Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167893.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_16, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 22157061
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.15, T:0.34
Warning! 74000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 80 of 113
Found at i:16981203 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 16981180--16981215 Score: 54
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 18
16981170 GTTCCACAAA
* *
16981180 CTCATTTATTTTTTAAAT
1 CTCATTAATTTTTGAAAT
16981198 CTCATTAATTTTTGAAAT
1 CTCATTAATTTTTGAAAT
16981216 ATTATTAAAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 16 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.11, G:0.03, T:0.56
Consensus pattern (18 bp):
CTCATTAATTTTTGAAAT
Found at i:16981222 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 16981181--16981223 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
16981171 TTCCACAAAC
* * *
16981181 TCATTTATTTTTTAAATC
1 TCATTAATTTTTGAAATA
16981199 TCATTAATTTTTGAAATA
1 TCATTAATTTTTGAAATA
*
16981217 TTATTAA
1 TCATTAA
16981224 ATTAGTATTA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 4, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 21 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.07, G:0.02, T:0.56
Consensus pattern (18 bp):
TCATTAATTTTTGAAATA
Found at i:16982053 original size:356 final size:352
Alignment explanation
Indices: 16979570--16984754 Score: 1958
Period size: 356 Copynumber: 14.4 Consensus size: 352
16979560 AAATAGTTTA
* ** * *
16979570 ATTTTTTAAA--TCTT--TTATTAATTTTTGAAATATGAATGGATTTGTATTATTTT-ATTCAAA
1 ATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAGA
* * * * * * * * * * *
16979630 GCAAACTTATATGAACAACAGCATTTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTCAAATA
65 -TAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTATTTTATGA-TAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
* * * * * * *
16979695 GATAATTATTCAAGTAGTCATAATTATTAGAACTAGTT-AGGTAAATAGGA-TTATTTTTTAAA-
127 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCA-ATAAACA-GATTTATTTTTTAAAC
* * * **
16979757 TCT-TTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTAATTCGAATAAGCTAGTATG
189 TCTGCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTT-ATTTGAATAA--TTTTATG
** * ** * *
16979820 AATTGAAAAAATTATTTTATGACAAA-ATAAAAGGT-AGTAACAATTTAAAATAGATAATTGCTC
250 AACAGAAACAATTATTTTATGACAAACA-AAAA-GTCA-TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* ** * * ** *
16979883 ATATAGTTTTAA-TAATTTGAACTGATTCGACAAACAAATTT
312 AAATAGTCATAACT-ATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTT
* * * **
16979924 AATTTTTAAATCTCTTAG-TTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTATTTT-ATTTGG
1 ATTTTTTAAATCTCTT-GCTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAG
* * * * * * * **
16979987 AATAAGCTTATATGAATATAAATAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTTTATTTTCTAAATAAT
64 -ATAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTATTTTATGA-TAAAC-AAAAGGTCA-TAAC--AAT--T
* * * *
16980052 TGATTTAA-AGTATACAATTCTTCAAACAGTCA-AACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAAATTT
120 TGA---AATAG-AT--AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTCAATAAACAGATTT
* * * **
16980115 ATTTTTTAAA-TCT-CTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAATTTAGTATTATTTTATTCCAAATA
178 ATTTTTTAAACTCTGCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATA
* * * * * * * *
16980178 AGCTTGTATGATA-A-AAAAAACTAGTTATATGACCAAACAAAAGGTAACAATGATTTGAAATTG
242 A--TTTTATGA-ACAGAAACAATTA-TTTTATGA-CAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * * * * * *
16980241 ATAATTATTGAAATGGTAATAATTATTTGAACTGATTCGGTAAAGAAATTC
302 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTT
* * * * *
16980292 ACTTTTTAAA--TCAT--TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTACTTTAGTTCAAA
1 ATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAGA
* * * * *
16980353 TAAGTTTGT-TGAACTAAAACAATTGTTTTTATGATAGAAGAAAAGGTCATAACAATTTTAAATA
65 TAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATT-ATTTTATGATA-AACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
* * *
16980417 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTCTTTCGATAAACAAATTTATTTTTTTAAACT
127 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTCAATAAACAGATTTA-TTTTTTAAACT
* * * *
16980482 CTTGCTTATTAATTTTCAAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTAGATAAGCTTTTATAA
190 C-TGCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGA-ATAA--TTTTATGA
* * * **
16980547 ACTA-AAACAATTTTTTTAT-ATCAAAACAAAAAGTCATAATGATTTTAAATAAATAATCATTCA
251 AC-AGAAACAATTATTTTATGA-C-AAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * *
16980610 AATAATCATAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACAGATTT
313 AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTT
* * *
16980650 ATTTTTTAAA--T-TT-CTTATTAATTCTT-AAAATTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GA
1 ATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAG-
** * * * * **
16980709 ATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAACAAAAGATAATAATGATTTGAAATAG
64 ATAAGCTTGTATG-AAAAAAACAATTATTTTATGATAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG
* * * ** **
16980774 ATAGTTGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAACTAATTCAATAAATTGATTTATTTTTTAAATCTT
128 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAA-C-T
* * * * * * *
16980839 TTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTTTTATTTTATTTGGATAAGATTTTATGAAC
190 CTGCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAT-A-ATTTTATGAAC
** *
16980904 TA-AAACAATTATTTTATGACAAA-ATAAATTCTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAA
253 -AGAAACAATTATTTTATGACAAACA-AAA-AGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
** * *
16980967 TAGTCATAACTATTTGAACTTATTAGGTAAATAGATTT
315 TAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTT
* * * ** *
16981005 CTTTTTTCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAACATTATTTT-ATTCTG
1 ATTTTTT-AAATCTCTTGCTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAG
* * ** *
16981069 AATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTGTATGACTAAACAAAAGGTCA-AAGTGATTTAAAA
64 -ATAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTATTTTATGA-TAAACAAAAGGTCATAA-CAATTTGAAA
* * * * * **
16981133 TAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTTGTTCCACAAACTCATTTATTTTTTAAA-
125 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAAC
* * ** *
16981197 TCT-C--ATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTAAAATAAACTTATATGA
189 TCTGCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTGAAT-AA-TTTTATGA
** * * * * * * *
16981259 TTAGAAACAATTATTTTTTGAGAAA-ATAAAGATCTTAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAA
251 ACAGAAACAATTATTTTATGACAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* *
16981323 TAGTCATACCTATTTGAACTGGTTTGGAAAACA-ACTTT
315 TAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGA-TTT
* * * * *
16981361 AGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAA-TTTTGAAATATTAAAAAAATAATATTATTTT-ATTCCAA
1 ATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-CAG
* * * ** * *
16981424 ATAAGTTTTTTTGAACTAAACTAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAACTTT-AAAT
64 ATAAGCTTGTATGAAAAAAAC-AATTATTTTATGA-TAAACAAAAGGTCATAACAA-TTTGAAAT
*
16981488 AGATAATTGTTCAAATTGTCA-AATCTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAAA
126 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAA-TTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTT-AAA
* * *
16981552 TCTCTTGCTCATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGATTGTA
188 -CTC-TGCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAT-A-ATTTTA
* * * * * * * *
16981617 TGAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
248 TGAACAGAAACAATTATTTTATGAC-AAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * ** * *
16981682 TAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTGGTCGACACATGT
312 AAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTT
* * * * *
16981723 ATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGAATATTATTGAATTAGTATTATTTTAATCCAGAT
1 ATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAGAT
* *
16981788 AAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTATTTTATGATAAA-ATAAAGATCATAACAATTTGAGATAGA
66 AAGCTTGTATGAAAA-AAACAATTATTTTATGATAAACA-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA
* ** *
16981852 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAGTTGTTTCGGTAAACAGATTTAGTTTTTAAAC-CT-
129 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG-TTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAACTCTG
* * *
16981915 CTTATTAATTTTTAAAATATTGATAGATCAGTATTATTTTATTCTGAATAATTTTGCATGAACAG
193 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAATTTT--ATGAACAG
* * * * *
16981980 AAACAATTGTTTTATGACAAATCAAAAAGCCATAACGACTTCAAATAGATAATTGTTCAAAT-GA
255 AAACAATTATTTTATGACAAA-CAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-
* * *** *
16982044 ACATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTT
318 TCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTT
* * * * * * * **
16982079 ATATTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAAAATTAATAAAATAATATTATTTT-ATTTTGA
1 ATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAG-
* ** * * * * ** *
16982143 ATAAACTTGTATGATGCAAAATAATTGA-GTTATGACAAA-ATGAAAGATCATAACTGTTTAAAA
64 ATAAGCTTGTATGA-AAAAAACAATT-ATTTTATGATAAACA--AAAGGTCATAACAATTTGAAA
* * * * * * * *
16982206 TAAATAATTGTTCAAACAGTCACAA-TGATATAAACTTGCTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAA
125 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAA-TTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTT-AA
* * * ** * * * * *
16982270 ATTTTTACTTATTAATTTTTGTAATATTAATAAAATAGAATTATTTTTTTTTAAT-ATGCTTGTG
187 A-CTCTGCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAT--TT-TA
** * *
16982334 TGAACATG-AACAATTGGTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGT
248 TGAACA-GAAACAATTATTTTATGAC-AAACAAAAAGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGT
* *
16982397 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT-GTTTAG-AAA-ACA--T
310 TCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTTTGGTAAACAGATTT
* * * * * * *
16982436 A--TTTTAAAT-TTTTACTTATTATTTTTTACAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAA
1 ATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAATTCAG
** * * * ** **
16982497 ATAAGCTTGTATGAACGTAAATAAATATTTTATGACAAAACAAAAAATCATAATGATTTGAAATA
64 ATAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTATTTTATGA-TAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
* * * * *
16982562 GATAATTTTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTTG-TCTAGTAAACAGATTCATATTTTAAATC
127 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTC-AATAAACAGATTTATTTTTTAAA-C
* * * ** * ** * * *
16982626 TTTTACTTATTAGTTTTTGGAATATTAATAAATCAGTATGGTTTTGTTTCGAATAAGCCTATATG
189 -TCTGCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAA--TTTTATG
* * * * * * * *
16982691 AGCTA-ATACAGTTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTA
250 AAC-AGAAACAATTATTTTATGA-CAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * * ** *
16982755 AATAGTTATGA-GATCTGAAATAGATAATTATTCAAATA-ATTAT
313 AATAGTCATAACTATTTGAACT-GGT--TTGGT-AAACAGATT-T
* * * * * * * * * * *
16982798 GACTATTTGAA-CT-TGTTCGGTA-AACATATTT--ATTTTGATAATCTGTTACTTATTAATTGT
1 -ATTTTTTAAATCTCT-TGC-TTATTA-ATTTTTGAATATTAATAA---ATTA-GTATT-ATT-T
* * * * * ** ** ** * *
16982858 CAAAATATTAG-TAA-ATTAATATTATTTTAATCCAAAGGTGCTTGTATGA-ACAAAAACAATTG
56 --TAAT-TCAGATAAGCTT-GTATGA--AAAAAAC-AA--TTATTTTATGATA-AACAA-AA--G
* * * *** * * * * * * **
16982920 TTTTATGACAA-AACAAAAAGTTATAA-CGATTTGAAATA--AATAATTA-TTCAAAAG-TC-AT
108 -GTCATAACAATTTGAAATAG--ATAATTG--TTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTCAAT
* * * ** * **
16982978 -AAC-TATTTGAACTTTTTTGGTAAATTAATTTATTTTTTAAATCTTTT-ACTTATTAATTGTCC
168 AAACAGATTT--A--TTTTT--T-AA--ACTCTGCTTATT-AAT-TTTTAAAATATTAA---T--
* * * *
16983040 AAATATTAATAAATT-TGTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTT
217 -AA-ATTAGT--ATTAT-T-TTA-TTT----G-AATAA--TTTTATGAACAGAAACAATTATTTT
* * * ** * *
16983104 ATGATAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTAAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
268 ATGA-CAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * *
16983169 ACTTGTTCGATAAACAGATTA
332 ACTGGTTTGGTAAACAGATTT
* * * * ** ** * **
16983190 AGTTTTTACATCACTTACTTATTGAATTTGGGAATATTAATAAATTAAAATTATGTT-ATTTGGA
1 ATTTTTTAAATCTCTTGCTTATT-AATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAG-
* * * * * * * * * * **
16983254 ATCAGCTTGTATGAATAGAAAGAGTTGTTTTGTGACAAAATAAAAGATTATAATTATTTGAAATA
64 ATAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTATTTTATGA-TAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
* * * * * *
16983319 GATAATTGTTCAAATAGTTATAACATATTT--ACTGGTCAGGCT-AAC-GAATTCTTTTTCTAAA
127 GATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-TATTTGAATTGTTCA--ATAAACAGATTTATTTTT-TAAA
* * * * * * ** **
16983380 -TCTGTTACTTATTAAATTTTAGAATATTACTGAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGATTGC
188 CTCTG---CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAT-A-ATTTT
** * * ** * ** * *
16983444 ACT-AGTAGAAACAATTGTTTGATGACAAAACAAATGGTCACAACAACTTGAAATAAATAATTGT
247 A-TGAACAGAAACAATTATTTTATGAC-AAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * *
16983508 TCAAATTGTTATAACTAATTGAACTAGATTGGTAAACAAATTT
310 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTT
* * **
16983551 ATTTATTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTCA-TATTATTTT-ATTTTG
1 ATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTAATTCAG
* * * * * * **
16983610 AACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATTGCA-AAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAA
64 -ATAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTATTTTA-TG-ATAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* * * * * ** **
16983674 TAGATAATTCTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAAATGGTTTAGCAAACTCATTTATTTTTTAAAT
125 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AATTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAA-
* * * * * * * * * *
16983739 CTCTTACTTACTAATTCTTGAAATATTATTACATTAGTGTTATTTTAATTCATATAAGCTTGTAT
188 CTC-TGCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGA-ATAA--TTTTAT
* * * *
16983804 GAAAAGAAACAATT-TTTTAATGATCAAATAAAGA-TCATAATGATTTG-AGTAGATAATTGTTC
249 GAACAGAAACAATTATTTT-ATGA-CAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * ** *
16983866 AAATAATCATAACTATTTAAACTAGTTCAGTAAACAAATTT
312 AAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTT
* ** * * *
16983907 AGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATATATCAGTATTATTTT-ATTCTAA
1 ATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTC-AG
** * * * * * * * * *
16983967 ATAATTTTGCATGAACATAAACGATTGTTTTATAACAAAACAAAATGTCATAACGATTTCAAATA
64 ATAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTATTTTATGA-TAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
* * * * * * ** *
16984032 GGTAATTATTCAAATGGACATGACTTTTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCT
127 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAA-CT
* * * *
16984097 CCTAGC-TATTTATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATG
190 -CT-GCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAT-AA-TTTTATG
* * * *
16984161 AATC-GAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATA-TCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTATT
250 AA-CAGAAACAATTATTTTATGAC-AAACAAAA-AGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * *
16984223 CAAATAGTCATAA-TGATATGAACTTGCTTAGTAAATAGATTT
311 CAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTT
* * * * * *
16984265 ATTTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTAGTACTTTATTTCAA
1 A-TTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAG
** * * * *
16984329 ATATA-CTTGTAT-AAATAGAAACAATTGGTTTAAGACAAAACAAAAGGTCATATCTATTTGACA
64 ATA-AGCTTGTATGAAA-A-AAACAATTATTTTATGA-TAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA-A
* * * *
16984392 A-AGATAATTG-T----T--T-A-AAC-----G---TGTTCAAAAAATAAATTTATTTTGTAAAT
124 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAA-
* * * ** * * *
16984439 TTTTACTTATTAATTTTTGCAATATTAATAATTTTA-TATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTAT
188 CTCTGCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATT-TGAATAA--TTTTAT
* * * * * * *
16984503 GAACAAAAACAATTATTTTATGGCTAATCAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAGTTGTTCA
249 GAACAGAAACAATTATTTTATGAC-AAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * *
16984568 AATAGTCATAACCATCTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTT
313 AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTT
* * * * * *
16984608 ATATTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAGTTGGTATTATTTTATTTC-GA
1 ATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAG-
* * * * * * *
16984672 ATAAGCCTATATGAACTAATACAATTGTTTTATGGAGAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
64 ATAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTATTTTAT-GATAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
* * *
16984737 TATAATTATTTAAATAGT
127 GATAATTGTTCAAATAGT
16984755 TATGAGATTT
Statistics
Matches: 3672, Mismatches: 851, Indels: 620
0.71 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
342 18 0.00
343 220 0.06
344 33 0.01
348 2 0.00
350 1 0.00
353 37 0.01
354 333 0.09
355 237 0.06
356 629 0.17
357 288 0.08
358 399 0.11
359 55 0.01
360 41 0.01
361 361 0.10
362 335 0.09
363 52 0.01
364 57 0.02
365 16 0.00
366 14 0.00
367 28 0.01
368 149 0.04
369 30 0.01
370 4 0.00
371 9 0.00
372 6 0.00
373 7 0.00
374 8 0.00
375 14 0.00
376 14 0.00
377 22 0.01
378 16 0.00
379 32 0.01
380 25 0.01
381 7 0.00
382 9 0.00
383 12 0.00
384 5 0.00
385 3 0.00
386 8 0.00
387 6 0.00
388 2 0.00
389 5 0.00
390 5 0.00
391 14 0.00
392 10 0.00
393 7 0.00
394 10 0.00
395 70 0.02
396 7 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (352 bp):
ATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAGAT
AAGCTTGTATGAAAAAAACAATTATTTTATGATAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATA
ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAACTCTGCTT
ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAATTTTATGAACAGAAACAA
TTATTTTATGACAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
ATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTT
Found at i:16982759 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 16982727--16982782 Score: 53
Period size: 17 Copynumber: 3.3 Consensus size: 17
16982717 ACAAAAGGTC
16982727 ATAATGATTTGAAATAG
1 ATAATGATTTGAAATAG
*
16982744 ATAATTATTT-AAATAG
1 ATAATGATTTGAAATAG
* *
16982760 -TTATGAGATCTGAAATAG
1 ATAAT--GATTTGAAATAG
16982778 ATAAT
1 ATAAT
16982783 TATTCAAATA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 5, Indels: 6
0.73 0.12 0.15
Matches are distributed among these distances:
15 3 0.10
16 6 0.20
17 12 0.40
18 6 0.20
19 3 0.10
ACGTcount: A:0.46, C:0.02, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (17 bp):
ATAATGATTTGAAATAG
Found at i:16983083 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 16982770--16984754 Score: 1339
Period size: 181 Copynumber: 11.1 Consensus size: 180
16982760 TTATGAGATC
* * * * *
16982770 TGAAATAGATAATTATTCAAATAATTATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTA-TTTT
1 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACA-ATTTATTTTT
* * * ** * * * ***
16982834 GATAATCTGTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAGTAAATTAATATTATTTTAATCCAAAGGTGC
65 TA-AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGC
* *
16982899 TTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACGATT
129 TTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* * * *
16982951 TGAAATAAATAATTATTCAAA-AGTCATAACTATTTGAACTTTTTTGGTAAATTAATTTATTTTT
1 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAA-CAATTTATTTTT
* * ** * *
16983015 TAAATCTTTTACTTATTAATTGTCCAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATTGAAATAAGCT
65 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCT
* * * * *
16983080 TGTATGAATAGAAAA-AATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAGCGATT
130 TGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* * * * * *
16983131 TAAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTAAGTTTT
1 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACA-ATTTATTTTT
* * * * ** * * ** *
16983196 TACATCACTTACTTATTGAA-TTTGGGAATATTAATAAATTAAAATTATGTTATTTGGAATCAGC
65 TAAATCTCTTACTTATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGC
* * * * * * * * **
16983260 TTGTATGAATAGAAAGAGTTGTTTTGTGACAAAATAAAAGATTATAATTATT
129 TTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* * **
16983312 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACATATTT--ACTGGTCAGGCT-AACGAATTCT-TT
1 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-TATTTGAACTTGTTTGG-TAAAC-AATT-TATT
* * * * * * *
16983373 TTCTAAATCTGTTACTTATTAAATTTT-AGAATATTACTGAATTAGCATTACTTT-ATTCCAAAT
62 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-CAAAT
* * ** * * * * * *
16983436 AAGATTGCACT-AGTAGAAACAATTGTTTGATGACAAAACAAATGGTCACAACAACT
125 AAGCTTGTA-TGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* * * * * * *
16983492 TGAAATAAATAATTGTTCAAATTGTTATAACTAATTGAACTAGATTGGTAAACAAATTTATTTAT
1 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC-AATTTATTTTT
* * ** * *
16983557 TAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTCA-TATTATTTTATTTTGAACAAAC
65 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTAATTCAAATAAGC
* * * *
16983617 TTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATTG-CAAAACAAAAGGTCAAAATGATT
129 TTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* * * * * * * *
16983669 TGAAATAGATAATTCTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAAATGGTTTAGCAAACTCATTTATTTTT
1 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC-AATTTATTTTT
* * * * * *
16983734 TAAATCTCTTACTTACTAATTCTTGAAATATTATTACATTAGTGTTATTTTAATTCATATAAGCT
65 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCT
* * *
16983799 TGTATGAA-AAGAAACAATT-TTTTAATGATC-AAA-TAAAGATCATAATGATT
130 TGTATGAACAA-AAACAATTGTTTT-ATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* * * * ** *
16983849 TG-AGTAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTAGTTCAGTAAACAAATTTAGTTTT
1 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC-AATTTATTTTT
** * * **
16983913 TAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATATATCAGTATTATTTT-ATTCTAAATAATT
65 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTC-AAATAAGC
* * * * *
16983973 TTGCATGAACATAAACGATTGTTTTATAACAAAACAAAATGTCATAACGATT
129 TTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* * * * * * * *
16984025 TCAAATAGGTAATTATTCAAATGGACATGACTTTTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTATTTTT
1 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACA-ATTTATTTTT
* * * * ** *
16984090 TAAATCTCCTAGC-TATTTATTTTT-AGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAA
65 TAAATCTCTTA-CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAG
* * * ** *
16984153 CTTATATGAATC-GAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAACTATT
128 CTTGTATGAA-CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* * * * * *
16984206 TGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAA-TGATATGAACTTGCTTAGTAAATAGATTTATTTT
1 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTTGGTAAACA-ATTTA-TTT
* * * * *
16984270 TTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTAGTACTTTATTTCAAATATA
63 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATA-A
* * * * * * *
16984334 -CTTGTATAAATAGAAACAATTGGTTTAAGACAAAACAAAAGGTCATATCTATT
127 GCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* ** * * * * ** *
16984387 TGACAA-AGATAATTGTTTAAACGT-GTTCA-AA--AAATAAATTTATTTTGTAAA-TTTTTACT
1 TGA-AATAGATAATTGTTCAAA--TAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAATTTATT
* ** * *
16984446 TATT-AA--T-TT--TT-GCAA-TATT--AA---TAAT--TTTA-TATTATTTT-ATTCAGAATA
62 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCA-AATA
* * * *
16984494 AGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGGCTAATCAAAAGGTCATAACGATT
126 AGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* * * * * *
16984549 TGAAATAAATAGTTGTTCAAATAGTCATAACCATCTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATATTT
1 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACA-ATTTATTTTT
* * * * * * *
16984614 TAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAGTTGGTATTATTTTATTTCGAATAAGCC
65 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCT
* * * *
16984679 TATATGAACTAATACAATTGTTTTATGGA-GAAACAAAAGGTCATAACGATT
130 TGTATGAACAAAAACAATTGTTTTAT-GACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* * *
16984730 TGAAATATATAATTATTTAAATAGT
1 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
16984755 TATGAGATTT
Statistics
Matches: 1394, Mismatches: 325, Indels: 170
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
160 4 0.00
161 10 0.01
162 68 0.05
163 16 0.01
165 11 0.01
166 2 0.00
168 3 0.00
169 2 0.00
170 3 0.00
171 3 0.00
172 4 0.00
173 3 0.00
174 7 0.01
175 61 0.04
176 24 0.02
177 180 0.13
178 15 0.01
179 66 0.05
180 314 0.23
181 562 0.40
182 32 0.02
183 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAATTTATTTTTT
AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTT
GTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
Found at i:16984539 original size:162 final size:163
Alignment explanation
Indices: 16984255--16984551 Score: 386
Period size: 162 Copynumber: 1.8 Consensus size: 163
16984245 CTTGCTTAGT
* * *
16984255 AAATAGATTTATTTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTAGTACT
1 AAATAAATTTATTTTTGTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGCAATATTAATAAATTAGTAGTACT
* * * * *
16984320 TTATTTCAAATATACTTGTATAAATAGAAACAATTGGTTTAAGACAAAACAAAAGGTCATATCTA
66 TTATTTCAAATATACTTGTATAAACAAAAACAATTAGTTTAAGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
16984385 TTTGACAAAGATAATTGTTTAAACGTGTTCAAA
131 TTTGACAAAGATAATTGTTTAAACGTGTTCAAA
* * *
16984418 AAATAAATTTA-TTTTGTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGCAATATTAATAATTTTA-TATTAT
1 AAATAAATTTATTTTTGTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGCAATATTAATAA-ATTAGTAGTAC
* * * * * *
16984481 TTTA-TTCAGAATA-AGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGGCTAATCAAAAGGTCATAA
65 TTTATTTCA-AATATA-CTTGTATAAACAAAAACAATTAGTTTAAGACAAAACAAAAGGTCATAA
16984544 CGATTTGA
128 CGATTTGA
16984552 AATAAATAGT
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 17, Indels: 7
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
161 5 0.04
162 96 0.84
163 13 0.11
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (163 bp):
AAATAAATTTATTTTTGTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGCAATATTAATAAATTAGTAGTACT
TTATTTCAAATATACTTGTATAAACAAAAACAATTAGTTTAAGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
TTTGACAAAGATAATTGTTTAAACGTGTTCAAA
Found at i:16984769 original size:34 final size:35
Alignment explanation
Indices: 16984724--16984802 Score: 124
Period size: 34 Copynumber: 2.3 Consensus size: 35
16984714 AAAGGTCATA
* *
16984724 ACGATTTGAAATATATAATTATTTAAATAGTTATG
1 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATG
16984759 A-GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATG
1 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATG
*
16984793 ACTATTTGAA
1 ACGATTTGAA
16984803 CTTGTTCTAT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 3, Indels: 2
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
34 32 0.80
35 8 0.20
ACGTcount: A:0.43, C:0.04, G:0.13, T:0.41
Consensus pattern (35 bp):
ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATG
Found at i:16984920 original size:215 final size:214
Alignment explanation
Indices: 16984545--16984960 Score: 487
Period size: 215 Copynumber: 1.9 Consensus size: 214
16984535 AGGTCATAAC
* * * *
16984545 GATTTGAAATAAATAGTTGTTCAAATAGTCATAACCATCTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTAT
1 GATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACCATCTGAACTTGTTCGATAAACAGACTTAT
* * * ** * *
16984610 ATTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAGTTGGTATTATTTTATTTCGAATA
66 ATTTAAAATCTCTTACTCATTAATTGTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATA
* * * * * *
16984675 AGCCTATATGAACTAATACAATTGTTTTATGGA-GAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATATA
131 AGCCTATATGAACAAAAACAATTATTTTAT-GACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTG-AATAAA
16984739 TAATTATTTAAATAGTTATGA
194 TAATTATTTAAATAGTTATGA
* * * * * * *
16984760 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTCTATAAACATACTTAT
1 GATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACCATCTGAACTTGTTCGATAAACAGACTTAT
* * *
16984825 -TTTAAAAATCTTTTATTTATTAATTGTT-GAACTATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAA
66 ATTT-AAAATCTCTTACTCATTAATTGTTGGAA-TATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAA
* * * * *
16984888 TAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAAGTCCTAATGATTTGAATAAA
129 TAAGCCTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAATAAA
16984953 TAATTATT
194 TAATTATT
16984961 CAAGTAGTCA
Statistics
Matches: 166, Mismatches: 32, Indels: 7
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
214 21 0.13
215 145 0.87
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (214 bp):
GATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACCATCTGAACTTGTTCGATAAACAGACTTAT
ATTTAAAATCTCTTACTCATTAATTGTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATA
AGCCTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAATAAATA
ATTATTTAAATAGTTATGA
Found at i:16985079 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 16984760--16985177 Score: 461
Period size: 180 Copynumber: 2.3 Consensus size: 181
16984750 ATAGTTATGA
* * * ** * *
16984760 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTCTATAAACATACTTAT
1 GATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTACTCGATAAACAGACTTAT
* *
16984825 TTTAAAAATCTTTTATTTATTAATTGTTGAACTATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATA
66 TTTAAAAATCTTTTATTTATTAATTGTTGAACTACTAATAAATTAATATTAGTTTAATTCAAATA
*
16984890 AGCTTGTATGAACA-AAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAAGTCCTAAT
131 AGCTTGTATGAACAGAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCCTAAT
* * * * *
16984941 GATTTG-AATAAATAATTATTCAAGTAGTCATAATTATTTGAACTTACTCGGTAAATAGATTTAT
1 GATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTACTCGATAAACAGACTTAT
** * ** *
16985005 TTTTTAAATCTTTTACTTT-TTAGTTGTCTGAA-TACTAATAAATTTGTATTAGTTTAATTGAAA
66 TTTAAAAATCTTTTA-TTTATTAATTGT-TGAACTACTAATAAATTAATATTAGTTTAATTCAAA
* * * *
16985068 TGAGGTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT--TATAT
129 TAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCCTA-AT
* ** * * * *
16985120 CAATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTTGATAAAC
1 -GATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTACTCGATAAAC
16985178 TGATTAAGTA
Statistics
Matches: 195, Mismatches: 36, Indels: 12
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
178 2 0.01
179 2 0.01
180 134 0.69
181 57 0.29
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
GATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTACTCGATAAACAGACTTAT
TTTAAAAATCTTTTATTTATTAATTGTTGAACTACTAATAAATTAATATTAGTTTAATTCAAATA
AGCTTGTATGAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCCTAAT
Found at i:16985260 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 16984761--16985524 Score: 475
Period size: 181 Copynumber: 4.2 Consensus size: 181
16984751 TAGTTATGAG
* * * * * * * *
16984761 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTCTA-TAAACATACTTA-
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAG-TCAAGCAAACAGA-TTAG
* ** ** * * *
16984824 TTTTAAAAATCTTTTATTTATTAATTGTT-GAACTATTAATAAATTA-ATATTATTTTAATT-CA
64 TATTCTAAATCCATTACTTATTAATTTTTAGAA-TATTAATAAATTAGA-ATTACTTT-ATTCCA
* * * * * **
16984886 AATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAAGTCCTAATG
126 AATAAGATTGTATGAATAGAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * * * * * *
16984942 ATTTG-AATAAATAATTATTCAAGTAGTCATAATTATTTGAACTTACTC-GGTAAATAGATTTA-
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TAGTCAAGCAAACAGA-TTAG
* * ** * * * * * * * *
16985004 TTTTTTAAATCTTTTACTTTTTAGTTGTCT-GAATACTAATAAATTTGTATTAGTTTAATT-GAA
64 TATTCTAAATCCATTACTTATTAATT-TTTAGAATATTAATAAATTAGAATTACTTT-ATTCCAA
* * * *
16985067 ATGAGGTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATATCA
127 ATAAGATTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * ** * *
16985122 ATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTTGA-TAAACTGATTAAG
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TAGTCAAGCAAACAGATT-AG
* * *
16985186 TATT-TAAATCTC-TTACTTATTGATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTA-TGTTATTCTAA
64 TATTCTAAATC-CATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTACT-TTATTCCAA
* * *** * * * *
16985248 ATCCA-CTTGTATGAGCGGAAATAATTGTTTTGTGATAAAACAAAAGGTCATAACA
127 AT-AAGATTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * * **
16985303 ATTTGAAATAGATACA-TGTTCAAACAATTC-TAACTATTTATACTGGTCAAGCCAACAGATTCT
1 ATTTGAAATAGATA-ATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTAAACTAGTCAAGCAAACAGATTAG
* *
16985366 TTTTCTAAATCCATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAAT
64 TATTCTAAATCCATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTACTTTATTCCAAAT
* * * * *
16985431 AAGATTGTATTAATAGAAACAACTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACT
129 AAGATTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * * *
16985484 ACTTGAAATAAATAATTGTTCAAGTTGTTATAACTAATTAA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAA
16985525 TTTTTAAATT
Statistics
Matches: 455, Mismatches: 105, Indels: 46
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
180 151 0.33
181 295 0.65
182 9 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTCAAGCAAACAGATTAGTA
TTCTAAATCCATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTACTTTATTCCAAATAA
GATTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
Found at i:16986668 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 16986207--16989286 Score: 1804
Period size: 181 Copynumber: 17.2 Consensus size: 181
16986197 TGACAAACTG
* * *
16986207 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAACTTT-ATATAGATAATTGTTCAAATAA
1 AAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * *
16986271 T-AAAATCTATTTGAA--GTTGTTCGATAAATAAATTTACTTTTTTAAATTTCTTGCTCATTAAT
64 TCATAAT-TATTTGAACTGAT-TTAG-TAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
** * *
16986333 TTTTTTAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTA-TCTTGAATAAGCTTGTATGATAAA
126 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-TGAATAAGCTTGTATGATAAA
* ** * * * *
16986389 AAATAATCATTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGGCC
1 AAACAATTGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * *
16986454 ATATTTATTTTAACTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTGG
66 ATAATTATTTGAACTGATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * *
16986519 AAATATTAGTCAATTAGTATTGTTTTATTCTGAATAAGCTTGAATGATAAA
131 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGATAAA
* * * * * * * * *
16986570 AAACATTTGTTATATAACCAAATAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTAAAATGGC
1 AAACAATTGTT-TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * *
16986635 CATAATTATTTGAAATGATTTAATAAACAAATTTA-CTTTTTAAA--TC--AATTATTAATTTTT
65 CATAATTATTTGAACTGATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * **
16986695 GAAATATTAAAAAATT-GTATTATTTTATT-TCAAACAAGCTTATATGA-ATTG
130 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGATA-AA
** * ** * *** * **
16986746 AAATGAGTGCTTTATGACAAAATGAAAGGTCAAAATGGTTTGAAATAGGTAATTGTTCATGTAGT
1 AAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
** * * * * * ** * **
16986811 TTTAATTGTTTTAACT-ATTTCAGCAAATATATTTA-TGCTTTAAATCTCTTAGTTGCTAATTTT
65 CATAATTATTTGAACTGATTT-AGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * **
16986874 CGTAATATTATTAAATTAGTATTATTTAATTCTGAACAAGCTTGTATGA-ACTG
129 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGATA-AA
* * *** * * *
16986927 AGACAAATAT-TTTATAATGGAACAAAAGCTTATAACAATTTGAAATAGGA-AATTATTCAAATA
1 AAAC-AAT-TGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA-GATAATTGTTCAAATA
* ** * *
16986990 ---A-GA--A-TTG----G-TTCGGTAAACATATTTATTTTTTTAAATCT-TCTACTTATTAGTT
63 GTCATAATTATTTGAACTGATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATT
** **
16987042 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGATGCA
127 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGATAAA
* * * ** * * *
16987097 AAACAATTGTTTTATGATAAAAAAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGC
1 AAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
16987162 CATAATTATTTGAATTGATTTGGTAAACATATTT-TCTTTTTAAA--TC--ACTTATCAATTTTT
65 CATAATTATTTGAACTGATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * ****
16987222 GGAATATTAATAAACTATTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGAGCTG
130 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGATAAA
* * * *
16987274 AAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATATACAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * *
16987339 CGTAACTT-TTTAAATTTG-TTTAGAAAACATATTAATTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTT
65 CATAA-TTATTTGAA-CTGATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* **
16987402 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTTTATGA-ACTG
128 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGATA-AA
* * *
16987456 AAACAATTGTTTAATGACACAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATATG-TAATTGTTCAAATAG
1 AAACAATTGTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA-GATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * * *
16987520 TCATAACTATTTGAGCTTATTTGGTAAACACATTTATTTTTTCAAATCTCTTTCTCATTAACTTT
64 TCATAATTATTTGAACTGATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * **
16987585 TCAAATGTTAATATATCAAG-ATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGATATG
129 TGAAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGATAAA
* * * * * * * * *
16987638 AAAGAAATATTTAATGAC-TAA-AAAAGGTCTTTACGATTTGAAATAGAT-ATTATTCTAATAGT
1 AAACAATTGTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
** * *** * *
16987700 TTTAACTA-TTGAACT-AGTTTAACCAACACATTTATTTTTTTAAATCTCGTACTTATTAATTTT
65 CATAATTATTTGAACTGA-TTTAGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * *
16987763 TAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGATAAAAA
129 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAT--AAA
* * * * *
16987818 AAACAATCAT-TTTAT-A-AGAAA-AAATGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATG
1 AAACAAT--TGTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * *
16987879 GCCATAATTATTTTAACTGA-TTAGGTAAACAAATTTA-CTTTTTAAATCTCTTATTTATCAATT
63 GTCATAATTATTTGAACTGATTTA-GTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * *
16987942 TTAGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATT-TCGTATAATCTTGTAT--TAACTA
127 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGATAA--A
* * *
16987997 AAACAATTACTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGACAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATT-GTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
16988062 AATAATTATTTGAACTTG-TTT-GATAAATAGATTCATTTTTTT-AATCTCTTTCTTGTTAATTT
65 CATAATTATTTGAAC-TGATTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * **
16988124 TTCAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCATGTATGA-ACTG
128 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGATA-AA
* * * * * * *
16988178 AAACAATTGTTTTATGACTAAA-AAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATACT
1 AAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* ** * * ** *
16988242 CTTAACCATATGAACAG-TTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTT-AA--TC-T-CTTATTAATTTTC
65 CATAATTATTTGAACTGATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * ** * *
16988300 AAAATATTATTAAGTTTGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTTTA-CA-AACA
130 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGATAA-A
* * * * ** *
16988351 AAAAAATTGTTTTATGAC--AACAAAAGGTCATGACGATTTGAAATTGATAATCATTTAAATAGT
1 AAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * ** * * * ** *
16988414 CTTAACTATTTAAACT-AGTTAGGCAATTAGATTTA-TTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTT
65 CATAATTATTTGAACTGATTTA-GTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
** * ** * * ** * *
16988477 CAAAATATTATTATTTTAATATTATTTTATT-TCAAATAAAATAGTATGATCAA
129 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGATAAA
* * * * * *** *
16988530 AACCAATTATTTGATGATAAAACAAAATGTTATAATGCTTTGAAATAGATAATTATTACAAATAG
1 AAACAATTGTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-CAAATAG
* * * * * * *
16988595 TCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGT-AAC-AATTTA-CTTTTTAAATCGCTTA-TTGATTAATTT
64 TCATAATTATTTGAACTGATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTT
* * * * * *
16988656 TCT-AAGTATCAATAAATTAGTATTACTTTATT-TCGAACAAACTTATATGA-ACAA
128 T-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGATA-AA
* * * * * * *
16988710 AAATAATCGTTTTATGATAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAGTTATTCAAATAGT
1 AAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
16988775 TATAATTATTTAAACT-AGTTCT-GTAAATAAAATTA--TTTTCAAATCTCTTACTTA-TAAATT
65 CATAATTATTTGAACTGA-TT-TAGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * ***
16988835 TTGAAATATTAACAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAGCTA
128 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGATAAA
* * * * * *
16988889 AAATAATTGTTTACGACAACACAAAAGCTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTC
1 AAACAATTGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * ** * * * * * *
16988954 TTAACTGTTTGAA-TTAGTTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAACCTTTTAGTTATGAATTTTC
66 ATAATTATTTGAACTGA-TTTAGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * *
16989017 AAAATATTATTAAATTAGCATTACTTTATTCTGAATAAACTTGTATGA-ATAG
130 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGATA-AA
* * * * *
16989069 AAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAATGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGT
1 AAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
16989134 CAAAACTATTTAAACT-AGTTT-GATATACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTAC----TAATTC
65 CATAATTATTTGAACTGA-TTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * *
16989192 TTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCATGTATGTTGAA
128 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGATAAA
* * ** * *
16989246 AAATAGTTGTTTGATGACAAAATGAAAGGTAATAACGATTT
1 AAACAATTGTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
16989287 TATTTCAAAT
Statistics
Matches: 2240, Mismatches: 532, Indels: 257
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 17 0.01
170 106 0.05
171 2 0.00
172 47 0.02
173 35 0.02
174 48 0.02
175 7 0.00
176 103 0.05
177 240 0.11
178 224 0.10
179 154 0.07
180 311 0.14
181 563 0.25
182 372 0.17
183 10 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AAACAATTGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
ATAATTATTTGAACTGATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGATAAA
Found at i:16987421 original size:359 final size:359
Alignment explanation
Indices: 16987003--16989286 Score: 1732
Period size: 359 Copynumber: 6.4 Consensus size: 359
16986993 ATTGGTTCGG
* *
16987003 TAAACATATTTATTTTTTTAAATCT-TCTACTTATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
1 TAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* *
16987067 ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGATGCAAAACAATTGTTTTATGATAAAAAAAAAGTTCATAA
65 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATGCAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGTTCATAA
* * * * *
16987132 TGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAATTGATTTGGTAAACATATTT-
130 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAATTGATTTGGTAAACAAATTTA
** * * *
16987196 TCTTTTTAAATCACTTATCAATTTTTGGAATATTAATAAACTATTATTATTTTATTTCGAATAAG
195 T-TTTTTAAATCACTTATCAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAA
* * * * * *
16987261 CTTGTATGAGCTGAAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATATACAA
259 CTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA
* * * *
16987326 TTGTTCAAATAGTCGTAACTTTTTAAATTTGTTTAGA
324 TTATTCAAATAGTCATAACTTTTTAAACTAGTTT-GA
* * *
16987363 -AAACATATTAATTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
16987427 TTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAACTG--AAACAATTGTTTAATGACACAACAAAAGGTCATA
66 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-A-TGCAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGTTCATA
* * * *
16987490 ACGATTTTAAATATG-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAGCTT-ATTTGGTAAACACAT
129 ACGATTTGAAATA-GATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGA-ATTGATTTGGTAAACAAAT
* * * * * * *
16987553 TTATTTTTTCAAATCTCTTTCTCATTAACTTTTCAAATGTTAATATATCAAG-ATTATTTTA-TT
192 TTATTTTTT-AAATCAC--T-T-ATCAATTTTTAAAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTT
* * * * * * * * *
16987616 CTGAATAAACTTGTATGATA-TGAAAGAAATATTTAATGAC-TAA-AAAAGGTCTTTACGATTTG
251 C-GAATAAACTTGTATGA-ACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* ** * * *
16987678 AAATAGAT-ATTATTCTAATAGTTTTAAC-TATTGAACTAGTTTAA
314 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTTTTTAAACTAGTTTGA
** * * * *
16987722 CCAACACATTTATTTTTTTAAATCTCGTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* ** ** * * *
16987787 TTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGATAAAAAAAACAATCATTTTAT-A-AGAAAAAATGGTCATA
66 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAT--GCAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGTTCATA
** * * * * * * *
16987850 ATAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTAGGTAAACAAATTT
129 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAATTGATTTGGTAAACAAATTT
* * * *
16987915 ACTTTTTAAATCTCTTATTTATCAA-TTTTAGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCGT
194 ATTTTTTAAA--TC--ACTTATCAATTTTTA-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA
* * ** *
16987979 ATAATCTTGTATTAACTAAAACAATTACTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATA
254 ATAAACTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
* * * * *
16988044 GACAATTGTTCAAATAGTAATAA-TTATTTGAACTTGTTTGA
319 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTT-TTTAAACTAGTTTGA
* * * * * *
16988085 TAAATAGATTCATTTTTTT-AATCTCTTTCTTGTTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * * * *
16988149 ATTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACTG--AAACAATTGTTTTATGACTAAAAAAAGGTT-AGA
66 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-A-TGCAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGTTCATA
* * * * * ** *
16988211 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATA-CTCTTAACCATATGAACAG-TTCGGTAAACAAATT
129 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGC-CATAACTATTTGAATTGATTTGGTAAACAAATT
* * * * * * * * *
16988274 TATTTTTT-AATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAGTTTGTATTATTTTAATCCAAATAA
193 TATTTTTTAAATCACTTATCAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
* * ** * * * *
16988338 GCTTTTACAAAC-AAAAAAATTGTTTTATGAC--AACAAAAGGTCATGACGATTTGAAATTGATA
258 ACTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATA
* * * * * *
16988400 ATCATTTAAATAGTCTTAACTATTTAAACTAGTTAGG
323 ATTATTCAAATAGTCATAACTTTTTAAACTAGTTTGA
* ** * * ** * ** * ** *
16988437 CAATTAGATTTA-TTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAAAATATTATTATTTTAATATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
** * * * * *
16988501 TTTTATTTCAAATAAAATAGTATGAT-CAAAACCAATTATTTGATGATAAAACAAAATGTT-ATA
66 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATGCAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAAGTTCATA
* * * * * * *
16988564 ATGCTTTGAAATAGATAATTATTACAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGT-AAC-AATT
129 ACGATTTGAAATAGATAATTGTT-CAAATAGCCATAACTATTTGAATTGATTTGGTAAACAAATT
* * * * * *
16988627 TACTTTTTAAATCGCTTATTGATTAATTTTCT-AAGTATCAATAAATTAGTATTACTTTATTTCG
193 TATTTTTTAAATCAC---TT-ATCAATTTT-TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
* * * * * * * *
16988691 AACAAACTTATATGAACAAAAATAATCGTTTTATGATAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAAT
253 AATAAACTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* *
16988756 AGATAGTTATTCAAATAGTTATAA-TTATTTAAACTAGTTCTG-
318 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTT-TTTAAACTAGTT-TGA
* * * * * * *
16988798 TAAATAAAATTA--TTTTCAAATCTCTTACTTA-TAAATTTTGAAATATTAACAAATTAGTTTTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
** * * * * * *
16988860 TTTTATTTTGAATAAACTTGTATGA-GCTAAAATAATTG-TTTACGACAACACAAAAGCTCATAA
66 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATGC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGTTCATAA
* * * * * *
16988923 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTTGAATT-AGTTCGGTAAACAGATTT
130 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAATTGA-TTTGGTAAACAAATTT
* * * * * * *
16988987 ATTTTTTAAACCTTTTAGTTATGAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGCATTACTTTA-TTCTGA
194 ATTTTTTAAA----TCACTTATCAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GA
* * * *
16989051 ATAAACTTGTATGAA-TAGAAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAATGTTATAACAATTTGAAAT
254 ATAAACTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * * *
16989115 AGATAATTGTTCAAATGGTCAAAACTATTTAAACTAGTTTGA
318 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTTTTTAAACTAGTTTGA
* * *
16989157 TATACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTAC----TAATTCTTGAAATATTAATAGATTAGTATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * ** * *
16989217 TTTTATTTCAAATAAGCATGTATGTTGAAAAATAGTTGTTTGATGACAAAATGAAAGGTAATAAC
66 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATGCAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGTTCATAAC
16989282 GATTT
131 GATTT
16989287 TATTTCAAAT
Statistics
Matches: 1502, Mismatches: 344, Indels: 158
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
350 1 0.00
351 10 0.01
352 124 0.08
353 42 0.03
354 40 0.03
355 48 0.03
356 4 0.00
357 88 0.06
358 117 0.08
359 430 0.29
360 246 0.16
361 140 0.09
362 119 0.08
363 34 0.02
364 58 0.04
365 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (359 bp):
TAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATGCAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGTTCATAAC
GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAATTGATTTGGTAAACAAATTTAT
TTTTTAAATCACTTATCAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACT
TGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
ATTCAAATAGTCATAACTTTTTAAACTAGTTTGA
Found at i:16988450 original size:173 final size:176
Alignment explanation
Indices: 16988182--16988515 Score: 394
Period size: 172 Copynumber: 1.9 Consensus size: 176
16988172 GAACTGAAAC
* *
16988182 AATTGTTTTATGACTAAAAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATACTCTTAA
1 AATTGTTTTATGACTAAAAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATCATTCTAATACTCTTAA
* * * *
16988247 CCATATGAACAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAA-TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTA
66 CCATATAAACAGTTAGGCAAACAAATTTATTTTTTAATTCTTGCTTATTAAGTTTCAAAATATTA
*
16988309 TTAAGTTT-GTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTTTACAAACAAAAA
131 TT-AGTTTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTTTACAAACAAAAA
* * *
16988355 AATTGTTTTATGAC-AACAAAAGGTCATG-ACGATTTGAAATTGATAATCATT-TAAATAGTCTT
1 AATTGTTTTATGACTAAAAAAAGGTCA-GAACGATTTGAAATAGATAATCATTCT-AATACTCTT
* * ** * *
16988417 AACTATTTAAACTAGTTAGGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAAAA
64 AACCATATAAAC-AGTTAGGCAAACAAATTTATTTTTTAA--TTCTTGCTTATTAAGTTTCAAAA
* * *
16988482 TATTATTATTTTAATATTATTTTATTTCAAATAA
126 TATTATTAGTTTAATATTATTTTAATCCAAATAA
16988516 AATAGTATGA
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 19, Indels: 13
0.81 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
171 1 0.01
172 48 0.36
173 37 0.28
176 2 0.02
177 5 0.04
178 40 0.30
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (176 bp):
AATTGTTTTATGACTAAAAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATCATTCTAATACTCTTAA
CCATATAAACAGTTAGGCAAACAAATTTATTTTTTAATTCTTGCTTATTAAGTTTCAAAATATTA
TTAGTTTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTTTACAAACAAAAA
Found at i:16990824 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 16990396--16992743 Score: 1715
Period size: 181 Copynumber: 13.1 Consensus size: 178
16990386 GATTATAAGG
* * * * * *
16990396 ATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTT-AA-ATAGGTTCAGTAAACAGATTTA
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA--TTTAGTAAACAGATTTA
* * * * *
16990459 GTTTTTAAATCTCTTA-TTA--ATTTTTAAAATATTAATAAATCAATATTATTTTATTTTGAATA
64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATA
* * * * * * ** * *
16990521 ATTTTGTATGAACAGAAATTATTGTTTTACGATGAAACAAAAGGTTATAACT
128 A-ATTGTATGAATAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * ** * * * *
16990573 ATTTGAAATAGATAAATATTCAAATGGACATGTCTATTTAAACTTTTTTATTAAATAGATTTATT
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAGATTTATT
* * *
16990638 TTTTAAATCTCTTACCTATTAATTTTCAGAATATTCATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAACAA
66 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAA
* *
16990703 ATATGTATGAATAAAAATAATTATTTTATGATAAAACAAATGGTCATAACA
129 AT-TGTATGAATAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * *
16990754 ATTTGGAAATAAATAATTATTCAAACAATCATAACTATTAGAGCTTATTTAGTAAACAGATTTA-
1 ATTT-GAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAGATTTAT
* * * * *
16990818 TTTTTAAATATTTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGACTA
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATA
* * * * * ** * * **
16990883 AGCTTGTCTAAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAATGTCAGAATT
128 A-ATTGTATGAATAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * * * * * *
16990935 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCAAAACTATTTGAA-TGTGTTCAGAAAATATATTTAT
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TATTTAGTAAACAGATTTAT
*
16990999 TTTTTAAAT-T-TGTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAA
65 TTTTTAAATCTCT-TACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTG-AA
* * * * * * * **
16991061 TAAGCTTGTGTGAATAGAAATAATTGTTTT-TAACAAAACAAATGGTCAAAATG
126 TAA-ATTGTATGAATAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * *
16991114 ATTTGAAA-AATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTTTTTCGGTAAACAGATTCA
1 ATTTGAAATAA-ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTT-AGTAAACAGATTTA
* *
16991177 TTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTGTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAAT
64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAAT
* * * * * * * ** * *
16991242 AAGCTTATATGAATTAATACAATTTTTTTTATAATGAAACAAAAAGTCATAACG
127 AA-ATTGTATGAATAAAAATAA-TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * * * * *
16991296 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGGACTTGTTTGGTAAATATATTTATT
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAGATTTATT
* * * * * * * ***
16991361 TTTAAAATATTTTAATTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAA
66 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAA
* * * * **
16991426 GCTTGAATGAA-CAAAA-AA--A--TTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
129 -ATTGTATGAATAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * * * *
16991471 ATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTCAATAAGCAAATTTATT
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAGATTTATT
* * *
16991536 TTTTAAATC-CTTTACTTATTAATTGTTTGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTAGAAGTA
66 TTTTAAATCTC-TTACTTATTAATT-TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAA-TA
* * * * *
16991600 AGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTATTTCATCACAAAACAAAAGGTTATAGCA
128 A-ATTGTATGAATA-AAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * * * *
16991652 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAATAGATTCATT
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAGATTTATT
* * * *
16991717 TTTCAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTAGAATATTAATAAGTTAGAATTATATTATTTTGAATAA
66 TTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAA
* * ** * * * * * *
16991782 GTTTTTATGAGCAGAAACAATTGTTTTGTGAGAAAACAAAAGGTTATAACA
129 -ATTGTATGAATAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * * * * * * * ** * *
16991833 ATTTGAAGTACATGATTGTTCAAACAGTCATAGCTACTTGCAC-TAGTCAGGCCAACAAATTCAT
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTA-GTAAACAGATTTAT
* * *
16991897 TTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTCGAATA
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATA
* * * * * *
16991962 AGACTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGATAAAATAAATGGTCATAATA
128 A-ATTGTATGAATAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * ** *
16992014 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTA-AACTAATTGAACTGGTTTAGTAAATAGATTTATT
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAGATTTATT
* * * * * * *
16992078 TTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTCAAAATACTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTTCAAACA
66 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-AGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTT-GAATA
* * * * * *
16992142 AACTTATTTGAACAAAAA-CATT-TGCTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
128 AA-TTGTATGAATAAAAATAATTAT-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * **
16992193 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TAGTTTGGCAAAC-GAAACTA
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTAGTAAACAG-ATTTA
* ** * *
16992256 TTTTTTAAATCACTTACCGATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTTTGAA
64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA-TTTGAA
* * * * ** *
16992320 TAAGATAGTAAGAACTGAAAA-AATTATTTTACGACAAAACAAAATATCATAACG
126 TAA-ATTGTATGAA-TAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * * * * *
16992374 ATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAGCCTTAACTATTTGAAC-TAGTTCAGCAAACAAATTTAT
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTAGTAAACAGATTTAT
* * * * * *
16992438 ATTTTAAATCTCTTAGTTCTTAATTTTTAGAATATTATTACATTCGTATTATTTTATTTCGAATA
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATA
* * * *
16992503 AGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACA
128 A-ATTGTATGAATAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * *
16992555 ATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTTATAAGTATTTAAAC-TACTTTAGTAAACAAATTTAT
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTAGTAAACAGATTTAT
* *
16992619 TTTTTAAATCTCCTA-TGTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
65 TTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAAT
** * * * * *
16992683 AGGCTTGTATG-ATGACAAACAATTGTTTTATGATAAAA-AAAAGTTCATAACA
127 A-AATTGTATGAAT-AAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
16992735 ATTTGAAAT
1 ATTTGAAAT
16992744 GGATAATTGG
Statistics
Matches: 1729, Mismatches: 375, Indels: 131
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
174 4 0.00
175 129 0.07
177 66 0.04
178 9 0.01
179 146 0.08
180 371 0.21
181 809 0.47
182 186 0.11
183 9 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAGATTTATT
TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAAT
TGTATGAATAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
Found at i:16990999 original size:362 final size:361
Alignment explanation
Indices: 16990396--17000760 Score: 2926
Period size: 362 Copynumber: 28.4 Consensus size: 361
16990386 GATTATAAGG
* * * * *
16990396 ATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTA-AA-TAGGTTCAGTAAACAGATTTA
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAGAACTA--TTTAGTAAACAGATTTA
* * * * *
16990459 GTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATCAATATTATTTTATTTTGAAT
64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
** * ** * * * * *
16990520 AATTTTGTATGAACAGAAATTATTGTTTTACGATGAAACAAAAGGTTATAACTATTTGAAATAGA
129 AAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGA
* * * * ** * * * *
16990585 TAAATATTCAAATGGACATGTCTATTTAAACTTTTTTATTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCT
194 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCT
* *
16990650 TACCTATTAATTTTCAGAATATTCATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAACAAATATGTATGAAT
259 TACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAACAAATATGTATGAAT
* *
16990715 AAAAATAATTATTTTATGATAAAACAAATGGTCATAACA
323 AAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * *
16990754 ATTTGGAAATAAATAATTATTCAAACAATCATAACTA-TTAGAGCTTATTTAGTAAACAGATTTA
1 ATTT-GAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAGAAC-TATTTAGTAAACAGATTTA
* * * * *
16990818 -TTTTTAAATATTTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGACT
64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
* * * * * **
16990882 AAGCTTGTCTAAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAATGTCAGAATTATTTGAAATAGA
129 AAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGA
* * * *
16990947 TAATTGTTCAAATAATCAAAACTATTTGAA-TGTGTTCAGAAAATATATTTATTTTTTAAAT-T-
194 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
** *
16991009 TGTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAA-ATAAGCT-TGTG
258 T-TACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTGAACA-AA--TATGTA
* * * * * **
16991071 TGAATAGAAATAATTGTTTT-TAACAAAACAAATGGTCAAAATG
318 TGAATAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * *
16991114 ATTTGAAA-AATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-GAATTTTTTCGGTAAACAGATTCA
1 ATTTGAAATAA-ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAGAACTATTT-AGTAAACAGATTTA
* * *
16991177 TTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTGT-AGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAA
64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA
* ** * * * * * *
16991241 TAAGCTTATATGAATTAATACAATTTTTTTTATAATGAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATA
128 TAAGCTTGTATGAACAAAAACAA-TTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATA
* * * * ** * * *
16991306 GATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGGACTTGTTTGGTAAATATATTTATTTTTAAAATAT
192 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * * * *
16991371 TTTAATTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-AT--CCAAATAAGCT-TGA
257 CTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAACAAATATG-TATGA
* * **
16991432 ATGAACAAA-AA--A-ATTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
321 AT-AA-AAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * * *
16991471 ATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTA-AACTTATTCAATAAGCAAATTTAT
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAGAAC-TATTTAGTAAACAGATTTAT
* *
16991535 TTTTTAAATC-CTTTACTTATTAATTGTTTG-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTAGAA
65 TTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA
* * * * * * * *
16991597 GTAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTATTTCATCACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAAT
128 -TAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAAT
* * * * *
16991661 AGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAATAGATTCATTTTTCAAATC
191 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC
* * * * * * *
16991726 TCTTACTTATTAAGTTTT-AGAATATTAATAAGTTAGAATTATATTATTTTGAATAAGTTTTTAT
256 TCTTACTTATTAA-TTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAACAAATATGTAT
** * * * * * *
16991790 GAGCAGAAACAATTGTTTTGTGAGAAAACAAAAGGTTATAACA
319 GAATAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * * * * * * * ** * *
16991833 ATTTGAAGTACATGATTGTTCAAACAGTCATAGCTACTT-GCACTAGTCAGGCCAACAAATTCAT
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAGAACTATTTA-GTAAACAGATTTAT
* * *
16991897 TTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTCGAAT
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
* * * * * *
16991961 AAGAC-TGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGATAAAA-TAAATGGTCATAATAATTTGAAATA
129 AAG-CTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAT-GTCATAACAATTTGAAATA
* * * * * *
16992024 AATAATTGTTCAAATAGTTA-AACTAATTGAACTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAATTCT
192 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * * *
16992088 CTTACTCATTAATTTTCAAAATACTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTTCAAACAAACTTAT-T-
257 CTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTT-GAACAAA--TATGTA
* * * *
16992150 TGAACAAAAA-CATT-TGCTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
318 TGAATAAAAATAATTAT-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * **
16992193 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTT-GAACTAGTTTGGCAAAC-GAAACTA
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAGAACTA-TTTAGTAAACAG-ATTTA
* ** * *
16992256 TTTTTTAAATCACTTACCGATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTTTGAA
64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAA
* * * * * * * * *
16992320 TAAGATAGTAAGAACTGAAAA-AATTATTTTACGACAAAACAAAATATCATAACGATTTGAAATA
128 TAAGCTTGTATGAAC-AAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATA
* * * * * * * * * *
16992384 AAGAATTGTTCATATAGCCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACAAATTTATATTTTAAATCT
192 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * * * *
16992449 CTTAGTTCTTAATTTTTAGAATATTATTACATTCGTATTATTTTATTTCGAATAAGCT-TGTATG
257 CTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAACAA-ATATGTATG
* * *
16992513 AATAGAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACA
320 AATAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * *
16992555 ATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTTATAAGTATTTA-AACTACTTTAGTAAACAAATTTAT
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAGAACTA-TTTAGTAAACAGATTTAT
*
16992619 TTTTTAAATCTCCTA-TGTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
65 TTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
* ** * *
16992683 AGGCTTGTATGATGACAAACAATTGTTTTATGATAAAA-AAAA-GTTCATAACAATTTGAAATGG
129 AAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATG-TCATAACAATTTGAAATAG
* * * * * * *
16992746 ATAATTGGTCAAGCT-TTTATGA--A-TTGAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAATGGTCATAA
193 ATAATTGTTCAA-ATAGTCATAACTATTTG-AAC--TTG-TTCA-G-T-AAATAGAT--T--T-A
** ** * ** *
16992807 CAATTTTAAATAGACAATTA-TTGAAATAGTCATCACTATTT--GAACTTGTTTGGTAAACATAT
245 -TTTTTTAAAT---CTCTTACTT---AT--T-A--A-T-TTTCAGAA--T-ATTAATAAA-TTA-
* * * * * * * *
16992869 TTATTTTTTTTAATTTCTTACCTATGAATTTTCTAAATGTTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTT
291 GTA-TTATTTT-A-TT-TGAAC-A--AA-TATGT--ATG--AATAAAAATA--ATTATTTTA-TG
* * ** * *
16992933 CCAATA-AGCATGT-AT--GA
341 ACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * ** * *
16992950 A-TTGAAA-CAATTATT-TT-ATAACTAAACA-AA--ATGTTAGGACGT-TTTA--AAATAGA-T
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCA-AA-TAGTCATAACTAT-TTAGAAC-TATTTAGTAAACAGATT
* * * * ** *** * *
16993004 AATTGTTCTAATAGTCT-TAACTAATTGAATTGGTTTGGCAAATACATTTGTTTTTTAAATCCTT
62 TATT-TTTTAA-A-TCTCTTACTTATT-AATT--TTT-G-AAAT--ATTAATAAATT-AGT-ATT
* * * * *** ** *
16993068 ACTTATTAATTGTTAGAATATTG-TTAATTTAGTAATTTTTTACTCTGAATAATGTTGTATGAAT
115 A-TT-TT-A-T-TTCGAATA-AGCTT-GTAT-G-AA---CAAAAAC--AAT--TGTTTTATG-AT
* * *
16993132 AGCAAC-AAATGTTTTAGGACAAAACAAAGATCACAAAGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATA
163 A-AAACAAAATG---T---------C----AT-A-ACA-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * *
16993196 ATAATAACTATTTCAACTAGTTCAGTAAAGAGATTTAGTTTTTAAATCTC-T--TT-GTAATTTT
208 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * * * *
16993257 CA-AATTAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
273 CAGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAACAAATATGTATGAATAAAAATAATTATT
* ** *
16993321 TTACGACAAAACAAAATATCATAATA
336 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * * * * *
16993347 ATTTGAAATATATAA-TAGTTCAAATGGACATAACTAGTT-GAACTTGTTTGGTAAATAGATTAA
1 ATTTGAAATAAATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTAGAAC-TATTTAGTAAACAGATTTA
* * *
16993410 TTTTTTAAATCT-TCAACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGGA
64 TTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA
* * * * * **
16993473 ATAAACTT-TATGAA-AGAAACAATTGTTTTATAACAAAAGAAAA-GATCATAATGATTTGAAAT
127 ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATG-TCATAACAATTTGAAAT
* * * ** * *
16993535 AAATGATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTCACTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAAT
191 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT
* * * * * * *
16993599 CTTTTACTTATTAATTTT-GGAATATTAATAAATTAGTATTATTTCATTCTAAATAAGCT-TGTT
255 CTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAACAA-ATATGTA
* * * ** * * **
16993662 TAAACAAAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAATGGTCATAATG
318 TGAATAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * *
16993706 ATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTT-GAATGTGTTTAG-AAA-ATGAATTT
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAGAA-CTATTTAGTAAACA-G-ATTT
* * * * *
16993768 ATTTTTT-AAT-TTTTCACTTAATAATTTATGGAATATTAATAAATTTA-TAATATTTTATTT-G
63 ATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG
* * * ** * * * ***
16993829 AATTAGGCTTGCATGAAC-AAACCAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGTTTTGAAA
126 AA-TAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAA
**** * * * * *
16993893 TAGATAATTGTTTTGGTAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-TGATAAACATATTCATTTTCTTAT
190 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAATAGATTTATTTT-TTAA
* * ** ** * *
16993957 TTCTTTTACTCT-TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTGTTTAGTAAACATACTTACTTTTTAA-
253 ATCTCTTACT-TATTAATTTTCAGAATATTAATAAA----TTAGT-ATTAT-TTTA--TTTGAAC
* * * * *** * * * ** *
16994020 AAATCTTTTACTTATTAATTGTCGAAATA-TTAAT-A-AATTAATATTATTTTAATCTGAATAAG
309 AAAT-ATGTA-TGAATAAAAAT--AATTATTTTATGACAA--AACA--A----AAGGT-CATAA-
16994082 CTTA
360 C--A
* * * * * * * * ** * * * ** * *
16994086 AATGGATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACA-AA-AAGTCATGAAAAATTT-G-AAATA-AAT
1 ATTTGAAATAAATAATT-ATTCA-AAT-AGTCATAACTATTTA-GAACTATTTAGTAAACAGATT
* * * * * * * * * *** * *
16994146 AAATGTTCAAATAGTCATAAC-GAGTTAAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTGTTTA--AATCT
62 TATTTTTTAAAT-CTC-TTACTTA-TT-AA-TT-TT---TGAA-ATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * ***** * * ***
16994208 TTTACTTAT-TAATTATCTTAATATTAATAATTTTGTATTATTTTATTCGA-AATA-AGCTTGT-
117 TTTA-TT-TCGAATAAGCTT-GTATGAACAA-AAACAATTGTTTTA-T-GATAAAACAAAATGTC
* * * * * *
16994269 ATGAAC-A--T--AATAAATCATTTTATGACAAA-A--CAAAAGGT-TATAGCAA-TT-TTC---
176 AT-AACAATTTGAAATAGATAATTGT-T--CAAATAGTCATAA-CTAT-TTG-AACTTGTTCAGT
* * * * * ** * *
16994320 AAATGGA-TAATTGTTCAAATAGTCGCAATTATTTAAACTTATTC-GAA-A--AACAAATTCA-T
234 AAATAGATTTATTTTTTAAAT-CTCTTACTTA-TT-AA-TT-TTCAGAATATTAATAAATT-AGT
* * ** * * * ****
16994379 -TT-TTTAAATCTCTTAATTATTAATCTTTGGAATATTAATAGCATAGTATTATTTTAT--TTTG
293 ATTATTT-TAT-T-TGAACAAAT-ATGTAT-GAATA--AA-A--ATA--ATTATTTTATGACAAA
* * * * **
16994440 A-ATATGCTTATATGA
346 ACAAAAGGTCATAACA
* ** * * * * *
16994455 A-TTGAAATAATTTTTTATGACAAA-A--CA-AA--ATGTCATAA-TGATTT-G-AAATAGA-TA
1 ATTTGAAATAAATAATTAT-TCAAATAGTCATAACTAT-TTAGAACT-ATTTAGTAAACAGATTT
* ** * * * *
16994509 ATTATTCGAATAGTCTTGAC-TATTTGATCTAGTTTGATAAACATATTTATTTTCTAAATT--TT
63 ATTTTTTAAAT-CTCTT-ACTTA-TTAAT-T--TTTG---AA-ATA-TTA----ATAAATTAGTA
** * * ** * ***
16994571 TTACTTATTAATTGTC-AA-AATATTAATAAATTAGAATATTTTAATTCGAATAAGCTTGCGTGG
113 TTA-TT-TT-ATT-TCGAATAAGCTT-GT--A-T-GAACA----AAAAC-AAT-TG-TTTTAT-G
* * * * * ** * * * *
16994634 ACAAAA-ACTATTGTTTTATAATAGA--ACAAAAAGTTATAAGATTTGAAAT-AAATAATTGCTT
161 ATAAAACA-AAATG--TCATAACA-ATTTGAAATAG--AT-A-A-TTG--TTCAAAT-AGT-CAT
* * * * * ** ** **
16994695 AAATAGTCAT-AACTAT-TTGAACTAATTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC-T-CTTATTA
213 AACTA-T-TTGAACT-TGTT-CAGTAA----ATAGATTTA-TT-TTTTAAATCTCTTACTTATTA
* ** ** * * * *
16994756 ATTTTCAAAATATTAATAGGTTAGTATTATTTTATTCCAAACAAACT-TATATGAACAAAAACAT
268 ATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAACAAA-TATGTATGAATAAAAATAA
* *
16994820 TTATTTTATGACAAAACAAAATGTTATAACA
331 TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
** * * * ** * * *
16994851 ATTTGAAATAGTTAATTGTTTAAATAGTCATAATTATGTT--AACTGGTTACATAAATAGAATTA
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT-TTAGAACTATTTA-GTAAACAGATTTA
* * * * *
16994914 TTTTTTTAATATCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCGAA
64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCGAA
* * *** * *
16994978 TAAGGTAGTATGATTTGAAAA-AATTGTTTTATGAGAAATC-AAATGGTCATAACAATTTGAAAT
128 TAAGCTTGTATGA-ACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAT-GTCATAACAATTTGAAAT
* * * * ** * * *
16995041 AGATAATTATACATATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAAT
191 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT
* * * * * * *
16995105 CTCTTAGTTATTAATTTT-TGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACT-TGA
255 CTCTTACTTATTAATTTTCAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAACAAA-TATGT
* * * * * *
16995168 ATGAATAGAAGTAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTTATAATA
317 ATGAATAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * * * * * * *
16995213 ATTTGAAGTATACAATCATTTAAATAGTTATTACTATTT-GAACTAATTCGATATACAGATTTAT
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAGAACTATTTAG-TAAACAGATTTAT
* * * * *
16995277 TTTTTAAA--TCTTACTTTTTAATTTTTGAAAGATTAATATATTACTATTATTTTA-TTCTAAAT
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAAT
** * ** * * ** *
16995339 AAGCTAATATGATA-AAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTAAAATAG
129 AAGCTTGTATGA-ACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAG
* * * * * * * *
16995403 ATAATTGTTAAAATGGCCATAATTATTTGTA-TTGATTC-GATAAACAGACTCATTTTTTAAATC
193 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATC
* * * * *
16995466 ATC-TATTTATTAATTTT-TGAA-ATATAATTAAATTAGTATTATATTATTTTGAATAAGCT-TG
256 -TCTTACTTATTAATTTTCAGAATAT-TAA-TAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAACAA-ATATG
* * * *
16995527 CATGAACT--AAATAATTGTTTTATGACATAACAAAAGGTCAT-ACG
316 TATGAA-TAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * * * * * *
16995571 ATTTTAAATAGACAATTTTTCAAATAGTGATAAATATCTA-AA-TTTGTTCAGTAAACAAATTTA
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAGAACTAT-TT-AGTAAACAGATTTA
* * * * *
16995634 TTTTTTAAA-CTATTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGAT
64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
* ** * * **
16995698 AAGCTTTTATGAATTAAAACAATTG-TTTA-CATCAAAACAAAATGTCCTAATGA-TTGTAAATA
129 AAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAT-AAAACAAAATGTCATAACAATTTG-AAATA
* * * * * * * *
16995760 AATAATTATTTAAGTTGTCATAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATA
192 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATC
* * ** * * * **
16995825 TTTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATT-TTGATTATTTTATTTCAA-ATTAGCATGTA
256 TCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTGAACA--AATATGTA
* * * * * **
16995888 AGATATGAAAA-AA-TATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATG
318 TGA-ATAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * ** ** * * *
16995931 ATTTAAAATATATAATTATTCTAATACTTTTAACTATTTA-AACTGGTTCGACAAACACATTTAT
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAGAACTATTTAG-TAAACAGATTTAT
* **
16995995 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCGAA
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAA
* * * * ** *
16996058 TAAGGTTATATG---AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGAT-T-TTAATGATTTGAAATT
128 TAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAA-ATGTCATAACAATTTGAAATA
* * * * * ** * *
16996118 GATATTTGTTCAATTAGTGATAACTATTTAAACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTGTTTT-AATA
192 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATT-TTTTAAATC
* * * * *
16996182 TGTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCT-TGTA
256 TCTTACTTATTAATTTTCAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAACAA-ATATGTA
* *
16996245 TG-ATAAAAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACG
318 TGAAT-AAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * * * ** * * *
16996289 ATTTAAAATAGATAATAATTCAAA-CGACCATAA-TAATTT-TAACTGATTCGGCAAATAGATCT
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG-TCATAACT-ATTTAGAACT-ATTTAGTAAACAGATTT
* * * * * * * **
16996351 ATTCTTAAAATTTTTTACTTATTAA-TTTAGGAA-ATTAAT--ATTA-TTTTATTCCA--TC---
63 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA
* *** * ** * * * *
16996406 TAAGCTTGTATTAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAATGAAAAGGTTATAACGATTTTAAATAG
128 TAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAG
* * * * * * *
16996471 ACAAGTT-TTTAAATAATAATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTTAAATC
193 ATAA-TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATC
* * * * * *
16996535 TCTTTCTTA-TAATTTTTCA-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTAAATAAGCT-TGTA
256 TCTTACTTATTAA-TTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAACAA-ATATGTA
* * * * * **
16996597 TGAACTAAAAA-AATTGTTTTATGACTAAACAAAATGTTAGAATG
318 TGAA-TAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * ** * *
16996641 ATTTGAAATAGAA-AATTATTCTAATGGTTTTAACCATTT-GAACTAATTTGGTAAACA-ACTTT
1 ATTTGAAATA-AATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAGAACT-ATTTAGTAAACAGA-TTT
* * *
16996703 ATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAA-TTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTAGAA
63 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA
** * * ** * **
16996763 TAAGCTTGTACAAAC-AAAATAATTATTTTACAACAAAA-AAAA-GATCATAATGATTTGAAATA
128 TAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATG-TCATAACAATTTGAAATA
* * * * * * * *
16996825 AATAATCGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCAGCAATTAGATTTATTTTTTAATTT
192 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC
* ** * * *
16996889 TCTTGGC-TATT-ATGTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATCATTTTATTTCAA-ATAAAATAGT
256 TCTT-ACTTATTAAT-TTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAACA-AATAT-GT
* ** * * * * **
16996951 ATGAATAGAACCAATTGTTTAATGACAAAATAAAAAGGTTATAATG
317 ATGAATAAAAATAATTATTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACA
* * * * * * * **
16996997 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATTAAAACTATTT-GAAATAATTTGGTAAGCAGGTTTGC
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAGAACT-ATTTAGTAAACAGATTTAT
* * * * *
16997061 TTTTTAAATCTCTAACTGATTAATTCTTGCAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAAA
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA
* * ** * * * * *
16997125 TATCTTGTCT-ATTAAACAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAG
130 -AGCTTGTATGAACAAA-AACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAG
* * * * * * *
16997189 ATAGTTGTTTAAATGGGCATAATTATATGAAC-TGATTCGGTAAAGT-GATTTATTTTTTAAATC
193 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAA-TAGATTTATTTTTTAAATC
* * * * * *
16997252 TCTTAATTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT-TTTAT
256 TCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAACAA-ATATGTAT
* * * **
16997316 GAACT-AAAACAATT-TTTTAATGACAAAACAAATGGTCGTAATG
319 GAA-TAAAAATAATTATTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * *
16997359 ATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTA-AACT-TGTTCGGTAAATAGATTTA
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAGAACTAT-TT-AGTAAACAGATTTA
* * * ** **
16997422 TTTTTTCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTGGAAGGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAA
64 TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA
** * * * * * **
16997487 TAAGCTTGTATGAACTGAAACCATTATTATACGACT-AAACAAAATGTCAAAATGATTTGAAATA
128 TAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATA
* * * * ** *
16997551 GATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAAT-GCATTT-TTTTTTAAA--
192 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAG-ATTTATTTTTTAAATC
* * * * * * * *
16997612 AC-T-CTTATCAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCTAAATAAGCT-TGTAT
256 TCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTGAACAA-ATATGTAT
* * * * * * * **
16997674 GATTAGAAATAATTGTTATATGAGAAAAC-AAAGATAATAAGG
319 GAATAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* ** * * * * ** *
16997716 ATTTGAGATTGATATTTATTCAAATAATTATAACTATTT-GAACTAGTTCAAAAAATA-ATTTTA
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAGAACTA-TTTAGTAAACAGA-TTTA
* * * *
16997779 GTTTTTAAATCTCTTCCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTA-TTTATTT-TAGA
64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-A
** * * * * * * * *
16997842 TAATTTTTTATGAACTAAAA-AATTATTTTATGATAAAACAAAGTGTCATAACGACTTCAAATAT
128 TAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAG
* * * *
16997906 ATAATTGCTCAAATAGTTA-AATCTATTTGAACTTGTTCAGTATAGAGATTTATTTTTTTAAATC
193 ATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATC
** * * * *
16997970 TCTTA-TTCATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTCTGAATAAGTTTGTAT
256 TCTTACTT-ATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAACAAATATGTAT
** * * **
16998034 GAATTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATG
319 GAATAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * ** * * * * *
16998077 ATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAATTTTAA-TGATTT-GAATTGGTTTGGCAAACACATTT-
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACT-ATTTAGAACT-ATTTAGTAAACAGATTTA
* * * * *
16998139 TTCTTTAAATCTCTTACTT-TCTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-ATCTAA
64 TTTTTTAAATCTCTTACTTAT-TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GA
* * * ** * * *
16998202 ATAAGCTTGTTTGAAAAAAAATAATTGTTTTATGACCAAA-AAAATGATGATAATAATTTGAGAT
127 ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATG-TCATAACAATTTGAAAT
*
16998266 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTCAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAAT
191 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT
* * * * * * * *
16998330 -T-TT--TTATTAGTTTTCAAAATATTAA-AATATTGGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGCA
255 CTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATT-TGAACAAATATGTA
* * * * *
16998390 TGAACAGAAACAATTGTTTTATAAC-AAACAAAAGGTCATAACA
318 TGAATAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * * *
16998433 A--T---AT--ATAAATGTTCAAATGGACA-AACTATTT-GAACT-TGTTCGGTAAATAGATTTA
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAGAACTAT-TT-AGTAAACAGATTTA
* * *
16998488 TTTTTTAAATCTCTTACCTATTAGTTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAA
64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GA
* * * * * * *
16998551 ATAAACTTATCTGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAACTATTTGAAAT
127 ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATG-TCATAACAATTTGAAAT
* * * * * * * *
16998615 AAATAATTATTCAAACAATCATAACTATTTGAAATAAATAATT-ATTCAAACA-ATCATAACTAT
191 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT---T-GTTCAGT-AAATAGAT--T---TAT
* * * **
16998678 TTGAACTTGCTCAGTAAACAAAT-TTACTTTTTAAATTTTTTA-ATTATTAGTTTTTGGAATATT
246 TT----TT--T-A--AATC---TCTTACTTATT-AA-TTTTCAGA--A-TA-TTAAT--AA-ATT
* * * * * * * **
16998741 AATAAATTAGTGTTATTTTATTTCTAATATGTTTATATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAA
290 AGT--ATTA-TTTTATTTGA--ACAAATATG--TA--TGAATAAAAATAATTATTTTATGACAAA
* *
16998806 ATAAAA-GTCATAACT
346 ACAAAAGGTCATAACA
* * * *
16998821 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-GAACGTGTTATA-AAAACATATTTA
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAGAAC-TATT-TAGTAAACAGATTTA
* * ** *
16998884 TTTTTTAAAT-TTTTATTTAAAAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTT-GAA
64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG-A
* * * * * * *
16998946 ATAAGCTTGTATGAA-AAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAAGGTTATAACGATTTGAAG
127 ATAAGCTTGTATGAACAA-AAACAATTGTTTTATGATAAAA-CAAAATGTCATAACAATTTGAAA
* * * * *
16999010 TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTCATATTTTAAAT
190 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT
* * * * * **
16999075 CTCCTAC-TATTTAATTTT-TGAAATATTATTAAATTAGTATTTTTTTTATTTCGAATTAGCT-T
255 CTCTTACTTA-TTAATTTTCAG-AATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTT-GAA-CAAATAT
* * * * * * ** * * *
16999137 ATATGAACT-AATACAATTGTTTCACGATGAAACAAAATGTTATAACG
315 GTATGAA-TAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * ** * * * * *
16999184 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAGTAGTTGTGACTAGTT-GAACT-TGTTCGATAAATATATTTA
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAGAACTAT-TTAG-TAAACAGATTTA
* * * * * *** *
16999247 TTTTTAAAATGTTTTACTTATT-ATCTATTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAACCCAAA
64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA
* * * *
16999311 TAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGTAATAA
128 TAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAG
* ** * * * * *
16999376 ATAATTATTCAAATAGTTGTAACTATTTGAATTTATTCGGTAAATAGATTTA-CTTTTAAATCTT
193 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * *
16999440 TTACTTATTAGTTAT-ATGAATATCAATAAATTTGTATTATTTTAATTGAA-ATAAGCT-TGTAT
258 TTACTTATTAATTTTCA-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAACA-AA--TATGTAT
* * * *
16999502 GAATAGAAA-AATATATTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAGCA
319 GAATAAAAATAAT-TATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * * * *
16999545 ATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-CAACT-TGTTCGATAAATAGATTCA
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAGAACTAT-TTAG-TAAACAGATTTA
* * * * * *
16999608 ATTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGGAATATTAAT-AATTAGAATTATGTTATTTTGAGT
64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
* * * * * * ***
16999668 CAA-CTTGTA-CAA-AAGAAACAATTATTTTGTAACAAAACAAAAGGTCATAATGCTTTGAAATA
129 -AAGCTTGTATGAACAA-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATA
* * * * *
16999730 GATAATTGTTCAAATAATTATAACTATTTGTAC-TGGTCAGGCTAACAT--ATTCATTTTTTAAA
192 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-G-TAA-ATAGATTTATTTTTTAAA
* * * * * *
16999792 TC-CATTACTTATTAATTTTTAGAATATCATTAAATTAGCAATATTTTATTCTGAATAAGAT-TG
254 TCTC-TTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAACAA-ATATG
* * * * * * * **
16999855 TATCATTAGAAACAAGTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATG
316 TATGAATAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * *
16999901 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACT-GTTATAACTATTTA-AACTGGTTTGGTAAACATATTTA
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAA-TAGTCATAACTATTTAGAACT-ATTTAGTAAACAGATTTA
* * *
16999964 TTTTTTTAA-GTC-T-CTTATTAATTTTT---A-A--AAT--ATTAATATTATTTTA-TTCAGAA
64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAA
* * * * * * * * * **
17000017 T-CGACTTATGTGAACAAAAACATTTGTTTTACGA-CATACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATA
128 TAAG-CTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATA
* ** ** * * *
17000080 GATAATTATTCATTTAACCTTAACTATTTGAA-TTGATTCAGCAAATAAATTTATTTTTTAAATC
192 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC
* * * ** *
17000144 TCTTAGTTATTAATTTTC-GTAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACT-TGTA
256 TCTTACTTATTAATTTTCAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAACAAA-TATGTA
* * * * * **
17000207 AGAATATAAATAATTGTTTCATGACAAAACAAAAGGTTATAATG
318 TGAATAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * ** * *
17000251 ATTTAAAATATATAATTATTCAAATAGT-ACTAACTATTTA-AACTGTTCGGTAAGCATATTTAT
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCA-TAACTATTTAGAACTATTTAGTAAACAGATTTAT
* * * * *
17000314 TTTTTAATTCT-TCTACTTATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTCCAAAT
65 TTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
** * * *
17000378 -AGTCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAACGTTCTTAACAATTTGAAATA
129 AAG-CTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATG-TCATAACAATTTGAAATA
* * * * *
17000441 TATAATTGTTCAAAT-GACTATAATTATTTGAA-TTGATTCAATAAACTA-ATTTATATTTTAAA
192 GATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAA-TAGATTTATTTTTTAAA
* ** * ** * * * * *** *
17000503 TCTCTAACTTCCTAATTTT-TGAAATATTAATAAGGTAATTTTATTTTATTTTGGATAAGCGTTT
254 TCTCTTACTTATTAATTTTCAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAACAAATATGT
* * * * * * *
17000567 TTGTACAGAAATAGTTGTTTTATGATAAAACAAATA-GTCATAACA
317 ATGAATAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACA
* * * *
17000612 ATTTTAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTT-GAACT-TGTTCGATAAACAGATTTA
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAGAACTAT-TTAG-TAAACAGATTTA
* * * * * * * **
17000675 TTTTTTTAAATTTCTTGCTTATAAACTTTCTG-AATGTTAATAAAATT-GTTTTATTGTATTTTA
64 -TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCG
*
17000738 AATTAGCTTGTATGAACTAAAAA
126 AATAAGCTTGTATGAAC-AAAAA
17000761 GGTCAGAATG
Statistics
Matches: 7475, Mismatches: 1786, Indels: 1486
0.70 0.17 0.14
Matches are distributed among these distances:
346 1 0.00
347 2 0.00
348 46 0.01
349 181 0.02
350 217 0.03
351 55 0.01
352 197 0.03
353 46 0.01
354 115 0.02
355 208 0.03
356 516 0.07
357 393 0.05
358 450 0.06
359 528 0.07
360 763 0.10
361 881 0.12
362 936 0.13
363 454 0.06
364 109 0.01
365 17 0.00
366 11 0.00
367 25 0.00
368 35 0.00
369 24 0.00
370 18 0.00
371 15 0.00
372 18 0.00
373 11 0.00
374 18 0.00
375 25 0.00
376 34 0.00
377 20 0.00
378 17 0.00
379 17 0.00
380 27 0.00
381 27 0.00
382 41 0.01
383 26 0.00
384 18 0.00
385 13 0.00
386 26 0.00
387 23 0.00
388 67 0.01
389 42 0.01
390 28 0.00
391 35 0.00
392 31 0.00
393 43 0.01
394 31 0.00
395 110 0.01
396 107 0.01
397 37 0.00
398 31 0.00
399 31 0.00
400 26 0.00
401 24 0.00
402 37 0.00
403 37 0.00
404 31 0.00
405 12 0.00
406 3 0.00
407 3 0.00
408 5 0.00
409 5 0.00
410 5 0.00
411 1 0.00
412 3 0.00
413 1 0.00
414 9 0.00
415 3 0.00
416 5 0.00
417 1 0.00
419 2 0.00
420 2 0.00
421 1 0.00
422 1 0.00
425 8 0.00
426 1 0.00
427 1 0.00
428 1 0.00
429 1 0.00
431 6 0.00
432 3 0.00
433 2 0.00
434 6 0.00
435 26 0.00
437 4 0.00
438 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (361 bp):
ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAGAACTATTTAGTAAACAGATTTATT
TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
GCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATA
ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
CTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAACAAATATGTATGAATAAA
AATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
Found at i:16991313 original size:541 final size:536
Alignment explanation
Indices: 16990312--17005922 Score: 3496
Period size: 539 Copynumber: 28.7 Consensus size: 536
16990302 TTTATTTTTT
* * * * * * * * *
16990312 TATTATTAAATTAGTATTATCTTAATCCAAATAAGCTTATATGAA-AAGAAACAATTGTTTAATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAA-AAATAATTATTTTATG
* * ** * * *
16990376 ATAAAATAAAGAT-T-ATAAGGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAA-
65 ACAAAACAAA-ATGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC
* *
16990438 TAG-GTTCAGTAAACAGATTTAGTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
129 T-GTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
** ** *
16990499 CAATATTATTTTATTTTG-AATAATTTTGTATGAACAGAAATTATTGTTT-TACGATGAAACAAA
193 TTATATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTATAC-A--AAACAAA
* * * * * * ** * *
16990562 AGGTTATAACTATTTGAAATAGATAAATATTCAAATGGACATGTCTATTTAAACTTTTTTATTAA
254 AGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTTAGTAA
* * * * *
16990627 ATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAATTTTCAGAATATTCATAAATTAGTATTATTTT
319 ACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACCGATTAATTTT-AGAATATTAATAAATTAATATTATTTT
* * * * * **
16990692 A-TTCTGAACAAATATGTATGAATAAAAATAATTATTTTATGATAAAACAAATGGTCATAACAAT
383 ATTTC-GAATAAGT-TATATGAAT-GAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACAAT
* * * * *
16990756 TTGGAAATAAATAATTATTCAAACAATCATAACTATTAGAGCTTATTTAGTAAACAGATTTATTT
445 TT-GAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGAGC-TATTCAGCAAACAAATTTATTT
16990821 TTAAATATTTTACTTACTAATTTTT-GAAA
508 TTAAATATTTTACTTACTAATTTTTAG-AA
* * * * * **
16990850 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGACTAAGCTTGTCTAAACAAAAACAATTGGTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGA
* * * * * *
16990915 CAAAACAAAATGTCAGAATTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCAAAACTATTTGAA-TG
66 CAAAACAAAATGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTG
* * * * **
16990979 TGTTCAGAAAATATATTTATTTTTTAAATTTGTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA
131 TGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTA
* * * *
16991044 TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTGTGAATAGAAATAATTGTTTTTAACAAAACAAATGGTCA
196 TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTAT-ACAAAACAAAAGGTCA
* * * * *
16991109 AAATGATTTGAAAAATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTTTTTCGGTAAACAGA
260 AAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTT-AGTAAACAGA
16991173 TTCATTTTTTAAATCTCTTACTC-ATTAATTTGTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
324 TTCATTTTTTAAATCTCTTAC-CGATTAATTT-TAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
* * * * *
16991237 CGAATAAGCTTATATGAATTAATACAATTTTTTTTATAATGAAACAAAAAGTCATAACGATTTGA
387 CGAATAAG-TTATATGAATGAA-ACAA-TTATTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGA
* * * * * ** * * *
16991302 AATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTG-GACTTGTTTGGTAAATATATTTATTTTTAA
449 AATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGAG-C-TATTCAGCAAACAAATTTATTTTT-A
* * * * *
16991366 AATATTTTAATTATTAATTATCAAAA
511 AATATTTTACTTACTAATTTTTAGAA
* * * * *
16991392 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGAATGAAC-AAAA-AA--A--TTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGA
* * *
16991451 CAAAACAAAAAGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-
66 CAAAACAAAATGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTG
* * * *
16991515 TATTCAATAAGCAAATTTATTTTTTAAATCCTT-TACTTATTAATTGTTT-GAATATTAATAAAT
131 TGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT--TTCTACTTATTAATT-TTTAAAATATTAATAAAT
* * * * * *
16991578 TTGTATTATTTTATTAGAAGTAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTCATCACAAAACAAAAG
193 TTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTT-AT-ACAAAACAAAAG
* * * * * * * * *
16991643 GTTATAGCAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAAT
256 GTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTTAGTAAAC
* ** * *
16991708 AGATTCATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTAGAATATTAATAAGTTAGA-ATTATATTA
321 AGATTCATTTTTTAAATCTCTTACCGATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTA
* * * * * * *
16991772 TTTTGAATAAGTTTTTATGAGCA-GAAACAATTGTTTTGTGAGAAAACAAAAGGTTATAACAATT
384 TTTCGAATAAG-TTATATGA--ATGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACAATT
* * * * * * * * *
16991836 TGAAGTACATGATTGTTCAAACAGTCATAGCTACTTGCA-CTAGTCAGGCCAACAAATTCATTTT
446 TGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTG-AGCTATTCA-GCAAACAAATTTA-TTT
* * *
16991900 TTAAATCTGTTACTTATTAATTTTTAGAA
508 TTAAATATTTTACTTACTAATTTTTAGAA
* * * *
16991929 TATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTCGAATAAGAC-TGTATGAATAGAAATAATTATTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-CTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATG
* * * * *
16991993 ATAAAA-TAAATGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTA-AACTAATTGAAC
65 ACAAAACAAAAT-GTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC
* * * * * *
16992056 TG-GTTTAGTAAATAGATTTATTTTTT-AATTCTCTTACTCATTAATTTTCAAAATACTAATAAA
129 TGTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATT-TC-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA
* * * * * * * * * *
16992119 TTTATTTTATTTTATTTCAAACAAACTTATTTGAACAAAAACATTTGCTTATGACAAAACAAAAG
192 TTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTAT-ACAAAACAAAAG
* * ** * *
16992184 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTTGGCAAAC
256 GTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTTAGTAAAC
** * * * *
16992249 -GAAACTATTTTTTAAATCACTTACCGATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATTTTATTTTA
321 AGATTC-ATTTTTTAAATCTCTTACCGATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTA
* * * * * * *
16992313 TTTTGAATAAGATAGTAAGAACTGAAAAAATTATTTTACGACAAAACAAAATA-TCATAACGATT
384 TTTCGAATAAGTTA-TATGAA-TGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAA-AGTCATAACAATT
* * * * * * *
16992377 TGAAATAAAGAATTGTTCATATAGCCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACAAATTTATATTT
446 TGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGAGCTA-TTCAGCAAACAAATTTAT-TTT
* * *
16992442 TAAATCTCTTAGTT-CTTAATTTTTAGAA
509 TAAATATTTTACTTAC-TAATTTTTAGAA
* * * * *
16992470 TATTATTACATTCGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGA
* * * * * * * *
16992535 TAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTTATAAGTATTTAAACTA
66 CAAAACAAAATGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-
* * *
16992600 CT-TT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTA-TGTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-
130 GTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTCTACT-TATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
* ** * * *
16992661 TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAGGCTTGTATGATGACAAACAATTGTTTTATGATAAAA-AAA
193 TTA-TATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTG-TTTAT-ACAAAACAAA
* * * * ** * * * *
16992724 AGTTCATAACAATTTGAAATGGATAATTGGTCAAGCT-TTTATGA--A-TTGAAACAATTGTTTT
254 AGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAA-ATAGTCATAACTATTTG-AAC--TT-TTTT
* * * ** **
16992785 ATGATAAAATAAATGGTCATAACAATTTTAAATAGACAATTATTGAAATAGTCATCACTATTT-G
314 A-G-T-AAACAGAT--TCAT----TTTTTAAAT---CTCTTACCG--AT--T-A--A-T-TTTAG
* ** * * * * * *
16992849 AACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTTTAATTTCTTACCTATGAATTTTCTAAATGTTAAT-
358 AA--T-ATTAATAAA-TTA-ATA-TTATTTT-ATTTC-GA---AT-AA--GT-TATATG--AATG
* * * * * *
16992913 AAATTAGTATTATTTTAT-TTCCAATAAGCATGTATGAATTGA-AACAATTATTTTATAACTAAA
406 AAA-CA--ATTATTTTATGAT--AA-AA-CA---A-AAAGTCATAAC-A--ATTTGA-AA-TAAA
* * * * ** * ** * * * *
16992976 CAA-AATGTTAGGAC-GTTTTAAAATAGATAATTGTTCTAAT-AGTCTTAACTAATTGAATTGGT
455 TAATTAT-TCA-AACAGTCAT-AACT--AT--TTGAGCTATTCAG-C-AAACAAATT-TATT--T
* ** ** ** **
16993038 TTGGCAAATACATTTGTTTTTTAAATCCTTA-CT
508 TT---AAATA-TTTTACTTACT-AATTTTTAGAA
** * * ** * * **
16993071 TATTAAT-TGTTAG-AATATTGTTAATTT--AGTAATTTTTTACTCTGAATAATGTTGTATGAAT
1 TATTAATAAATTAGTATTATT-TT-ATTTCGAATAAGCTTGTA---TGAACAA----AAAT-AAT
* **** * * *
16993132 AGCAACAAATGTTTTAGGACAAAAC-AAA-GATCACAA-AGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAA
56 --TATTTTA-----T--GACAAAACAAAATG-TCATAATA-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
* * * * * * *
16993194 TAATAATAACTATTTCAACT-AGTTCAGTAAAGAGATTTAGTTTTTAAA--TCT-CTT-TGTAAT
110 TAGTCATAACTATTTAAACTGTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTACTTAT-TAAT
* * * ** * *
16993254 TTTCAAATTAGTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCT-AAATAATTTTGTATGAATAGAAACAAT
174 TTTTAAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAAT
* ** * ** * * *
16993317 TGTTTTACGACAAAACAAAATATCATAATAATTTGAAATATATAA-TAGTTCAAATGGACATAAC
237 TG-TTTA-TACAAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * **
16993381 TAGTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCT-TCAACTTATTAATTTTTAGAATA
299 TATTTGAACTTTTTTAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCT-TACCGATTAA-TTTTAGAATA
* * * * * *
16993445 TTAATAAATTAATATTATTTTATTTGGAATAAACTT-TATGAAAGAAACAATTGTTTTATAACAA
362 TTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAAT-AAGTTATATGAATGAAACAATTATTTTATGATAA
* ** * * ** *
16993509 AA-GAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATGATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTCAC
426 AACAAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGAGCT-AT
* * * * *
16993573 TCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGGAA
489 TCAGCAAACAAATTTA-TTTTTAAATATTTTACTTACTAATTTTTAGAA
* * * * * **
16993621 TATTAATAAATTAGTATTATTTCA-TTCTAAATAAGCTTGTTTAAACAAAAACAATTGGTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATG
* * * * *
16993685 ATAAAAC-AAATGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-
65 ACAAAACAAAAT-GTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC
* * ** * * * **
16993748 TGTGTTTAGAAAATGAATTTATTTTTT-AATTTTTCACTTAATAATTTATGGAATATTAATAAAT
129 TGTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCT-ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
* * * * **
16993812 TTATAATATTTTATTTGAATTAGGCTTGCATGAACA-AACCAATCAT-TTTATGACAAAACAAAA
193 TTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAAT--TGTTTAT-ACAAAACAAAA
* * * **** *
16993875 GGT-AATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTTGGTAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT-GATA
255 GGTCAA-AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTTAG-TA
* ** * * *
16993938 AACATATTCATTTTCTTATTTCTTTTACTC-TTTAATTTTTGGAATATTAATAAATTGTTTAGTA
318 AACAGATTCATTTT-TTAAATCTCTTAC-CGATTAA-TTTTAGAATATTAATAAA-----T--T-
* * * * *
16994002 AACATACTTACTTTTTAAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAAT-AAATTAATATTA
372 -A-ATA-TTA--TTTT----A---TTT-C-GAATAA--GT---TATATGAATGAAA--CA-ATTA
* ** * *
16994066 TTTTAATCTGA-ATAAGCTTAAATGGAT-AGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATG
415 TTTT-A--TGATA-AAAC--AAAAAG-TCA-TAACAA-----TT-TG----AA-ATAAA-T-A--
* * * * * * * *
16994129 AAAAATTTGAAATAAAT-AAATGTTCAAATAGTCATAACGAGTTAAACTTGTTCAGTAAACATAT
457 ----A-TT---AT---TCAAA----C-AG---TCATAACTATTTGAGC-TATTCAGCAAACAAAT
* *
16994193 TTATTGTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCTT--AA
502 TTATT-TTTAAATATTTTACTTACTAATT-T-TTAGAA
* * * *
16994229 TATTAATAATTTTGTATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATGAAC-ATAATAAATCATTTTAT
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAACAAAAAT-AATTATTTTAT
* * ** * ** ** *
16994292 GACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTTCAAATGGATAATTGTTCAAATAGTCGCAATTATTTAAA
64 GACAAAACAAAATGTCATAATAA-TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA
* * * * * * **
16994357 CT-TATTC-GAAAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATCTTTGGAATATTAATAG
128 CTGTGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATTTC-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATA-
* * * ** *
16994420 CA--TAGTATTATTTTATTTTG-AATATGCTTATATGAATTGAAATAATTTTTTATGACAAAACA
190 AATTTA-TATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTAT-ACAAAACA
* * * * * * * **
16994482 AAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCGAATAGTCTTGACTATTTGATCTAGTTT-GA
252 AAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTTAG-
* * * * * ** * *
16994546 TAAACATATTTATTTTCTAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGA-A-TA
316 TAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACCGATTAATT-TTAGAATATTAATAAATTA-ATATTA
* *** * * * * * *
16994609 TTTTAATTCGAATAAGCTTGCGTGGACA-AAAACTATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTTATAA
379 TTTTATTTCGAATAAG-TTATAT-GA-ATGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAA
* * * * * * * *
16994673 -GATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTAATT-TGATAAATAGATT
441 CAATTTGAAATAAATAATT-ATTCAAACAGTCATAACTATTTGAGCT-ATTCAG-CAAACAAATT
* * * * *
16994735 TATTTTTTAA-A-TCT-CTTATTAATTTTCAAAA
503 TATTTTTAAATATTTTACTTACTAATTTTTAGAA
** * * * * * * *
16994766 TATTAATAGGTTAGTATTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTATTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGA
* * ** * *
16994831 CAAAACAAAATGTTATAACAATTTGAAATAGTTAATTGTTTAAATAGTCATAATTATGTT-AACT
66 CAAAACAAAATGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT-TTAAACT
* * * * *
16994895 G-GTTACA-TAAATAGAA-TTATTTTTTTAATATCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
130 GTGTT-CAGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATTTC-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA
* * * * * *** * * *
16994957 TTCATTTTATTTTATTCCG-AATAAGGTAGTATGATTTGAAAAAATTGTTTTATGAGAAATCAAA
192 TTTATATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTG-TTTAT-ACAAAACAAA
* * * * * * * * *
16995021 TGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATACATATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTTGGCA
254 AGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-TTTTAGTA
* * *** * * * *
16995085 AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTT
318 AACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACCGATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTT
* * ** * * * * *
16995150 TATTTCAAATAAACTTGA-ATGAATAGAAGTAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTTATAATAA
382 TATTTCGAAT-AAGTT-ATATGAAT-GAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACAA
* * * * * * * * * *
16995214 TTTGAAGTATACAATCATTTAAATAGTTATTACTATTTGAACTAATTC-G-ATATACAGATTTAT
444 TTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGAGCT-ATTCAGCA-A-ACAAATTTAT
* * **
16995277 TTTTTAA-ATCTTACTTTTTAATTTTT-GAAA
506 TTTTAAATATTTTACTTACTAATTTTTAG-AA
* * * * ** * * *
16995307 GATTAATATATTACTATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTAATATGATA-AAAAACAATTGTTATAT
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAATAATTATTTTAT
* * * * * * * * * * **
16995370 GACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTAAAATGGCCATAATTATTTGTA-
64 GACAAAACAAAATGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC
* * * * * *
16995434 T-TGATTC-GATAAACAGACTCATTTTTTAAATCATCTATTTATTAATTTTTGAAATA-TAATTA
129 TGTG-TTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA-TA
* * * *
16995496 AA-TTAGTATTATATTATTTTG-AATAAGCTTGCATGAAC-TAAATAATTGTTTTATGACATAAC
190 AATTTA-TATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTG-TTTAT-ACAAAAC
* * * * * * * * *
16995558 AAAAGGTC-ATACGATTTTAAATAGACAATTTTTCAAATAGTGATAAATATCT-AAATTTGTTCA
251 AAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTT-TTTA
* * * ** * * *
16995621 GTAAACAAATTTATTTTTTAAA-CTATTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAGAAATTAGTATTA
315 GTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACCGATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAATATTA
* * * * * * * *
16995685 TTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTAAAACAATT-GTTTA-CATCAAAACAAAATGTCCTAA
379 TTTTATTTCGAATAAG-TTATATGAA-TGAAACAATTATTTTATGAT-AAAACAAAAAGTCATAA
** * *** ** * * * * *
16995748 TGA-TTGTAAATAAATAATTATTTAAGTTGTCATAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAATAGATTT
441 CAATTTG-AAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTG-AGCTATTCAGCAAACAAATTT
* * *
16995812 ATTTTTTTAAATATTTTGCTTATTAATTTTTTGAA
504 A--TTTTTAAATATTTTACTTACTAATTTTTAGAA
* * * * * * **
16995847 TGTTAATAAATT-TTGATTATTTTATTTCAAATTAGCATGTAAGATATGAAAA-AA-TATTTTAT
1 TATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAATAATTATTTTAT
* * * * * * * * * * **
16995909 GACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTAAAATATATAATTATTCTAATACTTTTAACTATTTAAAC
64 GACAAAACAAAATGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC
* * * * *
16995974 TG-GTTC-GACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAA
129 TGTGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATTTC-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA
*** * * *
16996037 -TTAGTATTATTTTTAACCG-AATAAGGTTATATG-A-A-AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-A
192 TTTA-TATTA-TTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTG-TTTAT-ACAAAACAA
* *** * * * * * * * ** *
16996096 AAGATTTTAATGATTTGAAATTGATATTTGTTCAATTAGTGATAACTATTTAAACTAGTTTGGTA
253 AAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTTAGTA
* * * ** * * *
16996161 AACAGATTTATTGTTTT-AATATGTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATT
318 AACAGATTCATT-TTTTAAATCTCTTACCGATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATT
* * ** * * *
16996225 TTATTTAGAATAAGCTTGTATGATAAAAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGA
381 TTATTTCGAATAAG-TTATATGA-ATGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACAA
* * * * * * * * * *
16996290 TTTAAAATAGATAATAATTCAAAC-GACCATAA-TAATTTTAACTGATTCGGCAAATAGATCTAT
444 TTTGAAATAAATAATTATTCAAACAG-TCATAACT-ATTTGAGCT-ATTCAGCAAACAAATTTAT
* *
16996353 TCTTAAA-ATTTT--TTAC---TTATT--AA
506 TTTTAAATATTTTACTTACTAATTTTTAGAA
** * * * * *** * *
16996376 T-TTAGGAAATTAATATTATTTTA-TTCCATCTAAGCTTGTATTAATTGAAACAATTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATG
** * * ** * * * * * *
16996439 ACAAATGAAAAGGTTATAACGATTTTAAATAGACAAGTT-TTTAAATAATAATAACTATTTAAAC
65 ACAAAACAAAATGTCATAATAATTTGAAATAAATAA-TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC
* * * * *
16996503 T-TGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTA-TAATTTTTCAAATGTTAATAAA
129 TGTGTTCAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATTTC-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA
* * *
16996566 -TTAGTATTAATTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACTA-AAAAAATTGTTTTATGACTAAACA
192 TTTA-TATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAATAATTG-TTTAT-ACAAAACA
* * * * * * * ** * ** *
16996628 AAATGTTAGAATGATTTGAAATAGAAAATTATTCTAATGGTTTTAACCATTTGAACTAATTTGGT
252 AAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTTAGT
* * *
16996693 AAACA-ACTTTATTTTTTAAATCTCTT----ATTAATTTT-GAAATATTATTAAATTAGTATTAT
317 AAACAGA-TTCATTTTTTAAATCTCTTACCGATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTAT
* * * ** ** * * *
16996752 TTTAATTAGAATAAGCTTGTACAAACAAAATAATTATTTTA-CA-ACAAA-AAAAAGATCATAAT
380 TTTATTTCGAATAAG-TTATATGAATGAAACAATTATTTTATGATA-AAACAAAAAG-TCATAAC
* ** * * * ** * ** *
16996814 GATTTGAAATAAATAATCGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCAGCAATTAGATTTAT
442 AATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGAGCT-ATTCAGCAAACAAATTTAT
* * *
16996879 TTTT-TA-ATTTT-CTTGGCTATTATGTTTTGGAA
506 TTTTAAATATTTTACTT-ACTA--AT-TTTTAGAA
* * ** * * * ** * *
16996911 TATTAATAAATTAGTATCATTTTATTTCAAATAAAATAGTATGAATAGAACCAATTGTTTAATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGA
* * * * * * * *
16996976 CAAAATAAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATTAAAACTATTTGAAA-
66 CAAAA-CAAAATGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAAC
* * * ** ** * * * **
16997040 TAAT-TT-GGTAAGCAGGTTTGCTTTTTAAATCTCTAACTGATTAATTCTTGCAATATTAATAAA
129 T-GTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCT-ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA
* * * * *
16997103 -TTAGTATTATTTTATTTCAAA-ATATCTTGTCTATTAA-A-CAACAATTGTTTTATAACAAAAC
192 TTTA-TATTATTTTATTTGAAATA-AGCTTG--TATGAACAGAAATAATTG-TTTAT-ACAAAAC
* * * * * * * ** **
16997164 AAAAGGT-AATAACGATTTGAAATAGATAGTTGTTTAAATGGGCATAATTATATGAACTGATTCG
251 AAAAGGTCAA-AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTTA
** * *** * * *
16997228 GTAAAGTGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTATTA
315 GTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACCGATTAATTTT-AGAATATTAATAAATTAATATTA
* * * * ** *
16997293 TTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATT-TTTTAATGACAAAACAAATGGTCGTAA
379 TTTTATTTCGAATAAG-TTATATGAA-TGAAACAATTATTTT-ATGATAAAACAAAAAGTCATAA
** * * * * * * * * * * *
16997357 TGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTTA
441 CAATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGAGC-TATTCAGCAAACAAATTTA
* ** * * *
16997422 TTTTTTCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTGGAA
505 -TTTTT-AAATATTTTACTTACTAATTTTTAGAA
** ** ** ** * *
16997456 GGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACCATTATTATACGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGA
* * * * * * * *
16997521 CTAAACAAAATGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTG
66 CAAAACAAAATGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTG
** * *** * * * *
16997586 -GTTTGGCAAATGCATTT-TTTTTTAAA--ACT-CTTATCAATTTTTAGAATATTATTAAA-TTA
131 TGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTA
* ** * *
16997645 GTATTATTTTTATCT-AAATAAGCTTGTATGATTAGAAATAATTGTTATATGAGAAAAC-AAAGA
196 -TATTA-TTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTT-TAT-ACAAAACAAAAGG
* * * * * * ** * ** *
16997708 T-AATAAGGATTTGAGATTGATATTTATTCAAATAATTATAACTATTTGAACTAGTTCAAAAAAT
257 TCAA-AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTTAGTAAAC
* * * * * *
16997772 A-ATTTTAGTTTTTAAATCTCTT-CCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTA-TTT
321 AGA-TTCATTTTTTAAATCTCTTACC-GATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTT
* * * * ** * *
16997834 ATTT-TAGATAATTTTTTATGAACT-AAAAAATTATTTTATGATAAAACAAAGTGTCATAACGAC
383 ATTTCGA-ATAA-GTTATATGAA-TGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACAAT
* * ** * * * * * * * *
16997897 TTCAAATATATAATTGCTCAAATAGTTA-AATCTATTTGAACTTGTTCAGTATAGAGATTTATTT
445 TTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAA-CTATTTGAGC-TATTCAGCAAACAAATTTA--T
* * * *
16997961 TTTTAAATCTCTTA-TTCATTAATTTTTTGAA
506 TTTTAAATATTTTACTT-ACTAATTTTTAGAA
* * *** *
16997992 TATTAATAAATTACTATTATTTTA-TTCTGAATAAGTTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATG
* * * * * * ** * *
16998056 ACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAATTTTAA-TGATTTGAAT
65 ACAAAACAAAATGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTAAAC
** * * * * *
16998120 TG-GTTTGGCAAACACATTT-TTCTTTAAATCTCTTACTT-TCTAATTTTTAAAATATTATTAAA
129 TGTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTC-TACTTAT-TAATTTTTAAAATATTAATAAA
* * * *
16998182 -TTAGTATTATTTTAATCT-AAATAAGCTTGTTTGAAAAAAAATAATTGTTTTATGACCAAAA-A
192 TTTA-TATTATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTG-TTTAT-A-CAAAACA
* * * * ** * * *
16998244 AATGATGATAATAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTCAG
252 AAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-TTTTAG
* * * ** * * **
16998308 TAAATAGATTTAGTTTTTAAAT-T-TT--TTATTAGTTTTCAAAATATTAA-AATATTGGTATTA
316 TAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACCGATTAATTTT-AGAATATTAATAA-ATTAATATTA
* * * * *
16998368 TTTTA-TTCTAAATAA-TTTTGCATGAACAGAAACAATTGTTTTAT-A-ACAAACAAAAGGTCAT
379 TTTTATTTC-GAATAAGTTAT--ATGAA-TGAAACAATTATTTTATGATA-AAACAAAAAGTCAT
* * ** * * * * * * *
16998429 AACAA--T---AT--ATAAATGTTCAAATGGACA-AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATT
439 AACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGAGC-TATTCAGCAAACAAATT
* * * * *
16998486 TATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAGTTTTTAGAA
503 TA-TTTTTAAATATTTTACTTACTAATTTTTAGAA
* * * * * *
16998521 TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAACTTATCTGAATAAAAACAATTATTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATG
*
16998585 ACAAAACAAAA-GATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAATCATAACTATTTGAA
65 ACAAAACAAAATG-TCATAA-TAATTTGAAATAAATAATT-GT-------TCA-AA-TA---G--
* * * *
16998648 ATAAATAATTATTCAAACAATCATAACTATTTGAACTTGCTCAGTAAACAAATTTACTTTTTAAA
113 -T-CATAACTATT-------T-A-AAC----TG----TGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
* * * ** * ** * * *
16998713 TTTTTTAATTATTAGTTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTGTTATTTTATTTCTAATATGTTTAT
159 -TTTCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGT
* * * * *
16998777 ATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAATAAAA-GTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATT
222 ATGAACAGAAATAATT-GTTTAT-ACAAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * * * *** *
16998841 CAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTATA-AAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTATTTAA
285 CAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TTTTTTAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACCGAT
* * * * *
16998904 AAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAAC
349 TAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCG-AATAAG-TTATATG-AATGAAAC
* * * * * * *
16998968 AATTATTTTATGACAAAATAAAAAGGTTATAACGATTTGAAGTAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
410 AATTATTTTATGATAAAACAAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCAT
* * * * * ** *
16999033 AACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTCATATTTTAAATCTCCTAC-TATTTAATTTTT-GA
474 AACTATTTGAGC-TATTCAGCAAACAAATTTAT-TTTTAAATATTTTACTTA-CTAATTTTTAG-
16999096 AA
535 AA
* * * * * * * * * *
16999098 TATTATTAAATTAGTATTTTTTTTATTTCGAATTAGCTTATATGAACTAATACAATTGTTTCACG
1 TATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATG
** * ** * * * ** * * *
16999163 ATGAAACAAAATGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAGTAGTTGTGACTAGTTGAACT
65 ACAAAACAAAATGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT
* * * * * *
16999228 -TGTTC-GATAAATATATTTATTTTTAAAATGTTTTACTTATT-ATCTATTGAAATATTAATAAA
130 GTGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTCTACTTATTAAT-TTTTAAAATATTAATAAA
* **** * * *
16999290 TTAATATTATTTTAACCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAA
192 TTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTG-TTTAT-ACAAAACAAAA
* * * * ** **
16999355 AGTCATAACGATTTGTAATAAATAATTATTCAAATAGTTGTAACTATTTGAA-TTTATTCGGTAA
255 GGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTT-TTTAGTAA
* * * * ** * * * **
16999419 ATAGATTTA-CTTTTAAATCTTTTACTTATTAGTTATATGAATATCAATAAATTTGTATTATTTT
319 ACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACCGATTAATTTTA-GAATATTAATAAATTAATATTATTTT
* * * * * * *
16999483 AATT-GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AATATATTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAGCAA
383 ATTTCG-AATAAG-TTATATGAAT-GAAACAAT-TATTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACAA
* * * * * * * * * * *
16999546 TTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTTGTTC-GATAAATAGATTCAAT
444 TTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGAGC-TATTCAG-CAAACAAATT-TAT
* * *
16999610 TTTT-AA-A-TCT-CTTATTAATTTTTGGAA
506 TTTTAAATATTTTACTTACTAATTTTTAGAA
* * * * * * *
16999637 TATTAAT-AATTAGAATTATGTTATTTTGAGTCAA-CTTGTA-CAA-AAGAAACAATTATTTTGT
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT-AAGCTTGTATGAACAA-AAATAATTATTTTAT
* * ** * * * **
16999698 AACAAAACAAAAGGTCATAATGCTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATTATAACTATTTGTAC
64 GACAAAACAAAATGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC
* * * * * *
16999763 TG-G-TCAGGCT-AACATATTCATTTTTTAAA-TCCATTACTTATTAATTTTTAGAATATCATTA
129 TGTGTTCA-G-TAAACAAATTTATTTTTTAAATTTC--TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATA
* * * * ** * *
16999824 AA-TTAGCAATATTTTATTCTG-AATAAGATTGTATCATTAGAAACAAGTGTTTTATGACAAAAC
190 AATTTA-TATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTG-TTTAT-ACAAAAC
* * * * * * * ** *
16999887 AAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACT-GTTATAACTATTTAAACTGGTTTG
251 AAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTTTTTTA
* * * *
16999951 GTAAACATATTTATTTTTTTAAGTCTCTT----ATTAATTTT----TA--AA-ATATTAATATTA
315 GTAAACAGATTCA-TTTTTTAAATCTCTTACCGATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAATATTA
* * * ** * * * * * * *
17000005 TTTTA-TTCAGAATCGACTTATGTGAACAAAAACATTTGTTTTACGA-CATACAAAAGGTTATAA
379 TTTTATTTC-GAAT-AAGTTATATGAA-TGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAA
** * *** ** * ** *
17000068 TGATTTGAAATAGATAATTATTCATTTAACCTTAACTATTTGAATTGATTCAGCAAATAAATTTA
441 CAATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGAGCT-ATTCAGCAAACAAATTTA
* * * * *
17000133 TTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTCGTAA
505 -TTTTTAAATATTTTACTTACTAATTTTTAG-AA
* * * * * * * * * *
17000166 TATTATTAGATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTAAGAATATAAATAATTGTTTCATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGA
* * * * * *
17000231 CAAAACAAAAGGTTATAATGATTTAAAATATATAATTATTCAAATAGT-ACTAACTATTTAAAC-
66 CAAAACAAAATGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTAAACT
* * * * * *
17000294 -TGTTCGGTAAGCATATTTATTTTTTAATTCTTCTACTTATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATT
130 GTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT
** ** ** * * *
17000358 GGTATTATTTTATTCCAAAT-AGTCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAACG
194 TATATTATTTTATTTGAAATAAG-CTTGTATGAACAGAAATAATTG-TTTAT-ACAAAACAAAAG
* ** * * * * * * * *
17000422 TTCTTAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAAT-GACTATAATTATTTGAA-TTGATTCAATAA
256 GTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTT-TTTTAGTAA
* * * **** * ** *
17000485 ACTA-ATTTATATTTTAAATCTCTAACTTCCTAATTTTTGAAATATTAATAAGGTAATTTTATTT
319 AC-AGATTCATTTTTTAAATCTCTTACCGATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTT
* * * * * * *
17000549 TATTTTGGATAAGCGTT-TTTGTACA-GAAATAGTTGTTTTATGATAAAACAAATAGTCATAACA
382 TATTTCGAATAA--GTTATATG-A-ATGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACA
* * * * * * * *
17000612 ATTTTAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GATAAACAGATTTAT
443 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGAGC-TATTCAG-CAAACAAATTTA-
* *
17000676 TTTTTTAAAT-TTCTTGCTTA-TAAACTTTCT-GAA
505 -TTTTTAAATATT-TTACTTACT-AA-TTTTTAGAA
* * * ** *
17000709 TGTTAATAAAATT-GTTTTATTGTATTTTAAATTAGCTTGTATGAAC----------------T-
1 TATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATG
* * * * * * * *
17000756 -----A-AAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTTAAA-AGTCTTTACTATTATAAT
65 ACAAAACAAAATGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATT-TAAA
** ** * * * * *
17000814 C-G-GTTTGGCGAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA-ATTTATTAG
128 CTGTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTC-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA
* * * * * *
17000876 TTTAGTAATATTTTACTTTG-AATAAGCATGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAGAA
192 TTTA-TATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATT-GTTTAT-ACAAAACAA
* * * * * * * * * ** *
17000940 AA-ATC-ATACTGATTTGAGATAGATAATTGTTGAACTAATCATAATTATTTAAACTGGTTTGGT
253 AAGGTCAAAAC-GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTTAGT
* * *** *
17001003 AAATA-AAT--TTTTTTAAATCTCTTATTAATT--TTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTT
317 AAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACCGATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTT
* * * * * * * * * *
17001062 TA-TTCTAAATAATTTTGTATAAATAAAACTAATTGTTTAATGACAAAACAAAATGTCATAATAA
382 TATTTC-GAATAA-GTTATATGAATGAAAC-AATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACAA
* ** ** ** * * **
17001126 TTTGAACT---TGTTTGGT-AAACA---A-ATTTATTT----T-TT-A--AATC---TTCA-ACT
444 TTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGAGCTATTCAGCAAACAAATTTATTTT
* * * *
17001171 T-ATTAATTT--TTA-GAA-TATT--AA
509 TAAATATTTTACTTACTAATTTTTAGAA
* * * * ** * *
17001192 TA--AATTAA-TA-T-TTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGTAACAATTGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGA
* * * *
17001252 CAAAACAAAA-GATTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTC--AACTATTTGAACT
66 CAAAACAAAATG-TCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT
* * * * * * * ** *
17001314 CG-CTT--GTTAAATAGATTAATTTTTAAAATTTTTTATTTATTAA-TTTTAGTATTTTAATAAA
130 -GTGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAA-TTTCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA
* * * * * * *
17001375 -TTAGTATTATTTT-TGTTCTAAATAACCTTTTATGAATAAAAACTACTGGTTTATGACAAAACA
192 TTTA-TATTATTTTAT-TT-GAAATAAGCTTGTATGAACAGAAA-TAATTGTTTAT-ACAAAACA
* * * * ** *
17001438 AAAGATCATAAC-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGACATGACTATTTGAACTCGTTTAGA
252 AAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTTAGT
* * ** * * * * *
17001502 AAACA-TTTTATTTCTTATTAATAAAT-TTA--AATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAAT
317 AAACAGATTCA-TT-TT-TTAA-ATCTCTTACCGATTA-ATT-TT-AGAAT-A--TT-AATAAAT
* * * ** * * * ** * * *
17001563 AAAACCAATTGTTTTATGACAAAACGAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGTAATTGTT-TG-TAT
371 -TAA--TATTATTTTATTTC-GAA--TAA-GTTAT-ATG-AATGAAACAATTATT-TTATGATA-
** * * * * * * ** ** * * *
17001626 AGTC-ATAACTAATTGAACTTATTTGGTAAACAGATTCTT-TTCTTA-ATTCTCTTACTCA-TT-
425 AAACAAAAAGTCA-T-AAC-AATTT-G-AAATAAATAATTATTCAAACAGTC-ATAACT-ATTTG
* * * * ** ** * * * *
17001686 A-ATTTTTA--AAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTACTTCAAATAAACTTATATGAA
483 AGCTATTCAGCAAACA--AATTTATTTTTAAATATTTTACTT--ACT-AATTTTTA-GAA
* * ** *** * * *
17001742 T-TGAA-ACAATT-GTTTTATTACA-AAAGAA-AAGGTCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTAT
1 TATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA-G-C-T--TG-TATGAACAAAAATAATTAT
** ** * ** * * ** * * * * * * * *
17001801 TCAAATAGACATGACTATTTGAACTTGTTCA-TT-AAACATATTTATTTTTTAAA-A-TCTTTTA
59 T-TTAT-GACAAAACAAAATG-TCATAATAATTTGAAATA-AATAATTGTTCAAATAGTC-ATAA
* * * ** * **
17001862 CT-TATT-AA-T-TG-TCAAAATATTAATAAATTTATATTATTTTAATATGAATAAACATGAACA
119 CTAT-TTAAACTGTGTTC--AGTA--AACAAA-TT-TATT-TTTTAA-AT--TTCTAC-TTATTA
** ** * * * ** * * ** * * *
17001922 ATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTGAAAT-AAATAA--TTGCACGAACATAAA
172 A-T-TTTTAAAATATTA-ATAAATTTAT-ATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAA
* * * * * *
17001984 TAATTGTTTTAGGACAAAACAAATGGTTATAATGATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTCA-
233 TAATTG-TTTA-TACAAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
** * * * * * *
17002048 AACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAAATTCATTTTTTACATCTCTTACTC-TTTAATTTTTGAA
296 AACTATTTGAACTTTTTTAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAC-CGATTAATTTTAG-A
* * * * * *
17002112 ATATTAA-AAATTAGTATTATTTTA-CTCTGAATAGGCT-TATGCAATGAAAAATAATTGTTTTA
359 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-GAATAAGTTATATG-AATG--AAACAATTATTTTA
* ** * * * ** * * *
17002174 TGACAAAAC--AAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGGCCACAATTATTTGA
420 TGATAAAACAAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGA
* * * *** ** * *
17002237 ACTGATT-TGATAAACTGGTTTATTTTTAAA-ATCTCCAACTT-CTTAATTTCTAAAA
484 GCT-ATTCAG-CAAACAAATTTATTTTTAAATAT-T-TTACTTAC-TAATTTTTAGAA
* * * * * * * * * *
17002292 TATTAATAAAGTAATATTTTTTTATTTTGCATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATTA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGA
* * * * ** * * *
17002357 AAAAACAAAA-GGCTATAATGATTTTG-AATAGATAATTTGTTCAAAATAAACTTGACTATTTGA
66 CAAAACAAAATGTC-ATAAT-AATTTGAAATAAATAA-TTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTAA
* * * * * *
17002420 A-TTTATTC-GTTAAATAGATTTATTTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTCT-AAATGTTAA
127 ACTGTGTTCAG-TAAACAAATTTA-TTTTTTAAATTTC-TACTTATTAATTTT-TAAAATATTAA
* * ** * * *
17002482 TAGAA--TAGTATTATTTTATTTTG-GATAAGCATGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACTA
188 TA-AATTTA-TATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATT-GTTTAT-ACAA
* * * * ** * *
17002544 AATAAAAGGTTAGAAC-ATTTTGAAATAGATAATTGTTTTAATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGG
248 AACAAAAGGTCAAAACGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-T
** * * * * * ** * ** *
17002607 TTCCGCAAATACATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAATATTATTAGTTTAGCT
311 TTTAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACCGATTAATTTTAGAATATTAATAAATTA-AT
* * * * * *
17002672 A-TATTTTACTTT-GAATAAGCTTGTGTGGACA-GAAACAATTGTTTTAGGACAAAACAAAGA-T
375 ATTATTTTA-TTTCGAATAAG-TTATAT-GA-ATGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGT
* * * * * * * * *
17002733 CATAA-AGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTCCGAAAATAG
436 CATAACA-ATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGAGCTATTCAGCAAACAA
* * * *
17002797 ATTTAGCTTTT-AA-A-TCT-CTCATTAATTTTT-GAAA
500 ATTTA-TTTTTAAATATTTTACTTACTAATTTTTAG-AA
* ** * * * **
17002831 TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGTATAAATAAAAATAATTTTTTTACA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATG
* *
17002895 ACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
65 ACAAAACAAAATGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT
* * * * * * ** *
17002960 CAT-TTGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAACTTTTGGAATATGAATAAAT
130 -GTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
** * * * * **
17003023 TTATATTATTTTATTAAAAAGAAGCTTGCATCAACAGAACCT-ATTGTTTTATGGTAAAACAAAA
193 TTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAA-ATAATTG-TTTAT-ACAAAACAAAA
** * * * * * * *
17003087 GGTCATTA-TATTTTGAAATTGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAA
255 GGTCAAAACGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTTAGTAA
* * ** *
17003151 ACAAATT-ATTTTTTAATTCTCTTACTAATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGA-ATTATTT
319 ACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACCGATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTA-ATATTATTT
** * * * * * * **
17003214 TACATCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATTACAAAAGAAAAAGTTAGAATGAT
382 TATTTCGAATAAG-TTATATGAA-TGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACAAT
* * * * * ** * *
17003279 TTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTT
445 TTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGAGC-TATTCAGCAAACAAATTTA-TTT
* * *
17003344 TTAAATCTTTTACTTATTAATTATT-GAAA
508 TTAAATATTTTACTTACTAATTTTTAG-AA
* * * * * *
17003373 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATATA-CTAGTATGAACAGAAACT-ATTATTTTAT
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA-AGCTTGTATGAACA-AAAATAATTATTTTAT
* * * * ** * *
17003436 GACATAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAACAAATAATTACTCAAATAGTTATAACTATTTAAAT
64 GACAAAACAAAATGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC
* * * * *
17003501 TGTTTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAA-T
129 TGTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT
* * *
17003561 TAGTATTATTTTAATTTG-AATAAGCTCGTATGAACA-AAATAATTATTTTATGACAAAAGAAAA
194 TA-TATTATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATT-GTTTAT-ACAAAACAAAA
* * * ** * * * * * ** * *
17003624 GATTATAGTGATTTGAAACAGATTATTGTTCAAATAGTCTTAA-TGATTTGGACTAGTTAAGCAA
255 GGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTTTTTAGTAA
** * * * * **** * * * * *
17003688 TTAGACTT-ATGTTTTAATTTTTTTGGTTATTAAGTTTTGGAATATTATTAAAATAGTATTATAT
319 ACAGA-TTCATTTTTTAAATCTCTTACCGATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTT
* * * * * * * * * **
17003752 TATTTTGAATAAAATAATATGAATAGAACCAATTGTTTGATGACAAAA-TAAAAGCTTATAATGA
382 TATTTCGAAT-AAGTTATATGAAT-GAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAG-TCATAACAA
* * * * ** * ** * *
17003816 TTTGAAATAATTAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTAAAATGGTTTGGTAAGA-AAATATACT
444 TTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGAGCT-ATTCAGCAA-ACAAATTTA-T
* * * *
17003880 TTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTA-AA
506 TTTTAAATATTTTACTTACTAA-TTTTTAGAA
* ** * * * * * *
17003911 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTTAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGA
* * * * * * * * *
17003976 CAAAACAAAAAGTAATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATAATTATTTGAACT-
66 CAAAACAAAATGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTG
* * * ** *
17004040 AGTTCGGTAAACAGAA-TTATTTTCTAAACCTCTTACTTATAAATTTTTAAAATATTAATAAATT
131 TGTTCAGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATTTC-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT
* * * *** * *
17004104 AATTTTATTCTATTTCGAAA-AAGCTTGTATGAGTTGAAATAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAG
194 TATATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTG-TTTAT-ACAAAACAAAAG
* * * * * * * ** * *
17004168 GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCATATAATCTTAACTGTTTGAACTGGTTTAGCAAAT
256 GTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTTAGTAAAC
* * *** * * *
17004233 GGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATTTTACTAAATTAGTATTATTTTA-
321 AGATTCATTTTTTAAATCTCTTACCGATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
* * * * * * * *
17004297 TTCTGAATAAGCTTGTATAAATAGAAAGAATTGTTTTGTGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTT
385 TTC-GAATAAG-TTATATGAAT-GAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACAATTT
* * * * * * *
17004362 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGTA-ATGGTTCAGTAAATAGATTTATTTTT
447 GAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTG-AGCT-ATTCAGCAAACAAATTTA-TTTT
* * * *
17004426 TAGAT-CTTTA---ATTAATTCTT-GAAA
509 TAAATATTTTACTTACTAATTTTTAG-AA
* * * *** * *
17004450 TATTAATAAATTAGGATTATTTTATCTCAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGA
* * * * * * * *
17004515 CAAAACAAAAGGTAATAA-AGATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAA-T
66 CAAAACAAAATGTCATAATA-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT
* * * * *
17004578 -TAATTCAATAAACCGATTTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAA
130 GT-GTTCAGTAAA-CAAATTTATTTTTTAAATTTC-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA
* * * * *
17004641 -GTAGTATTATTTTATTTTG-GATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAATA
192 TTTA-TATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAATAATTG-TTTAT-ACAAAACA
* * * * * * **
17004703 AAAGGTCATAATGATTTTAAATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGT
252 AAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTTAGT
* * ** * ** ** * * * *
17004768 AGAC-GCATTTATTTTTTCAAATCTAATGCTTATTAATTTTTTTACTGTTAATAAATTAGTCTTA
317 AAACAG-ATTCATTTTTT-AAATCTCTTACCGATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAATATTA
** * * * * * *
17004832 TTTTATTTTTAGTAAGCTTGTATGAACTGAAAAAATTATTATATGACT-AAACGAAAAGGTCAGA
379 TTTTATTTCGAATAAG-TTATATGAA-TGAAACAATTATTTTATGA-TAAAAC-AAAAAGTCATA
** * * * * * * * *
17004896 ATGATTTGAAA-ATAATAATTATTCTAATATTCTTAACTATTTGAACTGGTT-TGACAAACACAT
440 ACAATTTGAAATA-AATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGAGCT-ATTCAG-CAAACAAAT
* * * *
17004959 TTATTTTTTAA-A--TCACTTAGTAATTTTTTGAA
502 TTATTTTTAAATATTTTACTTACTAATTTTTAGAA
* * * * * *
17004991 TATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAACT-GTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATG
* * ** ** * * * * *
17005054 AGAAAAC-AAATATCATAACGATTT-AAGATTGATATTTGTCCAAATATTTATAACTATTTAAAT
65 ACAAAACAAAATGTCATAATAATTTGAA-ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC
** ** * * * * *
17005117 TG-GTTCGAAAAAACAGCTTTAGTTTTTGAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGG
129 TGTGTTC-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTC-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATA-A
* * * * * *
17005181 A--TAGTACTATTTTATTTCAAATAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
191 ATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTG-TTTAT-ACAAAACAA
** * * * * * *
17005244 AAGGTCATAATGGCTTT-AAATTGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTCAAC-TTGTTCG
253 AAGGTCA-AAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTTTTTAG
* * * * * *
17005306 ATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTC-ATTAATTTTTCA-AATGTTAATAAATTAGTAT
316 -TAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAC-CGATTAA-TTTT-AGAATATTAATAAATTAATAT
* * * * *
17005369 TATTTTA-TTCTGAATAAGCTTTTTATGTACTGAAATAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTC
377 TATTTTATTTC-GAATAAG--TTATATG-AATGAAACAATTATTTTATGA-TAAAACAAAAAGTC
* * * * * * * ** ** *
17005432 AGAACGATTTGAAA-AAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAAGTGCTTGAAATGGTTCTA-CAAACA
437 ATAACAATTTGAAATAA-ATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGAGCT-ATTC-AGCAAACA
* * * *
17005495 CATTTATTTTTTAAATCTTTTACATACTAATTTTTGGAA
499 AATTTA-TTTTTAAATATTTTACTTACTAATTTTTAGAA
* ** ** *
17005534 T-TGTATTAAATTAGCCTTATTTTA-ACCTAAATAAGCTTGTATGAA-AACAAATAATTATTTTA
1 TAT-TAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAA-AAATAATTATTTTA
* * * * *
17005596 TGACAAAA-TAAA-GATCATAATGATTTGAGATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGA
63 TGACAAAACAAAATG-TCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAA
* ** * * * * *
17005659 ACTAT-TTTGGTAAACAGATTTAGTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTCAAAATATTATTATA
127 ACTGTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA
** * * * ** * * * *
17005720 TCAATAGTATTTTGTTCT-AAAAAATTTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTAGGACAAAACAAA
192 TTTATATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTG-TTTA-TACAAAACAAA
* * * ** * * ** *
17005784 ATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAAT-GGCATGACTATTTGAACTTGCTTGGTAA
254 AGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTTAGTAA
* * * * * *
17005848 AAATATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT-TTTT
319 ACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACCGATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTT
17005912 ATTTCGAATAA
383 ATTTCGAATAA
17005923 ACTTGTATTA
Statistics
Matches: 11368, Mismatches: 2676, Indels: 2059
0.71 0.17 0.13
Matches are distributed among these distances:
478 25 0.00
479 2 0.00
480 2 0.00
481 3 0.00
483 3 0.00
484 2 0.00
486 2 0.00
487 3 0.00
489 4 0.00
490 3 0.00
493 3 0.00
494 1 0.00
496 4 0.00
497 2 0.00
498 22 0.00
499 116 0.01
500 19 0.00
501 33 0.00
502 6 0.00
503 2 0.00
504 7 0.00
505 10 0.00
506 3 0.00
507 1 0.00
508 3 0.00
509 5 0.00
510 4 0.00
511 3 0.00
512 13 0.00
513 63 0.01
515 12 0.00
516 4 0.00
517 16 0.00
518 9 0.00
519 16 0.00
520 95 0.01
521 99 0.01
522 5 0.00
523 2 0.00
524 2 0.00
525 79 0.01
526 104 0.01
527 35 0.00
528 82 0.01
529 274 0.02
530 221 0.02
531 92 0.01
532 32 0.00
533 80 0.01
534 15 0.00
535 64 0.01
536 970 0.09
537 985 0.09
538 1077 0.09
539 1198 0.11
540 538 0.05
541 988 0.09
542 706 0.06
543 698 0.06
544 464 0.04
545 84 0.01
546 26 0.00
547 22 0.00
548 38 0.00
549 45 0.00
550 33 0.00
551 46 0.00
552 61 0.01
553 30 0.00
554 15 0.00
555 13 0.00
556 17 0.00
557 35 0.00
558 27 0.00
559 21 0.00
560 11 0.00
561 15 0.00
562 21 0.00
563 16 0.00
564 99 0.01
565 102 0.01
566 26 0.00
567 109 0.01
568 66 0.01
569 34 0.00
570 10 0.00
571 14 0.00
572 2 0.00
573 12 0.00
574 12 0.00
575 6 0.00
576 33 0.00
577 75 0.01
578 70 0.01
579 17 0.00
580 5 0.00
581 13 0.00
582 3 0.00
583 1 0.00
584 8 0.00
585 14 0.00
586 14 0.00
587 3 0.00
588 9 0.00
589 9 0.00
590 12 0.00
591 8 0.00
592 5 0.00
593 5 0.00
594 5 0.00
595 19 0.00
596 2 0.00
597 9 0.00
598 1 0.00
599 20 0.00
600 12 0.00
601 15 0.00
602 21 0.00
604 2 0.00
606 7 0.00
607 55 0.00
608 74 0.01
609 88 0.01
610 131 0.01
611 84 0.01
612 37 0.00
614 9 0.00
615 67 0.01
616 7 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (536 bp):
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGA
CAAAACAAAATGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTG
TGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTA
TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTATACAAAACAAAAGGTCAA
AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTTAGTAAACAGATT
CATTTTTTAAATCTCTTACCGATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAA
TAAGTTATATGAATGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAAT
AATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGAGCTATTCAGCAAACAAATTTATTTTTAAATATTTTAC
TTACTAATTTTTAGAA
Found at i:16992219 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 16992198--16992230 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
16992188 TAACGATTTG
16992198 AAATAG-ATAATTATTC
1 AAATAGCATAATTATTC
16992214 AAATAGTCATAATTATT
1 AAATAG-CATAATTATT
16992231 TGAACTAGTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.06, T:0.39
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTATTC
Found at i:16993532 original size:179 final size:179
Alignment explanation
Indices: 16992756--16993993 Score: 965
Period size: 179 Copynumber: 6.9 Consensus size: 179
16992746 ATAATTGGTC
* * * * * * ** *
16992756 AAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAATGGTCATAACAATTTTAAATAGA
1 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGA
* * * * * *
16992821 CAATTATTGAAATAGTCATCACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTTTAAT-TT
66 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTT
* * * *
16992885 CTTACCTATGAATTTTCTA-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCCAAT
130 C--ACTTATTAATTTT-TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAAT
* * * * * * ** * * *
16992938 AAGCATGTATGAATTGAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAATG-TTAGGACGTTTTAAAATAG
1 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * * *
16993002 ATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTAATTGAA-TTGGTTTGGCAAATACATTTGTTTTTTAAATCC
65 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-C
* ** * *
16993066 TT-ACTTATTAATTGTTAGAATATTGTTAATTTAGTAATT-TTTTACTCTGAAT
128 TTCACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTA-TTTGAAT
* * * * * *
16993118 AATG-TTGTATGAATAGCAACAAATGTTTTAGGACAAAAC-AAAGATCACAAAGATTTGAGATAG
1 AA-GCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAG
* * * * ** * *
16993181 ATAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTCAACTAGTTCAGTAAAGAGATTTAGTTTTTAAATC-T
65 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
* * *
16993245 --CTT-TGTAATTTTCA-AATTAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT
130 CACTTAT-TAATTTTTAGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAT
** * * * *
16993294 AATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAATATCATAATAATTTGAAATATA
1 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGA
* * * * * *
16993359 TAATAGTTCAAATGGACATAACTAGTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTTC
66 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTC
*
16993424 AACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGGAAT
131 -ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAAT
* * * *
16993475 AAACTT-TATGAA-AGAAACAATTGTTTTATAACAAAAGAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAA
1 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGA
* * ** ** *
16993538 TGATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTCACTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTT
66 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-T
* * * *
16993602 TTACTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTCATTCTAAAT
129 TCACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAT
* * * * * * * *
16993653 AAGCTTGTTTAAACAAAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAGA
1 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGA
* * * *
16993718 TAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTTAG-AAA-ATGAATTTATTTTTTAATTT
66 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTTGGTAAACA-G-ATTTATTTTTTAAATC
* * * *
16993780 TTCACTTAATAATTTATGGAATATTAATAAATTTA-TAATATTTTATTTGAATT
128 TTCACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTGAA-T
* * * * ** * * *
16993833 AGGCTTGCATGAACA-AACCAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGTTTTGAAATAGA
1 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGA
**** * * * **
16993897 TAATTGTTTTGGTAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTCATTTTCTTATTTCTT
66 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTT-TTAAATC-T
* *
16993962 TTACTCT-TTAATTTTTGGAATATTAATAAATT
129 TCACT-TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT
16993994 GTTTAGTAAA
Statistics
Matches: 841, Mismatches: 175, Indels: 82
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 7 0.01
176 64 0.08
177 69 0.08
178 45 0.05
179 265 0.32
180 208 0.25
181 90 0.11
182 90 0.11
183 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGA
TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTC
ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAT
Found at i:16993550 original size:356 final size:356
Alignment explanation
Indices: 16992875--16993828 Score: 935
Period size: 356 Copynumber: 2.7 Consensus size: 356
16992865 ATATTTATTT
* * * *
16992875 TTTTTAATTTCTTACCTATGAATTTTCTAAAT-GTTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCCAAT
1 TTTTTAA-ATCTTACTTATTAATTTTC-AAATAG-TAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAAT
* * * * * * ** * * *
16992938 AAGCATGTATGAATTGAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAATGTTAGGACGTTTTAAAATAGA
62 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * * * *
16993003 TAATTGTTCTAATAGTCTTAACTAATTGAATTGGTTTGGCAAATACATTTGTTTTTTAAATCCTT
127 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTAATTGAATT-GTTTGGAAAATAGATTTATTTTTTAAAT-CTT
* ** * * * **
16993068 -ACTTATTAATTGTTAGAATATTGTTAATTTAGTAATT-TTTTACTCT-GAATAATGTTGTATGA
190 CACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAAT-ATTATTTTA-TTTGGAATAAACTTGTATGA
* * * * * *
16993130 ATAGCAACAAATGTTTTAGGACAAAACAAAGATCACAAAGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAAT
253 ATAGAAACAAATGTTTTAGAACAAAAAAAAGATCACAAAGATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT
* *
16993195 AATAATAACTATTTCAACT-AGTTCAGTAAAGAGATTTAG
318 AATAATAACTATTTCAACTCA-CTCAGTAAACAGATTTAG
16993234 TTTTTAAATC-T-CTT-TGTAATTTTCAAATTAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA
1 TTTTTAAATCTTACTTAT-TAATTTTCAAA-TAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA
** * * * *
16993296 TTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAATATCATAATAATTTGAAATATATA
64 GCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATA
* * * * * *
16993361 ATAGTTCAAATGGACATAACTAGTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTTCAA
129 ATTGTTCAAATAGTCATAACTAATTGAA-TTGTTTGGAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTC-A
16993426 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGGAATAAACTT-TATGAA-AG
192 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGGAATAAACTTGTATGAATAG
* * * * * *
16993489 AAACAATTGTTTTATAACAAAAGAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATGATTATTCAAATAGT
257 AAACAAATGTTTTAGAACAAAA-AAAAGATCACAAAGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAAT
* * * * *
16993554 CATAACTATTTGAATTCACTCAGTAAACATATTTAT
321 AATAACTATTTCAACTCACTCAGTAAACAGATTTAG
** * *
16993590 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTCATTCTAAATAA
1 TTTTTAAATC--TTACTTATTAATTTTCAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA
* * * * * *
16993655 GCTTGTTTAAACAAAAACAATTGGTTTATGATAAAAC-AAATGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
64 GCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAT-GTCATAATGATTTGAAATAGAT
* * * * *
16993719 AATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATGTGTTTAGAAAAT-GAATTTATTTTTTAATTTTTC
128 AATTGTTCAAATAGTCATAACTAATTGAAT-TGTTTGGAAAATAG-ATTTATTTTTTAAATCTTC
* * * * *
16993783 ACTTAATAATTTATGGAATATTAATAAATTTATAATATTTTATTTG
191 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTG
16993829 AATTAGGCTT
Statistics
Matches: 487, Mismatches: 89, Indels: 39
0.79 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
355 27 0.06
356 214 0.44
357 47 0.10
358 49 0.10
359 137 0.28
360 12 0.02
361 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (356 bp):
TTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTCAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGC
TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
TGTTCAAATAGTCATAACTAATTGAATTGTTTGGAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTCACTTA
TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGGAATAAACTTGTATGAATAGAAAC
AAATGTTTTAGAACAAAAAAAAGATCACAAAGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATAATAA
CTATTTCAACTCACTCAGTAAACAGATTTAG
Found at i:16993714 original size:359 final size:355
Alignment explanation
Indices: 16992771--16993993 Score: 962
Period size: 359 Copynumber: 3.4 Consensus size: 355
16992761 TTTATGAATT
* * * ** * * * *
16992771 GAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAATGGTCATAACAATTTTAAATAGACAATTATTGAAATAG
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * ** * * *
16992836 TCATCACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTTTAAT-TTCTTACCTATGAATTT
65 TCATAACTATTTGAA-TTATTCAGTAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTT-TTA-CTTTTAATTT
** * * * * * *** **
16992900 TCTAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCCAATAAGCATGTATGAATTGAAACAATTAT
126 T-GGAATATTAATAAATTAGTATTATTTCATTCT-AAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTGG
** * * * ** *** * * * * *
16992964 TTTATAACTAAACAAAATGTTAGGACGTTTTAAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTAAT
189 TTTACGACAAAACAAAATATCATAATAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGACATAACTAAT
* * * * **
16993029 TGAATTGGTTTGGCAAATACATTTGTTTTTTAAATCCTT-ACTTATTAATTGTTAGAATATTGTT
254 TGAATT-GTTTGGAAAATAGATTTATTTTTTAAAT-CTTCACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT
* * * ** *
16993093 AATTTAGTAATT-TTTTACTCTGAATAATGTTGTATGAATA
317 AAATTAAT-ATTATTTTA-TTTGAATAAACTTGTATGAACA
* * * * * * * *
16993133 GCAACAAATGTTTTAGGACAAAACAAAGATCACAAAGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAAT
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * **
16993198 AATAACTATTTCAACTAGTTCAGTAAAGAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTTGTAATTTTCA
66 CATAACTATTTGAATTA-TTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTT-TAATTTTGG
* * ** * * * *
16993259 AATTAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
129 AA-TATTAATAAATTAGTATTATTTCATTCTAAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTGGTTTA
* * *
16993324 CGACAAAACAAAATATCATAATAATTTGAAATATATAATAGTTCAAATGGACATAACTAGTTGAA
193 CGACAAAACAAAATATCATAATAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGACATAACTAATTGAA
* *
16993389 CTTGTTTGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
258 -TTGTTTGGAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTC-ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
16993454 TAATATTATTTTATTTGGAATAAACTT-TATGAA-A
321 TAATATTATTTTATTT-GAATAAACTTGTATGAACA
* * * *
16993488 GAAACAATTGTTTTATAACAAAAGAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATGATTATTCAAATAG
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
*
16993553 TCATAACTATTTGAATTCACTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTG
65 TCATAACTATTTGAATT-ATTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT-TTAATTTTG
*
16993618 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTCATTCTAAATAAGCTTGTTTAAACAAAAACAATTGGTTTA
128 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTCATTCTAAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTGGTTTA
* * * * * * * *
16993683 TGATAAAAC-AAATGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGA
193 CGACAAAACAAAAT-ATCATAATAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGACATAACTAATTGA
* * * * * *
16993747 ATGTGTTTAGAAAAT-GAATTTATTTTTTAATTTTTCACTTAATAATTTATGGAATATTAATAAA
257 AT-TGTTTGGAAAATAG-ATTTATTTTTTAAATCTTCACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA
* * ** *
16993811 TTTATAATATTTTATTTGAATTAGGCTTGCATGAACA
320 TTAATATTATTTTATTTGAA-TAAACTTGTATGAACA
* ** * * * ****
16993848 -AACCAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTTGGTAG
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * **
16993912 TCATAACTATTTGAACTTGTT-TGATAAACATATTCATTTTCTTATTTCTTTTACTCTTTAATTT
65 TCATAACTATTTGAA-TTATTCAG-TAAACATATTTATTTT-TTAAATCTTTTACT-TTTAA-TT
16993976 TTGGAATATTAATAAATT
125 TTGGAATATTAATAAATT
16993994 GTTTAGTAAA
Statistics
Matches: 691, Mismatches: 142, Indels: 57
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
355 29 0.04
356 211 0.31
357 49 0.07
358 52 0.08
359 215 0.31
360 40 0.06
361 76 0.11
362 19 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (355 bp):
GAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
CATAACTATTTGAATTATTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTTTAATTTTGGAA
TATTAATAAATTAGTATTATTTCATTCTAAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTGGTTTACGA
CAAAACAAAATATCATAATAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGACATAACTAATTGAATTG
TTTGGAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTCACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATA
TTATTTTATTTGAATAAACTTGTATGAACA
Found at i:16994337 original size:182 final size:177
Alignment explanation
Indices: 16993988--17000679 Score: 2169
Period size: 181 Copynumber: 37.2 Consensus size: 177
16993978 GGAATATTAA
* * *
16993988 TAAA-TTGTTTAGTAAACATACTTACTTTTTAAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTA
1 TAAACTTGTTCAGTAAACATATTTA-TTTTT--AAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTA
* * * * * * *
16994052 ATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTAAATGGATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAA
63 ATAAATTAGTATTATTTTATTC-GAATAAGCTTATAT-GA-ACAAAAAATTATTTTATGACAAAA
* * * * * *
16994117 CAAAAAGTCATGAAAAATTTGAAATAAATAAATGTTCAAATAGTCATAACGAGT
125 CAAAAAGTTAT-AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* **
16994171 TAAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTGTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCTTAATATTAAT
1 TAAACTTGTTCAGTAAACATATTTATT-TTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAAT
* * * *
16994236 AATTTTGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAACATAATAAATCATTTTATGACAAAACA
65 AAATTAGTATTATTTTATTCG-AATAAGCTTATATGAACA-AA-AAATTATTTTATGACAAAACA
* * * * ** *
16994301 AAAGGTTATAGCAATTTTCAAATGGATAATTGTTCAAATAGTCGCAATTATT
127 AAAAGTTATAACAA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * ***
16994353 TAAACTTATTC-GAAAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATCT-TTGGAATATTA
1 TAAACTTGTTCAG-TAAACATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT-TGTCAAAATATTA
* * * * *
16994416 ATAGCA-TAGTATTATTTTATTTTGAATATGCTTATATGAATTGAAATAATT-TTTTATGACAAA
63 ATA-AATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTATATGAA--CAAAAAATTATTTTATGACAAA
* * ** * * * *
16994479 ACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCGAATAGTCTTGACTATT
124 ACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * *
16994533 TGATCTAGTT-TGATAAACATATTTATTTTCTAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAA
1 TAAACTTGTTCAG-TAAACATATTTATTTT-TAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAA
* *** * * * * *
16994597 TAAATTAG-AATATTTTAATTCGAATAAGCTTGCGTGGACAAAAACTATTGTTTTATAATAGAAC
64 TAAATTAGTATTATTTT-ATTCGAATAAGCTTATATGAACAAAAA--ATTATTTTATGACAAAAC
* *
16994661 AAAAAGTTATAA-GATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATAGTCATAACTATT
126 AAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * *
16994712 TGAACTAAT-TTGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTCAAAATATTA
1 TAAACT--TGTTCAGTAAACATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTA
** * * *
16994771 ATAGGTTAGTATTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTATTTTATGACAAAA
63 ATAAATTAGTATTATTTTATT-CGAATAAGCTTATATGAACAAAAA-A-TTATTTTATGACAAAA
* * * *
16994836 CAAAATGTTATAACAATTTGAAATAGTTAATTGTTTAAATAGTCATAATTATGT
125 CAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT-T
* * * * * * * * * **
16994890 T-AACTGGTTACA-TAAATAGAATTATTTTTTTAATATCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAA
1 TAAACTTGTT-CAGTAAACATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAA
* * ** * *
16994953 TAAATTCA-TTTTATTTTATTCCGAATAAG-GTAGTATGATTTGAAAAAATTGTTTTATGAGAAA
64 TAAATT-AGTATTATTTTATT-CGAATAAGCTTA-TATGA--ACAAAAAATTATTTTATGACAAA
* ** * * * * *
16995016 TCAAATGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATACATATAGTCTTAACTATT
124 ACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* ** * * * * * ** *
16995070 TGAA-TTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAT
1 TAAACTT-GTTCAGTAAACATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAA
* * * * * * *
16995134 TAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGA-ATGAATAGAAGTAATTGTTTTATGAAAAAA
64 TAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTT-ATATGAACA-AA-AAATTATTTTATGACAAAA
* * * * * ** * * *
16995198 CAAAAGGTTATAATAATTTGAAGTATACAATCATTTAAATAGTTATTACTATT
125 CAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* ** * * * * ** *
16995251 TGAACTAATTC-GATATACAGATTTATTTTTTAAATC--TTACTTTTTAATTTTTGAAAGATTAA
1 TAAACTTGTTCAG-TAAACATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAA
* * * * * * * *
16995313 TATATTACTATTATTTTATTCTAAATAAGCTAATATGATAAAAAACAATTGTTATATGACCAAAC
64 TAAATTAGTATTATTTTATTC-GAATAAGCTTATATGA-ACAAAA-AATTATTTTATGACAAAAC
* * ** * * * * *
16995378 AAAAGGTAATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTAAAATGGCCATAATTATT
126 AAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
** * * * * * * * **
16995430 TGTA-TTGATTC-GATAAACAGACTCATTTTTTAAATCATCTATTTATTAATTTTTGAAATA-TA
1 TAAACTTG-TTCAG-TAAACATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTA
* * ** * * *
16995492 ATTAAATTAGTATTATATTATTTTGAATAAGCTTGCATGAACTAAATAATTGTTTTATGACATAA
63 A-TAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTATATGAAC-AAAAAATTATTTTATGACAAAA
* * * * * * * * *
16995557 CAAAAGGTCAT-ACGATTTTAAATAGACAATTTTTCAAATAGTGATAAATATC
125 CAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * *
16995609 TAAATTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAA-CTATTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAG
1 TAAACTTGTTCAGTAAACATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAAT
* * * * * *
16995673 AAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTAAAACAATT-GTTTA-CATCAAAAC
65 AAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTATATGAA-CAAAA-AATTATTTTATGA-CAAAAC
* ** ** * * * * *
16995736 AAAATGTCCTAATGA-TTGTAAATAAATAATTATTTAAGTTGTCATAACTATT
126 AAAAAGTTATAACAATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * * * *** *
16995788 TGAATTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATATTTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAA
1 TAAACTTGTTCAGTAAACATATTTA--TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAA
* * * * * * * *
16995853 TAAATT-TTGATTATTTTATTTCAAATTAGCATGTAAGATATGAAAAAA-TATTTTATGACTAAA
64 TAAATTAGT-ATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTATATGA-A-CAAAAAATTATTTTATGACAAAA
* * ** * * * * * **
16995916 CAAAAGGTTAGAATGATTTAAAATATATAATTATTCTAATACTTTTAACTATT
125 CAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * * *
16995969 TAAACTGGTTC-GACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAT
1 TAAACTTGTTCAG-TAAACATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAA
** * * *
16996033 TAAATTAGTATTATTTTTAACCGAATAAGGTTATATGAA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
64 TAAATTAGTATTA-TTTTATTCGAATAAGCTTATATGAACAAAAAATTATTTTATGACAAAACAA
* * ** * * * *
16996097 AGA-TTTTAATGATTTGAAATTGATATTTGTTCAATTAGTGATAACTATT
128 AAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* ** * * * * * **
16996146 TAAACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTGTTTTAATATGTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
1 TAAACTTGTTCAGTAAACATATTTATT-TTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAAT
* * * * *
16996211 CAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGATAAAAAATAATTATTTTATGATAAAACA
65 AAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTATATGA-ACAAAA-AATTATTTTATGACAAAACA
* * * * ** * *
16996276 AAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATAATTCAAA-CGACCATAA-TAATT
127 AAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACT-ATT
* * * * * * * * *
16996327 TTAAC-TGATTCGGCAAATAGATCTATTCTTAAAATTTTTTACTTATTAATT-T-AGGAA-ATTA
1 TAAACTTG-TTCAGTAAACATATTTATT-TTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCA-AAATATTA
* ** * * * * * **
16996388 AT--ATTA-TTTTATTCCA-TC---TAAGCTTGTATTAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAATG
63 ATAAATTAGTATTATTTTATTCGAATAAGCTTATATGAA--CAAAAAATTATTTTATGACAAAAC
* * * * * * *
16996446 AAAAGGTTATAACGATTTTAAATAGACAAGTT-TTTAAATAATAATAACTATT
126 AAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAA-TTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* *
16996498 TAAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTTAAATCTCTTT-CTTA-TAATTTTTC-AAATGTT
1 TAAACTTGTTCAGTAAACATATTTA--TTTTTAAATCT-TTTACTTATTAA-TTGTCAAAATATT
* * * * *
16996560 AATAAATTAGTATTAATTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAAAATTGTTTTATGACTAA
62 AATAAATTAGTATTATTTTATTC-GAATAAGCTTATATGAAC--AAAAAATTATTTTATGACAAA
* * ** * * * * ** *
16996625 ACAAAATGTTAGAATGATTTGAAATAGAAAATTATTCTAATGGTTTTAACCATT
124 ACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* ** ** ** *
16996679 TGAACTAATTTGGTAAACA-ACTTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATT-TTGAAATATTAT
1 TAAACTTGTTCAGTAAACATA-TTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAA
* * ** **
16996738 TAAATTAGTATTATTTTAATTAGAATAAGCTTGTACAAACAAAATAATTATTTTACAAC-AAA-A
64 TAAATTAGTATTATTTT-ATTCGAATAAGCTTATATGAACAAAA-AATTATTTTATGACAAAACA
* ** * * * *
16996801 AAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATCGTTCATATAGTCTTAACTATT
127 AAAAG-TTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * ** * * * * * ***
16996853 TGAA-TTGGTTCAGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGC-TATT-ATGTTTTGGAATATT
1 TAAACTT-GTTCAGTAAACATATTTATTTTTAAATCTT-TT-ACTTATTAAT-TGTCAAAATATT
* * ** * * * *
16996915 AATAAATTAGTATCATTTTATTTCAAATAA-AATAGTATGAATAGAACCAATTGTTTAATGACAA
62 AATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTA-TATGAACA-AA-AAATTATTTTATGACAA
* ** * * * * *
16996979 AATAAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATTAAAACTATT
123 AACAAAAA-GTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
** ** * ** * * * * * ***
16997035 TGAAA-TAATTTGGTAAGCAGGTTTGCTTTTTAAATCTCTAACTGATTAATTCTTGCAATATTAA
1 T-AAACTTGTTCAGTAAACATATTT-ATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAA
* * * * * * *
16997099 TAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAAATATCTTGTCTATTAA-ACAACAATTGTTTTATAACAAA
64 TAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATA-AGC-T-TATATGAACA-AAAAATTATTTTATGACAAA
* * * * * * * * *
16997162 ACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAGTTGTTTAAATGGGCATAATTATA
124 ACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * *
16997216 TGAAC-TGATTCGGTAAA-GTGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAAAATATTA
1 TAAACTTG-TTCAGTAAACAT-ATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTA
* * *
16997279 ATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATT-TTTTAATGACAAA
63 ATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTATATGAAC-AAAA-AATTATTTT-ATGACAAA
** ** ** *
16997343 ACAAATGGTCGTAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
124 ACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * ** * * *** **
16997397 TAAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTGGAAGGTTAA
1 TAAACTTGTTCAGTAAACATATTTA-TTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAA
** * ** * * *
16997462 TAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACCATTATTATACGACTAAAC
64 TAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTATATGAAC--AAAAAATTATTTTATGACAAAAC
* * * ** * * *
16997527 AAAATGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATT
126 AAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * ** * * * * * * *
16997579 TGAACTGGTTTGGCAAATGCAT-TTT-TTTTTAAAAC---T-CTTATCAATTTTTAGAATATTAT
1 TAAACTTGTTCAGTAAA--CATATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAA
* * * * * * *
16997638 TAAATTAGTATTATTTT-TATCTAAATAAGCTTGTATGATTAGAAATAATTGTTATATGAGAAAA
64 TAAATTAGTATTATTTTAT-TC-GAATAAGCTTATATGA--ACAAAAAATTATTTTATGACAAAA
* * ** * * * * * *
16997702 CAAAGA-TAATAAGGATTTGAGATTGATATTTATTCAAATAATTATAACTATT
125 CAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * **
16997754 TGAACTAGTTCA--AAAAATAATTTTAGTTTTTAAATCTCTTCCTTATTAATTTTTGAAATATTA
1 TAAACTTGTTCAGTAAACAT-A-TTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTA
* ** ** * *
16997817 ATAAAATAGTATTA-TTTATTTTAGATAATTTTTTATGAACTAAAAAATTATTTTATGATAAAAC
63 ATAAATTAGTATTATTTTATTCGA-ATAAGCTTATATGAAC-AAAAAATTATTTTATGACAAAAC
** * * * * * * *
16997881 AAAGTGTCATAACGACTTCAAATATATAATTGCTCAAATAGTTA-AATCTATT
126 AAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATT
* * * * * * ***
16997933 TGAACTTGTTCAGTATAGAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTA-TTCATTAATTTTTTGAATATTA
1 TAAACTTGTTCAGTAAACATATTTA--TTTTTAAATCTTTTACTT-ATTAATTGTCAAAATATTA
* * * * * * *
16997997 ATAAATTACTATTATTTTATTCTGAATAAGTTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACTAAA
63 ATAAATTAGTATTATTTTATTC-GAATAAGCTTATATGAA--CAAAAAATTATTTTATGACAAAA
* * ** * * **
16998062 CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAATTTTAA-TGATT
125 CAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATT
* ** * * * * *
16998115 TGAA-TTGGTTTGGCAAACACATTT-TTCTTTAAATCTCTTACTT-TCTAATTTTTAAAATATTA
1 TAAACTT-GTTCAGTAAACATATTTATT-TTTAAATCTTTTACTTAT-TAATTGTCAAAATATTA
* * * * * * * *
16998177 TTAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTTTGAAAAAAAATAATTGTTTTATGACCAAA
63 ATAAATTAGTATTATTTTATTC-GAATAAGCTTATATG-AACAAAA-AATTATTTTATGACAAAA
* * * *
16998242 -AAAATGATGATAATAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
125 CAAAAAG-TTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * *
16998295 TGAA-TTGTTTCAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAA--TTTT--TTATTAGTTTTCAAAATATTAA
1 TAAACTTG-TTCAGTAAACATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAA
* * ** ** * *
16998355 -AATATTGGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGCATGAACAGAAACAATTGTTTTATAAC-AAA
64 TAA-ATTAGTATTATTTTATTC-GAATAAGCTTATATGAACA-AAA-AATTATTTTATGACAAAA
* * * * *
16998418 CAAAAGGTCATAACAA--T---AT--ATAAATGTTCAAATGGACA-AACTATT
125 CAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * * * * *
16998463 TGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAGTTTTTAGAATATTAAT
1 TAAACTTGTTCAGTAAACATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAAT
* * * *
16998528 AAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTATCTGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAAC-
65 AAATTAGTATTATTTTATTC-GAATAAGCTTATATGAA-CAAAA-AATTATTTTATGACAAAACA
* * * * * *
16998592 AAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAATCATAACTATT
127 AAAAG-TTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * ** *
16998644 TGAAA-TAAATAATT-ATTCAAACA-ATCATAACTATTTGAA-CTTGCTCAGTAAACAAATTTAC
1 T-AAACT---T-GTTCAGT-AAACATAT--TTA-TTTTTAAATCTT--T---T--ACTTA-TTAA
* * * * * * * * * * * * * * *
16998705 TTTTTAAATTTTTTAAT-TATTAGTTTTTGGAATATTAAT-AAATTAGTGTTATTTTATTTC-TA
49 TTGTCAAA-ATATTAATAAATTAG-TATT---ATTTTATTCGAATAAG-CTTATATGA--ACAAA
* * *** * ** *
16998767 ATATGT-TTATATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAAT-AAA-AGTCATAACTAT-TTGAA
106 AAAT-TATTTTATG-AC-AAAACAAAAAG-TTATAACAATTTGAAATAG--ATAA-T-TGTTCAA
*
16998828 ATAG--ATAATTATT
163 ATAGTCATAACTATT
* * * * * * *
16998841 CAAA-TAG-TCA-T-AAC-TATTTGAACGTGTTATAAAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTATT
1 TAAACTTGTTCAGTAAACATATTT--A--T-TT-TTAAATC-T-TTTACTTATT-AA----T-TG
* * * *
16998901 TAAAAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAAAAGA
52 T--CAA-------AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCG-AATAAGCTTATATGAACA-A
* * * *
16998965 AACAATTATTTTATGACAAAATAAAAAGGTTATAACGATTTGAAGTAAATAATTGTTCAAATAGT
105 AA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAA-GTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
16999030 CATAACTATT
168 CATAACTATT
* * * ** * ** *
16999040 TGAACTTGTTCAGTAAACAAATTCATATTTTAAATCTCCTAC-TATTTAATTTTTGAAATATTAT
1 TAAACTTGTTCAGTAAACATATTTAT-TTTTAAATCTTTTACTTA-TTAATTGTCAAAATATTAA
* * * * * * **
16999104 TAAATTAGTATTTTTTTTATTTCGAATTAGCTTATATGAACTAATACAATTGTTTCACGATGAAA
64 TAAATTAGTA-TTATTTTA-TTCGAATAAGCTTATATGAAC-AA-AAAATTATTTTATGACAAAA
* * * * ** * *
16999169 CAAAATGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAGTAGTTGTGACTAGT
125 CAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * **
16999222 TGAACTTGTTC-GATAAATATATTTATTTTTAAAATGTTTTACTTATT-ATCTATTGAAATATTA
1 TAAACTTGTTCAG-TAAACATATTTATTTTT-AAATCTTTTACTTATTAAT-TGTCAAAATATTA
* ** * * * *
16999285 ATAAATTAATATTATTTTAACCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAA
63 ATAAATTAGTATTATTTT-ATTCGAATAAGCTTATATGAAC-AAAA-AATTATTTTATGACAAAA
* * * * * **
16999350 CAAAAAGTCATAACGATTTGTAATAAATAATTATTCAAATAGTTGTAACTATT
125 CAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * * * * * *
16999403 TGAATTTATTCGGTAAATAGATTTACTTTTAAATCTTTTACTTATTAGTTAT-ATGAATATCAAT
1 TAAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCA-AAATATTAAT
* * * *
16999467 AAATTTGTATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAATATATTTTATGACAAAAT
65 AAATTAGTATTATTTT-ATTCG-AATAAGCTTATATGAACA-AAAAAT-TATTTTATGACAAAAC
* * *
16999531 AAAAGGTTATAGCAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
126 AAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * ***
16999583 TCAACTTGTTC-GATAAATAGATTCAATTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGGAATATTAA
1 TAAACTTGTTCAG-TAAACATATT-TATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAA
* * * * * * * * *
16999643 T-AATTAGAATTATGTTATTTTGAGTCAA-CTTGTA-CAAAAGAAACAATTATTTTGTAACAAAA
64 TAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAAT-AAGCTTATATGAACA-AAA-AATTATTTTATGACAAAA
* * *** * *
16999705 CAAAAGGTCATAATGCTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATTATAACTATT
125 CAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
** * * ** * * * *
16999758 TGTAC-TGGTCAGGCT-AACATATTCATTTTTTAAATCCATTACTTATTAATTTTTAGAATATCA
1 TAAACTTGTTCA-G-TAAACATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTA
* * * * * * * * * *
16999821 TTAAATTAGCAATATTTTATTCTGAATAAGATTGTATCATTAGAAACAAGTGTTTTATGACAAAA
63 ATAAATTAGTATTATTTTATTC-GAATAAGCTTATATGA--ACAAAAAATTATTTTATGACAAAA
** * ** * *
16999886 CAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACT-GTTATAACTATT
125 CAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATT
* ** * * *
16999939 TAAACTGGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTTAAGTC---T-CTTATTAATTTTTAAAATA-T--
1 TAAACTTGTTCAGTAAACATATTTA--TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAA
* * * * *
16999997 T--A--A-TATTATTTTATTCAGAAT-CGACTTATGTGAACAAAAACATTTGTTTTACGAC-ATA
64 TAAATTAGTATTATTTTATTC-GAATAAG-CTTATATGAACAAAAA-A-TTATTTTATGACAAAA
* ** * ** ** *
17000055 CAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATTTAACCTTAACTATT
125 CAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * * ** *
17000108 TGAA-TTGATTCAGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCGTAATATTAT
1 TAAACTTG-TTCAGTAAACATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAA
* * * * * * * *
17000172 TAGATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTAAGAATATAAATAATTGTTTCATGACAAAAC
64 TAAATTAGTATTATTTTATT-CGAATAAGCTTATATGAACA-AAA-AATTATTTTATGACAAAAC
* ** * * *
17000237 AAAAGGTTATAATGATTTAAAATATATAATTATTCAAATAGT-ACTAACTATT
126 AAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATT
* * * * * * **
17000289 TAAAC-TGTTCGGTAAGCATATTTATTTTTTAATTCTTCTACTTATTAGTTTTTGAAATATTAAT
1 TAAACTTGTTCAGTAAACATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAAT
* * * *
17000353 AAATTGGTATTATTTTATTCCAA-ATAGTCTTGTATGATGAA-AAACAATTGTTTTATGACAAAA
65 AAATTAGTATTATTTTATTCGAATA-AG-C-T-TAT-ATGAACAAAAAATTATTTTATGACAAAA
* * * * *
17000416 C-AAACGTTCTTAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAAT-GACTATAATTATT
125 CAAAAAGTT-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATT
* * * * ** * **
17000469 TGAA-TTGATTCAATAAAC-TAATTTATATTTTAAATCTCTAACTTCCTAATTTTTGAAATATTA
1 TAAACTTG-TTCAGTAAACAT-ATTTAT-TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTA
** * * * * * * * * *
17000532 ATAAGGTAATTTTATTTTATTTTGGATAAGCGTT-TTTGTACAGAAATAGTTGTTTTATGATAAA
63 ATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGC-TTATATGAACA-AAA-AATTATTTTATGACAAA
* * * **
17000596 ACAAATAGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATAACTATT
124 ACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* *
17000650 TGAACTTGTTC-GATAAACAGATTTATTTTT
1 TAAACTTGTTCAG-TAAACATATTTATTTTT
17000680 TTAAATTTCT
Statistics
Matches: 4975, Mismatches: 1146, Indels: 779
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
168 53 0.01
169 79 0.02
170 34 0.01
171 90 0.02
172 106 0.02
173 45 0.01
174 67 0.01
175 182 0.04
176 240 0.05
177 281 0.06
178 163 0.03
179 505 0.10
180 822 0.17
181 1238 0.25
182 669 0.13
183 97 0.02
184 37 0.01
185 9 0.00
186 8 0.00
187 4 0.00
188 2 0.00
189 7 0.00
190 3 0.00
191 6 0.00
192 9 0.00
193 20 0.00
194 10 0.00
195 16 0.00
196 20 0.00
197 35 0.01
198 38 0.01
199 35 0.01
200 20 0.00
201 12 0.00
202 4 0.00
203 6 0.00
204 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
TAAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATA
AATTAGTATTATTTTATTCGAATAAGCTTATATGAACAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAA
GTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
Found at i:16995409 original size:718 final size:703
Alignment explanation
Indices: 16994030--17000680 Score: 2842
Period size: 718 Copynumber: 9.2 Consensus size: 703
16994020 AAATCTTTTA
* * * * * ** *
16994030 CTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTAAATGGATAG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTT-ATTTAAATAAGCTTGTAT-GA-AC
* * * * ** * * * *
16994095 AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATGAAAAATTTGAAATAAATAAATGTTCAAATAG
62 AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AACGATTTAAAATAGATAATTTTTCAAATAG
** * * * *
16994160 TCATAACGAGT-TAAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTGTTTAAATCTTTTACTTATTAATTAT
126 TCATAAATA-TCTAAACTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAA-CTATTACTTATTAATT-T
* * * * * *
16994224 CTT--AATATTAATAATTTTGTATTATTTTATT-CGAAATAAGCTTGTATGAACATAATA-AATC
188 -TTAAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTCCG-AATAAGCTAGTATGAA-TTAAAACAAT-
* * * * * ** * * * **
16994285 AT-TTTATGA-CAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTTCAAATGGATAATTGTTCAAATAGTCGCAA
249 -TGTTTA-CATCAAAACAAAATGTCATAACAATTGT-AAATAAATAATTATACAAGTAGTCATAA
* * * ** * * *
16994348 TTATTTAAACTT-ATTCGAAAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATCTTTGGAAT
311 CTATTTGAA-TTGGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAAT-TTTTGAAT
** * *
16994412 ATTAATAGCA-TAGTATTATTTTATTTTGAATATGCTT-ATATGAATTGAAATAATTTTTTATGA
374 ATTAATAG-ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGA-ATGAATAG-AATAATTTTTTATGA
* * * * * *
16994475 CAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCGAATAGTCTTGACTATTTGATCTA
436 CAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATATATAATTATT-TAATAGT-TTTACTATTTGAACTA
* * * * ** *
16994540 GTTTGATAAACATATTTATTTTCTAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAG
499 GTTCGATAAACACATTTATTTTTTAAA-TTCTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAT
* * * * * * * *
16994605 AATATTTTAATTCGAATAAGCTTGCGTGGA-CAAAAACTATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTT
562 ATTATTTT-ATTCGAATAAGCTT--AT-GATAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT
* *
16994669 ATAA-GATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTGATAAATAG
623 ATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TTAAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTGATAAACAG
16994732 ATTTATTTTTTAAATCT
687 ATTTATTTTTTAAATCT
** * * * * *
16994749 CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGGTTAGTATTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-ATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * * *
16994814 AAACATTTATTTTATGACAAAACAAAATGTTATAACAATTTGAAATAGTTAATTGTTT-AAATAG
64 AAA-A-TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATT-TTTCAAATAG
* * * * * *
16994878 TCATAATTATGTTAACTGGTTACA-TAAATAGAA-TTATTTTTTTAATA-TCTTATTTATTAATT
126 TCATAAATATCTAAACTGGTT-CAGTAAACA-AATTTA-TTTTTTAA-ACTATTACTTATTAATT
* * * * *
16994940 TTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCGAATAAGGTAGTATGATTTGAAAA-AATT
187 TTTAAAATATTAAGAAATT-AGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTAGTATGAATT-AAAACAATT
* * * *
16995003 GTTT-TATGAGAAATC-AAATGGTCATAACAATT-TGAAATAGATAATTATACATA-TAGTCTTA
250 GTTTACATCA-AAA-CAAAAT-GTCATAACAATTGT-AAATAAATAATTATACA-AGTAGTCATA
*
16995064 ACTATTTGAATTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAAT
310 ACTATTTGAATTGGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTG-AAT
* * *
16995129 ATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGAATGAATAGAAGTAATTGTTTTATGAA
374 ATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGAATGAATAGAA-TAATT-TTTTATGAC
* * * * *
16995194 AAAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAGTATACAATCATTTAAATAGTTATTACTATTTGAACTAA
437 AAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATATATAATTATTT-AATAGTT-TTACTATTTGAACTAG
* * * * *
16995259 TTCGATATACAGATTTATTTTTTAAA-TCTTACTTTTTAATTTTTGAAAGATTAATATATTACTA
500 TTCGATAAACACATTTATTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTA-TA
* * * *
16995323 TTATTTTATTCTAAATAAGCTAATATGATAAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAAT
563 TTATTTTATTC-GAATAAGCT--TATGATAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
* * * * * * * * *
16995388 AATGATTTAAAATAGATAATTGTTAAAATGGCCATAATTATTTGTATTGATTCGATAAACAGACT
625 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTGATAAACAGATT
*
16995453 CATTTTTTAAATCAT
690 TATTTTTTAAATC-T
* * *
16995468 CTATTTATTAATTTTTGAAATA-TAATTAAATTAGTATTATATTATTTTGAATAAGCTTGCATGA
1 C---TTATTAATTTTTGAAATATTAA-T-AATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGA
* * * * *
16995532 ACTAAATAATTGTTTTATGACATAACAAAAGGTCAT-ACGATTTTAAATAGACAATTTTTCAAAT
60 AC-AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTTTTCAAAT
* * *
16995596 AGTGATAAATATCTAAATTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAACTATTACTTATTAATTTT
124 AGTCATAAATATCTAAACTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAACTATTACTTATTAATTTT
** * **
16995661 TAAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTAAAACAATTGTTT
189 TAAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTAGTATGAATTAAAACAATTGTTT
* ** ** *
16995726 ACATCAAAACAAAATGTCCTAATGATTGTAAATAAATAATTATTTAAGTTGTCATAACTATTTGA
254 ACATCAAAACAAAATGTCATAACAATTGTAAATAAATAATTATACAAGTAGTCATAACTATTTGA
* * * * * * *
16995791 ATTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATAT-TTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATA
319 ATTGGTTCGGCAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTAG-TTATTAA-TTTTTGAATATTAATA
* * * * * * *
16995855 AATT-TTGATTATTTTATTTCAAATTAGCATGTAA-G-ATATGAAAAAATATTTTATGACTAAAC
381 GATTAGT-ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG-AATGAATA-G-AATAATTTTTTATGACAAAAC
* * * * *
16995917 AAAAGGTTAGAATGATTTAAAATATATAATTATTCTAATACTTTTAACTATTTAAACTGGTTCGA
442 AAAAGGTTATAATGATTTGAAATATATAATTATT-TAATAGTTTT-ACTATTTGAACTAGTTCGA
* *
16995982 CAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTAT
505 TAAACACATTTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTA-TATTA-
** * * * *
16996047 TTTTAACCGAATAAGGTTAT-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATTTTAATGAT
566 TTTTATTCGAATAAGCTTATGATAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGAT
* * * * * * * *
16996110 TTGAAATTGATATTTGTTCAATTAGTGATAACTATTTAAACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTGT
631 TTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTGATAAACAGATTTATT-T
*
16996175 TTTAATATGTT
695 TTTAA-AT-CT
*
16996186 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGATAA
1 -CTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTTA-AATAAGCTTGTATGA-AC
* ** *
16996251 AAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATAATTCAAA-CG
62 AAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTTTTCAAATAG
* * * * * * * * * * * *
16996315 ACCAT-AATAATTTTAACTGATTCGGCAAATAGATCTA-TTCTTAAA--ATT--TT-TTACTTAT
126 -TCATAAAT-ATCTAAACTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAACTATTACTTATTAATTTT
* * * * * *
16996373 T--AAT-TTAGGAAATTAATATTATTTTATTCC-ATCTAAGCTTGTATTAATTGAAACAATTGTT
189 TAAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTCCGA-ATAAGCTAGTATGAATTAAAACAATTGTT
* ** * * * * * * * * *
16996434 T-TATGACAAATGAAAAGGTTATAACGATTTTAAATAGACAAGTTTTTA-AA-TAATAATAACTA
253 TACAT--CAAAACAAAATGTCATAACAATTGTAAATAAATAA--TTATACAAGTAGTCATAACTA
* * * * ** * *
16996496 TTTAAACTT-GTTCAGTAAACATATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTA-TAATTTTTCAAATGT
314 TTTGAA-TTGGTTCGGCAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTT-GAATAT
* * * * * *
16996559 TAATAAATTAGTATTAATTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAAAATTGTTTTATGACT
376 TAATAGATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGAATGAA-TAGAATAATT-TTTTATGACA
* * * * * * *
16996623 AAACAAAATGTTAGAATGATTTGAAATAGAAAATTATTCTAATGGTTTTAACCATTTGAACTAAT
438 AAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATATATAATTATT-TAATAGTTTT-ACTATTTGAACTAGT
* * * *
16996688 TTGGTAAACA-ACTTTATTTTTTAAA-TC-T-CTTATTAATTTTGAAATATTATTAAATTAGTAT
501 TCGATAAACACA-TTTATTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTA-TAT
* * * * * ** * *
16996749 TATTTTAATTAGAATAAGCTTGT-ACAAACAAAATAATTATTTTACAACAAAA-AAAAGATCATA
564 TATTTT-ATTCGAATAAGCTTATGA-TAA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATA
* * * * * *** * * **
16996812 ATGATTTGAAATAAATAATCGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCAGCAATTAGATT
626 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTGA-TAAACAGATT
* *
16996876 TATTTTTTAATTTT
690 TATTTTTTAAATCT
* * ** *
16996890 CTTGGCTATT-ATGTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATCATTTTATTTCAAATAAAATAGTATG
1 C-T---TATTAAT-TTTTGAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATG
* * * * * * * * * *
16996954 AATAGAACCAATTGTTTAATGACAAAATAAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCA
59 AACA-AA-AAATTATTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTTTTCA
* * * ** ** * ** ** * * *
16997019 AATAATTA-AAACTATTTGAAA-TAATTTGGTAAGCAGGTTTGCTTTTTAAATCTCTAACTGATT
121 AATAGTCATAAA-TATCT-AAACTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAA-CTATTACTTATT
* ** * * * * * *
16997082 AATTCTTGCAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAAATATCTTGTCT--ATTAAACAA
183 AATTTTTAAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATA-AGCTAGTATGAATT-AA-AA
* * * * * * * * ** * * *
16997144 CAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTAATAACGATT-TGAAATAGATAGTTGTTTAAATGGGCA
245 CAATTG-TTTACATCAAAACAAAATGTCATAACAATTGT-AAATAAATAATTATACAAGTAGTCA
* * * * * *** * **
16997208 TAATTATATGAACTGATTCGGTAAAGTGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAAA
308 TAACTATTTGAATTGGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTT-TGA
* * ** ** * *
16997273 ATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTTTTTAATG
372 ATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGAATGAA-TAGAATAATTTTTT-ATG
* ** * * * * * * *
16997338 ACAAAACAAATGGTCGTAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT
435 ACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATATATAATTATT-TAATAGT-TTTACTATTTGAACT
* * * * * * * **
16997403 TGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTGGAAGGTTAATAAATT
498 AGTTCGATAAACACATTTATTTTTT-AAAT-TCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATT
** ** * * * * * *
16997468 AGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGA-ACTGAAACCATTATTATACGACTAAACAAAAT
560 A-TATTATTTTA-TTCGAATAAGC-T-TATGATA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * ** * ** **
16997532 GTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAA-
620 GTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTGATAAAC
* *
16997596 TGCATTT-TTTTTTAAAACT
685 AG-ATTTATTTTTTAAATCT
* * *
16997615 CTTATCAATTTTT-AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCTAAATAAGCTTGTATGATTA
1 CTTATTAATTTTTGA-AATATTAAT-AATTAGTATTA-TTTTATTTAAATAAGCTTGTATGA--A
* * * * * * * * * * *
16997679 GAAATAATTGTTATATGAGAAAAC-AAAGATAATAAGGATTTGAGATTGAT-ATTTATTCAAATA
61 CAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTT-TTCAAATA
* * * * * * ** * * * * *
16997742 ATTATAACTATTTGAACTAGTTCAAAAAATAATTTTAGTTTTTAAATCTCTTCCTTATTAATTTT
125 GTCATAAATATCTAAACTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAA-CTATTACTTATTAATTTT
* * * ** ** ** * *
16997807 TGAAATATTAATAAAATAGTATTA-TTTATT-TTAGATAATTTTTTATGAACTAAAA-AATTATT
189 TAAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTCCGA-ATAAGCTAGTATGAATTAAAACAATT-GT
* * * * * * * *
16997869 TTATGAT-AAAACAAAGTGTCATAACGACTT-CAAATATATAATTGCT-CAAATAGTTA-AATCT
252 TTA-CATCAAAACAAAATGTCATAAC-AATTGTAAATAAATAATT-ATACAAGTAGTCATAA-CT
* * * * *
16997930 ATTTGAACTT-GTTCAGTATAGAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTA-TTCATTAATTTTTTGAAT
313 ATTTGAA-TTGGTTCGGCAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTAGTT-ATTAA-TTTTTGAAT
* * * * * *
16997993 ATTAATAAATTACTATTATTTTA-TTCTGAATAAGTTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGA
374 ATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGAATGAATAG-AATAATT-TTTTATGA
* * * * * * * *
16998057 CTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAATTTTAATGATTTGAATTG
436 CAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATATATAATTATT-TAATAGTTTTACT-ATTTGAACTA
* ** * *
16998122 GTTTGGCAAACACATTT-TTCTTTAAATCTCTTACTT-TCTAATTTTTAAAATATTATTAAATTA
499 GTTCGATAAACACATTTATTTTTTAAAT-TCTTACTTAT-TAATTTTT-AAATATTAATAAATTA
* * * * * * *
16998185 GTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTTTGAAAAAAAATAATTGTTTTATGACCAAAA-AAATGA
561 -TATTATTTTATTC-GAATAAGC-T-TATGATAAAAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGG
* * * * ** * *
16998249 TGATAATAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTCAGTAAAT
621 TTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTGA-TAAAC
* *
16998313 AGATTTAGTTTTTAAATTT
685 AGATTTATTTTTTAAATCT
* * ** * * ** *
16998332 TTTATTAGTTTTCAAAATATTAAAATATTGGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGCATGAACAG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-ATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAACA-
* * * * * * *
16998397 AAACAATTGTTTTATAAC-AAACAAAAGGTCATAAC-------AATATATAAATGTTCAAATGGA
63 AAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTTTTCAAATAGT
* * * * * * * * * *
16998454 CA-AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAGTTTTTA
127 CATAAATATCTAAACTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAA-CTATTACTTATTAATTTTTA
* * ** * * * *
16998518 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTA-TCTGAATAAAAACAATTATTTT
191 AAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGC-TAGTATGAATTAAAACAA-T-TGTT
* * *
16998582 ATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAATCATAACTATTTGA
253 -T-AC--ATC-AAA-A-CA-AA--A--TG--------------TC--ATAA-C--AA-T-TGT-A
* ** * * * * *
16998647 AATAAATAATTATTCAAACAATCATAACTATTTGAACTT-GCTCAGTAAACAAATTTACTTTTTA
284 AATAAATAATTATACAAGTAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTA
* * * * * * * * *
16998711 AATTTTTTAATTATTAGTTTTTGGAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTCTAATATG-TTT
348 AATCTCTTAGTTATTAATTTTT-GAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
* * * * * * *
16998775 ATATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAATAAAA-GTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATT
412 A-ATGAA-TAGAATAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA-TGATTTGAAATATATAATT
* * * ** * * * *
16998838 ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGT-GTTATAAAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTATTT
473 ATT-TAATAGT-TTTACTATTTGAAC-TAGTTCGATAAACACATTTATTTTTTAAATTCTTACTT
** * *
16998902 AAAAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGA-AAAGAA
535 ATTAATTTTT-AAATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTCG-AATAAGC-T-TATGATAAA-AA
* * * * * *
16998966 ACAATTATTTTATGACAAAATAAAAAGGTTATAACGATTTGAAGTAAATAATTGTTCAAATAGTC
594 ACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGTC
* * * *
16999031 ATAACTATTTGAACT--TGTTCAGTAAACAAATTCATATTTTAAATCT
658 ATAACTATTTGAACTAAT-TTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * * *
16999077 CCTACTATTTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTTTTTTTATTTCGAATTAGCTTATATG
1 -CT--TA-TTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGTA-TTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATG
* * * * ** * * * *
16999142 AACTAATACAATTGTTTCACGATGAAACAAAATGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
59 AAC-AA-AAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTTTTCAA
* ** * * * * * * * * *
16999207 GTAGTTGTGACTAGT-TGAACTTGTTC-GATAAATATATTTATTTTTAAAATGTTTTACTTATT-
122 ATAGTCATAAATA-TCTAAACTGGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAA-CTATTACTTATTA
* * * * ** * * **
16999269 ATCTATTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAACCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAA
184 AT-TTTTAAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTAGTATGAATTAAAACAA
* * * * * **
16999334 TTGTTTTATGAT-AAAACAAAAAGTCATAACGATTTGT-AATAAATAATTATTCAAATAGTTGTA
248 TTG-TTTA-CATCAAAACAAAATGTCATAAC-AATTGTAAATAAATAATTATACAAGTAGTCATA
** * * * * * * * *
16999397 ACTATTTGAATTTATTCGGTAAATAGATTTA-CTTTTAAATCTTTTACTTATTAGTTATATGAAT
310 ACTATTTGAATTGGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATT-TTTGAAT
* * * * * * *
16999461 ATCAATAAATTTGTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAATATATTTTATGAC
374 ATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGAATGAATAGAATAAT-T-TTTTATGAC
* *** * * * * * * * *
16999526 AAAATAAAAGGTTATAGCAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTTG
437 AAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATATATAATTATT-TAATAGT-TTTACTATTTGAACTAG
* * * * * *
16999591 TTCGATAAATAGATTCAATTTTTAAA-TC-T-CTTATTAATTTTTGGAATATTAAT-AATTAGAA
500 TTCGATAAACACATTTATTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTA-TA
* * * * * * * * *
16999652 TTATGTTATTTTGAGTCAA-CTTGT-ACAAAAGAAACAATTATTTTGTAACAAAACAAAAGGTCA
563 TTATTTTA-TTCGAAT-AAGCTTATGA-TAAA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTA
* * * * * ** ** * *
16999715 TAATGCTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATTATAACTATTTGTACTGGTCAGGCT-AACATA
624 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAACTAAT-TTGATAAACAGA
*
16999779 TTCATTTTTTAAATCCATT
688 TTTATTTTTTAAAT-C--T
* * * * *
16999798 ACTTATTAATTTTTAGAATATCATT-A-AATTAGCAATATTTTATTCTGAATAAGATTGTATCAT
1 -CTTATTAATTTTT-GAA-AT-ATTAATAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGA-
* * * * * * * * *
16999861 TAGAAACAAGTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAC
60 -ACAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTTTTCAAA-
* * * ** * * * *
16999926 T-GTTATAACTATTTAAACTGGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTTAAGT-CT-CTTATTAATTT
123 TAGTCATAAATATCTAAACTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAACTATTACTTATTAATTT
* * * ** *
16999988 TTAAAATATT-----A--A-TATTATTTTATTCAGAAT-CGACTTA-TGTGAACAAAAACATTTG
188 TTAAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAG-C-TAGTATGAATTAAAACAATTG
* * * ** * * ** ** *
17000043 TTTTACGA-C-ATACAAAAGGTTATAATGATT-TGAAATAGATAATTATTCATTTAACCTTAACT
251 -TTTAC-ATCAAAACAAAATGTCATAACAATTGT-AAATAAATAATTATACAAGTAGTCATAACT
* * * *
17000105 ATTTGAATTGATTCAGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCGTAATATT
313 ATTTGAATTGGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTG-AATATT
* * * * *
17000170 ATTAGATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTAA-GAATATAAATAATTGTTTCATGACAA
377 AATAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG-AATGAATA-GAATAATT-TTTTATGACAA
* * * * *
17000234 AACAAAAGGTTATAATGATTTAAAATATATAATTATTCAAATAGTACTAACTATTTAAACT-GTT
439 AACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATATATAATTATT-TAATAGT-TTTACTATTTGAACTAGTT
* * * * *
17000298 CGGTAAGCATATTTATTTTTT-AATTCTTCTACTTATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTGGTA
502 CGATAAACACATTTATTTTTTAAATTC-T-TACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATT-ATA
* * *
17000362 TTATTTTATTCCAA-ATAGTCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAACGTTC
563 TTATTTTATTCGAATA-AG-C-T-TATGATAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT-
* ** * * * * * * **
17000425 TTAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAAT-GACTATAATTATTTGAATTGATTCAATAAACTA
623 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTAATTTGATAAAC-A
*
17000489 -ATTTATATTTTAAATCT
686 GATTTATTTTTTAAATCT
* * * * ** *
17000506 CTAACTTCCTAATTTTTGAAATATTAATAAGGTAATTTTATTTTATTTTGGATAAGCGTT-TTTG
1 CTTA--T--TAATTTTTGAAATATTAATAA-TTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGC-TTGTATG
* * * * * * **
17000570 TACAGAAATAGTTGTTTTATGATAAAACAAATA-GTCATAACAATTTTAAATAGATAATTACTCA
59 AACA-AAA-AATTATTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTTTTCA
* * * * *
17000634 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GATAAACAGATTTATTTTTT
121 AATAGTCATAAATATCTAAACTGGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTT
17000681 TAAATTTCTT
Statistics
Matches: 4599, Mismatches: 991, Indels: 692
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
703 2 0.00
704 11 0.00
705 116 0.03
706 187 0.04
707 152 0.03
708 72 0.02
709 203 0.04
710 220 0.05
711 201 0.04
712 24 0.01
713 5 0.00
714 18 0.00
715 28 0.01
716 300 0.07
717 534 0.12
718 926 0.20
719 380 0.08
720 124 0.03
721 121 0.03
722 63 0.01
723 102 0.02
724 148 0.03
725 30 0.01
726 59 0.01
727 6 0.00
728 1 0.00
729 1 0.00
730 3 0.00
732 2 0.00
738 2 0.00
740 3 0.00
741 1 0.00
742 1 0.00
743 9 0.00
744 124 0.03
745 163 0.04
746 52 0.01
747 2 0.00
748 3 0.00
749 22 0.00
750 35 0.01
751 19 0.00
752 1 0.00
753 3 0.00
755 1 0.00
756 1 0.00
757 2 0.00
758 22 0.00
759 93 0.02
760 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (703 bp):
CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTAGTATTATTTTATTTAAATAAGCTTGTATGAACAAAA
AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTTTTCAAATAGTCATA
AATATCTAAACTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAACTATTACTTATTAATTTTTAAAATA
TTAAGAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTAGTATGAATTAAAACAATTGTTTACATCAA
AACAAAATGTCATAACAATTGTAAATAAATAATTATACAAGTAGTCATAACTATTTGAATTGGTT
CGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAATATTAATAGATTAGTATT
ATTTTATTTCAAATAAGCTTGAATGAATAGAATAATTTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATG
ATTTGAAATATATAATTATTTAATAGTTTTACTATTTGAACTAGTTCGATAAACACATTTATTTT
TTAAATTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTATATTATTTTATTCGAATAAGCTTAT
GATAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTAA
AATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
Found at i:16995782 original size:899 final size:890
Alignment explanation
Indices: 16994030--17000752 Score: 3454
Period size: 899 Copynumber: 7.5 Consensus size: 890
16994020 AAATCTTTTA
* * * * ** *
16994030 CTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTA-AATGGAT-
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGC-TAGTAT-GATA
* * * ** * * * *
16994093 AGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAA-AGTCATGAAAAATTTGAAATAAATAAATGTTCAAA
64 AGAAAAAATTATTTTATGA-GAAACAAAAGA-TCAT-AATGATTTGAAATAGATAATTATTCATA
* * * * * ** * * *
16994157 TAGTCATAACGAGTTAAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTGTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
126 TAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * ** *
16994222 ATCTT--AATATTAATAATTTTGTATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATGAACATAATA-AA
191 -T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAAATTGAATG-A-ATAA-ACAA
** * *** * ** * ***
16994283 TCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTTCAAATGGATAATTGTTCAAATAGTCGCAA
250 TTGTTTTATGAAAAAAC-AAAGGTTATAATGA-TTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTTATAA
* * * * * * * * * *
16994348 TTATTTAAACTTATTCGAAAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATCTTTGGAATA
313 CTATTTGAACTAATTCGATATACAGATTTATTTTTTAAA--TCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * * * * * ** *
16994413 TTAATAGCA-TAGTATTATTTTATTTTGAATATGCTTATATGA-ATTGAAATAATT-TTTTATGA
376 TTAATA-AATTACTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGATA-AAAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * ** * * * * *
16994475 CAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCGAATAGTCTTGACTATTTG-ATCT
439 CAAAACAAAAGGTAATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTAAAATGGCCATAATTATTTGTA-CT
* * * * * * * * * *
16994539 -AGTTTGATAAACATATTTATTTTCTAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATT
503 GA-TTCGGTAAACAGA-TCATTTTTTAAA-TCTCTAATTATTAATTTTCGAAATA-TAATAAATT
* * * * ** * * * * * *
16994603 AG-AATATTTTAATTCGAATAAGCTTGCGTGGACAAAAACTATTGTTTTATAATAGAACAAAAAG
564 AGTATTATATTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACA-AACAAAAGG
* * * * * * * *
16994667 TTATAA-GATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTAAT-TTGA-TAA
628 TCATAACGATTTTAAATAGACAATT-TTTCAAATAGTAATAACTATTTAAACT--TGTTCAGTAA
* * * * **
16994728 ATAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGGTTAGTATTATTTT
690 ACAAATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTAAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTT
** * * * * * * * * * * **
16994789 ATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTATTT-TATGACAAAACAAAATGTTATAACAAT
755 ATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTACAT--CTAAACAAAATGTCAAAATGAT
** * * * *
16994853 TTGAAATAGTTAATTGTT-TAAATAGTCATAATTATGTT-AACTGGTTACATAAATAGAATTATT
818 TTGAAATAAATAATTATTCT-AATAGTCATAACTAT-TTGAACTGGTTTCGTAAATAGAATT-TT
16994916 TTTTTAATATCTT
880 TTTTTAA-ATC-T
* * * * *
16994929 ATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCGAATAAGGTAGTATGATT
1 -CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGATA
* * * * ** *
16994993 TGAAAAAATTGTTTTATGAGAAATCAAATGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATACATATA
64 AGAAAAAATTATTTTATGAGAAA-CAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATA
* *** *
16995058 GTCTTAACTATTTGAATTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTT
128 GTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * *
16995123 TGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGAATGAATAGAAGTAATTGTTT
193 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGAATGAATA-AA-CAATTGTTT
* * * * * *
16995188 TATGAAAAAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAGTATACAATCATTTAAATAGTTATTACTATTTG
256 TATGAAAAAAC-AAAGGTTATAATGATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTG
* * *
16995253 AACTAATTCGATATACAGATTTATTTTTTAAATCTTACTTTTTAATTTTTGAAAGATTAATATAT
320 AACTAATTCGATATACAGATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
** * *
16995318 TACTATTATTTTATTCTAAATAAGCTAATATGATAAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAG
385 TACTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * *
16995383 GTAATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTAAAATGGCCATAATTATTTGTATTGATTCGATAAAC
450 GTAATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTAAAATGGCCATAATTATTTGTACTGATTCGGTAAAC
* *
16995448 AGACTCATTTTTTAAATCATCTATTTATTAATTTTTGAAATATAATTAAATTAGTATTATATTAT
515 AGA-TCATTTTTTAAATC-TCTAATTATTAATTTTCGAAATATAA-TAAATTAGTATTATATTAT
* *
16995513 TTTGAATAAGCTTGCATGAACT-AAATAATTGTTTTATGACATAACAAAAGGTCAT-ACGATTTT
577 TTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACA-AACAAAAGGTCATAACGATTTT
* * * *
16995576 AAATAGACAATTTTTCAAATAGTGATAAATATCTAAATTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTA
641 AAATAGACAATTTTTCAAATAGTAATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTA
* * ** *
16995641 AA-CTATTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTT
706 AATCTATTACTTATTAATTTTTAAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTG
* * **
16995705 TATGAATTAAAACAATTGTTTACATCAAAACAAAATGTCCTAATGA-TTGTAAATAAATAATTAT
771 TATGAACTAAAACAATTGTTTACATCTAAACAAAATGTCAAAATGATTTG-AAATAAATAATTAT
* * * * *
16995769 T-TAAGTTGTCATAACTATTTGAATTTG-TTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATATTTT
835 TCTAA-TAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTC-GTAAATAGAATT-TTTTTTT-AA-A-TCT
* * * * *
16995829 GCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATT-TTGATTATTTTATTTCAAATTAGC-ATGTAAGA
1 -CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTCCAAATAAGCTA-GTATGA
* * * * * * *
16995891 TATGAAAAAA-TATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTAAAATATATAATTATTC-TA
62 TAAGAAAAAATTATTTTATGA-GAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAT-
* * * * *
16995954 ATACTTTTAACTATTTAAACTGGTTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
125 ATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* ** * **
16996019 TTTT-AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCGAATAAGGTT-ATATGAA-AAACAATT
190 TTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCAAATAAAATTGA-ATGAATAAACAATT
* * * * * * *
16996080 GTTTTATGACAAAACAAAGATTTTAATGATTTGAAAT-TGATATTTGTTCAATTAGTGATAACTA
252 GTTTTATGAAAAAACAAAGGTTATAATGATTTGAAATAT-ATAATTATTCAAATAGTTATAACTA
* * * * * *
16996144 TTTAAACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTGTTTTAATATGTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
316 TTTGAACTAATTCGATATACAGATTTATT-TTTTAA-ATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * * *
16996209 ATCAATTAGTATTATTTTATT-TAGAATAAGCTTGTATGATAAAAAATAATTATTTTATGATAAA
379 ATAAATTACTATTATTTTATTCTA-AATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTGTTTTATGACAAA
* ** * * * *
16996273 ACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATAATTCAAACGACCATAATAATTT-TAACTGATT
443 ACAAAAGGTAATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTAAAATGGCCATAATTATTTGT-ACTGATT
* * * * * * * **
16996337 CGGCAAATAGATCTATTCTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTAGGAAAT-TAAT--ATTA-T-TT
507 CGGTAAACAGATC-ATTTTTTAAA-TCTCTAATTATTAATTTTCGAAATATAATAAATTAGTATT
*** * * * * * *
16996397 -TATT-CCAT--CTAAGCTTGTATTAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAATGAAAAGGTTATAA
570 ATATTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAA-CAAAAGGTCATAA
* *
16996458 CGATTTTAAATAGACAAGTTTTT-AAATAATAATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACATATTT
634 CGATTTTAAATAGACAA-TTTTTCAAATAGTAATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAAATTT
* * * * *
16996522 ATTTTTTTAAATCTCTTTCTTA-TAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTAA
698 A-TTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTAAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAA
* * * *
16996586 ATAAGCTTGTATGAACTAAAAAAATTGTTT-TATGACTAAACAAAATGTTAGAATGATTTGAAAT
762 ATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTACAT--CTAAACAAAATGTCAAAATGATTTGAAAT
* ** * ** * * *
16996650 AGAA-AATTATTCTAATGGTTTTAACCATTTGAACTAATTTGGTAAACA-ACTTTATTTTTTAAA
825 A-AATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTCGTAAATAGAATTT-TTTTTTAAA
16996713 TCT
888 TCT
* * *
16996716 CTTATTAA-TTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATT--AGAATAAGCTTGTA-CA-A
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCCA-AATAAGCTAGTATGATA
* ** * * * **
16996776 ACAAAATAATTATTTTACAACAAAAAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATCGTTCATATA
64 AGAAAA-AATTATTTTATGAGAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATA
* * ** * * * *
16996841 GTCTTAACTATTTGAATTGGTTCAGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGC-TATT-ATGT
128 GTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAAT-T
* * * *
16996904 TTTGGAATATTAATAAATTAGTATCATTTTATTTCAAATAAAATAGTATGAATAGAACCAATTGT
191 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGAATGAATA-AA-CAATTGT
* * * * *
16996969 TTAATGACAAAATAAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATTAAAACTAT
254 TTTATGA-AAAA-ACAAAGGTTATAATGATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTTATAACTAT
* * * * ** * * *
16997034 TTGAAATAATTTGGTA-AGCAGGTTTGCTTTTTAAATCTCTAACTGATTAATTCTTGCAATATTA
317 TTGAACTAATTCGATATA-CAGATTTATTTTTTAAATCT-T-ACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * * * *
16997098 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAAT-ATCTTGTCT-ATTAAACAACAATTGTTTTATAACAA
379 ATAAATTACTATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGA-TAAAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * *
16997161 AACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAGTTGTTTAAATGGGCATAATTATATGAACTGATT
442 AACAAAAGGTAATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTAAAATGGCCATAATTATTTGTACTGATT
** * * *
16997226 CGGTAAAGTGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTAT
507 CGGTAAACAGA-TCATTTTTTAAATCTC-TAATTATTAATTTTCGAAATA-TAATAAATTAGTAT
* * * *
16997291 TATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATT-TTTTAATGACAAAACAAATGGTCGT
569 TATATTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTT-ATGAC-AAACAAAAGGTCAT
* * * * * * *
16997355 AATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATT
632 AACGATTTTAAATAGACAATTTTTCAAATAGTAATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAAATT
* ** *
16997420 TATTTTTTCAAATCTCA-TGCTTATTAATTTTTGGAAGGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
697 TATTTTTT-AAATCT-ATTACTTATTAATTTTTAAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* * *
16997484 AAATAAGCTTGTATGAACTGAAACCATTATTATACGA-CTAAACAAAATGTCAAAATGATTTGAA
760 AAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTT-TAC-ATCTAAACAAAATGTCAAAATGATTTGAA
* * * * *
16997548 ATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAAT-GCATTTTTTTTTAAA
823 ATAAATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTCGTAAATAGAATTTTTTTTTAAA
*
16997612 ACT
888 TCT
* * * * *
16997615 CTTATCAATTTTT-AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCTAAATAAGCTTGTATGATT
1 CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCCAAATAAGCTAGTATGATA
* * * * * * * * *
16997678 AGAAATAATTGTTATATGAGAAA-ACAAAGATAATAAGGATTTGAGATTGATATTTATTCAAATA
64 AGAAAAAATTATTTTATGAGAAACA-AAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATA
* * * * * * *
16997742 AT-TATAACTATTTGAACTAGTTCAAAAAATAATTTTAGTTTTTAAATCTCTTCCTTATTAATTT
128 GTCT-TAACTATTTGAACTGGTTCAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * ** ** * *
16997806 TTGAAATATTAATAAAATAGTATTA-TTTATTTTAGATAATTTTTTATGAACTAAAAAATTATTT
192 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGAATGAA-TAAACAATTGTTT
* * * * * **
16997870 TATGATAAAACAAAGTGTCATAACGACTTCAAATATATAATTGCTCAAATAGTTA-AATCTATTT
256 TATGAAAAAACAAAG-GTTATAATGATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTTATAA-CTATTT
** *
16997934 GAACTTGTTC-AGTATAGAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTA-TTCATTAATTTTTTG-AATATT
319 GAACTAATTCGA-TATACAGATTTA-TTTTTTAAA--TCTTACTT-ATTAA-TTTTTGAAATATT
* * ** * *
16997996 AATAAATTACTATTATTTTATTCTGAATAAGTTTGTATGA-ATTGAAATAATTGTTTTATGACTA
378 AATAAATTACTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGATA-AAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * ** ***** * * * *
16998060 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAATTTTAATGATTTGAATTGGTT
442 AACAAAAGGTAATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTAAAATGGCCATAATTATTTGTACTGATT
* * * * * ** *
16998125 TGGCAAACACAT-TTTTCTTTAAATCTCTTACTT-TCTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTA
507 CGGTAAACAGATCATTT-TTTAAATCTC-TAATTAT-TAATTTTCGAAATA-TAATAAATTAGTA
* * * * * ** * * *
16998188 TTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTTTGAAAAAAAATAATTGTTTTATGACCAAA-AAAATGATGA
568 TTATATTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGA-CAAACAAAA-GGTCA
** * * * * * * * *
16998252 TAATAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTCAGTAAATAGA
631 TAACGATTTTAAATAGACAATTTTTCAAATAGTAATAACTATTTAAACTTG-TTCAGTAAACAAA
* * * * * *
16998316 TTTAGTTTTTAAAT-T-TT--TTATTAGTTTTCAAAATATTAA-AATATTGGTATTATTTTATTC
695 TTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTAAAATGTTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTT
** * * * *
16998376 TAAATAATTTTGCATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATAAC-AAACAAAAGGTC---AT-A----A
759 TAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTG-TTTACATCTAAACAAAATGTCAAAATGATTTGA
* * * * * * *
16998431 CAATATATAAATGTTCAAATGGACA-AACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAATAG-ATTTATTTTT
822 -AATAAATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTC-GTAAATAGAATTT-TTTTT
16998493 TAAATCT
884 TAAATCT
* * * *
16998500 CTTACCTATTAGTTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTA-TCT
1 C-T---TATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGC-TAGTAT
* * *
16998563 GAATAA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTATT
60 G-ATAAGAAAAAATTATTTTATGA-GAAACAAAAGATCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTA-T
* *
16998626 CAAACAATCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAATCATAACTATTTGAACTTGCTCA
121 -------TCAT-A-TA---G--------------T----C--T--TAACTATTTGAACTGGTTCA
** * * * * * * *
16998691 GTAAACAAATTTACTTTTTAAATTTTTTAATTATTAGTTTTTGGAATATTAATAAATTAGTGTTA
152 ACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * * * * * * *
16998756 TTTTATTTCTAAT-ATGTTTATATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAATAAAAGTCATAAC
217 TTTTATTTCAAATAAAATTGA-ATG-A-ATAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAGGTTATAA-
* * * ** * * *
16998820 T-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGT-GTTATAAAAACATATTT
278 TGATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC-TAATTCGATATACAGATTT
* * ** *
16998883 ATTTTTTAAATTTTTATTTAAAAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATT-TGAA
342 ATTTTTTAAA-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTACTATTATTTTATTCT-AA
* * * * *
16998946 ATAAGCTTGTATGA-AAAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAAGGTTATAACGATTTGAAG
404 ATAAGCTTGTATGATAAA-AAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTAATAACGATTTAAAA
* * * * * * * * *
16999010 TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAAATTCATATTTTAAA
467 TAGATAATTGTTAAAATGGCCATAATTATTTGTAC-TGATTCGGTAAACAGA-TCATTTTTTAAA
* * * * * * * *
16999074 TCTCCT-ACTATTTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTTTTTTTATTTCGAATTAGCTTA
530 TCT-CTAATTA-TTAATTTTCGAAATA-TAATAAATTAGTA-TTATATTATTTTGAATAAGCTTG
* * * * * * * * *
16999138 TATGAACTAATACAATTGTTTCACGATGAAACAAAATGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTAT
591 TATGAACTAAAACAATTGTTTTATGA-CAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGACAATTTT
* ** * * * * * * * *
16999203 TCAAGTAGTTGTGACTAGTTGAACTTGTTC-GATAAATATATTTATTTTTAAAATGTTTTACTTA
655 TCAAATAGTAATAACTATTTAAACTTGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTATTACTTA
* * * * **** *
16999267 TT-ATCTATTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAACCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAA
719 TTAAT-TTTTAAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAA
* * * * * * * **
16999331 CAATTGTTTTATGAT-AAAACAAAAAGTCATAACGATTTGTAATAAATAATTATTCAAATAGTTG
783 CAATTG-TTTA-CATCTAAACAAAATGTCAAAATGATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCA
* **
16999395 TAACTATTTGAA-T-TTATTCGGTAAATAG-ATTTACTTTTAAATCTTTT
846 TAACTATTTGAACTGGT-TTC-GTAAATAGAATTTTTTTTTAAATC---T
* * * * * *
16999442 ACTTATTAGTTATATG-AATATCAATAAATTTGTATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTGTATGA-
1 -CTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCCAAATAAGCTAGTATGAT
* * * * *** * * *
16999504 ATAG-AAAAATATATTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAGCAATTTAAAATAGATAATTGTTCAA
63 A-AGAAAAAAT-TATTTTATGA-GAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAT
* * * * * * * * *
16999568 ATAGTCATAACTATTTCAACTTGTTCGATAAATAGATTCAATTTTTAAA--TC-T-CTTATTAAT
125 ATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * ** * * * * * *
16999629 TTTTGGAATATTAAT-AATTAGAATTATGTTATTTTGAGTCAACTTGTACA-AAAGAAACAATTA
190 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTG-A-ATGAATAAACAATTG
* * * * * *
16999692 TTTTGT-AACAAAACAAAAGGTCATAATGCTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATTATAACTA
253 TTTTATGAA-AAAAC-AAAGGTTATAATGATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTTATAACTA
* ** * * *
16999756 TTTGTACT-GGTCAGGCTA-ACATATTCATTTTTTAAATCCATTACTTATTAATTTTT-AGAATA
316 TTTGAACTAATTC--GATATACAGATTTATTTTTTAAAT-C-TTACTTATTAATTTTTGA-AATA
* * * * * * * * *
16999818 TCATTAAATTAGC-AATATTTTATTCTGAATAAGATTGTATCATTAGAAACAAGTGTTTTATGAC
376 TTAATAAATTA-CTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * ** * **
16999882 AAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACT-GTTATAACTATTTAAACTG
440 AAAACAAAAGGTAATAACGATTTAAAATAGATAATTGTT-AAAATGGCCATAATTATTTGTACTG
* * * * * * *
16999946 GTTTGGTAAACATATTTATTTTTTTAAGTCTC---TTATTAATTTT-----TA-AA-ATATTAAT
504 ATTCGGTAAACAGA-TCA-TTTTTTAAATCTCTAATTATTAATTTTCGAAATATAATAAATTAGT
* ** * * * * * * * *
17000001 ATTATTTTATTCAGAAT-CGACTTATGTGAACAAAAACATTTGTTTTACGACATACAAAAGGTTA
567 ATTATATTATTTTGAATAAG-CTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTCA
* * * * ** **** * * *
17000065 TAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATTTAACCTTAACTATTTGAA-TTGATTCAGCAAATAAA
631 TAACGATTTTAAATAGACAATTTTTCAAATAGTAATAACTATTTAAACTTG-TTCAGTAAACAAA
* * *** * * * **
17000129 TTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCGTAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTCC
695 TTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTAAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* * * * * * * *
17000194 AAATAAACTTGTAAGAA-TATAAATAATTGTTT-CATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTAA
760 AAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTACAT--CTAAACAAAATGTCAAAATGATTTGA
* * * ** *
17000257 AATATATAATTATTCAAATAGT-ACTAACTATTTAAACT-G-TTCGGTAAGCA-TATTTATTTTT
822 AATAAATAATTATTCTAATAGTCA-TAACTATTTGAACTGGTTTC-GTAAATAGAATTT-TTTTT
*
17000318 TAATTCTTCT
884 TAA---ATCT
* * *
17000328 ACTTATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTCCAAAT-AGTCTTGTATGATG
1 -CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAG-CTAGTATGAT-
* * * * * * ** * * *
17000392 AA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAACGTTCTTAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAAT
63 AAGAAAAAATTATTTTATGA-GAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATAT
* * * * * * * * **
17000456 -GACTATAATTATTTGAATTGATTCAATAAACTAATTTATATTTTAAATCTCTAACTTCCTAATT
127 AGTCT-TAACTATTTGAACTGGTTCAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
** * * *** ** ** * * *
17000520 TTTGAAATATTAATAAGGTAATTTTATTTTATTTTGGATAAGCGTT-TTTGTACAGAAATAGTTG
191 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA-AATTGAATG-A-ATAAACAATTG
* * * ** * * * *
17000584 TTTTATGATAAAACAAATAGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATAACTAT
253 TTTTATGAAAAAACAAA-GGTTATAATGATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTTATAACTAT
** * * * * *
17000649 TTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTTAAATTTCTTGCTTATAAACTTTCTG-AATGTT
317 TTGAACTAATTCGATATACAGATTTA-TTTTTTAAA--TCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATT
* * * * *
17000713 AATAAAATT-GTTTTATTGTATTTTAAATTAGCTTGTATGA
378 AAT-AAATTACTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGA
17000753 ACTAAAAAGG
Statistics
Matches: 4563, Mismatches: 949, Indels: 629
0.74 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
883 11 0.00
884 151 0.03
885 101 0.02
886 329 0.07
887 81 0.02
888 53 0.01
889 336 0.07
890 148 0.03
891 93 0.02
892 96 0.02
893 114 0.02
894 14 0.00
895 66 0.01
896 115 0.03
897 378 0.08
898 346 0.08
899 748 0.16
900 505 0.11
901 132 0.03
902 7 0.00
903 1 0.00
904 34 0.01
908 1 0.00
912 1 0.00
917 1 0.00
923 7 0.00
924 66 0.01
925 146 0.03
926 106 0.02
927 130 0.03
928 9 0.00
929 4 0.00
930 2 0.00
931 62 0.01
932 15 0.00
935 1 0.00
936 1 0.00
937 1 0.00
938 9 0.00
939 107 0.02
940 32 0.01
942 2 0.00
943 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (890 bp):
CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGATAAG
AAAAAATTATTTTATGAGAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTC
TTAACTATTTGAACTGGTTCAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGAATGAATAAACAATTGTTTTATGA
AAAAACAAAGGTTATAATGATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAA
TTCGATATACAGATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTACTAT
TATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATA
ACGATTTAAAATAGATAATTGTTAAAATGGCCATAATTATTTGTACTGATTCGGTAAACAGATCA
TTTTTTAAATCTCTAATTATTAATTTTCGAAATATAATAAATTAGTATTATATTATTTTGAATAA
GCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGACAA
TTTTTCAAATAGTAATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTATTAC
TTATTAATTTTTAAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTAA
AACAATTGTTTACATCTAAACAAAATGTCAAAATGATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCA
TAACTATTTGAACTGGTTTCGTAAATAGAATTTTTTTTTAAATCT
Found at i:16998625 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 16998600--16998682 Score: 62
Period size: 16 Copynumber: 4.8 Consensus size: 17
16998590 ACAAAAGATC
16998600 ATAACTATTTGAAATAA
1 ATAACTATTTGAAATAA
* * *
16998617 ATAATTA-TTCAAACAA
1 ATAACTATTTGAAATAA
16998633 TCATAACTATTTGAAATAA
1 --ATAACTATTTGAAATAA
* * *
16998652 ATAATTA-TTCAAACAA
1 ATAACTATTTGAAATAA
16998668 TCATAACTATTTGAA
1 --ATAACTATTTGAA
16998683 CTTGCTCAGT
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 11, Indels: 10
0.70 0.16 0.14
Matches are distributed among these distances:
16 14 0.29
17 12 0.24
18 12 0.24
19 11 0.22
ACGTcount: A:0.51, C:0.11, G:0.04, T:0.35
Consensus pattern (17 bp):
ATAACTATTTGAAATAA
Found at i:16998638 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 16998597--16998682 Score: 172
Period size: 35 Copynumber: 2.5 Consensus size: 35
16998587 AAAACAAAAG
16998597 ATCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAACA
1 ATCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAACA
16998632 ATCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAACA
1 ATCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAACA
16998667 ATCATAACTATTTGAA
1 ATCATAACTATTTGAA
16998683 CTTGCTCAGT
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
35 51 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.12, G:0.03, T:0.35
Consensus pattern (35 bp):
ATCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAACA
Found at i:16998643 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 16998617--16998678 Score: 65
Period size: 18 Copynumber: 3.5 Consensus size: 18
16998607 TTTGAAATAA
*
16998617 ATAATTATTCAAACAATC
1 ATAACTATTCAAACAATC
* *
16998635 ATAACTATTTGAAATAA--
1 ATAACTA-TTCAAACAATC
*
16998652 ATAATTATTCAAACAATC
1 ATAACTATTCAAACAATC
16998670 ATAACTATT
1 ATAACTATT
16998679 TGAACTTGCT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 7, Indels: 6
0.72 0.15 0.13
Matches are distributed among these distances:
16 7 0.21
17 6 0.18
18 14 0.41
19 7 0.21
ACGTcount: A:0.50, C:0.13, G:0.02, T:0.35
Consensus pattern (18 bp):
ATAACTATTCAAACAATC
Found at i:16998840 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 16998814--16998862 Score: 57
Period size: 16 Copynumber: 2.8 Consensus size: 18
16998804 AAATAAAAGT
16998814 CATAACTATTTGAAATAG
1 CATAACTATTTGAAATAG
* *
16998832 -ATAATTA-TTCAAATAG
1 CATAACTATTTGAAATAG
16998848 TCATAACTATTTGAA
1 -CATAACTATTTGAA
16998863 CGTGTTATAA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 4, Indels: 5
0.73 0.12 0.15
Matches are distributed among these distances:
16 8 0.33
17 6 0.25
18 6 0.25
19 4 0.17
ACGTcount: A:0.45, C:0.10, G:0.08, T:0.37
Consensus pattern (18 bp):
CATAACTATTTGAAATAG
Found at i:16999569 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 16996382--17000760 Score: 2277
Period size: 181 Copynumber: 24.2 Consensus size: 179
16996372 TTAATTTAGG
* ** ** * ***
16996382 AAATTAATATTATTTTATTCCATCTAAGCTTGTATTAATTGAAACAATTGTTTTATGAC-AAATG
1 AAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAT-
* * * * * *
16996446 AAAAGGTTATAACGATTTTAAATAGACAAGTT-TTTAAATAATAATAACTATTTAAACTTGTTC-
65 AAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAA-TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * *
16996509 AGTAAACATATTTATTTTTTTAAATCTCTTT-CTTA-TAATTTTTCAAATGTTAAT
129 A-TAAACAAATTTA--TTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAAT
* *
16996563 AAATTAGTATTAATTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACTAAAAA-AATTGTTTTATGACTAAA
1 AAATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * * * * ** * ** *
16996626 CAAAATGTTAGAATGATTTGAAATAGAAAATTATTCTAATGGTTTTAACCATTTGAACTAATTTG
64 TAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * *
16996691 GTAAACAACTTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAA-TTTTGAAATATTATT
129 ATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAAT
* ** * * **
16996739 AAATTAGTATTATTTTAATT-AGAATAAGCTTGTACAAAC-AAAATAATTATTTTACAACAAAA-
1 AAATTAGTATTATTTTATTTGA-AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAT
* * * * ** * *
16996801 AAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATCGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTC-
65 AAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCG
* ** * * * *
16996864 AGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGC-TATT-ATGTTTTGGAATATTAAT
129 A-TAAACAAATTTATTTTTAAATCTT-TT-ACTTATTAAT-TTTT-GAATATTAAT
* * ** * * * * *
16996918 AAATTAGTATCATTTTATTTCAAATAAAATAGTATGAATAGAACCAATTGTTTAATGACAAAATA
1 AAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAT-
* * * * * * ** * *
16996983 AAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATTAAAACTATTTGAAATAATTTGG
65 AAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA
* ** * * * * *
16997048 TAAGCAGGTTTGCTTTTTAAATCTCTAACTGATTAATTCTTGCAATATTAAT
130 TAAACAAATTT-ATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAAT
* * * ** *
16997100 AAATTAGTATTATTTTATTTCAAA-ATATCTTGTCT-ATTAAACAACAATTGTTTTATAACAAAA
1 AAATTAGTATTATTTTATTTGAAATA-AGCTTGTATGAACAAA-AACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * * * * * *
16997163 CAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAGTTGTTTAAATGGGCATAATTATATGAAC-TGATTC
64 TAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTC
* *** * * **
16997227 GGTAAAGTGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAAAATATTAAT
128 GATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAAT
* * *
16997281 AAAGTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATT-TTTTAATGACAAAA
1 AAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTT-ATGACAAAA
* * ** * * * *
16997344 CAAATGGTCGTAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCG
64 TAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * ** * **
16997409 GTAAATAGATTTATTTTTTCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTGGAAGGTTAAT
129 ATAAACAAATTTA-TTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAAT
* ** * * * * * *
16997463 AAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACCATTATTATACGACTAAACA
1 AAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATA
* * * * * * * * **
16997528 AAATGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGC
66 AAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAT
*** * * * *
16997593 AAATGCATTTTTTTTTAAAAC---T-CTTATCAATTTTTAGAATATTATT
131 AAACAAATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAAT
* ** * * * *
16997639 AAATTAGTATTATTTTTATCT-AAATAAGCTTGTATGATTAGAAATAATTGTTATATGAGAAAA-
1 AAATTAGTATTA-TTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAT
* * * * * * * * * * *
16997702 CAAAGATAATAAGGATTTGAGATTGATATTTATTCAAATAATTATAACTATTTGAACTAGTTCAA
65 AAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA
* * * * *
16997767 AAAATAATTTTAGTTTTTAAATCTCTTCCTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
130 TAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAAT
* * * ** * * * * *
16997819 AAAATAGTATTA-TTTATTTTAGATAATTTTTTATGAACTAAAA-AATTATTTTATGATAAAA-C
1 AAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATA
* * * * ** *
16997881 AAAGTGTCATAACGACTTCAAATATATAATTGCTCAAATAGTTA-AATCTATTTGAACTTGTTC-
66 AAAG-GTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTCG
* * * *
16997944 AGTATAGAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTA-TTCATTAATTTTTTGAATATTAAT
129 A-TAAACAAATTTA--TTTTTAAATCTTTTACTT-ATTAA-TTTTTGAATATTAAT
* * *** * * *
16997999 AAATTACTATTATTTTATTCTG-AATAAGTTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACTAAAC
1 AAATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAT
* * * * * ** *
16998063 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAATTTTAA-TGATTTGAA-TTGGTTT
65 AAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTT-GTTC
** * * * *
16998126 GGCAAACACATTT-TTCTTTAAATCTCTTACTT-TCTAATTTTTAAAATATTATT
128 GATAAACAAATTTATT-TTTAAATCTTTTACTTAT-TAATTTTT-GAATATTAAT
* * * *
16998179 AAATTAGTATTATTTTAATCT-AAATAAGCTTGTTTGAAAAAAAATAATTGTTTTATGACCAAAA
1 AAATTAGTATTATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA-CAAAA
* * * ** * *
16998243 -AAATGATGATAATAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTC
64 TAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTC
* * * **
16998306 -AGTAAATAGATTTAGTTTTTAAA--TTTT--TTATTAGTTTTCAAAATATTAA-
128 GA-TAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAAT
* ** * * *
16998355 AATATTGGTATTATTTTATTCT-AAATAATTTTGCATGAACAGAAACAATTGTTTTATAAC-AAA
1 AA-ATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * * * *
16998418 CAAAAGGTCATAAC-------AATATATAAATGTTCAAATGGACA-AACTATTTGAACTTGTTCG
64 TAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * * * *
16998475 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAGTTTTTAGAATATTAAT
129 ATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAAT
* * * * * *
16998528 AAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAACTTATCTGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAAC
1 AAATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAT
* * * * * * * *
16998592 AAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAATCATAACTATTTGAAATAAATAAT
65 AAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT---T-GT
* * * * *
16998657 T--ATTCAAACAATCATAACTATTTGAACTTGCTCAGTAAACAAATTTACTTTTTAAATTTTTTA
126 TCGA-T-AAACAA--AT--TTA-TT----TT--T-A--AATC--TTTTACTTATT-AA-TTTTTG
16998720 ATTATTAGTTTTTGGAATATTAAT
171 A--A-T------------ATTAAT
* ** * * * *
16998744 AAATTAGTGTTATTTTATTTCTAATATGTTTATATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAATA
1 AAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATA
* * * ** *
16998809 AAA-GTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTATAA
66 AAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAT
* * **
16998873 AAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTATTTAAAAATTTTTGGAATATTAAT
131 AAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAAT
*
16998923 AAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAA-AAGAAACAATTATTTTATGACAAAA
1 AAA-TTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAA-AAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * *
16998986 TAAAAAGGTTATAACGATTTGAAGTAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
64 T-AAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
* ** *
16999051 -AGTAAACAAATTCATATTTTAAATCTCCTAC-TATTTAATTTTTGAAATATTATT
128 GA-TAAACAAATTTAT-TTTTAAATCTTTTACTTA-TTAATTTTTG-AATATTAAT
* * * * * * * **
16999105 AAATTAGTATTTTTTTTATTTCG-AATTAGCTTATATGAACTAATACAATTGTTTCACGATGAAA
1 AAATTAGTA-TTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * ** * *
16999169 CAAAATGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAGTAGTTGTGACTAGTTGAACTTGTTCG
64 TAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * *
16999234 ATAAATATATTTATTTTTAAAATGTTTTACTTATT-ATCTATTGAAATATTAAT
129 ATAAACAAATTTATTTTT-AAATCTTTTACTTATTAAT-TTTTG-AATATTAAT
* **** * *
16999287 AAATTAATATTATTTTAACCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACA
1 AAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATA
* * * * ** * * *
16999352 AAAAGTCATAACGATTTGTAATAAATAATTATTCAAATAGTTGTAACTATTTGAATTTATTCGGT
66 AAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAT
* * * * * *
16999417 AAATAGATTTACTTTTAAATCTTTTACTTATTAGTTATATGAATATCAAT
131 AAACAAATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTGAATATTAAT
* * * * *
16999467 AAATTTGTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AATATATTTTATGACAAAAT
1 AAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAAT-TGTTTTATGACAAAAT
* * * * *
16999531 AAAAGGTTATAGCAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTTGTTCGA
65 AAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA
* * *
16999596 TAAATAGATTCAATTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGGAATATTAAT
130 TAAACAAATT-TATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAAT
* * * * * * *
16999644 -AATTAGAATTATGTTATTTTG-AGTCAA-CTTGTA-CAA-AAGAAACAATTATTTTGTAACAAA
1 AAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAAT-AAGCTTGTATGAACAA-AAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * * * * * * *
16999704 ACAAAAGGTCATAATGCTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATTATAACTATTTGTAC-TGGTC
63 ATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
* * * ** * *
16999768 AGGCT-AACATATTCATTTTTTAAATCCATTACTTATTAATTTTTAGAATATCATT
128 --GATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAAT
* * * * ** * * *
16999823 AAATTAGCAATATTTTATTCTG-AATAAGATTGTATCATTAGAAACAAGTGTTTTATGACAAAAC
1 AAATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAT
* * * * * * * * *
16999887 AAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACT-GTTATAACTATTTAAACTGGTTTG
65 AAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * *
16999951 GTAAACATATTTATTTTTTTAAGTC---T-CTTATTAATTTTT--A-A--AAT
129 ATAAACAAATTTA--TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAAT
* * * * * * * *
16999995 --ATTAATATTATTTTA-TTCAGAAT-CGACTTATGTGAACAAAAACATTTGTTTTACGAC-ATA
1 AAATTAGTATTATTTTATTTGA-AATAAG-CTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * ** ** *
17000055 CAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATTTAACCTTAACTATTTGAA-TTGATTC
64 TAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTC
* * * * * *
17000119 -AGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCGTAATATTATT
128 GA-TAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAAT
* ** * * * * * * *
17000173 AGATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTAAGAATATAAATAATTGTTTCATGACAAAACA
1 AAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATA
* * * * *
17000238 AAAGGTTATAATGATTTAAAATATATAATTATTCAAATAGT-ACTAACTATTTAAAC-TGTTCGG
66 AAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTTGTTCGA
* * * * *
17000301 TAAGCATATTTATTTTTTAATTCTTCTACTTATTAGTTTTTGAAATATTAAT
130 TAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAAT
* ** **
17000353 AAATTGGTATTATTTTATTCCAAAT-AGTCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-
1 AAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAG-CTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAT
* * * * * * * *
17000416 CAAACGTTCTTAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAAT-GACTATAATTATTTGAA-TTGATT
65 AAAAGGTT-ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTG-TT
* * * * **
17000479 CAATAAACTAATTTATATTTTAAATCTCTAACTTCCTAATTTTTGAAATATTAAT
127 CGATAAACAAATTTAT-TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAAT
** * * * * * * * * *
17000534 AAGGTAATTTTATTTTATTTTG-GATAAGCGTT-TTTGTACAGAAATAGTTGTTTTATGATAAAA
1 AAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGC-TTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * *
17000597 CAAATA-GTCATAACAATTTTAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
64 TAAA-AGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
* * * * *
17000661 GATAAACAGATTTATTTTTTTAAAT-TTCTTGCTTATAAACTTTCTGAATGTTAAT
128 GATAAACAAATTTA--TTTTTAAATCTT-TTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAAT
* * * *
17000716 AAAATT-GTTTTATTGTATTTTAAATTAGCTTGTATGAACTAAAAA
1 -AAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAA
17000761 GGTCAGAATG
Statistics
Matches: 3247, Mismatches: 720, Indels: 460
0.73 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
168 48 0.01
169 81 0.02
170 39 0.01
171 1 0.00
172 78 0.02
173 27 0.01
174 63 0.02
175 157 0.05
176 164 0.05
177 95 0.03
178 53 0.02
179 214 0.07
180 594 0.18
181 844 0.26
182 523 0.16
183 78 0.02
184 4 0.00
185 6 0.00
187 2 0.00
189 5 0.00
191 1 0.00
192 1 0.00
193 7 0.00
194 3 0.00
195 7 0.00
196 1 0.00
198 5 0.00
200 8 0.00
201 3 0.00
202 5 0.00
203 3 0.00
204 1 0.00
207 5 0.00
209 2 0.00
211 7 0.00
212 1 0.00
213 1 0.00
215 48 0.01
216 62 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
AAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATA
AAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAT
AAACAAATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAAT
Found at i:17001244 original size:147 final size:139
Alignment explanation
Indices: 17000977--17001278 Score: 360
Period size: 147 Copynumber: 2.1 Consensus size: 139
17000967 TGTTGAACTA
* * *
17000977 ATCATAATTATTTAAACTGGTTTGGTAAATAAATTTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTTAAATA
1 ATCATAATAATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTTAAATA
* **
17001042 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATAAATAAAACTAATTGTTTAATGACA
66 TTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATAAATAAAACTAATTGTTTAATGACA
17001107 AAACAAAATG
131 AAACAAAA-G
*
17001117 -TCATAATAATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAA-TTT
1 ATCATAATAATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAA--T-TTTTTTAAATC-T---CTTATTAATTTT
* *
17001180 TTAGAATATTAATAAATTAATATTTATTTTATT-TCAAATAAACTTGTATGAATAGTAAC-AATT
59 TTA-AATATTAATAAATTAATA-TTATTTTATTCT-AAATAAACTTGTATAAATA-AAACTAATT
*
17001243 GTTTTATGACAAAACAAAAG
120 GTTTAATGACAAAACAAAAG
* *
17001263 ATTATAATGATTTGAA
1 ATCATAATAATTTGAA
17001279 ATAAATAATT
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 12, Indels: 17
0.83 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
139 28 0.20
141 1 0.01
142 11 0.08
143 1 0.01
145 6 0.04
146 27 0.20
147 61 0.44
148 3 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.06, G:0.07, T:0.45
Consensus pattern (139 bp):
ATCATAATAATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTTAAATA
TTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATAAATAAAACTAATTGTTTAATGACA
AAACAAAAG
Found at i:17001430 original size:179 final size:180
Alignment explanation
Indices: 17001170--17001495 Score: 444
Period size: 179 Copynumber: 1.8 Consensus size: 180
17001160 AATCTTCAAC
*
17001170 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAG
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAA
* * * * * * * *
17001235 TAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGT
66 AAACAACTGGTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA-CATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGA
17001300 CA-ACTATTTGAACTCGCTTGTTAAATAGATTAATTTTTAAAATTTTTTAT
130 CAGACTATTTGAACTCGCTTGTTAAATAGATTAATTTTTAAAATTTTTTAT
* * * * *
17001350 TTATTAA-TTTTAGTATTTTAATAAATTAGTA-TTATTTT-TGTTCTAAATAACCTTTTATGAAT
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTTATTTTAT-TTC-AAATAAACTTGTATGAAT
* *
17001412 AAAAACTACTGGTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
64 AAAAACAACTGGTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
17001477 ACATGACTATTTGAACTCG
129 ACA-GACTATTTGAACTCG
17001496 TTTAGAAAAC
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 16, Indels: 8
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
177 1 0.01
178 36 0.29
179 68 0.54
180 21 0.17
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAA
AAACAACTGGTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGAC
AGACTATTTGAACTCGCTTGTTAAATAGATTAATTTTTAAAATTTTTTAT
Found at i:17001806 original size:332 final size:331
Alignment explanation
Indices: 17001186--17001825 Score: 810
Period size: 331 Copynumber: 1.9 Consensus size: 331
17001176 ATTTTTAGAA
* *
17001186 TATTAATAAATTAATATTTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGTAACAATTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAATATTTATTTTATTTCAAATAAACTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * *
17001251 ACAAAACAAAAGATTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCAACTATTTGAACTCG
66 ACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCAACTAATTGAACTCA
* * * * * ** *
17001316 CTTGTTAAATAGATTAATTTTTAAAATTTTTTATTTATTAATTTTAGTATTTTAATAAATTAGTA
131 CTTGGTAAACAGATTAATTTTTAAAATTTCTTACTCATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTA
** * * *
17001381 TTATTTTTGTTCTAAATAACCTTTTATGAATAAAAACTACTGGTTTATGACAAAACAAAAGATCA
196 TTATTTTACTTCTAAATAAACTTATATGAATAAAAACAACTGGTTTATGACAAAACAAAAGATCA
17001446 TAACATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGACATGACTATTTGAACTCGTTTAGAAAACATTTT
261 TAACATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGACATGACTATTTGAACTCGTTTAGAAAACATTTT
17001511 ATTTCT
326 ATTTCT
*
17001517 TATTAATAAATTTAA-A-TTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGCATGAATA-AAACCAATTGTTTT
1 TATTAATAAA-TTAATATTTATTTTATTTC-AAATAAACTTGCATGAATAGAAA-CAATTGTTTT
* * * * **
17001578 ATGACAAAACGAAAGGTCATAATGTTTTGAAAT-AGTAATTGTTTGTATAGTCATAACTAATTGA
63 ATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTC--AACTAATTGA
* * * *
17001642 ACTTATTTGGTAAACAGATT-CTTTTCT-TAATTCTCTTACTCATTAATTTTTAAAATATTAATA
126 ACTCACTTGGTAAACAGATTAATTTT-TAAAATT-TCTTACTCATTAA-TTTTAAAATATTAATA
** * * * *
17001705 AATTAGTATTATTTTACTTC-AAATAAACTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATTACAAAAGA
188 AATTAGTATTATTTTACTTCTAAATAAACTTATATGAATAAAAACAACTGGTTTATGACAAAACA
* *
17001769 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGACATGACTATTTGAACT
253 AAAGATCATAA-CATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGACATGACTATTTGAACT
17001826 TGTTCATTAA
Statistics
Matches: 263, Mismatches: 37, Indels: 17
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
329 21 0.08
330 72 0.27
331 91 0.35
332 79 0.30
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (331 bp):
TATTAATAAATTAATATTTATTTTATTTCAAATAAACTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
ACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCAACTAATTGAACTCA
CTTGGTAAACAGATTAATTTTTAAAATTTCTTACTCATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTA
TTATTTTACTTCTAAATAAACTTATATGAATAAAAACAACTGGTTTATGACAAAACAAAAGATCA
TAACATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGACATGACTATTTGAACTCGTTTAGAAAACATTTT
ATTTCT
Found at i:17001914 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 17001517--17001914 Score: 430
Period size: 180 Copynumber: 2.2 Consensus size: 180
17001507 TTTTATTTCT
* * * *
17001517 TATTAATAAATTTAAATTATTTTATTCA-AAATAAGCTTGCATGAATAAAACCAATTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTTATATTATTTTAAT-ATAAATAAACTTACATGAATAAAACCAATTGTTTTATG
* * *** *
17001581 ACAAAACGAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGTAATTGTTTGTATAGTCATAACTAATTGAACTT
65 ACAAAACGAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGTAATTATTCAAATAGACATAACTAATTGAACTT
** * * *
17001646 ATTTGGTAAACAGATTCTTTTCTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTAAAA
130 ATTCAGTAAACAGATTCTTTTCTTAAATCTCTTACTCATTAATTGTCAAAA
* * *
17001697 TATTAATAAA-TTAGTATTATTTTACT-TCAAATAAACTTATATGAATTGAAA-CAATTGTTTTA
1 TATTAATAAATTTA-TATTATTTTAATAT-AAATAAACTTACATGAA-TAAAACCAATTGTTTTA
* * *
17001759 TTACAAAA-GAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGACATGACTATTTGA
63 TGACAAAACG-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAG-TAATTATTCAAATAGACATAACTAATTGA
* * * * * *
17001823 ACTTGTTCATTAAACATATT-TATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAA
126 ACTTATTCAGTAAACAGATTCT-TTTCTT-AAATCTCTTACTCATTAATTGTCAAAA
*
17001879 TATTAATAAATTTATATTATTTTAATATGAATAAAC
1 TATTAATAAATTTATATTATTTTAATATAAATAAAC
17001915 ATGAACAATT
Statistics
Matches: 180, Mismatches: 28, Indels: 18
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
179 4 0.02
180 76 0.42
181 46 0.26
182 50 0.28
183 4 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TATTAATAAATTTATATTATTTTAATATAAATAAACTTACATGAATAAAACCAATTGTTTTATGA
CAAAACGAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGTAATTATTCAAATAGACATAACTAATTGAACTTA
TTCAGTAAACAGATTCTTTTCTTAAATCTCTTACTCATTAATTGTCAAAA
Found at i:17002285 original size:179 final size:179
Alignment explanation
Indices: 17001981--17002990 Score: 423
Period size: 179 Copynumber: 5.6 Consensus size: 179
17001971 GCACGAACAT
* *
17001981 AAATAATTGTTTTAGGACAAAACAAATGGTTATAATGATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGT
1 AAATAATTGTTTTAGGACAAAACAAA-GGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGC
* * * ** * *
17002046 CAAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAAATTCATTTTTTACATCTCTTACTCTTTAATTTTTGA
65 CAAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAAATTCATTTTTAAAATCTCCAACTCTTTAATTTCTAA
* *
17002111 AATATTAA-AAATTAGTATTATTTTACTCTGAATAGGCTTATGCAATGAA
130 AATATTAATAAAGTAATATTATTTTACTCTGAATAGGCTTATGCAATGAA
* * * *
17002160 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAA-GTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGGC
1 AAATAATTGTTTTAGGACAAAACAAAGGTT-ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGC
* ** *
17002224 CACAATTATTTGAACT-GATTTGATAAACT-GGTTTATTTTTAAAATCTCCAACT-TCTTAATTT
65 CA-AACTATTTGAACTAG-TTTGATAAA-TAAATTCATTTTTAAAATCTCCAACTCT-TTAATTT
* * * * *
17002286 CTAAAATATTAATAAAGTAATATTTTTTTATTTTGCATAAGCTTTTATG-AACT--A
126 CTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTACTCTGAATAGGC--TTATGCAA-TGAA
* ** * * *
17002340 AAACAATTGTTTTATTAAAAAACAAAAGGCTATAATGATTTTG-AATAGATAATTTGTTCAAAAT
1 AAATAATTGTTTTAGGACAAAAC-AAAGGTTATAATGA-TTTGAAATAGATAA-TTATTC-AAAT
* *** * * * * * * * ***
17002404 AAACTTGACTATTTGAATTTA-TTCGTTAAATAGATTTATTTTTTTAAATTTCTTGCT-TATTAA
62 -AGCCAAACTATTTGAA-CTAGTTTGATAAATAAATTCA-TTTTTAAAATCTCCAACTCT-TTAA
* * * * * *
17002467 TTTTCT-AAATGTTAATAGAA-TAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCATGTATG-AATTG--
123 -TTTCTAAAATATTAATA-AAGTAATATTATTTTACTCTGAATAGGC-T-TATGCAA-TGAA
* * * * * * **
17002524 AAACAATTATTTTATGACTAAATA-AAAGGTTAGAA-CATTTTGAAATAGATAATTGTTTTAATA
1 AAATAATTGTTTTAGGAC-AAA-ACAAAGGTTATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
** * * * * * * **
17002587 GTCTTAACTATTTGAATTGGTTCCG-CAAATACATTTATTTTTAAAATCTCTTACT-TATTAATT
63 G-CCAAACTATTTGAACTAGTT-TGATAAATAAATTCATTTTTAAAATCTCCAACTCT-TTAATT
* * *** * * * *
17002650 T-TAGAATATTATTAGTTTAGCTA-TATTTTACTTTGAATAAGCTTGTG---TGGACA
125 TCTAAAATATTAATAAAGTA-ATATTATTTTACTCTGAATAGGCTTATGCAAT-GA-A
* * * * * *
17002703 GAAACAATTGTTTTAGGACAAAACAAAGATCATAAAGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGT
1 -AAATAATTGTTTTAGGACAAAACAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGC
** * * * * *
17002768 CATAACTATTTGAACTAGTCCGA-AAATAGATTTAGCTTTT-AAATCT----CTCATTAATTTTT
65 CA-AACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAAATTCA-TTTTTAAAATCTCCAACTCTTTAATTTCT
* * * * * *** *
17002827 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTAT-AAAT-AA
128 AAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTACTCTGAAT-AGGCT-TATGCAATGAA
* ** * * ** * * *
17002879 AAATAATTTTTTTACAACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
1 AAATAATTGTTTTAGGACAAAAC-AAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGC
* * *
17002944 CATAACTATTTGAACTCA-TTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
65 CA-AACTATTTGAACT-AGTTTGATAAATAAATTCATTTTTAAAATCT
17002991 TTTACTTATT
Statistics
Matches: 655, Mismatches: 122, Indels: 110
0.74 0.14 0.12
Matches are distributed among these distances:
174 11 0.02
175 45 0.07
176 61 0.09
177 24 0.04
178 55 0.08
179 133 0.20
180 91 0.14
181 47 0.07
182 46 0.07
183 39 0.06
184 92 0.14
185 10 0.02
186 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
AAATAATTGTTTTAGGACAAAACAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCC
AAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAAATTCATTTTTAAAATCTCCAACTCTTTAATTTCTAAA
ATATTAATAAAGTAATATTATTTTACTCTGAATAGGCTTATGCAATGAA
Found at i:17003084 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 17001975--17005930 Score: 2717
Period size: 181 Copynumber: 22.0 Consensus size: 179
17001965 ATAATTGCAC
* * * * * * * *
17001975 GAACATAAATAATTGTTTTAGGACAAAACAAATGGTTATAATGATTTGAAATATATAATTATTCA
1 GAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * *
17002040 AATAGTCA-AACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAAATTCATTTTTTACATCTCTTACTCT-TTA
66 AATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTA
* * *
17002103 ATTTTTGAAATATTAA-AAATTAGTATTATTTTACTCTGAATAGGC-T-TAT
129 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTAT
* * * * *
17002152 GCAATGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
1 G-AA-CAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * * * ** *
17002216 TAAATGGCCACAATTATTTGAACTGATTTGATAAACTGGTTTATTTTTAAAATCTCCAACTTCTT
64 CAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * * ** *
17002281 AATTTCTAAAATATTAATAAAGTAATATTTTTTTATTTTGCATAAGCTTTTAT
128 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTAT
* * *
17002334 GAACTA-AAACAATTGTTTTATTAAAAAACAAAAGG-CTATAATGATTTTG-AATAGATAATTTG
1 GAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAAT-AATTTGAAATAGATAA-TTG
** * * * * * * * *
17002396 TTCAAAATAAACTTGACTATTTGAATTTATTCGTTAAATAGATTTATTTTTTTAAATTTCTTGCT
62 TTC-AAATAGTCATAACTATTTGAA-CTATTTGATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACT
* ** *
17002461 TATTAATTTTCT-AAATGTTAATAGAA-TAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCATGTAT
124 TATTAATTTT-TGAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTAT
** * * * * * * * **
17002518 GAATTGAAACAATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTTAGAACATTTTGAAATAGATAATTGTTTT
1 GAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * * * *
17002583 AATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCCG-CAAATACATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTA
66 AATAGTCATAACTATTTGAACT-ATT-TGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * ** * *
17002647 ATTTTAG-AATATTATTAGTTTAGCTA-TATTTTACTTTGAATAAGCTTGTGT
129 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTAT
* * * * *
17002698 GGACAGAAACAATTGTTTTAGGACAAAAC-AAAGATCATAA-AGATTTGAGATAGATAATTATTC
1 GAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA-ATTTGAAATAGATAATTGTTC
** * **
17002761 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTCCGA-AAATAGATTTAGCTTTTAAATCTC-T-C--ATTA
65 AAATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
**
17002821 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTAT
129 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTAT
* * * * * ** * * *
17002873 AAATAAAAATAATTTTTTTACAACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCA
1 GAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* *
17002938 AATAGTCATAACTATTTGAACTCATTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
66 AATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * * * *
17003003 CTTTTGGAATATGAATAAATTTA-TATTATTTTATTAAAAAGAAGCTTGCAT
130 TTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTAT
* * * ** * * * *
17003054 CAACAGAACCTATTGTTTTATGGTAAAACAAAAGGTCATTATATTTTGAAATTGATAATTGTTTA
1 GAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * *
17003119 GATAGTCATAACTATTTGAACT-TATTCAGTAAACA-AATTATTTTTTAATTCTCTTACTAATTA
66 AATAGTCATAACTATTTGAACTAT-TTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * * *
17003182 ATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTACATCAAATAAGCTTATAT
129 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTAT
* * * * * * * * * **
17003234 GAACTGAAACAATTATTTTATTACAAAAGAAAAAGTTAGAATGATTTGAAATAAATAATTACTCA
1 GAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * *
17003299 AATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
66 AATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * ** *
17003364 TTATTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATATA-CTAGTAT
130 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTAAATA-AGCTTGTAT
* * * * * * * **
17003415 GAACAGAAACTATTATTTTATGACATAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAACAAATAATTACTCA
1 GAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * *
17003480 AATAGTTATAACTATTTAAATTGTTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAA
66 AATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * *
17003541 TTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTCGTAT
130 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTAAATAAGCTTGTAT
* * * * * * * * *
17003592 GAACA-AAATAATTATTTTATGACAAAAGAAAAGATTATAGTGATTTGAAACAGATTATTGTTCA
1 GAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * ** * * * * * **
17003656 AATAGTCTTAA-TGATTTGGACTAGTTAAGCAATTAGACTTATGTTTTAATTTTTTTGGTTATTA
66 AATAGTCATAACT-ATTTGAACTATTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * * * * ** **
17003720 AGTTTTGGAATATTATTAAAATAGTATTATATTATTTTGAATAAAATAATAT
129 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTAT
* * * * * * * *
17003772 GAATAGAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGCTTATAATGATTTGAAATA-ATTAATTATTC
1 GAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGA-TAATTGTTC
* * * * * * * * *
17003836 AAATAGTCAAAACTATTTAAAATGGTTTGGTAAGA-AAATATACTTTTTAAATCTCTTACTGATT
65 AAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTTGATAA-ACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * * *
17003900 AATTTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTTAACAAACTTATAT
128 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTAT
* * * * * * *
17003953 TAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTTA
1 GAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * * * *
17004018 AATAGTTATAATTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGAATTATTTTCTAAACCTCTTACTTATAAA
66 AATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * *
17004083 TTTTTAAAATATTAATAAATTAATTTTATTCTATTTCGAAA-AAGCTTGTAT
130 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT--AAATAAGCTTGTAT
*** * * * * * *
17004134 GAGTTGAAATAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCA
1 GAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * * ** *
17004199 TATAATCTTAACTGTTTGAACTGGTTT-AGCAAATGGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTA
66 AATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * *
17004263 ATTTTT-AGAATTTTACTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTAT
129 ATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTAT
* * * * * * * * *
17004315 AAATAGAAAGAATTGTTTTGTGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCA
1 GAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
** * * *
17004380 AATAGTCATAACTATTTGTAA-TGGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAGATCT-TTA---ATTA
66 AATAGTCATAACTATTTG-AACTATTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * *
17004440 ATTCTTGAAATATTAATAAATTAGGATTATTTTATCTCAAATAAGCTTGTAT
129 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTAAATAAGCTTGTAT
*** * * *
17004492 GTTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAA-AGATTTGAAATAGATAGTTGTTC
1 GAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA-ATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * ** *
17004556 AAATGGCCATAATTATTTGAATTAATTCAATAAACCGATTTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
65 AAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTTGATAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * ** *
17004621 AA-TTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTAT
128 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTAT
* * * *
17004673 GAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAAATTGATAATTGTTC
1 GAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * ** *
17004737 AAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGGTAGAC-GCATTTATTTTTTCAAATCTAATGCTTA
65 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAT-TT-GATAAACAG-ATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTA
** * * * * *
17004800 TTAATTTTTTTACTGTTAATAAATTAGTCTTATTTTATTTTTAGTAAGCTTGTAT
126 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTAT
* * * * * * * *
17004855 GAACTGAAAAAATTATTATATGACTAAACGAAAAGGTCAGAATGATTTGAAAATA-ATAATTATT
1 GAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATAATTTG-AAATAGATAATTGTT
* * * * * * *
17004919 CTAATATTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGACAAACACATTTATTTTTTAAA--TC--ACTTAGT
64 CAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * *
17004980 AATTTTTTG-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCTGAATAAGCTTGTAT
128 AA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTAAATAAGCTTGTAT
* * * * ** * * *
17005033 GATCAAAAACAACTG-TTTATGAGAAAACAAATA--TCATAACGATTT-AAGATTGATATTTGTC
1 GAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATAATTTGAA-ATAGATAATTGTT
* * * * * * * * * *
17005094 CAAATATTTATAACTATTTAAATTGGTTCGAAAAAACAGCTTTAGTTTTTGAATCTCTTACTTAT
64 CAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTTG-ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * *
17005159 TAATTTTTGAAATATTAATAGGA-TAGTACTATTTTATTTCAAATAAGTTTTTAT
127 TAATTTTTGAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTAT
* ** *
17005213 GAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGGCTTT-AAATTGATAATTGTTC
1 GAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-AATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * *
17005277 AAATAGTCA-AATCTATTTCAACT-TGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTCAT
65 AAATAGTCATAA-CTATTTGAACTAT-TT-GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * *
17005340 TAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTTAT
127 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGC-TTGTAT
* * * * * ** * *
17005395 GTACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAACGATTTGAAAAAGATAATTGTTCT
1 GAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * ** * * * * * * *
17005460 AATAGTCTTAAGTGCTTGAAATGGTTCT-ACAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTTACATACTA
66 AATAGTCATAACTATTTGAACT-ATT-TGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * ** **
17005524 ATTTTTGGAAT-TGTATTAAATTAGCCTTATTTTAACCTAAATAAGCTTGTAT
129 ATTTTTGAAATAT-TAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTAAATAAGCTTGTAT
* * * * * * * * *
17005576 GAAAACAAATAATTATTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAATGATTTGAGATAAATAATTGTTCA
1 GAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * *
17005640 AATAGTCATAATTATTTGAACTATTTTGGTAAACAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAA
66 AATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
** * * * * * * * ** *
17005701 TTTTCAAAATATTATTATATCAATAGTATTTTGTTCTAAAAAATTTTGCAT
130 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTAT
* * * * *
17005752 GAATAGAAACAATTGTTTTAGGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGCTCA
1 GAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * * *
17005817 AAT-GGCATGACTATTTGAACT-TGCTTGGTAAAAATATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTA
66 AATAGTCATAACTATTTGAACTAT--TTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* *
17005880 ATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATT-TTTTATTTCGAATAAACTTGTAT
129 ATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTAT
17005931 TAATTAACTA
Statistics
Matches: 2959, Mismatches: 677, Indels: 284
0.75 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
173 2 0.00
174 17 0.01
175 96 0.03
176 251 0.08
177 245 0.08
178 136 0.05
179 176 0.06
180 453 0.15
181 1064 0.36
182 299 0.10
183 111 0.04
184 105 0.04
185 4 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
GAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
AATAGTCATAACTATTTGAACTATTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAATAAGCTTGTAT
Found at i:17003571 original size:719 final size:716
Alignment explanation
Indices: 17001975--17006368 Score: 3094
Period size: 719 Copynumber: 6.2 Consensus size: 716
17001965 ATAATTGCAC
* * * ** * ** *
17001975 GAACATAAATAATTGTTTTAGGACAAAACAAATGGTTATAATGATTTGAAATATATAATTATTCA
1 GAACAGAAAT-ATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCA
* * ** * * * *
17002040 AATAGTCA-AACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAAATTCATTTTTTACATCTCTTACTCTTTAA
65 AATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTTGACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA----TTAA
* * * * *
17002104 TTTTTGAAATATTA-AAAATTAGTATTATTTTACTCTGAATAGGC-T-TATGCAATGAAAAATAA
126 TTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTAT-AAAT-AAAAACAA
* * * * * * *
17002166 TTGTTTTATGACAAAACAAAGT-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGGCCACAAT
189 TTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * *** * * **
17002230 TATTTGAACTGATTTGATAAACT-GGTTTATTTTTAAAATCTCCAACTTCTTAATTTCTAAAATA
254 TATTTGAACTG-GTTGATAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATA
* * * *** * * *
17002294 TTAATAAAGTAATATTTTTTTATTTTGCATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATTAA
317 TTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTAAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGAC
* ** * *
17002358 AAAACAAAAGG-CTATAATGATTTTG-AATAGATAATTTGTTCAAAATAAACTTGACTATTTGAA
380 AAAACAAAAGGTC-ATAATGA-TTTGAAATTGATAA-TTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * *
17002421 TTTATTC-GTTAAATAGATTTATTTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTCT-AAATGTTAATA
441 CTTATTCAG-TAAACA-AATTA-TTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTT-TAAAATATTAATA
* * * * * * * * *
17002484 GAA-TAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCATGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACTAAATA
502 -AATTAGAATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * ** * *
17002548 AAAGGTTAGAA-CATTTTGAAATAGATAATTGTTTTAATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCC
566 AAAGGTCAGAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCG
* * * * * ** *
17002611 GCAAATACATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTAG-AATATTATTAGTTTAGCTA-T
629 GTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-ATATT
* *** *
17002674 ATTTTACTTTGAATAAGCTTGTGT
693 ATTTTAATCCAAATAAGCTTGTAT
* * * * * * *
17002698 GGACAGAAACAATTGTTTTAGGACAAAACAAAGA-TCATAA-AGATTTGAGATAGATAATTATTC
1 GAACAGAAA-TATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACA-ATTTGAAATAAATAATTATTC
* * ** * ** *
17002761 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTCCGA-AAATAGATTTAGCTTTTAAATCTCTCATTAATTT
64 AAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTTGACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTT
* * ** * *
17002825 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATAAATAAAAATAATTTTT
129 TTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAATAAAAACAATTGTT
** * *
17002890 TTACAACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
194 TTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
** * *
17002955 GAACTCATTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAACTTTTGGAATATGAATA
259 GAACT-GGTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATA
* * * * * **
17003020 AATTTA-TATTATTTTATTAAAAAGAAGCTTGCATCAACAGAACCTATTGTTTTATGGTAAAACA
323 AA-TTAGTATTATTTTATT-AAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * *
17003084 AAAGGTCATTAT-ATTTTGAAATTGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAG
386 AAAGGTCATAATGA-TTTGAAATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAG
* **
17003148 TAAACAAATTATTTTTTAATTCTCTTACTAATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATT
450 TAAACAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGAATTATT
** * * * * * *
17003213 TTACATCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATTACAAAAGAAAAAGTTAGAATGA
515 TTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAATGA
* ** * * *
17003278 TTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTT
580 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACACATTTATTT
* *
17003343 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATATA
645 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATA-A
*
17003408 -CTAGTAT
709 GCTTGTAT
* * *
17003415 GAACAGAAACTATTATTTTATGACATAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAACAAATAATTACTCA
1 GAACAGAAA-TATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCA
* * * *
17003480 AATAGTTATAACTATTTAAATTGTTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTT
65 AATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTTGACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTT
* * * * *
17003545 TGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATT-TGAATAAGCTCGTATGAA-CAAAATAATTATT
130 TGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-ATTCTGAATAAGCTTGTATAAATAAAAACAATTGTT
* * ** * * *
17003608 TTATGACAAAAGAAAA-GATTATAGTGATTTGAAACAGATTATTGTTCAAATAGTCTTAA-TGAT
194 TTATGACAAAACAAAATG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-AT
* * * * * * * * * ** * *
17003671 TTGGACTAGTTAAGCAATTAGACTTATGTTTTAATTTTTTTGGTTATTAAGTTTTGGAATATTAT
257 TTGAACTGGTTGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAA
* * ** ** ** * * * *
17003736 TAAAATAGTATTATATTATTTTGAATAAAATAATATGAATAGAACCAATTGTTTGATGACAAAAT
321 TAAATTAGTATTATTTTA-TTAAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * * ** **
17003801 AAAAGCTTATAATGATTTGAAA-TAATTAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTAAAATGGTTTG
385 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCA
* * *
17003865 GTAAGA-AAATATACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTA-ATAT
449 GTAA-ACAAAT-TATTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGA-AT
** * * * ** * * *
17003928 TATTTTATTTTTAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATA
511 TATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGA
* * * * * * *
17003993 ATGATTTAAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATAATTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGAATT
576 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACACATTT
* * * * * * * *
17004058 ATTTTCTAAACCTCTTACTTATAAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATTTTATTCTATTTCGAA
641 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-ATCCAA
17004123 A-AAGCTTGTAT
705 ATAAGCTTGTAT
*** * * * *
17004134 GAGTTGAAATAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCA
1 GAACAGAAAT-ATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCA
* * * **
17004199 TATAATCT-TAACTGTTTGAACTGGTTT-AGCAAATGGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATT
65 AATAGT-TATAACTATTTGAACTGGTTTGA-CAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC----TTATT
* * * *
17004262 AATTTTT-AGAATTTTACTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAATAGAAAGA
124 AATTTTTGA-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAATAAAAACA
* * * * * * *
17004326 ATTGTTTTGTGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
188 ATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * *
17004391 CTATTTGTAA-TGGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAGATC-TTTA---ATTAATTCTTGAAAT
253 CTATTTG-AACTGGTTGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAAT
* * *** *
17004451 ATTAATAAATTAGGATTATTTTATCTCAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGAC
316 ATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TAAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * *
17004516 AAAACAAAAGGTAATAAAGATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAA-TTA
380 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-
* ** * *
17004580 ATTCAATAAACCGATTTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAAGTA
444 ATTCAGTAAA-C-AAATTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA
* * * * * *
17004644 GTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGT
507 GAATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * *
17004709 CATAATGATTTTAAATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAGACGC
572 CAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAC
** * ** * * * * *
17004774 ATTTATTTTTTCAAATCTAATGCTTATTAATTTTTTTACTGTTAATAAATTAGTCTTATTTTATT
637 ATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAAT
*** *
17004839 TTTAGTAAGCTTGTAT
701 CCAAATAAGCTTGTAT
* * * * * * **
17004855 GAACTGAAAAAATTATTATATGACTAAACGAAAAGGTCAGAATGATTTGAAA-ATAATAATTATT
1 GAACAG-AAATATTATTTTATGACAAAAC-AAAAAGTCATAACAATTTGAAATA-AATAATTATT
* * * * *
17004919 CTAATA-TTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGACAAACACATTTATTTTTTAAATCACTTAGTAAT
63 CAAATAGTT-ATAACTATTTGAACTGGTTTGACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAA-
*
17004983 TTTTTG-AATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCTGAATAAGCTTGTAT-GATCAAAAACAA
126 TTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAT-TCTGAATAAGCTTGTATAAAT-AAAAACAA
* * * * * * * *
17005045 CTG-TTTATGAGAAAAC-AAATATCATAACGATTT-AAGATTGATATTTGTCCAAATATTTATAA
189 TTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * * * * *
17005107 CTATTTAAATTGGTTCGAAAAAACAGCTTTAGTTTTTGAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
253 CTATTTGAACTGGTT-G-ATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAAT
* * * * * *
17005172 ATTAATAGGA-TAGTACTATTTTATTTCAAATAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGA
316 ATTAATA-AATTAGTATTATTTTA-TTAAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* *
17005236 CAAAACAAAAGGTCATAATGGCTTT-AAATTGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTCAAC
379 CAAAACAAAAGGTCATAAT-GATTTGAAATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAAC
* * * * * * *
17005299 TTGTTC-GATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTCATTAATTTTTCAAATGTTAATAAAT
442 TTATTCAG-TAAACA-AATTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
* * * * *
17005363 TAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTTTTATGTACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAA
505 TAGAATTATTTTATTTC-GAATAAGC-TTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * * * ** * * ***
17005427 AGGTCAGAACGATTTGAAAAAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAAGTGCTTGAAATGGTTCTACAA
568 AGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAA
* * * * * ***
17005492 ACACATTTATTTTTTAAATCTTTTACATACTAATTTTTGGAAT-TGTATTAAATTAGCCTTATTT
633 ACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT-TAATAAATTAATATTATTT
17005556 TAA-CCTAAATAAGCTTGTAT
697 TAATCC-AAATAAGCTTGTAT
* * * * ** * *
17005576 GAAAACAAATAATTATTTTATGACAAAATAAAGA-TCATAATGATTTGAGATAAATAATTGTTCA
1 GAACAGAAAT-ATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCA
* * ** ** *
17005640 AATAGTCATAATTATTTGAACTATTTTGGTAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTT
65 AATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTTGACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTT
** * * * * * * * ** * * *
17005705 CAAAATATTATTATATCAATAGTATTTTGTTCTAAAAAATTTTGCATGAATAGAAACAATTGTTT
130 TGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAATAAAAACAATTGTTT
* * * * *
17005770 TAGGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAAT-GGCATGACTATTTG
195 TATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * ** * *
17005834 AACTTGCTTGGTAAAAATATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAA
260 AAC-TGGTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAA
* *
17005899 ATTAGTATT-TTTTATT----T---C------G-A-ATAAAC--TTG---TAT---------TAA
324 ATTAGTATTATTTTATTAAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
** * * * * * *
17005934 --T--TAACT-ATTTGAAATAAATAACTGTTCAAACAGTTATAACTATTTAAATTTACTC-GATA
389 GGTCATAA-TGATTTGAAATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAG-TA
** * * * * * * *
17005993 AATGATTTA-TTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTAGTATTTT
452 AACAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGAATTATTTT
* * * ** * *
17006057 ATTTCGAATATGTTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATGCAT-AT
517 ATTTCGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-GAATGAT
* * * * * *
17006121 TTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTTACAACTATTTGAACATGTTC---AAA-A-A-ATAATTT
581 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACACATTTATTTT
* * * * ** *
17006180 TTAAAT-T-TT--TTTTTATTTTTTAAAATATTAATAAATTTATATTATTTTTTTCGAAATAAGC
646 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGC
17006241 TTGTAT
711 TTGTAT
* * * * * ** * *
17006247 TAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTTATAATGATTTGACATAGATAATTATTCA
1 GAACAGAAA-TATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCA
* * * ** * * *
17006312 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTCATATTTTAAATCTCTTA
65 AATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTTGACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
17006369 CTCAATAATT
Statistics
Matches: 2922, Mismatches: 639, Indels: 271
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
671 66 0.02
672 77 0.03
673 2 0.00
674 1 0.00
675 11 0.00
676 1 0.00
677 1 0.00
678 3 0.00
681 74 0.03
682 57 0.02
683 11 0.00
684 41 0.01
685 3 0.00
686 1 0.00
688 2 0.00
697 3 0.00
700 3 0.00
702 4 0.00
703 1 0.00
704 1 0.00
713 1 0.00
715 7 0.00
716 211 0.07
717 106 0.04
718 364 0.12
719 614 0.21
720 477 0.16
721 353 0.12
722 241 0.08
723 100 0.03
724 82 0.03
725 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (716 bp):
GAACAGAAATATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAA
ATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTTGACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTT
GAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAATAAAAACAATTGTTTT
ATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
ACTGGTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAT
TAGTATTATTTTATTAAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
TCATAATGATTTGAAATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACA
AATTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTT
CGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAA
ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACACATTTATTTTTTAAA
TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTA
T
Found at i:17004385 original size:900 final size:888
Alignment explanation
Indices: 17001985--17005919 Score: 2701
Period size: 900 Copynumber: 4.4 Consensus size: 888
17001975 GAACATAAAT
* * *
17001985 AATTGTTTTAGGACAAAACAAATGGTTATAATGATTTGAAAT-ATATAATTATTCAAATAGTC-A
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAT-TAATTATTCAAATAGTCAA
* *
17002048 AACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAAATTCATTTTTTACATCTCTTACTCTTTAATTTTTGAAA
65 AACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAAATT-ATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGAAA
* * * * * * * * *
17002113 TATTAA-AAATTAGTATTATTTTACTCTGAATAGGCTTAT-GCAATGAAAAATAATTGTTTTATG
129 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTATAAACAAGCTTATATCAA-CAAAAACAATTGTTTTATG
* * *
17002176 ACAAAAC--AAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGGCCACAATTATTTGAAC
193 ACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAAC
* * * ** ** * * *
17002239 T-GATTTGATAAACTGGTTTATTTTTAAAATCTCCAACTTCTTAATTTCTAAAATATTAATAAAG
257 TAG-TTCGGTAAACAGAATTATTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
* * * * * *
17002303 TAATATTT-TTTTATTTTGCATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATTAAAAAACAAAA
320 TAAT-TTTATTTTATTTCGAAAAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAA
* * * * * * *
17002367 GG-CTATAATGATTTTG-AATAGATAATTTGTTCAAAATAAACTTGACTATTTGAA-TTTATTCG
384 GGTC-ATAA-CAATTTGAAATAAATAA-TTATTC-AAATAATCTTGACTATTTGAACTGT-TTAG
* *
17002429 TTAAATAGATTTATTTTTTTAAATTTCTT-GCTTATTAATTTTCTA-AATGTTAATAGAA-TAGT
444 -TAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTAG-TTATTAATTTT-TAGAATATTAATA-AATTAGT
* * * * *
17002491 ATTATTTTATTTTGGATAAGCATGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTTA
504 ATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGA-TAAACAAAAGGTTA
* * * ** * * * *
17002556 GAACATTTTGAAATAGATAATTGTTTTAATAGTCT-TAACTATTTGAATTGGTTCCGCAAATACA
568 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-TATAACTATTTAAATT-GTTCAGTAAATAGA
* * ** *
17002620 TTTATTTTTAAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTAGAATATTATTAGTTTAGCTA-TATTTTACTT
631 TTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTAATT--TTTGA-AATATTATTAAATTAG-TATTATTTTAATT
* * * * *
17002683 TGAATAAGCTTGTGTGGACAGAAACAATTGTTTTAGGACAAAACAAAGATCATAAAGATTTGAGA
691 TGAATAAGCTTGTATGGACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGATAATAAAGATTTGAAA
* * **
17002748 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TCCGAAAATAGATTTA-GCTTTTAA-
755 TAGATTATTGTTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTAGTTAAGAAAATAGATTTATG-TTTTAAT
* * * * * * ** * *
17002810 ATCTCTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATAA
818 TTTTCTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTATATGA
*
17002875 ATAAAAAT
882 AT-AAAAC
* ** * ** * * *
17002883 AATTTTTTTACAACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAATTAATTATTCAAATAGTCAAA
* * * * * *
17002948 ACTATTTGAACTCA-TTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAACTTTTGGAA
66 ACTATTTGAACT-AGTTTGGTAAATA-AATTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGAAA
* * * * ** * * * *
17003012 TATGAATAAATTTATATTATTTTATTAAAAAGAAGCTTGCATCAACAGAACCTATTGTTTTATGG
129 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTATAAACAAGCTTATATCAACAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * *
17003077 TAAAACAAAAGGTCATTAT-ATTTTGAAATTGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAACT
194 CAAAACAAAAAGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAAC-
* * * **
17003141 TA-TTCAGTAAACA-AATTATTTTTTAATTCTCTTACTAATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT
257 TAGTTCGGTAAACAGAATTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT
* ** * *
17003204 AGA-ATTATTTTACATC-AAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATTACAAAAGAAAA
321 A-ATTTTATTTTATTTCGAAA-AAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAA
* * * ** * * * *
17003267 AGTTAGAATGATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAA
384 GGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCTTGACTATTTGAAC-TGTTTAGTAAA
* * * * * *
17003332 CATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATT-GAAATATTAATAAATTAATATTATTTT
448 TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* ** * * * * * *
17003396 AATCCAAATATA-CTAGTATGAACAGAAACTATTATTTTATGACATAACAAAAAGTCATAACAAT
512 ATTCTGAATA-AGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATA-AACAAAAGGTTATAACAAT
* * * ** *
17003460 TTGAAACAAATAATTACTCAAATAGTTATAACTATTTAAATTGTTTTGATAAACAGATTTATTTT
575 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTAAATTGTTCAG-TAAATAGATTTATTTT
*
17003525 TTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTCGT
639 TTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGT
* * * * ** *
17003590 ATGAACAAAATAATTATTTTATGACAAAAGAAAAGATTATAGTGATTTGAAACAGATTATTGTTC
704 ATGGACAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGATAATAAAGATTTGAAATAGATTATTGTTC
* * * * * *
17003655 AAATAGTCTTAATGATTTGGACTAGTTAAGCAATTAGACTTATGTTTTAATTTTTTTGGTTATTA
768 AAATAGTCATAAT-ATTTGAACTAGTTAAGAAAATAGATTTATGTTTTAA--TTTTT-CTTATTA
* * * * *
17003720 AGTTTTGGAATATTATTAAAATAGTATTATATTATTTTGAATAAAATAATATGAATAGAACC
829 A-TTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTATATGAATA-AAAC
* * * *
17003782 AATTGTTTGATGACAAAATAAAAGCTTATAATGATTTGAAATAATTAATTATTCAAATAGTCAAA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAATTAATTATTCAAATAGTCAAA
* * * * * *
17003847 ACTATTTAAAATGGTTTGGTAAGA-AAATATACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTAAA
66 ACTATTTGAACTAGTTTGGTAA-ATAAAT-TATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGAAA
* * * *
17003911 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTTAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGA
129 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTATAAACAAGCTTATATCAACAAAAACAATTGTTTTATGA
* * *
17003976 CAAAACAAAAAGTAATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATAATTATTTGAACTA
194 CAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAACTA
* *
17004041 GTTCGGTAAACAGAATTATTTTCTAAACCTCTTACTTATAAATTTTTAAAATATTAATAAATTAA
259 GTTCGGTAAACAGAATTATTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAA
* * ** * * * *
17004106 TTTTATTCTATTTCGAAAAAGCTTGTATGAGTTGAAATAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTC
323 TTTTATTTTATTTCGAAAAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTC
* * * * *
17004171 ATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCATATAATCTTAACTGTTTGAACTGGTTTAGCAAATGGA
388 ATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCTTGACTATTTGAACT-GTTTAGTAAATAGA
* *
17004236 TTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATTTTACTAAATTAGTATTATTTTATTCT
452 TTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* * * *
17004301 GAATAAGCTTGTATAAATAGAAAGAATTGTTTTGTGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAA
517 GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATA-AACAAAAGGTTATAACAATTTGAAA
* * * *
17004366 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGTAATGGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAGAT
581 TAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTT-AAATTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT
* * * **
17004431 CT-TTAATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGGATTATTTT-ATCTCAAATAAGCTTGTATGT
645 CTCTT-ATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAAT-TTGAATAAGCTTGTATG-
*
17004494 TGA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAAAGATTTGAAATAGA-TAGTTGTTCA
707 -GACAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGATAATAAAGATTTGAAATAGATTA-TTGTTCA
* * * * * ** * *
17004557 AATGGCCATAATTATTTGAATTAATTCAA-TAAACCGATTTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
769 AATAGTCATAA-TATTTGAACTAGTT-AAGAAAATAGA-TTTATGTTTT-AAT-T-TTTCTTATT
* * * ** *
17004621 AATTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAAC
828 AATTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTATATGAA-TAAAAC
* * * * *
17004683 AATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAAATTGA-TAATTGTTCAAATAGTCAT
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA-TAATTAATTATTCAAATAGTCAA
* * *** * ** * * **
17004747 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAGACGCATTTATTTTTTCAAATCTAATGCTTATTAATTTTTTTA
65 AACTATTTGAACTAGTTTGGTA-AATAAATTATTTTTT-AAATCTCTTACTCATTAATTTTTGAA
* * * * * * ** * * * * *
17004812 CTGTTAATAAATTAGTCTTATTTTATTTTTAGTAAGCTTGTATGAACTGAAAA-AATTATTATAT
128 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTATAAACAAGCTTATATCAAC-AAAAACAATTGTTTTAT
* * * * * * *
17004876 GACTAAACGAAAAGGTCAGAATGATTTGAAAATA-ATAATTATTCT-AATATTCTTAACTATTTG
192 GACAAAAC-AAAAAGTCATAATGATTTG-AAATAGATAATTGTT-TAAATAGTCATAATTATTTG
* * ** * * * ** *
17004939 AACTGGTTTGACAAACACATTTATTTTTTAAA--TC--ACTTAGTAATTTTTTGAATATTATTAA
254 AACTAGTTCGGTAAACAGAATTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAA
* * * * * * ** * * *
17005000 ATTAGTATTATTTT-TATCTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAACTG-TTTATGAGAAAACAA
318 ATTAATTTTATTTTATTTC-GAAAAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAA
* ** * * * * * * * *
17005063 ATA--TCATAACGATTT-AAGATTGATATTTGTCCAAAT-ATTTATAACTATTTAAATTGGTTCG
382 A-AGGTCATAACAATTTGAA-ATAAATAATTATTCAAATAATCT-TGACTATTTGAACT-GTT-T
** * * * * * *
17005124 AAAAAACAGCTTTAGTTTTTGAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAGGA-TAGTA
442 AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAG-AATATTAATA-AATTAGTA
* * * * * * *
17005187 CTATTTTATT-TCAAATAAGTTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
505 TTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGA-TAAACAAAAGGTT
*** * * * * *
17005250 ATAATGGCTTT-AAATTGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTCAACTTGTTC-GATAAAC
567 ATAA-CAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAA-CTATTT-AAATTGTTCAG-TAAAT
* * * * *
17005312 ATATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTCATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTT-A
628 AGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAA
* * * * * * * * *
17005376 TTCTGAATAAGCTTTTTATGTACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAACGATT
689 TT-TGAATAAGC-TTGTATGGAC-AAAACAATTGTTTTATGAC-AAAAAAAAGATAATAAAGATT
* * * * ** * * * * * * *
17005441 TGAAAAAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAAGTGCTTGAAATGGTTCTA-CAAACACATTTATTTT
750 TGAAATAGATTATTGTTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTAGTT-AAGAAAATAGATTTATGTT
* * * * * ** *** * *
17005505 TTAAATCTTTTACATACTAATTTTTGGAAT-TGTATTAAATTAGCCTTATTTTAACCTAAATAAG
813 TT-AAT-TTTT-CTTATTAA-TTTTGAAATAT-TAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATAAA
* * * *
17005569 CTTGTATGAAAACAAAT
873 ATTATATGAATA-AAAC
* * * * * * *
17005586 AATTATTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAATGATTTGAGATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAATTAATTATTCAAATAGTCAAA
* * * * * **
17005650 ATTATTTGAACTATTTTGGTAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTC-T--T-ATTAATTTTCAAAAT
66 ACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATA-AATTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGAAAT
* * * * * * * ** ** * * * *
17005711 ATTATTATATCAATAGTATTTTGTTCTAAAAAATTTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTAGGAC
130 ATTAATAAATTAATATTATTTTATTATAAACAAGCTTATATCAACAAAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * *
17005776 AAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAAT-GGCATGACTATTTGAACTTG
195 AAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAACTAG
* * * * * * *
17005840 CTT-GGTAAAAATATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAG
260 -TTCGGTAAACAGAATTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAA
*
17005904 TATT-TTTTATTTCGAA
323 TTTTATTTTATTTCGAA
17005920 TAAACTTGTA
Statistics
Matches: 2389, Mismatches: 537, Indels: 222
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
893 22 0.01
894 88 0.04
895 60 0.03
896 49 0.02
897 247 0.10
898 265 0.11
899 442 0.19
900 482 0.20
901 282 0.12
902 237 0.10
903 201 0.08
904 14 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (888 bp):
AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAATTAATTATTCAAATAGTCAAA
ACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATA
TTAATAAATTAATATTATTTTATTATAAACAAGCTTATATCAACAAAAACAATTGTTTTATGACA
AAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGT
TCGGTAAACAGAATTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATTT
TATTTTATTTCGAAAAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCATA
ACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCTTGACTATTTGAACTGTTTAGTAAATAGATTTA
TTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT
AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGAT
AATTATTCAAATAGTTATAACTATTTAAATTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
TTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGGACAAAACA
ATTGTTTTATGACAAAAAAAAGATAATAAAGATTTGAAATAGATTATTGTTCAAATAGTCATAAT
ATTTGAACTAGTTAAGAAAATAGATTTATGTTTTAATTTTTCTTATTAATTTTGAAATATTAATA
AAATAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTATATGAATAAAAC
Found at i:17006259 original size:171 final size:174
Alignment explanation
Indices: 17006001--17006338 Score: 436
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 174
17005991 TAAATGATTT
*
17006001 ATTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTAGTATTTTATTTCGAAT
1 ATTTTTAAATTTTTTA-TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTAGTATTTTATTTCGAAT
* * * *
17006066 ATGTTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATGCAT-ATTTGAAATAG
65 AAGCTTGTATGAACAAAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AATGATTTGAAATAG
* *
17006130 ATAATTCTTCAAATAGTTACAACTATTTGAACATGTTCAAAAAATA
129 ATAATTATTCAAATAGTCACAACTATTTGAACATGTTCAAAAAATA
* *
17006176 ATTTTTAAA-TTTTT-TT-TTATTTTTTAAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTT-TTTCGAAA
1 ATTTTTAAATTTTTTATTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTAGTATTTTATTTCG-AA
* * * * * * *
17006236 TAAGCTTGTATTAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTTATAATGATTTGACATAG
64 TAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* *
17006301 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
129 ATAATTATTCAAATAGTCACAACTATTTGAACATGTTC
17006339 GGTAAACATA
Statistics
Matches: 142, Mismatches: 18, Indels: 10
0.84 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 7 0.05
171 116 0.82
172 5 0.04
174 5 0.04
175 9 0.06
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (174 bp):
ATTTTTAAATTTTTTATTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTAGTATTTTATTTCGAATA
AGCTTGTATGAACAAAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
AATTATTCAAATAGTCACAACTATTTGAACATGTTCAAAAAATA
Found at i:17006779 original size:60 final size:60
Alignment explanation
Indices: 17006693--17006814 Score: 181
Period size: 60 Copynumber: 2.0 Consensus size: 60
17006683 GTTATAAAAT
* * *
17006693 AATTGTTTTAGTCCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC
1 AATTGTTTAAGTCCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC
* * * *
17006753 AATTGTTTAAGTTCATACAAGCTTATTCTAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTC
1 AATTGTTTAAGTCCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC
17006813 AA
1 AA
17006815 AAATCAATAA
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 7, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
60 55 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.06, T:0.43
Consensus pattern (60 bp):
AATTGTTTAAGTCCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC
Found at i:17007224 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 17006888--17007835 Score: 710
Period size: 181 Copynumber: 5.2 Consensus size: 180
17006878 TCATGTCAAT
* ** * * ** * * **
17006888 AAACAATTGTTTTTGAACATTCAAGCTTGTTCGAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATCCTTCA
1 AAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCA
* * * * * * *
17006953 AAAATT-A-AA--AATAGATTTAAAATATAAATCTGTTTAC-CAAGCTAGTTCAAATAGTTATGA
66 AAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTATTT-CTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGA
* ** * * *
17007013 CTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATG
129 CTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * *
17007065 AAATAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATATTGATCTAATAATATTCCA
1 AAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCA
* * * *
17007130 AAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTGCTGAACAAGTTCAAATATTTAAGAC
66 AAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTATTT-CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
*
17007195 TATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
130 TATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * ** *
17007246 AAATAAGTTTTTTTTTTTGAATTCACACTAGCTTA-TTTAGAATAAAATAAAAGGAATTTATTAA
1 AAACAA----TTATTTTTG--TTCATACAAGCTTATTTTA-AATAAAATAATACTAATCTATTAA
* * * *
17007310 TATTTCAAAAACTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTATTTACCT-AACCAA-TTTAAA
59 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATT-TATTT--CTGAA-CAAGTTCAAA
* * * ** **
17007372 TAGTTATGACTATTTGAACTATTATCTATTTTAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATA
120 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * ** *
17007433 AAACAAATGTTTTTGTTCATATAAG-TT-TGTTTAGGAATAATGTAATACTAATCTATTAACATT
1 AAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTAT-TTTA--AATAAAATAATACTAATCTATTAATATT
* * * * *
17007496 TCAAAAATT--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTAT
63 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTATTTCT-GAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * *
17007558 TACTATTTTAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTT-TTCTATTATA
127 GACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* ** * * * * *
17007610 AAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAACTAATACTAATTTATTAGTATATCA
1 AAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCA
* * * * * * * * *
17007675 ACAATTAATAAGTAA-ACAATTTTTAAAAATAAATATATTTACGGAACTAGATCAAATAATCATG
66 AAAATTAATAAGTAAGAGAA--TTAAAAAATAAATTTATTT-CTGAACAAGTTCAAATAGTTATG
** * *
17007739 ACTATTTGATTAATTATTTACTTCAAATTGTTA-GCCCTTTTGTTTTGTCATA
128 ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * *
17007791 AAAGAATT-TTTTTAATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
1 AAACAATTATTTTT-GTTCATACAAGCTTATTTTAAATAAAATAAT
17007836 CTATTCATAC
Statistics
Matches: 608, Mismatches: 130, Indels: 62
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
176 29 0.05
177 84 0.14
178 16 0.03
179 72 0.12
180 78 0.13
181 141 0.23
182 32 0.05
183 7 0.01
185 8 0.01
186 8 0.01
187 128 0.21
188 5 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCA
AAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTATTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
Found at i:17007916 original size:214 final size:214
Alignment explanation
Indices: 17007625--17008045 Score: 641
Period size: 214 Copynumber: 2.0 Consensus size: 214
17007615 ATTATTTCTG
*
17007625 TTCATACAAGCTTATTTGGATTAAACTAATACTAATTTATTAGTATATCAACAATTAATAAGTAA
1 TTCATACAAGCTTATTTGGATTAAACTAATACTAATTTATTAATATATCAACAATTAATAAGTAA
* * ** * *
17007690 ACAATTTTTAAAAATAAATATATTTACGGAACTAGATCAAATAATCATGACTATTTGATTAATTA
66 ACAAATTTTAAAAAGAAATATATTTACCAAACTAGATCAAATAATCATGACTAATTGAATAATTA
* * * *
17007755 TTTACTT-CAAATTGTTA-GCCCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTTTTTTAATTCATATAAGCT
131 TCTA-TTACAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAGAA-TTGTTTAATTCATATAAGCT
17007818 TATTTGAAATAAAATAATCTA
194 TATTTGAAATAAAATAATCTA
* * **
17007839 TTCATACAAGCTTATTTGGATTAAATTAATTATTAATTTATTAATATATTGACAATTAATAAGTA
1 TTCATACAAGCTTATTTGGATTAAACTAA-TACTAATTTATTAATATATCAACAATTAATAAGTA
*
17007904 AA-AAATTTTAAAAAGAAATATGTTTACCAAACTAGATCAAATAATCATGACTAATTGAATAATT
65 AACAAATTTTAAAAAGAAATATATTTACCAAACTAGATCAAATAATCATGACTAATTGAATAATT
*
17007968 ATCTATTACAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAGAATTGTTTCATTCATATAAGCTT
130 ATCTATTACAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAGAATTGTTTAATTCATATAAGCTT
17008033 ATTTGAAATAAAA
195 ATTTGAAATAAAA
17008046 AATACTAATT
Statistics
Matches: 187, Mismatches: 17, Indels: 6
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
213 2 0.01
214 129 0.69
215 56 0.30
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (214 bp):
TTCATACAAGCTTATTTGGATTAAACTAATACTAATTTATTAATATATCAACAATTAATAAGTAA
ACAAATTTTAAAAAGAAATATATTTACCAAACTAGATCAAATAATCATGACTAATTGAATAATTA
TCTATTACAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAGAATTGTTTAATTCATATAAGCTTA
TTTGAAATAAAATAATCTA
Found at i:17008290 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 17007835--17009388 Score: 1275
Period size: 180 Copynumber: 8.7 Consensus size: 181
17007825 AATAAAATAA
** * * * * *
17007835 TCTATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAATTAATTATTAATTTATTAATATAT-TGACAATTAAT
1 TCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAA-TACTAATTTATTAATAT-TCTAAAAATTAAT
* * * * * *** * * * * * * * *
17007899 AAGTAAAAAATTTTAAAAAGAAATATGTTTACCAAACTAGATCAAATAATCATGACTAATTGAAT
64 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAAC
* * ** * * *
17007964 AATTATCTATTACAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAGAATTGTT
129 AATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * *
17008017 TC-ATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAA-AATACTAATTTATTAAAAATCTAAAAATTAATAA
1 TCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA
* * * *
17008080 -TAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTTAAATAATTATGATTGTTTGAACA
66 GTAAA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAACA
* * * * * *
17008144 ATTATTTATTTGAAATTACTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTT
130 ATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * *
17008196 TCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTAATAATA-T-GAAGGCAATTAAT
1 TCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAA--AAATTAAT
** * * *
17008259 AAGTAAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTTAAATCGTTATGACTATTTGAG
64 AAGT-AAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAA
* * ** *
17008324 CAATTATTTACTTCAACTTGTTATGACTTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTT
128 CAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * *
17008378 TCTATTCATACAAGTTTA-TTCGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATA-T-T-----TTAATA
1 TCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
* * ** * * * * *
17008435 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CCAAAAACTTTAAATAGTCATGACTATTTGAATA
65 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAACA
* * * * * * *
17008499 ATTATCTATTTCAAATTATTATAACATTTTT-ATTTGTAATAAAAGAATTATT
130 ATTATTTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * *
17008551 T-TAGTTCATATAAGCTTATTTGAAGTAAAATGATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATG
1 TCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
* * * * * * * *
17008615 AGTAAAAGAATTAGAAAAA-GAATCTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGATTATCTAAAC
65 AGTAAAAGATTTA-AAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAAC
** * * * *
17008679 AATTA-TTATCACAAAACATTATGACTTTATGTTTTGTCATATAACAATTGAT
129 AATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * ** * * *
17008731 TCTATTCTTGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAAT-TTAAATTTACTAATATTCCAAAAATTAATA
1 TCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
* * * * * * * *
17008795 AATAAAA-ATTTCAAAAATAAATTTATTTTTTGTACACA-TGTAAATAGTTATGACT-CTTCAAC
65 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACA-AGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAAC
* * * * * * *
17008857 AATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTTGCTGTATCATAAACCAATTGTT
129 AATTATTTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * *
17008911 TCTATGCATAAAAACTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATA
1 TCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
* * * * *
17008975 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCCATTTACTGAGCAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACA
65 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAACA
* * *
17009040 ATTATTTATTTCAAATCGTTATGA-TCTTTTGTTTTATCATAAAAC-ATAGGTT
130 ATTATTTATTTCAAATCATTATGACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTT
* * * **
17009092 TCTATTCATACAAGTTTA-TTAAAAAAAAATAATACTAATCAATTAATATTCTAAAAATTAATAA
1 TCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA
*** * * * * * *
17009156 GTTGGAGATTT-AAAAA-AAATCTATTTACTGAACAAGTTTAAGTAGTCATGTCCATTTAAACTA
66 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
* * * *
17009219 TTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTATTTTGTCGTAAAACAATTGTT
131 TTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* *
17009270 TCTATTCAAACAAGCTTATTTCACAA-AAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
1 TCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT
* * * * * * * *
17009333 AAGTAAAA-ACTCAAGAAATAAATATGTTT-TCTAAACACGTTTAAATAATTATGACT
64 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAT-TGAACAAGTTTAAATAGTTATGACT
17009389 CTTTGTTTTG
Statistics
Matches: 1092, Mismatches: 237, Indels: 88
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
172 2 0.00
173 100 0.09
174 33 0.03
175 10 0.01
178 116 0.11
179 213 0.20
180 291 0.27
181 158 0.14
182 166 0.15
183 3 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA
GTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
TTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
Found at i:17009657 original size:326 final size:323
Alignment explanation
Indices: 17009058--17009663 Score: 749
Period size: 326 Copynumber: 1.9 Consensus size: 323
17009048 TTTCAAATCG
**
17009058 TTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACATAGGTTTCTATTCATACAAGTTTATTAAAAAAAAATA
1 TTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACATAGGTTTCTATTCATACAAGCGTATTAAAAAAAAATA
*** * *
17009123 ATACTAATCAATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAAAATCTATTTACTGAA
66 ATACTAATCAATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAAAATCTATTTACCGAA
* * * *
17009188 CAAGTTTAAGTAGTCATGTCCATTTAAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTATTTT
131 CAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTATTTT
* * *
17009253 GTCGTAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAGCTTATTTCACAAAAAATAATATAAATTTATTAAT
196 GTCCTAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAGATTATTTCACAAAAAATAATATAAATTGATTAAT
*
17009318 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAACTCAAGAAATAAATATGTTTTCTAAACACGTTTAAATAA
261 ACTCCAAAAATTAATAAGTAAAAACTCAAGAAATAAATATGTTTTCTAAACACGTTTAAATAA
* * * * *
17009381 TTATGA-CTCTTTGTTTTGTCATAAACCA-ATTGTTTCTTTTCATACAAGCGTATTCAAAATAAA
1 TTATGATCT-TTTGTTTTATCATAAAACATA-GGTTTCTATTCATACAAGCGTATT-AAAAAAAA
** *
17009444 ATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAATTCTATTT
63 ATAATACTAATCAATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAAA-TTTAAAAA-AAATCTATTT
* * * * * * *
17009508 ACCGAGCTAGTTCAAATTGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATC-T
125 ACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGA-CAT
* * * * *
17009571 TTTGTTTTGTCCTAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGATTATTTGA-AATAAACTAATACT-A
188 TTTATTTTGTCCTAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAGATTATTTCACAA-AAAATAATA-TAA
*
17009634 ATTGATTAATACTCTAAAAATTAATAAGTA
251 ATTGATTAATACTCCAAAAATTAATAAGTA
17009664 GGAGATTTAA
Statistics
Matches: 237, Mismatches: 36, Indels: 17
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
322 3 0.01
323 44 0.19
324 43 0.18
325 11 0.05
326 134 0.57
327 2 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (323 bp):
TTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACATAGGTTTCTATTCATACAAGCGTATTAAAAAAAAATA
ATACTAATCAATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAAAATCTATTTACCGAA
CAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTATTTT
GTCCTAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAGATTATTTCACAAAAAATAATATAAATTGATTAAT
ACTCCAAAAATTAATAAGTAAAAACTCAAGAAATAAATATGTTTTCTAAACACGTTTAAATAA
Found at i:17009703 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 17009375--17010040 Score: 690
Period size: 181 Copynumber: 3.7 Consensus size: 178
17009365 AAACACGTTT
* * * ** *
17009375 AAATAATTATGA-CTCTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTTTTCATACAAGCGTATTCAAA
1 AAATAGTTATGATCT-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGATTATTCAGA
* * * * *
17009439 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAATTCT
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT
* * * * *
17009504 ATTTACCGAGCTAGTTCAAATTGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC
129 GTTTA-CAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * *
17009556 AAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCCTAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGATTATT-TGAA
1 AAATAGTTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGATTATTCAG-A
* * * *
17009620 ATAAACTAATACTAATTGATTAATA-CTCTAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATA
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAA-TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATA
* * *
17009684 TGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTCAT-ATCCATTTGAATAATTATCTATTTC
128 TGTTTA-CAAAC-AGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * *
17009737 AAATTGTTATGATTTTTTATTTTCTCATAAAACAATTATTT-TTTTCATGCAAAATTATTCAGAA
1 AAATAGTTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGATTATTCAGAA
** ** * * *
17009801 TAAAATAATACTAATCAATTAATATTT--TGAATATTAAG-AAGAGATTTAAAAACTAAATTTGT
66 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGT
* * *
17009863 TTACTAGAACAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAGTTATCTATATC
131 TTAC-A-AACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * *
17009913 AAATTGTTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATTCAAGCTTATTCATAT
1 AAATAGTTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGATTATTCAGAA
*
17009977 TAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAAT--T-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGT
66 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGT
17010039 TT
131 TT
17010041 GTTGAACTGA
Statistics
Matches: 403, Mismatches: 69, Indels: 31
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 27 0.07
176 137 0.34
177 10 0.02
178 5 0.01
180 41 0.10
181 181 0.45
182 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
AAATAGTTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGATTATTCAGAA
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGT
TTACAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
Found at i:17011886 original size:182 final size:178
Alignment explanation
Indices: 17010064--17016749 Score: 4000
Period size: 181 Copynumber: 37.1 Consensus size: 178
17010054 AAATAGTTAA
* * * *
17010064 GTTTTGTTATAAAAC-ATATGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATC
1 GTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTT-TAGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATT
* * ** * * **
17010127 AATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTTGAAGATTTAAAAAAATATATATGTTTACCAAATAAGTT
63 TATTAATATTC-AAAAATTAATAAGAAG-AGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAATAAGTT
* * * * * * * *
17010192 TAAATGGTCATGTCCATTTGAATTATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTT
125 CAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * **
17010246 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCAAACAAGTTTATTTCGGATAAAATAATA-TAAATT
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACT-AATT
* * *
17010309 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTT-AAAAATAAATTTGGTTT-CT-AAGTATGT
63 TATTAATA-TTCAAAAATTAATAAG-AAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACTGAA-TAAGT
* **
17010370 TCAAATAGTTATGACTTTTTGAATAATTATCTATCGCAAAT-AGTTATGACCCTTTT
124 TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGA-CCTTTT
* * * * *
17010426 TTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCT-TTTCATACTATG-GTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAC-AAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATT
* * * * * *
17010489 TATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAGTAAATCTATTTACCATG-CT-AGT
63 TATTAATATTC-AAAAATTAATAAG-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-C-TGAATAAGT
* * * * * *
17010552 TCAAATCGTTATGATTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAATAATTATGATCTTTT
124 TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * *
17010607 GTTTTGTCCTAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTCAGAGTAAAATAATACTAATTG
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTT
** * * * * * *
17010671 ATTAATACTTTGAAAATTAGTAGGTAGGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTAGC-GAAGAAGTTC
64 ATTAATA-TTCAAAAATTAATAAG-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAATAAGTTC
* * * * * * *
17010735 AAACAATCATGTCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTT
126 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * ** * *
17010788 ATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATGCAAAATTATTCAGAATAAAATAATACTCA-TCA
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTA
** * * * *
17010852 TTAATATTTTGAAAGTTAAT---AAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTACCAGAA-CAGTTCAA
65 TTAATA-TTCAAAAATTAATAAGAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAATAAGTTCAA
* * * * ** * *
17010913 ATAGTTGTGACTATTTAAACAATTATCTATATCAAAATTGTTAT-A-ATCTT
128 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTT
* * * *
17010963 -TATTGTCATAAAACAATTGTTTCT-TTTCATACAAGTTTATTCATATTAAAATAATACTAATTT
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTT
* * * * * * * * ** *
17011026 AATAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATGTGATTGCCGTACCAGTTTA
64 ATTAATATT-CAAAAATTAATAAG-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATAAGTTCA
* * * *
17011090 AATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACATTTT
127 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * * * *
17011142 GTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTTAAACAAGTTTATTCAAAATAAATTAATACTAATTTA
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * * *
17011207 TTAACTTTTGAAAAATTAATGAGCATA-AGATTTAAAAAAAGTAAGTCTGCTTA-TCAAACAAAT
65 TTAA-TATTCAAAAATTAATAAG-A-AGAGATTT-AAAAAA-TAAATCTGTTTACT-GAATAAGT
* * * * *
17011270 TAAAATAAATT-TGACTATTTGAACAATTAACGATTT-AAAGTCATTATGACCTTTT
124 TCAAAT-AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTT
* * * **
17011325 GTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTACCTTA
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTA
* * ** ** * * *
17011390 TCAATATTTCAAAAATTAATTAGCAAGATTTTTAAAACCTAAAAT-TGTTTTC-CAAAATAGTTC
65 TTAATA-TTCAAAAATTAATAAG-AAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTACTGAATA-AGTTC
* * * * ** *
17011453 AAATAGTTGTGACTATTTGAATAAATATCAATCTCAAATTGTGT-TGATC-TTT
126 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT-TATGACCTTTT
* * * * ** * *
17011505 -ATTTCTCATAAAATAATTGTTTCT-GATCATACAAGCTTATTCAGGTAAAAATAATATTAATCT
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAT-AAAATAATACTAATTT
* * * * * *
17011568 AATAATATTTCAAAAATTAAT---AAGAGATTCAAAAAATAAATGTATTTGCCGAACT-AGTTCA
64 ATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-TAAGTTCA
* * * ** *
17011629 AATAGTTAAGACCATTAGAATAATTAT-TAATTTCAAATTGTTATGACTTTTT
127 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* ** * * * *
17011681 CTTAAGTCATATAATAATTGTTTTAGTTCATACAAACTTATTCACAAGAAAATAATACTAATTTA
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTA
* * * *
17011746 TTGACATTCAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTGAAAAAATATATCTGTTTACTGAATAAGTTCA
65 TTAATATTC-AAAAATTAATAAG-AAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAATAAGTTCA
* * * *
17011811 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTATTATGACCATTT
127 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * *
17011863 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TCTTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTT
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT-TCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * *
17011927 AGTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATAAATCAGTTT-TTCAAATCAGTTC
64 ATTAATA-TTCAAAAATTAATAAG-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAATAAGTTC
* * * ** *
17011991 AAATAATTATGGCTATTT-AA-ACACTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTT
126 AAATAGTTATGACTATTTGAATA-ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
*
17012043 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT--TTAACATACAAGTTTATTCAAAATAAAGA-AATACTAAT
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTT--CATACAAGCTTATTC-AAATAAA-ATAATACTAAT
* * * *
17012105 TTATTAATATTTTAAAAATTAAT---AAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATTGCACT-AGTT
62 TTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTG-AATAAGTT
*
17012166 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-CTATCATATG--CTTTT
125 CAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC-AT--TATGACCTTTT
* * * *
17012220 GTTTTATCATAAAACAATTGTTTCT-GCTCATATAAGCTTATTCAAA-ATAAATAATATTAATTT
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAAATA-AAATAATACTAATTT
* * * * * * * * *
17012283 AGTAATATTCTAAAAATGAAAAACTAAGAGATTTATAAAATAAAT-TCATTTGCTGAACCAATTT
64 ATTAATATTC-AAAAATTAATAA-GAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACTGAA-TAAGTT
* * * * * * * * * *
17012347 AAAACAGTTAAGTCTATCTAAACAATTATTTATTTCAAA-CTATTGTGGCCTTTT
125 CAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC-ATTATGACCTTTT
* * * * * * ** *
17012401 GTTTTGTCATAGAATAATTATTTCAGCTCATACAAGCTCATTTGGAATAGAATGAA-A-TAATTT
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAAT-AATACTAATTT
* * * * * *
17012464 ATTAATATTTCATAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAATTCTATTTA-TCAA-ACTAGTT
64 ATTAATA-TTCAAAAATTAATAAG-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATA--AGTT
* * * * * *
17012527 CAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTATTATTACTTTTT
125 CAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * * * * * *
17012581 GTTTTGCCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTTGAAATAAAAGAATACTACTTTA
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTT-ATTCAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * ** * *
17012646 TTAATATTTAGAAAATTAATCAATAAGAAATTTAAAAAGTAAATCTGCTCACCAAACT-ATTTCG
65 TTAATATTCA-AAAATTAAT-AAGAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-TAAGTTCA
* * * *
17012710 AATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTATTATAACCTTTTT
127 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTT
* * * * * ** *
17012763 ATTTTGTCATCAAATAATTGGTTCT-G-TCTATACTATTTTATTCTAAATAAAATAATATTAATT
1 GTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTAGTTC-ATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATT
* * * * * * *
17012826 TAATAATATTCTAAAACTTAATAACCAAGA-AATTACAAAATTAA--T-TTAACTGCCAA-ACCA
63 TATTAATATTC-AAAAATTAATAA-GAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTG--AATA--A
* * * * * **
17012886 ATTCAAATAATTAAGACTATATT-AATGATTATCTATTTTAAATTGTTATGA-CTATTT
122 GTTCAAATAGTTATGACTAT-TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTT
* ** * * *
17012943 CTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTT-GTTCATACCAGCTCATTCAGATTAAAATAATACTAATTTA
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTA
* * * *
17013007 ATAATATTTCAAAAATTAAT---AAGAGATTTAAAAAAT-AATTTGTTTA-TCAAATTAGTTCAA
65 TTAATA-TTCAAAAATTAATAAGAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAATAAGTTCAA
* * * ** * * * *
17013067 TTAATTAAGACTATTAAAATAACTATCTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTA
128 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * * * * *
17013118 ATTTAGTTATAAAACAATTGTTTCAATTTATACAAGTTTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTA
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTA
** * * * *
17013183 TTACCAT-TTGGAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTC
65 TTA--ATATTCAAAAATTAATAAG-AAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAATAAGTTC
* * * * * * *
17013247 ATAATAATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTT-GAATAATTATTTATTTAAA
126 A-AAT-A-GTT--ATGACT-A-T-TT-GAATAATTAT--CTATTTCAAATCATTA----------
*
17013311 ATTATTATGACATTTT
170 -------TGACCTTTT
* * * * * *
17013327 GTTTTGACATAAAACAATTTTTTTAGTGCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTC
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * *
17013392 TTAATAATTCAAAAATTAATAAGCAAGAG-TTTAAAAAATTAATTTGTTTACCGAACAAATTCAA
65 TTAAT-ATTCAAAAATTAATAAG-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATAAGTTCAA
* * *
17013456 ATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTT
128 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * *
17013507 GTTTAGTCACAAAACAATTGTTTTAGTTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTA
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTA
* * * *
17013572 TCAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAAT-GATCATGTTTACTGAATCAGTTCA
65 TTAATA-TTCAAAAATTAATAAG-AAGAGATTTAAAAAATAAATC-TGTTTACTGAATAAGTTCA
* * * * * * * *
17013636 AATAATTATG-GTAATCTCAATAATTATCGATTTGAAATCAATATTACCTTTT
127 AATAGTTATGACT-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * **
17013688 GTTTGGTCATATAACAATTGATTTTTTTATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
1 GTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTAGT-TCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATT
* * * ** ** *
17013753 TATTAATCTTTCAAAAGTTAATAAG-A-A-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCCA-TTT
63 TATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-TAAGTTC
* * * * * *
17013814 AAATAGTTATGACTATTGGAACAAATGTAT-AATTTAAATTAGTTATTTAAAAAATAAAACCTTT
126 AAATAGTTATGACTATTTGAA-TAAT-TATCTATTTCAA--A-TCA-TT-----AT--GACCTTT
17013878 T
178 T
* * *
17013879 GTTTTGTCATAAAACAATT-ATTCATGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATAT
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-GTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTT
* * * * ** **
17013943 AATAATACTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAAT-TGTTTGCCAAACCAGTTC
64 ATTAATA-TTCAAAAATTAATAA-GAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTACTGAATAAGTTC
* * * * * * *
17014007 AAATAATTAAGACTATATGAACAATTAATTTATTTCACATCATTATAACCTTTT
126 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATT-ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * ** *
17014061 GTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCAATTCATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATT
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-AGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACT-AATT
* * **
17014124 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGGAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGCTTGCCT-AA-ACAGT
63 TATTAATA-TTCAAAAATTAATAA-GAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG-TTTACTGAATA-AGT
* * *
17014187 TCAAATAATTATGATTATTTGATTAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTT
124 TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * * * * * * * * * *
17014241 CATTTTATCATAAAATAAATGTTTTCGTCCATATAGGTTTGTTCCAAATAAATTAATACTACTCT
1 -GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATT-CAAATAAAATAATACTAATTT
** * * * * * *
17014306 ATTAATATTTTGAAAATTAAT---AATAGATCTAAAAAATTAATCTTTTTAC-CAGACAAGTTCA
64 ATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGA-ATAAGTTCA
* * *
17014367 AATAGTTATGACTATTTGAGTAATTAT-TCATATCAAAT-AGTTATGACTTTTT
127 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT-ATTTCAAATCA-TTATGACCTTTT
* * * * * *
17014419 GTTATATTATAAAACAATAGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATT-AGGATTAAAATAATACTAATT
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCA--AATAAAATAATACTAATT
* * * ** *
17014482 TATTAATATTTCAATAATTAATAAGTAA-A-A-AT-AAAAA-AAATATGTTTACCAAACT-AGAT
63 TATTAATA-TTCAAAAATTAATAAG-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-TAAGTT
** * *
17014541 CAAATAGTCCTAACTATTTGAATAATTATCCATTTCAAATCATTATGA-CTTTT
125 CAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * *
17014594 GTTTTATCATAAAA-AATTATTTTAGTTCATATAAGCCTATTCGAAATAAAATAATACTAAGTTA
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTA
** * * *
17014658 TTAATATTGTTAAAATTAAT-AGTTAATAGATTTAAAAAATAAACCTGTTTACTGAATCAA-TTT
65 TTAATATT-CAAAAATTAATAAG--AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAT-AAGTTC
** * * * *
17014721 AAATAAATATGACTATTTGAATAATTATCTATTTGAAACCACTATAACCTTTT
126 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
*
17014774 GTTTTGTCATAAAA-AGATT-TCCTTTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAAAAATA-TAAA
1 GTTTTGTCATAAAACA-ATTGT--TTTAGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACT-AA
* * *
17014835 TTTATTAATATT-AATACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TCGAACAA
61 TTTATTAATATTCAA-A-AATTAATAAG-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAATAA
* * * * **
17014898 GTTTAAA-ATGTTATGACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTT
122 GTTCAAATA-GTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
** ** * * *
17014954 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATTTAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTATTTT
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * *
17015018 ATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATATATTTA-TCGAACAAGTTC
64 ATTAATA-TTCAAAAATTAATAAG-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAATAAGTTC
* * * *
17015082 AAATAGTCATGACTATTTGAATAATTACCTATTTCAAATCATCATGACTTTTT
126 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * *
17015135 GTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTAATATAAGCTTATTTGAAAT--AA-AATA-T-A---A
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * *
17015192 -TAAT-TT----AATGAGT-A-AA-AGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAAT
65 TTAATATTCAAAAATTAATAAGAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATAAGTTCAAAT
* * * * *
17015248 AGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGATCTTTT
130 AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* **
17015297 GTTTAT-TCATAAAACAATTGATTCTA-TTCATGTAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAAT
1 GTTT-TGTCATAAAACAATTG-TTTTAGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACT-AAT
* * * * * *
17015359 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTTAA-A-ATTTTAAAAATAAATATATTTTA-GGAACACG
62 TTATTAATATT-CAAAAATTAATAAG--AAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACTGAATAAG
* * *
17015421 TTCAAATAGTTATGACTATTTTAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTT
123 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * *
17015477 GTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTTATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAACACTAATTTA
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * *
17015542 TTAATATTCCAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC-CAAGTGAGTTCAA
65 TTAATATTCAAAAATTAATAAG-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-TAAGTTCAA
* * *
17015606 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTT
128 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * *
17015657 ATTTTATCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCA-AGCAAGTTTATTCAAAATAAAATAATATTAATT
1 GTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTAGTTCATA-CAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATT
* * * * * *
17015720 TATTAATATTCTAAAAGTTAAT----A-AG-TTT-GAAAGTAAATCTATTCACCGAATAAGTTCA
63 TATTAATATTC-AAAAATTAATAAGAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATAAGTTCA
* * ** * ** * *
17015778 AATAGTTATGTCCATTTGAACT-ATTATCTATTGGAACTTGTTATGACATTAT
127 AATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * ** * * *
17015830 GTTTTATCATAAAACAATTATTTCTA-TTGATACAAAATTATTTACAGTAAAATAATACCAATTT
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTT
* * * * *
17015894 ATCACTATTTTAAAAATTAAT---AAG-GATTT-AAAAATAAATGTGTTT-GTCGAATCAA-TTC
64 ATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAAT-AAGTTC
* * * **
17015952 AAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCCGACCTTTT
126 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * *
17016005 GTTTAGTTATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACATGCTTATTCAGAAT---ATAATACTAATTTA
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTA
* * * *
17016067 TTAACATTTATAAAATTAATAAGCAAGAAATTAAAAAAATAAATCTGTTTA-TCGAATAAGTTCA
65 TTAATATTCA-AAAATTAATAAG-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAATAAGTTCA
* * *
17016131 AATAGCTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTT
127 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * * * * *
17016183 ATTTTATCATAAAACAATTATTTAAGTGCATAAAAGCTTATCTGAAATAAAATAATA-TCACTTT
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTAT-TCAAATAAAATAATACT-AATTT
* * * * * ** * *
17016247 ATTAATATTTAAAAAATTGATTAGTTAGAAATTTAAAAAATAAATAAGTTTATTGAATTAGTTCA
64 ATTAATA-TTCAAAAATTAATAAG-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATAAGTTCA
* * * ** * * *
17016312 AATAATTATGGCCATTCAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGAACTTTT
127 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* ** * ** *
17016364 ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTACATCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATTCTAATTTA
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * ** * * *
17016429 CTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTCAAAAAGCAAATCTGTCTACCGAACCAA-TTCA
65 TTAATA-TTCAAAAATTAATAAG-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-TAAGTTCA
* * ** * *
17016493 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTCATAACCTTTT
127 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * * * * *
17016545 ATTAAT-TCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATACGTTTATTCGAAATAAAAATAATACTAATG
1 GTT-TTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTC-AAAT-AAAATAATACTAATT
* * * * * **
17016609 TAATAATATTCTAAAAATTAATAACAAAGAGATTTAAAAATTAAATTTGTTT-GTCGAACCAGTT
63 TATTAATATTC-AAAAATTAATAA-GAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAATAAGTT
* * * * * * * *
17016673 CAAACAGTTAAGGCTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
125 CAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* *
17016727 GTTTTGTCGTAAATCAATT-TTTT
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
17016750 GACAATTAAT
Statistics
Matches: 5111, Mismatches: 1034, Indels: 719
0.74 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
162 113 0.02
163 6 0.00
164 2 0.00
165 6 0.00
166 5 0.00
167 1 0.00
170 3 0.00
171 8 0.00
172 35 0.01
173 127 0.02
174 123 0.02
175 261 0.05
176 266 0.05
177 290 0.06
178 191 0.04
179 322 0.06
180 958 0.19
181 1203 0.24
182 652 0.13
183 211 0.04
184 8 0.00
185 2 0.00
187 3 0.00
188 1 0.00
189 60 0.01
190 4 0.00
191 35 0.01
192 14 0.00
193 50 0.01
194 4 0.00
196 6 0.00
197 7 0.00
198 9 0.00
199 2 0.00
200 1 0.00
201 1 0.00
202 4 0.00
204 2 0.00
205 1 0.00
206 3 0.00
207 29 0.01
208 3 0.00
209 78 0.02
210 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTAT
TAATATTCAAAAATTAATAAGAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATAAGTTCAAATA
GTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
Found at i:17012124 original size:718 final size:712
Alignment explanation
Indices: 17010216--17016749 Score: 4234
Period size: 718 Copynumber: 9.1 Consensus size: 712
17010206 CATTTGAATT
* * * *
17010216 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCAAACA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACA
* ** * * *
17010280 AGTTTATTTCGGATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTT
65 AGCTTA-TTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT
* * * *
17010343 -AAAAATAAATTTGGTTT-CT-AAGTATGTTCAAATAGTTATGACTTTTTGAATAATTATCTATC
128 AAAAAATAAATCT-GTTTACTGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATT
* * * * * *
17010405 GCAAAT-AGTTATGACCCTTTTTTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCT-TTTCATACTATG-GTAT
191 TCAAATCA-TTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTT-ATA-AAAGCTTAT
* * * *
17010467 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAGT
251 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * ** * * * * * *
17010531 AAATCTATTTACCATGCTAGTTCAAATCGTTATGATTGTTTGAATA-ATTATTTATTTCAAATAA
315 AAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-AA-ACATTATCTATTTCAAATCA
* * * *
17010595 TTATGATCTTTTGTTTTGTCCTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAGAGTAAAAT
378 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAAT
* * * * * * * *
17010660 AATACTAATTGATTAATACTTTGAAAATTAGTAGGTAGGAGATTTAAAAAGT-AAATCTATTTAG
442 AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG-AAGA-ATTTAAAAAATAAAAT-T-TTT-T
* * * * * * * *
17010724 CGAAGA-AGTTCAAACAATCATGTCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTT
502 CCAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTT
* * * * * ** * * *
17010788 ATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATGCAAAATTATTCAGAATAAAATAATACTCA-TCA
567 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGATCATACAAGCTTATTCAGTA-AAAATAATACTAATTTA
* ** * * *
17010852 TTAATATTTTGAAAGTTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTACCAGAAC-AGTTCAAATA
631 ATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC-GAACTAGTTCAAATA
**
17010916 GTTGTGACTATTTA-AACA
695 GTTAAGACTA-TTAGAACA
* ** * * * *
17010934 ATTATCTATATCAAAATTGTTATAATC-TTT-ATT-GTCATAAAACAATTGTTTCT-TTTCATAC
1 ATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAC
* * * * * *
17010995 AAGTTTATTCATATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAAAGATTT
64 AAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT
* * * * * ** * * *
17011060 -AAAAATAAATGTGATTGCCGTACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTC
128 AAAAAATAAATCTGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
* * * * * *
17011124 AAATCATTTTGACATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTTA-AACAAGTTTATTCAAA
193 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTTATAA-AAGCTTATTCAAA
* * * *
17011188 ATAAATTAATACTAATTTATTAACT-TTTGAAAAATTAATGAGCATA-AGATTTAAAAAAAGTAA
256 ATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTTCAAAAATTAATAAGTA-AGAGATTT-AAAAAA-TAA
* * * * * * * *
17011251 GTCTGCTTATCAAACAAATTAAAATAAATT-TGACTATTTGAACAATTAACGATTT-AAAGTCAT
317 ATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTAAAC-ATTATCTATTTCAAA-TCAT
* * ** *
17011314 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTATTCGAAATAAAATA
379 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATA
** * * * * **
17011379 ATACTACCTTATCAATATTTCAAAAATTAATTAGCAAGATTTTTAAAACCTAAAATTGTTTTCCA
443 ATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG-AAGA-ATTTAAAAAATAAAATT-TTTTCCA
* * * * *
17011444 AAATAGTTCAAATAGTTGTGACTATTTGAATAAATATCAATCTCAAATTGTGT-TGATC-TTT-A
505 AAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGT-TATGATCTTTTGT
* * * *
17011506 TTTCTCATAAAATAATTGTTTCTGATCATACAAGCTTATTCAGGTAAAAATAATATTAATCTAAT
569 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGATCATACAAGCTTATTCA-GTAAAAATAATACTAATTTAAT
* * *
17011571 AATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTCAAAAAATAAATGTATTTGCCGAACTAGTTCAAATAGTT
633 AATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACTAGTTCAAATAGTT
* *
17011636 AAGACCATTAGAATA
698 AAGACTATTAGAACA
** * * * * *
17011651 ATTAT-TAATTTCAAATTGTTATGACTTTTTCTTAAGTCATATAATAATTGTTTTAGTTCATACA
1 ATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACA
* * * * * *
17011715 AACTTATTCACAAGAAAATAATACTAATTTATTGACATTCAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTG
65 AGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-
* * *
17011780 AAAAAATATATCTGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTA
128 AAAAAATAAATCTGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
* * *
17011845 AAATTATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATCTTATAAAAGCTTATCCAAAA
193 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAT-TTATAAAAGCTTATTCAAAA
* * * *
17011910 TAAAATAATACTACTTTAGTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATAAATCAG
257 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * ** *
17011975 TTTTTCAAATC-AGTTCAAATAATTATGGCTATTTAAACACTATCTATTTCAAATTGTTATTACC
322 TTTATCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
17012039 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TTAACATACAAGTTTATTCAAAATAAAGA-AATACT
386 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATT--CATACAAGTTTATTCAAAATAAA-ATAATACT
* * *
17012102 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG-AG-ATTTAAAAAATAAATCAGTTTATTGC--ACTA
448 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAAGAATTTAAAAAATAAA--A-TTTTTTCCAAAATA
* * * * *
17012163 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAACTATCAT-ATGCTTTTGTTTTAT
510 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAT-CTTTTGTTTTGT
* * * * *
17012227 CATAAAACAATTGTTTCTGCTCATATAAGCTTATTCA-AAATAAATAATATTAATTTAGTAATA-
574 CATAAAACAATTGTTTCTGATCATACAAGCTTATTCAGTAA-AAATAATACTAATTTAATAATAT
* * * * * * * *
17012290 TTCTAAAAATGAAAAACTAAGAGATTTATAAAATAAAT-TCATTTGCTGAACCAATTTAAAACAG
638 TTC-AAAAAT---TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTTACCGAA-CTAGTTCAAATAG
*
17012354 TTAAGTCTATCTA-AACA
696 TTAAGACTAT-TAGAACA
* * * * * * * * *
17012371 ATTATTTATTTCAAA-CTATTGTGGCCTTTTGTTTTGTCATAGAATAATTATTTCAGCTCATACA
1 ATTATCTATTTCAAATC-ATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACA
* ** * * * * *
17012435 AGCTCATTTGGAATAGAATGAA-A-TAATTTATTAATATTTCATAAATTTATAAGTAAGAGATTT
65 AGCTTA-TTCAAATAAAAT-AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT
* * * * * *
17012498 AGAAAATAATTCTATTTA-TCAA-ACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATT
128 AAAAAATAAATCTGTTTACTGAATA--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATT
* * * * * * * * **
17012561 TTAAATTATTATTACTTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTT-TGTTAATATAAGTTTGTTTG
191 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAT-TT-ATAAAAGCTTATTCA
* * * *
17012625 AAATAAAAGAATACTACTTTATTAATATTT-AGAAAATTAATCAA-TAAGAAATTTAAAAAGTAA
254 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * * * *
17012688 ATCTGCTCACCAAACTATTTCGAATAGTTTTGACTATTTGAATA-ATTATCTATTTTAAATTATT
317 ATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-AA-ACATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * * * * * *
17012752 ATAACCTTTTTATTTTGTCATCAAATAATTGGTTCT-GTCTATACTATTTTATTCTAAATAAAAT
380 ATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTATTC-ATACAAGTTTATTCAAAATAAAAT
* * * * * * * * * *
17012816 AATATTAATTTAATAATATTCTAAAACTTAATAACCAAGAAATTACAAAAT-TAATTTAACTGCC
442 AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA-GAAGAATTTAAAAAATAAAATTT--TTTCC
** * * * * *
17012880 AAACCAATTCAAATAATTAAGACTATATT-AATGATTATCTATTTTAAATTGTTATGA-CTATTT
504 AAAATAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCT-TTT
* ** * * * *
17012943 CTTTTGTTGTAAAACAATTGTTT-TGTTCATACCAGCTCATTCAGATTAAAATAATACTAATTTA
567 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGATCATACAAGCTTATTCAG-TAAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * *
17013007 ATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTGTTTATCAAATTAGTTCAATTAA
631 ATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACTAGTTCAAATAG
* *
17013071 TTAAGACTATTAAAATA
696 TTAAGACTATTAGAACA
* * * ** * * * *
17013088 ACTATCTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTAATTTAGTTATAAAACAATTGTTTCAATTTATACAA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAA
* * ** *** *
17013153 GTTTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTATTACCATTTGGAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGA
66 GCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-A
* * *
17013218 AAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCATAATAATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTTA
129 AAAAATAAATC----T---------G-----------TTT-ACTGAATAA--GTTCAAATAGTTA
* * * * * * *
17013283 TAACTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATTATTATGACATTTTGTTTTGACATAAAACAATTTT
167 TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
** * * *
17013348 TTTAGTGCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATAATTCAAAAATTAATA
232 TTTA-TTTATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * * *
17013413 AGCAAGAG-TTTAAAAAATTAATTTGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAATA
296 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAA-C
* * * * *
17013477 ATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCACAAAACAATTGTTTTAGTTTATACAA
360 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAA
* * * * *
17013542 GCTTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATCAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAA
424 GTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG-AAG-AATTTAA
** * * ** * * * * * *
17013607 AAAATGATCA-TGTTTACTGAATCAGTTCAAATAATTATG-GTAATCTCAATAATTATCGATTTG
487 AAAAT-AAAATTTTTTCCAAAAT-AGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAATAATTATCTATTTC
*** * * * * * * *
17013670 AAATCAATATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGATTTTTTTATCATACAAGCTTATTCAA
549 AAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTCTGATCATACAAGCTTATTCAG
* * * * *
17013735 AATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAGTTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATT
612 TA-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATT
* * * * *
17013800 TACCAAACCCA-TTTAAATAGTTATGACTATTGGAACAA
676 TACCGAA-CTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAAC-A
* * * * * *
17013838 ATGTAT-AATTTAAATTAGTTATTTAAAAAATAAAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATT
1 AT-TATCTATTTCAA--A-TCA-TT-----AT--GACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTT
* * * *
17013901 CATGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATATAATAATACTCCAAAAATTAATAA
54 TA-GTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
* ** ** * * * *
17013966 -CTAAGAGATTTAAAAAATAAAAT-TGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATATGAAC
117 GC-AAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * * *
17014029 AATTAATTTATTTCACATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCAATTCATA
180 AATT-ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT--ATTTATA
** *** * *
17014093 CTAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGGAAGAGAT
242 AAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * ** * * *
17014157 TTAAAAAATAATTTTGCTTGCCTAAAC-AGTTCAAATAATTATGATTATTTGATTA-ATTATCTA
306 TTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-A-AACATTATCTA
* * * * * * * * *
17014220 TTTCAAATCATTATGA-CTTTTCATTTTATCATAAAATAAATGTTTTCGTCCATATAGGTTTGTT
368 TTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-ATTCATACAAGTTTATT
* * * * * * * *
17014284 CCAAATAAATTAATACTACTCTATTAATATTTTGAAAATTAATAA-TAG-ATCTAAAAAAT-TAA
431 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAAGAATTTAAAAAATAAAA
* * * *
17014346 TCTTTTTACCAGACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGTAATTAT-TCATATCAAATAGTT
496 T-TTTTT-CCA-AAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT-ATTTCAAATTGTT
* * * * * *
17014409 ATGA-CTTTTTGTTATATTATAAAACAATAGTTTCT-ATTCATACAAGTTTATT-AGGATTAAAA
557 ATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGA-TCATACAAGCTTATTCA-G-TAAAAA
* * * ** * * *
17014471 TAATACTAATTTATTAATATTTCAATAATTAATAAGTAAAAAT-AAAAA-AAATATGTTTACCAA
618 TAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGA
* * *
17014534 ACTAGATCAAATAGTCCT-A-ACTATTTGAATA
682 ACTAGTTCAAATAGT--TAAGACTATTAGAACA
* * *
17014565 ATTATCCATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTA-TCATAAAA-AATTATTTTAGTTCATATA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACA
* * *** * *
17014627 AGCCTATTCGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTGTTAAAATTAAT-AGTTAATAGATTT
65 AGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-CAAGAGATTT
* * **
17014691 AAAAAATAAACCTGTTTACTGAATCAA-TTTAAATAAATATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
128 AAAAAATAAATCTGTTTACTGAAT-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
* * * * * *
17014755 GAAACCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AGATT-TCCTTTATTCATACAAGCTTATTTC
192 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGT--TTTATTTATAAAAGCTTA-TTC
* *
17014818 -AAATAAAAAAATA-TAAATTTATTAATA-TT-AATACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
253 AAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * **
17014879 AAATATGTTTATCGAACAAGTTTAAA-ATGTTATGACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATTG
315 AAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATA-GTTATGACTATTTAAAC-ATTATCTATTTCAAATCA
* ** * *** *
17014943 TTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATTTAAGCTTATTTGGATTAAAAT
378 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAAT
* * * * * * *
17015007 AATATTATTTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATATATTTATC
442 AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG-AAGA-ATTTAAAAAAT-AAAAT-TTTTTC
* * * * ** *
17015072 GAACA-AGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTACCTATTTCAAATCATCATGA-CTTTTT
503 CAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATC-TTTT
* * * * * * *
17015135 GTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTAATATAAGCTTATT---T-GAAAT-A-A--AATATAA
567 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGATCATACAAGCTTATTCAGTAAAAATAATACTAATTTAA
* * * * *
17015192 T-A-ATTT----AATGAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGT
632 TAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACTAGTTCAAATAGT
*
17015251 TATGACTATCTA-AACA
697 TAAGACTAT-TAGAACA
* * * * **
17015267 ATTATCTATTTCAAAACATTATGATCTTTTGTTTATTCATAAAACAATTGATTCTA-TTCATGTA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTG-TTTTAGTTCATACA
*
17015331 AGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTTAA-A-ATT
65 AGCTTA-TTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-CAAGAGATT
* * * * * * * *
17015393 TTAAAAATAAATATATTTTA-GGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTTAAAAATTATCTATT
127 TAAAAAATAAATCT-GTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATT
* * * * *
17015457 TCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTTATACAAGCTTATTCAG
191 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTTATAAAAGCTTATTCAA
* * * * *
17015522 AATAAAATAACACTAATTTATTAATA-TTCCAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATT
255 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* *** * *
17015586 TGTTTACCAAGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGA
320 TGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAAC-ATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * *
17015651 TCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTTATTCA-AGCAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAT
384 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATA-CAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * * * * * **
17015715 TAATTTATTAATATTCTAAAAGTTAAT---AAG--TTT-GAAAGT-AAATCTATTCACCGAATAA
447 TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAAGAATTTAAAAAATAAAATTTTTTC-CAAAAT-A
* * ** * * *
17015773 GTTCAAATAGTTATGTCCATTTGAACT-ATTATCTATTGGAACTTGTTATGA-CATTATGTTTTA
510 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATC-TTTTGTTTTG
* * ** *
17015836 TCATAAAACAATTATTTCT-ATTGATACAAAATTATTTACAGT-AAAATAATACCAATTT-ATCA
573 TCATAAAACAATTGTTTCTGA-TCATACAAGCTTA-TT-CAGTAAAAATAATACTAATTTAAT-A
* * * * ** *
17015898 CTATTTTAAAAATTAATAAG-GATTT-AAAAATAAATGTGTTTGTCGAA-TCAATTCAAATAGTT
634 ATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACT-AGTTCAAATAGTT
17015960 AAGACTATTAGAACA
698 AAGACTATTAGAACA
** * * *
17015975 ATTATCTATTTCAAATCATTCCGACCTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAT
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAA
* * * *
17016040 GCTTATTCAGAAT---ATAATACTAATTTATTAACATT-TATAAAATTAATAAGCAAGAAATTAA
66 GCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA-AAAATTAATAAGCAAGAGATTTA
* * *
17016101 AAAAATAAATCTGTTTA-TCGAATAAGTTCAAATAGCTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTA
129 AAAAATAAATCTGTTTACT-GAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
* * * * ** *
17016165 AAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTAAGTGCATAAAAGCTTA-TCTGAA
193 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTTATAAAAGCTTATTC-AAA
* * * * * * *
17016229 ATAAAATAATA-TCACTTTATTAATATTTAAAAAATTGATTAGTTAGAAATTTAAAAAATAAATA
256 ATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* ** ** * * * * *
17016293 AGTTTATTGAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATTCAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGA
320 TGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAAC-ATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * ** *** *
17016358 ACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTACATCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATTCT
384 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * ** * * * **
17016423 AATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGA-TTCAAAAAGCAAATCTGTCTACCGAACC
448 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG-AAGA-ATTTAAAAAATAAAAT-T-TTTTCCAAAAT
* * * * * * * *
17016487 AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTCATAACCTTTTATTAAT-
509 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTT-TTG
* * * * * * * *
17016551 TCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATACGTTTATTCGAAATAAAAATAATACTAATGTAATAAT
573 TCATAAAACAATTGTTTCTGATCATACAAGCTTATTC--AGTAAAAATAATACTAATTTAATAAT
* * * ** * *
17016616 A-TTCTAAAAATTAATAACAAAGAGATTTAAAAATTAAATTTGTTTGTCGAACCAGTTCAAACAG
636 ATTTC-AAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACTAGTTCAAATAG
*
17016680 TTAAGGCTA-TATGAACA
696 TTAAGACTATTA-GAACA
* * * * * *
17016697 ATTCTTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCGTAAATCAATT-TTTT
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTT
17016750 GACAATTAAT
Statistics
Matches: 4540, Mismatches: 971, Indels: 607
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
692 3 0.00
693 4 0.00
695 78 0.02
696 6 0.00
699 2 0.00
700 9 0.00
701 13 0.00
702 147 0.03
703 209 0.05
704 69 0.02
705 60 0.01
706 130 0.03
707 169 0.04
708 98 0.02
709 6 0.00
710 8 0.00
711 9 0.00
712 74 0.02
713 162 0.04
714 171 0.04
715 136 0.03
716 396 0.09
717 255 0.06
718 514 0.11
719 245 0.05
720 166 0.04
721 168 0.04
722 104 0.02
723 100 0.02
724 9 0.00
725 1 0.00
726 3 0.00
727 11 0.00
728 33 0.01
729 62 0.01
730 6 0.00
731 69 0.02
732 2 0.00
733 33 0.01
734 99 0.02
735 131 0.03
736 7 0.00
737 1 0.00
743 8 0.00
744 78 0.02
745 135 0.03
746 125 0.03
747 7 0.00
748 66 0.01
749 30 0.01
750 9 0.00
751 3 0.00
752 1 0.00
753 1 0.00
754 2 0.00
756 1 0.00
759 1 0.00
760 12 0.00
761 82 0.02
762 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (712 bp):
ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAA
GCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAA
AAATAAATCTGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA
TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTTATAAAAGCTTATTCAAAATAAA
ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
AATATTTTAAAAATTAATAAGAAGAATTTAAAAAATAAAATTTTTTCCAAAATAGTTCAAATAGT
TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
GTTTCTGATCATACAAGCTTATTCAGTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAAT
AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACA
Found at i:17012561 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 17012529--17012561 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
17012519 AACTAGTTCA
17012529 AATAATTATAACTATTTG
1 AATAATTAT-ACTATTTG
17012547 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
17012562 TAAATTATTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.42, C:0.06, G:0.03, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTG
Found at i:17012579 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 17012528--17012579 Score: 52
Period size: 17 Copynumber: 3.0 Consensus size: 17
17012518 AAACTAGTTC
*
17012528 AAATAATTATAACTATTT
1 AAATAATTATTACT-TTT
*
17012546 GAATAATTATCTA-TTTT
1 AAATAATTAT-TACTTTT
*
17012563 AAATTATTATTACTTTT
1 AAATAATTATTACTTTT
17012580 TGTTTTGCCA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 4, Indels: 5
0.76 0.11 0.14
Matches are distributed among these distances:
16 2 0.07
17 15 0.54
18 10 0.36
19 1 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.06, G:0.02, T:0.52
Consensus pattern (17 bp):
AAATAATTATTACTTTT
Found at i:17014038 original size:189 final size:184
Alignment explanation
Indices: 17013323--17015743 Score: 572
Period size: 180 Copynumber: 13.5 Consensus size: 184
17013313 TATTATGACA
* ** * * * *
17013323 TTTTGTTTTGACATAAAACAATT-TTTTTAGTGCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTCATA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA
* * * * * * * * *
17013387 ATTTCTTAATAATTCAAAAATTAATAAGCAAGAG-TTTAAAAAATTAATTTGTTTACCGAACAAA
65 ATTTATTAATACTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAATTGTTTGCCAAACCAG
* * * * * * *
17013451 TTCAAATAGTTATGACTATT-TAA-ATAA-T-T-ATCTATTT-AAAATCATTATAACC
129 TTCAAATAATTAAGACTATTGGAACA-AAGTATAATTTATTTCAAAA-AAATAAAACC
* * * * * * *
17013503 TTTTGTTTAGTCACAAAACAATTGTT-TTAGTTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAGTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTCATA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA
* * * ** * ** *
17013567 ATTTATCAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAATGATCA-TGTTTACTGAATCA
65 ATTTATTAATACTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAAT-AAAATTGTTTGCCAAACCA
* * * * ** * ** **
17013631 GTTCAAATAATTATG-GTAATCT-CAA-TAA-T-T-ATCGATTTGAAATCAATATTACC
128 GTTCAAATAATTAAGACT-AT-TGGAACAAAGTATAATTTATTTCAAAAAAATAAAACC
* * ** * *
17013684 TTTTGTTTGGTCATATAACAATTGATTTTTTTATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTCATAT-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * * *
17013749 AATTTATTAAT-CTTTC-AAAAGT--TAATAAGAAATTTAAAAAAT-AAATCTATTTACCAAACC
64 AATTTATTAATAC-TTCAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAAAT-TGTTTGCCAAA-C
* * * *
17013809 CA-TTTAAATAGTTATGACTATTGGAACAAATGTATAATTTAAATTAGTTATTTAAAAAATAAAA
126 CAGTTCAAATAATTAAGACTATTGGAACAAA-GTATAATTT--ATT--TCA---AAAAAATAAAA
17013873 CC
183 CC
*
17013875 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTCATGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTCATATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * *
17013940 TATAATAATACTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAATTGTTTGCCAAACCAGT
66 TTTATTAATACTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAATTGTTTGCCAAACCAGT
* ** * *
17014005 TCAAATAATTAAGACTATAT-GAAC-AA-T-TAATTTATTTCACATCATTATAACC
130 TCAAATAATTAAGACTAT-TGGAACAAAGTATAATTTATTTCAAAAAAATAAAACC
* * * * *
17014057 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCA-ATTCATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATG
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTATTCATATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-
* * ** *
17014120 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGGAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGCTTGCCTAAA-C
64 AATTTATTAATACTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAATTGTTTGCC-AAACC
* * * ** * ** * **
17014184 AGTTCAAATAATTATGATTATTTG-ATTAA-T-T-ATCTATTTCAAATCATTATGA-C
127 AGTTCAAATAATTAAGACTATTGGAACAAAGTATAATTTATTTCAAAAAAATAAAACC
* * * * * * * * * * * *
17014237 TTTTCATTTTATCATAAAATAAATGTTTTC--GTCCATATAGGTTTGTTCCAAATAAATTAATAC
1 TTTT-GTTTTGTCATAAAA-CAAT-TATTCATATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
* * * ** * * * * * *
17014300 TACTCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAT---AGATCTAAAAAAT-TAATCTTTTTACCAGACA
63 TAATTTATTAATACTTCAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAAAT-TGTTTGCCAAACC
* * * ** * * * ** ** *
17014361 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-AGTAA-T-T-ATTCATATCAAATAGTTATGACT
127 AGTTCAAATAATTAAGACTATTGGAACAAAGTATAATTTATTTCAAAAAAATAAAACC
* * * * * * *
17014415 TTTTGTTATATTATAAAACAA-TAGTTTC-TATTCATACAAGTTTATTAGGATTAAAATAATACT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA--TTCATATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * * * * *
17014478 AATTTATTAATATTTCAATAATTAATAAGTAA-A-A-ATAAAAAA-AATA-TGTTTACCAAACTA
64 AATTTATTAATACTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAATTGTTTGCCAAACCA
* * * * ** ** * **
17014538 GATCAAATAGTCCT-A-ACTATTTGAA-TAA-T-T-ATCCATTTCAAATCATTATGA-C
128 GTTCAAATAAT--TAAGACTATTGGAACAAAGTATAATTTATTTCAAAAAAATAAAACC
* * * *
17014590 TTTTGTTTTATCATAAAA-AATTATT-TTAGTTCATATAAGCCTATTCGAAATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTCATA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA
* ** * * ** * ** *
17014653 AGTTATTAATA-TTGTTAAAATTAATAGTTAATAGATTTAAAAAATAAACCTGTTTACTGAATCA
65 ATTTATTAATACTT-CAAAAATTAATA-ATAAGAGATTTAAAAAATAAAATTGTTTGCCAAACCA
* * * * * * * * ** * *
17014717 ATTTAAATAAATATGACTATTTGAA-TAA-T-T-ATCTATTTGAAACCACTATAACC
128 GTTCAAATAATTAAGACTATTGGAACAAAGTATAATTTATTTCAAAAAAATAAAACC
* * *
17014770 TTTTGTTTTGTCATAAAA-AGATT-TCCTTTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAAAAATA-
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTATTC-ATATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATAC
* ** *
17014831 TAAATTTATTAATA-TT-AATACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAATATGTTTATCG
63 T-AATTTATTAATACTTCAA-A-AATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAAT-TGTTTGCCA
* * * * * * **** **
17014893 AACAAGTTTAAA-ATGTTATGACTGTTTGAAC-AA-T-T-ATTTATTTCAAATTGTTATGA-C
123 AACCAGTTCAAATA-ATTAAGACTATTGGAACAAAGTATAATTTATTTCAAAAAAATAAAACC
* * ** * * * *
17014950 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TGTTCATTTAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTCATATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA
* * * * * * ** * *
17015014 TTTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-GAATATATTTATCGAACAA
65 ATTTATTAATACTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAAT-TGTTTGCCAAACCA
* * * * * ** ** ** *
17015078 GTTCAAATAGTCATGACTATTTGAA-TAA-T-T-ACCTATTTC-AAATCATCATGACT
128 GTTCAAATAATTAAGACTATTGGAACAAAGTATAATTTATTTCAAAAAAAT-AAAACC
* * * * * *
17015131 TTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCA-GTTAATATAAGCTTATTTGAAAT--AA-AATA-T-
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTCATATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA
* * * * * * *
17015190 A---A-TAAT--TT----AATGAGT-A-AA-AGATTTAAAAAAT-GAATCTATTTACCGAACAAG
65 ATTTATTAATACTTCAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAAAT-TGTTTGCCAAACCAG
* * * * * * ** *
17015241 TTCAAATAGTTATGACTATCT-AAAC-AA-T-T-ATCTATTTCAAAACATTATGATC
129 TTCAAATAATTAAGACTAT-TGGAACAAAGTATAATTTATTTCAAAAAAATAAAACC
**
17015293 TTTTGTTTAT-TCATAAAACAATTGATTC-TATTCATGTAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-
1 TTTTGTTT-TGTCATAAAACAATT-ATTCATATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATAC
*
17015354 TAAATTTATTAATA-TTCCAAAAATTAATAAGTTAA-A-ATTTTAAAAATAAATATAT-TTTAG-
63 T-AATTTATTAATACTT-CAAAAATTAATAA--TAAGAGATTTAAAAAATAAA-AT-TGTTT-GC
* * * ** * ** * **
17015414 -GAA-CACGTTCAAATAGTTATGACTATTTTAA-AAA-T-T-ATCTATTTCAAATCATTATGACC
121 CAAACCA-GTTCAAATAATTAAGACTATTGGAACAAAGTATAATTTATTTCAAAAAAATAAAACC
* * * ** * * *
17015473 ATTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTTATACAAGCTTATTC-AGAATAAAATAACACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTCATATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTA
* * * * * ***
17015537 ATTTATTAATA-TTCCAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAGTGAG
65 ATTTATTAATACTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAATTGTTTGCCAAACCAG
* * * ** * ** *
17015601 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AA-T-T-ATTTATTTCAAATCATTATGATC
129 TTCAAATAATTAAGACTATTGGAACAAAGTATAATTTATTTCAAAAAAATAAAACC
* * * ** * * *
17015653 TTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTTATTCA-AGCAAGTTTATTCAAAATAAAATAATATTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTCATATTCATA-CAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA
*
17015717 ATTTATTAATA-TTCTAAAAGTTAATAA
65 ATTTATTAATACTTC-AAAAATTAATAA
17015744 GTTTGAAAGT
Statistics
Matches: 1787, Mismatches: 316, Indels: 275
0.75 0.13 0.12
Matches are distributed among these distances:
162 107 0.06
163 10 0.01
164 2 0.00
165 6 0.00
166 5 0.00
167 1 0.00
170 3 0.00
171 4 0.00
172 6 0.00
173 7 0.00
174 53 0.03
175 19 0.01
176 60 0.03
177 135 0.08
178 26 0.01
179 123 0.07
180 501 0.28
181 337 0.19
182 167 0.09
183 55 0.03
184 2 0.00
185 2 0.00
186 3 0.00
187 3 0.00
188 2 0.00
189 48 0.03
190 12 0.01
191 30 0.02
192 8 0.00
193 45 0.03
194 5 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (184 bp):
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTCATATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
TTTATTAATACTTCAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAAATTGTTTGCCAAACCAGTT
CAAATAATTAAGACTATTGGAACAAAGTATAATTTATTTCAAAAAAATAAAACC
Found at i:17015311 original size:162 final size:162
Alignment explanation
Indices: 17015034--17015350 Score: 451
Period size: 162 Copynumber: 2.0 Consensus size: 162
17015024 ATTTCAACAA
* *
17015034 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATATATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATT
1 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATATATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATC
* * * *
17015099 TGAATAATTACCTATTTCAAATCATCATGACTTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTC-AGTT
66 TAAACAATTACCTATTTCAAAACATCATGACTTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGATTCTA-TT
*
17015163 AATATAAGCTTATTTGAAATAAAATATAATAAT
130 AATATAAGCTTATTTCAAATAAAATATAATAAT
* * *
17015196 TTAATGAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATC
1 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATATATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATC
* * *
17015261 TAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGA-TCTTTTGTTTAT-TCATAAAACAATTGATTCTAT
66 TAAACAATTACCTATTTCAAAACATCATGACT-TTTTGTTT-TGTAATAAAACAATTGATTCTAT
* *
17015324 TCATGTAAGCTTATTTCAAATAAAATA
129 TAATATAAGCTTATTTCAAATAAAATA
17015351 ATATAAATTT
Statistics
Matches: 137, Mismatches: 15, Indels: 6
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
161 1 0.01
162 134 0.98
163 2 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (162 bp):
TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATATATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATC
TAAACAATTACCTATTTCAAAACATCATGACTTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGATTCTATTA
ATATAAGCTTATTTCAAATAAAATATAATAAT
Found at i:17016236 original size:353 final size:354
Alignment explanation
Indices: 17013872--17016730 Score: 1660
Period size: 353 Copynumber: 8.0 Consensus size: 354
17013862 AAAAAATAAA
* * *
17013872 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTCATGTTCATACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAAT
1 ACCTTTTG-TTTATCATAAAACAATTGATT-TTATTCATACAAGCTTATTCAG-AAT--AATAAT
* * * * * * * * *
17013935 ACTAATATAATAATACTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAAT-TGTTTGCCAA
61 ACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGA-AATTAAAAAAT-AAATCTATTTACCGA
* * * * * * * *
17013999 ACCAGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTAATTTATTTCACATCATTATAACCTTTTGTT
124 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATT
* * * ** * * **
17014064 TTGTCATAAAACAATT-TTTTCAATTCATACTAGCTTATTTG-GAATAAAATAAAATGAATTTAT
188 TTATCATAAAACAATTATTTT-AGTGCATAAAAGCTTA-TTGACAATAAAATAATACCAATTTAT
* * * * * *
17014127 TAATATTTCAAAAATTAATAAGGAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGCTTGCCTAAACAGTTCAAA
251 TAATATTTTAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCGAATCAGTTCAAA
* * * ** *
17014192 TAATTATGATTATTTGATTAATTATCTATTTCAAATCATTATG
312 TAGTTATGACTATTAGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * * * *
17014235 A-CTTTTCATTTTATCATAAAATAAATG-TTTTCGTCCATATAGGTTTGTTCCA-AATAAATTAA
1 ACCTTTT--GTTTATCATAAAACAATTGATTTT-ATTCATACAAGCTTATT-CAGAAT-AA-TAA
* * * * * *
17014297 TACTACTCTATTAATATTTTGAAAATTAATAA-T-AG--ATCTAAAAAATTAATCTTTTTACC-A
60 TACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAAAT-TAAAAAATAAATCTATTTACCGA
** * * *
17014357 GACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGTAATTAT-TCATATCAAAT-AGTTATGACTTTTTG
124 -ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTA
* * * * * * * *
17014420 TTATATTATAAAACAA-TAGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATT-AGGATTAAAATAATACTAATT
186 TTTTATCATAAAACAATTA-TTT-TAGTGCATAAAAGCTTATTGA-CAATAAAATAATACCAATT
* * * ** * * * * *
17014482 TATTAATATTTCAATAATTAATAAGTAAAAAT-AAAAA-AAATATGTTT-ACCAAACTAGATCAA
248 TATTAATATTTTAAAAATTAATAAG-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCGAATC-AGTTCAA
** * * * **
17014544 ATAGTCCTAACTATTTGAATAATTATCCATTTCAAATCATTATG
311 ATAGTTATGACTATTAGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATG
* *
17014588 A-CTTTTGTTTTATCATAAAA-AATT-ATTTTAGTTCATATAAGCCTATTC-GAAATAAAATAAT
1 ACCTTTTG-TTTATCATAAAACAATTGATTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAG-AAT--AATAAT
* * * * * * * *
17014649 ACTAAGTTATTAATATTGTTAAAATTAAT-AGTTAATAGATTTAAAAAATAAACCTGTTTACTGA
61 ACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-TAAGA-AATTAAAAAATAAATCTATTTACCGA
* ** * * * * * *
17014713 ATCAA-TTTAAATAAATATGACTATTTGAATAATTATCTATTTGAAACCACTATAACCTTTTGTT
124 A-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATT
* * * * * **
17014777 TTGTCATAAAA-AGATT-TCCTTTA-TTCATACAAGCTTATT-TCAAATAAAAAAATATAAATTT
188 TTATCATAAAACA-ATTAT--TTTAGTGCATAAAAGCTTATTGAC-AATAAAATAATACCAATTT
* *
17014838 ATTAATA--TTAATACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAA-CAAGT
249 ATTAATATTTTAA-A-AATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCGAATC-AGT
* * * **
17014900 TTAAA-ATGTTATGACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATG
307 TCAAATA-GTTATGACTATTAGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATG
* * ** ** *
17014948 A-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTGTTCATTTAAGCTTATTTGGATTAAAATAATA
1 ACCTTTTG-TTTATCATAAAACAATTGATTT-TATTCATACAAGCTTATTCAGA--ATAATAATA
* * * * * *
17015011 TTATTTTATTAATATT-TCAACAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATGAATATATTTATCGA
62 CTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAA-A-TTAAAAAATAAATCTATTTACCGA
* * * * * *
17015074 ACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTACCTATTTCAAATCATCATGACTTTTTGTTT
124 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTT
* * * * ** *
17015139 TGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTAATATAAGCTTATTTGA-AATAAAAT-AT----A---A-T-
189 TATCATAAAACAATTATTTTAGTGCATAAAAGCTTA-TTGACAATAAAATAATACCAATTTATTA
* * * * * * **
17015193 A-A-TTT---AATGAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTT
253 ATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCGAATC-AGTTCAAATAGTT
* *
17015252 ATGACTATCTA-AACAATTATCTATTTCAAAACATTATG
317 ATGACTAT-TAGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATG
* * **
17015290 ATCTTTTGTTTATTCATAAAACAATTGATTCTATTCATGTAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTA-TCATAAAACAATTGATTTTATTCATACAAGCTTA-TTCAGAAT--AATAATA
* * * * *
17015354 -TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTTAA-AATTTTAAAAATAAATATATTTTA-GGA
62 CT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-TAAGAAATTAAAAAATAAATCTA-TTTACCGA
* * * * *
17015416 ACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTTAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTT
124 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTT
* * * * ** * * * * *
17015481 TGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTTATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAACACTAATTTATTAA
189 TATCATAAAACAATTATTTTAGTGCATAAAAGCTTATTGACAATAAAATAATACCAATTTATTAA
** * * * *
17015546 TA-TTCCAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATTTGTTT-ACCAAGTGAGTTCAAATA
254 TATTTTAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCGAA-TCAGTTCAAATA
*
17015609 GTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATG
314 GTTATGACTATTAGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATG
* * * * *
17015650 ATCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTTATTCA-AGCAAGTTTATTCAAAATAAAATAATA
1 ACCTTTT-GTTTATCATAAAACAATTGATTTTATTCATA-CAAGCTTATTCAGAAT--AATAATA
* * * * * *
17015714 TTAATTTATTAATATTCTAAAAGTTAATAAGT------TT-GAAAGTAAATCTATTCACCGAATA
62 CTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACA
* * * ** * ** * * *
17015772 AGTTCAAATAGTTATGTCCATTTGAACTATTATCTATTGGAACTTGTTATGACATTATGTTTTAT
127 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTAT
* * * * * *
17015837 CATAAAACAATTATTTCTATTG-ATACAAA-ATTATTTACAGTAAAATAATACCAATTTATCACT
192 CATAAAACAATTATTT-TAGTGCATA-AAAGCTTATTGACAATAAAATAATACCAATTTATTAAT
* * *
17015900 ATTTTAAAAATTAATAAG-GATTT-AAAAATAAATGTGTTTGTCGAATCAATTCAAATAGTTAAG
255 ATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCGAATCAGTTCAAATAGTTATG
* **
17015963 ACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCCG
320 ACTATTAGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATG
* * *
17015998 ACCTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTG-TTTTAGTTCATACATGCTTATTCAGAAT-ATAATACT
1 ACCTTTTGTTTA-TCATAAAACAATTGATTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAATAATACT
* * * * *
17016061 AATTTATTAACATT-TATAAAATTAATAAGCAAGAAATTAAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATA
64 AATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATAAGTAAGAAATT-AAAAAATAAATCTATTTACCGAACA
* *
17016125 AGTTCAAATAGCTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTAT
127 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTAT
* * *
17016190 CATAAAACAATTATTTAAGTGCATAAAAGCTTATCTGA-AATAAAATAATATCACTTTATTAATA
192 CATAAAACAATTATTTTAGTGCATAAAAGCTTAT-TGACAATAAAATAATACCAATTTATTAATA
* * * ** * * * *
17016254 TTTAAAAAATTGATTAGTTAGAAATTTAAAAAATAAATAAGTTTATTGAATTAGTTCAAATAATT
256 TTTTAAAAATT-A--A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCGAATCAGTTCAAATAGTT
* *
17016319 ATGGCCATTCA-AACAATTATTTATTTCAAATCATTATG
317 ATGACTATT-AGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATG
* * * * * ** *
17016357 AACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTACATCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATT
1 ACCTTTT-GTTTATCATAAAACAATTGATTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAAT--AATAATA
* * * ** * *
17016421 CTAATTTACTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTCAAAAAGCAAATCTGTCTACCGAA
62 CTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAAATT-AAAAAATAAATCTATTTACCGAA
* ** * *
17016485 CCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTCATAACCTTTTA-TT
125 -CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTT
* * * * * * * * *
17016548 AATTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATACGTTTATTCGA-AATAAAAATAATACTAATGTAA
189 TA-TCATAAAACAATTATTTTAGTGCATAAAAGCTTATT-GACAAT-AAAATAATACCAATTTAT
* * *
17016612 TAATATTCTAAAAATTAATAACAAAGAGATTTAAAAATTAAATTTGTTTGTCGAACCAGTTCAAA
251 TAATATTTTAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCGAATCAGTTCAAA
* * * * *
17016677 CAGTTAAGGCTA-TATGAACAATTCTTTATTTCAAATCGTTATG
312 TAGTTATGACTATTA-GAACAATTATTTATTTCAAATCATTATG
17016720 ACCTTTTGTTT
1 ACCTTTTGTTT
17016731 TGTCGTAAAT
Statistics
Matches: 1971, Mismatches: 379, Indels: 293
0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
341 4 0.00
342 183 0.09
343 74 0.04
344 11 0.01
345 31 0.02
346 7 0.00
347 10 0.01
348 96 0.05
349 8 0.00
350 4 0.00
351 55 0.03
352 32 0.02
353 298 0.15
354 33 0.02
355 124 0.06
356 19 0.01
357 8 0.00
358 93 0.05
359 163 0.08
360 223 0.11
361 167 0.08
362 164 0.08
363 163 0.08
364 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (354 bp):
ACCTTTTGTTTATCATAAAACAATTGATTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAATAATACTAA
TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTT
CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATA
AAACAATTATTTTAGTGCATAAAAGCTTATTGACAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTTA
AAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATT
AGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATG
Found at i:17017102 original size:177 final size:178
Alignment explanation
Indices: 17016774--17017321 Score: 531
Period size: 177 Copynumber: 3.1 Consensus size: 178
17016764 AAAAGATTTT
* * * * * *
17016774 AAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA
1 AAAAGAAATATGTTTTCTGAACAAGTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * ** * * ** * **
17016839 TCGTTATAACCTTTTGTTTCATCATAAAAGAATTGTATAAGTTCATATAGGTTTA-TTCGAAATA
66 TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAATTTATTTCGAAATA
* * *
17016903 AAAAAATACTAATTTTTTAATATTCCAAAAATTAATAAG-AGATTTACA
131 AAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAATTTA-A
*
17016951 AAAAG-AATCTGTTTAT-TGAACAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
1 AAAAGAAATATGTTT-TCTGAACAAGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * ** * * *
17017014 AATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATGAAATAATTGTTTCTGTTTGTACAATTTTATTTTG-AT
64 AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAATTTATTTCGAAA
**
17017078 TAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAA
129 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG--AAAATTTAA
**
17017130 AAAAGTAAATATGTTTTCT-AGACACCTTCAAATAGTTATGACTATTT-AAGCAATTATCTACTT
1 AAAAG-AAATATGTTTTCTGA-ACAAGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTA-TT
* * * * *
17017193 T-AAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAACCAATTGTTGCTATTCATACAAACTTATTTC
61 TCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAATTTATTTC
*
17017256 GAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGGAGAAGATTTAA
125 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-GA-AA-ATTTAA
*
17017313 AAAATAAAT
1 AAAAGAAAT
17017322 CTATTTACCG
Statistics
Matches: 302, Mismatches: 50, Indels: 33
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
176 18 0.06
177 115 0.38
178 3 0.01
179 6 0.02
180 11 0.04
181 92 0.30
182 45 0.15
183 12 0.04
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (178 bp):
AAAAGAAATATGTTTTCTGAACAAGTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAATTTATTTCGAAATA
AAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAATTTAA
Found at i:17018148 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 17018118--17018151 Score: 52
Period size: 15 Copynumber: 2.1 Consensus size: 16
17018108 CTTATTAATA
17018118 TTTTAAAATTAATAAAT
1 TTTTAAAA-TAATAAAT
17018135 TTTTAAAA-AATAAAT
1 TTTTAAAATAATAAAT
17018150 TT
1 TT
17018152 ATTTACCAAA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 2
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
15 9 0.53
17 8 0.47
ACGTcount: A:0.53, C:0.00, G:0.00, T:0.47
Consensus pattern (16 bp):
TTTTAAAATAATAAAT
Found at i:17018198 original size:357 final size:358
Alignment explanation
Indices: 17017754--17018416 Score: 847
Period size: 357 Copynumber: 1.9 Consensus size: 358
17017744 TGTAATTTAA
*
17017754 TAATATTCCAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAATAAATATATTTACCTAACCAGTTCAAATAGT
1 TAATATTCCAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAATAAATATATTTACCAAACCAGTTCAAATAGT
* *
17017819 TAAGACTATTAGAACAATTATTTATTTCAAA-TTGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAAT
66 TAAGACTATTAGAACAATTATTTATTT-AAAGTCGTTATGACCATTTGTTTAGTCATAAAACAAT
* * *
17017883 TATTTCAATTTATACAAGCTTATTTGGACTAAAATAATACTAATTTATTAACATT-TGAAAATTT
130 TATTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTGAAAA-TT
* * *
17017947 AATAAGCAAGAGATTTTAAAAAATA-ATTTTGTTTG-CTGAACTACT-TCAAATAATTAGGACTA
194 AATAAGCAACAGA-TTTAAAAAATATA-TTTGTTGGTCTG-ACTACTGT-AAACAATTAGGACTA
* * * *
17018009 TTTGAACAATTCTCTATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCACAAAACAAATATTTTTGT
255 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTCGTTTTGTCACAAAACAAATATTTTTGT
17018074 TCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATATCAACTTAT
320 TCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATATCAACTTAT
** * * * *
17018113 TAATATTTTAAAATTAATAA-A-TTTTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACCAGTTCAATTAGT
1 TAATATTCCAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAATAAATATATTTACCAAACCAGTTCAAATAGT
* *
17018176 TATA-ACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAGTCGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAAT
66 TA-AGACTATTAGAACAATTATTTATTTAAAGTCGTTATGACCATTTGTTTAGTCATAAAACAAT
* *** ** * * *
17018240 TGTTTTTGTTCATACATTCTTATTTAGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTGAAAATTA
130 TATTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTGAAAATTA
* * * * * *
17018305 ATAAGTAACAGATTTAGAAAATGTATTTGTTGGTCTGACTAGTGTAAACAATTATGACTGTTTGA
195 ATAAGCAACAGATTTAAAAAATATATTTGTTGGTCTGACTACTGTAAACAATTAGGACTATTTGA
* * **
17018370 ATAGTTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTCGTTTTGTCACAAAA
260 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTCGTTTTGTCACAAAA
17018417 TAATTGTTTC
Statistics
Matches: 258, Mismatches: 40, Indels: 15
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
356 80 0.31
357 152 0.59
358 8 0.03
359 18 0.07
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (358 bp):
TAATATTCCAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAATAAATATATTTACCAAACCAGTTCAAATAGT
TAAGACTATTAGAACAATTATTTATTTAAAGTCGTTATGACCATTTGTTTAGTCATAAAACAATT
ATTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTGAAAATTAA
TAAGCAACAGATTTAAAAAATATATTTGTTGGTCTGACTACTGTAAACAATTAGGACTATTTGAA
CAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTCGTTTTGTCACAAAACAAATATTTTTGTTCATAT
AAGTTTGTTTGGAATAAAATAATATCAACTTAT
Found at i:17018272 original size:175 final size:176
Alignment explanation
Indices: 17017338--17018615 Score: 820
Period size: 176 Copynumber: 7.2 Consensus size: 176
17017328 ACCGAGTAAA
* * * * *
17017338 TTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCAT--A-TTTATTTTGAATAAAATAATACTAGTTTATTA
1 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * ** * *
17017400 ATATTCT-ATAAATTAATAGGTTGTATATTAAAAAAATTAATCTATTTATTGAACAAGTTAAAAT
66 ATATT-TGA-AAATTAATAAG-AG-AT-TTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACCAGTTCAAAT
* ** * * * *
17017464 AG-CATGTCTATTTGAATAATTATCTATTTCTAATCATTATGTCCTTTTAT
126 AGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * * *
17017514 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAGAATTATTCAAAACAAAATAATACTAATTTATT
1 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAG-TTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATT
* * **
17017579 AATATTTTGAAAATTAATAATAGA-TTTAAAAACTAAATATATTTATTGAACCAGTTCAAATAGT
65 AATA-TTTGAAAATTAATAAGAGATTTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACCAGTTCAAATAGT
* * * * *
17017643 TATAACTATTTAAATAATTATCTATCTCAAATTATTATGA--TATTTAT
129 TATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGT
* * * * **
17017690 TTTGTCATAGAACAATTGTTTCTT-TTAATACTAGTGTATTCA-AATTAAAATAATTGTAATTTA
1 TTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTATTCATAC-AGTTTATTTAGAA-TAAAATAATACTAATTTA
* ** * *
17017753 ATAATATTCCAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAATAAATATATTTACCTAACCAGTTCAAATAG
63 TTAATATTTGAAAATTAATAAGAGATTTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACCAGTTCAAATAG
* * **
17017818 TTA-AGACTATTAGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGT
128 TTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * ** * * * *
17017867 TTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTTATACAAGCTTATTTGGACTAAAATAATACTAATTTATT
1 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATAC-AGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * * * *
17017932 AACATTTGAAAATTTAATAAGCAAGAGATTTTAAAAAATAATTTTGTTTGCTGAACTACTTCAAA
65 AATATTTGAAAA-TTAAT----AAGAGATTTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACCAGTTCAAA
* ** * * *
17017997 TAATTAGGACTATTTGAACAATTCTCTATTTCAAATCATTATTACTTTTTGT
125 TAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * * * * *
17018049 TTTGTCACAAAACAAATATTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATA-TCAACTTAT
1 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATA-CAGTTTATTTAGAATAAAATAATACT-AATTTAT
* * * * *
17018113 TAATATTTTAAAATTAATAA-A-TTTTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACCAGTTCAATTAGT
64 TAATATTTGAAAATTAATAAGAGATTTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACCAGTTCAAATAGT
* * *
17018176 TATAACTATTTGAACAATTATTTATTT-AAAGTCGTTATGACCATTTGT
129 TATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGT
* * * *
17018224 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACATTCTTATTTAGAATAAAGTAATGCTAATTTATT
1 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAGT-TTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATT
* ** * * * *
17018289 AATATTCTGAAAATTAATAAGTAACAGA-TTTAGAAAATGTATTTGTTGGT-CTG-ACTAGTGT-
65 AATATT-TGAAAATTAATAAG----AGATTTTAAAAAATAAATATATT--TACCGAACCAGT-TC
* * * * * * ** * *
17018350 AAACAATTATGACTGTTTGAATAGTTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTCGT
122 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * * ** *
17018405 TTTGTCACAAAATAATTGTTTCTATT--TGACAAGGTTATTTGGAATAGCATAATTCTAATTTAT
1 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCAT-AC-AGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAT
** * * * * ** **
17018468 TAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAAAGA-TTTACAAAATGAATCTATTTACTTAATAAGTTCAA
64 TAATATT-TGAAAATT-A--A-TAAGAGATTTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACCAGTTCAA
* * ** * * *
17018532 ATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTAATAACCTTTTCT
124 ATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
** *
17018585 TTTGTTGTAAAATAATT-TTTTTATTCATACA
1 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACA
17018616 AACTTATTTC
Statistics
Matches: 869, Mismatches: 183, Indels: 97
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 5 0.01
175 144 0.17
176 197 0.23
177 97 0.11
178 10 0.01
179 13 0.01
180 163 0.19
181 94 0.11
182 141 0.16
183 2 0.00
184 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (176 bp):
TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTA
ATATTTGAAAATTAATAAGAGATTTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTA
TAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
Found at i:17018560 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 17017369--17018624 Score: 728
Period size: 180 Copynumber: 7.0 Consensus size: 178
17017359 CTATTCATAT
* * * * * *** * *
17017369 TTATTTTGAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCTATAAATTAATAGGTTGTATATTAAAAA
1 TTATTTGGAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA-GTAAAAGATTTAAAA
* * * * * * * * *
17017434 AATTAATCTATTTATTGAACAAGTTAAAATAG-CATGTCTATTTGAATAATTATCTATTTCTAAT
65 AATAAATTTATTTACTGAA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
** ** ** * * *
17017498 CATTATGTCCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAGAA
129 TGTTATAACCTTTCGTTTTGTCACAAAACAATTATTTCTATT-ATACAAG-C
*** * * *** *
17017549 TTATTCAAAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATT-A-A-TAATAGATTTAAAAA
1 TTATTTGGAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAGTAAAAGATTTAAAAA
* * * * * * * *
17017611 CTAAATATATTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATCTATCTCAAATT
66 ATAAATTTATTTACTGAA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATT
* * ** * * * * * *
17017676 ATTATGATATTT-ATTTTGTCATAGAACAATTGTTTCTTTTAATACTAG-
130 GTTATAACCTTTCGTTTTGTCACAAAACAATTATTTCTATT-ATACAAGC
** * * *
17017724 TGTA-TTCAAATTAAAATAATTGTAATTTAATAATATTCC-AAAATT-A-A-TAAGAGATTTAAA
1 T-TATTTGGAA-TAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAGTAAAAGATTT-AA
* * * * *
17017784 AAAATAAATATATTTACCT-AACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATTTATTTCA
63 AAAATAAATTTATTTA-CTGAA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * *
17017848 AATTGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTTATACAAGC
126 AATTGTTATAACCTTTCGTTTTGTCACAAAACAATTATTTCTA-TTATACAAGC
* * * ** * * *
17017902 TTATTTGGACTAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAAATTTAATAAGCAAGAGATTTTAAA
1 TTATTTGGAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-AGTAAAAGA-TTTAAA
* * * * * * *
17017967 AAATAATTTTGTTTGCTGAACTACTTCAAATAATTAGGACTATTTGAACAATTCTCTATTTCAAA
64 AAATAAATTTATTTACTGAA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
** * * * * * * * *
17018032 TCATTATTACTTTTTGTTTTGTCACAAAACAAATATTTTTGTTCATATAAGT
128 TTGTTATAACCTTTCGTTTTGTCACAAAACAATTATTTCTATT-ATACAAGC
* * ** **
17018084 TTGTTTGGAATAAAATAATATC-AACTTATTAATATT-TTAAAATT-A-A-T-AAATTTTTAAAA
1 TTATTTGGAATAAAATAAT-TCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAGTAAAAGATTTAAAA
** * * * *
17018143 AATAAATTTATTTACCAAACCAGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTT-AAAG
65 AATAAATTTATTTACTGAA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-
* * * * * * **
17018207 TCGTTATGACCATTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACATTC
128 TTGTTATAACC-TTTCGTTTTGTCACAAAACAATTATTTCTATT-ATACAAGC
* * * ** * *
17018259 TTATTTAGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAACAGATTTAGAA
1 TTATTTGGAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-AGTAAAAGATTTAAAA
** * * * * * * *
17018324 AATGTATTTGTTGGT-CTGACTAGTGT-AAACAATTATGACTGTTTGAATAGTTATCTATTTCAA
65 AATAAATTTATT--TACTGAATAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * *
17018387 ATTGTTATAACCTTTCGTTTTGTCACAAAATAATTGTTTCTATT-TGACAAGG
127 ATTGTTATAACCTTTCGTTTTGTCACAAAACAATTATTTCTATTAT-ACAAGC
** *
17018439 TTATTTGGAATAGCATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAAAGATTTACAA
1 TTATTTGGAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-AGTAAAAGATTTAAAA
* * * *
17018504 AATGAATCTATTTACTTAATAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
65 AATAAATTTATTTACTGAAT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* *** * * *
17018569 TGTAATAACCTTTTC-TTTTGTTGTAAAATAATT-TTTTTATTCATACAAAC
129 TGTTATAACC-TTTCGTTTTGTCACAAAACAATTATTTCTATT-ATACAAGC
17018619 TTATTT
1 TTATTT
17018625 CAAATTTATT
Statistics
Matches: 846, Mismatches: 190, Indels: 80
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 4 0.00
175 143 0.17
176 170 0.20
177 89 0.11
178 14 0.02
179 16 0.02
180 179 0.21
181 94 0.11
182 132 0.16
183 5 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (178 bp):
TTATTTGGAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAGTAAAAGATTTAAAAA
ATAAATTTATTTACTGAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTG
TTATAACCTTTCGTTTTGTCACAAAACAATTATTTCTATTATACAAGC
Found at i:17018647 original size:119 final size:120
Alignment explanation
Indices: 17018512--17018743 Score: 304
Period size: 119 Copynumber: 1.9 Consensus size: 120
17018502 AAAATGAATC
** * * **
17018512 TATTTACTTAATAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTAATAA
1 TATTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATGTCAAATCATAATAA
** *
17018577 CCTTTTCTTTTGTTGTAAAATAATT-TTTTTATTCATACAAACTTATTTCAAATT
66 CCTTTTCTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTACTCATACAAACTTATTTCAAATT
* * * * *
17018631 TATTTACCGAATAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATGTCAAATCATTATGA
1 TATTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATGTCAAATCATAATAA
* * *
17018696 CTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGCTCATACAAACTTATT
66 CCTTTTCTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTACTCATACAAACTTATT
17018744 GGAATTAAAA
Statistics
Matches: 95, Mismatches: 17, Indels: 1
0.84 0.15 0.01
Matches are distributed among these distances:
119 75 0.79
120 20 0.21
ACGTcount: A:0.35, C:0.10, G:0.07, T:0.48
Consensus pattern (120 bp):
TATTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATGTCAAATCATAATAA
CCTTTTCTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTACTCATACAAACTTATTTCAAATT
Found at i:17018935 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 17018626--17019298 Score: 708
Period size: 180 Copynumber: 3.7 Consensus size: 179
17018616 AACTTATTTC
* * * * * * *
17018626 AAATTTATTTACCGAATAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATGTCAAATCAT
1 AAATATATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * *
17018691 TATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGCTCATACAAACTTATTGGAATTAAAATA
66 TATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAACTTATTTGAAATAAAATA
* *
17018756 ATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAT
131 ATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAT-TTTAAAAAT
* * * * *
17018806 AAATATGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGT
1 AAATATATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * *
17018871 TATGACCTTTTGTTTCATCATAAAATAATTGTATTAGTTCATATACACTTATTTGAAATAAAATA
66 TATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAACTTATTTGAAATAAAATA
* * * * *
17018936 ATACTAACTTATTAAT-TTTTCAAAAATGAATGAGTGAGAAATTTAAAAAAT
131 ATATTAATTTATTAATATTTT-AAAAATTAATAAGT-A-AAATTTTAAAAAT
* * ** * * **
17018987 GAATTTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTGTTTGAGCAATTATCTATTTTGAATCAT
1 AAATATATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * *
17019052 TATGATCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTA-TTGATACAAACTTATTTTG-AATAAAA
66 TATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATACAAACTTA-TTTGAAATAAAA
* * *** *
17019115 TAATATAAATTTACTAATATTCCCAAAATTAATAAGTAAAAGTTTAAAAATT
129 TAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAATTTTAAAAA-T
* * * * *
17019167 AAATCTATTTTCTGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCA
1 AAATATATTTACCGAACA-AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* ** *
17019231 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAACTAATTGTTTCCGTTAATA-AAAGCTTATTTGAAATAAAA
65 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAA-CTTATTTGAAATAAAA
17019295 TAAT
129 TAAT
17019299 GTTATAACGT
Statistics
Matches: 405, Mismatches: 77, Indels: 22
0.80 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
179 21 0.05
180 239 0.59
181 133 0.33
182 12 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AAATATATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
TATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAACTTATTTGAAATAAAATA
ATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAATTTTAAAAAT
Found at i:17019174 original size:660 final size:654
Alignment explanation
Indices: 17017994--17019228 Score: 1486
Period size: 660 Copynumber: 1.9 Consensus size: 654
17017984 GAACTACTTC
* * *
17017994 AAATAATTAGGACTATTTGAACAATTCTCTATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCACAA
1 AAATAATTAGGACTATTTGAACAATTATCTATGTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCACAA
* * ** *
17018059 AACAAATATTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATATCAACTTATTAATATTTTAA
66 AACAAATATTTTTGCTCATACAAACTTGATTGGAATAAAATAATATCAACTTATTAATATTTTAA
* * * * * *
17018124 AATTAATAAATTTTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACCAGTTCAATTAGTTATAACTATTTGA
131 AAATAATAAATATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATAACTATTTGA
* ** * *
17018189 ACAATTATTTATTTAAAGTCGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATA
196 ACAATTATCTATTTAAAGTCGTTATGACCATTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATTAGTTCATA
** * * * * * *
17018254 CATTCTTATTTAGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAACAGATT
261 CACACTTATTTAGAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTCTAAAAATGAATAAGTAACAAATT
* * * * * * * *
17018319 TAGAAAATGTATTTGTTGGTCTGACTAGTGTAAACAATTATGACTGTTTGAATAGTTATCTATTT
326 TAAAAAATGAATTTATT-GTCTAACAAGTGTAAACAATTATAACTGTTTGAACAATTATCTATTT
** * **
17018384 CAAATTGTTATAACCTTTCGTTTTGTCACAAAATAATTGTTTCTATTTGACAAGGTTATTTGGAA
390 CAAATCATTATAACCTTTCGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTTGACAAACTTATTTGGAA
** * * * *
17018449 TAGCATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAAAGATTTACAAAATGAATCTA
455 TAAAATAATTCAAATTTACTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTACAAAATAAATCTA
* * * *
17018514 TTTACTTAATA-AGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTAATAAC
520 TTTACTGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTAATAAC
17018578 CTTTTCTTTTGTTGTAAAATAATTTTTTTATTCATACAAACTTATTTCAAATTTATTTACCGAAT
584 CTTTTCTTTTGTTGTAAAATAATTTTTTTATTCATACAAACTTATTTCAAATTTATTTACCGAAT
17018643 AAGTTT
649 AAGTTT
* * * * *
17018649 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATGTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAATTAGGACTATTTGAACAATTATCTATGTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCACAA
* * * *
17018714 AATAATTATTTTTGCTCATACAAACTT-ATTGGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTG
66 AACAAATATTTTTGCTCATACAAACTTGATTGGAA-TAAAATAATATCAACTTATTAATATTTT-
* * *
17018778 ACAATTAATAAGTAAAATATTT-AAAAATAAATATGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTAATAAC
129 A-AA--AATAA-T-AAATATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATAAC
* * *
17018842 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAATAATTGTATT
189 TATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCGTTATGACCATTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATT
* * *
17018906 AGTTCATATACACTTATTT-GAAATAAAATAATACTAACTTATTAAT-TTTTCAAAAATGAATGA
253 AGTTCATACACACTTATTTAG-AATAAAATAATACTAACTTATTAATATTCT-AAAAATGAATAA
* * * * *
17018969 GTGAGAAATTTAAAAAATGAATTTATT-TACTAAACAAGT-TCAAATAGTTATAACTGTTTGAGC
316 GTAACAAATTTAAAAAATGAATTTATTGT-CT-AACAAGTGT-AAACAATTATAACTGTTTGAAC
** * * *
17019032 AATTATCTATTTTGAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTA-TTGATAC
378 AATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTCGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTTG--AC
* *
17019096 AAACTTATTTTGAATAAAATAATAT-AAATTTACTAATATTCCCAAAATTAATAAGTAAAAG-TT
441 AAACTTATTTGGAATAAAATAAT-TCAAATTTACTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
*
17019159 TA-AAAATTAAATCTATTTTCTGAACACATTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATT
505 TACAAAA-TAAATCTATTTACTGAACACATTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATT
17019223 TCAAAT
569 TCAAAT
17019229 CATTATGACC
Statistics
Matches: 481, Mismatches: 81, Indels: 31
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
654 6 0.01
655 104 0.22
656 1 0.00
657 2 0.00
658 1 0.00
659 18 0.04
660 285 0.59
661 63 0.13
662 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (654 bp):
AAATAATTAGGACTATTTGAACAATTATCTATGTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCACAA
AACAAATATTTTTGCTCATACAAACTTGATTGGAATAAAATAATATCAACTTATTAATATTTTAA
AAATAATAAATATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATAACTATTTGA
ACAATTATCTATTTAAAGTCGTTATGACCATTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATTAGTTCATA
CACACTTATTTAGAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTCTAAAAATGAATAAGTAACAAATT
TAAAAAATGAATTTATTGTCTAACAAGTGTAAACAATTATAACTGTTTGAACAATTATCTATTTC
AAATCATTATAACCTTTCGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTTGACAAACTTATTTGGAAT
AAAATAATTCAAATTTACTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTACAAAATAAATCTAT
TTACTGAACACATTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTAATAACCT
TTTCTTTTGTTGTAAAATAATTTTTTTATTCATACAAACTTATTTCAAATTTATTTACCGAATAA
GTTT
Found at i:17019291 original size:361 final size:361
Alignment explanation
Indices: 17018627--17019298 Score: 870
Period size: 361 Copynumber: 1.9 Consensus size: 361
17018617 ACTTATTTCA
* * * * * *
17018627 AATTTATTTACCGAATAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATGTCAAATCATT
1 AATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATGTCAAATCATT
* * * *
17018692 ATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGCTCATACAAACTTATTGGAATTAAAATAA
66 ATGACTTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTATTTCTACTCATACAAACTTATTGGAATTAAAATAA
* * *** * *
17018757 TATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAATAAATATGTTTACCGAA
131 TATAAATTTACTAATATTCCCAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAATAAATATATTTACCGAA
* * * *
17018822 TAAGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTC
196 CAAGTTCAAATAGTAATAACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTC
* *
17018887 ATCATAAAATAATTGTATTAGTTCATATACACTTATTTGAAATAAAATAATACTAACTTATTAAT
261 ATCATAAAATAATTGTATTAGTTAATATAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAACTTATTAAT
17018952 TTTTCAAAAATGAATGAGTGAGAAATTTAAAAAATG
326 TTTTCAAAAATGAATGAGTGAGAAATTTAAAAAATG
* * * * **
17018988 AATTTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTGTTTGAGCAATTATCTATTTTGAATCATT
1 AATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATGTCAAATCATT
* * * *
17019053 ATGA-TCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTGATACAAACTTATTTTGAA-TAAAAT
66 ATGACT-TTTTGTTTTGTCACAAAACAATTATTTCTACTCATACAAACTTA-TTGGAATTAAAAT
* * * *
17019116 AATATAAATTTACTAATATTCCCAAAATTAATAAGTAAAA-GTTTAAAAATTAAATCTATTTTCT
129 AATATAAATTTACTAATATTCCCAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAA-TAAATATATTTACC
* *
17019180 GAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
193 GAACA-AGTTCAAATAGTAATAACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * *
17019244 TTTTATCATAAACTAATTGT-TTCCGTTAATA-AAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
257 TTTCATCATAAAATAATTGTATT-AGTTAATATAAA-CTTATTTGAAATAAAATAAT
17019299 GTTATAACGT
Statistics
Matches: 263, Mismatches: 42, Indels: 12
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
360 13 0.05
361 244 0.93
362 6 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (361 bp):
AATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATGTCAAATCATT
ATGACTTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTATTTCTACTCATACAAACTTATTGGAATTAAAATAA
TATAAATTTACTAATATTCCCAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAATAAATATATTTACCGAA
CAAGTTCAAATAGTAATAACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTC
ATCATAAAATAATTGTATTAGTTAATATAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAACTTATTAAT
TTTTCAAAAATGAATGAGTGAGAAATTTAAAAAATG
Found at i:17019747 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 17019729--17019753 Score: 50
Period size: 13 Copynumber: 1.9 Consensus size: 13
17019719 AAGAAAATTC
17019729 AAAAAAAAGAAAG
1 AAAAAAAAGAAAG
17019742 AAAAAAAAGAAA
1 AAAAAAAAGAAA
17019754 AATGATTGCT
Statistics
Matches: 12, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 12 1.00
ACGTcount: A:0.88, C:0.00, G:0.12, T:0.00
Consensus pattern (13 bp):
AAAAAAAAGAAAG
Found at i:17019940 original size:58 final size:59
Alignment explanation
Indices: 17019770--17020071 Score: 288
Period size: 58 Copynumber: 5.0 Consensus size: 59
17019760 TGCTTTTATA
* * * **
17019770 TAAGGAAAAATTGATACTTTCAACTTTTTCC-C-AAAAGTTTTTTTTTAAAAACTTTAAATT
1 TAAGG-AAAATTGATACTTTCAAC-TTTTCCTCAAAAAATATTTTTTTGAAAA-TTTATTTT
* * * *
17019830 TGAGAAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAAAAAAAAACCTTGTTTTGAAAATTTATTTT
1 TAAGGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTC----AAAAAATA--TTTTTTTGAAAATTTATTTT
* * *
17019895 TAAGGAAAATTGATACTTTCAACTTTT-CTCCAAAAATATTTTTTTGAAACTTTAATTT
1 TAAGGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAAATATTTTTTTGAAAATTTATTTT
** * * * * *
17019953 CGAGGAAAATTGATATTTTCAACTTTTCCTCAAAAAAAAACCTTTTTTGGAAAGTTATTTT
1 TAAGGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTC-AAAAAATA-TTTTTTTGAAAATTTATTTT
*
17020014 TAAGGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAATATATTTTTTTG-AATTTTATTT
1 TAAGGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAA-ATATTTTTTTGAAAATTTATTT
17020072 AAAGAAAACA
Statistics
Matches: 197, Mismatches: 33, Indels: 25
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
58 47 0.24
59 30 0.15
60 27 0.14
61 45 0.23
64 7 0.04
65 31 0.16
66 10 0.05
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (59 bp):
TAAGGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAAATATTTTTTTGAAAATTTATTTT
Found at i:17019973 original size:123 final size:119
Alignment explanation
Indices: 17019770--17020063 Score: 412
Period size: 119 Copynumber: 2.4 Consensus size: 119
17019760 TGCTTTTATA
* * *
17019770 TAAGGAAAAATTGATACTTTCAACTTTT-TCCCAAAAGTTTTTTTTTAAAAACTTTAAATTTGAG
1 TAAGG-AAAATTGATACTTTCAACTTTTCT-CCAAAAATATTTTTTT-GAAACTTTAAATTTGAG
*
17019834 AAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAAAAAAAAACCTTGTTTTGAAAATTTATTTT
63 AAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTC---AAAAAAAAACCTT-TTTTGAAAAGTTATTTT
*
17019895 TAAGGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCTCCAAAAATATTTTTTTGAAACTTT-AATTTCGAGGA
1 TAAGGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCTCCAAAAATATTTTTTTGAAACTTTAAATTT-GAGAA
* *
17019959 AAATTGATATTTTCAACTTTTCCTCAAAAAAAAACCTTTTTTGGAAAGTTATTTT
65 AAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAAAAAACCTTTTTTGAAAAGTTATTTT
*
17020014 TAAGGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAATATATTTTTTTGAA
1 TAAGGAAAATTGATACTTTCAACTTTT-CTCCAAAA-ATATTTTTTTGAA
17020064 TTTTATTTAA
Statistics
Matches: 157, Mismatches: 8, Indels: 12
0.89 0.05 0.07
Matches are distributed among these distances:
119 42 0.27
120 20 0.13
121 13 0.08
122 5 0.03
123 35 0.22
124 36 0.23
125 6 0.04
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (119 bp):
TAAGGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCTCCAAAAATATTTTTTTGAAACTTTAAATTTGAGAAA
AATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAAAAAACCTTTTTTGAAAAGTTATTTT
Found at i:17020103 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 17020081--17020121 Score: 55
Period size: 16 Copynumber: 2.5 Consensus size: 16
17020071 TAAAGAAAAC
* *
17020081 AAAATAATAATAAAATG
1 AAAATAAAAAT-AAAGG
17020098 AAAATAAAAATAAAGG
1 AAAATAAAAATAAAGG
17020114 AAAATAAA
1 AAAATAAA
17020122 TAAAAATAGA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 1
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
16 12 0.55
17 10 0.45
ACGTcount: A:0.76, C:0.00, G:0.07, T:0.17
Consensus pattern (16 bp):
AAAATAAAAATAAAGG
Found at i:17020107 original size:119 final size:120
Alignment explanation
Indices: 17019864--17020107 Score: 255
Period size: 119 Copynumber: 2.0 Consensus size: 120
17019854 TTTCCTCAAA
* *
17019864 AAAAAAAAACCTTGTTTTGAAAATTTATTTTTAAGGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCTCCAAA
1 AAAAAAAAACCTTGTTTTGAAAAGTTATTTTTAAGGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCTCAAAA
* * *** ** * * *****
17019929 AATATTTTTTTGAAACTTTAATTTCGAGGAAAATTGATATTTTCAACTTTTCCTC
66 AATATTTTTTTGAAACTTTAATTTCAAAGAAAAAAAATATAATAAAATGAAAATC
*
17019984 AAAAAAAAACCTT-TTTTGGAAAGTTATTTTTAAGGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAA
1 AAAAAAAAACCTTGTTTTGAAAAGTTATTTTTAAGGAAAATTGATACTTTCAACTTTT-CTCAAA
*
17020048 AATATATTTTTTTG-AA-TTTTATTT-AAAGAAAACAAAATAATAATAAAATGAAAAT-
65 AA-ATATTTTTTTGAAACTTTAATTTCAAAGAAAA-AAAAT-ATAATAAAATGAAAATC
17020103 AAAAA
1 AAAAA
17020108 TAAAGGAAAA
Statistics
Matches: 102, Mismatches: 18, Indels: 9
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
118 6 0.06
119 56 0.55
120 29 0.28
121 11 0.11
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (120 bp):
AAAAAAAAACCTTGTTTTGAAAAGTTATTTTTAAGGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCTCAAAA
AATATTTTTTTGAAACTTTAATTTCAAAGAAAAAAAATATAATAAAATGAAAATC
Found at i:17020122 original size:20 final size:18
Alignment explanation
Indices: 17020071--17020141 Score: 63
Period size: 20 Copynumber: 3.8 Consensus size: 18
17020061 GAATTTTATT
*
17020071 TAAAGAAAACAAAATAATAA
1 TAAAG-AAA-AAAATAAAAA
**
17020091 TAAA-ATGAAAATAAAAA
1 TAAAGAAAAAAATAAAAA
17020108 TAAAGGAAAATAAATAAAAA
1 TAAA-GAAAA-AAATAAAAA
*
17020128 TAGAGAAAAAAATA
1 TAAAGAAAAAAATA
17020142 TTAAACAAAT
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 6, Indels: 8
0.75 0.11 0.14
Matches are distributed among these distances:
17 13 0.31
18 6 0.14
19 7 0.17
20 16 0.38
ACGTcount: A:0.75, C:0.01, G:0.08, T:0.15
Consensus pattern (18 bp):
TAAAGAAAAAAATAAAAA
Found at i:17020724 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 17020699--17020737 Score: 51
Period size: 19 Copynumber: 2.0 Consensus size: 19
17020689 CCTAGAGCTA
17020699 TTCTCACGCCTCTAAACCTT
1 TTCTCA-GCCTCTAAACCTT
* *
17020719 TTCTCAGCTTTTAAACCTT
1 TTCTCAGCCTCTAAACCTT
17020738 CTGTGTGTTC
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 1
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 11 0.65
20 6 0.35
ACGTcount: A:0.21, C:0.33, G:0.05, T:0.41
Consensus pattern (19 bp):
TTCTCAGCCTCTAAACCTT
Found at i:17020981 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 17020944--17020993 Score: 66
Period size: 21 Copynumber: 2.3 Consensus size: 22
17020934 ATCTCCAGCA
17020944 AAAAAAAAAAATCCAAAAAAAG
1 AAAAAAAAAAATCCAAAAAAAG
* * *
17020966 AAAATAAAAAAT-CAAATAAAT
1 AAAAAAAAAAATCCAAAAAAAG
17020987 AAAAAAA
1 AAAAAAA
17020994 TATTAATAGA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 4, Indels: 1
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
21 13 0.54
22 11 0.46
ACGTcount: A:0.82, C:0.06, G:0.02, T:0.10
Consensus pattern (22 bp):
AAAAAAAAAAATCCAAAAAAAG
Found at i:17020991 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 17020943--17020993 Score: 59
Period size: 22 Copynumber: 2.4 Consensus size: 21
17020933 AATCTCCAGC
17020943 AAAAAAAAAAAATCCAAAAAA
1 AAAAAAAAAAAATCCAAAAAA
* *
17020964 AGAAAATAAAAAAT-CAAATAA
1 A-AAAAAAAAAAATCCAAAAAA
*
17020985 ATAAAAAAA
1 AAAAAAAAA
17020994 TATTAATAGA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 4, Indels: 3
0.78 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
20 6 0.24
21 8 0.32
22 11 0.44
ACGTcount: A:0.82, C:0.06, G:0.02, T:0.10
Consensus pattern (21 bp):
AAAAAAAAAAAATCCAAAAAA
Found at i:17021050 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 17021031--17021064 Score: 50
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 16
17021021 CAGATAAATC
*
17021031 AAAATATTAATAGATA
1 AAAATAATAATAGATA
*
17021047 AAAATAATACTAGATA
1 AAAATAATAATAGATA
17021063 AA
1 AA
17021065 TTACAATAGA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 16 1.00
ACGTcount: A:0.65, C:0.03, G:0.06, T:0.26
Consensus pattern (16 bp):
AAAATAATAATAGATA
Found at i:17021083 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 17021060--17021098 Score: 62
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
17021050 ATAATACTAG
17021060 ATAAATTACAA-TAGATAATA
1 ATAAATTACAACTAGATAATA
*
17021080 ATAAATTATAACTAGATAA
1 ATAAATTACAACTAGATAA
17021099 ATAAAATATA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 10 0.59
21 7 0.41
ACGTcount: A:0.59, C:0.05, G:0.05, T:0.31
Consensus pattern (21 bp):
ATAAATTACAACTAGATAATA
Found at i:17021190 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 17021160--17021252 Score: 68
Period size: 22 Copynumber: 4.1 Consensus size: 22
17021150 ATAAATAACA
*
17021160 AATACATAAGATAT-AAAGAAAT
1 AATA-ATAAAATATAAAAGAAAT
*
17021182 ATATAATAAAATATAAAATAAAT
1 A-ATAATAAAATATAAAAGAAAT
17021205 AATAATAAAA-ATAATAA-AATAT
1 AATAATAAAATATAA-AAGAA-AT
*
17021227 AA-AATACAAAATAATAAAAAAAAT
1 AATAAT--AAAAT-ATAAAAGAAAT
17021251 AA
1 AA
17021253 AATGGACTTA
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 2, Indels: 16
0.77 0.03 0.21
Matches are distributed among these distances:
21 9 0.15
22 24 0.40
23 15 0.25
24 6 0.10
25 6 0.10
ACGTcount: A:0.72, C:0.02, G:0.02, T:0.24
Consensus pattern (22 bp):
AATAATAAAATATAAAAGAAAT
Found at i:17021219 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 17021184--17021255 Score: 119
Period size: 31 Copynumber: 2.3 Consensus size: 31
17021174 AAAGAAATAT
17021184 ATAATAAAATATAAAATA-AATAATAATAAAA
1 ATAATAAAATATAAAATACAA-AATAATAAAA
17021215 ATAATAAAATATAAAATACAAAATAATAAAA
1 ATAATAAAATATAAAATACAAAATAATAAAA
*
17021246 AAAATAAAAT
1 ATAATAAAAT
17021256 GGACTTACCC
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 1, Indels: 2
0.93 0.02 0.05
Matches are distributed among these distances:
31 37 0.95
32 2 0.05
ACGTcount: A:0.75, C:0.01, G:0.00, T:0.24
Consensus pattern (31 bp):
ATAATAAAATATAAAATACAAAATAATAAAA
Found at i:17021249 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 17021189--17021252 Score: 55
Period size: 12 Copynumber: 5.6 Consensus size: 12
17021179 AATATATAAT
17021189 AAAAT-ATAAAA
1 AAAATAATAAAA
* *
17021200 TAAATAATAATA
1 AAAATAATAAAA
17021212 AAAATAAT--AA
1 AAAATAATAAAA
* *
17021222 AATATAA-AATAC
1 AAAATAATAA-AA
17021234 AAAATAATAAAA
1 AAAATAATAAAA
17021246 AAAATAA
1 AAAATAA
17021253 AATGGACTTA
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 8, Indels: 9
0.70 0.14 0.16
Matches are distributed among these distances:
10 7 0.17
11 4 0.10
12 27 0.68
13 2 0.05
ACGTcount: A:0.77, C:0.02, G:0.00, T:0.22
Consensus pattern (12 bp):
AAAATAATAAAA
Found at i:17022521 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 17022500--17022565 Score: 82
Period size: 18 Copynumber: 3.4 Consensus size: 19
17022490 TGAGTCATTT
17022500 TTTTTCATTTATTTTTT-A
1 TTTTTCATTTATTTTTTCA
17022518 TTTTTCATTTTCATTTTTTTCA
1 TTTTTCA-TTT-A-TTTTTTCA
17022540 TTTTTTCATTT-TTTTTTCA
1 -TTTTTCATTTATTTTTTCA
17022559 TTTTTCA
1 TTTTTCA
17022566 AGCATAATAT
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 0, Indels: 10
0.81 0.00 0.19
Matches are distributed among these distances:
18 14 0.33
19 11 0.26
20 1 0.02
21 6 0.14
22 4 0.09
23 7 0.16
ACGTcount: A:0.14, C:0.11, G:0.00, T:0.76
Consensus pattern (19 bp):
TTTTTCATTTATTTTTTCA
Found at i:17022532 original size:34 final size:33
Alignment explanation
Indices: 17022498--17022562 Score: 96
Period size: 34 Copynumber: 1.9 Consensus size: 33
17022488 CTTGAGTCAT
17022498 TTTTTTTCATTTATTT-TTTATTTTTCATTTTCA
1 TTTTTTTCATTT-TTTATTTATTTTTCATTTTCA
*
17022531 TTTTTTTCATTTTTTCATTTTTTTTTCATTTT
1 TTTTTTTCATTTTTT-ATTTATTTTTCATTTT
17022563 TCAAGCATAA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 1, Indels: 3
0.88 0.03 0.09
Matches are distributed among these distances:
32 3 0.10
33 12 0.41
34 14 0.48
ACGTcount: A:0.12, C:0.09, G:0.00, T:0.78
Consensus pattern (33 bp):
TTTTTTTCATTTTTTATTTATTTTTCATTTTCA
Found at i:17022563 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 17022499--17022553 Score: 51
Period size: 8 Copynumber: 6.8 Consensus size: 8
17022489 TTGAGTCATT
17022499 TTTTTTCA
1 TTTTTTCA
**
17022507 TTTATTTTT
1 TTT-TTTCA
17022516 TATTTTTCA
1 T-TTTTTCA
17022525 --TTTTCA
1 TTTTTTCA
17022531 TTTTTTTCA
1 -TTTTTTCA
17022540 TTTTTTCA
1 TTTTTTCA
17022548 TTTTTT
1 TTTTTT
17022554 TTTCATTTTT
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 4, Indels: 10
0.73 0.08 0.19
Matches are distributed among these distances:
6 6 0.16
8 17 0.45
9 13 0.34
10 2 0.05
ACGTcount: A:0.13, C:0.09, G:0.00, T:0.78
Consensus pattern (8 bp):
TTTTTTCA
Found at i:17033013 original size:58 final size:58
Alignment explanation
Indices: 17032859--17033138 Score: 305
Period size: 58 Copynumber: 4.7 Consensus size: 58
17032849 TTTGTACAAG
** * *
17032859 GGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCCCAAAATGTTTTTTTTGAAACTTTAAATTCGA
1 GGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCCCAAAAAATTTTTTTTGAAACTTTAATTTCAA
* ** * * *
17032917 GAAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTAAAAAAAAAAAAATTTTTTTTGAAAATTTATTTTTAA
1 GGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCC------CCAAAAAATTTTTTTTGAAACTTTAATTTCAA
*
17032981 GGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCCC-AAAAATATTTTTTTGAAACTTTAATTTCGA
1 GGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCCCAAAAAAT-TTTTTTTGAAACTTTAATTTCAA
* * * *
17033039 GGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTC-AAAAA-TATTTTTGGAACTCTTATTTTCAA
1 GGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCCCAAAAAATTTTTTTTGAAACT-TTAATTTCAA
* *
17033096 AGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAATATTTTTTTT
1 GGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCCCAAAAA-ATTTTTTTT
17033139 TTGAATTTTA
Statistics
Matches: 187, Mismatches: 24, Indels: 20
0.81 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
56 11 0.06
57 41 0.22
58 80 0.43
59 1 0.01
60 6 0.03
64 48 0.26
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (58 bp):
GGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCCCAAAAAATTTTTTTTGAAACTTTAATTTCAA
Found at i:17033071 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 17033041--17033129 Score: 67
Period size: 27 Copynumber: 3.2 Consensus size: 27
17033031 AATTTCGAGG
17033041 AAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCA
1 AAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCA
* * **
17033068 AAAA-T-AT-TTTTGGAACTCTTATTTTCAAA
1 AAAATTGATACTTT-CAACT-TT-TCCTC--A
17033097 GAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCA
1 -AAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCA
17033125 AAAAT
1 AAAAT
17033130 ATTTTTTTTT
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 8, Indels: 18
0.63 0.11 0.25
Matches are distributed among these distances:
24 3 0.07
25 6 0.13
26 3 0.07
27 12 0.27
28 1 0.02
29 1 0.02
30 7 0.16
31 3 0.07
32 6 0.13
33 3 0.07
ACGTcount: A:0.37, C:0.17, G:0.06, T:0.40
Consensus pattern (27 bp):
AAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCA
Found at i:17033118 original size:122 final size:116
Alignment explanation
Indices: 17032860--17033137 Score: 357
Period size: 122 Copynumber: 2.4 Consensus size: 116
17032850 TTGTACAAGG
*
17032860 GAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCCCAAAATGTTTTTTTTGAAACTTTAAATTCGAGAAAAATT
1 GAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCCCAAAATGATTTTTTTGAAACTTTAAATTCGAGAAAAATT
* * *
17032925 GATACTTTCAACTTTTCCTAAAAAAAAAAAAATTTTTTTTGAAAATTTATTTTTAAG
66 GATACTTTCAACTTTTCCT------AAAAAAATTATTTTTGAAAATTTATTTTCAAA
* *
17032982 GAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCCCAAAAAT-ATTTTTTTGAAACTTTAATTTCGAGGAAAAT
1 GAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCCC-AAAATGATTTTTTTGAAACTTTAAATTCGAGAAAAAT
* * *
17033046 TGATACTTTCAACTTTTCCT-CAAAAA-TATTTTTGGAACTCTTATTTTCAAA
65 TGATACTTTCAACTTTTCCTAAAAAAATTATTTTTGAAAAT-TTATTTTCAAA
*
17033097 GAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAAT-ATTTTTTT
1 GAAAATTGATACTTTCAACTTTTCC-CCAAAATGATTTTTTT
17033138 TTTGAATTTT
Statistics
Matches: 143, Mismatches: 10, Indels: 13
0.86 0.06 0.08
Matches are distributed among these distances:
114 10 0.07
115 52 0.36
116 1 0.01
122 75 0.52
123 5 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (116 bp):
GAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCCCAAAATGATTTTTTTGAAACTTTAAATTCGAGAAAAATT
GATACTTTCAACTTTTCCTAAAAAAATTATTTTTGAAAATTTATTTTCAAA
Found at i:17033180 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 17033156--17033218 Score: 56
Period size: 17 Copynumber: 3.8 Consensus size: 16
17033146 TTATTTAAAG
*
17033156 AAAACAAAAAAATAAT
1 AAAAGAAAAAAATAAT
* *
17033172 AAAATAAAAATAAAAAT
1 AAAAGAAAAA-AATAAT
*
17033189 AAAGGAAAATAAATAA-
1 AAAAGAAAA-AAATAAT
17033205 AAATAGAAAAAAAT
1 AAA-AGAAAAAAAT
17033219 TAAACAAATC
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 6, Indels: 6
0.76 0.12 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 16 0.42
17 21 0.55
18 1 0.03
ACGTcount: A:0.79, C:0.02, G:0.05, T:0.14
Consensus pattern (16 bp):
AAAAGAAAAAAATAAT
Found at i:17033207 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 17033163--17033273 Score: 68
Period size: 10 Copynumber: 10.9 Consensus size: 10
17033153 AAGAAAACAA
17033163 AAAAAT-AAT
1 AAAAATAAAT
*
17033172 AAAATAAAAAT
1 AAAA-ATAAAT
*
17033183 AAAAATAAAG
1 AAAAATAAAT
*
17033193 GAAAATAAAT
1 AAAAATAAAT
17033203 AAAAATAGAA-
1 AAAAATA-AAT
*
17033213 AAAAATTAAAC
1 AAAAA-TAAAT
** *
17033224 AAATCTAATCT
1 AAAAATAA-AT
17033235 AATAAATAAAT
1 AA-AAATAAAT
17033246 AATAAA-AAAT
1 AA-AAATAAAT
*
17033256 AAATATAAA-
1 AAAAATAAAT
17033265 AAAAATAAA
1 AAAAATAAA
17033274 ATGAAAAAAA
Statistics
Matches: 79, Mismatches: 15, Indels: 16
0.72 0.14 0.15
Matches are distributed among these distances:
9 14 0.18
10 38 0.48
11 23 0.29
12 4 0.05
ACGTcount: A:0.75, C:0.03, G:0.03, T:0.20
Consensus pattern (10 bp):
AAAAATAAAT
Found at i:17033285 original size:16 final size:15
Alignment explanation
Indices: 17033238--17033284 Score: 62
Period size: 15 Copynumber: 3.2 Consensus size: 15
17033228 CTAATCTAAT
*
17033238 AAATAAATA-ATAAA
1 AAATAAATATAAAAA
17033252 AAATAAATATAAAAA
1 AAATAAATATAAAAA
17033267 AAATAAA-ATGAAAAA
1 AAATAAATAT-AAAAA
17033282 AAA
1 AAA
17033285 AACTTAGAAA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 1, Indels: 3
0.88 0.03 0.09
Matches are distributed among these distances:
14 11 0.37
15 19 0.63
ACGTcount: A:0.81, C:0.00, G:0.02, T:0.17
Consensus pattern (15 bp):
AAATAAATATAAAAA
Found at i:17034229 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 17034208--17034362 Score: 56
Period size: 4 Copynumber: 38.5 Consensus size: 4
17034198 GATAAATTAT
* * * * *
17034208 AATA GATA AAT- AAT- AATA AATA TATA ACTA GATA AATAA AATA TATA
1 AATA AATA AATA AATA AATA AATA AATA AATA AATA AAT-A AATA AATA
* * *
17034255 TATTA ACATA AAAA AATA AA-A AATA AATA GTAAT- AATG AATA AAT-
1 -AATA A-ATA AATA AATA AATA AATA AATA --AATA AATA AATA AATA
* * * * *
17034300 AACA AATA CATA AGAT- -ATA AAGA AATTA TATA TATA AACTA AA-A AATAA
1 AATA AATA AATA A-ATA AATA AATA AA-TA AATA AATA AA-TA AATA AAT-A
17034349 AATA AATA AATA AA
1 AATA AATA AATA AA
17034363 AATAATAAAA
Statistics
Matches: 112, Mismatches: 23, Indels: 32
0.67 0.14 0.19
Matches are distributed among these distances:
2 2 0.02
3 17 0.15
4 69 0.62
5 21 0.19
6 3 0.03
ACGTcount: A:0.66, C:0.03, G:0.04, T:0.26
Consensus pattern (4 bp):
AATA
Found at i:17034233 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 17034199--17034275 Score: 86
Period size: 26 Copynumber: 3.0 Consensus size: 25
17034189 ATAATACTAG
17034199 ATAAAT-TATAA-TAGATAAATAATA
1 ATAAATATATAACTAGATAAATAA-A
17034223 ATAAATATATAACTAGATAAATAAA
1 ATAAATATATAACTAGATAAATAAA
* * *
17034248 ATATATATATTAACATAAAAAAATAAA
1 ATAAATATA-TAAC-TAGATAAATAAA
17034275 A
1 A
17034276 AATAAATAGT
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 3, Indels: 5
0.85 0.06 0.09
Matches are distributed among these distances:
24 6 0.13
25 14 0.30
26 15 0.33
27 11 0.24
ACGTcount: A:0.65, C:0.03, G:0.03, T:0.30
Consensus pattern (25 bp):
ATAAATATATAACTAGATAAATAAA
Found at i:17034244 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 17034171--17034245 Score: 55
Period size: 14 Copynumber: 5.3 Consensus size: 16
17034161 AGATAAATCA
17034171 AAATAT-TAAC-AGAT
1 AAATATATAACTAGAT
*
17034185 AAAAATA-ATACTAGAT
1 AAATATATA-ACTAGAT
17034201 AAAT-TATAA-TAGAT
1 AAATATATAACTAGAT
17034215 --A-A-ATAA-TA-AT
1 AAATATATAACTAGAT
17034225 AAATATATAACTAGAT
1 AAATATATAACTAGAT
17034241 AAATA
1 AAATA
17034246 AAATATATAT
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 2, Indels: 20
0.69 0.03 0.29
Matches are distributed among these distances:
10 2 0.04
11 6 0.12
12 2 0.04
13 1 0.02
14 15 0.31
15 7 0.15
16 15 0.31
ACGTcount: A:0.61, C:0.04, G:0.05, T:0.29
Consensus pattern (16 bp):
AAATATATAACTAGAT
Found at i:17034291 original size:81 final size:78
Alignment explanation
Indices: 17034206--17034369 Score: 172
Period size: 77 Copynumber: 2.1 Consensus size: 78
17034196 TAGATAAATT
* * * * *
17034206 ATAATAGATAAATAATAATAAATATATAACTAGATAAATAAAATATATATATTAACATAAAAAA-
1 ATAATAGA-AAA-AATAACAAATACATAA-GAGATAAAGAAAATATATATATAAAC-TAAAAAAT
**
17034270 ATAAA-AAATAAATAGTA
62 A-AAATAAATAAATAAAA
* * *
17034287 ATAAT-GAATAAATAACAAATACATAAGATATAAAGAAATTATATATATAAACTAAAAAATAAAA
1 ATAATAGAAAAAATAACAAATACATAAGAGATAAAGAAAATATATATATAAACTAAAAAATAAAA
17034351 TAAATAAATAAAA
66 TAAATAAATAAAA
17034364 ATAATA
1 ATAATA
17034370 AAATATAAAA
Statistics
Matches: 70, Mismatches: 10, Indels: 9
0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
76 10 0.14
77 37 0.53
78 14 0.20
79 2 0.03
80 2 0.03
81 5 0.07
ACGTcount: A:0.66, C:0.03, G:0.04, T:0.27
Consensus pattern (78 bp):
ATAATAGAAAAAATAACAAATACATAAGAGATAAAGAAAATATATATATAAACTAAAAAATAAAA
TAAATAAATAAAA
Found at i:17034346 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 17034333--17034404 Score: 66
Period size: 19 Copynumber: 3.9 Consensus size: 20
17034323 AATTATATAT
17034333 ATAAACTAAAAAATAAAATAA
1 ATAAA-TAAAAAATAAAATAA
17034354 ATAAAT-AAAAAT--AATAA
1 ATAAATAAAAAATAAAATAA
* * *
17034371 A-ATATAAAATATAAAATAC
1 ATAAATAAAAAATAAAATAA
17034390 A-AAATAAAAAA-AAAA
1 ATAAATAAAAAATAAAA
17034405 CAATGTGGAG
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 5, Indels: 9
0.75 0.09 0.16
Matches are distributed among these distances:
16 3 0.07
17 11 0.26
18 4 0.09
19 19 0.44
20 1 0.02
21 5 0.12
ACGTcount: A:0.78, C:0.03, G:0.00, T:0.19
Consensus pattern (20 bp):
ATAAATAAAAAATAAAATAA
Found at i:17034371 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 17034339--17034403 Score: 87
Period size: 29 Copynumber: 2.2 Consensus size: 29
17034329 ATATATAAAC
17034339 TAAAAAATAAAATAAATAAATA-AAAATAA
1 TAAAAAATAAAATAAA-AAATACAAAATAA
* *
17034368 TAAAATATAAAATATAAAATACAAAATAA
1 TAAAAAATAAAATAAAAAATACAAAATAA
*
17034397 AAAAAAA
1 TAAAAAA
17034404 ACAATGTGGA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 4, Indels: 2
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
28 5 0.16
29 26 0.84
ACGTcount: A:0.78, C:0.02, G:0.00, T:0.20
Consensus pattern (29 bp):
TAAAAAATAAAATAAAAAATACAAAATAA
Found at i:17034379 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 17034331--17034399 Score: 65
Period size: 7 Copynumber: 10.1 Consensus size: 7
17034321 GAAATTATAT
17034331 ATATAAA
1 ATATAAA
*
17034338 CTA-AAA
1 ATATAAA
17034344 A-ATAAA
1 ATATAAA
*
17034350 ATAAATAA
1 ATATA-AA
17034358 ATA-AAA
1 ATATAAA
17034364 ATAATAAA
1 AT-ATAAA
17034372 ATATAAA
1 ATATAAA
17034379 ATATAAA
1 ATATAAA
*
17034386 ATACAAA
1 ATATAAA
17034393 ATA-AAA
1 ATATAAA
17034399 A
1 A
17034400 AAAAACAATG
Statistics
Matches: 53, Mismatches: 4, Indels: 11
0.78 0.06 0.16
Matches are distributed among these distances:
5 1 0.02
6 15 0.28
7 27 0.51
8 10 0.19
ACGTcount: A:0.75, C:0.03, G:0.00, T:0.22
Consensus pattern (7 bp):
ATATAAA
Found at i:17034400 original size:14 final size:13
Alignment explanation
Indices: 17034339--17034404 Score: 73
Period size: 14 Copynumber: 4.9 Consensus size: 13
17034329 ATATATAAAC
17034339 TAAAAAAT-AAAA
1 TAAAAAATAAAAA
17034351 TAAATAAATAAAAA
1 TAAA-AAATAAAAA
17034365 TAATAAAATATAAAA
1 TAA-AAAATA-AAAA
*
17034380 TATAAAATACAAAA
1 TAAAAAATA-AAAA
17034394 TAAAAAA-AAAA
1 TAAAAAATAAAA
17034405 CAATGTGGAG
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 3, Indels: 8
0.81 0.05 0.14
Matches are distributed among these distances:
12 7 0.15
13 5 0.11
14 28 0.60
15 7 0.15
ACGTcount: A:0.79, C:0.02, G:0.00, T:0.20
Consensus pattern (13 bp):
TAAAAAATAAAAA
Found at i:17036661 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 17035183--17037423 Score: 1851
Period size: 181 Copynumber: 12.5 Consensus size: 181
17035173 ACATTCTTAT
* * * * *
17035183 TTTATTAACA-TTCAGAAAATTAATAAG-CAAGGAATTTAAAAAAACAAATCTGTTTATCGAACA
1 TTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAAAG-ATTT-AAAAAATAAATCTATTTATCGAACA
* * * * *
17035246 AGTTCAAAAAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTAT
63 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGT
* * * * *
17035311 CATAAAACAATTGTTTTAGTTTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTAA
128 CATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* *** * * **
17035365 TTTACTAATATTTCAAAAATTGAA-AAGTTGGAGATTTAAAATATAAATC-AGTTTATTGAATTA
1 TTTATTAATATTTCAAAAATT-AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATCGAACAA
* * * * * ** *
17035428 CTTCAAATAGTTATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTGTGAAGTTTTGTTTTGCC
64 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTC
* ** *
17035493 ATAAAGCAATTGTTTTTCATCATAACAAGCCTATTCAAAATAAAAATAATACTAA
129 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCAT-ACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAA
** * * * *
17035548 GTTT-TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGA-TT----ACT---TGC---TTACCAAACCA
1 -TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-CTATTTATCGAACAA
* * * * * * * * * *
17035601 GTTTAAACAATTATGACTATTT-AAGCAATTATATATTTCAAATCGTTGTAACTCTTTATATTGT
64 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGT
* * * *
17035665 CATAAAACAATTATTTATGTTCATTCAAGCTTATTCAAAATAAAGTAATACTAA
128 CATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * * *** * *
17035719 TATAATAATATTAT-GAAAATTAATAACTAAGAGATTTTAAAAAACAAATTTGCCTA-CCAATCC
1 TTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAA-CA
* * * * * * *
17035782 AGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACTTTTTATTTTGT
63 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGT
* * * * *** *
17035847 CATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAA
128 CATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
17035901 TTTATTAATATTTTAGAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CCAATCCAG
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAA-CAAG
* * * * * **
17035961 TTTAATTAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGACCATTTGTTTTGTC
65 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACTTTTTGTTTTGTC
* * * * * *
17036025 ATAAAATAATTGTTTTTATTGATAC-AGTCTTCTTCATAATAAAGTAATACTAA
129 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAG-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* ** * * * *** * *
17036078 TTTATTAATA-TTCTAAAAATTAA-AAGTAATAGATTTAGCAAATGAATTTGTTGGCCTGATC-C
1 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAACAA
* * * * * *
17036140 GTGCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATTTATTTCACATCATGATGACTTTTTGTTTTATC
64 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTC
* * * * * * * *
17036205 ACAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTAATCAAAATAACATAATTCAAA
129 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * * *
17036258 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGATATTTAAAAATTGAATATGTTTATC-AACCAAG
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAA-CAAG
* ** *
17036322 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTTGTTTTGTC
65 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTTGTTTTGTC
* * * **
17036387 ATAAAATAAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTTC-AATTAAAATAACGC-AA
129 ATAAAA-CAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAA
* *
17036439 TTTTATTAATA-TTCAGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATAA
1 -TTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAA
* * *
17036503 CTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTC
64 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTC
* * ***
17036568 ATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCGTATTCAGGTTAAAATAATA-TAA
129 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
17036620 TTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAATATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGT
* * * ** *
17036685 TCAAAT-G-CATAACTATTTG-ACTAATTATCTATTTCAAATTATTAAAACCTTTTGTTTTGTCA
66 TCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCA
* * ** * * *
17036747 TAAAATAATTGTATCAGTTCATATAGGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
130 TAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
17036799 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAG-AAAGATATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAACAAG
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAG
* *
17036863 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCA
65 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCA
** * * ****
17036928 TAAAACAATCATTTTTGTTAATAAAAGCTTATTTTGCATAAAATAATA-TAAA
130 TAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AA
* * * * * *
17036980 TTTATTAATATTCCAAAAAAATAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAGATCTATTTTTTGAACATG
1 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAG
* **
17037044 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAT-ACTTATGACCCTTTG-TTTGTC
65 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACTTTTTGTTTTGTC
* * * * **
17037107 ATAAACCAATTGTTTTTGTTTATACAAGCATGTTTGAAATAAAATAATACTAA
129 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
17037160 TCTATCAATATTCCAGAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATAGAGCAAGT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGT
* * *
17037225 TCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGA-TCTTTTGTTTTGTC
66 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACT-TTTTGTTTTGTC
* * * * * *
17037288 ATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTCGAAATAAAATAATGCTAA
129 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * *
17037341 TTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAG
1 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAG
17037405 TTCAAATCA-TTATGA-TATT
65 TTCAAAT-AGTTATGACTATT
17037424 CTATTTGTCA
Statistics
Matches: 1654, Mismatches: 337, Indels: 138
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.00
171 36 0.02
172 18 0.01
173 72 0.04
175 1 0.00
176 8 0.00
177 135 0.08
178 87 0.05
179 80 0.05
180 337 0.20
181 511 0.31
182 307 0.19
183 57 0.03
184 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGT
TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCAT
AAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
Found at i:17037120 original size:902 final size:898
Alignment explanation
Indices: 17035611--17037395 Score: 2012
Period size: 902 Copynumber: 2.0 Consensus size: 898
17035601 GTTTAAACAA
* *
17035611 TTATGACTATTTAAGCAATTATATATTTCAAATCGTTGTAACTCTTTATATTGTCATAAAACAAT
1 TTATGACTATTTAAGCAATTATATATTTCAAATCATTATAACTCTTTATATTGTCATAAAACAAT
* * * *
17035676 TATTTATGTTCATTCAAGCTTATTCAAAATAAAGTAATACTAATATAATAATATTATGAAAATTA
66 TATTTATGTTCATACAAGCGTATTCAAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTATCAAAATTA
* * * *
17035741 ATAACTAAGAGATTTTAAAAAACAAATTTGCCTACCAATCCAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATG
131 ATAACTAAAAGATTTTAAAAAACAAATATGCCTACCAATCAAGTTCAAATAGATAA-GCTATATG
* * * * **
17035806 AATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACTTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCAT
195 AATAATTATCTATTTCAAATCATTAAAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTATCAGTTCAT
* *** * ** *
17035871 ATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAGAAATTAATAAGAGATTTAA
260 ATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAA
* * * * * * *
17035936 AAAATAAATTTGTTTACCAATCCAGTTTAATTAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCAA
325 AAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACAATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * ** * * *
17036001 ATAGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTGATACAGTCTTCTTCATAATA
390 ATAGTTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATCATTTTTATTAATAAAGTCTTATTCATAATA
* * * * **
17036066 AAGTAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAAAGTAATAGATTTAGCAAATGAATTTGTTG
455 AAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAAATAAAAGTAATAAATTTAAAAAATGAATTTGTTG
** * * * * **
17036131 GCCTGATCCGTGCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATTTATTTCACATCATGATGACTTTT
520 AAC-GAT-CGTGCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATGATGACCCTT
* ** * * *
17036196 TGTTTTATCACAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTAATCAAAATAACATAATTCAAATTT
583 TGTTTTATCACAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCATAATCAAAATAAAATAATACAAATCT
* * * * * *
17036261 ATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGATATTTAAAAATTGAATATGTTTATCA-ACCAAGTTC
648 ATCAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTAT-AGACCAAGTTC
*
17036325 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTTGTTTTGTCATA
712 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATAGCTATAACC-TTTTGTTTTGTCATA
* * *
17036390 AAATAAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTTC-AATTAAAATAACGC-AATTTTATTAATATT
776 AAAT-AATTGTTTCTATTCATACAAGATTA-TTCGAAATAAAATAACGCTAA-TTTATTAATATT
*
17036452 C-AGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATAACTTCAAATAG
838 CTA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATAACTTCAAATAG
* * * * * *
17036513 TTATGACTATTTGAA-CAATTATTTATTTTAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
1 TTATGACTATTT-AAGCAATTATATATTTCAAATCATTATAACTCTTTATATTGTCATAAAACAA
* *** * *
17036577 TTATTTTTGTTCATACAAGCGTATTCAGGTTAAAATAATA-TAATTTATTAATATT-TCAACAAT
65 TTATTTATGTTCATACAAGCGTATTCAAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTATCAA-AAT
* * * **
17036640 TAATAAGTAAAATATTTT-AAAAATAAATATGTTTACCGAA-CAAGTTCAAAT-GCATAA-CTAT
129 TAATAACTAAAAGATTTTAAAAAACAAATATGCCTACC-AATCAAGTTCAAATAG-ATAAGCTAT
* * * * * *
17036701 TTGACTAATTATCTATTTCAAATTATTAAAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTATCAGTT
192 ATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAAAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTATCAGTT
*
17036766 CATATAGGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGAAAGA
257 CATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT----AAGA
* * * *
17036831 TATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
318 GATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACAATTTGAACAATTATCT
*
17036896 ATTTCAAATCA-TTATGA-CATTTTGTTTTATCATAAAACAATCATTTTTGTTAATAAAAG-CTT
383 ATTTCAAAT-AGTTATGACCA-TTTGTTTTATCATAAAACAATCATTTTTATTAAT-AAAGTCTT
* *
17036958 ATT-TTGCATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAAAATAATAAGTAA-AAATTTAAA
445 ATTCAT-AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-CAAAAAAATAA-AAGTAATAAATTTAAA
* *
17037020 AAATAGATCTATTTTTTGAAC-AT-GTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCA
506 AAAT-GA---ATTTGTTGAACGATCGTGCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCA
* * * * * * ** **
17037083 AAT-ACTTATGACCCTTTG-TTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTTATACAAGCATGTTTGAAA
567 AATCA-TGATGACCCTTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCATAATCAAAA
* * * *
17037146 TAAAATAATACTAATCTATCAATATTCCAGAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA
631 TAAAATAATACAAATCTATCAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATATA
* * * ** * * *
17037211 TTTATAGAGCAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATC
696 TTTATAGACCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATAGCTATAACC
*
17037276 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTCGAAATAAAATAATGCTAA
761 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTCGAAATAAAATAACGCTAA
* *
17037341 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
826 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
17037396 CCAAACAAGT
Statistics
Matches: 731, Mismatches: 127, Indels: 51
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
898 105 0.14
899 1 0.00
900 38 0.05
901 137 0.19
902 359 0.49
903 73 0.10
904 8 0.01
905 2 0.00
907 8 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (898 bp):
TTATGACTATTTAAGCAATTATATATTTCAAATCATTATAACTCTTTATATTGTCATAAAACAAT
TATTTATGTTCATACAAGCGTATTCAAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTATCAAAATTA
ATAACTAAAAGATTTTAAAAAACAAATATGCCTACCAATCAAGTTCAAATAGATAAGCTATATGA
ATAATTATCTATTTCAAATCATTAAAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTATCAGTTCATA
TAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAA
AAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
TAGTTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATCATTTTTATTAATAAAGTCTTATTCATAATAA
AATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAAATAAAAGTAATAAATTTAAAAAATGAATTTGTTGA
ACGATCGTGCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATGATGACCCTTTGT
TTTATCACAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCATAATCAAAATAAAATAATACAAATCTATC
AATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTATAGACCAAGTTCAAAT
AGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATAGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATA
ATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTCGAAATAAAATAACGCTAATTTATTAATATTCTAAAAAT
TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATAACTTCAAATAG
Found at i:17037212 original size:720 final size:714
Alignment explanation
Indices: 17035198--17037411 Score: 1923
Period size: 720 Copynumber: 3.1 Consensus size: 714
17035188 TAACATTCAG
* * * * * * *
17035198 AAAATTAATAAGCAAGGAATTTAAAAAAACAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAAAAGTTATAA
1 AAAATTAATAAGTAAAG-ATTT-AAAAAATAAATATGTTTA-CCAACAAGTTCAAATAGTCATAA
* * ** * * *
17035263 CTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTT-
63 CAATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTAAAACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTA
* * * * * * *
17035326 TTAGTTTATAAAAG-CTTATCCAAAATAAAATAATATTAATTTACTAATATTTCAAAAATTGAAA
127 TCA-TTCAT-ACAGTCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATT-AAA
*** * * * * ** * * * *
17035390 AGTTGGAGATTTAAAATATAAATC-AGTTTA-TTGAATTACTTCAAATAGTTATGTCCATTTGAA
189 AGAAAGAGATTTAAAAAATGAATCTA-TTGACCT-AAACAGTGCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* ** * * ** * ** *
17035453 CAATTATCTATTTAAAATCATTG-TGA-AGTTTTGTTTTGCCATAAAGCAATTGTTTTTCATCAT
252 CAATTATCTATTTCAAATCA-TGATGACA-TTTTGTTTTATCACAAAACAATCATTTCTGTTAAT
* * * * * * * *
17035516 AACAAGCCTATTCAAAATAAAAATAATACTAAGTTT-TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGA
315 AA-AAGCTTAATCAAAAT-AAAATAATTC-AAATTTATTAATATTCCAAAAAATAATAACTAAGA
* * * * * * * * *
17035580 GA--T-----T--ACT-TGCTTACCAAACC-AGTTTAAACAATTATGACTATTTAAGCAATTATA
377 AATTTAAAAATAGAATATGTTTATC-AACCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATC
* * * * *
17035634 TATTTCAAATCGTTGTAACTCTTTATATTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATTCAAGCTTAT
441 TATTTCAAATCGTTATAACCCTTTGT-TTGTCATAAAACAATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTAT
* * * *
17035699 TCAAAATAAAGTAATACTAATATAATAATATT-ATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTTAAAAAA
504 TTAAAATAAAATAATACTAATAT-ATAATATTCA-G-AAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAA
* * *** * * * * * * *
17035763 CAAATTTGCCTA-CCAATCCAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATC
565 TAAATCTATTTATCGAAT-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATC
* * * * * * * *
17035827 GTTATAACTTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAA
629 ATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGATTATTCGG-ATAAAA
*
17035892 TAATATTAATTTATTAATATTTT
693 TAATA-TAATTTATTAATATTTC
* * * * *
17035915 AGAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAATCCAGTTTAATTAGTTATAAC
1 A-AAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAA-CAAGTTCAAATAGTCATAAC
* ** * *
17035977 AATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTT
64 AATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTAAAACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTATC
* * * * * *
17036042 ATTGATACAGTCTTCTTCATAATAAAGTAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAAAGTAA
129 ATTCATACAGTCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAAAGAAA
* ** * * * * * * *
17036107 TAGATTTAGCAAATGAATTTGTTGGCCTGATCCGTGCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTAT
194 GAGATTTAAAAAATGAATCTATTGACCTAAACAGTGCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * ** * * *
17036172 TTATTTCACATCATGATGACTTTTTGTTTTATCACAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTA
259 CTATTTCAAATCATGATGACATTTTGTTTTATCACAAAACAATCATTTCTGTTAATAAAAGCTTA
* * * *
17036237 ATCAAAATAACATAATTCAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGATATTTAAAAATT
324 ATCAAAATAAAATAATTCAAATTTATTAATATTCCAAAAAATAATAACTAAGAAATTTAAAAATA
* * *
17036302 GAATATGTTTATCAACCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGC
389 GAATATGTTTATCAACCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * *
17036367 TATAACCTTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATTTTTTTATTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAAT
454 TATAACC-CTTTG-TTTGTCATAAAA-CAATTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAAT
** *
17036432 AACGC-AATTTTATTAATATTCAGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAT
516 AATACTAA-TATA-TAATATTCAGA-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAT
* *
17036496 CGAATAACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCATTATGACTTTTTG
578 CGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTG
* ** *
17036561 TTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCGTATTCAGGTTAAAATAATATAATTTATT
643 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGATTATTC-GGATAAAATAATATAATTTATT
17036626 AATATTTC
707 AATATTTC
* *
17036634 AACAATTAATAAGTAAAATATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAAT-G-CATAA
1 AA-AATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACC-AACAAGTTCAAATAGTCATAA
* *
17036697 CTATTTG-ACTAATTATCTATTTCAAATTA-TTAAAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-T
63 CAATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAA-TAGTTAAAACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTT
*
17036759 ATCAGTTCATATAGGT-TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
126 ATCA-TTCATACA-GTCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAA-
* * * *
17036823 GAGAAAGATATTTAAAAAATGAATCTATTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
188 AAGAAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTGACCTAAAC-AGTGCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * *
17036887 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATCATTTTTGTTAATAA
252 CAATTATCTATTTCAAATCATGATGACATTTTGTTTTATCACAAAACAATCATTTCTGTTAATAA
* **** *
17036952 AAGCTTATTTTGCATAAAATAATAT-AAATTTATTAATATTCCAAAAAAATAATAAGTAA-AAAT
317 AAGCTTAATCAAAATAAAATAAT-TCAAATTTATTAATATTCC-AAAAAATAATAACTAAGAAAT
* * * *
17037015 TTAAAAAATAGATCTAT-TTTTTGAA-CATGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTA
380 TT-AAAAATAGA-ATATGTTTATCAACCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTA
* * * * *
17037078 TTTCAAATAC-TTATGACCCTTTGTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTTATACAAGCATGTTT
443 TTTCAAAT-CGTTATAACCCTTTGTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTT
* *
17037142 GAAATAAAATAATACTAATCTATCAATATTCCAGAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
506 AAAATAAAATAATACTAATATAT-AATATT-CAGAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* ** * *
17037207 TCTATTTATAGAGCAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTA
569 TCTATTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCA-TTA
* * * *
17037271 TGA-TCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTCGAAATAAAATAA
633 TGACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGATTATTCG-GATAAAATAA
* *
17037335 TGCTAATTTATTAATATTCTA
696 T-ATAATTTATTAATATT-TC
* * *
17037356 AAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAAT
1 AAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACC-AACAAGTTCAAAT
17037412 CATTATGATA
Statistics
Matches: 1219, Mismatches: 221, Indels: 110
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
709 5 0.00
710 34 0.03
711 14 0.01
712 99 0.08
713 129 0.11
714 7 0.01
715 1 0.00
717 2 0.00
718 12 0.01
719 41 0.03
720 359 0.29
721 249 0.20
722 201 0.16
723 61 0.05
724 5 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (714 bp):
AAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAACAAGTTCAAATAGTCATAACAA
TTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTAAAACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTATCAT
TCATACAGTCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAAAGAAAGA
GATTTAAAAAATGAATCTATTGACCTAAACAGTGCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
ATTTCAAATCATGATGACATTTTGTTTTATCACAAAACAATCATTTCTGTTAATAAAAGCTTAAT
CAAAATAAAATAATTCAAATTTATTAATATTCCAAAAAATAATAACTAAGAAATTTAAAAATAGA
ATATGTTTATCAACCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
TAACCCTTTGTTTGTCATAAAACAATTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATAC
TAATATATAATATTCAGAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATAAG
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCA
TAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGATTATTCGGATAAAATAATATAATTTATTAATATTTC
Found at i:17037440 original size:145 final size:140
Alignment explanation
Indices: 17037259--17037561 Score: 367
Period size: 145 Copynumber: 2.1 Consensus size: 140
17037249 AATTATTTAT
* * * * *
17037259 TTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGA-TTATTC
1 TTCAAATAATTATGATATTCT-ATTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAA-ATTTATTC
* * *
17037323 GAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
64 AAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCTAAAAATT-A-A--TAAGAGATTTAAAAAATAAA
17037388 TCTATTTAC-CAAACAA
125 TCTATTTACGC-AACAA
* * *
17037404 GTTCAAATCATTATGATATTCTATTTGTCATAAAATAATTATTTCTGTTCATGCAAATTTATTCA
1 -TTCAAATAATTATGATATTCTATTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAATTTATTCA
* * * * *
17037469 AAATAAAATATTACTGATCTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGT
65 AAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
17037534 TTACTGCAACAA
130 TTAC-GCAACAA
17037546 TTCAAATAATTATGAT
1 TTCAAATAATTATGAT
17037562 TATTTGAACA
Statistics
Matches: 137, Mismatches: 17, Indels: 11
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
141 42 0.31
142 5 0.04
143 2 0.01
144 2 0.01
145 69 0.50
146 17 0.12
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (140 bp):
TTCAAATAATTATGATATTCTATTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAATTTATTCAA
AATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATT
TACGCAACAA
Found at i:17037810 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 17037427--17040094 Score: 1627
Period size: 179 Copynumber: 15.1 Consensus size: 180
17037417 TGATATTCTA
* * * * ** * * * * *
17037427 TTTGTCATAAAATAATTATTTCTGTTCATGCAAATTTATTCAAAATAAAATATTACTGATCTATT
1 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * *
17037492 AATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTACTGC-AA-CAATTCAA
66 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATG-TTAC--CAAATCAGTTCAA
* * * * * * *
17037551 ATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATCTCACATCGCTATGA-------T
128 ATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGT
** ** *
17037597 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTTAGGTTAAAATAATACTAATTTAAT
1 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATT
* * *
17037662 AATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATGTGTTACCAAGTCAGTTCAAAT
66 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTACCAAATCAGTTCAAAT
* * ** * * * * *
17037727 AGTTAAGAATGTTAAAATAATTATATATTTCAAATTATTTTGACCTTTAGT
130 AGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGT
* * *
17037778 TTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAA-AAAATAATACTTATTTATT
1 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * *
17037842 AACA-TTGAAGAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTAT-TTACCAAA-CAAGTTT
66 AATATTTCAA-AAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAA--TATGTTACCAAATC-AGTTC
** * * *
17037904 AAATAGATT-TTACAATTTGGACAATTATCTATTT-AAAGTTGTTATGACCTTTTAT
126 AAATAG-TTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TTGTTATGACCTTTTGT
** * * * ** * *
17037959 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAAACGTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATT
1 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * *
17038024 AATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAACTAT-TTTCTTAAAT-AGCTT-A
66 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAA-TATGTTAC-CAAATCAG-TTCA
* * * *
17038086 AATAGTTATGACTATTTGAACAAATAT-TAATCTCAAATCGTTATGA--TATTTGT
127 AATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATTGTTATGACCT-TTTGT
* ** * *
17038139 TTTCTCATAAAACAATTGTTTTGGATCATACAAGCTTATTTAG-ATAAAAATAATATTAATTT-T
1 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAAT-AAAATAATACTAATTTAT
* * * * *
17038202 AAAATATTTCAAAAA-TAATAA--AAG-G-TTTAAAAAATAAATATATTTATCGAACCAGTTCAA
65 -TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTACCAAATCAGTTCAA
* * * *
17038262 ATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTA-TTGAAATTGTTCTGACCTTTTGT
128 ATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGT
** * * * *
17038314 TTAATCATAGAATAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTAT
1 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * * * *
17038378 TAACA-TTCAAAAA--ATTAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAGATTTGTTTACTAAATAAATTAAA
65 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATG-TTACCAAATCAGTTCAA
* * * ** * *
17038440 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTACTTAAAATCATTACGACATTTTGT
128 ATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGT
* ** * *
17038493 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATA-AATGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTAT
1 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAA-GCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * *
17038557 TAATATTTCAAAAATTAATAAGT--G-G-GTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACTAAATCAGTTTAT
65 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT-G-TTACCAAATCAGTTCAA
* * * * * * *
17038617 ATAATTATGGCCATTTAAACAACTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTG-
128 ATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGT
* * * * * *
17038669 -ATATCATAAAATAATTATTTTTCA--ACATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTT
1 TTTGTCATAAAACAA-T-TGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTT
** * * **
17038730 ATTAATATTTCATGAA-T--TAA-TAAGAGATTCAAAAAATAAATTTAT-TTATCGTA-CTAGTT
63 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA--TATGTTACCAAATC-AGTT
* * * *
17038789 CAAATAGTCAA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTAT
125 CAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGT
* * ** * * * *
17038844 TCTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAACTTATTTGGAATAGAATAAAACTAATTTATT
1 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * *
17038909 AATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAAT-AAT-T-TT----ATTTA-CTCAACTA
66 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTACCAAATCAGTTCAAATA
* * * ** **
17038966 GTTTAA-A-TAATT-----A-TAACTATTTTAAATCATTATGATTTTTTGT
131 G-TTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGT
* * ** *
17039009 TTTGTAATAAAATAATCATTTCAGTT-ACTATAAGCTTATTT-GAAGTAAAATAATACTAATTTA
1 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA-TACAAGCTTATTTAGAA-TAAAATAATACTAATTTA
* * * * ** *
17039072 TTAATATTCCAAGAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAA-AGAATATGTTTATTAAATAAGTTCA
64 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-AATATG-TTACCAAATCAGTTCA
* ** * * **
17039136 AATAGTTATA-ACTATCTGAACAATTATCCGTTTCAAAATATTATGACCTTTCAT
127 AATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGT
* * * * * *
17039190 TTTCTCATAAAATAATTGATTC-GTTTCATGCAAGTTTATTTCA-AATTAAATAATA-TAAATTT
1 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAG-TTCATACAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATACT-AATTT
* * * * * * **
17039252 ATTAATGTTCCAAAAATTAATAAGCAA-AAATTTTAAAAATAAATCTAT-TTTCTGAA-CACGTT
63 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA--TATGTTACCAAATCA-GTT
* * *
17039314 CAAATAGTTATA-ACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGT
125 CAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGT
* * * * *
17039370 TTTGCCATAAACCAATTGTTTCTA-TTCATACAATCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
1 TTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * ** * *
17039434 T--TATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAATTTAAATATGTTTA-CAGAGTGAGTTCAA
65 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATG-TTACCA-AATCAGTTCAA
* * ** * *
17039496 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATTATCTTTTGT
128 ATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGT
* * *
17039549 TTTGTCATAAAAC-ATTGTTTTTA-TTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAT
1 TTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * ** * * *
17039612 CAATA-TT-ATAAAATTGATGAGTTGGAGATTT-AAAAATAAAGT-TCTTGACTAAA-CAAGCTC
65 TAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TATGTT-ACCAAATC-AGTTC
* * * * **
17039672 AAATTA-TCACA-TCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTGTTATGATATTTTGT
126 AAA-TAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGT
* * ** * * * * *
17039727 TTTGTTATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAAATTGTTCAGAATAAAATAGTACTAGTTTGT
1 TTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * *
17039791 TAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTACAAAACCAATTCAAA
65 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATG-TTACCAAATCAGTTCAAA
* * * * * *** *
17039852 TAGCTAGGACTATTTGAACAATAAGCTATATCAAATCACTATGA--TCTTGT
129 TAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGT
* * * * * * * * * *
17039902 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGATTATTCAGAGTAAAACATTGCTAAATGAA
1 TTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * *
17039966 TAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTGAGAAATAAATATGTTTCCTGAACCAATTCAAA
65 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTACC-AAATCAGTTCAAA
** * *
17040031 TAGTTAAGACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTGT
129 TAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGT
*
17040083 TTAGTCATAAAA
1 TTTGTCATAAAA
17040095 GAAATCTGTT
Statistics
Matches: 1935, Mismatches: 420, Indels: 275
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
164 4 0.00
165 101 0.05
166 4 0.00
167 1 0.00
169 2 0.00
170 62 0.03
171 13 0.01
172 9 0.00
173 18 0.01
174 131 0.07
175 261 0.13
176 80 0.04
177 137 0.07
178 189 0.10
179 309 0.16
180 272 0.14
181 272 0.14
182 66 0.03
183 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATT
AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTACCAAATCAGTTCAAATA
GTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGT
Found at i:17038705 original size:354 final size:354
Alignment explanation
Indices: 17037642--17040094 Score: 1049
Period size: 355 Copynumber: 6.9 Consensus size: 354
17037632 TTATTTAGGT
* * * * *
17037642 TAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATGT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA--ATTAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAATTT
* * * * * * * * ** * * * ** *
17037707 -GTTAC-CAAGTCAGTTCAAATAGTTAAGAATGTTAAAATAATTATATATTTCAAATTATTTTGA
63 ATTTACGTAAATAAATT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAATTCAAATCGTTATGA
* * * * *
17037770 CCTTTAG-TTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAA-AAAATAATAC
127 CATTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTA-TTAAAATAAAATAATAC
* * * * ** * *
17037833 TTATTTATTAACA-TTGAAGAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAA
190 TAATTTATTAATATTTCAA-AAATTAAT----AAGTGGGTT-AAAAAATAAATATATTTATCAAA
* * ** * * * * * * *
17037897 CAAGTTTAAATAGATT-TTACAATTTGGACAATTATCTATTTAAAGTTGTTATGACCTTTTATTT
249 CCAGTTCAAATA-ATTAAGACCATTAGAACAACTATCTATTCAAA-TTGTTATGACCTTTTGTAT
** * * **** * * * * *
17037961 TGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAAACGTATCCAAAA
312 AATCATAAAATAATTATTTTACAACATACAAGCTTATTCGAAA
* * * **
17038004 TAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAACTA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA--ATTAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA
* * ** * *
17038069 TTTTCTTAAATAGCTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATAT-TAATCTCAAATCGTTATGAT
64 TTTACGTAAATAAATTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAAT-TCAAATCGTTATGAC
* * * * * *
17038133 A-TTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTTGGATCATACAAGCTTATTTAGATAAAAATAATATTA
128 ATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTAAAAT-AAAATAATACTA
* ** * *
17038197 ATTT-TAAAATATTTCAAAAA-TAATAAAAGGTTTAAAAAATAAATATATTTATCGAACCAGTTC
192 ATTTAT-TAATATTTCAAAAATTAATAAGTGGGTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACCAGTTC
* * * * * * * *
17038260 AAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTGAAATTGTTCTGACCTTTTGTTTAATCATAGA
256 AAATAATTAAGACCATTAGAACAACTATCTATTCAAATTGTTATGACCTTTTGTATAATCATAAA
* *** * *
17038325 ATAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGAAA
321 ATAATTATTTTACAACATACAAGCTTATTCGAAA
* * *
17038359 TAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAGATTTGT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTAT
* * * *
17038423 TTAC-TAAATAAATTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTACTTAAAATCATTACGACA
65 TTACGTAAATAAATT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAATTCAAATCGTTATGACA
* *
17038487 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATA-AATGCTTATCCAAAATAAAATAATACTA
129 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAA-GCTTAT-TAAAATAAAATAATACTA
* *
17038551 CTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGGGTTAAAAAATAAAT-TAGTTTA-CTAAATCAGTT
192 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGGGTTAAAAAATAAATATA-TTTATC-AAACCAGTT
* * * * *
17038614 TATATAATTATGGCCATTTA-AACAACTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTG-AT-ATCAT
255 CAAATAATTAAGACCA-TTAGAACAACTATCTA-TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTATAATCAT
*
17038676 AAAATAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTCGAAA
318 AAAATAATTATTTTACAACATACAAGCTTATTCGAAA
** * *
17038713 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-ATGAATTAA-TAAGAGATTCAAAAAATAAATTTATT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATT
* * * * * * * *
17038776 TATCGT-ACT-AGTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACT
66 TA-CGTAAATAAATT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAATTCAAATCGTTATGACA
* * * * ** * *
17038838 TTTTATTCTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAACTTATTTGGAATAGAATAAAACTAA
129 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTA-TTAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
17038903 TTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAATTTTATTTACTC-AACTAG
193 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT--G-G-GTTAAAAAATAAATATATTTA-TCAAACCAG
* * ** * * *
17038967 TTTAAATAATTATA-ACTATTTTAA-ATC-AT-TA-T--GATT-TTTTG---TTTTG--T-A--A
253 TTCAAATAATTA-AGACCATTAGAACAACTATCTATTCAAATTGTTATGACCTTTTGTATAATCA
* * ** * * *
17039016 TAAAATAATCATTTCAGTTAC-TATAAGCTTATTTGAAG
317 TAAAATAATTATTTTA-CAACATACAAGCTTATTCGAAA
* * * * *
17039054 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAGAATTAA-TGAGTAAGAGAATTAAAAAA-AGAATA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AA--AATTAAGCAAGAGATTTAAAAAATA-AATT
* * * * * *** *
17039117 TGTTTA-TTAAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATCTGAACAATTATCCGTTTCAAAAT-ATTAT
62 TATTTACGTAAATAAATT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAATTC-AAATCGTTAT
* ** * * * * * * * *
17039180 GACCTTTCATTTTCTCATAAAATAATTG-ATTCGTTTCATGCAAGTTTATTTCAAATTAAATAAT
125 GACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAG-TTCATACAAGCTTA-TTAAAATAAAATAAT
* * **** * * *
17039244 A-TAAATTTATTAATGTTCCAAAAATTAATAAGCAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTT-TCTGA
188 ACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---TGGGTTAAAAAATAAATATATTTATC-AA
* * * * *
17039307 A-CACGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTA-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTG
248 ACCA-GTTCAAATAATTA-AGACCA-TTAGAACAACTATCTA-TTCAAATTGTTATGACCTTTTG
* *** ** * ** * *
17039369 TTTTGCCATAAACCAATTGTTTCTA-TTCATACAATCTTATTCAAAA
309 TATAATCATAAAATAATTATTT-TACAACATACAAGCTTATTCGAAA
* * * * ** * *
17039415 TAAAATAATACTAATTTATT--TATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAATTTAAATATG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA--ATTAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA
* * * * * * *
17039478 TTTAC--AGAGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATTA
64 TTTACGTA-AATAAATT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAATTCAAATCGTTATGA
* * **
17039541 TC-TTTTGTTTTGTCATAAAAC-ATTGTTTTTA-TTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATA
127 -CATTTTGTTTTATCATAAAACAATTG-TTTTAGTTCATACAAGCTTA-TTAAAATAAAATAATA
* * * * * *
17039603 CTAATTTATCAATA-TT-ATAAAATTGATGAGTTGGAGATTTAAAAATAAAGT-TCTTGA-CTAA
189 CTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAG-TGG-G-TTAAAAAATAAA-TATATTTATC-AA
* * * * * * * * ** *
17039664 ACAAGCTCAAATTATCACA-TCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTGTTATGATATTTTGTT
248 ACCAGTTCAAATAATTA-AGACCATTAGAACAACTATCTA-TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTA
** * * * ** ** *
17039728 TTGTTATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAAATTGTTC-AGAA
311 TAATCATAAAATAATT-ATTTTACAACATACAAGCTTATTCGA-AA
* * * * * *
17039772 TAAAATAGTACTAGTTTGTTAATATTTC-AAAAATTAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATT
* ** * * * * **
17039835 TAC-AAAACCAATTCAAATAGCTAGGACTATTTGAACAATAAGCT-ATATCAAATCACTATG--A
66 TACGTAAATAAATT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAAT-TCAAATCGTTATGACA
* * * * * * * *
17039896 TCTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGATTATTCAGAGTAAAACATTGCTA
129 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTG-TTTTAGTTCATACAAGCTTATT-AAAATAAAATAATACTA
* * * * * * * * * *
17039960 AATGAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTGAGAAATAAATATGTTT-CCTGAACCA
192 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT--G-G-GTTAAAAAATAAATATATTTATC-AAACCA
* * * * * * * * *
17040024 ATTCAAATAGTTAAGACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTAGTC
252 GTTCAAATAATTAAGACCATTAGAACAACTATCTA-TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTATAATC
17040089 ATAAAA
316 ATAAAA
17040095 GAAATCTGTT
Statistics
Matches: 1636, Mismatches: 347, Indels: 222
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
341 55 0.03
342 3 0.00
343 5 0.00
344 11 0.01
345 78 0.05
346 100 0.06
347 9 0.01
348 5 0.00
350 2 0.00
351 107 0.07
352 57 0.03
353 92 0.06
354 193 0.12
355 247 0.15
356 164 0.10
357 134 0.08
358 59 0.04
359 97 0.06
360 9 0.01
361 94 0.06
362 106 0.06
363 9 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (354 bp):
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATT
TACGTAAATAAATTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAATTCAAATCGTTATGACATT
TTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTAAAATAAAATAATACTAATTT
ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGGGTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACCAGTTCAAATA
ATTAAGACCATTAGAACAACTATCTATTCAAATTGTTATGACCTTTTGTATAATCATAAAATAAT
TATTTTACAACATACAAGCTTATTCGAAA
Found at i:17038989 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 17038961--17038998 Score: 58
Period size: 19 Copynumber: 2.0 Consensus size: 19
17038951 TTATTTACTC
17038961 AACTAGTTTAAATAATTAT
1 AACTAGTTTAAATAATTAT
* *
17038980 AACTATTTTAAATCATTAT
1 AACTAGTTTAAATAATTAT
17038999 GATTTTTTGT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 17 1.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.08, G:0.03, T:0.45
Consensus pattern (19 bp):
AACTAGTTTAAATAATTAT
Found at i:17040743 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 17040196--17043625 Score: 2344
Period size: 181 Copynumber: 19.1 Consensus size: 181
17040186 TAATTGTTCC
* * * * * * ** *
17040196 AAAATAAAATAATATTACTTTATTAAT-TTTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAGATAA
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAT-GAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
** * * * * * * * *
17040260 ATCAGTTTATTGAATCAA-TTCAAATAATTATGGCCATTCGAAGAATTATCTATTTCAAATTGTT
65 ATTTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATT
* * * ** *
17040324 ATGAAAC--TT-TTTTGTCATAAAACAATTATTTTT-TGTCATAAAAGCCAATTC
129 ATG-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT-TCATACAAGCTTATTT
* * * *
17040375 AAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATATT-TCAAATTTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAA
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
17040439 TCTATTTACTAAACTAGTTCAAATCAG-TATGACTATTTGAATAATTATATATTTAAAATCT-TT
66 TTTGTTTACTAAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-TATT
* * * * * *
17040502 AT-AGCCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTATGTTCACACAAGCTTATTT
129 ATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTT
* * * *
17040555 AGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAA
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * *
17040620 TTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATATTTATCTATTTCAAATTATTAA
66 TTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTAT
** * * * ** *
17040685 GACCTTTTGTTTTGTTGTAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAATTTGTTT
131 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTT
** * * * *
17040736 GGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAACA-T--TAA-TAAGACATTT-AAAAATAAA
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * *
17040796 TATGTTTACCAAACTAGTTCAATTAGTTATAAC-ATTTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTA
66 TTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTA
* ** * * * * *
17040860 TGACCATTTGTTTTGTCATAAGGCAATTGTTTCTATTGATATAATCTTATTC
130 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTT
* * * * * * ** *
17040912 AGAATAAAGTAATCCTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAGGTAATTGATTTAAAAAATGAA
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
** * * * * * *
17040977 TTTGTTGGCCTAACCAAAG--CAAATAGTTATGACTGTTTAAACAATTGTCTATTTAAAATTGTT
66 TTTGTT-TACTAAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATT
* * **
17041040 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTAAAT
129 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTT
* * ** * **** * * * *
17041093 GAAATAACATAATTTTAATTTATCAATATCCCAAAAATTAATAAGTAAGACATTTAACAACTGAA
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * ** *
17041158 TCTGTTTA-TCAAAAAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAACTACCTATTTCAAACCACTA
66 TTTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTA
* * * * * *
17041222 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTCTCTTCGTATAAGCTTATTT
130 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TATTCATACAAGCTTATTT
* * * ** * * * *
17041275 CAATTAAAATTATAGAAATTTATTAATACTCA--AACACTTAATAGGTAAAAGATTTAAAAAATA
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTATGAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * ** * *
17041338 AATTTGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGCTGTGGTTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
64 AATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATT
* * * * **
17041403 ATGACCTTTCGTGTTGTCATAAAA-AATTATTTTAATTCATTTAAGCTTATTT
129 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTT
* ** * * * * *
17041455 GAAATAAAATAATTTTAGTTTATTAATATTCA--AAATACTAATGATTAAGAGATTTAAAAAATG
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-ATGAAA-ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * * * * **
17041518 AATCTGTTTACTAAATAAGTTCAAACAGTTATGGCTATTTGAATAATTATTTATTCCAAATTGCT
64 AATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATT
* * *
17041583 A-GAACCTTTTGTTTTGTCCTAAAGCAATT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTT
129 ATG-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTT
* * * * * *
17041635 CAAATGAAATAATACAAATTTATTAATATTCA-GACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATG
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-ATGAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATA
* * * * * **
17041699 AATCTGGTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACATTTATCTATTTCAAATCGTT
64 AATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATT
* * * *
17041764 ATGACC-TTT-ATTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTT
129 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTT
** *** * *
17041815 TGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAATAA
1 AAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTATGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * *
17041878 ATATGTTTA-TAAAACATGATC----AGTTATGACTATTTGAACAATTATTTA-TTCAAA-TATT
65 ATTTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATT
* * * *
17041936 -TAGACCTTTTGTTTTGTCACAAACCAATTGTTTCTAGTCATACAAGCTTATTT
129 AT-GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTT
* * *
17041989 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * ** * * *
17042053 TTTGTTTA-TCGAGCAAACTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATTTAGTTCAAA-TAGTT
66 TTTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTA-TT
* * * *
17042116 ATGATCTTTTATTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT-TTT
129 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTT
* * * *
17042168 CATAATAAAATAGTACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAA
1 -AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * *
17042233 ATATGTTTATCT-AACAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGAACAATTA-CTTATTTCAAATCAT
65 ATTTGTTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATTAT
* * * * ** *
17042296 TATGACATTTTGTTTTATCGTAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAAATTATTC
128 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTT
* * * * *
17042350 AAAATTAAAATAATATTGA-TTATTAATATTTTGGAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAA
1 AAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * *
17042410 ATCTATTCTTTACCT-AGCTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAGTTATCTATCTCAAATT
65 A--T-TTGTTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATT
* * * * * * * *
17042474 GTTATGATC-TTTATTTTGTTATAAAACAATTATTTCTT-TCCATGCAAGCTTATTC
126 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTATTCATACAAGCTTATTT
* * * *** * *
17042529 AAATTAAAATAATACTAATATAATAATATTCCAAAAATTAATACGTAAGAAATTTAAAAAATAAA
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * * *
17042594 TGTGTTTGCCCAATC-AGTTCAAATAGTTAAGACCAGTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTT
66 TTTGTTT-ACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTA
** * * ** * * * *
17042658 TGACCTTTTGTTTACTCATAAAATAATTATTTCAATTTATAAAAACTTATTC
130 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTT
* * * * *
17042710 AAAATAAGATAACACTAATTTATTAACATTCA-AAAAATTAATAAGGAAGCA-ATTTGAAAAAAT
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-ATGAAAATTAATAAGTAAG-AGATTT-AAAAAAT
* * * * * * * *
17042773 AAATTTG-TTAATCGAATAAGTTCAAATAGATATGAATGTTTGAACAATTATCTATTTAAAATTG
63 AAATTTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTA
* * * * * * * * *
17042837 TTTTGACCTTTTGTTTTGTCAAAAAATAATT-CTCTCAGTTCATAAAAACTTACTT
127 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTT
* * * * * * *
17042892 GAAATAAAATAATATTATTTTATTAATATT-TAAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAA
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAT-GAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * ** *
17042956 AGTTGTTTTCTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT-TAAGCTCAAATTGTT
65 ATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATTATT
* * *
17043020 ATGATC-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTCGATT-ATACAAGCTTA-TT
129 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TATTCATACAAGCTTATTT
* ** *
17043071 CAAATAAAAATAATACTAATTTAACAATATT-TAAAAAATTAATAAGTAAGCAG-TTTAAAAAAT
1 AAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTAT-GAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAAT
* * ** ** * * * * * * * * *
17043134 AAATGTGTTTGCCGAATTAGTTCAAATAATTAAGACCATTAGAATAATGATCTATTTTAACTCAT
63 AAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTAT
* * * * * **
17043199 TTTGACCTTTTGTTTAGCCATAAAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTT
128 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTT
* * * * * *
17043253 GATATAAAATAATACTAATTTATTAACAATCA-AAAAATT-ATAAG-CAGAGGATTTGAAAAAAT
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTATGAAAATTAATAAGTAAGA-GATTT-AAAAAAT
* * * * * * * * * **
17043315 TAATCTATATACTGAACAAGTTAAAATAGTTATAATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGT
63 AAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTAT
* * * * * * **
17043380 TATGAACTTTTGTTTTCTGATAAAATAATTG-TTTTAGTTAATAAAAGCTTATCC
128 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTT
** * * * * * *
17043434 AAAATAAAATAACGCTACTTTATTAATATT-TCAAAATTTAATAAGTACGAGGTTTAACAAATTA
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * *
17043498 ATTAGTTTACCAAATC-AGTTCAAATAATTAT-AGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAACTGT
65 ATTTGTTTACTAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTAT
* * * * * *
17043561 AATTACCTTTTATTTTTGTCATAAAACAATTATTTTT-TACCATACAAGCTTCTTT
128 TATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT-TCATACAAGCTTATTT
17043616 AAAATAAAAT
1 AAAATAAAAT
17043626 CATTATTACA
Statistics
Matches: 2547, Mismatches: 596, Indels: 213
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
171 1 0.00
172 6 0.00
173 24 0.01
174 113 0.04
175 2 0.00
176 128 0.05
177 34 0.01
178 137 0.05
179 128 0.05
180 652 0.26
181 955 0.37
182 337 0.13
183 30 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
TTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTAT
GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTT
Found at i:17043988 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 17043622--17045348 Score: 1097
Period size: 181 Copynumber: 9.7 Consensus size: 178
17043612 CTTTAAAATA
* * * * ** * ** *
17043622 AAATCATTATTACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTCAACATATAAACTTATTTGAAA
1 AAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTT-TTCATACAAGTTTATTTAAAA
* *
17043687 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAA-T--TAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
65 TAAAATAATACTAATTTAATAATATTT-AAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* * * * *
17043749 TTGTCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TCATACAATTATCTATTTC
129 TTATCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGA-ACAATTATCTATTTC
* * * ** *
17043799 AAATTGTTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAGTAATTATTTTTTTCATTCAAGTTTATTTAAAAT
1 AAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTTTCATACAAGTTTATTTAAAAT
* * *
17043864 AAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTCATAGCTAAAAGATTTAAAAAATAAATCCA
66 -AAAATAATACTAATTTAATAATATT-TAAAAATTAATAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
** * *
17043929 TTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATAAATAATTATCTATTTC
128 TTTATCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTC
* ** * *
17043980 AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGCTCATACAAGTTTATTCATAA
1 AAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT-TTTCATACAAGTTTATTTAAAA
* * * *
17044045 TAAAATAAAACTAATTTATTAATATTATAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTA
65 TAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * * * *
17044110 TTTAAT-GAACCAGTTTAAATACTTATA-ACTATTTGAATAATTATTTATTTC
128 TTT-ATCAAACCAATTCAAATAGTTA-AGACTATATGAACAATTATCTATTTC
* * * * * *
17044161 AAATCATTATTA-CTTTCTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAA
1 AAATTATTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTT-TTCATACAAGTTTATTTAAA
** * * * *
17044224 ATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTAAAAAATTAATAATTAATAGATTTAAAAAGTAAATTT
64 ATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT-AAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * ** * *
17044289 GTTAATCAAACCATTTTAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTT-
127 ATTTATCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * * * * **
17044340 TAATCATTATAACCCTTTGTTTTGTCATCAAACAATTGGTTATATTCATACTATTTTATTTGGAA
1 AAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTTTTTCATACAAGTTTATTTAAAA
** *
17044405 TAAAATAATACTAA-TT--T-A-A--T---AA-CCA-AG-AA-A-A-TTAAAAAATAAATCTAAT
65 TAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATT
** *
17044454 TGCCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTAAATGAACAATTATC-ATGTTC
130 TATCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTAT-TTC
* * * *
17044503 -ATTTCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTGTTT-GTACAAGCTTATTTAGA
1 AAATT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT-TTTCATACAAGTTTATTTAAA
* * * * *
17044566 TTAAAATAATGCAAATTAAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAATAAAT
64 ATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTTAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTT--AAAAAATAAAT
* * *
17044631 GTGTTTATCAAACCAATTCAAATGGTTAAGACTATGA-GAACAATTATCTATTTC
125 CTATTTATCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTAT-ATGAACAATTATCTATTTC
* * * * * ** * * * *
17044685 AAATTGTTCTGACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTACTCAGAA
1 AAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TTTTCATACAAGTTTATTTAAAA
* * * * ** * *
17044750 TAAATTAACACTAATTTATTAACA-TTAAAAAAAAATAATAAAGAGATTT--AAAA-AAATATAT
65 TAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAATTAATAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* * * ** * *
17044811 TTA-CTGAACAAATGCAAATAGTTATTACTACT-TGAACAATTGTCTATTTA
129 TTATC-AAACCAATTCAAATAGTTAAGACTA-TATGAACAATTATCTATTTC
* * * * * ** * ** ***
17044861 AAATCATTCTGACATTTTGTTTTATCATAAAATAATGT-TTCTAGTTAATACAAGCATAAACAAA
1 AAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TATT-TTTTTCATACAAGTTTATTTAAA
* * * *
17044925 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
64 ATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT-AAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * * *
17044990 GTTTA-CTGAATCAATTAAAATA-ATAATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTC
127 ATTTATC-AAACCAATTCAAATAGTTAA-GACTATATGAACAATTATCTATTTC
*** * * * * * *
17045042 AAAACGTTATGACCTTTTGTTTGGTTATAAAACCATTGTTTTTTATCATAAAAGTTTATTTGAAA
1 AAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTT-TCATACAAGTTTATTTAAAA
* * * * * *
17045107 TAAAATAATACTAATTTATTAACATTTTGACAATTAATAAGTAAGAGATCTAAAAAATAAATCTG
65 TAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTTAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * ** * * *
17045172 TTTACCAAACCGATTCGAATAGTTGTGACTATTTGAATAATTATCAATCTT-
128 TTTATCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTAT-TTC
* * * * ** * ** * * * ***
17045223 AAATTGTCATGATC-TTTGTTTTGCCATGTAACAATTGTTTCTGATCGTAGAAGCTTATTT-TGT
1 AAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TTTTCATACAAGTTTATTTAAAA
* * *
17045286 TAAAAATAATACTAATTTAATAACATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
65 T-AAAATAATACTAATTTAATAATA-TTTAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
17045349 GTGTTTGTCG
Statistics
Matches: 1227, Mismatches: 253, Indels: 137
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
161 2 0.00
162 78 0.06
163 33 0.03
164 1 0.00
165 3 0.00
166 2 0.00
167 1 0.00
168 1 0.00
169 2 0.00
170 1 0.00
173 3 0.00
174 1 0.00
175 2 0.00
176 130 0.11
177 77 0.06
178 19 0.02
179 30 0.02
180 272 0.22
181 416 0.34
182 116 0.09
183 37 0.03
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
AAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTTTCATACAAGTTTATTTAAAAT
AAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
ATCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTC
Found at i:17045460 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 17045439--17045488 Score: 75
Period size: 18 Copynumber: 2.8 Consensus size: 18
17045429 TAGTTATGAC
17045439 TATCTAAACAATTATCTA
1 TATCTAAACAATTATCTA
17045457 TATCTAAACAATTATCTA
1 TATCTAAACAATTATCTA
* *
17045475 TTTCAAAAC-ATTAT
1 TATCTAAACAATTAT
17045489 GATCTTTTGT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 1
0.91 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
17 5 0.17
18 25 0.83
ACGTcount: A:0.44, C:0.16, G:0.00, T:0.40
Consensus pattern (18 bp):
TATCTAAACAATTATCTA
Found at i:17047462 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 17046645--17049624 Score: 2148
Period size: 180 Copynumber: 16.6 Consensus size: 181
17046635 AATAGGTTAA
* * * *
17046645 TAATTTTT-GAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATT-TTAGATAAG-TTCTTATGAACT-TA
1 TAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA-ATAAGCTT-GTATGAA-TAGA
* * * * * * * *
17046706 AATAATTGTTCTATGACAAAACAAAAAGG-AAAAATCATTTTAAATTGATAATTGTTCAAATATT
62 AACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
17046770 CATATGC-ATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCGCTTGCTTAT
126 CATA-ACTATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTAT
** * * **
17046827 TAATTTTTTTAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAATTTGTATGAACTA-AAA
1 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAA
* * * * * * ** *
17046890 TAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAACATATAATTGTTTTAATAGTCTT
64 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
** * * * * * *
17046955 AACTATTTGAACTGGTTTGACAATCACATATATATTTTTTAAATTTCTTACCTAT
129 AACTATTTGAACTTATTCGATAA--ACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * *
17047010 TAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACA
1 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* ** * * * ** ** *
17047075 ATTGTTCTATGATGAAA-TAATGATCATAACAATTTGGGATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAA
66 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * *
17047139 TTCTTTAAAC-TAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTAT
131 CTATTTGAACTTA-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * *
17047186 TAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCTAAATAATTCTT-TATGAATAGAAA
1 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTGAATAA-GCTTGTATGAATAGAAA
* * * * * * *
17047250 CAACTATTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAACTATTCAAATGGACAT
64 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * *
17047315 GACTATTTGAATTTATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTAT
129 AACTATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * *
17047368 TAATTTTTAGAATATTAATAAGTTAGTACTATTTTATTCCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACA
1 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * * *
17047433 ATTATTTTCTAACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATATGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
66 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* ** * *
17047497 AGTATTTGCGCTTGATT-GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
130 ACTATTTGAACTT-ATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * *
17047549 TAACTTTTAG-A-A-TAGT--ATTA-T-TT-TTTGT-TT-TGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC
1 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTT-TATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
* * * * * * *
17047604 AATTGGTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACT-TTTTTAAATACATAATTGTTCAAATAGTTAA
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * * * * *
17047668 AACTATTTAAACGTGTTCAAAAAATAAATTTATGTTTTAAAT-TTTTATTTGT
129 AACTATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * ** *
17047720 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAG
1 TAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-
** * *
17047783 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTTAAATAGTCAT
64 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * *
17047847 CACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTAA
129 AACTATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * **
17047900 TAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATT-TGGAATAAGCCTATATGAACTA-ATG
1 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAA
** * * * *
17047963 CAATTGTTTTATGATGAAACAAAAAGTTATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTA
64 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * * *
17048027 TGACTATTTGAATTTATTTGATAAATAGATTTA-CTTTTAAATCTTTTACTTAA
128 TAACTATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * * * * *
17048080 TAATTGTCT-GAATATTAATAGATTTGCAATGTTTTATT-TGAAATAAGTTTCTATAAATAGAAA
1 TAATT-TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* * * * *** *
17048143 AAATTATTTTATGGCAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
64 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * * *
17048208 AACTTTTTAAACTTGTTCAATAAATAGATTCATTTTTTAGA--TC-T-CTTAT
129 AACTATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * *
17048257 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTTGAATAAGTTTCTATGAATAGAAACA
1 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * * * *
17048322 ATTGTTTTACGATAATACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATAA
66 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
** ** * *** ** * *
17048387 CTATTTGCCCTCGTTAGGCCAACAGTTTTATTTTTTAAATCTATTATTTAT
131 CTATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * ** * * *
17048438 TAATTTTCAAAATATTAAT-AATTAGCATTATTTTATTCCAAATAAGATAGTATGAACAGAAACA
1 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * * * * * *
17048502 ATTGTTTTATGACAAAACAAATGATCTTAACGATTTAAAATAAATAATTTTTCAAATAGTTATAA
66 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * *** *
17048567 GTAATTGAAC-TAGTTC-AGTAAATGGATATATTTTTTTAAATCTCTTACTTAT
131 CTATTTGAACTTA-TTCGA-TAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * ** * * * *
17048619 TAATTTTTAAAATATTAATACATTAATATTATTTTATTCCAAATAATCTTATATGAACAAAAACA
1 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * * * *
17048684 TTTGTTTTAAGACAAAAAAAAAGGTCATAAGGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAA
66 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * ** * ** *
17048749 TTATTTAAACTGGTTTGGCAAACATAA-TTAATTTTTAAATCTCTTACTTAT
131 CTATTTGAACTTATTCGATAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * *
17048800 TGA-TTTTGGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATT-TCGAAT-ATCGTAGTAAGAACT-G
1 TAATTTTTAG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGC-TTGTATGAA-TAG
* * ** * * * * *
17048860 AAAAAATTGTTTTACGAC-AAACTCAAGGTCATAACGATTTGAAATAAAGAATTGTTCACATAGC
61 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
17048924 CTTAA-TATTTGAAC-TAGTTTGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCGCTTAGTTAT
126 CATAACTATTTGAACTTA-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * * * *
17048979 TACTTTTTAGAATATTATTACATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTATATGGATAGAAATA
1 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * * * * ** * * * *
17049044 ATTGTTTTATTATAGAATAAAAGGTTACAACAATTTGAAATATATAATTGTGCAAATAATAATAA
66 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * *
17049109 CTATTTGAACTGATTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAGATCTCCTACTTAT
131 CTATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * *
17049160 TAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTTGAATAGGTTTGTATG-ATGAAAAA
1 TAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAA
* * * ** *
17049222 CAATTATTTTATGACAAAATAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GGCTA
64 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-A
* * * ** *
17049286 TAATTTTTTGAACTAATTCGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTAT
128 TAACTATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * *
17049340 CAATTTTT-GAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTATG-ATAAGCTTTTATGAATTGAAA
1 TAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* * * * * ** *
17049403 TAATTGTTTTATGATAAAATAAAAAGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTTGAATAATCAT
64 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * *
17049468 AACTATTTGAA-TTGTTC-AGTATACTAATTTATTTTTT-AATTTCTTAGTTAT
129 AACTATTTGAACTTATTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * *
17049519 TAATTTTTTA-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAATTA-AAA
1 TAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAA
* ** * *
17049582 CAATTATTTTATGATTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAAT
64 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
17049625 TTATTTAGTA
Statistics
Matches: 2197, Mismatches: 514, Indels: 177
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
171 18 0.01
172 103 0.05
173 6 0.00
174 5 0.00
175 1 0.00
176 42 0.02
177 168 0.08
178 88 0.04
179 255 0.12
180 639 0.29
181 465 0.21
182 314 0.14
183 80 0.04
184 13 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
CTATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
Found at i:17049675 original size:148 final size:146
Alignment explanation
Indices: 17049494--17049772 Score: 407
Period size: 148 Copynumber: 1.9 Consensus size: 146
17049484 CAGTATACTA
* * * *
17049494 ATTTATTTTTTAATTTCTTAGTTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
1 ATTTATTTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTT
* * * *
17049559 GAATAAGCATGTATGAA-TTAAAACAATTATTTTATGATTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAA
66 GAATAAGCATGTATAAACTT-AAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAA
17049623 ATTTATTTAGTAAATAG
130 ATTTATTTAGTAAATAG
* *
17049640 ATTTATTTTTTAAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTTAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATT
1 ATTTATTTTTT--AATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATT
* * *
17049705 TTGAATAAGCTTGTATAAACTTACATAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGA
64 TTGAATAAGCATGTATAAACTTAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGA
17049770 AAT
129 AAT
17049773 AGATAATTGT
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 13, Indels: 4
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
146 11 0.09
148 104 0.89
149 2 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.05, G:0.09, T:0.48
Consensus pattern (146 bp):
ATTTATTTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTT
GAATAAGCATGTATAAACTTAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAA
TTTATTTAGTAAATAG
Found at i:17050004 original size:176 final size:180
Alignment explanation
Indices: 17049634--17050008 Score: 429
Period size: 176 Copynumber: 2.1 Consensus size: 180
17049624 TTTATTTAGT
**
17049634 AAATAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTTAATATTAATAAATTAGTATTAA
1 AAATAGATTTATTTTTTAAAA-CTC-TTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAA
* * * * * * *
17049699 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATAAACTTACATAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATG
64 TTTAATTAGAATAAGCTTGTATAAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACG
** ** *
17049764 ATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACCAATAGAACTAATTTGGT
129 ATTTGAAATAGATAATCATTCTAATAGTCTTAACCAATAGAACTAATTCAGC
* * * * *
17049816 AAACAAATTTATTTTTT-AAA-TC-TCTTATTAATTTTTGAAATATTATTTAATTGGTATT-ATT
1 AAATAGATTTATTTTTTAAAACTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAATT
* * *
17049877 CTAATTAGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTATTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAACGA
66 -TAATTAGAATAAGCTTGTATAAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACGA
* * * *
17049941 TTTGAAATAGATAATCATTCATAA-AGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGC
130 TTTGAAATAGATAATCATTC-TAATAGTCTTAACCAATAGAACTAATTCAGC
*
17049992 AATTAGATTTATTTTTT
1 AAATAGATTTATTTTTT
17050009 TAATTTTCTC
Statistics
Matches: 162, Mismatches: 29, Indels: 10
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
176 87 0.54
177 55 0.34
179 2 0.01
181 3 0.02
182 15 0.09
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
AAATAGATTTATTTTTTAAAACTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAATT
TAATTAGAATAAGCTTGTATAAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACGAT
TTGAAATAGATAATCATTCTAATAGTCTTAACCAATAGAACTAATTCAGC
Found at i:17050840 original size:361 final size:355
Alignment explanation
Indices: 17050088--17051817 Score: 1306
Period size: 361 Copynumber: 4.8 Consensus size: 355
17050078 AAATTATGAT
* * *** * *
17050088 TATTTGAACAATTACCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAAATT-T-T
1 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAA-ACAATTGTAT
* * * * * * *
17050151 CTATTCATACAAGCTTTTTTC-AATTAAAATAATGCAAATTTATTAATATT-CAGACAAA-TAAT
64 CAATTCAAACAAGC-TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTCCA-A-AAATTAAT
* * * *
17050213 AAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC
126 AAGTAAAAGATTAAAAAAATAAATTTGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC
* * * * *
17050278 AATTATTTATTTTAAATCA-TTATGA-GTT-TTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCTTCATACAA
191 AATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGACTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
* * * *
17050340 GCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTA
255 GCTTATTTAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AGTAGAA-ATTTAA
* * *
17050405 AAATAAATATGTTTACTAGAGA-AGTTCAAATAATCATAAT
317 AAATAAATATGTTTA-TAGA-ATAATTCAAATAGTCATAAC
* *
17050445 TATTTGAATAATTATCTACTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTAT-A
1 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTATCA
* * * * * ** * *
17050509 AGTTCAAATAGGCTTATTCTAATTAAAAT-ATCACTAATTTATTAATATTCTGAAATTTAATGAG
66 A-TTCAAACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT-ACTAATTGATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* * * * *
17050573 TAAGAGATTAAAAAAAAATGAATTTGTTTACTAAAGAAGTTTAAATAGTTATAACAATTTGAACA
129 TAAAAGATT--AAAAAAATAAATTTGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACA
* * *
17050638 ATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTGGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTATTCATATAA
192 ATTATTTATTTCAAATAGTTATGA-CTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
* * * *
17050702 GCTTATTTTGAAGAAAATAGTATAAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATGAGT-GAAATTTAAA
255 GCTTATTTAGAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AGTAGAAATTTAAA
* * *
17050766 ATATAAATATGTTTTTTGAATACATTCAAATAGTTATAAC
318 A-ATAAATATGTTTATAGAATA-ATTCAAATAGTCATAAC
* * * *
17050806 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTATGATAAACCAA-CGTATC
1 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTATC
* *
17050869 TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
65 AATTCAAACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
* * * * * *
17050934 AAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAATAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATG
130 AAAAGATTAAAAAAATAAATTTGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAAT-
* * *
17050999 T-TTTATTTCAAATAGTTATGGTCTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGT
194 TATTTATTTCAAATAGTTAT-GAC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
* * * *** *
17051063 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTTGCAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAA
257 TTATTTAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-GTA-GAAATTTAAAA
* **
17051128 GATAAATATGTTTACCA-AATAAGTTCAAATAGTCATGTC
319 -ATAAATATGTTTA-TAGAATAA-TTCAAATAGTCATAAC
* * * *
17051167 CATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTCT
1 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTATCA
* * * * ***
17051232 ATTCATATAGAA--TTATTC-AAATAAAATAATATTGATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG
66 ATTCA-A-ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* * * * * * * *
17051294 T----GATT-TAAAACTAAATCTGTCT-CCAAACT-AGTTCGAATAGTTATGACTATTTGAACGA
129 TAAAAGATTAAAAAAATAAATTTGTTTACTAAA-TAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAA
* * * * * *
17051352 TTATTTATCTCAAATTGTTATGATCATTATTTTGTCATACAACAATTGTTTC-ATTTTATACAAG
193 TTATTTATTTCAAATAGTTATGA-CTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAG
* * *
17051416 CTTATTCA-AATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATA--AGAGATTTAAAA
256 CTTATTTAGAA-TAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTAGAAATTT-AAA
** * * * *
17051478 AATAAATATGTTTGCCA-AACCAGTTCAAATAATTA-AGAC
318 AATAAATATGTTT-ATAGAA-TAATTCAAATAGTCATA-AC
* ** * * * * * * *
17051517 TAGTACAGTAATTATCTATTTCAAATTATTTTGACCTTTT-TATTTAATCATAAAATAATTATTT
1 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT-TTT-GTCATAAAACAATTGTAT
* *** * * * * * *
17051581 TAGCACACACAAGCTTATT-AAGAATAAAATAATGCTAGTTTATTAACATTCAAAAAATTAATAA
64 CAATTCAAACAAGCTTATTCAA-AATAAAATAATACTAATTGATTAATATTCCAAAAATTAATAA
* * ** * * * * * * * * *
17051645 GCAAGAGATTTTAAAAA-AAATCTATGTATTAAACAAGTTCAATTAGATATGACTATTTGAGCAA
128 GTAAAAGATTAAAAAAATAAATTTGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAA
* * * * *
17051709 TTATCTATTTAAAATCA-TTTTTACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATTA-
193 TTATTTATTTCAAAT-AGTTATGA-C-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCA-TAC
* * * * *
17051771 AAACTTATCTAAAATAAAACAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAA
253 AAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAA
17051818 CTATTAAGCA
Statistics
Matches: 1105, Mismatches: 207, Indels: 121
0.77 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
349 4 0.00
350 70 0.06
351 28 0.03
352 35 0.03
353 3 0.00
354 75 0.07
355 50 0.05
356 40 0.04
357 142 0.13
358 138 0.12
359 139 0.13
360 75 0.07
361 211 0.19
362 83 0.08
363 9 0.01
364 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (355 bp):
TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTATCA
ATTCAAACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA
AAAGATTAAAAAAATAAATTTGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTA
TTTATTTCAAATAGTTATGACTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
TTAGAATAAAATAATATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTAGAAATTTAAAAATAAATA
TGTTTATAGAATAATTCAAATAGTCATAAC
Found at i:17051075 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 17050088--17052057 Score: 1470
Period size: 180 Copynumber: 11.0 Consensus size: 181
17050078 AAATTATGAT
* * * * * * *
17050088 TATTTGAACAATTACCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAAAT-TTTC
1 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTC
* * * *
17050152 TATTCATACAAGCTTTTTTC-AATTAAAATAATGCAAATTTATTAATA-TTCAGACAAA-TAATA
65 TATTCATACAAGC-TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-A-AAATTAATA
* * *
17050214 AGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATAAC
127 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATAAC
* * * * * *
17050269 TATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCA-TTATGA---GTT-TTTTGTCATAAAACAATTATTTT
1 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* *** * *
17050329 TCTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
65 TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * *
17050394 AAAAGATTT-TAAAATAAATATGTTTACTAGAGAAGTTCAAATAATCATAAT
130 AAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATAAC
* * *
17050445 TATTTGAATAATTATCTACTTCAAATCA-TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTAT-
1 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * * * * *
17050508 AAGTTCAAATAGGCTTATTCTAATTAAAAT-ATCACTAATTTATTAATA-TTCTGAAATTTAATG
65 TA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATA
* * * * * *
17050571 AGTAAGAGATTAAAAAAAAATGAATTTGTTTACTAAAGAAGTTTAAATAGTTATAAC
127 AGTAAAAGATT--TAAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATAAC
* * * *
17050628 AATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTGGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCT
1 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* *** * * * *
17050692 ATTCATATAAGCTTATTTTGAAGAAAATAGTA-TAAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATGAGT
66 ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * ** *
17050756 -GAA-ATTTAAAATATAAATATGTTTTTTGAATACA-TTCAAATAGTTATAAC
130 AAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAATA-AGTTCAAATAGTTATAAC
* * * * *
17050806 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTATGATAAACCAA-CGTATCT
1 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* *
17050870 ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA
66 ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * *
17050935 AAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAATAAGCTCAAATAGTTATGAC
131 AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATAAC
* ** *
17050986 TATTTGAATAATGT-TTTATTTCAAATAGTTATGGTCTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTTTC
1 TATTTGAATAAT-TATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * *** *
17051050 TATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTTGCAAATTAATAGGT
65 TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
** * * * **
17051115 AGGAGATTTAAAAGATAAATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTCATGTC
130 AAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATAAC
* *
17051167 CATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTC
1 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * **
17051231 TATTCATA-TAGAATTATTC-AAATAAAATAATATTGATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG
65 TATTCATACAAG-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * *
17051294 T----GATTT-AAAACTAAATCTGTCT-CCAAACT-AGTTCGAATAGTTATGAC
129 TAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAA-TAAGTTCAAATAGTTATAAC
** * * * * * * *
17051341 TATTTGAACGATTATTTATCTCAAATTGTTATGATC-ATTATTTTGTCATACAACAATTGTTTC-
1 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * *
17051404 ATTTTATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG-
66 A-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * ** *
17051468 ---AGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAATTA-AGAC
130 AAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATA-AC
* ** * * * * *
17051517 TAGTACAGTAATTATCTATTTCAAATTA-TTTTGACCTTTT-TATTTAATCATAAAATAATTATT
1 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGACCTTTTGT-TTT-GTCATAAAACAATTGTT
** * * * *
17051580 T-TAGCACACACAAGCTTATT-AAGAATAAAATAATGCTAGTTTATTAACA-TTCAAAAAATTAA
63 TCTA-TTCATACAAGCTTATTCAA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAA
* * * * * * * * * * *
17051642 TAAGCAAGAGATTTTAAAAA-AAATCTATGTATTAAACAAGTTCAATTAGATATGAC
125 TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATAAC
** * * * *
17051698 TATTTGAGCAATTATCTATTTAAAATCA-TTTTTACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
1 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * *
17051762 -AGTTCATTA-AAACTTA-TCTAAAATAAAACAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAACTATTA
65 TA-TTCA-TACAAGCTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * * * ***
17051824 AGCAAAAGATTCAAAAACTAAAACTAT-TTTTCTAACT-GGTTTAAATAGTTATGGT
127 AGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAA-TATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATAAC
* * ** * * * *
17051879 TATTTGAACAAATATGAATCTCAAATTA-TTATGATC-TTTGTTTTATCATAAAACAATTCTTTC
1 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* *** * *
17051942 TGA-TCATACAAGCTAATT-TGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAATAATTAATAA
65 T-ATTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * *
17052005 G----AGATTTTAAAAAAT--ATGTGTTTGCCAAATCAGTTCAAATAGTTA-AGAC
128 GTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATA-AC
17052054 TATT
1 TATT
17052058 CGTTCTGATC
Statistics
Matches: 1428, Mismatches: 288, Indels: 152
0.76 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
172 1 0.00
173 36 0.03
174 101 0.07
175 42 0.03
176 125 0.09
177 87 0.06
178 201 0.14
179 22 0.02
180 346 0.24
181 304 0.21
182 79 0.06
183 84 0.06
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATAAC
Found at i:17052850 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 17052581--17053236 Score: 554
Period size: 181 Copynumber: 3.6 Consensus size: 180
17052571 AATCAGTATG
* * * * * * ** *
17052581 AGATTTTAAAATTAAATTTATTTA-TCAAACAAATTCAAATAGTTATCACTATTTGAACAATTAT
1 AGATTTAAAAAATAAATCTA-TTAGTCAAACCAGTTCAAATAGTAAAGACTATATGAACAATTAT
* * * *
17052645 CTATATCAAATTGCTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTCTTTCATATAAGTTTAT
65 ATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTCTTTCATACAAGTTTAT
* *
17052710 TCAAAATAAAATAATACTAAATTAATTAATATTATGAAAATTCATAACTAAA
130 TCGAAATAAAATAATACTAAATTAA-TAATATTATGAAAATTAATAACTAAA
* *
17052762 AGATTTAAAAAATAAATCCATTAGTCAAACCAGTTCAAATAGTAAAGACTATATGAAGAATTATA
1 AGATTTAAAAAATAAATCTATTAGTCAAACCAGTTCAAATAGTAAAGACTATATGAACAATTATA
* * ** ** * * *
17052827 TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTATTTCAGCTCATCCAAATTTCG
66 TATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTC-TTTCATACAAGTTT-A
* * * * * * *
17052892 TT-GGAATAAAATAAAACTAATTTAATAATA-TATAAAAAATTTATAAGTAAG
129 TTCGAAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTAT-GAAAATTAATAACTAAA
* * ** * * * * *
17052943 AGAATTAAAAAATAATTCTATTTA-TTGAACTAGTTCAAATAATTATA-ACTATTTAAACAATTA
1 AGATTTAAAAAATAAATCTA-TTAGTCAAACCAGTTCAAAT-AGTAAAGACTATATGAACAATTA
** * * * * *
17053006 TATATTTCAAATCATTATAATCTTTTGTTCTATCACAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTT
64 TATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTCT-TTCATACAAGTTT
* * * *
17053071 ATTCGAAATAAAATAATAC-CAATGTAATAATATTTTGACAATTAATAACAAAA
128 ATTCGAAATAAAATAATACTAAAT-TAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAA
* * * * * *
17053124 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAA-CTGCTTTAAATAGTTAAAG-CTATATGAACAATTA
1 AGATTTAAAAAATAAATCTATTAGTCAAACCAG-TTCAAATAG-TAAAGACTATATGAACAATTA
* * * * * ** *
17053187 TTTATTTCAAATTGTTATGACATTTTATTTTGTTGTAAAACAATTTTTTC
64 TATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTC
17053237 AACTCTTACT
Statistics
Matches: 362, Mismatches: 99, Indels: 28
0.74 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
180 14 0.04
181 309 0.85
182 37 0.10
183 2 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (180 bp):
AGATTTAAAAAATAAATCTATTAGTCAAACCAGTTCAAATAGTAAAGACTATATGAACAATTATA
TATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTCTTTCATACAAGTTTATT
CGAAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAA
Found at i:17053024 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 17052971--17053024 Score: 51
Period size: 17 Copynumber: 3.1 Consensus size: 18
17052961 TATTTATTGA
* *
17052971 ACTAGTTCAAATAATTAT
1 ACTATTTCAAATCATTAT
17052989 AACTATTT-AAA-CAATTAT
1 -ACTATTTCAAATC-ATTAT
17053007 A-TATTTCAAATCATTAT
1 ACTATTTCAAATCATTAT
17053024 A
1 A
17053025 ATCTTTTGTT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 8
0.75 0.05 0.20
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.17
17 10 0.33
18 9 0.30
19 6 0.20
ACGTcount: A:0.46, C:0.11, G:0.02, T:0.41
Consensus pattern (18 bp):
ACTATTTCAAATCATTAT
Found at i:17053264 original size:362 final size:360
Alignment explanation
Indices: 17052614--17053327 Score: 882
Period size: 362 Copynumber: 2.0 Consensus size: 360
17052604 ATCAAACAAA
* * * * ** *
17052614 TTCAAATAGTTATCACTATTTGAACAATTATCTATATCAAATTGCTATAACCTTTTGTTCTGTCA
1 TTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATATATATCAAATCACTATAACCTTTTGTTCTATCA
* * *
17052679 TAAAACAATTATTTCTTTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAAATTAATTAATATTA
66 CAAAACAATTATTTCTTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAATTAATTAATATTA
* * *
17052744 TGAAAATTCATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATCCATTAGTCAAACCAGTTCAAATAGTAAAG
131 TGAAAATTAATAACAAAAAGATTTAAAAAATAAATCCATTAGCCAAACCAGTTCAAATAGTAAAG
* * *
17052809 ACTATATGAAGAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTATTT
196 ACTATATGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGACATTTTATTTTGTTGTAAAACAATTATTT
* * * * *
17052874 CAGCTCATCCAAATTTCGTTGGAATAAAATAAAACTAATTTAATAATATATAAAAAATTTATAAG
261 CAACTCATCCAAATTTCGAT-GAATAAAATAAAACAAATATAATAATATATAAAAAATTAATAA-
17052939 TAAGAGAATTAAAAAATAATTCTATTTATTGAACTAG
324 TAAGAGAATTAAAAAATAATTCTATTTATTGAACTAG
* * *
17052976 TTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATATATTTCAAATCATTATAATCTTTTGTTCTATCA
1 TTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATATATATCAAATCACTATAACCTTTTGTTCTATCA
* * *
17053041 CAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC-CAATGTAA-TAATAT
66 CAAAACAATTATTTCT-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAAT-TAATTAATAT
* * *** * * *
17053104 TTTGACAATTAATAACAAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAA-CTGCTTTAAATAGTT
129 TATGAAAATTAATAACAAAAAGATTTAAAAAATAAATCCATTAGCCAAACCAG-TTCAAATAG-T
*
17053168 AAAG-CTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACATTTTATTTTGTTGTAAAACAATT
192 AAAGACTATATGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGACATTTTATTTTGTTGTAAAACAATT
* * ** * * * *
17053232 TTTTCAACTCTTACTCACTTATTC-AT-AATAAAATAAATCAAATATATTAATATTTCAAAAATT
257 ATTTCAACTCAT-C-CAAAT-TTCGATGAATAAAATAAAACAAATATAATAATATATAAAAAATT
** *
17053295 AATAATAAGCTATTTAAAAAATAATTCTATTTA
319 AATAATAAGAGAATTAAAAAATAATTCTATTTA
17053328 ACAATTATCT
Statistics
Matches: 298, Mismatches: 47, Indels: 15
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
361 27 0.09
362 226 0.76
363 38 0.13
364 4 0.01
365 3 0.01
ACGTcount: A:0.44, C:0.11, G:0.06, T:0.39
Consensus pattern (360 bp):
TTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATATATATCAAATCACTATAACCTTTTGTTCTATCA
CAAAACAATTATTTCTTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAATTAATTAATATTA
TGAAAATTAATAACAAAAAGATTTAAAAAATAAATCCATTAGCCAAACCAGTTCAAATAGTAAAG
ACTATATGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGACATTTTATTTTGTTGTAAAACAATTATTT
CAACTCATCCAAATTTCGATGAATAAAATAAAACAAATATAATAATATATAAAAAATTAATAATA
AGAGAATTAAAAAATAATTCTATTTATTGAACTAG
Found at i:17053629 original size:177 final size:177
Alignment explanation
Indices: 17053425--17053835 Score: 416
Period size: 181 Copynumber: 2.3 Consensus size: 177
17053415 AAAATAATAT
*
17053425 TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCCAAACCAATT
1 TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCCAAACCAATG
** ** *
17053490 CAATTAGTTATAACTATTTCAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CCATTAGTTTTAG-CA
66 CAAACAGTTATAACTATTTCAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCCATTAGTTTT-GTCA
* * * **
17053553 TAAAACAATTGTTTCTGCTCCTACAATCTTATTTGAAATAA-AGTAGTTC
130 -AAAACAATTATTTATGCTCCTACAAGCTTATTTGAAATAATA-TAACTC
* * * ***
17053602 TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGGGATTTAGAAAATATAT-TAGTTGGCTTGAC
1 TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG--A--GATTTAAAAAATAAATCTA-TTTGCCAAAC
* * * * * * * *
17053666 CAGTGCAAACAGTTGTGACTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCCTTTTGTTTT
61 CAATGCAAACAGTTATAACTATTTCAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCCATTAGTTTT
* * * *
17053731 GTCACAAACAATTATTTATGTTCGTACAAGCTTATTTGGAATAATATAACTC
126 GTCAAAAACAATTATTTATGCTCCTACAAGCTTATTTGAAATAATATAACTC
* *** *
17053783 TAATTTATTATTATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTT
1 TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
17053836 ATTGAATAAG
Statistics
Matches: 188, Mismatches: 37, Indels: 18
0.77 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
177 45 0.24
178 2 0.01
179 2 0.01
180 2 0.01
181 125 0.66
182 12 0.06
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCCAAACCAATG
CAAACAGTTATAACTATTTCAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCCATTAGTTTTGTCAA
AAACAATTATTTATGCTCCTACAAGCTTATTTGAAATAATATAACTC
Found at i:17054510 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 17054074--17067946 Score: 3558
Period size: 181 Copynumber: 77.7 Consensus size: 178
17054064 GAATTAAAAT
* ** * * * *
17054074 ATTTAAAAAATAAATATGCTTACCT-AATAAGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAATAATTATCT
1 ATTTAAAAAATAAATCTG-TTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* ** ** * * * *
17054138 ATTTCATATTGTTATGACCTTTTGTTTCATCAT-AAACAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATT
65 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * * * * *
17054202 CAAAATAAAAT--T-T--ACTAATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGA
130 TAGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAA-A
* * * *
17054248 GATTTAAAATATGAATCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATT
1 -ATTTAAAAAATAAATCTGTTT-TCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * *
17054312 TATTTCACACCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTATTCATACGAGCTTA
64 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTA
* * *
17054377 TTTTGAATAAAATAATATAAATTTACTAATA-TTCTAAAGATTGATAAGTAAA
128 TTTAGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTC-AAA-ATTAATAAGTAAA
* * * * *
17054429 ATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTGAACATGTTCAAATTGTTATAACTATTTGAACAATTATCTA
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
** * * * * * *
17054494 TTTTGAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATGAACCAATCG-TTCTATTCATAGAAACTTATTC
66 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
* * * * *
17054558 AAAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTCAAAAACTAAAAAGTAAAA
131 AGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGT-AAA
* * ** * * * * *
17054608 GATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-AAGTGAGTTCAAATAGTTATGATTATATAAATAATTATT
1 -ATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * *
17054672 TATTTCAAATCGTCATGA-TTATTTGTTTTGTCATAAAATAATAGTTTCTATTCATATAAGTTTA
64 TATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
*
17054736 TTGT-GAA-ATAAATAATACT-AATTTATTAATATTT-AGATAATTAATGAGTAAAA
128 TT-TAGAATA-AAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCA-A-AATTAATAAGT-AAA
* * ** * * *
17054789 GATTTAAAAAGTAAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTACCT
1 -ATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* ** * *
17054854 ATTTCAAAACATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTAG-TTCTATTCATGCAAGCTTAT
65 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* *
17054918 TTCA-AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCATAAATTAAAAAGTAAA
129 TT-AGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCA-AAATTAATAAGTAAA
* * * * *
17054969 AGTTTAAAAAATAAATCTATTTTCTAAACATGTTTAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCT
1 A-TTTAAAAAATAAATCTGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
** * * *
17055034 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATC-AGTTCATATAGGCTTAT
65 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTAT
* * * * *
17055098 TCAAAATAAAATAATA-ATAATTTATCAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGA
129 TTAGAATAAAATAATATA-AATTTATTAATATT-TCAAAATTAATAAGTAA-A
* * * * * *
17055150 GATATAAAAAATGAATCTATTTAT-TGAATAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATT
1 -ATTTAAAAAATAAATCTGTTT-TCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * *
17055214 TATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTTATAAAATAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTAT
64 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
*
17055279 TTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA
129 TTAGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGT-AAA
* * * * * * *
17055331 GATTTAAAAAGTAAATTTGTTTATC-GAGCAAGTTCAAATAGTTAGGATTGTTTGAACAATTATT
1 -ATTTAAAAAATAAATCTGTTT-TCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * *
17055395 TATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCACACAAGTTTA
64 TATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* * * * * * * *
17055459 TTTAGAATAAAATATTGCT-ATTTTATTAACTTTTTGAAAAATAATAGGTAGGAG
128 TTTAGAATAAAATAAT-ATAAATTTATTAA-TATTTCAAAATTAATAAGTA--AA
* * * * *
17055513 ATTTAAAAAATAAATTTG-TTTCTCGAATAAGTTCAAATAGTCAT-ATCCATTTGAATAATTATC
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATC
* * ** * **
17055576 TATTTCAAATCATTATGA-CTATCTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTGTTGCAAAATTA
64 TATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* * ** * * *
17055640 TTCAAAATAAAATAATATTGATATATTAATATTTTGAAAATTAATAAG--AG
128 TTTAGAATAAAATAATATAAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAATAAGTAAA
* * * *
17055690 ATTTAAAAACTAAATTTGTTTTTTGAA-ATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCTGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
** * ** * * * * *
17055754 ACCTCAAACCATTAAAATC-TTTATTTTGTCATGAAACAATTGTTTCTTTTCGTACAAGCTTATT
65 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * * * *
17055818 TTGATTAGAATAATACT-AATTTAATAATATTTCACAAATTAATAAGTGAGAG
130 TAGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCA-AAATTAATAAGT-A-AA
* * * * ** * * *
17055870 ATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAACCAA-TTTAAATAGTTAAAACTACTAGAATAATTATCT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
** * * * * *
17055934 ATTT-ATAATTGTTCTGACCTTTT-TATTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATAAAAGGTT
65 ATTTCA-AATCATTATGACCTTTTGT-TTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
* * * ** * *
17055997 ATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAACATTAAAAAAATTTAATGAGCAAGA
127 ATTTAGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATT-TCAAAA-TTAATAAGTAA-A
* * ** * * * *
17056052 GATTTAAAAAAATAAATCTATTTGCCAAACAAATTCAAATAGATT-TTACTATTTGAATACTTTA
1 -ATTT-AAAAAATAAATCTGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACA-ATTA
* ** * * * *
17056116 TCAATTTCATGTCATTATGACCTTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATA-AA-AT
62 TCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT
* * * * * *
17056179 TTTTTCAAAATAAAATAATACT-ACTCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGCAAGA
126 TATTT-AGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAATAAGTAA-A
* * * *
17056235 GATTTAAAAATTAAATCTGTTTAT-AGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATC
1 -ATTTAAAAAATAAATCTGTTT-TCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * *
17056299 AATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAATAATTGCTTCTGA-TCATACAAGCTTA
64 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTA
* * *
17056362 TTCAG-ATAAAAATAATACT-AATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG--AG
128 TTTAGAAT-AAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAA
* * * * * *
17056412 ATTTAAAAAATAAATGTGTTTACTAAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * * *
17056476 A-TTAAAATCGTTTTGACATTTTGTTTGGTCATATAATAATTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTA-
65 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTAT
* * * *
17056538 TTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCACCAAA
129 TTAG-AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTC--AAAATTAATAAG---TAAA
* * * * * * * ** * * * **
17056593 CAGGTT--CACATAATTATGACTATT-TGAATAA-TT-ATCTATTTA-AAATCATTATG-ACCCT
1 -A-TTTAAAAAATAAATCTG--TTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATT-TGAACAAT
* * * * ** * * *
17056651 T-TGT-TTT---GTCA-TA-AAACAATTGTTTTAGTTCAT--AA-AA--G-TT-TATGCAAAATA
60 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT-G-TCATAAAACAATTGTTTCTATTC-ATACA
** * *** * * * * * *
17056702 AAATAATATTACTTTATTAAT-ATTTCAAA--AATTAATAATT-AAGAGACTTAAAAAATAAA
122 AGCTTAT-TTAGAATA-AAATAATAT-AAATTTATTAATATTTCAA-A-A-TTAATAAGTAAA
* * * * * *
17056761 TCATTTTACTGAATCGGTTCAAATAATTATGGTCATT-TGAACAACTATCTATTTCAAATTGCTA
1 --A-TTTA---AA-------AAATAAATCT-GT-TTTCTG---AAC-A---AGTTCAAATAGTTA
** * * * * ** * * **
17056825 TTCCCTTGTGTTTTGTTATACAACATT-TGTTTTTC-AA-CA-TA-CA-AGTTT-ATTCGAAATA
44 -TGAC---T-ATTTG--A-AC-A-ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * * * *
17056883 AAATAATACTAATTTATAAAT-ATTTCAAGAATTAATATGAGATTTAAAA-AA-A-AAATTTGTT
99 AAACAAT--T-GTTTCT-ATTCA-TACAAG-CTT-AT-TTAGA-ATAAAATAATATAAATTTATT
* ** *
17056944 --TA--CCAAACTAGTCCATATAGTTATGACT
155 AATATTTCAAA--A-TTAATA-AG-TA--A-A
* * * * ** ** * * * * **
17056972 ATTTGAACAAT-TATCT-ATTTC--AA-ATTTTTTTAACA-TTTTGTTCTATCAT-AA-AACAAT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCTGAACA-AGTTCAAATAGTTATG-ACTAT-TTGAACAATTAT
* * * ** * * * * ** * * ** ** * *
17057029 -TGTTGCAATTCA-TACAAGC--AT-ATTAGGAATAAAATAATT-CTAATATAGA-AAAATTCTG
63 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA-GCT-
* * ** *
17057087 AAAATTAGAATTCTAATTCTAATACT-AATTTATTACTATTTCAAAACTTAATAAG---A
126 -TATTTAGAA---TAA-AATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAA-TTAATAAGTAAA
* * * * * * * *
17057143 GTTTAAAAACTAAATTTCTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTATCTA
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * * *
17057208 TCTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTATCCTAAAACATTTATTTCTATTCATATAAGCTTATTT
66 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
* * * * * * * **
17057272 GGAGTTAAATATTGCTAAA-TTAATAATATTCTAAAAATTAAT--G-AGG
131 AGAATAAAATAAT-ATAAATTTATTAATATT-TCAAAATTAATAAGTAAA
* * * ** * *
17057318 ATTTAAAAAAATAAATATATTTGCCAAATC-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATC
1 ATTT-AAAAAATAAATCTGTTTTCTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * * *
17057382 TATTTCAAATCATTTTGACTTTTTGTTTCGTTATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATGCATGCTGA
64 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA
* * *
17057446 TTT-GAAGTAAAATAATACT-AAGTTATTAA-AATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAA
128 TTTAGAA-TAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTC--AAAATTAATAAG-TA-AA
** * * * * * *
17057500 ATGAAAAAAATAAATTTATTTACAGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTCAACAATTATCTA
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * * **
17057565 TTTAAAATCATTATCACCTTTTATTTTATCATAAAACAAATGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCC
66 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
* * * * * *
17057630 AAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGATAAGTTAGAG
131 AGAATAAAATAATATAAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAATAAG-TA-AA
* * * * * * * *
17057681 ATTTAAAACATAAATCAGTTTATC-GAATC-ATTTCAAATAATTATGGCCATATGAATAATTATC
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTT-TCTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * * *
17057744 TATTTCAAATCGTTATGAACTTTTATTTTGTCATAAAATAGTTGTTTTTCA-TCCTACAAGCCTA
64 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTA
* * * * *
17057808 TTCAAAATAAAATAATATTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AG
128 TTTAGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAA
* * *
17057859 ATTTAAAAAATAAATCTCTTTAT-TGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATAT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTT-TCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
** * * * * *
17057923 ATTTCAAATTGTTTTAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAGTATTTCTATTCATACAAGCTTATT
65 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * ** * *
17057988 TGGAATAAAATAATACT-AATGTAGAAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGA
130 TAGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATT-TCAAAATTAATAAGTAA-A
* * * * * * * * * *
17058039 GATTT-AAAAATAAATTTATTTGCCGAATC-AGTTCACATAGTTAAGCCTATATGAACAATTCTT
1 -ATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * *
17058102 TATTT-AAATTCATTATGACTTTTTGTTTTATCGTAAAACAATTTTTTCAATTCTTACCAA-CTT
64 TATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-CAAGCTT
* * * *
17058165 ATTTAGAAAAAAATAAAATAAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATCTA-TAAGA
127 ATTTAGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTC-AAAATTAAT-AAGTAA-A
* * * ** * *
17058219 GATTTAAAAAATAATTTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT
1 -ATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
** * * * * * * * *
17058284 ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTGATAAAACAAATGTTTTTGTTCAAATAA-ATTTTT
65 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * * * * *
17058348 TTGAAATAAAATAATATTAATTCATTATTATTTGTAAAATTAGTAAGTAAGA
130 TAG-AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTT-CAAAATTAATAAGTAA-A
* * * * * * * *
17058400 GAATTAAAAACTAAATCTATTTACTAAACTAGTTC-AAT--TT-TAACTATTTGAACAATTATTT
1 -ATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* ** * * * *
17058461 ATTACAAATTGTTATGACCATTT-TTTTGTCCTAAAACAATTCTTTCTATTCATACAATCTTATT
65 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * * * * * *
17058525 TGGAATAAAGTAATGCT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAGTAGGTAATGG
130 TAGAATAAAATAAT-ATAAATTTATTAATATT-TCAAAATTAATAAGTAA--A
* * ** * * * * * *
17058577 ATTTAAAAAATGAATCTATTGGCTTGATC-AGTGCTAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATCC
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTTC-TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * ** *
17058641 ATTTCAAATCATTCA--ATCTTTTGTTTTATCACAAATCAATTGTTTCTATTTGTACAAGTTTA-
65 ATTTCAAATCATT-ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * * * * * *
17058703 TTCGAAATAACATAAT-TCTAACTTATTAATATTCCAAAAATTGATAAATAAGA
129 TTAG-AATAAAATAATAT-AAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAA-A
** * * * * * *
17058756 GATTTAAAAAATGGATATGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGTCTATTTAAACAATTACCT
1 -ATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
** * * *
17058821 ATTTCAAATCGCTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCTATTCATACAAGCTTAT
65 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * * *
17058886 TCCA-AATAAAATAACATAAATTTATTAATA-GTCAAACAATTAAAAAGTAAAA
129 T-TAGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTC-AA-AATTAATAAGT-AAA
* * * * * * * *
17058938 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAATAAGTTCAAAAAGTTATAACTATTCGAACAATTATTT
1 -ATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * *
17059003 ATTTTAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTT-TGTTCATACAAGCTTAT
65 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * * * *
17059067 TTGGATTAAAATAATATTAATTAATTAATATTTTGACAAA-TAATAAGTAAAA
129 TTAGAATAAAATAATATAAATTTATTAATA-TTTCA-AAATTAATAAGT-AAA
* * * * * * ** * *
17059119 GATTTTAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTCCAAATAGTCACAATTATTTGAATAATTATC-
1 -ATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * *
17059183 ---T-AATTCA--A--A----TTG--TT-T-AAAAAACAACTATATC-AGTTCATATAGGCTTA-
65 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTAT
* ** *
17059230 TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTGGAAATTAATGAGTAAAA
129 TTAG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAATAAGT-AAA
* * ** * * * * *
17059283 GATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAGTTATCT
1 -ATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* ** * *
17059348 ATTTCAAATCATTTTGAATTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAGCTTATT
65 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * *
17059413 TCA-AATAACATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATGAATAAGTAGAA
130 T-AGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTA-AA
* * * * *
17059464 ATTT-AAAAATAAATCTATTTTTTGAACATGGTT-AAATAATTATTACTATTTGAACAATTATCT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCTGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * *
17059527 ATTTTAAAT-ATTTATGACCTTCTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-
65 ATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* *
17059590 TTCGAAATAAAACAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA
129 TTAG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGT-AAA
* * * * ** * * *
17059643 GATTTAAGAAATAAATATGTTTACCGTGCAAGTTCAAATAGTTATGACTGTTT-AAAAATTTATT
1 -ATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TTATC
* * * *
17059707 TATTTCAAAT-ACTTATGA-TTTTTGTTTTTTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTA
64 TATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* * * *
17059770 -TTCGAAATAAAATACTACT-AACTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAAA
128 TTTAG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATT-TCAAAATTAATAAGT-AAA
* * * * ** * * * * * *
17059823 GATTTAGAAAACAAATCTATTTACCAAACAAATGT-AAATAGTCATGTCAATTTGAATAATTACC
1 -ATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCTGAACAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* ** * * * * *
17059887 CATTTCAAATCATTATGA-CTTTCTGTTTTGTTGTAAAATAATTATTTTTGTTCTTATAGAA--T
64 TATTTCAAATCATTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC--ATACAAGCT
** * *
17059949 TATTCT-GAATAAAATAATATTGATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG--AG
126 TATT-TAGAATAAAATAATATAAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAATAAGTAAA
* ** *
17060001 ATTT-AAAAAT-AATCTGTTTACCAAATC-AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* ** * * * * * *
17060063 ATCTCAAATTGTTATGATC-TTTATTTTGTCATAGAATAATTGTTTCTTTTCATATAAGCTTATT
65 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * * * * * *
17060127 TGGATTAAGATAATACT-AATTTAATAATA----AAAAATAA-ATGT--G
130 TAGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGTAAA
* *** * * ** * * * * *
17060169 TTTTGCCAAACCGGTTCAA-CTG-GTTAAG-ACTA-TT-AGAACAATTA--CCTATTTCAAATCA
1 ATTT---AAA--AAATAAATCTGTTTTCTGAACAAGTTCA-AATAGTTATGACTATTT-GAA-CA
* * * ** * * * ** * * ** **
17060227 TTCTAAACTTTTGTTTACTCA-TA-AAACAATTGTTTCAAT-TCATATAAGCTTATTTGAAATAA
58 AT-T-ATCTATT-TCAAATCATTATGACCTTTTGTTT---TGTCATA-AAAC--AATTG-TTTCT
* * * * * * ** * *
17060289 ATTAATATTAA--TTATTAACATTCAAAA-AAT-T-AA-TAAGAAAGAGATTTTAAAA--AATAA
113 ATTCATA-CAAGCTTATTTAGAAT-AAAATAATATAAATTTA-TTA-ATATTTCAAAATTAATAA
* **
17060346 AT-CT
174 GTAAA
* * * * * * * *
17060350 ATTTATCGAATAAGTTCAAAT-AGTTAT-T--ACTA-TTTAAACA-AT-TGTCTATTT-AA-AAT
1 ATTTA---AA-AA-AT-AAATCTGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* ** ** ** * ** * * * *
17060406 TGT-TATGACATTTTGTTTTATCGTAAAACAATTGTTTCAGT--TAATACAA--G-CT-TATACA
60 TATCTATTTCA-AAT-CATTAT-G---ACCTTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
*** * * * * * ** * *
17060464 -A-AA-AAAAATAATACT-AATTTGT-TAATATTT-CTAA-A----A---TTAATAAGTAAGGG
118 TACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATAA-ATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGTAA--A
* * * ** * * * *
17060514 ATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAATC-AGTT-AAATAATT-TGGCCATTTGAATAATTATCT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * *
17060576 ATTTCAAATCGTTATGATCGTTTG-TTTGTTATAAAACAATTGTTTGT-TATCATGCAAGCTTAT
65 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTAT
* * * * *
17060639 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGACATTTAAAAAATAAATGTGTTTATCAAACCAATTCACA
129 TTAGA-AT--AAAA-TAAT-A-T-A-A-ATTT-----ATTAA--T-ATT-TC-AA--AATT-A-A
17060704 T-AGTTAAA
171 TAAG-TAAA
* * * * * * * * * *
17060712 ACTATTAGAATAAT-TATCT-ATTTC--AA-ATTGTTCTAATAGTTTTTTAGTA-AT-AA-AATA
1 A-T-TTA-AAAAATAAATCTGTTTTCTGAACA-AGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATT
* * * ** * * * * *
17060769 AT-TTTTTCATATCATTCA--AGCTTATTG----GGAATAAGATAATTCTAATATATTAACATTT
61 ATCTATTTCAAATCATT-ATGACCTT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCTATT--CA--T
* ** * * * ** * * * * * * * *
17060827 AAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAAAATAAAT-CTATTTC---CTGAATAAGCTCAAA
119 ACAAGCTTATTTAG-AATA-AAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAG-T-AAA
* * * ** ** * *** * * * *
17060887 TAGTT-ATAACT--ATCTGAATAATTATTTATTTAAAATCA-TTATGATCTTTCGTTTTATCATA
1 -ATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCTGAACAAGTTCAAAT-AGTTATGA-----C-TATT-TGA-A
* * * ** * * ** * * ***** *
17060948 AAATAAT-TGTTTCAGTTAATAAAAAGC--TT-ATCCAAAATAAAATAATAT-TAATT-TATTAA
56 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGT--TTCTATT--
* ** * * * * * * ** ** * **
17061007 TATTACAAAAATTAATGAGCAAGAGATTCAA-AAAAATAAATTTGT-TTTCAAAA-CAA-ATTTA
116 CA-TAC-AAGCTTATTTAG-AATAAAAT-AATATAAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGTA
**
17061068 TT
177 AA
* ** ** ** * * * * * *
17061070 TTTTTGAATCT-CTTGCTCATTAATTTTTGTAA-TA-TT--AATAAATTA-GTATTATTTTAACA
1 ATTTAAAAAATAAAT-CT--GT--TTTCTG-AACAAGTTCAAAT-AGTTATG-ACTATTTGAAC-
** * * * ** *
17061129 AATTCAAATAGTT-ACAATTATT-TGAACAATTGTATATT-T-A-AAATTGTTATGACATT-TTA
57 AATT-ATCTATTTCA-AATCATTATGACCTTTTGT-T-TTGTCATAAA-----A-CA-ATTGTT-
* * ** * * * *
17061188 T-TTTGTCATA-AAAC-TA-TT-GTTTCAATTTATA-AAAGTTTATTCAA-A-AT-AAAATAATA
110 TCTAT-TCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATAAA-TTTATT-AATATTTCAAAAT--TA
*
17061244 ATAATTTATTAA
170 ATAA-GTA--AA
* * ** * * * * * * * *
17061256 TATTTCAAAAATTAATAAGTAATT-T-AAAAAG-T-GAATCTGTTTACTAAATCAATTTAAATAA
1 -ATTTAAAAAATAAATCTGT-TTTCTGAACAAGTTCAAAT-AG-TTA-T-GA-CTATTTGAACAA
* ** * * **
17061317 TTATGACAATTTC-AA-CAATTAT---CTATTTCGAATCG-C-TATGAACTTTTGTTTC-A-TCA
59 TTAT--CTATTTCAAATC-ATTATGACCT-TTT-GTTTTGTCATA-AAACAATTGTTTCTATTCA
* ** * * *
17061373 TA-AAGCAATTGTTTTTATCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTTATTTATTAATATTT
118 TACAAGC---T-TATTTAGAATA-AA----A-T-AATAT-AAAT-TTA-TTA-ATATT--T----
*
17061437 CAAAAATTAATAAG--AG
162 C-AAAATTAATAAGTAAA
* * * *
17061453 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACT--A-AA---C---TAG-T-T-CCTATTTGAATAATTAGT-T
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TCT
* * * * * * * * *
17061505 ATTTCAAATCATTATAACCATTTATTATATTAT-AAATAATTATTTC-AGCTCATACAAGCTTA-
65 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTAT
* * * *
17061567 TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTAATAATATTTCAAAAATTAAAAACTAAGA
129 TTAG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAA-A
* * * * * * * * *
17061620 GATTT-AAAAAT--ATATATTTGCTAAAGCAA-TTTAAACAATTAAGACTATATGAACAATTATC
1 -ATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* ** * **
17061681 TATTTTAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATCATTTC-AGTTCATACAAGCTTA
64 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA
* * * * * *
17061745 -TTCGAAATAAAATAATACAAATTTCTTAATATTCCATAAATTAATTAGTAAGTG
128 TTTAG-AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCA-AAATTAATAAGTAA--A
* * * * * * * * * * * *
17061799 ATTTAAAAAGTGAATTTGTTTCCCGAATAATTTCAAATAATTCTGACCATTTCAACAAATAT-TA
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * * *
17061863 TTTCAAA-CAGTTATTATCTTTTGTTTGGTCATATAACAAATGTTTTTTTATCATTCAAGCTTAT
66 TTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTAT
** * * * *
17061927 TCGGAATAAAATAATACT--ATTTTTTAATTTTTTAAAATTAATAAG--AG
129 TTAGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGTAAA
* * **
17061974 ATTTAAAAAAT-AATTTTTTTTACCAAAGCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TAGT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTT-CTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-T
* ** ** * * * * * * **
17062036 ATACGTCAAATTGTTATAACATTTTGTTCTGT--TACAATAATTATTTCTATTCATGGAAGCTTA
63 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* * * * * *
17062099 TTT-GAAATAAAATAATACAAATCTAATAGTATTCCAAAAATTAATAACTAAGA
128 TTTAG-AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAA-A
* * * ** * * *
17062152 GAATT-AAAAATAAATTTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATATTTAAGACTATTTGAACAATTATCT
1 -ATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * * *
17062216 ATTTCAAAAT-GTTATGATCTTTTGTTTTATTATAAAAGAAAT-TTTCCATTCATACTAGCTTAT
65 ATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * * * *
17062279 TCAAAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGGTAAGA
129 TTAGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAA-A
* * * * * *
17062331 GATTT-AAAAATAATATTTCTATTTACCT-AACCAGTTCAATTAATTATAACTATTTGAACAATT
1 -ATTTAAAAAATAA-A--TCTGTTT-TCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * * * * * *
17062394 ATTTATTTTAAATCATTATG-TCTTTTGTTTTATCATACAACAAATATTTTTGTTCATATAAG-T
61 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT
** ** * * * *
17062457 TCGCTCGGAATAAAGTAATATTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AT
126 T-ATTTAGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAA
* * * * *
17062510 ATTTAAAATATAAATCTATTTATC-AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-ACAAATTATT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTT-TCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AATTATC
* * ** * * **
17062573 TATTTCAAATCGTTATG-GCTTTCTGTCCTATCAT-AAACAATTATTTCGGTTCATACAAGCTTA
64 TATTTCAAATCATTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* * * *
17062636 TTTGGATTAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTTACAATTAATAAGTAAACA
128 TTTAGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAATAAGT-AA-A
* * * * ** * * * ** *
17062690 ATTTTAAAAATAAATATGCTTACTGAATTAGATCAAATAGTTAAGATTATTCAAATAATTATCTA
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* ** * * * * *
17062755 TTTGAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAAGAATTGTTT-TAGCTCATAGAAGTTTATT
66 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT
* *
17062819 T-G------A-AATA-AAA-TTA--AGAGATTT---AA-TAATTAAG--AG
130 TAGAATAAAATAATATAAATTTATTA-ATATTTCAAAATTAA-TAAGTAAA
* * * * *
17062852 ATTTAAAAAA-AGAATCTATTTATC-GAACAAGTTTATATAGTTATGACTATTTGAACAACTATT
1 ATTTAAAAAATA-AATCTGTTT-TCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * * *
17062915 TATTTGAAAACACTATAACTCTTTTATTTTTTTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTT
64 TATTTCAAATCATTATGAC-CTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
* *
17062980 ATTTCA-AATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTAAGATAATTAATAAGTAAAA
127 ATTT-AGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCA-A-AATTAATAAGT-AAA
* * * * *
17063034 GACTTGAAAAACAAATCTGTTTATC-GAACATGTTCAAATTA-TTATGACTATTTGAATAATTAT
1 -ATTTAAAAAATAAATCTGTTT-TCTGAACAAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * *
17063097 TTATTTCAAGAT-GTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGGTT
63 CTATTTCAA-ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
* * * *
17063161 A-TTCGAATTAAAATAATCTTAATTTATTAATA-TT-----TT--GAAGTAAAA
127 ATTTAGAA-TAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGT-AAA
* * * * * * * * * * *
17063206 ATTTTAAAAATAAATATGCTTACCGAAGAAGTTAAAATAGTCAT-ATCCATTTGAACTATTATTT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCT
* * ** * * * **
17063270 ATTTCAAATCATTATTACATTTTGTTTTGTTGTAAAATAGTTGCTTCTATTCATACAAAATTATT
65 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * * * **
17063335 CAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAAT-CT
130 TAGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAATAAGTAAA
* *** * * * * *
17063384 GTTTATCGAACCGTTTAAAT-AG--TTATG-ACTA--TCTAAATAATTAT--CTATCT-AA-AA-
1 ATTTA---AA--AAATAAATCTGTTTTCTGAACAAGTTC-AAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
** * *
17063438 CGT-TA--T--GATC-TT-T-A---TTTG----ATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
60 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
* * * *
17063488 TTA-TTCGAAGTAAAATATTGTTAAA-TTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
125 TTATTTAGAA-TAAAATAAT-ATAAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAA-A
* * * * * ** ** *
17063544 GATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTAAACCAGTTCATATAGTTAAAACTATTAAAATAATTATCT
1 -ATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * *
17063609 ATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATT-TTTTTAGTTCATACATGCTTA-
65 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTAT
* * * * * * **
17063672 TCAAAATAAAATAATACAAATTTATCAACA-TTCAAAAAATTAGTAAACAAGAA
129 TTAGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTC--AAAATTAAT-AAGTA-AA
* * * *
17063725 ATTTAAGAAAACAAATTTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-A-ATTTATT
1 ATTTAA-AAAATAAATCTGTTT-TCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * ** * * *
17063787 TGTTTAAAATAAATATGACCTTTCATTTTATCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATAAAAGCTTA
64 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA
* * * * * *
17063851 TCT-GAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTGAG
128 TTTAG-AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAG-TAAA
* * ** * * * * *
17063904 ATTTTAAAAAT-AAGC-CATTTCATCGAATCGA-TTCACATAATTATGACCATTTGAATAATTAT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTTC-T-GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * *
17063966 TTATTTCAAAT-AGTTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCC
63 CTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCT
* *
17064029 TA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAG
126 TATTTAG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTA--AA
* *
17064085 ATTTAAAAAATAAATCTGTATATC-GAAC-----C--A-A-TT-T--CTA-TTGAATAATTATCT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGT-TTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * * *
17064136 ATTTCAAATCATTATAATCTTTTGATATGTTATAAAATAATTGTTT-TAGTTAATATAAGCTTAT
65 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTAT
* * *
17064200 TT-GAAATTAAATAATACT-AATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAA
129 TTAG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAA
* * * * * * * *
17064251 AGATTAGAAATATATATCTATTTTTTGAAGTAA-TTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTAT
1 A-TTTA-AAAAATAAATCTGTTTTCTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* ** * * * *
17064315 CTACTTCAAATTGTTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATATAAGCCT
63 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTT
* * * *
17064379 ATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTTAAAATTAATAAGT--G
127 ATTTAGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATT-TCAAAATTAATAAGTAAA
* * * * * * * *
17064430 ATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACTGAATC-AGTTCAAATAATTATGGCCATGTCAACAATTAT-T
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* ** * * * * * ** *
17064493 ACTTCAAATTGTTATCACCTTTTATTTGGTCATATAACAATTGTTTTTAAGCATTCAAGCTTATT
65 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * * *
17064558 TGGAATAAAATAATGTTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
130 TAGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAA-A
* ** * * * * * * * **
17064609 GATTTAAAAAATAAATCTATTTAATTAACTAGTTAAAATAGTTATGACAATTTGAATAAATGTAA
1 -ATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * ** * * * * * * * *
17064674 ACTTCAAATCGTTACAACCTTTTATTCTATCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGCGTATT
65 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * ** *
17064739 TGGAATAAAATAATACT-AATATAAAAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAA
130 TAGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGT-A-AA
** * * * ** **
17064791 AACTAAAAAATTAATTTGTTTGT-TGAACCAA-TTCAAATAATTAAAACTATAAGAACAATTATC
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTT-TCTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * *
17064854 TATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTT-TTTTTGAATTCATACTAGCT
64 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCT--ATTCATACAAGCT
* * *
17064918 TATTTGGAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAATATTAA-AAGGTAAGAA
126 TATTTAGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAA-ATTAATAA-GT-A-AA
* * * * * *
17064974 ATTT--AAAATAATTCTGTTTACCT-AACCAGATCAAATAATTATGACTATTTGAGCAATTATCT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTT-TCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * * * *
17065036 AATTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTATCA-AAAAGCAAATGCTTT-TGTTCATATAAGTTTG
65 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTA
* * * *
17065099 TTCAAAATAAAATAATACT-AATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AG
128 TTTAGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAA
* * * * *
17065149 ATTT-AAAAATAAATCTATTTATC--AAGCTAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAGCAATTATT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTT-TCTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * *
17065211 TATTGT-AAATCGTTATGACATTTTGTTCTATTATAAAACAATTGTATCTGTTCATACAAGCTTA
64 TATT-TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* * * **
17065275 TTCAGATTAAAATAACACT-AATTTATTAATATTTCAATAATTAATAACAAAAA
128 TTTAGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAA-AATTAATAA-GTAAA
** ** * * * * * * *
17065328 ATTTTTAAAAGGAATATGTTTACTGAACTAGATCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCTA
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * *
17065393 TTTCAAATCGTTAAGACCTTTTGTTTCGTCATAAAAGATTTGTTTC-AGTTCATAAAAGCTTATT
66 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT
* * * * *
17065457 CA-AA-ATAA-AA-A-AAA--TACTAATATATT---AA-TAATAA-CAAG
130 TAGAATAAAATAATATAAATTTATTAATAT-TTCAAAATTAATAAGTAAA
* * * * * *
17065495 ATTTAAAAAATGAATCTATTTAT-TGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATCT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTT-TCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* ** * * * * * * *
17065559 ATTTGAAATCGCTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAGTTTTTTCTATTCACACAACCTTATT
65 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * *
17065624 TTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTAAGACAATTAATAAGTAAAA
130 TAGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCA-A-AATTAATAAGT-AAA
* * * * *
17065675 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATCGTTTTGACTATTT-AAGCAATTATT
1 -ATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATC
* * *
17065739 TATTTC--ATCTTGTCTTGA-CTATTTGTTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAG-
64 TATTTCAAATCAT-T-ATGACCT-TTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
* * * * *
17065800 -T-TCTA-AATTAAAATAGTATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAA
125 TTATTTAGAA-TAAAATAATATAAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAATAAGT-AAA
* * * * * *
17065854 GATTT-AAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTTAAATAGTCATGATTATTTGAATAATTATCT
1 -ATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * ** *
17065918 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTAATAAAATAATCATTT-TAGTTCATACAAACTTAT
65 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTAT
* * *
17065982 TT-GAAGTAAAATAATACT-AATTTATTAACATTCTAAAAATTAATGAGTAAGA
129 TTAGAA-TAAAATAATA-TAAATTTATTAATATT-TCAAAATTAATAAGTAA-A
* * * * *
17066034 TAATTAAAAAA-AGAATTTGTTTAT-TGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAATAATTAT
1 -ATTTAAAAAATA-AATCTGTTT-TCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * *
17066097 CTATTTCAAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGGTT-TAGTTCATGCAAG-T
63 CTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCT
* * * * * *
17066159 ATATTTTGAATAAAGTAATTTAAATTTATTAATATTCCAATAATTAAGAAGCAAAA
126 -TATTTAGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAA-AATTAATAAG-TAAA
* * * * * *
17066215 ATTTTAAAAATAAATCTATTTTCTAAACACGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTA
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * *
17066280 TTTCAAATTATTATGATCTTTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTA-T
66 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
* *
17066343 TAGGAATAAAATAATACT-AATTTATGACA-ATTTAAAAAATTAATAAGTAAAA
130 TA-GAATAAAATAATA-TAAATTTATTA-ATATTT-CAAAATTAATAAGT-AAA
* * * ** * * *
17066395 GATTTAAAACATAAATTTATTTATC-GAGTAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTAAACAATTATT
1 -ATTTAAAAAATAAATCTGTTT-TCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * *
17066459 TATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTCTATTCATACAAGTTTAT
64 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * * * * *
17066524 TCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATGAGTTGGAG
129 TTAGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAATAAG-T-AAA
* * * * * * * ** *
17066577 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTCATGTCCATTCGAATTATTATTTA
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * ** * ** *
17066642 TTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAAATTATTA
66 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
* * *
17066707 AAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA-T-AG
131 AGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAATAAGTAAA
* * *
17066754 ATTTAAAAACTAAATTTGTTTAT-TGAACTAA-TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTT-TCTGAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * *
17066817 TATCTT-AAATCATTATAATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA
64 TAT-TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* * * *
17066880 -TTCGAAGTAAAAT-ATCACTAAA-TTAATAATATTCTAAAAATTAAAAAGTAAGA
128 TTTAGAA-TAAAATAAT-A-TAAATTTATTAATATT-TCAAAATTAATAAGTAA-A
* * * * * * * * *
17066933 GATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTAAACCAGTTCAAATAGTTAAGGCTATTAGAATAATAATCT
1 -ATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
*** * * * * * *
17066998 ATTTCAAATCATTCCAACTTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTGTTTCAATTCATACATGCTTATT
65 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * *
17067063 T-GAAATAAAAT-A-AT--A--CATTCA-A----AAAATTAATAAGCAAGAA
130 TAG-AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAG-TA-AA
* ** * ** ** *
17067103 ATTTAAAAAGAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCATATAACTATGGTTATATGAACAATTATC
1 ATTT-AAAA-AATAAATCTGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * *
17067168 TATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAACTTA
64 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA
** * * * * * **
17067232 TCCAAAATAAAATAACATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGA
128 TTTAGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAG-TAAA
* * * * * * * *
17067285 GTTTAAAAAATAATTCAGTTTATC-AAATCAA-TTCAAATAATTATG-GTCGTTTGAATAATTAT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTT-TCTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTAT
* ** * *
17067347 CAATTTCCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATCA-TCATACAAG-T
63 CTATTT-CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCT
*
17067410 CTATTT-GAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAATTAA-AAGTACAA
126 -TATTTAG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGTA-AA
* * * * *
17067464 GATTTAAAAAATAAATATGCTTAT-TGATTCAA-TTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTGT
1 -ATTTAAAAAATAAATCTG-TTTTCTGA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * * * *
17067527 ATATTTCAAATCGTTATAACATTTTATTTTCTCATAAAACAATTATTTTTCTTCATACAA-ATTG
63 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT-
* * * * * * * *
17067591 ATTTTGAATAAAATAATATTAATCTAGTAAT-TTATGAAATTTAATAACTGAGAG
127 ATTTAGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATT-TCAAAATTAATAAGT-A-AA
* * * * ** * *
17067645 ATTTAAAAAATAAAT-T-TGTT-TG-CCAA-TTTAAATAGTTAAGGTTATATGAATAATTATCTA
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* ** * ** * * **
17067705 TTTCAAATCATTATAATATTCTGTTTTGTTGTAAAACAAATGTTTTTATTCATGTAAG-TT-TGT
66 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT-T
* * * *
17067768 TCGAAATAAAATAATTTTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AG
130 TAG-AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAA
* * * ** * * * * *
17067817 ATTTAATAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTA
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * *
17067882 TTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTAAATACAATCTTATT
66 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT-CATACAAGCTTATT
17067947 CAAAAACCAT
Statistics
Matches: 10178, Mismatches: 2489, Indels: 2058
0.69 0.17 0.14
Matches are distributed among these distances:
156 5 0.00
157 7 0.00
158 64 0.01
159 9 0.00
160 17 0.00
161 20 0.00
162 70 0.01
163 33 0.00
164 173 0.02
165 25 0.00
166 24 0.00
167 133 0.01
168 153 0.02
169 63 0.01
170 48 0.00
171 271 0.03
172 81 0.01
173 87 0.01
174 146 0.01
175 404 0.04
176 853 0.08
177 549 0.05
178 484 0.05
179 670 0.07
180 1766 0.17
181 2696 0.26
182 547 0.05
183 216 0.02
184 136 0.01
185 105 0.01
186 39 0.00
187 24 0.00
188 9 0.00
189 11 0.00
190 11 0.00
191 4 0.00
192 2 0.00
193 19 0.00
194 11 0.00
195 11 0.00
196 35 0.00
197 15 0.00
198 26 0.00
199 12 0.00
200 22 0.00
201 12 0.00
202 11 0.00
204 5 0.00
205 3 0.00
206 6 0.00
207 9 0.00
208 8 0.00
209 6 0.00
210 9 0.00
211 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
ATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
AGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGTAAA
Found at i:17056625 original size:154 final size:155
Alignment explanation
Indices: 17056456--17056739 Score: 410
Period size: 155 Copynumber: 1.8 Consensus size: 155
17056446 AAATAGTTAA
* * * * *
17056456 GACTATTAGAATAATTATCTA-TTAAAATCGTTTTGACATTTTGTTTGGTCATATAATAATTGTT
1 GACTATTAGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACACTTTGTTTGGTCATAAAACAATTGTT
* * *
17056520 TCAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATA
66 TCAGTTCATAAAAGCTTATGCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTTC-AAAAATTAATA
17056584 AGCACCAAACAGGTTCACATAATTAT
130 AGCACCAAACAGGTTCACATAATTAT
* * *
17056610 GACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
1 GACTATTAGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACACTTTGTTTGGTCATAAAACAATTGTT
* * * *
17056675 TTAGTTCATAAAAGTTTATGCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
66 TCAGTTCATAAAAGCTTATGCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAA
17056740 TTAAGAGACT
Statistics
Matches: 113, Mismatches: 15, Indels: 3
0.86 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
154 20 0.18
155 90 0.80
156 3 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (155 bp):
GACTATTAGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACACTTTGTTTGGTCATAAAACAATTGTT
TCAGTTCATAAAAGCTTATGCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAA
GCACCAAACAGGTTCACATAATTAT
Found at i:17060792 original size:155 final size:153
Alignment explanation
Indices: 17060485--17060794 Score: 361
Period size: 155 Copynumber: 2.0 Consensus size: 153
17060475 TACTAATTTG
* ** * * *
17060485 TTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGGGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAATCAGTTAAA
1 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGACATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACCAATTAAA
*** * * * *
17060550 TAATTTGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCGTTTGTTTGTTATAAAACAA
66 TAATTAAACCATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAATAGTTTGTTTGTAATAAAACAA
**
17060615 TTGTTTGTTATCATGCAAGCTTA
131 TTGTTTCATATCATGCAAGCTTA
* * *
17060638 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGACATTTAAAAAATAAATGTGTTTATCAAACCAATTCAC
1 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGACATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACCAATT-AA
* * * *
17060703 ATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTCTAATAGTTT-TTTAGTAATAAAA
65 ATAATT-AAACCATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAATAGTTTGTTT-GTAATAAAA
* * *
17060767 TAATTTTTTCATATCATTCAAGCTTA
128 CAATTGTTTCATATCATGCAAGCTTA
17060793 TT
1 TT
17060795 GGGAATAAGA
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 25, Indels: 4
0.82 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
153 54 0.42
154 9 0.07
155 66 0.51
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (153 bp):
TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGACATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACCAATTAAA
TAATTAAACCATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAATAGTTTGTTTGTAATAAAACAA
TTGTTTCATATCATGCAAGCTTA
Found at i:17062241 original size:354 final size:356
Alignment explanation
Indices: 17061554--17062348 Score: 826
Period size: 354 Copynumber: 2.2 Consensus size: 356
17061544 TTATTTCAGC
17061554 TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAAAAACTAAG
1 TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATT--AAACTAAG
* * * * *
17061619 AGATTTAAAAATATATATTTGCTAAAGCAATTTAAACAATTAAGACTATATGAACAATTATCTAT
64 AGATTTAAAAATATATATTTACCAAAGCAATTCAAACAATTAAGACTATATGAACAATTATATAC
* * *
17061684 TTTAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATCATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCG
129 GTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTCTGT-ATAAAACAATCATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCG
* ** * * * * * *
17061749 AAATAAAATAATACAAATTTCTTAATATTCCATAAATTAATTAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAAT
193 AAATAAAATAATACAAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAGTAAAT
* * ** *
17061814 TTGTTTCCCGAATAATTTCAAATAATTCTGACCATTTCAACAAATATTATTTCAAACAGTTATTA
258 TTGTTTCCCAAATAAGTTCAAATAATTAAGACCATTTCAACAAATATTATTTCAAACAGTTATGA
17061879 TCTTTTGTTTGGTCATATAACAAATGTTTTTTTA
323 TCTTTTGTTTGGTCATATAACAAATGTTTTTTTA
* * ** **
17061913 TCATTCAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACT-ATTTTTTAAT-TTTTTAAAATT-AA-TAAGAG
1 TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAAACTAAGAG
* * * * * *
17061974 ATTTAAAAAATAATTTTTTTTACCAAAGCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TAGTAT
66 ATTT-AAAAAT-A-TATATTTACCAAAGCAATTCAAACAATTAAGACTATATGAACAATTA-TAT
* * * **
17062038 ACGTCAAATTGTTAT-AACATTTTGTTCTGT-TACAATAATTATTTCTA-TTCATGGAAGCTTAT
127 ACGTCAAATTGTTATGAAC-TTTTGTTCTGTATAAAACAATCATTTC-AGTTCATACAAGCTTAT
* *
17062100 TTGAAATAAAATAATACAAATCTAATAGTATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAA-TA
190 TCGAAATAAAATAATACAAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAGTA
* * * * *
17062164 AATTTGTTTGCCAAACT-AGTTCAAATATTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-ATG
255 AATTTGTTTCCCAAA-TAAGTTCAAATAATTAAGACCATTTCAACAAATAT-TATTTCAAACA-G
** * * * ***
17062227 TTATGATCTTTTGTTTTATTATAAAAGAAAT-TTTCCAT-
317 TTATGATCTTTTGTTTGGTCATATAACAAATGTTTTTTTA
* * * * * *
17062265 TCATACTAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGGTAAG
1 TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAA-A-CTAAG
17062330 AGATTTAAAAATA-ATATTT
64 AGATTTAAAAATATATATTT
17062349 CTATTTACCT
Statistics
Matches: 356, Mismatches: 65, Indels: 35
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
352 26 0.07
353 64 0.18
354 134 0.38
355 8 0.02
356 61 0.17
357 15 0.04
358 18 0.05
359 30 0.08
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (356 bp):
TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAAACTAAGAG
ATTTAAAAATATATATTTACCAAAGCAATTCAAACAATTAAGACTATATGAACAATTATATACGT
CAAATTGTTATGAACTTTTGTTCTGTATAAAACAATCATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAA
TAAAATAATACAAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAGTAAATTTG
TTTCCCAAATAAGTTCAAATAATTAAGACCATTTCAACAAATATTATTTCAAACAGTTATGATCT
TTTGTTTGGTCATATAACAAATGTTTTTTTA
Found at i:17062489 original size:182 final size:176
Alignment explanation
Indices: 17062301--17062627 Score: 417
Period size: 176 Copynumber: 1.8 Consensus size: 176
17062291 AAAACAAATT
*
17062301 TATTAATATTTCAAAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAA-ATAATATTTCTATTTACCTAACCAG
1 TATTAATATTTCAAAAATT-A-A--TAAGAGATTTAAAATATAA-A--TCTATTTACCAAACCAG
* * * **
17062365 TTCAATTAATTATAACTATTTGA-ACAATTATTTATTTTAAATCATTATGTCTTT-TGTTTTATC
59 TTCAAATAATTATAACTATTTGACA-AATTATTTATTTCAAATCATTATGGCTTTCTGTCCTATC
**
17062428 ATACAACAAATATTTTTGTTCATATAAGTTCGCTCGGAATAAAGTAATATTAATC
123 ATA-AACAAATATTTCGGTTCATATAAGTTCGCTCGGAATAAAGTAATATTAATC
* * *
17062483 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGATATTTAAAATATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAAT
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAATATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAAT
* * *
17062548 AGTTATGACTATTTGACAAATTATTTATTTCAAATCGTTATGGCTTTCTGTCCTATCATAAACAA
66 AATTATAACTATTTGACAAATTATTTATTTCAAATCATTATGGCTTTCTGTCCTATCATAAACAA
*
17062613 TTATTTCGGTTCATA
131 ATATTTCGGTTCATA
17062628 CAAGCTTATT
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 15, Indels: 12
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
176 77 0.61
177 11 0.09
178 14 0.11
179 4 0.03
180 1 0.01
181 1 0.01
182 19 0.15
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (176 bp):
TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAATATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAAT
AATTATAACTATTTGACAAATTATTTATTTCAAATCATTATGGCTTTCTGTCCTATCATAAACAA
ATATTTCGGTTCATATAAGTTCGCTCGGAATAAAGTAATATTAATC
Found at i:17062577 original size:176 final size:180
Alignment explanation
Indices: 17062104--17062627 Score: 430
Period size: 182 Copynumber: 2.9 Consensus size: 180
17062094 GCTTATTTGA
* ** * * * * *
17062104 AATAAAATAATACAAATCTAATAGTATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAATAA-ATT
1 AATAAAGTAATATTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAATAATATT
* * * * * *
17062168 -TGTTTGCCAAACTAGTTCAAATATTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-GTTA
65 CTATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATA-ACTATTTGAACAATTATTTATTTC-AAATCATTA
* ** * * ** ** **
17062230 TGATCTTT-TGTTTTATTATAAAAGAAAT-TTTCCATTCATACT-AGCTT-ATTCAA
128 TG-GCTTTCTGTCCTATCAT-AAACAAATATTTCGGTTCATA-TAAG-TTCGCTCGG
* * ** *
17062283 AATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAATAATATT
1 AATAAAGTAATATTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATA-GTAAGAGATTTAAAAATAATA-T
* * *
17062348 TCTATTTACCTAACCAGTTCAATTAATTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCATTAT
64 TCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTAT
* ** **
17062413 GTCTTT-TGTTTTATCATACAACAAATATTTTTGTTCATATAAGTTCGCTCGG
129 GGCTTTCTGTCCTATCATA-AACAAATATTTCGGTTCATATAAGTTCGCTCGG
*
17062465 AATAAAGTAATATTAATCTATTAATATTTCAAAAATT-A-A-TAAGATATTTAAAATATAA-A-T
1 AATAAAGTAATATTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAA-ATAATATT
* * * * *
17062525 CTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-ACAAATTATTTATTTCAAATCGTTAT
65 CTATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAAC-AATTATTTATTTCAAATCATTAT
*
17062589 GGCTTTCTGTCCTATCATAAACAATTATTTCGGTTCATA
129 GGCTTTCTGTCCTATCATAAACAAATATTTCGGTTCATA
17062628 CAAGCTTATT
Statistics
Matches: 287, Mismatches: 45, Indels: 29
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 2 0.01
176 76 0.26
177 10 0.03
178 15 0.05
179 56 0.20
180 3 0.01
181 31 0.11
182 93 0.32
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AATAAAGTAATATTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAATAATATTC
TATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGG
CTTTCTGTCCTATCATAAACAAATATTTCGGTTCATATAAGTTCGCTCGG
Found at i:17062848 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 17062827--17062857 Score: 62
Period size: 16 Copynumber: 1.9 Consensus size: 16
17062817 TTTGAAATAA
17062827 AATTAAGAGATTTAAT
1 AATTAAGAGATTTAAT
17062843 AATTAAGAGATTTAA
1 AATTAAGAGATTTAA
17062858 AAAAAGAATC
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 15 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (16 bp):
AATTAAGAGATTTAAT
Found at i:17064863 original size:538 final size:533
Alignment explanation
Indices: 17063379--17067926 Score: 2659
Period size: 538 Copynumber: 8.5 Consensus size: 533
17063369 AAAATTAATA
* * * * * * *
17063379 AATCTGTTTA-TCGAACCGTTTAAATAGTTATGACTATCTAAATAATTATCTATCT-AAAACGTT
1 AATCTGTTTACT-GAACAGTTCAAATAATTATGACTATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * *
17063442 ATGATC-TTT-ATTTGATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAAGTAAAAT
65 ATAACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTAGAA-TAAAAT
* ** * * * * *
17063504 ATTGTTAAATTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCT
128 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTT-AT
* * * ** ** * * * * * * *
17063569 AAACCAGTTCATATAGTTAAAACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGT
191 TAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATATACTTCAAATCGTTATAACCTTTT-T
* * *** *
17063634 T-TAGTCATAAAATAATT-TTTTTAGTTCATACATGCTTA-TCAAAATAAAATAATACAAATTT-
255 TCT-GTCATAAAACAATTGTTTTT-GTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * *
17063695 ATCAACA-TTCAAAAAATTAGTAAAC-AAGAAATTTAAGAAAACAAATTTGTTTA-TCGAA-CAA
318 AT-AATATTTC-AAAAATTAAT-AACTAA-AAAATTAA-AAAATAAATATGTTTACT-GAACCAA
* * * * * * * * * ** *
17063756 GTTCAAATAGTTATGACTATTTG-A-ATTTATTTGTTTAAAATAAATATGACCTTTCATTTTATC
377 -TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACTTTTGTTTTGTC
* * * * * *
17063819 ATAAAACAATTATTTTAGTTCATAAAAGCTTA-TCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATAT
440 ATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * *
17063883 TTCAAAAATTGATAAGTTGAGATTTTAAAAAT-
504 TT-TAAAATTAATAAG-T-AGATTTAAAAAATG
* ** * * * * *
17063915 AAGCCATTT-CATCGAATC-GATTCACATAATTATGACCATTTGAATAATTATTTATTTCAAATA
1 AATCTGTTTAC-T-GAA-CAG-TTCAAATAATTATGACTATTTCAATAATTATCTATTTCAAATC
* * *
17063978 GTTATGAA-CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTA-TTCGAAATA
62 GTTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-ATTCATACAAGCTTATTTAG-AATA
* * *
17064040 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTA
124 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAAATCTATT
* * * * * * *
17064105 TATCGAAC-----C--A-A-TT-T--CTA-TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAATCTT
188 TAT-TAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATATACTTCAAATCGTTATAACCTT
* * * * * * * * *
17064157 TTGATATGTTATAAAATAATTGTTTTAGTTAATATAAGCTTATTTGAAATTAAATAATACTAATT
252 TT-TTCTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATT
* * * * * ** **
17064222 TAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAAAGATTAGAAATATATATCTATTTTTTGAAGTAATTC
316 TAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAAAAATTA-AAAAATAAATATGTTTACTGAACCAATTC
* **
17064287 AAATAGTTAAGACTA-TATGAACAATTATCTACTTCAAATTGTTATAATCTTTTGTTTTGTCATA
380 AAATAGTTAAGACTATTA-GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAA-CTTTTGTTTTGTCATA
* * *
17064351 AAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTT
443 AAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TT
*
17064416 AAAATTAATAAGT-GATTTAAAAAGTG
507 AAAATTAATAAGTAGATTTAAAAAATG
* * * * * *
17064442 AATCTGTTTACTGAATCAGTTCAAATAATTATGGCCATGTCAACAATTAT-TACTTCAAATTGTT
1 AATCTGTTTACTGAA-CAGTTCAAATAATTATGACTATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * ** * *
17064506 ATCACCTTTTATTTGGTCATATAACAATTGTTTTTAAGCATTCAAGCTTATTTGGAATAAAATAA
65 ATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAA
** *
17064571 TGTTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAATTA
130 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTT-ATTA
* * * * * *
17064636 ACTAGTTAAAATAGTTATGACAATTTGAATAAATGTAAACTTCAAATCGTTACAACCTTTTATTC
193 ACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATATACTTCAAATCGTTATAACCTTTT-TTC
* * * * * *
17064701 TATCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGCGTATTTGGAATAAAATAATACTAATATAAAAA
257 TGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAA
* * * ** *
17064766 TATTTCAAAAATTAATAACTAAGAAAACTAAAAAATTAATTTGTTTGTTGAACCAATTCAAATAA
322 TATTTCAAAAATTAATAACTAA-AAAATTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACCAATTCAAATAG
* *
17064831 TTAAAACTATAAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAAG
386 TTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAA-
* * * *** * *
17064896 TTTTTTTGAATTCATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAATA
449 TTGTTTT-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAA-A
17064960 TTAA-AAGGTAAGAAATTT--AAAAT-
511 TTAATAA-GT-AG--ATTTAAAAAATG
* * ** *
17064983 AATTCTGTTTACCT-AACCAGATCAAATAATTATGACTATTTGAGCAATTATCTAATTCAAATCG
1 AA-TCTGTTTA-CTGAA-CAGTTCAAATAATTATGACTATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * * * * * * *
17065047 TTATGACTTTTTGTTTTATCA-AAAAGCAAATGCTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAA
63 TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAA
* *
17065111 TAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGATTT-AAAAATAAATCTATTTATC
127 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATT
* * * * * * *
17065172 AAGCTAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAGCAATTATTTA-TTGTAAATCGTTATGACATTTTG
192 AA-CTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATATACTT-CAAATCGTTATAACCTTTT-
* * * * ** * * *
17065236 TTCTATTATAAAACAATTGTATCTGTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAACACTAATTTAT
254 TTCTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAA
* ** ** *
17065301 TAATATTTCAATAATTAATAAC-AAAAAATTTTTAAAAGGAATATGTTTACTGAACTAGA-TCAA
319 TAATATTTCAAAAATTAATAACTAAAAAA-TTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACCA-ATTCAA
* * * * * * *
17065364 ATAATCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTA-AGACCTTTTGTTTCGTCATAAA
382 ATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATA-A-CTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * *
17065428 AGATTTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAAT-AAA-AA-A--AA--TACTAATATATT--A
445 ATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAA
**
17065484 A-TAATAACAAGATTTAAAAAATG
510 ATTAATAAGTAGATTTAAAAAATG
* * * * * *
17065507 AATCTATTTATTGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTGAAATCGCT
1 AATCTGTTTACTGAAC-AGTTCAAATAATTATGACTATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * * *
17065572 ATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAGTT-TTTTCTATTCACACAACCTTATTTTGAATAAAATA
65 ATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATA
* *
17065636 ATACAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
129 ATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-
** * * * * * * ** * * *
17065699 CGAACAAGTTCAAATCGTTTTGACTATTT-AAGCAATTATTTATTTCATCTTGTCT-TGACTATT
190 TTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAAATATATACTTCAAATCGT-TATAAC-CTT
* * * * * * * *
17065762 TGTTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAG--T-TCT-AAATTAAAATAGTATTAAT
252 T-TTTCTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAA-TAAAATAATACTAAT
* ** * * * *
17065823 TTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATATGTTTACTGAA-CAAGTT
315 TTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAAAAATTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACCAA-TT
* * * * * * * * *
17065887 TAAATAGTCATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTAATA
379 CAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACTTTTGTTTTGTCATA
** * ** * * *
17065952 AAATAATCATTTTAGTTCATACAAACTTATTTGAAGTAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTA
443 AAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TT
* *
17066017 AAAATTAATGAGTAAGATAATTAAAAAAAG
507 AAAATTAATAAGT-AGAT--TTAAAAAATG
* * * * * * *
17066047 AATTTGTTTATTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAAAT-AT
1 AATCTGTTTACTGAA-CAGTTCAAATAATTATGACTATTTCAATAATTATCTATTTC-AAATCGT
* * * * * *
17066111 TATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG-GTTTAGTTCATGCAAG-TATATTTTGAATAAAG
64 TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCT-TATTTAGAATAAAA
* * * * * * *
17066174 TAAT-TTAAATTTATTAATATTCCAATAATTAAGAAGCAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTT-T
127 TAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAT
* * * * * ** * *
17066237 CTAAAC-ACGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGATCTTT
191 -T-AACTA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATATACTTCAAATCGTTATAACCTTT
* * *
17066301 TGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTAGGAATAAAATAATACTAATT
253 T-TTCTGTCATAAAAC-AATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATT
* * * * * * **
17066365 T-ATGACA-ATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAACATAAATTTATTTA-TCG-AGTAA
316 TAAT-A-ATATTTCAAAAATTAATAACTAAAA-AATTAAAAAATAAATATGTTTACT-GAACCAA
* * * *
17066426 GTTCAAATAGTTATGATTATTTA-AACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGT
377 -TTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACTTTTGTTTTGT
* * *
17066490 CATAAAACAATTGCTTCTA-TTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
439 CATAAAATAATTG-TTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* *
17066554 TTTTAAAAATTAATGAGTTGGAGATTTAAAAAATA
503 TTTT-AAAATTAATAAG-T--AGATTTAAAAAATG
* * * * * * * * *
17066589 AATCTGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTCATGTCCA-TTCGAATTATTATTTATTTCAAATCAT
1 AATCTGTTTACTGAAC-AGTTCAAATAATTATGACTATTTC-AATAATTATCTATTTCAAATCGT
* ** ** * *
17066653 TATAACATTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAAATTATTAAAAATAAAATA
64 TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATA
* * * *
17066718 ATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA-T--AGATTTAAAAACTAAATTTGTTTATTGA
129 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATT-A
* * * * * *
17066780 ACTAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTT-AAATCATTATAATCTTTGTTT
193 ACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATATA-CTTCAAATCGTTATAACCTTT-TTT
* *
17066844 -TGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAGTAAAAT-ATCACTAAATTAA
256 CTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAA-TAAAATAAT-ACTAATTTAA
* * * * * * * *
17066906 TAATA-TTCTAAAAATTAAAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTAAACCAGTTCAA
319 TAATATTTC-AAAAATTAATAACTAA-AAAATTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACCAATTCAA
* * * ** * *
17066970 ATAGTTAAGGCTATTAGAATAATAATCTATTTCAAATCATTCCAACTTTTTGTTTAGTTATAAAA
382 ATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * ** * **
17067035 TAATTGTTTCAATTCATACATGCTTATTTGAAATAAAATAATAC--ATTCA--AA-AAATT--AA
446 TAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAA
* * *
17067093 -TAAGCAAG-AAATTTAAAAAGAATA
511 TTAA-TAAGTAGATTT-AAAA-AATG
** * * ** * * * *
17067117 AATCTGTTTACCAAACAAGTTCATATAACTATGGTTATATGAACAATTATCTATTTAAAATCGTT
1 AATCTGTTTACTGAAC-AGTTCAAATAATTATGACTATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * ** *
17067182 ATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG-TTTTAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATA
65 ATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATA
* * * * ** * *
17067246 ACATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGT-TGGAGTTTAAAAAATAATTC-AGTTTATC
129 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTA-TTTATT
* * * * * * * * *
17067309 AAATCAATTCAAATAATTATG-GTCGTTTGAATAATTATCA-ATTTCCAAATTGTTATGAA-CTT
192 AACT-AGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAAATAT-ATACTT-CAAATCGTTAT-AACCTT
* * ** *
17067371 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATCATCATACAAG-TCTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
252 TT-TTCTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCT-TATTTGGAATAAAATAATACTAAT
* * * * * * * **
17067435 TTATTAATATTT-TAAAATTAA-AAGTACAAGATTTAAAAAATAAATATGCTTATTGATTCAATT
315 TTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTA-AAAAATTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACCAATT
* * * * * * * *
17067498 CAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTGTATATTTCAAATCGTTATAACATTTTATTTTCTCATA
379 CAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC-TTTTGTTTTGTCATA
* * ** * *** * * *
17067563 AAACAATTATTTTTCTTCATACAA-ATTGATTTTGAATAAAATAATATTAATCTAGTAAT-TTAT
443 AAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTT-ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-T
* * * *
17067626 GAAATTTAATAACTGAGAGATTTAAAAAATA
506 TAAAATTAATAA--G-TAGATTTAAAAAATG
* * * * * * ** * * *
17067657 AATTTG-TT--TG-CCAATTTAAATAGTTAAGGTTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTA
1 AATCTGTTTACTGAACAGTTCAAATAATTATGACTATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCGTTA
** * ** * ** *
17067718 TAATATTCTGTTTTGTTGTAAAACAAATGTTTTTATTCATGTAAG-TT-TGTTCGAAATAAAATA
66 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTAT-TTAG-AATAAAATA
** * * * **
17067781 ATTTTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGATTTAATAAATAAATTTGTTTACCAA
129 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TTA
* * * * * * * * *
17067843 ACCAGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTT
193 ACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATATACTTCAAATCGTTATAACC-TTT-TTT
*
17067908 -TGTCATAAAATAATTGTTT
256 CTGTCATAAAACAATTGTTT
17067927 CTATTAAATA
Statistics
Matches: 3155, Mismatches: 649, Indels: 421
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
521 6 0.00
522 8 0.00
523 121 0.04
524 12 0.00
525 121 0.04
526 192 0.06
527 131 0.04
528 246 0.08
529 141 0.04
530 21 0.01
531 192 0.06
532 75 0.02
533 76 0.02
534 18 0.01
535 129 0.04
536 29 0.01
537 121 0.04
538 552 0.17
539 187 0.06
540 293 0.09
541 62 0.02
542 315 0.10
543 99 0.03
544 8 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (533 bp):
AATCTGTTTACTGAACAGTTCAAATAATTATGACTATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCGTTA
TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAAT
ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAACT
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATATACTTCAAATCGTTATAACCTTTTTTCTGTC
ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT
TCAAAAATTAATAACTAAAAAATTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACCAATTCAAATAGTTAAG
ACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTT
AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAATTAATAAGTA
GATTTAAAAAATG
Found at i:17065436 original size:19 final size:21
Alignment explanation
Indices: 17065412--17065450 Score: 64
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
17065402 GTTAAGACCT
17065412 TTTGTTTC-G-TCATAAAAGA
1 TTTGTTTCAGTTCATAAAAGA
17065431 TTTGTTTCAGTTCATAAAAG
1 TTTGTTTCAGTTCATAAAAG
17065451 CTTATTCAAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
19 8 0.44
20 1 0.06
21 9 0.50
ACGTcount: A:0.31, C:0.10, G:0.15, T:0.44
Consensus pattern (21 bp):
TTTGTTTCAGTTCATAAAAGA
Found at i:17066282 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 17066250--17066282 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
17066240 AACACGTTCA
17066250 AATAATTATGACTATTTG
1 AATAATTAT-ACTATTTG
17066268 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
17066283 CAAATTATTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.06, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTG
Found at i:17066355 original size:361 final size:357
Alignment explanation
Indices: 17063400--17067926 Score: 2487
Period size: 357 Copynumber: 12.7 Consensus size: 357
17063390 CGAACCGTTT
* * * * * * * *
17063400 AAATAGTTATGACTATCTAAATAATTATCTATCT-AAAACGTTATG-A-TCTTT-ATTTGATCAT
1 AAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTTGTTTTG-TCAT
* * * * * * ** * * *
17063461 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAGTAAAATATTGTTAAATTAATAATATTTC
65 AAAATAATTGTTTTTATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTT-
* * * * * *
17063526 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTT-GCTAA-ACCAGTTCATATAGTTAA
129 AAAAATTAATAAGTAAGATA-TTAAAAAA-AAATTTGTTTATCGAATA--AGTTCAAATAGTTAT
* ** * * * * *
17063589 AACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTTTT
190 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * ** * * **
17063654 TTAGTTCATACATGCTTA-TCAAAATAAAATAATACAAATTTATCAACATTCAAAAAATT-AGTA
255 TTAGTTCATACAAG-TTATTTAAAATAAAATAAT-TTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAG-A
** * * * *
17063717 AACAAGAAATTTAAGAAAACAAATTTGTTTATC-GAACAAGTTC
317 AGTAA-AAATTTAA-AAAATAAATCTATTT-TCTAAACAAGTTC
* * * * * * * ** *
17063760 AAATAGTTATGACTATTTGAAT--TTATTTGTTTAAAATAAATATG-ACCTTTCATTTTATCATA
1 AAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * *
17063822 AAACAATT-ATTTTAGTTCATAAAAGCTTATCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTC
66 AAATAATTGTTTTTA-TTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTT-
* * * **** * * * *
17063886 AAAAATTGATAAGTTGAGATTTTAAAAATAAGCCAT-TTCATCGAAT-CGATTCACATAATTATG
129 AAAAATTAATAAG-TAAGATATTAAAAA-AAAATTTGTTTATCGAATAAG-TTCAAATAGTTATG
* * * * *
17063949 ACCATTTGAATAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTT
191 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
*** * ** * * *
17064013 TTTCATCATACAAGCCTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
255 TTAGTTCATACAAG-TTATTTAAAATAAAATAAT-TTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAGAA
* * * * *
17064078 GTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTATATC-GAAC-----C
318 GTA-AAAATTTAAAAAATAAATCTAT-TTTCTAAACAAGTTC
* * *
17064114 ----AATT-T--CTA-TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AA-TCTTTTGATATGTTAT
1 AAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACT-TTTTGTTTTGTCAT
* * * * *
17064169 AAAATAATTG-TTTTAGTTAATATAAGCTTATTTGAAATTAAATAATACTAATTTAATAATATTT
65 AAAATAATTGTTTTTA-TTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTT
* * * * * * * * * *
17064233 CAAAAATTAATAACTAAAAGATTAGAAATATATATCTATTTTTTGAAGTAA-TTCAAATAGTTAA
129 -AAAAATTAATAAGTAAGATATTA-AAA-AAAAATTTGTTTATCGAA-TAAGTTCAAATAGTTAT
* * ** * *
17064297 GACTATATGAACAATTATCTACTTCAAATTGTTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
190 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * *
17064362 TTAGTTCATATAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTT-AAAATTAATA
255 TTAGTTCATACAAG-TTATTTAAAATAAAATAAT-TTAATTTATTAATATT-TTAAAAATTAAGA
* * * * * *
17064426 AGT---GATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACTGAATC-AGTTC
317 AGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTCT-AAACAAGTTC
* * * * * * ** * * * *
17064464 AAATAATTATGGCCATGTCAACAATTAT-TACTTCAAATTGTTAT-CACCTTTTATTTGGTCATA
1 AAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTTGTTTTGTCATA
* * ** ** * **
17064527 TAACAATTGTTTTTAAGCATTCAAGCTTATTTGGAATAAAATAATGTTAATTTATTAATC-TTTC
66 AAATAATTGTTTTTATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-CATTT-
* * * * *
17064591 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAAT-TAACT-AGTTAAAATAGTTAT
129 AAAAATTAATAAGTAAGATA-TTAAAAAA-AAATTTGTTT-ATCGAA-TAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * ** * * ** * * * * *
17064654 GACAATTTGAATAAATGTAAACTTCAAATCGTTACAACCTTTTATTCTATCATAAAATAATTATT
190 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * ** * * ** * *
17064719 TTTGTTCATACAAGCGTATTTGGAATAAAATAATACTAATATAAAAATATTTCAAAAATTAATAA
255 TTAGTTCATACAAG-TTATTTAAAATAAAATAAT-TTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAGAA
* ** * * * *
17064784 CTAAGAAAACTAAAAAATTAATTTGTTTGT-TGAACCAA-TTC
318 GTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTT-TCT-AAACAAGTTC
** ** *
17064825 AAATAATTAAAACTATAAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACTTTTTGTTTTGTCATA
1 AAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTTGTTTTGTCATA
** * * *
17064889 AAATAAGTT-TTTTTGAATTCATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATAT
66 AAATAA-TTGTTTTT--ATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAACAT
* * * * * * ** * *
17064952 TTCAAATATTAA-AAGGTAAGAAATT-TAAAATAATTCTGTTTACCTAACCAGATCAAATAATTA
127 TT-AAAAATTAATAA-GTAAGATATTAAAAAAAAATT-TGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTA
* * * * * *
17065015 TGACTATTTGAGCAATTATCTAATTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTATCA-AAAAGCAAATG
189 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTG
* * * *
17065079 CTTTT-GTTCATATAAGTT-TGTTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTA
253 -TTTTAGTTCATACAAGTTAT-TT-AAAATAAAATAAT-TTAATTTATTAATATTTTAAAAATTA
* * * *
17065142 ATAAG---AGATTT-AAAAATAAATCTATTTATC-AAGCTAGTTC
314 AGAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTT-TCTAAACAAGTTC
* * ** * * * * * *
17065182 AAATAGTTTTGACTATTTGAGCAATTATTTATTGT-AAATCGTTATG-ACATTTTGTTCTATTAT
1 AAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATT-TCAAATCATTATGAACTTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * * * *
17065245 AAAACAATTGTATCTGTTCATACAAGCTTA-TTCAGATTAAAATAACACTAATTTATTAATATTT
65 AAAATAATTGTTTTTATTCATAAAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTT
* ** * * * ** * * * *
17065309 CAATAATTAATAACAAAAAATTTTTAAAAGGAATATGTTTA-CTGAACT-AGATCAAATAATCAT
129 -AAAAATTAATAA-GTAAGATATTAAAAAAAAATTTGTTTATC-GAA-TAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * *
17065372 GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAAGACCTTTTGTTTCGTCATAAAAGATTTGTT
190 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * * *
17065437 TCAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAA-AA---AA--TACTAATATATTAATAA-TAACAAG
255 TTAGTTCATACAAG-TTATTTAAAATAAAATAATTTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAGAAG
* * *
17065495 -----ATTTAAAAAATGAATCTATTTAT-TGAACAAGTTT
319 TAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTT-TCTAAACAAGTTC
* * **
17065529 AAATAATTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTGAAATCGCTAT-AACTTTTTGTTTTGTCATA
1 AAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * *
17065593 AAATAGTT-TTTTCTATTCACACAACCTTATTTTG-AATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT
66 AAATAATTGTTTT-TATTCATAAAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTT
* * * * *
17065655 AAGACAATTAATAAGTAAAAGAT-TTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATCGTTT
129 AA-A-AATTAATAAGT--AAGATATTAAAAAA-AAATTTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTA
* * *
17065719 TGACTATTT-AAGCAATTATTTATTTC--ATCTTGTCTTGA-CTATTTGTTTTTGTCATAAAACA
189 TGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCAT-T-ATGACCT-TTTG-TTTTGTCATAAAACA
* * * * * *
17065780 ATTATTTCTA-TTCATACAAG-T-TCTAAATTAAAATAGTATTAATTTATTAATATTTTGACAAT
249 ATTGTTT-TAGTTCATACAAGTTATTTAAAATAAAATAAT-TTAATTTATTAATATTTTAAAAAT
* * * * * *
17065842 TAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTT
312 TAAGAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTAAACAAGTTC
* * * * * *
17065888 AAATAGTCATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACCTTTTCTTTTGTAATA
1 AAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTTGTTTTGTCATA
** *
17065952 AAATAA-TCATTTTAGTTCATACAAA-CTTATTTGAAGTAAAATAATACTAATTTATTAACATTC
66 AAATAATTGTTTTTA-TTCATA-AAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATT-
* *
17066015 TAAAAATTAATGAGTAAGATAATTAAAAAAAGAATTTGTTTATTGAATAAGTTCAAATAGTTATG
128 TAAAAATTAATAAGTAAGAT-ATTAAAAAAA-AATTTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATG
* * * *
17066080 ACTATATGAATAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGGT
191 ACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* ** * ** *
17066144 TTAGTTCATGCAAGTATATTTTGAATAAAGTAATTTAAATTTATTAATATTCCAATAATTAAGAA
255 TTAGTTCATACAAGT-TATTTAAAATAAAATAATTT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAAGAA
* * *
17066209 GCAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTTCTAAACACGTTC
318 GTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTAAACAAGTTC
* *
17066249 AAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGATC-TTTTGTTTTGTCATA
1 AAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTTGTTTTGTCATA
* * * * *
17066313 AACTAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTAGGAATAAAATAATACTAATTTA-TGACAATTTA
66 AAATAATTGTTTTTATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAC-ATTT-
* * *
17066377 AAAAATTAATAAGTAAAAGAT-TTAAAACATAAATTTATTTATCGAGTAAGTTCAAATAGTTATG
129 AAAAATTAATAAGT--AAGATATTAAAA-AAAAATTTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATG
* * * *
17066441 ATTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTT
191 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TT
* * *
17066506 CTA-TTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATG-
255 TTAGTTCATACAAG-TTATTTAAAATAAAATAAT-TTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAA-GA
** * * * ** *
17066569 AGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAATTC
317 AG-TAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTAAACAAGTTC
* * * * * * * * **
17066611 AAATAGTCATGTCCATTCGAATTATTATTTATTTCAAATCATTAT-AACATTTTGTTTTGTTGTA
1 AAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTTGTTTTGTCATA
* * ** *
17066675 AAACAATTGTTTTTATTCATACAAA-ATTATTAAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT
66 AAATAATTGTTTTTATTCATA-AAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTT
* * *
17066739 AAAAATTAATAA-T-AGAT-TTAAAAACTAAATTTGTTTATTGAACTAA-TTTAAATAGTTATGA
129 AAAAATTAATAAGTAAGATATTAAAAA-AAAATTTGTTTATCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGA
* *
17066800 CTATTTGAACAATTATCTATCTT-AAATCATTATAATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
192 CTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* ** * * * * * *
17066863 TTGTTCATACAAGCTTATTCGAAGTAAAAT-ATCACTAAATTAATAATATTCTAAAAATTAAAAA
256 TAGTTCATACAAG-TTATTTAAAATAAAATAAT--TTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAGAA
* * * * *
17066927 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTAAACCAGTTC
318 GTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTAAACAAGTTC
* * * * * ** * *
17066968 AAATAGTTAAGGCTATTAGAATAATAATCTATTTCAAATCATT-CCAACTTTTTGTTTAGTTATA
1 AAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTTGTTTTGTCATA
** * *
17067032 AAATAATTGTTTCAATTCATACATGCTTATTTGAAATAAAATAATAC------ATT--CA---AA
66 AAATAATTGTTTTTATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAA
* * * * * * * ** *
17067086 AAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAGAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCATATAACTATGG
131 AAATTAATAAGTAAGATA-TT-AAAA-AA-AAATTTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * *
17067151 TTATATGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTT
192 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * ** * * *
17067216 AGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAACATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGT
257 AGTTCAT-ACAAGTTATTTAAAATAAAATAA-TTTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAGAAGT
*** * *
17067281 TGGAGTTTAAAAAATAATTC-AGTTTATC-AAATCAA-TTC
320 AAAAATTTAAAAAATAAATCTA-TTT-TCTAAA-CAAGTTC
* * * **
17067319 AAATAATTATG-GTCGTTTGAATAATTATCAATTTCCAAATTGTTATGAAC-TTTTGTTTTGTCA
1 AAATAATTATGACT-ATTTGAATAATTATCTATTT-CAAATCATTATGAACTTTTTGTTTTGTCA
* * * *
17067382 TAAAACAATTGTTTATCA-TCATACAAG-TCTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
64 TAAAATAATTGTTT-TTATTCATAAAAGCT-TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACAT
* * * * *
17067445 TTTAAAATTAA-AAGTACAAGAT-TTAAAAAATAAATATGCTTATTGATTCAA-TTCAAATAGTT
127 TTAAAAATTAATAAGT--AAGATATTAAAAAA-AAATTTGTTTATCGAAT-AAGTTCAAATAGTT
* * * * * * * * *
17067507 ATGATTATTTGAACAATTGTATATTTCAAATCGTTATAACATTTTATTTTCTCATAAAACAATTA
188 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
** * ** * * * * * *
17067572 TTTTTCTTCATACAAATTGATTTTGAATAAAATAATATTAATCTAGTAAT-TTATGAAATTTAAT
253 TTTTAGTTCATACAAGTT-ATTTAAAATAAAATAAT-TTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAG
* * * * ** *
17067636 AACTGAGAGATTTAAAAAATAAAT-T-TGTT-T-GCCAA-TTT
316 AAGT-AAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTAAACAAGTTC
* * ** * * **
17067674 AAATAGTTAAGGTTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AA-TATTCTGTTTTGTTGT
1 AAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACT-TTTTGTTTTGTCAT
* * ** * * * ** *
17067737 AAAACAAATGTTTTTATTCATGTAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATTTTAATTTATTAATATTTC
65 AAAATAATTGTTTTTATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTT-
* * * ** * *
17067802 AAAAATTAATAAG--AGAT-TTAATAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAATTAGTTATAAC
129 AAAAATTAATAAGTAAGATATTAA-AAAAAAATTTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * *
17067864 AATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
193 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
17067927 CTATTAAATA
Statistics
Matches: 3246, Mismatches: 706, Indels: 438
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
344 2 0.00
345 32 0.01
346 30 0.01
347 149 0.05
348 155 0.05
349 178 0.05
350 16 0.00
351 108 0.03
352 215 0.07
353 28 0.01
354 84 0.03
355 92 0.03
356 118 0.04
357 505 0.16
358 141 0.04
359 314 0.10
360 300 0.09
361 380 0.12
362 308 0.09
363 32 0.01
364 59 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (357 bp):
AAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTTGTTTTGTCATA
AAATAATTGTTTTTATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAA
AAATTAATAAGTAAGATATTAAAAAAAAATTTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTT
CATACAAGTTATTTAAAATAAAATAATTTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAGAAGTAAAAAT
TTAAAAAATAAATCTATTTTCTAAACAAGTTC
Done.