Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168500.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_97, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 1000 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2077 original size:18 final size:17
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Indices: 2033--2081 Score: 55
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2023 AACAAAAGCT
*
2033 TATAACAATTTGAAATA
1 TATAACTATTTGAAATA
*
2050 TATAATTATTT-AAATA
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2066 GTCATAACTATTTGAA
1 -T-ATAACTATTTGAA
2082 CTGATTTAGT
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TATAACTATTTGAAATA
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3505 TAGATAATTA
* * * *
3515 TTCAAATAGTCATGACTATTTGAAATTGTTCGGTAAACATATTTATGTTTTAAATCTTTTGCTTA
1 TTCAAATAGTCATAACGATTTGAAATTGTTCGGTAAACAGATTTATGTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * *
3580 CTAATTGTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACAGA-AA
66 CTAATTATTAAAATAGTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATAAACAGATAA
*
3644 TAAT-TATTTTATGACAAAATAAAAAGTTATAATAATTCGTTG
131 -AATCT-TTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATAATTCGTTG
* * * *
3686 TTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTT-TTGTGGTGAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
1 TTCAAATAGTCATAACGATTTGAAATTGTT-CGGTAAACAGATTTATGTTTTAAATCTTTTACTT
* *** * * *
3750 ATTAATTATCT-TGTTAGTAATAAATTTGA-ATTATTTT-ATCTGAAATAGGCTTGTATAAATAG
65 ACTAATTAT-TAAAATAGTAATAAA-TTAATATTATTTTAATCTG-AATAAGCTTGTATAAACAG
* *
3812 ATGAAATCTTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATA
127 ATAAAATCTTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATA
3846 GCAATTCCAA
Statistics
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TTCAAATAGTCATAACGATTTGAAATTGTTCGGTAAACAGATTTATGTTTTAAATCTTTTACTTA
CTAATTATTAAAATAGTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATAAACAGATAA
AATCTTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATAATTCGTTG
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4013 AACAAAAGTC
4023 ATAATAATTTGAAATAG
1 ATAATAATTTGAAATAG
*
4040 ATAATTATTT-AAATAG
1 ATAATAATTTGAAATAG
4056 TCATGACTAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
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ATAATAATTTGAAATAG
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Indices: 230--7961 Score: 2738
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220 AACTAATTAA
* * * * * *
230 TTTT-TGACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAAATAATTACTCT-AATAGTCTTAACTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT-GTTTAAATAGTCATAACTA
* * * * * *
293 TTTGAA-TTGGTTCGATAAACACATTTATTTTTTAAGTCT-TTTATTAATT--TTTTTGGAATA-
65 TTTAAACTT-GTTAG-TAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATT-ATTAATTTTTGGAATAT
* * * * * * *
353 TATTAATTAGTATTATTTTAATTTGAAATAAACTTGTATAAAAAGATAACA-AACTATTTTATGA
127 TAATAATTA-TATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTAT--GAA-CTAA-ATAATTATTTTATAA
* * * * * * * * *
417 CAAAA-TAAAGATGATAATTATTTGAGATAAATAATTGTTTAAATAATCATAACTATTTGAACT-
186 CAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA
* * * * * * * *
480 GTTTCTA-CAAACATATTTAGTTTT-TAAATCTC-T--T-ATTAATT-TTAAAATATTAATAGAT
251 G-TT-TAGTAAACAGATTCATTTTTCTAATTCTCTTAATCATTAATTGTCAAAATAATAATAAAT
** ** ** * * *
538 TA-TATTATTTT-ATTCTAAATAATTTTGCACAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAA
314 TAGTATTATTTTAATTC-AAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAA
* * * ** * * * *
600 AGATCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATAACTATTT-AAACTTGTT-TAGT
378 AG-TCAAAATGATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAAA-TAGTTCGA-T
* * * * * *
663 AAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT-
440 AAAA-AGATTTATGTTTTAAATCT--T-GCTTACTAATTGTTAAAATATTAATAAATTAATATTA
** * * * *
727 TTTTATTCCCAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGATCATAA
501 TTTTATTCTAAATAAACTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAG-TTATAA
* * * * * * *
791 CTATTTTAAATA-AACAATTGTTTCAAACAATCATAACTATTT-AAGTTGCTT-GATAAACAAAT
565 --A-TTGAAATAGAA-AATT-ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTG-TTAGGTAAACATAT
* * * * * * * *
853 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATCAATTTTGGAATATTAGTAAACTAGTATTATTTTATTTCAA
623 TTATTTTTTAAATC--TTACTTATTAATTTTTG-TTATTAATAAATTTGAATTATTTTATCT-AA
* *
918 ATAGGCTTGTATGAACAGAAATAAATT
684 ATAAGCTTGTATGAATAG-AA-AAATT
* * * * * * *
945 GGTTTCTGACAAAATAAAAGGTCATAACTATTTCAAATAGATAATTGATCAAATAGTCA-AACTA
1 -TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTA
* * * * * * *
1009 TTTGAA-TGTGTT--CAAAAAACTTT-TTTTTT-TAT-TTTTACTCATTAA-TTTTGGAATATTA
65 TTTAAACT-TGTTAGTAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTA
* * ** * **
1067 AAAATTTTGTATTATTTTATTTAAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAAAAAAATTTTTATAACAAA
129 ATAA--TTATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-AAATAATTA-TTTTATAACAAA
* * ** * * * * *
1131 ACCAAAAAGTTTATAGCAATTTGATATAGATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTTGAACTTG
190 A-C-AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAACTAG
* ** ** * * *** *
1196 TTTAGTAAACAAATTCATTTTT-TAAAAGCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTA
252 TTTAGTAAACAGATTCATTTTTCT-AATTCTCTTAATCATTAATTGTCAAAATAATAATAAATTA
* * * * * * * * * ** * **
1260 GAATTATCTTATTTTAGATTAAGCTTGTACGAATAGAAACAATTGTTTTGCAATAAAACAAATGG
316 GTATTATTTTAATTCA-AATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAAG
* ** ** * * * * * * *
1325 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAAACTATTTGCACTCGTTAGGCTAAC
380 TCAAAATGATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAAATAGTT-CGATAAA
* * * ** * * * ** *
1390 AA-ATTCATTTTTTAAATCCGTT-ATTTTTAATTTTTAGAATGTTAATAAATTAGCATTACTTTA
443 AAGATTTATGTTTTAAAT-C-TTGCTTACTAATTGTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
** * * * * * *
1453 TTCCGAATAAGAC-TGTATGAATAGAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAATAGTCATCATGATT
506 TTCTAAATAA-ACTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTAT-A-AATT
* ** * * * *
1517 TAAAGTA-AATAATGGTTCAAATAGTTATAACTAATTCAACTGGTTTA-GTAAACAAATTTATTT
568 GAAA-TAGAA-AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-G-TTAGGTAAACATATTTATTT
* * * *
1580 TTTAAATCTCTTACTTCTTAA--TTT-TCA--AA-AAA-TTAATATTATTTTATTCCAAATAA-C
629 TTTAAA--TCTTACTTATTAATTTTTGTTATTAATAAATTTGA-ATTATTTTA-TCTAAATAAGC
** * *
1637 TTACATGAACA-AAAGCATTT
690 TTGTATGAATAGAAA--AATT
* * ** * * * *
1657 GTTTTTTGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTCGAAATAGATAATTGTTCAAATACTCATAATTA
1 -TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTA
* * * * * *
1722 TTTGAA-TTGATTTGGCAAACATAA-TTATTTTTTAAATCTC----TTACTAATTTTTGAAATAT
65 TTTAAACTTG--TTAGTAAA-AAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATAT
*** * * ** * * ** *
1781 TAATAAATT-T-TT-TTTTACGCTAAATAAG-TTACTAAAAACTAAAAAAATTGTTTTACGATAA
127 TAAT-AATTATATTATTTTATTTTGAATAAGCTT-GTATGAACT-AAATAATTATTTTATAACAA
* * ** * * * * * * **
1842 AACAAAAAGTCCTAACGATTTAAAATAAAGAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACCGGTT
189 AACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
* * * * * * * * * * * *
1907 TGGTAAATACATTTATTTTT-TAAATCTCTTAGTTATTAAATT-TTAGAATATTATTACATTAGT
254 TAGTAAACAGATTCATTTTTCTAATTCTCTTAATCATT-AATTGTCAAAATAATAATAAATTAGT
* ** * * * * * * *
1970 ATTATTTTATTTTGAATAAACGTT-TATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATATAAC-AAAAGCT
318 ATTATTTTAATTCAAATAAGC-TTATATGAACAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAAG-T
* * ** * * * * * * *
2033 TATAACAATTTGAAATATATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAG-TAAACA
381 CAAAATGATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAT-AGTTCGATAAAAA
** * ** * * * *
2097 GATCAATTTTTTGCATCTCCTACTTATTAATT-TCTAAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTAT
445 GATTTATGTTTTAAATCT--TGCTTACTAATTGT-TAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
* ** ** * ** * * *
2161 ACCGAATAGGCTTGTATGATGAAAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAA-TTCATAATCATTT
507 TCTAAATAAACTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTT-ATAA--A-TT
* * * * * * * ***
2225 AAAATAGATAATTATTCAAATGGCCAAAATTATTTGAATTGATTCTATAAAC-TAATTTATTTTT
568 GAAATAGAAAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTAGGTAAACAT-ATTTATTTTT
* ** * * * * **
2289 TAAATCTCTAACTTATCAAAATTTGAAATATTAAT-AA-GTAATATTATTTTATTTTGGATAAGC
631 TAAATCT-T-ACTTATTAATTTTTG--TTATTAATAAATTTGA-ATTATTTTA-TCTAAATAAGC
* * *
2352 TTTTATGTATTGAAACAATT
690 TTGTATGAATAGAAA-AATT
** * * * * *
2372 GTTTTACAATAAAAATAAAAAGGTCATAATAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
1 -TTTTATGA-CAAAA-CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAAC
* * * * * * * ** * *
2437 TATTTGAACTTTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTTAATTTCTTGCTTATTAATTTTCT-AAATGT
63 TATTTAAACTTGTTAGTAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTT-TGGAATAT
* * * * *
2501 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTAT-ACATTAAAACAATTATTTTATGACT
127 TAAT-AATTA-TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ACT-AAATAATTATTTTATAACA
* * * ** * ** * * *
2565 AAATAAAAGTTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTCATAGGCTTAATTATTTGAACTAGT
188 AAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT
* * * * * * ** * *
2630 TCAATAAACACATTTATTTTT-TAAATC-C-T--T-ATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTTGT
253 TTAGTAAACAGATTCATTTTTCTAATTCTCTTAATCATTAATTGTCAAAATAATAATAAATTAGT
** *
2689 ATTATTTT-ATTCTAAATAATTTTGTATGAATGCCAATTATTTTGAATA-ATTGGCATTATTTTA
318 ATTATTTTAATTC-AAATAA-GCT-TAT--ATG--AA-CA----GAA-ACA-----ATTATTTTA
* * * * * ** ** * **
2752 TGATAAAACAAAATGTCATAAT-AGTTCGAAATAGATGTTTGGTCAAATAGACAGGACTATTTGA
365 TAACAAAACAAAAAGTCAAAATGA-TTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * * * *
2816 ACTTGTTCGGTAAACAA-ATTTAT-TCTTTAAATCTCTAACTTATTAACTT-TTAGAATAATAAA
429 AATAGTTCGATAAA-AAGATTTATGT-TTTAAATCT-T-GCTTACTAA-TTGTTAAAATATTAAT
* * * * *
2878 AAATTAATATTATTTTATTCCAAATATACTTTTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAAC-
489 AAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAACTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACA
* *
2942 AAAAGATCATAATGACTTGAAATA-AATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGATCA
554 AAAAG-TTATAA--A-TTGAAATAGAA-AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-G-TTA
* * *
3006 -GTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTAGAATT-TTAATAAATTAGTAT
612 GGTAAACATATTTATTTTTTAAATC--TTACTTATTAATTTTT-G--TTATTAATAAATTTGAAT
* *
3069 TATTTTTTCTAAATAAGCTTGCATGAATAGAAATAATT
672 TATTTTATCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AATT
* * * *
3107 GTTTATGACAAAA-AAAATGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
1 TTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTA
* * * * ** *
3171 TTTGAACGTGTTTAATAAAAAAATTCATTTTTTCAAAT-T-TTCGCTTA-TAACTTTTGGAATAT
65 TTTAAACTTG-TTAGTAAAAAAATTTATTTTTT-AAATCTCTT-AATTATTAATTTTTGGAATAT
* * * *
3233 TAATTAATTTATATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGGATGAACAAAACCAATTATTTTCTAACA
127 TAA-TAA-TTATATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACTAAA-TAATTATTTTATAACA
* * * * * *
3297 AAACAAAAGGTCATAATATTTTTAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTCTTTGAACTTGT
188 AAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT
* * * *** *
3362 TTAGTAAACAGATTCATTTTTCTAGTTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGT
253 TTAGTAAACAGATTCATTTTTCTAATTCTCTTAATCATTAATTGTCAAAATAATAATAAATTAGT
* * * * * * *
3427 ATTATTTTACTTCAAATAAGCTTATGTTAACCGCAACAATTATTTTATTACAAAACAAAAGGTCA
318 ATTATTTTAATTCAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCA
* * * * * *
3492 AAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAAATTGTTCGGTAAACATAT
383 AAATGATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATAGTTCGATAAAAAGAT
3557 TTATGTTTTAAATCTTTTGCTTACTAATTGTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATT-T
448 TTATGTTTTAAATC--TTGCTTACTAATTGTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTCT
* * * * * * *
3621 GAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAAAATAAAAAGTTAT-AA-T-AATTCG
510 AAATAAACTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAAATTGAAATAG
* * * * * *
3683 ----TTGTTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTTTTGTGGTGAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
575 AAAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTT-AGGTAAACATATTTATTTTTTAAATC--
* * *
3744 TTACTTATTAATTATCTTGTTAGTAATAAATTTGAATTATTTTATCTGAAATAGGCTTGTATAAA
637 TTACTTATTAATT-T-TTGTTATTAATAAATTTGAATTATTTTATCT-AAATAAGCTTGTATGAA
*
3809 TAGATGAAATCT
699 TAGA-AAAAT-T
* * ** * *
3821 TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTCCAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAATTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTAT
* **
3886 TTAAACTTGTTCAGTAAATAGTTTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAA
66 TTAAACTTGTT-AGTAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAA
* * * *
3951 CAACTTACTATTATTTTATTTTGAATAACCTTATATGAACTGAAATAATT-TTCTTATGACAAAA
130 TAA-TTA-TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-AAATAATTATT-TTATAACAAAA
* * * *
4015 CAAAA-GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTTG
191 CAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTA
* * *
4079 GTAAACATATTTATGTTTT-TAAATT-T-TTAATTATTAATTGTCAAAATAATAATAAATTAGTA
256 GTAAACAGATTCAT-TTTTCT-AATTCTCTTAATCATTAATTGTCAAAATAATAATAAATTAGTA
* * * * * **
4141 TTATTTTAA-TCTAAATAAGCTTGTATGAATATAAACTATTGTTTTATAACGGAACAAAAAGTCA
319 TTATTTTAATTC-AAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCA
* * * *
4205 AAATGATTTGAAATA-ATTAATTGCTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAAAAGA
383 AAATGATTTGAAATAGA-TAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATAGTTCGATAAAAAGA
* ** * **
4269 TTTAT-TTTTAAAATC-T-CTTA-TGAATTTTTGTAATATTAATAGATTTGTATTATTTTATTCT
447 TTTATGTTTT-AAATCTTGCTTACT-AATTGTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCT
* *
4330 AAAAAAACTTATATGAACA-AAA-AAATATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACATTTTGAAA
510 AAATAAACTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAA-A--TTGAAA
* * *
4393 TAGAAAATTATTCAAATAGTCATAATTATTAGAACTAGTTAGGTAAACATAATTATTTTTTAAAT
572 TAGAAAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTAGGTAAACATATTTATTTTTTAAAT
* * *
4458 C-T-CTTATTAATTTTTGTAATATTAATAAATTT-ATTTTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTATG
636 CTTACTTATTAATTTTTGT--TATTAATAAATTTGA-ATTATTTTATCT-AAATAAGCTTGTATG
*
4520 AATCGAAAAAATT
697 AATAG-AAAAATT
* * * * *
4533 ATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTATATAGTCTTAACAA
1 -TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTA
* * * * * *
4598 ATTAAACTAGTTTG-ACAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTAGTTATTAAATTTTT-AAATAT
65 TTTAAACTTGTTAGTA-AAA-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATT-AATTTTTGGAATAT
* * * *
4661 TATTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACATAAATAATTATTTTATAATAG
127 TAATA-ATTA-TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC-TAAATAATTATTTTATAACAA
* * * * * *
4726 AACAAAAGGTTTATTTTGTAAAAAATTGATTTGAAGTATACAATTCTTCAAATAGTCATAACTAT
189 AACAAAAGG-TCA-----T----AA-TAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * * ** * *
4791 TTGAACT-GATTCAGTAAACAAATT--TTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATT
243 TTGAACTAG-TTTAGTAAACAGATTCATTTTTCTAATTCTCTTAATCATTAATTGTCAAAATAAT
* * ** * * * * *
4853 AAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATATA-AAACAATTATTATATGACCA
307 AATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTATATGA-ACAGAAACAATTATTTTATAACAA
* * * * * * * * *
4917 AACAAAAGGT-AACAACGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATGGTGATAATTATTTGAACTAAT
371 AACAAAAAGTCAA-AATGATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATAGT
* * * * * * ** *
4981 TTGGTAAACATATTCACT-TTTTAAATAACTT-ATTACT--TT-TTGGAATATTAATAAATTAGT
435 TCGATAAAAAGATTTA-TGTTTTAAAT--CTTGCTTACTAATTGTTAAAATATTAATAAATTAAT
* * * * * * * * *
5041 GTTATTTTATT-TCAAATAAGCTTATAGGAACTGAAGCAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTC
497 ATTATTTTATTCT-AAATAAACTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTT
* * * * * * *
5105 ATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACAAA
561 ATAA--A-TTGAAATAGAAAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGTTAGGTAAACATA
** * * *
5170 TTTATTTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAGAAATTAT-TATTATTTTATTT
622 TTTA-TTTTTTAAA-TCTTACTTATTAATTTTT--GTTATTAATAAATT-TGAATTATTTTA-TC
** * * *
5234 TGGATATGCTTTTATGAATTGAAACAATT
681 TAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AATT
* * * * * * * *
5263 GTTATATGTCAAAACGAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAATTATAACTA
1 -TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTA
* * * * * ** * *** *
5328 TTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTTTTTCTTTTTAATTTTCCAAATGTT
65 TTTAAACTTGTT-AGTAAAAAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATT
* * * * * * *
5393 AATAAATT-TGGATTATGTTATTTCGAATAAGCTTATAAGATA-TGAAATAAATATTTTTTAACT
128 AAT-AATTAT--ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ACT-AAATAATTATTTTATAACA
* ** * * * * * * ** * *
5456 TAACAAAATATCAAAACAATCTGTAATAGATAATTATTCTAATGGTTTTAATTATTTGAACTGGT
188 AAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT
*** * * * * * * * *** * *
5521 GCCGCAAGCACATTTAATTTT-TAAATCTC-T--T-ATTAATTTTTTGAATATTATTAAATTAGT
253 TTAGTAAACAGATTCATTTTTCTAATTCTCTTAATCATTAATTGTCAAAATAATAATAAATTAGT
* * * * * * * * *
5581 ATTATTTTTAATT-GAATAAGCTTTTATGATCAAAAACAATTGTTTAATTATAAAACAAAGA-TC
318 ATTA-TTTTAATTCAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTC
** * * * * * ** ** * *
5644 TTAA-CAATTGAGATTGAAAATTGTTCAAATAGTTGTAACTATTTGAACTAGTTCGATAAATAGA
382 AAAATGATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATAGTTCGATAAAAAGA
* * * * * * *
5708 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTATTGTTATTTTATT-T
447 TTTATGTTTTAAA--TCTTGCTTACTAATTGTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCT
* * * ** * * * *
5772 CGAATAAGCTTGTATGATTAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGCTCATAACGATTTCA
510 -AAATAAACTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAG-TTATAA--A-TTGA
* * * * * ** * * * *
5836 AATAGATAATCT-TTCGAATGGCCATAATTATTTTTACTAATTCGGTAAATAAATTTATTTTTTA
570 AATAGAAAAT-TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTAGGTAAACATATTTATTTTTTA
* * * ** *
5900 AATTTCTTACTTATTAATTTCAAAAATATTAATAAATCAATATTATTTTATTTTGTTTAAATTTT
633 AA--TCTTACTTATTAATTT-----TTGTT-ATTAAT-AA-A-T-TTGAATTAT-TTT--A----
* *
5965 TGCTAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAATCAAGTGATTATAATGATT
679 T-CTAAAT-AAGC--TTG---TATG---AAT--A--GA--A-AA--ATT
** * * * ** *
6014 TTAAATAGACAATTACTCAAATACTGGTTATAACGAATTT-AAATAGACAATTACTTAAATAGTA
1 TTTTAT-GACAA--A-ACAAA-A--GGTCATAAC-AATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTC
* * * * * **
6078 ATTACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTGAATCTCTTTTTGTAATTAATTTT
58 ATAACTATTTAAACTTG-TTAGTAAAAAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTAAT-T-ATTAATTTT
* * * * * * *
6143 TTGAATGTTAATAAATTAGGATTAATTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAGCTTAAACAATTGTTT
119 TGGAATATTAAT-AATTA-TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC-TAAATAATTATTT
* * * * * * *
6208 TATAACTAAACAAAATGTGATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTG
181 TATAACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * * * * * *
6273 AACT--TATTCGATAAACAAATTTA-TTTT-TAA--ATCTTACTTATTAATTTTTAAAA-CATTA
246 AACTAGT-TTAG-TAAACAGATTCATTTTTCTAATTCTCTTAATCATTAATTGTCAAAATAATAA
* * * * * * * **
6331 TCGAATTAGTATTATTTAAATCCTAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTACGACAAAA
309 T-AAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATAACAAAA
* * ** * * * ** * * *
6395 C-AAAAGATTATAACAATTTGACATAGATAATCATTCATGTAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTC
373 CAAAAAG-TCAAAATGATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATAGTTC
* ** * * * * * * *
6459 -AGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGATTATTAAGTT-TCAAAATATTATTAAATTAATG
437 GA-TAAAAAGATTTATGTTTTAA--ATCTTGCTTACTAA-TTGTTAAAATATTAATAAATTAATA
* * * * *
6522 TTATTTTATTCTAAATAAAC-TAGTATGAATAGAACCAATTGTTTGATGAC-AAACTAAAATGTT
498 TTATTTTATTCTAAATAAACTTA-TATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAAGTT
* * * * * * * *
6585 ATAATGATTAGAAATAGATAATTATTCAAATAGACAAAACTATTTGAAATGGTTTGATAAGCAAA
561 ATAA--ATT-GAAATAGAAAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTAGGTAAACATA
* * * ** * ** * *
6650 TTTACTTTTTAATTCTCTTACTGATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTCTTTC
622 TTTATTTTTTAA--ATCTTACTTATTAATTTT-T-GTTATTAATAAATTTGAATTATTTTATCT-
* * * * * * *
6715 GAATAAACATATATTAACAAAAAAATT
682 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAATT
** * * * * *
6742 ATTTTATGACAAAACATAAA-G-CAATAATGATTTGAAATAAAT-ATTATTCAAATAGTTATAAT
1 -TTTTATGACAAAACA-AAAGGTC-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAAC
* * *
6804 TATTCAAACTAAT-TTAGTAAACAAAA-TTATTTTCTAAATC-CTT-A-TA--AATTTTTGAAAT
63 TATTTAAACT--TGTTAGTAAA-AAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAAT
* * * * * * * *
6862 ATTAAAAATTAGTTTTATTCTATTTCGAATAATCTTGTATGAGCTAAAATAATTGTTTTATGACA
125 ATTAATAATTA-TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-AAATAATTATTTTATAACA
** * * * ** * *
6927 AAACAAATTGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGTTTTAACTGTTTAAACTAGT
188 AAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT
* * * * * * * * * *
6992 TTAGCAAACAGATTTATTTTT-TAAATATCTTAGTTATTAATTTTCAGAATATTACTAAATTAGT
253 TTAGTAAACAGATTCATTTTTCTAATTCTCTTAATCATTAATTGTCAAAATAATAATAAATTAGT
* * * * * * * * * * * *
7056 ATTATTTT-ATTCTGAATAAGTTTGTGTGGATAGAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTT
318 ATTATTTTAATTC-AAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTC
* ** * * * * * * * *
7120 ATAACAATTTAAAATAGGTAATTATTCATATAGTCATAACTATTTG-AATTGATTTGGTAAATAG
382 AAAATGATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATAG-TTCGATAAAAAG
* * * * * * * *
7184 ATATATTTTTTAAATC-T-CTTATTAATTCTTGAAATATTAATGAATTAGTATTATTTTATTTTA
446 ATTTATGTTTTAAATCTTGCTTACTAATTGTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTA
* *** * * * *
7247 AATAAACTTGTATGTTGA-AAACAATTTTTTTTTTGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAA
511 AATAAACTTATATGAACAGAAACAA-TTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAA--A-TTGAAA
* * * * * * *
7311 TAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAATTGATTCGGTAAAC-TAATTTATTTTTTAAA
572 TAGAAAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTAGGTAAACAT-ATTTATTTTTTAAA
* * * * * * ** * * *
7375 TCTTTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTGGATATGATTTTAT
635 TC--TTACTTATTAATTTTTG--TTATTAATAAATTTGAATTATTTTATCTAAATAAGCTTGTAT
*
7440 GAACTA-AAACAACTA
696 GAA-TAGAAA-AA-TT
* * ** * * *
7455 TTTTATGATAAAACAAATGGTCA-AATGATTTTAAATAAATAATTGTTTAAATATTCATAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTAT
* * * * * ** * *
7519 TTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTTATATTTTCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTGAATGTTA
66 TTAAACTTG-TTAGTAAAAAAATTTAT-TTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTA
*** * * *
7584 ATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATAACTAAA
129 AT-AATTA-TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-AAATAATTATTTTATAACAAAA
* ** * * *
7649 CAAAAGGTCAGAGCAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTG
191 CAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTA
* * * * * ** * *
7714 GTAAATACATTAATTTTT-TAAATCTC-T--T-ATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATT
256 GTAAACAGATTCATTTTTCTAATTCTCTTAATCATTAATTGTCAAAATAATAATAAATTAGTATT
* * * * * * * * * *
7774 ATTTTTATCCGAATAAGCTTATATGATCAAAAACAGA-TGTTTTATGAGAAAACAAAGA-TCATA
321 ATTTTAATTCAAATAAGCTTATATGAACAGAAACA-ATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCAAA
* * * * * * * *
7837 ATGATTTGAGATTGAT-ATTTCTTCAAATAGTCATAACAATTTGAACTGGTTTGGA-AAACAA-C
385 ATGATTTGAAATAGATAATTAC-TCAAATAGTCATAACTATTTGAAATAG-TTCGATAAA-AAGA
* * * * * *
7899 TTTA-GTTTTAAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAAGTATTATTATTTTATT
447 TTTATGTTTT-AAA--TCTTGCTTACTAATTGTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
7962 TAACAACTTT
Statistics
Matches: 5415, Mismatches: 1186, Indels: 828
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
704 1 0.00
705 8 0.00
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708 60 0.01
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710 60 0.01
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722 278 0.05
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753 6 0.00
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762 7 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (708 bp):
TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTAT
TTAAACTTGTTAGTAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAAT
AATTATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAATAATTATTTTATAACAAAACAAAA
GGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAA
CAGATTCATTTTTCTAATTCTCTTAATCATTAATTGTCAAAATAATAATAAATTAGTATTATTTT
AATTCAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCAAAATGATT
TGAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATAGTTCGATAAAAAGATTTATGTTT
TAAATCTTGCTTACTAATTGTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAACTTA
TATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAAATTGAAATAGAAAATTATTCA
AATAGTCATAACTATTTGAACTGTTAGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTT
TTGTTATTAATAAATTTGAATTATTTTATCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAATT
Found at i:5799 original size:538 final size:538
Alignment explanation
Indices: 3929--5919 Score: 1375
Period size: 549 Copynumber: 3.7 Consensus size: 538
3919 AATCTCTTAA
* * * * ** * * **
3929 TTATTAATTTTTGGAATATTAACAACTTACTATTATTTTATTTTGAATAACCTTATATGAACTGA
1 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTATAGGAACAAA
* * * * * *
3994 AATAATT-TTCTTATGACAAAACAAAAG-TCATAAT-AATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAG
66 AACAATTGTT-TAATGATAAAACAAAAGATCATAATCAA-TTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * * * * *
4056 TCATGACTATTTGATCTAGTTTGGTAAACATATTTATGTTTTTAAATTTTTAATTATTAATTGTC
129 TCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * *
4121 AAAATAATAATAAATTAGTATTATTTTA-ATCTAAATAAGCTTGTATGAA-TATAAACTATTGTT
194 AAAATATTAAGAAATTATTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATTA-AAACAATTGTT
* * ** * ** * * * *
4184 TTATAACGGAACAAAAAG-TCAAAATGATTTGAAATAATTAATTGC-TCAAATAGTTATAACTAT
257 ATATGACAAAAC-AAAAGCTCATAACAATTTCAAATAAATAATT-CTTCAAATAATCATAACTAT
* * * * * *** *
4247 TTGAACTAGTTTGA-TAAA-AAGATTTATTTTTAAA-ATC-T-CTTATGAATTTTTGTAATATTA
320 TTGAACT-GATTCAGTAAACAA-ATTTTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCCAAAGATTA
* * * * * * * * * * * * *
4307 ATAGATTTGTATTATTTTA-TTCTAAAAAAACTTATATGA-ACAAAA-AAATATTTTATGACAAA
383 AGAAATTAGGATTATGTTATTTC-GAATAAGCTTATAAGATATAAAACAAATATTATATAACCAA
* * * * * * * * * *
4369 ACAAAA-AGTTATAACATTTTGAAATAGAAAATTATTCAAATAGTCATAATTATTAGAACTAGTT
447 ACAAAAGA-TAACAACAATCTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTGATAATTATTTGAACTAATG
** * * * **
4433 AGGTAAACATAATT-ATTTTTTAAATCTC
511 CCGCAAACA-CATTCAATTTTTAAATAAC
* * * *
4461 TTATTAATTTTTGTAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTTCAAATAAGC-TAGTATGAATC
1 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTA-TAGGAA-C
* * * * * * * *
4524 GAAAA-AATTATTTTATAACAAAACAAAA-AGTCATAA-CAATTTGAAATAGATAATTGTTTATA
63 AAAAACAATTGTTTAATGATAAAACAAAAGA-TCATAATCAA-TTGAAATAGAAAATTGTTCAAA
* * * * * * * *
4586 TAGTCTTAACAAATTAAACTAGTTTGACAAACAAATTTA-ATTTTTAAATCTCTTAGTTATTAAA
126 TAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTTAAA-CTCTTACTTATT-AA
** * * * * * *
4650 TTTTT-AAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAA-CATAAATAAT
189 TTTTTAAAATATTAAGAAATTATTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTA-AAACAAT
* * * * * * * * * * * *
4713 TATTTTATAATAGAACAAAAGGTTTATTTTGTAAAAAATTGATTTGAAGTATACAATTCTTCAAA
253 TGTTATATGACAAAACAAAA-GCTCA-----T--AACA---ATTTCAAATAAATAATTCTTCAAA
*
4778 TAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAAATTTTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
307 TAATCATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAAATTTTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
** * * * * * *
4843 TTGAAAGATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATATAAAACAATTATT
372 TCCAAAGATTAAGAAATTAGGATTATGTTATTTCGAATAAGCTTATAAGATATAAAACAAATATT
* * * * *
4908 ATATGACCAAACAAAAGGTAACAACGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATGGTGATAATTATTT
437 ATATAACCAAACAAAAGATAACAACAATCTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTGATAATTATTT
*** * * *
4973 GAACTAATTTGGTAAACATATTCACTTTTTAAATAAC
502 GAACTAATGCCGCAAACACATTCAATTTTTAAATAAC
* * * **
5010 TTATTACTTTTTGGAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTCAAATAAGCTTATAGGAACTGA
1 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTATAGGAACAAA
* * * * * * * *
5075 AGCAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTC
66 AACAATTGTTTAATGATAAAACAAAAGATCATAATCAATTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTC
* * *
5140 ATAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTAA
131 ATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTAA
* * * * *
5205 AATATTAAGAAATTATTATTATTTTATTTTGGATATGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTATAT
196 AATATTAAGAAATTATTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTAAAACAATTGTTATAT
* * * * * *
5270 GTCAAAACGAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAATTATAACTATTTGAAC
261 GACAAAACAAAAGCTCATAACAATTTCAAATAAATAATTCTTCAAATAATCATAACTATTTGAAC
* * * * * *
5335 TTATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTTTTTCTTTTTAATTTTCCAAATG-TTAATAAA
326 TGATTCAGTAAACAAATTT-TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTCCAAA-GATTAAGAAA
* * * * * **
5399 TTTGGATTATGTTATTTCGAATAAGCTTATAAGATATGAAATAAATATTTTTTAACTTAACAAAA
388 TTAGGATTATGTTATTTCGAATAAGCTTATAAGATATAAAACAAATATTATATAACCAAACAAAA
* * * ** **
5464 TATCAA-AACAATCTGTAATAGATAATTATTCTAATGGTTTTAATTATTTGAACTGGTGCCGCAA
453 GAT-AACAACAATCTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTGATAATTATTTGAACTAATGCCGCAA
* * **
5528 GCACATTTAATTTTTAAATCTC
517 ACACATTCAATTTTTAAATAAC
* * * * * *
5550 TTATTAATTTTTTGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAATT-GAATAAGCTTTTATGATCAA
1 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTAATTCAAATAAGCTTATAGGAACAA
* * * *
5614 AAACAATTGTTTAATTATAAAAC-AAAGATCTTAA-CAATTGAGATTGAAAATTGTTCAAATAGT
65 AAACAATTGTTTAATGATAAAACAAAAGATCATAATCAATTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGT
** * *
5677 TGTAACTATTTGAACTAGTTCGATAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
130 CATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAATTTTT
* * * *
5741 TAAATATTAATAAATTATTGTTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-ATTAAAAACAATTGTTT
194 AAAATATTAAGAAATTATTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATT-AAAACAATTGTTA
* * * *** *
5805 TATGACAAAACAAAAGCTCATAACGATTTCAAATAGATAA-TCTTTCGAATGGCCATAATTATTT
258 TATGACAAAACAAAAGCTCATAACAATTTCAAATAAATAATTC-TTCAAATAATCATAACTATTT
** * * * *
5869 TTACTAATTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTT
322 GAACTGATTCAGTAAACAAATTT-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
5920 CAAAAATATT
Statistics
Matches: 1167, Mismatches: 243, Indels: 93
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
531 2 0.00
532 78 0.07
533 137 0.12
534 8 0.01
537 30 0.03
538 246 0.21
539 15 0.01
540 207 0.18
541 15 0.01
543 6 0.01
544 53 0.05
545 4 0.00
546 1 0.00
547 47 0.04
548 26 0.02
549 281 0.24
550 11 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (538 bp):
TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTATAGGAACAAA
AACAATTGTTTAATGATAAAACAAAAGATCATAATCAATTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTC
ATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTAA
AATATTAAGAAATTATTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTAAAACAATTGTTATAT
GACAAAACAAAAGCTCATAACAATTTCAAATAAATAATTCTTCAAATAATCATAACTATTTGAAC
TGATTCAGTAAACAAATTTTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCCAAAGATTAAGAAATTA
GGATTATGTTATTTCGAATAAGCTTATAAGATATAAAACAAATATTATATAACCAAACAAAAGAT
AACAACAATCTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTGATAATTATTTGAACTAATGCCGCAAACAC
ATTCAATTTTTAAATAAC
Found at i:5936 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 230--7962 Score: 3668
Period size: 181 Copynumber: 42.8 Consensus size: 181
220 AACTAATTAA
* * * * ** *
230 TTTT-TGACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAAATAATTACTCTAATAGTCT-TAACTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTA
* ** * * * * **
293 TTTGAATTGGTTCGATAAACACATTTATTTTTTAAGTCTTTTA-TTAATT--TTTTTGGAATA-T
65 TTTGAACTAATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTTAAAATATT
* * * ** * *
354 -ATTAATTAGTATTATTTTAATTT-GAAATAAACTTGTAT-AAAAAGATAACAAACTA
129 AATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCG-AATAAGCTTATATGATTAA-A-AAC-AATTG
* * * ** * * * * *
409 TTTTATGACAAAA-TAAAGATGATAATTATTTGAGATAAATAATTGTTTAAATAATCATAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAT
** *** * *
473 TTGAACTGTTTCTACAAACATATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAA-TTTTAAAATATTAA
66 TTGAACTAATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA
* * ** ** ** * *
533 TAGATTA-TATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGCACAAATAGAAACAATTG
131 TAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTATATGATTAAAAACAATTG
* * * **
583 TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAT
* ** ** * * *
648 TTAAACTTGTTTAGTAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTTATTAATTTTTAGAATATT
66 TTGAACTAATTCGGT-AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAATTTTTAAAATATT
* * * * * *
713 AATAAATTAGTATT-TTTTATTCCCAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTG
129 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGATTAAAAACAATTG
* * * * * * * *
765 TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTTAAATAAACAATTGTTTCAAACAATCATAACTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTTATAACTA
* ** * * * **
830 TTT-AAGTTGCTT-GATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATCAA-TTTTGGAATATT
65 TTTGAA-CTAATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATT
* * * * * **
892 AGTAAACTAGTATTATTTTATTTCAAATAGGCTTGTATGAACAGAAATA-AATTG
129 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGATTA-AAA-ACAATTG
* * * * * * *
946 GTTTCTGACAAAATAAAAGGTCATAACTATTTCAAATAGATAATTGATCAAATAGTCA-AACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAT
* * * * * **
1010 TTGAA-T--GT-GTTCAAA-AAACTTT-TTTTTT-TAT-TTTTACTCATTAA-TTTTGGAATATT
66 TTGAACTAATTCGGT-AAACAAA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATT
* ** * * * *
1066 AA-AAATTTTGTATTATTTTATTTAAAATAAGCTTGTATGAATAAAAAAAAAAT-
129 AATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATG-ATTAAAAACAATTG
* * * * * * * * *
1119 TTTTATAACAAAACCAAAAAGTTTATAGCAATTTGATATAGATAATTGTTCAAACAATCATAACT
1 TTTTATGACAAAA-C-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACT
** ** * * * **
1184 ATTTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTCATTTTTTAAAAGCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATA
64 A-TTTGAACTAATTCGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATA
* * * * * * * *
1249 TTAATAAATTAGAATTATCTTATTTTAGATTAAGCTTGTACGAATAGAAACAATTG
127 TTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCGAATAAGCTTATATGATTAAAAACAATTG
*** * * *
1305 TTTTGCAATAAAACAAATGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAAACTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTAT-AACTA
* ** * * * * *
1370 TTTGCACTCGTTAGGCT-AACAAATTCATTTTTTAAATC-CGTTA-TTTTTAATTTTTAGAATGT
65 TTTGAACTAATTCGG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTAAAATAT
* * * * * * *
1432 TAATAAATTAGCATTACTTTATTCCGAATAAGAC-TGTATGAATAGAAACAATTC
128 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-CTTATATGATTAAAAACAATTG
* * * *
1486 TTTTATGACAAAACAAATA-GTCATCATGATTT-AAAGTAAATAATGGTTCAAATAGTTATAACT
1 TTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACT
* * ** ** * *
1549 AATTCAACTGGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTCTTAA-TTTT----CA--
64 ATTTGAACTAATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATT
* * * * ** * *
1607 AA-AAATTAATATTATTTTATTCCAAATAA-CTTACATGAACAAAAGCATTTG
129 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGATTAAAAACAATTG
* * * * * * *
1658 TTTTTTGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTCGAAATAGATAATTGTTCAAATACTCATAATTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAT
* * * * *
1723 TTGAATTGATTTGGCAAACATAA-TTATTTTTTAAATCTCTTAC----TAATTTTTGAAATATTA
66 TTGAACTAATTCGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTA
** * ** *
1783 ATAAATT--T-TT-TTTTA-CGCTAAATAAG-TTACTAAAAACTAAAAA-AATTG
130 ATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTA-T-ATGATTAAAAACAATTG
* * * * * * * *
1831 TTTTACGATAAAACAAAAAGTCCTAACGATTTAAAATAAAGAATTGTTCATATAGTCT-TAACTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTA
*** * * * * * *
1895 TTTGAACCGGTTTGGTAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAAATTTTAGAATATTA
65 TTTGAACTAATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTA
* * * * ** *
1960 TTACATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACGTT-TATGAACAAAAATAATTG
130 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGC-TTATATGATTAAAAACAATTG
* * * * * * * * *
2012 TTTTATGATATAACAAAAGCTTATAACAATTTGAAATATATAATTATTTAAATAGTCATAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAT
* ** * ** ** * * *
2077 TTGAACTGATTTAGTAAACAGATCAATTTTTTGCATCTCCTACTTATTAATTTCTAAAATATTAG
66 TTGAACTAATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA
** * * * * *
2142 TAAATTAGTATTATTTTATACCGAATAGGCTTGTATGATGAAAAATAATTA
131 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGATTAAAAACAATTG
* ** * * * ** * *
2193 TTTTATGATAAAACAAAAATTCATAATC-ATTTAAAATAGATAATTATTCAAATGGCCAAAATTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTA
* * ** * * * ** *
2257 TTTGAATTGATTCTATAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAAAATTTGAAATATTA
65 TTTGAACTAATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTA
* * * * * *
2322 AT-AAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGTATT-GAAACAATTG
130 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATG-ATTAAAAACAATTG
** * * ** * *
2373 TTTTACAATAAAAATAAAAAGGTCATAATAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
1 TTTTATGA-CAAAA-CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACT
* * * * * * *
2438 ATTTGAACT-TTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTTAATTTCTTGCTTATTAATTTTCT-AAATGT
64 ATTTGAACTAATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAAAATAT
* * *
2501 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATA-CATT-AAAACAATTA
128 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGC-T-TATATGATTAAAAACAATTG
* * * * ** * *
2555 TTTTATGACTAAATAAAAGTTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTCATAGGCT-TAATTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-GTTATAACTA
* ** * * *
2619 TTTGAACTAGTTCAATAAACACATTTATTTTTTAAA--TC---CTTATTAATTTTTGAAATAGTA
65 TTTGAACTAATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTA
* * **
2679 ATAAATTTGTATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGTATGAATGCCAATTATTTTGAATAATTGGC
130 ATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAA-GCT-TAT--ATG---ATTA-----AA-AA----C
*
2743 -ATTA
177 AATTG
* * * * ** * ** **
2747 TTTTATGATAAAACAAAATGTCATAA-TAGTTCGAAATAGATGTTTGGTCAAATAGACAGGACTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTA
** * * * * *
2811 TTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTCTTTAAATCTCTAACTTATTAACTTTTAGAATAATA
65 TTTGAACTAATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTA
* * * * * * * *
2876 AAAAATTAATATTATTTTATTCCAAATATA-CTTTTATGAATAGAAACAATTA
130 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA-AGCTTATATGATTAAAAACAATTG
* * * * * * *
2928 TTTTATGATAAAACAAAAGATCATAATGACTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAT
* * * * * * *
2993 TTGAACTCGA-TCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTAGAATTTTA
66 TTGAACT-AATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTA
* ** * * *
3057 ATAAATTAGTATTA-TTT-TTTCTAAATAAGCTTGCATGAATAGAAATAATTG
130 ATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTATATGATTAAAAACAATTG
* *
3108 -TTTATGACAAAA-AAAATGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
1 TTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTA
* *** * * * * **
3171 TTTGAACGT-GTTTAATAAAAAAATTCATTTTTTCAAAT-T-TTCGCTTA-TAACTTTTGGAATA
65 TTTGAAC-TAATTCGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTAAAATA
* ** ** * *
3232 TTAATTAATTTA-TATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGGATGAACAAAACCAATTA
127 TTAA-TAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTATATGATTAAAAACAATTG
* * * * * * *
3287 TTTTCTAACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTTTAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTC
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTA
** ** * * ** * **
3351 TTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTCATTTTTCTAGTTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATT
65 TTTGAACTAATTCGGTAAACAAATTTATTTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATT
* * * *
3416 AATAAATTAGTATTATTTTACTTCAAATAAGC-T-TATG-TTAACCGCAACAATTA
129 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGATTAA---AAACAATTG
* * * * * *
3469 TTTTATTACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAT
* ** * * * * * *
3534 TTGAAATTGTTCGGTAAACATATTTATGTTTTAAATCTTTTGCTTACTAATTGTTAAAATATTAA
66 TTGAACTAATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA
* * ** * * *
3599 TAAATTAATATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTA
131 TAAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAGCTTATATGATTAAAAACAATTG
* * * ** * *
3650 TTTTATGACAAAATAAAAAGTTAT-A--A--T--AAT---TCGTTGTTCAAATAGTCATAACGAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAT
* * * * * ** *
3705 TTGAACT-TTTGTGGTGAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCTT--GTTAG
66 TTGAACTAATT-CGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTAAAATAT
* * * * * * * **
3767 TAATAAATTTGAATTATTTTATCT-GAAATAGGCTTGTATAAATAGATGA-AATCT-
128 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTATATGATTA-AAAACAAT-TG
* * * ** * * * *
3821 TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTCCAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAATTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAT
* ** * * ** * **
3886 TTAAACTTGTTCAGTAAATAGTTTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAA
66 TTGAACTAATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA
* * * * * * * *
3951 CAACTTACTATTATTTTATTTTGAATAACCTTATATGAACT-GAAATAATT-
131 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATG-ATTAAAAACAATTG
** * * * *
4001 TTCTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATGACTA
1 TT-TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTA
* * * * * * * * *
4065 TTTGATCTAGTTTGGTAAACATATTTATGTTTTTAAAT-TTTTAATTATTAATTGTCAAAATAAT
65 TTTGAACTAATTCGGTAAACAAATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATT
* * * * * *
4129 AATAAATTAGTATTATTTTA-ATCTAAATAAGCTTGTATGAATATAAACTATTG
129 AATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTATATGATTAAAAACAATTG
* ** * * * *
4182 TTTTATAACGGAACAAAAAGTCAAAATGATTTGAAATA-ATTAATTGCTCAAATAGTTATAACTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTTATAACTA
* * * * * **
4246 TTTGAACTAGTTTGATAAA-AAGATTTA-TTTTTAAA-ATC-T-CTTATGAATTTTTGTAATATT
65 TTTGAACTAATTCGGTAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATT
* * * * * ** *
4306 AATAGATTTGTATTATTTTA-TTCTAAAAAAACTTATATGAACAAAAA-AA-TA
129 AATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTATATGATTAAAAACAATTG
* * * * * *
4357 TTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAAC-ATTTTGAAATAGAAAATTATTCAAATAGTCATAATTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTA
* * * **
4421 TTAGAACTAGTTAGGTAAACATAA-TTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGTAATATT
65 TTTGAACTAATTCGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATT
* * ** *
4481 AATAAATTTA-TTTTATTTTATTTCAAATAAGC-TAGTATGAATCGAAAA-AATTA
129 AATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTA-TATG-ATTAAAAACAATTG
* * * * * *
4534 TTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTATATAGTCT-TAACAA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTA
* * * * ** * *
4598 ATTAAACTAGTTTGACAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTAGTTATTAAATTTTT-AAATATT
65 TTTGAACTAATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTTAAAATATT
* * * * * ** * * *
4662 ATTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACATAAATAATTA
129 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGATTAAAAACAATTG
* * * * * * * * *
4715 TTTTATAATAGAACAAAAGGTTTATTTTGTAAAAAATTGATTTGAAGTATACAATTCTTCAAATA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGG-TCA-----T----AA-CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * *
4780 GTCATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAAATTT-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
55 GTTATAACTATTTGAACTAATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * *
4844 TGAAAGATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-TATAAAACAATTA
120 TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGATTA-AAAACAATTG
* * * * * * * * *
4906 TTATATGACCAAACAAAAGGTAACAACGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATGGTGATAATTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAT
* * * * * * **
4971 TTGAACTAATTTGGTAAACATATTCACTTTTTAAA----TAACTTATTACTTTTTGGAATATTAA
66 TTGAACTAATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA
* * * * * *
5032 TAAATTAGTGTTATTTTATTTCAAATAAGCTTATAGGAACT-GAAGCAATTG
131 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATG-ATTAAAAACAATTG
* * * * *
5083 TTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAT
* **
5148 TTGAATTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTA
66 TTGAACTAATTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTA
* * * * * * *
5212 AGAAATTATTATTATTTTATTTTGGATATGCTTTTATGAATT-GAAACAATTG
130 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATG-ATTAAAAACAATTG
* * * * * * *
5264 TTATATGTCAAAACGAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAATTATAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAT
* * * * * * ** *
5329 TTGAACTTATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTTTTTCTTTTTAATTTTCCAAATGTTA
66 TTGAACTAATTCGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTA
* * * *
5394 ATAAATTTGGATTATGTTATTTCGAATAAGCTTATAAGATATGAAATAA-ATATT-
130 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAT-T-AAA-AACA-ATTG
** ** * * * * * * * * *
5448 TTTTA--ACTTAACAAAATATCAAAACAATCTGTAATAGATAATTATTCTAATGGTTTTAATTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAT
** * * * * * * ** *
5511 TTGAACTGGTGCCGCAAGCACATTTAATTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTTGAATATTAT
66 TTGAACTAATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA
* * *
5572 TAAATTAGTATTATTTTTAATT-GAATAAGCTTTTATGATCAAAAACAATTG
131 TAAATTAGTATTA-TTTTATTTCGAATAAGCTTATATGATTAAAAACAATTG
* * * * * * * * * *
5623 TTTAATTATAAAAC-AAAGATCTTAAC-AATTGAGATTGAAAATTGTTCAAATAGTTGTAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAT
* * * * *
5686 TTGAACTAGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAA
66 TTGAACTAATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA
* * *
5751 TAAATTATTGTTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATTAAAAACAATTG
131 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGATTAAAAACAATTG
* * * * ** *
5802 TTTTATGACAAAACAAAAGCTCATAACGATTTCAAATAGATAATCT-TTCGAATGGCCATAATTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT-TGTTCAAATAGTTATAACTA
** * * **
5866 TTTTTACTAATTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTCAAAAATATTA
65 TTTGAACTAATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTA
* * * ** * * *
5931 ATAAATCAATATTATTTTATTTTGTTTAA-ATT-TTTG-CTAACTGAAACAATTG
130 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGATTAA---AAACAATTG
* ** * * * * * **
5983 TTTTATGACAAATCAAGTGATTATAATGATTTTAAATAGACAATTACTCAAATACTGGTTATAAC
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA---GTTATAAC
* * * * * * * * * **
6048 GAATTT-AAATAGACAATTAC-TTAAATAGTAA-TTACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATT
63 -TATTTGAACT----AATT-CGGTAAACA--AATTTA-TTTTTTAA-ATCTCT--T--ACTTA-T
* ** * ** * * * *
6110 TATTTTTTTGAATCTCTTTTTGTAATTA--ATT-TTTTGAATGTT--AATAA-ATTAGGATTAAT
113 TA-ATTTTT-AAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTT--AT-TTCGAATAAGCTTA-TA-TGA-
***** *
6169 TTATTTTGAATAAG
169 TTAAAAACAAT-TG
* * ** * *
6183 CTTGTATGAGCTTAAACAATTGTTTTATAACTAAACAAAATGTGATAATGATTTGAAATAGATAA
1 -TTTTATGA-C-AAAACAAAAG----GT--C-------------ATAACGATTTGAAATAGATAA
* * ** * * *
6248 TTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTTA-TTTTTAAA--TCTTAC
44 TTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * * * *
6310 TTATTAATTTTTAAAACATT-ATCGAATTAGTATTATTTAAATCCTAATAAGCTTGTATGAAT-A
109 TTATTAATTTTTAAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGATTAA
6373 AAACAATTG
173 AAACAATTG
* * * * * ** **
6382 TTTTACGACAAAACAAAAGATTATAACAATTTGACATAGATAATCATTCATGTAGTCT-TAACTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTA
** * * ** * * * * *
6446 TTTGAACTGGTTCAGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGA-TTATTAAGTTTCAAAATATT
65 TTTGAACTAATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTAAAATATT
* * * * * * * *
6510 ATTAAATTAATGTTATTTTA-TTCTAAATAAAC-TAGTATGAATAGAACCAATTG
129 AATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTA-TATGATTAAAAACAATTG
* * * * * * ** *
6563 TTTGATGAC-AAACTAAAATGTTATAATGATTAGAAATAGATAATTATTCAAATAGACAAAACTA
1 TTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTA
* ** * * * * * *
6627 TTTGAAATGGTTTGATAAGCAAATTTACTTTTTAATTCTCTTACTGATTAATTTTCT-AAATATT
65 TTTGAACTAATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAAAATATT
* * * * * ** *
6691 AATAAATTAGTGTTATTTTCTTTCGAATAAACATATATTAACAAAAA-AATTA
129 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGATTAAAAACAATTG
* * * *
6743 TTTTATGACAAAACATAAA-G-CAATAATGATTTGAAATAAAT-ATTATTCAAATAGTTATAATT
1 TTTTATGACAAAACA-AAAGGTC-ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACT
** ** * * *
6805 ATTCAAACTAATTTAGTAAACAAAATTATTTTCTAAATC-CTTA--TA--AATTTTTGAAATATT
64 ATTTGAACTAATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATT
* * * * * *
6865 AA-AAATTAGTTTTATTCTATTTCGAATAATCTTGTATGAGCT-AAAATAATTG
129 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGA-TTAAAAACAATTG
** * * * * * *
6917 TTTTATGACAAAACAAATTGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGTTTTAACTGT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAT
* * ** * * * * * * *
6982 TTAAACTAGTTTAGCAAACAGATTTATTTTTTAAATATCTTAGTTATTAATTTTCAGAATATTAC
66 TTGAACTAATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA
* * * *
7047 TAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGTTTGTGTGGA-TAGAAACAATTG
131 TAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTATAT-GATTAAAAACAATTG
* * * * * * * * *
7098 TTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGGTAATTATTCATATAGTCATAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAT
* * * * * * * *
7163 TTGAATTGATTTGGTAAATAGATATATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTCTTGAAATATTAA
66 TTGAACTAATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA
* ** * * * *
7224 TGAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAACTTGTATG-TTGAAAACAATTTT
131 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGATTAAAAACAA-TTG
* * * * ** *
7275 TTTTTTGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAT
* * * * * *
7340 TTGAATTGATTCGGTAAACTAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAA
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTT-ATAACTA
** ** * * * * * ** *
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* * * * *
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129 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATG-ATTAAAAACAATTG
* * * * * * *
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1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTA
* * * * * *
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65 TTTGAACTAATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTA
* * *
7761 TTAAATTAGTATTATTTT-TATCCGAATAAGCTTATATGATCAAAAACAGA-TG
130 ATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTATATGATTAAAAACA-ATTG
* * * * * * * * *
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1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAT
** * * * * * * *
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* * *
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Statistics
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220 AACTAATTAA
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* * * * *
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* * * ** * * *
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* * * ** *
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** * ** * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACT
* * * **
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* * * * * * *
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* * * * *
956 AAATAAAAGGTCATAACTATTTCAAATAGATAATTGATCAAATAGTCA-AACTATTTGAA-TGTG
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* * * * * *
1019 TTCA--AAA-A-ACTTT-TTTTTT-TAT-TTTTACTCATTAATTTTGGAATATTAA-AAATTTTG
254 TTTAGTAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAA-TTAG
* ** *
1076 TATTATTTTATT-TAAAATAAGCTTGTATGAATA-AAAAAAAAATTTTTATAACAAAACCAAAAA
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* * * * * * *
1139 GTTTATAGCAATTTGATATAGATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTTGAACTTG-TTTAGTA
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* *
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* * * * * *
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*** * * ** *
1305 TTTTGCAATAAAACAAATGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAAACTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTA
* * * * ** * *
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* * * *
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127 TAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAG-CTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * *
1495 AAAACAAATA-GTCATCATGATTT-AAAGTAAATAATGGTTCAAATAGTTATAACTAATTCAACT
189 AAAACAAA-AGGTCATAACGATTTGAAA-TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * *
1558 GGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTCTTAA-TTTT---CA--AA-AAATTAA
252 TGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAG
* ** * * * *
1616 TATTATTTTATTCCAAATAA-CTTACATGAACA-AAAGCATTTGTTTTTTGACAAAACAAAAGGT
317 TATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* ** * * * * *
1679 AATAATGATTCGAAATAGATAATTGTTCAAATACTCATAATTATTTGAATTGATTTGGCAAACAT
381 TATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTTGGTAAACA-
* * **
1744 AATTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATT--T-TT-TTTTA-CGCTAA
445 GATTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AA
** * *
1804 ATAAG-TTACTAAAAACTAAAAAAATTG
509 ATAAGCTTA-T-ATGATTAAAACAATTG
* * * * * * * * * *
1831 TTTTACGATAAAACAAAAAGTCCTAACGATTTAAAATAAAGAATTGTTCATATAGTCTTAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
** * * * * * * * *
1896 TTGAACCGGTTTGGTAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAAATTTTAGAATATTAT
66 TTGAATTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAA
* * * * * *
1961 TACATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACGTT-TATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATATAA
130 TAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGC-TTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * * *
2025 CAAAAGCTTATAACAATTTGAAATATATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTT
193 CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTT
** ** * ** *
2089 AGTAAACAGATCAATTTTTTGCATCTCCTACTTATTAATTTCTAAAATATTAGTAAATTAGTATT
257 AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TTGAATATTAATAAATTAGTATT
* ** * * * * *
2154 ATTTTATACCGAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAA-ATTCAT
321 ATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTT-AT
* * * * * *
2217 AATC-ATTTAAAATAGATAATTATTCAAATGGCCAAAATTATTTGAATTGATTCT-ATAAACTA-
384 AA-CAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATT-TGGTAAAC-AG
* ** * *
2279 ATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAAAATTTGAAATATTAAT-AAGTAATATTATTTTATTT
446 A-TTATTTTTTAAA--TCT--CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
*** * *
2343 TGGATAAGCTTTTATGTATTGAAACAATTG
506 CAAATAAGCTTATATG-ATTAAAACAATTG
** * * * *
2373 TTTTACAATAAAAATAAAAAGGTCATAATAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
1 TTTTATGA-CAAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * *
2438 ATTTGAACTT--TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTTAAT-TTCTTGCTTATTAATTTTCTAAATG
64 ATTTGAA-TTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTT-TAAATA
* * *
2500 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTAT-ACATTAAAACAATTATTTTATGAC
126 TTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGA-ACTAAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * ** * * * *
2564 TAAATAAAAGTTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTCATAGGCTTAATTATTTGAACTAG
189 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * *
2629 TTCAATAAACACATTTATTTTTTAAA--TC---CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTTGT
254 TTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGT
**
2689 ATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAATGCCAATTATTTTGAATA-ATTGGCATTATTTTAT
318 ATTATTTTATTCTAAATAAGCTTG--T--ATG--AA-TA----GAA-ACA-----ATTATTTTAT
* * * * * * ** ** * **
2753 GATAAAACAAAATGTCATAATAGTTCGAAATAGATGTTTGGTCAAATAGACAGGACTATTTGAAC
366 GACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-
* * * * * *
2818 TTG-TTCGGTAAACAAATTTATTCTTTAAATCTCTAACTTATTAACTTTT-AGAATAATAAAAAA
430 TTGATTTGGTAAACAGA-TTATTTTTTAAA--TCT--CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAA
* * * * *
2881 TTAATATTATTTTATTCCAAATATA-CTTTTATGAATAGAAACAATTA
489 TTAGTATTATTTTATTTCAAATA-AGCTTATATGATTA-AAACAATTG
* * * * *
2928 TTTTATGATAAAACAAAAGATCATAATGACTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * *
2993 TTGAACTCGA-TCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTAGAATTTTA
66 TTGAA-TTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA-AATATTA
* * *
3057 ATAAATTAGTATTATTTT-TTCTAAATAAGCTTGCATGAA-TAGAAATAATTG-TTTATGACAAA
129 ATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAA
*
3119 A-AAAATGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTT
192 ACAAAA-GGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
* * * * * * *
3183 TAATAAAAAAATTCATTTTTTCAAAT-T-TTCGCTTA-TAACTTTTGGAATATTAATTAATTTA-
256 TAGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTT-ACTTATTAA-TTTTTGAATATTAA-TAAATTAG
* * * *
3244 TATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGGATGAACA-AAACCAATTATTTTCTAACAAAACAAAAGG
317 TATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * * * *
3307 TCATAATATTTTTAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTCTTTGAACTTG-TTTAGTAAAC
380 TTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTTGGTAAAC
** *
3371 AGATTCATTTTTCTAGTTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
444 AGATT-ATTTTT-TAAATCTC-T--T-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* *
3436 CTTCAAATAAGC-T-TATG-TTAACCGCAACAATTA
503 TTTCAAATAAGCTTATATGATTAA----AACAATTG
* * * *
3469 TTTTATTACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * *
3534 TTGAAATTG-TTCGGTAAACATATTTATGTTTTAAATCTTTTGCTTACTAATTGTTAAAATATTA
66 TTG-AATTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTAAATATTA
* * *
3598 ATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAATAATTATTTTATGACAAA
129 ATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * ** *
3662 ATAAAAAGT--T----A--T--AATAATTCGTTGTTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTT-TTG
192 ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-
* * * * * * *
3716 TGGTGAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCTTG-TTAGTAATAAATTTGAA
256 TAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTAGTA
* * *
3780 TTATTTTA-TCTGAAATAGGCTTGTATAAATAGATGA-AATCT-TTTTATGACAAAACAAAAGGT
319 TTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATAGA-AACAAT-TATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* ** * * * ** *
3842 TATAGCAATTCCAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAATTATTTAAACTTG-TTCAGTAAATA
381 TATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTTGGTAAACA
* * * * *
3906 GTTTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAACAACTTACTATTATTTTATT
445 G-ATTATTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * * * *
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* * * *
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1 TT-TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * **
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* * * * *
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** * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * ** * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * * * * *
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383 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTTGGTAAACAGA-
* * * *
5534 TTAATTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTTG-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAATT-GAA
447 TTATTTTTTAAATCTCTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCAAA
* *
5597 TAAGCTTTTATGATCAAAAACAATTG
510 TAAGCTTATATGAT-TAAAACAATTG
* * * * * * * * * * **
5623 TTTAATTATAAAAC-AAAGATCTTAA-CAATTGAGATTGAAAATTGTTCAAATAGTTGTAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * *
5686 TTGAACT-AGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTA
66 TTGAATTGA-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTA
* * *
5750 ATAAATTATTGTTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-ATTAAAAACAATTGTTTTATGACAAA
129 ATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * * * * * ** **
5814 ACAAAAGCTCATAACGATTTCAAATAGATAATCT-TTCGAATGGCCATAATTATTTTTACTAATT
192 ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAAT-TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
** * * * *** * *
5878 CGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTCAAAAATATTAATAAATCAATAT
256 TAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TTGAATATTAATAAATTAGTAT
* *** * * * * ** *
5943 TATTTTATTTTGTTTAA-ATT-TTTGCTAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAATCAAGTGATT
320 TATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATG--AA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTT
** * * * * * * * ***
6005 ATAATGATTTTAAATAGACAATTACTCAAATACTGGTTATAACGAATTTAAATAGACAATTACTT
382 ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA---GTCATAAC-TATTTGAATTG---ATTTGGT
* * * * * ** * * * *** * * *
6070 AAATAGTAATTACTATTTGAA---CTT-GT--TTGGTAAACAAATTTATTTTTTTGAATCTCTTT
440 AAACAG--ATTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAA-ATATTAATAAATTAGTAT-TATTT
* * ** * *
6129 T-TGT-AATTAATTTTTTGAATG-TTAATA-AATTAGG
501 TATTTCAAATAAGCTTAT--ATGATTAAAACAATT--G
* * * **** * * ** * * ** **
6163 ATTAATTTATTTTGA-ATAAGCTTGT-ATGAGCTT-AAACA-ATTGTT-TT-ATAACTAAACA-A
1 TTTTA-TGA-CAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCA-AA-TAGTCATA
* * * * * * * *
6221 A--ATGTGATAATGATT-TG-AAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACTTATTC
61 ACTATTTGA-ATTGATTCGGTAAACA-A-ATTTATT-T--T--T-TAAATC-TTT-TACTTATT-
* **** ** * * * * *
6282 GATAAACAAATTTATTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTTAAAACATTATCGAATTAGTATTATT
114 AATTTTTAAA--TATTAATAAA--TTA-GTATT-A-TTTT-----ATT-T-GAATAAG-CTTGTA
* * ** * * *
6347 TAAATCCTAATAAGC--TTGTATGAATAAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGATTATAACA
164 TGAA--CTAA-AA-CAATTGT-T--TTATGAC--------------AAAACAAAAGGTCATAACG
* * ** ** * * * * **
6410 ATTTGACATAGATAATCATTCATGTAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAGCAATTAGATTTATT
208 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATT
* * *** * * *
6475 TTTTAATTTTCTTGA-TTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAATGTTATTTTATTCTAAATA
273 TTTTAAATCTCTT-ACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATA
* * * * * * ** *
6539 AACTAGTATGAATAGAACCAATTGTTTGATGAC-AAACTAAAATGTTATAATGATTAGAAATAGA
336 AGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGA
* * * * * * * * *
6603 TAATTATTCAAATAGACAAAACTATTTGAAATGGTTTGATAAGCAAATTTACTTTTTAATTCTCT
400 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTTGGTAAACAGA-TTATTTTTTAAATCTC-
* * * * * * *
6668 TACTGATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTCTTTCGAATAAACATATATTAA
463 T--T-ATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAT
* * *
6732 CAAAAAAATTA
524 TAAAACAATTG
* * * *
6743 TTTTATGACAAAACATAAA-G-CAATAATGATTTGAAATAAAT-ATTATTCAAATAGTTATAATT
1 TTTTATGACAAAACA-AAAGGTC-ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
** * * ** * * *
6805 ATTCAAACTAATTTAGTAAACAAAATTATTTTCTAAATC-----CTTATAAATTTTTGAAATATT
64 ATTTGAATTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATT
* * * * *
6865 AA-AAATTAGTTTTATTCTATTTCGAATAATCTTGTATGAGCTAAAATAATTGTTTTATGACAAA
128 AATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAA
** * * * ** * * *
6929 ACAAATTGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGTTTTAACTGTTTAAACTAGTTT
192 ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT
* * * * *
6994 AGCAAACAGATTTATTTTTTAAATATCTTAGTTATTAATTTTCAGAATATTACTAAATTAGTATT
257 AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * *
7059 ATTTTATTCTGAATAAGTTTGTGTGGATAGAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAA
321 ATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA
* * * *
7124 CAATTTAAAATAGGTAATTATTCATATAGTCATAACTATTTGAATTGATTTGGTAAATAGATATA
386 CAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTTGGTAAACAGAT-TA
* * * *
7189 TTTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAATATTAATGAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAAC
450 TTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC
* *
7254 TTGTATG-TTGAAAACAATTTT
515 TTATATGATT-AAAACAA-TTG
* * * * *
7275 TTTTTTGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* *
7340 TTGAATTGATTCGGTAAACTAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAA
66 TTGAATTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAA
* * * * * * * *
7405 TAAAGTAGTATTATTTTATTTGGATATGATTTTATGAACTAAAACAACTATTTTATGATAAAACA
130 TAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * *
7470 AATGGTCA-AATGATTTTAAATAAATAATTGTTTAAATATTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGT
195 AAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGT
* * * * *
7534 AAATAGATTTATATTTTCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAT
260 AAACAGATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * *
7599 TTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTCAGAGCA
323 TTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACA
* * * * *
7664 ATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACT-AGTTTGGTAAATACATTAAT
388 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGA-TTTGGTAAACAGATT-AT
* * *
7728 TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCCGAATAAGC
451 TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCAAATAAGC
*
7792 TTATATGATCAAAAACAGA-TG
515 TTATATGAT-TAAAACA-ATTG
* * * * * * *
7813 TTTTATGAGAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTCTTCAAATAGTCATAACAAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * * * *
7877 TTGAACTGGTTTGGAAAACAACTTTAGTTTTAAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAA
66 TTGAATTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAA
* * *
7942 AAAAGTATTATTATTTTATTT
130 TAAATTAGTATTATTTTATTT
7963 AACAACTTTA
Statistics
Matches: 5546, Mismatches: 1234, Indels: 834
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
524 4 0.00
525 39 0.01
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527 18 0.00
528 3 0.00
530 9 0.00
531 80 0.01
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538 760 0.14
539 201 0.04
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551 10 0.00
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560 8 0.00
561 7 0.00
562 2 0.00
563 9 0.00
564 7 0.00
565 1 0.00
566 7 0.00
567 4 0.00
568 2 0.00
569 8 0.00
571 1 0.00
572 9 0.00
573 6 0.00
575 1 0.00
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578 2 0.00
579 11 0.00
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583 6 0.00
584 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (534 bp):
TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
TTGAATTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAATATTAAT
AAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
AAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTA
AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
ATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATT
TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTTGGTAAACAGATTATTTTTT
AAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATAT
GATTAAAACAATTG
Found at i:8249 original size:309 final size:303
Alignment explanation
Indices: 7669--8271 Score: 682
Period size: 309 Copynumber: 2.0 Consensus size: 303
7659 GAGCAATTTG
* * * ** *
7669 AAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATACATTAATTTTTTA
1 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCTAAACTATTTAAACTAGTTCAGTAAAAACATTAATTTTTTA
** * * * *
7734 AATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCCGAATAAGCTTATATG
66 AATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTAATCCGAATAAACTTATATG
* * * ** *
7799 ATCAAAAACAGATGTTTTATGAGAAAACAAAGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTCTTCAAA
131 ATCAAAAACAGATGTTTTATGACAAAACAAAAATCATAATGATTTGAAATAAATAATTCTTCAAA
* * * *
7864 TAGTCATAACAATTTGAACTGGTTTGGAAAACAACTTTAGTTTTAAAATCTCTTGCTTATTAATT
196 TAGTCATAACAATATGAACTGGCTCGGAAAACAACTTTAGTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATT
7929 TTTGAAATATTAA-AAAAGTATTATTATTTTATTTAACAACTTT
261 TTTGAAATATTAATAAAA-TATTATTATTTTATTTAACAACTTT
* * * *
7972 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-AAATCTATTTAAACTTGTTCAGTAAAAAGATTTATTTTTT
1 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCTAAA-CTATTTAAACTAGTTCAGTAAAAACA-TTAATTTTT
*
8036 TAAATCTCCTACCTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTAAT-CTAACTAAAC
64 TAAATCT-CT---TATTAATTTTCAAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTAATCCGAA-TAAAC
* * *
8100 TTGTATGAAT-AGAAAGA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACT-ATTTGAAATAAAT
124 TTATATG-ATCAAAAACAGA-TGTTTTATGACAAAAC-AAAAATCATAA-TGATTTGAAATAAAT
* ** * * * *
8162 AATTGTTCAAATAGTCATAATGATATGAACTTGCTCGGTAAACAGA-TTTATTTTTAAAAAT-TT
185 AATTCTTCAAATAGTCATAACAATATGAACTGGCTCGGAAAACA-ACTTTAGTTTT-AAAATCTC
*
8225 TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATATTATTATTTTATTT
248 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATATTATTATTTTATTT
8272 CAAATACACT
Statistics
Matches: 248, Mismatches: 38, Indels: 22
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
302 2 0.01
303 42 0.17
304 15 0.06
305 2 0.01
307 4 0.02
308 66 0.27
309 106 0.43
310 11 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (303 bp):
AAATAGATAATTATTCAAATAGTCTAAACTATTTAAACTAGTTCAGTAAAAACATTAATTTTTTA
AATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTAATCCGAATAAACTTATATG
ATCAAAAACAGATGTTTTATGACAAAACAAAAATCATAATGATTTGAAATAAATAATTCTTCAAA
TAGTCATAACAATATGAACTGGCTCGGAAAACAACTTTAGTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATT
TTTGAAATATTAATAAAATATTATTATTTTATTTAACAACTTT
Found at i:8285 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 7972--8903 Score: 881
Period size: 181 Copynumber: 5.2 Consensus size: 177
7962 TAACAACTTT
* *
7972 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTAAACTTGTTCAGTAAAAAGATTTATTTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA--TATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTT
* ** * *** * * *
8036 TAAATCTCCTACCTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTAATCTAACTAAACT
63 AAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTCGAAAT-AACT
* **
8101 TGTATGAATAGAAAGAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACTATTTG
126 TGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTG
* * * *
8154 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATGATATGAACTTGCTCGGTAAACAGATTTATTTTTAA
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT-ATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTT-A
*
8219 AAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATATTATTATTTTATTTC-AAATACACTT
64 AAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTA-TTCGAAATA-ACTT
* * *
8283 GTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGTTTATAACTATTTG
127 GTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTG
* * * *
8335 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TATGTTTAGAAAACAAATTTATTTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACT-TGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTA
* * *
8399 AAATTTTTGCTTATTAATTTTTGGAATATTGATAAATTTA-TATTATTTTATTCGAAATAAGCTT
64 AAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-ATAGTATTATTTTATTCGAAATAA-CTT
* * * * * *
8463 ATATGAACATAAACAATTATTTGATGACACAACAAAAGGTCATAAC-GTTTG
127 GTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTG
* * * * *
8514 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTTGTCCGGTAAACACATTCATATTTT-
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTAT-TTTTA
* * * *
8578 AAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCC
64 AAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTA-TTCGAAATAA-CT
* * * * * ** * *
8642 TATGTGAACTAATATAGTTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAGCAATTTG
126 TGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTG
* * * * * *
8695 AAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATATATTTATTTTGAA
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AATATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTAA
* * * *** * * *
8760 AACCTTTTACTTTTTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCGAAATAAACTTG
65 AA-TTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTCGAAAT-AACTTG
* * * * *
8825 TGTGAACAAAATCAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAACGATTTG
128 TATGAATAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTG
* *
8876 GAATA-AGTAATTGTTTAAATAGTCATAA
1 AAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAA
8904 CTGATTCGAT
Statistics
Matches: 623, Mismatches: 103, Indels: 50
0.80 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
179 65 0.10
180 186 0.30
181 313 0.50
182 57 0.09
183 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTAAA
ATTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTCGAAATAACTTGTAT
GAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTG
Found at i:8636 original size:360 final size:356
Alignment explanation
Indices: 7962--8904 Score: 1056
Period size: 360 Copynumber: 2.6 Consensus size: 356
7952 TTATTTTATT
* *
7962 TAACAACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTAAACTTGTTCAGTAAAAAG
1 TAACAA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTCAG-AAAAAA
** * *
8025 ATTTATTTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTCAAAATATTAATAAA-ATAGTATTATTTTAA
63 ATTTA-TTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTAA
* * * * * *
8089 TCTAACTAAACTTGTATGAATAGAAAGAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACTATTTG
125 TCGAAATAAACTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAC-GTTTG
** * *
8154 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATGATATGAACTTGCTCGGTAAACAGATTTATTTTTAA
188 AAAT-AATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATATGAACTTGCTCGGTAAACACATTCATTTTT-A
* * * *
8219 AAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATATTATTATTTTATTTCAAATACA-CTT
251 AAATTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATA-AGCCT
* * *
8283 GTATGAA-TAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGTTTA
315 ATATGAACTA-AAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* *
8325 TAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TATGTTTAGAAAACAAA
1 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAGAAAA-AAA
* *** * *
8389 TTTATTTTTTAAATTTTTGCTTATTAATTTTTGGAATATTGATAAATTTATATTATTTTATTCGA
64 TTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTTATATTATTTTAATCGA
* * * * * *
8454 AATAAGCTTATATGAACATAAACAATTATTTGATGACACAACAAAAGGTCATAACGTTTGAAATA
129 AATAAACTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGTTTGAAATA
*
8519 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTTG-TCCGGTAAACACATTCATATTTT-AAAT
193 -ATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATATGAACTTGCT-CGGTAAACACATTCAT-TTTTAAAAT
* *
8582 CTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATGT
255 -TCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATAT
* * * * **
8647 GAACTAATATAGTTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCA
319 GAACTAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * *
8685 TAGCAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATATAT
1 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-AAAAAAAT
** * * * *
8750 TTATTTTGAAAACCTTTTACTTTTTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCGA
65 TTATTTTTTAAA-TTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTTATATTATTTTAATCGA
* * *
8815 AATAAACTTGTGTGAACAAAATCAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAACGATTTGGAAT
129 AATAAACTTGTATGAACAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACG-TTTGAAAT
*
8880 AAGTAATTGTTTAAATAGTCATAAC
192 AA-TAATTGTTCAAATAGTCATAAC
8905 TGATTCGATA
Statistics
Matches: 486, Mismatches: 77, Indels: 35
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
359 7 0.01
360 200 0.41
361 178 0.37
362 49 0.10
363 50 0.10
364 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (356 bp):
TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAAAAATT
TATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTTATATTATTTTAATCGAAA
TAAACTTGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGTTTGAAATAATA
ATTGTTCAAATAGTCATAACCATATGAACTTGCTCGGTAAACACATTCATTTTTAAAATTCTTAC
TCATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAACTAA
AACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
Found at i:11313 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 11276--11313 Score: 51
Period size: 17 Copynumber: 2.2 Consensus size: 18
11266 ACCCGCTCAA
* *
11276 TAAACATATTTTATTTTT
1 TAAACATATTTTACTTAT
11294 TAAA-ATATTTTACTTAT
1 TAAACATATTTTACTTAT
11311 TAA
1 TAA
11314 TTTTTAAATT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
17 14 0.78
18 4 0.22
ACGTcount: A:0.39, C:0.05, G:0.00, T:0.55
Consensus pattern (18 bp):
TAAACATATTTTACTTAT
Found at i:11706 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 11002--12603 Score: 1168
Period size: 181 Copynumber: 8.9 Consensus size: 179
10992 CTATAAAGCT
** **** * *
11002 AACAGAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAATAAAATAATGATTTGAAATAGTTAA-TAGTTCG
1 AACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCA
* * * * * ***
11066 AATAGACTTAACTATTTGAACTTATT-TAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTA
64 AATAGTCATAGCTATTTGAACTTATTCGA-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* * ** **
11130 ATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTCTAGTTCGAATAAATTTGTATG
128 ATTTAT-GTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATG
** * * * * ** * *
11183 AGTAGAAACAATTGTTTTATAAGAAGACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
1 AACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* ** **** * *
11248 ATAGTCATAACTATTCAAACCCGCTCAATAAACATATTTTATTTTTTAAAATATTTTACTTATTA
65 ATAGTCATAGCTATTTGAACTTATTCGATAAACATA-TTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTA
* * ** *
11313 ATTT-T-TAAATTTTTAATAAATTAGTATTATTTTGTAGCAAATAAGCTTTTATG
128 ATTTATGT-AA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTAAATAAGCTTGTATG
* * * * ** * *
11366 AACAAAAACAATTGGTTTACGATAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATGGATAATTGTTCAA
1 AAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
** ** * * * * *
11431 ATAGAAATAATTATTTGAA-TGT-GTAGA-AAACAGATTTATTTTTAAAAT-TTGTACTTATTAA
65 ATAGTCATAGCTATTTGAACT-TATTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* * *
11492 TTTTTGTAATATTAATCAATTTA-TATTATTTTATTTAAAATAAGCTTGCATG
129 TTTATGTAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATG
* * * * * *
11544 AACAAAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGTTTTAAAATAGATAACTATTTAG
1 AACAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * * * * *
11609 ATAGTCATAGCTATTTGAGCTTATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAGTCTATTACTCATTAAT
65 ATAGTCATAGCTATTTGAACTTATTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* * *
11674 TTAAGTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATTTG
130 TTATGTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATG
** ** * *
11725 AATTGAAACCGTTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGTTAATTATTCAA
1 AA-CAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * * * * *
11790 ATAATCAT-GATTATTTCAATTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
65 ATAGTCATAG-CTATTTGAACTTATTCGATAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* * *
11854 ATTGTCA--AAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTAATCTAAATAACCTTGTATG
128 ATT-T-ATGTAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTAAATAAGCTTGTATG
** * *
11906 AACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCA
1 AAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA
* * * *
11970 AATAGTCATAAC-ATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTATTATTTAAATCTTTTACTTATTAA
64 AATAGTCATAGCTATTTGAACTTATTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* * * *
12034 -TTATCTTAATATTAATAATTTTGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATG
129 TTTAT-GTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATG
* * * * * ** * * *
12086 AACAGAAAAAATT-ATTTATGTCAAAACAAAATGTTATAGCGATTTCAAATAAATAATTGTTCAA
1 AACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * * * * * * *
12150 ATAGTCATA-ATCATTTAAACTTATTTGATAAATAGA-TTCTTTTTTAAATCTCTTAATTATTAA
65 ATAGTCATAGCT-ATTTGAACTTATTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* * * * * *
12213 TTTTTGGAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATG
129 TTTATGTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATG
* * * *
12265 AACCGAAACAAATCTTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCA
1 AA-CAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCA
* * *
12329 AATAATCAT-GACCATTTGATC-TAGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTAT
64 AATAGTCATAG-CTATTTGAACTTA-TTCGATAAACATATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTAT
* * * * *
12391 TAATTGT-TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCATGTATG
126 TAATT-TATGTAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTAAATAAGCTTGTATG
* * * * *
12446 AACAGAAACAAATGTTTTATAACAGGAAA-AAAA-GTCAAAACGATTTGAAATAAATAATT-TGT
1 AACA-AAACAATTGTTTTATGACA--AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT-T
* * * *
12508 CAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTAT
62 CAAATAGTCATAGCTATTTGAACTTA-TTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * *
12568 TAATTTTTGAAATATTAATAGA--AGTATTACTTTATT
126 TAATTTATGTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
12604 ATGAACAAAA
Statistics
Matches: 1138, Mismatches: 225, Indels: 123
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 2 0.00
175 9 0.01
176 2 0.00
177 29 0.03
178 108 0.09
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180 197 0.17
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184 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
TAGTCATAGCTATTTGAACTTATTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
TATGTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAATAAGCTTGTATG
Found at i:13123 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 12682--14510 Score: 1344
Period size: 181 Copynumber: 10.2 Consensus size: 181
12672 ATTGGTTAGG
** * * *
12682 TAAACAGAAATATATTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGCAATATTAATAAATTCA-TTTT
1 TAAACAGATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT-AGTATT
* * * * * * * *
12746 ATTTTATTTCAAATTAGCTAGTATGAATTGAAA-ATTTCTTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAA
64 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTTATAA
* * * *
12810 CATTTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAAATATTTGAACT-GTTTTG-
129 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTGA
* * * * * *
12862 TCAAATAAATTTA-TTTTTAATTCTCTTAGC-TATTAATTTTTAGAATATTATTATATTTA-TAT
1 T-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATA-AATTAGTAT
* * *
12924 TATTTAATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTTATA
63 TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTTATA
* * * *
12989 ACAATTTGAAGTATATAATCGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTTGA
128 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA
* * *
13043 TGAACAGATTTATTTTTTAAATCGCTTACTTATTAATTTTTGGAAGATTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* ** * * * * * * * *
13108 TGTATTTTGAATAAGCTTGAATG-ATAAAAAACACTTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAAT
66 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTTATAAC
** * * * * * * **
13172 GGTTTGAAATAGATAAATGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAAAT-GATTCAA
130 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTGA
* * * * *
13224 TAAATAGATTCACTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGGAATGTTAATAAATTTGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * *
13285 TTTATTTCAAATAAGCTTCTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAT-TTCATAA
66 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTT-ATAA
* ** * * * * *
13348 CAATTTGAAATAGATAATTATTCGTATTGTCTTAACTATTT-AAATTGCTTCGA
129 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTGA
* * * * *** *
13401 CAAACAAATTTTATTTTTTAAATCCCTTAGTTATTAATTTTCATAATATTATTAAATTAGTATTA
1 TAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * *
13466 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATAAACT-GAAACAATT-ATTTA-GA-ATAGAATAAAAAGTTAT
65 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACA-A-AACAAAATGTTAT
** * * * *
13527 AATGATTTGAAATAGGTAATTATTC--A-A---ATAA--A----AACTACTTCGA
127 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA
* * * *
13570 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * **
13635 TTTATTCCAAACAGGCTTTTATG-ATGAAAAACAATTTTTTTATGA-TGAA-AAAATGTTCATAA
66 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTT-ATAA
* * * * * * *
13697 CGATTTGAAATAGGTAATTGTTGAAATAGCCATAATTATTTGAA-TTGATTTGG
129 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTGA
* * * * *
13750 TAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTATTGTTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * * * * *
13815 TTTATTTTGAATTAGCTT-TAATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATATCATAAT
66 TTTATTTCAAATAAGCTTGT-ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTTATAAC
* * * * * * *
13879 GATTTTAAATATACAATTGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAATTTA-TTCAGA
130 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTAGTT-TGA
* * * * * *
13932 -AAACA-CTTATTTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTGGTATTA
1 TAAACAGATT-TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
13995 TTTTATTTTAGATAACCTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAA-GATCATA
65 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TTATA
* * * * ** * *
14058 ACGATTTTAAATA-TTAATCT-TTCAAATAGTCATAACTACTTGAGTTTATTTTGG
128 ACAATTTGAAATAGATAAT-TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTAGTTTGA
* * * ** * * *
14112 TAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATATATTAGGATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * *
14177 TTTT-GTTCTAAATAAGCTTGTAT-AATATGAAACAAATATTTTATGACTAAA-AATAGGCTAGA
65 TTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTTATA
* * * ** ** *
14239 ACAACTTAAAATAGATAATTATTCTTATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTTGA
128 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA
* * * * * *
14293 CAAAAACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
14358 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATAAAAAAACAATTGTTTTATAACAAAAC-AAATGGTTATAG
66 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAT-GTTATAA
* * * * *
14422 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGCCATAATTATTT-AACTAATTCGA
129 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA
*
14474 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
14511 AAATTTTTAT
Statistics
Matches: 1292, Mismatches: 287, Indels: 139
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 8 0.01
168 101 0.08
169 14 0.01
170 6 0.00
171 1 0.00
173 1 0.00
174 4 0.00
175 3 0.00
176 6 0.00
177 118 0.09
178 13 0.01
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180 272 0.21
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182 211 0.16
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (181 bp):
TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTTATAACA
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA
Found at i:13704 original size:168 final size:168
Alignment explanation
Indices: 13410--13724 Score: 390
Period size: 168 Copynumber: 1.9 Consensus size: 168
13400 ACAAACAAAT
* * * *
13410 TTTATTTTTTAAATCCCTTAGTTATTAATTTTCATAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTC
1 TTTATTTTTTAAATCCCTTACTAATTAATTTTCATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
* *
13475 AAATAAGCTTGTATAAACTGAAACAATTATTTAGAATAGAATAAAAAGTTATAATGATTTGAAAT
66 AAACAAGCTTGTATAAACTGAAACAATTATTTAGAATAGAATAAAAAGTTATAACGATTTGAAAT
13540 AGGTAATTATTCAAATAAAAACTACTTCGATAAATAGA
131 AGGTAATTATTCAAATAAAAACTACTTCGATAAATAGA
** *
13578 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTAATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
1 TTTATTTTTTAAATCCCTTACTAATTAA-TTTTCATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * *
13642 CAAACAGGCTTTTAT-GA-TGAAAAACAATTTTTTTATG-AT-GAA-AAAATGTTCATAACGATT
65 CAAACAAGCTTGTATAAACTG--AAACAA-TTATTTA-GAATAGAATAAAAAGTT-ATAACGATT
* *
13702 TGAAATAGGTAATTGTTGAAATA
125 TGAAATAGGTAATTATTCAAATA
13725 GCCATAATTA
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 16, Indels: 12
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
166 2 0.02
167 8 0.06
168 101 0.81
169 13 0.10
170 1 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (168 bp):
TTTATTTTTTAAATCCCTTACTAATTAATTTTCATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
AAACAAGCTTGTATAAACTGAAACAATTATTTAGAATAGAATAAAAAGTTATAACGATTTGAAAT
AGGTAATTATTCAAATAAAAACTACTTCGATAAATAGA
Found at i:14528 original size:166 final size:167
Alignment explanation
Indices: 14338--14668 Score: 436
Period size: 166 Copynumber: 2.0 Consensus size: 167
14328 ATTTTTGAAA
* * *
14338 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATAA-AAAAACAATTGTTTTAT
1 TATTAATAAATTAGTATAATTTTATTCCGAATAAACTTGTAT--TAACAAAAACAATTGTTTTAT
* * * * *
14402 -AACAAAACAAATGGTTATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGCCATAATTATTT-AA
64 GAA-AAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAA
14465 CTAATTCGATAAACAAATTTATTTT-TTAAATCTCTTACT
128 CTAATTCGATAAACAAATTTATTTTCTTAAATCTCTTACT
** *
14504 TATTAATAAATTTTTATAATTTTATTCCGTATAAACTTGTATTAACTAAAAACAATTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATAATTTTATTCCGAATAAACTTGTATTAAC-AAAAACAATTGTTTTATG
* **
14569 AAAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACT
65 AAAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACT
** * *
14634 TTTTCGATAAATAGATTTATTTTCTTAAATCTCTT
130 AATTCGATAAACAAATTTATTTTCTTAAATCTCTT
14669 TCTTCTTATT
Statistics
Matches: 142, Mismatches: 18, Indels: 8
0.85 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
164 3 0.02
166 103 0.73
167 25 0.18
168 11 0.08
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (167 bp):
TATTAATAAATTAGTATAATTTTATTCCGAATAAACTTGTATTAACAAAAACAATTGTTTTATGA
AAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTA
ATTCGATAAACAAATTTATTTTCTTAAATCTCTTACT
Found at i:14854 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 14832--14874 Score: 52
Period size: 17 Copynumber: 2.6 Consensus size: 17
14822 GATCTCTTAC
14832 TTATTAATTTTGAAATA
1 TTATTAATTTTGAAATA
* * *
14849 TTATTAAATTTGTATTA
1 TTATTAATTTTGAAATA
14866 TT-TTAATTT
1 TTATTAATTT
14875 GAATAAGCTT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 4, Indels: 1
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.27
17 16 0.73
ACGTcount: A:0.35, C:0.00, G:0.05, T:0.60
Consensus pattern (17 bp):
TTATTAATTTTGAAATA
Found at i:15658 original size:182 final size:182
Alignment explanation
Indices: 15349--15686 Score: 500
Period size: 182 Copynumber: 1.9 Consensus size: 182
15339 GTAAATAGTA
*
15349 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAAATTTTGAAATATTAACAAATTAGTTTTATTTTATTCTA
1 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAAATTTTGAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTCTA
* * **
15414 AATAAACTTGTATGAGCTAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAAT
66 AATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAAT
* * * *
15479 AGATAATTGTTTATATAGTCTTAACTGTTCGAATTGGTTTAACAAATGGATT
131 ACATAATTGTTCAAATAGTCATAACTGTTCGAATTGGTTTAACAAATGGATT
* * * **
15531 TTATTTTTTAAATCTCTTAGTTAT-GAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCT
1 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAAATTTTGA-AATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTCT
*
15595 AAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAAC-AAATGGTTATAACAATTTGAA
65 AAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAT-GTCATAACAATTTGAA
*
15659 ATACATAGTTGTTCAAATAGTCATAACT
129 ATACATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
15687 ATTTATTTTT
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 16, Indels: 4
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
181 11 0.08
182 127 0.92
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (182 bp):
TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAAATTTTGAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTCTA
AATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAAT
ACATAATTGTTCAAATAGTCATAACTGTTCGAATTGGTTTAACAAATGGATT
Found at i:15824 original size:152 final size:153
Alignment explanation
Indices: 15565--15842 Score: 382
Period size: 152 Copynumber: 1.8 Consensus size: 153
15555 GAATTTTTAG
*
15565 AATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTAT
* * ** *
15630 GACAAAACAAATGGTTATAACAATTTGAAATACATAGTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTATTT
66 GACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATACATAACTGTTCAAATAGCCATAACTATTTATTT
15695 TTAGATCTCTTACTAATTCTTGA
131 TTAGATCTCTTACTAATTCTTGA
* ***
15718 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAAATAAGCTTGTATG-TTGAAAATAATTGTTTTA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTA
* ** * *
15781 TGATAAAACAAAAGGTAATAACAATTT-ATAATTTATAACTGTTCAAATGGCCATAATTATTT
65 TGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGA-AATACATAACTGTTCAAATAGCCATAACTATTT
15843 GAACCAATTC
Statistics
Matches: 108, Mismatches: 15, Indels: 5
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
151 1 0.01
152 66 0.61
153 41 0.38
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (153 bp):
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTAT
GACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATACATAACTGTTCAAATAGCCATAACTATTTATTT
TTAGATCTCTTACTAATTCTTGA
Found at i:16070 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 15703--16779 Score: 935
Period size: 181 Copynumber: 6.0 Consensus size: 180
15693 TTTTAGATCT
* * * *
15703 CTTACTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAATAAGCTTGTATG--TTG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * * ** ** * *
15766 AAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAACAATTT-ATAATTTATAACTGTTCAAATG
66 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGA-AATAGATAATTGTTTAAAT-
*** * *** * * * *
15830 GCCATAATTATTTGAACCAATTCGATAAAC-TAATTTATTTTTTAAACCTCTTA
128 AATATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTCTTG
* * ** *
15883 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGAATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTG
* *
15948 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATAATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAAT
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAAT
* *
16013 AGTAACTATTT-AAGCTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTCAAATCTGTTG
131 A-TAACTATTTGAA-CTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTG
* * *
16064 CTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACT
1 CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * *
16128 GAAACAATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTT-AGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCT-AAT
65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-TAAAT
* * * * * * * * *
16191 AGTCTTAACCATTTGAA-ATGATTAGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTTA
128 AAT-ATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTG
* * * * *
16245 CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTATATGATA-A
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGA-ACT
* * * * ** * * * * *
16309 GAAATAGTTTTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAGCGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATGA
65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAA
* *
16373 TCATAACTATTTGAACTGGTTTGG-AAA-ATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTG
130 T-ATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATA--TTTATTTTTTAAATCTCTTG
* * * * ** * *
16425 CTTAATAATTTTTGAAATATTAATGAAGTAGTATTATTTTATTTTAGATAAATTTTTATGAATTG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * *
16490 AAACAATTGTTTTATGACGAAACAAAA-TGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATGG
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGT-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAAT-A
* * * *
16554 TTATATCTATTTAAACTTGTTAT-GTAAACATATTAATTTTTTTAAATCTCTTG
129 ATATAACTATTTGAACTTGTT-TGGTAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTCTTG
* *
16607 CTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATT
1 CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * * * *
16671 GAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAATAATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAG
65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAA
* * * * * *
16736 TCTTAACTATTTGAACTAGATCGGCAAAACACATTTATTTTTTA
130 T-ATAACTATTTGAACTTGTTTGG-TAAACATATTTATTTTTTA
16780 TTATTAAATT
Statistics
Matches: 722, Mismatches: 143, Indels: 62
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
178 2 0.00
179 6 0.01
180 193 0.27
181 341 0.47
182 162 0.22
183 18 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTG
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAAT
ATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTG
Found at i:16617 original size:362 final size:361
Alignment explanation
Indices: 15866--16725 Score: 961
Period size: 361 Copynumber: 2.4 Consensus size: 361
15856 AAACTAATTT
* * * * **
15866 ATTTTTTAAACCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGAATTATTTTATTTTGGA
1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTAAA
* * * * *
15931 TAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATAATTTTAAATAG
66 TAAGCTTATATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAAATAG
* * *
15996 ATAATTGTTTAAATAATAGTAACTATTTAAGCTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTCAAATCTG
130 ATAATTGTTCAAATAATAGTAACTATTTAAGCTGGTTTGGTAAACATATTTATTTTTCAAATCTC
* * * *
16061 TTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA
195 TTGCTTAATAATTTTTTGAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAA
* * * *
16126 CTGAAACAATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAAT
260 CTGAAACAATTATTTTATGACGAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
*
16191 AGTCTTAACCATTTGAAATGATTAGGCAAACACATTT
325 AGTCTTAACCATTTGAAATGATTAGGCAAACACATTA
* * *
16228 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCTAAA
1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTAAA
* * * * * * *
16293 TAAGCTTATATGATA-AGAAATAGTTTTTTTATGACAAAACAAAGATCATAGCGATTTGAGATTG
66 TAAGCTTATATGA-ACTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAACAATTTGAAATAG
* *
16357 ATATTTGTTCAAATGATCA-TAACTATTTGAA-CTGGTTTGG-AAA-ATAGCTTTAGTTTTT-AA
130 ATAATTGTTCAAATAAT-AGTAACTATTT-AAGCTGGTTTGGTAAACATA--TTTA-TTTTTCAA
* * * * * *
16417 ATCTCTTGCTTAATAA-TTTTTGAAATATTAATGAAGTAGTATTATTTTATTTTAGATAAATTTT
190 ATCTCTTGCTTAATAATTTTTTG-AATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTCTAAATAAACTTG
* * * * * *
16481 TATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACGAAACAAAATGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGT
254 TATGAACTGAAACAATTATTTTATGACGAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTAT
* * * * * *
16546 TCAAATGGT-TATATCTATTT-AAACTTG-TTATGTAAACATATTA
319 TCAAATAGTCT-TAACCATTTGAAA--TGATTAGGCAAACACATTA
*
16589 ATTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTC
1 A-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTT-
* * * * * *
16652 AAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAATAATTTGAAA
63 AAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAAA
16717 TAGATAATT
127 TAGATAATT
16726 ATTTTAATAG
Statistics
Matches: 413, Mismatches: 70, Indels: 29
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
359 3 0.01
360 13 0.03
361 187 0.45
362 181 0.44
363 29 0.07
ACGTcount: A:0.38, C:0.07, G:0.11, T:0.44
Consensus pattern (361 bp):
ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTAAA
TAAGCTTATATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAACAATTTGAAATAGA
TAATTGTTCAAATAATAGTAACTATTTAAGCTGGTTTGGTAAACATATTTATTTTTCAAATCTCT
TGCTTAATAATTTTTTGAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAAC
TGAAACAATTATTTTATGACGAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
GTCTTAACCATTTGAAATGATTAGGCAAACACATTA
Found at i:17600 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 16778--22101 Score: 3902
Period size: 181 Copynumber: 29.7 Consensus size: 179
16768 ATTTATTTTT
* * ** * * *
16778 TATTATTAAATTAGTATTATCTTAATCGGAATAAGCTTATATGAAAAGAAACAATTATTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * *
16843 CAAAA-TAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATT-TTCAAGTAGTCATAACTATTTGAATTT
65 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * *
16906 ATTTAGCAAACAGATTTAGTTTTTAAA--TCT-CTAATTAATTTTTAAAA
130 GTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * ** *
16953 CATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTATAAATAATTTTGTATGAAGAGAAACAATTGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* ** * * ** * * *
17018 TAAAA-AAAATCTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAGGGACACAACTATTTGAACAT
65 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * *
17082 GTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAA-CTCAACCTATTAATTTTT-AGAA
130 GTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATTTCTACTTATTAATTTTTGA-AA
* ** * *
17132 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
** * * * * * **
17197 CAAAACAAAATATCATAACTA-TTGAAATAAATAATTATTCAAACAATCATAACTATTTGAGTTT
65 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* ** *
17261 GCTTAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TACTTA-TAATTTTTGGAA
130 GTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTACTTATTAATTTTTGAAA
** * * *
17310 TACAAATAAATTAGTATTATTTTGGTTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
* * * *
17375 ATAAAAC-AAAGGTCATAACTATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACG
64 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * *
17439 TGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTACTTATTAATTTTTGAAA
129 TGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTACTTATTAATTTTTGAAA
* * *
17490 TATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGGAATAACCGTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
1 TATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
17554 ACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAAGAACTATTTAAACT
64 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * * *
17619 TGTTCGGTAAACTA-ATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTGATTTTAGGAA
129 TGTTTGGTAAAC-AGATTTATTTTTTAAATTTC-TACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * * **
17671 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCCTATATGAACTGATACAATTATTTTAAAA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * ** *
17736 TC-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGGCTATTTGGACT
65 -CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * **
17800 T-TTTGGGTAAACATATTTCTTTTTAAAATCTTTTACTTATT-ATTTGAGGAAA
129 TGTTT-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTACTTATTAATTT-TTGAAA
* * * *
17852 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAACA-AAA-AATAT-TTTT-TT
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAAT-TGTTTTATG
* ** * * * * *
17913 ATAAAA-AAAAGGTTGTAATGATTT-AAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAACT
64 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * * *
17976 TATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTTTTTAATTGTTT-AAA
129 TGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTA-CTTATTAATT-TTTGAAA
* * * *
18029 TATTAATAAATTTGTGTTATTTTATTTGAAATAAGATTGTATGAATAGCAAA-AATTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAACAG-AAACAATTGTTTTATG
* * * * * *
18093 ACAAAACAAAAGGTTATAGCGATATGAAATAGATAATTGAT-AAATAGTCATAACTATTTTAATT
64 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
**** * * * ** *
18157 TGTTCAACAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTGCTAATTTTTGGAA
129 TGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTC-TACTTATTAATTTTTGAAA
** * * * * * * * **
18209 TATTAATAAGCTAGAATTATGTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGATTTGCGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * * * *
18274 TAACACAAAAGATTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAGAATCATAAATATTTGCACTG
65 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-
* *** * * * * *
18339 GGCAAGCT-AACAAATTCATTTTTGAAA-TTCATTAGTTATTAATTTTT-AGAA
129 TGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTC--TACTTATTAATTTTTGA-AA
* *
18390 TATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTGAATAAGAC-TGTATG-ACTAGAAACAATTATTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAG-CTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATG
* * ** * * *
18453 ATAAAACAAATGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTA-AACTAATTGAACT
64 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* ** * * * *
18517 AGTTTAATAAACAAATTTATTTTTTTAACTCTCTTACTTATTGA-TTTTGAAA
129 TGTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATTTC-TACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * * * * * *
18569 AATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAACTTATTTGAAAAAAAAACATTTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATG-AACAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * *
18634 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATATGAAATCGATAATTATTTAAATAGTCATAATTTTTTGAA-T
64 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* ** * * * * *
18698 TGGTTCGACAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTGCTGATT-ATTTTTGAAA
129 T-GTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTC-TACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * * * * *
18750 TATTAATAGATTTGTTTTATTTTATTTCGAATAAG-TTACTAAGAACTGAAAAAATTGTTTTACG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTT-GTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * *
18814 ATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAGCCTTAACTATTTAAAC-
64 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * ** * * *
18878 TGGTT--CAAATAAATTTA---TTGGAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTCATAA
129 TGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTC-TACTTATTAATTTTTGA-AA
* * * *
18925 TATTATTACATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * ** * *
18990 CAGAACACAAGGTTATAATAATTTGAAATATATAATTGCTCAAATAGTCATAACCT-TTTGAACT
65 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACT
** * * *
19054 AATTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAA
129 TGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * ** *
19105 TATTAATAAATTACTGTTATTTTATTTTGAATAGGTTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * *
19170 CAAAACAAAAGTTCATAAC-ATTTAAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTA
65 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * ** * * * *
19234 ATTCGATAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATCAATTTTTAAAA
130 GTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * *
19285 TATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTAT-AAGCTA-AAACAATTGTTTTAT
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAA-C-AGAAACAATTGTTTTAT
* * * * *
19348 GATAAAATAAAAGGTCATAA-TAGTTTTAAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAACTATTTGAA
63 GACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * *
19412 CTTGTTCGATAAATAGAATTCTTTTTTTAATTTCTTACTTATTAAATTTTTG-AA
127 CTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTC-TACTTATT-AATTTTTGAAA
* * * * * * *
19466 TGTTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATATATGAACTGAAATAATTATTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
** * * * * *
19531 TTAAAGAAAAGGTCAAAACGATTTGAAACAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAAC-T
65 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * *
19595 GTTTGGCAAACACATCTATTTTTTAAA--TC--CTTATTAATTTTT-AGAA
130 GTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTACTTATTAATTTTTGA-AA
* * * * * * * * * * *
19641 TACTATTAATTTAGTAGTATTTTACTTTGAACAAGTTTCTATGAATAGAAATAAATGTTTTAGGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * *
19706 TAAAAC-AAAGATCATACCAATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-T
65 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * *
19769 GATTCGGTAAAGAGATTTAGTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTGAAA
130 G-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * ** * * * * * *
19817 TAGTAATAAATTAATATTATTTTTTTATGAATAATTTTGTATGAATAAAAATATTTTTTTTACGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* ** * * * * * * *
19882 CAAAATAAAATATCATAACAATTTCAAATATATAATAGTTCAAATAGACATGACAATTTGAACTT
65 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
** * * * * *
19947 GTTCAGTAAATAGATTAATTTTTAAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAAAA
130 GTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * * *
19998 CATTAATAAATTAGTATTATTATATTTTTAATAAACTTGTATGAATAGAGACAATTGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * *
20063 CAAAACAAAAGAG-CATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACAATTTAAACT
65 CAAAACAAAAG-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
*** * * * *
20127 CACTTGGTAAGCAAATTTA-TTTTTAAATGTTTTACTTATTAA-TTTTGGAA
129 TGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTACTTATTAATTTTTGAAA
* ** * * * **
20177 TATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTTTGAAAAGAAATAATTCATTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
** * * * * ***
20242 CAAAACAATTGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTACTTAAAAAA
65 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
** * ** * * * *
20307 GTTCAGAAAATTGATTTATTTTTAAAATTTTTAATTATTAATTTTTGGAA
130 GTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTACTTATTAATTTTTGAAA
*
20357 TATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAACA-AAACCAATTGTTTTAT
1 TATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAACAGAAA-CAATTGTTTTAT
* * *
20420 GACAAAACAAAATGTCATAA-TATTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAA
63 GACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * * *
20484 CTTGTTTAGTAAATAGATTCATTTTTTTAATTCTCTTGCTTTTTGATTTTTGGAA
127 CTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATT-TC-TACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * * * *
20539 TAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGTTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATTA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * **
20604 CAAAACAAAAAGTCACAATGATTTGAAATCGATAATTATTCAAATAATCATGGCTATTTGAACTT
65 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * *
20669 CTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTGT-TACTTATT-ATTTGTCGAAA
130 GTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-T-TCTACTTATTAATTT-TTGAAA
* * *** *
20720 TATTAATAAATTAATACTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
** * * * **
20785 CAAAACAAAAAAATCACAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TGATTCAAAC
65 CAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAAC
* * * * *
20849 TTGTTCGGTAAATAGACTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTT-CAA
128 TTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTACTTATTAATT-TTTGAAA
** * **
20902 TATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAAAAGTCATTTTAT
1 TATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAA-TTGTTTTAT
* * * * ** * * * *
20965 AACAAAACAAAAAGTTATAGCGATTCCAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAATTATTTAAAC
63 GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * * *
21030 TTGTTCGATAAACAGATTCATTTTTGAAATCTCTTAATTATTAA-TTTTCATAA
128 TTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTC-TACTTATTAATTTTTGA-AA
* * * ** * * *
21083 TATTAATAACA-TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAATTGAAATAATT-TTTTTTT
1 TATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * **
21146 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATTACAATTTGATGT
64 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * *
21211 AGTTCGTTAAACATATTTATTTTTTAAGATTTTTACTTATTAATTTTTAAAA
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* * * * *
21263 TTTTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTGTTTTAT-A
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * *
21327 GCAAAACAAAAAGCCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTTAGATAGTCATAACTGTTTGAAC-
65 -CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
** *
21391 TGCTTTGACAAATAGATTTATTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTGAAA
129 TG-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * * * **
21440 TATTAATAGATTAATATTATTTTATTCTGAACAAACTTAT-TGAACATAAACCTTTGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * *
21504 CAAAACAAAAGTTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCACATAGTCATAATTATTTGAA-TT
65 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * * *
21568 AATTAGGTAAATAGAATTATTTTTTTAATCTCTTATTTATTAATTTTT-AAA
130 -GTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTC-TACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * **
21619 TATTAATAAATTCA-TTTTATTTGATTCTTAATAAGCTAGTATGAATTGAAA-ATTATTGTTTTA
1 TATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACA--ATTGTTTTA
* * * *
21682 TGACAAGACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTT-AA
62 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * *
21746 -TGGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTAAGTTATTAATTTTTGGAA
127 CT-TGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCT-ACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * * * *
21800 TATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTGTATAAGCTTGTATGAATATAAATAATTGTTTTATGG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * * * *
21865 TAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGTATACAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAA-TT
65 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * *
21929 GGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAA--TCT-CTTATTAAATTTTGAAA
130 -GTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * * * *
21977 GATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAGAATAAGTTTGTATGATAAAAAAATAATTGTTATATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * * * *
22042 GCCAAACAAAAGGTAATATCAATTTGAAATGGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTT
64 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
22102 AAATGGATAA
Statistics
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175 264 0.06
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Consensus pattern (179 bp):
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AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTACTTATTAATTTTTGAAA
Found at i:18822 original size:361 final size:362
Alignment explanation
Indices: 16778--22101 Score: 3870
Period size: 361 Copynumber: 14.8 Consensus size: 362
16768 ATTTATTTTT
* * * * ** * * *
16778 TATTATTAAATTAGTATTATCTTAATCGGAATAAGCTTATATGAAA-AGAAACAATTATTTTATG
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* * ** * * *
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** ** * * * *
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* * * * ** * * *
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* * * ** * * *
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* * *
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* ** ** * * *
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1 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAACAAAAACAATTGTTTTATG
** * * * * *
17196 ACAAAACAAAATATCATAACTA-TTGAAATAAATAATTATTCAAACAATCATAACTATTTGAGTT
66 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-AT
* ** * **
17260 TGCTT-AATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTA-TAATTTTTGGAATACAAATAAATT
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* * * *
17322 AGTATTATTTTGGTTTCGAATAAGCTT-GTATGAA-TAGAAACAATTGGTTTATGATAAAAC-AA
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* *
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*
17448 AATAGATTTATTTTTTAAATTTC-TACTTATTAATTTTTGAAA
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* * * * * *
17490 TATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGGAATAACCGTATATG-AACAGAAACAATTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAACAAAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
17554 ACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAAGAACTATTTAAACT
66 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-T
* * * * *
17619 T-GTTCGGTAAACTA-ATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTGATTTTAGGAATATTAATAAAT
130 TGGTTCGGTAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
* * * * **
17682 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCCTA-TATGAACTGATACAATTATTTTAAAATC-AAACAAA
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* * * ** * * *
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258 AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTT-GATAA
* * * * * *
17810 ACATATTTCTTTTTAAAATCTTTTACTTATT-ATTTGAGGAAA
322 ATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT--TGAAA
* * *
17852 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATG-AACAAAAA-ATATT-TTTT-T
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAACAAAAACA-ATTGTTTTAT
* ** ** * * *
17913 -ATAAAA-AAAAGGTTGTAATGATTT-AAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAAC
65 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-
* * * * * *
17975 TT-ATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTTTTTAATTGTTT-AAATATTAATAA
129 TTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAA
* * * *
18038 ATTTGTGTTATTTTATTT-GAAATAAGATT-GTATGAA-TAGCAAAAATTGTTTTATGACAAAAC
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* * * * * * **
18100 AAAAGGTTATAGCGATATGAAATAGATAATTGAT-AAATAGTCATAACTATTTTAATTTGTTCAA
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* * ** *
18164 CAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTGCTAATTTTTGGAA
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** * ** * * * * * **
18209 TATTAATAAGCTAGA-ATTATGTTATTTCAAATAAACTTGTATG-AATAGAAATAATTGATTTGC
1 TATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAACAAAAACAATTGTTTTAT
* * * * * * * * * *
18272 GATAACACAAAAGATTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAGAATCATAAATATTTGCAC
65 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
* * * * * *
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* * * *
18398 AATTAGCATTATTTTATTT-GAATAAGAC-T-GTATG-ACTAGAAACAATTATTTTATGATAAAA
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* ** * * * *
18459 CAAATGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTA-AACTAATTGAACTAGTTTA
254 CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTG
* * * *
18523 ATAAACAAATTTATTTTTTTAACTCTCTTACTTATTGATTTTGAAA
318 ATAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGAAA
* * * * * * *
18569 AATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAACTTATTTGAAAAAAAAACATTTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAACAAAAACAATTGTTTTATG
* * ** * * * *
18634 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATATGAAATCGATAATTATTTAAATAGTCATAATTTTTTGAATT
66 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT
** * * * * * *
18699 GGTTCGACAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTGCTGATT-ATTTTTGAAATATTAATAGATTT
131 GGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * *
18763 GTTTTATTTTATTTCGAATAAG-TTACTAAGAACTGAAAAAATTGTTTTACGATAAAACAAAAGG
196 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTAGTATGAACTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * * * * *
18827 TCATAACGATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAGCCTTAACTATTTAAACTGGTT--CAAATAA
261 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTGATAAATAG
** * *
18890 ATTTA---TTGGAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAA
326 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGA-AA
* * * * *
18925 TATTATTACATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATG-AACAAAAATAATTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAACAAAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * *
18989 ACAGAACACAAGGTTATAATAATTTGAAATATATAATTGCTCAAATAGTCATAACCT-TTTGAAC
66 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAAT
** * *
19053 TAATTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
130 TGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* * * * *
19117 ACTGTTATTTTATTTTGAAT-AGGTTTGTATG-A-TGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
195 AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTAGTATGAACTG-AAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * * * * * *
19179 AGTTCATAAC-ATTTAAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTCGATAA
258 AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTGATAA
* ** * *
19243 ATTGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATCAATTTTTAAAA
322 ATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAA
* * * * *
19285 TATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTAT-AAGCTAAAACAATTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAACAAAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * *
19349 ATAAAATAAAAGGTCATAATAGTTTTAAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAACTATTTGAACT
66 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-T
* * * * * * * *
19414 T-GTTCGATAAATAGAATTCTTTTTTTAATTTCTTACTTATTAAATTTTTG-AATGTTAATAAAA
130 TGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTTGAAATATTAATAAAT
* * * * ** *
19477 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATA-TATGAACTGAAATAATTATTTTATGATTAAAGAAAA
194 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTAGTATGAACTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * ** *
19541 GGTCAAAACGATTTGAAACAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGTTTGGCAAAC
259 GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTGATAAAT
* * *
19606 ACATCTATTTTTTAAA--TC---CTTATTAATTTTTAGAA
324 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGA-AA
* * * * * * * * * * * *
19641 TACTATTAATTTAGTAGTATTTTACTTTGAACAAGTTTCTATGAATAGAAATA-AA-TGTTTTAG
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-ACAAAAACAATTGTTTTAT
* * * * * *
19704 GATAAAAC-AAAGATCATACCAATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC
65 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
* * * *
19768 TGATTCGGTAAAGAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATT
130 TGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* * * * * * *
19829 AATATTATTTT-TTTATGAATAA-TTTTGTATGAA-T-AAAAATATTTTTTTTACGACAAAATAA
195 AGTATTATTTTATTT-CGAATAAGCTTAGTATGAACTGAAAAA-A-TTGTTTTATGACAAAACAA
** * * * * * * * *
19890 AATATCATAACAATTTCAAATATATAATAGTTCAAATAGACATGACAATTTGAACT-TGTTCAGT
257 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT-TTGA-T
* * * *
19954 AAATAGATTAATTTTTAAAATCT-TCAACTTATTAATTTTTAAAA
320 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAA-TTTTGAAA
* * * * * * * *
19998 CATTAATAAATTAGTATTATTATATTTTTAATAAACTTGTATG-AATAGAGACAATTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAACAAAAACAATTGTTTTATG
** * * *
20062 ACAAAACAAAAGAG-CATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACAATTTAAAC
66 ACAAAACAAAAG-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-
*** * * * * *
20126 TCACTT-GGTAAGCAAATTTA-TTTTTAAATGTTTTACTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAAT
129 TTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
* * * ** * ** *
20188 TAGTTTTATTTTA-TTCAAAATAAGCTT-GTTTGAAAAGAAATAATTCATTTATGACAAAACAAT
194 TAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTAGTATGAACTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * ** ** *
20251 TGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTACTTAAAAAAGTTCAGA-A
258 AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAACTGTT-TGATA
* * * * *
20315 AATTGATTTATTTTTAAAAT-TTTTAATTATTAATTTTTGGAA
321 AATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAA
* * *
20357 TATTAATAAATTTATATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGCATG-AACAAAACCAATTGTTTTAT
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAAACAAAAACAATTGTTTTAT
* * * * *
20420 GACAAAACAAAATGTCATAATATTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAAC
65 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-
** * * * * * * * *
20485 TT-GTTTAGTAAATAGATTCATTTTTTTAATTCTCTTGCTTTTTGATTTTTGGAATAGTAATAAA
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** * * * *
20549 TTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGTTTA-TATGAACTGAAACAATTATTTTATTACAAAACAAA
193 TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTAGTATGAACTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * * * * ** *
20613 AAGTCACAATGATTTGAAATCGATAATTATTCAAATAATCATGGCTATTTGAACT-TCTTCGGTA
258 AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT-TT-GATA
* * *
20677 AACATATTTATTTTTTAAATCTGTTACTTATT-ATTTGTCGAAA
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* * ***
20720 TATTAATAAATTAATACTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATG-AACAAAAACAATTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAACAAAAACAATTGTTTTATG
** * **
20784 ACAAAACAAAAAAATCACAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TGATTCAAA
66 ACAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAA
* * * *
20848 CTT-GTTCGGTAAATAGACTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTT-CAATATTAATAA
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* * ** *
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20972 CAAAAAGTTATAGCGATTCCAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCG
254 CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTG
* * * * *
21037 ATAAACAGATTCATTTTTGAAATCTCTTAATTATTAATTTTCATAA
318 ATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGA-AA
* ** * * *** * *
21083 TATTAATAACA-TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATG-AATTGAAATAATT-TTTTTT
1 TATTAATAA-ATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAACAAAAACAATTGTTTTAT
* ** * * * * *
21145 TACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATTACAATTTG-AT
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* * * * * *
21209 GTAGTTCGTTAAACATATTTATTTTTTAAGAT-TTTTACTTATTAATTTTTAAAATTTTAATAAA
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* * **
21273 TTAATATTATTTTA-ATCTGAATAAGCTT-GTATGAA-TAGAAACTATTGTTTTAT-AGCAAAAC
193 TTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTAGTATGAACT-GAAAAAATTGTTTTATGA-CAAAAC
* * * * * * *
21334 AAAAAGCCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTTAGATAGTCATAACTGTTTGAACTGCTTTGA
255 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTTGA
* *
21399 CAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA--ATTTTTGAAA
319 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGAAA
* * * * * * **
21440 TATTAATAGATTAATATTATTTTATTCTGAACAAACTTAT-TG-AACATAAACCTTTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAACAAAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
21503 ACAAAACAAAAGTTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCACATAGTCATAATTATTTGAATT
66 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT
** * * * * *
21568 AATTAGGTAAATAGAATTATTTTTTTAATCTCTTATTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTC
131 GGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-
* * * * * *
21632 A-TTTTATTTGA-TTCTTAATAAGC-TAGTATGAATTGAAAATTATTGTTTTATGACAAGACAAA
195 AGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTAGTATGAACTGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * *
21694 AGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTT-AA-TGGGTTTGGTA
258 AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT--GTTTGATA
* * * * *
21757 AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTAAGTTATTAATTTTTGGAA
321 AATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAA
* * * * * * *
21800 TATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTGTATAAGCTTGTATG-AATATAAATAATTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAACAAAAACAATTGTTTTATG
** * * * * * * *
21864 GTAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGTATACAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAATT
66 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT
* *
21929 GGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA--AA-TTTTGAAAGATTAATAAATTA
131 GGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* ** * * *
21990 GTATTATTTTA-TTCAGAATAAG-TTTGTATGATA-AAAAAATAATTGTTATATGGCCAAACAAA
196 GTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTAGTATGA-ACTGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * * * * * *
22052 AGGTAATATCAATTTGAAATGGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTT
258 AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
22102 AAATGGATAA
Statistics
Matches: 3929, Mismatches: 857, Indels: 364
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
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365 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (362 bp):
TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAACAAAAACAATTGTTTTATG
ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT
GGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTAGTATGAACTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTGATAAATAG
ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGAAA
Found at i:22134 original size:19 final size:16
Alignment explanation
Indices: 22065--22172 Score: 135
Period size: 16 Copynumber: 6.4 Consensus size: 16
22055 TAATATCAAT
*
22065 TTGAAATGGATAATTG
1 TTGAAATGGATAATTA
22081 TTGAAATGGCCATAATTA
1 TTGAAATGG--ATAATTA
*
22099 TTTAAATGGATAATTA
1 TTGAAATGGATAATTA
22115 TTGAAATGGATAACAATTA
1 TTGAAATGGAT---AATTA
*
22134 TTGAAATGGATAATTG
1 TTGAAATGGATAATTA
22150 TTGAAATGGATAATTA
1 TTGAAATGGATAATTA
*
22166 TTTAAAT
1 TTGAAAT
22173 TGATTTTATA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (16 bp):
TTGAAATGGATAATTA
Found at i:22141 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 22065--22162 Score: 144
Period size: 35 Copynumber: 2.8 Consensus size: 35
22055 TAATATCAAT
** *
22065 TTGAAATGGATAATTGTTGAAATGG-CCATAATTA
1 TTGAAATGGATAATTGTTGAAATGGATAACAATTA
* *
22099 TTTAAATGGATAATTATTGAAATGGATAACAATTA
1 TTGAAATGGATAATTGTTGAAATGGATAACAATTA
22134 TTGAAATGGATAATTGTTGAAATGGATAA
1 TTGAAATGGATAATTGTTGAAATGGATAA
22163 TTATTTAAAT
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 7, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (35 bp):
TTGAAATGGATAATTGTTGAAATGGATAACAATTA
Found at i:22650 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 22204--22664 Score: 507
Period size: 182 Copynumber: 2.5 Consensus size: 180
22194 TTTTTAAATC
* * * * *
22204 ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTCAAGTAAGCCTATATGAACT
1 ACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTA-TTCAAATAAG-CTTTAAGAACT
* * *
22269 AAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATA
64 AAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* *
22334 GTCATAACTATTTGAATTTGTTCGCTAAACAAATTTATTTTTTTTAAACTCTT
128 GTCATAACTATTTGAATTTATTCGCTAAACAAATTTATTTTTTTCAAACTCTT
* * ***
22387 ACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTAATTTGGATAAGCTTTAATGAAC
1 ACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGCATTATTTT-ATTCAAATAAGCTTTAA-GAAC
** * * * * *
22451 TGGAATAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATACCAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAGTA
63 TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * *
22516 GTCATAACTATTTGAATTTATTCGGTAAGCAGATTTA-TTTTTTCAAATCTTTT
128 GTCATAACTATTTGAATTTATTCGCTAAACAAATTTATTTTTTTCAAA-CTCTT
* * *
22569 ACTTAGTAATTTTTTGAATGTCAATAAATTTAG-ATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTAAGATA
1 ACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAA-TTAGCATTATTTTATT-CAAATAAGCTT-TAAGA-A
* * *
22633 -TAAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGT
62 CTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
22665 TCGATAAATA
Statistics
Matches: 229, Mismatches: 40, Indels: 19
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Matches are distributed among these distances:
181 12 0.05
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184 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
ACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTCAAATAAGCTTTAAGAACTAA
AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
ATAACTATTTGAATTTATTCGCTAAACAAATTTATTTTTTTCAAACTCTT
Found at i:23109 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 22669--23227 Score: 478
Period size: 179 Copynumber: 3.1 Consensus size: 180
22659 AAAGGTTCGA
* * * * * *
22669 TAAATAAATTTATTGTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTGGTATT-A
1 TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAATTAGTATTAA
* * * *
22733 TTTATTTTGAATAAGCTTATATGATCAA--AAACAATTGTTTTTATGA-AAACAAAAGGTCATAA
66 TTTATTCTAAATAAGCTTGTAT--T-AATTAAACAATTG-TTTTATGACAAATAAAAGGTCATAA
* * * ** * * *
22795 TAATTTGAAATAAATAA-TCATTCAAGTGGCCATAATTATTTTAACTAATTCGG
127 TAATTTGAAATAGATAATTCATTAAAATAACAATAATTATTTGAACTAATTCAG
** * * ** * *
22848 TAAA-CGATTTATTTTTTAAATTTCTTGATTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTAATAT
1 TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAATTAGTATTAA
* ** *
22912 TTTATTGTATCTAAGCTTGTATTAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAATAAAAGGTTATAATAA
66 TTTATTCTAAATAAGCTTGTATTAATT-AAACAATTGTTTTATGACAAATAAAAGGTCATAATAA
* * *
22977 TTTTAAATAGATAATTC-TTAAAATAATAATAATTATTTGAACTTATTCAG
130 TTTGAAATAGATAATTCATTAAAATAACAATAATTATTTGAACTAATTCAG
* * * * *
23027 TAAATATATTTATTTTTTTAATCACTTGCTTATTAATTTTCAAAATGTTAATAAATTAGTATTAA
1 TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAATTAGTATTAA
* * * *
23092 TTTATTCTAAATAAGCTTGT-TTGAGCTTAAACAATTG-TTT-TGACTCAATAAAAGGTCAAAAC
66 TTTATTCTAAATAAGCTTGTATT-A-ATTAAACAATTGTTTTATGAC-AAATAAAAGGTCATAAT
* ** * * *
23154 GATTTGAAATAGATAATT-ATTTTAATAGTC-TTAATCATTTGAACTAATTC-G
128 AATTTGAAATAGATAATTCATTAAAATA-ACAATAATTATTTGAACTAATTCAG
* * *
23205 ATAAACAAGTTTATTTTTAAAAT
1 -TAAATAAATTTATTTTTTAAAT
23228 ATTTTTAAAT
Statistics
Matches: 302, Mismatches: 65, Indels: 26
0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
176 2 0.01
177 1 0.00
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181 2 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAATTAGTATTAA
TTTATTCTAAATAAGCTTGTATTAATTAAACAATTGTTTTATGACAAATAAAAGGTCATAATAAT
TTGAAATAGATAATTCATTAAAATAACAATAATTATTTGAACTAATTCAG
Found at i:24028 original size:179 final size:178
Alignment explanation
Indices: 23217--24155 Score: 645
Period size: 179 Copynumber: 5.3 Consensus size: 178
23207 AAACAAGTTT
** * ** *
23217 ATTTTTA-AAATATTTTTAAATTAGTATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTACAAATA-AAACA
1 ATTTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACA
* * ** * ** * ** * *
23279 ATTTTTTTACGACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAACCGTTCATATAGTCTTAA
65 AATATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA
** ** * * * *
23344 CTATTTGAACTAGTTGGGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTA
130 CTATTTGAACTAGTTTAGCAAACAAATTCATTTTTTAAATGTC----TTATTA
* * * * ** ** * * * *
23397 A-GTTTCGAAATATTATTAAATTAGTATTACTTTATTTTGAATAAAATAGTATAAATAGAACCAA
1 ATTTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAA
* * ** * * * ** * * *
23461 TTGTTTGCTGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAAC
66 ATATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * ** *
23526 TATTTGAAATAGTTTGGCAAGCAAA-T--TTACTTAAATCTCTTACTGATTA
131 TATTTGAACTAGTTTAGCAAACAAATTCATTTTTTAAATGTC-T--T-ATTA
* * * ** * * *
23575 ATTTTCT--AAATGTTAATAAATTAGTA-CATTTTTATTTCAAACAAATTTATATTAACAAAAAC
1 ATTTT-TAGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* * * * * * *
23637 AATTATTTTATAACAAAACAAAAAAGTAATAGCGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTAT
64 AAATATTTTATAACAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * *
23702 AATTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAAAATT-ATTTTCTAAATCTCTTA-AA
128 AACTATTTGAACTAGTTTAGCAAA-CAAATTCATTTTTTAAATGTCTTATTA
* * * * ***
23752 AATTTTAGAAATATTAATAAATTAATTTTATTCTATTTCAAATAAGCTTGTATGAGTTGAAACAA
1 ATTTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAA
* * * * * *
23817 TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATCGTCTTAGC
66 ATATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * *
23882 TATTTGAACTGGTTT-GACAAACATATTCATTTTTTAAATCTTAGTTATTA
131 TATTTGAACTAGTTTAG-CAAACAAATTCATTTTTTAAAT-GT-CTTATTA
* * *
23932 ATTTTTAG-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTTTATGAACAGAAACA
1 ATTTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACA
* * *
23995 AAT-TTTTATAATAGAAA-AAAAGAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
65 AATATTTTATAACA-AAACAAAAG-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
*
24058 AACTATTTGAACTAGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATGTCTTATTA
128 AACTATTTGAACTAGTTTAGCAAACAAATTCATTTTTTAAATGTCTTATTA
* *
24109 ATTGTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAAGCT
1 ATTTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT
24156 GGCAAGTTGA
Statistics
Matches: 599, Mismatches: 133, Indels: 57
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.00
176 7 0.01
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178 146 0.24
179 188 0.31
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
ATTTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAA
ATATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
TATTTGAACTAGTTTAGCAAACAAATTCATTTTTTAAATGTCTTATTA
Found at i:24183 original size:133 final size:133
Alignment explanation
Indices: 24029--24279 Score: 369
Period size: 133 Copynumber: 1.9 Consensus size: 133
24019 TTATAACAAT
* * * *
24029 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-GTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAACAAATTTATTT
1 TTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGGT-ATAACTATTTGAACTAGTTTAACAAACAAATTTAATT
** * *
24093 TTTAAATGTCTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAAGCTGG
65 TTTAAATCACTTATTAATTGTTAAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCAAAAAAGCTGG
24158 CAAG
130 CAAG
* * *
24162 TTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGGTATAACTATTTGAACTAGTTTAATAAATAGATTTAATTT
1 TTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGGTATAACTATTTGAACTAGTTTAACAAACAAATTTAATTT
* *
24227 TTAAATCACTTATTAATTTTTAAAATATTAATATATTAGTATTACTTTATTTC
66 TTAAATCACTTATTAATTGTTAAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTC
24280 GAATAAACTT
Statistics
Matches: 104, Mismatches: 13, Indels: 2
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
133 102 0.98
134 2 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (133 bp):
TTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGGTATAACTATTTGAACTAGTTTAACAAACAAATTTAATTT
TTAAATCACTTATTAATTGTTAAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCAAAAAAGCTGGC
AAG
Found at i:24344 original size:310 final size:314
Alignment explanation
Indices: 23850--24463 Score: 741
Period size: 310 Copynumber: 2.0 Consensus size: 314
23840 TCATAACAAT
* * * * * * * *
23850 TTGAAATAAATAATTGTTCATATCGTCTTAGCTATTTGAACTGGTTTGACAAACATATTCATTTT
1 TTGAAATAAATAATTGCTCAAATCGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAACAAACAGATTCAATTT
* * * * *
23915 TTAAATCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTT
66 TTAAATC-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTCTGAATAAACTT
* * * * * *
23980 TTATGAACAGAAACAAATTTTTATAATAGAAAAAAAGAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTG
130 ATATAAACAGAAAAAAATTTTTATAATACAAAAAAAGAGTTATAACAATTTGAAATAGATAAGTA
*
24045 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTA-GCAAACA-AATTTATTTTTTAAA-TG-T-CTT
195 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GGTTACGCAAACAGAA-TTATTTTTTAAACTGTTACTT
*
24105 ATTAATTGTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAAAAAGCTGGCAAG
258 ATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTCA-TATTATTTTATTCCAAAAAAGCTGGCAAG
* * * *
24162 TTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGGT-ATAACTATTTGAACTAGTTTAATAAATAGATTTAATT
1 TTGAAATAAATAATTGCTCAAAT-CGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAACAAACAGATTCAATT
*
24226 TTTAAATC-ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATATATTAGTATTACTTTATT-TCGAATAAACT
65 TTTAAATCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTCT-GAATAAACT
*
24289 TATATAAACA-AAAAAAATTATTT-T-ATGACAAAACAAAG-GTTAATAACGATTTGAAATAGAT
129 TATATAAACAGAAAAAAATT-TTTATAAT-ACAAAA-AAAGAGTT-ATAACAATTTGAAATAGAT
* * * *
24350 AGGTATTCAATTAGTCATAATTATTTGAACTGGTTACGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTGTT
190 AAGTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTACGCAAACAGAATTATTTTTTAAA-CTGTT
* *
24415 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTCCAAA
254 ACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTCATATTATTTTATTCCAAA
24464 TAATCTAGTA
Statistics
Matches: 256, Mismatches: 33, Indels: 24
0.82 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
308 2 0.01
309 22 0.09
310 124 0.48
311 2 0.01
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314 43 0.17
315 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (314 bp):
TTGAAATAAATAATTGCTCAAATCGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAACAAACAGATTCAATTT
TTAAATCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTCTGAATAAACTTA
TATAAACAGAAAAAAATTTTTATAATACAAAAAAAGAGTTATAACAATTTGAAATAGATAAGTAT
TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTACGCAAACAGAATTATTTTTTAAACTGTTACTTATT
AATTGTTGAAATATTAATAAATTCATATTATTTTATTCCAAAAAAGCTGGCAAG
Found at i:24604 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 24234--26062 Score: 769
Period size: 181 Copynumber: 10.2 Consensus size: 180
24224 TTTTTAAATC
* * * * * *
24234 ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATATATTAGTATTACTTTATTTCGAATAAACTTA-TAT-AAA
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAAC-TAGTATGAAT
* **
24297 CAAAAAAAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGGTTAATAACGATTTGAAATAGATAGGTATTCAAT
65 CAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG-TAATAACGATTTGAAGTAGATAATTATTCAA-
* * *
24361 TAGTCATAATTATTTGAACTGG-TT-ACGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTGTT
128 TAGTCATAATTATTTGAATTGGTTTGAC--AAAGA-AATTATTTTTTAAATCTCTT
* *
24415 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAATCTAGTATGAAT
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCAAATAAACTAGTATGAA-
* *
24479 TCAAAAAAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATC-ATTTGAAGTAGATAATTATTCT
64 TCAAAAAAAA-TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAA-CGATTTGAAGTAGATAATTATTCA
* *
24543 ATAGTCTTAATTATTTGAATTGGTTTGACAAAGAAATT-TTTTTTAATTCTCTT
127 ATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTTGACAAAGAAATTATTTTTTAAATCTCTT
* * * ** * * *
24596 AGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATCGGTGTTATTTTATTCCAAATAAAATTGTATGAAT-
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTAGTATGAATC
* * * * ** *
24660 AAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTTATAACGATTTAAAGTTTATAATTGTTCAAATA
66 AAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAGTAGATAATTATTC-AATA
* * ** ** *
24725 GTCAAAACTATTTGAACTAAGTCAGTA-AACAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTT
130 GTCATAATTATTTGAA-TTGGTTTG-ACAA-AGAAATTATTTTTTAAATCTCTT
* * * *
24777 ACTTATTAATTTTTGAAAGATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT-AA-GA-T-TGAACT
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTAGTATGAA--
* * * *** * * * * *
24838 TTCAAATAAAATTGTTATATGGTGAAGCAAAAGGTAATAA-TACTTGAAATAGATAATTATTGAC
64 -TCAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAGTAGATAATTATTCA-
* * * * * * * * * *
24902 CTGGCCATAATTATTTGAATAGATTCGTCAAACAAATTCACTTTTTAAATCACTT
127 ATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTTGACAAAGAAATT-ATTTTTTAAATCTCTT
** * *** * ** *
24957 ACTTATTAAAATTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATAAGCTTCTACGAA-C
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTAGTATGAATC
** ** * * * * ** *
25021 TGAAACGATTGTTCTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAACAGATAATTGTTCATATA
66 AAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAGTAGATAATTATTCA-ATA
* * * * * ** ** * * *
25086 GTCTTAACTGTTAGAACTACTTCAACAAACAAATTTATTTTTTAAATATTTT
130 GTCATAATTATTTGAATTGGTTTGACAAAGAAA-TTATTTTTTAAATCTCTT
* * *** **
25138 AGTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATATGCTTA-TAT-AA
1 ACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAAC-TAGTATGAA
* * ** * * * * * * * *
25200 --AATAAAACATTATTTTATAACTTAATAATAGGTTATAGC-AATTAAAATAGATAATTGTTCAA
64 TCAA-AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAGTAGATAATTATTC-A
** * * *
25262 ATAG--A-AACCAATTT--A---G--T-A-AACGAATTTATTTTTTAAATCTCCT
127 ATAGTCATAA-TTATTTGAATTGGTTTGACAAAGAAATTATTTTTTAAATCTCTT
* * **
25305 ATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCCCAAATAGGCTTA-TATG-AT
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAAC-TAGTATGAAT
* * * * * *
25368 GAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGTTCATAACGATTTGACA-TAGATAATTATTCAA-
65 CAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGA-AGTAGATAATTATTCAAT
* * *** * * * * *
25431 ATGGCTACAATTATTTGAATCAATTTGATAAACTG-ACTTAATTTTTAAATATCTA
129 A-GTC-ATAATTATTTGAATTGGTTTGACAAA--GAAATTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * * * * * *
25486 ACTCATCAATTTTTGAAATTTTAATAAAATAATATTATTTTA-TCTCAAATAAGCT-TTTTCAAA
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-CAAATAAACTAGTATGAAT
** * * * *** * * *
25549 CTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATATTTATTTTAAATAGATAATTATTTAAAT
65 CAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAGTAGATAATTA-TTCAAT
* * * * * * ** * * *
25614 TGGCGTAACTATTTAAACTT-TTTTGGTAAACACATTTATTTTTTAAAATTTCTT
129 AGTCATAATTATTTGAA-TTGGTTTGACAAAGA-AATTATTTTTT-AAATCTCTT
* * * * * * * *
25668 -GTGTTTTGATGTTCT-ACAA-GTTAATAAAATTAGTATCATTTTATTTCAAATAAGC-ATGTAT
1 ACT-TATTAAT-TTTTGA-AATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTA-GTAT
* * * * * * * * *
25729 G-AGCTAAAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGGTTTGAAATAGATAATTGTTC
61 GAATCAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAGTAGATAATTATTC
* * * * * *
25793 TAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCT-A-TAAGCATATTTATTTTTTAAA--TC-T
126 -AATAGTCATAATTATTTGAATTGGTT-TGACAAAG-A-AATTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * * * * *
25847 -CTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCGAATAAGCTAGTGTGACT
1 ACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTAGTATGAAT
* * ** * * * *
25910 -AAAAACAATTATTTTATGACCAAA-TGAAGATCATAATGATTTG-AGATAGATAATTGTTCAAA
65 CAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAG-TAGATAATTATTC-AA
* * * * * * *
25972 TACTCATAACTATTT-AGATTGGTTCGATAAATAGATTTTGTTTTTAAA--TC-T
128 TAGTCATAATTATTTGA-ATTGGTTTGACAAAGAAATTAT-TTTTTAAATCTCTT
26023 -CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
26063 TTCTGAATAA
Statistics
Matches: 1249, Mismatches: 312, Indels: 179
0.72 0.18 0.10
Matches are distributed among these distances:
167 68 0.05
168 33 0.03
169 19 0.02
170 1 0.00
171 5 0.00
172 2 0.00
173 1 0.00
175 6 0.00
176 95 0.08
177 64 0.05
178 57 0.05
179 59 0.05
180 165 0.13
181 432 0.35
182 43 0.03
183 141 0.11
184 50 0.04
185 8 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTAGTATGAATC
AAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAGTAGATAATTATTCAATAG
TCATAATTATTTGAATTGGTTTGACAAAGAAATTATTTTTTAAATCTCTT
Found at i:24891 original size:672 final size:663
Alignment explanation
Indices: 23571--24820 Score: 1489
Period size: 672 Copynumber: 1.9 Consensus size: 663
23561 TCTCTTACTG
* * *
23571 ATTAATTTTCTAAATGTTAATAAATTAGTACATTTTTATTTCAAACAAATTTATATTAACAAAAA
1 ATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTA-ATTTTTATTTCAAACAAACTTATATAAACAAAAA
* * * * *
23636 CAATTATTTTATAACAAAACAAAAAAGTAATAGCGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTA
65 AAATTATTTTATAACAAAAC-AAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAAGTATTCAAATAGTCA
*
23701 TAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAAAATTATTTTCTAAATCTCTTAAAAATTTTAGAAATAT
129 TAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAAAATTATTTTCTAAATCTCTTAAAAATTTTAGAAATAT
* * * * *
23766 TAATAAATTAATTTTATTCTATTTCAAATAAGCTTGTATGAGTTGAAACAATTATTTTATGACAA
194 TAATAAATTAATTTTATTCTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATTAAAAAAATTATTTTATGACAA
* * *
23831 AACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATCGTCTTAGCTATTTGAACTGGTT
259 AACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTT
* *
23896 TGACAAACATATTCATTTTTTAAATCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTA
324 TGACAAACAAATT-ATTTTTTAAATCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATCAGTATTA
** ** * * *
23961 TTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAACAGAAACAAATTTTTATAATAGAAAAAAAGAGTTATAAC
388 TTTTATTCCAAATAAAATTGTATGAACAAAAACAAATTTTTATAACAGAAAAAAAGAGTTATAAC
* *
24026 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAACAAATTTAT
453 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACAAATTTAT
* *
24091 TTTTTAAATGTCTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAAGCT
518 TTTTTAAATGTCTTATTAATTGTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAAGAT
* * *** * *
24156 GGCAAGTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGGTATAACTATTTGAACTAGTTTAATAAATAGATT
583 GGCAAGTTCAAATAAATAATTGCTCAAATAGGTATAACAAAAGGAACTAATTT-AGAAATAGATT
24221 TAATTTTTAAATCACTT
647 TAATTTTTAAATCACTT
* * *
24238 ATTAATTTT-TAAAATATTAATATATTAGT-ATTACTTTATTTCGAATAAACTTATATAAACAAA
1 ATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTAATT--TTTATTTCAAACAAACTTATATAAACAAA
* * * *
24301 AAAAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGGTTAATAACGATTTGAAATAGATAGGTATTCAATTAGT
63 AAAAATTATTTTATAACAAAACAAAAAG-TAATAACGATTTGAAATAGATAAGTATTCAAATAGT
* * * ** *
24365 CATAATTATTTGAACTGGTT-ACGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTT
127 CATAATTATTTGAACTAGTTCA-GTAAACAAAATTATTTTCTAAATC---T-CTTAAAAATTTTA
* * *
24429 GAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTCCAAATAATCTAGTATGAATTCAAAAAAAACTTAT
187 GAAATATTAATAAATTAATTTTATTCTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATT--AAAAAAA-TTAT
* * *
24494 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATC-ATTTGAAGTAGATAATTATTC-TATAGTCTTAATTAT
249 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CAATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGTCTTAACTAT
* * *
24557 TTGAATTGGTTTGACAAAGAAATT-TTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTT-GAAATATTAT
313 TTGAACTGGTTTGACAAACAAATTATTTTTTAA--ATCTTAGTTATTAATTTTTAG-AATATTAT
* * * * * * *
24620 TAGATCGGTGTTATTTTATTCCAAATAAAATTGTATGAATAAAAATAATTATTTTATGACA-AAA
375 TAAATCAGTATTATTTTATTCCAAATAAAATTGTATGAACAAAAACAAAT-TTTTATAACAGAAA
* * **
24684 CAAAA-TGTTATAACGATTT-AAAGTTTATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTAAG-
439 -AAAAGAGTTATAACAATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACT-AGT
* * * * *
24746 TCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAGTAAATTAGTA
501 TCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAA--T-GT-CTTATTAATTGTTGAAAGATTAATAAATTAGTA
24811 TTATTTTATT
562 TTATTTTATT
24821 CTAAATAAGA
Statistics
Matches: 492, Mismatches: 67, Indels: 39
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
665 8 0.02
666 71 0.14
667 70 0.14
669 1 0.00
670 63 0.13
671 4 0.01
672 171 0.35
673 61 0.12
674 2 0.00
675 1 0.00
676 40 0.08
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (663 bp):
ATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTAATTTTTATTTCAAACAAACTTATATAAACAAAAAA
AATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAAGTATTCAAATAGTCATA
ATTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAAAATTATTTTCTAAATCTCTTAAAAATTTTAGAAATATTA
ATAAATTAATTTTATTCTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATTAAAAAAATTATTTTATGACAAAA
CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTG
ACAAACAAATTATTTTTTAAATCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATCAGTATTATTT
TATTCCAAATAAAATTGTATGAACAAAAACAAATTTTTATAACAGAAAAAAAGAGTTATAACAAT
TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACAAATTTATTTT
TTAAATGTCTTATTAATTGTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAAGATGGC
AAGTTCAAATAAATAATTGCTCAAATAGGTATAACAAAAGGAACTAATTTAGAAATAGATTTAAT
TTTTAAATCACTT
Found at i:25077 original size:361 final size:361
Alignment explanation
Indices: 24234--25181 Score: 946
Period size: 361 Copynumber: 2.6 Consensus size: 361
24224 TTTTTAAATC
* * * * *
24234 ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATATATTAGTATTACTTTATTTCGAATAAACTTATATAAACA
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAACT
* ** * *
24299 AAAAAAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGGTTAATAACGATTTGAAATAGATAGGTATTCAATTA
66 AAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG-TAATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * *
24363 GTCATAATTATTTGAACT-GGTTACGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTT
130 GTCATAACTATTTGAACTAAGTCA-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* *
24427 TTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAATCTAGTATGAATTCAAAAAAAACT
194 TTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCAAATAA-CGAGTATGAATTCAAAAAAAACT
* * * * * *
24491 TATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATCATTTGAAGTAGATAATTATTCTATAGTCTTAATTA
257 TATTATATGACAAAACAAAAGGTAATAATCACTTGAAATAGATAATTATTCTATAGCCATAATTA
* * * * * * *
24556 TTTGAATTGGTTTGACAAAGAAATTTTTTTTAATTCTCTT
322 TTTGAATAGATTCGACAAACAAATTCTTTTTAAATCACTT
* * * ** * * * * *
24596 AGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATCGGTGTTATTTTATTCCAAATAAAATTGTATGAA-T
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAACT
* * * **
24660 AAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTTATAACGATTTAAAGTTTATAATTGTTCAAATA
66 AAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATA
*
24725 GTCAAAACTATTTGAACTAAGTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
130 GTCATAACTATTTGAACTAAGTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * *
24790 TGAAAGATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA-GA-T-TGAACTTTCAAATAAAA-TT
195 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAACGAGTATGAA--TTCAAAAAAAACTT
* *** * * *
24851 GTTATATGGTGAAGCAAAAGGTAATAAT-ACTTGAAATAGATAATTATTGAC-CTGGCCATAATT
258 ATTATATGACAAAACAAAAGGTAATAATCACTTGAAATAGATAATTATT--CTATAGCCATAATT
*
24914 ATTTGAATAGATTCGTCAAACAAATTCACTTTTTAAATCACTT
321 ATTTGAATAGATTCGACAAACAAATT--CTTTTTAAATCACTT
** * * * * *
24957 ACTTATTAAAATTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATAAGCTTCTACGAACT
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAACT
* ** * * * * *
25022 GAAACGATTGTTCTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAACAGATAATTGTTCATATAG
66 AAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * ** ** * * * *
25087 TCTTAACTGTTAGAACTACTTCAACAAACAAATTTATTTTTTAAATATTTTAGTTATTAATTTTT
131 TCATAACTATTTGAACTAAGTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
*
25152 -AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT
196 GA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
25182 TTGAATATGC
Statistics
Matches: 476, Mismatches: 98, Indels: 25
0.79 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
358 22 0.05
359 53 0.11
360 13 0.03
361 195 0.41
362 186 0.39
363 7 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (361 bp):
ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAACT
AAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAG
TCATAACTATTTGAACTAAGTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAACGAGTATGAATTCAAAAAAAACTTATT
ATATGACAAAACAAAAGGTAATAATCACTTGAAATAGATAATTATTCTATAGCCATAATTATTTG
AATAGATTCGACAAACAAATTCTTTTTAAATCACTT
Found at i:25984 original size:176 final size:176
Alignment explanation
Indices: 25732--26062 Score: 409
Period size: 176 Copynumber: 1.9 Consensus size: 176
25722 CATGTATGAG
* * * * *
25732 CTAAAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGGTTTGAAATAGATAATTGTTCTAAT
1 CTAAAAAAATTATTTTATGACCAAACAAAAGATCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * *
25797 AGTCTTAACTATTT-GAACTAGTTCTATAAGCATATTTAT-TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTT
66 ACTCATAACTATTTAG-ACTAGTTCGATAAACAGATTT-TGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTT
* *
25860 -AGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCGAATAAGCTAGTGTGA
129 GA-AATATTAATAAATTAGCAATATTTTACTCCGAATAAGCTAGTGTGA
** * *
25908 CTAAAAACAATTATTTTATGACCAAA-TGAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAA
1 CTAAAAA-AATTATTTTATGACCAAACAAAAGATCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * *
25972 TACTCATAACTATTTAGATTGGTTCGATAAATAGATTTTGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTG
65 TACTCATAACTATTTAGACTAGTTCGATAAACAGATTTTGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTG
* *
26037 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
130 AAATATTAATAAATTAGCAATATTTT
26063 TTCTGAATAA
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 21, Indels: 8
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.01
176 110 0.85
177 19 0.15
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (176 bp):
CTAAAAAAATTATTTTATGACCAAACAAAAGATCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
ACTCATAACTATTTAGACTAGTTCGATAAACAGATTTTGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGA
AATATTAATAAATTAGCAATATTTTACTCCGAATAAGCTAGTGTGA
Found at i:27212 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 26603--27647 Score: 946
Period size: 180 Copynumber: 5.8 Consensus size: 180
26593 TACACCCCTA
* * * * * * *
26603 GTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGAT-ATGACCATTTGAACTTGTTTTA-TG
1 GTCATAA-TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTA
* * *
26665 AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATT
63 AACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATT
** * * * * * * *
26729 TTATTTCGAATAAATTTGTATTATTGGAAACAACTATTTTATGACAAATCAAAAT
127 TTATTT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * **
26784 ATCATAA-CAGTTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TCCT-AGGTAA
1 GTCATAATGA-TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-GTAA
* * *** * * *
26846 ATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGTCTTTTAAGAAATTAGTATTCTTTT
64 ACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * *
26911 ATTCCGAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGATTTATGATAAAACAAAAG
129 ATT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* ** * * * * **
26964 GACATAACAATTTGAAGTAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTAAAAAAAC
1 GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAC
*
27029 ATACTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA
66 ATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA
* *
27092 TTTGAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
130 TTTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * *
27144 GCCATAATGTTTTGAAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTAAACATGTTCGGTAAA
1 GTCATAATGATTTG-AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAA
* * * *
27209 CATATTCATTTTTTAATTCTCTTA-TTCATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
65 CATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * *
27272 ATTTTAGATAAGCTTATATGAGTTGAAACAATCGTTTTACT-ACAAAATAAAAG
129 ATTTGA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAG
* * * * *
27325 GTCACAAT-ATTT-AAACTAAATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAATTTATTCAG-AAA
1 GTCATAATGATTTGAAA-TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAA
* *
27387 CATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
65 CATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-
*** *
27451 ATCCAAATAAGCTTGTATAAATAG-AACAATTG-TTTATGAC-AAACAAAA-
129 ATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
** * * ** * * *
27499 GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAAAGATTTAAACTTGTTCGGTGAAC
1 GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAC
* * *
27564 ATATTTATTGTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTT
66 ATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* *
27627 ATTAGAAAAAGGCTTGTATGA
129 ATTTGAATAA-GCTTGTATGA
27648 CAAAACAAAA
Statistics
Matches: 702, Mismatches: 132, Indels: 64
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 6 0.01
175 47 0.07
176 25 0.04
177 80 0.11
178 58 0.08
179 41 0.06
180 237 0.34
181 197 0.28
182 11 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAC
ATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
TTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
Found at i:27711 original size:160 final size:157
Alignment explanation
Indices: 27485--27789 Score: 378
Period size: 160 Copynumber: 1.9 Consensus size: 157
27475 AACAATTGTT
* * * *
27485 TATGACAAACAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAAAGATTTAAA
1 TATGACAAACAAAAGTCATAACAATTTCAAATAAATAATTATTAAAATAGTCACAAAGATTTAAA
* * * * *
27550 CTTGTTCGGTGAACATATTTATTGTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTCTT-AATATTAATAAA
66 CTTGTTCAGTAAACATATTCATTGTTTAAATATCTTAATTATTAATT-T-TTAAATATTAATAAA
*
27614 TTTGTATTATTTTATTAGAAAAAGGCTTG
129 TTAGTATTATTTTATTAGAAAAAGGCTTG
* * * * **
27643 TATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCACAATTATTTA
1 TATGAC-AAACAAAA-GTCATAACAATTTCAAATAAATAATTATTAAAATAGTCACAAAGATTTA
* * *
27708 AACTTGTTCAGTAAATATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
64 AACTTGTTCAGTAAACATATTCATTGTTTAAATATCTTAATTATTAATTTTT-AAATATTAATAA
*
27773 CTTAGTATTATTTTATT
128 ATTAGTATTATTTTATT
27790 TTGAATAAGC
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 20, Indels: 6
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
158 8 0.07
159 9 0.07
160 106 0.86
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (157 bp):
TATGACAAACAAAAGTCATAACAATTTCAAATAAATAATTATTAAAATAGTCACAAAGATTTAAA
CTTGTTCAGTAAACATATTCATTGTTTAAATATCTTAATTATTAATTTTTAAATATTAATAAATT
AGTATTATTTTATTAGAAAAAGGCTTG
Found at i:27966 original size:181 final size:182
Alignment explanation
Indices: 27643--27989 Score: 444
Period size: 182 Copynumber: 1.9 Consensus size: 182
27633 AAAAGGCTTG
* * * *
27643 TATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCACAATTATTTA
1 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTATTAAAATAGTCACAACTATTTA
* * * * * ** *
27708 AACTTGTTCAGTAAATATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
66 AACTAGTTCAATAAACATATTCACTTTTGAAAAATCTTAATTATTAATTGTTGAAATATTAATAA
* * *
27773 CTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACCGAAATAATTTTTTT
131 ATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTATATGAACCGAAATAATTTTTTT
* * * ** *
27825 TATGACAAAACCAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATATTTATTCAAATAGTCATGACTATTTG
1 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTATTAAAATAGTCACAACTATTTA
* * **
27890 ATCTAGTTCAATAAACATATTTACTTTTGAAAAAT-TTTTTTATTAATTGTTGAAATATTAATAA
66 AACTAGTTCAATAAACATATTCACTTTTGAAAAATCTTAATTATTAATTGTTGAAATATTAATAA
* *
27954 ATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGTTTGTATGAA
131 ATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTATATGAA
27990 TAGAAACTAT
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 27, Indels: 1
0.83 0.16 0.01
Matches are distributed among these distances:
181 57 0.41
182 81 0.59
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (182 bp):
TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTATTAAAATAGTCACAACTATTTA
AACTAGTTCAATAAACATATTCACTTTTGAAAAATCTTAATTATTAATTGTTGAAATATTAATAA
ATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTATATGAACCGAAATAATTTTTTT
Found at i:28402 original size:174 final size:174
Alignment explanation
Indices: 28191--28535 Score: 418
Period size: 174 Copynumber: 2.0 Consensus size: 174
28181 GGTCATAATG
*
28191 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTAGGT-AA-AAA-AAA-T
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTAG-A---ATTAGGTCAACAAACAAATT
* * *
28252 TATTTTTTAAATCTCTTACATATTAAATTTT-GAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCC
62 TATTTTTTAAATCTCTTACATATT-AATTTTCAAAATACTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCC
**
28315 GAATAAGCTAGTATGAATTGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAACA
125 GAATAAGCTAGTATGAA-CAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAACA
* * *
28365 ATTTGAAATAGATAATTGTT-AATATGGTCTTAATTATTAGAATTAGTTCAACAAACAAATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAA-ATAGTCATAATTATTAGAATTAGGTCAACAAACAAATTTAT
** * * *
28429 TTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATACTATTATATTAGTATTATTTTATTTCGAATA
65 TTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTCAAAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATA
* *
28494 AGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAA
130 AGCTAGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
28536 TGGTTATAAT
Statistics
Matches: 147, Mismatches: 16, Indels: 16
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
170 6 0.04
171 2 0.01
172 3 0.02
173 17 0.12
174 119 0.81
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (174 bp):
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTAGAATTAGGTCAACAAACAAATTTATT
TTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTCAAAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAA
GCTAGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAACA
Found at i:28940 original size:177 final size:177
Alignment explanation
Indices: 27647--29418 Score: 880
Period size: 181 Copynumber: 10.1 Consensus size: 177
27637 GGCTTGTATG
* *** * * * * * *
27647 ACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCACAATTATTTAAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA-T
** * * * *
27712 TGTTCAGTAAATATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAACTTA
65 TGTTTGGTAAAAAGATT-ATTTTTTAAA-CTC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * ** * * *
27777 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACCGAAATAATTTTTTTTATG
127 GTATCATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAA-TTATTTTATA
* ** * * * * * * *
27829 ACAAAACCAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATATTTATTCAAATAGTCATGACTATTT-GATC
1 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAT-
*** * * ** * * ** *
27893 TAGTTCAATAAACATATTTACTTTTGAAAAATTTTTTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTA
65 T-GTTTGGTAAAAAGA-TTA-TTTTTTAAACTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * *
27958 GTATTATTTTAATCTGAATAAGTTTGTATG-AATAGAAACTATTATTTTATA
127 GTATCATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAAT-GAAACAATTATTTTATA
* * * * *
28009 ATAGAAA-AAAA--TCATAATAATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATAGTCATAACTATTTGAA
1 ACA-AAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAACAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTAAA
* *
28070 TTGTTTTGGTAAATAGATTTATTTTCTAAA-TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
64 TTG-TTTGGTAAAAAGA-TTATTTTTTAAACTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * *
28133 G--T-A-TTT-TTTT--AT--TC-TG-A--AAA-AAAATATTTATTTTATG
127 GTATCATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTATTTTATA
* * * * * * *
28170 ACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATT
* * * *
28235 GATTAGGTAAAAAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTC
66 G-TTTGGT-AAAAAGATTATTTTTTAAA-CTC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-
* * ** * * * * *
28300 A-TTTTATTTTATTCCGAATAAGCTAGTATGAATTGAAAAAATTGTTTTATG
126 AGTATCATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTATTTTATA
* * * * * * *
28351 ACAAAACAAAA----A-CA--ATTTGAAATAGATAATTGTT-AATATGGTCTTAATTA-TTAGAA
1 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAACAATTGTTCAA-ATAGTCATAACTATTTA-AA
**** * ** * * *
28407 TTAGTTCAACAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATACTATTATA
64 TT-GTTTGGTAAA-AAGA-TTATTTTTTAAA-CTC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * * * * *
28471 TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA-AAAATAATTGTTTTATG
124 TTAGTATCATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-ATGAAACAATTATTTTATA
* * * * * *
28525 ACAGAACAAAATGGTTATAATGATTTGAAGTATACAATTGTTTAAATAGTCAT-A--A-TT--A-
1 ACAAAACAAAA-GGTCATAATGATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAT
** * * * *
28583 --TTT--TAACTAG-TTCA----GTAAACATCT-TTTATTAATTTTTGAAAGATGAATAAATTAG
65 TGTTTGGTAAAAAGATT-ATTTTTTAAAC-TCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * ** * * *
28638 TATTATTTT-TTTTCAAATAAATTTGTATGATAA-AAAACAATTGTTATATA
128 TATCATTTTATTTT-GAATAAGCTTGTATGA-AATGAAACAATTATTTTATA
* * * * * * * * * * *
28688 ACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATACATAATTATTGAAATGGCCATAATTATTTAAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATT
* * *
28753 GATATGGTAAACAGATTCACTTTTTAAA-TCT-CTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAG
66 G-TTTGGTAAAAAGATT-ATTTTTTAAACTCTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAG
*
28815 TATCATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTATTTTGTA
128 TATCATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTATTTTATA
* * * *
28865 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTCAATAAACAATCGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAAT
* *
28930 TGTTTGGTAAAAAAAATTATTTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTA
65 TGTTTGGT-AAAAAGATTA-TTTTTTAAACTC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * *
28995 GTA-CTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTG-AACAATTGTTTTATA
127 GTATC-ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTATTTTATA
** *
29045 TTAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAAAAAACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA-T
** * * * *
29110 TGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTCAAACCTTTAGCTTATTAATTTCTTG-AATGTCAATAAAT
65 TGTTTGGTAAAAAGA-TTATTTTTT-AAA-CTCTA-CTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAAT
* * * * * * *
29174 TTGGATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAAGATATGAAACAAATATTTTATG
125 TAGTATCATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTATTTTATA
* * * * * * * * *
29227 ACTAAACAAAAGGTAAAAAATGATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAG-CTTTAATTATTTGAA
1 ACAAAACAAAAGGT-CATAATGATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTT-AA
* * ** * * * * * * *
29291 CTGGTTCAGCAAATACATTTATATTATAAATCTCTTACTTAATAATTTTTGAAATATTATTAAAT
63 ATTGTTTGGTAAAAAGA-TTATTTTTTAAA-CTC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
* * * * * * *
29356 TAGCATTATATTTA-ATTGAATAACCTTCTATGATCAA--AATCAATTATTTTATT
125 TAGTATCAT-TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA--AATGAAACAATTATTTTATA
29409 ACAAAACAAA
1 ACAAAACAAA
29419 GATCTTAACG
Statistics
Matches: 1250, Mismatches: 241, Indels: 198
0.74 0.14 0.12
Matches are distributed among these distances:
160 3 0.00
161 18 0.01
162 38 0.03
163 134 0.11
164 9 0.01
165 11 0.01
166 3 0.00
167 27 0.02
168 6 0.00
169 3 0.00
170 5 0.00
171 6 0.00
172 7 0.01
173 10 0.01
174 138 0.11
175 34 0.03
176 8 0.01
177 126 0.10
178 75 0.06
179 27 0.02
180 102 0.08
181 199 0.16
182 185 0.15
183 73 0.06
184 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATT
GTTTGGTAAAAAGATTATTTTTTAAACTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
CATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTATTTTATA
Found at i:30135 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 30107--30144 Score: 58
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
30097 TCAGCAAACA
* *
30107 TATTTATTTTTTAAATCTCT
1 TATTAATTTTTAAAATCTCT
30127 TATTAATTTTTAAAATCT
1 TATTAATTTTTAAAATCT
30145 TATTAAATTA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 16 1.00
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Consensus pattern (20 bp):
TATTAATTTTTAAAATCTCT
Found at i:30153 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 30114--30150 Score: 58
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 19
30104 ACATATTTAT
*
30114 TTTTTAAATCTCTTATTAA
1 TTTTTAAATATCTTATTAA
30133 TTTTTAAA-ATCTTATTAA
1 TTTTTAAATATCTTATTAA
30151 ATTATTATTA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
18 9 0.53
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Consensus pattern (19 bp):
TTTTTAAATATCTTATTAA
Found at i:30677 original size:181 final size:178
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Indices: 29967--35164 Score: 1940
Period size: 180 Copynumber: 28.7 Consensus size: 178
29957 TAAATAAATG
* * *
29967 TTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAGAATAAGTTTGTATGAACTA-AAACATATTATATGTAT
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA-AATAAATTTGTATGAA-TAGAAACA-ATTGT-TTTAT
* * * * * * * * * * *
30030 TAAAACAAATGATTAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAGTCTTAATTATTCGAACTA
62 AAAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATAAATAATTA-TTCAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* *
30095 G-TTCAGCA-AACATATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATC
126 GATT-AG-ATAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * * * * * *
30144 TTATTAAATTATTATTA-TTTAATCCAAAT-AA---GCATG-ATCAGAAACAATTATTTTAAGAG
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAATTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTT-ATA-
** * * * * *
30203 AAAAC-AAAGATCATAATGGTTTGAGAAT-GATATTTGTTTAACTAGTCATAACTATTT-AAATT
63 AAAACAAAAGATCATAATAATTTGA-AATAAATAATTATTCAA-TAGTCATAACTATTTGAACTT
* *
30265 GATTCA-A-AAAATAGTTTCAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATA
126 GATT-AGATAACATA-TTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATA
* * * * * * *
30319 TTAGTAAAGTAGTATTATTTTATT-TCAGATAAGTTTCTATGAGCT-GAAAC-ATTATTTTATAA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAATTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATAA
* * * * * * * *
30381 TGGAAGAAAAGGTCATAATGACTTT-AAATAGTTAGATTGATTGTTCAAATAGTCCA-ATCCATT
64 --AAACAAAAGATCATAAT-AATTTGAAATA---A-A-TAATTATTC-AATAGT-CATAACTATT
* * * *
30444 TAAACTTG-TTCA-ATAAACAT-TTTATCTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATG
119 TGAACTTGATT-AGAT-AACATATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * * * * *
30504 TTAATAAATTAGTGTTATTTTATTCTGAATAAATTTGTATGAATTGAAATAATTGCTTTATGATT
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAATTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT-A-A
* * * * ** *
30569 AAACAAAAGGTCAGAATAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATATTGTTAACTATTTGAA-TTGG
64 AAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTC-AATAGTCATAACTATTTGAACTTGA
* *
30633 TTCAGCTAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GTAATA
128 TT-AGATAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATA
* * *** * *
30685 TTATTAAATTAGTATTATTTTAATT-TGAATAAGGCTGTATTAAAAGAAACAATTGTTTTATAAA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAAATTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAAA
* * *
30749 AAAATAAAGATCATAATGATTTGAGATAAATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTG
65 AACA-AAAGATCATAATAATTTGAAATAAATAATTA-TTC-AATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * * * * *
30812 TTTCAAAAAATAGATTTA-GTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATA
127 ATT-AGATAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * * * * *
30860 TTAATAGATAAATATTATTTTATTCTAAATAATTTTGCATAAATAGAAACAATTGTTTTATAACA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAATTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAA-A
* * * * * * * *
30925 AATAAAATG-TCATAACAACTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTT-A
65 AACAAAA-GATCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTC-AATAGTCATAACTATTTGAACTTGA
* * * * *
30988 TTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAAAATA
128 TTAGAT-AACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * * *
31040 TTAATAAATTAGTATTCTTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAATTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT-A-A
* *
31105 AAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATACTTGTTC-ATCCAGTCATAACTATTTGAACTT
64 AAACAAAAGATCATAA-TAATTTGAAATAAATAATTATTCAAT--AGTCATAACTATTTGAACTT
* * *
31168 GCTTAG-TAA-ATAGATTTATTTTTTTTAGATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATA
126 GATTAGATAACAT--ATTTA--TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * * * * ** * * *
31223 TGAATAAACTAGCATTATTTTATT-TCGAATACACATGTTTGAACAGAAAC-ATTGGTTTATGAC
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAATTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT-A-
* * * * *
31286 AAAAC-AAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTTAACTAATAATAAC--TTTGAA-TG
63 AAAACAAAAGATCATAA-TAATTTGAAATAAATAATTATTCAA-TAGTCATAACTATTTGAACT-
* * * * * * ** ** *
31346 TGTTTTA-ATGACAAAATTGTCTTAACTATTTGACCTAGTTTGACAAACACATTTATTTTTTA-A
125 TG-ATTAGATAAC-ATATT-TATT---T-TTT-A---AATCT--CTTACTTA-TTAATTTTTAGA
*
31409 ATC
176 ATA
* * * * * * * * ** * *
31412 TCT--T-ACTTATTAATT-TTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTGG
1 T-TAATAAATTAGT-ATTATTT----TATT-CTAAATAAAT-TTGTATGAATAGAAACAA--TTG
*** * **** ** * * ** * ** * *
31473 TACGAAAAGAAACAATTTTTTTGTGACAAAATGAAA-AGCATAACGATTTAAGATAG--ATAATT
56 TTTTATAA-AAACAA-AAGATCATAATAATTTGAAATA-AATAATTA-TTCA-ATAGTCATAACT
** * *
31535 ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-G-TTTCAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-C
116 ATT----T-G----AAC---TTG-ATTAGATAACA-T-ATT-----TATTTTTTAAATCTCTTAC
* *
31594 TTATTAATTTTCAAAATA
161 TTATTAATTTTTAGAATA
* * * * * * * *
31612 TTAGTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAACAGAAACAATTATTTTATGATA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAATTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT-A-A
* * * * * * * *
31677 AAACAAAAGATCATAACAATTTGAAACAGATAATTATTCAAATGGACATGATTATTTAAACTTG-
64 AAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTC-AATAGTCATAACTATTTGAACTTGA
* * * * * *
31741 TTCGGTAAGCAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAGTTTTTAGAATA
128 TTAGATAA-CATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * *
31793 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATGT-T-AATAGAAACAATTGCTTTATGA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAA-TT-TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT-A
* * *
31856 CAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATGATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACT
63 -AAAACAAAAGATCATAA-TAATTTGAAATAAATAATTATTC-AATAGTCATAACTATTTGAACT
*** * * * *
31920 T-ACGCGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATA
125 TGATTAGAT-AACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* *** * * *
31973 TTAATAAAATAGTATTATTTTATT-TCAAATATGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGAT
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAATTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT-A-
* * * * * *
32037 AAAACAAAAGGTCATGACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGT
63 AAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTC-AATAGTCATAACTATTTGAACT-T
* * * * *
32101 G-TTCAGAAAATAGATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTT-GAAATA
126 GATT-AGATAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATA
** ** * * *
32153 TTAATAAATTTCTATTATTTTATTC-AATATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGAC
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAA-ATAAATTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT-A-
* *
32217 AAAACAAAATG-TCATAATGATTTGAAATAGATAAATT-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
63 AAAACAAAA-GATCATAATAATTTGAAATAAAT-AATTATTC-AATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * *
32280 TGTTTAG-TAA-ATAAATTCATTTTTTAAATCTCTTTCTCATTAATTTTTAGAGTA
125 TGATTAGATAACAT--ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* *** * *
32334 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCCTATATGAA-ATGATACAATTG-TTTATGAT
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAATTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTAT-A-
* * ** * * * * *
32397 GAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGATTATTATTCAAATAATTATAACTATTTAAACTTG
63 AAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTC-AATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * *
32462 -TTCAG-TAAACATATTTATTTTTAAAATCT-TATACTTATTAACTGTCAAAATA
127 ATT-AGAT-AACATATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTAGAATA
* * * ** ** * * * *
32514 TTAATAAACTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTAATGAACAAAAACAATTTTTTTATGGC
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAATTTGT-ATGAATAGAAACAATTGTTTTAT--A
* *
32579 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAT-ATTAATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
63 AAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATAAATAATT-ATTC-AATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * * * *
32643 -ATTTGATAAACAGATTTATTTTTCAAATATTTTGCTCATTAATTATCTA-AATGA
126 GATTAGAT-AACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAGAAT-A
* * ** * * *
32697 -TAATAAATTTGTATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTATAAGAATA-AAA-AATTATTTTATGAT
1 TTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAAATTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT-A-
* * * **** * * *
32758 AAAATAAAAGGTTATGGGCGATTTGAAATAGATAATTGTTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT
63 AAAACAAAAGATCAT-AATAATTTGAAATAAATAATT-ATTC-AATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * * *
32823 TG-TTCGATAAACAAATTCAGTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTTTAAGAATA
125 TGATTAGAT-AACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * * * * *
32877 TTAATAAATTAGAATTATGTTATTTTGAATAAGTTTGTATG-ATCAGAAACAATTGTTTTGTGAC
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAATTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTAT-A-
* * * * *
32941 AAAATAAAA-AGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGCAC-T
63 AAAACAAAAGA-TCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTC-AATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * ** * * * * *
33004 GGTCAGGCGAACAGATTCATTATTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTTAGATTA
126 GATTA-GATAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * * * * *
33058 TTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGA-TTGTATCAATAGAAATAATTATTTTATGAC
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA-ATTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT-A-
* ** * * * * * *
33122 AAAACAAATCG-TCATAACGATATGAAATAAATAATTATTTAAATTGTTATAACTAATTGAACTA
63 AAAACAAA-AGATCATAATAATTTGAAATAAATAATTA-TTCAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * *
33186 GTTTGGCA-AACAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATA
126 GATTAG-ATAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * * * * * * * * *
33235 TTAATAAATGAATATTATTTTATTTTAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTACGACA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAATTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA-TA-A
* ** * *
33300 AAACAAAAG-TACATAATTATTTGAAATGGATAATTATTCATATAG-CTTTAACTATTTGAAC-C
64 AAACAAAAGAT-CATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCA-ATAGTC-ATAACTATTTGAACTT
* * * * * * * *
33362 GGTTCA-ACAAACAAATTTA-TTTTCAAATCTCATAATTATTAATTTTCATAATA
126 GATT-AGA-TAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * * * ** * * *
33415 TT-ATTAGTTAATATTATTTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGAACATAAAAAATTGTTTTATGA
1 TTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCT-AAATAAATTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT-A
* * ** * * * *
33478 CAAAACAAAAGGTTATAACCACTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-T
63 -AAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTC-AATAGTCATAACTATTTGAACTT
*
33542 GGTTCAG-TAAACA-A---A-----TAATATC-C-TACTTATTAATTTTTTA-AATA
126 GATT-AGAT-AACATATTTATTTTTTAA-ATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAGAATA
* * *** *
33586 TTAATAAATTAGTATTTTTTTATTCTACATAGGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGAC
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAATTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTAT-A-
* * * * * * *
33650 AAAACAAAAGTTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAGTGGCCATAACTATTTGAA-TTG
63 AAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAA-TAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * ** *
33714 ATT-GAATAA-ATTGATTTATGTTTTAAATTTCCAAATT-TTCAATTTTT-GAAATA
127 ATTAG-ATAACA-T-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTTAG-AATA
* * * ***
33767 TTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAATGGTTTTAGGTCATAACGAAATGATTGTTCAAA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT--A-AATAAATTT--GT-AT---G-AAT-A--G----AA
* * * * * * *
33832 TACATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTCCATAACGATTTTTAAA-ATGATAATTGTTCAA
49 -AC--AATTGTTTTAT-A-AAAACAAAA-GAT-CATAA-TAATTTGAAATA-AATAATTATTC-A
* * * * * *
33896 ATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTTGGTTAACATATTTATGTTTTTAAAT-TGCTTGCTTATTA
104 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGATTAGATAACATATTTAT-TTTTTAAATCT-CTTACTTATTA
*
33960 ATTTTCT-GAATG
167 ATTTT-TAGAATA
* * * * * * *
33972 TTAATAAAATAATATTATTTTTATT-TAGAATAAGTATGTACGAATTGAAACAATTATTTTATAA
1 TTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCTA-AATAAATTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAA
* * ** * *
34036 CTAAACAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAAC-T
64 --AAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTC-AATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * *
34100 GATTCGATAAATATATTTATTTTTTAATATCTCTTA--TA--AATTTTTAAAATA
126 GATTAGAT-AACATATTTATTTTTTAA-ATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* ** * * * * * * *
34151 TTATTAGTTTAGCAATATTTTACT-TGAATAAGTTTGTAT-AGACAGAAACAATTGTTTAATGAC
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAATTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTAT-A-
** * * *
34214 AAAAC-AAAGATCATACCAATTTGAGATAGATAATTATTCAAATACTCATAACTATTTGAA-TTG
63 AAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTC-AATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* *
34277 -TCTAG-TAA-ATAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCA-AACTA
127 AT-TAGATAACAT--ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA-TA
* *
34325 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAATTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT-A-A
** * * * *
34390 AAACAAAAGATCATAACGATTTAAAATAAATAATTATTTAAAAATTCATAACTATTTGAACTT-A
64 AAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATAAATAATTA-TTCAATAGTCATAACTATTTGAACTTGA
* * * * * *
34454 CTAGTTAAACAAAATTATTTTTT-AATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAAT-
128 TTAGAT-AACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * *
34504 TGTAATAAA-T--TA-TATTTTATTCT-GATAAGCTTT-TATGAATAAAAACAATTGTTTTATGG
1 T-TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA-ATTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT--
* * * * * * *
34563 TAAAACAAAA-AGTCAT--CACTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACG
62 AAAAACAAAAGA-TCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTC-AATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * * *
34625 TG-TTCAAAAAATATATTTATTTTTTATAT-TTTTACTTATTAATCTTTGGAATA
125 TGATT-AGATAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * ** * * *
34678 TTAGTAAATTCA-TATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGGC
1 TTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCTAAATAAATTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT--A
* * * *
34742 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTGAACTTG
63 AAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTC-AATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * *
34806 TTTAG-TAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTT-GAAATA
127 ATTAGAT-AACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATA
* * * * *** * * * *
34858 GTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAATTGATACAATTATTTTATGACA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAATTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT-A-A
* * * * *
34923 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATTACTATTTGAACTTG-
64 AAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTC-AATAGTCATAACTATTTGAACTTGA
* * * * *
34987 TTCGATAAACATATTTATTTTTTTATATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATA
128 TTAGAT-AACATATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * * ** * * * *
35040 TTAACAAATTAATATTATTTTAATT-TGAATAAGCTAGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGAC
1 TTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAAATTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT-A-
* * * *
35104 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAA
63 AAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTC-AATAGTCATAACTATTTGAA
35165 ATTATTCAGT
Statistics
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211 2 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAATTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAAAA
ACAAAAGATCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATTA
GATAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
Found at i:30878 original size:175 final size:175
Alignment explanation
Indices: 30645--31323 Score: 464
Period size: 175 Copynumber: 3.8 Consensus size: 175
30635 CAGCTAACAT
** *** * * *
30645 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGTAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATT
1 ATTTA-TTTTTAAATCTCCT-C-TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATAAATATTATTTT-ATT
* * *
30710 -TGAATAAGGCTGTATTAAAAGAAACAATTGTTTTATAAAAAAATAAAGATCATAATGATTTGAG
62 CTAAATAA-ACTGTATTAAAAGAAACAATTGTTTTATAAAAAAATAAAGATCATAAT-ATTTGAA
*
30774 ATAAATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTCAAAAAATAG
125 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT-AAAAAATAG
* *
30825 ATTTAGTTTTAAATCT-CT-TATTAATTTTCAAAATATTAATAGATAAATATTATTTTATTCTAA
1 ATTTATTTTTAAATCTCCTCTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATAAATATTATTTTATTCTAA
** * * * *
30888 ATAATTTTGCA-TAAATAGAAACAATTGTTTTAT-AACAAATAAA-ATGTCATAACAACTTGAAA
66 ATAA-ACTGTATTAAA-AGAAACAATTGTTTTATAAAAAAATAAAGA--TCATAA-TATTTGAAA
* * * * * * * * *
30950 TAGATAATTGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTATTTGATAAACAA
126 TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAAAAAATAG
* * * *
31000 ATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTCTTTTATTC
1 ATTTA-TTTTTAAATCTCCT--CTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATAAATATTATTTTATTC
* * * * *
31065 CAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGATCATAACTATTTGA
63 TAAATAAAC-TGTATTAAAAGAAACAATTGTTTTAT-A-AAAAAATAAAGATCATAA-TATTTGA
* *** * **
31129 AATAAATACTTGTTCATCCAGTCATAACTATTTGAACTTGCTTAGTAAATAG
124 AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAAAAAATAG
* ** * * * **
31181 ATTTATTTTTTTTAGATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATGAATAAACT-AGCATTATTTTA
1 ATTTA---TTTTTAAATCTCCT-C-TATTAATTTTCAAAATATTAATAAA-TAAATATTATTTTA
* * * * * * * *
31245 TT-TCGAATACACATGT-TTGAACAGAAAC-ATTGGTTTATGACAAAACAAAGGTCATAACTATT
60 TTCT-AAATAAAC-TGTATT-AAAAGAAACAATTGTTTTATAAAAAAATAAAGATCATAA-TATT
31307 TGAAATAAATAATTGTT
121 TGAAATAAATAATTGTT
31324 TAACTAATAA
Statistics
Matches: 395, Mismatches: 80, Indels: 47
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
173 1 0.00
174 16 0.04
175 108 0.27
176 15 0.04
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184 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (175 bp):
ATTTATTTTTAAATCTCCTCTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATAAATATTATTTTATTCTAA
ATAAACTGTATTAAAAGAAACAATTGTTTTATAAAAAAATAAAGATCATAATATTTGAAATAAAT
AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAAAAAATAG
Found at i:32076 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 31390--35177 Score: 2304
Period size: 180 Copynumber: 21.0 Consensus size: 181
31380 CTAGTTTGAC
* * * *
31390 AAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * *
31455 TTA-ATCTAAATAAGCTGGTACGAA-AAGAAACAATTTTTTTGTGACAAAATGAAAA-G-CATAA
66 TTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACAA-AAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAA
31516 CGATTT-AAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTCAGT
128 CGATTTGAA-ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGT
* * * * * *
31570 AAATAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAGTAGATTAGTATTATT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
** ** * * * * * *
31631 TTATTTTGAATAATTTTGCATGAACAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGATCATAACAA
66 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
* * * * * * *
31696 TTTGAAACAGATAATTATTCAAATGGACATGATTATTTAAACTTGTTCGGT
131 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGT
* ** * * *
31747 AAGCAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAGTTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
** * * * * * * * * *
31812 TTATTTTGAATAAACTTATGTTAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTA
66 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
* * * * *** *
31877 TTTGAAATAAATGATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTACGCGGT
131 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGT
** *
31928 AAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATAGTATTATT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * *
31992 TTATTTCAAATATGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATGACAA
66 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
* * *
32057 TTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTCAGA
131 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAGT
* * * * **
32108 AAATAGATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTCTATTATT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * *
32172 TTA-TTCAATATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATG
66 TTATTTCAA-ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
*
32236 ATTTGAAATAGATAAATT-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGT
130 ATTTGAAATAGAT-AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGT
* * * * *
32288 AAATAAATTCATTTTTTAAATCTCTTT-CTCATTAATTTTTAGAGTATTAATAAATTAGTATTAT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * ** *
32352 TTTATTTTAAATAAGCCTATATGAA-ATGATACAATTG-TTTATGATGAAACAAAAGGTCATAGC
65 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * *
32415 AATTTGAAATAGATTATTATTCAAATAATTATAACTATTTAAACTTGTTCAGT
129 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGT
* * * * * * * *
32468 AAACATATTTATTTTTAAAATCTTATACTTATTAACTGTCAAAATATTAATAAACTAATATTATT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * *
32533 TTAATCCGAATAAGCTTGTAATGAACAAAAACAATTTTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAATG
66 TTATTTCAAATAAGCTTGT-ATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * *
32598 ATTTGAAATAAAT-ATTAATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATT-TGAT
130 ATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-T
* * * * * * *
32650 AAACAGATTTATTTTTCAAATATTTTGCTCATTAATTATCT-AAATGA-TAATAAATTTGTATTA
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTAAAAT-ATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * * * **
32713 TTTTAATTGAAATAAGCTTATAAGAA-TAAAA-AATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTTATGGG
64 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AA
* *
32776 CGATTTGAAATAGATAATTGTTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTC-GAT
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* * * *
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* ** * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * **
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* * * * * * * ** *
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* * *
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* * * * * * **
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* * * ** **
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* *
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* * * * * *
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* * * *
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* * ** * * *
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* * * * * *
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*** * ** * * * *
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*** * * ** * * * *
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* * * * ** * * *
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*** * ** * * **
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* * * * * * * ** *
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* ** * * * ** * *
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*
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* ** * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * **
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* **
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** * * ** * *
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* *
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** * * *** * * *
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* *
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* * *
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* * *
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* *** * * *
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* * * * * **
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*
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* * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * ** *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * ***
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** * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * ** * ** *
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* * * * ** * * * **** * *
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** * * ** *
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* * *
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* * * * ** *
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* * * *
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* * * * * * * * * *
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359 TA
* * * * * * * * * *
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* * * * *
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*** * * * *
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** * * *
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* * * *
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* * * * *
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** ** *
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*
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* * * * *
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* * * * *
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66 TGACAAAACAAAAGGT-CATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTG
*** ** * * * ** * * * * *
33358 AACCGGTTCAACAAACAAATTTATTTTCAAATCTCATAATTATTAATTTTCATAATATT-ATTAG
129 AACTTATTTGATAAACAGATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA
* * * *
33422 TTAATATTATTTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAT-AAAAAATT-GTTTTATGACAAAACA
194 TTAGTATTA-TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-ATGAAACAATTAG-TTTATGATAAAACA
* * * * * * *
33485 AAAGGTTATAACCACTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCAGT
256 AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGT
* *
33550 AAACA-A---A-----TAATATC-CTACTTATTAATTTTTT
321 AAACATATTTATTTTTTAA-ATCTTTACTTATTAATTTTTA
* * * **
33581 AAATATTAATAAATTAGTATT-TTTTTATTCT-ACATAGGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTT
1 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATT-TGA-ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTT
* * * * * *
33644 TATGACAAAACAAAAGTTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAGTGGCCATAACTATTTG
64 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
** ** *
33709 AA-TTGA-TTGAATAAATTGATTTATGTTTTAAAT-TTCCAAATT-TTCAATTTTT-GAAATATT
129 AACTT-ATTTG-ATAAACAGATTTAT-TTTTAAATCTT-TTACTTATT-AATTTTTAG-AATATT
* * * *
33769 AATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAATGGTTTTAGGTCATAACGAAATGATTGTTCAAATA
188 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA--G-CTT--GT-AT---G-AA--A-TG----AA-A
* * * *
33834 CATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTCCATAACGATTTTTAAA-ATGATAATTGTTCAAAT
235 C--AATTAGTTTATGATAAAACAAAAGG-T-CATAAC-AATTTGAAATA-GATAATTATTCAAAT
* * ** * *
33898 AGTCATAATTATTTAAACTTGTTTGGTTAACATATTTATGTTTTTAAAT-TGCTTGCTTATTAAT
294 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTAT-TTTTTAAATCT--TTACTTATTAAT
33962 TTTCT-
356 TTT-TA
* * * * * *** *
33967 GAATGTTAATAAAATAATATTATTTTTATTTAGAATAAG-TATGTACGAATTGAAACAATTATTT
1 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTT-GAATAAGCT-TGTATGAACAAAAACAATTGTTT
* * * * * *
34031 TATAACTAAACAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTG
64 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * * * * * * **
34096 AACTGATTCGATAAATATATTTATTTTTTAAT-ATCT-CTTATAAATTTTTAAAATATTATTAGT
129 AACTTATTTGATAAACAGATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA
* * * * * *
34159 TTAGCAATATTTTA-CTTGAATAAGTTTGTATAGACA-GAAACAATT-GTTTAATGACAAAAC-A
194 TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT-GAAATGAAACAATTAGTTT-ATGATAAAACAA
* * * *
34220 AAGATCATACCAATTTGAGATAGATAATTATTCAAATACTCATAACTATTTGAA-TTG-TCTAGT
257 AAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-AGT
* * * *
34283 AAATAGATTTAGTTTTTAAATC--T-CTTATTAATTTTCA
321 AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTA
* * ** * *
34320 AACTATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTT
* * * * * * *
34384 ATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTAAAATAAATAATTATTTAAAAATTCATAACTATTTGA
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * * *
34449 ACTTACTAGTTAAACAAAATTATTTTTTAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAAT-TGTAATAAA
130 ACTTATTTGATAAACAGATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATAT-TAATAAA
* * * *
34513 -T--TA-TATTTTATTCTG-ATAAGCTTTTATG-AATAAAAACAATT-GTTTTATGGTAAAACAA
194 TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAAT-GAAACAATTAG-TTTATGATAAAACAA
* * * * * **
34571 AAAGTCAT--CACTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACGTGTTCAAAA
257 AAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTA
* * * * *
34634 AATATATTTATTTTTTATATTTTTACTTATTAATCTTTG
322 AACATATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTA
* * * * * *
34673 GAATATTAGTAAATTCATATTATTTT-ATTCGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTT
1 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTG-AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTT
* *
34737 ATGGCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTGA
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * *
34801 ACTTGTTT-AGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTT-GAAATAGTAATA
130 ACTTATTTGA-TAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATA
* * * * * * *
34864 AGTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAATTGATACAATTATTTTATGACAAAACAA
192 AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTAGTTTATGATAAAACAA
** * *
34929 AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATTACTATTTGAACTTGTTC-GAT
257 AAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-T
* *
34993 AAACATATTTATTTTTTTATATCTTTTACTTATTAATTTTCA
321 AAACATATTTA-TTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTTTA
* * *
35035 AAATATTAACAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTAGTATGAACAAAAATAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA
** * * *
35100 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAA
66 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
*
35165 ATTATT
131 CTTATT
35171 CAGTAAATAG
Statistics
Matches: 3768, Mismatches: 813, Indels: 541
0.74 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
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AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA
TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
CTTATTTGATAAACAGATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT
AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTAGTTTATGATAAAACAAAAGG
TCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACA
TATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTA
Found at i:35281 original size:120 final size:119
Alignment explanation
Indices: 35062--35284 Score: 331
Period size: 120 Copynumber: 1.9 Consensus size: 119
35052 TATTATTTTA
* *
35062 ATTTGAATAAGCTAGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
1 ATTTGAATAAGCTAGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAATT
*
35127 GAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAAATTATTCAGTAAATAG
66 GAAATAAATAATTGTTCAAATAACCATAACTATTTGAAATTATTCAGTAAATAG
* * * * * *
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1 ATTTGA-ATAAGCTAGTATGAACA-AAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAA
*
35245 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAACCATAACTATTTGAA
64 TTGAAATAAATAATTGTTCAAATAACCATAACTATTTGAA
35285 CTTGTTTAAT
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 10, Indels: 3
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Matches are distributed among these distances:
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120 82 0.89
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ATTTGAATAAGCTAGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAATT
GAAATAAATAATTGTTCAAATAACCATAACTATTTGAAATTATTCAGTAAATAG
Found at i:36400 original size:183 final size:179
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Indices: 36061--37176 Score: 734
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36051 ATTCAATACC
* * *
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* * * ** * * *
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* * *
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119 TTCATAAAAGCTTAT-TCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AAATTAATAAG
* * *
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1 TAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTC-AAATAGTTATGAACTATCAAACAA
* * * *
36315 TTATCTATTTTAAATCATTGTGACCATTTTTTTTTGCAATAAAATGATTGTTTTCAATTTATATA
65 TTATCTATTTAAAATCATTATGACC-TTTTTTTTTGC-ATAAAATAATTGTTTTC-ATTCATA-A
* * *
36380 AAG-TTCTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTGAG
126 AAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * ** *
36433 TAAGAGAATTAAAAAAATGAATATGTTTAACGAACATGTTCAAATAGTTATGAA-TATCTAAACA
1 TAAAAG-ATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAACTATC-AAACA
* * *
36497 ATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGAACTTTTGTTTTGTG-ATAAAACAATTAGGTTTT-GTTCAT
64 ATTATCTATTT-AAAATCATTATGACCTTTT-TTTT-TGCATAAAATAATT--GTTTTCATTCAT
** * *
36559 GCAAGCTTATTTGAAAT-AAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAG
124 AAAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * ** *
36615 TAAAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTAAACACGTTCAAATAGTTAT-AACTATTTGAAGA
1 TAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT-TGAACAAGTTCAAATAGTTATGAACTA-TCAAACA
* * *
36677 ATTATCTATTTCAAGTCATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAATTAATTG-TTTCTATTCATAA
64 ATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTT-TTTTG-CATAAAATAATTGTTTTC-ATTCATAA
* * * *
36741 AAGCCTATTCAGAATAAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTATTATA-
126 AAGCTTATTCA-AAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AG
* * * * **
36797 TAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATTGAGCAAGTT-TAA-A--TA-G-ACTATTTGAACAA
1 TAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAACTA-TCAAACAA
* * ** * * * * *
36856 TTATTTATTTCAAATTGTTACT-ATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTCCATTCATACAA
65 TTATCTATTTAAAATCATTA-TGACCTTTTTTTTTG-CATAAAATAATTGTTTTCATTCATAAAA
** * * *
36919 TTTTATTCGAAACAAAATAATACTAATATATTAATA-TTCTAAAATTAATAAG
128 GCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
*** * * * * ** ** *
36971 TTGGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTGATCGAACAAGTTCAAATAGTCATG-TTTATTTGAACT
1 TAAAAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAACTA-TCAAACA
* * * ** * *
37035 ATCATCTATTTCAAATCATTATAATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACA
64 ATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTTTTTTG-CATAAAATAATTGTTTTC-ATTCATA-A
* * *
37099 AA-ATTATTAAGAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTC-AAAATTAATAAG
126 AAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* *
37152 ----AGATTTAAAAACTAAATCTGTTTAT
1 TAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
37177 CAAACCAGTT
Statistics
Matches: 755, Mismatches: 121, Indels: 115
0.76 0.12 0.12
Matches are distributed among these distances:
173 1 0.00
174 18 0.02
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176 34 0.05
177 28 0.04
178 37 0.05
179 17 0.02
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186 2 0.00
187 5 0.01
188 29 0.04
189 10 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
TAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAACTATCAAACAAT
TATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTTTTTTGCATAAAATAATTGTTTTCATTCATAAAAGCT
TATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
Found at i:36661 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 36061--37174 Score: 738
Period size: 183 Copynumber: 6.1 Consensus size: 181
36051 ATTCAATACC
* *
36061 TAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAGTACTCAAAT-TTTATGAATGGACTAT
1 TAAAAGATTT-AAAAAATAAATATGTTT-TCTGAACAAGT--TCAAATAGTTATG-A---ACTAT
* * * ** ** * *
36124 CTTGAACAATT-TTTATTTTAAATTGTTATGACGTTTTTGTTTTGGTCATAAAACAATTGTTTTA
58 C-TAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTTGTTTT-GTAATAAAATAATTGTTTT-
* * * *
36188 ATT-ATATAAGCTTATAT-AGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAATAAA-TAATAAG
120 ATTCATAAAAGCTTATTTGA-AAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AAATTAATAAG
* * *
36250 TAAAAGATTTAAAAAATAAATATGCTTAT-TGAACAAGTTCAAAATAGTCATGAACTATC-AAAT
1 TAAAAGATTTAAAAAATAAATATG-TTTTCTGAACAAGTTC-AAATAGTTATGAACTATCTAAAC
* * * * * *
36313 AATTATCTATTTTAAATCATTGTGACCATTTTTTTTTGCAATAAAATGATTGTTTTCAATTTATA
64 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTT--ATTCATA
* * * *
36378 TAAAG-TT-CTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTGAG
127 -AAAGCTTATTTGAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * *
36433 TAAGAGAATTAAAAAAATGAATATGTTTAAC-GAACATGTTCAAATAGTTATGAA-TATCTAAAC
1 TAAAAG-ATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAACTATCTAAAC
* * * *
36496 AATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGAAC-TTTTGTTTTGTGATAAAACAATTAGGTTTTGTTCAT
64 AATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCATTTTGTTTTGTAATAAAATAATT--GTTTTATTCAT
** *
36559 GCAAGCTTATTTGAAATAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAG
126 AAAAGCTTATTTGAAATAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * *
36615 TAAAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAACACGTTCAAATAGTTAT-AACTATTTGAAGAA
1 TAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAACTATCTAAACAA
* * * *
36678 TTATCTATTTCAAGTCATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAATTAATTGTTTCTATTCATAAAA
66 TTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTT-TATTCATAAAA
* * * * * *
36743 GCCTATTCAGAATAAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTATTATA-
130 GCTTATT-TGAA-ATAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AG
* * * * * *
36797 TAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTAT-TGAGCAAGTT-TAA-A--TA-G-ACTATTTGAACA
1 TAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAACTATCTAAACA
* ** * * * ** *
36855 ATTATTTATTTCAAATTGTTACT-ATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTCCATTCATACA
65 ATTATCTATTTCAAATCATTA-TGACCATTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTTATTCATAAA
** * * * *
36918 ATTTTATTCGAAACAAAATAATACTAATATATTAATA-TTCTAAAATTAATAAG
129 AGCTTATTTGAAA-TAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
*** * * * ** * *
36971 TTGGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTGATC-GAACAAGTTCAAATAGTCATG-TTTATTTGAAC
1 TAAAAGATTT-AAAAAATAAATATGTT-TTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAACTATCTAAAC
* * ** * *
37034 TATCATCTATTTCAAATCATTAT-AATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
64 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTT-TATTCATA-
* * *
37098 AAA-ATTA-TTAAGAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTC-AAAATTAATAAG
127 AAAGCTTATTTGA-AAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* *
37152 ----AGATTTAAAAACTAAATCTGTTT
1 TAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTT
37175 ATCAAACCAG
Statistics
Matches: 748, Mismatches: 128, Indels: 112
0.76 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
173 1 0.00
174 19 0.03
175 48 0.06
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177 31 0.04
178 30 0.04
179 16 0.02
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAACTATCTAAACAA
TTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTTATTCATAAAAG
CTTATTTGAAATAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
Found at i:37221 original size:140 final size:143
Alignment explanation
Indices: 37061--37345 Score: 335
Period size: 144 Copynumber: 2.0 Consensus size: 143
37051 CATTATAATA
*
37061 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTAAGAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTCTATTCATACAAAATCATTAAGAATAAAATAATACTAA
* ** * * * *
37126 TTTTTTAATATT-TCAAAA-T-TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATCAAACCAGTT
65 ATTAATAATATTCTAAAAATTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACCAATT
* *
37187 TAAATCGTTAAGAT
130 CAAATAGTTAAGAT
* * * ** ** * *
37201 TTTTGTTTTGTCATAGAACAATTTTTTTTTTCATACAAGCTCATTTGGAGTAAAATATTACTAAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTCTATTCATACAAAATCATTAAGAATAAAATAATACTAAA
* *
37266 TTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCGAACCAATT
66 TTAATAATATTCTAAAAATT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACCAATT
37331 CAAATAGTTAAGAT
130 CAAATAGTTAAGAT
37345 T
1 T
37346 ATTAGAGCAA
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 21, Indels: 6
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
139 41 0.34
140 27 0.23
141 1 0.01
143 3 0.03
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Consensus pattern (143 bp):
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTCTATTCATACAAAATCATTAAGAATAAAATAATACTAAA
TTAATAATATTCTAAAAATTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACCAATTC
AAATAGTTAAGAT
Found at i:37763 original size:179 final size:179
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Indices: 37201--40561 Score: 1725
Period size: 181 Copynumber: 18.8 Consensus size: 179
37191 TCGTTAAGAT
* *** * ** * *
37201 TTTTGTTTTGTCATAGAACAATT-TTTTTTTTCATACAAGCTCATTTGGAGTAAAATATTACTAA
1 TTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * * *
37265 ATTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCGAACCAA
65 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT-AGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATCAA
* * * ** * ** * * * *
37329 TTCAAATAGTTAAGATTATTAGAGCAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACC
128 TTTAAATAATTATGCCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAAAC
* * *
37381 TTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGCTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTT-GTCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTA
* ** * * ***
37446 ATTTATTAACATTT-AGAAAATTAATACACAAGAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTA-CGGGGT
64 ATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATA-AGTAGAAA-TTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAAT
* * * * * *
37509 -AAGTTTAAATAGTTATGACCT-TTTGAATAATTATCTATTTAAAATAAATGT-ACC
125 CAA-TTTAAATAATTATG-CCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAAAC
* * * * * *
37563 ATTTGGTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAT
1 -TTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAA
* * * *
37628 TTTATTAATAGTTC-AAAATTGATAAGCTAGAAATTTAAAAAATAAGTCAATTTATCAAATCAAT
65 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATCAAT
* * * *
37692 TCAAATAACTATTGCCT-TTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTACAAAC
129 TTAAATAATTA-TGCCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAAAC
*
37743 TTTTGTTTGTCATAAAACAATTCGTTTTCA--TCATATAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACT
1 TTTTGTTTGTCATAAAACAATT-G-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACT
* ** *
37805 AATTTATTAATA-TTCAAAAAGTAATTTGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-C---T--
63 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-GAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATCA
* * * * * *
37863 A--T--ATTAGT-T-CCTATTTGAA-CATTATCTACTTCAAATCGTTATAACC
127 ATTTAAATAATTATGCCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAAAC
* * * * * *
37909 TTTTATTCTATTATAAAATAATT-TTTCAGTTCATATAAGCATA-TTCAGAATAAAATAATACTA
1 TTTTGTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTA
* * * * * ** * *
37972 ATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGTTGAAGCAG
64 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATCAA
* * * * * *
38037 TTTAAACAATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-GAC
128 TTTAAATAATTATGCCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAAAC
* * * *
38088 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA-ATGCTT-GTTCAAAATTAAATAATATT
1 -TTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACT
** * * *
38151 AA-TTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATC
63 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT-AGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATC
* * * * ** * **
38214 AGTTCAAATAATTATGGCC-ATTTCAACAATTATCTATTTCAAAAATTGTTATTATG
126 AATTTAAATAATTAT-GCCTATTTGAATAATTATCTATTTC--AAATCATTATAAAC
** * ** * *
38270 TTTTGTTTGTCATGTAACAATTATTT-TTTATCATACAAGTTTA-TTCGAAATAAAATAATAGTA
1 TTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTA
* * * *
38333 ATTTATTAATCTTT-AAAAATTTAATAAGTATAAGATTTAACAAATAAATCTATTTATCAAATTA
64 ATTTATTAATATTTCAAAAA-TTAATAAGTAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATCA
* ** * * *
38397 GTTTAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATATACTTCAAATCATTATAACC
127 ATTTAAATAATTATGCCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAAAC
* * ** * *
38450 TTGTGTTATGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTA-TTCAAATAAAATAATAGTAA
1 TTTTGTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * * ** *
38514 TATAATAATA-TTCTAAAAATTAATGA-CAGAGATTTACAAAATAAATTTATTTGCCAAATTAAT
65 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATCAAT
** * * * * * **
38577 TCCAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGCT-T----
129 TTAAATAATTATGCCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAAAC
* * * * *
38623 TTAT-TTTGTCATAAAACAAATTATCTATTTCAATTCATACTAGCGTA-TTCAGAATAAAATAA-
1 TTTTGTTTGTCATAAAAC--A--AT-TGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAAT
* * * * * * * * *
38685 AATGAATTTATTAATATTTTAGAAATTAATATGTA-AAGGATTTAAACAATAATTTTGTTTACTT
60 ACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAA--ATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TC
* * * ** * * * *
38749 AACT-AGTTCAAATAATTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
121 AAATCAATTTAAATAATTATGCCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAAAC
* * * * * * * *
38807 TTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTA-TTCGTATAAGTTTGTTTGGAAA-AAAA-AAAACT
1 TTTTG-TTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTT-CAAATAAAATAATACT
* * * * *
38869 AATCTACTAATA-TTCAAAAATTAATAAG-AG--GTTTAAAGAAATAAATCTATTTATCGAACCA
63 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAA-AAATAAATCTATTTATCAAATCA
* * * * ** * ** *
38930 CTTCAAATAGTTATGAC-ATTTTGAGCAATTAGT-TTTTTCAAATTGTTAT-GAC
127 ATTTAAATAATTATGCCTA-TTTGAATAATTA-TCTATTTCAAATCATTATAAAC
** * * * *
38982 TTTT-TTTG-CTATAAAGTAATAGTTTTTA-TTCATACAAGCTT-GTTCGAATTAAAATAATACT
1 TTTTGTTTGTC-ATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACT
* * * * * * * *
39043 AATTTATTAATATTTCAATAATTAATGACTAAAAAATTTTAAAAATAAATATTTTTATCGAA-CT
63 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATC-
* * * ** ** * * *
39107 AGA-TCAAACAGTCGTGATTATTTGAATACA-TATCTATTTCAAATCGTTATGACC
126 A-ATTTAAATAATTATGCCTATTTGAATA-ATTATCTATTTCAAATCATTATAAAC
* * * * *
39161 TTTTGTTTTTTCATAAAAAAATTATTTCAGTTCATATAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATATTA
1 TTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTA
* * * * * * * *
39225 AGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAAAGATTAAAAAAATGAAT-TGTTTA-CTGAA-CA
64 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAATCA
** * * * *
39287 AGTTTAAATAATTATAACTATTTCAATAATTTATCTATTTGAAA-CTACTATAACC
127 A-TTTAAATAATTATGCCTATTTGAATAA-TTATCTATTTCAAATC-ATTATAAAC
* ** * *
39342 ATTTT-TTTGTCGTAAAATGATTTTTTCTA-TTCATAGAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTA
1 -TTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTA
* * * * *
39405 ATTTATTAATA-TT-AAGATAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAA-C
64 ATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATC
* ** * * ** *
39467 AAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTAT-GAC
126 AA-TTTAAATAATTATGCCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAAAC
* ** *
39521 TCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATATT
1 T-TTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACT
* * * * *
39585 AATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTTTCGAA-CA
63 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATCA
* * * * * * *
39649 AGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAAAAATTATGTATTTCAAATCATTGA-AACC
127 A-TTTAAATAATTATGCCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATT-ATAAAC
* * * * * * *
39703 TTTTGTTTTATAATAAAACATTTGTTTGAGTTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
1 TTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * *
39768 TTTATAAATATTCCAAAAATTAATGAGTAGGAGAA-CTAAAAAATGAATTTATTTATCGAAT--A
65 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-GA-AATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATCAA
* * * * * *
39830 TGTTCAAATAGTTATGACC-ATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATTACC
128 T-TT-AAATAATTATG-CCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAAAC
* * * * ** *
39884 TTTTGTTTTTCCATAAAATAATTGGTT-ATGTTCATGCAAGCTTATTTTGAATGAAATAATA-TA
1 TTTTGTTTGT-CATAAAACAATTGTTTCA-GTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACT-
* * * *
39947 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCCGAA-CA
63 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTAT-CAAATCA
* * * *
40010 CATTCAAATAATTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTAT-GAC
127 -ATTTAAATAATTATGCCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAAAC
* * ** * * *
40063 TTTTTGTTTTGTTATAAATCAATTGTTTTTGTTCATAAAAACCTTA-TTCGAAATAAAATTATAC
1 -TTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCAT-ACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATAC
* * * * * * * * *
40127 TAATTTATTAAAATTCCAAAAATTATTAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAGA-
62 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCAAAT
* * * * * * * ** *
40191 GAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTTAAATTGTTATAATC
125 CAATTTAAATAATTATGCCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAAAC
* **
40246 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-CTCATACAATTTTATTTCAAATAAAATAATACTA
1 TTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTA
* * * * * * *
40310 ATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGA-TTGAAAAATAAATATGTTAATCGAAT-A
64 ATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-TAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATCA
* ** * * * ** *
40372 AGTTCAAATGGTCATAT-CC-ATTTGAACT-ATCATTTGTTTCAAATTGTTAT-GAC
127 A-TTTAAATAAT--TATGCCTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATAAAC
* **
40425 ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTGA-TTCATACAAAATTA-TTCAAAATAAAATAATACT
1 -TTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACT
* * * * * * *
40487 AATTTTTTAATATTTCAAAATTTAATAAG-AG--ATCTAAAAACT-AATCTGTTTATTAAACCAA
63 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATCAA
* *
40548 TTCAAATTATTATG
128 TTTAAATAATTATG
40562 ATCTTTGTTT
Statistics
Matches: 2498, Mismatches: 506, Indels: 361
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
164 5 0.00
166 73 0.03
167 54 0.02
168 1 0.00
169 4 0.00
171 11 0.00
172 10 0.00
173 37 0.01
174 35 0.01
175 39 0.02
176 74 0.03
177 41 0.02
178 182 0.07
179 344 0.14
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184 6 0.00
186 13 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
TTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAAT
TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATCAATTT
AAATAATTATGCCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAAAC
Found at i:38494 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 37873--40515 Score: 1928
Period size: 181 Copynumber: 14.7 Consensus size: 179
37863 ATATTAGTTC
* * * * * * * *
37873 CTATTTGAAC-ATTATCTACTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTCTATTATAAAATAATT-TTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * * * *
37936 AGTTCATATAAGCATATTC-AGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAC
66 TGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAG
* * * * * * * *
38000 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGTTGAAGC-AGTTTAAACAATTAAGA
129 TAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTT-ATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * *
38052 CTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * * * * *
38117 AGTTCATA-ATGCTTGTTCAAAATTAAATAATATTAA-TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT
66 TGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGT
* * * * *
38180 AAGTGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAA-TCAGTTCAAATAATTATGG
130 AA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACT-AGTTCAAATAGTTATGA
* * * * ** ** *
38231 CCATTTCAACAATTATCTATTTCAAAAATTGTTATTATGTTTTG-TTTGTCATGTAACAATTATT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTC--AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * *
38295 TTT-TATCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATCTTTAAAAATTTAATA
64 TTTGT-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAA-TTAATA
* * * * * * *
38359 AGTATAAGATTTAACAAATAAATCTATTTATCAAATTAGTTTAAATAATTATAA
127 AGTA-AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * * *
38413 CTATTTGAATAATTATATACTTCAAATCATTATAACCTTGTGTTATGTCATAAAACAATTATTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * * * * *
38478 TGTTCATACAAGTTTATTC-AAATAAAATAATAGTAATATAATAATATTCTAAAAATTAATGA-C
66 TGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGT
* * * * ** * * * *
38541 AGAGATTTACAAAATAAATTTATTTGCCAAATTAATTCCAATAGTTAAGA
130 AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * *
38591 CTATATGAACAATTATCTATTTCAAATC-----G--CTTTTATTTTGTCATAAAACAAATTATCT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGT-T
* * * * *
38649 ATTTCAATTCATACTAGCGTATTC-AGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTTAGAAATT
64 -TTT--GTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTTAAAAATT
* * * * * *
38712 AATATGTAAAGGATTTAAACAATAATTTTGTTTA-CTTAACTAGTTCAAATAATTATGA
123 AATAAGTAAA-GATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-AAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* *
38770 ATATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * * * * * * * * *
38835 TATTCGTATAAGTTTGTTTGGAAA-AAAA-AAAACTAATCTACTAATATTCAAAAATTAATAAG-
66 TGTTCATACAAGCTT-ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGT
* * * * * *
38897 --AGGTTTAAAGAAATAAATCTATTTATCGAACCACTTCAAATAGTTATGA
130 AAAGATTTAAA-AAATAAATATGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * ** *
38946 C-ATTTTGAGCAATTAGT-TTTTTCAAATTGTTATGA-C-TTT-TTTTG-CTATAAAGTAATAGT
1 CTA-TTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGT
* * * * *
39005 TTTTATTCATACAAGCTTGTTCGAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAATAATTAATG
63 TTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATA
* * * * * * * **
39070 ACTAAAAAATTTTAAAAATAAATATTTTTATCGAACTAGATCAAACAGTCGTGA
127 AGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * *
39124 TTATTTGAATACA-TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTTTCATAAAAAAATTATTT
1 CTATTTGAACA-ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
** * * * * * *
39188 CAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAAGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAT
65 TTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAG
* * * * * * *
39253 TAAAAGATTAAAAAAATGAAT-TGTTTA-CTGAACAAGTTTAAATAATTATAA
129 T-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-AAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * **
39304 CTATTTCAATAATTTATCTATTTGAAA-C-TACTATAACCATTT-TTTTGTCGTAAAATGATT-T
1 CTATTTGAACAA-TTATCTATTTCAAATCGT--TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* *
39365 TTTCTATTCATAGAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTAAGATAATTA
63 TTT-TGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAA-A-AATTA
* * * **
39428 ATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATCTTTATGA
124 ATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * *
39485 CTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * *
39549 TTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAG
65 TTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAG
* * * * *
39614 TAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTTTCGAACAAGTTCAAATAGTCATGA
129 T-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * *
39666 CTATTTGAAAAATTATGTATTTCAAATCATTGA-AACCTTTTGTTTTATAATAAAACATTTGTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT-ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
** * * * * * *
39730 GAGTTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATAAATATTCCAAAAATTAATGAG
65 TTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAG
* ** * * * *
39795 TAGGAGAACTAAAAAATGAATTTATTTATCGAA-TATGTTCAAATAGTTATGA
129 TA-AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACTA-GTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * *
39847 CCATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATTACCTTTTGTTTT-TCCATAAAATAATTGGTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT-CATAAAACAATTGTTT
* * * *
39911 ATGTTCATGCAAGCTTATTTTG-AATGAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
65 TTGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATA
* *
39974 AGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCCGAACAC-A-TTCAAATAATTATGA
127 AGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT-C-AA-ACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * *
40027 CTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAATCAATTGTTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * * * * * *
40092 TGTTCATAAAAACCTTATTCGAAATAAAATTATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTATTAAA
66 TGTTCAT-ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAG
* * * * *
40157 TAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAGA-GAGTTTAAATAGTTATGA
129 T-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TCAAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * * *
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
** **
40274 TACTCATACAATTTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
66 TGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAG
** * * * * *
40338 TTGGAGA-TTGAAAAATAAATATGTTAATCGAA-TAAGTTCAAATGGTCAT-A
129 -TAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACT-AGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * *
40388 TCCATTTGAACTATCATTTGTTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG---
1 -CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
** * * *
40450 TTGATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTCAAAATTTAATAA
65 TTG-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAA
40515 G
128 G
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CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
TGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTA
AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGA
Found at i:39326 original size:17 final size:18
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*
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1 AATAATTATAACTATTT
39327 GAAACTACTA
Statistics
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AATAATTATAACTATTTC
Found at i:39891 original size:362 final size:358
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37191 TCGTTAAGAT
* * * ** * * * * *
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1 TTTTGTTTTATAATAAAACAA-TTTTTCATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * *
37266 TTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCGAACCAAT
65 TTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAA-TAGT
* * * * ** * *
37330 TCAAATAGTTAAGATTATTAGAGCAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCAT
128 TCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * ** * *
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193 AAAACAATTG-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * * *** *
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* * * * *
37522 TATGACCT-TTTGAATAATTATCTATTTAAAATAAATGT-ACC
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* * * * * *
37563 ATTTGGTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAT
1 TTTTGTTTTATAATAAAACAATT-TTTCA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * * * *** * *
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* * * * ** *
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127 TTCAAATAATTA-TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
** * *
37754 ATAAAACAATTCG-TTTTCATCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
191 ATAAAACAATT-GTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* ** ** * * *
37818 TCAAAAAGTAATTTGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTA--TTT---ACTA--T--ATTAG-T-T
255 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTTTCGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * *
37872 -CCTATTTGAAC-ATTATCTACTTCAAATCGTTATAACC
320 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC
* * * * * * *
37909 TTTTATTCTATTATAAAATAATTTTTCAGTTCATATAAGCATA-TTCAGAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTATAATAAAACAATTTTTCA-TTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAA
* * * * * * *
37973 TTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGTTGAAGCAGT
64 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAA-TAGT
* * * * * * *
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128 TCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
** * * * *
38103 AAAACAATTGTTTCAGTTCATA-ATGCTTGTTCAAAATTAAATAATATTAA-TTATTAATATTCT
193 AAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-
** * * ** * *
38166 AAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATC-AGTTCAAATAATTATG
257 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTTTCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATG
* * * ** * **
38230 GCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAAAATTGTTATTATG
321 ACTATTTGAACAATTATCTATTTC--AAATCATTATAACC
* ** * * * *
38270 TTTTGTTTGTCAT-GTAACAATTATTTTTTA-TCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATAGTA
1 TTTTGTTT-T-ATAATAA-AACAATTTTTCATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
* * * * * *
38333 ATTTATTAATCTTT-AAAAATTTAATAAGTATAAGATTTAACAAATAAATCTATTTATCAAATTA
63 ATTTATTAATATTTCAAAAA-TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAA-TA
* * * * * * * *
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126 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * *
38462 ATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTC-AAATAAAATAATAGTAATATAATAATATT
191 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * ** * * *
38526 CTAAAAATTAAT--G-ACAGAGATTTACAAAATAAATTTATTTGCCAAATTAA-TTCCAATAGTT
256 C-AAAAATTAATAAGTA-AAAGATTTAAAAAATAAATATATTTTTCGAA-CAAGTTCAAATAGTT
* * * *
38587 AAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTT-TTA--
318 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-ATTATAACC
* * ** * * * *
38626 TTTTG--TCATAAAACAAATTATCTATTTCAATTCATACTAGCGTA-TTCAGAATAAAATAA-AA
1 TTTTGTTTTATAATA-AAACAAT-T-TTTC-ATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATAC
* * * * * * *
38687 TGAATTTATTAATATTTTAGAAATTAATATGTAAAGGATTTAAACAATAATTTTGTTTA-CTTAA
61 T-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-GAA
* *
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124 -TAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * * * * *
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* * * * *
38878 ATATTCAAAAATTAATAAG----AGGTTTAAAGAAATAAATCTATTTATCGAACCACTTCAAATA
251 ATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA-AAATAAATATATTTTTCGAACAAGTTCAAATA
* * ** *
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* * * * * *
38982 TTTT-TTTGCTATAA-AGTAATAGTTTTT-ATTCATACAAGCTTGTTCGAATTAAAATAATACTA
1 TTTTGTTT--TATAATA-AAACAATTTTTCATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
* * * * *
39044 ATTTATTAATATTTCAATAATTAATGACTAAAAAATTTTAAAAATAAATATT-TTTATCGAACTA
63 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TTGTTTATCGAA-TA
* * * ** * *
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* * ** * * *
39172 CATAAAAAAATTATTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAAGTTATTAATAT
190 CATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * * *
39237 TCCAAAAATTAATAATTAAAAGATTAAAAAAATGAAT-T-GTTTACTGAACAAGTTTAAATAATT
255 T-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTTTC-GAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * *
39300 ATAACTATTTCAATAATTTATCTATTTGAAA-CTACTATAACC
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* * ** * * * *
39342 ATTT-TTTTGTCGTAAAATGATTTTTTCTATTCATAGAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTATAATAAAA-CAATTTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * * * *
39406 TTTATTAATA-TT-AAGATAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAA
64 TTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAA-TA
** * *
39469 GTTCAAATCTTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTCTTTGTTTTGT
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* *
39533 CATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
190 CATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-
* *
39598 TTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTTTCGAACAAGTTCAAATAGTCA
254 TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTTTCGAACAAGTTCAAATAGTTA
* *
39663 TGACTATTTGAAAAATTATGTATTTCAAATCATTGA-AACC
319 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT-ATAACC
* * * *
39703 TTTTGTTTTATAATAAAACATTTGTTTGAGTTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTATAATAAAACAATT-TTTCA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * * ** ** * *
39768 TTTATAAATATTCCAAAAATTAATGAGTAGGAGAACTAAAAAATGAATTTATTTATCGAATATGT
64 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATA-GT
* * * * * * *
39833 TCAAATAGTTATGACCATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATTACCTTTTGTTTT-TCCA
128 TCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT-CA
* * * * *** *
39897 TAAAATAATTGGTTATGTTCATGCAAGCTTATTTTGAATGAAATAATA-TAAATTTATTAATATT
192 TAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-T
* * *
39961 TCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTTCCGAACACA-TTCAAATAATTA
255 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTTTCGAACA-AGTTCAAATAGTTA
* * *
40024 TGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT
319 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC
* * * ** * * * *
40064 TTTTGTTTTGTTATAAATCAATTGTTTTTGTTCATAAAAACCTTATTCGAAATAAAATTATACTA
1 TTTTGTTTTATAATAAAACAA-T-TTTTCATTCAT-ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
* * * * *
40129 ATTTATTAAAATTCCAAAAATTATTAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTGAGAGA
63 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-GA-ATA
* * * * * * * *
40193 GTTTAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTTAAATTGTTATAATCTTTTGTTTTGTC
126 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* ** **
40258 ATAAAACAATTGTTTCTACTCATACAATTTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
191 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
*** * * ** * * *
40322 TCTAAAAATTAATAAGTTGGAGA-TTGAAAAATAAATATGTTAATCGAATAAGTTCAAATGGTCA
255 TC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTTTCGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * * ** * *
40386 T-ATCCATTTGAACTATCATTTGTTTCAAATTGTTATGACA
319 TGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC
* * * * ** **
40426 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTGATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
1 TTTTGTTTTATAATAAAACAATTTTTCATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
* *
40491 TTTTAATATTTCAAAATTTAATAAG
66 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
40516 AGATCTAAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTTTGTTTTATAATAAAACAATTTTTCATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATAGTTCA
AATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
ACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAA
ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTTTCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC
Found at i:40619 original size:140 final size:138
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40399 TATCATTTGT
*
40409 TTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTGATTCATACAAAATTATTCAAA
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* ** *
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** * ** *
40548 TTCAAATTATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAGTAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCG
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*** * ** * *
40612 GGGTAAAATATTGGTAAATTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAA
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40666 TATAAATGTG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TAAACCAA
Found at i:40664 original size:19 final size:18
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Indices: 40627--40665 Score: 51
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* *
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1 AA
40666 TATAAATGTG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAATTAATAAGAATTTAA
Found at i:41519 original size:164 final size:164
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41230 ATTCTTGTTT
* * * * **
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* * * * *
41305 TATAAGCTTGTTCGAAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTCCAAAAATTAGTAACTAAGAGA
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*
41370 TTTAAGAAATAAATCTTTTTGCTGAAGTGGTTCA
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* * * *
41404 GAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATCATTTCAGTTCA
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* * * *
41469 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAAT-TCATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
66 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATGT-AATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAG
41533 ATTTAAAAAATAAAT
130 ATTTAAAAAATAAAT
41548 TTATTTACCA
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 20, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
163 1 0.01
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GAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGCTCTATCATAAAACAATCATTTCAGTTCA
TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATGTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGA
TTTAAAAAATAAATCTTTTTGCTGAAGTGGTTCA
Found at i:41696 original size:345 final size:332
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41062 ATGGCCATTT
* * * * ** *
41072 GAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAAATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATCAT
1 GAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGAAATTTTGTTTTATCATAAAACAATCATTTGTATCAT
** * * * * *
41137 ACACACCAATTTTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAACATTTATAAGTAGGAGAT
66 ACACACCAATTCAAAATAAAATAAAACTAATTCATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* **
41202 TTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAATTCTTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
131 TTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCTTGTTTGAACAATTATAAATTTCAAATTGTTAT
* * * * * *
41267 AACCTTTTGCTCTATTATAAAATAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTGTTCGAAATAAAATAATA
196 AACCTTTTGCTCTATCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAACA
* * * *
41332 CTAATGTAATAATATTCCAAAAATTAGTAACTAAGAGATTTAAGAAATAAATCTTTTTGCTGAAG
261 CTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTTTTTGCTGAAG
41397 TGGTTCA
326 TGGTTCA
**
41404 GAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATCATTTCAGT-TC
1 GAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGAAATTTTGTTTTATCATAAAACAATCATTT--GTATC
** *
41468 ATACA-AGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTCATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
64 ATACACA-CCAATTCAAAATAAAATAAAACTAATTCATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* *
41532 GATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATAA
128 GATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTC-------T-TG----TTTGAACAATTATAA
* * * ** *
41597 ACTTT-AAATTGTTATAACCTTTTGGTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTAT
181 A-TTTCAAATTGTTATAACCTTTTGCTCTATCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTAT
* * * *
41661 TTGAAATAAAATAACACTAATCTAATAATATTCCAAAAGTTAATAGCTAATAGAATTAAAAAATA
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310 AAT
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Statistics
Matches: 265, Mismatches: 44, Indels: 19
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Matches are distributed among these distances:
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340 1 0.00
341 2 0.01
345 121 0.46
346 3 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (332 bp):
GAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGAAATTTTGTTTTATCATAAAACAATCATTTGTATCAT
ACACACCAATTCAAAATAAAATAAAACTAATTCATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
TTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCTTGTTTGAACAATTATAAATTTCAAATTGTTAT
AACCTTTTGCTCTATCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAACA
CTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTTTTTGCTGAAG
TGGTTCA
Found at i:41722 original size:181 final size:178
Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 6.0 Consensus size: 178
41394 AAGTGGTTCA
* * * **
41404 GAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATCATTTCAGTTCA
1 GAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCA
** * * *
41469 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTCATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
66 TACAAGCTTATTTGAAATAAAAT-AAACTAATT-AATAATATTTCAAAAATTAAT-AGTAATAGA
* * *
41534 TTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTT
128 ATTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTT
* * * *
41585 GAACAATTATAAACTTT-AAATTGTTATAACCTTTTGGTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTC
1 GAACAATTATATA-TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTC
* * *
41649 ATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAACACTAATCTAATAATATTCCAAAAGTTAATAGCTAATAG
65 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA-ACTAAT-TAATAATATTTCAAAAATTAATAG-TAATAG
* * * * * * ** *
41714 AATTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAGCCAGTTCAAATATTTAAAACTATAT
127 AATTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTT
* * * * *
41766 GAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAAGAGGTT-TGTTTGAAT
1 GAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTATTTTTG--T
* * * *
41829 TCATACTAGCTTATTTG-AATAAAATAAAATGAATTTACTAATATTTCAAAAAATAAT-G-AATA
63 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAACT-AA-TTAATAATATTTCAAAAATTAATAGTAAT-
*
41891 AGATATTTAAAAAAT-AATTCTATTTACCTAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTT
125 AGA-A-TTAAAAAATAAATT-TATTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTT
* * * * * * *
41947 GAAGAATTATATATTTCAAATCCTTATGACTTTTTGTTTTGT--T-TACCTAATCATTTTGGTT-
1 GAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTATTTTTGTTC
* * * ** * *
42008 -T----G----TTCGAAATAAAGTAATAATAGCCTATTAATATTTCAAAAATTAATA--AGT-GA
65 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA-ACTA-ATTAATAATATTTCAAAAATTAATAGTAATAGA
* * * * * *
42061 TTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATTAGTTTAAATAGTTATGACTATTT
128 ATTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTT
* * * * * * * *
42112 -AAGCAATTATTTATTT-AAATCGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAAAAATTATTTCTATTC
1 GAA-CAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTC
* * * ** *
42175 ATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTCAA-A
65 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA-ACTAA-TTAATAATATTTCAAAAATTAAT-AGT-AATA
* * * * ** ** *
42239 -ATTTTAAAAATAAATATGTTTATTAAACTAGACCAAATAATCATGACTATTT
126 GAATTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTT
* * * * * * * ***
42291 AAATAATTATCTGTTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTATTTCAATTCA
1 GAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCA
* ** * * * *
42356 TATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATCCAAAAATTAATAATAA-AGAG
66 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA-ACTAA-TTAATAATATTTCAAAAATTAATAGTAATAGA-
* * * * *
42420 ATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTAAACATA-TTTAAATAATTAT
128 A-TTAAAAAATAAATTTATTTACCAAAC-TAGTTCAAATAATTAT
42464 TGTTATAAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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GAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCA
TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAACTAATTAATAATATTTCAAAAATTAATAGTAATAGAATT
AAAAAATAAATTTATTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTT
Found at i:42410 original size:180 final size:178
Alignment explanation
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Period size: 180 Copynumber: 2.3 Consensus size: 178
42023 AATAATAGCC
* * * * ***
42033 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT--GATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATTAGTTTAA
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTAAACTAGACCAA
* * * * * *
42096 ATAGTTATGACTATTTAAGCAATTATTTATTTAAATCGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAAA
66 ATAATCATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAATCATTATGACTTTTTGTTCTATCATAAAAA
* *** *
42161 AATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATT
131 AATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
** * * *
42209 TATTAATATTTTGACAATTAATAAGTCAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTATTAAACTAGACCA
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTAAACTAGACCA
* * * *
42274 AATAATCATGACTATTTAAATAATTATCTGTTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAA
65 AATAATCATGACTATTTAAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACTTTTTGTTCTATCATAAA
* *
42339 AGAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
129 AAAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
* * * *
42389 TATTAATAATCCAAAAATTAATAA-TAAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTAAAC
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AA-A-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTAAAC
42448 ATATTTAAAT
Statistics
Matches: 194, Mismatches: 39, Indels: 7
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Matches are distributed among these distances:
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TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTAAACTAGACCAA
ATAATCATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAATCATTATGACTTTTTGTTCTATCATAAAAA
AATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
Found at i:42593 original size:135 final size:135
Alignment explanation
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Period size: 135 Copynumber: 1.8 Consensus size: 135
42341 AATTATTTCA
* * *
42351 ATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATCCAAAAATTAATAATAA
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*
42416 AGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTAAACATATTTAAATAATTATTGTTATAAAATATTTAT
66 AGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCAAACATATTTAAATAATTATTGTTATAAAATATTTAT
42481 TTTGT
131 TTTGT
* * * *
42486 ATTCATAAAAGCTTGTTTC-AATTAAAATAATACAAATTTATTAAT-ATTCAGACAACTAATAAG
1 ATTCATAAAAGCTT-ATTCAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATAATCCA-AAAACTAATAA-
* * * *
42549 TAAA-TGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCAAATA-AGTTTAAATAGTTAT
63 TAAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCAAACATA-TTTAAATAATTAT
42599 GACTATTTGA
Statistics
Matches: 97, Mismatches: 12, Indels: 8
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Matches are distributed among these distances:
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ATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATAATCCAAAAACTAATAATAA
AGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCAAACATATTTAAATAATTATTGTTATAAAATATTTAT
TTTGT
Found at i:42958 original size:180 final size:182
Alignment explanation
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Period size: 180 Copynumber: 4.5 Consensus size: 182
42637 TTTTGTTTTG
* * ** *
42647 TCAAATAGTCATAACTATTTGAGCT-TGCTC-GATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTATTT
1 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGTATTCGGA-AAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* * * * * *
42710 ATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATAAATAGAAA
65 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGTTGATATGAACAAAAA
* * *
42775 CAATTGGTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAGCTATTTGAAATAGATAATTAT
130 CAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTAT
* *
42828 TCAAATAGTTATAACTATTTGAA-TGTATTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTA
1 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGTATTCGGAAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
*
42891 GTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGA-ATGAACAAA
66 TTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAG-TTGATATGAACAAA
* * *
42953 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGT
128 AACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTAT
* * * * * *
43008 TCAATTAGTTATAACTATTTGAACTTGTA--CGGTAAATATATTCATTTTTTAAATCTCTTACTC
1 TCAAATAGTTATAACTATTTGAAC-TGTATTCGGAAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* * * * *** *
43071 ATTAATTTTGGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTATATGAATTGATA
65 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGTTGATATGAACAAAAA
* * * *
43136 CAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTAC
130 CAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTAT
* * * * * * ** * *
43189 TCAAATAGTTGTGACTATTTGAACTTGT-TT-GGTAAACATATTTA-TCTAAAAATTTTTTTCTT
1 TCAAATAGTTATAACTATTTGAAC-TGTATTCGGAAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* * * *
43251 ATTAATTGTCGAAATAGTAATAAATTAATATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTG-TATGAACAAA
65 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAG-TTGATATGAACAAA
* * * * *
43314 AACAATT-GTTATATGAGAAAACTAAAA-GTCATAACGATTTAAAATAAATAAGTGT
128 AACAATTGGTT-TATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTAT
* *** * * *
43369 TAAAATAAACATAACTATTTAAACT-TATTC-GATAAACAAATTTATTTTTTAAATATTTTACTT
1 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGTATTCGGA-AAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
43432 ATTAATTGTTT-AAATATTAATA
65 ATTAATT-TTTGAAATATTAATA
43454 GGTTCAAGCA
Statistics
Matches: 517, Mismatches: 85, Indels: 48
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
178 1 0.00
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TCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGTATTCGGAAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGTTGATATGAACAAAAAC
AATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTAT
Found at i:43321 original size:361 final size:360
Alignment explanation
Indices: 42647--43453 Score: 996
Period size: 361 Copynumber: 2.2 Consensus size: 360
42637 TTTTGTTTTG
* *
42647 TCAAATAGTCATAACTATTTGAGCTTGCTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTAT
1 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* *
42712 TAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATAAATAGAAACA
65 TAATTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATAAATAGAAACA
* * * *
42777 ATTGGTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAGCTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAA
130 ATTGGTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTTATAA
* * ** * * *
42842 CTATTTGAATGTATTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTAGTAATTTTTGAAATAT
195 CTATTTGAATGTATTCAGAAAACAGATTTATTCTAAAAATTTTTACTTAGTAATTGTCGAAATAG
* *
42907 TAATAAATTTATATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGAATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAA
260 TAATAAATTAATATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGAATGAACAAAAACAATTGTTATATGACAA
* * * *
42972 AAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
325 AACTAAAA-GTCATAACGATTTAAAATAAATAAGTGT
* * * * * * *
43008 TCAATTAGTTATAACTATTTGAACTTGTACGGTAAATATATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCAT
1 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT-CGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* ** * * *
43073 TAATTTTGGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTATATGAATTGATACA
65 TAATTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATAAATAGAAACA
* * * * *
43138 ATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTTGTGA
130 ATTGGTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTTATAA
* * * * *
43203 CTATTTGAACTTGT-TT-GGTAAACATATTTA-TCTAAAAATTTTTTTCTTATTAATTGTCGAAA
195 CTATTTGAA--TGTATTCAGAAAACAGATTTATTCTAAAAA-TTTTTACTTAGTAATTGTCGAAA
* *
43265 TAGTAATAAATTAATATTATTTTAATTTG-AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTATATG
257 TAGTAATAAATTAATATTATTTT-ATTCGAAATAAGCTTGAATGAACAAAAACAATTGTTATATG
*
43329 AGAAAACTAAAAGTCATAACGATTTAAAATAAATAAGTGT
321 ACAAAACTAAAAGTCATAACGATTTAAAATAAATAAGTGT
* ** * * * *
43369 TAAAATAAACATAACTATTTAAACTTATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATATTTTACTTAT
1 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
*
43434 TAATTGTT-TAAATATTAATA
65 TAATT-TTGGAAATATTAATA
43454 GGTTCAAGCA
Statistics
Matches: 375, Mismatches: 63, Indels: 16
0.83 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (360 bp):
TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
AATTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATAAATAGAAACAA
TTGGTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTTATAAC
TATTTGAATGTATTCAGAAAACAGATTTATTCTAAAAATTTTTACTTAGTAATTGTCGAAATAGT
AATAAATTAATATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGAATGAACAAAAACAATTGTTATATGACAAA
ACTAAAAGTCATAACGATTTAAAATAAATAAGTGT
Found at i:43364 original size:17 final size:19
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43333 AACTAAAAGT
43343 CATAACGATTTAAAAT-AA
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43361 -ATAA-G-TGTTAAAATAAA
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*
43378 CATAACTATTTAAA
1 CATAACGATTTAAA
43392 CTTATTCGAT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 9
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Matches are distributed among these distances:
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CATAACGATTTAAAATAAA
Found at i:50836 original size:20 final size:20
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50801 GTGTTTGACA
*
50811 AACTAGTTTAAACAGTTAAG
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50831 AACTAGTTTAAACAGTAAAG
1 AACTAGTTTAAACAGTAAAG
50851 A
1 A
50852 CTGTTAGAAT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 20 1.00
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AACTAGTTTAAACAGTAAAG
Found at i:51283 original size:18 final size:19
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Indices: 51249--51285 Score: 58
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51239 TTATGAACTT
51249 TTGTTTTGTCATCAAACAA
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*
51268 TTGTTTT-TCGTCAAACAA
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51286 GCCTATTTGG
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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TTGTTTTGTCATCAAACAA
Found at i:51840 original size:157 final size:157
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Indices: 51513--51826 Score: 375
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51503 TAATAACTAA
* ***
51513 GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTTAAACCAGTTCAAATAGTTAAGGGTATTTGAATAATTAT
1 GAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGTTAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACAATTTGAATAATTAT
** * * * * *
51578 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCGTAAAATAAATGCTTTTGTTTATATAAGTTTG
66 CTATTTCAAATCGTTATGACAATTTGTTTTATCGTAAAATAAATGCTTTTATTGAAACAAGTTTA
**
51643 TTCGAAATAAAATAATTTTAATTTATT
131 TTCGAAATAAAATAATGCTAATTTATT
*
51670 GAGATTTAAAAAATAAATTTATTTAG-TAAACCAGTTCAATTAGTTATA-ACAATTTGAATAATT
1 GAGATTTAAAAAATAAATTTATTT-GTTAAACCAGTTCAAATAGTTA-AGACAATTTGAATAATT
* * * *
51733 ATTTATTTCAAATTGTTATGACAATTTGTTTTGTCGTAAAATAATTG-TTTCTATTGAAACAA-T
64 ATCTATTTCAAATCGTTATGACAATTTGTTTTATCGTAAAATAAATGCTTT-TATTGAAACAAGT
* * *
51796 CTTATTTGGAATAAAGTAATGCTAATTTATT
128 -TTATTCGAAATAAAATAATGCTAATTTATT
51827 AATATTATAA
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 21, Indels: 8
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Matches are distributed among these distances:
156 4 0.03
157 126 0.95
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TTCGAAATAAAATAATGCTAATTTATT
Found at i:52396 original size:181 final size:181
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51661 TAATTTATTG
* * * * * * *
51671 AGATTTAAAAAATAAATTTATTTAGT-AAACCAGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAATAATTAT
1 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* * ** * * * * *
51735 TTATTTCAAATTGTTATGACAATTTGTTTTGTCGTAAAATAATTGTTTCTATTGAAACAATCTTA
65 CTATTTCAAATTCTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* * * * * *
51800 TTTGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAC
130 TTTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAA
* * * ** * * * * * *
51852 GGATTTAAAAAATGAACCTGTTGGCTTGACCAA-TACAAAATTGTTATGATTGTTTGAA-ACATT
1 AGATTTAAAAAATAAATCTGTT-TATCGAACAAGTTC-AAATAGTTATGACTATTTGAATA-ATT
* * * * * * ** *
51915 ATTTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTATCACAAAATAATTGCTTC-ATTTGTATAAGCT
63 ATCTATTTCAAATTCTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT
* * *** * *
51979 TATTTGGAA-AACATAACT-CTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAATAAG
128 TATTTCGAATAAAATAA-TACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAA
* * * * ** * **
52032 TGAGTTAAAAATTGAATCTGTTTATCGAACAAGTTGTAATAGTTATGAGTATTTGAATAATTCCC
1 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
* * ** * *
52097 TATTTCAAATTGC-TATAACCTTTT-TTTTGTCATTAAATTATTTTTTCTATTCATACAAGCCTA
66 TATTTCAAATT-CTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* * ** * *
52160 TTTC-AATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTTAGATGACTAATAAATAAA
130 TTTCGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAA
* * * * *
52212 AGATTTCAAAAATAAATCTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGCTATGACTATTTGAACAATTATT
1 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
* * * * *
52277 TATTTCAAATTCTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTTACACAAGCTTA-
66 TATTTCAAATTCTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * *
52341 TTCGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGCAAA
131 TTCGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAA
* * * * * ** *
52393 AGATTTTAAAAATAAATATGTTAATCAAACAAGCTCAAATAGGCATAACTATTTGAATAATTATC
1 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
* * * ** * * * * *
52458 CATTTCAAA-TCGTTGTGACCTTTTATTTCATAATAAAACAATTGTATCAATTCATATAGGCTTA
66 TATTTCAAATTC-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* * * *
52522 -TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATGAGTAAG
130 TTTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAA
* * * * * *
52574 ATATTTAAAAAATGATTCTATTT-TCTGATCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTAT
1 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* * * * *
52638 CTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTTATTATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTT
65 CTATTTCAAATTCTTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
*
52703 AGTTT-GAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCT-AGAAATTAATAAGTAAA
129 A-TTTCGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTGA-AAATTAATAAGTAAA
* * * * *
52756 A-ATTTTAAAAATAAATATATTTTTTGAACATA-TTCAAATAGTTATGA-TACTTTGAATAATTA
1 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAATAATTA
** * ** * *
52818 TCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTGTTGTCATAATCCAATTGTTTCTATTGATACAAGCAT
64 TCTATTTCAAATTCTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
*** *
52883 ATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATAAATAAGTAAA
129 ATTTCG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAA
* * * * *
52936 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTGAGCAAGTTCAAATAGTTATCACTGTTTGAACAATTAT
1 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* ** * * * * * * *
53000 TTATTTCAAATAGTTATTA-TTTTTGTTTTGTTACAAAACAATTGTTTCTATTTATATAAGTTTA
65 CTATTTCAAATTCTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* * * **
53064 -TTCAGAATAAAATAATACTGATTTATAAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGG
130 TTTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAA
* * * ** * * * *
53116 AGATTTAAAAACTAAATATGTCTGCCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATC
1 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
* ** * * * * * **
53181 TAGTTCAAA-TCATTATGACCTCCTATTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCGTGCAAAATTA
66 TATTTCAAATTC-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* *
53245 TTTAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTGAA
130 TTTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAA
53283 GATTCAGCTT
Statistics
Matches: 1141, Mismatches: 250, Indels: 80
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
178 19 0.02
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182 147 0.13
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
TATTTCAAATTCTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
TTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAA
Found at i:52637 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 52607--52657 Score: 63
Period size: 17 Copynumber: 2.8 Consensus size: 19
52597 TCTGATCAAG
*
52607 TTCAAATAGTTATGACTAT
1 TTCAAATAATTATGACTAT
52626 TT-AAATAATTAT--CTAT
1 TTCAAATAATTATGACTAT
*
52642 TTCAAATTATTATGAC
1 TTCAAATAATTATGAC
52658 CTTTTGTTTT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 6
0.77 0.06 0.17
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.22
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ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.06, T:0.45
Consensus pattern (19 bp):
TTCAAATAATTATGACTAT
Found at i:52835 original size:17 final size:19
Alignment explanation
Indices: 52788--52837 Score: 52
Period size: 17 Copynumber: 2.8 Consensus size: 19
52778 TTTGAACATA
52788 TTCAAATAGTTATGATACT
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* * *
52807 TT-GAATAATTAT-CTA-T
1 TTCAAATAGTTATGATACT
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1 TTCAAATAGTTATGA
52838 CCTTTTGTGT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 6, Indels: 5
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Matches are distributed among these distances:
16 3 0.13
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19 2 0.09
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (19 bp):
TTCAAATAGTTATGATACT
Found at i:54180 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 53867--54712 Score: 695
Period size: 173 Copynumber: 4.8 Consensus size: 178
53857 TATAATGATT
* * * * * * *
53867 TTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTGGTTTTATCATAAACTAATTGTTTCTATTCATAAAAG
1 TTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTG-TTTGTCATAAAAT-ATTGTTTCTATTCATACAAG
* * * * *
53932 CTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTAAAA
64 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAA
* * *
53997 AAATAAATCTATTTGCCT-AGCAAGTTAAAATAGTTATAACTATTTAAACAA
128 AAATAAATCTATTT-ACTGAACAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTAAACAA
* *
54048 TTATTTATTTCAAATCATTATGATCTCTTGTTTGTCATAAAGCATA-TGTTTCTATTCATACAAG
1 TTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTGTCATAAA--ATATTGTTTCTATTCATACAAG
* *
54112 TTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAAATTTAAA
64 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAA
* * * ** * ** * *
54177 AAATAAATCTATTTACT-AGATAAGTTTAAATAATCATGTCCATTGGAGCTA
128 AAATAAATCTATTTACTGA-ACAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTAAACAA
* * **
54228 TTATCTATTTCAAATCATTATGA-CATTTTG--T-T--TACAA-ATTGTTTTTATTCATACAAAA
1 TTATCTATTTCAAATCATTATGATC-TTTTGTTTGTCATAAAATATTGTTTCTATTCATACAAGC
* * * *
54286 TTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTCATATTTCAAAAATTAAT-AG---GAGATTGAAA
65 TTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAA
* ** * * * *
54346 AACTAAATCTGCTTATTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
128 AAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTAAACAA
* * * * *
54397 TTATTTATCTCAAATCATTATGAT-TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTCTGTTTATACAA
1 TTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTG-TTTGTCAT-AAAATATTG-TTTCTATTCATACAA
* * * * * *
54461 GCTTATTTGGAGTAAAATATTGCT-A---A-T-AT-TTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAA
63 GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAA
* * * * *
54519 AAATAAATATGTTTGCTGAACTAGTTTAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAA
128 AAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTTAAATAGTTATA-ACTATTTAAACAA
** * *
54570 TTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATATAT
1 TTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTT-GTCATAAAAT-ATTGTTTCTA-TTCATACA-
* * * * *
54634 AG-TTATTTGAAATAAAATAATACTATTTTACTAACATTCAAAAATTTAATAAGCAAGAAA-TTA
62 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAA-TTAATAAGTAAGAAATTTA
54697 AAAAA-AAATCTATTTA
126 AAAAATAAATCTATTTA
54713 TCGAACATTG
Statistics
Matches: 526, Mismatches: 101, Indels: 78
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Matches are distributed among these distances:
168 5 0.01
169 73 0.14
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182 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
TTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTGTCATAAAATATTGTTTCTATTCATACAAGCT
TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAA
TAAATCTATTTACTGAACAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTAAACAA
Found at i:56653 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 56606--56654 Score: 62
Period size: 18 Copynumber: 2.9 Consensus size: 16
56596 ACTGAACCAG
56606 TTTAAATAATTATGACTA
1 TTTAAATAATTAT-A-TA
56624 TTTAAATAATTATATA
1 TTTAAATAATTATATA
*
56640 TTTCAAATAGTTATA
1 TTT-AAATAATTATA
56655 ATCTTTTGTT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 1, Indels: 3
0.88 0.03 0.09
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.17
17 11 0.38
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ACGTcount: A:0.45, C:0.04, G:0.04, T:0.47
Consensus pattern (16 bp):
TTTAAATAATTATATA
Found at i:57697 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 57471--58276 Score: 770
Period size: 181 Copynumber: 4.5 Consensus size: 181
57461 TTTTGTTTTG
* * ** *
57471 TCAAATAGTCATAACTATTTGAGCT-TGCTC-GATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTATTT
1 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGTATTCGGA-AAATAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTT
* * * *
57534 ATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATAAATAGAAA
64 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAACAAAAA
* * *
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129 CAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTAT
* * *
57652 TCAAATAGTTATAACTATTTGAA-TGTATTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTAG
1 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGTATTCGGAAAATAAATTTATTTTTTAAATTTTTACTTAT
*
57716 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGA-ATGAACAAAA
66 TAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAG-TTTATATGAACAAAA
* * *
57778 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGT
128 ACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTAT
* * * * * *
57832 TCAATTAGTTATAACTATTTGAACTTGTA--CGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTC
1 TCAAATAGTTATAACTATTTGAAC-TGTATTCGGAAAATAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTT
* * ** *** *
57895 ATTAATTTTGGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTATATGAATTGATA
64 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAACAAAAA
* * * *
57960 CAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTAC
129 CAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTAT
* * * * *
58013 TCAAATAGTTGTGACTATTTGAACTTGT-TT-GGTAAAA-ATATTTA--TTTAAAATTTTTTTCT
1 TCAAATAGTTATAACTATTTGAAC-TGTATTCGG-AAAATAAATTTATTTTTTAAA-TTTTTACT
* * * * * * *
58073 TATTAATTGTCGAAATAGTAATAAATTAATATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAAA
63 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGTTTATATGAACAAA
* * * * *
58137 AACAATT-GTTATATGAGAAAACTAAAA-GTCATAACGATTTAAAATAAATAAGTGT
127 AACAATTGGTT-TATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTAT
* *** * * *
58192 TAAAATAAACATAACTATTTAAACT-TATTC-GATAAACAAATTTATTTTTTAAGTATTTTACTT
1 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGTATTCGGA-AAATAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTT
58255 ATTAATTGTTT-AAATATTAATA
64 ATTAATT-TTTGAAATATTAATA
58277 GGTTCAAGCA
Statistics
Matches: 517, Mismatches: 80, Indels: 56
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
177 2 0.00
178 9 0.02
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182 12 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
TCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGTATTCGGAAAATAAATTTATTTTTTAAATTTTTACTTAT
TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAACAAAAACA
ATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTAT
Found at i:58187 original size:17 final size:19
Alignment explanation
Indices: 58166--58214 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 2.7 Consensus size: 19
58156 AACTAAAAGT
58166 CATAACGATTTAAAAT-AA
1 CATAACGATTTAAAATAAA
58184 -ATAA-G-TGTTAAAATAAA
1 CATAACGAT-TTAAAATAAA
*
58201 CATAACTATTTAAA
1 CATAACGATTTAAA
58215 CTTATTCGAT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 9
0.71 0.03 0.26
Matches are distributed among these distances:
15 1 0.04
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ACGTcount: A:0.55, C:0.08, G:0.06, T:0.31
Consensus pattern (19 bp):
CATAACGATTTAAAATAAA
Found at i:60601 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 60585--60609 Score: 50
Period size: 11 Copynumber: 2.3 Consensus size: 11
60575 CTGGAGCAAC
60585 CAATTACCTAA
1 CAATTACCTAA
60596 CAATTACCTAA
1 CAATTACCTAA
60607 CAA
1 CAA
60610 CGTAGCTAGA
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 14 1.00
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Consensus pattern (11 bp):
CAATTACCTAA
Found at i:61011 original size:44 final size:45
Alignment explanation
Indices: 60933--61021 Score: 108
Period size: 44 Copynumber: 2.0 Consensus size: 45
60923 AGGGCCATCC
* * * * *
60933 TGTGCTAATGCTGATTGAGGTATATGTCTATACC-AAGTCTAGAT
1 TGTGCCAATGCTGATTAAGGCATATGCCTATACCAAAGGCTAGAT
* *
60977 TGTGCCAATGCTGATTAAGGCATGTGCCTGTACCAAAGGCTAGAT
1 TGTGCCAATGCTGATTAAGGCATATGCCTATACCAAAGGCTAGAT
61022 CGAGGTATGT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 7, Indels: 1
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
44 28 0.76
45 9 0.24
ACGTcount: A:0.27, C:0.17, G:0.25, T:0.31
Consensus pattern (45 bp):
TGTGCCAATGCTGATTAAGGCATATGCCTATACCAAAGGCTAGAT
Found at i:61123 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 61072--61173 Score: 114
Period size: 45 Copynumber: 2.3 Consensus size: 45
61062 GTAATCAAGG
* *
61072 CAAGTGCCCATACCAAGGGCCAGCTTGTGCCAATGGTGATTAAGA
1 CAAGTGCCCATACCAAGGGCCAACTTGTGCCAATGATGATTAAGA
*** * * * *
61117 CAAGTGCTTGTACCAAGGGCCAACTTGTGCTATTGATGGTTAAGG
1 CAAGTGCCCATACCAAGGGCCAACTTGTGCCAATGATGATTAAGA
*
61162 CATGTGCCCATA
1 CAAGTGCCCATA
61174 ACATGCAGTA
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 13, Indels: 0
0.77 0.23 0.00
Matches are distributed among these distances:
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CAAGTGCCCATACCAAGGGCCAACTTGTGCCAATGATGATTAAGA
Found at i:66355 original size:21 final size:21
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Indices: 66329--66369 Score: 55
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
66319 GGTTGGTGTG
*
66329 AAGCGAGGGAGGGATGAATCA
1 AAGCGAGGAAGGGATGAATCA
* *
66350 AAGCGATGAAGGGCTGAATC
1 AAGCGAGGAAGGGATGAATC
66370 TTAGTGGATC
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 3, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 17 1.00
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AAGCGAGGAAGGGATGAATCA
Found at i:78789 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 78671--78792 Score: 127
Period size: 45 Copynumber: 2.7 Consensus size: 45
78661 ATGCTGATCG
* * * * * * *
78671 AGGCATGTGCCCACACCAAAGGCCAGCATATGCCAATGGTGGTCA
1 AGGCAAGTGCCCATACCAAAGGCCAACTTGTGTCGATGGTGGTCA
* * *
78716 AGGCAAGTGCCCATACCTAATGCCAACTTGTGTCGATGGTGGTCG
1 AGGCAAGTGCCCATACCAAAGGCCAACTTGTGTCGATGGTGGTCA
* **
78761 AGGCAAGTGCCCCTACCAAAGGTTAACTTGTG
1 AGGCAAGTGCCCATACCAAAGGCCAACTTGTG
78793 CTAATGATGT
Statistics
Matches: 62, Mismatches: 15, Indels: 0
0.81 0.19 0.00
Matches are distributed among these distances:
45 62 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.26, G:0.27, T:0.20
Consensus pattern (45 bp):
AGGCAAGTGCCCATACCAAAGGCCAACTTGTGTCGATGGTGGTCA
Done.