Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167893.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_16, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.15, T:0.34
Warning! 74000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 75 of 113
Found at i:16611499 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 16611272--16611597 Score: 392
Period size: 181 Copynumber: 1.8 Consensus size: 177
16611262 AGTTATGACT
* * * *
16611272 ATTTCAACAATTATCTATTTAAAATTATTATGACCAATTTTTTTGTCATAAAACAACTAT-TTTA
1 ATTTAAACAACTATCTATTTAAAATCATTATGACCAATTTTTTTGTCATAAAACAA-T-TGTCT-
* *
16611336 GTTC-ATAAA-AA-CTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
63 -TTCAATAAATAAGATTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT--
*
16611398 ATAGGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACTGAACCAATTAAAATAATCATGGCC
125 A-A-GAGATTTAAAAAAGAAATCAGTTTACTGAACCAATTAAAATAATCATGGCC
* * * *
16611453 ATTTAAACAACTATTTATTTTAAATCATTATTACC-TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTCTTT
1 ATTTAAACAACTATCTATTTAAAATCATTATGACCAATTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTCTTT
* * * * *
16611517 CAATAAATAAGATTTTTCTAAATAAAATATTACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAGAG
65 CAATAAATAAGATTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAG
16611582 ATTTAAAAAAGAAATC
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16611598 TATTTGTTGA
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ATTTAAACAACTATCTATTTAAAATCATTATGACCAATTTTTTTGTCATAAAACAATTGTCTTTC
AATAAATAAGATTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGA
TTTAAAAAAGAAATCAGTTTACTGAACCAATTAAAATAATCATGGCC
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16611985 CTATTTACAC
16611995 AATTATATCAT
1 AATTATATCAT
*
16612006 AATTATATCGT
1 AATTATATCAT
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1 AATTATAT
16612025 TAGATACCTA
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11 18 1.00
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AATTATATCAT
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16612063 ATAATTTAAA
16612073 ATTATATA-ATTAATTTT
1 ATTATATATATTAATTTT
* *
16612090 ATTACTATAATTTTATATATT
1 ATTA-TAT-ATATTA-ATTTT
*
16612111 -TTATA-AT-TTACTTATT
1 ATTATATATATTAATT-TT
* **
16612127 ACTTAAATATATTAAACTT
1 A-TTATATATATTAATTTT
16612146 ATTATATATATTAATTTT
1 ATTATATATATTAATTTT
16612164 AT
1 AT
16612166 ATTAGTTTTT
Statistics
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Consensus pattern (18 bp):
ATTATATATATTAATTTT
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16612968 TGATAATTAA
*
16612978 CTAAGTAATTAATTATCATAATTCTAATATTAACTTATAAATAGCTCAATTAATGCTATTATT
1 CTAAGTAATTAATTATCATAATTATAATATTAACTTATAAATAGCTCAATTAATGCTATTATT
* **
16613041 CTAAGTAATTAATTATCATAATTATAATATTAACTTCTAAATAGCTCAATTGTTGCTATTATT
1 CTAAGTAATTAATTATCATAATTATAATATTAACTTATAAATAGCTCAATTAATGCTATTATT
*
16613104 CCAAGTA
1 CTAAGTA
16613111 CAAATACTAA
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CTAAGTAATTAATTATCATAATTATAATATTAACTTATAAATAGCTCAATTAATGCTATTATT
Found at i:16613250 original size:25 final size:26
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16613191 TAACTAATTT
16613201 AATTATTTAATATGAAT-ATATAATA-A
1 AATTA-TTAATAT-AATAATATAATATA
*
16613227 AATTATTAATATAATAATGA-AATATT
1 AATTATTAATATAATAAT-ATAATATA
*
16613253 AA-TATTAATTTAATAAT
1 AATTATTAATATAATAAT
16613270 TCTATTCATA
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Consensus pattern (26 bp):
AATTATTAATATAATAATATAATATA
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16613199 TTAATTATTT
*
16613209 AATATGAATATATAATAA
1 AATATTAATATATAATAA
*
16613227 AATTATTAATATAATAATGA
1 AA-TATTAATAT-ATAATAA
16613247 AATATTAATAT-TAAT
1 AATATTAATATATAAT
16613262 TTAATAATTC
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AATATTAATATATAATAA
Found at i:16613556 original size:12 final size:12
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16613529 ATGATAATAG
16613539 TTTATAAAATTA
1 TTTATAAAATTA
*
16613551 TTTATAATATTAAA
1 TTTATAAAATT--A
*
16613565 TTGAT--AA-TA
1 TTTATAAAATTA
16613574 GTTTATAAAATTA
1 -TTTATAAAATTA
*
16613587 TTTATAATATTA
1 TTTATAAAATTA
*
16613599 TTAATGAAAATT
1 TTTAT-AAAATT
16613611 TAAATGTAAT
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Consensus pattern (12 bp):
TTTATAAAATTA
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16613510 TTAATTTAAT
16613520 TAATATTAAA-TGATAATAGTTTATAAAATTATTTA
1 TAATATTAAATTGATAATAGTTTATAAAATTATTTA
16613555 TAATATTAAATTGATAATAGTTTATAAAATTATTTA
1 TAATATTAAATTGATAATAGTTTATAAAATTATTTA
16613591 TAATATTA
1 TAATATTA
16613599 TTAATGAAAA
Statistics
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Consensus pattern (36 bp):
TAATATTAAATTGATAATAGTTTATAAAATTATTTA
Found at i:16614677 original size:49 final size:47
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16614585 TATAAAATTA
*
16614595 ATTAATTAATTTAATAATTAAATTATTTAATAAAAATATATTAATAT
1 ATTAATTAATTTAATAATTAAATTATTTAATAAAAATAAATTAATAT
16614642 -TTAATTAATGTT-ATAAATTAAATTAAATTTAATAAAAATAAATTAATAT
1 ATTAATTAAT-TTAAT-AATTAAATT--ATTTAATAAAAATAAATTAATAT
16614691 ATATAATTAA
1 AT-TAATTAA
16614701 AAATGTTATG
Statistics
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ATTAATTAATTTAATAATTAAATTATTTAATAAAAATAAATTAATAT
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16614904 TGATCTTTTG
* * * *
16614914 TTTGTCATAAAAC-ATTG-TT-CTATTTATTACAAAGTTTATTCAAAAATCAAATAATACTACTT
1 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCCT-TTCA-TAC-AAGATTATTC-AAAATAAAATAATACTAATT
* *
16614976 TATTTAATATTTTGTAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACGGAACAAGTT
62 TA-TTAATATTTTGAAAATTAATA---A-GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACGCAACAAGTT
* * * * * ** * *
16615041 CAAATAGTCATGTCCATTAAAATAATTATCTATTTTAAATTGTCATGACCTTTTGT
122 CAAATAGTCATGACCATTAAAACAATTATATATGTCAAATCATAATGACC-TTTAT
* ** *
16615097 TTTGTCATAAAATAATTGTTT-CTGTTCATAC-AGAATTATTCAAAATAAAATAATTTTGATTTA
1 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCCT-TTCATACAAG-ATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* *** *
16615160 TTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTGTTCAACCAGTTCAAATAG
64 TTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACGCAACAAGTTCAAATAG
* * *
16615225 TCATGACTATTTAAACAATTATATATGTCAAATCATAATGATCTTTAT
129 TCATGACCATTAAAACAATTATATATGTCAAATCATAATGACCTTTAT
* * * * * *
16615273 TTTGTCATACAACAATTGTTTCCTTTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATGATACTAATTTAAT
1 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCCTTTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
** *
16615338 AATATTTAAAAAATTTATAAGAGATTTAAAAAATAAAT
66 AATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT
16615376 ATGTTAGCCA
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0.80 0.14 0.06
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AATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACGCAACAAGTTCAAATAGTC
ATGACCATTAAAACAATTATATATGTCAAATCATAATGACCTTTAT
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16614904 TGATCTTTTG
* * * *
16614914 TTTGTCATAAAAC-ATTG-TTCTATTTATTACA-AAGTTTATTCAAAAATCAAATAATACTACTT
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* *** * * *
16614976 TATTTAATATTTTGTAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATT--TACGGAACAAG
62 TA-ATAATATTTAAAAAATTAATA---A-GAGATTTAAAAAATAAATATATTAGT-C-CAACCAG
* * * * ** * *
16615039 TTCAAATAGTCATGTCCATTAAAATAATTATCTATTTTAAATTGTCATGACCTTTTGT
120 TTCAAATAGTCAAGACTATTCAAATAATTATCTATTTTAAATCATAATGACCTTTTAT
* ** * *
16615097 TTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAGAATTATTCAAAATAAAATAATTTTGATTTATT
1 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAGAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAAT
** * * * *
16615162 AATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTGTTCAACCAGTTCAAATAGTC
66 AATATTTAAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTAGTCCAACCAGTTCAAATAGTC
* * * * * * *
16615227 ATGACTATTTAAACAATTATATATGTCAAATCATAATGATC-TTTAT
131 AAGACTATTCAAATAATTATCTATTTTAAATCATAATGACCTTTTAT
* * * * *
16615273 TTTGTCATACAACAATTGTTTCCT-TTCATACA-AGCTTATTCGAATTAAAATGATACTAATTTA
1 TTTGTCATAAAACAATTGTTT-CTGTTCATACAGA-ATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * *
16615336 ATAATATTTAAAAAATTTATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTAG-CCAAACTAGTTCAAATA
64 ATAATATTTAAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTAGTCC-AACCAGTTCAAATA
* *
16615400 GTTAAGACTA-TCAGAATAAATATCTATTTTAAATCAT
128 GTCAAGACTATTCA-AATAATTATCTATTTTAAATCAT
16615437 TATTATATAA
Statistics
Matches: 279, Mismatches: 52, Indels: 25
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Matches are distributed among these distances:
175 4 0.01
176 131 0.47
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179 1 0.00
181 20 0.07
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Consensus pattern (177 bp):
TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAGAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAAT
AATATTTAAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTAGTCCAACCAGTTCAAATAGTC
AAGACTATTCAAATAATTATCTATTTTAAATCATAATGACCTTTTAT
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Indices: 16615555--16615613 Score: 64
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16615545 GTTTATTTAC
* *
16615555 TATTATTAATATCTAATTAATATTA
1 TATTA-TAATATCTAATAAATAGTA
16615580 TAGTTATAATTATCTAATAAATTAGTA
1 TA-TTATAA-TATCTAATAAA-TAGTA
16615607 TATTATA
1 TATTATA
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Statistics
Matches: 29, Mismatches: 2, Indels: 5
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (24 bp):
TATTATAATATCTAATAAATAGTA
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16615597 TAAATTAGTA
16615607 TATTATAT
1 TATTATAT
16615615 GTATTATAT
1 -TATTATAT
16615624 TATATATAT
1 TAT-TATAT
*
16615633 TATTATAAA
1 TATTAT-AT
* *
16615642 AATAAACTAAT
1 TAT-TA-T-AT
16615653 TATTA-AT
1 TATTATAT
16615660 TATTATA-
1 TATTATAT
16615667 TATTATA-
1 TATTATAT
16615674 TATTATAT
1 TATTATAT
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1 TATTATAT
16615688 TATT-TAT
1 TATTATAT
16615695 T
1 T
16615696 TATAATAAAT
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 6, Indels: 18
0.73 0.07 0.20
Matches are distributed among these distances:
6 3 0.05
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TATTATAT
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Indices: 16615704--16615744 Score: 66
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16615694 TTTATAATAA
*
16615704 ATAATTAATA-TTAATTATATT
1 ATAATTAATAGATAATTATATT
16615725 ATAATTAATAGATAATTATA
1 ATAATTAATAGATAATTATA
16615745 ACTATAATAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
21 10 0.56
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ATAATTAATAGATAATTATATT
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Indices: 16616273--16616318 Score: 58
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16616263 GTAACTAACA
16616273 TTATAATATT-ATAT
1 TTATAATATTAATAT
16616287 TTATAATATTAATAT
1 TTATAATATTAATAT
*
16616302 TAATTAATTATTAATAT
1 TTA-TAA-TATTAATAT
16616319 AATAAGATAT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 1, Indels: 3
0.88 0.03 0.09
Matches are distributed among these distances:
14 10 0.36
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Consensus pattern (15 bp):
TTATAATATTAATAT
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Indices: 16616799--16617110 Score: 342
Period size: 160 Copynumber: 1.9 Consensus size: 160
16616789 TGCTTATTCA
*
16616799 AAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTAATAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTT-AAAAAATAAA
** * * * * *
16616864 TTTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTAAAATCATTA
65 TCAGTATACTGAAAC-AGTTAAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATCTAAAATCATTA
*
16616928 TGACCTTTTATTTT-ATCATAAAAGCTTGTCCC
129 TGAACTTTTATTTTGA-CATAAAAGCTTGTCCC
* * * ** * * * *
16616960 AAATAAAATAATATTACTTTAATAATATTTTAAAAATTGATAAGTTAA-AGATTTAAAACATAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTAATAACATTCAAAAAATTAATAAG-CAAGAAATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
16617024 TCAGTATATTGAATCAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAACATTTATCTATTTCAAATCATTAT
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*
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*
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* *
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AATAATTAGATTA
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*
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* **
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*
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* * *
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* *
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* * *
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*
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**
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* *
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* * *
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** * * ** * *
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* ** * * * * *
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* * * * *
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* * ** * * * *
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* * *
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* * *
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* * * *
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*** * **
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* * *
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* * *
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*
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* * *
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*
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* * *
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TAATAATTTAATTATGGATAAT
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*
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**
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*
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*
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*
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1 TAT
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* *
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*
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*
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*
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*
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* *
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* * *
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* ** * * *
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** ** * * *
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*
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*
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AAATTAATAATTA
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TTAATTTAATTA
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*
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* * * *
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*
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*
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*
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* *
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ATAATAAATAAATTAATAATGT
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* *
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* * *
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*
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*
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TAATTAATAATTAAATATA
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*
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16627780 TTACTATTTT
*
16627790 ATATAA-ATTATAATTAG
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*
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1 ATATAATA
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ATATAATATTATAATTAC
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16627799 ATAATTAGTT
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1 ATAATAATTA
16627817 ATAATACATATA
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1 ATAATAATTA
*
16627838 GTATATAATTA
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16627859 ATAATAATTA
1 ATAATAATTA
* *
16627869 ATTATAAGTA
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1 --ATAATAATTA
*
16627891 GTAATAAT
1 ATAATAAT
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16627800 TAATTAGTTA
*
16627810 TAATATT-ATAATACATATAATAATAA-TAGTAT-ATAATTAAG
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*
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16627892 TAATA
1 TAATA
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TAATATTAATAATAATTAATAATAAGTACTATAATAATTAG
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16627965 ATTTTATAAG
*
16627975 TAACAATTATACTTATTAATTGT-A
1 TAACAATTATA-TAATTAATT-TAA
*
16627999 TAACGATTAATATAATTAATTTAA
1 TAACAATT-ATATAATTAATTTAA
16628023 TAAACAATTA
1 T-AACAATTA
16628033 GTTTTAAATC
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 3, Indels: 6
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Matches are distributed among these distances:
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TAACAATTATATAATTAATTTAA
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16628153 AACTAGTATT
* * * * * *
16628163 GTAAATAGATTTATTTATTAAATCTT--TTGTTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTAT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTAATTATTAA-ATTTCATAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * * * *
16628225 TTTATTTCGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTACGATAAATCAAAAGGTTATAATG
65 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAGATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACG
* * * * * *
16628290 ATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTGAATTAATTCA
130 ATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCA
* * *
16628340 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTATCAATTATTAAATTTCATAATATTACTAGATTAGTATTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-T-AATTATTAAATTTCATAATATTAATAAATTAGTATTA
* * *
16628405 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAGATAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATTATAAC
64 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAGATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAC
* * * *
16628470 GA-TTGAAAATATATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTGATTC-
129 GATTTG-AAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCA
* * *
16628520 GATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTCA-AATATTAATAAATTAGTAT
1 G-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCT--TAATTATTAA-ATTTCATAATATTAATAAATTAGTAT
* * * *
16628584 TATTTTATTCTC-AAT-AGCCTGGCATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTC
62 TATTTTATT-TCGAATAAG-CTTGTATGAAGATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT-
* * * * *
16628646 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGGCCATAATTATTTGAATTGATT-T
124 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCA
** * * * * * *
16628701 GATAAATTGATTTATGTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTATAATATTAATAAAGTAATATT
1 G-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TAA-TTATTAAATTTCATAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * *
16628766 ATTTTATTTC-AGATAAGCTTTTATGAA-CTGAAAGAATTGTTTTATGATAAAATATAAGGTCAT
63 ATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAAGAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
* * * *
16628829 AACGATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCAAAAATATTTGAACTTG-TTCC
126 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTCA
* * * * * ** *
16628883 GTAAATAGATTTTTTTTTCTAATTTCTTACTTAAT-AATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATT
1 GTAAACAGATTTATTTTT-TAA-ATCTTAATTATTAAATTTCAT-AATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * *
16628947 ATTTTATTTCGAATAAGCATGTATG-AGTTGAAGCAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAA
63 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAGAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATA
* * *
16629011 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTTTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTCA
127 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCA
** * *
16629064 ACAAACAGATTTATTTTTCAAATCCTTACTTATTAA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-CTTAATTATTAA
16629100 TGTTTAGAAT
Statistics
Matches: 616, Mismatches: 114, Indels: 56
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
177 22 0.04
178 1 0.00
179 1 0.00
180 43 0.07
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182 25 0.04
183 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTAATTATTAAATTTCATAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAGATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGA
TTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCA
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16628182 AAATCTTTTG
* * * * * * **
16628192 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAACAAACTTATATGAACAAAAAC
1 TTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA-TAGCCTGTATGATGAAAAAC
* * * * * * *
16628257 ATTTGTTTTACGATAAATCAAAAGGTT-ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGCCTT
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGCCTT
* * * * * * *
16628321 AACTATTTGAATTAATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTATCAA-TTATTAAATTTCATA
129 AACTATTTGAATTGATTTAATAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCT-AACTTATTAATTTTTATA
* * * * *
16628385 ATATTACTAGATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAGATAAATAATTATTTTATG
192 ATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAGATAAAGAATTATTTTATG
* * * *
16628450 ACAAAACAAAAGATTATAACGATTGAAAATATATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAAC-
257 ACAAAACAAAAGATCATAACGATTGAAAATAGATAATTGTTCAAATAATCAAAAATATTTGAACT
16628514 TGATT-CGATAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCCTACTTA
322 TG-TTCCG-TAAACAAATTT-TTTTTTCAAATCTCCTACTTA
*
16628554 TTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTC-AATAGCCTGGCATGATGAAAAA
1 TTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAGCCT-GTATGATGAAAAA
* *
16628618 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGGCCAT
64 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGCCTT
* * ** *
16628683 AATTATTTGAATTGATTTGATAAATTGATTTATGTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTATAA
129 AACTATTTGAATTGATTTAATAAACAGATTTAT-TTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTATAA
* * *
16628748 TATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTC-AGATAAGCTTTTATGAA-CTGAAAGAATTGTTTTAT
193 TATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAAGAT-AAAGAATTATTTTAT
* * * * ** * *
16628811 GATAAAATATAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCAAAAATATTTGAAC
256 GACAAAACAAAAGATCATAACGATTGAAAATAGATAATTGTTCAAATAATCAAAAATATTTGAAC
* * * * *
16628876 TTGTTCCGTAAATAGATTTTTTTTTCTAATTTCTTACTTA
321 TTGTTCCGTAAACAAATTTTTTTTTCAAATCTCCTACTTA
* ** * *
16628916 ATAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCATGTATGAGTTG--AA
1 TTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT-AGCCTGTATGA--TGAAAA
* * * * * * * *
16628979 GCAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTTAATAGTCT
63 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGCCT
* * * * * *
16629044 TAACTATTTGAACTGATTCAACAAACAGATTTATTTTTCAAATC-CTTACTTATTAATGTTTAGA
128 TAACTATTTGAATTGATTTAATAAACAGATTTATTTTT-AAATCTCTAACTTATTAATTTTTATA
16629108 ATATTA
192 ATATTA
16629114 TTAATTTAGC
Statistics
Matches: 463, Mismatches: 82, Indels: 31
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
361 45 0.10
362 406 0.88
363 10 0.02
364 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (360 bp):
TTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAGCCTGTATGATGAAAAACA
ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGCCTTAA
CTATTTGAATTGATTTAATAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTATAATAT
TAATAAAGTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAGATAAAGAATTATTTTATGACAA
AACAAAAGATCATAACGATTGAAAATAGATAATTGTTCAAATAATCAAAAATATTTGAACTTGTT
CCGTAAACAAATTTTTTTTTCAAATCTCCTACTTA
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*
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*
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*
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*
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* *
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* * *
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* * *
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*
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* ** * * * * *
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* * * * *
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** *
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* * *
16640210 AAAACAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTTAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTG
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* * * * *
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66 AAAAATTAAT-A--A-GAGAT-TTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACAAATTCAAATAG-TTAA
* * * * * ** * * *
16640339 GAATATTTA-AACAATTATATATTT-AAAGTCGTTATGACCTTTCATTTTGTTA-T
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* * * * * * * * * * **
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** * * *
16640456 TGAAAATTAATAAGCAAGATTTTAAAAAACTAAAAT-TATTTTCCAAATC-AGTTCAAATAATTA
65 CAAAAATTAATAAG--AGA-TTTAAAAAA-T-AAATGTATTTACCAAA-CAAATTCAAATAGTTA
* * * * * ** * *
16640519 TGGCTATTTGAATAAATATC-ATCTCAAATTGTTTTGATC-TTTGTTT--TCTCA
124 AGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCACA
* * * *
16640570 TAAAATAATTATTT--ATGGTCATACAAGCTTATTTAG-ATAAAAATATTACTAATTTAATAATA
1 -AAAACAATTATTTCAAT--TCATATAAGCTTATTTAGAAT-AAAATAATACTAATTTAATAACA
* * *
16640632 TTTCAAAAATTAATAAAAGATTCAAAAAATAAATGTGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTAAGA
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* * * * *
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127 CTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCACA
** * * * * * * *
16640748 GTAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAAGAA-AAAAAAATACTAATTTATTAGCA-
1 AAAACAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTT---AGAATAAAATAATACTAATTTAATAACAT
* * * * * *
16640811 TTCAAAAAATTAATAATCATGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTGCCAAACAAGTTCGAATAAT
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* * * * * * * * * *
16640876 TACGGCTATTTGAACAATTAAT-TATTTAAAATAATTATGACCATTTGTTTTGTCA-T
122 TAAGACTATTAGAATAATT-ATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCACA
* * * * ** * * *
16640932 AAAACAATTGTTTTAGTTCATA-AACGTTTATAAAG-A-AAAATAATACTACTTTAGTAATATTT
1 AAAACAATTATTTCAATTCATATAA-GCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAACATTT
* * * * *
16640994 CAAAAATTAATAAGTAACTAATTTAAAAGAATAAAT-CAGTTTACGCAATC-AGTTCAAATAATT
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* * * * ** * *
16641057 ATAG-CCATTTGAACAACTATCTATTTCAAATTGTTATT-ACCTTTTGTTTTGTCA-T
123 A-AGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATT-TTGACCTTTTGTTTAGTCACA
* * * * *
16641112 AAAACAATTGTTTGTCAA--CATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACCAATTTATTAATAT
1 AAAACAATT-ATT-TCAATTCATATAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTAATAACAT
* * *
16641174 TTTAAGAATTAATAAGACATTTAAAAAAATAAAT
63 TTCAAAAATTAATAAGAGATTT-AAAAAATAAAT
16641208 CAGTTTATTG
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AAAACAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAACATTTC
AAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACAAATTCAAATAGTTAAGACTAT
TAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCACA
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16639974 ATTCATAACT
* * ** * * * * **
16639984 ATTTGAACAATTATTTAAATCAAATTGTTATGATCTTTATTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTTT
1 ATTTGAACAAATATCTATCTCAAATTGTTTTGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATCA
* * * * * *
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66 TCATACAAGCTTATTTAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGAT
* * * * * * *
16640114 TTAAAAAATAAATGTATTTGCCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGGCTAATTATCTATT
131 TAAAAAAATAAATGTATTTACCAAACAAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGGATAATTATCAATT
* * *
16640179 TCATATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCACAAAAACAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTTA
196 TCAAATCATTTTGACCTTTTCTTTAGTCACAAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTA
** **
16640244 GAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGCATGAGATATAAAAAAATAAA
261 GAATAAAAAAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCATGAGATATAAAAAAATAAA
* * * * **
16640309 TCTATTTATCAAACAAATTAAAATAGATTTGAATATTTAAACAATTATATATTTAAAGTCGTTAT
326 TATATTTACCAAACAAATTAAAATAGATTCGAATATTTAAACAATTATATATTTAAAATAATTAT
* * * * *
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391 GACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCAT-AAAACTTATATGAAAAAAAATAATA
* ** ** * * *
16640439 CTACTTTATTTGCATTTTGAAAATTAATAAGCAAGATTTTAAAA-AACTAAAATTA-TTTTC-CA
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* *
16640501 AATCAGTTCAAATAATTATGGCT
517 AATCAGTTCAAATAATTATAGCC
* * * * **
16640524 ATTTGAATAAATATC-ATCTCAAATTGTTTTGATCTTTGTTTTCTCATAAAATAATTATTTATGG
1 ATTTGAACAAATATCTATCTCAAATTGTTTTGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATCA
* *
16640588 TCATACAAGCTTATTTAGATAAAAATATTACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAAAGAT
66 TCATACAAGCTTATTTAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGAT
* *
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* *** * * *
16640718 TCAAATCATTTTGACTTTTTCTTTAGTCA-TGTAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTG
196 TCAAATCATTTTGACCTTTTCTTTAGTCACAAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTT-
* * *
16640782 GAAGAA-AAAAAAATACTAATTTATTAGCATTCAAAAAATTAATAATCATGAGATTTAAAAAAAT
260 --AGAATAAAAAAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCATGAGATATAAAAAAAT
* * * ** ** *
16640846 AAATATGTTTGCCAAACAAGTTCGAATA-ATTACGGCTATTTGAACAATTA-ATTATTTAAAATA
323 AAATATATTTACCAAACAAATTAAAATAGATT-CGAATATTTAAACAATTATA-TATTTAAAATA
* *
16640909 ATTATGACCATTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCAT-AAACGTT-TAT-AAAGAAA
386 ATTATGACC-TTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAC-TTATATGAAA-AAA
* * *
16640970 AATAATACTACTTTAGTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACTAATTTAAAAGAATAAATCAGTT
448 AATAATACTACTTTAGTAACATTTCAAAAATTAATAAGCAA-GAATTTAAAAGAATAAATCAGTT
16641035 TACGCAATCAGTTCAAATAATTATAGCC
512 TACGCAATCAGTTCAAATAATTATAGCC
* * * *
16641063 ATTTGAACAACTATCTATTTCAAATTGTTATT-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTGT
1 ATTTGAACAAATATCTATCTCAAATTGTT-TTGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTAT
* * * * * *
16641127 CAACATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTTAAGAATTAATAAGA
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*
16641191 CATTTAAAAAAATAAAT
128 GA-TTAAAAAAATAAAT
16641208 CAGTTTATTG
Statistics
Matches: 566, Mismatches: 101, Indels: 32
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Consensus pattern (539 bp):
ATTTGAACAAATATCTATCTCAAATTGTTTTGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATCA
TCATACAAGCTTATTTAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGAT
TAAAAAAATAAATGTATTTACCAAACAAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGGATAATTATCAATT
TCAAATCATTTTGACCTTTTCTTTAGTCACAAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTA
GAATAAAAAAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCATGAGATATAAAAAAATAAA
TATATTTACCAAACAAATTAAAATAGATTCGAATATTTAAACAATTATATATTTAAAATAATTAT
GACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAACTTATATGAAAAAAAATAATAC
TACTTTAGTAACATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAATTTAAAAGAATAAATCAGTTTACGCAATC
AGTTCAAATAATTATAGCC
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Indices: 16639982--16641304 Score: 526
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16639972 ATATTCATAA
* ** * * * *
16639982 CTATTTGAACAATTATTTAAATCAAATTGTTATGATC-TTTATTTTGTTATAAAACAATTGTTTC
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** * * ** * * * *
16640046 T-TTTCATATAAGCTTAT-TCATATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTAA
65 TGTAACATACAAGCTTATATGA-AAAAAAATAATACCAATTTAGTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * *
16640109 GAGATTT-AAAAAATAAATGTA-TTTGC-CGAA-CTAGTTCAAATAGTTAAG
129 GACATTTAAAAAAATAAAT-CAGTTTACGC-AATC-AGTTCAAATAATTATG
* * * ** * * * * *
16640157 ACTATTAG-GCTAATTATCTATTTCATATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCACAAAAACAATT-A
1 -CTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGT
* * * * * * * * *
16640220 TTT-CAATTCATATAAGCTTAT-TTAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTA
63 TTTGTAA--CATACAAGCTTATATGA-AAAAAAATAATACCAATTTAGTAATATTTCAAAAATTA
* * * *
16640283 ATAAG-CATGAGATATAAAAAAATAAATCTA-TTTA-TCAAACAAATTAAAATAGATT-TG
125 ATAAGACAT----T-TAAAAAAATAAATC-AGTTTACGCAATC-AGTTCAAATA-ATTATG
* * * * * ** * *
16640340 AATATTTAAACAATTATATATTT-AAAGTCGTTATGACCTTTCATTTTGTTATAAAATAATTGTT
1 -CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* ** * * * * * * * *** **
16640404 TCAGT-TTATAAAAACTTATATGAAATAAAATAATGCTACTTTATTTGCATTTTGAAAATTAATA
64 T-TGTAACATACAAGCTTATATGAAAAAAAATAATACCAATTTAGTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * *
16640468 AGCAAGATTTTAAAAAACTAAAATTA-TTTTC-CAAATCAGTTCAAATAATTATGG
128 AG--ACA-TTTAAAAAAAT-AAATCAGTTTACGC-AATCAGTTCAAATAATTAT-G
* * * * * * * * *
16640522 CTATTTGAATAAATATC-ATCTCAAATTGTTTTGATC-TTTGTTTTCTCATAAAATAATTATTTA
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-
* * * * *
16640585 TGGT--CATACAAGCTTAT-TTAGATAAAAATATTACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATA
65 T-GTAACATACAAGCTTATATGA-AAAAAAATAATACCAATTTAGTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * ** * * * *
16640647 AAAGA-TTCAAAAAATAAATGTGTTTAC-CAAACAAATTCAAATAGTTAAG
128 AGACATTTAAAAAAATAAATCAGTTTACGCAATC-AGTTCAAATAATTATG
* * * * ** * * * * * ** *
16640696 ACTATTAGGATAATTATCAATTTCAAATCATTTTGACTTTTTCTTTAGTCATGTAATAATTGTTT
1 -CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * * **
16640761 CAGT-TCATACAAGCTTATTTGGAAGAAAAAAAAATACTAATTTATTAGCA-TTCAAAAAATTAA
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* * * * *
16640824 TAATCATGAGATTTAAAAAAATAAAT-ATGTTTGC-CAAACAAGTTCGAATAATTACGG
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* ** * *
16640881 CTATTTGAACAATTAAT-TATTTAAAATAATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
1 CTATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
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1 ATAATAAATAG-T-TAATAAAATATAATATTATT
*
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*
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* * * * * **
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* * * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * **
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* **
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* * * * * **
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* * ***
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* * * *
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTC-
* * * * ** *
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64 GTTTACTAAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * ** * *
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129 CCTTTG-TTTATCATAAAACAATTGTTTC-GATCATACAAGCTTATTTGGAA
* * * *
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* ** * ** * ** *
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* ** * * * * * *
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* * * * *
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTT-AAAAAATAAATT
** * * * * * *
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* * * * ***
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* * * *
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATTC
* ** * * * * * **
16653648 GTTTATTGTA-CAAATTTAAATATTTATGACTATTTGAACAAATGTCTATTGAAAATCATTATGA
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* * * *
16653712 ACTTTTGTTTTATTATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTT-GAA
128 CCCTTTG-TTTATCATAAAACAATTGTTTC-GATCATACAAGCTTATTTGGAA
* ** * * * *
16653764 TTAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGTGATTGAAAAAGTGAATTT
1 -TAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTC
** * * * * * * *
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* * * * * *
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127 ACCCTTTGTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCGATCATACAAGCTTATTTGGAA
* * *
16653944 TAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTCG
* * * * *
16654009 TTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTGTATACTTCAAATCAATTTTTTT
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* * * * * * * * *
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** * * *
16654135 TAAAATAATACTAATACAATAATATTTCAAAAAGTAACTAAG--AG--ATTTAAAAAATAAATTT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAA-TAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTC
* * * * * * *
16654196 GGTTGCTGAA-CTAGTCCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
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* * * * * *
16654260 CCATTTATTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTCATACTAGCTTCA----GAA
128 CCCTTT-GTTTATCATAAAACAATTGTTTCGA-TCATACAAGCTT-ATTTGGAA
* * ** *
16654310 TAAAATAA-AATGGATTTTACCAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATT
1 TAAAATAATACT--AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATT
* * * *
16654373 ATGTTTACCAAA-CTAGTTCAAATAATTATGA-TATTT-----ATTATCCATTTCAAATCATTAT
63 -CGTTTACTAAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * * * * * * ***
16654431 GA-ACTTTCATTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCACAA
126 GACCCTTT--GTTTATCATAAAACAATTG-TTTCGATCATACAAGCTTATTTGGAA
*
16654486 TAAAATAATACTAATTTGTTAATATTTCAAAAA
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16654519 AATAAATCTT
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TTTGTTTATCATAAAACAATTGTTTCGATCATACAAGCTTATTTGGAA
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * * * * *
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* ** * ** ** * *
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* * * *
16652675 GAA-TAAATTAATATTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTTAAAAATTAA
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* * * * * * *
16652739 ATCTGTTTATTGAATAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATCATTT
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* * * * ** *
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* **
16652867 ATACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATTCGTTTACT
380 ATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATTCGTTTACT
* * * * * **
16652931 AAATCAGTTAAAATAATTATGACCATTTGAACGATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCCTTTGA
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* * *
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** *
16653027 AAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAGTAA-TT
1 AAGCATATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAA--AAGTT
* * * *
16653091 TAAAATATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATCT
64 TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAAT-T
* ** * * *
16653156 -CAAATTGTTAAG-ACCTTTGTTTTGTCATAAAGCAATCATTTCTGATCATAAAAGCTTATTTG-
128 GAAAATCATTAAGAACCTTTGTTTTATCATAAAACAATCATTTCAGATCATAAAAGCTTATTTGA
* * * *
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* * * * ** *
16653283 GTGCTTATAGAACTAGTTCAAATAGTTAAAACCATTACAATAATTATCTATTTCAAATTGTTCTA
257 CTGTTTATAGAA-TAGTTCAAATAGTTATAACCATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATA
* * * * *
16653348 ACTTTTTGCTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATATCTTGCAAGCTTATTTGGAATAAAATAATCC
321 AC-ATTTGATTAGTCATAAAA-ATTTGTTTCATATCTTACAAGATTATTTGGAATAAAATAATAC
* * * **
16653413 AAATTTCTTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAA-TCTGTTTACCGAA
384 TAATTTATTAACATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATTC-GTTTACTAAA
* * * *
16653477 TAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATTTATATAAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
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511 GACATAAAACAATTGTTTCAATTCATAA
* * *
16653570 AAGCATATCCAGAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGTTTT
1 AAGCATATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAAAG-TTT
* **** * * * *
16653635 AAAAAATAAATTTGTTTATTGTACAAATTTAAATATTTATGACTATTTGAACAAATGTCTATTGA
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* * * ** * *
16653700 AAATCATTATGAACTTTTGTTTTATTATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAT
130 AAATCATTAAGAACCTTTGTTTTATCATAAAACAATCATTTCAGATCATAAAAGCTTATTTGAAT
* * * * *
16653765 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGTGATTGAAAAAGTGAATTTG
195 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
** * *** * * *
16653830 TTTACCGAATTAGATT-AAATAATTATGGTCATTTTAATAGTTATCTATTTCAAATCATTATTAC
260 TTTATAGAA-TAG-TTCAAATAGTTATAACCATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC
* * * * *
16653894 CTTTGTTTAGTTATATAACAATTT-TTT--TGATCATACAAGATTATTTGAAATAAAATAATACT
323 ATTTGATTAGTCATA-AA-AATTTGTTTCAT-ATCTTACAAGATTATTTGGAATAAAATAATACT
* * * *
16653956 AATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCGTTTACTAAACCA
385 AATTTATTAA-CATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTCGTTTACTAAATCA
* *
16654021 GTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATT
449 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATT
16654051 GTATACTTCA
Statistics
Matches: 825, Mismatches: 169, Indels: 62
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (538 bp):
AAGCATATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAAAGTTTA
AAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATTGAA
AATCATTAAGAACCTTTGTTTTATCATAAAACAATCATTTCAGATCATAAAAGCTTATTTGAATT
AAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
TTATAGAATAGTTCAAATAGTTATAACCATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATT
TGATTAGTCATAAAAATTTGTTTCATATCTTACAAGATTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTA
TTAACATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTCGTTTACTAAATCAGTTCAAA
TAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATATAAAATCATTATGACCCTTTGATTTGACATAAAAC
AATTGTTTCAATTCATAA
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Indices: 16652498--16654033 Score: 1768
Period size: 724 Copynumber: 2.1 Consensus size: 723
16652488 ATATTCAGAT
* * * * * *
16652498 TAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATCAATAAGTAACAGATTT-AAAAAATAATTTT
1 TAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAAATCTG
* * * ** * *
16652562 TTTATCGAA-TCAATTCAAATAGTTAAGATTACTAGAACTATTATCTATTTTAAATCATTCTAAC
66 TTTATAGAACT-AGTTCAAATAGTTAAAACCACTACAACTATTATCTATTTCAAATCATTCTAAC
* * * **
16652626 CTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCACTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAATTAATATTA
130 CTTTTGCTTAGTCATAAAATAATTGTTTCACTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACAA
* * **
16652691 ATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTTAAAAATTAAATCTGTTTATTGAATAA
195 ATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAA
* * * * * *
16652756 GTTCAAATAGTTATTACTATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATCATTTTAACCATTTGATTTGTC
260 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATATAAAATCATTATAACCATTTGATTTGAC
* ** **
16652821 ATAAAACAATTGTTTCAATTAATATAAGTTTAGATGGAATAAAACAATACTAATTTATTAATATT
325 ATAAAACAATTGTTTCAATTAATAAAAGCATAGACAGAATAAAACAATACTAATTTATTAATATT
** * *
16652886 TCCTAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATTCGTTTACTAAATC-AGTTAAAATAATT
390 TCAAAAATTAATAAGCAA-AAGATTTAAAAAATAAATTCGTTTACTAAA-CAAATTAAAATAATT
* * * ** ** * *
16652949 ATGACCATTTGAACGATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCCTTTGATTTATCATAAAATAATTG
453 ATGACCATTTGAACAAATATCTATTGAAAATCATTATGAACCTTTGATTTATCATAAAACAATTG
* *
16653014 TTTTC-GATCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAA
518 -TTTCAGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAA
* *
16653078 TAAGCAAGTAATTTAAAATA-TAAATCTGTTTACCAAACCAG-TTCAAATAGTTATGACT-ATTT
582 TAAGCAAGTAATTGAAAA-AGTAAATCTGTTTACCAAACCAGATT-AAATAATTATG-CTCATTT
** *
16653140 GAACAATTATCAATCTCAAATTGTTAAGACCTTTGTTTTGTCATA-AAGCAATCATTTCTGATCA
644 GAACAATTATCAATCTCAAATCATTAAGACCTTTGTTTAGTCATATAA-CAAT-ATTTCTGATCA
* **
16653204 TAAAAGCTTATTTG-GT
707 TAAAAGATTATTTGAAA
* * *
16653220 TAAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAAATGT
1 T-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAAATCT
* * **
16653285 GCTTATAGAACTAGTTCAAATAGTTAAAACCATTACAA-TAATTATCTATTTCAAATTGTTCTAA
65 GTTTATAGAACTAGTTCAAATAGTTAAAACCACTACAACT-ATTATCTATTTCAAATCATTCTAA
* * * * * *
16653349 CTTTTTGCTTAGTCATAAAATATTTGTTTCA-TATCTTGCAAGCTTATTTGGAATAAAATAATCC
129 CCTTTTGCTTAGTCATAAAATAATTGTTTCACT-TCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATAC
*
16653413 AAATTTCTTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAA-AGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA
193 AAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA
* * * *
16653477 TAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATTTATATAAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
257 TAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATATAAAATCATTATAACCATTTGATTT
* ** * *
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322 GACATAAAACAATTGTTTCAATTAATAAAAGCATAGACAGAATAAAACAATACTAATTTATTAAT
* * * ** * *
16653607 ATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGTTTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGTACAAATTTAAATATT
387 ATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATTCGTTTACTAAACAAATTAAAATAAT
* * * * *
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452 TATGACCATTTGAACAAATATCTATTGAAAATCATTATGAACCTTTGATTTATCATAAAACAATT
* ** * *
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517 GTTTCAGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAA
* * * * * ** * *
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582 TAAGCAAGTAATTGAAAAAGTAAATCTGTTTACCAAACCAGATTAAATAATTATGCTCATTTGAA
* * * * ** * * * *
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16653932 GATTATTTGAAA
712 GATTATTTGAAA
* * * *
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*
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TTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAAG
TTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATATAAAATCATTATAACCATTTGATTTGACA
TAAAACAATTGTTTCAATTAATAAAAGCATAGACAGAATAAAACAATACTAATTTATTAATATTT
CAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATTCGTTTACTAAACAAATTAAAATAATTATG
ACCATTTGAACAAATATCTATTGAAAATCATTATGAACCTTTGATTTATCATAAAACAATTGTTT
CAGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAG
CAAGTAATTGAAAAAGTAAATCTGTTTACCAAACCAGATTAAATAATTATGCTCATTTGAACAAT
TATCAATCTCAAATCATTAAGACCTTTGTTTAGTCATATAACAATATTTCTGATCATAAAAGATT
ATTTGAAA
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1 AA
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* * * * *
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*
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* * *
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* * * * * *
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129 T
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TGGTAATTAATCTGTTTACTGAAAAG
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* * * * * * *
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* * * * *
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* ** **
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* * * *
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* * * *
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*
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TTCTATTCACACAAGCTCATTCAAAT
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* * * * * *
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* * * *
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** * * * *
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* * * * * **
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* * * * *
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* *
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* * * * ** *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * ** * *
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** * * * * *
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* * ** * ** ** * ** *
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* * ** *
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* ** * * * * * *
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* * * * * * * *
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* *** * *
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* * *
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* * * * ** * *
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* * ** * **
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* * * * *
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1 TGTTTA-CGAATAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * * *
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64 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTT--TCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA
* ** * * *
16656068 CTAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAATAAGTAGGAGGTTTAAAACATAAATT
127 CTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
* ** * * * ** *
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* * * *
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* * * * * * *
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128 TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
* * * * * * * * *
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1 TGTTT-ACGAATAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
** * * * * * * *
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64 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC--TTTCATA-CAAGCTTATTTAGAATAAAATAAT
* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
16656542 G-CCTTTTGTTTTATCATAAAACAAATGTAATT-GTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAAT
63 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT--TTCTTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAAT
* * * *
16656605 ATTAATTTATTAATATTTTTAAAATTAAGAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATT
126 ACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
* * * * ** *
16656659 TGTTTACTAA-ACTAGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATC
1 TGTTTACGAATA--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * ** * *
16656723 ACCATATGTTTTGTCATAAAAC-ATATGTTTCTTTCAT-TATGTCTTATTCGGAATAAAGTAATG
64 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCTTTCATACAAG-CTTATTTAGAATAAAATAATA
** * ** *
16656786 CTAGCTTATTAATATTATGAAAATTAATAAGTAACGGATTTAAAAAATGAATA
127 CTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
* * * * * *
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* * * *
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63 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-TTCATACAAGCTTATTTAGAATA-AA-ATAA
* * *
16656965 TTCTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATGAAACTA
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* * *** *
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* * * *
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* ** * * *
16657148 TAAATATATTAATATTCAGACAATT-A-AA--AATAGATTTAAAAAATAAATT
128 T-AATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
* * * * * * *
16657197 TGTTTACCGACTAAATTCAAATGGTTATGACTATTTAAACACTTATTTATTTCAAATCGTTATGA
1 TGTTTA-CGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * *
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Statistics
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CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAA
TTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
Found at i:16655402 original size:362 final size:359
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Indices: 16654691--16657150 Score: 875
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* * * * * * * *
16654691 TGAA-AAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTGAAATCACTATAACCTTTTT
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* * * * *
16654755 TTTTGTCATAAAATAATTTCTTCTGTTCATACTAGCTTATTTCAAATATAATAATATAAATTTAT
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* ** * *
16654820 TAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAAAATTAAAAAATAAATCTGTTTACGGAGTAAGTTTAAT
130 TAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAAAATTAAAAAAAAAATCTGTTTACGGAACAAGTTCAAA
* * ** * *
16654885 TTGTTATGACTATTTGGACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTCTTTTGTCATAAAAC
195 TAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGACTTTTTCTTTTGTCATAAAAC
* * * * * * ** *
16654950 AATTATTTCTTCTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATATTATAATTTATTAATATTTTGACAAT
260 AATTAGTTCTTCTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATAATTCATTAAAATGTCAAAAAT
*
16655015 TAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATATG-TTG
325 TAACAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATATGTTTG
* *
16655049 TCGAACAAGTTCAAATAGTCATGAATATTTGAATAATTATCGCTTTCAAATCATTGTGACCTTTT
1 T-GAACAAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAATAATTATC-CTTTCAAATCATTATGACCTTTT
* *
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* * * * *
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* * *
16655238 AAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATTTATTTCAAAATATTATGACTTTTTGTTTTT
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* * *
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*
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* * *
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* ** * ** ** ** **
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* * * * * * * *
16655536 AATTTATTACTATTTCAA-A-AATTGATAAGT-----ATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCAGAC
123 AATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAAAATTAAAAAAAAAATCTGTTT-ACGGAA
* * * * * * *
16655594 CAA-TTCAAATAGTTAAGACTAT-TAGAACAATTATTTCTTTC--AATCATTTTCAC-CTTTGTT
185 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTA-AACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGACTTTTTCTT
* * * * * * * * * * *
16655654 TAGTTATAAAATAATT-GTT-TTAGTTGATTCATGCTTATTCA-AA-ATAATAATACAATTTATT
248 TTGTCATAAAACAATTAGTTCTT--CTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATAATTCATT
* * * * *
16655715 AACAT-TCAAAAAAATTAATAAGCAAGAA-A-TAAAAAAATAAATATGTTTAC
311 AAAATGTC--AAAAATTAACAAGTAA-AATATTTAAAAAATAAATATGTTT-G
** * * * *
16655765 CAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCCATTTAAAATCATTATGACCTTTTT
1 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAATAATTATCC-TTTCAAATCATTATGACC-TTTT
* * * * ** * * * * *
16655830 ATTTTATCATAAAACAATTGT-TTCAATTCATAAAAGCTTA-TCCAAATTAAAAAAAAATTACTT
64 GTTTTCTAATAAAACAATT-TCTTCAGTTCATACTAGCTTATTTCAAA-TAAAATAATATAAATT
* * ** * * *
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* * * *
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188 GTTCAAATAGTTATGA-CTATCTA-AACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATG-ACTTTTTCTTT
* * * * * * * * *
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249 TGTCATAAAACAATTAGTTCTTC-TCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-TAATTCATTA
* * * ** ** * * *
16656079 ATATTTC-AAAATTAATAAGTAGGAGGTTTAAAACATAAATTTGTTTA
312 AAATGTCAAAAATTAACAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATATGTTTG
* * * * * * ** *
16656126 TCGTACCAGTTCAAATTGTTATGACTATTTGAACAATCATAT-ATTTCAAATTGTTATAACCTTT
1 T-GAACAAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAATAAT--TATCCTTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * * *
16656190 TGTTATGTCATAAAACAATTAT-TTCTA-TTCATA-TAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACT-A
63 TGTTTTCTAATAAAACAATT-TCTTC-AGTTCATACT-AGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAA
* * ** * * * * * * * * * * **
16656251 ATATAGTAATATTCTGAAAAATAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTC-AAATTA
124 ATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAAAATTAAAAAAAAAATCTGTTT-ACGGAACAA
* * * * * * * *
16656315 GTTCAAATAGTTA-AAGTTATATGAACAATTCTTTATTTC-AAATCGTTATGA-TATTTTGTTTT
188 GTTCAAATAGTTATGA-CTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGACT-TTTTCTTTT
* * ** * * * * * *
16656377 GTCGTAAAACTATTTTTTCAATT-T-TTAGTAA-CTTATTTGGAATAAAATAAAACAAATTTATT
250 GTCATAAAACAATTAGTTC--TTCTCATA-CAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-TAATTCATT
* * * * * ** * * **
16656439 AATATTTGAAAAATTAATAAG--AGAT-TGAAAAAAATAATTCTACTTG
311 AAAATGTCAAAAATTAACAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATATGTTTG
* * * * * * * * *
16656485 TTGAACTAGTTCACATAGTTATGACTATTTTAAAAAGTATCTATTTTAAATCATTTTG-CCTTTT
1 -TGAACAAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAATAATTATC-CTTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * ** *
16656549 GTTTTATCATAAAACAAATGTAATT--GTTCATA-TAAG-TT-TGTTCAAAATAAAATAATATTA
64 GTTTTCTAATAAAAC-AAT-TTCTTCAGTTCATACT-AGCTTAT-TTC-AAATAAAATAATATAA
*** * * * * * * ** *
16656609 ATTTATTAATATTTTTAAAATTAAGAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAG
124 ATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAAAATTAAAAAAAAAATCTGTTTACGGAACAAG
* * * * * * * * ** * *
16656674 TTCAATTAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATCACCATATGTTTTGTCA
189 TTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGACTTTTTCTTTTGTCA
* * ** * * * *
16656739 TAAAAC-A-TATGTTTCTT-TCAT-TATGTCTTATTCGGAATAAAGTAATGCTAGCTT-ATTAAT
254 TAAAACAATTA-G-TTCTTCTCATACAAG-CTTATTTAGAATAAAATAAT-ATA-ATTCATTAAA
* *** * *
16656799 AT-T-ATGAAAATTAATAAGTAACGGATTTAAAAAATGAATATGTTGG
314 ATGTCA--AAAATTAACAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATATGTTTG
** * * * * * *
16656845 CTTCACTAA-TGCAAATAGTTATGATTGTTTTAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
1 -TGAAC-AAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAATAATTATC-CTTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * * * * * * * *
16656909 TGTTTTATCACAGAATAATTGT-TTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAACAACATAAT-TCTAA
63 TGTTTTCTAATAAAACAATT-TCTTC-AGTTCATACTAGCTTATTTCAAATAAAATAATAT-AAA
* * * * *
16656971 TTTATTAATATTTTAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATGAAA-CTATTTACCGAAC
125 TTTATTAATA--TTAAGACAATTAATAAGTAAAAAAATTAAAAAAA--AAATCTGTTTACGGAAC
* * * * ** * * *
16657033 AAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTG
186 AAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGACTTTTTCTTTTG
* ** * *
16657098 TAATAAAACAATTTTTTCTAT-TCATATAAGCTTATTTCA-AAT-AAATTATATAA
251 TCATAAAACAATTAGTTCT-TCTCATACAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATATAA
16657151 ATATATTAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (359 bp):
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TTTCTAATAAAACAATTTCTTCAGTTCATACTAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATT
AATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAAAATTAAAAAAAAAATCTGTTTACGGAACAAGTTCAAAT
AGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGACTTTTTCTTTTGTCATAAAACA
ATTAGTTCTTCTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATAATTCATTAAAATGTCAAAAATT
AACAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATATGTTTG
Found at i:16656555 original size:538 final size:532
Alignment explanation
Indices: 16654718--16657310 Score: 1355
Period size: 538 Copynumber: 4.8 Consensus size: 532
16654708 TATGACTATT
* * * * * * * * **
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* * * * * *
16654782 CATACTAGCTTATTTCAAATATAATAATATAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAA
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* * ** * ** * * * * * *
16654845 AAAAATT--AAAAAAT-AAATCTGTTTACGGAGTAAGTTTAATTTGTTATGACTATTTGGACAAT
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* * * * *
16654907 TATCTATTTCAAAT-TGTTATGACTTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTTC-TCATACAA
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* * * * * * * *
16654970 GCTTATTTAGATTAAAATATTATAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAATATTTAAA
250 GCTTATTCAAAATAAAATAATATAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAA-AAGT-AGA-GTTTAAA
* * * * * * ***
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311 AAATAAATTTGTT-TACGTACAAGTTCAAATTGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA
** * * * * * *
16655099 TCATTGTGACCTTTTGTTTTCTAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGTTTATTTGAAATAA
375 TTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-TTTCATATAAGTTTATTTGAAATAA
* * * * *
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439 AATAATACTAGA-TT-AGTAATATTATGAAAAATAATA-ACTAACG-G-ATTTAAAAAATA-AAT
* ** * * * *
16655225 TTGTT-TATCGAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATC
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* * * * * * * *
16655261 TAAACAATTATTTATTTCAAAAT-ATTATGACTTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGGTTCTATT
1 TGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACATTTTGTTTTATCACAAAATAATTGTTTCAATT
* * * * * * * * *
16655325 -ATTGCAAG-TTAATTTTG-AATAAAATAATATAAATTCATTAAAATGTCAAAAATTAACAAGTA
65 CA-TACAAGCTT-A-TTTGAAACAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTGAAAAATT-ATAAGTA
* * * * *** * * **
16655387 A-AAATT-TAGAAAAT-AAA-TATGTTTTGTGAACACA-TTCAAATAGTTATAACTCTTTGAACT
126 AGAGATTGAAAAAAATGAAACTA--CTTACCGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAA
* * * * * ** * ** * *
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188 AGTATCTATTTCAAATC-TT-TTGCCTTTTGTTTTATCATAAAACAATGTTTTTC-A-TCATATA
** * * * *
16655511 AAATTATTCAGAATAAAATAATACCAATTTATTACTATTTCAAAAATTGATAAGT--A-TTTAAA
249 AGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTC-AAAATT-AAAAGTAGAGTTTAAA
* * * * * *
16655573 AAATAAATATGTTTGTCAG-ACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATTTCTTTC-
311 AAATAAATTTGTTT-AC-GTA-CAAGTTCAAATTGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCA
** * * * * * * * * * *
16655635 AATCATTTTCACC-TTTGTTTAGTTATAAAATAATTGTTT-TAGTTGAT-TCATGCTTA-TTCAA
373 AATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCT--TTCATAT-AAGTTTATTTGAA
* * * * * * *
16655696 A-ATAATAATAC-A-ATTTATTAACATTCA-AAAAAATTAATAAGC-AA-GAAATAAAAAAATAA
435 ATAAAATAATACTAGA-TTAGTAATATT-ATGAAAAA-TAATAA-CTAACGGATTTAAAAAATAA
** * * * * *
16655755 ATATGTTTAC-CAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
496 ATATGTTGGCTC-ACTAA-TGCAAATAGTTAAGATTATA
* * * * * *
16655793 TGAACAATTATCCATTTAAAATCATTATGACCTTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTATCACAAAATAATTGTTTCAATT
* ** * * ** * * *
16655858 CATAAAAGCTTA-TCCAAATTAAAAAAAAATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAG
65 CATACAAGCTTATTTGAAA-CAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTGAAAAATT-ATAAGTAAG
* * * * * * *
16655922 CA-ATT-TAAAAAAT-AAA-TCAGTTTATCGAATC-AGTTCAAATAATTAT-AGCAATTAGAACA
128 -AGATTGAAAAAAATGAAACT-A-CTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAAAA
* * * * *
16655981 ATTATCTATTTCAAATCTTTATGAACTTTTGTTTTATCAGAAAATAATTGTTTTTCATCATACAA
188 AGTATCTATTTCAAATCTTT-TG-CCTTTTGTTTTATCATAAAACAA-TGTTTTTCATCATATAA
* *
16656046 ACCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGTAGGAGGTTTAAA
250 GCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAATTAA-AAGTA-GA-GTTTAAA
* * * *
16656111 ACATAAATTTGTTTATCGTACCAGTTCAAATTGTTATGACTATTTGAACAATCATATATTTCAAA
311 AAATAAATTTGTTTA-CGTACAAGTTCAAATTGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA
*
16656176 TTGTTATAACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATATAAGTTTATTTGAAATAA
375 TTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCT-TTCATATAAGTTTATTTGAAATAA
* *
16656241 AATAATACTA-ATATAGTAATATTCTGAAAAATAATAACTAA-GAGATTTAAAAAATAAATTTGT
439 AATAATACTAGAT-TAGTAATATTATGAAAAATAATAACTAACG-GATTTAAAAAATAAATATGT
* * * *
16656304 TTG-TCAAATTAGTTCAAATAGTTAA-AGTTATA
502 TGGCTC--ACTAATGCAAATAGTTAAGA-TTATA
* * * * * ** *
16656336 TGAACAATTCTTTATTTCAAATCGTTATGATATTTTGTTTTGTCGTAAAACT-ATTTTTTCAATT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCACAAAA-TAATTGTTTCAATT
** * * *
16656400 TTTAGTAA-CTTATTTGGAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTGAAAAA-T-TAA-TAAGA
65 CATA-CAAGCTTATTTGAAACAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTGAAAAATTATAAGTAAGA
* *** * * *
16656461 GATTGAAAAAAAT-AATTCTACTTGTTGAACTAGTTCACATAGTTATGACTATTTTAAAAAGTAT
129 GATTGAAAAAAATGAA-ACTACTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAAGTAT
* ** ** * *
16656525 CTATTTTAAATCATTTTGCCTTTTGTTTTATCATAAAACAAATGTAATTGTTCATATAAGTTTGT
193 CTATTTCAAATC-TTTTGCCTTTTGTTTTATCATAAAAC-AATGTTTTTCATCATATAAGCTTAT
* *
16656590 TCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTTAAAATTAAGAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
256 TCAAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAA-AAGT-AGAG-TTTAAAAAATA
* *
16656655 AATTTGTTTAC-TAAACTAGTTC-AATTAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTG
316 AATTTGTTTACGT--ACAAGTTCAAATT-GTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTG
* * * * * * * *
16656718 TTATCACCATATGTTTTGTCATAAAAC-ATATGTTTCTTTCAT-TATGTCTTATTCGGAATAAAG
378 TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TATTTCTTTCATATAAGT-TTATTTGAAATAAAA
* * * * * *
16656781 TAATGCTAGCTTATTAATATTATGAAAATTAATAAGTAACGGATTTAAAAAATGAATATGTTGGC
441 TAATACTAGATTAGTAATATTATGAAAAATAATAACTAACGGATTTAAAAAATAAATATGTTGGC
* * *
16656846 TTCACTAATGCAAATAGTTATGATTGTT
506 -TCACTAATGCAAATAGTTAAGATTATA
* * * *
16656874 TTAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCACAGAATAATTGTTTCTATTC
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCACAAAATAATTGTTTCAATTC
* ** * *
16656939 ATACAAGCTTATTTGAAACAACATAATTCTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAG
66 ATACAAGCTTATTTGAAACAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTGAAAAATT-ATAAGTAAGAG
* * * * *
16657004 ATTTAAAAAAATGAAACTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCT
130 ATTGAAAAAAATGAAACTACTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAAGTATCT
* ** * *
16657069 ATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAAT-TTTTTCTATTCATATAAGCTTAT
195 ATTTCAAA-T-CTTTTGCCTTTTGTTTTATCATAAAACAATGTTTTTC-A-TCATATAAGCTTA-
* * *
16657133 TTC-AAAT-AAATTATATAAATATATTAATA-TTCAGACAATTAAAAATAGA-TTTAAAAAATAA
255 TTCAAAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTTCA-A-AATTAAAAGTAGAGTTTAAAAAATAA
* * * * *
16657194 ATTTGTTTACCG-ACTAAATTCAAATGGTTATGACTATTTAAACACTTATTTATTTCAAATCGTT
317 ATTTGTTTA-CGTAC-AAGTTCAAATTGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTT
* * * *
16657258 ATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCTTCATACAAGTTTATTT
380 ATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCT-TTCATATAAGTTTATTT
16657311 ATATTAAACT
Statistics
Matches: 1603, Mismatches: 328, Indels: 242
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
531 7 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (532 bp):
TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCACAAAATAATTGTTTCAATTC
ATACAAGCTTATTTGAAACAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTGAAAAATTATAAGTAAGAGA
TTGAAAAAAATGAAACTACTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAAGTATCTA
TTTCAAATCTTTTGCCTTTTGTTTTATCATAAAACAATGTTTTTCATCATATAAGCTTATTCAAA
ATAAAATAATATAATTTATTAATATTTCAAAATTAAAAGTAGAGTTTAAAAAATAAATTTGTTTA
CGTACAAGTTCAAATTGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTG
TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTTTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAGATTAGT
AATATTATGAAAAATAATAACTAACGGATTTAAAAAATAAATATGTTGGCTCACTAATGCAAATA
GTTAAGATTATA
Found at i:16657809 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 16657327--16657809 Score: 462
Period size: 181 Copynumber: 2.7 Consensus size: 181
16657317 AACTAAATAT
* * * * * *
16657327 GTTTAC-CAAACAAGTTCAAATAATCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAA
1 GTTTACTC-AACAAGCTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATTA
* ** *** * *
16657391 CCTTTTATTTCATCATAAAACAATTGTATTAGTTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
65 CCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTATTTCATCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* **
16657456 AATTTATTAATATTCAAAAAATTAATGAGTAAGAGATTAAAAAAACGAATTT
130 AATTTATTAATATTCAAAAAATTAATGAGTAAGAGATTAAAAAAACAAATCA
* * * * * * *
16657508 GTTTACTGAACAAGTTTAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTAACTATTTAAAATCT-TTATTA
1 GTTTACTCAACAAGCTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-TATTATTA
* * **
16657572 ACTTTTGC-TTTGTCATAAAACAA-TG-GTTTCATTTCATAAAATTTTATTCAAAATAAAATAAT
65 CCTTTT-CTTTTGTCATAAAACAATTGTATTTCA--TCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
* ** * *
16657634 ACTACTTTATTAATATTTC-AAAAATTGTTGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCA
127 ACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATGAGTAAGAGATTAAAAAAACAAATCA
*
16657689 GTTTA-TCAATTC-AGCTCAAATAATTATGGACT-TTTGAACAATTATCTTTTTCAAATTATTAT
1 GTTTACTCAA--CAAGCTCAAATAATTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTAT
* * * * **
16657751 TACCTTTTCTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAA
63 TACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTATTTCATCATAAAAGCTTATTCAAAATAAA
16657810 TCATTATTAA
Statistics
Matches: 241, Mismatches: 48, Indels: 26
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
179 2 0.01
180 7 0.03
181 218 0.90
182 9 0.04
183 5 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
GTTTACTCAACAAGCTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATTAC
CTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTATTTCATCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
ATTTATTAATATTCAAAAAATTAATGAGTAAGAGATTAAAAAAACAAATCA
Found at i:16658183 original size:176 final size:176
Alignment explanation
Indices: 16657842--16658456 Score: 497
Period size: 176 Copynumber: 3.4 Consensus size: 176
16657832 CATATTTTAA
* * * * * * * * *
16657842 CATACTAGCTTATTTGA-AATAAAAGAATACTAATTTATTAATATTTCAAGATTTA-TATGAGAT
1 CATACAAGATTATTTGAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTTGAAAATTAACTAAGAGAT
* * * * * *
16657905 TCAAAAAATAAA-TCTATTTACTGAATCAGTTTAAATAGTTATAGCTATTTGAATAATTATCTAT
66 TTAAAAAATAAATTCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTAT
* * *
16657969 TTCAAATTATCATAACTTTTTTTTCTATCATAAAACAATTATTTCTATT
131 TTC-AATTATTATACCTTTTGTTT-TATCAT-AAACAATTATTTCTATT
* *
16658018 CATATAAGATTATTTGA-AATAAAATAATACTAAATTAATAATATTCTGAAAATTCA-TAAGAGA
1 CATACAAGATTATTTGAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATATT-TGAAAATTAACTAAGAGA
* * *
16658081 TTTAAAAAATAAATTCGT-TTGT-C-GAACCAGTTCAAATAATTAAAACTATATGAAGAATTATC
65 TTTAAAAAATAAATTC-TATT-TACTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATC
* *
16658143 TATTTCAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATGAAACAATTATTTC-AGCT
128 TATTTCAATTATTAT-ACCTTTTGTTTTATCAT-AAACAATTATTTCTA-TT
* * * * * * *
16658194 CATCCAA-ATT-TATTCATAATAAAATGAA-ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTA
1 CATACAAGATTAT-TTGAGAATAAAAT-AATACTAAATTAATAATATTT-GAAAA--T-TAACTA
* * * *
16658256 AGAGATTTAAAAAAT-AATTCTATTTACTAAACTAATTCAAAAAATTATAACTATTTGAACAATT
60 AGAGATTTAAAAAATAAATTCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATT
* * * * * * *
16658320 ATTTATTTTAAATCATTATAACCTTTTGTCTTGTCATAGAACAAGTATTTTTATT
125 ATCTA-TTTCAATTATTAT-ACCTTTTGTTTTATCATA-AACAATTATTTCTATT
* *
16658375 CATACAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATACT-AATATAATAATATTCTGACTGTTAA-TAACTA
1 CATACAAGATTATTTGAGAATAAAATAATACTAAAT-TAATAATATT-TGA----AAATTAACTA
16658437 AGAGATTTAAAAAATAAATT
60 AGAGATTTAAAAAATAAATT
16658457 TGTTTGTCAC
Statistics
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183 1 0.00
185 2 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (176 bp):
CATACAAGATTATTTGAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTTGAAAATTAACTAAGAGAT
TTAAAAAATAAATTCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTAT
TTCAATTATTATACCTTTTGTTTTATCATAAACAATTATTTCTATT
Found at i:16658441 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 16657900--16658453 Score: 483
Period size: 181 Copynumber: 3.1 Consensus size: 179
16657890 AGATTTATAT
* * * * * *
16657900 GAGATTCAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-TCAGTTTAAATAGTTATAGCTATTTGAATAATTA
1 GAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACTGAACT-AGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTA
* * * * * *
16657964 TCTATTTCAAATTATCATAA-CTTTTTTTTCTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATATAAGAT
65 TCTATTTTAAATTATTATAACCTTTTGTTT-TATCATAGAACAATTATTTTTATTCATACAAGAT
* *
16658028 TATTT-GAAATAAAATAATACTAA-ATTAATAATATTCTGA--AAAT-TCATAA
129 TATTTAG-AATAAAATAATACTAATA-TAATAATATTCTGATTTAATAAC-TAA
* * * *
16658077 GAGATTTAAAAAATAAATTCGT-TTGT-C-GAACCAGTTCAAATAATTAAAACTATATGAAGAAT
1 GAGATTTAAAAAAT-AATTC-TATT-TACTGAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAAT
* * * * * *
16658139 TATCTA-TTTCAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCAT-GAAACAATTA-TTTCAGCTCATCCAA
63 TATCTATTTTAAATTATTATAACCTTTTGTTTTATCATAG-AACAATTATTTTTA-TTCATACAA
* * * * ** *
16658201 -ATTTATTCATAATAAAATGAA-ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTT-ATAAGTAA
126 GA-TTATTTAGAATAAAAT-AATACTAATATAATAATA-TTC--TGATTTAATAACTAA
* * *
16658257 GAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACTAAACTAATTCAAAAAATTATAACTATTTGAACAATTAT
1 GAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACTGAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTAT
* * * * * *
16658322 TTATTTTAAATCATTATAACCTTTTGTCTTGTCATAGAACAAGTATTTTTATTCATACAAGCTTA
66 CTATTTTAAATTATTATAACCTTTTGTTTTATCATAGAACAATTATTTTTATTCATACAAGATTA
16658387 TTTAGAATAAAATAATACTAATATAATAATATTCTGACTGTTAATAACTAA
131 TTTAGAATAAAATAATACTAATATAATAATATTCTGA-T-TTAATAACTAA
16658438 GAGATTTAAAAAATAA
1 GAGATTTAAAAAATAA
16658454 ATTTGTTTGT
Statistics
Matches: 293, Mismatches: 56, Indels: 52
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
GAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACTGAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTAT
CTATTTTAAATTATTATAACCTTTTGTTTTATCATAGAACAATTATTTTTATTCATACAAGATTA
TTTAGAATAAAATAATACTAATATAATAATATTCTGATTTAATAACTAA
Found at i:16658716 original size:21 final size:23
Alignment explanation
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Period size: 25 Copynumber: 1.9 Consensus size: 23
16658657 TCGTTATTAG
*
16658667 CATAAAACAAATGTTTTTGTTTTGT
1 CATAAAACAAATGTCTTTG--TTGT
16658692 CATAAAACAAATGTCTTTGTT
1 CATAAAACAAATGTCTTTGTT
16658713 CATATAAGTT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (23 bp):
CATAAAACAAATGTCTTTGTTGT
Found at i:16659263 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 16658681--16659266 Score: 579
Period size: 181 Copynumber: 3.2 Consensus size: 178
16658671 AAACAAATGT
* ** * * *
16658681 TTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTCTTTGTTCATATAAGTTTATTTGGAATAAAATAATAT-TA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCATTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAATAAT-TCTA
* * *
16658745 ATTTATTAATATTTGAAAATTAAAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAA-
63 ATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCAAA-CAAG
* * * *
16658809 TTCAATTAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCCAATCGTTATAACC
127 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACC
* * * * ** *
16658861 ATTTGTTTTGTCATAAAACGATTGTTTC-TGTAAGTA-AAGTTTTATTTGAAATAAAGTTGTACT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT-TCA-TACAAG-CTTATTTGAAATAAA-TAATTCT
* * * ** ** *
16658924 AATTTATGAATATTTTAAAAATTAATAAATAACGA-ATTTAAAAAATGTATTTGTTGGCCTGACC
62 AATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCAAACA
* * * *
16658988 AGTACAAACAGTTATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACC
125 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACC
* * * ** *
16659042 TTTTGATTTGTCACAAAACAATTGTTTGTATTTGTACAAGCTTATTTGTAATAACATAATTCTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-CATTCATACAAGCTTATTTGAAATAA-ATAATTCTAA
* * * *
16659107 TTTATTAATATTCCAAAAATTATTAAGTAGGAGATTTAAAAAATGAATATGTTTACCAAACAAGT
64 TTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCAAACAAGT
* * * * *
16659172 TCAAATAGTTATGACTATTTCAACAATTATGTATTTCAAATTGCTATAATC
128 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACC
*
16659223 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCCATTCATACAAGCTTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-CATTCATACAAGCTTA
16659267 CTTCAAATCT
Statistics
Matches: 324, Mismatches: 68, Indels: 27
0.77 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
178 1 0.00
179 10 0.03
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183 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAATAATTCTAATT
TATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCAAACAAGTTCA
AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACC
Found at i:16659381 original size:120 final size:119
Alignment explanation
Indices: 16659168--16659393 Score: 303
Period size: 120 Copynumber: 1.9 Consensus size: 119
16659158 TTTACCAAAC
**
16659168 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTCAACAATTATGTATTTCAAATTGCTATAATCTTTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTCAACAATTATGTATTTCAAATCACTATAATCTTTTGTTTTG
16659233 TCATAAAACAATTTTTTCCATTCATACAAGCTTACTTCAAATCTATTTATTGAAT
66 TCATAAAACAATTTTTTCCATTCATACAAGCTTA-TTCAAATCTATTTATTGAAT
* * * * * * *
16659288 AAGTTTAAATAGTTATGACTTTTTGAACAATTCTTTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTTGTTTT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTCAACAATTATGTATTTCAAATCACTATAATC-TTTTGTTTT
* **
16659352 GTTATAAAACAATTGTTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCAAAT
65 GTCATAAAACAATT-TTTTCCATTCATACAAGCTTATTCAAAT
16659394 TAAAATAATA
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 12, Indels: 5
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
119 8 0.09
120 80 0.87
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ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.08, T:0.46
Consensus pattern (119 bp):
AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTCAACAATTATGTATTTCAAATCACTATAATCTTTTGTTTTG
TCATAAAACAATTTTTTCCATTCATACAAGCTTATTCAAATCTATTTATTGAAT
Found at i:16659540 original size:301 final size:301
Alignment explanation
Indices: 16658997--16659546 Score: 721
Period size: 301 Copynumber: 1.8 Consensus size: 301
16658987 CAGTACAAAC
* *
16658997 AGTTATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGATTTGTCACAAAACA
1 AGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGATTTGTCACAAAACA
** ** *
16659062 ATTGTTTGTATTTGTACAAGCTTATTTGTAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAAT
66 ATTGTTTGTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAAT
** ** * * *
16659127 TATTAAGTAGGAGATTTAAAAAATGAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
131 TAAGAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATAACTATTT
* * **
16659192 CAACAATTATGTATTTCAAATTGCTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCCATTCA
196 AAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAATCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTTTTTCCATTCA
16659257 TACAAGCTTACTTCAAATCTATTTATTGAATAAGTTTAAAT
261 TACAAGCTTACTTCAAATCTATTTATTGAATAAGTTTAAAT
* * * * * * * *
16659298 AGTTATGACTTTTTGAACAATTCTTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAACA
1 AGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGATTTGTCACAAAACA
* * * *
16659363 ATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATTAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTCAACA
66 ATTGTTTGTATTCATACAAGCTTATTTCAAA-TAAAATAAT-TCTAATTTATTAATATTCCAAAA
* *
16659426 ATTAAGAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAAGTTCAAATGGTAATAACTA
129 ATTAAGAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAAC-AAGTTCAAATAGTAATAACTA
* * *
16659491 TTTAAATAATTATCTATTTCAAA-TGTTAT-GTCCTTTTGTTTCATCATAAAACAATT
193 TTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAAT-CTTTTGTTTCATCATAAAACAATT
16659547 GTATTAGTTC
Statistics
Matches: 210, Mismatches: 35, Indels: 8
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
300 5 0.02
301 166 0.79
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ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (301 bp):
AGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGATTTGTCACAAAACA
ATTGTTTGTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAAT
TAAGAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATAACTATTT
AAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAATCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTTTTTCCATTCA
TACAAGCTTACTTCAAATCTATTTATTGAATAAGTTTAAAT
Found at i:16659545 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 16659284--16660864 Score: 1559
Period size: 181 Copynumber: 8.8 Consensus size: 181
16659274 TCTATTTATT
* * * * * *
16659284 GAATAAGTTTAAATAGTTATGACTTTTTGAACAATTCTTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGT
1 GAATAAGTTCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * *
16659349 TTTGTTATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATATTAATTTATT
66 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * *
16659414 AATATTTCAACAATTAAGAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACC
131 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACC
* * * * * * *
16659465 GAACAAAGTTCAAATGGTAATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAAT-GTTATGTCCTTTTG
1 GAA-TAAGTTCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
** * * * *
16659529 TTTCATCATAAAACAATTG-TATTAGTTCATACAGGCTTATTCAAAATAAAATAAAAACTAACTT
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT-AATACTAATTT
* * * *
16659593 ATTAATAATTCAAAAATTAATGAGTAAGAGGTTTAAAAAA-AGAAT-TCATTTACC
128 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-AATAT-GTTTACC
* * * * *
16659647 GAATAAGTTTAAATAGTTATGATTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
1 GAATAAGTTCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * *
16659712 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGC-TATTCCAAATAAAATAATA-TAAATTTAC
66 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTAT
* * *
16659775 TAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAAT-T-TATTATC
130 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGT-TTACC
* * * * *
16659825 TAA-ACACGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTT
1 GAATA-A-GTTCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * *
16659889 GTTTTATAAT-AAACTAATCGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TCTAAAATAAAATAATACTAATT
64 GTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATT
* * * *
16659952 TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTAAAAAAATAAATATGTTTACT
127 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACC
* * * **
16660007 GAATAAGCTAAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATTTTTTG
1 GAATAAGTTCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTG
* *
16660071 TTTTGGCAT-AAACAATTGTTTTTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * *
16660135 TAATA-TTCTACATATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACC
130 TAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACC
* * * * * * ** * *
16660188 TAACAAGTTCTAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTGTGACCATTTGT
1 GAATAAGTTCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * **
16660253 TTTGTCGTAAAACAGTTGTTTCTATTCATA-AAAATTATTCAAAAT-AAATAATACTAATTTATT
66 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
*
16660316 AATATTTCAAAAA-T--T-AGTAAGAGA-TTAAAAAACTAAATCTGTTTACC
131 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-TAAATATGTTTACC
* * * ** * * * *
16660363 AAACCAA-TTTAAATAGTTGTGACTATTTGAACAATTAT-TATCTCAAATCGTTATGATC-TTTA
1 GAA-TAAGTTCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * *
16660425 TTTTGTCATAGAATAATTGTTTCTT-TTTATATAAGCTTATTCGAATTAAAATAATACTAATTTA
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * *
16660489 ATAATA-TTCTAAACATTAATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAAATAAGTTTGCT
129 TTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACC
* ** * * * * * *
16660542 AAACCAGTTCAAATAGT-TTAGATTATTAGTACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGATCTTTTG
1 GAATAAGTTCAAATAGTAAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* ** * * *
16660606 TTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATATTACTAATTTAT
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * *
16660671 TAATA-CTCAAAAAATGAATAAATAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACT
130 TAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACC
* * *
16660724 TAATAAGTTCAAATAG-ATATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTATTATGACCTTTTG
1 GAATAAGTTCAAATAGTA-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * *
16660788 TTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTAGTTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTT
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
16660852 TTAATATTTCAAA
129 TTAATATTTCAAA
16660865 TAAGAGATAT
Statistics
Matches: 1153, Mismatches: 199, Indels: 95
0.80 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
173 26 0.02
174 37 0.03
175 67 0.06
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177 3 0.00
178 15 0.01
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180 197 0.17
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
GAATAAGTTCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACC
Found at i:16659869 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 16659837--16659869 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
16659827 AACACGTTCA
16659837 AATAATTATGACTATTTG
1 AATAATTAT-ACTATTTG
16659855 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
16659870 CAAATCATTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.06, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTG
Found at i:16660052 original size:360 final size:362
Alignment explanation
Indices: 16659271--16660864 Score: 1646
Period size: 360 Copynumber: 4.4 Consensus size: 362
16659261 AGCTTACTTC
* * * *
16659271 AAATCTATTTATTGAATAAGTTTAAATAGTTATGACTTTTTGAACAATTCTTTATTTCAAATCAT
1 AAATCTGTTTACTGAATAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCAT
* * * *
16659336 TATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
* * * *
16659401 ATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAAGAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGT-TTA-C
131 ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAAT-T-TATTATC
** * * * * * * *
16659464 CGAACAAAGTTCAAATGGTAATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAAT-GTTATGTCC-TTT
193 TAAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTT
* * * * *
16659527 TGTTTCATCATAAAACAATTGTAT-TAGTTCATACAGGCTTATTCAAAATAAAATAAAAACTAAC
257 TGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT-AATACTAAT
* * * *
16659591 TTATTAATAATT-CAAAAATTAATGAGTAAGAGGTTTAAAAAAAG
320 TTATTAAT-ATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTAAAAAAAT
* * * * * * *
16659635 AATTC-ATTTACCGAATAAGTTTAAATAGTTATGATTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
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*
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66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
*
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* * *
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* *
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* * * *
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** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * ** *
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* * * **
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* * *
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** * * * *
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1 AAATCTGTTTACTGAA-TAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCA
* * * * * * * * *
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* * * * * *
16660477 AATACTAATTTAATAATATTCTAAACATTAATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAAA-TAAGTT-TG
130 AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATTTA-TTAT-
* * * * * *
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192 CTAAACAAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATT
* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* *
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* * *
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Statistics
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ATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTAAAAAAAT
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* * * ** *
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* ** * *
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* * * * *
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* **
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* * * * *
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* *
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*
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ATTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAG
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*
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* * * * *
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TTATTACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAACCATAAAAGATTATTTGAAATAAAAT
TG
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Statistics
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AATAATTATACTATTTG
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* * ** * *
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* * * ** **
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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*** * * * *
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* ** ** * * * * **
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** * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * *
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* ** * *
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* * * * * *
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* *
16662595 CAA----TTG-T--TAC-AGTCTTATTCAGAATAATGTAATACTAATTTAT
130 CAATTTTTTGTTCATACAAGT-TTTTTCAGAATAA-ATAATACTAATTTAT
* * * ** * ** * * *
16662638 TAATGTTCTAAAAATTAATAAGTAATG-GATTTAGAAAATGTATTTATTGGCCTAACCAATGCAA
1 TAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAA
* * * *
16662702 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAACCATTATGACCTTTT-TTTTGTCACAAAA
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** * * *
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** * * * * ** *
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1 TAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAA
* * *** *
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*
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16662983 AATCTGTTTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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174 3 0.00
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AATTTTTTGTTCATACAAGTTTTTTCAGAATAAATAATACTAATTTAT
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* *
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* * * *
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1 CAAACTTGCCTATTAAGAATCCCTCTCCTCTTAGAATTCTTCTCCTGCAAGT
* * * * **
16663669 CAAACTTACCTATTAAGAAT-CCTATTTCTCTTGGAATTCTTCTTTTGCAAGT
1 CAAACTTGCCTATTAAGAATCCCT-CTCCTCTTAGAATTCTTCTCCTGCAAGT
16663721 C
1 C
16663722 TTCTTGTCCA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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CAAACTTGCCTATTAAGAATCCCTCTCCTCTTAGAATTCTTCTCCTGCAAGT
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16663736 GCAATATCTG
*
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* * * **
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** * * * * * * * *
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** * *
16663984 CTTTT-TTGTCATCATAAAACAATTGTCTCAGTTCATATAGGTTTATTCAAAA
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* * * * * * * *
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* *
16664101 TTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATC
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* * * * * **
16664166 TTTTTGTTTT-TGCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAAGCTTATTGTAAA
128 CTTTTGTTTTGT-CATAAAACAATTGTCTCAGTTCATAAAAGTTTATTCAAAA
* * *
16664218 TAAAATAATA-TAAATTTACTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAGTTTTAAAAAATAAATCTA
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* *
16664282 TTTTCTGAACACA-TTCAAATAGTGATGACTATTTGAAA-AATTATTTATTTCAAATTGTTATGA
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* ** * * * *
16664345 CCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTCTTTGTACATAAAAGTTTGTTTAGAA
127 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTCTCAGTTCATAAAAGTTTATTCAAAA
* * *
16664398 TAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAGTTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAA-TTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAAATCTA
* *** * * * * * *
16664463 TTTATTGAGTGAGTTTAAATAGTTATAACTATTTTAATAATTATTTATTTCACATTGTTATGATC
64 TTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACC
* *
16664528 TTTTGTTTTGTCATGAAACAATAGTGTCT-A-TTCATAAAAGTTTATTCGAAA
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* *
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* * * * * ** *
16664644 TTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATTTATTTCAAATCATTATGACA
64 TTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACC
* * * * * * * *
16664709 TTTTGTTTTATCGTAAAATAATTATTTC--TATCATACAAA-ATTATTTAGAA
129 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTCTCAGT-TCATA-AAAGTTTATTCAAAA
* * *
16664759 TAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-T--AGATTTAAAAACTAAATCTAT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* * * * * ** * * *
16664821 TTA-TCAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCAATCTCAAATCAG-TATGAT
65 TTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAAT-TGTTATGAC
* * * * * *
16664884 C-TTTGTTTTGTTATAGAAA-AATTGTTTCTA-TTTATACAAA-CTTATTCAGAG
128 CTTTTGTTTTGTCATA-AAACAATTGTCTC-AGTTCATA-AAAGTTTATTCAAAA
* * ** * * * *
16664935 TAAAATATTGCTAAACTAATAGTATTCTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * * * *
16665000 TTT-GTCGAGCCAGTTCAAATAGTTAAGACT-TTTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTAA
64 TTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA
* * * * * * * ** * *
16665063 CCTTTCGTATAGTCATAAAATAATTATTTCAATTCATGCATGCTTATTCAAAA
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* * * ** * * *
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1 A-AAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAA--AAAATAAATTTGTT--TA---CTGAACAAGTT-CAA
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1 A-AAAAT-TAATAAGTAAGAGATTTA--AA-A--AATAAATTTGTTTACTGAACAAG-TTCAAAT
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58 AGTCATGACTAT-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-GACCT-TTTG--T--TT-TGTC
* * ** * ** *** * * ** * *
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* *
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* ** * * * * * *
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1 AAAAATTAA-TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG---TTTACTGA--AC--AAGTTCAAAT
* *** * * * * * * ** * *
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58 AGTCATGACTATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAA
* ** * * ** * * ** * *
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121 CAATTGTTTCTATTCA-TACAAGC---TTA-TTCAAAATAAAATAA-TA-CTAATTTAT-TAA--
*
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176 TAATTC
* * * ** * * *
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1 AAAAATT--AATAAGTA-AGAGATTTAA-AA-A-AT--AAATTTGTTTACTGAACAAG-TTCAAA
* * * * * * * * * ** *
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57 TAGTCATGACTAT-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCG-TTATGACCT-TTTG---TTTTGTCA
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170 TA-TT--AAT-AATTC
* * * * *
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1 AA-A--AA-TTAATA--AGT-AAGAGATT--T---AAA-AAA---T---AAAT---T-TGTTTAC
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43 TGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
* **
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108 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTAT-TCAAAATAAAATAATACTAATTT
* *
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171 ATTAATAATTC
* * * * ** * * * *
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1 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTCATG
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65 A-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
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128 TTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTC
* * ** *
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1 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTGAAC-AAGTTCAAATAGTCAT
* * * *
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* * * * * * *
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128 TTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATAATTC
* * * ** * *
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1 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGA
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* * * * * * * * *
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* * ** * * * * ** * *
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1 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATG
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* * * ** * *
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1 AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAG-TCAT
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64 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
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129 TCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATT-C
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1 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTC-AT
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64 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * *
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* * * *
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1 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGA
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65 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
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130 CTATTCATACAAGCTTATTCA-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTC
* * * * * * *
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64 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * *** **
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129 TCTAT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTC
* * * * *
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1 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGA
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66 CTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * *
16674146 TCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT-ATCTAATAAT-ATTGC
129 TCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATT-C
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16674198 AAAAATTAATAACAAAGAGAATTAAAAAATAAATTTATTTGCCAAACTAGTTTAAATATTTAAGA
1 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGA
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16674263 CTATATGAACAATTATTTATTTTAAACCTTTATGACCTTTGGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTC
66 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * *** * * * *
16674328 AATTCACACTATCTTATTTGGAATAGAATAA-AATGAATTTATTAGTATTTC
131 TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAATTC
* * * * *
16674379 AAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAAT-AATTCTATTTACCT-AACCAGTTGAAATAATTAT
1 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTCAT
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64 GA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * * *** * *
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* * * * *
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1 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTCATG
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65 ACTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * *
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* * * ** * * * *
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1 AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTCAT
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64 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * *
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129 TCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAATTC
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1 AAAAATTAATAAGTAAGAGATT-TAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATG
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65 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* *
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* * * * * * *
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1 AA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTCA
* * * * *
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* * *** * * *
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* * * *
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1 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTCATG
* * * * * * * *
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65 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * **
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130 CTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATT-C
* * * * * * * *
16675442 AAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATCTATTTATTGAACATGTTCAAATAGTTATGA
1 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGA
* * *
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66 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTT
* *
16675572 -TGTTCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATA-TAAATTTATTAAT-ATTCC
130 CTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAATT-C
* * * * * * *
16675623 ATAAAATTAAGAAGTAA-A-A-ATAAAAAA-AAATTTATTTTCTAAATACA-TTCAAATAGTTAT
1 A-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACA-AGTTCAAATAGTCAT
* * * * * *
16675683 AACTATTTGAACAATTATCTGTTTTAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAACCAATTGTT
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* * * * * *
16675748 TTTGTTCATAAAAGCTTACTC--GA-AAAA-AATACTAATTTAGT-A-AATTCC
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* * * * *** * *
16675796 AAAAATTAATAAGTAAAAGATCTAAAAAATAAATCTATTTA-TCGAGTGAGTTCAAATAGTTATT
1 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTCATG
* * * * ** *
16675860 ACT-TTTTAAGCAATTATTTATTTTAAATCATTATGATGTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTT
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* ** *
16675924 TCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTTATTTATTAAT-ATTC
129 TCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTC
** * * *
16675976 TAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TAAATCAAGTTCAAATATTCAT
1 -AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * *
16676040 GTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTG
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** * *
16676105 TCTATTCATACAAAATTATTCATAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
129 TCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTC
* * * ** * **
16676158 AAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTCAAAACTGAATTTGTTTA-TCGAATTAGTTTAAATAGTTGTG
1 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTCATG
* * * * * *
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* * * *** * * * * *
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* * * * *
16676328 TAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTT-GTCGAACCAGTTCAAATAGTTAA
1 -AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * * *
16676388 GACTATTAGAACAATTATCTATTTTAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGACATAAAATAATTGTT
64 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * ** * *
16676453 TCAATTCATACATGCTTATTTGAAATAAAATTATACTAATTTATTAA-CATTC
129 TCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTC
* * * * * *
16676505 AAAAAATTAATAAATAAGAAATTTTAAAAAATAAATTTATTGACTGAAAAAGTTCAAATAGTTAT
1 -AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCAT
* * * *** *
16676570 GATTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCTTTTG-TTTATCATAAAACAATTGTT
64 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * * * * *
16676634 TCAATTCATAAAAACTTATTCGAAATAAAATAATATTACTTTATTAACATTTT
129 TCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTC
* * ** * * * *
16676687 TAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTA-TCAA-ATCGATTCAAATAATTAT
1 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACA-AG-TTCAAATAGTCAT
* * * * *
16676750 GACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTATT
64 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * ** * *
16676815 TTTCATT-ATACAAGCCTATT-GGAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTTC
129 TCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTC
** ** * *
16676867 AAAAATT-ACGA-T-TTA-A---AAAAAATAAATTTGTTTAC-CATACCAGTTC-------C-T-
1 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGA-ACAAGTTCAAATAGTCATG
* * * * * * * *
16676915 A-TA--TAAACAATTACCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTATTATAAAATAATTGTTT
65 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * *
16676977 -TAGTTCATATAAACTTATTTAGAATAAAATAATACTGATTTAATAAT-ATTCC
130 CTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATT-C
* * *** * ** * * *
16677029 AAAAATTAATGACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCATTTGCTGAAGTAGTTTAAATAAT-TTAG
1 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCAT-G
* * *
16677093 ACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTC-TTATAACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAATTGTT
65 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * *
16677157 TCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT-TTAGTAGTCC
129 TCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTC
* ** * * ** * * *
16677209 AAAAATTTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAATGTATCTATTTACTGAATTAGTTCAAAAAATTATG
1 AAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATG
* * * * * * *
16677274 -GTCATGTCG-ACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACGTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGT
65 ACT-AT-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * *
16677337 TTTTGA-TCATATAAGTTTATTCATAATAAAATAATACTAATTTATTAATCATTC
128 TTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTC
* * ** * * *
16677391 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATTAGTTCGAATAGTTATAA
1 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGA
* * * * * * * *
16677456 CTATTTGAATAATTGTGTACTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTT
66 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * *
16677521 TGTTTATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAAT-ATTCC
131 TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATT-C
* * ** * * * *
16677572 AAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAAATAAATTTGTTTA-TCGAATTAGTTTAAATATTTAA
1 AAAAATTAATAAGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * * *
16677636 GACTATATAAACAATTATCTACTTCAAATCATTATGACATTTTATTTTATCATAAAA-AAAT-TT
64 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* ** *** * * *
16677699 TCAATTCATACTTGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTT
129 TCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAATTC
* * * * *
16677752 GAAAATTATTAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTATTTAC----C-AGTTCAAATAAT-ATA
1 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATG
* * *
16677810 ACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
65 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
16677869 ACATTTTTGC
Statistics
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Consensus pattern (181 bp):
AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGA
CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTC
Found at i:16665813 original size:357 final size:354
Alignment explanation
Indices: 16665310--16666506 Score: 1136
Period size: 357 Copynumber: 3.3 Consensus size: 354
16665300 AATAAGCAGA
** ** *
16665310 AGATTTAAAAATTTAAATTTGTTTA-TCGAACGGGTTCAAAAAGTTAAT-ACTATTTGAACAATT
1 AGATTTAAAAA--TAAATTTGTTTACTAAAACAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATT
* * * * * *
16665373 AT-TCATTTCAAATAGTTATGATCTTTTCTTTTGTCACAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGT
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* * * * *
16665437 TTATTCAAAATAGAATAATACTAATTTGTTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAA
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* * ** *
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* * * * * * *
16665567 CATTATGACCTTCTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTCTTTATGCAAAATTATCCAAAATAAA
253 CGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAA
* *
16665632 ATAATACTGATCTATTAATAATTCAAAAATTAATAAG
318 ATAATACTAATTTATTAATAATTCAAAAATTAATAAG
*
16665669 AGATTTAAAAACTAAATTTGTTTACTAAAAC-AGTTTAAATAGTTATGACTATTT-AAGCAATTA
1 AGATTTAAAAA-TAAATTTGTTTACTAAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTA
* *
16665732 TCTATCTCAAATTGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTT
64 TCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTT
* * * * *
16665796 ATTCAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCACAAATTAAAAAGTAAGAGATTTAAAAAA
129 ATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * *
16665861 TAAATTTATTTGT-TGAACCAGTTCAAATAGTAAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATC
194 TAAA--TATTT-TCTGAA-CAGTTCAAATAGTCAAG-CCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * * *
16665925 GTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATACAACAATTATTT-TAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAA
254 GTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAACTTATTCAAAATAAA
* * **
16665989 ATAATACTAATTTATTAACACTAAAAAAATTAATGAGTAAG
318 ATAATACTAATTTATTAATAATTCAAAAATT-A--A-TAAG
* ** * ** * ** * *
16666030 AGATTTAAAAAAAAAACCTATTTAC-CGAACAAATTTGAATAGATT-TGACTATTTAAACGATTA
1 AGATTT-AAAAATAAATTTGTTTACTAAAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * *
16666093 TCTATTT-AAAGTCGTTATGACCTTTTGTTTTCTCATAAAGCATTTGTTTCAATTT-ATATAAAC
64 TCTATTTCAAA-TCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TTTTCATACAAGC
* * *
16666156 TTA-TCAAGAATAAAATAATACT-ATTTTTTAATATT-TCAAAAATTAATAAGCAATAGATTTAA
127 TTATTC-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * * * *
16666218 AAACTAAAGTTATTTTCTGAATCAGTTCAAATAGTCATGACATTTGAACAAATATCAATCTCAAA
190 AAAATAAA--TATTTTCTGAA-CAGTTCAAATAGTCAAGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * *
16666283 TCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTCATACAACCTTATTTAAAATAA
252 TCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATTCAAAATAA
*
16666348 AATAATACTAATTTATT--TATTTCAAAAATTAATAAG
317 AATAATACTAATTTATTAATAATTCAAAAATTAATAAG
* * *
16666384 TAAAAGATTTAAAAATAAATTTGTTTACCAAAGCAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAAT
1 ----AGATTTAAAAATAAATTTGTTTACTAAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * *
16666449 TATTTATTTCAAATCATTATGAT-TTTTGTTTTGTCGTGAAACAATTGTTT-TTATTCAT
62 TATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTT-TTCAT
16666507 TTGGAATATT
Statistics
Matches: 679, Mismatches: 126, Indels: 68
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
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363 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (354 bp):
AGATTTAAAAATAAATTTGTTTACTAAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
TATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTAT
TCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
AATATTTTCTGAACAGTTCAAATAGTCAAGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
CCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACT
AATTTATTAATAATTCAAAAATTAATAAG
Found at i:16666478 original size:538 final size:536
Alignment explanation
Indices: 16665293--16666506 Score: 1334
Period size: 538 Copynumber: 2.3 Consensus size: 536
16665283 ATGCTTATCG
* * * ** * *
16665293 AAAAGTTAATAAGCAGAAGATTTAAAAATTTAAATTTGTTTATCGAACGGGTTCAAAAAGTTAAT
1 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA--TAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTAAG
* * * * *
16665358 ACTATTTGAACAATTATTCATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTCTTTTGTCACAAAATAATTGTT
64 ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCA-TTATGAT-TTTTGTTTAGTCACAAAACAATTATT
* * * * * **
16665422 TCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAGAATAATACTAATTTGTTAATATTCTAAAAATTAATAG
127 TCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACACTAAAAAAATTAATAG
* * * * * * * * **
16665487 GTAGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAATCACGTCCATTTGAACTT
192 GTAAGAGATTTAAAAAAAAAACATATTTACCGAACAAATTCAAATAATCACGACCATTTAAACGA
* ** *
16665552 TTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTCTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTCTTTATGCAAA
257 TTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTCTATTTTCTCATAAAACAATTGTTTCAATTTATACAAA
16665617 ATTATCCAAAATAAAATAATACTGATCTATTAATAATTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACT
322 ATTATCCAAAATAAAATAATACTGATCTATTAATAATTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACT
* * * * * * *
16665682 AAATTTGTTTACTAAAACAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAGCAATTATCTATCTCAAATTGT
387 AAAGTTATTTACTAAAACAGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAGCAAATATCAATCTCAAATCGT
* * * * * *
16665747 TATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAA
452 TATGACCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAACCTTATTCAAAATAAAATAA
16665812 TACTAATTTAATAATATTCC
517 TACTAATTTAATAATATTCC
* * * * * * * *
16665832 ACAAATTAAAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGTTGAACCAGTTCAAATAGTAAAGA
1 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTAAGA
* * * * * * * *
16665897 CTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATACAACAATTATTT-
65 CTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGA-TTTTTGTTTAGTCACAAAACAATTATTTC
*
16665961 TAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACACTAAAAAAATTAAT-GA
129 TA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACACTAAAAAAATTAATAG-
* ** ** *
16666025 GTAAGAGATTTAAAAAAAAAACCTATTTACCGAACAAATTTGAATAGAT-TTGACTATTTAAACG
192 GTAAGAGATTTAAAAAAAAAACATATTTACCGAACAAATTCAAATA-ATCACGACCATTTAAACG
* * * * * * *
16666089 ATTATCTATTTAAAGTCGTTATGACCTTTTGTTTTCTCATAAAGCATTTGTTTCAATTTATATAA
256 ATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTCTATTTTCTCATAAAACAATTGTTTCAATTTATACAA
* * * *
16666154 ACTTAT-CAAGAATAAAATAATACT-ATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAATAGATTTA
321 AATTATCCAA-AATAAAATAATACTGATCTATTAATAATTCAAAAATTAATAAG----AGATTTA
* * *
16666217 AAAACTAAAGTTATTTTCTGAATCAGTTCAAATAGTCATGAC-ATTTGAA-CAAATATCAATCTC
381 AAAACTAAAGTTATTTACTAAAACAGTTCAAATAGTCATGACTATTT-AAGCAAATATCAATCTC
* *
16666280 AAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTCATACAACCTTATTTAAAA
445 AAATCGTTATGACC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAACCTTATTCAAAA
* *
16666345 TAAAATAATACTAATTT-AT-TTATTTC
509 TAAAATAATACTAATTTAATAATATTCC
* *
16666371 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATTTGTTTACCAAAGCAAGTTCAAATAGTTATA-
1 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATTTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTA-AG
* *** * *
16666435 ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATTTTTGTTTTGTCGTGAAACAATTGTTTT
64 ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATTTTTGTTTAGTCACAAAACAATTATTTC
16666500 TATTCAT
129 TATTCAT
16666507 TTGGAATATT
Statistics
Matches: 552, Mismatches: 107, Indels: 33
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
537 31 0.06
538 290 0.53
539 91 0.16
540 36 0.07
541 104 0.19
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (536 bp):
AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTAAGAC
TATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATTTTTGTTTAGTCACAAAACAATTATTTCTA
TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACACTAAAAAAATTAATAGGTAA
GAGATTTAAAAAAAAAACATATTTACCGAACAAATTCAAATAATCACGACCATTTAAACGATTAT
CTATTTAAAATCATTATGACCTTCTATTTTCTCATAAAACAATTGTTTCAATTTATACAAAATTA
TCCAAAATAAAATAATACTGATCTATTAATAATTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAAG
TTATTTACTAAAACAGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAGCAAATATCAATCTCAAATCGTTATG
ACCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAACCTTATTCAAAATAAAATAATACT
AATTTAATAATATTCC
Found at i:16667830 original size:363 final size:362
Alignment explanation
Indices: 16667196--16670335 Score: 908
Period size: 355 Copynumber: 8.7 Consensus size: 362
16667186 GCCATTCGAA
* *
16667196 CAATTATCTATTTCAAATCATTATAAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGCTTTTCATCATAC
1 CAATTATCTATTTCAAATCATTATAAACTTTCGTTTTATCATAAAACAATTGATTTTCATCATAC
* * * * ** * *
16667261 AAGCCTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATAAGTAGGAGATTT
66 AAGCCTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACACTAAAAAAACTAATAAGTAAGAAATTT
* * * * *
16667326 AAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATATATTTC
131 AAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAATTAGGACTATTTGAACAATTATATATTTC
** * * * * * *
16667391 AAATTGTTATAGCCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGTATATTCATAA
196 AAATCATTATAGCCATTTATTTTATCATAAAACAATTATTTATGTTCATAAAACTATATCCAAAA
*
16667456 TAAAATAATACTAAGCTAAAAATATTAT-GAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAACAATAGACTT
261 TAAAATAATACTAAGCTAAAAATATT-TCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAACAATAGACTT
16667520 GTTTACTAAATCAGTTCAAATTGTTAAGACGATTAAAG
325 GTTTACTAAATCAGTTCAAATTGTTAAGACGATTAAAG
* * * *
16667558 CAATTATCTATTTCAAATCATT-TTAACATTTCGTTTTGTCATAACATAATT-A-TTTCTATTCA
1 CAATTATCTATTTCAAATCATTATAAAC-TTTCGTTTTATCATAAAACAATTGATTTTC-A-TCA
** * *
16667620 TACAAGTGTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACACTAAAAAAATTAATGAGTAAGAAA
63 TACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACACTAAAAAAACTAATAAGTAAGAAA
* * *
16667685 TTTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGCTT-GAATAGATT-GGACTATTTGAACAATTATT
128 -TTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAG-TTCAAATA-ATTAGGACTATTTGAACAATTATA
* * *
16667748 TATTT-AAAGTCATTATGGCCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAACT-
190 TATTTCAAA-TCATTATAGCCATTTATTTTATCATAAAACAATTATTTAT-GTTCAT-AAAACTA
*** ** *
16667810 TATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAA
252 TATCCAAAATAAAATAATACTAAGCTAAAAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAC
* * * * ** * * * **
16667875 AATA-AATTAGTTTACCAAATCAATTTAAATAATTATGGCCATT-TGG
316 AATAGACTT-GTTTACTAAATCAGTTCAAATTGTTAAGACGATTAAAG
* * * * * * * * * *
16667921 ATAATTATCTATTTCAAGTTAATATTATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTTTCAACATA
1 -CAATTATCTATTTCAAATCATTATAAACTTTCGTTTTATCATAAAACAATTGATTTTCATCATA
* * * * * ** * *
16667986 CAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATAGTAATTGATTAACATTTCAAGAATTAATAAGT--G--AT
65 CAAGCCTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAACACTAAAAAAACTAATAAGTAAGAAAT
* * * * *
16668046 TTAAAAAATAAATTTATTTATTGAACTAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
129 TTAAAAAATAAATCTATTTACTGAAC-AAGTTCAAATAATTAGGACTATTTGAACAATTATATAT
** * ** * * * * * * *
16668110 TTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTCTACCATAAAACAATT-GTT-T-CT-ATACAAGCT-TATTC
193 TTCAAATCATTATAGCCATTTATTTTATCATAAAACAATTATTTATGTTCATA-AAACTATATCC
** * ** ** * * *
16668170 GGAATAAAATAATGCTAATTTAGTAATA-TTCTAAAAATTAATAATTAAGAAATTTAAAAAATA-
257 AAAATAAAATAATACTAAGCTAAAAATATTTC-AAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAACAATAG
* * * * * ** *
16668233 AATTAATTTGCCAAACCAGTTCAAACAGTTAAGAC-TTTATGAA-
321 ACTT-GTTTACTAAATCAGTTCAAATTGTTAAGACGATTA--AAG
* * ** * * * *
16668276 CAATTATTTATTTTAAATTGTTAT-GAC---C-TTTTGTCATGAAACAATT-ACTTT-AGCTCAT
1 CAATTATCTATTTCAAATCATTATAAACTTTCGTTTTATCATAAAACAATTGATTTTCA--TCAT
* * ** ** * * * ** * * *
16668334 ATAAGCTTATTTGGAATGGAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGAT
64 ACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACACTAAAAAAACTAATAAGTAAGAAAT
* * ** * * ** *
16668399 TTAGAAAATAATTCTATTTTTTGAGCTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGACCAATTA-ACTAT
129 TTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAATTAGGACTATTTGAACAATTATA-TAT
* * * * * * * * * *
16668463 TTCAAATTATTATTA-CTTC-TTGA-TTTGTCATATAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGT-TCG
193 TTCAAATCATTA-TAGC--CATTTATTTTATCATAAAACAATTATTTATGTTCATAAAACTAT-A
*** ** * *
16668524 TTTGAAATAAAATAATACT--GCTTTATTAATATTT-AGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAA-
254 TCCAAAATAAAATAATACTAAGC--TAAAAATATTTCA-AAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAC
* * * * * * * ** * *
16668585 AAGCA-AATCTATTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAA-
316 AA-TAGACT-TGTTTACTAAATCAGTTCAAATTGTTAAGACGA-TTAAAG
* * * * * * * * **
16668633 TAATTATCTATTTCATATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTGTTCATAC
1 CAATTATCTATTTCAAATCATTATAAACTTTCGTTTTATCATAAAACAATTGATTTTCATCATAC
* *** * * * *** **
16668698 TATTTTATTCA-AA-AGAAATAATATTAATTTAATAATA-TTCCAAAACTTAATAACCAAGAAAT
66 AAGCCTATTCAGAATA-AAATAATACTAATTTATTAACACTAAAAAAAC-TAATAAGTAAGAAAT
* ** * * * * * * *
16668760 TTAAAAAATAAATCTTTTTGTTAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATAAACAATTATCTATT
129 TTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAATTAGGACTATTTGAACAATTATATATT
** * * * * * * * * * *
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194 TCAAATCATTATAGCCATTTATTTTATCATAAAACAATTATTTATGTTCATA-AAACTATATCCA
* * ** ** ** * * * * * *
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258 AAATAAAATAATACTAAGCTAAAAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAACAATAGAC
* * * ** * * *
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* * ** * * * * *
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1 CAATTATCTATTTCAAATCATTATAAACTTTCGTTTTATCATAAAACAATTGATTTTCA--TCAT
* * ** * * * ****
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64 ACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACACTAAAAAAACTAATAAGTAAGAAAT
* * * * * * * *
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129 TTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-CAAGTTCAAATAATTAGGACTATTTGAACAATTATATAT
** * * * * * * * * * *
16669181 TTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTATTATAGAACAATTGTTT-TTTATCATAAAAGTTTATTC
193 TTCAAATCATTATAGCCATTTATTTTATCATAAAACAATTATTTATGT-TCATAAAACTATATCC
** ** * *
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257 AAAATAAAATAATACTAAGCTAAAAATATTTCAAAAATTAATAACT-AAGAGATTTAA-ACAATA
* * * * * * * * * *
16669306 -AATCTATTTA-TCGAACCAATTCAAATAGTTATGGCTATTTGAA-
320 GACT-TGTTTACT-AAATCAGTTCAAATTGTTAAGACGA-TTAAAG
* * * * * * *
16669349 CAATTATCAATCTCAAATCATTA-AGATCTTT-GTTTTGTCATAAAAAAATT-ATTTTTATCATG
1 CAATTATCTATTTCAAATCATTATA-AACTTTCGTTTTATCATAAAACAATTGATTTTCATCATA
* * * * * * ** * * *
16669411 GAAGCTTATTCA-ATTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAGACAT
65 CAAGCCTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAACACTAAAAAAACTAATAAGTAAGAAAT
* * ** * * ** * ** *
16669475 TTAAAAAATAAATGTGTTGGCCGAACCAGTTCAAATAATTAAAACTATTAGAGTAATTATCTATT
129 TTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAATTAGGACTATTTGAACAATTATATATT
** * * * * * * * * *
16669540 TCAAATTGTTCT-GACATTT-TGTTTAGTCA-AAAATATTTGTTTCAT-ATCTTGCAAGC-ATAT
194 TCAAATCATTATAGCCATTTAT-TTTA-TCATAAAACAATTATTT-ATGTTCAT-AAAACTATAT
* * * * ** ** * ** * * * * * *
16669600 TCAGAATAAAATAATCCAAATTTATTAACA-TTCGGTAACTAAATAAGCAAAAAAATTTGAAAAA
255 CCAAAATAAAATAATACTAAGCTAAAAATATTTC-AAAAATTAATAA-CTAAGAGATTT-AAACA
* * * * * * *
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317 ATAGACT-TGTTTACTAAATC-AGTTCAAATTGTTAAGACGA-TTAAAG
* * * * * * ** *
16669710 CAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTCA-CATAAAAGAATTG-TTTAAATTTAT
1 CAATTATCTATTTCAAATCATTATAAACTTTCGTTTT-ATCATAAAACAATTGATTTTCA-TCAT
* * * * * * ** * * *
16669773 AAAAAGCTTA-TCTAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAG
64 -ACAAGCCTATTC-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAACACTAAAAAAACTAATAAGTAAGAA
* * ** * * *
16669837 TTTTAAAAAACTAAAAT-TGTTTACCAAACAAATTCAAATAATTATGACTATTTTG-ACAATTGT
127 ATTTAAAAAA-T-AAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAATTAGGACTA-TTTGAACAATTAT
* * * * * * * *
16669900 CTATTTGAAATCGTTAT-GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-GTTCATACAAGCT
189 ATATTTCAAATCATTATAG-CCATTTATTTTATCATAAAACAATTATTT-ATGTTCATA-AAACT
* * ** ** * *
16669963 -TATTCAAAATAAAATAAAAC-AAATTGATTAATA-TT-ACAAA--AATAAC--A-A-CTTTAAA
251 ATATCCAAAATAAAATAATACTAAGCT-AAAAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAA
* ** * * **
16670018 CAATA-AATGTGTTTGTTGAA-CTAGTTCAAATAGTTAAGATTATTATAA-
315 CAATAGACT-TGTTTACTAAATC-AGTTCAAATTGTTAAGACGATTA-AAG
* * * * * **
16670066 TAATTATTTATTTCAAATCGTTCT-AACTTT-TTGTTTAGTCATAAAACAATT-ATTTGAATTCA
1 CAATTATCTATTTCAAATCATTATAAACTTTCGT-TTTA-TCATAAAACAATTGATTTTCA-TCA
* * * ** * * *
16670128 TACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACTTTAAAAAAATTAATAAGCAAGACA
63 TACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACACTAAAAAAACTAATAAGTAAGAAA
* * * * * * * *
16670193 TTTGAAAAAATAAATCTGTTTACGGAACAAATTCAAATAGA-TATGAATATTTTAATAATTATCT
128 TTT-AAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATA-ATTAGGACTATTTGAACAATTATAT
* * * * * * * * *
16670257 ATTTAAAATCATTTTAACCTTTTGTTCTGTCATAGAACAATTGTTTCA-GTTCATAAAAACT-TA
191 ATTTCAAATCATTATAGCCATTTATTTTATCATAAAACAATTATTT-ATGTTCAT-AAAACTATA
16670320 TCCAAAATAAAATAAT
254 TCCAAAATAAAATAAT
16670336 GCTACTTTAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
347 1 0.00
348 3 0.00
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Consensus pattern (362 bp):
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AAGCCTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACACTAAAAAAACTAATAAGTAAGAAATTT
AAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAATTAGGACTATTTGAACAATTATATATTTC
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TAAAATAATACTAAGCTAAAAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAACAATAGACTTG
TTTACTAAATCAGTTCAAATTGTTAAGACGATTAAAG
Found at i:16667877 original size:182 final size:182
Alignment explanation
Indices: 16667060--16677868 Score: 4680
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16667050 TGACTATTTG
* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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1 AACAATTGTTTTA-GTTCATACAAGCT-TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-T
* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * **
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* * * * * *
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* * * ** * *
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* * * *
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* *
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* * * * * * * *
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* ** * * *
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* * * * *
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* * * **
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* ** * *
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1 AACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-A
* * * * * * *
16668203 AAAATTAATAATTAAGAAATTTAAAAAATAAAT-TAATTTGCCAAACCAGTTCAAACAG-TTAAG
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* * * * *
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** * * *** ** *
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* * * * ** * * * *
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* * * * *
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* * * * ** **
16668496 AACAATTGTTTTTGTTAATATAAG-TTCGTTTGAAATAAAATAATACTGCTTTATTAATATTT-A
1 AACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTT-ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * ** * * * *
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65 -AAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGATTATG
* * * *
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* * ** * * * *
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1 AACAATT-GTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * * ** * *
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* * *
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* * * * * * **
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* * * * * * * * * *
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* * * * **
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130 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * ** * * **
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* * * * * *
16669102 AAA-T--TAA-TAAGAAATTTAAAAAATAAATTTATTTATTGAATC-AGCTAAAATA-ATTATGA
66 AAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-AAACAAGTTCAAATAGATTATGA
* * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * ** ** * *
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* * ** * * * * *
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** * * * * * * *
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* * * * **
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* * * * * *
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* * * *
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* * ** *
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* * * * ** * * * *
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* * * * **
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* * ** *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * **
16670635 AATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCATATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTAAAA
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* * *
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* * * * * * *
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64 AAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGATTATG
* * * * * *
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* * * * * *
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*** *
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* * * ** * *
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1 AACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCA-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-
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16673904 GGCCATTTCAACAGTTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTCATAT
128 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * *** *
16673959 AACAATTATTTT-TTATCATTCAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCA
1 AACAATTGTTTTAGT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * * * *
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* * * * * ***
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* * * * * * *
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1 AACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * * * * * * *
16674199 AAAATTAATAACAAAGAGAATTAAAAAATAAATTTATTTGCCAAACTAGTTTAAATA-TTTAAGA
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* * * * * *
16674263 CTATATGAACAATTATTTATTTTAAACCT-TTATGACCTTTGGTTTTGTCATAA
130 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * *** * * *
16674316 AATAATT-TTTTCAATTCACACTATCTTATTTGGAATAGAATAA-AATGAATTTATTAGTATTTC
1 AACAATTGTTTT-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC
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16674490 AACAAACATTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAA
1 AACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
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16674614 CTATTTG-ACAAATTATTTATTTTAAA-TGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAA
130 CTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * *
16674666 AACAATTGTTTCTA-TTCATATAAGCTTATT-----TGGAAATAATACTAATTTATTAATATTTT
1 AACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
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* *
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1 AACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCA
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* *
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1 AACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT
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16675145 TATGACTATTCGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAA
125 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * *** * *
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* * * * * * ** *
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* *
16675560 AACAATTGGTTTT-GTTCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTC
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16675622 CATAAAATTAAGAAGTAA-A-A-ATAAAAAA-AAATTTATTTTCTAAATACA-TTCAAATAG-TT
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* * * * * * *
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* * * * *** *
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* * * * * ** *
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* ** *
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* ** *
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* * * * * * *
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127 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
* ** *
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* * * * * * ** * *
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* * * * * *
16676218 ACTACTT-AGACTATAATCTATCTCAAA-TCTTAT---CATTT-TTTTGTCATAA
129 ACTATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * *** * * * * *
16676267 AATAATTG-TTTATGTTCACACAAGCTTATT-TGGATAAAATATTGCTAAATTAATAAGA-TTCT
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* * * * * *
16676329 AAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTT-GTCGAACCAGTTCAAATAG-TTAA
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* * * * * *
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* * * * ** * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * **
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1 AACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * *
16676689 AAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATC-AGTTTA-TCAAATCGA-TTCAAATA-ATTAT
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* * *
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* * ** *
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16676867 AAAAA-T--T-AC-----GATTTAAAAAAAATAAATTTGTTTACCATACCAGTTC-------CTA
64 AAAAATTAATAACTAAGAGATTT--AAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGATTA
* * * * *
16676916 T-A-TA----AACAATTACCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTATTATAA
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* * * * * * * *
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* * * *
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ATTTCAATAATTACCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTCGTCATAAAACAATTGTTTTCA
TCATACAAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAACTAATAACTAGG
AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAATTCCT
Found at i:16675419 original size:20 final size:18
Alignment explanation
Indices: 16675374--16675422 Score: 53
Period size: 20 Copynumber: 2.6 Consensus size: 18
16675364 TTTGTTTTAT
16675374 AATAAAATAATTATTTCA
1 AATAAAATAATTATTTCA
* * *
16675392 ATTCAAATAAGCTTATTTGA
1 AATAAAATAA--TTATTTCA
16675412 AATAAAATAAT
1 AATAAAATAAT
16675423 ACTAATTTAT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 5, Indels: 4
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
18 9 0.38
20 15 0.62
ACGTcount: A:0.53, C:0.06, G:0.04, T:0.37
Consensus pattern (18 bp):
AATAAAATAATTATTTCA
Found at i:16678450 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 16677950--16678458 Score: 519
Period size: 180 Copynumber: 2.8 Consensus size: 179
16677940 TTTTTTTTAA
* * * **
16677950 ATTTGAATAATTTTCTATTTCAAACATTATAACCTTTTGTTTTG-CAATAAAATAATTGTTTC-A
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAACCAATTGTTTCTA
* * * * * *
16678013 GTTCATATAAACTTATATGAATTAAAATAATACTAATTCATTAATATTAT-GAAAATTATTGAGT
65 -TTCATACAAGCTTAT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATGAGT
* * * *
16678077 AAGAGAATTAAAAAAAAAATCTATTTATTGAATAAGTTCGAATAATTAAGACT
127 AAGAGATTTAAAAAAAAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAAGAATTAAGACT
* * * * * *
16678130 ATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTATTTTTTCATAAACCAATTGGTTCTG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTC-AAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTA
* * *
16678195 TTCATGCAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATA
65 TTCATACAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTA
* * * * * ** * *
16678259 A-AAATTTTAAAAATAGATATGT-TTTCTT-AACGTGTTCAAAGAGTTATGACT
128 AGAGA-TTTAAAAA-AAAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAAGAATTAAGACT
*
16678310 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAAGCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCATTTGTTTCTA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTA
* * * *
16678375 TTCATACATGCTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATGAGTAA
65 TTCATACAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAA
*
16678440 GAGATTTAAAAAATAAATC
129 GAGATTTAAAAAAAAAATC
16678459 GGTTTACCAA
Statistics
Matches: 266, Mismatches: 51, Indels: 25
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
179 9 0.03
180 152 0.57
181 98 0.37
182 7 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
ATTTGAACAATTATCTATTTCAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTAT
TCATACAAGCTTATTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGA
GATTTAAAAAAAAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAAGAATTAAGACT
Found at i:16678953 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 16678940--16679031 Score: 102
Period size: 6 Copynumber: 15.8 Consensus size: 6
16678930 TTTAATTTAA
* * *
16678940 ATTTTT ATTATT ATTATT A-TTTT ATTTATT -TATTT ATTTTT ATTTTT
1 ATTTTT ATTTTT ATTTTT ATTTTT ATTT-TT ATTTTT ATTTTT ATTTTT
* *
16678987 GTTTTT GTTTTT ATTTTT ATTTTT ATTTTT A-TTTT A-TTTT ATTTT
1 ATTTTT ATTTTT ATTTTT ATTTTT ATTTTT ATTTTT ATTTTT ATTTT
16679032 GGTTTCTTGG
Statistics
Matches: 76, Mismatches: 6, Indels: 8
0.84 0.07 0.09
Matches are distributed among these distances:
5 16 0.21
6 58 0.76
7 2 0.03
ACGTcount: A:0.18, C:0.00, G:0.02, T:0.79
Consensus pattern (6 bp):
ATTTTT
Found at i:16680178 original size:186 final size:186
Alignment explanation
Indices: 16679855--16680232 Score: 488
Period size: 186 Copynumber: 2.0 Consensus size: 186
16679845 TTAATTAAAT
** *
16679855 AAAAAATAATAAAAATAAAAATCTTGGGAATAAATATTATTTATCCAATGATGGAATTTATAGAA
1 AAAAAATAATAAAAATAAAAATCTTGGGAATAAATACAAATTATCCAATGATGGAATTTATAGAA
* * * *
16679920 ATTTCAAATGGTAAATTTCTATAAAATTCTTAGGTGAGAAATTTTGTTTAAAATTGTCCCAAATG
66 ATTTCAAATGGTAAATTCCTATAAAATTCTTAAGTGAGAAATTTTCTCTAAAATTGTCCCAAATG
16679985 ATGGAATAATTTAGAT-AAAGTTTCAATAATAA-TAATTAATATT-TATTTTC-AAACA
131 ATGGAATAATTTAGATGAAAGTTTCAATAA-AAGTAATT-ATATTCT-TTTTCTAAACA
*
16680040 AAAAAATGAA-AAATATAAAAAT-TATGGGAATTAAATACAAATTATCCAATGAT-GAGATTCT-
1 AAAAAAT-AATAAAAATAAAAATCT-TGGGAA-TAAATACAAATTATCCAATGATGGA-ATT-TA
*
16680101 TAGAAATTTCAAATGGTAAATTCCTA-AGAAA-TCTCTAAGTGAGAAATTTTCTCTAAATTTGTC
61 TAGAAATTTCAAATGGTAAATTCCTATA-AAATTCT-TAAGTGAGAAATTTTCTCTAAAATTGTC
* * *
16680164 CTAAATGGTGGAATAATTTAGATGAAAGTTTCAATAAAAGTAATTGTATTCTTTTTCTAAACA
124 CCAAATGATGGAATAATTTAGATGAAAGTTTCAATAAAAGTAATTATATTCTTTTTCTAAACA
16680227 AAAAAA
1 AAAAAA
16680233 ATTTTGGTTG
Statistics
Matches: 170, Mismatches: 12, Indels: 20
0.84 0.06 0.10
Matches are distributed among these distances:
184 1 0.01
185 30 0.18
186 108 0.64
187 31 0.18
ACGTcount: A:0.46, C:0.08, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (186 bp):
AAAAAATAATAAAAATAAAAATCTTGGGAATAAATACAAATTATCCAATGATGGAATTTATAGAA
ATTTCAAATGGTAAATTCCTATAAAATTCTTAAGTGAGAAATTTTCTCTAAAATTGTCCCAAATG
ATGGAATAATTTAGATGAAAGTTTCAATAAAAGTAATTATATTCTTTTTCTAAACA
Done.