Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168495.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_92, whole genome shotgun sequence
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File 1 of 2
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Indices: 1--947 Score: 955
Period size: 181 Copynumber: 5.3 Consensus size: 179
* * * * * *** *
1 GTTTAAATAATTATGATTATTTCAACAATTATCTAGTTGAAATTGCTAT-AACCTTTTGTTTTGT
1 GTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTAT
* ** *
65 CATAAAATAATT-TTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAACA
65 CATAAAACAATTGTTTT-AGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA
* *
129 TT--AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAACAATAAATCTGTTTACCTAA-TAA
128 TTCCAA-A-AATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACT-A
* * ** * * *
182 G-TT-CA-A-TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAATTTTTGTTTTGTT
1 GTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTATC
243 ATAAAACAATTGCTTTT-GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
66 ATAAAACAATTG-TTTTAGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-
* * * *
307 TTCGACAAA-TAATAAGTAAATGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCCAAACTA
128 TTCCAAAAATTAATAAGTAAA-GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTA
* * * *
359 GTTTAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGT-AACTATTTGTTTCAT
1 GTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACT-TTTGTTTTAT
* * * *
423 AATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
65 CATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
* * * * *
488 TCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGATTCTATTTACCAAAC-A
129 TCCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTA
* * * * *
539 TGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTAT
1 -GTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTAT
* * *
604 CATAAAACAATTGGTTTT-GTTCATGCAAGTTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATA
65 CATAAAACAATT-GTTTTAGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA
* *
668 TTCCAAAAATTAATAAGTATAAG-TTTAAAAAATAGAA--TGTTTTCTAAA-TA
128 TTCCAAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATA-AATCTGTTTACCAAACTA
* * * * *
718 CATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTTAAATCATTAT-AACCTTTTGTTTTG
1 -GTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTA
* * * *
782 TCATAAATCAATTGTGTCTA-TTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAAA
64 TCATAAAACAATTGT-TTTAGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
* * *
846 ATTCCAAAAATTAA-AAGGTAAAAGATTGAAAAAATAAATCTGTTTACCAAGCAA
127 ATTCCAAAAATTAATAA-GT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTA
* *
900 ATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTA
1 GTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
948 AAACAATTGT
Statistics
Matches: 646, Mismatches: 86, Indels: 68
0.81 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
176 6 0.01
177 127 0.20
178 18 0.03
179 140 0.22
180 39 0.06
181 303 0.47
182 13 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
GTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTATC
ATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTC
CAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTA
Found at i:852 original size:360 final size:361
Alignment explanation
Indices: 5--947 Score: 1094
Period size: 360 Copynumber: 2.6 Consensus size: 361
1 GTTT
* * * * * ***
5 AAATAATTATGATTATTTCAACAATTATCTAGTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-A
* * * *
70 AAT-AATT-TTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAACATT--
65 AATCAATTGTTCT-AGTTCATAAAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCC
* * * *
131 AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAACAATAAATCTGTTTACCTAATAAGTTC--A-A-TTAT
128 AA-A-AATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAT
** * * *
192 GACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAATTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGCT
191 GACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGCT
* * *
257 TTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCGACAAATAATAA
256 TTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCCAAAAATAATAA
* *
322 GTAAATGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCCAAACTAGTTT
321 GTAAATGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCCAAACTAATTC
* * * ** *
363 AAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTAA-CTATTTGTTTCATAATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCT-TTTGTTTTGTCATA
* * * * *
427 AAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
65 AATCAATTGTTCTAGTTCATAAAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCA
* * * * * *
492 AAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGATTCTATTTACCAAACATGTTCAAATAGTTATGAC
129 AAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * *
557 TATCTGAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGGTTTT
194 TATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGCTTTT
* *
622 GTTCATGCAAGTTTATTTC-AAATAAAATAATATAAATTTATTAATA-TTCCAAAAATTAATAAG
259 GTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCCAAAAA-TAATAAG
* *
685 TATAA-G-TTTAAAAAATAGA-ATGTTTTCTAAA-TACATTC
322 TA-AATGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCCAAACTA-ATTC
* *
723 AAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
*
788 ATCAATTGTGTCTA-TTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTCCA
66 ATCAATTGT-TCTAGTTCATAAAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCA
* * *
852 AAAATTAA-AAGGTAAAAG-ATTGAAAAAATAAATCTGTTTACCAAGCAAATTTAAATAGTTATG
129 AAAATTAATAA-GTAAAAGAATT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
915 ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTA
192 ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTA
948 AAACAATTGT
Statistics
Matches: 492, Mismatches: 75, Indels: 34
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
357 5 0.01
358 135 0.27
359 13 0.03
360 199 0.40
361 25 0.05
362 110 0.22
363 5 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (361 bp):
AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
ATCAATTGTTCTAGTTCATAAAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAA
AATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
TTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGCTTTTGT
TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCCAAAAATAATAAGTAAA
TGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCCAAACTAATTC
Found at i:965 original size:161 final size:161
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Indices: 785--1105 Score: 369
Period size: 161 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
775 TGTTTTGTCA
* *
785 TAAATCAATTGTGTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTC
1 TAAAACAATTGTGTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTC
* *
850 CAAAAATTAA-AAGGTAAAAGATTGAAAAAATAAA-TCTGTTTACCA-AGCAAATTTAAATAGTT
66 CAAAAATTAATAA-GTAAAAGATTGAAAAAATAAATTC-GTTTACCATA-CAAATTCAAATAGTC
* *
912 ATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCAT
128 ATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* ** ** ** * * *
946 TAAAACAATTGTTTCTATTCATTCAATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTTTTAAGATTT
1 TAAAACAATTGTGTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTC
* *** * *
1011 TAAAAATTAATAAGTCGGAGATTTAAAAAATAAATTCGTTTACCATATAAATTCAAATAGTCATG
66 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTGAAAAAATAAATTCGTTTACCATACAAATTCAAATAGTCATG
* **
1076 TCCATTTGAATTATTATCTATTTCAAATCA
131 ACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
1106 GTATGACATT
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 25, Indels: 6
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
161 127 0.96
162 5 0.04
ACGTcount: A:0.45, C:0.10, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (161 bp):
TAAAACAATTGTGTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTC
CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTGAAAAAATAAATTCGTTTACCATACAAATTCAAATAGTCATG
ACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
Found at i:1665 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 1240--6200 Score: 3179
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1230 ATCAAACCAG
* *
1240 TTCAAATCATTATGA--TGTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAAACAAGCTTA-TT
1 TTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTT
* * * * * * * * *
1302 CAGAGTATAATATTGCTAAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAATATAA
65 GA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* **** * * *
1367 ATGTGTTTGTTGAACCAGTTCAAATAGTCA--A--ATCT--AT--TTATCTAT
128 ATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * * ** * * *
1412 TTCAAATCTTTGTTACCTTTT-TTTTAGTCATAAAATAA-AATTTCAATTCATACATGCTTATTC
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTT
* * *
1475 AAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCAAAAAATTAATACA-TAAGAAATTTAAAAAAATA
65 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATA-AGTAAGAGATTT-AAAAAATA
* * * * *
1539 AATCTATTTACCAAACAAGGTCAAATAGTTATGATTATTTAAATAATTATTTAT
127 AATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* * ** * *
1593 TTAAAATAAACATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTTG
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTG
* * * *
1658 AAATAAAATAATAGTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAAGT-AGAGATTTAAAAAATAAG
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
** ** * * * * * *
1722 TCAATTTATTGAATC-AGCTT-AAATAATTATGGCCATTTAAACAATTATCTAT
129 TCTGTTTA-CCAAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
** *** * * * * *
1774 TTCAAATTGTTATGAAAATTTGTTTTCTCATAAAACAATTACTTTTA--TCATGCATGCCTT-TT
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCAGTTCATACAAG-CTTATT
* * * *
1836 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAACATTTATAAGTAAGTGATTTGAAAAAATA
64 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATA
* * * * *
1901 AATTTATTTATCAAAC-----C----AG-T-T-CCTATTTGAACAATTATCTAT
127 AATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
** * * * * * * * **
1943 TTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATTATAAAATAATTGTTTCAGTTCGTATAAGCTTATTCA
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTG
* *
2008 AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * ** * * ** **
2073 TTATTTGCCGAAGTAGTTCAAACAATTAAAACTACATGAATAATTATCTACT
130 CTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA-T
* * * **
2125 TT-AAATCATTGTGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATCGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCA
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTG
* * * * * *
2189 AAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTCCAAAATTTAATAAGTAAGTGATTTTAAAAGTGAAT
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * *
2254 CTATTTACCAAATC-AGTTAAAATAATTATGGCCATGTT-AACAATTATCTAT
130 CTGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TTGAATAATTATCTAT
* * * * * ** * *
2305 TTCAAAACATTATTACCTTTTGTTTTGTCATATAAGAATTGTATT-TGAACATTCAAGCTTATTC
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCAGTTCATACAAGCTTATTT
* * *
2369 GAAATAAAATAATACTAATTCATTAATCTTC-AAAAGT--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT
65 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * ** *
2430 CTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTAGTTCAAATAGTTATGACTAT
130 CTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAATAATTAT--CTAT
* * * * **
2484 TTGAACAATTGTAAACTTCAAATCATTGTAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTGTT
1 TT---C------AAA--TC--ATTA-TG--ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTT
* * ** * * * *
2549 CATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAACGCTAATCTAATAACATTCAAAAATTTAATAACTAAGA
50 CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAA-TTAATAAGTAAGA
* * ** * * * **
2614 GAATTAAAAAATAAATTTGTTTGTCGAACCAGTTCAAATATTTAAAACTA--T--ATCAATTATC
114 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT-AATTATC
2675 TAT
178 TAT
* * * * * * * * *
2678 TTTAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAATAGGTTTTGTTGAATTCATACTAGCTTGTT
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGT-TTCAGTTCATACAAGCTTATT
* * *
2743 TGGAATAAAATAA-AATAAATTTATTGATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATA
64 TGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
** * * * * * * *
2803 TTTATGTTTACCTAACTAGTTCAAATAATTATGACTACTTGAACAATTATATAT
127 AATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * * ** * * *
2857 TTTAAATCATTATGACATTTTG--TTGTCATAAAATAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTG
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTG
* * *
2920 AAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAATAATT
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
2981 ATGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGAATATTT-AAGTAATTATTTAT
130 CTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTAT
* ** * * * *
3032 TTCAAATCATTATGACTTTTTGTTCAGTTATAAAATAATAGTTTCTA-TTCATACAAGCATATTT
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTT
* * * * * **
3096 -AGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAACTAATAAGCAA-ACAATTTTTAAAATA
65 GA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGA-GATTTAAAAAATA
* * * * * *
3159 AATATGTTTACCGAACTAGATCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCTAT
127 AATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * * * **
3213 TTCAAAT-GTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTCA
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTG
* *
3277 AAATAAAATAAT-CTAATTTATTAATAATCCAAAAATTAATAA-TAAAGAGATTTAAAAAATGAA
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAA
* ** * * ** *
3340 TCTATTTACTGAACAAATTTAAATAACTATGACTGTTTGAATAATTATCTAT
129 TCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* * ** * *
3392 TTAAAATGGA-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATGAATTTTTTTCTA-TTCATCCAAGCTTAT
1 TTCAAAT-CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTAT
* * * * *
3455 TTCAAATGAAATAATACAAATTTGTTAATATT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
63 TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * ** ** *
3519 AAATCTATTCACCAAATAAGTTCAAATCA--TATGTTTATTTGAGCAATTATTTAT
126 AAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* ** * * * * *
3573 TTCAACTTGTTATGACTTTTTGTTTTGTAATAAAGCAATTATTTCTA-TTCATACAAGTTTATTT
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTT
* * * ** * * **
3637 GAATTAAAAATAATATTAATTTATAAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAA-AA
65 GAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
** * *
3701 A--TGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTAT
128 ATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * * *
3752 TTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTTGTAATAAAACACTTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTT
1 TTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTT
* * * * *
3817 GAAGTAAGATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATT-AAAAA-GAA
65 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
3880 TATGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGATTATCTAAATAATTATCTAT
129 TCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * * *
3932 TTCAAAACATTATGA-CATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTA-TTGATGCAAGCTTATTT
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTT
* *
3995 CAAATAAAATAAT-TTAGATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTAAAAAATAA
65 GAAATAAAATAATACTA-ATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * *
4057 ATATATTTTCTAAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGGAGAATTATCTAT
128 ATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
** * * * * ** * *
4110 TTCAAATTGTTGTGACATTTTGTTTTATCAT-AAACTAGTTGTTTCTA-TTTGTAAAAGCTTTTT
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATT
* * * * *
4173 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCAAAAAATTAATAACTAAAAAATTTAAAAAGTAA
64 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * *
4238 ATTTGTTTACCAAGCAAGTTTAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTA-CTTAT
128 ATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC-TAT
** * * ** * ** *
4291 TTCAAATTGTTATTATCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTATCTA-TTCATACAATTTTATTC
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTT
* * **
4355 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAGTATTCTAAAAATTAATAAGTTTGAGATTTAAAAAATAAA
65 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
4420 TCTATTTATCAAACAAGTCCAAATAGTTATGTCCATTTGAACT-ATTTTCTAT
129 TCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTAT
* * * ** * * * ** *
4472 TTCAAATCGTAATGACATTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTCTGCTCATGCAAAATTA-TTC
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTG
* * * ***
4536 AGAATAAAATAATACCAATCTATTATTATT--TTGA-TAACTAA-TAAGAGATTT-AAAAATGAA
66 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAA-TAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AA
* ** * * **
4596 ATCTATTTACCGAAA-TTGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATT-TAAAT
128 ATCTGTTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * * * * * * * *
4648 CTCAAATCTTTATGATC-TTT-ATTTCTCAAAAAATAATTTTTTCTG-ACAT--AAGCTTATTTG
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTG
* * * * * * * *
4708 GATTAAAATAATACAAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTAACTAAAAGATTTAAAAAATATAT
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * ** * *
4773 GTGTTTGACGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTGTTAAAACAATTATATAT
130 CTGTTT-ACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * * *
4824 TTCAAATCATTTTTAACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTA-TT
1 TTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTT
* * * ** * * *
4888 CAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAACTATTAATGAGCAAGCGATTTAAAAAAATA
65 GA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATA
* * * * * *
4953 AATTTGTTTACCATACAAGTTGAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATTTGT
127 AATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * *
5007 TT-AAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATCAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATTT
1 TTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTT
* * * * *
5071 GAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGCAAGAAATTTAAAAACTATA
65 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-A
* * ** * * * * * * *
5136 GT-TGTTTTCTGAACCACTTCGAGTAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAAT
128 ATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* ** * * * ** * *
5188 ATCAAATTGTTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAACAATTATTT-TTTATCATACAAACTTATTC
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTT
* * *
5251 G-AATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAA--AGTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAA
65 GAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * ** * * *
5312 TGTGCTTGTCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTAT
129 TCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* ** * * * * * *
5364 TTCGAATTGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTG
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTG
* * * * * *
5429 GAATAAAATAATACTAATTTATTGACATTCAAAAAATTAATGAGCATGAGATTTGAAAAAATAAA
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAA
** * *
5494 TCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAT-AGCTATTTCAACAATTATCTAT
129 TCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAATAATTATCTAT
* * * * * * * * ***
5546 TTAAAAACATTATGACCATTTATTTTGTCATAAAACAATTCTTTTAGTTTATAAAAGCTTATCCA
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTG
* * *
5611 AAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGATATTTAAAAAATAAAT
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
5676 CAG-TT--CAAATAA--TC--AT-G----G-CCATTTAAATAACTATCTAT
130 CTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* * **
5714 TTTAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTTATCATACAAGCTT-TTT
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTT
* * * *
5777 CAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTCAAGAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAAAAA
65 -GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* ** * * *
5838 AT-TGTTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTA-GA-T-TTGTGAACAATCATCTAT
128 ATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT-TGAATAATTATCTAT
* ** * * * * * * *
5888 CTCAAATTGTTATAACC-TTTGTTCTATCATAAAACACTTGTTTCTA-TTTATATAAGCTTATTC
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTT
* * * *
5951 GAAATAAAATAATAATAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAATAATTATGAGATTTAAAAAATAAA
65 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* **** * ** * *
6016 TTTGTTTGTTGAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATATGAATAATTATTTAT
129 TCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * * ** * * * * **
6068 TTCAAATTATTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTGTTAATATAAGTTTCTTCA
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTG
* * *
6133 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATGT-AGAAAAGTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAA
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
6197 TCTG
129 TCTG
6201 CTTGTAAAAC
Statistics
Matches: 3737, Mismatches: 838, Indels: 419
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
163 1 0.00
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199 3 0.00
200 45 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTG
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
TGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
Found at i:2465 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 2441--2482 Score: 84
Period size: 19 Copynumber: 2.2 Consensus size: 19
2431 TATTTACCAA
2441 ACTAGTTCAAATAGTTATG
1 ACTAGTTCAAATAGTTATG
2460 ACTAGTTCAAATAGTTATG
1 ACTAGTTCAAATAGTTATG
2479 ACTA
1 ACTA
2483 TTTGAACAAT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 23 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (19 bp):
ACTAGTTCAAATAGTTATG
Found at i:2779 original size:376 final size:376
Alignment explanation
Indices: 2122--2839 Score: 829
Period size: 376 Copynumber: 1.9 Consensus size: 376
2112 ATAATTATCT
* * * *
2122 ACTTTAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATCGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT
1 ACTTCAAATCATTGTAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATCATTTCAGTTCATACAAGCTTATT
* * * * * * * * * *
2187 CAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTCCAAAATTTAATAAGTAAGTGATTTTAAAAGTGA
66 CAAAATAAAATAAAACTAATCTAATAACATTCAAAAATTTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAA
* *** *
2252 ATCTATTTACCAAATCAGTTAAAATAATTATGGCCATGTTAACAATTATCTATTTCAAAACATTA
131 ATCTATTTACCAAACCAGTTAAAATAATTATAAACATGATAACAATTATCTATTTCAAAACATTA
* * * *
2317 TTACCTTTTGTTTTGTCATATAAGAATTGTATTTGAACATTCAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT
196 TGACCTTTTCTTTTGTCATAAAAGAATTGTATTTGAACATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT
* * *
2382 ACTAATTCATTAATCTTCAAAAGTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGT
261 AATAATTCATTAATCTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACTAGT
*
2447 TCAAATAGTTATGACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTAA
326 TCAAATAATTATGACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTAA
* ** *
2498 ACTTCAAATCATTGTAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATT
1 ACTTCAAATCATTGTAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATCATTTCAGTTCATACAAGCTTATT
* **
2563 CGAAATAAAATAACGCTAATCTAATAACATTCAAAAATTTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAA
66 CAAAATAAAATAAAACTAATCTAATAACATTCAAAAATTTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAA
* * ** * * * * * *
2628 ATTTGTTTGTCGAACCAGTTCAAATATTTA-AAAC-T-ATATCAATTATCTATTTTAAATCATTA
131 ATCTATTTACCAAACCAGTTAAAATAATTATAAACATGATAACAATTATCTATTTCAAAACATTA
* * * * * *
2690 TGACCTTTTCTTTTGTCATAAAATAGGTT-T-TGTTGAATTCATACTAGCTTGTTTGGAATAAAA
196 TGACCTTTTCTTTTGTCATAAAAGA-ATTGTAT-TTGAA--CATACAAGCTTATTCGAAATAAAA
* ** * *
2753 TAA-AATAAATTTATTGATAT-TTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATATTTATGTTTACCT
257 TAATAAT-AATTCATT-A-ATCTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCA
2816 AACTAGTTCAAATAATTATGACTA
319 AACTAGTTCAAATAATTATGACTA
2840 CTTGAACAAT
Statistics
Matches: 280, Mismatches: 55, Indels: 14
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
372 1 0.00
373 50 0.18
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377 2 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (376 bp):
ACTTCAAATCATTGTAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATCATTTCAGTTCATACAAGCTTATT
CAAAATAAAATAAAACTAATCTAATAACATTCAAAAATTTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAA
ATCTATTTACCAAACCAGTTAAAATAATTATAAACATGATAACAATTATCTATTTCAAAACATTA
TGACCTTTTCTTTTGTCATAAAAGAATTGTATTTGAACATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT
AATAATTCATTAATCTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACTAGT
TCAAATAATTATGACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTAA
Found at i:2826 original size:176 final size:174
Alignment explanation
Indices: 2527--3336 Score: 510
Period size: 175 Copynumber: 4.5 Consensus size: 174
2517 TTTTGTTCTA
* * * * * * * *** * *
2527 TCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAACGCTAATCTAATAACA
1 TCATAAAATAAATGTTTTTGTTCATATAAGCTTGTTTGAAATAAAATAATAATAATCTATTAATA
* * * * *
2592 -TTCAAAAATTTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATT-TGTTTGTCGAACCAGTTCAAATAT
66 TTTCAAAAA--T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAAT-AATTATGTTTATCAAACTAGTTCAAATAA
* * * *
2655 TTAAAACTA-T-ATCAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTCTTTTG
125 TTAAAACTACTGAACAATTATATATTTTAAATCATTATGA-CATTT-TGTTG
** * *
2705 TCATAAAATAGGT-TTTGTTGAATTCATACT-AGCTTGTTTGGAATAAAATAA-AATAAATTTAT
1 TCATAAAATAAATGTTT-TTG--TTCATA-TAAGCTTGTTTGAAATAAAATAATAAT-AATCTAT
* * * *
2767 TGATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATATTTATGTTTACCTAACTAGTTCAAATAAT
61 TAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAATTATGTTTATCAAACTAGTTCAAATAAT
**
2832 TATGACTACTTGAACAATTATATATTTTAAATCATTATGACATTTTGTTG
126 TAAAACTAC-TGAACAATTATATATTTTAAATCATTATGACATTTTGTTG
* * *
2882 TCATAAAATAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGAAATAAAGTAATACTAATCTATTAATA
1 TCATAAAATAAATGTTTTTGTTCATATAAGCTTGTTTGAAATAAAATAATAATAATCTATTAATA
* * *
2947 TTTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAATTATGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGA
66 TTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAATTATGTTTATCAAACTAGTTCAAATAATTA-AA
* * * * * *
3012 A-TATTTAAGTAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTCAG
130 ACTACTGAA-CAATTATATATTTTAAATCATTATGACATTTTGTT--G
* * * * * * * * *
3059 TTATAAAAT-AATAGTTTCTATTCATACAAGCATATTT-AGATTAAAATAATACTAATTTATTAA
1 TCATAAAATAAAT-GTTTTTGTTCATATAAGCTTGTTTGA-AATAAAATAATAATAATCTATTAA
* * * ** * * * *
3122 TATTTCAACAACTAATAAGCAAACAATTTTTAAAATAAATATGTTTACCGAACTAGATCAAATAA
64 TATTTCAAAAATTAATAAG---A-GATTTAAAAAATAATTATGTTTATCAAACTAGTTCAAATAA
* ** * * * * * * *
3187 TCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-GTTATGACCTTTTATTTTG
125 TTAAAACTA-CTGAACAATTATATATTTTAAATCATTATGA-CATTT-TGTTG
* * *** * ** * *
3239 TCATAAAAGAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT-CTAATTTATTAATA
1 TCATAAAATAAATGTTTTTGTTCATATAAGCTTGTTTGAAATAAAATAATAATAATCTATTAATA
* *
3303 ATCCAAAAATTAATAATAAAGAGATTTAAAAAAT
66 TTTCAAAAA-T--TAAT-AAGAGATTTAAAAAAT
3337 GAATCTATTT
Statistics
Matches: 508, Mismatches: 91, Indels: 65
0.77 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
174 4 0.01
175 127 0.25
176 49 0.10
177 88 0.17
178 21 0.04
179 57 0.11
180 78 0.15
181 70 0.14
182 11 0.02
183 3 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (174 bp):
TCATAAAATAAATGTTTTTGTTCATATAAGCTTGTTTGAAATAAAATAATAATAATCTATTAATA
TTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAATTATGTTTATCAAACTAGTTCAAATAATTAAAA
CTACTGAACAATTATATATTTTAAATCATTATGACATTTTGTTG
Found at i:3576 original size:360 final size:354
Alignment explanation
Indices: 1404--9966 Score: 3044
Period size: 360 Copynumber: 23.9 Consensus size: 354
1394 TCAAATCTAT
* * ** *
1404 TTATCTATTTCAAATCTT-TGTTACCTTTT-TTTTAGTCATAAAATAA-AATTTCAATTCATACA
1 TTATCTATTTCAAATGTTATG--ACCTTTTATTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * * *
1466 TGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCAAAAAATTAATACA-TAAGAAATTT
63 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA-AGTAA-AGATTT
** * ** * * *
1530 AAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGGTCAAATAGTTATGATTATTTAAATAATTATTTATTT
126 -AAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAACTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
* * * * *
1595 AAAATAAACATGACCTTTTGTTTTATCATAAA-ACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCTTATTTG
190 CAAAT-GATATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATA-ACTTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTTG
* * * * *
1658 AAATAAAATAATAGTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAAGT-AGAGATTTAAAAAATAAG
252 AAAT-AAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAAT-AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
*** * * *** * *
1722 TCAATTTATTGAATCAGCTT-AAATAATTATGGCCATTTAAACAA
314 TC--TTTACCAAATAAG-TTCAAAT-AGTATGATTATTTGAATAA
*** * * * * *
1766 TTATCTATTTCAAATTGTTATGAAAATTTGTTTTCTCATAAAACAATTACTTT-TA-TCATGCAT
1 TTATCTATTTCAAA-TGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAA
* * * * *
1829 GCCTT-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAACATTTATAAGTAAGTGATTTG
64 G-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTT-
* * * *
1893 AAAAAATAAATTTATTTA-TCAAACCAG-T----T--C-----CTATTTGAACAATTATCTATTT
126 AAAAAATAAATCTATTTACT-GAACAAGTTCAAATAACTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
* * * * * * * **
1945 CAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATTATAAAATAA-TTGTTTC-AGTTCGTATAAGCTTATTCA
190 CAAA-TGATATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAATAACTTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTTG
* * *
2008 AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
252 AAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-
* * * * * ** * **
2073 TTATTTGCCGAAGT-AGTTCAAACAATTAAAACTACATGAATAA
314 -TCTTTACC-AAATAAGTTCAAA-TAGTATGATTATTTGAATAA
* * * * *
2116 TTATCTACTTT-AAATCATTGTGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATCGTTTC-AGTTCATACA
1 TTATCTA-TTTCAAAT-GTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACA
* * * *
2179 AGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTCCAAAATTTAATAAGTAAGTGATTTT
63 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTA
* * ** * * * * *
2244 AAAAGTGAATCTATTTACCAAATC-AGTTAAAATAATTATGGCCATGTT-AACAATTATCTATTT
127 AAAAATAAATCTATTTACTGAA-CAAGTTCAAATAACTATGACTAT-TTGAATAATTATCTATTT
** * * * ** *
2307 CAAAACATTATTACCTTTTGTTTTGTCATATAAGAA-TTGTATT-TGA-ACATTCAAGCTTATTC
190 CAAATGA-TATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AATAACTTGT-TTCT-ATTCATAAAAGCTTATTT
* * *
2369 GAAATAAAATAATACTAATTCATTAATCTTCAAAAGTTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAAT
251 GAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* ** *
2430 CTATTTACCAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTAGTTCAAATAG
315 C--TTTACCAAA-TAAGTTCAAATAG-TATGATTA-TTTGAATAA
* * * *
2474 TTATGACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATCATTGTAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAAT
1 TTAT--CTATTT---CAAATG------T----T-A-TG--ACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAT
* * * * * ** * * *
2539 TATTTTTGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAACGCTAATCTAATAACATT-CAAAAATTT
47 TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA-TT
* * * * * * ** **
2603 AATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTT-GTCGAACCAGTTCAAATATTTAAAACTA--T
111 AATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAACAAGTTCAAATAACTATGACTATTT
* * * ** * **
2665 --ATCAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAATAGGTTTTGTTGAAT
174 GAAT-AATTATCTATTTCAAATGA-TATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAATAACTTGT-TTCTAT
** * * * *
2728 TCATACTAGCTTGTTTGGAATAAAATAA-AATAAATTTATTGATATTTCAAAAATTAATAAG---
235 TCATAAAAGCTTATTTGAAAT-AAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * *
2789 -AGATTTAAAAAATATTTATGTTTACCTAACT-AGTTCAAATAATTATGACTACTTGAACAA
297 AAGATTTAAAAAATA--AATCTTTACC-AAATAAGTTCAAAT-AGTATGATTATTTGAATAA
* * * * * * * * * *
2849 TTATATATTTTAAATCATTATGA-CATTT-TGTTGTCATAAAATAAATGTTTTTGTTCATATAAG
1 TTATCTATTTCAAAT-GTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG
* * ** * * *
2912 TTTGTTTGAAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AAAGATTTAAAA
65 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAA
* * * * * ** * *
2974 AATAATTATGTTTA-TCAAACTAGTTCAAATAGTTATGAATATTT-AAGTAATTATTTATTTCAA
130 AATAAATCTATTTACT-GAACAAGTTCAAATAACTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAA
* * ** * * * * *
3037 ATCATTATGACTTTTTGTTCAGTTATAAAATAA-TAGTTTCTATTCATACAAGCATATTT-AGAT
193 ATGA-TATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAATAACTTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGA-AA
* * * **
3100 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAACTAATAAGCAAACA-ATTTTTAAAATAAATAT
255 T-AAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAAT-AA-AT
* * * * *
3164 GTTTACCGAACT-AGATCAAATAATCATGACTATTTGAATAA
315 CTTTACC-AAATAAGTTCAAATAGT-ATGATTATTTGAATAA
* * *
3205 TTATCTATTTCAAATGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCAATTCATATAAGC
1 TTATCTATTTCAAATGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
*
3270 TTATTCAAAATAAAATAAT-CTAATTTATTAATAATCCAAAAATTAATAA-TAAAGAGATTTAAA
66 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-AA-AGATTTAAA
* * * * *
3333 AAATGAATCTATTTACTGAACAAATTTAAATAACTATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTAAAA
129 AAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAACTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA
* * ** *
3398 TGGATATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATGAATTTTTTTCTATTCATCCAAGCTTATTTCAAATG
194 T-GATATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAT-AACTTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAAAT-
* *
3463 AAATAATACAAATTTGTTAATATT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTAT
256 AAATAATACTAATTTATTAATATTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT-T
* **
3527 TCACCAAATAAGTTCAAATCA-TATGTTTATTTGAGCAA
318 T-ACCAAATAAGTTCAAAT-AGTATGATTATTTGAATAA
* * * * * * *
3565 TTATTTATTTCAACTTGTTATGACTTTTTGTTTTGTAATAAAGCAATTATTTCTATTCATACAAG
1 TTATCTATTTCAA-ATGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG
* ** * * * *** * **
3630 TTTATTTGAATTAAAAATAATATTAATTTATAAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTT
65 CTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAA
* * *
3695 AAAA-AAA--TGTTTACTGAACAAGTTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
128 AAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAACT-ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
* * * * *
3756 AATCATTATGACCTTTTCTTTTTGTAATAAA-ACACTTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTGAA
192 AATGA-TATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAATA-ACTTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAA
* * * * * *
3820 GTAAGATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAGA-ATATG
254 ATAA-ATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-ATAAATC
* * *
3884 TTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGATTATCTAAATAA
316 TTTACCAAATAAGTTCAAATAG-TATGATTATTTGAATAA
** * * * * *
3924 TTATCTATTTCAAAACATTATGA-CATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTGATGCAAG
1 TTATCTATTTC-AAATGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG
*
3988 CTTATTTC-AAATAAAATAAT-TTAGATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAA-ATTTAA
65 CTTA-TTCAAAATAAAATAATACTA-ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAA
* * * * ** * *
4050 AAAATAAATATATTTTCTAAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGGAGAATTATCTATTTCAA
128 AAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAACTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
* * * * * ** *
4115 ATTGTTGTGACATTTTGTTTTATCATAAACT-AGTTGTTTCTATTTGTAAAAGCTTTTTTGAAAT
193 A-TGATATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA-TAACTTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAAAT
* * * * *
4179 AAAATAATACTAATTTATTAAAATTCAAAAAATTAATAACTAAAAAATTTAAAAAGTAAATTTGT
256 -AAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA--TCT
** *
4244 TTACCAAGCAAGTTTAAATAGTTATGATTATTTGAATAA
317 TTACCAAATAAGTTCAAATAG-TATGATTATTTGAATAA
* * * *
4283 TTA-CTTATTTCAAATTGTTATTATCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTATCTATTCATACAA
1 TTATC-TATTTCAAA-TGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
** * * **
4347 TTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGTATTCTAAAAATTAATAAGTTTGAGATTTAA
64 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAA
* * ** * * *
4412 AAAATAAATCTATTTA-TCAAACAAGTCCAAATAGTTATGTCCATTTGAACT-ATTTTCTATTTC
128 AAAATAAATCTATTTACT-GAACAAGTTCAAATAACTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTC
* ** * **
4475 AAATCG-TAATGACATTTTGTTTTGTTGTAAA-ACAATTGTTTCTGCTCATGCAAAA--TTA-TT
191 AAAT-GAT-ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATA-ACTTGTTTCTATTCAT--AAAAGCTTATTT
* * * * *** *
4535 CAGAATAAAATAATACCAATCTATTATTATT--TTGA-TAACTAA-TAAGAGATTT-AAAAATGA
251 GA-AAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAA-TAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-A
* * * *
4595 AATCTATTTACCGAAAT-TGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAA
312 AATC--TTTACC-AAATAAGTTCAAATAG-TATGATTATTTGAATAA
** * * * * * * *
4641 TT-TAAATCTCAAATCTTTATGATC-TTTA-TTTCTCAAAAAATAATTTTTTCTGA--CAT--AA
1 TTATCTATTTCAAAT-GTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAA
*** * * * * *
4699 GCTTATTTGGATTAAAATAATACAAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTAACTAAAAGATTTAA
64 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAA
* * * ** * * ** * *
4764 AAAATATATGTGTTTGAC-GAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTGTTAAAACAATTATATATTTC
128 AAAATAAATCTATTT-ACTGAA-CAAGTTCAAATAACTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
* * * * * * * * *
4827 AAATCATTTTTAACTTTTTGTTTAGTCATAAA-ACAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTA-TTC
191 AAATGA--TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATA-ACTTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTTG
* * ** * * **
4889 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAACTATTAATGAGCAAGCGATTTAAAAAAATAA
252 A-AAT-AAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAA
* * * * * * *
4954 ATTTGTTTACCATACAAGTTGAAATAGATTTGACTATTTGAACAA
313 A--TCTTTACCAAATAAGTTCAAATAG-TATGATTATTTGAATAA
* * * * * * *
4999 TTATTTGTTT-AAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATCAATTGTTTCAATTCATAAAA
1 TTATCTATTTCAAA-T-GTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
* ** * * * * *
5063 ACTTATTTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGCAAGAAATTTAA
64 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAA
* * * * * * * * ** * * * *
5128 AAACTATAGT-TGTTTTCTGAACCACTTCGAGTAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATATCA
128 AAAATA-AATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAACTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
* * * * * * *
5192 AATTGTTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAA-ACAATTATTT-TTTATCATACAAA-CTTATTCGA
192 AA-TGATATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATA-ACTTGTTTCTAT-TCATA-AAAGCTTATTTGA
* * * *
5253 ATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAAGTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATG
253 A-ATAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
** ** * * *
5314 TGCTTGTCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAA
316 T--TTACCAAATAAGTTCAAATAG-TATGATTATTTGAATAA
* * * * * * * *
5356 TTATCTATTTCGAATTGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTATTTCAATTCATACAAG
1 TTATCTATTTC-AAATGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG
*** * * * * * *
5421 CTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTGACATTCAAAAAATTAATGAGCATGAGATTTGAA
65 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA-AAGATTT-AA
* ** * * *
5486 AAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAT-AGCTATTTCAACAATTATCTATTTAA
128 AAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAACTATGA-CTATTTGAATAATTATCTATTTCA
** * * * * * ***
5550 AAACATTATGACCATTTATTTTGTCATAAA-ACAATTCTTT-TAGTTTATAAAAGCTTATCCAAA
192 AATGA-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATA-ACTTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTTGAA
* * * *
5613 ATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGATATTTAAAAAATAAATCA
254 AT-AAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC-
* ** *
5678 GTT--CAAATAA--TC--AT-G---G-CCATTTAAATAA
316 TTTACCAAATAAGTTCAAATAGTATGATTATTTGAATAA
* * * * * *
5706 CTATCTATTTTAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTTATCATACAA
1 TTATCTATTTCAAAT-GTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAA
* * * *
5770 GCTTTTTCAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAG---AGATTTAAA
64 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAA
* * * * ** * * *
5832 AAAAAAAT-TGTTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTA-GA-T-TTGTGAACAATCATCTATCTCAA
129 AAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAACTATGACTATT-TGAATAATTATCTATTTCAA
* * * * * * *
5893 ATTGTTATAACC-TTTGTTCTATCATAAA-ACACTTGTTTCTATTTATATAAGCTTATTCGAAAT
193 A-TGATATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATA-ACTTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAAAT
* * * ** *
5956 AAAATAATAATAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAATAATTATGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
256 -AAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA--TCT
*** * ** * *
6021 TTGTTGAACT-AGTTCAAATAGTTAAAACTATATGAATAA
317 TT-ACCAAATAAGTTCAAATAG-TATGATTATTTGAATAA
* * * * * * * * * *
6060 TTATTTATTTCAAATTATTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTGTTAATATAAG
1 TTATCTATTTCAAA-TGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG
* * * *
6125 TTTCTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATGT--AGAAAAGTAATCAGTAAGAGATTTA
65 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TCCA-AAAATTAATAAGTAA-AGATTTA
* * * * * * * * * *
6188 AAAAGTAAATCTGCTTGTA--AAACTATTTCAAATCATTATAACCT-TTT--AT-TTTGTC-A--
127 AAAAATAAATCT-ATT-TACTGAACAAGTTCAAATAACTATGA-CTATTTGAATAATTATCTATT
* * * * * * *** *
6244 TCAAA-CA-ATTA-GTTCT-ATTTGT-AGT--AT---TT-TAT-TAGGAATAAAA---TA-ATGC
189 TCAAATGATATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAATAACTTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTG-
* * ** ** * * * ***
6293 AAATGTAATAATATTTTGAA-ACATT-ATAACCAAGAAAATTAA-AA-AAAAAAACTTAATTGAT
252 AAAT-AAATAATA--CT-AATTTATTAATATTC-A-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * *
6354 GAACCAATTT---AAAT-AGTT-AAGACTA-TATGA--A--TG-GTTA
311 AAATC--TTTACCAAATAAGTTCAA-A-TAGTATGATTATTTGAATAA
* ** * * * * * **
6391 TCTA--T-TTTAAATCGTTACGACCTTTTCTTTTGTCACAAAACAATTATTT-TGTTTGTACAAG
1 T-TATCTATTTCAAATGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG
** * * *
6452 CTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTCA-TAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAA
65 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAA
* * * * *** * * * *
6516 AACATAAATTTGTTTA-TCGAATC-ATTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATATACTTC
128 AAAATAAATCTATTTACT-GAA-CAAGTTCAAATAACTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
* * * ** * * * * *
6579 AAATCATTTTGATCTTTTGTTTAATCATAAA-ACAATTGTGTCAATTCATACAAGCTTA-TTCAT
191 AAATGA-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATA-ACTTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGA-
* *
6642 AATAAATTAATACTAATTTATTAACAGTTCAAAATTTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAATAAAT
253 AATAAA-TAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAA-
* * * *
6706 TTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATTATTATTTGAATAA
314 -TCTTTACCAAATAAGTTCAAATAG-TATGATTATTTGAATAA
* * * * * * *
6749 TTGTATATTTAAAATCATTATAACCTTTTGA-TTTGTCAT-AAACTAATTGTTT-TAGTTAACAC
1 TTATCTATTTCAAAT-GTTATGACCTTTT-ATTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTA-TTCATAC
* * * * *
6811 AAGCTTAGAT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTC-TAAATTAATAAGTAAGAAAT
62 AAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAAATTAATAAGTAA-AGAT
* * * *
6874 TTAAAAAATAAATCTATTTAC-GAA-ATTAGTTAAAATAATTAT-AGCCATTTGAATGATTATCT
124 TTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACA--AGTTCAAATAACTATGA-CTATTTGAATAATTATCT
* * * * * * * * *
6936 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTTATAAA-ACAATTATTTTTAATAATATAAGCTTAT
186 ATTTCAAATGA-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATA-ACTTGTTTCTATTCATAAAAGCTTAT
** * * * * *
7000 TCAAAATAAAATAATATTCATTGATTAATATTTCAAATATTAATAAGTAACAA-ATTTAAACAAT
249 TTGAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAAT
* * * * *
7064 AAATCTATTTACTGAACT-AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAA
311 AAATC--TTTAC-CAAATAAGTTCAAATAG-TATGATTATTTGAATAA
* * ** * * ** * * * * *
7111 TTATCAATCTCAAATTGTTAAAATC-TTTGTTTCATCATAAAATAATTATTTTTAATCATAGAAG
1 TTATCTATTTCAAA-TGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG
*** * * * *
7175 CTTATTC-GGTTAAAAATATTACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAA
65 CTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAA
* * * * * ** ** * *
7239 AAAATAAATGTGTTTGCTAAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTTAA
128 AAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAACTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
* * * * * * * * *
7304 ATTGTTAAGACCTTTTATTTAGTCATAAA-ATATTTG-TT-T-GTCTTACAAGCTTA-TT--CA-
193 A-TGATATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATA-ACTTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAAAT
* * *
7361 AAAT--T--T--TTGA--ACAT-TTGAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTGT
256 AAATAATACTAATTTATTA-ATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATC--T
* * * * * *
7417 TTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTTAACAA
317 TTACCAAATAAGTTCAAATAG-TATGATTATTTGAATAA
* * * * * * **
7456 TTATTTATATAAAATCATTATAGTGACTATTTTAACAATTATTTATGTAAAATCATTATAACCTT
1 TTATCTATTTCAAAT--GT-TA-TGAC---CTT-----TTATTT-TG-----TCA-TA-AAACAA
*
7521 TTGTTTTGATGTAAAACAATTATTTCAGTTCACAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATT
46 TTG---T--T-T----C---TA-TTCA--T-AC--AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
* * * * * * *
7586 TCTTAATATTTCAAAAATTAATAAG-CAAGAGTTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TCGAAAAAATT
92 TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAACAAGTT
* ** * * * * * * *
7649 AAAATAGTTATGACTACTTAAACAATTGTTTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTACA
155 CAAATAACTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-GATATGACCTTTTGTTTTG-T-CA
* * ** * *
7714 -AAACAA-TTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATTCTAATTTTTTAATATT
217 TAAATAACTTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTTGAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATA-T
* ** * * * ** * *
7776 TCAAAAATTAATAATTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTATTTGCTGAATCAGTTCAAATAATTAT
279 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC--TTTACCAAATAAGTTCAAAT-AGTAT
*** *
7841 GGCCATTTCAATAA
341 GATTATTTGAATAA
* * * * * * *
7855 TTATCTATTTCAAATCATTATCATCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTTA-TCATACAAG
1 TTATCTATTTCAAAT-GTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG
*** ** * ** *
7919 CTTATTTGGAATAAAATAATACTTTTTTATTAATCTTTTAAAAATTAATAAGT-AGGAGTTTAAA
65 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAGA-TTTAAA
* * ** * * *
7983 AAATAAATCTGTTTACTGAACCAGCTT-AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTGTATACTTCAA
129 AAATAAATCTATTTACTGAACAAG-TTCAAATAACTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
* * ** * * * * * * * **
8047 ATCATTATAATATTTTTTATTATGTCATAAA-ACAATTATTTTTGTTCGTACAAGCTTATACGAA
193 ATGA-TATGACCTTTTGT-TT-TGTCATAAATA-ACTTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAA
* * * * * *
8111 ATAAAATAATAC-AACTCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAATATGAATT
254 AT-AAATAATACTAA-TTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AA-A
* * * * * * * *
8175 TTTTTGCTAACCT-AGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAA
314 TCTTTACCAA-ATAAGTTCAAATAG-TATGATTATTTGAATAA
* * * * * * * *
8217 CTATCTAATTGAAATCGTTATGACATTTTGTCTTGTCA-AAAACAATT-TTCTCAATTCATACTA
1 TTATCTATTTCAAAT-GTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTT-TCTATTCATACAA
** * * *
8280 GCTTATTCGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAGTATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TT-
64 GCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTA
* * * *
8342 AAAAA-AATTCTATTTACCT-AACCAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTC
127 AAAAATAAATCTATTTA-CTGAACAAGTTCAAATAACTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
* * * * * * * *
8405 AAATCATTACGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA-ATGTTTTTGTTCATAGAAGCTTGTTCGAA
191 AAATGA-TATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAATAACTTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAA
* * *
8469 ATAAAATAATATTAATCTATTAATAATTCAAAAATTAATAA-T---AGATTTTAAAAA-AAATCT
254 AT-AAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC-
* * * *
8529 ATTTATCAAACT-AGTTCAAATAATTATGAATATTT-AAGCAA
316 -TTTACCAAA-TAAGTTCAAAT-AGTATGATTATTTGAA-TAA
* * * * * * *
8570 TTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTCTTTGTTCTCTTATAAAATAATAGTTTCTATTCATACAA
1 TTATCTATTTCAAA-TGTTATGACCT-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
* * * * *** * *
8634 GCTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTATGAATATTTTTATAATTAATAAGTAAAAAATTTAA
64 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAA
* * * * * * * *
8699 AAACTAAATGTGTTTATTGAACTAGATCAAAT-AGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTA
128 AAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAACT-ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
* * * * * * * **
8763 AATCATTATGACCTTTTGTTTTTTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGGC-TATTCAAAA
192 AATGA-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATAACTTGTTTCTATTCATA-AAAGCTTATTTGAAA
* * *
8827 TAAAATAATACT-ATGTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAAATGAATC
255 T-AAATAATACTAAT-TTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATC
* * * * * ** *
8891 TATTTACCGAACAAGTTTAGATAATTATGACCATTTGAACAA
316 --TTTACCAAATAAGTTCAAAT-AGTATGATTATTTGAATAA
* * * ** * ** *
8933 TTATCAATTTGGAAATGTTATAACCTTTTGGTTTATCATAAAATGATTTTTTCTATTCATACAAG
1 TTATCTATTT-CAAATGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG
* * * * *
8998 CTTATTTC-AAATAAAATAATACAAATTTATTAACATT-AAGAAAATTAATAAGTAAAAAATTAC
65 CTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA-AAAATTAATAAGTAAAGATTTA-
* * * * * *
9061 AAAAATAAATTTGTTTA-TCGAACAAGTTC-AA-AACGTTATAATTATTTGAATAAATATTTATT
127 AAAAATAAATCTATTTACT-GAACAAGTTCAAATAAC--TATGACTATTTGAATAATTATCTATT
* ** * * ** *
9123 TTAAATTCTTATGACTTTTTTGTTTTGTCATAAA-ACAATTGTTT-T-TGTCAATATGAGTTTA-
189 TCAAA-TGATATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAATA-ACTTGTTTCTAT-TC-ATAAAAGCTTAT
* * * ** * **
9184 TTCATATTAACATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAA-
249 TTGA-AATAA-ATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * *
9248 AAATGC-TTATCGAACAAGTTTC-AATAGTCATGACTATTTGAATAA
311 AAAT-CTTTACCAAATAAG-TTCAAATAGT-ATGATTATTTGAATAA
* * * * * * **
9293 TTATCTACTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAATTCATGTAAG
1 TTATCTATTTCAAAT-GTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG
** * * *
9358 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTATTATTCCAAAAATTAA-AGAGCAAGAGAATTAA
65 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA-AGTAA-AGATTTAA
* * * * ** * * * *
9422 AAAA-ATATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATCTGAACAATTATCTATTTGAA
128 AAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAACTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT-CA
* * * ** *
9486 AAT-ACTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAA-ACAATTGGTTT-TGTTCATGCAAGCTTATTTCAA
192 AATGA-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATA-ACTT-GTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAA
* * * *
9548 ATAAAACAATA-TAAATTTATTAATGTTTCAAAAATTAATAAGGAAAA-ATTTTAAAAATAAATC
254 AT-AAATAATACT-AATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
*** * * *
9611 TATTTTTTAAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAA
316 --TTTACCAAATA-AGTTCAAATAG-TATGATTATTTGAATAA
* * * * * ** * * *
9653 TTTTCTATTTTAAATCATTATGA-CTACTTGTTTTGTTGTAAACCAATTGTTTCTATTCAAAAAA
1 TTATCTATTTCAAAT-GTTATGACCT-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
* *
9717 CCTTATT-AAGAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCC-AAAATTAATAAGTAAAAGACTTT
64 GCTTATTCAA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-AAAGA-TTT
* * * * * ** * * *
9780 -AAAAATAAGTTTGTTTACCGAGCAAGTTCAAATAGTTGTGACTATTTGAACAATTATTTATTTC
126 AAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAACTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
* * * * * * * **
9844 AATTCGTTATGATCC-TTTGTTTTGTCATAAAATAA-TTGTTTATTTTTATATAAGTTTATTCAA
191 AAAT-GATATGA-CCTTTTGTTTTGTCAT-AAATAACTTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGA
**
9907 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAAT
253 AAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
9967 TTATTTATTT
Statistics
Matches: 6267, Mismatches: 1382, Indels: 1105
0.72 0.16 0.13
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325 2 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (354 bp):
TTATCTATTTCAAATGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAA
ATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAACTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATG
ATATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATAACTTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAATA
ATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTTTACCAAAT
AAGTTCAAATAGTATGATTATTTGAATAA
Found at i:4247 original size:539 final size:537
Alignment explanation
Indices: 1240--13032 Score: 5119
Period size: 539 Copynumber: 22.0 Consensus size: 537
1230 ATCAAACCAG
* ** * *
1240 TTCAAATCATTATGA-TGTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAAACAAGCTTA-TTC
1 TTCAAAACATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC
* * * * * * * *
1303 AGAGTATAATATTGCTAAATTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAATATAA
66 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-A--AAATTTAAAAAATAA
* * ** * * *
1367 ATGTGTTTGTTGAAC-CAGTTCAAATAGTCA--A--ATCT----ATTTATCTATTTCAAATCT-T
126 ATCTATTT-TCAAACAC-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAAT-TGT
* * * * * * * * **
1422 TGTTACCTTTT-TTTTAGTCATAAAATAA-AATTTCAATTCATACATGCTTATTCAAAATAAAAT
188 TATGACATTTTGTTTTA-TCATAAACTAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * *
1485 AATACTAATTTAGTAATATTCAAAAAATTAAT-ACATAAGAAATTTAAAAAAATAAATCTATTTA
252 AATACTAATTTAATAATATTCAAAAAATTAATAAC-TAAAAAATTT-AAAAAATAAATTTGTTTA
* * * * * * * * **
1549 CCAAACAAGGTCAAATAGTTATGATTATTTAAATAATTATTTATTTAAAATAAACATGACCTTTT
315 -CGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * *
1614 GTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAGTACTTTA
379 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * **
1679 TTAATATTTCAAAAATTGATAAAGT-AGAGATTTAAAAAATAAGTCA-ATTTATTGAATC-AGCT
444 TTAATATTCCAAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAAGAA-T-ATATTTACCGAA-CAAG-T
* *
1741 T-AAATAATTATGGCCATTTAAACAATTATCTAT
504 TCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTAT
*** ** * * * * *
1774 TTCAAATTGTTATGAAAATTTGTTTTCTCATAAAACAATTACTTT-TA-TCATGCATGCCT-TTT
1 TTCAAAACATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
* * *
1836 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAACATTTATAAGTAAGTGATTTGAAAAAATA
65 C-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AA--AATTT-AAAAAATA
* * *
1901 AATTTATTTATC-AA-AC---C----AG-T-T-CCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTT
125 AATCTATTT-TCAAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * * * * * * * **
1954 ATAACCTTTTGTTCTATTATAAAATAATTGTTTC-AGTTCGTATAAGCTTATTCAAAATAAAATA
189 ATGACATTTTGTTTTATCATAAACTAATTATTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * * * *
2018 ATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGCCG
253 ATACTAATTTAATAATATTCAAAAAATTAATAACTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTT-ACG
** * * * ** *
2083 AAGTAGTTCAAACAATTAAAACTACATGAATAATTATCTACTTT-AAATCATTGTGACCTTTTGT
317 AACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * ** *
2147 TTTATCATAAAACAATCGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATT
381 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * ** * * *
2212 AATATTCCAAAATTTAATAAGTAAGTGATTTTAAAAGTGAATCTATTTACCAAATC-AGTTAAAA
446 AATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAAGAATATATTTACCGAA-CAAGTTCAAA
* *
2276 TAATTATGGCCATGTT-AACAATTATCTAT
509 TAATTATGACTAT-TTAAACAATTATCTAT
* * * * * *
2305 TTCAAAACATTATTACCTTTTGTTTTGTCATATAAGAATTGTATT-TGA-ACATTCAAGCTTA-T
1 TTCAAAACATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCT-ATTCATACAAGCTTATT
* * * *
2367 TCGAAATAAAATAATACTAATTCATTAAT-CTTCAAAAGTTAATAAG-AGATTTAAAAAATAAAT
64 TC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAATTTAAAAAATAAAT
* * * *
2430 CTATTTACCAAACTA-GTTCAAATAGTTATGACTAGTTCAA-ATAGTTATGACTATTTGAACAAT
128 CTATTT-TCAAAC-ACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGA-A-TTAT--CTATTT-CA-AAT
* * * * *
2493 TGTAAACTTCAAATCATTGTAACCTTTTGTTCTATCATAAAAC-AATTATTTTTGTTCATACAAG
185 TG------T----T-A-TG--ACATTTTGTTTTATCAT-AAACTAATTATTTCTATTCATAAAAG
* * ** * * * *
2557 TTTATTCGAAATAAAATAACGCTAATCTAATAACATTCAAAAATTTAATAACTAAGAGAA-TTAA
235 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCAAAAAATTAATAACTAA-AAAATTTAA
* * * * *
2621 AAAATAAATTTGTTTGTCGAACCAGTTCAAATATTTAAAACTA--T--ATCAATTATCTATTTTA
299 AAAATAAATTTGTTT-ACGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAT-AATTATCTATTTCA
* * * * * * * *
2682 AATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAATAGGTTTTGTTGAATTCATACTAGCTTGTTTGGA
362 AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGT-TTCAATTCATACAAGCTTATTTGAA
* * * * *
2747 ATAAAATAA-AATAAATTTATTGATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATATTTA
425 ATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAGA-ATA
* * * * * *
2807 TGTTTACCTAACTAGTTCAAATAATTATGACTACTTGAACAATTATATAT
488 TATTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTAT
* * * * * * * * * * *
2857 TTTAAATCATTATGA-CATTT-TGTTGTCATAAAATAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTG
1 TTCAAAACATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC
* * * * * *
2920 AAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-AAGATTTAAAAAATAATTATG
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAATTTAAAAAATAAATCTA
* * **
2984 TTTATCAAACTA-GTTCAAATAGTTATGAATATTT-AAGTAATTATTTATTTCAAATCATTATGA
131 TTT-TCAAAC-ACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAG-AATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * * * * * *
3047 CTTTTTG-TTCAGTTATAAAATAA-TAGTTTCTATTCATACAAGCATATTT-AGATTAAAATAAT
193 CATTTTGTTTTA-TCATAAACTAATTA-TTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGA-AATAAAATAAT
* * * * ** *
3109 ACTAATTTATTAATATTTC-AACAACTAATAAGC-AAACAATTTTTAAAATAAATATGTTTACCG
255 ACTAATTTAATAATA-TTCAAAAAATTAATAA-CTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CG
* * * * * * *
3172 AACTAGATCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-GTTATGACCTTTTATT
317 AACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * **
3236 TTGTCATAAAAGAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT-CTAATTTATTA
382 TTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * *
3300 ATAATCCAAAAATTAATAA-TAAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACTGAACAAATTTAAAT
447 ATATTCCAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAA-GAATATATTTACCGAACAAGTTCAAAT
* * * *
3364 AACTATGACTGTTTGAATAATTATCTAT
510 AATTATGACTATTTAAACAATTATCTAT
* * ** * *
3392 TT-AAAATGGA-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATGAATTTTTTTCTATTCATCCAAGCTTAT
1 TTCAAAA--CATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * *
3455 TTCAAATGAAATAATACAAATTTGTTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
63 TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAG--AAA-ATTTAAAAAA
** * * ** * *
3518 TAAATCTATTCACCAAATAAGTTCAAATCA--TATGTTTATTTG-AGCAATTATTTATTTCAACT
123 TAAATCTATT-TTCAAACACGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAAG-AATTATCTATTTCAAAT
* * * * * *
3580 TGTTATGACTTTTTGTTTTGTAATAAAGC-AATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAATTAA
185 TGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAA-CTAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAAAT-A
* *** * * * **
3644 AAATAATATTAATTT-ATAAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAA-AAA--TGT
248 AAATAATACTAATTTAAT-AATATTCAAAAAATTAATAACTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGT
*
3705 TTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
312 TTAC-GAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
* * * * * *
3770 TTTCTTTTTGTAATAAAACACTTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTGAAGTAAGATAATACTAA
376 TTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * * *
3835 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATT-AAAAAGAATATGTTTACCGAATAAGTT
440 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAGAATATATTTACCGAACAAGTT
* * * *
3899 CAAATAGTTATGATTATCTAAATAATTATCTAT
505 CAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTAT
* * *
3932 TTCAAAACATTATGA-CATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTGATGCAAGCTTATTTC
1 TTCAAAACATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC
* * *
3996 AAATAAAATAAT-TTAGATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAATTTAAAAAATAAATA
66 AAATAAAATAATACTA-ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAAATTTAAAAAATAAATC
* *
4060 TATTTTCTAAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGGAGAATTATCTATTTCAAATTGTTGTGA
129 TATTTTC-AAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * ** *
4125 CATTTTGTTTTATCATAAACTAGTTGTTTCTATTTGTAAAAGCTTTTTTGAAATAAAATAATACT
193 CATTTTGTTTTATCATAAACTAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT
* * * *
4190 AATTTATTAAAATTCAAAAAATTAATAACTAAAAAATTTAAAAAGTAAATTTGTTTACCAAGCAA
258 AATTTAATAATATTCAAAAAATTAATAACTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACGAA-CAA
* * * ** * * **
4255 GTTTAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTA-CTTATTTCAAATTGTTATTATCTTTCATTTTGT
322 GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATC-TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * ** ** *
4319 CATAAAACAATTGTATCTATTCATACAATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGTAT
386 CATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* ** * * * * * *
4384 TCTAAAAATTAATAAGTTTGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTCCAAATAGTTA
451 TCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-GAATATATTTACCGAACAAGTTCAAATAATTA
* * * * *
4449 TGTCCATTTGAACTATTTTCTAT
515 TGACTATTTAAACAATTATCTAT
* * * ** ** * **
4472 TTCAAATCGTAATGA-CATTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTCTGCTCATGCAAAATTA-TT
1 TTCAAAACATTATGACCA-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
* * * ** * * *
4535 CAGAATAAAATAATACCAATCTATTATTATTTTGATAACTAATAAG-AGATTT-AAAAATGAAAT
65 CA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAATTTAAAAAAT-AAAT
* ** * * ** *
4598 CTATTTACCGAAA-TTGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATT-TAAATCTCAAATCT-TTA
128 CTATTT-TC-AAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAAT-TGTTA
* * * * * * *
4660 TG--ATCTTT-ATTTCTCAAAAAATAATTTTTTCTGA--CAT--AAGCTTATTTGGATTAAAATA
190 TGACAT-TTTGTTTTATCATAAACTAATTATTTCT-ATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * * * * *
4718 ATACAAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTAACTAAAAGATTTAAAAAATATATGTGTTTGACG
253 ATACTAATTTAATAATATTCAAAAAATTAATAACTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTT-ACG
* ** * * * * *
4783 AACCAA-TTCAAATAGTTA-AGACTGTTAAAACAATTATATATTTCAAATCATTTTTAACTTTTT
317 AA-CAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTT
* * * *
4846 GTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTT
379 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTT
* ** ** * * * * * *
4910 ATTAACATTTGAACTATTAATGAGCAAGCGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACC-ATACAAGTT
443 ATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAA-GAATATATTTACCGA-ACAAGTT
* * * *
4974 GAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATTTGT
505 CAAATA-ATTATGACTATTTAAACAATTATCTAT
* * * * * *
5007 TT-AAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATCAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATTT
1 TTCAAA-ACATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
* * * *
5071 GAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGCAAGAAATTTAAAAACTATA
65 CAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--A-AAATTTAAAAAATA-A
* * * * * * * * *
5136 GT-TGTTTTCTGAACCAC-TTCGAGTAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATATCAAATTGTT
126 ATCTATTTTC--AAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * *
5199 ATG--ATCTTTGTTTTCTCATAAAAC-AATTATTT-TTTATCATACAAA-CTTATTCG-AATAAA
189 ATGACAT-TTTGTTTTATCAT-AAACTAATTATTTCTAT-TCATA-AAAGCTTATTTGAAAT-AA
* * * * *
5258 AATAATACTAATTTAATAATATTC-TAAAA--AGTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGCTT
249 AATAATACTAATTTAATAATATTCAAAAAATTAATAACTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTG-TT
* * * * ** *
5319 GT-CAAACCAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAATAATTATCTATTTCGAATTGTTTTGACCT
313 -TACGAACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
* * * * *
5382 TTTGTTTAGTCATATAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAAT
376 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * * * * * *
5447 TTATTGACATTCAAAAAATTAATGAGCATGAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGT
441 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAA-GAATATATTTACCGAACAAGT
* *
5512 TCAAATAGTTAT-AGCTATTTCAACAATTATCTAT
504 TCAAATAATTATGA-CTATTTAAACAATTATCTAT
* * * * * *
5546 TTAAAAACATTATGACCATTTATTTTGTCATAAAACAATTCTTT-TAGTTTATAAAAGCTTA-TC
1 TTCAAAACATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTT
*
5609 CAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGATATTTAAAAAAT-A
65 C-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AA-A-ATTTAAAAAATAA
* * * * * * * * **
5673 A---A---T----CA-GTTCAAATAATCATGGCCATTTAAATAACTATCTATTTTAAATCATTAT
126 ATCTATTTTCAAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
* * * * * * *
5727 TACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTT-TTTATCATACAAGCTT-TTTCAAAATAAAATA
191 GACATTTTGTTTTATCAT-AAACTAATTATTTCTAT-TCATAAAAGCTTATTT-GAAATAAAATA
* * * * * * *
5789 ATGCTAATTTATTAATATTTC-AAGAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAA-AAAATTGTTTGCT
253 ATACTAATTTAATAATA-TTCAAAAAATTAATAACTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC-
* * * * * ** *
5848 GAACCAGTTCAAATAGTTA-GA-T-TTGTGAACAATCATCTATCTCAAATTGTTATAACC-TTTG
316 GAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATT-TGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * * * * *
5909 TTCTATCATAAAACACTTGTTTCTATTTATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAATTTAG
380 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * *** *
5974 TAATATTCTAAAAATTAATAATTATGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTTGAACTAGTTCAAA
445 TAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-GAATATATTTACCGAACAAGTTCAAA
* ** * * * *
6039 TAGTTAAAACTATATGAATAATTATTTAT
509 TAATTATGACTATTTAAACAATTATCTAT
** * * * * * *
6068 TTCAAATTATTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTGTTAATATAAG-TT-TCTT
1 TTCAAAACATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TT
* * * *
6131 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATGT-AGAAAAGTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTA
65 C-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAG-AA-A-ATTTAAAAAATA
* * * * * ** * **
6195 AATCTGCTTGTAAAACTA-TTTCAAATCA-TTATAACCT-TTT--A-TTTTGTC-A--TCAAACA
125 AATCT-ATTTTCAAAC-ACGTTCAAAT-AGTTATGA-CTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATT
* * * *** *** * * **
6251 ATTA-G---TTCTATTTGTAGT-AT----T--TTA--T-TAGGAATAAAATAATG---CAAATGT
186 GTTATGACATTTTGTTT-TA-TCATAAACTAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAA
* * * * * * *
6299 AATAATA-T--TTTGA-AACATT-ATAACCAA-GAA-AATTAAAAAA---AAAAACTTAATT-G-
249 AATAATACTAATTTAATAATATTCA-AA-AAATTAATAACTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGT
* * * ** * * *
6352 --ATGAACCAA-TTTAAATAGTTA-AGACTATATGAATGGTTATCTATTTTAAATCGTTACGACC
312 TTACGAA-CAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * ** ** * * *
6413 TTTTCTTTTGTCACAAAACAATTATTT-TGTTTGTACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAA
375 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * * * *
6477 TTTCA-TAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAACATA-AATTTGTTTATCGAATC-
440 TTT-ATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA-A-AGAATATATTTACCGAA-CA
* ** * * * *
6539 ATTTCAAATGGTTAAGACTA-TTAGAATAATTATATAC
501 AGTTCAAATAATTATGACTATTTA-AACAATTATCTAT
* * * * ** * *
6576 TTCAAATCATTTTGATCTTTTGTTTAATCATAAAACAATTGTGTCAATTCATACAAGCTTA-TTC
1 TTCAAAACATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC
* * * *
6640 ATAATAAATTAATACTAATTTATTAACAGTTCAAAATTTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAA
66 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AA-A-ATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * * * **
6705 TTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATTATTATTTGAATAATTGTATATTTAAAATCATTAT
127 TCTATTT-TCAAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
* * * * * * * * **
6770 AACCTTTTGATTTGTCATAAACTAATTGTTT-TAGTTAACACAAGCTTAGATGAAATAAAATAAT
191 GACATTTTGTTTTATCATAAACTAATTATTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
* **** * * * *
6834 ACTAATTTATTAATATTTTCTAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACGAA-
255 ACTAATTTAATAATATTCAAAAAATTAATAACTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACGAAC
* * * * * *
6898 ATTAGTTAAAATAATTATAGCCATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTT
320 A--AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * * ** * * *
6963 TGTTATAAAACAATTATTTTTAA-TAATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTCATTGATTA
383 TGTCATAAAACAATT-GTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * *
7027 ATATTTCAAATATTAATAAGTAACAAATTTAAACAATA-AATCTATTTACTGAACTAGTTCAAAT
447 ATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA-AA-AGAATATATTTACCGAACAAGTTCAAAT
* * * *
7091 AGTTATAACTATTTGAACAATTATCAAT
510 AATTATGACTATTTAAACAATTATCTAT
* *** ** * ** * * * * *
7119 CTCAAATTGTTAAAATC-TTTGTTTCATCATAAAATAATTATTTTTAATCATAGAAGCTTA-TTC
1 TTCAAAACATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC
*** * * *
7182 GGTTAAAAATATTACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAA
66 AAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT-AAGAA-A-ATTTAAAAAATAA
* * * ** * * *
7246 ATGTGTTTGCTAAAC-CAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTTAAATTGTT
126 ATCTATTTTC-AAACAC-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * * * * * * *
7310 AAGACCTTTT-ATTTAGTCATAAAAT-ATT-TGTT-T-GTCTTACAAGCTTA-TT----CAAAAT
189 ATGACATTTTGTTTTA-TCATAAACTAATTAT-TTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * * *
7365 --T--T--TTGAA-CAT-TT-GAAAAATTAATAAGC-AAAAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTA
252 AATACTAATTTAATAATATTCAAAAAATTAATAA-CTAAAAAATTT-AAAAAATAAATTTGTTTA
* * * * * * * *
7420 CTAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTTAACAATTATTTATATAAAATCATTATAGTGACTA
315 C-GAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-T-TA-TGAC--
* * * ** ** * *
7485 TTTTAACAATTATTTATGTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGATGTAAAACAA--TTATTTCA
374 -CTT-----TTGTTT-TG-----TCA-TA-AAACAATTGTTTCAAT-TCATACAAGCTTATTT--
* * *
7548 GTTCACAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCA
422 G------AAA---TA---AAA------TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * * * *
7613 AGAG-TTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAAAAAATTAAAATAGTTATGACTACTTAAACAATTG
469 AGAGATTTAAAAAA-GAATATATTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTA
*
7677 TTTAT
533 TCTAT
* * * *
7682 TT-AAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTACAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTA-T
1 TTCAAAA-CATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT
* * * * * *
7744 TCAAAATAAAATAATTCTAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAATTAAGTGATTTAAAAAGTG
64 TC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-GAA--AATTTAAAAAATA
* * * * * * * **
7809 AATCTATTTGCTGAATCA-GTTCAAATAATTATGGCCATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCAT
125 AATCTATTT--TCAAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATTGT
* ** * * * *
7873 TATCATC-TTTTGTTTGGTCATATAAC-AATTGTTTTTA-TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAA
188 TATGA-CATTTTGTTTTATCATA-AACTAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAA
** * * ** * ** * *
7935 TAATACTTTTTTATTAATCTTTTAAAAATTAATAAGT-AGGAGTTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
251 TAATACTAATTTAATAATATTCAAAAAATTAATAACTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
* * * * * * **
7999 TGAACCAGCTT-AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTGTATACTTCAAATCATTATAATATTTT
316 -GAACAAG-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * *** * **
8063 TTATTATGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCGTACAAGCTTATACGAAATAAAATAATAC-AACT
379 GT-TT-TGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA-T
* * * * * ** * *
8127 CTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAATATGAAT-TTTTTTGCTAACCTAGT
441 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA-AAGAATATATTTACCGAA-CAAGT
* * * * * *
8191 TCAAATAGTTAAGACTATATGAACAACTATCTAA
504 TCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTAT
* * * * * *
8225 TTGAAATCGTTATGA-CATTTTGTCTTGTCA-AAAACAATT-TTCTCAATTCATACTAGCTTA-T
1 TTCAAAACATTATGACCA-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TCTATTCATACAAGCTTATT
* * *
8286 TCGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAGTATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TT-AAAAA-
64 TC-AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AA-A-ATTTAAAAAAT
* * * * * * **
8347 AATTCTATTTACCTAAC-CAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
124 AAATCTATTT-TCAAACAC-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATTG
* * * * * * * * * * *
8411 TTACGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATGTTTTTGTTCATAGAAGCTTGTTCGAAATAAAAT
187 TTATGACATTTTGTTTTATCATAAACTAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * * * * *
8476 AATATTAATCTATTAATAATTC-AAAAATTAATAA-T---AGATTTTAAAAA-AAATCTATTTAT
252 AATACTAATTTAATAAT-ATTCAAAAAATTAATAACTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-
* * * * * **
8535 CAAACTAGTTCAAATAATTATGAA-TATTT-AAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTCT
315 CGAACAAGTTCAAATAGTTAT-AACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-T
* * * * * * *
8597 TTGTTCTCTTATAAAATAATAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-AGATTAAAATAATACTAAT
377 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAAT
* *** * * * * * ** * *
8661 TTATGAATATTTTTATAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAACTA-AATGTGTTTATTGAACTAGA
441 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA--AGAATATATTTACCGAACAAGT
* * * *
8725 TCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTAT
504 TCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTAT
* * * * * * * *
8759 TTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTTTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGGC-TA-TT
1 TTCAAAACATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA-GCTTATTT
*
8822 CAAAATAAAATAATACT-ATGTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAAA
65 C-AAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA-GAA-A-ATTT-AAAAAA
* * * * * * * * * * *
8885 TGAATCTATTTACCGAACAAGTTTAGATAATTATGACCATTTGAACAATTATCAATTTGGAAA-T
123 TAAATCTATTT-TCAAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTT-CAAATT
* * * * * * * *
8949 GTTATAACCTTTTGGTTTATCATAAAATGATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAA
186 GTTATGACATTTTGTTTTATCATAAACTAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * *
9014 TAATACAAATTTATTAACATT-AAGAAAATTAATAAGTAAAAAA-TTACAAAAATAAATTTGTTT
251 TAATACTAATTTAATAATATTCAA-AAAATTAATAACTAAAAAATTTA-AAAAATAAATTTGTTT
* * * * *
9077 ATCGAACAAGTTCAAA-ACGTTATAATTATTTGAATAAATATTTATTTTAAATTC-TTATGACTT
314 A-CGAACAAGTTCAAATA-GTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGAC-C
* ** * * * * *
9140 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT--TTGTCAATATGAGTTTA-TTCATATTAACATAATAT
375 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAAT-TC-ATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATAC
*** * * ** ** *
9202 TAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAA-AA-ATGCTTATCGAACAA
437 TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAGAATATATTTACCGAACAA
* * * * *
9265 GTTTC-AATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTAC
502 G-TTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTAT
* * * * * ** *
9301 TTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAATTCATGTAAGCTTATTTG
1 TTCAAAACATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC
* * * *
9366 AAATAAAATAATACTAATTTATTATTATTCCAAAAATTAA-AGAGCAAGAGAATTAAAAAA-ATA
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AG-AA-A-ATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * * **
9429 TATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATCTGAACAATTATCTATTTGAAAATACTAT
127 TCTATTTTC-AAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
* * * * * ** * *
9494 GACCTTTTGTTTTGTTATAAAAC-AATTGGTTT-TGTTCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAACAA
191 GACATTTTGTTTTATCAT-AAACTAATT-ATTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
* * ** * *
9557 TA-TAAATTTATTAATGTTTC-AAAAATTAATAA-GGAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTTTT
254 TACT-AATTTAATAAT-ATTCAAAAAATTAATAACTAAAAAATTTAAAAAATAAA--T-TTGTTT
* * * * *
9619 A--AACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTTTCTATTTTAAATCATTATGA-CTAC
314 ACGAACA-AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-T
** * * * * * * *
9680 TTGTTTTGTTGTAAACCAATTGTTTCTATTCAAAAAACCTTA-TTAAGAATAAAATAATGCTAAT
377 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAAT
* * * * *
9744 TTATTAATATTCC-AAAATTAATAAGTAAAAGACTTTAAAAATA-AGTTTGTTTACCGAGCAAGT
441 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAA-AGAATATATTTACCGAACAAGT
* * * *
9807 TCAAATAGTTGTGACTATTTGAACAATTATTTAT
504 TCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTAT
** * * * * * * *
9841 TTCAATTCGTTATGATCC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTATTTTTATATAAGTTTA-TT
1 TTCAAAACATTATGA-CCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
* *
9904 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATT
65 C-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA---GAAAATTTAAAAAATA
* * * * * * * ** *
9968 TATTTATTTACTAAGCAAGTTCAAATAGTCAT-ATCCATTTGAACTATTATCTATTTC-AATTCA
125 AATCTATTTTC-AAACACGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATT-G
*
10031 TTATGACA-----TTTTATCATAAA--AA--A-----A-T--T----G----TTTCAAATAAAAT
187 TTATGACATTTTGTTTTATCATAAACTAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * *** * * * * *
10071 AATACTAATTTATTACTATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGATATTTAAAAACTAAATCTCTTTACC
252 AATACTAATTTAATAATATTCAAAAAATTAATAACTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-C
* * * * * * *
10132 GAACAA-TTTAAATAGTTATAATTATTTGAATAATTATCTATCTCAATTCGTTAT-ATC-TTTAT
316 GAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * * * * * * * * * * *
10194 TCTATCCTAAAACATTTATTTCTATTAATACAAGCTTATTCGGAGTAAAATATTGCTAAATTAGT
381 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * *
10259 AATATTCTAAACATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATC-AGTTCAAA
446 AATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-GAATATATTTACCGAA-CAAGTTCAAA
* * *
10322 TAGTT-TAAACTA-TTAGAATAATTATCTAT
509 TAATTAT-GACTATTTA-AACAATTATCTAT
*** * * * * * * * *
10351 TTCAAATTGTTCTGA-CATTTTGCTTAGTTATAAAATAATTGCTT-TAGTTCATACACGTTTA-T
1 TTCAAAACATTATGACCA-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT
*
10413 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATAAGTAAGAAATT--AAAATA
64 TC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAG-AA-AATTTAAAAAATA
* * * * * * ***
10475 AATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCACT
125 AATCTATTT-TCAAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * *
10540 ATGACCTTTTATTTTATCATAAAAC-AATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAAT
189 ATGACATTTTGTTTTATCAT-AAACTAATTATTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * * * * * * * *
10603 AATATTACTTTATTAAAATT-ATAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAACATAAATTAGTTTAC
252 AATACTAATTTAATAATATTCA-AAAAATTAATAACTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
* * * * *
10667 CAA-ATCAGTTCAAATAGTTATAACCATTT-AAGCAATTATCTATTTCAAATCATTATTAAC-TT
316 GAACA--AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * ** * **
10729 TATTTTGTCATAAAACAATTATTTGTC-A-TCATATGAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
378 TGTTTTGTCATAAAACAATT-GTT-TCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * * *
10792 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGACATTTAATAATA-AATTTA-TTATCGAACTAGTT
441 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA-AAAAGAATATATTTACCGAACAAGTT
* * * *
10855 CAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATATAT
505 CAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTAT
* *** * ** * * * * * *
10888 TTTAAATTGTTATAACTTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTCTGTTTATACAAGCTTA-TTC
1 TTCAAAACATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC
* * *
10952 GAAATAAAATAATACTAATGTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGAAATTTAAAAAA-AA
66 -AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA--GA-AAATTTAAAAAATAA
* * * * * * * * *
11015 AT-TATTTACTGAAC-CATTTCAAATAGCTAAGACTATATGAACAATTCTTTA-TTCAAATTGTT
126 ATCTATTTTC-AAACAC-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * * * * * * *
11077 ATGACCTTTTGTTTTGTCGTAAAATAATTTTTTTCAATTCTTACTAA-CTTATTTGAAATAAAAT
189 ATGACATTTTGTTTTATCATAAACTAA-TTATTTCTATTCATA-AAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * * * * * *
11141 AAAACAAATTTATTACTATTTC-AAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTGTTTG
252 AATACTAATTTAATAATA-TTCAAAAAATTAATAACTAAAAAATTTAAAAAATAAATT-TGTTT-
** * * * * * * ** * *
11204 TTGAACCAGTTCAAATAATTATATCTATTTCAACAATTATCTTTTTCAAATTGTTGTGACCTTTC
314 ACGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* ** * ** * ** **
11269 GTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATTCATATAAATTTGTTCAAAATAAAATAATACTAAGATA
379 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
** * * * * * * *
11334 TTAATATTTTAAAAATTAATAAG--ATA-TTTTAAAAATA-AATCTGTTTATCAAACTAGTTCAA
444 TTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-AGAATATATTTACCGAACAAGTTCAA
* * * *
11395 ATAGTTATGATTATTTAAGCAATTATATAT
508 ATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTAT
* *** * ** * * * * * *
11425 TTTAAATTGTTATAACTTTTTGTTCTATTATAAAATAATAGTTTCTATTCATATAAGCTTA-TTC
1 TTCAAAACATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC
* * ** * *
11489 AGATCAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTTAAAATTTTAAAAATAAAT
66 AAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AAAATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * **
11554 ATGTTTACCAAACTA-GATCAAACAGTCATGACTATTTGAATAAGTATCTATTTCAAATCATTAT
128 CTATTT-TCAAAC-ACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
* ** * * *
11618 GATC-TATTGTTTTATCATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGGTTATTTGAAATAAAATAAT
191 GA-CATTTTGTTTTATCATAAACTAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
* ** * * * * * * *
11682 ACT-ATTATATTAATATTCTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATCAA
255 ACTAATT-TAATAATATTCAAAAAATTAATAACTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CGA
* * * * ** *** * *
11746 ATAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTAT-TGATTTGGAATTGCTATAACCTTTTGGT
318 ACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
** * * * * * * *
11810 TTGTCATAAAATGATTATTT-ATGTTCATACAAGCTTTTTTCAGATAAAATAATACAAATTTATG
382 TTGTCATAAAACAATTGTTTCA-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * * *
11874 AATATT--AAGACAAGTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTA-TGAAATAAGTTTA
446 AATATTCCAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-GAATATATTTACCG-AACAAGTTCA
** * * * * *
11936 AATTGTTGTGACTGTTTGAATAATTATTTAT
507 AATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTAT
* ** * * *
11967 TTCAAATTC-TTATGACTTTTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTATTTCTATCCATACAAGCTTAT
1 TTCAAA-ACATTATGAC--CATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * * ** * *
12031 TT-AGATTAAAATAATATTAATCTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAT
63 TTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AAA-ATTTAAAAAAT
* * ** * * * * * ***
12095 ATATGT-TTACCAAACAAGTTAAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTACTTCAAACCATT
124 AAATCTATTTTCAAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * * * * **
12159 GTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAAC-AATTATTTCAATTCATGTAAGCTTATTTGAAATAAAATA
189 ATGACATTTTGTTTTATCAT-AAACTAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * ** * * * * *
12223 ATTCTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAA-AGAGTAAGAGAATTAAAAAAAATAAATCTATTTA
253 ATACTAATTTAATAATATTCAAAAAATTAATA-ACTAA-AAAATT-TAAAAAATAAATTTGTTTA
* * * * * *
12287 CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTT
315 -CGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * *
12352 GTTTTGTCATAAAACAATTAG-TTCTATTCATGCAAGCTTATTTCAAGTAAAATAATA-TAAATT
379 GTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATT
* * * * * ***
12415 TATTACTGTTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTAAAAAAATAAATATATTTTTTGAACACA-TT
442 TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-GAATATATTTACCGAACA-AGTT
* *
12478 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
505 CAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTAT
* * * * * * * * * * * *
12511 TTTAAATCATTATAACCATTTTTTTTATCATAAACCAATTGTTTTTGTTGAAAAAACCTTA-TTC
1 TTCAAAACATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC
* * *
12575 AAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATAGTTC-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAA
66 -AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AAA-ATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * **
12639 TTTGTTTATCGAGCGA-GTTTAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTA
127 TCTATTT-TCAAAC-ACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATTGTTA
* * * * * * * *
12703 TCATC-TTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATCCATACAAGTTTACTTGGAATAAAATA
190 TGA-CATTTTGTTTTATCAT-AAACTAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* ** * ** * * *
12766 ATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAA-AATGTTGAAGATTTAAAAAA-AAATATATTTACT
253 ATACTAATTTAATAATATTCAAAAAATTAATAA-CTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC-
* ** * * * **
12829 GAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATATTTTGT
316 GAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * ** * *
12894 TTTATCGTAAAATAATTGTTT-ATATTCATATAAAATTA-TTCACAATAAAATATTACTAATTTA
381 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-ATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * *
12957 TTACTATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTACAAACTA-AATCTCTTTACCGAACCAGTTCA
444 TTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA-AAA-AAGAATATATTTACCGAACAAGTTCA
*
13017 AATAGTTATGACTATT
507 AATAATTATGACTATT
13033 GAAATATTAA
Statistics
Matches: 8746, Mismatches: 1869, Indels: 1285
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
506 14 0.00
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TTTGTTTTATCATAAACTAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
TTAATAATATTCAAAAAATTAATAACTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACGAACAAGTTC
AAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
AACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA
AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAGAATATATTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATGACTA
TTTAAACAATTATCTAT
Found at i:6145 original size:178 final size:168
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5062 AACTTATTTG
* * * * *
5072 AAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGCAAGAAATTTAAAAACTATAG
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* * * * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * *** * * *
5380 CTTTTGTTTAGTCATATAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGA
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* * * * *
5431 ATAA-AATAATACTAATTTATTGACA-TTCAAAAAATTAATGAGCATGAGATTTGAAAAAATAAA
1 A-AATAA-AATAATAATTTAGTAATATTTC-AAAAATTAAT-A--A-GAGATTT-AAAAAAAAAA
* * * * * * * **
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58 T-TGTTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTA-A-ATATATGAATAATTATCTATTTCAAATTATTAT
* * * * * *
5559 GACCATTTATTTTGTCATAAAACAATTCTTTTAGTTT-ATAAAAGCTTATCCA
120 AACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTT-TTTTAATATAAG-TTTTTCA
* *
5611 AAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGATATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATA--A-TTTAGTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AG--ATTTAAAAAAAAAAT
* ** * *** * * * * *
5676 CAG-TT-C--AAATA-ATC--AT-G-GCCAT-T-TAAATAACTATCTATTTTAAATCATTATTAC
59 -TGTTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTAAATATATGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATAAC
* * *
5730 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTATCATACAAGCTTTTTCA
123 C-TTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTTTTAATATAAG-TTTTTCA
* *
5779 AAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAGAGATTTAAAAAAAAAATTGTT
1 AAATAAAATAA---TAATTTAGTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAAAAATTGTT
* * * * * * *
5844 TGCTGAACCAGTTCAAATAGTTAGATTTGTGAACAATCATCTATCTCAAATTGTTATAACCTTTG
63 TGCTGAACCAGTTCAAATAGTTAAATATATGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTG
* * * * *
5909 TTCTATCATAAAACACTTGTTTCTATTT-ATATAAGCTTATTCGA
128 TTTTGTCATAAAACAATT-TTT-TTTTTAATATAAG-TTTTTC-A
* *
5953 AATAAAATAATAATAATTTAGTAATA-TTCTAAAAATTAATAATTATGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AA-ATAA-AATAATAATTTAGTAATATTTC-AAAAATTAAT-A--A-GAGATTTAAAAAA-AAAA
* * *
6017 TTGTTTGTTGAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATATGAATAATTATTTATTTCAAATTATTATA
58 TTGTTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTT-AAA-TATATGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATA
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AAATAAAATAATAATTTAGTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAAAAATTGTTTGC
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TGTCATAAAACAATTTTTTTTTTAATATAAGTTTTTCA
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*
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6354 GAACCAATTT
* * ** * * * * *
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* * ** ** *
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* * * * *
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* * * * * * * **
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * *
6609 AACAATTGTGTCAATTCATACAAGCTTATTCATAATAAATTAATACTAATTTATTAACAGTTCAA
66 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * * *
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* * * * * * *
6725 AAATAGTTATTATTATTTGAATAATTGTATATTTAAAATCATTATAACCTTTTGATTTGTCAT-A
1 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * *
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66 AAC-AATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT
* * * *
6852 TC-TAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-GAA-ATTAGTTA
127 TCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTT-AAAAATAAATCTGTTTACTGAACA--AGTTC
* * * * *
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1 AAATAGTTATGA-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * ** ** * **
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * *** * *
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66 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-
* * * * * * *
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129 AAAAATTAATAAGTAAAAAATTT-AAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTC
** * * ** * * *
7267 AAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTAAGACCTTTTATTTAGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * *
7332 AATATTTG-TT-T-GTCTTACAAGCTTATTC--------A-AA-A-T--TTT-TGAACATTTGAA
66 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * *
7380 AAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTT
131 AAATTAATAAGTAAAAAATTT--AAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTC
* * * * * * *
7432 AAATAGTTATGACTATTTTAACAATTATTTATATAAAATCATTATAGTGACTATTTTAACAATTA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-T-TA-TGAC---CTT-----TTG
* ** * * ** *
7497 TTTATGTAAAATCATTATAACCTTTTGTTT-TGATGTAAAACAA--TTATTTCAGTTCACAAAAG
55 TTT-TG-----TCA-TA-AAACAATTGTTTCT-AT-TCATACAAGCTTA-TTCA--AAATAAAA-
* * ** * * * *** ** * * ** **
7559 CTTAT-CCAAAATA-AAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAA-TTAATAAGCAA-GAGTTT
106 -TAATACTAATTTATTAATATTTC-AA-AAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAATAAATCTGTTT
*** *
7620 AAAAAATAAATTTGTTTATC
168 ACTGAA-CAA---G--T-TC
* * * * * * * * *
7640 GAAAAAATTAAAATAGTTATGACTACTTAAACAATTGTTTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGT
1 -AAATAGTT---AT-G--A---CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * *
7705 TTTGTTACAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATTCTAATTTTT
56 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* *** * * *
7769 TAATATTTCAAAAATTAATAATTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTATTTGCTGAATC-AGTTC
120 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAA-TAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTC
* * * * * * * *
7831 AAATAATTATGGCCATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATCATCTTTTGTTTGGTCATAT
1 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* *** ** * *
7896 AACAATTGTTTTTA-TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTTTTTTATTAATCTTTTAA
66 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
** * *
7960 AAATTAATAAGT-AGGAGTTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGCTT-
131 AAATTAATAAGTAAAAAATTT-AAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAG-TTC
* * * * ** *
8010 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTGTATACTTCAAATCATTATAATATTTTTTATTATGTCAT
1 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT-TT-TGTCAT
* * * * * * * * *
8075 AAAACAATTATTTTTGTTCGTACAAGCTTATACGAAATAAAATAATAC-AACTCTAATAATATTC
64 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTT
* * * * * * * *
8139 CAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAATATGAATTTTTTTGCT-AACCTAGTTC
128 CAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAA-ATAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTC
* * * * * * * * *
8193 AAATAGTTAAGACTATATGAACAACTATCTAATTGAAATCGTTATGACATTTTGTCTTGTCA-AA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * ** * *
8257 AACAATT-TTCTCAATTCATACTAGCTTATTCGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAGTATTTC
66 AACAATTGTT-TCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC
* * * * *
8320 AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTAAAAA-AATTCTATTTACCT-AACCAGTTC
129 AAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAACAAGTTC
* * *
8370 AAATAATTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTACGACCTTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * * * * *
8435 AATAAATGTTTTTGTTCATAGAAGCTTGTTCGAAATAAAATAATATTAATCTATTAATAATTCAA
66 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * * *
8500 AAATTAATAA-T--AGATTTTAAAAA-AAATCTATTTA-TCAAACTAGTTC
131 AAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTC
* * * * ** * * *
8546 AAATAATTATGAATATTT-AAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTCTTTGTTCTCTTAT
1 AAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCAT
* * * * * * *
8609 AAAATAATAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTATGAATATTTT
64 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * * * *
8674 TATAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAACTAAATGTGTTTATTGAACTAGATC
129 AAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAA-TAAATCTGTTTACTGAACAAGTTC
* * *
8727 AAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTTTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * *
8792 AAAAATTATTTCAATTCATATAAGGC-TATTCAAAATAAAATAATACT-ATGTTATTAATA-TTC
66 AACAATTGTTTCTATTCATACAA-GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTC
* * * * * * *
8854 TAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAAATGAATCTATTTACCGAACAAGTTT
129 -AAAAATTAATAAGTAAAAAATTT--AAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTC
* * * * * * * * * *
8909 AGATAATTATGACCATTTGAACAATTATCAATTTGGAAAT-GTTATAACCTTTTGGTTTATCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT-CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
** * * * *
8973 AAATGATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACAAATTTATTAACA-TTA
65 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* *
9036 AGAAAATTAATAAGTAAAAAATTACAAAAATAAATTTGTTTA-TCGAACAAGTTC
129 A-AAAATTAATAAGTAAAAAATT-TAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTC
* * * * * *
9090 AAA-ACGTTATAATTATTTGAATAAATATTTATTTTAAATTC-TTATGACTTTTTTGTTTTGTCA
1 AAATA-GTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGAC-CTTTTGTTTTGTCA
** * * * * *
9153 TAAAACAATTGTTT-T-TGTCAATATGAGTTTATTCATATTAACATAATATTAATTTATTAATAT
63 TAAAACAATTGTTTCTAT-TC-ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
** * * * *
9216 TTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAA-AAA--TGCTTA-TCGAACAAGTTTC
126 TTCAAAAATTAATAAGTAAAA-AATTTAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAG-TTC
* * * *
9270 -AATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTACTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* ** ** * *
9334 AACAATTGTTTCAATTCATGTAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTATTATTCCAA
66 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * *
9399 AAATTAA-AGAGCAAGAGAA-TTAAAAA-AATATATGTTTACTAAACAAGTTC
131 AAATTAATA-AGTAA-AAAATTTAAAAATAA-ATCTGTTTACTGAACAAGTTC
* * * * * *
9449 AAATAGTTATTACTATCTGAACAATTATCTATTTGAAAAT-ACTATGACCTTTTGTTTTGTTATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT-CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * *
9513 AAACAATTGGTTT-TGTTCATGCAAGCTTATTTC-AAATAAAACAATA-TAAATTTATTAATGTT
65 AAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT
* * * ** *
9575 TCAAAAATTAATAAGGAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTTTTAAACACA-TTC
127 TCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAATAAATCTGTTTACTGAACA-AGTTC
* * * * **
9629 AAATAGTTATGACTATTTAAATAATTTTCTATTTTAAATCATTATGA-CTACTTGTTTTGTTGTA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATA
* * * * *
9693 AACCAATTGTTTCTATTCAAAAAACCTTATT-AAGAATAAAATAATGCTAATTTATTAATA-TTC
65 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * * * *
9756 CAAAATTAATAAGTAAAAGACTTTAAAAATAAGTTTGTTTACCGAGCAAGTTC
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* * * * *
9809 AAATAGTTGTGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAATTCGTTATGATCC-TTTGTTTTGTCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * *
9873 AAATAATTGTTTATTTTTATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCT
65 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-
** * ** * *
9937 AAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTTATTTATTTACT-AAGCAAGTTC
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* * * *
9990 AAATAGTCAT-ATCCATTTGAACT-ATTATCTATTTCAATTCATTATGACATTTT
1 AAATAGTTATGA-CTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
10043 ATCATAAAAA
Statistics
Matches: 2688, Mismatches: 623, Indels: 375
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Matches are distributed among these distances:
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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*** ** * *
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* * * *
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* * * * * ** *
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* * * * * * * *
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* ** * *
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* * * * * * * *
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1 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * ** * *
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* * * *
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126 ATAAGTTAA-AGATTTAAAAATAATT-TGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * *
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1 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-
* * * * * *
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* * * * * * *
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128 AAGTTAAAGA-TTTAAAAATAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * ** * * * * *
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1 TGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * * * *
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64 TTT-TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT
* * * ** * * *
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128 AAGTTAAAGATTTAAAAA-T-AATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * *
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1 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* *
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* * * * *
8864 TAA-TTAAGAGATTTAAAAAAATGAATCTATTTACCGAACAAGTTTAGATAATTA
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* * * * * * * ** *
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1 TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-CAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * *
8982 TTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACAAATTTATTAACATT-AAGAAAATTA
64 TTT-TATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA-AAAATTA
* * * *
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126 ATAAGTTAAAGATT-TAAAAAT-AATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATA-GTTA
* * * * * * *
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1 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGAC--CTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
** * * * * * * * *
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63 GTTTTAT-TC-ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTA
* * * *
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126 ATAAGTTAAAGA--TTTAAAAATAATTTGTTTACCGAACAAG-TTCAAATAGTTA
* * * *
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1 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* ** ** * *
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65 TT-TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
* * **
9407 GAG-CAAGAGAATTAAAAA-AATATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTA
129 -AGTTAA-AGATTTAAAAATAAT-T-TGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * *
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1 TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-CAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATT-
* * * *
9522 GTTTTGTTCATGCAAGCTTATTTC-AAATAAAACAATA-TAAATTTATTAATGTT-TCAAAAATT
63 GTTTTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCT-AAAAATT
* * * * ****
9584 AATAAG-GAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTTTTAAACACA-TTCAAATAGTTA
125 AATAAGTTAAAGA-TTTAAAAAT-AATTTGTTTACCGAACA-AGTTCAAATAGTTA
* * * * ** *
9638 TGACTATTTAAATAATTTTCTATTTTAAATCATTATGA-CTACTTGTTTTGTTGTAAACCAATTG
1 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT--TTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * *
9702 TTTCTATTCAAAAAACCTTATT-AAGAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTC-CAAAATTAA
64 TTT-TATTCATACAAGCTTATTCAA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAA
* * *
9765 TAAGTAAAAGACTTTAAAAATAAGTTTGTTTACCGAGCAAGTTCAAATAGTTG
127 TAAGTTAAAGA-TTTAAAAATAA-TTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * *
9818 TGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAATTCGTTATGATCCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT
1 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * *
9883 TTATTTTTATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
65 TT-TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
* * * * *
9948 AGTTGAAGATTTAAAAAATTTATTTATTTA-CTAAGCAAGTTCAAATAGTCA
129 AGTTAAAGATTT-AAAAA-TAATTTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTA
* * *
9999 T-ATCCATTTGAACTATTATCTATTTCAATTCATTATGAC
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10038 ATTTTATCAT
Statistics
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TTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
TTAAAGATTTAAAAATAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTA
Found at i:10178 original size:151 final size:154
Alignment explanation
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9896 AGTTTATTCA
**
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* * *
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* * * * *
10062 AAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTTGAAAATTAATAA-G-ATATTTAAAAACTAAATCT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATGAAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * *
10125 CTTTACCGAA-CAA-TTTAAATAGTTATAAT-TATTTGAA-TAATTATCTATCTCAATTCGTTAT
66 ATTTA-CGAAGCAAGTTCAAATAGTCAT-ATCCATTTGAACT-ATTATCTATCTCAATTCATTAT
10186 ATCTTTATTC
Statistics
Matches: 106, Mismatches: 15, Indels: 11
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Matches are distributed among these distances:
150 1 0.01
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Consensus pattern (154 bp):
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ATTTACGAAGCAAGTTCAAATAGTCATATCCATTTGAACTATTATCTATCTCAATTCATTATGAC
ATTTTATCATAAAAAAATTGTTTC
Found at i:10797 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 10062--13032 Score: 1918
Period size: 180 Copynumber: 16.6 Consensus size: 178
10052 AAATTGTTTC
* * *
10062 AAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGATATTTAAAAACTAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAAT
* * * * * * * * *
10123 CT-CTTTACCGAACAA-TTTAAATAGTTATAATTATTTGAATAATTATCTATCTCAATTCGTTAT
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* * * * * * * *
10186 -ATCTTTATTCTATCCTAAAACATTTA-TTTCTATTAATACAAGCTTATTCG
128 GAACTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTC-ATTCATATAAGCTTATTCG
* * * * * * *
10236 GAGTAAAATATTGCTAAATTAGTAATATTCTAAACATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAA-
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAAT
* * * **
10299 TATGTTTACCAAATC-AGTTCAAATAGTT-TAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
64 TA-GTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * * * ** * * *
10362 CTGACATTTTGCTTAGTTATAAAATAATTGCTTT-AGTTCATACACGTTTATTCG
126 ATGA-ACTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTCA-TTCATATAAGCTTATTCG
*
10416 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAGA-AATT-AAAATAAATC
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAAT-
* * * * *
10479 TA-TTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCACTATG
64 TAGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * *
10543 ACCTTTTATTTTATCATAAAACAATT-GTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTTG
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* * * *
10594 AAATAAAATAATATTACTTTATTAAAATTATAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAACATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA-ATAAAT
* *
10659 TAGTTTACCAAATC-AGTTCAAATAGTTATAACCATTT-AAGCAATTATCTATTTCAAATCATTA
64 TAGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * *
10722 TTAACTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTGTCA-TCATATGAGCCTATTCA
127 TGAACTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TCATTCATATAAGCTTATTCG
* * *
10774 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGACATTTAATAATAAATT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATT
* * * * * * **
10839 --TATTATCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATATATTTTAAATTGTTAT-
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* * * * * *
10901 AACTTTTTGTTCTATCATAAAATAATTA-TTTCTGTTTATACAAGCTTATTCG
129 AAC--TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTC-ATTCATATAAGCTTATTCG
* * * * *
10953 AAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAAATTTAAAAAAAAATT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATT
** * * * * * * * **
11018 A-TTTACTGAACCATTTCAAATAGCTAAGACTATATGAACAATTCTTTA-TTCAAATTGTTATGA
65 AGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * * *
11081 CCTTTTGTTTTGTCGTAAAATAATTTTTTTCAATTCTTACTAA-CTTATTTG
130 AC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTC-ATTCATA-TAAGCTTATTCG
* * * *
11132 AAATAAAATAAAACAAATTTATTACTATTTCAAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATA-AAT
* **** * * * * ** *
11196 TCTGTTTGTTGAACCAGTTCAAATAATTAT-ATCTATTTCAACAATTATCTTTTTCAAATTGTTG
64 T-AGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * ** * *
11260 TGACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATTCATATAAATTTGTTCA
127 TGAACTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTATTTTCATTCATATAAGCTTATTCG
** * *
11313 AAATAAAATAATACTAAGATATTAATATTTTAAAAATTAATAAG--ATA-TTTTAAAAATAAATC
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAAT-
* * * * * **
11375 T-GTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGATTATTT-AAGCAATTATATATTTTAAATTGTTAT
64 TAGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * *
11438 -AACTTTTTGTTCTATTATAAAATAA-TAGTTTCTATTCATATAAGCTTATTC-
128 GAAC--TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTC-ATTCATATAAGCTTATTCG
* * * *
11489 AGATCAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTTAA-A-ATTTTAAAAATAA
1 AAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAG-TAAGAGA-TTTAAAAATAA
* * * * * *
11552 A-TATGTTTACCAAACTAGATCAAACAGTCATGACTATTTGAATAAGTATCTATTTCAAATCATT
62 ATTA-GTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * *
11616 ATGATCTATTGTTTTATCATAAAAAAATTA-TTTCAATTCATATAAGGTTATTTG
126 ATGAACT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTC-ATTCATATAAGCTTATTCG
* * *
11670 AAATAAAATAATACT-ATTATATTAATATTCTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAA
1 AAATAAAATAATACTAATT-TATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAA
* * * * * ** ***
11734 TCTA-TTTATCAAATAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTAT-TGATTTGGAATTGCT
63 T-TAGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATT
* ** * * *
11797 AT-AACCTTTTGGTTTGTCATAAAATGATTATTTAT-GTTCATACAAGCTTTTTTC-
126 ATGAA-C-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TCATTCATATAAGC-TTATTCG
* * * * * *
11851 AGATAAAATAATACAAATTTATGAATA-TTAAGACAAGTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAA
* ** * * * * * * *
11915 TTTGTTTATGAAATAAGTTTAAATTGTTGTGACTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAATTC-TTA
63 TTAGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTA
* * * *
11979 TG-ACTTTTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTA-TTTCTATCCATACAAGCTTATT-T
127 TGAAC----TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTC-ATTCATATAAGCTTATTCG
* * * * * * *
12033 AGATTAAAATAATATTAATCTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATATA
1 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAATAAA
* * * * * *
12098 -T-GTTTACCAAACAAGTTAAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTACTTCAAACCATTGT
63 TTAGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * *
12161 GACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTA-TTTCAATTCATGTAAGCTTATTTG
128 GAAC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTC-ATTCATATAAGCTTATTCG
* *
12213 AAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAA-AGAGTAAGAGAATTAAAAAAAATA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATA-AGTAAGAG-ATT--TAAAAATA
* * *
12277 AATCTA-TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACAT
61 AAT-TAGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * **
12341 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-GTTCTATTCATGCAAGCTTATTTC-
125 TATGAAC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTC-ATTCATATAAGCTTA-TTCG
* * * * * *
12396 AAGTAAAATAATA-TAAATTTATTACTGTTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTAAAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATT-TAAAAATAAA
**** *
12459 TATA-TTTTTTGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATT
63 T-TAGTTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * ** * * * * *
12522 AT-AACCATTTTTTTTATCATAAACCAATTGTTTTTGTTGAAAAAACCTTATTCA
126 ATGAA-C-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTCATTCATATAAGCTTATTCG
* * * *
12576 AAATAAAATAATACTAAGTTATTAATAGTTCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAATAAATT
* * * * * * * * * *
12641 TGTTTATCGAGCGAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATCA
65 AGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * *
12706 TCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATCCATACAAGTTTACTT-G
130 AC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTC-ATTCATATAAGCTTA-TTCG
* * *
12756 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAA-AATGT-TGAAGATTTAAAAAAAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAA-GTAAG-AGATTTAAAAATAAA
** * * * *
12819 TATA-TTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
63 T-TAGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * * **
12883 TGATATTTTGTTTTATCGTAAAATAATTGTTTAT-ATTCATATAAAATTATTC-
127 TGA-ACTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TCATTCATATAAGCTTATTCG
* * *
12935 ACAATAAAATATTACTAATTTATTACTATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTACAAACTAAA
1 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA-AAAATAAA
* * *
12996 TCT-CTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATT
63 T-TAGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
13033 GAAATATTAA
Statistics
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AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATTA
GTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA
CTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTCATTCATATAAGCTTATTCG
Found at i:13839 original size:181 final size:181
Alignment explanation
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13021 GTTATGACTA
* * * * *
13031 TTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTT-GGAATAAGTTTGTATGAACAGAAATAATTG
1 TTGAAATATTAATAAA-TTAGAATTATTTTATTTCAG-ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
* * *
13094 TTTTATGAAAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAAT-AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
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** * *
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* * * * *
13212 TTGGAATATTAGTAAATTA-ATATTATTTTATTTC-GAATAAGCCTATATG-A-AGTAATCAATT
1 TTGAAATATTAATAAATTAGA-ATTATTTTATTTCAG-ATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATT
* ** * * * *
13273 GTTTTTTGATGAAACAAAAGGCCATAACGATTTGAAAT-AGATAATT-ATCAAATAGTTATGACT
63 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAG-TAATTGTTCAAATAGTCATAACT
*** * *
13336 ATTT-AATCTTGTTTGGT-AA-ACATAT-TTTTTTAACATCT-TTACTTATT-A-TT
127 ATTTGAA-CTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAA-ATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * * * * * *
13386 GTCAAATA-T--T-AA-TA-AATTATTTTAATCCAAATAAACTTGAATGAACAAAAACAATTATT
1 TTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAGATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
* * * * * *
13445 TTATGATATAACAAAAAGTCATTACGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTT
66 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* ** * * * *
13510 TAACTTACTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGT
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* * * * * * * * * * * **
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1 TTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAGATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
* * * *
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66 TTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * *
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130 TGAACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
** * * *
13742 TCAAAATATTAACAAATTAGAATTATGTTATTTCAGATAAGCTTGTACGAATAGAAACAATTGTT
1 TTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAGATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
* * * * ** *
13807 TTGTGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT-AGATAATTGTTTAAACAAACAGTAATTAT
66 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAG-TAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTAT
*** * * *
13871 TTGAA-TTGGTT-AGGCCAACAGATTCATTTTTTAAATC-CGTTGCTTATTAATTT
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* * * * *
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1 TTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAG-ATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTG
* * * * * * * *
13987 TTTTATGACAAAACCAATGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATTGTTATAAATAA
64 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
** ***
14052 TTGAACTAATTTGGTAAATAGATTTA-TTTTT-AA-CTC-T-CTTATTAATTT
129 TTGAACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * * * * * *
14100 TTAAAATATTAATAAATTA-ATCTTATTTTATTT-TGA-ACGAACTTATTTGAACAAAAATATTT
1 TTGAAATATTAATAAATTAGA-ATTATTTTATTTCAGATA--AGCTTGTATGAATAGAAACAATT
* ** * * * * * * * *
14162 TTTTTACAACAAAATAAAAAGTTATAACGATTTGAAATTAA-TAATTATTCATATAG-CCTTATT
63 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA-TAAGTAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * *
14225 ATTTGAACTAGTTGGCAA-ACA-A-ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TT
127 ATTTGAACTTGTT--CAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * * * * * *
14278 TTCATAATATTATTAGATCAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACT-TAAATAATTA
1 TTGA-AATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAGATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTG
* ** * * * * * *
14342 TTTTAAGATTAAATAAAAGGTTATAATGGTTTGAAAT--GTATAGTTGTTCAAATAATCATAATT
64 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAGTA-A-TTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * ** *
14405 TTTCAAATAGTCATAACTAT-TTCAACTATTTTTATAAACAGATT-TATTTTTAAAAATCCTACT
127 ATT----T-G----AACT-TGTTCAA-TA-----A-ATAGA-TTTAT-TTTTTAAATCTCTTACT
*
14468 CATTAATTT
173 TATTAATTT
* * * * *
14477 TTGAAATATTACTAAATTA-ATATTATTTTA-TTCTGAATAGGCTTATATG-ATGAAAAACAATT
1 TTGAAATATTAATAAATTAGA-ATTATTTTATTTCAG-ATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATT
* * * * * * * * * *
14539 GTTTTATGATAGAACAAAAGTTCACAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGGCCATGATTA
63 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* ** * ** * *
14604 TTTAAAC-TGATTTGATAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAATTT
128 TTTGAACTTG-TTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * *
14658 TTGAAATATTAATAAAGTTA-TATTATTTTATTTTAGATCAGCTTTTATGAACAGAAACAATTGT
1 TTGAAATATTAATAAA-TTAGAATTATTTTATTTCAGATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT
* * * * *
14722 TTTATTATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACAAT
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* *** *
14786 TTTAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATTTCTTACTTATTAATTT
129 TTGAACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * *
14840 TCT-TAATGTTAATAAAATA-ATATTATTTTATTT-TGAATAAGCATGTATGAATTGAAACAATT
1 T-TGAAATATTAATAAATTAGA-ATTATTTTATTTCAG-ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT
* * *** * * * * * *
14902 ATTTTATAATTGAATAAAAGGTTAGAATGATTTTAAA-AAGATAATTGTTC-AATAGTCTTAACT
63 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAG-TAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * *
14965 ATTTGAA-TTGGTTCGACAAA-CGTATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTT
127 ATTTGAACTT-GTTCAATAAATAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * ** * * * * * * *
15016 TAG-AATATTATTAGTTTTGTAA-TATTTTACTCCAAAGAAG-TTTTCATGAATACAAAC-----
1 TTGAAATATTAATAAATTAG-AATTATTTTATTTCAGATAAGCTTGT-ATGAATAGAAACAATTG
* * * *
15073 ---TATGACAAAAC-AAAGATCATAACGATTTGAGAT-AGATAATTATTCAAATAGTCATAATTA
64 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAG-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* ** ***
15133 TTTGAAC-TGATTCGATAACCAGATTTAGGCTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTT
128 TTTGAACTTG-TTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * ** * * *
15183 TTGAAGTATTAATAAATTTATG--TTATTTTA-TTCTAAATAATTTTTTATGAATAAAAATAATT
1 TTGAAATATTAATAAA-TTA-GAATTATTTTATTTC-AGATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT
* * * ** * *
15245 ATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAAT-AGATAATAATTCAAATGGACATATGA
63 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAG-TAATTGTTCAAATAGTCATA--A
* * * * * * * *
15309 CT-TTTGAACTAGTTCAGTAAACAAATTAATTTTTTAAGTCTAC-AACTCATTAA-TT
125 CTATTTGAACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTT
* * * *
15364 TT-ATAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTT-TGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTG
1 TTGA-AATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAG-ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
* * * *
15427 TTTTATGACAAAACAAAAGATTATAACAATTT-AAACTAAGTAATTGTTCAAATAGTCATGACTA
64 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA-TAAGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
** * * *
15491 TTTGAAC-T-CACATGCTAAACAGATTT-TTTTTT-AATCTTTTACTTATTAATTT
128 TTTGAACTTGTTCA--ATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * ** * * * * *
15543 TTGGAATTTTAATAAATTATTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTGTAAATAGAAACAATTGGT
1 TTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAGATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
* ** * *
15608 TTATGACAAAACGAAAGGTCATAATAATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTCAAAATTATT
66 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAG-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* *** *
15672 TGAACGTGTT-AGGA-AAACCTATTTATTTTTTAAA-CTTTTACTTATTAA-TT
130 TGAACTTGTTCA--ATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * ** **
15722 TTGAAATATTAATAAATGTA-TATTATTTTA--T----T---CTTGCACAAATA-TTACAACTTG
1 TTGAAATATTAATAAAT-TAGAATTATTTTATTTCAGATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA-TTG
* * * * *
15776 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAAT-AGATAATTGTTTAGATTGTCATAACTA
64 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAG-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * **
15840 TTTGAACTTGTTCAATAAATAGATTCTTTTTTTTTAATTCTCTTACACATTAATTT
128 TTTGAACTTGTTCAATAAATAGA-T-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * * * *
15896 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAGTTCAAATAGGCTTATATGAACAAAAACAATTATT
1 TTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAGATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
* * * * * *
15961 TTATTACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTT
66 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* **** * * *
16026 AAACTTGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
131 GAACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
** * * * * *
16077 TCAAAATATTAATAAATTAAAATTATTTTA-ATCCGAATAAGCTTTTATAAATAGAAACAATTGT
1 TTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAG-ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT
* * * * * * * *
16141 TTTATGGCAAAACAAAAAGTCATTACAAGTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACAATT
65 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * *
16206 TGAACTTATTCACTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGT
130 TGAACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T
* * * * *
16259 CTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAAAAT
1 -TTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTC-AGATAAGCTTGTATGAATAG--AAACAAT
** ** * * * * * *
16321 CATTTTATGACAAAATGAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATT
62 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAGTAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* *** * * * *
16386 ATTTAAACTTGTTTGGTAAATAGAATCATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTT
127 ATTTGAACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * ** * * *
16441 TTGGAATATTAATAACTTA-ATATTATTTTATTTTAAATAAGCTTACATGAAAATAAAAAATAT-
1 TTGAAATATTAATAAATTAGA-ATTATTTTATTTCAGATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT-TG
* *
16504 TTTTATGACAAACCAAAAAGTCATAACGATTTGA
64 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
16538 TCTAGTTCAA
Statistics
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0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
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TTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAGATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
GAACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
Found at i:14429 original size:19 final size:18
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14378 TGTATAGTTG
*
14388 TTCAAATAATCATAATTT
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*
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14425 TTCAA
1 TTCAA
14430 CTATTTTTAT
Statistics
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TTCAAATAATCATAATAT
Found at i:15258 original size:20 final size:20
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Indices: 15217--15258 Score: 59
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15207 ATTTTATTCT
*
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15257 AA
1 AA
15259 CAAAATGTCA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAATAATTTTTTATGAACAA
Found at i:16482 original size:364 final size:361
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13025 TGACTATTGA
** * * *
13035 AATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGGAATAAGTTTGTATGAACAG--AAATAATTGTTTT
1 AATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-AGAAAAACAATTATTTT
* * * * * * * *
13098 ATGAAAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
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* * * * * *
13163 ACTTGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTT-ATTCAATAATTTTTGGAATATTAGTAA
130 ACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTAATT-ATTAATTTTTGAAATATTAATAA
* * * * * * **
13227 ATTAATATTATTTTATT-TCGAATAAGCCTATAT-GA-AGTAATCAATTGTTTTTTGATGAAACA
193 ATTAATATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTTTATAAATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * * * * * ***
13289 AAAGGCCATAACGATTTGAAATAGATAATT-ATCAAATAGTTATGACTATTT-AATCTTGTTTGG
256 AAAAGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTTATTCAC
* * * **
13352 T-AA-ACATAT-TTTTTTAACATC-TTTACTTATT-ATTGTCA
320 TAAATAGATTTATTTTTTAA-ATCTTTTACTTATTAATTTTTG
* * * * *
13390 AATATTAAT--A---A-ATTATTTTAATCCAAATAAACTTGAATG-AACAAAAACAATTATTTTA
1 AATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAAGAAAAACAATTATTTTA
* * * * * * * * *
13448 TGATATAACAAAAAGTCATTACGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTTAA
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** ** * * *
13513 CTTACTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTG-AATATTAATAAA
131 CTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TTTAATTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAA
** * * * * * * * * ** *
13577 TTTGTATTATTCTAATT-GAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAAATCCTTTATGACAAAAAAAA
194 TTAATATTATT-TTATTCTAAATAAGCTTTTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * * * * *
13641 AAGGT-TTAGCTATTTGAAATA-AGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAGTTGTTCAAT
258 AA-GTCATAACAATTTAAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCACT
* * * * **
13704 AAATGGCTTTACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAA
321 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TG
* * * * * *
13746 AATATTAACAAA-TTAGAATTATGTTATTTCAGATAAGCTTGTACGAATAG--AAACAATTGTTT
1 AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-AGAAAAACAATTATTT
* * * * * **
13808 TGTGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAACAAACAGTAATTATTT
64 TATGACAAAACGAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA-TAATTATTT
* * ** * * **
13873 GAA-TTGGTTAGGCCAACAGATTCATTTTTTAAATCCGTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
128 AAACTT-GTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-CTTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * * * *
13937 AAATTAGA-AATATTTTATTTTGAATAAGAC-TATATCAATGGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
191 AAATTA-ATATTATTTTATTCTAAATAAG-CTTTTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* ** * * * * * * * * * **
14000 CCAATGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATTGTTATAAATAATTGAACTAATTTG
254 CAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCA
* * *
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* * * ** * * * * * *
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1 AATATTAATAAATTTATATTATTTTA-TTTCAAATAAGCTTGTATGAAAGAAAAACAATTATTTT
** ** * * * * * * * * *
14167 ACAACAAAATAAAAAGTTATAACGATTTGAAATTAATAATTATTCATATAG-CCTTATTATTTGA
65 ATGACAAAACGAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAA
* * * * * * *
14231 ACTAG-TTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTCATAATATTATTAG
130 ACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTAATTATTAATTTTTGA-AATATTAATAA
* * * * * * * * * ** *
14294 ATCAGTATTATTTTATT-TCAAATAAACTTGTATGAACT-TAAATAATTATTTTAAGATTAAATA
193 ATTAATATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTTTAT-AAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * *
14357 AAAGGTTATAATGGTTTGAAATGTATAGTTGTTCAAATAATCATAATTTTTCAAATAGTCATAAC
256 AAAAGTCATAA-------CAAT-T-TA-------AAAT-A-GATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * *
14422 TATTTCAACTATTTTTA-TAAACAGATTTATTTTTAAAAATC--CTACTCATTAATTTTTG
303 TATTTGAACT-TATTCACTAAATAGATTTATTTTT-TAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * * *
14480 AAATATTACTAAATTAATATTATTTTA-TTCTGAATAGGCTTATATG-ATGAAAAACAATTGTTT
1 -AATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAAAGAAAAACAATTATTT
* * * * * * * *
14543 TATGATAGAACAAAAGTTCACAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGGCCATGATTATTTA
64 TATGACAAAACGAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTA
* ** ** * *
14608 AAC-TGATTTGATAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAATTTTTGAAATATTAATA
129 AACTTG-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTAA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* * * * * * *
14672 AAGTT-ATATTATTTTATTTTAGATCAGCTTTTATGAACAGAAACAATTGTTTTATTATAAAACA
192 AA-TTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTTTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * * ***
14736 AAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTTAACTTGTTTGGT
256 AAAAGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCACT
*
14801 AAATAGATTTATTTTTTAAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTCTT
321 AAATAGATTTATTTTTT-AAATCTT-TTACTTATTAATTTT-TG
* * * ** * *
14844 AATGTTAATAAAATAATATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAATTG--AAACAATTATTTT
1 AATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-AGAAAAACAATTATTTT
* *** ** * * * * * *
14907 ATAATTGAATAAAAGGTTAGAATGATTTTAAA-AAGATAATTGTTC-AATAGTCTTAACTATTTG
65 ATGACAAAACGAAAGGTCATAATGATTTGAAATAA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTA
* ** * * *
14970 AA-TTGGTTCGACAAAC-GTATTTATTTTTTAAATC--T-CTTATTAATTTTAG-AATATTATTA
129 AACTT-GTTTGGTAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATA
** ** * * * * * *
15029 GTTTTGTAATATTTTACTCCAAAGAAG-TTTTCATGAATACAAAC--------TATGACAAAACA
192 AATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTTT-ATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * * * *
15085 AAGA-TCATAACGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCGA-
256 AAAAGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTC-AC
** ***
15148 TAACCAGATTTAGGCTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTG
320 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
* ** * * *
15186 AAGTATTAATAAATTTATGTTATTTTA-TTCTAAATAATTTTTTATG-AATAAAAATAATTATTT
1 AA-TATTAATAAATTTATATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAAAGAAAAACAATTATTT
* * * ** * * *
15249 TATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAATTCAAATGGACAT-ATGACTTT
64 TATGACAAAACGAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTA--TT
* * ** * * * ** * *
15313 TGAACTAGTTCAGTAAACAAATTAATTTTTTAAGTCTACAACTCATTAA-TTTT-ATAATAATAA
127 TAAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTAA-TTATTAATTTTTGA-AATATTAA
* * * * * *
15376 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
190 TAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTTTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * *
15441 -AAAAGATTATAACAATTTAAACTA-AGTAATTGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTCA--C
255 AAAAAG-TCATAACAATTTAAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTC
*
15502 ATGCTAAACAGATTT-TTTTTT-AATCTTTTACTTATTAATTTTTGG
318 A--CTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-G
* * * * * **
15547 AATTTTAATAAA-TTATTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTGT-AAATAGAAACAATTGGTTT
1 AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAAGAAAAACAATTATTTT
* * * *
15610 ATGACAAAACGAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAATTATTTGA
65 ATGACAAAACGAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAA
* * * ** *
15675 ACGTGTTAGGAAAACCTATTTATTTTTTAAA-CTTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAA
130 ACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* **
15738 TGT-ATATTATTTTATTCT---T--GC----ACAAATA-TTACAACTTGTTTTATGACAAAACAA
194 T-TAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTTTATAAATAGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAA
* *** * * * * * *
15792 AAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATTGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATA
257 AAAGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCACTA
* * * **
15857 AATAGATTCTTTTTTTTTAATTCTCTTACACATTAATTTTTG
322 AATAGA-T-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
* * * *
15899 AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAGTTCAAATAGGCTTATATG-AACAAAAACAATTATTT
1 -AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAAGAAAAACAATTATTT
* * * *
15962 TATTACAAAA-GAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTT
64 TATGACAAAACG-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTT
* * * **
16026 AAACTTGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATA
128 AAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* * ** *
16091 AATTAAAATTATTTTAATCCGAATAAGCTTTTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGGCAAAACAA
192 AATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTTTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * *
16156 AAAGTCATTACAAGTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAACTTATTCACTA
257 AAAGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCACTA
16221 AATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT-
322 AATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTG
* * *
16262 AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAAAATCATTT
1 AATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAA-AGAAAAACAATTATTT
* * *** *
16326 TATGACAAAATGAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTA
64 TATGACAAAACGAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTA
* * * *
16391 AACTTGTTTGGTAAATAGAATCATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAATAA
129 AACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
* * ** *
16456 CTTAATATTATTTTATTTTAAATAAGCTTACATGAAAATA-AAA-AATAT-TTTTATGACAAACC
193 ATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTTTAT--AAATAGAAACAAT-TGTTTTATGACAAAAC
*
16518 AAAAAGTCATAACGATTT
255 AAAAAGTCATAACAATTT
16536 GATCTAGTTC
Statistics
Matches: 2400, Mismatches: 569, Indels: 345
0.72 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
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TGACAAAACGAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAA
CTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
AATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTTTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG
TCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCACTAAATA
GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
Found at i:17629 original size:180 final size:182
Alignment explanation
Indices: 16648--19923 Score: 1761
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16638 CATATAACAG
* * * * **
16648 AACAAAAAGTCATAATGATTTGAAGTAAATAATTGCTCA-AGCAA-TCATAACTA-TTGAACTAG
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* * *
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* * * ** * * *
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127 ATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAAAA-ATTTGTTTTATGACAA
* * * * *
16825 AACAAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAATTATTT--ACGTT
1 AAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATAA-AGTCATAACTATTTGAAC-TA
* * ** * * * *
16887 GGTTAGGTAAACAAAGTTATTTTTTAAATCTC---TTA-TAATTTTTAAAATATTAATAAATTCA
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* * ** * *
16948 TTTTATTTTATTCTGAATAAGCTACTATGAA-TTAAAAAATTTGTTTTATGAAAAA
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* * * * * * *
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1 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATAAAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
* * * * * *
17068 T-GGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTCTGGAATATTATTAGATTAATA
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* * **
17132 TTATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGAA-TAGAAATAA-TTGTTTTATGGTAA
130 TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAAAAATTTGTTTTATGACAA
* * ** *
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1 AACAAAAGGTCATAA-CGATTTGAAATAGATAATTATTCATAA-AGTCATAACTATTTGAACTAG
** * * * *
17247 -TTCGGTAAAAAGATTTAATTTTTAAA--TCTT-TTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGT
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* ** * * * *
17308 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGAATGTTC-AAAAAAATTTGTTATGTGACCA
129 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAAAAATTTGTTTTATGACAA
* * * * * * * * * * *
17361 AAGAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGACATAGCCATAATTATTTTAACTA-AT
1 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATAAAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
* * * * * * *
17425 TCAATAAACAGATTCATATTTTAAAT-TAATTACTTATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
66 TCGACAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-CTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAAT
* * *
17489 ATTA-TTTATTTTGAATAGGGTTGTATAAACTGAAAAAA-TTGTTTTATGACAA
129 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAAAAATTTGTTTTATGACAA
* * * * *
17541 AACAAAGGGTCATAACAACTTGAAATAGATAGTTATCCATAAAGTCATAACTATTTGAACT-GTT
1 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATAAAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
* * * *
17605 TCGACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTCAATTATTCATTTTTAAAATATTATTAAATTAATA
66 TCGACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT-TATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATA
* * * * * **
17670 TTATTTTA-TTTCAAAACAGCTTATATGAACT-AAAACAA-TTATTTTATAATGA
130 TTATTTTATTTTGAATA-AGCTTGTATGAACTGAAAA-AATTTGTTTTATGACAA
* * * * * *
17722 AACAAAAGGTTATAATGATTTGACATAGAT-A--ATT-AT----TCA-AA-TA--GGAGCTTG-T
1 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATAAAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
** * * * *
17774 TCGGTAAGCAAATTT-TTTTTTAAATCTAC-TACTAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
66 TCGACAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-CTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAAT
* * * *
17837 ATTATTTTATTTTGAATATGCTTGTATG-A-TGAAAAACAATTATTTTATGATAA
129 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAAAA-ATTTGTTTTATGACAA
* * * * * * * *
17890 AACAAAAGTTCATAATGATTTTAAATAG-TAATTGTTCA-AATGCCCATAATTATTTGAAC-CGA
1 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATAAAG-TCATAACTATTTGAACTAG-
* * * * *
17952 TTT-GATAAACTA-ACTTA-TTTTTAAATCTCTAACTTA-T-CTTTTTGAAATATTAATAAAGTA
64 TTTCGACAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * *
18012 ATATTATTTTGTTTTGGATAAGCTTTTATGAA-TGAAAAAAATTGTTTTATGATAA
127 ATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAAAAATTTGTTTTATGACAA
*** * *
18067 AACAAAAGGTCATATTTATTT-AAATAGATAATTGTTCA-AATAGT--TAACTATTTGAACTTG-
1 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATAA-AGTCATAACTATTTGAACTAGT
* * * * * * *
18127 TTCGATAAATAGA--T-TTTTTT-AATTTTTTGCTTATTAA-TTTT---CTATTAATAAATTAGT
65 TTCGACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAAT
* * * * * *
18184 ATTATTTTATTTGGAATAAGCATGTATGAATTGAAAAAAATTATTTTATGACTA
129 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAAAAATTTGTTTTATGACAA
** * * * ** * * *
18238 AACAAAACATCAAAATGATTAGAAATAGATAA-TAGTTTTTATAGTCTTAGCTATTTGAACTAG-
1 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA-TTCATAAAGTCATAACTATTTGAACTAGT
* * * * * * * *
18301 TTCAACAAACACATTTATTATTTAAATCTCTTACTTATCAATTTTT-ATTATATTATTAATTTAG
65 TTCGACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAA
* * * *** * * * *
18365 CAATATTTTACTCCAAACAAGCTTGTGTGAA-TAGAAACAA-TTATTTTATGACAA
128 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAAAAATTTGTTTTATGACAA
* * * * * * * *
18419 CACAAAA-ATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTAAACTAGTT
1 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATAAAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
* * * * * *
18483 T-GATAAATAGATTAAGTTTTTAAA--TCTT-TTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTAT
66 TCGACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATAT
* * ** * * *
18544 CATTTTATTCTGAATAATTTTATATGAA-TAGAAACAA-TTGTTTTA-CATCAA
131 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAAAAATTTGTTTTATGA-CAA
* * * * * * *
18595 AATAAAATGTCATAACGACTTAAAATAGATAA-TAGTTCA-AATGTACATGAC-ATTTGAACTTG
1 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA-TTCATAAAGT-CATAACTATTTGAACTAG
** * ** *
18657 -TTCGATGAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAACTTTT-AGAATATTAATAAATTA
64 TTTCGACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTA
* ** ** * *
18720 GTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAGCAA-CTATTTTATGACAA
127 ATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAAAAATTTGTTTTATGACAA
** * * * * * *
18775 AACAAAATATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCA-ATTAGTAACAACTATTTGAACTCG-
1 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATA-AAGTCATAACTATTTGAACTAGT
* * * * *
18838 CTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGT
65 TTCGACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAAT
** * * * * * *
18903 ATTATTTTATTCCGAATAAGTTTTTACGAAC--AAAAACAATTGGTTTATGAGAA
129 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAAAA-ATTTGTTTTATGACAA
** * * *
18956 AACAAATTGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCA-AATAGTCATAACTATTTGAA--AAT
1 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATAA-AGTCATAACTATTTGAACTAGT
* * * * *
19018 GTCAAGA-AAACAAATTTATTTTTAAAAT-TTTTACCTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATT
65 TTC--GACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATT
* *** * * *
19080 TATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAAC-GAAAACAA-TTATTTTGTGACAA
126 AATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAAA-AATTTGTTTTATGACAA
* * * * * * * * *
19136 AACAAAAAGTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTGTTTACATAGTCATAACTATTTGAAC-ATGG
1 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATAAAGTCATAACTATTTGAACTA-GT
** * * * * * * * *
19200 TT-GGTAAATAGATTCATTTTTTAATTCTCATACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAAGTAGT
65 TTCGACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAAT
** * * * * * *
19264 ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATTTGAACTTAAACAA-TTGTTTTATTATAA
129 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAAAAATTTGTTTTATGACAA
* * * * * * *
19317 GACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGTTAATTATTCA-AATTGTCATGACTATTTCAACTGGT
1 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATAA-AGTCATAACTATTTGAACTAGT
* * * * ** *
19381 TT--AGAAACATATTTATTTTTTAAATCTTCTTCTTATTAATTGTCAAAAAATTAATAAATTAAT
65 TTCGACAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TCTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAAT
* * * ** * **
19444 ACTATTTTATTCTGAATAACCTTGTATGAAAAGAAACAA-TTGTTTTATGGTAA
129 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAAAAATTTGTTTTATGACAA
** * * *
19497 AACAAGAA-GTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCA-AATAGTCATAACAATTTGAACTTA
1 AACAA-AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATAA-AGTCATAACTATTTGAAC-TA
* * *
19560 -TTT-GATAAACAAATTTATTTTTTAAAGT-TTTTAATTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAA
63 GTTTCGACAAACAGATTTATTTTTTAAA-TCTCTT-ATTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAA
* * * * * *
19620 TTTATATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAAAAATTATTTTATAATAA
124 TTAATATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACTGAAAAAATTTGTTTTATGACAA
* * *** * * * * * * * * *
19678 AGCAAAAGGTTATTGTGATTTCAAATAAATGATTGTT--TAAATTATTATAATTATTTAAACTTG
1 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATAAA--GTCATAACTATTTGAACTAG
* * * * * ** * **
19741 -TCCGATAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAAATTTCAAAATATTGATAAATTGT
64 TTTCGACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAA
** * * * * *
19805 TATTATTTTATTTCAAATGAA-CTTATATAAATTGAAACAA-TTCTTTTATGACAA
128 TATTATTTTATTTTGAAT-AAGCTTGTATGAACTGAAAAAATTTGTTTTATGACAA
* * * * * * *
19859 AACAAAATGTCATAACGATTTCAAATAAATAATTATTCCA-ATAGTCATGACTAATTGATCTAGT
1 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATT-CATAAAGTCATAACTATTTGAACTAGT
19923 T
65 T
19924 CAGTATACAT
Statistics
Matches: 2420, Mismatches: 527, Indels: 299
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
166 2 0.00
167 8 0.00
168 92 0.04
169 23 0.01
170 41 0.02
171 39 0.02
172 25 0.01
173 15 0.01
174 26 0.01
175 24 0.01
176 117 0.05
177 369 0.15
178 114 0.05
179 74 0.03
180 596 0.25
181 729 0.30
182 118 0.05
183 8 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (182 bp):
AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATAAAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
TCGACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATAT
TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAAAAATTTGTTTTATGACAA
Found at i:17669 original size:538 final size:534
Alignment explanation
Indices: 16648--19892 Score: 1420
Period size: 542 Copynumber: 6.1 Consensus size: 534
16638 CATATAACAG
* * * *
16648 AACAAAAAGTCATAATGATTTGAAGTAAATAATTGCTCAAGCAATCATAACTATTGAACTAGTTT
1 AACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTAAATAATTGCTCAAACAATCATAACTATTGAACTAGTTC
* * * *
16713 GATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAGGAATAGTGTTATT
66 GATAAAAAGATTTAATTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAAGATTAATA-GAATAGTATTATT
* * * * *
16778 TTGTTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGATAAAACAAAAAGGTCATAATG
130 TTATTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAAAATTTGTTATATGACAAAACAAAAAGGTAATAATG
* * ** * *
16843 ATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTACGTTGGTTAGGTAAACAAAGTTATT
195 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTACG-TAATTAGATAAACAAAGTTATA
*
16908 TTTTAAATCTCTTATAATTTTTAAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTCTGAATAAGCTAC
259 TTTTAAATCTCTTATAATTTTTAAAATATTAATAAATTCATATTATTTTATTCTGAATAAGCTAC
* * * * ** *
16973 TATGAATTAAAAAATTTGTTTTATGAAAAAAATAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA
324 TATAAATGAAAAAATTTGTTTTATGAAAAAAACAAAAGGTCATAACAACTTGAAATAGATAATTA
** * * * * *
17038 TTTATAAAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTA
389 TCCATAAAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTCAATTA
** * * *
17103 TTAATTTCTGGAATATTATTAGATTAATATTATTTTATTTTGAATA-AGC-TAGTATGAA-TAGA
454 TTAATTTCTAAAATATTATTAAATTAATATTATTTTA-TTTCAAAACAGCTTA-TATGAACTA-A
* * **
17165 AATAATTGTTTTATGGTAA
516 AACAATTATTTTATAATAA
* ** * *
17184 AACAAAAGGTTATAATCATTTGAAGTTTATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
1 AACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTAAATAATTGCTCAAACAATCATAACTA-TTGAACTAGTT
* * *
17249 CGGTAAAAAGATTTAATTTTTAAATCTTTTATTAATTTTTGAAAGATTAATA-AATTAGTATTAT
65 CGATAAAAAGATTTAATTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAAGATTAATAGAA-TAGTATTAT
** * ** * * *
17313 TTTATTTTGAATAAGCTTGA-ATGTTCAAAAAAATTTGTTATGTGACCAAA-GAAAAGGTAATAA
129 TTTATTTCAAATAAACTT-ATATGAACAAAAAAATTTGTTATATGACAAAACAAAAAGGTAATAA
* * *
17376 TGATTTGAAATAGATAATTGTTGACATAGCCATAATTATTTTAAC-TAATTCA-ATAAACAGA-T
193 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAATTA-TTT-ACGTAATT-AGATAAACAAAGT
* * * *
17438 TCATATTTTAAATTAATTACTTATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTA-TTTATTTT
255 T-ATATTTTAAA-T--CT-CTTA-TAATTTTTAAAATATTAATAAATTCA-TATTATTTTATTCT
* * ** * *
17501 GAATAGGGTTGTATAAACTGAAAAAA-TTGTTTTATG-ACAAAACAAAGGGTCATAACAACTTGA
313 GAATAAGCTACTATAAA-TGAAAAAATTTGTTTTATGAAAAAAACAAAAGGTCATAACAACTTGA
* *
17564 AATAGATAGTTATCCATAAAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTCGACAAACAGATTTATTTTTTA
377 AATAGATAATTATCCATAAAGTCATAACTATTTGAACTGGTTT-GACAAACAAATTTATTTTTTA
* *
17628 AATCTCTCAATTATTCATTTTTAAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTTCAAAACAGCTTA
441 AATCTCTCAATTATTAATTTCTAAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTTCAAAACAGCTTA
*
17693 TATGAACTAAAACAATTATTTTATAATGA
506 TATGAACTAAAACAATTATTTTATAATAA
* * * * *
17722 AACAAAAGGTTATAATGATTTGACA-TAGATAA-T--T-----ATTCA-AA-TA-GGAGCTTGTT
1 AACAAAAGGTTATAATGATTTGA-AGTAAATAATTGCTCAAACAATCATAACTATTGAACTAGTT
* * * * *
17775 CGGTAAGCAA-ATTT-TTTTTTAAATCTACTACTAATTAATTTTTGAAATATTAATA-AATTAGT
65 CGATAA-AAAGATTTAATTTTTAAATCT-CT--T-ATTAATTTTTAAAAGATTAATAGAA-TAGT
** ** * ** * *
17837 ATTATTTTATTTTGAATATGCTTGTATGATGAAAAACAATTAT-TT-TATGATAAAAC-AAAAGT
124 ATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAA-AATT-TGTTATATGACAAAACAAAAAGG
* * *
17899 TCATAATGATTTTAAATAG-TAATTGTTCAAAT-GCCCATAATTATTTGAACCG--ATTTGATAA
187 TAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-CCATAATTATTT--A-CGTAATTAGATAA
* * * * * * * *
17960 ACTAACTTAT-TTTTAAATCTCTAACTTATCTTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTGT
248 ACAAAGTTATATTTTAAATCTCTTA--TA-ATTTTTAAAATATTAATAAATTCATATTATTTTAT
* * ** * * * ***
18024 TTTGGATAAGCTTTTATGAATGAAAAAAATTGTTTTATG-ATAAAACAAAAGGTCATATTTA-TT
310 TCTGAATAAGCTACTATAAATGAAAAAATTTGTTTTATGAAAAAAACAAAAGGTCATAACAACTT
* * * * * * * *
18087 TAAATAGATAATTGTTCA-AATAGT--TAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGA--T-TTTTT
375 GAAATAGATAATTATCCATAA-AGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGACAAACAAATTTATTTTT
* * * * * * * *
18146 TAATTTTTTGC--TTATTAATTT-T---CTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGGAATA-AG
439 TAAATCTCT-CAATTATTAATTTCTAAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTT-CAAAACAG
* * * * *
18204 CATGTATGAATTGAAAAAAATTATTTTATGACT-A
502 CTTATATGAACT-AAAACAATTATTTTAT-AATAA
** * * * * * * * *** * * * *
18238 AACAAAACATCAAAATGATTAGAAATAGATAATAGTTTTTATAGTCTTAGCTATTTGAACTAGTT
1 AACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTAAATAATTGCTCAAACAATCATAACTA-TTGAACTAGTT
* * * * ** * * * *
18303 CAACAAACACATTT-ATTATTTAAATCTCTTACTTATCAATTTTTATTATATTATTA-ATTTAGC
65 CGATAAAAAGATTTAATT-TTTAAATCTCTTA--T-T-AATTTTTAAAAGATTAATAGA-ATAGT
* * * * * * * * * *
18366 AATATTTTACTCCAAACAAGCTTGTGTGAATAGAAACAATTAT-TT-TATGACAACACAAAAA--
124 ATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACA-AAAAAATT-TGTTATATGACAAAACAAAAAGG
* * * * * * * *
18427 TCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTAAAC-TAGTTTGATAAAT
187 TAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTT--ACGTAATTAGATAAAC
* * * *
18491 AGA-TTA-AGTTTTTAAATCTTTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATT-AGTATCATTTTATT
250 AAAGTTATA--TTTTAAATCTCTTA-TAATTTTTAAAATATTAATAAATTCA-TATTATTTTATT
** * * * ** * * *
18553 CTGAATAATTTTA-TATGAATAGAAACAA-TTGTTTTA-CATCAAAATAAAATGTCATAACGACT
311 CTGAATAA-GCTACTATAAAT-GAAAAAATTTGTTTTATGAAAAAAACAAAAGGTCATAACAACT
* * * * * * **
18615 TAAAATAGATAA-TAGTTCA-AATGTACATGAC-ATTTGAACTTGTTCGATGAACAAATTTATTT
374 TGAAATAGATAATTA-TCCATAAAGT-CATAACTATTTGAACTGGTTTGACAAACAAATTTATTT
* * *
18677 TTTAAATCTC-CAACTTATTAACTTT-TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
437 TTTAAATCTCTCAA-TTATTAA-TTTCTAAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTTCAAA-A
* * * * *
18740 -AGCTTGTATGAA-TAGAAGCAACTATTTTATGACAA
499 CAGCTTATATGAACTA-AAACAATTATTTTATAATAA
** * * ** ** * * * * *
18775 AACAAAATATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAATTAGTAACAACTATTTGAACTCGCT
1 AACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTAAATAATTGCTCAAACAATCATAACTA-TTGAACTAGTT
* * * **
18840 CGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATA-AATTAGTA
65 CGATAAAAAGATTTAATTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTAAAAGATTAATAGAA-TAGTA
* * ** * * * * ** *
18904 TTATTTTATTCCGAATAAGTTTTTACGAACAAAAACAATTGGTT-TATGAGAAAAC-AAATTGTC
125 TTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAA-AATTTGTTATATGACAAAACAAAAAGGTA
* * * * *
18967 ATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT--GAAAATGTCAAGA-AAAC
189 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTACG-TAAT-T--AGATAAAC
* * * * *
19029 AAATTTAT-TTTTAAAATTTTTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTAT
250 AAAGTTATATTTT-AAA--TCT-CTTA-TAATTTTTAAAATATTAATAAATTCATATTATTTTAT
** * * * * * * * ****
19093 TCAAAATAAGCTTGC-ATGAACGAAAACAA-TTATTTTGTG-ACAAAACAAAAAGTCATAATGTT
310 TCTGAATAAGC-TACTATAAATGAAAA-AATTTGTTTTATGAAAAAAACAAAAGGTCATAACAAC
* * ** * * ** * * *
19155 TTAAAATAGATAATTGTTTACATAGTCATAACTATTTGAACATGG-TTGGTAAATAGATTCATTT
373 TTGAAATAGATAATTATCCATAAAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTTTGACAAACAAATTTATTT
* * ** * * *
19219 TTT-AAT-TCTCATACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATA
437 TTTAAATCTCTCA-A-TTATTAATTTCTAAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTTCAAA-A
* * * *
19282 -AGCTTATTTGAACTTAAACAATTGTTTTATTATAA
499 CAGCTTATATGAACTAAAACAATTATTTTATAATAA
* * * ** ** *** * * *
19317 GACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGTTAATTATTCAAATTGTCATGACTATTTCAACTGGTT
1 AACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTAAATAATTGCTCAAACAATCATAACTA-TTGAACTAGTT
* * * * * * * * *
19382 -TAGAAACATATTTATTTTTTAAATCTTCTTCTTATTAATTGTCAAAAAATTAATA-AATTAATA
65 CGATAAAAAGATTTAATTTTTAAA---TC-TCTTATTAATTTTTAAAAGATTAATAGAA-TAGTA
* * * * * ** *
19445 CTATTTTA-TTCTGAATAACCTTGTATGAA-AAGAAACAA-TTGTTTTATGGTAAAACAAGAA-G
125 TTATTTTATTTC-AAATAAACTTATATGAACAA-AAA-AATTTGTTATATGACAAAACAAAAAGG
* * * * ** * *
19506 TCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAAC-TTATTTGATAAAC
187 TAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTT--ACGTAATTAGATAAAC
* * * * *
19570 AAATTTATTTTTTAAAGTTTTTAATTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTATATTATTTT
250 AAAGTTATATTTTAAA---TCT-CTTA-TAATT-T-TTAAAATATTAATAAATTCATATTATTTT
** * ** * * * * * ****
19633 ATT-TGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATTATTTTAT-AATAAAGCAAAAGGTTATTGTGA
308 ATTCTG-AATAAGCTACTATAAATGAAAAAATTTGTTTTATGAAAAAAACAAAAGGTCATAACAA
* * * * * * * * * * * ** * *
19696 TTTCAAATAAATGATTGT--TTAAATTATTATAATTATTTAAACTTGTCCGATAAACAAATTCAT
372 CTTGAAATAGATAATTATCCATAAA--GTCATAACTATTTGAACTGGTTTGACAAACAAATTTAT
* **
19759 TTTTTAAATCTCTTAATTATTAAATTTC-AAAATATTGA-TAAATTGTTATTATTTTATTTCAAA
435 TTTTTAAATCTCTCAATTATT-AATTTCTAAAATATT-ATTAAATTAATATTATTTTATTTCAAA
** * * * * * * *
19822 TGAACTTATATAAATTGAAACAATTCTTTTATGACAA
498 ACAGCTTATATGAACTAAAACAATTATTTTATAATAA
* * * * *
19859 AACAAAATGTCATAACGATTTCAAATAAATAATT
1 AACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTAAATAATT
19893 ATTCCAATAG
Statistics
Matches: 2136, Mismatches: 415, Indels: 310
0.75 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
515 37 0.02
516 44 0.02
517 2 0.00
518 1 0.00
519 10 0.00
520 11 0.01
521 2 0.00
523 25 0.01
524 12 0.01
525 65 0.03
526 69 0.03
527 16 0.01
528 145 0.07
529 222 0.10
530 51 0.02
531 5 0.00
532 1 0.00
533 10 0.00
534 9 0.00
535 71 0.03
536 104 0.05
537 215 0.10
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539 45 0.02
540 54 0.03
541 253 0.12
542 373 0.17
543 16 0.01
544 8 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (534 bp):
AACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTAAATAATTGCTCAAACAATCATAACTATTGAACTAGTTC
GATAAAAAGATTTAATTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAAGATTAATAGAATAGTATTATTT
TATTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAAAATTTGTTATATGACAAAACAAAAAGGTAATAATGA
TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTACGTAATTAGATAAACAAAGTTATATT
TTAAATCTCTTATAATTTTTAAAATATTAATAAATTCATATTATTTTATTCTGAATAAGCTACTA
TAAATGAAAAAATTTGTTTTATGAAAAAAACAAAAGGTCATAACAACTTGAAATAGATAATTATC
CATAAAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTCAATTATT
AATTTCTAAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTTCAAAACAGCTTATATGAACTAAAACAA
TTATTTTATAATAA
Found at i:17907 original size:168 final size:168
Alignment explanation
Indices: 17616--17930 Score: 404
Period size: 168 Copynumber: 1.9 Consensus size: 168
17606 CGACAAACAG
* * *
17616 ATTTATTTTTTAAATCTCTCAATTATTCATTTTTAAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTCAATAATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
* * *
17681 CAAAACAGCTTATATGAACTAAAACAATTATTTTATAATGAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAC
66 CAAAACAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAA
17746 ATAGATAATTATTCAAATAGGAGCTTGTTCGGTAAGCAA
131 ATAG-TAATTATTCAAATAGGAGCTTGTTCGGTAAGCAA
* * *
17785 ATTT-TTTTTTAAATCTACT-ACTAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCT-CTCAATAATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-T
* * * * ** *
17848 TTGAATA-TGCTTGTATGATGAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAA-GTTCATAATGATTT
64 TTCAAAACAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTT-ATAATGATTT
* *
17911 TAAATAGTAATTGTTCAAAT
128 GAAATAGTAATTATTCAAAT
17931 GCCCATAATT
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 18, Indels: 8
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 15 0.12
168 98 0.78
169 12 0.10
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (168 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCTCAATAATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
CAAAACAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAA
ATAGTAATTATTCAAATAGGAGCTTGTTCGGTAAGCAA
Found at i:18952 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 17769--22113 Score: 2487
Period size: 180 Copynumber: 24.5 Consensus size: 180
17759 CAAATAGGAG
* * ** *
17769 CTTGTTCGGTAAGCAAATTT-TTTTTTAAATCTACTACTAATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
1 CTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAAT
* * ** *
17833 TAGTATTATTTTATTTTGAATATGCTTGTATGATGAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAA-
65 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAT
* * * * *
17897 GTTCATAATGATTTTAAAT-AGTAATTGTTCAAAT-GCCCATAATTATTTGAA
130 G-TCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAA
* * * * * * *
17948 C-CGATTTGATAAACTAACTTA-TTTTTAAATCTCTAACTTATCT--TTTTGAAATATTAATAAA
1 CTTG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT-TAATTTTTAAATATTAATAAA
* * * * * * * * *
18009 GTAATATTATTTTGTTTTGGATAAGCTTTTATGAATGAAAAA-AATTGTTTTATGATAAAACAAA
64 TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-CAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
* * * * *
18073 AGGTCATATTTATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGT--TAACTATTTGAA
128 ATGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * *
18123 CTTGTTCGATAAATAGA--T-TTTTTT-AATTTTTTGCTTATTAA-TTTT--CTATTAATAAATT
1 CTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATT
* * * *
18181 AGTATTATTTTATTTGGAATAAGCATGTATGAATTGAAAAA-AATTATTTTATGACTAAACAAAA
66 AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA--CAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA
** * * * *** * *
18245 CATCAAAATGATTAGAAATAGATAA-TAGTTTTTATAGTCTTAGCTATTTGAA
129 TGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * * * * *
18297 CTAGTTCAACAAACACATTTATTATTTAAATCTCTTACTTATCAATTTTTATTATATTATTAATT
1 CTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAAT
* * * * * * * * * *
18362 TAGCAATATTTTACTCCAAACAAGCTTGTGTGAATAGAAACAATTATTTTATGACAACACAAAA-
65 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAT
* * * * * *
18426 ATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTAAA
130 GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * *
18477 CTAGTTTGATAAATAGATTAAGTTTTTAAATCTTTTA-TTA--ATTTTTTAAATATTAATAAATT
1 CTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATT
* ** * * * * * *
18539 AGTATCATTTTA-TTCTGAATAATTTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTA-CATCAAAATAAAA
66 AGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGA-CAAAACAAAA
* * * * *
18602 TGTCATAACGACTTAAAATAGATAA-TAGTTCAAAT-GTACATGAC-ATTTGAA
129 TGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTA-TTCAAATAGT-CATAACTATTTGAA
* *** *
18653 CTTGTTCGATGAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAACTTTTAGAATATTAATAAAT
1 CTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAAT
* * * * *
18718 TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAGCAACTATTTTATGACAAAACAAAAT
65 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAT
* * * *
18783 ATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAATTAGTAACAACTATTTGAA
130 GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * *
18834 CTCGCTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAAT
1 CTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAAT
* * * * ** * *
18899 TAGTATTATTTTATTCCGAATAAGTTTTTACGAACAAAAACAATTGGTTTATGAGAAAACAAATT
65 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAT
18964 GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
130 GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
** * *
19015 AATG-TCAAGA-AAACAAATTTATTTTTAAAAT-TTTTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAA
1 CTTGTTC--GATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAA
* * * *
19077 ATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGCATGAACGAAAACAATTATTTTGTGACAAAACA
63 A-TTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACA
* * * * * * *
19140 AAAAGTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTGTTTACATAGTCATAACTATTTGAA
126 AAATGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * ** * *
19195 CATGGTT-GGTAAATAGATTCATTTTTTAATTCTCATACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAA
1 C-TTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAA
* * * * ** * * * *
19259 GTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATTTGAACTTAAACAATTGTTTTATTATAAGACAAAA
64 TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA
* ** * * *
19324 GGTCATAATGATTTGAAATAGTTAATTATTCAAATTGTCATGACTATTTCAA
129 TGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * ** *
19376 CTGGTT-TAGAAACATATTTATTTTTTAAATCTTCTT-CTTATTAATTGTCAAAAAATTAATAAA
1 CTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAA
* * * * **
19439 TTAATACTATTTTA-TTCTGAATAACCTTGTATGAA-AAGAAACAATTGTTTTATGGTAAAACAA
64 TTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAA
* * *
19502 GAA-GTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAA
127 -AATGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * *
19556 CTTATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAAGT-TTTTAATTATTAATTGTCTT-AATATTAATAA
1 CTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAA-TCTTTTACTTATTAATT-T-TTAAATATTAATAA
* * * *
19619 ATTTA-TATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATTATTTTATAATAAAGCA
63 A-TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACA
* * ** * * * * * * *
19682 AAAGGTTATTGTGATTTCAAATAAATGATTGTTTAAATTA-TTATAATTATTTAAA
126 AAATGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAA
* * * * ** *
19737 CTTGTCCGATAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAAATTTCAAAATATTGATAAAT
1 CTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTTTTAAATATTAATAAAT
* * * *** *
19802 T-GTTATTATTTTATTTCAAATGAA-CTTATATAAATTGAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAA
65 TAG-TATTATTTTATTTCGAAT-AAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
* * * * * *
19865 ATGTCATAACGATTTCAAATAAATAATTATTCCAATAGTCATGACTAATTGAT
128 ATGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * ** * **
19918 CTAGTTC-AGTATACATATTTA-TTTGTAAAAATTTTACCTATTAATTGTCAAAATATTAATAAA
1 CTTGTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAA
* * * * *
19981 TTAGTATTATTTTAATTCGAATCAGC-T-TAT-----------ATTGTTTTAT-AGTAGAACAAA
64 TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGA-CAAAACAAA
* ** * *
20032 AAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATT-TGTTAACTAGTCATAACTATTTGAA
128 ATGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTAT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * * * *
20085 -TTGGTTTGTTAAATAGATTTATTTTTTCAATC---T-CTTATTAGTTTTCGAAATGTTAATAGA
1 CTT-GTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAA
* * * * ** * * *
20145 TTAGTATTACTTTA-TTCTTAACAAACTTAAATGAACAAAAACATTTGTTTTATCACAAAACAAA
64 TTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
** * * * * * *
20209 ATGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTAAAATGGTCATAATTATTT-AA
128 ATGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * *
20261 ATTGGTTAGGTAAACATAA-TTATTTTTTTAAATCTCTTA---ATT-A--TTGAAATATTAATAA
1 CTT-GTTCGATAAACA-AATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAA
* * * *** * * *
20319 ATTCA-TTTTGTTTTA-TTCTGAATAAGCTAGTATGAATTGAAA-ATTTGGTTTTATGATAAAAC
63 ATT-AGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATT-ATTTTATGACAAAAC
* * * * * *
20381 AAAAGGTCATAA-CATTTTGAAATAGATAATTATT-ATTATAGTCTTAAATATTTGAA
125 AAAATGTCATAATGA-TTTGAAATAAATAATTATTCA-AATAGTCATAACTATTTGAA
* * * ** * * * * * * ** *
20437 ATGGTTTGGCAAATAAATTTA-TTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGAATTACTGTTAGAT
1 CTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAAT
* * * * * *
20501 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAACAGAAATAATTATTTTATGATAGAACAAAAA
65 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAT
* ** * * * * *
20566 GTTATAACAATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
130 GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * * *
20617 C-CGATTTGGTAAATAGATTTATTTCTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAAGATAAATAAA
1 CTTG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAA
* * * * * * * *
20677 TTAGTATAATTTTATTTTGAATAAGCTTGAATGATCAAAAACATTTGTTATATGACCAAACAAAA
64 TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * * * * *
20742 GGTAATAATGACTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATGATTATTTG-A
129 TGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * *
20793 CATGATTCGGT-----AA---A-----TAGA---TTCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
1 CTTG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAA
* * * * ** * *
20842 TTTGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGGACTAAAATGATTGTTTGATGACAAAACAAAA
64 TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA
** * * ** *
20907 -GATCATAACAATTTGAAACAAATAATTGTTCATGTAGTCTTAAC-AGTTTGAA
129 TG-TCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAA
* * * * * *
20959 --TGCTTCGGTAAACAAATTTATTTGTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAACTATTATTAAA
1 CTTG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAA
* * * * *
21022 TTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACTATTATTTTATAATAGAACAAA
64 TTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
* * * ** *
21086 AGGTTATAATGGTTTGAAATAGGTAATTACTT-AAATAG--A-AGCTA---G--
128 ATGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* *
21131 --T-TT-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
1 CTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAAT
* * ** * *
21188 TAGTATTATTTTATTTTGAAT-AGCTTGTATCATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAA-
65 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAT
* * * * * *
21251 GTTCATAATGCTTTGAAATAGATAATTGTTAAAATTA-CCATAATTATTTGAA
130 G-TCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * ** * *
21303 CTTATT-TAGTAAATAGATTCACTTTTTAAATCACTTAGTTATTAA-TTTCAGAATATTAATAAA
1 CTTGTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAA
* * *** *
21366 TTATTATTATTTTATTT-AAATTAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
64 TTAGTATTATTTTATTTCGAA-TAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
* * * * * * * *
21430 AGGTCATAATGATTTTAAATATACAATTGTTCAAATAGTTATAGCTATTTAAA
128 ATGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * *
21483 TTTGTTCAGA-AAACATATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
1 CTTGTTC-GATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAA
* * * * * ** *
21547 A-TAGGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTTTGAACTAAAATGATTGTTTTATGACAAAACAA
63 ATTA-GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
* ** * * * *
21611 AAGGTCATAACAATTTTAAATAAGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAG
127 AATGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * *
21665 CTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATGTTAATATA
1 CTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAA
* * * * ** * ** *
21730 TTTGGATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGATA-TGATACAACAATTTTATG--ATAA-AAA
64 TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
* * * * * ** **
21791 AGGTAAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAGTTTTAACTATTTGAA
128 ATGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* ** * * ** * * *
21844 CTAGTTTAACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTGAAATATTATTCAATT
1 CTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATT
* * * * * * * *
21909 AGAATTATTTTTAATT-GAATAAGCTTATCTGATCAGAAATAATTATTTTATGAAAAAAC-AAA-
66 AGTATTA-TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAT
* * * **
21971 GATCATAACGATTTG----AGAT--TGA-T-AAATAGTCATAACTATTCAAA
130 G-TCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * *
22015 CTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAA
1 CTTGTTCGATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAA
*
22080 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA
64 TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA
22114 TAAAAAATGA
Statistics
Matches: 3241, Mismatches: 723, Indels: 410
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
163 7 0.00
164 106 0.03
165 154 0.05
166 10 0.00
167 73 0.02
168 6 0.00
169 26 0.01
170 41 0.01
171 70 0.02
172 63 0.02
173 59 0.02
174 33 0.01
175 135 0.04
176 131 0.04
177 369 0.11
178 72 0.02
179 181 0.06
180 798 0.25
181 652 0.20
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183 9 0.00
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Consensus pattern (180 bp):
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AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATG
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Found at i:19042 original size:361 final size:359
Alignment explanation
Indices: 16652--22113 Score: 3314
Period size: 361 Copynumber: 15.4 Consensus size: 359
16642 TAACAGAACA
* * * * * *
16652 AAAAGTCATAATGATTTGAAGTAAATAATTGCTCAAGCAATCATAACTA-TTGAACTAGTTTGAT
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* * *
16716 AAATAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAGGAA-TAGTGTTA
65 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA--AATTAGTATTA
* ** * * *
16776 TTTTGTTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGATAAAACAAAAAGGTCATAA
128 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAAC-AAAAGGTCATAA
* * * *** * * *
16841 TGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTT-ACGTTGGTTAGGTAAACAAAGTT
192 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAACT-GTCA-GAAAACAAATTT
* *
16905 ATTTTTTAAA--TCT--CTTA-TAATTTTTAAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTA-TTCTG
255 ATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTC-A
** * * *
16963 AATAAGCTACTATGAATTA-AAA-AATTTGTTTTATGAAAAAAAT
318 AATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAA-TTATTTTATG-ACAAAAC
* * * * * * * *
17006 AAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTATAAAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTTGG
1 AAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-ATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA
* * * * * * * * *
17071 CAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTCTGGAATATTATTAGATTAATATTAT
64 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * *
17136 TTTATTTTGAATAAGCTAGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGGTAAAACAAAAGGTTATAATC
129 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATG
* ** * * * *
17201 ATTTGAAGTTTATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTG-AACTAGTTCGGTAAAA-AGATTTA
194 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAACT-G-TCAG-AAAACAAATTTA
* * * **
17264 ATTTTTAAATCT-T---TTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
256 TTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * * * *
17325 AAGCTTGAATG-TTCA-AAAAAATT-TGTTATGTGACCAAAG
321 AAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTAT-TT-TATGACAAAAC
* * * * * * *
17364 AAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGACATAGCCATAATTATTTTAACTAATTCAA
1 AAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-ATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA
* * * *
17429 TAAACAGATTCATATTTTAAAT-TAATTACTTATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
64 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
17493 -TTTATTTTGAATAGGGTTGTATAAACTGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAGGGTCATAA
128 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAA
** * * * *
17556 CAACTTGAAATAGATAGTTATCCATAA-AGTCATAACTATTTG-AACTGTTTC-GACAAACAGAT
192 TGATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAGTCATAACTATTTGAAACTG--TCAGA-AAACAAAT
* * *
17618 TTATTTTTTAAATCTCTCAA-TTATTCATTTTTAAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTTC
253 TTATTTTTTAAATCTCT-AACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * **
17682 AAA-ACAGCTTATATGAACTA-AAACAATTATTTTATAATGAAAC
317 AAATA-AGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC
* * * * * *
17725 AAAAGGTTATAATGATTTGACATAGATAA---TT--AT--TCA-AA-TA--GGAGCTTGTTCGGT
1 AAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGAT
* * ** *
17779 AAGCAAATTT-TTTTTTAAATCTACTACTAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
65 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* ** * *
17843 TTATTTTGAATATGCTTGTATGATGAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGTTCATAATGA
130 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGA
* * * * * ** * *
17908 TTTTAAATAG-TAATTGTTCAAAT-GCCCATAATTATTTG-AACCGATTTGATAAACTAACTTA-
195 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAAACTG-TCAGA-AAACAAATTTAT
* * * * * ***
17969 TTTTTAAATCTCTAACTTA-T-CTTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTGTTTTGGATA
257 TTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
* * * *
18032 AGCTTTTATGAAT-GAAAAAAATTGTTTTATGATAAAAC
322 AGCTTGTATGAATAG-AAACAATTATTTTATGACAAAAC
* * *
18070 AAAAGGTCATATTTATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGT--TAACTATTTGAACTTGTTCGA
1 AAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA
* * * *
18132 TAAATAGA--T-TTTTTT-AATTTTTTGCTTATTAA-TTTT---CTATTAATAAATTAGTATTAT
64 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * ** *
18189 TTTATTTGGAATAAGCATGTATGAATTGAAAAA-AATTATTTTATGACT-AAACAAAACATCAAA
129 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA--CAAAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCATA
* *** * * *
18252 ATGATTAGAAATAGATAA-TAGTTTTTATAGTCTTAGCTATTTG-AACTAGTTCA-ACAAACACA
191 ATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAACT-G-TCAGA-AAACAAA
* * * ** * * * * * *
18314 TTTATTATTTAAATCTCTTACTTATCAATTTTTATTATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCC
252 TTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * *
18379 AAACAAGCTTGTGTGAATAGAAACAATTATTTTATGACAACAC
317 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC
* * * *
18422 AAAAATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTGAT
1 AAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-ATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGAT
* * * * *
18487 AAATAGATTAAGTTTTTAAATC--TT--TTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATCATT
65 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* ** * * * * * * *
18548 TTATTCTGAATAATTTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTA-CATCAAAATAAAATGTCATAACG
130 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAT-AAAACAAAAGGTCATAATG
* * * *
18612 ACTTAAAATAGATAA-TAGTTCAAAT-GTACATGAC-ATTTG-AACTTGTTC-GATGAACAAATT
194 ATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGT-CATAACTATTTGAAAC-TG-TCAGA-AAACAAATT
* * *
18672 TATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAACTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
254 TATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* *
18737 ATAAGCTTGTATGAATAGAAGCAACTATTTTATGACAAAAC
319 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC
* * * * * * *
18778 AAAATATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAATTAGTAACAACTATTTGAACTCGCTCGA
1 AAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA-TAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA
*
18843 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTAT
64 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * * * * **
18908 TTTATTCCGAATAAGTTTTTACGAACAAAAACAATTGGTTTATGAGAAAACAAATTGTCATAATG
129 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATG
* *
18973 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAATGTCAAGAAAACAAATTTATT
194 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAACTGTC-AGAAAACAAATTTATT
* * * * *
19038 TTTAAAAT-TTTTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAAT
258 TTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAAT
* * *
19100 AAGCTTGCATGAA-CGAAAACAATTATTTTGTGACAAAAC
321 AAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTATTTTATGACAAAAC
* * * *
19139 AAAAAGTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTGTTTACATAGTCATAACTATTTGAACATGGTT-G
1 -AAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-ATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCG
* * * * ** * * *
19203 GTAAATAGATTCATTTTTTAATTCTCATACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAAGTAGTATTA
63 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
** * * ** * *
19268 TTTTATTTCAAATAAGCTTATTTGAACTTAAACAATTGTTTTATTATAAGACAAAAGGTCATAAT
128 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * * *
19333 GATTTGAAATAGTTAATTATTCAAATTGTCATGACTATTT-CAACTGGTTTAG-AAACATATTTA
193 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAACT-G-TCAGAAAACAAATTTA
* * * * * * *
19396 TTTTTTAAATCTTCT-TCTTATTAATTGTCAAAAAATTAATAAATTAATACTATTTTA-TTCTGA
256 TTTTTTAAATC-TCTAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AA
* * * **
19459 ATAACCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGGTAAAAC
319 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC
* * * *
19500 AAGAAGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAACTTA-TTTG
1 AA-AAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCG
* *
19564 ATAAACAAATTTATTTTTTAAAGT-TTTTAATTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTA-T
63 ATAAACAGATTTATTTTTTAAA-TCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAA-TTAGT
* * * * *
19625 ATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATTATTTTATAATAAAGCAAAAGGTT
124 ATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTC
** * * * * * * * *
19689 ATTGTGATTTCAAATAAATGATTGTTTAAATTA-TTATAATTATTT-AAACTTGTCCGATAAACA
188 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAAAC-TGTCAGA-AAACA
* * * *
19752 AATTCATTTTTTAAATCTCTTAA-TTATTAAATTTCAAAATATTGATAAATT-GTTATTATTTTA
250 AATTTATTTTTTAAATCTC-TAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTA
* * * *
19815 TTTCAAATGAA-CTTATATAAATTGAAACAATTCTTTTATGACAAAAC
313 TTTCAAAT-AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC
* * * * * * *
19862 AAAATGTCATAACGATTTCAAATAAATAATTATTCCAATAGTCATGACTAATTGATCTAGTTC-A
1 AAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-CAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA
* * * ** * * **
19926 GTATACATATTTA-TTTGTAAAAATTTTACCTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTA
64 -TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * *
19990 TTTTAATTCGAATCAGC-T-TAT-----------ATTGTTTTAT-AGTAGAACAAAAAGTCATAA
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** * * * * ** * * *
20041 CAATTTGAAATAAATAATT-TGTTAACTAGTCATAACTATTTG-AATTGGTTTGTTAAATAGATT
192 TGATTTGAAATAGATAATTAT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAAACT-GTCAG-AAAACAAATT
* * ** * * * *
20104 TATTTTTTCAA--TCT--CTTATTAGTTTTCGAAATGTTAATAGATTAGTATTACTTTATTCTTA
254 TATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCA
** * * * * *
20165 ACA-AA-CTTAAATGAACAAAAACATTTGTTTTATCACAAAAC
318 A-ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC
** * * * * * * * * *
20206 AAAATGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTAAAATGGTCATAATTATTTAAATTGGTTAGG
1 AAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-CAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA
* * * *
20271 TAAACATAATTATTTTTTTAAATC---T-C---TTAATTATTGAAATATTAATAAATTCA-TTTT
64 TAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATT
* * * *** *
20328 GTTTTATTCTGAATAAGCTAGTATGAATTGAAA-ATTTGGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATA
127 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATT-GTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATA
* * * * ** * *
20392 A-CATTTTGAAATAGATAATTATT-ATTATAGTCTTAAATATTTGAAA-TGGTTTGGCAAATAAA
191 ATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAGTCATAACTATTTGAAACT-G-TCAGAAAACAAA
* * * * * * ** *
20454 TTTA-TTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGAATTACTGTTAGATTAGTATTATTTTATTTC
252 TTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * * *
20518 GAATAAGCTTTTATGAACAGAAATAATTATTTTATGATAGAAC
317 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC
* ** * * * * * *
20561 AAAAAGTTATAACAATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC-CGATTTG
1 -AAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCG
* * * * * *
20625 GTAAATAGATTTATTTCTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAAGATAAATAAATTAGTATAA
63 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * ** *
20686 TTTTATTTTGAATAAGCTTGAATGATCAAAAACATTTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAAT
128 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * * * * * **
20751 GACTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATGATTATTTGACA-TGATTC-G----GTAA---A
193 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAACTG--TCAGAAAACAAATTTA
* * *
20807 -----TAGAT-TC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCAAAT
256 TTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* ** * *
20864 AAGCTTGTATGGACTA-AAATGATTGTTTGATGACAAAAC
321 AAGCTTGTAT-GAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC
** * * * *
20903 AAAAGATCATAACAATTTGAAACAAATAATTGTTCATGTAGTCTTAAC-AGTTTGAA-T-GCTTC
1 AAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-ATAGTCATAACTA-TTTGAACTAG-TTC
* * * * * * *
20965 GGTAAACAAATTTATTTGTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAACTATTATTAAATTAGTATT
62 GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * *
21030 ATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACTATTATTTTATAATAGAACAAAAGGTTATAA
127 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAA
* * * *
21095 TGGTTTGAAATAGGTAATTACTT-AAATAG--A-AGCTAGTTTG-----GT----AAACAGATTT
192 TGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAAACTGTCAGAAAACAAATTT
* **
21147 ATTTTTTAAA--TCT--CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
255 ATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
* * * *
21208 T-AGCTTGTAT-CATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAT
320 TAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGACAAAAC
* * * * * *
21247 AAAAGTTCATAATGCTTTGAAATAGATAATTGTTAAAATTA-CCATAATTATTTGAACTTATTTA
1 AAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-CAA-TAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTC
* * * ** * ** *
21311 G-TAAATAGATTCACTTTTTAAATCACTTAGTTATTAATTTCAG-AATATTAATAAATTATTATT
62 GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* *** *
21374 ATTTTA-TTTAAATTAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
127 ATTTTATTTTGAA-TAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * *
21438 ATGATTTTAAATATACAATTGTTCAAATAGTTATAGCTATTT-AAATTTGTTCAGAAAACATATT
191 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAA-CTG-TCAGAAAACAAATT
** * *
21502 TATTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TAGGTATTATTTTATTTT
254 TA-TTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA-GTATTATTTTATTTC
** * * ** *
21566 GGATAAGCTTTTTTGAACTA-AAATGATTGTTTTATGACAAAAC
317 AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC
** * * * *
21609 AAAAGGTCATAACAATTTTAAATA-AGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAGCTTGTTTG
1 AAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTC-AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCG
* * * * * * * * *
21673 GTAAATAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATGTTAATATATTTGGATT
63 ATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * *
21738 ATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGATATGATACAACAA---TTTTATGAT--AA-AAAAGGTAA
127 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-A-CA-AAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCA
* * ** ** * *
21797 GAACGATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAGTTTTAACTATTTG-AACTAGTTTA-ACAAACAC
189 TAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAACT-G-TCAGA-AAACAA
* * * * *
21860 ATTTATTTTTTAAATCTC-ATACTTATTAA-TTTTGAAATATTATTCAATTAGAATTATTTTTAA
251 ATTTATTTTTTAAATCTCTA-ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTAT
* * * * *
21923 TT-GAATAAGCTTATCTG-ATCAGAAATAATTATTTTATGAAAAAAC
314 TTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGACAAAAC
* * * ** *
21968 -AAAGATCATAACGATTTG----AG---ATTGATAAATAGTCATAACTATTCAAACTAGTTTGAT
1 AAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGAT
* * * *
22025 AAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
65 AAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
**
22090 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA
129 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA
22114 TAAAAAATGA
Statistics
Matches: 4007, Mismatches: 836, Indels: 534
0.75 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
337 1 0.00
338 1 0.00
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341 36 0.01
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367 5 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (359 bp):
AAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATA
AACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
TATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGAT
TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAACTGTCAGAAAACAAATTTATTTTT
TAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT
TGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC
Found at i:21597 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 21130--22113 Score: 807
Period size: 182 Copynumber: 5.5 Consensus size: 180
21120 ATAGAAGCTA
*
21130 GTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
1 GTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* *** * *
21191 TATTATTTTATTTTGAAT-AGCTTGTATCATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGTTC
66 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * *
21255 ATAATGCTTTGAAATAGATAATTGTTAAAATTA-CCATAATTATTTGAACTT
131 ATAATGATTTTAAATA-ATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * **
21306 ATTTAGTAAATAGATTCACTTTTTAAATCACTTAG-TTATTAATTTCAG-AATATTAATAAATTA
1 GTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-GCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * *
21369 TTATTATTTTA-TTTAAATTAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
65 GTATTATTTTATTTTGAA-TAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * *
21433 TCATAATGATTTTAAATATACAATTGTTCAAATAGTTATAGCTATTTAAATTT
129 TCATAATGATTTTAAATA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * *
21486 GTTCAGAAAACATATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TA
1 GTTTAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * **
21550 GGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTTTGAACTAAAATGATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
65 -GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
** *
21615 TCATAACAATTTTAAATAAGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAGCTT
129 TCATAATGATTTTAAATAA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * * * *
21668 GTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATGTTAATATATTT
1 GTTTAGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * *** *
21733 GGATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGATA-TGATACAACAATTTTATG--ATAA-AAAAGG
65 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * ** ** *
21794 TAAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAGTTTTAACTATTTGAACTA
129 TCATAATGATTTTAAATA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
** * * * * *
21847 GTTTAACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCATACTTATTAA-TTTTGAAATATTATTCAATTAG
1 GTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * * * * * *
21911 AATTATTTT-TAATTGAATAAGCTTATCTGATC-AGAAATAATTATTTTATGAAAAAAC-AAAGA
66 TATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * ** *
21973 TCATAACGA--TT---TGA-GATTGAT-AAATAGTCATAACTATTCAAACTA
129 TCATAATGATTTTAAATAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* *
22018 GTTT-GATAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTAG-TTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAT
1 GTTTAG-TAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTT-GCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
**
22081 TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA
63 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA
22114 TAAAAAATGA
Statistics
Matches: 639, Mismatches: 140, Indels: 61
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
171 32 0.05
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183 6 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (180 bp):
GTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
ATAATGATTTTAAATAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
Found at i:22333 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 22298--22350 Score: 88
Period size: 27 Copynumber: 2.0 Consensus size: 27
22288 TTATGACAAA
*
22298 ACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAG
1 ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG
*
22325 ACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATA
1 ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
22351 AATAATTGTT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 24 1.00
ACGTcount: A:0.53, C:0.09, G:0.11, T:0.26
Consensus pattern (27 bp):
ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG
Found at i:22490 original size:203 final size:206
Alignment explanation
Indices: 22136--22523 Score: 534
Period size: 203 Copynumber: 1.9 Consensus size: 206
22126 GGCCATATTG
* * *
22136 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTAATTCAGTAAACAAATTTTAT
1 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTAATTCAGTAAACAAATTTTAT
* ***
22201 TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGTATAAGCT
66 TTTTTAAATCTCTTACTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT
* * * * *
22266 TGTACTAGCTAAAATAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGACAAA
131 TGCACTAGCAAAAACAATTGTTTTATGATAAAAACAAAAGGTAATAACAATTTTAAATAGACAAA
22330 AGGTTATAACA
196 AGGTTATAACA
* * ** * *
22341 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAATTTGGTAAATAGA-TTTA-
1 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTAATTCAGTAAACAAATTTTAT
22404 TTTTTAAATCTCTTACTAATTCTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC
66 TTTTTAAATCTCTTACTAATT-TTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC
* * *
22468 TTGCAGGTTG-AAAAACAATTGTTTTATGATAAAAACAAAAGGTAATAACATTTTTA
130 TTGCA-CTAGCAAAAACAATTGTTTTATGATAAAAACAAAAGGTAATAACAATTTTA
22524 TTTCAAATAA
Statistics
Matches: 159, Mismatches: 21, Indels: 7
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
203 78 0.49
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ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (206 bp):
ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTAATTCAGTAAACAAATTTTAT
TTTTTAAATCTCTTACTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT
TGCACTAGCAAAAACAATTGTTTTATGATAAAAACAAAAGGTAATAACAATTTTAAATAGACAAA
AGGTTATAACA
Found at i:22560 original size:68 final size:68
Alignment explanation
Indices: 22451--22588 Score: 215
Period size: 68 Copynumber: 2.0 Consensus size: 68
22441 ATTAGTATTA
22451 TTTTATTTCAAATAAGCTTGCAGGTTGAAAAACAATTGTTTTATGATAAAAACAAAAGGTAATAA
1 TTTTATTTCAAATAAGCTTGCAGGTTGAAAAACAATTGTTTTATGA-AAAAACAAAAGGTAATAA
22516 C-AT
65 CGAT
* * * **
22519 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAATGAAAGGTAATAAC
1 TTTTATTTCAAATAAGCTTGCAGGTTGAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTAATAAC
22584 GAT
66 GAT
22587 TT
1 TT
22589 GAAATAGATA
Statistics
Matches: 64, Mismatches: 5, Indels: 2
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
67 16 0.25
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Consensus pattern (68 bp):
TTTTATTTCAAATAAGCTTGCAGGTTGAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTAATAAC
GAT
Found at i:22908 original size:183 final size:180
Alignment explanation
Indices: 22548--22976 Score: 439
Period size: 183 Copynumber: 2.4 Consensus size: 180
22538 GTATGTTGAA
* ** * *
22548 AAACAATTGTTTTATGAGAAAATGAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGC
1 AAACAATTATTTTATGAGAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* *
22613 CATAATTATTGGAACTATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
66 CATAATTATTGGAACTATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATCAATTTTTCA
* ** **
22678 AATATTAATAAAGTAGTAGTATTTTATTTTGGATAAACTTTTATGAACTG
131 AATATTAATAAAGTAGTAGTATTTTATTCTAAATAAACTAGTATGAACTG
* * *
22728 AAACAATTATTTTATGAGAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTATTTTATGAGAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* ** * * *
22793 CAT-ATCTATTTGAGTTTGTTC-GATAAACAGATTCATTTTTTTTAAATCTCTTGCTTATCAATT
66 CATAAT-TATTGGA-ACTATTCAG-TAAACAGATT--TATTTTTTAAATCTCTTACTTATCAATT
* * * ** * * *
22856 TTTCTAATATTAATAAATTATTTTTTTTTTGTTCTAAATAAGCTAGTATGAACTG
126 TTTCAAATATTAATAAAGTAGTAGTATTTTATTCTAAATAAACTAGTATGAACTG
* * * ** * * * * * *
22911 AAATAATCATTTTGTGACTAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAACAGATAATTATTCTAATAGT
1 AAACAATTATTTTATGAGAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
22976 C
66 C
22977 TTAACAATTT
Statistics
Matches: 202, Mismatches: 42, Indels: 7
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
179 2 0.01
180 67 0.33
181 14 0.07
183 119 0.59
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AAACAATTATTTTATGAGAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
CATAATTATTGGAACTATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATCAATTTTTCA
AATATTAATAAAGTAGTAGTATTTTATTCTAAATAAACTAGTATGAACTG
Found at i:23595 original size:145 final size:146
Alignment explanation
Indices: 23330--23604 Score: 381
Period size: 145 Copynumber: 1.9 Consensus size: 146
23320 GTTATAATAG
* * * *
23330 AATTTATTTTTTTAATCTCCTACTTATTAATTTTCAAAAAATTAATAAATTAGCATTATTTTATT
1 AATTTATTTCTTAAATCTCCTACATATTAATTTTCAAAAAATTAATAAATTAACATTATTTTATT
* ** * *
23395 TCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAACTATTTGA
66 TCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTACAACAAAACAAAAGATCATAAATATTTGA
23460 GCTTGCTTGATAAACA
131 GCTTGCTTGATAAACA
** *** *
23476 AATTTATTTCTTAAATCTTTTACATATTAATTTTTGGAAAATTAATAAATTAATATT-TTTTATT
1 AATTTATTTCTTAAATCTCCTACATATTAATTTTCAAAAAATTAATAAATTAACATTATTTTATT
* * *
23540 TTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAAATATTTGA
66 TCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTACAACAAAACAAAAGATCATAAATATTTGA
23605 AATAGATAAT
Statistics
Matches: 111, Mismatches: 18, Indels: 1
0.85 0.14 0.01
Matches are distributed among these distances:
145 64 0.58
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (146 bp):
AATTTATTTCTTAAATCTCCTACATATTAATTTTCAAAAAATTAATAAATTAACATTATTTTATT
TCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTACAACAAAACAAAAGATCATAAATATTTGA
GCTTGCTTGATAAACA
Found at i:23625 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 23604--23636 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
23594 TAAATATTTG
23604 AAATAG-ATAATTATTC
1 AAATAGCATAATTATTC
23620 AAATAGTCATAATTATT
1 AAATAG-CATAATTATT
23637 TAAACATATT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.06, T:0.39
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTATTC
Found at i:23785 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 23507--23848 Score: 458
Period size: 180 Copynumber: 1.9 Consensus size: 180
23497 ACATATTAAT
*** *
23507 TTTTGGAAAATTAATAAATTAATATTTTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGG
1 TTTTGGAAAATTAATAAATTAATATTTTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAATAGAAACAATTGG
* * *
23572 TTTACAACAAAACAAAAGGTCATAAATATTTGAAATAGATAATTAT-TCAAATAGTCATAA-TTA
66 TTTACAACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAA-AGATAATTATCCCAAATAATCATAACTTA
*
23635 TTT-AAACATATTTAGA-AAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTACTAAATACA
130 TTTAAAAC-T-GTTAGATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTACTAAATACA
** *
23686 TTTTGGAATGTTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAATAGAAACAATTG
1 TTTTGGAAAATTAATAAATTAATATT-TTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAATAGAAACAATTG
* ** * * *
23751 TTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGATTTGAAAAGATAATTGTCCCAAATAATCATAACTTA
65 GTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAAAGATAATTATCCCAAATAATCATAACTTA
*
23816 TTTAAAACTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTT
130 TTTAAAACTGTTAGATAAATAGATTTATTTTTT
23849 TAATCTTTGC
Statistics
Matches: 140, Mismatches: 18, Indels: 8
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
179 32 0.23
180 80 0.57
181 24 0.17
182 4 0.03
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (180 bp):
TTTTGGAAAATTAATAAATTAATATTTTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAATAGAAACAATTGG
TTTACAACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAAAGATAATTATCCCAAATAATCATAACTTAT
TTAAAACTGTTAGATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTACTAAATACA
Found at i:24378 original size:177 final size:176
Alignment explanation
Indices: 24149--26149 Score: 737
Period size: 181 Copynumber: 11.2 Consensus size: 176
24139 AAAATTTTTT
*** * * * * *
24149 TCTTATTAATTTTTTTAATATTAACAAATTTGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTCTATGAATA
1 TCTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA
***
24214 GAATA-AATTGTTTTATGACAAAACAAA-ATGTTATAGTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
66 GAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAATA-GTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * *
24277 AATCATTACTATTTGAACAT-ATTCAATGAACATATTCTTTTTTTAAATC
129 AGTCATAACTATTTGAACATGGTT-AATGAACAGATT-TTTTTTTAAATC
* **
24326 TCTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCAAATAAGCTTGTGCGAATA
1 TCTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * *
24391 GAAACAATTGTTTTGTGATAAAATAAATGGTTATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAG
66 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* *
24456 TCATAATTATTT--ACACTGGTT-AGGCCAACAGATTATTTTTTTAAATCC
131 TCATAACTATTTGAACA-TGGTTAATG--AACAGATT-TTTTTTTAAAT-C
* * * * ** *
24504 ATTAGTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTTGAATAAGATTGTATGA
1 --T-CTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA
* * * * * *
24569 ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTTAAA
63 ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * *
24634 TAGTTATAACTAATTGAAC-TGGTTAAGTAAATAGATTTATTTTTTAATTC
128 TAGTCATAACTATTTGAACATGGTTAA-TGAACAGATTT-TTTTTTAAATC
* * * ** * * * *
24684 TCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTTCCAACAAATTTATTTGGAC
1 TCTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGA-ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT
* * ** * * * * * *
24748 AAAAAC-A-T-TTGT-T-----AACAAAGGGTCATACCGACTTGAAATAGACAATTGTTTAAATA
65 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * * *
24804 GTCATAATTATTTCAAC-TAGTTTAGTAAATAAAATTATTTATTAAATC
130 GTCATAACTATTTGAACAT-GGTTAATGAA-CAGATTTTTTTTTAAATC
* ** **
24852 TCTTATTGATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTTTGAATAAG-TTAGT
1 TC---TT-ATTAATTTTCAG-AATATTAATAAA-TTAGAATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-GT
* * * * ** * * * * * *
24914 AAGAACTA-AAAAAATTATATTACAATAAAACAAA-ATGTCATAACAATATAAAATAAAGAATTG
59 ATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATA-GTTATAACAATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * *
24977 TTCATATAGCCTTAACTATTTGAACTAAT--TTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
122 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC--ATGGTTAATGAACAGATTT-TTTTTTAAATC
* * * ** *
25033 TATTAGTTATTAATTTTCA-AAGTATTATTACATTA-ATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTA
1 ---T-CTTATTAATTTTCAGAA-TATTAATAAATTAGA-ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTA
* * * * *
25096 TGAACATG-AATAATTGTTTTATGATAGAACAAA-AGGTTAT---AA---GAAATTGA-AA---T
60 TGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATA-GTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * *
25149 ACAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTTGATAAAC-GTATTTATTTTTTAAATC
123 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACATG-GTTAATGAACAG-ATTT-TTTTTTAAATC
* * * * *
25204 TCCTATTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTACGAATAGGCTAGTA
1 T-C---TTATTAATTTTCAG-AATATTAATAAATTAGA-ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTA
* * ** *
25267 TG-ATGAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAT-GTTCATAATTATTTGAAATAGATAAATGT
60 TGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATAGTT-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * * * * **
25330 TCAAATGGACGTAATTATTTTAAC-TGATTCGATAAACTGATTTATGCTTTAAATC
123 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGGTT-AATGAACAGATTT-TTTTTTAAATC
* * * * **** *
25385 TTTAACTTATCAATTTTTAAAATATT-ATAAAAGTA-ATATTATTTTATTTGGGGTAAGCTTTTA
1 --T--CTTATTAATTTTCAGAATATTAAT-AAATTAGA-ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTA
* * * * * * * ** * * * *
25448 TTATTTGAAATAATTGTTTTATGATAAAATAAA-AGGTCATAATGATTTTAGATAGACAATTATT
60 TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATA-GTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * *
25512 CAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGCTTTATAAACAAATTTATTTTTTTTAATTTC
124 CAAATAGTCATAACTATTTGAACATGGTTAATGAACAGA--T-TTTTTTTTAA-ATC
* ** * * *
25569 TTGCGTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTA-ATATTATTTTTATTTCAAATAAACATGTATG
1 -T-CTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGA-ATTA-TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG
* * * * * * * **
25633 AATTGAAACAATTATTTTATAACTAAATAAA-AGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-
62 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATA-GTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * **
25696 AACAGTCTTAACTATTTGAAC-TGGATCAACAAAC-GCATTTATTTTTTAAATCC
126 AATAGTCATAACTATTTGAACATGG-TTAATGAACAG-ATTT-TTTTTTAAAT-C
* * * * * * * **
25749 TTACTTATTGATTTTTAAAATATTATTAACTTAGCAA-TATTTTACTCCGTATAAGCTTGTATGA
1 -T-CTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAG-AATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA
* * * * * * * * *
25813 ACAGAAACAAATATTTTAAGACAAAACAAA-AATCATAACAATTTGAGATAAATAATTGTTTAAA
63 ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* ** * * * *
25877 TAGTTATAACTATTT-AA-ATTGGTTCGGTAAAGAGATTTAGTCTTTAAATC
128 TAGTCATAACTATTTGAACA-TGGTT-AATGAACAGATTT-TTTTTTAAATC
* * * * **
25927 TCTTATTAATTTT-TGAAATAGTAATAAATTGGTATTA-TTTATTAT-AAATAATTTTGTATGAA
1 TCTTATTAATTTTCAG-AATATTAATAAATTAGAATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAA
* ** * * *
25989 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATA-TCATAATGATTTAAAATAGATAATAGTTTAAA
64 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAATAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * * *
26053 TGGACATGACTATTTGAAC-TTGTTCAGTAAACTA-ATTAATTTTTTAAATC
128 TAGTCATAACTATTTGAACATGGTT-AATGAAC-AGATT-TTTTTTTAAATC
* * *
26103 TTCAACTTATTAATTTTTAGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 -T---CTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTAT
26150 CATAATGATT
Statistics
Matches: 1380, Mismatches: 327, Indels: 230
0.71 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
168 66 0.05
169 8 0.01
170 4 0.00
171 118 0.09
172 44 0.03
173 6 0.00
174 7 0.01
175 54 0.04
176 90 0.07
177 205 0.15
178 33 0.02
179 79 0.06
180 86 0.06
181 425 0.31
182 66 0.05
183 82 0.06
184 7 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (176 bp):
TCTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA
GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
TCATAACTATTTGAACATGGTTAATGAACAGATTTTTTTTTAAATC
Found at i:24946 original size:349 final size:353
Alignment explanation
Indices: 24434--25081 Score: 777
Period size: 349 Copynumber: 1.8 Consensus size: 353
24424 TAACAATTTA
* * * * *
24434 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTACACTGGTTAGGCCAACAGATTATTTTTTTA
1 AAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTACACTGGTTAGGCAAAAAAATTATTTTATTA
24499 AATCCATTAGTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTTGAATAAGATTG
66 AATCCATTAGTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTTGAATAAGATTG
* * * ** * * *
24564 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAATAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTA
131 TAAGAACAAAAACAATTATATTACAACAAAACAAAAT-GTCATAACAATATAAAATAAAGAATTA
* * ** * *
24628 TTTAAATAG-TTATAACTAATTGAACTGGTTAAGTAAATAGATTTATTTTTT-AAT-T-CT-CTT
195 TTCAAATAGCCT-TAACTAATTGAACTAATTAAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTACTACTT
24688 ATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCCAACAAATTTATTTGGACAAAAA
259 ATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCCAACAAATTTATTTGGACAAAAA
24753 CATTTGTTAACAAAGGGTCATACCGACTTG
324 CATTTGTTAACAAAGGGTCATACCGACTTG
* * *
24783 AAATAGACAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTT-CAACTAGTTTA-GTAAATAAAATTA-TTTA
1 AAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAC-ACT-GGTTAGGCAAA-AAAATTATTTTA
** *
24845 TTAAATCTC-TTA-TTGATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTTTGAAT
63 TTAAATC-CATTAGTT-ATTAATTTTTAG-AATATTAATAAA-TTAGCATTACTTTATTTTGAAT
*
24906 AAG-TTAGTAAGAACTAAAAA-AATTATATTACAATAAAACAAAATGTCATAACAATATAAAATA
124 AAGATT-GTAAGAAC-AAAAACAATTATATTACAACAAAACAAAATGTCATAACAATATAAAATA
* * * *
24969 AAGAATTGTTCATATAGCCTTAACTATTTGAACTAATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
187 AAGAATTATTCAAATAGCCTTAACTAATTGAACTAATTAAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
* * * * *
25034 ATTAGTTATTAATTTTCAAAGTATTATTACATTAATATTATTTTATTT
252 ACTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
25082 TGAATAAACT
Statistics
Matches: 249, Mismatches: 35, Indels: 26
0.80 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
348 6 0.02
349 175 0.70
350 26 0.10
351 1 0.00
352 1 0.00
353 40 0.16
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (353 bp):
AAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTACACTGGTTAGGCAAAAAAATTATTTTATTA
AATCCATTAGTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTTGAATAAGATTG
TAAGAACAAAAACAATTATATTACAACAAAACAAAATGTCATAACAATATAAAATAAAGAATTAT
TCAAATAGCCTTAACTAATTGAACTAATTAAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTACTACTTAT
TAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCCAACAAATTTATTTGGACAAAAACA
TTTGTTAACAAAGGGTCATACCGACTTG
Found at i:25320 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 24989--25299 Score: 383
Period size: 171 Copynumber: 1.8 Consensus size: 171
24979 CATATAGCCT
*
24989 TAACTATTTGAACTAATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTATTAGTTATTAATTTTCAAA
1 TAACTATTTGAACTAATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTACTAGTTATTAATTTTCAAA
* * ** * ** * *
25054 GTATTATTACATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACATGAATAATTGTTTTATG
66 GTATTAATAAATTAATATTATTTTATTACGAATAAACTAGTATGAACAAAAACAATTATTTTATG
* *
25119 ATAGAACAAAAGGTTATAAGAAATTGAAATACAAATAGTCA
131 ACAAAACAAAAGGTTATAAGAAATTGAAATACAAATAGTCA
* * ** * * *
25160 TAACTATTTGAATTGATTT-GATAAACGTATTTATTTTTTAAATCTCCTATTTATTAATTTTTGA
1 TAACTATTTGAACTAATTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTACTAGTTATTAA-TTTTCA
** **
25224 AA-TATTAATAAATTAATATTATTTTATTACGAATAGGCTAGTATGATGAAAAACAATTATTTTA
64 AAGTATTAATAAATTAATATTATTTTATTACGAATAAACTAGTATGAACAAAAACAATTATTTTA
25288 TGACAAAACAAA
129 TGACAAAACAAA
25300 TGTTCATAAT
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 23, Indels: 4
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.01
171 107 0.93
172 7 0.06
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (171 bp):
TAACTATTTGAACTAATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTACTAGTTATTAATTTTCAAA
GTATTAATAAATTAATATTATTTTATTACGAATAAACTAGTATGAACAAAAACAATTATTTTATG
ACAAAACAAAAGGTTATAAGAAATTGAAATACAAATAGTCA
Found at i:25383 original size:352 final size:359
Alignment explanation
Indices: 24492--25717 Score: 869
Period size: 352 Copynumber: 3.5 Consensus size: 359
24482 AACAGATTAT
* ** * *
24492 TTTTTTAAATC-CATTAGTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTTGA
1 TTTTTTAAATCTC-TTATTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGA
* * * * *
24555 ATAAGATTGTATGAAC--AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATAGTCATAACAATTTGAAA
64 ATAAGCTAGTATGAACTGAAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAT-GTCATAATAATTTGAAA
* * * *** * ** * * * * *
24618 TAAATAATTATTTAAATAGTTATAACTAATTGAACTGGTTAAGTAAATAGATTTAT-TTTTTAAT
128 TAGATAATTGTTCAAATAGACGTAACTATTTGAACTAATTGAGTAAACAAATTTATGCTTTAAAT
* * * ** *
24682 -TCT--CTTATTAATTTTCAAAATATTA-ATAAATTAATATTATTTTATTTCCAACAAA-TT-TA
193 CTTTAACTTATCAATTTTCAAAATATTATA-AAAGTAATATTATTTTATTTGGAATAAACTTGTA
* *** * * ** * *
24741 T---TTGGACAA-AA--ACATT-TG-T-TAACAAAGGGTCATACCGACTTGAAATAGACAATTGT
257 TAACAT-GA-AATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGA--T-AGATAGACAATT-A
* * * * * *
24797 TTAAATAGTCATAATTATTTCAACTAG-TTTAGTAAATAAAATTA
316 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATTTA-TAAACAAATTTA
* * * * *
24841 TTTATTAAATCTCTTATTGATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATTTTATTTTATTTTGAAT
1 TTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAAT
* * * * * * * *
24906 AAGTTAGTAAGAACT-AAAAA-AATTATATTACAATAAAACAAAATGTCATAACAATATAAAATA
66 AAGCTAGTATGAACTGAAAAACAATTATTTTATAACAAAAC-AAATGTCATAATAATTTGAAATA
* * * * * * **
24969 AAGAATTGTTCATATAGCCTTAACTATTTGAACTAATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
130 GATAATTGTTCAAATAGACGTAACTATTTGAACTAATTGAGTAAACAAATTTATGCTTTAAATCT
* * * * * * *
25034 ATT-AGTTATTAATTTTCAAAGTATTATTACATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATG
195 -TTAACTTATCAATTTTCAAAATATTATAAAAGTAATATTATTTTATTTGGAATAAACTTGTAT-
* * *
25098 AACATG-AATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAA-GA-A-ATTGA-AA-TA-CAAATA
258 AACATGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATAGATAGACAATTATCAAATA
**
25156 GTCATAACTATTTGAA-TTGATTTGATAAACGTATTTA
323 GTCATAACTATTTGAACTTGATTT-ATAAACAAATTTA
* *
25193 TTTTTTAAATCTCCTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTACGAAT
1 TTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAAT
* * *
25258 AGGCTAGTATG-A-TGAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATGTTCATAATTATTTGAAATA
66 AAGCTAGTATGAACTGAAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAATG-TCATAATAATTTGAAATA
* * * * * **
25321 GATAAATGTTCAAATGGACGTAATTATTTTAACTGATTCGA-TAAACTGATTTATGCTTTAAATC
130 GATAATTGTTCAAATAGACGTAACTATTTGAACTAATT-GAGTAAACAAATTTATGCTTTAAATC
* ** * * *
25385 TTTAACTTATCAATTTTTAAAATATTATAAAAGTAATATTATTTTATTTGGGGTAAGCTTTTATT
194 TTTAACTTATCAATTTTCAAAATATTATAAAAGTAATATTATTTTATTTGGAATAAACTTGTATA
** *
25450 ATTTGAAATAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAGATAGACAATTATTCAA
259 ACATGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGA---TAGATAGACAATTA-TCAA
* *
25515 ATAGTTATAACTATTTGAACTTGCTTTATAAACAAATTTA
320 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGATTTATAAACAAATTTA
* * *** * *
25555 TTTTTTTTAATTTCTTGCGTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAATATTATTTTTATTTCA
1 -TTTTTTAAATCTCTTATTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTA-TTTTATTTCG
* * * * *
25619 AATAAAC-ATGTATGAATTG--AAACAATTATTTTATAACTAAATA-AAAGGTCAGAATGATTTG
63 AATAAGCTA-GTATGAACTGAAAAACAATTATTTTATAAC-AAA-ACAAATGTCATAATAATTTG
* * *
25680 AAATAGATAATTGTTC-AACAGTCTTAACTATTTGAACT
125 AAATAGATAATTGTTCAAATAGACGTAACTATTTGAACT
25718 GGATCAACAA
Statistics
Matches: 693, Mismatches: 136, Indels: 82
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
349 136 0.20
350 19 0.03
351 19 0.03
352 253 0.37
353 48 0.07
354 3 0.00
355 5 0.01
356 6 0.01
357 4 0.01
358 5 0.01
359 5 0.01
360 4 0.01
361 3 0.00
362 44 0.06
363 61 0.09
364 67 0.10
365 8 0.01
366 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (359 bp):
TTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAAT
AAGCTAGTATGAACTGAAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAATGTCATAATAATTTGAAATAG
ATAATTGTTCAAATAGACGTAACTATTTGAACTAATTGAGTAAACAAATTTATGCTTTAAATCTT
TAACTTATCAATTTTCAAAATATTATAAAAGTAATATTATTTTATTTGGAATAAACTTGTATAAC
ATGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATAGATAGACAATTATCAAATAGTC
ATAACTATTTGAACTTGATTTATAAACAAATTTA
Found at i:26101 original size:176 final size:177
Alignment explanation
Indices: 25805--26146 Score: 390
Period size: 176 Copynumber: 1.9 Consensus size: 177
25795 CCGTATAAGC
* * *
25805 TTGTATGAACAGAAACAAATATTTTAAGACAAAACAAAAATCATAACAATTTGAGATAAATAATT
1 TTGTATGAACAGAAACAAATATTTTAAGACAAAACAAAAATCATAACAATTTAAAATAAATAATA
** * *
25870 GTTTAAATAGTTATAACTATTTAAATTGGTTCGGTAAAGAGATTTAGTCTTTAAATC-T-CTTAT
66 GTTTAAATAGACATAACTATTTAAATTGGTTCAGTAAAGAGATTAAGTCTTTAAATCTTACTTAT
*
25933 TAATTTTT-GAAATAG-TAATAAATTGGTATTATTTATTATAAATAATT
131 TAATTTTTAG-AAT-GTTAATAAATTAGTATTATTTATTATAAATAATT
* * * * ** *
25980 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAATGATTTAAAATAGATAAT
1 TTGTATGAACAGAAACAAATATTTTAAGACAAAACAAAA-ATCATAACAATTTAAAATAAATAAT
* * * * * *
26045 AGTTTAAATGGACATGACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACTA-ATTAATTTTTTAAATCTTCAA
65 AGTTTAAATAGACATAACTATTT-AAATTGGTTCAGTAAA-GAGATTAAGTCTTTAAATCTT--A
26108 CTTATTAATTTTTAGAATGTTAATAAATTAGTATTATTT
126 CTTATTAATTTTTAGAATGTTAATAAATTAGTATTATTT
26147 TATCATAATG
Statistics
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Consensus pattern (177 bp):
TTGTATGAACAGAAACAAATATTTTAAGACAAAACAAAAATCATAACAATTTAAAATAAATAATA
GTTTAAATAGACATAACTATTTAAATTGGTTCAGTAAAGAGATTAAGTCTTTAAATCTTACTTAT
TAATTTTTAGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTATTATAAATAATT
Found at i:27232 original size:181 final size:181
Alignment explanation
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Period size: 182 Copynumber: 12.5 Consensus size: 181
26301 AACAATTGGC
* * * * *
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1 CATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAT
* * *** * *
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66 A--TTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
* * * * ** * * *
26436 TTCGAAATATG-ATAGCATGAATAGAACCAATTGTTATATTACAAAACAAAATGT
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** * * * ** * * *
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1 CATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAT
* * *
26555 ATTTATTTTTTTAATTCTCTTACTCT-TTAATTTTGAAAATATTAATCAATTAATATTATTTTAT
66 ATTTATTTTTTAAATT-TCTTACT-TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
** * * *
26619 TTCAAATAGGCTTATAAGAACT-GAAATAATTATTTTATTG-CAAAACAAAAGGT
129 TTTGAATAAGCTTATATGAA-TAGAAATAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * ** * * *
26672 CACAATGATTTCAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTCAACAAGATCAGTAAGCAA
1 CATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAT
* * *
26737 ATTTATTTTTTTAATTCTCTTACTCT-TTAATTTTGAAAATATTAATCAATTAATATTATTTTAT
66 ATTTATTTTTTAAATT-TCTTACT-TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
** * *
26801 TTCAAATAGGCTTATATGAACT-GAAATAATTATTTTATTG-CAAAACAAAAGGT
129 TTTGAATAAGCTTATATGAA-TAGAAATAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * ** * * *
26854 CACAATGATTTCAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTCAACAAGATCAGTAAGCAA
1 CATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAT
* * *
26919 ATTTATTTTTTTAATTCTCTTACTCT-TTAATTTTGAAAATATTAATCAATTAATATTATTTTAT
66 ATTTATTTTTTAAATT-TCTTACT-TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
** * *
26983 TTCAAATAGGCTTATATGAACT-GAAATAATTATTTTATTG-CAAAACAAAAGGT
129 TTTGAATAAGCTTATATGAA-TAGAAATAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * *
27036 CACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATGACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAT
1 CATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAT
* *
27101 ATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
66 ATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
* * * *
27166 TGAATAAGC-AAGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGT
131 TGAATAAGCTTA-TATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * *
27217 CATTACAAGTTGAAATAAATAAATGTTCAAAAAGTCATAA-TGATTTGAACTTGTTC-GATAAAT
1 CATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTCAG-TAAAC
* * * ** **
27280 AGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTACTTATCTTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTA
64 ATATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
* * ** **
27344 -TTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAATCATTTTATGACAAAGTAAAAGGT
128 TTTTG-AATAAGCTTATATGAATAG-AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * * * *
27399 TATAGTGATTTCAAAT-GAATAATTGTTCAAATAATTATAATTATTTAAACTTGTTTAGTAAACA
1 CATAATAATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACA
* * * * * *
27463 GATTTATTATTTAAATCTCTTAATTATTAATGTTT-AGAATATTAATAACTTAATATTATTTTAT
65 TATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAAT-TTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
* * * * *
27527 TTTGAATAACCTTATATGAATTGAAATAATTTTTTTATGATAAAAGAAAAGGT
129 TTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * *
27580 CTTAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTG-ATTTAGTTCAATAAACA
1 CATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACA
* * * * * ** * *
27644 TATTTGTTTTTTTACATTTTTTACTTATTAATTGTCAAATTATTAATAAATTTGTATTATTTCAA
65 TATTT-ATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
* * * * * * *
27709 TCTGAATAAACTTCTATGAATAGAAACT-ATAGTTTAATAACAAAACAAAAAGT
129 TTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAA-TAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * ** *
27762 CATAATAATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATACTC-TTA--ATTTGAACCGGTT-TGATAAAC
1 CATAATAATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAAC
** * *
27822 ATATTTATTTTTTAAA--T-TT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTAT
64 ATATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
* * * * * * * *
27883 TCTAAACAAACTTATATGAACA-AAA-AAGCTATGTTTCATGATAAAACAAGAGGT
129 TTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAATAA--T-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * *
27937 CATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAA-TCGGTT-AGGTAAAT
1 CATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCA-GTAAAC
* * * ** * *
28000 AGAATTAATTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATTTTATTTTAT
64 ATATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
* * * *
28065 TCTAAATAAGC-TAGTATGAATTGAAA-ATATTGTTTTATGACAAAGCAAAAGGT
129 TTTGAATAAGCTTA-TATGAATAGAAATA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * **
28118 TATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTTTTAACTATTTGAA-TTAGTTCA-TCAAAC
1 CATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGT-AAAC
* * * * * *
28181 A-ATTTTATTTTTTAAATCTCTCAGTTATTAATTTTCAAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTA
64 ATA-TTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
* * * * * *
28245 TTTTGAATAAGCTTGTGTGAACA-ACAATAAGTGTTTTATGATAGAACAAAAGGT
128 TTTTGAATAAGCTTATATGAATAGA-AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * *
28299 TATAACAATTTGAAGT-GTACAATTGCTCAAATAATCATAAC--TTT----TTG---A--AAACA
1 CATAATAATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACA
* * ** * * *
28352 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTTGTTTTAT
65 TATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATA-TTATTTTAT
* * * * ** * *
28417 TATGAATAACCTTATATG-ATAAAAAACAATTGTAATATGACCAAACAGAA-GT
129 TTTGAATAAGCTTATATGAAT-AGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * * **
28469 AATAACAATTTGAAATAGATAATTATT-AAATTGGCCATAATTCTTTGAA-TTGATTTGGTAAAC
1 CATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAAC
* * **
28532 ATATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATT
64 ATATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATT
28561 TGAATCTATT
Statistics
Matches: 1702, Mismatches: 293, Indels: 150
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.00
170 80 0.05
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172 6 0.00
173 3 0.00
174 55 0.03
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178 36 0.02
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180 20 0.01
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184 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
CATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAT
ATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
TGAATAAGCTTATATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
Found at i:27398 original size:363 final size:359
Alignment explanation
Indices: 26311--28492 Score: 1487
Period size: 363 Copynumber: 6.1 Consensus size: 359
26301 AACAATTGGC
* * * * * * *
26311 CATAATTATTTAAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTCA--AAAAAT
1 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAT
* *** * *
26374 AGCTTTATTTTCTAAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGTAATGTTAATAAATTTA-ATTATTTTA
66 A--TTTATTTT-TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
* * * * ** * * * ***
26436 -TTCGAAATATG-ATAGCATGAATAGAACCAATTGTTATATTACAAAACAAAATGTCATAATGTT
128 TTTTG-AATAAGCTTA-TATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAT
* * * * ** * * *
26499 TTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTCAACAAGATC-AGTAAGCAAATTTATTT
191 TTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGATTTA-TT
* * * *
26563 TTTTAATTCTCTTACTCT-TTAATTT-TGAAAATATTAATCAATTAATATTATTTTATTTCAAAT
253 TTTTAAATCTTTTACT-TATTAATTTCT--AAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTCAAAT
* * *
26626 AGGCTTATAAGAACTGAAATAATTATTTTATTG-CAAAACAAAAGGT
315 AAGCTTATATGAA-TGAAAAAATTATTTTA-TGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * ** * * *
26672 CACAATGATTTCAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTCAACAAGATCAGTAAGCAA
1 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAT
* * *
26737 ATTTATTTTTTTAATTCTCTTACTCT-TTAATTTTGAAAATATTAATCAATTAATATTATTTTAT
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** * * * **
26801 TTCAAATAGGCTTATATGAACT-GAAATAATTATTTTATTG-CAAAACAAAAGGTCACAATGATT
129 TTTGAATAAGCTTATATGAA-TAGAAATAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
* * * * * ** * * *
26864 TCAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTCAACAAGATC-AGTAAGCAAATTTATTTT
192 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGATTTA-TTT
* * * *
26928 TTTAATTCTCTTACTCT-TTAATTT-TGAAAATATTAATCAATTAATATTATTTTATTTCAAATA
254 TTTAAATCTTTTACT-TATTAATTTCT--AAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTCAAATA
* *
26991 GGCTTATATGAACTGAAATAATTATTTTATTG-CAAAACAAAAGGT
316 AGCTTATATGAA-TGAAAAAATTATTTTA-TGACAAAACAAAAGGT
* * * * *
27036 CACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATGACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAT
1 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAT
* * *
27101 ATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
66 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
* * * * * *
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131 TGAATAAGCTTA-TATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * *
27230 AATAAATAAATGTTCAAAAAGTCATAATGATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAA
195 AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAT-ATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAA
* * * * *
27295 ATCTTTTACTTATTACTTATCTTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGT
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* **
27360 ATGAATAGAAAAAAATCATTTTATGACAAAGTAAAAGGT
323 ATGAAT-G-AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * *
27399 TATAGTGATTTCAAAT-GAATAATTGTTCAAATAATTATAATTATTTAAACTTGTTTAGTAAACA
1 CATAATGATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACA
* * * * *
27463 GATTTATTATTTAAATCTCTTAATTATTAATGTTT-AGAATATTAATAACTTAATATTATTTTAT
65 TATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
* * * * * * **
27527 TTTGAATAACCTTATATGAATTGAAATAATTTTTTTATGATAAAAGAAAAGGTCTTAATGATTTG
129 TTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * * * *
27592 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTG-ATTTAGTTCAATAAACATATTTGTTTTTT
194 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT-AATATTTGAACTT-GTTCGATAAACAGATTT-ATTTTT
* * * * * * *
27656 TACATTTTTTACTTATTAATTGTC-AAATTATTAATAAATTTGTATTATTTCA-ATCTGAATAAA
256 TAAATCTTTTACTTATTAATT-TCTAAA-TATTAATAAATTTATATTATTTTATTTC-AAATAAG
* * * * * *
27719 CTTCTATGAAT-AGAAACTATAGTTTAATAACAAAACAAAAAGT
318 CTTATATGAATGAAAAAAT-TA-TTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * ** *
27762 CATAATAATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATACTCT-T-A--ATTTGAACCGGTT-TGATAAA
1 CATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGT-TATAACTATTTAAACTTGTTCAG-TAAA
** * *
27821 CATATTTATTTTTTAAA--T-TT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTA
63 CATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
* * * * * * * *
27882 TTCTAAACAAACTTATATGAACA-AAA-AAGCTATGTTTCATGATAAAACAAGAGGTCATAACAA
128 TTTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAATAA--T-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAA
* * * * * * * *
27945 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAA-TCGGTTAGGTAAATAGAATTAAT
190 TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACT-TGTTCGATAAACAGATTTATT
* *
28009 TTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATTTTATTTTA-TTCTAAAT
253 TTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTCT-AAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTC-AAAT
* * *
28072 AAGC-TAGTATGAATTGAAAATATTGTTTTATGACAAAGCAAAAGGT
315 AAGCTTA-TATGAA-TGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * *
28118 TATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTTTTAACTATTTGAA-TTAGTTCA-TCAAAC
1 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTT-GTTCAGT-AAAC
* * * * *
28181 A-ATTTTATTTTTTAAATCTCTCAGTTATTAATTTTCAAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTA
64 ATA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
* * * * * * *
28245 TTTTGAATAAGCTTGTGTGAACA-ACAATAAGTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATT
128 TTTTGAATAAGCTTATATGAATAGA-AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
* ** * * * *
28309 TGAAGTGTACAATTGCTCAAATA---AT--CA--T-AACTT-TTTGA-AAACAGATTTATTTTTT
192 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTT
* * * * * *
28364 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAA-TTAGTATTTGTTTTATTAT-GAATAAC
257 AAATCTTTTACTTATTAATTTCT-AAATATTAATAAATTTA-TA-TTATTTTATT-TCAAATAAG
** * *
28427 CTTATATG-AT-AAAAAACAATTGTAATATGACCAAACAGAA-GT
318 CTTATATGAATGAAAAAATTATT-T--TATGACAAAACAAAAGGT
* **
28469 AATAACAATTTGAAATAGATAATT
1 CATAATGATTTGAAATAGATAATT
28493 ATTAAATTGG
Statistics
Matches: 1478, Mismatches: 268, Indels: 160
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
349 7 0.00
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353 5 0.00
354 5 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (359 bp):
CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAT
ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
TGAATAAGCTTATATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAAT
CTTTTACTTATTAATTTCTAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATG
AATGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
Found at i:28887 original size:176 final size:178
Alignment explanation
Indices: 28558--28996 Score: 475
Period size: 176 Copynumber: 2.5 Consensus size: 178
28548 TCACTTACTT
* *
28558 ATTTGAATCTATTCAATAAATAGA--T-TTTTTTAAATCTCTTTCATATTAATTTTTCAAATGTT
1 ATTTGAA-CTATTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT--TATTAAGTTTTCAAATATT
* * * ** * ** * *
28620 AATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAGTTGTTTTATGACTAA
63 ATTAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTATACAAACTAAAACAATTATTTTATGACTAA
*
28685 ATAAAAGATCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATA-A-TCTTAACC
128 AGAAAAGATCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTC--ATAGAGTCTTAACC
*
28736 ATTTGAACTGATTCAATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTT-TTAA-TTTTCAAAATATTA
1 ATTTGAACT-ATTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTTATTAAGTTTTC-AAATATTA
*
28798 TTAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTATACAAAC-CAAACAATTATTTTATGA-TAAA
64 TTAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTATACAAACTAAAACAATTATTTTATGACT-AA
* * * *
28861 AGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATAGAGTCTTAACT
128 AGAAAAGATCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATAGAGTCTTAACC
**** * * *
28912 ATTTGAACTAGTTTGGCAAATAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGAAATATT
1 ATTTGAACTA-TTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT--TTATTAAGTTTTCAAATATT
28977 ATTAAATTAGTATTATTTTA
63 ATTAAATTAGTATTATTTTA
28997 TTCTAAATAA
Statistics
Matches: 221, Mismatches: 26, Indels: 26
0.81 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
174 3 0.01
175 3 0.01
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177 47 0.21
178 21 0.10
179 2 0.01
180 34 0.15
181 17 0.08
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (178 bp):
ATTTGAACTATTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTTATTAAGTTTTCAAATATTATT
AAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTATACAAACTAAAACAATTATTTTATGACTAAAGA
AAAGATCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATAGAGTCTTAACC
Found at i:29633 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 29302--31397 Score: 1570
Period size: 182 Copynumber: 11.7 Consensus size: 181
29292 TTTTCAAACC
* * * * * * *
29302 AGTTCAAATAATTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTTAAATCTTTATTACTTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
* * * * * *
29367 --TGAAAATAATTGCTTT--ATCCATAC-AGTTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTAATAAT
66 CAT-AAAACAATTG-TTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* *
29427 ATTTCAAACATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTGAATT
129 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACTGAATA
* * * * * * * *
29481 AGTTTAAATGGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACATTTTATTTGGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
* * *
29546 CATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCCTATTCAAAATAAATTAATACTAA-TTAATAATAT
66 CATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * ** *
29610 TTGAAAAAATAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACA
131 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACTGAATA
* * * * * * * *
29662 AGTTCAAATAGTTATTACTATTTTAACAATTGTCTATTTAAAATCCTTATAACCATTGGATTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
* * * * * *
29727 CATCAAACAATTGTTTCAGTTAATATAAGCTTAGAT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
66 CATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * *
29791 TTTTC-TAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCGAATT
130 -TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAATA
* * * * * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
** * * * *
29901 CATAAAACAATTGTTTCTGTTAATATAAGCTTAGAT-AAAATGAAATAATACTAATTTATTAATA
66 CATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * * * * * *
29965 TTTCCTAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAGATAAATCTATTTGCTGAATT
130 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAATA
* * * * * * * *
30017 AGTTAAAATAATTATGGCTATTTGAACTATTATTTGTTT----T-A-AATGACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
* ** * **
30076 CATAAAACAATTATTTTTGA-TCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
66 CATAAAACAATT-GTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * *
30140 TTTCAAATATTAATAAGTAAGCGATTTAAGAAATAAATCTATGTAT-C-GAATCA
130 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-T-TGTTTACTGAAT-A
* * * *
30193 A-TTCCAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCAATTTCAAATCATTA-AGATC-TTT-TTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATA-ACCTTTTGTTTTG
* * * * * * *
30254 TCATAAAACAGTTG-TTCTGA-TCATAAAACCTTATTC-AATTAAAAAAATACTAATTTAATAAT
65 TCATAAAACAATTGTTTC-AATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * *
30316 ATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT-AAAAATAAATGTGTTTA-TCAA-A
129 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAATA
** * * * * * *
30362 CCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAACTATCTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTTGTTTA
1 --AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTT
** * * * * * *
30427 GT--T-AAA-TTTTGTTTC-ATATCTTACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATTCAAATTTGTTAA
64 GTCATAAAACAATTGTTTCAAT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * * * * *
30487 CATTTAAAAAATTAATAAGCCAA-AGATTTTAAAAAAGAAATCTCTTAATTAAACA
128 TATTTCAAAAATTAATAAG-TAAGAGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAATA
* * * * *
30542 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGA
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
30607 CATAAAAGAATTGTTTCAATTTATAAAAACTTA-TCTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
66 CATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * *
30671 TTTCCAAAATTAATAAGCAAAAGTTTTAAAAATATAAATTTGTTTACAGAACA
130 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAAATTTGTTTACTGAATA
* * ** * * * * ** *
30724 AATTTAAATAGTTACAACTATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATCATTATGATGTTTTGTTTTTT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
* * * * * *
30789 CATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAGAA-AAAGTAAAAACTAATTTATTAAT
66 CATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTC-AAAATAAAAT-AATACTAATTTATTAAT
* * * * * *
30853 ATTCCAAAAATTAATAACTAAGTGATTTAAAAAGTTAATTTGTTTA-TCGAATC
129 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAATA
* * * * *
30906 AGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
* * * * * *
30971 CATAAAACAATTATTT-ATGTTCATGCAAAAC-TAATCAAAATAAAAAAAGTACTAATTTATTAA
66 CATAAAACAATTGTTTCA-ATTCATAC-AAGCTTATTCAAAATAAAATAA-TACTAATTTATTAA
* * * ** * *
31034 CA-TTCTGAAAATTAGTAACCAAGAGATTTGAAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACA
128 TATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAAAATAAATTTGTTTACTGAATA
* * * *
31090 AGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAACTTTTTTTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACCTTTTGTTTTG
* * * * * * *
31155 TCATAAAACATTTGTTTC-AGT-ATAAAAGCCTATCCAAAATAAAATAACACTACTTTATTAATA
65 TCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** ** *
31218 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCAAATC
130 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAATA
* * * * * **
31270 AGCTCAAATAATTATGGC-CTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTCATTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
* ** *
31334 CATAAAACAATTGTTT--TTTAGCATACAAGCTTATTTGATATAAAATAATACTAATTCT-TTAA
66 CATAAAACAATTGTTTCAATT--CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT-TATTAA
31396 TA
128 TA
31398 GTTATGACCA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
CATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAATA
Found at i:30178 original size:175 final size:172
Alignment explanation
Indices: 29722--30181 Score: 632
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29712 AACCATTGGA
* * * * *
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* *
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* * * * *
29896 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTAATATAAGCTTAGATAAAATGAAATAATACTAATTTATT
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*
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* * * *
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* * * **
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* **
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66 AATATTTCTAA-ATTAATAAGTAAGAAATTTAA-AAATAAATCTAT
30182 GTATCGAATC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AATATTTCTAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAATAAATCTATTTGCCGAATTAGTTAAAATAA
TTATGGCTATTTAAACTATTATCTATTTCAAATGACTTTTGT
Found at i:30215 original size:175 final size:172
Alignment explanation
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Period size: 174 Copynumber: 3.6 Consensus size: 172
29712 AACCATTGGA
* * * * *
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*
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* * * * *
29896 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTAATATAAGCTTAGATAAAATGAAATAATACTAATTTATT
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* * *
30025 TAATTATGGCTATTTGAACTATTATTTGTTTTAAATGACCTTTTGT
128 TAATTATGGCTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATGA-CTTTTGT
* * * **
30071 TTTGTCATAAAACAATTATTTTTGATCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATT
1 TTTGTCATAAAACAATTATTTCTGATAATACAAGCTTAGATGAAATAAAATAATACTAATTTATT
* ** * * **
30136 AATATTTCAAATATTAATAAGTAAGCGATTTAAGAAATAAATCTATGTAT-CGAATCAATTCCAA
66 AATATTTCTAA-ATTAATAAGTAAGAAATTTAA-AAATAAATCTATGT-TGCGAATTAGTTAAAA
* * * * * *
30200 TAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCAATTTCAAATCATTAAGATCTTTT
128 TAATTATGGCTATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAATGACT----T-TTGT
* * * * * * * * * *
30250 TTTGTCATAAAACAGTT-GTTCTGATCATAAAACCTTA-TTCAATTAAAAAAATACTAATTTAAT
1 TTTGTCATAAAACAATTATTTCTGATAATACAAGCTTAGATGAAATAAAATAATACTAATTTATT
*
30313 AATATTT-TAAA--AATTAA-TAAGAGATTTAAAAATAAAT
66 AATATTTCTAAATTAA-TAAGTAAGAAATTTAAAAATAAAT
30350 GTGTTTATCA
Statistics
Matches: 391, Mismatches: 46, Indels: 36
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (172 bp):
TTTGTCATAAAACAATTATTTCTGATAATACAAGCTTAGATGAAATAAAATAATACTAATTTATT
AATATTTCTAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAATAAATCTATGTTGCGAATTAGTTAAAATAA
TTATGGCTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATGACTTTTGT
Found at i:31537 original size:138 final size:136
Alignment explanation
Indices: 31289--31541 Score: 314
Period size: 138 Copynumber: 1.8 Consensus size: 136
31279 AATTATGGCC
* * * * *
31289 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTA
1 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTCATTCTATCATAAAACAATTATTTTTTA
* ** * *
31354 GCATACAAGCTTATTTGATATAAAATAATACTAATTCTTTAATAGTTATGACCAGTTTAAATAGT
66 -CATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTCTATAATAG-TATGACCAGTTTAAATAGT
31419 TATTACTA
129 TATTACTA
*
31427 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACA-TTCTATTCTATCATAAAACAATTATTTCTA
1 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTC-ATTCTATCATAAAACAATTATTT-T-
* *
31491 TT-CATACAAATTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATT-TAATAATAGTATGA
63 TTACATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTCT-ATAATAGTATGA
31542 AAATTCATAG
Statistics
Matches: 98, Mismatches: 13, Indels: 9
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (136 bp):
TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTCATTCTATCATAAAACAATTATTTTTTA
CATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTCTATAATAGTATGACCAGTTTAAATAGTTA
TTACTA
Found at i:31597 original size:318 final size:318
Alignment explanation
Indices: 31090--31664 Score: 689
Period size: 318 Copynumber: 1.8 Consensus size: 318
31080 TTACTAAACA
* * * * * *
31090 AGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAACTTTTTTTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAACATTCTATTCTA
* * * * *
31155 TCATAAAACATTTGTTTCAGTATAAAAGCCTATCCAAAATAAAATAACACTACTTTATTAATATT
66 TCATAAAACAATTATTTCAGTATAAAAGCCTATCCAAAATAAAATAACACTAATTTAATAATATA
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* * * * *
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195 AGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTCATTTTGTCATAAAACAATTGT
31348 TTTTTAGCATACAAGCTTATTTGATATAAAATAATACTAATTCTTTAATAGTTATGACC
260 TTTTTAGCATACAAGCTTATTTGATATAAAATAATACTAATTCTTTAATAGTTATGACC
* * * *
31407 AGTTTAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTAT-AACATTCTATTCTA
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAACATTCTATTCTA
* ** * * *
31471 TCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAA-TTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAAT
66 TCATAAAACAATTATTTC-AGT-ATA-AAAGCCTATCCAAAATAAAATAACACTAATTTAATAAT
* * * ** *
31535 AGTAT-GAAAATTCAT-AGCTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCG-TTAGCTGAA-CTAGTTCAAA
128 A-TATCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTA-CCAAATC-AGCTCAAA
* * * * *
31596 TAGTTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACATTTTATTTTGTCATAAGAC
189 TAATTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTCATTTTGTCATAAAAC
31661 AATT
254 AATT
31665 ATTTCAACTC
Statistics
Matches: 212, Mismatches: 37, Indels: 16
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (318 bp):
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAACATTCTATTCTA
TCATAAAACAATTATTTCAGTATAAAAGCCTATCCAAAATAAAATAACACTAATTTAATAATATA
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GACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTT
TTTTAGCATACAAGCTTATTTGATATAAAATAATACTAATTCTTTAATAGTTATGACC
Found at i:31958 original size:180 final size:176
Alignment explanation
Indices: 31412--32062 Score: 558
Period size: 181 Copynumber: 3.6 Consensus size: 176
31402 TGACCAGTTT
* * * * *
31412 AAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACATTCTATTCTATCATAA
1 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACATT-TATTTTGTCATAA
* * *
31477 AACAATTATTTCTATTCATACAAATTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-GTATG
65 AA-AATTATTTCTATTCATACAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-G
* * * ** ** * *
31541 AAAATTCATAGCTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCGTTAGCTGAACTAGTTC
128 AAAATTAATA-ATAAGAGATTT-TAAAATAAATTTGTTTCCTAAAC-AATTC
* * * * *
31593 AAATAGTTA-AGACTATATAAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACATTTTATTTTGTCATA
1 AAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACA-TTTATTTTGTCATA
* * * * * * * * *
31657 AGACAATTATTTCAACTCATACAAGTTTATTCATAACAAAATAAAACTAAATTGTTAATATTTCA
64 A-AAAATTATTTCTATTCATACAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-A
* * * * *
31722 -AAATTTTATAAGGAAGAGATTTTTTAAA-AAATTATATTTTCC-AAACCAATTC
127 GAAAATTAATAA-TAAGAGA-TTTTAAAATAAATT-T-GTTTCCTAAA-CAATTC
* *
31774 AAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACTATTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTAC-ATTTATTTTGTCATAA
* * *
31839 AAAATTGTTTCTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAA
65 AAAATTATTTCTATTCATACAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAA
* *
31904 AATGAATCAATAAGAGATTTTAAAAGTAAATTTGTTTCCTAAATCATTTC
130 AATTAAT-AATAAGAGATTTTAAAA-TAAATTTGTTTCCTAAA-CAATTC
* * * * * *
31954 AAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATT-TTAACCTTTTGTTTTGTCATC
1 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATT-A-CATTTATTTTGTCAT-
* ** * * * *
32018 AAACAATTGGTTCTATTCATACTATTTTTTTCAGAATAAAATAAT
63 AAAAAATTATTTCTATTCATACAAGTTTGTTCAAAATAAAATAAT
32063 TATGACCATT
Statistics
Matches: 375, Mismatches: 75, Indels: 40
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
179 15 0.04
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182 13 0.03
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ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (176 bp):
AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACATTTATTTTGTCATAAA
AAATTATTTCTATTCATACAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAA
ATTAATAATAAGAGATTTTAAAATAAATTTGTTTCCTAAACAATTC
Found at i:32800 original size:180 final size:176
Alignment explanation
Indices: 32614--32934 Score: 412
Period size: 176 Copynumber: 1.8 Consensus size: 176
32604 TATTCGAAAT
* * ** * * * *
32614 AAAATAATATTAATTGAATAATATTCCAAAAATTATTGGGTGAGAGATTTAAAATATGAATCGTT
1 AAAATAATATAAATTGAATAATATTCCAAAAATTAAT-AATAAGAAATTTAAAAAATAAAT--TT
*
32679 TACTAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATATCAAATCA-TTATGACA
63 T-CTAAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATATCAAAT-AGTCATGACA
32742 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGATTCTATTCATATAATCTTATTTTGAAG
125 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGATTCTATTCATATAATCTTATTTTGAAG
* * * *
32794 AAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAAGAAATTTAAAAAATAAATTTTTT
1 AAAATAATATAAATTGAATAATATTCCAAAAATTAATAATAAGAAATTTAAAAAATAAATTTTCT
* * * *
32859 TAACACATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTCATGACCTTTTGT
66 AAACACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATATCAAATAGTCATGACATTTTGT
*
32924 TTTGTTATAAA
131 TTTGTCATAAA
32935 CCAACTGTTT
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 18, Indels: 8
0.82 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.01
176 67 0.55
177 4 0.03
179 17 0.14
180 32 0.26
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (176 bp):
AAAATAATATAAATTGAATAATATTCCAAAAATTAATAATAAGAAATTTAAAAAATAAATTTTCT
AAACACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATATCAAATAGTCATGACATTTTGT
TTTGTCATAAAATAATTGATTCTATTCATATAATCTTATTTTGAAG
Found at i:33304 original size:332 final size:330
Alignment explanation
Indices: 32686--33309 Score: 791
Period size: 332 Copynumber: 1.9 Consensus size: 330
32676 GTTTACTAAA
32686 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATATCAAATCATTATGACATTTTGTTTT
1 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATATCAAATCATTATGACATTTTGTTTT
* *
32751 GTCATAAAATAATTGATTCTATTCATATAATCTTATTTTGAAGAAAATAATATAAATTTATTAAT
66 GTCATAAAATAATTGATTCTATTCATACAATCTTATTTGGAAGAAAATAATATAAATTTATTAAT
* ** * * *
32816 ATTTCAAAAATTAATAATAAGAAATTTAAAAAATAAATTTTTTTAACACATTTAAATAGTTATGA
131 ATTTCAAAAATCAATAATAAGAAATTTAAAAAATAAATTTTTCGAACAAATTCAAATAGTCATGA
* * * * *
32881 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTCATGACCTTTTGTTTTGTTATAAACCAACTGTTTT
196 CCATTTGAACAATTATCTAATTCAAATAGTCATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAACTATTTT
** *
32946 TATTCATACAAGCTTATTCGAAAT-AAATAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATATACGTTTA
261 TATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATATACGTTTA
33010 CCGAG
326 CCGAG
* * * * *
33015 CAAGTTTAATTAGTTATGACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATC-TTTTGTT
1 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATATCAAATCA-TTATGA-CATTTTGTT
* *
33078 TTGTGAT-AAATAATT-ATTTCTATTCATACAAGT-TTATTTGGAATAAAA-AATACT-AATTTA
64 TTGTCATAAAATAATTGA-TTCTATTCATACAA-TCTTATTTGGAAGAAAATAATA-TAAATTTA
* * *
33138 TTAATA-TTCTATAAATCAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATATTCTTACCGAACAAATTCA
126 TTAATATTTC-AAAAATCAATAA-TAAGAAATTTAAAAAATAAAT-TT-TT--CGAACAAATTCA
* *
33202 AATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTAATTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
185 AATAGTCATGACCATTTGAACAATTATCTAATTCAAAT-AGTCATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * *
33266 AACAATTATTTTTGTTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAAT
249 AACAACTATTTTTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAAT
33310 ACAGATATAT
Statistics
Matches: 251, Mismatches: 31, Indels: 22
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
326 3 0.01
327 27 0.11
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329 63 0.25
330 3 0.01
332 92 0.37
333 8 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (330 bp):
CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATATCAAATCATTATGACATTTTGTTTT
GTCATAAAATAATTGATTCTATTCATACAATCTTATTTGGAAGAAAATAATATAAATTTATTAAT
ATTTCAAAAATCAATAATAAGAAATTTAAAAAATAAATTTTTCGAACAAATTCAAATAGTCATGA
CCATTTGAACAATTATCTAATTCAAATAGTCATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAACTATTTT
TATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATATACGTTTA
CCGAG
Found at i:33670 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 33006--35633 Score: 1738
Period size: 181 Copynumber: 14.8 Consensus size: 180
32996 AAAATATACG
* * * * * * * * *
33006 TTTACCGAGCAAGTTTAATTAGTTATGACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATC
1 TTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * * * **
33071 TTTTGTTTTGTGAT-AAATAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAA-AATACTAA
66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* * * *
33134 TTTATTAATA-TTCTATAAATCAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATAT-
131 TTTATTAATATTTC-AAAAAT-TATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * ** * * *
33184 TCTTACCGAACAAATTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTAATTCAAATCATTATGAC
1 T-TTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* *** * ** *
33249 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATAC-A
65 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTA
* ** * * *
33313 GATATATTAATATTTTGAAAA-T-TAA-TAAGAGACTTAAAAACTAAATCTG
130 -ATTTATTAATATTTCAAAAATTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* ** * *
33362 TTTACCAAAATAGTTCAAATAGTTATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGTT
1 TTTACCGAACCAGTTCAAATAG-T-TA--TA--ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * * *** ** *
33427 ATGATC-TTTATTTTGTTATAAAACAACTATTTTTTTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAA
60 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
* * * * *
33491 TACTAATTTAATAAAATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTG
125 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA-TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * * * * * * * *
33548 TTTGCCGAATCATTTCAAATACTTAAAACTATTAGAACAATTGTCTATTTTAAATTGTTCTAACC
1 TTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * *
33613 TTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCTTACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* * * * *
33678 TTTATTAACA-TTCAAAAACTAATGAGAAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTA
131 TTTATTAATATTTCAAAAA-TTATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTA
** * * * * *
33729 TTT-CCTGAATAAGTTAAAATAGATT-TGACTATTTAAACAATTATCTATTT-AAAGCCATTATG
1 TTTACC-GAACCAGTTCAAATAG-TTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATG
* * *
33791 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAATCTTATT-TGAAATAAAATAATA
63 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATA
*** * * *
33855 CTACCCTATTAATATTTCAAAAA-T-TAA-TAAGAGATTCAAAAACTAAAGCTA
127 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
**** * * * * * *
33906 TTTTTTTAACCAGTTTAAATAGTTATAAATATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCGTGT-TGAT
1 TTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT-TATGAC
* * * ** *
33970 C-TTTGTTTT-CCTATAAAATAATTATTTTTGA-TCATACAAGCATATTCA-AATAAAAATAATA
65 CTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATT-GTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATA
* * * * *
34031 ATAATTTAATAATATTCCAAAAA-T-TAA-TAA-ATGATTTAAAAAATAAATGTG
127 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATAAGTAAGA-GATTTAAAAAATAAATCTA
** * * * * * *
34082 TTTGTCGAACCAATGT-AAATAGTTA-AGAATATTCGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGA
1 TTTACCGAACCAGT-TCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* ** * * * * *
34145 CCTTTTGTTTAGTTGTATAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTACTC-GAAATAAAATAATAC
64 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATAC
* * * * *
34209 TAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTGAAAAAATAAATGTG
128 TAATTTATTAATATTTC-AAAAATT-ATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTA
* * * * * * * *
34264 TCTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACGATTATCAATTTAAAATCATTATGACC
1 TTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * * * * * *
34329 TTTTATTTTGTCAT-AAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTAATCCAAAATAAAATAATACTAC
66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
*
34393 TTTATCAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-A
131 TTTATTAATATTTCAAAAATT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
** * * * ** * * *
34443 GTTTATTGAATCAATTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCGTTATTAC
1 -TTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* * *
34508 CTTTTGTTTGGTCATAAAACAATTATTTTTCAA--CATACAAGCTTATT-TGAAATAAAA-ATAT
65 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATA-AT
* *
34569 CCTAATTTATTAATATTTCAAGAA-T-TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
126 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
** * * * * * *
34621 TTTACTAAACCA-TTACAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATAAC
1 TTTACCGAACCAGTT-CAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* * * * * *
34685 CTTTTGTTCTATCACAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGGC-TATTCGGAATAAAATAATACT
65 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAA-GCTTATTCAGAATAAAATAATACT
* *
34749 -A---ATT--TA----AAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TCA
129 AATTTATTAATATTTCAAAAATT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-A
* * * * * * * * *
34792 TTTGCCAAACCTGTTCAAATAGTTACAATTATATGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACC
1 TTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * ** * * *
34857 TTTTGTTTTATCA-AAATATAATTATTTCAGCTCATACAAGCTTCTTTAGAA-AAGAATAAAACT
66 TTTTGTTTTGTCATAAA-ACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAGAATAA-AATAATACT
* * * * * * *
34920 ACTTTATTAATATTTTAGAAACTTATAAGTAAGAGGTTTAGAAAATGATTCTA
129 AATTTATTAATATTTCA-AAAATTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * *
34973 TTTACCGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATTACT
1 TTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* *** * ** * * *
35038 TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATGTAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAA
66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* *
35103 TTTATTTAATATTT-AGAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTA
131 TTTA-TTAATATTTCA-AAAATT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * * * * * *
35155 CTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTAACTATTTG---AGTAAT-TATTTCAAATTGTTATAAGC
1 TTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * * ** ** *
35216 TTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTT-ATGTTCATATTATTTTATTCAAAATAAAATAATACTA
66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-ATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTA
* * ** * * * * *
35280 ATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAAAAAATTAAAAATTAAGTCTA
130 ATTTATTAATATTTCAAAAATT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * * * * *
35332 ATCACTGAACCAGTTCAAATCG-T-T-A--A---G-GCTA-T-TCTATTTCAAATTGTTATAACC
1 TTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* **
35386 TTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCA-AATTAAAATAATACTA
66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACTA
* *
35449 ATTTAATAATATTTCAAAAA-T-TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA
130 ATTTATTAATATTTCAAAAATTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * ** * * * * * ** *
35497 TTTATCAAATTAGTTCAAATGGTTA-AGACAATTAGAAAAATTATCTATTTTAAATAATTTTGAC
1 TTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* *
35561 CTTTTGTTTAGTTATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTA
65 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTA
35626 ATTTATTA
130 ATTTATTA
35634 TTTGAACAAT
Statistics
Matches: 1923, Mismatches: 416, Indels: 223
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
165 31 0.02
166 4 0.00
167 4 0.00
168 5 0.00
169 49 0.03
170 55 0.03
171 116 0.06
172 3 0.00
173 4 0.00
174 2 0.00
175 18 0.01
176 179 0.09
177 349 0.18
178 107 0.06
179 71 0.04
180 167 0.09
181 449 0.23
182 229 0.12
183 38 0.02
184 2 0.00
185 4 0.00
186 37 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (180 bp):
TTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
TTTATTAATATTTCAAAAATTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
Found at i:34917 original size:715 final size:711
Alignment explanation
Indices: 33463--35159 Score: 1681
Period size: 715 Copynumber: 2.4 Consensus size: 711
33453 CTATTTTTTT
* * * * * * *
33463 TCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAATAAAATTCCAAAAATTAGTAAGTAAG
1 TCATACAAGCTTACTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCAAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * * *
33528 AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAATCATTTCAAATACTTAAAACTATTAGAACAATTGTC
66 AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCGAA-CAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATC
* ** * * * * * * * *
33593 TATTTTAAATTGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCTTACAAGCTTAT
130 TATTTAAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTAT
* * * * * *
33658 TCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAACTAATGAGAAAAAGATTTAAAAAAAT
195 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAAT
* * *
33722 AAATCTATTTCCTGAATAAGTTAAAATAGATTTGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAGCCAT
259 AAATCTATTTACTGAATAAGTTAAAATAGATTTGACCATTTAAACAACTATCTATTTAAAGCCAT
* *
33787 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAATCTTATTTGAAATAAAATA
324 TATGACCTTTTGTTTGGTCATAAAACAATTGTTTCAA-TCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * ** *
33852 ATACTACCCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTCAAAAACTAAAGCTATTTTTTTAACC
388 ATACTAACCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTCAAAAAATAAAGCTATTTACTAAACC
* * * * *
33917 AGTTTAAATAGTTATAAATATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCGTGTTGATCTTTGTTTTCCT
453 AGTTCAAATAGTTATAAATATTTAAACAAATATCAATCTAAAATCGTGTTAACCTTTGTTTTCCT
* * * *
33982 ATAAAATAATTATTTTTGATCATACAAGCATATTCAAATAAAAATAATAATAATTTAATAATATT
518 ACAAAACAATTATTTCTGATCATACAAGCATATTCAAATAAAAATAATAATAATTTAATAAAATT
* * * *
34047 CCAAAAATTAATAAATGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCGAACCAATGTAAATAGTTAAGAAT
583 -CAAAAACTAATAAATGATTTAAAAAATAAATGTATTTGCCAAACC-ATGTAAATAGTTAAGAAT
* *** * *
34112 ATTCGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTTGTATAATAATTGTTTTAG
646 ATTCGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTAAAATAATAATTATTTCAG
*
34177 T
711 C
* * * *
34178 TCATACAAGCTTACTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCATG
1 TCATACAAGCTTACTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCAAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * *
34243 AGATTTGAAAAAATAAATGTGTCTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACGATTAT
66 AGATTT-AAAAAATAAATGTGTTTACCGAAC-AGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTAT
* * *
34308 CAATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCAT-AAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTAA
129 CTATTTAAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTA
* * *
34372 TCCAAAATAAAATAATACTACTTTATCAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
194 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * *
34437 AAATC-AGTTTATTGAATCAA-TTCAAATA-ATTATGGCCATTTGAACAACTATCTATTTCAAA-
259 AAATCTA-TTTACTGAAT-AAGTTAAAATAGATT-TGACCATTTAAACAACTATCTATTT-AAAG
* * * * *
34498 TCGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATAAAACAATTATTTTTCAA-CATACAAGCTTATTTGAAATA
320 CCATTATGACCTTTTGTTTGGTCATAAAACAA-T-TGTTTCAATCATAAAAGCTTATTTGAAATA
* ** * * *
34562 AAA-ATATCCTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
383 AAATA-ATACTAACCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTCAAAAAATAAAGCTATTTAC
* * * * * * *
34626 TAAACCA-TTACAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTAAAATTGT-TATAACCTTT
447 TAAACCAGTT-CAAATAGTTATAAATATTTAAACAAATATCAATCTAAAATCGTGT-TAACC-TT
* * * *
34689 TGTTCTAT-C-ACAAAACAATTGTTTCT-ATTTATACAAGGC-TATTCGGAAT-AAAATAATACT
509 TGTT-T-TCCTACAAAACAATTATTTCTGA-TCATACAA-GCATATTC-AAATAAAAATAATAAT
*
34749 AATTTAA-AAAATT-AATAACT-A-AAA-GATTTAAAAAATAAAT-TCATTTGCCAAACC-TGTT
569 AATTTAATAAAATTCAAAAACTAATAAATGATTTAAAAAATAAATGT-ATTTGCCAAACCATG-T
* * **
34807 CAAATAGTTACA-ATTATAT-GAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTA-TC
632 -AAATAGTTA-AGAATAT-TCGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTAGT-
34869 AAAAT-ATAATTATTTCAGC
692 AAAATAATAATTATTTCAGC
* * * * * * *
34888 TCATACAAGCTT-CTTTAGAAA-AGAATAAAACTACTTTATTAATATTTTAGAAACTT-ATAAGT
1 TCATACAAGCTTAC--TAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCAAAAAATTAATAAGT
* * * * * *
34950 AAGAGGTTTAGAAAATGATTCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATT
63 AAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCGAA-CAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATT
* * * * * * ** *
35015 ATTTATTTCAAATCATTATTACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATGTAAGTT
127 ATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCT
* *
35080 TGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTTAATATTT-AGAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAA
192 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA-TTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* *
35144 AAGTAAATCTACTTAC
255 AAATAAATCTATTTAC
35160 CAAACCATTT
Statistics
Matches: 804, Mismatches: 145, Indels: 70
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
708 2 0.00
709 79 0.10
710 171 0.21
711 67 0.08
712 2 0.00
713 5 0.01
714 8 0.01
715 306 0.38
716 149 0.19
717 14 0.02
718 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (711 bp):
TCATACAAGCTTACTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCAAAAAATTAATAAGTAAG
AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCGAACAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCT
ATTTAAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATT
CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
ATCTATTTACTGAATAAGTTAAAATAGATTTGACCATTTAAACAACTATCTATTTAAAGCCATTA
TGACCTTTTGTTTGGTCATAAAACAATTGTTTCAATCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
CTAACCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTCAAAAAATAAAGCTATTTACTAAACCAGT
TCAAATAGTTATAAATATTTAAACAAATATCAATCTAAAATCGTGTTAACCTTTGTTTTCCTACA
AAACAATTATTTCTGATCATACAAGCATATTCAAATAAAAATAATAATAATTTAATAAAATTCAA
AAACTAATAAATGATTTAAAAAATAAATGTATTTGCCAAACCATGTAAATAGTTAAGAATATTCG
AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTAAAATAATAATTATTTCAGC
Found at i:35269 original size:178 final size:172
Alignment explanation
Indices: 34911--35493 Score: 506
Period size: 178 Copynumber: 3.3 Consensus size: 172
34901 TTTAGAAAAG
* * * * * * * * *
34911 AATAAAACTACTTTATTAATATTTTAGAAACTTATAAGTAAGAGGTTTAGAAAATGATTCTATTT
1 AATAATACTAATTTAATAATATTTCA-AAAATTATAAGTAAGAGATTTA-AAAATAAATCTAATT
* * ** *
34976 ACCGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATTACTTTT
64 ACCGAACCAGTTCAAATAGTTTTAACTATTTG----A-TA-TTATTTCAAATTGTTATAAC-TTT
* * * *
35041 TATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATGTAAGTTTGTTCAAAATAA
122 TATTTTGTCATAAAACAATTGGTTTTGTTCATATAAGTTTATTCAAAATAA
* * *
35092 AATAATACTAATTTATTTAATATTT-AGAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTAC
1 AATAATACTAATTTA-ATAATATTTCA-AAAATT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTAA
* *
35156 TTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTAACTATTTGAGTAATTATTTCAAATTGTTATAAGCTTTTA
62 TTACCGAACCAGTTCAAATAGTTTTAACTATTTGA-T-ATTATTTCAAATTGTTATAA-CTTTTA
* * * *
35221 TTTTGTCATCAAACAATTGGTTATGTTCATATTATTTTATTCAAAATAA
124 TTTTGTCATAAAACAATTGGTTTTGTTCATATAAGTTTATTCAAAATAA
* ** * * * * *
35270 AATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAAAAAATTAAAAATTAAGTCTAATC
1 AATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTAATT
* * * *
35335 ACTGAACCAGTTCAAATCG--TTAAGGCTA--T--T-CTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTCTT
64 ACCGAACCAGTTCAAATAGTTTTAA--CTATTTGATATTATTTCAAATTGTTATAA-CTTTTATT
* * *
35393 TTGTCATAAAACAATT-GTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAATTAA
126 TTGTCATAAAACAATTGGTTTTGTTCATATAAGTTTATTCAAAATAA
35439 AATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-T-TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAAT
35494 TTATTTATCA
Statistics
Matches: 337, Mismatches: 56, Indels: 34
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (172 bp):
AATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCTAATTAC
CGAACCAGTTCAAATAGTTTTAACTATTTGATATTATTTCAAATTGTTATAACTTTTATTTTGTC
ATAAAACAATTGGTTTTGTTCATATAAGTTTATTCAAAATAA
Found at i:35892 original size:287 final size:282
Alignment explanation
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Period size: 287 Copynumber: 1.9 Consensus size: 282
35354 TTAAGGCTAT
* ** * *
35364 TCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTCATACAAGCTTA
1 TCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTCATTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTAATACAAGCTTA
** * * *
35429 TTCAAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT
66 GACAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAAAAATTTAAAAAATAAAT
* * * ** * *
35494 TTATTTATCAAATTAGTTCAAATGGTTAAGACAATTAGAAAAATTATCTATTTTAAATAATTTTG
131 TTATTTATCAAATCAATTAAAATAATTAAGACAATTAGAAAAATTATCTATTTCAAATAATTATG
* *
35559 ACCTTTTGTTTAGTTATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAGA-ATAAAATAATA
196 ACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCACACAAGCTTATTCAGATA-AAAATAATA
35623 CTAATTTATTATTTGAACAATTG
260 CTAATTTATTATTTGAACAATTG
* * *
35646 TCTATTTAAAATCATTATAATCTTTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTAATACAAGCTT
1 TCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTCATTTGTCATAAAACAATTGTTTT-GTTAATACAAGCTT
* * **
35711 AGACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTTAAATTATTAAATAAAAAATTTTTAAAA
65 AGACAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC--AAA-AATT-AATAAAAAATTTAAAAAA
* * * * * **
35776 TAAATTTATTTA-CTGACTCAATTAAAATAATTATGGTC-ATTTGAACGATTATCTATTTCAAAT
126 TAAATTTATTTATC-AAATCAATTAAAATAATTA-AGACAATTAGAAAAATTATCTATTTCAAAT
* * * * ** * ** *
35839 CATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGA-TCACAGAAGCTTATTTTGTTAAA
189 AATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTG-TTTCAATTCACACAAGCTTATTCAGATAAA
35903 AATAATACTAATTTA
253 AATAATACTAATTTA
35918 ATAATATTTT
Statistics
Matches: 220, Mismatches: 43, Indels: 13
0.80 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.07, T:0.43
Consensus pattern (282 bp):
TCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTCATTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTAATACAAGCTTA
GACAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAAAAATTTAAAAAATAAAT
TTATTTATCAAATCAATTAAAATAATTAAGACAATTAGAAAAATTATCTATTTCAAATAATTATG
ACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCACACAAGCTTATTCAGATAAAAATAATAC
TAATTTATTATTTGAACAATTG
Found at i:37019 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 36373--55064 Score: 4652
Period size: 181 Copynumber: 102.9 Consensus size: 180
36363 ATTGTTATAG
* *
36373 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-A
1 TTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * ** ** * * * * * *
36437 GAAAATCTAGAAAGTGAATTTGTTTACTGAATTAGTTCAAATAATTATGACCATTTCAATATTTA
65 G-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * *
36502 TCTATTTCAAATTATTATTACCTTTTG-TTTGATCATACAACAATTGGTTTTTTA
129 TCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATT--TTTTCTA
* * *
36556 -TCATACAAGCTTTTTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCTAAAATTAAT-AGTAA
1 TTCATACAAGC-TTATTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * *** * *
36619 GAGATTTAAAAAAT-AATTTCATTTATTGAACCAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTG
65 GAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * *
36683 TGTA--TCAAATCATTAT-AACCTTTTGTTCTATCATAAAAAAATTATTTCTA
129 TCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
* * * * * *
36733 TTCATTCAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTC-AAAATTAATAACTAA
1 TTCATACAAGCTTATTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * ** * * * * * *
36797 GAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGTCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGATTATATAAACAATCAT
65 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
** * * *
36862 CTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTCTTTTGACATAAAACAATTTTTTCAA
130 CTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
* *
36913 TTTATACTAGCTTATTAGGAATAAAATAATA-TGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
1 TTCATACAAGCTTATTA-GAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * *
36977 AGAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTACCTAACCAAATCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTA
64 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * ** *
37042 TCTATTTCAAATTATTA-CAAC------CTT-T--TAAAACAAAAGTTTT-TG
129 TCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTTTTTCTA
* * * * * *
37084 TTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATACTAATCTACTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAA
1 TTCATACAAGCTT-ATTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* ** * * *
37145 GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTAAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTAT
65 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * **
37210 TTATTTCAAATCACTATG-ACTTTTGTTATGTTATAAAACAATAGTTTCTA
130 CTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
* * * * ** *
37260 TTCATACATG-TATATTTGAATTAAAATAATATTAATTTATTACTATTTTGATAATTAATAAGTA
1 TTCATACAAGCT-TATTAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * *
37324 AAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-ACTAAT
64 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AAT
* * * *
37387 TATCTATTTCAAATCATTCT-AACCTTTTCTTTTGTAATAAAACAATTGTTT-TA
127 TATCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
* * * * * * *
37440 GTTCATATAATCTTATTTGATGTAAATTAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATGAGA
1 -TTCATACAAGCTTATTAGA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT
* * * * ** * * * *
37504 AAGAGAATTAAGAAA-GAATTTGTTTACTGAA-TAAGTTCAAATAGTTATAACTATCTAAACAAT
63 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * **
37567 TATCGATTTCAAAACA-TAAGAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTA
127 TATCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
* * *
37621 TTGATGCAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
1 TTCATACAAGCTTA-TT-AGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * ** * * * * *
37684 AAAAGATTTAAAAAGTAAATCTGTTTATCGAATGAGTT-AAATTGTTATGATTATTTAAATAATT
63 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * *
37748 ATTTATTTCAAATCATTATG-ACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTACTTT-TA
128 ATCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTA
* ** * *
37801 TTTATACAAAATTATTTAGAATAACATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAA
1 TTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
** * * * * * *
37862 GAGATTTAAAAGCTAAATCTATTTACCAGACTAATTTAAATGGTTATGACTATTTGAATAATTAT
65 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * *
37927 CTATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTCCTA
130 CTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
* * ** * * * *
37977 TTCATACAAGTTTATTCAGAGTAAAAT-ATACCTAAACTAATAATA-TTCTAAAATTCATAATTA
1 TTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * *
38040 AGAGACTTT-AAAAATAAATATATTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATT
64 AGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * *
38104 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAA-TATTTGTTTC-A
128 ATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTT-TTTCTA
* * *
38156 GTTCATACATGCTTATCCA-AA-AAAATAATACT-ATTCTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAG
1 -TTCATACAAGCTTAT-TAGAATAAAATAATACTAATT-TATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG
* * * * * * * *
38217 CAAGAAATTTTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAATTCAAATAGTTAAGTCTATTTGTACA
62 TAAGAGA--TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * ** * * *
38282 ATTATCCATTTGAAATCATTATGGCCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTT-TA
125 ATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
* * * ** * *
38337 GTTCATAAAAGCTTATGCAAAATAAAATAATGTTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGCT
1 -TTCATACAAGCTTAT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-T
* * * * * * *
38402 -AGAGATTTTAAAAATAAAT-TAGTTTATCGAATCAATTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAAT
63 AAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * *
38465 TATCTATTTCACATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTTTTTTTCA
127 TATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCT-A
* * * *
38520 TT-GTATAAGCCTATTTGATATAAAATAATACTAATTT-TTAATATTTCAAAAATTAA-ATAGTA
1 TTCATACAAGCTTATTAGA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AGTA
* * * * * * *
38582 AGACATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACCAGTTCAAGTAGTTATGACTATTTGAACAAATA
64 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * *
38647 TAT-TTTCAAATCATTAT-AACATTTGGTTTTGTCATAAAATAATTATTTATG
129 TCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
* * * *
38698 TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATATAATAATATTAT-GAAAATTAATAACTA
1 TTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTA
* * * ** * * * * *
38762 AGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCCTTTCAAATAATTAAGGCTATATGAATAATTA
64 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * **
38827 TCTATTTTAAGTCATTATGACCATTTGTTTTGTTGTAAAACAAACGTTTTTTC--
129 TCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AA--TTTTTTCTA
* * * * * * *
38880 TTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATACTAATCTACTAATATGTCAAAAA-T--TAA-TAA
1 TTCATACAAGCTT-ATTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * **
38941 GAGATTTAAAAAATAAATCTATATATCAAACTAATTAAAATAGTTATGACTATTT-AAGCTGTTA
65 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTA
* ** * **
39005 TTTATTTCAAATTGTTATG-ACTCTTTGTTTTGTTATAAAACAATAGTTTCTA
129 TCTATTTCAAATCATTATGAACT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
* * * ** *
39057 TTCATACAAGCATATTCAG-ATCAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGATAATTAATAAGTAA
1 TTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * ** * ** *
39121 AAGATTTAACAAATAAATATGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGACATAACTATTTGAGTAATTC
65 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * * *
39185 TCTATTTCAAATTATTTTGACCTTTTCTTTTATAATAAAATAATTGTTT-TA
129 TCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
* * * * *
39236 CTTCATACAAGCTTATTTGATGTAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTA
1 -TTCATACAAGCTTATTAGA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * *
39301 AAAGAATTAAAAAA-AGAGTCTGTTTACCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGATTATCTAAACAAT
64 AGAGATTTAAAAAATA-AATCTGTTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * **
39364 TATCTATTTTAAAACATAATGACCTTTTGTTTTGTCATAACACAATTGGTTCTA
127 TATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
** * *
39418 TGGATGCAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGT
1 TTCATACAAGCTTA-TT-AGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * *
39481 AAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACGAAACAAATTCAAATAGTTAGGACTATTTGAACAATT
63 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* *
39546 A-CTTATTTCAAATCATTAT-AACATTTTGTTTTTTCTTAAAA-AATTGTTTT-TA
128 ATC-TATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTA
**
39598 TTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAA
1 TTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * *
39659 GATATTTAAAAACTAAATATGTTTA-CAAGACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTC
65 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA-ACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * *
39723 TCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTATTTTATCATAAAATAATTATTTCTG
129 TCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
* * * * ** * * *
39774 TTCATACAAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATA-TTCTAAAATTAATAAATAA
1 TTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * **** * * * *
39838 GAGATTTAAAAAATAAATGTATTTGTTGAACGAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTAT
65 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * *
39903 CTATTTCAAATTC-TTCT-AACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAA
130 CTATTTCAAA-TCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
* * * * * * *
39954 TTCATACATGCTTATCCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAACA-TTCAAAAAATTACTAAGCA
1 TTCATACAAGCTTAT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * *
40018 AGAAATTTAAAAAAACAAAATCTATTTA-CAGAACAAATTTAAATAGTCAAGTCTATTTGAACAA
64 AGAGATTT-AAAAAA-TAAATCTGTTTACCA-AACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * * ** *
40082 TTATCTATTTAAAATCATTATGATCTTTTGTTTTATAATAAAATGATTGTTTTCCA
126 TTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTA
* ** * * * * **
40138 TTCATAAAAGCTTATGCGAAACAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAATTTAAAAAGTTG
1 TTCATACAAGCTTATTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
** ** * * *
40203 GAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATAAAATCAATTCAAATAATTATG-GTCATTTGAACAATTA
65 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTA
* * *
40267 TCTATTTCAAATCGTTATGGATTTTTAG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TCA
129 TCTATTTCAAATCATTATGAACTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCT-A
* ** ** * *
40320 -TCGTATTAGCCCATTCGAAATAAAAATAATACTAATTT-TTAATATTTCAAAAATTAATGAGT-
1 TTCATACAAGCTTATTAG-AAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
** *
40382 AGAAGATTTAAAAAATAAGCCTGTTTACCAAACCAATTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
64 AG-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* ** * * * *
40447 ATATATTTCAAATTGTTAT-AACCTTTTGTTTTTTTCATAAAACAATTATTTATG
128 ATCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
* * * * * * * * *
40501 TTAATAAAAGATTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTAT-GAAAATTAATAACTT
1 TTCATACAAGCTTATTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTA
* * * ** * * * * * *
40565 AGAGATTTAAAAAATAGATTTATTTTTCAAAACAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTA
64 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* ** * ** * *
40630 TCTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTTGTTTTGTTGTAAAACAAATGTTTT-TG
129 TCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTTTTTCTA
* * ** ** * *
40683 TTC-T----G-TT-GTA-AA-ACAAAT-GTTTTTGTTCATTTAAGTTTGTTCGAATAAAATAATA
1 TTCATACAAGCTTATTAGAATA-AAATAATACTAATTTA-TTAA-TAT-TTC--A-AAAAT--TA
* * * * * *** ** ** ** * *
40738 TTAATTTATTA-ATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTC-TTTA-CTA-AAC
57 ATAA-GTA--AGAGA-TTTAAAAAATAA-ATCTG-TTTACCAAACCAAT-TCAAATAGTTATGAC
* * ** * * ** *** *
40799 TAGTT---CAATTAGT-TATATC-AAT--TTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATTCCCATT
115 TATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATCATT-ATGAACT-TTTGTTT--TGTCA-TAAAACAATT
40857 TGTTT-T-
174 T-TTTCTA
* * * * ** ** * * * * * * *
40863 GTGATA-AAAC-AATT-GTTTCTATTGATAC-AATCTTTTTCAGA-AT-AAAGTAAGTTAATTTA
1 TTCATACAAGCTTATTAGAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTCAAA--AA-TTAA-TAA
* * ** ** * * *
40922 -TTA-ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAT-TGATTTAAAAAATTGAA-TCTATTGGTTTGACCAG
61 GTAAGAGATT-T-AAAA--AAT-A--AATCTG-TTTACCAAA-CCAATTCAAATAG-TT----A-
* * * * * *
40983 TGCAAATAATTATAATAATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTTGTCG
111 TG------A--CT-AT--TTG-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCA
* *
41048 TAAAATAA-TTGTTCTA
164 TAAAACAATTTTTTCTA
* * * *
41064 TTCATACAAGCTTATTTAGAAT-AAATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATGAAAAAGGCA
1 TTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-GTA
* * * * *
41128 A-ATATTTAAAAATTGAATCTGTTTATCAAA-CAAGTTCAAATAGCTATGACTATTTGAACAATT
64 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
** *
41191 ATCTATTTCAAATCGCTAT-AACTATTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTA
128 ATCTATTTCAAATCATTATGAACT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
** * * * *
41244 TTCATACAAGCTTATTTCAATTAAACTAAAACAAATTTATCAATA-TTCAAACAATTAATAAGTA
1 TTCATACAAGCTTATTAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAGTA
* * * * * *
41308 AAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAA-TAAGTTCAAATGGTTATGACTATTTGAATAATT
64 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* ** * * * ** * *
41372 ATTTTATTTCAAATTGTTA-CAATTTTTTGTTCTAACATAAAACAATTGTTTTTTG
128 A-TCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTA
* ** * * * * * *
41427 TTCATAAAAATTTATTTGGATTAAAATAGTATTATTTTATTAATATTTTC-ACAATTAATAAGTA
1 TTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * * *
41491 AAAGATTTTAAAAATAAAATATGTTTACCGAA-CAAGTTTAAGTAGTCATAACTATTTGAATAAT
64 AGAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* ** * * *
41555 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAGCAATTGTATC-A
127 TATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
* * * * * *
41608 GTTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCTGAAAATTAATGAGT
1 -TTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT
* * * *** * *
41672 AAGAGATTTAAAAAGTGAATCTATTTATTGAA-CAAGTTTAGATAGTTATGACTATTTGAACAAT
63 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * *
41736 TTTATATTTCAAATCATTA-GGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA
127 TATCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
* *
41790 TTCATACAAGCTTATTACAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTA
1 TTCATACAAGCTTATTA-GAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * *
41854 A-AAATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTAAA-CACGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATT
64 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* ** * *
41917 ATCTATTTGAAATGGTTATG-ACTTTTTATTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTA
128 ATCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTTTTTCTA
* * * * *
41970 TTCATACAAG-TGTATTCAAAATAAAATAATACTAGTTTAATAATA-TTAAAAAATTTAATCAGA
1 TTCATACAAGCT-TATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-TTAATAAG-
* * * * * * * * * *
42033 TAA-AGATTTAAAAGATAAATCTATTTATCGAGCAAATTCAAATAGTTATTAGTATTTAAATAAT
62 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * *
42097 TATTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGACATAAAAAAATTGTTTCCA
127 TATCTATTTCAAATCA-TTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
* * ** * * * * *
42151 TTCATATAAGTTTATTTTTAATAAAAGAATAGTAATTTATTAAGATAT-AGAAAATTAATAGGTA
1 TTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTA
* * * * * * * *
42215 CGACATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAA-CAAGTTCATATAATCATGTCTATTTGAACAATT
64 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * *
42279 ATCCATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTT-TG
128 ATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTA
* ** * * * *
42332 TTCATGCAAAATTATTCA-AA-AACAATAATATTGATCTATTAATATATT-GAAAATT-A-AA--
1 TTCATACAAGCTTATT-AGAATAA-AATAATACTAATTTATTAATAT-TTCAAAAATTAATAAGT
* * * * *
42390 AAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTACGGAAA-CAATTCATATAGTTATGATTATTTGAATAAT
63 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-CAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* ** * * * * *
42454 TATCTATCTCAAATTGTTATG-ATTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTT
127 TATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
* * *
42507 TTCATACAAGCTTATTCA-AATTAAAATAATACTAATTTAATAGTATTCCAAAAA-T--TAA-TA
1 TTCATACAAGCTTATT-AGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * *
42567 AGAGATTTAAAAGATAAATATGTTTACCAAACCAATTCAAATTGTCAAT-ATTATTAGAACAATT
64 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACAATT
** * * *
42631 ATCTATTTCAAATCGCTCT-AACTTTT-TCTTTACTCATAAAA-AATTATTTC-A
128 ATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGT-TTT-GTCATAAAACAATTTTTTCTA
* * * * * *
42682 GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAATTAATAGTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATGAGC
1 -TTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT
* * * *
42746 AAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAATA
63 AAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAA-TTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACA
** * * *
42809 ATTATCTATTT-AAAGTTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTT-TA
125 ATTATCTATTTCAAA-TCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
* ** * * *
42864 GTTCATAAAAATTTATTCGAAATAAAATAATACT-A---CTT--TA-TT-AAAAATTAATAAGCA
1 -TTCATACAAGCTTATTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * ** * ** * * * *
42921 AAAGATTTAAAAACTAAAGATATTTTTCGAACCAATTCAAATTGTTATGTCTATTTGAACAAATA
64 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * *
42986 TCAATCTCAAAT-AGTTAT-AA-TCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTATGA
129 TCTATTTCAAATCA-TTATGAACT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCT-A
* * * ** *
43038 -TCATACAAGCTTATTTGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAA-T--T-ACTAA
1 TTCATACAAGCTTATTAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * ** * * * *
43098 GAGATTTAAAAAAATAAATGTGTTTGCTAAAATAATTTAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTA
65 GAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * *
43163 TCTATTTCAAATCATTCTGACCTATTT-TTTAGTCATATAATAATTGTTTC-A
129 TCTATTTCAAATCATTATGAACT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
* * ** * * ** * * *
43214 GTTCATACAAGCTTATTCTGTTTATTGAATAAGTTCAAATAATTA-TAGCCATTTGAACAACTAT
1 -TTCATACAAGCTTATT-AG--AATAAAATAA-TACTAAT--TTATTA-ATATTTCAAAAATTA-
* ** * * ** * * * *
43278 CTATTTCA-A-ATCATTAATACCT---TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAA
57 ATAAGTAAGAGAT--TTAAAAAATAAATCTG-TTT-AC-CAAACCAA------TTCAA-AT---A
* * ** * * * *** ** ** ** *
43338 GCTTTTG-CAAAAT-AA-AATAATACTAATTTGCTAAT-ATT-TCAAGAATTAATAAGAGATTTA
107 G-TTATGACTATTTGAACAATTAT-CT-ATTT-CAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCA-TAA
*** *
43398 AA-AATTAAATCTG
167 AACAATTTTTTCTA
** * * * *
43411 TT--TACTGAA-C-TATTTCAA-ATAATTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATTGT
1 TTCATAC--AAGCTTATTAGAATAAAATAAT-ACTAATTT-----ATTA-ATATTTCAAAAAT-T
* * *** * ** *
43469 TATAACCT-TTTG-TTCTATCATAAAAT-AAT-TGTTT--CTATTC-ATACAAACTTA-TT-TGA
56 AATAA-GTAAGAGATT-TA--A-AAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAA--TAGTTATG-
* ** * * * ** ** *
43525 AATAAAATAATACTAATT-TAGTATTATACTAAA-AATTAAT-AAC-TAAGAGATT-T-AAAAAA
113 ACT-ATTTGA-AC-AATTAT-CTATT-T-C-AAATCATT-ATGAACTTTTG-TTTTGTCATAAAA
* * *
43584 TAAATATGTT-TA
169 -CAATTTTTTCTA
* * * * * * * * * *
43596 -TCGA-ACCAGTTTA-AACAGTTAAGACTATTGAATAA-TTATT--TATTTC-AAATTGTTATGA
1 TTC-ATACAAGCTTATTAGA-ATAA-AATAAT-ACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT-TAAT-A
** ** ** * ** * * ** ** **
43654 CCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAGT-TATCTCACCTCACACAAGCTTATTCAAAGTAAAATAAAA
60 -AGTAAGAGATT-T-A-AAAA-A-TAAATCT--GTTTAC-CAAACCAATTCAAA-T-AGTTATGA
* * * ** ** *
43717 CTAATTT-----ATTA-ATATTTCAAA-AATTTATAAGAGA-TTTAGAAAATAAT-TCTATTTAC
114 CT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTAT--GA-ACTTTTG----TTTTGTC-ATAAAA
**** *
43773 CAAACCAGTTCAA
169 C-AATTTTTTCTA
* * * * * ** * * * * * ****** *
43786 ATAATTATAA-C-TATTTGAACAATTGTTTATTCCAAATCT-TTATTACTTTTTGTTTTGTCATA
1 TTCA-TACAAGCTTATTAGAATAA---AATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAAT-TAATA
* ****** ** * * * * *
43848 A--AACA-ATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTATTCACAACAAAATAATACCAAT--TTATTAATA
60 AGTAAGAGATT-TAAAAAATAA-ATCTGTTTA-CCA-AACC-AAT--T-CAAATAGTTATGACTA
* *** * ** *** * *
43908 TTT-AA-AAGGTTAATCAATAAGAGAT--TTAAAAACTAAATTTGTTTACAAACCATTTCAAATA
117 TTTGAACAA--TT-ATCTATTTCAAATCATTATGAACT---TTTGTTT---TGTCA--TAAAACA
* **
43969 CTTTTGACTA
171 ATTTTTTCTA
* *** * * ** * * * * **
43979 TT--TGA-AA-ATTATCTATTTTGAATTGTTA-TAACATT-TT-ATTTTGTCATCAAA-CAATTG
1 TTCAT-ACAAGCTTAT-TAGAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATT-TCA-AAAATTAATAA
* * * * * * * * ** * * * *
44036 GT--TATATTT--ATACT-ATTTTATTT--GAAATAAAATAATAATAATTTAAT-AATATTATGA
61 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCA-AAT-AGTT-ATGACTATT-TG-
* * * ** * ** * * * * * **
44093 AACTTAATAACCTA---GAAA--ATTAAAAAATAAATCTAATTG-CCT-AACCAATTCAAATAGC
121 AAC--AATTATCTATTTCAAATCATTATGAACT-TTTGT-TTTGTCATAAAACAATT---TTTTC
44151 TAA
179 T-A
** * * *** * ** * * * * *
44154 AACTATATGAATGATTATCTATTTGAA-ATTGTTATGACTTTTTTCTT-TTCTTGT-ATGACACT
1 TTC-ATA-CAA-GCTTAT-TA---GAATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATT-TCA--AAAAT
* ** * * * *
44216 TATTTTGTTCATACTAGCTTATTCTGAATAAAAT-AATACTATTTA--ATAA-TATTTCAAAAAT
55 TAATAAG-T-A-A-GAG---ATT-T-AA-AAAATAAAT-CTGTTTACCA-AACCAATTC--AAA-
* * ** * * * * * * * * * * *
44277 TAATAAGTGAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAGT-TCAA---ATGGTTAGACTA
105 TAGTTA-TGA-CTATTTGAACAAT-TATCTATTT--CAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTC-A
* *
44338 TTAGAACAATTATCTATTTCAA
164 -TAAAACAA-T-T-T-TTTCTA
* * * * * * *
44360 ATCATTCTAA-TTTATTCTTTAGTTACAAAATAAT--TATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGA
1 TTCATAC-AAGCTTA----TTAG-AATAAAATAATACTAATTTA-TT-A-A-TA---T-TTCA-A
* * * ** * ** **
44422 ATATATTAATGCTAGTTTATTA-ACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGATATTTAAAAAATAAATA
51 A-A-ATTAAT--AAG--TA--AGAGATT--TAAAA--AAT---AAATCTGTTTACCAAA-CCA-A
* * ** * * * * * * ** *
44486 TGTTTACCAAACAAATTCAAAAAATTATTACTATTTGAATAGTTGTCTACTTAAAATTGTTATAA
99 ---TT--CAAA-TAGTT---ATGACTA------TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * *
44551 ACTTTTGATTTATTATAAGACAATTGTTTC-A
149 ACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
* * * * **
44582 GTTAATACAAGCTTAAATGGAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTT-TTAAATTAATAAGTA
1 -TTCATACAAGCTT-ATTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * * * * **
44646 AAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAGTTAAAATAATTATGTCCATTTGAATGATTA
64 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * *
44711 TCTATTTCAAATCGTTATGAAATTTTG--TTGTCGTAAAACAATTGTTTT-TG
129 TCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTA
* * * *
44761 GTCATACAAGCTTATTCAAAATAAGATAGTACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAA
1 TTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * ** * *
44822 GAGACTTAAAACATAAATCTATTTACCGAACTAGCTGAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTAT
65 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * *
44887 CAATCTCAAATCATTTAT-ATC-TTTGTTTTGTCATAAGACAATTGTTTT-TGA
130 CTATTTCAAATCA-TTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCT-A
* * ** *
44938 -TCATAAAAGCTTATTTGGTTAAAAATAATA-TAAAATTT-TAAAATATTTCAAAAATTAATAAG
1 TTCATACAAGCTTATTAGAAT-AAAATAATACT--AATTTAT-TAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * ** * *
45000 TAAGAAATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAACCAGA-TC-AATAGGTAAAACTATTAGAATAA
62 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * * *
45063 TTATCTATTTTC-AATCATTTTGACATTTTTATTTAGTCATAAAA-TATTTGTTTC-A
126 TTATCTA-TTTCAAATCATTATGA-ACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTT-TTTCTA
* * * * * ***
45118 TATCTTACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATCCAAATTTATTAACATTAGGAAAATTAATAAG-A
1 T-TCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* **
45182 AAAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
64 AGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * *
45246 TATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTCGTTTTGAT-ATAAAACAATTGTTTC-A
127 TATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTTTTTCTA
* * * * ** *
45299 GTTCATTA-AAGCTTATCCAAAAT-AAATAAGACTAATTTCTTAATATTTTGGAAAATTAATAAC
1 -TTCA-TACAAGCTTAT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAG
* * * *** **
45362 CAAGAG-TTAAAAAAATAAATTTGTTTATTGAATAAATTC-AATAGTTATGACTATTTGAACAAT
62 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * *
45425 TGTCTA-TTCAAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-A
127 TATCTATTTC-AAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
* * * * * *
45479 GTTTATAGAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTT
1 -TTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * *
45544 AGTGATTTAAAAAATAGCTAAAATCATTAGCTATTTACCGAATCAATTCAAATAATTATGACTAT
64 AGAGATTT-AAAAA-A--T-AAATC--T-G---TTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * * * *
45609 TTCAATAATTATCTATTTTAAACCATTAT-TACATTTTGTTTGGTCATATAACAATAGTTTTT-T
118 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAAT--TTTTTCT
45672 A
180 A
* * * * * * *
45673 -TCATATAAGTTTATTTGGAATAAAATAACAGTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATGAGTAA
1 TTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * *
45737 GAGATTT-CAAAATAAATTTGTTTACCAAACGAGTTTAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTGT
65 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * *
45801 ATACTTCAAATCATTAT-AACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTATA
130 CTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
* * * * * *
45852 TTCATGCAAGCTTATTTAAAATAAAACAATACTAATCTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTA
1 TTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTA
* * * * * ** * * *
45916 AGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTGCCAAA-CTATCTCAAATAATTAAAAGTGTATGAACAATT
64 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAAT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* ***** *
45980 ATCTATTTCAAATC----T---CTTTTGTTTTATCATAATTTTTTTTTTTCAA
128 ATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
**** * * * * ** *** * *
46026 TTCACGTTAGCTTTTTTGAA-ATAAGTAAGAGCT--TTTAAAAATAATTT---TGTTTACTTA--
1 TTCATACAAGCTTATTAGAATA-AAATAATA-CTAATTTATTAAT-ATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * ** * * * * *
46083 AACAG-CTCAAATAATTATAA-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGTTCCTTTGT
63 AAGAGATTTAAA-AAATA-AATCTGTTT-ACCAA--A-CCAATTCAAATAGTTATG--AC--T-A
* * * **** * ** * * * **
46146 TTTGTCACAA--AACAAATGGTTTTGTTCA-TAT-AA-GTTTGTTCAG-AATAAAATAATAGTAA
117 TTTG-AACAATTATC-TAT--TTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TTTT
46205 TCTA
177 TCTA
* ** * * ** * *
46209 TTGATATTTCAAAAATTAATAAGGGATTTAA-AA-ACTAAATCTATT--TA--TCAAACTAGTTA
1 TTCATA---C-AAGCTT-ATTA-GAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAA--AATT-
* * * * * ** * * * ** * * *
46268 AATAATTATGACTACTTGAGTAAT-TATTTATTT--CAAA-TTATT-ATGAAT--TTTTGTTCTT
56 AATAAGTAAGA-GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCA--AATAGTTATG-ACTA
* * * ** *** *
46326 TTATAGAACAATAGTTTCTA-TTC--ATGCA--A-GCA-TAATTGGATTAAAATAATACTAATTT
117 TT-T-GAACAAT--TATCTATTTCAAAT-CATTATGAACT-TTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTT
**
46384 TTAGTA
175 TTTCTA
** * * * ** ** * *
46390 TTCGGACAA--TTAATA-AGTAAAA-AGTTTTAA-AAATAAATATGTTTACCAAACTAGATCAAA
1 TTCATACAAGCTTATTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA--TTT--CAAA--A-AT-TAA
* * * ** * * ** ** *
46450 TAA-TCATGACTATTTGAATAATTATTGATTTCAGTTCATA-CAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
58 TAAGT-AAGA-GATTT-AA-AA--AAT-AAATCTGTT--TACCAAACCAATTC-AAAT-AGTTAT
* ** * * * * ** * *
46513 AACTAATTT-ATTAATATTTCAAAATTTAATAAGTGATTTAAAAAATGAATTTGTTTATTGAATT
112 GACT-ATTTGAACAAT-TATC--TATTTCA-AA-TCA-TTATGAACT---TTTG-TT-TTG--TC
* * * ** *
46577 AGTTCAAATAATTATGGCCA
163 A--TAAAACAATTTTTTCTA
*** ** * * * ** * *
46597 TGTCA-ACAA--TTATATATTTTGAATCGTTATGGCCT--TTTGTTTCGTCATAT-AAGAATTGT
1 T-TCATACAAGCTTAT-TAGAAT-AA-AATAAT--ACTAATTT-ATTAAT-ATTTCAA-AAAT-T
* * ** * * * ** * *
46656 ATTTGAACATTCAAGCTTATTCAGAATAAAATATTAT-TAATTTA-TTAATC-TTTCAAA-AGTT
56 A-AT--A-AGT-AAG-AGATT--TAA-AAAATA-AATCT-GTTTACCAAACCAATTCAAATAGTT
** * * * * * * * * * *
46717 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTTTTACCAAA-CTAGT-TCAA--ATAGTTATGAC-T
110 -AT--G--A-CTATTTGAACAAT-TATCTATTT--CAAATC-ATTATGAACTTTTGTTTTGTCAT
* *
46776 AATTGAACAATTGTAAACTTCAA
165 AA---AACAATT-T---TTTCTA
* * * ** *** * * * * *
46799 ATCATTATAACCTT-TT-GTTCTATCTTAAAAC-AATTAATT--T-TGTTCATACAAGTTTATTA
1 TTCA-TACAAGCTTATTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTCA-A-AAATTAATAA
* * ** * * * * * ** * * * *
46858 GAAATA-AAAT-AACACT-AATCTAATAATATTCC--ACAAATT--AATAACTAAGA-GAATTAA
61 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GT--T-TACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * * * * * **** *
46915 AAAATAAATTTGCTTGCCAAA-CTAGTT-T-AA-ATAT-TTAAAACTATATGAACAATTATCTAT
122 ACAAT-TATCT-ATT-TCAAATC-A-TTATGAACTTTTGTTTTGTC-ATA-AAACAATT-T-T-T
46975 AT-TAA
177 -TCT-A
* ** * * * * * ** * * * *
46980 ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAGGTTTTGTTGAATTCATACTAGCTTTTTTGGAA
1 TTCA-TACAAGC--TT-ATTAG-AATAAAATA----ATACT-AATT--TATTA--ATATTT--CA
* * * * *** **
47045 TAAAATAAAATAAATTTATTA-ATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTT
50 -AAAAT-TAAT-AA-GTA--AGAGA-TTTAAAAAATAA-ATCTG-TTT----ACCAA--------
* ** * * * *
47109 ACCTAACTAGTTTAAATTATTATGACTATCTGAACAATTATATATTTTAAATCATTATGACCTTT
94 ACC--A--A-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTT
* * * * * *
47174 TGTTTTATCATAAAATAAATGTTTGTG
154 TGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
* * * * * *
47201 TTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---
1 TTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * *
47263 G-GATTTAAAAAATAATTATGTTTATCAAACTAGTTTCAAATAGTTATGAATATTT-ATGCAATT
65 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGA-ACAATT
* * * ** * * **
47326 ATTTATTTAAAAACATTATG-ACTTTTTGTTCCGTTATAAAATAATAGTTTCTA
128 ATCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
** *
47379 TTCATACAAGCTTATTCA-AATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTA
1 TTCATACAAGCTTATT-AGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * * * * * * * *
47443 AAAAATTTTAAAAACAAATATGTTAATCGAACTAGA-TCAAATAATCATGACAATTTGAATAACT
64 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* ** * * * *
47507 ATCCATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTATTTTGTCATAAAAGAATTGTTTC-A
128 ATCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
* * *
47560 GTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTCAAAAATTAATAA-TA
1 -TTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-
* * * *** * * * * *
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63 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * *
47689 ATCTATTTGAAAT-AGGTA-AAACCTTTTGTTTT-T-ATAAAAGAATTTTTTTTTGG
128 ATCTATTTCAAATCA-TTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTTTTTCT-A
* * * * *
47742 TTCATCCAAGCTTATTTCGAGTAAAATAATACAAATTTATTACTA-TT-AAAGCAATTAATAAGT
1 TTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA--AATTAATAAGT
* * * *** ** * *
47805 AAAATATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAATAAATTCAAATCA-TTATGTCTATTTGAGCAAT
63 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAAT
* * ** ** * *
47869 TATTTATTTCAACTTGTTATGATTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTA
127 TATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
* * * * * ** *
47923 TTCACACAAGTTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATAAATATTTTGACAATTAATAAGTAA
1 TTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * ** * *
47988 AATATTTAAAAAATAAATATATTTATTGAAA--AAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATT
65 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * * * *
48051 ATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTCTTTTGTAATAAGACACTTGTTTCAA
128 ATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
* * * *
48104 TTCATATAAGCTTATTTGAAATAAGATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAA
1 TTCATACAAGCTTATTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * ** ** * * * * * * *
48169 GAGAATTAACAAAA-GAATAGGTTTACTGAA-TAAGTTGAAATATTTATGATTATCTCAACAACT
65 GAGATTTAA-AAAATAAATCTGTTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * ** *
48232 ATCTATTTCAAAACATTATG-ACCTTTGTTTTGTTAGAAAACAATTGGTTCTG
128 ATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
** * * * *
48284 TTCATGTAAGTTTATTTTGAATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA
1 TTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * *** * *
48348 A-A-ATTTAAAAAATATATAT-TTT-TTGAA-CACATTCAAGTAGTTAT-ACTATTTGAAGAATT
64 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * *
48407 ATCTATTTCAAATCGTTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTG
128 ATCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
* * * * * *
48460 TTCATAAAAGATTTTTCAAAATGAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCTAACAAATTAATAAGT
1 TTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AA-AAATTAATAAGT
* * * * * ** * *
48524 AAAAGATTTAAAAAGTAAATTTGTTTATC-GAGTAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAA-
63 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* ** * * *
48587 TATTTATTTCAAATTGTTATGATA-TTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTATCTA
127 TATCTATTTCAAATCATTATGA-ACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
** *
48641 TTCATACAATTTTATTCCA-AAT-AAATAATACTAATTTATTAGTA-TTCTAAAAATTAATAAGT
1 TTCATACAAGCTTATT--AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT
** * * * * *
48703 TTGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTAT
63 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * * *
48767 TATCTATTTCAAATCGTAATG-GCATTTTGTTTTGTCGTTAAACAATTCTTTCTG
127 TATCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
* ** * ** *
48821 TTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGATAA-T--TAA-TAA
1 TTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * *
48882 GAGATTT-AAAAATGAAATCTATATATCGAAA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
65 GAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTA-CCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * *
48945 ATCTATCTCAAATCTTTATGATC-TTT-ATTTGTCAAAAAACAATTTTTTCTA
128 ATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
* * * * * * * * *
48996 TTTATTCATGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAATAGTATTCCAAAAATTAGTAAGTAA
1 TTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* ** * * * * * *
49061 GAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCGAACTAGTTCAAATATTTAAGACTATTAGAACAATTAT
65 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * *
49126 ATATTTCAAATCATT-TTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTC-A
130 CTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
* * * * * * *
49176 GTTCACACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTTGAAATATTAATGAGCA
1 -TTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * *
49241 AGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAA-TAACTTGAAATAGATT-TGACTATTTGAATAA
64 AGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAA-TTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAA
* ** * * **
49304 TTATCTGTTT-AAAGTTTTTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAATCAATTATTTAAA
126 TTATCTATTTCAAA-TCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
* * * * *
49359 TTCATAAAAACTTATCTAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAA
1 TTCATACAAGCTTAT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * * * *
49424 GAGATTTAAAAACTAAAGCTGTTTTTCTAAACCATTTTAAATGGTTATGACTATTTGAATAAATA
65 GAGATTTAAAAAATAAATCTG-TTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * *
49489 TCAATCTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAACAATTATTTTTTA
129 TCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTA
* *
49541 -TCATACAAGCTTATTCGAATAAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAA-T--TAA-TA
1 TTCATACAAGCTTATTAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * * *
49600 CGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACTAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTA
64 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * * * *
49665 TCTTTTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTATTTCAA
129 TCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
* * *
49717 TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTGACA-TTCAAAAAATTAATAAGTA
1 TTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTA
* * * * * *
49781 TGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTCAACAAT
64 AGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * * *
49845 TATCCATTTAAAATCGTTATGACCATTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TA
127 TATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
* * * * * * *
49898 GTCTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCA
1 TTC-ATACAAGCTTAT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * * ** *
49963 AGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCAAATCAGTTCAAATAATCATGGCTATTTAAATTACTA
64 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * *
50028 TCTATTTTAAAT-AGTTATTACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATGTTTTTC-A
129 TCTATTTCAAATCA-TTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TTTTTCTA
* * * * * *
50080 -ACATACAAGCTTTTTTGAAATAAAATAATGCTAATTTAATAATATTTGAAAAA-T--TAA-TAA
1 TTCATACAAGCTTATTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * ** *
50140 GAGATTTAGAAAAGAAATCTATTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
65 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* ** * *
50205 CTATTTCAAATTATTAT-AA-TCTTTGTCCTATCATAAAACAATTGGTTT-TA
130 CTATTTCAAATCATTATGAACT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTA
* * ** *
50255 TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAAC-AATTTAGTAATATTTTGAAAATTAATAACT-
1 TTCATACAAGCTTATTAG-AATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * ** ** * * * * *
50318 A-TGATTTAAAAAAATAAAT-TCATTTGCTGAATTAGTTTAAATAGTTAAGACTATATGAATAAT
64 AGAGATTT-AAAAAATAAATCT-GTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* ** * * *
50381 TATTTATTTCAAATTGTTAT-AACCTTTTGTTTTCTCATAAAATAATTATTTC-A
127 TATCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
* * * ** * * * * *
50434 GCTCATATAAGTCTAATCGGAATAGAATAAAATTAATGTATTAATATTTC--AAATTTATAAGTA
1 -TTCATACAAG-CTTATTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * *
50497 AGAGATTTAGAAAATAATTCTATTTACAAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGCACAATTA
64 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* ** * *
50562 TCTATTTTAAATTGTTAT-TACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TG
129 TCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTA
* * * * *
50614 TTAATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATCAGTA
1 TTCATACAAGCTTATTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTA
* * ** * * * * * *
50678 AGAGATTTAAAAAGTAAATTTACTTGCCAAACCATTTCCAATAGTTTTGACTATTTAAATAATTA
64 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * **
50743 TCTATTTCAAATCATTAT-AACCTTTTATTTTTTCATCAAACAATTGGTTCTA
129 TCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
* * * * * * * * * *
50795 TTTATACTA-CTTTATTCGAAAAAAATAATGCAAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACTAG
1 TTCATACAAGC-TTATTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * *** ** * * * * ***
50859 GAAAATT-AAAAA-AAATCTAACTGTCGAACAAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAATGGTTAT
65 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * *
50922 CTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCACACAATC-ATTGTTTTGT-
130 CTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATA-AAACAATT-TTTTCTA
* * * *
50973 TT-GTACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTCA-TAATATTTCAAAAACTAATAAG-C
1 TTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * * * * *
51035 AGAAGATTTAAAAGATTAATTTGTTTATCGAATCATTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATT
64 AG-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* ** * * ** *
51100 ATATGCTTCAAATCATTTTG-ACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAAAATTTTCAA
128 ATCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
* * * * * *
51153 TTCTTACAAGCTTATTTAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACA-TTCTAAAAATTACTAGGAA
1 TTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTA
* * * * *
51217 AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-CAAGTTCATATAGTTATTATTATTTGAACAATT
64 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * * *
51281 GTCTATTTAAAATCGTTAT-AACCTTTTGATTTGTTATAAAATAATTGTTTC-A
128 ATCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
* ** * ** *
51333 GTTAATACAAGCTTAGACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAATA
1 -TTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* ** * * * **
51398 AGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATTAGTTAAAATAATTATGAAC-ATTTGAATGATT
64 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATG-ACTATTTGAACAATT
* * ** * *
51462 ATCTATTTTAAATCAATATGCCCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATGTTTTTA
128 ATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-T-TTTCTA
* * * * *
51517 -TCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATGCTAATTGATTAATATTT-----ACT--T-AGTAA
1 TTCATACAAGCTTATTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * ** * *
51573 CAGATTTAAACAATAAATTTATTTACTGAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
65 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * *
51638 CAATCTCAAATCGTTA-AAAATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA
130 CTATTTCAAATCATTATGAACT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
* * * ** * *
51689 ATCATAAAAGCTTATTTGGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAA
1 TTCATACAAGCTTATTAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * ** * *
51750 GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTAAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTAT
65 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* ** * * *
51815 TTATTTCAAATTGTTCA--AACCTTATT-TTTAGTCATAAAA-TATTTGTTTCAA
130 CTATTTCAAATCATT-ATGAA-CTT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTT-TTTCTA
* * * * * * * * * **
51866 GTCTTACAAGCTTATTTGAAATAAAGTAGTCCAAATTTATGAACATTTGGAAAATTAATAAGTAA
1 TTCATACAAGCTTATTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * *** * * *
51931 AAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTATTGAA-CAAGTTTAAATAGTTAT-AGTTATTTAAACAAT
65 GAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAAT
* * * * * * *
51994 TGTTTATGTAAAATCGTTAT-AACCTTTTGTTTTGAT-ACAAAACAATTATTTC-A
127 TATCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTTTTTCTA
* * * * * *
52047 GTTCATAAAAGCTTATCTAAAATGAAATAATACT-ATTTCTTAATATTTTGAAAAA-TAATAAGC
1 -TTCATACAAGCTTAT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGT
* ** ** * *
52110 AAGAG-TTTAAAAAAATAAATTTGTTTATTAAAAAAATTCAAATAGTTACGACTATTTGATCAAT
63 AAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * * *
52174 TGTTTATTTAAAATTATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TA
127 TATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
* * * *
52227 GTTCATAGAAGCTTATTCGAAATAAAATAATTA-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATT
1 -TTCATACAAGCTTATTAG-AATAAAATAA-TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * * * * * * * *
52291 AAGCGATTTAAAAAGTGAATCTATTTGCTAAATCAATTCAAATACTTATGGCCATTTCAATAATT
63 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* ** * * * * * *
52356 ATTTATTTCAAATTGTTATCACCCTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTTTA
128 ATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTA
* * * * *
52410 -TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAGTACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTTATAATTAA
1 TTCATACAAGCTTATTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * * *
52474 GAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTTACCGAATCAGTTTAAATAGTTATGATTATTTGAGCAATTG
65 GAGATTTAAAAAATAAATC-TGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * ** * * * * *
52539 TGTACTTCAAATTGTTA-AAACATTTTTTATTATGTTATAAAGCAATTATTTT-TG
129 TCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGT-TT-TGTCATAAAACAATT-TTTTCTA
* * *
52593 TTCATACAAGCTTA-TACGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACT
1 TTCATACAAGCTTATTA-G-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT
* ** * * * * *
52656 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCGAACCAGTTCCAATAGTTAAGACTATATGAACAATT
63 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * *
52721 ATCTACTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTCTTGTCATAAAACAATTTTCTCAA
128 ATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
** * * *
52774 TTCATATTAGCTTATTTGGAATAAAAGGTAAT--GAGTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
1 TTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAA--TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * *
52837 AAGAGA-TTAAAAAA-AAATTCTATTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAAT
63 AAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * *
52900 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTGGTTTTGTCATAAAATAAATGTTTT-TA
127 TATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTTTTTCTA
* * * * * *
52954 TTCATAAAAGTTTGTTCAGAATAAAATAATACTAATCTATTAACATTTC-AAAACT--TAA-TAA
1 TTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* ** * * *
53015 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAACCAATTTAAATAATTATGAATATTT-AAGCAATTA
65 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTA
* ** * * **
53079 TTTATTTCAAATTTTTAT-AACTTTT-TTTTCTCTTATAAAATAATAGTTTCTA
129 TCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTC--ATAAAACAATTTTTTCTA
* * * *
53131 TTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTATGAATATTATTTAAAAACT-A-AA-T
1 TTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-T-TTCAAAAATTAATAAGT
* * * *** * * *
53193 -A-TG-TTT-----ATCGAA-CTAG---ATCAAA-TGGTT-ATGACTA-TT-TGGA-TAATT-AT
63 AAGAGATTTAAAAAAT-AAATCT-GTTTACCAAACCAATTCA--AATAGTTAT-GACTATTTGAA
* ** * * *
53240 CTATT-T-T-----AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAAATTATTTC-A
123 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTTTTTCTA
* * * * * *
53291 GTTCATATAAGGTTATTTGAAATAAAATAATA-TTATGTTATTAATATTACAAAAATTAATAATT
1 -TTCATACAAGCTTATTAG-AATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* *** * * * *
53355 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAA-CAAGTTTAAATAATTATGACCATTTAAACAAT
63 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
** * * *** *
53419 TAT-TGATTTGGAATCACTAT-AACCTTTTGGTTTGTCATAAATTGATTTTTT-TG
127 TATCT-ATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
* *
53472 TTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATA-AAATTTATTAATA-TT-AAGGCAATTAATAAG
1 TTCATACAAGCTTA-TT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA--AAATTAATAAG
* * ** * *
53533 TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAA-CAAGTTCAAATCA-TTATTATTATTTGAACA
62 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAA-TTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACA
* *
53596 ATTATTTATTTCAAATTC-TTATG-ACTTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
125 ATTATCTATTTCAAA-TCATTATGAAC--TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
** * * * * * *
53653 CCCATATAAGCTTATTCGGATTAACATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA
1 TTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * *
53718 AAGATTTAAAAGAT--ATATGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTA
65 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * *
53780 TCTACTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACCATTGTTTCAA
129 TCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
** * * *
53832 TTCATGTAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTATTATTCCAAAAATTAA-AGAGTA
1 TTCATACAAGCTTATTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AGTA
* * ** * * * *
53896 AGAGAATTAAAAAAATAAATCTATTTA-CTGATCAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAATAGT
64 AGAG-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * *
53960 TATCAATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTT-TG
127 TATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTA
** * *
54014 TTCATGTAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATA-TAAAATTT-TTAATGTTCCAAAAATTAATAAG
1 TTCATACAAGCTTA-TT-AGAATAAAATAATACT--AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* ** * * **** * *
54076 TAA-A-AATGCAAAAATAGATCTATTTTTTGAA-CACATTCAAATAGTTATGGCTATTTGAATAA
62 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* ** * * * *
54138 TTATCTATTTCATATTGTTATGACCATTTG-TTTGTCATAAACCAATTGTTTCTA
126 TTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
* * * * *
54192 TTCA-AAAAACTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAATTAATAAATA
1 TTCATACAAGC-TTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * *
54255 AAAGACTTT-AAAAATAAATTTGTTTACTAAGCGAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATT
64 AGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * *
54319 ATTTATTTCAATTCGTTATGATCCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
128 ATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
* * * *
54372 TTCAAACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTC
1 TTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTA
* * ** * * * * * * * *
54436 GGAGATTTAAAAAATTAATCCATTTATCGAA-TAAGTT-AAATAATCATGTCCATTTGAACTATT
64 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * ** *
54499 ACCTATTACAAATCGTTACG-ACATTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTCTA
128 ATCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
* ** * * * *
54552 TTGATACAAAATTATTTTGAAAAAAATAATACTAATTTATTACTATTTCATAAATTAATAAG---
1 TTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * *
54614 G-GATTTAAAAACTAAATATCTTTACCGAACCAATTCACATAGTTATAACTATTTGAACAATTAT
65 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * *
54678 CCATCTCAAATCATTA-CATC-TTTGTTCTATCCTAAAAC-ATTTATTTCTA
130 CTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTT-TTTCTA
* * * * * * * * *
54727 TTCATACAAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTTTAAACATTAAAAAGTAA
1 TTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * ** * ** * *
54792 G-GATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAATTAGTTCAAATAGTTAAAATTATTAGAACAATTAT
65 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * ** *
54856 CTATTTCAAATCGTTCT-AACCTTTT-TTTTAGTCATAAAATAA-TTGCTCCA
130 CTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTTTTTCTA
* * * * *
54906 GCTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTACTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGT
1 -TTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT
* * * *
54970 AAGATA-TT-AAAAA-AAATCTATTTACTAAA-CAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAAT
63 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * ** * *
55031 TATCTAATTAAAATCGCTATGACCTTTTATTTTG
127 TATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTG
55065 ATGGGGATTC
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AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
TATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
Found at i:37040 original size:675 final size:673
Alignment explanation
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35677 GTCATAAAAT
* * **
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* * ** * **
35752 TTATTAAATAAAAAATTTTTAAAATAAATTTATTTACTGACTCAATTAAAATAATTATGGTCATT
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* * *
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* *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * *
36077 TGGAATAAAATAATCCAAATATATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTGGAAAAAATA
390 TGAAATAAAATAATACAAATATAATAACATTC-AAAAATTAATAAGCAAAAGATTGGAAAAAATA
* * * * * * *
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454 AATCTATTTTACAAAAAAATTCAAATAGTTAAGACTAATTAAACAATCATCTATTTCAAATAGTC
* * * *
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* * *
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*
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649 CAAATTCAAATAATTACTACCAAAC
* **
36362 AATTGTTATAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAA
1 AATTGTTATAGTTAATACAAGCTTAGACAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * * * * * *
36427 TTAATAAGTAGAAAATCTAGAAAGTGAATTTGTTTACTGAATTAGTTCAAATAATTATGACCATT
66 TTAATAAATAAAAAATCTAGAAAATAAATTTATTTACTGAATCAATTAAAATAATTATGACCATT
* * * * *
36492 TCAA-TATTTATCTATTTCAAATTATTATTACCTTTTG-TTTGATCATACAACAATTGGTTTTTT
131 TCAACGA-TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATT-GTTTTTG
* * * *
36555 ATCATACAAGCTT-TTTTAGA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCT-AAAATTAAT-AG
193 ATCACACAAGCTTATTTT-GATA-AAAATAATACTAATTTAATAATATTT-TAAAAACTAATAAG
* * * * ** *
36616 TAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTCATTTATTGAACCAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
255 TAAGAGATTTAAAAAATAAATGT-ATTTATCGAACCAATTCAAATAGTAAAAACTATTAGAACAA
*
36680 TTGTGTA-TCAAATCATTATAACCTTTTGTTCT-A-TCATAAAAAAATTATTTC-TATTCATT-C
319 TTGTCTATTCAAATCATTATAACCTTTTGTT-TAATTCATAAAAAAATTATTTCATA-TC-TTAC
* * * *
36740 AAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTC-AAAATTAATAA-CTAAGAGATT
381 AAACTTATTTGAAATAAAATAATACAAATATAATAACA-TTCAAAAATTAATAAGC-AAAAGATT
* * ** * *
36803 -TAAAAAATAAATTTATTTGT-CAAACCAGTTCAAATAGTTAAGA-TTATATAAACAATCATCTA
444 GGAAAAAATAAATCTATTT-TACAAAAAAATTCAAATAGTTAAGACTAAT-TAAACAATCATCTA
* * * * **
36865 TTTCAAATTGTTATGAAC-TTTTCTTTTGACATAAAACAATT-TTTTCAATTTATACTAGCTTAT
507 TTTCAAATAGTCAT-AACTTTTTCTTTTCACATAAAACAATTGTTTT-AATTCATAAAAGCTTAT
* * * * *
36928 -TAGGAATAAAATAATA-TGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
570 CCA-AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAG-TTCAAAAAA
*
36991 T-AATTCTGTTTACCTAACCAAA-TCAAATAATTA
632 TAAATT-TGTTTACC-AAACAAATTCAAATAATTA
37024 TGATTATTTG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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677 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (673 bp):
AATTGTTATAGTTAATACAAGCTTAGACAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAA
TTAATAAATAAAAAATCTAGAAAATAAATTTATTTACTGAATCAATTAAAATAATTATGACCATT
TCAACGATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATC
ACACAAGCTTATTTTGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAACTAATAAGTAAGAG
ATTTAAAAAATAAATGTATTTATCGAACCAATTCAAATAGTAAAAACTATTAGAACAATTGTCTA
TTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAATTCATAAAAAAATTATTTCATATCTTACAAACTTATTT
GAAATAAAATAATACAAATATAATAACATTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTGGAAAAAATAAA
TCTATTTTACAAAAAAATTCAAATAGTTAAGACTAATTAAACAATCATCTATTTCAAATAGTCAT
AACTTTTTCTTTTCACATAAAACAATTGTTTTAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATA
CTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGTTCAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACA
AATTCAAATAATTACTACCAAAC
Found at i:37755 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 37734--37766 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
37724 ATTGTTATGA
37734 TTATTT-AAATAATTAT
1 TTATTTCAAATAATTAT
*
37750 TTATTTCAAATCATTAT
1 TTATTTCAAATAATTAT
37767 GACATTTTGT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.00, T:0.55
Consensus pattern (17 bp):
TTATTTCAAATAATTAT
Found at i:39652 original size:361 final size:359
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Indices: 36358--55064 Score: 6412
Period size: 361 Copynumber: 51.5 Consensus size: 359
36348 AGTTACTACC
* * *
36358 AAACAATTG-TTATAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTC
1 AAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * * * ** ** *
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65 AAAAATTAAT-AGTA-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * *
36486 ACCATTTCAATATTTATCTATTTCAAATTATTATTACCTTTTG-TTTGATCATACAACAATTGGT
128 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATT-GT
* * * * *
36550 TT-TTTATCATACAAGCTTTTTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCTAAAATTAAT
191 TTCTAT-TCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * *
36614 -AGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTCATTTATTGAACCAA-TTTAAATAGTTATGACTATTTGA
253 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTTA-CGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * *
36676 ACAATTGTGTA--TCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTATCATA
316 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * * *
36718 AAAAAATTATTTCTATTCATTCAAACTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTC
1 AAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * * ** * *
36782 -AAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGTCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGA
65 AAAAATTAAT-AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * ** * * * *
36846 TTATATAAACAATCATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTCTTTTGACATAAAACAATTTTTTC
129 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * *
36911 AATTTATACTAGCTTATT-AGGAATAAAATAATATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
194 TATTCATACAAGCTTATTCA--AATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * * *
36975 TAAGAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTACCTAACCAA-ATCAAATAATTATGATTATTTGAACAA
256 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* *
37039 TTATCTATTTCAAATTATTACAACC-------TT-T--TA
320 TTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
** * * * * ** * *
37069 AAACAAAAGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATACTAATCTACTAATATTTCA
1 AAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * **
37134 AAAATT-A-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTAAA-ACAGTTCAAATAGTTATGAC
66 AAAATTAATAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * *
37195 TATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATCACTATGA-CTTTTGTTATGTTATAAAACAATAGTTTCT
130 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * * ** *
37259 ATTCATACATG-TATATTTGAATTAAAATAATATTAATTTATTACTATTTTGATAATTAATAAGT
195 ATTCATACAAGCT-TA-TTCAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * *
37323 AAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-ACTAAT
257 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AAT
* * *
37387 TATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTCTTTTGTAATA
321 TATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * *
37426 AAACAATTG-TTTTAGTTCATATAATCTTATT-TGATGTAAATTAATACTAATTTATTAATA-TT
1 AAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAGA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * ** *
37488 CTAAAAATTAATGAG-AAAGAGAATTAAGAAA-GAATTTGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTA
64 C-AAAAATTAAT-AGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * * *
37551 TAACTATCTAAACAATTATCGATTTCAAAACA-TAAGAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
126 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * *
37615 GTTCTATTGATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
190 TTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * ** * * *
37680 AAGTAAAAGATTTAAAAAGTAAATCTGTTTATCG-AATGAGTT-AAATTGTTATGATTATTTAAA
253 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * *
37743 TAATTATTTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCATA
317 CAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
** * ** * * *
37786 AAACAATTACTTTTATTTATACAAAATTATTTAGAATAACATAATACTAATTTATTAATATTTTA
1 AAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* ** * * * *
37851 AAAATT-A-A-TAAGAGATTTAAAAGCTAAATCTATTTACCAGACTAA-TTTAAATGGTTATGAC
66 AAAATTAATAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC-AAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * *
37912 TATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTCCT
130 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * ** * * * *
37976 ATTCATACAAGTTTATTCAGAGTAAAAT-ATACCTAAACTAATAATA-TTCTAAAATTCATAATT
195 ATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATA--TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * *
38039 AAGAGACTTT-AAAAATAAATATATTTGCCAAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAA
257 AAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACGAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* *
38102 TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATA
320 TTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * *
38142 AAATATTTG-TTTCAGTTCATACATGCTTATCCA-AA-AAAATAATACT-ATTCTATTAACA-TT
1 AAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATT-TATTAATATTT
* * * *
38202 CAAAAAATTAATAAGCAAGAA-ATTTTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAATTCAAATAGT
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* * * * * * * *
38266 TAAGTCTATTTGTACAATTATCCATTTGAAATCATTATGGCCTTTTGTTTTATAATAAAACAATT
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* * * *
38331 GTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATGCAAAATAAAATAATGTTACTTTATTAATATTTCAAAAATTA
189 GTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAAT-ATAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * * * * *
38395 AGAAGCT-AGAGATTTTAAAAATAAAT-TAGTTTATCGAATCAA-TTCAAATAATTATGGCCATT
251 ATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTA-CGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* *
38457 TGAACAATTATCTATTTCACATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCACA
313 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * *
38504 AAACAATTTTTTTTCATT-GTATAAGCCTATT-TGATATAAAATAATACTAATTT-TTAATATTT
1 AAACAATTGTTTTT-ATTCATACAAGCTTATTCAGA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * * *
38566 CAAAAATTAAATAGTAAGACATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACCAGTTCAAGTAGTTATG
64 CAAAAATT-AATAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * *
38631 ACTATTTGAACAAATATAT-TTTCAAATCATTATAACATTTGGTTTTGTCATAAAATAATTATTT
128 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * *
38695 ATGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATATAATAATATTAT-GAAAATTAATAA
193 CTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAA
* * * * * * *** * * * * *
38759 CTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCCTTTCAAATAATTAAGGCTATATGAATAA
255 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * * **
38824 TTATCTATTTTAAGTCATTATGACCATTTGTTTTGTTGTA
320 TTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
** * * * * ** * * *
38864 AAACAAACGTTTTTTCTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATACTAATCTACTAATATGTC
1 AAACAATTG-TTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * * *
38929 AAAAATT-A-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATATATCAAACTAA-TTAAAATAGTTATGA
65 AAAAATTAATAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC-AAGTTCAAATAGTTATGA
** * ** * *
38990 CTATTT-AAGCTGTTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTCTTTGTTTTGTTATAAAACAATAGTT
129 CTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * ** *
39053 TCTATTCATACAAGCATATTCAGATCAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGATAATTAATAAG
192 TCTATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * ** * **
39118 TAAAAGATTTAACAAATAAATATGTTTATCG-AACAAGTTCAAATAGACATAACTATTTGAGTAA
256 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * * * * *
39182 TTCTCTATTTCAAATTATTTTGACCTTTTCTTTTATAATA
320 TTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * *
39222 AAATAATTG-TTTTACTTCATACAAGCTTATT-TGATGTAAAATAATACTAGTTTATTAATATTC
1 AAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAGA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * *
39285 CAAAAATTAATGAGTAAAAGAATTAAAAAA-AGAGTCTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTAT
64 CAAAAATTAAT-AGTAAAAGATTTAAAAAATA-AATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * * *
39349 GATTATCTAAACAATTATCTATTTTAAAACATAATGACCTTTTGTTTTGTCATAACACAATTGGT
127 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
** * *
39414 TCTATGGATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAA
192 TCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * *
39479 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACGAAACAAATTCAAATAGTTAGGACTATTTGAACAA
255 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * *
39544 TTA-CTTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTTTCTTA
320 TTATC-TATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
**
39584 AAA-AATTGTTTTTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
1 AAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * * *
39648 AAAATT-A-A-TAAGATATTTAAAAACTAAATATGTTTA-CAAGACCAGTTCAAATAGTTATGAC
66 AAAATTAATAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA-ACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * * * *
39709 TATTTGAATAATTCTCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTATTTTATCATAAAATAATTATTTCT
130 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* ** * * * ** * * *
39773 GTTCATACAAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATA-TTCTAAAATTAATAAATA
195 ATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAAT-ATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* ** * * *
39837 AGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTGTTG-AACGAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATT
258 AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-ACGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* *
39901 ATCTATTTCAAATTC-TTCTAACCTTTTGTTTAGTCATA
322 ATCTATTTCAAA-TCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
* ** * * * * *
39939 AAATAATTGTTTCAATTCATACATGCTTATCCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAACA-TTCA
1 AAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-
* * * * * * *
40003 AAAAATTACTAAGCAAGAA-ATTTAAAAAAACAAAATCTATTTA-CAGAACAAATTTAAATAGTC
65 AAAAATTAAT-AGTAA-AAGATTT-AAAAAA-TAAATCTGTTTACCA-AACAAGTTCAAATAGTT
* * * * * * **
40066 AAGTCTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATCTTTTGTTTTATAATAAAATGATTG
125 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * * *
40131 TTTTCCATTCATAAAAGCTTATGCGAAACAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAATTTAA
190 -TTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* ** * ** * *
40196 AAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATAAAATCAA-TTCAAATAATTATG-GTCATTTG
252 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACGAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTG
* * *
40259 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGGA-TTTTTAG-TTTGTCATA
315 AACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACCTTTT-GTTTTGTCATA
* ** **
40304 AAACAATTGTTTTTCA-TCGTATTAGCCCATTC-GAAATAAAAATAATACTAATTT-TTAATATT
1 AAACAATTGTTTTT-ATTCATACAAGCTTATTCAG-AAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATT
* ** *
40366 TCAAAAATTAATGAGTAGAAGATTTAAAAAATAAGCCTGTTTACCAAACCAA-TTAAAATAGTTA
63 TCAAAAATTAAT-AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTA
* ** * * *
40430 TGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTTTTCATAAAACAATTA
126 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * * * * *
40495 TTTATGTTAATAAAAGATTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTAT-GAAAATTAA
190 TTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAA
* * * * * * * * *
40559 TAACTTAGAGATTTAAAAAATAGATTTATTTTTCAAAAC-AGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGA
252 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * ** * **
40623 ATAATTATCTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTTGTTTTGTTGTA
316 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC-TTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * **** *
40668 AAACAAATGTTTTTGTTCTGTTGTAAAACAAATGTTTTTGTTCATTTAAGTTTGTTCGAATA-AA
1 AAACAATTGTTTTTATTC-------ATAC-AA-G--CTTATTCA--GAA-TAAAAT--AATACTA
* * ** * * * *
40732 ATAATATTAAT-TTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTCTTTACTA
50 AT-TTATTAATATT-TCAA-AAATT---AA-TAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * * * ** *
40796 AACTAGTTCAATTAGTTAT-ATCAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATTCCCATTTGT
108 AACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * *
40860 TTTGTGATAAAACAATTGTTTCTATTGATACAATCTTTTTCAGAATAAAGTAAGT-TAATTTATT
172 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAA-TATAATTTATT
** * ** * *
40924 AATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAATTGATTTAAAAAATTGAATCTATTGGTTTG--ACCAGTGC
235 AATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-TAAATCTATT--TACGAAACAAGTTC
* * * * * * *
40986 AAATAATTAT-AATAATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTTGTCGTA
296 AAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * *
41050 AAATAATTG-TTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAAT-AAATAATTCTAATTTATTAATATTTCA
1 AAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * ** * * * * *
41113 AAAATGAAAAAGGCAAATATTTAAAAATTGAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGCTATGAC
66 AAAAT-TAATAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
** * * *
41178 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTAT-AACTATTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTC
130 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * *
41242 TATTCATACAAGCTTATTTCAATTAAACTAAAACAAATTTATCAATA-TTCAAACAATTAATAAG
194 TATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAG
* * * * * *
41306 TAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAATAAGTTCAAATGGTTATGACTATTTGAATAAT
256 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* ** * ** * **
41371 TATTTTATTTCAAATTGTTACAATTTTTTGTTCTAACATA
321 TA-TCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
* * ** ** * * * *
41411 AAACAATTGTTTTTTGTTCATAAAAATTTATTTGGATTAAAATAGTATTATTTTATTAATATTTT
1 AAACAATTG-TTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTT
* * * * * * *
41476 C-ACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAAATATGTTTACCGAACAAGTTTAAGTAGTCAT
64 CAAAAATTAAT-AGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * ** * *
41540 AACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAGCAATTGTA
127 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * *
41605 TC-AGTTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCTGAAAATTAAT
192 TCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT
* * * * * *
41668 GAGTAAGAGATTTAAAAAGTGAATCTATTTATTG-AACAAGTTTAGATAGTTATGACTATTTGAA
253 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * ** * *
41732 CAATTTTATATTTCAAATCATTAGGACATTTTGTTTTATCATA
317 CAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
*
41775 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTACA-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTT
1 AAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATT-CAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT
* * * * * * *
41838 AAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTAAACACGTTCAAATAGTTATA
64 CAAAAATTAAT-AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* ** * *
41902 ACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATGGTTATGACTTTTTATTTTGTCAT-AAACTAATTGTT
128 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTT
* * *
41966 TCTATTCATACAAG-TGTATTCAAAATAAAATAATACTAGTTTAATAATA-TTAAAAAATTTAAT
192 TCTATTCATACAAGCT-TATTC-AAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAA-TTAAT
* * * * * * *
42029 CAGATAA-AGATTTAAAAGATAAATCTATTTATCG-AGCAAATTCAAATAGTTATTAGTATTTAA
253 AAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * * *
42092 ATAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGACATA
316 ACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
* ** * * *** * * * *
42136 AAAAAATTGTTTCCATTCATATAAGTTTATTTTTAATAAAAGAATAGTAATTTATTAAGATAT-A
1 AAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
** * * * * * * *
42200 GAAAATTAATAGGTACGACATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCATATAATCATGT
66 -AAAATTAATA-GTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * *
42265 CTATTTGAACAATTATCCATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTT
129 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * ** * * *
42330 TGTTCATGCAAAATTATTCAAA-AACAATAATATTGATCTATTAATATATT-GAAAATT-A-AA-
194 TATTCATACAAGCTTATTCAAATAA-AATAATA-TAATTTATTAATAT-TTCAAAAATTAATAAG
* * * * *
42390 -AAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTACGGAAACAA-TTCATATAGTTATGATTATTTGAATAA
256 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-GAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* ** * * * *
42453 TTATCTATCTCAAATTGTTATGA-TTTTTATTTTATCATA
320 TTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
* * *
42492 AAACAATTGTTTCTT-TTCATACAAGCTTATTCA-AATTAAAATAATACTAATTTAATAGTATTC
1 AAACAATTGTTT-TTATTCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * *
42555 CAAAAATT-A-A-TAAGAGATTTAAAAGATAAATATGTTTACCAAACCAA-TTCAAATTGTCAAT
64 CAAAAATTAATAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGT-TAT
* * ** * * * * ** *
42616 -ATTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTCTAACTTTTTCTTTACTCATAAAA-AATTATT
127 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* *
42679 TC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAATTAATAGTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAAT
192 TCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT
* * * * *
42742 GAGCAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCG-AACAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTG
253 AAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTA-CGAAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTG
* ** *
42805 AATAATTATCTATTT-AAAGTTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
315 AACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * ** *
42850 AAATAATT-ATTTTAGTTCATAAAAATTTATTC-GAAATAAAATAATACT-A---CTT--TA-TT
1 AAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * * *
42906 -AAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAACTAAAGATAT-TTTTCGAACCAA-TTCAAATTGTTA
64 CAAAAATTAAT-AGTAAAAGATTTAAAAAAT-AA-ATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * * * * *
42968 TGTCTATTTGAACAAATATCAATCTCAAAT-AGTTATAATC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTA
126 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* *** * **
43031 TTTATGA-TCATACAAGCTTATTTGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAA-T--
190 TTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAT-AAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * * * * * *
43092 T-ACTAAGAGATTTAAAAAAATAAATGTGTTTGCTAAA-ATAATTTAAATAGTTAAGACTATTAG
252 TAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACGAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * *
43155 AATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTATTT-TTTAGTCATA
315 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCT-TTTGTTTTGTCATA
* * * * * ** * * *
43200 TAATAATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCTGTTTATTGAATAAGTTCAAATAATTA-TAGC
1 AAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAG--AATAAAATAA-TACTAAT--TTATTA-A
* * * * * * ** * ** ** * * **
43263 CATTTGAACAACTATCTATTTCAA-ATCATTAATACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
59 TATTTCAAAAATTA-ATAGTAAAAGAT--TTAAAAAATAAATCTGTT-T-ACCAAACAA--G---
* * ** * * * **** *
43326 TTCAACATACAAGCTTTTG-CAAAAT-AA-AATAATACTAATTTGCTAAT-ATT-TCAAGAATTA
114 TTCAA-AT---AG-TTATGACTATTTGAACAATTAT-CT-ATTT-CAAATCATTATGACCTTTTG
* ** ** * *** * * *
43386 ATAAGAGATTTAAA-AATTAAATCTGTT--TACTGAA-C-TATTTCAAATAATTATGACTATTTG
171 TTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTCTATTCATAC--AAGCTTA-TTCAAATAA-AAT-A--ATAT-
** * * * * *** *
43446 AA-CAATTATCTATTTC-AAATTGTTATAACCT-TTTG-TTCTATCATAAAATAATTGTTTCTAT
227 AATTTATTA-ATATTTCAAAAAT-TAATAA-GTAAGAGATT-TA--A-AAAATAA----ATCTAT
* * * * * **
43507 TCATAC-AAACTTATTTGAAATAAAATAAT-ACTAATTT--AGTATTATACTA----AAA--ATT
281 T--TACGAAAC-AAGTTCAAAT--AGTTATGACT-ATTTGAACAATTAT-CTATTTCAAATCATT
** ** *
43562 AATAA-C-TAAGAGATT-T-AAA
339 -ATAACCTTTTG-TTTTGTCATA
* * * * * * ** * * * *
43581 AAATAAATATGTTTA-TCGA-ACCAGTTTAAACAG-TTAAGACTATTGAATAA-TTATT--TATT
1 AAACAATTGTTTTTATTC-ATACAAGCTTATTCAGAATAA-AATAAT-ACTAATTTATTAATATT
* * * *** * * * * * * *
43640 TC-AAATTGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAA-CAGT-TATCTCACCTCACACAAGCTTAT
63 TCAAAAAT-TAAT-A-GTAAAAG-ATT-T-AAAAAATAAATCTGT-TTA-C-CAAACAAG----T
** ** * * ** **
43701 TCAAAGTAAAATAAAACTAATTT-----ATTA-ATATTTCAAA-AATT-T-A---TAAGAGATT-
115 TCAAA-T-AGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTTG
* * * * * *
43753 T-AGAAAATAA----TTCTATT--TACCAAAC-CAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATT
176 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-CAAGCTTA-TTCAAATAA-AATAA-TA--T--A-ATTT
* * ** * * * **** * * * * * * *** *
43810 GTT--TATTCCAAATCTTTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAG
232 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-ATT-T-AAAAAATAAATCTATTTACGAA-ACAAG
** * ** * * *** * ** ** *
43873 TT----TA-TTCACAACAAAATAATACCAATTTAT-TAATATTTAAAAGGTTA-ATCAATAAGAG
293 TTCAAATAGTT-ATGACTATTTGA-A-CAA-TTATCT-AT-TTCAAATCATTATAACCTTTTG-T
*
43931 ATT-T-A-A
351 TTTGTCATA
** ** * * * * * *
43937 AAACTAAATTTGTTTACAAACCATTTCAAATACTT-TTGACTATTTGAAAATTAT-CT-ATTT-T
1 AAAC--AA-TTGTTT-TTATTCA-TAC-AA-GCTTATTCA-GA-AT-AAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * * ** * * **
43998 GAAT-TGTT-ATAACATTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTATATTTATA-CTATTTTATTTG
56 TAATAT-TTCA-AA-A-ATTA-ATAGT-A--AAA-GATT--TAAAAAATAAATCT-GTTTA--CC
* ** * * * * * * ** *
44060 AAATAAAATAATAATAATTTAAT-AATATTATGAAACTTAATAACCTA---GAAA--ATTAAAAA
107 AAACAAGTTCA-AAT-AGTT-ATGACTATT-TG-AAC--AATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* ** * * * * * ** ** * * **
44119 ATAAATCTAATTG-CCT-AACCAATTCAAATAGCTAAAACTATATGAATGATTA-TCTATTTGAA
165 CT-TTTGT-TTTGTCATAAAACAATT---GTTTCT-ATTC-ATA-CAA-GCTTATTC-AAAT-AA
* ** * * ** * * * * * ** *
44181 ATTGTTATGACTTTTTTCTTTTCTTGTATGACACTTATTTTGTTCATACTAGCTTATTCTGAATA
219 AATAATAT-AATTTATTAATAT-TT-CA--AAAATTAATAAG-T-A-A-GAG---ATT-T-AA-A
* * * * ** * * * *
44246 AAAT-AATACTATTTA--ATAA-TATTTCAAAAATTAATAAGTGAGAGATTTAAAAAATAAATTT
269 AAATAAAT-CTATTTACGA-AACAAGTTC--AAA-TAGTTA-TGA-CTATTTGAACAAT-TATCT
* * * *
44307 GTTTACCAAATCAGTTCA-AA-----TGGTTAGACTATTA
326 ATTT--CAAATCA-TT-ATAACCTTTTGTTTTGTC-A-TA
* * * * * * * *
44341 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAA-TTTATTCTTTAGTTACAAAATAAT--TATTTTAGT
1 AAACAATTGT-T-TTT--ATTCATAC-AAGCTTATTC---AG-AATAAAATAATACTAATTTA-T
*
44403 TCATACAAGCTTATTCAGAATATATTAATGCTAGTTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAG
56 T-A-A-TA---T-TTCA-AA-A-ATTAA---TAG-----------T---AA-----------AAG
* * * * * * * *
44468 ATATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAATTCAAAAAATTATTACTATTTGAATAGTTGTC
83 --ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * ** * * * * * * *
44533 TACTTAAAATTGTTATAAACTTTTGATTTATTATAAGACAATTGTTTC-AGTTAATACAAGCTTA
146 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTT-
* ** * ** * * *
44597 AATGGAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTT-TTAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAAT
209 ATTCAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * ** *
44661 AAATTTGTTTACCAAATC-AGTTAAAATAATTATGTCCATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCG
273 AAATCTATTTACGAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* *
44725 TTATGAA-ATTTTG--TTGTCGTA
337 TTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATA
** * * *
44746 AAACAATTGTTTTTGGTCATACAAGCTTATTCAAAATAAGATAGTACTAATTTATTAATATTTCA
1 AAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * * * * * *
44811 AAAATT-A-A-TAAGAGACTTAAAACATAAATCTATTTACCGAACTAGCTGAAATAGTTATGACT
66 AAAATTAATAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * *
44873 ATTTGAAAAATTATCAATCTCAAATCATTTAT-ATC-TTTGTTTTGTCATAAGACAATTGTTTTT
131 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* **** *
44936 GA-TCATAAAAGCTTATTTGGTTAAAAATAATATAAAATTT-TAAAATATTTCAAAAATTAATAA
195 -ATTCATACAAGCTTATTCAAAT-AAAATAATAT--AATTTAT-TAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * * * * ** * *
44999 GTAAGAAATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCG-AACCAGATC-AATAGGTAAAACTATTAGAATA
255 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-ACGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * *
45062 ATTATCTATTTTC-AATCATTTTGACATTTT-TATTTAGTCATA
319 ATTATCTA-TTTCAAATCATTATAACCTTTTGT-TTT-GTCATA
* * * * * * * * **
45104 AAATATTTG-TTTCATATCTTACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATCCAAATTTATTAACATTAG
1 AAACAATTGTTTTTAT-TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* **
45168 GAAAATTAATAAG-AAAAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATG
65 AAAAATTAAT-AGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * *
45232 ACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTCGTTTTGAT-ATAAAACAATTGTT
128 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTT
* * * **
45296 TC-AGTTCATTA-AAGCTTATCCAAA-ATAAATAAGACTAATTTCTTAATATTTTGGAAAATTAA
192 TCTA-TTCA-TACAAGCTTATTCAAATA-AAATAATA-TAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAA
** * * * *
45358 TAACCAAGAG-TTAAAAAAATAAATTTGTTTATTGAATA-AA-TTC-AATAGTTATGACTATTTG
252 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CGAA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* *
45419 AACAATTGTCTA-TTCAAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATA
315 AACAATTATCTATTTC-AAATCATTATAACC-TTTTGTTTTGTCATA
* * * * * *
45465 AAATAATTG-TTTCAGTTTATAGAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
1 AAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * ** *
45529 AAAAATTAATAACTTAGTGATTTAAAAAATAGCTAAAATCATTAGCTATTTACCGAATCAA-TTC
65 AAAAATTAAT-AGTAAAAGATTT-AAAAA-A--T-AAATC--T-G---TTTACC-AAACAAGTTC
* * * * * * * * *
45593 AAATAATTATGACTATTTCAATAATTATCTATTTTAAACCATTATTACATTTTGTTTGGTCATAT
117 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * ** * *
45658 AACAATAGTTT-TTTATCATATAAGTTTATTTGGAATAAAATAACAGTAATTTATTAATCTTTCA
182 AACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCA
* * * * * * * *
45722 AAAATTAATGAGTAAGAGATTT-CAAAATAAATTTGTTTACCAAACGAGTTTAAATAGTTATGGC
244 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACGAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * *
45786 TATTTGAACAATTGTATACTTCAAATCATTATAACCATTTGTTTTGTCATA
309 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * * * *
45837 AAATAATTATTTATATTCATGCAAGCTTATTTAAAATAAAACAATACTAATCTAATAATA-TTCT
1 AAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-
* * * * * * * **
45901 AAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTGCCAAACTA-TCTCAAATAATTAAA
65 AAAAATTAAT-AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGT-TCAAATAGTTATG
* * * * ***** *
45965 AGTGTATGAACAATTATCTATTTCAAATC----T---CTTTTGTTTTATCATAATTTTTTTTTTT
128 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* **** * * * * *** ** *** * *
46023 CAATTCACGTTAGCTTTTTTGAAAT-AAGTAAGAGCTTTTAAAAATAATTT---TGTTTACTTA-
193 CTATTCATACAAGC-TTATTCAAATAAAATAATATAATTTATTAAT-ATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * ** * * * *
46083 -AACAG-CTCAAATAATTATAA-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGTTCCTTTG
256 TAAGAGATTTAAA-AAATA-AATCTATTT-ACGAA--A-CAAGTTCAAATAGTTATG--AC--T-
* * * * **** * ** *
46145 TTTTGTCACAA--AACAAATGGTTTTGTTCA-TATAA--GTTTGTTCAG-AATA
310 ATTTG-AACAATTATC-TAT--TTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * ** * * *
46193 AAATAATAGTAATCTATTGATATTTCAAAAATTAATAAGGGATTTAAAAACTAA-ATCT-ATTTA
1 AAACAATTGT-TTTTATTCATA---C-AAGCTTATTCA--GA-AT-AAAA-TAATA-CTAATTTA
* * ** * * ** * * * **
46256 TCAAACTAGTT-AAATAATT-AT-G---ACTACTTGAGTAAT-TATTTATTT--CAAATTA-TT-
55 T-TAA-TATTTCAAA-AATTAATAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTC
* * * * * * **
46310 ATGAAT--TTTTGTTCTTTTATAGAACAATAGTTTCTA-TTC--ATGCA--A-G-CATAATTGGA
117 A--AATAGTTATG-ACTATT-T-GAACAAT--TATCTATTTCAAAT-CATTATGACCT-TTTGTT
*** * * ** * * * * ** *
46366 TTAAAATAATACTAATT-TTTAGTATTCGGACAA--TTAAT-AAGTAAAA-AGTTTTAA-AAATA
173 TTGTCATAAAAC-AATTGTTT-CTATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATA-ATATAATTTATT
* * * * * *
46425 AATATGTTTACCAAACTAGATCAAATAA-TCATGACTATTTGAATAAT-TAT-TGATTT-CAGTT
235 AATA--TTT--CAAA--A-AT-TAATAAGT-AAGA-GATTTAAAAAATAAATCT-ATTTAC-G--
* ** ** ** * * * *
46486 CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTT-ATTAATATTTCAAAATTTAATAAGTGAT
286 -AAACAAG----TTC-AAAT-AGTTATGACT-ATTTGAACAAT-TATC--TATTTCA-AA-TCA-
* ** * *
46550 TTAAAAAATGAATTTGTTTATTGAATTAGTTC
337 TTATAACCT---TTTG-TT-TTG--TCA--TA
* * **** ** ** *** ** ** **
46582 AAATAATTATGGCCATGTCA-ACAATTATATATTTTGAATCGTTATGGCCTTTTGTTTCGTCATA
1 AAACAATTGTTTTTAT-TCATACAA-GCT-TATTCAGAAT-AAAAT--AATACTAATT--T-AT-
* * * *** *
46646 TAAGAATTGTATTTGAACATTCAAGCTTATTCAGAATAAAATATTATTAATTTATTAATC--TTT
56 T---AA---TATTTCAA-A---AA--TTAAT-AG--TAAAAGA-T-TTAAAAAATAAATCTGTTT
* * * * * * *
46709 --C-AA-AAGTT--AATAAG-TAAGA-GATTTAAAAAATAAAT-TTTTTACCAAA-C--TA-GTT
104 ACCAAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAAT-TATCTATTT--CAAATCATTATG-A
*** * * * * * * * * **
46761 CAAATAGTTATGAC-TAATTGAACAATTGTAAACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTATCTT
164 CCTTTTGTTTTGTCATAA---AACAATTGT----TTCTATTCA-TACAAGC--TTATTC-A-AAT
* * * * * *
46825 AAAACAAT-TAATTTTGTTCATACAAGTTT-ATTAGAAA-TAA-AA-TAACACTAATCTAATAAT
217 AAAATAATATAA-TTTATT-A-A-TA-TTTCA--A-AAATTAATAAGTAAGA--GATTTAA-AA-
* * * * * * * *** * *
46885 ATTCCACAAAT-TAATAACTAAGAGAA-TTAAAAAATAAATT-TG-CT-TGCCAAACTAGTTTAA
270 A----ATAAATCTATTTACGAA-ACAAGTT--CAAAT-AGTTATGACTAT-TTGAAC-A-ATTAT
* * * * **
46945 ATATTT-AAAAC-TATATGAACAATTATCTATATTAAATCATTA
324 CTATTTCAAATCAT-TAT-AAC-CTT-T-TGT-TT-TGTCA-TA
* * ** * * **
46987 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAGGTTTTGTTGAATTCATACTAGCTTTTTTGGAATAAAATA
1 -AAAC-----AAT----------T--G-TTT-TT--ATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATA
* * * * * *
47052 A-AATAAATTTATTAATATTTTAAAAATT-A-A-TAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCT
44 ATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * * * *
47113 AACTAGTTTAAATTA-TTATGACTATCTGAACAATTATATATTTTAAATCATTATGACCTTTTGT
108 AACAAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * * * * * * *
47177 TTTATCATAAAATAAATGTTTGTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAGTAATACTAATCTATT
172 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATA-TAATTTATT
* * * *
47242 AATATTTCAAAAATTAATAAG---G-GATTTAAAAAATAATTATGTTTATC-AAACTAGTTTCAA
235 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CGAAACAAG-TTCAA
* * * * * * * ** *
47302 ATAGTTATGAATATTT-ATGCAATTATTTATTTAAAAACATTATGACTTTTTGTTCCGTTATA
298 ATAGTTATGACTATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * *
47364 AAATAATAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT
1 AAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * * * * * * * * * * *
47428 GACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAACAAATATGTTAATCGAACTAGATCAAATAATCATGA
65 AAAAATTAAT-AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * ** * *
47493 CAATTTGAATAACTATCCATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTATTTTGTCATAAAAGAATTGTTT
129 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* *
47558 C-AGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTCAAAAATTAATAA
193 CTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * * * * *
47622 -TAAAGAGATTTAAAAAATGAATTTATTTATTG-AACAAATTTAAATAATTATGACTGTTTGAAT
255 GT-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * *
47685 AATTATCTATTTGAAAT-AGGTAAAACCTTTTGTTTT-T-ATA
318 AATTATCTATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * *
47725 AAAGAATTTTTTTTTGGTTCATCCAAGCTTATTTC-GAGTAAAATAATACAAATTTATTACTA-T
1 AAACAA-TTGTTTTT-ATTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * *** * *
47788 T-AAAGCAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAATAAATTCAAATCA-T
63 TCAAA--AATTAAT-AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAAT-AGT
* * * * ** ** *
47851 TATGTCTATTTGAGCAATTATTTATTTCAACTTGTTATGATTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
124 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * ** *
47916 ATTTCTATTCACACAAGTTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATAAATATTTTGACAATTAA
189 GTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * *
47981 TAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATATATTTATTGAAA-AAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGA
252 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * * *
48045 ATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTCTTTTGTAATA
316 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
* * ** * * *
48089 AGACACTTGTTTCAATTCATATAAGCTTATT-TGAAATAAGATAATACTAATTTATTAATATTTC
1 AAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * ** ** * * *
48153 AAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAACAAAA-GAATAGGTTTACTGAATAAGTTGAAATATTTATG
65 AAAAATTAAT-AGTAAAAGATTTAA-AAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * *
48217 ATTATCTCAACAACTATCTATTTCAAAACATTATGACC-TTTGTTTTGTTAGAAAACAATTGGTT
128 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* ** * ** * *
48281 CTGTTCATGTAAGTTTATTTTGAATAAAATAATTTAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
193 CTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * ** * *
48346 TAA-A-ATTTAAAAAATATATAT-TTTTTG-AACACA-TTCAAGTAGTTAT-ACTATTTGAAGAA
256 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACGAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
*
48405 TTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
320 TTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * * * *
48445 AACCAATTGTTTCTGTTCATAAAAGATTTTTCAAAATGAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCT
1 AAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-
* * * * ** *
48509 AACAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAGTAAATTTGTTTATCGAGTAAGTTCAAATAATTATG
65 AA-AAATTAAT-AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * ** ** * *
48574 ACTATTTGAATAA-TATTTATTTCAAATTGTTATGATATTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTAT
128 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
** *
48638 CTATTCATACAATTTTATTCCAAAT-AAATAATACTAATTTATTAGTA-TTCTAAAAATTAATAA
193 CTATTCATACAAGCTTATT-CAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA
** * * * * *
48701 GTTTGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTA
255 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * ** * * *
48766 TTATCTATTTCAAATCGTAATGGCATTTTGTTTTGTCGTT
320 TTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * ** * **
48806 AAACAATTCTTTCTGTTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTG
1 AAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * * * *
48871 ATAATT-A-A-TAAGAGATTT-AAAAATGAAATCTATATATCGAAA-TAGTTCAAATAGTTATGA
66 AAAATTAATAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
48931 CTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCTTTATGATC-TTT-ATTTGTCAAAAAACAATTTTTTC
129 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * ** * * * * *
48994 TATTTATTCATGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAATAGTATTCCAAAAATTAGTAAGT
194 TATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * * *
49059 AAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCG-AACTAGTTCAAATATTTAAGACTATTAGAACAAT
257 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-ACGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * *
49123 TATATATTTCAAATCATTTTAACCTTTTGTTTAGTCATA
321 TATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * *
49162 AAACAATT-ATTTCAGTTCACACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTTG
1 AAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * * * * *
49226 AAATATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATAACTTGAAATAGATT-T
65 AAAAATTAAT-AGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG-TTAT
* * ** * * *
49290 GACTATTTGAATAATTATCTGTTT-AAAGTTTTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAATCAATTAT
127 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
** * * * *
49354 TTAAATTCATAAAAACTTATCTAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
191 TTCTATTCATACAAGCTTAT-TCAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * * * * * * *
49419 AGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTGTTTTTCTAAACCATTTTAAATGGTTATGACTATTTGAAT
254 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTTACGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * *
49484 AAATATCAATCTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTCTCATA
318 AATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
* *
49525 AAACAATTATTTTT-TATCATACAAGCTTATTC-GAATAAAAATAATACTAATTTAATAATA-TT
1 AAACAATTGTTTTTAT-TCATACAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * *
49587 CTAAAAATTAATACG----AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACTAGTTTAAATAGTTAA
64 C-AAAAATTAATA-GTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * * * *
49648 GACTATTAGAATAATTATCTTTTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTATT
127 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* ** * *
49713 TCAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTGACA-TTCAAAAAATTAATA
192 TCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATA
* * * * *
49777 AGTATGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTATCG-AACAAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTCAA
254 AGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTA-CGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * * *
49841 CAATTATCCATTTAAAATCGTTATGACCATTTATTTTGTCATA
317 CAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * *
49884 AAACAATTG-TTTTAGTCTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTTA
1 AAACAATTGTTTTTATTC-ATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * * * *
49948 AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCAAATC-AGTTCAAATAATCATG
65 AAAAATTAAT-AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATG
* * ** * * * *
50012 GCTATTTAAATTACTATCTATTTTAAAT-AGTTATTACCTTTTATTTTGTCATAAAACAA-TGTT
128 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * * *
50075 TTTCA-ACATACAAGCTTTTTTGAAATAAAATAATGCTAATTTAATAATATTTGAAAAA-T--TA
192 TCT-ATTCATACAAGC-TTATTCAAATAAAATAAT-ATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * *
50136 A-TAAGAGATTTAGAAAAGAAATCTATTTGCTG-AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
254 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-GAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * ** *
50199 AATTATCTATTTCAAATTATTATAATC-TTTGTCCTATCATA
318 AATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
* * *
50240 AAACAATTGGTTTTATTCATACAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATAAC-AATTTAGTAATATTT
1 AAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTT
** * * * * ** ** *
50303 TGAAAATTAATA--ACTATGATTTAAAAAAATAAAT-TCATTTGCTGAATTAGTTTAAATAGTTA
64 CAAAAATTAATAGTA-AAAGATTT-AAAAAATAAATCT-GTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * ** * * * *
50365 AGACTATATGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTCTCATAAAATAATTAT
126 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * * * * *
50430 TTC-AGCTCATATAAG-TCTAATCGGAATAGAATAAAATTAATGTATTAATATTTC--AAATTTA
191 TTCTA-TTCATACAAGCT-TATTC-AAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * * * *
50491 TAAGTAAGAGATTTAGAAAATAATTCTATTTACAAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGCA
252 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* ** * *
50556 CAATTATCTATTTTAAATTGTTATTACTTTTTGTTTTGTCATA
317 CAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * *
50599 AAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-
1 AAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * ** * * * * *
50662 AGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATTTACTTGCCAAACCATTTCCAATAGTTTTG
65 A-AAAATTAAT-AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * *
50727 ACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTTTCATCAAACAATTGGTT
128 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * *
50792 CTATTTATACTA-CTTTATTCGAAA-AAAATAATGCA-AATTTAATAATATTTCAAAACTTAATA
193 CTATTCATACAAGC-TTATTC-AAATAAAATAAT--ATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * * * *
50854 ACTAGGAAAATT-AAAAA-AAATCTAACTGT-CG-AACAAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAA
254 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-A-TTTACGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
*** * * * * * *
50915 TGGTTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCACA
317 CAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
* * *
50958 CAATC-ATTGTTTTGT-TT-GTACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTCA-TAATATT
1 -AAACAATTGTTTT-TATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATT
* * * * * * * * * *
51019 TCAAAAACTAATAAGCAGAAGATTTAAAAGATTAATTTGTTTATCGAATC-ATTTTAAATAGTTA
63 TCAAAAATTAAT-AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * ** * * * *
51083 AGACTATTAGAATAATTATATGCTTCAAATCATTTTGACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAAAAT-
126 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTG
* * * * * *
51147 TTTCAATTCTTACAAGCTTATTTAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACA-TTCTAAAAATTAC
190 TTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAA
* * * * * * *
51211 TAGGAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCG-AACAAGTTCATATAGTTATTATTATTTGA
252 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * * *
51275 ACAATTGTCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGATTTGTTATA
316 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * ** *
51319 AAATAATTG-TTTCAGTTAATACAAGCTTAGACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
1 AAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
** * ** * *
51383 CTAAATTAATAAATAAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATTAGTTAAAATAATTATG
65 AAAAATTAAT-AGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
** * * * *
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128 -ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TG
* * * * *
51511 TTTTTA-TCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATGCTAATTGATTAATATTT-----ACT--T
190 TTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAAT-ATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * *
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* * * **
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317 CAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCT-TTTGTTTTGTCATA
* * * * * ** * *
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* * * * * **
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* * * ** * * * *
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* * * * * * * * **
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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1 AAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTC-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT
* * * * ** * *
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* * * * * * *
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126 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* *
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191 TTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAA-TATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * * * * * * *
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* * ** * * *
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* * *
52394 TAACAATTGTTTTT-TATCATACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAGTACTAATTTATTAATCTTT
1 AAACAATTGTTTTTAT-TCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * *
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* * * * * ** ** * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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** ** ** * *
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1 AAACAATTGTT-TTTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAA--TAATACTAATTTATTAATATT
* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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** * * *
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* ** *
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* * * * * *
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1 AAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * * * *
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* * * ** * *
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* * * * * *
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* * * * *
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** * *
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*** * *
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* * **
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* * * *
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** * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* ** ** * * *
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* * * * *
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* ** * *
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* ** * ** *
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* * ** * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* *
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** * * * * * * *
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* * * * ** * **
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* * ** ** * *
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* ** * * * * * *
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* * * * * * * * *
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** * * * * * * * *
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* * * ** ** * *
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* *
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* * ** * * * * *
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* * *
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* * ** *
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* * * * **
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* * * * *
43370 AATATTTCAAGAATTAATAAGAGATTTAAAAATTAAATCTGTTTACTGAACT
126 AATATCTCAAAAATTTATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-GAACC
* * * *
43422 A-TTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTA
1 AGTTT-AAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTG
* * * * * * * *
43486 TCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAGTATTA
65 TCATAAAACAATTATCTCTACTCACACAAACTTATTTCAAATAAAATAAAACTAATTTAGTAATA
*
43551 TACT-AAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACC
130 T-CTCAAAAATT--T-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CGAACC
* * * *
43603 AGTTTAAACAGTTAAGACTA-TTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTTAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGT
* * *
43667 CATAAAACAGTTATCTC-ACCTCACACAAGCTTA-TTCAAAGTAAAATAAAACTAATTTATTAAT
66 CATAAAACAATTATCTCTA-CTCACACAAACTTATTTCAAA-TAAAATAAAACTAATTTAGTAAT
* * * * *
43730 ATTTCAAAAATTTATAAGAGATTTAGAAAATAATTCTATTTACCAAACC
129 ATCTCAAAAATTTATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CGAACC
* * * * *
43779 AGTTCAAATAATTATA-ACTATTTGAACAATTGTTTATTCCAAATCT-TTATTACTTTTTGTTTT
1 AGTTTAAATAATTA-AGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-TGTTATAACCTTTTGTTTT
* * * ** * * * ** * * * *
43842 GTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTA-TTCACAACAAAATAATACCAATTTATTAA
64 GTCATAAAACAATTATCTCTACTCACACAAACTTATTTCA-AATAAAATAAAACTAATTTAGTAA
* * * * *
43906 TAT-TTAAAAGGTTAATCAATAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTACAAACC
128 TATCTCAAAA-ATT--T--ATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACGAACC
* ** * ** * *
43959 A-TTTCAAATACTTTTGACTATTTGAA-AATTATCTATTTTGAATTGTTATAACATTTTATTTTG
1 AGTTT-AAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTG
*
44022 TCATCAAACAATT
65 TCATAAAACAATT
44035 GGTTATATTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (176 bp):
AGTTTAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGT
CATAAAACAATTATCTCTACTCACACAAACTTATTTCAAATAAAATAAAACTAATTTAGTAATAT
CTCAAAAATTTATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACGAACC
Found at i:44327 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 43247--45993 Score: 1132
Period size: 180 Copynumber: 15.2 Consensus size: 181
43237 ATTGAATAAG
* ** * * * * *
43247 TTCAAATAATTATAG-CCATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCATTAAT-AC-CTTTTGTTTTG
1 TTCAAATAATTA-AGACTATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCGTT-ATGACTTTTTTCTTTTC
* * * * **
43309 TCATAAAACAATTGTTTT-TCAACATACAAGCTT-TTGCAAAATAAAATAATACTAATTTGCTAA
64 TTATAAAACAATTATTTTGT--TCATACAAGCTTATT-CAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * ** *
43372 TATTTCAAGAATTAATAAG--AG--ATTTAAAAATTAAATCTGTTTACTGAA-CTAT
126 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATC-AA
* ** * * *
43424 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTC-TATC
1 TTCAAATAATTAAGACTATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTT-TTCTTTTC
* * * * * * *
43488 --ATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTAGTATT
64 TTATAAAACAATTATTT-TGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * * *
43550 A-TACTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACCAG
127 ATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAA
* * * * * * * * * *
43605 TTTAAACAGTTAAGACTA-TTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAC-CTTTTGTTTTGTC
1 TTCAAATAATTAAGACTATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTTCTTTTCTT
* **** * *
43668 ATAAAACAGTTATCTCACCTCACACAAGCTTATTCA-AAGTAAAATAAAACTAATTTATTAATAT
66 ATAAAACAATTAT-TTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * *
43732 TTCAAAAATT--T-A-TAAGAGATTTAGAAAAT-AATTCTATTTACCAAACCAG
129 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACCAAATCAA
** * * * * * * *
43781 TTCAAATAATTATA-ACTATTTGAACAATTGTTTATTCCAAATCTTTATTAC-TTTTTGTTTTGT
1 TTCAAATAATTA-AGACTATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTTCTTTTCT
* * * * * * * *
43844 CATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTATTCACAACAAAATAATACCAATTTATTAATAT
65 TATAAAACAATT-ATTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * *
43909 TT-AAAAGGTTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTA-CAAACCAT
129 TTCAAAA-ATTAAT-AAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAA
* ** * ** * * * * * *
43961 TTCAAATACTTTTGACTATTTGAA-AATTATCTATTTTGAATTGTTATAAC-ATTTTATTTTGTC
1 TTCAAATAATTAAGACTATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTTCTTTTCTT
* * * * * * ** * * *
44024 ATCAAACAATTGGTTATATTTATACTATTTTATT-TGAAATAAAATAATAATAATTTAATAATAT
66 ATAAAACAATT-ATTTTGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * ** * * *
44088 TAT-GAAACTTAATAACCT-AGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCCTAACCAA
129 T-TCAAAAATTAATAA-GTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAA
** * * * *
44141 TTCAAATAGCTAAAACTATATGAATGATTATCTATTTGAAATTGTTATGACTTTTTTCTTTTCTT
1 TTCAAATAATTAAGACTATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTTCTTTTCTT
* ** * * * *
44206 GTATGACACTTATTTTGTTCATACTAGCTTATTCTGAATAAAATAATACT-ATTTAATAATATTT
66 ATAAAACAATTATTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * *
44270 CAAAAATTAATAAGTGAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAG
131 CAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAA
** * ** * * * * **
44321 TTCAAATGGTT-AGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCT-AATTTATTCTTTAGTT
1 TTCAAATAATTAAGACTATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTTCTTTTCTT
* * * * * * *
44384 ACAAAATAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATATATTAATGCTAGTTTATTAACA-T
66 ATAAAACAATTATTTT-GTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * *
44448 TCAAAAAATTAATAAGAAAGATATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAA-CAAA
130 TC-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATC-AA
* ** * * * * * ** *
44501 TTCAAAAAATTATTACTATTTGAAT-AGTTGTCTACTTAAAATTGTTATAAAC--TTTTGATTTA
1 TTCAAATAATTAAGACTATTTGAATGA-TTATCTATTTCAAATCGTTAT-GACTTTTTTCTTTTC
* * * * * * *
44563 TTATAAGACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTAAAT-GGAATAAAATAATACTAACTTATTAAT
64 TTATAAAACAATTATTT-TGTTCATACAAGCTT-ATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
** * * *
44627 ATTT-TTAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAG
127 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAA
* * * * ** * *
44681 TTAAAATAATTATGTCCATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-AATTTTGTTGTC--
1 TTCAAATAATTAAGACTATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTTCTTTTCTT
* * * * * *
44743 GTAAAACAATTGTTTTTGGTCATACAAGCTTATTCAAAATAAGATAGTACTAATTTATTAATATT
66 ATAAAACAATT-ATTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * *
44808 TCAAAAATTAATAAG--AG--ACTTAAAACATAAATCTATTTACCGAA-CTAG
130 TCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATC-AA
* * * * ** * * * * *
44856 CTGAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCAATCTCAAATCATTTAT-ATCTTTGTT-TTGTC
1 TTCAAATAATTAAGACTATTTGAATGATTATCTATTTCAAATC-GTTATGA-CTTTTTTCTTTTC
* * * * * ** *
44919 --ATAAGACAATTGTTTTTGATCATAAAAGCTTATT-TGGTTAAAAATAATA-TAAAATTT-TAA
64 TTATAAAACAATT-ATTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATACT--AATTTAT-T
* * * *
44979 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAACCAGA
124 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCA-A
** * * * * * * * **
45038 -TC-AATAGGTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTTC-AATCATTTTGACATTTTTATTTAGT
1 TTCAAATAATTAAGACTATTTGAATGATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGACTTTTTTCTTTTCT
* * * * ** * * * * *
45100 CATAAAATATTTGTTTCATATCTTACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATCCAAATTTATTAACAT
65 TATAAAACAATTATTTTGT-TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
*** * **
45165 TAGGAAAATTAATAAG-AA-AAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAA
129 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAA
* * ** * * * * *
45217 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGAC--CTTTCGTTTTG
1 -TTCAAATAATTAAGACTATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTTC-TTTTC
* * * * * * *
45280 ATATAAAACAATTGTTTCAGTTCATTA-AAGCTTATCCAAAAT-AAATAAGACTAATTTCTTAAT
64 TTATAAAACAATTATTT-TGTTCA-TACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
** ** * * *** *
45343 ATTTTGGAAAATTAATAACCAAG-AGTTAAAAAAATAAATTTGTTTATTGAATAAA
127 A-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAA
* * ** * * * * *
45398 TTC-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTA-TTCAAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTGT
1 TTCAAATAATTAAGACTATTTGAATGATTATCTATTTC-AAATCGTTATGACTTTTTTCTTTTCT
* * * * * * * *
45461 CATAAAATAATTGTTTCAGTTTATAGAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
65 TATAAAACAATTATTT-TGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * ** *
45526 TTCAAAAATTAATAACTTAGTGATTTAAAAAATAGCTAAAATCATTAGCTATTTACCGAATCAA
129 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAA-A--T-AAAT--TT-G---TTTACCAAATCAA
* * * * * * * * * ** *
45590 TTCAAATAATTATGACTATTTCAATAATTATCTATTTTAAACCATTATTAC-ATTTTGTTTGGTC
1 TTCAAATAATTAAGACTATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTTCTTTTCTT
* * * * ** * * *
45654 ATATAACAA-TAGTTTTTTATCATATAAGTTTATTTGGAATAAAATAACAGTAATTTATTAATCT
66 ATAAAACAATTA-TTTTGT-TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * *
45718 TTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTT-CAAAATAAATTTGTTTACCAAA-CGAG
129 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATC-AA
* * * * ** * * * * * ** * * *
45770 TTTAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTGTATACTTCAAATCATTATAAC-CATTTGTTTTGTC
1 TTCAAATAATTAAGACTATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTTCTTTTCTT
* * * * * * * *
45834 ATAAAATAATTATTTATATTCATGCAAGCTTATTTAAAATAAAACAATACTAATCTAATAATA-T
66 ATAAAACAATTATTT-TGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * *
45898 TCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTGCCAAA-CTA
130 TC-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAA
* * * * **
45950 TCTCAAATAATTAAAAGTGTATGAACAATTATCTATTTCAAATC
1 T-TCAAATAATTAAGACTATTTGAATGATTATCTATTTCAAATC
45994 TCTTTTGTTT
Statistics
Matches: 1976, Mismatches: 469, Indels: 246
0.73 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
174 1 0.00
175 63 0.03
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186 8 0.00
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189 2 0.00
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191 2 0.00
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194 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TTCAAATAATTAAGACTATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTTCTTTTCTT
ATAAAACAATTATTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
CAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAA
Found at i:44813 original size:360 final size:355
Alignment explanation
Indices: 43245--45992 Score: 1631
Period size: 360 Copynumber: 7.6 Consensus size: 355
43235 TTATTGAATA
* * * **
43245 AGTTCAAATAATTAT-AGCCATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCATTAATACCTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAATTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT-ATAAATTTTG--TTG
** **
43309 TCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTT-TTGCAAAATAAAATAATACTAATTTGCTAAT
62 TCATAAAACAATTGTTTTTCTTCATACAAGCTTATT-CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * ** * * *
43373 ATTTCAAGAATTAATAAGAGATTTAAAAATTAAATCTGTTTACTGAACTATTTCAAATAATTATG
126 ATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAATTATA
* * *
43438 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTGTTT
191 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT
* * * * * * *
43503 CTA-TTCATACAAACTT-ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAGTATTATACTAAAAATTAATA
256 C-AGTTAATACAAGCTTAATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTAAAAATTAATA
* * * *
43566 ACTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACC
319 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACC
* * * * * * * **
43603 AGTTTAAACAGTTAAGACTA-TTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AAATTTTG--TTGT
* * * ** * * * *
43667 CATAAAACAGTTATCTCACCTCACACAAGCTTATTCAAAGTAAAATAAAACTAATTTATTAATAT
63 CATAAAACAATTGTTTTTCTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * *
43732 TTCAAAAATTTATAAGAGATTTAGAAAATAATTCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATAAC
128 TTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAATTATAAC
* * * * * *
43797 TATTTGAACAATTGTTTATTCCAAATCT-TTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
193 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-TGTTATAACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC
* * * ** * * *
43861 TGTTAATATAAG-TTTATTCACAACAAAATAATACCAATTTATTAATATTTAAAAGGTTAATCAA
257 AGTTAATACAAGCTTAATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAA-ATTAAT-AA
*
43925 -TAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTA-CAAACC
320 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACC
* * * ** * *
43959 ATTTCAAATACTTTTGACTATTTGAA-AATTATCTATTTTGAATTGTTATAACATTTTATTTTGT
1 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAA-A-TTT-TGTTGT
* * * * * * ** ** * *
44023 CATCAAACAATTGGTTATATTTATACTATTTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTAATAATAT
63 CATAAAACAATTGTTTTTCTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * * * **
44088 TAT-GAAACTTAATAACCTAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCCTAACCAATTCAAATAGCT
128 T-TCAAAAATTAAT-A---AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAATT
* * ** * * * * ** ** *
44152 AAAACTATATGAATGATTATCTATTTGAAATTGTTATGACTTTTTTCTTTTCTTGTATGACACTT
188 ATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAAC-TTTTTGTTTTATCATAAAACAATT
* * * * * *
44217 ATTT-TGTTCATACTAGCTT-ATTCTGAATAAAATAATACT-ATTTAATAATATTTCAAAAATTA
252 GTTTCAGTTAATACAAGCTTAATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTA
* *
44279 ATAAGTGAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATC
316 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACC
** * * * * *
44319 AGTTCAAATGGTTA-GACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAATTTATTCTTTAGT
1 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAATT-TT-GTT-GT
* * * * ** * * * * * *
44383 TACAAAATAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATATATTAATGCTAGTTTATTAACA-
63 CATAAAACAATTGTTTTTCTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * *
44447 TTCAAAAAATTAATAAGAAAGATATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAATTCAAAAAATT
128 TTC-AAAAATTAATAAG--AG--ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAATT
* * * * * * * * *
44512 ATTACTATTTGAATAGTTGTCTACTTAAAATTGTTATAAAC-TTTTGATTTATTATAAGACAATT
188 ATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATT
* * **
44576 GTTTCAGTTAATACAAGCTTAAAT-GGAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTTTTAAATTAA
252 GTTTCAGTTAATACAAGCTTAATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAA
* * * *
44640 TAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTACCAAATC
317 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACC
* * * ** *
44679 AGTTAAAATAATTATGTCCATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCGTTATGAAATTTTGTTGTCG
1 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AAATTTTGTTGTCA
** * *
44744 TAAAACAATTGTTTTTGGTCATACAAGCTTATTCAAAATAAGATAGTACTAATTTATTAATATTT
65 TAAAACAATTGTTTTTCTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * ** * * *
44809 CAAAAATTAATAAGAGACTTAAAACATAAATCTATTTACCGAACTAGCTGAAATAGTTATGACTA
130 CAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAATTATAACTA
* * * * * * **
44874 TTTGAAAAATTATCAATCTCAAATCAT-TTAT-A-TCTTTGTTTTGTCATAAGACAATTGTTTTT
195 TTTGAACAATTATCTATTTCAAAT--TGTTATAACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCA
* * * * * *
44936 GATCATAAAAGCTT-ATTTGG-TTAAAAATAATA-TAAAATTT-TAAAATATTTCAAAAATTAAT
258 GTTAATACAAGCTTAATTCGGAAT-AAAATAATACT--AATTTAT-TAATATTT-AAAAATTAAT
* * * *
44997 AAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAACC
318 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACC
* ** ** * * * * * *
45035 AGATC-AATAGGTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTTC-AATCATTTTGACATTTTTATTTA
1 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCGTTAT-A-AATTTT-GTT-
* * * * * * *
45098 GTCATAAAA-TATT-TGTTTCATATCTTACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATCCAAATTTATTA
61 GTCATAAAACAATTGTTTTTC-T-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* *** * **
45161 ACATTAGGAAAATTAATAAGAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAAT
124 ATATTTCAAAAATTAATAAG---AGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAA-TTCAAAT
* * * * ** * * *
45225 AGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTCGTTTTGAT-ATAAAAC
184 AATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTTT-ATCATAAAAC
* * ** * * *
45289 AATTGTTTCAGTTCATTA-AAGCTT-ATCCAAAAT-AAATAAGACTAATTTCTTAATATTTTGGA
248 AATTGTTTCAGTT-AATACAAGCTTAATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTT-AA
** * *** **
45351 AAATTAATAACCAAGAG-TTAAAAAAATAAATTTGTTTATTGAATA
310 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACC
* * * * **
45396 AATTC-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTA-TTCAAAATCATTATGACCTTTTTGTTTT
1 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCGTTAT-A-AATTTTG--TT
* *** * * *
45459 GTCATAAAATAATTGTTTCAGTTTATAGAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
61 GTCATAAAACAATTGTTTTTCTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * *
45524 ATTTCAAAAATTAATAACTTAGTGATTTAAAAAATAGCTAAAATCATTAGCTATTTACCGAATCA
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* * * * *** * * **
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * * * *
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* ** * * *
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* * * * * * * * *
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* * ** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* ** ***
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* * * * * * *
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* * ** * *
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* * * * *
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1 A-T-TGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAA
* * * * * * *
51564 -ACT--T-AGTAACAGATTTAAACAATAAATTTATTTA-CTGAACCAGTTTAAATAGTTATGACT
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* * * * **
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* * * **** *
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* * * **
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* * * * * *
51802 TTAGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTCA-AACCTTATT-TTTAGTCATAAAATA
128 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTT-ATGACCTT-TTGTTTTGTCATAAAACA
* * ** * * * * * * **
51856 TTTGTTTCAAG-TCTTACAAGCTTATTTGAAATAAAGTAGTCCAAATTTATGAACATTTGGAAAA
1 ATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAA
* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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1 ATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT-AAAA
* * * ** ** * *
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* * * ** *
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* * * **
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* ** * * * * * * * * * * *
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65 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * * * *
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** * * * *
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1 ATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAA
* * * * * * * *
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** * * * * ** * * * *
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128 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT-TT-TGTCATAAAACA
* ** * * * * *
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1 ATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAAT
* * * * * * * *
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* * *
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* ** *** * * *
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* * * * * * *
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* *
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* * * * * * * * * *
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* * ** * * * * *
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* * ** * * *
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*
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* * * ** * **
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* * * * * * * * *
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** * *
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* * ** * * *
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* * *
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** * ** * * *
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* * * * * *
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*** * *** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * *** * * * * * *
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* * * ** * ** *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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*
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* * * * *** * *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
47269 AAAAAATAATTATGTTTATCAAACTAGTTTCAAATAGTTATGAATATTT--ATGCAATTATTTA-
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* * * ** * * * * * *
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* * * * *
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* * *** * * ** * * * * * * **
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* * * * * * *
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* * * * * **
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374 AAT-CAAATTTAATAATATTTC-AAAATTAATAACT-ATGA-AATTAAAAAA--AA-TTAACTAT
* * * * * * * * * * **
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432 CGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTT-
* * * * * * **
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* * * * * *
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** ** * * * ** * *
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63 TTT-AAAAATAAATCTATTTA-CAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAAATATCTAT
* * * * * * * * * *
47876 TTCAACTTGTTATGATTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCACACAAGTTTATTC-
126 TTTAAATAGTTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTTTAATACAAGTTTATTCG
* * * * * *
47940 AGATTAAAATAATATTAATTT-ATAAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAA
190 A-AATAAAATAATACTAATTTAAT-AATATTTAGAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAGTAA
* *** * * * *
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249 ATCTATTT-GCCAAACCATTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * * * * * * * *
48068 TTGACCTTTTCTTTTGTAATAAGACACTTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAGATAA
313 ATAACCTTTTGTTTTATCATAA-ACAATTGGTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAA-AAAATAA
* * * * * ** *
48133 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAACAAAAGAA-TAGGTTTACTG
376 T-CAAATTTAATAATATTTC-AAAATTAATAACTATGA-AATTAA-AAAA-AATTAACTAT-C-G
* * * * * * * * * * *
48197 AATAAGTTGAAATATTTATGATTATCTCAACAACTATCTATTTCAAAA-CATTATGACC-TTTGT
434 AACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTT-AAAATCGTTATGACCTTTTAT
* * * * * * **
48260 TTTGTTAGAAAACAATTGGTTCTGTTCATGT
498 TTTATCATAAATC-ATT-GTTTTGTTTATAA
* ** * * *
48291 AAGTTTATTTTGAATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-A-ATT
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* * *** * * * *
48353 TAAAAA-ATATATATTTTTTGAACACA-TTCAAGTAGTTAT-ACTATTTGAAGAATTATCTATTT
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* * * * * * * * *
48415 CAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTCATAAAAGATTT-TTCAA
128 TAAATAGTTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTTTAATACAAG-TTTATTCGA
* * *
48479 AATGAAATAATACTAATTTATTAAAATTCTA-ACAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAGTAAA
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* * ** * *** * * * * **
48543 TTTGTTTATCGAGTAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAA-TATTTATTTCAAATTGTTAT
250 TCTATTTGCCAAACCATTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* ** * * ** * *
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* * * * * * * ** * *
48671 CTAATTTATTAGTATTCTAAAAATTAATAAGTTTGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC
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* * * * * * * * * *
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437 AAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAA-TAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTATTTT
* * * *
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* ** *
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* * * * * *
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* ** * * * * * * * * * *
48953 CAAATCTTTATGA-TCTTT-ATTTGTCAAAAAACAATT-TTTTCTATTTATTCATGCTTATTTGG
128 TAAATAGTTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-T-TTAATACAAGTTTATTCGA
* * * *
49015 ATTAAAATAATACTAATTTAATAGTATTCCA-AAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
191 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TAGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAAT
* * * * * * * * * * *
49079 GTGTTTGTCGAACTAGTTCAAATATTTAAGACTA-TTAGAACAATTATATATTTCAAATCATTTT
251 CTATTTGCCAAACCATTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
** * * *
49143 AACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTCACACAAGCTTATTTAGAATAAAATAA
315 AACCTTTTGTTTTA-TCAT-AAACAATTGGTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCGAAAAAAATAA
* * * * * * *** *
49206 T-ATTAATTTATTAACATTTGAAATATTAATGAGC-AAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTAC
376 TCA--AATTTAATAATATTTCAAA-ATTAAT-AACTATGA-AATT--AAAAA-AAA-TTAACTAT
* * * * * * * * ** *
49269 CAAATAACTTGAAATAGATT-TGACTATTTGAATAATTATCTGTTTAAAGTTTTTATAACCTTTT
432 CGAACAAGTTCAAATAG-TTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTT
* * * ** *
49333 GTTTTGTCATAAATCAATTATTTAAATTCATAA
496 ATTTTATCATAAATC-ATTGTTT-TGTTTATAA
* * *
49366 AAACTTA-TCTAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
1 AAGCTTATTC-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
* * * * * ** * *
49430 TAAAAACTAAAGCTGTTTTTCTAAACCATTTTAAATGGTTATGACTATTTGAATAAATATCAATC
65 TAAAAA-TAAATCT-ATTTAC-AAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAAATATCTATT
* * * * * * * *
49495 TCAAATCGTTATGA-TCTTTGTTTTCTCATAAAACAATTATTTTTTATCATACAAGCTTATTCG-
127 TTAAATAGTTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTT-TAATACAAGTTTATTCGA
* * * *
49558 AATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTA-AAAATTAATACGAGATTTAAAAAATAAATGTG
191 AAT-AAAATAATACTAATTTAATAATATT-TAGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTA
* * * * * *
49622 TTTGCCAAACTAGTTT-AAATAGTTAAGACTA-TTAGAATAATTATCTTTTTCAAATCGTTTTGA
254 TTTGCCAAACCA-TTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AATAATTATCTATTTCAAATCATTATAA
* ** * * *
49685 CCTTTTG-TTTAGTCATATAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAC
317 CCTTTTGTTTTA-TCATA-AACAATTGGTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAAAAAAATAAT-C
* * * * * * ***
49749 TAATTTATTGACA-TTCAAAAAATTAATAAGTATGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTATCGAA
378 AAATTTAATAATATTTC--AAAATTAATAACTATGA-AATT--AAAAA-AAA-TTAACTATCGAA
* * * * * * *
49813 CAAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTCAACAATTATCCATTTAAAATCGTTATGACCATTTATTTT
436 CAAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTATTTT
* * *
49878 GTCATAAAACAATTGTTTTAGTCTATAA
501 ATCATAAATC-ATTGTTTT-GTTTATAA
* * * *
49906 AAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT
1 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT
* * * * * *
49971 AAAAAATAAATC-AGTTTATCAAATCAGTTCAAATAATCATGGCTATTTAAATTACTATCTATTT
66 -AAAAATAAATCTA-TTTA-CAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAAATATCTATTT
* * ** *
50035 TAAATAGTTATTACCTTTTATTTTGTCATAAAACAA-TGTTTTTCAACATACAAGCTTT-TTTGA
128 TAAATAGTTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTTA-ATACAAG-TTTATTCGA
*
50098 AATAAAATAATGCTAATTTAATAATATTT-GAAAAATTAATAAGAGATTTAGAAAAG-AAATCTA
191 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAG-AAAATTAATAAGAGATTTA-AAAAGTAAATCTA
** * * * * *
50161 TTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAATC
254 TTTGCCAAACCATTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC
** * * *
50226 -TTTGTCCTATCATAAAACAATTGGTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAACAA
319 TTTTGTTTTATCAT-AAACAATTGGTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAA-AAAATAATCA-AA
* * * * * **
50290 TTTAGTAATATTTTGAAAATTAATAACTATG--ATTTAAAAAAATAAATTCATTTGCTGAATTAG
381 TTTAATAATA-TTTCAAAATTAATAACTATGAAATTAAAAAAAATTAA--C-TAT-C-GAACAAG
* * * * * * *
50353 TTTAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTCTCA
440 TTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCA
* * * * * *
50418 TAAAATAATTATTTCAGCTCATAT
505 T-AAATCATTGTTT-TGTTTATAA
* * * * * * * *
50442 AAG-TCTAATCGGAATAGAATAAAATTAATGTATTAATATTTC--AAATTTATAAGTAAGAGATT
1 AAGCT-TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
* * * * *
50504 TAGAAAATAATTCTATTTACAAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGCACAATTATCTATTT
65 TA-AAAATAAATCTATTTAC-AAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAAATATCTATTT
* *
50569 TAAATTGTTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTATTCGAA
128 TAAATAGTTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-TTAATACAAGTTTATTCGAA
* *
50634 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATTT
192 ATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAGAAAATT-A--A-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCT
* * *
50699 ACTTGCCAAACCATTTCCAATAGTTTTGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC
253 ATTTGCCAAACCATTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC
* * * *
50764 CTTTTATTTTTTCATCAAACAATTGGTTCTATTTATACTA-CTTTATTCGAAAAAAATAATGCAA
318 CTTTTGTTTTATCAT-AAACAATTGGTTCTATTCATACAAGC-TTATTCGAAAAAAATAAT-CAA
* * *
50828 ATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACTAGGAAAATTAAAAAAAATCTAACTGTCGAACAAATT
380 ATTTAATAATATTTCAAAA-TTAATAACTATG-AAATTAAAAAAAAT-TAACTATCGAACAAGTT
** * *
50893 CAAATAGTTAAGACTATATGAATGGTTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCACA
442 CAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCATA
* *
50958 CAATCATTGTTTTGTTTGTAC
507 -AATCATTGTTTTGTTTATAA
* *
50979 AAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTCA-TAATATTTCAAAAACTAATAAGC-AGAAGAT
1 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAG-AGAT
* * * * * * * * * * * * **
51042 TTAAAAGATTAATTTGTTTATCGAATCATTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATATGCT
64 TTAAAA-ATAAATCTATTTA-CAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAAATATCTATT
* * *** ** *
51107 TCAAATCA-TT-TTGACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAAAATT-TTCAATTCTTACAAGCTTATT
127 TTAAAT-AGTTATT-ACTTTTTGTTTTGTCATAAAAC--AATTGTTTTTTTAATACAAGTTTATT
* * * * * *
51169 -TAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCTA-AAAATTACTAGGAAAGAGATTTAAAAAAT
188 CGA-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TAGAAAATTA--A--TAAGAGATTTAAAAAGT
* * * * * * * * * * * * * *
51232 AAATTTGTTTACCGAACAAGTTCATATAGTTATTATTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCGT
247 AAATCTATTTGCCAAACCATTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * ** *
51297 TATAACCTTTTGATTTGTTATAAAATAATTGTTTC-AGTTAATACAAGCTTAGACAAAATAAAAT
312 TATAACCTTTTGTTTTATCAT-AAACAATTGGTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAA-AAAAT
* * * * * *** *
51361 AATACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAATAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC
374 AAT-CAAATTTAATAATATTT-CAAAATTAATAACTATGAAA-TT-AAAAA-AAAT-TAACTATC
* ** * * * * * * ** *
51426 AAATTAGTTAAAATAATTATGAAC-ATTTGAATGATTATCTATTTTAAATCAATATGCCCTTTTA
433 GAACAAGTTCAAATAGTTAAG-ACTATATGAATAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTA
* * * *
51490 TTTTGTCATAAAACAATTATGTTTT-TATCATAT
497 TTTTATCATAAATC-A-T-TGTTTTGT-TTATAA
* * * *
51523 AAGCTTATTC-GAAATAAAATAATGCTAATTGATTAATATTT----ACTTAGTAA-C---AGATT
1 AAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
* * * * * * * *
51579 TAAACAATAAATTTATTTACTGAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATCT
65 TAAA-AATAAATCTATTTAC-AAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAAATATCTATTT
* * ** * * * ** * * * * *
51644 CAAATCGTTAAAAATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTAATCATAAAAGCTTATTTG-G
128 TAAATAGTTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTTTAATACAAGTTTATTCGAA
* * * *
51708 TTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTA-AAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGT
192 AT-AAAATAATACTAATTTAATAATA-TTTAGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTAT
* * ** * **
51772 TTGCTAAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTA-TTAGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTCA-AAC
255 TTGCCAAACCATTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AATAATTATCTATTTCAAATCATT-ATAAC
* * * * * * * *
51835 CTTAT-TTTTAGTCATAAA-ATATTTGTTTCAAGTCTTACAAGCTTATTTGAAATAAAGTAGTCC
318 CTTTTGTTTTA-TCATAAACA-A-TTGGTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAA-AAAATAAT-C
* * * * ** *
51898 AAATTT-ATGAACATTTGGAAAATTAATAAGTA-AAAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTATTGA
378 AAATTTAAT-AATATTT-CAAAATTAATAACTATGAA-A-TT--AAAAA-AAAT-TAACTATCGA
* * * * * * * * * *
51961 ACAAGTTTAAATAGTTATAG-TTATTTAAACAATTGTTTATGTAAAATCGTTATAACCTTTTGTT
435 ACAAGTTCAAATAGTTA-AGACTATATGAATAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTATT
* * *
52025 TTGATACA-AAA-CAATTATTTCAGTTCATAA
499 TT-AT-CATAAATC-ATTGTTT-TGTTTATAA
* * * *
52055 AAGCTTA-TCTAAAATGAAATAATACT-ATTTCTTAATATTTTGAAAAA-TAATAAGCAAGAG-T
1 AAGCTTATTC-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGAT
* * * ** * * * * * *
52116 TTAAAAAAATAAATTTGTTTATTAAAAAAATTCAAATAGTTACGACTATTTG-ATCAATTGTTTA
64 TT--AAAAATAAATCTATTTA-CAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAT-AAATATCTA
* * * * * * * *
52180 TTTAAAATTA-TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAGAAGCTTATT
125 TTTTAAA-TAGTTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TTTAATACAAGTTTATT
* * *
52244 CGAAATAAAATAATTA-TAATTTATTAATATTCCA-AAAATTAATAATTAAGCGATTTAAAAAGT
188 CGAAATAAAATAA-TACTAATTTAATAATATT-TAGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAGT
* * * * * * * * * **
52307 GAATCTATTTGCTAAATCAATTCAAATACTTATGGCCATTTCAATAATTATTTATTTCAAATTGT
247 AAATCTATTTGCCAAACCATTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCAT
* * ** * *
52372 TATCACCCTTTGTTTGGTCATATAACAATT-GTTTTTTATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
312 TATAACCTTTTGTTTTATCATA-AACAATTGGTTCTAT-TCATACAAGCTTATTCGAAA-AAAAT
* * * * * * * * *** *
52436 AGTACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTTATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTTAC
374 AAT-CAAATTTAATAATATTTC-AAAATTAATAACTATGA-AATT-AAAAA-AAA--TTAACTAT
* * * * ** * * * * * ** *
52501 CGAATC-AGTTTAAATAGTTATGATTATTTGAGCAATTGTGTACTTCAAATTGTTAAAACATTTT
432 CGAA-CAAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTT
* * * * *
52565 -TTATTATGTTATAAAGCAATTATTTTTGTTCATAC
496 ATT-TTA--TCATAAATC-ATT-GTTTTGTTTATAA
* * *
52600 AAGCTTATAC-GAAATAAAATAATACTAATCTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAA-CTAAGAGA
1 AAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGC-AAGAGA
* * * * * * * * * * *
52662 TTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCGAACCAGTTCCAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTAC
63 TTT-AAAAATAAATCTATTT-ACAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAAATATCTAT
* * * * * ** * ** * *
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126 TTTAAATAGTTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-T-TTTTAATACAAGTTTATTC
* * * * * *
52791 GGAATAAAAGGTAAT--GAGTTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAA-AA
189 GAAATAAAA--TAATACTAATTTAATAATATTT-AGAAAATTAATAAG--AGA-TTTAAAAAGTA
* * * * * *
52852 AATTCTATTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGT
248 AA-TCTATTTGCCAAACCATTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * * * * * *
52917 TATGACCTTTGGTTTTGTCATAAAATAAATGTTTTTATTCATAAAAGTTTGTTCAGAATAAAATA
312 TATAACCTTTTGTTTTATCAT-AAACAATTGGTTCTATTCATACAAGCTTATTC-GAAAAAAATA
* * * * * * ** **
52982 ATACTAATCTATTAACATTTCAAAACTTAATAA-GA-G-ATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAA
375 AT-CAAATTTAATAATATTTCAAAA-TTAATAACTATGAAATT-AAAAA-AAAT-TAACTATCGA
* * * * * * * * ** *
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* * * * * *
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* * * *
53138 AAGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTATGAATA-TT-----ATT--T-A--AA-A-A-CT
1 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT
* * * * ** * *
53189 --AAAT--A--TGTTTATCGAACTAGATCAAATGGTTATGACTATTTGGATAATTATCTATTTTA
66 AAAAATAAATCTATTTA-CAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAAATATCTATTTTA
* * * * * ** * * * *
53248 AATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAAATTATTTCAGTTCATATAAGGTTATTTGAAA
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* * * *
53313 TAAAATAATA-TTATGTTATTAATA-TTACAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
193 TAAAATAATACTAAT-TTAATAATATTTA-GAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATC
**** * * * * ** *
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252 TATTTGCCAAACCA-TTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCT-ATTTCAAATCATTAT
* * ** * * *
53439 AACCTTTTGGTTTGTCATAAATTGATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAAT
315 AACCTTTTGTTTTATCATAAA-CAATTGGTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAAA-AAAATAAT
* * * * ** **
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** * * * * * *
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434 AACAAGTTCAAAT-AGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTT-AAAATCGTTATGAC-CTTTT
* * * **** *
53627 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTACCCATAT
496 ATTTTATCATAAATC-ATTGTTT-TGTTTATAA
* * * * * * *
53660 AAGCTTATTCGGATTAACATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
1 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT
* * * * * * * * *
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66 AAAA-ATAAATCTATTTA-CAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAAATATCTATTTT
* * * * * ** * ** * *
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129 AAAT-AGTTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTTTAATACAAGTTTATTCGAA
* * * * *
53852 ATAAAATAATACTAATTTATTATTATTCCA-AAAATTAAAGAGTAAGAGAATTAAAAAAATAAAT
192 ATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TAGAAAATT--A-A-TAAGAG-ATTTAAAAAGTAAAT
* ** * * * * * * * * *
53916 CTATTTACTGATCAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAATAGTTATCAATTTCAAAACATTATG
251 CTATTTGCCAAACCATTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATA
* * * **
53981 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTTTGTTCATGTAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA
316 ACCTTTTGTTTTATCAT-AAACAATTGGTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAAA-AAAAT-A-A
* * * * * * * * ** * *
54045 TAAAATTT-TTAATGTTCCAAAAATTAATAAGTA-AAAATGCAAAAATAGATCTATTTTTTGAAC
376 TCAAATTTAATAATATTTC-AAAATTAATAACTATGAAAT-TAAAAA-AAAT-TAACTATCGAAC
* * * * * * * *
54108 ACA-TTCAAATAGTTATGGCTATTTGAATAATTATCTATTTCATATTGTTATGACCATTT-GTTT
437 A-AGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTATTTT
* * * *
54171 GTCATAAACCAATTGTTTCTATTCA-AA
501 ATCATAAATC-ATTGTTT-TGTTTATAA
* * * ** *
54198 AAACTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAATTAATAAATAAAAGACT
1 AAGC-TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGA-T
* * * * * * * * *
54262 TTAAAAATAAATTTGTTTACTAAGCGAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTT
64 TTAAAAATAAATCTATTTAC-AAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAAATATCTATTT
* * * * * * *
54327 CAATTCGTTATGA-TCCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAA-ACAAGTTTATTCA
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*
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190 AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TAGAAAATTAATAAG
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AATAATACTAATTTAATAATATTTAGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTGCCA
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TTATCATAAACAATTGGTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAAAAAATAATCAAATTTAATAATA
TTTCAAAATTAATAACTATGAAATTAAAAAAAATTAACTATCGAACAAGTTCAAATAGTTAAGAC
TATATGAATAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAATCATTGTTTTGT
TTATAA
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AATAATTATACTATTTG
Found at i:55206 original size:22 final size:20
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*
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* *
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* *
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*
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** * *
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*
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* * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * *
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*
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* *
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* * * * * *
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*
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*
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*
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*
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AAAAAAAAATAAGATAAACG
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69183 AATTTAACAT
*
69193 ATAATTAAAAAATAATAATAAG
1 ATAAATAAAAAATAATAATAAG
* *
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ATAAATAAAAAATAATAATAAG
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* *
69174 AATAAAAAAAATT-TAACATATAAT-TAAAAAATAATAATAAGATA
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* *
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1 AAT
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69226 ATATTACAAG
* * * *
69236 ATAA ATAA A-AA AAATA AT-A ATAA ATAA ATTATA ATAT ATAA CTAG ATAA
1 ATAA ATAA ATAA ATA-A ATAA ATAA ATAA A-TA-A ATAA ATAA ATAA ATAA
* * * * *
69285 CTAG ATAA ATAAA ATAC ATAT ATAA ATATTA ACAA ATAA ATAA ATAA ATAA
1 ATAA ATAA AT-AA ATAA ATAA ATAA ATA--A ATAA ATAA ATAA ATAA ATAA
* * * * * *
69336 ATAA ATAA AGAT ATAC ATAT ATTA ATAC ATAGTA AT-A ATAA ATAA ATAA
1 ATAA ATAA ATAA ATAA ATAA ATAA ATAA ATA--A ATAA ATAA ATAA ATAA
*
69385 AT-A ATAA ATAC ATAA
1 ATAA ATAA ATAA ATAA
69400 GATACAAAGG
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ATAA
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69183 AATTTAACAT
69193 ATAATTAAA-AAATA
1 ATAA-TAAATAAATA
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* * *
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1 ATAATA-AATAA-AT-A
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1 ATAATAAATAAATA
*
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1 ATAATAAATAAATA
* *
69266 ATAATATATAACTA
1 ATAATAAATAAATA
*
69280 GATAACTAGATAAATAAA
1 -ATAA-TAAATAAAT--A
*
69298 ATACATATATAAATA
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* *
69313 TTAACAAATAAATAA
1 ATAATAAATAAAT-A
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1 AT-AATAAATAAATA
* * *
69343 A-AGATATACATATA
1 ATA-ATAAATAAATA
* * *
69357 TTAATACAT-AGTA
1 ATAATAAATAAATA
69370 ATAATAAATAAATAA
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*
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69399 A
1 A
69400 GATACAAAGG
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69189 ACATATAATT
*
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* * *
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AAAAAATAATAATAAGATAAATAAAAAATATAACAAGATAAATAA
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69183 AATTTAACAT
*
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* *
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*
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1 ATAAATAAATA-A
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1 ATAAATAAATAA
*
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1 A-TA-AATAAATAA
* * * *
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1 ATAAATAAATAA
*
69289 ATAAATAAAATAC
1 ATAAAT-AAATAA
*
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*
69316 ACAAATAAATAA
1 ATAAATAAATAA
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1 ATAAATAAATAA
* * *
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* * *
69352 ATATATTAATAC
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*
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ATAAATAAATAA
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69183 AATTTAACAT
*
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*
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*
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*
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*
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* *
69273 ATAACTAG
1 ATAAATAA
* *
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1 ATAAATAA
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1 ATAAAT-AA
* *
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1 ATAAATAA
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1 ATAAATA--A
*
69316 ACAAATAA
1 ATAAATAA
69324 ATAAATAA
1 ATAAATAA
69332 ATAAATAA
1 ATAAATAA
* *
69340 ATAAAGAT
1 ATAAATAA
* *
69348 ATACATAT
1 ATAAATAA
* *
69356 ATTAATAC
1 ATAAATAA
69364 ATAGTAAT-A
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1 ATAAATAA
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1 ATAAATAA
*
69388 ATAAATAC
1 ATAAATAA
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1 ATAA
69400 GATACAAAGG
Statistics
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ATAAATAA
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69400 GATACAAAGG
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*
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69455 AAA
1 AAA
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Statistics
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69403 ACAAAGGAAA
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*
69431 AAAAATAATATAAAAT
1 AAAAATAAAATAAAAT
69447 ACAAAATAAAA
1 A-AAAATAAAA
69458 GCCAAATTGG
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Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 3
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69575 TAATTGATTT
* * * * * * * *
69585 GGTAAACATATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTACTTTAAGAAATATTAATAAATTAGTATT
1 GGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTA-AAATATTAATAAATTATTATT
* ** * * * * ** * *
69650 ATTTTATTCCA-TCTAAGCTTGTTTTAACTTAAACAATTGTTTTATAACAAATCAAAAGGTTATA
65 ATTTTATT-TAGAATAAACTTATCTAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TATA
** * * * *** * * **
69714 ATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATGGTAAGAACTACT-TGAACTTATTC
128 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTA-TATAAAATGGTTC
* * ** * ** *
69766 GGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTTTTTATTAATTTTCCAAATGCTGATAAATTATTAT
1 GGTAAATAGATTTA-CTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTT-AAAATATTAATAAATTATTAT
* * * * **** * * *
69831 TAATTTATTCT-GAATAAGCTTATATGAATTGGAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAATGTTAG
64 TATTTTATT-TAGAATAAACTTATCTAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTAT
* * * * * *
69895 AACAATTTTAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCTTAACCATTTAAACTGATTC
127 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATATAAAATGGTTC
* * * *
69948 GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTT-T
1 GGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTT-AAAATATTAATAAATTA-TTAT
* * * * **
70012 TATTTTAGTTAGAATAAGCTTGTAC-AAAC-AAAACAATTGTTTTA-CA-ATAAATGAAAGGTCA
64 TATTTTATTTAGAATAAACTTAT-CTAAACAAAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGT-A
* * * *
70073 TAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATCTAAATTGGTTC
126 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATATAAAATGGTTC
** * * * * * ** * * *
70127 GACAATTAGATTTAGTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGGAATATTATTAAATTAGTAGT
1 GGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTATTATT
* * * * * * * * *
70192 ATTTTATTTCGAATAAA-ATAGTATGAATAGAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGT-TAC
65 ATTTTATTTAGAATAAACTTA-TCTAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTATA-
** * ** *
70255 ACGGTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATATAAAATGGTTT
128 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATATAAAATGGTTC
* * * *
70307 GGTAAATAGATTTACTTTTTAACTCTCATAGTAATTAATTTTTAAATATTAATAAATTATTATTA
1 GGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTATTATTA
* * * * * *
70372 TTTTATTTTGAGTAAACTTATCTTAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAAT
66 TTTTATTTAGAATAAACTTATCTAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-ATAAC
70437 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
130 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
70466 TATAATTATT
Statistics
Matches: 546, Mismatches: 133, Indels: 43
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Matches are distributed among these distances:
178 4 0.01
179 182 0.33
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GGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTATTATTA
TTTTATTTAGAATAAACTTATCTAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTATAACA
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Found at i:71562 original size:180 final size:178
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70667 TGAAATAAAT
* * ** *
70677 AAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGTTTGTATGAACTGAAACAATTATTATA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTATTTTA
* * * *
70742 TGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA
65 TGAC-AAAAAAAAGGTCATAA-GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * *
70807 CTAGTTTAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTC---C-TATTAATTTGTG
128 CTATTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * ** * ** *
70854 AATTATTATTAAATTAGTAATATTTTTATCCGAATAAGCTTGGATGATCAGAAGCAATTATTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTATTTTA
* * * * * * *
70919 TGAGAAAACAAAGATCATAATGATTT-AAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAGCTATTTGAA
65 TGACAAAAAAAAGGTCATAA-GATTTGAA-ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* ** **** * * *
70983 TTGGTTCAAAAAACA-ATTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTG
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* * * * *** * *
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1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGA-ATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTATTTTA
* * ** * ** * * * * *
71098 TAATAAAACAAAAGCCCATAACAACTTAAAATAGTTAGAATGATTGTTCAAAAAGTTA-AATCTT
65 TGACAAAA-AAAAGGTCATAA-GA-TTTGAA-A--TAG-ATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTA
* * * *
71162 TTTGAACTTTTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTCG
122 TTTGAACTATTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTT-G
* * * * ** *
71222 -AATGTTAATAAATTAGTATCATTTT-TTCTAAATAAGCTTATATGTACTA-AAATAATTATTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATG-AAAAGAAACAATTATTTT
* * * * * ** * *
71284 ATGACAAATAAAAGGTCAGAACAATTTAAAATAGATAATTGTTTTAATAGTCTTAACTACTTGAA
64 ATGACAAAAAAAAGGTCATAA-GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* **** *
71349 CTAGTTCAACAAACATATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
128 CTATTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * *
71401 GAATATTATTAAATTAGTATTATTGTAATTTGAATAAGCTTGTATGAAAAGGAACAATTATTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTTGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTATTTTA
* * * * * * *
71466 TGACAAAATAAAGATCATAACATTTTGAGATAAATAATTATTTAAATAGTCATAAATATTTGAAC
65 TGACAAAAAAAAGGTCATAAGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * **
71531 TATTTTGGAAAACAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCA
129 TATTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * *
71577 AAATATTAATAGATTAGTATTATTTTAATCTGAATAA-TTTTTCATGAATAGTAACAATTATTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGT-ATGAAAAGAAACAATTATTTT
** * * *
71641 ATGTTAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAA-TAGTTCAAATGGACATAACTATTTG
64 ATGACAAAA-AAAAGGTCATAA-GATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTG
** * * *
71705 AACT-TGTTCAGTAAATAGATTT-TTTTTTAAATCTCTAAATTATTAATTTTT-
126 AACTAT-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* ** * * *
71756 AGAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTCAAATAAAATTATATGAATAGAAACAATTGTTTT
1 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTATTTT
* * * * * * *
71820 ATGATAAAACAAAAGATCATATCA-ATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCACAATTATTTG
64 ATGACAAAA-AAAAGGTCATA--AGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
*** *** * *
71884 AACTCGCTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
126 AACTATTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * * **
71937 GAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGGATAAGCTTTTATGAATAGAAAAAATTGGTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTATTTTA
* *
72002 TGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
65 TGACAAAA-AAAAGGTCATAA-GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
** * * * *
72067 C-ATGTTCAGAAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTG
128 CTAT-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * *
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1 AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTATTTT
** * * *
72181 ATGACAAAACAAAATATCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-ATTACTATTTGA
64 ATGACAAAA-AAAAGGTCATAA-GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * *
72245 AC-ATCTTTGGTAAACATATTCATTTCTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTT-
127 ACTAT-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * ** *
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1 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTATTTT
* ** * * *
72361 ATTG-CAAAATAAAAAGTCGCAATGATTTGAAATAGATAAATATTCAAATAGTCATGACTATTTA
64 A-TGACAAAA-AAAAGGTCATAA-GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * * *
72425 AACT-TATTTAGTGAACATAATTATTTTTTAAAATATTTTACTTATT-ATTTGTAG
126 AACTAT-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTT-TTG
* *** * *
72479 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTATTTTA
* * * * * **
72544 TGACAAAACAAAATGTCATAATAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAA
65 TGACAAAA-AAAAGGTCATAA-GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
** * * * *
72609 CT-TGTTCAGTGAACATATTTATTTCTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT-
128 CTAT-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTG
* * * * *
72661 -AATATTAATAAATT--TATTTTTTTTATTTGAAATAAGGTTGTATGAACAAAAAAAAATCATTT
1 AAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAA-AAGAAACAATTATTT
* * * * *
72723 TATGACAAAACAAAAGGTTAT-AGCAATTTCAAATAAATAATTGTTC-AATAGTCATAATTATTT
63 TATGACAAAA-AAAAGGTCATAAG--ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* ** * * *
72786 AAACT-TGTTCAGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTG
125 GAACTAT-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * ** * * ** *
72840 GAATATTAATGACTTAGTATTATTTTATTTCGAATAATTTTATATTAATTGAAATAATT-TTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTATTTTA
* * * * *
72904 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATATTTAGTCAAATAGTCATGACTATTTGAT
65 TGACAAAA-AAAAGGTCATAA-GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * * *
72969 CTAGTTCGGTAAGCATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTTG
128 CTATTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * ** * * * * *
73020 AAATTTTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTTTATGAACATAAACTATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTATTTTA
* * * * **
73085 TAACAAAACAAAAAGTCATAATAGTTTGAAATAAATAATTACCCAAATAGTCATAACTATTTGAA
65 TGACAAAA-AAAAGGTCATAAGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
** * * * *
73150 CT-GGTTGGATAAATAAATTTAATTTTTAAATGTC--A--TATTAA-TTTTG
128 CTATTTTGG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * * *
73196 AAATATTAATAGATTAGTATT-TTTTATTTCAAAAAAACTTATATGAACAA-AAACATTTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAA-AAGAAACAATTATTTT
* * * * * *
73259 ATGACAAAACAAATGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGA
64 ATGACAAAA-AAAAGGTCATAA-GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * * * *
73324 ACTAGTTAGGTAAATAGAATT-TTTTTAAAATCTTTTACATATTAGTTTTTG
127 ACTATTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* *** ** *
73375 AAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTACTCCAAATAAG-TTAGTAT-AATTGAAA-ATATTGTT
1 AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTT-GTATGAAAAGAAACA-ATTATT
* * *
73436 TTATGATAAAACAAAA--T--T--GATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTG
62 TTATGACAAAA-AAAAGGTCATAAGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* ** * **
73495 AACTAATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTGGTTATTAATTTTT-
126 AACTATTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * *
73547 AGAATATTATTATATTAGTATTGTTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTT
1 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTATTTT
* * * * * * * * *
73612 AGGACATAAGAAAAGGTTATATCGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAG------CTATTTAA
64 ATGACA-AAAAAAAGGTCATA-AGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
** * * *
73671 ACT-GGTTGACTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATATTTG
127 ACTATTTTG-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * ** * * *
73723 -ACTAATTAATAAATTAGTATCACTTTATTCCAAATGAA-CTTGTACGATAAA-AAATAATTGTT
1 AAAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAT-AAGCTTGTATGA-AAAGAAACAATTATT
* * * * * * * * *
73785 ATATTACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTTAAATAGATAATTATTGAAATGGTTATAATTATTT
62 TTATGA-CAAAAAAAAGGTCATAA-GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * *
73850 GAACTAATTTGGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCACTTAATTATTAATTTTTG
125 GAACTATTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * *
73904 AAATATTAAAAAATTTGTATTATTTTATTTTGAAGAAGCTTGTATGAACTA-AAATAATTATTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAA-AAGAAACAATTATTTT
* * ** * * *
73968 GTGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTCAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
64 ATGACAAAA-AAAAGGTCATAA-GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * *
74033 A-T-TTGTTCGGTAAAAAAAATCATTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTA
127 ACTATT-TT-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * *
74084 AAATATTAAGAAATTAGTATTA-TTTATTTTGGATAAACTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAA-AAGAAACAATTATTTT
* * * * *
74147 ATGTCAAAACAAAAGGTTATAATGATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-A
64 ATGACAAAA-AAAAGGTCATAA-GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * *
74211 AATTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTTCAAATCTTTTTA-TTATTAATTTTTTG
127 ACTAT-TTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTT-AAATC-TCTTACTTATTAA-TTTTTG
* * * ** * * * * * *
74267 -AATGTAAATAAATTTGGT-TTATTTTATTCCAAACAAGCTTGCAAGATATGAAACAAATATTTT
1 AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTATTTT
* * * ** ** *
74330 ATGACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATATATAATTATTTTAATAGTTTTAACTATTTCA
64 ATGAC-AAAAAAAAGGTCATAA-GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * ** * * *
74395 ACTAGTTCGACAAGCACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
127 ACTATTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * *** * **
74447 AAAAATTATTAAATTAGTATTATTTTTAACCGAATAAGCTTTTATGATTAGAAACAATTATTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTATTTTA
** * * * *
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* ** * * * * *
74576 TTGGTTCGGTAAACATATATATTTTTTAAATTTATTACTTATTAATTTTTG
128 CTATTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * *
74627 AAATATTAATAAATTAGTA-TATTGTATTTCGAATAAGCATGTAT-AATAAAAAACAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAA-AAGAAACAATTATTTT
* * * * * *
74690 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATCATTCAAATGGCCATAATTATTTTA
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** * * * * *
74755 ACTGA-TTCAGTAAATAGATTTATTTTTTGAATTTCTTACTTAGT-ATTTTAGG
127 ACT-ATTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TG
* * ** * * **
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1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGA-ATAAGCTTGTATGA-AAAGAAACAATTATTTT
** * * * * * * * *
74871 ATGACAACTCAAATGGTTATAACAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAAT-GGCAATAATTATTTG
64 ATGACAA-AAAAAAGGTCATAA-GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTG
* * *
74935 AACT-TGTTCGGTAAATAGATTTATTTCTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTG
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* * * * *
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1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAAA-AGAAACAATTATTTT
* * ** * * * * *
75051 ATGACTAAACAAAATGTCGGAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACCATTTGA
64 ATGAC-AAAAAAAAGGTCATAA-GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* *** * *
75116 ATTGA-TTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATTTTTA
127 ACT-ATTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * * **
75167 AAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCAT-AATGAGCCTGTA-CAAACA-AAAAAAAAATTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-AT-TTGAATAAGCTTGTATGAAA-AGAAACAATTATTT
** * * * * * * *
75229 TACAATAAAAGAAAAGGCCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTTATACAGTCTTAACTATTTG
63 TATGACAAAA-AAAAGGTCATAA-GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* ** * ** * * * * **
75294 AATTGGTTTGGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTAGTTATTAAGTTTCA
126 AACTATTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
** * * * *
75347 AAATATT-ATAAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATAGCATGAACAG-AACTAATTGTTT
1 AAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAAC-AATTATTT
* * * * * * *
75410 GATGACAAAATAAAAACGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAAAATTATTC
63 TATGAC-AAA-AAAAAGGTCATAA-GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* ** * * * * *
75475 GAAATGGTTTGGCAAACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTA-TAGATTAATTTTTT
125 GAACTATTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTG
* * * * *
75529 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATTAATAA-AAATAATTATTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAA-AAGAAACAATTATTTT
** * * * * *
75593 ATGACAAAACAAAAAATAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAGTAGTTATAATTATTTGA
64 ATGACAAAA-AAAAGGTCATAA-GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
** * * * * * * *
75658 ACTGGTTCGGTAAATATAATTCTTTTATAAATCTCTTACTTATAAATTTTTG
127 ACTATTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * * *
75710 AAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTATTCTAAATACGGTTGTAT-AAGCTA-AAATAATTATTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAA--AAGAAACAATTATTT
* * * *
75773 TATGACAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGTCTTAACT
63 TATGAC-AAAAAAAAGGTCATAA-GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
75833 GTTTAAACAA
Statistics
Matches: 3903, Mismatches: 869, Indels: 410
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
172 55 0.01
173 51 0.01
174 38 0.01
175 229 0.06
176 188 0.05
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178 77 0.02
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187 66 0.02
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTATTTTAT
GACAAAAAAAAGGTCATAAGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA
TTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
Found at i:71820 original size:723 final size:712
Alignment explanation
Indices: 70682--77029 Score: 3919
Period size: 723 Copynumber: 8.9 Consensus size: 712
70672 TAAATAAATG
* * * *
70682 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGTTTGTATGAACTGAAACAATTATTATATGACT
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACA
* * *
70747 AAACAAAAGGTCA-AA-ATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTA
66 AAACAAAAGATCATAACAT--TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA
* * * * * * * *
70810 GTTTAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCCTATTAATTTGTGAATTATTATTAAATTAGTAAT
129 GTTTGGTAAACATATTTA-TTTTTAAATCTCTTATTAATTT-TAAAATATTAATAAATTAGTATT
* ** * *
70875 ATTTTTATCCGAATAAGCTTGGATG-ATCAG-AAGCAATTATTTTATGAGAAAACAAAGA-TCAT
192 ATTTTAATCCGAATAAGCTTTTATGAAT-AGTAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCAT
* * * * * ** *
70937 AATGATTTAAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAGCTATTTGAA-TTGGTTCAAAAAACAATT
255 AATGATTTAAAATAGATA-ATATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAATAATT
** * * *
71001 TTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTT-GAAATATTAATAAAGTAGTA-TATTTTATTTT
318 TT--TTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* ** * * * * * * *
71064 AGATAAGTTTTTATGAGCT-GAAACAACTGTTTTATAATAAAACAAAAGCCCATAACAACTTAAA
381 AAATAAAATTATATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACAA-TTTAA
* * * * **
71128 ATAGTTAGAATGATTGTTCAAAAAGTTA-AATCTTTTTGAACTTTTTTGGTAAATAGATTTATTT
443 A-A--TA-AATAATTGTTCAAATAGTTACAAT-TATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTA-TT
* * * * *
71192 TTTTAAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTCGAATGTTAATAAATTAGTATCATTTT-TTCTAAATA
502 TTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTCTAAATA
* * * *
71256 AGCTTATATGTACTAAAATAATTATTTTATGACAAATAAAAGGTCAGAACAATTTAAAATAGATA
564 AGCTTATATGAACTAAAAAAATTATTTTATGACAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATA
* * * *
71321 ATTGTTTTAATAGTCTTAACTACTTGAACTAGTTCAACAAACATATTTATTTTTTTAAATCTCTT
629 ATTGTTTCAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTCTT
71386 ACTTATTAATTTTTGGAATA
693 ACTTATTAATTTTTGGAATA
* * * *
71406 TTATTAAATTAGTATTATTGTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAAAAGGAACAATTATTTTATGAC
1 TTAATAAATTAGTATTATT-TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGAC
* * * * * *
71470 AAAA-TAAAGATCATAACATTTTGAGATAAATAATTATTTAAATAGTCATAAATATTTGAACTAT
65 AAAACAAAAGATCATAACATTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG
* * *
71534 TTTGGAAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATTAGTATTA
130 TTTGGTAAACATATTTA-TTTTTAAATCTCTTATTAATTTT-AAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * ** *
71599 TTTTAATCTGAATAA-TTTTTCATGAATAGTAACAATTATTTTATGTTAAAACAAAAGGTCATAA
193 TTTTAATCCGAATAAGCTTTT-ATGAATAGTAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA
* *
71663 TGATTTAAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTT
257 TGATTTAAAATAGATAATA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATA-ATTTT
*
71728 TTTTTAAATCTCTAAATTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTCAAAT
320 TTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* *
71791 AAAATTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATATCAATTTAAAATAAA
385 AAAATTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACAATTTAAAATAAA
* * * *
71856 TAATTGTTCAAATAGTCACAATTATTTGAACTCGCTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTT
449 TAATTGTTCAAATAGTTACAATTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTT
* ** *
71921 TACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGGATAAGCTTTTATGAA-
514 TACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTCTAAATAAGCTTATATGAAC
** **
71985 TAGAAAAAATTGGTTTATGACAAA-ACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAA
577 TA-AAAAAATTATTTTATGACAAATA-AAA-GGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTC-A
* *
72048 ATAGTCATAACTATTTGAAC-ATGTTCAGA-AAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTA
638 ATAGTCATAACTATTTGAACTA-GTTCA-ATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
72110 ATTTTTGGAATA
701 ATTTTTGGAATA
* * * *
72122 TTAATAAATTTA-TATCATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAACAGAACCAATTGTCTTATGA
1 TTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGA
* ** * *
72185 CAAAACAAAATATCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-ATTACTATTTGAAC-A
64 CAAAACAAAAGATCATAACATTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA
* * * *
72248 TCTTTGGTAAACATATTCATTTCTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTA
129 -GTTTGGTAAACATATTTATTT-TTAAATCTC-T--T-ATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTA
* * * * * * * *
72313 GTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATGGAAACAATTGTTTTATTG-CAAAATAAAAAG
187 GTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTTTATGAATAGTAACAATTATTTTA-TGACAAAACAAAAAG
** * * * * *
72377 TCGCAATGATTTGAAATAGATAAATATTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTATTTAGTGAACA
251 TCATAATGATTTAAAATAGAT-AATATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGT-AA-A
* * * * * *
72442 TAATTATTTTTTAAAATATTTTACTTATT-ATTTGTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
313 TAATT-TTTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * ** * *
72506 ATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATAATTT
377 TTTCAAATAAAATTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTT
* * ** * * * *
72571 AAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTCAGTGAACATATTTATTTCTT
441 AAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTACAATTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTT
* *
72636 AAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT-AATATTAATAAATT-TATTTTTTTTATT-TGAAATAAGG
506 AAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTATA-TTATTTTATTCT-AAATAAGC
* * * * * * * *
72698 TTGTATGAACAAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAAATAA
567 TTATATGAAC-TAAAAAAATTATTTTATGAC-AAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA
* * * * * * * *
72763 TTG-TTCAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCAGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAG
630 TTGTTTCAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
72827 TTATTAATTTTTGGAATA
695 TTATTAATTTTTGGAATA
* * ** * * ** *
72845 TTAATGACTTAGTATTATTTTATTTCGAATAATTTTATATTAATTGAAATAATT-TTTTATGACA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACA
* * * * * *
72909 AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATATTTAGTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGT
66 AAACAAAAGATCATAACATTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT
* * * * * *
72974 TCGGTAAGCATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATTTTAATAAATTAATA
131 TTGGTAAACATATTTATTTTT-AAA---TCT-CTTATTAATT-TTAAAATATTAATAAATTAGTA
* * * *
73039 TTATTTTAATCCGAATAAGCTTTTATGAACA-TAAACTATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCA
190 TTATTTTAATCCGAATAAGCTTTTATGAATAGT-AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCA
* * ** * *
73103 TAAT-AGTTTGAAATAAATAATTACCCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTT-GGATAAATAA
254 TAATGA-TTTAAAATAGATAA-TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAAT-A
* * *
73166 ATTTAATTTTTAAATGTC---A-TATTAA-TTTT-GAAATATTAATAGATTAGTATT-TTTTATT
315 ATTT-TTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * *
73224 TCAAA-AAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACAATTTG
379 TCAAATAAAA-TTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGTCATAACAATTTA
* * * *
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* * * * *
73351 AAATCTTTTACATATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTTATTTTATTTTACTCCAAATAAG-TT
506 AAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTCTAAATAAGCTT
* * * * * **
73415 AGTAT-AATTGAAAATATTGTTTTATG----ATAAAA---CAAAATTGATTTGAAATAGATAATT
569 A-TATGAACTAAAAAAATTATTTTATGACAAATAAAAGGTCATAA-CAATTTGAAATAGATAATT
* * * * * **
73472 -ATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTGGT
632 GTTTCA-ATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
*
73536 TATTAATTTTTAGAATA
696 TATTAATTTTTGGAATA
* * * * * *
73553 TTATTATATTAGTATTGTTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTAGGACA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACA
* * * * * * * * * *
73618 TAAGAAAAGGTTATATCGA-TTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAG------CTATTTAAACT-G
66 AAACAAAAGATCATAAC-ATTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG
* * * *
73675 GTTGACTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATATTT-GACTAATTAATAAATTA
130 TTTG-GTAAACATATTTA-TTTTTAAA--TC-T-CTTATTAAT-TTTAAAAT-ATTAATAAATTA
* * * * * * ** * * * * * *
73739 GTATCACTTTATTCCAAATGAA-CTTGTACG-ATAAAAAATAATTGTTATATTACCAAACAAAAG
187 GTATTATTTTAATCCGAAT-AAGCTTTTATGAAT-AGTAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAA
* * * * * * ** **
73802 GTAATAATGATTTTAAATAGATAATTATTGAAATGGTTATAATTATTTGAACTAATTTGGTAAAT
250 GTCATAATGATTTAAAATAGATAA-TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAT
* * * *
73867 AGATTTACTTTTTAAATCACTTAATTATTAATTTTT-GAAATATTAAAAAATTTGTATTATTTTA
314 A-ATTT-TTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
** * ** * * * *
73931 TTTTGAAGAAGCTTGTATGAACTA-AAATAATTATTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
377 TTTCAAATAAAATTATATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATT
** * * * * * * * * * *
73995 TTCAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAAAAAAATCATTTTT
440 TAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTACAATTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTT
* * * * * ** *
74060 TAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTAAAATATTAAGAAATTAGTATTA-TTTATTTTGGATAAACT
505 TAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTCTAAATAAGCT
* * * * * * ** * *
74123 TTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTTATAATGATTTCAAATAAATAATT
568 TATATGAACTAAAAAAATTATTTTATGAC-AAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * ** * * *
74188 G-TTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTTCAAATCTTTTT
632 GTTTC-AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACATATTTA-TTTTTT-AAATC-TCTT
* *
74252 A-TTATTAATTTTTTGAATG
693 ACTTATTAATTTTTGGAATA
* * * * * * * * *
74271 TAAATAAATTTGGT-TTATTTTATTCCAAACAAGCTTGCAAGATA-TGAAACAAATATTTTATGA
1 TTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTATTTTATGA
* * * * * ** ** *
74334 CTAAACAAAAGGTCAGAATGA-TTTGAAATATATAATTATTTTAATAGTTTTAACTATTTCAACT
64 CAAAACAAAAGATCATAA-CATTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* ** * * *
74398 AGTTCGACAAGCACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAA-ATTATTAAATT
128 AGTTTGGTAAACATATTTA-TTTTTAAATC---T-CTTATTAA-TTTT-AAAATATTAATAAATT
* * * *
74462 AGTATTATTTTTAA-CCGAATAAGCTTTTATGATTAGAAACAATTATTTTATGACAAAACGAAGA
186 AGTATTA-TTTTAATCCGAATAAGCTTTTATGAATAGTAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAA
* * * * *
74526 -TCTTAATGATTTAAGATTGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCGGTAAA
250 GTCATAATGATTTAAAATAGATAA-TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAA
* * * * * *
74589 CATATATATTTTTTAAATTTATTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTA-TATTGT
313 TA-AT-TTTTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * **
74652 ATTTCGAATAAGCATGTATAAT-AA-A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
376 ATTTCAAATAA-AAT-TAT-ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACA
* ** * ** * *
74714 ATTTAAAATAGATAATCATTCAAATGGCCATAATTATTTTAAC-TGATTCAGTAAATAGATTTAT
437 ATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTACAATTATTTGAACTTG-TTCAGTAAATAGATTTAT
* * * * * * **
74778 TTTTTGAAT-TTCTTACTTAGT-ATTTTAGGAAATATTGATACATTAGTATTATTTTATTCCATC
501 TTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTT-TG-AATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTCTAAA
* * * * * * * *
74841 TAAGCTTGTATTACCTAAAACAATTATTTTATGACAACTCAAATGGTTATAACAATTTTAAATAG
562 TAAGCTTATATGAACTAAAAAAATTATTTTATGACAAAT-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG
* * * * ** * *
74906 ACAATTG-TTCAA-ATGGCAATAATTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTCTTTAAAT
626 ATAATTGTTTCAATA-GTC-ATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACATATTTATTT-TTTAAAT
* *
74969 CTCTTTCTTATTAATTTTTTGAATA
688 CTCTTACTTATTAATTTTTGGAATA
* * * * * *
74994 TTAATAAATTATTATTAATTTA-TTCTGAATAA--TTATATAAACTGAAACAATTGTTTTATGAC
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGAC
* ** * * * * * *
75056 TAAACAAAATG-TCGGAATGA-TTTCAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACCATTTGAA-T
65 AAAACAAAA-GATCATAA-CATTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* *** * *
75118 TGATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTA
128 AG-TTTGGTAAACATATTTA-TTTTTAAAT-C-T-CTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTA
** * * * ** * * * ** ** * * * *
75183 GTATTATTTTAATCATAATGAGCCTGTACAAACA-AAAAAAAAATTTTACAATAAAAGAAAAGGC
187 GTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTTTATGAATAGTAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGT
* * * * * ** * *
75247 CATAATGATTTGAAATAGATAATCATTTATACAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTTGGCAATTA
252 CATAATGATTTAAAATAGATAAT-ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAATA
* * * * *
75311 GATTTATTTTTTAATTTTCTTAGTTATTAAGTTTCA-AAATATT-ATAAAATTAGTATTATTTTA
315 -ATTT-TTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTA
** * * * * * **
75374 TTTTGAATAAAA-TAGCATGAACAG-AACTAATTGTTTGATGACAAAATAAAAACGTTATAATGA
377 TTTCAAATAAAATTA-TATGAATAGAAAC-AATTGTTTTATGACAAAA-CAAAA-GTCATAACAA
* * * * * * * ** * * * *
75437 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAAAATTATTCGAAATGGTTTGGCAAACAAATTTACTT
438 TTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTACAATTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTT
* * * * * *
75502 TTTAAATCTCTTA-TAGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAA
503 TTTAAATCTTTTACT-TATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTCTAAATAA
* * * ** * *
75566 ACTTATATTAA-TAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAATAATAACGATTTGAAATAGAT
565 GCTTATATGAACTAAAAA-AATTATTTTATGAC-AAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAT
* * * ** * * * *
75630 AATTG-TTCAAGTAGTTATAATTATTTGAACTGGTTCGGTAAATATAATTCTTTTATAAATCTCT
628 AATTGTTTCAA-TAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCT
* *
75694 TACTTATAAATTTTTGAAATA
692 TACTTATTAATTTTTGGAATA
* * * * * *
75715 TTAATAAATTAGTTTTATTCTA-TTCTAAATACGGTTGTAT-AAGCTA-AAATAATTATTTTATG
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAA-C-AGAAACAATTATTTTATG
* * * * * * * *
75777 ACAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGTCTTAACTGTTTAAAC-
63 ACAAAACAAAAGATCATAACATTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
*** * *
75841 A-AAAGGTCATAACA-A---A--TTGAAA-----TA--AA----AAAA-AGTTAATAAATTACTA
128 AGTTTGGT-A-AACATATTTATTTTTAAATCTCTTATTAATTTTAAAATA-TTAATAAATTAGTA
* * * * * * * * *
75887 TTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTACGAAAAGAAACAATTATTATATAACTAAAC-AAAAGTTCA
190 TTATTTTAATCCGAATAAGCTTTTATGAATAGTAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAG-TCA
* ** * * * ** ** * *
75951 AAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAATTTGGCAAACATAT
254 TAATGATTTAAAATAGATAA-TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATA-AT
* * * * *
76016 TTATTTTTTAAATCTC----TTATTAA-TTTTCGAAATATTATTACATTGGTATTATTTT-TATC
317 TT-TTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TT
** ** ** * ** **
76075 CAAATAAGCTTGGATG-ATCAGAAACAATTGTTTTACAAGAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGG
380 CAAATAAAATTATATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACAATTTAA
* ** * * * * * * * *
76138 GATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTACTTGAA-TTGATTC-G-AAAAACAATTTTAGTTTT
443 AATAAATAATTGTTCAAATAGTTACAATTATTTGAACTTG-TTCAGTAAATA-GA-TTTATTTTT
* ** * * * *
76200 TAAATCTCTCGCTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAAGTAGCATTATTTTATTCTAAATAATCT
505 TAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTCTAAATAAGCT
** * * * * * ** *
76265 CGTATGAACTAAAATAATTGTTTCATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAACT
568 TATATGAACTAAAAAAATTATTTTATGAC-AAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * ** * *
76330 G-TTCTAATAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTCGGTGAACACATTTATTTTTTAAA--TC-T-CT
632 GTTTC-AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
*
76390 TATTAATTTTTTGAATA
696 TATTAATTTTTGGAATA
* * * * * * * *
76407 TTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTTTAT-AAAAGAAAAAATTATTCTATGACA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACA
* * * * *
76471 AAA-TAAAGATCACAACGA-TTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATATCTATTTGAACT-G
66 AAACAAAAGATCATAAC-ATTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG
* * * * ** *
76533 TTTCGGT-AATAGATCTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATTTTAATAGGTTAATATT
130 TTT-GGTAAACATATTTA-TTTTTAAATCTCTTATTAATTTT-AAAATATTAATAAATTAGTATT
** * * * * * *
76597 A-TTTAATTCTAAATAA--TTATGCATGAACA-AAACAATTATTTTATAACAAAACAGAAGGTCA
192 ATTTTAA-TCCGAATAAGCTT-T-TATGAATAGTAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCA
* * * * * * * ** *
76658 TAACGATTTAAAATTGATAATTGTTCAAATGGACATGACTATTTCAACTTGTTTGGTAAACAAAT
254 TAATGATTTAAAATAGATAA-TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAA-TAAT
* * *
76723 TCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTCTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTAT
317 T-TTTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-T
* * * * * * *
76787 -GAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGATCATAACTATTTCAA
380 CAAATAAAATTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACAATTTAAA
* * * * * *
76851 ATAAATAATTGTT-AAACAGTCATAAATATTTGAACTTATTC-GATAAACAGATTTATTTTTTAA
444 ATAAATAATTGTTCAAATAGTTACAATTATTTGAACTTGTTCAG-TAAATAGATTTATTTTTTAA
* * * * *
76914 AT-TTTTGCTTGTTAATTTTTGGAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATATA-CTTG
508 ATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTCTAAATA-AGCTTA
** * * *
76977 TATGAAC-AAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATACCTATTTGAA
570 TATGAACTAAAAA-AATTATTTTATGAC-AAATAAAAGGTCATAACAATTTGAA
77030 CATGCTCAGA
Statistics
Matches: 4443, Mismatches: 921, Indels: 534
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
689 3 0.00
690 46 0.01
691 21 0.00
692 51 0.01
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695 6 0.00
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700 1 0.00
701 46 0.01
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714 19 0.00
715 51 0.01
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TTGGTAAACATATTTATTTTTAAATCTCTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
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TTAAAATAGATAATATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAATTTTTTTTTA
AATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATT
ATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGT
TCAAATAGTTACAATTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
TAATTTTTGAATATTAATAAATTATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTATATGAACTAAAAAAAT
TATTTTATGACAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTCAATAGTCATAACTA
TTTGAACTAGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATA
Found at i:72094 original size:360 final size:361
Alignment explanation
Indices: 70682--75832 Score: 3688
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70672 TAAATAAATG
* * * *
70682 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGTTTGTATGAACT-GAAACAATTATTATATGAC
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* * * * * * *
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** * * * * *
70810 GTTTAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTC---C-TATTAATTTGTGAATTATTATTAAATTAG
129 GTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* ** * * * *
70871 TAATATTTT-TATCCGAATAAGCTTGGATG-ATCAGAAGCAATTATTTTATGAGAAAAC-AAAGA
194 TATTATTTTAT-TCTAAATAAGCTTGTATGAAT-A-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * ***
70933 TCATAATGATTT-AAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAGCTATTTGAA-TTGGTTCAAAAAA
256 TCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAA
* * *
70996 CA-ATTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTT-GAAATA
319 CAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATA
* * * * * * * * *
71039 TTAATAAAGTAGTA-TATTTTATTTTAGATAAGTTTTTATGAGCT-GAAACAACTGTTTTATAAT
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGAC
** * * ** * * * *
71102 AAAACAAAAGCCCATAACAACTTAAAATAGTTAGAATGATTGTTCAAAAAGTTA-AATCTTTTTG
65 AAAACAAAAGGTCATATCGA-TTTGAA-A--TA-AATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTG
* * * * * *
71166 AACTTTTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTCG-AATGTTAA
124 AACTTGTTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAA
* * * * *
71230 TAAATTAGTATCATTTT-TTCTAAATAAGCTTATATGTACTAAAATAATTATTTTATGAC-AAAT
186 TAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATG-AATAAAACAATTATTTTATGACAAAAC
* ** * ** * * * **
71293 AAAAGGTCAGAACAATTTAAAATAGATAATTGTTTTAATAGTCTTAACTACTTGAACTAGTTCAA
250 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGG
* * *
71358 CAAACATATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATA
315 TAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * * * * *
71406 TTATTAAATTAGTATTATTGTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAAAAGGAACAATTATTTTATGAC
1 TTAATAAATTAGTATTATT-TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * *
71470 AAAA-TAAAGATCATAAC-ATTTTGAGATAAATAATTATTTAAATAGTCATAAATATTTGAACTA
65 AAAACAAAAGGTCATATCGA-TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-
* * * ** *
71533 T-TTTGGAAAACAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATTA
128 TGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * * **
71593 GTATTATTTTAATCTGAATAA-TTTTTCATGAATAGTAACAATTATTTTATGTTAAAACAAAAGG
193 GTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGT-ATGAATA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * *
71657 TCATAATGATTTAAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATA
256 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA
* *
71722 GATTT-TTTTTTAAATCTCTAAATTATTAATTTTTAGAATA
321 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
** * *
71762 TTAATAAATTA-TATTATTTTATTTCAAATAAAATTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * * *
71826 AAACAAAAGATCATATCAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCACAATTATTTGAACTCGC
66 AAACAAAAGGTCATATCGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
** * * * *
71891 TCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTA
131 TCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
** * * ** *
71956 TTATTTTATTCTGGATAAGCTTTTATGAATAGAAAAAATTGGTTTATGACAAAACAAATGGTCAT
196 TTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * *
72021 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCAGAAAACATATT
260 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATT
* * *
72086 TATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATA
325 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * * * *
72122 TTAATAAATTTA-TATCATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAACCAATTGTCTTATGAC
1 TTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
** * * * *
72186 AAAACAAAATATCATAAT-GTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-ATTACTATTTGAACAT
65 AAAACAAAAGGTCAT-ATCGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * * *
72249 CTTTGGTAAACATATTCATTTCTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTA
129 GTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTA
* * * * *
72313 GTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTATATGAATGGAAACAATTGTTTTATTG-CAAAATAAAAA
193 GTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAAT-AAAACAATTATTTTA-TGACAAAACAAAAG
** * * * * * ** *
72376 GTCGCAATGATTTGAAATAGATAAATATTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTATTTAGTGAAC
255 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* * * * *
72441 ATAATTATTTTTTAAAATATTTTACTTATT-ATTTGTAGAAATA
320 AGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATA
* * *
72484 TTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
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* * * **
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* * * * *
72613 TTCAGTGAACATATTTATTTCTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATT-
130 TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTA
* * * * *
72675 -TATTTTTTTTATT-TGAAATAAGGTTGTATGAACAAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAA
193 GTA-TTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATG-A-ATAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA
* *** * * * * *
72738 GGTTATAGCAATTTCAAATAAATAATTGTTC-AATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCAGTAAA
254 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAA
* * * *
72802 TAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATA
319 CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * * ** * * * *
72845 TTAATGACTTAGTATTATTTTATTTCGAATAATTTTATATTAATTGAAATAATT-TTTTATGACA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * * *
72909 AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATATTTAG-TCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAG
66 AAACAAAAGGTCATATCGATTTGAAATAAATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * * * * *
72973 TTCGGTAAGCATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATTTTAATAAATTAAT
130 TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* ** * * * * * *
73038 ATTATTTTAATCCGAATAAGCTTTTATGAACATAAACTATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCA
195 ATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* *** * * *
73103 TAAT-AGTTTGAAATAAATAATTACCCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTT-GGATAAATAA
259 TAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGG-TAAACAG
* * *
73166 ATTTAATTTTTAAATGTC--A--TATTAATTTTGA-AATA
322 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * * * * * *
73201 TTAATAGATTAGTATT-TTTTATTTCAAAAAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * *
73265 AAACAAATGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTAGT
66 AAACAAAAGGTCATATCGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* * * * * * *
73330 TAGGTAAATAGAATT-TTTTTAAAATCTTTTACATATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTTA-T
131 TCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGT
* * * * * *
73393 TTTATTTTACTCCAAATAAG-TTAGTAT-AATTGAAAA-TATTGTTTTATGATAAAAC-AAA---
195 ATTATTTTATTCTAAATAAGCTT-GTATGAA-T-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * ** * *
73451 -AT--TGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAATTCAGTAAACAA
257 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
**
73513 ATTTATTTTTTAAATCTCTTGGTTATTAATTTTTAGAATA
322 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * * * * * *
73553 TTATTATATTAGTATTGTTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTAGGACA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * * * *
73618 TAAGAAAAGGTTATATCGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAG------CTATTTAAACTGGT
66 AAACAAAAGGTCATATCGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* * * *
73677 T-GACTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATATTTG-ACTAATTAATAAATTAG
131 TCG-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT-ATTAATAAATTAG
* * * * * * * * * *
73740 TATCACTTTATTCCAAATGAA-CTTGTACGATAAAAAATAATTGTTATATTACCAAACAAAAGGT
194 TATTATTTTATTCTAAAT-AAGCTTGTATGA-ATAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * * ** * *
73804 AATAATGATTTTAAATAGATAATTATTGAAATGGTTATAATTATTTGAACTAATTTGGTAAATAG
257 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
* * *
73869 ATTTACTTTTTAAATCACTTAATTATTAATTTTT-GAAATA
322 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATA
* * ** * * * *
73909 TTAAAAAATTTGTATTATTTTATTTTGAAGAAGCTTGTATGAACTA-AAATAATTATTTTGTGAC
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * ** * *
73973 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTTCAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTG
65 AAAACAAAAGGTCATATCGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * * * *
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130 TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* ** * * * * *
74102 ATTA-TTTATTTTGGATAAACTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTTA
195 ATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * * *
74166 TAATGATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTTGTTTGATAAATAGAT
259 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGAT
* * *
74231 TTATTTTTTTCAAATCTTTTTA-TTATTAATTTTTTGAATG
324 TTA-TTTTTT-AAATC-TCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * * * * * * *
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* * * * ** ** *
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* ** * * * * *
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* ** * * * *
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* * * *
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256 TCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAA
* * * *
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* * * *
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* * ** * * * *
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* * * * * * * *
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* ** * * ** *
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* ** * * * * *
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256 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* *
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* * * * *
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* * * * * * *
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** * * *
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* * * ** * * ** ** * *
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* ** * * * * * * *
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255 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAA
* * * * * * *
75309 TAGATTTATTTTTTAATTTTCTTAGTTATTAAGTTTCAAAATA
319 CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
** ** * * * *
75352 TT-ATAAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATAGCATGAACAG-AACTAATTGTTTGATGA
1 TTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC-AATTGTTTTATGA
* * * * * * * * * *
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64 CAAAA-CAAAAGGTCAT-ATCGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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255 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* * * * *
75673 ATAATTCTTTTATAAATCTCTTACTTATAAATTTTT-GAAATA
320 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATA
* * * * * *
75715 TTAATAAATTAGTTTTATTCTA-TTCTAAATACGGTTGTAT-AAGCTA-AAATAATTATTTTATG
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAA--TAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * *
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ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
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70667 TGAAATAAAT
* * * * *
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* ** * * * * *
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* * * * * * *
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* * ** * ** * *
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* ***
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** * * * * **
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* * * * ** *
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** * * * *
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* * * * * *
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* ** * *
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* * * * * * *
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* * ** * * *
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* * * * *
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*
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* * * * * *
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** * *
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** ** * * * * *
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* * * * *
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* *** * * *
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* * * * * * *
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* * * ** * * ** *
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** * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTA
* * * ***
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* * * *
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* * * * * * *
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* ** * * *
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* * * * * * * * *
73325 CTAGTTAGGTAAATAGAATT-TTTTTAAAATCTTTTACATATTAGTTTTTG
131 CTGGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * *
73375 AAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTACTCCAAATAAG-TTAGTAT-AATTGAAAA-TATTGTT
1 AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT-GTATGAA-TAAAAACAATTGTT
* * * *
73436 TTATGATAAAAC-AAA----AT--TGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTT
63 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
** * * **
73494 GAACTAATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTGGTTATTAATTTTT-
128 GAACTGGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * *
73547 AGAATATTATTATATTAGTATTGTTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTT
1 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTT
* * * * * * * *
73612 AGGACATAAGAAAAGGTTAT-ATCGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAG------CTATTTA
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* *
73670 AACTGGTT-GACTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATATTTG
129 AACTGGTTCG-GTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * * *
73723 -ACTAATTAATAAATTAGTATCACTTTATTCCAAATGAA-CTTGTACG-ATAAAAAATAATTGTT
1 AAAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT-AAGCTTGTATGAAT-AAAAACAATTGTT
* * * * * * * * * *
73785 ATATTACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTTAAATAGATAATTATTGAAATGGTTATAATTATTT
63 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
** * * * * * *
73850 GAACTAATTTGGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCACTTAATTATTAATTTTTG
128 GAACTGGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * *
73904 AAATATTAAAAAATTTGTATTATTTTATTTTGAAGAAGCTTGTATGAACT-AAAATAATTATTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTT
* ** ** * *
73968 GTGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTCAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * * * *
74033 ATTTGTTCGGTAAAAAAAATCATTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTA
130 ACTGGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * *
74084 AAATATTAAGAAATTAGTATTA-TTTATTTTGGATAAACTTTTATGAACT-AAAACAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTT
* * * * *
74147 ATGTCAAAACAAAAGGTTATAATGATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAA
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * * *
74212 ATTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTTCAAATCTTTTTA-TTATTAATTTTTTG
130 ACTGGTTCGGTAAACATATTTA-TTTTTT-AAATC-TCTTACTTATTAA-TTTTTG
* * * * * * * * * * *
74267 -AATGTAAATAAATTTGGT-TTATTTTATTCCAAACAAGCTTGCAAG-ATATGAAACAAATATTT
1 AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATA-AAAACAATTGTTT
* * * * ** ** *
74329 TATGACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATATATAATTATTTTAATAGTTTTAACTATTTC
64 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* ** * * *
74394 AACTAGTTCGACAAGCACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
129 AACTGGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * ** * * * *
74447 AAAAATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCGAATAAGCTTTTATGATTAGAAACAATTATTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTT
* * * * * *
74511 ATGACAAAAC-GAAGATCTTAATGATTT-AAGATTGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTG
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * *
74574 AATTGGTTCGGTAAACATATATATTTTTTAAATTTATTACTTATTAATTTTTG
129 AACTGGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* *
74627 AAATATTAATAAATTAGTA-TATTGTATTTCGAATAAGCATGTAT-AATAAAAAACAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AAAAACAATTGTTTT
* ** * * * *
74690 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATCATTCAAATGGCCATAATTATTTTA
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * * * *
74755 ACTGATTCAGTAAATAGATTTATTTTTTGAATTTCTTACTTAGT-ATTTTAGG
130 ACTGGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TG
* * * * * * *
74807 AAATATTGATACATTAGTATTATTTTA-TTCCATCTAAGCTTGTATTACCT-AAAACAATTATTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGA-ATAAAAACAATTGTTT
** * * ** * * * *
74870 TATGACAACTCAAATGGTTATAACAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAAT-GGCAATAATTATTT
64 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTT
* * * *
74934 GAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTCTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTG
128 GAACTGGTTCGGTAAACATATTTATTT-TTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTG
* * * * *
74990 -AATATTAATAAATTATTATTAATTTA-TTCTGAATAA--TTATATAAACT-GAAACAATTGTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTT
* * ** * * * *
75050 TATGACTAAACAAAATGTCGGAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACCATTTG
64 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * ** * *
75115 AATTGATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATTTTTA
129 AACTGGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * ** * ***
75167 AAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-ATCATAATGAGCCTGTACAAACAAAAA-AAAAATTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTT
** * * * ** * * * *
75230 ACAATAAAAGAAAAGGCCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTTATACAGTCTTAACTATTTGA
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * ** * * * * * **
75295 ATTGGTTTGGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTAGTTATTAAGTTTCA
130 ACTGGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* ** * * * *
75347 AAATATT-ATAAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATAGCATGAA-CAGAACTAATTGTTT
1 AAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAAAAAC-AATTGTTT
* * * * * * * * *
75410 GATGACAAAATAAAAACGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAAAATTATTC
64 TATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * *
75475 GAAATGGTTTGGCAAACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTA-TAGATTAATTTTTT
128 GAACTGGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTG
* * * * * * *
75529 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATTAATAAAAATAATTATTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTA
** * * * * *
75594 TGACAAAACAAAAAATAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAGTAGTTATAATTATTTGAA
66 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * *
75659 CTGGTTCGGTAAATATAATTCTTTTATAAATCTCTTACTTATAAATTTTTG
131 CTGGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * * *
75710 AAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTA-TTCTAAATACGGTTGTAT-AAGCT-AAAATAATTATT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAA--TAAAAACAATTGTT
* ** * * * *
75772 TTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGTCTTAACT
63 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
75833 GTTTAAACAA
Statistics
Matches: 3926, Mismatches: 875, Indels: 352
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
172 54 0.01
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188 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTA
TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
CTGGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
Found at i:77055 original size:145 final size:142
Alignment explanation
Indices: 76899--77171 Score: 381
Period size: 142 Copynumber: 1.9 Consensus size: 142
76889 TTCGATAAAC
* * *
76899 AGATTTATTTTTTAAATTTTTGCTTGTTAATTTTTGGAATAATAATAAA-TTAGTATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTT-AAATAATAATAAATTTA-TATTATTTTAT
* * * *
76963 TCCAAATATA-CTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATACCTATT
64 T-C-AATA-AGCTTGTATGAACAAAAA-AATTGGTTTATGACAAAAAAAAAAGGCCATAACGATT
77026 TGAACATGCTCAGAAAAA
125 TGAACATGCTCAGAAAAA
*
77044 AGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTC
1 AGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTAAATAATAATAAATTTATATTATTTTATTC
* *
77109 AATAAGCTTGTATGAACAAAAAATTTGTTTTATGACAAAAAAAAAAGGCCATAACGATTTGAA
66 AATAAGCTTGTATGAACAAAAAAATTGGTTTATGACAAAAAAAAAAGGCCATAACGATTTGAA
77172 ATAGTTATTT
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 10, Indels: 9
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
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143 1 0.01
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145 36 0.31
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (142 bp):
AGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTAAATAATAATAAATTTATATTATTTTATTC
AATAAGCTTGTATGAACAAAAAAATTGGTTTATGACAAAAAAAAAAGGCCATAACGATTTGAACA
TGCTCAGAAAAA
Found at i:77384 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 77044--79170 Score: 1663
Period size: 181 Copynumber: 11.9 Consensus size: 181
77034 CTCAGAAAAA
*
77044 AGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA
* * * *
77106 --TTCAATAAGCTTGTATGAACA-AAA-AATTTGTTTTATGACAAAAAAAAAAGGCCATAACGAT
65 TTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAA-TTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * *
77167 TTGAAATAGTTATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAAT
128 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAAC
* * * **
77221 AGATTCATTTTTTAACTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * *** *** * * *
77286 TTTGTATAAACCCATATGAGTTGATACAACTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTGATAATGATTTG
66 TTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * ** * *
77351 AAATAGATATTTATTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACTTATTTGGTAAAC
131 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAAC
* * * * * * * * *
77402 ATATCTATTTTTAAAATCTTTTACTCATTAA-CTATAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
*** * * * * *
77466 TCCAAATAAG-TGAGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATAT
66 TTTGAATAAGCT-TGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * * *
77530 GAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATATAAACTTATTTGGTAAAC
130 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAAC
* * * * *
77582 A-A-ATA-TTTTTAAACCTTTTACTTATTAATTGTTT-GAATATTAATAAATTTGTATTATTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * *
77643 -ATTGAAATAAGCTTGTATGAATAG-AA-AATTATTATATGACAAAACAAAAGGTTATAGTGATT
65 TTTTG-AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * **
77705 TGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTGTTTGAACTTGTTCAATAAAC
129 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAAC
* * * * *
77758 AGTTTTAGTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGAATTATGTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * *
77823 TCT-AAGTAAGCCTGTACGAACATAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAATA-GTCATAATAATT
66 TTTGAA-TAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATGATT
* * * **
77886 TGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTTATAACTATTTGCAC-TGGTCGGGCT-AAC
129 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTC-GG-TAAAC
* ** * * * *
77939 AGATTCATTTTTTAAATC-CATTGGTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAGTTAGCATTACTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
** * * * * * * * *
78003 -TTCCAAGTAAGATTGTATTAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTTATAACGATA
65 TTTTGAA-TAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * *
78067 TGAAATAAAATAATTGTTCAAATTGTTATAACTAATTGAAC-TAGTTTGGTAAAC
129 TGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCGGTAAAC
* *
78121 AAATTTATTTTTTAAATCTC-T-C--ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * * * * * *** * * * *
78182 TTCAAACAAACTTATA-GTAACAAAAACATTTGTTTGGCGATAAAACAAAATGACTTAATGATTT
66 TTTGAATAAGCTTGTATG-AACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * * * * *
78246 GAAATAGATAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCAGCAAAC
130 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTCGGTAAAC
* * * * * * *
78298 AAATTTA-TTTTTAAATCTCTTAGTTATTAGTTTTCATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * * * * *
78362 TTCAAATAAGCTTGTATGAACACAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATTATAATGACTTG
66 TTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * *
78427 AAATATATGATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTGGTTTGATAAAC
131 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTCGGTAAAC
* *
78478 AG----A-----T-AATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * * * *
78533 TTCAAATAGGCTTGTATGATA-A-AAACCAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGTTCAAAATGATT
66 TTTGAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * * *
78596 TCAAATAGATAATTGTTCAAAT-GGCAATAACTATTTAAACTGATTCGATAAAT
129 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAAC
* * ** * * * * * * *
78649 TGATTTCTTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATCTTATTTTAA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * *
78714 TTTGGATAAGCTTTTATGAA-ATGAAACAATTTTTTTATGATAAAACAAAAGGCCATAATGATTT
66 TTTGAATAAGCTTGTATGAACA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * * *
78778 TAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAAT
130 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAAC
* ** * * *
78830 AGATTTATTTTTTAAAAT-TCTTTCCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAA--A-TAATAATTT
1 AGATTTATTTTTT-AAATCTC-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * * *
78891 ATTATGAATAAGCATGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAACGATT
64 ATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * * * *
78956 TGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAATTCGGCAAAT
129 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAAC
* * * ** * * *
79009 ACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTAC
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * **
79074 TCTGAATAAGTTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGAC-AAACTAAAGATCATACCGATTTG
66 TTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * *
79138 AGATAGATTATTATTGAAATAGTCATAACTATT
131 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
79171 ATTAATTTTT
Statistics
Matches: 1540, Mismatches: 347, Indels: 123
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 5 0.00
171 132 0.09
172 3 0.00
176 88 0.06
177 78 0.05
178 169 0.11
179 204 0.13
180 299 0.19
181 462 0.30
182 96 0.06
183 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
TTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAAC
Found at i:79204 original size:136 final size:136
Alignment explanation
Indices: 79033--79306 Score: 433
Period size: 136 Copynumber: 2.0 Consensus size: 136
79023 AATCTCTTAC
**
79033 TTATTAATTTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCTGAATAAGTTTGTATGAATAGA
1 TTATTAATTTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCCAAATAAGTTTGTATGAATAGA
* * * ** *
79098 AATAATTATTTTATGAC-AAACTAAAGATCATACCGATTTGAGATAGATTATTATTGAAATAGTC
66 AACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATACAGATTTGAGATAAACAATTATTCAAATAGTC
79162 ATAACTA
130 ATAACTA
79169 TTATTAATTTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCCAAATAAGTTTGTATGAATAGA
1 TTATTAATTTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCCAAATAAGTTTGTATGAATAGA
* * *
79234 AACAATTATTTTATGGCAAAACAAAGATCATTCAGATTTGAGATAAACAATTGTTCAAATAGTCA
66 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATACAGATTTGAGATAAACAATTATTCAAATAGTCA
79299 TAACTA
131 TAACTA
79305 TT
1 TT
79307 TGAATTGGTT
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 11, Indels: 2
0.91 0.08 0.01
Matches are distributed among these distances:
136 122 0.97
137 4 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (136 bp):
TTATTAATTTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCCAAATAAGTTTGTATGAATAGA
AACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATACAGATTTGAGATAAACAATTATTCAAATAGTCA
TAACTA
Found at i:79754 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 79221--80219 Score: 883
Period size: 180 Copynumber: 5.6 Consensus size: 180
79211 CCAAATAAGT
* * * * *
79221 TTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGGCAAAAC-AAAGATCAT-TCAGATTTGAGATAAACAA
1 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACA-ATTTGAAATAAATAA
* * * *
79284 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAA--TCT-C
65 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTT-GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTAC
* * * **
79345 TTATTAGTTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATT
129 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAC
* * ** ** * * * *
79397 TTGTATGAATAAAAACAAGTGTTTTACAACAAAACAAAATTTCATAACTATTTTAAATAGATAAC
1 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAAT
* * * * * * * **
79462 AGTTCCAATTGACATGACTATTTGAACTTGTTTGATAAA-A-ATTTTATTTTTTAAATCTTCAAC
66 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTTGGTAAATAGA-TTTATTTTTTAAAT-TTTTAC
* *
79525 TTATTAATTTTTATAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAAAC
129 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAC
* * * * *
79577 TTATATGAATAGAAACTATTGTTTTATAACAAAACAAAATATCATAACGATTTGAAATAAATAAT
1 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAAT
* * * * *
79642 TATTTAAACAGTCATAACTATTTGAACTCGCTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTAATATTTTACT
66 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACT
** * *
79707 TATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC
130 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAC
* * * * *
79758 TTTTATGAATAGAAAAAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT
1 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAAT
* * ** * * * *
79823 TGTTCAAATAGTTATAA-TATTTGAACATGCTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTACGT
66 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTT
* ** * *
79887 ATTAATCTTTGGAATATTAGTAAATTTA-TATTATTTT-TGTTTGGAATAAGC
131 ATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAT-TTT-GAATAAAC
* * * *
79938 TTG--T--AT-G-----ATTATTTTATGACGAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAAT
1 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAAT
* * * * * * *
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66 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTT-GGTAAATAGATTTATTTTTTAAA-TTTTTAC
* * * * **
80057 TTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAAC
129 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAC
* * * * * * * *
80109 TTGTACGAACAAAAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAATGATAGCAATTTGAAATAAATAA
1 TTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAA
* **
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65 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTTGGTAAATAGATTT
80220 GAAATAAGCT
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TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTT
ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAC
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*
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* * *** *
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*
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130 TAAATTAATATTATTTTTGTTTGGAATAAGCTTGTATGATTAT
* * * *
79950 TTTATGACGAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTTATTACTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATTAATATT
* * * * *
80015 TAAACTTGTTCGGTAAACATATTTAATTTTTAAAGTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAAT
66 TAAACATGCTCAGAAAACATATTTAATTTTTAAAGTTTTTACGTATTAATTGTCAAAATATTAAT
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131 AAATTAATATTATTTT
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AAATTAATATTATTTTTGTTTGGAATAAGCTTGTATGATTAT
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80222 AATAAGCTTA
* * * * *
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* * * ****
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** * * *
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** * * * *
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* * * ** * * ** * * * *
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* * *
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* * * * *
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1 TATGAACAGAAACAATTTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTT
* * *
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66 CAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTGGTTTGGCAAA-AAATTCAT-TTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * *
80722 TAATTTT-AAAATATTAATAAATTAAAATTATTTTATTCTAAACAAACTTA
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* * **
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* *
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80872 TAGAATTGTT
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Matches are distributed among these distances:
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TTTTCAGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCCAAAAAACTTG
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80870 AATAGAATTG
* *** *
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* * * *
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* * **
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* * * *
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* * * * ** *
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** * * * * * *
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* *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTATTCA--CATAAGCTTATTT-GAAATAA
* * * * ***
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* *
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* * * *
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*** * *
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1 TTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCACATAAGCTTATTTGAAATAAAA
*** * *
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* * * * * * **
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* * * * * ** ** *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCACATAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * ** ***
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** * ** * * * *
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* * * * * * * *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCACATAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * *
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* * * * *
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125 TACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCACATA-AGCT-TATTTGAAATAAA
* * * * * *
82203 ATAATATTAATTTATTAATATTTCAATAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTA
63 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTG-TTA
* * ** * * * *
82268 TCAAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
127 CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * **
82321 TTATAAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTT-TTCATCATTCAAGCCTATTCAAAATAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCA-CA-T-AAGCTTATTTGAAATAAA
** * * * *
82384 ATAATACTAATTTACAAATATTTCAAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATTAATCTGTTTA
63 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTG-TTA
* * * * **
82449 CCGAACTAGTTCAAATAGTTA-GACTATTTAAAAAATTATATATTTCAAATTG
127 CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * *
82501 TTATAACATTTTGTTATCTTATAAAAAAATTATTTCTATTCACACAAG-TATATTTGGAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCACATAAGCT-TATTTGAAATAAAA
* * ** * * *
82565 TAATACTAATGTAATAATA-TTCTAAAAATTAATATCTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTTTTTG
64 TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-TTTGTTA
** * ** * * *
82629 TTGAACTAA-TTCAAATAGTTAAGGTTATATGAACAATTCTTTATTTCAAAT-A
127 CCGAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * **
82681 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCGTAAAAAAATAT-TTTGATTTCTTAGTAA-CTTATTT-AGAATA
1 -TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTTA-TTCACA-TAAGCTTATTTGA-AATA
*
82743 AAATAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAATTATA
61 AAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAAT-A--A-A
* * * **
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* * * * * * * *
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1 TTATGACCTT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCACATAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * ** * * * *
82927 TAATATTAGTTTATTAATATTTTTAAAATTAAGAAGTAAAAAAATTTTAGAAATAAATCTAT-TT
64 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAAGATTTAAAAAATAAAT-T-TGTT
** * * * * * * *
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126 ACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * ** *
83045 TTATGAGCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTCTCTGTTCATACAATCTTATTCAAAATAAAGT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTTATTCACATAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * *
83110 AATGCTAATTTATTAATAATTT-AAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAATTGAAA-TTG-TAG
65 AATACTAATTTATTAAT-ATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAATTTGTTA-
* * *
83172 GCCTG-ACTAGTACAAATAGTTATGACTGTTTGGAA-AATTATCTATTTCAAATCA
127 -CC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-GAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
83226 TTATGACCTTTTGTTTTATCACAAAAAAAAATTGTTTCTATTAATACAAGCTT-TTTCAAAATAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGT--CATAAAACAATTGTTT-TATTCACATAAGCTTATTT-GAAATAA
* ** * * * * *
83290 CATAATTTTAATTTATTAATA-TTCTAAATATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATGAATATGTA
62 AATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGT-
* * * * * *
83354 TATCGAATAAGTACAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTA
125 TACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TT-TATTCACATAAGCTTATTTGAAATAAAA
* *
83473 T--TA-TAATTTATTAATATTT-AGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA-AATTTTGTTTA
64 TAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTG-TTA
* * *
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* * * * * *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCACATAAGC-TTATTTGAAATAAAA
* * * *
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* * * * * * **
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* * ** * * * *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTTATTCACATAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * ** * *
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* * * *
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127 CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
** ** * * * * *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCACATAAGCTTATTT-GAAATAAAA
* * * *
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** * * * *
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* * * * * *
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* * *
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** * * * * * * * *
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128 CGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
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1 -TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCACATAAGCTTATTTGAAATAAAA
* **
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* * * * * * *
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* * * * ** *
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* * * * **
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** * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * **
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* * ** * *** *
84839 TTCA-GACCTTTTGTTTAGTCATTAAACAATTACTTTAGTTTATGCAAGCTTA-TTCAGAATAAA
1 TT-ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCACATAAGCTTATTTGA-AATAAA
* * * *
84902 ATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAATAGATTTAAAAAAATAAATTTATT
63 ATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATTT-GT
* * * * * * * *
84966 TACTGAATAAGTTCAATTAGATATGACGATTTAAACAATTATCTATTTAAAATTA
125 TACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * ** * * **
85021 TTTTGACC-TTT-TTTTGTCA-AAAACAGTTATTTTAGTTCATAAAAAATTATCTAAAATAAAGC
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCACATAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * * * ** * *
85083 AATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTGTTTTCT
65 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTG-TTACC
* * * *
85148 AAACCAA-TTCAGATAGTTAGGACTATTTGAACAAATATC-ATTCTCAAAT-A
129 GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT-TCAAATCA
* * * * * * *
85198 GTTATGATC-TTTGTTTTGTTAGAAAACAATTGTTTCTAATCA-TTCAAGCTAATTTG-GATAAA
1 -TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCACAT-AAGCTTATTTGAAAT-AA
* * * * *
85260 AATAATACCAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTT-TAAAA-AAATGTGTTT
62 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTA
* * * * * *
85319 GCTAA-ATTAGTTCAAATTGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCA
127 CCGAACA--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * *
85373 TTCTAACCTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAAGAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCACATAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* *
85438 AATACTAATTTATTAAT-TTTCAAAAAATTAATAAGTGAGAGATTTGAAAAAATAAATCTAT-TT
65 AATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAAT-T-TGTT
** * * * ** **
85501 ATTGAATAAGTTCAAATGGTTATGACTCTTTGAACAATTATCTATTGAAAATTG
126 ACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
** * * * * * ***
85555 TTACAAACTTTT-TTATGACA-AAAA-AATTGTTTTAGTTCACAAAAGTTTATCCAAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCACATAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * * * * *
85617 AATATTACTTTATTAATATTTCAAAATTTAAAAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACC
65 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTG-TTACC
* * * * *
85682 AAATCAA-TTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
129 GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* ** * * *
85733 TTATTACCTTTCATTTTGTCATAGAAGAATTG-TTT-TTCAACATATAAGCTTATTTCAAATAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTC-AC--ATAAGCTTATTTGAAATAAA
85796 AT
63 AT
85798 CGTTAGTACC
Statistics
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185 3 0.00
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Consensus pattern (179 bp):
TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCACATAAGCTTATTTGAAATAAAATA
ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTACCGA
ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
Found at i:81416 original size:16 final size:17
Alignment explanation
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81374 AACACATTCA
81384 AATAGTTATGACTATTTG
1 AATAGTTAT-ACTATTTG
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81417 CAAATTATTA
Statistics
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AATAGTTATACTATTTG
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Alignment explanation
Indices: 84085--84117 Score: 50
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84075 AACACGTTCA
84085 AATAATTATAACTATTTG
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84103 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
84118 CAAATAGTTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
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Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTG
Found at i:85831 original size:67 final size:66
Alignment explanation
Indices: 85727--85863 Score: 202
Period size: 67 Copynumber: 2.1 Consensus size: 66
85717 TATCTATTTC
* * * *
85727 AAATCATTATTACCTTTCATTTTGTCATAGAAGAATTGTTTTTCAACATATAAGCTTATTTCAAA
1 AAATCATTAGTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-AACATACAAGCTTATTTCAAA
85792 TA
65 TA
* *
85794 AAATCGTTAGTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAACATACAAGCTTATTTGAAAT
1 AAATCATTAGTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAACATACAAGCTTATTTCAAAT
*
85859 C
66 A
85860 AAAT
1 AAAT
85864 AACACTATTT
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 7, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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AAATCATTAGTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAACATACAAGCTTATTTCAAAT
A
Found at i:86209 original size:180 final size:176
Alignment explanation
Indices: 85899--86519 Score: 607
Period size: 181 Copynumber: 3.4 Consensus size: 176
85889 GATTAGTGCA
* ** * * * * * * *
85899 AGATTCAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATC
1 AGATTTAAAAAAT-AATCTATTTGTCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATC
* * *
85964 TATTTCAAATATTATAACCTTTTATTCTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATATAAGTTTATT
65 TATTTCAAATATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTT-TATTCATACAAGTTTATT
* *
86029 CAAAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTATGAAAATTCATAACTAAA
129 CGAAATAAAATAATACTAAATTAATAATATT-TGAAAATT-ATAACTAAG
* * *
86079 AGATTTAAAAAATAATCCATTTGTCAAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGAAGAATTATCT
1 AGATTTAAAAAATAATCTATTTGTCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCT
* ** * * * * *
86144 ATTTCAAATCGTTATGGCCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATAATTTTAACTCATCCAAGTTTATT
66 ATTTCAAAT-ATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTT-ATTCATACAAGTTTATT
* * * * * * *
86209 CGTAATAAAGTAAAACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTTATAAGTAAG
129 CGAAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTT-GAAAA-TTATAACTAAG
* * ** * *
86259 AGATTTAAAAACTAATTCTATTTATCAAACTAGTTCTGATAATTATA-ACTATTTGAACAATTAT
1 AGATTTAAAAAATAA-TCTATTTGTCAAACTAGTTCAAATAGTTA-AGACTATATGAACAATTAT
* * * * * *
86323 ATATTTCAAATCATTATAACCTTTCGTTTTGTCATAAAATTATTATTTTTGTTCTTACAAGCTTA
64 CTATTTCAAAT-ATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTA-TTTTATTCATACAAGTTTA
*
86388 TTCGAAATAAAATAATACT-AATCTAATAATATTTTGACAATTAGTAACTAAG
127 TTCGAAATAAAATAATACTAAAT-TAATAATA-TTTGAAAATTA-TAACTAAG
* * * * * *
86440 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCACTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTATC
1 AGATTTAAAAAAT-AATCTATTTGTCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATC
*
86505 TATTTCAAATGTTAT
65 TATTTCAAATATTAT
86520 GACATTTATT
Statistics
Matches: 352, Mismatches: 77, Indels: 24
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
179 52 0.15
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182 10 0.03
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (176 bp):
AGATTTAAAAAATAATCTATTTGTCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCT
ATTTCAAATATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTATTCATACAAGTTTATTCG
AAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTTGAAAATTATAACTAAG
Found at i:86560 original size:139 final size:140
Alignment explanation
Indices: 86385--86653 Score: 346
Period size: 139 Copynumber: 1.9 Consensus size: 140
86375 TCTTACAAGC
* ** * * *
86385 TTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTTGACAATTAGTAACTAAGAGATTTAAAA
1 TTATTCGAAATAAAATAATACAAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAA
* * *
86450 AATAAATTTGTTTGCCAAACCACTTCAAATAGTTA-AGGCTATATGAACAATTATCTATTTCAAA
66 AATAAATTTGTTTGCCAAACCAATTCAAATAATTATA-ACTATATGAACAATTATCTATTTCAAA
86514 TGTTATGACAT
130 TGTTATGACAT
* * *
86525 TTATTCGAAAT-AAATAA-ATCAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA
1 TTATTCGAAATAAAATAATA-CAAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAA
* * * * *
86588 AAATAATTTTGTTTGCCAAACTAATTCAAATAATTATAATTATTTGAACAATTATCTATTTTAAA
65 AAATAAATTTGTTTGCCAAACCAATTCAAATAATTATAACTATATGAACAATTATCTATTTCAAA
86653 T
130 T
86654 CATTATTACC
Statistics
Matches: 110, Mismatches: 17, Indels: 5
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Matches are distributed among these distances:
138 1 0.01
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ACGTcount: A:0.46, C:0.09, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (140 bp):
TTATTCGAAATAAAATAATACAAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAA
AATAAATTTGTTTGCCAAACCAATTCAAATAATTATAACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAT
GTTATGACAT
Found at i:87170 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 86732--87259 Score: 517
Period size: 180 Copynumber: 2.9 Consensus size: 179
86722 AAAATAATAT
* * * * * *
86732 TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGATATTTTAAAAATAAATATGTTTATCAAACT
1 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTA-CTAAC-
* * * * * *
86797 AGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTTATTTCAAATCGTTATGACCATTGGTTTTA
64 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TTTATTTCAAATCCTTATGACAATTTGTTTTG
* * ** *** *
86862 TCATAAAATAATTATTTATGCTCATACAGTTTTATTTGGAATAAAGTAATGC
128 TCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAACTTATTTGGAATAAAGCAATGC
* * * * * * **
86914 TAATGTATTAATATTCTTAAAATTAATAAATAATG-GATTTAGAAAATGTATCTATTGGCCTAAT
1 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATGAATCTGTT-TACTAA-
* * *
86978 CAGTGCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTT-TTTCAAATCCTTATGACAATTTG-TTT
63 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TTATTTCAAATCCTTATGACAATTTGTTTT
* *
87041 GTCACAAAACAATTATTTCTATTCATACAAACTTATTTGGAATAACA-CAATTC
127 GTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAACTTATTTGGAATAA-AGCAATGC
* *
87094 TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTGAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTGAACA
1 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACT-AAC-
* * * * * * *
87159 AGTTTAAATAGTTATGGCTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATTAC-TATAACATTTTGTTTTG
64 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA-TCCTTATGACAATTTGTTTTG
* * *
87223 TCATAAAACAATTTTTTCTATTCTTACAAGCTTATTT
128 TCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAACTTATTT
87260 CAAATCTGTT
Statistics
Matches: 278, Mismatches: 57, Indels: 23
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
179 6 0.02
180 134 0.48
181 61 0.22
182 75 0.27
183 2 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (179 bp):
TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTAACAG
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCCTTATGACAATTTGTTTTGTCA
TAAAACAATTATTTCTATTCATACAAACTTATTTGGAATAAAGCAATGC
Found at i:87744 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 87278--89111 Score: 1595
Period size: 181 Copynumber: 10.1 Consensus size: 181
87268 TTTACTAAAT
* * * *
87278 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCATTATGACTTTTATTATTT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGAC--------CTT
* * * * * * *
87343 TTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAATATTAATT
58 TTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATT
* * * * *
87408 TATTAATATT-TGGACAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATATGTTTACCTAAC
123 TATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAC
* * * * * * * **
87466 AAGTTAAAATAATAATAACTGTTTGAATAATTATCTA---CAAATTGTTATGACTTTTTGTTTCA
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTG
** * * *** * * *
87528 TTGTAAAATAATTGTATCGATTCATATGGGCTTATTCAAAATAAAATAATAGTAACTTATTATTA
66 TCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA
* * ** * * * *
87593 TTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAGGAGTTTGTTTACCGAAT
131 TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAC
* * **
87644 ATGTTCAGATAAATATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
87709 TCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATATAAAATTACTAAT
66 TCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
** * * ***
87773 ATTAC-AAGGATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAATATATTTTTTGAAC
130 ATT-CTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAC
* * * *
87824 ATGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * *
87889 TCAT-AAATAATTGTTTCTGTTTATAAAAACTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAAAA
66 TCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA
* * **
87953 TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGGTTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAGT
131 TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAC
* * * * * * **** *
88004 GAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTACGGTAATATGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * ** **
88069 TCATAAAATAGTAGTTTCTATTCATGCAAATTTATTGTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
66 TCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-CAAAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
* * ** * *
88134 ATTC-AGACAACTAATAA-TAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTTTCGGAT
130 ATTCTA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCGAAC
* * * * * * * *
88186 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTTATATCATTATGACTTTTTTATTTT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGAC-CTTTTGTTTT
* * * *
88251 GTCATAACATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
65 GTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
* * * * * * ** *
88316 ATTTTGACAGTTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGCTTATCGAAC
130 ATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAC
* * * * *
88368 AAGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * *
88433 TCATAAAATAATTGTATC-AGTTCATATAGGCTTATTCAAGACAAAACAATACTAATTTATTAAT
66 TCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
* * * * * *
88497 ATTTTGAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAA-AAATCTATTTACCAAAT
130 ATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAC
* * * *
88548 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTGAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * *
88613 TTATAAAAAAATTCTTTCTATTCATACAAGCTTATTCTAAATAAAATAATGTAAATTTATTAATA
66 TCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA
* * *
88678 TTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC-AAGC
131 TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-C
* * * *
88729 AAGTTCAGATAGTTATTACTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAA-TAGTTATGACCTTTTGTTTT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTA-TTATGACCTTTTGTTTT
* *
88793 GTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
65 GTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
* * * ** * * *
88858 ATTTTAAAAATTAATAGGCAGGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAAC
130 ATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAC
* * * * * ** * * *
88910 AAGTTCAAATAGTCAT-ATCCATTTGAACAATTGTTTATTTCAAATCGTTATGCCCTTATGCTTT
1 AAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * * ** * ** * * *
88974 ATCCTAAAACAATTGTTTTTGTTCATGCAAAATTATTTAGGACAAAATAATATTGATCTATTAAT
65 GTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
* * * * * *
89039 ATTTTAAAAA-T--TAA-TAAAAGATTTAAAAACTAAATATGTTTTCC-AAA
130 ATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAC
*
89086 ACAGTTTAAATAGTTATGACTATTTG
1 A-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
89112 TCATAACGTC
Statistics
Matches: 1326, Mismatches: 293, Indels: 65
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
176 3 0.00
177 119 0.09
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180 306 0.23
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTG
TCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA
TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAC
Found at i:88715 original size:361 final size:358
Alignment explanation
Indices: 87261--89111 Score: 1623
Period size: 361 Copynumber: 5.1 Consensus size: 358
87251 AGCTTATTTC
* * * * * *
87261 AAATCTGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCAT
1 AAATCTGTTTAC-GAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTAT
* * * * * *
87326 TATGACTTTTATTATTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCGA
65 TATGAC--------CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-A
* * * * *
87390 ATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTGGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATAT
121 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAAT-AGTAAAAGATTTAAAAAAAAATAT
* * * * * * * * * *
87455 GTTTACCTAACAAGTTAAAATAATAATAACTGTTTGAATAATTATCTA---CAAATTGTTATGAC
185 ATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* ** ** * * *** *
87517 TTTTTGTTTCATTGTAAAATAATTGTATCGATTCATATGGGCTTATTCAAAATAAAATAATAGTA
250 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATATTA
* * * * *
87582 ACTTATTATTATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAG
314 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * * * ** *
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* *
87692 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATA
65 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATA
* * * * * *
87757 ATA-TAAAATTACTAATA-TTACAAGGATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAATATATTTTT
130 ATACT-AATTTATTAATATTTAGAA-AATTAAT-AGTAAAAGA-TTTAAAAAAAAATATATTTAT
** * * *
87819 TGAACATGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG
191 CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
* * * *
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256 TTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATATTAATTTAT
* *
87948 TAAAATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGGTTTAAAAAAT
320 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* *** * * *
87987 AAATCTATTTACTGAGTGAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCAT
1 AAATCTGTTTAC-GAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTAT
* **** * * * * ** *
88052 TACGGTAATATGTTTTGTCATAAAATAGTAGTTTCTATTCATGCAAATTTATTGTGAAATAAAAT
65 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-TCAAATAAAAT
* * * * * * *
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** * * * * * * * *
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* * *
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256 TTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATATTAATTTAT
* * * * *
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* * * * * *
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1 AAATCTGTTTA-CGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTAT
* * * *
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65 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAA-ATAAAA
* * * * *
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* * * *
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192 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT
* * * * *
88609 TTTGTTATAAAAAAATTCTTTCTATTCATACAAGCTTATTCTAAATAAAATAATGTAAATTTATT
257 TTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATATTAATTTATT
* *
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321 AATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * *
88712 AAATCTGTTTACCAAGCAAGTTCAGATAGTTATTACTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAA-TAG
1 AAATCTGTTTACGAA-CAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTA-
*
88776 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTA-TTCAAAATAAAA
64 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAA
* ** *
88840 TAATACTAATTTATTAATATTTTA-AAAATTAATAGGCAGGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTA
128 TAATACTAATTTATTAATA-TTTAGAAAATTAATA-GTAAAAGATTTAAAAAA-AAATATATTTA
* * * * * *
88904 TCAAACAAGTTCAAATAGTCAT-ATCCATTTGAACAATTGTTTATTTCAAATCGTTATGCCCTTA
190 TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
* * * * * * * ** * * * * *
88968 TGCTTTATCCTAAAACAATTGTTTTTGTTCATGCAAAATTATTTAGGACAAAATAATATTGATCT
254 TGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATATTAATTT
* *
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318 ATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * * *
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ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAA
TACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAGTAAAAGATTTAAAAAAAAATATATTTATCAAAC
AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
TCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
TCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
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Alignment explanation
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1 GAGTATGCAAGAAAACTACTAGTTCACTTGCAGAGGCTTCATCGTCGGATTATTT
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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GAGTATGCAAGAAAACTACTAGTTCACTTGCAGAGGCTTCATCGTCGGATTATTT
Found at i:89828 original size:123 final size:122
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*
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*
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* * * *
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*
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* * *
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Done.