Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167893.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_16, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 74000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 82 of 113
Found at i:17242129 original size:12 final size:11
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* *
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CTCTTTTCTTT
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17242117 TTCTGTTCTC
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TTTTCTTTTCTCTTTTTT
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ACTAAAACCAAACCCCAAAC
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17249131 ATTGTTTGAT
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TATTTATTATTTTTATATTG
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17249130 AATTGTTTGA
*
17249140 TTATTTATTATTTGATTATTTGTATTTT
1 TTATTTATTATTTGATTATTTGTATATT
* *
17249168 TTATTT-TTATATTGTATTTTTTGTGTATT
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1 TTA
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TTATTTATTATTTGATTATTTGTATATT
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17257726 ATTAAAATTT
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17257827 CATTTACACC
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TTTTTTTTAATTCAAGCCCATATAACTTATAAATAAAAATGTATATA
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17261593 TTAATAAAAC
17261603 TTATTTAAT-TT-AAAAT-TTA
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**
17261622 TTATGAAATATTAAAAATATTA
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17261644 TTATATTAATATT
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TTATTTAATATTAAAAATATTA
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17261627 AAATATTAAA
17261637 AATATTATTATATT
1 AATATTATTATATT
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1 AATATTATT-ATATT
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1 AATA
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AATATTATTATATT
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17261627 AAATATTAAA
*
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1 AATA
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AATATTAATATATTAATTATTT
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*
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AAAAAATGTTAT
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*
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*
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AAAAATATTATA
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1 TATAAAAATA
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1 TATAA
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17266522 GTAATATATA
17266532 AATTAT AATTAT AATTAT AATT-T ACATTAT AATTAT AA
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AATTAT
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ATTATAATTATAATTTAC
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* * *
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17270768 TCAAAATAAG
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*
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*
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1 AAT
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17277711 CATAATTAAA
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1 AATAATATATAAAATT
* *
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1 T
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* *
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17278558 TATCATATTA
*
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*
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17278605 AAA
1 AAA
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Statistics
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AAATAAATTTATTAAAAAT
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17279113 TTTAGAGTCC
**
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*
17279147 ATTATTTTATTTTATTAATTTTT
1 ATTATTTTATTTTATTAACTTTT
*
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1 ATTATTTTA
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17279133 TTTTATTTCC
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1 TTTTATTAATTTTTA
17279156 TTTTATTAATTTTTA
1 TTTTATTAATTTTTA
* *
17279171 TTTTTTTAATATTTA
1 TTTTATTAATTTTTA
17279186 CAATTTTTGA
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17280991 AAATTATAAT
17281001 AAAATATTTAATGTAATATTTAAATTTTTA
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* *
17281031 AAAATTTTAATATAATACTTATA-TTAT-
1 AAAATTTTAAT-TAATA-TTAAATTTTTA
* *
17281058 AAATTTATTAATTAATATAAAATTTTTA
1 AAAATT-TTAATTAATATTAAATTTTTA
17281086 AAAA
1 AAAA
17281090 AGTTTATACA
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17281105 TATTATTATT
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* * *
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* *
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* * *
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* *
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* * * * *
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* * * * *
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* * *
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129 A
* * ** *
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* * * *
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*
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* *
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*
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*
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*
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*
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1 T
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*
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*
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*
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*
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66 AGTACATTGATTGGGCAGCTAGTTATTGTACATTTAAGTTCCCCCAAAAGATTTGTTAAAGAGCA
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196 GGGTTAAATTCTCCCAAGTAACGATAAAATAAGGTAAGGATGTCTGATTCTGACATCATTTTAAG
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261 GACAGTGCGGCAACCATCTGAACTGTTCTTTTCTCACAAGATAGTCCTTCACCACAATAGAAAAA
17299809 CCCTCATGTTCACTATAATTCCAACAAAGAAACTTCTCCATCTAAACTTCCCTCAGGAAAAAAAA
326 CCCTCATGTTCACTATAATTCCAACAAAGAAACTTCTCCATCTAAACTTCCCTCAGGAAAAAAAA
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391 AATTATACTGAAACATGGGTTCTTGCTAGCTACATCAAAAAGATAAAAGGAAAAAGATAATGAAG
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456 CATGGTATGTTCCCTATTCCAATGCCAACAACATGCCTA
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CATGGTATGTTCCCTATTCCAATGCCAACAACATGCCTA
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* * *
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* *
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*
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1 AATTTT
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AATTTTATTTTTTTAACTCAAACTTGATTTGTGATCGAAATCGAATTACTCGAATTTGTTCGATT
AAATTCGATTAATATATAAAAATAAACTC
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*
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*
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*
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1 AATAATAAC
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1 AATAATAA
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***
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17304410 T
1 T
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*
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1 TTATT
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* * * * * * * * * *
17308493 AGTTCAAACAGTTATGACTGTTTGAACAAATATTTATTTCAAATAT-TTATGATATTTTCTTTTG
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* * * ** * *
17308557 TCATAAAATAATTTTTTCTA-ATCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
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* * * * * ***
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * ** * *
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* * * * * *
17308855 AGTTCAAATAGTTATGATTATTTAAATAATTATCAATCTCAAATTGTTATGAT-ATTTGCTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGA-TATTTAAATAATTATCTATTTTAAATTGTTACGATCTTTTGTTTTGT
* * * * *
17308919 GAGAAAACAATTGTTTCTA-ATCATACAAACTTATTC-AGATAAAAATAATACTAATTTAATAAT
65 CATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAACTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * **
17308982 ATTTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATATAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATC
128 ATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAGCC
* * *** * *
17309035 AGTTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAATAATTATTTATTTTAAACCATT-CTAATCTTTTGTTTA
1 AGTTCAAATAGTTATGA-TATTTA-AATAATTATCTATTTTAAATTGTTAC-GATCTTTTGTTTT
* * * ** * * *
17309098 GTCATAAAATAATTGTTTCAGTTTATACAAGTTTATTGAAAATAAAATAATACTAATATATTAAC
63 GTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
** * *
17309163 ATTCAAAAAACTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCAAGCA
128 ATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCAAGCC
* * * ** * * *
17309217 AGCTCAAATAATTATGAAATTGGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
1 AGTTCAAATAGTTATGATATTTAAATAATTATCTATTTTAAATTGTTACGATCTTTTGTTTTGTC
* * * ** * ** *
17309282 ATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGAAAT-AAATAATATTAATTTATTAATATT
66 ATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
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131 TTAAAAATTAATAAG
17309361 AGATTAATTA
Statistics
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AGTTCAAATAGTTATGATATTTAAATAATTATCTATTTTAAATTGTTACGATCTTTTGTTTTGTC
ATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
TTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAGCC
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17308521 AATATTTATT
* * *
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1 TCAAAT-TGTTATGATATTTGC-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGTTTATTCA
* * *
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* * *** *
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128 CTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAATCATAACCATTAGAATAATTATCTACTTTAAACCATTACA
* *
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193 ATCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATAC
* * * *** * * * * * *
17308790 TACTTTATTAATATTTTGAAAAGTAATAAGCAAGAGATTTTAAAACTAAAACTGTTTTCTAAGCC
258 TAATATATTAACATTCAAAAAACTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAACTGTTTACCAAGCA
* * * * *
17308855 AGTTCAAATAGTTATGATTATTTAAATAATTATCAATC
323 AGCTCAAATAATTATGATAATTGAAACAATTATCAATC
* * **
17308893 TCAAATTGTTATGATATTTGCTTTGTGAGAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAACTTATTCAGA
1 TCAAATTGTTATGATATTTGCTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGTTTATTCAGA
* * * * *
17308958 TAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATATAAAAAATAAATTT
66 -AAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATATAAAAAATAAATCT
* * * * * *
17309023 GTTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAATAATTATTTATTTTAAACCATT-CTA
130 GTTTACCAAATAAGTTCAAATAATCATA-ACCATTAGAATAATTATCTACTTTAAACCATTAC-A
* * * ** **
17309086 ATCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTTATACAAGTTTATTGAAAATAAAATAATAC
193 ATCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATAC
**
17309151 TAATATATTAACATTCAAAAAACTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCAAGC
258 TAATATATTAACATTCAAAAAACTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAAACTGTTTACCAAGC
* * *
17309216 AAGCTCAAATAATTATGA-AATTGGAACAATTATCTATT
322 AAGCTCAAATAATTATGATAATTGAAACAATTATCAATC
* * * * ** * * *
17309254 TTAAATTGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTT-T
1 TCAAATTGTTATGA--TATTTGCTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGTTTATTCA
17309317 GAAATAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG
64 GAAA-AAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG
17309361 AGATTAATTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TCAAATTGTTATGATATTTGCTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGTTTATTCAGA
AAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATATAAAAAATAAATCTG
TTTACCAAATAAGTTCAAATAATCATAACCATTAGAATAATTATCTACTTTAAACCATTACAATC
TTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTAA
TATATTAACATTCAAAAAACTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAACTGTTTACCAAGCAAGC
TCAAATAATTATGATAATTGAAACAATTATCAATC
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17309233 AAATTGGAAC
* * * *
17309243 AATTATCTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATA
1 AATTAGCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTGTTCATACA
* ** * **
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* * *
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66 AGCTAATTTGAAATAACAAAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAAATTAATAAGAGATT
17309491 TAAAAAATAA
Statistics
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AATTAGCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTGTTCATACA
AGCTAATTTGAAATAACAAAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAAATTAATAAGAGATT
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Indices: 17309086--17309661 Score: 727
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17309076 AACCATTCTA
* * * *
17309086 ATCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTTATACAAGTTTATTGAAAATAAAATAATAC
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*
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* * * *
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130 AAGCTCAAATAATTATGAAATTGGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTATTTTGT
* * * * *
17309281 CATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGAAATAAATAATATTAATTTATTAATATT
195 CATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGCTTGATTCAAATAAATAATAGTAATTTATCAATATT
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* * *
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1 ATCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTAA-TTGAAAATAA-AATAAT
* * * * **
17309453 TCTAATTTATTAATATTCCAAAAAA-T-TAA-TAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTTTCAA
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* * * * * *
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* * *
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192 TGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGCTTGATTCAAA-T-AAATAATAGTAATTTATCA
* *
17309642 ATATTTTGACAATTAATAAG
255 ATATTTTAAAAATTAATAAG
17309662 TAAAAAATTT
Statistics
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ATCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTAATTGAAAATAAAATAATAC
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AGCTCAAATAATTATGAAATTGGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTATTTTGTC
ATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGCTTGATTCAAATAAATAATAGTAATTTATCAATATTT
TAAAAATTAATAAGAGATTAATTAGCTATTTCAAATTGTTATG
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17309356 ATAAGAGATT
* * * *
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* * *
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** * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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1 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACA
* * *
17309789 GGCTTATTTGAAATAAAATACTACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAAATTTA
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* *
17309854 AAAAAAGAATTTGTTTAACGAATCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAAC-ATTATCTATTTCA
130 AAAAAA-AATTTGTTTAACGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * * *
17309918 AATGGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTGTATCCATACAAGCTTATTCTTAAT
194 AATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTC-AAAT
* *
17309983 TAAATAATA-TAAATTTGTTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAAATTTAAAAAATAAATATT
258 TAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATA-T
* * * * * *
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321 GTTTACTGAACAAGATCAAATAATCATAACTATTTGAAC
** * ** *
17310085 AATTATCTATTT-TGATTAGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAATTAATTTTTTCTA-TTCATA
1 AATTATCTATTTCAAATT-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATA
* * * * * *
17310148 CAAGTTTATTCGAAATAAAATAAGAATAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAGGTAGGAGATT
64 CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA-GTAAGAGATT
* * * *
17310213 TAAAATATAAATTTGATTAGCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
128 TAAAA-AAAAATTTGTTTAACGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* *
17310278 CAAATCGTTATGACCATTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCCTA-TCGAA
192 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTC-AA
* * * * * *
17310341 ATAAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA-TCAAGATATTTAAAAACTAAAG
256 AT-TAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT-AAAAAATTTAAAAAATAAAT
* ** * * * * * *
17310405 CTGTTTTTTGAACTAGTTTAAATAGTTATGAC-ATTTTG---
319 ATGTTTACTGAACAAGATCAAATAATCATAACTA-TTTGAAC
* * ** * * *
17310443 --TT-T-TGTTGT-AAA-----AT-AAC-TTT-TTTTGTTCATTCAA-AATTATTCACAATAAAA
1 AATTATCTATT-TCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTT-TCAGT----
* * ** *
17310494 TAATACTAA-TTTA-TT-AATATTTTAAAAATTAATAAAATATTTAAAAACTAAAGCTATTTTTC
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* ** * * ** * ** *
17310556 GAACTAGTTTAAATAGTTATGGCATTTTGTTTTGTTGTAAAATAA-TTGTTT-TTG-TTCA-TTC
106 TAA--AAATT-AATAG-TA-AG-A----G--AT-TTAAAAAAAAATTTGTTTAACGAATCAGTTC
* * * * * * ** **
17310617 AAA-A-TTATTCAC-A-AT-AA-AATAATACTAATTT-ATTAAT-ATTTTAAAAATTAATAAAAT
158 AAATAGTTA-TGACTATTTGAACAATTAT-CT-ATTTCA--AATCGTTAT-GACCTT--T--TGT
* * * * * *
17310674 ATT-T-A-AAAACTAAATATGTTTACTGAATCAGTTTAAATAG-TTATGACTATTTGAATAAATA
213 TTTGTCATAAAAC--AAT-TGTTT-CT-ATTCA---TAAA-AGCTTAT-TCAAATTAAAT-AATA
* ***** * * * ** *** * *
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267 -CTAAT-TT--A-T-TAAT-AT-TTTAAAAATTAAT-AAGTAA-AAAAT-TTAAAAAATAAA--T
* * * * *
17310799 AT-TTGAATTAA-AA-AT-AATACTAATTTAATAA-TATTTCAA-
319 ATGTTTACTGAACAAGATCAA-A-TAA--TCATAACTATTTGAAC
* ** ** * * *** *
17310838 AACTTAAT-TA-TT-AAGAGAT-TTAAAAAATAAATATGTTTATCG-AACTAGTTCAAATAG-TT
1 AA-TT-ATCTATTTCAA-A-TTGTTATGACCT---TTTGTTT-T-GTCA-TAAAAC-AATTGTTT
* * * * ** * *** * * * *
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55 CAG--T-TCA-TACAA-GCT-TATTTGAAAT-AAAAT-AATACTAATTTA--T-T--AAT-ATTC
** ** * *
17310962 TAATTATTAAATTTTGAAAAATAAATAAGTAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-C
106 TAAAAATT-AA---T--AGT------AAG----AGA-TTTAAAAAA-AAATTTGTTTAACGAATC
* * * * * * * *
17311026 AAATTTAAATAGTTATGATTATTTAAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA
153 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
17311091 TCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAAAACTACTTTATTAATA
217 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTC-AAATTAAATAATACTAATTTATTAATA
* *
17311156 -TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAAA--TAAAAACTAAAGCTAT-TTT-C-GAACCAA-TTCAAA
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* * *
17311214 TAGTTATGACTATTTGAAC
341 TAATCATAACTATTTGAAC
* * * * * * *
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* * * * *
17311297 AAGTTTATTTG-AATAAAATAATATTAGTTTATTAATATTCTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTT
65 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA-GTAAGAGATTT
** * * *
17311361 AAAAAATAAATTTGTTTATTGAA-CAAGTTCAAATAATCATGACCATTTGAACAATTATCTATTT
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* * * * * * * *
17311425 CAAATTGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAAAAATTATCTT-AATTCATAAAAACTTGTTCGA
192 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCTATTCATAAAAGCTTATTC-A
* * * * * * *
17311489 AATCAAATAATAATACTTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAATTAAAGT
255 AATTAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAA--
* * * * * *
17311554 TAT-TTT-CTAAATC-AGTTTAAACAGTTATAACTATTTGAAC
318 TATGTTTACTGAA-CAAGATCAAATAATCATAACTATTTGAAC
* * * * ** * * * *
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1 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACA
* * * * *
17311658 AGCCTT-TTT-AGATTAAAATAATA-TAAAGTTAATAATATTGTAAAAATTAATAAATAAGAGAT
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* * ** * * * * *
17311720 TTAAAAAATAAATCTGCTTGCCGAATTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATTTATT
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* * * * * * * * * * *
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* * * *
17311848 ATAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTTAAAAAATTAAAAAG-AAAGAGATTTTAAAAAAT
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* * ** * * * *
17311912 AAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
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* * * ** * ** *
17311957 AATTATTTATTTAAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAACATTTGTTTCAGTTTGTAAA
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* * * * * * * * *
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* ** * ** * *
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129 AAAAA-AAAATTTGTTTAACGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TT
* ** * * * * * ** * *
17312151 -AAATAGTTATGATATTTT-TTTTGTTATAAAAAAATTTTTTTTGA-TCATACAATTTTATTTAG
192 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATAAAAGCTTATTCAA
* * * * * * * * * *
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256 AT-TAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATA
** ** * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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** * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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*** * * * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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Statistics
Matches: 217, Mismatches: 38, Indels: 10
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
322 51 0.24
323 38 0.18
324 90 0.41
325 38 0.18
ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (322 bp):
TTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATCAATTTAAATAGTTATGACTATTTAAATAAATATCTAT
TTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCAATTCATAAAAGCTTATCCA
AAATAAAATAAAACTAATTTAATAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAAATAAAAAATAAAGA
TATTTTCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCAATCTCAAATAGTTATGAC
TATTTATTTAGTTATAAAATAATTATAATTATTAAATTTTGAAAAATAAATAAGTAAGAGAT
Found at i:17311451 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 17310965--17312338 Score: 1072
Period size: 180 Copynumber: 7.6 Consensus size: 179
17310955 ATAATTATAA
* * *
17310965 TTATTAA-ATTTTGAAAAATAAATAAGTAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAA
1 TTATTAATATTTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAG
* * * * * **
17311029 TTTAAATAGTTATGATTATTTAAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCA
64 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTATCA
* * *** *
17311094 TAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAAAACTACT
128 TAAAACAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTAT-TTGAATAAAATAATACTACT
** * * *
17311147 TTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAAATAAAAACTAAAGCTATTT-TCGAACCAA-T
1 TTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CAAGT
* * * *
17311209 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATCTCAAATAGTTATGATCTTTTCTTTTATCAT
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTATCAT
* * * *
17311274 AAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAATAAAATAATATTAGT
129 AAAACAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAATAAAATAATACTACT
* * * * * * **
17311325 TTATTAATATTCTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACAAGTT
1 TTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTT
* * *
17311390 CAAATAATCATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTATCATA
66 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC-TTTTGTTTTATCATA
* * * * * * *
17311455 AAAAAATTATCTT-AATTCATAAAAACTTGTTCGAAATCAAATAATAATACT
130 AAACAATTAT-TTCTATTCATAAAAGCTTATTTG-AATAAAATAATACTACT
* * * **
17311506 TTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAATTAAAGT-TATTTTCTAAATC-AG
1 TTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTATTTACCGAA-CAAG
* * * * * * * ** *
17311569 TTTAAACAGTTATAACTATTTGAACAATTATCAATCTCAAATAGTAATGGTTTTTGTTTTGTCAT
64 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTGTTTTATCAT
* * * * **
17311634 AACACAATTGTTTCTGA-TCATAGAAGCCTT-TTTAGATTAAAATAATA-TAAAG
129 AAAACAATTATTTCT-ATTCATAAAAG-CTTATTT-GAATAAAATAATACT-ACT
* * * ** * **
17311686 TTAATAATATTGTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGCTTGCCGAATTAGTT
1 TTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTT
* * * * * * * *
17311751 CAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATTTATTTTAAATTGTTCTAACTTATTG-TTTAGTTAT
66 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTT-TTGTTTTA-TCAT
* * * * *
17311815 AAAATAATTATTT-TAGTTCATACAAGCATATTTATAATAAAATAATACTAAT
129 AAAACAATTATTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTT-GAATAAAATAATACTACT
* * * * *
17311867 TTATTAACATTTTAAAAAATTAAAAAGAAAGAGATTTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAG
1 TTATTAATATTTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAG
* * * * **
17311932 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTTG
64 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTATCA
* * ** * * *
17311997 TAAAACATTTGTTTC-AGTTTGTAAAAACTTATCTGAAATAAAATAATATTACT
128 TAAAACAATTATTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTTG-AATAAAATAATACTACT
* * * * * * * * * ** **
17312050 TTATTAATAATTCAAAACTTAGTAAGCAAAAAATTTAAAAACTAAAGCTATTTTTCGAATTAGTT
1 TTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTT
* * * * *
17312115 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATCTT-AAATAGTTATGA-TATTTTTTTTGTTAT
66 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATTGTTATGACT-TTTGTTTTATCAT
* * * * **
17312178 AAAAAAATTTTTTTTGA-TCATACAATTTTATTT-AGATAAAAATAATACTACT
129 AAAACAATTATTTCT-ATTCATAAAAGCTTATTTGA-AT-AAAATAATACTACT
* * * * * * * **
17312230 TTAATAATATTTCAAAAATTAGTATGTAAGAGATATAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATTAGTT
1 TTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTT
* * * *
17312295 TAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
66 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTT
17312339 CTAATGAAAT
Statistics
Matches: 941, Mismatches: 215, Indels: 74
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
178 24 0.03
179 133 0.14
180 366 0.39
181 244 0.26
182 47 0.05
183 121 0.13
184 6 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
TTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTT
CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTGTTTTATCATAA
AACAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAATAAAATAATACTACT
Found at i:17311990 original size:544 final size:528
Alignment explanation
Indices: 17311272--17312671 Score: 1545
Period size: 544 Copynumber: 2.6 Consensus size: 528
17311262 TTCTTTTATC
* * * * * * *
17311272 ATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAATAAAATAATATTAGTTTATTAATATTC
1 ATAAAATAATTATTT-TATTCATACAAGCTTATTTAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTT
* * * * *
17311337 T-GAAAATTAATAGGTAGGAGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAATCA
65 TAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAAATAAATTTATTTATTGAACAAGTTCAAATAATTA
* * *
17311400 TGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAAAAATTAT
130 TGA-CATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTAT
* * *
17311465 CTTAATTCATAAAAACTTGTTCGAAATCAAATAATAATACTTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
194 CTTAGTTCATAAAAACTTGTTCGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
*
17311530 AGCAAGAGATTTAAAAATTAAAGTTATTTTCTAAATCAGTTTAAACAGTTATAACTATTTGAACA
259 AGCAAGAGATTTAAAAA-TAAAGTTATTTTCTAAATCAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACA
* * * *
17311595 ATTATCAATCTCAAATAGTAATGGT-TTTTGTTTTGTCATAACACAATTGTTTCTGATCATAGAA
323 ATTATCAATCTCAAATAGTAATGATATTTT-TTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTGATCATACAA
* *
17311659 GCCTT-TTTAGATTAAAATAATA-TAAAGTTAATAATATTGT-AAAAATTAATAAATAAGAGATT
387 -CCTTATTTAGATAAAAATAATACT-AAGTTAATAATATT-TCAAAAATTAATAAATAAGAGATA
* * *
17311721 TAAAAAATAAATCTGCTTGCCGAATTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATTTATTT
449 TAAAAAATAAATCTGCTTACCAAATTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTT
*
17311786 TAAATTGTTCTAACTTATTGTTTAG
514 CAAATTGTTCT-A---A-----T-G
*
17311811 TTATAAAATAATTATTTTAGTTCATACAAGCATATTTATAATAAAATAATACTAATTTATTAACA
1 --ATAAAATAATTATTTTA-TTCATACAAGCTTATTTA-AATAAAATAATACTAATTTATTAACA
* * *** *
17311876 TTTTAAAAAATTAAAAAGAAAGAGATTTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAG
62 TTTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAAATAAATTTATTTATTGAACAAGTTCAAATAA
* * ** * *
17311941 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAACATT
127 TTATGAC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAAT
* ** * * * *
17312006 TGT-TTCAGTTTGTAAAAACTT-ATCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATAATTCAAAACT
191 TATCTT-AGTTCATAAAAACTTGTTC-GAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAAT
* * * * * * * *
17312069 TAGTAAGCAAAAAATTTAAAAACTAAAGCTATTTT-TCGAATTAGTTCAAATAGTTATGACTATT
254 TAATAAGCAAGAGATTTAAAAA-TAAAGTTATTTTCT-AAATCAGTTTAAATAGTTATAACTATT
* * * * *
17312133 TGAACAATTATCAATCTTAAATAGTTATGATATTTTTTTTGTTATAAAAAAATTTTTTTTGATCA
317 TGAACAATTATCAATCTCAAATAGTAATGATATTTTTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTGATCA
** ** * **
17312198 TACAATTTTATTTAGATAAAAATAATACTACTTTAATAATATTTCAAAAATTAGTATGTAAGAGA
382 TACAACCTTATTTAGATAAAAATAATACTAAGTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGA
* *
17312263 TATAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATTAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTAT
447 TATAAAAAATAAATCTGCTTACCAAATTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTAT
17312328 TTCAAATTGTTCTAATG
512 TTCAAATTGTTCTAATG
* * * * *
17312345 ---AAATAATTGTTTCAATTTATATAACCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-T
1 ATAAAATAATTATTT-TATTCATACAAGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTATTAACATT
* * * *
17312406 TTAAAAAATTAATAAGTGAGAGATTTGAAAAAAATAAATCTATTTATTGAACATGTTCAAATAAT
64 TTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-TAAAAAATAAATTTATTTATTGAACAAGTTCAAATAAT
* * *
17312471 TATGACATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATG
128 TATGACATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAAT-
* * ** *
17312536 TTTC-T-GTTCATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTA
191 TATCTTAGTTCATAAAAACTTGTTCGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTA
* * * ** *
17312599 ATAAGTAAGAGATTTAAATAATAAA-TCTATTTACCAAATCAGTTTAGTTAATTATAACTATTTG
256 ATAAGCAAGAGATTTAAA-AATAAAGT-TATTTTCTAAATCAGTTTAAATAGTTATAACTATTTG
17312663 AACAATTAT
319 AACAATTAT
17312672 TTATTACAAA
Statistics
Matches: 715, Mismatches: 122, Indels: 57
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
528 169 0.24
529 93 0.13
530 5 0.01
534 1 0.00
535 1 0.00
540 3 0.00
541 29 0.04
542 26 0.04
543 25 0.03
544 358 0.50
545 5 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (528 bp):
ATAAAATAATTATTTTATTCATACAAGCTTATTTAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTT
AAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAAATAAATTTATTTATTGAACAAGTTCAAATAATTAT
GACATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATCT
TAGTTCATAAAAACTTGTTCGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG
CAAGAGATTTAAAAATAAAGTTATTTTCTAAATCAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATT
ATCAATCTCAAATAGTAATGATATTTTTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTGATCATACAACCTT
ATTTAGATAAAAATAATACTAAGTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATATAAAAAA
TAAATCTGCTTACCAAATTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTG
TTCTAATG
Found at i:17313340 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 17312345--17314713 Score: 1682
Period size: 181 Copynumber: 13.2 Consensus size: 180
17312335 TGTTCTAATG
* * * * * *
17312345 AAATAATTGTTTCAATTTATATAACCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAA
1 AAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * *** * *
17312410 AAAATTAATAAGTGAGAGATTTGAAAAAAATAAATCTATTTATTGAACATGTTCAAATAATTATG
66 AAAATTAATAAGTAAAAGATTT--AAAAAATAAATCTATTTACCAAACATGTTCAAATAGTTATA
* * *
17312475 AC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTATCTTTTGTTTTGTCATA
129 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTATCATA
* * * * * * * * *
17312527 AAACAAATGTTTCTGTTCATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTA
1 AAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * ** *
17312592 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAATAATAAATCTATTTACCAAATCA-GTTTAGTTAATTATAA
66 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-CATGTTCAAATAGTTATAA
* * * * *
17312656 CTATTTGAACAATTATTTATTACAAATCGTTATCACTTTTTGTTTTATCATA
130 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTATCATA
* * * * ** * *
17312708 AAA-AAATATTTCTGTTCATA-TAGTCTTATTTTG-AATAATGTAATGCTGATTTATTAATA-TT
1 AAATAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTA-TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* ** * * * * * * *
17312769 CTAAAAATTAGTAAGTAACGGATTTAAAAAATGAATATGTTGGT-TCGACCA-GTGCAAATAGTT
64 C-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATT--TACCAAACATGTTCAAATAGTT
* *
17312832 ATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACA
126 ATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTATCATA
* * * * ** * **
17312888 AAATAGTTGTTTCTATTTGA-AGAAGCTTATTCGGGATAACATAATTTTAATTTATTAATA-TTC
1 AAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * ** * * *
17312951 TAAAAA-T--TAA-TAAAAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATG
65 -AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACATGTTCAAATAGTTATA
* * * ** * *
17313012 ACTATTTGAACAGTTA-CTTATTTCAAATCACTATAAATTTTTGTTTTGTTATA
129 ACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTATCATA
* * * * *
17313065 AAATAATTGTTTTTGTTCATACAAG-TTGA-TTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
1 AAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT-ATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * * * * *
17313128 CGATAATTAATAAGTTAAATATTTTAAAAATAAATATATTTACCGAATATGTTCAAATAGTCATA
64 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACATGTTCAAATAGTTATA
* * *
17313193 ACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATATTTATGACCTTTTGTTTCATCATA
129 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATA-TTATGACCTTTTGTTTTATCATA
* * * *
17313246 AAATAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
1 AAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * * * *
17313311 AAAATTAACAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTAAAAATGTTCAAATAGTTATGAC
66 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACATGTTCAAATAGTTATAAC
* * * * * * **
17313376 TAATTTAAACAATTCTTTATTTTAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTATTGTA
131 T-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TATTATGACCTTTTGTTTTATCATA
* * * ** *
17313428 AAATAATTATTTCTATTCATATAAGTTTATCCG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTAC
1 AAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC
* ** *** * * *
17313491 AAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATGTATCTATTTTTTAAACATGTTCAAACAATTATTA
65 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACATGTTCAAATAGTTATAA
* * * * * * *
17313555 CTATTTGAATAACTATTTATTTTAAATCGTTATGACATTTTGTTTTTTCATA
130 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTATCATA
* * * * *
17313607 AACA-AGTTGTTTCTATTCATACAAG-TCTATTCGAAATAAAACATTACTAATTTATTAATATTC
1 AA-ATAATTGTTTCTATTCATACAAGCT-TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * *** * *
17313670 CAAAAAATT-ATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATGAAATATGTTTTTTGAACGCAT-TT-AAATAAT
64 C-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAATCT-ATTTACCAA-ACATGTTCAAATAGT
* * *
17313731 TATGACTATTTGAACAATTATCTCA-TTCAACTAGTTATG-CCTTTTGTTTTGTCATA
125 TATAACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATA-TTATGACCTTTTGTTTTATCATA
** * * * *
17313787 AACCAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTA
1 AAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * *
17313852 AAAATTAAT-AGGAAGGAGATTTTAAAAAATAAATCCT-TTTACCAAACAAGTTAAAATAGTTAT
66 AAAATTAATAAGTAA-AAGA-TTTAAAAAATAAAT-CTATTTACCAAACATGTTCAAATAGTTAT
* * * ** * * **
17313915 GATTATTTGAATAATTGCCTATTTCAAGTCATTATGACTTTTTGTTTTATTGTA
128 AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTATCATA
* * * ** ** *
17313969 AAA-AATTTATTTTTATTGATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTGATTTATTAATATTT-
1 AAATAA-TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* *
17314032 AAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAATTAAATCTTTTTA-CAAA-ATCGGTTCAAATAGTTAT
65 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAT--GTTCAAATAGTTAT
* * * * * *
17314091 AA-TGTTTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGTTATGATC-TTTATTTTATTATA
128 AACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TATTATGACCTTTTGTTTTATCATA
* * * * **
17314144 AAATAATTGTTTCTTTTCATACAAGTTTATTTG-TATGAAAATAATACTAATTTAAATAATATGC
1 AAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTT-ATTAATATTT
* * * * *
17314208 CAAAAATTAATAAG---AA-ATTTAAAAAATACATGTGTTTGCCAAAC-TAGTTCAAATAGTTAA
64 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAT-GTTCAAATAGTTAT
** * * * * ** *
17314268 AACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAATATTTTG-TTTAGTTATA
128 AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTA-TCATA
* * * *
17314322 AAATAATTATTTC-AGTTTATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTC
1 AAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * ** * * *
17314385 ATAAAATTAATATGCAGGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTATACCAAACAAGTTCAAATAGTTAT
65 A-AAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACATGTTCAAATAGTTAT
* * * * *
17314450 AACTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATTATTATGACCTTTTATTTTGTCATA
128 AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TATTATGACCTTTTGTTTTATCATA
* * * * *
17314504 AAATAATTGTTTC-ATTTGATAAAAGGCTTATTTGAAA-GAAACAATACTACTTTATTAATATTT
1 AAATAATTGTTTCTA-TTCATACAA-GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * * * *
17314567 CAAAAATTAATAAGCAAAACATTTAAAAACTGAAAACTGTTT-TCGAACA-ATTCAAATAGTTAT
64 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAATCTATTTACCAAACATGTTCAAATAGTTAT
* * *
17314630 GACTATTTGAACAATTATCAATCTT-AAATCATTATGA--TATTTGTTTTGTCATA
128 AACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAAT-ATTATGACCT-TTTGTTTTATCATA
* * *
17314683 AAACAATTGATTCTAATCATACAAGCTTATT
1 AAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
17314714 CATATAAAAA
Statistics
Matches: 1754, Mismatches: 345, Indels: 180
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 3 0.00
175 57 0.03
176 78 0.04
177 215 0.12
178 75 0.04
179 115 0.07
180 381 0.22
181 435 0.25
182 372 0.21
183 23 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACATGTTCAAATAGTTATAAC
TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATATTATGACCTTTTGTTTTATCATA
Found at i:17315073 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 17314718--17317719 Score: 2210
Period size: 180 Copynumber: 16.7 Consensus size: 181
17314708 CTTATTCATA
* * * * * * * * *
17314718 TAAAAATAAACAAGTAAGAGATTTAAAAATTAAATATGTTTGCTAAGCTAGTTCAAATAGTTAAG
1 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * ** * * * * * *
17314783 ATTATTAGATTATTTATCTATTTCAAATCATTCTGACC-TTTGACTTAGTCATAAAATAATTGTT
66 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTT
** * *
17314847 TCAGTTCATACAAG-TGTATTCGAAATAAAATAATA-CTAATTTATTAACATTC
130 T-TTTTCATATAAGCT-TATTCGAAATAAAATAATATCTAATTTATTAATATTC
* ** * * * * * *
17314899 AAAAAATTAACCAGTAAGAGGGTTGAAAAAATAAATATATTTACCAAAGAAGTTCAAATAATTAT
1 TAAAAATTAATAAGTAAGA-GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * *
17314964 -AGCTATTTGAACAATTATCTTTTTTAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATAT
65 GA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * *
17315028 TTTTTTCTTATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATATC-AATTTATTAATACTT-
129 TTTTTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATCTAATTTATTAATA-TTC
* * *
17315080 GAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAA-ATAGTTCAATTAGTTAT
1 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTTAT
* * * * * **
17315144 AACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATCACCATTTGTTTTGTCATAAAATGATTGTT
65 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * *
17315209 TCTATTCATAT-AGTCTTATTCGAAATAAAGTAAT-GCTAATTTATTAATATTC
130 T-TTTTCATATAAG-CTTATTCGAAATAAAATAATATCTAATTTATTAATATTC
* * ** *** *
17315261 TGAAAATTAATAAGTAAG-GATTTAAAAAATGAATCTGTTGGCTTGACCAGTGT-AAATAGTTAT
1 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGT-TCAAATAGTTAT
* * * **
17315324 TACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAGAAAGTAATTGTT
65 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * ** * * *
17315389 TATGTTCGTACGAGCTTATTTGGAATAATATAAT-TCTAATTTATTAATATTC
130 T-TTTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATCTAATTTATTAATATTC
* * * * * *
17315441 TAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAGAAAATCAATCTGTTTATCGAACAAATTTAAATAGTTATG
1 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
17315502 AGTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT
66 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * *
17315567 TTGTTCATACAAACTTATT-TAGATTAAAATAATAT-TAATTTATTAATATT-
131 TT-TTCATATAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATATCTAATTTATTAATATTC
** * * * * * * * * * *
17315617 T--CGA-CAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATCGAATAAGTTCAACTAGTCATA
1 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * *
17315679 ACTATTT-AAGTAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC-TGTATTTGGTTATAAAACAATTGTA
66 ACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-
*** * ** * * *
17315742 TAAGTTCATATAGGCTTATTTAAAATTAAATAAT-CCTAATTTAGTAATATT-
129 TTTTTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATCTAATTTATTAATATTC
* * *
17315793 TCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTGAAATAGTTAA
1 T-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * *
17315858 GACAATTTAAATAATTATCAATTTCAAATCGTTATG-CTATTTTATTTTATCATAAAACAATTGT
65 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* *
17315922 TTCTATTCATATAAGCTTATTCTGAAA-AAAATAATAT-AAATTTATTAATATTC
129 TT-TTTTCATATAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATATCTAATTTATTAATATTC
* * * * * * * * *
17315975 CAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAATTTGTTTTCTAAGCACGTTCAAATATTTATG
1 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * *
17316039 ACTATTTTAACAATTATGTTTTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTG-T
66 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTT
* * * ** *
17316102 GTATTCAAAAATCAATTATGTATTTGAAATAAAATAAT-TCTAATTTATT-ATGATTC
130 TTTTTC--ATAT-AA-GCT-TATTCGAAATAAAATAATATCTAATTTATTAAT-ATTC
* * * * * *
17316158 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAGCAAATTCAAATAGTTCTG
1 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * *
17316223 ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAACGTTATGACATTTTGTTTTGTTATAAAACAATTATTT
66 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * * *
17316288 CTATTCATACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATA--TAA-ATGTTAGTATTG
131 -TTTTCATATAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATATCTAATTTATTAATATTC
* * * **
17316337 TAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACACA-TTCAAATAGTTAT
1 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTTAT
* * * * *
17316400 GACTATTTGAGCCATTACCTATTCCAAATAC-TTATGACCTTTTGTTTTATCAT-AAACAGATTG
65 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-CGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTG
* * *
17316463 TTTATATTCATACAAGTTTATTC-ATAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTC
128 TTT-TTTTCATATAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATATCTAATTTATTAATATTC
* * * * * * * * * *
17316517 TGAAAATTAAT-TGGAAGGATATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTTAAATAATCAT
1 TAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * *
17316581 GA-TCATTTGAAC-CTAATCCATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT-AGTAAAACAATTG
65 GACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTG
* ** * * *
17316643 TTTCTGTTCATATAAAATTATTCAAAATAAAATAATA-CTTATTTATTAATATTT
128 TTT-TTTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATCTAATTTATTAATATTC
* * * * * * *
17316697 TGAAAA-T--TAAG---GAGATTTAAAAACTAAATTTGCTTACAAAACGAGTTCAAATAATTATG
1 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * ** * *
17316756 A-TTTTTAAACGACTATCTATCTT-AAATTATTATGA--TATTTGTTTTGTCATAAAATAATTAT
66 ACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * *** * * * *
17316817 TTCTTTTCATACAAGCTTATTTGTCTTAAAATAATA-GTAATTCAATAATGTTC
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** * ** * *
17316870 TAAAAATTAATGCGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTATTAAACCAGTTCAAATAGTTAAG
1 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
** * * * * ** *
17316935 ACTATTAAAACAGTTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTGAGTCATAAAACAATTATTT
66 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * *
17317000 CAATTT-ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-CTAATTTTTTAATATTC
131 --TTTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATCTAATTTATTAATATTC
* * * * * *
17317051 AAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTTAAAAAATAAATTTATTTA-CAGAATAAGTTCAAATAATTA
1 TAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA-AACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * *
17317115 TGACTATTTGAACAATTATATGTTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT
64 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * * *
17317180 TTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATA-CTACTTTATGAATATT-
129 TTT-TTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATCTAATTTATTAATATTC
* * * **** *
17317232 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGGTTTAAAAACTAAAGCTGTTTTTTGAACTAA-TTGAAATAGTTA
1 T-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC-AAGTTCAAATAGTTA
* * * * * * *
17317296 TGACCATTTGAACATTTATCAATCTT-AAATCATTATGATC-ATTGTTTTATCATAAAACAATT-
64 TGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * *
17317358 TTTTTTGATCATACAAGCTTAGTT--AGATCAAAATAATA-CTAATTTAATAATATTC
128 TTTTTT--TCATATAAGCTTA-TTCGAAAT-AAAATAATATCTAATTTATTAATATTC
* * * * * * *
17317413 CAAAAATTGATAAGTAAGAGATTTAAAATATAAATTTATTTATCAAACCAA-TTCAAATAGTTAA
1 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * ** * * *
17317477 GACTATTAGAATAATTGTCTATTTCAAATTGTTTTGATATTTTGTCTAGTCATAAAATAATTGTT
65 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
*** *
17317542 CCAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT-GCTAATTTATTAATATTC
130 -TTTTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATCTAATTTATTAATATTC
* * * * * * *
17317594 AAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATGTATTTACCAAACCAGTGCAACTAGTTAT
1 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * *
17317659 GATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
65 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
17317720 CATTTTATCG
Statistics
Matches: 2227, Mismatches: 484, Indels: 219
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
172 1 0.00
173 69 0.03
174 58 0.03
175 2 0.00
176 70 0.03
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185 5 0.00
186 5 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
TTTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATCTAATTTATTAATATTC
Found at i:17317470 original size:543 final size:539
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Indices: 17314718--17317719 Score: 2444
Period size: 543 Copynumber: 5.6 Consensus size: 539
17314708 CTTATTCATA
* * * * * * * *
17314718 TAAAAATAAACAAGTAAGAGATTTAAAAATTAAATATGTTT-GCTAAGCTAGTTCAAATAGTTAA
1 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACCAATTCAAATAGTTAA
* * ** * * * *
17314782 GATTATTAGATTATTTATCTATTTCAAATCATTCTGACC-TTTGACTTAGTCATAAAATAATTGT
65 GACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTGT
* * *
17314846 TTCAGTTCATACAAG-TGTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAAC
129 TTCAATTCATACAAGCT-TATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAAT
* ** * * *
17314910 CAGTAAGAGGGTTGAAAAAATAAATATATTTACCAAAGAAGTTCAAATAATTAT-AGCTATTTGA
193 AAGTAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGA-CTATTTGA
* * ** * * * *
17314974 ACAATTATCTTTTTTAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTTTTTCTTAT
257 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTCATA-
** * * * *
17315039 AAGTTTGTTCGAAATAAAATAATA-TCAATTTATTAATACTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
321 AAACTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * *
17315103 TAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAATAGTTCAATTAGTTATAACTATTTAAACAATTATTTATTT
385 TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTT
* * * ** *
17315168 CAAATCGTTATCACCATTTGTTTTGTCATAAAATGATTGTTTCTATTCATA-TAGTCTTATTCGA
450 CAAATCATTATGATCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TCATACAAG-CTTATT--A
* * * *
17315232 AATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTC
511 GATAAAATAATACTAATTTAATAATATTC
* * ** ** *
17315261 TGAAAATTAATAAGTAAG-GATTTAAAAAATGAATCTG-TTGGCTTGACCAGTGT-AAATAGTTA
1 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACCAAT-TCAAATAGTTA
** * ** * * * **
17315323 TTACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAGAAAGTAATTGT
64 AGACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGT
* * * * * * * *
17315388 TT-ATGTTCGTACGAGCTTATTTGGAATAATATAATTCTAATTTATTAATATTCTAAAAA-T--T
129 TTCA-ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAAT
* * * * * * * * *
17315449 AA-TAAGAGA-TTTAGAAAATCAATCTGTTTATCGAACAAATTTAAATAGTTATGAGTATTTGAA
193 AAGTAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAA
*** * * *
17315512 CAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATAC
258 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTGTTCATA-
* * * * * * *
17315577 AAACTTATTTAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC---GA-CAATAAGTAAAAGATTT
321 AAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * * * **
17315638 TAAAAATAAATATGTTTATCGAA-TAAGTTCAACTAGTCATAACTATTTAAGTAATTATCTATTT
386 AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTT
* * * * * * * *
17315702 CAAATCATTATGATC-TGTATTTGGTTATAAAACAATTGTAT-AAGTTCATATAGGCTTATTTAA
450 CAAATCATTATGATCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA--TCATACAAGCTTA-TT-A
* * * *
17315765 AATTAAATAATCCTAATTTAGTAATATT-
511 GATAAAATAATACTAATTTAATAATATTC
* * *
17315793 TCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAAGTTGAAATAGTTA
1 T-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAA-TTCAAATAGTTA
* * * * * * *
17315857 AGACAATTTAAATAATTATCAATTTCAAATCGTTATG-CTATTTTATTTTA-TCATAAAACAATT
64 AGACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTT-GTTTAGTCATAAAACAATT
* * *
17315920 GTTTCTATTCATATAAGCTTATTCTGAAA-AAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATT
127 GTTTCAATTCATACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCAAAAAATT
* * * * * * * *
17315983 AATAAGTAA-AAATTTT-AAAAATAAATTTGTTTTCTAAGCACGTTCAAATATTTATGACTATTT
190 AATAAGTAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTT
* * * * *
17316046 TAACAATTATGTTTTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTG-TGTATTC
255 GAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTGTTC
* *
17316108 A-AAAATCAATTATGT-ATTTGAAATAAAATAATTCTAATTTATT-ATGATTCCAAAAATTAATA
318 ATAAAA-C--TTAT-TCA----AAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTTCAAAAATTAATA
* * * * * *
17316170 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAGCAAATTCAAATAGTTCTGACTATTTGAACA
374 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACA
* * * * *
17316235 ATTATTTATTTCAAAACGTTATGA-CATTTTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTCTATTCATACA
439 ATTATCTATTTCAAATCATTATGATCA-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TCATACA
* * * *
17316299 AGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATGT--TAGTATTG
502 AGCTTA-TTAG-ATAAAATAATACT-AATTTAATAATATTC
* * *
17316337 TAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTGAA-CACATTCAAATAGTTA
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* ** * * * *
17316399 TGACTATTTGAGCCATTACCTATTCCAAAT-ACTTATGACCTTTTGTTTTA-TCAT-AAACAGAT
64 AGACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACA-AT
* * **
17316461 TGTTT-ATATTCATACAAGTTTATTC-ATAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTGAAAAT
126 TGTTTCA-ATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAAT
* * * * * *
17316524 TAAT-TGGAAG-GATATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTTAAATAATCATGA-TCA
189 TAATAAGTAAGAGAT-TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACT-A
* * *
17316586 TTTGAAC-CTAATCCATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT-AGTAAAACAATTGTTTCTG
252 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTT-TG
* * **
17316649 TTCATATAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTTATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAAG---
315 TTCATA-AAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * * * * *
17316708 GAGATTTAAAAACTAAATTTGCTTACAAAACGAGTTCAAATAATTATGA-TTTTTAAACGACTAT
379 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTAT
* * * *
17316772 CTATCTT-AAATTATTATGAT-ATTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTTTTCATACAAGCTT
444 CTAT-TTCAAATCATTATGATCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TATCATACAAGCTT
* * * * *
17316835 ATTTGTCTTAAAATAATAGTAATTCAATAATGTTC
507 ATTAG--ATAAAATAATACTAATTTAATAATATTC
** * * *
17316870 TAAAAATTAATGCGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTATTAAACCAGTTCAAATAGTTAAG
1 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAATTCAAATAGTTAAG
* * * * *
17316935 ACTATTAAAACAGTTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTGAGTCATAAAACAATTATTT
66 ACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTT
* * *
17317000 CAATTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTCAAAAAATTAATAAG
131 CAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAG
* * *
17317065 TAAGAAATTTTAAAAAATAAATTTATTTA-CAGAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACA
196 TAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTACCA-AACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACA
* * * *
17317129 ATTATATGTTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAAAA
260 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-GTTCATAAAA
* * * *
17317194 GCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATGAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGGTTTAA
324 -CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * **** * * * * *
17317259 AAACTAAAGCTGTTTTTTGAACTAATTGAAATAGTTATGACCATTTGAACATTTATCAATCTT-A
388 AAAATAAATCTGTTTACCAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTAT-TTCA
* * *
17317323 AATCATTATGATCA-TTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTTTGATCATACAAGCTTAGTTAGATC
452 AATCATTATGATCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATCATACAAGCTTA-TTAGAT-
17317387 AAAATAATACTAATTTAATAATATTC
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* * * * *
17317413 CAAAAATTGATAAGTAAGAGATTTAAAATATAAATTTATTTATCAAACCAATTCAAATAGTTAAG
1 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAATTCAAATAGTTAAG
* * * ** * ** * * *
17317478 ACTATTAGAATAATTGTCTATTTCAAATTGTTTTGATATTTTGTCTAGTCATAAAATAATTGTTC
66 ACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTT
* * *
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131 CAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAG
* * * * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * ** * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* ** * * * *** *
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* * *
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* * * *
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* * * *
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*
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* * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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*
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* * * **
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* * *
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130 TTC
* * * * *
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**
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TC
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1 GAGATC
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* * *
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* * * * **
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* * * **
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* *
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* * *
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* * * * *
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* * *
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* *
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* *
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1 AAAGGAAAT
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AAAGGAAAT
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1 AAAAGGAAAT
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1 AAAAGGAAAT
17328960 AAAAGGAAAT
1 AAAAGGAAAT
17328970 AAAA
1 AAAA
17328974 ACATTTTAAG
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AAAAGGAAAT
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* * *
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* *
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* *
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* * *
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* *
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TAAGCCTAGATTAGCTGGCACT
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* * *
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* **
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* *
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TAAGCCCAGATTAGCTAGCACCTAAGCCTATATCAGCTAGCACTT
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* *
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TAAGACCTCTGGGCATAATCTG
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17329622 AAAACTTCTA
* **
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* *
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* *
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GGCATAATCTCTAAGACCTTTG
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17329499 AGTACCTAAG
* * * * *
17329509 ATAATTTTTAAGACCTCTGGGCATAATCTGTAAGACTTTTGGGCAAATCATGTTCAATTTTCAAA
1 ATAATTTTTAAGACCTCTGGGCATAATCTGTAAGACCTTTGGGTAAAACATTTTAAATTTTCAAA
* * * * *
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130 ATCTCTAAAACCTTCAAGC
* * * *
17329657 ATAATCTTTAAGACCTTTGGGCATAAGCTGTAAGACCTTTGGGTAAAACATTTTAAATTTTAAAA
1 ATAATTTTTAAGACCTCTGGGCATAATCTGTAAGACCTTTGGGTAAAACATTTTAAATTTTCAAA
* *
17329722 GTTTAAATGCCTCTGATATAAAGAGCATTCAAAGATGTCGAGATTTGTAAGACCTCTAGGCATAA
66 GTTTAAATGCCTTTGATATGAAGAGCATTCAAAGATGTCGAGATTTGTAAGACCTCTAGGCATAA
* ** *
17329787 TCTCTAAGACCTTCGGGT
131 TCTCTAAAACCTTCAAGC
* * * * * ** * *
17329805 ATATTTTTTAAGATCTCTAGGCATAATCTATAAAACCTCCGAGTGAAACATTTTAAATTTTCAAA
1 ATAATTTTTAAGACCTCTGGGCATAATCTGTAAGACCTTTGGGTAAAACATTTTAAATTTTCAAA
* * * * * *
17329870 GTTTCAATGCCTTTGATATGAGGAGCATTCAAAGATGTTGAGATTTGTAAGCCCTCCAAGCATAA
66 GTTTAAATGCCTTTGATATGAAGAGCATTCAAAGATGTCGAGATTTGTAAGACCTCTAGGCATAA
* * * ***
17329935 TTTTTAAGACCTTTTGGC
131 TCTCTAAAACCTTCAAGC
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17329972 AGCAAAACAT
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ATAATTTTTAAGACCTCTGGGCATAATCTGTAAGACCTTTGGGTAAAACATTTTAAATTTTCAAA
GTTTAAATGCCTTTGATATGAAGAGCATTCAAAGATGTCGAGATTTGTAAGACCTCTAGGCATAA
TCTCTAAAACCTTCAAGC
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17329759 TCGAGATTTG
*
17329769 TAAGACCTCTAGGCATAATCTC
1 TAAGACCTCTAGGCATAATCTA
* * * * *
17329791 TAAGACCT-TCGGGTATATTTTT
1 TAAGACCTCT-AGGCATAATCTA
*
17329813 TAAGATCTCTAGGCATAATCTA
1 TAAGACCTCTAGGCATAATCTA
*
17329835 TAAAACCTC
1 TAAGACCTC
17329844 CGAGTGAAAC
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TAAGACCTCTAGGCATAATCTA
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17329781 GCATAATCTC
* * * **
17329791 TAAGACCTTCGGGTATATTTTTTAAGATCTCTAGGCATAATCTATAAAACCTCCGAGTGAAACAT
1 TAAGACCCTC-GGTATAATTTTTAAGACCTCTAGGCATAATCTATAAAACCTCCGAGCAAAACAT
* * * * * *
17329856 TTTAAATTTTCAAAGTTTCAATGCCTTTGATATGAGGAGCATTCAAAGATGTTGAGATTTG
65 TTTAAAATTTCAAAGTTTCAATGCCTCTGATAGGAAGAGCATTCAAAGATATTAAGATTTG
* * * * * * * * *
17329917 TAAG-CCCTCCAAGCATAATTTTTAAGACCTTTTGGCATATTTTGTAAGACCTCTGAGCAAAACA
1 TAAGACCCT-C-GGTATAATTTTTAAGACCTCTAGGCATAATCTATAAAACCTCCGAGCAAAACA
* * * *
17329981 TTTTAAAATTTCAAAGTTTTAGTGCCTCTGATGGGAAGAGCATTCAAAGTTATTAAGATTTG
64 TTTTAAAATTTCAAAGTTTCAATGCCTCTGATAGGAAGAGCATTCAAAGATATTAAGATTTG
17330043 TAAGACCCTCGGTTATAAT
1 TAAGACCCTCGG-TATAAT
17330062 CTCTAAGTCC
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TAAGACCCTCGGTATAATTTTTAAGACCTCTAGGCATAATCTATAAAACCTCCGAGCAAAACATT
TTAAAATTTCAAAGTTTCAATGCCTCTGATAGGAAGAGCATTCAAAGATATTAAGATTTG
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17330229 AAAAAAATAAAAAC
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*
17330243 AAAGAAAACAAAAC
1 AAA-AAAAAAAAAC
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1 AAAA-AAAAAAAAC
* *
17330271 AAAAAAATAAAAT
1 AAAAAAAAAAAAC
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1 AAAAA-AAAA
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AAAAAAAAAAAAC
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17330218 ATTTATTAAT
*
17330228 TAAAAA-AATAAAAACAAAGAAAACAAAA
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* *
17330256 -CAAAATAAAAAAAACAAAAAAATAAAA
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1 TAAAAATAAAA
17330294 TGAAAAAAAA
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TAAAAATAAAAAAAACAAAAAAACAAAA
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17330237 AAAAACAAAG
17330247 AAAACAAAACAAAATAAAA
1 AAAACAAAACAAAATAAAA
17330266 AAAAC-AAA-AAAATAAAA
1 AAAACAAAACAAAATAAAA
17330283 TAAAA
1 -AAAA
17330288 ATAAAATGAA
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Consensus pattern (19 bp):
AAAACAAAACAAAATAAAA
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Indices: 17330549--17330604 Score: 94
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17330539 ATTTTTAATT
* *
17330549 TTA TTT TTA TTG TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA
1 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA
17330597 TTA TTA TT
1 TTA TTA TT
17330605 TAGAATTAAT
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 4, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 49 1.00
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TTA
Found at i:17333892 original size:181 final size:181
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Indices: 17333578--17334021 Score: 493
Period size: 181 Copynumber: 2.5 Consensus size: 181
17333568 TTTTATGACT
* * * * * *
17333578 AAAC-AAAGGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTTA-
1 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGAT
* *
17333641 TTCGATAAATAGAA-TTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTGATTTTTAGAAGATGAATAAATTAG
66 TTAG-TAAATA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAAGATGAATAAATTAG
* * * *
17333704 CATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATAAACAGACATAATTGTTGTGTGAGA
129 CATTATTTTATTCCAAATAAGCATGTATAAACAGACATAATTGTTGTATAACA
* * * * *
17333757 CAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGTTATAAATATTTAAACTGAT
1 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGAT
* * * **
17333822 TTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTTTTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTATT
66 TTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AAGATGAATAAATTAGC
* * * * *
17333886 ATTATTTTATTCCAAATAAGCATGTTTGAACATAGATAATTGTTTTATAACA
130 ATTATTTTATTCCAAATAAGCATGTATAAACAGACATAATTGTTGTATAACA
* ** * * * *
17333938 AAAGAAAATATCCTAACGATTTGAAATAGATAATTGTCCAAATAGTCATAACTATTTCAACTGGT
1 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGAT
* * *
17334003 TCAATAAACAAATTTATTT
66 TTAGTAAATAAATTTATTT
17334022 CAGAATATTA
Statistics
Matches: 218, Mismatches: 42, Indels: 8
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
179 5 0.02
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (181 bp):
AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGAT
TTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAAGATGAATAAATTAGCA
TTATTTTATTCCAAATAAGCATGTATAAACAGACATAATTGTTGTATAACA
Found at i:17334467 original size:181 final size:180
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Period size: 181 Copynumber: 4.6 Consensus size: 180
17334030 TAATAAAGTT
* * * * * *
17334040 GTATTA-TTTATTCCAAATAAGCTTGTGTGAACAAAAACACTTGTTTTATGACAAAACAAAAGCA
1 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGCT
* *** *
17334104 CATAATGATTTGTAATGTATAATT-GTCAAATAGTCAGAACTATAAGAACTACTTTGGTAAACAA
66 CATAATGATTTGAAAAAAATAATTATTCAAATAGTCAGAACTATAAGAACTACTTTGGTAAACAA
* * * *
17334168 ATTTATTTTTTAATTCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATAATAAATTA
131 ATTTATTTTTTAATTCTGTTACTTACTAATTTTAGAAATATAAAAAATTA
* * * *
17334218 GTATTATTTTATTTCTG-ATAAGCTTGTATGAATAGAAA-ATTTTCTTTTATGACAAAACAAAGG
1 GTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * **
17334281 CTCATAATGATTTGAAAAAAATAATTATTTAAATAGTCA-AGACTATCTA-AACTTGTTTGGTAA
64 CTCATAATGATTTGAAAAAAATAATTATTCAAATAGTCAGA-ACTAT-AAGAACTACTTTGGTAA
**** *
17334344 GTGTATTTATTTTTTAAATT-TGTTACTTACTAAGTTTTAG-AATGTTAAAAAATTA
127 ACAAATTTATTTTTT-AATTCTGTTACTTACTAA-TTTTAGAAAT-ATAAAAAATTA
* * *
17334399 GTGTTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATAACAAAATAAAAGCT
1 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGCT
* ** * * * *
17334464 CATAATGATTT-AAAATAAATAATTATTCAATTACCCAAAACTATTTA-AACCAGTTTGGTAAAC
66 CATAATGATTTGAAAA-AAATAATTATTCAAATAGTCAGAACTA-TAAGAACTACTTTGGTAAAC
* *
17334527 AAATTTA-TTTTTAAATC---T-CTTACTAATTTTTA-AAATATTAATAAATTTA
129 AAATTTATTTTTTAATTCTGTTACTTACTAA-TTTTAGAAATA-TAA-AAAATTA
* * * * * * **
17334576 -AATTACTTTATTTTGAAAAAGCTTGTATTAATA-ATAACAATTAG-TTTATGACTTAA-AAAAG
1 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGA-AACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * * ** **
17334637 GTCATAACTG-TTTGAAATAGATAATTATACAAATAGTCATAGCTAGT-TGAAGTTGTTTAATAA
64 CTCATAA-TGATTTGAAAAAAATAATTATTCAAATAGTCAGAACTA-TAAGAACTACTTTGGTAA
* * * ** * *
17334700 ATAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTCGCTT--TGATTTTA-ATAATATTAATAAATTA
127 ACA-AATTTATTTTTTAATTCTGTTACTTACTAATTTTAGA-AATA-TAAAAAATTA
* * * * * * *
17334753 GTTTTCTTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAGTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
1 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGCT
* ** ** *
17334818 TATAACAATTTGAAATTAATAATTATTAAAATAGT
66 CATAATGATTTGAAAAAAATAATTATTCAAATAGT
17334853 TATAAGTATT
Statistics
Matches: 501, Mismatches: 99, Indels: 69
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
175 50 0.10
176 78 0.16
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179 105 0.21
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182 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGCT
CATAATGATTTGAAAAAAATAATTATTCAAATAGTCAGAACTATAAGAACTACTTTGGTAAACAA
ATTTATTTTTTAATTCTGTTACTTACTAATTTTAGAAATATAAAAAATTA
Found at i:17334899 original size:179 final size:178
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Indices: 17334025--17334958 Score: 726
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17334015 TTTATTTCAG
* * *
17334025 AATATTAATAAAGTT-GTATTA-TTTATTCCAAATAAGCTTGTGTGAACAAAAACACTTGTTTTA
1 AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA
** * * * * *
17334088 TGACAAAACAAAAGCACATAATGATTTGTAATGT-ATAATT-GTCAAATAGTCAGAACTA-TAAG
65 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT-TAATAATTATTAAAATAGTCATAACTATTTA-
** * * *
17334150 AACTACTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAATTCTTTTACTTATTAATTTTTGA
128 AA-TTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-T-TTAATTTTTAA
** * ** *
17334204 AATA-TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCTGATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-TTTTCTTTTA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTA
** * *
17334267 TGACAAAAC-AAAGGCTCATAATGATTTGAAAAAAATAATTATTTAAATAGTCA-AGACTATCTA
65 TGACAAAACAAAAGG-TCATAATGATTTGAAATTAATAATTATTAAAATAGTCATA-ACTATTTA
**** * * * *
17334330 AACTTGTTTGGTAAGTGTATTTATTTTTTAAATTTGTTACTTACTAAGTTTTAG
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* * * * *
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* * * * * * * ** *
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**
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* * * * * *
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1 AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA-TTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATT-GTTT
** *
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* * ** * ** *
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* * * *
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* ** * *
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* * * * *
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* ** * *
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* * * * * * * **
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* * * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * * *
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** ** * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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** * * * *
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* * **
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* * * * * * * * *
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* * ** * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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** * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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*
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* *
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* * *
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** *
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* *
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* * *
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* * *
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* * * *
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* * ** * * * * * *
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* * * * * *
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323 TTTA
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AAAAAATAAATTTGTTACCGAATCAATTCAAATAGTTAGAACTATTTAAACAATTATCTATTTCA
AATCGTTATAACCTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTTATTCAAGATTATTTGGAATA
AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT
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* *
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1 TTTTAAATAGAACAATTTGTTGATTG
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* * * * *
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* * * * ** *
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* * * * * * * * * *
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* * * ** * * * * **
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* * * *
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* * ** * *
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** * * * * * *
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* *
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* * * *
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* * * * * * *** *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** *
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*
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AAATATTAATAAATTAATATTATTTTTTTCGAATAATTGTATTAAC
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* *
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* **
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126 TATTTCAAATAAGCTTGTAT-GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * ** * *
17343563 GTCATAA-TATTTTTAAATAAATAATAATTCAAAAAGTAATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAA
1 GTCATAACGA-TTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGGCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAA
* * ** * * *
17343627 CAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTA-TT-AATTTTTTGAATGTTAATAATTTAGTATTATTTTAT
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** * * * *
17343690 TTTGAATAAGCTTGTATAAACT-GAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAT
129 TTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * ** * * * * *
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1 GTCATAACGATTTG-AAATAAATAATTATTCAAATAG-GCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAA
** *
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* * * * * *
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127 ATTTCAAAT-AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * *
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* * * * * * * *
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64 ACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
* ** * * * *
17344046 TTCTGAATAATTTTGTATGAACATAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAG
129 TTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * *
17344098 GTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GGTCAT---GATTTGAACTTATTCGGTAAA
1 GTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGG-CATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAA
* ** * *
17344159 CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTCCCTATTAA-TTTTAAGAATATTAAAAAATTAATATTATTTT
65 CATATTTATTTTTTAAATCT-TTTACT-TAAATTTTTAA-AATATTAATAAATTAATATTATTTT
* * * *
17344223 A-TTCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAAGAAAAG
127 ATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * * ** *
17344276 ATTATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTGTTTGAATTTGCTCAGTAAAT
1 GTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGGCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC
* ** *
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* * * * * * * * *
17344406 TTCGAATAAACTTATATTAACAAAAACAATTGGTTTGTGATAAAACAAAAG
129 TTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * ** * *
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1 GTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGGCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC
* * * * * *
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* * * *
17344584 TTCAAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTATAACAAAACAAAAG
129 TTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* ** ** * * **
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1 GTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGGCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC
* * * ** * *
17344701 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAGTTACTATTATTTTAT
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* * * * *
17344766 TTCAAATAAGCCTAG-ATGAATTGATAGAATTGTTTTATGACAAAACAAAAC
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* * * ** * *
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* * **
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* * ** *
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129 TTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * *
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* * ** * * *
17345062 TAGATCCA-TTTTTAAATCTTTTA--T-AATTTTTAGAATATCAATAAATTAGA-ATTATGTTAT
65 CATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAAATTTTTAAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTAT
* * * * * * * * * * *
17345122 TACGAATAAGCTTCTACGAACAAAAATAATTCTTTTGTAACAAAACATAAG
129 TTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * * * * * ** *
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66 ATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA--AATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
** * ** *
17345303 TTTGAATAAGTTTGTATGAGCAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATG
129 TTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * *** * *
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* *
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* * * * * * * * *
17345484 TTCTAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTCTTTTATTACAAAACAAAAAG
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* * * * * * *
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* * * * * *
17345599 ATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTTTTTT
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** * *
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127 ATTTCAAATAAGC-TTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * ** * *** ** *
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* * * * *
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* * ** * *
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* ** * *
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127 ATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * **
17346063 GTCAGAACAATTTGAAATAAATAATTATTCCAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAAC
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* * * * *
17346128 AAATTTAGTCTTTAAATCTCTTAGC---AATTTTCAAAATATTAATAAATCT-ATATTATTTTAT
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* ** ** * * * *
17346189 TTTAAATAATTTTCAATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA
129 TTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * **
17346240 G---T--C-A--TGAAATAAATAATTGTTCAAAT-GGTCATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAA
1 GTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGG-CATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAA
* * ** * * * *
17346296 TAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTCAAAAAATTAATAAACTAATATTATTTTA
65 CATATTTATTTTTTAAATCTTTTA-CT-TAAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
* * * * * *
17346361 TTTCCAAATAAACTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTACGACAATAGAAAAG
128 TTT-CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * ***
17346414 ATCATATCTATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTTGTTCAATAAAC
1 GTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGGCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC
* ** *
17346479 ATATTTATTTTTGAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTAT
66 ATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA--AATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
* * * * ** *
17346544 TTCAAATAAACTTATGTGAACAGAAACAATT-TGTTTATGATGAAA-TAAAG
129 TTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT-TTTATGACAAAACAAAAG
*
17346594 GTCATAACTATTT
1 GTCATAACGATTT
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Statistics
Matches: 6277, Mismatches: 1564, Indels: 866
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Consensus pattern (179 bp):
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Alignment explanation
Indices: 17338153--17346601 Score: 2124
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*
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* * * * *
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** * ** * * *
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* * * * *
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** * *** * *
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* * * * * *
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* * * * **
17338538 TTATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACTTATTTGGTAAACATATTTATTTTAAAAATCTTTTAC
376 TTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTATTTGGCAAACAAATTTATTTTAAAAATCTCATAC
* * * *
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441 TTATTAATTATCAAAATATTAATAAAATAATATTATTTTCATCCAAACAAACTTATATGAACAAA
*
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506 ACAAATTGTTTTATAACAAAACAAAAG
* ** * * * * * *
17338695 GTTATAGCGATTTCAAAA-ATATAATTGTTCAAATAATCGTAACTATTTGAACTTGATTAGTAAA
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* *
17338759 CAAATTCATTTATTAAATCTCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAAAATTATATTATTCC
65 CAAATTTATTT-TTAAATCTCTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAATATTAT-TTATTCC
* * *
17338824 AAAAAAGCTTCTATGAATGGAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAGGATTTGAAA
127 AAAAAAGCTTCTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAA
* * *
17338889 TAGATAATTGTTCAAATTGTCATAACTATTT-ATAGTATTTGGGCTAATAGATTCATTTTTTAAA
192 TAGATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTATTT-GG-TAATA-ATTCATTTTTTAAA
* *
17338953 TTTGTTACTTATTAATATTCAAAATATTAATAAATTAGCTTTATTTTA-TTCTAAATAAAACTGT
253 TTT-TTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGCTTTATTTTATTTC-AAATAAAACTAT
* * * * *
17339017 ATGAATAGAAACAATTGTTTTCTGACAAAACAAATGGTGATAACGATTTGAAATAAATAATTATT
316 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAACTTGAAATAAATAATTATT
**
17339082 CAAATAGTTATAACTGA-TTGAAC-TAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCATACTTA
381 CAAATAGTTATAACT-ATTTGAACTTA-TTTGGCAAACAAATTTATTTTAAAAATCTCATACTTA
* * * ***
17339145 TTATTTTTCATAATATT-ATAAAATAATATTATTTT-ATTTTGAACAAACTTATATGAGTA-AAA
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* *
17339207 ACATATT-TTTTATGACAAAACAAAAAG
506 ACAAATTGTTTTATAACAAAAC-AAAAG
* * * * *
17339234 GTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTGGTTTGGCAAAC
1 GTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAAC
* * *
17339299 ATATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTT-TT
66 AAATTTA-TTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTATT
* * * * * * * *
17339363 ACCTAAATAAGCTTTTAT-AATTAGAAATAATTGTTTTGTGGCAAAAC-AAAGATTATAACAATT
125 -CC-AAAAAAGCTTCTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATT
* * * * * *
17339426 TGAGATTGATAATTGTTAAAATAGTTATAACTATTTGAATTAGTTTGG-AATAACTTTAATTTTT
187 TGAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTTGGTAATAA-TTCATTTTTT
* * * *** *
17339490 AAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAGCATTATTTTATTTTGGAT-AAGCT
250 AAAT-TTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGCTTTATTTTATTTCAAATAAAAC-
* ** * * * *
17339554 TTTACAAACT-GAAATAATTATGTTATGACAAAACAAAAGCTCAT---AAC--G---------AT
313 TATATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAACTTGAAATAAATAAT
* * * * * * * * ** *
17339604 T-TT-AGATAGTCATAAGTATTTGAATTTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTAC
377 TATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTATTTGGCAAACAAATTTA-TTTTAAAAATCTCATAC
** * * * * * * * **
17339667 TTATTAAGTT-TCTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCCGAATAAGCTTGTATGAATT
441 TTATTAA-TTATCAAAATATTAATAAAATAATATTATTTTCA-TCCAAACAAACTTATATGAACA
* * * * *
17339730 GAA-ATATTATTTTATAACTAAACAAAAT
504 AAACAAATTGTTTTATAACAAAACAAAAG
* * * * * * * **
17339758 GTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGAGAAA
1 GTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA-AAA
* *
17339823 CATAATTT-TTTTTAAATCTCTTAAAAATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTATTATTATTTAA
65 CA-AATTTATTTTTAAATCTCTT----ATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAATATTATTT-A
* * * *
17339887 ATCCAAATAAGCTTGTAT-ATAAAGAAACAATTATTTTATG--AAAA-AAAA-G--AT--C-A--
123 TTCCAAAAAAGCTTCTATGA-ATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATT
* * * * ** *
17339940 T--AA-CG---ATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTCAACTAGTTCAGTAAACTGAATT-AGTTT
187 TGAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTTGGT-AA-T-AATTCATTTT
* * *
17339998 TTAAA--TCT-CTTATTAATTTTCAAAAGATTAATAAATCT-G-TATTATTTTA-TTCTGAATAA
248 TTAAATTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAT-TAGCT-TTATTTTATTTC-AAATAA
*** * * * * * * *
17340057 TTTTTTATGAACAAAAAGAATTGTTTTATGACAAAA-AAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATA
310 AACTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAACTTGAAATAAATA
* * * * * * * ** * * ** ***
17340120 ATTGTT-TAATGGTCATGACTATTTAAACTTGTTCCGTAGACATGTTTATTTTTTTAATCT--T-
375 ATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTATTTGGCAAACAAATTTATTTTAAAAATCTCATA
* * * ** ** *** * * * *
17340181 -TT-TAAATCT-CCTATCTATTAATTTTTAA-AA-ATTA--AAAAT-TAAA-ATA-TTTTAT--T
440 CTTATTAAT-TATCAAAATATTAA--TAAAATAATATTATTTTCATCCAAACAAACTTATATGAA
** * * *
17340234 CTGAATAAA-------ATGACAAAAGAAAAG
502 CAAAACAAATTGTTTTATAACAAAACAAAAG
* * * * * * * * *
17340258 ATCAT-ATCTATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTGTTTGAACTTGCTTGGTAAA
1 GTCATAAT-GATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAA
* * *
17340322 CATATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTATTTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
65 CAAATTTA-TTTTT-AA-A-TCT-CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTA-TTTA
* * * * * ** * * *
17340387 TTTCAAATAAA-CTTGTGTGAACAAAAACAATTCGTTTATGACGAAAC-AAAGGTCATAACTATT
123 TTCCAAA-AAAGCTTCTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATT
* ** * * * * * * * *
17340450 TTATCT-GAATAAACTTGTACGAACAAAACTAATTA-TTTTATAACAAAACAAAAAATTATAGCG
187 TGAAATAG-AT-AA-TTGT--TAA-AATAGTCATAACTATT-T----GAAC----TATT-T-G-G
* * * * * * * * **
17340513 ATTTAA-AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC-TATTTGAACTTGCTTGGTAAGCAGATTCT
234 ---TAATAAT---TCATTTTTTAAAT--T-TTTACTTA-TT-AA-TT--TT--CAA-AATATTAA
*** * * * * * ** *
17340576 TTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAA-TTTA-GAATTATATTATTTTGAATAA
282 TAAATT--AGCT-TTATT--TTATTTCAA-A-TAA-AACTATATGAA-TAGA--A---ACAAT-T
* * ** * ** * ** * * * **
17340639 GCTTGTACGAACAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATCACAATTTGAAGTAGATA
332 G-TTTTATG-AC-AAAACAAAAG-GTCATAACAACTTGAAA--T-A-AATAA-TT--A-TTCA-A
* * * **
17340704 ATTGTTCA-AAC-AGTCTT-AACTATTTGCATTGGCCAAGCCAACAAATTCATTTTCTAAATC-C
384 ATAGTT-ATAACTA-T-TTGAACT-TAT---TTGG-C-A---AACAAATTTATTTTAAAAATCTC
* * *** * ** * * * *
17340765 GTTACTTACTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGCATTACTTT-ATTCTAAAGAAGAC-TGTAT
437 -ATACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAAATAATATTATTTTCA-TCCAAACAA-ACTTATAT
* * **
17340827 GAATAAAAC-AATTATTTTATAACAAAACAAATT
499 GAACAAAACAAATTGTTTTATAACAAAACAAAAG
* ** * * * * * * *
17340860 GTGATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGAT-ATAACTAGTTGAACTGGTTTGGTAAA
1 GTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAA
* * ** *
17340924 TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATAATAATAAATTAATATTTATTTT
65 CAAATTTA-TTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAATA-TTA-TTT
* * * ** * * ** * *
17340989 ATTTCGAACAAA-C-TC-ATAGAATAAAAACTTTTGTTTTATGACAAAATAAAAAATCATAAAGA
122 A-TTCCAAAAAAGCTTCTAT-GAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGA
* * * *
17341051 TTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCAT-A--A--T----TA-TT--TAA-ACTT--TTTTTC
185 TTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTGGTAATAATTCATTTTTT
* *** * * * * *
17341101 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTA-ATATTATTTTACTTCGAAT-AAGC
250 AAAT-TTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGCT-TTATTTTATTTCAAATAAAAC
* * * * * * * * * * **
17341164 TTGTATGAGCTA-AAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAAGTTAGAACGATTTGAAATAGGTAA
313 -TATATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAACTTGAAATAAATAA
* * * ** * *
17341228 TTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAA-TTGATTTGGCGAACAAATTTATTTTTTAAATATCTTA
376 TTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTT-ATTTGGCAAACAAATTTATTTTAAAAATCTCATA
*** ** * * * * * * * **
17341292 CTTATTAAATT-TTGGAATATTTTTAAATTAATATTATTTTTATCTAAATAAGCTTGTAAGATTA
440 CTTATT-AATTATCAAAATATTAATAAAATAATATTATTTTCATCCAAACAAACTTATATGAACA
* * *
17341356 GAAAC-AATTGTTTTATGATAAAA-TAAAG
504 -AAACAAATTGTTTTATAACAAAACAAAAG
* * * * * * * *
17341384 ATCATAACGATTTGAGATTGATAATTGTAT-AGATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGTTTGGAAA
1 GTCATAATGATTTAAAATAGATAATTAT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTAGAAA
* ** * * * * *
17341447 ATAGCTGTAGTTTTTAAATATCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTT
64 ACAAATTTA-TTTTT-AA-ATC-T-CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTA
**** * * * * *
17341512 TTTTGGATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATT
123 TTCCAAAAAAGCTTCTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATT
* * * * * * * ** *
17341576 TTAAATATATATTTGTTCAAATAATCATCACTATTTGAACTTATTCGGT-A-AATAGATTTTTTT
187 TGAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTTGGTAATAATTCATTTTTTA
* *** * * *
17341639 AATCTTTTGCTTATTAATTTTTTTAATGTTAATAAATTAG-TATTATTTTCTTTCGAAT--AACT
251 AAT-TTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGCT-TTATTTTATTTCAAATAAAAC-
* * * * * * **
17341701 TGTATGAACT-GAAATAATTGCTTTATAACTAAACAAATGGTCATAATGA-TATGAAA-AAGATA
313 TATATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAACT-TGAAATAA-ATA
* * * * * ** * ** * *
17341763 ATTACTCTAATAGTCT-TAACTTTTTGAACTTGTTCGATAAACACATTTATTTTTTAAATATCTT
375 ATTATTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTTATTTGGCAAACAAATTTATTTTAAAAATCTCAT
* *** * * * * * * * * * *
17341827 ACTTATTAATTTTTTTGAATATTATTAAATTATTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAAA
439 ACTTATTAA-TTATCAAAATATTAATAAAATAATATTATTTTCATCCAAACAAACTTATATGAAC
*
17341892 ATAAAC-AATTGCTTTA-AGACAAAACAAAA-
503 A-AAACAAATTGTTTTATA-ACAAAACAAAAG
* *** * *
17341921 ATCATAATGATTTGGGATAGATAATTGTTCAAATTGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTT-GATAA
1 GTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTAGA-AA
* ** * * *
17341984 ACATATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAACATTATTTTCTTT
64 ACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAATATTA-TTTATTC
** * ** * * * * * *
17342049 TGAATAATTTTGTATGGATAGAAGCAATT-GTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAA
126 CAAAAAAGCTTCTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAA
* * * * * * *
17342113 ATGGATAATTGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATGTTTTAAA
191 ATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTTGGT-AATA-ATTCATTTTTTAAA
** * * * * *
17342178 TCTCCTACCTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTA-ATATTATCTTATTTCGAAT-AAACTTG
253 T-TTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGCT-TTATTTTATTTCAAATAAAAC-TA
* * * * * * * *
17342241 TATAAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAAGAGAAA-ATCATAACTATTTCAAATAAATAATTG
315 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAACAACTTGAAATAAATAATTA
* * * * * ** * * * * * ** *
17342305 TTCAAACAATCATAACTGTTTGACCTTGCTTGGTAACCATATTTATTTTTTAAAATATTTTACCT
379 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTATTTGGCAAACAAATTTA-TTTTAAAAATCTCATACTT
* ** * * * * *
17342370 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTTCAAATAAGA-TTATATGAATAGC
443 ATTAATTATCAAAATATTAATAAAATAATATTATTTTCA-TCCAAACAA-ACTTATATGAACA-A
** * *
17342433 AAC-AA-TCATTTATGATAAAACAAAAGG
505 AACAAATTGTTTTATAACAAAACAAAA-G
* * * **
17342460 GTCATAA-GTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACGGGTTT-GATAA
1 GTCATAATG-ATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA-AA
* * *
17342523 ATATATTTATTTCTTAAATCTCCTACTAATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTAATTT
64 ACAAATTTATTT-TTAAATCT-CT--T-ATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAATATT-ATTT
* * * * * * ** *
17342588 ATGT-CAAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCGTAACAA
122 AT-TCCAAAAAAGCTTCTATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGA
* * * * *
17342651 TTTGAAACAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAAATTCATTT
185 TTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTTGGT-AA-TAATTCATTT
* * * *** *
17342716 TTTAAATCTCTTACTCATTATTTTTTGGAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATGTT-GAATA
247 TTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGCT-TTATTTTAT-TTCAAATA
*** * * * * ** * * * *
17342779 CGCCTATATGAATGGATATAATTGTTTTATCATGAAACAAAAGGTGATAACGATTTGAAATAGAT
309 AAACTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAACTTGAAATAAAT
* * * * ** * * **
17342844 AATTATTCAAATAGTTTTGACTATTTAAACTTATTTGGTAAACGTATTTATTTTTAAAATATTTT
374 AATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTATTTGGCAAACAAATTTATTTTAAAAATCTCAT
* ** * * * * * * * * *
17342909 ACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAATA
439 ACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAAATAATATTATTTTCATCCAAACAAACTTATATGAACA
*
17342974 AAA-ATAATTATTTTATGATAGAACAAAAACAATTGTTTTATA-
504 AAACA-AATT-GTTT-T-AT--AAC-AAAACAA-------A-AG
* * * * *
17343016 ATAAAAAATTATAGTGATTTGAAATTA-ATAATTATTCAAATAGTGATAATTATTTG-ACTTGTT
1 GT----CA-TA-A-TGATTT-AAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
* ** * **
17343079 CA-ATAAACAGTTTTATTTATTCAAATCTTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTTGTA
58 TAGA-AAACAAATTTATTT-TT-AAATC--T-CTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAATA
* * ** *
17343143 TTATTTTATT-CGAATAAGCTTCTATGAACTA-AAACAATT-TTGTTACAACTAAACAAAAGGTT
116 TTA-TTTATTCCAAAAAAGCTTCTATGAA-TAGAAACAATTATT-TTATGACAAAACAAAAGGTT
* * * * ** * * * *
17343205 AGAACAATTAGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGA
178 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTTGGT-AATA-A
* * * * * *
17343270 TTTATTTTTTAAATCTCTTCCTTATTAATTGTT-GAAATATTATTAAATTAG-TATTATTTTTTT
240 TTCATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATT-TTCAAAATATTAATAAATTAGCT-TTATTTTATT
** * * * * * * ** *
17343333 TTGAAT-AAGCT-TTTAGAATTAGAAACAATTCTTTTATGACAAAA-TAAAGATAATAATGATTT
302 TCAAATAAAACTATAT-GAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAACTT
* ** * * * *
17343395 GAGATTGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTATGGAAAACAACTTTAGTTTT
365 GAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTA-TTTGGCAAACAAATTTA-TTTT
* * * ** * ** * * ****** *
17343459 -TAAATTTCTTGTTTATTAATTTTCAAAATACAAATAAAGTAGTATTATTTT-ATTTGGGTTAAG
428 AAAAATCTCATACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAAATAATATTATTTTCA-TCCAAACAAA
* * * * * *
17343522 CTTTTATGGACTGAAAC-AATTATTTTATGACAAGACAAAAG
492 CTTATATGAAC-AAAACAAATTGTTTTATAACAAAACAAAAG
* * * * * * *
17343563 GTCATAAT-ATTTTTAAATAAATAATAATTCAAAAAGTAATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAA
1 GTCATAATGA-TTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAA
* * * * *
17343627 CAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAATTTAGTATTATTTTATTT
65 CAAATTTA--TTTTTAAATCTCTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAATATTA-TTTATTC
** * * * * * * * *
17343692 TGAATAAGCTTGTATAAACT-GAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAATGTTAGAACGATTTGA
126 CAAAAAAGCTTCTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTG-
* ** ** * * * * * *
17343756 AAATATATAATTGTTGTAATAGTGTTAACTATTTAAACTAGTCGGAAAACATATTTATTTTTTAA
189 AAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTGG-TAATA-ATTCATTTTTTAA
*** * * *
17343821 ATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTAATCCAAATAAAGATT
252 AT-TTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGCT-TTATTTTATTTCAAATAAA-ACT
* * * * * * *
17343885 GTATGAAAAGCAACAATTGTTCTATGACAAAAC-AAAGATCATAACAA-TTTAAGATAGATAATT
314 ATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAACTTGAA-ATAAATAATT
* * * *
17343948 ATTCAAATAGTCATAACTATTT-ATAC-TAGTTTGGTAAACATATTTAGTTTT-TAAA--TC-T-
378 ATTCAAATAGTTATAACTATTTGA-ACTTA-TTTGGCAAACAAATTTA-TTTTAAAAATCTCATA
* * * * * * * ** * ** *
17344006 CTTATTAATTTTTAAAATATTAGT-GAATCAGT-GTACTTT-ATTCTGAATAATTTTGTATGAAC
440 CTTATTAATTATCAAAATATTAATAAAAT-AATATTATTTTCA-TCCAAACAAACTTATATGAAC
*
17344068 ATAAAC-AATTATTTTATGAA-AAAACAAAAG
503 A-AAACAAATTGTTTTAT-AACAAAACAAAAG
* * * * * * ** *
17344098 GTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTCAT---GATTTGAACTTATTCGGTAAAC
1 GTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAAC
* * *
17344160 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTCCCTATTAATTTTAAGAATATTAAAAAATTAATATTATTTTAT
66 AAATTTA-TTTTTAAATCTC-T---TATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAATATTA-TTTAT
* * * * * *
17344225 TCTAAATAAA-CTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAAGAAAAGATTATAACTATTT
124 TCCAAA-AAAGCTTCTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTT
* * * * *
17344289 GAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTGTTTGAA-T-TTGCTCAGTAAATAGATTTATTTT
188 GAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAACTATT--T-GGT-AATA-ATTCATTTT
*** *
17344352 TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA-CTATTATTTTATTTCGAAT-AA
248 TTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGCT-TTATTTTATTTCAAATAAA
* * * * * * * * *
17344415 ACTTATATTAACAAAAACAATTGGTTTGTGATAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATA
311 AC-TATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAACTTGAAATAAATA
* * * * * * ** * * **
17344480 ATTGTTCAAATAGTCAAAACTATATGAACGTGTTCAGAAAATAGAATTGT-TTTT-AAAAT-TTT
375 ATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTATTTGGCAAACA-AATT-TATTTTAAAAATCTCA
* ** * * * *
17344542 TACTTATTAATTTTTTAAATATTAAT-AATTTATATTATTTT-ATTCAAA-ATAAGCTTGTATGA
438 TACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAAATAATATTATTTTCATCCAAACA-AA-CTTATATGA
* *
17344604 ACAGAAA-TAATTATTTTATAACAAAACAAAAG
501 ACA-AAACAAATTGTTTTATAACAAAACAAAAG
* * * * * ** * *
17344636 GTCATAATGATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAATCTTAACTATTTGAAGTCATTTGGTAAAC
1 GTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAAC
* * *
17344701 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAGTTACTATTATTTTAT
66 AAATTTA-TTTTTAAATCTC-T--T-ATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAATATTA-TTTAT
* * * ** * * * * * * *
17344766 TTCAAATAAGCCTAGATGAATTGATAGAATTGTTTTATGACAAAACAAAACGTCATAACGATATG
124 TCCAAAAAAGCTTCTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTG
* * * * * * *
17344831 AAATAGATAATTATTTAAATAGTTATTACTATTTGAACTTATTTGGTAAACATATTTATTTTTAA
189 AAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTTGGT-AATA-ATTCATTTTTTA
* * * * *
17344896 AATCTTTTACTTATTAATTATCGAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTA-ATCTAAAT-AAGC
251 AAT-TTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGCT-TTATTTTATTTC-AAATAAAAC
* * ** * * * * *
17344958 TTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGGTAAAACAAAAAGTTATAGCAATTTCAAA-AAGATAA
313 -TATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAACTTGAAATAA-ATAA
* * * * * * * * ** *
17345022 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTAGTAAATAGATCCATTTT-TAAATCT--T--
376 TTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTATTTGGCAAACAAATTTATTTTAAAAATCTCATAC
* * * * * * * * * * * *
17345082 TTA-TAATTTTTAGAATATCAATAAATTAGA-ATTATGTT-ATTACGAATAAGCTTCTACGAACA
441 TTATTAATTATCAAAATATTAATAAAATA-ATATTATTTTCA-TCCAAACAAACTTATATGAACA
* * *
17345144 AAA-ATAATTCTTTTGTAACAAAACATAAG
504 AAACA-AATTGTTTTATAACAAAACAAAAG
* * * * * * * * **
17345173 GTTAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAATTATTTGTAC-TGGTTAGGCCAA
1 GTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTA-GAAAA
* * * * ** * * *
17345237 TATATTCATTTTTTAAATCCGTTACTTATGAATTTTCAAAATATTAATAAGTTAGCGT-TTTTTT
65 CAAATTTA-TTTTTAAAT-C--T-CTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTA--ATATTATTT
*** * * * ** * * * *
17345301 ATTTTGAATAAGTTTGTATGAGCAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTGATAATGATT
122 ATTCCAAAAAAGCTTCTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATT
* ** * * * * * *
17345366 TGAAATAAATAATTGTTCCAATAATTATAACTAATTGAACTGGTTTGGTAAACATATTTATTTTT
187 TGAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTTGGT-AATA-ATTCATTTTT
* * * * * *
17345431 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAATA-ATATTATTTTATTTCTAA-CAAA
249 TAAAT-TTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGCT-TTATTTTATTTCAAATAAAA
* * * * * * * *
17345494 CTTATATGAACAAAAACATTTCTTTTATTACAAAACAAAAAGGTCATAACGA-TTTAAAAAAGAT
312 C-TATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACAACTTGAAATAA-AT
* * * * * * ** * * ** *
17345558 AATTGTTTAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCT
374 AATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTT-ATTTGGCAAACAAATTTATTTTAAAAATCTCA
* ** * * * * * * *
17345622 TACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATATT-TTTTTAGCTAAATAAGCATT-TAT-AA
438 TACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAAATAATATTATTTTCATCCAAACAAAC-TTATATGAA
* * *
17345684 TCAGAAAC-AATTGTTCTATGATAAAAC-AAAG
502 -CA-AAACAAATTGTTTTATAACAAAACAAAAG
* * * * * * * *
17345715 ATCATAATGATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAATTATAACTATTTGAA-TTGGTTCAGAAAA
1 GTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTAGAAAA
* * * **
17345779 CAACTTTAGTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGCATTATTTTA
65 CAAATTTA-TTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTA-TTTA
** * * * * * *
17345844 TTTTAGATAAGCTTTTATGAACTA-AAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGCTTATAACTATT
123 TTCCAAAAAAGCTTCTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATT
* * * * * * *
17345908 TTAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTCAACTTGTTTGGTAAACAATTATATTTTT
187 TGAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTTGGT-AATAATT-CATTTTT
* * *** * * **
17345973 TAAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAG-TATTATTTTGTTTTGAAT-AA
249 T-AAAT-TTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGCT-TTATTTTATTTCAAATAAA
* * * * * *
17346036 GC--T-TG--T-------A-TG-GTTATAACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAAATAA
311 ACTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAACTTGAAATAAATAA
* ** ** *
17346087 TTATTCCAATAGTCT-TAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAAATTTAGTCTTT--AAA--TC-
376 TTATTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTTATTTGGCAAACAAATTTA-T-TTTAAAAATCTCA
** * * ** * **
17346146 T-CTTAGCAATTTTCAAAATATTAAT-AAATCTATATTATTTT-ATTTTAAATAATTTTCA-ATG
438 TACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAAAT-AATATTATTTTCA-TCCAAACAAACTT-ATATG
* *
17346207 AACAAAA-ATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA
500 AACAAAACA-AATTGTTTTATAACAAAACAAAAG
* * * * * * *
17346240 GTC---ATG-----AAATAAATAATTGTTCAAATGGTCATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAT
1 GTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAAC
** * *
17346297 AAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTCAAAAAATTAATAAACTAATATTATTTTAT
66 AAATTTA-TTTTTAAATCT-CT---TATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAATATTA-TTTA-
* * * * * * * * *
17346362 TTCCAAATAAA-CTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTACGACAATAGAAAAGATCATATCTATT
123 TTCCAAA-AAAGCTTCTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATT
* * * * ** * *
17346426 TCAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACT-TGTTCAATAAACATATTTATTTT
187 TGAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAACTAT-TT-GGT-AATA-ATTCATTTT
* ***
17346490 TGAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA--TATTATTTTATTTCAAAT-A
248 TTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAA-TTAGCT-TTATTTTATTTCAAATAA
* * ** *
17346552 AACTTATGTGAACAGAAACAATT-TGTTTATGATGAAA-TAAAGGTCATAAC
310 AAC-TATATGAATAGAAACAATTGT-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
17346602 TATTTTTATT
Statistics
Matches: 6072, Mismatches: 1320, Indels: 1041
0.72 0.16 0.12
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* * * *
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* * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** *
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* ** * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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*** * * * * ***
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* *
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* * * * * **
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1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC
* * * ** *
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** * * * * *
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* * * * * ** * **
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* * ** ** ** * ** ** **
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260 AAATCTCTTACTTATTAT-TTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
* ** *
17340229 TTAT-TCT-GAATA-AA-------ATGACAAAAGAAAAG
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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** * * * * **
17340508 TAGCGATTTAAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTT-GAACTTGCTTGGTAAGCA-
252 TA--TTTTTTAAAT--CT-CTTACTT---AT--T-AT---T-TTTAGAA--T-ATTAATAA--AT
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17340570 GATTCTTTTTTTAAATCTCTT-ATTAA--TTTTTTGAATATTAATAATTTAGAATTATATTATTT
297 TAATATTATTTT--AT-T-TTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA-TT-G--TTTTATGA-CA
** *
17340632 TGA-ATAAG
353 AAACAAAAG
* ** * **** * ** * * * * *
17340640 CTTGT-ACGAACAAAAACA-ATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATCACAATTTGAAGTAGAT
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT-T--C-AAAT---A-GTCATAACTATTTGAACTTG-T
*
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* * * * *
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* * ** * * *
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* * * *
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216 AG-TCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATT
* * * * * * ** * **
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* *
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343 TTTTATGACAAAACAAAAG
* * *
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1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC
* * *
17341093 ----TT-TTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAATATTATTTTA
66 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * *
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130 -TTCTGAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGAT
* * * ** * **
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193 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTGGTAAACAAATTTATTT
* * * ** * *
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257 TTTAAATCTCTTACTTATT-ATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT-TTTGAATAA
* * * *
17341343 GCTTGTAAGATTAGAAACAATTGTTTTATGATAAAA-TAAAG
320 GCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * *
17341384 ATCATAACGATTTGAGATTGATAATTGTAT-AGATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGTTTGGAAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGTAA
* * * * * * *
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* * * * * * *
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129 ATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGAT
* * * * * * * *
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193 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTTGGTAAACAAATTTATTT
* * ** * * * *
17341636 TTT-AATCTTTTGCTTATTAATTTTTTTAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTCTTTCGAATAA-
257 TTTAAATCTCTTACTTATT-ATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAG
* * * * *
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321 CTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * *
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1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC
* * * *
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* * * * * * *
17341869 AATTC-GAATAAGCTTGTATGAAAATAAACAATTGCTTTAAGACAAAACAAAA-ATCATAATGAT
129 -ATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGAT
** * * * * * *
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* * * * **
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* * *
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* * * *
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* * * ** * *
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* * * * * * *
17342227 T-TCGAATAAACTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAAGAGAAA-ATCATAACTATT
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* * * * * * * * * *
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* * * **
17342355 TAAAATATTTTACCTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAG
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* * * ** *
17342419 ATTATATGAATAGCAACAA-TCATTTATGATAAAACAAAAGG
321 CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-G
* * ** *
17342460 GTCATAA-GTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACGGGTTTGATAAA
1 GTCATAATG-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAA
* * * * * * * *
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* * * * ** *
17342589 TGTC-AAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCGTAACAAT
130 T-TCTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGAT
* * * * *
17342652 TTGAAACAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCGGTAAACAAATTCATTT
193 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTTGGTAAACAAATTTATTT
* * * * *
17342716 TTTAAATCTCTTACTCATTATTTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATGTTGAATACG
257 TTTAAATCTCTTACTTATTA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAG
* * * * * * **
17342781 CCTATATGAATGGATATAATTGTTTTATCATGAAACAAAAG
321 CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * ** * * *
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1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC
* * * * *
17342887 -GTATTTATTTTTAAAATATTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTA
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* * *
17342951 ATTC-GAATAAGCTTGTATGAATAAAAATAATTATTTTATGATAGAACAAAAACAATTGTTTTAT
129 ATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTT-T-AT-G-AC-AAAAC-----------
** ** * * * *
17343015 AATAAAAAATTATAGTGATTTGAAATTA-ATAATTATTCAAATAGTGATAATTATTTG-ACTTGT
177 ---AAAAGGTTATAACGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT
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* * * *
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* * * * * *
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1 GTCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTTGTTTGGTAA
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* * * *
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194 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTTGGTAAACAAATTTATTTT
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* * *
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322 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
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65 CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
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130 TTCT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATT
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194 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTTGGTAAACA-AATTTATTT
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257 TTTAAATCTCTTACTTATT-A-TTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAA
* * * *
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320 GCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
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1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC
* * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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322 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
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130 TT-CTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATT
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322 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * *
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1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC
* * * *
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130 TTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTTATAACGATT
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194 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTT
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259 TAAATCTCTTACTTATT-ATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGC
* *
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322 -TTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
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1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAA
* * * * *
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* * * * * *
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129 ATTCTGA-ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGA
* * * *
17345906 TTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTCAACTTGTTTGGTAAAC-AATTATATT
192 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAAATT-TATT
* * * * *
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256 TTTT-AAATCTCTTACTTATT-ATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATA
* *
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1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC
* * * **
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66 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTT
* * ** ** * * * *
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129 ATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATT
* * * * ** *
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194 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTT
* * * * * * ** *
17346309 TAAATCTCCTACCTATTAATTTTCAAAAAATTAATAAACTAATATTATTTTATTTCCAAATAAAC
259 TAAATCTCTTACTTATT-ATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT-TGAATAAGC
* * * * *
17346374 TTGTATGAATTGAAACAATTATTTTACGACAATAGAAAAG
322 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
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17346414 ATCAT-ATCTATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTTGTTCAATAAA
1 GTCATAAT-GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAA
* * * *
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65 CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTT
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129 ATTCT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT-TTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGA
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1 GTCATAATGATTTG-A-AATA-GATAATTATTCAAATAGTCAT--AAC--TATTTGA-ACTTG-T
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119 GTATT-ATTTTATTCTGAATAAGCTT--GTATGAA--TAGAAACA-ATTGTTTTA-TGACAAAAC
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177 AAAAGGTT---ATAACGA-T-T-TGAA-ATAGATAATTGTTCAAATA-GTCATAAC-TAT-TTGA
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* * *
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* * *
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295 ATTAATATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
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1 GTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAA
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* * * * *
17347682 TT-TCAGATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGAT
130 TTCTGA-ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGAT
* * * **
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193 T-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTA--T
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255 TTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATA
* * *
17347873 AGTTTGTATGAAT------AATTGTTTTAAGACTAAACAAAAG
319 AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * *
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1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAA
* * * * * **
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65 CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * *
17348038 TATCTAAATAAGCTTTTATTATTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAA-G--AT--C-A--
130 T-TCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATT
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17348094 T-AACT--AT--TTG-------AGAC-TGACTATTTGAACTGGTTCAGAAAACAACTTTAATTTT
194 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTT
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17348146 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTA-TTTGGATAAAC
259 TAAATCTCTTACTTATT-ATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGC
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17348209 TTGTATAAATTGAAATAATT-TTTTATAACAAAATAAAAG
322 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * ****
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1 GTCATAATG-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAA
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17348375 TTGTT-TCAAATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATT-ATTT-TGACAAAACAAAAGATCAAAACA
127 TTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACG
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17348437 ATTTTAAACAAATAATTGTTCGAATAGTTATAACTCTTTGCACTTGTTTTGTAAACATATTAATT
191 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTA-T
* * * * *
17348502 TTTTTAAATCTCCTGCTTATTAATATTTTTA-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCT-A
255 TTTTTAAATCTCTTACTTA-T--TATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TTGA
* * *
17348565 ATAAGCTTGCATGAACT-GAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAG
316 ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
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17348611 GTCAAAACGATTTGAAATAAATAATTTTTCTAATAGTTTTAACTATTTGAA-TTGGTTCGGTAAA
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17348675 CACATTTATTTTTTCAATCTCTTAATAATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTCTTTTT
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* * * ***
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* * * * *
17348801 TTTG-AATATATAGTTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAAC-ATGTTTGGTAAACATATTTAGT
192 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-GTTTGGTAAACAAATTTATT
* * * * * *
17348864 TTTTAAATCTCTTA--T-TGATTTTTAAAATATTAATAAATCAGTATTATTTT-TTGTGAATAAT
256 TTTTAAATCTCTTACTTATTATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAG
* * * **
17348925 TTTGGATGAATATAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAG
321 CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
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17349093 TATTCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTTATGACAAAAGAAAAGATCATAACTA
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* * * * * * * *** * *
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*
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** * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * **
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* * * ** *
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* * * * **
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65 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATT
* * * * *
17341095 TTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTACTTCGAAT
130 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
* * * * * * * *
17341160 AAGCTTGTATGAGCTAAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAAGTTAGAACGATTTGAAATAGG
195 AAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* ** * *** *
17341225 TAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAA-TTGATTTGGCGAACAAATTTATTTTTTAAATATC
260 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATATC
* * ** * * *
17341289 TTACTTATTAAATTTTGGAATATTTTTAAATTAATATTATTTTTA-TCTAAATAAGCTTGTAAGA
324 TTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTC-GAATAAGCTTGTATGA
** * * * * * * * *
17341353 TTAGAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAGATCATAACGATTTGAGATTGATAATTGTAT-AGA
388 ACAGAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT-TCAAA
* * * * * *
17341417 TAGTCATAACTATTTGAATTAGTTTGGAAAATAGCTGTAGTTTTTAAATATCTTATTTATTAATT
452 TAGTCATAACTATTTGAATTAGTTTGGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
*
17341482 TTTGAAATATTAATAAAGTAGTAT
517 TTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * *
17341506 TATTTT-TTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATA
1 TATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATA
* * * * * *
17341570 ATGATTTTAAATATATATTTGTTCAAATAATCATCACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGA-TT
66 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTT
* * ** * *
17341634 TTTTT-AATCTTTTGCTTATTAATTTTTTTAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTCTTTCGAATA
131 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA
* * * * * * *
17341698 A-CTTGTATGAACTGAAATAATTGCTTTATAACTAAACAAATGGTCATAATGATATGAAAAAGAT
196 AGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
* * * * *
17341762 AATTACTCTAATAGTCTTAACTTTTTGAACTTGTTCGATAAACACATTTATTTTTTAAATATCTT
261 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATATCTT
* * *
17341827 ACTTATTAATTTTTTTGAATATTATTAAATTATTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAAA
326 ACTTATTAA-TTTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAAC
* ** * * ** *
17341892 ATAAACAATTGCTTTAAGACAAAACAAAA-ATCATAATGATTTGGGATAGATAATTGTTCAAATT
390 AGAAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * *
17341956 GTCATAACTATTTGAATTGGTTT-GATAAACATATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTT
454 GTCATAACTATTTGAATTAGTTTGGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
** **
17342016 TCAAAATATTAATAAATTAACAT
518 TTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * *
17342039 TATTTTCTTTTGAATAA-TTTTGTATGGA-TAGAAGCAATTG-TTTATGATAAAACAAAAGGTTA
1 TATTTTATTTTGAATAAGCTTT-TATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTA
* * * *
17342101 TAATGATTTGAAATGGATAATTGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGAT
64 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGAT
* * *** * *
17342166 TTATGTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATCTTATTTCG
129 TT-T-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
* * ** * *
17342231 AATAAACTTGTAT-AAATAGAAACAATTGTTTTATGA-TAAA-AGAGAAAATCATAACTATTTCA
192 AATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACTAAACA-A-AAGGTCATAACGATTTGA
* * * * * * * * *
17342293 AATAAATAATTGTTCAAACAATCATAACTGTTTGACCTTGCTT-GGTAACCATATTTATTTTTTA
254 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTT-
* * * * *
17342357 AAATATTTTACCTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGAT
317 AAATATCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCT
* * * * *
17342421 TATATGAATAGCAACAATCA-TTTATGATAAAACAAAAGGGTCATAA-GTATTTGAAATAGATAA
381 TGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAA-GGTCATAATG-ATTTGAAATAGATAA
* *** * * * *
17342484 TTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACGGGTTT-GATAAATATATTTATTTCTTAAATCTCCTA
443 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTTGGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * *
17342548 CTAATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATAT
507 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * ** * * * * * **
17342582 TAATTTATGTCAAATAAGCTTGTATGATCAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCGTA
1 TATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATA
** * * * * * *
17342647 ACAATTTGAAACAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAAATTC
66 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATT-
* *
17342712 ATTTTTTAAATCTCTTACTCATTATTTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATGTT-GA
130 -TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGA
* * * * * * *
17342776 ATACGCCTATATGAA-TGGATATAATTGTTTTATCA-TGAAACAAAAGGTGATAACGATTTGAAA
193 ATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
** * * * * * *
17342839 TAGATAATTATTCAAATAGTTTTGACTATTTAAACTTATTTGGTAAAC-GTATTTATTTTTAAAA
256 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAG-ATTTATTTTTTAAA
* * *
17342903 TATTTTACTTATTAA-TTGTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGT
320 TATCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGT
* * * ** *
17342967 ATGAATAAAAATAATTATTTTATGATAGAACAAAAACAATTGTTTTATAATAAAAAATTATAGTG
384 ATGAACAGAAACAATTA-TTT-T-AT-G-ACAAAAA-AA-------A-GGT----CA-TA-A-TG
* * * * ** *
17343032 ATTTGAAATTA-ATAATTATTCAAATAGTGATAATTATTTGACTT-G-TTCAATAAACAGTTTTA
428 ATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTTGGA-AAACAGATTTA
* * * *
17343094 TTTATTCAAATCT-TTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTTGTAT
491 TTT-TTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * ** * *
17343144 TATTTTA-TTCGAATAAGCTTCTATGAACTAAAACAATT-TTGTTACAACTAAACAAAAGGTTAG
1 TATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTT-TTATGACAAAACAAAAGGTTAT
** * * * * * *
17343207 AACAATTAGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATT
65 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGA-T
* * * * * *
17343272 TATTTTTTAAATCTCTTCCTTATTAATTGTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTTTTTGA
129 T-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA
* * * * * * *
17343337 ATAAGCTTTTA-GAATTAGAAACAATTCTTTTATGAC-AAA-ATAAAGATAATAATGATTTGAGA
193 ATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACTAAACA-AAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * *
17343399 TTGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTATGGA-AAACA-ACTTTAGTTTTTAA
256 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT-TCGATAAACAGA-TTTATTTTTTAA
* ** *** ** * * * * ** *
17343462 ATTTCTTGTTTATTAATTTTCAAAATACAAATAAAGTAGTATTATTTTATTTGGGTTAAGCTTTT
319 ATATCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGT
* * * * * **
17343527 ATGGACTGAAACAATTATTTTATGACAAGACAAAAGGTCATAAT-ATTTTTAAATAAATAATAAT
384 ATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAA-AAAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGT
* * * *
17343591 TCAAAAAGTAATAACTATTTGAACTTA-TTTAGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTA-TT
447 TCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGTTTGGAAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTT
* * *
17343654 A--ATTTTTTG-AATGTTAATAATTTAGTAT
510 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * *
17343682 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAATGTTAGA
1 TATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATA
* * ** ** * * * * *
17343747 ACGATTTGAAAATATATAATTGTTGTAATAGTGTTAACTATTTAAACTAG-TCGGAAAACATATT
66 ATGATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGA-T
* * * *
17343811 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAA
129 T-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA
* ** * * * * *
17343876 ATAAAGATTGTATGAAAAGCAACAATTGTTCTATGACAAAAC-AAAGATCATAACAATTT-AAGA
193 AT-AAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA-A
* * * * *
17343939 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-ATACTAGTTTGGTAAACATATTTAGTTTTT-AA
256 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAA
** * * * * * * **
17344002 -ATC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAGTGAATCAGT-GTACTTT-ATTCTGAATAATTTTGT
320 TATCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTC-GAATAAGCTTGT
* * *
17344062 ATGAACATAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
384 ATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * *
17344127 CAAATGGTCAT---GATTTGAACTTA-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTCCCTAT
448 CAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGTTTGGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * *
17344188 TAA-TTTTAAGAATATTAAAAAATTAATAT
512 TAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * * *
17344217 TATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGATAAAAGAAAAGATTAT
1 TATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
* * * * *
17344281 AACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTGTTTGAATTTGCTCAGTAAATAGAT
65 AA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGA-
* *
17344345 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCG
128 TT-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
* * * ** * * *
17344410 AATAAACTTATATTAACAAAAACAATTGGTTTGTGA-TAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAA
192 AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * * * *
17344474 TAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATATGAACGTGTTCAGA-AAATAGAATTGTTTTTAAAA
256 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GATAAACAGATTTATTTTTTAAA
* * * *
17344538 T-TTTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAAT-AATTTATATTATTTT-ATTCAAAATAAGCTTGT
320 TATCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTC-GAATAAGCTTGT
* * * *
17344600 ATGAACAGAAATAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGGTAATTATT
384 ATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * *
17344665 CAAATAATCTTAACTATTTGAAGTCA-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCAT
448 CAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGTTTGGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * *
17344729 TAATTTTTGGAATATTAATAAGTTACTAT
512 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
** * ** * * * * * *
17344758 TATTTTATTTCAAATAAGCCTAGATGAATTGATAGAATTGTTTTATGACAAAACAAAACGTCATA
1 TATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATA
* * * * * * * * * *
17344823 ACGATATGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATTACTATTTGAACTTATTTGGTAAACATATTT
66 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTT
* * * * * * *
17344888 ATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTATCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-ATCTAA
131 -TTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GA
* * * * * * *
17344952 ATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATG-GTAAAACAAAAAGTTATAGCAATTTCAAA
193 ATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * **
17345015 AAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTT-TAGTAAATAGATCCA-TTTTT-AA
256 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAA
* * * *
17345077 -ATCTT--TTA-TAATTTTTAGAATATCAATAAATTAGA-ATTATGTT-ATTACGAATAAGCTTC
320 TATCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTAATT-CGAATAAGCTTG
* * * * * * * * *
17345136 TACGAACAAAAATAATTCTTTTGTAACAAAACATAAGGTTAAAATGATTTGAAATAGATAATTGT
383 TATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * ** * * *
17345201 TCAAACAGTCATAATTATTTGTACTGGTTAGGCCAATATATTCATTTTTTAAATC-CGTTACTTA
447 TCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTTGGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTA
* ** * **
17345265 TGAATTTTCAAAATATTAATAAGTTAGCGT
511 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * *
17345295 TTTTTTATTTTGAATAAG-TTTGTATGAGC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTGA
1 TATTTTATTTTGAATAAGCTTT-TATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTA
* * * * * * * * *
17345358 TAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCCAATAATTATAACTAATTGAACTGGTTTGGTAAACATAT
64 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGA-
** * * *
17345423 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTCT
128 TT-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
* * * ** * * * * *
17345488 AACAAACTTATATGAACAAAAACATTTCTTTTATTACAAAACAAAAAGGTCATAACGATTTAAAA
192 AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * *
17345553 AAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAA
256 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAA
* * * ** *
17345617 TCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTTTTTTAGCT-AAATAAGCATT-
320 TATCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGC-TTG
* * * * * * *
17345679 TAT-AATCAGAAACAATTGTTCTATGATAAAACAAAGATCATAATGATTTGAGATTGATAATTGT
383 TATGAA-CAGAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * ** * * *
17345743 TCAAATAATTATAACTATTTGAATTGGTTCAGAAAACA-ACTTTAGTTTTCAAATCTCTTGCTTA
447 TCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTTGGAAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* *
17345807 TTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGCAT
511 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * *
17345837 TATTTTATTTT-AGATAAGCTTTTATGAACTAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGCTTAT
1 TATTTTATTTTGA-ATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
* * * * *
17345901 AACT-ATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTCAACTTGTTTGGTAAACA-AT
65 AA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGA-
* * * *
17345964 TATATTTTTTAAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTGTTT
128 T-T-TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * *
17346029 TGAATAAGCTTG--T--A-TG--------G--TTATAACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAA
190 CGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * * * * * *
17346079 ATAAATAATTATTCCAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTC-AGTAAACAAATTTAGTCTTT-A
255 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAA
** *** * ** ** *
17346142 A-ATC-T-CTTAGCAATTTTCAAAATATTAATAAATCT-ATATTATTTTATTTTAAATAATTTTC
319 ATATCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAAT-TAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTTG
* * * * * *
17346203 AATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTC------A--TGAAATAAATAATTGT
383 TATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * ** * * * * *
17346260 TCAAATGGTCATGACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTA
447 TCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGTTTGGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
** * * *
17346324 TTAATTTTCAAAAAATTAATAAACTAATAT
511 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
** * * * * * * * * * *
17346354 TATTTTATTTCCAAATAAACTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTACGACAATAGAAAAGATCAT
1 TATTTTATTT-TGAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
* * * * ** * *
17346419 -ATCTATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTTGTTCAATAAACATAT
65 AAT-GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGAT
*
17346483 TTATTTTTGAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTC
129 TT-TTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC
* * * * * * * **
17346547 AAATAAACTTATGTGAACAGAAACAATT-TGTTTATGA-TGAAA-TAAAGGTCATAACTATTTTT
191 GAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGT-TTTATGACT-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * * * **** *
17346609 ATTCGAATAAGCTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAACATTATAAT-GATT
254 AATAG-ATAA--TTAT-T---C--AAAT-A--G--TCATAAC-TATTTGAAC-TTGT--TCGA--
* * * * * * * * ***
17346673 TCAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAAC-TATTTAACTTTTTTTATAAACAGATTCATTTT
299 T-AAACAGATTTATTTTTTAAATA-TC-TTACTTA-TTAA---TTTTT-T-GA-ATATTAATAAA
* ** ** * * ** * *
17346736 TTAAT-TCTTTTATTAATTTTTAA-AATATTAATAAATTAGAATTATGTATCCCGGATAAGTTTG
354 TTAATAT-TATT-TTAA-TTCGAATAAGCTT-GT--A-T-GAA-CA-G-A-AAC-AATTA-TTT-
** ** * ** *** * * *
17346799 TACAAACAAAAACAATTGT-TTTGTGATAAAACAAAATGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATT
404 TA-TGACAAAAA-AAAGGTCATAATGATTTGA-AATA-G--ATAATTG--TTCAAATAG-TCA--
* * ** ** *
17346862 GTTCAAACAATCAT-AACTTTTTGCACTGGTCGGGTCAACAGATTCATTTTTTTAAATC-CGTTA
458 --T--AACTAT-TTGAA----TT--A---GTTTGGAAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTC-TTA
* **
17346925 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAACAT
507 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
** * * * * * *
17346959 TACATTATTTAGAATAAGAC-TGTATGAAC-AGAAACAATTATTTTACGACAAAACAAATGGTGA
1 TATTTTATTTTGAATAAG-CTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTA
* * * * **
17347022 TAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTAATTGAA-TTGGTTTAGTAAATAGA
64 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAATAGA
* * *** *
17347086 TTTATTTATTTAATCTCTTACTTGTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTC
128 TTT-TTT-TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
** * ** * * * * * *
17347150 GAATAAATTTATATGAACAAAAACATTTCTTTTATCACAAAACAAACTGGTTATAACGATTT-AA
191 GAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAA-AGGTCATAACGATTTGAA
* * * * * * *
17347214 GTAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTATTCGGTAAACAGACTTATTTTTTCAA
255 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTT-AA
* * * ** * * * * *
17347279 ATCTCTTGCTTGTTAATTTTTCAAATCTTAATAAATTAGTATTGTTTT-ATTCCAAATAAACTTG
319 ATATCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATT-CGAATAAGCTTG
* * ** * * * *
17347343 TATGAACTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAA-AT-A-AAACA-TTGCAATAAATATTTA
383 TATGAACAGAAACAATTATTTTATGAC-AAA-AAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * *
17347404 TTCTAAGAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAAC--ATTT-TTTTTTAAAATCTCTTAGTT
446 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTTGGAAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTT
*
17347466 ATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTAT
510 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * *
17347497 TATTTT-TATCTAAATAAGCTTGTATGATC-AAAACAATTGTTTTATGAC-AAAC-AAAGATCAT
1 TATTTTAT-TTTGAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
* * * * *** *
17347558 AACT-ATTTGAGATTGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAAAAAATAGCT
65 AA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGAT
* * * * * *
17347622 TTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATGAAGTAGTTTTAATTTATTTC-
129 TT--TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
* * * * *
17347686 AGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTAT-AA
192 A-ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATT-TGAA
* * * * * * * *
17347750 ATATATAGTTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTTTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTTA
255 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTA--TTTTTTA
* * * * * * * *
17347815 AATCTCTTGCTTTTTAATTTTTCT-AATGTTAATAAATTACTATT-TTTTATTTTGAATAAGTTT
318 AATATCTTACTTATTAATTTTT-TGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTT
* * * * * * * * *
17347878 GTAT-----G-AATAATTGTTTTAAGACTAAACAAAAGCTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTA
382 GTATGAACAGAAACAATTATTTTATGAC-AAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * * * *
17347937 TTCTAATAGTCTTAACTATTTGATTTGGTTTGGCAAAGAGATTTATTTTTCAAGTCTCTTACTTA
446 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTTGGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * **
17348002 TTAATTTTTGGAATATTATTAAATTACCAT
511 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * *
17348032 TATTTT-TATCTAAATAAGCTTTTAT-TATTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCA
1 TATTTTAT-TTTGAATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTA
* * * *
17348094 TAACT-ATTTG----AG---A-----C---T-G-----ACTATTTGAACTGGTTCAGAAAACA-A
64 TAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGA
* *
17348136 CTTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTT
128 -TTT--TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * * * *
17348201 -GGATAAACTTGTATAAATTGAAATAATT-TTTTATAACAAAATAAAAGGTCATAATGAATTT-A
190 CGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACG-ATTTGA
* * * * *
17348263 AATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACCATTTGAACTTGTTCAACAAATAGATTTATTTTTTTA
254 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTA-TTTTTTA
* * * ** *
17348328 AATCTCTT-GTTAATTAA-TTTTTGAAGTATTAATACAA-TAGTATTATTTTGTTTCAAATAAGC
318 AATATCTTACTT-ATTAATTTTTTGAA-TATTAATA-AATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGC
* ** * * ** * * *
17348390 TTTTATGAATTGAAACAATTA-TTT-TGACAAAACAAAAGATCAAAACAATTTTAAACAAATAAT
380 TTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * * * * *
17348453 TGTTCGAATAGTTATAACTCTTTGCACTT-GTTTTGTAAACATATTAATTTTTTTAAATCTCCTG
444 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AATTAGTTTGGAAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTA
* *
17348517 CTTATTAATATTTTTAAATGTTAATAAATTAGTAT
507 CTTATTAAT-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* ** * * * * *
17348552 TATTTTATTCCT-AATAAGCTTGCATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAA
1 TATTTTATT-TTGAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
* * * * ** * *
17348616 AACGATTTGAAATAAATAATTTTTCTAATAGTTTTAACTATTTGAA-TTGGTTCGGTAAACACAT
65 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAATAGA-
* * * * * * *
17348680 TTATTTTTTCAATCTCTTAATAATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTCTTTTTTAATT
128 TT-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTA-T-TATTTTATTT
* ** * * **
17348745 CAAATAAGCTTGTAT-AA-AAAAATAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGACCATAACGATTTG-A
190 CGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * * * * * * * *
17348806 ATATATAGTTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACATGTTTGGTAAACATATTTAGTTTTT-AA
255 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAA
* ** * * * ** *
17348870 -ATC-T-CTTATTGATTTTTAAAATATTAATAAATCAGTATTATTTT--TTGTGAATAATTTTGG
320 TATCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATT-CGAATAAGCTTGT
* * * ** *
17348930 ATGAATATAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTCATCAA-CATTTGAAATAGATAATTGT
384 ATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAAGGTCAT-AATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * *
17348994 TCAAATGGTCATGACTATTTGAACTT-GCTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TCT
447 TCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGTTTGGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-T
*
17349057 ATTAA-TTTTCAGAATATTAATAAATTAGTAT
510 ATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * * * *
17349088 TATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAATAATTATTTTTATGACAAAAGAAAAGATCA
1 TATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTTA
* * * * * * ** **
17349152 TAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTTAAACAATCATAATTGTTTGAACTTACTCAATAAATAGA
64 TAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGA
* * * * *
17349216 TTTATTTTTAAATATTTTATTTATTAATTTTGGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
128 TTT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
* * * * *
17349281 AAAAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTAATTGAAA
192 AATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * * *
17349345 TAGATAATTGTTCAAATATTTATAATTATTTGAACTTGTTTAGA-AAACAAATTTATTTTTAAAA
256 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAA
* * * *
17349409 T-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAA-AAGATTTATATTATTTT-ATTAAGAATAAGCTTG
320 TATCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAA-ATTAATATTATTTTAATT-CGAATAAGCTTG
* * * *
17349471 TATGAATAGAAACAATTTTTTTATAACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCGT
383 TATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * *
17349536 TAAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-G-TTCGATAAACAGATTCATTCTTTAAATCTCTTACTC
447 TCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGTTTGGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* *
17349599 ATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTAGTAT
510 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * * * *
17349630 TATTTT-TTTCGAATAAGCCTATATGATCTGATACAATTGTTTTATAACGAAACAAAAGGTCATA
1 TATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATA
* * * * * * * * * * *
17349694 ATTG-TTTGGAATAAATAATTATTCAAATGGTTATGACAATTTGAATTTATTCGGTAAACATATT
66 A-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATT
* * * * *
17349758 TATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAA-TTGTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-ATCAT
130 T-TTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-G
** * * *
17349821 AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATCT-TTTTATGA-TAAAACAAAAAGT--TAAAGTAATTTC
192 AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAAT-TGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTCATAACG--ATTTG
* * *
17349882 AAATAGATAATTATTCTAATAGTCGTAACTATTTGAACTTGTTC-AGTAAACAAATTTATTTTTT
253 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTT
*** * ** *
17349946 -AA-ATC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATCAATAAATTAGA-ATTATGCT-ATTATGAATAAGC
317 AAATATCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTAATT-CGAATAAGC
** * ** * * * * *
17350005 TTGTACAAACAAAAACAATTGCTTTGTAACAAAATAAAAGATCATAACGATTTGAAATATATAAT
380 TTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * * ** ** *
17350070 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAGTTGGTCGGGCTAACAGATTCATTTTTTAAATC-CGTTAC
444 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTTGGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTAC
* * * *
17350134 TTATTAATTTTT-AGAATATTATTTAATGAGCAT
508 TTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * * *
17350167 TACTTTATTTTGAATAAGAC-TGTATGAACAAAAATAGTTCTTTTATGATAAAACAAATGGTTAT
1 TATTTTATTTTGAATAAG-CTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
* * * * * * * * * *
17350231 AACGGTTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAATTAATTGAACTAGTTTGGTAAA-ACATT
65 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGA-T
* * * *** * *
17350295 TATTTTTTAAATCCCTTATTTTTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGA
129 T-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA
* * * **
17350360 ACAAACTTATATGAACAAAAATATTTGTTTATGAAAGAACAAAAACATT-TGTTTATGAGAAAAC
193 ATAAGCTTGTATGAAC---------------TG--A-AAC----A-ATTGT-TTTATGACTAAAC
* * * * * *
17350424 AAAAAGTCATAATGATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGG
234 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA
* * * * * * * * *
17350488 TAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCATGCTTCTTAGTTTTTAGAATGTTAATAAATTAGTATTA
299 TAAACAGATTTA-TTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAATATTA
* * * ** * * * * * *
17350553 TTTTATTTTGACTAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAAGATTAGAAC
363 TTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGAC-AAAAAAAAGGTCATAAT
* * ** * * * ** * * * *
17350618 GATTTTAAATAGATAATTATTTTAATAGTCATAATTATTTGAACTAATTCAGCAAATATATTTTG
427 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTTGGAAAACAGA-TTTA
* *
17350683 TTTTTTAAACCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTAT
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* * * * * * *
17350733 TATTTT-TATTTGAATAAGCTTGTT-TGATCCAAAAAAATTTTTTTATCACAAAAC-AAAGATCA
1 TATTTTAT-TTTGAATAAGCTT-TTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTA
* * * * * * *
17350795 TAACT-ATTTGAGATTGATAATTGTTCAAGTAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGAAAATAGC
64 TAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGA
* * * * * *
17350859 TTTAGTTTTTAAA-CTTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAAGTAGTGTTATTTTGTTT
128 TTT--TTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* ** * * * * * * *
17350923 CAGATATAA--TTTTACAAAATGAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGT-AGACCGATTTT
190 C-GA-ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * * *
17350985 AAATATATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTATTTTG-TAAACAAATTTATTTTTT
253 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACAGATTTA-TTTTT
* * * *
17351049 TAAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTT-ATATATTAATAAATTATTATTATTTT-ATTCCAAATAA
316 T-AAATATCTTACTTATTAATTTTTTGA-ATATTAATAAATTAATATTATTTTAATT-CGAATAA
* ** * * * * * * *
17351112 -CTTTATATGAATTGAAATAATTGTTTTGTGACTAAACAAAAGATCATAATGATTTAAAATGGAT
378 GC-TTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGAC-AAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
* * * * * * * * * *
17351176 AACTATTCTAATAGTCTTAACTATTT-AAGCT-GGTTCGACAAGCATATTTATTTATTAAATCTC
441 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGTTTGGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * *
17351239 TTACTTATTAATTTTTTAAATATTATTAAATTAGTTT
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* * * * *
17351276 TATTTTAATTTGAAAAAG-TTTGTATGAA-AAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATA--TC
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* * * * **
17351337 ATAATAATTTGAGATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCAATAAAT-G
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* * ** * * * *
17351400 AATTTAATTTGTAAATCTCTTA--T-TT--GTTTTCCAATTATCAATAAATCAATGTTATTTTAT
127 -ATTT--TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * * * * * * * *
17351460 TAT-GAATAATTTTGTATGAA-TAGAAATAATTATTTTACGACAAAATAAAAGATGATAATGATT
188 T-TCGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATT
* * * * * *
17351523 TGAAATAGATAATTGTTAAAAT-GATCATGACTATTTGAACTTGCTCGGTAAACAAATTTATTTT
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* * * *** * * * * *
17351587 TTAAATCTCCTA-TCTATTAAATTTCAAAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAA
315 TTAAATATCTTACT-TATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAG
* * ** * ** *
17351651 CTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACTAATGAAAAGATTTTAACTG-TTTGAAATAAATA
379 CTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGAC-AAAAAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATA
* * * * ** * * *
17351715 ATTATTCAAATAGTCATAATTGTTTGAATTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTA
442 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTTGGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * **
17351780 CTTATTAATTTTTGGACTATTAATAAATTAAAAT
507 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * *
17351814 TATTTTATTTCAT-AA-AAGCTTGTATGAA-TAGAATCAATTAG-TTTATGAGAAAATAAAAGAT
1 TATTTTATTT--TGAATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * ** * * * * *
17351875 CATAACT-ATATGAAATAGATAATTATTTGAATAGTCATTACTATTTAAACTAGTTCAGTAAGTA
62 TATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATA
* ** *
17351939 TATTTAATTTTTTAAATCTCTTACAAATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAT
126 GA-TT--TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * *** *
17352004 TTTGAATAAGTTTTTATGATAAAAAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAATGTCATAACGATT
188 TTCGAATAAGCTTGTATGA-ACTGAAACAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTCATAACGATT
* * * * * * *
17352068 TGAAATAGATAATTGTTCTAACAATCATAACTATTTGAAGTTGTTTGGTAAACTA-ATTTATTTT
251 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAAC-AGATTTATTTT
* * * * *
17352132 TTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAT-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG
315 TTAAATATCTTACTTATTAATTTT-TTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAG
* * * * * ** * * *
17352196 CCTATTTGAACTA-ATACAATTGTTTTATGGTGAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATA
379 CTTGTATGAAC-AGAAACAATTATTTTAT-GACAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
** * * * * * * * *
17352260 ATTACAT-AAATAATTATGACTATTTGAACCTA--TTCGATAAACATATTTATTTTTAAAATCTT
442 ATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGTTTGGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * *
17352322 TTACTTATTAATTATCGAAATATTAA-CAATCTAATAT
504 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT-TAGTAT
* * * * *
17352359 TATTTTAATTTGAAAAAG-TTTGTATAAACAAAAACAATTGTTTTATG--ATAA-AAAA-GTTAT
1 TATTTTATTTTGAATAAGCTTT-TATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
*** * * * * * *
17352419 AGCAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAGTAATCATAATTATTTGAACTTGTGT-GGTAAACATAT
65 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT-TCGGTAAATAGA-
* * ** * * *
17352483 TTATTTTTTCAAATTTCTTGCTTATTTGTTTTTTGAATGTTAATAAATTTGTATTATTTTATTTC
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* * **
17352548 GAATAAGTTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACTAAATTAAAGGTCA
191 GAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCA
17352600 GAATGATCTT
Statistics
Matches: 9080, Mismatches: 1947, Indels: 1177
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
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512 8 0.00
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* * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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** * *
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** ** * * * * * *
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* * ** *
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** * *
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*
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* ** * ** * * *
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* *
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* * * * * * **
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* * ** *
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127 CAA
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1 AAATACCTCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCTTCA-A-GAAATTACCAAAATACCCATT
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64 CCATTATATGATAAGAAATTGACATGTGGCCAAATTG-ACTATTATGCCCTCATACCATAATTAC
17353421 AA
128 AA
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1 AAATACCTCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCTTC-AA-GAAATTACCAAAATACCCATT
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17353675 A
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63 TCCATTATATGATAAGAAATTGACATGTGGCCAAATTGACTATTATGCCCTCATACCATAATTAC
*
17353933 GA
128 AA
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17353935 AAGTACCCCCTCTTTTATAATCATTTACTAAATAATGTCCTCTA-AAATTATGAAAATACCC-TA
1 AAATACCTCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAA--TCTTCAAGAAATTACCAAAATACCCAT-
* * * * * * * *
17353998 TCCATTATATGATAAGATATTGAGATGTAGCCTAATGGACGACTATGCTCTCATACCATAATT
63 TCCATTATATGATAAGAAATTGACATGTGGCCAAATTGACTATTATGCCCTCATACCATAATT
17354061 GGCATGTGGC
Statistics
Matches: 994, Mismatches: 241, Indels: 99
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
124 11 0.01
125 84 0.08
126 1 0.00
127 4 0.00
128 26 0.03
129 631 0.63
130 228 0.23
131 8 0.01
132 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.18, G:0.08, T:0.36
Consensus pattern (129 bp):
AAATACCTCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCTTCAAGAAATTACCAAAATACCCATTCC
ATTATATGATAAGAAATTGACATGTGGCCAAATTGACTATTATGCCCTCATACCATAATTACAA
Done.