Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168497.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_94, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 93177
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.10, T:0.39
Warning! 1000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 2 of 2
Found at i:91344 original size:538 final size:529
Alignment explanation
Indices: 89195--91968 Score: 2261
Period size: 538 Copynumber: 5.2 Consensus size: 529
89185 ATTAAACTAG
* * * * * * *
89195 TTCAAAT-AGTTATGACTTTTTATTTTGTTATAAAATAATAGTTTATCTTCATATAAGCTTATTC
1 TTCAAATCA-TTATGACTTTTT-TTTTATCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTT
* * * *
89259 GGATTAAAATAATACTAATTTATTAA-ATT-TCAACAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAA
63 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * **
89321 ATATGTTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAATATCTATTTCAAATTGTTA
127 ATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGACTAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * *
89386 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTC-AGTTAATCTAAAATTATTCAAAAATAAAATA
192 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCAT-AAAAATTATTC--AAATAAAATA
* * * * * *
89450 ATACTAAGCTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTT
253 ATACTAACCTATTAATATTCTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATTTTTACTA
* * * * ** * * *
89515 AACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTT
314 AACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGATC-TTTATT
** * * * * *
89580 TTGTCATAAAATGATTTTTTTGTTCCTACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTA
377 TTGTCATAAAACAATTGTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTAAAATAAAATAATACT-AATTTAATA
* * *
89644 ATA--ACAAGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAGAAAATAAATATGCTTATTGAACATGTTCAAA
440 ATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACA-GTTCAAA
* * *
89707 T-CTTATGACTATTTGAACAATTATTTAT
501 TAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTAT
* ** * * * * * *
89735 TTAAAATTGTTATGAATTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTATGTTCATACAAGCTTGTTCG
1 TTCAAATCATTATGACTTTTT-TTTTATCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * *
89800 GATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCTACAAA-TAATAAGT-AGAAGATTTTAAAAAT-A
64 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAA
* * * * *
89862 A--TGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAACATTG
127 ATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGACTAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * ** *
89925 TGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCCATTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAAT
192 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAAATTA-TTCAAATAAAATAAT
** * * *
89990 ACTAATATATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAAT-TTGTTTACTGA
255 ACTAACCTATTAATATTCTAAAAATT-A--A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATT-TTTACTAA
* * * * * * *
90054 ATATGTTTAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGACCATTTTTTT
315 ACA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGATC-TTTATTT
* * * * *
90119 TATAATAAAACAATTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTA--AAAATAATATAA-A-TTA-TT--TAAT
378 TGTCATAAAACAATT-GTTCTGTTCATACAAGCTTATTAAAATAAAATAATACTAATTTAATAAT
* * * *
90177 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTAAACACGCTCAGATAGT
442 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTAT-TGAACA-GTTCAAATAGT
*
90241 TATGACTATTTGAACAATTATCTAT
505 TATGACTATTAGAACAATTATCTAT
* * * * * * * * *
90266 TTCAAAACATTGTGACCTTTTATTTTGTAATAAAACAATTGTTTCCATTCACATAAGTTTATTTG
1 TTCAAATCATTATGA-CTTTTTTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTTG
* * * *
90331 AAATAAAATAATACTAATATATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAAT
64 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * *
90396 TTATTTACCGAATATGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAAC-AATTATCTATTTCAAAAT-ATTA
129 CTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTG-ACTAATTATCTATTTC-AAATCATTA
* * * * ** **
90459 TGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTATGTTCAT-GCAA-GCTT---A-AAAATAATA-
192 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAATTATTCAAATAAAATAATAC
** *
90517 TAAATTATTTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTT-CTAAAC
257 TAACCTA-TTAATATTCTAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATAT-TTTTACTAAAC
* * *
90581 -ATGCTCATATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACTTTTTGTTT
317 AAT--TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGA-TCTTTATTT
* * *
90644 TGTCATAAACCAATTGTT-TCGATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
378 TGTCATAAAACAATTGTTCT-G-TTCATACAAGCTTATT-AAAATAAAATAATACTAATTTAATA
* * * * ** *
90708 A-AATTCTAAAAATTAATAAATAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAGCGAGTTCAAAT
440 ATATTTC-AAAAATTAATAAGT-AAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAAC-AGTTCAAAT
*
90772 AGTTATGACTATTTA-AACAATTATTTAT
502 AGTTATGACTA-TTAGAACAATTATCTAT
**
90800 TTCAAATCATTATGATCTTTTTTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAATTTTATTTG
1 TTCAAATCATTATGA-CTTTTTTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTTG
* * **
90865 AAATAAAGTAATACTAATTTATGAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAT
64 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * *
90930 CTATTTATCAAACAAGTTCAAATAATCATG-CTATTTGAGCT-ATTATCTATTTCAAATCGTTAT
129 CTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGA-CTAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * *
90993 GACCATTTATTTTGTCACAAAATAATTGTTTCTATTCATGAAAAATTATTCAAATTAAAATAATA
193 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-AAAAATTATTCAAA-TAAAATAATA
* * * * * *
91058 CTGACCTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAACTAAATATATTTTCCAAAACAAT
256 CTAACCTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATAT-TTTTACTAAACAAT
* *
91123 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAAATGTTATGATCTTTATTTTGTCATA
320 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGATCTTTATTTTGTCATA
* *
91188 AAACAATTGTTCCTTTTCATACAAGCTTATTAAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCA
385 AAACAATTGTT-CTGTTCATACAAGCTTATTAA-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCA
* * * *
91253 AAAATTAATAAGTAAGAAATTTTTTAAAAA-AAATGTGTTTGTTGAACTAGTTCAAATAGTTAAG
448 AAAATTAATAAGTAA-AAA--TTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAAC-AGTTCAAATAGTTATG
*
91317 ACTATTAGAACATTTATCTAT
509 ACTATTAGAACAATTATCTAT
* * * * *
91338 TTCAAATAATTCTGACTTTTTTTTTAGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATAAAAGCCTATTT-
1 TTCAAATCATTATGACTTTTTTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTG
* * *
91402 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAACTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAA-ATA
64 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * *
91466 TCTATTTACTGAAA-AAGTTTAAAAAGAT-TTAACTTTTTGACCAATCATTCTAGCTATTTAAAG
128 TCTATTTAC-CAAACAAGTTCAAATAG-TCATGACTATTTGACTAATTA-TCTA--T-TTCAAA-
* * * * *
91529 TCATTATAAGCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTTATAAAAACTTATTTGAAATAA
186 TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAA-TTA-TTCAAATAA
* * * * * * * * *
91594 AATAATGCT-GCTTTGTTAATATTTTGAAAATTAGTAAGCAAAAGATTCAAAAACTAAAACTATT
249 AATAATACTAAC-CTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAAT-AAA-TATT
* * * *
91658 TTT-C-AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTC-AAATCATTATGAT
307 TTTACTAAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGAT
* * * * * ***
91720 CTTTATTTTCTCATAAAATAATTATTTCTGATCATCCAAGCTTATTTGGATAAAAATAATACTAA
370 CTTTATTTTGTCATAAAACAATT-GTTCTGTTCATACAAGCTTATTAAAAT-AAAATAATACTAA
** * * ** *
91785 TTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTAAACCAGTT
433 TTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAA-CAGTT
* * *
91847 CAAATAGTTA-AAATATTAGAATAATTATCTAT
497 CAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTAT
* * * * * * * *
91879 TTGAAATCTTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTAATTG
1 TTCAAATCATTATGACTTTTTTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTG
91944 AAATAAAATAATACTAATTTATTAA
64 AAATAAAATAATACTAATTTATTAA
91969 CATTTATTTA
Statistics
Matches: 1828, Mismatches: 303, Indels: 205
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
522 4 0.00
523 3 0.00
524 8 0.00
525 94 0.05
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528 11 0.01
529 2 0.00
530 42 0.02
531 129 0.07
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534 270 0.15
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536 17 0.01
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544 5 0.00
546 8 0.00
547 132 0.07
548 9 0.00
549 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (529 bp):
TTCAAATCATTATGACTTTTTTTTTATCATAAAACAATTGTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAA
ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
ATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGACTAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAATTATTCAAATAAAATAATACTAAC
CTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATTTTTACTAAACAATTCAAAT
AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGATCTTTATTTTGTCATAAAACAA
TTGTTCTGTTCATACAAGCTTATTAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAA
TAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACA
ATTATCTAT
Found at i:92118 original size:158 final size:157
Alignment explanation
Indices: 91844--92131 Score: 348
Period size: 158 Copynumber: 1.8 Consensus size: 157
91834 TGCTAAACCA
* * ** **
91844 GTTCAAATAGTTAAAATATTAGAATAATTATCTATTTGAAATCTTTTTGACCTTTTGTTTAGTCA
1 GTTCAAATAGTTAAAATATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCTTGATGACCTTTAATTTAGTCA
* * * * * * *
91909 TATAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTAATTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTT
66 TAAAACAATTGTTTTAGCTCATACAAACGTAATTAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAACATTT
91974 ATTTATTTTAAATTGTTATGACCTTTT
131 ATTTATTTTAAATTGTTATGACCTTTT
* * *
92001 GTTCAAATAGTTAAGACTATATA-AACAATTATTTATTTCAAAT-TGTGATGACCTTTAATTTTG
1 GTTCAAATAGTTAA-AATAT-TAGAACAATTATCTATTTCAAATCT-TGATGACCTTTAATTTAG
** *
92064 TCATAAAACAATTGTTTTAGCTCATACAAACGT-ATTCAAAATATGATAAAACTAATTTATTAAT
63 TCATAAAACAATTGTTTTAGCTCATACAAACGTAATT-AAAATAAAATAAAACTAATTTATTAAC
92128 ATTT
127 ATTT
92132 CAAAAATTTA
Statistics
Matches: 108, Mismatches: 19, Indels: 7
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
157 18 0.17
158 88 0.81
159 2 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.08, T:0.44
Consensus pattern (157 bp):
GTTCAAATAGTTAAAATATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCTTGATGACCTTTAATTTAGTCA
TAAAACAATTGTTTTAGCTCATACAAACGTAATTAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAACATTT
ATTTATTTTAAATTGTTATGACCTTTT
Found at i:92396 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 92109--92440 Score: 463
Period size: 182 Copynumber: 1.8 Consensus size: 181
92099 TCAAAATATG
* *
92109 ATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAAAGATTTAGAAAATAATTTCATTTA
1 ATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAGAAAATAAGTTCATTTA
* * *
92174 CTAAACCAGTTTAAATAATTGTAACAATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATTACTTTTT
66 CTAAACCAGTTTAAATAATTGTAACAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTT
*
92239 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAAGATGAGTTTGTTTGAAATAAA
131 ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAAGATGAGTTTGTTTGAAATAAA
* * * * *
92290 ATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAAATTAATTAGTAAGAGATTTA-AAAAGTAACGTT-GT
1 ATAAAACTAATTTATTAATATTT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAGAAAA-TAA-GTTCAT
* * * *
92353 TTACTAAACCA-TTTCAAATAGTTTTAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACC
63 TTACTAAACCAGTTT-AAATAATTGTAACAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC
*
92417 TTTTATTTTGTCATCAAACAATTG
127 TTTTATTTTGTCATAAAACAATTG
92441 GTTCTATTCA
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 16, Indels: 7
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
181 29 0.22
182 100 0.76
183 2 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (181 bp):
ATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAGAAAATAAGTTCATTTA
CTAAACCAGTTTAAATAATTGTAACAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTT
ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAAGATGAGTTTGTTTGAAATAAA
Found at i:92472 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 92027--92717 Score: 579
Period size: 181 Copynumber: 3.8 Consensus size: 179
92017 CTATATAAAC
* ** * * *
92027 AATTATTTATTTCAAATTGTGATGACCTTTAATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGCTCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACA
*** * ** * * * *
92092 AACGTATTCAAAATATGATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAAAGATTTA
65 ATTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * *
92157 GAAAA-TAATTTCATTTACTAAACCAGTTT-AAATAATTGTAACAATTTGAAT
130 -AAAAGTAATTT-ATTTACTAAACCA-TTTCAAATAGTTTTAACTATTTGAAT
* * * * * * * *
92208 AATTATCTATTTTAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAAGATG
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATA-C
* * * * *
92273 AGTTTGT-TTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAAATTAATTAGTAAGAGAT
64 AATTT-TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* *
92336 TTAAAAAGTAACGTTGTTTACTAAACCATTTCAAATAGTTTTAACTATTTGAAT
127 TTAAAAAGTAA-TTTATTTACTAAACCATTTCAAATAGTTTTAACTATTTGAAT
* * * * * *
92390 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTATTCATGCT
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTATTCATACA
* ** * *
92455 ATTTTATTCAGAATAAAATAATAAC-AATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAATT
65 ATTTTATTCAGAATAAAATAAT-ACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * * * ** * *
92519 AAAAAGTAAATCTAATTGCCAAAACAGTTCAAATAG-TTAAGACTACATGGAC
129 AAAAAGT-AATTTATTTACTAAACCATTTCAAATAGTTTTA-ACTATTTGAAT
* * * * *
92571 GATTATCTATTTTAAATCATTATGATCTTTTCTTTTATTGCA-AAAA-AATTGTTTTATTCATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTT-GT-CATAAAACAATTGTTTTATTCATAC
* * * *
92634 AAGTTTATTCTGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
64 AATTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* *
92699 AAAAAATAAATTTGTTTAC
129 AAAAAGT-AATTTATTTAC
92718 CAAATCAGCT
Statistics
Matches: 402, Mismatches: 92, Indels: 33
0.76 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
179 2 0.00
180 81 0.20
181 167 0.42
182 144 0.36
183 8 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATACAA
TTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
AAAGTAATTTATTTACTAAACCATTTCAAATAGTTTTAACTATTTGAAT
Done.