Tandem Repeats Finder Program written by: Gary Benson Program in Bioinformatics Boston University Version 4.09 Sequence: NW_019167893.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_16, whole genome shotgun sequence Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000 Pmatch=0.80,Pindel=0.10 tuple sizes 0,4,5,7 tuple distances 0, 29, 159, 1000 Length: 22157061 ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.15, T:0.34 Warning! 74000 characters in sequence are not A, C, G, or T File 79 of 113 Found at i:16851678 original size:54 final size:52 Alignment explanation
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Indices: 16859341--16860815 Score: 1141 Period size: 182 Copynumber: 8.2 Consensus size: 179 16859331 ATAGTTATGA * * * * 16859341 GATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACT-TGTTTGGTAAACATATTTA 1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT-TTTGGTAAACATATTAA * * * * * * * 16859405 TTTTGAAAATCTATTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTAATTCGAATG 65 TTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATA * * * * 16859470 AGCTTGTATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAT 129 AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAC * * * ** * * ** 16859521 GATTTGAAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTCATTTGGTAAATAGATTTCT 1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTTGGTAAACATA-TTAA * * * * * 16859586 TTTTTAAATTTTTTACTTATTAGTTGTCT-AAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTAATTGAAA 65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTG-AA * * * * * * 16859649 TAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGATAAAACAAAAACTTATAGC 127 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAC * * * * * 16859702 AATTTAAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACT-TTTTGATAAACATATTCAA 1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTTGGTAAACATATT-AA * ** 16859766 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATATTT-AGAATATTAATAAATTAAAATTATGTTT-TTTGGAA 65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTT-GAA * * * * * * 16859829 TCAA-CTTGTATGAATAGAAAGAGTTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTAAAAAC 127 T-AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAC * * * * * ** * 16859882 AATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGCCATAAGTATTTGAACTAATTTGGTAAAC-TGATTTA 1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTTGGTAAACAT-ATTAA * * * * * * * 16859946 TTTTCTATATCT-TGCATTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAAGTATTATTATTTTATTTTGG 65 TTTT-TAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTA-TTTGA * * 16860010 ATAAGCTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAATC-AAAAGTTCATAAC 126 ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAAC * * * * * * * * 16860064 AATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAATCGTAATTATTTGAACT-TGTTTGATAAACAAATTTA 1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT-TTTGGTAAACATA-TTA * * * * 16860128 TTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGA 64 ATTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGA * * * * * * * * * 16860192 CTTAGCTTGTATGAAGTA-AAATAATTATTTTATGACTAAACAAAATGTTAGAAT 126 ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAC * * * * * * * 16860246 GATTTGAAATAGAAAATTATTCTAATCGTCTTAACTATTTGAACTGATTT-GCAAATGCAT-TTA 1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTTGGTAAA--CATATTA * * * *** * 16860309 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAAAAGTTATTAAATTAGTATT-TTTTATCCAAAG 64 ATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAT * * * * 16860372 AAGCTTGTATG-ATCATAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAGA-TCATAAT 128 AAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAC * * * * ** * * 16860423 GATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATGGTTGTAACTATTTGAACTGGTATGG-AAA-ATAGCTTT 1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTTGGTAAACATA---TT * * * * 16860486 AGTTTTTAAATCTCTTGCTTCA-TAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAG 63 AATTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGA- * * * * 16860550 ATAAG-TTTTGATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAC 126 ATAAGCTTGT-ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAC * * * * * 16860604 GATTTTAAATAGATAATTGTTTAATTAGTCATATCTATTT-AAGCT-TGCTTGGTAAACATATTA 1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGT-TTTGGTAAACATATTA * * ** * * 16860667 ATTTTTTAAAATCTGTTGCTTATTAATTTTTCCAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCGA 64 A-TTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GA * * * * * * * 16860732 ATAAGCTTATATGAACT-GAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAAAAT 126 ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAC * 16860786 GATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTC 1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC 16860816 TTAATTATCT Statistics Matches: 1022, Mismatches: 214, Indels: 116 0.76 0.16 0.09 Matches are distributed among these distances: 174 2 0.00 176 1 0.00 177 49 0.05 178 78 0.08 179 34 0.03 180 297 0.29 181 207 0.20 182 304 0.30 183 44 0.04 184 6 0.01 ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42 Consensus pattern (179 bp): GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTTGGTAAACATATTAAT TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAG CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAC Found at i:16859869 original size:361 final size:354 Alignment explanation
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Indices: 16860929--16862747 Score: 1453 Period size: 180 Copynumber: 10.2 Consensus size: 181 16860919 ATTAAATATT * * * 16860929 ATAAGGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGGTTT-GATAAATA 1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTAG-TAAATA * * * * 16860992 GATTTA-GTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTA-AATTTTAATAAATAAGTATTATTTTATT 64 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT * ** * * 16861051 TTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAATGTT 129 CTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATGTC * * ** * * 16861104 ATAATGATTTGAAATAGACAATTGTTTAAATAAACATGACTATTTGAAGTTGTTTAGTAAATAGA 1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGA * * * 16861169 TTTATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAATTTTCAGAATATTCATAAATTAGTCTTATTTTATTCT 66 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT * * * 16861234 GAATAA-ATATGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAA-GATC 131 GAATAAGCT-TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATG-TC * * * * * ** * * 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Indices: 16862782--16864393 Score: 1072 Period size: 181 Copynumber: 9.1 Consensus size: 179 16862772 AACTAGTTTG * * ** * * 16862782 AATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCA-ATCTCAAATCATTATGATC-TTTATTTTGTCATAA 1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-ATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA * * ** * * * 16862845 AATAA-TGTTTCTGA-TCATAGAAGCTTATT-AAGTTAAAAATAATACTAATTGAATAATATTTT 65 AATAATTGTTTC-AATTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC * * * * * ** * * 16862907 GAAAATTAACAAGTAAGAGATTTCAAAAATAAATGTGTTTGTTAAACTAATTCA 128 AAAAATTAATAA--AAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAACAAATTCA ** * * * * ** * * * * * 16862961 AATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTACTTCAAATCATTTTGAACATTT-TTTAGTCATGAA 1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA * * 16863025 ATATTTGTTTC-ATATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT-CTGAATATATTAATA-TTCA 66 ATAATTGTTTCAAT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC- * ** * 16863087 AAAAATTAATAAACAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCA 128 AAAAATTAAT-AA-AAGAGATTT-AAAAAATAAATTTATTTACTGAACAAATTCA * * * 16863142 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTACT-TATTTAAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATGA 1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA ** * * * * * * 16863206 AATAATCATTTTAGTTCAAAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTGTTAATATTTCAA 65 AATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA * * * * 16863271 AAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAGCAAATTCA 130 AAATTAATAA--AAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAACAAATTCA * * * * * 16863323 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATATTTAAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAA 1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA * * * 16863388 ACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATA-TTCTAC 66 ATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AA * * * * ** 16863452 AAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTATTTACCAAATC-AATTCA 130 AAATTAATAA--AAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAA-CAAATTCA * * * * * * 16863504 AATAATTATG-GTAATTTTAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTATTTTGTCATAA 1 AATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA ** 16863568 AATAATTGTTTTTC-A-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC 65 AATAATTG--TTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC * 16863631 AAAAATTAAT-AAA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC----CAAA--C- 128 AAAAATTAATAAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAACAAATTCA * ** * * * 16863674 --TAGTT-T-A-TATTT-AAGTAATTACCTATTTCAAATTG-T-T-ACCTTTTGTTGTATTATAA 1 AATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA * * * * * * * 16863730 AATAATAGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAAAACTAATTTAATAATATTCCAA 65 AATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA * * * * * 16863795 AATTTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTATTTGCTGAAGC-AGTTTA 130 AAATTAATAA--AAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAA-CAAATTCA * * ** * * * * * 16863847 AATAGTTAAGATTACATGGATAATTATATGTTCCAAATTGTTATGA-CTTTTCGTTTTGTCATCA 1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAA * * * ** * 16863911 AATAATTGTTTTAGA-CCATACAAGCTCATTTGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCA 65 AATAATTGTTTCA-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA * * * * * * 16863975 AAAATTAAT--AAGTGATTTAGAAAGTGAATCTATTTACCGAATC--ATGTCA 129 AAAATTAATAAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAA-CAAAT-TCA * * * * * * * * 16864024 AATAATCATGGCTATTTCAACAATTATCA-ATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATAT 1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-ATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA * * ** * * * * * * 16864088 AACAAATGTTTTTGA-TAATTCAAGCTTATTCGAAATAAAATGACACTAATTTATTAATCTTTCA 65 AATAATTG-TTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA * * * * 16864152 AAAATTAAT--AAGAGATTTAAAAAAATAAATTTATTTACCGAACTAGTCCA 129 AAAATTAATAAAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTATTTACTGAACAAATTCA * * * * * * * 16864202 AATAATTATGACTATTTGAACAATTGTATACTTCAAATTG-TA--ACCTTTTGTTCTATTACAAA 1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA * * *** * * * * * 16864264 ACAATTATTTTTGTTCATAGAAGGTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATA-TTCTAA 66 ATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AA * * * * ** * 16864328 AAATTAATAATGAAGAGAATT-AAATATAAATTTGTTTACCGAATTAGTTCA 130 AAATTAATAA--AAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAACAAATTCA * * 16864379 AATATTTAAGACTAT 1 AATAGTTATGACTAT 16864394 AAAAGGTATA Statistics Matches: 1138, Mismatches: 230, Indels: 132 0.76 0.15 0.09 Matches are distributed among these distances: 160 4 0.00 162 73 0.06 163 2 0.00 164 3 0.00 165 24 0.02 166 23 0.02 167 1 0.00 168 4 0.00 170 1 0.00 171 2 0.00 172 1 0.00 173 2 0.00 174 7 0.01 175 67 0.06 176 1 0.00 177 196 0.17 178 85 0.07 179 65 0.06 180 69 0.06 181 418 0.37 182 80 0.07 183 10 0.01 ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39 Consensus pattern (179 bp): AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA ATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA AATTAATAAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAACAAATTCA Found at i:16864007 original size:343 final size:343 Alignment explanation
Indices: 16863031--16864012 Score: 868 Period size: 343 Copynumber: 2.8 Consensus size: 343 16863021 TGAAATATTT * * * * * 16863031 GTTTC-ATATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT-CTGAATATATTAATATTCAAAAAATT 1 GTTTCAAT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAAT-AATTTAATAATATTCCACAAATT * * * * * 16863094 AATAAAC-AAGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACT-A 64 AAT-AACTAAGAGAATT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAAGCAA-TTCAAATAATTAAGA-TAA ** ** * * ** * 16863156 TTTGAACAATTACT-TATTTAAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATGAAATAATCATTTTAG 125 CATGAACAATTA-TATATTCCAAATTGTTATGAACTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAC ** * * * *** * * 16863220 TTCAAAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTGTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAA 189 ACCATACAAGCTCATTTGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AA * * * * * 16863285 GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAGCAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTG 251 -AGATTTAAAAAAT-AA-ATCTATT-T-ACCAAA--C---TAGTT-T-A-TATTT-AAGTAATTA ** * * * * * * 16863349 TATATTTAAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATT 302 CCTATTTCAAATTG-T-T-ACCTTTTGTTGTATTATAAAACAATA * * 16863394 GTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCTACAAATTAA 1 GTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTAATAATATTCCACAAATTAA * * * * * * * * ** * 16863459 TAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTATTTACCAAATCAATTCAAATAATTATGGTAATTTTAA 66 TAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAGCAATTCAAATAATTAAGATAACATGAA * * * * 16863524 CAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTCATCATAC 131 CAATTATATATTCCAAATTGTTATGAACTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTACACCATAC * * 16863589 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAA 196 AAGCTCATTTGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAA 16863654 AATAAATCTATTTACCAAACTAGTTTATATTTAAGTAATTACCTATTTCAAATTGTTACCTTTTG 261 AATAAATCTATTTACCAAACTAGTTTATATTTAAGTAATTACCTATTTCAAATTGTTACCTTTTG * 16863719 TTGTATTATAAAATAATA 326 TTGTATTATAAAACAATA * * * 16863737 GTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAA-AACTAATTTAATAATATTCCA-AAATTT 1 GTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAA-TAATTTAATAATATTCCACAAA-TT * * ** * * * * 16863800 AATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTATTTGCTGAAGCAGTTTAAATAGTTAAGATTACATG 64 AATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAGCAATTCAAATAATTAAGATAACATG * * * * * * 16863865 GATAATTATATGTTCCAAATTGTTATG-ACTTTTCGTTTTGTCATCAAATAATTGTTTTAGACCA 129 AACAATTATATATTCCAAATTGTTATGAACTTTT-ATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTACACCA ** 16863929 TACAAGCTCATTTGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGATTTA 193 TACAAGCTCATTTGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTA * * * 16863994 GAAAGTGAATCTATTTACC 258 AAAAATAAATCTATTTACC 16864013 GAATCATGTC Statistics Matches: 527, Mismatches: 82, Indels: 40 0.81 0.13 0.06 Matches are distributed among these distances: 342 11 0.02 343 242 0.46 344 1 0.00 345 3 0.01 346 19 0.04 347 1 0.00 348 1 0.00 349 5 0.01 352 1 0.00 354 5 0.01 355 1 0.00 356 5 0.01 357 2 0.00 358 13 0.02 359 2 0.00 361 3 0.01 362 141 0.27 363 68 0.13 364 3 0.01 ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.39 Consensus pattern (343 bp): GTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTAATAATATTCCACAAATTAA TAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAGCAATTCAAATAATTAAGATAACATGAA CAATTATATATTCCAAATTGTTATGAACTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTACACCATAC AAGCTCATTTGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAA AATAAATCTATTTACCAAACTAGTTTATATTTAAGTAATTACCTATTTCAAATTGTTACCTTTTG TTGTATTATAAAACAATA Found at i:16869619 original size:10 final size:10 Alignment explanation
Indices: 16869605--16869640 Score: 54 Period size: 10 Copynumber: 3.6 Consensus size: 10 16869595 AGCTCTTGCT 16869605 CTCTTGATTC 1 CTCTTGATTC * 16869615 ATCTTGATTC 1 CTCTTGATTC * 16869625 CTCTTGTTTC 1 CTCTTGATTC 16869635 CTCTTG 1 CTCTTG 16869641 CTTCTTGGTG Statistics Matches: 23, Mismatches: 3, Indels: 0 0.88 0.12 0.00 Matches are distributed among these distances: 10 23 1.00 ACGTcount: A:0.08, C:0.28, G:0.11, T:0.53 Consensus pattern (10 bp): CTCTTGATTC Found at i:16869871 original size:20 final size:21 Alignment explanation
Indices: 16869821--16869872 Score: 63 Period size: 21 Copynumber: 2.5 Consensus size: 21 16869811 AAGTCTTACC 16869821 TGATCGATCCCTTCCTTGAGG 1 TGATCGATCCCTTCCTTGAGG * 16869842 GGATCGATCCCTTGCC-T-AGG 1 TGATCGATCCCTT-CCTTGAGG * 16869862 TGATCAATCCC 1 TGATCGATCCC 16869873 CTATGTGGGA Statistics Matches: 27, Mismatches: 3, Indels: 3 0.82 0.09 0.09 Matches are distributed among these distances: 20 12 0.44 21 13 0.48 22 2 0.07 ACGTcount: A:0.17, C:0.31, G:0.23, T:0.29 Consensus pattern (21 bp): TGATCGATCCCTTCCTTGAGG Found at i:16871355 original size:179 final size:178 Alignment explanation
Indices: 16870989--16871413 Score: 452 Period size: 179 Copynumber: 2.4 Consensus size: 178 16870979 TGCTTATTCC * * * * * 16870989 AAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAG-AAATTAAAAAAAATC 1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-TAGCAGATT-TAAAAAATA * * 16871052 AATCTATTTAACAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAAT 63 AAT-TATTTAACAAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAAT ** * * * 16871117 ATGAACTTTTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCCTAAAAGCTTATCTG 127 ATGAACTTTTTTTATCATAAAACAATTGTTTTACATCATAAAAGCATATCTA * * ** * 16871169 AAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAATTTTGATAAGTTAG-AGATTT-AAAAATAAA 1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAGCAGATTTAAAAAATAAA * * * *** 16871232 TTAGTTTATCAAATCAA-TTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTA-CTATTTCAAATCGTTA 65 TTA-TTTAACAAA-CAAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAATA * * * 16871295 TGAACTTTTGCTTTATCATAAAACTGA-TGTTTTTCATCATACAAGCATAT-TCA 128 TGAACTTTT--TTTATCATAAAAC-AATTGTTTTACATCATAAAAGCATATCT-A * 16871348 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGCATATTTAAAAAATAAAT 1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGCAGATTTAAAAAATAAAT 16871413 T 66 T 16871414 GCTTACTGAA Statistics Matches: 203, Mismatches: 33, Indels: 18 0.80 0.13 0.07 Matches are distributed among these distances: 177 23 0.11 178 48 0.24 179 77 0.38 180 52 0.26 181 3 0.01 ACGTcount: A:0.46, C:0.10, G:0.06, T:0.38 Consensus pattern (178 bp): AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGCAGATTTAAAAAATAAAT TATTTAACAAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATGA ACTTTTTTTATCATAAAACAATTGTTTTACATCATAAAAGCATATCTA Found at i:16871737 original size:42 final size:42 Alignment explanation
Indices: 16871685--16871771 Score: 113 Period size: 42 Copynumber: 2.1 Consensus size: 42 16871675 TCAGTTCATA ** 16871685 CAAGCCTATTC-AAAGTAAAATAATGTTAATTTATTAATATTT 1 CAAGCCTATTCGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTT * * * 16871727 CAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATCTTT 1 CAAGCCTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT 16871769 CAA 1 CAA 16871772 AAATTAATAA Statistics Matches: 39, Mismatches: 5, Indels: 2 0.85 0.11 0.04 Matches are distributed among these distances: 42 36 0.92 43 3 0.08 ACGTcount: A:0.43, C:0.13, G:0.06, T:0.39 Consensus pattern (42 bp): CAAGCCTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT Found at i:16871871 original size:219 final size:221 Alignment explanation
Indices: 16871505--16871927 Score: 473 Period size: 219 Copynumber: 1.9 Consensus size: 221 16871495 TAGTTTATAT * * * 16871505 AAGCTTTTTTGAAATAAAAAAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATAAATAACTAAGAGATTT 1 AAGCTTATTCGAAATAAAAAAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAAT--ATAACTAAGAGATTT * * * ** * 16871570 AAAAAATAAATCTATTTGCCAAAGTAGTTCAAACAGTCAAAACTTTAAGAATAATTATGTATTTC 64 AAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAACAGTCAAAACTTTAAGAACAATTATAAACTTC * * * * * * 16871635 AAATCGTTGTGACCTTTTGTTT-TGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATAC-AAGCCTATTCA 129 AAATCATTATAACCTTTT-TTTCTATCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACTAA-CCTATTCA 16871697 -AAGTAAAATAATGTTAATTTATTAATATTTC 191 CAA-TAAAATAATGTTAATTTATTAATATTTC * * * * 16871728 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATCTTTCAAAAAT-TAA-TAAGAGATTTAA 1 AAGCTTATTCGAAATAAAAAAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATATAACTAAGAGATTTAA * * * * ** ** * 16871791 AAAATAAATCTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATTA-TTGTTTGAACAATTGTAAACTTCA 66 AAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAACAGTCAAAACTT-TAAGAACAATTATAAACTTCA * 16871855 AATCATTATAACCTTTTTTTCTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACTAACTTATTCACAAT 130 AATCATTATAACCTTTTTTTCTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACTAACCTATTCACAAT 16871920 AAAATAAT 195 AAAATAAT 16871928 ACTAATCAAA Statistics Matches: 166, Mismatches: 29, Indels: 14 0.79 0.14 0.07 Matches are distributed among these distances: 218 5 0.03 219 112 0.67 220 8 0.05 223 41 0.25 ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.07, T:0.39 Consensus pattern (221 bp): AAGCTTATTCGAAATAAAAAAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATATAACTAAGAGATTTAA AAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAACAGTCAAAACTTTAAGAACAATTATAAACTTCAA ATCATTATAACCTTTTTTTCTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACTAACCTATTCACAATA AAATAATGTTAATTTATTAATATTTC Found at i:16872360 original size:179 final size:177 Alignment explanation
Indices: 16871735--16872409 Score: 615 Period size: 180 Copynumber: 3.8 Consensus size: 177 16871725 TTCAAGCTTA * 16871735 TTCGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT 1 TTCGAAATAAAATAATACTA-TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT * * * * * ** 16871800 CTGTTTA-CTAAACTAGTTCAAATAGTTATTATTGTTTGAACAATTGTAAACTTCAAATCATTAT 65 CTGTTTATC-AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTACTTCAAATCATTAT * * * * * 16871864 AACCTTTTT-TTCTATCATAAAAC-AATTATTTCTATTCATACTAA-CTTA 129 GACTTTTTTGTTTTATCATAAAACAAATT-TTT-TATTCATACTAAGTTTG ** * 16871912 TTC-ACAATAAAATAATACTAATCAAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAGGAGATTT-AAAA 1 TTCGA-AATAAAATAATACT-ATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT-A--A-GAGATTTAAAAA * * * * * * * 16871974 ATAAATTTATTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATC 59 ATAAATCTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTACTTCAAATC * * * * * 16872039 GTTTTGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTTGTTTAATTCATACT-AGCTTAG 124 ATTATGACTTTTTTGTTTTATCATAAAACAAATTT-TTT-ATTCATACTAAG-TTTG * * * 16872093 -TCAGAAA-AAACAAAATGA--ATTTATTAATATTTTAGAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA 1 TTC-GAAATAAA-ATAAT-ACTATTTATTAATATTTCA-AAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAA * * * * * ** * 16872154 ATAATTATGTTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATGATTATCTATTTCAAATC 59 ATAAATCTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTACTTCAAATC * * 16872219 GTTATGACTTTTTTGTTTTATCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATA-TAAGTTTG 124 ATTATGACTTTTTTGTTTTATCATAAAACAAAT-TTTTTATTCATACTAAGTTTG * * 16872273 TTCGAATTAAAATAATACTATTCCTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAA 1 TTCGAAATAAAATAATACTATT--TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAA * * * 16872338 TCTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTACTTGAGCAATTATTTACTTCAAATCATTAT 64 TCTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTACTTCAAATCATTAT 16872403 GACTTTT 129 GACTTTT 16872410 GTTCTATTAT Statistics Matches: 399, Mismatches: 66, Indels: 64 0.75 0.12 0.12 Matches are distributed among these distances: 176 4 0.01 177 33 0.08 178 2 0.01 179 104 0.26 180 177 0.44 181 49 0.12 182 16 0.04 183 14 0.04 ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.40 Consensus pattern (177 bp): TTCGAAATAAAATAATACTATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATC TGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTACTTCAAATCATTATGA CTTTTTTGTTTTATCATAAAACAAATTTTTTATTCATACTAAGTTTG Found at i:16872871 original size:181 final size:177 Alignment explanation
Indices: 16872532--16873083 Score: 569 Period size: 181 Copynumber: 3.1 Consensus size: 177 16872522 ATCAAATCAT * 16872532 TATATCCTTTTGTTTTGTCATAAAAAATTTATTTCTATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATA 1 TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAATTT-TTTCTATTCATA-AAGCTTATTTG-AATAAAATA * * 16872597 ATACTAAGTTATTAATATTCCAAA-AATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACG 63 ATACTAATTTATTAATATT--AAACAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACG * * * 16872661 AAACAAATTTAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTGGAAT-TGC 126 AAACAAATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATTTATTT-CAATATGC 16872713 TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATA 1 TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTTTTTCTATTCATA-AAGCTTATTT-GAATAAAATA * * 16872778 ATACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAA-GAAATCTATTTATT 63 ATACTAATTTATTAATATTAA-ACAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAATG-AATCTATTTA-C * * * * * 16872842 G-AACAAGTTCAAATCATTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTCAATATGT 125 GAAACAAATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAATATGC * * ** * 16872894 TATCACTTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGCTTCTGTTCAT-AAGCTTATTTGAATTAAAATAA 1 TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTTTTTCTATTCATAAAGCTTATTTGAA-TAAAATAA ** * * * * * * * * * * 16872958 TTTTAGTTTATTAGTAATTTAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATTTAATATGTTTGCCAA 64 TACTAATTTATTAAT-ATTAAACAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACGAA * * * * * * * 16873023 ACAAGTTAAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA-AT-C 128 ACAAATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAATATGC 16873071 ATTATAACCTTTT 1 --TATAACCTTTT 16873084 TAAGTCTTCA Statistics Matches: 314, Mismatches: 44, Indels: 28 0.81 0.11 0.07 Matches are distributed among these distances: 178 5 0.02 179 111 0.35 180 9 0.03 181 182 0.58 182 7 0.02 ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.42 Consensus pattern (177 bp): TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAATTTTTTCTATTCATAAAGCTTATTTGAATAAAATAATA CTAATTTATTAATATTAAACAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACGAAACA AATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAATATGC Found at i:16873545 original size:16 final size:17 Alignment explanation
Indices: 16873524--16873556 Score: 50 Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17 16873514 TAACAATTTG 16873524 AAATAG-AAAATTATTC 1 AAATAGCAAAATTATTC 16873540 AAATAGTCAAAATTATT 1 AAATAG-CAAAATTATT 16873557 TGAACTGGCT Statistics Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2 0.88 0.00 0.12 Matches are distributed among these distances: 16 6 0.40 18 9 0.60 ACGTcount: A:0.55, C:0.06, G:0.06, T:0.33 Consensus pattern (17 bp): AAATAGCAAAATTATTC Found at i:16874006 original size:181 final size:180 Alignment explanation
Indices: 16873147--16876330 Score: 2304 Period size: 181 Copynumber: 17.7 Consensus size: 180 16873137 TGATTTTTGA * * * * * * 16873147 AAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCTG 1 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-G * * * * * 16873212 -TAAACATATTTA-TTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTA 65 ATAAATAGATTTATTTTTTAAA-TCTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA * * 16873275 TTTTAATCTAAATAAGGTTGTATG-ACTAGAAACAATTGTTTT-TGTAACAAAAC 129 TTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATG--ACAAAAC * * * * * * 16873328 AAAAAGTCATAACGATATGAAATAAATAATTGCTT-AAATATTCATAACTATTTGAACTGGTTTG 1 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG * * * ** 16873392 ATAAATAAATTTATTTTTTAAA--TAT-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATATCTTAGTATTAT 65 ATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT * * * * * * * * 16873454 TTTATTCTAAACAAACTTGTATGAACAAAAATATTTTTTTTGTGACAAAAA 130 TTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC * * * * * * 16873505 AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAAAATTATTCAAATAGTCAAAATTATTTGAACTGGCTT-G 1 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCG * * * * * ** * 16873569 GTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTGATTAA-TTTTGAAATATTAATTATTTTA-TTTT 65 ATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA-TAAATTAGTATT * * * * * 16873632 ATTTTATT-TCGAATAAG-TTAGTAAGAAC-TAAACAAATTGTTTTACGAAAAAAC 128 ATTTTATTCT-AAATAAGCTT-GTATGAACAGAAAC-AATTGTTTTATGACAAAAC * * * ** ** * * 16873685 AAAACGTTCATAACGATTTG-AATAAAGAATTGTTCCTATAACCTTAGCTATTTGAA-TTGGTTC 1 AAAA-GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTC * * * * * ** 16873748 -AGCAAATAAATTTATTTTTTAAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTTCATTAGTA 64 GA-TAAATAGATTTATTTTTT-AAATC-TTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTA * * * * * 16873812 TTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAACTGTTTTATAATAGAAC 126 TTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC * * * * 16873867 AAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA 1 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA * * 16873932 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT 66 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT * * * ** * * * ** 16873997 TTAATTCTAAATAGGCTTTTATGATGAAAAATAATAGTTTTACAACAAAAC 130 TTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC * * * * * * * * 16874048 AAAAGTTAATAACGATTTGACATAAATAATTATTTAAAT-GACCATAATTATTTGAAC-TGATTC 1 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTG-TTC * * * * * * * * 16874111 GGTAAATTGATTTATGTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTATAATATTAATAAAGTAATATT 64 GATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT * * * 16874176 ATTTTATT-TCAAATAAGCTTTTATGAA-ATGAAACAATTGTTTTATGATAAAAT 128 ATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAAC * * * * 16874229 AAAAGGTCATAGCAAATTT-AAATAG--AATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTTGTTTG 1 AAAAGGTCATAAC-GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG * ** 16874291 CTAAATAGA--T-TTTTTT-AAT-TTCCTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATT 65 ATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTT--TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT * * * * * ** * * 16874351 ATTTTATTTTGAATAAGCATGCATGAGCTA-AAGTAATTATTTTATGACTAAAC 128 ATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC * * * * * * * 16874404 AAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGAAAATTATTCTAATAGTCTTGACTATTTGAAC-TGATTC- 1 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCG * * * * * * * * * * * 16874467 AGCAAACACATGTATTTTTTAAATCCTTACTTATTAATGTTTATAATATTATTAATTTAGCAATA 65 A-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA ** ** * * * * * * 16874532 TTTTACGCCGAATAAGCTTGTACGAATAGAAATAAATGTTTTAGGAAAAAAC 129 TTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC * * * * * * 16874584 -AAAGAT-GTAATGATTTGAGATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTTG 1 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCG * * * * * 16874646 GTAAAGAGATTTAGTTTTTAAATC--T-CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTAT 65 ATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT * ** * * * * * 16874708 TTTATTCAAAATAATTTTGAATGAATAGAAACAATTGTTTTACGACAGAAT 130 TTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC * * * * * * * 16874759 AAAATGTCATAATGATTTAAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTCGA 1 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA * * * * 16874824 TAAATAGATTAATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTAT 66 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTT-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT * * * * 16874889 TTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAT 130 TTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC * * * * * * * 16874940 AAATGATCATAATGAATTT-AAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCTC- 1 AAAAGGTCATAACG-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG ** 16875003 AGTAAATAGATTTA-TTTTTAAAGTCTTTTACTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAGTAT 65 A-TAAATAGATTTATTTTTTAAA-TC-TTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTAT * * * * * * * * 16875066 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* * * * * 16875482 AAAAGGTCACAATGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAATAGTCATGAACTATTTGAAGTTGTTCG 1 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTTGTTCG * * * * * * 16875547 GT-AA-ACA--TATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAA-TTATAGAAATAATATTAAA-TAATAT 65 ATAAATAGATTTATTTTTT-AAATC-TTTACTTATTAATTTTTA-AAATATTAATAAATTAGTAT * * * ** * * * 16875606 TATATTAATT-TGAATAGGCTCATATGGATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC 127 TAT-TTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC * * * * * 16875660 GAAAAAGTAATAA-GAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAA-TGATTTGAACTTGTT 1 -AAAAGGTCATAACG-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTT * * * * * 16875723 CGGTAAATAAATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTTT-GAATATTAATAAATTTA-T 63 CGATAAATAGATTTATTTTTTAAA-TCTTTACTTATTAATT-TTTAAAATATTAATAAA-TTAGT * ** 16875786 ATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTACGAACAGAAA-ATATCATTTTATGAC-AAAC 125 ATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAAC * * ** * * * * 16875841 AAAAAGGTTATAGCGATTCCAAATAGATAATTGTACAAATGGTCATAATTATTTAAACTTGTTC- 1 -AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG * * * * * * 16875905 AGTAAATAAAATCATTTTTTAAATTTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAACA-TAGTAT 65 A-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAA-ATTAGTAT * * * * * * * * 16875969 TGTTTTATTTTGAATAACCTTATATGAACTGAAATAATTTTTTTATGACAAAAC 127 TATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC * * * * * * * * * 16876023 AAAAGGTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTATTTAAATAATCATGACTATTTGATCTAGTTC-A 1 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA * * * * * * * * 16876087 GTAAACATATTTATTTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTGTCAAATTATTCATAAATTAATATTA 66 -TAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA * * * * * * * 16876152 TTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACTATTATTTTATAATAGAAC 129 TTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC * * * * * * * 16876204 -AAAGAGTCATAGCAATTGGAAATAAATAGTTGCTT-AAATATTCATAATTATTTGAA-TTGGTT 1 AAAAG-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTT * * * * * * 16876266 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TT-TGAATAGGCTTTTATGAATAGAAACAATTATTTTACGACAAAACAAAAA-GTAATAA-GATT * * * * ** * * 16873522 TGAAATAGAA-AATTATTCAAATAGTCAAAATTATTTGAACTGGCTT-GGTAAACAGAATTATTT 377 TGAAATA-AATAATTATTTAAATAATCATAACTATTTGAACT-TATTCGGTAAATAGATTTA-TT * * * * * 16873585 TTTAAATCTCTTACTGATTAA--TTTTGAAATATTAATTATTTTATTTTATTTTATTTCG-AATA 439 TTTAAATAT-TTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTTATATTATTTTATTT-GAAATA * * * 16873647 AG-TTAGTAAGAAC-TAAACAAATTGTTTTACGAAAAAAC 501 AGCTT-GTATGAACAGAAAC-AATTGTTTTATGAAAAAAC * * * * * * ** ** * * * 16873685 AAAACGTTCATA-ACGATTTGAATAAAGAATTGTTCCTATAACCTTAGCTATTTGAA-TTGGTTC 1 AAAA-GGTCATAGA-TATTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTT * * * * ** 16873748 AG-CAAATAAATTTATTTTTTAAAATCTT-TTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTTCATTAGT 63 AGATAAATAGATTTATTTTTT--AAT-TTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGT * * * * * * 16873811 ATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAACTGTTTTATAATAGAACAAAAGGTT 125 ATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC ** * * * * 16873875 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TCT-CTTATTAA-TTTTTGAAATAGTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCAAAATAATTTTGAAT 447 TTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTAT * * * * * 16874730 GAATAGAAACAATTGTTTTACGACAGAAT 510 GAACAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAAC * * * * 16874759 AAAATGTCATA-ATGATTTAAAATAGATAA-TAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTG-TT 1 AAAAGGTCATAGAT-ATTT-AAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT * * * * 16874821 CGATAAATAGATTAATTTTTTAAATCTTC-AACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATA 63 AGATAAATAGATTTATTTTTT-AAT-TTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTA * * * * * * 16874885 TTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAATGATCA 126 TTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA * * * * * * * 16874949 TAATGAATTT-AAATAAATAATTGTTTAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTCGCTCAGTAAATAG 190 TAATG-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGAACTATTTGAACTAGTTCGGT-AATAC * ** * 16875012 ATT-TATTTTTAAAGTCTTTTACTTATTAATTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT 253 ATTAT-TTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT * ** ** ** * 16875076 TGAATAAGG-TTTTTTGAATAGAAACAATTGGTTTACGACAAAACAAATGGTCTTAATAATTTGA 317 TGAAT-AGGCTTTTATGAATAGAAACAATTATTTTACGACAAAACAAAAAGTAATAA-GATTTGA * * **** 16875140 AATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTATTTAAAAAATAGATTTATTTTTAA 380 AATAAATAATTATTTAAATAATCATAACTATTTGAACT-TATTCGGTAAATAGATTTATTTTT-A * * * 16875204 AATATTTACTTTTTAATTTTTTGAACATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGC 443 AATATTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGT 16875269 ATGAACA-AAACCAATTGTTTTATGAAAAAAC 508 ATGAACAGAAA-CAATTGTTTTATGAAAAAAC * * 16875300 AAAAGGTCATA-ATATTTTGAAATAGATAATTATTCAGATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTA 1 AAAAGGTCATAGATA-TTT-AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTA * * 16875364 G-TAAACAGATTTATTTCTTTAATTCTCTTACTCT-TTAATATTTT-GAATAATAATAAATTAGT 64 GATAAATAGATTTATTT-TTTAATT-TCTTACT-TATTAAT-TTTTAGAATATTAATAAATTAGT * ** * * * 16875426 GTTATTTTATTTCAAATAAGCTTACATGAATTGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCA 125 ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA * * * * 16875491 CAATGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAATAGTCATGAACTATTTGAAGTTGTTCGGTAA-ACA- 190 TAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGAACTATTTGAACTAGTTCGGTAATACAT * * * * * 16875554 TATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTATAGAAATAATATTAAA-TAATATTATATTAATTTG 255 TATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTA-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTG ** * * * 16875618 AATAGGCTCATATGGATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACGAAAAAGTAATAAGAATTTAAAA 319 AATAGGCTTTTATGAATAGAAACAATTATTTTACGACAAAAC-AAAAAGTAATAAG-ATTTGAAA * * * * 16875683 TAAATAATTGTTCAAATAATCATAA-TGATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTAAAA 382 TAAATAATTATTTAAATAATCATAACT-ATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTTATTTTT-AAA * * 16875747 TTTTTTACTTATTAATTGTTTGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTA 445 -TATTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTA * ** * 16875812 CGAACAGAAA-ATATCATTTTATG-ACAAAC 509 TGAACAGAAACA-ATTGTTTTATGAAAAAAC * ** * * * * * * * 16875841 AAAAAGGTTATAGCGATTCCAAATAGATAATTGTACAAATGGTCATAATTATTTAAACTTGTTCA 1 -AAAAGGTCATAGATATT-TAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTA * * * * 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TTA-TTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT * * * * * * * 16876661 TGAATAAGTTTTTATGAACTA-TAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGGCTTT- 317 TGAATAGGCTTTTATGAA-TAGAAACAATTATTTTACGACAAAACAAAAAGTAATAA--GATTTG * * * * * * * * 16876724 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTCAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATATTTT 379 AAATAAATAATTATTTAAATAATCATAA-CTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGA-TT-TATTTT * * * * * 16876788 TAAATCTTTTGCTCATTAATATTTTGAATGTTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAG 441 TAAAT-ATTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATT-TGAAATAAG * * * * ** * 16876851 CTTCTATGAACTGAAATAATTATTTTATGACTAAAT 503 CTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAAC ** * * * * * * 16876887 AAATTGTCAGA-ATAATTTGAAATAGATAATTGTTCTACTAGTCTTAAGTATTTGAAAC--GATT 1 AAAAGGTCATAGAT-ATTT-AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTTG-TT * * * * * * * * * 16876949 CAG-CAAATACATTTGTTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGGAATTTTATTAAATTAGTA 62 TAGATAAATAGATTTATTTTTT-AATTTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTA * * * ** * * * 16877013 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16877793 ACATAGATGATTGTTCAAATAGTCATAACTATTCGAACTTGTTCAATAAATAGATTCATATTTTA 379 AAATAAATAATTATTTAAATAATCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTTAT-TTTTA * * * * * * * * 16877858 AATCTCTTACTCAATAATTTTTGGAATATCATTCAA-TTAGTATCATTTTATTTTG-AATAAGGC 443 AATAT-TTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTTGAAATAA-GC * * ** ** 16877921 -TATACGAACTATTAA-AATTGTTTT-TGATGAAAC 504 TTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGAAAAAAC * * * * 16877954 AACAA-GTCATAACGAT-TTGAAATA-AGTAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACTTGTT 1 AA-AAGGTCAT-A-GATATTTAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT * * ** * * * * 16878016 T-GGTAAA-CGTATTTA-TTTTTAAAATATTACTTACTAATTGTT-GAAATATTAATAAATTAAT 62 TAGATAAATAG-ATTTATTTTTTAATTTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGT * * * ** * * * * 16878077 ATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTGTTTTAAGACAATACAAAAAGTCA 125 ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA * * * * * * * * 16878142 CAACGAATTGAAATAAATAACTGTTCAAATAGTCATAGCTATCTATTTGAA-TAGTTATTTGGTG 190 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Indices: 16876683--16878183 Score: 933 Period size: 359 Copynumber: 4.2 Consensus size: 358 16876673 TATGAACTAT *** 16876683 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGGCTTT-AAATAAATAATTGTTCAAATAGT 1 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAA-CAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT * ** * * * * * 16876747 CA-AATCTATTTCAA-CTTGTTTGGTAAACAAATTTATATTTTTAAATCTTTTGCTCATTAATAT 64 CATAA-CTA-TTCAAGCTTGATTAATAAAC-AATTCAT-TTTTAAAATCTCTTACTCAATAAT-T * * * * * * ** * * * 16876810 TTT-GAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTCTATGAACTGAAATAATTA 124 TTTGGAATATCAATAAATTAG-AATATTTTATTTC-GAATAGGCTTATACGAACAAAAACAGTTG * * ** * ** * * * * * 16876873 TTTTATGACT-AAATAAATTGTCAGAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCTACTAGTCTTAAGTA 187 GTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA * * * * * * * * * 16876937 TTTGAAAC--GATTCAGCAAATACATTTGTTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGGAATTT 251 TTT-AAACATG-TTCAGAAAACAAATTTGATTTTTAAA-ATATTACTTACTAATTGTTGAAATAT * * * * 16877000 TATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGCATGAAA-GGA 313 TAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTAT-AAATAGA * * * * * * * * 16877046 AACAATTGTTTTGTGAC-AAATAAAGGTCATAATAATTTCAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCA 1 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA * * ** * * 16877110 TAATTATTTGAA-C-T-ATTTCGGTAGACAAATTTAGTTTTT-AAATCTCTTA-T---TAATTTT 66 TAACTA-TTCAAGCTTGA-TT-AATAAAC-AATTCA-TTTTTAAAATCTCTTACTCAATAATTTT *** * * * ** *** ** * * ** 16877167 CAAAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTTTAAATAATTTTGCATGAAC-AAAACAATTTTTT 126 TGGAATATCAATAAATTAG-AATATTTTATTTCGAATAGGCTTATACGAACAAAAACAGTTGGTT ** * * * * ** * * 16877231 TATGATAAAACAAAAAATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAA-CGAAATGACTATTTG 190 TATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTA * * * * * * * 16877295 AAC---TT-ATAAAA-ATATTT-ATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATT-TTTAGAATATTAAT 255 AACATGTTCAGAAAACAAATTTGATTTTTAAAATAT--TACTTACTAATTGTTGA-AATATTAAT * * * * * * * 16877353 AAATTATTATT-TTTTATTCCGAATAAACCTATATGAATAGA 317 AAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATAAATAGA * * * * * * 16877394 AATAATTATTTTATCACAAAACGAAAGATCATAACTATTTAAAATAAATAATTGTTTAAATAGTC 1 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC ** * * * * * 16877459 ATAACTATTCAAGCTTGATTGGTAAACAATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGGA 65 ATAACTATTCAAGCTTGATTAATAAACAATTCATTTTTAAAATCTCTTACTCAATAATTTTTGGA * * * * 16877524 ATATTAATAAATTAGAATATTTTATTTCGAATATGCTTGTATGAACAAAAACAGTTGGTTTATGA 130 ATATCAATAAATTAGAATATTTTATTTCGAATAGGCTTATACGAACAAAAACAGTTGGTTTATGA * * * * 16877589 TAAAACAAAAGGTCATGACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT 195 TAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACAT * * * * * * * 16877654 GTTCAGAAAACAAATTTGTTTTTTAAATTTTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTTAT 260 GTTCAGAAAACAAATTTGATTTTTAAAATATTACTTACTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAAT * * * 16877718 ATTATTTT-CTTCAGAATAAGCTTGTACAAATAGA 325 ATTATTTTAATCCA-AATAAGCTTGTATAAATAGA * * * 16877752 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGACATAGATGATTGTTCAAATAGTC 1 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC * 16877817 ATAACTATTCGAA-CTTG-TTCAATAAATAGATTCATATTTT-AAATCTCTTACTCAATAATTTT 65 ATAACTATTC-AAGCTTGATT-AATAAACA-ATTCAT-TTTTAAAATCTCTTACTCAATAATTTT * * * * * 16877879 TGGAATATCATTCAATTAGTATCATTTTATTTTGAATAAGGC-TATACGAACTATTAAA-A-TT- 126 TGGAATATCAATAAATTAGAAT-ATTTTATTTCGAAT-AGGCTTATACGAAC-A-AAAACAGTTG * * * * 16877940 GTTTTTGATGAAACAACAA-GTCATAACGATTTGAAATA-AGTAATTATTCAAATAGTTATGACT 187 GTTTATGATAAAACAA-AAGGTCATAACGATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAACT * ** * ** 16878003 ATTTAAACTTGTTTGGTAAACGTATTT-ATTTTTAAAATATTACTTACTAATTGTTGAAATATTA 250 ATTTAAACATGTTCAGAAAACAAATTTGATTTTTAAAATATTACTTACTAATTGTTGAAATATTA * * 16878067 ATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATAAACAAA 315 ATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATAAATAGA * * * * * 16878111 AACAATTGTTTTAAGACAATACAAAAAGTCACAACGAA-TTGAAATAAATAACTGTTCAAATAGT 1 AACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAAC-AATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT * 16878175 CATAGCTAT 64 CATAACTAT 16878184 CTATTTGAAT Statistics Matches: 903, Mismatches: 187, Indels: 100 0.76 0.16 0.08 Matches are distributed among these distances: 347 5 0.01 348 46 0.05 349 56 0.06 350 49 0.05 351 5 0.01 352 25 0.03 353 78 0.09 354 23 0.03 355 51 0.06 356 41 0.05 357 16 0.02 358 150 0.17 359 211 0.23 360 60 0.07 361 60 0.07 362 12 0.01 363 15 0.02 ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41 Consensus pattern (358 bp): AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA TAACTATTCAAGCTTGATTAATAAACAATTCATTTTTAAAATCTCTTACTCAATAATTTTTGGAA TATCAATAAATTAGAATATTTTATTTCGAATAGGCTTATACGAACAAAAACAGTTGGTTTATGAT AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACATG TTCAGAAAACAAATTTGATTTTTAAAATATTACTTACTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATA TTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATAAATAGA Found at i:16878665 original size:52 final size:52 Alignment explanation
Indices: 16878597--16878707 Score: 206 Period size: 52 Copynumber: 2.2 Consensus size: 52 16878587 GTAAATATAT 16878597 TTACTTTTTAAGTCTCTTATTGATTAATATTCTAAATATTAATAAATTAGTA 1 TTACTTTTTAAGTCTCTTATTGATTAATATTCTAAATATTAATAAATTAGTA * 16878649 TTACTTTTTAAGTCTCTTATTGATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTA 1 TTACTTTTTAAGTCTCTTATTGATTAATATTCTAAATATTAATAAATTAGTA 16878701 TTA-TTTT 1 TTACTTTT 16878708 ATTTTGAACA Statistics Matches: 58, Mismatches: 1, Indels: 1 0.97 0.02 0.02 Matches are distributed among these distances: 51 4 0.07 52 54 0.93 ACGTcount: A:0.34, C:0.07, G:0.05, T:0.53 Consensus pattern (52 bp): TTACTTTTTAAGTCTCTTATTGATTAATATTCTAAATATTAATAAATTAGTA Found at i:16879098 original size:20 final size:20 Alignment explanation
Indices: 16879075--16879115 Score: 57 Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20 16879065 TATTTTTTTG 16879075 AATAAAT-TTTTATGAATAGA 1 AATAAATGTTTTATG-ATAGA * 16879095 AATAATTGTTTTATGATAGA 1 AATAAATGTTTTATGATAGA 16879115 A 1 A 16879116 TAGAGGGTTA Statistics Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 2 0.86 0.05 0.09 Matches are distributed among these distances: 20 12 0.63 21 7 0.37 ACGTcount: A:0.46, C:0.00, G:0.12, T:0.41 Consensus pattern (20 bp): AATAAATGTTTTATGATAGA Found at i:16879149 original size:180 final size:176 Alignment explanation
Indices: 16878682--16879174 Score: 461 Period size: 181 Copynumber: 2.7 Consensus size: 176 16878672 TTAATTTTCT * * 16878682 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTA 1 AAATATTAATAAATTAGTATTA-TTT-TTTTGAATAAACTTATATGAA-TAAAATAATTGTTTTA * * * * 16878747 TGACAAGACAAAAAGTAATCATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-TTTATAATTATTTGA 63 TGA-AAGA-AAAAGGTAATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTT-TAACTATTTGA * * * * 16878811 ACTGGTTTGATAACTAAAAATTTTTAAAAAATCTATTCCTTATAAAATTTTG 125 ACTGGTTTGACAAATAAAAATTTTTAAAAAATCTATTACTCATAAAATTTTG * * * * * * 16878863 AAATATTAACAAATTAGTTTTATTTTATTCCGAGTAAACTTGTATGAGCTAAAATAATTGTTTTA 1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TT-TGAATAAACTTATATGA-ATAAAATAATTGTTTTA * * * * * * 16878928 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATATGAAATAGTTAATTGTTCATATAGTTTTAACTATTTGAA 63 TGA-AAGA-AAAAGGTAATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTTTAACTATTTGAA * * ** * * * * 16878993 CTGGTTTGGCAAATGAATATATTTTT-TTAAATCTGTTAGTCAT-CAATTTTT 126 CTGGTTTGACAAAT-AA-AAATTTTTAAAAAATCTATTACTCATAAAATTTTG * * * * 16879044 AGACTATTATTAAATTAGTATTATTTTTTTGAATAAATTTTTATGAATAGAAATAATTGTTTTAT 1 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTTTTGAATAAACTTATATGAATA-AAATAATTGTTTTAT * * * ** 16879109 GATAGAATAGAGGGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAAC 64 GAAAGAA-A-AAGGTAATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTTTAACTATTTGAAC 16879174 T 127 T 16879175 AATCATAACT Statistics Matches: 253, Mismatches: 49, Indels: 21 0.78 0.15 0.07 Matches are distributed among these distances: 178 1 0.00 179 6 0.02 180 83 0.33 181 119 0.47 182 37 0.15 183 7 0.03 ACGTcount: A:0.41, C:0.06, G:0.11, T:0.41 Consensus pattern (176 bp): AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTTTGAATAAACTTATATGAATAAAATAATTGTTTTATGA AAGAAAAAGGTAATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTTTAACTATTTGAACTGGT TTGACAAATAAAAATTTTTAAAAAATCTATTACTCATAAAATTTTG Found at i:16879925 original size:181 final size:176 Alignment explanation
Indices: 16879405--16887193 Score: 4267 Period size: 181 Copynumber: 43.6 Consensus size: 176 16879395 TGTTTTATAC * * * * 16879405 GAATAGAAATATTTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATAGTTTA 1 GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TTA * * * * * * * * * 16879470 AATCGACATGACTATTTGAACT-TGTTCGATAAATAGATTAATTTTTTAAATCTTCAACTCATTA 64 AATAGTCATAACTATTTGAACTGT-TTAGATAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TT-TACTTATTA * ** * * * 16879534 ATTCTT-AGAACCTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTCTAC 126 ATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-GAATAAGCTTGTAT * *** * * 16879586 GAATACAAACAATTGTTTTATGATGTAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCA 1 GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-A * * * * * * 16879651 AATAGTCATCACAATTTGAACTTGCTT-GGTAAACATA-TT-TTTTTAAAATCTTTTACTTATTA 64 AATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTAGATAAACAAATTTATTTTTTAAA--TTTTACTTATTA * * 16879713 ATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATATCGAATAAGCTTGTTT 126 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCGAATAAGCTTGTAT * * * * * 16879764 GAATAGAAATAATTGGTTTATGACAAAATAAATACTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTAA 1 GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTAA * * * * 16879829 TATAGTCATAACTATTTGAACGTATTTAGAAAAATAAATTTATTTTTAAAATTTTAACTTATTAA 65 -ATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTAGATAAACAAATTTATTTTTTAAATTTT-ACTTATTAA * * * 16879894 TTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCAT 127 TTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTC-GAATAAGCTTGTAT * * * * * * * 16879945 AAACA-AAACCAATTATTTTATGACAAAATAAAATGTCA-CATTATTTTGAAATAGATAATTATT 1 GAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATT-GT * * * 16880008 TAGATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAAATTCATTTTTTAAATTCTTTTACTCT 62 TAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTAGATAAACAAATTTATTTTTTAAA---TTTTACT-T * * * * * * * 16880072 -TTAATTTTTGGAATACTAATCAATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAACCTTATAT 122 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTAT * * * * * 16880127 GAACT-GAAACAATAT-TTTTATTACAAAA-AAAGGTCACAATGATTTAAAATAGATAATTATTC 1 GAA-TAGAAACAAT-TGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT- * * * 16880189 AAATAGTCATGACTATTTGAA--GTTCTCCA-ATAAACATATTTATTTTTTAAATCATATA-TTA 63 AAATAGTCATAACTATTTGAACTGTT-T--AGATAAACAAATTTATTTTTTAAAT--TTTACTTA * ** * * 16880250 TTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTCTTTTAATTCTGAATAAGCTTGT-T 123 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTC-GAATAAGCTTGTAT * * * * 16880305 GAAT--AAA-AATTGTTTTATGA-AACA-AAAAGTGATAA--AATTGAAATAAATAATTGGTTCA 1 GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT-GTT-A * * * * 16880363 AATAGTCATAA-TGATTTGAACTTGTTT-GGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATTTTTACTT-TT- 64 AATAGTCATAACT-ATTTGAAC-TGTTTAGATAAACAAATTTATTTTTTAAA-TTTTACTTATTA * * * * * * 16880424 ATTGTCT-CAACATT-ATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCCTGTAT 126 ATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCG-AATAAGCTTGTAT * * * * ** ** * 16880475 GAATAGAAAAAATTATTTTGTAATGAAACAAAATGGT-ATAATGATTCCAAATAGGTAATTGTTC 1 GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA--GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT- * * * * * * * * * 16880539 AAATAGTCATAATTATTTAAATTTGTTTAG-TAAATAGATTCATTTCTGAAATCTCTTAATTATT 63 AAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGTTTAGATAAACAAATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATT * ** * ** * 16880603 AATTTTTGGAATATTAATAACCTAGTATTATTTTATTTCAAATAAATTTATAT 125 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTAT * 16880656 GAACTA-AAACAATT-TTTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATT 1 GAA-TAGAAACAATTGTTTT-ATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT * * * * 16880719 CAAATAGTCATGACTATTT-AATCTTGTTT-GGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTA 63 -AAATAGTCATAACTATTTGAA-C-TGTTTAGATAAACAAATTTATTTTTTAAA--TTTTACTTA ** * * * 16880782 TTAATTTTCAAAATATTAGTAACTTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTAT 123 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCGAATAAGCTTGTAT * * * 16880837 GAATAGAAACTATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAATA-AGTAATTGTTT 1 GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTG-TT * * * * 16880901 AAAAAGTCATAACTATTTGAACTGGTTT-GACAAACAGATTTATTTTTTTAAA-TCT-CTTATTA 63 AAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTAGATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATTTTACTTATTA * * * * * 16880963 ATTTTTGAAATATTAGTAGATTAGTATTATTTTATTCCAA-AGGAACTTATAT 126 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAATA--AGCTTGTAT * ** * * * 16881015 GAACA-AAACCTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTTAGATAGATAATTGTTCA 1 GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-A * * * * * * 16881079 AATAGTTATAATTATTTTAACTGATTAGGTAAACAAAATTATTTTTT-AATCTCTTACTTATTAA 64 AATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTAGATAAACAAATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAA * * * * * * * 16881143 TTTTTGGAATATTAAAAAATTAATTTTATTTTATTCTAAATAAGCTAGTGT 127 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-GAATAAGCTTGTAT * * * ** * 16881194 GAATTGAAAAAATTGTTTTATGATAAGGCAAAAGATCGTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTA 1 GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TTA * * * ** * * * * 16881259 TATAGTCTTAACTATTTCAACTGGTTT-GGCAAATAAATTTATTTCTTAATTCTCTTAGTTATTA 64 AATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTAGATAAACAAATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTA * * * * * * 16881323 ATTTTTG-AATAGTATTAGATTATTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATTTTATTCCAAATAAG 126 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Indices: 16879430--16890197 Score: 2307 Period size: 181 Copynumber: 60.3 Consensus size: 174 16879420 TTTTATGACA * * * * * * * * * 16879430 AAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATAGTTTAAATCGACATGACTATTTGAACTTGT 1 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AATTTGT * * * ** * ** * 16879495 TCGATAAATAGATTAATTTTTTAAATCTTCAACTCATTAA-TTCTTAGAACCTTAATAAATTAGT 65 TTGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTC-TA-AATATT-ATAACTTAGT * * * * * 16879559 ATTATTTTATTCTG-AATAAACTTCTACGAATACAAACAATTGTTTTATGATG 125 ATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-TTTT-TAATG * * ** * * * * * 16879611 TAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATCACAATTTGAACTTGC 1 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AATTTGT * * * * 16879676 TTGGTAAACATATTT-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTT-TAGAATATTAATAAATTAGTAT 65 TTGGTAAATAGATTTATTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTCTA-AATATT-ATAACTTAGTAT * * * ** 16879739 TATTTTATATCG-AATAAGCTTGTTTGAATAGAAATAATTGGTTT-ATG 127 TATTTTAT-TTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTTTTTTAATG 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* * * * * 16880564 TTTAGTAAATAGATTCATTTCTGAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAATAACCTAGT 64 TTTGGTAAATAGATTTATTT-TTAAAT-TTTTACTTATTAATTTCT-AAATATT-ATAACTTAGT * ** * 16880629 ATTATTTTATTTCAAATAAATTTATATGAACTA-AAACAA-TTTTTTAATG 125 ATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTTTTTTAATG * * * 16880678 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTAATCT 1 ---AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAT-T * * * 16880743 TGTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAGTAACTTA 62 TGTTTGGTAAATAGATTTATTTTT-AAA-TTTTTACTTATTAA-TTTCTAAATATTA-TAACTTA ** * ** 16880808 GTATTATTTTAATCCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTGTTTTATAACA 123 GTATTATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-TTTT-TAATG * * * * * * * 16880862 AAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAATAAGTAATTGTTTAAAAAGTCATAACTATTTGAACTGGT 1 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AATTTGT ** * * * 16880927 TTGACAAACAGATTTATTTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAGA-TTAGT 65 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* * * * 16888643 AGTATTATTTTATTCCAAATAAAATAGTATGAACATAACCAA-TTGTTTGATG 122 AGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTTTTTTAATG * ** * * * * * * 16888695 ACAAAATAAAACATTATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAATCAAAACTATTTGAAAA 1 ---AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT---AA * * * * 16888760 TTGGTTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTTTTACTGATTAATTTTCTAAATATTAATAAAT 60 TTTGTTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAA-TTTCTAAATATT-ATAACT * * * * * * 16888825 TAGTATTATTTTATTTCGGACA-AA-CTTATATTAACAAAAACAATTGTTTT-ATG 121 TAGTATTATTTTATTT--GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTTTTTTAATG * * * * * * * 16888878 ACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAATTATGTTTATT 1 ---AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT-TTAATT * * * * * * * * * 16888943 GGTCCT-ATAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATAAAATTT-TGCAATATTAATAAAT 62 TGT-TTGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTTAT-TAATTTCT-AAATATT-ATAACT * * ** ** * * 16889006 TAGTTTTATTCTATTCCAAATGCGCTTGTATGAGCTA-AAACAATTATTTT-ATG 121 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Indices: 16879417--16893205 Score: 7532 Period size: 538 Copynumber: 25.7 Consensus size: 536 16879407 ATAGAAATAT * * * * * * * 16879417 TTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATAGTTTAAATCGACATGAC 1 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC * * * * * * * * * 16879482 TATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTAATTTTTTAAATCT-TCAACTCATTAATTCTT-AGAAC 66 TATTTGAAC-TGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTT-AATCTCT-TACTTATTAATTTTTGA-AAT * * * * * * * * * 16879545 CTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTCTACGAATACAAACAATTGTTTTATGAT 127 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTGTTTTATGAC ** * * * * 16879610 GTAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATCACAATTTGAACTTG 191 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG * * * 16879675 CTT-GGTAAACATA-TT-TTTTTAAAATCTT-TTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTA 256 -TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA * * * * 16879735 GTATTATTTTATAT-CGAATAAGCTTGTTTGAA-TAGAAATAATTGGTTTATGACAAAATAAATA 319 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* 16880935 CAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAGATTAGTATTATTTTATTC 447 CAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC * * * ** 16881000 CAAAGGAA-CTTATATGAACAAAACCT 511 CAAA-TAAGCTTGTATGAATAAAACAA * * * * * 16881026 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTTAGATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAAT 1 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC * * * 16881091 TATTTTAACTGATTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATT 66 TATTTGAACTG-TTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT * * * * * ** * * 16881156 AAAAAATTAATTTTATTTTATTCTAAATAAGCTAGTGTGAATTGAAAAAATTGTTTTATGATAAG 130 AATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTGTTTTATGACAAA * * * * * * * * * * 16881221 GCAAAAGATCGTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTATATAGTCTTAACTATTTCAACTGGTTT 194 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC * * * * 16881286 GGCAAATAAATTTATTTCTT-AATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGAATAGTATTAGATTATTATT 259 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* * * * * * * 16882505 TAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCA-AATCTATTTGAAATGGTTTGATAAGCAGA 387 TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTGGTTTGACAAACAAA * * * * * ** 16882569 TTTACTTTTTAAATCTCATATTGATTAATTTCT-AAATAATAAAAAATTATTATTATTTTATTTT 451 TTTATTTTTTAAATCTC---TT-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC * * * * * * 16882633 GAACAAACTTATATTAACAAAAACAA 512 AAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAA * * * * * * * 16882659 TTGTTTTATGACAAAACAAAA-ATAATAAGGATTTGAAATGGATTATTGTTCAAATAGTTATAAT 1 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC * * * * * 16882723 TAATTGAACTGGTTCA-ATAAATAGAA-TTATTTTCTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGAAAT 66 TATTTGAACT-GTT-AGGTAAACA-AATTTATTTT-TTAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT * * * * * * 16882786 ATTAATAAATTAATTTTATTCTATTTCAAATAAGCTTGTATGAGCTGAAATAATTGTTTTATGAC 127 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTGTTTTATGAC *** * * * * * * * * 16882851 AAAA-AAAAGGTCATAGCAATTTTAAATAAATAACTGTTTATATAGTCTTAACTATTTGAACTGG 191 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16885176 TCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAGAGTCATAACTATTTGAACTCGCTT-AGTAAAT 384 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA-CAAAC ** * * * * 16885240 GGATTTATTTTTTAAATGTTTTACTTATTAATTTTTAAAATTTTAAATAAATTAGTATTATCTTA 448 AAATTTATTTTTTAAA---TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATT-AATAAATTAGTATTATTTTA * * 16885305 TTCCCAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAA 508 TTCCAAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAA * * * * * 16885335 TTGGTTTATGAGAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAAA 1 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC * * * * 16885400 TATTTGAACGTGTTCA---AAAAAATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAAT 66 TATTTGAAC-TGTT-AGGTAAACAA-ATTTATTTTT-TAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT * * ** * * 16885461 ATTTATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAACAGAACCAATTATTTTATAA 127 ATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTGTTTTATGA ** * * * * * 16885525 CAAAACAAAAGACCATAATGTTTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACAT 190 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT ** * * 16885590 GTTTAGTAAACAAATTCATTTTTT-AATTCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA 255 GTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATT-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA * * * * * * 16885654 GAATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATGTGAACT-GAAACAATTG-TTTAT---AAAATAAAAGG 319 GTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG * * * * * * ** * 16885714 TTACAATGATTT-AACATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAGCTTGTTCAAAAAAC 384 TCATAACGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGACAAAC * ** * 16885778 ATATTTATTTTTTAAATCATTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAA 448 AAATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-A * * 16885843 TTCGAAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAA 508 TTCCAAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAA * * * * 16885873 TTGCTTTAT----------AA---C--AA--A-TTGAAATAAATAATTGTTCAAATATTCATAAA 1 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC * * * * 16885920 GATTTGAACTTGTTTGGTGAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AAT 66 TATTTGAAC-TGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTT-AATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAAAT ** * * 16885983 ATTAATAAATTTTTATTATTTTATTACAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATCT-TTTTATGA 127 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAAT-TGTTTTATGA * * * * * * * * * 16886047 CAAAACAAAAAGTAATAGTAATTTCAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAATTATTTAAACTT 190 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT ** * * * * * * * 16886112 GTTCAATAAATAGATTGATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTAATAACTTAG 255 GTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG ** * * * * * * 16886177 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACT-TAAATAATTTTTTTATGGCAAAACAAAAAGT 320 TATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT * * * * * * * 16886241 CATAATGATTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTCATAGCTATTTGATCTGGTTTGATAAACAT 385 CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGACAAACAA * * * ** * 16886306 ATTTATTTTTGAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATC 450 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TTTTTTTGTAACAAAACAACAGGTCATAATGATTTTCAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAAC 1 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC * * * * * 16887513 TATTTGAATTTGTTCGGTAAA-AAATTTTATCTTTTT-TTACTCTTGCTTATTAATTTCTGAAAT 66 TATTTGAA-CTGTTAGGTAAACAAA-TTTAT-TTTTTAAT-CTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT * * ** * * * * 16887576 ATTAAGAAACTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGT 127 ATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGC-TTGTATGAACAGAAAAAATTGTTTTATGA * * * ** * * * 16887641 TAAAACAAGATGTTGTAAT-ATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTT 190 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT * * * * * ** ** * ** * * * * ** 16887705 GTTTGATAAATAGATTTCTTTTTTCAAATGTTAATA-AAATTTGATTTTTTTATTCTGACTACGC 255 GTTCGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAAT-TTCTTACTTA-TTAATTTTTGAAATATTAATA-AA ** * * ** * * * ** ** **** 16887769 TTA-TAAGATATGA-AACAAAT-A--TTTTATG-AC--CAAACAAAAAGTTAGAATGATTTGA-A 316 TTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTAGAAAC-AATTGTT-TTATGACAAAACA * ** * * * ** * * 16887825 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* * * ** * 16888218 TTTCAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTT-TTTCTTATTAATTTTTTGAAA-GCTAGTAAATT 255 GTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATT * * *** * * * * 16888281 AGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTGCAAACTA-AAATAATTGTTTTATGACTAGATAAAAG 318 AGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG * * * * * * *** * * * * ** 16888345 GGCAAAATGATTTCACATAGATAACTGTTTTGATAGCCTTAACTATTTGAA-TTGATTGGTAAAC 383 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGACAAAC ** * * 16888409 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTTTTTTTA 448 AAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTA * ** * * 16888474 AT-CAGAATAAGCTTGTACAAACAAAAAAA 508 TTCCA-AATAAGCTTGTATGAATAAAACAA * * * * * * ** * * 16888503 TTCTTTTTATGACAAAAGAAAAGGTCACAACGACTTGAAATAAATAATCATTCATATAGTCTTAA 1 TT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA * * * ** * * ** * 16888568 CAATTTGAATTGGTTCA-GCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTCG-AA 65 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AAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTA--T-T-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT * ** * 16889015 TCTATTCCAAATGCGCTTGTATGAGCTAAAACAA 504 TTTATTCCAAATAAGCTTGTATGA-ATAAAACAA * * * * * * 16889049 TTATTTTATGAGAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATTGAT-ATTCGTTCAAATAGTGATAA 1 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAA * * * * * ** 16889112 CTATTTGAATTGGTTCA--AAAAGCAATTTTACTTTTTAA-ATC-T-CTTATTAATTTTCAAAAT 65 CTATTTGAACT-GTT-AGGTAAA-CAAATTTATTTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT * * * ** * ** * * 16889172 ATTAGTGAAGTAGTATTATTTTATGTCGAATAAG-TTCTTATGAATTGAAACAATTATTTTATGA 127 ATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTAAATAAGCTT-GTATGAACAGAAAAAATTGTTTTATGA * * * * * 16889236 CAAAACAAAAGATCATAACGACTTT-AAATAGTCAAATTGATTATTCAATTAGTCA-ATTCTATT 190 CAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAG----A-TAATTATTCAAATAGTCATA-ACTATT * * *** * * 16889299 TGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCACGCTCATTAATTTTTTG-AATGTTA 248 TGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATTTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTA ** * * * * * 16889363 ATAAATTAGTA-TA-TTTATTCTAAATAAACTTGTATGAA-TTGAAATAATTGTTTTATTACTAA 311 ATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAA * * * * * * * 16889425 ACAAAAGGTTAGAATGATTCGAAATAGATAATTGTTCCAATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTT 376 ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTT * * * 16889490 -AGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTAT 441 GA-CAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-T--T-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT * ** * 16889554 TACTTTAATT-TGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAA 501 TA-TTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAA * * * * * * * 16889591 TTATTTTATAACAAAA-TAAAGATTATAATGATTTGAGATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAC 1 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC * * ** * * ** 16889655 TATTTGAATTGTTTTGAAAAATAAATTTATTTTTTAA-ATC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATT 66 TATTTGAACTG-TTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT * * * * * ** * * 16889717 AATAGATAAATATTGTTTTATTCTGAATAATTTTGCATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGATAA 130 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* * * * 16890944 GTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAA-TTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA 255 GTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTA * ** * * 16891008 -TATTGTTTTATTCAAAATAAGCTTGTATAAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGG 319 GTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG * * ** ** * 16891071 TCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTTGGTAAATA 384 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGACAAACA * * * * * ** *** 16891136 GATTCATTTTTTATATCTCTTACTCA---TCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA 449 AATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAA * * * * 16891198 ATATGCTTATATGAACTGATACAA 514 ATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAA * ** * ** * * * 16891222 TTATTTTATGATGAAACAAAAGGTCCTAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGAC 1 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC * * * * * * * * * 16891287 TATTTCAATTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTAAAATCT-TCAACTTATTAA-CTGTCAGAAT 66 TATTTGAA-CTGTTAGGTAAACAAATTTATTTTT-TAATCTCT-TACTTATTAATTTTTGA-AAT * * ** 16891350 ATTAATAAACTACTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGA 127 ATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAA-AATTGTTTTATGA * * * * * * * 16891414 CAAAAGAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATATTTATTCAAACAGTCATAACTATTTGAATTT 190 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT * * * * * * 16891479 ATTCAGTAAACAGATTTA--CTTTAAATCTT-TTACTTATTAA-TTGTCAGAATGA-TAATAAAA 255 GTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTTGA-AAT-ATTAAT-AAA * * * * 16891539 TT-GTATTATTTTAATT--GAAATAAGCATGTAGGAA-TAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACA 316 TTAGTATTATTTT-ATTCCG-AATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA * * *** * ** * * 16891600 AAAGTTTATGGTGATTTGAAATAGGTAATTGTTCTCATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGAT 379 AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGAC * * * * * * 16891665 AAACAAATTCAGTTTTTAAATCCCTTATTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATC 444 AAACAAATTTATTTTTTAAAT--C-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT * * * 16891730 TTATTTCAAGTAAGCTTGTATGAACAGAAACAA 505 TTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAA * * * * * * 16891763 TTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAA-CATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAATCAAAAC 1 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC * * * 16891827 TATTTG--TTGGTTAGGCT-AACAAATTCATTTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTT-AGAAT 66 TATTTGAACT-GTTAGG-TAAACAAATTTATTTTTT-AATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AAT * * ** * * * * * * 16891888 ATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCGAATAAGATTGCATCAATAGAAATAATTATTTTATGAC 127 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTGTTTTATGAC * * * * * * * * * * * 16891953 AAAACAAATGGTCATAAAGATATGAAATAAATAATTGTTTAAATTGTTATAACTAATTAAACTAG 191 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG * * * 16892018 TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTCATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAAT 256 TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT ** * * * * * ** ** * 16892078 ATTATTTTATTCTAAACAAACTTATATGAAC-AAAAACATTTGTTTTACAATGAAACAAAAGGAC 321 ATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC * * * * * ** * 16892142 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTTATATAG-CCTAAACTATTTGAACTGGTTCAACAAATA 386 ATAACGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTGGTTTGACAAACA * * * * * 16892206 AATTTATTTTTCAAATCTCTTAATTATTAATTTTCATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATT 449 AATTTATTTTTTAAATCTCTT-ATTA--ATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT * * * * * * * 16892271 TCGAATAAGCTTGCATTAACATAAATAG 510 CCAAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAA * * * * 16892299 TTCTTTTATGACAAAA-ACAAA-GTTATAATGACTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAA 1 TTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA * ** * * * 16892362 TTATTTGAACTGGTTCA-GT----AAA--TA---GCTAATCACCTACTTATTAATTTTTAAAATA 65 CTATTTGAACT-GTT-AGGTAAACAAATTTATTTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA * * ** 16892417 TTAATAAATTAGTATTGA-TTTATTCTGAATAGGCTTGTATGATGA-AAAACAATTGTTTTATGA 128 TTAATAAATTAGTATT-ATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAA-AATTGTTTTATGA * ** * * * 16892480 C-AAACAAAAGTTCA-AAACATTTAAAATAGATAATTATTCAAAT-GGCAATAACTATTTAAAC- 190 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACT ** * ** * * 16892541 TGATTCAATAAAC---TTATATTGTTTTAAATCTCCAACTTCTCAAGTTTTT-AAATATTAATAA 254 TG-TTCGGTAAACAAATT-TATT-TTTTAAATTTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAA ** * * * * * 16892602 AGTTA-TATTATTTT-TT-TTAATAAGCTTTTATGAAAT-TAAACAATTGTCTTATGATAAAACA 315 A-TTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC- ** * * * * * * 16892663 AAAAGGTCATAAAAATTTTAAAAAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAGTATTTAAACTTGTTTGG 378 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA * * 16892728 CAAACAAATTTATTTTTTAAAATTCTTTGCTTATTAATTTTTTTG-AATGTTAATAAAATAGTAT 443 CAAACAAATTTATTTTTT-AAA-TC--T-CTTATTAA--TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT * * * * 16892792 TATTTTATTTCAAATGAGCATGTATGAACTGAAACAA 501 TATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAA * * * * 16892829 TTATTTTATGACTAAATA-AAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTA 1 TTGTTTTATGAC-AAA-ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA * * * * 16892893 ACTATTTGAA-TGGGCTT-GGCAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTAGA 64 ACTATTTGAACT--G-TTAGGTAAACAAATTTATTTTTT-AATCTCTTACTTATTAATTTTT-GA * * * * ** * * * * 16892956 ACATTATTAGT--CTT-GCAATATTTTACTCCAAATAAGTTTGTATGGACAGAAACAATTATTTT 124 A-A-TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTGTTTT * * *** * * * * 16893018 ATGATAAAAC-AAA-GCCATACCAATTTGAGATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGA 186 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA * * ** * * * 16893081 AC-AGATGCTATAAACAAATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTTTTAATTTTTAAAATATTAATAA 251 ACTTG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA * ** 16893141 ATTAGTATTATTTTATTTCGAATAATTTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA 315 ATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA 16893205 A 380 A 16893206 TTATCATAAT Statistics Matches: 10286, Mismatches: 2252, Indels: 1422 0.74 0.16 0.10 Matches are distributed among these 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Indices: 16879417--16893205 Score: 5621 Period size: 718 Copynumber: 19.3 Consensus size: 710 16879407 ATAGAAATAT * * * * * * * * 16879417 TTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATAGTTTAAATCGACATGAC 1 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC * * * * * * * * ** 16879482 TATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTAATTTTTTAAATCTTCAACTCATTAATTCTTAGAACCT 66 TATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TT-TACTTATTAATTTTTAAAATAT * * * * * * ** 16879547 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTCTACGAAT-ACAAACAATTGTTTTATGATG 129 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATG-TTGAAAAACAATTGTTTTATGACA * * * * * * ** * 16879611 TAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATCACAATTTGAACTTGC 193 AAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAATTATTTGAA-TTGA * * * ** * 16879676 TT-GGTAAACATATTT--TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTT-AGAATATTAATAAATTAGT 257 TTCGATAAACAAATTTACTTTTTAAATCACTTA-TTA-TAATTTTGA-AATAATAATAAATTAGT * * * * * * ** * * 16879737 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* * * * * * 16880139 TAT-TTTTATTAC-AAA-AAAAGGTCACAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGA 1 T-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA * ** * ** * * * * 16880201 CTATTTGAAGTTCTCCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCATATA-TTATTAATTGTCAAAATA 65 CTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT--TTTACTTATTAATTTTTAAAATA * * * 16880265 TTAATAAATTAATATTCTTTTAATTCTGAATAAGC---T-TGTTGAATAAA-AATTGTTTTATG- 128 TTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAAGCTTGTATGTTGAA-AAACAATTGTTTTATGA * * * * * * 16880324 --AAACAAAAAGTGATAA-AA-TTGAAATAAATAATTGGTTCAAATAGTCATAATGATTTGAACT 191 CAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAATAGCCATAATTATTTGAA-T * * * * * ** * * 16880385 TG-TTTGGTAAATAGATTTAGTTTTTAAAT-TTTTACTT-TTATTGTCTCAACAT--T-ATAAAT 254 TGATTCGATAAACAAATTTACTTTTTAAATCACTTA-TTATAATT-T-TGAA-ATAATAATAAAT * * * * * * * * * ** 16880444 TTGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCCTGTATGAA-TAGAAAAAATTATTTTGTAATGAAACAAA 315 TAGTATTATTTGATTTTG-AACAAGCTTATATTAACTA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAA ** * * * * * * * 16880507 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* * ** * * 16880913 CTATTTGAACTGGTTTGACAAACAGATTTATTTTTTTAAA-TCT-CTTATTAATTTTTGAAATAT 65 CTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTAAAATAT * * * * * * ** 16880976 TAGTAGATTAGTATTATTTTATTCCAAAGGAA-CTTATATG--AACAAAACCTTTGTTTTATGAC 129 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAA-TAAGCTTGTATGTTGA-AAAACAATTGTTTTATGAC * * * * * ** * * 16881038 AAAACAAAAGGTTATAATGATTTTAGATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTTAACTGA 192 AAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAATTATTTGAATTGA * * * * * * * * * 16881103 TTAGGTAAACAAAATTA-TTTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAAAAAATTAAT 257 TTCGATAAACAAATTTACTTTTTAAATCACTTA-TTA-TAA-TTTTGAAATAATAATAAATTAGT * * * * * * * * * * ** * 16881167 TTTATTTTATTCTAAATAAGC-TAGTGTGAATTGAAAA-AATTGTTTTATGATAAGGCAAAAGAT 319 ATTATTTGATTTTGAACAAGCTTA-TATTAACT-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT * * * * * * * * ** * 16881230 CGTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTATATAGTCTTAACTATTTCAACTGGTTTGGCAAATAA 382 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAG--ATAATTAATTAAACTGGTTCAGCAAACAA * * * * 16881295 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ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAA * * * 16882096 ATAAGCT-TATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACTCAACAAAAGGTCAGAATGATTTG-AATTA 513 ATAAGCTGTATGAATA-AAAAAATTGTTTTATGAC-AAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATT- * * * ** * 16882159 AATAATTATTC-TAATAGTCTTAACCATTTGAAT-TGATTTGGTAAATAAATTTATTTTTGAAAT 575 AATAATTGTTCAT-ATAGTCTTAACTATTTG-ATCTG-GTTGACAAA-AAATTTATTTTT-TAAT * * ** * ** 16882222 CTCTTACTTGTTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTCTAATTTGAAT-AATCTTGTA 635 CTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATT-TTATTCAAATAAAT-TTGTA 16882286 TGAAC-AAAACAA 698 TGAACAAAAACAA * * * * * * * 16882298 TTATTTTATGATAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAAT 1 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC * * * * ** * ** * * * 16882363 TATTTGAATTGGTTGGGCAATTAGATTTATTTTTTAACTTTTTTGGTTATTAAGTGTCAAAATAT 66 TATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAA--ATTTTACTTATTAATTTTTAAAATAT ** ** * * * * * 16882428 TGTTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAAATAGTAT-TAATG-GAACCAATTGTTTGATCAC 129 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGT--TGAAAAACAATTGTTTTATGAC * * * * * * 16882491 AAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCA-AATCTATTTGAAATG 192 AAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAAT-TATTTGAATTG * * * * * * * * 16882555 GTTTGATAAGCAGATTTACTTTTTAAATCTCATATTGATTAATTTCT-AAATAATAAAAAATTAT 256 ATTCGATAAACAAATTTACTTTTTAAATCACTTATT-A-TAATTT-TGAAATAATAATAAATTAG * * * * * * 16882619 TATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-ATA 318 TATTATTTGATTTTGAACAAGCTTATATTAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC * * * * * ** * 16882683 ATAAGGATTTGAAATGGATTATTGTTCAAATAGTTATAATTAATTGAACTGGTTCAATAAATAGA 383 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAG--ATAATTAATTAAACTGGTTCAGCAAACA-A * * * * * * * 16882748 A-TTATTTTCTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTATTCTATTT 445 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTC * * * *** * 16882812 CAAATAAGCTTGTATGAGCTGAAATAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAGCAATTTTAAA 510 CAAATAAGC-TGTATGA-ATAAAAAAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAA * * * * * * * 16882877 TAAATAACTGTTTATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTAGCAAAATGATTCTTTTTTTTAA- 573 TTAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGATCTGGTTGA-CAAAA-AATT-TATTTTTTAAT * * * ** * 16882941 -TCTTAGTTATTAATTTTTGGAATACTACTAAATTGGTATTATTTTAATTCGGATAAAGTTGTAT 635 CTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-ATTCAAATAAATTTGTAT * 16883005 GAACAGAAACAA 699 GAACAAAAACAA * * ** 16883017 TTGTTTTATGATAGAACAAAAGGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA 1 TTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA * * * * * 16883082 CTATTTGAACTAGTTTGGAAAACA-A-TT-TTTTTTAAA-TGT-CTTATTAATTCTTGAAATATT 65 CTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTAAAATATT * * * * * * * 16883142 AATAAATTTGCATTATTTTATTTTGAAA-AAGCTTTTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATAATAG 130 AATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGACAA * * * * * * * * * 16883206 AACAAAAAGTCACAACAATTTGAAATAAATAATTACTCAAACAGTCATAACTATTTGAACT-AGT 194 AACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAATTATTTGAATTGA-T * * * * * * * * * 16883270 TTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCATTTATTA-ATTTTTGAAATATTAATAGAGTAGTATTA 258 TCGATAAACAAATTTACTTTTTAAATCACTTATTATAATTTTGAAATAATAATAAATTAGTATTA * * * * * * * 16883334 CTTTG-TTCTAAACAACCTTATCTAAAC-AAAAGCATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA 323 -TTTGATTTTGAACAAGCTTATATTAACTAAAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA * * * * 16883397 ATGATTTGAAATAGATAATT-CTTTAAATAAGCATAATTATTTAAACTGGTT-AGGTAAATAAAA 386 ATGATTTGAAATAGATAATTGC-TCAAAT-AG-ATAATTAATTAAACTGGTTCA-GCAAA-CAAA * * * 16883460 TTAATTTTTTTGAAA-ATCTTACTTATTAATTTTTGAAATGTTAATAAATTCA-TTTTATTTTAT 446 TTTA-TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATGTTAATAAATT-AGTATTATTTTAT * * * 16883523 TCCAAACAAGCTAGTATGAATTCAAAAAAACTTATTTTAAGACAAAATAAAAGGTCATAATGATT 508 TCCAAATAAGCT-GTATGAA-T-AAAAAAA-TTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATT * * 16883588 TGAAATTTATAATTGTTCATATAGTCTTAAATATTTGATCTGGTTCGACAAAGAAATTTATTTTT 568 TGAAATTAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGATCTGGTT-GACAAA-AAATTTATTTTT * * * * 16883653 TAATTCTCTTAGTTATTAGTTTTTGGAATATTATTAGATTAGTGTTCTTTTATTCCAAATAAATT 631 TAA-TCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT-CAAATAAATT * 16883718 TGTATGAACAAAAATAA 694 TGTATGAACAAAAACAA * * ** * * 16883735 TTGTTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTCAAGTTTATAATTGCTCAAATAGTTATAA 1 TTG-TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA * * * * 16883800 CTATTTGAACTAATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGA 65 CTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTAAAATA * * * * * ** 16883865 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGAATGTTCAAATACAATTGTTATATGATG 128 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGACA * * * * * * * 16883930 AAGCAAAAGGTAATAATGATTTGAAATTGATAATTATTGACATGGCCATAATTATTTGAATTGAT 193 AAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAATTATTTGAATTGAT * * * * * 16883995 TCGATAAACAAATTCACTTTGTAAATCACTTATTA-AATTTTGGAATATTAATAAATTAGTTTTA 258 TCGATAAACAAATTTACTTTTTAAATCACTTATTATAATTTTGAAATAATAATAAATTAGTATTA * * * * * * 16884059 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TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC * * ** * 16885218 TATTTGAACTCGCTT-AGTAAATGGATTTATTTTTTAAATGTTTTACTTATTAATTTTTAAAATT 66 TATTTGAACTAG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA--TTTTACTTATTAATTTTTAAAATA * ** * * * * 16885282 TTAAATAAATTAGTATTATCTTATTCCCAATAAGCTTTTATGAAT-AGAAACAATTGGTTTATGA 128 TT-AATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATG-TTGAAAAACAATTGTTTTATGA * * * ** * * * 16885346 GAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAAATATTTGAACGT 191 CAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAATTATTTGAA-TT * * * * * * 16885411 G-TTC-A-AAAAAATATTTA-TTTTTAAAATTTTTACTTATTA-ATTTTTGGAATATTTATAAAT 255 GATTCGATAAACAA-ATTTACTTTTT-AAA---TCACTTATTATAATTTTGAAATAATAATAAA- * * ** * * * 16885471 TTA-TATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGCATGAAC-AGAACCAATTATTTTATAACAAAACAA 314 TTAGTATTATTTGATTTTG-AACAAGCTTATATTAACTA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAA ** * * * * * * * 16885533 AAGACCATAATGTTTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACAT-GTTTAGT 377 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** * * * * * * * * ** * * 16889794 AACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTGGCAAATAGATT 385 AATGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAAT--AGATAATTAATTAAACTGGTTCAGCAAACAAATT * * * * 16889859 TATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTACTATTTTATTCCA 448 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA * * * * * 16889923 AATAAACTTGTATGAATAGAACAATTGTTTTATGACAAAACACAAGATCATAATTG-TTTGAAAT 512 AATAAGC-TGTATGAATAAAAAAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAA-TGATTTGAAAT * * * ** * * 16889987 AAATAATTGTTCA-ACTAGTCATAAGTATTT-ATACGTGCCATGTA-AACAGATTTATTTTTTAA 574 TAATAATTGTTCATA-TAGTCTTAACTATTTGAT-C-TG-GTTG-ACAAAAAATTTATTTTTT-A * * * * * ** **** 16890049 ATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATGAATAAACTAGTATTATTTTATTTTGAATATGCATGT 633 ATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAATTTGT * * * 16890114 GTGAATAGAAACAA 697 ATGAACAAAAACAA * * * 16890128 TTGGTTTATGACAAAACAAAGGGTCATAACTATTTCAAATAAATAGTTGTTTAAATAGTCATAAC 1 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGG---T---TA--T--AAT-GAT--TTG---AAATAG--AT-A- * * * * 16890193 TATTTGAACGTGTTTTATGACAAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACACATTTAT 46 -A--T-----TG---T-T--C-AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTAT * ** * * * 16890258 TTTTTAAATCACTT-CTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTCTTATTTTAATC-AGAAT 96 TTTTTAAAT--TTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA-AAT ** * * * * * 16890321 AAGCTTGTATG-AAAAGAAACAATTGTTTTATAACAAAA-TAAAGATCATAACAATTTGAGATAG 158 AAGCTTGTATGTTGAA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAG *** * * * * * * * 16890384 ATAATTATTCAAATAATTATAACTATTTGAACTGTTTC-AGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATCT 222 ATAATTATTCAAATAGCCATAATTATTTGAATTGATTCGA-TAAACAAATTTACTTTTTAAATCA * * ** * * * ** ** * 16890448 CTTA-T-TAATTTTCAAAATATTAATAGGTCAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAA- 286 CTTATTATAATTTT-GAAATAATAATAAATTAGTATTATTTGATTTTGAACAAGCTTATATTAAC * * * * 16890510 TAGAAACAATTGTTTTATG-----AC-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT 350 TA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAAT * * * * * ** * * * * 16890569 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16886637 ATTATTTGAACAAGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT 714 ACTATTTGAACAAGTTAGAAAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAAT * * * * 16886702 ATCAATAAATTCATTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATTGAAA 779 ATCAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATAAATAGAAA 16886752 AAAAATTGTT Statistics Matches: 692, Mismatches: 115, Indels: 47 0.81 0.13 0.06 Matches are distributed among these distances: 879 24 0.03 880 39 0.06 881 3 0.00 882 132 0.19 883 331 0.48 884 150 0.22 885 13 0.02 ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42 Consensus pattern (880 bp): TTTGAACTTGTTCGATGAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTGTCTTAATATTA ATAAATTAGTATTATTTTATTACAAATAAACTTGTATGAATAGAAAAAATCTTTTTATAACAAAA CAAAAAGTAATAACAATTTCAAATAAATAATTGTTAAAAGAGTCATAACTATTTAAACTCGTTCA ATAAATAGATTGATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA TCTTATTCCCAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGGTTTATGGCAAAACAAAAAGTCATAAT GATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTGGTTTCAAAAAAATATTTAT 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* * * * 16890121 GAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAGGGTCATAACT-ATTTCAAATAAATAGTTGTTTAAATA 1 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATA * * * * * * * * 16890185 GTCATAACTATTTGAACGTGTTTTA-TGACAAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGATAAA 64 GTCATAACTATTTGAACTTG-TTTAGT-A-AACAGA-T-TT-A-TTTTTTAA--A-TCT-CT-TA ** * * * * * * * * 16890249 CACATTTATTTTTTAAATCACTTCTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTCTTATTTTAA 117 CTTATTAATTTTTTGAA--A----TTAATAA--ATT--AGTATTATT---TTATTCTGA--ATAA * * * 16890314 TC-AGAAT-AAGCTTGTATGAAAA 167 GCTTGTATGAA-C---T------A * * * ** * 16890336 GAAACAATTGTTTTATAACAAAA-TAAAGATCATAACAATTTGAGATAGATAATTA-TTCAAATA 1 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATA * * * * 16890399 ATTATAACTATTTGAAC-TGTTTCAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTT 64 GTCATAACTATTTGAACTTGTTT-AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT *** ** * * ** * 16890459 TCAAAATATTAATAGGTCAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAA-TA 128 TTTGAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTA * * * 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* * * * 16892558 ATTGTTTTAAATCTCCAACTTCTCAAGTTTT-TAAATATTAATAAAGTTATATTATTTT-TT-TT 191 ATT-TTTTAAATCT----CTTATTAA-TTTTCAAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCTA * * * * ** * 16892620 AATAAGCTTTTATGAA-ATTAAACAATTGTCTTATGATAAAACAAAAAGGTCATAAAAATTTTAA 250 AATAAGCTTGTATGAACA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAA * * * * * * * 16892684 AAAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAGTATTTAAACTTGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAA 313 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTCATTTTTT-AA * *** * * ** * 16892749 ATTCTTTGCTTATTAATTTTTTTGAATGTTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATGA-GCAT 377 A-TC--T-CTTACTAA--TAAAT-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT-ATGCTT * * * * * * 16892813 GTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACTAAATAAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATT 434 ATATGAACTGATACAATTGTTTTATGACAAAAT-AAAAGGTCATAA-CATTTGAAATAGATAATT * * * 16892878 ATTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAATGGGCTTGG 497 GTTCAAACAGT-TATAACTATTT-AAT-TG-TTGG * * * * * * ** * * 16892912 CAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTAGAACATTATTAGTCTTGC-AATA 1 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16897079 AGTTTATTTCA-ATTAAGATAAT-TTAAATTTAGTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTA-AAAAT 255 AGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTC-AAAATTAATAAGTAGAAGAT * * * ** * * 16897140 TAAAAATATAAATTTGTTTTCTGAACACA-TTCAAATTGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT 317 TTAAAA-ATAAATATGTTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT * * * * * * * * * 16897204 TTCAATTCATTATGAGCTTTTGTTTT-TCATAAACCAGTTGTTTCTGTGCATAAAAGTACATTTA 380 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-AAACT-TATTCA * * * * * * * 16897268 GAATAAAATAATACTAACTTGTTAAAATTCCAAAAATTAATCAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT 443 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTT-AAAAATAAAT * * * ** 16897333 CTATTTTATTC-ATACAAGTTTATTTGAAATAAAAATAAT-ACTAATTT-ATTAA-TATTCTAAA 506 CT-GTTTA--CGA-ACAAG-----TTCAAAT---AATTATGACT-ATTTGAACAATTA-TCT--- * ** * * ** * * * 16897394 AATAAAAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATG--TCATATCCA 554 ATTTCAAA--T---CA-TTATAACCT---TTT-TTTTCT-AA-AA---CAATTGTTTC-TATTCA * * * * * ** * 16897457 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16897834 TTAGTCATACATGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTATTTTATTAACATTCAAAAAATTAATAA 244 TTATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTCAAAATTAATAA * ** * * * * * 16897898 GCAAGATATTTTTTAAAAATAAATTTGTTTACCAAATAAGTTCGAATAGTTATGACTATATGAAT 308 G-TAGA-A-GATTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC * * * * * 16897963 AATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGATTTATCATAAAACAATTGTTTCAAATCATAAA 370 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-AA * * * * ** 16898028 AGCTTATCCAAAACAAAATAATATTACTTTATTAATATTTAAAAAATTGAGA-AGTTGGAGATTT 434 A-CTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-A-ATAGTAAGAGATTT * * * * 16898092 AAAAATTAAATCAGTTTATTGAATCAA-TTCAAATAATTATGGCTATTTGAACAATTGTCTATTT 496 AAAAA-TAAATCTGTTTA-CGAA-CAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT * * * * * 16898156 CAAATCATTATAAACTTTTTTTCGTCATAAAACAATTGTTTTTATT-ATATAAACCTA-TTCGAA 558 CAAATCATTATAACCTTTTTTT--TC-TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCG-A * * * 16898219 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ACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATACTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT * * * * 16899807 CTGTTTATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATATGT 66 CTGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGT * * * * * 16899872 AAAAAATTTAAAAAGTAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATACTTATGACTATTTGAATAATT 131 AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATT * ** * * 16899937 ATTTATTTCAAATAGTTATAATCTTTCGCTTTGTCATAATCCAATTGTTTCTATACATACAAGCT 196 ATTTATTTCAAATA-TTATAA-CTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCT * * * * * 16900002 TATTCAGAATTAAATAATACTAATTTTTTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGAAGATTT-AATA 259 TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTCAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAA * * * * 16900066 TAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA 324 TAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA * * * 16900131 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAAT 389 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT--AAACTTATTCAAAATAAAAT * ** * * * 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16904442 TAC-GGTCTTATTTGGAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATCAATTAGTA-ACA 251 TACAAG-CTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTCAAAATTAATAAGTAGA-A * * * ** *** * * 16904505 GATTGAAAAAATGAATTTGTTGGCTTGACTAA-TGCAATTAGTTATCG-CTATTTGAACAATTAT 314 GATT-TAAAAATAAATATGTTTACCAAAC-AAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTAT * ** * * * * * * 16904568 TTATTTCAAATTGTTATGAGCTGTTG-TTTGATCACAAAACAATTATTTTTGGAATGTGC--AAG 376 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTCT---AT-T-CATAAA * * * ** * 16904630 CTTATTCAAAATAACAT-ATTTCTACTTTATTAATATTTTGAAAATTCCATAAGTAAGAGATTTA 435 CTTATTCAAAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTCAAAAATT-AAT-AGTAAGAGATTT- * * * * ** * * * 16904694 AAAAATGAATCTGTTTCTCGAACAAATTCAAATAGTTATGACTAACTAAATAATTATCTATTTTA 496 AAAAATAAATCTGTTT-ACGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA * * * * * 16904759 AATCACTATAACCTTTTGTATTGTCATAAAACAATTTTTTCTAATCATACAAGCCTATTTCAAAT 560 AATCATTATAACCTTTT-T-TT-TC-TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAAT * * * * * * * * 16904824 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* * * * 16905232 ATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAGTAAGCTCAAATACTTATGACTATTTGAATAATTATTTA 315 ATTT-AAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA ** * 16905297 TTTCAAAT-AGTTATGTTCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATT 379 TTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AA-CTTATT ** * * * * 16905361 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAT-ACAAATTAATAGGAAAGATATTTAAAAAATA 441 CAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATA-GTAAGAGATTT-AAAAATA * * * * 16905425 AATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAAT-ATTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCAT 503 AATCTGTTTA-CGAACAAGTTCAAATAATT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT * * * ** * * 16905489 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATGCAAAATTA-TTCAAAAGAAAAT 566 TATAACC-TTT-TTTT-TC-TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAAT * ** * * * * * 16905553 AATATTGATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-AG---GATATTTAAAAACTAAATTTGTTTACC 626 AATA-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCT * 16905614 AAATC-AGTTGAAATAG-T-TG 690 AAA-CAAGTTCAAATAGTTATG * * * * 16905633 ------TG-AC-----T-TATTTT-AAT-C-TGT-A-------TTTTGTCATAGAATAATTGTTT 1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATACTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT * ** * * * * * 16905674 CAT-TTCATACAAGCATATTTGGATTAAAATAATACTAGTTT-TAAAATATTCCATAAATTAATA 66 C-TGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTAT-TAATATT-TAAAAATTAATA * * * * ** ** * 16905737 AGTAAAAGATTTAAAAATTAAATATGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGCTAAAACTATTAGAACA 128 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACA * * * * * * * * 16905802 ATTATCTATTTCAAATCGTTTTGATCTTTTGTGTAGTCATAAAACAATT-ATTTTAGTTCATACA 193 ATTATTTATTTCAAAT-ATTAT-AACTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACA ** * * * 16905866 AGCTTATTTGGAATAAAA-AAAACTAATTTATTAACA--TTCAAAAATTTAATAAGCA-AGAGAC 255 AGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTC-AAAA-TTAATAAGTAGA-AGA- * * * ** * * * * * * 16905927 TTAAAAAAATAATTTTGTTTGTCGATC-ATTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATTTAT 316 TT-TAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT ** * * * * * * * * ** 16905991 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** * * * 16906388 TTCTATTTGTACAAGCTTATTCAAAATAACATAATTTTAGTTTATTAATCTTCAAAAAATTAATA 64 TTCTGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATA * * * * * * * 16906453 AGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATGTGAACA 128 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACA * * * * *** * 16906518 ATCATCTATTTCAAATAGCTATAACCTTTTGTTTTGTTGCAAAACAATT-TTTCTATTCATACAA 193 ATTATTTATTTCAAATA-TTATAA-CTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAA * 16906582 GTTTATT 256 GCTTATT 16906589 TCAAATCGGT Statistics Matches: 9591, Mismatches: 2220, Indels: 1662 0.71 0.16 0.12 Matches are distributed among these distances: 684 4 0.00 685 1 0.00 686 40 0.00 687 90 0.01 688 5 0.00 689 2 0.00 690 26 0.00 691 9 0.00 692 75 0.01 693 62 0.01 694 111 0.01 695 102 0.01 696 3 0.00 698 2 0.00 699 2 0.00 701 1 0.00 702 2 0.00 704 6 0.00 705 158 0.02 706 115 0.01 707 20 0.00 708 27 0.00 709 9 0.00 710 23 0.00 711 307 0.03 712 495 0.05 713 80 0.01 714 130 0.01 715 615 0.06 716 632 0.07 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AATA-GTATGAAAATTAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCC 130 AATATTTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-TTGTTTACC * * * ** * ** * 16908577 AA-ACCAATTCAAATAATTAAGGTTATATGAATGATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG 1 AATA--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTG ** * * * 16908641 TTTCATCGTAAAACAAATGTTTTTGTTCA 64 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCA 16908670 AATAAGTTTG Statistics Matches: 1483, Mismatches: 323, Indels: 158 0.76 0.16 0.08 Matches are distributed among these distances: 169 2 0.00 170 6 0.00 171 113 0.08 172 4 0.00 173 5 0.00 175 5 0.00 176 24 0.02 177 8 0.01 178 47 0.03 179 154 0.10 180 512 0.35 181 517 0.35 182 77 0.05 183 8 0.01 184 1 0.00 ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40 Consensus pattern (180 bp): AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTT TTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTA ATATTTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGTTTACC Found at i:16907977 original size:720 final size:718 Alignment explanation
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Indices: 16910762--16910816 Score: 62 Period size: 12 Copynumber: 3.9 Consensus size: 14 16910752 CAACTTCAAG 16910762 TATTT-TTTATTTT 1 TATTTATTTATTTT 16910775 TA-TT-TTTATTTT 1 TATTTATTTATTTT 16910787 TATTTATTTAACTATTT 1 TATTTATTT-A-T-TTT 16910804 TATTTATTTATTT 1 TATTTATTTATTT 16910817 GATTATCTAT Statistics Matches: 37, Mismatches: 0, Indels: 9 0.80 0.00 0.20 Matches are distributed among these distances: 12 12 0.32 13 4 0.11 14 5 0.14 15 2 0.05 16 2 0.05 17 12 0.32 ACGTcount: A:0.22, C:0.02, G:0.00, T:0.76 Consensus pattern (14 bp): TATTTATTTATTTT Found at i:16916133 original size:14 final size:15 Alignment explanation
Indices: 16916109--16916137 Score: 51 Period size: 14 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15 16916099 CGAAACCTTA 16916109 AAAATTTTTTGAATG 1 AAAATTTTTTGAATG 16916124 AAAA-TTTTTGAATG 1 AAAATTTTTTGAATG 16916138 TAAAGCCATA Statistics Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 1 0.93 0.00 0.07 Matches are distributed among these distances: 14 10 0.71 15 4 0.29 ACGTcount: A:0.41, C:0.00, G:0.14, T:0.45 Consensus pattern (15 bp): AAAATTTTTTGAATG Found at i:16916201 original size:46 final size:46 Alignment explanation
Indices: 16916151--16916314 Score: 165 Period size: 46 Copynumber: 3.6 Consensus size: 46 16916141 AGCCATAAAG * ** 16916151 TTTTTGAAAAAGAACCTTTGAAACCTTGGATGTGAATCTCTAAAAT 1 TTTTTGAAAAAGAATCTTTGAAATTTTGGATGTGAATCTCTAAAAT ** * 16916197 TTTTTGAATGAGAATCTTTGAAATTTTGGATGGGAAT-TCTTAAAA- 1 TTTTTGAAAAAGAATCTTTGAAATTTTGGATGTGAATCTC-TAAAAT * ** * 16916242 TTTTTCAAATGTGAATCTTTGAAATTTTGAATGTGAAATC-CTAAAAT 1 TTTTTGAAA-AAGAATCTTTGAAATTTTGGATGTG-AATCTCTAAAAT * * 16916289 TTTTCGAATAAGAATCTTTG-AATTTT 1 TTTTTGAAAAAGAATCTTTGAAATTTT 16916315 AAAGGTGAGC Statistics Matches: 97, Mismatches: 16, Indels: 11 0.78 0.13 0.09 Matches are distributed among these distances: 45 15 0.15 46 72 0.74 47 10 0.10 ACGTcount: A:0.35, C:0.09, G:0.15, T:0.41 Consensus pattern (46 bp): TTTTTGAAAAAGAATCTTTGAAATTTTGGATGTGAATCTCTAAAAT Found at i:16916220 original size:24 final size:24 Alignment explanation
Indices: 16916184--16916307 Score: 80 Period size: 24 Copynumber: 5.3 Consensus size: 24 16916174 CCTTGGATGT * 16916184 GAATCTCTAAAATTTTTTGAATGA 1 GAATCTTTAAAATTTTTTGAATGA * * * 16916208 GAATCTTTGAAA--TTTTGGATGG 1 GAATCTTTAAAATTTTTTGAATGA ** * 16916230 GAAT-TCTTAAAATTTTTCAAATGT 1 GAATCT-TTAAAATTTTTTGAATGA * * 16916254 GAATCTTTGAAA--TTTTGAATGT 1 GAATCTTTAAAATTTTTTGAATGA * * * 16916276 GAAATC-CTAAAATTTTTCGAATAA 1 G-AATCTTTAAAATTTTTTGAATGA 16916300 GAATCTTT 1 GAATCTTT 16916308 GAATTTTAAA Statistics Matches: 74, Mismatches: 18, Indels: 16 0.69 0.17 0.15 Matches are distributed among these distances: 21 1 0.01 22 30 0.41 23 8 0.11 24 34 0.46 25 1 0.01 ACGTcount: A:0.35, C:0.08, G:0.15, T:0.42 Consensus pattern (24 bp): GAATCTTTAAAATTTTTTGAATGA Found at i:16916233 original size:22 final size:22 Alignment explanation
Indices: 16916166--16916390 Score: 88 Period size: 22 Copynumber: 10.0 Consensus size: 22 16916156 GAAAAAGAAC ** * 16916166 CTTTGAAACCTTGGATGTGAAT 1 CTTTGAAATTTTGAATGTGAAT * * * 16916188 CTCTAAAATTTTTTGAATGAGAAT 1 CTTTGAAA--TTTTGAATGTGAAT * * 16916212 CTTTGAAATTTTGGATGGGAAT 1 CTTTGAAATTTTGAATGTGAAT * * 16916234 -TCTTAAAATTTTTCAAATGTGAAT 1 CT-TTGAAA-TTTT-GAATGTGAAT 16916258 CTTTGAAATTTTGAATGTGAAAT 1 CTTTGAAATTTTGAATGTG-AAT * * ** 16916281 C-CTAAAATTTTTCGAATAAGAAT 1 CTTTGAAA-TTTT-GAATGTGAAT * * * 16916304 CTTTG-AATTTTAAAGGTG-AG 1 CTTTGAAATTTTGAATGTGAAT * * 16916324 CCTTGAAACCTTT-AATGTGAA- 1 CTTTGAAA-TTTTGAATGTGAAT * * 16916345 -TTTGTAAATTTTTCAAATATGAAT 1 CTTTG-AAA-TTTT-GAATGTGAAT * 16916369 ATTTG-AATTTTGAATGTGAAT 1 CTTTGAAATTTTGAATGTGAAT 16916390 C 1 C 16916391 ACTAACAAAA Statistics Matches: 148, Mismatches: 37, Indels: 37 0.67 0.17 0.17 Matches are distributed among these distances: 20 8 0.05 21 25 0.17 22 45 0.30 23 31 0.21 24 34 0.23 25 5 0.03 ACGTcount: A:0.34, C:0.08, G:0.16, T:0.41 Consensus pattern (22 bp): CTTTGAAATTTTGAATGTGAAT Found at i:16916449 original size:34 final size:35 Alignment explanation
Indices: 16916379--16916454 Score: 120 Period size: 35 Copynumber: 2.2 Consensus size: 35 16916369 ATTTGAATTT * 16916379 TGAATGTGAATCACTAACAAAATATGCTTTGAAAA 1 TGAATCTGAATCACTAACAAAATATGCTTTGAAAA 16916414 TGAATCTGAATCACTAACAAAA-AT-CTTTTGAAAA 1 TGAATCTGAATCACTAACAAAATATGC-TTTGAAAA 16916448 TGAATCT 1 TGAATCT 16916455 TTTAATCTTA Statistics Matches: 39, Mismatches: 1, Indels: 3 0.91 0.02 0.07 Matches are distributed among these distances: 33 1 0.03 34 17 0.44 35 21 0.54 ACGTcount: A:0.45, C:0.13, G:0.12, T:0.30 Consensus pattern (35 bp): TGAATCTGAATCACTAACAAAATATGCTTTGAAAA Found at i:16916541 original size:17 final size:17 Alignment explanation
Indices: 16916521--16916595 Score: 73 Period size: 17 Copynumber: 4.4 Consensus size: 17 16916511 GAACCTAAAA * 16916521 TTCTTACGAATTTGAAG 1 TTCTTACGAACTTGAAG * * * 16916538 TTCTTTCAAACTTGAAA 1 TTCTTACGAACTTGAAG 16916555 TTCTTGA-GAACTTGAAG 1 TTCTT-ACGAACTTGAAG * 16916572 TTCTTATGAA-TCTGAAG 1 TTCTTACGAACT-TGAAG 16916589 TTCTTAC 1 TTCTTAC 16916596 AAAACTTAGA Statistics Matches: 47, Mismatches: 8, Indels: 6 0.77 0.13 0.10 Matches are distributed among these distances: 16 2 0.04 17 45 0.96 ACGTcount: A:0.29, C:0.15, G:0.15, T:0.41 Consensus pattern (17 bp): TTCTTACGAACTTGAAG Found at i:16916553 original size:51 final size:51 Alignment explanation
Indices: 16916498--16916598 Score: 130 Period size: 51 Copynumber: 2.0 Consensus size: 51 16916488 AATGACGAAG * * * * 16916498 TTGAATTTCTTGTGAACCTAAAATTCTTACGAATTTGAAGTTCTTTCAAAC 1 TTGAAATTCTTGAGAACCTAAAATTCTTACGAATCTGAAGTTCTTACAAAC * * * * 16916549 TTGAAATTCTTGAGAACTTGAAGTTCTTATGAATCTGAAGTTCTTACAAA 1 TTGAAATTCTTGAGAACCTAAAATTCTTACGAATCTGAAGTTCTTACAAA 16916599 ACTTAGATCC Statistics Matches: 42, Mismatches: 8, Indels: 0 0.84 0.16 0.00 Matches are distributed among these distances: 51 42 1.00 ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.14, T:0.40 Consensus pattern (51 bp): TTGAAATTCTTGAGAACCTAAAATTCTTACGAATCTGAAGTTCTTACAAAC Found at i:16916656 original size:18 final size:18 Alignment explanation
Indices: 16916633--16916667 Score: 61 Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18 16916623 GTCTTACGAA 16916633 TTTGAATTCTAGTGAATT 1 TTTGAATTCTAGTGAATT * 16916651 TTTGAATTCTTGTGAAT 1 TTTGAATTCTAGTGAAT 16916668 CTGGAACCTC Statistics Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 0 0.94 0.06 0.00 Matches are distributed among these distances: 18 16 1.00 ACGTcount: A:0.26, C:0.06, G:0.17, T:0.51 Consensus pattern (18 bp): TTTGAATTCTAGTGAATT Found at i:16916709 original size:17 final size:17 Alignment explanation
Indices: 16916664--16916713 Score: 64 Period size: 17 Copynumber: 2.9 Consensus size: 17 16916654 GAATTCTTGT * * 16916664 GAATCTGGAACCTCTAT 1 GAATCTGGAACCTTTAC * 16916681 GAAACTTGGAACCTTTAC 1 GAATC-TGGAACCTTTAC 16916699 GAATCTGGAACCTTT 1 GAATCTGGAACCTTT 16916714 GAAAATCTAA Statistics Matches: 28, Mismatches: 4, Indels: 2 0.82 0.12 0.06 Matches are distributed among these distances: 17 14 0.50 18 14 0.50 ACGTcount: A:0.30, C:0.22, G:0.18, T:0.30 Consensus pattern (17 bp): GAATCTGGAACCTTTAC Found at i:16916720 original size:17 final size:17 Alignment explanation
Indices: 16916665--16916721 Score: 55 Period size: 17 Copynumber: 3.3 Consensus size: 17 16916655 AATTCTTGTG 16916665 AATCTGGAACCTCTATGAA 1 AATCTGGAACCT-T-TGAA * * 16916684 ACT-TGGAACCTTT-ACG 1 AATCTGGAACCTTTGA-A 16916700 AATCTGGAACCTTTGAA 1 AATCTGGAACCTTTGAA 16916717 AATCT 1 AATCT 16916722 AAAAAAATTT Statistics Matches: 31, Mismatches: 4, Indels: 8 0.72 0.09 0.19 Matches are distributed among these distances: 15 1 0.03 16 3 0.10 17 16 0.52 18 9 0.29 19 2 0.06 ACGTcount: A:0.33, C:0.21, G:0.16, T:0.30 Consensus pattern (17 bp): AATCTGGAACCTTTGAA Found at i:16916833 original size:35 final size:35 Alignment explanation
Indices: 16916769--16916835 Score: 91 Period size: 35 Copynumber: 1.9 Consensus size: 35 16916759 AACCTCTGTG * 16916769 AAACTTGGAATCTTTGTAAATTAGGAATCTCTACA 1 AAACTTGGAATCTTTGTAAATTAGAAATCTCTACA * * 16916804 AAACTTGTAATCTTTGTGAATCTA-AAATCTCT 1 AAACTTGGAATCTTTGTAAAT-TAGAAATCTCT 16916836 GAGAATCTTG Statistics Matches: 28, Mismatches: 3, Indels: 2 0.85 0.09 0.06 Matches are distributed among these distances: 35 26 0.93 36 2 0.07 ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.37 Consensus pattern (35 bp): AAACTTGGAATCTTTGTAAATTAGAAATCTCTACA Found at i:16917211 original size:42 final size:43 Alignment explanation
Indices: 16917110--16917312 Score: 221 Period size: 43 Copynumber: 4.7 Consensus size: 43 16917100 CTATTTAAGT * * * * 16917110 TTTTAAAGTTGATTAGCCTTTCTATAGAGGAGCCCATTTTTTAA 1 TTTTAAAGTTGTTTAGCCTCTGTATAGAGGAGCCCATTTCTT-A * ** * 16917154 TTTTAAAGTTATTTAGCCTCTGTATAGA-GAAACCATTTCATA 1 TTTTAAAGTTGTTTAGCCTCTGTATAGAGGAGCCCATTTCTTA * * 16917196 TTTTAAAGTTGTTTAGCCTCTATATAAAGGAGCCCATTTCTTA 1 TTTTAAAGTTGTTTAGCCTCTGTATAGAGGAGCCCATTTCTTA * * * ** 16917239 TTTTAAAGTTGTTTAGCCTTTGTATAAAAGAGCTTATTTCTTA 1 TTTTAAAGTTGTTTAGCCTCTGTATAGAGGAGCCCATTTCTTA * * * 16917282 ATTTAAATTTG-TTAGCCTCTGTAAAGAGGAG 1 TTTTAAAGTTGTTTAGCCTCTGTATAGAGGAG 16917313 TTTAATTTGT Statistics Matches: 133, Mismatches: 25, Indels: 4 0.82 0.15 0.02 Matches are distributed among these distances: 42 42 0.32 43 67 0.50 44 24 0.18 ACGTcount: A:0.30, C:0.13, G:0.15, T:0.42 Consensus pattern (43 bp): TTTTAAAGTTGTTTAGCCTCTGTATAGAGGAGCCCATTTCTTA Found at i:16918177 original size:21 final size:22 Alignment explanation
Indices: 16918130--16918178 Score: 64 Period size: 21 Copynumber: 2.3 Consensus size: 22 16918120 CAACTTTAGT * 16918130 TTATTTTATTTTATTTATTTAA 1 TTATCTTATTTTATTTATTTAA * * 16918152 CTATCTTA-TTTATTTATTTGA 1 TTATCTTATTTTATTTATTTAA 16918173 TTATCT 1 TTATCT 16918179 ATTATTCTTT Statistics Matches: 23, Mismatches: 4, Indels: 1 0.82 0.14 0.04 Matches are distributed among these distances: 21 17 0.74 22 6 0.26 ACGTcount: A:0.24, C:0.06, G:0.02, T:0.67 Consensus pattern (22 bp): TTATCTTATTTTATTTATTTAA Found at i:16918220 original size:16 final size:16 Alignment explanation
Indices: 16918189--16918222 Score: 50 Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 16 16918179 ATTATTCTTT ** 16918189 AAATATATTTTTATAA 1 AAATATATTTAAATAA 16918205 AAATATATTTAAATAA 1 AAATATATTTAAATAA 16918221 AA 1 AA 16918223 GTTTTACCAA Statistics Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0 0.89 0.11 0.00 Matches are distributed among these distances: 16 16 1.00 ACGTcount: A:0.59, C:0.00, G:0.00, T:0.41 Consensus pattern (16 bp): AAATATATTTAAATAA Found at i:16920058 original size:539 final size:539 Alignment explanation
Indices: 16919034--16923025 Score: 2898 Period size: 539 Copynumber: 7.5 Consensus size: 539 16919024 ATGACAAACT * * * * * * * * 16919034 GAAACAATTGTTCTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGACTTT-ATATAGATAATTTTTCAAATA 1 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGA-TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA * * * * * * * * 16919098 GT-AAAATCTATTTGAAGTTATTCGACAAACATATTTATTTTTTTAAATCTTTTGCTCATTAATT 65 GTCATAA-CTATTTGAACTTGTT-GATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-T * * * * * * 16919162 TTTTAAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAATAATTA 126 TTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTA * * * * * * * * * * * 16919226 TTTTATGACTAAACAAAAAGTCAAAATGATTTGGAATAAAAAAATTTTTC-AGTAGTCTTAACTA 190 TTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAATCATAACTA ** ** * * * * 16919290 TTTGAACTG-GTGCAACAGACACATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATAT 254 TTTGAA-TGTGTTTAGTAAATAAATTTA-TTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGAAATAT * * * * * * * * * * 16919354 TATTAAATTCATGTTATTTGAATCTGAATAAGCTTGTTTGAAAAGAAACAACTGTTTTATGATAA 315 TAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA * * * * * * 16919419 AATAAAA-ATTATAACGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTT 380 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-AT * * ** * * 16919482 TCAGTAAATAGATTTAGGTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAGATTAGTA 444 TCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTA * ** * * 16919543 TTATTTTATTCTGAATAATTTTGCATTAAAA 509 TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAAA * * * 16919574 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGG 1 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG * * * * * * 16919639 ACATGACTATTTGAACTTGTTCGATACACAAATTTATTATTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTC 66 TCATAACTATTTGAACTTGTT-GATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTC * * * *** * 16919704 ATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATATGCTTGTAT-AACAGAAACAATTGGATA 130 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTT * * * 16919768 ATGACAAAACAAAATGTCATAACTACTTGAAATAGATAATTGTTCATATAATCATAACTATTTGA 194 ATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGA * * * * 16919833 ATGTGTTCAG-AATATAGATTTA-TTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAATT 259 ATGTGTTTAGTAA-ATAAATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT * * * * ** 16919896 TTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTACGAATAGAAACAATTATTTTACAACAAAAACAAAA 323 TAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAA * ** 16919961 GGTCATAACGATTT-AAATAGATCATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAA 387 GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAA * * * * 16920025 TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA 452 CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA * * * * 16920090 TTTTGAATAAACCTATATGAACTA 517 TTTTGAATAAGCTTGTATGAA-AA * ** * * * * 16920114 -ATACAATTATTTTATGAGGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG 1 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG * ** * * * * * * * 16920178 TTATGCCTATTTGAACTTGTTTGGTAAGCATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTACTTGTC 66 TCATAACTATTTGAACTTG-TTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTC * * ** * * * 16920243 GAAATATTAATAAATTAATATTA-TTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAATAATTGTTTT 130 -AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTT * * * * * * * 16920307 GTGATAAAAAAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAATTGA 194 ATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGA * * * * 16920372 ACT-TATTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCT-AAATATTAATA 259 A-TGTGTTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAA--TTTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATA ** * * ** * 16920435 AATTTGTATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTGTATGAATA-AAAAAATAATTTTGTGACAAAA-A 320 AATTAATATTATTTT-ATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA ** * * * * * * 16920497 AAAGGAT-ATAGTGATTTAAAATAGGTAACTATTTAAATAGTCATAACTATTTTAACTTACTCAA 384 AAAGG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAA * * * * * * 16920561 TAAACAGATTTAGTTCTTAAATCTCTTATTTATAAATTTTTAGAATATTAATAAATTGGAATTAT 448 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT * * 16920626 GTTATTTTGAATAAGCTTGTAT-AGATA 513 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-AAA * * * * * * 16920653 GAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGG-TAT--TGATTTAAAATAAATAATCGTTCAAACAG 1 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG * * ** * ** * * * * 16920715 TCATAACTATATGCACTAATTAAGCCAACAGATTCATTTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTT 66 TCATAACTATTTGAACTTGTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTC * * * * * * * 16920780 AGAATATCAATAAATTAGCACTATTTTATTCTGAACATGATTGTATCG-ATAGAAAAAATTATTT 130 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTAT-GAATAGAAACAATTATTT * * * * * 16920844 TATGACAAAGC-AAATGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTATTATAACTAATT 193 TATGACAAAACAAAAT-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTT * * * * * ** 16920908 GAACT-AGTTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAAATCT-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAA 257 GAA-TGTGTTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA * * * *** * * * * * 16920970 ATTAAAATTATTTTATTCTAAACAAACACATATCAACAAAAACATTTGTTTTACGACAAAACAAA 321 ATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA * * * * * ** * 16921035 AGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTGAATAG-CCTCAACTATTTGAACCCATTCAACA 386 AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTTATTCAATA * * * * * 16921099 AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTATAATATTATTAGATTAGTATTATTT 450 AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTT * 16921164 TATTTTGAATAAGCTTGTATGAACA 515 TATTTTGAATAAGCTTGTATGAAAA * * 16921189 TAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG 1 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG * * * * * 16921253 TTATAACTATTTAAAC-TGATTTTATAAA-TAA---A-----T-AATCTCCTACTTATTAATTTT 66 TCATAACTATTTGAACTTG--TTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTT * * * * * 16921307 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTT 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Indices: 16919034--16922677 Score: 2768 Period size: 181 Copynumber: 20.3 Consensus size: 181 16919024 ATGACAAACT * * * * * * 16919034 GAAACAATTGTTCTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGACTTT-ATATAGATAATTTTTCAAATA 1 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA * * * * * * * 16919098 GT-AAAATCTATTTGAAGTTATTC-GACAAACATATTTATTTTTTTAAATCTTTTGCTCATTAAT 65 GTCATAA-CTATTTGAACTTATTCAG-TAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT * * * * 16919161 TTTTTAAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACT- 127 TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TA * * * * * * * * * * 16919216 GAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAAAGTCAAAATGATTTGGAATAAAAAAATTTTTC-AGTA 1 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATA * ** * ** * * 16919280 GTCTTAACTATTTGAACTGGTGCAACAGACACATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT 65 GTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT ** * * * * * * * 16919345 TTGGAATATTATTAAATTCA-TGTTATTTGAATCTGAATAAGCTTGTTTGAAAA 129 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** * ** * * * * * * * 16920178 TTATGCCTATTTGAACTTGTTTGGTAAGCATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTACTTGTC 66 TCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT * * * *** 16920243 GAAATATTAATAAATTAATATTA-TTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATA 131 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATA * * * * * * * * 16920293 AAAATAATTGTTTTGTGATAAAAAAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG 1 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG * ** * * * * 16920358 TCATAACTAATTGAACTTATTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTC 66 TCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TT * * 16920423 T-AAATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-ATTGAAATAAGCTTGTATGAATA 130 TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAATA * * * ** * * * * * 16920474 -AAAAAATAATTTTGTGACAAAA-AAAAGGAT-ATAGTGATTTAAAATAGGTAACTATTTAAATA 1 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA * * * * * * * 16920536 GTCATAACTATTTTAACTTACTCAATAAACAGATTTAGTTCTTAAATCTCTTATTTATAAATTTT 65 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* * * ** * 16937870 AAACTTGTATGAA-TAAAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGATCATAATAATTTGAAATAA 255 AAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG * * * ** * * * 16937934 ATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTCATTTGTTAAATAGATTTATTTTTTAAGATCT 319 ATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAA-ATC- * * * * * 16937999 TTTACTTATTAATTTTT--AGTTTTTATAAATTAGTATTATTTTTAATCCGAATAAGCTTTTATG 382 --TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTT-ATCTGAATAAGCTTGTATG ** * * * ** * 16938062 AATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAA-TAGATAATTGTTTA 443 AATAGAAACAATTATTTTATGACAAAA-CAAAGATCATAATGATTTGAAATTA-ATAATTGTTCA * * 16938126 AATAGTCATAACTATTTTAACATA-CTTAG- 506 AATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTTAGA * * * * 16938155 CAA-ACA--TA--TTTT---TT-TT-CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTA-AATTATT 1 AAATAGATTTATTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATT ** ** * * * 16938209 TTATTCAAAATAAGA-TTGCATGAACAATACAACCAATTGTTTT-TGGACAAAACAAAAAGGCCA 65 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* * * * * 16939418 ATTTTGAATCTCGTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTT-GTTCTAG 192 TTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTC-AA * * * * * * * 16939480 ATAAGCTAGTATAAATTAAAAAAAAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA 253 ATAAGCTTGTATGAACT---GAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA * * * * * * 16939545 AATAGATAATTATTCATATAGTCTTAAATATTTGAATTGGTTT-AGCAAACAAATTTATTTTTTA 314 AATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTTGA-TAAACATATTTATTTTTTA * * * * * * 16939609 ATTCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTA 378 A--ATC-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TCTGAATAAGCTTG * * * * * * * ** * * * 16939674 TATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGGTTATAACAATTTGAAGTTTACAATTG 439 TATGAATAGAAACAATTATTTTATGAC-AAA-ACAAAGATCATAATGATTTGAAATTAATAATTG * * * * 16939739 TTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTAGTTCAGT 502 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGA * * * * 16939773 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAAAAAATTAGTATTATT 1 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AGAATAAACTTGTAT-AAATAAAAATAATTGTTTTATGATGGAACAAAATTTTATAACAATTTGA 251 A-AATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA * ** * * * * * * * * 16943284 AGTTTACAATTGTTCAAATAGTCAT-A-TATTTGAACTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTGAAAT 314 AATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTTGATAAACATATTTATTT----T * * * ** * * * 16943347 AGATAATTTTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGATTAGGTAAA-TAG-ATTTATTTTTTAAA 375 --TTAA-ATCT-ACTTA-T--TAATT-TTTAAAAT-ATTA-ATAAATTAGTA-TTA--TTTT--A * * * * * * * * 16943410 TCTCTTACATATTA-ATT-TTTTAATATGAATA-AATTCATTTTATTTTATTCCAAA-TAAGCT- 425 --TCTGA-ATA--AGCTTGTATGAATA-GAA-ACAATT-ATTTTA--TGA--CAAAACAAAGATC * * * * ** * 16943470 AGT-ATGAATTG-AA--AA-AATTGTT-ATAT-GACAAAAC-A--AAAACGA-TTT--A 478 A-TAATGATTTGAAATTAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGA * * ** * * * ** 16943516 AAATAGATAATAGTTCATATAGTCTTAAC-TATTTGAACTAGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTT 1 AAATAGAT-TTATTTTTTAAATTCTT-ACTTA-TT-AA-T--TTT----TA-AAA--TA-TTAAT ** * * * ** ** 16943580 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* * * 16945517 ATTATTCAAATAGT-TATTACTATTTAAACAT-ATTTGGTACACATATTTATTTTTAAAATCTTT 322 ATTATTCAAATAGTCT-TAACTATTTAAAC-TGGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATC--- * * * * * * * 16945580 TATTTATTAATTGTTGAAATGTTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAAC 382 TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATCTGAATAAGCTTGTATGAAT * * * * 16945645 AAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA 446 AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGA-TCATAATGATTTGAAATTAATAATTGTTCAAATA * * * * 16945710 GTCGTAACTATTTGAATTTA-TTCGATA 510 GTCATAACTATTTGAA-CTAGTT-TAGA * * * 16945737 AACATAG--TT-TTTTTT-AATCTTTTACTTATTAATTGTCT-AAATATTAATAAATTTGTATTA 1 AA-ATAGATTTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATT-TTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA * * * * * * * * 16945797 TTTTAATTGAAATAAGCTTCTAT-AAATAGAAAAAATTATTTTATGAC-AAACAAAAGGTTATAG 63 TTTTATTTG-AATAAACTTTTATGAATTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA ** * * *** * *** 16945860 CAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATATTGATAAATATTTGAACTTGTTCAATAAATAGATTTA 126 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TT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGA * * * * ** * * * * 16948964 AATTAAATTTATTTTTGAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATT 1 AAATAGATTTATTTTTTAA-ATTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT * ** * * * * * 16949029 TTATTTCGAATAAAATAGTATGAA-CAGAACTAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAATG 65 TTATTT-GAATAAACTTTTATGAATTAAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG * * * * * * * 16949093 ATCTGAAGTAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAATAGATTTACT 128 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATT * * * * * 16949158 TTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTCATTTCGAACAA 193 TTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA * * * ** * * * * * * 16949223 ACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAATGTAATAATGATTTGAAATTGATA 257 GCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATA * * * * * * * * * 16949288 ACTATTCAAATAG--TTACAATCATTTGAATTGATTTGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCT-C 322 ATTATTCAAATAGTCTTA-ACT-ATTTAAACTGGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTAC * * * * * 16949350 TTACTTATAATTTTTTGAAATAATAATAAATTAGTTTTATTCTATTTTGAATAAGCTTGTATGAT 385 TTA--T-TAA-TTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TCTGAATAAGCTTGTATGA- * * * * * ** * * 16949415 CTA-AAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATA 444 ATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGA-TCATAATGATTTGAAATTAATAATTGTTCAAA * * * * * * * 16949479 TAGTCTTAATTGTATGAACTGGTTTGGC 508 TAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGA * * * * * * 16949507 AGACA-ATTTTTTTTATTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTACTAAATTAGTATTA 1 AAATAGA-TTTATTT-TTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA * * * * * * * * * 16949571 TTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAATAAGTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAA 63 TTTTATT-TGAATAAACTTTTATGAATTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA ** * * * * 16949635 T-AGTTCAAAATAGATAATTGTTTAAATAGTA-ATAACTATTTGAACTGGATTGGTAAATAGATT 126 TGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-ACATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATT * * 16949698 TACTTTTTAAATC--T-CTTATTAATTCTTT-AGATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-A 189 TATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTTGA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA * * * * * * 16949758 ATAAGC-T-CAT-ACATTGAAA-AATAATAGTTTTAAGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGA 253 ATAAGCTTGTATGA-ACTGAAACAAT--T-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA * * * * * * * * 16949819 AAGAGGTAGTTGTTCAAATGGCCTTAATTATTTAAAAT-G--TGATAAAC-TAATTTATTTTTTA 314 AATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTTGATAAACAT-ATTTATTTTTTA * * * * * * * 16949880 AATCTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATT-TTTGTTTTTGGATAAGCTTA 378 AA--TC-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTT-TATCTGAATAAGCTTG * * * * * ** * 16949944 TATGAGCT-GAAATAATTATTTTTTGACAAAACAAAAAGTCATCACAATTTGAAATGAATAAGTT 439 TATGA-ATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGA-TCATAATGATTTGAAATTAATAA--T * * * * * * * * 16950008 TGTTTATATAGTCTTAATTGTTTGAAGTGGTTT-GCC 500 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAG-A * * * * * 16950044 AAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAACTTTTAGAATATTACTAAATTAGTATTATT 1 AAATAGATTTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT ** * * * * * * * * ** 16950109 TTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTGTTATTATAGAACAAAAGATTATAACA 65 TTATT-TGAATAAACTTTTATGAATTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG * * * * * ** 16950173 ATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGATCTTATTCAGTAAATAGATTTATT 128 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATT * * * ** 16950238 TTTAAAATCTCTTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAC 193 TTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA- * * * * * * 16950303 A-CTT-TCTTGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAATGTCATAACTATTTTAAATAA 256 AGCTTGT-ATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG ** * * * * * * * ** 16950365 ATAATTGATAAAAAAAATCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAATATATTT-TTTTAAAAAAA 319 ATAATT-ATTCAAATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTTGA-TAAACATATTTATTTT--TTAAA * ** ** * * * 16950428 CCTTTACTTATCGATTTTTTTAATATTAATAAACTAGTAATATTTTATTTCGAATATA-CTTGTA 380 --TCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCT-GAATA-AGCTTGTA ** * * 16950492 TGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAA-TAGATAATTGT 441 TGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAA-CAAAGATCATAA-TGATTTGAAATTA-ATAATTGT ** * * 16950555 TCAAATAACCATAACTACTTGAA-TATATTTAGA 503 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-GTTTAGA * ** * 16950588 AAACT-TATTTATTTTTTAAA-T-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATTA-TATT-G 1 AAA-TAGATTTATTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT-AAATTAGTATTAT * * * * * * * 16950648 TTTATTTAAAATAAGCTTGTATGAA-CAGAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAAC 64 TTTATTT-GAATAAACTTTTATGAATTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT * * *** * 16950712 GATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATA-ATCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAGTTTTA 127 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGA-CATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTA * * * * * * * ** 16950776 ATGTTTAAAACTTTTACTCATTAATCTTTGGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAAT 191 TTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT * * * ** * * * 16950841 AAGCTTATATGAACTGATATAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGATCATAATGATTTTAAATAGA 255 AAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA * * * * * * 16950906 TAATTACTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTAAAATCTT 320 TAATTATTCAAATAGTCT-TAACTATTTAAACTGGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATC-- ** * * * * * 16950970 TTACTTATTAATTAGTAAATTATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGATTGTACGGA 382 -TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATCTGAATAAGCTTGTATGAA * * * * * 16951035 GAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT 445 TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGA-TCATAATGATTTGAAATTAATAATTGTTCAAAT * * 16951100 AGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTGGT 509 AGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTTAGA * * * * * 16951127 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATCAATAAATTTGTATAA 1 AAATAGATTTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATT-T-TTAAAATATTAATAAATTAGTATTA * * * * * * ** 16951190 TTTTATTTGAAATAAGCGTGTATGAA-TAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATGG 63 TTTTATTTG-AATAAACTTTTATGAATTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA * * * * * 16951254 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-ATACTTGTTTGGTAAACAAATTC 126 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGACATAACTATTTGA-ACTTGTTTGGTAAATAGATTT * * * * * 16951318 ATTTGTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATTTTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCAG 190 ATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA * * * * 16951382 ATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTGTGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT 253 ATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT * * * ** *** *** * * * 16951446 AGATAATTATTCAAACAGTCATAATTATTTGCACTGGCCAGGCCAACAAATTCATTTTTTTAATC 317 AGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATC * * * * * * * 16951511 TGTTACTTATTAATTTTCATAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTCAAATAAGAC-TATAT 382 ---TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCT-GAATAAG-CTTGTAT * * * * ** * ** * * * 16951575 TAATA-AAAGCAATTCTTTTACGATAAAACAAATGGCCATCACAATTTGAAATAAATAAATATTC 442 GAATAGAAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAA-GATCATAATGATTTGAAATTAATAATTGTTC * * * * * * * 16951639 AGATGGTTATAACTAATTAAACTGGTTTAGT 505 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGA * * 16951670 AAATTGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTT-TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATT 1 AAATAGATTTATTTTTTAAA-TTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT ** * ** * * * 16951734 TTATTCCAAATAAACTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTAATAATGA 65 TTATT-TGAATAAACTTTTATGAATTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA ** * * * **** * 16951799 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAATTATGTGAACTGGTTCAACAAATAGAATTATTT 129 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTT * * * * 16951864 TTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTATTAT-GAGTA 194 TTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATA * * ** * * * * 16951927 AG-TTACTAAGAACTGAAGGAATTGTTTCATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAA 256 AGCTT-GTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA * * * * * * ** * * * * 16951991 GAATTGTTCATATAGCCTTAATTATTTGAACTGGTTCAACAAATAAATTTATTTTTCAAATCTCT 320 TAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAA--TC- * * * * * * * * 16952056 TAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATAAAC 382 TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TCTGAATAAGCTTGTATGAAT * * * * * * ** 16952121 AAAAATAATTATTTTATGATATAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAA-TATATAATTGTTCAAAT 446 AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGA-TCATAATGATTTGAAATTA-ATAATTGTTCAAAT * * * * 16952185 AGTCATAATTATTTGAACTTTGAACTAGGTCAGT 509 AGTCAT-A--A-CT--A-TTTGAACTAGTTTAGA * * ** * * * 16952219 AAACATATTTATTTTTTTACGTCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTAC 1 AAATAGATTTA-TTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA- ** *** * * * * 16952284 TTTGTA-CCGAATAGGGTTGTATG-ATGAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAA 63 TTT-TATTTGAATAAACTTTTATGAAT-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA * * * * * * * * * * * 16952347 AGATTTGGAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTAAAC-TGATTCGATAAATTGATTC 126 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAATAGATTT * * * * * 16952411 ATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAA-TTTTTGAAATATTAAT-AAGTAATATTATTTTATTTCGA 190 ATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA * * * * * * * 16952474 ATAAGCTTTTATGCA-TAGAAACAATTTTTTTATGATAAAAATAAAAGGTCATAACAATTTTAAA 253 ATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA * * * * * * * * * 16952538 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTT-TTTTTTAATT 316 TAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAA-A ** * * * * 16952602 TCTTACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTACTTTATTTTGAATAAGCATGTATG 380 TC-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TCTGAATAAGCTTGTATG * * * * 16952667 AACT-GAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAA-TAGATAATTGTTC 443 AA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAAATTA-ATAATTGTTC ** * * ** * * * 16952730 CCATAGGT-TTAACTACTTGAGTTGGTTCAGC 505 AAATA-GTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGA * * * * ** 16952761 AAACACATTTATTTTTTAAA-TC---CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATGGGTATTATTT 1 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Indices: 16958479--16958520 Score: 63 Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22 16958469 TTGGATAAAA 16958479 TTTTATGAACTAAAAC-AATTG 1 TTTTATGAACTAAAACAAATTG 16958500 TTTTAT-AAC-AAAACAAATTG 1 TTTTATGAACTAAAACAAATTG 16958520 T 1 T 16958521 CATAATGATT Statistics Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 3 0.87 0.00 0.13 Matches are distributed among these distances: 19 5 0.25 20 9 0.45 21 6 0.30 ACGTcount: A:0.45, C:0.10, G:0.07, T:0.38 Consensus pattern (22 bp): TTTTATGAACTAAAACAAATTG Found at i:16958623 original size:181 final size:180 Alignment explanation
Indices: 16957557--16960956 Score: 2523 Period size: 181 Copynumber: 18.9 Consensus size: 180 16957547 AGTCTTAACC * ** * * * * * 16957557 ATTAATATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTATGAA-TAGAACCAATTATTTGATGACAAAATAA 1 ATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAA * * * * * * * * * 16957621 AATGTTATAACGATTTAAAAGAGATAATTATTTAAATAGTCAAAACCATTTGAA-ATGATTTGAT 64 AATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTAGGT ** * * * * 16957685 AAGTAAATATACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCT-AAATATTAATAA 128 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAA ** * * * ** * * * 16957738 ATTAGTATTATTTT-TTTGAGCAAACTTATATTAAGAAAAATAATTTTTTTATGACAAAACGTAA 1 ATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAA * * * * * 16957802 A-GTAATAACGATTTGAAATAGATAATTACTT-AAATAGTTATAATTATTTGAAC--GATTCGGA 65 ATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTAGGT * * * * * 16957863 AAATCA-AATTATTTTCTAAATCTTTTACTTATAAATTTTTGAAATATGAA-AA 128 AAA-CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA * * * * * * * * 16957915 ATTAGT-TCTATTCTATTCTAAATAAGATTGTATGAGCTTAAATAATTGTTTTATAATAAAACAA 1 ATTAGTAT-TATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA * * * * * * 16957979 AATGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGTCTTAACTGTTTGAACTGGTTCA-GT 64 AATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-AGGT * * * 16958043 AAAC-GAATTTATTTTTTAAATCAT-TTAGTTATTAA-TTTTCATAATATT-CTAA 128 AAACAG-ATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAA * * * * 16958095 ATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACCAATTATTTTATGATAGAATAA 1 ATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACTAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAA * * * * * 16958159 AAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTA 64 AATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTAGGTA * * ** 16958224 AATAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTCATGAAATATTAATAA 129 AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA * **** * 16958272 ATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA 1 ATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA * * * * * * * 16958337 AGGTAATAACGATTTGAAATATATAGTTGTTCAAAT-GGCTATAATTATTTGAAC-TGATTTA-G 65 ATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTG--TTAGG * * * 16958399 TAAACTGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAA 127 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA * * ** * * * 16958453 AGTAGTATTATTTTATTTGGATAAAATTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAT 1 ATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA * * * * 16958518 TGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGCTT-AAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTAGGTAA 66 TGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTAGGTAA * * * * * 16958582 ATAGATTTATGTTTCAAATCTCATACTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAA 130 ACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAA * * * * * 16958633 ATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTGTATGACTAAACAAA 1 ATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA * * * * * * 16958698 ATGTCA-AAGTGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAATCTTAACTATTTGAACTAGTT-TGTC 65 ATGTCATAA-CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTAGGT- * * 16958761 AAACACATTTATTTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAA 128 AAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAA *** * * * * 16958811 ATTAGTATTATTTTTATCAAAATAAGCTTATATG-ATTAGAAATAATTGTTTTATGAGAAAAC-A 1 ATTAGTATTA-TTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAA * * * * * * * 16958874 AA-GATCATAATGATTT-AAGATTGATATTTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TGATTAA 64 AATG-TCATAACGATTTGAA-ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTAG * * * * * * 16958936 GAAAACAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAAAATTAAAAA 126 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA * * * * * * * 16958991 AGTAGTATTATTTTATTCT-AGATAAG-TTTTATAAAGTGAACCAATTGTTTTTATGATAAAACA 1 ATTAGTATTATTTTATT-TGA-ATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTG-TTTTATGACAAAACA * * * * * 16959054 AAAGGTCATAACAACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTGAACTTATTCG 63 AAATGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTAG * * * 16959117 GCAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTTG-AATGTTAATAA 126 GTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAA * * * * * * 16959173 ATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTACGAATTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAA 1 ATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA * * * * * * ** 16959238 ATGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGCA-TTGGTTCGACA 65 ATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTAGGTA * * * * * * * 16959302 AACACATGTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGGAATAATATTGA 129 AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA * * * * 16959354 ATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAA-AAGAAACAACTGTTTTATGACAAAA-TA 1 ATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAA * * * * 16959417 AA-GATCATAACAATTTGAGATAGATAATTATTCAAAT-GTCATAACTATTTAAACTAT-TTTGG 64 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* * * * * 16960251 TTTAGTATTATTTTAATTTTGAATAAGCCTATATGGACTAATACAATTGTTTTATGACGAAACAA 1 ATTAGTATTATTTT-A-TTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA * * * * 16960316 AATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACATGTTTGGTA 64 AATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTAGGTA * ** * * * * * 16960381 AACATATTTATTTTGAAAATTTGTTACTTATTAAATGTTGAAATATTACTAA 129 AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA * * * * * 16960433 ATTAATATTATTTTAATATGAATGAGCTTGTATGAAC-AAAGACAATTATTTTATTACAAAACAA 1 ATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAA * ** * * * 16960497 AAAGTCATAATAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCA-GT 64 AATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-AGGT * * * * 16960561 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAGTTGTCTG-AATATTAATAA 128 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAA * * * * * * 16960614 ATTTGTATTATTTAAATTGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAAAATTATTTTATGACAAAATAA 1 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* * * * * 16960251 TTTAGTATTATTTTAATTTTGAATAAGCCTATATGGACTAATACAATTGTTTTATGA-CGAAACA 1 ATTAGTATTATTTT-ATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTATTTTATGATAG-AATA * * * 16960315 AAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-ATGTTTGG 63 AAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-GTTCGG * ** * * * * * 16960379 TAAACATATTTATTTTGAAAATTTGTTACTTATTAAATGTTGAAATATTACTAAATTAATATTAT 127 TAAACAAATTTATTTTTTAAA--T-CT-CTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT * * ** * * * * 16960444 TTTAATATGAATGAGCTTGTATG-AACAAAGACAATTATTTTATTACAAAACAAAAAGTCATAAT 188 TTTATTTTGAACAAGCTTGTATGTAA-AAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC * * * * * * 16960508 AATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAAATTTAT 251 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAGTAAACAAATTTAT * * * * 16960573 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAGTTGTCTG-AATATTAATAAATTTGTATTATTTAAATT-GAAA 316 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT-TATTCTAAA ** * * * * ** 16960636 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* * * * 16958354 AATATATAGTTGTTCAAAT-GGCTATAATTATTTGAAC-TGATTTAGTAAACTGATTTATTTTTT 751 AATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAA-CATTTGAACTTG--TTAGTAAAC-AAATTATTTTTT * * * * ** 16958417 AAATCTTTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTT-ATTTGGATAAAATT 811 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTT * * 16958481 TTATGAACTAAAA 875 ATATGGACTAAAA * * * * * 16958494 CAATTGTTTTATAACAAAACAAATTGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGCTT-AAATAGTCA 1 CAATTGTTTTATGAC-AAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAATAGTCA * * * * * * 16958558 TAATTATTTGAACTTGTTAGGTAAATAGATTTATGTTTCAAATCTCATACTTATTAATTTTTTG- 64 TAACTATTTGAACATGTTTGGTAAAAAAATTTAT-TTTCAAAT-T-ATACTTATTAA-ATTTTGA * * * * 16958622 AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTGTAT 125 AATATT-ATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTATTTTAT * * * * 16958687 GACTAAACAAAATGTCA-AAGTGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAATCTTAACTATTTGAA 188 GACAAAACAAAAAGTCATAA-TGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA * * * * 16958751 C-TAGTTTGTCAAACACATTTATTTTTTTAAATCTCTTA-TTAATT-TTT-AGAATATTATTAAA 252 CTTA-TTCGT-AAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTT-ATTATTTCAGAATATTAATAAA * ** * * * * 16958812 TTAGTATTATTTTTATCAAAATAAGCTTATATGATTAGAAATAATTGTTTTATGAGAAAA-CAAA 313 TTAGTATTATTTATATTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAA * * * * * 16958876 GATCATAATGATTT-AAGATTGATATTTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TGATTAAGA- 378 GATCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TT-CGAT * * * 16958938 AAACAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTT-GCTTATTAATTTTTGAAAAATTAA-AAAAGTAGTATTA 440 AAACAGATTTAGTTTTTAAATATCTTAG-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAA-TAGTATTA * * * * * ** 16959001 TTTTATTCTAGAT-AAGTTTTATAAAGT-GAACCAATTGTTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATA 503 TTTTATTC-AAATCAACTTGTACAAA-TAGAA--AAATCATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATA * * 16959064 ACAACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTGAACTTATTCGGCAAACAGAT 564 ACAA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAAC-TAGTCGGCAAACAGAT * * * * * * 16959127 TTATTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTTT 626 TTA-TTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTATGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTT * * * * * * * * 16959192 GAATAAGCTTGTACGAATTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAATGTCAGAACAATTTGAAA 689 GAATAAGCTTGTATGAAAT-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAA * * * * * * 16959257 TAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGCA-TTGGTTCGACAAACACATGTATTTTTTAAA 753 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC-ATTTGAACTT-GTTAG-TAAACAAAT-TATTTTTTAAA * * * * * * 16959321 TCTCTTACTTACTAATTTTTGGAATAATATTGAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTA 814 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTATA ** 16959386 T-GAAAAGAAA 878 TGGACTA-AAA * * * 16959396 CAACTGTTTTATGACAAA-ATAAA-GATCATAACAATTTGAGATAGATAATTATTCAAAT-GTCA 1 CAATTGTTTTATGACAAACA-AAATG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA * * * 16959458 TAACTATTTAAACTAT-TTTGGTAAAAAAATTTAGTTTTCAAA-TCT-CTTATT-AATTTTCAAA 64 TAACTATTTGAAC-ATGTTTGGTAAAAAAATTTA-TTTTCAAATTATACTTATTAAATTTTGAAA * * ** * * * * 16959519 GTATTGATAGATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGCATCAATAGAAACAATTATGTTATG 127 -TATT-ATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTATTTTATG * * * * * * * 16959584 ACAAAACAAAAAATCATAATGATTTCAAATGGATAATTGA-TCAAATGGACATGATTATTTGAAC 189 ACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTAAAATAGATAATT-ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC * * * * * 16959648 TTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAAT 253 TTATTCG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-A-TTTCAGAATATTAATAAATT * * * * * * * * 16959713 AGTATTATTTTATTTTG-ACTAAACTTGAATGAAGAGAAATAATTGTTTTATGATAGAATGAAAG 315 AGTATTA-TTTATATTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAG * * * * * * 16959777 ATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACGATATGAACTTGCTC-AGTAA 379 ATCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAA * * * * 16959840 A-ATGATTTA-TTTTTAAAAATTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAATAGTATTATT 442 ACA-GATTTAGTTTTTAAATA-TCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATT * *** 16959903 TTATTTCAAA-CATGCTTGT-CTAAATAGAAAAAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAC 505 TTA-TTCAAATCA-ACTTGTAC-AAATAG-AAAAATCATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAC * * * * * * ** * * 16959966 TATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTGATAACTATTT-AAATGTGTTTAGAAAACATATTTA 566 AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AG-TCGGCAAACAGATTTA *** 16960030 TTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTATGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATA 629 TTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTATGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTTGAATA * * 16960095 AGCTTATATGAACATAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATAGAT 694 AGCTTGTATGAA-ATAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGAT * * 16960160 AATTATTCAAATAGTCATAACATTTGAACTTGTCTAGTAAACAAATTCATATTTTATATCTCTTA 758 AATTATTCAAATAGTCATAACATTTGAACTTGT-TAGTAAACAAATT-ATTTTTTAAATCTCTTA * * * 16960225 CTCATTAATTTTTAAAATATTAATAATTTAGTATTATTTTAATTTTGAATAAGCCTATATGGACT 821 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA-TTAGTATTATTTTAA-TTTGAATAAGCTTATATGGACT * 16960290 AATA 884 AAAA * 16960294 CAATTGTTTTATGACGAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAT 1 CAATTGTTTTATGAC-AAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT * * * * * * 16960359 GACTATTTGAACATGTTTGGTAAACATATTTATTTTGAAAATTTGTTACTTATTAAATGTTGAAA 65 AACTATTTGAACATGTTTGGTAAAAAAATTTATTTT-CAAA-TT-ATACTTATTAAATTTTGAAA * * * * * 16960424 TATTACTAAATTAATATTATTTTAATATGAATGAGCTTGTATGAACAAAGACAATTATTTTATTA 127 TATTA-TAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAA-ACAATTATTTTATGA * * 16960489 CAAAACAAAAAGTCATAATAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT 190 CAAAACAAAAAGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT * * 16960554 ATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAGTTGTCTGAATATTAATAAATTTG 255 ATTC-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA-TT-TCAGAATATTAATAAATTAG * * * * 16960619 TATTATTTAAATTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAATAAAAGATT 317 TATTATTTATATTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGATC * * * 16960684 ATAGTGATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAA 382 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGA * * * ** * 16960749 TTTAGTTTTTAAATATCTTAGTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTACGTTAATCA 447 TTTAGTTTTTAAATATCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTC- * * * * * * * 16960814 AAATCAACTTGTACGAATAGAAAGAGTCATTTTGTG-TCAAAATAAAAGATTATAACTATTTGAA 511 AAATCAACTTGTACAAATAGAAA-AATCATTTTATGAT-AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA * ** * 16960878 ATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTTTACTAGTCATGCAAACAGATTCT-TTTTTTAA 574 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTC-GGCAAACAGATT-TATTTTTTAA 16960942 AT 637 AT 16960944 CCATTACTTA Statistics Matches: 1940, Mismatches: 382, Indels: 247 0.76 0.15 0.10 Matches are distributed among these distances: 894 11 0.01 895 228 0.12 896 284 0.15 897 169 0.09 898 169 0.09 899 141 0.07 900 247 0.13 901 218 0.11 902 37 0.02 903 23 0.01 904 387 0.20 905 26 0.01 ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41 Consensus pattern (887 bp): CAATTGTTTTATGACAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA ACTATTTGAACATGTTTGGTAAAAAAATTTATTTTCAAATTATACTTATTAAATTTTGAAATATT ATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAACAATTATTTTATGACAAAAC AAAAAGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGT AAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTA TATTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGATCATAATGATT TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTAGTTTT TAAATATCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTCAAATCAACTT GTACAAATAGAAAAATCATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTAT TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTCGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTA ATTTATGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAATAAACAATT ATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACAT TTGAACTTGTTAGTAAACAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA ATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTATATGGACTAAAA Found at i:16961650 original size:14 final size:13 Alignment explanation
Indices: 16961632--16961674 Score: 59 Period size: 14 Copynumber: 3.2 Consensus size: 13 16961622 AAAATAGGTT 16961632 AAAAATAAAATAA 1 AAAAATAAAATAA * 16961645 ATAAAATAAAATTA 1 A-AAAATAAAATAA 16961659 AAAAATAAAAATAA 1 AAAAAT-AAAATAA 16961673 AA 1 AA 16961675 TAGAAAAAGG Statistics Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 3 0.84 0.06 0.10 Matches are distributed among these distances: 13 6 0.23 14 20 0.77 ACGTcount: A:0.81, C:0.00, G:0.00, T:0.19 Consensus pattern (13 bp): AAAAATAAAATAA Found at i:16961655 original size:19 final size:19 Alignment explanation
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Indices: 16961633--16961682 Score: 55 Period size: 19 Copynumber: 2.6 Consensus size: 17 16961623 AAATAGGTTA 16961633 AAAATAAAATAAATAAAAT 1 AAAAT-AAA-AAATAAAAT 16961652 AAAATTAAAAAATAAAAAT 1 AAAA-TAAAAAAT-AAAAT 16961671 AAAATAGAAAAA 1 AAAATA-AAAAA 16961683 GGAAAACTTA Statistics Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 6 0.82 0.00 0.18 Matches are distributed among these distances: 18 6 0.21 19 21 0.75 20 1 0.04 ACGTcount: A:0.80, C:0.00, G:0.02, T:0.18 Consensus pattern (17 bp): AAAATAAAAAATAAAAT Found at i:16961688 original size:19 final size:19 Alignment explanation
Indices: 16961647--16961688 Score: 50 Period size: 19 Copynumber: 2.2 Consensus size: 19 16961637 TAAAATAAAT * 16961647 AAAATAAAATTAAAAAATA 1 AAAATAAAATTAAAAAAGA 16961666 AAAATAAAA-TAGAAAAAGGA 1 AAAATAAAATTA-AAAAA-GA 16961686 AAA 1 AAA 16961689 CTTACGATCT Statistics Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 3 0.83 0.04 0.12 Matches are distributed among these distances: 18 2 0.10 19 14 0.70 20 4 0.20 ACGTcount: A:0.79, C:0.00, G:0.07, T:0.14 Consensus pattern (19 bp): AAAATAAAATTAAAAAAGA Found at i:16962076 original size:9 final size:10 Alignment explanation
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Indices: 16962062--16962104 Score: 52 Period size: 11 Copynumber: 3.9 Consensus size: 11 16962052 AATGTTCTTT 16962062 AAAAAACCC-A 1 AAAAAACCCAA 16962072 AAAAAACCCAA 1 AAAAAACCCAA * * 16962083 AAAAATCCAAA 1 AAAAAACCCAA 16962094 AAAAAATCCCA 1 AAAAAA-CCCA 16962105 GATGGCTCTA Statistics Matches: 27, Mismatches: 4, Indels: 2 0.82 0.12 0.06 Matches are distributed among these distances: 10 9 0.33 11 15 0.56 12 3 0.11 ACGTcount: A:0.70, C:0.26, G:0.00, T:0.05 Consensus pattern (11 bp): AAAAAACCCAA Found at i:16962658 original size:26 final size:27 Alignment explanation
Indices: 16962601--16962660 Score: 70 Period size: 26 Copynumber: 2.3 Consensus size: 27 16962591 GGCCTGGACC * * * * 16962601 CAAATGGGCCTAATTGGGCTTAGACAT 1 CAAATGGGCCTAATCGAGCTCAAACAT 16962628 C-AATGGGCCTAATCGAGCTCAAACA- 1 CAAATGGGCCTAATCGAGCTCAAACAT 16962653 CAAATGGG 1 CAAATGGG 16962661 TGTCTACAGC Statistics Matches: 28, Mismatches: 4, Indels: 3 0.80 0.11 0.09 Matches are distributed among these distances: 25 1 0.04 26 26 0.93 27 1 0.04 ACGTcount: A:0.33, C:0.22, G:0.25, T:0.20 Consensus pattern (27 bp): CAAATGGGCCTAATCGAGCTCAAACAT Found at i:16962920 original size:89 final size:86 Alignment explanation
Indices: 16962814--16963064 Score: 277 Period size: 89 Copynumber: 2.8 Consensus size: 86 16962804 TAAAATCACA * * * * 16962814 AGTCAAAATAAAAGTGACCAAGATCGAGTCAAGGTCAAAAATAAATGAACAGAACAAAACCATGA 1 AGTCAAAAT-AAGGTGACCAAGATCGAGTCAAGGTAAAAAATAAATGATCAGGAC-AAACCA-GA * * 16962879 ATCATGTGATTGGGATGAAACCATG 63 ATCATGTAATTAGGATGAAA-CATG ** ** * * * *** 16962904 AGTCAAAATAAGGTGACCAAGATCGAGTTGAGGTTGAAATTAAATGATCGGGATGAGGTCAGAAA 1 AGTCAAAATAAGGTGACCAAGATCGAGTCAAGGTAAAAAATAAATGATCAGGA-CAAACCAG-AA 16962969 TCATGTAATTAGGATGAAACATG 64 TCATGTAATTAGGATGAAACATG * * 16962992 AGTCAAAATAAGGTGACCAAGACCGAGTCAAGGTAAAAAATACATGATCAGGACAAACCACGAAT 1 AGTCAAAATAAGGTGACCAAGATCGAGTCAAGGTAAAAAATAAATGATCAGGACAAACCA-GAAT 16963057 CATGTAAT 65 CATGTAAT 16963065 CGAGACAAAA Statistics Matches: 131, Mismatches: 27, Indels: 9 0.78 0.16 0.05 Matches are distributed among these distances: 87 14 0.11 88 51 0.39 89 57 0.44 90 9 0.07 ACGTcount: A:0.45, C:0.14, G:0.22, T:0.20 Consensus pattern (86 bp): AGTCAAAATAAGGTGACCAAGATCGAGTCAAGGTAAAAAATAAATGATCAGGACAAACCAGAATC ATGTAATTAGGATGAAACATG Found at i:16963130 original size:176 final size:178 Alignment explanation
Indices: 16962814--16963133 Score: 401 Period size: 176 Copynumber: 1.8 Consensus size: 178 16962804 TAAAATCACA * * * 16962814 AGTCAAAATAAAAGTGACCAAGATCGAGTCAAGGTCAAAAATAAATGAACAGAACAAAACCATGA 1 AGTCAAAATAAAAGTGACCAAGACCGAGTCAAGGTAAAAAATAAATGAACAGAACAAAACCACGA * * * ** * ** * * ** * 16962879 ATCATGTGATTGGGATGAAACCATGAGTCAAAATAAGGTGACCAAGATCGAGTTGAGGTTGAAAT 66 ATCATGTAATCGAGACAAAACCACGAGTCAAAATAAGACGACCAAGATCAAGTTAAGGTCAAAAA 16962944 TAAATGATCGGGATGAGGTCAGAAATCATGTAATTAGGATGAAACATG 131 TAAATGATCGGGATGAGGTCAGAAATCATGTAATTAGGATGAAACATG * * * * 16962992 AGTCAAAAT-AAGGTGACCAAGACCGAGTCAAGGTAAAAAATACATGATCAGGAC-AAACCACGA 1 AGTCAAAATAAAAGTGACCAAGACCGAGTCAAGGTAAAAAATAAATGAACAGAACAAAACCACGA ** * * * 16963055 ATCATGTAATCGAGACAAAATTACGAGTTAAAATAAGACGACCAGGATTAAGTTAAGGTCAAAAA 66 ATCATGTAATCGAGACAAAACCACGAGTCAAAATAAGACGACCAAGATCAAGTTAAGGTCAAAAA 16963120 TAAATGATCGGGAT 131 TAAATGATCGGGAT 16963134 AAAACCACGT Statistics Matches: 117, Mismatches: 25, Indels: 2 0.81 0.17 0.01 Matches are distributed among these distances: 176 69 0.59 177 39 0.33 178 9 0.08 ACGTcount: A:0.45, C:0.13, G:0.22, T:0.20 Consensus pattern (178 bp): AGTCAAAATAAAAGTGACCAAGACCGAGTCAAGGTAAAAAATAAATGAACAGAACAAAACCACGA ATCATGTAATCGAGACAAAACCACGAGTCAAAATAAGACGACCAAGATCAAGTTAAGGTCAAAAA TAAATGATCGGGATGAGGTCAGAAATCATGTAATTAGGATGAAACATG Found at i:16963239 original size:151 final size:152 Alignment explanation
Indices: 16962991--16963317 Score: 342 Period size: 151 Copynumber: 2.2 Consensus size: 152 16962981 GATGAAACAT * * * ** * * * 16962991 GAGTCAAAATAAGGTGACCAAGACCGAGTCAAGGTAAAAAATACATGATCAGGACAAACCACGAA 1 GAGTCAAAATAAGGCGACTAGGACCGAACCGAGGTAAAAAATAAATGATCAGGACAAACCACAAA * * * * * 16963056 TCATGTAATCGAGACAAAATTACGAGTTAAAATA-AG-ACGACCAGGATTAAGTTAAGGTCAAAA 66 TCATGTAATCGAGACAAAACTACAAGTCAAAATATAGTA--ACCAGGACTAAGTCAAGGTCAAAA 16963119 ATAAATGATCGGGAT-AAAACCAC 129 ATAAATGATCGGGATGAAAACCAC * 16963142 GTA-TCAAAGTAAGGCGACTAGGACCGAACCGAGGTAAAAAATAAATGATC-GAGACAAAACCAC 1 G-AGTCAAAATAAGGCGACTAGGACCGAACCGAGGTAAAAAATAAATGATCAG-GAC-AAACCAC * * ** * * * * 16963205 AAATCATGTGA-CGGGATGAAACTACAAGTCAAAATATAGTAACTAGTACTAAGTCGAGGTCTAA 63 AAATCATGTAATCGAGACAAAACTACAAGTCAAAATATAGTAACCAGGACTAAGTCAAGGTCAAA * 16963269 AATAAATGATTGGGATGAAAACCAC 128 AATAAATGATCGGGATGAAAACCAC * * 16963294 GAGTCAAAATATGGTGACTAGGAC 1 GAGTCAAAATAAGGCGACTAGGAC 16963318 TAAGTCAAGG Statistics Matches: 143, Mismatches: 26, Indels: 13 0.79 0.14 0.07 Matches are distributed among these distances: 150 1 0.01 151 95 0.66 152 46 0.32 153 1 0.01 ACGTcount: A:0.45, C:0.16, G:0.21, T:0.18 Consensus pattern (152 bp): GAGTCAAAATAAGGCGACTAGGACCGAACCGAGGTAAAAAATAAATGATCAGGACAAACCACAAA TCATGTAATCGAGACAAAACTACAAGTCAAAATATAGTAACCAGGACTAAGTCAAGGTCAAAAAT AAATGATCGGGATGAAAACCAC Found at i:16963303 original size:64 final size:63 Alignment explanation
Indices: 16963217--16963354 Score: 167 Period size: 64 Copynumber: 2.2 Consensus size: 63 16963207 ATCATGTGAC * * * * 16963217 GGGATGAAACTACAAGTCAAAATATAGTAACTAGTACTAAGTCGAGGTCTAAAATAAATGATT 1 GGGATGAAACCACAAGTCAAAATATAGTAACTAGGACTAAGTCAAGGTCGAAAATAAATGATT * * * 16963280 GGGATGAAAACCACGAGTCAAAATATGGTGACTAGGACTAAGTCAAGGTCG---A-AAATGATT 1 GGGATG-AAACCACAAGTCAAAATATAGTAACTAGGACTAAGTCAAGGTCGAAAATAAATGATT * 16963340 GGGATGGAACCACAA 1 GGGATGAAACCACAA 16963355 ATCATAAGAA Statistics Matches: 65, Mismatches: 9, Indels: 6 0.81 0.11 0.08 Matches are distributed among these distances: 59 7 0.11 60 14 0.22 61 1 0.02 63 6 0.09 64 37 0.57 ACGTcount: A:0.42, C:0.13, G:0.24, T:0.21 Consensus pattern (63 bp): GGGATGAAACCACAAGTCAAAATATAGTAACTAGGACTAAGTCAAGGTCGAAAATAAATGATT Found at i:16963653 original size:41 final size:41 Alignment explanation
Indices: 16963557--16963655 Score: 162 Period size: 41 Copynumber: 2.4 Consensus size: 41 16963547 AACCATCTTC * * 16963557 AATGCACATCTTTGACAAAGAAACCATCTTTTATTAACCTG 1 AATGCACATCTTTGGCAAAGAAACCATCTTTCATTAACCTG * * 16963598 AATGCACATATTTGGCAAAGAAACCATCTTTCATTAACTTG 1 AATGCACATCTTTGGCAAAGAAACCATCTTTCATTAACCTG 16963639 AATGCACATCTTTGGCA 1 AATGCACATCTTTGGCA 16963656 TCAGCCTGAA Statistics Matches: 53, Mismatches: 5, Indels: 0 0.91 0.09 0.00 Matches are distributed among these distances: 41 53 1.00 ACGTcount: A:0.35, C:0.21, G:0.12, T:0.31 Consensus pattern (41 bp): AATGCACATCTTTGGCAAAGAAACCATCTTTCATTAACCTG Found at i:16964249 original size:11 final size:11 Alignment explanation
Indices: 16964220--16964248 Score: 51 Period size: 10 Copynumber: 2.7 Consensus size: 11 16964210 AACTTAAACA 16964220 TTTTTTTTCCT 1 TTTTTTTTCCT 16964231 TTTTTTTT-CT 1 TTTTTTTTCCT 16964241 TTTTTTTT 1 TTTTTTTT 16964249 TGTTAAGCAA Statistics Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 1 0.95 0.00 0.05 Matches are distributed among these distances: 10 10 0.56 11 8 0.44 ACGTcount: A:0.00, C:0.10, G:0.00, T:0.90 Consensus pattern (11 bp): TTTTTTTTCCT Found at i:16975623 original size:3 final size:3 Alignment explanation
Indices: 16975617--16975670 Score: 76 Period size: 3 Copynumber: 18.7 Consensus size: 3 16975607 AAAGAAAGAA * 16975617 AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AGT AAT AAT AA- AA- AAT AAT AAT 1 AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT * 16975663 AAC AAT AA 1 AAT AAT AA 16975671 GCTGTCTACT Statistics Matches: 46, Mismatches: 4, Indels: 2 0.88 0.08 0.04 Matches are distributed among these distances: 2 4 0.09 3 42 0.91 ACGTcount: A:0.69, C:0.02, G:0.02, T:0.28 Consensus pattern (3 bp): AAT Found at i:16975756 original size:38 final size:39 Alignment explanation
Indices: 16975704--16975779 Score: 104 Period size: 38 Copynumber: 2.0 Consensus size: 39 16975694 AAATGGGCCT * 16975704 AATTGGGTCTAGACATCAA-TGGGC-CTAATCGGGCCTGA 1 AATTGGGTCTAGACATCAACTGGGCGC-AATCGAGCCTGA 16975742 AATTGGG-CTCAGACATCAACTGGGCGCAATCGAGCCTG 1 AATTGGGTCT-AGACATCAACTGGGCGCAATCGAGCCTG 16975780 GAGACAAATG Statistics Matches: 34, Mismatches: 1, Indels: 5 0.85 0.03 0.12 Matches are distributed among these distances: 37 2 0.06 38 16 0.47 39 15 0.44 40 1 0.03 ACGTcount: A:0.26, C:0.24, G:0.29, T:0.21 Consensus pattern (39 bp): AATTGGGTCTAGACATCAACTGGGCGCAATCGAGCCTGA Found at i:16976328 original size:180 final size:179 Alignment explanation
Indices: 16975800--16977105 Score: 999 Period size: 180 Copynumber: 7.3 Consensus size: 179 16975790 GGTGTCTACA * * * ** * * * * * * 16975800 TATTAAATTTTAGAATATTAATGAATTAACATTACTTTA-TTCTGAATAAGATTATATTAATAGA 1 TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACAGA * * * * * * * * 16975864 AACAATTGTTTGATGACAAAACAAATAGTC-TCAATGACTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTGT 65 AACAATTATTTTATGACAAAATAAA-AATCAT-AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT * * * *** * 16975928 TATAACTAATTAAACTAG-TTTGGTAAACAAATTTATTTATTAAA--TC-T-CT 128 CATAACTATTTGAACT-GCTTCAATAAACAGATTTATTT-TTAAATCTCTTACT * * * * * * * * 16975977 TATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAATCTTATTTTA-TTCTAAACAAACTTATATGAACAAA 1 TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACAGA * * ** * * * * * * * 16976041 AACATTTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAAGTCTTCTAATAGTC 65 AACAATTATTTTATGACAAAATAAAA-ATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC * * * * * * ** * 16976106 TTAGCTATTTGAAATGGTTCTACAAACTCATTTATTTTTAAATATCTTACT 129 ATAACTATTTGAACTGCTTCAATAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTTACT ** * * * * 16976157 TACAAATTCTTGGAATATTATTAAATTAGTATCATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-AGGA 1 TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA-GA * ** 16976221 AACAATTATTTTATGACAAAATAAAAATCATAACAATTTGTGATAGATAATTGTTCAAATAGTCA 65 AACAATTATTTTATGACAAAATAAAAATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA * 16976286 TAACTATTTGAACTGCTTCAATAAACAAATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CT 130 TAACTATTTGAACTGCTTCAATAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACT ** * * ** ** * * 16976333 TATTAATTTTTAAAATATTAATATATCAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAATAGAA 1 TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAA * * * * * * 16976398 ACAATTATTTTATGGCAAAACAAAAAGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTTAAATAGACA 66 ACAATTATTTTATGACAAAATAAAAA-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA *** ** ** * * * 16976463 TGTTTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTAAATCTCGTACC 130 TAACTATTTGAACTGCTTCAATAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTTACT * * * 16976513 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAAAAAACTTGTATGAACAGA 1 TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACAGA * * * * * * * * 16976577 AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAATC 65 AACAATTATTTTATGACAAAATAAAA-ATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC * * ** * * 16976642 ATAACAATATGAACTTGC-TCGGTAAATAGATTTATTTTTAAAAAT-TTTTACT 129 ATAACTATTTGAAC-TGCTTCAATAAACAGATTTATTTTT--AAATCTCTTACT ** * * 16976694 TATTAATTTTT-GAGATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATGTGCTTGTATAAATAGA 1 TATTAATTTTTGGA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGA * * * * * 16976758 AACAATT-TGTTTAAGACAAAATAAAAGGTCATATCTATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAATAGT 65 AACAATTAT-TTTATGACAAAATAAAA-ATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT * * * 16976822 CATAACTATTTGAA-TGTGTTCAGA-AAACTA-TTTTATTTTGTAAAT-TTTTACT 128 CATAACTATTTGAACTG-CTTCA-ATAAAC-AGATTTATTTT-TAAATCTCTTACT 16976874 TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA--TCAAAATAAGCTTGTATGAACAA 1 TATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAAC-A * * * * 16976936 AAAACAACTATTTTATGACAAAATAAATAGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG 63 GAAACAATTATTTTATGACAAAATAAA-AATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG * * * * 16977001 TCATAACCATTTGAATTTG-TTCAGTAAACAGATTCATATTTTAAATCTCTTACT 127 TCATAACTATTTGAA-CTGCTTCAATAAACAGATTTAT-TTTTAAATCTCTTACT * * * * 16977055 CATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGC 1 TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC 16977106 CTATATCAAC Statistics Matches: 904, Mismatches: 181, Indels: 83 0.77 0.15 0.07 Matches are distributed among these distances: 176 91 0.10 177 179 0.20 178 9 0.01 179 77 0.09 180 343 0.38 181 185 0.20 182 18 0.02 183 2 0.00 ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.41 Consensus pattern (179 bp): TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAA ACAATTATTTTATGACAAAATAAAAATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT AACTATTTGAACTGCTTCAATAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTTACT Found at i:16976859 original size:361 final size:354 Alignment explanation
Indices: 16975800--16977102 Score: 1128 Period size: 361 Copynumber: 3.6 Consensus size: 354 16975790 GGTGTCTACA * * ** * * * * * * * 16975800 TATTAAATTTTAGAATATTAATGAATTAACATTACTTTATTCTGAATAAGA-TTATATTAATAGA 1 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTCAAAAAAACTTGTATGAACAGA * * * * 16975864 AACAATTGTTTGATGACAAAAC-AAATAGTC-TCAA-TGACTTGAAATAAATAATTGTTCAAATT 66 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAATAGTCAT-AACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA * * * * ** 16975926 GTTATAACTAA-TTAAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTATTAAATCTCTTATTAATTTTTGA 129 GTCATAAC-AATTTGAACTTGCTCAGTAAACAAATTTATTT-TTAAATCTCTTATTAATTTTTGA * * * * * * * 16975990 AATATTAAAAAATTAATCTTATTTTA-TTCTAAACAAACTTATATGAACAAAAAC-ATTTGTTTT 192 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-AAA-TATCTTGTATGAATAGAAACAATTTG-TTT * * * * * 16976053 ACA-ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAAGTCTTCTAATAGTCTTAGCTATTTG 254 A-AGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAA-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG * 16976117 AAATG-GTTCTA-CAAACTCATTTATTTTTAAATATCTTACT 317 -AATGTGTTC-AGAAAACT-ATTTATTTTTAAAT-TCTTACT ** * * * * * * * 16976157 TACAAATTCTTGGAATATTATTAAATTAGTATCATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGAA-AGG 1 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTCAAAAAAACTTGTATGAACA-G * * ** * 16976220 AAACAATTATTTTATGACAAAATAAAA-A-TCATAACAATTTGTGATAGATAATTGTTCAAATAG 65 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATAGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG * * * 16976283 TCATAACTATTTGAAC-TGCTTCAATAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAA 130 TCATAACAATTTGAACTTGC-TCAGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAA * * * ** * * * 16976347 ATATTAATATATCAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAATAGAAACAATTAT-TTTAT 193 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAAT-ATCTTGTATGAATAGAAACAATT-TGTTTAA * * * * * *** 16976411 GGCAAAACAAAAAGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTTAAATAGACATGTTTATTTGAAC 256 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT-AAAAAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA- * * * * * 16976476 T-TATTCGGTAAATA-GATTTATTTTTAAATCTCGTACC 319 TGTGTTCAG-AAA-ACTATTTATTTTTAAAT-TCTTACT 16976513 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAAAAAACTTGTATGAACAGA 1 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTCAAAAAAACTTGTATGAACAGA * * * * * 16976577 AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATA-TCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAAT 66 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAATAGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT * * * * * 16976641 CATAACAATATGAACTTGCTCGGTAAATAGATTTATTTTTAAAAATTTTTACTTATTAATTTTTG 131 CATAACAATTTGAACTTGCTCAGTAAACAAATTTATTTTT--AAA--TCT-CTTATTAATTTTTG * * * * 16976706 AGATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATGTGCTTGTATAAATAGAAACAATTTGTTTA 191 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAT-CTTGTATGAATAGAAACAATTTGTTTA * * 16976771 AGACAAAATAAAAGGTCAT-ATCTATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA 255 AGACAAAACAAAAGGTCATAAT-GATTT-AAAAAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA * 16976835 ATGTGTTCAGAAAACTATTTTATTTTGTAAATTTTTACT 318 ATGTGTTCAGAAAACTA-TTTATTTT-TAAATTCTTACT * * 16976874 TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA---TCAAAATAAGCTTGTATGAACA 1 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTCAAAA-AAACTTGTATGAAC- * * * * * * 16976935 AAAAACAACTATTTTATGACAAAA-TAAATAGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT 63 AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATAGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT * * * * * 16976999 AGTCATAACCATTTGAATTTGTTCAGTAAACAGATTCATATTTTAAATCTCTTACTCATTAATTT 128 AGTCATAACAATTTGAACTTGCTCAGTAAACAAATTTAT-TTTTAAATCTC-T--T-ATTAATTT * 16977064 TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATA 188 TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATA 16977103 AGCCTATATC Statistics Matches: 751, Mismatches: 150, Indels: 86 0.76 0.15 0.09 Matches are distributed among these distances: 355 4 0.01 356 263 0.35 357 131 0.17 358 15 0.02 359 5 0.01 360 33 0.04 361 288 0.38 362 12 0.02 ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.41 Consensus pattern (354 bp): TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTCAAAAAAACTTGTATGAACAGA AACAATTATTTTATGACAAAACAAAATAGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT CATAACAATTTGAACTTGCTCAGTAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATA TTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATATCTTGTATGAATAGAAACAATTTGTTTAAGACAA AACAAAAGGTCATAATGATTTAAAAAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATGTGTTC AGAAAACTATTTATTTTTAAATTCTTACT Found at i:16977301 original size:16 final size:17 Alignment explanation
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TTA----GAAT--AA-T-T--G-----GT-ATTATTTTATAACAAAACAAAATGTTAGAACTATT 66 TTATTTCAAATAAAATTATAAGAACAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATT * * * * * * * * * * 16978318 TGAAATCAATGATAGTTAAAATGGACAT-GCTATTTGAATTTGTTCGGT 131 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGC * * * * * * 16978366 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTAACATATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAATATTAT 1 AAATAGAATTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTAT * * * * * * * * * * * * * 16978430 TGTATTCCAAATAAACTTTTATGAATAGAAACAATTGCTTTATCACAAAATAAAAGATCATAATG 65 TTTATTTCAAATAAAATTATAAG-A-ACAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACG * * * * * * 16978495 ATTTGAAACAAATAATT-ATCAAATTA-TCAAAACTATTTGAACTCA-CTCAGT 128 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTCGGC * * * * * * 16978546 AAAAATATTTATTTTTTAAATCT-TTGACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTAT 1 AAATAGAATTATTTTTTAAATATCTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT * ** * * * * * * * * 16978610 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGGTTTATGACAAAA-AAATTGCTCATACC 65 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ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAAATTGTTCAGT 128 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGC * * * * ** * ** * 16979088 AAACATG-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTTCTTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTAT 1 AAATA-GAATTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT 16979152 TTTA 65 TTTA 16979156 ATCCGAATAA Statistics Matches: 1412, Mismatches: 316, Indels: 202 0.73 0.16 0.10 Matches are distributed among these distances: 157 30 0.02 158 50 0.04 159 2 0.00 161 3 0.00 162 117 0.08 163 1 0.00 164 3 0.00 165 14 0.01 166 27 0.02 167 3 0.00 168 2 0.00 169 3 0.00 170 5 0.00 171 1 0.00 172 6 0.00 173 1 0.00 174 1 0.00 175 2 0.00 176 37 0.03 177 122 0.09 178 52 0.04 179 130 0.09 180 223 0.16 181 413 0.29 182 149 0.11 183 10 0.01 184 5 0.00 ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42 Consensus pattern (179 bp): AAATAGAATTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT TTATTTCAAATAAAATTATAAGAACAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATT TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGC 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Indices: 16978347--16979555 Score: 1293 Period size: 533 Copynumber: 2.3 Consensus size: 534 16978337 AATGGACATG * * * * 16978347 CTATTTGAATTTGTTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTC-TAACATATTAATTTTT-AGA 1 CTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTAA-TTACTAATTTTTGA-A * * * * * * 16978409 ATATTAATAAATTAATATTATTGTATTCCAAATAAACTTTTATGAATAGAAACAATTGCTTTATC 64 ATATTAATAAATTAATATTATT-TATTTCAAATAAGCTTATATTAATTGAAACAATTGTTTTATC * * * 16978474 ACAAAATAAAAGATCATAATGATTTGAAACAAATAATTATCAAATTATCAAAACTATTTGAACTC 128 ACAAAAAAAAAGATCACAATGATTTGAAACAAATAATTATCAAATTATCAAAACTATTTGAAATC * *** * * 16978539 ACTCAGTAAAAATATTTATTTTTTAAATCTTTGACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAG 193 ACTCAGTAAAAATATTTATTTTTTAAATCTTTGACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAA * * * * *** 16978604 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGGTTTATGACAAAAAAATTGCTC 258 TATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTAGTTTATGACAAAAAAATAAATC * * * 16978669 ATACCAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTGGAACGTGTTCAAAAACAAAT 323 ATAACAATTT---ATAG---ATTATTCAAATAATCATAACTATTGAAACGTGTTCAAAAACAAAT * 16978734 ATATTTTTCAAATTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAA 382 ATATTTTTCAAATTTTTACTAATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAA * * * * * * 16978799 ATAAGCTTGGATGAACAGAACCAATTGTTTTTTGACAAAATAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATA 447 ATAAACTTGGATGAACAGAACAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGTTCTGAAATA * * 16978864 GATAATTGTTCATATAGTCATAA 512 GATAATTATTCAAATAGTCATAA * * * ** * * * * 16978887 CTATTTGAACTTGTTCCGTAAACAGATTTATTATTTTAGTTCTCTTACTCACTAATTTTAGGAAT 1 CTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTAATTACTAATTTTTGAAAT * * * 16978952 ACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATTAATTGAAACAATTGTTTTATTAC 66 ATTAATAAATTAATATTA-TTTATTTCAAATAAGCTTATATTAATTGAAACAATTGTTTTATCAC * * ** 16979017 AAAACAAAAAG-TCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-TAGTCATGACTATTTGAAAT 130 AAAA-AAAAAGATCACAATGATTTGAAACAAATAATTA-TCAAATTA-TCAAAACTATTTGAAAT *** * * * ** 16979080 TGTTCAGTAAACATGTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTTCTTGTCAAAATATTAATAAATTA 192 CACTCAGTAAAAATATTTATTTTTTAAATCTTTGACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTA * 16979145 ATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAGAAA-AAA 257 ATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTAGTTTATGACAAAA-AAATAAA * * * * * 16979209 TCATAACAA-TT-T-G-TTGTTCAAATAATCATAA-TGATTTAAACTTGTTTCATAAACAAATTT 321 TCATAACAATTTATAGATTATTCAAATAATCATAACT-ATTGAAACGTG-TTCAAAAACAAATAT * * 16979269 ATTTTT-AAATCTTTTGCTAATTAATTGTCTT-G-ATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAA 384 ATTTTTCAAAT-TTTTACTAATTAATT-T-TTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAA * * ** * * * * 16979331 AATAAACTTGTATGAAGAGATGAAATCT-TTTTATGGCAAAACAAAATGTTATAGCGATTCT-AA 446 AATAAACTTGGATGAACAGAACAAAT-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG-TTCTGAA * 16979394 ATAGATAATTATTCAAATAGTTATAA 509 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA * * * 16979420 TTATTTAAACTTTTTTGGTAAACAG-TTTCATTTTTTTAAATCTCTTAATTACTAATTTTTGAAA 1 CTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGATTT-ATTTTTTTAAATCTCTTAATTACTAATTTTTGAAA * * * * * * 16979484 TATTAATAACTTAATAATATCTTATTTCGAATAAGCTTATATTAACTAAAATAATT-TTTTATCA 65 TATTAATAAATTAATATTAT-TTATTTCAAATAAGCTTATATTAATTGAAACAATTGTTTTATCA 16979548 CAAAAAAA 129 CAAAAAAA 16979556 TTAAAAATAG Statistics Matches: 554, Mismatches: 98, Indels: 43 0.80 0.14 0.06 Matches are distributed among these distances: 531 4 0.01 532 44 0.08 533 221 0.40 534 6 0.01 535 2 0.00 536 1 0.00 537 1 0.00 540 28 0.05 541 105 0.19 542 139 0.25 543 3 0.01 ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42 Consensus pattern (534 bp): CTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTAATTACTAATTTTTGAAAT ATTAATAAATTAATATTATTTATTTCAAATAAGCTTATATTAATTGAAACAATTGTTTTATCACA AAAAAAAAGATCACAATGATTTGAAACAAATAATTATCAAATTATCAAAACTATTTGAAATCACT CAGTAAAAATATTTATTTTTTAAATCTTTGACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATAT TATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTAGTTTATGACAAAAAAATAAATCATA ACAATTTATAGATTATTCAAATAATCATAACTATTGAAACGTGTTCAAAAACAAATATATTTTTC AAATTTTTACTAATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAACTTG GATGAACAGAACAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGTTCTGAAATAGATAATTAT TCAAATAGTCATAA Found at i:16979994 original size:181 final size:179 Alignment explanation
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* * * * * 16979924 AATTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTGGAA 1 ATTTTTTAAATCTCTT-GTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA * * * 16979989 TAAGCTTATATGAA-TATAAATAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTTTATTTTCTAAATAATT 65 TAAGCTTGTATGAACTA-AAA-AATTATTTTATGACAAAAC-AAAAG------GTC---ATAA-T * * * * * * 16980053 GATTT-AAAGTATACAATTCTTCAAACAGTCA-AACTATTTGAATTGGTTC-AGTAAACAAATTT 117 GATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGA-TAAACAAATTT * * * * 16980115 ATTTTTTAAATCTC---TTATTAATTTTTGAAAGATTAATAATTTAGTATTATTTTATTCCAAAT 1 ATTTTTTAAATCTCTTGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT * * * * * * * 16980177 AAGCTTGTATGATA-AAAAAAACTAGTTATATGACCAAACAAAAGGTAACAATGATTTGAAATTG 66 AAGCTTGTATGA-ACTAAAAAATTA-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG * * * * * * * * 16980241 ATAATTATTGAAATGGTAATAATTATTTGAACTGATTCGGTAAAGAAATTC 129 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAAATTT * * * * * * 16980292 ACTTTTTAAA--TCAT-TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTACTTTAGTTCAAAT 1 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ATGATTTGAATAAATAATT-ATTCAAGTAGTCATAATTATTTGAACTTACTCGGTAAATAGATTT 481 A--A--T-AAT---T-ATTCA---AA-TAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACACATTT * * * * * * * * * 16985003 ATTTTTTAAATCTTTTACTTTTTAGTTGTCT-GAATACTAATAAATTTGTATTAGTTTAATTGAA 1 ATTTTTTAAA---TTT-CTTATTAATT-TTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA * * * * * * 16985067 ATGAGGTTGTATGAATAGAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT-ATCAATTTGAAA 61 ATAAGCTTGTATG--TA-AAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGATCATAAT-GATTTGAAA * * * ** * * * 16985130 TAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTTGATAAACTGATTAAGTATTTAAAT 121 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTCAATAAA-AGATTTAGTTTTTAAA- * * * * * * * * 16985195 CTCTTACTTATTGATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCTAAATCCA-CTTGTA 184 -TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-GAAT-AAGATTTTA * ** * * * * * * 16985259 TGAGCGGAAATAATTGTTTTGTGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATACA-TGTT 246 TGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATA-ATTGTT * * * * ** * * 16985323 CAAACAATTC-TAACTATTT-ATACTGGTCAAGCCAACAGATTCT-TTTTCTAAATC-CATTACT 310 CAAA-TAGTCATAACTATTTGA-ACTTGTTAA-TAAACAGATT-TATTTTTTAAATCTC-TTGCT * * *** * * 16985384 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGATTGTATTAA-TAGA 370 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-A * * ** * * * * * 16985448 AACAACTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACT-ACTTGAAATAAATAATTGTTCAAGTTGT 434 AATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACTGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGT * * * ** * * * 16985512 TATAACTAATT-AATTTTTAAATTAGGCAAAGAGGA--- 499 CATAACTATTTGAA---CT-GGTTCGGCAAACA-CATTT * * * * * * ** * *** * 16985547 A-TTTTTAGGATTTTTTCTTAACTTGTATGAAATAGGAAATCAAATAAAAAAGGATTA-CAAAGC 1 ATTTTTTA-AATTTCTTATTAA-TT-T-T-TAA-A--ATAT-TAATAAATTAGTATTATTTTA-T * * * * * * * * 16985610 ATCAAAGCTAGGGTT-TTTGT---TA-AATTGATTTT-T-AC---C-TAA-ATTA-AAGGGATTT 56 TTCAAA--TAAGCTTGTATGTAAAAACAATTG-TTTTATGACAAACAAAAGATCATAA-TGATTT * * * * * ** * * * 16985662 --AA-A-A-AATTTTTGAAA-A-TCCTTAAC-AATTAAAGGAA-AC-CT-AAA-ATTT--TTTAC 117 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-CATAACTATTTGAACTAATTCAATAAAAGATTTAGTTT-T ** ** * ** * *** * ** ** 16985713 TAGAAAATCCCTT-TAAATTGTTCTAACGCAGACA-AAGAACAGGGAGGGAGAAAAAGATTATAT 180 TA-AATCTTACTTATTAATT-TT-T---G-A-A-ATATTAATA---AATTAGTATTATTTTAT-T * * * * * ** * **** ** 16985776 -GGA-AA-CTCTTGA-GAAAATAAGAGAGAAAAATCATTTA-GAAAAAAGATATGATTTTTGGTA 232 CGAATAAGAT-TTTATG-AACTAA-A-ACAATTAT--TTTATG-ACAAA-ATA--AAAGGTCATA ** ** * * * * * * * * * 16985836 GTAATTTGT-TTTTGA-AATTCTTTAAAGTATTGGAGTAA-T-TTAAGGAAAATT-TCCAATATT 287 ACAATTT-TAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGT-CA-TAACTATT--TG-AACTTGT-TAATA-A ** * * * ** * 16985896 A-A-A-TTATTCAGTAAAAT-T-TTGACATGTTTTAAGCTTGGATAACT-TTAAATCAAATTAGT 343 ACAGATTTATT-TTTTAAATCTCTTG-C-T-TATTAA-TTTTTAGAA-TATT-AAT-AAATTAGT ** * ** ** *** * * ** * 16985955 ACCA-TTT-TTTAG-AT--GGGTGCTAT-AAGGATGCT-ATAACCTTCCTCACACAGAACCATAC 400 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG-TATGAACTAAAATAATTA-TTTTATGACA-A-AA-CA-A- * * * * * * * 16986013 TCCTAGAA-TTA-AACTTTAGTTTAATAGACTAGAATCTACTATTTAAAGATACCTAAGTCAAC- 458 ----A-AAGTCATAAC-TGA-TTTAA-A-A-TA-AAT-AATTA-TTCAA-ATA-GTCA-T-AACT * * ** ** *** ** 16986075 CTTTGGACTTCTTC-TTAAATGGGATAG 506 ATTTGAACTGGTTCGGCAAA-CACATTT * ** ** ** * *** * ** ** * 16986102 ATTTTATCAGGTGGCCAATCACACCTTCACAAAAAACATTGGTGGCTACTCCTTAAAGT-CTATG 1 ATTTT-TTAAATTTCTTATTA-A--TT--TTTAAAATA-T--T-AATA--AATT--AGTATTAT- ** ** * * * 16986166 TCTAGTGATAGGCCCATAAACATATACATTATGACAAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA 51 T-T--T-AT-TTCAAATAAGC-T-T---GTATG--TAA---AAACAATTGTTTTATGAC-AAACA ** * * * * ** 16986231 AAA-AGTCATAACAACTTT-ATATAGATAATTGTTCAAATAAT-AAAATCTATTTGAAGTTGTTC 100 AAAGA-TCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTAATTC * * * * * ** * 16986293 GATAAATAAATTTACTTTTTTAAATTTCTTGCTCATTAATTTTTTTAATGTTAATAAATTAGTAT 162 AATAAA-AGATTTA-GTTTTTAAA--TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT * * * * * * * 16986358 TAATTTATCTTGAATAAGCTTGTATG-A-TAAAA-AATAATCATTTATAACAAAACAAAAGGTCA 223 TATTTTAT-TCGAATAAGATTTTATGAACTAAAACAATTAT--TTTATGACAAAATAAAAGGTCA * * * * ** * * * 16986420 TAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGGCCATATTTATTTTAAC-TGATTCAGTAAACAAA 285 TAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TT-AATAAACAGA ** * * * * 16986484 TTTATTTTTTTAAATCTCTTATTTATTAA-TTTTGGAAATATTAGTCAATTAGTATTGTTTTATT 348 TTTA-TTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT * * * * * * * * * 16986548 CTGAATAAGCTTGAATG-A-TAAAAAACATT-TGTTATATAACCAAATAAAAGGTAATAAC-AAT 411 TTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAATA-ATTAT-TT-TATGACAAAACAAAAAGTCATAACTGAT * * * * * * * * **** * 16986609 TTGAAATAAATAATTGTTAAAATGGCCATAATTATTTGAAATGATTTAATAAACAAATTT 473 TTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACACATTT * *** * * * 16986669 ACTTTTTAAATCAATTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATT-GTATTATTTTATTTCAAACAAG 1 ATTTTTTAAATTTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG * ** * * * * * * 16986733 CTTATATG-AATTGAAATGAGTGCTTTATGACAAA-ATGAAAGGTCAAAATGGTTTGAAATAGGT 66 CTTGTATGTAA---AAACAATTGTTTTATGACAAACA--AAAGATCATAATGATTTGAAATAGAT ** ** * * * * ** * * 16986796 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CTATTTGAACTGGTTCGGCAAACACATTT ** * ** * * * 16987196 -TCTTTTTAAATCACTTATCAATTTTTGGAATATTAATAAACTATTATTATTTTATTTCGAATAA 1 AT-TTTTTAAATTTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA * * * ** * * * 16987260 GCTTGTATG-AGCTGAAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATATAC 65 GCTTGTATGTA---AAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGAT * * * * ** * * * * 16987324 AATTGTTCAAATAGTCGTAACTTTTTAAATTTGTTTAGA-AAACATATTAATTTTTTTAAATCTC 126 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTCA-ATAAA-AGATTTA-GTTTTTAAA--TC * * 16987388 TTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAA 186 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGATTTTATGAA * * * * * * 16987453 CTGAAACAATTGTTTAATGACACAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATATG-TAATTGTTCAAA 250 CTAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTTAAATA-GATAATTGTTCAAA * * ** * * * 16987517 TAGTCATAACTATTTGAGCTTATTTGGTAAACACATTTATTTTTTCAAATCTCTTTCTCATTAAC 314 TAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTAATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTGCTTATTAA- * * * * * * * * 16987582 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-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGATTTTAT * * * * * 16987991 TAACTAAAACAATTACTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGACAATTGTTCA 247 GAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCA * * * * * * * * 16988056 AATAGTAATAATTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTCATTTTTTTAATCTCTTTCTTGTTAA 312 AATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAA * * * * * 16988121 TTTTTCA-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACTGAAACAAT 376 TTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAAT * * * * * * * * * * 16988185 TGTTTTATGACTAAA-AAAAGGTTAGAAC-GATTTGAAATAGATAATTATTCTAATACTCTTAAC 440 TATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACTGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAC * * * * * 16988248 CATATGAAC-AGTTCGGTAAACAAATTT 505 TATTTGAACTGGTTCGGCAAACACATTT * * * * * * * 16988275 ATTTTTT-AATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAGTTTGTATTATTTTAATCCAAATAAG 1 ATTTTTTAAATTTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG * *** * * * * * * 16988339 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TAGAATATTAA----T-AAATTAGTATT--ATT-TTATTTTGAATAAGCTTG--TATG-AACTA- * * * ** * * * ** ** * 16989847 GATCATAAACAATTTTTTCATGATGAAACAAAGA-TTATAA-TGATTTAAGATTGATTGTTGTTC 433 -A-AAT-AAT--TATTTT-ATGACAAAACAAAAAGTCATAACTGATTTAAAATAAATAATTATTC * ** ** * 16989910 AAATGGTTGTAACTATTTGAACTGGTAT-GAAAAATAGC-TTT 492 AAATAGTCATAACTATTTGAACTGGT-TCGGCAAACA-CATTT * ** * * * * * 16989951 AGTTTTTAAATCTCTTGCTTCCTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTCATTTTAGA 1 ATTTTTTAAA--T-TT-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA * * * * * 16990016 TAAGTTTG-ATGAAATGAAACAACTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA--T-AGAT-- 62 TAAGCTTGTATGTAA--AAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAG ** * ** * * * 16990074 A-AATT-TTTGAATAGTCATATCTATTTGAACTTGTTCATTAAACATATTTATTTTTTAAAATCT 124 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTCAATAAA-AGATTTAGTTTTT-AAATC- * * * * * * * * 16990137 GTTGCTT-TTAATTTTTCAAATGTTAATAACTTAGTGTTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGA 186 -TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CGAATAAGATTTTATGA * * * * * * ** 16990201 ATTGAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCCA-AACAATTTGAAATAGATAATTGTTTTA 249 ACTAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGT-CATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAA * ** * * * * * 16990265 ATAGTCTTAACTACCTAAAC-TGGT--T---C-GA--CA------AAA-CACAT--TTA-T--TT 313 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATT * * * *** * * * * 16990309 TTT----TATTATTAAATTAGTATTATCTTAATCCAAATAAGCTTATATGAA-AAGAAACAATTG 378 TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAATAATTA * * * * * * * * * * * 16990369 TTTAATGATAAAATAAAGA-TTATAA-GGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTA 442 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACTGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTA * * * * 16990432 TTT-AAATAGGTTCAGTAAACAGATTT 507 TTTGAACT-GGTTCGGCAAACACATTT * * * * ** * 16990458 AGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATCAATATTATTTTATTTTGAATAAT 1 ATTTTTTAAATTTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG * * ** * * * * 16990523 TTTGTATGAACAGAAATTATTGTTTTACGATGAAACAAAAGGTTATAACT-ATTTGAAATAGATA 66 CTTGTATGTA-A-AAACAATTGTTTTATGA-CAAACAAAAGATCATAA-TGATTTGAAATAGATA * * * * ** * ** * * * 16990587 AATATTCAAATGGACATGTCTATTTAAACTTTTTTATTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA 127 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTCAATAAA-AGATTTAGTTTTTAAA--TCTTA * * * * * 16990652 CCTATTAA-TTTTCAGAATATTCATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAACAA-ATATGTATGAA- 189 CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-GAATAAGAT-TTTATGAAC * * * * * * * 16990714 TAAAAATAATTATTTTATGATAAAACAAATGGTCATAACAATTTGGAAATAAATAATTATTCAAA 251 T-AAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTT-TAAATAGATAATTGTTCAAA * * * * * * * * * * 16990779 CAATCATAACTATTAGAGCTTATTTAGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATATTTTACTTACTAATT 314 TAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATT * * * * * * 16990843 TTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGACTAAGCTTGTCTAAACAAAAACAATTG 378 TTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTA * * * * * * * * * 16990907 GTTTATGACAAAACAAAATGTCAGAA-TTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCAAAACTA 442 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACTGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTA * * * * 16990971 TTTGAA-TGTGTTCAGAAAATATATTT 507 TTTGAACTG-GTTCGGCAAACACATTT ** * 16990997 ATTTTTTAAATTTGTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAA 1 ATTTTTTAAA-TT-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAA * * * * * * * * * 16991061 TAAGCTTGTGTGAATAGAAATAATTGTTTT-TAACAAAACAAATGGTCAAAATGATTTGAAAAAT 62 TAAGCTTGTATG--TAAAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAG * ** ** * * 16991125 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTTTTCGGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTC 124 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTCAATAAA-AGATTTAGTTTTTAAA--TC * * * * * 16991190 TTACTCATTAATTTGT-AGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGA 186 TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGATTTTATGA * * * * ** * * * * * 16991254 ATTAATACAATTTTTTTTATAATGAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAA 249 ACTAAAACAA-TTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAA * * * ** * * * * * ** 16991319 ATAGTTATGACTATTTGGACTTGTTTGGTAAATATATTTATTTTTAAAATATTTTAATTATTAAT 313 ATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAAT * * * * * *** * 16991384 TATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGAATGAAC-AAAA-AA--A 377 TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTA * 16991445 --TTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-TGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA 442 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACTGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTA * ** *** * * 16991507 TTTAAACTTATTCAATAAGCAAATTT 507 TTTGAACTGGTTCGGCAAACACATTT * * ** 16991533 ATTTTTTAAATCCTTTACTTATTAATTGTTT-GAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTAGAA 1 ATTTTTTAAA---TTT-CTTATTAATT-TTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA * * * * * * *** 16991597 GTAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTATTTCATCACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAAT 61 ATAAGCTTGTATG--TA-AAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGATCATAATGATTTGAAAT * * ** * 16991661 AGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCAGA-AAATAGATTCA-TTTTTCAAA 122 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTCA-ATAAA-AGATTTAGTTTTT-AAA * * * * * * 16991724 TCTCTTACTTATTAAGTTTT-AGAATATTAATAAGTTAGAATTATATTATTTTGAATAAGTTTTT 184 --TCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGATTTT * * * * * * * * * * 16991788 ATGAGC-AGAAACAATTGTTTTGTGAGAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGTACATGATTGT 245 ATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGT * * * * * * *** * * * * 16991852 TCAAACAGTCATAGCTACTTGCACTAGTCAGGCCAACAAATTCATTTTTTAAATCTGTTACTTAT 309 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTA-ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTAT * * * 16991917 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTCGAATAAGAC-TGTATGAA-TAGAAA 373 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-CTTGTATGAACTA-AAA * * ** * * * * 16991980 TAATTATTTTATGATAAAATAAATGGTCATAA-TAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTA 436 TAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACTGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCA * ** * * * 16992044 -AACTAATTGAACTGGTTTAGTAAATAGATTT 501 TAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACACATTT * * * 16992075 ATTTTTT-AATTCTCTTACTCATTAATTTTCAAAATACTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTTCA 1 ATTTTTTAAATT-TC-T--T-ATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCA * * * * * * * * * 16992138 AACAAACTTATTTGAACAAAAACATTTG-CTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT 60 AATAAGCTTGTATG--TAAAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGATCATAATGATTTGAAAT * * * **** * ** * 16992202 AGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTTGGCAAACGAAACTATTTTTTAAATC 122 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTCAATAAAAG-ATTTAGTTTTTAAAT- ** * * ** * 16992267 ACTTACCGATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTTTGAATAAGATAGTAA 185 -CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGATTTTAT * * ** * * * * 16992331 GAACTGAAAA-AATTATTTTACGACAAAACAAAATATCATAACGATTTGAAATAAAGAATTGTTC 247 GAACT-AAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTC * * * * ** * * * 16992395 ATATAGCCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACAAATTTATATTTTAAATCTCTTAG-TTCTT 311 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-AATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-GCTTATT * * * * 16992459 AATTTTTAGAATATTATTACATTCGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAATA 374 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAATA * * * * * * * 16992523 ATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAAC-AATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTTATA 438 ATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACTGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATA * * ** ** * * 16992587 AGTATTTAAACTACTTTAGTAAACAAATTT 503 ACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACACATTT * * * 16992617 ATTTTTTAAATCTCCTATGTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA 1 ATTTTTTAAAT-T--TCT-TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA * * * * * ** * 16992682 TAGGCTTGTATGATGACAAACAATTGTTTTATGATAAAAAAAAGTTCATAACAATTTGAAATGGA 62 TAAGCTTGTATG-T-AAAAACAATTGTTTTATGACAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGA * * * * ** * ** * * * ** 16992747 TAATTGGTCAAGCTTTTA-TGAATTGAAACAATTGTTTTA-TGATAAAATAAATGGTCATAACAA 125 TAATTGTTCAA----ATAGT-CA-T--AACTA-T-TTGAACTAATTCAATAAAAGAT--TTA-GT * * * ** * * 16992810 TTTTAAATAGACAATTA-TTGAAATAGTCATCACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATT 177 TTTTAAAT---C--TTACTT---AT--T-A--A-TTTTTGAA-AT-ATTAATAAA-TTA-GTA-T * * * * ** ** * 16992874 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AGTTTTTAAATCTCTT-TGTAATTTTCAAATTAGTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATA 1 ATTTTTTAAATTTCTTAT-TAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATA ** * * * * * 16993295 ATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAATATCATAATAATTTGAAATATAT 64 AGCTTGTATG--TAAAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGAT * * * * ** *** * * 16993360 AATAGTTCAAATGGACATAACTAGTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTTCA 126 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTCAATAAA-AGATTTAGTTTTTAAATCTT-- * * * 16993425 ACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGGAATAA-ACTTTATGAA- 188 ACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGATTTTATGAAC * * * * ** * * * * 16993487 -AGAAACAATTGTTTTATAACAAAAGAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATGATTATTCAAAT 251 TA-AAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAAT * * * * * * 16993551 AGTCATAACTATTTGAA-TTCACTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-T 315 AGTCATAACTATTTGAACTT--GTTAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATT * * * * * * * * ** 16993614 TTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTCATTCTAAATAAGCTTGTTTAAACAAAAACAATTGG 378 TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTAT * ** * * * * 16993679 TTTATGATAAAACAAATGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTAT 443 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACTGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT ** * * 16993743 TTGAA-TGTGTTTAGAAAATGA-ATTT 508 TTGAACTG-GTTCGGCAAA-CACATTT * * * ** * * * 16993768 ATTTTTTAATTTTTCACTTAATAATTTATGGAATATTAATAAATTTA-TAATATTTTATTTGAAT 1 ATTTTTTAA-ATTT--CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAA * * ** * * * 16993832 TAGGCTTGCATG-AACAAACCAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGTTTTGAAATAG 62 TAAGCTTGTATGTAA-AAA-CAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAG **** ** ** * * * ** 16993896 ATAATTGTTTTGGTAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTCATTTTCTTATTTCT 124 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTCAATAAA-AGATTTAGTTT-TTAAATC- * * ** * * 16993961 TTTACTCT-TTAATTTTTGGAATATTAATAAATT-GT-TTA--GTAAAC-ATACTTA-CTTTT-T 186 -TTACT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGA-A-TAAGATTTTAT * ** * ** * ** * 16994018 -AA--AAATCTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAAT-ATTATTTT-AATCTGAA 247 GAACTAAAACAATTA-TT-TT-A-TGAC-AAA-A-TAA-AAGGTCATAACAATTTTAAAT-AG-A * * * ** * ** * 16994078 TAA--GCTT-AAATGGAT-AGAAAC-AATTG---TT-TTATGATAAAACA-A-AAAGTCATGAAA 302 TAATTG-TTCAAATAG-TCA-TAACTATTTGAACTTGTTA--AT-AAACAGATTTATTTTTTAAA ** * * * * * ** 16994132 AAT-TTGAAATAAATAAATGTTCA-AATAGTCATAACGAGTTAAACTTGTTCAGTAAACATATTT 361 TCTCTTG--CT-TATTAATTTTTAGAATA-T--T-A--A--TAAA----TT-AGT-ATTAT-TTT * * * * * * * * ** ** 16994195 ATTGTTTAAATCTTTTA-CTTATTAATTATCTTAATATTAATAATTTTGTATTATTTTATTCGAA 408 A-T-TTTGAA----TAAGCTT-GT-ATGAAC-TAA-AATAATTA-TTT-TATGA--CAAAAC-AA * * ** * * * 16994259 ATAAG-CTTGTA-TGA-ACATAATAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTTCA 458 A-AAGTCAT-AACTGATTTAAAATAAAT-A-ATTAT-TC-AA----------ATAG------TC- * ** ** * * 16994321 AATGGATAATTGTTCAAATAGTCGCAATTATTTAAACTTATTCGAAAAACAAATTC 500 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ATTTTTTAAAT--T-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTATTTCAA * * * * * 16995518 ATAAGCTTGCATG-AACTAAATAATTGTTTTATGACATAACAAAAGGTCAT-ACGATTTTAAATA 61 ATAAGCTTGTATGTAA--AAACAATTGTTTTATGACA-AACAAAAGATCATAATGATTTGAAATA * * * * * * * ** * * * * 16995581 GACAATTTTTCAAATAGTGATAAATATCTAAATTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAACTA 123 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTCAATAAA-AGATTTAGTTTTTAAA-TC * * * * * 16995646 TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAA 186 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGATTTTATGAA * * * * * * ** * * * * * 16995711 TTAAAACAATT-GTTTA-CATCAAAACAAAATGTCCTAATGATTGTAAATAAATAATTATTTAAG 250 CTAAAACAATTATTTTATGA-CAAAATAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAA * * ** * * * 16995774 TTGTCATAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATATTTTGCTTATTAAT 314 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-AATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAAT * * * ** * * * 16995839 TTTTTGAATGTTAATAAATT-TTGATTATTTTATTTCAAATTAGCATGTAAGATA-TGAAAA-AA 377 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-AAAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATAATTCAAA- 250 CTAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAAT * * * *** * * * * * * * 16996313 CGACCATAA-TAATTTTAAC-TGATTCGGCAAATAGATCTATTCTTAAAATTTTTTACTTATTAA 315 AG-TCATAACT-ATTTGAACTTG-TT-AATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAA * ** * * * * * 16996376 --TTTAGGAA-ATTAAT--ATTA-TTTTATTCCA---T--CTAAGCTTGTATTAATTGAAACAAT 376 TTTTTA-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAAT * ** * * * * * * * * 16996430 TGTTTTATGACAAATGAAAAGGTTATAAC-GATTTTAAATAGACAAGTT-TTTAAATAATAATAA 440 TATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACTGATTTAAAATAAATAA-TTATTCAAATAGTCATAA * * * * * 16996493 CTATTTAAACTTGTTCAGTAAACATATTT 504 CTATTTGAACTGGTTCGGCAAACACATTT * * * 16996522 ATTTTTTTAAATCTCTTTCTTA-TAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTA-TTCTA 1 A-TTTTTTAAA----TTTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-A * * 16996585 AATAAGCTTGTATGAACTAAAAA-AATTGTTTTATGACTAAACAAAATG-TTAGAATGATTTGAA 60 AATAAGCTTGTATG---TAAAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAA-GATCATAATGATTTGAA * * * * ** * *** * 16996648 ATAGAAAATTATTCTAATGGTTTTAACCATTTGAACTAATTTGGTAAACA-ACTTTATTTTTTAA 120 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTCAATAAA-AGA-TTTAGTTTTTAA * * * * * 16996712 ATC-T-CTTATTAA-TTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTAGAATAAGCTTGTAC 183 ATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCGAATAAGATTTTAT * * ** * ** * * * 16996774 AAAC-AAAATAATTATTTTACAACAAAA-AAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATCGTTCA 247 GAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCA * * ** ** * * 16996837 TATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCAGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGC-TATT 312 AATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTT-AATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-GCTTATT * * ** ** * ** 16996900 -ATGTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATCATTTTATTTCAAATAAAATAGTATGAA-TAGAACC 374 AAT-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAAT * * * * * * * 16996963 AATTGTTTAATGACAAAATAAAAAGGTTATAA-TGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATTA 437 AATTATTTTATGACAAAACAAAAA-GTCATAACTGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCA * * ** * * * ** 16997027 AAACTATTTGAAATAATTTGGTAAGCAGGTTT 501 TAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACACATTT ** * * ** 16997059 GCTTTTTAAATCTCTAACTGATTAATTCTTGCAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA 1 ATTTTTTAAAT-T-T--CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA * * * * * 16997124 -ATATCTTGTCTAT-TAAACAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAAT 62 TA-AGCTTG--TATGTAAA-AACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGATCATAATGATTTGAAAT * * * * * * * ** * * 16997187 AGATAGTTGTTTAAATGGGCATAATTATATGAACTGATTCGGTAAAGTGATTTATTTTTTAAATC 122 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTCAATAAA-AGATTTAGTTTTTAAA-- * ** * * * 16997252 TCTTAATTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATG 184 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGATTTTATG * * * ** 16997317 AACTAAAACAATT-TTTTAATGACAAAACAAATGGTCGTAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCA 248 AACTAAAACAATTATTTT-ATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCA * ** * * 16997381 AATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATCTCATGCTTATTA 312 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-AATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTGCTTATTA * ** * * ** 16997446 ATTTTTGGAAGGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACCAT 375 ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAAT * * * * * * * * * 16997511 TATTATACGACTAAACAAAATGTCA-AAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAAC 440 TATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACTGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAC * ** 16997575 TATTTGAACTGGTTTGGCAAATGCATTT 505 TATTTGAACTGGTTCGGCAAACACATTT ** * * * * 16997603 -TTTTTTAAAACTCTTATCAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCTAAATAA 1 ATTTTTTAAATTTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAA * * * * * * * * 16997666 GCTTGTATGATTAGAAATAATTGTTATATGAGAAA-ACAAAGATAATAAGGATTTGAGATTGATA 65 GCTTGTATG--TAAAAACAATTGTTTTATGACAAACA-AAAGATCATAATGATTTGAAATAGATA * * * * * * 16997730 TTTATTCAAATAATTATAACTATTTGAACTAGTTCAA-AAAATAATTTTAGTTTTTAAATCTCTT 127 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTCAATAAAA-GA-TTTAGTTTTTAAA--TCTT * * ** ** 16997794 CCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTA-TTTATTTTAGATAATTTTTTATGAACT 188 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGA-ATAAGATTTTATGAACT * * * * * * * 16997858 AAAA-AATTATTTTATGATAAAA-CAAAGTGTCATAACGACTTCAAATATATAATTGCTCAAATA 252 AAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAG-GTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATA * * * * * 16997921 GTTA-AATCTATTTGAACTTGTTCAGTATAGAGATTTATTTTTTTAAATCTCTT-ATTCATTAAT 316 GTCATAA-CTATTTGAACTTGTT-AATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTGCTT-ATTAAT * * * * * * * 16997984 TTTTTGAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTCTGAATAAGTTTGTATGAATTGAAATAATTG 377 TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTA * * * * * * * ** 16998049 TTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAATTTTAA-TG 442 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACTGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACT- * * 16998112 ATTTGAATTGGTTTGGCAAACACATTT 506 ATTTGAACTGGTTCGGCAAACACATTT * * * * 16998139 -TTCTTTAAATCTCTTACTTTCTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-ATCTAA 1 ATTTTTTAAATTTCTTA---T-TAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AA * * * * * * 16998202 ATAAGCTTGTTTGAAAAAAAATAATTGTTTTATGACCAAA-AAAATGATGATAATAATTTGAGAT 61 ATAAGCTTGTATG--TAAAAACAATTGTTTTATGA-CAAACAAAA-GATCATAATGATTTGAAAT * ** * 16998266 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTCAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAAT- 122 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTCAATAAA-AGATTTAGTTTTTAAATC * * ** * * 16998330 TT-TTTATTAGTTTTCAAAATATTAA-AATATTGGTATTATTTTATTCTAA-ATA-ATTTTGCAT 186 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTCGAATA-AGATTTT--AT * * * * 16998391 GAAC-AGAAACAATTGTTTTATAAC-AAACAAAAGGTCATAACAA---T--AT--ATAAATGTTC 247 GAACTA-AAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTC * * ** * * * 16998447 AAATGGACA-AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTATTA 311 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-AATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTA * * * * * * * 16998511 GTTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTATCTGAA-TAAAAACAA 375 ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-AAAATAA * 16998575 TTATTTTATGACAAAAC-AAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAATCATA 439 TTATTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACTGATTTAAAATAAATAATTA-T-------TCA-A * * * * * 16998638 ACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAATCATAACTATTTGAACTTGCTCAGTAAACAAATTT 494 A-TA---G--------------T--------CATAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACACATTT * * ** * * 16998703 ACTTTTTAAATTTTTTAATTATTAGTTTTTGGAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTCTAA 1 ATTTTTTAAATTTCTT-ATTA--A-TTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA * * * * * * 16998768 TATGTTTATATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAATAAAAG-TCATAACT-ATTTGAAATA 62 TAAGCTTGTATG--TAAAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGATCATAA-TGATTTGAAATA * * * * * 16998831 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGT-GTT-ATAAAAACATATTTATTTTTTAAAT 123 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAATTCA-ATAAA-AGATTTAGTTTTTAAA- * * ** * * * * 16998894 TTTTATTTAAAAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTAT 184 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCG-AATAAGATTTTAT * * * * * * 16998958 GAA-AAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAAGGTTATAACGATTTGAAGTAAATAATTGTT 247 GAACTA-AAACAATTATTTTATGACAAAAT-AAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTT * * * * * * 16999022 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTCATATTTTAAATCTCCTAC-TATT 310 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-AATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTA-T * * * * * * 16999086 TAATTTTT-GAAATATTATTAAATTAGTATTTTTTTTATTTCGAATTAGCTTATATGAACTAATA 373 TAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAA * * * * ** * * * * * ** 16999150 CAATTGTTTCACGATGAAACAAAATGTTATAAC-GATTTGAAATAGATAATTATTCAAGTAGTTG 436 TAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACTGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCA * * * ** * * 16999214 TGACTAGTTGAACTTGTTCGATAAATATATTT 501 TAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACACATTT * * * * *** 16999246 ATTTTTAAAATGTT-TTACTTATTATCTATTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAACCCAA 1 ATTTTTTAAAT-TTCTTA-TTA--AT-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA * * * * 16999310 ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAA-AGTCATAACGATTTGTAAT 61 ATAAGCTTGTATG--TAAAAACAATTGTTTTATGA-CAAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAAT * * ** * * ** * 16999374 AAATAATTATTCAAATAGTTGTAACTATTTGAATTTATTCGGTAAATAGATTTA-CTTTTAAATC 122 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTCAATAAA-AGATTTAGTTTTTAAATC * * * * * * 16999438 TTTTACTTATTAGTTATATG-AATATCAATAAATTTGTATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTGTA 186 --TTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCG-AATAAGATTTTA * * * 16999501 TGAA-TAGAAA-AATATATTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAGCAATTTAAAATAGATAATTGT 246 TGAACTA-AAACAAT-TATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGT * * * * * 16999564 TCAAATAGTCATAACTATTTCAACTTGTTCGATAAATAGATTCAATTTTTAAA--TC-T-CTTAT 309 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-AATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTAT * * * * * * 16999625 TAATTTTTGGAATATTAAT-AATTAGAATTATGTTATTTTGAGTCAA-CTTGTA-CAA-AAGAAA 373 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT-AAGCTTGTATGAACTA-AAA * * * * * * * * * * 16999686 CAATTATTTTGTAACAAAACAAAAGGTCATAA-TGCTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATTA 436 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** * * * * * 17000503 TCTCTAACTTCCTAATTTTTGAAATATTAATAAGGTAATTTTATTTTATTTTGGATAAGCGTTTT 184 TCT-T-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAG-ATTTT * * * * * * * 17000568 -TGTAC-AGAAATAGTTGTTTTATGATAAAACAAATA-GTCATAACAATTTTAAATAGATAATTA 245 ATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACAAAATAAA-AGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTG * * * 17000630 CTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTTAAATTTCTTGCTT 308 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-AATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTGCTT * * * * * * * 17000695 ATAAACTTTCT-GAATGTTAATAAAATT-GTTTTATTGTATTTTAAATTAGCTTGTATGAACTAA 371 ATTAA-TTTTTAGAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAA 17000758 AA 434 AA 17000760 AGGTCAGAAT Statistics Matches: 15306, Mismatches: 3802, Indels: 3076 0.69 0.17 0.14 Matches are distributed among these distances: 503 46 0.00 504 13 0.00 505 24 0.00 506 5 0.00 507 74 0.00 508 7 0.00 510 3 0.00 511 22 0.00 512 117 0.01 513 34 0.00 514 4 0.00 515 7 0.00 516 10 0.00 517 2 0.00 520 6 0.00 521 28 0.00 522 11 0.00 523 26 0.00 524 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