Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168499.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_96, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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* *
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*
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TTAATAATATAT
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38922 ATATTTAATA
*
38932 TTAATAAATATTTAA-ATAATATAT
1 TTAATAAATAGTTAATATAATATAT
*
38956 TTAAT-AATAGTTAATATTATATAT
1 TTAATAAATAGTTAATATAATATAT
*
38980 ATAATTAAATA
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TTAATAAATAGTTAATATAATATAT
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38907 TATGTATATT
*
38917 AATAAATATTTAATATTAATAAATATTTA
1 AATAAATATTTAATAATAATAAATATTTA
* *
38946 AATAATATATTTAATAATAGTTAATA-TTA
1 AATAA-ATATTTAATAATAATAAATATTTA
* * * *
38975 TATATATAATTAAATAA-ACATAATTATTTA
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1 AAT
39008 TTATTCAGTA
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AATAAATATTTAATAATAATAAATATTTA
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40183 AAAATTACTA
40193 ATATTTTAAAAATATTATAATTATT
1 ATATTTTAAAAATATTATAATTATT
* *
40218 ATATTATAATAATA-T-TAATTATT
1 ATATTTTAAAAATATTATAATTATT
* *
40241 AGTAATATTATAAATATTA
1 A-T-ATTTTAAAAATATTA
40260 ATATAATAAA
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ATATTTTAAAAATATTATAATTATT
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40195 ATTTTAAAAA
40205 TATTATAATTATTATAT
1 TATTATAA-TATTATAT
*
40222 TATAATAATATTA-AT
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1 TATTA-TAATATTATA
40253 AATATTAATA
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TATTATAATATTATAT
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40192 AATATTTTAA
40202 AAATATTATAAT--TATT
1 AAATATTATAATAATATT
40218 --ATATTATAATAATATT
1 AAATATTATAATAATATT
* *
40234 AATTATTAGTAATATTA-T
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1 AAATATTA
40260 ATATAATAAA
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AAATATTATAATAATATT
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40333 TATTAAATTG
40343 TTAATAATAAATAA
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40357 TCATAATAATAAA-AA
1 T--TAATAATAAATAA
*
40372 TTAATCAGTAAATAA
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40387 TTAA
1 TTAA
40391 ATGTTATTAT
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TTAATAATAAATAA
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40288 AATTACTAGT
* * * * * *
40298 TTAATAATAATATAATAATACTAATTACAATTTATTATTAAATTG
1 TTAATAATAATATAATAATAATAATAAAAATTAATCAGTAAATTG
*
40343 TTAATAATAA-ATAATCATAATAATAAAAATTAATCAGTAAAT
1 TTAATAATAATATAATAATAATAATAAAAATTAATCAGTAAAT
40385 AATTAAATGT
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TTAATAATAATATAATAATAATAATAAAAATTAATCAGTAAATTG
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41485 ATAATATTTA
*
41495 TAAATAATAATTATT-TAT-TTATTC
1 TAAATAATAATTATTAGATATTATTC
*
41519 T-AAT-A-AATTATTAGATATTATTG
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41542 TAAATAATAATTAT
1 TAAATAATAATTAT
41556 AAATAGATCT
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TAAATAATAATTATTAGATATTATTC
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42292 AAATTTGTTA
* * * *
42302 CTTATTAATTGTT-AGAATATTAATAAATTAACATTACTTTATTCTGAATAAGATTATATCAATA
1 CTTATTAATT-TTCAAAATATTAAT-AATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGATTATATCAACA
* * * *
42366 GAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGGTTATAACAATATGAAATAAATAATTGTT-AAAT-T
64 AAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATATGAAATAAATAATTATTCAAATAG
* * ** *
42429 CTTATAACTAATTGAACTAGTTTG-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
129 CCT-TAACTAATTGAACT-GGTTGAACAAACAAATTTATTTTTCAAATCT
* * * *
42478 CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAATTAATATTATTTTATTCTAAACAAAATTATATTAACAAA
1 CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGATTATATCAACAAA
* * * ** * * *
42543 AACATTTGTTTTATGACAAAATAAAAGAATATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGCC
66 AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATATGAAATAAATAATTATTCAAATAGCC
* *
42608 TTAACTATTTGAACTGGTTGAACAAATAAATTTATTTTTCAAATCT
131 TTAACTAATTGAACTGGTTGAACAAACAAATTTATTTTTCAAATCT
* * * * * * * *
42654 CTTAATTATTAATTTTCATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTCTTTTGAATAAGCTTGTATGA
1 C----TTATTAATTTTCAAAATATTAATA-ATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGATTATATCA
* *
42719 ACATAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA
61 ACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA
42758 TATAATGACT
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Matches are distributed among these distances:
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177 2 0.01
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181 58 0.26
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CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGATTATATCAACAAA
AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATATGAAATAAATAATTATTCAAATAGCC
TTAACTAATTGAACTGGTTGAACAAACAAATTTATTTTTCAAATCT
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43004 AATCTCCAAC
*
43014 TTCTTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTAT
1 TTCTCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTAT
*
43050 TTCTCAATTTTTGAAATATTGATAAAGTAATATTAT
1 TTCTCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTAT
43086 TT
1 TT
43088 TATTTTGGAT
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36 36 1.00
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TTCTCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTAT
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43383 AGTTTAGCAA
* * * * *
43393 TATTTTACTCCGAATAAG-TTTGTATGGATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-CAAGATCA-
1 TATTTTATTTCGAATAAGCTTT-TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * *
43455 GACTGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGTTCGATAAACAGA
65 AAC-GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA-TTATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACAAA
* * * *
43519 TATAGTTTTT-AA-A-TCT-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTAT
127 TTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * *
43569 TATTTTATTTTGAATAA-TTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATTACAAAAC-AAAGGATCA
1 TATTTTATTTCGAATAAGCTTT-TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCA
* * * * * *** *
43632 CAACGATTTGGAATAAATAATTATTTAAATATTGATAATTATTTGAACTCACTCGGTAAACAAAT
64 TAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATATT-ATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAAT
*
43697 TTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTAT
128 TTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* *
43750 TATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGATTTATGACAAAATAAAAGGTCATA
1 TATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * *
43815 ACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATGGTCATAATTATTTTGAACGTGTTCAAAAAATAAATT
66 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-ATTATAACTA-TTTGAACTTGTTCGATAAACAAATT
* * * * *
43880 TATTTTATATAT-TTTTACTTATTAATCTTTGGAATATTAGTAAATTTA-TAT
129 TATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTAT
* *
43931 TATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCAT
1 TATTTTATTTCG-AATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * *
43995 AACAATTTGAAATAGATAATTGA-CCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGAT
65 AACGATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAATA-TTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAAT
* * * * * * * *
44059 TCATTTTTTAAATCTCTTACTCAATAATTTTTGGAATAGTAATAAGTTAGTAT
128 TTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * * *
44112 TATTTTATTTCGAACAAGCCTATATGAATTGATATAATTATTTTATGACGAAACAAAAGGTCATA
1 TATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * *
44177 ACAATTTGAAATAGATAATTATTCAGATAGTTATTACTATTTGAACTTGCTCGATAAACATATTT
66 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA-TTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTT
* * *
44242 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATAT
130 ATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * ** * * *
44293 TATTTTAATCCAAATAAGCTAATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
1 TATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * *
44358 A-TATTTGAAATAAATAATTGTTCCAATAGTCATAACTATT
66 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA-TTATAACTATT
44398 CAAAATTTTT
Statistics
Matches: 687, Mismatches: 121, Indels: 38
0.81 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
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177 56 0.08
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179 1 0.00
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181 465 0.68
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Consensus pattern (180 bp):
TATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATATTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTA
TTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
Found at i:44760 original size:181 final size:179
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Indices: 44547--45068 Score: 575
Period size: 181 Copynumber: 2.9 Consensus size: 179
44537 ATTTATATTT
* *
44547 TAAATCTCTCACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGA-ATTATGTTATTCTGAATAAGC
1 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-ACATTAT-TTATTCTGAATAAGC
* * * * *
44611 TTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTGTGTGAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATGGATAAG
64 TTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGT-AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT
* *
44676 TGTTCAAATAGTCATAATTGTTTGCACTAGTCAAGCCAAA-AGATACATTTTC
128 TGTTCAAATAGTCATAATTGTTTGAACTAGT-AAGCCAAATAAATACATTTTC
**
44728 TAAATC-CATTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAACATTACTTTATT-TCGAATAAG
1 TAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAACATTA-TTTATTCT-GAATAAG
* * * ** * *
44791 ATTATATGAACATAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAT
63 CTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATG-TAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA
* * * ** * * ** *
44856 TTGGTCAAATAGTTATAACTAATTGAACTAGTATGGCAAATAAATTTATTTTT
127 TTGTTCAAATAGTCATAATTGTTTGAACTAGTAAGCCAAATAAATACATTTTC
* ** * *
44909 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAACAAACT
1 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAACATTA-TTTATTCTGAATAAGCT
* * *
44974 TATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATT
65 TATATGAACAAAAACAATTGTTTTATG-TAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * *
45039 ATTCAAGTAGTCATAATTGTTTGAAATAGT
129 GTTCAAATAGTCATAATTGTTTGAACTAGT
45069 TTTGTAAACA
Statistics
Matches: 279, Mismatches: 54, Indels: 16
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
180 9 0.03
181 267 0.96
182 3 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (179 bp):
TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAACATTATTTATTCTGAATAAGCTT
ATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGTAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
TCAAATAGTCATAATTGTTTGAACTAGTAAGCCAAATAAATACATTTTC
Found at i:44870 original size:661 final size:662
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Indices: 43846--45054 Score: 1574
Period size: 661 Copynumber: 1.8 Consensus size: 662
43836 TTCAAATGGT
* * * *
43846 CATAATTATTTTGAACGTGTTCAAAAAATAAATTTATTTTATATATTTTTACTTATTAATCTTTG
1 CATAATTATTTTGAACGTGTTCAAAAAACAAATTTATTTTATAAATTCTCACTTATTAATCTTTG
* * * * *
43911 GAATATTAGTAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
66 GAATATTAATAAATTTAAATTATGTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA
* *
43976 TGTCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGACCAAATAGTTATAACTATTTGAA
131 TGTCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAGTGACCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* ** ** * * *** *
44041 CTTGTTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCAATAATTTTTGGAATAGTAATAAGT
196 CTAGTAAGCCAAATAGATACATTTTCTAAATCTCTTACTCAATAATTTTCAAAATAGTAATAAAT
** * * * * * *
44106 TAGTATTATTTTATTTCGAACAAGCCTATATGAATTGATATAATTATTTTATGACGAAACAAAAG
261 TAACATTACTTTATTTCGAACAAGACTATATGAAATGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * *
44171 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAGATAGTTATTACTATTTGAACTTGCT-CGATAAA
326 GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTAGTCAAATAGTTATAACTAATTGAACTAG-TACGACAAA
* *
44235 CATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
390 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
* * * * *
44300 ATCCAAATAAGCTAATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTT
455 ATCCAAACAAACTAATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTT
*
44364 GAAATAAATAATTGTTCCAA-TAGTCATAACTATTCAAAATTTTTCAGTAAACAGATTTGAAATA
520 GAAATAAATAATTATT-CAAGTAGTCATAACTATTCAAAATTTTTCAGTAAACAGATTTGAAATA
44428 ACTTGTATGAATAGAAAATTTTATTTTATGACAATACAAAAGTTTATAGCAATTTGAACTAAGTA
584 ACTTGTATGAATAGAAAATTTTATTTTATGACAATACAAAAGTTTATAGCAATTTGAACTAAGTA
44493 ATTGGTCAAACAGC
649 ATTGGTCAAACAGC
* * *
44507 CATAATTA-TTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATATTT-TAAATCTCTCACTTATTAATTTT
1 CATAATTATTTTGAACGTGTTCAAAAAACAAATTTAT-TTTATAAAT-TCTCACTTATTAATCTT
*
44570 TGGAATATTAATAAA-TTAGAATTATGTTATTCTG-AATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGT
64 TGGAATATTAATAAATTTA-AATTATGTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGT
* * * ** * *
44633 TTTGTGTGAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATGGATAAGTGTTCAAATAGTCATAATTGTT
127 TTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAGTGACCAAATAGTCATAACTATT
* * * *
44698 TGCACTAGTCAAGCCAAA-AGATACATTTTCTAAATC-CATTACTTATTAATTTTCAAAATATTA
192 TGAACTAGT-AAGCCAAATAGATACATTTTCTAAATCTC-TTACTCAATAATTTTCAAAATAGTA
* * * *
44761 ATAAATTAACATTACTTTATTTCGAATAAGATTATATGAACAT-AAACAATTGTTTTATGATAAA
255 ATAAATTAACATTACTTTATTTCGAACAAGACTATATGAA-ATGAAACAATTATTTTATGACAAA
* ** * * *
44825 ACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATATTTGGTCAAATAGTTATAACTAATTGAACTAGTAT
319 ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTAGTCAAATAGTTATAACTAATTGAACTAGTAC
* * *
44890 GGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATT
384 GACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATT
* * *
44955 ATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAA
449 ATTTTAATCCAAACAAACTAATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAA
*
45020 CAATTTGAAATAGATAATTATTCAAGTAGTCATAA
514 CAATTTGAAATAAATAATTATTCAAGTAGTCATAA
45055 TTGTTTGAAA
Statistics
Matches: 461, Mismatches: 77, Indels: 19
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
660 34 0.07
661 393 0.85
662 34 0.07
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (662 bp):
CATAATTATTTTGAACGTGTTCAAAAAACAAATTTATTTTATAAATTCTCACTTATTAATCTTTG
GAATATTAATAAATTTAAATTATGTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA
TGTCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAGTGACCAAATAGTCATAACTATTTGAA
CTAGTAAGCCAAATAGATACATTTTCTAAATCTCTTACTCAATAATTTTCAAAATAGTAATAAAT
TAACATTACTTTATTTCGAACAAGACTATATGAAATGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTAGTCAAATAGTTATAACTAATTGAACTAGTACGACAAAC
AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAA
TCCAAACAAACTAATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTG
AAATAAATAATTATTCAAGTAGTCATAACTATTCAAAATTTTTCAGTAAACAGATTTGAAATAAC
TTGTATGAATAGAAAATTTTATTTTATGACAATACAAAAGTTTATAGCAATTTGAACTAAGTAAT
TGGTCAAACAGC
Found at i:45499 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 45098--45651 Score: 475
Period size: 182 Copynumber: 3.1 Consensus size: 179
45088 TGACTTTTTA
* * ** * *
45098 TTTTGTAATAAAATAATTGTTTCTGTT-CATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTA
1 TTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTACAT--AAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTA
* * *** * * * * * * * **
45162 TTAATATTTTGACAATTAA-CAAGTGAAAGATTTAACAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCA
64 TTAAAACTCCAAAAATTAATTAA-T-AAAAATTAAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAACTCA
* * * *
45226 AATAGTCAAGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATA-ATTGTGACC-TTCTA
127 AATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAA-ACATTATGACCATT-TG
* * *
45279 TTTTGTAATAAAATAATTGTTTCAGTTAACATAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAGT-TCTAATTT
1 TTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTT-ACATAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATAT-AAATTT
* * *
45342 ATTAATA-TACCAAAAATTAATGAGTAA-AAAAATTAAAAAAATGAATCTGTTTATCGAA-AAAG
63 ATTAAAACT-CCAAAAATTAAT---TAATAAAAATTAAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAA-
*
45404 CTCAAATAGTTATGACTATCTAAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCATTTG
123 CTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCATTTG
*
45461 TTTTGTCATAAAATAATTAGTTT-TGTT-CATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTT
1 TTTTGTCATAAAATAATT-GTTTCAGTTACAT--AAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTT
* * * * *
45524 ATTAAAACTCCAAAAATTAATTAATAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAACACATTC-A
63 ATTAAAACTCCAAAAATTAATTAATAAAAATTAAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAACTCAA
* * * * * * *
45588 ATACTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACAATTTG
128 ATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCATTTG
45640 TTTTGTCATAAA
1 TTTTGTCATAAA
45652 CCAATTATTT
Statistics
Matches: 309, Mismatches: 44, Indels: 42
0.78 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
179 60 0.19
180 35 0.11
181 67 0.22
182 130 0.42
183 15 0.05
185 2 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (179 bp):
TTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTACATAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATT
AAAACTCCAAAAATTAATTAATAAAAATTAAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAACTCAAATA
GTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCATTTG
Found at i:45722 original size:157 final size:157
Alignment explanation
Indices: 45536--45832 Score: 370
Period size: 158 Copynumber: 1.9 Consensus size: 157
45526 TAAAACTCCA
* ***
45536 AAAATTAATTAATAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAACACA-TTC-AATACTTATGAC
1 AAAATTAATTAATAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACA-AGTTCAAATACTTATGAC
* *
45599 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACAATTT-GTTTTGTCATAAACCAATTATTT
65 TATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGAAC--TTTGGTTTTGTCATAAAACAATTATTT
*
45662 CTATTCATACAAGCATATTCAAAATACAAT
128 CTATTCACACAAGCATATTCAAAATACAAT
* * * * *
45692 AAAATTAA-TAAGTAAAAGATTTAAATAATAAATTTATTTACCGAGCAAGTTCAAATAGTTATTA
1 AAAATTAATTAA-TAAAA-ATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACAAGTTCAAATACTTATGA
* ** *
45756 CTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCTTTATGTTCTTTGGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
64 CTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGAACTTTGGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC
45821 TATTCACACAAG
129 TATTCACACAAG
45833 TTTATTCGGA
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 16, Indels: 10
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
155 3 0.03
156 14 0.12
157 28 0.24
158 73 0.61
159 1 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (157 bp):
AAAATTAATTAATAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACAAGTTCAAATACTTATGACT
ATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGAACTTTGGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA
TTCACACAAGCATATTCAAAATACAAT
Found at i:46823 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 45986--47767 Score: 812
Period size: 181 Copynumber: 9.8 Consensus size: 178
45976 TTGTTTTATT
* * * *
45986 ATAAAATAATACCAATTTATTACTATTTCAAAAA-T--TAA-TAAG-GATTTAAAAATAAATGTG
1 ATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCTG
* * * ** * * * *
46046 TTT-TTCGAAGCGGTTCAAATAGTTA-AGACTATTAAAACAATTATCTATTCCAAAAT-ATTCTG
65 TTTACT-GAACCAGTTCAAATA-TTATA-ACTATTTGAACAATTATTTATTTC-AAATCATTATA
* * * * * * * * * *
46108 ATCTTTTGTTTAGTCAAAAAATAATT-GTTTCAGTTCATACATGCTTATCCAAA
126 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTA-TTCATACAAGTTTATTCGAA
* * * *
46161 ATATAGTAATACTAATTTATTAAAATTTATAAAATTAATAAG-AA-A-ATTTTAAAAA-AAAT-T
1 ATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTA-AAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAATAAATCT
* * ** * * * * * *
46221 ATTTACCGAATAAGTTCAAATAGCTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATCGTTATGAC
64 GTTTACTGAACCAGTTCAAATA-TTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAAC
* * * * * * * *
46286 CTTTTATTTTATCATAAAACAACT-GTTTCAGTACATAAAAGTTT-TTCCAAA
128 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTA-TTCATACAAGTTTATT-CGAA
* ** * * * * *
46337 ATAAAATAATATTGCTTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGT-TGTAGTTTTAAAAAATAAATA
1 ATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAG-AGATTT-AAAAATAAATC
* * ** * ** * * * *
46401 AGTTTA-TAAAGTTA-TTCAAATAATCATGGCCATTTGAATAGTTATCTATTTCAAATCATTATG
63 TGTTTACTGAA-CCAGTTCAAAT-ATTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTAT-
* ** *
46464 AA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATGT-GGA
125 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTT-ATTCATACAAGTTTAT-TCGAA
* *
46517 ATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAGTTAATCT
1 ATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATCT
* * * **
46578 GTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTCTTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAAC
64 GTTTACTGAACCAGTTCAAATA-TTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAAC
* * * * *
46643 CTTTTGTTATCTCATAAAACAATTATTTCTATTCACACAAGTTTATTCAAA
128 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGTTTATTCGAA
* *
46694 ATAAAATAATACTAATATAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAATATAAATTT
1 ATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA-ATAAATCT
* * *
46759 GTTTACTGAACTAGTTCAAATATT-TAAGGCTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCATTATAA
64 GTTTACTGAACCAGTTCAAATATTATAA--CTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAA
* * * * *
46823 CCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAATT-TTTTTCATTTCTTAGTAA-CTTA-TCTGGA
127 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTT-A-TTCATA-CAAGTTTATTC-GAA
* * * * * * *
46876 ATAAAGTAAAACAAATTTATTAATATTTGAAAACTTAATAAGCAAGAGATTTAAAAA-ACAATTT
1 ATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATA-AATCT
* * * * ** * *
46940 AGTTTTCCT-AACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTGTCGATTTCAAATCGTTATG
64 -G-TTTACTGAACCAGTTCAAAT-ATTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATA
** * * * * * *
47004 TTCTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTACATATAAGTTTGA-TCGAA
126 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGTTT-ATTCGAA
* * * * * * * *
47057 ATAAAACAACATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAGAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAAACT
1 ATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCT
* * * *
47122 ATTTACTAAACCAGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAATTATAAC
64 GTTTACTGAACCAGTTCAAATA-TTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAAC
* ** * * *
47187 CATTTGTAATGTCATAAAATAATTATTTATGTTCATAC-AGTCTTATTCGAA
128 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGT-TTATTCGAA
* ** * * *
47238 ATAAAGTAATACTAATTT-ATCAATATTTTGAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATGAATCA
1 ATAAAATAATACTAATTTAAT-AATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCT
* ** * * * * * * *
47302 ATTGGCCTG-ACCAGTGCAAATAATTATGACTGTTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
64 GTT-TACTGAACCAGTTCAAAT-ATTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAA
* * * * * * * * *
47366 CCTTTTGTTTTATTACAAAATAATT-GTTTCATCACAAAACAATTGTTTCTATCTGTACTA
127 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTAT-TC-ATACAA--GTTTAT-TC-G-A--A
* ** * *
47426 GCTTATTTGAAATAATA-TAATTCT-ATTTTA-TTAATATTCTAAAAATTAA-TAAGAGATTTAA
1 ----A--TAAAATAATACTAATT-TAATAATATTTAAAAAT-T---AA-TAAGTAAGAGATTT-A
* * * * * * * *
47487 AAAATGAATATGTTTA-TCGAACAAGTACAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCT
53 AAAATAAATCTGTTTACT-GAACCAGTTCAAAT-ATTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCA
** * * * *
47551 AATCGCTACAACCTTTTGTTTTGTCCTAAAACAA-AATTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AA
116 AATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT-TATTCATACAAGTTTA-TTCGAA
* * * ** * *
47614 ATAAAATTATAC-AACTTTATTAATATTCAGACTACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
1 ATAAAATAATACTAA-TTTAATAATATTTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATC
* * ** * * ** *
47678 TATTTA-TCAAATAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATG
63 TGTTTACT-GAACCAGTTCAAAT-ATTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATA
* * * *
47742 ACTTTTTGTTTTCTCATGACACAATT
126 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
47768 TAATATTTAT
Statistics
Matches: 1223, Mismatches: 285, Indels: 191
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
174 1 0.00
175 37 0.03
176 134 0.11
177 119 0.10
178 19 0.02
179 11 0.01
180 232 0.19
181 350 0.29
182 146 0.12
183 24 0.02
184 11 0.01
185 2 0.00
186 1 0.00
188 2 0.00
190 1 0.00
192 5 0.00
193 13 0.01
194 13 0.01
195 6 0.00
196 91 0.07
197 5 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
ATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCTGT
TTACTGAACCAGTTCAAATATTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCTT
TTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGTTTATTCGAA
Found at i:47026 original size:363 final size:358
Alignment explanation
Indices: 46160--47371 Score: 858
Period size: 363 Copynumber: 3.4 Consensus size: 358
46150 GCTTATCCAA
* * * *
46160 AATATAGTAATACTAATTTATTAAAATTTATAAAATTAATAAGAAA-ATTTTAAAAAA-AAT-TA
1 AATAAAGTAATACTAATTTATTAATATTT-GAAAATTAATAAGAAAGA-TTTAAAAAACAATCTG
* ** ** * * * ** * *
46222 TTTACCGAATAAGTTCAAATAGCTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATCGTTATGACC
64 TTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATAGATTTCAAATCGTTATAACC
* * * * * * * * * *
46287 TTTTATTTTATCATAAAACAACTGTTTC-AGTACATAAAAGTTT-TTCCAAAATAAAATAATATT
129 TTTTATTATCTCATAAAACAAATATTTCTA-TACACACAAGTTTGAT-CAAAATAAAACAACACT
** * * * **
46350 GCTTTATTAATATT-TCAAAAATTAAGAAGT-TGTAGTTTTAAAAAAT-AAA-TAAGTTTA-TAA
192 AATATAATAATATTCT-AAAAATTAAGAAGTAAG-AAATTTAAAAAATAAAACT-A-TTTACTAA
** * * ** * * * * *
46410 AGTTA-TTCAAATAATCATGGCCATTTGAATAGTTATCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGT
253 A-CCAGTTCAAATAGTTATAACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATCATTAT-AACCTTTTGT
* * *
46473 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA--TCATA-CAAGCCTATGTGG
316 TTTGTCATAAAACAATT-TTTTTCATTTCTTAGTAA-CTTAT-TGG
* * * **
46516 AATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAAT-A-AAAGATTTAAAAAGTTAATCTG
1 AATAAAGTAATACTAATTTATTAATATTT-GAAAATTAATAAGAAAGATTTAAAAA-ACAATCTG
* * * * * *
46579 TTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTCTTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACC
64 TTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATAGATTTCAAATCGTTATAACC
* * * * *
46644 TTTTGTTATCTCATAAAACAATTATTTCTATTCACACAAGTTT-ATTCAAAATAAAATAATACTA
129 TTTTATTATCTCATAAAACAAATATTTCTATACACACAAGTTTGA-TCAAAATAAAACAACACTA
* * * ** * * *
46708 ATATAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAATATAAATTTGTTTACTGAACTAG
193 ATATAATAATATTCTAAAAATTAAGAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAAACTATTTACTAAACCAG
*
46773 TTCAAATA-TT-TAAGGCTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
258 TTCAAATAGTTATAA--CTATATGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
*
46836 CGTAAAACAATTTTTTTCATTTCTTAGTAACTTATCTGG
321 CATAAAACAATTTTTTTCATTTCTTAGTAACTTAT-TGG
* * *
46875 AATAAAGTAAAACAAATTTATTAATATTTGAAAACTTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAACAATTT
1 AATAAAGTAATACTAATTTATTAATATTTGAAAA-TTAATAAG-AA-AGATTTAAAAAACAATCT
* * * * *
46940 AGTTTTCCT-AACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTGTCGATTTCAAATCGTTATG
63 -G-TTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATAGATTTCAAATCGTTATA
** * * * * * * * * *
47004 TTCTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTACATATAAGTTTGATCGAAATAAAACAACAT
126 ACCTTTTATTATCTCATAAAACAAATATTTCTATACACACAAGTTTGATCAAAATAAAACAACAC
* * * *
47069 TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAGAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAAACTATTTACTAAACC
191 TAATATAATAATATTCTAAAAATTAAGAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAAACTATTTACTAAACC
* * * * **
47134 AGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAATTATAACCATTTGTAATGT
256 AGTTCAAATAGTTATAACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
* * * *
47199 CATAAAATAA-TTATTT-ATGTTCATACAGT--CTTATTCGA
321 CATAAAACAATTTTTTTCAT-TTC-T-TAGTAACTTATT-GG
* *
47237 AATAAAGTAATACTAATTTATCAATATTTTG-AAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATGAATC
1 AATAAAGTAATACTAATTTATTAATA-TTTGAAAATTAATAAG-AA-AGATTTAAAAAA-CAATC
** ** * * * * ** * *
47301 AATTGGCCTG-ACCAGTGCAAATAATTATGACTGTTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
62 TGTT-TACTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATAGATTTCAAATCGTTATA
47365 ACCTTTT
126 ACCTTTT
47372 GTTTTATTAC
Statistics
Matches: 687, Mismatches: 133, Indels: 67
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
354 11 0.02
355 2 0.00
356 38 0.06
357 155 0.23
358 71 0.10
359 42 0.06
360 5 0.01
361 79 0.11
362 49 0.07
363 221 0.32
364 11 0.02
365 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (358 bp):
AATAAAGTAATACTAATTTATTAATATTTGAAAATTAATAAGAAAGATTTAAAAAACAATCTGTT
TACTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATAGATTTCAAATCGTTATAACCTT
TTATTATCTCATAAAACAAATATTTCTATACACACAAGTTTGATCAAAATAAAACAACACTAATA
TAATAATATTCTAAAAATTAAGAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAAACTATTTACTAAACCAGTTC
AAATAGTTATAACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
AACAATTTTTTTCATTTCTTAGTAACTTATTGG
Found at i:47394 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 47370--47414 Score: 63
Period size: 19 Copynumber: 2.4 Consensus size: 19
47360 TTATGACCTT
* * *
47370 TTGTTTTATTACAAAATAA
1 TTGTTTCATCACAAAACAA
47389 TTGTTTCATCACAAAACAA
1 TTGTTTCATCACAAAACAA
47408 TTGTTTC
1 TTGTTTC
47415 TATCTGTACT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 3, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 23 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.07, T:0.44
Consensus pattern (19 bp):
TTGTTTCATCACAAAACAA
Found at i:48740 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 48703--48744 Score: 50
Period size: 13 Copynumber: 3.2 Consensus size: 13
48693 ATTATCTGGA
48703 TATTGATTTTAATT
1 TATTGATTTTAA-T
*
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TATTGATTTTAAT
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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179 TAC
* * * * *
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* * ** * * * * * * *
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* * ** * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * ** *
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* * * * * *
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* *
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* **
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* * * * *
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* * * *
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** * * *
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* * * * * **
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*
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66 TG
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TG
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* * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* *
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* * * *
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* * * **
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* * * *
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* * *
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* *
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TTTAAATAGTTATGACTA
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**
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* *
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*
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TAATAATTAATATAATAT
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* *
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* * * **
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* * * * *
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* *
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* *
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*
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AAGCACATAATTGCTTGT
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*
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* *
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* * *
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* * ** ** * * *
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* * * * * *
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* ** * * *
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* * * * * *
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* *
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* * * **
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* *
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** ** * * ** * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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* *
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* * * * * *
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* *
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** * *
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* *
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* * * ***
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*
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* * * * **
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1 ATTA
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Statistics
Matches: 44, Mismatches: 3, Indels: 6
0.83 0.06 0.11
Matches are distributed among these distances:
22 21 0.48
23 3 0.07
24 3 0.07
25 12 0.27
26 5 0.11
ACGTcount: A:0.51, C:0.00, G:0.03, T:0.47
Consensus pattern (22 bp):
ATTAATAATAAATAATATTAAT
Found at i:73147 original size:362 final size:357
Alignment explanation
Indices: 72392--73601 Score: 1035
Period size: 362 Copynumber: 3.4 Consensus size: 357
72382 GTACGATTTG
* * * * * * * * * * *
72392 AAATAAATAAATGTTCAAATTGTTATAACTAATTGAACTAGTATGGTAAATAGATTTATTTATTA
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGATAAACA-ATTTATTTTTTA
* * * * * * *
72457 AA-T-CT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAACTTAT
65 AATTCCTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGT
* * * * * * * *
72519 ATGAAT-AAAAACATTTCTTTTACGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTAAAATATATAATTAT
130 ATG-ATGAAAAACAATTATTTTATGAC-AAACAAAA-GTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGT
* * * * * * * *
72583 TCATATAACCTTAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAA-TAAATTTA-GTTTTAAAATCTATCAGTT
192 TTAAATAGCCTTAACTATTTGAATTGATTCGATAAACT-AATTTATGTTTT-AAATCTCTAACTT
* * * * * *
72646 ATTAAATTTCATAATATTACTAGATTAGTATTATTTTATTT-TGAATAAGCTTGTATGAAGATAA
255 A-TAAATTTTATAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAA
* *
72710 ATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTGA
319 ATAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTGA
* * * *
72750 AAATATATAATTGTTCAACTAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCGATAAACATATTTATTTTTTA
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGATAAACA-ATTTATTTTTTA
* *
72815 AATCTCCTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTCTAAATAGGCTTG
65 AAT-TCCTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTG
* *
72880 TATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAACACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
129 TATGATGAAAAACAATTATTTTATGACAA-ACAAAAGTT-ATAATGATTTGAAATAAATAATTGT
* * * * *
72945 TTAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTCGATAAACTGATTTATGTTTTAAATCTCTAACTTAT
192 TTAAATAGCCTTAACTATTTGAATTGATTCGATAAACTAATTTATGTTTTAAATCTCTAACTTAT
* * *
73010 CAAATTTTATAATATTAATAAAGTACTATTATTTTATTTCAG-ATAAGCTTTTATGAACTA-AAA
257 -AAATTTTATAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCTGAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAA
* * * **
73073 CAATTGTTTTATGATAAAATATAAGGTCATAATGATTTT
320 TAATTGTTTTATGACAAAACA-AAGGTCATAATGATTGA
* * * * * * *
73112 AAATAGATAATTATTCAAATAGTAAAAAATATTTGAACTT-GTTTGGTAAATAATTTTTTTTTCT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTTGATAAACAATTTATTTTT-T
* * * * * * * *
73176 AATTTCTTACTTAATAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATG
64 AAATTCCTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTG
* *
73241 TATGAGTTG--AAGCAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAAAATGATTTGAAATAAATAATT
129 TATGA--TGAAAAACAATTATTTTATGAC-AAACAAAA-GTTATAATGATTTGAAATAAATAATT
* * * * *
73304 GTTCT-AATAGTCTTAACTATTTAAATTGATT-TAGTAAAC-ACATTTATTTTTTAAATC-CTTA
190 GTT-TAAATAGCCTTAACTATTTGAATTGATTCGA-TAAACTA-ATTTATGTTTTAAATCTCTAA
* * * * * *
73365 CTTATTAATGTTTAGAATATTATTAATTTAGC-AATATTTTA-CTCTGAATAAGCTTGT-TGAAC
252 CTTATAAAT-TTTATAATATTAATAAATTA-CTATTATTTTATTTCTGAATAAGCTTGTATGAAC
* ** * *
73427 AGAAATTAAATGTTTT-TGGACAAAACAAAAATCATAATAATTGG
315 AGAAA-TAATTGTTTTAT-GACAAAACAAAGGTCATAATGATTGA
* * * * *
73471 AGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTGATAAAGAGATTTAGTTTTTA
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGATAAACA-ATTTATTTTTTA
** * * **
73536 AA-T-CT-CTTATTAATTTTCAAAATAGTAATAAAATAGTATTATTTTATTCTGACTAATTTTGT
65 AATTCCTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGT
73598 ATGA
130 ATGA
73602 ATAGAAACAA
Statistics
Matches: 684, Mismatches: 138, Indels: 62
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
356 49 0.07
357 1 0.00
358 55 0.08
359 71 0.10
360 66 0.10
361 163 0.24
362 267 0.39
363 12 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (357 bp):
AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGATAAACAATTTATTTTTTAA
ATTCCTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTA
TGATGAAAAACAATTATTTTATGACAAACAAAAGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTTAA
ATAGCCTTAACTATTTGAATTGATTCGATAAACTAATTTATGTTTTAAATCTCTAACTTATAAAT
TTTATAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTG
TTTTATGACAAAACAAAGGTCATAATGATTGA
Found at i:73367 original size:180 final size:177
Alignment explanation
Indices: 72386--73619 Score: 874
Period size: 181 Copynumber: 6.9 Consensus size: 177
72376 AATTTAGTAC
* * * * * * * *
72386 GATTTGAAATAAATAAATGTTCAAATTGT-TATAACTAATTGAACTAGTATGGTAAATAGATTTA
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCT-TAACTATTTGAA-TTGTTTCGTAAACA-ATTTA
* * *
72450 TTTATTAAAT-C-T-CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAAC
62 TTTTTTAAATCCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * * * * * * *
72511 AAACTTATATGAATAAAAACATTTCTTTTACGACAAAACAAAAGGTAATAAC
126 AAGCTTGTATGAATTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAT
* * * ** * * *
72563 GATTTAAAATATATAATTATTCATATAACCTTAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAATAAATTTAG
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCA-ATAGTCTTAACTATTTGAATTGTTTC-GTAAA-CAATTTAT
* * ** * *
72628 TTTTAAAAT-CTATCAGTTATTAAATTTCAT-AATATTACTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAA
63 TTTTTAAATCCT-T-ACTTATT-AATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
* * *
72691 TAAGCTTGTATGAA-GATAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAC
125 TAAGCTTGTATGAATTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAT
* *
72744 GA-TTGAAAATATATAATTGTTCAACTAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCGATAAACATATTTA
1 GATTTG-AAATAGATAATTGTTCAA-TAGTCTTAACTATTTGAATTGTTTCG-TAAACA-ATTTA
* * * * *
72808 TTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTCTAAAT
62 TTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * *
72873 AGGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAACACAAAA-GTTCATAAT
126 AAGCTTGTATGAAT-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT-ATAAT
* * * * * * * *
72925 GATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTCGATAAACTGATTTAT
1 GATTTGAAATAGATAATTG-TTCAATAGTCTTAACTATTTGAATTGTTTCG-TAAAC-AATTTAT
* * * * * * *
72990 GTTTTAAATCTCTAACTTATCAAATTTTAT-AATATTAATAAAGTACTATTATTTTA-TTTCAGA
63 TTTTTAAATC-CTTACTTAT-TAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-A
* * * * * *
73053 TAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAATATAAGGTCATAAT
125 TAAGCTTGTATGAATTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAT
* * *** * * * *
73106 GATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTAAAAAATATTTGAACTTGTTTGGTAAATAATTTTTT
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGTTTCGTAAACAATTTATT
* * * *
73171 TTTCTAATTTCTTACTTAATAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
64 TTT-TAAATCCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
* * * * * * *
73236 GCATGTATGAGTTGAAGCAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAAAAT
128 GCTTGTATGAATTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAT
* * *
73286 GATTTGAAATAAATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTAAATTGATTTAGTAAACACATTTAT
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCTTAACTATTTGAATTG-TTTCGTAAACA-ATTTAT
* * * * * * * *
73351 TTTTTAAATCCTTACTTATTAATGTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCTGAATAA
63 TTTTTAAATCCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
* * * * *
73416 GCTTGT-TGAA-CAGAAATTAAATGTTTT-TGGACAAAACAAAA-ATCATAAT
128 GCTTGTATGAATTA-AAA-CAATTGTTTTAT-GACAAAACAAAAGGTTATAAT
* * * * * * *
73465 AATTGGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTT-GATAAAGAGATTTA
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGTTTCG-TAAACA-ATTTA
* *** * * * *
73529 GTTTTTAAAT-C-T-CTTATTAATTTTCAAAATAGTAATAAAATAGTATTATTTTATTCTGACTA
62 TTTTTTAAATCCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
**
73591 ATTTTGTATGAA-TAGAAACAATTGGTTTT
127 AGCTTGTATGAATTA-AAACAATT-GTTTT
73620 GGAACATTAA
Statistics
Matches: 836, Mismatches: 179, Indels: 84
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
176 51 0.06
177 64 0.08
178 4 0.00
179 81 0.10
180 217 0.26
181 389 0.47
182 26 0.03
183 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
GATTTGAAATAGATAATTGTTCAATAGTCTTAACTATTTGAATTGTTTCGTAAACAATTTATTTT
TTAAATCCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT
TGTATGAATTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAT
Found at i:74075 original size:179 final size:179
Alignment explanation
Indices: 73641--74159 Score: 559
Period size: 179 Copynumber: 2.9 Consensus size: 179
73631 TTTTAAATAA
* * *
73641 ATTTATTTTTAAAA-ATTTCACTTATTAATTTTTGGAACATTAATAAATTTATATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTAAAATATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
* * * *
73705 GAAATAA-CTTGAATGAATAGAACCAATTGTTTTATTACCAAAAAAAAAAGGTTATAATGTTTTG
66 G-AATAAGC-TAAATGAATAGAAACAATTGTTTTATTA-CAAAACAAAAA-GTTATAATGATTTG
73769 AAATAGAA-AATTATT-AATATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAG
127 AAATA-AATAATTATTCAA-ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAG
* * *
73822 ATTTATTTTTTAAATTTTCTTACTT-TTAAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 ATTTATTTTTAAAATATT-TTACTTATT-AATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
* * * *
73886 TTCAAATAAGCTAACATGAATTGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAATGTTACAATGATTTG
64 TT-GAATAAGCTAA-ATGAATAGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAAGTTATAATGATTTG
* * * * **
73951 AAGTATATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACTT
127 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAG
* * ** * *
74004 A-TT-TTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTAAAATATTAATAAATCAATATTATTTTAATC
1 ATTTATTTTTAAAATATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATT
** ** * *
74067 TGAATAAGCTCGTATGAACGGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTCATAA-GAATTTG
65 TGAATAAGCT-AAATGAATAGAAACAATTGTTTTATTACAAAAC-AAAAAGTTATAATG-ATTTG
*
74131 AAATAAATAATTATTCAGATAGTCATAAC
127 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAC
74160 GATTATTTTT
Statistics
Matches: 284, Mismatches: 41, Indels: 27
0.81 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
179 72 0.25
180 55 0.19
181 16 0.06
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183 58 0.20
184 24 0.08
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
ATTTATTTTTAAAATATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
GAATAAGCTAAATGAATAGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAAT
AAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAG
Found at i:74531 original size:19 final size:19
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Indices: 74499--74536 Score: 58
Period size: 19 Copynumber: 2.0 Consensus size: 19
74489 AAAATTAAAC
*
74499 AATATAATATTTTTATTAT
1 AATATAATAATTTTATTAT
*
74518 AATATTATAATTTTATTAT
1 AATATAATAATTTTATTAT
74537 GATACTTGGA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 17 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.00, G:0.00, T:0.58
Consensus pattern (19 bp):
AATATAATAATTTTATTAT
Found at i:74720 original size:16 final size:16
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Indices: 74701--74775 Score: 57
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74691 ATTTTAATTA
*
74701 ATTAATATATATTATT
1 ATTAATATATAATATT
*
74717 ATTAATTAAAATAATATT
1 ATTAA-T-ATATAATATT
74735 -TATAAT-TACTAATATT
1 AT-TAATATA-TAATATT
* *
74751 ATTAATATATATTATC
1 ATTAATATATAATATT
74767 ATT-ATATAT
1 ATTAATATAT
74776 TAGGATAGTT
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 5, Indels: 13
0.73 0.08 0.20
Matches are distributed among these distances:
15 7 0.15
16 24 0.50
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ACGTcount: A:0.47, C:0.03, G:0.00, T:0.51
Consensus pattern (16 bp):
ATTAATATATAATATT
Found at i:74740 original size:18 final size:19
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Indices: 74687--74753 Score: 57
Period size: 19 Copynumber: 3.4 Consensus size: 19
74677 ATAAATTTTT
74687 TAATATTT-TAATTAATTAA
1 TAATATTTATAATTAA-TAA
74706 TATATATTATTATTAATTAA-AA
1 TA-ATA-T-TTA-TAATTAATAA
*
74728 TAATATTTATAATTACTAA
1 TAATATTTATAATTAATAA
*
74747 TATTATT
1 TAATATT
74754 AATATATATT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 2, Indels: 12
0.74 0.04 0.22
Matches are distributed among these distances:
18 6 0.15
19 13 0.32
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21 4 0.10
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Consensus pattern (19 bp):
TAATATTTATAATTAATAA
Found at i:74742 original size:25 final size:24
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Indices: 74694--74762 Score: 66
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74684 TTTTAATATT
* *
74694 TTAATTAATTAATATATATTATTA
1 TTAATTAAATAATATATATAATTA
*
74718 TTAATTAAAATAATATTTATAATTA
1 TTAATT-AAATAATATATATAATTA
* * *
74743 CTAATATTATTAATATATAT
1 TTAAT-TAAATAATATATAT
74763 TATCATTATA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 7, Indels: 3
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Matches are distributed among these distances:
24 6 0.17
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ACGTcount: A:0.48, C:0.01, G:0.00, T:0.51
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TTAATTAAATAATATATATAATTA
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Indices: 74701--74777 Score: 54
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74691 ATTTTAATTA
74701 ATTAATATATATT
1 ATTAATATATATT
74714 ATT-AT-TA-ATT
1 ATTAATATATATT
* * *
74724 AAAATAATATTTATA
1 --ATTAATATATATT
*
74739 ATTACTA-ATATT
1 ATTAATATATATT
74751 ATTAATATATATT
1 ATTAATATATATT
* *
74764 ATCATTATATATT
1 ATTAATATATATT
74777 A
1 A
74778 GGATAGTTGT
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 10, Indels: 12
0.69 0.14 0.17
Matches are distributed among these distances:
10 3 0.06
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13 27 0.56
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ATTAATATATATT
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75691 AAATATTATA
75701 TAAT-TAATAAT
1 TAATCTAATAAT
* *
75712 TAATTTTATAAT
1 TAATCTAATAAT
75724 TAATCTAATAAT
1 TAATCTAATAAT
75736 TAAT
1 TAAT
75740 ATTCTAAATA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 3, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
11 4 0.17
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TAATCTAATAAT
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Indices: 75702--75759 Score: 64
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75692 AATATTATAT
*
75702 AATTAATAATTAATTTTATAATT
1 AATTAATAATTAATTTTATAATA
75725 AATCTAATAATTAATATTCTA-AATA
1 AAT-TAATAATTAAT-TT-TATAATA
*
75750 AATTATTAAT
1 AATTAATAAT
75760 AGGTATGAAT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 5
0.81 0.05 0.14
Matches are distributed among these distances:
23 3 0.10
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26 2 0.07
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AATTAATAATTAATTTTATAATA
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Indices: 75774--75817 Score: 79
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75764 ATGAATAAAT
75774 TATTAATATTATTAATAATATTA
1 TATTAATATTATTAAT-ATATTA
75797 TATTAATATTATTAATATATT
1 TATTAATATTATTAATATATT
75818 TAATAATTCA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 1
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
22 5 0.24
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TATTAATATTATTAATATATTA
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Indices: 76464--76701 Score: 318
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76454 TTAAAAAATG
* ** * * **
76464 AATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGCTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCT
1 AATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGCTATAACAATTTGAACAATTATCTATGTCAAATCACT
76529 ATGACCTTATGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTATTCATACAAA-CTTATTTCA
66 ATGACCTTATGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT-TATTCATA-AAAGCTTATTTCA
* * * * *
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1 AATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGCTATAACAATTTGAACAATTATCTATGTCAAATCACT
* *
76649 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATAAAAGCTTATTT
66 ATGACCTTATGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATAAAAGCTTATTT
76702 GGATTAAAAT
Statistics
Matches: 102, Mismatches: 14, Indels: 4
0.85 0.12 0.03
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119 3 0.03
120 95 0.93
121 4 0.04
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Consensus pattern (120 bp):
AATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGCTATAACAATTTGAACAATTATCTATGTCAAATCACT
ATGACCTTATGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATAAAAGCTTATTTCA
Found at i:78378 original size:24 final size:22
Alignment explanation
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Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
78328 TTCGAATAAA
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1 TTTATACAAACAAAAAT-ATTAT
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1 TTTAT-ACAAACA-AAAATATTAT
78384 AACAATTTGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 4
0.84 0.00 0.16
Matches are distributed among these distances:
23 11 0.52
24 10 0.48
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Consensus pattern (22 bp):
TTTATACAAACAAAAATATTAT
Found at i:79320 original size:362 final size:364
Alignment explanation
Indices: 78585--80046 Score: 839
Period size: 357 Copynumber: 4.1 Consensus size: 364
78575 TGTATGTTGA
* ** * * * *
78585 AAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGT-AATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATT
1 AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAA-AACAATTTGAAACAGATAATTATTTAAATA
* * * *** *
78649 ACCATAATTATTT-AAACTAAGTT-AGTAAATTGATTTA-TTTTTTAAA--T-ATC--TTAATTT
65 ATCATAACTATTTGAAACT--GTTCAGCAAACACATTTATTTTTTTAAATCTCTTCTTTTAATTT
* * * * * * **
78706 TCAAAATATTAAGAAAAGTAGTATTATTTTATTTTTG-ATAAACTT-T-TG-TGAACTAAAACAA
128 TTAAAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTT-TATCTGAATCAACTTATATGAT-AAAAAAAACAA
* * * *
78767 TTGTTTCATGACAAAACAAAAATTCACAATGATTTTAAATATATAATTGTTTAAATAGTTATAAC
190 TTGTTTCATGACAAAACAAAAATTCACAATGATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* ** * * *
78832 TATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTAGTTTTTCAAATATCCTGCTTATTAATATTTCAAAAG
255 TATTAGAACTACTTCGAAAAACAAATTTAGTTTTTCAAATATCCTACTTAATAATATTTCAAAAG
* *
78897 TTAATAAATTAGTATTATTTTCTTTTGAATAAGCTTATATGAACT
320 TTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACT
** * * *
78942 AAAACAATTATTTTATGATTAAACAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCT-AATA
1 AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAACAGATAATTATT-TAAATA
* *
79006 ATCTTAACTATTTG-AACTGATT-GGCAAACACATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
65 ATCATAACTATTTGAAACTG-TTCAGCAAACACATTTATTTTTTTAAATCTCTT-CTT-TTAATT
*
79068 TTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCTGAATCAACTTATATGATAAAAAAAACAATT
127 TTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATCTGAATCAACTTATATGATAAAAAAAACAATT
* * * * *
79133 GTTTTATGACAAAACAAAGA-TCATAACT-ATTTGAGAT-TAATATTTATTCAAATAGTCATAAC
192 GTTTCATGACAAAACAAAAATTCACAA-TGATTTGAAATAT-ATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * *
79195 TATTAGAACTACTTTGAAAAACAACTTTAGTTTTT-AAATCTCTTACTTAATACTTTTTTAAATA
255 TATTAGAACTACTTCGAAAAACAAATTTAGTTTTTCAAATATCCTACTTAATAATATTTCAAA-A
* * *
79259 -TTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTT-AGATAAGTTTTTATTAACT
319 GTTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTATATGAACT
* * ** * * * *
79304 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATTTCAAAATAATTTTAAACAGATAATTGTTTAAATAG
1 AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAACAGATAATTATTTAAATAA
* * * * * *
79369 TCATATCTATTTGAAATTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTGTTTTAATTTTTT
66 TCATAACTATTTGAAACTGTTCAGCAAACACATTTATTTTTTTAAATCTCTTCTTTTAATTTTTA
* * * *** * *
79434 GAATGTTAATAAATTAGTATTA-TTTTAT-TCGAAAT-AAGCTTGTATG--AACTGAAATAATTA
131 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATCT-G-AATCAA-CTTATATGATAAAAAAAACAATTG
* * * * * *** *
79494 TTTTATGACTAAACAAAAGGA-T-AAAATAATTTGAAATAGATAATTATTCTGGTAGTCTTAACT
193 TTTCATGACAAAACAAAA--ATTCACAATGATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* * *** * * * * * *
79557 ATTTA-AACTAGTTTGGCTAACATATTTAATTTTT--AA-AT-CT-GTTATTAATTTTTGAAATA
256 A-TTAGAACTACTTCGAAAAACAAATTTAGTTTTTCAAATATCCTACTTAATAATATTTCAAA-A
* * * * * * * **
79616 -TTATTAAATTAGTATCATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAAAG
319 GTTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACT
* * * * * * ** ** * * * * *
79661 GAAACAATTGTTGTATGACAAAA-TAATGATCATTATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAG
1 AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAACAGATAATTATTTAAATAA
* * * * * * *
79725 TCATAACTATTTG-AACTGATTTAGTAAATAGATTTA-GTTTTTAAATCTC-T-TATTAATTTTC
66 TCATAACTATTTGAAACTG-TTCAGCAAACACATTTATTTTTTTAAATCTCTTCTTTTAATTTTT
* ** * * * * * *
79786 AAAATATTAATAAATAAAAATTA-TTTTATTTTGAAT-AA-TTCTGT-ATGAACAGAAACAATTA
130 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTA-TCTGAATCAACTTATATGAT-AAAAAAAACAATTG
* ** * * * * * * * *
79847 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGTAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATGGAT-ATGACTA
193 TTTCATGACAAAACAAAAATTCACAATGATTTGAAATATATAATTATTCAAATAG-TCATAACTA
* ** * * * * * * * * *
79911 TTTGAACTTGTTC-AGCAAACAGATTT-TTTTTTTAAATCTCCTACATATTAAT-TTACAAAATA
257 TTAGAACTACTTCGA-AAAACAAATTTAGTTTTTCAAATATCCTACTTAATAATATTTCAAAA-G
* *
79973 TTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAA-T
320 TTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACT
80017 AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
1 A-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
80047 ATCATAACTA
Statistics
Matches: 873, Mismatches: 180, Indels: 103
0.76 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
351 4 0.00
352 8 0.01
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354 6 0.01
355 20 0.02
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359 2 0.00
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365 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (364 bp):
AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAACAGATAATTATTTAAATAA
TCATAACTATTTGAAACTGTTCAGCAAACACATTTATTTTTTTAAATCTCTTCTTTTAATTTTTA
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATCTGAATCAACTTATATGATAAAAAAAACAATTGTTT
CATGACAAAACAAAAATTCACAATGATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTAG
AACTACTTCGAAAAACAAATTTAGTTTTTCAAATATCCTACTTAATAATATTTCAAAAGTTAATA
AAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACT
Found at i:79999 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 78699--81300 Score: 1225
Period size: 182 Copynumber: 14.6 Consensus size: 180
78689 TTTAAATATC
* * * * *
78699 TTAATTTTCAAAATATTAAGAAAAGTAGTATTATTTTATTTTTG-ATAAACTTTTGTGAACTA-A
1 TTAATTTTCAAAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTA-TTTTGAATAATCTTGTATGAAC-AGA
* * * * * *
78762 AACAATTGTTTCATGACAAAACAAAA-ATTCACAATGATTTTAAATATATAATTGTT-TAAATAG
63 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCT-AATAG
* * * * *
78825 TTATAACTATTTGAACTTGTTC-GATAAACAAATTTAGTTTTTCAAATATCCTGCTTA
126 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-CAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCCT-CTTA
* * * *
78882 TTAATATTTCAAAA-GTTAATAAATTAGTATTATTTTCTTTTGAATAAGCTTATATGAACTA-AA
1 TTAAT-TTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATCTTGTATGAAC-AGAA
** * * ** * * *
78945 ACAATTATTTTATGATTAAACAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATCT
64 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCA
* * *
79010 TAACTATTTGAAC-TGATT-GGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
129 TAACTATTTGAACTTG-TTCAGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCT-CTTA
* * * * * *
79062 TTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCTGAATCAA-CTTATATGATAAAAA
1 TTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAAT-AATCTTGTATG--AACAG
* * * * *
79125 AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACT-ATTTGAGATTA-ATATTTATTCAAATA
62 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA-TAATTTGA-AATAGATAATTGTTCTAATA
* * * * *
79187 GTCATAACTATTAGAACTACT-TTGA-AAAACA-ACTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTA
125 GTCATAACTATTTGAACT--TGTTCAGCAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTCCT-CTTA
* * ** * * * *
79244 ATACTTTTTTAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTT-AGATAAGT-TTTTATTAACTGAA
1 TTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAA-TCTTGTATGAACAGAA
* ** * * *
79307 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATTTCAAAATAATTTTAAACAGATAATTGTT-TAAATAGTC
64 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCT-AATAGTC
* * * * *
79371 ATATCTATTTGAAATTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTGTT-
128 ATAACTATTTGAACTTGTTCAGCAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCCTCTTA
*** * * * *
79424 TTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATGAACTGAAA
1 TTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAATCTTGTATGAACAGAAA
* * * * ** *
79488 TAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGAT-AAAATAATTTGAAATAGATAATTATTCTGGTAGTCT
65 CAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCA
* * ** * * * *
79552 TAACTATTTAAACTAGTTTGGCTAACATATTTAATTTTTAAA--T-CTGTTA
129 TAACTATTTGAACTTGTTCAGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTCTTA
** * * * * * *
79601 TTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATCATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAA-AGGAAA
1 TTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATCTTGTATGAACA-GAAA
* * * * * * * *
79665 CAATTGTTGTATGACAAAA-TAATGATCATTATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
65 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCAT
* * * *
79729 AACTATTTGAAC-TGATTTAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAA--T-CTCTTA
130 AACTATTTGAACTTG-TTCAGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTCTTA
* **
79777 TTAATTTTCAAAATATTAATAAATAAAAATTATTTTATTTTGAATAAT-TCTGTATGAACAGAAA
1 TTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATCT-TGTATGAACAGAAA
* * *
79841 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGTAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATGGAT-A
65 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAG-TCA
* * *
79905 TGACTATTTGAACTTGTTCAGCAAACAGATTTTTTTTTTAAATCTCCTACATA
129 TAACTATTTGAACTTGTTCAGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCT-CTTA
* * * *
79958 TTAATTTACAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAAC
1 TTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATCTTGTATGAACAGAAAC
** * * * * *
80023 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTACAAATAAAAAATTGTTCAAACAGTTAT
66 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA-TAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCAT
* * * ** * * * * *
80087 AACTATTTGAGCTTAATAATAATTAAATA-A-TTA-ATATTAAATAATCAT-TTA
130 AACTATTTGAACTT-GT--TCAGCAAACAGATTTATTTTTTAAAT-CTCCTCTTA
* * * * * * * *
80138 ATAATGATT-ATTAATATT-A-AAATTA--ATTA-TTAATATT-AATTAT-AT-AAT-AATC---
1 TTAAT-TTTCA-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATCTTGTATGAA-CAGA
* * ** * * * * * ** * *
80190 AATATTTATTAGATAATAAAACAATAAGAACGA-AATAAACATT-ATATATTTAA-CGTTTTAAT
63 AACAATTATTTTATGACAAAACAA-AAGATC-ATAAT-AA-TTTGAAATAGATAATTGTTCTAAT
* *** * * * * * * * * * **
80252 ATTGTTTCAATTAAAC-A-AT-AAAAAGCTC-CCATATATATTAATATGTT-AATAT--TAATA
124 A--G--TC-A-T-AACTATTTGAACTTGTTCAGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTCTTA
* * * * * * *
80309 TATAGTTTT-ATTAATA--ATTAGATT-GATATTATTTTA-TTCG-AT-AT-TT-TA--AATTAT
1 T-TAATTTTCA-AAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTTGAATAATCTTGTATGAA-CAG
* * * * * * *
80363 TAATAATTGTTTTATGAGAAAAC-AAAGATCATAA-ACTATTTGAGATTGATATTTGTT-TAAAT
62 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATA--ATTTGAAATAGATAATTGTTCT-AAT
* * * * * * *
80425 AGTTATAACTATTTGAA-TTGGTT-TGAAAATA-ACTTTATTTTCTAAATATCTTGCTTA
124 AGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGCAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTCCT-CTTA
* ** * * * * *
80482 ATAATTTTTGAAATATTAGTAAAATAGTATTA-TTTA-TTTCATATAAGT-TTTTATGAACTGAA
1 TTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAA-TCTTGTATGAACAGAA
* * * * * * * * *
80544 ACAATTGTTTTATTACAAAATAAAAAGGTCATAATGACTTT-ATATAAAAAATTGTTCAAATAGT
64 ACAATTATTTTATGACAAAA-CAAAAGATCATAAT-AATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGT
* * * *
80608 CA-AATCTATTTGAAATTGTTCAGTAAACAGATTTATATTTTTAAATCTCTTACTCA
127 CATAA-CTATTTGAACTTGTTCAGCAAACAGATTTAT-TTTTTAAATCTCCT-CTTA
* * * * * *
80664 TTAATTTTTC-AAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAACTGAAA
1 TTAA-TTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATCTTGTATGAACAGAAA
* * * * * * * * * * *
80728 TAATTGTTTTATGACCAAACAAATG-TTAGAATGATTTAAAATAGATAATTATTTCAAATAGTCT
65 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATAGATAATT-GTTCTAATAGTCA
* * * *
80792 TAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACATATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTA
129 TAACTATTTGAACTTGTTCAGCAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCCT-CTTA
** * * * *
80846 TTAATTTTTGAAATA-TAATTAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCATGTATGGAA-AGAA
1 TTAATTTTCAAAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATCTTGTAT-GAACAGAA
* * * * * *
80909 ATAATTGTTTTATAACAAAA-TAAAGATCATAATGATTT-AAGATAGATAATTGTTCAAATAGTC
64 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATAATTTGAA-ATAGATAATTGTTCTAATAGTC
* * * *
80972 ATAACTATTTGAACTATTTTC-GTAAATAGATTTA-GTTTTAAATCT--T-TTA
128 ATAACTATTTGAACT-TGTTCAGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTCTTA
* ** * *
81021 TTAATTTTCAAAA-ATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTTG-CCAATTTTGCATGAACAG----
1 TTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATCTTGTATGAACAGAAAC
* * * * * * * *
81080 -ATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTCATAATGATTTTCAAATAGATAATTGTTCAAATGGACAT
66 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAT-AATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCAT
* * * * * *
81144 GATTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTA
130 AACTATTTGAACTTGTTCAGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCT-CTTA
* * * * **
81196 CTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATTGAAAC
1 TTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATCTTGTATGAACAGAAAC
* * *
81261 AGTTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAA
66 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA-TAATTTGAA
81301 CTTGCATGGT
Statistics
Matches: 1853, Mismatches: 409, Indels: 316
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
166 3 0.00
167 2 0.00
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170 73 0.04
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179 55 0.03
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184 19 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATCTTGTATGAACAGAAAC
AATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATA
ACTATTTGAACTTGTTCAGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTCTTA
Found at i:80129 original size:25 final size:24
Alignment explanation
Indices: 80101--80185 Score: 73
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80091 ATTTGAGCTT
80101 AATAATAATTAAATAATTAATATTA
1 AATAATAATT-AATAATTAATATTA
* * *
80126 AATAATCATTTAATAATGATTATTA
1 AATAAT-AATTAATAATTAATATTA
*
80151 ATATTAA-AATTAATTATTAATATTA
1 A-A-TAATAATTAATAATTAATATTA
*
80176 ATTATATAAT
1 AATA-ATAAT
80186 AATCAATATT
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 8, Indels: 10
0.72 0.12 0.15
Matches are distributed among these distances:
23 2 0.04
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AATAATAATTAATAATTAATATTA
Found at i:80168 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 80147--80180 Score: 52
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80137 AATAATGATT
80147 ATTAA-TATTAAA
1 ATTAATTATTAAA
*
80159 ATTAATTATTAAT
1 ATTAATTATTAAA
80172 ATTAATTAT
1 ATTAATTAT
80181 ATAATAATCA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
12 5 0.25
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ATTAATTATTAAA
Found at i:80193 original size:21 final size:21
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Indices: 80169--80208 Score: 62
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80159 ATTAATTATT
*
80169 AATATTAATTATATAATAATC
1 AATATTAATTAGATAATAATC
*
80190 AATATTTATTAGATAATAA
1 AATATTAATTAGATAATAA
80209 AACAATAAGA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 17 1.00
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AATATTAATTAGATAATAATC
Found at i:81269 original size:350 final size:359
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Indices: 80483--81291 Score: 834
Period size: 350 Copynumber: 2.3 Consensus size: 359
80473 TCTTGCTTAA
* * * * *
80483 TAATTTTTGAAATATTAGTAAAATAGTATTA-TTTATTTC-ATATAAGTTTTTATGAACTGAAAC
1 TAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAA-TGAAAC
* * *
80546 AATTGTTTTATTACAAAATAAAAAGGTCATAATGACTTTATATAAAAAATTGTTCAAATAGTCAA
63 AATTGTTTTATAACAAAAT--AAAGATCATAATGACTTTAGATAAAAAATTGTTCAAATAGTCAA
*
80611 ATCTATTTGAAATTGTTCAGTAAACAGATTTATATTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTCAA
126 ATCTATTTGAAATTGTTCAGTAAACAGATTTATAGTTTTAAATCTCTTA-TCATTAATTTTTCAA
** * *
80676 ATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATTGTTTTATG
190 AAATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTAAACAA-CTTATATGAACTGAAATAATTATTTTATG
* * * * * *
80741 ACCAAACAAATGTTAGAATGATTTAAAATAGATAATTATTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACT
254 ACCAAAAAAAGGTCAGAATGATTTAAAATAGATAATTAGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACT
* * *
80806 GGTTCGGCAAACATATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTAT
319 GGTTCGGCAAACATATTTATTTTTTTAAATCTCCTACCTAC
* * * *
80847 TAATTTTTGAA-ATATAATTAAATTAGTATTATTTTA-ATCTGAATAAGCATGTATGGAAAGAAA
1 TAATTTTAGAATAT-TAA-TAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTAT-GAATGAAA
* * *
80910 TAATTGTTTTATAACAAAATAAAGATCATAATGA-TTTAAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
62 CAATTGTTTTATAACAAAATAAAGATCATAATGACTTT-AGATAAAAAATTGTTCAAATAGTCA-
*
80974 AA-CTATTTGAACTATT-TTC-GTAAATAGA-TT-TAGTTTTAAATCT-TT-T-ATTAA-TTTTC
125 AATCTATTTGAA--ATTGTTCAGTAAACAGATTTATAGTTTTAAATCTCTTATCATTAATTTTTC
* * ** * *
81030 AAAAATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTT-GCCAA-TT-T-TGCA-TGAACA-GATTATTTTA
188 AAAAATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTAAACAACTTATATGAACTGAA-ATAATTATTTTA
* * * * * *
81089 TGACTAAATAAAAGGTCATAATGATTTTCAAATAGATAATT-GTTCAAATGGACATGATTATTTG
252 TGACCAAA-AAAAGGTCAGAATGA-TTTAAAATAGATAATTAGTTCAAATAGACATAACTATTTG
* *
81153 AACTTGTTCGGTAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTCCTACCTAC
315 AACTGGTTCGGCAAACATATTTATTTTTTTAAATCTCCTACCTAC
*
81197 TAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATTGAAACA
1 TAATTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACA
* * * *
81262 GTTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAA
64 ATTGTTTTATAACAAAA-TAAAGATCATAA
81292 CTATTTGAAC
Statistics
Matches: 375, Mismatches: 52, Indels: 49
0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
349 3 0.01
350 93 0.25
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353 2 0.01
355 2 0.01
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358 1 0.00
360 2 0.01
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366 4 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (359 bp):
TAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATGAAACAAT
TGTTTTATAACAAAATAAAGATCATAATGACTTTAGATAAAAAATTGTTCAAATAGTCAAATCTA
TTTGAAATTGTTCAGTAAACAGATTTATAGTTTTAAATCTCTTATCATTAATTTTTCAAAAATTA
ATAAATTAATATTATTTTATTTTAAACAACTTATATGAACTGAAATAATTATTTTATGACCAAAA
AAAGGTCAGAATGATTTAAAATAGATAATTAGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTGGTTCGG
CAAACATATTTATTTTTTTAAATCTCCTACCTAC
Found at i:81321 original size:146 final size:146
Alignment explanation
Indices: 81147--81446 Score: 345
Period size: 146 Copynumber: 2.1 Consensus size: 146
81137 TGGACATGAT
* * *
81147 TATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTA-CTAATTTTCAGAATA
1 TATTTGAACTTGATCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATCAAATTTT-AGAATA
* * * * *** * *
81211 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATTGAAACAGTTGTTTTATGATA
65 TTAATAAACTAATACTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACAAAAACAGTTGGTTTATAATA
81276 AAAC-AAAAGATCATAAC
130 AAACAAAAAG-TCATAAC
* ** * *
81293 TATTTGAACTTGCAT-GGTAAACAGATTTATTTTTTAACTCTTTTACTTATCAAATTTTGGAATA
1 TATTTGAACTTG-ATCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATCAAATTTTAGAATA
* * * * *
81357 TTAATAAACTAATACTGTTTTATTTCAAATACACTTTTATGAACAAAAACATTTGGTTTATAATG
65 TTAATAAACTAATACTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACAAAAACAGTTGGTTTATAATA
*
81422 AGACAAAAAGTCATAAC
130 AAACAAAAAGTCATAAC
81439 TATTTGAA
1 TATTTGAA
81447 AAAGATAATT
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 23, Indels: 6
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Matches are distributed among these distances:
146 115 0.90
147 13 0.10
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (146 bp):
TATTTGAACTTGATCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATCAAATTTTAGAATAT
TAATAAACTAATACTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACAAAAACAGTTGGTTTATAATAA
AACAAAAAGTCATAAC
Found at i:81448 original size:18 final size:18
Alignment explanation
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Period size: 19 Copynumber: 3.1 Consensus size: 18
81417 TAATGAGACA
81427 AAAAGTCATAACTATTTG
1 AAAAGTCATAACTATTTG
* *
81445 AAAAAG--ATAATTA-TTC
1 -AAAAGTCATAACTATTTG
81461 AAATAGTCATAACTATTTG
1 AAA-AGTCATAACTATTTG
81480 AA
1 AA
81482 CATGTTCAAA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 4, Indels: 8
0.70 0.10 0.20
Matches are distributed among these distances:
15 3 0.11
16 4 0.14
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18 6 0.21
19 9 0.32
ACGTcount: A:0.49, C:0.09, G:0.09, T:0.33
Consensus pattern (18 bp):
AAAAGTCATAACTATTTG
Found at i:81789 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 81286--82834 Score: 1124
Period size: 181 Copynumber: 8.6 Consensus size: 178
81276 AAACAAAAGA
* * * * *
81286 TCATAACTATTTGAACTTG--CATGGTAAACAGATTTATTTTTTAACTCTTTTACTTATCAAATT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCA--GAAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT-TAATT
** * * * * * * *
81349 TT-GGAATATTAATAAACTAATACTGTTTTATTTCAAATACA-CTTTTATGAACAAAAACATTTG
62 TTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA-AGCTTGTATGAAGAAAAA-A-TTG
* * * * * * * *
81412 GTTTATAATGAGACAAAAAGTCATAACTATTTGAAAAAGATAATTATTCAAATAG
124 TTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
81467 TCATAACTATTTGAACATGTTCAAAAAACAAATTTATTTTTAAAAT-TTTTGCTTATTAATTTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAA-TAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTC
* * * **
81531 GAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAACTTGTATGAACAGGAATGATTGTT
65 AAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATG-A-AGAAAAAATTGTT
* *
81594 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
126 TTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
81647 TCCTAATTATTTGAACTTGTTCAGAAAATAATTTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTATTTTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAATAATTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTC
** * * *
81712 GGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGATAAAATTGTTTT
65 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA--GAAAAAATTGTTTT
* * * * * ***
81777 AGGATGAAACAAAAAGGTCAAAATGATTTTAAATAGATAATCACTCAAATAG
128 ATGATAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * ** * * * * *
81829 TTATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATATATTTATTTTTAAAATATTTTACTTATTAATTGTC
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTC
* * * * * * *
81894 AAAATATTAAAAAATTAATTTTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGGAGAAAAACAATTGTTTT
65 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAG-AAAA-AATTGTTTT
* * * * * * *
81959 ATGATAAAACAAAATGCCATAATGTTTTGAAATAAATAATTATTCAAACAG
128 ATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * ** * * *
82010 TTATGACTATTTGAACTTATTTGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAATGT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-AAA-ATAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * *
82074 CTAAATATTAATAAATTTGTATAATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAGTAGAAAAAATCGTT
64 CAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGA--AGAAAAAATTGTT
* * *
82138 TTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
126 TTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
82191 TCATAACTATTTGAACTTGTTTCA-AAAATAGTGTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATT-GTTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGAAAATAAT-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * ** *
82254 -AAGAATATTAATAAATTAG-ATTTATGTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACGATTGC
64 CAA-AATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-A-AGAAAAAATTGT
* * * * * * *
82317 TTTGTGATAAAACAAAAAGTCATAACTAATTGAAATAGACAATTGTTCAAACAA
125 TTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * ** * * *
82371 TCATAACTATTTGCAC-TGGTCAAGCCAACAGATTCATTTTTTAAATC-CGTTACTTATGAATTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTC-AGAAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTT
* * * * * *
82434 TCAAAATATTAATACATTAGCATTACTTTATTCCGAATAAGAC-TGTATGAACAAAAACAATTAT
63 TCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-CTTGTATGAA-GAAAA-AATTGT
* * * * *
82498 TTTATGATAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAAGAATTGTTTAAATAG
125 TTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* ** * * * * *
82552 TTATAACTAACTGAACTGGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTCTTAATTTTC
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTC
* * * * * * * * *
82617 AAAATATGAATAGATTAATATTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTT
65 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAGAAAAA-A-TTGTTTT
* * * * *
82682 ATGAAAAAAGAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAA
128 ATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
82733 TCATAATTATTTGAACTAGTT-TGACACACA-AAATTATTTTTTAAATCCCATACTTATTAA--T
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGA-A-A-ATAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * *
82794 TAATAAATATTAATAAATT-TTTTTATTTTATTCCAAATAAG
63 TCA-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG
82835 TTACTAAGAA
Statistics
Matches: 1090, Mismatches: 228, Indels: 102
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
178 2 0.00
179 46 0.04
180 289 0.27
181 583 0.53
182 160 0.15
183 10 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAATAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCA
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAGAAAAAATTGTTTTATG
ATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
Found at i:82683 original size:542 final size:543
Alignment explanation
Indices: 81394--82754 Score: 1463
Period size: 542 Copynumber: 2.5 Consensus size: 543
81384 AATACACTTT
* ** * * * * * *
81394 TATGAACAAAAACATTTGGTTTATAATGAGACAAAAAGTCATAACT-ATTTGAAA-AAGATAATT
1 TATGAACAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAATGCCATAA-TGATTTGAAATAA-AGAATT
* * ** * ** * *
81457 ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATG-TTCAAAAAACAAATTTATTTTTAAAAT-TTTTGCT
64 ATTCAAACAGTTATAACTAACTGAAC-TGATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
**
81520 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCGAAATAAACTTGTATGAACAGGA
128 TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCGAAATAAACTTGTATGAACA--A
** * *
81585 ATGATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCC
191 AAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * **
81650 TAATTATTTGAACTTG-TTCAGAAAATAATTTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTATTTTTTGG
256 TAATTATTTGAACTTGTTTCAGAAAATAATGTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAGTTTTAAG
* ** * *
81714 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGATAAAATTGTTTTAG
321 AATATTAATAAATTAGTATTATGTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGATAAAATTGCTTTAG
* * * * * * * *
81779 GATGAAACAAAAAGGTCAAAATGATTTTAAATAGATAATCACTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
386 GATAAAACAAAAAGGTCAAAATGAATTGAAATAGACAATCACTCAAACAATCATAACTATTTGAA
* *** * * * * ** *
81844 CTTGTTTGGTAAATATATTTATTTTTAAAATATTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAAAAAAT
451 CTGGTCAAGCAAACAGATTCATTTTTAAAATACGTTACTTATGAATTGTCAAAATATTAAAAAAT
** *
81909 TAATTTTATTTTAATCCAAATAAGCTTG
516 TAACATTACTTTAATCCAAATAAGCTTG
* * * * *
81937 TATGGAGAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGCCATAATGTTTTGAAATAAATAATTAT
1 TATGAACAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAATGCCATAATGATTTGAAATAAAGAATTAT
* ** * *
82002 TCAAACAGTTATGACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
66 TCAAACAGTTATAACTAACTGAACTGATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * * * * * *
82067 TAAATGTCTAAATATTAATAAATTTGTATAATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAGTAGAAAAA
131 TAATTTTCAAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCGAAATAAACTTGTATGA--ACAAAAA
* * *
82132 ATCGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
194 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* *
82197 CTATTTGAACTTGTTTCA-AAAATAGTGTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATT-GTTTTAAGAAT
259 TTATTTGAACTTGTTTCAGAAAATAATGTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAGTTTTAAGAAT
* *
82260 ATTAATAAATTAG-ATTTATGTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAATAGA-AACGATTGCTTT-GT
324 ATTAATAAATTAGTA-TTATGTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGATAA-AATTGCTTTAG-
* *** *
82322 GATAAAACAAAAA-GTCATAACT-AATTGAAATAGACAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGC
386 GATAAAACAAAAAGGTCA-AAATGAATTGAAATAGACAATCACTCAAACAATCATAACTATTTGA
* * * * * *
82385 ACTGGTCAAGCCAACAGATTCATTTTTTAAATCCGTTACTTATGAATTTTCAAAATATTAATACA
450 ACTGGTCAAGCAAACAGATTCATTTTTAAAATACGTTACTTATGAATTGTCAAAATATTAAAAAA
* * *
82450 TTAGCATTACTTTATTCCGAATAAGAC-TG
515 TTAACATTACTTTAATCCAAATAAG-CTTG
* *
82479 TATGAACAAAAACAATTATTTTATGATAAAAC-AAATGGTCATAATGATTTGAAATAAAGAATTG
1 TATGAACAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAT-GCCATAATGATTTGAAATAAAGAATTA
* * * * * *
82543 TTTAAATAGTTATAACTAACTGAACTGGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTC
65 TTCAAACAGTTATAACTAACTGAACTGATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * * * *
82608 TTAATTTTCAAAATATGAATAGATTAATATTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAAC
130 TTAATTTTCAAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCGAAATAAACTTGTATGAACAAAAA-
* * * * *
82673 ATTTGTTTTATGAAAAAAGAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATA
194 A-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
*
82738 ATTATTTGAACTAGTTT
258 ATTATTTGAACTTGTTT
82755 GACACACAAA
Statistics
Matches: 677, Mismatches: 126, Indels: 31
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
540 6 0.01
541 5 0.01
542 330 0.49
543 165 0.24
544 165 0.24
545 4 0.01
546 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (543 bp):
TATGAACAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAATGCCATAATGATTTGAAATAAAGAATTAT
TCAAACAGTTATAACTAACTGAACTGATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
TAATTTTCAAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCGAAATAAACTTGTATGAACAAAAAAT
TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATT
ATTTGAACTTGTTTCAGAAAATAATGTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAGTTTTAAGAATAT
TAATAAATTAGTATTATGTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGATAAAATTGCTTTAGGATAA
AACAAAAAGGTCAAAATGAATTGAAATAGACAATCACTCAAACAATCATAACTATTTGAACTGGT
CAAGCAAACAGATTCATTTTTAAAATACGTTACTTATGAATTGTCAAAATATTAAAAAATTAACA
TTACTTTAATCCAAATAAGCTTG
Found at i:82804 original size:361 final size:358
Alignment explanation
Indices: 81321--82825 Score: 1264
Period size: 361 Copynumber: 4.2 Consensus size: 358
81311 AAACAGATTT
* ** * ** * * * * *
81321 ATTTTTTAACTCTTTTACTTATCAAATTTTGGAATATTAATAAACTAATACTGTTTTATTTCAAA
1 ATTTTTTAAATCCCTTACTTAT-TAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAA
* * * * * * * * *
81386 TACA-CTTTTATGAACAAAAACATTTGGTTTATAATGAGACAAAAAGTCATAACT-ATTTGAAAA
64 TA-AGCTTGTATGAATAAAAA-AATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAAT
* * * * ** *
81449 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCAAAAAACAAATTTATTTTTAAAAT-
126 AGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTAAAATC
* * ** * *
81513 TTTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCGAAATAAACTTGTATG
191 TCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATG
* ** * * * *
81578 AACAGGAATGATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
256 AACA-AAAACATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
* * * * * *
81643 ATAGTCCTAATTATTTGAACTTGTTCAGA-AA-ATAATTTC
320 ACAATCATAACTATTTGAACTAGTT-AGACAACA-AAATTC
* * * **
81682 ATTTTTTAAATCTCTTACTCATTATTTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
1 ATTTTTTAAATCCCTTACTTATTA-ATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAA
* * * * * * *
81747 TAAGCTTATATGAATTGATAAAATTGTTTTAGGATGAAACAAAAAGGTCAAAATGATTTTAAATA
64 TAAGCTTGTATGAA-TAAAAAAATTGTTTTATGATAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
*** * * * * *
81812 GATAATCACTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATATATTTATTTTTAAAATAT
127 GATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTAAAATCT
* * * * * * *
81877 TTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAAAAAATTAATTTTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGG
192 CTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGA
* * * * * *
81942 AGAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGCCATAATGTTTTGAAATAAATAATTATTCAAA
257 ACAAAAAC-ATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
* * * * * *
82007 CAGTTATGACTATTTGAACTTATTTGGTA-AAC-AAATTT
321 CAATCATAACTATTTGAAC-TAGTTAG-ACAACAAAATTC
** * * *
82045 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAATGTCT-AAATATTAATAAATTTGTATAATTTTATTTGAA
1 ATTTTTTAAATCCCTTACTTATT-AAT-TTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTG-A
* * * *
82109 ATAAGCTTGTATGAGTAGAAAAAATCGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
63 ATAAGCTTGTATGAATA-AAAAAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * *
82174 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTCA-AAAATAG-TGTCATTTTTTAAAT
127 GATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTT-AGTAAACAGAT-TTATTTTTAAAAT
* * * * * *
82237 CTCTTACTCATT-GTTTT-AAGAATATTAATAAATTAGAT-TTATGTTATTTCAAATAAGCTTTT
190 CTCTTACTTATTAATTTTCAA-AATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGT
* * * * * * * *
82299 ATGAATAGAAACGATTGCTTTGTGATAAAACAAAAAGTCATAACTAATTGAAATAGACAATTGTT
253 ATGAACAAAAAC-ATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTT
* * * * *
82364 CAAACAATCATAACTATTTGCACTGGTCAAGCCAAC-AGATTC
317 CAAACAATCATAACTATTTGAACTAGT-TAGACAACAAAATTC
* * * * * *
82406 ATTTTTTAAATCCGTTACTTATGAATTTTCAAAATATTAATACATTAGCATTACTTTATTCCGAA
1 ATTTTTTAAATCCCTTACTTATTAATTTT-AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAA
* * *
82471 TAAGAC-TGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATA
64 TAAG-CTTGTATGAATAAAAA-AATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * ** * *
82535 AAGAATTGTTTAAATAGTTATAACTAACTGAACTGGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
127 GATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTAAAATCT
* * * * *
82600 CTTACTTCTTAATTTTCAAAATATGAATAGATTAATATTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGA
192 CTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGA
* *
82665 ACAAAAACATTTGTTTTATGAAAAAAGAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
257 ACAAAAACA-TTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
* * *
82730 TAATCATAATTATTTGAACTAGTTTGACACACAAAATT-
321 CAATCATAACTATTTGAACTAGTTAGACA-ACAAAATTC
* * * *
82768 ATTTTTTAAATCCCATACTTATTAA-TTAATAAATATTAATAAATT-TTTTTATTTTATT
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AGCTTGTATGAATAAAAAAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
ATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTAAAATCTCTTA
CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAA
AAACATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAATC
ATAACTATTTGAACTAGTTAGACAACAAAATTC
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* *
84311 TAATTCTTATATTTAT-AAT-TTGTAAA-
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1 TAAT
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TAATTATTATATTAATAAATATTGTAAAC
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84487 TTAATTAAAA
* *
84497 TATAAAGATTTAATTAAATTATTAT
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* *
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84545 TATTTTAAGT
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TATAAAGAATTAATTAAACTATTAT
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84862 GTTTTATGTC
* * * * * *
84872 AAAACAAAAGTTCATAATGATTCGAAATAGATAAATGTTTAAATGGCCATAATTATTTTAA-TTG
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* * *
84997 ATAATATTATTTTATTTAGGACAAGCTTGTATGATCT
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* ** * * *
85034 AAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
1 AAAACAAAAGGTCATAATGATTCGAAATAGATAAATATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTG
* ** * ** * *
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* *
85164 TATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACT
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AAAACAAAAGGTCATAATGATTCGAAATAGATAAATATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTG
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TATTATTTTATTTAGAACAAGCATGTATGAACT
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85319 AATTACTCTG
* * * ** *
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* ** ** * * * * ** *
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* * **
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* * *
85505 AA-ATAATTGTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAA
1 AATA-AACT-TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAA
* * *
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* *
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* *
85686 AATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATATCATAACCATTTGAAAT
1 AATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * * * * *
85751 AAATAATTGTTCAAACA-ATCATAACTTTTTGAACTCACTCGATAAACAAATTCATTTTTTAAAT
66 AGATAATTGTTCAAATAGA-CATAACTATTTGAATTGATTCGATAAACTAATTAATTTTTT-AA-
* ** * *
85815 ATTTTACTTACCAATTTTTGAATATTAATTAATTAGAATTATTTTATTCCA
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* * * * * * *
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1 AATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAT-GTCATAACGATTTGAAA
* * * * * * *
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65 TAGATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAAT-TGATTCGATAAACTA-ATTAATTTTTTAA
* * *
85993 AATTATACTTCTTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAA
128 ATTTA-ACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCA
** * * * * * *
86046 AATATGCTTGCATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGTGTCATAATGTTTTGAAAT
1 AATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAAT
* * * ** * * *
86111 AGATTATTGTTTAGATAGTTATAACTATTTCAACTTGA-TCGATAAGA-AAATTCA-TTTTT---
66 AGATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAA-TTGATTCGATAA-ACTAATTAATTTTTTAAA
* * * **
86170 TTTAA-TTCTGTTATTCTTT-AAT-TT-TTGGA--A-TATTATTTTA-TCTCA
129 TTTAACTTAT-TAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-CA
** * * * * * *
86215 AATAGGCTTATATGAACTA-AAGCAATTATTTTATTACAAAACAAAA-G-CTTACGATGATTTGA
1 AATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATGTCATA--ACGATTTGA
* * * * ** *
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* * * * *
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* * * * *
86396 AATAAGCTAGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGAA-AAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAA
1 AATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT-AACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAA
* * * * *
86460 TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TGATTTGAACTTGTTTAG-TAAA-TAGATTTA-TTTTTA
65 TAGATAATTGTTCAAATAGACATAACT-ATTTGAA-TTGATTCGATAAACTA-ATTAATTTTTTA
* * * *
86521 AATCTTTTACTTATTAATTGTCTT-AAT-TTAATAAATTTGTATTATCTTATTCAA
127 AA--TTTAACTTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA
* * * ** * * * * ** **
86575 AATAAGCTTGTATGAA-CGAAAAAAATCATTTTATGACAAAGCAAAAGGTTATAGTGATTTTCAA
1 AATAAACTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * * * * *
86639 TAAATAATTGTTCAAATA-ATTATAATTATTTAAACTTGTTTAG-TAAACAAATTCATTTTATAA
65 TAGATAATTGTTCAAATAGA-CATAACTATTTGAA-TTGATTCGATAAACTAATTAATTTTTTAA
** * * * *
86702 ATCTATTAA-TTATTAATTTTCAAAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTCG
128 A--T-TTAACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA
* * * * *** * * * * * *
86756 AATAAGCTTATATGAATTGAAAAAAAAATTTTATGACAGAAGAAAAGGTTATAATGATTTGAAAT
1 AATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAAT
** * * * *
86821 AGATAATCATTCAAATAGTCATGACTGTTTG-ATCT-AGTTC-AGTAAACATATTTAATTTTTTA
66 AGATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAAT-TGA-TTCGA-TAAAC-TAATTAATTTTTTA
* * * ** * *
86883 CATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAAATTAATAAATTTA-TATTATTTTAATCCA
127 -A-ATTTAACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCA
** * * * * * * * * *
86937 AATAAGTTTGAATAAATAGAAACTATTATCTTATAATAGAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
1 AATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * * * *
87002 AAATAATTGCTT-AAATAGTC-TTA--ATTTGAACT-AGTTTGGTAAA-TATATTTATTTTTTAA
66 AGATAATTG-TTCAAATAGACATAACTATTTGAATTGA-TTCGATAAACTA-ATTAATTTTTT-A
* * * *
87061 AATTT---TTATTAATTTTTTAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCG
127 AATTTAACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA
* * * * * * * * * * *
87111 AACAAACTTATATAAACAAAAAC-ATTAGTTTTATGACAAAACATAAGGTTAAAACAATTTGAAA
1 AATAAACTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTTATAACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * * *
87175 TAGATATTTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAA-TAGAATT-ATTTTTTAA
65 TAGATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAATTGATTCGATAAACT--AATTAATTTTTTAA
* * * * *
87238 TTCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTCTA
128 AT-T-TAACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCA
* * * * * * *
87292 AATAAGCTAGTATGAATTGAAA-ATATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAA
1 AATAAACTTGTATGAATAGAAACA-ATTGTTTTATAACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAA
* * * *** * * * *
87356 TAAATAATTATTCATATAGTTTTAATTATTTGAACT-AGTTCGACAAAC-AATTTTATTTTTTAA
65 TAGATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAATTGA-TTCGATAAACTAA-TTAATTTTTTAA
* * * ** * * * *
87419 ATCTCTTAGTCATTAATTTTCAAAATATTATTAGATTAGTTTTATTTTATTTCA
128 AT-T-TAACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA
* * * * * * * *
87473 AATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGT
1 AATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAAT
* * * ** * * * *
87538 ATACAACTACTCTAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTTTG-TAAAC-AGATTTATTTTTTTAA
66 AGATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAATTGA-TTCGATAAACTA-A-TTAATTTTTTAA
* * *
87601 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAACTAGTATTATTTTATTCCA
128 AT-T-TAACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA
* ** * * * * * *
87655 AATAAGCTTGTATG-ATCA-AAACAATTGTCATATGACCAAACAAAAGGTAAGAACAATTTGAAA
1 AATAAACTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAA
* * * * *
87718 TAGATAATTATTAAAATGGCCATAATTATTTGAATTGATT
65 TAGATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAATTGATT
87758 TGGTAAACAT
Statistics
Matches: 1773, Mismatches: 365, Indels: 226
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.00
168 5 0.00
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170 7 0.00
172 2 0.00
173 17 0.01
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
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TAACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA
Found at i:85930 original size:360 final size:350
Alignment explanation
Indices: 85329--87734 Score: 977
Period size: 360 Copynumber: 6.7 Consensus size: 350
85319 AATTACTCTG
* * ** * * *
85329 AATAAGCTTGTATTAATAGAAACAAATGTTTTAGGACAAAAC-AAAGATCATAACGATTTGAGAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAAT
* * * *** * * *
85393 AGATAATTGTTTAAATAGTTATAACTA-TTCAAACTGGTTTGGTAAAGAAAATT-AGTTTTT-AA
66 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTC-AACTTCATCGAT-AAGAAAATTCATTTTTTAAA
* * * **
85455 ATCTCTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTATAAAATAA--TTGTGTA
129 AT-TC-TCTTAATTTTTG-AATATTAATTAATTAG-ATTATTTTATT-CCAAATAAGCTTGT-T-
* * ** **
85518 TGAATAGAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAT-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATAGTT
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* * *
85582 CAAATGGACAAGACTATTTGAATTGGTTCGATAAACTA-ATTAATTTTTTAAATTTCAACTTATT
250 CAAATAGTCAAGACTATTTGAATTGGTTCGA-AAACTAGATTTATTTTTTAAATTT-AACTTATT
* *
85646 AATTTTTAGAATGTTAATATATTAGTATTATTTTATTCCA
313 AATTTTT-GAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTCCA
* *
85686 AATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATATCATAACCATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAAT
* * * *
85751 AAATAATTGTTCAAACAATCATAACTTTTTGAAC-TCACTCGATAA-ACAAATTCATTTTTTAAA
66 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTTCA-TCGATAAGA-AAATTCATTTTTTAAA
*
85814 TATTTTACTTACCAATTTTTGAATATTAATTAATTAGAATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTTT
129 -ATTCT-CTT---AATTTTTGAATATTAATTAATTAG-ATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTTT
* *
85879 GAACAAAAACAATTGGTTTATTACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTCTTCA
188 GAACAAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TATTCA
* * * * * *
85944 AATAGTCATA-ACTATTTGAATGTGTTTAGAAAA-TAGCTTTATTTTCTAAAATTATACTTCTTA
252 AATAGTCA-AGACTATTTGAAT-TGGTTCGAAAACTAGATTTATTTTTTAAATTTA-ACTTATTA
*
86007 ATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAA
314 ATTTTT-GAATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTCCA
* * * * * * ***
86046 AATATGCTTGCATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGTGTCATAATGTTTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAAT
* * * * * * **
86111 AGATTATTGTTTAGATAGTTATAACTATTTCAACTTGATCGATAAGAAAATTCATTTTTTTTAAT
66 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTTCATCGATAAGAAAATTCATTTTTTAAAAT
* * * *
86176 TCTGTT-ATTCTTT-AAT-TT--TTGGAA-T--ATTATTTTA-TCTCAAATAGGCTTATATGAAC
131 TCTCTTAATT-TTTGAATATTAATT--AATTAGATTATTTTATTC-CAAATAAGCTTGTTTGAAC
* * * * * * ** *
86232 TAAAGCAATTATTTTATTACAAAACAAAAGCTTACGATGATTTGAAATAGATTATTATTCAAATA
192 AAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATATTCAAATA
* * * * *
86297 GTCATGACTATTTGAACTT-GTTCGGCAAAC-ATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATAAATT
256 GTCAAGACTATTTGAA-TTGGTTC-GAAAACTAGATTTATTTTTTAAA--TTTAACTTATTAATT
* *
86360 GTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCG
317 TTTG-AATATTAATAAATT-ATATTATTTTATTCCA
* *
86396 AATAAGCTAGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGAA-AAAACAAAA-AGTCATAACAATTTGAA
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT-AACAAAACAAAATA-TCATAACAATTTGAA
* * ** * *
86459 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TGATTTGAACTT-GTTTAGTAA-ATAGATTTA-TTTTT
64 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTCAACTTCATCGA-TAAGA-AAATTCATTTTTT
* * * * * *
86520 AAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT-AAT-TTAATAAATTTGTATTATCTTATTCAAAATAAGCT
126 AAA---ATT-C-TCTTAATT-T-TTGAATATTAATTAATTAG-ATTATTTTATTCCAAATAAGCT
* ** * * * * * ** *
86583 TGTATGAACGAAAAA-AATCATTTTATGACAAAGCAAAAGGTTATAGTGATTTTCAATAAATAAT
183 TGTTTGAAC-AAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA-
* * * * * * * * * * *
86647 TGTTCAAATAATTATA-ATTATTTAAACTTGTTTAGTAAAC-AAATTCATTTTATAAATCTATTA
246 TATTCAAATAGTCA-AGACTATTTGAA-TTGGTTCGAAAACTAGATTTATTTTTTAAA--T-TTA
** * * *
86710 A-TTATTAATTTTCAAAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTCG
306 ACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATT-ATATTATTTTATTCCA
* * * *** * * * ** * **
86756 AATAAGCTTATATGAATTGAAAAAAAAATTTTATGACAGAAGAAAAGGTTATAATGATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAAT
* ** * * * * *** * *
86821 AGATAATCATTCAAATAGTCATGACTGTTTGATCTAGTTC-AGTAA-ACATATTTAATTTTTTAC
66 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTTCATCGA-TAAGA-A-AATTCATTTTTTA-
** * * * * * * * *
86884 ATTTTTTACTT-ATTAATTGTCAAAAATTAATAAATTTATATTATTTTAATCCAAATAAGTTTGA
127 AAATTCT-CTTAATT--TT-T-GAATATTAATTAA-TTAGATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGT
* * * * * * * * * * * *
86948 ATAAATAGAAACTATTATCTTATAATAGAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAAT-TGC
186 TTGAACAAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAT--
* ** * * * * *
87012 TTAAATAGTC-TTA--ATTTGAACTAGTTTGGTAAA-TATATTTATTTTTTAAAATTT---TTAT
249 TCAAATAGTCAAGACTATTTGAA-TTGGTTCGAAAACTAGATTTATTTTTT-AAATTTAACTTAT
* * * *
87070 TAATTTTTTAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCG
312 TAA-TTTTTGAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTCCA
* * * * * * * * ** * *
87111 AACAAACTTATATAAACAAAAAC-ATTAGTTTTATGACAAAACATAAGGTTAAAACAATTTGAAA
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTTATAACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAA
* * * * *** * *
87175 TAGATATTTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAA-ATAGAATT-ATTTTTT-A
65 TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTTCATCGATAAGA-A-AATTCATTTTTTAA
* * * ** * *
87237 ATTCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTTATTTTATTTTATTCTAAATAAGCTAG
128 AAT-TC-T-C---TTAATTTTTG-AATATTAATTAA-TTAGATTATTTTATTCCAAATAAGCTTG
* ** * * * * *
87302 TATGAATTGAAAA-TATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTA
185 TTTGAA-CAAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TA
* ** * * * * *
87366 TTCATATAGTTTTA-ATTATTTGAACTAGTTCGACAAAC-A-ATTTTATTTTTTAAATCTCTTAG
248 TTCAAATAG-TCAAGACTATTTGAATTGGTTCGA-AAACTAGA-TTTATTTTTTAAAT-T-TAAC
* ** * * * *
87428 TCATTAATTTTCAAAATATTATTAGATTAGTTTTATTTTATTTCA
308 TTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTCCA
* * * ** * *
87473 AATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAAT
* * * ** * * * * * * *
87538 ATACAACTACTCTAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTTTG-TAA-ACAGATTTATTTTTTTA
66 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTTCA--TCGATAAGA-AAATTCATTTTTTAA
* * *
87600 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAACTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTG
128 AAT-TC-T-C---TTAATTTTTG-AATATTAATTAATTAG-ATTATTTTATTCCAAATAAGCTTG
* * ** * * * * * **
87665 TATGATC-AAAACAATTGTCATATGACCAAACAAAAGGTAAGAACAATTTGAAATAGATAATTAT
185 TTTGAACAAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAT
*
87729 TAAAAT
249 TCAAAT
87735 GGCCATAATT
Statistics
Matches: 1596, Mismatches: 339, Indels: 223
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
348 4 0.00
349 121 0.08
350 127 0.08
351 5 0.00
352 6 0.00
353 6 0.00
354 21 0.01
355 215 0.13
356 23 0.01
357 58 0.04
358 87 0.05
359 53 0.03
360 459 0.29
361 76 0.05
362 267 0.17
363 68 0.04
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (350 bp):
AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAAT
AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTTCATCGATAAGAAAATTCATTTTTTAAAAT
TCTCTTAATTTTTGAATATTAATTAATTAGATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTTTGAACAAAA
ACAATTGTTTTATTACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATATTCAAATAGTCAA
GACTATTTGAATTGGTTCGAAAACTAGATTTATTTTTTAAATTTAACTTATTAATTTTTGAATAT
TAATAAATTATATTATTTTATTCCA
Found at i:87340 original size:536 final size:538
Alignment explanation
Indices: 86198--88110 Score: 1399
Period size: 536 Copynumber: 3.5 Consensus size: 538
86188 TAATTTTTGG
* * * * ** *
86198 AATATTATTTTATCTCAAATAGGCTTATATGAACT-AAAGCAATTATTTTATTACAAAACAAAAG
1 AATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAA-AAAAAATTTTATGACAAAACAAAAG
* ** * * *
86262 CTTACGATGATTTGAAATAGATTATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCGGCAAAC
65 GTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTAGTTCAGCAAAC
* * *
86327 ATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATAAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
130 ATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATAAATTGTTCAAAAATTAATAAATTAATATTATTTTAA
* * * * *
86392 TCCGAATAAGCTAGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAAGTCATAACAATTTG
195 TCCAAATAAGCTAGAATAAATAAAAACAATTATCTTATGAAAAAACAAAAAGTCATAACAATTTG
* *
86457 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATGATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTAA
260 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT-ATAATTTGAACTAGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTAA
* * *
86522 ATCTTTTACTTATTAATTGTCTTAATTTAATAAATTTGTATTATCTTATTCAAAATAAGCTTGTA
324 A-CATTTA-TTATTAATTGTCTTAATTTAATAAATTAGTATTATCTTATTCAAAATAAGCTTATA
* * * *** **
86587 TGAACGAAAAAAATCATTTTATGACAAAGCAAAAGGTTATAGTGATTTTCAATAAATAATTGTTC
387 TAAACGAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAAAACAATTTGAAATAAATAATTGTTC
* *
86652 AAATAATTATAATTATTTAAACTTGTTTAGTAAACAAATTCATTTTATAAATCTATTAATTATTA
452 AAATAATCATAATTATTTAAACTTGGTTAGTAAACAAATTCATTTTATAAATCTATTAATTATTA
*
86717 ATTTTCAAAATATTAATAACTT
517 ATTTTCAAAATATTAATAAATT
* * *
86739 AATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATTGAAAAAAAAATTTTATGACAGAAGAAAAGG
1 AATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAAAAAAAATTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * *
86804 TTATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATGACTGTTTGATCTAGTTCAGTAAACA
66 TTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACA
* * * *
86869 TATTTAATTTTTTACATTTTTTACTTATTAATTG-TCAAAAATTAATAAATTTATATTATTTTAA
131 TATTT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATAAATTGTTCAAAAATTAATAAATTAATATTATTTTAA
* * * * * * **
86933 TCCAAATAAGTTTGAATAAATAGAAACTATTATCTTAT-AATAGAACAAAAGGTCATAATGATTT
195 TCCAAATAAGCTAGAATAAATAAAAACAATTATCTTATGAA-AAAACAAAAAGTCATAACAATTT
* *
86997 GAAATAAATAATTGCTT-AAATAGTC-T-TAATTTGAACTAGTTTGGTAAATATATTTATTTTTT
259 GAAATAAATAATTG-TTCAAATAGTCATATAATTTGAACTAGTTTAGTAAATAGATTTA-TTTTT
* * * *
87059 AAA-ATTT-TTATTAATT-TTTTAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCGAACA-AA-CT
322 AAACATTTATTATTAATTGTCTT-AAT-TTAATAAATTAGTATTATCTTA-TTC-AAAATAAGCT
* * * * *
87119 TATATAAAC-AAAAACATTAGTTTTATGACAAAACATAAGGTTAAAACAATTTGAAATAGATATT
383 TATATAAACGAAAAAAATCA-TTTTATGACAAAACAAAAGGTTAAAACAATTTGAAATAAATAAT
* * * * * *
87183 TGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TGGTTAGGTAAATAGAATT-ATTTTTTAATTCTCTTA
447 TGTTCAAATAATCATAATTATTTAAACTTGGTTA-GTAAACA-AATTCATTTTATAAATCTATTA
* ** *
87246 CTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATT
510 ATTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATT
* * * ***
87275 TATTTTATTTTA-TTCTAAATAAGC-TAGTATGAATTGAAAATATTGTTTTATGACAAAACAAAA
1 AATATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTA-TATGAATTGAAAAAAAAATTTTATGACAAAACAAAA
* * ** * *
87338 GGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGTTTTAATTATTTGAACTAGTTC-GACAA
64 GGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTAGTTCAG-CAA
* * * * * * * *
87402 ACA-ATTTTATTTTTTAAATCTCTTAGTCATTAATT-TTCAAAATATTATTAGATTAGTTTTATT
128 ACATA-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATAAATTGTTCAAAA-ATTAATAAATTAATATTATT
* * * * * * * * * * * * *
87465 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAA
191 TTAATCCAAATAAGCTAGAATAAATAAAAACAATTATCTTATGAAAAAACAAAAAGTCATAACAA
* * * * ** * * * *
87530 TTTGAAGTATACAACTACTCTAATAGTCATA-ACTATTTGAA-TTGATTTTGTAAACAGATTTAT
256 TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATATA--ATTTGAACTAG-TTTAGTAAATAGATTTA-
* * * *
87593 TTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATT-T-TTGAAAGATTAATAAACTAGTATTATTTTATTCCA
317 -TTTTTAAA-CAT-TTA-TTATTAATTGTCTT--AA-TTTAATAAATTAGTATTATCTTATTCAA
* * * * ** ** *
87655 AATAAGCTTGTATGATC-AAAACAATTGTCATATGACCAAACAAAAGG-TAAGAACAATTTGAAA
375 AATAAGCTTATATAAACGAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAA-AACAATTTGAAA
* * * *** * * * *
87718 TAGATAATTATTAAAATGGCCATAATTATTTGAA-TTGATTTGGTAAACATATTCACTTTT-TAA
439 TAAATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTAAACTTG-GTTAGTAAACAAATTCA-TTTTATAA
* * **
87781 ATC-ACTTACTTATTTGAATTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTCAAATGTT
502 ATCTA-TTAATTA-TT-AA----TTT--TCAA-A-A--TATTAAT-AAA--TT
* * * *** *
87833 AATAAATTAGTATTAATTTGTTCTAAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGACTA
1 AAT--ATTA-T-TT--TAT-TTC-AAATAAGCTTATATGAATTGAAAA-AAAAATTTTATGACAA
* * * * * * ** * *
87897 AACAAAAGATCAAAATGATATGAAATAGAATAATTATTCTAATAATTTTCACCATTTGAACT-GA
57 AACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAG-ATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTAG-
* * * * * *
87961 TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTCAAAATATTATTAAATTAG
120 TTCAGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATAAATTGTTCAAAA-ATTAATAAATTAA
* * ** * * * ** * *
88025 TATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTAGGAA-CAAAACAATTGTTTTATGTTAAAAGAAAAGGTC
184 TATTATTTTAATCCAAATAAGCTAGAATAAATAAAAACAATTATCTTATGAAAAAACAAAAAGTC
*
88089 ATAACGATTTGAAATAAATAAT
249 ATAACAATTTGAAATAAATAAT
88111 CATTCATAGA
Statistics
Matches: 1101, Mismatches: 201, Indels: 115
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
534 3 0.00
535 61 0.06
536 317 0.29
537 15 0.01
538 31 0.03
539 29 0.03
540 12 0.01
541 208 0.19
542 40 0.04
543 85 0.08
544 56 0.05
545 2 0.00
549 3 0.00
551 2 0.00
552 1 0.00
553 1 0.00
555 4 0.00
556 3 0.00
558 4 0.00
560 3 0.00
561 1 0.00
562 2 0.00
564 1 0.00
565 4 0.00
566 100 0.09
567 111 0.10
568 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (538 bp):
AATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAAAAAAAATTTTATGACAAAACAAAAGG
TTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACA
TATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATAAATTGTTCAAAAATTAATAAATTAATATTATTTTAAT
CCAAATAAGCTAGAATAAATAAAAACAATTATCTTATGAAAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGA
AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATATAATTTGAACTAGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTAAAC
ATTTATTATTAATTGTCTTAATTTAATAAATTAGTATTATCTTATTCAAAATAAGCTTATATAAA
CGAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAAAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
AATCATAATTATTTAAACTTGGTTAGTAAACAAATTCATTTTATAAATCTATTAATTATTAATTT
TCAAAATATTAATAAATT
Found at i:87448 original size:717 final size:719
Alignment explanation
Indices: 86306--87660 Score: 1673
Period size: 717 Copynumber: 1.9 Consensus size: 719
86296 AGTCATGACT
*
86306 ATTTGAACTTGTTCGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATAAATTGTTGAAATATT
1 ATTTGAACTAGTTCGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTAC-TATAAATTGTTGAAATATT
* * * *
86371 AATAAATTAATATTATTTTATTCCGAATAAGCTAGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGAAAAA
65 AATAAATTAATATTATTTTATTCCGAACAAACTAGTATAAACAAAAACAATTGTTTTATGAAAAA
* *
86436 ACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATGATTTGAACTTGTTT
130 ACAAAAAGTCAAAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATGATTTGAACTTGGTT
* * *
86501 AGTAAATAGATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTTAATTTAATAAATTTGTATTAT
195 AGTAAATAGAATTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTCTTAATTTAATAAATTTATATTAT
* * *
86566 CTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACGAAAAAAATCATTTTATGACAAAGCAAAAGGTTATAGTG
260 CTTATTCAAAATAAGCTAGTATGAACGAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATG
** * * * *
86631 ATTTTCAATAAATAATTGTTCAAATAATTATAATTATTTAAACTTGTTTAGTAAACAAATTCATT
325 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATTATAATTATTTAAACTAGTTGAGCAAACAAATTCATT
* *
86696 TTATAAATCTATTAATTATTAATTTTCAAAATATTAATA-ACTTAATATTATTTTATTTCGAATA
390 TTATAAATCTATTAATCATTAATTTTCAAAATATTAATAGA-TTAATATTATTTTATTTCAAATA
** * * ** *
86760 AGCTTATATGAATTGAAAAAAAAATTTTATGACAGAAGAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGAT
454 AGCTTATATGAACAGAAAAAAAAATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGAC
* * * * * *
86825 AA-TCATTCAAATAGTCATGACTGTTTG-ATCT-AGTTCAGTAAACATATTTAATTTTTTACATT
519 AACT-ACTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-TGA-TTCAGTAAACAGATTTAATTTTTTAAATC
* *
86887 TTTTACTTATTAA-TTGTCAAAAATTAATAAATTTA-TATTATTTTAATCCAAATAAGTTTGAAT
581 TCTTACTTATTAATTTGTCAAAAATTAATAAA-CTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGTTTGAAT
86950 AAATAGAAACTATTATCTTATAATAGAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTTA
645 AAATAGAAACTATTATCTTATAATAGAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTTA
87015 AATAGTCTTA
710 AATAGTCTTA
* * * * *
87025 ATTTGAACTAGTTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAAAT-TTTTA-T-T-AATTTTTTAAATATT
1 ATTTGAACTAGTTCGGCAAACATATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTATAAATTGTTGAAATATT
* * * *
87086 AATAGATTAGTATTATTTTATTTCGAACAAACTTA-TATAAACAAAAAC-ATTAGTTTTATGACA
65 AATAAATTAATATTATTTTATTCCGAACAAAC-TAGTATAAACAAAAACAATT-GTTTTATGAAA
* * * * * *
87149 AAACATAAGGTTAAAACAATTTGAAATAGATATTTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TGG
128 AAACAAAAAGTCAAAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATGATTTGAACTTGG
*
87213 TTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATTTTAATAAATTT
193 TTA-GTAAATAGAATTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTCTT--AA-TTTAATAAATTT
* * * * * **
87276 ATTTTATTTTATTCTAAATAAGCTAGTATGAATTG-AAAATATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
253 ATATTATCTTATTCAAAATAAGCTAGTATGAA-CGAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * *
87340 TTATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGTTTTAATTATTTGAACTAGTTCGA-CAAAC
317 TTATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATTATAATTATTTAAACTAGTT-GAGCAAAC
* * * * * * * *
87404 AATTTTATTTTTTAAATCTCTTAGTCATTAATTTTCAAAATATTATTAGATTAGTTTTATTTTAT
381 AAATTCATTTTATAAATCTATTAATCATTAATTTTCAAAATATTAATAGATTAATATTATTTTAT
* * ***
87469 TTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTG
446 TTCAAATAAGCTTATATGAACAGAAAAAAAAATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTG
* * * ** *
87534 AAGTATACAACTACTCTAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTTTGTAAACAGATTTATTTTTTT
511 AAATAGACAACTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCAGTAAACAGATTTAATTTTTT
* * * *
87599 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAACTAGTATTATTTTATTCCAAATAAG
576 AAATCTCTTACTTATTAATTTGTCAAAAATTAATAAACTAGTATTATTTTAATCCAAATAAG
87661 CTTGTATGAT
Statistics
Matches: 534, Mismatches: 86, Indels: 33
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
714 10 0.02
715 128 0.24
716 28 0.05
717 287 0.54
718 42 0.08
719 35 0.07
720 4 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (719 bp):
ATTTGAACTAGTTCGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTATAAATTGTTGAAATATTA
ATAAATTAATATTATTTTATTCCGAACAAACTAGTATAAACAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAA
CAAAAAGTCAAAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATGATTTGAACTTGGTTA
GTAAATAGAATTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTCTTAATTTAATAAATTTATATTATC
TTATTCAAAATAAGCTAGTATGAACGAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGA
TTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATTATAATTATTTAAACTAGTTGAGCAAACAAATTCATTT
TATAAATCTATTAATCATTAATTTTCAAAATATTAATAGATTAATATTATTTTATTTCAAATAAG
CTTATATGAACAGAAAAAAAAATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGACAA
CTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCAGTAAACAGATTTAATTTTTTAAATCTCTTA
CTTATTAATTTGTCAAAAATTAATAAACTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGTTTGAATAAATAG
AAACTATTATCTTATAATAGAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTTAAATAGT
CTTA
Found at i:87987 original size:205 final size:203
Alignment explanation
Indices: 87628--87999 Score: 449
Period size: 205 Copynumber: 1.8 Consensus size: 203
87618 TTTTGAAAGA
* *
87628 TTAATAAACTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGATCAAAACAATTGTCATATGACCA
1 TTAATAAACTAGTATTAATTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAACAATTGTCATATGACCA
* * ** ** *
87693 AACAAAAGGTAAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTAAAATGGCCATAATTATTTGAATTGATT
66 AACAAAAGATAAGAACAATATGAAATAGATAATTATTAAAATAACCATAACCATTTGAACTGATT
** *
87758 TGGTAAACATATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTTGAATTTGTTTGGTAAACAGATTTATTT
131 CAGTAAACAAATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTTGAATTTGTTTGGTAAACAGATTTATTT
87823 TTCAAATG
196 TTCAAATG
* * * ** *
87831 TTAATAAATTAGTATTAATTTGTTCTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACT
1 TTAATAAACTAGTATTAATTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTCATATGACC
** ** *** *
87896 AAACAAAAGATCAA-AATGATATGAAATAGAATAATTATTCTAATAATTTTCACCATTTGAACTG
65 AAACAAAAGAT-AAGAACAATATGAAATAG-ATAATTATTAAAATAACCATAACCATTTGAACTG
* * *
87960 ATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
128 ATTCAGTAAACAAATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATT
88000 AATTTTCAAA
Statistics
Matches: 137, Mismatches: 29, Indels: 4
0.81 0.17 0.02
Matches are distributed among these distances:
203 39 0.28
204 39 0.28
205 59 0.43
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (203 bp):
TTAATAAACTAGTATTAATTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAACAATTGTCATATGACCA
AACAAAAGATAAGAACAATATGAAATAGATAATTATTAAAATAACCATAACCATTTGAACTGATT
CAGTAAACAAATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTTGAATTTGTTTGGTAAACAGATTTATTT
TTCAAATG
Found at i:89233 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 88795--89311 Score: 569
Period size: 182 Copynumber: 2.9 Consensus size: 180
88785 TATTAAATCT
* * * * * *
88795 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTTGACA-AACTTATATAAACA
1 CTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA--TTTGA-ATAGCTTGTATGAAGA
* * * * * * **
88859 AAAACATTTTTTTTACGACAAAACGAAAGGTCATAACGATTTGAAATATATAATTATTCATTTAG
63 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
88924 CCTTAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATATATTA
128 CCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAAATTTATTTTTTTAAATATACTA
* * * * * *
88977 GTTATTAA-ATTTCATAATATTACTAGATTAGTATTATTTGATTTCAAATAAGCTTGTATGAAGA
1 CTTATTAATTTTTCA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAAT-AGCTTGTATGAAGA
* * * *
89041 TAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTGGAAATATATAATTGTTCAAATAG
63 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAG
* * * *
89106 TCATAACTATTTGAACTAATTCGATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCCTA
128 CCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAAATTTATTTTTTTAAATATACTA
*
89158 CTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAGGCTTGTATGATGAA
1 CTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATA-GCTTGTATGAAGAA
* * *
89223 AAACAATTGTTTTATGACACAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG-T-ATAATGG
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCA-AATAG
*
89285 CCATAATTATTTGAACTGATTCGATAA
128 CCATAACTATTTGAACTGATTCGATAA
89312 TTGATTATGT
Statistics
Matches: 277, Mismatches: 50, Indels: 19
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
178 1 0.00
179 29 0.10
180 29 0.10
181 90 0.32
182 128 0.46
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
CTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAGCTTGTATGAAGAAAA
ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGCCA
TAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAAATTTATTTTTTTAAATATACTA
Found at i:89940 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 89906--90011 Score: 55
Period size: 20 Copynumber: 5.3 Consensus size: 20
89896 ATTTGAATAT
* *
89906 TATAATTATACATAATTATA
1 TATAATTTTATATAATTATA
89926 TATAATTTTATATAA-TATA
1 TATAATTTTATATAATTATA
89945 CT-TAATTAGATTATACTAATT-TAA
1 -TATAATT---TTATA-TAATTAT-A
**
89969 TATAGATTAAATATAATTAT-
1 TATA-ATTTTATATAATTATA
*
89989 TGT-ATTTTATATAA-TATA
1 TATAATTTTATATAATTATA
90007 -ATAAT
1 TATAAT
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Consensus pattern (20 bp):
TATAATTTTATATAATTATA
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1 TTATATATAATATAATATAA
*
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*
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Statistics
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TTATATATAATATAATATAA
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90569 TTATATATTA
*
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*
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TAATTAAAATTTAATTAATAT
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90646 AAATTAATTA
*
90656 ATTATTAATAAAA-TA-AT
1 ATTAATAATAAAATTATAT
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* *
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1 AT
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ATTAATAATAAAATTATAT
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Indices: 90683--90760 Score: 55
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90673 TTAATAATAA
90683 AATTATATATTAAT
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*
90713 AATTA-ATA--AAA
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* *
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90761 TATAATTATA
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AATTATATATTAAT
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Indices: 90648--90733 Score: 124
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90638 ATTTATTTAA
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1 ATTAATTAATTATTAATAAAATAATTTAATAATAAAATTATAT
* *
90691 ATTAA-TAATTATATATTTAAATAA-TTAATAA-AAAATTATAT
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90732 AT
1 AT
90734 ATTATTAGAT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 2, Indels: 4
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Consensus pattern (43 bp):
ATTAATTAATTATTAATAAAATAATTTAATAATAAAATTATAT
Done.