 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAGACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTTGGAATAGC
254 CATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAA
* * *
41381 ATAATTCTAATTTATTAATATTTTAAAAATT--TATAAG
319 ATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAGAAA
* * * * * *
41418 AGATTTAAAAACTAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTACC
1 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
* * * *
41483 TATTTCAAAT-TGCTAT-AACATTTTGTTTTGTCAT-AAATAATTTTTTC-TATTCATACAAGCT
65 TATTTCAAATAT--TATGATC-TTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAT-TTCATACAAGCT
** * * * ** *
41544 TATTTCAATTAAAATAATACAAATTTATTAATATT-CATACAATTAATAAATAAAAGATTT-AAA
126 TATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA-AAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAA
* * * * * * * * * * *
41607 AATAACTATATTTACCAATA-AA-TTCAAATAGTTGTGACTATTTAAATAAATATTTATTTCAAA
190 AATAAATTTGTTTACTAA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATCTC-AA
* * * * * *
41670 TCGTTATGACTTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTTTGTTCTTACAAGCTTATTC-GAATTA
253 TCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAA-TA
* * * * *
41734 AAATAATATTAATTTATTAACATTTTGACAATTAATAAGTAAT
317 AAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAAT-AG-AAA
* * * * * *
41777 AGATTTAAAAAATAAATATGCTTATTAAACAAGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAATAATTATC
1 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
* * * * * * * * *
41842 TATTTCAAATTGTTATGATCTTTTATTTCGTCATAAAACAATTATATCAGTTCATATAGGCTTAT
65 TATTTCAAA-TATTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCATTTCATACAAGCTTAT
* * * *
41907 TCGAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATA
129 TAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * *
41972 AATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAATAATTATCTATCTCAAATAATT
194 AATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATCTC-AATCATT
* * * *
42037 ATGACATTTTGTTTTA-TCATAAACCAATTGTTTCTGTTCATACAAGCATATTCAAAAT-AAATA
258 ATGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATA
* * *
42100 TTACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTAATATGTAAA
322 ATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATA-G-AAA
* * * * * *
42138 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAGCAAGTTCAAATAATTATG-CTTGTTTGAACAATTAT
1 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGAC-TATTTGAATAATTAT
* * * * * *
42202 TTATTTCAAATAGTTATGATCCTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC-TATTCATGCAAGTTT
64 CTATTTCAAATA-TTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAT-TTCATACAAGCTT
* * *
42266 ATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATATGTAAGAGATTT-AAAA
127 A-TTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAA
* * * * *
42329 ATAAATTTGTTTACTGAACAAATTCAAATAGTCATGTCTATATGAACAATTATCTATTTCAAATC
191 ATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATCTC-AATC
* * * * ** ** *
42394 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCAGGCAAAATTATTCAAAATAAAA
255 ATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAA
* * *
42459 TAATACCAATTTATTAATATTTTAAAATTAAT--AAG
320 TAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAGAAA
* * * * *
42494 AGATTTAAAAACTAAATTTGTTTACCGAAACAGCTT-AAATAGTTATTATTATTTGAATAATTAT
1 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-AAACAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* * * * * * *
42558 CTATTTAAAATCGTTATCAT-ATTTATTTTGTTATAAAACAATTATTTCTTTTCATACAAGCTTA
64 CTATTTCAAAT-ATTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCATTTCATACAAGCTTA
* * * * * *
42622 TTTGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAAT----AAGAGCTTTGAAAAAT
128 TTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * *
42683 AAATGTGTTTGCTAAACTAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAT-AATAATTATCTA-CTTCAAATT
193 AAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TATGAACAATTATCTATC-TC-AATC
* * * *
42746 GTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAATCTTATTCAGAATAAAA
255 ATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAA
* * *
42811 TAATAGTAATTTATTAACATTAAAATAATTAATGAGCAAA
320 TAATACTAATTTATTAATATTTAAA-AATTAAT-AG-AAA
* * * * *
42851 AGATTTAAAAAATATAAATCTATTTATCAAATATGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGGACAATT
1 AGATTT-AAAAA-ATAAATATGTTTATCAAACA-GTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAATAATT
* * *
42915 ATCTATTT-AAAGTCATTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCATTTCATAAAAAC
62 ATCTATTTCAAA-T-ATTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCATTTCATACAAGC
* * * *
42979 TTATTAGAAATAAAATAACACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAACAAGAGATTT-AAA
125 TTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAA
** * * * * * * * *
43043 GCTAAAGTTGTTTTCTAAACTAGTTTAAATAGTTAGGACTAT-TGGAACAAATACCAATCTC-AT
190 AATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATAT-GAACAATTATCTATCTCAAT
* ** * * ** * **
43106 CATTATGATC-TTTGTTTCCTCATAAAGCGATCATTTCTGATCATACAAGCTTATTTGGACA-AA
254 CATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGA-ATAA
* * *
43169 AATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAACTTAGT-G-AA
318 AATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAGAAA
* ** * * * * *
43207 GGATTTAAAAAATAAAGGTATTTGTCAAACCAGTTCAAATAGTTAGGACTATTAGAATAATTATT
1 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
* * * * * * * *
43272 TATTTCAAATAGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCT-TATAATAATTGTTTCAATTCATACACGCTTA
65 TATTTCAAATA-TTATGATCTTTTGTTTTGT-TATAAAACAATTGTTTCATTTCATACAAGCTTA
* * * *
43336 TTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAGA
128 TTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAA
* ** * * * * * * **
43401 TAAATGTGTTTACCGAACAAGTTCAAAGAGTTATGACTATTTAAACAATTATCGATTTAAAATTG
192 TAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATCT-CAATCA
* ** * * *
43466 TTAAGA-CTTTTGTTTTTTCAT-AAACAATTGTTT-TAGTTCAGAAAAGCTTATTCA-AGAGAAA
256 TTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTCAGA-ATAAA
* * *
43527 ATAATACTACTTTATTATTATTTCAAAAGTTAATA-ATTAA
319 ATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAGA--AA
* * * * ** *
43567 GAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACTGAATA-AGTTCAAATAATTATGGCCATTTGACCAACT
1 -AGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTA-TCAA-ACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * * * * * **** *
43630 ATTTATTTCAAATTATTATTACCTTTTG-TCTGTCATAAAGCAATTATTTTTCAAAAAATA-AAT
62 ATCTATTTCAAA-TATTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAA-T-TGTTTCATTTCATACAAG
* * * * ** * ** ** *
43693 CTGT-TTACTG-AATTAATTCAA-A-TAA-TTATGACTATTTGAACAATTTTCTATTTCAA-A-T
124 CT-TATTA--GAAATAAAAT-AATACTAATTTATTAATATTCCAA-AAATTAATA-AGCAAGAGA
* * ** * * *
43751 TGTTATAACATTTTATTT-TATAATAAAACAATCGTTTCTGTCCATACA-AGCTTATTTAGAATA
183 T-TTA-AAAAATAAATTTGTTTACT-AAACAA--G----T-T-CA-A-ATAG-TTA--T-GACT-
* * * ** * * * * *** * *
43814 AAATAATACTAATTTAGTAATAT-TCTAAAAATTAAT-AACTAATAGATATAAAAAATAAATCCA
230 ATATGA-AC-AA-TTA-T-CTATCTC-AATCATT-ATGACCT-TTTG-T-TTAGTCATAAAACAA
** **** * * * * *
43877 TT-TACCAAACCAATTCAAAC--AGTTAAGACT-ATATAA-AC-AA-TTATT--TATCTT--AAA
285 TTGTTTCTGTTC-ATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTAAAAA
** * **
43931 TTGTTCTGACCTTT
347 TTAAT-AGA---AA
* * * * * **
43945 TGTTTTGTCATAAAACAATTAT-TTTAGCTCATAGA-AGCTCATTCGAAATAAAG-TAAAACTAA
1 AG-ATT-T-AAAAAATAAATATGTTTA--TCA-A-ACAG----TTC-AAAT--AGTTATGACT-A
* * * * * * * *
44007 TTT-ATTAA-TATTTGAAAATTTATAAGAGATT-TAGAAAATAATTTTATTTACTGAACTAGTTC
51 TTTGAATAATTATCT----ATTT-CAA-ATATTAT-G---AT-CTTTTGTTT--TG--TTA--TA
* * * * ** * * *
44069 AAATAATTATATCTATTT-AAACAA--TTATCT--ATTTCAAATAATTATTAGTTT-TT-AT-TT
99 AAACAATTGTTTC-ATTTCATACAAGCTTAT-TAGAAATAAAATAA-TACTAATTTATTAATATT
*** * ** * * * * * *
44126 --TGTAA-TAA-AA-CAATATTG-TTTGTTAATATAAGTTTGTTCAAAATAAA-ATAGTACTAAT
161 CCAAAAATTAATAAGCAAGA--GATTT-AAAAAATAAATTTGTT--TACTAAACA-AGTTCAAAT
* * * * ** * * ** * *
44184 --TTATTAATATTTATCAAACCAGTTCAAATAGT-T-ATAACTATT-TGAGCAATTATTTA-T-T
220 AGTTATGACTA--TAT-GAA-CAATT-ATCTA-TCTCA-ATC-ATTATGACCTTTTGTTTAGTCA
**** * * * ** * * * * **
44242 TCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAGCAATAGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGG
277 T-AAAACAAT-TG--TTTCTGTTC-A-TA-CAAGC-TTA--TTCAG--AATA-AA-ATAATACTA
* * * * ** ***
44307 ATTAAAATAACA-CTAATTTATTAATATTTCA
328 ATT-TATTAATATTTAA-AAATTAATA-GAAA
* * * * * * *
44338 ACAATTAATAAGTAAAATAT-TTAAAACATAAATATGCTTATCAAACTAGATCAAATAGTCATGA
1 AGATTTAAAAAAT-AAATATGTT-TATC--AAACA-G--T-TCAAA-TAG------T--T-ATGA
* * * * * **
44402 CTATTTGAATAATTATCTA-TTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAAAAATCATTTC
48 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTC
* * * **
44466 GA-TTCATATAAGCTTATTCA-AAATAAAATAATACTAAGTTATCAATATTCTGAAAATTAATAA
112 -ATTTCATACAAGCTTATT-AGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
** * ** * * * * * *
44529 TTAAGAGATTTAAAAAATGAATACGTTTAATGAATAAATTTAAATTA-TTATGACTATTTGAACA
175 GCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAA-TAGTTATGACTATATGAACA
* * ** * * * * * *
44593 ATTATCTATTTGAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTTTTCTATTCATA
239 ATTATCTATCT-CAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAA-CA--ATTGTTTCTGTTCATA
** *
44658 CAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTAAGACAATTAATAAGTAAA
300 CAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAA-A-AATTAAT-AG-AAA
* * * * * ** * *
44718 A-ATCTAACAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAATTATT
1 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
* * * * *
44782 TATTTCTAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTC-TATTCATACAAGCTTA
65 TATTTC-AAATATTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAT-TTCATACAAGCTTA
* * * *** * *
44846 TTCA-AATTAAAAAAATATTAATTTATTAATATTTCGGCAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
128 TT-AGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAA
* * * * * * ** *
44909 ATAAATATATTTA-TCGAACAAGTTCAAATGGTCATGACTATTTGAGTAATTAAT-TATTTCAAA
191 ATAAATTTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATT-ATCTATCTC-AA
* * * * * * * *
44972 TCAATGTGATCTTTTTTTTTGTAATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATATAAGCTTATT-TGAAAT
253 TCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTCAG-AAT
*
45035 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAG
316 AAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAAT-AG-AAA
* * * * * *
45079 AGAATT-AAAAATTAATCTATTTA-CTAAACATGTTTAAATAGTTATG-CTATCTGAATAATTAT
1 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-AAACA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* * * * * * *
45141 CTATTTCAAAACATTATGA-CTTTTTATTTTGTCATAAAACAGTTGGTTTTA-TTCGTGCAAGCT
64 CTATTTC-AAATATTATGATC-TTTTGTTTTGTTATAAAACAATT-GTTTCATTTCATACAAGCT
* * * * *
45204 TATTTCG-AATAAAATAATA-TAAGTTTATTTATATTTC-AAAATTAATAAGTAA-AAATTT-AA
126 TA-TTAGAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAA
* * * * * * *
45264 AAATAAATATGTTTTCTGAACATA-TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTACCTATTTCAA
189 AAATAAATTTGTTTACTAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATCTC-A
** * * * *
45328 ATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAGAATA
252 ATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATA
*
45393 AAATAATACTAATTTATTAA-ATTTCAAAAAATAATAAGTAAA
317 AAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAAT-AG-AAA
* * * ** *
45435 AGATTTAAAAAAT-AA-ATGTTTA-CTGAGCAAGTTCGAATAGTTATGACCCTTCGAATAATTAT
1 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-AAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* * * **
45497 TTATTTCAAATCATTTTGATCTTTTGTTTT-TCATAAAA-AATTGTTTC-TATTCATACAATTTT
64 CTATTTCAAAT-ATTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAT-TTCATACAAGCTT
* * * ***
45559 ATTTGCAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CTAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAA
127 ATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAA
* ** * * * *** *
45623 TAAATCTACTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGTCTATTTGAATTGTTATCTATTTCAAATCA
192 TAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATCTC-AATCA
* * ** * ** *
45688 TTATGACATTTTGTTT-GTCGTAAAATGATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTAAGAAT-AAAT
256 TTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
*
45751 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT--AAG
321 AATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAGAAA
* * * * * * *
45786 AGATTTAAGAATTAAATCTATTTATCAAACCAATTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATC
1 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
* * * *
45851 TATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTAATAAAACAATTGCTTC-TATTCATACAAACTTA
65 TATTTCAAAT-ATTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAT-TTCATACAAGCTTA
* * * * * * * * *
45914 TTCGAAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTTCAAAAATTAAT----AAGAGCTTTGAAAAAT
128 TTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAT
** * * * * * * * * *
45975 AAATGCGTTAATTGAACCAGTTCAAATAATTAAGACTAT-TAGAACAATTATCAATTTCAAATTA
193 AAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATAT-GAACAATTATCTATCTC-AATCA
* * *
46039 TTCCT-ACCTTTT-TTTAGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAA
256 TT-ATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAA
* *
46101 ATAATAGTAATTTATTAACT-TTCAAAAATTAATGAGCAAA
319 ATAATACTAATTTATTAA-TATTTAAAAATTAAT-AG-AAA
* * *
46141 AGATTTAAATAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATT
1 AGATTT-AA-AAAATAAATATGTTTATCAAAC-AGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAATAATT
* * * *
46205 ATCTATTT-AAAGT-TGTCATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTTCATAAAAA
62 ATCTATTTCAAA-TAT-T-ATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCATTTCATACAAG
* * *
46267 CTTATTCGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AA
124 CTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAA
* * ** * * * * *
46331 AACTAAAGTTGTTTTTTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAA
189 AAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATCTC-AA
* * ** * * * *
46396 TCAATATGATC-TTTGTTTTCTTATAAAATAATTGTTTCTGATCATACAAGCTTATT-TGAATAA
253 TCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAAT-A
* * ** *
46459 AAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAA--AATAGTGAA
317 AAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAG-AAA
* * * * *
46498 AGATTTAAAAAATAAATGTATTT-GCTAAACGAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTAT
1 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-AAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* * * * * * * ** * *
46562 CTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTATTAATATT-TAGAA-AATT-AATCA-GT-A-A-GAG---
64 CTATTTCAAAT-ATTATGATCTTTTGTT-TTGTTATAAAACAATTGTTTCATTTCATACAAGCTT
* * ** * * * * **
46617 ATT--TAA-AAAATAAAACT-ATTTACCAAACCATTTCAAATAGTT-TTGACTA-CTTGA-ATAA
127 ATTAGAAATAAAATAATACTAATTTA-TTAA-TATTCCAAA-AATTAAT-A--AGCAAGAGAT--
** ** * * * * * * *
46675 TTATCTATTTCAATTTGTTATAGTCACCAA--ACAATTAGTTCTATTCATACTATTTTATTCAGA
184 TTA-AAAAATAAATTTGTT-TACTAAACAAGTTCAAATAG-T-TA-T--GACTA---TA-T--G-
* * * * * *** * ** **
46738 ATAAAATAATACTAAT-TTAAT-AATATTCCAACACTTAATAACTAAGAAAATTAAAA-AA-TAA
235 A-ACAATTAT-CT-ATCTCAATCATTA-T--GAC-CTT--TTGTTTAG-TCA-TAAAACAATTGT
* * * * * * * * ** * *
46799 ATCTAATT-GT-CGAACCCT-TTCA-AATAGTAAGACTACATGAA-CGATTATCTATTTCAAATC
289 TTCT-GTTCATAC-AAGCTTATTCAGAATA-AAATAATAC-T-AATTTATTA-ATATTT-AAA-A
**
46859 ATT-AT-GACCTTT
346 ATTAATAGA---AA
* * * * * * * * * * * *
46871 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACATGCTTATTCAAA-A--TA-AAATAATATCA
1 AG-ATT-T-AAAAAATAAATATGTTT-ATCAAACA-G----TTCAAATAGTTATGACT-ATTTGA
* * * ** ** *** * * *
46932 ATTTATTA-ATATTTCAAAAATTA--ATAAGTAAGAGAT-TTAAAAAATAAATCTGTTT-A--CC
56 A-TAATTATCTATTTCAAATATTATGAT-CTTTTGTTTTGTTATAAAA-CAAT-TGTTTCATTTC
* * * * * *
46990 GA-ACCAG----TT-CAAAT--AATTATGACT-ATTTGAGTAGTTATCAATCTCAAATCATTAA-
117 -ATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAAT-ACTAATTT-A-T--TAAT-ATTC-CAAA-AATTAAT
* * ** ** * * * * ** * ** *
47045 GATCTTTG-TTTTGTCATAAAA-CAA-TTGTTT-CTGATCATAGAGCTT-ATTTGGTTAAAAATA
173 AAGC-AAGAGATT-T-AAAAAATAAATTTGTTTACT-A-AACA-AG-TTCAAATAGTTATGACTA
* * * ** ** *** *
47105 CTACT-AATTTAATAATAT-TC-CAAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTA---A-AAAATAAATAT
231 -TA-TGAA--CAATTATCTATCTCAATCATT-ATGACCT-TTTG-TTTAGTCATAAAA-CAAT-T
* * * * * *
47162 G-TT-TG-TCGA-ACCAGTTTAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTA-TATATTT-TAAATCGT
287 GTTTCTGTTC-ATACAAGCTT--AT--TCAGAA-TA--A-AATAA-TACTA-ATTTATTAAT--A
**** *
47221 TTTGACCTTTTGTCTAGTTAGAAA
339 TTT-A---AAAAT-TA-ATAGAAA
* * *** * * * * * * *
47245 ATATTTGTTTCATATCTTACAATCTTATTTGGAATAAAATAATCCAAAT--TTATTAAC-ATTTG
1 AGA----TTT-AAAAAATA-AAT-ATGTTT---ATCAAACAGTTCAAATAGTTA-TGACTATTTG
* ** * * * * * * * * * *
47307 AAAAATTAATAAGGAAAAGATTTGAAAAAATA-AATCTGTT-TATCG-AACAAATTCAAATAGTG
55 AATAATT-AT-------CTATTTCAAATATTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAA-AC-AAT--TG
** * * ** * ** *
47369 ATGACTATTTGA-ACAA--TTATT-TATTTAAAATCATTA-TAACCTTT-TGTTTTGATAT-AAA
108 -TTTC-ATTTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAAT-AATACTAA--TTTAT-TAAT-AT-TCCAA
** * * * * ** * * *
47427 ACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTT-CTTAA-TATTTCA
165 A-AATT-AATAAG--C--AAGAGATT-T----AA-AAAATAA-ATTTGTTTACTAAACAAGTTCA
* * * ** * * * * * *
47490 AA-AATTAATAAGCAAGAGTTTAAAAAAATAAATTAGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTACAA
217 AATAGTT-AT------GA--CTATATGAA-CAATTA-TCTATC--TC-AA-TC-ATTA-TGAC--
47554 CTATTTGAATAATT-GTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
263 CT-TTTG--T--TTAGTC-A--TAAAA-C---A--A----TTG---T-T--T----C---TG---
* *
47618 CAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAG
294 ---TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAAT-AG
*
47683 TAAG
354 -AAA
* * * * * * * * * * *
47687 TGATTTAAAAAGTAAATCAGGTTTACCAAATCAGCTCAAATAATTGTGGCCATTTCAACAATTAT
1 AGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTATCAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* * * * * * * *
47752 CTATTTCAAATTGTTACT-ACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTT-TTTATTATACAAGTT
64 CTATTTCAAA-TATTA-TGATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCATT-TCATACAAGCT
* * * *
47815 TATTCAG-AATAAAATAATAGTATTTTATTAAT-CTCTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
126 TATT-AGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-CAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAA
* * * * * * * * *
47878 AAATAAATCTATTTACTAAACAA-TTTAAATAATTATGACTATTTGAATAGTTGTATA-CTTCAA
189 AAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATC-TC-A
* * * *
47941 AT-AGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT
252 ATCA-TTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAAT
* ** * *
48005 AAAATAATACTAATATAAAAATATTCCAAAAATTAATA-ACTGAG
316 AAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAGA---AA
* * * * * ***
48049 AGATTTAAAAAAATAAATTTGTTT-GCTAAACTAGTTTAAATAGTTAAGACTATATGAACCGTTA
1 AGATTT-AAAAAATAAATATGTTTATC-AAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA
* * * * * *
48113 TTTATTTC----A--A--ATCATTT-TTTTGTCATAAAACAAAAT-TTTCAATTCACACTAA-CT
63 TCTATTTCAAATATTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAAC-AATTGTTTCATTTCATAC-AAGCT
* * * ** * * *
48167 TATTCA-AAATAAAATAA-AATGAATTTATTCATACTAAAAAAATTAATATGTAAGAGGTTTAAA
126 TATT-AGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAA
* * * * *
48230 AAAT-AATTCTGTTTACCT-AACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTTTTTCA
189 AAATAAATT-TGTTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATCTC-
* * * * * * * *
48293 AAT-AGCTATGACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAGAA
251 AATCA-TTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAA
* * *
48357 TAAAAGAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAAT--AAG
315 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAGAAA
* * * ** *
48398 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTCATCAAATCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATT
1 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
* * * * * *
48463 TATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTTTTTCTATTATAAAACAATAGTTT-TTGTTCATACACGCTT
65 TATTTCAAA-TATTATGATCTTTTGTTT-TGTTATAAAACAATTGTTTCAT-TTCATACAAGCTT
* * * * * * * * * *
48526 ATTCG-ATTAAAATAATACCATTTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAA
127 ATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAA
* * ** * * * * * * *
48590 TAAATATGCTTACCGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCG
192 TAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATCTC-AATCA
* * ** * *
48655 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATCATTTCAGTTCATATAAGCTTATTC-GAAATAAAA
256 TTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAA
* *
48719 TAATACTAAGTTATTAATATTCTAAAACTTAATA-ATTAA
320 TAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAGA--AA
* * * * * * **
48758 GATATTTAAAAAATAAATCTATTTAATGAATA-AGTTTAAATAATTATGACTATTTGAGCAATTA
1 -AGATTTAAAAAATAAATATGTTT-ATCAA-ACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA
* * * * * *
48822 TCTATTTGAAAT-TGCTATTACCTTTTGTTTT-TTCATAAAATGATTTTTTTC-TATTCATACAA
63 TCTATTTCAAATAT--TATGATCTTTTGTTTTGTT-ATAAAA-CAATTGTTTCAT-TTCATACAA
* * * *
48884 ACTTATTTTG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATT--AATACAATTAATAAGTAAAAGAT
123 GCTTA-TTAGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAA-A-AATTAATAAGCAAGAGAT
* * * ** * *
48945 CT-AAAAATAAATCTGTTTACCAAAC-AGCTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAATTATTTAT
184 TTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
49008 TTCAAAAT-TTTAAGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACCAGCTTATTT
248 CTC--AATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTC
* * * *
49072 GGATTAAAA-AATATTAATTTATTAATATTTTGACAAA-TAATAAGTAAA
311 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTT-AAAAATTAAT-AG-AAA
* * * * * *
49120 AAATTTTAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTTAAATAGTCATGAATATTTGAATAATTAAT
1 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT-AT
* * * * * *
49185 -TATTTCAAATCATTGTGA-CCTTT-TTTT-TAATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTA
64 CTATTTCAAAT-ATTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCATTTCATACAAGCTTA
* ** * * *
49246 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAAT
128 TTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * *
49311 TAATCTATTTAC-AGAACATA-TTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAAC
193 AAATTTGTTTACTA-AACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATCTC-AATC
* * *
49374 ATTATGACCTTTTGTTTTA-TCGTAAAA-AATTGGTTT-TGTTCATGCAAGTTTATTTCA-AATA
255 ATTATGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATT-GTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCAGAATA
** *
49435 AAATAATA-TAAATTTATTAATATTCTATTAGTTAATAAGTAAA
317 AAATAATACT-AATTTATTAATATT-TAAAAATTAAT-AG-AAA
* *
49478 A-ATTTTAAAAATAAATATGTTT-TCTAAACACGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTAT
1 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-AAACA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* * * * *
49541 CTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTC-TATTCATAAAAGCTT
64 CTATTTCAAA-TATTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAT-TTCATACAAGCTT
* * * * *
49605 ATATAG-AATAAAATAAAACTAATTTATTAAAATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
127 AT-TAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAA
* * * ** * * * * * * *
49669 ATATATCTATTTACCGAGCGAGTTCAAATAGTTATGACCT-TTTGAACGATTATTTATTTTAA--
191 ATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATATGAACAATTATCTATCTCAATC
* * * ** *
49731 A-T-T-A--TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAATTTTATTTTA-AATAAA
255 ATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAA
* * ***
49790 ATAATACTAATTTATTATTATTCTAATAATTAATAGGTTGG
319 ATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATA-G-AAA
* * * * *
49831 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAATA-AGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGAATTATTAT
1 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TCAA-ACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* * **
49895 CTATTTCAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACGATTGTTTCTATTTC-TACAAAAT
64 CTATTTCAAAT-ATTATGATC-TTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTC-ATTTCATACAAGCT
* *
49958 TATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAGA
126 TA-TTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAA
* * * * * * *
50018 ATTAAATCTATTTA-TCGAACTAGTTCAAATACTTATGGCTAT-TCGAGA-AATTATCTATCTCA
190 AATAAATTTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATAT-GA-ACAATTATCTATCTC-
** * * * * * * * * * *
50080 AATTGTTATGATCTTTTTATTTTGTAATAAAACAACTGCTTCTATTGATACAAACTTATTCAGAG
251 AATCATTATGA-CCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAA
* * * *
50145 TAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCTAAAAA--AA-AGAAA
315 TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAGAAA
* * * * * * *
50185 GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTGAACTAATTCAAATACTTAAGACTATTAGAACAATTA
1 -AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-AAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA
* * * * * * * * * **
50249 TCTATTTCAAATCGTTCTTATCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACATGCAC
63 TCTATTTCAAAT-ATTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCATTTCATACAAGCTT
* * * ** ** * * * ** * *
50314 ATT-CAAA-AAATTAATA--AA--CAAGAA-ATTTTAAAAAAT-A-AATC-TGTTTATTGAATAA
127 ATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAG-AGATTTAAAAA
* * * * * * * * * * *
50369 TTCAAA-TTG-TCA-T-AACTA-TTTAAACAATTAT--CTATTTAGAATAAATATGACCTTTTGT
191 AT-AAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATAT-GAA-CAAT-T-ATC-TAT-C
** * * ** *
50427 TTTATCA-TA-AAACAATTGTCTTAGTTCAT--AA-AA--G---C--TT-AT-----C----TGA
249 TCAATCATTATGACCTTTTGT-TTAG-TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCA
* * ** *
50470 -AATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAACCAATAAGTTAA
312 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAAT-AG-AAA
* * ** * * * *
50517 AGATTTAAAAAATAAGTCA-ATTTATCAAATTGGTTTAAATAATTATG-GTCACTTGAATAATTA
1 AGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTATCAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAATAATTA
* ** * * ** * *
50580 TCTATTTCAAATTGTTACAAACTTTTGTTTTATCGTAAAACAATTATTT--TTCATCAGACAAGC
63 TCTATTTCAAA-TATTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCATT--TCATACAAGC
* * * ** * *
50643 CTATTA-AAATAAAACAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAGGAGGTTTAAAA
125 TTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAA
* * * * *
50707 AATAATTTTG-TT--T-----A-TTGAACTAGTT-T--CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
190 AATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATCTC-AAT
* * * * *
50760 CATTATAACCTTTTGTTCT-GTTATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATATAAGCTTATT-GGAATA
254 CATTATGACCTTTTGTT-TAGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTCAGAATA
* * * *
50822 AAATAATACTAATTTAATATTACTTTGAAAATTGATA-ACAA
317 AAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAGA-AA
* ** * * * * * *
50863 GGAGATTCAAAAAAATAAACCTAT-TTGCT-AAACAATTCAAACAATTAAGACTATATGAACAAT
1 --AGATT-TAAAAAATAAA--TATGTTTATCAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
* * * * ** * * * ** * *
50926 TATTTGTTACTAAAAATTATGGCCTTTTGTTTAGTCATATAACAATTGTTTTTTTATCATTCCAG
61 TATCTATTTC-AAATATTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCATT-TCATACAAG
* * *
50991 CTTATT-GAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAA-T--TAA-CAAAAGATTTAA
124 CTTATTAG-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAA
* * * * * *
51051 AAAATAAATTTGTTTACTGAACTAGTTTAAATA--TATGACTATTTGAACAATTGTAACT-TC-A
188 AAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAA-T-TATCTATCTC
** * * * * *
51112 AATCGGTATAACCTTTTGTTCTA-TCATAAAACAATTATTTTTGTTTATACAAGTTTATTCAGAA
251 AATCATTATGACCTTTTGTT-TAGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAA
* * * *
51176 TAAAATAATGCTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATA-ACTAA
315 TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAGA--AA
* * * * * * * * *
51220 GAAAATTAAAAAATAAATTTGTTT-GCTGAACTAGTTTAAATATTTAAAAGACTATATGAATAAT
1 -AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-AAAC-AGTTCAAATAGTT--ATGACTATTTGAATAAT
* * * * ** *
51284 TATATATTTCAAATCATTATGA-CCTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTT-TTGGAAATTCATACTA
61 TATCTATTTCAAAT-ATTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAA-TTGTT-TCATTTCATAC-A
* * * * * * * *
51347 GGTTTATTTGAAATTAAAA-AAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATT
122 AGCTTATTAGAAA-TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
* * * * * * *
51411 T-AAAAA-CAATTATGTTTACT-AACTAGTTCAAGTAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATT
185 TAAAAAATAAATT-TGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATC
* * * * * *
51473 TCAAATACAATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAATAAATGTTTTTGTTCATATACG-TGT-T
249 TC-AAT-C-ATTATGACCTTTTGTTTAGTCAT-AAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCT-TAT
* * * * * *
51536 TCAAAATAAAAGTAATATTAATATATTATTATCTCAAAAATTAAT--AAG
309 TCAGAATAAAA-TAATACTAATTTATTAATAT-TTAAAAATTAATAGAAA
* * *
51584 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTAAAATAGTTCAAATAGTTTTAACTATTTGA
1 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAAC-AGTTCAAATAGTT---AT-G-----ACTATTTGA
** * * * * *
51649 GCAATTATTTA-TTCAAATCATTATGATTTTTTGTTCTGTTGTAAAATAATTGTTTC-TATTCAT
56 ATAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAT-TTCAT
** * * * * ** * *
51712 ACAAGCTTATTCTAAGTTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCGACAATTGTTAAGTAATTA-
119 ACAAGCTTATTAGAA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAA-GAG
* * * * * * * *
51776 ATTT-AAAAGTAAATATGTTTACTGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGGAATAATTATCT
182 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATAT-GAACAATTATCT
* * * * * * ** ** *
51840 ATTTTAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCTTAAAA-AATTATTTCAATTCATGTAAGTTTATT
246 A-TCTCAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT
* * * *
51903 CAAAATAAAATAATATTAAGTTATTAATATTATGAAAATTAATA-ATTAA
310 CAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAGA--AA
** * * * * * * *
51952 TAGATTTAAAAAAGGAATCTGTTTGTCGAACAAGTTTAAATAATTTTGACTATTTCG-ACAATTA
1 -AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTT-GAATAATTA
* * * * * ** *
52016 TTTA-TTCAAAATTACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATT-TTTC-TATTCATACAAGT
63 TCTATTTC-AAA-TATTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAT-TTCATACAAGC
* * *
52078 TTATTTTG-AATAAAATAATAC-AACTTTATTAATATT--AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTT
125 TTA-TTAGAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTCCAA-A-AATTAATAAGCAAGAGATTT
* * * * ** * * * * *
52139 AAAAAATAAATCTATTTA-TCGAACAATTTCAAAATCTTTATGATTATTTGAAAAATTATTTATT
186 AAAAAATAAATTTGTTTACT-AAACAAGTTC-AAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATC
* *** * * * * * * * * * *
52203 TGAAATTGGTATGACTTTTTGTTTTGTCGTAAAATAATTATTTATG-CCATACATGTTTATTCCG
249 T-CAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAG
* * * * * * *
52267 ATTCACAA-AATATTTATTTTTTAATATTTCAACAATTAATAGTAGA
313 AAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAG-AAA
* * * *
52313 ACATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCCAAACAAGTTCAACTAGTCATAACTATTTGAATAATTAT
1 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT-CAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* * * * * * * *
52377 CAATTTCAAATCATTGTGACCTTTTTGTTTTGTAATAAAACAATCGTTTCAGTTCATATAAGTTT
64 CTATTTCAAAT-ATTATGATC-TTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCATTTCATACAAGCTT
* * * * *
52442 ATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGAAAGAGAATTAAAAAA
127 ATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAA
* * ** *
52507 -AGAATCTTG-TTACCAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATATGAATTATTATCTATTTCAAAT
192 TA-AAT-TTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATCTC-AAT
* * * * *
52570 CATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATATAAGCTTATT-TGAAATA
254 CATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTCAG-AATA
** *
52633 AAATAATACT-A---A-T-AT-TCCAGAAATTAATGAGAAA
317 AAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAAT-AGAAA
* * * * * *
52667 GAGAATTAAAAAATGAATCT-TGTTA-CTGAACATGTTCAAAT-TTTATGACTATCTGAATAATT
1 -AGATTTAAAAAATAAATATGT-TTATC-AAACA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * * * * *
52729 ATCTATTTTAAAACATTATGA-CATTTTGTTTTCTCATAAAAC-ATCTGGTTC-TACTCATGCAA
62 ATCTA-TTTCAAATATTATGATC-TTTTGTTTTGTTATAAAACAAT-TGTTTCAT-TTCATACAA
** ** * * * *
52791 GCTTATTTCAAATAAAATAATAAAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAA-AAATTT-A
123 GCTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAA
* * ** * ** * * * *
52854 AAAATAAATATATTTTTTGAACACTTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
188 AAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATCTC-A
* * * * * * *
52919 ATCGTTATGACCTTTTGTTTGGTCATAAACCAATCGTTTCTATTCATAAAAGCTTATT-TGAAAT
252 ATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAG-AAT
* * * *
52983 AAAATAATACTAACTTATTAAAATTCCAATAATTAATAAGTAAA
316 AAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAAT-AG-AAA
* ** * * *
53027 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATT
1 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
* * * * *
53092 TATTTCAAATCATTATAATCTTCTGTTTTATTATAAAACAATTGTTTC-TATTCAAACAAGTTTA
65 TATTTCAAAT-ATTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAT-TTCATACAAGCTTA
* * ***
53156 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAAT
128 TTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAT
** * * ** * * * * *
53221 AAATTTGTTTACCGAACAAGCTCAAATAGTCAT-ATCCGTTTGAACTATTATCTATATGAAATTA
193 AAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATATGAACAATTATCTATCT-CAATCA
* * * * **
53285 TTATGACATTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAAT
256 TTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* *
53350 AATTCTAATTTATTAGTATTTTAAAAATTAAT--AAA
321 AATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAGAAA
* * * * * * * * * *
53385 AGATTTAAAAACTTAATCTATATATCAAACCAATTCAAATAATTATGATTTTTTTTGAACAATTA
1 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAA-CAGTTCAAATAGTTATGA--CTATTTGAATAATTA
* * * * *
53450 TCTATCTCAAATCATTATGAT-ATTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTT-TTGTTCATACAAGCT
63 TCTATTTCAAAT-ATTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAT-TTCATACAAGCT
* * * * * *
53513 TATTTTG-AGTAAAATATTGA-TAAATTAATAATATTCTAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAA
126 TA-TTAGAAATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAA
* * * * * * * *
53572 AAATAAATGTGTTTGCCAAACTAA-TTCAAATAGTTAAGAATAT-TAGAA-ATTTATTTATTTCA
189 AAATAAATTTGTTTACTAAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATAT-GAACAATTATCTATCTC-
** * * * * * * *
53634 AATTGTTTTGACCTTTTGCTT-GTCATAAAATAGTAT-TTTCAGTTCATACATGCTTATTCAAAA
251 AATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAAT-TGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAA
** *
53697 TAAAATAATACTAATTTATTAGCATTTAGAAAATTAATAAACAA
315 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAGA-AA
* * * ** * * *
53741 CAAATTTTAAAAAATAAATTTGTTTTTTGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGGACAATTA
1 -AGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA
* * * * * *
53806 TCTATTTAAAATA-AATG-TGCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTT
63 TCTATTTCAAATATTATGAT-CTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCATTTCATACAAGCTT
* * * * ** * **
53869 AGCTAG-AA-AAAATAATATTACTTTATTAATA-CCTCAAATTTTGATATA-TTAGAGATTTAAA
127 A-TTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-CAAAAATTAATA-AGCAAGAGATTTAAA
* *** * * * * *
53930 AAATACATTTG-------AATTGGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
189 AAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATCTC-AA
** * * ** * ** * **
53988 TCATTACAAGCTTTCGTTTTTTTCATAAAACAATTGTTTTTCATCACACAAGCTTATTTGGAATA
253 TCATTATGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATA
* * *
54053 AAATAATATTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGAAGG
317 AAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAAT-AGAA-A
* ** * * *
54096 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTGA-A--TC----AG-T-T-CCTATTTGGACAATTATCT
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* * * * * *
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* * * ** * * *
44204 AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTAT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * * * *
44269 TATAAAGCAATAGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAACACTAATTTATTAATAT
66 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * ** * * *
44334 TTCAACAATTAATAAGTAAAATATTTAAAACATAAATATGCTTA-TCAAACTAGATCAAATAGTC
131 TT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA-ATAAATCTATTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * **
44398 ATGACTATTTGAATAATTATCTA-TTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAAAAATCA
193 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * * *
44462 TTTCGATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATCAATA-TTCTGAAAATTAA
258 TTTCTATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAA
* * * ** *
44526 TAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATACGTTTAATGAATA
321 TAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACA
* * * ** *
44565 AATTTAAATTA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * *
44629 TCATAAAATGATTTTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATACAAATTTATT
65 TCATAAAA-CA--ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATT
* *
44693 AATA-TTAAGACAATTAATAAGTAAAA-ATCTAACAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAA
126 AATATTTAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAA-AAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAA
** * * ** *
44756 TCTTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCTAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGC
188 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * **
44821 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAAAAATATTAATTTATTAATATTTCGGCAA
253 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAA
*
44886 A-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTATC-GAACA
316 ATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTGAACA
* * ** * * * *
44929 AGTTCAAATGGTCATGACTATTTGAGTAATTAAT-TATTTCAAATCAATGTGATCTTTTTTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* *
44993 TAATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
65 TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * *
45057 ATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAATTAATCTATTTACTAAACATGTTTAAATAGTT
129 ATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * * *
45122 ATG-CTATCTGAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAGTTG
193 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-
* * *
45186 GTTT-TATTCGTGCAAGCTTATTTCGAATAAAATAATA-TAAGTTTATTTATATTTC-AAAATTA
257 GTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTTCAAAAATTA
*
45248 ATAAGTAAAAATTT-AAAAATAAATATGTTTTCTGAACA
320 ATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACA
* * **
45286 TA-TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTACCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTG
1 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * *
45350 TCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-
65 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * *
45413 ATTTCAAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA--TGTTTACTGAGCAAGTTCGAATAGT
129 ATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGT
** * * * * *
45476 TATGACCCTTCGAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGATCTTTTGTTTT-TCATAAAA-AATT
192 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
** * *
45539 GTTTCTATTCATACAATTTTATTTGCAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAATTAA
257 GTTTCTATTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
** * ** *
45603 TAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTACTTACTGAACA
321 TAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACA
* *** *
45642 AGTTCAAATAGTTATGTCTATTTGAATTGTTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTG-TTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* ** ** *
45706 CGTAAAATGATTGTTTCTATTCATACAAAATTA-TTAAGAAT-AAATAATACTAATTTATTAATA
66 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* *
45769 TTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAGAATTAAATCTATTTA-TCAAACCAA-TTCAAATAC
130 TTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA-AAATAAATCTATTTACT-AAA-CAAGTTCAAATAG
* * *
45828 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTAATAAAACAAT
191 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * * *
45892 TGCTTCTATTCATACAAACTTATTCGAAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTTCAAAAATTA
256 TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * ** * *
45957 ATAAG---AGCTTTGAAAAATAAATGCGTTAAT-TGAACC
320 ATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTT-TTCTGAACA
* * * * * * *
45993 AGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTATCAATTTCAAATTATTCCT-ACCTTTT-TTTAG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT-ATGACCTTTTGTTTTG
* *
46056 TCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATACAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATAGTAATTTATTAA
65 TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * *
46119 CT-TTCAAAAATTAATGAGCAAAAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTA-TCAAACAAGTTCAAA
128 -TATTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT--A-AAAATAAATCTATTTACT-AAACAAGTTCAAA
** *
46182 TAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTTGTCATGACCTTTT-TTTTGTCATAAA
188 TAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * *
46244 ACAATTGTTTC-ATTTCATAAAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAA
251 ACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * *
46308 AAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAACTAAAGT-TGTTTTTTGAACT
314 AAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAA-TATGTTTTCTGAACA
* * * * * *
46353 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCAATATGATC-TTTGTTTTCT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *
46417 TATAAAATAATTGTTTCTGA-TCATACAAGCTTATTTG-AATAAAAATAATATTAATTTAATAAT
66 CATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAAT
** * * * *
46480 ATTCCAAAA--AAT-AGTGAAAGATTTAAAAAATAAATGTATTTGCTAAACGAGTTCAAATAGTT
129 ATTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * * * * *
46542 ATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTATTAATAT-TTAGAA-AATT
193 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT-TTGTCATAAAACAATT
** * * * * ** * *
46605 -AATC-AGT-A-A-GAG---ATT-TAA-AAAATAAAACT-ATTTACCAAACCATTTCAAATAGTT
257 GTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAATACTAATTTA-TTAA-TATTTCAAA-A--A
* ** * * * ** ** * * **
46659 TTGACTACTTGAATAATTATCTATTTCAATTTGTTATAGTCACCAAACAA
317 TT-AATAAGTAAAGATTTA-AAAAATAAATATGTT-T--T--CTGAAC-A
* * ** * * * * ***
46709 TTAGTTCTATTCATA-CTAT-TTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAAT-ATTCCAACA
1 --AGTTC-A--AATAGTTATGACTATT-TG-A-ACAATTAT-CT-ATTTCA-AATCATTATGAC-
*** ** ** *** * ** * * *
46771 CTTAATAACTAAGAAAATTAAAA-AA-TAAATCTAATT-GT-CGAA-C-CCTTTCAAATAGTAAG
54 CTT--TTGTTTTG-TCA-TAAAACAATTGTTTCT-ATTCATAC-AAGCTTATTTGAAATA-AAAT
* ** * * ** *** * * * *
46830 ACTACATGAA-CGATTATCTATTTCAAATCATT-ATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
112 AATAC-T-AATTTATTA-ATATTT-AAA-AATTAAT-AAGTAAAAG-ATT-T-A-AAAATAAATC
* * * * * * * *
46892 TTTTTGA-TCATACATGCTTATTCAAA-A--TA-AAATA-AT-ATCAATTTATTAATATTTCAAA
167 TATTT-ACT-AAACAAG----TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TTA-T-CTATTTCAAA
* ** ** ** * * * *
46950 -AATTAAT-A-AGTAAGAGATT-T-AAAAAATAAATCTG-TT-TA-CCGA-ACCAG----TTC-A
223 TCATT-ATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAA-CAAT-TGTTTCTATTC-ATACAAGCTTATTCGA
* * * * * * * *** * *
47001 A-ATAATTATGACT-ATTTGAGTAGT-TATCAATCTCAAATCATTAAGATCTTTGTTTTGTCATA
283 ATAAAATAAT-ACTAATTT-ATTAATATTTCAA----AAATTAATAAG-T-AAAG-ATT-T-AAA
* *
47063 AAA-CAAT-TG-TTTCTGATCATA
337 AAATAAATATGTTTTCTGA--ACA
** * ** * * * * * ** **
47084 GAGCTT-ATTTGGTTAAAAATA-CT--ACTAATTTAATAATATTCCAAA-AATTAAT-A-AGTAA
1 -AG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AA-TT-AT-CTATTTCAAATCATT-ATGACCTTTT
** * * * * * *
47142 GAGATT-T-AAAAAATAAATATG-TT-T-GTCGA-ACCAGTTTAAATAGTTAAAACTATTAGAAT
59 G-TTTTGTCATAAAA-CAAT-TGTTTCTATTC-ATACAAGCTT--AT--TTGAAA-TA--A-AAT
* * * *** ** * * ***
47201 AATTA-TATATTT-TAAATCGTTTTGACCTTTTGTCTAGTTAGAAAATATTTGTTTCATATCTTA
112 AA-TACTA-ATTTATTAAT--ATTTAAAAATTAAT-AAG-T--AAAAGA----TTT-A-AAAATA
* * * * * * ***
47264 CAATCTTATTTGGAATAAA-ATAATCCAAAT--TTATTAAC-ATTTGAAAAATTA-ATA-AGGAA
163 -AATC-TATTT--ACTAAACA-AGTTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
** ** * * ** *
47323 AAGATT-TGAAAAAATAAATCTG-TTTATCGA-ACAAATTCAAATAGTGATGACTATTTGA-ACA
222 ATCATTATG---ACCT---TTTGTTTTGTC-ATA-AAA--C-AAT--TG-TTTCTA-TTCATACA
* * * ** * * ** *
47384 A--TTATT-TATTTAAAATCATTA-TAACCTTT-TGTTTTGATATAAAACAATTGTTTCAGTTCA
272 AGCTTATTCGA-ATAAAAT-AATACTAA--TTTAT-TAAT-ATTTCAAA-AATT-AATAAG----
* * ** * *
47444 TAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAA-T
325 T-AAAGATT-T--AAAA-AATA-AATA-TGTTTTCTGAACA
* * ** * * * *
47484 ATTTCAAA-AATTAATAAGCAAGAGTTTAAAAAAATAAAT-TAGTTTACCGAACAAATTCAAATA
1 AGTTCAAATAGTT-AT--G-ACTA-TTT-GAACAAT-TATCTA-TTT------CAAA-TC-ATTA
* *
47547 GTTACAACTATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
50 -TGAC--CT-TTTG--T-TTTGTC-A--TAAAA-C---A--A----TTG---T-T--T----C--
** *
47612 TTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATT
83 -----T--ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATT
** * * * * * *
47677 AATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTAAATC-AGGTTTACCAAATC-AGCTCAAATAATTGTGGCCAT
140 AATAAGTAAAAGATTTAAAAA-TAAATCTA--TTTACTAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* ** * * *
47740 TTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTACT-ACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTTTA
201 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTA
* * * * *
47804 TT-ATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATAGTATTTTATTAATCTCTCAAAAATTAATAAGTAA
264 TTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * *
47868 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACA
328 -AGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACA
* * * * * * * *
47900 A-TTTAAATAATTATGACTATTTGAATAGTTGTATACTTCAAAT-AGTTATAACCTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTG
* * ** * **
47963 TCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATATAAAAATA
65 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * * * *
48028 TTCCAAAAATTAATAACTGAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAACTAGTTTAAATAGT
130 TT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT--AAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGT
* * ** * *
48093 TAAGACTATATGAACCGTTATTTATTTCAAATC------A---TTT-TTTTGTCATAAAACAAAA
192 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AAT
* * * * * * **
48148 T-TTTCAATTCACACTAA-CTTATTCAAAATAAAATAA-AATGAATTTATTCATACTAAAAAAAT
256 TGTTTCTATTCATAC-AAGCTTATTC-GAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * * * *
48210 TAATATGTAAGAGGTTTAAAAAATAATTCTGTTTACCT-AACC
318 TAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTGAACA
* * * *
48252 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTTTTTCAAAT-AGCTATGACCTTTCGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * *
48316 TCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAG-TT-TGTTCAGAATAAAAGAATACTAATCTATTAA
65 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * *
48379 TATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTGTTCA-TCAAATC-AGTTTAAAT
128 TATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACT-AAA-CAAGTTCAAAT
* * ** * * *
48438 AGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTTTTTCTATTATAAAAC
189 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT-TGTCATAAAAC
* * * * * * * *
48502 AATAGTTTTTGTTCATACACGCTTATTCGATTAAAATAATACCATTTTATTAATATTTCAACAAT
253 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * * * *
48567 TAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGCTTACCGAACT
318 TAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACA
* * * *
48609 AGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* ** * * *
48674 CATAAAAAAATCATTTC-AGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATA
66 CATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * * * *
48738 TTCTAAAACTTAATAATTAAGATATTTAAAAAATAAATCTATTTAATGAATAAGTTTAAATAATT
130 TT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTT
* * *** * * * *
48803 ATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTGAAATTGCTATTACCTTTTGTTTTTTCATAAAATGATTT
193 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATT
* * *
48868 TTTTCTATTCATACAAACTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TT-AATACAAT
257 GTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAA-A-AAT
* * * **
48930 TAATAAGTAAAAGATCT-AAAAATAAATCTGTTTACCAAAC-
318 TAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACA
** * * *
48970 AGCTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAAT-TTTAAGACCTTTTGTTTT
1 AG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * *
49034 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACCAGCTTATTTGGATTAAAA-AATATTAATTTATTAAT
64 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * *
49098 ATTTTGACAAA-TAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTA-TCGAACAAGTTTAAATA
129 A-TTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAATAAATCTATTTACT-AAACAAGTTCAAATA
* * * * *
49161 GTCATGAATATTTGAATAATTAAT-TATTTCAAATCATTGTGACC-TTT-TTTT-TAATAAAACA
190 GTTATGACTATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* *
49222 ATTGTTT-TAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAT-AAAA
254 ATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAA
* * * * * * *
49285 ATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATTAATCTATTTACAGAACA
316 ATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACA
* * *
49329 TA-TTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTA
1 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
49393 TCGTAAAA-AATTGGTTT-TGTTCATGCAAGTTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAA
65 TCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAA
** * * * * *
49455 TATTCTATTAGTTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTAAACACGTTCAAATAG
128 TATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAG
* * ** *
49519 TTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAAT
191 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * *
49584 TGTTTCTATTCATAAAAGCTTATATAGAATAAAATAAAACTAATTTATTAA-AATTCAAAAAATT
256 TGTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATT
* * * * * * *
49648 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATATATCTATTTACCGAGCG
319 AATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACA
* * *
49689 AGTTCAAATAGTTATGACCT-TTTGAACGATTATTTATTT-TAA--A-T-T-A--TTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* ** * *
49745 TCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAATTTTATTTTAAATAAAATAATACTAATTTATTATTA
65 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * *** * * * * *
49810 TTCTAATAATTAATAGGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTC
130 TT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTT
* ** * *
49875 ATGTCTATTTGAATTATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACGATTG
193 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
** *
49940 TTTCTATTTC-TACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
258 TTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * *
50004 TAAG---AGATTTAAGAATTAAATCTATTTATC-GAACT
321 TAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTGAACA
* * * * ** * *
50039 AGTTCAAATACTTATGGCTATTCGAGA-AATTATCTATCTCAAATTGTTATGATCTTTTTATTTT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTT
* * * * * * * * * * *
50103 GTAATAAAACAACTGCTTCTATTGATACAAACTTA-TTCAGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAA
64 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * *
50167 TATTCT-AAAA--AA-AAG-AAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTAA-TTCAAAT
128 TATT-TAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTT-AAAAATAAATCTATTTACTAAAC-AAGTTCAAAT
* * * * * * * * *
50226 ACTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTTATCTTTTGTTTAGTCATAAAATA
189 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* ** * ** *
50291 ATTGTTT-TAGTTCATACATGCACATTC-AA-AAAATTAATA--AA--CAAGAA-ATTT-TAAAA
254 ATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAATAAAA-TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* ** * * *
50347 --AATAAAT-CTG-TTT----ATTGAATA---ATTC---A-A
317 TTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACA
* * * * * *
50374 A-TT------GTCATAACTATTTAAACAATTATCTATTT-AGAATAAATATGACCTTTTGTTTTA
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
50431 TCATAAAACAATTGTCT-TAGTTCATAAAAGCTTATCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAAT
65 TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
** * * * *** * *
50495 ATTTCAAAAACCAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATAAGTCAATTTA-TCAAATTGGTTTAAATAA
129 ATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACT-AAACAAGTTCAAATAG
* * * ** ** * * *
50559 TTATG-GTCACTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTACAAACTTTTGTTTTATCGTAAAACAA
191 TTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * ** *
50623 TTATTTTTCA-TCAGACAAGCCTATTAAAATAAAACAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
255 TTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * *
50687 AATAAATAGGAGGTTTAAAAAAT-AAT-T-TTGTT-T-----
319 AATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAAATATGTT-TTCTGAACA
* * * *
50720 A-TTGAACTAGTT-T--CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * *
50781 TATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATATAAGCTTA-TTGGAATAAAATAATACTAATTTAATATTA
66 CATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * * * *
50844 CTTTGAAAATTGATAA-CAAGGAGATTCAAAAAAATAAACCTATTTGCTAAACAA-TTCAAACAA
130 -TTTAAAAATTAATAAGTAA-AAGATT--TAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAG
* * * * * * * * *
50907 TTAAGACTATATGAACAATTATTTGTTACTAAA-AATTATGGCCTTTTGTTTAGTCATATAACAA
191 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * *
50971 TTGTTTTTTTATCATTCCAGCTTATT-GAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAA
255 TTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTCG--AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * *
51035 TTAA-CA--AAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACT
317 TTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACA
* * * * ** * * *
51074 AGTTTAAATA--TATGACTATTTGAACAATTGT-AACTTCAAATCGGTATAACCTTTTGTTCTAT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * * * *
51136 CATAAAACAATTATTTTTGTTTATACAAGTTTA-TTCAGAATAAAATAATGCTAATCTAATAATA
66 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * * * * * *
51200 TTCCAAAAATTAATAACTAAGAAAATTAAAAAATAAATTTGTTTGCTGAACTAGTTTAAATATTT
130 TT-TAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * *
51265 AAAAGACTATATGAATAATTATATATTTCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAATAAG
193 --ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-
*** * * * * *
51329 TT-TTGGAAATTCATACTAGGTTTATTTGAAATTAAAA-AAAAATGAATTTATTAATATTTCAAA
255 TTGTT-TCTATTCATAC-AAGCTTATTCG-AA-TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAA
* * * * *
51392 AATTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAACAATTATGTTTACT-AACT
315 AATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACA
* * *
51435 AGTTCAAGTAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATACAATTATGACCTTTTGTTTT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-C-ATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * * ** * *
51500 GTCATAAAAATAAATGTTTTTGTTCATATACG-TGT-TTCAAAATAAAAGTAATATTAATATATT
64 GTCAT-AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT-TATTTGAAATAAAA-TAATACTAATTTATT
* * *
51563 ATTATCTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCAAACAAGTTAAAA
126 AATAT-TTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACT-AAACAAGTTCAAA
* * ** *
51623 TAGTTCAAATAGTTTTAACTATTTGAGCAATTATTTA-TTCAAATCATTATGATTTTTTGTTCTG
188 TAGTT---AT-G-----ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
** * *
51687 TTGTAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCTAAGTTAAAATAATACTAATTTATTAAT
244 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAA--TAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * ** * * *
51752 ATTTCGACAATTGTTAAGTAATTA-ATTT-AAAAGTAAATATGTTTACTGAACT
307 ATTTCAAAAATTAATAAGTAA--AGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACA
* * * * *
51804 AGATCAAATAGTCATGACTATTTGGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTT-GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * ** * ** * *
51868 TCTTAAAA-AATTATTTCAATTCATGTAAGTTTATTCAAAATAAAATAATATTAAGTTATTAATA
65 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * * *
51932 TTATGAAAATTAATAATTAATAGATTTAAAAA-AGGAATCTGTTT-GTCGAACAAGTTTAAATAA
130 TT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATA--AATCTATTTACT-AAACAAGTTCAAATAG
* * * * * **
51995 TTTTGACTATTTCG-ACAATTATTTA-TTCAAAATTACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATG
191 TTATGACTATTT-GAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* *
52058 ATT-TTTCTATTCATACAAGTTTATTTTGAATAAAATAATAC-AACTTTATTAATA-TT-AAGAC
254 ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTTCAA-A-
* *
52119 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAACA
315 AATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTGAACA
* ** * * * * *** *
52164 ATTTCAAAATCTTTATGATTATTTGAAAAATTATTTATTTGAAATTGGTATGACTTTTTGTTTTG
1 AGTTC-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * * * * * * *
52229 TCGTAAAATAATT-ATT-TATGCCATACATGTTTATTCCG-ATTCACAA-AATATTTATTTTTTA
65 TCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATT-TGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * * *
52290 ATATTTCAACAATTAAT-AGTAGAACATTTAAAAAATAAATATGTTTTCCAAACAAGTTCAACTA
127 ATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATA
* * * * * *
52354 GTCATAACTATTTGAATAATTATCAATTTCAAATCATTGTGACCTTTTTGTTTTGTAATAAAACA
190 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * * *
52419 ATCGTTTC-AGTTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAA
254 ATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * * * **
52483 TTAATGAGAAAGAGAATTAAAAAA-AGAATCT-TGTTACCAAACA
317 TTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATA-AATATGT-TTTCTGAACA
* * ** *
52526 TGTTCAAATAGTTATGACTATATGAATTATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* *
52591 AATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-A---A-T-AT-
66 CATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * * * * * * *
52648 TCCAGAAATTAATGAG-AAAGAGAATTAAAAAATGAATCT-TGTTACTGAACATGTTCAAAT-TT
130 TTTAAAAATTAATAAGTAAA-AG-ATTTAAAAATAAATCTAT-TTACTAAACAAGTTCAAATAGT
* * * * * *
52710 TATGACTATCTGAATAATTATCTATTTTAAAACATTATGACATTTTGTTTTCTCATAAAAC-ATC
192 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-
* * * * **
52774 TGGTTCTACTCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAAAAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
256 TGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * * *
52839 ATGAGTAAAAATTT-AAAAATAAATATATTTTTTGAACA
320 ATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACA
** * * * *
52877 CTTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTGGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
52942 CATAAACCAATCGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAACTTATTAAAAT
66 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * * *
53007 TCCAATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAGCGAGTTCAAATAGTTA
131 T-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * * *
53072 TGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAATCTTCTGTTTTATTATAAAACAATTGT
194 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * *
53137 TTCTATTCAAACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAAT
259 TTCTATTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT
** * * *
53201 AAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACA
322 AAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACA
* * ** * * * * *
53239 AGCTCAAATAGTCAT-ATCCGTTTGAACTATTATCTATATGAAATTATTATGACATTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* ** * * *
53303 TCGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTA-TTCAGAATAAAATAATTCTAATTTATTAGT
65 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* *
53367 ATTTTAAAAA-T--TAA-TAAAAGATTTAAAAACTTAATCTATATA-TCAAACCAA-TTCAAATA
129 A-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-TAAATCTATTTACT-AAA-CAAGTTCAAATA
* * * * *
53426 ATTATGATTTTTTTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGA--TATTTGTTTTGTCATAAAG
190 GTTATGA--CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * * *
53489 CAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTTGAGTAAAATATTGA-TAAATTAATAATA-TTCTAA
252 CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTTC-AA
* * **
53552 AAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACTA
314 AAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAAC-A
* * * * * ** * *
53595 A-TTCAAATAGTTAAGAATATTAGAA-ATTTATTTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTG-CTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * ** **
53657 CATAAAATAGTAT-TTTC-AGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGC
66 CATAAAACAAT-TGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
** * * ** *
53720 ATTTAGAAAATTAATAAACAACAA-ATTTTAAAAAATAAATTTGTTTTTTGAACAAGTTCAAATA
129 ATTTA-AAAATTAATAAGTAA-AAGA-TTT-AAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATA
* * * * ** *
53784 GTTATGATTATTTGGACAATTATCTATTTAAAAT-A-AATGTGCTTTTGTTTTATCATAAAACAA
190 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * * * ** **
53847 TTGTTTCAATTCATAAAAGCTTAGCTAGAA-AAAATAATATTACTTTATTAATACCTCAAATTTT
255 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * * **
53911 GATATATTAGAGATTTAAAAAAT--ACA----TT-TGAATT
319 AATA-AGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACA
* * * * ** * * *
53945 GGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTACAAGCTTTCGTTTTTT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTTG
* * * * *
54010 TCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCACACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAAA
65 TCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * *
54074 ATTTCAAAAATTAATAAG-AAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT---GAA--TC----AG
129 ATTT-AAAAATTAATAAGTAA-AAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAG
* * ** * * *** **
54129 -T-T-CCTATTTGGACAATTATCTATTTTC-AATTGTTATAACCTTTT-TTTTATTGCAAAATTA
191 TTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * *
54189 TTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAAC
255 TTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * *
54253 TAATAACTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTGCTAAAGC-
318 TAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAA-CA
* * * * * *
54294 AGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCT-TTTGAAATCATTATGACCATTTGTTTTAT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * *
54358 CATAAAAAAATTGTTTC-AGTTCATAGAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
66 CATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * *
54421 TTCTAAAAATTAATAAGT--AAGTTATTAAACAAGTGAATCTGTTTATCGAATC-AGTTCAAATA
130 TT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGAT-TTAAA-AA-TAAATCTATTTA-CTAAACAAGTTCAAATA
* * ** * *
54483 ATTATGGCTATGTT-AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATATAACA
190 GTTATGACTAT-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * ** * * *
54547 ATTGTGTT-TGA-ACATTCAATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATCTTTCAAAA
254 ATTGT-TTCT-ATTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
* * * *
54610 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGATCC
316 ATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACA
** * * ** * ** * *
54654 AGTTCAAATAGCAATAACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATTGTTATAATCTTTTG-TTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * *
54718 CATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATAT
66 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * * * * *
54783 TTCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATATTTA
131 TT-AAAAATTAATAAGTAAAAG-ATTTAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * * * * *
54848 AGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTATTTTGTCATCAAATAAGTTT
194 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTG
* * *
54913 TTTTTAATTCATA-ATAGCTTATTTGGAATAAAATGAA-A-TGAATTTATTAATATTTCAGAAAT
258 TTTCT-ATTCATACA-AGCTTA-TTCGAATAAAAT-AATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * * * *
54975 TAATACGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCT-AACT
318 TAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTGAACA
* * * *
55017 AGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAGTTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * * * * *
55082 CATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCGAAATAAAGTAATGCTAATCTATTAATAT
66 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-
* * * * *
55147 TTTGAATATTAATAAG----AGATTTAAAAATAAATTTATTTA-TCAAACTAGTTCAAATAGTTT
130 TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTA
* ** * * * * *
55207 TGACTATTTTAGTAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTCTGTTATAAAACAATTG-
194 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * *
55271 TTC-A-T-AT--ATGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTGATA
259 TTCTATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * *
55331 AGTAAA-ATTTAAAAAACAAATATGTTAT-TGAACT
323 AGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACA
* * * * * * * *
55365 AGATCAAATAATCATGATTTTTTTAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTAT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * *
55430 CATAAAAGAATTGTTTC-ATTTCATATAAGCTTATTCG-AATAAAATAATGCTGATTTATTAGTA
66 CATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-
** * * * *
55493 ATCCAAAAATTAATAA-TAAAGAAATTTAAAAATATGAATCTGTTTATTGAAA-AAGTTTAAATA
129 ATTTAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAATA--AATCTATTTACT-AAACAAGTTCAAATA
* * * *** * * *
55556 ATTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAAGAA
190 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * *
55621 TT-TTATCTATTCATACAATCTTATTTCAAATAATATAA-ATCAAATTTATTAATA-TT-AAGAC
255 TTGTT-TCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTTCAA-A-
* * * * **
55682 AGTTAAAAATGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACA
315 AATTAATAA-GT-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACA
* * * * * **
55728 AGTTCAAATTGTTATGACTGTTT-ATGCAATTATTTATTTCAACTTGTTAT-ACCTTTTTGTTTT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTT
* * * * * *
55791 GTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATA-AAGTTTA-TTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAA
64 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * *
55854 TATTTCAATAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATA
128 TATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTT-AAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATA
* * * * * *
55919 ATCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAGTCATTATGACCTTTTCTTTTGTAATAAAACAA
190 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * *
55984 TTGTTT-TAGTTCATATAAGTTTATTTGAAGTAAAAT-ATAATTAATTTATTAATATTCCAAAAA
255 TTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAA-TAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * ** * * *
56047 TTAATGACTAAGAGAACTAAAAAA-AGAATCTATTTATC-GAATA
317 TTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATA-AATATGTTT-TCTGAACA
* * * * *
56090 AGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAATAATTATCTATTTTAAAAT-ATTATGACATTTCGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * *
56154 CCACAAAACAATTGGTTT-TTTTCATGCAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTA
65 TCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTA
* * *
56216 ATATTCTAGAAACTAATAAG----A-A---AAAAAT--AT-T-TTT--TGAACACA-TTCAAATA
127 ATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTTACTAAACA-AGTTCAAATA
* * ** *
56266 GTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTA-TATGATTTTTTGTTTTGTTAT-AAACTA
190 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-A
* * * * *
56329 ATTGTTTTTGTTCATAAAAACTTATTCAGAATAAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCTAAAA
254 ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-GAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAA
* * ** *
56393 ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAGTAAATCTGTTTAATGAGCA
316 ATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACA
* * *
56437 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTT-TTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * *
56501 CATAAAATAATTGTTTCTATTCATGCAAGTTTATTCGAAATAAAATAATATTAGTTTATTAAT-T
66 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* ** * * * **
56565 CTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATAAATATATTTGCTGAACAAGTTCAAATAGCCAT
131 TTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * ** * **
56630 GTCCATTTGAACTA-TAGTCTATTTCAAATTATTATGATATTTTATTTTGTTGTAAAACAATTGT
195 GACTATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
** * *
56694 TT-TATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
259 TTCTATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * ** *
56758 AG---AGATTTAAAAACTAAATCT-TTTTACCAAACG
323 AGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTT-CTGAACA
* * * * * * *
56791 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATCTCAAAT-AGTATGATC-TTCGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * ** *
56854 CATAAAACATTTATTTCTATTCATGCAAGCTT-GTTCAAAGTAAAATAATACTAAACTAATAATA
66 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * ** *
56918 TTATAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAATAAATGTATATGCCGAACCAGTT-ATAATAGTT
130 TT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCA-AATAGTT
* * * * * * * ** *
56978 AAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAAACGTTCTAACC-TTT-TTTTGTCATAAAA-TTTTT
193 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * *
57040 TTTTTAGTTCATACAAGCTAATTTGAAATAAAATAATA-TAATTTTATTAACATTT-AGAAAATT
258 TTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTTCA-AAAATT
* * * * *
57103 AATAAGCAAGAAATTTTAAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACA
319 AATAAGTAA-AGA-TTT-AAAAAATAAATATGTTT-TCTGAACA
* * *
57146 AGTTCAATTAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTA
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTG
* * *** * * *
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65 TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTC-ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * *** *
57274 CATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATC-AGTTT-CTCGAACCAA-TTCAAA
128 TATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTA-TTTACT--AAACAAGTTCAAA
* * ** * *
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188 TAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* *
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250 AACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * * *
57460 AAAATTAATAAGTAGGAGAATTAAAAAATAAATATAGTTATC-GGACT
313 AAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTTCTGAACA
* * * * ** * * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
57572 CATAAAACAATTATTTATGTTCATCCCACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATCTA--AA
66 CATAAAACAATTGTTTCTATTCAT---ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * **
57635 -A-TTGAAAATCAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTTGAAACCAA-TTCAAATA
128 TATTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACT-AAA-CAAGTTCAAATA
* * * ** * *
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190 G-TT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-ATTATGACCTTTTGTTTTGT-CATAAA
* * ** * * * *
57761 AAAATAT-TTT-TGGTTCATTTAAGTTTTTTCTAAATAAAAATAAATATTAA-TTATTAATATTT
251 ACAAT-TGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTC-GAAT-AAAAT-AATACTAATTTATTAATATTT
* * * **
57823 TAAAAATTAATAAG---AGATTTAAGAAAATAAATCTGTTTACCAAACCA
311 CAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAA-AAAATAAATATGTTTTCTGAA-CA
* * * * * * *
57870 A-TTCAAGTAGTTATAACAATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
57934 CATAAAACAATTGTTTCTATT
66 CATAAAACAATTGTTTCTATT
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CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
TTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATG
ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
CTATTCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACA
Found at i:47577 original size:181 final size:181
Alignment explanation
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46719 TCATACTATT
* * * * * * * *
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* *** * ** *
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** * *
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* * ** * * *
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* * * * *
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**** * * *
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1 TTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
** * * ** * * * *
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* * * * * * * * * *
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*** * * * * * *
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* * * * *
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* *
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* * *
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* ** * * *
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*
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* *
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* * * * * * * * *
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65 AAATAAATTA-GTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
** * * * *
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128 AATCATTA-TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTCAGTTCATACAAGC
* * * * *
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1 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
** * * * * * * *
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66 AATAAAT-TAGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * *
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130 TCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGC
* ** * * *
47994 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATATAAAAATATTCCAAAAATTAATAACTGAGAGATTTAAAA
1 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAA
* * ** * * * * ** *
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65 AAATAAATTAGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * *
48124 TC------A---TTT-TTTTGTCATAAAACAAAAT-TTTCAATTCACACTAA-C
130 TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCAGTTCATAC-AAGC
* * * ** * *
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1 TTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * * *
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65 AAATAAATT-AGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * ** * *
48294 AT-AGCTATGACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGT
129 ATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGC
* * * *
48347 TTGTTCAGAATAAAAGAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAA
1 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * *
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66 AATAAAT-TAGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
** * * * * ** *
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129 ATCATTATGACCTTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGC
* * * * * * * *
48524 TTATTC-GATTAAAATAATACCATTTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAA
1 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * *
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66 AATAAATTA-GTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * ** *
48652 TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATCATTTCAGTTCATATAAGC
130 TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGC
* * * * *
48704 TTATTCGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATA-TTCTAAAACTTAATAATTAAGATATTTAAA
1 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
** * * * * *
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65 AAATAAAT-TAGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
*** * * * * * *
48832 ATTGCTATTACCTTTTGTTTTTTCATAAAATGATTTTTTTCTA-TTCATACAAAC
129 ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTC-AGTTCATACAAGC
*** * *
48886 TTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TT-AATACAATTAATAAGTAAAAGATCT-
1 TTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTA
* ** *
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63 AAAAATAAAT-TAGTTTACCGAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * *
49010 CAAAAT-TTTAAGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACCAGC
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*** * * * * * * *
49066 TTATTTGGATTAAAA-AATATTAATTTATTAATATTTTGACAAA-TAATAAGTAAAAAATTTTAA
1 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * * *
49129 AAATAAA-TATGTTTATCGAACAAGTTTAAATAGTCATGAATATTTGAATAATTAAT-TATTTCA
65 AAATAAATTA-GTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-ATCTATTTCA
* * * *
49192 AATCATTGTGACC-TTT-TTTT-TAATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGC
128 AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGC
** * *
49243 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAT-AAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAA
1 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * *
49307 AAATTAATCTA-TTTACAGAACATA-TTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCA
65 AAATAAAT-TAGTTTACCGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * * *
49370 AAACATTATGACCTTTTGTTTTATCGTAAAA-AATTGGTTT-TGTTCATGCAAGT
128 AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCAGTTCATACAAGC
** * * *
49423 TTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TTCTATTAGTTAATAAGTAA-AAATTTT
1 TTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* ** * * *
49484 AAAAATAAA-TATGTTTTCTAAACACGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTC
63 AAAAATAAATTA-GTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * *
49548 AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGC
127 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGC
* * * *
49603 TTATAT-AGAATAAAATAAAACTAATTTATTAA-AATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
1 TTAT-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * * *
49666 AAAATATATCTA-TTTACCGAGCGAGTTCAAATAGTTATGACCT-TTTGAACGATTATTTATTT-
64 AAAATAAAT-TAGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * **
49728 TAA--A-T-T-A--TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAATT
127 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGC
** * * * **
49776 TTATTTTAAATAAAATAATACTAATTTATTATTA-TTCTAATAATTAATAGGTTGGAGATTTAAA
1 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * * * **
49840 AAATAAATTTGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGAATTATTATCTATTTCAAA
65 AAATAAATTAGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * **
49905 TCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACGATTGTTTCTATTTC-TACAAAA
130 TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGC
* * *
49957 TTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAGA
1 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * * *
50018 ATTAAATCTA-TTTATCGAACTAGTTCAAATACTTATGGCTATTCGAGA-AATTATCTATCTCAA
66 AATAAAT-TAGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA-ACAATTATCTATTTCAA
** * * * * * * *
50081 ATTGTTATGATCTTTTTATTTTGTAATAAAACAACTGCTTCTA-TTGATACAAAC
129 ATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGC
* * * * * * * *
50135 TTATTCAGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATA-TTCTAAAA--AA-AAGAAAGAGATTTAAAA
1 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * *
50196 AATAAATTTGTTTACTGAACTAA-TTCAAATACTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAA
66 AATAAATTAGTTTACCGAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * * * *
50260 TCGTTCTTATCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACA
130 TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACA
50309 TGCACATTCA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
AATAAATTAGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGC
Found at i:52474 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 50733--57950 Score: 4280
Period size: 181 Copynumber: 40.4 Consensus size: 181
50723 GAACTAGTTT
* * * * * *
50733 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTGTTATAAAATAATTGTTTT
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * * * *
50798 AGTTCATATAAGCTTA-TTGGAATAAAATAATACTAATTTAATATTACTTT-GAAAATTGATAAC
66 AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * * ** * * *
50861 AAGGAGATTCAAAAAAATAAACCTATTTGCTAAACAA-TTCAAACAATTAAGA
130 TAGAAGATT-TAAAAAATAAATCTGTTTTCCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * * * *
50913 CTATATGAACAATTATTTGTTACTAAA-AATTATGGCCTTTTGTTTAGTCATATAACAATTGTTT
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
*** * * * * *
50977 TTTTATCATTCCAGCTTA-TTGAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAA-C
65 CAGT-TCATACAAGCTTATTTG-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * *
51040 A--A-AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTAGTTTAAATA--TATGA
128 AGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * ** * * * * *
51089 CTATTTGAACAATTGT-AACTTCAAATCGGTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTT
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * ** * * * *
51153 TGTTTATACAAGTTTA-TTCAGAATAAAATAATGCTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAAC
66 AGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * * * *
51217 TAAGAA-AATTAAAAAATAAATTTGTTTGCTGAACTAGTTTAAATATTTAAAAGA
130 T-AGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCCGAACAAGTTCAAATAGTT--ATGA
* * *
51271 CTATATGAATAATTATATATTTCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAATAAGTT-TTG
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTT-
** * * * * * *
51334 GAAATTCATACTAGGTTTATTTGAAATTAAAAAAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
64 TCAGTTCATAC-AAGCTTATTTGAAA-TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * * * * *
51399 AAGTAAGAA-ATTT-AAAAACAATTATG-TTTACTAACTAGTTCAAGTAATTATGA
127 AAGT-AGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * *
51452 TTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATACAATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAATAAATGT
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-C-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGT
** * * ** * * *
51517 TTTTGTTCATATACG-TGT-TTCAAAATAAAAGTAATATTAATATATTATTATCTCAAAAATTAA
63 TTCAGTTCATACAAGCT-TATTTGAAATAAAA-TAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * *
51580 T-A--AG-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTAAAATAGTTCAAATAGTTTTAA
126 TAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-TC---C--G--AACA-AGTTCAAATAGTTATGA
** * ** * ** *
51641 CTATTTGAGCAATTATTTA-TTCAAATCATTATGATTTTTTGTTCTGTTGTAAAATAATTGTTTC
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * **
51705 TA-TTCATACAAGCTTATTCT-AAGTTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCGACAATTGTTA
66 -AGTTCATACAAGCTTATT-TGAA-ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * * *
51768 AGTA-ATTA-ATTT-AAAAGTAAATATGTTTACTGAACTAGATCAAATAGTCATGA
128 AGTAGA--AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * *
51821 CTATTTGGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCTTAAAA-AATTATTT
1 CTATTT-GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* ** * ** * *
51884 CAATTCATGTAAGTTTATTCAAAATAAAATAATATTAAGTTATTAATATTAT-GAAAATTAATAA
65 CAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAA
* ** * * *
51948 TTA-ATAGATTTAAAAAAGGAATCTGTTTGT-CGAACAAGTTTAAATAATTTTGA
129 GTAGA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-TCCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * **
52001 CTATTTCG-ACAATTATTTA-TTCAAAATTACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATT-TT
1 CTATTT-GAATAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* *
52063 TCTA-TTCATACAAGTTTATTTTG-AATAAAATAATA-CAACTTTATTAATA-TT-AAGACAATT
64 TC-AGTTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATATTAA-TTTATTAATATTTCAA-A-AATT
* * * **
52123 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAT-CGAACAATTTCAAAATCTTTATGA
124 AATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-TCCGAACAAGTTC-AAATAGTTATGA
* * * * *** * * * *
52182 TTATTTGAAAAATTATTTATTTGAAATTGGTATGACTTTTTGTTTTGTCGTAAAATAATTATTT-
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * * * * *
52246 A-TGCCATACATGTTTATTCCG-ATTCACAA-AATATTTATTTTTTAATATTTCAACAATTAAT-
66 AGT-TCATACAAGCTTATT-TGAAAT-AAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * *
52307 AGTAGAACATTTAAAAAATAAATATGTTTTCCAAACAAGTTCAACTAGTCATAA
128 AGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * *
52361 CTATTTGAATAATTATCAATTTCAAATCATTGTGACCTTTTTGTTTTGTAATAAAACAATCGTTT
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * *
52426 CAGTTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAG
65 CAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * *
52491 -AAAGAGAATTAAAAAA-AGAATCT-TGTTACCAAACATGTTCAAATAGTTATGA
130 TAGA-AGATTTAAAAAATA-AATCTGT-TTTCCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * *
52543 CTATATGAATTATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTT
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * *
52608 AGTTCATATAAGCTTATTTGAAAT---A-AA-A-TAA--TACTAATATTCCAGAAATTAATGAG-
66 AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * * *
52664 AAAGAGAATTAAAAAATGAATCT-TGTTACTGAACATGTTCAAAT-TTTATGA
131 AGA-AGATTTAAAAAATAAATCTGT-TTTCCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
52715 CTATCTGAATAATTATCTATTTTAAAACATTATGACATTTTGTTTTCTCATAAAAC-ATCTGGTT
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTT
* * * ** *
52779 CTA-CTCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAAAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGA
65 C-AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * ** ** *
52843 GTA-AAAATTT-AAAAATAAATATATTTTTTGAACACTTTTAAATAGTTATGA
129 GTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * *
52894 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTGGTCATAAACCAATCGTTTC
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * *
52959 TA-TTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAACTTATTAAAATTCCAATAATTAATAAG
66 -AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * *
53023 TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT-TGAGCGAGTTCAAATAGTTATGA
130 TAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-TCCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * *
53075 CTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAATCTTCTGTTTTATTATAAAACAATTGTTTC
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * *
53140 TA-TTCAAACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAA
66 -AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA
* * * * * *
53203 GTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGCTCAAATAGTCAT-A
129 GTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
** * * * * *
53255 TCCGTTTGAACT-ATTATCTATATGAAATTATTATGACATTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTT
1 -CTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
** * * *
53319 TCTA-TTCATACAAAATTA-TTCAGAATAAAATAAT-TCTAATTTATTAGTATTTTAAAAATTAA
64 TC-AGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * * *
53381 T-A--A-AAGATTTAAAAACTTAATCTATATAT-CAAACCAA-TTCAAATAATTATGA
126 TAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGT-TTTCCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * *
53433 TTTTTTTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGA--TATTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGT
1 --CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
** * * * *
53496 TTTTGTTCATACAAGCTTATTTTG-AGTAAAATATTGA-TAAATTAATAATA-TTCTAAAAATTA
63 TTCAGTTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAAT-ATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTA
* * * *
53558 AT-A--AG-AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACTAA-TTCAAATAGTTAAGA
125 ATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCCGAAC-AAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * ** * * * *
53611 ATATTAGAA-ATTTATTTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTG-CTTGTCATAAAATAGTAT-TTT
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTT
* ** * **
53673 CAGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGCATTT-AGAAAATTAATAA
65 CAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAA
** * * **
53737 ACA-ACAAATTTTAAAAAATAAATTTGTTTTTTGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
129 GTAGA-AGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTTCCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * ** *
53791 TTATTTGGACAATTATCTATTTAAAAT-A-AATGTGCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * ** * ** ** *
53854 AATTCATAAAAGCTTAGCT-AGAA-AAAATAATATTACTTTATTAATACCTCAAATTTTGATATA
66 AGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-A
* * *** * *
53917 TTAG-AGATTTAAAAAAT--A-C--ATTT--GAATTGGTTCAAATAATTATGG
129 GTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * ** * * *
53962 CCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTACAAGCTTTCGTTTTTTTCATAAAACAATTGTTT
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTG--T
* * *
54027 TTCA--TCACACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATA
63 TTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * *
54090 AGAAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTG---AA--TC----AG-T-T-C
128 AGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * ** * * *** **
54132 CTATTTGGACAATTATCTATTTTC-AATTGTTATAACCTTTT-TTTTATTGCAAAATTATTGTTT
1 CTATTTGAATAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * * *
54195 CAGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAACTAATAAC
65 CAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * ** *
54260 TAAAAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTGCTAAAGC-AGTTCAAATAGTTAAGA
130 TAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * *
54311 CTATATGAATAATTATCT-TTTGAAATCATTATGACCATTTGTTTTATCATAAAAAAATTGTTTC
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * *
54375 AGTTCATAGAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAG
66 AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG
* * * * *
54438 T--AAGTTATTAAACAAGTGAATCTGTTTAT-CGAATC-AGTTCAAATAATTATGG
130 TAGAAGAT-TTAAA-AAATAAATCTGTTT-TCCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGA
* ** * *
54490 CTATGTT-AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATATAACAATTGTGT
1 CTAT-TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-T
* ** * ** * * *
54554 T-TGAACATTCAATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAA
64 TCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * * ** *
54618 GTA-AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGATCCAGTTCAAATAGCAATAA
129 GTAGA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * ** * ** * * * *
54671 CTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATTGTTATAATCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTATTTT
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * *
54735 TGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACT
66 AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * * *
54800 A-AGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATATTTAAGA
131 AGA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * * *
54851 CTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTATTTTGTCATCAAATAAGTTTTTT
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA--TTGTT
* * * * *
54916 TTAATTCATA-ATAGCTTATTTGGAATAAAATGAA-ATGAATTTATTAATATTTCAGAAATTAAT
64 TCAGTTCATACA-AGCTTATTTGAAATAAAAT-AATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * * * *
54979 ACGTA-AGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTAACTAGTTCAAATAATTATGA
127 AAGTAGA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
55034 TTATTTGAACAGTTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTT
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * * ** * ** *
55099 TGTTCATATAAGTTTGTTCGAAATAAAGTAATGCTAATCTATTAATATTTTGAATATTAAT-A--
66 AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * *
55161 AG-AGATTT-AAAAATAAATTTATTTAT-CAAACTAGTTCAAATAGTTTTGA
131 AGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-TCCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * *
55210 CTATTTTAGTAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTCTGTTATAAAACAATTG-TTC
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * * *
55274 A--T-AT--ATGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTGATAAGT
66 AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * *
55334 A-AA-ATTTAAAAAACAAATATGTTATT--GAACTAGATCAAATAATCATGA
131 AGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTT-TTCCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * *
55382 TTTTTTTAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAGAATTGTTTC
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * ** * * * *
55447 ATTTCATATAAGCTTATTCG-AATAAAATAATGCTGATTTATTAGTAATCCAAAAATTAATAA-T
66 AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * *
55510 A-AAGAAATTTAAAAATATGAATCTGTTTAT-TGAAAAAGTTTAAATAATTATGA
131 AGAAG--ATTTAAAAA-ATAAATCTGTTT-TCCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * *** * * *
55563 CTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATT-TTAT
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-T
* * * * *
55627 CTA-TTCATACAATCTTATTTCAAATAATATAA-ATCAAATTTATTAATA-TT-AAGACAGTTAA
65 C-AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAA
* * * * * *
55688 AAATGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATTGTTATGA
126 TAA-GTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * **
55745 CTGTTT--ATGCAATTATTTATTTCAACTTGTTAT-ACCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
1 CTATTTGAAT--AATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * *
55807 TT-ATGTTCATA-AAGTTTA-TTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAATAATTAA
63 TTCA-GTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * * * *
55869 TAAGTAAAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATCATGA
126 TAAGTAGAAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTTCCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * *
55926 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAGTCATTATGACCTTTTCTTTTGTAATAAAACAATTGTTTT
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * *
55991 AGTTCATATAAGTTTATTTGAAGTAAAAT-ATAATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAC
66 AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT-ATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
** * *
56055 TA-AGAGAACTAAAAAA-AGAATCTATTTAT-CGAATAAGTTCAAATAGTTATGA
130 TAGA-AGATTTAAAAAATA-AATCTGTTT-TCCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
56107 CTATCTGAATAATTATCTATTTTAAAAT-ATTATGACATTTCGTTTTGCCACAAAACAATTGGTT
1 CTATTTGAATAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTT
** * * * * *
56171 T-TTTTCATGCAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATATAAATTTATTAATA-TTCTAGAA--ACTA
64 TCAGTTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
56231 A-T--AAGA---AAAAAAT--AT-T-TTTT--GAACACA-TTCAAATAGTTATGA
128 AGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCCGAACA-AGTTCAAATAGTTATGA
* * * ** *
56273 CTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTA-TATGATTTTTTGTTTTGTTAT-AAACTAATTGTTT
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTT
** * * * * *
56336 TTGTTCATAAAAACTTA-TTCAGAATAAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCTAAAAATTAAT
65 CAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AAT-AAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT
* * *** *
56399 AAGTAAAAGATTTAAAAAGTAAATCTGTTTAATGAGCAAGTTCAAATAGTTATGA
127 AAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * *
56454 CTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTT-TTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * *
56518 TA-TTCATGCAAGTTTATTCGAAATAAAATAATATTAGTTTATTAAT-TCT-AAAAATTAATAAG
66 -AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * ** *
56580 TTGAAGATTTAAAAAATAAATATATTTGCTGAACAAGTTCAAATAGCCATGT
130 TAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * ** * **
56632 CCATTTGAACT-A-TAGTCTATTTCAAATTATTATGATATTTTATTTTGTTGTAAAACAATTGTT
1 CTATTTGAA-TAATTA-TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* ** **
56695 TTA-TTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A
64 TCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * *
56758 --AG-AGATTTAAAAACTAAATCT-TTTTACCAAACGAGTTTAAATAGTTATGA
129 GTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTT-CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * *
56808 CTATTTGAATAATTATTTATCTCAAAT-AGTATGATC-TTCGTTTTGTCATAAAACATTTATTTC
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * ** *
56871 TA-TTCATGCAAGCTT-GTTCAAAGTAAAATAATACTAAACTAATAATATTAT-AAAAATTAAT-
66 -AGTTCATACAAGCTTATTTGAAA-TAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATA
* * * * * *
56932 A--AG-AGATTT-AAAAATAAATGTATATGCCGAACCAGTT-ATAATAGTTAAGA
128 AGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCCGAACAAGTTCA-AATAGTTATGA
* * * * * *** * *
56982 CTATTAGAATAATTATCTATTTCAAAACGTTCTAACC-TTT-TTTTGTCATAAAATTTTTTTTTT
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* *
57045 AGTTCATACAAGCTAATTTGAAATAAAATAATA-TAATTTTATTAACATTT-AGAAAATTAATAA
66 AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAA-TTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAA
* * * *
57108 GCAAGAA-ATTTTAAAAAAATAAATCTATTTAT-CAAACAAGTTCAATTAGTTATGA
129 G-TAGAAGA-TTT-AAAAAATAAATCTGTTT-TCCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * *
57163 CTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTATCATAAAAGAATTGTTT
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* *** * ** * *
57228 CAGTTCAATA-AAACTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTACCATTTCAAAAATTGAGAA
65 CAGTTC-ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * *
57292 GTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAG-TTTCTCGAACCAA-TTCAAATAATTAT-A
129 GTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTTC-CGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGA
* * ** * *
57344 GCCATTTGAACAATTATCTATTTTCAAATTGTTTAT-AACTTTTGTTTTGTTAT-AAACAATTGT
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* * *
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* * * * * * * *
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126 TAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTTCCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* ** * * * *
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1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * *
57588 ATGTTCATCCCACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATCTA--AA-A-TT-GAAAATCAAT
66 A-GTTCAT---ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * *
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* * * * *
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** ** * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * *
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** * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * ** * * *
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* * * * *
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** * ** * * ** *
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* * * * * ** * **
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* ** ** * * *
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** * * * * * * *
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* * * * * * **
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* * *
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* * * ** * * *
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* * *** * * ** * *
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* * * * * * * * * * * * *
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* * * ** * * * * *
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* * * *
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* *
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*
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* * * * *
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*
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* * * * * * * *
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* *
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257 TAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAG-AAAGAGAATTAAAAA-AAGA-AT
*** * *
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* * *
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*
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* * * *
53033 AAAAAATAAATCTGTTTATTGAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC
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* *
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* * *** *
53160 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATA-A
254 AAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATGAGAAAGAGAATTAAAAAA-AGA
* * * * ** *
53223 AT-TTGTTTACCGAACAAGCTCAAATAGTCAT-ATCCGTTTGAACT
317 ATATTG-TTACCAAACATGTTCAAATAGTTATGA-CTATATGAA-T
* * * * * ** *
53267 -ATTATCTATATGAAATTATTATGACATTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGGTAATAAAACAATCGTTT-TAGTTCATA-
* * * ** * *
53330 AAA-ATTA-TTCAGAATAAAATAATTCTAATTTATTAGTATTTTAA-AA--ATTAA-TAAAAGAT
64 AAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAA--TATTA--ATTCCAATAATTAATAAGTAAAAGAA
* * * * * * * * * * *
53389 TTAAAAACTTAATCTATATA-TCAAACCAATTCAAATAATTATGATTTTTTTTGAACAATTATCT
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* * * * * * * *
53453 ATCTCAAATCATTATGATA-TTTGTTTTGTCATAAAGCAAT-TGTTTTTGTTCATACAAGCTTAT
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* * * * * *
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53575 TA-AAT-GTGTTTGCCAAAC-TAATTCAAATAGTTAAGAATAT-TAGAA-
314 -AGAATATTG-TTACCAAACAT-GTTCAAATAGTTATGACTATAT-GAAT
* * ** * * * * * * *
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* ** * * **
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* * ** * * * *
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123 ATTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * * * * * * **
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* * ** ** * * * *
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* * * * * * *
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** * * ** * * *** * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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*** * * * * * * *
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** * * * * * *
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* *** * * * * *
55584 TGAAATTGCTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAAGAAT-T-TTATCTATTCATACAA-TCTTATT
189 TCAAATCATTATGACATTTTGTTTTATAATAAAACAATCTGTT-TCTATTCATACAAGT-TTATT
* * * * ** *
55646 TCAAATAATATAAATCA-AATTTATTAATA-TT-AAGACAGTTAAAAATGTAAA-AGATTTAAAA
252 TGAAATAAAAT-AATAATAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATGA-G-AAAGAGAATTAAAA
* * * *
55707 AATA-AAT-TTGTTTACCAAACAAGTTCAAATTGTTATGACTGTTTATG--C
312 AA-AGAATATTG-TTACCAAACATGTTCAAATAGTTATGAC--TATATGAAT
* * ** * * *
55755 AATTATTTATTTCAACTTGTTAT-ACCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTATGTTCAT-
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTGGTAATAAAACAATCGTTTTA-GTTCATA
* * * * *
55817 AAAGTTTA-TTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAATAATTAATAAGTAAAA-AA
64 AAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAA--TATT-A-ATTCCAATAATTAATAAGTAAAAGAA
* ** * * *
55880 TTTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCTA
124 --TTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA
* * * * *
55945 TTTCAAGTCATTATGACCTTTTCTTTTGTAATAAAACAAT-TGTTT-TAGTTCATATAAGTTTAT
187 TTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTATAATAAAACAATCTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTAT
* * ** *
56008 TTGAAGTAAAAT-ATAATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGACTAAGAGAACTAAAAAAA
251 TTGAAATAAAATAATAA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGAAAGAGAATTAAAAAAA
* * * * * *
56072 GAATCTAT-TTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAAT
315 GAATAT-TGTTACCAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATATGAAT
* * * * ** * * * *
56117 AATTATCTATTTTAAAAT-ATTATGACATTTCGTTTTGCCACAAAACAATTGGTTTT-TTTCATG
1 AATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGGTAATAAAACAA-TCGTTTTAGTTCATA
* * * **
56180 CAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATA-TAA-ATTTATT--AAT-ATT-CT-AG-AAACTAA-TAA
64 AAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACTAATATTAATTCCAATAATTAATAAGTAAAAGAATTAA
* * * * *
56235 GAAAA-AAATAT-TTT-TTGAAC-ACATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTC
128 -AAAATAAATCTGTTTACTGAACGA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
* ** * * * * * ** *
56296 AAATTA-TATGATTTTTTGTTTTGTTAT-AAACTAAT-TGTTTTTGTTCATAAAAACTTA-TTCA
191 AAATCATTATGACATTTTGTTTTATAATAAAAC-AATCTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGA
* * * *
56357 GAATAAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCTAAAAATTAATAAGTAAA-AG-ATT-TAAAAAG
255 -AAT-AAAATAATAATAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATGAG-AAAGAGAATTAAAAAAAG
*** * * * *
56418 TAA-ATCTGTTTAATGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
316 -AATAT-TG-TTACCAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATATGAAT
* * * * * * * **
56464 AATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTT-TTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATGC
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGGTAATAAAACAATCGTTT-TAGTTCATAA
* * * * * * ** *
56527 AAGTTTATTCGAAATAAAATAATATTAGTTTATTAATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAA
65 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA--ATATTAATTCCAATAATTAATAAGTAAAAGAATTAA
* * * * ** * *
56592 AAAATAAATATATTTGCTGAACAAGTTCAAATAGCCATGTCCATTTGAACT-A-TAGTCTATTTC
128 AAAATAAATCTGTTTACTGAACGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTA-TCTATTTC
* * * * ** ** **
56655 AAATTATTATGATATTTTATTTTGTTGTAAAACAAT-TGTTT-TATTCATACAAAATTATTCAAA
191 AAATCATTATGACATTTTGTTTTATAATAAAACAATCTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAA
* * * *
56718 ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAACTA-AATC
256 ATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGAAAGAGAATTAAAAA-AAGAATA
* * *
56778 TTTTTACCAAACGA-GTTTAAATAGTTATGACTATTTGAAT
320 TTGTTACCAAAC-ATGTTCAAATAGTTATGACTATATGAAT
* * * * * * * * ** **
56818 AATTATTTATCTCAAAT-AGTATGATC-TTCGTTTTGTCATAAAACATTTATTTCTA-TTCATGC
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGGTAATAAAACAATCGTTT-TAGTTCATAA
* * * * * *
56880 AAGCTT-GTTCAAAGTAAAATAATACTAA-ACTAA-T--AATATTATAAAAATTAATAAGAGATT
65 AAGCTTATTTGAAA-TAAAATAATACTAATATTAATTCCAATAAT-TAATAAGTAA-AAGA-ATT
* * * * * * * * *
56940 TAAAAATAAATGTATATGCCGAACCAGTT-ATAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTT
126 AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACGAGTTCA-AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
* * * * * * * * * * * * *
57004 CAAAACGTTCTAAC-CTTT-TTTTGTCAT-AAA-ATTTTTTTTTTAGTTCATACAAGCTAATTTG
190 CAAATCATTATGACATTTTGTTTTATAATAAAACAATCTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTG
* * *
57065 AAATAAAATAAT-ATAATTTTATTAACATTT-AGAAAATTAATAAGCAAGA-AATTTTAAAAAAA
254 AAATAAAATAATAATAA-TTTATTAATATTTCA-AAAATTAATGAGAAAGAGAA--TTAAAAAAA
* * * * * * *
57127 TAA-ATCTATTTATCAAACAAGTTCAATTAGTTATGACTATTTGAAC
315 GAATAT-T-GTTACCAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATATGAAT
* ** * * * *
57173 AATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTATCATAAAAGAATTGTTTCAGTTCAATA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTGGTAATAAAACAATCGTTTTAGTTC-ATA
*** * * * * * * *** *
57238 AAA-CTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTACCATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATT
64 AAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA--ATATTA--ATTCCAATAATTAATAAGTAAAAGAAT
* * * * * *
57302 TAAAAAATAAATCAGTTT-CTCGAACCAATTCAAATAATTAT-AGCCATTTGAACAATTATCTAT
125 TAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACGAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAATAATTATCTA-
** * * *
57365 TTTCAAATTGTTTATAAC-TTTTGTTTTGTTAT-AAACAAT-TGTTT-TCATT-ATACAAGTTTA
187 TTTCAAA-TCATTATGACATTTTGTTTTATAATAAAACAATCTGTTTCT-ATTCATACAAGTTTA
* * * * *
57425 -TTCATAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAGGAGAATTAAAAAA
250 TTTGA-AATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGAAAGAGAATTAAAAAA
* * ** * * *
57488 TA-AATATAGTTATCGGAC-TAGTTTAAATAGTTATTACTATTTGAAT
314 -AGAATATTGTTACCAAACAT-GTTCAAATAGTTATGACTATATGAAT
* ** * * *
57534 AATTATATATTTCAAATTGTTATAATCTTTTGGTTT-GTCATAAAACAAT--TATTTATGTTCAT
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTGGTAATAAAACAATCGT-TTTA-GTTCAT
* * * * * * * * *
57596 CCCACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATCTAAAATT-GAA-AATCAATAACTAAGAGAT
63 ---AAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATAT-TAATTCCAATAATTAATAAGTAAAAGAA
* ** * * * * * *
57659 TTAAAAAATAAATTTGTTTGTTGAAACCAATTCAAATAGTTTAAAGGCTATATGAGTAATTATCT
124 TTAAAAAATAAATCTGTTTACTG-AACGAGTTCAAATAG-TT-ATGACTATTTGAATAATTATCT
* * * * * * * * **
57724 ATTT-TAATCTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCCATAAAAAAATAT-TTT-TGGTTCATTTAAGTT
186 ATTTCAAATC-ATTATGACATTTTGTTTTAT-AATAAAACAATCTGTTTCT-ATTCATACAAGTT
* * * *
57786 T-TTTCTAAATAAAAATAAATATTAA-TTATTAATATTTTAAAAATTAAT----AAGAGATTTAA
248 TATTT-GAAAT-AAAAT-AATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGAAAGAGAATTAA
* * * * * * * *
57845 GAAAATAA-ATCTGTTTACCAAACCA-ATTCAAGTAGTTATAACAATTTAAAT
310 AAAAAGAATAT-TG-TTACCAAA-CATGTTCAAATAGTTATGACTATATGAAT
* * * * *
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1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGGTAATAAAACAATCGTTT
57950 CTATTGATAT
Statistics
Matches: 5525, Mismatches: 1179, Indels: 992
0.72 0.15 0.13
Matches are distributed among these distances:
340 2 0.00
341 26 0.00
342 47 0.01
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ATAAATCTGTTTACTGAACGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
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ATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGAAAGAGAATTAAAAAAAGAATATTGTTA
CCAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATATGAAT
Found at i:55818 original size:892 final size:886
Alignment explanation
Indices: 46584--58023 Score: 6698
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46574 ATTCTAACCT
* * * *** * *
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* * * *
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** * * *
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* * * * * ** ** ***
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* ** * ** *
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* * *** *
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* * *
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** * * * * * * * *
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446 ACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTGTTCATA
* * * ** * * **
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511 TAAGTTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGAT
* * * * * ** * *
47147 TTAAAAAATAAATATGTTTGTCGAACCAGTTTAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATATATT
571 TT-AAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATT
* * * * * * * * * * *
47212 TTAAATCGTTTTGACCTTTTGTCTAGTTAGAAAATATTTGTTTCATATCTTACAATCTTATTTGG
635 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATA---T--AAGCTTATTTGA
* * * * *
47277 AATAAAATAATCCAAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGGAAAAGATTTGAAAAAATAAAT
695 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAA-GTAAA-ATTT-AAAAAATAAAT
* * * * * *
47342 CTGTTTATCGAAC-AAATTCAAATAGTGATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTAT
756 ATG-TTATTGAACTAGA-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * *
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47470 ACTAA
882 ACTAA
* * **
47475 TTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAG-TTTAAAAAAATAAAT-TAGTTTACCGAACAA
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTT-AAAAAATAAATCT-GTTTATTGAACAA
* ** * * * ** * *
47538 ATTCAAATAGTTACAACTATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
63 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTTTGTC
* *
47603 ATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
128 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAATCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-
* ** * ** * * *
47667 TCTGAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTAAATCAGGTTTACCAAATC-AGCTCAAATAAT
191 T-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGT
* * * * * * *
47731 TGTGGCCATTTCA-ACAATTATCTATTTCAAATTGTTACTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAAT
253 TATGACTATTTGATACAATTATCTATTTCAAATTGTTA-TACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * ** * * * *
47795 TGTTTTTTATT-ATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATAGTATTTTATTAATCTCTCAAAAATT
317 TG-TTTATATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * *
47859 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTAAACAA-TTTAAATAATTATGACTATTT
381 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTGTTTACCT-AACAAGTTCAAATAATTATGACTATTT
* * * * * * * *
47922 GAATAGTTGTATACTTCAAA-TAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTC
444 GAACAATTATCTATTTCAAATTA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTGTTC
* * * * ** **
47986 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATATAAAAATATTCCAAAAATTAATAACTGAGAG
508 ATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-A---AGAG
* * * * * * * *** *
48051 ATTTAAAAAAATAAATTTGTTT-GCTAAACTAGTTTAAATAGTTAAGACTATATGAACCGTTATT
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* *
48115 TATTTCAAATC------A---TTT-TTTTGTCATAAAACAAAATTTTCAATTCACACTAA-CTTA
631 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC--AATTGT---TTCATA-TAAGCTTA
** * * ** * *
48169 TTCAAAATAAAATAA-AATGAATTTATTCATACTAAAAAAATTAATATGTAAGAGGTTTAAAAAA
690 TTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTAAAAAA
* * * * * * *
48233 TAATTCTGTTTACCT-AACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTTTTTCAAAT-
751 TAAATATG-TTA-TTGAACTAGATCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * *
48296 AGCTATGACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAAATGTTT-TTGTTCATATAAGTTTGTTCAGAATAA
814 A-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTGTTTCAT-TTCATATAAGCTTATTCAAAATAA
*
48360 AAGAATACTAA
876 AATAATACTAA
* * **
48371 TCTATTAATATTTCAAAAA-T--TAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTCATCAAATC-AGT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAA-CAAGT
* * * * * *
48432 TTAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTT-TTTCTATTA
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTT-TGTCA
* * * ** * * * *
48496 TAAAACAATAGTTTTTGTTCATACACGCTTA-TTCGATTAAAATAATACCATTTTATTAATATTT
129 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAATCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT
* * * * * * * *
48560 CAACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGCTTACCGAACTAGATCAAATAGTCATG
193 -AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * **
48625 ACTATTTGA-ATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATCATT
257 ACTATTTGATACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * * *
48689 TCA-GTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATA-TTCTAAAACTTAAT
321 T-ATATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT
* * * * * * * *
48752 AATTAAGATATTTAAAAAATAAATCTATTTA-ATGAATAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAG
384 AAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTGTTTACCT-AACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAA
* ** * * * ** * *
48816 CAATTATCTATTTGAAATTGCTATTACCTTTTGTTTTTTCATAAAATGATTTTTTTCTATTCATA
447 CAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAAATGTTTCTGTTCATA
* ** *
48881 CAAACTTATTTTG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA--TTAATACAATTAATAAGTAAAA
511 TAAGTTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAA-A-AATTAATAAG----A
* * * ** * *
48942 GATCTAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAGCTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAATTATTT
568 GATTTAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT
* *
49006 ATTTCAAAAT-TTTAAGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACCAGCTTAT
632 ATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-A-T-ATA--AGCTTAT
* * * * * *
49070 TTGGATTAAAA-AATATTAATTTATTAATATTTTGACAAA-TAATAAGTAAAAAATTTTAAAAAT
691 TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA--TTCAAAAATTAATAAGT--AAAATTTAAAAAAT
* * * * * * *
49133 AAATATGTTTATCGAACAAGTTTAAATAGTCATGAATATTTGAATAATTAAT-TATTTCAAATCA
752 AAATATG-TTATTGAACTAGATCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATCA
* * * * **
49197 TTGTGACC-TTT-TTTT-TAATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAAT
815 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTGTTTCATTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAAT
49259 AATACTAA
879 AATACTAA
* * * * **
49267 TTTATTAATATTAT-AAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATTAATCTATTTACAGAACATA
1 TTTATTAATATT-TCAAAAATTAAT-AATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACA-A
* *** * * *
49331 -TTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTATC
63 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTTTGTC
* * *
49395 GTAAAA-AATTGGTTT-TGTTCATGCAAGT-TTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAAT
128 ATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAA-TCTTATTTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT
** * * * * ** *
49456 ATTCTATTAGTTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTAAACACGTTCAAATAGT
190 A-T-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGT
* * * *
49520 TATAACTATTTGA-ATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAAT
253 TATGACTATTTGATACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * * * *
49584 TGTTTCTATTCATAAAAGCTTATATAGAATAAAATAAAACTAATTTATTAA-AATTCAAAAAATT
317 TGTTTATATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATT
* * * * * * *
49648 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATATATCTATTTACCGAGCGAGTTCAAATAGTTATGACCT-TTT
381 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-ATTTGTTTACCTAACAAGTTCAAATAATTATGA-CTATTT
* * * * * *
49712 GAACGATTATTTATTT-TAA--A-T-T-A--TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCA
444 GAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTGTTCA
* * ** * * * *
49769 TACAATTTTATTTTAAATAAAATAATACTAATTTATTATTATTCTAATAATTAATAGGTTGGAGA
509 TATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA----AGAGA
* * * * * *
49834 TTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAATA--AGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGAATTATTATCT
570 TTT-AAAAATAAATCTATTTA-TCAA-ACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT
* * * **
49897 ATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACGATTGTTTCTATTTCTACAAAATTATT
632 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-A----TATAAGCTTATT
* * *
49962 T-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AGATTTAAGAATTAAA
692 TGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAATTTAAAAAATAAA
* * * * * * **
50024 TCTAT-TTATCGAACTAGTTCAAATACTTATGGCTATTCGAGA-AATTATCTATCTCAAATTGTT
755 --TATGTTATTGAACTAGATCAAATAGTTATGACTATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * * * * * * *
50087 ATGATCTTTTTATTTTGTAATAAAACAACTGCTTC-TATTGATACAAACTTATTCAGAGTAAAAT
817 ATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTGTTTCAT-TTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* *
50151 ATTGCTAA
879 AATACTAA
* * * *
50159 ATTAATAATA-TTCTAAAAA--AA-AGA-AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTAA
1 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATA-ATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAAC-AA
* * * * * * *
50219 -TTCAAATACTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTTA-TCTTTTGTTTAGT
63 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACT-TTTTGTTTTGT
*
50282 CATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATAC-ATGC--A---C-------AT--T-C-AA---A--AA-
127 CATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAT-CTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * ** * * *
50323 ATT---AATAAACAAG--AAA-TTTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAATAA-TTCAAATTGTCA
190 ATTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * *** * *
50381 TAACTATTT-AAACAATTATCTATTT-AGAATAAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT
255 TGACTATTTGATACAATTATCTATTTCA-AATTGTTAT-ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * **
50444 GTCTTA-GTTCATAAAAGCTTATCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAACCA
318 GT-TTATATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
*** * * *** * * *
50508 ATAAGTTAA-AGATTTAAAAAATAAGTCAATTTATCAAATTGGTTTAAATAATTATG-GTCACTT
382 ATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAA-TTTGTTTACCTAACAAGTTCAAATAATTATGACT-ATTT
* * ** * * * * * * **
50571 GAATAATTATCTATTTCAAATTGTTACAAACTTTTGTTTTATCGTAAAACAATTATTTTTCATCA
444 GAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTGTTCA
* * ** * * * *
50636 GACAAGCCTATT-AAAATAAAACAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAGGAGG
509 TATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT--A-A-GAGA
* * * *
50700 TTTAAAAA-ATAAT-T-TTGT-T-----TA-TTGAACTAGTT-T--CTATTTGAACAATTATCTA
570 TTTAAAAATA-AATCTATT-TATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA
* * * *
50752 TTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTGTTATAAAATAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTA-TT
633 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG---T--TTCATATAAGCTTATTT
* * * ** * * *
50816 GGAATAAAATAATACTAATTTAATATTACTTTGAAAATTGATAA-CAAGGAGATTCAAAAAAATA
693 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAA--A-ATT-TAAAAAATA
** * * * * * * * * *
50880 AACCTAT-TTGCTAAAC-A-ATTCAAACAATTAAGACTATATGAACAATTATTTGTTACTAAA-A
753 AA--TATGTTATTGAACTAGA-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATC
* * * ** * *
50941 ATTATGGCCTTTTGTTTAGTCATATAACAATTGTTTTTTTATCAT-TCCAGCTTATTGAAAATAA
814 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AAAAATTGTTTCATT-TCATAT-AAGCTTATTCAAAATAA
51005 AATAATACTAA
876 AATAATACTAA
* * * * *
51016 TTTATTAATCTTTCAAAAATTAA-CA-AA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTAGTT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAAGTT
* * * * * * * * *
51078 TAAATA--TATGACTATTTGAACAATTGT-AACTTCAAATCGGTATAACCTTTTGTTCTATCATA
66 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * *
51140 AAACAATTATTTTTGTTTATACAAGT-TTA-TTCAGAATAAAATAATGCTAATCTAATAATATTC
131 AAACAATTGTTTCTATTCATACAA-TCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-
* * * * * * *
51203 CAAAAATTAATAACTAAGAA-AATTAAAAAATAAATTTGTTTGCTGAACTAGTTTAAATATTTAA
193 -AAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTT--
* * * * ** * *
51267 AAGACTATATGA-ATAATTATATATTTCAAATCATTATGAC-CTTTGTTTTGTCATAAAATAAGT
254 ATGACTATTTGATACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T
* * * * * * * *
51330 T-TTGGAAATTCATACTAGGTTTATTTGAAATTAAAAAAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAA
317 TGTT-TATATTCATAC-AAGCTTATTTGGAA-TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * * *
51394 TTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAACAATTATGTTTA-CTAACTAGTTCAAGTAATTATGATTATT
379 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATT-TGTTTACCTAACAAGTTCAAATAATTATGACTATT
* * *
51457 TGAACAATTATCTATTTCAAATACAATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAATAAATGTTTTTG
443 TGAACAATTATCTATTTCAAAT--TATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAAATGTTTCTG
* * * * * * * *
51522 TTCATATACGTGT-TTCAAAATAAAAGTAATATTAATATATTATTATCTCAAAAATTAATAAGAG
505 TTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAA-TAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAG
* * **
51586 ATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTAAAATAGTTCAAATAGTTTTAACTATTTGAGC
569 ATTT-AAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTT---AT-G-----ACTATTTGAAT
* ** * ** *
51651 AATTATTTA-TTCAAATCATTATGATTTTTTGTTCTGTTGTAAAATAATTGTTTCTATTCATACA
624 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-A-T-AT--A
* * * **
51715 AGCTTATTCT-AAGTTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCGACAATTGTTAAGTAATTAATT
684 AGCTTATT-TGAA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAA--AATT
* * * *
51779 T-AAAAGTAAATATGTTTACTGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGGAATAATTATCTATT
744 TAAAAAATAAATATG-TTATTGAACTAGATCAAATAGTTATGACTATTT-GAACAATTATCTATT
* * * * * * *
51843 TTAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCTTAAAAAATTATTTCAATTCATGTAAGTTTATTCAAA
807 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAATTGTTTCATTTCATATAAGCTTATTCAAA
*
51907 ATAAAATAATATTAA
872 ATAAAATAATACTAA
* * * ** * *
51922 GTTATTAATATTAT-GAAAATTAATAATTAATAGATTTAAAAAAGGAATCTGTTTGTCGAACAAG
1 TTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAAG
* * * * ** *
51986 TTTAAATAATTTTGACTATTTCG-ACAATTATTTA-TTCAAAATTACTATAACCTTTTGTTTTGT
64 TTCAAATAGTTATGACTATTT-GAACAATTATCTATTTC-AAATTGTTATAACTTTTTGTTTTGT
** **
52049 CATAAAATGATT-TTTCTATTCATACAAGT-TTATTTTGAATAAAATAATAC-AACTTTATTAAT
127 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA-TCTTATTTCAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAAT
* * * * **
52111 ATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAATTTCAAAATCT
190 ATTAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTC-AAATAG
* * * * * * *
52176 TTATGATTATTTGA-AAAATTATTTATTTGAAATTGGTATGACTTTTTGTTTTGTCGTAAAATAA
252 TTATGACTATTTGATACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* ** * * ** * * * * *
52240 TTATTTAT-GCCATACATGTTTATTCCGATTCACAA-AATATTTATTTTTTAATATTTCAACAAT
316 TTGTTTATATTCATACAAGCTTATTTGGAAT-AAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * * * * * *
52303 TAAT-AGT-AGAACATTTAAAAAATAAATATGTTTTCCAAACAAGTTCAACTAGTCATAACTATT
380 TAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAAT-AATTTGTTTACCTAACAAGTTCAAATAATTATGACTATT
* * * * * *
52366 TGAATAATTATCAATTTCAAATCATTGTGACCTTTTTGTTTTGTAATAAAAC-AATCGTTTCAGT
443 TGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT-GTTTCTGT
* * **
52430 TCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGAAAG
506 TCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT----AAG
* * * * *
52495 AGAATTAAAAAAAGAATCT-TGTTACCAAA-CATGTTCAAATAGTTATGACTATATGAATTATTA
567 AGATTTAAAAATA-AATCTAT-TTATCAAACCA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA
* *
52558 TCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTT
629 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG---T--TTCATATAAGCTT
* * * * *
52623 ATTTGAAATAAAATAATACT-A---A-T-AT-TCCAGAAATTAATGAGAAAGAGAATTAAAAAAT
689 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTAAAAAAT
* * * * * * * * *
52681 GAATCTTGTTACTGAAC-ATGTTCAAAT-TTTATGACTATCTGAATAATTATCTATTTTAAAACA
752 AAAT-ATGTTATTGAACTA-GATCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * **
52744 TTATGACATTTTGTTTTCTCATAAAACATCTGGTTC-TACTCATGCAAGCTTATTTC-AAATAAA
815 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAT-TGTTTCAT-TTCATATAAGCTTA-TTCAAAATAAA
**
52807 ATAATAAAAA
877 ATAATACTAA
* * * * * **
52817 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAA-AAATTT-AAAAATAAATATATTTTTTGAACACTT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAAGT
* * * * * *
52880 TTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTGGTCAT
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * *
52945 AAACCAATCGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAACTTATTAAAATTCC
130 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAATCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT--
* * ** * *
53010 AATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAGCGAGTTCAAATAGTTATGA
193 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* ** * * * *
53075 CTATTTGA-ACAATTATTTATTTCAAATCATTATAATCTTCTGTTTTATTATAAAACAATTGTTT
258 CTATTTGATACAATTATCTATTTCAAATTGTTATACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * *
53139 CTATTCAAACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAA
322 ATATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA
** * * * * ** *
53203 GTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGCTCAAATAGTCAT-ATCCGTTTGAACT
386 GTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTGTTTACCTAACAAGTTCAAATAATTATGA-CTATTTGAACA
* * * * * * *
53267 ATTATCTATATGAAATTATTATGACATTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
449 ATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTGTTCATATAA
** * * *
53332 AATTATTC-AGAATAAAATAATTCTAATTTATTAGTATTTTAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAA
514 GTTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA
* * * * * * * *
53396 CTTAATCTATATATCAAACCAATTCAAATAATTATGATTTTTTTTGAACAATTATCTATCTCAAA
578 -TAAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGA--CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA
* * *
53461 TCATTATGA--TATTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTTG-AGT
640 TCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTG----T-TTCATATAAGCTTA-TTTGAAAT
* * * * *
53523 AAAATATTGA-TAAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAG--AGATTTAAAAAATAAATGTG-T
698 AAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAAATTTAAAAAATAAATATGTT
* * * * * ** *
53584 -TTGCCAAACTA-ATTCAAATAGTTAAGAATATTAGAA-ATTTATTTATTTCAAATTGTTTTGAC
761 ATTG---AACTAGA-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * *
53646 CTTTTG-CTTGTCATAAAATAGTAT-TTTCAGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
822 CTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAT-TGTTTCATTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
53709 AA
885 AA
** * * * * *
53711 TTTATTAGCATTT-AGAAAATTAATAAACAACAAATTTTAAAAAATAAATTTGTTTTTTGAACAA
1 TTTATTAATATTTCA-AAAATTAAT-AATAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAA
* * * *** * * *
53775 GTTCAAATAGTTATGATTATTTGGACAATTATCTATTTAAAATAAATGT-GC-TTTTGTTTTATC
63 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTTTGTC
* * * ** * *
53838 ATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTAGCT-AGAA-AAAATAATATTACTTTATTAATAC
128 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAATCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-
* ** * * * * * *
53901 CTCAAATTTTGATATA-TTAGAGATTTAAAAAATACATTTGAATT---G-----GTTCAAATAAT
191 -TTAAAAATTAATA-AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTG-TTTACCGAACAAGTTCAAATAGT
* * ** *
53957 TATGGCCATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAATCATTACAAGCTTTCGTT-TTTT-TCATAAAAC
253 TATGACTATTTGATACAATTATCTATTTCAAATTGTTA-TA-CTTT--TTGTTTTGTCATAAAAC
* * *
54019 AATTGTTTTTCA-TCACACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTCAAAA
314 AATTGTTTAT-ATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAA
* * *
54083 ATTAATAAG-AAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CT-----G----AATCAGT-T-CCTA
378 ATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAAT-AATTTGTTTACCTAACAAGTTCAAATAATTATGACTA
* * * * *** ** * *
54135 TTTGGACAATTATCTATTTTC-AATTGTTATAACCTTTT-TTTTATTGCAAAATTATTGTTTCAG
441 TTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTG
* * * * **
54198 TTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAACTAATAACTAA
505 TTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAA
* * * * * *
54263 AAGATTTAAAAATAAATCTGTTT-GCTAAAGCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTAT
566 GAGATTTAAAAATAAATCTATTTATC-AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* * * *
54327 CT-TTTGAAATCATTATGACCATTTGTTTTATCATAAAAAAATTGTTTCAGTTCATAGAAGCTTA
630 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA--T-AT--AAGCTTA
* ** *
54391 -TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGTTATTAAACAAGT
690 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAT-TTAAA-AAAT
* * * * * * *
54455 GAATCTGTTTATCGAA-TCAGTTCAAATAATTATGGCTATGTT-AACAATTATCTATTTCAAATT
752 AAATATG-TTATTGAACT-AGATCAAATAGTTATGACTAT-TTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * ** ** **
54518 GTTATTACCTTTTGTTTTGTCATATAACAATTGTGTT--TGAACAT-TCAATTTTATTTGAAATA
814 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AAAAATTGT-TTCAT-TTCATAT-AAGCTTATTCAAAATA
54580 AAATAATACTAA
875 AAATAATACTAA
* * * * * *
54592 GTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGATCCAGT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAAGT
** * * ** *
54657 TCAAATAGCAATAACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATTGTTATAA-TCTTTTG-TTTGTCA
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACT-TTTTGTTTTGTCA
* * * * * * * *
54720 TAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTT
129 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAATCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT
* * * * * * * *
54785 CAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATATTTAAG
193 -AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
54850 ACTATATGA-ACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTATTTTGTCATCAAATAAGTTTT
257 ACTATTTGATACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGT
* * *
54914 TTTTAATTCATA-ATAGCTTATTTGGAATAAAATGAA-ATGAATTTATTAATATTTCAGAAATTA
320 TTAT-ATTCATACA-AGCTTATTTGGAATAAAAT-AATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * * *
54977 ATACGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTAACTAGTTCAAATAATTATGATTATTTGA
382 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATT-TGTTTACCTAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGA
* *
55042 ACAGTTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATA
446 ACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTGTTCATA
* * * * * *
55107 TAAGTTTGTTCGAAATAAAGTAATGCTAATCTATTAATATTTTGAATATTAATAAGAGATTTAAA
511 TAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAA
* * * * * *
55172 AATAAATTTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTTAGTAATTATTTATTTCAAAT
576 AATAAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * * * *
55237 CGTTATGACTTTTTGTTCTGTTATAAAACAATTG-TTCATATATGCTTATTCGGATTAAAATAAT
641 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
* * *
55301 ACTAATTTATTAATATTTCAACAATTGATAAGTAAAATTTAAAAAACAAATATGTTATTGAACTA
706 ACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAATTTAAAAAATAAATATGTTATTGAACTA
* * * * * * *
55366 GATCAAATAATCATGATTTTTTTAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATC
770 GATCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * *
55431 ATAAAAGAATTGTTTCATTTCATATAAGCTTATTC-GAATAAAATAATGCTGA
835 ATAAAA-AATTGTTTCATTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
55483 TTTATTAGTAATCCAAAAATTAATAATAAAGAAATTTAAAAATATGAATCTGTTTATTGAAAAAG
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAT-AAGAGATTTAAAAA-ATAAATCTGTTTATTGAACAAG
* * * * *
55548 TTTAAATAATTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACTTTTTGTTTTGTCA
64 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTTTGTCA
* * *
55613 TAAAAGAATT-TTATCTATTCATACAATCTTATTTCAAATAATATAA-ATCAAATTTATTAATAT
129 TAAAACAATTGTT-TCTATTCATACAATCTTATTTCAAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATAT
* * * *
55676 TAAGACAGTTAAAAATGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATTGTT
192 TAA-A-AATTAATAA-GTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTT
* * * *
55741 ATGACTGTTT-ATGCAATTATTTATTTCAACTTGTTATACCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
254 ATGACTATTTGATACAATTATCTATTTCAAATTGTTATA-CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * ** * *
55805 GTTTATGTTCATA-AAGTTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAATAATTAA
318 GTTTATATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * *
55869 TAAGTAAAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATCATGACTATTTGA
383 TAAGTAAGAGA-TTTAAAAAAT-AATTTGTTTACCTAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGA
* * * * * *
55934 ATAATTATCTATTTCAAGTCATTATGACCTTTTCTTTTGTAATAAAACAATTGTTT-TAGTTCAT
446 ACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCT-GTTCAT
* * * **
55998 ATAAGTTTATTTGAAGTAAAAT-ATAATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGACTAAGAGA
510 ATAAGTTTATTCGAAATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTTTAAAAATT-A--A-TAAGAGA
** * * ** *
56062 ACTAAAAAAAGAATCTATTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAATAATTATCTAT
570 TTTAAAAATA-AATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA-
* * * * * **
56127 TTTAAAAT-ATTATGACATTTCGTTTTGCCACAAAACAATTGGTTTTTTTCATGCAAGCTTATTT
633 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-G----TTTCATATAAGCTTA-TT
* *
56191 TG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCTAGAAACTAATAAG----A---AAAAAAT--A
692 TGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAAATTTAAAAAATAAA
* * *
56245 T-T-TT-TTGAAC-ACATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTA-TAT
755 TATGTTATTGAACTAGA-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
** * * * * * *
56305 GATTTTTTGTTTTGTTATAAACTAATTGTTT-TTGTTCATAAAAACTTATTCAGAATAAAAATAA
819 GACCTTTTGTTTTGTCATAAA-AAATTGTTTCAT-TTCATATAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAA
56369 TACTAA
881 TACTAA
* * * * *
56375 TTTATTAA-AATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAGTAAATCTGTTTAATGAGCAAG
1 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAAG
* * *
56439 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGA-TCTTTT-TTTTGTC
64 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACT-TTTTGTTTTGTC
* * * *
56502 ATAAAATAATTGTTTCTATTCATGCAAGT-TTA-TTCGAAATAAAATAATATTAGTTTATTAAT-
128 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA-TCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * * * * **
56564 TCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATAAATATATTTGCTGAACAAGTTCAAATAGCCA
191 T-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * * **
56629 TGTCCATTTGA-ACTA-TAGTCTATTTCAAATTATTATGA-TATTTTATTTTGTTGTAAAACAAT
255 TGACTATTTGATACAATTA-TCTATTTCAAATTGTTAT-ACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
** ***
56691 TGTTT-TATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T-
317 TGTTTATATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * * * *
56753 -TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTT-TTTACCAAACGAGTTTAAATAGTTATGACTATTTG
382 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAT-TTGTTTACCTAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTG
* * * * * * ** * *
56815 AATAATTATTTATCTCAAA-TAGTATGATC-TTCGTTTTGTCATAAAACATTTATTTCTATTCAT
445 AACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTGTTCAT
** * * ** * *
56878 GCAAGCTTGTTC-AAAGTAAAATAATACTAAACTAATAATATTATAAAAATTAATAAGAGATTTA
510 ATAAGTTTATTCGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTA
* * ** * * *
56942 AAAATAAATGTATATGCCGAACCAGTT-ATAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCA
574 AAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTTCA-AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
* * * * *** * * *
57006 AAACGTTCTAACC-TTT-TTTTGTCATAAAATTTTTTTTTTAGTTCATACAAGCTAATTTGAAAT
638 AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA---CAATTGT--TTCATATAAGCTTATTTGAAAT
* * *
57069 AAAATAATA-TAATTTTATTAACATTTAGAAAATTAATAAGCAAGAAATTTTAAAAAAATAAATC
698 AAAATAATACTAA-TTTATTAATATTCA-AAAATTAATAAG-TA-AAA-TTT-AAAAAATAAA--
** * * * *
57133 TAT-TTATCAAACAAGTTCAATTAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATG
755 TATGTTATTGAACTAGATCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * *
57197 ACCTTTTTGTTTTATCATAAAAGAATTGTTTCAGTTCA-ATAAAACTTATCCAAAATAAAATAAT
820 ACC-TTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTGTTTCATTTCATAT-AAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
* *
57261 ATTAC
882 ACTAA
** * * ** * * *
57266 TTTATTACCATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTCTCGAACCAA-
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAA-CAAG
* *
57330 TTCAAATAATTAT-AGCCATTTGAACAATTATCTATTTTCAAATTGTTTATAAC-TTTTGTTTTG
64 TTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATTG-TTATAACTTTTTGTTTTG
*
57393 TTAT-AAACAATTGTTT-TCATT-ATACAAGT-TTA-TTCATAATAAAATAATACTAATTTATTA
126 TCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAA-TCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTA
* ** * * * * * *
57453 ATATTTCAAAATTAATAAGTAGGAGAATTAAAAAATAAATATAG-TTATCGGACTAGTTTAAATA
188 ATA-TTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TTGTTTACCGAACAAGTTCAAATA
* * * * *
57517 GTTATTACTATTTGA-ATAATTATATATTTCAAATTGTTATAATCTTTTGGTTTGTCATAAAACA
251 GTTATGACTATTTGATACAATTATCTATTTCAAATTGTTATACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * *
57581 ATTATTTATGTTCATCCCACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATCTA--AA-A-TT-GAA
315 ATTGTTTATATTCAT---ACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAA
* * ** * *
57641 AATCAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-GTTGAAACCAA-TTCAAATAGTTTAAA
377 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTGTTTACCT--AA-CAAGTTCAAATA-ATT-AT
* * ** * * *
57704 GGCTATATGAGTAATTATCTATTT-TAATCTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCCATAAAA-AAATA
436 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-TATTATGACCTTTTGTTTTGT-CATAAAACAAATG
* * * * *
57767 TTTTTGGTTCATTTAAGTTTTTTCTAAATAAAAATAAATATTAA-TTATTAATATTTTAAAAATT
499 TTTCT-GTTCATATAAGTTTATTCGAAAT-AAAAT-AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATT
* * * * * * *
57831 AATAAGAGATTTAAGAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAGTAGTTATAACAATTTAAAT
561 AATAAGAGATTT-A-AAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * * *
57896 AATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TAT-TG-AT
624 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATATAAGCTT
* * * ** *
57958 ATTTGGATTAAAGTAACGCTAATTTATTGATATTCAAAAAATTAATAAGTAACATATTTAAAAAA
689 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTAAAAAA
58023 T
751 T
58024 GAATCTATTG
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Consensus pattern (886 bp):
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CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTTTGTCATA
AAACAATTGTTTCTATTCATACAATCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAA
AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
TTTGATACAATTATCTATTTCAAATTGTTATACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATAT
TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
AGATTTAAAAAATAATTTGTTTACCTAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT
ATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTGTTCATATAAGTTTATT
CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAATAAATCTA
TTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
TAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAATTTAAAAAATAAATATGTTATTGAACTAGATCAAATAGT
TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAATTG
TTTCATTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
Found at i:56368 original size:166 final size:166
Alignment explanation
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Period size: 166 Copynumber: 1.9 Consensus size: 166
56082 ATCGAATAAG
* * *
56092 TTCAAATAGTTATGACTATCTGAATAATTATCTATTTTAAAATATTATGACATTTCGTTTTGCCA
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** * ** *
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*
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* * ** * **
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*
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66 CAAAAC-AATTGGTTTTT-TTCATAAAAACTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAAAA
* *
56385 TTCTAAAAATTAATAAGTAAAA
128 TTCTAAAAACTAATAAGAAAAA
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Consensus pattern (166 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGACATTTCGTTTTGCCA
CAAAACAATTGGTTTTTTTCATAAAAACTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTC
TAAAAACTAATAAGAAAAAAATATTTTTTGAACACA
Found at i:57074 original size:174 final size:174
Alignment explanation
Indices: 56682--57182 Score: 410
Period size: 174 Copynumber: 2.8 Consensus size: 174
56672 TATTTTGTTG
* * ** * * ** *
56682 TAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
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* * * *
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* * * *
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130 TTAGAATAATTATCTATCTCAAATAGTATAACCTTCGTTTTGTCA
*
56856 TAAAACATTTATTTCTATTCATGCAAGCTTGTTCAAAGTAAAATAATACTAAACTAATAATATTA
1 TAAAACATTTATTTCTATTCATACAAGCTTGTTCAAA-TAAAATAATACTAAACTAATAATATT-
* * *
56921 T-AAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA-TAAATGTATATGCCGAACCAG-TTATAATAGTTAAGAC
64 TCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATATACCAAACCAGTTTA-AATAGTTAAGAC
* * *
56983 TATTAGAATAATTATCTATTTCAAA-ACGTTCTAACCTT-TTTTTGTCA
128 TATTAGAATAATTATCTATCTCAAATA-G-TATAACCTTCGTTTTGTCA
* * * * ** * *
57030 TAAAA-TTTTTTTTTTAGTTCATACAAGCTAAT-TTGAAATAAAATAATA-TAATTTTATTAACA
1 TAAAACATTTATTTCTA-TTCATACAAGCT--TGTTCAAATAAAATAATACTAA-ACTAATAATA
* * * * * *
57092 TTT-AGAAAATTAATAAGCAAGAAATTTTAAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAATTA
62 TTTCA-AAAATTAATAAG--AG--A-TTT-AAAAACTAAATCTATATACCAAACCAGTTTAAATA
* * *
57156 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
120 GTTAAGACTATTAGAATAATTATCTAT
57183 TTAAAATCAT
Statistics
Matches: 264, Mismatches: 44, Indels: 31
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (174 bp):
TAAAACATTTATTTCTATTCATACAAGCTTGTTCAAATAAAATAATACTAAACTAATAATATTTC
AAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATATACCAAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTAT
TAGAATAATTATCTATCTCAAATAGTATAACCTTCGTTTTGTCA
Found at i:57665 original size:179 final size:178
Alignment explanation
Indices: 57347--57671 Score: 392
Period size: 179 Copynumber: 1.8 Consensus size: 178
57337 AATTATAGCC
* * * *
57347 ATTTGAACAATTATCTATTTTCAAATTGTTTATAACTTTTGTTTTGTTATAAACAATTGTTTTCA
1 ATTTGAACAATTATATATTTTCAAATTGTTTATAACTTTTGGTTTGTCATAAACAATTATTTTCA
* * * * * *
57412 TTATACAAGTTTATTCATAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGTAGGA
66 TTATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATCTA-TAATATTTCAAAATCAATAACTAAGA
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*
57526 ATTTGAATAATTATATA-TTTCAAATTG-TTATAATCTTTTGGTTTGTCATAAAACAATTATTTA
1 ATTTGAACAATTATATATTTTCAAATTGTTTATAA-CTTTTGGTTTGTCAT-AAACAATTATTT-
* ** *
57589 T-GTTCATCCCACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATCTA-AA-A-TTGAAAATCAATAA
63 TCATT-AT---ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATCTATAATATTTCAAAATCAATAA
*
57650 CTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
124 CTAAGAGAATTAAAAAATAAAT
57672 TTGTTTGTTG
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 16, Indels: 14
0.80 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
ATTTGAACAATTATATATTTTCAAATTGTTTATAACTTTTGGTTTGTCATAAACAATTATTTTCA
TTATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATCTATAATATTTCAAAATCAATAACTAAGAG
AATTAAAAAATAAATATAGTTATCGGACTAGTTTAAATAGTTATTACT
Found at i:59754 original size:532 final size:532
Alignment explanation
Indices: 58842--62834 Score: 1813
Period size: 532 Copynumber: 7.5 Consensus size: 532
58832 GTAAACTAAT
* * *
58842 TTTATTTTTTAAATCTCTTG--T-TAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTAATTTTG
1 TTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTA-TTTC
* * * *
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* * *
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128 AAATAATTATTCAAATAGTCATA-CTATTTGAACTTGTTCAGTAAACA-ATTTATTTTTT-AAAT
* * *
59034 CTCTTGCTTATTAATTTTTTGAAA-GTTAATAAATTAGTATTATTTTCTTTCAAAT-AGCTTGTA
190 CTCTTACTTATTAA--TTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTA
* * * *
59097 TGAACTGAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAA-GTCAAAATGATTTGAAATAGACAATTATTC
253 TGAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGAAAATTGTTC
* *
59161 TAATAATCTTAACTATTTGAATTCATTCGGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
318 TAATAATCTTAACTATTTGAACT-ATT-AGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * * * *
59226 ATTTTCAAAATATTTTTAAATTAGTTTTATTTTTACCCGAATCAGCTTATATGATAAA-AAACAA
381 ATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATCA-TTTTAACCAAATAAGCTTATATGA-AAAGAAACAA
* * * * *
59290 TTGTTTTATGAGAAAATAAAGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACT
444 TTGTTGTATGACAAAATAAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* *
59355 ACTGGAA-TTGCTTCAGAAAATAGC
509 ACTGGAACTAG-TTCAGAAAATAGA
** *
59379 TTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGCATTATTTTATTTC
1 TTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTT-ATAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTC
* * * *
59444 GATAAGTTTTTATTAACTGAAATAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTTAAAACAATTTTAAAT
65 GATAA-TTTTTATTAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAA-GTTATAATAATTTTAAAT
* * *
59509 AAATAATTGTTCAAATAGTCATATCTAATTGAAATT-TTCAGTAAAC-ATTT-TTTTTTAAATCT
128 AAATAATTATTCAAATAGTCATA-CTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAATTTATTTTTTAAATCT
*
59571 CTTACTTATTAATTTTCAAATGTTAATAAATTA-TATTA-TTT-TTCCAAATAAGCTTGTATGAA
192 CTTACTTATTAATTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
* *
59633 CTG-AATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAAT
257 CTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGAAAATTGTTCTAAT
* * * *
59697 AGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGACAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
322 AATCTTAACTATTTGAACTA-TTAG-TAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * *
59762 TTAGAATATTATTAAATTAGTATCATTTTAATCAAATAAGCTTATGTGAAAAGAAACAATTGTTG
385 TCAAAATATTATTAAATTAGTATCATTTTAACCAAATAAGCTTATATGAAAAGAAACAATTGTTG
* * * *
59827 TATGACAAAATAAAGATCATTACGATTTGTGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
450 TATGACAAAATAAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTACTGGA
** *
59892 ACTAGTTTGGCAAATAGA
515 ACTAGTTCAGAAAATAGA
* * * *
59910 TTTAGTTTTTAAATCTCTT--AT-TAATTTTCAAAATACTAATAAA-TCAATATTATTTTATTTT
1 TTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATAATTTTCAAAATATTAATAAAGT-AGTATTATTTTATTTC
* * * * * *
59971 GAATAATTTGTATGT-AC-AAAACAATTATTTTACT-ACAAAATACAAAAGTCATAATGA-TTGA
65 G-ATAATTTTTAT-TAACTGAAACAATTGTTTTA-TGACAAAAT--AAAAGTTATAATAATTTTA
* *
60032 AATAAATAATTATTCAAAT-GACATGACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAATTTATTTTTTAAA
125 AATAAATAATTATTCAAATAGTCAT-ACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAATTTATTTTTTAAA
* * * ** * *
60096 TCTCCTACCTATTAATTTGCAAAATCATAATCAAAATAGTATTATTTTATTTC-AATAAACTTGT
189 TCTCTTACTTATTAATTTTC-AAATGTTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGT
* * * * *
60160 ATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAAAAAAGATCACGACT-ATTTGAAATAAAAAATTG
252 ATGAACT-GAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCA-GAATGATTTGAAATAGAAAATTG
* * * * * * * *
60222 CTCAAACAATCATAACTATTTGAGCTTACTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
315 TTCTAATAATCTTAACTATTTGAAC-TA-TTAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
*** * * **** * * *
60287 TTAATTTTTGGAATATTAAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGGATAGAAAC
378 TTAATTTTCAAAATATT-ATTAAATTAGTATCATTTTAACCAAATAAGCTTATATGAAAAGAAAC
** * * * * * *
60352 AATTGGTT-TACCACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATGATTGTTCCAAATAGTTA
442 AATT-GTTGTATGACAAAA-TAAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTGTT-CAAATAGTCA
* * * *
60416 AAACTATTTGAA-TGTGTTC-GAAAA-A-A
504 TAACTACTGGAACT-AGTTCAGAAAATAGA
* * * * ** *
60442 ATTA-ATTTTAAAT-TTTTACTTATTAAATTTT-GGAATATTAATAAA-T-TTAATTATTTTATT
1 TTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTA-T-AATTTTCAAAATATTAATAAAGTAGT-ATTATTTTATT
* ** * * * * * * *
60502 TGGAATAAGCTGTATGAACAGAAACAATTATTCTTAATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTG
63 TCG-ATAATTTTTATTAACTGAAACAATTGTT-TT-ATGACAAAATAAAA-GTTATAATAATTTT
* * * *
60567 AAATAGATAATCATGTTCAAAATAGTCATAACTA-TTAAACTTGTTCAGTAAAACATATTCATTT
124 AAATAAATAAT--TATTC-AAATAGTCAT-ACTATTTGAACTTGTTCAGT-AAACA-ATTTA-TT
* * * *
60631 TTTTATATCTCTTACTGCATT-ATTTTCAAAATATTAATTAACTAAAAATTA-AATGATATTTTA
182 TTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTC--AA-A-T-GTTAA-T--AAATTAGTAT--TATTTTA
* * * * * * * ** * * *
60694 -TCCGAATAAGCCTATCATGAATTGATACACATCTGTTTTATTGAAAAAATAAAAGGTCATAACG
236 TTTCAAATAAGCTTGT-ATGAACTGAAATA-AT-TGTTTTA-TGACTAAACAAAAGGTCAGAATG
* * * * * * * * * * ****
60758 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATTGACTCTTTAAACTTGTTTGGTCAAATGTGTTTA
297 ATTTGAAATAGAAAATTGTTCTAATA-ATCTTAACTATTTGAAC-T-ATTAGT-AAACACATTTA
* * * * * *
60823 -TTTTAAAATCTTTTACTTACTT-ACTTTAAAAATTATTAATAAATTACATAAT-ATTTTAATCC
358 TTTTTTAAATCTCTTACTTA-TTAATTTTCAAAA-TATTATTAAATTA-GT-ATCATTTTAA-CC
* * * * *
60885 AAGTAGGCTTGTTACATGAAGCAA-AAACAATTG-TGTCATGAACAAAATAAAAAGCTC-TAATG
418 AAATAAGC---TTATATGAA--AAGAAACAATTGTTGT-ATG-ACAAAAT--AAAGATCATAACG
* * * * * * * *
60947 ACTTGAAAATA-CTAATTGTTCAACACTAGTCATAACTATTTGAACTTA-TT-TGTTAAACA-A
474 ATTTG-AGATAGATAATTGTTCAA-A-TAGTCATAACTACTGGAAC-TAGTTCAG-AAAATAGA
* * * * * * *
61007 TTT--TTTTTTAATCTTTTACCTTATTATGTGTCTAAATATTAATAAA-T-TTATGTAATTTTAT
1 TTTAGTTTTTAAATCTCTT-GCTTATAAT-TTTCAAAATATTAATAAAGTAGTAT-T-ATTTTAT
* * ** * ***
61068 TT-GAAATAAGCTTTTATGAA-TAGAAA-TTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCGATT
62 TTCG--ATAA-TTTTTATTAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAA-GTTATAATAATT
* * * * * * *
61130 TAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGTACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTT
122 TTAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT-ACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACA-ATTTATTTTT
* * * * *
61195 TAAATCTCTTACTTATTGATTTTCAGAATATTAATAAAATAGAATTATGTTA-TTCAAATAAGCT
185 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTCA-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT
* * * * * * *
61259 TATACGAA-TAGAAACAATTATTTTGTGA-TAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
249 TGTATGAACT-GAAATAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGAAAA
* ** * * * * *
61322 TTGTTC-----A---TAACTATTTGCACTAGTTAGGCCAATA-GTTTCATTCTTTAAATTTGTTA
312 TTGTTCTAATAATCTTAACTATTTGAACTA-TTA-GTAAACACATTT-ATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * * * *
61378 CTTATTAGTTTTTAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGAC-TATATGAACA
374 CTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATCATTTTA-ACCAAATAAG-CTTATATGAAAA
* * * * * * * *
61442 G-AATAA-T-TT-TATGACAAAACAAATGGTCGTAATGATTTGAAATAAATGATTGTTCAAATAG
437 GAAACAATTGTTGTATGACAAAATAAA-GATCATAACGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * *
61503 TTATAACTAATTGAACTGGTTTAGTAAACAAA
501 TCATAACTACTGGAACTAGTTCAGAAAATAGA
* * * * *
61535 TTT--TTTTTAAATTTCTTACTTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTATTATTATTTTA-TTC
1 TTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTT-ATAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTC
* * * * ** * * * * * *
61597 TGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACTAACA-AAAGGTCATAATGATTTGAA
65 -G-A-TAATTTTTATTAACTGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAATAAAAGTTATAATAATTTTAA
* *
61661 ATAGATAATTATTCAAATA---AT-C-A--T-AA-----T---T-----A-TTGTTTTTTAAATC
126 ATAAATAATTATTCAAATAGTCATACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAATTTATTTTTTAAATC
* * * * * * ** *
61704 TCTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTA-TTCTGAATATGCTACTAA
191 TCTTACTTATTAA-TTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTAT
* * * * * * *
61768 GAACTAAAAAAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATA-AAAAATGTTC-
254 GAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGAAAATTGTTCT
** * ** * * * *
61831 ATATACCCTTAACTATTTAAACTAGTTCAACAAAAAAAATTTATCTTTTAAATCTCTTAGTTATT
319 A-ATAATCTTAACTATTTGAACTA-TT--AGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* ** * **** * * * * *
61896 AATTTTCATAATATTATTGCATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTGTGAACAGAAATAA
380 AATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATCATTTTA-ACCAAATAAGCTTATATGAAAAGAAACAA
* * * * * * *
61961 TTGTTTTATGAGATAACA-AAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAA
444 TTGTTGTATGACA-AA-ATAAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * *
62025 CTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGA
507 CTACTGGAACTAGTTCAGAAAATAGA
* * * ** * *
62051 TTAACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC
1 TTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTA-TAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTC
* * * * * * ** *
62116 GA-AGAGGCTTGTA-TGA-TGAAAAACAATTGTTTTACGATAAAACAAAAGTTCATAACGATTTG
65 GATA-A--TTTTTATTAACTG--AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGTT-ATAATAATTTT
* * * * * * ** *
62178 AAATAGATAATTGTTGAAAT-GATCATAATTATTTGAAATAAT-TTGA-TAAATTGATTTAATTT
124 AAATAAATAATTATTCAAATAG-TCAT-ACTATTTGAACT--TGTTCAGTAAA-CAATTTATTTT
* * * * * * * * *
62240 TTAAATCTCTAACTTATCAAATTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTAATTTTAAATAAAC
184 TTAAATCTCTTACTTAT-TAATTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC
* * * * * ** * ** * *
62305 TTTTCT-ATACTAAAATAGTTGTTTTATGA-TAAAATAAAATATCATAACAATTTTAAATAGATA
248 TTGTATGA-ACTGAAATAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGAAA
* * * * * * *
62368 ATTATTCGAACT-GTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAATA-A--T-TTTTTTAAATTTCTT
311 ATTGTTCTAA-TAATCTTAACTATTTGAAC-TATT-AGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTT
** * * * * **** *
62428 ACTTATTAATTTTTTAAATTTTAATAAATTAGTATTATTATATTTTGAATAAG-TATGTATGAAC
373 ACTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATCATTTTA-ACCAAATAAGCT-TATATGAA-
* * * * * * * * * *
62492 TA-AAACAATTATTTTTTTACTAAACA-AAAGATTAAAACAATTTG-GAATAGATAATCGTTCTA
435 AAGAAACAATTGTTGTATGAC-AAA-ATAAAGATCATAACGATTTGAG-ATAGATAATTGTTCAA
* * ** * * * *
62554 ATAGTCTTAACTATTTAAATTGGTTCGGAAAAATACA
497 ATAGTCATAACTACTGGAACTAGTTCAG-AAAATAGA
* * * * * *
62591 TTTA-TTTTTAAATC-CTT--AT-TAATTTTCAAAATAGTAGTAAATTGGTATTATTTTATTCTA
1 TTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATT-TC
* * * * * ** *
62651 AATAATTTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATTTCATAACGATTTGAAA
65 GATAATTTT-TATTAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGTT-ATAATAATTTTAAA
* * * * * *
62715 TTAATAA-CAGTTCAATTGGACATGACTATTTGAACTTGTT-GGTAAACAATTTATTTTTTAAAT
127 TAAATAATTA-TTCAAATAGTCAT-ACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAATTTATTTTTTAAAT
* * ** * *
62778 CTCTAACTTATTAATTTTTAGAATAATAATAAATTAGTGTTATTTTATTCCAAATAA
190 CTCTTACTTATTAATTTTCA-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
62835 ACTTTTAAAA
Statistics
Matches: 2720, Mismatches: 515, Indels: 447
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (532 bp):
TTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCG
ATAATTTTTATTAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGTTATAATAATTTTAAATAAA
TAATTATTCAAATAGTCATACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
CTTATTAATTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGA
AATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGAAAATTGTTCTAATAATC
TTAACTATTTGAACTATTAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAA
TATTATTAAATTAGTATCATTTTAACCAAATAAGCTTATATGAAAAGAAACAATTGTTGTATGAC
AAAATAAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTACTGGAACTAGT
TCAGAAAATAGA
Found at i:60574 original size:177 final size:178
Alignment explanation
Indices: 59385--60602 Score: 509
Period size: 179 Copynumber: 6.9 Consensus size: 178
59375 TAGCTTTAGT
* * * * * *
59385 TTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTGAAATATT-AATAAAGTAGCATTATTTTATTTCG-ATA
1 TTTTAAATCTTTTACTTATTAAATTTTGGAATATTAAATAAATTAG-ATTATTTTATTT-GAATA
* * * * * *** * * * * *
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* * * * * * **
59512 TAAT-TGTTC-AAATAGTCATATCTAATTGAAAT-T-TTCAGTAAACATTTTT
128 TAATATGTTCAAAATAGTCAAAACTATTTG-AATGTGTTC-GAAAAAAATTAA
* ** * * ***
59561 TTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTCAAATGTT-AATAAATTATATTATTTT-TCCAAATAAG
1 TTTTAAATCTTTTACTTATTAAATTTTGGAATATTAAATAAATTAGATTATTTTATTTGAATAAG
* * ** * * * **
59623 CTTGTATGAACTG-AATAATT-GTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATA
66 CTTGTATGAACAGAAACAATTAG-TTTACCACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATA
* ** * *
59686 AT-TGTTC-TAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGT-TT-GACAAACATATTTATT
130 ATATGTTCAAAATAGTCAAAACTATTTGAA-T-GTGTTCGA-AAA-A-AATTA-A
* * * * * * **
59737 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATT-ATTAAATTAGTATCATTTTAATCAAATAA
1 TTTTAAATCTTTTACTTATTAAATTTTGGAATATTAAATAAATTAG-ATTATTTTATTTGAATAA
* * * ** * * * * **
59801 GCTTATGTGAAAAGAAACAATT-GTTGTATGACAAAA-TAAAGATCATTACGATTTGTGATAGAT
65 GCTTGTATGAACAGAAACAATTAGTT-TACCACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAT
* * * * *
59864 AAT-TGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT-TTGGCAAATAGATTTAGT
129 AATATGTTCAAAATAGTCAAAACTATTTGAA-T-GTGTTCG-AAA-AAAATTA-A
** * * *
59916 TTTTAAATC---T-CTTATT-AATTTTCAAAATACT-AATAAATCAATATTATTTTATTTTGAAT
1 TTTTAAATCTTTTACTTATTAAATTTT-GGAATATTAAATAAAT-TAGATTATTTTA-TTTGAAT
* * * * **
59975 AA-TTTGTATGTACA-AAACAATTATTTTACTACAAAATACAAAA-GTCATAATGA-TTGAAATA
63 AAGCTTGTATGAACAGAAACAATTAGTTTACCAC-AAA-ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
* * * ** * * * *
60036 AATAAT-TATTC-AAAT-GACATGACTATTTGAACT-TGTTTAGTAAACAATTTATT
126 GATAATATGTTCAAAATAGTCAAAACTATTTGAA-TGTG-TTCG-AAAAAAATTA-A
** * * * * * *
60089 TTTTAAATCTCCTACCTATT-AA-TTTGCAAAATCATAATCAAAATAGTATTATTTTATTTCAAT
1 TTTTAAATCTTTTACTTATTAAATTTTGGAATATTA-AAT-AAATTAG-ATTATTTTATTTGAAT
* * ** * ** * *
60152 AAACTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTTATGACAAAA-AAAAGATCACGACTATTTGAAATAA
63 AAGCTTGTATGAACAGAAACAATTAG-TTTACCACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG
* * * * ** * * *
60215 AAAAT-TGCTCAAACA-A-TCATAACTATTTGAGCT-TACTCAGTAAACAGATTTATT
127 ATAATATGTTCAAA-ATAGTCAAAACTATTTGA-ATGTGTTC-G-AAA-AAAATTA-A
*
60269 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAA
1 TTTTAAATCTTTTACTTATTAAATTTTGGAATATTAAATAAATTAG-ATTATTTTATTTGAATAA
* * * * *
60334 GCTTGTATGGATAGAAACAATTGGTTTACCACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATG
65 GCTTGTATGAACAGAAACAATTAGTTTACCACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATA
* *
60399 AT-TGTTCCAAATAGTTAAAACTATTTGAATGTGTTCGAAAAAAATTAA
130 ATATGTTCAAAATAGTCAAAACTATTTGAATGTGTTCGAAAAAAATTAA
60447 TTTTAAAT-TTTTACTTATTAAATTTTGGAATATT-AATAAATTTA-ATTATTTTATTTGGAATA
1 TTTTAAATCTTTTACTTATTAAATTTTGGAATATTAAATAAA-TTAGATTATTTTATTT-GAATA
* ** *
60509 AGC-TGTATGAACAGAAACAATTATTCTTAATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAG
64 AGCTTGTATGAACAGAAACAATTAGT-TT-ACCACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG
*
60573 ATAATCATGTTCAAAATAGTCATAACTATT
127 ATAAT-ATGTTCAAAATAGTCAAAACTATT
60603 AAACTTGTTC
Statistics
Matches: 823, Mismatches: 162, Indels: 111
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
171 2 0.00
172 67 0.08
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178 56 0.07
179 147 0.18
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
TTTTAAATCTTTTACTTATTAAATTTTGGAATATTAAATAAATTAGATTATTTTATTTGAATAAG
CTTGTATGAACAGAAACAATTAGTTTACCACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA
TATGTTCAAAATAGTCAAAACTATTTGAATGTGTTCGAAAAAAATTAA
Found at i:61596 original size:175 final size:177
Alignment explanation
Indices: 58753--62834 Score: 1907
Period size: 180 Copynumber: 22.9 Consensus size: 177
58743 AAAAACAAAT
** * * * * *
58753 TTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATA-TCCACAATT
1 TTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-CATAACT
* * *
58817 ATTTAAAC-TGATTCAGTAAACTAATTTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTGTTAATTTTCAAAATA
65 ATTTGAACTTG-TTTAGTAAAC-AA-TTT-TTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTCAAAATA
* * **** * * * * *
58877 TTAATAAAGTAGTATTATTTAATTTTGGATAAACTTTTGTGAACTGAAACAA
126 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACAGAAATAA
* * * * * *
58929 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATAATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAGC
1 -T-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * **
58994 TATTTGAGCTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAAA-
64 TATTTGAACTTGTTTAGTAAACA-ATTT-TTTTTT-AAATTTCTTACTTATTAA-TTTTCAAAAT
* * * * *
59058 GTTAATAAATTAGTATTATTTTCTTTCAAAT-AGCTTGTATGAACTGAAATAA
125 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACAGAAATAA
* * * * * * *
59110 TTATTTTATGACTAAACAAAA-GTCAAAATGATTTGAAATAGACAATTATTCTAATAATCTTAAC
1 -T-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* ** *
59174 TATTTGAA-TTCATTCGGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATA
64 TATTTGAACTT-GTTTAGTAAACA-ATTT-TTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTCAAAATA
** * * * * * *
59238 TTTTTAAATTAGTTTTATTTT-TACCCGAATCAGCTTATATGATA-AAAAACAA
126 TTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCCAAATAAGCTTATATGA-ACAGAAATAA
* * * * * *
59290 TTGTTTTATGAGAAAA-TAAAGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAAC
1 -T-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * * * * * **
59354 TACTGGAA-TTGCTTCAGAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTGAAATA
64 TATTTGAACTTG-TTTAGTAAACA-ATTT-TTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTCAAAATA
* * * * * * * *
59418 TTAATAAAGTAGCATTATTTTATTTC-GATAAGTTTTTATTAACTGAAATAA
126 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACAGAAATAA
* * * * ** * * *
59469 TTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTTAAAACAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATATC
1 -T-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * *
59534 TAATTGAAATT-TTCAGTAAAC-ATTTTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTC-AAATGTTA
64 TATTTGAACTTGTTTAGTAAACAATTTTTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTA
* *
59596 ATAAATTA-TATTA-TTT-TTCCAAATAAGCTTGTATGAACTG-AATAA
129 ATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACAGAAATAA
* * * * *
59641 TTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAAC
1 -T-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * *
59706 TATTTGAACTAGTTT-GACAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
64 TATTTGAACTTGTTTAG-TAAACA-ATTT-TTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTCAAAATA
* * * * * *
59770 TTATTAAATTAGTATCATTTTAAT-CAAATAAGCTTATGTGAAAAGAAACAA
126 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACAGAAATAA
* * * * **
59821 TTGTTGTATGACAAAA-TAAAGATCATTACGATTTGTGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
1 TT-TT-TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * *
59885 TATTTGAACTAGTTTGGCAAATAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATAC
64 TATTTGAACTTGTTTAGTAAACA-ATTT-TTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTCAAAATAT
* * *** * * * *
59946 TAATAAATCAATATTATTTTATTTTGAATAA-TTTGTATGTACA-AAACAA
127 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACAGAAATAA
* * *
59995 TTATTTTACT-ACAAAATACAAAA-GTCATAATGA-TTGAAATAAATAATTATTCAAAT-GACAT
1 -T-TTTTA-TGAC-AAA-ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * *
60056 GACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTGCAAAAT
61 AACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAATTT-TTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTCAAAAT
* * * * * *
60121 CA-TAATCAAAATAGTATTATTTTATTTC-AATAAACTTGTATGAATAGAAACAA
125 -ATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACAGAAATAA
* * * * * * * *
60174 TTGTTTTATGACAAAA-AAAAGATCACGACT-ATTTGAAATAAAAAATTGCTCAAACAATCATAA
1 -T-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* ** * ***
60237 CTATTTGAGCTTACTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGGAAT
63 CTATTTGAACTTGTTTAGTAAACA-ATTT-TTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTCAAAAT
** * * * *
60301 ATTAAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGGATAGAAACAA
125 ATT-AATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACAGAAATAA
** * * *
60354 TTGGTTTACCACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATGATTGTTCCAAATAGTTAAA
1 TT--TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTT-CAAATAGTCATA
* * * ** **
60418 ACTATTTGAA--TGTGTTCG-AAAAAAATTAATTTTAAATTT-TTACTTATTAAATTTT-GGAAT
62 ACTATTTGAACTTGT-TTAGTAAACAATTTTTTTTTAAATTTCTTACTTATT-AATTTTCAAAAT
*** * *
60478 ATTAATAAATT--TAATTATTTTATTTGGAATAAGC-TGTATGAACAGAAACAA
125 ATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACAGAAATAA
* **
60529 TTATTCTTAATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATCATGTTCAAAATAGTC
1 -T-TT-TT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT--TGTTC-AAATAGTC
* * * * *
60594 ATAACTA-TTAAACTTGTTCAGTAAAACATATTCATTTTTTTATATCTCTTACTGCATT-ATTTT
59 ATAACTATTTGAACTTGTTTAGT-AAACA-ATT--TTTTTTTAAATTTCTTACT-TATTAATTTT
* * * **
60657 CAAAATATTAATTAACTAAAAATTA-AATGATATTTTA-TCCGAATAAGCCTATCATGAATTGAT
119 C-AAA-A-T-ATTAA-T--AAATTAGTAT--TATTTTATTCCAAATAAGCTTAT-ATGAACAGA-
* *
60720 ACACATC
173 A-ATA-A
* * * * * *
60727 TGTTTTATTGAAAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATTGA
1 T-TTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAA
* * * * * *
60792 CTCTTTAAACTTGTTTGGT-CA-AATGTGTTTATTTTAAAATCTT-TTACTTACTT-ACTTTAAA
63 CTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAT-T-TTT-TTTT-AAAT-TTCTTACTTA-TTAATTTTCAA
* * * * * * * *
60853 AATTATTAATAAATTACATAATATTTTAATCCAAGTAGGCTTGTTACATGAAGCAAAAACAA
122 AA-TATTAATAAATTA-GTATTATTTTATTCCAAATAAGC---TTATATGAA-CAGAAATAA
* * * * *
60915 TTGTGTCATGAACAAAATAAAAAGCTC-TAATGACTTGAAAATA-CTAATTGTTCAACACTAGTC
1 TT-T-TTATG-ACAAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTG-AAATAGATAATTGTTCAA-A-TAGTC
* *
60978 ATAACTATTTGAACTTATTT-GTTAAACAATTTTTTTTT-AATCTT-TTACCTTATT-ATGTGTC
59 ATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAATTTTTTTTTAAAT-TTCTTA-CTTATTAAT-TTTC
* ** * * **
61039 TAAATATTAATAAATT--TATGTAATTTTATTTGAAATAAGCTTTTATGAATAGAAATTT
120 AAAATATTAATAAATTAGTAT-T-ATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACAGAAATAA
* ** * *
61097 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATT
1 T-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * * *
61162 ATTTGTACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTGATTTTCAGAATATT
65 ATTTGAACTTGTTTAGTAAACA-ATTT-TTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATT
* * * * * *
61227 AATAAAATAGAATTATGTTATT-CAAATAAGCTTATACGAATAGAAACAA
128 AATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACAGAAATAA
* *
61276 TTATTTTGTGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG------T--TCATAAC
1 -T-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * ** * * * * * *
61333 TATTTGCACTAG-TTAGGCCAATAGTTTCATTCTTTAAATTTGTTACTTATTAGTTTTTAAAATA
64 TATTTGAACTTGTTTA-GTAAACAATTT--TTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTCAAAATA
* *
61397 TTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGAC-TATATGAACAG-AATAA
126 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAG-CTTATATGAACAGAAATAA
* * * * *
61448 -TTTTATGACAAAACAAATGGTCGTAATGATTTGAAATAAATGATTGTTCAAATAGTTATAACTA
1 TTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * *
61512 ATTGAACTGGTTTAGTAAACAAATTTTTTTTAAATTTCTTACTTCTTAATTTTCAAAATATTAAT
66 TTTGAACTTGTTTAGTAAACAATTTTTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAAT
* ** * * * * *
61577 AAATTATTATTATTTTATTCTGAACAAACTTATATGAACAAAAACATT
131 AAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACAGAAATA-A
* * * *
61625 TGTTTTATGAC-TAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAATT
1 T-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
** ** * * * *
61689 A-TTG---TT-TTT--TAAATCTCTTACTTATT-AA-GT-TT--TGA--AATATT---AATA--A
65 ATTTGAACTTGTTTAGTAAA-CAATTTTTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTA
* ** * * *
61735 AT---TT-GTTTTATTTTATTCTGAATATGC-TACTAAGAACTA-AAAAAA
129 ATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTA-TATGAAC-AGAAATAA
* * * * * ** *
61780 TTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATA-AAAAATGTTCATATACCCTTAAC
1 -T-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * ** * * * * *
61844 TATTTAAACTAGTTCAACAAAAAAAATTTATCTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAATA
64 TATTTGAACTTGTT-TA-GTAAACAATTT-TTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTCAAAATA
* ** *** * * *
61909 TTATTGCATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTGTGAACAGAAATAA
126 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACAGAAATAA
* * * ** *
61961 TTGTTTTATGAGATAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
1 -T-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * ** * **
62026 TATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTAACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
64 TATTTGAACTTGTTTAGTAAACA-ATT-TTTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTCAAAATAT
* * * * * * ** * *
62091 TAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAAGAGGCTTGTATGATGAAAAACAA
127 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACAGAAATAA
* * * * *
62142 TTGTTTTACGATAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAAT-GATCATAA
1 -T-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAA
* * ** ** * * * * *
62206 TTATTTGAAATAATTT-GATAAATTGATTTAATTTTTAAATCTCTAACTTATCAAATTTT-GAAA
63 CTATTTGAACTTGTTTAG-TAAA-CAATTT-TTTTTTAAATTTCTTACTTAT-TAATTTTCAAAA
* * * ** * * * *
62269 TATTAATAAAGTAATATTATTTAATTTTAAATAAACTTTTCT-ATACTA-AAATAGT
124 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGA-AC-AGAAATA-A
* * ** ** * * *
62324 TGTTTTATGATAAAATAAAATATCATAACAATTTTAAATAGATAATTATTCGAACT-GTCATAAC
1 T-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATAGTCATAAC
* ** * ** *
62388 TATTTGAACTTATTCGGTAAATAA--TTTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTTAAATTTTA
64 TATTTGAACTTGTTTAGTAAACAATTTTTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTA
* *** * *
62451 ATAAATTAGTATTATTATATTTTGAATAAG-TATGTATGAACTA-AAACAA
129 ATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCT-TATATGAAC-AGAAATAA
* * * * * * ** * * * *
62500 TTATTTTTTTACTAAACAAAAGATTAAAACAATTTGGAATAGATAATCGTTCTAATAGTCTTAAC
1 -T-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * *
62565 TATTT-AAATTGGTTCGGAAA-AATACATTTATTTTTAAA--TC---CTTATTAATTTTCAAAAT
64 TATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAT---TTT-TTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTCAAAAT
* * * * ** * * *
62623 AGTAGTAAATTGGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAA
125 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACAGAAATAA
** * ** * * * *
62676 TTATTTTATGACAAAACAAAATTTCATAACGATTTGAAATTA-ATAACAGTTCAATTGGACATGA
1 -T-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * *
62740 CTATTTGAACTTG-TTGGTAAACAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAGAATAA
63 CTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAATTT-TTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTCAAAATAT
*
62804 TAATAAATTAGTGTTATTTTATTCCAAATAA
127 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA
62835 ACTTTTAAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTTGAACTTGTTTAGTAAACAATTTTTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAAT
AAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACAGAAATAA
Found at i:61747 original size:156 final size:157
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61527 TAAACAAATT
* *
61537 TTTTTTAAATTTCTTACTTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTCTGAAC
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* * * *
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* *
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1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTCAAAATATTAATAAATTAT-TATTATTTTATTCTGA
* ** *
61756 ATATGCTACTAAGAACTAAAAAAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATA
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61821 AAAAATGTTC
Statistics
Matches: 111, Mismatches: 12, Indels: 9
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Matches are distributed among these distances:
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AAACTACTAAGAACTAAAAAAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
TAATTATTCAAATAATCATAATTATTG
Found at i:62289 original size:362 final size:359
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61683 ATAATTATTG
* * *
61693 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTA-TTCTGAA
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* * *
61757 TATGCTACTAAGAACTAAAAAAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAA
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* * *
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131 AAAATGTTCAAATACCCATAACTATTTAAACTAATTCAACAAAAAAAATTTATCTTTTAAATCTC
* * * * ** * * * * *
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196 TAACTTATAAATTTTCATAATATTAATAAAGTAATATTATTTAATTTTAAATAAACTTGTCT-AT
* * * * *
61951 AC-AGAAATAATTGTTTTATGAGATAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTC-A
260 ACTA-AAATAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCGA
*
62014 AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGAT
324 AAT-GTCATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACA-AT
*
62052 TAACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-
1 T---TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCT
** * *
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63 GAAGAGGCTACTAAGAACT-AAAAA-AATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTT-ATAACGATTTG
* * * * * ** * ***
62178 AAATAGATAATTGTTGAAATGA-TCATAATTATTTGAAA-TAATTTGA-TAAATTGATTTAAT-T
125 AAATA-AAAAATGTTCAAAT-ACCCATAACTATTT-AAACTAATTCAACAAAAAAAATTT-ATCT
*
62239 TTTAAATCTCTAACTTATCAAATTTTGA-AATATTAATAAAGTAATATTATTTAATTTTAAATAA
186 TTTAAATCTCTAACTTAT-AAATTTTCATAATATTAATAAAGTAATATTATTTAATTTTAAATAA
* * * * * *
62303 ACTTTTCTATACTAAAATAGTTGTTTTATGATAAAATAAAATATCATAACAATTTTAAATAGATA
250 ACTTGTCTATACTAAAATAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATA
* * * *
62368 ATTATTCGAACTGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAAT
315 ATTATTCGAAATGTCATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAAT
* * * *
62413 TTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTTAAATTTTAATAAATTAGTATTATTATATTT-TGAA
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCTGAA
* * * * * * *** * * * * *
62477 TAAG-TATGTATGAACTAAAACAATTATTTTTTTACTAAACAAAAGATTAAAACAATTTGGAATA
66 GAGGCTA-CTAAGAACTAAAAAAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATA
* * * ** * * ** * * *
62541 GATAATCGTTCTAATAGTCTTAACTATTTAAATTGGTTCGGA-AAAATACATTTAT-TTTTAAA-
130 AAAAAT-GTTCAAATACCCATAACTATTTAAACTAATTC-AACAAAAAAAATTTATCTTTTAAAT
* * * * * ** * * * *
62603 -TC---CTTATTAATTTTCAAAATAGTAGTAAATTGGTATTATTTTATTCTAAAT-AA-TTTTGT
193 CTCTAACTTATAAATTTTCATAATATTAATAAAGTAATATTATTTAATTTTAAATAAACTTGTCT
* * * * ** * *
62662 ATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATTTCATAACGATTTGAAATTA-ATAA-CAG
258 AT-ACTA-AAATAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAA-TAGATAATTA-
* * * *
62725 TTC-AATTGGACATGACTATTTGAACTTG-TT-GGTAAACAATTT
319 TTCGAAAT-GTCATAACTATTTGAAC-TGATTCAGTAAACAA--T
* * *
62767 ATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTT-AGAATAATAATAAATTAGTGTTATTTTATT
1 -TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
62827 CCAAATAAAC
Statistics
Matches: 623, Mismatches: 117, Indels: 74
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
351 7 0.01
352 24 0.04
353 93 0.15
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357 7 0.01
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (359 bp):
TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCTGAA
GAGGCTACTAAGAACTAAAAAAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAA
AAAATGTTCAAATACCCATAACTATTTAAACTAATTCAACAAAAAAAATTTATCTTTTAAATCTC
TAACTTATAAATTTTCATAATATTAATAAAGTAATATTATTTAATTTTAAATAAACTTGTCTATA
CTAAAATAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCGAAA
TGTCATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAAT
Found at i:62533 original size:177 final size:176
Alignment explanation
Indices: 61694--62822 Score: 691
Period size: 181 Copynumber: 6.3 Consensus size: 176
61684 TAATTATTGT
* ** * *
61694 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTATTCTGAATA
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTA-TTTATTTTGAATA
* ** * * * * * ** *
61759 TGCTACTAAGAACTAAAAAAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATA-AA
65 AG-TTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATTATAACAATTTGAAATAGAT
* * ** * * * *** *
61823 AAATGTTC-ATATACCCTTAACTATTTAAACTAGTTCAACAAAAAAAATTTA
129 AATTGTTCGAAAT-GTCATAACTATTTGAACTAATTC--GGTAAATAA-TTA
* * * ** *
61874 TCTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTCATAATATTATTGCATTAGTATTATTTTATTTTGAA
1 T-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTA-TTTATTTTGAA
* * * * * *
61938 TAAACTTGTGTGAAC-AGAAATAATTGTTTTATGAGATAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATA
63 T-AAGTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATTATAACAATTTGAAATA
* ** * *
62002 TATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTAA
126 GATAATTGTTCGAAAT-GTCATAACTATTTGAACTAATTCGGTAAATA-ATT-A
* *
62055 CTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAAG
1 -TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTA-TTTATTTTGAAT
* *** * *
62120 AGGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTACGATAAAACAAAAG-TTCATAACGATTTGAAATAG
64 AAG-TTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATT-ATAACAATTTGAAATAG
* * * * *
62184 ATAATTGTT-GAAATGATCATAATTATTTGAAATAATTTGATAAATTGATTTAA
127 ATAATTGTTCGAAATG-TCATAACTATTTGAACTAATTCGGTAAA-T-AATT-A
* * * * *
62237 TTTTTAAATCTCTAACTTATCAAATTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTAATTTTAAATA
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTT-ATTTTGAAT-
* * * * * * * * *
62302 AACTTTTCT-ATACTAAAATAGTTGTTTTATGATAAAATAAAATATCATAACAATTTTAAATAGA
64 AAGTTGTATGA-ACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATTATAACAATTTGAAATAGA
* * *
62366 TAATTATTCGAACTGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAATT-
128 TAATTGTTCGAAATGTCATAACTATTTGAACTAATTCGGTAAATAATTA
* * * *
62414 TTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTTAAATTTTAATAAATTAGTATTATTATATTTTGAATA
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATT-TATTTTGAATA
* * * * *
62479 AGTATGTATGAACTAAAACAATTATTTTTTTACT-AAACAAAAGATTAAAACAATTTGGAATAGA
65 AGT-TGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGATTATAACAATTTGAAATAGA
* * * * * ** *
62543 TAATCGTTC-TAATAGTCTTAACTATTTAAATTGGTTCGGAAAAATACATTTA
128 TAATTGTTCGAAAT-GTCATAACTATTTGAACTAATTCGG-TAAATA-A-TTA
** * * ** * *
62595 TTTTTAAA--TC---CTTATTAATTTTCAAAATAGTAGTAAATTGGTATTATTTTATTCTAAATA
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTA-TTTATTTTGAATA
* * * * *
62655 ATTTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-TTTCATAACGATTTGAAATTA
65 A-GTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATT-ATAACAATTTGAAA-TA
** * * * ** *
62718 -ATAACAGTTC-AATTGGACATGACTATTTGAACTTGTT-GGTAAACAATTTA
126 GATAATTGTTCGAAAT-GTCATAACTATTTGAACTAATTCGGTAAATAA-TTA
* * * *
62768 TTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTT-AGAATAATAATAAATTAGTGTTATTT
1 -TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTT
62823 TATTCCAAAT
Statistics
Matches: 749, Mismatches: 157, Indels: 88
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
173 5 0.01
174 12 0.02
175 6 0.01
176 115 0.15
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182 49 0.07
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (176 bp):
TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTATTTTGAATAA
GTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATTATAACAATTTGAAATAGATAA
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Done.