Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168497.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_94, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 93177
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.10, T:0.39
Warning! 1000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 1 of 2
Found at i:1360 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 28--11432 Score: 5211
Period size: 181 Copynumber: 62.8 Consensus size: 180
18 AAACAATTAA
* * * * *
28 GACTATATGAACAACTATCTATTTCAAATCATTAAGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TT
** * * * **
93 TCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATGTTTTGAAAATTAATAA
65 TTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * ** *
158 GT----GATTTAAAAAGTAAACCTATTTACCGAATTAGTTCAAATAATTAT
130 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* *** * * * * *
205 -AGCCATGCCAACAATTATCTATTTCAAATCGATATTACCTTTT-TTTGGTCATATAACAGTTAT
1 GA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-T
* *** * * * * * *
268 ATTTGAAAATTCAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACGACTTTATTAATCTTTCAAAAATTAATA
64 TTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * *
333 ACTAAGAGATTTAAAAAATAAACCTATTTGCTGAACTA-TCTCAAATAGTT-T
129 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGT-TCAAATAGTTAT
* * ** * * * * *
384 AACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATCCTTATAACCTTTTGTATTGTTATAAAACAATTATT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TT
* *
449 TTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAA
65 TTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * ** * *
514 CTAAGAGAATTT--AAAA-AAATTTGTTTGCCGAATTAGTTCAAATATTTAA
130 GTAAGAG-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * *
563 GACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATATGTTTT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA--ATTT
* ** * * *
628 TTTTATTCATATTAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
64 TTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * *
692 AAGT---A-ATTTAAAAAATAATTTTATTTAACT-AACTAGTTCAAATAATTAT
128 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ACTGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * *
741 GACTATTTAAACAATTATATATTTCGAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAGTA-AATGT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA--ACAATTT
* * * * * * ** *
805 TTTTGTTTATATAAGTTTGTTTC-AGAATAAAGT-ATAC-AATTCATTAATATTT--TGAA-TAT
64 TTTTGTTCATACAAGCTT-ATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * ** * * *
864 TAA-TCA-AGATTT-AAAAATAAATCTATTTATCAAAACTAGTTTAAATAGTTAA
127 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * *
916 GACTATTTGAAGCAATCATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTATTATAAAACAATTGT
1 GACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-T
* * * * * *
981 TTTTTTTTATACAAGCTTATT-TAGATTAAAACAATACTAATTTATTAA-ATTTCAACAATTAAT
64 TTTTGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * * * * * *
1044 AAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTGCCGAACTAA-ATCAAATAATCAT
128 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAC-AAGTTCAAATAGTTAT
* * * * *
1097 GATTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TT
*** * * * * *
1162 CCAAG-TCATATAAGCTTATTGGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATCCAAAAATTAATA
65 -TTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * *
1226 A-TAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACATGTTTAAATAATTAT
129 AGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * *
1278 GACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAAGAATTTTT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTT
* * * *
1343 TTCGTTCATAAAAGCTTATT-TAAAAAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAAT
66 TT-GTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAAT
* * *
1405 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAATAAGTTCAAATCA-TTAT
128 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAAT-AGTTAT
* * * *
1458 GACTATATCTG--CAATTATTTATTTCAACTTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
1 GACTAT-T-TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-
* * * * * * *
1521 TTTCTATTCAAACAAGTTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAAT
63 TTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * *
1586 AAGTAAAAGATTTTTAAAAAATAAATATGTTTACAGAACAAGTTCAAATGGTCAT
128 AAGTAAGAGA--TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * *
1641 GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATAATGACCTTTTTTCTTTTGTAATAAAACAATTG
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC--TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-
* ** * * * * *
1706 TTTTAGTT-ATGTAAGTTTGCTT-GAACTAAAATAATACTAATTTACTAATATTCCAAAAATTAA
63 TTTTTGTTCATACAAGCTT-ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * * * * * *
1769 TGAGGAAAAGAATTAAAAAA-ACAATCTATTTAATAAAAAAGTTCAAATAGTTTT
127 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-AATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * * *
1823 GACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACTTTTTGTTTTATCAAAAAACAATTGGT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TT
* * * * * *
1888 TCTGTTCATGCAAGCTTGTTCCG-AATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAGT
65 TTTGTTCATACAAGCTTATT-CGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * *
1951 AAGTAA-AAATTT--TAAATAAATCTATTTTCTGAACACA-TTCAAATAGTTAT
128 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACA-AGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * *
2001 GATTATTTGAACAATAATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAACCCATTGAT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TT
* * * *
2066 TTTGTTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-ACTTCCAAAAAATTAAT
65 TTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTC-AAAAATTAAT
* * * * **
2130 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAGTGAA-TTCAAATAGTTAT
128 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGA-ACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * ** * * * *
2183 TATTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTATTTTAATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TT
* * * * * *
2248 TCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATGTTTTAAAAATTAATAA
65 TTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* ** * * * * * ** *
2313 TTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATAAATTTAAGCAGTCAT
130 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * *
2364 GTCCATTTGAACTATTATCTATTTGAAATCGTTATGACATTTTATTTTGTCATAAAA-AATTTGT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTT-T
* * **
2428 TTTATTCATGCAAAATTATTC-AAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
65 TTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * ** **
2492 AG--AG-G-TTTAAAAACTAAATTTGTATACAAAATTAGTTCAAATAGTTAT
129 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * *
2540 GACTGTTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTAGGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TT
* * * * ** * *
2604 TCTATTCATACAAGCTTATTC-AAAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATTTTAAAAATTAATA
65 TTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * *
2668 AGTAAGAGATTTAAAAAATCAATGTGTTTACTGAATCAA-TTGAAATAGTTAA
129 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * ** *
2720 GACTACTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAATCATAAAATAATTGTT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TT
** * * *
2785 TCAGTTCATACATGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-CTTATATTAACA-TTCAAAAAATTAAT
65 TTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATT-TATTAATATTTC-AAAAATTAAT
* *
2848 AAGCAAGA-AGTTTAAAGAAATAAATCTGTTTA-TCAAACAAGTTCAAATAGTTAT
128 AAGTAAGAGA-TTTAAA-AAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * *
2902 GACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACATTTTGTTTTATCATAAAAC-ATTTGT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTT-T
* * * * * * *
2966 TTTAATTCATAAAAGCCTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAA-
65 TTT-GTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-AAT
* *
3030 AAGTTAA-AGATTTAAAAAAATAAAT-TAGTTTATTGAAGC-AGTTCAAATAATTATT
128 AAG-TAAGAGATTT-AAAAAATAAATCT-GTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTA-T
* * * *
3085 G-CCATTTGAACAGTTATCTATTTCAAATCTTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TT
* * * * *
3149 TTTTTATCATAAAAGCCTATTCTAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
65 TTTGT-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * * *
3214 AGTAGGGGATTT-AAAAATAAATATGCTCACAGAACTAGTTCAAATAGTTAT
129 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * *
3265 GACTATTTGAAGCAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTAT
1 GACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-T
* * * * *
3330 TTATGTTCATACAAGCTTATTCGAAATACAATAATACTAATCTAATAATATTAT-GAAAATTAAT
64 TTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAAT
* * * * *
3394 AACTAAGAGATTTAAAAAACAAATTTTTTTACCT-AACCAA-TTCAAATAGTTAA
128 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAA-CAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * *
3447 GGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAACCATTATGACCTTTTGTTTTGTCTTAAAACAAATGTT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTTT
* * * * * * *
3512 TTTGCTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA
65 TTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * ** * *
3574 -TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTACCAAATC-ACTTTAAATAGTTAT
130 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * *
3624 AACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCGTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTT
* * * * * * * * *
3689 TCTATTGATACTATCTTATTCGAAATAAAGTAATGCTAATTTTTTAATA-TCCTAAAAATTAACA
66 T-TGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATA
* * * * ** * *
3753 ACTAACAGATTTAAAAAATGAATTTGTTGGCCTGACCAA-TACAAATAGTTAT
129 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT-TACTGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * * *
3805 AATTGTTTGAACAATTATCTGTTTCAAGGT-GTTATAACCTTTTG-TTTGTTACAAAACAATTGT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA-ATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-T
* * * * * * *
3868 TTTTGTTCGTATAAGCTAACTT-GGAATAACATAA-ATTTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAA
64 TTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * * * *
3931 TAAGTAAAAGATTTAAAAACTGAATCTATTTA-TCAATTAAGTTCAAACAGTTAT
127 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTAT
* *** * * * *
3985 GACTCA-TTGAACAATTATTTATTTCAAATTACTATAACCTTTTATTTTGTCACAAAATAATTTT
1 GACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTT
* * * * * * *
4049 TTCTATTCACACAAGCTTATTTC-AATTAAAATAATGCAAATTTATTAATATTT-AGACAACTAA
65 TT-TGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAA
* * * * * * *
4112 TTAGTAAAAGATTTAAAAAACAAATTTGTTTA-TCAAATAAGTTTAAATAGTTAT
127 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTAT
* ** *
4166 GACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATTTTTTGTTTTGTCATAAAACTATTGTT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TT
* * * * ****
4231 TTTGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTTTCCAATTAATAA
65 TTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * * * *
4296 GTAA-AAATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAATAAGTTCTAATAATTAT
130 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * *
4346 AACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-GTTATGACCTTTTGTTTCGTCATAAAAAAATTGTA
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TT
*** * * * * *
4410 TCAATTCATACAGGCTTATTCAAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGA
65 TTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * *
4475 GTAAGAGATTTAAAATATGAATCTATTTACTGAACAAGCTT-AAATAGTTAT
130 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAG-TTCAAATAGTTAT
* * * * * * *
4526 AACTGTTTGAACGATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TT
* * * * * **
4591 TCTATTCATAC-AGAATTATTCAAAATAAAATAATA--AATATTCATTAAGATTTTGAAAATTAA
65 TTTGTTCATACAAG-CTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT-TT-ATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * *
4653 TAAG--AG-TA-TTAAAAACTAAATCTGTTTA-TCGAACTAGTTCAAATAGTTAA
127 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * *
4703 GACTTTTTGAACAATTATATATCTCAAATCATTATGATC-TTTATTTTGTCATAGAACAATTGTT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TT
* * * * * * *
4767 TCTT-TTCATATAAACCTATTC-AGATTAAGATAATACTAATTTAATAATA----AAAAATAAAT
65 T-TTGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * * * * * * * * * *
4826 GAGCTTTTCCAA-ACCAATTCAAATAATTAAAACTATTAGACCAATTATCTATTTCAAATCGTTC
128 AAG----T--AAGA--GATTTAAA-AAATAAATCTGTT-TA-C--TGAACAAGTTCAAATAGTTA
4890 T
180 T
* * ** * **** * * **
4891 AACCTTTTGTTTAGTCAACAAACAAT-TATTTC-AGT--TTAT-AAAGGTT-ATTCGAAATAAAA
1 GA-C---TATTT-G--AAC-AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* ** ** * * **
4950 TAATACTAAT-TT-ATTA-AA----ATTC-AAA-AAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAAAAT
58 CAATTTTTTTGTTCA-TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT-A-C--TA-ATTT----ATTAAT
* * * * * * * * *
5006 GTTTATCAAACAAGCTCAA-ATAGATATG-GCTATCTCAACAAT-TATCTATTT-C--AA-ATTG
113 -ATT-TCAAA-AA--TTAATA-AG-TAAGAG--ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACA-AG
* * *
5064 TT--ATTACTTTTT
168 TTCAAATA-GTTAT
* * * * * ** ** **** *** *
5076 GTTTAGTCATAT-AAGAATTGT-T-TTT--TATCG-TACAAGGTTGTTCAAAATAAAATAATACT
1 G---ACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT-TT-GTTTTGTCATAAAAC-
* * * ** * ** * ***
5135 AATTGATTAATCTT-TTAAAAATTAATAAG-TGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACCAAT
59 AATT--TT--T-TTGTT---CA-T-ACAAGCTTA-TT-CGAAATAAA-AT-AATA-CTAATTTAT
* * ** * * * *
5198 TCAAATAGTT-AAACAATTGTATACTTCAAATCAA-TTATTAAAAAAAATAAACCTTTTGTTCT-
109 T--AATATTTCAAA-AA-T-TA-A--T-AAGT-AAGAGATT-TAAAAAATAAATCTGTT-TACTG
* ** *
5260 ATC-A-TAAAAATAATTAT
162 AACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * ** * ** * * * *
5277 --TTATGTTTATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT-AATAGTAATCTAATAATATTCTAAAAAT-T
1 GACTAT-TTGA-ACAA--TTATCT-ATTTCAAATCGTTA-TGACCT--T-TTGTT-T-----TGT
* * * * ** ** *
5338 AATAACTAAGAGATTTAAAAATTAAATTTGTT--TGCCAAACCAATTTAAAAAGTTAAGACT-AT
51 CATAA--AACA-A-TT-----TT---TTTGTTCAT-ACAAGCTTA-TTCGAAA--TAA-AATAAT
*** * * ** ****** * *
5400 A-TAAACAATTATCTATTTCAAATCATT-ATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAA-CAAT-T-TTT-
99 ACTAATTTATTA-ATATTTCAAA-AATTAAT-AAGTAAGAGATT-T-AAAAAATAAATCTGTTTA
*
5459 -T---CAA-TTCATAGTAGCTTATT
159 CTGAACAAGTTCA-AATAG-TTA-T
* * ** * * ** ** ** ** *
5479 CAGAATAAAAGTAAAATGAATTTATTAATATTTCAAA-AATTAAT-A-AGTAAGAGTT-T-AAAA
1 --GACT---ATTTGAA-CAA-TTA-T-CTATTTCAAATCGTT-ATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * * *
5539 AATAATTCTGTT-TACCT--AA-CTAATTC-TAAT--AATTATGACT-ATTTGAACATT-ATCAT
56 AACAATTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT-ACTAATTT----ATTAAT-AT
****** * * * * ** * * * * *
5595 CTTTGGTTTTGTGATAA-AACAAATGTTTTTATTCATATAAGTTTGTTT--TGAATAAAATAATG
115 -TTCAAAAAT-TAATAAGTA-AGA-G-ATTTA-AAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAGT--T-
*
5657 CTAATA--TAT
170 CAAATAGTTAT
* * ** ** *** * * *
5666 TAATATTACAA-AATTAATAAGAGATTT-AAA-AAATA-AATCTTTT-TATCAAACCTGTTCA-A
1 GACTATTTGAACAATT-AT---CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT-T-----TTG-TCATA
* * *** * * ** ** ** * *
5725 CAATTATCTATTTTAAATTGTT-ATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAACAATTGTTTTAGTTCA-T
55 -AA--A-CAATTTT--TTTGTTCAT-ACAAGCTT-ATTCGAAAT-AA-AATAATACTAATTTATT
* * * * * ** ** *
5787 AAAAGCTTATCTAAAATAAAATAAAGATGCATTA-ATATTTCAAAAGTTAATAAGTAAG-AGATT
110 AATA--TT-TCAAAAAT-TAAT-AAG-T--A--AGAGATTT-AAAA---AATAAATCTGTTTACT
* **
5850 TAA-AAAAT-AAATCAGTTTACT
161 GAACAAGTTCAAAT-AG-TTA-T
* ** * * * *
5871 GAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTAAACAACTATCTATTTCAAATTGTTGTTATCTTTTGT
1 G-ACTA-TTTGAACAATTAT--CTATTT---CAA--ATC--GTT---A----TG--ACCTTTTGT
* *** * *
5936 TTTCTCATAAAACAATTGCTTTTCAAT-ATAGAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAC
46 TTTGTCATAAAACAATT--TTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* ** *
6000 TAATATTTCAATAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAA
109 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAA
*
6061 ATAGCTAT
173 ATAGTTAT
* * * * * *
6069 GACTATTTGAACAATTCTTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TT
* * * *
6134 TTCTGTTTATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTAGTAATA-TTCTAAAAATTAAT
65 TT-TGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT
* * ** * *
6198 AATTAAGAGATTTTAAAAATAAATCAATTTGCTGAACTAGTTCAAATAGTTA-
128 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * *
6250 AACTATATGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT--T
* * * * * * *
6315 TTTTCTTAATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTTAGAAAATTAAT
64 TTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAAT
* * * * * *
6380 TAGTAAGAGATTT-AAAAGTAAATCTGTTTGCT-AAGCCATTTCAAATAGTTTT
128 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTAT
* * ** * * * * *
6432 GACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATAATTATAACTTTTTGTTTTGTCATCAAATAATTGGT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TT
** * * ** * * * *
6497 CCTATTCATACTATTTTATT-TAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAACTTAATA
65 TTTGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * ** * *
6561 ACTAGGAAAATTAAAAAAATAAATATAATTA-TCGAACCAGTTCAAATAGTTAA
129 AGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTAT
* ** * * * * *
6614 GACTATATGAATGATTTTCTATTCCAAATCATTATGACCTTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTT
* * * *
6679 TTTATTCATACAAGCTTATTCTG-ATTAAAATAATGCTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATA
65 TTTGTTCATACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * *
6743 AGTAAGAGATTTTAAAAATAAATTTATTTACTGAATC-AGTTCAAATGGTTAA
129 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTAT
* * * ** *
6795 GATTATTAT-AACAATTATCTATTTGAAATCGTTTTGATATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGT
1 GACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-T
*** * * *
6859 TTCAATTCATACAAGCTTATTC-AGAATAAATTAAAACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAA
64 TTTTGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAA
* * * ** * *
6922 TAAGAAATAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTGTTGAATAAGTTCGAATAGTTAT
127 TAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * * *
6977 TACTATTTTAACAATTGT-TAATTTAAAATCGTTATAACTTTTTGATTTCTCATAAAAC-ATTTG
1 GACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTT-
** * * * * * *
7040 TTTCAATTAATACAAGCTTAGAT-GGATTAAAATAATACTAATTTATTAATACTTACTAAAA-TA
64 TTT-TGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTA
* * ** * ** * * *
7103 ATAAGTAAGAAACTTAAAAAATAAATCAATTTATTGAATTAGTTAAAATAATTGT
126 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * ** *
7158 -AGCCATATGAATGATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
1 GA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-T
* * *
7222 TTTT-TATCACACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
64 TTTTGT-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * *
7286 AAGTAATAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TCGAACCAGTTCAAACAGTTAT
128 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * * *
7339 GACTATTTAAACAATTAT-TAATCTCAAATCTTTAAGATC-TATGTTTTATCATAAAACAATTGC
1 GACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-T
* * * * ** * * *
7402 TTCTGATCATAGAAACTTATTTCGTTA-AAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAATTTAAT
64 TTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * *
7466 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTT-GTCAAGTCAA-TTCGAATAGTTAA
128 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA--CAAGTTCAAATAGTTAT
* ** * * * * * *
7519 AACTATTAAAATAATTATCTATTTTAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAA-TATTTGT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTT-T
* * * *
7583 TTCATATT-TTACAAGTTTATTCGAAATAAAATAAT-CTAAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTA
65 TT--TGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC-AAAAATTA
* * * ** * *
7645 AAAAGGAA-ATGATATGAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTAAT
126 ATAAGTAAGA-GAT-TTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * ** *
7701 GACTATTTAAACTATTATTTATTTAAAATCATTATGACCAGTTGTTTTGACATAAAACAATTGTT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TT
* * * * * *
7766 TTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATAATTCAAAAATTAATAA
65 TTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * *
7831 GCAAGAG-TTT--AAAATAAATTTGTTTA-TCGAACAAATTCAAATAATTAT
130 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * *
7879 GACTATTTGAACAATTTTCTATTTAAAATCATTATGACC-----ATTTGTCATAAAACAA-TTGT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTT
* *
7938 TTGAATTCATACAAGCTTAGTT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAATAATTAAT
66 TTG--TTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * * * *
8002 AAGTAAGTGATTTAAAAAGTAAATTTGTCTATTGAATC-AGGTCAAATAATT-T
128 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * * *
8054 GGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTATTTGGTCATATAACAATTGTT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TT
* * * * * * *
8119 TTTAG-TCATATATGTTTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATCTTTCAAAATTTAATA
65 TTT-GTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * ** *
8183 AGTAAGAGATTTAAAAAA-ATAATCTATTTACCGAACTGGTTTAAATAGTTAT
129 AGTAAGAGATTTAAAAAATA-AATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * *
8235 GATTATTTGAACAATTGTATACTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TT
* * * * ** *
8300 TCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATATAAAAATATTCCAAAAATTAATAA
65 TTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * * * * *
8365 CTAAGAGATTTAAAAAAGAAATTTGTTT-GTCAAACTAGTACAAATAGTTAA
130 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTAT
* *
8416 GACTATATGAACAATTATCTATTTCAAA----T-TG--TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTT
** * * * *
8474 TCACTTCATACTAGCTTATT-TAGAATAAAATAA-AATAAATTTATTAACATTTCAAAAATTAAT
66 T-TGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * *
8537 ATGTAAGAGATTTAAAAAA-AAATTTTATTTACCT-AACTAGTTCAAATAATTAT
128 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTGTTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * *
8590 -ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTTT
* * * * * * *
8654 TTTATTCATATAAGTTTGCTTAG-AATAAAATAATACTAATCTAAATAATATTTCAAAAATTAAT
65 TTTGTTCATACAAGCTT-ATTCGAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTCAAAAATTAAT
** * * * * *
8718 AA-T--G-GATTTTTAAAATAAATTTGTTTA-TCAAACTAGTTTAAAAAGTTAT
128 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTAT
** * * * *** ** * * * *
8767 GACTATTTGAGTAATTATTTATTTAAAATTGTTGCAATTTTTTGTTCTT-TTACAAAGCAATAAT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT-TTGTCATAAAACAAT-TT
* * ** * ** *
8831 TTCTATTCATA-AAAATTAATTC-AGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAA
64 TTTTGTTCATACAAGCTT-ATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* ** * *
8894 TAAGCAA-A-ATTTTAAAAAATAAAT-TGTTTACCAAACTAGATCAAATAGTTAT
127 TAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * *
8946 GACTATTTGAATAAGTATTTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAA-AATTATT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TT
* * * **
9010 TTAGTTCATATC-AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTTGAAAATTAATA
65 TTTGTTCATA-CAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * *
9074 ATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACTGAACAAGTTTAAATAATTAT
129 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * * ** **
9126 GACTATTTGAATAATTATCAATTTGAAATTGCTATAACTTTTTGTTTTGTCACCAAATGATTTTT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTT
* *
9191 TCTATTCATACAAGCTTATTATG-AATAAAATAATAC-AATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAA
66 T-TGTTCATACAAGCTTATT-CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAA
* * * * * **
9252 TAGGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAACAAGTTCAAATCCTTAT
127 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * *
9306 GACTAATTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TT
* * * * ** *
9371 TTCTATTCATACAAGCTTATTC-ATATTAAAATAATATTAATTTATAAATATTTCAGCAACTAAT
65 TT-TGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * **
9435 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTTGAACAAGTTCAAATAGTCT-T
128 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGT-TAT
* * * *
9488 GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TT
** * * * * * *
9553 TCAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTCATGAATA-TTCTAAAATTAATGA
65 TTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * *
9617 GTAAGAGAATTAAAAAATTAATTTGTTTA-TCGAAC-ATTTCCAAATAGTTAT
130 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTT-CAAATAGTTAT
* * * *
9668 GACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TT
* * ** *
9733 TCTGTTTATGTAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
65 TTTGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * *
9796 AAGTAA-A-ATTTTAAAAAATAAATATGTTTTCTTAACACGTTCAAATAGTTAT
128 AAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * *
9848 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATGACCTTTCGTTTTGTGATAAATCAATTGTT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TT
* * * * * * * *
9913 TCTATTTATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTTATTTACTAA-ACTTTCAAAAATTACTA
65 TTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATA
* * * * * *
9977 AATAAAATATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCGAGCGAGTTCAAATAGTTAT
129 AGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * *
10030 GAATCTTTGAA-AATTATTTATTTCAAAT-GTTATCATCTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-T
* * * * * *
10093 TTCTATTCATATAATCTTATTCAAAAGAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAAT
64 TTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT
* * * ** ** *
10157 GAA-TTAGAGATTTAAAAAATAAATTTATGCACCAAACAAGTTCAAATAGTCAT
128 -AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * *** * **
10210 GTCCATTTGAGTTATTATCTATTTCAAATAGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TT
* ** ** * * *
10275 TTTATTTGTACAAAATTATT-AAGAATAAAATAGTACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-
65 TTTGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * *
10338 -G--AGAGATTTAAAAACTAAATCTAG-TTA-TCAAACCAGTTCAAATAGTT-T
129 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * *
10386 GACTATTTCAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TT
* * * * * *
10450 TCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATTAAAATATTACGAAATTAAATAATA-TTCTAAAAATTAA
65 TTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAA-TAAAATAATAC-TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAA
* * ** * * * *
10513 TAAGTAAGAGATTTAAAAAACAAATGTGTTTGTTGAATAGGTTTAAATAGTTAA
127 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * *
10567 GACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTCGTTTAGTCTTAAAATAATTTTT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTT
* * *
10632 TCAGTTCATACATGGTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATT-ATCA-TTCAAAAAATTAAT
66 T-TGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTTC-AAAAATTAAT
* * * ** *
10695 AAATAAGAAATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACAAAACAAGTTTAAATAGTTAT
128 AAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAT
** * * * *
10749 GACTATTTGAACAATTATCTATTT-ATAAGAAG-TATAACCTTTTTTTTTTATCATAAAACGATT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AA-TCGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
*** * * * * *
10812 GTTTCAATTCATAAAAGCATATAT-GAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATGA
63 -TTTTTGTTCATACAAGCTTAT-TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT-T
* * * ** * * *
10876 AAAAATTAA-AGATTT-AAAAATAAGTCAATTAATTGAATC--GCTTCAAATAATTATT
125 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAG-TTCAAATAGTTA-T
* * * * * *
10931 GTC-ATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTACGAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TT
** * * * *
10995 TTTCATCATACAAGCCTATTC-AGAATAAAGTAATATTAATTTATTGATATTTCAAAAATTAATA
65 TTTGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* *
11059 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAAC-----C-AAT--TT-T
129 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * * * * *
11102 ---TATATGAACAATTATCTATTTCCAATCATTATAATCTTTTATTGTATTATAAAATAATTGTT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TT
** * * * * * * * *
11164 TCAGTCCATATAAGCTTTTTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTGATAA
65 TTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * ** * * *
11229 CTAAGAGATGTAAAAAATAAATCTATTTGCCAAAGCAA-TTCAAACAATTAA
130 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * *** * * ** * *
11280 GACTATATAAACAATTATTTGTTTATAAAAAATTATGGCTTTTTGTTTCATCGTATAACAATTGT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTT-CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-T
* * * * * * * *
11345 TTCTGATCATTCAAGCCTATTTGAAATAAAACAATACTAATTTGTTAATCTTTCAAAAATTAATA
64 TTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
11410 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
129 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
11433 TTGAACAATT
Statistics
Matches: 8579, Mismatches: 1989, Indels: 1315
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
169 124 0.01
170 1 0.00
171 5 0.00
172 12 0.00
173 115 0.01
174 134 0.02
175 156 0.02
176 411 0.05
177 367 0.04
178 478 0.06
179 383 0.04
180 1830 0.21
181 2189 0.26
182 1398 0.16
183 296 0.03
184 102 0.01
185 40 0.00
186 5 0.00
187 10 0.00
188 26 0.00
189 13 0.00
190 3 0.00
191 28 0.00
192 13 0.00
193 14 0.00
194 14 0.00
195 24 0.00
196 22 0.00
197 20 0.00
198 28 0.00
199 22 0.00
200 30 0.00
201 24 0.00
202 23 0.00
203 8 0.00
204 11 0.00
205 21 0.00
206 22 0.00
207 14 0.00
208 19 0.00
209 5 0.00
210 7 0.00
211 16 0.00
212 8 0.00
213 21 0.00
214 12 0.00
215 14 0.00
216 11 0.00
217 1 0.00
218 8 0.00
219 10 0.00
220 2 0.00
225 8 0.00
226 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTT
TTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAT
Found at i:2966 original size:19 final size:22
Alignment explanation
Indices: 2937--2979 Score: 65
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 22
2927 AAATTGTTAT
2937 AACATTTTGTTTT-A-TCATAA
1 AACATTTTGTTTTAATTCATAA
2957 AACA-TTTGTTTTAATTCATAA
1 AACATTTTGTTTTAATTCATAA
2978 AA
1 AA
2980 GCCTATCCAA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 3
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
19 8 0.38
20 5 0.24
21 8 0.38
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.05, T:0.47
Consensus pattern (22 bp):
AACATTTTGTTTTAATTCATAA
Found at i:5761 original size:157 final size:159
Alignment explanation
Indices: 5403--5869 Score: 392
Period size: 163 Copynumber: 2.9 Consensus size: 159
5393 AGACTATATA
*
5403 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAAC-AAT-TTTTTCAATTC
1 AACAATTATCTATTTCAAAT--TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTT--ATTC
* *
5466 ATAGTAGCTTATTCAGAATAAAAGTAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
62 ATAGTAGCTTATTCAGAATAAAAGT-AAATGAATATATTAATATTACAAAAATTAATAAG-AAGA
* *
5531 GTTTAAAAAATAATTCTGTTTACCTAACTAATTCT
125 GTTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAATTCT
* * * * * *
5566 AATAATTATGACTATTTGAACA-TTATCATCTTTGGTTTTGTGATAAAACAAATGTTTTTATTCA
1 AACAATTAT--CTATTTCAA-ATTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATTCA
* * **
5630 TA-TAAGTTTGTTTTGAATAAAA-T-AATGCTAATATATTAATATTAC-AAAATTAATAAG-AGA
63 TAGT-AGCTTATTCAGAATAAAAGTAAATG--AATATATTAATATTACAAAAATTAATAAGAAGA
* * *
5690 -TTTAAAAAATAAATCTTTTTATCAAACCT-GTTC-
125 GTTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CTAATTCT
* *
5723 AACAATTATCTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTG-TTTTAGTTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAA-T-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTA-TTCA
** * ** * *
5786 TAAAAGCTTA-TCTAAAATAAAA-TAAA-G-ATGCATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAG
63 TAGTAGCTTATTC-AGAATAAAAGTAAATGAATATATTAATATTACAAAAATTAATAAG-AAGAG
*
5847 ATTTAAAAAATAAATCAGTTTAC
126 -TTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
5870 TGAATTAGTT
Statistics
Matches: 245, Mismatches: 38, Indels: 47
0.74 0.12 0.14
Matches are distributed among these distances:
153 12 0.05
154 12 0.05
155 14 0.06
156 30 0.12
157 28 0.11
158 44 0.18
159 5 0.02
160 4 0.02
161 12 0.05
162 16 0.07
163 51 0.21
164 3 0.01
165 13 0.05
166 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (159 bp):
AACAATTATCTATTTCAAATTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATTCATAG
TAGCTTATTCAGAATAAAAGTAAATGAATATATTAATATTACAAAAATTAATAAGAAGAGTTTAA
AAAATAAATCTGTTTACCAAACTAATTCT
Found at i:5856 original size:158 final size:156
Alignment explanation
Indices: 5403--5869 Score: 416
Period size: 158 Copynumber: 2.9 Consensus size: 156
5393 AGACTATATA
*
5403 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCAATTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAAT--TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT--ATTCA
** *
5467 TAGTAGCTTATTCAGAATAAAAGTAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
62 TAAAAGCTTATT-AGAATAAAA-T-AAA-GAATATATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAGAG
* *
5532 -TTTAAAAAATAATTCTGTTTACCTAACTAATTCT
122 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAATTCT
* * * * * * *
5566 AATAATTATGACTATTTGAACA-TTATCATCTTTGGTTTTGTGATAAAACAAATGTTTTTATTCA
1 AACAATTAT--CTATTTCAA-ATTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCA
* * * * * *
5630 TATAAGTTTGTTTTGAATAAAATAATGCTAATATATTAATATTACAAAA-T--TAA-TAAGAGAT
62 TAAAAGCTT-ATTAGAATAAAATAAAG--AATATATTAATATTTCAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * *
5691 TTAAAAAATAAATCTTTTTATCAAACCT-GTTC-
124 TTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CTAATTCT
*
5723 AACAATTATCTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTTAGTTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAA-T-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCAT
* **
5787 AAAAGCTTATCTAAAATAAAATAAAG-ATGCATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAGATTT
63 AAAAGCTTAT-TAGAATAAAATAAAGAATATATTAATATTTCAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTT
*
5851 AAAAAATAAATCAGTTTAC
126 AAAAAATAAATCTGTTTAC
5870 TGAATTAGTT
Statistics
Matches: 244, Mismatches: 40, Indels: 45
0.74 0.12 0.14
Matches are distributed among these distances:
153 16 0.07
154 1 0.00
155 15 0.06
156 31 0.13
157 35 0.14
158 54 0.22
159 2 0.01
160 2 0.01
161 6 0.02
162 15 0.06
163 52 0.21
164 2 0.01
165 12 0.05
166 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (156 bp):
AACAATTATCTATTTCAAATTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATAAA
AGCTTATTAGAATAAAATAAAGAATATATTAATATTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
ATAAATCTGTTTACCAAACTAATTCT
Found at i:12855 original size:182 final size:178
Alignment explanation
Indices: 11431--16100 Score: 2995
Period size: 181 Copynumber: 26.0 Consensus size: 178
11421 TAAAAAATAA
* ** * * * * * * *
11431 ATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATCATTAT-ATCCTTTTCTTCTATCA-CAAACAATTATTTTT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * * * * * * *
11494 GTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTGATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTA
65 ATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * *
11559 AGAGAA-TTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCGAACATTTAAGACT
129 A-A-AATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * *
11611 ATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATCATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAACTTTTTTTC
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA--TTGTTTC
* * * *
11676 AATTCATACTAA-CTTATTTGGAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAG
64 TATTCATAC-AAGCTTATTTAGAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * * * *
11740 ---AGATTT-AAAAATAATTTTATTTACCTAACCAGTTTAAATAATTATGACT
127 TAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTAAACAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * *
11789 ATTTGAACGATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTCTTATCATAAAACAAATGTTTTTG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * * * * * * *
11854 TTTATATAAGTTTGTTTGGAACAAAGTAATACTAATATATTAATATTT-AAAAATTAATAAG---
66 TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * *
11915 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAATGAGTTCAAATAGTTATGACT
130 AAATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACT
** * * * * *
11965 ATTTGAGTAGTTATTTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTATTTCAA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * * * * * *
12029 TTCA-ATAAGATTA-TTCGAAATAAAATATTACTAAGTTATTAATATTACAAAAATTAATAATTA
66 TTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * ** *
12092 AGAGATTTAAAAAATGAATCA-GTTTGTC-GAACAAGTTTGAATAATTATGACT
129 A-AAATTTAAAAAATAAAT-ATGTTT-TCTAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * ** *
12144 ATTTCAACAATTATCTTTTTGAAAT-AGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTCT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * ** *
12208 ATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TAAACAAAATTAATTAGT
65 ATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGT
* * ** *
12272 AAAACATTT-AAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAAT-TTTATGACT
128 AAAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACT
* * *
12323 ATTTGAACAATTATTTACTTCAAATTC-TTATGA-CTTCTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * ** *
12386 TGTTCATACAAGGTTATTCA-AATTACAATAATGTTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAG
64 TATTCATACAAGCTTATTTAGAA-TAAAATAAT-ATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * ** *
12450 TAAAATATTTAAGAAATAAATATGTTTTTTGAACAAGTTCAAATAGTCCTGATT
127 TAAAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACT
* * * *
12504 ATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTT-TA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * *
12568 GTTCATATAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGT
66 -TTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * *
12632 AAGAAAATTAAAAAATGAATACT-TTTAT-TGAACATGTTCAAATAGTTATGACT
128 AA-AAATTTAAAAAATAAATA-TGTTT-TCTAAACA-GTTCAAATAGTTATGACT
* * * ** * *
12685 ATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGAAATTTTGTTTTGTCATAAAAAAAATTGGTTCT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTCT
* * *
12750 ATTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTTGAAAAATTAATAAGT
65 ATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATAT-AATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGT
*
12815 AAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTAAACACGTTCAAATAGTTATGACT
128 AAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAACA-GTTCAAATAGTTATGACT
* *
12867 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * * * *
12932 TTCATAAAAACTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAGTAAGTAA
66 TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
** * * *
12997 AAGATTTAACAAAATAGCTATGTTTACTAAACGAGTTCAACTATTTATGACT
130 AA-ATTTAA-AAAATAAATATGTTTTCTAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * *
13049 ATTTGAACAATTATTTATTCCAAATCACTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * * * *
13114 TTCATATAAGTTTATTCCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTTATAAGT
66 TTCATACAAGCTTATT-TAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-
* * * ** * * * *
13178 TGAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTCACCAAACAAGTTCAAATTGTCAT-ATCC
127 TAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAAC-AGTTCAAATAGTTATGA-CT
* * * * * **
13231 ATTT-AAGCTATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTATATTTTGTTGTAAAACAATTGTTTCT
1 ATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
** * * * * ** *
13295 ATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAACACCAATTTATTAATATTTTGAAAATTGATAAG--
65 ATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * *
13358 -AGATTTAAAAACTAAAT-T-TTTTATCGAGCAAGTTCTAATAGCTATGATT
129 AAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCT-AAAC-AGTTCAAATAGTTATGACT
* * ** * * *
13407 ATTTGAACAATTATTTATCTCAAATTGTTATAATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * * * * *
13471 TTCATGCAAGCTTATTCA-ATGTAAAATATTGCTAATTTGA-TAGTA-TTCTAAAAATTAATAAG
66 TTCATACAAGCTTATTTAGA-ATAAAATAAT-ATAATTT-ATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG
* * * * *
13533 TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTC-GAACTAGTTCAAATAATTAAGACT
127 TAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACT
* * ** * * * * * *
13587 ATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTCTGACATTTTGTTTAGTCATAAAATAATTTTTTCAA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * *
13652 TTCATACATGCTTA-TT--AA-AAAA-AATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAACT
66 TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT-AAGT
* * * * *
13711 ACAAATTTCAAAAAATAAATCTATTTGCCT-AACAAGTTCAAATAGTTATGGCT
128 AAAAATTT-AAAAAATAAATATGTTT-TCTAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * * *
13764 ATTTGAACAATTACCTATTTAAAATAAATATGACATTTTCTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * * * *
13829 TTCATAAAAGCTTATCT-GAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTCCAAAAATTGATAAGTT
66 TTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-T
* * * ** * * *** * * * *
13893 AGAGATTTAAATAATATGTCAAT-TTATCGAATTGGTTCAAATAATTTTGGCC
128 AAAAATTTAAAAAATAAAT--ATGTTTTCTAAACAGTTCAAATAGTTATGACT
* ** * *
13945 ATTTGAACAATTATCTATTTCAATTCATTACAAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCC
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCT
* * * * *
14010 A-TCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATCAATATTTCAAAAATTAATAAATA
65 ATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * *
14074 AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAC----C--A-A-TTCT---T
129 A-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAACAGTTCAAATAGTTATGACT
* * ** * * * * * *
14114 ATTTAAACAATTATCAATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTCTATTATAAAATAATTGTTT-TA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * * * * * * *
14178 GTTCATATAAACTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTA
66 -TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * ** * * *
14243 AGAGATTTAAAAAATTAATCTATTTGCCGAAGTAGTTGAAACAGTTAAGACT
129 A-AAATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTAAACAGTTCAAATAGTTATGACT
* * ** *
14295 GTAT-AACCAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA
1 ATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * * * * *
14359 ATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTTTTAATATTTCGAAAAGTAAAAAGTA
65 ATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAAT-ATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
** * * * * * * *
14424 AGTGATTTAAAAAGTAAATCTGTTTACCTAATA-AGTTTAAATAATTATGGCC
129 A-AAATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTAA-ACAGTTCAAATAGTTATGACT
*** * * * * *
14476 ATGCCAATAATTAACTATTTCAAAT-AGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTATT-
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTC
* * * * *
14539 TGA-ACATTCAAGCTTATTCAGAA-AAAATAATACT-A---ATTAATCTTTCAAAAATTAATATG
64 T-ATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
** * * *
14598 TAAAAGATTTAAAAAATAAACCTATTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACT
127 TAAAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * ** * * * *
14652 ATTTGAACAATTGT-AAGCTTCAAATCCTTATAACCTTGTGTACTATCATAAAATAATTATTTTT
1 ATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * ** * * * * *
14716 GTTCATATAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATATAATAATATTCCAATAATTAATAACTA
65 ATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * **
14781 AAAGAATTAAAAATTAAATTTGTTTGTC-AAACCAGTTCAAATATTTAAAACT
129 AAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACT
* * *
14833 ATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTT-TTTTT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCT
* * * * * * * *
14897 GAATTTATACTAGCTTATTTGGAATAACATAAAACAAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATATG
65 --ATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * * *
14962 TAAGAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTACCTAACCAGTCCAAAATAATTATGACT
127 TAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTAAACAGTTC-AAATAGTTATGACT
* * * *
15017 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGA-CTGTTTGTTTTATCATAAAATAAATGTTT-T
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * * * * *
15080 GTTCATATAAG-TT-TGTTCGAAAAAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCTAATATTAATAAG
65 ATTCATACAAGCTTAT-TTAGAATAAAA-TAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * *
15143 ---AGATTTAAAAAATAAATCTATG-TATC-AAACTAGTTTAAATAGTTATCACT
127 TAAAAATTTAAAAAATAAA--TATGTTTTCTAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * *
15193 ATATGAGCAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTATG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * *
15258 TTCATACAAGCTTATTTAGACTAAAACAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAA
66 TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * *
15323 AAATTTAACAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGATCAAATAATCATGATT
130 AAATTTAA-AAAATAAATATGTTTTCTAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACT
** * * * * *
15374 ATTAAAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAGAATTGTTTC-A
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* ** * *
15438 GTTCATATAAGCTTATTGGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATAATCCAAAAATTAATAA-TA
66 -TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAAT-ATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * *
15502 AAGAGATTTAAAAAATGAATCA--TTTACTGAACAAGTTTAAATAATTATGATT
129 AA-A-ATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTTCTAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACT
* * * ** * * *
15554 GTTTGAACAATTATATATTTGAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTG-CTATAAAAGAATTTTTTTC
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAA-TTGTTTC
* * * * * *
15618 TATTTATACAAGCTCATTTCA-AATAAAATGATACAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTTACA
64 TATTCATACAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATA
* * * *
15680 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATTGTTATGACT
125 AGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACT
** * * ** * *
15736 ATTTTGTGCAATTATTTATTTCAACTTGTTATGACTTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCT
1 A-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * * ** *
15801 ATTCATACAAGTTTATTCAGATTAGAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTA
65 ATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * *
15866 AAAGATTTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAGCAAGTTCAAATAGTCATGATT
129 AAA-A-TTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACT
* ** * * *
15919 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCACAATGACCTTTTCTTTTGTAATAAAACATTTGTTT-TA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * * * *
15983 GTTCTTATAAGTTTGTTTA-AACTAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATGAG
66 -TTCATACAAGCTTATTTAGAA-TAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG
* * * * * *
16046 TAAGAGAA-ATAAAAAATGAATCTATTTACCGAATA-AGTTCAAATAGTTATGACT
127 TAA-A-AATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTAA-ACAGTTCAAATAGTTATGACT
16100 A
1 A
16101 GCTAAACAAA
Statistics
Matches: 3532, Mismatches: 770, Indels: 375
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 3 0.00
169 123 0.03
170 3 0.00
172 3 0.00
173 4 0.00
174 35 0.01
175 118 0.03
176 365 0.10
177 202 0.06
178 99 0.03
179 227 0.06
180 291 0.08
181 1102 0.31
182 598 0.17
183 284 0.08
184 74 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA
AATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAACAGTTCAAATAGTTATGACT
Found at i:13448 original size:902 final size:892
Alignment explanation
Indices: 11506--16100 Score: 3579
Period size: 902 Copynumber: 5.1 Consensus size: 892
11496 TCATATAAGC
* * * *** *
11506 TTATTCAAAATAAAATAATACTGATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAA
1 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAA
* * ** * * * * * * *
11571 AATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCGAACATTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAAT
62 AATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * *
11636 CATCATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAACTTTTTTTCAATTCATACTAA-CTTATTTGGAAT
127 CATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTT-AATTCATAC-AAGCTTATTTGAAAT
* * * * *
11700 AAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATT--T-A-TAAGAGATTT-AAAAATAATTTTA
189 AAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTG
* * ** *
11759 TTTACCTAACCA-GTTTAAATAATTATGACTATTTGAACGATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
253 TTTA-CTAA-CATGTTCAAATAATTATGACTA-TTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* * * * * * * * *
11823 CTTTTGTCTTATCATAAAACAAA-TGTTTTTGTTTATATAAGTTTGTTTGGAACAAAGTAATACT
315 CTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAA-AAAATAATACT
* * *
11887 AATATATTAATATTT-AAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCAAATGA
378 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-AAA-CA
** * * *
11947 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGTAGTTATTTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTC
441 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * *
12012 ATAAAA-AATTATTTCAATTCA-ATAAGATTA-TTCGAAATAAAATATTACTAAGTTATTAATAT
506 ATAAAACAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * * ** *
12074 TACAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAAT-GAATCAGTTT-GTCGAACAAGTTTGAATAAT
570 TCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAGTAT--GTTTACT-AAACAAGTTCAAATATT
* * * * **
12137 TATGACTATTTCAACAATTATCTT-TTTGAAAT-AGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGA
632 TATGACTATTTGAACAATTAT-TTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAA
* ** * **
12200 TTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATAAACAAAATT
695 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATT
* * * * *
12265 AATTAGTAAAACATTT-AAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATTTTATGA-CTATTTG
759 AATAAGTTAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATTTCATGATCTATTTG
* * * *
12328 AACAATTATTTACTTCAAATTC-TTATGACTTCTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCA
824 AACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACTT-TTGTTTTATCATAAAACAATTG-TTTTATTCA
**
12392 TACAAGG
886 TACAAAA
* * ** * * *
12399 TTATTCAAATTACAATAATGTTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAATATTTAAGA
1 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG----AGATTTAAAA
* * * * ** * * * *
12464 AATAAATATGTTTTTTGAACAAGTTCAAATAGTCCTGATTATTTGAATAATTATCTATTTTAAAT
62 AATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * *
12529 CATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAA
127 CATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAA
* * * *
12594 ATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAAAATTAAAAAATGAATACT-TTT
192 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAAT-CTGTTT
* * * * * **
12658 ATTGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGAAATTT
256 ACT-AACATGTTCAAATAATTATGACTAT-TAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
* * *
12723 TGTTTTGTCATAAAAAAAATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAAT
319 TGTTTTGTCAT-AAAAAAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAA-AAAATAATACT-AAT
* * * * *
12787 TTATTAATATTTTGAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTAAACACGTT
381 TTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACA-GTT
*
12852 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATA
444 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * *
12917 AACCAATTGTTTCTATTCATAAAAACTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCA
509 AAACAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
* * *
12982 AAAATTAGTAAGTAAAAGATTTAACAAAATAGCTATGTTTACTAAACGAGTTCAACTATTTATGA
574 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA-AAAATAG-TATGTTTACTAAACAAGTTCAAATATTTATGA
* * * *
13047 CTATTTGAACAATTATTTATTCCAAATCACTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAAAAATTGTTTC
637 CTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTC
* * * * *
13112 TATTCATATAAGTTTATTCCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTTATAAG
702 TATTCATACAAGCTTATT-CAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAG
* * * *
13177 TTGAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTCACCAAACAAGTTCAAATTGTCAT-ATCCATTT-AAGCT
765 TTAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATT-TCATGATCTATTTGAA-CA
* * * **
13240 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTATATTTTGTTGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
828 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAA
13305 AA
891 AA
* * * *
13307 TTATTCAAAATAAAATAACACCAATTTATTAATATTTTGAAAATTGATAAGAGATTTAAAAACTA
1 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * * * * * **
13372 AAT-TTTTTATCGAGCAAGTTCTAATAGCTATGATTATTTGAACAATTATTTATCTCAAATTGTT
66 AATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * *
13436 ATAATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTATATTCATGCAAGCTTA-TTCAATGTAAAAT
131 ATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-ATTCATACAAGCTTATTTGAA-ATAAAAT
* * * * *
13498 ATTGCTAATTTGA-TAGTA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTG
194 AATACTAATTT-ATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTT-
* * * * * *
13561 TCGAAC-TAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTCTGACATTT
256 ACTAACAT-GTTCAAATAATTATGACTATTA-AATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
* * * * *
13625 TGTTTAGTCATAAAATAATTTTTTCAATTCATACATGCTTA-TT--AAAAAA-AATACTAATTTA
319 TGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAAAAAATAATACTAATTTA
* * * *
13686 TTAACA-TTCAAAAAATTAATAAACTACAAATTTCAAAAAATAAATCTATTTGCCT-AACAAGTT
384 TTAATATTTC-AAAAATTAAT-AAGTAAAAATTT-AAAAAATAAATCTATTT-ACTAAAC-AGTT
* * * * * * * *
13749 CAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTACCTATTTAAAATAAATATGACATTTTCTTTTATCATA
444 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * *
13814 AAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCT-GAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTCC
509 AAACAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCC
* * * * * * ***
13878 AAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAATAATATGTCA-ATTTA-TCGAATTGGTTCAAATAATTT-
573 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA-GT-ATGTTTACT-AAACAAGTTCAAAT-ATTTA
* * * * ** * *
13940 TGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAATTCATTACAAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
634 TGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTG-
* * * * *
14005 TTTCCA-TCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATCAATATTTCAAAAATTAAT
698 TTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAAT
* *
14069 AA-ATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAC-----C-AA-TTC----T-TATTTAAA
762 AAGTTAA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATTTCATGATCTATTTGAA
* * * * * * *
14121 CAATTATCAATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTCTATTATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAT
826 CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATAC
*
14186 AAAC
889 AAAA
* * ***
14190 TTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAA
1 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAA
* ** ** * * * *
14255 AATTAATCTATTTGCCGAAGTAGTTGAAACAGTTAAGACTGTAT-AACCAATTATCTATTTCAAA
62 AATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAA-CAATTATCTATTTCAAA
** * * * **
14319 TTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAACTTATTCAAAATAA
126 TCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAA
* * * * * ** *
14384 AATAATAATAATTTTTTAATATTTCGAAAAGTAAAAAGTAAGTGATTTAAAAAGTAAATCTGTTT
191 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTT
* * * * * ** * * *
14449 ACCTAATAAGTTTAAATAATTATGGCCATGCCAATAATTAACTATTTCAAATAGTTATTACCTTT
256 A-CTAACATGTTCAAATAATTATGACTAT-TAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
* * * * * **
14514 TGTTTGGTCATATAACAATTGTATT-TGA-ACATTCAAGCTTATTCAGAAAAAATAATACT-A--
319 TGTTTTGTCATAAAAAAATTGT-TTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGGAAAAAATAATACTAATT
* * * *
14574 -ATTAATCTTTCAAAAATTAATATGTAAAAGATTTAAAAAATAAACCTATTTACTGAACTAGTTC
382 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAAC-AGTTC
* * * * * * ** *
14638 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGT-AAGCTTCAAATCCTTATAACCTTGTGTACTATCATA
445 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * ** * *
14702 AAATAATTATTTTTGTTCATATAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATATAATAATATTCCA
509 AAACAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
* * * * * * * * **
14767 ATAATTAATAACTAAAAGAATTAAAAATTAAATTTGTTT-GTCAAACCAGTTCAAATATTTAAAA
574 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AGTATGTTTACT-AAACAAGTTCAAATATTTATGA
* * *
14831 CTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTT-TTT
637 CTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAATTGTTT
* * * ** * * * *
14895 TTGAATTTATACTAGCTTATTTGGAATAACATAAAACAAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATA
701 CT--ATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATA
* * * *
14960 TG-TAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTGTTTACCTAACCAGTCCAAAATAATT-ATGA-CTATTT
763 AGTTAA-AGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACCAAACAAGTTC-AAAT--TTCATGATCTATTT
** * * *
15021 GAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACTGTTTGTTTTATCATAAAATAAATGTTTTGTTCAT
823 GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACT-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTATTCAT
* **
15086 ATAAGT
887 ACAAAA
* * * *
15092 TTGTTCGAAAA-AAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCT-AATATTAATAAGAGATTTAAAAAA
1 TTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-TGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * * *
15155 TAAATCTATGTATCAAACTAGTTTAAATAGTTATCACTATATGAGCAATTATTTATTTCAAATCA
64 TAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
15220 TTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTG-TTTATGTTCATACAAGCTTATTT-AGACTAAA
129 TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-ATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAA
* * *
15283 ACAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAA-AAATTTAACAAAATAAATATGTTT
192 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAA-AAAATAAATCTGTTT
* * * * *
15347 ACCAA-ACTAGATCAAATAATCATGATTATTAAAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTT
256 ACTAACA-T-GTTCAAATAATTATGACTATT-AAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT
* * * * *
15411 TTGTTTTATCATAAAAGAATTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTGGGAATAAAATAATAATAAT
318 TTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGGAA-AAAATAATACTAAT
* * * *
15475 TTATTAATAATCCAAAAATTAATAA-TAAAGAGATTTAAAAAATGAATC-ATTTACTGAACAAGT
381 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA-A-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAAC-AGT
* * * * * * ** *
15538 TTAAATAATTATGATTGTTTGAACAATTATATATTTGAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTG-CTA
443 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC-A
* * * * * * *
15602 TAAAAGAATTTTTTTCTATTTATACAAGCTCATTTCA-AATAAAATGATACAAATTTATTAATAT
507 TAAAACAA-TTATTTCTATTCATAAAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * *
15666 T--AAGACAATTTACAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTCAAAT-TG
570 TCCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AGTATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAT-
** * ** * * *
15728 TTATGACTATTTTGTGCAATTATTTATTTCAACTTGTTATGACTTTTTGTTTTGTAATAAAACAA
631 TTATGACTA-TTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAA
* * * * *
15793 TTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAGATTAGAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATT
695 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATT
* * * * *
15858 AATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAGCAAGTTCAAATAGTCATGAT-TATT
759 AATAAGTTAAAGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAAT-TTCATGATCTATT
* *** * * * *
15922 TGAATAATTATCTATTTCAAATCACAATGACCTTTTCTTTTGTAATAAAACATTTGTTTTAGTTC
822 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTA-TTC
* * **
15987 TTATAAGT
885 ATACAAAA
* * * * * **
15995 TTGTTTAAACTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAAATAAAA
1 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATT-A--A-TAAGAGATTTAAAA
* * *
16060 AATGAATCTATTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTA
62 AATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
16101 GCTAAACAAA
Statistics
Matches: 2946, Mismatches: 596, Indels: 306
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
882 2 0.00
883 94 0.03
884 4 0.00
886 2 0.00
887 33 0.01
888 260 0.09
889 198 0.07
890 97 0.03
891 47 0.02
892 16 0.01
893 122 0.04
894 6 0.00
895 94 0.03
896 186 0.06
897 230 0.08
898 245 0.08
899 27 0.01
900 5 0.00
901 45 0.02
902 452 0.15
903 329 0.11
904 121 0.04
905 95 0.03
906 46 0.02
907 88 0.03
908 100 0.03
909 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (892 bp):
TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATA
AATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
ATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAA
CATGTTCAAATAATTATGACTATTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
TCATAAAAAAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAAAAAATAATACTAATTTATTAATAT
TTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAGTTCAAATAGTTATG
ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT
CTATTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
TAAAAGATTTAAAAAATAGTATGTTTACTAAACAAGTTCAAATATTTATGACTATTTGAACAATT
ATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTATTCATACAAGCT
TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAA
TAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATTTCATGATCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
TTATGACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTATTCATACAAAA
Found at i:16126 original size:101 final size:101
Alignment explanation
Indices: 16007--16210 Score: 399
Period size: 101 Copynumber: 2.0 Consensus size: 101
15997 GTTTAAACTA
*
16007 AAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAAATAAAAAATGAATCTATT
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATGAGTAAGAGAAATAAAAAATGAATCTATT
16072 TACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTAGCTAAAC
66 TACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTAGCTAAAC
16108 AAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATGAGTAAGAGAAATAAAAAATGAATCTATT
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATGAGTAAGAGAAATAAAAAATGAATCTATT
16173 TACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTAGCTAAAC
66 TACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTAGCTAAAC
16209 AA
1 AA
16211 TTATTTATTT
Statistics
Matches: 102, Mismatches: 1, Indels: 0
0.99 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
101 102 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.08, G:0.10, T:0.31
Consensus pattern (101 bp):
AAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATGAGTAAGAGAAATAAAAAATGAATCTATT
TACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTAGCTAAAC
Found at i:16343 original size:282 final size:283
Alignment explanation
Indices: 15826--16357 Score: 639
Period size: 282 Copynumber: 1.9 Consensus size: 283
15816 TTCAGATTAG
* * * ** *
15826 AATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATATGTT
1 AATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAAAGATAATAAAAAATAAATATATT
* * ** * * *
15891 TACTAAGCAAGTTCAAATAGTCATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCACAATGACCTT
66 TACGAAGCAAGTTCAAATAGTCATGACTAGCTAAACAATTATCTATTTCAAAACACAATGACCTT
* * *
15956 TTCTTTTGTAATAAAACATTTGTTTTAGTTCTTATAAGTTTGTTTAAACTAAAATAATACTAATT
131 TTCTTTTGTAATAAAACAATTGTTCTAGTTCTAATAAGTTTGTTTAAACTAAAATAATACTAATT
* * * *
16021 TATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAAATAAAAAATGAATCTATTTACCGAATAAGTTC
196 TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGAAATAAAAAATAAATCTATTTACCGAATAAGTTC
16086 AAATAGTTATGACTAGCTAAACA
261 AAATAGTTATGACTAGCTAAACA
* * * *
16109 AATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATGAGTAAGAGA-AATAAAAAATGAATCTATT
1 AATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAAAGATAATAAAAAATAAATATATT
* * * **
16173 TACCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTAGCTAAACAATTATTTATTTCAAAACATTATGACCT
66 TA-CGAAGCAAGTTCAAATAGTCATGACTAGCTAAACAATTATCTATTTCAAAACACAATGACCT
* *
16237 TTTGTTTTG-ACATAAAACAATTGATTCT-GTTC-AATCAAGCTTAT-TTTGAA-TAAAATAAT-
130 TTTCTTTTGTA-ATAAAACAATTG-TTCTAGTTCTAAT-AAG-TT-TGTTTAAACTAAAATAATA
* **
16296 TTACATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC
190 CTA-ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGAAATAAAAAATAAATCTATTTACC
16358 AAGCGAGTTT
Statistics
Matches: 208, Mismatches: 34, Indels: 15
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
281 5 0.02
282 149 0.72
283 53 0.25
284 1 0.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.09, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (283 bp):
AATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAAAGATAATAAAAAATAAATATATT
TACGAAGCAAGTTCAAATAGTCATGACTAGCTAAACAATTATCTATTTCAAAACACAATGACCTT
TTCTTTTGTAATAAAACAATTGTTCTAGTTCTAATAAGTTTGTTTAAACTAAAATAATACTAATT
TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGAAATAAAAAATAAATCTATTTACCGAATAAGTTC
AAATAGTTATGACTAGCTAAACA
Found at i:16524 original size:463 final size:465
Alignment explanation
Indices: 15691--16547 Score: 1089
Period size: 463 Copynumber: 1.8 Consensus size: 465
15681 GTAAAAGATT
* * ** ***
15691 TAAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATTGTTATGACTATTTTGTGCAATTATTTATT
1 TAAAAAATAAATATATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATGCTAAACAATTATTTATT
**** * * *
15756 TCAACTTGTTATGACTTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAG
66 TCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGATTCTATTCATACAAGCTTATTCAG
* * *** *
15821 ATTAGAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAAT
131 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAAT
* * * * *
15886 ATGTTTACTAAGCAAGTTCAAATAGTCATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCACAATG
196 ATATTTACCAAGCAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCACAATA
* * * *
15951 ACCTTTTCTTTTGTAATAAAACATTTGTTTTAGTTCTTATAAGTTTGTTTAAACTAAAATAATAC
261 ACCTTTTCTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGTTTATTTAAACTAAAATAATAC
* * *
16016 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAAATAAAAAATGAATCTATTTACCGAATA
326 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGAAATAAAAAATAAATCTATTTACCAAATA
16081 AGTTCAAATAGTTATGACTAGCTAAACAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATGA
391 AGTTCAAATAGTTATGACTAGCTAAACAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATGA
16146 GTAAGAGAAA
456 GTAAGAGAAA
* * *
16156 TAAAAAATGAATCTATTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTA-GCTAAACAATTATTTATT
1 TAAAAAATAAATATATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATGCTAAACAATTATTTATT
* *
16220 TCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTG-ACATAAAACAATTGATTCTGTTCA-ATCAAGCTTATTT
66 TCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTA-ATAAAACAATTGATTCTATTCATA-CAAGCTTATTC
* *
16283 TGAATAAAATAAT-TTACATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATA
129 AGAATAAAATAATACTA-ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATA
* * * * * * ****
16346 AATCTATTTACCAAGCGAGTTTAAATAGTTATGGCTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTT
193 AATATATTTACCAAGCAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCACA
* * * *
16411 ATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTGTA-TTCATACAAGTTTATTTGAAA-TAAAAT
258 ATAACCTTTTCTTTTGTAATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGTTTATTT-AAACTAAAAT
* ** ** *
16474 AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC
321 AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGAAATAAAAAATAAATCTATTTACC
16539 AAATAAGTT
386 AAATAAGTT
16548 TAAACAATCA
Statistics
Matches: 328, Mismatches: 59, Indels: 12
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
463 178 0.54
464 109 0.33
465 41 0.12
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (465 bp):
TAAAAAATAAATATATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATGCTAAACAATTATTTATT
TCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGATTCTATTCATACAAGCTTATTCAG
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAAT
ATATTTACCAAGCAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCACAATA
ACCTTTTCTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGTTTATTTAAACTAAAATAATAC
TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGAAATAAAAAATAAATCTATTTACCAAATA
AGTTCAAATAGTTATGACTAGCTAAACAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATGA
GTAAGAGAAA
Found at i:17527 original size:541 final size:527
Alignment explanation
Indices: 16108--18597 Score: 1724
Period size: 534 Copynumber: 4.6 Consensus size: 527
16098 CTAGCTAAAC
* * * *
16108 AAATAATACTAATTTATTAATATTAT-AAAAATTAATGAGTAAGAGAAATAAAAAATGAATCTAT
1 AAATAACATTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAA--A--AAGAGATATAAAAAATAAAT-T-T
* * * * ** * * * * *
16172 TTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTAGCTAAACAATTATTTATTTCAAAACATTATGACCT
59 TT--CGAATCAGTTCAAATAATTATCACCATTTGATCAATTATCTATTTC-AAATATTATGA-TT
* * ** * *
16237 TTTGTTTTGACATAAAACAATTGATTCTGTTCA-ATCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATTTACA
120 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTCATCATA-CAAGCTTA-TTTAAATAAAATAATCTA-A
* * * * * * *
16301 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAGCGAGT
181 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACCA-T
* * * *
16366 TT-AAATAGTTATGGCTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAATCTTTTGTTTTGTCA
245 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAATCTTTTGTTTTGTCA
* * * **
16430 TAAAATAATTGTTTGTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
310 TAAAATAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTC
* *** * ** * * * * *
16495 TAAAAATTAATAATTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTTAAACAATCATG
374 AAAAAATTAATAA-CAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * *
16560 TCCAATT-AATCTATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTATTTTATCATAAAACAATTGTT
438 ACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG-T
16624 TTTA-TTCATGCAAAA-TTATTCAAAATA
501 TTTAGTTCAT--AAAAGTTATTCAAAATA
* * * **
16651 AAATAACACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAGAGATTTAAAAACTAAATTTTTTTAAT
1 AAATAACATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAGAGATATAAAAAATAAATTTTTCGAAT
* * * * * * * * * **
16716 TATTTCAATTAGTTATGACTATTTGATCAATTATCTATCTCAAATCACTATGATCTTCATTTTGT
66 CAGTTCAAATAATTATCACCATTTGATCAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGATTTTTGTTTTGT
* * * ** *
16781 CATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCATATTTAGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATA
130 CATAAAACAATTGTTTTC-A-TCATACAAGCTTATTTA-AATAAAATAAT-CTAATTTATTAATA
* * * * * *
16845 TTTTAAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAAATCAATGTGTTTATTAAACCAGTTCAAATAGTT
191 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACCATTTCAAATAGTT
* * * ** * * * *
16910 AAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTG
256 ATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG
* ** *
16975 TTTCA-GTTCATACATGCTTATTCAAAATAAATAATACTCTTTTATTAACATTCAAAAAATTAAT
321 TTT-ATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAAT
* *
17039 AAGCAAGAAGCTTAAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
385 AA-CAAG-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * *
17104 CAATTATCTATTTAAAATTGTTCTGACCCTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAA
448 CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAA
*
17169 AAGCTTATCCAAAATA
513 AAG-TTATTCAAAATA
* * **
17185 AAATAATATTAGTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGAAGATATAAAAAATAAATCAGTT
1 AAATAACATTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-A-AA-AAG-AGATATAAAAAATAAAT---TT
17250 TATCGAATCAGTTCAAATAATT-TCACCATTTGAAT-AATTATCTATTTCAAATATTTATGATTT
59 T-TCGAATCAGTTCAAATAATTATCACCATTTG-ATCAATTATCTATTTCAAATA-TTATGA-TT
* *
17313 TTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTCATCATACAAGCTTGTTTCAAATAAAATAATACTAATT
120 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCATCATACAAGCTTATTT-AAATAAAATAAT-CTAATT
* * * *
17378 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAAGAAATATGCTTACTGAA-CATTTT
183 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACCA-TTT
* *
17442 CAAATCGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGCTATAATCTTTTGTTTTGTCATA
247 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAATCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * *
17507 AAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAAAACAATATTACTAATTTAATAATATT-AT
312 AAATAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATA-AATAATACTAATTTATTAATATTCA-
* * * * *
17571 AAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTTTTTGCTGAACCAA-TACAAATAGTTAAG
375 AAAAATTAATAA-CAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * *
17635 GCTATATGAATATTTATCTATTTCAAACCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTT
438 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT
* * * **
17700 TTGTTCATATAAGTTTTTTGAAATA
503 TAGTTCATAAAAGTTATTCAAAATA
* ** * * ** **
17725 AAATAAGATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAGGTAAGTCCATTTACC
1 AAATAACATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAGAGATATAAAA---AA-TAAATTTTTC
* * * * ** * * * * *
17790 AAACCAGTTCAAATAGTTATAATAATTTGAACGATTATTTATTTCAAATTATTATAATCATTTGT
62 GAATCAGTTCAAATAATTATCACCATTTGATCAATTATCTATTTCAAA-TATTATGAT-TTTTGT
* * *
17855 TTTGTCATAAAACAATT-ATTTCTATTGATAC-AGTCTTATTCAAAATAAAGA-AATGCTAATTT
125 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTC-A-TCATACAAG-CTTATT-TAAATAAA-ATAAT-CTAATTT
* * * * * * * * *
17917 GTTAATA-TCCTAAAAATTAATAGGTAACG-GATTTAAAAAATGAATCTATTGGACT-GACCAAT
184 ATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATATGTT-TACTAAACCATT
* * * * * * * *
17979 ACAAATGGTTATAACTATTTGAACAA-TATCTATTTTAAAGTGTTATAATCTTTAGTTTT-ACTA
246 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAATCTTTTGTTTTGTC-A
* * * * * *
18042 GAAAATAATTGTTTCTATTCGTACAAGCTGACTT-GAAATAACATAA-ATCTAATTTATTAATAT
310 TAAAATAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAA-ATAATA-CTAATTTATTAATAT
** * * * * *
18105 TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTGAATCTGTTTA-TCGATCAAGTTCAAATAGTT
372 TCAAAAAATTAATAA-CAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * *
18169 ACT-ACTCTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTTGTTTTATCATAAAATAAT
435 A-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTATCATAAAACAA-
* * *
18233 TTTTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTC-AATTA
497 TTGTTT-TAGTTCATAAAAG-TTA-TTCAAAATA
* ** * * *
18265 AAATAATACAAATTTATTAATATTTAGACAACTAATTATTAAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGT
1 AAATAACATTAATTTATTAATATTT---CAA-AAATTA-AAAAGAGATATAAAAAATAAA--T-T
* * * * * * * * * * * * *
18329 TTATCAAATAAATTCAAGTAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTTTTTCAAATCGTTATGACTT
58 TT-TCGAATCAGTTCAAATAATTATCACCATTTGATCAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGATTT
* * ** ** * *
18394 TTGTTTTTTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATTAATT
121 TTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTCATCATACAAGCTTATT-TAAATAAAATAAT-CTAATT
** * * * * * ** * *
18459 TATTAATATTTTGACAATTAATGAGTAAAAGATTTTAAATATAAATATGTTTACCGAACAAGTTC
183 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACCATTTC
* * * * * ** * * * * **
18524 TAATTGTCATAACTATTTTAGTAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTCATCATAA
248 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAATCTTTTGTTTTGTCATAA
*
18589 AACAATTGT
313 AATAATTGT
18598 ATCAATTCAT
Statistics
Matches: 1528, Mismatches: 338, Indels: 161
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
532 6 0.00
533 45 0.03
534 305 0.20
535 47 0.03
536 40 0.03
537 212 0.14
538 128 0.08
539 39 0.03
540 75 0.05
541 302 0.20
542 81 0.05
543 143 0.09
544 99 0.06
545 6 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (527 bp):
AAATAACATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAGAGATATAAAAAATAAATTTTTCGAAT
CAGTTCAAATAATTATCACCATTTGATCAATTATCTATTTCAAATATTATGATTTTTGTTTTGTC
ATAAAACAATTGTTTTCATCATACAAGCTTATTTAAATAAAATAATCTAATTTATTAATATTTCA
AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACCATTTCAAATAGTTATGAC
TATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTAT
GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAACAAG
AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGTTATT
CAAAATA
Found at i:18490 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 16108--18597 Score: 1945
Period size: 181 Copynumber: 13.8 Consensus size: 181
16098 CTAGCTAAAC
* * ** * *
16108 AAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATGAGTAAGAGAAATAAAAAATGAATCTATT
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
* * * ** * * * *
16173 TACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTAGCTAAACAATTATTTATTTCAAAACATTATGACCTT
66 TATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT
* * * * ***
16238 TTGTTTTGACATAAAACAATTGATTCTGTTCA-ATCAAGCTTATTTTGAATA
131 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATA-CAAGCTTATTCAAAATA
* ** * *
16289 AAATAAT-TTACATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTAT
1 AAATAATACTA-ATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * * * * * * * *
16353 TTACCAAGCGAGTTTAAATAGTTATGGCTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAATCT
65 TTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT
* * * **
16418 TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTGTATTCATACAAGTTTATTTGAAATA
130 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATA
* * **
16470 AAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
* * * * * * * * * * * *
16535 TACCAAATAAGTTTAAACAATCATGTCCAATT-AATCTATTATCTATTTCAAATCATTATGACAT
66 TATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT
* * * **
16599 TTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTTATTCATGCAAAATTATTCAAAATA
130 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATA
* * *
16651 AAATAACACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-A-AA--AAGAGATTTAAAAACTAAAT-T-TT
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
* ** * * * * ** *
16710 T-T-TAATTATTTCAATTAGTTATGACTATTTGATCAATTATCTATCTCAAATCACTATGATC-T
66 TATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT
** * * * * *
16772 TCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTAGAGTA
131 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATA
* * ** * * * *
16823 AAATATTGCTAAACTAATAATATTTTAAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAAATCAATGTGTT
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
* * * * * *
16888 TATTAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTT
66 TATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT
* * * *
16953 TTGTTTAGTCATAAAATAATTG-TTTCAGTTCATACATGCTTATTCAAAAT-
131 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATA
** * ** * * * *
17003 AAATAATACTCTTTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAGCTTAAAAAAATAAATATGT
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * *
17068 TTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTCTGACC
65 TTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * *
17132 CTTTGTTTTATCATAAAACAATTG-TTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATA
129 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATA
* * * * * * * *
17185 AAATAATATTAGTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGT-TGAAGATATAAAAAATAAATCAGT
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * * ** **
17249 TTATCGAATC-AGTTCAAATAATT-TCACCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATATTTATGATT
65 TTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * *
17312 TTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTCA-TCATACAAGCTTGTTTC-AAATA
129 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTT-ATTCAAAATA
* * * * *
17364 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAAGAAATATGCT
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
* ** * * * * * *
17429 TA-CTGAACATTTTCAAATCGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGCTATAATCT
66 TATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT
* * *
17493 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAA-A
130 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATA
* * * ** * *
17544 ACAATATTACTAATTTAATAATATTATAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTTT
1 A-AATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * * * * * * *
17609 TTGCTGAACCAA-TACAAATAGTTAAGGCTATATGAATATTTATCTATTTCAAACCGTTATGACC
65 TT-ATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * * **
17673 TTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAG-TTTTTTGAAATA
129 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATA
* * * ** * **
17725 AAATAAGATTAATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAGGTAAGTCCATT
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
* * * * * ** * * *
17786 TACCAAACCAGTTCAAATAGTTAT-AATAATTTGAACGATTATTTATTTCAAATTATTATAATCA
66 TATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT
* * *
17850 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTGATAC-AGTCTTATTCAAAATA
130 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAG-CTTATTCAAAATA
* * ** * * *
17902 AAGA-AATGCTAATTTGTTAATATCCTAAAAATTAATAGGTAACG-GATTTAAAAAATGAATCTA
1 AA-ATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * * * * *
17965 TTGGA-CTGACCAA-TACAAATGGTTATAACTATTTGAACAA-TATCTATTTTAAAGT-GTTATA
64 TT-TATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATG
* * * * * * * * *
18026 ATCTTTAGTTTT-ACTAGAAAATAATTGTTTCTATTCGTACAAGCTGACTT-GAAATA
126 ACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATA
* * *
18082 ACATAA-ATCTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTGAATCTGT
1 AAATAATA-CTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * * *
18146 TTATCGATCAAGTTCAAATAGTTACT-ACTCTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACC
65 TTATCAAACAAGTTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * * *
18210 TTTTTGTTTTATCATAAAATAATTTTTTTCTATTCATACAAGTTTATTTC-AATTA
129 -TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATA
* * * * * *
18265 AAATAATACAAATTTATTAATA-TTTAGACAACTAATTATTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGT
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * * *
18329 TTATCAAATAAATTCAAGTAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTTTTTCAAATCGTTATGA-CT
65 TTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT
* * * ** *
18393 TTTGTTTTTTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGATTA
130 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATA
* * * * * * * *
18445 AAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATGAGTAAAAGATTTTAAATATAAATATGTT
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
* * * * * * * **
18510 TACCGAACAAGTTCTAATTGTCATAACTATTTTAGTAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT
66 TATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT
**
18575 TTGTTTCATCATAAAACAATTGT
131 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
18598 ATCAATTCAT
Statistics
Matches: 1825, Mismatches: 419, Indels: 130
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
172 68 0.04
173 41 0.02
174 3 0.00
175 10 0.01
176 105 0.06
177 52 0.03
178 8 0.00
179 96 0.05
180 481 0.26
181 770 0.42
182 74 0.04
183 116 0.06
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
AAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
TATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT
TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATA
Found at i:18864 original size:288 final size:285
Alignment explanation
Indices: 18342--18896 Score: 695
Period size: 288 Copynumber: 1.9 Consensus size: 285
18332 TCAAATAAAT
* * * * * *
18342 TCAAGTAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTTTTTCAAATCGTTATGACTTTTGTTTTTTCATA
1 TCAAATAGTTATGACAATTTAAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACTTTTATTTTGTCATA
* * * * *
18407 AAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTG
66 AAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAG
* * * * *
18472 ACAATTAATGAGTAAAAGATTTTAAATATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCTAATTGTCATAAC
131 ACAATTAATGAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATAAC
* * * *
18537 TATTTTAGTAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTCATCA-TAAAACAATTGTATC
196 TATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTCAT-AGTAAAACAATTGTATC
18601 AATTCATATAGGCTTACTGAACAAGC
260 AATTCATATAGGCTTACTGAACAAGC
* *
18627 TCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTATTTTGTCGT
1 TCAAATAGTTATGACAATTTAAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGA-CTTTTATTTTGTCAT
* * *
18692 AAAACAATTTTTTTTTTATTTATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
65 AAAACAA--TTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
** * * *
18757 CTAGA-AATTAAT-AGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTC
128 -TAGACAATTAATGA-GTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTC
** * *
18820 AT-GTTCATTTAAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATAACCTTTTATTTTATAGTAAAACAATT
191 ATAACT-ATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTCATAGTAAAACAATT
* *
18884 GTTTCTATTCATA
255 GTATCAATTCATA
18897 CAGAATTATT
Statistics
Matches: 227, Mismatches: 36, Indels: 11
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
285 44 0.19
286 18 0.08
287 3 0.01
288 159 0.70
289 3 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (285 bp):
TCAAATAGTTATGACAATTTAAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACTTTTATTTTGTCATA
AAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAG
ACAATTAATGAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATAAC
TATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTCATAGTAAAACAATTGTATCA
ATTCATATAGGCTTACTGAACAAGC
Found at i:18993 original size:177 final size:180
Alignment explanation
Indices: 18623--19016 Score: 417
Period size: 183 Copynumber: 2.2 Consensus size: 180
18613 CTTACTGAAC
* * * * * *
18623 AAGCTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTATTTTG
1 AAGCTCAAATAGTCATGACAATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTATTTTA
* * * * * * *
18688 TCGTAAAACAATTTTTTTTTTATTTATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAA
66 TAGTAAAACAA-TTTGTTTCTATTCATACAAGATTATTCAGAATAAAATAATATCAATTCATTAA
*
18753 TATTCTAGAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAAT
130 GATTCTAGAAATTAATA-G-AGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAAT
* * * * *
18806 AAGTTCAAATAGTCATGTTC-ATTTAAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATAACCTTTTATTTT
1 AAGCTCAAATAGTCATG-ACAATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTATTTT
* *
18870 ATAGTAAAACAA-TTGTTTCTATTCATAC-AGAATTATTTAGAATAAAATAATATCGATTCATTA
65 ATAGTAAAACAATTTGTTTCTATTCATACAAG-ATTATTCAGAATAAAATAATATCAATTCATTA
* *
18933 AGATT-TTGAAAATTAATA-A-GAG-TATTAAAAACTAAATCTGTTTATCAAACT
129 AGATTCTAG-AAATTAATAGAGGAGAT-TTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAA-T
* ** *
18984 -AGCTCAAATAGTTATGACTTTTTGAACAATTAT
1 AAGCTCAAATAGTCATGACAATTTAAACAATTAT
19017 ACATCTCAAA
Statistics
Matches: 176, Mismatches: 29, Indels: 18
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
176 2 0.01
177 52 0.30
178 2 0.01
180 4 0.02
181 53 0.30
183 62 0.35
184 1 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AAGCTCAAATAGTCATGACAATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTATTTTA
TAGTAAAACAATTTGTTTCTATTCATACAAGATTATTCAGAATAAAATAATATCAATTCATTAAG
ATTCTAGAAATTAATAGAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAAT
Found at i:19461 original size:183 final size:183
Alignment explanation
Indices: 19113--19870 Score: 470
Period size: 182 Copynumber: 4.2 Consensus size: 183
19103 ATTTAATAAT
* * * *
19113 AAAAAATAAATGTGTTTTGCTGAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAACAATTATCTATTT
1 AAAAAATAAATATGTTTTGCTGAACAAGCTCAAATAGATAAAACTATTAGAACAATTATCTATTT
* * * * * * *
19178 CAAATCGTTGTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAACTTTATTCGAA
66 AAAATCATTATGACCTTTTCTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATAAAACTTTAGTCAAA
* *
19243 ATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCAAAAAATTAATAAGTGAGAGATTTA
131 ATAAAATAAAACTAATTTATTAAAATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * *
19296 AAAAAATAAATATGTTTAT-C-GAACAAGCTCAAATAGATATAACTATTTGAATAATTATCTATT
1 AAAAAATAAATATGTTT-TGCTGAACAAGCTCAAATAGATAAAACTATTAGAACAATTATCTATT
* * * * *
19359 TAAAATCATTATGACCTTTTTCTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTTATAAAAAC-TT-GTC
65 TAAAATCATTATGACC-TTTTCTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCAT-AAAACTTTAGTC
* * *
19422 AAAACTAAAATAAAACTACTTTATTAATATTTC-AAAAATTATTAAGTAAGAGATTT-
128 AAAA-TAAAATAAAACTAATTTATTAA-AATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * * * * ** * * * *
19478 AAAAACTAAATCAAT-ATTT-C-GAACCAGTTCAATTAGTTACGACCATTTGAACAAATATCAAT
1 AAAAAATAAAT--ATGTTTTGCTGAACAAGCTCAAATAGATAAAACTATTAGAACAATTATCTAT
* * * * * * * * *
19540 CTCAAAT-TTTATGATCTTTGT-TTT-GT-AAAAAAAAATTTGTTTCTGA-TCATATAAGC-TTA
64 TTAAAATCATTATGACCTTT-TCTTTAGTCATAAAACAA-TTATTTC-AATTCATA-AAACTTTA
* * * * *
19599 TTC-AAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-
125 GTCAAAAT-AAAATAAAACTAATTTATTAAAATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
** * * * ** *
19657 AAAAAATAAATATG-TTTGCCAAATC-AGTTGAAATAGTTAAGGCTATTAGAATAATTATCTATT
1 AAAAAATAAATATGTTTTGCTGAA-CAAGCTCAAATAGATAAAACTATTAGAACAATTATCTATT
* * ** * * * * * * * * * * *
19720 TCAAGTTGTTTTAACTTTTTGTTTAGTCGTAAAACTATTGTTTTAGTTCATAAAAGC-TTATTCG
65 TAAAATCATTATGACCTTTTCTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATAAAA-CTTTAGTCA
* * * * * *
19784 GAATAAACAT-----TAATTTATTAACATTCAAACAATTAATAAGCAAAAGATTTG
129 AAATAAA-ATAAAACTAATTTATTAAAATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* *
19835 AAAAAATAAATTTG-TTTGCTGAACAAGTTCAAATAG
1 AAAAAATAAATATGTTTTGCTGAACAAGCTCAAATAG
19871 TTATGATTAT
Statistics
Matches: 456, Mismatches: 91, Indels: 61
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
177 40 0.09
178 42 0.09
179 106 0.23
180 21 0.05
181 31 0.07
182 114 0.25
183 91 0.20
184 11 0.02
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (183 bp):
AAAAAATAAATATGTTTTGCTGAACAAGCTCAAATAGATAAAACTATTAGAACAATTATCTATTT
AAAATCATTATGACCTTTTCTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATAAAACTTTAGTCAAA
ATAAAATAAAACTAATTTATTAAAATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
Found at i:24764 original size:50 final size:49
Alignment explanation
Indices: 24550--25000 Score: 505
Period size: 50 Copynumber: 9.4 Consensus size: 49
24540 TTTCAAGAAC
24550 AGATGAGATTTTTAAAGTTGTTGAGCCTCTACTGAGAGGAGCTTTTTCA
1 AGATGAGATTTTTAAAGTTGTTGAGCCTCTACTGAGAGGAGCTTTTTCA
* * **
24599 AGATGA-A-TTTTAAAGCTATTGAGCCTCTGTTGAGAGGAGCCTTTTTCA
1 AGATGAGATTTTTAAAGTTGTTGAGCCTCTACTGAGAGGAG-CTTTTTCA
* * * *
24647 AGATG-GATTTTTAAAGTTGTCGAGCCTCTGCTGGGAGGAGTTTTTTCA
1 AGATGAGATTTTTAAAGTTGTTGAGCCTCTACTGAGAGGAGCTTTTTCA
*
24695 AGATGA-A-TTTTAAAGTTGTTGAGCCTCTACTGAGAGAAGCCTTTTTCA
1 AGATGAGATTTTTAAAGTTGTTGAGCCTCTACTGAGAGGAG-CTTTTTCA
* * *
24743 AGATGAGATTTTTAAAGTTGTTGAGCCCCTATTGAGAGGAGCCTTTTCA
1 AGATGAGATTTTTAAAGTTGTTGAGCCTCTACTGAGAGGAGCTTTTTCA
* *
24792 AGATGA-A-TTTTAAAGTTGTTAAGCCTCTACTGAGAGGAGCTTTTTTA
1 AGATGAGATTTTTAAAGTTGTTGAGCCTCTACTGAGAGGAGCTTTTTCA
** * * * * *
24839 A-AT----TTTCAAAAGTCGTTGAGCTTCTGCTTAGAGGAGCTTTTCCA
1 AGATGAGATTTTTAAAGTTGTTGAGCCTCTACTGAGAGGAGCTTTTTCA
* * * * *
24883 GGATGATGAATTTTAAAGTTGTTGAGCTTTTACTTAGAGGAGCTTTTTCA
1 AGATGA-GATTTTTAAAGTTGTTGAGCCTCTACTGAGAGGAGCTTTTTCA
* * * *
24933 GGATGATGAATTTTAAAGTTGTTGAGCCTCTGCTTAGAGGAGCTTTTTCA
1 AGATGA-GATTTTTAAAGTTGTTGAGCCTCTACTGAGAGGAGCTTTTTCA
24983 AGATG-GATTTTTAAAGTT
1 AGATGAGATTTTTAAAGTT
25001 TTCGAGCTTC
Statistics
Matches: 342, Mismatches: 46, Indels: 29
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
44 31 0.09
45 2 0.01
46 2 0.01
47 92 0.27
48 54 0.16
49 47 0.14
50 114 0.33
ACGTcount: A:0.26, C:0.12, G:0.24, T:0.37
Consensus pattern (49 bp):
AGATGAGATTTTTAAAGTTGTTGAGCCTCTACTGAGAGGAGCTTTTTCA
Found at i:24805 original size:97 final size:96
Alignment explanation
Indices: 24550--25000 Score: 513
Period size: 96 Copynumber: 4.7 Consensus size: 96
24540 TTTCAAGAAC
* *
24550 AGATGAGATTTTTAAAGTTGTTGAGCCTCTACTGAGAGGAGCTTTTTCAAGATGAATTTTAAAGC
1 AGATGAGATTTTTAAAGTTGTTGAGCCTCTATTGAGAGGAGCTTTTTCAAGATGAATTTTAAAGT
* **
24615 TATTGAGCCTCTGTTGAGAGGAGCCTTTTTCA
66 TGTTGAGCCTCTACTGAGAGGAG-CTTTTTCA
* ** * *
24647 AGATG-GATTTTTAAAGTTGTCGAGCCTCTGCTGGGAGGAGTTTTTTCAAGATGAATTTTAAAGT
1 AGATGAGATTTTTAAAGTTGTTGAGCCTCTATTGAGAGGAGCTTTTTCAAGATGAATTTTAAAGT
*
24711 TGTTGAGCCTCTACTGAGAGAAGCCTTTTTCA
66 TGTTGAGCCTCTACTGAGAGGAG-CTTTTTCA
* *
24743 AGATGAGATTTTTAAAGTTGTTGAGCCCCTATTGAGAGGAGCCTTTTCAAGATGAATTTTAAAGT
1 AGATGAGATTTTTAAAGTTGTTGAGCCTCTATTGAGAGGAGCTTTTTCAAGATGAATTTTAAAGT
* *
24808 TGTTAAGCCTCTACTGAGAGGAGCTTTTTTA
66 TGTTGAGCCTCTACTGAGAGGAGCTTTTTCA
** * * * *
24839 A-AT----TTTCAAAAGTCGTTGAGCTTCTGCTT-AGAGGAGCTTTTCCAGGATGATGAATTTTA
1 AGATGAGATTTTTAAAGTTGTTGAGCCTCT-ATTGAGAGGAGCTTTTTCA--A-GATGAATTTTA
* * *
24898 AAGTTGTTGAGCTTTTACTTAGAGGAGCTTTTTCA
62 AAGTTGTTGAGCCTCTACTGAGAGGAGCTTTTTCA
* * * *
24933 GGATGATGAATTTTAAAGTTGTTGAGCCTCTGCTT-AGAGGAGCTTTTTCAAGATGGATTTTTAA
1 AGATGA-GATTTTTAAAGTTGTTGAGCCTCT-ATTGAGAGGAGCTTTTTCAAGAT-GAATTTTAA
24997 AGTT
63 AGTT
25001 TTCGAGCTTC
Statistics
Matches: 302, Mismatches: 40, Indels: 23
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
91 30 0.10
92 2 0.01
93 1 0.00
94 41 0.14
95 4 0.01
96 95 0.31
97 81 0.27
98 13 0.04
100 35 0.12
ACGTcount: A:0.26, C:0.12, G:0.24, T:0.37
Consensus pattern (96 bp):
AGATGAGATTTTTAAAGTTGTTGAGCCTCTATTGAGAGGAGCTTTTTCAAGATGAATTTTAAAGT
TGTTGAGCCTCTACTGAGAGGAGCTTTTTCA
Found at i:24872 original size:44 final size:44
Alignment explanation
Indices: 24803--25138 Score: 180
Period size: 44 Copynumber: 7.2 Consensus size: 44
24793 GATGAATTTT
* * *
24803 AAAGTTGTTAAGCCTCTACTGAGAGGAGCTTTTTTAAATTTTCA
1 AAAGTTGTTGAGCCTCTGCTTAGAGGAGCTTTTTTAAATTTTCA
* * *
24847 AAAGTCGTTGAGCTTCTGCTTAGAGGAGCTTTTCCAGGATGATGAATTTT--
1 AAAGTTGTTGAGCCTCTGCTTAGAGGAGCTTTT------T--TAAATTTTCA
* * *
24897 AAAGTTGTTGAGCTTTTACTTAGAGGAGCTTTTTCAGGATGATGAATTTT--
1 AAAGTTGTTGAGCCTCTGCTTAGAGGAGCTTTTT-----T-A--AATTTTCA
* **
24947 AAAGTTGTTGAGCCTCTGCTTAGAGGAGCTTTTTCAAGATGGATTTTT
1 AAAGTTGTTGAGCCTCTGCTTAGAGGAGCTTTTTTAA-AT---TTTCA
* * * *
24995 AAAGTT-TTCGAGCTTCAGCTTAAAGGAGCCTTTTTAAATTTTCA
1 AAAGTTGTT-GAGCCTCTGCTTAGAGGAGCTTTTTTAAATTTTCA
** * ** * * *
25039 AAAGTCATTGAGCCTCTACTTAGAAAAGCCTCTTTAAATTTTTA
1 AAAGTTGTTGAGCCTCTGCTTAGAGGAGCTTTTTTAAATTTTCA
* * *
25083 AAAGTTGTTGAGCCTCTGCTCAGAAGAGC-CTTTTAAATTTTCAA
1 AAAGTTGTTGAGCCTCTGCTTAGAGGAGCTTTTTTAAATTTTC-A
25127 AAATGTTGTTGA
1 AAA-GTTGTTGA
25139 ACTTGTAGAG
Statistics
Matches: 230, Mismatches: 38, Indels: 47
0.73 0.12 0.15
Matches are distributed among these distances:
42 1 0.00
43 12 0.05
44 93 0.40
45 10 0.04
46 3 0.01
47 7 0.03
48 29 0.13
50 68 0.30
52 7 0.03
ACGTcount: A:0.28, C:0.14, G:0.20, T:0.38
Consensus pattern (44 bp):
AAAGTTGTTGAGCCTCTGCTTAGAGGAGCTTTTTTAAATTTTCA
Found at i:25319 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 25299--25346 Score: 64
Period size: 17 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
25289 TTTTTTATTA
25299 TTTTTTTTCTTTTC-TCT
1 TTTTTTTTCTTTTCTTCT
*
25316 TTTTCTTTC-TTTCTTCT
1 TTTTTTTTCTTTTCTTCT
25333 TTTTTTTCTCTTTT
1 TTTTTTT-TCTTTT
25347 TTTTTAGTTT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 4
0.81 0.06 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 4 0.15
17 17 0.65
18 2 0.08
19 3 0.12
ACGTcount: A:0.00, C:0.19, G:0.00, T:0.81
Consensus pattern (18 bp):
TTTTTTTTCTTTTCTTCT
Found at i:25351 original size:12 final size:13
Alignment explanation
Indices: 25302--25351 Score: 57
Period size: 13 Copynumber: 3.8 Consensus size: 13
25292 TTTATTATTT
25302 TTTTTCTTTTCTC
1 TTTTTCTTTTCTC
*
25315 TTTTTCTTTCTTTC
1 TTTTTCTTT-TCTC
*
25329 TTCTTTTTTTTCTC
1 TT-TTTCTTTTCTC
25343 TTTTT-TTTT
1 TTTTTCTTTT
25352 AGTTTAGCTC
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 3, Indels: 5
0.80 0.08 0.12
Matches are distributed among these distances:
12 4 0.12
13 12 0.38
14 10 0.31
15 6 0.19
ACGTcount: A:0.00, C:0.18, G:0.00, T:0.82
Consensus pattern (13 bp):
TTTTTCTTTTCTC
Found at i:25510 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 25478--25526 Score: 71
Period size: 23 Copynumber: 2.1 Consensus size: 23
25468 TTTGAGGTTG
25478 AAAATATGGGATTTAAATCCCAA
1 AAAATATGGGATTTAAATCCCAA
* * *
25501 AAAATCTGGGATTTGAATTCCAA
1 AAAATATGGGATTTAAATCCCAA
25524 AAA
1 AAA
25527 GCTCTATAAA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 3, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 23 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.12, G:0.14, T:0.27
Consensus pattern (23 bp):
AAAATATGGGATTTAAATCCCAA
Found at i:26349 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 26323--26368 Score: 56
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 23
26313 AAAAAAAAAT
*
26323 TTTTAAAATTTTTTTATATATTA
1 TTTTAAAATATTTTTATATATTA
** *
26346 TTTTTTAATATTTTTGTATATTA
1 TTTTAAAATATTTTTATATATTA
26369 AAGTATTTAT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 4, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 19 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.00, G:0.02, T:0.67
Consensus pattern (23 bp):
TTTTAAAATATTTTTATATATTA
Found at i:26466 original size:20 final size:22
Alignment explanation
Indices: 26441--26490 Score: 68
Period size: 20 Copynumber: 2.3 Consensus size: 22
26431 GTTAAATTTT
26441 AAAATAAACTT-TAAAAATA-A
1 AAAATAAACTTATAAAAATACA
*
26461 AAAATAAACTTAATAATAATACA
1 AAAATAAACTT-ATAAAAATACA
26484 AAAATAA
1 AAAATAA
26491 TAAAAATGTA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 3
0.87 0.03 0.10
Matches are distributed among these distances:
20 11 0.42
22 7 0.27
23 8 0.31
ACGTcount: A:0.70, C:0.06, G:0.00, T:0.24
Consensus pattern (22 bp):
AAAATAAACTTATAAAAATACA
Found at i:27800 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 27484--28170 Score: 614
Period size: 181 Copynumber: 3.8 Consensus size: 177
27474 ATAACTTTTC
* * *
27484 GAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAATCAATTGTTTTTATTCA
1 GAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
* * * * * * * *** *
27549 TACAAGCATATTCAAAATAAAATAATATTATTTTATTAATGTTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGA
66 CACAAACTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAAGT-AGA-A
* * * * *
27614 TTTAAAAAATAAATATGTTTGCTGAGTAAGTTCAAATAGTTATAATTGTTT
129 TTTAAAAAATAAATCTATTTACTGA-AAAGTTCAAATAGTTAT-ATTATTT
* * * * * *
27665 GAACAATTAT-TCATTTAAAATAGTTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAGCCATTATTTCTATTC
1 GAACAATTATCT-ATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTC
** * * *
27729 ACACAAGTTTATTCAGAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAAGTAATAGGTAGGCA
65 ACACAAACTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAAGTA-G-A
* ** * * *
27794 ATTTAAAAAATAAATCTACTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTT
128 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-AAGTTCAAATAGTTATAT-TATTT
* * * * * *
27846 GAGCAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTC
1 GAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTC
** * * * * *
27910 ATGCAAAATTTTTTAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG-AG-AT
65 ACACAAACTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAAGTAGAAT
* *
27973 TTAAAAACTAAATCTATTTACTGAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
130 TTAAAAAATAAATCTATTTACTGAAA-AGTTCAAATAGTTAT-ATTATTT
* * * * *
28023 GAATAATTATCTATCTT-AAATTGTTATGATC-TTTATTTTATCATAAAATAATTGTTTCTTTTC
1 GAACAATTATCTAT-TTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTC
* * * * **
28086 ATACAAACTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATT-CCAAAACTTAATAAGTAAGA
65 ACACAAACTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAA-TTAATAAGT-AGA
*
28150 GATTTAAAAAATAAATGTATT
128 -ATTTAAAAAATAAATCTATT
28171 AGCGAAACTA
Statistics
Matches: 408, Mismatches: 82, Indels: 33
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 4 0.01
176 73 0.18
177 64 0.16
178 4 0.01
179 1 0.00
180 22 0.05
181 237 0.58
182 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
GAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
CACAAACTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAAGTAGAATT
TAAAAAATAAATCTATTTACTGAAAAGTTCAAATAGTTATATTATTT
Found at i:28238 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 28215--28271 Score: 57
Period size: 18 Copynumber: 3.3 Consensus size: 18
28205 TCATAAAACA
28215 TATTTAAATAGTTATGAC
1 TATTTAAATAGTTATGAC
* * *
28233 TATTTAAACAATTAT--T
1 TATTTAAATAGTTATGAC
28249 TATTTCAAATAGTTATGAC
1 TATTT-AAATAGTTATGAC
28268 -ATTT
1 TATTT
28272 TGTTTTGTCA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 6, Indels: 6
0.71 0.14 0.14
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.17
17 8 0.27
18 17 0.57
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.07, T:0.47
Consensus pattern (18 bp):
TATTTAAATAGTTATGAC
Found at i:28664 original size:178 final size:178
Alignment explanation
Indices: 28220--28824 Score: 485
Period size: 178 Copynumber: 3.4 Consensus size: 178
28210 AAACATATTT
* * *
28220 AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATT-TATTTCAAATAGTTATGACATTTTGTTTTGTCATA
1 AAATAGTTATGACTAGTTAAACAATTATTCTATTTCAAATAGTTAAGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * * * * * *
28284 AACCAATTGTTTCTGTTCATACACGCATAT-TC-GAAATAAAATAATACTAGTTTATTCATATTT
66 AAACAAATATTTCTGTTCATAGA--AATTTGTCAGAAATAAAATAATATTAATCTATTAACATTT
** * * * ** * *
28347 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACTGAGCA-AGTTT
129 TGAAAATTAATAAG----ACATTT-AAAAAATAAATCTATTTTCCCA-AATAGTTC
* * * *
28402 AAATAGTTATGATTAGTTAAACAATTATTTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATA
1 AAATAGTTATGACTAGTTAAACAATTATTCTATTTCAAATAGTTAAGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * *
28467 AAACAATTGTTTCTGTTCATGCGAAATTAT-TCA-AAATAAAATAATATTTATCTATTAATATTT
66 AAACAAATATTTCTGTTCAT-AGAAATT-TGTCAGAAATAAAATAATATTAATCTATTAACATTT
*
28530 TGAAAATTAATAAGACATTTAAAAATTAAATCTATTTTCCCAAATAGTTC
129 TGAAAATTAATAAGACATTTAAAAAATAAATCTATTTTCCCAAATAGTTC
* * **
28580 AAATAGTTATGACTA-TTATGAATAATTA-TCTATTTCAAATTGTTAAGACCTTTTGTTTTGTTG
1 AAATAGTTATGACTAGTTA--AACAATTATTCTATTTCAAATAGTTAAGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * *
28643 TATAACAAATATTTTTGTTCATATAAGTTTGTTAGGAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTT
64 TAAAACAAATATTTCTGTTCATAGAAATTTGTCAGAAATAAAATAATATTAATCTATTAACATTT
* * * *
28708 TGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCAAACCAGTTT
129 TGAAAATTAATAAGACATTTAAAAAATAAATCTATTTTCCCAAA-TAGTTC
* ** ** * * * * *
28758 AATTAGTTACAAGAATTTGAACAATTGTT-TATTTCAAATTGTTATGACCATTTT-TTTTGTCAT
1 AAATAGTTATGACTAGTTAAACAATTATTCTATTTCAAATAGTTAAGACC-TTTTGTTTTGTCAT
28821 AAAA
65 AAAA
28825 GAATTGTTTC
Statistics
Matches: 349, Mismatches: 61, Indels: 31
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
176 1 0.00
177 53 0.15
178 159 0.46
179 14 0.04
182 29 0.08
183 92 0.26
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
AAATAGTTATGACTAGTTAAACAATTATTCTATTTCAAATAGTTAAGACCTTTTGTTTTGTCATA
AAACAAATATTTCTGTTCATAGAAATTTGTCAGAAATAAAATAATATTAATCTATTAACATTTTG
AAAATTAATAAGACATTTAAAAAATAAATCTATTTTCCCAAATAGTTC
Found at i:29272 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 28220--29854 Score: 1224
Period size: 181 Copynumber: 9.1 Consensus size: 179
28210 AAACATATTT
* * * *
28220 AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGACATTTTGTTTTGTCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACTTATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * *
28284 AACCAATTGTTTCTGTTCATACACGCATA-TTCGAAATAAAATAATACTAGTTTATTCATATTTC
65 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAATTTATTAATA-TTC
* * * *
28348 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACTGAGCAAGTTT
127 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTC
* * * * * *
28402 AAATAGTTATGATTAGTTAAACAATTATTTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTCAT
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-CTTATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * *
28466 AAAACAATTGTTTCTGTTCATGCGAA-ATTA-TTCAAAATAAAATAATATTTATCTATTAATATT
64 AAAACAATTGTTTCTATTCATAC-AAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAATTTATTAATA-T
** * * **
28529 TTGAAAATTAATAAG----ACATTTAAAAATTAAATCTATTT-TCCCAA-ATAGTTC
125 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAT-TGAACA-AGTTC
* ** **
28580 AAATAGTTATGACTATTATGAATAATTA-TCTATTTCAAATTGTTA-AGACCTTTTGTTTTGTTG
1 AAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTACT-TATTTCAAATCATTATA-ACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * * * *** *
28643 TATAACAAATATTTTTGTTCATATAAGTTTGTTAGGAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTT
63 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATA-TT
** *** * *
28708 TGAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTT
126 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTC
* ** ** ** ** *
28758 AATTAGTTACAAGAATTTGAACAATTGTTTATTTCAAATTGTTATGACCATTTT-TTTTGTCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACTTATTTCAAATCATTATAACC-TTTTGTTTTGTCATA
* * * * *
28822 AAAGAATTGTTTCTATTGATGCAA-CTT-TATTCGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTC
65 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TTC-AAATAAAATAAT-ATAATTTATTAATATTC
* * * * *** * *
28885 TGAAAATTAATAAGTAACGAA-ATTAAAAAAATGAATCTGTTGGCCTGATCAA-TGC
127 -AAAAATTAATAAGTAA--AAGATTTAAAAAATAAATCTATT-TATTGAACAAGTTC
* * * * *
28940 AAATAGTTATGACTAATTGTACAA-TAATCTATTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCACA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACT-TATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
* ** * * * * *
29004 AAACAATTATTTCTATTTGTACTAGCATA-TTCGGAATAACATAATTTTAATTTATTAATATTCC
65 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAA-TATAATTTATTAATATT-C
* * * *
29068 AAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTATTGAACAAGTTT
127 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTC
* * * *
29121 AAATGGTTATGACTATTTTAACAATTACATATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACTTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * *
29186 AATAATTTTTTCTATTCATGCAAGCTTATTTCAATTAAAATAATACAATTTATTAATCTTCAAAC
66 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAATTTATTAATATTCAAA-
* * * * ** *
29251 CATTAAAAAGTAAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAATAAGTTC
130 AATTAATAAGT-AAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTC
* * * * *
29302 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATATT-AAATCATTTTGACATTTTCTTTTGTCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACTTAT-TTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * **
29366 AAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCATATTAAAATAATATTAATTAATTAATATTTG
65 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCA
* * * * *
29430 ATAACTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTC
128 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTC
* * * * * * **
29482 ACATAGTCATAACTATTTAAATACTTA-TCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTCATCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACT-TATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * *
29546 AAACAATTGTAT-TAGCTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTGT
65 AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATT-C
* * * * * * *
29610 AAAAATTAATAAATAAGATATTTAAAAAATGAATTTATTTACTAAACAAGTTC
127 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTC
* ** * *
29663 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTTTTTTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TTACTTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
* ** * *
29728 AAATAATTGTTTCTGCTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATATAAATTATTAATATTTCAA
65 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAATTTATTAATA-TTCAA
* * *
29793 AAAATAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTTTTGAACATGTT-
129 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTC
29842 AAATAGTTATGAC
1 AAATAGTTATGAC
29855 CTTTTGCTTT
Statistics
Matches: 1151, Mismatches: 252, Indels: 103
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.00
176 5 0.00
177 88 0.08
178 166 0.14
179 35 0.03
180 188 0.16
181 323 0.28
182 236 0.21
183 108 0.09
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACTTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAATTTATTAATATTCAAAA
ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTC
Found at i:29588 original size:361 final size:359
Alignment explanation
Indices: 28220--29848 Score: 1196
Period size: 361 Copynumber: 4.5 Consensus size: 359
28210 AAACATATTT
*
28220 AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTAT-TTCAAAT-AGTTATGACATTTTGTTTTGTCAT
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATATT-AAATCA-TTATGACATTTTGTTTTGTCAT
* * * * * *
28283 AAACCAATTGTTTCTGTTCATACACGCATATTCGAAATAAAATAATACTAGTTTATTCATATTTC
64 AAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATATTA-ATTATTAATATTT-
* * * * * * * *
28348 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACTGAGCAAGTTTAAATAGTTATG
126 AAAAAATAATAAGTAAAAGATTT-TAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTCATA
* * ** * * * **
28413 ATTAGTTAAACAATTATTTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
190 ACTATTTAAACAATTA-CATATTTCAAATCA-CTATAACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGT
* ** * * * * * ***
28477 TTCTGTTCATGCGAA-ATTA-TTCAAAATAAAATAATATTTATCTATTAATATTTTGAAAA-T--
253 ATCTACTCATAC-AAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTGCAAAAATTAA
* * * * * * *
28537 T-AATAAGACATTTAAAAATTAAATCTATTTTCCCAAA-TAGTTC
316 TAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATTTA-TTTACTAAACAAGTTC
* * ** * * **
28580 AAATAGTTATGACTATTATGAATAATTATCTAT-TTCAAATTGTTAAGACCTTTTGTTTTGTTGT
1 AAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTATTTATATT-AAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * * *
28644 ATAACAAATATTTTTGTTCATATAAGTTTGTT-AGGAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTT
64 AAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCA--AATAAAATAATATTAA-TTATTAATATTT
** * * *** * * * * *
28708 TGAAAAT--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTTAATTAGTTACAA
126 AAAAAATAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTCATAA
** * *** *** * ** * *
28770 GAATTTGAACAATTGTTTATTTCAAATTGTTATGACCATTTT-TTTTGTCATAAAAGAATTGTTT
191 CTATTTAAACAATTACATATTTCAAATCACTATAACC-TTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTAT
* * * * * *
28834 CTATTGATGCAA-CTT-TATTCGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATT-CTGAAAATTAAT
255 CTACTCATACAAGCTTAT-TTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTGC-AAAAATTAAT
* * * * * ** * * *
28896 AAGTAACGAA-ATTAAAAAAATGAATCTGTTGGCCTGATCAA-TGC
317 AAATAA--AAGATTTAAAAAATAAATTTATT-TACTAAACAAGTTC
* * * * * * * *
28940 AAATAGTTATGACTAATTGTACAATAATCTATTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCACAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATATTAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAA
* * ** * * * * * *
29005 AACAATTATTTCTATTTGTACTAGCATATTCGGAATAACATAATTTTAATTTATTAATATTCCAA
66 AACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATATTAA-TTATTAATATT-TAA
** * * * * *
29070 AAGTTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAACTAAATCTATTTATTGAACAAGTTTAAATGGTTATGAC
128 AAAATAATAAGTAAAAGATTTTAAAAA-TAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTCATAAC
* ** * * *
29134 TATTTTAACAATTACATATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCT
192 TATTTAAACAATTACATATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATCT
* * * * *
29199 ATTCATGCAAGCTTATTTCAATTAAAATAATAC-AATTTATTAATCTT-CAAACCATTAA-AAAG
257 ACTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTGCAAA-AATTAATAAA-
* *
29261 TAAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TCAAATAAGTTC
320 T-AAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACT-AAACAAGTTC
* *
29302 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATATTAAATCATTTTGACATTTTCTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATATTAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAA
* * * *
29367 AACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCATATTAAAATAATATTAATTAATTAATATTTGAT
66 AACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATATTAATT-ATTAATATTTAAA
* * * *
29432 AACTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCACATAGTCATAACTA
129 AAATAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTA
* * *
29497 TTTAAATACTTATC-TATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTAT-TA
194 TTTAAACAATTA-CATATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATCTA
* * * *
29560 GCTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTGTAAAAATTAATAAATA
258 -CTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTGCAAAAATTAATAAATA
* * *
29625 AGATATTTAAAAAATGAATTTATTTACTAAACAAGTTC
322 AAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAACAAGTTC
* *
29663 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATT-TTTTTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCAT
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATA-TT-AAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCAT
* * *
29727 AAAATAATTGTTTCTGCTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATATAAATTATTAATATTTCA
64 AAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT-CAAATAAAATAATATTAATTATTAATATTT-A
* * *
29792 AAAAATAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTTTTGAACATGTT-AAATAGT
127 AAAAATAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGT
29849 TATGACCTTT
Statistics
Matches: 1013, Mismatches: 208, Indels: 96
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
354 4 0.00
355 80 0.08
356 49 0.05
357 9 0.01
358 4 0.00
359 86 0.08
360 75 0.07
361 316 0.31
362 269 0.27
363 114 0.11
364 6 0.01
365 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (359 bp):
AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATATTAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAA
AACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATATTAATTATTAATATTTAAAAA
ATAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATT
TAAACAATTACATATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATCTACTC
ATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTGCAAAAATTAATAAATAAAAG
ATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAACAAGTTC
Found at i:29866 original size:143 final size:145
Alignment explanation
Indices: 29705--29968 Score: 408
Period size: 143 Copynumber: 1.8 Consensus size: 145
29695 TTTCAAATCA
* * *
29705 TTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAT-AATTGTTTCTGCTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAA
1 TTATGACATTTTGCTTTGTCAT-AAATCAATTGTTTCTGCTCATACAAGCATATTCAAAATAAAA
* *
29769 TAATA-TAAATTATTAATATTTCAAAAAATAATAAGT-AAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTT
65 TAATACTAAATTATTAATATTCCAAAAAATAATAAATAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTT
29832 TGAACATGTTAAATAG
130 TGAACATGTTAAATAG
* *
29848 TTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAATCAATTGTTTCTGTTCATACAAGCATATTCAAAATAAAAT
1 TTATGACATTTTGCTTTGTCATAAATCAATTGTTTCTGCTCATACAAGCATATTCAAAATAAAAT
* * *
29913 AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAATAAAAAATTTTAAAAATAAAT
66 AATACTAAATTATTAATATTCCAAAAAATAATAAATAAAAAATTTAAAAAATAAAT
29969 TTGTTCACCG
Statistics
Matches: 108, Mismatches: 10, Indels: 4
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
142 4 0.04
143 59 0.55
144 27 0.25
145 18 0.17
ACGTcount: A:0.45, C:0.09, G:0.06, T:0.39
Consensus pattern (145 bp):
TTATGACATTTTGCTTTGTCATAAATCAATTGTTTCTGCTCATACAAGCATATTCAAAATAAAAT
AATACTAAATTATTAATATTCCAAAAAATAATAAATAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTTT
GAACATGTTAAATAG
Found at i:30172 original size:506 final size:503
Alignment explanation
Indices: 29357--30357 Score: 1163
Period size: 506 Copynumber: 2.0 Consensus size: 503
29347 GACATTTTCT
* * * * *
29357 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCATATTAAAATAATATTAATTAATT
1 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAATTAATT
** * * * * ** * *
29422 AATATTTGATAACTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCACATA
66 AATATTCAAAAACTAATAAATAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTCACCGAACAAGTTAAAATA
*
29487 GTCATAACTATTTAAATACTTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTCATCATAAAACAA
131 GTCATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTCATCATAAAACAA
* * * * *
29552 TTGTATTAGCTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTGTAAAAATT
196 TTATATTAGCTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTGTAAAAATT
* * * * * *
29617 AATAAATAAGATATTTAAAAAATGAATTTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
261 AATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTA
* * * * *
29682 AATAATTTTTTTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGCTCA
326 AACAA-TTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTAGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTGCTCA
** *
29747 TACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATA-TAA-ATTATTAATATTTCAAAAAATAATAAGTAAAAA
390 TACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATA-TATTAATATTTCAAAAAATAATAAG---AAA
* *
29810 TTTAAAAAATAAATCTATTTTTTG-AACA-TGTTAAATAGTTATGACCTTTTGC
451 TTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAAACAGT-TTAAATAGTTATGACCTTTTGC
* *
29862 TTTGTCATAAATCAATTGTTTCTGTTCATACAAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
1 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAATTAATT
* * **
29927 AATATTCCAAAAATTAATAAATAAAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTCACCGAGTAAGTTAAAAT
66 AATATT-CAAAAACTAATAAATAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTCACCGAACAAGTTAAAAT
* ** * * * * * * *
29992 AGTTATGGCTGTTTTAATAATTTTTTATTTTAAAT-AGTTATAATCTTTTGTTTTATCATAAAAC
130 AGTCATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTGTTTCATCATAAAAC
* * * *
30056 AATTATTTCTA-TTCATACAAG-TTCATTAGAAATAAAATATTACTAATTTACTAATATTTTAAA
194 AATTATAT-TAGCTCATACAAGCTT-ATTAGAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTGTAAA
* * * * * * *
30119 AATTAA-AAGGTAGGAGATTTAAAACATAAATCTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTCATGTCT
257 AATTAATAA-ATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACT
* *
30183 ATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTAGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTG
321 ATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTAGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTG
* * * * ** * *
30248 TTCATGCAAAATTATTCAAAATAAATTAATACTGATATATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGA
386 CTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTTCAAAAAATAATAAGAAA
**
30313 TTTAAAATCTAAATCTATTTATCGAAACAGTTTAAATAGTTATGA
451 TTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAAACAGTTTAAATAGTTATGA
30358 TTATTTGAAC
Statistics
Matches: 411, Mismatches: 76, Indels: 19
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
503 22 0.05
504 18 0.04
505 144 0.35
506 224 0.55
507 3 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (503 bp):
TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAATTAATT
AATATTCAAAAACTAATAAATAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTCACCGAACAAGTTAAAATA
GTCATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTCATCATAAAACAA
TTATATTAGCTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTGTAAAAATT
AATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTA
AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTAGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTGCTCAT
ACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTTCAAAAAATAATAAGAAATTTAA
AAAATAAATCTATTTATCGAAACAGTTTAAATAGTTATGACCTTTTGC
Found at i:30529 original size:357 final size:350
Alignment explanation
Indices: 29848--32800 Score: 1667
Period size: 357 Copynumber: 8.3 Consensus size: 350
29838 TGTTAAATAG
* * * * * *
29848 TTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAATCAATTGTTTCTGTTCATACAAGCATATTCAAAATAAAAT
1 TTATGACATTTAGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAAT
** * * * * ** *
29913 AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAATAAAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTCACC
66 AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAA-T--T-AATAAGAGA-TTT-AAAATAAATCTATTTGCT
** * * * * * * * * *
29978 GAGTAAGTTAAAATAGTTATGGCTGTTTTAATAATTTTTTATTT-TAAATAGTTATAATCTTTTG
125 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATA-TTATGATC-TTTG
* *
30042 TTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAG-TTCATTAGAAATAAAATATTACTAATTTA
188 TTTTGTCATAAAACAATTATTTCT-TTCATACAAGCTT-ATTAGAAATAAAA-A-AACTAATTTA
* * * * * * *
30106 CTAATATTTTAAAAATTAA-AAGGTAGGAGATTTAAAACATAAATCTGTTTACCGAATAAGTTCA
249 TTAATA-TTCAAAAATTAATAA-GTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAA-TTCA
* * *
30170 AATAGTCATGTCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCG
311 AATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
30210 TTATGACCTTTAGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTGTTCATGCAAAATTATTCAAAATAAATT
1 TTATGACATTTAGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAAT
* * * *
30275 AATACTGATATATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAATCTAAATCTATTT-ATCGAA
66 AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAA--TAAATCTATTTGCT-GAA
* * * * *
30339 -ACAGTTTAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTA-TCCAAAATAGTTACGATCTTTATTT
128 CA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATA-TTATGATCTTTGTTT
* * * * *
30402 TGTCATAAAACAATTGTTTCTTTCCATACAAGCTTATTCGGATTAAAAAAACGCTAATTTAATAA
191 TGTCATAAAACAATTATTTCTTT-CATACAAGCTTATTAGAAATAAAAAAA--CTAATTTATTAA
* * **
30467 TATTCAAAAAATTAGTATGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCGAACCAATTCAAATAG
253 TATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAA-CAATTCAAATAG
* * * * *
30532 TTAAGACTATTAAAACAATTATTTAATTGAAATCA
316 TTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * ** * ** *
30567 TTCTGACCTTTTGTTTAT-TCATAAAATGATTATTTAAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
1 TTATGACATTTAGTTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAA
* ** * * * *
30631 TAATACTAATTTATTAACATTCGAAAAATTAGTGAGCAAAAGATTTTAAAAAAAATCTGTTTGCT
65 TAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTA---A-TAAGAGA-TTTAAAATAAATCTATTTGCT
* * * * *
30696 GAACAAGTTCAAATAGATT-TGATTGTTTGAACAATTATCCATTT-AAAGTCATTATGACCTTTT
125 GAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGATC-TTT
* * * * * *
30759 GTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATAAAATCTTATTAGAATATAATAATACTACTTTAT
187 GTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-TTTCATACAAGCTTATTAGAA-ATAAAAAAACTAATTTAT
* *
30824 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAAGTTAT-TTT-TCGAACCAGTTCA
250 TAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA--TATGTTTATCGAA-CAATTCA
* ** *
30887 AATAGTTATGACTATTTAAACAAATATGAATCTCAAATCA
311 AATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCA
** * * ** *
30927 TTATGATTTTTA-TTTTCTCATGAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGCTTATTC-AAATAAAAA
1 TTATGACATTTAGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATTCAAAAT-AAAA
* ** * * * *
30990 TAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTCATAAGAGATTTAAAATAAATGTGTTTGCTGAACT
65 TAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAATAAATCTATTTGCTGAACA
* * ** * * * *
31055 AGTTCAAATAGCTAAGACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATTATTTTGA-CTTTTGTTTAGT
130 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGATC-TTTGTTTTGT
* * * * * *
31119 CATATAATAATTGTTT-TAGTTGATACAAGCTTATTTGAAAAAAAAAACAATACTAATTTATTAA
194 CATAAAACAATTATTTCT--TTCATACAAGCTTA-TT-AGAAATAAAA-AA-ACTAATTTATTAA
* * * * *
31183 CT-TTCAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTATTGAAAAAGTTCAAAT
253 -TATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTATCGAACAA-TTCAAAT
** *
31247 AGTTATGACTATTTGTACAATTATCTATTTAAAATCA
314 AGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCA
*
31284 -TATGATCATTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTTCATA-AAAGCTTATCCAAAATA
1 TTATGA-CATTTAGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-G-TTCATACAAA-CTTATTCAAAATA
* * * * *
31345 AAATAATGCTACTATATTAAT-TTTTCAAAAATTAATAAGATATTTAAAAAATAAATC-AGTTTA
62 AAATAATACTAATTTATTAATATTTT-AAAAATTAATAAGAGATTT--AAAATAAATCTA-TTTG
* * * * * * * * * *
31408 TTGAATC-GGTTCAAATAATTTTGGCCATTTGAACAATAATCTATTTC-AAATCATTCTTACCTT
123 CTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGATC-T
* *
31471 TTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TTCAACATACAAGCTTATTCA-AAATAAAGTAAACTAAT
185 TTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTT--TCATACAAGCTTATT-AGAAATAAA-AAAACTAAT
* * * *
31534 TTATTAATATTTCAAGAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAATCAGTT
246 TTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAA-CAATT
* * * **
31595 CAAATAGCTATGACTATTTGAACATTTATCTATTTCAAATTG
309 CAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * *
31637 TTATAACATTTTGTTCTATCATAAAATAATTGTTTCTGGTCATATAAACTTATTCAGAATAAAAT
1 TTATGACATTTAGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAAT
* * * *
31702 AATACTAATTTAGTAATATTTTAAAAATTAATAACTTAAAAATTTTAAAAATAAATCCATTTGCT
66 AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-A---AGAGA-TTT-AAAATAAATCTATTTGCT
* * * * * *
31767 -ATACCAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTC-----A--A-G--C-TT-A
125 GA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGATCTTTGT
**** * ** *
31819 TTCAAAATAGAACAATTATTTCAACTCATACAAGCTTATTCAG-AATAGAATAAAACTAATTCAT
189 TTTGTCATAAAACAATTATTTC-TTTCATACAAGCTTATT-AGAAATA-AA-AAAACTAATTTAT
* * * * * * * *
31883 TAATATTTC-AAAATT--TTA-TAAGAGATTTAGAGAATAATTCTATTTATTGAATCAACTCAAA
250 TAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAA-CAATTCAAA
* * * *
31944 TAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCA
313 TAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * ** *
31982 TTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGA-TCAAAGTAAAA
1 TTATGACATTTAGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTT-ATTCAAAAT-AAA
* * *
32046 AAAAAACTAATTTATTAATA-TTTAGAAAATTAATCCGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
64 ATAATACTAATTTATTAATATTTTA-AAAATTAA----TAAGAGATTT--AAAATAAATCTATTT
* ** * * * * * * * * * *
32110 ACCAAACCATTTTAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTT
122 GCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGATC-TT
* * * ** * **
32175 TATTTTGTCATCAAATAATTGGTTCTATTCATACTATTTTATTCA-AAATAAAATAATACTAATT
186 TGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCT-TTCATACAAGCTTATT-AGAAATAAAA-AA-ACTAATT
* * * * ** * ** * *
32239 TAATAATATTCTGAAACTCAATAACCAA-A-ATTTAAAAAATAAATCTAATTGTCGAACCAGTTC
247 TATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAA-CAATTC
* * * * * * *
32302 ATATAGTTAAGGCTATGTGAACGATTATCTATTTCAAATCG
310 AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCA
* ** * * * ** *
32343 TTATGACCTTTTCTTTTATCATAAAACAATTATTT-TGTTTATA-AAAGCTTATTCGGATTAAAA
1 TTATGACATTTAGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAA-CTTATTCAAAATAAAA
* * * * * * ** **
32406 TATTACTAATTTAATAATATTTCAACAATTAATAAGATATTTAAAAAATAAATTTGCTTATTGAA
65 TAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTT--AAAATAAATCTATTTGCTGAA
* * * * * *
32471 TC-AGTTCAAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTC-AAATCATTTTGATATTCTGT
128 -CAAGTTC-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGATCTT-TGT
* * * * * * * *
32534 TTAGTCTTAAAATAA-AATTTTCAATTCATACAAGCCTATTCAG-AATAAATTAATATTAATTTA
189 TTTGTCATAAAACAATTA-TTTC-TTTCATACAAGCTTATT-AGAAATAAA--AAAACTAATTTA
* ** * * * *
32597 TTAACATTTGGAAAATTAATAAGAAAAAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTA-CTGAAAAAGTTC
249 TTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTATC-GAACAA-TTC
* * * * * **
32661 AAATAGTTATTATTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTG
310 AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
32702 TTATAACCTTTTA-ATTTGTCATAAAAAAATTGTTTCAGTTCATA-AAAGCTTATCCAAAATAAA
1 TTATGA-CATTTAGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAA-CTTATTCAAAATAAA
* *
32765 ATAATACTAA-TTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAG
64 ATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG
32801 TAAGAGTTTA
Statistics
Matches: 2020, Mismatches: 438, Indels: 269
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
344 39 0.02
345 147 0.07
346 83 0.04
347 2 0.00
349 1 0.00
350 1 0.00
352 1 0.00
353 146 0.07
354 106 0.05
355 58 0.03
356 152 0.08
357 345 0.17
358 151 0.07
359 253 0.13
360 253 0.13
361 181 0.09
362 99 0.05
363 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (350 bp):
TTATGACATTTAGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAAT
AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAATAAATCTATTTGCTGAACAA
GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGATCTTTGTTTTGTCA
TAAAACAATTATTTCTTTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAAAAACTAATTTATTAATATTCAAA
AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAATTCAAATAGTTATGACTAT
TTAAACAATTATCTATTTCAAATCA
Found at i:30686 original size:867 final size:866
Alignment explanation
Indices: 28973--30688 Score: 1831
Period size: 867 Copynumber: 2.0 Consensus size: 866
28963 ATAATCTATT
* ** * **
28973 TTAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTATTTCTATTTGTACTAGCATATTCGG
1 TTAAATCATTATAACCTTTTGCTTTGTCACAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCATATTCAA
* ** * * * *
29038 AATAACATAATTTTAATTTATTAATATTCCAAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATC
66 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAATAAAAAATTTAAAAACTAAATC
* ** * *
29103 TATTTATTGAACAAGTTTAAATGGTTATGACTATTTTAACAATTACATATTTCAAATCACTATAA
131 TATTCACCGAACAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTTAACAATTACATATTTCAAATCACTATAA
* * * * * *
29168 CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATGCAAGCTTATTTCAATTAAAATAATACA
196 CCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTACAAATAAAATAATACA
* * * *
29233 ATTTATTAATCTTCAAACCATTAAAAAGTAAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAATAA
261 ATTTACTAATCTTCAAACAATTAAAAAGTAAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAA
* * * * *
29298 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATATTAAATCATTTTGACATTTTCTTTTGTC
326 GTTCAAATAGTCATGACTATTTAAACAATTATCTATATTAAATCATTATGACATTTACTTTTGTC
* * ** * * *
29363 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCATATTAAAATAATATTAATTAATTAATATT
391 ATAAAAAAATTGTTTCTGTTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTAATTAATATT
* * *
29428 TGATAACTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCACATAGTCATA
456 TGATAAC-AATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATA
* * * *
29493 ACTATTTAAATACTTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTAT
520 ACTATTTAAACAATTATCTATTCCAAATCATTACAACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTAT
* * * * * * **
29558 TAGCTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTGTAAAAATTAATAAA
585 TAGCTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAAAACACTAATTTAATAATATTCAAAAAATTAATAAA
* * * * * ** *
29623 TAAGATATTTAAAAAATGAATTTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
650 TAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACGAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAAAACAAT
* * * **
29688 TTTTTTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGCTCATACAAG
715 TTATTTAATTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTAAGCTCATACAAG
* * *
29753 CTTATTCCAAATAAAATAATATAAATTATTAATATTTCAAAAAATAATAAGTAAAAATTTAAAAA
780 CTTATTCAAAATAAAATAATATAAATTATTAACATTTCAAAAAATAATAAGCAAAAATTTAAAAA
29818 ATAAATCTATTTTTTGAACATG
845 ATAAATCTATTTTTTGAACATG
* * * * *
29840 TTAAAT-AGTTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAATCAATTGTTTCTGTTCATACAAGCATATTCA
1 TTAAATCA-TTATAACCTTTTGCTTTGTCACAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCATATTCA
29904 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAATAAAAAATTTTAAAAA-TAAA
65 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAATAAAAAA-TTTAAAAACTAAA
* * ** * * * *** * *
29968 TTTGTTCACCGAGTAAGTTAAAATAGTTATGGCTGTTTTAATAATTTTTTATTTTAAAT-AGTTA
129 TCTATTCACCGAACAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTTAACAATTACATATTTCAAATCA-CTA
* * *
30032 TAATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAG-TTCATTAGAAATAAAATAT
193 TAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTT-ATTACAAATAAAATAA
* * * ** *
30096 TACTAATTTACTAATATTTTAAA-AATTAAAAGGT-AGGAGATTTAAAACATAAATCTGTTTACC
257 TAC-AATTTACTAAT-CTTCAAACAATTAAAAAGTAAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC
* * * * *
30159 GAATAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTAAACAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGACCTTTAG
320 AAATAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAACAATTATCTATATT-AAATCATTATGACATTTAC
* * *
30223 TTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTGTTCATGCAAAATTATTCAAAATAAATTAATACTGA-TATA
384 TTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTGTTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTA-A
* * * * *
30287 TTAATATTTTGA-AA-ATTAA-TAAGAGA-TTTAAAATCTAAATCTATTTATCGAA-ACAGTTTA
448 TTAATA-TTTGATAACAATAAGTAAAAGATTTTAAAA-ATAAATATATTTATCGAACA-AGTTCA
* * * * * * *
30347 AATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTA-TCCAAAAT-AGTTACGATCTTTAT-TTT-GTCAT
510 AATAGTCATAACTATTTAAACAATTATCTATTCC-AAATCA-TTACAACCTTT-TGTTTCATCAT
*** * * *
30408 AAAACAATTGT-TTCTTTCCATACAAGCTTATTCGGATTAAAAAAACGCTAATTTAATAATATTC
572 AAAACAATTGTATTAGCT-CATACAAGCTTATTCGAAATAAAAAAACACTAATTTAATAATATTC
* ** * * *
30472 AAAAAATTAGTATGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCGAACCAA-TTCAAATAGTTAA
636 AAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTT-ACGAAACAAGTTCAAATAGTTAA
* * * *
30536 GACTATTAAAACAA-TTATTTAATTGAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAT-TCATAAAATGATTA
700 GACTATTAAAACAATTTATTTAATTCAAATCATTATGACATTTTGTTT-TGTCATAAAATAATTA
* * * *
30599 TTTAAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCGAAAAATTAG
764 TTTAAGCTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAAATTATTAACATTTC-AAAAAATAA
* *
30663 TGAGCAAAAGATTTTAAAAA-AAATCT
827 TAAGCAAAA-ATTTAAAAAATAAATCT
30689 GTTTGCTGAA
Statistics
Matches: 690, Mismatches: 139, Indels: 44
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
862 79 0.11
863 150 0.22
864 78 0.11
865 5 0.01
866 8 0.01
867 333 0.48
868 32 0.05
869 5 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (866 bp):
TTAAATCATTATAACCTTTTGCTTTGTCACAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCATATTCAA
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAATAAAAAATTTAAAAACTAAATC
TATTCACCGAACAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTTAACAATTACATATTTCAAATCACTATAA
CCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTACAAATAAAATAATACA
ATTTACTAATCTTCAAACAATTAAAAAGTAAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAA
GTTCAAATAGTCATGACTATTTAAACAATTATCTATATTAAATCATTATGACATTTACTTTTGTC
ATAAAAAAATTGTTTCTGTTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTAATTAATATT
TGATAACAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATAA
CTATTTAAACAATTATCTATTCCAAATCATTACAACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATT
AGCTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAAAACACTAATTTAATAATATTCAAAAAATTAATAAAT
AAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACGAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAAAACAATT
TATTTAATTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTAAGCTCATACAAGC
TTATTCAAAATAAAATAATATAAATTATTAACATTTCAAAAAATAATAAGCAAAAATTTAAAAAA
TAAATCTATTTTTTGAACATG
Found at i:31588 original size:176 final size:177
Alignment explanation
Indices: 29848--31735 Score: 1431
Period size: 181 Copynumber: 10.6 Consensus size: 177
29838 TGTTAAATAG
* * * * *
29848 TTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAATCAATTGTTTCTGTTCATACAAGCATATTCAAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * * * * **
29913 AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAATAAAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTCACC
66 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--T-AATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATT
* * * * * * * * * *
29978 GAGTAAGTTAAAATAGTTATGGCTGTTTTAATAATTTTTTATTTTAAAT-A
127 GAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
30028 GTTATAATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCT-ATTCATACAAG-TTCATT-AGAAATA
1 -TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGA-TCATACAAGCTT-ATTCA-AAATA
* * * * *
30090 AAATATTACTAATTTACTAATATTTTAAAAATTAAAAGGTAGGAGATTTAAAACATAAATCTGTT
62 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT--AA--TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
** * * * * *
30155 TACCGAATAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCG
123 TATTGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * ** *
30210 TTATGACCTTTAGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTGTTCATGCAAAATTATTCAAAATAAATT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * ** ** * * *
30275 AATACTGATATATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAATCTAAATCTATTTATCGAAA
66 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAAT
* * *
30340 CAGTTTAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTA-TCCAAAAT-A
131 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCA
* * * ** *
30386 GTTACGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTT--TCCATACAAGCTTATTCGGATTAA
1 -TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGAT-CATACAAGCTTATTCAAAATAA
* ** * *
30448 AAAAACGCTAATTTAATAATA-TTCAAAAAATTAGTATGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTT
63 AATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTA--A--TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
*** * * * ** * * *
30512 TGCCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAAAACAATTATTTAATTGAAATCA
123 TATTGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* ** * ** *
30567 TTCTGACCTTTTGTTTAT-TCATAAAATGATTATTTAAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * * *
30631 TAATACTAATTTATTAACA-TTCGAAAAATTAGTGAGCAAAAGATTTTAAAAA-AAATCTGTTTG
65 TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTA---A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * *
30694 CTGAA-CAAGTTCAAATAGATT-TGATTGTTTGAACAATTATCCATTT-AAAGTCA
125 TTGAATC-AGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCA
* ** * * * *
30747 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTCAATTCATAAAATCTTATT-AGAATATAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGA-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * *
30810 TAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAAGT-TATTT-
65 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTGTTTA
* * * ** *
30873 TTCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAATATGAATCTCAAATCA
125 TT-GAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
30927 TTATGA-TTTTTATTTTCTCATGAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGCTTATTC-AAATAAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAA
* * * * **
30990 TAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTCATAAGAGATTT--AAAATAAATGTGTTTGCTGAA
65 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAA
* * ** * *
31053 -CTAGTTCAAATAGCTAAGACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATTA
130 TC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * *
31101 TTTTGA-CTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTTAGTTGATACAAGCTTATTTGAAAAAAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTA-TT-CAAAATAAA
* * *
31165 ACAATACTAATTTATTAA-CTTTCAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTT
64 ATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT-A--A-GAGATTT-AAAAAATAAATCTGTT
** * *
31229 TATTGAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGTACAATTATCTATTTAAAATCA
123 TATTGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
31284 -TATGATCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG-ATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * * * *
31348 TAATGCTACTATATTAATTTTTCAAAAATTAATAAGATATTTAAAAAATAAATCAGTTTATTGAA
65 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAA
* * * * * *
31413 TCGGTTCAAATAATTTTGGCCATTTGAACAATAATCTATTTCAAATCA
130 TCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
31461 TTCTTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTCAAAATAAAGT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* *
31526 AA-ACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAAT
66 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAAT
* * **
31590 CAGTTCAAATAGCTATGACTATTTGAACATTTATCTATTTCAAATTG
131 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * * *
31637 TTATAACATTTTGTTCTATCATAAAATAATTGTTTCTGGTCATATAAACTTATTCAGAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* *
31702 AATACTAATTTAGTAATATTTTAAAAATTAATAA
66 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
31736 CTTAAAAATT
Statistics
Matches: 1351, Mismatches: 292, Indels: 132
0.76 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
173 2 0.00
174 89 0.07
175 9 0.01
176 243 0.18
177 187 0.14
178 38 0.03
179 97 0.07
180 243 0.18
181 300 0.22
182 43 0.03
183 88 0.07
184 12 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAAT
CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
Found at i:31812 original size:717 final size:709
Alignment explanation
Indices: 29848--32818 Score: 2324
Period size: 717 Copynumber: 4.2 Consensus size: 709
29838 TGTTAAATAG
* * * * *
29848 TTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAATCAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCATATTCAAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAA
* * * * * * *
29912 TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAATAAAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTCAC
65 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * * * * * * * * * *
29977 CGAGTA-AGTTAAAATAGTTATGGCTGTTTTAATAATTTTTTATTTTAAAT-AGTTATAATCTTT
127 TGA--ACAGTTCAAATAATTTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATAACCTTT
* * *
30040 TGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAG-TTCATTAGAAATAAAATATTACTAATT
189 TGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATACATACAAGCTT-ATTA-AAATAAAATAATACTAATT
* * * * * * **
30104 TACTAATATTTTAAAAATTAAAAGGTAGGAGATTTAAAACATAAATCTGTTTACCGAATAAGTTC
252 TATTAATATTTCAAAAATT--AA-GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAGTTC
* * * *
30169 AAATAGTCATGTCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTAGTTTTGTCATAA
314 AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
* * * * * * * * **
30234 AAAAATTGTTTCTGTTCATGCAAAATTATTCAAAATAAATTAATACTGATATATTAATATTTTGA
379 AACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAA
* * * * * * * *
30299 AAATTAATAAGAGATTTAAAATCTAAATCTATTTATCGAAACAGTTTAAATAGTTATGATTATTT
444 AAATTAATAAGAGATTTAAAA-ATAAATCTATTT-GCTAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTA
* * ** *
30364 GAACAATTATCTA-TCCAAAATAGTTACGATCTTTAT-TTT-GTCATAAAACAATTGTTTC-TTT
507 GAACAATTATCTATTTCAAATTA-TTTTGA-CTTTATGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATT
** * * * *
30425 CCATACAAGCTTATTCGGATTAAAAAAAC--GCTAATTTAATAA-TATTCAAAAAATTAGTATGT
570 -CATACAAGCTTATT--GAAAAAAAAAACAAACTAATTTATTAACT-TTCAAAAAATTAATAAG-
* * * * * **
30487 AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAAAACAATT
630 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * *
30552 ATTTAATTGAAATCA
695 ATCTATTTAAAATCA
* ** * * * *
30567 TTCTGACCTTTTGTTTAT-TCATAAAATGATTATTTAAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAA
* * *
30631 TAATACTAATTTATTAACA-TTCGAAAAATTAGTGAGC-AAAAGATTTTAAAAA-AAATCTGTTT
65 TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTA---A-CTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
* * * * *
30693 GCTGAACAAGTTCAAATAGA-TTTGATTGTTTGAACAATTATCCATTT-AAAGTCATTATGACCT
125 ACTGAAC-AGTTCAAATA-ATTTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATAACCT
* * * * * * *
30756 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATAAAATCTTATTAGAATATAATAATACTACTT
187 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATACATACAAGCTTATTAAAATAAAATAATACTAATT
* *
30821 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAAGT-TATTTTTCGAACCAGTT
252 TATTAATATTTCAAAAA-T--TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTATTTATCGAACCAGTT
* ** * * * * * *
30885 CAAATAGTTATGACTATTTAAACAAATATGAATCTCAAATCATTATGA-TTTTTATTTTCTCATG
313 CAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATA
** * *
30949 AAACAATTGTTTCTAATCATACAAGCTTATTCA-AATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCC
378 AAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTC
* * * * *
31013 AAAAATTCATAAGAGATTT-AAAATAAATGTGTTTGCTGAACTAGTTCAAATAGCTAAGACTATT
442 AAAAATTAATAAGAGATTTAAAAATAAATCTATTTGCT-AACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATT
* * * * * * *
31077 AAAATAATTATCTATTTCAAATTATTTTGACTTT-TGTTTAGTCATATAATAATTGTTTTAGTTG
506 AGAACAATTATCTATTTCAAATTATTTTGACTTTATGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTC
*
31141 ATACAAGCTTATTTGAAAAAAAAAACAATACTAATTTATTAACTTTCAAAAAATTAATAAGCATG
571 ATACAAGCTTA-TTGAAAAAAAAAACAA-ACTAATTTATTAACTTTCAAAAAATTAATAAG-AAG
* *
31206 AGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTATTGAA-AAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGTACAATTA
633 AGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
31270 TCTATTTAAAATCA
696 TCTATTTAAAATCA
* *
31284 -TATGATCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAG-TTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAA
* * * * * * *
31348 TAATGCTACTATATTAATTTTTCAAAAATTAA-TAAGATATTTAAAAAATAAATCAGTTTATTGA
65 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGA
* * * * * *
31412 ATCGGTTCAAATAATTTTGGCCATTTGAACAATAATCTATTTCAAATCATTCTTACCTTTTGTTT
130 A-CAGTTCAAATAATTTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTT
* *
31477 TGTCATAAAACAATTATTTTTCA-ACATACAAGCTTATTCAAAATAAAGTAA-ACTAATTTATTA
194 TGTCATAAAACAATTATTTCT-ATACATACAAGCTTATT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * *
31540 ATATTTCAAGAATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAATCAGTTCAAATAGCT
257 ATATTTCAAAAATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAGTTCAAATAGTT
* * * * * * *
31604 ATGACTATTTGAACATTTATCTATTTCAAATTGTTATAACATTTTGTTCTATCATAAAATAATTG
322 ATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG
* * * *
31669 TTTCTGGTCATATAAACTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTTTAAAAATTAAT
387 TTTCTGTTCATACAAACTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAAT
* * * *
31734 AACTTAAAAATTTTAAAAATAAATCCATTTGCTATACCAGTTCAAACAGTTAAGACTA-TATGAA
452 -A---AGAGA-TTTAAAAATAAATCTATTTGCTA-ACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTA-GAA
* * ** * * *
31798 CAATTATTTATTTC--A--A----G-C-TTA--TTCA-AAATAGAACAATTATTTCAACTCATAC
510 CAATTATCTATTTCAAATTATTTTGACTTTATGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAC
* * * * * * * *
31850 AAGCTTATTCAGAATAGAATA-AAACTAATTCATTAATATTTC--AAAATT--TTATAAGAGATT
575 AAGCTTATTGA-AAAAAAAAACAAACTAATTTATTAA-CTTTCAAAAAATTAATAAGAAGAGATT
* * * * * * *
31910 TAGAGAAT-AATTCTATTTATTGAATC-AACTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTAT
638 TAAAAAATAAATT-TGTTTACTGAA-CAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
31973 TTAAAATCA
701 TTAAAATCA
* * * * * * *
31982 TTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGAT-CAAAGTAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTT-ATCCAAAAT-AAA
* *
32046 AAAAAACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATCCGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
64 ATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAA--C-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
** * * * * * **
32110 ACCAAACCATTTTAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTT
125 ACTGAA-CAGTTCAAATAATTTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTT
* * * ** * * **
32175 TATTTTGTCATCAAATAATTGGTTCTATTCATACTATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
189 TGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATACATACAAGCTTATT-AAAATAAAATAATACTAATTT
* * ** * *
32240 AATAATATTCTGAAACTCAA-TAACCAA-A-ATTTAAAAAATAAATCTAATTGTCGAACCAGTTC
253 ATTAATATT-TCAAA---AATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAGTTC
* * * * * * *
32302 ATATAGTTAAGGCTATGTGAACGATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTCTTTTATCATAA
314 AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
* * * * *
32367 AACAATTATTT-TGTTTATA-AAAGCTTATTCGGATTAAAATATTACTAATTTAATAATATTTCA
379 AACAATTGTTTCTGTTCATACAAA-CTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCA
* * * ** ** * *
32430 ACAATTAATAAGATATTTAAAAAATAAATTTGCTTATTGAATCAGTTCAAAATGGTTAAGACTAT
443 AAAATTAATAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTGCT-AACCAGTTC-AAATAGTTAAGACTAT
* * * * * *
32495 TAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGA-TATTCTGTTTAGTCTTAAAATAAAAT-TTTCAA
505 TAGAACAATTATCTATTTCAAATTATTTTGACT-TTATGTTTAGTCATAAAA-CAATTGTTTCAA
* * * ** * * **
32558 TTCATACAAGCCTATTCAGAATAAATTA-ATATTAATTTATTAACATTT-GGAAAATTAATAAGA
568 TTCATACAAGCTTATTGA-AAAAAAAAACAAACTAATTTATTAAC-TTTCAAAAAATTAATAAG-
* * *
32621 AAAAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-AAAGTTCAAATAGTTATTATTATTTGAACAA
630 AAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* **
32685 TTGTCTATTTAAAATTG
693 TTATCTATTTAAAATCA
* ** * *
32702 TTATAACCTTTTAATTTGTCATAAAAAAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAAT
*
32767 AATACTAA-TTCTTAATATTTCAAAAATTAA-TAAGTAAGAGTTTAAAAAATAA
66 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAACTAAG--AGA-TTTAAAAAATAA
32819 TTTGTATACT
Statistics
Matches: 1791, Mismatches: 354, Indels: 216
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
697 4 0.00
698 71 0.04
699 72 0.04
700 5 0.00
701 23 0.01
702 36 0.02
703 130 0.07
704 30 0.02
705 83 0.05
706 94 0.05
707 6 0.00
708 5 0.00
709 2 0.00
710 71 0.04
711 75 0.04
712 7 0.00
713 33 0.02
714 192 0.11
715 85 0.05
716 161 0.09
717 268 0.15
718 117 0.07
719 118 0.07
720 99 0.06
721 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (709 bp):
TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAAT
AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA
CAGTTCAAATAATTTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTG
TCATAAAACAATTATTTCTATACATACAAGCTTATTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
TTCAAAAATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGA
CTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC
TGTTCATACAAACTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGA
GATTTAAAAATAAATCTATTTGCTAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTAT
TTCAAATTATTTTGACTTTATGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTGA
AAAAAAAAACAAACTAATTTATTAACTTTCAAAAAATTAATAAGAAGAGATTTAAAAAATAAATT
TGTTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCA
Found at i:32702 original size:538 final size:526
Alignment explanation
Indices: 29856--32818 Score: 1780
Period size: 538 Copynumber: 5.5 Consensus size: 526
29846 AGTTATGACC
* ** ** *
29856 TTTTGCTTTGTCATAAATCAATTGTTTCTGTTCATACAAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATT-TTTCAATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAA-ACTAA
** * * * * * *
29921 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAATAAAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTCACCGAGTA-AG
63 TTTATTAATATT-TGAAAATTAAT-AA-GAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGA-AACAG
* ** * * * * * * * * * *
29985 TTAAAATAGTTATGGCTGTTTTAATAATTTTTTATTTTAAATAGTTATAATCTTTTGTTTTATCA
124 TTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCA
* * * * * *
30050 TAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTCATT-AGAAATAAAATATTACTAATTTACTAATATT
189 TAAAATAATTGTTTCTATTCATATAACTT-ATTCA-AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT
* * * * * * *** *
30114 TTAAAAATTAA-AAGGTAGGAGATTTAAAACATAAATCTGTTTACCGAATA--AGTTCAAATAGT
252 CTAAAAATCAATAA-CTA-AAAATTTAAAAAATAAATCCAATT-GCG-ATACCAGTTCAAATAGT
* * * * * * * * *
30176 CATGTCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTAGTTTTGTCATAAAAAAATT
313 TAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGATATGA-CTTT-CTTTTATCATAAAACAATT
* * * * * * *
30241 GTTTCTGTTCATGCAAAA--TTATTCAAAATAAATTAATACTGATATATTAATATTTTGAAAATT
376 ATTT-TGTTTAT--AAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAATT
* ** * * * * * * * *
30304 AATAAGAGATTTAAAATCTAAATCTATTTATCGAAACAGTTTAAATAGTTATGATTATTTGAACA
437 AATAAGATATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAATCAGTTCAAATAATTAAGACTATTTGAACA
* **
30369 ATTATCTA-TCCAAAAT-AGTTACGAT
502 ATTATCTATTTC-AAATCA-TTATTAT
* * * * * *
30394 CTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TTTCCATACAAGCTTATTCGGATTAAAA-AAACGCT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATT-TTTCAATT-CATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAAA--CT
* ** * * * * * *
30457 AATTTAATAATATTCAAAAAATTAGTATGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCGAACCA
61 AATTTATTAATATT-TGAAAATTAATAAG-AA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAACA
* ** ** * * * ** * * *
30522 ATTCAAATAGTTAAGACTATTAAAACAATTATTTAATTGAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAT-T
123 GTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTT-TGT
* * * * * *
30586 CATAAAATGATTATTT-AAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA
187 CATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATATAA-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA
* * * * * *** *
30650 TTCGAAAAATTAGTGAGC-AAAAGATTTTAAAAA-AAATCTGTTTGCTGA-ACAAGTTCAAATAG
250 TTCTAAAAATCAAT-AACTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCCAATTGC-GATACCAGTTCAAATAG
* * * * * * *
30712 ATT-TGATTGTTTGAACAATTATCCATTT-AAAGTC-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
312 -TTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGA-TATGA-C-TTTCTTTTATCATAAAAC
** * * * *
30774 AATTATTTCAATTCATAAAATCTTATT-AGAATATAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAA
372 AATTATTT-TGTTTATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAA
* * * * * * *
30838 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAAGTTATTT-TTCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTAT
435 -T--TAA-TAAGATATTTAAAAAATAAATTTGTTTATT-GAATCAGTTCAAATAATTAAGACTAT
* * ** * *
30902 TTAAACAAATATGAATCTCAAATCATTATGAT
495 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTAT
* * * *
30934 TTTTATTTTCTCATGAAACAATTGTTTCTAA-TCATACAAGCTTATTCAAATAAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATT-TTTC-AATTCATACAAGCTTATTCAAAT-AAAATAA-ACTA
* ** * * *
30998 ATTTAATAATATTCCAAAAATTCATAAG--AGATTT--AAAATAAATGTGTTTGCTG-AACTAGT
62 ATTTATTAATATT-TGAAAATTAATAAGAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAAC-AGT
* ** ** * * * * * *
31058 TCAAATAGCTAAGACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATTATTTTGA-CTTTTGTTTAGTCAT
125 TCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCAT
* * * * * * *
31122 ATAATAATTGTTT-TAGTTGATACAAGCTTATTTGAAAAAAAAAACAATACTAATTTATTAACT-
190 AAAATAATTGTTTCTA-TTCATATAA-CTTA-TT-CAAAATAAAATAATACTAATTTAATAA-TA
* * * * **** ** **
31185 TTCAAAAAATTAATAAGC-ATGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTATTGA-AAAAGTTCAAATA
250 TTCTAAAAATCAATAA-CTA-AAAATTT-AAAAAATAAATCCAATT-GCGATACCAGTTCAAATA
* * * * * *
31248 GTTATGACTATTTGTACAATTATCTATTTAAAATC-ATATGATCATTTGTTTTGTCATAAAACAA
311 GTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGATATGA-C-TTTCTTTTATCATAAAACAA
* * * * * * *
31312 TTGTTTTAGTTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATGCTACTATATTAATTTTTCAAAAAT
374 TTATTTT-GTTT-ATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAT
** * ** * *
31377 TAATAAGATATTTAAAAAATAAATCAGTTTATTGAATCGGTTCAAATAATTTTGGCCATTTGAAC
436 TAATAAGATATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAATCAGTTCAAATAATTAAGACTATTTGAAC
* * *
31442 AATAATCTATTTCAAATCATTCTTACC
501 AATTATCTATTTCAAATCATTATTA-T
*
31469 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAA--CATACAAGCTTATTCAAAATAAAGTAAACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAA-AA--ATTTTTCAATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAAACTA
* * *
31532 ATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAG--AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAATCAGTT
62 ATTTATTAATATTTGAA-AATTAATAAGAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAACAGTT
* * * * * * *
31595 CAAATAGCTATGACTATTTGAACATTTATCTATTTCAAATTGTTATAACATTTTGTTCTATCATA
126 CAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCATA
** * * *
31660 AAATAATTGTTTCTGGTCATATAAACTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTTTA
191 AAATAATTGTTTCTATTCATAT-AACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTA
* * * * *
31725 AAAATTAATAACTTAAAAATTTTAAAAATAAATCCATTTGCTATACCAGTTCAAACAGTTAAGAC
255 AAAATCAATAAC-TAAAAATTTAAAAAATAAATCCAATTGCGATACCAGTTCAAATAGTTAAGAC
* * ** * ***
31790 TATATGAACAATTATTTATTTC-AA--GCT-T-A--TTC----AAAATAGAACAATTATTTCAAC
319 TATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGATATGACTTTCTTTTATCATAAAACAATTATTT-TGT
* * * * * * *
31844 TCATACAAGCTTATTCAGAATAGAATAAAACTAATTCATTAATATTTCAAAATTTTATAAGAGAT
383 TTATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA-TTAATAAGATAT
* * * **
31909 TTAGAGAAT-AATTCTATTTATTGAATCAACTCAAATAATTATA-ACTATTTGAACAATTATCTA
447 TTAAAAAATAAATT-TGTTTATTGAATCAGTTCAAATAATTA-AGACTATTTGAACAATTATCTA
*
31972 TTTAAAATCATTATTACT
510 TTTCAAATCATTATTA-T
* *** * * * *
31990 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGA-TCAAAGTAAAAAAAAAACT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATT-TTTCAATTCATACAAGCTT-ATTCAAA-T--AAAATAAACT
** * *
32054 AATTTATTAATATTTAGAAAATTAATCCGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-CAAACC
61 AATTTATTAATATTT-GAAAATTAATAAG-AA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAA-C
* * * *
32118 ATTTTAAATAGTT-TTGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTG
122 AGTTCAAATAGTTATT-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTG
* * **
32182 TCATCAAATAATTGGTTCTATTCATACTATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA
186 TCATAAAATAATTGTTTCTATTCATA-TAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA
* * * * *
32247 TTCTGAAACTCAATAAC-CAAAATTTAAAAAATAAATCTAATTGTCGA-ACCAGTTCATATAGTT
250 TTCTAAAAATCAATAACTAAAAATTTAAAAAATAAATCCAATTG-CGATACCAGTTCAAATAGTT
* * * *
32310 AAGGCTATGTGAACGATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTCTTTTATCATAAAACAATTA
314 AAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGATATGA-C-TTTCTTTTATCATAAAACAATTA
* * * *
32375 TTTTGTTTATAAAAGCTTATTCGGATTAAAATATTACTAATTTAATAATATTTCAACAATTAATA
377 TTTTGTTTATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AATTAATA
* ** * *
32440 AGATATTTAAAAAATAAATTTGCTTATTGAATCAGTTCAAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATT
441 AGATATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAATCAGTTC-AAATAATTAAGACTATTTGAACAATT
32505 ATCTATTTCAAATCATT-TTGAT
505 ATCTATTTCAAATCATTATT-AT
* * * * * * *
32527 ATTCTGTTTAGTCTTAAAATAAAATTTTCAATTCATACAAGCCTATTCAGAATAAATTAATATTA
1 -TTTTGTTTTGTCATAAAA-AAATTTTTCAATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAA-ACTA
* *
32592 ATTTATTAACATTTGGAAAATTAATAAGAAAAAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAAAA
62 ATTTATTAATATTT-GAAAATTAATAAG--AAAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACTGAAACA
* * * *
32657 GTTCAAATAGTTATTATTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTAATTTGTC
123 GTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTC
* * *
32722 ATAAAAAAATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTCT--TAATA
188 ATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATATAA-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT-TAATAATA
* * * *
32784 TT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAATAA
250 TTCT-AAAAATCAATAACTAAAAATTTAAAAAATAA
32819 TTTGTATACT
Statistics
Matches: 1923, Mismatches: 382, Indels: 240
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
518 3 0.00
519 3 0.00
520 11 0.01
521 135 0.07
522 15 0.01
523 31 0.02
524 2 0.00
525 59 0.03
526 9 0.00
527 143 0.07
528 3 0.00
529 1 0.00
530 2 0.00
531 1 0.00
532 1 0.00
533 45 0.02
534 212 0.11
535 132 0.07
536 155 0.08
537 318 0.17
538 475 0.25
539 21 0.01
540 140 0.07
541 5 0.00
542 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (526 bp):
TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAAACTAATTT
ATTAATATTTGAAAATTAATAAGAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAACAGTTCAAAT
AGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAATA
ATTGTTTCTATTCATATAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATC
AATAACTAAAAATTTAAAAAATAAATCCAATTGCGATACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGA
ACAATTATCTATTTCAAATCGATATGACTTTCTTTTATCATAAAACAATTATTTTGTTTATAAAA
GCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGATATTTAAAAAAT
AAATTTGTTTATTGAATCAGTTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
TATTAT
Found at i:33715 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 32958--34436 Score: 1203
Period size: 181 Copynumber: 8.3 Consensus size: 180
32948 ATAAAATTAA
* * * *
32958 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTATTTC-AGTTCATATAAG
1 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAG
* * * * *
33022 CTTATT-TGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTACA-GAGTAGGAGAATA
65 CTTATTCAG-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTA-ATAAGT-GAAGATTT
* * * * *
33084 AAAAAATGAATCTGCTTACCAAACAAGTTGAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
126 AAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAT
* * * * *
33139 TATCTATTTCAAAGCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGCAAAC
1 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
* * * * *
33204 TTATTTCA-AATAAAATAATA-TAAATTATTAATATTCCAAAAATGAACAA-T-AAAATTTTAAA
66 TTA-TTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGAAGA-TTTAAA
* * ** * ** * *
33265 AAATAAAGCTATTTTTTGAACACCTTAAAATAGTTATGACTATTTAAATAAT
129 AAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAT
* * ** * * *
33317 TCTCTATTTTAAATCATTATGACAATTTGTTTTGTCATAAACCCATTGTTTCTATTCAAACAAGC
1 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
* * * * *
33382 -TATTTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTAAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAA
66 TTA-TTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGAAGATTTAAAA
* * * *
33445 AATAAAAT-TGTTTACTGAGCAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAAT
130 AAT-AAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAT
* * * * *
33496 TATTTATTTCAAATCATTATGATCTATTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGT
1 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
* *
33561 TTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAGATTAATAAGTTGAAGATTTAAAA
66 TTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TGAAGATTTAAAA
* * * * * *
33626 AATTATTCTTTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATG-TTCATTTAAACTAT
130 AATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTAAACAAT
* * **
33677 TATATATTTCAGATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAA
1 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
** * * * *
33742 TTATTTGGAATAAAATAATAATAGTCTATTACTATTTCAAAAATTAATAA--G-AGATTTAAAAA
66 TTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGAAGATTTAAAAA
* * * *
33804 CTAAATC--TTGACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACAATTTAAACAAT
131 ATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAT
* * * * * * * * **
33852 TACCTATCTCAAATTATTATGATC-TTTGTTTTATCCTAAAACATTTGTTTCTGTTCATATGAGC
1 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
* * ** * ** *
33916 TTATGCA-AAGTAAAATATTGCTAAATTAACAATA-TTCTAAAAATTAAT--GAG-A-ATTTAAA
66 TTATTCAGAA-TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTGAAGATTTAAA
** * * * *
33975 AAATAAATAC-GTTTGTTGATCTAA-TTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAAAAAT
129 AAATAAAT-CTGTTTACTAAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AACAAT
* * * * *
34027 T-TCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACATG
1 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAG
* * *
34090 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGT-AAGAAATTAA
65 CTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTGAAG--ATT--
* * * * * *
34153 TAAAAAATAAATCTGTTTATTGAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
125 TAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAT
* * * * * * * *
34209 TATCTATTTAAAATCATTGTGACTTTTTATTTTATCATAAAACAGTTGTTTC-AGTTCATAAAAA
1 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAG
* * * * ** * *
34273 CTTATT-TGAAATAAAATAATATTACTTTATTAACATTTTAAAAATCGATAATTTAGAGATTTAA
65 CTTATTCAG-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGA-AGATTTAA
* * * * * * *
34337 AACATAAAT-TAG-TTAATCAAATC-AGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAAT
128 AAAATAAATCT-GTTTACT-AAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAT
* *
34390 TATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
1 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
34437 ATTTTTTAAT
Statistics
Matches: 1039, Mismatches: 212, Indels: 94
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
173 19 0.02
174 84 0.08
175 144 0.14
176 4 0.00
177 26 0.03
178 120 0.12
179 140 0.13
180 54 0.05
181 299 0.29
182 46 0.04
183 98 0.09
184 3 0.00
185 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
TTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGAAGATTTAAAAA
ATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAT
Found at i:34335 original size:713 final size:714
Alignment explanation
Indices: 32962--34440 Score: 1629
Period size: 713 Copynumber: 2.1 Consensus size: 714
32952 AATTAATATC
* * * **
32962 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTATTTCAGTTCATATAAGCTTAT
1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAAATTAT
* * * *
33027 TTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTACAGAGTAGGAGAATAAAAAAATG
66 TTGAAATAAAATAATAATAATCTATTAATATTCTAAAAATTA-AGAGTAAGAGAATAAAAAAATA
* * * * * *
33092 AATCTGCTTACCAAACAAGTTGAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAGCATT
130 AATCT-CTGACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACAATTTAAACAATTACCTATCTCAAAGCATT
* * *
33157 ATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGCAAACTTATTTCAAATAAAATAA
194 ATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGGTTCTATTCATACAAACTTATTGCAAATAAAATAA
** *
33222 TATAAATTATTAATATTCCAAAAATGAACAATAAAATTTTAAAAAATAAAGCTATTTTTTGAACA
259 TATAAATTAACAATATTCCAAAAAT--ACAATAAAATTTTAAAAAATAAA-CTATTTGTTGAACA
* * * * * *
33287 CCTTAAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTCTCTATTTTAAATCATTATGACAATTTGTTTTGT
321 CATTAAAATAGTTAAGACTATTTAAAAAATTCTCTATTTCAAATCATTATGACAATTTATTTAGT
* * * *
33352 CATAAACCCATTGTTTCTATTCAAACAAGCTATTTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
386 CATAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAGCTATTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACAT
* * * *
33417 TAAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAAATTGTTTACTGAGCAAGTTCAAATAGTTTTG
451 TAAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAAATTGTTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATG
* * * *
33482 ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTATTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
516 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATCTATTATTTTATCATAAAACAATTGTTT
* * ** * * *
33547 TTATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAGATTAATAAG
581 TCATTCATAAAAACTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTTTAAAAATCAATAAG
* * ** * * **
33612 TTGAAGATTTAAAAAATTATTCTTTTTACT-AAA-CAAGTTCAAATAGTCATGTTCATTTAAACT
646 TTGAAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTAATCAAATC-AGTTCAAATAATCATGGCCATTTAAA-T
33675 -ATTATA
708 AATTATA
* *
33681 TATTTCAGATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAAATTA
1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAAATTA
* * * * * *
33745 TTTGGAATAAAATAATAATAGTCTATTACTATT-TCAAAAATT-A-A-TAAGAGATTTAAAAACT
65 TTTGAAATAAAATAATAATAATCTATTAATATTCT-AAAAATTAAGAGTAAGAGAATAAAAAAAT
**
33806 AAATCT-TGACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACAATTTAAACAATTACCTATCTCAAATTATT
129 AAATCTCTGACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACAATTTAAACAATTACCTATCTCAAAGCATT
* * * * * ** *
33870 ATGATC-TTTGTTTTATCCTAAAACATTTGTTTCTGTTCATATGAGCTTA-TGCAAAGTAAAATA
194 ATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGGTTCTATTCATACAAACTTATTGCAAA-TAAAATA
* * * * * *
33933 TTGCTAAATTAACAATATTCTAAAAAT-TAATGAGAA-TTTAAAAAATAAA-TACGTTTGTTGAT
258 AT-ATAAATTAACAATATTCCAAAAATACAAT-AAAATTTTAAAAAATAAACTA--TTTGTTGAA
* * **
33995 CTA-ATTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAAAAATT-TCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTATT
319 C-ACATTAAAATAGTTAAGACTATTTA-AAAAATTCTCTATTTCAAATCATTATGACAATTTATT
* * *
34057 TAGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACATGCT-TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
382 TAGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCAAACAAGCTAT-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* *
34120 TAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAAATTAATAAAAAAT-AAATCTGTTTATTGAATAAATTC
445 TAACATT-AAAAAATTAATAAGTAA-AAATT--TAAAAAATAAAAT-TGTTTACTGAACAAATTC
* * *
34184 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTGTGA-CTTTTTATTTTATCATA
505 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATC-TATTATTTTATCATA
* * *
34248 AAACAGTTG-TTTCAGTTCATAAAAACTTATT-TGAAATAAAATAATATTACTTTATTAACATTT
569 AAACAATTGTTTTCA-TTCATAAAAACTTATTCAG-AATAAAATAATATTAATTTATTAACATTT
* * * *
34311 TAAAAATCGATAA-TTTAGAGATTTAAAACATAAATTAGTTAATCAAATCAGTTCAAATAATTAT
632 TAAAAATCAATAAGTTGA-AGATTTAAAAAATAAATTAGTTAATCAAATCAGTTCAAATAATCAT
* *
34375 GGCCATTTGAATAATTATC
696 GGCCATTTAAATAATTATA
* *
34394 TATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT
1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT
34441 TTTAATAAAT
Statistics
Matches: 634, Mismatches: 103, Indels: 52
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
708 4 0.01
709 85 0.13
710 63 0.10
711 14 0.02
712 61 0.10
713 294 0.46
714 1 0.00
715 18 0.03
716 1 0.00
717 1 0.00
718 1 0.00
719 90 0.14
720 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (714 bp):
TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAAATTAT
TTGAAATAAAATAATAATAATCTATTAATATTCTAAAAATTAAGAGTAAGAGAATAAAAAAATAA
ATCTCTGACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACAATTTAAACAATTACCTATCTCAAAGCATTAT
GAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGGTTCTATTCATACAAACTTATTGCAAATAAAATAATA
TAAATTAACAATATTCCAAAAATACAATAAAATTTTAAAAAATAAACTATTTGTTGAACACATTA
AAATAGTTAAGACTATTTAAAAAATTCTCTATTTCAAATCATTATGACAATTTATTTAGTCATAA
AACAATTGTTTCTATTCAAACAAGCTATTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTAAAA
AATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAAATTGTTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTAT
TTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATCTATTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTCATT
CATAAAAACTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTTTAAAAATCAATAAGTTGAA
GATTTAAAAAATAAATTAGTTAATCAAATCAGTTCAAATAATCATGGCCATTTAAATAATTATA
Found at i:34937 original size:23 final size:22
Alignment explanation
Indices: 34885--34937 Score: 52
Period size: 24 Copynumber: 2.3 Consensus size: 22
34875 TTTGGTAAAC
* *
34885 AAATTTATTTTTTAAATTTATT
1 AAATTAATTTTTGAAATTTATT
*
34907 ACTTATTAATTTTTGAAATATTATT
1 A--AATTAATTTTTGAAAT-TTATT
34932 AAATTA
1 AAATTA
34938 GTATTATTTT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 4, Indels: 5
0.73 0.12 0.15
Matches are distributed among these distances:
22 1 0.04
23 4 0.17
24 13 0.54
25 6 0.25
ACGTcount: A:0.40, C:0.02, G:0.02, T:0.57
Consensus pattern (22 bp):
AAATTAATTTTTGAAATTTATT
Found at i:34937 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 34678--35386 Score: 614
Period size: 182 Copynumber: 3.9 Consensus size: 179
34668 TAATTGTAAA
* * * * **
34678 AACTATATGAACTT-GTTTGGCAAACAGATTTATTTTTTTAAACCTCTTT-CCAATTAATTTTTT
1 AACTATTTGAA-TTGGTTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAA--TTTTTACTTATTAA-TTTTT
* * * *
34741 G-AATCTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACCATTGTTTT
61 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTT
* * * * *
34805 ATGATAAAACAAAGGGTCAGAACGATTTCAAATAGATAAGTGGTATAATAATCTT
126 ATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGATAAGT-TTATAATAGTCTT
* * * *
34860 AACCATTTGAATTGTTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTATTACTTATTAATTTTTGAAA
1 AACTATTTGAATTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTT-TTACTTATTAATTTTTGAAA
* * *
34925 TATTATTAAATTAGTATTATTTTAATC-AGAATAAGCTTATATGAAC-AAAACAATTGTTTTA-C
65 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA-AATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATG
* *
34987 ATCAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAACCGTTTAT-ATAGTCTT
129 AT-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGATAA--GTTTATAATAGTCTT
* ** * ** * *
35040 AACTATTTAAATTGGTTT-GTGAGTTAGATTTATTTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCGA
1 AACTATTTGAATTGGTTTGGT-AAATAGATTTA-TTTTTTAAATTT-TTACTTATTAATTTTTGA
* * * * * * * *
35104 AATATTATTAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAA-ATTAGTATGAA-TAGAACTAATTATTTG
63 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTA-TATGAACTAAAAC-AATTGTTTT
* * * * * **
35167 ATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAGTCCA
126 ATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGATAAGT-TT-ATAATAGTCTT
* * * * *
35222 AATTATTTGAAATGGTTTGGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTTACTGATTAA-TTTGGTA
1 AACTATTTGAATTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTTACTTATTAATTTTTG-A
* * * * *
35286 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTAT
63 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTAT
* *
35351 GATAAAACAAAAAGTAATAATGATTTCAAATAGATA
128 GATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGATA
35387 GTTATTGAAA
Statistics
Matches: 429, Mismatches: 74, Indels: 48
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
179 6 0.01
180 85 0.20
181 141 0.33
182 186 0.43
183 11 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
AACTATTTGAATTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAAT
ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATGAT
AAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGATAAGTTTATAATAGTCTT
Found at i:36122 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 35429--36980 Score: 1156
Period size: 181 Copynumber: 8.6 Consensus size: 181
35419 TAATAACAAT
* * * * * ** * *
35429 AATAGATAGTTGTTCAAATAGTAATAATTATTTGAACT-AGTTTGGTAAA-TAGAATTATTTTCT
1 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGA-TTCAGTAAACTA-ATTTATTTTTT
* * * * * * * * *
35492 AAATCTCTTACTTATAAAATTTTGAAATATTAATCAATTAGTTTTGTTATATTTCGATTAAGCTT
64 AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
* *
35557 GTAT-AAGCTAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
129 GTATGAA-CTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * * * * ** *
35610 AATAAATAATTATTTATATAGTCCTAACTGTTTGAATTGGTTTGGCAAACGT-ATTTATTTTTTA
1 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCAGTAAAC-TAATTTATTTTTTA
* * * * ** *
35674 AGTCTCTTAGC-TATTAATTTTTAAAATAATCCTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTA
65 AATCTTTTA-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
** * * *
35738 GTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGATTAAACAAAAGGTTATAACAAATTGA
129 GTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * **
35791 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAACT-AGTTTGGTAAA-TAGATTTATTTTTT
1 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGA-TTCAGTAAACTA-ATTTATTTTTT
* * * **
35854 AAA---TTT-CTTATTAATTCTTGAAATATTAGTAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
64 AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
* * * *
35915 GCCTATTG-A--AAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGA
129 G--TA-TGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * *
35968 AATAGATAGTTATTGAAATAGCCATAATTATTTGAATTGATTCAGTAAACTAATTTATTTTTTTA
1 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCAGTAAACTAATTTA-TTTTTTA
* ** * * ** * * ** *
36033 AATCTTTTACTTATTAACTTTCAAAAAATTATTAAAGCAATACTATTTTATTTTGAATAAGCTTT
65 AATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
*** * *
36098 TATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATGGAACAAAAGGTCATAATGATTTTA
130 TATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * ** *
36150 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTTG-TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTC
1 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTCAGTAAACTAATTTATTTTTT-
** * *
36214 AAATCTCTTT-CTTATTAATTTTTTG-AACGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGC
64 AAATCT-TTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC
* * * * * * * *
36277 TTTTATGAATTGAAACAATTATTATATGAC-TAACAAAAGGTCAAAATGATTTGA
127 TTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * * * * *
36331 AATAGATAATTAATCTAATAATCTTAACTATTTAAATTGGTTCAGTAAAC-ACATTTATTTTCTA
1 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCAGTAAACTA-ATTTATTTTTTA
* * *
36395 AATC--TT--TTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTT-TATCCAAATAAGCTT
65 AATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCAAATAAGCTT
* * * * * *
36455 GTATGATCAAAAACAA-TGTTTTATGAGAAAAC-AAAGATCATAATGATTTCA
129 GTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * * * * * * * *
36506 GATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGCTT--GGAAAGTAGTTTTAGTTTTT
1 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTCAGTAAACTA-ATTTATTTTTT
* * * * ***
36569 AAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATGAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAA-CTT
64 AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC-T
* ** *
36633 TTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAAGTCATAACGACTTT-A
128 TGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGA
* * * * *
36687 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACAAATTTTTTTTTT
1 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAA-TTGATTCAGTAAACTAA-TTTATTTTT
* * * * *
36750 TAAATCTCTTGCTCATTACTTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTA-TTTA-TTCTAAATAAG
63 TAAATCTTTTACTTATTA-ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAG
* * * * * * *
36812 GTTATATGAACTGAAATAATTGTTTTATGCCTAAACAAAAGGTCAGAACGATTT-A
126 CTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* *
36867 AGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATT-ATTCTAGTAAA-TAGATTTAGTTTT
1 A-ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTC-AGTAAACTA-ATTTATTTTT
** * *
36930 TAAATC---T-CTTATTAATTTTCAAAATAGTAATAGATTAGTATTATTTTATTT
63 TAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
36981 TGAATAATTT
Statistics
Matches: 1093, Mismatches: 220, Indels: 119
0.76 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 4 0.00
175 76 0.07
176 83 0.08
177 132 0.12
178 18 0.02
179 63 0.06
180 57 0.05
181 397 0.36
182 247 0.23
183 16 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (181 bp):
AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCAGTAAACTAATTTATTTTTTAA
ATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGT
ATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
Found at i:36707 original size:537 final size:535
Alignment explanation
Indices: 35429--36976 Score: 1653
Period size: 537 Copynumber: 2.9 Consensus size: 535
35419 TAATAACAAT
* * *
35429 AATAGATAGTTGTTCAAATAGTAATAATTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGAATTATTTTCTAA
1 AATAGATAGTTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGATTGG-AAATAGATTTATTTT-TAA
* * * * *
35494 ATCTCTTACTTATAAAATTTTGAAATATTAATCAATTAGT-TT-TGTTATATTTCGATTAAGCTT
64 ATCTCTTACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTAT-TTTGGA-TAAGCTT
* * ** *
35557 GTAT-AAGCTAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-AATTTGAAATAAATAAT
127 TTATGAA-CTAAAACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACGAATTT-AAATAGATAAT
* * * * * * ** *
35620 TATTTATATAGTCCTAACTGTTTGAA-TTGGTTTGGCAAACGTATTTATTTTTTAAGTCTCTTAG
190 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-G
** ** ** * * *
35684 C-TATTAATTTTTAAAATAATCCTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC-TAGTATGAATA
253 CTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGCTTA-TATGAATT
* * * * * *
35747 GAAACAATTGTTTTATGATTAAACAAAAGGTTATAACAAATTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
317 GAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * ** *
35812 TCATAACTATTTCAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTTATTAATTCTTGAA
382 TCATAACTATTT-AAATTGTTCAGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTT-TTATTAATTTTTGAA
* *** * *
35876 ATATTAGTAAATTAATATTA-TTTTATTTTGAATAAGCTTGCCTATTGAAAAATAATTATTTTAT
444 ATATTAATAAATTAATATTATTTTTATTCCAAATAAGCTTG-CTATTCAAAAACAATTATTTTAT
* *
35940 GACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGA
508 GACAAAACAAAAGATAATAATGATTTCA
* * * * *
35968 AATAGATAGTTATTGAAATAGCCATAATTATTTGAA-TTGATTCAGTAAACTA-ATTTATTTTTT
1 AATAGATAGTTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGATT--GGAAA-TAGATTTA--TTTT
* * ** * * * * * *
36031 TAAATCTTTTACTTATTAACTTTCAAAAAATTATTAAAGCAATACTATTTTATTTTGAATAAGCT
61 TAAATCTCTTACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCT
* * *
36096 TTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATGGAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATT
126 TTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACGAATTTAAATAGATAATT
* *
36161 GTTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTTCT
191 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTGCT
* *
36226 TATTAATTTTTTGAACGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGCTTTTATGAATTGAA
255 TATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGCTTATATGAATTGAA
* * * * * * *
36291 ACAATTATTATATGACT-AACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTAATCTAATAATCT
320 ACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* *
36355 TAACTATTTAAATTGGTTCAGTAAACACATTTATTTTCTAAATCTTTTATTAATTTTTGAAATAT
385 TAACTATTTAAATT-GTTCAGTAAATAGATTTATTTT-TAAATCTTTTATTAATTTTTGAAATAT
* * *
36420 TATTAAATTAATATTATTTTTA-TCCAAATAAGCTTG-TATGATCAAAAACAA-TGTTTTATGAG
448 TAATAAATTAATATTATTTTTATTCCAAATAAGCTTGCTAT--TCAAAAACAATTATTTTATGAC
*
36482 AAAAC-AAAGATCATAATGATTTCA
511 AAAACAAAAGATAATAATGATTTCA
* * * * * *
36506 GATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGCTTGGAAAGTAGTTTTAGTTTTTAA
1 AATAGATAGTTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGATTGGAAA-TAGATTTA-TTTTTAA
* * *
36571 ATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATGAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAA-CTTTT
64 ATCTCTTACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGC-TTT
* *
36635 TATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAAGTCATAACGACTTTAAATAGATAATTGT
128 TATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACGAATTTAAATAGATAATTGT
* * *
36700 TCAAATAGTCA-AATCTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTTTTTTTTTAAATCTCTTGCTC
193 TCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAA-TTTATTTTTTAAATCTCTTGCTT
* * *
36764 ATTACTTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTA-TTTATTCTAAATAAGG-TTATATGAACTGAA
256 ATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT-AGGCTTATATGAATTGAA
* * *
36827 ATAATTGTTTTATGCCTAAACAAAAGGTCAGAACGATTT-AAGATAGATAATTATTCAAATAGTC
320 ACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAA-ATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * **
36891 ATAACTATTTAAATTATTCTAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATA
384 ATAACTATTTAAATTGTTC-AGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTATTAATTTTTGAAATA
* * *
36956 GTAATAGATTAGTATTATTTT
447 TTAATAAATTAATATTATTTT
36977 ATTTTGAATA
Statistics
Matches: 837, Mismatches: 143, Indels: 60
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
536 44 0.05
537 308 0.37
538 69 0.08
539 64 0.08
540 248 0.30
541 98 0.12
542 6 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (535 bp):
AATAGATAGTTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGATTGGAAATAGATTTATTTTTAAAT
CTCTTACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTAT
GAACTAAAACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACGAATTTAAATAGATAATTGTTCA
AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAA
TTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGCTTATATGAATTGAAACAATT
GTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
TTTAAATTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTAAATCTTTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
TAATATTATTTTTATTCCAAATAAGCTTGCTATTCAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
ATAATAATGATTTCA
Found at i:37861 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 37816--37863 Score: 62
Period size: 20 Copynumber: 2.3 Consensus size: 21
37806 GCCTTACCCC
37816 ATCGATCTCTTGCTTAAGGGG
1 ATCGATCTCTTGCTTAAGGGG
* * *
37837 ATCGATCTGTT-CTTTAGGTG
1 ATCGATCTCTTGCTTAAGGGG
37857 ATCGATC
1 ATCGATC
37864 CCTTTTGCTT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 3, Indels: 1
0.86 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
20 14 0.58
21 10 0.42
ACGTcount: A:0.19, C:0.19, G:0.25, T:0.38
Consensus pattern (21 bp):
ATCGATCTCTTGCTTAAGGGG
Found at i:38923 original size:38 final size:38
Alignment explanation
Indices: 38881--38954 Score: 130
Period size: 38 Copynumber: 1.9 Consensus size: 38
38871 TAATCAATGC
*
38881 ATGGCAAAACTCCCCCGCAATTTGTGCATCCTAATCTA
1 ATGGCAAAACTCCCCCGCAATTTATGCATCCTAATCTA
*
38919 ATGGCAAAACTCCCCCTCAATTTATGCATCCTAATC
1 ATGGCAAAACTCCCCCGCAATTTATGCATCCTAATC
38955 CAACATAACT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
38 34 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.32, G:0.11, T:0.27
Consensus pattern (38 bp):
ATGGCAAAACTCCCCCGCAATTTATGCATCCTAATCTA
Found at i:39605 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 39571--39605 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 2.2 Consensus size: 16
39561 ATACAAGCTC
**
39571 ATACCAATTGTTATGG
1 ATACCAATTGTTAAAG
39587 ATACCAATTGTTAAAG
1 ATACCAATTGTTAAAG
39603 ATA
1 ATA
39606 TGTTATCAAG
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 17 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (16 bp):
ATACCAATTGTTAAAG
Found at i:40354 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 39637--40706 Score: 830
Period size: 181 Copynumber: 6.0 Consensus size: 180
39627 TTTTTATCCT
* * * * *
39637 TTACTTATTAATTTT-ACAAATATTAATAAGTTAGCATTACTTTATTTCGAATAAGAC-TATATG
1 TTACTTATTAATTTTCA-AAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAA-ACTTATATG
* * * * * **
39700 AACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAATGGTCATAATGATTTGAAATA-AGTAATTGTTCA
64 AACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGA-TAATTGTTCA
* * * * **
39764 AATAATTATAGCTAATTAAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
128 AATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTC
* * *
39818 ---C-TATTAATTTTCAAAATATTA-TAAATTAATATTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAA
1 TTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTATATGAA
* * ** * *
39878 CAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTAAAAT
66 CAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * ** *
39943 AATCATAATTATTTGAACTAGTTCAACAAACATAATTATTTTTTAAATCTC
131 AGTTATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTC
* ** * * * * ** *
39994 TTACTTAATAATTTTTGAAATATTAGTAAATTTGTTTTATTTTATTCCAAAT-ATGTTAGTAAGA
1 TTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTA-TATGA
* ** * **** *
40058 GCTGAAA-AATTGTTTTACGAC-AAACTAAAAAACCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAT
65 ACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * ** *
40121 ACATTTTTAACTATTTGAAGTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
129 ATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAAC-AATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * ** * *
40174 TTAGTTATTAATTGTCAAAATCTTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
1 TTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTATATGAA
* * * ** **
40239 CAAAAATAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATATCTAATTGTTCAAAT
66 CAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * *
40304 AGTTATAATTATTTGAATTGGTTCAGTAAATAATTTTTTTTTTGAAATCTC
131 AGTTATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAATTTATTTTTT-AAATCTC
* ** * ** **
40355 TAACTT-TTAAAATTTTGC--AATATTAAAAAATTAGTTTTATTTTATTATGAATAAACTTGGAT
1 TTACTTATT--AATTTT-CAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTATAT
* ** * * * *
40417 GAGCTGAAAT--TT-CTTTATGACAAAACAATAGGTAATAACAATTTGAAACAGATAATTCTTCA
63 GAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * *
40479 TATAGTCT-TAATTGTTTTAACTGGTTCAGCAAACGGATTTATTTTTTAAATCTC
128 AATAGT-TATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAAC-AATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * *
40533 TTAGTTA--AGATTTTTAAAATATTTTTTAATTTTGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTATATG
1 TTACTTATTA-ATTTTCAAAATA-TTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTATATG
** * * *
40596 AATGAAAATAATTGTTTCATGACAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
64 AACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * *
40661 ATAGTTAAAACTATTTGAAGTGGTTCAGTAAACAGATTTTTTTTTT
129 ATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACA-ATTTATTTTTT
40707 TGTATCTCAC
Statistics
Matches: 691, Mismatches: 168, Indels: 60
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 3 0.00
176 129 0.19
177 23 0.03
178 115 0.17
179 18 0.03
180 164 0.24
181 229 0.33
182 9 0.01
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTATATGAA
CAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
AGTTATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAATTTATTTTTTAAATCTC
Found at i:40631 original size:359 final size:356
Alignment explanation
Indices: 39794--40706 Score: 971
Period size: 359 Copynumber: 2.5 Consensus size: 356
39784 CTGGTTTGGT
* * * *
39794 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTA-TT-AATTTTCAAAATATTATAAATTAATATTATTTTA
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTAAATTTTCAAAATATTTTTAATTAGTATTATTTTA
* * * * *
39857 TTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTT
66 TTCCGAATAAACTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTT
* * * * * ** *
39922 GAAATAGATAATTATTAAAATAATCATAATTATTTGAACTAGTTCAACAAACATAA-TTATTTTT
131 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTC-AGTAA-ATAATTTTTTTTT
* ** * * **
39986 TAAATCTCTTACTTAATAATTTTTGAAATATTAGTAAATTTGTTTTATTTTATTCCAAATATGTT
194 TAAATCTCTAACTTAATAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAGTTTTATTTTATTACAAATAACTT
* * * *
40051 AGTAAGAGCTGAAAAATTGTTTTACGACAAACTAAAAAACCATAACAATTTGAAATAGATAATTG
259 AGGAAGAGCTG-AAAATTGTTTTACGACAAACTAAAAAACAATAACAATTTGAAACAGATAATTC
* * * **
40116 TTCATACATTTTTAACTATTTGAAGTGGTTTGGC
323 TTCATACAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAGC
* * * *
40150 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTGTCAAAATCTTATTAGATTAGTATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTA--AATTTTCAAAATATTTTTA-ATTAGTATTATT
** * * * *
40215 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAATGA
63 TTATTCCGAATAAACTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGA
** *
40280 TTTGAAATATCTAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAATTGGTTCAGTAAATAATTTTTTTT
128 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTCAGTAAATAATTTTTTTT
* **
40345 TTGAAATCTCTAACTTTTAA-AA-TTTTGCAATATTAAAAAATTAGTTTTATTTTATTATGAATA
193 TT-AAATCTCTAAC--TTAATAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAGTTTTATTTTATTACAAAT-
* * * ***
40408 AACTT-GGATGAGCTG-AAATT-TCTTTATGACAAAAC-AATAGGTAATAACAATTTGAAACAGA
254 AACTTAGGAAGAGCTGAAAATTGT-TTTACGAC-AAACTAAAAAACAATAACAATTTGAAACAGA
* * * *
40469 TAATTCTTCATATAGTCTTAATTGTTTTAACTGGTTCAGC
317 TAATTCTTCATACAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAGC
* * *
40509 AAACGGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTAAGATTTTTAAAATATTTTTTAATTTTGTATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTAA-ATTTTCAAAATA-TTTTTAA-TTAGTATTATT
** * * **
40574 TTATTCCGAATAAACTTATATGAATGAAAATAATTGTTTCATGACAGAACAAAAGGTTATAACAA
63 TTATTCCGAATAAACTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGA
* * * *
40639 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTAAAACTATTTGAAGTGGTTCAGTAAACAGATTTTTTT
128 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTCAGTAAATA-ATTTTTTT
40704 TTT
192 TTT
40707 TGTATCTCAC
Statistics
Matches: 459, Mismatches: 82, Indels: 28
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
356 25 0.05
357 3 0.01
358 11 0.02
359 213 0.46
360 42 0.09
361 156 0.34
362 5 0.01
363 4 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (356 bp):
AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTAAATTTTCAAAATATTTTTAATTAGTATTATTTTA
TTCCGAATAAACTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTT
GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTCAGTAAATAATTTTTTTTTTA
AATCTCTAACTTAATAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAGTTTTATTTTATTACAAATAACTTAG
GAAGAGCTGAAAATTGTTTTACGACAAACTAAAAAACAATAACAATTTGAAACAGATAATTCTTC
ATACAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAGC
Found at i:40825 original size:65 final size:67
Alignment explanation
Indices: 40756--40883 Score: 197
Period size: 66 Copynumber: 1.9 Consensus size: 67
40746 TTATTTTGTA
* * *
40756 TAAAACAAGCTTGTATGTT-CAAAACAATTCTTTTATGACAAAATGAAAGG-AATAACGATTTTA
1 TAAAACAACCTTGTATGTTGAAAAACAATTCTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAACAATTTTA
40819 TT
66 TT
* *
40821 TAAAATAACCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAACAATTT
1 TAAAACAACCTTGTATGTTGAAAAACAATTCTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAACAATTT
40884 GAAATAGATA
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 5, Indels: 2
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
65 17 0.30
66 29 0.52
67 10 0.18
ACGTcount: A:0.45, C:0.09, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (67 bp):
TAAAACAACCTTGTATGTTGAAAAACAATTCTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAACAATTTTA
TT
Found at i:41047 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 41008--41048 Score: 59
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 20
40998 TATTTTGGAT
41008 AATTTTTTATGAACTAAAAC
1 AATTTTTTATGAACTAAAAC
41028 AATTATTTTATG-AC-AAAAC
1 AATT-TTTTATGAACTAAAAC
41047 AA
1 AA
41049 AAGTTCATAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 3
0.87 0.00 0.13
Matches are distributed among these distances:
19 7 0.35
20 6 0.30
21 7 0.35
ACGTcount: A:0.49, C:0.10, G:0.05, T:0.37
Consensus pattern (20 bp):
AATTTTTTATGAACTAAAAC
Found at i:41126 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 40842--44026 Score: 2139
Period size: 181 Copynumber: 17.7 Consensus size: 181
40832 TGTATGTTGA
* ** * * *
40842 AAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
1 AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * * *
40907 -CTGTAATTATTTGAA-GTGATTCAATAAACTA-TTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTGATC
66 TC-ATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
* * * **** ** *
40969 TTCAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAATTTTTTATGAACT
128 TTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACT
* *
41023 AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATA
1 AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * *
41087 GTCATAACTATTTGAACCTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTCAAAACTCTTGCTTATTAATTA
65 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATT-
* * * * *
41152 TTCAAAA-GTTAATAAATTAGTATTATTTTCTTCCAAAAAAGCTTGTATGAATT
128 TTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * *
41205 GAAACAATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTT-ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATA
1 AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
** ** *
41269 GTTTTAACTATTTGAACTAATTCGATAAAC-GCATTCATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTT
65 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* * * * * * *
41329 TCAAAATAATATTAGATTAGTATTATTTT-TATCCGAATTAGCTTGTATGATC-
129 TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCCAAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * * *
41381 AGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTTAAATA
1 A-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * * * * * *
41445 GTCATAAATATTTGAACTGGTTCAAAAAATAGCTCTAGTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTT
65 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * * * * *
41510 TGAAATATTAATAAAGTA-TAATTATTTTATTTCAAATAAGGTTTTATG-TCT
130 TAAAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * ** * * *
41561 GAAACAATTGTTTTATGATAATACAAAAAG-TCATAGTGATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATA
1 AAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* ** * * *
41625 GTTATATTTATTTGAACTTGTTC-AGTAAACAAATTTATTTTTTTTAAT-TTCTTGCTTATTAAT
65 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAA-
* * * * * *
41688 TTTTTGAAA-GTTAATAAGTTAGTATTATTTAATTCCAAATAAGCTTGTATAAATT
126 TTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * ** * * * * *
41743 GAAATAATTTTTTTATGACTAAATGAAAGATCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATCCTAATAG
1 AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * ** * * *
41808 TCCTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACATATTTA-TTTCTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
66 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
** * * * *
41872 GGAATATTATTAAATTAATATTATTTTAATCCAAATATGCTTGTATGAGA--
131 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGA-ACT
* * * * * *
41922 AGAAATAATTGTTTTATGACAAAATCAAGA-TT-ATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAAT
1 A-AAACAATTATTTTATGACAAAA-CAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * *
41985 AGTCATAACTATTTGAACCTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTCAAAT-TTCTTGCATATTAAT
64 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTT-TTACTTATTAAT
* * *
42049 TTTTCAAAA-GTTAATAAATTAGTATTGTTTTCTT-C-------C---TATGAACT
127 TTTT-AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * *
42093 GAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAATGTT-AGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATA
1 AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * ** ** * * *
42157 GCCTTAACAATTCAAACTAATTC-AGTAAACACATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTT
65 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* * * * * *
42221 TTGAAATATTATTAAATTAGTCTTATTTT-TATCCAAATCAGCTTATATGATC-
129 TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCCAAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * * *
42273 AGAAATAATTACTTTATGACAAAAC--AATTATCATAATGATTT-AAGATTG-TATTTGCTT-AA
1 A-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGT-TCATAACGATTTGAA-ATAGATAATT-ATTCAA
* * * * * * * **
42333 ATAGTCGTAACTATTTGAA-TTGGTT-AAAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTAAAAA
62 ATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* * * * * *
42396 TTTTTTAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAGTAAGCTTTTGTGAACT
126 TTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * *
42452 GAAACAATTATTTTATTACAAAACAAAAGGTT-ATAACAATTTTAAATAGATAATTCTTCAAATA
1 AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * ** *
42516 GTCATATCTATTTGAATTTATTC-AGTAAACATATTTATTTTTTAAAAT-TTCTTGGTTACTAAC
65 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTT-TTACTTATTAA-
** * * *
42579 TTTTCGAAA-GTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT
126 TTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * * * * *
42634 GAAAGAATTGTTTTATGACTAAACAAGAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAG
1 AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * *
42699 TCCTAATTATTTGAA-TTGGTTCAACAAA-TGTATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
66 TCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* * * * * ** * * *
42762 CTGAAATATTATTAAATTAGCATTATTTTAATCTGAATATGCTTGAATGAA-A
129 TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * *
42814 AGAAACAATTGTTCTATGACAAAA-TAAAGATCATAACAATTTGAGATAGATAATTATTCAAATA
1 A-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * *
42878 GTCATAACTATTTGAACTAGTTAGATAAACAAATTTAGTTTTTAAATC--TT--TTATTAATTTT
65 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * * **
42939 CAAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTTC-AATAAATTTGTATGAACT
130 TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * *
42991 GAAACAATTTTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAGT-G
1 AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * ** * *
43055 -CATGTGATTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTA-TCCATTAACT
66 TCA--TAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT-TATTAATT
* * * ** * * *
43118 TGTAGAATATTAATAAATTAGTATAATTTTATTGAAAATAAACTTGT-TTAAAT
128 TTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACT
* * ** * * * * *
43171 AGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGAGCATAACTATTTGAAAAATATAATTGTTCAAACA
1 A-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * * *
43236 ATCATAACTATTTTAACTTGCTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATATTTAACTTATTAATTTT
65 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
** * ***
43301 TGGAATATTAATAAATTAGTATCATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-T
130 TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACT
** * *
43352 AGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAA-TGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
1 A-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGT-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC----
* * * * * * *
43416 AGATAAATAGTCATAATTATTT-AAATGGGTTCAAAAAACAAATTTATTTTTT--AT-TTTGACT
60 ----AAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
**
43477 TATTAATTTTTGGAATATTGAA-AAATT--TAATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-T
120 TATTAATTTTTAAAATATT-AATAAATTAGT-ATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * *
43537 AGTAA-AATTACTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATA
1 A-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * ** * *
43601 ATCATAACTAATTGAACTTGTTCGGTAAGTAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTGTTAATTT
65 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* * * *
43666 TTAGAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATT-TAGAATAAGCCTATATGAACT
129 TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA-AATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * ** * * * *
43718 GATACAACTGTTTTATAATGAAACAAAGGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAAAAG
1 AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * * ***
43783 TTATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTA-TTTTAAAATCTTTTTCTTATTAA-TGGC
66 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * **
43846 AAAATATTAATAAATTCA-TATTATTTTAATCCAAATAAGTTTGTGTGAAGA
131 AAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACT
* * *
43897 AAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAAATAATT-TTCCAAAT
1 AAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATT-CAAAT
* * * * * *
43960 AGTCATAACTATTTGAACTTATTAGGTAAAAATATTTTATTTTTTAATTAC-TTTACTTATTAAT
64 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGA-TTTATTTTTTAAAT-CTTTTACTTATTAAT
44024 TTT
127 TTT
44027 ATTTGAAATA
Statistics
Matches: 2354, Mismatches: 513, Indels: 273
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 9 0.00
170 62 0.03
171 63 0.03
173 1 0.00
175 4 0.00
176 164 0.07
177 151 0.06
178 110 0.05
179 258 0.11
180 367 0.16
181 635 0.27
182 360 0.15
183 20 0.01
184 48 0.02
185 31 0.01
186 30 0.01
187 4 0.00
188 3 0.00
189 34 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACT
Found at i:42592 original size:891 final size:890
Alignment explanation
Indices: 40876--42966 Score: 2620
Period size: 891 Copynumber: 2.3 Consensus size: 890
40866 GAAAGGTAAT
* * * * * * *
40876 AACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-CTGTAATTATTTGAAGTGATTCAATAAAC-TAT
1 AACAATTTGAAATAGATAATTATCCTAATAGTC-CTAACTATTTGAACTGGTTCAACAAACATA-
* * * * * * * * *
40939 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTGATCTTC-AAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTT
64 TTTATTTTCTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTCTGAAATATTATTAAATTAACATTATTTTAATC
*** * ** * * * * *
41003 TGGATAAT-TTTTTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAACTTT
128 CAAAT-ATGCTTGAATGAA-AAGAAACAATTGTTCTATGACAAAA-TAAAGATCATAACAA-TTT
* *
41066 -AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACCTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTT
189 GAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACCTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTT
*
41130 CAAAACTCTTGCTTATTAATTATTCAAAAGTTAATAAATTAGTATTATTTTCTTCCAAAAAAGCT
254 C-AAA-TCTTGCTTATTAATTTTTCAAAAGTTAATAAATTAGTATTATTTTCTTCC-----A-C-
* * *
41195 TGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATT
310 T-TATGAACTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATT
** * ** *
41260 ATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTAATTCGATAAACGCATTCATTTTTTAAATCTCTTATTA
374 ATTCTAATAGCCTTAACAATTCAAACTAATTCGATAAACACATTCATTTTTTAAATCTCTTATTA
* * * *
41325 ATTTTCAAAATAATATTAGATTAGTATTATTTTTATCCGAATTAGCTTGTATGATCAGAAACAAT
439 ATTTTCAAAATAATATTAAATTAGTATTATTTTTATCCAAATCAGCTTATATGATCAGAAACAAT
* * *
41390 TATTTTATGACAAAACAAAGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTTAAATAGTCATAAATA
504 TACTTTATGACAAAACAAAGATCATAATGATTTAAGATTGATATTTGCTTAAATAGTCATAAATA
*
41455 TTTGAACTGGTTCAAAAAATAGCTCTAGTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTTTGAAATATTA
569 TTTGAACTGGTTCAAAAAATAGCTCTAGTTTTTAAATCTCTTACTTAAAAATTTTTGAAATATTA
* * * * *
41520 ATAAAGTATAATTATTTTATTTCAAATAAGGTTTTATGTCTGAAACAATTGTTTTATGATAATAC
634 ATAAAGTATAATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGACTGAAACAATTATTTTATGACAAAAC
*** * * * * *
41585 AAAAAGTCATAGTGATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATATTTATTTGAACTTGTTCAG
699 AAAAAGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATATCTATTTGAACTTATTCAG
** * * * *
41650 TAAACAAATTTATTTTTTTTAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTGAAAGTTAATAAGTTAGTATTA
764 TAAACAAATTTATTTTTTAAAATTTCTTGCTTACTAACTTTTCGAAAGTTAATAAATTAGTATTA
* * * *
41715 TTTAATTCCAAATAAGCTTGTATAAATTGAAATAATTTTTTTATGACTAAATGAA-AGATCAA
829 TTTAATTCCAAATAAGCTTGTATAAACTGAAAGAATTGTTTTATGACTAAA-CAAGAGATCAA
**
41777 AACAATTTGAAATAGATAATTATCCTAATAGTCCTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACATATT
1 AACAATTTGAAATAGATAATTATCCTAATAGTCCTAACTATTTGAACTGGTTCAACAAACATATT
* * *
41842 TA-TTTCTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTTAATCCAA
66 TATTTTCTAAATCTCTTACTTATTAATTTCTGAAATATTATTAAATTAACATTATTTTAATCCAA
* * * * * * **
41906 ATATGCTTGTATGAGAAGAAATAATTGTTTTATGACAAAATCAAGATTATAATGATTTGAGATAG
131 ATATGCTTGAATGAAAAGAAACAATTGTTCTATGACAAAATAAAGATCATAACAATTTGAGATAG
*
41971 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACCTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTCAAATTT
196 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACCTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTCAAA--T
* *
42036 CTTGCATATTAATTTTTCAAAAGTTAATAAATTAGTATTGTTTTCTT-C-C-TATGAACTGAAAC
259 CTTGCTTATTAATTTTTCAAAAGTTAATAAATTAGTATTATTTTCTTCCACTTATGAACTGAAAC
*
42098 AATTATTTTATGACTAAACAAAATGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGCCTTA
324 AATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGCCTTA
* **
42163 ACAATTCAAACTAATTC-AGTAAACACATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAA
389 ACAATTCAAACTAATTCGA-TAAACACATTCATTTTTT-AA-ATC-T-CTTATTAATTTTCAAAA
* * *
42227 TATTATTAAATTAGTCTTATTTTTATCCAAATCAGCTTATATGATCAGAAATAATTACTTTATGA
449 TAATATTAAATTAGTATTATTTTTATCCAAATCAGCTTATATGATCAGAAACAATTACTTTATGA
** * * *
42292 CAAAACAATTATCATAATGATTTAAGATTG-TATTTGCTTAAATAGTCGTAACTATTTGAATTGG
514 CAAAACAAAGATCATAATGATTTAAGATTGATATTTGCTTAAATAGTCATAAATATTTGAACTGG
* *
42356 TT-AAAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTAAAAATTTTTTAAATATTAATAAAGTAGT
579 TTCAAAAAATAGCTCTAGTTTTTAAATCTCTTACTTAAAAATTTTTGAAATATTAATAAAGTA-T
* * * * *
42420 -ATTATTTTATTTCAAGTAAGCTTTTGTGAACTGAAACAATTATTTTATTACAAAACAAAAGGTT
643 AATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATG-ACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTC
* *
42484 ATAACAATTTTAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATATCTATTTGAATTTATTCAGTAAACATA
707 ATAACAATTTTAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATATCTATTTGAACTTATTCAGTAAACAAA
* * *
42549 TTTATTTTTTAAAATTTCTTGGTTACTAACTTTTCGAAAGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
772 TTTATTTTTTAAAATTTCTTGCTTACTAACTTTTCGAAAGTTAATAAATTAGTATTATTTAATTC
* * * *
42614 CGAATAAGCTTGTATGAACTGAAAGAATTGTTTTATGACTAAACAAGAGGTCAG
837 CAAATAAGCTTGTATAAACTGAAAGAATTGTTTTATGACTAAACAAGAGATCAA
* * * **
42668 AACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCCTAATTATTTGAATTGGTTCAACAAATGTATT
1 AACAATTTGAAATAGATAATTATCCTAATAGTCCTAACTATTTGAACTGGTTCAACAAACATATT
* * **
42733 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTCTGAAATATTATTAAATTAGCATTATTTTAATCTGA
66 TATTTTCTAAATCTCTTACTTATTAATTTCTGAAATATTATTAAATTAACATTATTTTAATCCAA
42798 ATATGCTTGAATGAAAAGAAACAATTGTTCTATGACAAAATAAAGATCATAACAATTTGAGATAG
131 ATATGCTTGAATGAAAAGAAACAATTGTTCTATGACAAAATAAAGATCATAACAATTTGAGATAG
* * * *
42863 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTAGTTAGATAAACAAATTTAGTTTTT-AAATC
196 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACCT-GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTCAAATC
* *
42926 TT--TTATTAA-TTTTCAAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTT
260 TTGCTTATTAATTTTTCAAAA-GTTAATAAATTAGTATTATTTT
42967 ATTTTCAATA
Statistics
Matches: 1032, Mismatches: 140, Indels: 50
0.84 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
886 9 0.01
887 26 0.03
888 102 0.10
889 6 0.01
890 87 0.08
891 282 0.27
892 261 0.25
898 7 0.01
899 121 0.12
900 75 0.07
901 53 0.05
902 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (890 bp):
AACAATTTGAAATAGATAATTATCCTAATAGTCCTAACTATTTGAACTGGTTCAACAAACATATT
TATTTTCTAAATCTCTTACTTATTAATTTCTGAAATATTATTAAATTAACATTATTTTAATCCAA
ATATGCTTGAATGAAAAGAAACAATTGTTCTATGACAAAATAAAGATCATAACAATTTGAGATAG
ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACCTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTCAAATCT
TGCTTATTAATTTTTCAAAAGTTAATAAATTAGTATTATTTTCTTCCACTTATGAACTGAAACAA
TTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGCCTTAAC
AATTCAAACTAATTCGATAAACACATTCATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATAATATT
AAATTAGTATTATTTTTATCCAAATCAGCTTATATGATCAGAAACAATTACTTTATGACAAAACA
AAGATCATAATGATTTAAGATTGATATTTGCTTAAATAGTCATAAATATTTGAACTGGTTCAAAA
AATAGCTCTAGTTTTTAAATCTCTTACTTAAAAATTTTTGAAATATTAATAAAGTATAATTATTT
TATTTCAAATAAGCTTTTATGACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATT
TTAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATATCTATTTGAACTTATTCAGTAAACAAATTTATTTTT
TAAAATTTCTTGCTTACTAACTTTTCGAAAGTTAATAAATTAGTATTATTTAATTCCAAATAAGC
TTGTATAAACTGAAAGAATTGTTTTATGACTAAACAAGAGATCAA
Found at i:44607 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 44017--50007 Score: 2064
Period size: 181 Copynumber: 33.1 Consensus size: 180
44007 TTACTTTACT
* * * *
44017 TATTAATTTTATTT-GAAATAAGCTTGCATGAATAGAAAAAAATTGTTTTATGACAAAATAAAAA
1 TATT-ATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAACAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAA
* * * *** * * * * *
44081 AGTGACAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCGAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAA
62 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTTAGT-AA
* * * * *
44146 TAGAATAAATTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-
126 CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG
* * ** ** * * *
44196 TAGTTATATTATTTCGACTGTGCTTGTACAAACAGAAACAATTATTTTGTGATAAAACAAAAGGT
1 TA-TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * * * * * *
44261 CATAACGATTTCAAATAGATAATTGTTTAAACAATCATAACTATATGCACTGG-TCAGGCCAATA
65 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTTA-G-TAACA
** * ** * * * * *
44325 GATTCGTTTTTTAAATCTGTTACTTATTAGCTATCAGACTATTCATAAATTAG
128 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG
* * * * * *
44378 TATTATTTTATTCCGAATAAGAC-TATATGCATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATGGT
1 TATTATTTTATTTCGAATAAG-CTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * *
44442 CATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACTGGCTTAGTAATAGA
65 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAACAGA
* * *
44507 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAA
130 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG
* * * * * * * *
44558 TCTTATTTTATTTCAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGA-ATGAACAAAAACA
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACA--AA-ACAAA-A
* * * * * *
44622 TTTGTTTTATGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TGTTTTGAACTA
62 ---G------GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACT-ATTTGAACTG
* * * * *
44686 GTTTGGCTAATAGAATTACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA
117 GTTTAG-TAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTA
44751 -
180 G
* * * * ** * *
44751 TTTTATTTTATTTTGAATAAG-TTACTAAGAATTGAAA-AATTGTTCTATGGCAAAACAAAAGGT
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTT-GTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * * * * *
44814 CATAATTATTTTAAATAAAGAATTGTTTATATAGCCT-TAACTATTTAAACTAGTTTAGCAAACA
65 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TTATAACTATTTGAACTGGTTTAG-TAACA
* ** * * *
44878 AATTTATTTTTTAAATCTCTTGGTTATTAATTTTTAGAATATTATTACATTAG
128 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG
* * * * * * * *
44931 TATTATTTTATTTCGAATAAACTTTTGTGAATAGAAATAATTGTTTTATGACATAACAGAAGGTT
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * *
44996 ATAATAATTTCAAATATATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGGTAACCAGA
66 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAA-CAGA
* * * * *
45061 TTTATTTTTTAAATCTTTTACATATCAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAG
130 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG
* * * * * * *
45112 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGAATGATCAAAAACATTTGTTATATGACCAAACAAAAGGTA
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * ** * * *
45177 ATAATCATTTGAAATAGATAATTGTTGAACTGACCT-TAATTATTTGAAATGATTTAGTAAACAG
66 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AGTTATAACTATTTGAACTGGTTTAGT-AACAG
* * * *
45241 ATTCATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTG
129 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG
* * * * * * *
45293 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACGATTGTTTTATGATAGAACAAAGGGTC
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* ** * * * * ** * *
45358 AAAACAATTTGAAAATAGATAATTATTCATATAGTCT-TAAAATGTTTGAACTACTTCAGCAAAC
66 ATAATGATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TAT-AACTATTTGAACTGGTTTAG-TAAC
* * * * * *
45422 AGATTTATTTTTTAAAATTTTTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAA
127 AGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG
* * * * ** * * *
45477 TATTATTTTATTCCGAATAAACATGTGTGAATTGAAACAATTATTTTAT-AGTAGAACAAAAGGT
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGT
* ** * *
45541 TACGATGATTTGAAATA-AGTAATTATTCAAATAG--A-AACTAGTT----TGG--TA--AACAG
65 CATAATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAACAG
* * *
45594 ATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
129 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG
* * * * ** * *
45646 TATTATTTTATTCCAAATAGGTTTGTATGATGA-AAATCAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGTT
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * ** * *
45710 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGGTAGAATTATTTGAAC-AATTTGGTAAATAG
65 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTTAGT-AACAG
* * * *
45774 ATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAA-TTTTAGAAATATTAATAAAATATTAT
129 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AAATATTAAT--AA-ATTAG
* * * * *
45829 TATTGTTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTTTGACAAAACAAAAG
1 TA---TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * *
45894 GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-AGATCAAAATTATTTTAATTGATTTAGTAAA
63 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TTATAACTATTTGAACTGGTTTAGT-AA
* * *
45958 TAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAA-TTTTAGAAATATTAAAAAATTAG
126 CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AAATATTAATAAATTAG
* * * * * * *
46009 TATTATTTTATTCCGTATAAGCTTGTATTAACTGAAACAATTGTATTATAATAAAACAAAAGGTC
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * ** ** * *
46074 ATAATGATTT-TAATA-AGTGATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAGCTTATTCGGAAAACAT
66 ATAATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTTAG-TAACAG
* * * ** ** *
46137 ATTTATTTTTTCAAATTTCTTGCTAATTAATTTTTTGAATGGTAATATATTAG
129 ATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG
* * * * * * *
46190 GATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATA-TGAAACAAATATTTTATGACTAAA-AGAAGGT
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * *
46253 CA-AATGATTTGAAATGGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTA-TTCAA-------A--AACACA
65 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAACAGA
* *
46307 TTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAATTAG
130 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG
* * * * * * *
46354 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTCTGATA-AAAAACAATTGGTTTATAACAAAATAAAAAAA
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-ACAAAAG
* * * * ** *
46418 ATCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTTATAATTATTTTTACTGATTTAGTAA-A
63 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAACA
*
46482 GAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAA-TTTTAGAAATATTAATAAATTAA
128 G--ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AAATATTAATAAATTAG
** * * * * *
46533 TATTATTTTATTTCGTTTAAGCATGTATTAACTGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTC
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * ** *
46598 ATAACGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTAATGATTATTTGAACCT-ATTCGGTAAATAG
66 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA-CTGGTTTAGT-AACAG
* *
46662 ATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTAAAATTTTAATAAATTAG
129 ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG
* * * *
46715 TATTAATTTATTTCGAATAAACTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATAACTAAACAAAAAGG
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGG
* * * * *****
46779 TCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCT-TAAAGTTTTATG-ACTAAACAAAAAA
64 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TAT-AACTATT-TGAACT----GGTTTA
* * * * * ** ***
46842 GTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACCTATGAACTGGTT-CGGTA--A
122 GT-AACA-GATTT---AT---T--TT-TT-AAAT-CTCTT-ACTTATTAA-TTTTTAAAATATTA
46904 ATAAATT--
172 ATAAATTAG
* * * * * ***
46911 TATT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAA--TT-TTTGAA-ATATTATTA-AATTTGTATTATTTTA
1 TATTATTTT--A--T-TT-C-GAATAAGCTTGTATGAACAGA--A--ACAA-TTGTTTTATGACA
* * * * **** ** ** * * * **
46970 AACCAAATAAG-CTTGAACGAAAAAAAATTTTATTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAAAGATTT
54 AAACAAA-AGGTCAT-AATGATTTGAAA-TAGATAAT-TG-T---TCAAATAGTTATAACTATTT
** * * * * * * * ** * *
47034 -AA--AATTGA-TAAC--ATTCATATAGTCTTAACTAT-TTGAACTGATTCAGTAATTAGACTAT
111 GAACTGGTTTAGTAACAGATT--TAT-TTTTTAAATCTCTT--ACTTATT-AATTTTTAAAATA-
** * *
47092 TTTTTTAATT-T
169 TTAATAAATTAG
* * * * * * * * * *
47103 TCTTGGTTATTAAGTTTCAGAAT-A--TTAT-TAAATTAGTAA-TATT-TCATTCTGA-ATAA-A
1 TATT-ATT-TT-A-TTTC-GAATAAGCTTGTATGAA-CAGAAACAATTGT-TTTATGACAAAACA
* * **** * * * ***** *
47160 ATA-GT-ATGAATAAAACCAATTGTTTGATGACAAAACAAA-AGGTTATAA-TGATTTGAAATAG
59 AAAGGTCAT-AATGATTTGAA---ATAGATAATTGTTCAAATA-GTTATAACT-ATTTGAACT-G
* * * * * * * * ** *
47221 ATAATT-GTTACAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAACAAATTTACTTTTTTAAAT
117 GT--TTAGTAACAGAT--T---TA-TTTTTTAAAT-CTCT--T--ACTTA-TTA-ATTTTTAAA-
* * * **
47285 CTCTTACTGATTAATTTTC
166 ATATTA---A-TAAATTAG
* * * * * * * *
47304 TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCGAACAAACTTATATGAATAAAAACAATTGTTT
1 T-ATTATT--TTATTTCG-A--A--TAAGCTT-G----------TATGAACAGAAACAATTGTTT
* * *
47368 TATGACAAAACCAAAA-GTAATAATGATTTGAAATAGGTAATTGTTTCAAATAGTTATAATTATT
47 TATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTTATAACTATT
* * * * * * * *
47432 TGAACTAGTTTGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAAATTTTGAAATATTAAC
110 TGAACTGGTTTAGT-AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT
47497 AAATTAG
174 AAATTAG
* * * * * * * * * *
47504 TTTTATTTTA-TTCCAAGTAAACTTATATGAGCTA-AAATAATTGTCTTAAGATAAAATAAAAGG
1 TATTATTTTATTTCGAA-TAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * ** *
47567 TCATAATGATTTGAAATAGATGATTGTTCATATAGTCT-TAACTGTTTGAATTGGTTTGACAAAT
64 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTGGTTT-AGTAAC
* * * * *
47631 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTTAAAATATTATTACATTGG
127 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG
* * *
47685 TATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTAT-ACAAAACAAAAGGTT
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
** * * * * ** * *
47749 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTAGTTCGGTAAAAAAA
66 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTTAGT-AACAGA
* * * * *
47814 TTTAATTTTTAAA--TC--AATTACTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAG
130 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG
** * *** * * * * *
47861 TATTATTTTATTTTAAATAAGTTTGTATGTTGAAAAATAAATTTTTTTGTGACAAAACAAAAAGT
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
** * * * * *
47926 -ATTAACAATTTTGTTCAAATGGCTATAATTATTTGAAATGATTTGGTAAACTGATTT--A-T--
65 CA-TAATGA-TTTG---AAATAG--ATAATT-GTTCAAAT-AGTT-AT-AACT-ATTTGAACTGG
* * * * * * * * * * * *
47985 TTT--TTA-A-A---ATCTCTTACAT-AC-TAATTTTTGAAATATTAAAA-A-AAGTAGTATTA-
118 TTTAGTAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTTAAAATATTAATA-AATTAG
* * * * * *
48038 TTTTATTTTA----G-ATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGTTC
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * * *
48098 ATAATAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGCTCAGTAAACAAA
66 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTTAGT-AACAGA
* * * *
48163 TTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTGTTT-GAATGTTAATAAATTA-
130 TTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAAAATATTAATAAATTAG
** * * * *
48214 -A-T-GCTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATAGTTTTACT-ACTAAACAAAAAG
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGG
* * ** * * * * * * * *
48274 TTAAAACAACTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCT-TAACCATTTGAATTGATTTGGCAAAC
64 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTGGTTTAG-TAAC
* * *
48338 ACATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAG
127 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG
* * * * *
48391 TATTATTTT-TATTCGAATAAGCTTATATGATCAGAAACAGTT-TTATTTTGACAAAAC-AAAGA
1 TATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTT-TTATGACAAAACAAAAGG
** * * * * * * * * * * *
48453 TCATAACAATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATGGTCATAACTAATTGAACTAGATTGGAATATA
64 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTTAGTA-ACA
* * * *
48518 GTTTTAGTTTTTAAATCTCTTA---A-TAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAG
128 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG
* * * * * * *
48567 CT-TTATTTTAGTTCGGACAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGT
1 -TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * ** * * *
48631 TATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATATCTATTTGAGCTTATTCAATAAACAT
65 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTTAGT-AACAG
* *
48696 ATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTATGAATTTTAATAAATTAG
129 ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AAATATTAATAAATTAG
* * * * *
48749 TATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTC
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * ** * *
48814 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCACATAGTCT-TAAATATTTGAATTGGTTCGGCAAACAA
66 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTGGTTTAG-TAACAG
* * * * * * *
48878 ATGTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAA-TTATAGGAATATTATTAGATTAG
129 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AAATATTAATAAATTAG
* * * * * * **
48930 TATTA-TTTAGTTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGTACAAAAGGT
1 TATTATTTTA-TTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * ** * * * ** *
48994 TATAAGGATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAATAG
65 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTTAGT-AACAG
* * * * *
49059 ATTTATTTTTTAAATTTTTTACATATTAATTTTTGAAAGA-T--T-AATTAG
129 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG
* ** *
49107 TATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGAATGTTCA-AATACAATTGTTATATGACCAAAA-AAAAG
1 TATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAGAA-ACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAG
* * *** * *** * * ** *
49169 GTAATAACT-ATTTGAAATAGTTAATTGTTGGCATGGCCCTAATTATTTAAACTTATTTGGTAAA
63 GTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTTAGT-AA
* * * ** *
49233 CATATTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTACTTTTCGAAATATTAATAAATTAT
126 CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG
* * *
49288 TATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAACTCA-AAACAAATGTTTTATGACAAAACAAAAGG
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA--CAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * ** * * * *
49352 TCGTAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCATACA-TCT-TAACCGTTTTAACTGCTTTGGTAAAT
64 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTGGTTTAGT-AAC
* * ** *
49415 AGATTAATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAG
127 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG
* * * * * *
49469 TATTATTTTATTTTGAATAAGTTTATATGAACTA-AAA-AATTATTTTATAACAAAACAAAAAGT
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* ** * * * *
49532 TATAACAATTTGAAATTGAT-A--GTT---AT--TTA-AA-TA--GGAACTGGTTTGGTAAACAA
65 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTTAGT-AACAG
* * * * * *
49585 ATTTATTTTTTTAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAAGATTAACAAATTAA
129 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG
* * * ** * * **
49637 TATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATG-ATGGAAAACAATTGTTTTGTAACAAAACAAAAATT
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
** * * * ** * * *** * *
49701 TGTAACGAATTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCAAAATTATTTGAACCAATTCAATAA-ATT
65 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAACA--
** * * * * *
49765 GACATATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAA
128 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG
* * * ***
49818 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTAT--A-A-AAACAATTGTTTTATGACCAAACAAAAAACC
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * *
49879 ATAAT-TTTTGATAAATAGATAATTGTTCATATAGTCT-TAATTATTTGAACT-GTTTCAGCAAA
66 ATAATGATTTG--AAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTGGTTT-AG-TAA
* * * * ** *
49941 TAGATTTATTTTTTACATCTCTTAGTTATCAATTTTTGGAATATTATTAAATTAG
126 CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG
49996 TATTATTTTATT
1 TATTATTTTATT
50008 CCAAAAAAGC
Statistics
Matches: 4330, Mismatches: 1119, Indels: 727
0.70 0.18 0.12
Matches are distributed among these distances:
160 4 0.00
161 4 0.00
162 2 0.00
163 3 0.00
164 74 0.02
165 10 0.00
166 3 0.00
167 12 0.00
168 126 0.03
169 165 0.04
170 23 0.01
171 30 0.01
172 25 0.01
173 10 0.00
174 4 0.00
175 12 0.00
176 223 0.05
177 424 0.10
178 277 0.06
179 249 0.06
180 435 0.10
181 986 0.23
182 335 0.08
183 138 0.03
184 110 0.03
185 16 0.00
186 101 0.02
187 43 0.01
188 18 0.00
189 12 0.00
190 13 0.00
191 20 0.00
192 74 0.02
193 79 0.02
194 10 0.00
195 15 0.00
196 17 0.00
197 9 0.00
198 14 0.00
199 16 0.00
200 27 0.01
201 15 0.00
202 29 0.01
203 4 0.00
204 7 0.00
205 8 0.00
206 6 0.00
207 7 0.00
208 7 0.00
209 1 0.00
211 2 0.00
212 8 0.00
213 1 0.00
216 3 0.00
217 7 0.00
218 19 0.00
219 23 0.01
220 2 0.00
221 11 0.00
222 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAACAGAT
TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG
Found at i:44612 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 44584--44632 Score: 98
Period size: 25 Copynumber: 2.0 Consensus size: 25
44574 ACAAACTTAT
44584 ATGAACAAAAACATTTGTTTTATGA
1 ATGAACAAAAACATTTGTTTTATGA
44609 ATGAACAAAAACATTTGTTTTATG
1 ATGAACAAAAACATTTGTTTTATG
44633 TTATAACGAT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 24 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (25 bp):
ATGAACAAAAACATTTGTTTTATGA
Found at i:45720 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 45418--45726 Score: 403
Period size: 169 Copynumber: 1.8 Consensus size: 170
45408 CTACTTCAGC
* * *
45418 AAACAGATTTATTTTTTAAAATTTTTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTAT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTAT
* * * * * *
45483 TTTATTCCGAATAAACATGTGTGAATTGAAACAATTATTTTATAGTAGAACAAAAGGTTACGATG
66 TTTATTCCAAATAAACATGTATGAATTGAAACAATTATTTTATAGTACAAAAAAAAGTTACAATG
45548 ATTTGAAATAAGTAATTATTCAAATAGAAACTAGTTTGGT
131 ATTTGAAATAAGTAATTATTCAAATAGAAACTAGTTTGGT
*
45588 AAACAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTAT
**** * *
45652 TTTATTCCAAATAGGTTTGTATG-A-TGAAAATCAATTGTTTTAT-G-ACAAAAGAAAAGTTCAT
66 TTTATTCCAAATAAACATGTATGAATTG-AAA-CAATTATTTTATAGTACAAAA-AAAAGTT-AC
45713 AATGATTTGAAATA
127 AATGATTTGAAATA
45727 GATAATTGTT
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 16, Indels: 9
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 6 0.05
168 11 0.09
169 85 0.71
170 17 0.14
ACGTcount: A:0.41, C:0.05, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (170 bp):
AAACAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTAT
TTTATTCCAAATAAACATGTATGAATTGAAACAATTATTTTATAGTACAAAAAAAAGTTACAATG
ATTTGAAATAAGTAATTATTCAAATAGAAACTAGTTTGGT
Found at i:45728 original size:534 final size:532
Alignment explanation
Indices: 44370--46806 Score: 1642
Period size: 524 Copynumber: 4.5 Consensus size: 532
44360 AGACTATTCA
* * * * * *
44370 TAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGAC-TATATGCATAGAAACAATTATTTTAT-GACAAA
1 TAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAA-ACTTGTGTGAATTGAAACAATTGTTTTATAG-TAAA
* * * * * **
44433 ACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAAC-TAATTGAACTGGCT
64 ACAAAAGGTTATAATGATTT-AAATAAGTAATTATTCAAATAG-CATAACTTAA-TG-TTTGG--
* * * * * ** * *
44497 TAGTAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATCTT
123 TA--AACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACATATCAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
44562 ATTTTATTTCAAACAAACTT-ATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGAATGAACAAAAACATTTG
186 ATTTTATTCCAAATAAGCTTGA-ATGATCAAAAACAATTG--TTAT--ATG-AC-AAAACA----
** * * * * * * *
44626 TTTTATGTTATAA-CGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC-ATAATGT-TTTGAACTAGT
240 --AAAGGTAATAATC-ATTTGAAATAGATAATTGTTGAAAT-GCCTAGAAT-TATTTGAAC-AAT
* * *
44688 TTGGCT-AATAGAATT-ACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA
299 TTAG-TAAACAG-ATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA
* ** * * * *
44751 TTTTATTTTATTTTGAATAAG-TTACTAAGAATTGAAA-AATTGTTCTATGGCAAAACAAAAGGT
362 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA-TATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * *
44814 CATAATTATTTTAAATAAAGAATTGTTTATATAGCCTT-AACTATTTAAACTAGTTTAGCAAACA
426 CATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAAAATATTTAAACTA-TTTAGCAAACA
*
44878 AATTTATTTTTTAAATCTCTTGGTTATTAATTTTT-AGAATATTAT
490 AATTTATTTTTTAAAT-T-TTTGTTATTAATTTTTGA-AATATTAT
* * * * *
44923 TACATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTTTGTGAATAGAAATAATTGTTTTAT-G-ACATA
1 TAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTGTGTGAATTGAAACAATTGTTTTATAGTA-A-A
* *
44986 ACAGAAGGTTATAATAATTTCAAATATA-TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTT
64 ACAAAAGGTTATAATGATTT-AAATA-AGTAATTATTCAAATAG-CATAAC---TT-AA-T-GTT
* *
45050 TGGTAACCAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACATATCAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTAT
120 TGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACATATCAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * *
45115 TATTTTATTTCGAATAAGCTTGAATGATCAAAAACATTTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATA
185 TATTTTATTCCAAATAAGCTTGAATGATCAAAAACAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTAATA
* *
45180 ATCATTTGAAATAGATAATTGTTGAACTGACCT-TAATTATTTGAA-ATGATTTAGTAAACAGAT
250 ATCATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATG-CCTAGAATTATTTGAACA--ATTTAGTAAACAGAT
* *
45243 TCATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCA
312 TCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTCA
* * * * * *
45308 AATAAGCTTATATGAACTGAAACGATTGTTTTATGATAGAACAAAGGGTCAAAACAATTTGAAAA
377 AATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTG-AAA
* * * * *
45373 TAGATAATTATTCATATAGTCTTAAAATGTTTGAACTACTTCAGCAAACAGATTTATTTTTTAAA
441 TAGATAATTGTTCATATAGTCTTAAAATATTTAAACTA-TTTAGCAAACAAATTTATTTTTT-AA
45438 ATTTTTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAT
504 A-TTTTT-GTTATTAATTTTTGAAATATTAT
* * * *
45469 TAAATTAATATTATTTTATTCCGAATAAACATGTGTGAATTGAAACAATTATTTTATAGTAGAAC
1 TAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTGTGTGAATTGAAACAATTGTTTTATAGTAAAAC
**
45534 AAAAGGTTACGATGATTTGAAATAAGTAATTATTCAAATAG-A-AAC-T-A-GTTTGGTAAACAG
66 AAAAGGTTATAATGATTT-AAATAAGTAATTATTCAAATAGCATAACTTAATGTTTGGTAAACAG
*
45594 ATTTATTTTTTAAATCTTTTA-ATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
130 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACA-TATCAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * * * *
45658 CCAAATAGGTTTGTATGATGAAAATCAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGTTCATAATGATTTGA
194 CCAAATAAGCTTGAATGATCAAAAACAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTAATAATCATTTGA
** * *
45723 AATAGATAATTGTTGAAATGGGTAGAATTATTTGAACAATTTGGTAAATAGATTCACTTTTTAAA
259 AATAGATAATTGTTGAAATGCCTAGAATTATTTGAACAATTTAGTAAACAGATTCACTTTTTAAA
*
45788 TCACTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAAATATTATTATTGTTATTTTATTTCAAATAAG
324 TCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAAT-TTA-TA---TTATTTTATTTCAAATAAG
* *
45853 CTTATATGAACTGAAACAATTATTTTTTGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAA
383 CTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAA
* * * * * *
45918 TTGTTCA-AAAGATC--AAAATTATTTTAATTGATTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAA--TCT
448 TTGTTCATATAG-TCTTAAAA-TATTTAAACT-ATTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTT
* * *
45978 CTTATTAATTTTAGAAATATTAA
510 GTTATTAATTTTTGAAATATTAT
* * * * * * * *
46001 AAAATTAGTATTATTTTATTCCGTATAAGCTTGTATTAACTGAAACAATTGTATTATAATAAAAC
1 TAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTGTGTGAATTGAAACAATTGTTTTATAGTAAAAC
* * * * *
46066 AAAAGGTCATAATGATTTTAATAAGTGATTATTCAAATAATCATAAC-TATTTGAGCTTATTCGG
66 AAAAGGTTATAATGATTTAAATAAGTAATTATTCAAAT-AGCATAACTTA-AT--G--T-TT-GG
* * * * ** * *
46130 AAAACATATTTATTTTTTCAAAT-TTCTTGC-TAATTAATTTTTTG-AATGGTAATATATTAGGA
123 TAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTT-TTACAT-ATCAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
*** * * * * * * * *
46192 TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAT-ATGAAACAAATATTTTATGACTAAA-AGAAGGTCA
184 TTATTTTATTCCAAATAAGCTTGAATGATCA-AAAACAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTAA
* * * ** * * * *
46255 -AATGATTTGAAATGGATAATTATTCTAA----TAG---T-TTT-AACTATTCA-AAAACACATT
248 TAATCATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGCCTAGAATTATTTGAACAATTTAGTAAACAGATT
* * * **
46309 TATTTTTTAAAT--C-T-CTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTG
313 CACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTCA
* * ** * * * ** * *
46369 AATAAGCTTGTCTGATA-AAAAACAATTGGTTTATAACAAAATAAAAAAAATCAAAATGATTTGA
377 AATAAGCTTATATGA-ACTGAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-ACAAAAGGTCATAATAATTTGA
* * * ** * *
46433 AATAGATAATTGTTCAAAT-G-GTTATAATTATTTTTACTGATTTAGTAAAGAAATTTATTTTTT
439 AATAGATAATTGTTCATATAGTCTTA-AAATATTTAAACT-ATTTAGCAAACAAATTTATTTTTT
* * * *
46496 AAA--TCTCTTATTAATTTTAGAAATATTAA
502 AAATTTTTGTTATTAATTTTTGAAATATTAT
* * ** * * * * * * **
46525 TAAATTAATATTATTTTATTTCGTTTAAGCATGTATTAACTGAAACAATTATTTTATAACAAAAC
1 TAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTGTGTGAATTGAAACAATTGTTTTATAGTAAAAC
* * * * * * * *
46590 AAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTAATGATTATTTGAACCTATTCGG
66 AAAAGGTTATAATGA-TTTAAATAAGTAATTATTCAAATAG-CAT-A--ACTT-AA--TGTTTGG
* * * * *
46655 TAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTT-CTTATTAATTTTTAAAATTTTAATAAATTAGTATT
123 TAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCT-TTTACATATCAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * * * *
46719 AATTTATTTCGAATAAACTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATAACTAAACAAAAAGGTCAA-
186 ATTTTATTCCAAATAAGCTTGAATGATCAAAAACAATTGTTATATGACAAAAC-AAAAGGT-AAT
*
46783 AATGATTTGAAATAGATAATTGTT
249 AATCATTTGAAATAGATAATTGTT
46807 CTAATAGTCT
Statistics
Matches: 1551, Mismatches: 248, Indels: 195
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
522 38 0.02
523 4 0.00
524 173 0.11
525 108 0.07
526 12 0.01
527 11 0.01
528 46 0.03
529 2 0.00
530 2 0.00
531 19 0.01
532 106 0.07
533 65 0.04
534 164 0.11
535 4 0.00
536 9 0.01
537 30 0.02
538 22 0.01
539 68 0.04
540 1 0.00
541 7 0.00
542 147 0.09
543 64 0.04
544 89 0.06
545 41 0.03
546 111 0.07
547 3 0.00
548 6 0.00
549 2 0.00
550 3 0.00
551 1 0.00
552 7 0.00
553 90 0.06
554 84 0.05
555 1 0.00
556 2 0.00
557 1 0.00
558 7 0.00
559 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (532 bp):
TAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTGTGTGAATTGAAACAATTGTTTTATAGTAAAAC
AAAAGGTTATAATGATTTAAATAAGTAATTATTCAAATAGCATAACTTAATGTTTGGTAAACAGA
TTTATTTTTTAAATCTTTTACATATCAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
AAATAAGCTTGAATGATCAAAAACAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTAATAATCATTTGAAA
TAGATAATTGTTGAAATGCCTAGAATTATTTGAACAATTTAGTAAACAGATTCACTTTTTAAATC
ACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATG
AACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAT
ATAGTCTTAAAATATTTAAACTATTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTGTTATTAATTT
TTGAAATATTAT
Found at i:45757 original size:715 final size:706
Alignment explanation
Indices: 44859--49552 Score: 2048
Period size: 716 Copynumber: 6.5 Consensus size: 706
44849 CTTAACTATT
* * *
44859 TAAACTAGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTGGTTATTAATTTTT-AGAATATTAT
1 TAAACTAGTTTAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TT-ATTATTAATTTTTGA-AATATTAA
* * *
44923 TACATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTT-TGTGAATAGAAAT-AATTGTTTTATGACATA
63 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT-AAGTTTGTATG-ATA-AAATCAATTGTTTTATGACA-A
* * * * * * * *
44986 ACAG-AAGGTT-ATAATAATTTCAAATATATAATTATTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAATTGG
124 ACAGAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGGT-ATAATTATTTGAA-TGA
* * * * *
45048 TTTGGTAACCAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACATATCAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGT
187 TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACATAT-AATTTTAGAAATATTAATAAATTAAT
* ** * * * * *
45113 ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGAATGATCAAAAACATTTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAA
251 ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGAATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * *
45178 TAATCATTTGAAATAGATAATTGTTGAACTGACCTTAATTATTTGAAATGATTTAGTAAACAGAT
316 TAATCATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGA-CATAATTATTTGAAATGATTTAGTAAATAGAT
* * *
45243 TCATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCA
380 TTATTTTTTAAATC-CTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
* * * * **
45308 AATAAGCTTATATGAACTGAAACGATTGTTTTATGATAGAACAAAGGGTCAAAACAATTTGAAAA
443 AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATAATA-AACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAAA
* *
45373 TAGATAATTATTCATATAGTCTTAAAATGTTTGAAC-TACTTCAGCAAACAGATTTATTTTTTAA
507 TAGATAATTATTCATATAGTCTTAAAATATTTGAACTTA-TTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAA
* * * * *
45437 AATTTTTTAG-TTATTAA-TTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTCCGAATAAACA
571 AATTTCTT-GCTAATTAATTTTTTG-AATAGTAATAAATTAAGATTATTTTATTCCGAATAAACA
* * * * *
45500 TGTGTGA-ATTGAAACAATTATTTTAT-AGTAGAACAAAAGGTTACGATGATTTGAAATA-AGTA
634 TGTATGATA-TGAAACAAATATTTTATGACTA-AA-AAAAGGTCA-AATGATTTGAAATAGA-TA
45562 ATTATTCAAATAG
694 ATTATTCAAATAG
* * *
45575 -AAACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAAT
1 TAAACTAGTTTAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATC-TTT-ATTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * *
45639 AAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGTTTGTATGATGAAAATCAATTGTTTTATGACAAA-AG
64 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGTTTGTATGAT-AAAATCAATTGTTTTATGACAAACAG
* * **
45703 AAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGGTAGAATTATTTGAACAATTTGGT
128 AAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGGTATAATTATTTGAATGATTTGGT
* * * * *
45768 AAATAGATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAAATATTATTATT
193 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACATA-TAATTTTAGAAATATTAAT--AA-ATTA--A-T
* * *
45833 GTTATTTTATTTCAAATAAGCTT-ATATGAACTGAAACAATTATTTTTTGACAAAACAAAAGGTC
251 ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGA-ATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * *
45897 ATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAAGATCAAAATTATTTTAATTGATTTAGTAAATAAA
315 ATAATCATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGA-CATAATTATTTGAAATGATTTAGTAAATAGA
* * * *
45962 TTTATTTTTTAAAT-C-TCTTATTAATTTTAGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTCCGT
379 TTTATTTTTTAAATCCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA
* * * * *
46025 ATAAGCTTGTATTAACTGAAACAATTGTATTATAATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAATA-
444 ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATAAT-AAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAAAT
* * * * * * * * *
46089 AG-TGATTATTCAAATAATCAT-AACTATTTGAGCTTATTCGGAAAACATATTTATTTTTTCAAA
508 AGATAATTATTCATATAGTCTTAAAATATTTGAACTTATTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAAA
* * * ** * *
46152 TTTCTTGCTAATTAATTTTTTGAATGGTAATATATTAGGATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTA
573 TTTCTTGCTAATTAATTTTTTGAATAGTAATAAATTAAGATTATTTTATTCCGAATAAACATGTA
* * *
46217 TGATATGAAACAAATATTTTATGACTAAAAGAAGGTCAAATGATTTGAAATGGATAATTATTCTA
638 TGATATGAAACAAATATTTTATGACTAAAAAAAGGTCAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
46282 ATAG
703 ATAG
* * * * *
46286 TTTTAACTA-TTCA-AAAACACATTTATTTTTTAAATC--TCTTATTAACTTTTGAAATATTAAT
1 --TAAACTAGTTTAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTATTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * * * * *
46347 AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTCTGATAAAAAACAATTGGTTTATAACAAAATA
64 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGTTTGTATGAT-AAAATCAATTGTTTTATGAC-AAACA
* ** * * * * *
46412 AAAAAAATCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTTATAATTATTTTTACTGATTTA
127 GAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGGTATAATTA-TTTGAATGATTTG
* *
46477 GTAAAGAAATTTATTTTTTAAATCTCTT--AT-TAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTAT
191 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACATATAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTAT
** * * * *
46539 TTTATTTCGTTTAAGCATGTATTAACTGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAA-C
256 TTTATTTCGAATAAGCTTGAATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATC
* * * * **
46603 GATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTA-ATGATTATTTGAACCT-ATTCGGTAAATAGATTT
321 -ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-G-ACATAATTATTTGAA-ATGATTTAGTAAATAGATTT
* * *
46666 ATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTAAAATTTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCGA
382 A-TTTTTTAAATC-C-TTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA
* *
46731 ATAAACTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATAACTAAACAAAAAGGTCAAAATGATTTG-AAA
444 ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATAA-TAAAC-AAAAGGTCAAAATGATTTGAAAA
* * * ** * * ***
46795 TAGATAATTGTTC-TAATAGTCTTAAAGTTTTATG-AC-TAAACAAAAAAGTCAAAACGATTTGA
507 TAGATAATTATTCAT-ATAGTCTTAAAATATT-TGAACTTATTCAGAAAA--CAGATTTATTT--
** ** * * * ***
46857 AATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACCTATGAACTGGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAA-
566 TTTA-A-AA-T-TTCT--T-G-C-TAA--T-T-AA-T--TT-TTTGAAT--AGTAATAAATTAAG
** * *
46921 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTAAACCAAATAAGCTTGA
612 A----TTA-TT-TT-A-TTCCG-AATA--A--ACA--TG---TA---T------GAT-A---TG-
* * * * * *
46986 ACGAAAAAAAATTTTATTTTATGA-TAAAACAAAAAGTCATAAAGATTTAAAATTGATAA-CATT
645 A--AACAAA-----TATTTTATGACT-AAA-AAAAGGTCA-AATGATTTGAAATAGATAATTATT
*
47049 CATATAG
700 CAAATAG
* ** * * ** * * **
47056 TCTTAACTA-TTT-G--AACTGATTCAGTAATTAGA-CTATT-TTTTTAATTTTCTTG-GTTATT
1 --TAAACTAGTTTAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTATTATTAA-TTT-TTGAAATATT
* ** * * *
47114 AAGTTTCAGAA-TATTATTAAATTAGTAATATTTCATTCTGAATAAAATAGTATGA-ATAAAACC
61 AA---T-A-AATTAGTATT--ATT--T--TA--T--TTC-GAATAAGTTTGTATGATA-AAATCA
* * * * * * * *
47177 AAT-TGTT-TGATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTACAAAT-AGT
109 ATTGTTTTATGA-CA-AACAGAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-CAAATGGGT
* * * *
47239 CAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAACAAATTTACTTTTTTAAATCTCTTAC-TGATTAATTTT
171 -ATAATTATTTG-AATGATTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACAT-A-TAATTTT
** * * * * *
47303 CTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAACAAACTT-ATATGAA-TAAAAACAATTGT
231 AGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGA-ATGAACT-GAAACAATTAT
* * * **
47366 TTTATGACAAAACCAAAA-GTAATAATGATTTGAAATAGGTAATTGTTTCAAATAGTTATAATTA
294 TTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATCATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAAT-GACATAATTA
* * * * *
47430 TTTGAACT-AGTTTGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAAATTTTGAAATATT
356 TTTGAAATGA-TTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC-CTT-CTTATTAATTTTTGAAATATT
* * * * * * * * *
47494 AACAAATTAGTTTTATTTTA-TTCCAAGTAAACTTATATGAGCTAAAATAATTGTCTTA-AGATA
418 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA-TAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATA-AT-
* * * * * *
47557 AAATAAAAGGTCATAATGATTTG-AAATAGATGATTGTTCATATAGTCTT-AACTGTTTGAA-TT
480 AAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAAAATATTTGAACTT
* * * * * * ** * * *
47619 GGTT-TGACAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTAG-TTATGAATTTTTAAAATATTATTACA
545 -ATTCAGA-AAACAGATTTATTTTTTAAAATTTCTT-GCTAATTAATTTTTTGAATAGTAATAAA
* * * * * * * *
47681 TT-GGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGA-ACAGAAATAATTGTTTTAT-ACAAAACAA
607 TTAAG-ATTATTTTATTCCGAATAAACATGTATGATA-TGAAACAAATATTTTATGACTAAA-AA
* ** *
47743 AAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATT
669 AAGGTCA-AATGATTTGAAATAGATAA---TT---AT--TCA-AA-TA-G
** * * * *
47793 TAAACTAGTTCGGTAAAA-AAATTTAATTTTTAAATC--AATTACTAATTCTTGAAATATTAATA
1 TAAACTAGTTTAG-AAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATA
** * * * *
47855 AATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGTTTGTATGTTGAAAAATAAATTTTTTTGTGACAAAACA
65 AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGTTTGTATGAT--AAAATCAATTGTTTTATGAC-AAACA
*
47920 -AAAAG-T-AT--T-A----ACAAT---T--TTGTTCAAATGGCTATAATTATTTGAAATGATTT
127 GAAAAGTTCATAATGATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATGGGTATAATTATTTG-AATGATTT
* * * * *
47970 GGTAAACTGATTTATTTTTTAAAATCTCTTACATACTAATTTTTGAAATATTAAAAAAAGTAGTA
190 GGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACATA-TAATTTTAGAAATATT-AATAAATTAATA
* ** * *
48035 TTATTTTATTT-TAGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGTTCA
252 TTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGAATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * * * * * *
48099 TAATAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTG-CTCAGTAAACAAA
316 TAATCATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGA-CATAATTATTTGAA-ATGATTTAGTAAATAGA
* * **
48163 TTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTGTTTG-AATGTTAATAAATTA--A-T-GCTTATT
379 TTTATTTTTT-AAATC-CTT-CTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * ** *
48223 CCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATAGTTTTACTACTAAACAAAAAGTTAAAACAACTTG-
440 TCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTA-TAATAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGA
** ** * *
48287 AAATAGATAATTATTC-TAATAGTCTT-AACCATTTGAA-TTGATTTGGCAAACACATTTA-TTT
504 AAATAGATAATTATTCAT-ATAGTCTTAAAATATTTGAACTT-ATTCAGAAAACAGATTTATTTT
* * * * *
48348 TT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTATTAAATT-AGTATTATTTTTATT-CGAAT
567 TTAAAATTTCTTGCTAATTAATTTTTTG-AATAGTAATAAATTAAG-ATTA-TTTTATTCCGAAT
* * * * * * * ** * *
48409 AAGCTTATATGATCA-GAAAC-AGTTTTATTTTGAC-AAAACAAAGATCATAACAATTTGAGATT
629 AAACATGTATGAT-ATGAAACAAATATT-TTATGACTAAAA-AAAGGTCA-AATGATTTGAAATA
* * *
48471 GATATTTGTTCAAATGG
690 GATAATTATTCAAATAG
* * ** *
48488 TCATAACTAATTGAACTAGATTGGAATATAGTTTTAGTTTTTAAATCTCTTA--A-TAATTTTTG
1 T-A-AACTAGTT----TAGA----AA-ACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTATTATTAATTTTTG
* * * * * *
48550 AAATATTAATAAAGTAGCT-TTATTTTAGTTCGGACAAGTTTTTATGAACTGAAA-CAATTGTTT
54 AAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTCGAATAAGTTTGTATG-A-TAAAATCAATTGTTT
* * * *
48613 TATGACAAAACA-AAATGTT-ATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTAAAAT-AGTCAT-ATCTA
116 TATGAC-AAACAGAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGGT-ATAAT-TA
* * *** * * *
48674 TTTGAGCTTATTCAATAAACATATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTATG-AATTT
178 TTTGA-ATGATTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACATA-TAATTTTA-GAAATAT
* * * * * * *
48738 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACTA
239 TAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGAATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAA
* * * * * *
48803 AACAAAAGGTCATAA-CGATTTGAAATAGATAATTGTTCACATAGTCTTAAATATTTGAATTGGT
304 AACAAAAGGTCATAATC-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GACATAATTATTTGAAATGAT
** * * * * * * * * * * *
48867 TCGGCAAACAAATGTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTATAGGAATATTATTAGATTAGTA
367 TTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC-CTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * * ** * * * *
48932 TTA-TTTAGTTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGTACAAAAGGTTA
430 TTATTTTA-TTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATAATA-AACAAAAGGTCA
* * * ** * * * * * * * *
48996 TAAGGATTTG-AAGTTTACAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAAC-TAGTTCGGTAAATA
493 AAATGATTTGAAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAAAATATTTGAACTTA-TTCAGAAAACA
* * *
49058 GATTTATTTTTT-AAATTTTTTAC-ATATTAA-TTTTTGAA-AG--ATTAATT-AGTATTATTTT
557 GATTTATTTTTTAAAATTTCTTGCTA-ATTAATTTTTTGAATAGTAATAAATTAAG-ATTATTTT
* * * * * * * *
49116 ATTCTGAATAAGCTTGAATG-T-TCAAATACAAT-TGTTATATGACCAAAAAAAAGGTAATAACT
620 ATTCCGAATAAACATGTATGATATGAAACA-AATAT-TT-TATGA-CTAAAAAAAGGTCA-AA-T
* * *
49178 -ATTTGAAATAGTTAATTGTTGGCATGGCCCTAATTATT
679 GATTTGAAATAGATAATTATT--CA-------AA-TA-G
* * * * * *
49216 TAAACTTA-TTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTACTTTTCGAAATATTAA
1 TAAAC-TAGTTTAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATC-TTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * *
49280 TAAATTATTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAACTCAAAA-CAAATGTTTTATGACAAA
63 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGTTTGTATG-A-T-AAAATCAATTGTTTTATGACAAA
* * * * * *** * *
49344 -ACAAAAGGTCGTAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCATACAT--CT-TAACCGTTTTAACTGC
125 CAGAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-A-ATGGGTATAATTATTTGAA-TGA
* * ** * * * *
49405 TTTGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGT
187 TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACATA-TAATTTTAGAAATATTAATAAATTAAT
* * * * * *
49470 ATTATTTTATTTTGAATAAG-TTTATATGAACT-AAAAAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTT
251 ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGA-ATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
*
49533 ATAA-CAATTTGAAATTGATA
315 ATAATC-ATTTGAAATAGATA
49553 GTTATTTAAA
Statistics
Matches: 3047, Mismatches: 625, Indels: 609
0.71 0.15 0.14
Matches are distributed among these distances:
695 1 0.00
696 2 0.00
697 9 0.00
698 3 0.00
700 2 0.00
701 107 0.04
702 13 0.00
703 3 0.00
704 7 0.00
705 34 0.01
706 232 0.08
707 139 0.05
708 101 0.03
709 20 0.01
710 156 0.05
711 167 0.05
712 39 0.01
713 103 0.03
714 102 0.03
715 179 0.06
716 261 0.09
717 109 0.04
718 24 0.01
719 144 0.05
720 215 0.07
721 76 0.02
722 57 0.02
723 6 0.00
724 13 0.00
725 38 0.01
726 19 0.01
727 6 0.00
728 3 0.00
729 5 0.00
730 1 0.00
731 14 0.00
732 4 0.00
733 8 0.00
734 8 0.00
735 9 0.00
736 10 0.00
737 10 0.00
738 11 0.00
739 13 0.00
740 3 0.00
741 1 0.00
744 1 0.00
745 2 0.00
747 2 0.00
748 2 0.00
750 2 0.00
751 1 0.00
752 1 0.00
754 1 0.00
756 4 0.00
757 6 0.00
758 2 0.00
759 2 0.00
760 2 0.00
761 5 0.00
762 1 0.00
764 11 0.00
765 1 0.00
766 4 0.00
767 3 0.00
768 13 0.00
769 20 0.01
770 36 0.01
771 19 0.01
772 1 0.00
773 1 0.00
774 9 0.00
775 2 0.00
776 3 0.00
777 3 0.00
778 1 0.00
779 3 0.00
780 3 0.00
781 2 0.00
782 5 0.00
783 40 0.01
784 38 0.01
785 27 0.01
786 9 0.00
787 8 0.00
788 54 0.02
789 169 0.06
790 41 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (706 bp):
TAAACTAGTTTAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
ATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGTTTGTATGATAAAATCAATTGTTTTATGACAAACAGAAA
AGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGGTATAATTATTTGAATGATTTGGTAAA
CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACATATAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
TTCGAATAAGCTTGAATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATCATTTG
AAATAGATAATTGTTCAAATGACATAATTATTTGAAATGATTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAA
ATCCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT
GAACTGAAACAATTGTTTTATAATAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAAATAGATAATTATTCA
TATAGTCTTAAAATATTTGAACTTATTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAAATTTCTTGCTAATT
AATTTTTTGAATAGTAATAAATTAAGATTATTTTATTCCGAATAAACATGTATGATATGAAACAA
ATATTTTATGACTAAAAAAAGGTCAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
Found at i:46858 original size:64 final size:64
Alignment explanation
Indices: 46757--46883 Score: 227
Period size: 64 Copynumber: 2.0 Consensus size: 64
46747 TAAAACAATT
* *
46757 GTTTTATAACTAAACAAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAAA
1 GTTTTATAACTAAACAAAAAAGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAAA
*
46821 GTTTTATGACTAAACAAAAAAGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAA
1 GTTTTATAACTAAACAAAAAAGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAA
46884 CCTATGAACT
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 3, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
64 60 1.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.09, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (64 bp):
GTTTTATAACTAAACAAAAAAGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAAA
Found at i:49246 original size:358 final size:358
Alignment explanation
Indices: 46821--50021 Score: 1358
Period size: 358 Copynumber: 9.0 Consensus size: 358
46811 TAGTCTTAAA
* * * * * * *
46821 GTTTTATGACTAAACAAAAAAGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACC
1 GTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-C
* *
46886 TA--TGAACTGGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
64 TATTTGAACTAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATA-
* ** ** * * *
46949 TATTAAATTTGTATTATTTTAAACCAAATAAGCTTGAACGA--AAAAAAATT-TTATTTTATGA-
127 -ATT-AATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGAATGACTCAAATAATTGTTA---TATGAC
* * * * * * ** * * * * * *
47010 TAAAACAAAAAGTCATAAAGATTTAAAATTGATAA-CATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTG
187 CAAAA-AAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCACATAGCCCTAAATATTTAAATTG
* * ** * * * ** ** *
47074 ATTCAGTAATTAGA-CTATTTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTT-TCAG-AATATTATTAAAT
251 ATTCGGCAAACAAATGTA-TTTTTTAAATCACTTACTTATTAA-TTAT-AGAAATATTAATAAAT
* * ** ** *
47136 TAGTAATATTTCATTCTGAATAA-AATAGTATGAA-TAAAACCAATT
313 TAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTA-TATGAACTAAAAACAATT
* *
47181 GTTTGATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTACAAATAGTCAAAACT
1 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-CAAATAGTCATAACT
* * * * * * *
47246 ATTTGAAATGGTTTGGTAAACAAATTTACTTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCTAAATAT
65 ATTTGAACTAGTTCGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-T-GA-A-
* * * * * * *
47311 TAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAACAAACTT-ATATGAATAAAAACAATTGTTTTATGA-
125 TAATTAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGA-ATGACT-CAAATAATTGTTATATGAC
* * * *** * * *
47373 CAAAACCAAAA-GTAATAATGATTTGAAATAGGTAATTGTTTCAAATAGTTATAATTATTTGAAC
187 CAAAA--AAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTG-TTCACATAGCCCTAAATATTTAAAT
* * * * * * *
47437 T-AGTTTGGTAAATAGAAT-TATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAAATT-TTGAAATATTAACAA
249 TGA-TTCGGCAAACA-AATGTATTTTTTAAATCACTTACTTAT-TAATTATAGAAATATTAATAA
* * * * *
47499 ATTAGTTTTATTTTATTCCAAGTAAACTTATATGAGCT-AAAATAATT
311 ATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACTAAAAACAATT
* * * * * * * * *
47546 GTCTTAAGATAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATGATTGTTCATATAGTCTTAACTG
1 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * ** * * *
47611 TTTGAATTGGTTTGACAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTTAAAATATTA
66 TTTGAACTAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATA--A
* * * ** *
47676 TTACATTGGTATTATTTTATT-TCGAATAAACTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTAT-A-CAA
128 TTA-ATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGAATG-ACTCAAATAATTGTTATATGACCAA
* * * * * * *
47738 AACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACT-AGT
190 AA-AAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCACATAGCCCTAAATATTTAAATTGA-T
* * * * * * *
47802 TCGGTAAAAAAATTTAATTTTTAAATCA---A-TTACTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTA
253 TCGGCAAACAAATGTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTATAGAAATATTAATAAATTAGTA
** * * * *
47863 TTATTTTATTTTAAATAAGTTTGTATG--TTGAAAAATAAATT
318 TTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACT-AAAAA-CAATT
* * * * *
47904 TTTTTGTGACAAAACAAAAAG-TAT--T-A----ACAAT---T--TTGTTCAAAT-GGCTATAAT
1 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAAC
* * * *
47955 TATTTGAAAT-GATTTGGTAAACT-GATTTATTTTTTAAAATCTCTTACATACTAATTTTTGAA-
64 TATTTGAACTAG-TTCGGTAAA-TAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAT
* * ** * * * *
48017 ATATTAAAAAAAGTAGTATTATTTTATT-TTAGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTATTTTA
126 A-ATT-----AATTAGTATTATTTTATTCTGA-ATAAGCTTGAATG-ACTCAAATAATTGTTATA
* * * ** * * * ** * *
48081 TGA-TAAAACAAAAGTTCATAATAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGA
183 TGACCAAAA-AAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCACATAGCCCTAAATATTT-A
* * * * * ** * * * *
48145 ACTTG-CTCAGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTGTTTG-AATGTTAAT
246 AATTGATTCGGCAAACAAATGTATTTTTT-AAATCACTTACTTATTAATT-ATAGAAATATTAAT
** * * *
48208 AAATTA--A-T-GCTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATA
309 AAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACTAAAAACAATT
* * * ** * * * * *
48253 GTTTTACT-ACTAAACAAAAAGTTAAAACAACTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACC
1 GTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * *
48317 ATTTGAA-TTGATTTGGCAAACACATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
65 ATTTGAACTAG-TTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATA-
*
48380 TATTAAATTAGTATTATTTTTATTC-GAATAAGCTT-ATATGA-TCAGAA-ACAGTT-TTATTTT
127 -ATT-AATTAGTATTA-TTTTATTCTGAATAAGCTTGA-ATGACTCA-AATA-A-TTGTTA-TAT
* * * * * * * * * * * * * *
48440 GA-CAAAACAAAGATCATAACAATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATGGTCATAACTAATTGAAC
184 GACCAAAAAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCACATAGCCCTAAAT-ATTTAAA
* * ** * * * * *
48504 TAGATT-GG-AATATAGTTTTAGTTTTTAAAT--C-T-CTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAA
248 TTGATTCGGCAA-ACAAATGTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTATAGAAATATTAATAAA
* ** * * * *
48563 GTAGCT-TTATTTTAGTT-CGGACAAGTTTTTATGAACT-GAAACAATT
312 TTAG-TATTATTTTA-TTCCAAATAAGCTTATATGAACTAAAAACAATT
* * * *
48609 GTTTTATGACAAAACAAAATGTTATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATATCTA
1 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* ** * *
48674 TTTGAGCTTA-TTCAATAAACATATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTATGAATTT
66 TTTGAAC-TAGTTCGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAA---
* ** * * * *
48738 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACTA
125 TAATTAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGAATG-ACTCAAATAATTGTTATATGACCA
* * * * * *
48803 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCACATAGTCTTAAATATTTGAATTGGTT
189 AAAAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCACATAGCCCTAAATATTTAAATTGATT
* * * * * *
48868 CGGCAAACAAATGTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTATAGGAATATTATTAGATTAGTAT
254 CGGCAAACAAATGTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTATAGAAATATTAATAAATTAGTAT
*
48933 TA-TTTAGTTCCAAATAAGCTTATATGAAC-AAAAATAATT
319 TATTTTA-TTCCAAATAAGCTTATATGAACTAAAAACAATT
* ** * * ** *
48972 GTTTTATGATAGTACAAAAGGTTATAAGGATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
1 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * *
49037 TTTGAACTAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACATATTAATTTTTGAA-AGATT
66 TTTGAACTAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATA-ATT
*
49101 AATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGAATG-TTCAAATACAATTGTTATATGACCAAAAA
130 AATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGAATGACTCAAAT--AATTGTTATATGACCAAAAA
* * ** * * *
49165 AAAGGTAATAACTATTTGAAATAGTTAATTGTTGGCATGGCCCTAATTATTTAAACTT-ATTTGG
193 AAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCACATAGCCCTAAATATTTAAA-TTGATTCGG
* * * * * * *
49229 TAAACATATTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTACTTTTCGAAATATTAATAAATTATTATTAT
257 CAAACAAATGTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTATAGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
*** * * * *
49294 TTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAACTCAAAACAAAT
322 TTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACTAAAAACAATT
** * * * * **
49331 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCGTAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCATACA-TCTTAACCG
1 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * *
49395 TTTTAACT-GCTTTGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATT
66 TTTGAACTAG-TTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATA--
* * * * * *
49459 ATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-TTTATATGAACT-AAAAAATTATTTTAT-AACA
127 ATT-AATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGA-ATG-ACTCAAATAATTGTTATATGACCA
* * * * * ** * *
49521 AAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATTGAT-A--GTT---AT----TTAAATA--GGAACTGGT
189 AAA-AAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCACATAGCCCTAAATATTTAAATTGAT
* * * * * * * * * * *
49574 TTGGTAAACAAATTTATTTTTTTAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAAGATTAACAAATTAATA
253 TCGGCAAACAAATGTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTATAGAAATATTAATAAATTAGTA
* * *
49639 TTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATG-A-TGGAAAACAATT
318 TTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACT-AAAAACAATT
* * ** * * * * * * *
49679 GTTTTGTAACAAAACAAAAATTTGTAACGAATTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCAAAATTA
1 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * ** * ** * *
49744 TTTGAACCAATTCAATAAATTGACATATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAA-ATATT
66 TTTGAACTAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATA-ATT
* * ** * * *
49808 AATAAAGTAATATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTTTAT-A--AAAACAATTGTTTTATGACCAA
130 AAT----TAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGAATGACTCAAATAATTGTTATATGACCAA
*** ** * * * * * * *
49869 ACAAAAA-ACCATAA-TTTTTGATAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTATTTGAACTGT
190 A-AAAAAGGTAATAACGATTTG--AAATAGATAATTGTTCACATAGCCCTAAATATTTAAATTGA
* * * * * * * * * * * *
49932 TTCAGCAAATAGATTTATTTTTTACATCTCTTAGTTATCAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGT
252 TTCGGCAAACAAATGTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTATAGAAATATTAATAAATTAGT
*
49997 ATTATTTTATTCCAAAAAAGCTTAT
317 ATTATTTTATTCCAAATAAGCTTAT
50022 TAACTGAAAA
Statistics
Matches: 2214, Mismatches: 465, Indels: 325
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
344 4 0.00
345 11 0.00
346 62 0.03
347 40 0.02
348 105 0.05
349 239 0.11
350 40 0.02
351 13 0.01
352 24 0.01
353 4 0.00
354 23 0.01
355 9 0.00
356 114 0.05
357 131 0.06
358 346 0.16
359 268 0.12
360 49 0.02
361 154 0.07
362 159 0.07
363 223 0.10
364 44 0.02
365 142 0.06
366 10 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (358 bp):
GTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
TTTGAACTAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATAATTA
ATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGAATGACTCAAATAATTGTTATATGACCAAAAAAAA
GGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCACATAGCCCTAAATATTTAAATTGATTCGGCAAA
CAAATGTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTATAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
TTCCAAATAAGCTTATATGAACTAAAAACAATT
Found at i:49282 original size:539 final size:534
Alignment explanation
Indices: 46822--54523 Score: 2947
Period size: 539 Copynumber: 14.3 Consensus size: 534
46812 AGTCTTAAAG
* * * * * * *
46822 TTTTATGACTAAACAAAAAAGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACCT
1 TTTTATGAC-AAA-ACAAAAGTCATAACAATTTG-AATTGACAATTGTTCAAAT-GTCATAA-CT
* * * *
46887 A--TGAACTGGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
61 ATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTG-AA-A-T
* ** * * * * *
46950 ATTAAATTTGTATTATTTTAAACCAAATAAGCTTGAACGAA--AAAA-AATTTTATTTTATGATA
123 ATTAAATTAGTATTATTTT-ATTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAA--TT-GTTTATGACA
* * * * ** * * * *
47012 AAACAAAAAGTCATAAAGATTTAAAATTGATAA-CATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGAT
184 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTAT
* ** * * * * ** * * *
47076 TCAGTAATTAGA-CTATTTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAA-GTTTCAGAATATTATTAAATTAG
249 TCAATAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAG
* * * ** * *
47139 TAATATTTCATTCTGAATAAAATAGTATGAA-TAAAACCAATTGTTTGATGACAAAACAAAAGGT
312 TATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* ** * * * *
47203 TATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTACAAATAGTC-AAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAAC
376 CATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-CAAATAGTCTTAAA-TATTTGAACTGGTTCGGCAAAC
* * *
47267 AAATTTACTTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
439 AAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTT-TGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT
* * * * *
47331 ATTTCGAACAAACTTATATGAATAAAAACAATT
502 ATTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATT
* ** * ** * *
47364 GTTTTATGACAAAACCAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGGTAATTGTTTCAAATAGTTATAATT
1 -TTTTATGACAAAA-CAAAAGTCATAACAATTTG-AATTGACAATTG-TTCAAAT-GTCATAACT
* * * *
47429 ATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAAATTTTGAAATATT
61 ATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATT
* * * * * * * *
47494 AACAAATTAGTTTTATTTTATTCCAAGTAAACTTATATGAGCTAAAATAATTGTCTTAAGATAAA
126 ---AAATTAGTATTATTTTATTCGAA-TAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGT-TTATGACAAA
* * * * * * *
47559 ATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATGATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTTGAA-TTGGTT
186 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTT-ATT
** * * * * * * * * *
47623 TGACAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTTAAAATATTATTACATTGGTAT
250 CAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * *
47688 TATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAAC-AGAAATAATTGTTTTAT-ACAAAACAAAAGGTTAT
315 TATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * *
47751 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTAGTTCGGTAAAAAAATT
379 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAAATATTTGAACTGGTTCGGCAAACAAATT
* * * * * **
47816 TAATTTTTAAA--TC--AATTACTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAA
444 TATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAA
* * *** *
47877 ATAAGTTTGTATGTTGAAAAATAAATTT
509 ATAAGCTTATATGAACAAAAA-CAA-TT
* * *
47905 TTTTGTGACAAAACAAAAAGT-ATTAAC------AATT-----TTGTTCAAATGGCTATAATTAT
1 TTTTATGACAAAAC-AAAAGTCA-TAACAATTTGAATTGACAATTGTTCAAATGTC-ATAACTAT
* *
47958 TTGAAAT-GATTTGGTAAACT-GATTTATTTTTTAAAATCTCTTACATACTAATTTTTGAAATAT
63 TTGAACTAG-TTTGGTAAA-TAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATAT
* ** * * * *
48021 TAAAAAAAGTAGTATTATTTTATTTTAGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTATTTTATGATA
125 T----AAATTAGTATTATTTTATTCGA-ATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATT-GTTTATGACA
* * * * * * **
48086 AAACAAAAGTTCATAATAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGC
184 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTAT
* * * * *
48151 TCAGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTGTTTG-AATGTTAATAAATTA-
249 TCAATAAACATATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAG
** * * *
48214 -A-T-GCTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATAGTTTTACT-ACTAAACAAAAAGT
312 TATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGT
* * * * * ** * * * *
48275 TAAAACAACTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAATTGATTTGGCAAACAC
376 CATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAAATATTTGAACTGGTTCGGCAAACAA
*
48340 ATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATT
441 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTA-TTTTATT
* * * *
48404 -CGAATAAGCTTATATGATCAGAAACAGTT
505 CCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATT
* * *
48433 TTATTTTGACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATGGTCATAACTA
1 TT-TTATGACAAAACAAAAG-TCATAACAATTTGA-ATTGACAATTGTTCAAAT-GTCATAACTA
* * * *
48497 ATTGAACTAGATTGG-AATATAGTTTTAGTTTTTAAATCTCTT--A-A-TAATTTTTGAAATATT
62 TTTGAACTAGTTTGGTAA-ATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATT
* * * * * *
48557 -AATAAAGTAGCTTTATTTTAGTTCGGACAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAA
126 AAAT-TAGTA---TTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTG-TTTATGACAA
* * * * *
48621 AACAAAATGTTATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCAT-ATCTATTTGAGCTTAT
185 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT-TATTTGAACTTAT
*
48685 TCAATAAACATATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTATG-AATTTTAATAAATTAG
249 TCAATAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAG
* * * *
48749 TATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTC
312 TATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * *
48814 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCACATAGTCTTAAATATTTGAATTGGTTCGGCAAACAAA
377 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAAATATTTGAACTGGTTCGGCAAACAAA
* * * * * *
48879 TGTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTATAGGAATATTATTAGATTAGTATTA-TTTAGTTC
442 TTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TTC
*
48943 CAAATAAGCTTATATGAACAAAAATAATT
506 CAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATT
* ** * ** *
48972 GTTTTATGATAGTACAAAAGGTTATAAGGATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
1 -TTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAA-TTGACAATTGTTCAAAT-GTCATAACTA
* * * *
49037 TTTGAACTAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACATATTAATTTTTGAAAGATT-
62 TTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTA
* **
49101 AATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGAATGTTC-AAATACAATTGTTATATGACCAAAA-
127 AATTAGTATTATTTTATTC-GAATAAGCTTGTATGAACTAAA-ACAATTGTT-TATGA-CAAAAC
* * *** * * * * **
49164 AAAAGGTAATAACT-ATTTGAAATAGTTAATTGTTGGCATGGCCCTAATTATTTAAACTTATTTG
188 AAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTATTCA
* * * * *
49228 GTAAACATATTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTACTTTTCGAAATATTAATAAATTATTATTA
252 ATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
** * * *
49293 TTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAACTCAAAACAAATGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCGTAA
317 TTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * *** * * * * * * *
49358 TAATTTGAAATAGATAATTGTTCATACA-TCTTAACCGTTTTAACTGCTTTGGTAAATAGATTAA
381 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAAATATTTGAACTGGTTCGGCAAACAAATTTA
* ***
49422 TTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
446 TTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
* *
49487 AAGTTTATATGAACTAAAA-AATT
511 AAGCTTATATGAACAAAAACAATT
* * *
49510 ATTTTATAACAAAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATTG---ATAGTT---AT-T--TAA--AT
1 -TTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACAATTTG-AATTGACAATTGTTCAAATGTCATAACTAT
** * * * * ** *
49564 AGGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAAGATTAA
63 TTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATT--
* * * ***
49629 CAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATGATGGAAAACAATTGTTT-TGTAACAAAA
126 -AAATTAGTATTATTTTATT-CGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTATG--ACAAAA
** ** * * * * * **
49693 CAAAAATTTGTAACGAATTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCAAAATTATTTGAACCAATTCA
187 CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTATTCA
* ** * * * *
49758 ATAAA-TTGACATATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATT
252 ATAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * ***
49822 ATTTTATTTCAAATAAGCTTTTAT--A--AAAACAATTGTTTTATGACCAAACAAAAAACCATAA
316 ATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** * * * * * *
49883 -TTTTTGATAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTATTTGAACTGTTTCAGCAAATAGATT
381 CAATTTG--AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAAATATTTGAACTGGTTCGGCAAACAAATT
* * *
49947 TATTTTTTACATCTCTTAGTTATCAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAA
444 TATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAA
* **
50012 AAAAGCTTAT-T-AACTGAAA-AA--
509 ATAAGCTTATATGAACAAAAACAATT
* * *
50033 -TTTAT-A-ATAAA-TAAAG---T-----TTT-AATT----A-T-TTGAAA--TAATAA-T-TGT
1 TTTTATGACA-AAACAAAAGTCATAACAATTTGAATTGACAATTGTTCAAATGTCATAACTAT-T
* * * * * * *
50075 TCAAATAGATTGGTAAATA-ATTATATATTTCAAA---ATT-CATATT--TTATTT-TAATCA-T
64 TGAACTAGTTTGGTAAATAGATT-TATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATT-TTTGAAAT-ATT
** ** * * * *
50131 AAATGTTTTATTATTTTATATTTAAATAGGCTT-TATG-A-TAGACAATAATT-ATTATTTACAA
126 AAAT-TAGTATTA-TTT-TATTCGAATAAGCTTGTATGAACTA-A-AACAATTGTTTA-TGACAA
* * * * * * * * * *
50192 ATCAAAAGTTTA-ACAT-TTTTGATATTTAAATAATTGTTTAAAT-GACAT-ATATATTTAAATT
185 AACAAAAGGTCATA-ATGATTTGA-A-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT-TATTTGAACT
* * *
50253 TGATTC-ATAAA-ACTGA-CT-TTTTTTAAAT-T-TAAACTT-TT--TATTTGAAATATTAAT-A
246 T-ATTCAATAAACA-T-ATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
* * * * *
50308 ATTA-AATTATTATTATT-----T--GATT-TATG---TGAAACAATT-TTTTATTATAAAAC-A
307 ATTAGTATTATT-TTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * * * * ***
50359 AA--TCTTATTC--TTTAAAATAGAT-ATT-TTAAAATA-TATT-ACTATTTAAAAT--TT-TTA
371 AAGGTCATA-ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAAATATTTGAACTGGTTCGGC
* ** * * *
50413 AAATAAA--TATTGTTTTGCATTTCTT-GTTTATTAAATTTCTG-AATGA-TAATAAATTAGTAT
435 AAACAAATTTATT-TTTTAAATCTCTTAG-TTATT-AATTTTTGAAAT-ATTATTAAATTAGTAT
*** * * *
50473 TATTTTATTTTGAATAAGCATCTATGAACTGAAAA-AATT
496 TATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAAC-AAAAACAATT
* * * * * * * * *
50512 ATTTTACGACTAAACAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTA
1 -TTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTG-AATTGACAATTGTTCAAAT-GTCATAACTA
* ** * *
50577 TTTGAACCTA-TTCGACAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATT
62 TTTGAA-CTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTT-GAA-A-T
* * * *
50641 ATTAATTTTGTAATATTTTAGTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAA
123 ATTAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTG-TTTATGACAA
* ** * * * * * **
50705 AACAAAA-ATCATAACAATTTGAGATAGGTAATTGTTGAAATAATCATAA-CATTTGAACTGGTT
185 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTATT
** * * * * * *
50768 TGAGAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTC-T-C--ATTAATTTTTAAAATATTAACAAATTAGTAT
250 CAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * ** ** * * ** *
50829 TTTTTTACTCTAAATAATTTTGTAT-AAATAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATTAT
315 TATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * *** * * * * * * *** * *
50893 AACTATTTGAAATAAATAATAACTCAAATGGACATGACTATTTGAACT-TTTCGATGAATATATT
379 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAAATATTTGAACTGGTTCGGCAAACAAATT
* ** * * * * *
50957 TATTTTTTAAGTCTCCAACTCATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTCTTTCA
444 TATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGA-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCA
** * * * *
51021 AATAAAATTGTGTGAATAGAAACAATT
508 AATAAGCTTATATGAACAAAAACAATT
** * *
51048 ATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAC-ATTTGAAATAAATAATTGTTCGAAGA-GTCATAACG
1 -TTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACAATTTG-AATTGACAATTGTTC-AA-ATGTCATAACT
* * ** * *
51111 ATTTGAACTCGCTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTGAAGAGTCATAACGATTTGAAC
61 ATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT--ACA-T-ATTA--ATTT----
* * *
51175 TCGCTCAGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTTTGAAAATT-TAATAA-A
116 T---T--G---A-A-A--TA-----TTAAA----TTA-GTATT-ATTTT----ATTCGAATAAGC
* * ** * ** * * ** * * **
51238 TAAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAATCGAAACAATTGGTTTATCACAAACCGAAG
154 T-TGTATGAACTAAAAC--AAT-TG--TTTATG-A-CAAAACAAAAGG----TCA-TAA-TGATT
* ** ** * * * * * *
51303 GGTCATAACGAT--TTGAAATAGATAATTGTTCAAAAAGTCATAACTATTTAAATGTGTT-AAGA
205 TGAAAT-A-GATAATTG---TTCA-AATAG-TC-ATAA-T--T-A-T-TTGAACT-TATTCAA-T
* * * *
51365 AAACATATTTATTTTTT-AA-CTTTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATCTA-TAATAT
254 AAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT-TAGTATTAT
* * *
51427 TTTATT-TGAAATAAGCTTGCATGAAC-AGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
318 TTTATTCCG-AATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
*** * * * * * * * * * ** *
51490 TGTTTTGAAATAGATTATTTTTTAGATTGTCATAACTATTTGGAAAT-GTTTGATAAAGAAAATT
381 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAAATATTT-GAACTGGTTCGGCAAA-CAAATT
* * * * * * * *
51554 AAATTTTTTAATTCTC-TACTCATT-ACTTTAG-AATATTCA-TGAATTAGTATTATTTTATTTC
444 -TATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATT-ATTAAATTAGTATTATTTTATTCC
51615 AAATAAGCTTATATGAAACTAAAAACAATTGT
507 AAATAAGCTTATATG-AAC-AAAAACAA-T-T
* * ** ** * *
51647 TTTTATTAGC-AAACAAAAGGGGTCAACAATGATTTGAAAATAAAATAAATTATTCAAATAGTCA
1 TTTTATGA-CAAAACAAAA---GTC-ATAACAATTTG--AAT-TGA-CAATTGTTCAAAT-GTCA
* *** * * * *
51711 -AGACTATTTGAACTTGTTCAATAAATATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAGTTTTTGA
56 TA-ACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGA
* *
51774 AATATTTAATAATTA-AATTATTTTAATAT-GAATAAGCTTGTATGAATATGAAAACAATTGTTT
120 AATA-TT-A-AATTAGTATTATTTT-AT-TCGAATAAGCTTGTATGAA-CT-AAAACAATTG-TT
* ** * * * **
51837 TATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAAATAAATAATTGTTCCATTAGTCATAAAGATTT
177 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTT
* * * * * * * * *
51902 TAACTTGTTTAGTAAAACAAATTTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATCAAATGTCTT--AATA-T
241 GAACTTATTCAAT-AAACATA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT-TAAT-TTTTGAAATATT
* * * * * * * **
51964 AATACATTGGTAGATATTTTATT-TGAAATAAGCTCGTATGAA-TAGAA-AATTATTATGGTGAC
302 AATAAATTAGTA-TTATTTTATTCCG-AATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTT-TTATGAC
* * * * * * * *
52026 AAAACAAAAAGTTATAGCAATTTCAAAT-GAATAGTTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACT-
364 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATAGTCTTAAATATTTGAACTG
* * * * * * * *
52089 TTTCGGTAAATATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTT-AGAATATTAATAACTTA
428 GTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGA-AATATTATTAAATTA
* * * *
52153 GTATTATTTTATGT-CGAATAAGCTGATATGAACTAAAATAATTT
492 GTATTATTTTAT-TCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAA-TT
* ** * * * * *
52197 TTTTATCACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT-AAATACTTATTCAAATAGTCATGACTT
1 TTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAATTGACA-A-TTGTTCAAAT-GTCATAACTA
** * * * * **
52261 TTTGATTTAGTTTGGTAAACA-ATTTATTTTTTAAAAT-T-TTGCTTATTAATTGTCAAAATATT
62 TTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATT
* * * * **
52323 AATTAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAACTTTTATGAA-TAGAAATTATTGTTT-TGTA-AT
126 -A--AATTAGTATTATTTTATTC-GAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTATG-ACA-
** ** ** * * *
52385 AGAACAAAAAATTGTAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTT-TTTAAAC-T
184 A-AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TTATTTGAACTT
** * * * * *
52448 AGTTTGATAAATAGATTTA-TTTTTAAA-ATC-TA-TTATTAATTTTTGAAATACTAATAGATTA
247 A-TTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
** * * * * *
52509 GTATTATTTTATTCTTAACAAACATGTATGAA-TAAAAACATTTGTTTTATGACAAAAAAAAAGG
311 GTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * * * * * *
52573 TCATAGCGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTAAAATGGTTAGGTAAATA
375 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAAATATTTGAACTGGTTCGGCAAACA
* * * * * *
52638 AAATTATTTTTTAAATCACTTACATT-TTACTTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTA
440 AATTTATTTTTTAAATCTCTTA-GTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAA-TTAGTATTATTTTA
** **
52701 TTCTGAATAAG-TTAGTATGAAGTGAAAA-AATT
503 TTCCAAATAAGCTTA-TATGAA-CAAAAACAATT
** * * * * *
52733 ATTTTATGACAAAAC--AA--C--AATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATGGTCTTAACTAT
1 -TTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACAATTTG-AATTGACAATTGTTCAAAT-GTCATAACTAT
* ** * * * ** *
52792 TTGTACTAGTTTGACAAACAAATTTCTTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTTT
63 TTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTT-GAA-A-TAT
* * * * *
52857 TATATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAATACTTGTTTTATGATAGAA
125 TAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTG-TTTATGACAAAA
* * * * * * * *
52921 TAAAAGGTTATAACGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TAGTTC
187 CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTA-TTC
* * * * * * *
52985 AGTCAATAGATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTACTAT
251 AATAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
** * * * * * * * * * *
53050 TATTTTATTTTGAATAAACATATCTGATA-AAAAATAATTGTTATATGACCAAATAAAAGGTAAT
315 TATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGA-ACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * * * * ** *
53114 AAAAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATGATTATTTGAACTGATTTGATAAATAAATT
379 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAAATATTTGAACTGGTTCGGCAAACAAATT
* * * * **
53179 TACTTTTTAAATCAC-TATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAA
444 TATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAA
* * ***
53243 CTAAGCTTGTATGAATTCAAACAATT
509 ATAAGCTTATATGAACAAAAACAATT
* * * * * *
53269 GTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGCCATAACTA
1 -TTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAA-CAATTTGAATTGACAATTGTTCAAAT-GTCATAACTA
* * * * * * * * *
53334 TTTGAATTTGTTCGGTAAACAAATTTA--TTTTACA-CTCTTGCTTATTAATTTTTGAATTATTA
62 TTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATT-
* * *
53396 AGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTT-TATGAACTGAAACAAATAT-TTTAT-ATCAA
126 --AAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAAC-AAT-TGTTTATGA-CAA
* * * * * *
53458 AACAAATGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATCACTATTTGAACTTGTT
185 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTATT
*** * * * * * *
53523 TGGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATAAT-TTCCTTTTTAATTTTCT-AAATGTTAATAAATTTA
250 CAATAAACATATTTATTTTTT-AAAT-CTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAA-TTA
* * * * * * *
53586 -TATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTA--AAATATGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAT
311 GTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTA--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * * *
53648 GTCAGAACAATTTGAAATTGATAATTATTCTAATAGTTTTAACA-ATTCG-ATTGACTT-GCCAA
374 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAA-ATATTTGAACTG-GTTCGGCAA
* *
53710 ACACATTTATTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTAATTT
437 ACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATT-ATTT
* * ** *
53771 TA-ACCAAATAAGTTTATATGATTAGAAACAATT
501 TATTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATT
* * * ** * *
53804 GTTTTAAGACAAAAC-ATAGATCTTAATGATTTGAGA-TGAATAATTATTCAAATTGTCATAACT
1 -TTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACAATTTGA-ATTG-ACAATTGTTCAAA-TGTCATAACT
* * * * *
53867 ATTTGAACTGGTTCGGTAAACATATTTAGGTTTTTAAATCTC-T---TATTAATTTTTGAAATAT
61 ATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATA-
* * * *
53928 TAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTGTGGTAA--AAAGCAATTGTTTTATGAC
124 T--TAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTAT-G-AACTAAAACAATTG-TTTATGAC
* * * * *
53991 -AAACAAAA-GTCATAACGATTTAAAATAGATAATCGTTCAAA-AGTATATAATTATTTCAA-TT
183 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-CATAATTATTTGAACTT
* * * *
54052 AATTCGATAAAC-TCATTTATTTTTTAAGTTTCTTACTTATT-ATTTTAGTG-AGTATTAATAAA
247 -ATTCAATAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT--TGAAATATTAATAAA
* * * * * * * *
54114 TTAGTATTATTTTAATCC-ATCTAAGCTTGTATTAATTGAAACAAATGTTTTGTGACAAATCAAA
308 TTAGTATTATTTTATTCCGA-ATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* ** * * ** * * * * *
54178 AGGTTATAATGATTTTAAATTA-ACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTAGAACTTGTTTGGTA
372 AGGTCATAACAATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAAATATTTGAACTGGTTCGGCA
* * * ** * * *
54242 AACAGATTT-TTTTTAAAATCTATTTCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAAT
436 AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATT
** * *
54305 TTATTCTGAATAAGCTTCTATGAACTGAAAA-AATT
500 TTATTCCAAATAAGCTTATATGAAC-AAAAACAATT
* * * * * * * * * *
54340 GTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAACGATTTCAAGTAGATAATTGTTCTAATTATCTTAACCA
1 -TTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAA-TTGACAATTGTTC-AAATGTCATAACTA
* *
54405 TTTGAACT-GATTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-TCATTAATTTTTGAAATAT
62 TTTGAACTAG-TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACAT-ATTAATTTTTG-AA-A-
* * * *
54468 TATTAAATTAGCATTATTTTAATCAGAACAAGTTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTT
122 TATTAAATTAGTATTATTTTATTC-GAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTT
54524 TACAACAAAA
Statistics
Matches: 5502, Mismatches: 1155, Indels: 1009
0.72 0.15 0.13
Matches are distributed among these distances:
473 5 0.00
474 48 0.01
475 15 0.00
476 5 0.00
477 5 0.00
478 9 0.00
479 3 0.00
480 6 0.00
481 7 0.00
482 12 0.00
483 3 0.00
484 7 0.00
486 3 0.00
487 14 0.00
488 11 0.00
490 1 0.00
492 3 0.00
494 9 0.00
495 9 0.00
496 15 0.00
498 3 0.00
499 7 0.00
500 22 0.00
501 38 0.01
502 38 0.01
503 18 0.00
504 30 0.01
505 12 0.00
506 4 0.00
507 6 0.00
508 10 0.00
509 10 0.00
510 33 0.01
511 42 0.01
512 47 0.01
513 38 0.01
514 8 0.00
515 1 0.00
518 5 0.00
519 1 0.00
520 6 0.00
521 8 0.00
523 1 0.00
524 11 0.00
525 51 0.01
526 123 0.02
527 209 0.04
528 52 0.01
529 144 0.03
530 288 0.05
531 48 0.01
532 236 0.04
533 104 0.02
534 271 0.05
535 234 0.04
536 303 0.06
537 326 0.06
538 207 0.04
539 530 0.10
540 382 0.07
541 74 0.01
542 70 0.01
543 119 0.02
544 188 0.03
545 84 0.02
546 105 0.02
547 22 0.00
548 6 0.00
549 1 0.00
550 33 0.01
551 32 0.01
552 39 0.01
553 100 0.02
554 42 0.01
555 3 0.00
556 3 0.00
557 3 0.00
558 6 0.00
559 3 0.00
560 1 0.00
561 2 0.00
562 6 0.00
563 10 0.00
564 8 0.00
565 1 0.00
566 12 0.00
567 3 0.00
568 12 0.00
569 2 0.00
570 14 0.00
571 5 0.00
572 21 0.00
573 2 0.00
574 7 0.00
575 3 0.00
577 6 0.00
578 2 0.00
579 11 0.00
580 2 0.00
581 4 0.00
582 3 0.00
583 5 0.00
584 2 0.00
585 4 0.00
586 1 0.00
587 1 0.00
590 2 0.00
591 3 0.00
592 10 0.00
593 17 0.00
594 2 0.00
595 137 0.02
596 22 0.00
597 18 0.00
598 29 0.01
599 5 0.00
600 2 0.00
601 7 0.00
602 6 0.00
603 6 0.00
604 17 0.00
605 39 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (534 bp):
TTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACAATTTGAATTGACAATTGTTCAAATGTCATAACTATTTG
AACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAAATT
AGTATTATTTTATTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTATGACAAAACAAAAGGTC
ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTATTCAATAAACATA
TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
GAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
TAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAAATATTTGAACTGGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAAT
CTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATAT
GAACAAAAACAATT
Found at i:51140 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 50459--54525 Score: 879
Period size: 180 Copynumber: 22.3 Consensus size: 179
50449 TTCTGAATGA
** * * * *
50459 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCA-TCTATGAACT-GAAAAAATTATTTTACGAC
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA-AATTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGAC
* * * * * * * *
50522 TAAACAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAAC-CT
64 AAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCGAAGAGTCATAACTATTTGAACTC-
* * * *
50586 ATTCGACAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATAT
128 GTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC--ACTCATTAATTTTTAGAATAT
* * * * * ** *
50640 TATTAATTTTGTAATATTTTAGTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAA
* ** * * * *
50705 AACAAAA-ATCATAACAATTTGAGATAGGTAATTGTT-GAAATAATCATAAC-ATTTGAACTGGT
66 AACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCG-AAGAGTCATAACTATTTGAACTCGT
* * * *
50767 TTGAGAAATAGATTTAGTTTTTAAATCT--CTCATTAATTTTTAAAATAT
130 TCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCACTCATTAATTTTTAGAATAT
* * * ** * * * *
50815 TAACAAATTAGTATTTTTTTA-CTCTAAATAATTTTGTATAAATAAAAATAATTGTTTTATGACA
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACA
* * * * * * * * *
50879 AAACAAAATATTATAACTATTTGAAATAAATAATAACTCAAATG-GACATGACTATTTGAACT-T
65 AAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCGAA-GAGTCATAACTATTTGAACTCG
* * *
50942 TTCGATGAATATATTTATTTTTTAAGTCTCCAACTCATTAATTTTTAGAATAT
129 TTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-C-ACTCATTAATTTTTAGAATAT
* *
50995 TAATAAATTAGTATTATTTTCTTTCAAATAAAATTGTGTGAATAGAAACAATTATTTTATGACAA
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAA
* * *
51060 AACAAAAGATCATAAC-ATTTGAAATAAATAATTGTTCGAAGAGTCATAACGATTTGAACTCGCT
66 AACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCGAAGAGTCATAACTATTTGAACTCGTT
* * ** *
51124 C-AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTGAAGAGTCA-TAACGATTT-GAACTCGCT
131 CGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATC--T---CACTCATTAA-TTTTTAGAA-T--AT
* * * * * ** * * * **
51180 CAGTAAA-TAGATTTATTTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTTTGAAAATTTAATAAATAAGTA
1 TAATAAATTAG---TATTATTTT--A--TTTCA---AATAAAATTG--TA-TGAATAGA-AACAA
* ** * *** * * *
51244 TTATTTTATTCTGA-ATAAGCTTTTATGAATCGA-AACAA-TTGGTTTATCACAA--A-CCGAAG
52 TTATTTTA---TGACA-AAAC--AAAAG-ATC-ATAACAATTTGAAATA-AATAATTATTCGAAG
* * * * * * * * ***
51303 GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAAAGTCATAACTATTTAAATGTGTTAAGAAAA
108 AGTCATAACTATTTGAACTCG-T--TCGAT-AAATAG--AT--TTA-TT---T-T-TTAA-ATCT
* *
51368 CA-T-ATTTATTTTTTA-ACTTTTAGT
158 CACTCA-TTAATTTTTAGA---ATA-T
* * * * * * ** * * *
51392 TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATC-TATAATATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAACAGA
1 TAATAA-ATTAGTATTATT-TTATTTCAAATAAAATTGTA--TG----AA---T--A-G---A-A
* * *** * * **
51456 ACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATTATT-TT-TTAGATTG
48 A-CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCGAAGA--G
* * * * * * *
51519 TCATAACTATTTGGAAAT-GTTTGATAAAGAAAATTAAATTTTTTAATTCTCTACTCATT-A-CT
110 TCATAACTATTT-GAACTCGTTCGATAAA-TAGATT-TATTTTTTAAATCTC-ACTCATTAATTT
51581 TTAGAATAT
171 TTAGAATAT
* * ** * * * *
51590 TCATGAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAACTAAAAACAATTGTTTTTATTA
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATG-AA-TAGAAACAATT-ATTTTATGA
* * ** * *
51655 GC-AAACAAAAGGGGTCAACAATGATTTGAAAATAAAATAAATTATTCAAATAGTCA-AGACTAT
63 -CAAAACAAAA--GATC-ATAACAATTTG-AAAT-AAAT-AATTATTCGAAGAGTCATA-ACTAT
* * * * * *
51718 TTGAACTTGTTCAATAAATATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAGTTTTT-GAAATATT
120 TTGAACTCGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC--TCACTCATTAATTTTTAG-AATA-T
* * * ** *
51780 TAAT-AATTA-AATTATTTTAATAT-GAATAAGCTTGTATGAATATGAAAACAATTGTTTTATGA
1 TAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAAATTGTATGAATA-G-AAACAATTATTTTATGA
* * ** ** *
51842 CAAAACAAAA-AGTCATAACAATTTGAAAATAAATAATTGTTCCATTAGTCATAAAGATTTTAAC
63 CAAAACAAAAGA-TCATAACAATTTG-AAATAAATAATTATTCGAAGAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * * *
51906 TTGTT-TAGTAAAACAAATTTTATTTTTTAAATCTTTTAC-CTATCAAATGTCTT--AATA-
126 TCGTTCGA-T-AAATAGA-TTTATTTTTTAAATC--TCACTC-AT-TAAT-TTTTAGAATAT
* * * * ** * **
51963 TAATACATTGGTAGATATTTTATTTGAAATAAGCTCGTATGAATAG-AA-AATTATTATGGTGAC
1 TAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTATT-TTATGAC
* * * * * * * * * *
52026 AAAACAAAA-AGTTATAGCAATTTCAAATGAATAGTTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACT-
64 AAAACAAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCGAAGAGTCATAACTATTTGAACTC
* * * * * *
52089 TTTCGGTAAATATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATAT
128 GTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC--ACTCATTAATTTTTAGAATAT
* * * ** * * *
52143 TAATAACTTAGTATTATTTTATGTCGAAT-AAGCTGATATGAACTA-AAATAATTTTTTTATCAC
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTG-TATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGAC
* ** * * * * * ** *
52206 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATACTTATTCAAATAGTCATGACTTTTTGATTTAG
64 AAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCGAAGAGTCATAACTATTTGAACTCG
* * * * ** * * * *
52271 TTTGGTAAACA-ATTTATTTTTTAAAATTTTGCTTATTAATTGTCAAAATAT
129 TTCGATAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCACTCATTAATTTTTAGAATAT
* * * * ** * * * *
52322 TAATTAATTAGTATTATTTTA-ATCTAAATAAACTTTTATGAATAGAAATTATTGTTTTGTAATA
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACA
* * ** ** * * * * *
52386 GAACAAAAAATTGTAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTTTTTAAACTAGT
65 AAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCGAAGAGTCATAACTATTTGAACTCGT
* * * *
52451 TTGATAAATAGATTTATTTTTAAAATCT-A-TTATTAATTTTT-GAAATAC
130 TCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCACTCATTAATTTTTAG-AATAT
* * * * * *
52499 TAATAGATTAGTATTATTTTATTCTTAACA-AACA-TGTATGAATAAAAACATTTGTTTTATGAC
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAA-ATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGAC
* * * * * * * * * * * * *
52562 AAAAAAAAAGGTCATAGCGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTAAAATGG
64 AAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCGAAGAGTCATAACTATTTGAACTCG
* * * * *
52627 TTAGGTAAATAAAATTATTTTTTAAA--TCACTTACATTTTACTTTTT-GAAATAT
129 TTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCAC-T-CA--TTAATTTTTAG-AATAT
* * * *
52680 TAATAAATTTA-TTTTATTTTA-TTCTGAAT-AAGTTAGTATGAAGT-GAAAAAATTATTTTATG
1 TAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAAATT-GTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATG
** * * *
52741 ACAAAAC---A-A-C--AATGATTTGAAATAGATAATTATTC-ATATG-GTCTTAACTATTTGTA
62 ACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCGA-A-GAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * * * *
52797 CTAGTTTGACAAACAAATTTCTTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATAT
125 CTCGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC--ACTCATTAATTTTTAGAATAT
** * * ** * * * * * *
52854 TTTTATATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATACTTGTTTTATGATAG
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAA
* * * * * * * * * * * *
52919 AATAAAAGGTTATAACGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTT
66 AACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCGAAGAGTCATAACTATTTGAACTCGTT
* * * *
52984 C-AGTCAATAGATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAAAGAT
131 CGA-TAAATAGATTTA-TTTTTTAAATC--TCACTCATTAATTTTTAG-AATAT
* ** * * * *
53036 TAATAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAAACATATCTGAT-AA-A-AAATAATTGTTATATGA
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAA-AT-TGT-ATGAATAGAAACAATTATTTTATGA
* * * * * * * * * *
53098 CCAAATAAAAGGTAATAAAAATTTGAAATAGATAATTGTT-GAA-ATGGCCATGATTATTTGAAC
63 CAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCGAAGA--GTCATAACTATTTGAAC
* * * * * *
53161 T-GATTTGATAAATAAATTTACTTTTTAAATCACTATTTATTAATTTTT-GAAATAT
126 TCG-TTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC-ACTCATTAATTTTTAG-AATAT
* * ** ** * *
53216 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAACTAAGCTTGTATGAATTCAAACAATTGTTTTATGAAAA
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAA
* ** * * * * * * * * *
53281 AACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAATTTGTT
66 AACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCGAAGAGTCATAACTATTTGAACTCGTT
* * * * ** *
53346 CGGTAAACAAATTTA--TTTTACACTCTTGCTTATTAATTTTT-GAATTAT
131 CGATAAATAGATTTATTTTTTA-AATCTCACTCATTAATTTTTAGAA-TAT
* *** ** *
53394 TAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTT-TATGAACT-GAAACAAATATTTTAT-ATC
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGA-C
* * ** * * * * * *
53456 AAAACAAATGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATCACTATTTGAACTTG
64 AAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCGAAGAGTCATAACTATTTGAACTCG
* * * ** *
53521 TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATAATTTC-CTTTTTAATTTTCTA-AATGT
129 TTCGATAAATAGATTTATTTTTT---A-AATCTCACTCATTAATTTT-TAGAATAT
* * * *
53575 TAATAAATTTA-TATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTA-AAATATGAAACAAATATTTTATGAC
1 TAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATA-GAAACAATTATTTTATGAC
* * ** * * ** * * *
53638 TAAACAAAATG-TCAGAACAATTTGAAATTGATAATTATTCTAATAGTTTTAACAATTCG-A-TT
64 AAAACAAAA-GATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCGAAGAGTCATAACTATTTGAACTC
** * * *
53700 GACTT-GCCAAACACATTTATTTTTTAAATCT--CTTATTAATTTTT-GAAATAT
128 G--TTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCACTCATTAATTTTTAG-AATAT
* * ** ** * * * *
53751 TATTAGATTAGTATTAATTTTA-ACCAAATAAGTTTATATGATTAGAAACAATTGTTTTAAGACA
1 TAATAAATTAGTATT-ATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACA
* * ** * * * ** *
53815 AAAC-ATAGATCTTAATGATTTGAGATGAATAATTATTCAAATTGTCATAACTATTTGAACTGGT
65 AAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCGAAGAGTCATAACTATTTGAACTCGT
* * * * *
53879 TCGGTAAACATATTTAGGTTTTTAAATCT--CTTATTAATTTTT-GAAATAT
130 TCGATAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCACTCATTAATTTTTAG-AATAT
* ** * * * *
53928 TAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTGTG-GTAAAAAGCAATTGTTTTATGAC-
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAA-CAATTATTTTATGACA
* * * ** * * * * * **
53991 AAACAAAAG-TCATAACGATTTAAAATAGATAATCGTTC-AAAAGTATATAATTATTTCAATTAA
65 AAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCGAAGAGT-CATAACTATTTGAACTCG
* * * * *
54054 TTCGATAAACT-CATTTATTTTTTAAGTTTCTTACTTATT-A-TTTTAGTGAGTAT
129 TTCGATAAA-TAGATTTATTTTTTAA--ATCTCACTCATTAATTTTTA--GAATAT
* * ** ** * * * * *
54107 TAATAAATTAGTATTATTTTAATCCATCTAAGCTTGTATTAATTGAAACAAATGTTTTGTGACAA
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAA
* * * ** * * * * * * * * *
54172 ATCAAAAGGTTATAATGATTTTAAATTAACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTAGAACTTGTT
66 AACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCGAAGAGTCATAACTATTTGAACTCGTT
* * * * * * *
54237 TGGTAAACAGATTT-TTTTTAAAATCT-ATTTCTTATTAATTTTTTGAATGT
131 CGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCA---CTCATTAATTTTTAGAATAT
* * ** * * *
54287 TAATAAATTAGTATTAATTTA-TTCTGAATAAGCTTCTATGAACT-GAAAAAATTGTTTTATGAC
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAAATTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGAC
* * * * * * * * * * * *
54350 TAAACAAAAGGTCAGAACGATTTCAAGTAGATAATTGTTCTAATTA-TCTTAACCATTTGAACT-
64 AAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCGAA-GAGTCATAACTATTTGAACTC
* *
54413 GATT-TAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTT-GAAATAT
128 G-TTCGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC--ACTCATTAATTTTTAG-AATAT
* * * * ** *
54468 TATTAAATTAGCATTATTTTA-ATCAGAACAAGTTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTA
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTATTTTA
54526 CAACAAAAGA
Statistics
Matches: 2892, Mismatches: 716, Indels: 557
0.69 0.17 0.13
Matches are distributed among these distances:
173 4 0.00
174 114 0.04
175 137 0.05
176 184 0.06
177 332 0.11
178 79 0.03
179 303 0.10
180 514 0.18
181 367 0.13
182 292 0.10
183 72 0.02
184 31 0.01
185 41 0.01
186 46 0.02
187 39 0.01
188 44 0.02
189 37 0.01
190 7 0.00
191 6 0.00
192 2 0.00
194 7 0.00
195 2 0.00
196 4 0.00
197 22 0.01
198 15 0.01
199 2 0.00
200 1 0.00
201 11 0.00
202 30 0.01
203 8 0.00
204 19 0.01
205 7 0.00
206 5 0.00
207 4 0.00
208 4 0.00
209 2 0.00
210 9 0.00
211 23 0.01
212 19 0.01
213 2 0.00
214 22 0.01
215 7 0.00
216 7 0.00
217 9 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAA
AACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCGAAGAGTCATAACTATTTGAACTCGTT
CGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCACTCATTAATTTTTAGAATAT
Found at i:51174 original size:56 final size:57
Alignment explanation
Indices: 51097--51209 Score: 219
Period size: 56 Copynumber: 2.0 Consensus size: 57
51087 ATAATTGTTC
51097 GAAGAGTCATAACGATTTGAACTCGCTCAGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTTT
1 GAAGAGTCATAACGATTTGAACTCGCTCAGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTTT
51153 GAAGAGTCATAACGATTTGAACTCGCTCAGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTTT
1 GAAGAGTCATAACGATTTGAACTCGCTCAGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTTT
51210 TATTTATTAA
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 0, Indels: 1
0.98 0.00 0.02
Matches are distributed among these distances:
56 42 0.75
57 14 0.25
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.14, T:0.40
Consensus pattern (57 bp):
GAAGAGTCATAACGATTTGAACTCGCTCAGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTTT
Found at i:51488 original size:179 final size:178
Alignment explanation
Indices: 51190--54525 Score: 1950
Period size: 180 Copynumber: 18.6 Consensus size: 178
51180 CAGTAAATAG
* *
51190 ATTTATTTTTTTAAATCTTTTATTTATTAA-TTTTGAAA-ATTTAATAAATAAGTATTATTTTAT
1 ATTTA-TTTTTT-AATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * *
51253 TCTGAATAAGCTTTTATGAATC-GAAACAATTGGTTTATCACAAACCGAAGGGTCATAACGATTT
63 T-TGAATAAGCTTGTATGAA-CAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * * *
51317 GAAATAGATAATTGTTCAAAAAGTCATAACTATTTAAATGTGTTAAGAAAACAT
126 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATGTGTT-GGTAAACAA
* * *
51371 ATTTATTTTTTAA-CTTTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATCTA-TAATATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTT
* * * *
51434 GAAATAAGCTTGCATGAACAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAA
65 G-AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * * * * * *
51499 ATAGATTATTTTTTAGATTGTCATAACTATTTGGAAATGT-TTGATAAAGAAA
129 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT--AAATGTGTTGGTAAA-CAA
* * * * * * *
51551 ATTAAATTTTTTAAT-TCTCTACTCATT-ACTTTAG-AATATTCATGAATTAGTATTATTTTATT
1 ATT-TATTTTTTAATCT-TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * *
51613 TCAAATAAGCTTATATGAAACTAAAAACAATTGTTTTTATTAGC-AAACAAAAGGGGTCAACAAT
64 T-GAATAAGCTTGTATG-AAC-AGAAACAATTG-TTTTATGA-CAAAACAAAA--GGTC-ATAAC
* * * ** * *
51677 GATTTGAAAATAAAATAAATTATTCAAATAGTCA-AGACTATTTGAACT-TGTTCAATAAATAT
121 GATTTG-AAAT-AGAT-AATTGTTCAAATAGTCATA-ACTATTT-AAATGTGTT-GGTAAACAA
* * * *
51739 ATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAGTTTTTGAAATATTTAAT-AATTA-AATTATTTTAATA
1 ATTTATTTTTTAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTT-ATT
* * *
51802 TGAATAAGCTTGTATGAATATGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTG
64 TGAATAAGCTTGTATGAACA-G-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * ** * *
51867 AAAATAAATAATTGTTCCATTAGTCATAAAGATTTTAACT-TGTTTAGTAAAACAA
127 -AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTTAAATGTG-TTGGT-AAACAA
* * * * * *
51922 ATTTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATCAAATGTCTT--AATA-TAATACATTGGTAGATATTTT
1 A-TTTATTTTTT-AATCTTTTACTTAT-TAAT-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTT
* * * ** * * * *
51984 ATTTGAAATAAGCTCGTATGAATAG-AA-AATTATTATGGTGACAAAACAAAAAGTTATAGCAAT
61 ATTTG-AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTT-TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * * *
52047 TTCAAAT-GAATAGTTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACT-T-TTCGGTAAATAT
124 TTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA-TGTGTT-GGTAAACAA
* * * *
52102 ATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTT-AGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATG
1 ATTTATTTTTT-AATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-
* * * * *
52166 TCGAATAAGC-TGATATGAACTA-AAATAATTTTTTTATCACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
63 TTGAATAAGCTTG-TATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * * * ** *
52229 GAAATAAATACTTATTCAAATAGTCATGACT-TTTTGATTTAGTTTGGTAAAC-A
126 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATGT-G-TTGGTAAACAA
** * * ** * *
52282 ATTTATTTTTTAAAATTTTGCTTATTAATTGTCAAAATATTAATTAATTAGTATTATTTTAATCT
1 ATTTATTTTTTAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTT
* * * * ** * * * * ** ** *
52347 AAATAAACTTTTATGAATAGAAATTATTGTTTTGTAATAGAACAAAAAATTGTAACAATTTGAAA
65 GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * *
52412 TAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTTTTTAAACTAGT-TTGATAAATAG
130 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA-T-GTGTTGGTAAACAA
* * *
52462 ATTTATTTTTAAAATC---TA-TTATTAATTTTTGAAATACTAATAGATTAGTATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTT-TAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-
* * * * * * * * *
52523 TTAACAAACATGTATGAATAAAAACATTTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAGCGATTTGAA
64 TGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * *
52588 ATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTAAAATG-GTTAGGTAAATAA
129 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATGTGTT-GGTAAACAA
* ** * *
52639 AATTATTTTTTAAATCACTTACATT-TTACTTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTAT
1 ATTTATTTTTT-AATCTTTTAC-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAT
** * * *
52702 TCTGAATAAG-TTAGTATGAAGTGAAAAAATTATTTTATGACAAAAC--AA---C--AATGATTT
63 T-TGAATAAGCTT-GTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * * * * * **
52759 GAAATAGATAATTATTCATATGGTCTTAACTATTTGTACTAGT-TTGACAAACAA
126 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAAT-GTGTTGGTAAACAA
* * * * ** *
52813 ATTTCTTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTTTTATATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTT-AATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * *
52878 CGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATACTTGTTTTATGATAGAATAAAAGGTTATAACGATTTGAA
65 -GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * * ** * * *
52943 GTATACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGT-TCAGTCAATAG
129 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA-T-GTGTTGGTAAACAA
* *
52994 ATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTACTATTATTTTATT
1 ATTTA-TTTTTT-AATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-T
* * * * * * * * * * **
53059 TTGAATAAACATATCTGATA-AAAAATAATTGTTATATGACCAAATAAAAGGTAATAAAAATTTG
63 TTGAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * * * * * *
53123 AAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATGATTATTTGAACTGAT-TTGATAAATAA
127 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATG-TGTTGGTAAACAA
* ** *
53176 ATTTACTTTTTAAATC-ACTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTA-TTTTTTAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* *** * * *
53240 TAACTAAGCTTGTATGAATTCAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAA
65 GAA-TAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * * *
53305 ATAGACAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACAA
129 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATGTGTT-GGTAAACAA
* * * *
53356 ATTTA--TTTTACA-CTCTTGCTTATTAATTTTTGAATTATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTA-ATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TT
* * * * * * *
53418 TGGATAAGCTT-TATGAACTGAAACAAATATTTTAT-ATCAAAACAAATGGTCATAATGATTTTA
64 TGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * * *
53481 AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATCACTATTTGAACT-TGTTTGGTAAATAG
128 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATGTG-TTGGTAAACAA
** * * *
53533 ATTTATTTTTTCAAATAATTTCCTTTTTAATTTTCT-AAATGTTAATAAATTTA-TATTATTTTA
1 ATTTATTTTTT--AATCTTTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA
* * * * * * * * *
53596 TTTCGAATAAACTTGTA-AAATATGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAATGTCAGAACAATT
62 TTT-GAATAAGCTTGTATGAACA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* * * ** * ** * ** ** *
53660 TGAAATTGATAATTATTCTAATAGTTTTAACAATTCGATTGACTTGCCAAACAC
125 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATGTGTTGGTAAACAA
* * **
53714 ATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTAATTTTAAC
1 ATTTATTTTTT-AATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATT
** * * ** * * * * * *
53775 CAAATAAGTTTATATGATTAGAAACAATTGTTTTAAGACAAAAC-ATAGATCTTAATGATTTGAG
64 TGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * * *
53839 AT-GAATAATTATTCAAATTGTCATAACTATTTGAACTG-GTTCGGTAAACAT
129 ATAG-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATGTGTT-GGTAAACAA
* *
53890 ATTTAGGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
1 ATTTA--TTTTTTAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * *
53951 TCAAATAAGCTTGTGTGGTAA-A-AAGCAATTGTTTTATGAC-AAACAAAA-GTCATAACGATTT
64 T-GAATAAGCTTGTAT-G-AACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * * * * * * **
54012 AAAATAGATAATCGTTCAAA-AGTATATAATTATTTCAAT-TAATTCGATAAACTC
126 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-CATAACTATTTAAATGT-GTT-GGTAAACAA
*
54066 ATTTATTTTTTAAGT-TTCTTACTTATT-ATTTTAGTG-AGTATTAATAAATTAGTATTATTTTA
1 ATTTATTTTTTAA-TCTT-TTACTTATTAATTTT--TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* ** * * ** * * * * *
54128 ATCCATCTAAGCTTGTATTAATTGAAACAAATGTTTTGTGACAAATCAAAAGGTTATAATGATTT
62 TTTGA-ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * * *
54193 TAAATTA-ACAATTGTTCAAATAGTAATAACTA-TTAGAACT-TGTTTGGTAAACAG
126 GAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTA-AA-TGTG-TTGGTAAACAA
* * *
54247 ATTT-TTTTTAAAATCTATTT-CTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTAT
1 ATTTATTTTT-TAATCT-TTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * *
54309 TCTGAATAAGCTTCTATGAACTGAAAAAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAACGATTTC
63 T-TGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * * * * *
54374 AAGTAGATAATTGTTCTAATTA-TCTTAACCATTTGAACTGAT-TTAGTAAATAA
127 AAATAGATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTT-AAATG-TGTTGGTAAACAA
* * * * *
54427 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGCATTATTTTAATC
1 ATTTATTTTTT-AATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATT
* * * *
54492 AGAACAAGTTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTA
64 TGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTA
54526 CAACAAAAGA
Statistics
Matches: 2430, Mismatches: 548, Indels: 355
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
173 6 0.00
174 130 0.05
175 52 0.02
176 134 0.06
177 301 0.12
178 92 0.04
179 354 0.15
180 427 0.18
181 339 0.14
182 303 0.12
183 69 0.03
184 26 0.01
185 30 0.01
186 36 0.01
187 42 0.02
188 49 0.02
189 36 0.01
190 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
ATTTATTTTTTAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTG
AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATGTGTTGGTAAACAA
Found at i:52446 original size:359 final size:357
Alignment explanation
Indices: 51700--53364 Score: 912
Period size: 356 Copynumber: 4.6 Consensus size: 357
51690 AATAAATTAT
* * * * *
51700 TCAAATAGTCA-AGACTATTTGAACTTGTTCAATAAATATATTTATTTTTAAATCTTTTACTTAT
1 TCAAATAGTCATA-ACTTTTTAAACTT-TTCGATAAATATATTTATTTTTAAATCTCTTAATTAT
* * *
51764 TAGTTTTTGAAATATTTAATAATTA-AATTATTTTAATAT-GAATAAGCTTGTATGAATATGAAA
64 TAATTTTTGAAATA-TTAATAATTAGTATTATTTT-AT-TCGAATAAGCATGTATG-A-AT-AAA
* * * * *
51827 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAAATAAATAATTGTTCCATTAGTC
123 A-AATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG-AAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
* *
51892 ATAAAGATTTTAACTTGTTTAGTAAAACAAATTTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATCAAATGTC
186 ATAAACATTTTAACTTGTTTAGTAAAACAAATTTTATTTTTTAAATATTTTACCTATCAAATGTC
** * * *
51957 TTAATATAATACATTGGTAGATATTTTATTTGAAATAAGCTCGTATGAATAGAAAATTATTATGG
251 AAAATATAATACATTAGTAGATATTTTATCTGAAATAAACTCGTATGAATAGAAAATTATTATGG
* * * * *
52022 TGACAAAACAAAAAGTTATAGCAATTTCAAATGAATAGTTGT
316 TGACAAAACAAAAAATTATAACAATTTCAAATAAATAATTGC
* *
52064 TCAAATAGTCATAA-TTATTTAAACTTTTCGGTAAATATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTAT
1 TCAAATAGTCATAACTT-TTTAAACTTTTCGATAAATATATTTA-TTTTTAAATCTCTTAATTAT
52128 TAATTTTT-AGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATGTCGAATAAGC-TGATATGAACTAAAA
64 TAATTTTTGA-AATATTAATAA-TTAGTATTATTTTAT-TCGAATAAGCATG-TATGAA-TAAAA
* * * *
52191 TAATTTTTTTATCACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATACTTATTCAAATAGTCAT
124 -AATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * * * *
52256 -GACTTTTTGATTTAGTTTGGT-AAAC-AA-TTTATTTTTTAAA-ATTTTGCTTATTAATTGTCA
188 AAACATTTTAACTT-GTTTAGTAAAACAAATTTTATTTTTTAAATATTTTACCTATCAAATGTCA
* ** *
52316 AAATATTAATTA-ATTAGTA-TTATTTTAATCT-AAATAAACTTTTATGAATAG-AAATTATTGT
252 AAATA-TAA-TACATTAGTAGATATTTT-ATCTGAAATAAACTCGTATGAATAGAAAATTATTAT
** * *
52377 TTTGTA-ATAGAACAAAAAATTGTAACAATTTGAAATAAATAATTGC
314 GGTG-ACA-A-AACAAAAAATTATAACAATTTCAAATAAATAATTGC
* *
52423 TCAAATAGTCATAACTTTTTAAACTAGTTT-GATAAATAGATTTATTTTTAAA-ATC-T-ATTAT
1 TCAAATAGTCATAACTTTTTAAACT--TTTCGATAAATATATTTATTTTTAAATCTCTTAATTAT
* * * *
52484 TAATTTTTGAAATACTAATAGATTAGTATTATTTTATTCTTAACAAACATGTATGAATAAAAACA
64 TAATTTTTGAAATATTAATA-ATTAGTATTATTTTATTC-GAATAAGCATGTATGAATAAAAA-A
* * * *
52549 TTTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAGCGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAA
126 TTT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA
** ** * * * * * ** * **
52614 TTA-TTTAAAATGGTTAGGTAAATA-AAA--TTATTTTTTAAATCA-CTTACATTTTACTTTTTG
190 ACATTTTAACTTGTTTA-GTAAA-ACAAATTTTATTTTTTAAAT-ATTTTACCTATCAAATGTCA
* ** ** * *
52674 AAATATTAATAAATT--TATTTTATTTTATTCTG-AATAAGTTAGTATGAAGTGAAAAAATTATT
252 AAATA-TAATACATTAGTA-GATATTTTA-TCTGAAATAAACTCGTATGAA-T-AGAAAATTATT
** * * * * **
52736 -TTATGACAAAAC--AACA--AT---GATTTGAAATAGATAATTAT
312 ATGGTGACAAAACAAAAAATTATAACAATTTCAAATAAATAATTGC
* * * * ** * * * * *
52774 TCATATGGTCTTAACTATTTGTACTAGTTT-GACAAACAAATTTCTTTTTTAAATCTCTTAGTTA
1 TCAAATAGTCATAACTTTTTAAACT--TTTCGATAAATATATTT-ATTTTTAAATCTCTTAATTA
* ** * *
52838 TTAATTTTTGGAATATTTTTATATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAAT
63 TTAATTTTTGAAATATTAATA-ATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCATGTATGAATA-AAA-
* * * * * * * * *
52903 ACTTGTTTTATGATAGAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCAT-
124 AATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * * * * * * *
52967 AACTATTTAAACTAGTTCAGT-CAATAGA-TTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
189 AAC-ATTTTAACTTGTTTAGTAAAACAAATTTTA-TTTTTTAAATATTTTACCTATCAA-ATGTC
* * * * * * * * *
53030 AAAGAT-TAATAAATTACTA-TTATTTTATTTTG-AATAAACAT-ATCTGATAAAAAATAATTGT
251 AAA-ATATAATACATTAGTAGATATTTTA-TCTGAAATAAAC-TCGTATGA-ATAGAA-AATTAT
* * * ** * * * * *
53091 TAT-ATGACCAAATAAAAGGTAATAAAAATTTGAAATAGATAATTGT
311 TATGGTGACAAAACAAAAAATTATAACAATTTCAAATAAATAATTGC
* * * * * * * *
53137 TGAAATGGCCATGA-TTATTTGAACTGATTT-GATAAATAAATTTACTTTTTAAATCAC-TATTT
1 TCAAATAGTCATAACTT-TTTAAACT--TTTCGATAAATATATTTA-TTTTTAAATCTCTTAATT
** *
53199 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAACTAAGCTTGTATGAATTCAAA
62 ATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTCGAA-TAAGCATGTATGAA-T-AAA
* * * * * * * *
53264 CAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGCCAT
123 AAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * **
53329 -AACTATTTGAATTTGTTCGGT-AAACAAA-TTTATTTT
188 AAAC-ATTTTAACTTGTTTAGTAAAACAAATTTTATTTT
53365 ACACTCTTGC
Statistics
Matches: 1031, Mismatches: 195, Indels: 153
0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
351 50 0.05
352 8 0.01
353 3 0.00
354 7 0.01
355 123 0.12
356 188 0.18
357 44 0.04
358 101 0.10
359 88 0.09
360 25 0.02
361 31 0.03
362 159 0.15
363 123 0.12
364 60 0.06
365 21 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (357 bp):
TCAAATAGTCATAACTTTTTAAACTTTTCGATAAATATATTTATTTTTAAATCTCTTAATTATTA
ATTTTTGAAATATTAATAATTAGTATTATTTTATTCGAATAAGCATGTATGAATAAAAAATTTTT
TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAACATTT
TAACTTGTTTAGTAAAACAAATTTTATTTTTTAAATATTTTACCTATCAAATGTCAAAATATAAT
ACATTAGTAGATATTTTATCTGAAATAAACTCGTATGAATAGAAAATTATTATGGTGACAAAACA
AAAAATTATAACAATTTCAAATAAATAATTGC
Found at i:52711 original size:537 final size:540
Alignment explanation
Indices: 51585--54491 Score: 1534
Period size: 537 Copynumber: 5.4 Consensus size: 540
51575 ATTACTTTAG
* * * * *
51585 AATATTCATGAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTATATGAAACTAAAAACAATTGTTT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTGATATG-AACT-AAAA-AATT-ATT
* * *
51649 TTATTAGC-AAACAAAAGGGGTCAACAATGATTTGAAAATAAAATAAATTATTCAAATAGTCA-A
61 TTATGA-CAAAACAAAA--GGTC-ATAATGATTTG-AAAT-AGAT-AATTATTCAAATAGTCATA
* *** * * * * *
51712 GACTATTTGAACTT-GTTCAATAAATATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAGTTTTTGAA
119 -ACTATTTG-ATTTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA-ATTTTGCTTATTAATTTTTGAA
* * * * *
51775 ATATTTAA-TAATTA-AATTATTTTAATAT-GAATAAGCTTGTATGAATATGAAA-ACAATTGTT
181 ATA-TTAATTAATTAGTATTATTTTAATCTCAAATAAACTTGTATGAACA-GAAATAC--TTGTT
* * * * * * * * * **
51836 TTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAAATAAATAATTGTTCCATTAGTCATAAAGATT
242 TTATAATAGAACAAAAAATTATAACAATTTG-AAATAAACAATTGCTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * * * *
51901 TTAACTTGTTTAGTAAAACAAATTTTATTTTTT-AAATCTTTTACCTATCAAATGTCTT--AATA
306 TAAACTAGTTCAGT-AAATAGA-TTTATTTTTTAAAATC--TTACTTAT-TAAT-TTTTGAAAGA
* ** * * * * *
51963 -TAATACATTGGTAGATATTTTA-TTTGAA-ATAAGC-TCGTATGA-ATAGAAA-ATTATTATGG
365 CTAATAAATTACTA-TTATTTTATTTTGAACA-AA-CAT-ATATGATA-AAAAATATTGTTAT-A
* * *
52022 TGACAAAACAAAAA-GTTATAGCAATTTCAAAT-GAATAGTTGTTCAAATAGTCATAATTATTTA
424 TGACAAAA-AAAAAGGTAATAGCAATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTA
* * * *
52085 AACT-TTTCGGTAAAT-ATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTT-A
487 AACTGATTAGGTAAATAAAATT-ATTTTTTAAATCACTTAATTATTAATTTTTGA
* *
52137 GAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATGTC-GAATAAGCTGATATGAACTAAAATAATTTTTTT
1 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTGAATAAGCTGATATGAACTAAAA-AATTATTTT
* * * * *
52201 ATCACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATACTTATTCAAATAGTCATGACTTTTTGA
63 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* **
52266 TTTAGTTTGGTAAAC-AATTTATTTTTTAAAATTTTGCTTATTAATTGTCAAAATATTAATTAAT
128 TTTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATTTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATTAAT
* * *
52330 TAGTATTATTTTAATCT-AAATAAACTTTTATGAATAGAAATTA-TTGTTTTGTAATAGAACAAA
193 TAGTATTATTTTAATCTCAAATAAACTTGTATGAACAGAAA-TACTTGTTTTATAATAGAACAAA
* * * *
52393 AAATTGTAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTTTTTAAACTAGTT-TGATA
257 AAATTATAACAATTTGAAATAAACAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAG-TA
* * *
52457 AATAGATTTA-TTTTTAAAATC-TA-TTATTAATTTTTGAAATACTAATAGATTAGTATTATTTT
321 AATAGATTTATTTTTTAAAATCTTACTTATTAATTTTTGAAAGACTAATAAATTACTATTATTTT
* * * *
52519 ATTCTT-AACAAACATGTATGAATAAAAACAT-TTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAGCGA
386 ATT-TTGAACAAACATATATG-ATAAAAA-ATATTGTTATATGACAAAAAAAAAGGTAATAGCAA
* * *
52582 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTAAAATGGTTAGGTAAATAAAATTATTT
448 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTGATTAGGTAAATAAAATTATTT
*
52647 TTTAAATCACTTACATT-TTACTTTTTGA
513 TTTAAATCACTTA-ATTATTAATTTTTGA
* * *
52675 AATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTCTGAATAAG-TTAGTATGAAGTGAAAAAATTATTTT
1 AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTGA-TATGAACT-AAAAAATTATTTT
* * *
52738 ATGACAAAAC--AA---C--AATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATGGTCTTAACTATTTG-
63 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* ** * * *
52795 TACTAGTTTGACAAACAAATTTCTTTTTT-AAATCTCTTAG-TTATTAATTTTTGGAATATT-TT
128 T-TTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAAT-T-TT-GCTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * *
52857 TATATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATACTTGTTTTATGATAGAA
189 TA-ATTAGTATTATTTTAATCTCAAATAAACTTGTATGAACAGAAATACTTGTTTTATAATAGAA
* ** * * * *
52921 TAAAAGGTTATAACGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCA
253 CAAAAAATTATAACAATTTGAAATAAACAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCA
* * *
52986 GTCAATAGATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTACTATT
318 GTAAATAGATTTATTTTTTAAAATC--TTACTTATTAATTTTTGAAAGACTAATAAATTACTATT
* * * * *
53051 ATTTTATTTTGAATAAACATATCTGATAAAAAATAATTGTTATATGACCAAATAAAAGGTAATAA
381 ATTTTATTTTGAACAAACATATATGATAAAAAAT-ATTGTTATATGACAAAAAAAAAGGTAATAG
* * * * * * * * *
53116 AAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATGATTATTTGAACTGATTTGATAAATAAATTTA
445 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTGATTAGGTAAATAAAATTA
* *
53181 CTTTTTAAATCAC-TATTTATTAATTTTTGA
510 TTTTTTAAATCACTTAATTATTAATTTTTGA
* * * *
53211 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TTAACTAAGCTTG-TATGAATTCAAACAATTGTTTT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAA-TAAGC-TGATATGAACT-AAAAAATTATTTT
* * * * *
53274 ATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGA
63 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG-
* * * * * **
53339 ATTT-GTTCGGTAAACAAATTTA--TTTTACACTCTTGCTTATTAATTTTTGAATTATTAAGAAA
127 ATTTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATTTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATTAA
* *** * * * ** * *
53401 TTAGTATTATTTT-ATTTTGGATAAGCTT-TATGAACTGAAACAAATATTTTAT-ATCAAAACAA
192 TTAGTATTATTTTAATCTCAAATAAACTTGTATGAACAGAAATACTTGTTTTATAAT-AGAACAA
*** * ** * * * * * * **
53463 ATGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATCACTATTTGAACTTGTTTGGTA
256 AAAATTATAACAATTTGAAATAAACAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAGTA
* * *
53528 AATAGATTTATTTTTTCAAATAAT-TTCCTTTTTAATTTTCT-AAATG-TTAATAAATTTA-TAT
321 AATAGATTTATTTTTT--AA-AATCTTACTTATTAATTTT-TGAAA-GACTAATAAA-TTACTAT
* * * * * * *
53589 TATTTTATTTCGAATAAACTTGTAAAATATGA-AACAAATA-T-TT-TATGACTAAACAAAATGT
380 TATTTTATTTTGAACAAAC-----ATATATGATAAAAAATATTGTTATATGACAAAAAAAAAGGT
* * * * * * ** * * ** * ** *
53650 CAGAACAATTTGAAATTGATAATTATTCTAATAGTTTTAA-CAATTCGATTGACTT-GCCAAACA
440 AATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTGA-TTAGGTAAATA
* * *
53713 CATTTATTTTTTAAAT--C-T-CTTATTAATTTTTGA
504 AAATTATTTTTTAAATCACTTAATTATTAATTTTTGA
* * * ** * * * *
53746 AATATTATTAGATTAGTATTAATTTTA-ACCAAATAAGTTTATATG-ATTAGAAACAATTGTTTT
1 AATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATTCTGAATAAGCTGATATGAACTA-AAA-AATTATTTT
* * * * * *
53809 AAGACAAAAC-ATAGATCTTAATGATTTGAGAT-GAATAATTATTCAAATTGTCATAACTATTTG
63 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG-ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
** * * * * * *
53872 AACTGGTTCGGTAAACATATTTAGGTTTTT-AAA-TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
127 ATTTAGTTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAAATTTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATTA
* * * * ** * * *
53934 ATTAATATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTGTGGTAA-A-AAGCAATTGTTTTATGACA-AAC
191 ATTAGTATTATTTTAATCTCAAATAAACTTGTAT-G-AACAGAAATACTTGTTTTATAATAGAAC
* * * * * * * * * * * * *
53995 -AAAAGTCATAACGATTTAAAATAGATAATCGTTCAAA-AGTATATAATTATTTCAATTAATTC-
254 AAAAAATTATAACAATTTGAAATAAACAATTGCTCAAATAGT-CATAACTATTTAAACTAGTTCA
* ** * ** * *
54057 GATAAACT-CATTTATTTTTTAAGTTTCTTACTTATT-ATTTTAGTGAGTATTAATAAATTAGTA
318 G-TAAA-TAGATTTATTTTTTAA-AATCTTACTTATTAATTTTTGAAAG-ACTAATAAATTACTA
* ** * * * * * * * * **
54120 TTATTTTA-ATCCATCTAAGCTTGTATTAATTGAAACAA-A-TGTTTTGTGACAAATCAAAAGGT
379 TTATTTTATTTTGAAC-AAACATATA-TGA-T-AAAAAATATTGTTATATGACAAAAAAAAAGGT
* *** * * * * *
54182 TATAATGATTTTAAATTA-ACAATTGTTCAAATAGTAATAACTA-TTAGAACTTG-TTTGGTAAA
440 AATAGCAATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTA-AAC-TGATTAGGTAAA
* * **
54244 -CAGATT-TTTTTTAAAATCTA-TTTCTTATTAATTTTTTG-
502 TAAAATTATTTTTT-AAATC-ACTTAATTATTAA-TTTTTGA
* * ** *
54282 AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTCTATGAACTGAAAAAATTGTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTGATATGAACT-AAAAAATTATTTTAT
* * * * * * * * * *
54347 GACTAAACAAAAGGTCAGAACGATTTCAAGTAGATAATTGTTCTAATTA-TCTTAACCATTTGAA
65 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC-AAATAGTCATAACTATTTGAT
* * * * *
54411 CT-GATTTAGTAAATAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATT-ATTA
129 TTAG-TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAAT-T-TTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATT-
*
54473 AATTAGCATTATTTTAATC
190 AATTAGTATTATTTTAATC
54492 AGAACAAGTT
Statistics
Matches: 1867, Mismatches: 353, Indels: 280
0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
527 2 0.00
528 2 0.00
529 1 0.00
530 55 0.03
531 47 0.03
532 213 0.11
533 85 0.05
534 123 0.07
535 116 0.06
536 234 0.13
537 301 0.16
538 57 0.03
539 195 0.10
540 93 0.05
541 46 0.02
542 39 0.02
543 94 0.05
544 73 0.04
545 6 0.00
546 4 0.00
547 10 0.01
548 4 0.00
549 1 0.00
550 16 0.01
551 8 0.00
552 4 0.00
553 37 0.02
554 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (540 bp):
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTGATATGAACTAAAAAATTATTTTATG
ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGATTT
AGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATTTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATTAATTAG
TATTATTTTAATCTCAAATAAACTTGTATGAACAGAAATACTTGTTTTATAATAGAACAAAAAAT
TATAACAATTTGAAATAAACAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAGTAAATAG
ATTTATTTTTTAAAATCTTACTTATTAATTTTTGAAAGACTAATAAATTACTATTATTTTATTTT
GAACAAACATATATGATAAAAAATATTGTTATATGACAAAAAAAAAGGTAATAGCAATTTGAAAT
AGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTGATTAGGTAAATAAAATTATTTTTTAAATC
ACTTAATTATTAATTTTTGA
Found at i:53332 original size:894 final size:880
Alignment explanation
Indices: 52060--54476 Score: 2253
Period size: 894 Copynumber: 2.7 Consensus size: 880
52050 AAATGAATAG
* * * *
52060 TTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTTTCGGTAAATATATTCATTTTTTAAATCTCTTAAT
1 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGTTCGGTAAATATATTTATTTTTTAAATCT-TTACT
* * * *
52125 TATTAATTTTT-AGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATGTCGAATAAGCTGATATGA-ACTA
65 TATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCT-ATATGATA-AA
* * * * * * * * *
52188 AAATAATTTTTTTATCACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATACTTATTCAAATAGT
127 AAATAATTGTTTTATGACCAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGA
* * * * * * * **
52253 CATGACTT-TTTGATTTAGTTTGGTAAACAATTTATTTTTTAAA-ATTTTGCTTATTAATTGTCA
192 CATGA-TTATTTGAATTAATTTGATAAATAATTTATTTTTTAAATACTAT--TTATTAATTTTTG
* * * * * **
52316 AAATATTAATTAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAACTTTTATGAATAGAAATTATTGTTTTG
254 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTAACTAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTG
* ** * ** * * *
52381 T-AATAGAACAAAAAATTGTAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTTTTTAA
319 TGAA-AAAACAAAAGGTTATAATGATTTTAAAT-AACAATTGTTCAAATAGTCATAACTTTTTAA
* * * * *
52445 ACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTAAAATCTATTATTAATTTTTGAAATACTAATAGATTAG
382 ACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTAAAATCTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * *
52510 TATTATTTTATTCTTAACAAACATGTATGAA-TAAAAACATTTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGT
447 TATTATTTTATTCTTAATAAGC-TCTATGAACTAAAAACA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * *
52574 CATAGCGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTAAAATGGTTAGGTAAATAA
510 CATAACGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTGGTTAGGTAAATAA
* * *
52639 AATTATTTTTTAAATCACTTACATTTTACTTTTTGAAATATTAATAAATTTATTTTATTTTA-TT
575 ATTTATTTTTTAAATCACTTAC-TTTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTT
* * *
52703 CTGAAT-AAGTTAGTATGAA-GTGAAA-AAATTATTTTATGACAAAACAACAA-T-G-ATTTGAA
639 C-GAATAAACTT-GTA-AAATATGAAACAAA-TATTTTATGACAAAACAA-AAGTAGAATTTGAA
* * * * *
52762 ATAGATAATTATTC-ATATGGTCTTAACTATTTGTACTAG-TTTGACAAACAAATTTCTTTTTTA
699 ATAGATAATTATTCTA-ATAGTCTTAACAATTCG-A-TAGACTTGACAAACAAATTTATTTTTTA
* * * ** *
52825 AATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTTTTATATTAGTATT-ATTTTATTTCGAATAAGCTT
761 AATCTC----TTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTAATTTTA-ACCAAATAAGCTT
* * * * * *
52889 GTATGAACAGAAATACTTGTTTTATGATAGAATA-AAAGGT-TATAACGATTTGA-AGTATACAA
821 ATATGAACAGAAACAATTGTTTTAAGACA-AA-ACAAAGATCT-TAACGATTTGAGA-TA-ACAA
* * *
52951 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAGTCAATAGATTTATTTTTTTAAATCTTTTA
1 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-GTTCGGTAAATATATTTA-TTTTTTAAATC-TTTA
* * * * *
53016 CTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAAACATATCTGATAAA
63 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGC-TATATGATAAA
* * * * * *
53081 AAATAATTGTTATATGACCAAATAAAAGGTAATAAAAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGC
127 AAATAATTGTTTTATGACCAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGA
* * *
53146 CATGATTATTTGAACTGATTTGATAAATAAATTTACTTTTTAAATCACTATTTATTAATTTTTGA
192 CATGATTATTTGAATTAATTTGATAAAT-AATTTATTTTTTAAAT-ACTATTTATTAATTTTTGA
* * * *
53211 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAACTAAGCTTGTATGAATTCAAACAATTGTTTTAT
255 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTAACTAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTGT
* * * * *
53276 GAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAAT
320 GAAAAAACAAAAGGTTATAATGATTTTAAATA-ACAATTGTTCAAATAGTCATAACTTTTTAAAC
* * * * * * *
53341 TTGTTCGGTAAACAAATTTA-TTTTACACTCTTGCTTATTAATTTTTGAATTATTAAGAAATTAG
384 TTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTAAAATC-T-ATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * *
53405 TATTATTTTATT-TTGGATAAGCTTTATGAACTGAAACAA-A-TATTTTAT-ATCAAAACAAATG
447 TATTATTTTATTCTT-AATAAGCTCTATGAACT-AAA-AACATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAG
* * * * * * *
53466 GTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATCACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAT
508 GTCATAACGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTGGTTAGGTAAAT
* * * * *
53531 AGATTTATTTTTTCAAATAATTTCCTTTTTAATTTTCT-AAATGTTAATAAATTTATATTATTTT
573 AAATTTATTTTTT-AAATCACTTAC-TTTTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTTATATTATTTT
*
53595 ATTTCGAATAAACTTGTAAAATATGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAATGTCAGAACAATT
635 ATTTCGAATAAACTTGTAAAATATGAAACAAATATTTTATGACAAAACAAAA-GT-AG---AATT
* * * * *
53660 TGAAATTGATAATTATTCTAATAGTTTTAACAATTCGATTGACTTGCCAAACACATTTATTTTTT
695 TGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACAATTCGATAGACTTGACAAACAAATTTATTTTTT
*
53725 AAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTAATTTTAACCAAATAAGTTTATAT
760 AAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTAATTTTAACCAAATAAGCTTATAT
** * * *
53790 GATTAGAAACAATTGTTTTAAGACAAAACATAGATCTTAATGATTTGAGATGAATAA
825 GAACAGAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAGATCTTAACGATTTGAGAT-AACAA
* * * * *
53847 TTATTCAAATTGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACATATTTAGGTTTTTAAATC--T-C
1 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-GTTCGGTAAATATATTTA-TTTTTTAAATCTTTAC
* * * *
53909 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTGTGGTAAAA
64 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGC-TATATGATAAAA
** * * * * * *
53974 AGCAATTGTTTTATGA-CAAACAAAA-GTCATAACGATTTAAAATAGATAATCGTTCAAAAGTAT
128 AATAATTGTTTTATGACCAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGAC
* * * * * * *
54037 ATAATTATTTCAATTAATTCGATAAACTCATTTATTTTTTAAGTTTCTTACTTATT-ATTTTAGT
193 ATGATTATTTGAATTAATTTGATAAA-TAATTTATTTTTTAA-ATAC-TATTTATTAATTTT--T
* * * * *
54101 G-AGTATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCATCTAAGCTTGTATTAATTGAAACAAATGTTTT
253 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTAACTAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTT
* * * *
54165 GTGACAAATCAAAAGGTTATAATGATTTTAAATTAACAATTGTTCAAATAGTAATAAC-TATTAG
318 GTGAAAAAACAAAAGGTTATAATGATTTTAAA-TAACAATTGTTCAAATAGTCATAACTTTTTA-
*
54229 AACTTGTTTGGTAAACAGATTT-TTTTTAAAATCTATTTCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATA
381 AACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTAAAATCTA----TTATTAA-TTTTTGAAATATTAATA
* * *
54292 AATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTCTATGAACTGAAAAA-ATTGTTTTATGACTAAACA
441 AATTAGTATTATTTTATTCTTAATAAGC-TCTATGAACT-AAAAACATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * * * *
54356 AAAGGTCAGAACGATTTCAAGTAGATAATTGTTCTAATTATCTTAACCATTTGAACTGATTTA-G
504 AAAGGTCATAACGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTG-GTTAGG
* * *
54420 TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTATTAAATT
568 TAAATAAATTTATTTTTTAAATCACTTACT-TTTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
54477 AGCATTATTT
Statistics
Matches: 1231, Mismatches: 235, Indels: 118
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
890 70 0.06
891 176 0.14
892 91 0.07
893 213 0.17
894 335 0.27
895 120 0.10
896 89 0.07
897 67 0.05
898 7 0.01
900 2 0.00
901 27 0.02
902 33 0.03
903 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (880 bp):
TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGTTCGGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTACTT
ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTATATGATAAAAAAT
AATTGTTTTATGACCAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATG
ATTATTTGAATTAATTTGATAAATAATTTATTTTTTAAATACTATTTATTAATTTTTGAAATATT
AATAAATTAGTATTATTTTAATCTAACTAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTGTGAAAAA
ACAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAACAATTGTTCAAATAGTCATAACTTTTTAAACTTGTTTG
GTAAACAGATTTATTTTTAAAATCTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
ATTCTTAATAAGCTCTATGAACTAAAAACATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
CAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTGGTTAGGTAAATAAATTTATTTTTT
AAATCACTTACTTTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTCGAATAAACTTG
TAAAATATGAAACAAATATTTTATGACAAAACAAAAGTAGAATTTGAAATAGATAATTATTCTAA
TAGTCTTAACAATTCGATAGACTTGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGA
AATATTATTAGATTAGTATTAATTTTAACCAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTAA
GACAAAACAAAGATCTTAACGATTTGAGATAACAA
Found at i:53833 original size:357 final size:353
Alignment explanation
Indices: 52023--54533 Score: 1005
Period size: 357 Copynumber: 7.0 Consensus size: 353
52013 TTATTATGGT
*** * * * * *
52023 GACAAAACAAAA-AGTTATAGCAATTTCAAATGAATAGTTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAA
1 GACAAAACAAAAGA-TTATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * *
52087 CTT-TTCGGTAAATATATTCATTTTTTAAAT-CTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAAT-AA
65 CTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATAAT-TT-CTTATTAATTTTTA-AATGTTAATAAA
* * * * * * * *
52149 CTTAGTATTATTTTATGTCGAATAAGC-TGATATGAACTA--AAATAATTTTTTTATCACAAAAC
127 TTTA-TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG-TA--AAATATGAAACAAATGTTTTATGACTAAAC
* * * * * * * ** * ** * * * *
52211 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATACTTATTCAAATAGTCATGACTTTTTGATTTAGTTTGG
188 AAAA-GTCAGAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCTAATAGTTTTAACAATTCGATTGA-ATTAG
* * **
52276 TAAACA-ATTTATTTTTTAAAATTTTGCTTATTAATTGTCAAAATATTAATT-AATTAGTATTAT
251 TAAACACATTTATTTTTT-AAA-TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATT-ATTAAATTAGTATTAT
* * * ** *
52339 TTTAATCTAAATAAACTTT-TATGAATAGAAATTATTGTTTTGTA
312 TTTAA-CCAAAT-AAGTTTATATGATTAGAAACAATTGTTTT-AA
* * * * ** * * * *
52383 -ATAGAACAAAAAATTGTAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTTTTTAAAC
1 GACAAAACAAAAGATTATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * ** *
52447 TAGTTTGATAAATAGATTTA-TTTTT-AA-AATCTATTATTAATTTTTGAAATACTAATAGA-TT
66 TTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATAATTTCTTATTAATTTTT-AAATGTTAATAAATTT
* * * * * * ** * *
52508 AGTATTATTTTA-TTCTTAACAAACATGTATGAATA-AAAACATTTGTTTTATGACAAAAAAAAA
130 A-TATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTA-AAATATGAAACAAATGTTTTATGACTAAACAAAA
* * * * * ** * * ** * *
52571 GGTCATAGCGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTAAAATG-GTTAGGTAA
192 -GTCAGAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCTAATAGTTTTAA-CAATTCGATTGAATTA-GTAA
* * * * * * *
52635 ATAAAATTATTTTTTAAATCACTTACATTTTACTTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTT
254 ACACATTTATTTTTTAAATCTCTT--A--TTAATTTTTGAAATATTATTAAA-TTAGTATTATTT
* ** * * * *
52699 TATTCTGAATAAG-TTAGTATGAAGT-GAAAAAATTATTTTAT
314 TA-ACCAAATAAGTTTA-TATG-ATTAGAAACAATTGTTTTAA
* * * * * * * *
52740 GACAAAAC-----A--ACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATGGTCTTAACTATTTGTAC
1 GACAAAACAAAAGATTATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* ** * * * * * * ** *
52798 TAGTTTGACAAACAAATTTCTTTTTTAAAT-CTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTTTTATA-
66 TTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATAAT-TT-CTTATTAATTTTT-AAATGTTAATAAAT
* * * ** *
52861 TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA-GAAATACTTGTTTTATGA-TAGAATAA
128 TTA-TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTA-AAATATGAAACAAATGTTTTATGACTA-AACAA
* * * * * * * ** * ** * *
52924 AAGGTTATAACGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-AGTTCAGT
190 AA-GTCAGAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCTAATAGTTTTAAC-AATTCGATTGAATT-AGT
* * * * * *
52988 CAATAGATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTACTATTAT
252 AAACACATTTA-TTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTAT
**** *** * * * * * *
53053 TTTATTTTGAATAAACATATCTGATAAAAAATAATTGTTATAT
312 TTTA-ACCAAATAAGTTTATATGATTAGAAACAATTGTTTTAA
* * * * ** * * * * * * *
53096 GACCAAATAAAAGGTAATAAAAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATGATTATTTGAAC
1 GACAAAACAAAAGATTATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * * *
53161 -TGATTTGATAAATAAATTTACTTTTTAAATCACTAT-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-
66 TTG-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-AATTTCTTATTAATTTTT-AAATGTTAATAAAT
* * * * **
53223 TTAGTATTATTTTATTT-TAACTAAGCTTGTATGAAT-TCAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAA
128 TTA-TATTATTTTATTTCGAA-TAAGCTTGTA-AAATATGAAACAAATGTTTTATGACTAAACAA
* * * * * *** * * *
53286 AAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAATTTG--TTCGG
190 AA-GTCAGAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCTAATAGTTTTAACAATTCG-A-TTGAATT-AG
* * * **
53349 TAAACAAATTTA--TTTTACACTCTTGCTTATTAATTTTTGAATTATTAAGAAATTAGTATTATT
251 TAAACACATTTATTTTTTA-AATC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATT
***** * * * *
53412 TTATTTTGGATAAGCTT-TATGAACT-GAAACAAATATTTTATA
313 TTA-ACCAAATAAGTTTATATG-ATTAGAAACAATTGTTTTA-A
* * * * *
53454 -TCAAAACAAATGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATCACTATTTGAAC
1 GACAAAACAAAAGATTATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* *
53518 TTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATAATTTCCTTTTTAATTTTCTAAATGTTAATAAAT
66 TTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATAATTT-CTTATTAATTTT-TAAATGTTAATAAAT
* *
53583 TTATATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTAAAATATGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAT
128 TTATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAAAATATGAAACAAATGTTTTATGACTAAACAAAA-
* * * * * *
53648 GTCAGAACAATTTGAAATTGATAATTATTCTAATAGTTTTAACAATTCGATTGACTT-GCCAAAC
192 GTCAGAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCTAATAGTTTTAACAATTCGATTGAATTAG-TAAAC
*
53712 ACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTAATTTTAACCA
256 ACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATT-ATTTTAACCA
53777 AATAAGTTTATATGATTAGAAACAATTGTTTTAA
320 AATAAGTTTATATGATTAGAAACAATTGTTTTAA
* * * * * *
53811 GACAAAAC-ATAGATCT-TAATGATTTGAGATGAATAATTATTCAAATTGTCATAACTATTTGAA
1 GACAAAACAAAAGAT-TATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * *
53874 CTGGTTCGGTAAACATATTTAGGTTTTT--A-AATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
65 CTTGTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATAATTTCTTATTAATTTTT-AAATGTTAATAAAT
* * **** * *
53936 TAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTGTGGTA-AAAAGCAATTGTTTTATGAC-AAACAAAA
128 TTATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAAAATATGAAA-CAAATGTTTTATGACTAAACAAAA
* * * * * * * *
53999 GTCATAACGATTTAAAATAGATAATCGTTC-AAAAGTATATAATTATTTCAATT-AATTCGATAA
192 GTCAGAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCTAATAGT-TTTAA-CAATTCGATTGAATTAG-TAA
* * * * *
54062 ACTCATTTATTTTTTAAGTTTCTTACTTATTATTTTAGTG-AGTATTAATAAATTAGTATTATTT
254 ACACATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA--ATTTT--TGAAATATTATTAAATTAGTATTATTT
** * * **
54126 TAATCCATCTAAGCTTGTAT-TAATT-GAAACAAATGTTTTGT
314 TAA-CCAAATAAG-TT-TATATGATTAGAAACAATTGTTTTAA
* * * * * *
54167 GACAAATCAAAAGGTTATAATGATTTTAAATTAACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTAGAAC
1 GACAAAACAAAAGATTATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * *
54232 TTGTTTGGTAAACAGATTT-TTTTTAAAATCTATTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAA-T
66 TTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-AATTTCTTATTAA-TTTTTAAATGTTAATAAATT
* * * *
54295 TAGTATTAATTTA-TTCTGAATAAGCTTCTATGAA-CTGAAA-AAATTGTTTTATGACTAAACAA
129 TA-TATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTA-AAATATGAAACAAA-TGTTTTATGACTAAACAA
* * * * * * *
54357 AAGGTCAGAACGATTTCAAGTAGATAATTGTTCTAATTA-TCTTAACCATTTGAACTGATTTAGT
190 AA-GTCAGAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCTAA-TAGTTTTAACAATTCG-ATTGAATTAGT
* * *
54421 AAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGCATTATT
252 AAACACATTTATTTTTTAAATCTC-T--T-ATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATT
* * * *
54486 TTAATCAGAACAAGTTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTACA
313 TTAACCA-AATAAGTTTATATGATTAGAAACAATTGTTTTA-A
54528 -ACAAAA
1 GACAAAA
54534 GATTTACTCT
Statistics
Matches: 1663, Mismatches: 370, Indels: 236
0.73 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
350 5 0.00
351 83 0.05
352 49 0.03
353 72 0.04
354 9 0.01
355 157 0.09
356 232 0.14
357 287 0.17
358 169 0.10
359 231 0.14
360 75 0.05
361 82 0.05
362 140 0.08
363 64 0.04
364 5 0.00
365 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (353 bp):
GACAAAACAAAAGATTATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
TTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATAATTTCTTATTAATTTTTAAATGTTAATAAATTTA
TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAAAATATGAAACAAATGTTTTATGACTAAACAAAAGTCA
GAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCTAATAGTTTTAACAATTCGATTGAATTAGTAAACACATT
TATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAACCAAATAAG
TTTATATGATTAGAAACAATTGTTTTAA
Found at i:54277 original size:712 final size:715
Alignment explanation
Indices: 53197--54533 Score: 1649
Period size: 712 Copynumber: 1.9 Consensus size: 715
53187 AAATCACTAT
* * * **
53197 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAACTAAGCTTGTATGAATTCA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAA
* * * *
53262 AACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGCC
66 AACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGACAATCGTTCAAATAGAC
* ** * * *
53327 ATAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTACACTCTTGCTTATTAATTTTTGAATT
131 ATAACTATTTCAATTAATTCGATAAACAAATTTATTTTACACTCTTACTTATTAATTTTTGAAGT
* ***
53392 ATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTATGAACTGAAACAAATATTTTATATCA
196 ATTAAGAAATTAGTATTATTTTAATCCAGATAAGCTTTATGAACTGAAACAAATATTTTATATCA
* * * * *
53457 AAACAAATGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATCACTATTTGAACTTGT
261 AAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTAGAACTTGT
* * *
53522 TTGGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATAATTTCCTTTTTAATTTTCTAAATGTTAATAAATTTA-
326 TTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAATAATTTCCTTATTAATTTTCTAAATGTTAATAAA-TTAG
* * *
53586 TATTATTTTATT-TCGAATAAACTTGTA-AAATATGAAACAAA-TATTTTATGACTAAACAAAAT
390 TATTAATTTATTCT-GAATAAACTTCTATAAA-ATGAAA-AAATTATTTTATGACTAAACAAAAG
* * * *
53648 GTCAGAACAATTTGAAATTGATAATTATTCTAA-TAGTTTTAACAATTCG-ATTGACTT-GCCAA
452 GTCAGAACAATTTCAAATAGATAATTATTCTAATTA-TCTTAACAATTCGAACTGACTTAG-CAA
* * *
53710 ACACATTTATTTTTTAAATCTC-T-T-ATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTAATTTT
515 ACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATCATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGCATT-ATTTT
* *
53772 AACCA-AATAAGTTTATATGATTAGAAACAATTGTTTTA-AGACAAAACATAGATCTTAATGATT
579 AACCAGAACAAGTTTATATGAATA-AAACAATTGTTTTACA-ACAAAACATAGATCTTAATGATT
53835 TGAGATGAATAATTATTCAAATTGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACATATTTAGGTTT
642 TGAGATGAATAATTATTCAAATTGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACATATTTAGGTTT
53900 TTAAATCTC
707 TTAAATCTC
* *
53909 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTGTG-GTAAA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAA
* *
53973 AAGCAATTGTTTTATG-ACAAACAAAA-GTCATAACGATTTAAAATAGATAATCGTTCAAA-AGT
66 AA-CAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGACAATCGTTCAAATAG-
* * ** *
54035 ATATAATTATTTCAATTAATTCGATAAACTCATTTATTTTTTA-AGTTTCTTACTTATT-ATTTT
129 ACATAACTATTTCAATTAATTCGATAAACAAATTTA--TTTTACA--CTCTTACTTATTAATTTT
* ** * * *
54098 AGTG-AGTATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCATCTAAGCTTGTATTAATTGAAACAAATGT
190 --TGAAGTATTAAGAAATTAGTATTATTTTAATCCAGATAAGCTT-TATGAACTGAAACAAATAT
* * * *
54162 TTTGTGA-CAAATCAAAAGGTTATAATGATTTTAAATTAACAATTGTTCAAATAGTAATAACTAT
252 TTTAT-ATCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAGTAATAACTAT
* * *
54226 TAGAACTTGTTTGGTAAACAGA-TT-TTTTTTAAAATCTATTT-CTTATTAATTTTTTGAATGTT
316 TAGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAAT-AATTTCCTTATTAATTTTCTAAATGTT
* * * *
54288 AATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTCTATGAACTGAAAAAATTGTTTTATGACTAA
380 AATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAACTTCTATAAAATGAAAAAATTATTTTATGACTAA
* * * * * *
54353 ACAAAAGGTCAGAACGATTTCAAGTAGATAATTGTTCTAATTATCTTAACCATTTGAACTGATTT
445 ACAAAAGGTCAGAACAATTTCAAATAGATAATTATTCTAATTATCTTAACAATTCGAACTGACTT
* *
54418 AGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGCATT
510 AGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TCATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGCATT
* *
54483 ATTTTAATCAGAACAAGTTTGTATGAATAAAACAATTGTTTTACAACAAAA
574 ATTTTAACCAGAACAAGTTTATATGAATAAAACAATTGTTTTACAACAAAA
54534 GATTTACTCT
Statistics
Matches: 526, Mismatches: 75, Indels: 44
0.82 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
709 2 0.00
710 56 0.11
711 20 0.04
712 196 0.37
713 81 0.15
714 94 0.18
715 1 0.00
716 30 0.06
717 46 0.09
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (715 bp):
TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAA
AACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGACAATCGTTCAAATAGAC
ATAACTATTTCAATTAATTCGATAAACAAATTTATTTTACACTCTTACTTATTAATTTTTGAAGT
ATTAAGAAATTAGTATTATTTTAATCCAGATAAGCTTTATGAACTGAAACAAATATTTTATATCA
AAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTAGAACTTGT
TTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAATAATTTCCTTATTAATTTTCTAAATGTTAATAAATTAGT
ATTAATTTATTCTGAATAAACTTCTATAAAATGAAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCA
GAACAATTTCAAATAGATAATTATTCTAATTATCTTAACAATTCGAACTGACTTAGCAAACAAAT
TTATTTTTTAAATCTCTTATCATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGCATTATTTTAACCAGA
ACAAGTTTATATGAATAAAACAATTGTTTTACAACAAAACATAGATCTTAATGATTTGAGATGAA
TAATTATTCAAATTGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACATATTTAGGTTTTTAAATCTC
Found at i:55017 original size:178 final size:175
Alignment explanation
Indices: 54713--55620 Score: 671
Period size: 178 Copynumber: 5.1 Consensus size: 175
54703 TCAGCAATTG
* * * *
54713 ATTTA-TTTTTAAATCTCTTAATTATAATT-TTTATGAATATTACTAAATTA-GTATTA-TTTAT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTT-A-T-TAATTCTTGA--AATATTAATAAATTACATTTTATTTTAT
* * * * * *
54774 TTCGAAATAAGCCTTATCATAATAGAAA-AATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTAT-AC-ATT
61 TTCG-AATAAG-CTT-TTATATTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACAATT
* * * *
54836 TGAAATAGAGAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTGGTAAATGA
121 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCGATAAATAA
* * *
54891 ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTTTTTTTTATTTCG
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTA-CATTTTATTTTATTTCG
* * * * *
54956 AATAAGCTTCTATATTGAAAAGCAATTGTTTTATGAGAAAACAAAGATAACAACAATTTGAAATA
65 AATAAGCTTTTATATT-AAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
* * * * * *
55021 GATAGTTGTTTAAATGGCCATAA-TGATTTGAACTGATTC-AGTAAACT-A
128 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTAAACTGGTTCGA-TAAA-TAA
*
55069 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAACTTTTGAAATATTAATACA--AC-TTTTATTTTAT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTAATT--C--TTGAAATATTAATAAATTACATTTTATTTTAT
* * * *
55130 TTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTA
61 TTCGAATAAGCTTTTAT--ATTAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACAATTTG
* * * *
55194 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAAATATTTGAACTGGTTTGATAAA-AA
123 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCGATAAATAA
* * * * *
55246 GATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTGTTGGAATATTAATAGATTAGCA--TTGTTTTATTCC
1 -ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTA-CATTTTATTTTATTTC
* * * * * * * ** *
55309 AAACAAACTTATATTAATAAAAACATTTGTTTTATAACAAAACCAAAGGTCATAATGATTTCAAA
64 GAATAAGCTTTTA-T-ATTAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* * * * * *
55374 TTGATAATTGTTCAAATGGTCATAATTA-TTAGAATTAGTTAGATAAATAGA
126 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTA-AACTGGTTCGATAAATA-A
* * *
55425 A-TTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-CATTTTACTTT-GTTCTG
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTACATTTTATTTTATTTC-G
* *
55487 AATAAGCTATTTGA-ATTGAAAA-AATTATTTTATGACAGAAGA-AAAGGTTATAA-AGATTTGA
65 AATAAGCT-TTT-ATATT-AAAACAATTGTTTTATGACA-AA-ACAAAGGTCATAACA-ATTTGA
* * * * *
55548 AATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTCGACAAACAA
124 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCGATAAATAA
*
55600 ATTTAATTTTTAAATCTCTTA
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTA
55621 GTGATTAATT
Statistics
Matches: 584, Mismatches: 99, Indels: 96
0.75 0.13 0.12
Matches are distributed among these distances:
174 14 0.02
175 25 0.04
176 131 0.22
177 175 0.30
178 196 0.34
179 25 0.04
180 4 0.01
182 14 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (175 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTACATTTTATTTTATTTCGA
ATAAGCTTTTATATTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAT
AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCGATAAATAA
Found at i:55612 original size:353 final size:352
Alignment explanation
Indices: 54799--55620 Score: 896
Period size: 353 Copynumber: 2.3 Consensus size: 352
54789 ATCATAATAG
* * * *
54799 AAAAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTAT-ACATTTGAAATAGAGAATTGTTCAAATAGTCA
1 AAAAATTATTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAAAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT
* *
54863 TAACTATTTAAACTGGTTTGGTAAATGAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAATAT
66 TAACTATTTAAACTGGTTTGATAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAATAT
* * * * * * * * * * * *
54928 TAGTAAATTAGTATTTTTTTTTATTTCGAATAAGCTTCTATATTGAAAAGCAATTGTTTTATGAG
130 TAATAAATTAGCA-TTTGTTTTATTCCAAACAAACTTATATAATGAAAAACAATTGTTTTATAAC
* * * *
54993 AAAACAAAGATAACAACAATTTGAAATAGATAGTTGTTTAAATGGCCATAATGATTTGAACTGAT
194 AAAACAAAGATAACAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATGATTAGAACTGAT
*
55058 TCAGTAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATACAACTTTT
259 TCAGTAAACTAAATTATTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATACAACTTTT
* * * *
55123 ATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTA
323 ACTTTATTCTGAATAAGCTATTATGAACTA
* * * *
55153 AAACAATT-GTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
1 AAA-AATTATTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAA-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * *
55217 -TATAAATATTTGAACTGGTTTGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTGTTGGAA
64 CT-TAACTATTTAAACTGGTTTGATAAAAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAA
* *
55281 TATTAATAGATTAGCA-TTGTTTTATTCCAAACAAACTTATATTAAT-AAAAACATTTGTTTTAT
127 TATTAATAAATTAGCATTTGTTTTATTCCAAACAAACTTATA-TAATGAAAAACAATTGTTTTAT
* * * ** * * *
55344 AACAAAACCAAAGGTCATAATGATTTCAAATTGATAATTGTTCAAATGGTCATAATTATTAGAA-
191 AACAAAA-CAAAGATAACAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATGATTAGAAC
* *
55408 TTAGTT-AGATAAA-TAGAATTATTTTTTAAA-TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-A
255 TGA-TTCAG-TAAACTA-AATTATTTTTTAAACTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATACA
* *
55467 ATTCATTTTACTTTGTTCTGAATAAGCTATT-TGAATTGA
317 A--C-TTTTACTTTATTCTGAATAAGCTATTATGAACT-A
* * *
55506 AAAAATTATTTTATGACAGAAGAAAAGGTTATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTC
1 AAAAATTATTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAAA-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * *
55571 TTAACTATTTAAACTGGTTCGACAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTA
65 TTAACTATTTAAACTGGTTTGATAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
55621 GTGATTAATT
Statistics
Matches: 389, Mismatches: 61, Indels: 37
0.80 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
350 2 0.01
351 24 0.06
352 12 0.03
353 115 0.30
354 71 0.18
355 72 0.19
356 93 0.24
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (352 bp):
AAAAATTATTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAAAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT
TAACTATTTAAACTGGTTTGATAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAATATT
AATAAATTAGCATTTGTTTTATTCCAAACAAACTTATATAATGAAAAACAATTGTTTTATAACAA
AACAAAGATAACAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATGATTAGAACTGATTC
AGTAAACTAAATTATTTTTTAAACTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATACAACTTTTACT
TTATTCTGAATAAGCTATTATGAACTA
Found at i:56055 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 55788--56115 Score: 417
Period size: 181 Copynumber: 1.8 Consensus size: 181
55778 ATTGGTTCGG
* *
55788 TAAACAGAATTATTTTTTAAAACTCTTACTGATTAATTTTTGAAAGATTAATCAATTAGTATTAT
1 TAAACAGAATTATTTTTTAAAACTCTTACTGACTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTAT
** *
55853 TTTATTTTGAACAACCTTGTATGATA-AAAAACAATTCTTGTATGACTAAACAAAAGGTAATAAC
66 TTTATTTCCAACAACCTTGTATGA-ACAAAAACAATTCTTGTATGACTAAACAAAAGGTAAGAAC
55917 AATTTGAAATAGATAATTGTTGAGATGGCCATATCTATTTGAGCTTTTTTTA
130 AATTTGAAATAGATAATTGTTGAGATGGCCATATCTATTTGAGCTTTTTTTA
* * * * **
55969 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTGACTAATTTTTTG-AATTTTAATAAATTAGTATTA
1 TAAACAGAATTATTTTTTAAAACTCTTACTGACTAA-TTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTA
* * ** * * * * * * *
56033 TTTTATTTCCAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTTTGACTAAACAAAATGTCAGAAT
65 TTTTATTTCCAACAACCTTGTATGAACAAAAACAATTCTTGTATGACTAAACAAAAGGTAAGAAC
*
56098 GATTTGAAATAGATAATT
130 AATTTGAAATAGATAATT
56116 ATTCTAATAG
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 23, Indels: 4
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
180 1 0.01
181 115 0.94
182 6 0.05
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
TAAACAGAATTATTTTTTAAAACTCTTACTGACTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTTCCAACAACCTTGTATGAACAAAAACAATTCTTGTATGACTAAACAAAAGGTAAGAACA
ATTTGAAATAGATAATTGTTGAGATGGCCATATCTATTTGAGCTTTTTTTA
Found at i:56552 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 56167--57193 Score: 906
Period size: 181 Copynumber: 5.7 Consensus size: 180
56157 CATTTATTTT
* * * * * * *
56167 TATTATTAAATTAGTATT-TTCTTAATCTGAATAAGCTTATGTGAAAAGAAACAATTGTTCTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * *
56231 ACAAAA-TAAAGATCATAATGATTTGAGATATATAATTGTTCAAAAAGTCATAAATATTTGAA-T
65 ACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* *
56294 TAGTTCGATAAACAGATTTA-GTTTTTAATACTC-T--TATTAATTTTTAAAA
130 TA-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTTAAT-CTCTTACTATTAATTTTTAAAA
* * ** ** *
56343 TCTTAATGAATT-GATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAGCAGAAACATTTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
56407 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATGGACATGACTATTTGAACT
65 ACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * *
56472 TATTTGGTAAACATATTTATTTTTTTAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAA
130 TATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTTAATCTCTTA-CTATTAATTTTTAAAA
* *
56524 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * *
56589 CAAAATAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAGCTT
66 CAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * ** * **
56654 GTTCAGTAAATAGATTCACATTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAA
131 ATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTTAATCTCTTACT-ATTAATTTTTAAAA
* * * * * * *
56705 TATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTTGTATATGCCTATATGAATTGATACAATTGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
** * * * * * * *
56770 TGAAACAAATGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAGTAGTTATGACTATTGGAACTT
66 CAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * ** * ***
56835 GTTCGGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGGAAAAA
131 ATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTTAATCTCTTAC-TATTAATTTTTAAAA
* * * * * * * * * ** **
56886 TTTTAATAAATTAATATTATTGTAATCTAAATAAGCTTGTGTGAACAAAAACAATAATTTTACAA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * *
56951 CAGAACAAAAAATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATATTTATAACTATTTGAACTT
66 CAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * *
57016 ATTCGATAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTAATCAGTTGTCT-AAA
131 ATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTT-AATCTCTTACT-ATTAATT-TTTAAAA
* * * * * *
57068 TATTAATAAATTTGTATTATTTTA-ATTGAAATAAGCATGTATGAATAGAAAAAAATTATTTTGT
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTAT
* * * * * *
57132 GACAAAACAAAAGGTTATAAC-ACTTCGAAACAGATAATTGTTCAAACAGTTATAACTATTTG
64 GACAAAACAAAAGATCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
57194 TTTGTATTAT
Statistics
Matches: 674, Mismatches: 159, Indels: 29
0.78 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.00
176 52 0.08
177 64 0.09
178 12 0.02
180 2 0.00
181 426 0.63
182 56 0.08
183 61 0.09
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
CAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
ATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTTAATCTCTTACTATTAATTTTTAAAA
Found at i:57281 original size:115 final size:116
Alignment explanation
Indices: 57078--57309 Score: 439
Period size: 115 Copynumber: 2.0 Consensus size: 116
57068 TATTAATAAA
57078 TTTGTATTATTTTAATTGAAATAAGCATGTATGAATAGAAAAAAATTATTTTGTGACAAAACAAA
1 TTTGTATTATTTTAATTGAAATAAGCATGTATGAATAGAAAAAAATTATTTTGTGACAAAACAAA
*
57143 AGGTTATAACACTTCGAAACAGATAATTGTTCAAACAGTTATAACTATTTG
66 AGGTTATAACACTTCAAAACAGATAATTGTTCAAACAGTTATAACTATTTG
57194 TTTGTATTATTTTAATTGAAATAAGCATGTATGAATAGAAAAAAA-TATTTTGTGACAAAACAAA
1 TTTGTATTATTTTAATTGAAATAAGCATGTATGAATAGAAAAAAATTATTTTGTGACAAAACAAA
*
57258 AGGTTATAACACTTCAAAACAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTG
66 AGGTTATAACACTTCAAAACAGATAATTGTTCAAACAGTTATAACTATTTG
57309 T
1 T
57310 ACTAGTCAAG
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 2, Indels: 1
0.97 0.02 0.01
Matches are distributed among these distances:
115 69 0.61
116 45 0.39
ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (116 bp):
TTTGTATTATTTTAATTGAAATAAGCATGTATGAATAGAAAAAAATTATTTTGTGACAAAACAAA
AGGTTATAACACTTCAAAACAGATAATTGTTCAAACAGTTATAACTATTTG
Found at i:57800 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 57413--58892 Score: 900
Period size: 181 Copynumber: 8.2 Consensus size: 181
57403 GTATCAATAG
* * * * * * *
57413 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATTA-
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-TAG
** * * * * * * *
57477 TTATAACTATTTAAACTGGTTTGGTAAATAAATTTACTTTTTAAA--T-CT-CTTATTAATTTTT
65 CCATAACTATTTGAATTAGTTCGATAAAAAAATTTATTTTTTAAAGCTCCTACTTATTAATTTTT
* * * * ** * * * *
57538 AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGAGCAA
130 CAAATACTAATAAATTAGTATTATTGTATTCAGAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * * *
57590 AAACATTTGTTTTAAGACAAAAAAAAAGGTCATAACAG-TTTGAAGTAGATAATTATTCATATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * *
57654 CCTTAACTATTTGAATTAGTTCGATAAAAAAATTTATTTTTTAAAGCTCTTAGTTATTAA-TTTT
65 CCATAACTATTTGAATTAGTTCGATAAAAAAATTTATTTTTTAAAGCTCCTACTTATTAATTTTT
** * *
57718 CATAATACTGTTAGATTAGTATTATTGTATTCTA-AATAAGCTTGTATGAACAT
130 CA-AATACTAATAAATTAGTATTATTGTATTC-AGAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * * * * *
57771 AAATAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGC
* * * ** * * *
57836 CATAATTATTTGAATTGGTTCTATAAGCATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTG
66 CATAACTATTTGAATTAGTTCGATAAAAAAATTTATTTTTTAAAGCTCCTACTTATTAATTTTTC
* * * **
57901 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAGAATAGGCTTGTATGATGAA
131 AAATACTAATAAATTAGTATTATTGTATTCAGAATAAGCTTGTATGAACAA
** *
57952 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAAAGATTTGAAATAGATAATGT-TT-AAATGG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAAT-TATTCAAATAG
* * ** * ** * * * * * *
58015 CAATAATTATTTGAA-CCGATTCAATAAACTGATTTTATTTTTTAAATCTTCAACTTCTCAATTT
65 CCATAACTATTTGAATTAG-TTCGATAAA-AAAATTTATTTTTTAAAGCTCCTACTTATTAATTT
* * * * * ** * * * ***
58079 TTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATATGCTTTTATGAATTG
128 TTCAAATACTAATAAATTAGTATTATTGTATTCAGAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * * *
58133 AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAGAGGTTATAACA-ATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
** * * * *
58197 TTATAACTATTTGAACTT-GTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAA-CTTCTTGCTTATTAATTT
65 CCATAACTATTTGAA-TTAGTTCGATAAAAAAATTTATTTTTTAAAGC-TCCTACTTATTAATTT
** ** * * * *
58260 TTTGAATGTTAATACAA-GAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCATGTATGAACTA
128 TTCAAATACTAATA-AATTAGTATTATTGTA-TTCAGAATAAGCTTGTATGAACAA
* ** * * * * * *
58314 AAACAATTATTTTATGATTAAATAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGC
* * * * * *
58379 CTTAACTATTTGAATTGGTTC-AGTAAACACATTAATTTTTTAAA--T-CT-CTTATCAATTTTT
66 CATAACTATTTGAATTAGTTCGA-TAAAAAAATTTATTTTTTAAAGCTCCTACTTATTAATTTTT
* * * ** * * * * *
58439 AAAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAG
130 CAAATACTAATAAATTAGTATTATTGTA-TTCAGAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * * * *
58491 AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCCTAATGATTCGAGATAGATAATTATTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGC
* * * * * * *
58555 CATAACTATTTGAACTCATTTTG-TAAACAATTTTAGTTTTTAAA--T-CT-GTTATTAATTTTT
66 CATAACTATTTGAA-TTAGTTCGATAAAAAAATTTATTTTTTAAAGCTCCTACTTATTAATTTTT
* * * ** ** * * *
58615 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAATAG
130 CAAATACTAATAAATTAGTATTATTGTATTCAGAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * * * * *
58667 AAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATTATAACA-ATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * * * * **
58731 TCATAACTATCTGAACTCA-CTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
65 CCATAACTATTTGAA-TTAGTTCGATAAAAAAATTTATTTTTTAAAGCTCCTACTTATTAA-TTT
* * * * * *
58795 TTGGAAGT-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA-AATAAGCTTTTGTGAACAA
128 TT-CAAATACTAATAAATTAGTATTATTGTATT-CAGAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * * * **
58849 AACCAATGGGTTTATGACAAATCAAAAAGTCATAACTATTTGAA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAA
58893 TATGTTCAGA
Statistics
Matches: 1027, Mismatches: 236, Indels: 75
0.77 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 2 0.00
176 143 0.14
177 218 0.21
178 2 0.00
179 4 0.00
180 39 0.04
181 503 0.49
182 111 0.11
183 5 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGC
CATAACTATTTGAATTAGTTCGATAAAAAAATTTATTTTTTAAAGCTCCTACTTATTAATTTTTC
AAATACTAATAAATTAGTATTATTGTATTCAGAATAAGCTTGTATGAACAA
Found at i:58054 original size:362 final size:353
Alignment explanation
Indices: 57413--58892 Score: 1204
Period size: 362 Copynumber: 4.1 Consensus size: 353
57403 GTATCAATAG
* * * *
57413 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATTA-
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAG
* * * * * *
57477 TTATAACTATTTAAACTGGTTTGGTAAATAAATTTACTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAA
65 TCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAA
* * * * * * *
57542 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGA-GCAAAAACATTTGTTTTAAG
130 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGATG-AAAAACAATTGTTTTATG
* * * * * *
57606 ACAAAA-AAAAAGGTCATAACAG-TTTGAAGTAGATAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTGAA
194 ACAAAACAAAAA-ATCATAACAGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAAT-GGCTTAACTATTTGAA
* * * * * * *
57669 TTAGTTCGATAAAAAAATTTATTTTTTAAAGCTCTTAGTTATTAATTTTCATAATACTGTTAGAT
257 TGA-TTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAA--TCTTACTTATCAATTTTCA-AATATTATTAGAT
* *
57734 TAGTATTATTGTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAT
318 TAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-AT
* * *
57771 AAATAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * *
57836 CATAATTATTTGAATTGGTTCT-ATAAGCATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTT
66 CATAACTATTTGAACTGGTT-TGATAAACAAATTTATTTTTTAAA--T-CT-CTTATTAATTTTT
* *
57900 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAGAATAGGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTT
126 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTT
* *
57965 ATGACAAAACAAAAAATCATAA-AGATTTGAAATAGATAA-TGTTTAAATGGCAATAATTATTTG
191 ATGACAAAACAAAAAATCATAACAGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGGC-TTAACTATTTG
* * * * * *
58028 AACCGATTCAATAAACTGATTTTATTTTTTAAATCTTCAACTTCTCAATTTTTGAAATATTAATA
255 AA-TGATTCAATAAAC-AAATTTATTTTTTAAATCTT--ACTTATCAA-TTTTCAAATATTATTA
* * * * * * * *
58093 AAGTAATATTATTTTATTTTGGATATGCTTTTATGAATT
315 GATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAAT
* * ** *
58132 GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAGAGGTTATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAG
1 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* *
58197 TTATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAACTTCTTGCTTATTAATTTTT
65 TCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAA-TTTT
* * * *** *
58262 TG-AATGTTAATACAA-GAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCATGTATGAACTAAAACAATTAT
125 TGAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTGT
** * ** * * *
58324 TTTATGATTAAATAAAAGGTCAGAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCT-AATAGTCTTAACTA
188 TTTATGACAAAACAAAAAATCATAACAGATTTGAAATAGATAATTGTT-TAAAT-GGCTTAACTA
* * * * *
58387 TTTGAATTGGTTCAGTAAACACATTAATTTTTTAAATC-T-CTTATCAATTTTTAAAATATTATT
251 TTTGAA-TGATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTACTTATCAA-TTTTCAAATATTATT
* * * *
58450 AGTTTAGCAATATTTTACTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAG
314 AGATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAA-AT
* ** * * *
58491 AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCCTAATGATTCGAGATAGATAATTATTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
** * * *
58555 CATAACTATTTGAACTCATTTTG-TAAACAATTTTAGTTTTTAAATCTGTTATTAATTTTTGAAA
66 CATAACTATTTGAACT-GGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAA
* ** * * *
58619 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAAT-AGAAACAATTGCTTTATG
130 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATG
* * * ** * *
58683 ACAAAACAAAAGATTATAACA-ATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAATCATAACTATCTGAAC
194 ACAAAACAAAAAATCATAACAGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAAT-GGCTTAACTATTTGAA-
* * ** * * * * * * *
58747 TCACTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGGAAGT-TTAATAAA
257 TGATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATC--TTACTTATCAA--TTTT-CAAATATTATTAGA
** * *
58811 TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTGTGAACA-
317 TTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-AT
* * * * *
58848 AAACCAATGGGTTTATGACAAATCAAAAAGTCATAACT-ATTTGAA
1 AAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA-TGATTTGAA
58893 TATGTTCAGA
Statistics
Matches: 897, Mismatches: 182, Indels: 85
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
352 9 0.01
353 128 0.14
354 3 0.00
355 2 0.00
356 1 0.00
357 80 0.09
358 215 0.24
359 19 0.02
360 8 0.01
361 33 0.04
362 349 0.39
363 47 0.05
364 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (353 bp):
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAAT
ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGAC
AAAACAAAAAATCATAACAGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGGCTTAACTATTTGAATGAT
TCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTACTTATCAATTTTCAAATATTATTAGATTAGTATTA
TTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAAT
Found at i:58309 original size:543 final size:535
Alignment explanation
Indices: 57197--61040 Score: 2387
Period size: 539 Copynumber: 7.2 Consensus size: 535
57187 CTATTTGTTT
* * * * * * * *
57197 GTATTATTTTAATT-GAAATAAGCATGTATGAATAGAAAAAAATATTTTGTGACAAAACAAAAGG
1 GTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * ** * * * * * **
57261 TTATAA-CACTTCAAAACAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGTACTAG-TCAAGCCAA
65 TCATAATGA-TTTGAAATA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AATTGTTCTA-TAAA
* * * * * * * *
57324 TAGATTCATTTTTTAAATCCATTACTTAATAATTTTT-AGGATATTAACAAATTAGCATTACTTT
126 CATATTTATTTTTTAAAT---TT-CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT
*** * * * *** *
57388 ATTTC-GAATAAGAAAGTATCAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTTATAATGAT
186 A-TTCAGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAATGAT
* * * * * * ** ** * *
57452 TTGAAATAAATAATTGTTTAAATTA-TTATAACTATTTAAACTGGTTTGGTAAATAAATTTACTT
250 TTGAAATAGATAATTGTTTAAA-TAGTCATAATTATTTGAACCGATTCAGTAAACGATTTTATTT
* * *
57516 TTTAAATC--T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAAC
314 TTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGC
* ** * * * * * *
57578 TTATATGAGCAAAAACATTTGTTTTAAGACAAAAAAAAAGGTCATAACAGTTTGAAGTAGATAAT
379 TTATATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT
* * * * *
57643 TATTCATATAGCCTTAACTATTTGAA-TTAGTTCGATAAAAAAATTTATTTTTTAAAGC-TCTTA
444 TGTTCAAATAG-TTTAACTATTTGAACTT-GTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAA-CTTCTT-
* * ** *
57706 G-TTATTAATTTTCAT-AATACTGTTAGATTA
505 GCTTATTAATTTT-TTGAATATTAATAAATTA
* * * *
57736 GTATTATTGTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGG
1 GTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * *
57800 TTATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTCTATAAGCA
65 TCATAATGATTTGAAATA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTCTATAAACA
57865 TATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
128 TATTTATTTTTTAAAT-T--T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* *
57930 CAGAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAAAGATTTG
189 CAGAATAAGCTTGTATGAAT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAATGATTTG
* *
57994 AAATAGATAA-TGTTTAAAT-GGCAATAATTATTTGAACCGATTCAATAAACTGATTTTATTTTT
253 AAATAGATAATTGTTTAAATAGTC-ATAATTATTTGAACCGATTCAGTAAAC-GATTTTATTTTT
* * * * * *
58057 TAAATCTTCAACTTCTCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATATGCT
316 TAAATCTT-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCT
* * * * * * *
58122 TTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAGAGGTTATAACAATTTTAAATAGATAATT
380 TATATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
58187 GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAACTTCTTGCTT
445 GTTCAAATAGTT-TAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAACTTCTTGCTT
* *
58252 ATTAATTTTTTGAATGTTAATACAA-GA
509 ATTAATTTTTTGAATATTAATA-AATTA
* * ** *
58279 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCATGTATGAAC-TAAAACAATTATTTTATGATTAAATAAAAGG
1 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * *
58343 TCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTC-AGTAAAC
65 TCATAATGATTTGAAATA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTCTA-TAAAC
* * * * * * ** * *
58407 ACATTAATTTTTTAAATCTCTTATCAATTTTTAAAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTTC-
127 ATATTTATTTTTTAAATTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCA
* * * * *
58471 GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCCTAATGATTCGAGA
191 GAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAATGATTTGAAA
* * * ** * *
58535 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTC-ATTTTGTAAACAATTTTAGTTTTTAAA
256 TAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAAC-CGATTCAGTAAACGATTTTATTTTTTAAA
* * ** **
58599 TC--T-GTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCAT
320 TCTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATAT
** * * * *
58661 GAA-TAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTT
385 GAACT-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * *** * * * * *
58725 AAATAATCATAACTATCTGAACTCACTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATT
449 AAATAGT-TTAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAA-CTTCTTGCTTATT
58789 AATTTTTTGGAAGT-TTAATAAATTA
512 AATTTTTT-GAA-TATTAATAAATTA
* * * * * * * *
58814 GTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTGTGAACA-AAACCAATGGGTTTATGACAAATCAAAAAG
1 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACATAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
58878 TCATAACT-ATTTG----AAT-A-TGTTCAGAA-A---AT-A-TATTT--A-T-TT-T-T--A-A
65 TCATAA-TGATTTGAAATAATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAATTGTTCTATAAACA
* * * *
58921 -A---A-TTTTT--A---CTTATTAATTTTTGGAATATTGATAAATTTA-AATTATTTTATTCGG
128 TATTTATTTTTTAAATTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCAG
* * * * * * * *
58975 AAAAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGATAAAATAAAAAGTCATAATGTTTTGAAAT
192 AATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAATGATTTGAAAT
* * * * *** * * * *
59040 AGATAATTGTTTAGATAGTCAAAACTATTTAAACTTTTTCAGTAAATAGATTCT-TTTTTTCATT
257 AGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAACCGATTCAGTAAA-CGATTTTATTTTTTAAAT
* * * * * * * *
59104 CTTTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTA-GTTCAAGCAAACTTATA
321 C-TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAA-TAAGCTTATA
* * * * *
59168 TGAACTGAAACAATTATTTTATTACAAAAGAAAAGGTCATTATAATTTGAAATAGATAATTATTC
384 TGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * *
59233 AAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCT-ATAAACATATTTATTTTTTAAAATCTT-TTACTTA
449 AAATAGT-TTAACTATTTGAACTTGTT-TGATAAACAAATTTATTTTTT-AAA-CTTCTTGCTTA
* * *
59296 TT-ATTTATTGAAATATTTATAAATTT
510 TTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTA
* * * * * * *
59322 GTATTATTTTAATCCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTTTTTTATGAC-AAACAAAAAGT
1 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
** * * ** * *
59386 CATAACAAGTTAAAATAACTAATTGCACATATAGTCATAA-TGATTTGAACTTATTC-AGTAAAC
66 CATAATGATTTGAAATAA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAA-TTGTTCTA-TAAAC
* *
59449 AAATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTATCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTT
127 ATATTTATTTTTT-AA-A-TTT-CTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * ** * *
59512 ATT-TGAAATAAGCATT-TATGAATAGAAAA-AATTCTTTTTTTAACAAAACAAAAGGTTATACG
186 ATTCAG-AATAAGC-TTGTATGAATA-AAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAAATCATA-A
* * * * * * * *
59574 CGATTTCAATTAGATAATTGTTAAAATAGTCATAATTATTTAAACATGTTTCAATAAACAGA-TT
246 TGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAAC-CGATTCAGTAAAC-GATTT
* * * * * *
59638 CATTTTTTAAATCTCTTTA-TTATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTCCT
309 TATTTTTTAAA--TCTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TT
* *
59702 -AATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTCTTTTATGA-AAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAA
371 GAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* * * * * * * * * * *
59765 TAAATAATTATTCAAATAATCGTGATTGTTTGATCTAG-TTCAGTAAAC-AATTTATTTTTAAAA
436 TAGATAATTGTTCAAATAGT-TTAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAA
* * * * * *
59828 TTTTTTACTTGTTAA-TTGTTGAAATATTAATCAATTA
499 CTTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTA
* * * *
59865 GTATTGTTTTA-ATCTGAATAAGCTTGTAT-AAAATAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAA
1 GTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAT--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * *
59928 AGTCATAATGATTTGAAATAAATGATTGCTCAAATAGTCTTAACTATTTAAACTAGTT-TGATAA
63 GGTCATAATGATTTGAAAT-AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCT-ATAA
* * * *
59992 ATAGATTT-TTTTTTAAATCTT-TGATTAATATTTGAAATATTAATAGAA-TAGTATTATTTTAT
125 ACATATTTATTTTTTAAAT-TTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * * ** ** *
60054 TC-CATTAAACTTATATGAACAAAAACATTTTGCTTTATGAAAAAATTAAAGGTTATAATGATTT
188 TCAGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAATGATTT
* * * **
60118 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-CTATTTACGTAAAC-AAATT-TTTTT
252 GAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAACCGATTCA-GTAAACGATTTTATTTTT
* * ***
60180 T-AATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCAT-TCTATTTTTATTCCAAATAAG
316 TAAATC-TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATAT-TA-TTTTATTTTGAATAAG
* * * * * *
60243 GTAATATGAATTAAAAAAAACATATTTTATGACAAATA-AAAA-GTCATAAACAATTTGAAATAG
378 CTTATATGAACT-GAAACAA-TTATTTTATGACAAA-ACAAAAGGTCAT-AACAATTTGAAATAG
* * ** * * * *
60306 ATAATTGTTCATATAGTCCTTAAATATTTGAACTAATTCGACAAATAAA---ATTTTTTTAA-TT
439 ATAATTGTTCAAATAGT--TTAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAACTT
* * * * * *
60367 CGCTAG-TTGTTAATTTTTGGAATATTATTAGATCA
502 --CTTGCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTA
* * * * * *
60402 GTGTTATTTTATTTCGAAAAAGCTTATATGAACA-AAATAGTTGTTTTATGACAATACAAAAGGT
1 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
** * * * * * * * * *
60466 TGTAAGGATTTGAAGTTACAATTGTTTAAAATAGTCATAACTATTTGAGATAGTTCGATAAATAG
66 CATAATGATTTGAAATAATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ATTGTTCTATAAACAT
* *
60531 GTTTATTTTTTAAATTTCTTAGTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
129 ATTTATTTTTTAAATTTC----TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-
* ** ** * * * *
60596 CA-AATAAGCTTGAAT-TTTCAACTATAATTGTTATATGACAAAAAAAAAAAGGTAATAATGATT
189 CAGAATAAGCTTGTATGAAT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAA--TCATAATGATT
*** * ** * *
60659 TGAAATAGATAATTGTTGGCAT-GACCATAATTATTTGAACTAATTCGGTAAACAGA-TTTACTT
251 TGAAATAGATAATTGTTTAAATAG-TCATAATTATTTGAACCGATTCAGTAAAC-GATTTTATTT
* * *
60722 TTTAAATCACTTACTTATTAA-TTTTCATAACATTAAT-AATT--TATTATTTTATTTTGAATAA
314 TTTAAATC-TTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAA
* * * * **
60783 GCTTCTATGAACTGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCTTAATGATTTGAAATAGATA
377 GCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATA
* * * ** * *
60848 GTTGTTCATATAGTCTTAATTGCTTGAA-TTGCTTTGATAAACATATTAATTTTTTAAA-TCTCT
442 ATTGTTCAAATAGT-TTAACTATTTGAACTTG-TTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAACT-TCT
* * *
60911 TAG-TTGTTAA-TTTTGGAATATTATTAAATTA
504 T-GCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTA
** * * * *
60942 GTATTATTTTATTAT-GAATAAATTTATATGAAC-TACAACAATTATTTTATGACAGAATAAAAG
1 GTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGAACATA-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * *
61005 GTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAG
64 GTCATAATGATTTGAAATA-ATAATTGTTCAAATAG
61041 GAGCCAGTTT
Statistics
Matches: 2600, Mismatches: 518, Indels: 372
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
502 3 0.00
503 66 0.03
504 63 0.02
505 4 0.00
506 1 0.00
507 25 0.01
508 193 0.07
509 21 0.01
511 2 0.00
512 2 0.00
513 3 0.00
514 6 0.00
516 1 0.00
517 2 0.00
518 4 0.00
519 4 0.00
520 1 0.00
521 2 0.00
523 6 0.00
524 3 0.00
525 1 0.00
526 1 0.00
528 7 0.00
529 4 0.00
530 3 0.00
531 1 0.00
532 2 0.00
533 6 0.00
534 205 0.08
535 172 0.07
536 24 0.01
537 69 0.03
538 189 0.07
539 411 0.16
540 161 0.06
541 101 0.04
542 77 0.03
543 393 0.15
544 80 0.03
545 183 0.07
546 89 0.03
547 6 0.00
548 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (535 bp):
GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
CATAATGATTTGAAATAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTCTATAAACATAT
TTATTTTTTAAATTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAGAATA
AGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAATGATTTGAAATAGAT
AATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAACCGATTCAGTAAACGATTTTATTTTTTAAATCTTTA
CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTG
AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
TTAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAACTTCTTGCTTATTAATTTTTTG
AATATTAATAAATTA
Found at i:59037 original size:145 final size:147
Alignment explanation
Indices: 58756--59028 Score: 351
Period size: 145 Copynumber: 1.9 Consensus size: 147
58746 CTCACTCGGT
* *
58756 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGGAAGTTTAATAAATTAGTATTAT
1 AAATAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGGAAGTTTAATAAATTAGAATTAT
*** *
58821 TTTATTCCAAATAAGCTTTTGTGAACAAAACCAATGGGTTTATGACAAATCAAAAAGTCATAACT
66 TTTATTCCAAATAAGCTTGCATGAACAAAACCAATGGGTTTATGAAAAATCAAAAAGTCATAACT
58886 ATTTGAATATGTTCAGA
131 ATTTGAATATGTTCAGA
* *
58903 AAATATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAA-TTTTTGGAA-TATTGATAAATTTA-AATT
1 AAATAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGGAAGT-TTAATAAA-TTAGAATT
* * * * *
58964 ATTTTATTCGGAAA-AAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGATAAAAT-AAAAAGTCAT
64 ATTTTATTC-CAAATAAGCTTGCATGAACAAAACCAATGGGTTTATGA-AAAATCAAAAAGTCAT
59027 AA
127 AA
59029 TGTTTTGAAA
Statistics
Matches: 109, Mismatches: 13, Indels: 10
0.83 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
144 1 0.01
145 66 0.61
146 23 0.21
147 19 0.17
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (147 bp):
AAATAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGGAAGTTTAATAAATTAGAATTAT
TTTATTCCAAATAAGCTTGCATGAACAAAACCAATGGGTTTATGAAAAATCAAAAAGTCATAACT
ATTTGAATATGTTCAGA
Found at i:59228 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 58870--61040 Score: 1250
Period size: 181 Copynumber: 12.0 Consensus size: 180
58860 TTATGACAAA
* * * * * * *
58870 TCAAAAAGTCATAACTATTTGAA-TATGTTCAGAAAATATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTA
1 TCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-TTTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * **
58933 TTAATTTTTGGAATATTGATAAATTTA-AATTATTTTATTCGGAA-AAAGCTTGCATGAATAGAA
65 TTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTC-GAATAAA-CTTATATGAATAGAA
* * * * ***
58996 CCAATTGTTTTATGATAAAATAAAAAGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGT
127 ACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * *
59050 TTAGATAGTCAAAACTATTTAAACTTTTTCAGTAAATAGATTCT-TTTTTTCATTCTTTTACTCA
1 TCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTTTTCAGTAAACAGATT-TATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* *
59114 TTAATTTTTGGAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTAGTTC-AAGCAAACTTATATGAACT-GAA
65 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAA-TAAACTTATATGAA-TAGAA
* * * * * * *
59177 ACAATTATTTTATTACAAAAGAAAAGGTCATTATAATTTGAAATAGATAATTAT
127 ACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * * *
59231 TCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCTA-TAAACATATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTT
1 TCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTTTTC-AGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTT
* * * * *
59295 ATT-ATTTATTGAAATATTTATAAATTTGTATTATTTTAATCCGAATAAACTTGTATGAATAGAA
64 ATTAATTT-TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCGAATAAACTTATATGAATAGAA
* * * *
59359 ACAATTTTTTTATGAC-AAACAAAAAGTCATAACAAGTTAAAATA-ACTAATTGC
127 ACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGA-TAATTGT
* * * * * *
59412 ACATATAGTCATAA-TGATTTGAACTTATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATATTTTACTTA
1 TCAAATAGTCATAACT-ATTTAAACTTTTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * *
59476 TTAATTATCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCATT-TATGAATAGA
65 TTAATT-T-TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCG-AATAAAC-TTATATGAATAGA
* * * * * * * * *
59538 AAAAATTCTTTTTTTAACAAAACAAAAGGTTATACGCGATTTCAATTAGATAATTGT
126 AACAATTC-TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATA-ACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * *
59595 TAAAATAGTCATAATTATTTAAACATGTTTCAATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTTA-TT
1 TCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TTTTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTT
* * * *
59659 ATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTCCTAATAAGCTTATATGAACT-GAA
64 ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CGAATAAACTTATATGAA-TAGAA
* *
59723 ACAATTCTTTTATGA-AAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTAT
127 ACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * * ** * * *
59776 TCAAATAATCGTGATTGTTTGATCTAGTTCAGTAAACA-ATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTGT
1 TCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTTTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * * * * * * *
59840 TAATTGTTGAAATATTAATCAATTAGTATTGTTTTAATCTGAATAAGCTTGTATAAAATAAAAAC
66 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-GAATAAACTTATAT-GAATAGAAAC
* * ** * * *
59905 AATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATGATTGC
129 AATTCTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * *
59957 TCAAATAGTCTTAACTATTTAAACTAGTTTGA-TAAATAGATTT-TTTTTTAAATC--TT--TGA
1 TCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-TTTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * * * *
60016 TTAATATTTGAAATATTAATAGAA-TAGTATTATTTTATTCCATTAAACTTATATGAACAAAAAC
65 TTAATTTTTGGAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTCGAATAAACTTATATGAATAGAAAC
* * ** * * **
60080 -ATTTTGCTTTATGAAAAAATTAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
129 AATTCT--TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * **
60133 TCAAATAGTCATAATTATTTGAACTATTT-ACGTAAACA-AATT-TTTTTT-AATCACTTACTTA
1 TCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTTTTCA-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * ** * *
60194 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-T-TCTATTTTTATTCCAAATAAGGTAATATGAATTAA
65 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATT-AGTAT-TA-TTTTATT-CGAATAAACTTATATGAA-TAG
* * * *
60257 AAAAAACATATTTTATGAC-AAATAAAAAGTCATAAACAATTTGAAATAGATAATTGT
125 AAACAA-TTCTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAT-AACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * ** * * ** * ** *
60314 TCATATAGTCCTTAAATATTTGAACTAATTC-GACAAATA-AAAT-TTTTTTAATTC-GCTAGTT
1 TCAAATAGT-CATAACTATTTAAACTTTTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* * * * * *
60375 GTTAATTTTTGGAATATTATTAGATCAGTGTTATTTTATTTCGAA-AAAGCTTATATGAACA-AA
64 ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAA-CTTATATGAATAGAA
* * * * * ** ** * * *
60438 ATAGTTGTTTTATGACAATACAAAAGGTTGTAAGGATTTGAAGT-TACAATTGTT
127 ACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTG-T
* * ** * * *
60492 TAAAATAGTCATAACTATTTGAGA-TAGTTC-GATAAATAGGTTTATTTTTTAAAT-TTCTTAGT
1 TCAAATAGTCATAACTATTT-AAACTTTTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACT
* * * * **
60554 TATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGA-AT-TTTCA-
63 TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CGAATAAACTT-ATATGAAT-AG
* * * * * * **
60616 ACTATAATTGTTATATGACAAAAAAAAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
125 A-AACAATTCTTTTATGAC-AAAACAAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
*** * * * ** * * **
60675 TGGCAT-GACCATAATTATTTGAACTAATTCGGTAAACAGATTTACTTTTTAAATCACTTACTTA
1 TCAAATAG-TCATAACTATTTAAACTTTTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
*** * * * *
60739 TTAATTTTCATAACATTAAT-AATT--TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTCTATGAACT-GAAA
65 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAACTTATATGAA-TAGAAA
* * * * ** *
60800 TAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCTTAATGATTTGAAATAGATAGTTGT
128 CAATTCTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * * ** * * * * * *
60853 TCATATAGTCTTAATTGCTTGAA-TTGCTTTGA-TAAACATATTAATTTTTTAAATCTCTTAGTT
1 TCAAATAGTCATAACTATTTAAACTT--TTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* * * * *
60916 GTTAA-TTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAATTTATATGAACTA-CA
64 ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CGAATAAACTTATATGAA-TAGAA
* * * * * *
60979 ACAATTATTTTATGACAGAATAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGT
127 ACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
*
61033 TGAAATAG
1 TCAAATAG
61041 GAGCCAGTTT
Statistics
Matches: 1558, Mismatches: 334, Indels: 198
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
174 9 0.01
175 20 0.01
176 76 0.05
177 74 0.05
178 136 0.09
179 112 0.07
180 325 0.21
181 395 0.25
182 191 0.12
183 124 0.08
184 91 0.06
185 5 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTTTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
TAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAATAAACTTATATGAATAGAAACAA
TTCTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
Found at i:62049 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 61585--62701 Score: 853
Period size: 181 Copynumber: 6.3 Consensus size: 179
61575 TTTGAACTAG
* * * * *** * *
61585 TTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAAATATCAATCTCAAATTGCTATGATTTTTGTTTTGTCAT
1 TTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAATTTTTGTTTTATCAT
* * * * * *** *
61650 AAAAAAATTGTTTCTG-ATCATATATGCTTATT-TGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATT
66 AAAACAATTATTTCAGTA-CATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * ** *
61713 TCAAAAATTAGT---AAGAGATTTAAAAAATAAATGT-GTTTGCTGAATTAG
129 TCAAAAATTAATAACAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAATTTACTAAACCAA
* ** * * * * * *
61761 TTCAAATGGTTAAAACTATTAGTA-TATTATCTATTTCAAATCATTCTAAGATTTTGTTTTATCA
1 TTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAA-TTTTTGTTTTATCA
* * * * * *
61825 TAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TT
65 TAAAACAATTATTTCAGTACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
61889 CAAAAAATTAATAAACAAGAGATTTGAAAAAATAAA-TATATTTACTAAA-CAA
130 C-AAAAATTAAT-AACAAGAGATTT-AAAAAATAAATTA-ATTTACTAAACCAA
* *** * *
61941 GTACAAATAGTTATGGTTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTGTGAATTTTTGTTTTATC
1 -TTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AATTTTTGTTTTATC
* * * * *
62006 ATAAAACAATTCTTTCAGTACATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATT
64 ATAAAACAATTATTTCAGTACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
** *
62071 TCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTAATTTACCGAATCAA
129 TCAAAAATTAATAA-CAAGAGATTTAAAAAATAAATTAATTTACTAAACCAA
* * * ** ** *
62123 TTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATTACCTTTCATTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-TAATTTTTGTTTTATCA
* *** * *
62188 TAAAACAATTGTTTCTCAACATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTT
65 TAAAACAATTATTTCAGTACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * *
62253 CAAGAATTAGT---AAGAGATTT--AAAA-AAATCT-GTTTACCAAACCAA
130 CAAAAATTAATAACAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAATTTACTAAACCAA
* * * ** * *
62297 TTTAAATAGTTATGACAATTTGCACAATTATCTATTTTAAATTGTTATAACCTTTTT-TTCTGTC
1 TTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAA--TTTTTGTTTTATC
* ** * * * *
62361 ATAAATCAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-T
64 ATAAAACAATTATTTCAGTACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * *
62425 TCTAAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCATTTCCTAAACCAA
129 TC-AAAAATTAATAAC-AAGAGATTTAAAAAATAAATTAATTTACTAAACCAA
* * * * *
62478 TTCAAATAGTTAAGACAATATGAACAATTATCTATTTTAAAT-AGTTATGACCTTTTTTTTTTAT
1 TTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTAT-A-ATTTTTGTTTTAT
* *** * * *
62542 CATAAAACAATTATTTCAGCT-CATACAAGTTTATTTGGAATAAAACAAAACTAATTTGTTAATA
63 CATAAAACAATTATTTCAG-TACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * *
62606 TTTC-AAAATT--TTATAAGAGATTTAAAAAATAATTTTATTTACTGAACTAG
127 TTTCAAAAATTAATAACAAGAGATTTAAAAAATAAATTAATTTACTAAACCAA
* * * * *
62656 TTCAAATAATTATAACTATTTGAA-AAATATATATTTCAAATCATTA
1 TTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
62702 AAAGTCATAA
Statistics
Matches: 757, Mismatches: 146, Indels: 75
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
173 5 0.01
174 120 0.16
175 27 0.04
176 86 0.11
177 29 0.04
178 59 0.08
179 3 0.00
180 15 0.02
181 235 0.31
182 169 0.22
183 9 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (179 bp):
TTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAATTTTTGTTTTATCAT
AAAACAATTATTTCAGTACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
AAAAATTAATAACAAGAGATTTAAAAAATAAATTAATTTACTAAACCAA
Found at i:63086 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 62716--63630 Score: 528
Period size: 181 Copynumber: 5.1 Consensus size: 180
62706 TCATAATGAT
* * * * * *
62716 TAGTCATAAGTATTTGAACTTATGT-AGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTTGT-TCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTATTACTTATTAAT
* * * *
62780 TGTCTGAATGA-TAATAAATTTGTATTAGTTTAATTGAAATAAGCTTGTAGGAATAGAAAAAATT
65 T-TTTGAAT-ATTAATAAATTAGTATTAGTTTAATTGAAATAAGCTTGTAGAAACAGAAAAAATT
* **
62844 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTGATGGCAATTTAAAATATGTAATTGTTCAAA
128 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATATGTAATTGTTCAAA
* * **
62897 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTCAGTTTTTAAATCTCTTGTTTATTAATT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATT
* * * * * *
62962 TTTGGAATATTAATAAATTAG-ATTTGTGTT-ATTGCAATAAGCTTGTATAAACATAAACAATTG
66 TTT-GAATATTAATAAATTAGTATTAGT-TTAATTGAAATAAGCTTGTAGAAACAGAAAAAATTA
* * ** * **
63025 TTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA-GATAATTGTTCAGC
129 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATATG-TAATTGTTCAAA
* * * *
63077 TAGTCATAACTATTTGCAC-TGGTCAGGTCAACAAATTCATTTTTTAAATCTATTACTTGTTAAT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTATTACTTATTAAT
* ** * * * ** * *
63141 TTTTAGAACATTAATAAATTAACATTACTTT-ATTCTAAATAAGAC-TATATCAATAGAAATAAT
65 TTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTAGTTTAATT-GAAATAAG-CTTGTAGAAACAGAAAAAAT
* * * * * * ** * *
63204 TGTTTTAAGACAAAACAAATGGTCATAACGATATGAAATAAATAATTATTTAAA
127 TATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATATGTAATTGTTCAAA
* * * * * *
63258 TTGTTATAACTAATTG-AGTTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAAT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTATTACTTATTAAT
** * * * * *
63318 TTTCAAAATATTAATAAATTAATATTA-TTTATTTTG-AATAAACATATATG--A-AGAAAAACA
65 TTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTAGTTTA-ATTGAAATAAGCTTGTA-GAAACAGAAAAA-A
* * * * *
63378 TT-TGTTTACGACAAAACAAAAAAGGACATAACAATTTGAAATA-GATAATTATTCATA
126 TTAT-TTTATGACAAAAC--AAAAGGTCATAACAATTTAAAATATG-TAATTGTTCAAA
* * *** * * * *
63435 TAGCCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCAACAAACAAATTTATTTTTCAAATCTCTTAATTATTAAT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTATTACTTATTAAT
* * * * * * * *
63499 TTTAAT-AATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCG-AAGAAGCTTGTATG-AATATAAATAA
65 TTT--TGAATATTAATAAATTAGTATTAGTTTAATT-GAAATAAGCTTGTA-GAAACAGAAAAAA
* * * ** * ** * * * *
63561 GTGTTTTATGACAAAGCAAATTGTTATAATGACTTGAAATATATAATTGTTAAAA
126 TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATATGTAATTGTTCAAA
*
63616 TAGTCATAATTATTT
1 TAGTCATAACTATTT
63631 AAATTGGTTC
Statistics
Matches: 575, Mismatches: 125, Indels: 68
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
174 7 0.01
175 17 0.03
176 12 0.02
177 98 0.17
178 4 0.01
179 5 0.01
180 152 0.26
181 242 0.42
182 18 0.03
183 14 0.02
184 6 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATT
TTTGAATATTAATAAATTAGTATTAGTTTAATTGAAATAAGCTTGTAGAAACAGAAAAAATTATT
TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATATGTAATTGTTCAAA
Found at i:63293 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 62836--63511 Score: 496
Period size: 180 Copynumber: 3.8 Consensus size: 178
62826 GTAGGAATAG
* * * ** * * *
62836 AAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTGATGGCAATTTAAAATATG-TAATTGTTCAAATA
1 AAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA-GATAATTATTCAAATA
* * * * *
62899 GTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GGTAAACAAATTCAGTTTTTAAATCTCTTGTTTATTAATTT
65 GTCATAACTAATTGCAC-TGGTCAGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCT-TT-CTTATTAATTT
* * * * *
62963 TTGGAATATTAATAAATTAGA-TTTGTGTTATTGC-AATAAG-CTTGTATAAACA
127 TTAGAATATTAATAAATTA-ACATTAT-TTATT-CTAATAAGACATATATAAACA
* ** * * * **
63015 TAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAGCTAG
1 AAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * *
63080 TCATAACTATTTGCACTGGTCAGGTCAACAAATTCATTTTTTAAATCTATTACTTGTTAATTTTT
66 TCATAACTAATTGCACTGGTCAGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCT-TT-CTTATTAATTTTT
* * *
63145 AGAACATTAATAAATTAACATTACTTTATTCTAAATAAGAC-TATATCAATA
129 AGAATATTAATAAATTAACATTA-TTTATTCT-AATAAGACATATATAAACA
* * * * * * *
63196 GAAATAATTGTTTTAAGACAAAACAAATGGTCATAACGATATGAAATAAATAATTATTTAAATTG
1 AAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * ** * *
63261 TTATAACTAATTG-AGTTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC--TCTTATTAATTTTCA
66 TCATAACTAATTGCA-CTGGTCAGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTTTCTTATTAATTTTTA
* * * * *
63323 AAATATTAATAAATTAATATTATTTATTTTGAATAA-ACATATATGAAGA
130 GAATATTAATAAATTAACATTATTTATTCT-AATAAGACATATATAAACA
* * * * *
63372 AAAACATTTG-TTTACGACAAAACAAAAAAGGACATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCATAT
1 AAAACAATTGTTTTAAGACAAAAC--AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * ** * * *
63436 AGCCTTAACTATTTGAATTGGTTCA-ACAAACAAATTTATTTTTCAAATCTCTTAATTATTAATT
64 AGTCATAACTAATTGCACTGG-TCAGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCT-TT-CTTATTAATT
* *
63500 TTAATAATATTA
126 TTTAGAATATTA
63512 TTAGATTAGT
Statistics
Matches: 398, Mismatches: 81, Indels: 34
0.78 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 14 0.04
176 27 0.07
177 98 0.25
178 3 0.01
179 10 0.03
180 123 0.31
181 122 0.31
182 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (178 bp):
AAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
TCATAACTAATTGCACTGGTCAGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTTTCTTATTAATTTTTAG
AATATTAATAAATTAACATTATTTATTCTAATAAGACATATATAAACA
Found at i:63428 original size:177 final size:176
Alignment explanation
Indices: 63106--63533 Score: 396
Period size: 177 Copynumber: 2.4 Consensus size: 176
63096 TGGTCAGGTC
* * * * *
63106 AACAAATTCATTTTTTAAATCTATTACTTGTTAATTTTTAGAACATTAATAAATTAACATTACTT
1 AACAAATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAATATTACTT
* * * * * * *
63171 TATTCTAAATAAGACTATATCAATAGAAATAATTGTTTTAAGACAAAACAAATGGTCATAACGAT
61 TATTTTAAATAAGACTATATCAAGAAAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAGGACATAACAAT
* * * * ****
63236 ATGAAATAAATAATTATTTAAATTG-TTATAACTAATTGAGTTGGTTTGGTA
126 ATGAAATAAATAATTATTCAAATAGCCT-TAACTAATTGAATTGGTTCAACA
63287 AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTA-TTTATT
1 AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTT-AAAATATTAATAAATTAATATTACTTTATT
* * * * *
63351 TTGAATAA-ACATATATGAAGAAAAACATTTG-TTTACGACAAAACAAAAAAGGACATAACAATT
65 TTAAATAAGAC-TATATCAAGAAAAACAATTGTTTTAAGACAAAAC--AAAAGGACATAACAATA
* * *
63414 TGAAATAGATAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTGAATTGGTTCAACA
127 TGAAATAAATAATTATTCAAATAGCCTTAACTAATTGAATTGGTTCAACA
* * * * *
63464 AACAAATTTATTTTTCAAATCTCTTAATTATTAATTTTAATAATATTATTAGATTAGTATTATTT
1 AACAAATTTATTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTAA-AATATTAATAAATTAATATTACTT
63529 TATTT
61 TATTT
63534 CGAAGAAGCT
Statistics
Matches: 204, Mismatches: 32, Indels: 21
0.79 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 14 0.07
176 31 0.15
177 99 0.49
178 2 0.01
180 2 0.01
181 49 0.24
182 7 0.03
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (176 bp):
AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAATATTACTTTATTT
TAAATAAGACTATATCAAGAAAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAGGACATAACAATATGAA
ATAAATAATTATTCAAATAGCCTTAACTAATTGAATTGGTTCAACA
Found at i:65706 original size:179 final size:175
Alignment explanation
Indices: 65221--65856 Score: 552
Period size: 180 Copynumber: 3.5 Consensus size: 175
65211 TTTTAGGAAT
* * * * ** *
65221 AAAAA-AATTTGTTTTATGACAATACAAGAA-GTTATAGCAATTTGAAATAGTTAATTGTTTAAA
1 AAAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAA-AAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
* ** * * *
65284 TAGCCATAACTATTTTACTTGTTCTGTAAATAGATTCATTTTTAAATATCTTACTAATTAATTTT
64 TAGTCATAACTATTGAACTAGTT-TGTAAACAGATTCATTTTTAAATCTCTTACT-ATTAA-TTT
65349 TGGAATATTAATAAAATTAAGAATTATGTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC
126 TGGAATATTAAT-AAATTAA-AATTAT-TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * *
65402 AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTC-AACA
1 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * ** * * *** * *
65466 GTCATAATTGTTTGTTCTGGTTAAGCCTACAGGTACATTTTCTAAATC-CGTTACTTATTAATTT
66 GTCATAACT-ATTGAACTAGTT-TGTAAACAGATTCATTTT-TAAATCTC-TTAC-TATTAATTT
* * * *
65530 TAAGAATATTAAT-AATTAACATTACTTTA-TTCTGAATAAGATTGTATAAAC
126 T-GGAATATTAATAAATTAAAATTA-TTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAAC
* *
65581 AAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
1 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * *
65646 GTTATAACTAATTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAATCTCTTACGTATTAATGTTT
66 GTCATAACT-ATTGAACTAGTTT-GTAAACAGATTCATTTTTAAATCTCTTAC-TATTAAT-TTT
* *
65711 GGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAA-CTTATATGAAC
127 GG-AATATTAATAAATTAAAATTA-TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * * *
65761 AAAGAA-ATTTGTTTTAAGAGATAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
1 AAA-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
* *
65825 AGTCATAATTATTGAAATAGTTT-TACAACAGA
65 AGTCATAACTATTGAACTAGTTTGTA-AACAGA
65857 ATTGTTATGA
Statistics
Matches: 366, Mismatches: 71, Indels: 39
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
177 2 0.01
178 9 0.02
179 106 0.29
180 130 0.36
181 89 0.24
182 29 0.08
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (175 bp):
AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
GTCATAACTATTGAACTAGTTTGTAAACAGATTCATTTTTAAATCTCTTACTATTAATTTTGGAA
TATTAATAAATTAAAATTATTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC
Found at i:65834 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 65811--65845 Score: 61
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
65801 TTTGAAATAG
65811 ATAATTATTCAAATAGTC
1 ATAATTATTCAAATAGTC
*
65829 ATAATTATTGAAATAGT
1 ATAATTATTCAAATAGT
65846 TTTACAACAG
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 16 1.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.06, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (18 bp):
ATAATTATTCAAATAGTC
Found at i:66761 original size:181 final size:183
Alignment explanation
Indices: 65866--66863 Score: 519
Period size: 181 Copynumber: 5.5 Consensus size: 183
65856 AATTGTTATG
* * ** * *
65866 ATTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAGAAGCTTATTCAGATTTAAAATAATATT
1 ATTTTATTTTGCCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAGA-ATAAAATAATACT
* * ** **
65930 AATTTATTAATATT-TCAACAA-TAAATAAGTAAAAGATTT-AA-AA-AATAAATATGCTTACCG
65 AATTTATTAATATTCT-AA-AATTTAATAAGT-AAAGATTTAAATAATAATAAATCTATTTACTA
* * * * * * * *
65990 AACAAATTCAAATAGTCATTACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TGTGA-
127 AACAAGTTCAAATAATCATGACCATTTAAACAATTATATATTTCAAATCATTATGAT
** * ** * * * * * ** * *
66045 CCTTCATTTTGTAATAAAACAAATATTTCAATTAATATAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATTCT
1 ATTTTATTTTGCCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAG-AATAAAATAATACT
* ** * * * *
66109 AATTTATT-ATATACCGAAATTTAATGAGTAAGAGAATT-AA-AA-AATGAATCTATTTACTGAA
65 AATTTATTAATATTCTAAAATTTAATAAGTAA-AGATTTAAATAATAATAAATCTATTTACTAAA
* * * * * * * * * *
66170 CAAGTTTAAATAGTTATGACTATCTAAATAATTATCTA-TTCAAAACGGTTATGACC
129 CAAGTTCAAATAATCATGACCATTTAAACAATTATATATTTCAAATC-ATTATGA-T
* ** * * ** **
66226 A-TTT-TTTTGTCATCGAATAATTGGTTTTCTTATTCATGGCAAGCTTATTTTGAAT-AAATAA-
1 ATTTTATTTTGCCATAAAACAATT-G-TTTC-TATTCAT-ACAAAATTATTCAGAATAAAATAAT
* * * * * * * * *
66287 AATAAATGTATTAAAACTCGAAAA-TTAATAAGTCAAA-AATTAAAAAATAAT--ATGT-TTT-T
62 ACT-AATTTATTAATATTCTAAAATTTAATAAGT-AAAGATTTAAATAATAATAAATCTATTTAC
* * * * * ** *
66346 TGAAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTTATCTATTTCAAATTGTATATGAC
125 T-AAACAAGTTCAAATAATCATGACCATTTAAACAA-TTATATATTTCAAATCAT-TATGAT
** * * * * * ** * *
66408 ATTTGGTTTTGGC-TATAACCAATTGCTTCTATTTATAGAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATT
1 ATTTTATTTTGCCATA-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATACT
** * * *
66472 AATTTATTAATATTTCCCAAATTT-AT-AGTAAAGATTTAAATAATAATGAATCTATTTACTGAG
65 AATTTATTAATA-TTCTAAAATTTAATAAGTAAAGATTTAAATAATAATAAATCTATTTACTAAA
* * ** *
66535 CAAGTTCAAATAGTTATGACTTTTTAAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGAT
129 CAAGTTCAAATAATCATGACCATTTAAACAATTATATATTTCAAATCATTATGAT
* ** * * ** **
66590 ATTTTGTTTTGTTATAAAACATTTGTTTCTATTCATACTAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTA
1 ATTTTATTTTGCCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATACTA
* * * *
66655 ATTTATTATTATTCTAAAATTTAATAAGTTAGAGATTT-AA-AA-AATAAATTTGTTTACTAAAC
66 ATTTATTAATATTCTAAAATTTAATAAG-TAAAGATTTAAATAATAATAAATCTATTTACTAAAC
* * * *
66717 AAGTTCAAATAATCATGTCCATTTCAACTATTATTTATTTCAAATCATTATGAT
130 AAGTTCAAATAATCATGACCATTTAAACAATTATATATTTCAAATCATTATGAT
* *
66771 ATTTTATTTTGCCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATACCA
1 ATTTTATTTTGCCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATACTA
* *
66836 ATTTATTACTATT-TCAAAAATTAATAAG
66 ATTTATTAATATTCT-AAAATTTAATAAG
66864 GATTTAAAAA
Statistics
Matches: 640, Mismatches: 138, Indels: 80
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
177 11 0.02
178 67 0.10
179 38 0.06
180 55 0.09
181 225 0.35
182 122 0.19
183 64 0.10
184 57 0.09
185 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (183 bp):
ATTTTATTTTGCCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATACTA
ATTTATTAATATTCTAAAATTTAATAAGTAAAGATTTAAATAATAATAAATCTATTTACTAAACA
AGTTCAAATAATCATGACCATTTAAACAATTATATATTTCAAATCATTATGAT
Found at i:68983 original size:179 final size:177
Alignment explanation
Indices: 68730--69136 Score: 414
Period size: 179 Copynumber: 2.3 Consensus size: 177
68720 AAATCTTTTA
* *
68730 CTTATTAA-TTTTGAAAGATTAATAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAAACATATCTGATAAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACATATCTGATAAA
* ** * * * *
68794 AAATAATTGTTATATGACCAAA-TAAAAGGTAATAAAAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGG
66 AAACAATTGTTATATGAAAAAACAAAAAGGTAATAAAAATTT-AAATAGACAATTGTTCAAATAG
* * * *
68858 CCATGATTATTTGAA-CTGATTTGATAAATAAATTTACTTTTTAAATCACTAT
130 CCATAACTATTTGAATCTG-TTCGATAAACAAATTTA--TTTTAAA-CACT-T
* * * *
68910 -TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-TATTTTATTTTTAACTAAGCTTGT-TGA-AT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA-TAAACATATCTGATA-
** * * **
68971 TCAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAAGGTCATAATGATTTAAATAGACAATTGTTCAAATA
64 AAAAACAATTGTTATATGAAAAAACAAAAAGGTAATAAAAATTTAAATAGACAATTGTTCAAATA
* * * *
69036 GCCATAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTACACTCTT
129 GCCATAACTATTTGAATCTGTTCGATAAACAAATTTATTTTAAACACTT
* * *
69085 GCTTATTAATTTTTGAATTATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAA
1 -CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
69137 GCTTTATGAA
Statistics
Matches: 188, Mismatches: 31, Indels: 19
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.01
176 3 0.02
177 39 0.21
178 13 0.07
179 87 0.46
180 45 0.24
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACATATCTGATAAA
AAACAATTGTTATATGAAAAAACAAAAAGGTAATAAAAATTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGC
CATAACTATTTGAATCTGTTCGATAAACAAATTTATTTTAAACACTT
Found at i:69174 original size:177 final size:177
Alignment explanation
Indices: 68910--70198 Score: 478
Period size: 177 Copynumber: 7.2 Consensus size: 177
68900 AAATCACTAT
* * *
68910 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATATTTTATTTTTAACTAAGCTTGTTGAATTCAA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATATTTTATTTTGAACTAAGCTTGTTGAACTCAA
* * *
68975 ACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAAGGTCATAATGA-TTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGCC
66 ACAAATATTTTATGAAAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAGCC
*
69039 ATAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTACACTCTTGC
130 ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTACACTCTTGC
* * *
69087 TTATTAATTTTTGAATTATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGA-TAAGCTT-TATGAACTG
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTA-TATTTTATTTTGAACTAAGCTTGT-TGAACTC
* * *
69150 AAACAAATATTTTAT-ATCAAAACAAATGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAG
64 AAACAAATATTTTATGA-AAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * * *
69214 TCATCACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATAATTTCC
128 CCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTA-TTTTAC-ACT--CTTGC
* * * * * ** *
69268 TTTTTAATTTTCT-AAATGTTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTCGAA-TAAACTTGTAAAATA
1 TTATTAATTTT-TGAAATATTAAGAAA-TTAGTA-TATTTTATTTTGAACTAAGCTTGTTGAA-C
* ** * * ** * ** * * *
69330 TGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAATGTCAGAACAATTTGAAATTGATAATTATTCTAATA
62 TCAAACAAATATTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATA
*** * * ** * *
69395 GTTTTAACAATTCG-A-TTGACTT-GCCAAACACATTTATTTTTTA-AATC-T-C
127 GCCATAACTATTTGAACTTG--TTCGGTAAACAAATTTA--TTTTACACTCTTGC
** * *** * * * *
69444 TTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTAATTTTA--ACCAAATAAGTTTATATG-ATT
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTA-T-ATTTTATTTTGAACTAAGCTTGT-TGAACT
* * * * * * * * * * * * * *
69506 AGAAACAATTGTTTTAAGACAAAAC-ATAGATCTTAATGATTTGAGATGAATAATTATTCAAATT
63 -CAAACAAATATTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATA
* * * *
69570 GTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACATATTTAGGTTTTTA-AATC-T-C
127 GCCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTA---TTTTACACTCTTGC
* * * *
69621 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTCAAATAAGCTTGTGTGGTAA-
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTA-TATTTTATTTTGAACTAAGCTTGT-T-G-AAC
* * * * * * * *
69684 --AAAGCAATTGTTTTATG-ACAAACAAAA-GTCATAACGATTTAAAATAGATAATCGTTCAAA-
62 TCAAA-CAAATATTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAACAATTGTTCAAAT
** * * * * ** * *
69744 AGTATATAATTATTTCAA-TTAATTCGATAAACTCATTTATTTTTA-AGTTTCTTTAC
126 AG-CCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAAATTTA-TTTTACA--CTC-TTGC
* * * ** * * *
69800 TTATT-ATTTTAGTG-AGTATTAATAAATTAGTATTATTTTA-ATCCATCTAAGCTTGTATTAAT
1 TTATTAATTTT--TGAAATATTAAGAAATTAGTA-TATTTTATTTTGAACTAAGCTTGT-TGAAC
* * * * * * *
69862 TGAAACAAATGTTTTGTGACAAATCAAAAGGTTATAATGATTTTAAATTAACAATTGTTCAAATA
62 TCAAACAAATATTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATA
** * * * * * *
69927 GTAATAACTATTAGAACTTGTTTGGTAAACAGATTT-TTTTAAAATCTATTTC
127 GCCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTT-ACA-CTCTTGC
* * * * *
69979 TTATTAATTTTTTG-AAT-GTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAA-TAAGCTTCTATGAACT
1 TTATTAA-TTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTA-TATTTTATTTTGAACTAAGCTTGT-TGAACT
* * ** * * * * * * *
70041 GAAA-AAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAACGATTTCAAGTAGATAATTGTTCTAATT
63 CAAACAAA-TATTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAACAATTGTTC-AAAT
* * * ** * * *
70105 A-TCTTAACCATTTGAAC-TGATTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
126 AGCCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTTA--TTTTACA-CTCTTGC
* ** *
70159 TCATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGCATTATTTTA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTA-TATTTTA
70199 ATCAGAACAA
Statistics
Matches: 858, Mismatches: 193, Indels: 118
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
174 7 0.01
175 49 0.06
176 144 0.17
177 198 0.23
178 126 0.15
179 83 0.10
180 41 0.05
181 132 0.15
182 77 0.09
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (177 bp):
TTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATATTTTATTTTGAACTAAGCTTGTTGAACTCAA
ACAAATATTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAGCCA
TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTACACTCTTGC
Found at i:69451 original size:357 final size:352
Alignment explanation
Indices: 68831--70198 Score: 964
Period size: 357 Copynumber: 3.8 Consensus size: 352
68821 GGTAATAAAA
* * * * * * * * * * *
68831 ATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATGATTATTTGAAC-TGATTTGATAAATAAATTTAC
1 ATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAGATTTAT
* * * **
68895 TTTTTAAATCACTAT-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTA-TATTTTATTTTTAAC
65 TTTTTAAAT-AATTTCTTATTAATTTTT-AAATGTTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTCGAA-
** * * ** * *
68957 TAAGCTTGTTGAAT-TCAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAAGGTCATAATGATTT-AAATA
126 TAAGCTTGTAAAATATGAAACAAATGTTTTATGACTAAAC-AAAA-GTCAGAACGATTTAAAATA
* * *** * * * * *
69020 GACAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAATTTG--TTCGGTAAACAAATTTA--TTTTACA-
189 GATAATTGTTCTAATAGTTTTAACAATTCG-A-TTGAATT-AGTAAACACATTTATTTTTTAAAT
* * ****
69080 CTCTTGCTTATTAATTTTTGAATTATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTT-TAT
251 CTC-T--TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TCCAAATAAGCTTATAT
* *
69144 GAACTGAAACAAATATTTTATATCAAAACAAATGGTCATAATG
312 GAATTGAAACAAATGTTTTATA-CAAAACAAA-GGTCATAATG
* *
69187 ATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATCACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATT
1 ATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATT
*
69252 TTTTCAAATAATTTCCTTTTTAATTTTCTAAATGTTAATAAATTTATATTATTTTATTTCGAATA
66 TTTT-AAATAATTT-CTTATTAATTTT-TAAATGTTAATAAATTTATATTATTTTATTTCGAATA
* * * * *
69317 AACTTGTAAAATATGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAATGTCAGAACAATTTGAAATTGAT
128 AGCTTGTAAAATATGAAACAAATGTTTTATGACTAAACAAAA-GTCAGAACGATTTAAAATAGAT
* * *
69382 AATTATTCTAATAGTTTTAACAATTCGATTGACTT-GCCAAACACATTTATTTTTTAAATCTC-T
192 AATTGTTCTAATAGTTTTAACAATTCGATTGAATTAG-TAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * *
69445 TATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTAATTTTAACCAAATAAGTTTATATG-ATTAGA
256 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATCCAAATAAGCTTATATGAATT-GA
* * * * *
69509 AACAATTGTTTTAAGACAAAACATAGATCTTAATG
319 AACAAATGTTTT-ATACAAAACAAAGGTCATAATG
* * * * * * * * *
69544 ATTTGAGATGAATAATTATTCAAATTGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACATATTTAGG
1 ATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTA-T
* * * *
69609 TTTTT--A-AATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAA
65 TTTTTAAATAATTTCTTATTAATTTTT-AAATGTTAATAAATTTATATTATTTTATTTCGAATAA
**** * * *
69671 GCTTGTGTGGTA-AAAAGCAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGTCATAACGATTTAAAATAGATA
129 GCTTGTAAAATATGAAA-CAAATGTTTTATGACTAAACAAAAGTCAGAACGATTTAAAATAGATA
* * * * * * * * * *
69734 ATCGTTC-AAAAGTATATAATTATTTCAATT-AATTCGATAAACTCATTTA-TTTTTAAGTTTCT
193 ATTGTTCTAATAGT-TTTAA-CAATTCGATTGAATTAG-TAAACACATTTATTTTTTAAATCTCT
* ** * *
69796 TTACTTATTATTTTAGTG-AGTATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCATCTAAGCTTGTATTA
255 TTA-TTA--ATTTT--TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATCCAAATAAGCTTATATGA
* * *
69860 ATTGAAACAAATGTTTTGTGACAAATCAAAAGGTTATAATG
314 ATTGAAACAAATGTTTTAT-ACAAAAC-AAAGGTCATAATG
* * * *
69901 ATTTTAAATTAACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTAGAACTTGTTTGGTAAACAGA-TT-TT
1 ATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATT
* * * *
69964 TTTAAAATCTATTTCTTATTAATTTTTTGAATG-TAATAAA-TTAGTATTAATTTA-TTCTGAAT
66 TTTTAAAT-AATTTCTTATTAA-TTTTTAAATGTTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTC-GAAT
* * * * *
70026 AAGCTTCTATGAA-CTGAAA-AAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAACGATTTCAAGTA
127 AAGCTTGTA-AAATATGAAACAAA-TGTTTTATGACTAAACAAAA-GTCAGAACGATTTAAAATA
* * * * * * *
70089 GATAATTGTTCTAATTA-TCTTAACCATTTGAACTGATTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATC
189 GATAATTGTTCTAA-TAGTTTTAACAATTCG-ATTGAATTAGTAAACACATTTATTTTTTAAATC
* *
70153 TCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGCATTATTTTA
252 TCTT--T-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
70199 ATCAGAACAA
Statistics
Matches: 790, Mismatches: 166, Indels: 110
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
350 5 0.01
351 41 0.05
352 33 0.04
353 68 0.09
354 8 0.01
355 11 0.01
356 118 0.15
357 209 0.26
358 125 0.16
359 133 0.17
360 30 0.04
361 4 0.01
362 4 0.01
363 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (352 bp):
ATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATT
TTTTAAATAATTTCTTATTAATTTTTAAATGTTAATAAATTTATATTATTTTATTTCGAATAAGC
TTGTAAAATATGAAACAAATGTTTTATGACTAAACAAAAGTCAGAACGATTTAAAATAGATAATT
GTTCTAATAGTTTTAACAATTCGATTGAATTAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTTATTA
ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAAAT
GTTTTATACAAAACAAAGGTCATAATG
Found at i:70586 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 70243--71862 Score: 1022
Period size: 177 Copynumber: 9.0 Consensus size: 180
70233 TTACAACAAA
* * * * *
70243 AGATTTACTCTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCTAAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-T-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * *
70308 TTTCGAACAAACTTATATTAACAAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAGCAAAATGG-CATAACAAT
64 TTTCGAATAAGCTTATATAAATAGAAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAACAAT
* * * * * *
70372 TTGAAATAAATAATTGTTCATATAGT-TTAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAAT
127 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAAC
* * *
70425 TGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * *
70490 TTCGAATAAGCTTATATAAATAGAAACAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTG
65 TTCGAATAAGCTTATATAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * **
70555 AAATAGAGAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTGGTAAA-
130 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAAC
* * * *
70605 TGAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTCTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTTTTTTT
1 AG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTA-TTATTTT
* * * * * * *
70666 ATTTCGAATAAGCTTCTAT--ATTGAAAAGCAATTGTTTTATGAGAAAAC-AAAGATAACAACAA
63 ATTTCGAATAAGCTTATATAAATAG-AAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAA
* * * * *
70728 TTTGAAATAGATAGTTGTTTAAATGGCCATAA-TGATTTGAACTGATTCAGTAAAC
126 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTGGTTCAGTAAAC
* *
70783 TA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATACAACT--T-TTATTTT
1 -AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATA-AATTAGTATTATTTT
* * * *
70844 ATTT-GGATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATT-GTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAT
63 ATTTCGAATAAGCTTATAT-AAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAT
* * * *
70906 TTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAAATATTTGAACTGGTT-TGATAAA-
127 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAG-TAAAC
* * * *
70959 AGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTGTTGGAATATTAATAGATTAGCATTGTTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * * **
71020 TCCAAACAAACTTATATTAATAAAAAC-ATT-TGTTTATAACAAAACCAAAGGTCATAATGATTT
65 TTCGAATAAGCTTATATAAATAGAAACAATTAT-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
* * * * * * * *
71083 CAAATTGATAATTGTTCAAATGGTCATAATTATTAGAATTAGTT-AGATAAAT
129 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAG-TAAAC
* * *
71135 AGAATTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTACTTT-
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTA
* * * * * * * * **
71194 GTTCTGAATAAGC-TATTTGAATTGAAAAAATTATTTTATGACAGAAGAAAAGGTTATAATGATT
64 TTTC-GAATAAGCTTATATAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
* * * * *
71258 TGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTC-GACAAAC
128 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAG-TAAAC
* * * * * * *
71311 AAATTTAATTTTTAAATCTCTTAGTGATTAATTTTCAT-AATATTATTAGATTACTATTATTTTT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT--TGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTT
* * * * * ** * *** *
71375 ATTTCAAATAAGCTTGTATGAACATAAATTATTATTTTAAGATGGAAC-AAAGGTTTTATTTTTT
63 ATTTCGAATAAGCTTATATAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG--TCA-----T
* * * * * *
71439 AA-AATAATTGATTTGAAGTATACAATTGTTTCAAATAGTCATAACTTTTTAAATTGGTTCGGTA
121 AACAAT--TTGA----AA-TAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTA
71503 AAC
178 AAC
* * * * *
71506 AGAATTATTTTTTTAAAACTCTTACTGATTAATTTTTGAAAGATTAATCAATTAGTATTATTTTA
1 AGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * *
71571 TTT-GAACAAACCTTGTTATGATAA-A-AAACAATTCTTGTATGACTAAACAAAAGGTAATAACA
64 TTTCGAA-TAAGCTT-ATAT-A-AATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * * * ** *
71633 ATTTGAAATAGATAATTGTTGAGATGGCCATATCTATTTGAGCTTTTTTTA-TAAAC
125 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTTCAGTAAAC
* * * * *
71689 ATATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTGACTAATTTTTTGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTA
1 AGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * * * * **
71754 TTTCCAATAAGCTTGTATGAACT-GAAATAATTGTTTTTTGACTAAACAAAATGTCAGAATGATT
64 TTTCGAATAAGCTTATAT-AAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
* ** ** *
71818 TGAAATAGATAATTATTTTAATAGTTTTAATTATTTGAACTGGTT
128 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTT
71863 TGGCAAAACT
Statistics
Matches: 1123, Mismatches: 239, Indels: 153
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
171 2 0.00
172 19 0.02
173 4 0.00
174 17 0.02
175 98 0.09
176 163 0.15
177 171 0.15
178 58 0.05
179 8 0.01
180 82 0.07
181 123 0.11
182 125 0.11
183 82 0.07
184 19 0.02
185 2 0.00
187 2 0.00
188 3 0.00
189 8 0.01
190 3 0.00
191 3 0.00
193 2 0.00
194 10 0.01
195 51 0.05
196 60 0.05
197 6 0.01
198 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
TCGAATAAGCTTATATAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAAC
Found at i:71255 original size:176 final size:173
Alignment explanation
Indices: 70337--71333 Score: 692
Period size: 176 Copynumber: 5.6 Consensus size: 173
70327 AACAAAAAGC
* * *
70337 AATTGTTTTATGACA-AAGCAAAATGG-CATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGT-T
1 AATT-TTTTATGACAGAA-CAAAA-GGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * *
70399 TAACTATTTGAACTAGTTCAG-CAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTT-A
63 TAATTATTAGAACTGGTT-AGATAAATAGAATTATTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTTGA
* * * * *
70462 GAATATTACTAAATT-AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATAAATAGAAAC
123 -AATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTT-GAATAAGC-TAT-TTAATTGAAAA
* * *
70517 AATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGAGAATTGTTCAAATAGTCATA
1 AATT-TTTTATGACAGAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * *
70582 ACTATTTA-AACTGGTTTGGTAAAT-GAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAATAT
65 ATTA-TTAGAACTGGTTAGATAAATAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATAT
* * *
70645 TAGTAAATT-AGTATTTTTTTTATTTCGAATAAGCT-TCTATATTGAAAA
128 TAATAAATTCA-T-TTTATTTTATTT-GAATAAGCTATTTA-ATTGAAAA
* * * * * * * * *
70693 GCAATTGTTTTATGAGAAAAC-AAAGATAACAACAATTTGAAATAGATAGTTGTTTAAATGGCCA
1 --AATT-TTTTATGACAGAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * *
70757 TAATGATTTGAACTGATTCAG-TAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTG
63 TAATTATTAGAACTGGTT-AGATAAA-TAGAATTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTG
* * *
70820 AAATATTAATACAA--C-TTTTATTTTATTTGGATAAGCTTTTATGAACT-AAAA
122 AAATATTAATA-AATTCATTTTATTTTATTTGAATAAGCTATT-T-AATTGAAAA
* * * *
70871 CAATTGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATA
1 -AATTTTTTATGACAGAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * *
70936 AATATTTGAACTGGTTTGATAAA-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTGTTGGAATATTA
65 ATTATTAGAACTGGTTAGATAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * ** * *
71000 ATAGATTAGCA--TTGTTTTATTCCAAACAAACTTATATTAA-T-AAAA
130 ATAAATT--CATTTTATTTTATT-TGAATAAGC-TAT-TTAATTGAAAA
* * * ** * * *
71045 ACATTTGTTTATAACAAAACCAAAGGTCATAATGATTTCAAATTGATAATTGTTCAAATGGTCAT
1 A-ATTT-TTTATGACAGAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* *
71110 AATTATTAGAATTAGTTAGATAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATT
64 AATTATTAGAACTGGTTAGATAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATT
* *
71175 AATAAATTCATTTTACTTTGTTCTGAATAAGCTATTTGAATTGAAAA
129 AATAAATTCATTTTATTTTATT-TGAATAAGCTATTT-AATTGAAAA
* * ** * * *
71222 AATTATTTTATGACAGAAGAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTA
1 AATT-TTTTATGACAGAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * *
71287 ACTATTTA-AACTGGTTCGACAAACA-AATTTAATTTTTAAATCTCTTA
65 ATTA-TTAGAACTGGTTAGATAAATAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTTA
71334 GTGATTAATT
Statistics
Matches: 658, Mismatches: 113, Indels: 96
0.76 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
171 1 0.00
172 22 0.03
173 2 0.00
174 23 0.03
175 85 0.13
176 181 0.28
177 166 0.25
178 55 0.08
179 8 0.01
180 54 0.08
181 57 0.09
182 4 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (173 bp):
AATTTTTTATGACAGAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
TTATTAGAACTGGTTAGATAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAA
TAAATTCATTTTATTTTATTTGAATAAGCTATTTAATTGAAAA
Found at i:72281 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 71883--72909 Score: 874
Period size: 181 Copynumber: 5.7 Consensus size: 180
71873 CATTTATTTT
* * * * * * *
71883 TATTATTAAATTAGTATT-TTCTTAATCTGAATAAGCTTATGTGAAAAGAAACAATTGTTCTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * *
71947 ACAAAA-TAAAGATCATAATGATTTGAGATATATAATTGTTCAAAAAGTCATAAATATTTGAA-T
65 ACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
*
72010 TAGTTCGATAAACAGATTTA-GTTTTTAATACTC-T--TATTAA-TTTTAAAA
130 TA-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTTAAT-CTCTTACTATTAATTTTTAAAA
* * ** ** *
72058 TCTTAATGAATT-GATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAGCAGAAACATTTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
72122 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATGGACATGACTATTTGAACT
65 ACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * *
72187 TATTTGGTAAACATATTTATTTTTTTAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAA
130 TATTCGATAAACAGATTTATTTTTTTAATCTCTTA-CTATTAATTTTTAAAA
* * *
72239 TATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * *
72304 CAAAATAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAGCTT
66 CAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * ** * **
72369 GTTC-AGTAAATAGATTCACATTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAA
131 ATTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTTAATCTCTTACT-ATTAATTTTTAAAA
* * * * * * *
72420 TATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTTGTATATGCCTATATGAATTGATACAATTGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
** * * * * * * *
72485 TGAAACAAATGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAGTAGTTATGACTATTGGAACTT
66 CAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * ** * ***
72550 GTTCGCTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGGAAAAA
131 ATTCGATAAACAGATTTATTTTTTTAATCTCTTAC-TATTAATTTTTAAAA
* * * * * * * * * ** **
72601 TTTTAATAAATTAATATTATTGTAATCTAAATAAGCTTGTGTGAACAAAAACAATAATTTTACAA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * *
72666 CAGAACAAAAAATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATATTTATAACTATTTGAACTT
66 CAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * *
72731 ATTCGATAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTAATCAGTTGTCT-AAA
131 ATTCGATAAACAGATTTATTTTTTT-AATCTCTTACT-ATTAATT-TTTAAAA
* * * * * *
72783 TATTAATAAATTTGTATTATTTTA-ATTGAAATAAGCATGTATGAATAGAAAAAAATTTATTTTG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAA-TTGTTTTA
* * * * * *
72847 TGACAAAACAAAAGGTTATAAC-ACTTCGAAACAGATAATTGTTCAAACAGTTATAACTATTTG
63 TGACAAAACAAAAGATCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
72910 TTTGTATTAT
Statistics
Matches: 669, Mismatches: 161, Indels: 35
0.77 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
174 1 0.00
175 52 0.08
176 64 0.10
177 12 0.02
180 8 0.01
181 415 0.62
182 55 0.08
183 6 0.01
184 56 0.08
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
CAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
ATTCGATAAACAGATTTATTTTTTTAATCTCTTACTATTAATTTTTAAAA
Found at i:72997 original size:115 final size:116
Alignment explanation
Indices: 72793--73025 Score: 432
Period size: 115 Copynumber: 2.0 Consensus size: 116
72783 TATTAATAAA
72793 TTTGTATTATTTTAATTGAAATAAGCATGTATGAATAGAAAAAAATTTATTTTGTGACAAAACAA
1 TTTGTATTATTTTAATTGAAATAAGCATGTATGAATAGAAAAAAA-TTATTTTGTGACAAAACAA
*
72858 AAGGTTATAACACTTCGAAACAGATAATTGTTCAAACAGTTATAACTATTTG
65 AAGGTTATAACACTTCAAAACAGATAATTGTTCAAACAGTTATAACTATTTG
72910 TTTGTATTATTTTAATTGAAATAAGCATGTATGAATAGAAAAAAA-TATTTTGTGACAAAACAAA
1 TTTGTATTATTTTAATTGAAATAAGCATGTATGAATAGAAAAAAATTATTTTGTGACAAAACAAA
*
72974 AGGTTATAACACTTCAAAACAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTG
66 AGGTTATAACACTTCAAAACAGATAATTGTTCAAACAGTTATAACTATTTG
73025 T
1 T
73026 ACTAGTCAAG
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 2, Indels: 2
0.97 0.02 0.02
Matches are distributed among these distances:
115 69 0.61
117 45 0.39
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (116 bp):
TTTGTATTATTTTAATTGAAATAAGCATGTATGAATAGAAAAAAATTATTTTGTGACAAAACAAA
AGGTTATAACACTTCAAAACAGATAATTGTTCAAACAGTTATAACTATTTG
Found at i:74606 original size:182 final size:178
Alignment explanation
Indices: 72913--74606 Score: 1130
Period size: 181 Copynumber: 9.4 Consensus size: 178
72903 CTATTTGTTT
* * * * * * * *
72913 GTATTATTTTAATT-GAAATAAGCATGTATGAATAGAAAAAAATATTTTGTGACAAAACAAAAGG
1 GTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG
* * ** * * * * ** *
72977 TTATAACACTTCAAAACAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGTACT-AGTCAAGCCAAT
64 TCATAATA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCATTCAA-TAAAC
* * * * *
73041 AGATTCATTTTTTAAATCCATTACTTAATAATTTTT-AGGATATTAACAAATTA
127 AGATTTATTTTTTAAAT-CTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTA
* * *** * * * **
73094 GCATTACTTTATTTCGAATAAGAAAGTATCAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATGGT
1 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGT
* * * * * ** *** *
73159 TATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATTA-TTATAACTATTTAAACTGGTTTGGTAAATA
65 CATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTCATTCAATAAACA
* * *
73223 AATTTA-CTTTTAAATC--T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA
128 GATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * * * * *
73270 ATATTA-TTTATTTTGAACAAACTTATATGAGCAAAAACATTTGTTTTAAGACAAAA-AAAAAGG
1 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA-G
* * * * * * * * *
73333 TCATAACAGTTTGAAGTAGATAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTGAA-TTAGTTCGATAAAA
64 TCATAATA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCA-TTCAATAAAC
* * * * * ** *
73397 AAATTTATTTTTTAAAGCTCTTAGTTATTAA-TTTTCATAATACTGTTAGATTA
127 AGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTA
* * * * *
73450 GTATTATTGTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGGCAAAAC-AAAGG
1 GTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG
* * * * ** * *
73513 TTATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTCTATAAGCA
64 TCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCATTCAATAAACA
* *
73578 TATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
128 GATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
*
73630 GTATTATTTTA-TTCAGAATAGGCTTGTATGATGA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA
1 GTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGA--ACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA
* * * * *
73693 ATCATAAAGATTTGAAATAGATAA-TGTTTAAAT-GGCAATAATTATTTGAAC-CGATTCAATAA
63 GTCAT-AATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTC-ATTCAATAA
* * * * *
73755 ACTGATTTTATTTTTTAAATCTTCAACTTCTCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTA
125 ACAGA-TTTATTTTTTAAATCTT-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * * ** * * *
73811 ATATTATTTTATTTTGGATATGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAGAGGT
1 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-CAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGT
* * * * ** ** *
73876 TATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAA
65 CATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCATTCAATAAACAG
* * *
73941 ATTTATTTTTTTAAA-CTTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATACAA-GA
129 ATTTA-TTTTTTAAATC-T-TTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATA-AATTA
* * ** * *
73993 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCATGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGATTAAATAAAAGGT
1 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGT
* * * * ** * *
74058 CAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAC
65 CATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCATTCAATAAACAG
* * * * **
74123 ATTAATTTTTTAAATC--T-CTTATCAATTTTTAAAATATTATTAGTTTA
129 ATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * * *
74170 GCAATATTTTACTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGA-T
1 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGT
* * * * ***
74234 CCTAATGATTCGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCATTTTGTAAACA-
65 CATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCATTCAATAAACAG
* *
74298 ATTTTAGTTTTTAAATC--T-GTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
129 A-TTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* ** * *
74346 GTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGA
1 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-
* * * * * * * ** *
74410 TTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAATCATAACTATCTGAACTCACTCGGTAAATA
64 TCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCATTCAATAAACA
*
74475 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGGAAGT-TTAATAAATTA
128 GATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAA-TTTTT-GAAATATTAATAAATTA
* * * * * * *
74528 GTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTGTGAACAAAACCAATGGGTTTATGACAAATCAAAAAGT
1 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGT
74593 CATAACTATTTGAA
65 CATAA-TATTTGAA
74607 TATGTTCAGA
Statistics
Matches: 1186, Mismatches: 265, Indels: 123
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 7 0.01
175 88 0.07
176 185 0.16
177 133 0.11
178 2 0.00
179 10 0.01
180 200 0.17
181 297 0.25
182 245 0.21
183 19 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTC
ATAATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCATTCAATAAACAGAT
TTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
Found at i:74606 original size:535 final size:529
Alignment explanation
Indices: 72913--74606 Score: 1542
Period size: 535 Copynumber: 3.1 Consensus size: 529
72903 CTATTTGTTT
* * * * * * * *
72913 GTATTATTTTAATT-GAAATAAGCATGTATGAATAGAAAAAAATATTTTGTGACAAAACAAAAGG
1 GTATTATTTT-ATTCCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAATCAAAAGG
* * ** * * * * * * **
72977 TTATAA-CACTTCAAAACAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGTACTAG-TCAAGCCAA
64 TCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCTA-TAAA
* * * ** * *
73040 TAGATTCATTTTTTAAA-TCCATTACTTAAT-AATTTTTAGGATATTAACAAATTAGCATTACTT
127 CACATTAATTTTTTAAACTCC--TACTT-ATCAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCATTATTT
*** * * *
73103 TATTTCGAATAAGAAAGTATCAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTTATAATGAT
189 TA-TTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA-GATCATAATGAT
* * * ** * * * *
73168 TTGAAATAAATAATTGTTTAAATTA-TTATAACTATTTAAACTGGTTTGGTAAATAAATTTACTT
252 TTGAAATAGATAA-T-TTTAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTCATTTAGTAAACAATTTTATTT
* * * *
73232 TTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTA-TTTATTTTGAACAAACTTAT
314 TTAAATCT-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAA-TAATTTTT
** * * * * * * * *
73296 ATGAGCAAAAACATTTGTTTTAAGACAAAAAAAAAGGTCATAACAGTTTGAAGTAGATAATTATT
377 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * *
73361 CATATAGCCTTAACTATTTGAA-TTAGTTCGATAAAAAAATTTATTTTTTAAAGCTCTTAGTTAT
442 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCGATAAAAAAATTTATTTTTTAAA-CTTTTACTTAT
* * ** *
73425 TAATTTTCAT-AATACTGTTAGATTA
505 TAATTTT-TTGAATATTAATAAATTA
* * * * *
73450 GTATTATTGTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGGCAAAAC-AAAGGT
1 GTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAATCAAAAGGT
* * * * *
73514 TATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTCTATAAGCAT
65 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCTATAAACAC
* * * *
73579 ATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
130 ATTAATTTTTTAAA-CTCCTACTTATCAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTC
* * * * *
73644 AGAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAAAGATTTGA
194 -GAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGA
* * * * *
73708 AATAGATAATGTTTAAAT-GGCAATAATTATTTGAAC-CGATTCAATAAACTGATTTTATTTTTT
256 AATAGATAAT-TTTAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTC-ATTTAGTAAAC-AATTTTA-TTTTT
* * *
73771 AAATCTTCAACTTCTCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGAT-ATGCT
316 AAATCTT-TA--T-T-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAT--T
* * * *
73835 TTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAGAGGTTATAACAATTTTAAATAGATAATT
374 TTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * *
73900 GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTTAAACTTCTTGCT
439 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAAAAAATTTA-TTTTTTAAACTT-TTACT
* *
73965 TATTAATTTTTTGAATGTTAATACAA-GA
502 TATTAATTTTTTGAATATTAATA-AATTA
* * * * *
73993 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCATGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGATTAAAT-AAAAGG
1 GTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGA-CAAATCAAAAGG
* * *
74057 TCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTC-AGTAAAC
64 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCTA-TAAAC
* ** *
74121 ACATTAATTTTTTAAA-T-CT-CTTATCAATTTTTAAAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACT
128 ACATTAATTTTTTAAACTCCTACTTATCAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTA-T
* * *
74183 TCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCCTAATGATTCGAG
192 TCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATAATGATTTGAA
*
74248 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCATTTTGTAAACAATTTTAGTTTTTAAA
257 ATAGATAATT-TT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTCATTTAGTAAACAATTTTA-TTTTTAAA
* *
74313 TCTGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAA
319 TCT-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAATTTT-TATGAA
* * *
74378 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAAT
382 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * *
74443 AATCATAACTATCTGAACTCACTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
447 AGTCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAAAAAATTTATTTTTTAAA-CTTTTACTTATTAATTT
74508 TTTGGAAGT-TTAATAAATTA
511 TTT-GAA-TATTAATAAATTA
* * * * *
74528 GTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTGTGAACAAAACCAATGGGTTTATGACAAATCAAAAAGT
1 GTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAA-CAATTGTTTTATGACAAATCAAAAGGT
74593 CATAACT-ATTTGAA
65 CATAA-TGATTTGAA
74607 TATGTTCAGA
Statistics
Matches: 938, Mismatches: 172, Indels: 96
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
534 39 0.04
535 233 0.25
536 163 0.17
537 63 0.07
538 4 0.00
539 45 0.05
540 99 0.11
541 38 0.04
542 101 0.11
543 74 0.08
544 79 0.08
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (529 bp):
GTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAATCAAAAGGTC
ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCTATAAACACA
TTAATTTTTTAAACTCCTACTTATCAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTCGA
ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATAATGATTTGAAATAG
ATAATTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTCATTTAGTAAACAATTTTATTTTTAAATCTTTAT
TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTTATGAATAGAAACAA
TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
TATTTGAACTTATTCGATAAAAAAATTTATTTTTTAAACTTTTACTTATTAATTTTTTGAATATT
AATAAATTA
Found at i:74751 original size:145 final size:147
Alignment explanation
Indices: 74470--74742 Score: 351
Period size: 145 Copynumber: 1.9 Consensus size: 147
74460 CTCACTCGGT
* *
74470 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGGAAGTTTAATAAATTAGTATTAT
1 AAATAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGGAAGTTTAATAAATTAGAATTAT
*** *
74535 TTTATTCCAAATAAGCTTTTGTGAACAAAACCAATGGGTTTATGACAAATCAAAAAGTCATAACT
66 TTTATTCCAAATAAGCTTGCATGAACAAAACCAATGGGTTTATGAAAAATCAAAAAGTCATAACT
74600 ATTTGAATATGTTCAGA
131 ATTTGAATATGTTCAGA
* *
74617 AAATATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAA-TTTTTGGAA-TATTGATAAATTTA-AATT
1 AAATAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGGAAGT-TTAATAAA-TTAGAATT
* * * * *
74678 ATTTTATTCGGAAA-AAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGATAAAAT-AAAAAGTCAT
64 ATTTTATTC-CAAATAAGCTTGCATGAACAAAACCAATGGGTTTATGA-AAAATCAAAAAGTCAT
74741 AA
127 AA
74743 TGTTTTGAAA
Statistics
Matches: 109, Mismatches: 13, Indels: 10
0.83 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
144 1 0.01
145 66 0.61
146 23 0.21
147 19 0.17
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (147 bp):
AAATAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGGAAGTTTAATAAATTAGAATTAT
TTTATTCCAAATAAGCTTGCATGAACAAAACCAATGGGTTTATGAAAAATCAAAAAGTCATAACT
ATTTGAATATGTTCAGA
Found at i:74942 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 74584--76754 Score: 1357
Period size: 181 Copynumber: 12.0 Consensus size: 180
74574 TTATGACAAA
* * * * * *
74584 TCAAAAAGTCATAACTATTTGAA-TATGTTCAGAAAATATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTA
1 TCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-TGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * **
74647 TTAATTTTTGGAATATTGATAAATTTA-AATTATTTTATTCGGAA-AAAGCTTGCATGAATAGAA
65 TTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTC-GAATAAA-CTTATATGAATAGAA
* * * * ***
74710 CCAATTGTTTTATGATAAAATAAAAAGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGT
127 ACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * * *
74764 TTAGATAGTCAAAACTATTTAAACTTTTTCAGTAAATAGATTCT-TTTTTTCATTCTTTTACTCA
1 TCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAGATT-TATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* *
74828 TTAATTTTTGGAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTAGTTC-AAGCAAACTTATATGAACT-GAA
65 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAA-TAAACTTATATGAA-TAGAA
* * * * * * *
74891 ACAATTATTTTATTACAAAAGAAAAGGTCATTATAATTTGAAATAGATAATTAT
127 ACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * *
74945 TCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCTA-TAAACATATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTT
1 TCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTC-AGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTT
* * * * *
75009 ATT-ATTTATTGAAATATTTATAAATTTGTATTATTTTAATCCGAATAAACTTGTATGAATAGAA
64 ATTAATTT-TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCGAATAAACTTATATGAATAGAA
* * * *
75073 ACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTAAAATA-ACTAATTGC
127 ACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGA-TAATTGT
* * * * * *
75127 ACATATAGTCATAA-TGATTTGAACTTATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATATTTTACTTA
1 TCAAATAGTCATAACT-ATTTAAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * *
75191 TTAATTATCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCATT-TATGAATAGA
65 TTAATT-T-TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCG-AATAAAC-TTATATGAATAGA
* * * * * * * *
75253 AAAAATTCTTTTTTAACAAAAC-AAAAGATAATAGCGATTTCAATTAGATAATTGT
126 AACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * ** * *
75308 TAAAATAGTCATAATTATTTAAACACGTTCAATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTTA-TTA
1 TCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTA
* * * *
75372 TTAATTTTTGGATTATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTCCTAATAAGCTTATATGAACT-GAAA
65 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CGAATAAACTTATATGAA-TAGAAA
* *
75436 CAATTCTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTAT
128 CAATTCTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * * * * * * *
75489 TCAAATAATCGTGATTGTTTGATCTAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTGT
1 TCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * * * * * * *
75554 TAATTGTTGAAATATTAATCAATTAGTATTGTTTTAATCTGAATAAGCTTGTATAAATAAAAACA
66 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-GAATAAACTTATATGAATAGAAACA
* * ** * * *
75619 ATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATGATTGC
130 ATTCTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * *
75670 TCAAATAGTCTTAACTATTTAAACTAGTT-TGATAAATAGATTT-TTTTTTAAATC--TT--TGA
1 TCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * * *
75729 TTAATATTTGAAATATTAATAGAA-TAGTATTATTTTATTCCAATTAAACTTATATGAACAAAAA
65 TTAATTTTTGGAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTCGAA-TAAACTTATATGAATAGAAA
* * ** * * **
75793 CATTTGC-TTTATGAAAAAATTAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
128 CAATT-CTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * **
75846 TCAAATAGTCATAATTA-TTGAACTAT-TT-ACGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCACTTACTT
1 TCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-TGTTCA-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* * ** *
75908 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-T-TCTATTTTTATTCCAAATAAGGTAATATGAATTA
64 ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT-AGTAT-TA-TTTTATT-CGAATAAACTTATATGAA-TA
* * * * *
75971 AAAAAAACATATTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
124 GAAACAA-TTCTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * ** * ** * ** * *
76029 TCATATAGTCTTAAATATTTGAACTAATTC-G---ACAAATAAATTTTTTTAATTCGCTTAGTTG
1 TCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * * *
76090 TTAATTTTTGGAATATTATTAGATCAGTGTTATTTTATTTCGAA-AAAGCTTATATGAACA-AAA
65 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAA-CTTATATGAATAGAAA
* * * * * ** ** * ** *
76153 TAGTTGTTTTATGACAATACAAAAGGTTGTAAGGATTTGAAGTTTACAATTGT
128 CAATTCTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * *
76206 TTAAATAGTCATAACTATTTGAGA-TAGTTC-GATAAATAGGTTTATTTTTTAAATCTCTTAGTT
1 TCAAATAGTCATAACTATTT-AAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* * * **
76269 ATTAATTTTT-GAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGA-AT-TTTCA-A
64 ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CGAATAAACTT-ATATGAAT-AGA
* * * * * * **
76330 CTATAATTGTTATATGACAAAAAAAAAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
126 -AACAATTCTTTTATGAC--AAAACAAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
*** * * * ** * * **
76389 TGGCAT-GACCATAATTATTTGAACTAATTCGGTAAACAGATTTACTTTTTAAATCACTTACTTA
1 TCAAATAG-TCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
*** * * * *
76453 TTAATTTTCATAACATTAAT-AATT--TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTCTATGAACT-GAAA
65 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAACTTATATGAA-TAGAAA
* * * * ** *
76514 TAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCTTAATGATTTGAAATAGATAGTTGT
128 CAATTCTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * * ** * * * * * *
76567 TCATATAGTCTTAATTGCTTGAA-TTGCTT-TGATAAACATATTAATTTTTTAAATCTCTTAGTT
1 TCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTG-TTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* * * * *
76630 GTTAA-TTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAATTTATATGAACTA-CA
64 ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CGAATAAACTTATATGAA-TAGAA
* * * * * *
76693 ACAATTATTTTATGACAGAATAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGT
127 ACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
*
76747 TGAAATAG
1 TCAAATAG
76755 GAGCCAGTTT
Statistics
Matches: 1567, Mismatches: 332, Indels: 184
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 18 0.01
176 117 0.07
177 73 0.05
178 86 0.05
179 51 0.03
180 244 0.16
181 634 0.40
182 185 0.12
183 141 0.09
184 18 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
TAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAATAAACTTATATGAATAGAAACAA
TTCTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
Found at i:75303 original size:363 final size:358
Alignment explanation
Indices: 74584--76754 Score: 1314
Period size: 363 Copynumber: 6.0 Consensus size: 358
74574 TTATGACAAA
* * * * * *
74584 TCAAAAAGTCATAACTATTTGAA-TATGTTC-AGAAAATATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTT
1 TCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-TGTTCTA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA-TT
* * * * **
74646 ATTAATTTTTGGAATATTGATAAATTTA-AATTATTTTATTCGGAA-AAAGCTTGCATGAATAGA
63 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCGAATAAA-CTTATATGAATAGA
* * * * *** * *
74709 ACCAATTGTTTTATGATAAAATAAAAAGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTC
126 AACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * * * *
74774 AAAACT-ATTTAAACTTTTTCAGTAAATAGATTCT-TTTTTTCATTCTTTTACTCATTAATTTTT
191 ATAA-TGATTTGAAC-TATTCAGTAAACAAATT-TATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTT
* * * ** * *
74837 GGAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTAGTTCAAGCAAACTTATATGAACT-GAAACAATTATTT
253 -GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTATATGAA-TAGAAAAAATTATTT
* * * * *
74901 TATT-ACAAAAGAAAAGGTCATTATAATTTGAAATAGATAATTAT
316 T-TTAACAAAACAAAAGAT-AATATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * *
74945 TCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCTATAAACATATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTA
1 TCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCTATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTA-TTA
* * * *
75010 TT-ATTTATTGAAATATTTATAAATTTGTATTATTTTAATCCGAATAAACTTGTATGAATAGAAA
64 TTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTATATGAATAGAAA
* * ** *
75074 CAATTTTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTAAAATA-ACTAATTGCACATATAGTCA
128 CAATTTTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCA
75138 TAATGATTTGAACTTATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTATCTT-
192 TAATGATTTGAAC-TATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATT-T-TTG
* *
75202 AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCATT-TATGAATAGAAAAAATTCTTTTT
254 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGC-TTATATGAATAGAAAAAATTATTTTT
* * *
75266 TAACAAAACAAAAGATAATAGCGATTTCAATTAGATAATTGT
318 TAACAAAACAAAAGATAATA-TGATTTGAAATAGATAATTGT
* * ** * *
75308 TAAAATAGTCATAATTATTTAAACACGTTCAATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTTATTAT
1 TCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCTATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTATTAT
* * * * *
75373 TAATTTTTGGATTATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTCCTAATAAGCTTATATGAACT-GAAAC
65 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTATATGAA-TAGAAAC
* * * * *
75437 AATTCTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCGTG
129 AATTTTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-
* * * * * * *
75502 ATTG-TTTGATCTAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTGTTAATTGTTGAAA
193 AATGATTTGAACTA-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTG-AA
* * * * * * *
75566 TATTAATCAATTAGTATTGTTTTAATCTG-AATAAGCTTGTATAAATA-AAAACAATTGTTTTAT
256 TATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAAATAAGCTTATATGAATAGAAAA-AATTATTTTTT
* * * *
75629 AACAAAACAAAA-AGTCATAATGATTTGAAATAAATGATTGC
319 AACAAAACAAAAGA-TAAT-ATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * *
75670 TCAAATAGTCTTAACTATTTAAACTAGTT-TGATAAATAGATTT-TTTTTTAAATC--TT-TGAT
1 TCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCT-ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTATTAT
* * *
75730 TAATATTTGAAATATTAATAGAA-TAGTATTATTTTATTCC-AATTAAACTTATATGAACAAAAA
65 TAATTTTTGAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTCCGAA-TAAACTTATATGAATAGAAA
* * ** * * **
75793 C-ATTTGCTTTATGAAAAAATTAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
128 CAATTT-TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * *
75857 TAATTA-TTGAACTATTTACGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCA-CTTACTTATTAATTTTTGA
192 TAATGATTTGAACTATTCA-GTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-ATTTTACTTATTAATTTTTG-
** * * * *
75920 AATATTAATAAATTCA-T-TCTATTTTTATTCCAAATAAGGTAATATGAATTAAAAAAAACATAT
254 AATATTAATAAATT-AGTAT-TA-TTTTATTTGAAATAAGCTTATATGAA-TAGAAAAAA-TTAT
* * * *
75983 TTTATGACAAAATAAAAAGTCATAACA--ATTTGAAATAGATAATTGT
314 TTTTTAACAAAA-CAAAAG--ATAATATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * ** * * * * * ** *
76029 TCATATAGTCTTAAATATTTGAACTAATTCGACAAATA-A-AT-TTTTTTAATTCGCTTAGTTGT
1 TCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCTATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA-TTAT
* * * * * * * *
76091 TAATTTTTGGAATATTATTAGATCAGTGTTATTTTATTTCGAA-AAAGCTTATATGAACA-AAAT
65 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAA-CTTATATGAATAGAAAC
* * * * ** ** * ** * *
76154 AGTTGTTTTATGACAATACAAAAGGTTGTAAGGATTTGAAGTTTACAATTGTTTAAATAGTCATA
129 AATTTTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* ** * * *
76219 ACT-ATTTGAGA-TAGTTC-GATAAATAGGTTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGA
194 A-TGATTTGA-ACTA-TTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGA
* ** * * * *** *
76281 AAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGAATTTTCAACTA-TAATTGTTATAT
255 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTT--A-TATGAA-TAGAAAAAATTATTT
*** * * *
76345 GACAAAAAAAAAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
316 TTTAACAAAACAAAAGATAAT-ATGATTTGAAATAGATAATTGT
*** * * * ** ** * **
76389 TGGCAT-GACCATAATTATTTGAACTAATTCGGTAAACAGATTTACTTTTTAAATCACTTACTTA
1 TCAAATAG-TCATAACTATTTAAACTTGTTCTATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA-TTA
* * ** * *
76453 TTAA-TTTTCATAACATTAAT-AATT--TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTCTATGAACT-GAA
64 TTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTATATGAA-TAGAA
* * * * ** * * *
76513 ATAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCTTAATGATTTGAAATAGATAGTTGTTCATATAGTCT
127 ACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * * * *
76578 TAATTG-CTTGAATTGCT-TTGA-TAAACATATTAATTTTTTAAATCTCTTAGTTGTTAATTTTG
192 TAA-TGATTTGAA---CTATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTT
* ** * *
76640 GAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTATG-AATAAATTTATATGAACTA-CAACAATTATTT
253 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTATATGAA-TAGAAAAAATTATTT
* * * * * * *
76703 TATGACAGAATAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGT
316 TTTAACAAAACAAAAGATAAT-ATGATTTGAAATAGATAATTGT
*
76747 TGAAATAG
1 TCAAATAG
76755 GAGCCAGTTT
Statistics
Matches: 1436, Mismatches: 287, Indels: 176
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
355 4 0.00
356 67 0.05
357 131 0.09
358 64 0.04
359 93 0.06
360 161 0.11
361 287 0.20
362 308 0.21
363 312 0.22
364 7 0.00
365 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (358 bp):
TCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCTATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTATTATT
AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTATATGAATAGAAACAA
TTTTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
GATTTGAACTATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGAATATTA
ATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTATATGAATAGAAAAAATTATTTTTTAACAAAA
CAAAAGATAATATGATTTGAAATAGATAATTGT
Found at i:77762 original size:182 final size:178
Alignment explanation
Indices: 77298--78411 Score: 813
Period size: 181 Copynumber: 6.3 Consensus size: 178
77288 TTTGAACTAG
* * * * *** * * *
77298 TTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAAATATCAATCTCAAATTGCTATGATTTTTGTTTTGTCAT
1 TTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTT-TTTTATCAT
* * * * * *** *
77363 AAAAAAATTGTTTCTG-ATCATATATGCTTATT-TGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATT
65 AAAACAATTATTTCAGTA-CATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * ** *
77426 TCAAAAATTAGT---AAGAGATTTAAAAAATAAATGT-GTTTGCTGAATTAG
128 TCAAAAATTAATAACAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAATTTACTAAACCAA
* ** * * * * * *
77474 TTCAAATGGTTAAAACTATTAGTA-TATTATCTATTTCAAATCATTCTAAGATTTTGTTTTATCA
1 TTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAA-CTTTT-TTTTATCA
* * * * * *
77538 TAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TT
64 TAAAACAATTATTTCAGTACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
77602 CAAAAAATTAATAAACAAGAGATTTGAAAAAATAAA-TATATTTACTAAA-CAA
129 C-AAAAATTAAT-AACAAGAGATTT-AAAAAATAAATTA-ATTTACTAAACCAA
* *** * * *
77654 GTACAAATAGTTATGGTTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTGTGAATTTTTGTTTTATC
1 -TTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACTTTT-TTTTATC
* * * * *
77719 ATAAAACAATTCTTTCAGTACATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATT
63 ATAAAACAATTATTTCAGTACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
** *
77784 TCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTAATTTACCGAATCAA
128 TCAAAAATTAATAA-CAAGAGATTTAAAAAATAAATTAATTTACTAAACCAA
* * * * * *
77836 TTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATATATTTCAAATCCATTATTACCTTTCATTTTGTC
1 TTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-CATTA-TAACTTT-TTTTTATC
* *** * *
77901 ATAAAACAATTGTTTCTCAACATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACT-ATTTACTAATATT
63 ATAAAACAATTATTTCAGTACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * *
77965 TCAAGAATTAGT---AAGAGATTT--AAAA-AAATCT-GTTTACCAAACCAA
128 TCAAAAATTAATAACAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAATTTACTAAACCAA
* * * ** * *
78010 TTTAAATAGTTATGACAATTTGCACAATTATCTATTTTAAATTGTTATAACCTTTTTTCTGTCAT
1 TTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAA-CTTTTTTTTATCAT
* ** * * * *
78075 AAATCAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTC
65 AAAACAATTATTTCAGTACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * *
78139 TAAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCATTTCCTAAACCAA
130 -AAAAATTAATAAC-AAGAGATTTAAAAAATAAATTAATTTACTAAACCAA
* * * *
78190 TTCAAATAGTTAAGACAATATGAACAATTATCTATTTTAAAT-AGTTATGACCTTTTTTTTTATC
1 TTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTAT-AAC-TTTTTTTTATC
* *** * * *
78254 ATAAAACAATTATTTCAGCT-CATACAAGTTTATTTGGAATAAAACAAAACTAATTTGTTAATAT
63 ATAAAACAATTATTTCAG-TACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * * *
78318 TTC-AAAATT--TTATAAGAGATTT-AAAAATAATTTTATTTACTGAACTAG
127 TTCAAAAATTAATAACAAGAGATTTAAAAAATAAATTAATTTACTAAACCAA
* * * * *
78366 TTCAAATAATTATAACTATTTGAA-AAATATATATTTCAAATCATTA
1 TTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
78412 AAAGTCATAA
Statistics
Matches: 755, Mismatches: 144, Indels: 79
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
172 53 0.07
173 24 0.03
174 51 0.07
175 41 0.05
176 126 0.17
177 30 0.04
178 2 0.00
179 6 0.01
180 74 0.10
181 171 0.23
182 171 0.23
183 6 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (178 bp):
TTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTTTTATCATA
AAACAATTATTTCAGTACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
AAAATTAATAACAAGAGATTTAAAAAATAAATTAATTTACTAAACCAA
Found at i:78797 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 78426--79761 Score: 833
Period size: 181 Copynumber: 7.5 Consensus size: 179
78416 TCATAATGAT
* * * * *
78426 TAGTCATAAGTATTTGAACTTATGT-AGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTTGT-TCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * * *
78490 TGTCT-GAATGA-TAATAAATTTGTATTAGTTTAATTGAAATAAGCTTGTAGGAATAGAAAAAAT
65 T-TTTAGAAT-ATTAATAAATTAG-ATTTGTTT-ATTGCAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* * ** * *
78553 TATTTTATGACAAAACAAAAGGTGATGGCAATTTAAAATATG-TAATTGTTCAAA
126 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA-GATAATTGTTCAAA
* * **
78607 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTCAGTTTTTAAATCTCTTGTTTATTAATT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * *
78672 TTTGGAATATTAATAAATTAGATTTGTGTTATTGCAATAAGCTTGTATAAACATAAACAATTGTT
66 TTTAGAATATTAATAAATTAGATTTGT-TTATTGCAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
* * * **
78737 TTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAGC
130 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * * *
78787 CAGTCATAACTATTTGCAC-TGGTCAGGTCAACAAATTCATTTTTTAAATCTATTACTTGTTAAT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * ** * * *
78851 TTTTAGAACATTAATAAATTAACATTACTTTATT-CTAAATAAGAC-TATATCAATAGAAATAAT
65 TTTTAGAATATTAATAAATT-AGATTTGTTTATTGC--AATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAAT
* * * * * *
78914 TGTTTTAAGACAAAACAAATGGTCATAACGATATGAAATAAATAATTATTTAAA
126 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * *
78968 TTGTTATAACTAATTG-AGTTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAAT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * * * * * *
79028 TTTCAAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTTTG-AATAAACATATATGAAGAAAAACATT
65 TTTTAGAATATTAATAAATTAGAT-TT-GTTTA--TTGCAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* * * * *
79091 TGTTTTACGACAAAACAAAAAGGACATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCATA
126 TGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * *** * *
79146 TAGCCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCAACAAACAAATTTATTTTTCAAATCTCTTAATTATTAAT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * * * * * *
79210 TTTAATAATATTATTAGATTAGTATTAT-TTTATTTCGAAGAAGCTTGTATGAATATAAATAAGT
65 TTTTAGAATATTAATAAATTAG-ATT-TGTTTATTGC-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT
* * * * * * *
79274 GTTTTATGACAAAGCAAATGGTTATAATGACTTGAAATATATAATTGTTAAAA
127 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * ** * * *
79327 TAGTCATAATTATTT-AAATTGGTTCAATAAAC--A--GA------CAATCTCCTACTTATTAAT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * *
79381 TTTT-GAAATATTAATAAGTTAGTAATAT-TTTATTATG-AATAGGCTTGTAT-AATGAAAAACA
65 TTTTAG-AATATTAATAAATTAG--ATTTGTTTA-T-TGCAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACA
* * *
79442 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCCAA
124 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
** * * * * * ** * *
79498 TAACCATAATTATTTAAAC-TGATTTGATAAACTAATTTATGTTTTT-AATCTCCAACTTCTCAA
1 TAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * *
79561 TTTTT-GAAATATTAATAAAGTA-ATATTATTTTATTTTG-GATAAGCTTTTATGAA-ATGAAAC
64 TTTTTAG-AATATTAATAAATTAGAT-TT-GTTTA--TTGCAATAAGCTTGTATGAATA-GAAAC
* * * * *
79622 AATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACAACTTTAAAAT-GATAATTATTCAAA
123 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * *
79679 TAGTTATAACTATTTGAACTTCTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAAT-TCCTTGCTTATTAA
1 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCT-CTTACTTATTAA
* *
79743 TTTTTTGAATGTTAATAAA
64 TTTTTAGAATATTAATAAA
79762 ATAGTATTCT
Statistics
Matches: 898, Mismatches: 197, Indels: 119
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
170 4 0.00
171 120 0.13
172 5 0.01
173 2 0.00
175 3 0.00
176 3 0.00
177 63 0.07
178 70 0.08
179 12 0.01
180 161 0.18
181 349 0.39
182 101 0.11
183 2 0.00
184 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
TTTAGAATATTAATAAATTAGATTTGTTTATTGCAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
Found at i:79003 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 78816--79141 Score: 413
Period size: 177 Copynumber: 1.8 Consensus size: 178
78806 TGGTCAGGTC
* * *
78816 AACAAATTCATTTTTTAAATCTATTACTTGTTAATTTTTAGAACATTAATAAATTAACATTACTT
1 AACAAATTCATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTCAAAACATTAATAAATTAACATTACTT
* * * * * *
78881 TATTCTAAATAAGAC-TATATCAATAGAAATAATTGTTTTAAGACAAAAC-AAATGGTCATAACG
62 TATTCTAAATAA-ACATATATCAAGAAAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAAGGACATAACA
78944 ATATGAAATAAATAATTATTTAAATTGTTATAACTAATTGAGTTGGTTTGGTA
126 ATATGAAATAAATAATTATTTAAATTGTTATAACTAATTGAGTTGGTTTGGTA
* * * *
78997 AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
1 AACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAACATTAATAAATTAACATTACTTTATT
* * * * * *
79062 TTGAATAAACATATATGAAGAAAAACATTTGTTTTACGACAAAACAAAAAGGACATAACAATTTG
66 CTAAATAAACATATATCAAGAAAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAAGGACATAACAATATG
*
79127 AAATAGATAATTATT
131 AAATAAATAATTATT
79142 CATATAGCCT
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 20, Indels: 7
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
176 2 0.02
177 71 0.58
178 30 0.24
181 20 0.16
ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
AACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAACATTAATAAATTAACATTACTTTATT
CTAAATAAACATATATCAAGAAAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAAGGACATAACAATATG
AAATAAATAATTATTTAAATTGTTATAACTAATTGAGTTGGTTTGGTA
Found at i:79491 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 79192--79515 Score: 388
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171
79182 TTATTTTTCA
* * *
79192 AATCTCTTAATTATTAATTTTAATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCGAAGAAGCTTG
1 AATCTCCTAATTATTAATTTTAATAATATTATAAGATTAGTAATATTTTATTTCGAAGAAGCTTG
* * * * * * *
79257 TATGAATATAAATAAGTGTTTTATGACAAAGCAAATGGTTATAATGACTTGAAATATATAATTGT
66 TATGAATAAAAACAAGTGTTTTATGACAAAACAAATAGTTAAAACGACTTGAAATAGATAATTGT
**
79322 TAAAATAGTCATAATTATTTAAATTGGTTCAATAAACAGAC
131 TAAAATAACCATAATTATTTAAATTGGTTCAATAAACAGAC
* * * *
79363 AATCTCCTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAG-TTAGTAATATTTTATTAT-GAATAGGC
1 AATCTCCTAATTATTAA-TTTTAATAATATT-ATAAGATTAGTAATATTTTATT-TCGAAGAAGC
* *
79425 TTGTAT-AATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGTTCAAAACGATTTGAAATAGATA
63 TTGTATGAAT-AAAAACAAGTGTTTTATGACAAAACAAATAGTT-AAAACGACTTGAAATAGATA
**
79488 ATTGTTCCAATAACCATAATTATTTAAA
126 ATTGTTAAAATAACCATAATTATTTAAA
79516 CTGATTTGAT
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 20, Indels: 10
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 6 0.05
171 112 0.88
172 10 0.08
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
AATCTCCTAATTATTAATTTTAATAATATTATAAGATTAGTAATATTTTATTTCGAAGAAGCTTG
TATGAATAAAAACAAGTGTTTTATGACAAAACAAATAGTTAAAACGACTTGAAATAGATAATTGT
TAAAATAACCATAATTATTTAAATTGGTTCAATAAACAGAC
Found at i:79682 original size:352 final size:353
Alignment explanation
Indices: 79019--79693 Score: 763
Period size: 352 Copynumber: 1.9 Consensus size: 353
79009 TTTTAAATCT
* *
79019 CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACATATATGAAGAA
1 CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATAATATTTTATTATGAATAAACATATATGAAGAA
* * *
79084 AAACATTTGTTTTACGACAAAACAAAAAGGACATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCATATAG
66 AAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAAGGACAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCATATAA
* * * * * *
79149 CCTTAACTATTTGAATTGGTTCAACAAACAAATTTATTTTTCAAATCTCTTAATTATTAATTTTA
131 CCATAACTATTTAAACTGATTCAACAAACAAATTTATTTTTCAAATCTCTCAATTATCAATTTTA
* * * * *
79214 ATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCGAAGAAGCTTGTATGAATATAAATAAGTGTTTT
196 ATAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCGAAGAAGCTTGTATGAATATAAACAAGTGTTTT
* * ** * *
79279 ATGACAAAGCAAATGGTTATAATGACTTGAAATATATAATTGTTAAAATAGTCATAATTATTTAA
261 ATGACAAAACAAAAGGTTATAACAACTTGAAATATATAATTATTAAAATAGTCATAACTATTTAA
79344 ATTGGTTCAATAAACAGACAATCTCCTA
326 ATTGGTTCAATAAACAGACAATCTCCTA
** * * ** * *
79372 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAGTTAGTAATATTTTATTATGAATAGGCTTGTAT-AATGA
1 CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATAATATTTTATTATGAATAAACATATATGAA-GA
* ** * *
79436 AAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCCA-AT
65 AAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAAGGACAAAACAATTTGAAATAGATAATTATT-CATAT
* ** * * * *
79499 AACCATAATTATTTAAACTGATTTGATAAACTAATTTATGTTTT-TAATCTC-CAACTTCTCAAT
129 AACCATAACTATTTAAACTGATTCAACAAACAAATTTAT-TTTTCAAATCTCTCAA-TTATCAA-
* * * * * *
79562 TTTTGA-AATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAA-ATGAAACAAT
191 TTTTAATAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCGAAGAAGCTTGTATGAATAT-AAACAAG
* * * *
79625 TGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACAACTTTAAA-ATGATAATTATTCAAATAGTTATAAC
255 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAACTTGAAATAT-ATAATTATTAAAATAGTCATAAC
79689 TATTT
319 TATTT
79694 GAACTTCTTT
Statistics
Matches: 263, Mismatches: 52, Indels: 15
0.80 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
351 6 0.02
352 173 0.66
353 84 0.32
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (353 bp):
CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATAATATTTTATTATGAATAAACATATATGAAGAA
AAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAAGGACAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCATATAA
CCATAACTATTTAAACTGATTCAACAAACAAATTTATTTTTCAAATCTCTCAATTATCAATTTTA
ATAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCGAAGAAGCTTGTATGAATATAAACAAGTGTTTT
ATGACAAAACAAAAGGTTATAACAACTTGAAATATATAATTATTAAAATAGTCATAACTATTTAA
ATTGGTTCAATAAACAGACAATCTCCTA
Found at i:80687 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 79823--80933 Score: 943
Period size: 180 Copynumber: 6.2 Consensus size: 179
79813 ATGACTAAAC
* * * * * * * *
79823 AACTATTTGAACTAATTCGGCAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTAAAA
1 AACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAA
* ** * * * *
79888 TATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTTTGAATCAG-TATGTATAGACA-A-AAACAATTGTTTTA
66 TATTAATAAATTA-TATTATTTTA-TTCGAATAAGCT-TGTAT-GA-ATAGAAACAATTGTTTTA
* *** * * *
79950 TGACAAAAC-AAAGATAATACCAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
126 TGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
* ** *** * *
80003 AACTATTTGAAATGGTTCAATAAACAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTAAAA
1 AACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAA
* **
80064 TATTAATAAATTAATACTATTTTATTCTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
66 TATTAATAAATT-ATATTATTTTATTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * *
80129 TAAAACCAAATATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTTAT
129 CAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * *
80180 AACTATTTGAACTCACTTGGCAAACATATTTATTTTTTTAATCTTTTACTTACTAATTTTT-AGA
1 AACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-A
* * * * * *
80244 AT-TTGAACAAATTATATTATTTTATTTAGAATAAGTTTTTATGAATAGAAGCAATTGGTTTATG
65 ATATT-AATAAATTATATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * **
80308 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCGAATAACCAT
128 ACAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * *
80360 AATTATTTGAA-TGTATTTAGAAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATCTTTGGA
1 AACTATTTGAACT-TATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA
* * *
80423 ATATTAGTAAATTTACATTATTTTATTCGAAGTAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
65 ATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTCGAA-TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * *
80488 GCAAAACAAAAAATCATAATAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
128 ACAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * *
80540 AACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGAAA
1 AACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * * * * **
80605 TAGTAATAAGTTAGTATTATTTTGTTTCGAATAAGCCTATATGAATTGATACAATCATTTTATGA
66 TATTAATAAATTA-TATTATTTT-ATTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* ** * * *
80670 TAACTCAAAAGATCATAAATGATTTAAAATAAATAATTATTTAAATAGTTAT
129 CAAAACAAAAGATCAT-AATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * * * **
80722 TATTAATTGAACTTGTTCGCTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAA
1 AACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * *
80787 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAG-TTAGTATAAAGAAAAATAATTGTTTTATG
66 TATTAATAAATT-ATATTATTTT-ATTCGAATAAGCTT-GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* ** * * *
80851 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAACAGTCAT
128 ACAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * *
80903 ATCGATTTGAAATTATTCGGTAAACAGATTT
1 AACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTT
80934 GAAATAAACT
Statistics
Matches: 741, Mismatches: 165, Indels: 49
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
174 1 0.00
175 5 0.01
176 65 0.09
177 69 0.09
179 29 0.04
180 278 0.38
181 148 0.20
182 145 0.20
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAA
TATTAATAAATTATATTATTTTATTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
AAACAAAAGATCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
Found at i:81359 original size:481 final size:482
Alignment explanation
Indices: 80455--81372 Score: 1168
Period size: 481 Copynumber: 1.9 Consensus size: 482
80445 TTATTCGAAG
* * *
80455 TAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAAATCATAATAATTTAAAATAG
1 TAAACTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACAATTTAAAATAG
* *
80520 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTC
66 ATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATATC
* * * * *
80585 TTACTCATTAATTTTTGAAATAGTAATAAGTTAGTATTATTTTGTTTCGAATAAGCCTATATGAA
131 TTACTAATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCGAATAAGCCTATATGAA
** * * ** *
80650 TTGATACAATCATTTTATGATAACTCAAAAGATCATAAATGATTTAAAATAAATAATTATTTAAA
196 CAGAAACAATCATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAA
* * * * * * ** * **
80715 TAGTTATTATTAATTGAACTTGTTCGCTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
261 CAGTCATAATTAATTGAACTGGTTAGCT-AACAGATACATTTTCTAAATCCGTTACTTATTAATT
* * * *
80780 GTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAGTTAGTATAAAGAAAAATAATTGT
325 GTCAAAATATTAATAAATTAACATTACTTTAATTCAAATAAGTTAGTATAAACAAAAACAATTGT
80845 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAACAGTCATATCGATT
390 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAACAGTCATATCGATT
80910 TGAAATTATTCGGTAAACAGATTTGAAA
455 TGAAATTATTCGGTAAACAGATTTGAAA
* * * * * *
80938 TAAACTTGTATGAATA-AAAAAATTTGTTTTATGACAATACAAGAAGTTATAGCAATTTGAAATA
1 TAAACTTGTATGAATAGAAAAAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACAATTTAAAATA
* * * *
81002 GTTAATTGTTTAAATAGCCATAACTATTTGTACTTGTTCT-GTAAATAGATTCA-TTTTTAAATA
65 GATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTATT-TGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATA
* * * *
81065 TCTTACTAATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCGAATAAGCTTGTATG
129 TCTTACTAATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCGAATAAGCCTATATG
* * * *
81130 AACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AATGATTTTAAATAAATAATTGTTCA
194 AACAGAAACAATCATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAATGATTTAAAATAAATAATTATTCA
** ** *
81194 AACAGTCATAATTGTTTGTTCTGGTTAAGCCT-ACAGGTACATTTTCTAAATCCGTTACTTATTA
259 AACAGTCATAATTAATTGAACTGGTT-AG-CTAACAGATACATTTTCTAAATCCGTTACTTATTA
* *
81258 ATT-TTAAGAATATTAATAAATTAACATTACTTT-ATTCTGAATAAGATT-GTATAAACAAAAAC
322 ATTGTCAA-AATATTAATAAATTAACATTACTTTAATTC-AAATAAG-TTAGTATAAACAAAAAC
* * *
81320 AATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTT
384 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTT
81373 CAAATAGTTA
Statistics
Matches: 368, Mismatches: 60, Indels: 16
0.83 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
480 7 0.02
481 160 0.43
482 103 0.28
483 97 0.26
484 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (482 bp):
TAAACTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACAATTTAAAATAG
ATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATATC
TTACTAATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCGAATAAGCCTATATGAA
CAGAAACAATCATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAA
CAGTCATAATTAATTGAACTGGTTAGCTAACAGATACATTTTCTAAATCCGTTACTTATTAATTG
TCAAAATATTAATAAATTAACATTACTTTAATTCAAATAAGTTAGTATAAACAAAAACAATTGTT
TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAACAGTCATATCGATTT
GAAATTATTCGGTAAACAGATTTGAAA
Found at i:81568 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 81545--81580 Score: 56
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 19
81535 TTTGAAATAG
81545 ATAATTAT-TCAAATAGTC
1 ATAATTATGTCAAATAGTC
*
81563 ATAATTATGTGAAATAGT
1 ATAATTATGTCAAATAGT
81581 TTTACAAACA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
18 8 0.50
19 8 0.50
ACGTcount: A:0.44, C:0.06, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (19 bp):
ATAATTATGTCAAATAGTC
Found at i:81579 original size:19 final size:17
Alignment explanation
Indices: 81536--81580 Score: 56
Period size: 16 Copynumber: 2.6 Consensus size: 17
81526 TAATAACGAT
81536 TTGAAATAG-ATAATTA
1 TTGAAATAGTATAATTA
*
81552 TTCAAATAGTCATAATTA
1 TTGAAATAGT-ATAATTA
81570 TGTGAAATAGT
1 T-TGAAATAGT
81581 TTTACAAACA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 3
0.83 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
16 8 0.33
18 8 0.33
19 8 0.33
ACGTcount: A:0.44, C:0.04, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (17 bp):
TTGAAATAGTATAATTA
Found at i:81592 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 80936--81592 Score: 599
Period size: 181 Copynumber: 3.6 Consensus size: 177
80926 ACAGATTTGA
* * * * *
80936 AATAAACTTGTATGAATAAAAAAATTTGTTTTATGACAATACAAGAA-GTTATAGCAATTTGAAA
1 AATAAACTTGTATGAA-CAAAAAATTTGTTTTATGACAAAACAA-AAGGTCATAACGATTTGAAA
** * * * * * * ** *
81000 TAGTTAATTGTTTAAATAGCCATAACTATTTGTACTTGTTCTGTAAATAGATTCA-TTTTTAAAT
64 TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTTTACAAACAGATTCATTTTTTAAAT
* * *
81064 ATCTTACTAATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCG
129 CTCTTACT-ATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTA-AATTATTTTATTTCG
* * * *
81116 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAA-TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAA
1 AATAAACTTGTATGAACA-AAA-AATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * ** * * ** * * *
81180 TAAATAATTGTTCAAACAGTCATAATTGTTTGTTCT-GGTTAAGCCTACAGGTACATTTTCTAAA
64 TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTTTA-CAAACAGATTCATTTTTTAAA
* *
81244 TC-CGTTACTTATTAATTTTAAGAATATTAATAAATTAACATTACTTTA-TTCTG
128 TCTC-TTAC-TATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAA-ATTATTTTATTTC-G
* * * *
81297 AATAAGA-TTGTATAAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAACGATTTGAAA
1 AATAA-ACTTGTATGAACAAAAA-ATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * *** *
81361 TAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT
64 TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTTTACAAACAGATTCATTTTTTAAAT
81426 CTCTTACGTATTAATGTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCG
129 CTCTTAC-TATTAAT-TTTGAAATATTAATAAATTAA-ATTATTTTATTTCG
* * * *
81478 AATAAACTTATATGAACAAAGAAATTTGTTTTAAGATAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAAT
1 AATAAACTTGTATGAACAAA-AAATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * *
81543 AGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATGTGAAATAGTTTTACAAACAGA
65 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTTTACAAACAGA
81593 ATTGTTATGA
Statistics
Matches: 381, Mismatches: 77, Indels: 37
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
179 6 0.02
180 95 0.25
181 266 0.70
182 14 0.04
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (177 bp):
AATAAACTTGTATGAACAAAAAATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
AATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTTTACAAACAGATTCATTTTTTAAATCT
CTTACTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAAATTATTTTATTTCG
Found at i:81977 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 81606--83763 Score: 1103
Period size: 181 Copynumber: 12.2 Consensus size: 179
81596 GTTATGATTT
* *
81606 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAGAAGCTTA-TTCAGATTAAAATAATATTAA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAGAAGCTTATTTGA-AATAAAATAAT-TTAA
* * * * *
81670 TTTATTAATATTTCAACAATAAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGCTTACCGAACAAAT
64 TTTATTAATATTCCAA-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGT
* * * * * *
81735 TCAAATAGTCATTACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACC-
128 TCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCA
* * * * * * *
81786 TTCAGTTTTGTAATAAAACAAATATTTCAATTAATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATTCTAA
1 TT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAGAAGCTTATTTGAAATAAAATAATT-TAA
* * * * * * * *
81851 TTTATTAATATACCGAAATTTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAAATGAATCTATTTACTGAACAAG
64 TTTATTAATATTCC-AAAATTAATAAGTAAAAG-ATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAG
* * * *
81916 TTTAAATAGTTATGACTATCTAAATAATTATCTATTTCAAAACGTTATGACCA
127 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCA
** * * *
81969 -TTGTTTTGTCATCGAATAATTGGTTCTATTCAT-GCAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATAATA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAG-AAGCTTA-TTTGAAATAAAATAAT--TT
* * * * * * ** *
82031 AATGTATTAAAACTCGAAAAATTAATAAGTCAAA-ATTAAAAAAATAAATATGTTTTTTGAACAC
62 AATTTATTAATATTC-CAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAA
* *
82095 GTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACAA
126 GTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCA
* * * **
82149 TTTGTTTTG-CTATAAACCAATTGCTTCTATTTATAGAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAA
1 TTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTCTATTCATAGAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT-TTAA
* * * *
82213 TTTATTAATATTTCCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAATAATAAATCTATTTACTGAGCAAGT
64 TTTATTAATA-TTCCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGT
* * *
82278 TCAAATAGTTATGACTTTTTAAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGA-TA
128 TCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCA
* * ** * * *
82329 TTTTGTTTTGTTATAAAACATTTGTTTCTATTCATACTAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAA
1 -TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAGAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT-TTAA
* * * * * *
82394 TTTATTATTATTCTAAAATTTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGT
64 TTTATTAATATTCCAAAA-TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGT
* * * * * * * * *
82459 TCAAATAATCATGTCCATTTCAACTATTATTTATTTCAAATCATTATGA-TA
128 TCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCA
* * * * ** * **
82510 TTTTATTTTGCCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAAATTA-TTCAGAATAAAATAATACCA
1 -TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAGAAGCTTATTTGA-AATAAAATAAT-TTA
* * * * **
82574 ATTTATTACTATTTCAAAAATTAATAAG-----GATTT-AAAAATAAATGTGTTT-TTAGAATTA
63 ATTTATTAATA-TTCCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-GAACAA
* * * * * *
82632 GTTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAACAATTATCTATTCCAAATTGTTTTGATCT
126 GTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCA
* * * * * * * ** * *
82686 TTTGTTTAGTCAAAAAATAATTATTT-TAGTTCTTACATGCTTATTCAAAATATAATAATACTAA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAGAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT-TTAA
* * *
82750 TTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTATAAA-A--TAAAAAA-AAACTA--TTTACTGAATAA
64 TTTATTAATATTC-CAAAATTAATAAGTA-AAAGATTTAAAAAATAAA-TATGTTTACTGAACAA
*** * * * *
82809 GTTCAAATAGTTATTTTTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCGTTATGACCTT
126 GTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-A
* * * * * * * * * * *
82864 TTTATTTTATCATAAAATAACTATTACT-TT-AT-TAA---TATTT-CAA-AAATTGA--TAAGT
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAGAAGCTTATTTGAAATAAAATAATTTAATT
* ** * ** * * ** * *
82919 TA-GAGAT-TT--AAAA--AATAA--ATCAG-CTTATCAAATTAGT-TCGAATAATTATAGCAA-
66 TATTA-ATATTCCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTACTGA-A-CAAG
* * *
82973 TT-AGAACAATTAT--CTATTTCAAATC-ATTA--TG-----AA-C----T-----
127 TTCA-AATAGTTATGACTATTT-AAA-CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCA
* * * * * **
83008 TTTGTTTTCTCATAAAACAAATT-TTTTTCA-CCATACAAGCCTATTT-AGAATAAAATAATACC
1 TTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCT-ATTCATAGAAGCTTATTTGA-AATAAAATAAT-TT
* * * * *
83070 AATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAGTTAATATGTTTACTGAACCA
62 AATTTATTAATA-TTCCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAA-CA
* * * * * * *
83135 A-TTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTTAAATTGTTATGACCC
125 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCA
* * * * * * * * * * *
83189 TTTGTTATCTCATAAAACAGTTATTT-TGTTCACACAAGTTTATTTGGAATAAAGTAATACTAAT
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAGAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT-TTAAT
* * * * * * * *
83253 ATAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAACTAGTT
65 TTATTAATATTC-CAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTT
* * * * * * * *
83318 CAAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCATTATGACCT
129 CAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCA
** * * * * **
83369 TTTGTTTTGTTGTAAAACAATT-TTTTTAGTT-TTCAGTAA-CTTA-TTCAGATTAAAATAAAAC
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCAT-AG-AAGCTTATTTGA-AATAAAAT-AATT
* * * * * *
83430 AAATTTATTAATATTTCAAAACTAAATAAGTAAGAGATTTTAAAAA-AATTATGTTTACCT-AAC
61 TAATTTATTAATATTCCAAAA-TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTGAAC
* * * * * * *
83493 CAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCT
124 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCA
* * * * * * * * *
83549 TTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTTTTTTCACATAAGTTTGTTTGAAATAAAATATTATTAAT
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAGAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT-TTAAT
** ** * *
83614 TTATTAATATTTTTAAAATTACGAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAA-
65 TTATTAATA-TTCCAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAA-CAAG
* * * * *
83677 TTCAATTAGTTATAAC-ATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACGA
127 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCA
*
83729 TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA
83764 CAGTATTATT
Statistics
Matches: 1509, Mismatches: 348, Indels: 242
0.72 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
144 18 0.01
145 3 0.00
146 2 0.00
147 2 0.00
150 6 0.00
151 2 0.00
152 5 0.00
154 1 0.00
155 9 0.01
156 1 0.00
157 2 0.00
158 1 0.00
159 5 0.00
160 7 0.00
161 16 0.01
162 11 0.01
163 32 0.02
164 23 0.02
165 7 0.00
166 4 0.00
167 7 0.00
170 4 0.00
171 4 0.00
172 4 0.00
174 8 0.01
175 121 0.08
176 9 0.01
177 49 0.03
178 28 0.02
179 18 0.01
180 440 0.29
181 543 0.36
182 116 0.08
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAGAAGCTTATTTGAAATAAAATAATTTAATT
TATTAATATTCCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCA
AATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCA
Found at i:82532 original size:543 final size:534
Alignment explanation
Indices: 81592--82860 Score: 1310
Period size: 543 Copynumber: 2.4 Consensus size: 534
81582 TTACAAACAG
* * * * *
81592 AATTGTTATGATTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAGAAGCTTATTCAGATT
1 AATTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTCTATTTATAGAAGCTTATTCAAAAT
* * *
81657 AAAATAATATTAATTTATTAATATTT-CAACAATAAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
65 AAAATAATATTAATTTATTAATATTTCCAA-AATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTA
* * * * * * * * * *
81721 CTTACCGAACAAATTCAAATAGTCATTACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACC
128 TTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTA-TACTTTTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACA
*
81786 TTCAGTTTTGTAATAAAACAAATATTTCAATTAATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATTCTAA
192 TTCAGTTTTGTAATAAAACAAATATTTCAATTAATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * * *
81851 TTTATTAATATACCGAAATTTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAAATGAATCTATTTACTGAACAAG
257 TTTATTAATATACCAAAATTTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAG
* * * * * * *
81916 TTTAAATAGTTATGACTATCTAAATAATTATCTATTTCAAAACGTTATGACCATTGTTTTGTCAT
322 TTCAAATAATCATGACCATCTAAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCATTATTTTGCCAT
** * ** ** *
81981 CGAATAATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATAATAAATGTATTA-AAACT
387 AAAATAATTGGTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAAT-ACAAATGTATTACAAACT
* *
82045 CGAAAAATTAATAAGTCAAAATTAAAAAAATAAATATGTTTTTTGAA-CACGTTCAAATAGTTAT
451 C-AAAAATTAATAAG----AATT-AAAAAATAAATATGTTTTTAGAATCA-GTTCAAATAGTTAA
*
82109 GACTATTTA-AACAATTATCTATTTCA
509 GACTA-TTAGAACAATTATCTATTCCA
* * *
82135 AATTGTTATGACAATTTGTTTTG-CTATAAACCAATTGCTTCTATTTATAGAAGCTTATTCAAAA
1 AATTGTTATGAC-TTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGATTCTATTTATAGAAGCTTATTCAAAA
82199 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAATAATAAATCTA
64 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA-AATAAATCTA
* * *
82264 TTTACTGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTTTTTAAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGATA
128 TTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAT-ACTTTTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACA
** * ** * * * * *
82329 TTTTGTTTTGTTATAAAACATTTGTTTCTATTCATACT-AGTTTATTTGGAATAAAATAATACTA
192 TTCAGTTTTGTAATAAAACAAATATTTCAATTAATA-TAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
* * * * * * *
82393 ATTTATTATTATTCTAAAATTTAATAAGTTAGAG-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAA
256 ATTTATTAATATACCAAAATTTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAA
* * * * * *
82457 GTTCAAATAATCATGTCCATTTCAACT-ATTATTTATTTCAAATCATTATGA-TATTTTATTTTG
321 GTTCAAATAATCATGACCATCT-AAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCA--TTATTTTG
* * * *
82520 CCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATACCAATTTATTACTA
383 CCATAAAATAATTGGTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATACAAATGTATTACAA
** * * * *
82585 TTTCAAAAATTAATAAGGATTTAAAAATAAATGTGTTTTTAGAATTAGTTCAAATAGTTAAGACT
448 ACTCAAAAATTAATAAGAATTAAAAAATAAATATGTTTTTAGAATCAGTTCAAATAGTTAAGACT
82650 ATTAGAACAATTATCTATTCCA
513 ATTAGAACAATTATCTATTCCA
* * * * * * *
82672 AATTGTTTTGATCTTTTGTTTAGTCAAAAAATAATT-ATTTTAGTTCT-TACATGCTTATTCAAA
1 AATTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTCTA-TT-TATAGAAGCTTATTCAAA
* * * * *
82735 ATATAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGTATAAA-A--TAAAAA-AAAAC
63 ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-CAAAATTAATAAGTA-AAAGATTTAAAAATAAATC
* ** * *
82795 TATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATTTTTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCGTTATGA
126 TATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATACTT-TTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGA
82860 C
190 C
82861 CTTTTTATTT
Statistics
Matches: 605, Mismatches: 102, Indels: 48
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
532 2 0.00
533 59 0.10
534 2 0.00
535 4 0.01
536 10 0.02
537 133 0.22
538 10 0.02
541 1 0.00
542 89 0.15
543 291 0.48
544 4 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (534 bp):
AATTGTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTCTATTTATAGAAGCTTATTCAAAATA
AAATAATATTAATTTATTAATATTTCCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTT
ACTGAACAAGTTCAAATAGTTATACTTTTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACATTCA
GTTTTGTAATAAAACAAATATTTCAATTAATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
TTAATATACCAAAATTTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCA
AATAATCATGACCATCTAAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCATTATTTTGCCATAAAA
TAATTGGTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATACAAATGTATTACAAACTCAAAA
ATTAATAAGAATTAAAAAATAAATATGTTTTTAGAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAAC
AATTATCTATTCCA
Found at i:83366 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 82875--83792 Score: 798
Period size: 180 Copynumber: 5.1 Consensus size: 180
82865 TTATTTTATC
* * * * * *
82875 ATAAAATAACTATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATC
1 ATAAAATAA-TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATT
* * ** * * * * * *
82940 AGCTTA-TCAAATTAGTTCGAATAATTATAGCAATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
65 TGTTTACT-AAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * ** *
83004 AACTTTTGTTTTCTCATAAAACAA--ATTTTTTTCACCATACAAGCCTATTTAGA
129 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTGTTCA-C--ACAAGTTTATTTGGA
* * * * * *
83057 ATAAAATAATACCAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAGTTAATAT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * * **
83122 GTTTACTGAACCAATTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTTAAATTGTTATGAC
66 GTTTACTAAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * *
83187 CCTTTGTTATCTCATAAAACAGTTATTTTGTTCACACAAGTTTATTTGGA
131 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTGTTCACACAAGTTTATTTGGA
* * * *
83237 ATAAAGTAATACTAATATAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * * *
83301 TGTTTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTA-AGGCTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCATTATG
65 TGTTTACTAAACCAATTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
** * ** * * **
83365 ACCTTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTTTTTTAGTTTTCAGTAA-CTTATTCAGA
129 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT-GTTCACA-CAAGTTTATTTGGA
* * * * * * *
83418 TTAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAACTAAATAAGTAAGAGATTT-TAAAA-AAATTA
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATT-
* * *
83481 TGTTTACCT-AACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATG
65 TGTTTA-CTAAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * *
83545 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTTTTTTCACATAAGTTTGTTTGAA
129 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTTTGTTCACACAAGTTTATTTGGA
* * ** **
83598 ATAAAATATTATTAATTTATTAATATTTTTAAAATTACGAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATT
* * *
83662 TGTTTACTAAACCAATTCAATTAGTTATAAC-ATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGA
65 TGTTTACTAAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
** * * * * * *
83726 CGATTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-AGTATTATTCGAA
130 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TGTTCACACAAGT-TTATTTGGA
*
83778 ATAAAGTAATACTAA
1 ATAAAATAATACTAA
83793 ATGAATCTAT
Statistics
Matches: 587, Mismatches: 130, Indels: 40
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
179 18 0.03
180 340 0.58
181 199 0.34
182 21 0.04
183 9 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTT
GTTTACTAAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTGTTCACACAAGTTTATTTGGA
Found at i:83624 original size:361 final size:354
Alignment explanation
Indices: 82875--83750 Score: 954
Period size: 361 Copynumber: 2.4 Consensus size: 354
82865 TTATTTTATC
* * * * *
82875 ATAAAATAACTATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATC
1 ATAAAATAA-TATTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * *
82940 AGCTTATC-AAATTAGTTCGAATAATTATAGCAATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
64 TG-TT-TCTAAACTAGTTCAAATAGTTATAGC-ATT-GAACAATTATTTATTTCAAATCATTATG
* * * * *
83004 AACTTTTGTTTTCTCATAAAACAAATTTTTTTCACCATACAAGCCTATTTAGAATAAAATAATAC
125 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTTTTTTCACCATACAAACCTATTCAGAATAAAATAAAAC
* *
83069 CAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAGTTAATATGTTTACTGAACC
189 AAATTTACTAATATTTCAAAAATAAATAAGTAAGAGATTTAAAAA--TAATATGTTTACTGAACC
* * **
83134 AATTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTTAAATTGTTATGACCCTTTGTTATCT
252 AATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATATATTTTAAATCATTATGACCCTTTGTTATCT
** *
83199 CATAAAACAGTTATTTTGTTCACACAAGTTTATTTGGA
317 CATAAAACAAATATTTTGTTCACACAAGTTTATTTGAA
* * * * *
83237 ATAAAGTAATACTAATATAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTT
1 ATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTT
*
83302 GTTTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTA-AGGCTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCATTATGA
65 GTTT-CTAAACTAGTTCAAATAGTTATA-GC-AT-TGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGA
** *** * * *
83366 CCTTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTTTTTT-AGTTTTCAGTAACTTATTCAGATTAAAATAAAAC
126 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCACCATACA--AACCTATTCAGAATAAAATAAAAC
* *
83430 AAATTTATTAATATTTCAAAACTAAATAAGTAAGAGATTTTAAAAA-AATTATGTTTACCT-AAC
189 AAATTTACTAATATTTCAAAAATAAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAATAA-TATGTTTA-CTGAAC
* * * * *
83493 CAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
251 CAATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATATATTTTAAATCATTATGACCCTTTGTTATC
* * *
83558 TCATAAAACAAATATTTTTTTTCACATAAGTTTGTTTGAA
316 TCATAAAACAAATA-TTTTGTTCACACAAGTTTATTTGAA
* * **
83598 ATAAAATATTATTAATTTATTAATATTTTTAAAATTACGAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATT
1 ATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * *
83662 TGTTTACTAAACCAATTCAATTAGTTATAACATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGAC
64 TGTTT-CTAAACTAGTTCAAATAGTTATAGCA-TTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGAC
** *
83727 GATTTATTTTGTCATAAAACAATT
127 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
83751 GTTTCTATTC
Statistics
Matches: 429, Mismatches: 70, Indels: 32
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
359 7 0.02
360 141 0.33
361 258 0.60
362 23 0.05
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (354 bp):
ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTG
TTTCTAAACTAGTTCAAATAGTTATAGCATTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTT
TGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCACCATACAAACCTATTCAGAATAAAATAAAACAAATTTA
CTAATATTTCAAAAATAAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAATATGTTTACTGAACCAATTCAAAT
AATTATAACTATTTGAACAATTATATATTTTAAATCATTATGACCCTTTGTTATCTCATAAAACA
AATATTTTGTTCACACAAGTTTATTTGAA
Found at i:84123 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 83817--85887 Score: 1799
Period size: 181 Copynumber: 11.6 Consensus size: 180
83807 CTAACCAGTA
* *
83817 CAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * ** * * *
83882 AAACAATTGTTTTTATTCATATAAACTTATTTGAAATAGCATAATTCTATTTTGTTAATATTCTA
66 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TA
** * * * *
83947 AAAATTCTTAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTATTTATCGAACAAGTA
130 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTT
* * * *
83998 CAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTGTTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * *
84063 AAACAAAAT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAACTTATACAAATTTATTAATATTTA
66 AAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA
* * *
84127 GACAATTAATAAGTAAAAGA-TT--AAAA-AAATCTGTTTATCGAATAAGTT
130 -AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTT
* * * * * *
84175 CAAATAGTTATGACTTTTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATG
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * *
84240 ACACAATTGTTTTTCTTCATACCAGCTTA-TTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTG
66 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA
* * * * *
84304 AAAATTAATAAGTAAAAGATTT-TAAAATAAATATATTGA-CTGAACAAGTT
130 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAGTT
* * * * * * *
84354 TAACTAGTCATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTATTATTTTGTCATA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* *** *
84419 AAACAATTGTATC-AGTTCATATTGGCTTATTTGAAATAAAAT-ATCACTAATTTATTAATATTC
66 AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATT-
* *
84482 TAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAAATGAATCTGTTTA-CTGAACAAGTT
128 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAGTT
* * * *
84537 TAAATAGTTATGATTGTTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * *
84602 AAACAATTGTTTTTATTCATATAAGCTTATTTCAAATAAAATAAT--TAAATTTATTAATATTAA
66 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTA
* * * * *
84665 AAAATTTAATAATTAA-AAATTTAAAAAATAAATTTGTTT-TCAAAACACGTT
130 AAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAGTT
* * *
84716 CAAATAGTTCA--ACTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGGCCTTTTGTTTTGTAA
1 CAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* *
84778 T-AAACTAATTGTTTCTGTCCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
64 TAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * *
84841 TCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAAGCT
127 T-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTT
* * * * *
84896 CAAATAGTTATGATTGTTTCAACAATT-TTTCATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTCA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * **
84959 TAAAACAATTCTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTACA-TTATTAATATT
64 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTA-ATTTATTAATATT
** * * * * * * * *
85023 CTTTAAATTAAT-GGTAGGAAATTTAAAAAATAGATATGATTACCAAACAAGTT
128 -TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTT
* * * * * ** * *
85076 CAAATAGTCATGTCCATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCGTA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * *
85141 AAACAATTGTTTCTATTCATA-TAGAATTA-TTCAAAATAAACTAATACTAATTTATTAATATTT
66 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT
* * * ** *
85204 TAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTCAATATGTTTATTAAACCAGTT
128 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTT
* * * * ** * * * * *
85253 TAAATAGCTATGACTATTTGAAAAATTATCTATCTCAAATTGTAATTATC-TTTATTTTGTTATA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * *
85317 CAACAATTGTTTCTTTTCATACAAG-TTGA-TTCAAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTT
66 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT-ATTTCAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA-TT
** * * * * **
85380 TTTAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTGT-GAATTAGTT
128 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTT
* * * ** * * * *
85432 CAAATAGTTAAGATTATTAGAATGATTATCTATTTCAAATCATTCTAACTTTTTTGTTTAGTCAT
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTGTTTTGTCAT
* * * *
85497 AAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAAGAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTT
65 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTT
*
85561 AAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAACTAAATCTGTTTA-CTGAACAAGTT
129 -AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAA-TAAATCTGTTTATC-GAACAAGTT
* * * ** *
85616 CAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGAGCTTTTGTTTTGTCATA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * *
85681 AAACAATTGTTT-TAGTTCACAAAAGTTTA-TCCAAAATAAAAATAATACTACTTTATTAATATT
66 AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTC-AAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA-T
*
85744 TTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAAT-AA-------AT----C-AGTT
127 TTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTT
* * * * *
85781 CAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTA-CTTTTCATTTTGTCAT
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTTGTCAT
* * *
85845 AAAACAATTGTTTTTCA-ACATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
65 AAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAAT
85888 TGTTAGTTTC
Statistics
Matches: 1531, Mismatches: 290, Indels: 155
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
164 10 0.01
165 78 0.05
166 3 0.00
167 1 0.00
170 1 0.00
175 6 0.00
176 87 0.06
177 201 0.13
178 89 0.06
179 223 0.15
180 237 0.15
181 307 0.20
182 49 0.03
183 164 0.11
184 72 0.05
185 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAA
AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTT
Found at i:84673 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 84641--84688 Score: 53
Period size: 15 Copynumber: 3.1 Consensus size: 15
84631 TTTCAAATAA
**
84641 AATAATTAAATTTATT
1 AATAATTAAAAAT-TT
84657 AAT-ATTAAAAAATTT
1 AATAATT-AAAAATTT
84672 AATAATTAAAAATTT
1 AATAATTAAAAATTT
84687 AA
1 AA
84689 AAAATAAATT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 2, Indels: 5
0.80 0.06 0.14
Matches are distributed among these distances:
15 18 0.64
16 10 0.36
ACGTcount: A:0.58, C:0.00, G:0.00, T:0.42
Consensus pattern (15 bp):
AATAATTAAAAATTT
Found at i:85489 original size:537 final size:533
Alignment explanation
Indices: 83817--85769 Score: 1880
Period size: 537 Copynumber: 3.6 Consensus size: 533
83807 CTAACCAGTA
* * * *
83817 CAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACA
1 CAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATA
* * * ** * * *
83882 AAACAATTGTTTTTATTCATATAAACTTATTTGAAATAGCATAATTCTATTTTGTTAATATTCTA
66 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA
** * * * *
83947 AAAATTCTTAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-GA-ATTTATTTATCGAACAAGTACAAATAATTATG
131 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAGATA-TGA-TTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * *
84010 ACTATTTGAACAATTATCTGTTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAAT-TT
194 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTT
* * * * * *
84074 TCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAACTTATACAAATTTATTAATATTTAGACAATTAATAA
258 TCTATTCATATAAGATTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAA
* * * *
84139 GTAAAAGA-TTAAAAA-AATCTGTTTATCGAATA-AGTTCAAATAGTTATGACTTTTTGAATAAT
322 G----AGATTTAAAAATAATATGTTTATC-AAAACAGTTCAAATAG-TATGACTATTTGAAAAAT
* * * * *
84201 TATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATGAC-ACAATTGTTT-TTCTTCATACCA
381 TATCTATTTCAAATAGTTATGA-TCTTTGTTTTGTAAT-ACAACAATTGTTTCTT-TTCATACAA
* * * * *
84264 GCTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-T
443 GCTTATTCAAATAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
*
84327 AAAATAAATATA-TTGACTGAACAAGTT
508 AAAATAAATATATTTG--TGAATAAGTT
* * * * *
84354 TAACTAGTCATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTATTATTTTGTCAT
1 CAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCAT
* ***
84418 AAAACAATTGTATC-AGTTCATATTGGCTTATTTGAAATAAAAT-ATCACTAATTTATTAATATT
65 AAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATT
* * * * * *
84481 CTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAAATGAATCTGTTTACTGAACAAGTTTAAATAGTT
128 CTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-G-ATATGATTACCGAACAAGTTCAAATAGTT
* * * *
84546 ATGATTGTTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
191 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * *
84611 TTTTTATTCATATAAGCTTATTTCAAATAAAATAAT--TAAATTTATTAATATTAAAAAATTTAA
256 TTTCTATTCATATAAGATTATTTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTAAAAA-TTAA
* * * * *
84674 TAATTAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTT-TCAAAACACGTTCAAATAGT-TCAACTATTTGAG
319 T-A--AGAGATTT-AAAAAT-AATATGTTTATCAAAACA-GTTCAAATAGTAT-GACTATTTGAA
* ** * *
84737 CAATTATCTATTTCAAATAGTTATGGCCTTTTGTTTTGTAATA-AACTAATTGTTTCTGTCCATA
377 AAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATC-TTTGTTTTGTAATACAAC-AATTGTTTCTTTTCATA
**
84801 CAAGCTTATTCAAA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
440 CAAGCTTATTCAAATA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
* * ** *
84865 TTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAAGCT
504 TTAAAAAATAAATATATTT-GTGAATAAGTT
* * * * *
84896 CAAATAGTTATGATTGTTTCAACAATT-TTTCATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTCA
1 CAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCA-TTATGATCTTTTGTTTTGTCA
* * *
84959 TAAAACAATTCTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTACA-TTATTAATATT
64 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA-ATTTATTAATATT
** * * * * *
85023 CTTTAAATTAAT-GGTAGGAAATTTAAAAAATAGATATGATTACCAAACAAGTTCAAATAGTCAT
128 CTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAGATATGATTACCGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * ** *
85087 GTCCATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTT
193 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
*
85152 TCTATTCATAT-AGAATTA-TTCAAAATAAACTAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT
258 TCTATTCATATAAG-ATTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAAT
* * *
85215 AAGAGATTTAAAAACTCAATATGTTTATTAAACCAGTTTAAATAGCTATGACTATTTGAAAAATT
320 AAGAGATTTAAAAA-T-AATATGTTTATCAAAACAGTTCAAATAG-TATGACTATTTGAAAAATT
* * * * * *
85280 ATCTATCTCAAATTGTAATTATCTTTATTTTGTTATACAACAATTGTTTCTTTTCATACAAG-TT
382 ATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTGTTTTGTAATACAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTT
* ** * *
85344 GATTCAAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTTTAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAA
447 -ATTCAAATAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
* *
85409 ATAAATGTATTTGTGAATTAGTT
511 ATAAATATATTTGTGAATAAGTT
* * ** * * * *
85432 CAAATAGTTAAGATTATTAGAATGATTATCTATTTCAAATCATTCTAACTTTTTTGTTTAGTCAT
1 CAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-TCTTTTGTTTTGTCAT
* * *
85497 AAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAAGAAAATAATACTAATTTATTAACT-TT-
65 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTC
* * * * *
85560 TAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAACTAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTT
129 T-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAA-TAGATATGATTACCGAACAAGTTCAAATAGTT
* * * ** * *
85625 ATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGAGCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
191 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * * *
85690 TTT-TAGTTCACAAAAGTTTA-TCCAAAATAAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGAAAATT
256 TTTCTA-TTCATATAAGATTATTTC-AAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATT
85753 AATAAGAGATTTAAAAA
317 AATAAGAGATTTAAAAA
85770 ATAAATCAGT
Statistics
Matches: 1162, Mismatches: 195, Indels: 114
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
536 53 0.05
537 333 0.29
538 80 0.07
539 231 0.20
540 215 0.19
541 120 0.10
542 124 0.11
543 6 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (533 bp):
CAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATA
AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA
AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAGATATGATTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
ATTCATATAAGATTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGAGA
TTTAAAAATAATATGTTTATCAAAACAGTTCAAATAGTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTC
AAATAGTTATGATCTTTGTTTTGTAATACAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCAAATA
AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATAT
TTGTGAATAAGTT
Found at i:85565 original size:898 final size:893
Alignment explanation
Indices: 83817--85776 Score: 2083
Period size: 898 Copynumber: 2.2 Consensus size: 893
83807 CTAACCAGTA
*
83817 CAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCAC
1 CAAATAGTTA-GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGGCCTTTTGTTTTGT-A-
* ** ** * * *
83881 A-AAACAATTGTTTTTATTCATATAAA-CTTATTTGAAATAGCATAATTCTATTTTGTTAATATT
62 ATAAACAATTG-TTTTGTTCATA-AAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
** * * *
83944 CTAAAAATTCTTAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTATTTATCGAACAAGTACAAATAATTAT
125 CTAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTACAAATAATTAT
* *
84009 GACTATTTGAACAATTATCTGTTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAATTT
189 GACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAATTT
* *
84074 TCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAACTTATACAAATTTATTAATATTTAGACAATTAATAA
254 TCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTAGACAATTAATAA
* * * * * * **
84139 GTAAAAGATTAAAAAAATCTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTTTTTGAATAATTAT
319 GTAAAAGATTAAAAAAATATGATTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTGAATAATTAT
* * * * * * * *
84204 TTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATGACACAATTGTTTTTCTTCATACCAGCTTA
384 CTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACCAGATTA
* * * * *
84269 TTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAATAA
449 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAG---AAGATTTAAAAATAA
* * * * *
84334 ATATATTGACTGAACAAGTTTAACTAGTCATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
511 ATATATTGACTAAACAAGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAAAAATTATCTATCTCAAATCATAA
*** *
84399 TGATCTATTATTTTGTCATAAAACAATTGTATCAGTTCATATTGGCTTATTTGAAATAAAATATC
576 TGATCTATTATTTTGTCATAAAACAATTGTATCAGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATATC
* * *
84464 ACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAAATGAATCTGTTTACTG
641 ACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTT-AAAAAAATAAATCTATTTACTG
* * * *
84529 AACAAGTTTAAATAGTTATGATTGTTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
705 AACAAGTTCAAATAGTTAAGATTGATTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT
* ** * *
84594 TTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATATAAGCTTATTTCAAATAAAATAATTAAATTTATTAA
770 TAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTCAAAGAAAATAATTAAATTTATTAA
** * * *
84659 TATTAAAAAATTTAATAATTAA-AAATTT-AAAAAA-TAAATTTGTTTTCAAAACACGTT
835 TATTAAAAAA-TTAATAAGCAAGAAATTTGAAAAAACTAAATCTGTTTACAAAACAAGTT
**
84716 CAAATAGTTCA-ACTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATAGTTATGGCCTTTTGTTTTGTAATA
1 CAAATAGTT-AGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGGCCTTTTGTTTTGTAATA
* * *
84780 AACTAATTGTTTCTGTCCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
65 AAC-AATTGTTT-TGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA
* * *
84845 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAAGCT-CAAATAGTTATGA
128 AAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAG-TACAAATAATTATGA
* * * * * * *
84909 TTGTTTCAACAATT-TTTCATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTCT
191 CTATTTCAACAATTATCT-ATTTCAAATCA-CTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAAT-T
* ** * **
84971 TTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTACA-TTATTAATATTCTTTA-AATTAA
253 TTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAC-AAATTTATTAATATT-TAGACAATTAA
* * *
85034 T-GGTAGGAAA-TTTAAAAAATAGATATGATTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGA
316 TAAGTA--AAAGATT-AAAAA-A-ATATGATTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTGA
* * *
85097 ATAATTATCTATTTTAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTCTATTCATA
376 ATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA
* *
85162 -TAGAATTATTCAAAATAAACTAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG-AGATTTA
441 CCAG-ATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGAAGATTTA
* * * * * *
85225 AAAACTCAATATGTTTATTAAACCAGTTTAAATAG-CTATGACTATTTGAAAAATTATCTATCTC
504 AAAA-TAAATATATTGACTAAACAAGTTTAAATAGTC-ATAACTATTTGAAAAATTATCTATCTC
** * * * * **
85289 AAATTGTAATTATCT-TTATTTTGTTATACAACAATTGTTTCTTTTCATACAAG-TTGA-TTCAA
567 AAATCATAATGATCTATTATTTTGTCATAAAACAATTGTATCAGTTCATACAAGCTT-ATTTCAA
* **
85351 ATAAAAATAAT-ACTAATTTAATAATATTTTTTAAATTAAT-ATGTAAGAGATTT-AAAAAATAA
631 AT-AAAAT-ATCACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATGA-GTAAGAGATTTAAAAAAATAA
* * ** **
85413 ATGTATTT-GTGAATTAGTTCAAATAGTTAAGATT-ATTAGAATGATTATCTATTTCAAATCATT
693 ATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGATTGATTA-AACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * *
85476 CTAACTTTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAAGAAAATA
757 ATAAC-CTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTCAAAGAAAATA
* *
85541 A-TACTAATTTATTAACTTTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAACTAAATCTGTTTA
821 ATTA--AATTTATTAA-TATTAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTGAAAAAACTAAATCTGTTTA
**
85605 CTGAACAAGTT
883 CAAAACAAGTT
* * * *
85616 CAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGAG-CTTTTGTTTTGTCAT
1 CAAATAGTTA-GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATG-GCCTTTTGTTTTGTAAT
* * * * *
85680 AAAACAATTGTTTTAGTTCACAAAAGTTTATCCAAAATAAAAATAATACTACTTTATTAATATTT
64 -AAACAATTGTTTT-GTTCATAAAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTC
*
85745 TGAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATC
126 TAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATC
85777 AGTTCAAATA
Statistics
Matches: 881, Mismatches: 140, Indels: 81
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
894 3 0.00
895 48 0.05
896 67 0.08
897 48 0.05
898 349 0.40
899 91 0.10
900 32 0.04
901 187 0.21
902 56 0.06
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (893 bp):
CAAATAGTTAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGGCCTTTTGTTTTGTAATAA
ACAATTGTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAA
ATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTACAAATAATTATGACTATT
TCAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAATTTTCTATTC
ATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTAGACAATTAATAAGTAAAAG
ATTAAAAAAATATGATTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTGAATAATTATCTATTTC
AAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACCAGATTATTCAAAA
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAATAAATATATTGAC
TAAACAAGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAAAAATTATCTATCTCAAATCATAATGATCTATTA
TTTTGTCATAAAACAATTGTATCAGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATATCACTAATTTAA
TAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAA
ATAGTTAAGATTGATTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAA
CAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTCAAAGAAAATAATTAAATTTATTAATATTAAAAAAT
TAATAAGCAAGAAATTTGAAAAAACTAAATCTGTTTACAAAACAAGTT
Found at i:86280 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 85903--87216 Score: 878
Period size: 181 Copynumber: 7.4 Consensus size: 180
85893 GTTTCTTTCA
* * * *
85903 TTTTGTCATAAAACAATTATTT-T-TTAACATACAAGTTTATT-TGAAATAAAATAATA-ATAAT
1 TTTTATCATAAAACAATTATTTATGTT--CATATAAATTTATTCAG-AATAAAATAATACA-AAT
* * * * * *
85964 TTATTAATATTTTAAGAA-T--T-AGTATGAGATTCAAAAAATAAATCTATTT-ATTGAA-TAAG
62 TTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGA-TAAACT-AG
* *
86023 TTTAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTG
124 TTTAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTG
* * * *
86079 TTTTATCATAAAACAATTATTTATATTCATATAAATTTATTCAAAATAAAATAATACAAAATTAA
1 TTTTATCATAAAACAATTATTTATGTTCATATAAATTTATTCAGAATAAAATAATACAAATTTAT
* * *
86144 TAATATTCTAAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGGTAAACTAGTTTAAA
66 TAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGATAAACTAGTTTAAA
* * * * *
86209 CAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
130 TAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTG
* * * * * * ** * * * *
86260 CTTTGTTATAAAATAATTATTCA-GCTCATCCAAGTTTATTCATAATAAAATAAAACTAATTTAT
1 TTTTATCATAAAACAATTATTTATGTTCATATAAATTTATTCAGAATAAAATAATACAAATTTAT
* * *
86324 TAATATTTCAAAAATT--T-A-TAAGAGATCT-AAAAAT-AATTT-TTTTATCAAACTAATTTAA
66 TAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGAT-AAACTAGTTTAA
* *
86382 ATAATTATA-ACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATAGTTATAACCTTTTG
129 ATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTG
* * * ** * *
86434 TTCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTA-TCTAGAATAAAATAATACTAATCTA
1 TTTTATCATAAAACAATTATTTATGTTCATATAAATTTATTC-AGAATAAAATAATACAAATTTA
* * * * * ** * * * *
86498 ATAATATTTTGACAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAGATACAA-TTGTTTGCCAAGCCACTTCA
65 TTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-AATTTGTTTGATAAACTAGTTTA
* * *
86562 AATAGTTAAGGCTATATGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACATTTTG
128 AATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTG
** * * * *
86615 TTTTATTGTACAACAATT-TTTCA-GCTCTTACT-AATTTATTCAGAATAAAATAA-ATTAAATT
1 TTTTATCATAAAACAATTATTT-ATGTTCATA-TAAATTTATTCAGAATAAAATAATA-CAAATT
* * * * * *
86676 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAATTTTGTTAGCTGAACTAGTTT
63 TATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGATAAACTAGTTT
* * * ** * * * * *
86741 AAATAATTATGAATATTTGAATGATTATTTATTTTAAATCGTTATTACTTTTTG
127 AAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTG
* * * * * * **
86795 TTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAATTTGTTTAGAATAAAATAATATTAATTTAT
1 TTTTATCATAAAACAATTATTTATGTTCATATAAATTTATTCAGAATAAAATAATACAAATTTAT
* * * * *
86860 TAATATCTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-ACAAAATCAGTTCAA
66 TAATAT-TTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGATAAACT-AGTTTAA
* * * * * *
86924 TTAGTTATA-ACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCATTTG
129 ATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTG
* * * * * * * *
86976 TTTTATCATAAAATAATTATTTCTATTCATA-CAATCTTATTTAGAACAAAGT-A-AC------G
1 TTTTATCATAAAACAATTATTTATGTTCATATAAAT-TTATTCAGAATAAAATAATACAAATTTA
* * ** * * ** * **
87032 CT-A-ATTT-AAAATTAATAAGTAACG-GATTTAGAAAATGTATTTGTTGGCTTGACCAGTACAA
65 TTAATATTTAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGATAAACTAGTTTAA
* * *
87093 ATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTG
129 ATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATAACCTTTTG
* * * * * ** * * * *
87145 TTTTGTCACAAAAAAATTGTTTCTGTTTGTA-AAAGCTTATTCAGAATAATATAATTCTAATTTA
1 TTTTATCATAAAACAATTATTTATGTTCATATAAA-TTTATTCAGAATAAAATAATACAAATTTA
87209 TTAATATT
65 TTAATATT
87217 CCAAGAATTA
Statistics
Matches: 884, Mismatches: 198, Indels: 109
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 118 0.13
170 5 0.01
171 3 0.00
172 1 0.00
173 5 0.01
174 77 0.09
175 50 0.06
176 72 0.08
177 6 0.01
178 5 0.01
179 20 0.02
180 224 0.25
181 290 0.33
182 8 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TTTTATCATAAAACAATTATTTATGTTCATATAAATTTATTCAGAATAAAATAATACAAATTTAT
TAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGATAAACTAGTTTAAAT
AGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTG
Found at i:86426 original size:355 final size:354
Alignment explanation
Indices: 85930--86996 Score: 1116
Period size: 355 Copynumber: 3.0 Consensus size: 354
85920 TATTTTTTAA
* * * *
85930 CATA-CAAGTTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTTAAGAA-TTAGTATGAGA
1 CATACCAAGTTTA-TTCAAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTCAAAAATTTAGTAAGAGA
* * * * * * *
85993 TTCAAAAAATAAATCTATTTATTGAA-TAAGTTTAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCTA
64 -TCTAAAAAT-AATTTTTTTATCGAACTAA-TTTAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATATA
* * *
86056 TTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTATATTCATATAAATTTATTC
126 TTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAATTTATTC
* *
86121 AAAATAAAATAATACAAAATTAATAATATTCTAAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAA
191 AGAATAAAATAATAC-AAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAA
** * * *
86186 TTTGTTTGGTAAACTAGTTTAAACAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
255 TTTGTTTGACAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTAT
* *
86251 GACCTTTTGCTTTGTTATAAAATAATTATTCAGCT
320 GACCTTTTGTTTTATTATAAAATAATTATTCAGCT
86286 CAT-CCAAGTTTATTCATAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTA-TAAGAGA
1 CATACCAAGTTTATTCA-AATAAAATAAAA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTTAGTAAGAGA
*
86349 TCTAAAAATAATTTTTTTATCAAACTAATTTAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATATATTT
64 TCTAAAAATAATTTTTTTATCGAACTAATTTAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATATATTT
* * **
86414 CAAATAGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTA-TCTAG
129 CAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAATTTATTC-AG
* * * * * *
86478 AATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTTGACAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAGATACAA-
193 AATAAAATAATACAAAT-TAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATA-AAT
* * * * * * *
86542 TTGTTTGCCAAGCCACTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATA
256 TTGTTTGACAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATG
* * * * *
86607 ACATTTTGTTTTATTGTACAACAATTTTTCAGCT
321 ACCTTTTGTTTTATTATAAAATAATTATTCAGCT
* * * *
86641 CTTACTAA-TTTATTCAGAATAAAATAAATTAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA
1 CATACCAAGTTTATTCA-AATAAAATAAAAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATT--T-AGTAAG
* * * * * **
86705 AAATTTAAAAAATAATTTTGTTAGCTGAACTAGTTTAAATAATTATGAA-TATTTGAATGATTAT
61 AGATCT-AAAAATAATTTTTTTATC-GAACTAATTTAAATAATTAT-AACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * * *
86769 TTATTTTAAATCGTTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAATTTG
123 ATATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAATTTA
* * * * *
86834 TTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TCTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
188 TTCAGAATAAAATAATA-CAAATTAATAATATTC-TAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * *
86898 TAAATCTATTT-ACAAAATCAGTTCAATTAGTTATA-ACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAAT
251 TAAATTTGTTTGACAAACT-AGTTCAAATAGTTA-AGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAAT
* * *
86961 TGTTATGACCATTTGTTTTATCATAAAATAATTATT
314 AGTTATGACCTTTTGTTTTATTATAAAATAATTATT
86997 TCTATTCATA
Statistics
Matches: 585, Mismatches: 102, Indels: 43
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
354 27 0.05
355 267 0.46
356 52 0.09
357 4 0.01
358 1 0.00
359 7 0.01
360 22 0.04
361 199 0.34
362 6 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (354 bp):
CATACCAAGTTTATTCAAATAAAATAAAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTTAGTAAGAGATC
TAAAAATAATTTTTTTATCGAACTAATTTAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCA
AATAGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAATTTATTCAGAAT
AAAATAATACAAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
TGACAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTT
TTGTTTTATTATAAAATAATTATTCAGCT
Found at i:87946 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 87647--88694 Score: 715
Period size: 181 Copynumber: 5.9 Consensus size: 181
87637 GCTTATTTTG
** * * * * * * *
87647 AATAAAATAATAAAAATTTATTAATATTCCAAAGATTAATAAGTCAAA-ATTTTAAAAATAAATA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAACTAAAAGATCTAAAAAATAAATA
* * * ** * * * *
87711 TGTTTTCTAAACGCGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGG
66 TGGTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGA
** * * *
87776 CCTTTTGTTTAATCATTAACCAATTGTTTCTATTCATA-AAGGCTTAGTCGG
131 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA-GCTTAGTCGA
* * * *
87827 AATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTTAAAAATTAATAACTAAAAGATCTAAAAGATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAACTAAAAGATCTAAAAAATAAATA
* *** *
87892 TGGTTACCGAGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGA
66 TGGTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGA
* * * *
87957 TCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGA
131 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAGTCGA
* * * * ** *
88008 AATAAGATAATACTAATTTATTAATATTCTAGAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATAAATA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAACTAAAAGATCTAAAAAATAAATA
* * * *
88073 TGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAAAT-ATTATTTATTTCAAATCGTTATG
66 TGGTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-AAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATG
* * * ** **
88137 ACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATATAAAATTA-TTTA
130 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAGTCGA
* * * * * *
88188 GAATAGAAA-AATACTATTTTGTTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAAAGAT-TCAAAAACTAA
1 -AATA-AAATAATACTAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAACTAAAAGATCT-AAAAAATAA
** * * * * * * *
88247 ATCCGATTACCGAACCAA-TTAAAATAGTT-GGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCAG-
63 ATATGGTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATC-GT
* * * * * ** * *
88309 TACGATC-TTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATATAAATTTATTCGG
126 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAGTCGA
* * * ** * * * * *
88364 AGTAAAATATTGCTAAACTAATAAAATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGAT-TTAAAAATAAATG
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAACTAAAAGATCTAAAAAATAAATA
* * * * * * * *
88428 T-ATTGATCGAACCAG-TCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCT
66 TGGTT-ACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AATAATTATTTATTTCAAATCGTTAT
* * * * * *
88490 AATCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTT-AAGTTCATACATA-CTTATTCGA
129 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACA-AGCTTAGTCGA
* * * * * ** *
88543 AATAAAA-AATAATATTTTATTAACATTCAAAAAATTAGT-A--AGGA-ATTTAAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAACTAAAAGATCT-AAAAAATAAAT
* * * * * * * * * *
88603 CTGTTTACAAAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATG
65 ATGGTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATG
* *
88668 ACCTTTTGTTTTATCACAAAACAATTG
130 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
88695 AAATAGTTAT
Statistics
Matches: 683, Mismatches: 157, Indels: 59
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 5 0.01
175 68 0.10
176 44 0.06
177 113 0.17
178 75 0.11
179 52 0.08
180 44 0.06
181 274 0.40
182 8 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (181 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAACTAAAAGATCTAAAAAATAAATA
TGGTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGA
CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAGTCGA
Found at i:88679 original size:356 final size:359
Alignment explanation
Indices: 87905--88694 Score: 827
Period size: 354 Copynumber: 2.2 Consensus size: 359
87895 TTACCGAGTG
* * * *
87905 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCA-TTATGATCTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTA
* * * ** * *
87969 TCATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAGATAATACTAATTTATTAATA
65 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAATTTATTCGAAATAAAATAATACTAAACTAATAAAA
* * * *
88034 TTCTAGAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTC
130 TTCTAAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATATATTGACCAAACAAGTTCAAATAGTC
* * * * * *
88099 ATGTCCATTTGAAATATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG
195 AAGACCATTAGAAATATTATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTTAGTCATAAAATAATTG
* * * * * * ***
88164 TTTCTATTCATATAAAATTATTTAGAATAGAAAAATACTATTTTGTTAATATTTTGAAAATTAAT
260 TTTCAATTCATACAAAATTATTGAGAATAGAAAAATAATATTTTATTAACATTCAAAAAATTAAT
* * * *
88229 AAAAGATTCAAAAACTAAATCCGATTACCGAACCA
325 AAAAGATTAAAAAAATAAATCCGATTACCAAAACA
* * * *
88264 A-TTAAAATAGTT-GGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCAG-TACGATC-TTTGTTTTA
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTA
* * * * * *
88325 TCATAAAATAATTGTTTCTATTCATATAAATTTATTCGGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAAAA
65 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAATTTATTCGAAATAAAATAATACTAAACTAATAAAA
* * * *
88390 TTCTAAAAATTAATAAGTA-AGAGATTT-AAAAATAAATGTATTGATCGAACCAG-TCAAATAGT
130 TTCTAAAAATTAATAAGTAGA-AGATTTAAAAAATAAATATATTGACCAAACAAGTTCAAATAGT
* * *
88452 TAAGACTATTAGAACA-ATTATCTATTTCAAATCGTTCTAATC-TTTTGTTTAGTCATAAAATAA
194 CAAGACCATTAGAA-ATATTATCTATTTCAAATCGTTATAA-CATTTTGTTTAGTCATAAAATAA
* *
88515 TTGTTT-AAGTTCATACATACTTATTCGA-AATA-AAAAATAATATTTTATTAACATTCAAAAAA
257 TTGTTTCAA-TTCATACAAAATTATT-GAGAATAGAAAAATAATATTTTATTAACATTCAAAAAA
* * * * *
88577 TTAGTAAGGAA-TTTAAAAAAATAAATCTGTTTA-CAAAATA
320 TTAATAA--AAGATTAAAAAAATAAATCCGATTACCAAAACA
* * * *
88617 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTAT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTAT
*
88682 CACAAAACAATTG
66 CATAAAACAATTG
88695 AAATAGTTAT
Statistics
Matches: 352, Mismatches: 67, Indels: 27
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
353 36 0.10
354 109 0.31
355 58 0.16
356 104 0.30
357 34 0.10
358 10 0.03
359 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (359 bp):
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTAT
CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAATTTATTCGAAATAAAATAATACTAAACTAATAAAAT
TCTAAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATATATTGACCAAACAAGTTCAAATAGTCA
AGACCATTAGAAATATTATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGT
TTCAATTCATACAAAATTATTGAGAATAGAAAAATAATATTTTATTAACATTCAAAAAATTAATA
AAAGATTAAAAAAATAAATCCGATTACCAAAACA
Found at i:88806 original size:24 final size:21
Alignment explanation
Indices: 88751--88807 Score: 114
Period size: 21 Copynumber: 2.7 Consensus size: 21
88741 AGCTTTTGTT
88751 TTGTTTTTCATCATAAAACAA
1 TTGTTTTTCATCATAAAACAA
88772 TTGTTTTTCATCATAAAACAA
1 TTGTTTTTCATCATAAAACAA
88793 TTGTTTTTCATCATA
1 TTGTTTTTCATCATA
88808 CAAGCCAATT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 36 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.05, T:0.47
Consensus pattern (21 bp):
TTGTTTTTCATCATAAAACAA
Found at i:90090 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 89198--91968 Score: 2143
Period size: 181 Copynumber: 15.5 Consensus size: 180
89188 AAACTAGTTC
* * * * * * * * * * *
89198 AAATAGTTATGACTTTTTATTTTGTTATAAAATAATAGTTTATCTTCATATAAGCTTATTCGGAT
1 AAATA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAA
*
89263 TAAAATAATACTAATTTATTAA-ATT-TCAACAATTAATAAGTAA-A-AATTTAAAAAATAAATA
65 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGAA-TTAAAAAATAAATA
* * * * *
89324 TGTTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAATATCTATTTCA
128 TGTTTACTAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * * ** **
89378 AATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTC-AGTTAAT-CTAAAATTATTCAAA
1 AAATATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAC-AAGCTTATT-TGA
** * * * * *
89441 AATAAAATAATACTAAGCTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATC
63 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATA
* * * *
89506 TGTTTACTTAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGA
128 TGTTTACTAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* ** * ** * * * *
89560 AATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATT-TTTTTGTTCCTACAAGCTTATTTCAAAT
1 AAATATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAAT
* * * *
89624 AAAATAATA-TAAATTTATTAATA-AC-AAGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAGAAAATAAATA
66 AAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAA-A-AATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATA
* * * * *
89686 TGCTTATTGAACATGTTCAAAT-CTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTT-A
128 TGTTTACTAAACA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* ** * * * * * * * * *
89738 AAATTGTTATGAATTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTATGTTCATACAAGCTTGTTCGGAT
1 AAA-TATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAA
* * * *
89803 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCTACAAA-TAATAAGT-AGAAGATTTTAAAAAT--A-A
65 TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAG-AGAATTAAAAAATAAATA
* *
89863 TGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
128 TGTTTACTAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * * *
89917 AAACATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCCATTCATATAAGTTTATTTGAAAT
1 AAATATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAAT
* * * *
89982 AAAATAATACTAATATATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATTTGT
66 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATATGT
* * * * *
90047 TTACTGAATATGTTTAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCA
131 TTACTAAACA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * *
90098 AAATATTATGACCATTTT-TTTTATAATAAAACAATTGGTTCTGTTCATGCAAGC----TT---A
1 AAATATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAA
* *
90155 -AAAATAATA-TAAATTATTTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-A-AATTTAAAAAATAAATA
65 TAAAATAATACTAATTTA-TTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGAA-TTAAAAAATAAATA
* * *
90216 TGTTTTCTAAACACGCTCAGATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
128 TGTTTACTAAACA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * * * * *
90270 AAACATTGTGACCTTTTATTTTGTAATAAAACAATTGTTTCCATTCACATAAGTTTATTTGAAAT
1 AAATATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAAT
* * * * *
90335 AAAATAATACTAATATATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATTTAT
66 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATATGT
** * *
90400 TTACCGAATATGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCA
131 TTACTAAACA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * *
90451 AAATATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTATGTTCATGCAAGC----TT---A-
1 AAATATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAAT
*
90508 AAAATAATA-TAAATTATTTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-A-AATTTAAAAAATAAATAT
66 AAAATAATACTAATTTA-TTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGAA-TTAAAAAATAAATAT
* * *
90570 GTTTTCTAAACATGCTCATATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-
129 GTTTACTAAACA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * **
90622 AAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCGATTCATAAAAGCTTATTCAAAA
1 AAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAA
* * * *
90687 TAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAAATAA-AAAATTTAAAAAATAAATCT
65 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGAA-TTAAAAAATAAATAT
* ** * * *
90751 ATTTACCGAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTC-
129 GTTTACTAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * **
90803 AAATCATTATGATCTTTTTTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAATTTTATTTGAAA
1 AAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAA
* * ** * * *
90868 TAAAGTAATACTAATTTATGAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTA
65 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATATG
* * * *
90933 TTTA-TCAAACAAGTTCAAATAATCATG-CTATTTGAGCTATTATCTATTTC-
130 TTTACT-AAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * * ** *
90983 AAATCGTTATGACCATTTATTTTGTCACAAAATAATTGTTTCTATTCATGA-AAAATTA-TTCAA
1 AAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-ACAAGCTTATTTGAA
* ** * * *
91046 ATTAAAATAATACTGACCTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAACTAAATA
64 A-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATA
* * * * *
91107 TATTTTCCAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCA
128 T-GTTTACTAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * *
91161 AAATGTTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTCCTTTTCATACAAGCTTA-TT-AAGA
1 AAATATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAA-A
* *
91223 TTAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGA-AATTTTTTAAAAA-AA
65 -TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGAA---TTAAAAAATAA
* ** * * * *
91285 ATGTGTTTGTTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACATTTATCTATTTC-
125 ATATGTTTACTAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * *
91341 AAATAATTCTGA-CTTTTTTTTTAGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATAAAAGCCTATTT-A
1 AAAT-ATTATGACCTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGA
* * * *
91403 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAACTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAA-ATAT
63 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * * *
91467 CTATTTACTGAAAAAGTTTAAAAAGATT-TAACTTTTTGACCAATCATTCTAGCTATTTA
127 ATGTTTACT-AAACAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTA-TCTA--T-TTCA
* * * * * * *
91526 AAGTCATTATAAGCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTTATAAAAACTTATTTGAAA
1 AAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAA
* ** * * * * * * *
91591 TAAAATAATGCTGCTTTGTTAATATTTTGAAAATTAGTAAGCAAAAG-ATTCAAAAACTAAAACT
65 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATT-AAAAAAT-AAA-T
* * * *
91655 AT-TTTTC-AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTC-
127 ATGTTTACTAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * * * *
91707 AAATCATTATGATC-TTTATTTTCTCATAAAATAATTATTTCTGA-TCATCCAAGCTTATTTG-G
1 AAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGAA
* * * * *
91769 ATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATG
64 AT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATA
* * * * * *
91830 TGTTTGCTAAACCAGTTCAAATAGTTA-AAATATTAGAATAATTATCTATTT-G
128 TGTTTACTAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * * *
91882 AAATCTTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTAATTGAA
1 AAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAA
91946 ATAAAATAATACTAATTTATTAA
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAA
91969 CATTTATTTA
Statistics
Matches: 2071, Mismatches: 409, Indels: 226
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
171 12 0.01
172 206 0.10
173 67 0.03
174 5 0.00
175 40 0.02
176 192 0.09
177 72 0.03
178 119 0.06
179 116 0.06
180 432 0.21
181 487 0.24
182 177 0.09
183 10 0.00
184 5 0.00
185 90 0.04
186 33 0.02
187 6 0.00
188 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AAATATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAAT
AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATATGT
TTACTAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
Found at i:90268 original size:353 final size:354
Alignment explanation
Indices: 89204--92762 Score: 2014
Period size: 353 Copynumber: 10.0 Consensus size: 354
89194 GTTCAAATAG
* * * * * * * * * *
89204 TTATGACTTTTTATTTTGTTATAAAATAATAGTTTATCTTCATATAAGCTTA-TTCGGATTAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTC-AAATAAAA
* * *
89268 TAATACTAATTTATTAA-ATT-TCAACAATTAATAAGTAA-A-AATTTAAAAAATAAATATGTTT
65 TAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGAA-TTAAAAAATAAATTTATTT
* * * * * * *
89329 ACCAAAC-TAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAATATCTATTTCAAATTGTTATGACC-T
128 ACCGAACAT-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGACCAT
* * ** * * ** * *
89392 TTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAGTTAAT-CTAAAATTATTCAAAAATAAAATAATACTA
192 TTT-TTTTATCATAAAACAATTGGTTCTGTTCATAC-AAGCTTA-T--AAAATAATATAA-A-TT
* * * * * *
89456 AGCTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTTAACAAG
250 A--T-TTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAACAAG
* * * ***
89521 TTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTG
311 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACA
* * ** * * * *
89565 CTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATT-TTTTTGTTCCTACAAGCTTATTTCAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTCAAATAAAAT
* * * * * **
89629 AATA-TAAATTTATTAATA-AC-AAGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAGAAAATAAATATGCTT
66 AATACT-AATTTATTAATATTCTAA-A-AATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTATTT
** * * *
89691 ATTGAACATGTTCAAAT-CTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTT-AAAATTGTTATGA--AT
128 ACCGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAA-TATTATGACCA-
* ** * *
89752 TTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTATGTTCATACAAGCTTGTTCGGATTAAAATAATATTAA
191 TTTT-TTTTATCATAAAACAATTGGTTCTGTTCATACAAGC---TT---A-TAAAATAATATAAA
* * * * *
89817 TT-TATTAATATTTCTACAAA-TAATAAGTAGAAGATTTTAAAAAT--A-ATGTTTACTAAACAA
248 TTAT-TTAATA-TTCCAAAAATTAATAAGTA-AAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAACAA
* *
89877 GTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAACA
310 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACA
* * * * * *
89922 TTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCCATTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTCAAATAAAAT
* * * * *
89987 AATACTAATATATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATTTGTTTACT
66 AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTATTTACC
* * * *
90052 GAATATGTTTAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGACCATTTTT
131 GAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGACCATTTTT
* *
90117 TTTATAATAAAACAATTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTA-AAAATAATATAAATTATTTAATATTC
196 TTTATCATAAAACAATTGGTTCTGTTCATACAAGCTTATAAAATAATATAAATTATTTAATATTC
* * *
90181 CAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAACACGCTCAGATAGTTATGA
261 CAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
90246 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACA
326 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACA
* * * * * * * *
90275 TTGTGACCTTTTATTTTGTAATAAAACAATTGTTTCCATTCACATAAGTTTATTTGAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTCAAATAAAAT
* * *
90340 AATACTAATATATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATTTATTTACC
66 AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTATTTACC
* * *
90405 GAATATGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGACCATTTGT
131 GAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGACCATTTTT
* * *
90470 TTTGTCATAAAACAATTGGTTATGTTCATGCAAGCTTA-AAAATAATATAAATTATTTAATATTC
196 TTTATCATAAAACAATTGGTTCTGTTCATACAAGCTTATAAAATAATATAAATTATTTAATATTC
* * * *
90534 TAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAACATGCTCATATAGTTATGA
261 CAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
*
90599 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
326 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACA
* * *
90628 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCGATTCATAAAAGCTTA-TTCAAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTC-AAATAAAA
* * * *
90692 TAATACTAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAAATAA-AAAATTTAAAAAATAAATCTATTTA
65 TAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGAA-TTAAAAAATAAATTTATTTA
* * * * *
90756 CCGAGCGA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTC-AAATCATTATGATCTT
129 CCGAAC-ATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGACCAT
* * ** *
90819 TTTTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAATTTTATTTGAAATAAAGTAATACTAATT
192 TTTTTTTATCATAAAACAATTGGTTCTGTTCATACAAGCTTA--TAAAAT-AA-T-ATA--AATT
* * ** * * *
90884 -TATGAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACAAGT
250 AT-TTAATATTCCAAAAATTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTAAACAAGT
* * * * * *
90947 TCAAATAATCATG-CTATTTGAGCTATTATCTATTTCAAATCG
312 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACA
* * * * *
90989 TTATGACCATTTATTTTGTCACAAAATAATTGTTTCTATTCATGAAAA-ATTA-TTCAAATTAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-AAAAGCTTATTTCAAA-TAAA
* ** * * * * *
91052 ATAATACTGACCTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAACTAAATATATTTT
64 ATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTATTTA
* * * * *
91113 CCAAAACA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAAATGTTATGATC-TT
129 CC-GAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGACCATT
* * * * * *
91176 TATTTTGTCATAAAACAATT-GTTCCTTTTCATACAAGCTTATTAAGATTAAAATAATACTAATT
193 TTTTTTATCATAAAACAATTGGTT-CTGTTCATACAAGCTTA-TAA-AATAATATAA-A-TTA-T
* * * * *
91240 TAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTTTTAAAAA-AAATGTGTTTGT-TGAACTAG
252 T--TAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAA--TTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTAAACAAG
* * *
91303 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACATTTATCTATTTCAAATA-A
311 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-ACA
* * * *
91347 TTCTGA-CTTTTTTTTTAGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATAAAAGCCTATTT-AGAATAA
1 TTATGACCTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTTCA-AATAA
* * * * *
91409 AATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAACTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAA-ATATCTATTT
63 AATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTATTT
* * * * * * * * * * * *
91473 ACTGAAAAAGTTTAAAAAGATT-TAACTTTTTGACCAATCATTCTAGCTATTTAAAGTCATTATA
128 ACCGAACATGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTA-TCTA--T-TTCAAAAT-ATTATG
* * * * * * * *
91537 AGC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTTATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATG
187 ACCATTTT-TTTTATCATAAAACAATTGGTTCTGTTCATACAAGCTTA--TAAAATAATATAA--
* * *** * * * *
91601 CTGCTTTGTTAATATTTTGAAAATTAGTAAGCAAAAGATTCAAAAACTAAAACTAT-TTTTC-AA
247 AT--TAT-TTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAAT-AAA-TATGTTTTCTAA
* * * * *
91664 ACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCA
306 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACA
* * * * * ** **
91713 TTATGATC-TTTATTTTCTCATAAAATAATTATTTCTGA-TCATCCAAGCTTATTT-GGATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATAAAAGCTTATTTCAAAT-AAA
* * * * * * *
91775 ATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTG
64 ATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTATTTA
** * * * * * * *
91836 CTAAACCA-GTTCAAATAGTTA-AAATATTAGAATAATTATCTATTT-GAAATCTTTTTGACC-T
129 CCGAA-CATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGACCAT
* * * * * * * *
91897 TTTGTTTAGTCATATAATAATT-GTTTTAGTTCATACAAGCTTAATTGAAATAAAATAATACTAA
192 TTTTTTTA-TCATAAAACAATTGGTTCT-GTTCATACAAGCTT-A-TAAAATAATATAA-ATTAT
* ** * * * **
91961 TT--TATT---AACATT--T-A-T--TTATTT------TAAAT-TG--TTATGACCTTTTGTTCA
252 TTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAAC--AAGTTCA
* * * * ***
92006 AATAGTTAAGACTATATAAACAATTATTTATTTCAAATTG
315 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACA
* ** * * *
92046 TGATGACCTTTAATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGCTCATACAAA-CGTA-TTCAAAATAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA-AAAGCTTATTTC-AAATAA
* * * * * *
92108 GATAAAACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTTATAAGTAAAAGATTTAGAAAAT-AATTTCAT
63 AATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATTT-AT
** * * * * * * * *
92171 TTACTAAACCA-GTTTAAATAATTGTAACAATTTGAATAATTATCTATTT-TAAATCATTATTA-
126 TTACCGAA-CATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGAC
* * * * * *** *
92233 CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAAGATGAGTTTGTTTGAAATAAAATAATACT
189 CATTTT-TTTTATCATAAAACAATTGGTTCTGTT--CAT-A-CAAGCTT---ATAAAATAATA-T
* ** * * * * *
92298 AATTTA-TTAATATTTAGAAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAGTAACGT-TGTTTACTAAA
245 AAATTATTTAATA-TTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAA-ATATGTTTTCTAAA
* * * * * * *
92361 CCATTTCAAATAGTTTTAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCG
307 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACA
* * * * *** **
92409 TTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTATTCATGCTATTTTA-TTCAGAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTCA-AATAAAA
* * ** * * * *
92473 TAATAAC-AATTTAATAATATT-TCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAGTAAATCTAATT
65 TAAT-ACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTATTT
* * * ** * * * *
92536 GCCAAAACA-GTTCAAATAGTTAAGACTACATGGACGATTATCTATTT-TAAATCATTATGATC-
128 ACC-GAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGACCA
* * *
92598 TTTTCTTTTATTGCA-AAAA-AATT-GTTTTATTCATACAAGTTTATTCTGATTAAAATAATACT
191 TTTT-TTTTA-T-CATAAAACAATTGGTTCTGTTCATACAAG------CTTA-TAAAATAATA-T
* * ** * * * *
92660 AATTTA-ATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATC
245 AAATTATTTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAA-C
* * * ** *
92724 -AGCTCAAATGGTTAAGTTTATTAGAACAATTATCTATTT
308 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
92763 GAAATTGTTC
Statistics
Matches: 2548, Mismatches: 477, Indels: 346
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
330 2 0.00
331 3 0.00
332 2 0.00
333 49 0.02
334 55 0.02
335 5 0.00
337 7 0.00
338 37 0.01
339 48 0.02
340 10 0.00
341 2 0.00
342 1 0.00
343 5 0.00
344 11 0.00
345 8 0.00
346 2 0.00
347 5 0.00
349 5 0.00
350 23 0.01
351 31 0.01
352 15 0.01
353 587 0.23
354 2 0.00
355 15 0.01
356 116 0.05
357 182 0.07
358 190 0.07
359 76 0.03
360 92 0.04
361 375 0.15
362 143 0.06
363 185 0.07
364 25 0.01
365 85 0.03
366 66 0.03
367 74 0.03
368 8 0.00
369 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (354 bp):
TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTCAAATAAAAT
AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTATTTACC
GAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGACCATTTTT
TTTATCATAAAACAATTGGTTCTGTTCATACAAGCTTATAAAATAATATAAATTATTTAATATTC
CAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACA
Found at i:90733 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 90715--90747 Score: 50
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 16
90705 TTAAAATTCT
*
90715 AAAAA-TTAATAAATA
1 AAAAATTTAAAAAATA
90730 AAAAATTTAAAAAATA
1 AAAAATTTAAAAAATA
90746 AA
1 AA
90748 TCTATTTACC
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
15 5 0.31
16 11 0.69
ACGTcount: A:0.76, C:0.00, G:0.00, T:0.24
Consensus pattern (16 bp):
AAAAATTTAAAAAATA
Done.