Tandem Repeats Finder Program written by: Gary Benson Program in Bioinformatics Boston University Version 4.09 Sequence: NW_019167893.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_16, whole genome shotgun sequence Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000 Pmatch=0.80,Pindel=0.10 tuple sizes 0,4,5,7 tuple distances 0, 29, 159, 1000 Length: 22157061 ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.15, T:0.34 Warning! 74000 characters in sequence are not A, C, G, or T File 76 of 113 Found at i:16683444 original size:19 final size:21 Alignment explanation
Indices: 16683396--16683447 Score: 63 Period size: 23 Copynumber: 2.5 Consensus size: 21 16683386 TCTTGTCATT * 16683396 TTAGGATTTCTTTTAGAGTAA 1 TTAGGATTTCTTTTAGAGCAA 16683417 TGTTAGGATTTCTTTTAG-GCAA 1 --TTAGGATTTCTTTTAGAGCAA 16683439 -TAGGATTTC 1 TTAGGATTTC 16683448 ATTTGTTATC Statistics Matches: 28, Mismatches: 1, Indels: 4 0.85 0.03 0.12 Matches are distributed among these distances: 19 9 0.32 22 3 0.11 23 16 0.57 ACGTcount: A:0.25, C:0.08, G:0.21, T:0.46 Consensus pattern (21 bp): TTAGGATTTCTTTTAGAGCAA Found at i:16684362 original size:16 final size:17 Alignment explanation
Indices: 16684341--16684386 Score: 51 Period size: 16 Copynumber: 2.7 Consensus size: 17 16684331 GTGAAAGAAT * 16684341 GAAAAATGAAA-AAAAG 1 GAAAAAAGAAATAAAAG 16684357 GAAAAAAGAAATAAAAG 1 GAAAAAAGAAATAAAAG 16684374 ATGAAAAAA-AAAT 1 --GAAAAAAGAAAT 16684387 CTTTAAACTG Statistics Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 4 0.84 0.03 0.13 Matches are distributed among these distances: 16 10 0.38 17 5 0.19 18 4 0.15 19 7 0.27 ACGTcount: A:0.76, C:0.00, G:0.15, T:0.09 Consensus pattern (17 bp): GAAAAAAGAAATAAAAG Found at i:16685544 original size:22 final size:21 Alignment explanation
Indices: 16685477--16685549 Score: 83 Period size: 21 Copynumber: 3.4 Consensus size: 21 16685467 TTTTTATGAA * * 16685477 AATCTTTGAATTTCGAATGAG 1 AATCTTTGAATTTCAAATAAG * * * 16685498 AGTCTTTAAATTTCAAAGAAG 1 AATCTTTGAATTTCAAATAAG * 16685519 AATCTTTGAGTTTCAAAATAAG 1 AATCTTTGAATTTC-AAATAAG 16685541 AATCTTTGA 1 AATCTTTGA 16685550 TGTGAAACCC Statistics Matches: 42, Mismatches: 9, Indels: 1 0.81 0.17 0.02 Matches are distributed among these distances: 21 27 0.64 22 15 0.36 ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.15, T:0.37 Consensus pattern (21 bp): AATCTTTGAATTTCAAATAAG Found at i:16686135 original size:42 final size:42 Alignment explanation
Indices: 16686011--16686237 Score: 284 Period size: 41 Copynumber: 5.5 Consensus size: 42 16686001 GATTATCAAT * * * * 16686011 GAGCCATTTATTTTTCTAAAGTTCTATTGCTTCTATTTAGAG 1 GAGCCATTTATTTTTCCAAAGTTCTGTTGCCTCTATTCAGAG * 16686053 GAGCCATTTATTTTTCCAAA---CTGTTGCCTTTATTCAGAG 1 GAGCCATTTATTTTTCCAAAGTTCTGTTGCCTCTATTCAGAG * 16686092 GAGCCATTTATTTTTCCAAAGTTCTGTTGCCTCTATTCGGAG 1 GAGCCATTTATTTTTCCAAAGTTCTGTTGCCTCTATTCAGAG * * * * 16686134 GAGCTATTTA-TTTTACAAAGTTCTGTTGCCTCTATTCAAAA 1 GAGCCATTTATTTTTCCAAAGTTCTGTTGCCTCTATTCAGAG * * 16686175 GAGCCATTTA-TTTTCCAATGTTCTATTGCCTCTATTCAGAG 1 GAGCCATTTATTTTTCCAAAGTTCTGTTGCCTCTATTCAGAG *** 16686216 GAATAATTTATTTTTCCAAAGT 1 GAGCCATTTATTTTTCCAAAGT 16686238 CGTGTTTATT Statistics Matches: 159, Mismatches: 22, Indels: 8 0.84 0.12 0.04 Matches are distributed among these distances: 39 35 0.22 41 69 0.43 42 55 0.35 ACGTcount: A:0.25, C:0.18, G:0.15, T:0.43 Consensus pattern (42 bp): GAGCCATTTATTTTTCCAAAGTTCTGTTGCCTCTATTCAGAG Found at i:16686146 original size:81 final size:82 Alignment explanation
Indices: 16686011--16686235 Score: 287 Period size: 81 Copynumber: 2.8 Consensus size: 82 16686001 GATTATCAAT * * * * 16686011 GAGCCATTTATTTTTCTAAAGTTCTATTGCTTCTATTTAGAGGAGCCATTTATTTTTCCAAA-CT 1 GAGCCATTTATTTTTCCAAAGTTCTATTGCCTCTATTCAGAGGAGCTATTTATTTTTCCAAATCT * * * 16686075 GTTGCCTTTATTCAGAG 66 GTTGCCTCTATTCAAAA * * * 16686092 GAGCCATTTATTTTTCCAAAGTTCTGTTGCCTCTATTCGGAGGAGCTATTTA-TTTTACAAAGTT 1 GAGCCATTTATTTTTCCAAAGTTCTATTGCCTCTATTCAGAGGAGCTATTTATTTTTCCAAA--T 16686156 CTGTTGCCTCTATTCAAAA 64 CTGTTGCCTCTATTCAAAA * * 16686175 GAGCCATTTA-TTTTCCAATGTTCTATTGCCTCTATTCAGAGGA-ATAATTTATTTTTCCAAA 1 GAGCCATTTATTTTTCCAAAGTTCTATTGCCTCTATTCAGAGGAGCT-ATTTATTTTTCCAAA 16686236 GTCGTGTTTA Statistics Matches: 124, Mismatches: 15, Indels: 8 0.84 0.10 0.05 Matches are distributed among these distances: 80 8 0.06 81 47 0.38 82 35 0.28 83 34 0.27 ACGTcount: A:0.25, C:0.18, G:0.14, T:0.43 Consensus pattern (82 bp): GAGCCATTTATTTTTCCAAAGTTCTATTGCCTCTATTCAGAGGAGCTATTTATTTTTCCAAATCT GTTGCCTCTATTCAAAA Found at i:16686482 original size:8 final size:8 Alignment explanation
Indices: 16686469--16686536 Score: 64 Period size: 8 Copynumber: 7.9 Consensus size: 8 16686459 TTAGTTTTAA 16686469 TTTTATTT 1 TTTTATTT 16686477 TTTTATTAT 1 TTTTATT-T 16686486 TTATTATTAT 1 TT-TTATT-T 16686496 TTATTATTT 1 TT-TTATTT * 16686505 TATTATTT 1 TTTTATTT * 16686513 TATTATTT 1 TTTTATTT * 16686521 TATTATTAT 1 TTTTATT-T 16686530 TTTTATT 1 TTTTATT 16686537 ATTATTTTTT Statistics Matches: 55, Mismatches: 2, Indels: 5 0.89 0.03 0.08 Matches are distributed among these distances: 8 28 0.51 9 12 0.22 10 15 0.27 ACGTcount: A:0.24, C:0.00, G:0.00, T:0.76 Consensus pattern (8 bp): TTTTATTT Found at i:16686485 original size:3 final size:3 Alignment explanation
Indices: 16686479--16686542 Score: 80 Period size: 3 Copynumber: 21.7 Consensus size: 3 16686469 TTTTATTTTT 16686479 TTA TTA TTTA TTA TTA TTTA TTA TT- TTA TTA TT- TTA TTA TT- TTA 1 TTA TTA -TTA TTA TTA -TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA * 16686523 TTA TTA TTT TTA TTA TTA TT 1 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TT 16686543 TTTTTTGGTT Statistics Matches: 54, Mismatches: 2, Indels: 10 0.82 0.03 0.15 Matches are distributed among these distances: 2 6 0.11 3 42 0.78 4 6 0.11 ACGTcount: A:0.27, C:0.00, G:0.00, T:0.73 Consensus pattern (3 bp): TTA Found at i:16686502 original size:28 final size:29 Alignment explanation
Indices: 16686471--16686543 Score: 98 Period size: 28 Copynumber: 2.6 Consensus size: 29 16686461 AGTTTTAATT 16686471 TTATTTTTTTATTATTTATTATTAT-TTA 1 TTATTTTTTTATTATTTATTATTATATTA * * 16686499 TTATTTTATTA-T-TTTATTATTTTATTA 1 TTATTTTTTTATTATTTATTATTATATTA 16686526 TTATTTTTATTATTATTT 1 TTATTTTT-TTATTATTT 16686544 TTTTTGGTTT Statistics Matches: 38, Mismatches: 3, Indels: 6 0.81 0.06 0.13 Matches are distributed among these distances: 26 10 0.26 27 11 0.29 28 13 0.34 29 1 0.03 30 3 0.08 ACGTcount: A:0.25, C:0.00, G:0.00, T:0.75 Consensus pattern (29 bp): TTATTTTTTTATTATTTATTATTATATTA Found at i:16686514 original size:33 final size:33 Alignment explanation
Indices: 16686463--16686547 Score: 127 Period size: 33 Copynumber: 2.5 Consensus size: 33 16686453 CCAATTTTAG * 16686463 TTTTAATTTTATTTTTTTATTA-TTTATTATTA 1 TTTTTATTTTATTTTTTTATTATTTTATTATTA * 16686495 TTTATTATTTTATTATTTTATTATTTTATTATTA 1 TTT-TTATTTTATTTTTTTATTATTTTATTATTA 16686529 TTTTTATTATTATTTTTTT 1 TTTTTATT-TTATTTTTTT 16686548 TGGTTTGAAA Statistics Matches: 47, Mismatches: 3, Indels: 4 0.87 0.06 0.07 Matches are distributed among these distances: 32 3 0.06 33 22 0.47 34 22 0.47 ACGTcount: A:0.24, C:0.00, G:0.00, T:0.76 Consensus pattern (33 bp): TTTTTATTTTATTTTTTTATTATTTTATTATTA Found at i:16688807 original size:124 final size:124 Alignment explanation
Indices: 16688603--16688831 Score: 318 Period size: 124 Copynumber: 1.8 Consensus size: 124 16688593 AGTTATGACT 16688603 ATTTGAACAATTATCCATTTCAAATCACTATGATCTTTTTCTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA 1 ATTTGAACAATTATCCATTTCAAATCACTATGATCTTTTTCTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA ** *** * 16688668 TTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAGTACTAATTTATAGTTCAAACAATCATGTCC 66 TTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATAGTTCAAACAATCATGTCC * * * ** * 16688727 ATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CATTTTGT-TTTGTTGTAAAACAATTGTTTT 1 ATTTGAACAATTATCCATTTCAAATCACTATGATC-TTTT-TCTTTGTCATAAAACAATTGTTTC 16688790 TATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT 64 TATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT 16688832 TAATATTTCA Statistics Matches: 91, Mismatches: 12, Indels: 4 0.85 0.11 0.04 Matches are distributed among these distances: 123 1 0.01 124 89 0.98 125 1 0.01 ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.07, T:0.43 Consensus pattern (124 bp): ATTTGAACAATTATCCATTTCAAATCACTATGATCTTTTTCTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA TTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATAGTTCAAACAATCATGTCC Found at i:16689647 original size:181 final size:181 Alignment explanation
Indices: 16689072--16689749 Score: 497 Period size: 181 Copynumber: 3.8 Consensus size: 181 16689062 AGACTATTAA * * * * * * * 16689072 AACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGATCTTTTGCTTAGTCATAAAATAATT-GTT-TCAGTTC 1 AACAATTATATATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATCA--TC * * * * * * 16689135 ATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAACA-TTCAAAAAAATTAATAAGCAAG 64 ATACAAGCATATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC--AAAAATTAATAAGTAAG * * ** * * * * ** 16689199 A-AATGAAAAAA-AAATAAATCTACTGAA-CAAGTTCC-AATATTTATAATTATTTG 127 AGATTTAAAAAATAAAGCAATTTACCGAATC-A-TTCCAAATAATTATGACCATTTG * * * * * * * * 16689252 TACAATTGTATATTTAAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTATAATAAAAAAAATT-TTTAGT--TC 1 AACAATTATATATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTATTTA-TCATC * * * * * * * * ** 16689313 ATAAAAGCTTCTCCAAAATACAATAATATTAGTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAG 64 ATACAAGCATATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG * ** * 16689378 ATTTAAAAAATAAATCAATTTATTGAATCATTCCAAATAATTATGGCCATTTG 129 ATTTAAAAAATAAAGCAATTTACCGAATCATTCCAAATAATTATGACCATTTG * * * * * * * * 16689431 AGCAATTATGTATTTTAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAATCAATTGTTTTTCATCGT 1 AACAATTATATATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATCATCAT * 16689496 ACAAGCATATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTTATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT 66 ACAAGCATATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT * ** * * 16689561 TTAAAAAAT-AAGCATGTTTACCGAA-CTAGTT-CAAATGGTTTTGACTATTTG 131 TTAAAAAATAAAGCA-ATTTACCGAATC-A-TTCCAAATAATTATGACCATTTG * ** 16689612 AACAATTATATATTTCAAATTATTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCA 1 AACAATTATATATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATCATCA ** * * * * * * 16689676 TACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTAT-GAAAATTAATAACTAAGAG 65 TACAAGCATATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAG 16689740 ATTTAAAAAA 129 ATTTAAAAAA 16689750 AAAATTGATT Statistics Matches: 393, Mismatches: 88, Indels: 33 0.76 0.17 0.06 Matches are distributed among these distances: 177 13 0.03 178 48 0.12 179 71 0.18 180 55 0.14 181 202 0.51 182 4 0.01 ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39 Consensus pattern (181 bp): AACAATTATATATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATCATCAT ACAAGCATATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT TTAAAAAATAAAGCAATTTACCGAATCATTCCAAATAATTATGACCATTTG Found at i:16689874 original size:179 final size:180 Alignment explanation
Indices: 16689503--16689911 Score: 473 Period size: 179 Copynumber: 2.3 Consensus size: 180 16689493 CGTACAAGCA * * * * 16689503 TATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTTATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA 1 TATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-GAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAA * * * * * ** * 16689568 ATAAGCATGTTTACCGAACTAGTTCAAATGGTTTTGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATT 65 ATAAGAATGATTACCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATATATTTCAAATT * * * 16689633 ATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGTT 130 ATTATAACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAAATATTTATGTTAATACAAGTT * * * 16689684 TATTCGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAA 1 TATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAA * * ** * 16689749 A-AA-AATTGATTGCTGAACCAATTCAAATAGTTAAG-CTATATGAGTAATTATCTATTTCAAAT 65 ATAAGAA-TGATTACCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATATATTTCAAAT * * * * * * * 16689811 TGTTATGACCTTTTCTTTTGTCGTAAAATAAATGTTTTTGTTAATATAAGTT 129 TATTATAACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAAATATTTATGTTAATACAAGTT * * 16689863 TATTTGAAATAAAATAATATTGATTTATTAATATCTTGAAAATTAATAA 1 TATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT-TTGAAAATTAATAA 16689912 GGGATTTAAA Statistics Matches: 190, Mismatches: 35, Indels: 8 0.82 0.15 0.03 Matches are distributed among these distances: 179 108 0.57 180 24 0.13 181 57 0.30 182 1 0.01 ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.09, T:0.41 Consensus pattern (180 bp): TATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAA TAAGAATGATTACCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATATATTTCAAATTA TTATAACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAAATATTTATGTTAATACAAGTT Found at i:16690021 original size:155 final size:157 Alignment explanation
Indices: 16689794--16690095 Score: 353 Period size: 155 Copynumber: 1.9 Consensus size: 157 16689784 CTATATGAGT * * * * *** 16689794 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTCTTTTGTCGTAAAATAAATGTTTTTGTTAATATA 1 AATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCATTTATTTTGTCATAAAATAAATGTTTCAATTAATATA ** 16689859 AGTTTATTTGAAATAAAATAAT-AT-TGATTTATTAATATCT-TGAAAATTAATAAG-GGATTTA 66 AGTTTATTCAAAATAAAATAATGATAT-ATTTATTAATAT-TGTGAAAATTAATAAGAGGATTTA * 16689920 AAAAGTAAATATGTTAACCAAACTTGTTC 129 AAAAATAAATATGTTAACCAAACTTGTTC * * * * * 16689949 AATTATTTATTTCAAATTGTTATAATCATTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTGATGT- 1 AATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCATTTATTTTGTCATAAAATAAATGTTTCAATTAATATA * * 16690013 AGTCTTATTCAAAATAAAATAATGCTATATTTATTCATATTGTGAAAATTAATAAGTAACGGATT 66 AGT-TTATTCAAAATAAAATAATGATATATTTATTAATATTGTGAAAATTAATAAG--A-GGATT * 16690078 TAAAAAATGAATATGTTA 127 TAAAAAATAAATATGTTA 16690096 GTCTAACTAG Statistics Matches: 121, Mismatches: 18, Indels: 11 0.81 0.12 0.07 Matches are distributed among these distances: 154 3 0.02 155 70 0.58 156 26 0.21 157 1 0.01 160 21 0.17 ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.44 Consensus pattern (157 bp): AATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCATTTATTTTGTCATAAAATAAATGTTTCAATTAATATA AGTTTATTCAAAATAAAATAATGATATATTTATTAATATTGTGAAAATTAATAAGAGGATTTAAA AAATAAATATGTTAACCAAACTTGTTC Found at i:16690488 original size:182 final size:182 Alignment explanation
Indices: 16690109--16690623 Score: 492 Period size: 182 Copynumber: 2.9 Consensus size: 182 16690099 TAACTAGTGT * * * ** * * 16690109 AAATAGTTATGACTA-TTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCACAA 1 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCACTATAACTTTTTGTTTTGTCATAA * * * * * * ** ** * * * * 16690173 AACAAATATTTCTGTTCATACAACCTTA-TTCAGAACATCATAATCTTAATTTATTAATATTTTA 66 AATAATTGTTTTTGTTCATAAAAACTTATTTCA-ATTAAAATAATATAAAATTATTAATATTTCA * * * * ** ** * * 16690237 AAAATTAATAAG----AGA-TTTAAAAACTATATTTGTTTATCGAAGAAGTTC 130 ACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAAATTACTTGCCAAATAAGTTC * * 16690285 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGCTATAACTTTTTGTTTTGTCCTAA 1 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCACTATAACTTTTTGTTTTGTCATAA 16690350 AATAATT-TTTTTGTATTCATAAAAACTTATTTCAATTAAAATAATA-AAAATTATTAATATTT- 66 AATAATTGTTTTTG--TTCATAAAAACTTATTTCAATTAAAATAATATAAAATTATTAATATTTC 16690412 AGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAAATTACTTGCCAAATAAGTTC 129 A-ACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAAATTACTTGCCAAATAAGTTC * ** * * 16690467 AAATATTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAA 1 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCACTATAACTTTTTGTTTTGTCATAA * * ** * * * 16690532 AATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTACTATTTCAA 66 AATAATTGTTTTTGTTCATAAAAACTTATTTCAATTAAAATAATATAAAATTATTAATATTTCAA * * * 16690597 TAATTAATAAGTAAAATATTTTTAAAA 131 CAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAA 16690624 TGAATATGTT Statistics Matches: 280, Mismatches: 46, Indels: 20 0.81 0.13 0.06 Matches are distributed among these distances: 176 20 0.07 177 73 0.26 178 19 0.07 179 4 0.01 181 30 0.11 182 127 0.45 183 7 0.03 ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.07, T:0.43 Consensus pattern (182 bp): AAATAATTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCACTATAACTTTTTGTTTTGTCATAA AATAATTGTTTTTGTTCATAAAAACTTATTTCAATTAAAATAATATAAAATTATTAATATTTCAA CAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAAATTACTTGCCAAATAAGTTC Found at i:16690697 original size:181 final size:180 Alignment explanation
Indices: 16689981--16690814 Score: 513 Period size: 181 Copynumber: 4.6 Consensus size: 180 16689971 TAATCATTTA *** * ** * * * 16689981 TTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTGAT-GTAGTCTTATTCAAAATAAAATAATGCTATATTT 1 TTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATAAAAG-CTTATTTAAATTAAAATAAT-ATA-ATTT * * ** * * * * * 16690045 ATTCATATTGT-GAAAATTAATAAGTAACGGATTTAAAAAATGAATA-TGTTAGTCTAACTAGTG 63 ATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATGAATATTATTA-CCAAACAAGT- * * * * * * * * 16690108 T-AAATAGTTATGACTA-TTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATAACCTTTTG 125 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCATGATGACTTTTTG * * * * * * * * * ** * 16690162 TTTTGTCACAAAACAAATATTTCTGTTCATACAACCTTATTCAGAA-CATCATAATCTTAATTTA 1 TTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTTA-AATTAAAATAAT-ATAATTTA * * * * * 16690226 TTAATATTTTAAAAATTAATAAG----AGA-TTTAAAAACT--ATATTTGTTTATCGAAGAAGTT 64 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAA-TGAATA-TT-ATTACCAAACAAGTT * * * ** * * * 16690284 CAAATAATTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGCT-ATAACTTTTTG 126 CAAATAGTCATAACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATC-ATGATGACTTTTTG * * * * * 16690339 TTTTGTCCTAAAATAATT-TTTTTGTATTCATAAAAACTTATTTCAATTAAAATAATAAAAATTA 1 TTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTG--TTCATAAAAGCTTATTTAAATTAAAATAATATAATTTA * * * * 16690403 TTAATATTT-AGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAAT-AAAATTACTTGCCAAATAAGTT 64 TTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTT-AAAAATGAATATTA-TTACCAAACAAGTT * * * * * * 16690466 CAAATATTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTG 126 CAAATAGTCATAACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCATGATGACTTTTTG * ** 16690521 TTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTAT 1 TTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTTAAATTAAAATAATA-TAATTTAT * * * * * 16690586 TACTATTTCAATAATTAATAAGTAAAATATTTTTAAAATGAATATGT-TTACCGAACAAGTTCAA 65 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATGAATAT-TATTACCAAACAAGTTCAA * ** 16690650 ATAGTCATAACTATTT-AAGTAATTATATATTTAAAATTGTGATGACTTTTTG 129 ATAGTCATAACTATTTGAA-CAATTATATATTTAAAATCATGATGACTTTTTG ** * * ** * * * * 16690702 TTTCATCATAAAACAATTGTATAAGTTCATATAGGTTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTAT 1 TTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTTAAATTAAAATAATA-TAATTTAT * * * 16690767 TAATATTCCAAAAATT-ATAGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAAT-TTATT 65 TAATATTTCAAAAATTAATA-AGTAAAAGATTTTAAAAATGAATATTATT 16690815 TCATAACGAT Statistics Matches: 523, Mismatches: 99, Indels: 63 0.76 0.14 0.09 Matches are distributed among these distances: 174 3 0.01 175 8 0.02 176 31 0.06 177 76 0.15 178 21 0.04 179 2 0.00 180 32 0.06 181 213 0.41 182 122 0.23 183 15 0.03 ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.42 Consensus pattern (180 bp): TTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTTAAATTAAAATAATATAATTTATT AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATGAATATTATTACCAAACAAGTTCAAAT AGTCATAACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCATGATGACTTTTTG Found at i:16691144 original size:181 final size:181 Alignment explanation
Indices: 16690883--16701048 Score: 5565 Period size: 181 Copynumber: 56.3 Consensus size: 181 16690873 GTAACAAGAA * * * ** * 16690883 TTATTTTTTAAATCTATTACTTAGTAAATTTCAAAATATTAATAAATGT-GTTTTATTTTA-TTC 1 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTTC * * * ** 16690946 TAAATAAGA-TAGTATGAATTGAAAAAATTATTTTATGACAAAACGAAAGGTCATAACCATTTGA 65 -GAATAA-ACTTGTATGAATTGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA * *** * * * * * * 16691010 AATAGATAATTGCTCTTGTAATCTTAAATATTTGAACTGGTTTGACAAATAAAA 128 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGATAAATAAAT * * * 16691064 TTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCG 1 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG ** * * * * * * 16691129 AATAAACTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAATAATTTGATAT 66 AATAAACTTGTATGAATTGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT * * * ** * 16691194 ATACAATTGTTCAAATATTCATAACTATTTGAATTGGTTCAATAATTAAAT 131 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGATAAATAAAT * * * * * 16691245 TTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAAGATTAATGAACTAATATTATTTTA-TTCT 1 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC- * ** * * ** * 16691309 GAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACAATTCTTTTATGACCAAATGAAAGGTAATAATGATTTGAA 65 GAATAAACTTGTATGAATTGAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA * * * * * * * 16691373 ATAGATAATTGTTTAAATAGCCATAATTATTTGAA-TCGATTCAGTAAACAAAT 129 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGA-TAAATAAAT * * * * 16691426 TTAGTTTTTAAATCAT-TTACTTGTTAATTTTTGAAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTTT 1 TTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC * * * * ** 16691490 GAATAAGA-TTGTATGAACTCAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAATGATTTGAA 65 GAATAA-ACTTGTATGAATTGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA * * * * * * * * * * 16691554 ATAAACAATTGTTCAGATAGTCACAACTACTTGAATTTGTTCGTTAAACAGAT 129 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGATAAATAAAT * * * * * 16691607 TTATTGTTTTAAATCTCTTTCTTTTTTAATTTTTGGAATGTTAATAAATTAGTATTATCTTATTT 1 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AAAAAAATTGTAT-AA-ACAAAAACATTTATTTTATGATAAAACAAAAAGTTATAATGATATGAA 66 AATAAACTTGTATGAATTGAAAAA-A-TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA * * * * * * * 16692082 ATAAATTATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGATTAGGTAAA-AAGAA 129 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGATAAATAA-AT * * * * * * 16692135 TTATTTTTTAAATTTCTTACTGACTAATTTTTGAAATATTAATATATT-TTATTTATTTTATTTT 1 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTC ** * * * * 16692199 GAATACGCTAGTATGAATTGAAAAAATTGTTTTTTGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAA 65 GAATAAACTTGTATGAATTGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA * * ** * * * * * * 16692264 TAGATAATTGCTCATATAGTTTTAACTACTTAAACTAGTTT-AGCAAACAAAT 130 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGA-TAAATAAAT * * * * * 16692316 TTATTTTTTAAATTTCTTAATTGTTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTA-TTCT 1 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC- * * * * * * * * 16692380 AAATAAACTTGTATGAATAGAAATAACTATTTTATGACAGAATAAAAGGTTATAATGATTTAAAA 65 GAATAAACTTGTATGAATTGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA * * * * * * 16692445 TATACAGTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTTGGTAAATAGAT 130 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGATAAATAAAT * * * * 16692497 TTATTTTTTAAA--T-AT-CTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATCAGTTTTATTTTATTTCG 1 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG * ** * * * * ** 16692558 AATAAGCTTGTATG-ATAAAAAACAATTCTTTTATGTCTAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAA 66 AATAAACTTGTATGAATTGAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA * * * * *** * 16692622 TAGATTATTGTTGAAATAG-CATAATTATTTAAATCAATTTGGTAAA-AAGAT 130 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGATAAATAA-AT * ** * * 16692673 TCACGTTTTAAATCACTTACTTATT-ATTTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC 1 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC * * * * ** * 16692737 GAATAAGCTTGTAT-AAGCT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATGACAATTTTA 65 GAATAAACTTGTATGAA-TTGAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA * * *** * * ** * * * 16692800 AATAAACAATT-TTCAAATAGTTGCAACTATTTAAATTTGTTCAATGAACATAT 128 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGATAAATAAAT * * 16692853 TTATTTTTTTAAATCTCTTGCCTT-TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT 1 TTA-TTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT * ** * ** * ** * * * * * 16692917 TGAATAAGTTTATATGAGCTGAAACAATGCTTTTATGATAAAA-AAATGATCAAAATTATTTGAA 64 CGAATAAACTTGTATGAATTGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA * * * * * * * * * 16692981 ATAGATAATTATTCAAATAATCATGACTATTTG-ATTTGATTCAGCAAACATAT 129 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGA-TAAATAAAT * * * ** * * 16693034 TTATTTTTAAAAT-TTTTACTTGTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCG 1 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG * * * * * * * * 16693098 AATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATAAAAAAATAAAAAGTC--AATTATTTGCAAT 66 AATAAACTTGTATGAATTGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT * * * * * 16693161 AAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAATAAA-AAGAT 131 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGATAAATAA-AT * * * * 16693212 TTAATTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTACTATTATTTTATTTCA 1 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG * * * 16693273 AACAAACTTATAT--A-T-AAAAACATT-TGTTTGATGACAAAACTAAAGGTCATAATGATTTGA 66 AATAAACTTGTATGAATTGAAAAA-ATTAT-TTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA ** * * * ** * * * 16693333 AATAGATGGTTGTTCAAATATTCATAATTATTAT-AACTGCCTAGGTAAA-AAGAA 128 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT-TGAATTGGTTTGATAAATAA-AT * * * * ** 16693387 TTATTTTTAAAATTTTTTACTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TGGTATTTTA-TTC 1 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTC * * * * * * * * 16693450 TGAATAAGCTAGTATAAATTGAAAAAATTATTTTTTGACAAAAAAAAAAGTTATAACGATTTGAA 65 -GAATAAACTTGTATGAATTGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA ** * * ** * * 16693515 ATAGATAATTGTTCATCTAGTCTTAACTATTT-AAGCTGGTTCAACAAATAGAT 129 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTTGATAAATAAAT * * * * * * * 16693568 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16697452 AATAAGTTTGTATGAGTTGAAATAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAA-GATTTGAAAT 66 AATAAACTTGTATGAATTGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT * ** * * * * ** * * 16697515 ATATAATTGTTCATGTAGTCTTAACTGTTTGAACTGGTTAGGCAAACAGAT 131 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGATAAATAAAT * * 16697566 TTATTTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TT 1 TTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT * * * * * ** 16697629 CCAACTAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTGTGATAAAACAAAA-G--ATAACAATTTGA 64 CGAA-TAAACTTGTATGAATTGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA * * * * * * 16697691 AATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTGGTAAACATAT 128 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGATAAATAAAT * 16697745 ATT-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTC 1 -TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC * * * * * ** 16697808 TGAA-ACAAGATTGTATG--TTGAAAAAAAATTGTTTTTTGACAAAACAAATGGTAATAACAATT 65 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16700579 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGCACTT-GTTAGGTCGACGTAT 130 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AATTGGTTTGATAAATAAAT * * 16700631 TCATTTTTTAAAT-TCATTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGCATT-TATTTATT 1 TTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATT * * *** * * * ** 16700693 TTGAATAAGAC-TGTATGAACAT-AAACCTTTGTTTTATG-CAAAACAAATGGTCAGAACAATTT 63 TCGAATAA-ACTTGTATGAA-TTGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT * * * * * * * 16700755 GAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTAATTGAATTGGTTTGGTAAACATAT 126 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGATAAATAAAT ** * * 16700811 TTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTG 1 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG * * ** * 16700872 AACAAACTTATATGAA-CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTTGAA 66 AATAAACTTGTATGAATTGAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAA * * * * 16700935 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGG-TTCAGTAAATAAAA 129 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGA-TAAATAAAT * * 16700988 TTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TTTTATTTTATT 1 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT 16701049 CCAATATGAT Statistics Matches: 7685, Mismatches: 1867, Indels: 867 0.74 0.18 0.08 Matches are distributed among these distances: 162 6 0.00 163 78 0.01 164 26 0.00 165 1 0.00 166 1 0.00 167 14 0.00 168 5 0.00 169 75 0.01 170 44 0.01 171 6 0.00 172 18 0.00 173 18 0.00 174 4 0.00 175 183 0.02 176 236 0.03 177 553 0.07 178 378 0.05 179 864 0.11 180 1254 0.16 181 2357 0.31 182 952 0.12 183 328 0.04 184 12 0.00 185 6 0.00 186 3 0.00 187 10 0.00 188 4 0.00 189 2 0.00 191 16 0.00 192 17 0.00 193 26 0.00 194 2 0.00 195 8 0.00 196 14 0.00 197 15 0.00 198 6 0.00 199 4 0.00 201 4 0.00 202 5 0.00 204 5 0.00 206 4 0.00 208 5 0.00 210 5 0.00 211 4 0.00 213 5 0.00 214 10 0.00 215 18 0.00 216 17 0.00 217 13 0.00 218 11 0.00 219 24 0.00 220 9 0.00 ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42 Consensus 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ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA-A-TTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGTCAT * * * * ** * * 16703244 AACAATTAGAAATAGATAATTATTCAAAT-GACCATAGTTATTTGAACTAATT-AGG 126 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACT-GTTCA-A * * * * 16703299 TAAATAGATTTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAACTTAGTATTAT 1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT * * * * * * * 16703364 TTTATTTCAAA-ACA-CTTGTATAAACTA-AAACAATTATTTTATGATAAAA-GAAGGTCATAAT 66 TTTATTCCAAATA-AGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAAC * * * * 16703425 GATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCAG 129 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGTTCAA * * * * * ** 16703477 TATATATATTTATTTTTTTAAATATCTTGCTTATTAATTTTTTG-AAGGTTAATAAATTAGTATT 1 TAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT * * * * * * 16703541 ATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAAA 64 ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATA * * * * * * * ** 16703605 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* * * 16704370 TTATTAA-TTTTTAGAA-TATT-AT 157 TCA-TAACTATTT-GAACTGTTCAA * * * * * * * * * 16704392 TAAATAAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAGATAATTATTTTATAACA-GAA 1 TAAA-CAG-ATT-TATT-TTTT--A-AATC-TCT-T--ACTTA-TTAATT-TTTGA-AATATTAA *** ** * * * * * 16704456 TAAA--AGGCTA-TA-ACAATTTGAAAT-AGATAAT-TATTCAGATAGGAAC--TAG-TTCA-GT 52 TAAATTA-G-TATTATTTTATTCCAAATAAGCT--TGTA-TGA-ATAGAAACAATTGTTTTATG- * * * ** ** ** ** * * * 16704511 A-AATAGATTATTTTTTAA--ATTTGCTATTTATTAATTATTGAAATA-T--TAACAAATTAAT- 110 ACAAAACA-AAAGTCATAACGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAAC-TATT--TG * 16704569 AAGCT-TT-TA 170 AA-CTGTTCAA * ** * * *** * * ** 16704578 TTAATTGAAATGATTGTTTTATAA-C-AGAAC--A-AAATGTTAT-AACGATT--TGAAA-TAG- 1 TAAACAG-ATTTATT-TTTTA-AATCTCTTACTTATTAAT-TTTTGAAATATTAAT-AAATTAGT * * * * * * * ** ** 16704633 A-TA-ATTGTT-CGAATAGGAACTGGT-TCG-GT--AAACAAATT-TATTT-TTA-AATCTCCTA 61 ATTATTTTATTCCAAATA--AGCTTGTAT-GAATAGAAAC-AATTGT-TTTATGACAA-AACAAA ** ** ** * * ** * * ** * * * * 16704688 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* ** * 16705042 TA-AATTTC-CTAGTTATTAATTTTTTAAAAGTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TGACTACACA 109 GACAA-AACAAAAGTCA-TAACGATTTGAAA-TAGAT-AATT-GT-TCA-AATAGTCA-TA-AC- * ** * 16705104 AAAGGTGAGAATGATT--- 164 -TATTTGA-ACTG-TTCAA * * * * * * * ** 16705120 TGAAATAGA-TAATTGTTTAATAGTCT-TAAC-TATTTGAGCTTATTTGGTAAACACATTTATTT 1 T-AAACAGATTTATTTTTTAA-A-TCTCTTACTTA-TT-A-ATT-TTTG---AA-ATATTAATAA * * * * * * * ** * * 16705182 TTTA-AATCTCTTACTTATT--AATTTTTAGAATAT-TATTAAT-TTAGCAA-TGTTTTACT-CC 55 ATTAGTAT-TATT--TTATTCCAA--ATAAG-CT-TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA-TGAC *** ** * * * * 16705240 AAGTGAACTTGT-ATGAAC-A---GAAATA-ATTATTTTATGACAACAAAGATCATAATTATTTG 112 AAAACAA-AAGTCAT-AACGATTTGAAATAGATAATTGT-T--CAA-ATAG-TCATAACTATTTG * 16705299 AGA-TAGAT-AA 170 A-ACT-GTTCAA * * ** * * * * * * 16705309 TTGTTCAAATAG-TCATAACTAATTTAAACTAGTTTGGTAAACATATTTTATTTTTTAAATCTCT 1 ----T-AAACAGAT--TTA-TTTTTTAAA-T-CTCT--T--ACTTA-TTAATTTTTGAAATAT-T * * ** * * * * * * * * * * * ** 16705373 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Indices: 16695053--16718017 Score: 8803 Period size: 360 Copynumber: 63.7 Consensus size: 361 16695043 GAATTGATTT * * 16695053 AGTAAACAGATTCATGTTTTAAATC----ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT 1 AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT * * * * * * 16695114 ATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACTAGAAGAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAA 66 ATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA * *** * * 16695179 CGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTGCAACTATTTGAATTTGTTC-GATAAATATATTT 131 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAATAGATTT * * * * * ** 16695243 ATTTTTTAAATCTTTTACTTAGTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATTTTATTTAATTCCAAA 195 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTAAA * * * * * ** 16695308 TGAGCTAGTATGAATTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAG 260 TAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG * * * * * 16695373 ATAATTGTTCATACAGTCTTAATTATTTGAA-TTGGTTT 325 ATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACTT-GTTC * * * * * 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* * * * * 16700140 TATTTTAATTTG-ATTAAGCTTCTGTAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGACAT 65 TATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT ** * * * * * * * 16700204 AAAAATTTCAAATAAATAATTGTTTC-AATAATCATAGCTATTTGAACTTATT-TGTTAGATAGA 129 AACGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAATAGA * * ** 16700267 TTTATTTTTTTAAGTCTTTTACTTATTAATTGTTTG-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATT 192 TTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT * * * * * * * * * * 16700331 TGAAATAAGCTTGTATTATCAGAAAAAATTATTTTATGATAAAACAAAAGATTATAGTGATTTGA 255 TTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA * * 16700396 AATGGATAATT-TTCCAAATAGTTATAACAATTTGAA-TTGGTTC 320 AATAGATAATTGTT-CAAATAG-TATAACTATTTGAACTT-GTTC * * * * * ** * * * * 16700439 AGTAAGCAAATTAATTTTTTAAATCTCTTT-TTTATTAAGTTTTGGATTACTAATAAATAAGAAT 1 AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTAT * ** * * * * ** * 16700503 TATGTTATTTCG-AATAAGCTTGTACAAATAGAAACAACTGTTTTGTGAGGAAACAAAAGGTTAT 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AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT * * ** 16704067 ATTTTATTTTGAACA-AA-CTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAGTAAAA-G---T 66 ATTTTA-TTTGAA-ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT * * * * * * 16704126 -A--A---G-AA-CGAT--TTG---AAATAG--ATAATTATTTGACCTAGTTCAGTAAAAAGAAT 129 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATT * * ** 16704176 TATTTTTTAAATCTGTTA--TA--AATTTTTGAAATATTAATAAA-TAAGTTTTATTTTATTTCG 194 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAA-TATTATTTTATTTTA * * * * 16704236 AACAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTT-TGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAAT 258 AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT * * * * * * * 16704300 AAATAACTATTCATATAATCTTAACTATTTGAAC-TATTC 323 AGATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACTTGTTC * * * * * * * 16704339 AGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATAAGTATT 1 AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT ** * * * * * * 16704404 ATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACTGAGATAATTATTTTATAACAGAATAAAAGG-CTAT 66 ATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-AT * * * * 16704467 AACAATTTGAAATAGATAA---TT---AT--TCA-GA-TA--GGAACTAGTTCAGTAAATAGA-T 129 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATT * * * * ** 16704519 TATTTTTTAAATTTGC-TATTTATTAATTATTGAAATATTAACAAATTAATA--A---GCTTTT- 194 TATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTA * * * * * * 16704577 ATTAA--TTG-A--AA-TG-----ATTGTTTTATAACAGAACAAAATGTTATAACGATTTGAAAT 258 AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT * * 16704631 AGATAATTGTTC-----G---AA-TA--GGAACTGGTTC 323 AGATAATTGTTCAAATAGTATAACTATTTGAACTTGTTC * * ** * * 16704659 GGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCCTACTTTTTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATT 1 AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT * ** * * * * * 16704723 GTTTTATTTCG-AAT-AGACTTGTATGATGAAAAGCAATTGTTTCATTACAAAACGAAAGTTCAT 66 ATTTTATTT-GAAATAAG-CTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT * * * * * * * * 16704786 AATGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATGGCCATAATTAGTTGAAC-TGATTCAATAAATTGAT 129 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAATAGAT * * * * * 16704850 TTATTTTTTAAATCTCTAACTCATCAATTTTAGAAATATTAATAAAAGTAATATTATTTTATTTT 193 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAATATTATTTTATTTT ** * * * * * 16704915 GGATAAGCTTTTATGAATTTAAACAATTGTTTTATGATAAAACAGAAGGTCATAATGATATT-AA 257 AAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT-TTGAA * * * 16704979 ATGGATAATTGTTCAAATAGTTATAACT-TTTCAAACTTATTC 321 ATAGATAATTGTTCAAATAG-TATAACTATTT-GAACTTGTTC * * * * * 16705021 AATAAACAAATTTATTTTTTTTAAAT-TTCCTAGTTATTAATTTTTTAAAA-GTTAATAAATTAG 1 AGTAAACAGATTTA--TTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAA-TTTTTAAAATATTAATAAATTAG * * * * * ** * * * ** 16705084 TATTATTTTATGACT-ACACAAAAGGTGAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAATAGTCTTA 62 TATTATTTTAT--TTGA-A-ATAAGCT-TGTATGA--ACAAA-A-ACAATTGTTTTAT-GACAAA * * * * * * * * * * * 16705148 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* * * 16705496 C-GAACATGA-CTATTTGAACTTG-TTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAAT-CTC-CAACT-TA 113 CAAAACAAAAGGT-CAT-AAC--GATTTG--AAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT- * * * * * * * * 16705555 AT-AA-TT-TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT--AT-TCTGACTAAACT--TGTATGA 170 TTGAACTTGTTCAG--TA--AATAGATT--TATT-TTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTGA * * ** * *** * * ** * ** * ** 16705612 ATTGA--AA-CAATTGCT-TTA--TGA-CAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATT 227 AAT-ATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTAA-ATAAGCTTGT-ATGAACTGAAA-CAATTGTT * * * * * * * * * 16705670 TT-T--CAAATAGTCATAA-CT-ATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTTATTTTTAAAATCTTT 288 TTATGACAAA-A--CAAAAGGTCA--T-AA-TGATTTG--AAATAGA-TAATTGTTCAAA----- * * * 16705730 TACTTATTAA-TTTTTGGAA--TATT- 338 TA-GTA-TAACTATTT-GAACTTGTTC * * * * * * * * * 16705753 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACATGCTTGTA-TGATCAGA----AACAAATGGTTTATG 1 AGTAAA-CAG-ATT-TATT-TTTT-AA-AT-CTTTTACTTATTA-ATTTTTA-AAAT-ATTAAT- ** ** ** * * ** * 16705813 GCAAAACAAAACGACATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AATCATAACTAATTAATT 55 --AAATTAGTA--TTAT-TTTATTTGAAATA-A-GCTTG-T---ATGAA-CA-AA--AA-CAATT * ** ** * * * ** * * * 16705877 GTGTTTA-G--AAAACATATTTATTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTCA-AAATATT-AATAA 104 GT-TTTATGACAAAACA-A--AAGGTCAT-AA--C-GA-TT-TGAAATAGATAATTGTTCAA-AT * * * * * * * * * * * ** 16705937 ATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGAATGAATAGAACCCATTATTTTATGACAAAAC-AA 158 AGTCATA--A--CTATTTGAACT-TG-TTCAGTAAATAG-A---TTTATTTT-T--TAAATCTCT * * ** * ** * * * 16706001 AAGGC-TA-TAATGTTTTGAAATAGATAAT-TGTTCAGATAGTCGA-ACTA-TTTGAAT-TGTTT 210 TA--CTTATTAAT-TTTTGAAATA-TTAATAAATT-A-ATA-T-TATTTTATTTTAAATAAGCTT * ** * * * 16706060 GGTA--AAC--AAATTC-ATT-TTTTAAT-TC---AC-TTA-CTCATTAAT-TTTTGAAATA-TT 267 -GTATGAACTGAAA--CAATTGTTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCA-TAATGATTTGAAATAGAT ** * * 16706111 AA----T-AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGA 327 AATTGTTCAAA-TAGTA-TA-ACTA-TTTG----AACTTGT-T-C * * * *** * * * 16706151 ATTGAACA-A-TTATTTTATTACAAAAC-AAAAGGTCA-TAATTATTTAAAATAGATAATTATTC 1 AGTAAACAGATTTATTTT-TT--AAATCTTTTA-CTTATTAATT-TTTAAAATA-TTAA-TA--- ** * * * ***** * ** 16706212 AAAGAGTCATCACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAA-ATT-TATTTTTTAAATCTTTTTGTTTT 56 AATTAGT-AT---TA-TT----TTATTT-G-AAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC-AATTG-TTT * * * * * ** * * * * 16706275 TAATTATCGAAATATTAATAA-ATTAAAATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTAT-GAATAG--A 108 T-ATGA-C-AAA-A-CAA-AAGGTCATAACGATTTGAAATAG-ATAA--TTGT-TCAAATAGTCA * * ** * * *** * ** * * * * * * 16706336 -AAC-AATT--ATTTCAT-AATAAA-ACAAAAAGTCATAACAAT-T-TGAAATAAATAATTGTTG 163 TAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTA-AATCTCT-TACTTATTAATTTTTG * * * ** * * *** * ** * 16706393 AAATAGTCA-AAA-TGAT-TTGAAATTGTTTGGTAAAT-AGATT-TAT-TTTTTAAATCTTTTAC 226 AAATATTAATAAATTAATATT-ATTTTATTT--TAAATAAGCTTGTATGAACTGAAA-CAATT-G * ** * * * * * 16706452 TTATTAATTGTCTCAATATTAATAA-ATCCGT-ATTATTTTATTCAA-A-ATAAGCTTGTAT-GA 286 TT-TT-A-TG--ACAA-AACAA-AAGGT-CATAATGATTTGA---AATAGATAA--TTGT-TCAA * * * * **** 16706512 ATAGAAAAAATTATTTTATAAC-AAAAC 337 ATAG-TATAACTA-TTT-GAACTTGTTC * ** ** * ** * 16706539 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*** * * 16707305 GGCAAACACATTTA-TTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTGGGAATATTATTAGATTAGTATT 1 AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT * * * * * * * * 16707369 ATTTTATTCCG-AATAAGCTTGTATAAATAGAAATATTTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTTATA 66 ATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA * * * * 16707433 ACGATTTGAAGTATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCAATAAAACAGAT 130 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGT-AAATAGAT * * * * * 16707497 ATATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAAGTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG 193 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTA * * *** * * * * 16707558 AACAAGCTTGTACGATAAAAAAACCATTG---T-TG-------AAAAGGTAATATTGATTTGATA 258 AATAAGCTTGTATGA-ACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA * * * * * * 16707612 TAGATAATTATTTAAATGGCCATAATTATTTGAAC-TGATTT 322 TAGATAATTGTTCAAATAG-TATAACTATTTGAACTTG-TTC * * ** * * 16707653 AGTAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTATTATT 1 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* * 16711226 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGATT- 324 GATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACTTG-TTC * ** * * * * * 16711265 AGTAAACAAATTTACATTTTAAATCTCTGA-TGGATTAATTTTCT-GAATATTAATCAATTAGTA 1 AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT-TATTAATTTT-TAAAATATTAATAAATTAGTA * * * * * * * * * 16711328 TTATTTTATTTCAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTGATGACAAAATAAAAAGTAAT 64 TTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT * * * * 16711393 AACTATTTGGAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCAATAAAACAGA 129 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGT-AAATAGA * * * * 16711457 TATATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAAGTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT 192 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTT * * *** * *** * * * * 16711518 GAACAAGCTTGTATGATAAAAAAAAAACCATTGT-TG-------AAAAGGTAATATTGATTTGAT 257 AAATAAGCTTGTATGA-ACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA * * * * * * 16711575 ATAGATAATTATTTAAATGGCCATAATTATTTGAAC-TGATTT 321 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AAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA * * * * * 16715529 TAGATAATTATTGAAAGAAAG-ATGAGTATTTGAACTTGTTC 322 TAGATAATTGTT-CAA-ATAGTATAACTATTTGAACTTGTTC * * ** * * 16715570 -GATAAATAGATTTA-TTTTTAAAACTCCTACCTT-TTAATTTTCAAAATATTATTCAAA-TAGT 1 AG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA-CTTATTAATTTTTAAAATATTAAT-AAATTAG- * ** **** ** * * 16715631 TATGACTGTTTGAACTTATTTGGTAAA-AATATT-TAT-TTTTAAAACTTTTACTTATTAATTGT 62 TAT---T-ATT----TTATTT-G-AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATT-GTT-TT-A-TGA * ** * ** * * * * * *** * * * 16715693 CAAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTAATTCAAAGAAGCTTGTAT-GAATAAAAACAATTGT 113 CAAAACA--AA-AGGTCATA-ACGATTTGAAAT-AGATAA--TTGT-TCAAATAGTCATAACT-A ** * * * * * * * 16715756 TTTACGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATA-AATAATTATTCAAATAGCTATAACAAT 169 TTT--G----AAC---TTGT--T--C-A-GT-AAATAGATTTATTTTTTAAAT--CTCTTAC--T * * * * * * * 16715820 T-TAAACTTATTTG--GTA--AATAGATT--TATT-TTTTAAACTTTTTTTATTAA--TAGTTTG 214 TATTAA-TT-TTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTT--A---TTTTAAATAAGCTTGTATG * * * **** * * * * * 16715875 AATATTAATA-AATTTGTATTAT--TTTGACAAAA---CA-AATGGTTATAGCGACTTGA-AATA 272 AA-CTGAA-ACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT-T-G-AAATAGATAATT * * * * 16715932 GAT--AATTGT-TCAAATAGTCAT-AACTAT-TTGAAC 331 GTTCAAATAGTAT-AACTA-T-TTGAACT-TGTT---C * ** * * * ** 16715965 TTGTTTGTTAAATAGATTCATTTTTTAAAT-TTCTTACATATTAATTTTTGGAATATTAATAAAT 1 -AG--T-AAACA--GATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT * * * * ** * * * * * * 16716029 TAGAATTATGTTATTTCAAATAAGTTTGTACAAATAGAAACAATTTTTTTGTGATAAAACAAAAT 59 TAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG * * ** * * * ** 16716094 GTCATAAGGATTTGGAAA-AGATAATTGTTCAAACA-TCACCACTATTTGCACTAG-TCGGGCCA 124 GTCATAACGATTT-GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-AGTAA ** * * ** * * 16716156 ATAGATTCGTTTTTTAAATC-CGTCAATTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGCATCACT 187 ATAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATT * ** * * * 16716219 TTATTCTAAATAAGAC-TACATGAAC-AAATATAATTGTTTTATGACAAAA-AAAATTGTCATAA 250 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GAAATACATAATTGTTCATATAGCCT-TAAATATTTGAA-TTGATTT 318 GAAATAGATAATTGTTCAAATAG--TATAACTATTTGAACTTG-TTC * * * * * ** * * * ** 16716683 GGCAAACAAATCTATTTTTTGAATCTCATAGTTATTAATTTTCAAAATATTATTGGATTAGTATT 1 AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT * * * * * * * * 16716748 ATTGTATTCCG-AATAAGCTTGTATGGACATAAATAATTGCTTTATGATAGAACAAAAGGAT-AT 66 ATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCAT * * * ** * 16716811 AATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAA-TTGGTTTGGTAAATTGAT 129 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAATAGAT * * * 16716875 TTCTTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTA 193 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTA * * * 16716939 AATAGGCTTGTATG-A-TGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGTTCATAATGATTTGAA 258 AATAAGCTTGTATGAACTG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA * * * * 16717002 ATAAATAAATGTTCAAAT-GCCATAATTATTTGAAC-TGATTC 321 ATAGATAATTGTTCAAATAG-TATAACTATTTGAACTTG-TTC ** * ** * * * * * 16717043 -GATAAATTGATTTA-ATTTTAAATCCCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATAT 1 AG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTAT * * * ** * * * * 16717106 TATTTTATTTCG-AATATGTTTTTATGAACTGAAACAATTGTTGTATGA-AAAAAAAAAGGACTT 65 TATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT * * * * * * * 16717169 AATGATTTTAAATAGATAATTGTTTAAACAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAATAAACAGATT 129 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATT * * * * * * * * 16717234 TATTTTTTAAAATTTTTTGCTTATTAATTTTCTG-AATGTTAATAACTTAGTATTATTTTATATC 194 TATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTT * ** * * * * * * * * 16717298 GAATAAGCAGGTATGAACTAAAATAATTATTTTATTACTAAACAAAAGATTAAAATGATTT-AAT 257 AAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA- ** * * 16717362 ATAGATAATTGTTTTAATAGTCTCAACTATTTGAACTAGTTC 321 ATAGATAATTGTTCAAATAGTAT-AACTATTTGAACTTGTTC ** * * * * * * 16717404 AACAAACACATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAAT 1 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Indices: 16704661--16705040 Score: 396 Period size: 182 Copynumber: 2.1 Consensus size: 179 16704651 ACTGGTTCGG ** * * * 16704661 TAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCCT-ACTTTTTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTG 1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-CTAACTCATCAA-TTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTA * * 16704724 TTTTATTTCGAATAGACTTGTATGATGAAAAGCAATTGTTTCATTACAAAACGAAAGTTCATAAT 64 TTTTATTTCGAATAGACTTGTATGATGAAAAGCAATTGTTTCATGACAAAACGAAAGGTCATAAT * * 16704789 GATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATGGCCATAATTAGTTGAACTGATTCAA 129 GATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGCCATAATTA-TTAAACTGATTCAA *** 16704841 TAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTCATCAATTTTAGAAATATTAATAAAAGTAATATTA 1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTCATCAATTTTA-AAATATTAAT-AAAGTAATATTA * * * ** * * 16704906 TTTTATTTTGGATA-AGCTTTTATGAATTTAAA-CAATTGTTTTATGATAAAAC-AGAAGGTCAT 64 TTTTATTTCGAATAGA-CTTGTATG-ATGAAAAGCAATTGTTTCATGACAAAACGA-AAGGTCAT * * ** * 16704968 AATGATATT-AAATGGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTT-TTCAAACTTATTCAA 126 AATGAT-TTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGCCATAA-TTATT-AAACTGATTCAA 16705023 TAAACAAATTTATTTTTT 1 TAAACAAATTTATTTTTT 16705041 TTAAATTTCC Statistics Matches: 163, Mismatches: 27, Indels: 18 0.78 0.13 0.09 Matches are distributed among these distances: 180 16 0.10 181 31 0.19 182 107 0.66 183 9 0.06 ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42 Consensus pattern (179 bp): TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTCATCAATTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATT TTATTTCGAATAGACTTGTATGATGAAAAGCAATTGTTTCATGACAAAACGAAAGGTCATAATGA TTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGCCATAATTATTAAACTGATTCAA Found at i:16707093 original size:162 final size:161 Alignment explanation
Indices: 16706877--16707174 Score: 420 Period size: 162 Copynumber: 1.8 Consensus size: 161 16706867 TTATGAATAG * 16706877 AAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCAAAATGATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGT 1 AAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCAAAACGATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGT * * * * 16706942 CATAACTATTTGAATTGGTT-TGATAAACA-ACTTTATTTTTTCAATCTCTTATTAATTTTTTAA 66 CATAACTATTTGAACTGGTTAAG-TAAACATA-ATTATTTTTT-AATCTCTTATTAATTTTTGAA * 16707005 ATATTAATAGATTAGTAATATTTTACTTTGAACA 128 AAATTAATAGATTAGTAATATTTTACTTTGAACA * * * * * * * * 16707039 AAACATTTATTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCGAATAGT 1 AAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCAAAACGATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGT * 16707104 CATAATTATTTGAACTGGTTAAGTAAACATAATTATTTTTTAATCTCTTATTAATTTTTGAAAAA 66 CATAACTATTTGAACTGGTTAAGTAAACATAATTATTTTTTAATCTCTTATTAATTTTTGAAAAA 16707169 TTAATA 131 TTAATA 16707175 AATTTGTTTT Statistics Matches: 119, Mismatches: 15, Indels: 5 0.86 0.11 0.04 Matches are distributed among these distances: 161 28 0.24 162 89 0.75 163 2 0.02 ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.08, T:0.40 Consensus pattern (161 bp): AAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCAAAACGATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGT CATAACTATTTGAACTGGTTAAGTAAACATAATTATTTTTTAATCTCTTATTAATTTTTGAAAAA TTAATAGATTAGTAATATTTTACTTTGAACA Found at i:16712969 original size:733 final size:717 Alignment explanation
Indices: 16709581--16713518 Score: 1960 Period size: 733 Copynumber: 5.4 Consensus size: 717 16709571 AAGGTAATAT * * ** * * * * 16709581 TGATTTGATATAGATAATTATTTAAATGGCCATAATTATTTGAACTG-ATTTGGTAAACAGATTC 1 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAAAGCCATAACTATTTGAAATGAATTCGGTAAACAGATTT * * * * ** 16709645 ACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAACTATTATTATTTTATTTCAA 66 A-TTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTG * * * * * ** * * * * 16709709 ACAAACTTGTATCAACTAAAACAATTATTTTAAGATGAAGCAGAAGGTTATAATGATTTTAAATA 128 ATAAACTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTTGAATA * * * * * * 16709774 TACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTC-GATAAAAAGATTTATCTTTTCTAAA 193 GATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAAAAGATTTAT-TTTTTTAAA * * * * * * 16709838 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGGATAAACTTTTA 256 TCTCTTA-TTA--ATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTGTA * * * * * * * * * * 16709903 TGA-ACTGAAATAATTTTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTT 317 TGATA-TGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGCTCAAAACGATTTGAAATAAATAATTATT * * ** * * * ** * * * 16709967 CAAATAATCAAAACTATTTGAGCTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTCAAA--TC-T-CTTAT 381 CTAATAGTCTTAACCACTTGAACTAATTCAATAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTAT * * * *** *** * * 16710028 TAATT-TTCCAAATGTTAATAAATTGGGATTATTTGTT--CTGCATAAGCTTGTATGATATGAAA 445 TAATTATT-GAAATATTATTAAATTAATATTATTT-TTAACCAAATAAGCTTCTACGA-A-GAAA * * * ** * ** * * 16710090 CAAA-TATTTTATGACTAAACAAAAGCTCAAAACGATTTGAAATAAATAATTATT-GTACTAGTT 506 AAAACTATTTTATGACTAAACAAAAG-TCGAAATGATTTGAAATTGATAATCATTCAAAC-AATC * * ** ** * * * * * * * * 16710153 TTAACTACTTGAACTAATTTGGTAAACACATTTATTTTTTAAATGTCTT-ACTTATTGATTTTTG 569 ATAACTATTTGAACTAGGTCAGCAAATAAATTTATATTTTAATTTTCTTGAC--ATTAAGTTTTG * * * * * ** ** ** * 16710217 AAATATTATTAAATTAATTTTATTTT-TAACCAAATAAGCTTCTATGAGGAGAAAA-AATTATTT 632 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTAAATAAAATAGTATGAATA-AAAACAATTGTTT * * 16710280 TATGATAAAAC-A-AAGATCATAAA 695 GATGACAAAACAACAAG-TCAT-AA * * * * * ** * 16710303 TGATTTGAAATTGATAATTATTCAAACAA-TCATAAGTATTTGAATTG-GTTTAGTAAATAGATT 1 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-AAGCCATAACTATTTGAAATGAATTCGGTAAACAGATT * * * * 16710366 TATTTTTTGAAT-T-TT-TTACTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCC 65 TA-TTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-G * * ** * * * * 16710427 AGTAAGCTTATATGATCAAAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAGAA-GTCATAATGA-TTTGAA 128 A-TAAACTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAA-AAGGTAATAATGATTTTG-A * * ** ** ** * * * 16710490 ATAGATAATTATTCAAAAAGCCATAGTTATTTTG-ACTAATTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTAA 190 ATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTA-TTTGAACTTGTTCAGTAAAAAGATTTATTTTTTTA * ** * * ** * * 16710553 AATATCTTACCAATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGTATAAACTTG 254 AATCTCTTATTAATT--TTTT-G-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTG * * * * * * * * * * 16710618 TATTA-ATTGAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTG-AATAGACAATT 315 TATGATA-TGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGCTCAAAACGA-TTTGAAATAAATAATT * ** * * * ** * * * * 16710681 GA-TCAAATAGTAATAACTATTTTAACTTGTTCGATAAACATATTTAATTTTTTTAAATTTCTTT 378 -ATTCTAATAGTCTTAACCACTTGAACTAATTCAATAAACAAATTT-A-TTTTTTAAATCTCTTA * * * * * * *** * * 16710745 CTAACTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATT--TTGAATAAGCTTGTATGAA 440 CTTATTAA-TTATTGAAATATTATTAAATTAATATT-ATTT-TTAACCAAATAAGCTTCTACGAA * * * * * 16710807 TGGAAAAAATTGTTTAATGACTAAACAAAAGGTC-AGAACGATTTGAAATAGATAAAATAGATAA 502 -GAAAAAAACTATTTTATGACTAAACAAAA-GTCGA-AATGATTTG--A-A-AT----T-GATAA * * * * * ** * * * * * 16710871 T-AGTTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACT-GGTTCAATAAACAAATGTATTTTTTAAATCTCTT 555 TCA-TTCAAACAATCATAACTATTTGAACTAGG-TCAGCAAATAAATTTATATTTTAATTTTCTT * ** * * 16710934 -ACTTATTAA-TTATTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTC-AAATAAGCTTGTACGA 618 GAC--ATTAAGTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAAAATAGTATGA * * * ** 16710996 AT-AGAACAATTGTTTTATGACTAAACAA-AAGTCGCAA 679 ATAAAAACAATTGTTTGATGACAAAACAACAAGTCATAA * * * * * * * ** * ** 16711033 TGATTTGAAATTGATAATCATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACT-AGGTCGGCAATTAGATTT 1 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAAAGCCATAACTATTTGAAATGAATTCGGTAAACAGATTT * * * * * * 16711097 ATATTTTAATTTTCTTGGCT-ATTAAGTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTAA 66 AT-TTTTAAATCTCTT-ACTAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-G * * * * * * 16711161 ATAAA-ATAGTATGAA-TAGAACCAATTGTTTGATGACAAAACAACAGGTTATAATGA-TTTGAA 128 ATAAACTTA-TATGAACT-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTTG-A * * * * ** 16711223 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGATT-AGTAAACAA-ATTTA-CATTTT 190 ATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAA-AAGATTTATTTTTTT * * * * ** * * 16711285 AAATCTCTGATGGATTAATTTTCTGAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTT 253 AAATCTCT--T--ATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTT * ** * * * * * * * 16711350 ATATGA-ACAAAAACAATTATTTGATGACAAAATAAAAAG-T-AATAACTATTTGGAATAGATAA 314 GTATGATA-TGAAACAAATATTTTATGACTAAA-CAAAAGCTCAA-AACGATTTGAAATAAATAA * * * * * * * * 16711412 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAAACAGATATATTTTTTAAATCTCTTA 376 TTATTCTAATAGTCTTAACCACTTGAACTAATTCAAT-AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA * * * * **** * * * 16711477 -TTA--AGTT-TTGAAAGATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTTGAACAAGCTTGTATGATAA 440 CTTATTAATTATTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTTTA-ACCAAATAAGCTTCTACG--AA * * * *** * * * * * *** 16711537 AAAAAAAACCATTGT-TGA--AAAGGTAA-T---ATTGATTTGATATAGATAATTATTTAAATGG 502 GAAAAAAACTATTTTATGACTAAACAAAAGTCGAAATGATTTGAAATTGATAATCATTCAAACAA * * * ** * * * * * ** 16711595 CCATAATTATTTGAACT-GATTTGGTAAACAGATTCACT-TTTTAAATCACTT-ACTTATTAA-T 567 TCATAACTATTTGAACTAG-GTCAGCAAATAAATTTA-TATTTTAATTTTCTTGAC--ATTAAGT * * * * * * * 16711656 TTTTAGAATATTAATAAACTATTATTATTTTATT-TCAAACAAACTTGTATCAACT-AAAACAAT 628 TTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAAATAGTATGAA-TAAAAACAAT * * * ** * * * 16711719 TATTTTAAGATGAAGCAGA-AGGTTATAA 690 TGTTTGATGACAAAACA-ACAAGTCATAA * * * * * * * * 16711747 TGATTTTAAATATACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTG--TTCGATAAAAAGATT 1 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAAAGCCATAACTATTTGAA-ATGAATTCGGTAAACAGATT * * * 16711810 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ATAAACTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTTGAATA * * * * 16712657 GACAATTGATCAAATAGTAATAACTACTTT-AACTTGTTCGGTAAACAGATTTAATTTTTTTAAA 193 GATAATTGTTCAAATAGTAATAACTA-TTTGAACTTGTTCAGTAAAAAGATTT-ATTTTTTTAAA * * 16712721 TTTCTTTCTAACTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTGTA 256 --TC--TCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTGTA * * 16712786 TGA-ATGGAAA-AAAT-TGTTTAATGACTAAACAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATAGATAAAAT 317 TGATAT-GAAACAAATAT-TTT-ATGACTAAACAAAAGCTCAAAACGATTTG--A-A-AT-AAAT * ** 16712848 AGATAATAGTTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACTGGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATC 374 A-AT--TA-TTCTAATAGTCTTAACCACTTGAACTAATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATC * * * 16712913 TCTTACTTATTAATTATTGAAATATTATTAAATTAGTATTA-TTTTAATTCAAATAAGCTTGTAC 435 TCTTACTTATTAATTATTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTTTAA-CCAAATAAGCTTCTAC * * * * * * * 16712977 GAATAGAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGTCGCAATGATTTGAAATTGATAATCATTCATA 499 GAAGAAAAAAACTATTTTATGACTAAACAAAAGTCGAAATGATTTGAAATTGATAATCATTCAAA * * * * * * * 16713042 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AATCTCTTATTAA-GCTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAGCTTGTAT 254 AATCTCTTATTAATTTTTTGAATG-TTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTGTAT 16713515 GATA 318 GATA 16713519 AAAAAAAAAC Statistics Matches: 2521, Mismatches: 523, Indels: 337 0.75 0.15 0.10 Matches are distributed among these distances: 708 29 0.01 709 80 0.03 710 30 0.01 711 8 0.00 712 144 0.06 713 116 0.05 714 82 0.03 715 54 0.02 716 50 0.02 717 250 0.10 718 119 0.05 719 135 0.05 720 68 0.03 721 12 0.00 722 94 0.04 723 91 0.04 724 57 0.02 725 3 0.00 726 9 0.00 727 14 0.01 728 88 0.03 729 19 0.01 730 128 0.05 731 48 0.02 732 166 0.07 733 576 0.23 734 42 0.02 735 4 0.00 737 5 0.00 ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41 Consensus pattern (717 bp): TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAAAGCCATAACTATTTGAAATGAATTCGGTAAACAGATTT ATTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGATA AACTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTTGAATAGAT AATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAAAGATTTATTTTTTTAAATCTCT 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Indices: 16705245--16715592 Score: 4523 Period size: 533 Copynumber: 19.2 Consensus size: 538 16705235 ACTCCAAGTG * * * * ** * * 16705245 AACTTGTATGAAC-AGAAATAATTATTTTATGAC--AAC-AAAGATCATAATTATTTGAGATAGA 1 AACTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGA * * * ** * * 16705306 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTAATTTAAACTAGTTTGGTAAACATATTTTATTTTTT-AAA-- 65 TAATTGTTCAAATAATCATAACT-ATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGA-TTTATTTTTTAAAATC * * ** * 16705368 TC-TCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATTTTGCATGA 128 TCTTCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGA ** ** * * *** ** * 16705432 ATAAAAACAATTATTTTACAAC-AAAAAAAATGTTGTAACAATTTGAAATAGATAA-TAGTT-TA 193 ATTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAAATAATTA-TTATA * * * * * * * * 16705494 A-ACGAACATGACTATTTGAACTTG-TTCGATAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCCAACTTAA 257 ATA-G-TCTTAACTATTTGAAC-TGATTCGGTAAACACATTTATTTTTTAAAATCT---TCTTAT * * * * * * 16705556 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCTGACTAAACTTGTATGAATTGAAAC 316 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* 16710136 TAATTATTGTACTAGTTTTAACTACTTGAACTAATTTGGTAAACACATTTATTTTTT-AAATGTC 65 TAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTC * * * * * * * ** * 16710200 TTACTTATTGATTTTTGAAATATTATTAAATTAATTTTATTTT-TAACCAAATAAGCTTCTATGA 130 TT-CTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTGAATAAGCTTGTATGA *** * * ** 16710264 GGAGAAAAAATTATTTTATGA-TAAA-ACAAAGATCATAAATGATTTGAAATTGATAATTATTCA 193 ATTGAAACAATTATTTTATGACTAAACA-AAAGGTCA-AAATGATTTGAAATAAATAATTATT-A * * * * * * ** * * * * 16710327 -AACAATCATAAGTATTTGAATTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTT-GAAT-TTTTTACTTAA 255 TAATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACACATTTATTTTTTAAAATCTTCTTA-TTAA * * * * * * * 16710389 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCCAGTAAGCTTATATGATCAA-AAATAA 319 -TTTTGAGATATTATTAAATTAGTATTATTTTTA-TACGAATAAGCTTGTATGA--AAGAAACAA * * ** * * * * 16710452 TTGTTTTATGACAAAA-TAAGAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-AAGCCATA 380 TTATTTTATGACAAAACAAAG-A-TCATAACAATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAA-TCATA ** ** * * * * ** * 16710515 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506 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTAGATA * * * * ** * * * ** * * 16711697 AACTTGTATCAACTAAAACAATTATTTTAAGATGAAGCAGAAGGTTATAATGATTTTAAATATAC 1 AACTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGAT * * * * 16711762 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTC-GATAAAAAGATTTATCTTTTCT-AAATC 66 AATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAATAGATTTAT-TTTT-TAAAATC * * * * * 16711825 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATGTTAATAAATTAATATT-TTTT-TT-TGGATAAACTTTTATG 128 TCTT-CTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATG * * * * * * * * 16711887 AACTGAAATAATTTTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCA- 192 AATTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAAATAATTATT-AT * ** * * * * * 16711951 AATAATCAAAACTATTTGAACTTATTCAGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATC-TCTTATTAATT 256 AATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACACATTTATTTTTTAAAATCTTCTTATTAATT * * * * * * * * * * 16712015 TTCCAAATGTTAATAAATTGGGATTATTTGT-T-CTGCATAAGCTTGTATGATATGAAACAAATA 321 TT-GAGATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATAC-GAATAAGCTTGTATGA-AAGAAACAATTA * * * * * ** * ** * * ** * 16712078 TTTTATGACTAAACAAAAGCTCAAAACGATTTGAAATAAATAATTATTGTACTAGTTTTAACTAC 383 TTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAATCATAACTAT * ** * * * * * * * * 16712143 TTGAGCTAATTTG-GTAAACACATTTATTTTTTAAATGTCTTACTTATTGATTTTTGAAATATTA 447 TTGAACTGGTTCGAGAAAATAGATTTAGTTTTTAAAT-TTTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTA * * *** * 16712207 TTAAATTAATTTTATTTT-TAACCAAATA 511 ATAAATTAATATTATTTTAT-TTTAGATA * * * * * * * * * 16712235 AGCTTCTATGAGGA-GAAAAAAACTATTTTATGATAAAAC-AAAGATCATAA-ATGATTTGAAAT 1 AACTTTTATGA--ACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA--ATTTTAAAT * * * * * * 16712297 TGATAATTATTCAAACAATCATAAGTATTTGAA-TTGGTTCAGTAAATAAATTTATTTTTT-GAA 62 AGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAA * * * * * 16712360 T-T-TT-TGACTTAATTTTTGAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCCAGTAAGCTTAT 126 TCTCTTCTTA-TTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGT ** * * * * * * 16712421 ATG-ATCAAAAATAATTTTTTTATGACAAAATAAGAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA 189 ATGAAT-TGAAACAATTATTTTATGACTAAACAA-AAGGTCAAAATGATTTGAAATAAATAATTA * * * ** * * * * 16712484 TTCA-AAAAGCCATAGTTATTTTG-ACTAATTCGGTAAACAGATTTATTTTTAAAATATTTTACT 252 TT-ATAATAGTCTTAACTA-TTTGAACTGATTCGGTAAACACATTTATTTTTTAAA-ATCTT-CT * * * * * * * * 16712547 AATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCTGTATAAACTTGTATTAACTGA 313 TATTAATTTT-GAGATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATAC-GAATAAGCTTGTATGAA-AGA * * * * * * * * * * 16712611 AACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTTGA-ATAGACAATTGATCAAATAGT 375 AACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAA-CAATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAAT * * * * * * * * 16712675 AATAACTACTTT-AACTTGTTCG-GTAAACAGATTTAATTTTTTTAAATTTCTTTCTAACTAATT 438 CATAACTA-TTTGAACTGGTTCGAGAAAATAGATTT-A-GTTTTTAAATTT-TTGCTTATTAA-T * * * 16712738 TTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTT-GAATA 498 TTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTAG-ATA * * * * * * 16712778 AGCTTGTATGAA-TGGAAAA-AATTGTTTAATGACTAAACAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATAG 1 AACTTTTATGAACT--AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-AATT----T-- * * * * * * * * * 16712841 ATAAAATAGATAATAGTTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACTGGTTCAATAAACAAATTTATTTT 57 -T-AAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTT * * * * * 16712906 TT-AAATCTCTTACTTATTAATTATTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTC-AAATAA 120 TTAAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTGAATAA * * * ** ** 16712969 GCTTGTACGAATAG-AACAATTGTTTTATGACTAAACAAAA-GTCGCAATGATTTGAAATTGATA 183 GCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAAATA * * * ** * * ** 16713032 ATCATTCAT-ATAGTCTTAACTATTTGAACT-AGGTCGGCAATTAGATTTATATTTTAATTTTCT 248 ATTATT-ATAATAGTCTTAACTATTTGAACTGA-TTCGGTAAACACATTTATTTTTTAA-AATCT * * * ** * 16713095 TGGC-TATTAAGTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTA-TTTTATTCTAAATAAAATAGTATGA 310 T--CTTATTAA-TTTTGAGATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATAC-GAATAAGCTTGTATGA * * * * ** * * * 16713158 ATAGAACCAATTGTTTGATGACAAAACAACA-AGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA 371 A-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAA-AGA-TCATAACAATTTGAGATTGATAATTGTTCAA * * * * * ** * * * * 16713222 ATAGTCATAACTATTTGAAATGGATT--AGTAAACAAATTTACATTTTAAATCTCTGATGGATTA 433 ATAATCATAACTATTTGAACTGG-TTCGAGAAAATAGATTTAGTTTTTAAATTTTTGCT-TATTA * * * * 16713285 ATTTTCTG-AATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTCAGACA 496 ATTTT-TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTAGATA * * * * * * * ** 16713328 AACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAAGTAATAACTATTTGGAATAGAT 1 AACTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGAT * * * * 16713393 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCAATAAAGAAGATATATTTTTT-AAA--T 66 AATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAA-TAGATTTATTTTTTAAAATCT ** * * * 16713454 C-TCTTATTAAGCTTTGAAA-GATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAGCTTGTATGA 129 CTTCTTATTAATTTTTCAAATG-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGA *** * ** * * * * 16713517 TAAAAAAAAAACCATTGT-TG-------AAAAGGT-AATATTGATTTGATATAGATAATTATT-T 193 -ATTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAA-AATGATTTGAAATAAATAATTATTAT * * * * * * * * 16713572 AAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTTGGTAAACATATTCACTTTTT-AAATCACTTACTTATT 256 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** * 16714400 AGCTTTTATGAACTGCAACAATTGTTTTATGAC-AGA-AAAAGGTGATAATGATTTTAAATCGAT 1 AACTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGAT * * * 16714463 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAAATCTCT 66 AATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTCT ** * 16714528 TACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-CAAGTAAGCTTGTATGAA 131 T-CTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAA-TAAGCTTGTATGAA * * * * * 16714592 TTGAAACAATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTC-AAATGGTTTAAAATAGATAATTATTCTAAT 194 TTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAAATAATTATTATAAT * * * * 16714656 AGTCTTAACTTTTTAAATTGATTCGGCAAACACATTT-TTTTTTAAAATC-TCTTATTAATTTAT 259 AGTCTTAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACACATTTATTTTTTAAAATCTTCTTATTAATTT-T * * * * 16714719 GAGAT-TTACTAAATTAGTATTATTTTTATACGAATAAGCTTGTATGATCA-TAACTAATTGTTT 323 GAGATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATACGAATAAGCTTGTATGA-AAGAAAC-AATTATTT * * 16714782 TATGACAAAA-AAA-ATCATAACAATTTGAGATTGATAGTTGTTCAAATAATCATAACTAGTTGA 386 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Indices: 16718169--16718499 Score: 450 Period size: 181 Copynumber: 1.8 Consensus size: 180 16718159 ATAAACAAAC ** * 16718169 TTATTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTGGAAAT-TGTAATAAATTAGT-CTTATTTTATTCC 1 TTATTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTCAAAATAT-TAATAAATTAGTAC-TATCTTATTCC * * * * * 16718232 AAACAAGCGTGTATTAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAACATAAGGTCTTAATGATCTGAAG 64 AAACAAGCGTGTATAAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCTAAATGATCTAAAA ** * 16718297 TAGTTAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTAAACTATTTTGGTAAAAAGAT 129 TAAATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTAAACTATTTTGGTAAAAAGAT * *** 16718349 TTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTACTATCTTATTTTG 1 TTATTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTACTATCTTATTCCA * * * * 16718414 AATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCTAAATGATTTAAAAT 65 AACAAGCGTGTATAAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCTAAATGATCTAAAAT 16718479 AAATAATTATTCAAATAGTCA 130 AAATAATTATTCAAATAGTCA 16718500 TAAAATTTTG Statistics Matches: 129, Mismatches: 19, Indels: 5 0.84 0.12 0.03 Matches are distributed among these distances: 180 12 0.09 181 115 0.89 182 2 0.02 ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.42 Consensus pattern (180 bp): TTATTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTACTATCTTATTCCAA ACAAGCGTGTATAAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCTAAATGATCTAAAATA AATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTAAACTATTTTGGTAAAAAGAT Found at i:16719039 original size:177 final size:177 Alignment explanation
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Indices: 16718528--16719430 Score: 890 Period size: 363 Copynumber: 2.5 Consensus size: 358 16718518 CAGTAAATAG * * 16718528 ATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCTAACTAG 1 ATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAG * * * * ** 16718593 TTGAAATAGTTATAACTATTTTAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAGGATATTTTGTTTTGCCA 62 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGCCA * * * * * 16718658 TAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAGTCTTATTAAGAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTA 127 TAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAGTCTTATTAAGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTA * *** * * 16718723 TAAAAATTAATAAGTAATGGATTTAAAAAAAAAGAAGAATCTATTGGCCT-AACCAGTGT-AAAT 192 TAAAAATTAAAAAGTAAAAAATTT---AAAAAA-AA-AATCTATT-GACTAAACAAGT-TCAAAT * * 16718786 ATTTATGACTATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATTGTTATAACCATTTGTTTTATCACAAAAC 250 AGTTAGGACTATTTGAACAATTATTCTATTTCAAATTGTTATAACCATTTGTTTTATCACAAAAC * * 16718850 AATTAGTTCTA-TTCGTACAAGCTTATTTGAAATAATATAAT-TCTA 315 AATT-GTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAT-TA * * * 16718895 ATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTCACCAAACAAGTTCA 1 ATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCA * * * * * * * * 16718960 AATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATTAG 66 AATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAA ** * * * 16719025 ACAATT-TATTCTATTTGTAGAAG-CTTATTTCA-AATAAAATAATACAAATTTGTTCATATTCA 131 ACAATTGT-TTCTATTCATA-AAGTCTTA-TTAAGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATT-A * * * * 16719087 -AAAAATTAAAAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTAGG 192 TAAAAATTAAAAAGTAAAAAATTTAAAAAAAAAATCTATTGACTAAACAAGTTCAAATAGTTAGG * * * * * * * 16719151 ACTATTTGAACAATTATTTTTTTTTAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT 257 ACTATTTGAACAATTATTCTATTTCAAATTGTTATAACCATTTGTTTTATCACAAAACAATTGTT * 16719216 TATGTTCATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATATTA 322 TA-GTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTA * * * * * 16719254 ATTTATTAATATTTAGACAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGT 1 ATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG--AGAT-TTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGT * ** * * **** 16719319 CCAAATAGTCGTAACTATTTGAATAACTATCTACTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCATTAT 63 TCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGCCAT ** * * * * 16719384 AAAACAATTGTACCAATTCATATAGGCTTATT-TGAAGTAAAATAATA 128 AAAACAATTGTTTCTATTCATAAAGTCTTATTAAGAA-TAAAATAATA 16719431 TTAATTTAAT Statistics Matches: 438, Mismatches: 81, Indels: 39 0.78 0.15 0.07 Matches are distributed among these distances: 357 5 0.01 358 40 0.09 359 94 0.21 360 7 0.02 361 9 0.02 362 105 0.24 363 148 0.34 364 9 0.02 366 1 0.00 367 20 0.05 ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.40 Consensus pattern (358 bp): ATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCA AATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAA ACAATTGTTTCTATTCATAAAGTCTTATTAAGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTATAAA AATTAAAAAGTAAAAAATTTAAAAAAAAAATCTATTGACTAAACAAGTTCAAATAGTTAGGACTA TTTGAACAATTATTCTATTTCAAATTGTTATAACCATTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTTAGT TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTA Found at i:16720192 original size:182 final size:176 Alignment explanation
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Indices: 16720322--16720368 Score: 78 Period size: 19 Copynumber: 2.5 Consensus size: 19 16720312 CTTGTATGGA 16720322 GAAAAACAATTGTTTTATG 1 GAAAAACAATTGTTTTATG 16720341 GAAAAACAATTGTTTTAT- 1 GAAAAACAATTGTTTTATG 16720359 GATAAAACAA 1 GA-AAAACAA 16720369 AATGCCATAA Statistics Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 2 0.93 0.00 0.07 Matches are distributed among these distances: 18 2 0.07 19 25 0.93 ACGTcount: A:0.49, C:0.06, G:0.13, T:0.32 Consensus pattern (19 bp): GAAAAACAATTGTTTTATG Found at i:16720990 original size:181 final size:179 Alignment explanation
Indices: 16720794--16721202 Score: 407 Period size: 177 Copynumber: 2.3 Consensus size: 179 16720784 TGGTCAGGCT * * 16720794 AACAAATTCATTTTTTAAATTCGTTACTTATGAATTTTCAAAATATTAATACATTAGCATTACTT 1 AACAAATTTATTTTTTAAATTC-TTACTTAT-AATTTTCAAAATATTAATACATTAACATTACTT * ** ** 16720859 TATGTCGAATA-AGGC-TATATGAACAAAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAATGGTCAAAATG 64 TAT-TCCAA-ACAAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAAGTCAAAATG * * * * * 16720922 ATTTAAAATAAAGAATTGTTTAAATAGTTATAACTAACTGAATTGGTTT-AGTA 127 ATTTAAAATAAAGAATTGTTCAAATAATCATAACTAACTAAACTGGTTTGA-TA * * * * * 16720975 AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-C-T-TAATTTTCAAAATATGAATAGATTAATATTATTTT 1 AACAAATTTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATAATTTTCAAAATATTAATACATTAACATTACTTT * * * * * 16721037 ATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAAGAAAAAGTCATAATGATT 65 ATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAAGTCAAAATGATT * * * * ** 16721102 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTAAACTGGTTTGATA 130 TAAAATAAAGAATTGTTCAAATAATCATAACTAACTAAACTGGTTTGATA * * * ** 16721152 AACAAAATTATTTTTTAAATCCCATACTTATTAATTTTTTAAATATTAATA 1 AACAAATTTATTTTTTAAAT-TCTTACTTA-TAATTTTCAAAATATTAATA 16721203 AATTTATTTT Statistics Matches: 185, Mismatches: 35, Indels: 16 0.78 0.15 0.07 Matches are distributed among these distances: 175 1 0.01 176 6 0.03 177 133 0.72 178 3 0.02 179 2 0.01 180 1 0.01 181 37 0.20 182 2 0.01 ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.39 Consensus pattern (179 bp): AACAAATTTATTTTTTAAATTCTTACTTATAATTTTCAAAATATTAATACATTAACATTACTTTA TTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAAGTCAAAATGATTT AAAATAAAGAATTGTTCAAATAATCATAACTAACTAAACTGGTTTGATA Found at i:16726374 original size:18 final size:18 Alignment explanation
Indices: 16726325--16726374 Score: 50 Period size: 18 Copynumber: 2.8 Consensus size: 18 16726315 TTAATCATTA 16726325 AATTATAAT-ATAATTAAT 1 AATTA-AATAATAATTAAT * * 16726343 ATTTAAA-ATTTAATTAAT 1 AATTAAATA-ATAATTAAT 16726361 AATTAAATAATAAT 1 AATTAAATAATAAT 16726375 ACTAATTTAT Statistics Matches: 25, Mismatches: 4, Indels: 6 0.71 0.11 0.17 Matches are distributed among these distances: 17 2 0.08 18 22 0.88 19 1 0.04 ACGTcount: A:0.56, C:0.00, G:0.00, T:0.44 Consensus pattern (18 bp): AATTAAATAATAATTAAT Found at i:16726538 original size:27 final size:26 Alignment explanation
Indices: 16726484--16726541 Score: 73 Period size: 27 Copynumber: 2.2 Consensus size: 26 16726474 ATTTATATGT 16726484 TATAATTAATAATAATAATAATAGTA 1 TATAATTAATAATAATAATAATAGTA * * 16726510 TATAATTAAGTAATATTAA-AATTATTA 1 TATAATTAA-TAATAATAATAA-TAGTA 16726537 TATAA 1 TATAA 16726542 ATTATGATTA Statistics Matches: 28, Mismatches: 2, Indels: 3 0.85 0.06 0.09 Matches are distributed among these distances: 26 11 0.39 27 17 0.61 ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.03, T:0.41 Consensus pattern (26 bp): TATAATTAATAATAATAATAATAGTA Found at i:16726705 original size:19 final size:21 Alignment explanation
Indices: 16726666--16726735 Score: 67 Period size: 20 Copynumber: 3.5 Consensus size: 21 16726656 ATAAAAACAA * * 16726666 TAAATATTTGT-TTTAATATT 1 TAAATATTTATATTTAAAATT 16726686 TAAA-A-TTATATTTAAAATT 1 TAAATATTTATATTTAAAATT * * 16726705 TAAATATTTATA-TTATATTT 1 TAAATATTTATATTTAAAATT * 16726725 TAATTATTTAT 1 TAAATATTTAT 16726736 TTATTATAAT Statistics Matches: 42, Mismatches: 5, Indels: 6 0.79 0.09 0.11 Matches are distributed among these distances: 18 3 0.07 19 13 0.31 20 21 0.50 21 5 0.12 ACGTcount: A:0.41, C:0.00, G:0.01, T:0.57 Consensus pattern (21 bp): TAAATATTTATATTTAAAATT Found at i:16726743 original size:22 final size:20 Alignment explanation
Indices: 16726691--16726752 Score: 61 Period size: 20 Copynumber: 3.0 Consensus size: 20 16726681 ATATTTAAAA * * 16726691 TTATATTTAAAATTTAAATAT 1 TTATA-TTATAATTTAATTAT * 16726712 TTATATTATATTTTAATTAT 1 TTATATTATAATTTAATTAT * 16726732 TTATTTATTATAATTAAATTA 1 TTA--TATTATAATTTAATTA 16726753 GATTATTATT Statistics Matches: 34, Mismatches: 5, Indels: 3 0.81 0.12 0.07 Matches are distributed among these distances: 20 15 0.44 21 5 0.15 22 14 0.41 ACGTcount: A:0.42, C:0.00, G:0.00, T:0.58 Consensus pattern (20 bp): TTATATTATAATTTAATTAT Found at i:16727061 original size:41 final size:38 Alignment explanation
Indices: 16727006--16727081 Score: 116 Period size: 40 Copynumber: 1.9 Consensus size: 38 16726996 CTTAATCATA * 16727006 ATATAATTTATCTAATAATTATGGTTTAATTAATAAAAT 1 ATATAATTTATCTAATAATTA-GGTTTAATAAATAAAAT 16727045 ATATAATTATTATCTAATAATTAGGTTTAATAAATAA 1 ATATAA-T-TTATCTAATAATTAGGTTTAATAAATAA 16727082 GCATATTGAA Statistics Matches: 34, Mismatches: 1, Indels: 3 0.89 0.03 0.08 Matches are distributed among these distances: 39 6 0.18 40 14 0.41 41 14 0.41 ACGTcount: A:0.47, C:0.03, G:0.05, T:0.45 Consensus pattern (38 bp): ATATAATTTATCTAATAATTAGGTTTAATAAATAAAAT Found at i:16728079 original size:181 final size:178 Alignment explanation
Indices: 16727490--16728173 Score: 569 Period size: 181 Copynumber: 3.8 Consensus size: 178 16727480 TTGATCGATA ** * ** * * * 16727490 AGAAACAATTGTTTTACAACAAAATAAAATGTCATAACAATTTGAAATAAATAATAGTTCAAATG 1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA * * * ** * ** * * * * 16727555 GACATGACTATTTGAATTGGTTCAGTAAATTAATTAATTTTTTTAAATCTTCA-ACCTATTAATT 66 GTCATAACTATTTGAACT-CAT-GGTAAAAAAATTTA-TTTTCTAAATATT-ATACTTATTAATT * * * * * * 16727619 TTTAGAATGTTAATATATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTTTTATGAAT 127 TTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAAT-AGC-TTGTATGAAT * * * * * * 16727673 AGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAA-GATCATAACGATTTGGAATAAATAATTGTTCAAAC 1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT * * * * * 16727737 AATCATAACTATTTGAACTCACATGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TT 65 AGTCATAACTATTTGAACT--CATGGTAAAAAAATTTATTTTCTAAATATTATACTTATTAATTT * * * * 16727801 TTGGAATATTAATTAATTAGAATTATTTTATTCTAAATAGCTTGTTTGAAT 128 TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAGCTTGTATGAAT * * * 16727852 AGAAACAATTGGTTTATGATAAAAC-AAATGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT 1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAT-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT * * 16727916 AGTCATAACTATTTGAA-T-GTGTTTAAAAAAATAGCTTTATTTTCTAAA-ATTATACTTATTAA 65 AGTCATAACTATTTGAACTCATG-GT-AAAAAA-A--TTTATTTTCTAAATATTATACTTATTAA * 16727978 TTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATACGCTTGCATGAAT 125 TTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCAAAATA-GCTTGTATGAAT * ** * * 16728033 AGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATTTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATA 1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA * * * * * * 16728098 GTCATAACTATTTTAACTTGATCGATAAGAAAATTTATTTTTTTAAT-TCTATTACTCT-TTAAT 66 GTCATAACTATTTGAAC-TCAT-GGTAAAAAAATTTATTTTCTAAATAT-TA-TACT-TATTAAT * 16728161 TTTTAGAATATTA 126 TTTTGGAATATTA 16728174 TTTATAATTT Statistics Matches: 413, Mismatches: 66, Indels: 45 0.79 0.13 0.09 Matches are distributed among these distances: 175 2 0.00 176 1 0.00 177 5 0.01 178 5 0.01 179 85 0.21 180 61 0.15 181 116 0.28 182 48 0.12 183 86 0.21 184 3 0.01 185 1 0.00 ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41 Consensus pattern (178 bp): AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA GTCATAACTATTTGAACTCATGGTAAAAAAATTTATTTTCTAAATATTATACTTATTAATTTTTG GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAGCTTGTATGAAT Found at i:16728172 original size:22 final size:22 Alignment explanation
Indices: 16728157--16728205 Score: 59 Period size: 21 Copynumber: 2.3 Consensus size: 22 16728147 TATTACTCTT 16728157 TAATTT-TTAGAATATTATTTA 1 TAATTTATTAGAATATTATTTA 16728178 TAATTTATTAGAGATA--ATTTA 1 TAATTTATTAGA-ATATTATTTA * 16728199 TTATTTA 1 TAATTTA 16728206 AATAAATAAT Statistics Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 4 0.83 0.03 0.13 Matches are distributed among these distances: 21 17 0.68 22 5 0.20 23 3 0.12 ACGTcount: A:0.39, C:0.00, G:0.06, T:0.55 Consensus pattern (22 bp): TAATTTATTAGAATATTATTTA Found at i:16728876 original size:27 final size:27 Alignment explanation
Indices: 16728846--16728898 Score: 65 Period size: 28 Copynumber: 2.0 Consensus size: 27 16728836 ATAATTAATA 16728846 CTAA-ATTAGT-ATAATTATTTGAAATTG 1 CTAATATTAGTAATAA-TATTT-AAATTG * 16728873 CTAATTTTAGTAATAATATTTAAATT 1 CTAATATTAGTAATAATATTTAAATT 16728899 ATAAATATTA Statistics Matches: 23, Mismatches: 1, Indels: 4 0.82 0.04 0.14 Matches are distributed among these distances: 27 9 0.39 28 10 0.43 29 4 0.17 ACGTcount: A:0.42, C:0.04, G:0.08, T:0.47 Consensus pattern (27 bp): CTAATATTAGTAATAATATTTAAATTG Found at i:16729759 original size:13 final size:14 Alignment explanation
Indices: 16729741--16729807 Score: 57 Period size: 13 Copynumber: 4.8 Consensus size: 14 16729731 CCTTTAGATT 16729741 TAATATTATT-TTA 1 TAATATTATTATTA 16729754 TAATATTATTATTA 1 TAATATTATTATTA * * 16729768 TTATAATTTTTATT- 1 TAAT-ATTATTATTA ** * 16729782 TTTTAATATTATTA 1 TAATATTATTATTA 16729796 TAATAATTATTA 1 TAAT-ATTATTA 16729808 AATAATAATT Statistics Matches: 42, Mismatches: 8, Indels: 6 0.75 0.14 0.11 Matches are distributed among these distances: 13 17 0.40 14 11 0.26 15 14 0.33 ACGTcount: A:0.39, C:0.00, G:0.00, T:0.61 Consensus pattern (14 bp): TAATATTATTATTA Found at i:16729926 original size:34 final size:32 Alignment explanation
Indices: 16729864--16729926 Score: 83 Period size: 34 Copynumber: 1.9 Consensus size: 32 16729854 TTGAATAATT * 16729864 AATTTAATTATAATTAATATTTAATATTTAAC 1 AATTTAATTATAATTAATATTAAATATTTAAC 16729896 AATTTATATATATAATTAA-ATTAAATTATTT 1 AATTTA-AT-TATAATTAATATTAAA-TATTT 16729927 TATATTATTT Statistics Matches: 27, Mismatches: 1, Indels: 4 0.84 0.03 0.12 Matches are distributed among these distances: 32 6 0.22 33 7 0.26 34 14 0.52 ACGTcount: A:0.48, C:0.02, G:0.00, T:0.51 Consensus pattern (32 bp): AATTTAATTATAATTAATATTAAATATTTAAC Found at i:16730019 original size:21 final size:22 Alignment explanation
Indices: 16729975--16730020 Score: 58 Period size: 21 Copynumber: 2.1 Consensus size: 22 16729965 AAATTGATTA * 16729975 TTAAAATTAAATAAAATAATAT 1 TTAAAATTAAATAAAATAAGAT * * 16729997 TTAAAA-TAAATACAATTAGAT 1 TTAAAATTAAATAAAATAAGAT 16730018 TTA 1 TTA 16730021 TAACTAAGAA Statistics Matches: 21, Mismatches: 3, Indels: 1 0.84 0.12 0.04 Matches are distributed among these distances: 21 15 0.71 22 6 0.29 ACGTcount: A:0.59, C:0.02, G:0.02, T:0.37 Consensus pattern (22 bp): TTAAAATTAAATAAAATAAGAT Found at i:16730555 original size:17 final size:18 Alignment explanation
Indices: 16730533--16730608 Score: 79 Period size: 17 Copynumber: 4.3 Consensus size: 18 16730523 TCTTAATATG 16730533 ATATAAATAAT-TTATTA 1 ATATAAATAATATTATTA * * 16730550 ATATAACTTATATTA-TA 1 ATATAAATAATATTATTA 16730567 ATATAAATAATA-TATATA 1 ATATAAATAATATTAT-TA * 16730585 AGTAT-AATAATATTACTA 1 A-TATAAATAATATTATTA 16730603 ATATAA 1 ATATAA 16730609 GACTTATATC Statistics Matches: 48, Mismatches: 5, Indels: 11 0.75 0.08 0.17 Matches are distributed among these distances: 16 2 0.04 17 24 0.50 18 17 0.35 19 5 0.10 ACGTcount: A:0.54, C:0.03, G:0.01, T:0.42 Consensus pattern (18 bp): ATATAAATAATATTATTA Found at i:16730576 original size:9 final size:9 Alignment explanation
Indices: 16730533--16730608 Score: 50 Period size: 9 Copynumber: 8.7 Consensus size: 9 16730523 TCTTAATATG 16730533 ATATAAATA 1 ATATAAATA * * 16730542 AT-TTATTA 1 ATATAAATA * * 16730550 ATATAACTT 1 ATATAAATA * 16730559 ATAT-TATA 1 ATATAAATA 16730567 ATATAAATA 1 ATATAAATA * 16730576 ATATATATA 1 ATATAAATA 16730585 AGTAT-AATA 1 A-TATAAATA * * 16730594 ATATTACTA 1 ATATAAATA 16730603 ATATAA 1 ATATAA 16730609 GACTTATATC Statistics Matches: 50, Mismatches: 13, Indels: 8 0.70 0.18 0.11 Matches are distributed among these distances: 8 14 0.28 9 33 0.66 10 3 0.06 ACGTcount: A:0.54, C:0.03, G:0.01, T:0.42 Consensus pattern (9 bp): ATATAAATA Found at i:16730908 original size:24 final size:24 Alignment explanation
Indices: 16730871--16730930 Score: 68 Period size: 24 Copynumber: 2.5 Consensus size: 24 16730861 TTATATATTG * * 16730871 ATTATATAATTATATCGAT-TTAT 1 ATTATATAAATATAACGATATTAT * 16730894 ATTAATATAAATATAACGCTATTAT 1 ATT-ATATAAATATAACGATATTAT * 16730919 ATTATATTAATA 1 ATTATATAAATA 16730931 ATATTATAAT Statistics Matches: 31, Mismatches: 4, Indels: 3 0.82 0.11 0.08 Matches are distributed among these distances: 23 3 0.10 24 21 0.68 25 7 0.23 ACGTcount: A:0.45, C:0.05, G:0.03, T:0.47 Consensus pattern (24 bp): ATTATATAAATATAACGATATTAT Found at i:16730944 original size:18 final size:19 Alignment explanation
Indices: 16730913--16730952 Score: 55 Period size: 18 Copynumber: 2.2 Consensus size: 19 16730903 AATATAACGC * 16730913 TATTATATTATATTAATAA 1 TATTATAATATATTAATAA * 16730932 TATTATAAT-TATTTATAA 1 TATTATAATATATTAATAA 16730950 TAT 1 TAT 16730953 ATCTATTAAT Statistics Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 1 0.86 0.09 0.05 Matches are distributed among these distances: 18 11 0.58 19 8 0.42 ACGTcount: A:0.45, C:0.00, G:0.00, T:0.55 Consensus pattern (19 bp): TATTATAATATATTAATAA Found at i:16731315 original size:18 final size:18 Alignment explanation
Indices: 16731294--16731358 Score: 76 Period size: 18 Copynumber: 3.4 Consensus size: 18 16731284 TATGTTTTTT * 16731294 AATATTTATGGCCATTTA 1 AATAATTATGGCCATTTA * * 16731312 AATAATTATCGAATCAATTTA 1 AATAATTAT-G--GCCATTTA 16731333 AATAATTATGGCCATTTA 1 AATAATTATGGCCATTTA 16731351 AATAATTA 1 AATAATTA 16731359 ACAGATTTAT Statistics Matches: 39, Mismatches: 5, Indels: 6 0.78 0.10 0.12 Matches are distributed among these distances: 18 22 0.56 19 1 0.03 20 1 0.03 21 15 0.38 ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.40 Consensus pattern (18 bp): AATAATTATGGCCATTTA Found at i:16731430 original size:19 final size:20 Alignment explanation
Indices: 16731408--16731447 Score: 73 Period size: 19 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20 16731398 AAAGATTAAT 16731408 AAATTAGTATTA-ATAATTA 1 AAATTAGTATTATATAATTA 16731427 AAATTAGTATTATATAATTA 1 AAATTAGTATTATATAATTA 16731447 A 1 A 16731448 TTATATAACA Statistics Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 1 0.95 0.00 0.05 Matches are distributed among these distances: 19 12 0.60 20 8 0.40 ACGTcount: A:0.53, C:0.00, G:0.05, T:0.42 Consensus pattern (20 bp): AAATTAGTATTATATAATTA Found at i:16731511 original size:16 final size:16 Alignment explanation
Indices: 16731490--16731539 Score: 57 Period size: 19 Copynumber: 3.0 Consensus size: 16 16731480 TTACTATCTT 16731490 ATAAATATTATTAATA 1 ATAAATATTATTAATA 16731506 ATAAATTTTATTATTAATA 1 ATAAA---TATTATTAATA * 16731525 CTAAA-ATTATTAATA 1 ATAAATATTATTAATA 16731540 TTAGTAAAAG Statistics Matches: 30, Mismatches: 1, Indels: 7 0.79 0.03 0.18 Matches are distributed among these distances: 15 10 0.33 16 5 0.17 19 15 0.50 ACGTcount: A:0.52, C:0.02, G:0.00, T:0.46 Consensus pattern (16 bp): ATAAATATTATTAATA Found at i:16731674 original size:13 final size:14 Alignment explanation
Indices: 16731655--16731690 Score: 51 Period size: 13 Copynumber: 2.8 Consensus size: 14 16731645 TGTTTTGAAA 16731655 ATAATTAATTAATT 1 ATAATTAATTAATT 16731669 -TAATTAA-TAATT 1 ATAATTAATTAATT 16731681 ATAA-TAATTA 1 ATAATTAATTA 16731691 GTTAATAACA Statistics Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 5 0.80 0.00 0.20 Matches are distributed among these distances: 12 8 0.40 13 12 0.60 ACGTcount: A:0.53, C:0.00, G:0.00, T:0.47 Consensus pattern (14 bp): ATAATTAATTAATT Found at i:16731695 original size:20 final size:20 Alignment explanation
Indices: 16731654--16731698 Score: 56 Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20 16731644 TTGTTTTGAA * 16731654 AATAATTAATTAATTTAATT 1 AATAATTAAATAATTTAATT * 16731674 AATAATTATAATAA-TTAGTT 1 AATAATTA-AATAATTTAATT 16731694 AATAA 1 AATAA 16731699 CAAAAGTATT Statistics Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 2 0.85 0.08 0.08 Matches are distributed among these distances: 20 18 0.82 21 4 0.18 ACGTcount: A:0.53, C:0.00, G:0.02, T:0.44 Consensus pattern (20 bp): AATAATTAAATAATTTAATT Found at i:16731725 original size:27 final size:28 Alignment explanation
Indices: 16731684--16731745 Score: 83 Period size: 27 Copynumber: 2.2 Consensus size: 28 16731674 AATAATTATA 16731684 ATAATTAGTTAATAACAA-AAGTATTGTT 1 ATAATTAGTTAATAACAATAAGTATT-TT * 16731712 ATAATTA-TTAATAACAATAATTATTTT 1 ATAATTAGTTAATAACAATAAGTATTTT * 16731739 ATTATTA 1 ATAATTA 16731746 AACTAATATC Statistics Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 3 0.86 0.06 0.08 Matches are distributed among these distances: 27 18 0.58 28 13 0.42 ACGTcount: A:0.47, C:0.03, G:0.05, T:0.45 Consensus pattern (28 bp): ATAATTAGTTAATAACAATAAGTATTTT Found at i:16732102 original size:30 final size:29 Alignment explanation
Indices: 16732041--16732125 Score: 84 Period size: 29 Copynumber: 2.9 Consensus size: 29 16732031 AGTTTAATTT * 16732041 ATATTTAAATTAATTCATAAATATAATAA 1 ATATTTAAATTAATTAATAAATATAATAA 16732070 ATATTTAAATTTTAATTAATTAAA-AT-ATAA 1 ATATTTAAA--TTAATTAA-TAAATATAATAA * * * 16732100 ATATTTAATAATCATTATTAAATATA 1 ATATTTAA-ATTAATTAATAAATATA 16732126 TTTTTACTAG Statistics Matches: 46, Mismatches: 4, Indels: 11 0.75 0.07 0.18 Matches are distributed among these distances: 28 4 0.09 29 16 0.35 30 12 0.26 31 10 0.22 32 4 0.09 ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.00, T:0.45 Consensus pattern (29 bp): ATATTTAAATTAATTAATAAATATAATAA Found at i:16732303 original size:13 final size:14 Alignment explanation
Indices: 16732274--16732305 Score: 57 Period size: 14 Copynumber: 2.4 Consensus size: 14 16732264 AATAATTTAA 16732274 TAAATTATATAATT 1 TAAATTATATAATT 16732288 TAAATTATAT-ATT 1 TAAATTATATAATT 16732301 TAAAT 1 TAAAT 16732306 CATAAGAACT Statistics Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 1 0.95 0.00 0.05 Matches are distributed among these distances: 13 8 0.44 14 10 0.56 ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50 Consensus pattern (14 bp): TAAATTATATAATT Found at i:16732551 original size:17 final size:17 Alignment explanation
Indices: 16732529--16732563 Score: 54 Period size: 17 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17 16732519 CCATTTATGA 16732529 AATATTAGA-TAATTAAT 1 AATATTA-ATTAATTAAT 16732546 AATATTAATTAATTAAT 1 AATATTAATTAATTAAT 16732563 A 1 A 16732564 TTTTATTAAT Statistics Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 2 0.89 0.00 0.11 Matches are distributed among these distances: 16 1 0.06 17 16 0.94 ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.03, T:0.43 Consensus pattern (17 bp): AATATTAATTAATTAAT Found at i:16732556 original size:13 final size:14 Alignment explanation
Indices: 16732538--16732583 Score: 51 Period size: 13 Copynumber: 3.4 Consensus size: 14 16732528 AAATATTAGA 16732538 TAATTAA-TAATAT 1 TAATTAATTAATAT 16732551 TAATTAATTAATATT 1 TAATTAATTAATA-T * * 16732566 TTATTAATT-TTAT 1 TAATTAATTAATAT 16732579 TAATT 1 TAATT 16732584 TTATATTTTA Statistics Matches: 28, Mismatches: 3, Indels: 4 0.80 0.09 0.11 Matches are distributed among these distances: 13 12 0.43 14 7 0.25 15 9 0.32 ACGTcount: A:0.43, C:0.00, G:0.00, T:0.57 Consensus pattern (14 bp): TAATTAATTAATAT Found at i:16732573 original size:25 final size:25 Alignment explanation
Indices: 16732545--16732594 Score: 66 Period size: 25 Copynumber: 2.0 Consensus size: 25 16732535 AGATAATTAA 16732545 TAATATTAATTAA-TTAATATTTTAT 1 TAAT-TTAATTAATTTAATATTTTAT * * 16732570 TAATTTTATTAATTTTATATTTTAT 1 TAATTTAATTAATTTAATATTTTAT 16732595 CATTGATATT Statistics Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 2 0.85 0.08 0.08 Matches are distributed among these distances: 24 7 0.32 25 15 0.68 ACGTcount: A:0.38, C:0.00, G:0.00, T:0.62 Consensus pattern (25 bp): TAATTTAATTAATTTAATATTTTAT Found at i:16732577 original size:9 final size:9 Alignment explanation
Indices: 16732563--16732587 Score: 50 Period size: 9 Copynumber: 2.8 Consensus size: 9 16732553 ATTAATTAAT 16732563 ATTTTATTA 1 ATTTTATTA 16732572 ATTTTATTA 1 ATTTTATTA 16732581 ATTTTAT 1 ATTTTAT 16732588 ATTTTATCAT Statistics Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 0 1.00 0.00 0.00 Matches are distributed among these distances: 9 16 1.00 ACGTcount: A:0.32, C:0.00, G:0.00, T:0.68 Consensus pattern (9 bp): ATTTTATTA Found at i:16732993 original size:18 final size:19 Alignment explanation
Indices: 16732960--16732996 Score: 58 Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 19 16732950 TTGTTTACCA 16732960 GACAAGTTTAAATAATTAT 1 GACAAGTTTAAATAATTAT * 16732979 GACAA-TTTGAATAATTAT 1 GACAAGTTTAAATAATTAT 16732997 TTATTTGAAA Statistics Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1 0.89 0.05 0.05 Matches are distributed among these distances: 18 12 0.71 19 5 0.29 ACGTcount: A:0.46, C:0.05, G:0.11, T:0.38 Consensus pattern (19 bp): GACAAGTTTAAATAATTAT Found at i:16733088 original size:164 final size:163 Alignment explanation
Indices: 16732918--16733417 Score: 419 Period size: 180 Copynumber: 3.0 Consensus size: 163 16732908 ATATTTTGAA * * * * * 16732918 AATTAATAATTGAGAGATTTAAAAAAATGAATTTGTTTACC-AGACAAGTTTAAATAATTATGAC 1 AATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCGA-ACAAGTTCAAATAATTATGAC * * * * * 16732982 AATTTGAATAATTATTTATTTGAAATCAATATAACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTTTTTTT 64 AATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCAATATAACCTTTTGTTTTACCATAAAACAATTGTTTCT 16733047 GTTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATTTAAGAC 129 GTTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATTTAAGAC * * * * 16733082 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATAAGTTCAAATCATTATGACTA 1 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATGACAA *** * * * 16733147 TTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTCTGT 66 TTTGAATAATTATTTATTTCAAATCAATATAACCTTTTGTTTTACCATAAAACAATTGTTTCTGT * * * 16733212 TCATAGAAGGTTATTTTGAATAAAATAATATTAATTTATTAATTTTTGAC 131 TCATACAAGCTTATTTCG-----AAT-A-A--AA--T-TTAA-----GAC * * * * * *** 16733262 AATTAATAAATAGAAGATTTAAAAAATAAATATGTGTATCGAACAAGTTCAAATAGCCATGACAA 1 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATGACAA ** * * *** * * 16733327 TTTGAATAATTAACTATTTCAAATCATTATATCCTTTTGTTTTGTAATAGAACAATTGCTTT-AG 66 TTTGAATAATTATTTATTTCAAATCAATATAACCTTTTGTTTTACCATAAAACAATTG-TTTCTG * * * 16733391 TTCAAATAAGCTTATTTCAAATAAAAT 130 TTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAAT 16733418 AAACTAATTT Statistics Matches: 268, Mismatches: 49, Indels: 33 0.77 0.14 0.09 Matches are distributed among these distances: 163 106 0.40 164 18 0.07 168 3 0.01 169 2 0.01 170 1 0.00 171 2 0.01 172 2 0.01 173 1 0.00 174 2 0.01 175 7 0.03 180 121 0.45 181 3 0.01 ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41 Consensus pattern (163 bp): AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATGACAA TTTGAATAATTATTTATTTCAAATCAATATAACCTTTTGTTTTACCATAAAACAATTGTTTCTGT TCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATTTAAGAC Found at i:16733152 original size:163 final size:164 Alignment explanation
Indices: 16732918--16733237 Score: 410 Period size: 163 Copynumber: 2.0 Consensus size: 164 16732908 ATATTTTGAA * * * * * 16732918 AATTAATAATTGAGAGATTTAAAAAAATGAATTTGTTTACCAGACAAGTTTAAATAATTATGACA 1 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAGACAAGTTCAAATAATTATGACA * * * * * 16732983 ATTTGAATAATTATTTATTTGAAATCAATATAACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTTTTTTTG 66 ATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCAATATAACCTTTTGTTTTACCATAAAACAATTGTTTCTG 16733048 TTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATTTAAGAC 131 TTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATTTAAGAC * * * 16733082 AATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTATC-GAATAAGTTCAAATCATTATGAC 1 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAG-ACAAGTTCAAATAATTATGAC * *** * * * 16733145 TATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTCT 65 AATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCAATATAACCTTTTGTTTTACCATAAAACAATTGTTTCT * * * 16733210 GTTCATAGAAGGTTATTTTGAATAAAAT 130 GTTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAAT 16733238 AATATTAATT Statistics Matches: 132, Mismatches: 23, Indels: 3 0.84 0.15 0.02 Matches are distributed among these distances: 162 1 0.01 163 114 0.86 164 17 0.13 ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.42 Consensus pattern (164 bp): AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAGACAAGTTCAAATAATTATGACA ATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCAATATAACCTTTTGTTTTACCATAAAACAATTGTTTCTG TTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATTTAAGAC Found at i:16733383 original size:180 final size:180 Alignment explanation
Indices: 16733079--16733476 Score: 464 Period size: 180 Copynumber: 2.2 Consensus size: 180 16733069 TAAAATTTAA * * * * ** 16733079 GACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATAAGTTCAAATCATTATGA 1 GACAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATATGTGTATCGAACAAGTTCAAATCACCATGA * ** ** * * 16733144 CTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTG-TTT 66 CAATTTGAATAATTAACTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGCAATAAAACAATTGCTTT * * * ** * * 16733208 CTGTTCATAGAAGGTTATTTTGAATAAAATAATATTAATTTATTAAT-TTTT 131 -AGTTCAAAGAAGCTTATTTCAAATAAAATAA-ACTAATTTATTAATATTAT * 16733259 GACAATTAATAAATAGAAGATTTAAAAAATAAATATGTGTATCGAACAAGTTCAAAT-AGCCATG 1 GACAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATATGTGTATCGAACAAGTTCAAATCA-CCATG * * 16733323 ACAATTTGAATAATTAACTATTTCAAATCATTAT-ATCCTTTTGTTTTGTAATAGAACAATTGCT 65 ACAATTTGAATAATTAACTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGCAATAAAACAATTGCT * 16733387 TTAGTTCAAATAAGCTTATTTCAAATAAAATAAACTAATTTATTAATATTAT 129 TTAGTTCAAAGAAGCTTATTTCAAATAAAATAAACTAATTTATTAATATTAT * * * * 16733439 GAAAATTAATGAGTAAGAA-AATTAAAAAATGAATATGT 1 GACAATTAATAAGT-AGAAGATTTAAAAAATAAATATGT 16733477 TTGCCAACCA Statistics Matches: 184, Mismatches: 29, Indels: 10 0.83 0.13 0.04 Matches are distributed among these distances: 179 15 0.08 180 162 0.88 181 7 0.04 ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.10, T:0.39 Consensus pattern (180 bp): GACAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATATGTGTATCGAACAAGTTCAAATCACCATGA CAATTTGAATAATTAACTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGCAATAAAACAATTGCTTT AGTTCAAAGAAGCTTATTTCAAATAAAATAAACTAATTTATTAATATTAT Found at i:16734982 original size:11 final size:11 Alignment explanation
Indices: 16734952--16734989 Score: 55 Period size: 11 Copynumber: 3.7 Consensus size: 11 16734942 AATTTATTTT 16734952 TTAAAT-TTAA 1 TTAAATATTAA 16734962 TTAAA-A-TAA 1 TTAAATATTAA 16734971 TTAAATATTAA 1 TTAAATATTAA 16734982 TTAAATAT 1 TTAAATAT 16734990 ATGACTATTA Statistics Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 5 0.83 0.00 0.17 Matches are distributed among these distances: 9 8 0.32 10 6 0.24 11 11 0.44 ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.00, T:0.45 Consensus pattern (11 bp): TTAAATATTAA Found at i:16735533 original size:16 final size:17 Alignment explanation
Indices: 16735501--16735533 Score: 50 Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17 16735491 AACAAGTACA 16735501 AATAATTATGACTATTTG 1 AATAATTAT-ACTATTTG 16735519 AATAATTAT-CTATTT 1 AATAATTATACTATTT 16735534 CTAATCGCTA Statistics Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2 0.88 0.00 0.12 Matches are distributed among these distances: 16 6 0.40 18 9 0.60 ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.06, T:0.48 Consensus pattern (17 bp): AATAATTATACTATTTG Found at i:16736297 original size:10 final size:10 Alignment explanation
Indices: 16736260--16736316 Score: 64 Period size: 10 Copynumber: 5.9 Consensus size: 10 16736250 AATTAGTAAA * 16736260 ATAATAAATT 1 ATAATTAATT * 16736270 AT-ATTTATT 1 ATAATTAATT * 16736279 -TAATCAATT 1 ATAATTAATT 16736288 ATAATTAATT 1 ATAATTAATT * 16736298 ATAAATAATT 1 ATAATTAATT 16736308 ATAATTAAT 1 ATAATTAAT 16736317 AAAATATTAA Statistics Matches: 38, Mismatches: 7, Indels: 4 0.78 0.14 0.08 Matches are distributed among these distances: 8 1 0.03 9 10 0.26 10 27 0.71 ACGTcount: A:0.51, C:0.02, G:0.00, T:0.47 Consensus pattern (10 bp): ATAATTAATT Found at i:16736466 original size:10 final size:9 Alignment explanation
Indices: 16736442--16736517 Score: 55 Period size: 10 Copynumber: 8.0 Consensus size: 9 16736432 TACTATTTAC 16736442 TAAATATTA 1 TAAATATTA 16736451 TAAATAGTTA 1 TAAATA-TTA * 16736461 TTAATAATTA 1 TAAAT-ATTA * 16736471 -ATATATTA 1 TAAATATTA * * 16736479 TAATTATGAA 1 TAAATAT-TA * 16736489 TAACTATTA 1 TAAATATTA 16736498 TAAATATTTA 1 TAAATA-TTA 16736508 TAATATATTA 1 TAA-ATATTA 16736518 ATATTTAAAT Statistics Matches: 52, Mismatches: 9, Indels: 11 0.72 0.12 0.15 Matches are distributed among these distances: 8 4 0.08 9 18 0.35 10 26 0.50 11 4 0.08 ACGTcount: A:0.50, C:0.01, G:0.03, T:0.46 Consensus pattern (9 bp): TAAATATTA Found at i:16736510 original size:19 final size:18 Alignment explanation
Indices: 16736442--16736524 Score: 55 Period size: 19 Copynumber: 4.6 Consensus size: 18 16736432 TACTATTTAC 16736442 TAAATA-TTATAAATAGTTA 1 TAAATATTTAT-AATA-TTA * * 16736461 TTAATAATTA-ATATATTA 1 TAAATATTTATA-ATATTA * ** 16736479 TAATTATGAATAACTATTA 1 TAAATATTTATAA-TATTA 16736498 TAAATATTTATAATA-TA 1 TAAATATTTATAATATTA * 16736515 TTAATATTTA 1 TAAATATTTA 16736525 AATTATAAAT Statistics Matches: 50, Mismatches: 10, Indels: 10 0.71 0.14 0.14 Matches are distributed among these distances: 17 11 0.22 18 12 0.24 19 24 0.48 20 3 0.06 ACGTcount: A:0.49, C:0.01, G:0.02, T:0.47 Consensus pattern (18 bp): TAAATATTTATAATATTA Found at i:16736725 original size:22 final size:21 Alignment explanation
Indices: 16736697--16736764 Score: 66 Period size: 22 Copynumber: 3.2 Consensus size: 21 16736687 ATTTTATATG 16736697 TATTATATAAATATTAAGTAAT 1 TATTATATAAATATTAA-TAAT * * 16736719 TATTATATAATTTATTTATAAT 1 TATTATATAA-ATATTAATAAT * * * 16736741 T-TAATATAAATATAAATATT 1 TATTATATAAATATTAATAAT 16736761 TATT 1 TATT 16736765 TGAACAATTA Statistics Matches: 36, Mismatches: 8, Indels: 5 0.73 0.16 0.10 Matches are distributed among these distances: 20 8 0.22 21 8 0.22 22 15 0.42 23 5 0.14 ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.01, T:0.51 Consensus pattern (21 bp): TATTATATAAATATTAATAAT Found at i:16737093 original size:46 final size:45 Alignment explanation
Indices: 16737042--16737180 Score: 103 Period size: 46 Copynumber: 3.1 Consensus size: 45 16737032 TTTCAAAAAT 16737042 TAATAAGAGATTTAACAAATAATTTTGCTTACCCAACCAATTCAAA 1 TAATAAGAGATTTAACAAATAATTTTGCTT-CCCAACCAATTCAAA * ** * * * * 16737088 TAATAA-AAATAAAATAAAATGAA-TTT-ATT---AA-TATTTCAAAAA 1 TAATAAGAGATTTAA-CAAAT-AATTTTGCTTCCCAACCAATTC--AAA 16737130 TTAATAAGAGATTTAACAAATAATTTTGCTTGCCCAACCAATTCAAA 1 -TAATAAGAGATTTAACAAATAATTTTGCTT-CCCAACCAATTCAAA 16737177 TAAT 1 TAAT 16737181 TATGACCTTT Statistics Matches: 66, Mismatches: 14, Indels: 26 0.62 0.13 0.25 Matches are distributed among these distances: 40 4 0.06 41 2 0.03 42 5 0.08 43 13 0.20 44 7 0.11 45 7 0.11 46 17 0.26 47 5 0.08 48 2 0.03 49 4 0.06 ACGTcount: A:0.50, C:0.12, G:0.06, T:0.32 Consensus pattern (45 bp): TAATAAGAGATTTAACAAATAATTTTGCTTCCCAACCAATTCAAA Found at i:16737100 original size:89 final size:89 Alignment explanation
Indices: 16737004--16737180 Score: 345 Period size: 89 Copynumber: 2.0 Consensus size: 89 16736994 TAGCTTGTTC 16737004 AAAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAACAAATAATTTTG 1 AAAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAACAAATAATTTTG 16737069 CTTACCCAACCAATTCAAATAATA 66 CTTACCCAACCAATTCAAATAATA 16737093 AAAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAACAAATAATTTTG 1 AAAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAACAAATAATTTTG * 16737158 CTTGCCCAACCAATTCAAATAAT 66 CTTACCCAACCAATTCAAATAAT 16737181 TATGACCTTT Statistics Matches: 87, Mismatches: 1, Indels: 0 0.99 0.01 0.00 Matches are distributed among these distances: 89 87 1.00 ACGTcount: A:0.52, C:0.10, G:0.05, T:0.33 Consensus pattern (89 bp): AAAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAACAAATAATTTTG CTTACCCAACCAATTCAAATAATA Found at i:16737233 original size:14 final size:14 Alignment explanation
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Indices: 16737726--16737813 Score: 54 Period size: 6 Copynumber: 14.0 Consensus size: 6 16737716 CTATTCAGCC * * * * 16737726 ATTATT ATTAAT ATTAAT AATTCAAT ATTATT ATTAAA ATATAAT AATAAT 1 ATTAAT ATTAAT ATTAAT -ATT-AAT ATTAAT ATTAAT AT-TAAT ATTAAT * * 16737777 ATTATT A-AAAT ATTAAT -TTAAAT AATTAAT AATTAAT 1 ATTAAT ATTAAT ATTAAT ATT-AAT -ATTAAT -ATTAAT 16737814 TATTTTTAAT Statistics Matches: 64, Mismatches: 11, Indels: 13 0.73 0.12 0.15 Matches are distributed among these distances: 5 5 0.08 6 34 0.53 7 20 0.31 8 5 0.08 ACGTcount: A:0.52, C:0.01, G:0.00, T:0.47 Consensus pattern (6 bp): ATTAAT Found at i:16737754 original size:20 final size:19 Alignment explanation
Indices: 16737726--16737871 Score: 86 Period size: 20 Copynumber: 7.5 Consensus size: 19 16737716 CTATTCAGCC * 16737726 ATTATTATTAATATTAATA 1 ATTAATATTAATATTAATA * 16737745 ATTCAATATTATTATTAA-A 1 ATT-AATATTAATATTAATA * * 16737764 ATATAATAATAATATTATTA 1 AT-TAATATTAATATTAATA 16737784 A--AATATTAAT-TTAAATA 1 ATTAATATTAATATT-AATA ** 16737801 ATTAATAATTAATTATTTTTA 1 ATTAAT-ATTAA-TATTAATA * * 16737822 ATTAACAAAATAATATTAAATA 1 ATT-A-ATATTAATATT-AATA * * 16737844 A-TAATATTTCATATTATTA 1 ATTAATA-TTAATATTAATA 16737863 ATTAATATT 1 ATTAATATT 16737872 TCTATGATAT Statistics Matches: 96, Mismatches: 17, Indels: 28 0.68 0.12 0.20 Matches are distributed among these distances: 16 2 0.02 17 12 0.12 19 28 0.29 20 32 0.33 21 11 0.11 22 10 0.10 23 1 0.01 ACGTcount: A:0.51, C:0.02, G:0.00, T:0.47 Consensus pattern (19 bp): ATTAATATTAATATTAATA Found at i:16737774 original size:22 final size:24 Alignment explanation
Indices: 16737726--16737794 Score: 79 Period size: 22 Copynumber: 2.8 Consensus size: 24 16737716 CTATTCAGCC * 16737726 ATTATTATTAATATTAATAATTCAAT 1 ATTATTATTAA-AAT-ATAATTCAAT 16737752 ATTATTATTAAAATATAA-T-AAT 1 ATTATTATTAAAATATAATTCAAT * 16737774 AATATTATTAAAATATTAATT 1 ATTATTATTAAAATA-TAATT 16737795 TAAATAATTA Statistics Matches: 39, Mismatches: 2, Indels: 6 0.83 0.04 0.13 Matches are distributed among these distances: 22 17 0.44 23 4 0.10 24 5 0.13 25 2 0.05 26 11 0.28 ACGTcount: A:0.51, C:0.01, G:0.00, T:0.48 Consensus pattern (24 bp): ATTATTATTAAAATATAATTCAAT Found at i:16737788 original size:11 final size:11 Alignment explanation
Indices: 16737754--16737791 Score: 51 Period size: 11 Copynumber: 3.5 Consensus size: 11 16737744 AATTCAATAT 16737754 TATTATTAAAA 1 TATTATTAAAA * 16737765 TA-TAATAATAA 1 TATTATTAA-AA 16737776 TATTATTAAAA 1 TATTATTAAAA 16737787 TATTA 1 TATTA 16737792 ATTTAAATAA Statistics Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 4 0.79 0.07 0.14 Matches are distributed among these distances: 10 5 0.22 11 13 0.57 12 5 0.22 ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.00, T:0.45 Consensus pattern (11 bp): TATTATTAAAA Found at i:16737884 original size:20 final size:21 Alignment explanation
Indices: 16737841--16737884 Score: 58 Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 21 16737831 ATAATATTAA * 16737841 ATAA-TAATATTTCATATTAT 1 ATAATTAATATTTCATATGAT 16737861 -TAATTAATATTTC-TATGAT 1 ATAATTAATATTTCATATGAT 16737880 ATAAT 1 ATAAT 16737885 GCCCAATTAA Statistics Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 4 0.81 0.04 0.15 Matches are distributed among these distances: 19 8 0.38 20 13 0.62 ACGTcount: A:0.43, C:0.05, G:0.02, T:0.50 Consensus pattern (21 bp): ATAATTAATATTTCATATGAT Found at i:16738504 original size:19 final size:19 Alignment explanation
Indices: 16738439--16738505 Score: 62 Period size: 19 Copynumber: 3.4 Consensus size: 19 16738429 CCATTATTAA * 16738439 TATTAATTATATTTATTAATAT 1 TATTAA-TATATATATT--TAT * * 16738461 TATAAAAATATATATTTAT 1 TATTAATATATATATTTAT * * 16738480 TTTTAATATATATATTTCT 1 TATTAATATATATATTTAT 16738499 TATTAAT 1 TATTAAT 16738506 TATTAAATAA Statistics Matches: 37, Mismatches: 8, Indels: 3 0.77 0.17 0.06 Matches are distributed among these distances: 19 24 0.65 21 8 0.22 22 5 0.14 ACGTcount: A:0.42, C:0.01, G:0.00, T:0.57 Consensus pattern (19 bp): TATTAATATATATATTTAT Found at i:16738709 original size:18 final size:17 Alignment explanation
Indices: 16738683--16738718 Score: 54 Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17 16738673 GTATTAGTTT * 16738683 TGATAATATTATTAATA 1 TGATAATATTATAAATA 16738700 TGATATATATTATAAATA 1 TGATA-ATATTATAAATA 16738718 T 1 T 16738719 TTATTTTAAT Statistics Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1 0.89 0.05 0.05 Matches are distributed among these distances: 17 5 0.29 18 12 0.71 ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.06, T:0.47 Consensus pattern (17 bp): TGATAATATTATAAATA Found at i:16738745 original size:45 final size:47 Alignment explanation
Indices: 16738693--16738780 Score: 112 Period size: 47 Copynumber: 1.9 Consensus size: 47 16738683 TGATAATATT 16738693 ATTAATA-TGA-TATAT-ATTATAAATATTTATT-TTAATATTTAAATA 1 ATTAATATTGATTATATAATTAT-AA-ATTTATTATTAATATTTAAATA * * 16738738 ATTAATATTTATTATATAATTATAAATTTATTATTAATTTTTA 1 ATTAATATTGATTATATAATTATAAATTTATTATTAATATTTA 16738781 TTAATATGTA Statistics Matches: 37, Mismatches: 2, Indels: 6 0.82 0.04 0.13 Matches are distributed among these distances: 45 7 0.19 46 9 0.24 47 16 0.43 48 5 0.14 ACGTcount: A:0.44, C:0.00, G:0.01, T:0.55 Consensus pattern (47 bp): ATTAATATTGATTATATAATTATAAATTTATTATTAATATTTAAATA Found at i:16739399 original size:19 final size:19 Alignment explanation
Indices: 16739372--16739410 Score: 51 Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19 16739362 ATTGTTCAAA * 16739372 TAGTAATAACTATTTGAAC 1 TAGTAATAACTATTTAAAC * * 16739391 TAGTCATAATTATTTAAAC 1 TAGTAATAACTATTTAAAC 16739410 T 1 T 16739411 GGTTTGGTAA Statistics Matches: 17, Mismatches: 3, Indels: 0 0.85 0.15 0.00 Matches are distributed among these distances: 19 17 1.00 ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41 Consensus pattern (19 bp): TAGTAATAACTATTTAAAC Found at i:16739738 original size:38 final size:36 Alignment explanation
Indices: 16739667--16739738 Score: 90 Period size: 38 Copynumber: 1.9 Consensus size: 36 16739657 TAATTATTTA * * * 16739667 TTTATTTAAATAAATAATTATTATATATTATATAAT 1 TTTATTTAAATAAATAATTAATAAATATAATATAAT * 16739703 TTTATATTCAATAATATAATTAATAAATATAATATA 1 TTTAT-TTAAATAA-ATAATTAATAAATATAATATA 16739739 TAATATATAA Statistics Matches: 30, Mismatches: 4, Indels: 2 0.83 0.11 0.06 Matches are distributed among these distances: 36 5 0.17 37 7 0.23 38 18 0.60 ACGTcount: A:0.50, C:0.01, G:0.00, T:0.49 Consensus pattern (36 bp): TTTATTTAAATAAATAATTAATAAATATAATATAAT Found at i:16740045 original size:10 final size:10 Alignment explanation
Indices: 16740030--16740058 Score: 58 Period size: 10 Copynumber: 2.9 Consensus size: 10 16740020 ATATAATATT 16740030 ATTATATAAG 1 ATTATATAAG 16740040 ATTATATAAG 1 ATTATATAAG 16740050 ATTATATAA 1 ATTATATAA 16740059 CTGTTATTAT Statistics Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 0 1.00 0.00 0.00 Matches are distributed among these distances: 10 19 1.00 ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.07, T:0.41 Consensus pattern (10 bp): ATTATATAAG Found at i:16741021 original size:22 final size:21 Alignment explanation
Indices: 16740982--16741026 Score: 63 Period size: 22 Copynumber: 2.1 Consensus size: 21 16740972 TGTTTTATAA 16740982 AAATATTGTTATTCATATATT 1 AAATATTGTTATTCATATATT * * 16741003 AAATATTTTATATTTATATATT 1 AAATATTGT-TATTCATATATT 16741025 AA 1 AA 16741027 GTAAAAGATT Statistics Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 1 0.88 0.08 0.04 Matches are distributed among these distances: 21 8 0.38 22 13 0.62 ACGTcount: A:0.42, C:0.02, G:0.02, T:0.53 Consensus pattern (21 bp): AAATATTGTTATTCATATATT Found at i:16741289 original size:26 final size:28 Alignment explanation
Indices: 16741229--16741290 Score: 85 Period size: 27 Copynumber: 2.3 Consensus size: 28 16741219 TACAAATAAT 16741229 ATATAATATATATTTATATATTTGAATA 1 ATATAATATATATTTATATATTTGAATA * 16741257 ATATAATAT-TATTT-TACTATTTGATTA 1 ATATAATATATATTTATA-TATTTGAATA 16741284 AT-TAATA 1 ATATAATA 16741291 ATTGTTGAAA Statistics Matches: 32, Mismatches: 1, Indels: 4 0.86 0.03 0.11 Matches are distributed among these distances: 26 7 0.22 27 16 0.50 28 9 0.28 ACGTcount: A:0.44, C:0.02, G:0.03, T:0.52 Consensus pattern (28 bp): ATATAATATATATTTATATATTTGAATA Found at i:16741385 original size:18 final size:18 Alignment explanation
Indices: 16741362--16741414 Score: 56 Period size: 18 Copynumber: 3.0 Consensus size: 18 16741352 TTAATTTATC 16741362 ATTAATTTTATAATATTA 1 ATTAATTTTATAATATTA * * 16741380 ATTAATTATAAAATATT- 1 ATTAATTTTATAATATTA * 16741397 A-TAATACTTATAATATTA 1 ATTAAT-TTTATAATATTA 16741415 TAAGTAATAT Statistics Matches: 28, Mismatches: 5, Indels: 4 0.76 0.14 0.11 Matches are distributed among these distances: 16 4 0.14 17 9 0.32 18 15 0.54 ACGTcount: A:0.49, C:0.02, G:0.00, T:0.49 Consensus pattern (18 bp): ATTAATTTTATAATATTA Found at i:16741413 original size:17 final size:17 Alignment explanation
Indices: 16741369--16741443 Score: 64 Period size: 20 Copynumber: 4.2 Consensus size: 17 16741359 ATCATTAATT * 16741369 TTATAATATTA-ATTAA 1 TTATAATATTATAATAA * 16741385 TTATAAAATATTATAATAC 1 TTAT--AATATTATAATAA 16741404 TTATAATATTATAAGTAATA 1 TTATAATATTATAA-T-A-A * 16741424 TTATAAAATTATAA-AA 1 TTATAATATTATAATAA 16741440 TTAT 1 TTAT 16741444 TTATAAATTT Statistics Matches: 49, Mismatches: 4, Indels: 12 0.75 0.06 0.18 Matches are distributed among these distances: 16 9 0.18 17 11 0.22 18 8 0.16 19 8 0.16 20 13 0.27 ACGTcount: A:0.52, C:0.01, G:0.01, T:0.45 Consensus pattern (17 bp): TTATAATATTATAATAA Found at i:16741429 original size:20 final size:21 Alignment explanation
Indices: 16741385--16741437 Score: 67 Period size: 20 Copynumber: 2.7 Consensus size: 21 16741375 TATTAATTAA * 16741385 TTATAAAA-TATTA-TAATAC 1 TTATAAAATTATAAGTAATAC * 16741404 TTATAATATTATAAGTAATA- 1 TTATAAAATTATAAGTAATAC 16741424 TTATAAAATTATAA 1 TTATAAAATTATAA 16741438 AATTATTTAT Statistics Matches: 29, Mismatches: 3, Indels: 3 0.83 0.09 0.09 Matches are distributed among these distances: 19 7 0.24 20 17 0.59 21 5 0.17 ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.02, T:0.43 Consensus pattern (21 bp): TTATAAAATTATAAGTAATAC Found at i:16742266 original size:21 final size:22 Alignment explanation
Indices: 16742242--16742286 Score: 56 Period size: 21 Copynumber: 2.1 Consensus size: 22 16742232 TTCTTAGTTA * 16742242 TAAATCTAATTGTATTT-ATTT 1 TAAATATAATTGTATTTAATTT * * 16742263 TAAATATTATTTTATTTAATTT 1 TAAATATAATTGTATTTAATTT 16742285 TA 1 TA 16742287 GTAATCAATT Statistics Matches: 20, Mismatches: 3, Indels: 1 0.83 0.12 0.04 Matches are distributed among these distances: 21 14 0.70 22 6 0.30 ACGTcount: A:0.36, C:0.02, G:0.02, T:0.60 Consensus pattern (22 bp): TAAATATAATTGTATTTAATTT Found at i:16742391 original size:14 final size:15 Alignment explanation
Indices: 16742367--16742403 Score: 53 Period size: 13 Copynumber: 2.7 Consensus size: 15 16742357 TTCTATATAT 16742367 ATATATAATTGTTAA 1 ATATATAATTGTTAA 16742382 ATAT-TAATTGTT-A 1 ATATATAATTGTTAA 16742395 AT-TATAATT 1 ATATATAATT 16742404 TAATTAATTA Statistics Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 4 0.84 0.00 0.16 Matches are distributed among these distances: 12 1 0.05 13 8 0.38 14 8 0.38 15 4 0.19 ACGTcount: A:0.43, C:0.00, G:0.05, T:0.51 Consensus pattern (15 bp): ATATATAATTGTTAA Found at i:16742402 original size:13 final size:13 Alignment explanation
Indices: 16742369--16742403 Score: 52 Period size: 14 Copynumber: 2.6 Consensus size: 13 16742359 CTATATATAT 16742369 ATATAATTGTTAA 1 ATATAATTGTTAA 16742382 ATATTAATTGTTAA 1 ATA-TAATTGTTAA * 16742396 TTATAATT 1 ATATAATT 16742404 TAATTAATTA Statistics Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 2 0.87 0.04 0.09 Matches are distributed among these distances: 13 8 0.40 14 12 0.60 ACGTcount: A:0.43, C:0.00, G:0.06, T:0.51 Consensus pattern (13 bp): ATATAATTGTTAA Found at i:16742494 original size:25 final size:25 Alignment explanation
Indices: 16742466--16742525 Score: 77 Period size: 25 Copynumber: 2.4 Consensus size: 25 16742456 ATTATTATTT 16742466 AATAATTATTA-TAATAATATTAAAA 1 AATAA-TATTATTAATAATATTAAAA * * * 16742491 AATAATATTATTATTATTATTATAA 1 AATAATATTATTAATAATATTAAAA 16742516 AATAATATTA 1 AATAATATTA 16742526 AATCTAAGGG Statistics Matches: 31, Mismatches: 3, Indels: 2 0.86 0.08 0.06 Matches are distributed among these distances: 24 5 0.16 25 26 0.84 ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.00, T:0.45 Consensus pattern (25 bp): AATAATATTATTAATAATATTAAAA Found at i:16742826 original size:12 final size:12 Alignment explanation
Indices: 16742811--16742845 Score: 52 Period size: 13 Copynumber: 2.8 Consensus size: 12 16742801 TTTTTTAGAA 16742811 TATTAATTAAAC 1 TATTAATTAAAC 16742823 TATTTAATTAAAC 1 TA-TTAATTAAAC * 16742836 TACTAATTAA 1 TATTAATTAA 16742846 TAATAATATT Statistics Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 2 0.88 0.04 0.08 Matches are distributed among these distances: 12 9 0.43 13 12 0.57 ACGTcount: A:0.49, C:0.09, G:0.00, T:0.43 Consensus pattern (12 bp): TATTAATTAAAC Found at i:16744522 original size:9 final size:9 Alignment explanation
Indices: 16744508--16744657 Score: 57 Period size: 9 Copynumber: 16.4 Consensus size: 9 16744498 TACTTATTTG 16744508 AATATTATT 1 AATATTATT 16744517 AATATTAATT 1 AATATT-ATT * 16744527 ATTATCTATT 1 AATAT-TATT * 16744537 TATATTATT 1 AATATTATT 16744546 -ATAATTA-T 1 AAT-ATTATT * 16744554 AATTATAATT 1 AA-TATTATT ** 16744564 -AT-TTACA 1 AATATTATT 16744571 AATATTATATT 1 AATA-T-TATT * 16744582 AATA-AATT 1 AATATTATT * * 16744590 AAATATCAATC 1 -AATAT-TATT 16744601 AAATATTAATT 1 A-ATATT-ATT * 16744612 -ATATTAAT 1 AATATTATT 16744620 AATATTATT 1 AATATTATT 16744629 AAT-TTATAT 1 AATATTAT-T 16744638 AATATTA-T 1 AATATTATT 16744646 -ATATTATT 1 AATATTATT 16744654 AATA 1 AATA 16744658 ATTGTTATAT Statistics Matches: 106, Mismatches: 15, Indels: 40 0.66 0.09 0.25 Matches are distributed among these distances: 7 8 0.08 8 17 0.16 9 45 0.42 10 20 0.19 11 16 0.15 ACGTcount: A:0.47, C:0.03, G:0.00, T:0.50 Consensus pattern (9 bp): AATATTATT Found at i:16744527 original size:31 final size:30 Alignment explanation
Indices: 16744484--16744568 Score: 88 Period size: 31 Copynumber: 2.8 Consensus size: 30 16744474 TATAAGTAAG 16744484 TAATATTTAATTATTA-CTTATTTGAATATTAT 1 TAATATTTAATTATTATC-TATTT--ATATTAT 16744516 TAATA-TTAATTATTATCTATTTATATTAT 1 TAATATTTAATTATTATCTATTTATATTAT * 16744545 T-ATAATTATAATTATAAT-TATTTA 1 TAAT-ATT-TAATTATTATCTATTTA 16744569 CAAATATTAT Statistics Matches: 48, Mismatches: 1, Indels: 10 0.81 0.02 0.17 Matches are distributed among these distances: 28 2 0.04 29 9 0.19 30 7 0.15 31 24 0.50 32 6 0.12 ACGTcount: A:0.40, C:0.02, G:0.01, T:0.56 Consensus pattern (30 bp): TAATATTTAATTATTATCTATTTATATTAT Found at i:16744577 original size:31 final size:31 Alignment explanation
Indices: 16744508--16744579 Score: 76 Period size: 31 Copynumber: 2.3 Consensus size: 31 16744498 TACTTATTTG * * 16744508 AATATTATTAATATTAATTATTATCTATTTAT 1 AATATTA-TAATATTAATTATAATCTATTTAA * 16744540 ATTATTATAAT-TATAATTATAAT-TATTTACA 1 AATATTATAATAT-TAATTATAATCTATTTA-A 16744571 AATATTATA 1 AATATTATA 16744580 TTAATAAATT Statistics Matches: 34, Mismatches: 4, Indels: 5 0.79 0.09 0.12 Matches are distributed among these distances: 30 7 0.21 31 21 0.62 32 6 0.18 ACGTcount: A:0.44, C:0.03, G:0.00, T:0.53 Consensus pattern (31 bp): AATATTATAATATTAATTATAATCTATTTAA Found at i:16745786 original size:12 final size:11 Alignment explanation
Indices: 16745756--16745805 Score: 54 Period size: 12 Copynumber: 4.8 Consensus size: 11 16745746 CTAAAAAATT * 16745756 TTAA-TAATCA 1 TTAATTAATAA 16745766 TTAATTAATAA 1 TTAATTAATAA 16745777 TTACATTAATAA 1 TTA-ATTAATAA 16745789 TTAA-TAAT-A 1 TTAATTAATAA 16745798 TT-ATTAAT 1 TTAATTAAT 16745806 GGCTATTGAA Statistics Matches: 36, Mismatches: 1, Indels: 7 0.82 0.02 0.16 Matches are distributed among these distances: 8 1 0.03 9 7 0.19 10 8 0.22 11 9 0.25 12 11 0.31 ACGTcount: A:0.50, C:0.04, G:0.00, T:0.46 Consensus pattern (11 bp): TTAATTAATAA Found at i:16745824 original size:12 final size:11 Alignment explanation
Indices: 16745751--16745860 Score: 52 Period size: 12 Copynumber: 10.1 Consensus size: 11 16745741 ATGTACTAAA 16745751 AAATT-TTAAT 1 AAATTATTAAT * 16745761 -AATCATTAAT 1 AAATTATTAAT * * 16745771 TAATAATTACAT 1 AAATTATTA-AT * * 16745783 TAATAATTAAT 1 AAATTATTAAT 16745794 AATATTATTAAT 1 AA-ATTATTAAT *** 16745806 -GGCTATTGAAT 1 AAATTATT-AAT 16745817 AAATTATTAAT 1 AAATTATTAAT 16745828 --ATTATTAAT 1 AAATTATTAAT * 16745837 AATATTA-TACT 1 AA-ATTATTAAT 16745848 AATATTATTAAT 1 AA-ATTATTAAT 16745860 A 1 A 16745861 TATTTAATAA Statistics Matches: 78, Mismatches: 12, Indels: 18 0.72 0.11 0.17 Matches are distributed among these distances: 9 12 0.15 10 9 0.12 11 26 0.33 12 31 0.40 ACGTcount: A:0.48, C:0.04, G:0.03, T:0.45 Consensus pattern (11 bp): AAATTATTAAT Found at i:16745939 original size:13 final size:13 Alignment explanation
Indices: 16745906--16745945 Score: 50 Period size: 13 Copynumber: 3.3 Consensus size: 13 16745896 ATTTTCTATT 16745906 ATAATTATAATAA 1 ATAATTATAATAA 16745919 AT-A-T-TAATAA 1 ATAATTATAATAA * 16745929 TTAATTATAATAA 1 ATAATTATAATAA 16745942 ATAA 1 ATAA 16745946 GGTTTATAAT Statistics Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 6 0.73 0.07 0.20 Matches are distributed among these distances: 10 7 0.32 11 2 0.09 12 2 0.09 13 11 0.50 ACGTcount: A:0.60, C:0.00, G:0.00, T:0.40 Consensus pattern (13 bp): ATAATTATAATAA Found at i:16747193 original size:25 final size:24 Alignment explanation
Indices: 16747165--16747229 Score: 67 Period size: 25 Copynumber: 2.5 Consensus size: 24 16747155 ATTATTTTGC * 16747165 TTATTAAATTAATTATTAGTATCAA 1 TTATT-AATTAATTATTAATATCAA * * 16747190 TTATTAATTAATAAATTAATATTAA 1 TTATTAATTAAT-TATTAATATCAA 16747215 TTATATTAATTAATT 1 -T-TATTAATTAATT 16747230 TACTTATTAT Statistics Matches: 33, Mismatches: 4, Indels: 5 0.79 0.10 0.12 Matches are distributed among these distances: 24 7 0.21 25 14 0.42 26 1 0.03 27 11 0.33 ACGTcount: A:0.46, C:0.02, G:0.02, T:0.51 Consensus pattern (24 bp): TTATTAATTAATTATTAATATCAA Found at i:16747227 original size:19 final size:19 Alignment explanation
Indices: 16747191--16747243 Score: 65 Period size: 19 Copynumber: 2.8 Consensus size: 19 16747181 TAGTATCAAT * 16747191 TATTAATTA-ATAAATTAA 1 TATTAATTATATTAATTAA 16747209 TATTAATTATATTAATTAA 1 TATTAATTATATTAATTAA * 16747228 T-TTACTTATTATTAAT 1 TATTAATTA-TATTAAT 16747244 ATTATTATCT Statistics Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 3 0.86 0.06 0.08 Matches are distributed among these distances: 18 15 0.48 19 16 0.52 ACGTcount: A:0.45, C:0.02, G:0.00, T:0.53 Consensus pattern (19 bp): TATTAATTATATTAATTAA Found at i:16747347 original size:14 final size:15 Alignment explanation
Indices: 16747330--16747358 Score: 51 Period size: 14 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15 16747320 TAATTATTAA 16747330 TTTTTATTAT-ATAT 1 TTTTTATTATGATAT 16747344 TTTTTATTATGATAT 1 TTTTTATTATGATAT 16747359 CTAGTTATTA Statistics Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 1 0.93 0.00 0.07 Matches are distributed among these distances: 14 10 0.71 15 4 0.29 ACGTcount: A:0.28, C:0.00, G:0.03, T:0.69 Consensus pattern (15 bp): TTTTTATTATGATAT Found at i:16747563 original size:25 final size:25 Alignment explanation
Indices: 16747533--16747586 Score: 76 Period size: 25 Copynumber: 2.2 Consensus size: 25 16747523 ATTGTTCAAA 16747533 TATATAATATTATAATATAAA-T-AAT 1 TATATAA-ATTATAAT-TAAATTAAAT 16747558 TATATAAATTATAATTAAATTAAAT 1 TATATAAATTATAATTAAATTAAAT 16747583 TATA 1 TATA 16747587 ATTAATTTAA Statistics Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 4 0.87 0.00 0.13 Matches are distributed among these distances: 23 4 0.15 24 9 0.33 25 14 0.52 ACGTcount: A:0.56, C:0.00, G:0.00, T:0.44 Consensus pattern (25 bp): TATATAAATTATAATTAAATTAAAT Found at i:16747583 original size:16 final size:16 Alignment explanation
Indices: 16747553--16747597 Score: 65 Period size: 16 Copynumber: 2.9 Consensus size: 16 16747543 TATAATATAA * 16747553 ATAATTATA-TAAATT 1 ATAATTAAATTAAATT 16747568 ATAATTAAATTAAATT 1 ATAATTAAATTAAATT * 16747584 ATAATTAATTTAAA 1 ATAATTAAATTAAA 16747598 AATTGTCTCA Statistics Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 1 0.90 0.07 0.03 Matches are distributed among these distances: 15 8 0.30 16 19 0.70 ACGTcount: A:0.56, C:0.00, G:0.00, T:0.44 Consensus pattern (16 bp): ATAATTAAATTAAATT Found at i:16747784 original size:25 final size:25 Alignment explanation
Indices: 16747732--16747809 Score: 72 Period size: 25 Copynumber: 3.1 Consensus size: 25 16747722 ATAATAATCT * * * 16747732 AAATTATATTTAATATTATTATATTA 1 AAATTATATTTATTATAATTA-AATA 16747758 AAACTTAT-TTGT-TTATAATTAAAT- 1 AAA-TTATATT-TATTATAATTAAATA 16747782 AAATTATAATTTATTATAATTAAATA 1 AAATTAT-ATTTATTATAATTAAATA 16747808 AA 1 AA 16747810 TAATCAATTA Statistics Matches: 43, Mismatches: 3, Indels: 12 0.74 0.05 0.21 Matches are distributed among these distances: 23 4 0.09 24 4 0.09 25 16 0.37 26 14 0.33 27 5 0.12 ACGTcount: A:0.49, C:0.01, G:0.01, T:0.49 Consensus pattern (25 bp): AAATTATATTTATTATAATTAAATA Found at i:16747810 original size:25 final size:24 Alignment explanation
Indices: 16747770--16747854 Score: 91 Period size: 25 Copynumber: 3.4 Consensus size: 24 16747760 ACTTATTTGT 16747770 TTATAATTAAATAAATTATAATTTA 1 TTATAATTAAATAAATTATAA-TTA * 16747795 TTATAATTAAATAAATAATCAATTA 1 TTATAATTAAATAAATTAT-AATTA ** * 16747820 TTAT-ATATATTTAAATTATAAATA 1 TTATAAT-TAAATAAATTATAATTA 16747844 TTAATAATTAA 1 TT-ATAATTAA 16747855 TGAATATTTT Statistics Matches: 50, Mismatches: 6, Indels: 8 0.78 0.09 0.12 Matches are distributed among these distances: 24 8 0.16 25 38 0.76 26 4 0.08 ACGTcount: A:0.53, C:0.01, G:0.00, T:0.46 Consensus pattern (24 bp): TTATAATTAAATAAATTATAATTA Done.