Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167904.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_17, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Warning! 100000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 2 of 121
Found at i:105790 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 104376--108667 Score: 3090
Period size: 181 Copynumber: 23.8 Consensus size: 180
104366 ATCTTCTCTA
* * * *
104376 AAATAAAATAATATTAAGTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAG-TTTAAAAAAATAAA
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* * * * ** * * * * * **
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*
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* * * * *
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1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
104622 CTATTTACCAAATC-AGTTCAAATAATTATGGCTATCTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
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* * ** * * * *
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130 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAT-TCATACAAGCTTATTTG
* * *
104738 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTGAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * *
104803 CTATTTATCGAATC-ATTTCAAATAATTATGACTATTTAAATAATTGA-ATACTTCAAATCAATT
66 TTGTTTA-CGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATC-ATT
* * * * * *
104866 ATTTAAAAACAAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTTG
128 A--T-------GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTTG
** * * * * *
104929 AAATAAAATAATAGAAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAATTAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * *
104994 TTGTTTGTC-AAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
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* *
105057 TGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAAATT-TTTTAATTCATACTAGCTTATTT-
129 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTT-ATTCATACAAGCTTATTTG
* * *
105109 AGAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATCTAAAATAT-A
1 A-AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * ** * * *
105172 GTTCTATTTACCTATCCAA-TTCTAATTA-TTATGACTATTTGAATAGTTATCTATTTCAAATCA
64 ATT-TGTTTA-CGAAACAAGTTC-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
105235 TTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGCTTTTATGCATATAAGTTTGTTTG
126 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATACAAGCTTATTTG
* * *
105291 GAATAAAATAATACTAATCTATTAATTTTTCAAAAATTAATAAG--A-A-ATTTAAAAAAT-AAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * *
105351 TTTTTTATC-AAACCCA-TTCAAATAGTTATGATTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATCATTG
66 TTGTTTA-CGAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * * *
105414 TTA-CTTTTAAGTCTAT-T-ATAAAACAATAGTTTCCATTCATACAAGCTT-GTTC
129 TGACCTTTT--GT-TTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * * *
105466 AGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-ACAATTAACAAGTAAAAAAAATT-AAAAA-AA
1 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * * **
105528 A--TGTTTTCCAAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTAGCTATTTCAAATTGTTA
64 ATTTGTTTACGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * *
105591 TGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTGAGTTCATATAAGCTTATTTG
129 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTG
* * * * * *
105643 AAATAAAATGAA-ACTAAGTTATTAATATTCCAAAAGTTAATAATTAAGATATTTAAAAAATGAA
1 AAATAAAAT-AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * *
105707 TTTGTTTACGAAACAAGTTTAAATCA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAATTCACTA
65 TTTGTTTACGAAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * *
105771 TAACCATTTG-TTTGTCATAAAA-AGATTTCTTTTATTCATACAAGTTTATTTC
129 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-A-TTGTTTTATTCATACAAGCTTATTTG
* * *
105823 AAATAAAATCATA-TAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAAAT
1 AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAAT
* * * * **
105885 AAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATCA-TTATGATTATTTGAAC----A---A---CAAATTG
62 AAATTTGTTTACGAAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
105939 TTACGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATT-AAACAAGCTTATTT-
126 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTTG
* * ** * *
105993 AGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
1 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * *
106058 TATATTTACTG-AACATGTTCAAATAGTCATGACTATTT-AGACAATTATCTATTTCAAATCATT
65 TTTGTTTAC-GAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * * *
106121 GTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTTAGTTAATATAAGTTTATTTG
128 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTG
* * * *
106175 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAGAAATGAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA-AAATAAA
* * *
106240 TCTT-TTTATTGAAA-AAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAACA-CAT
65 T-TTGTTTA-CGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA-ATCAT
* * * * *
106302 TATGACTTTTTGTTTTGTCA-AAAAGCAATTCGATCTATTCATGA-TAGCTTATTTC
127 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATT-GTTTTATTCAT-ACAAGCTTATTTG
* *
106357 AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAATA-ATTTAAATAATAAA
1 AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * **
106419 TTTGTTTTTCTAAA-AACGTTTAAGTAGTTATGCCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTT
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* * * *
106483 ATGACCCTTTGTTTTGTGATAAATCAATTGTTTTTATTCATACAAGGTTA-TTG
128 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATACAAGCTTATTTG
* *
106536 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
1 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
*** * * * * * * *
106601 TCAATTAACTG-AACGAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGGACAAATATTTATTTCAAATCGTTA
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* * * * * * *
106665 TGATCTTTTTTTTTGTCATAAAATAAGTGTTTCTATTCATAAAAGTTTA-TTC
129 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTTG
* * *
106717 AGAATAAAATAATATTAATTTGTTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAA
1 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * * * * *
106781 ATCTATTTACAAAATAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTAAACTATTATCTATTTCAAATCGTTA
64 ATTTGTTTACGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * * **
106846 TGGCATTTCGTTTTGTTGTAAAATAATACCAATTATTTAGAATAATTGGTATTCATACAAAATTA
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**
106911 TTCA
177 TTTG
* * *
106915 AAACAAAA-AATA-TCAATTTATTACTATTT------TGAATAA-TAAGAGATTTAAAAAAATAA
1 AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAA
* * * * * *
106971 ATGTGTTTGTCGAATC-AGTTCAAATAGTTAAGACTA-TTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
64 ATTTGTTT-ACGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * * * * * * *
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128 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTG
* * * *
107088 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATAATAAGCAAGA-AATAAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
** * * * * *
107151 CAGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCGTCATG
66 TTGTTTACGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * * **
107216 ACCTTTTATTTTATCACAAAACAATTGTCTCAGTGCTTGA-AAGCTTATTCA
131 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCAT-ACAAGCTTATTTG
* * * * *
107267 AAAT-AAATAATA-TTACTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAAATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * *
107330 TAGTTTACCAAATCAA-TTCAAATAATTACGGCCATTTGAACAATTATGTATTTCAAATCGTTAT
66 TTGTTTACGAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * *
107394 GAACTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTT-TCATCATACAAGCCTATTTG
130 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAT--TCATACAAGCTTATTTG
* * * * *
107446 GAATAAAATAAAACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAATATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * **
107511 CTT-TTCATCG-AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-AACAATTATATATTTCAAATTGTTA
66 -TTGTTTA-CGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* ** * * * * * * **
107573 TAATTTTTTATTATGTCATAAAACAATTATTTATGTTCAAACAAGTTTATTCA
129 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * *
107626 AAATAAAATAATACT-ATTATAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGGTTGAAAAAACAA
1 AAATAAAATAATACTAATT-TATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * * * * **
107689 ATTTATTTGTC-AAACTAGTTCAAATAGTGAAGGCTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATTGTT
64 ATTTGTTT-ACGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
** * * * **
107753 ATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTTTTTTAGTTCTTAGTAA-CTTATTCA
128 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATA-CAAGCTTATTTG
* * * *
107807 AAATAAAATAAAACAAATTCATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * *
107872 TTGTTTGTC-AAACCAA-TTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-CTATT
66 TTGTTT-ACGAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-ATT
* * * *
107934 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTTG
128 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATACAAGCTTATTTG
* * * ** *
107988 GAATAAAAGTAATATTAATTTATTCATATTTTGAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
1 AAATAAAA-TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * *
108053 TCTATTTACTAAACCAGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAACAATTGTTTATTTCAAATCATTAT
65 TTTGTTTACGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * * * * *
108118 GAACATTTGTTTTGTTATAAAGCAATTGTTTTTGTTTATA-TAGTCTTA-TTC
130 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATACAAG-CTTATTTG
* * ** * * * *
108169 AGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTGATAAATTTAAAAAATAAG
1 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * ** *** * * *
108234 TATATTGGCCTGACTAGTGT-AAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTAT-TAATTTCAAATCATT
65 TTTGTTTACGAAACAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATT
* * * * * * **
108297 ATGACCTTTTGTTTTATCACAAAGCAATTGTTTATGTTCACAAAAGCTTATTCA
128 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTTG
* * * *
108351 AAATAACATAA-ATCTAATTTATTAATA-TTCTTAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAGAAAATGA
1 AAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * *
108410 ATTTATTTACCG-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTTTTTCAAATGACT
64 ATTTGTTTA-CGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* ** *
108474 ATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATT-TTTCTATTCATACAAGCTT-TTTC
128 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * *
108526 AAATAAAATTATACAAATTTATTAATATTT-AGACAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
108590 TCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAACCATTAT
65 TTTGTTTACGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
*
108655 GACATTTTGTTTT
130 GACCTTTTGTTTT
108668 CATACAAGCT
Statistics
Matches: 3254, Mismatches: 657, Indels: 402
0.75 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 41 0.01
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AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
TTGTTTACGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATACAAGCTTATTTG
Found at i:109261 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 108812--109311 Score: 540
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108802 TAAATTTTGG
* * * **
108812 TTTGCCATAAAACAATTGTATTAATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAAATATT
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* * ** *
108877 AATATTCCAAAAAAATAATGAGTAAATTATTTAAAAATGATA-CTATTTTCTAAACAAGTTCAAA
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* * *
108941 TAGTTATGACTATTTGGACAATTATCCATTTCAAATCATTATGACCTTTTTT
127 GAGTTATGACTATTTGAACAATTATCCATTTCAAATCATTATGACCTTTTAT
* ** * * * *
108993 TTTGTCATAAAAACAATTGTTTATGTTTGTACAAACTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTG
1 TTTGTCAT-AAAACAATTGTTT-TATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTA
* * *
109057 TTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAACAAATCTATTTTTTGAACATGTTCAAA
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* * * *
109122 GAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTGTGATCTTTTAT
127 GAGTTATGACTATTTGAACAATTATCCATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTAT
* * * *
109174 TTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATATAAGCATATTTGAAATAAAATAGTACTAGTTTATT
1 TTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * *
109239 AATATTCCAAAAATAGATAAGTAAAAGAGTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAGCAAGTTCAAA
65 AATATTCCAAAAATA-ATAAGTAAAA-ATTTAAAAAACAAATCTATTT-TCTAAACAAGTTCAAA
*
109303 TAGTTATGA
127 GAGTTATGA
109312 TCTTTATTTG
Statistics
Matches: 263, Mismatches: 46, Indels: 20
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
179 2 0.01
180 83 0.32
181 128 0.49
182 50 0.19
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (178 bp):
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ATATTCCAAAAATAATAAGTAAAAATTTAAAAAACAAATCTATTTTCTAAACAAGTTCAAAGAGT
TATGACTATTTGAACAATTATCCATTTCAAATCATTATGACCTTTTAT
Found at i:109341 original size:145 final size:145
Alignment explanation
Indices: 109151--109450 Score: 399
Period size: 145 Copynumber: 2.1 Consensus size: 145
109141 AATTATCTAT
* * * * *
109151 TTCAAATAGTTGTGATCTTTTATTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATATAAGCATATTTG
1 TTCAAATAGTTATGATCTTTTATTTGGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCATATTTG
* *
109216 AAATAAAATAGTACTAGTTTATTAATATTCCAAAAA-TAGATAAGTAAAAGAGTTAAAAAATAAA
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTA-ATAAGTAAAAGAGTTAAAAAATAAA
* *
109280 TCTATTTA-TCAAGCAAG
130 -ATATTTACT-AAACAAG
* **
109297 TTCAAATAGTTATGATC-TTTATTTGGTTATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTGTATTTG
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* * * * *
109361 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAAAA
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGAGTTAAAAAATAAAA
109426 TATTTACTAAACAAG
131 TATTTACTAAACAAG
109441 TTCAAATAGT
1 TTCAAATAGT
109451 CATGTCCATT
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 17, Indels: 6
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
144 22 0.16
145 95 0.70
146 18 0.13
ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (145 bp):
TTCAAATAGTTATGATCTTTTATTTGGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCATATTTG
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGAGTTAAAAAATAAAA
TATTTACTAAACAAG
Found at i:109881 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 109297--111239 Score: 1420
Period size: 181 Copynumber: 10.9 Consensus size: 181
109287 ATCAAGCAAG
* * * * * *
109297 TTCAAATAGTTATGATC-TTTATTTGGTTATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAG-TGTATT
1 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCT-TATT
*** * *
109359 TGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATA
64 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATA
* ** * * * * *
109423 AA-ATATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAATAATTATCTAT
128 AATATTTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * **
109476 TTGAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAGAACAA----TCTA-TTCA-AGCAAAATTATTC
1 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATA-CAAGCTTATTC
* * * * ** *
109535 ATAATAAAATAATATTGATCTATTAATATTTTGAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAACTAAA
65 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAA
* ** * * * ** * *
109596 CT-TGTTTACAAAAACATTTCAAATAGTTAGGGTTATTTAAATAATTATCTAT
130 -TATTTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
109648 CTCAAATCGTTATAATC-TTTATTTTGTTATAAAACAATTGTTTCT-TTTCATACAAGCTTATTC
1 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTC
** * * * ** *
109711 GGATTAAAATAATACAAATTTAATAATATACCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATTA
65 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAA
* * * * *
109776 ATATTTTTGCCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TTGAACATTTATTTAT
129 ATATTTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
109828 TTCAAATTATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTTA
1 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCA
* * * * *
109893 AAATAAAATAATACTAATTTCTTAACATTTGAAAAATTAATGAGCAAGAGATTAAAAAAATAAAT
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
109958 CTGTTTACTGAA-CAATACAAATAGATT-TGACTATCTGAACAATTTTCTA-
131 ATTTTTACCGAACCAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * *
110007 TTAAAAGTCGTTATGACCTTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTCCATAAAAACTTATC
1 TTCAAA-TTGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATT
* * * *
110072 CTAAATAAAATAATACTACTTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAA
64 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * *
110137 AGT-TATTTT--CGAACCAATTCAAATAGTTCTGACTATTTGAACAAGTATCAAT
129 A-TAT-TTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * * * * * *
110189 CCCAAATAGTTATGATC-TTTGTCTTCTCATAAAACAATTGTTTCTA-ATCATACAAACTTATTC
1 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTC
* ** * *
110252 -AGATAAAAATAATACTAATTTAACAATATTCCAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAGATAA
65 AAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAA
* ** * * * * * * *
110312 ATGTGCTTGCCGAACTAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAATATTTATCTAT
129 ATATTTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * * *
110365 TTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCACACAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCCTATTCG
1 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCA
* * * *
110430 AAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAGATAT
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAA
* * ** *
110494 ATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-A--ATCTAT
129 ATATTTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** * * * *
110544 TTAAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGGTTATCCA
1 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCA
* * *
110609 AAATAAAATAATGC-AACTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
66 AAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * *
110673 TCA-GTTTACCAAATCAGTTTAAAT-GATTATGGCCATTTGAACAACTATCTAT
130 T-ATTTTTACCGAACCAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * **** *
110725 TTCAAATCGTTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTTA
1 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCA
* * *
110790 AAATAAAATAATACTAATTCATTAATATTTCAAGAATTAAT----AAGAGATTT-AAAAGTAAAT
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * *
110850 CTATTTATCGAACCAATTCAAATCA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
131 ATTTTTACCGAACCAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * ** *
110901 TTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTAACATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT-A
1 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCA
* * * *
110965 GGAATAAAATAATATTAATGTAGTAATA-TTCTAAAAATTAATAA-CTAAGAGATTT-AAAAATA
66 -AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTAAAAAATA
* ** *
111027 AATCCATTTGTT---GAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATAAGAACAATTATATAT
128 AAT--ATTT-TTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * * * * * * *
111081 TTGTAATTGTTAAGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTATTTGAGCTCATACAAAGCTTATTT
1 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAC-AAGCTTATTC
** * * * * *
111146 GGAATAGAATAGA-ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAAAG-TTTAGAAAATAA
65 AAAATAAAATA-ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * *
111209 TTCTATTTACCAAACCAGTTTAAATAATTAT
129 ATATTTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTAT
111240 CTATTTCAAA
Statistics
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0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
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182 55 0.04
183 2 0.00
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Consensus pattern (181 bp):
TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCA
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAT
ATTTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
Found at i:110242 original size:360 final size:356
Alignment explanation
Indices: 109362--111217 Score: 1359
Period size: 356 Copynumber: 5.2 Consensus size: 356
109352 GTGTATTTGG
* *
109362 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * *
109425 ATATTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAATAATTATCTATTTGAAATCGTTAT
65 CTATTTATCGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTAT
* * * * ** *
109489 AACCTTTTGTTTTGTCATAGAACAA----TCTA-TTCA-AGCAAAATTATTCATAATAAAATAAT
128 GACCTTTTG-TTTCTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATA-CAAGCTTATT-AAAATAAAATAAT
* * * ** * **
109548 ATTGATCTATTAATATTTTGAAAATTAATA--AA-AGATTTAAAAACTAAA-CTTGTTTACAAAA
190 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATC-TGTTTAC-CGA
* ** * * * * * * *
109609 ACA-TTTCAAATAG-TTAGGGTTATTTAAATAATTATCTATCTCAAATCGTTAT-A-ATCTTTAT
253 ACAGTTT-AAATAGATTATGACTA-TTGAACAATTTTCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTGT
* * * * **
109670 TTTGTTATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCGG
316 TTTGTCATAAAATAATTGTTT-TATCCATACAAGCTTA-TCTA
* * * ** *
109713 ATTAAAATAATACAAATTTAATAATATACCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATTAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAAT
* * ** * * * * * *
109778 ATTTTTGCCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TTGAACATTTATTTATTTCAAATTATTTTG
65 CTATTTATCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TATTATG
* *
109842 ACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATAC
129 ACCTTTTGTTT-CTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTA-TTAAAATAAAATAATAC
* * * * *
109907 TAATTTCTTAACATTTGAAAAATTAATGAGCAAGAGATTAAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACA
192 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACA
* ** * *
109972 ATACAAATAGATT-TGACTATCTGAACAATTTTCTA-TTAAAAGTCGTTATGACCTTTTTATTTT
256 GTTTAAATAGATTATGACTAT-TGAACAATTTTCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTTGTTTT
* *
110035 GTCATAAAATAATTGTTTTAGTCCATAAAAACTTATCCTA
319 GTCATAAAATAATTGTTTTA-TCCATACAAGCTTAT-CTA
* * *
110075 AATAAAATAATACTACTTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAA-T
* * * **
110140 -TATTT-TCGAACCAATTCAAATAGTTCTGACTATTTGAACAAGTATCAATCCCAAATAGTTATG
65 CTATTTATCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATA-TTATG
* * * * *
110203 ATC-TTTGTCTTCTCATAAAACAATTGTTTCTA-ATCATACAAACTTATTCAGATAAAAATAATA
129 ACCTTTTGT-TTCTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTAAAAT-AAAATAATA
** * * * * *
110266 CTAATTTAACAATATTCCAAAAATTAAT---AAGAGATTTAAAAGATAAATGTGCTTGCCGAACT
191 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAC-
* * * *
110328 AGTTTAAATAG-TTAAGACTATTAGAA-TATTTATCTATTTCAAATTGTTTTGACC-TTTTGTTT
255 AGTTTAAATAGATTATGACTATT-GAACAATTT-TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTGTTT
* * * * * * *
110390 AGTCACACAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCCTATTCGA
318 TGTCATAAAATAATTGTTT-TATCCATACAAGCTTA-TCTA
* * * *
110431 AATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAGATATA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAA
* * *
110495 TCTATTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-A--ATCTATTTAAAATCATTA
64 TCTATTTATCGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTA
* * * * *
110556 TGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGGTTATCCAAAATAAAATAAT
127 TGACCTTTTG-TTTCTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTAT-TAAAATAAAATAAT
* * * * *
110621 GC-AACTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCAA
190 ACTAA-TTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGA
* * * * *
110685 ATCAGTTTAAAT-GATTATGGCCATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCGTTATTA-CTTTTTGT
253 A-CAGTTTAAATAGATTATGACTA-TTGAACAATTTTCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTGT
* *
110748 TTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TCAACATACAAGCTTATTTAA
316 TTTGTCATAAAATAATTGTTTTATC--CATACAAGCTTATCT-A
* * *
110791 AATAAAATAATACTAATTCATTAATATTTCAAGAATTAAT----AAGAGATTT-AAAAGTAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* *
110851 TATTTATCGAACCAATTCAAATCA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATA
66 TATTTATCGAACCAATTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TATTATG
* *
110915 ACCTTTTG-TTCTAACATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTAGGAATAAAATAATA
129 ACCTTTTGTTTCT--CATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTA-AAATAAAATAATA
* * * * ** ***
110979 TTAATGTAGTAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAAATAAATCCATTTGTTGAA
191 CTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAGC-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA
* * * * * ** * *
111042 CCAGTTCAAATAG-TTAAGACTATAAGAACAATTATATATTTGTAATTGTTAAGACC-TTTTGTT
254 -CAGTTTAAATAGATTATGACTAT-TGAACAATTTTCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTGTT
* * * * * *
111105 TTGTTATAAAATAATTATTTGAGCTCATACAAAGCTTATTTGG
317 TTGTCATAAAATAATTGTTTTATC-CATAC-AAGCTTATCT-A
* * * * * *
111148 AATAGAATAGA-ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAAAG-TTTAGAAAATAATT
1 AATAAAATA-ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAT
111211 CTATTTA
65 CTATTTA
111218 CCAAACCAGT
Statistics
Matches: 1188, Mismatches: 231, Indels: 162
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
351 47 0.04
352 50 0.04
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355 36 0.03
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359 13 0.01
360 253 0.21
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362 86 0.07
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (356 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATC
TATTTATCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATATTATGAC
CTTTTGTTTCTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTAAAATAAAATAATACTAAT
TTATTAATATTTCAAAAATTAATAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAGTTTA
AATAGATTATGACTATTGAACAATTTTCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAA
AATAATTGTTTTATCCATACAAGCTTATCTA
Found at i:110754 original size:716 final size:712
Alignment explanation
Indices: 109678--111239 Score: 1692
Period size: 716 Copynumber: 2.2 Consensus size: 712
109668 ATTTTGTTAT
* ** * * * *
109678 AAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACAAATTTAATAATATACC
1 AAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TC
* * * * *
109743 AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATTAATAT-T-TTTGCCGAACTAGTTCAAATAGTTA
65 AAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAA-T-ATATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * *
109806 AGACTATTGAACATTTATTTATTTCAAATTATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATT
128 TGACTATTGAACA--TATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATT
* ** * * *
109871 TTAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAACATTTGAAAAATTAATGA
191 TTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAA
* ** * *
109936 GCAAGAGATTAAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAATACAAATAGATTTGACTATCTGAACAAT
256 GCAAGAGATTAAAAAAATAAATCAGTTTACCAAACAATACAAATAGATTTGACCATCTGAACAAC
* *
110001 TTTCTATTAAAAGTCGTTATGACCTTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTC-CATAAAA
321 TATCTATTAAAAGTCGTTATGACCTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTT--TCACATAAAA
* *
110065 ACTTATCCT-AAATAAAATAATACTACTTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTA
384 ACTTAT-CTAAAATAAAATAATACTAATTCACTAATATTTCAAAAATTAAT----AAGAGATTT-
*
110129 AAAACTAAAGT-TATTT-TCGAACCAATTCAAAT-AGTTCTGACTATTTGAACAAGTATCAATCC
443 AAAACTAAA-TCTATTTATCGAACCAATTCAAATCA-TTATGACTATTTGAACAAGTATCAATCC
* *
110191 CAAATAGTTATGATCTTTGTCTTCT-CATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAACTTATTCA-G
506 CAAATAGTTATAACCTTT-TCTTCTACATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAACTTATT-AGG
* *
110254 -ATAAAAATAATACTAATTTAACAATATTCCAAAAA-T-TAA-TAAGAGATTTAAAAGATAAATG
569 AAT-AAAATAATACTAATGTAACAATATTCCAAAAATTATAACTAAGAGATTTAAAA-ATAAATC
** * * * * * * **
110315 TGCTTGCCGAACTAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAATATTTATCTATTTCAAATTGTTTTGA
632 CACTTGCCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATAAGAACAATTATATATTTCAAATTGTTAAGA
110380 CCTTTTGTTTAGTCAC
697 CCTTTTGTTTAGTCAC
* * * *
110396 ACAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCCTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCA
1 AAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-
* *
110461 AAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAGATATATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATG
65 AAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATATATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * *
110526 ACTATTTGAACA-ATCTATTTAAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA
130 ACTA-TTGAACATATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTA
* * * * *
110590 GTTCATAAAAGGTTATCCAAAATAAAATAATGC-AACTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGT
194 GTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGC
* * ** * *
110654 AAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCAAATCAGTTTAAAT-GATTATGGCCATTTGAACAAC
258 AAGAGATTAAAAAAATAAATCAGTTTACCAAA-CAATACAAATAGATT-TGACCATCTGAACAAC
* * * *
110718 TATCTATTTCAAA-TCGTTATTA-CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAA
321 TATCTA-TTAAAAGTCGTTATGACCTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC-ACATAAAA
* * * * *
110781 GCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTCATTAATATTTCAAGAATTAATAAGAGATTTAAAAGT
384 ACTTATCTAAAATAAAATAATACTAATTCACTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAACT
* * ** *
110846 AAATCTATTTATCGAACCAATTCAAATCATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGT
449 AAATCTATTTATCGAACCAATTCAAATCATTATGACTATTTGAACAAGTATCAATCCCAAATAGT
* * ** *
110911 TATAACCTTTTGTTCTAACATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTAGGAATAAAATA
514 TATAACCTTTTCTTCT-ACATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAACTTATTAGGAATAAAATA
* ** * * **
110976 ATATTAATGTAGTAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAATAAATCCATTTGTTGA
578 ATACTAATGTAACAATATTCCAAAAATT-ATAACTAAGAGATTTAAAAATAAATCCACTTGCCGA
**
111041 ACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATAAGAACAATTATATATTTGTAATTGTTAAGACCTTTTGTTT
642 ACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATAAGAACAATTATATATTTCAAATTGTTAAGACCTTTTGTTT
* * *
111106 TGTTAT
707 AGTCAC
* * ** * *
111112 AAAATAATTATTTGAGCTCATACAAAGCTTATTTGGAATAGAATAGA-ACTAATTTATTAATATT
1 AAAATAATTGTTTCAATTCATAC-AAGCTTATTCGGAATAAAATA-ATACTAATTTATTAATA-T
* * * * * *
111176 TCAAAAATTTATAAGTAAAAG-TTT-AGAAAATA-ATTCTATTTACCAAACCAGTTTAAATAATT
63 TCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATATA-TCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTT
111238 AT
127 AT
111240 CTATTTCAAA
Statistics
Matches: 702, Mismatches: 116, Indels: 55
0.80 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
710 1 0.00
711 18 0.03
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718 114 0.16
719 7 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (712 bp):
AAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA
AAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATATATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
CTATTGAACATATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTAGT
TCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGCAAG
AGATTAAAAAAATAAATCAGTTTACCAAACAATACAAATAGATTTGACCATCTGAACAACTATCT
ATTAAAAGTCGTTATGACCTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCACATAAAAACTTATC
TAAAATAAAATAATACTAATTCACTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAACTAAATCTA
TTTATCGAACCAATTCAAATCATTATGACTATTTGAACAAGTATCAATCCCAAATAGTTATAACC
TTTTCTTCTACATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAACTTATTAGGAATAAAATAATACTAAT
GTAACAATATTCCAAAAATTATAACTAAGAGATTTAAAAATAAATCCACTTGCCGAACCAGTTCA
AATAGTTAAGACTATAAGAACAATTATATATTTCAAATTGTTAAGACCTTTTGTTTAGTCAC
Found at i:111230 original size:537 final size:530
Alignment explanation
Indices: 109325--111239 Score: 1731
Period size: 537 Copynumber: 3.6 Consensus size: 530
109315 TTATTTGGTT
* * * *
109325 ATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAG-TGTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
1 ATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCT-TATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA
** * * * *
109388 TTCTAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-ATATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTC
64 TTCTAAAAATTAATA-ACAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAGTT
* * * * * * * *
109452 ATGTCCATTTGAATAATTATCTATTTGAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAGAACAATCT
127 ATGACTATATGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT-T
* ** * * * **
109517 ATTCAAG-C--AAAA--TTAT-TCATAATAAAATAATATTGATCTATTAATATTTTGAAAATTAA
191 GTTTTAGTCATAAAAGCTTATCT-A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * *** *
109576 T-A--AA-AGATTTAAAAACTAAA-CTTGTTTACAAAAACA-TTTCAAATAGTTAGGGTTATTTA
254 TAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATC-TATTTACCAAACCAGTTT-AAATA-TTATGACCATTTG
* * * * * **
109635 AATAATTATCTATCTCAAATCGTTATAATCTTTATTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTTTTCATA
315 AACAACTATCTATCTCAAATCGTTATTATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTAACATA
*** * * *
109700 CAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACAAATTTAATAATATACCAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
379 CAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAAT----AAGAGATT
* *
109765 TAAAA--AAATTAATATTTTTGCCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TTGAACATTTATTTA
440 TAAAAGTAAA-T-ATATTTAT--CGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACATTTATCTA
*
109827 TTTCAAATTATTTTGACCTTTTGTTTAGTC
501 TTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTAGTC
* *
109857 ATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTTA-AAATAAAATAATACTAATTTCTTAACAT
1 ATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTA-TTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACAT
* * * * *
109921 T-TGAAAAATTAATGAGCAAGAGATTAAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAATACAAATAGAT
65 TCT-AAAAATTAAT-AACAAGAGATT-TAAAAATAAATCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAG-T
* * *
109984 T-TGACTATCTGAACAATTTTCTA-TTAAAAGTCGTTATGACCTTTTTATTTTGTCATAAAATAA
126 TATGACTATATGAACAATTATCTATTTAAAA-TCGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAA
* * *
110047 TTGTTTTAGTCCATAAAAACTTATCCTAAATAAAATAATACTACTTTACTAATATTTCAAAAATT
189 TTGTTTTAGT-CATAAAAGCTTAT-CTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * * * * *
110112 AATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGT-TATTT-TCGAACCAATTCAAATAGTTCTGACTATTT
252 AATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAA-TCTATTTACCAAACCAGTTTAAATA-TTATGACCATTT
* * * * * * * *
110175 GAACAAGTATCAATCCCAAATAGTTATGATCTTTGTCTTCTCATAAAACAATTGTTTCTAATCAT
314 GAACAACTATCTATCTCAAATCGTTATTATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAA-CAT
* * * *
110240 ACAAACTTA-TTCAGATAAAAATAATACTAATTTAACAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTA
378 ACAAGCTTATTTAAAAT-AAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTA
* ** ** * * *
110304 AAAGATAAATGTGCTTGCCGAACTAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAATATTTATCTATTTCA
442 AAAG-TAAATATATTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACATTTATCTATTTCA
110369 AATTGTTTTGACCTTTTGTTTAGTC
506 AATTGTTTTGACCTTTTGTTTAGTC
* * * * * * *
110394 ACACAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCCTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATT
1 ATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATT
* * * * *
110459 CAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAGATATATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTA
66 CTAAAAATTAATAA-CAAGAGATTT-AAAA-ATAAATCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTA
* * * *
110524 TGACTATTTGAAC-A--ATCTATTTAAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
128 TGACTATATGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT
* * * *
110586 TTTAGTTCATAAAAGGTTATCCAAAATAAAATAATGC-AACTTTATTAATATTTCAAAAGTTAAT
193 TTTAG-TCATAAAAGCTTAT-CTAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* *
110650 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-AGTTTACCAAATCAGTTTAAATGATTATGGCCATTTGAA
255 AAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTA-TTTACCAAACCAGTTTAAAT-ATTATGACCATTTGAA
* *
110714 CAACTATCTATTTCAAATCGTTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATAC
317 CAACTATCTATCTCAAATCGTTATTA-TCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-AACATAC
* * * *
110779 AAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTCATTAATATTTCAAGAATTAATAAGAGATTTAAAA
380 AAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAA
* * * * *
110844 GTAAATCTATTTATCGAACCAATTCAAATCA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
445 GTAAATATATTTATCGAACTAGTTCAAAT-AGTTAAGACTATTTGAACATTTATCTATTTCAAAT
* * *
110908 TGTTATAACCTTTTGTTCTA-AC
509 TGTTTTGACCTTTTGTT-TAGTC
* * * * * *
110930 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTAGGAATAAAATAATATTAATGTAGTAATATT
1 ATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATT
* ** *
110995 CTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAATAAATCCATTTGTTGAACCAGTTCAAATAGTTAAG
66 CTAAAAATTAATAAC-AAGAGATTTAAAAATAAATCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATG
* * ** * * * *
111060 ACTATAAGAACAATTATATATTTGTAATTGTTAAGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTATTT
130 ACTATATGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
* * * * *
111125 GAGCTCATACAAAGCTTATTTGGAATAGAATAGA-ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATA
195 TAG-TCATA-AAAGCTTATCT-AAATAAAATA-ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* *
111189 AGTAAAAG-TTTAGAAAATAATTCTATTTACCAAACCAGTTTAAATAATTAT
256 AGTAAGAGATTTA-AAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTTAAAT-ATTAT
111240 CTATTTCAAA
Statistics
Matches: 1124, Mismatches: 198, Indels: 117
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
531 8 0.01
532 122 0.11
533 33 0.03
534 42 0.04
535 101 0.09
536 233 0.21
537 305 0.27
538 113 0.10
539 27 0.02
540 7 0.01
541 111 0.10
542 22 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (530 bp):
ATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATT
CTAAAAATTAATAACAAGAGATTTAAAAATAAATCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGA
CTATATGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTT
AGTCATAAAAGCTTATCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
GAGATTTAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTTAAATATTATGACCATTTGAACAACTATCT
ATCTCAAATCGTTATTATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAACATACAAGCTTATTTA
AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAGTAAATATATT
TATCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACATTTATCTATTTCAAATTGTTTTGACCTT
TTGTTTAGTC
Found at i:111727 original size:474 final size:473
Alignment explanation
Indices: 110832--112181 Score: 1860
Period size: 474 Copynumber: 2.8 Consensus size: 473
110822 AGAATTAATA
* * * * *
110832 AGAGATTT-AAAAGTAAATCTATTTA-TCGAACCAATTCAAATCA-TTATGACTATTTGAACAAT
1 AGAGATTTAAAAAGTATATCTATTTACT-AAACCATTTCAAAT-AGTTTTGACTATTTGAATAAT
* ** * * * *
110894 TATCT-ATTTCAAATTGTTATAACCTTT-TGTTCTAACAT-AAAACAATTGTTTTTGTTCATACA
64 TAT-TGATTTTAAATTGTTATAATTTTTATGTTGT-A-ATGAAAA-AATTGGTTCTGTTCATACT
* * * * * * * *
110956 AGCTTATTAGGAATAAAATAATATTAATGTAGTAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTA
125 ATCTTATTCGTAACAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAAAGATTTA
* *
111021 AAAATAAATCCATTTGTTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATAAGAACAATTATATATTTGTA
190 AAAATAAATCCATTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATAAGAACAATTATATATTGGTA
111086 ATTGTTAAGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTATTTGAGCTCATACAAAGCTTATTTGGAAT
255 ATTGTTAAGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTATTTGAGCTCATACAAAGCTTATTTGGAAT
111151 AGAATAGAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAAAGTTTAGAAAATAATTCTATT
320 AGAATAGAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAAAGTTTAGAAAATAATTCTATT
* * *
111216 TACCAAACCAGTTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACTTTTTTTTTTGTCATAAAATG
385 TACCAAACCAGTTTAAATAATTATCTATGTCAAATTGTTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAATA
111281 ATTGTTTTAGAAAACTAATCAGTT
450 ATTGTTTTAGAAAACTAATCAGTT
*
111305 AGAGATTTAAAAAGTATATCTATTTACTAAACCATTTCAAATAGTTTTGATTATTTGAATAATTA
1 AGAGATTTAAAAAGTATATCTATTTACTAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTA
* *
111370 TTGATTTTAAATTGTTATAATTTTTTATGTTGTAATGAAAAAACTGGTTCTGTTCATACTATATT
66 TTGATTTTAAATTGTTATAA-TTTTTATGTTGTAATGAAAAAATTGGTTCTGTTCATACTATCTT
*
111435 ATTCGTAACAAAATAATACTAATTTAACAATATTCTAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAT
130 ATTCGTAACAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAT
*
111500 AAATCCATTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATACA-AATAATTATATATTGGTAATTG
195 AAATCCATTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATA-AGAACAATTATATATTGGTAATTG
* *
111564 TTAAGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTGAGCTCTTACAAAGCTTATTTGGAATAGAA
259 TTAAGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTATTTGAGCTCATACAAAGCTTATTTGGAATAGAA
*
111629 TAGAACTAATTTATTAATGTTTCAAAAATTTATAAGTAAAAGTTTAGAAAATAATTCTATTTACC
324 TAGAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAAAGTTTAGAAAATAATTCTATTTACC
111694 AAACCAGTTTAAATAATTATCTATGTCAAATTGTTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG
389 AAACCAGTTTAAATAATTATCTATGTCAAATTGTTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG
111759 TTTTAGAAAACTAATCAGTT
454 TTTTAGAAAACTAATCAGTT
111779 AGAGATTTAAAAAGTATATCTATTTACTAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTA
1 AGAGATTTAAAAAGTATATCTATTTACTAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTA
* * *
111844 TTGATTTTATATCGTTATAACTTTTTATTTTGTAATGAAAAAATTGGTTCTGTTCATACTATCTT
66 TTGATTTTAAATTGTTATAA-TTTTTATGTTGTAATGAAAAAATTGGTTCTGTTCATACTATCTT
* * * *
111909 ATTCGTAACAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAA
130 ATTCGTAACAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAA-AAGATTTAAAAA
* * * * * * ***
111974 TAAATCTAATTATCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACGATTATCTATTTCAAATTG
194 TAAATCCATTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATAAGAACAATTATATATTGGTAATTG
* * * ** * * * * * * *
112039 TTATGACTTTTTATTTTGTCGTAAAACAATTATTT-TGTTCGTAC-AAGCTTATTCGGATTAAAA
259 TTAAGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTATTTGAGCTCATACAAAGCTTATTTGGAATAGAA
* * * * * * *
112102 TA-ATAAT-ATTTAAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTT
324 TAGA-ACTAATTT-ATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAAAG-TTTAGAAAAT-AATTCTATT
* *
112164 TACCAAATCAGTTCAAAT
385 TACCAAACCAGTTTAAAT
112182 GTTTAAGACT
Statistics
Matches: 785, Mismatches: 78, Indels: 27
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
472 5 0.01
473 55 0.07
474 614 0.78
475 106 0.14
476 5 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (473 bp):
AGAGATTTAAAAAGTATATCTATTTACTAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTA
TTGATTTTAAATTGTTATAATTTTTATGTTGTAATGAAAAAATTGGTTCTGTTCATACTATCTTA
TTCGTAACAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAATA
AATCCATTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATAAGAACAATTATATATTGGTAATTGTT
AAGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTATTTGAGCTCATACAAAGCTTATTTGGAATAGAATA
GAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAAAGTTTAGAAAATAATTCTATTTACCAA
ACCAGTTTAAATAATTATCTATGTCAAATTGTTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTT
TTAGAAAACTAATCAGTT
Found at i:112246 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 111779--112485 Score: 494
Period size: 181 Copynumber: 3.9 Consensus size: 181
111769 CTAATCAGTT
* * * * * ** * *
111779 AGAGATTTAAAAAGTATATCTATTTACTAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTA
1 AGAGATTTAAAAAATAAATCTAATTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTA
* * * * * * * ** *
111844 T-TGATTTTATATCGTTATAACTTTTTATTTTGTAATGAAAA-AATTGGTTCTGTTCATAC-TAT
66 TCT-ATTTCAAATCATTATGACTATTTATTTAGTCAT-AAAACAATTATTTCAGTTCATACATA-
* * * **
111906 CTTATTC-GTAACAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAACTTAATAACCA
128 CTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGAA
* * * * *
111960 AGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTATCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACGATTA
1 AGAGATTTAAAAAATAAATCTAATTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTA
** * * * * *
112025 TCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTATTTTGTCGTAAAACAATTATTT-TGTTCGTACA-AGCT
66 TCTATTTCAAATCATTATGACTATTTATTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACATA-CT
* * * *
112088 TATTCGGATTAAAATAATAAT-ATTTAAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTA
130 TATTCAGAATAAAATAATACTAATTT-AATAATATTTTAAAAATTAATAAGAA
* ** *
112140 AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAGTTCAAAT-GTTTAAGACTAT-TAGAACAAT
1 AGAGATTTAAAAAATAAATCTAATTACCAAACCAGTTCAAATAG-TTAAGACTATAT-GAACAAT
* * *
112203 TATCTATTTCAAATCATTTTGA-TCATTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACATA
64 TATCTATTTCAAATCATTATGACT-ATTTATTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACATA
* * * * *
112267 CTTATTCAGAATAAATTAATGCTAATTTATTAACA-TTAAGAAAATTAATAAGAA
128 CTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTA-AAAATTAATAAGAA
* * * * * ** * *
112321 AGAGATTTAAAAAA-ATAATCTATTTACTAAACTAGTTCAAACAATTATTATTATTTGAACAATT
1 AGAGATTTAAAAAATA-AATCTAATTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATT
* * * * * * * * *
112385 GTATATTT-AGAATCGTTATAACCT-TTAGATTT-GTCATAAAATAATTGTTTTAGTTAATACA-
65 ATCTATTTCA-AATCATTATGA-CTATT-TATTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAT
** *
112446 AGCTTAGAC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
127 A-CTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT
112486 CCTAAAGCAA
Statistics
Matches: 420, Mismatches: 84, Indels: 43
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
179 7 0.02
180 151 0.36
181 249 0.59
182 12 0.03
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
AGAGATTTAAAAAATAAATCTAATTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTA
TCTATTTCAAATCATTATGACTATTTATTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACATACTT
ATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGAA
Found at i:113072 original size:179 final size:180
Alignment explanation
Indices: 112878--113373 Score: 526
Period size: 181 Copynumber: 2.8 Consensus size: 180
112868 TAATAATTAA
* * * * * ** * *
112878 AACTATTAGAATAATTTTCTATTTCAAATTATTCTGACCTTTTGTTTAGTCGCAAAATATTTGTT
1 AACTATTTGAATAATTTTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * *
112943 TCATATTTTATAAGTTTATTCAGAATAAAATAATTCTAATTTATTAA-CTTCAAAAAATTAATAA
66 TCATATTATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA
* * *
113007 GCAAAATA-TTTGAA-AAAATAAATCTATTTA-TCAAGCAAGTCAAATAGTTT
131 G--AAATAGTTT-AAGAAAATAAATCTATTTACTAAAGAAAGTCAAATAGTTC
* *
113057 AACTATTTGAATAATTATT-TATTTAAAATCATTATGACCATTTGTTTTGACATAAAACAATTGT
1 AACTATTTGAATAATT-TTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* *
113121 TT--TAGTTCA-ATAAAGCTTA-TCTAAAATAAAATAATACTAATTTTCTTAATATTTTAAAAAT
65 TTCATA-TT-ATAT-AAGCTTATTC-AAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTCTAAAAAT
* * * * * *
113182 TAATAAGGAATAGTTTAAGAAAATAAATTTGTTTACTAAATAAATTTAAATAGTTC
125 TAATAAGAAATAGTTTAAGAAAATAAATCTATTTACTAAAGAAAGTCAAATAGTTC
* * * *
113238 AACTATTTGAACAGTTATCTATTTAAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
1 AACTATTTGAATAATTTTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
*
113303 TCA-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
66 TCATATT-ATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
113367 AGTAAAT
130 AG-AAAT
113374 GATTGAAGGT
Statistics
Matches: 263, Mismatches: 38, Indels: 30
0.79 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
177 2 0.01
178 6 0.02
179 80 0.30
180 52 0.20
181 119 0.45
182 4 0.02
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AACTATTTGAATAATTTTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
TCATATTATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA
GAAATAGTTTAAGAAAATAAATCTATTTACTAAAGAAAGTCAAATAGTTC
Found at i:113684 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 113379--115797 Score: 1705
Period size: 181 Copynumber: 13.5 Consensus size: 180
113369 TAAATGATTG
* * * * * * * **
113379 AAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTACTTGAACTAATTT-G-A
1 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTCGTA
* *
113442 CAA-AGAATTTACTTTTTAAATC----ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
65 -AACA-AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * *
113502 TTTATTTTGAATAAATTTGTATGAACTGAAATAACTGTTTTATGACAAAACAA
128 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * *
113555 AAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTCATTTCGTA
1 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTTCGTA
* * * *
113620 AACAAATTTATTTTTTTAATCTTTTGCTTACTAATTTTTGGAATATTAAGAAATTAGTATTATTT
65 AACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * *
113685 TATTTT-AGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAA
130 TATTTTGA-ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* ** * * * * * *
113736 ATGGTTTTAACGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTTA-AACTA-TTGACTTG-TTCAATA
1 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTC-GTA
* * * * * * *
113798 AACAGATTTATTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTGAA-GTTAATAAATTTGAATTATTT
65 AACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * * * * *
113862 TATTTTAAATAAGCTTGTA-AAATATGAAATAAATATTTTGTGACTAAACGA
130 TATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-CTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * ** * *
113913 AAGAGT-AAAACAATATGAAATAGATAATTATT-ATAATGGTTTTAACTATTT-AAATGGTTC-T
1 AAG-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTCGT
* ** * * *
113974 ACAAGCACATTTATTTTAAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTA
64 A-AA-CAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA
*** * * *
114039 TTTT-TAACAGAATAAGCTTCTATGATCAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
127 TTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * * * * *
114093 AA-ATCTTAATGATTTGATATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAGCTGGTTTAGTA
1 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ATTGTTTCGTA
* * * * *
114157 AACAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTTAGTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
65 AACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
** *
114222 TATTTCAAATAAGCTTGTATG-A-TGAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
130 TATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* ** * * * * **
114273 AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTC-AATCGACCATAATTATTT-TATCTGATTAGG
1 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAAT-TG-TTTCG
* * *
114336 TAAACAAATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAA-TTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTA
63 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGG-AATATTAATAAATTAGTATTA
** * * * * * *
114400 TTTTA-TTCCATCTAAGCTTCTATTAATTGACACAATTGTTTTATGACAAATCAA
127 TTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * *
114454 AAGGTTATAACAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTT-AACTT-ATTCGGT
1 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTC-GT
* * * * *
114517 GAACAAATTTAATTTTTTAAATCTCTTT-CTTATTAATTTTTTGAATGTTAACAAATTAATATTA
64 AAACAAATTT-ATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
114581 ATTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACATTTGTTTTGTAACTAAACAA
127 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * ** * ** * **
114635 AAGATTAGAATAATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAGTCTTAA-TCATTTGAATTGAATCGAT
1 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAATTGTTTCG-T
* * * * *
114699 AAACAAATTTATTTTTTAAATC--TT--TTATTAATTTTTGAAATATTATTAAACTAATTTTATT
64 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * * *
114760 TCAATTTGTATAAGCCTGTACGAAC-AAAACAATTATTTTACGACAAAAGAA
129 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * * * *
114811 AATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCGTTTATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGTA
1 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTCGTA
** * * * * * *** *
114876 ATTAGATTTATTCTTT-AATTTTCTTAGTTATTAAGTTCCAGAATATTATTAAATTAGTATTATT
65 AACAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATT
** * * * * *
114940 TTATTTTGAATAAAATAGTATGAAC-AAAACCAATGGTTTGATGACAAAATAA
129 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAA
* ** * * * * * * *
114992 AAGGTTATAATAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAATTATTTGAAATAGTCTAGTA
1 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AATTGTTTCGTA
* * * * * *
115057 AGCAAATTCACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCT-AAATGTTAATAAATTAGTATTATT
65 AACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TGGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * *
115121 TTATTTTAAACAAACTTATATTAA-GGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
129 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * * * * *
115173 AAAGTAATAATGATTTGAAATTGATAATTGTTCAGATAGTTACAATTATTTGAACTGGTTT-GAT
1 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTCG-T
* * * * **
115237 AAATAGAA-TTATTTTATAAATCTTTTACTTATAAAATTTTCAAATATTAATAAATTAGT-TTCA
64 AAACA-AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATT-A
* * ** *
115300 ATTTGTTTTGAATAAGCTTGTATGAGTTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAA
127 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * ** * * *
115354 AAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTATATAGTCTTAACTGCTTGAACTGGTTCAGCA
1 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTC-GTA
*** * * * *** *
115419 AAGTGGATTTATTTTTTAAATATATTAGTTATTAATTTTCATAATATTACTAAATTAGTATTATT
65 AA-CAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATT
*** * *
115484 TTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
129 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * *
115536 AAGGTTATAA-GAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTAAATTGGTTCAGT
1 AAGGTCATAACG-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTC-GT
* * * ** *
115600 AAATAAATTTATTTTTTAAA---TAT-CTTATTAATTCTTGGAATAAGAATGAATTAGTATTATT
64 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * *
115661 TTATTTTGAATAAAC-T-TAT-ATCTTGAAAAAAATTTGTTTTATGACAAAATAA
129 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC-TG-AAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * *
115713 AAGGTAATAACGATTTGAAATAAATAGTTGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAACTGTTTCGGTA
1 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTC-GTA
*
115778 AACAGATTTATTTTTTAAAT
65 AACAAATTTATTTTTTAAAT
115798 ATTAATAAAG
Statistics
Matches: 1746, Mismatches: 418, Indels: 156
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Matches are distributed among these distances:
174 2 0.00
175 8 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTCGTAA
ACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
ATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
Found at i:114887 original size:538 final size:535
Alignment explanation
Indices: 114068--115626 Score: 1350
Period size: 538 Copynumber: 2.9 Consensus size: 535
114058 CTATGATCAG
* *** * * * *
114068 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA-TCTTAATGATTTGATATTGATAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTAAGAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGT
* * * * * ** * * *
114132 CATAA-CTATTTCAGCTG-GTTTAGTAAACAGATTTACTTTT-TAAATCTCTTACT-TAGTAATT
66 TACAATC-ATTTGAACTGAATCGA-TAAACAGAATTA-TTTTATAAATCTTTTACTATA--AAAT
* * * * * * *
114193 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATT--ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATGA-AAAACAAT
126 TTTCAAATATTAATAAACTAAT-TTCAATTTAATTT-GAATAAGCCTGTACGA-GACAAAACAAT
** * * * * * *
114255 TATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCA-ATCGACCATAAT
188 TATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCGTTTATATAG-TCTTAAC
* * * * * *
114319 TATTTTATCTGATTAGGTAAACAAATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTAGGAAATAT
252 TATTTGAACTGGTTAGGTAAATAGATTTATTTTT-AAATTTTTTAGTTATTAATTTA-GAAATAT
* * * * * *
114384 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCCATCTAAGCTTCTATTAATTGACACAATTGTTTTATGACAA
315 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA-ATAAACTTGTATGAA-AGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * *
114449 ATCAAAAGGTTATAACAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTAACTTATTC
378 ATCAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTAA-TTATTC
* * * *
114514 GGTGAACAAATTTAATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAACAAATTAATAT
442 AGT-AACAAATTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCTAAATGTTAACAAATTAATAT
* * * * *
114579 TAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTG-
505 TAATTTATTCTAAACAAACTTATATGAA-GGA
* * * * * *
114610 AAACATTTGTTTTGTAACTAAAC-AAAAGATTAGAATAATTTGAAATAGATAATTATTTTA-ATA
1 AAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAG-TAAGAATAATTTGAAATAGATAATT-GTTCAGATA
* * * *
114673 GTCT-TAATCATTTGAATTGAATCGATAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTTTTA-T-T-AATTT
64 GT-TACAATCATTTGAACTGAATCGATAAACAGAA-TTATTTTATAAATCTTTTACTATAAAATT
* * * *
114733 TTGAAATATTATTAAACTAATTT-TATTTCAATTTGTATAAGCCTGTACGA-ACAAAACAATTAT
127 TTCAAATATTAATAAACTAATTTCAATTT-AATTTGAATAAGCCTGTACGAGACAAAACAATTAT
* * *
114796 TTTACGACAAAAGAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCGTTTATATAGTCTTAACTATT
191 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCGTTTATATAGTCTTAACTATT
* * *
114861 TGAACTGGTTTGGTAATTAGATTTATTCTTT-AATTTTCTTAGTTATTAAGTTCCAG-AATATTA
256 TGAACTGGTTAGGTAAATAGATTTATT-TTTAAATTTT-TTAGTTATTAA-TT-TAGAAATATTA
* ** * * * *
114924 TTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTATGAACA-AAACCAATGGTTTGATGACAAA
317 ATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAATAAACTTGTATGAA-AGAAA-CAATTGTTTTATGAC-AA
* * * *
114988 AT-AAAAGGTTATAATAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAA-AATTATTTGAAATAGT
378 ATCAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGT-AATAACTATTT-AATTATT
* * * *
115051 CTAGTAAGCAAATTCACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCTAAATGTTAATAAATTAGTA
441 C-AGTAA-CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCTAAATGTTAACAAATTAATA
* * *
115116 TTATTTTATTTTAAACAAACTTATATTAAGGA
504 TTAATTTATTCTAAACAAACTTATATGAAGGA
* * * *
115148 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATTGATAATTGTTCAGATAGT
1 AAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTAAGAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGT
* ** * *
115213 TACAATTATTTGAACTGGTTTGATAAATAGAATTATTTTATAAATCTTTTACTTATAAAATTTTC
66 TACAATCATTTGAACTGAATCGATAAACAGAATTATTTTATAAATCTTTTAC-TATAAAATTTTC
* * ** * * *** * *
115278 AAATATTAATAAATTAGTTTCAATTTGTTTTGAATAAGCTTGTATGAGTTGAAATAATTGTTTTA
130 AAATATTAATAAACTAATTTCAATTTAATTTGAATAAGCCTGTACGAGACAAAACAATTATTTTA
* * **
115343 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTATATAGTCTTAACTGCTTGAA
195 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCGTTTATATAGTCTTAACTATTTGAA
* * * * ** *
115408 CTGGTTCA-GCAAAGTGGATTTATTTTTTAAATATATTAGTTATTAATTTTCATAATATTACTAA
260 CTGGTT-AGGTAAA-TAGATTTA-TTTTTAAATTTTTTAGTTATTAATTTAGA-AATATTAATAA
*
115472 ATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
321 ATTAGTATTATTTTATTCC-AATAAACTTGTATGAA-AGAAACAATTGTTTTATGACAAATCAAA
* * * *
115537 AGGTTATAAGAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTAAATTGGTTCAGTAA
384 AGGTTATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTT-AATT-ATTCAGT-A
* *
115602 ATAAATTTATTTTTTAAATATCTTA
446 ACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
115627 TTAATTCTTG
Statistics
Matches: 815, Mismatches: 156, Indels: 90
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
537 14 0.02
538 340 0.42
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540 6 0.01
541 5 0.01
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545 13 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (535 bp):
AAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTAAGAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGT
TACAATCATTTGAACTGAATCGATAAACAGAATTATTTTATAAATCTTTTACTATAAAATTTTCA
AATATTAATAAACTAATTTCAATTTAATTTGAATAAGCCTGTACGAGACAAAACAATTATTTTAT
GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCGTTTATATAGTCTTAACTATTTGAAC
TGGTTAGGTAAATAGATTTATTTTTAAATTTTTTAGTTATTAATTTAGAAATATTAATAAATTAG
TATTATTTTATTCCAATAAACTTGTATGAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAATCAAAAGGTTAT
AACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTAATTATTCAGTAACAAATTTAT
TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCTAAATGTTAACAAATTAATATTAATTTATTCTAAACA
AACTTATATGAAGGA
Found at i:115015 original size:719 final size:710
Alignment explanation
Indices: 113448--116587 Score: 2025
Period size: 719 Copynumber: 4.4 Consensus size: 710
113438 TTGACAAAGA
* * **
113448 ATTTACTTTTTAAATCACTTA-TTA--ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
1 ATTTACTTTTTAAATCTCTTACTTAGTAATTCCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* * * *
113510 GAATAAATTTGTATGAACTGAAATAACTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAA
66 GAATAAAATTGTATGAAC-AAAACAA-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAA
* * * * *
113575 TAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTCATTTCGTAAACAAATTTATTTTTTTAAT
129 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTT-AATT-A-TTAGTAAACAAATTTA-TTTTTAAAT
* * * * *
113640 CTTTTGCTTACTAATTTTTGG-AATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTAGA-TAAGCTTTT
190 CTTTTACTTATTAA-TTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAACTAAGCTTAT
* * * * * * *
113703 ATGAACTAAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAATGGTTTTAACGATTTTAAATAAATAATTATT
253 ATTAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTTAAATAGATAATTGTT
* * * * *
113768 CAAATAGTTAAACTA-TTGACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAA
317 CAAATAGTTAAACTATTTAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* * * *
113832 TTTTTTGAA-GTTAATAAATTTGA-ATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTA-AAATATGAAATAA
382 TTTTTTGAATGTTAATAAA-TTAATATTAATTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-ATGAAATAA
* * * * * * * *
113894 ATATTTTGTGACTAAACGAAAGAGTAAAACAATATGAAATAGATAATTATTATAATGGTTTTAAC
445 TTGTTTTGTGACTAAACAAAAGATTAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAGTCTTAAC
** * * * *
113959 TATTTAAATGGTTCTACAAGCACATTTATTTTAAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATT
510 TATTTAAATGAATCGACAAACAAATTTATTTTAAAAA-TTCTTA-TTATTAATTTTTAGAATATT
* * * * * * * *
114024 ATTAAATTAGTATTATTTTTAACAGAATAAGCTTCTATGATCAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
573 ATTAAACTAATATTATTTTCAACAGAATAAGCCTCTACGAACAGAAACAATTATTTTACGACAAA
* ** * * * *
114089 ACAAAAATCTTAATGATTTGATATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAGCTGGTTTA
638 ACAAAAATCATAACAATTTGAAATAGATAATCGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTGGTTTA
114154 GTAAACAG
703 GTAAACAG
***
114162 ATTTACTTTTTAAATCTCTTACTTAGTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTACTTTTTAAATCTCTTACTTAGTAATTCCAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** ** * *
114227 CAAATAAGCTTGTATGATGA-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
65 TGAATAAAATTGTATGA--ACAAAACAA-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAA
* * * *
114291 AATAGATAATCATTC-AATCGACCATAATTATTTTATCTGATTAGGTAAACAAATTTATTTTTAA
127 AATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAATTATTTAAT-T-ATTA-GTAAACAAATTTATTTTT-A
* * ** * *
114355 AATTTTTTACTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCATCTAAGCTTC
187 AATCTTTTACTTATTAATTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAACTAAGCTTA
* * * *
114420 TATTAATTGACACAATTGTTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAACAATTTTAAATAGACAATTGT
252 TATTAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTTAAATAGATAATTGT
* * * *
114485 TCAAATAGTAATAACTATTTAACTTATTCGGTGAACAAATTTAATTTTTTAAATCTCTTT-CTTA
316 TCAAATAGTTA-AACTATTTAACTTGTTCGATAAACAAATTT-ATTTTTTAAATCT-TTTACTTA
* * * *
114549 TTAATTTTTTGAATGTTAACAAATTAATATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAAC
378 TTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAATATTAATTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAATGAAAT
* * * *
114614 ATTTGTTTTGTAACTAAACAAAAGATTAGAATAATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAGTCTTA
443 AATTGTTTTGTGACTAAACAAAAGATTAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAGTCTTA
* * **
114679 A-TCATTTGAATTGAATCGATAAACAAATTTATTTTTTAAA-TCTT-TTATTAATTTTT-GAAAT
508 ACT-ATTT-AAATGAATCGACAAACAAATTTATTTTAAAAATTCTTATTATTAATTTTTAG-AAT
* ** * *
114740 ATTATTAAACTAATTTTA-TTTCAATTTGTATAAGCCTGTACGAACA-AAACAATTATTTTACGA
570 ATTATTAAACTAATATTATTTTCAA-CAGAATAAGCCTCTACGAACAGAAACAATTATTTTACGA
* * * * * *
114803 CAAAAGAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCGTTTATATAGTCTTAACTATTTGAACTG
634 CAAAACAAAA-ATCATAACAATTTGAAATAGATAATCGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTG
* **
114868 GTTTGGTAATTAG
698 GTTTAGTAAACAG
* * * * *
114881 ATTTA-TTCTTTAATTTTCTTAGTTATTAAGTTCCAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTACTT-TTTAAATCTCTTACTTAGTAA-TTCCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * *
114945 TTGAATAAAATAGTATGAACAAAACCAATGGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAATAATTTAA
64 TTGAATAAAATTGTATGAACAAAA-CAAT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAA
* * * *
115010 AATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAATTATTTGAAATAGTCTAGTAAGCAAATTCACTTTTTAA
127 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTT-AATTA-T-TAGTAAACAAATTTA-TTTTTAA
* ** * *
115075 ATCTCTTACTTATTAATTTTCTAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAAC-AAACTTA
188 ATCTTTTACTTATTAATTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAACTAAGCTTA
* * * * * *
115139 TATTAAGGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATTGATAATTGT
252 TATTAATG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTTAAATAGATAATTGT
* * * * * *
115204 TCAGATAGTTACAATTATTTGAACTGGTTTGATAAATAGAA-TTATTTTATAAATCTTTTACTTA
316 TCAAATAGTTA-AACTATTT-AACTTGTTCGATAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * ** * * * **
115268 TAAAATTTTCAAATATTAATAAATTAGT-TTCAATTTGTTTTGAATAAGCTTGTATGAGTTGAAA
378 TTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAATATT-AATTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAATGAAA
* * * * * * *
115332 TAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATT-GTTTATATAGTCT
442 TAATTGTTTTGTGACTAAACAAAAGATTAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTTTA-ATAGTCT
* * * ** *** ** * *
115396 TAACTGCTTGAACTGGTTC-AGCAAAGTGGATTTATTTTTTAAATATATTAGTTATTAATTTTCA
506 TAACT-ATTTAAATGAATCGA-CAAA-CAAATTTATTTTAAAAAT-TCTTA-TTATTAATTTTTA
* * * * * * * * * *
115460 TAATATTACTAAATTAGTATTATTTT-ATTCCA-AATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTT
566 GAATATTATTAAACTAATATTATTTTCA--ACAGAATAAGCCTCTACGAACAGAAACAATTATTT
* * * * ** * *
115523 TATGACAAAACAAAAGGTTATAAGAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTA
629 TACGACAAAACAAAA-ATCATAACAATTTGAAATAGATAATCGTTCAAATAGTCATAACTATTTC
* * * *
115588 AATTGGTTCAGTAAATAA
693 AACTGGTTTAGTAAACAG
* * ** ** *
115606 ATTTATTTTTTAAATATCTTA--T--TAATTCTTGGAATAAGAATGAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTACTTTTTAAATCTCTTACTTAGTAATTC-CAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * *
115667 TGAATAAACTTATATCTTGAA-AAAA-ATTTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTAATAACGATTTG
65 TGAATAAAATTGTA---TGAACAAAACA-ATGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTA
* * * * ***
115730 AAATAAATAGTTGTTCAAATAGCCAT-A--A-TT-A-T-TT-G--AAC---TGTT-TCGGTAAA-
126 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAATTATTAGTAAACAAAT-TTATTTTTAAAT
** * * ** *
115780 C--AGATTTATT--TTTT--AAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGA-TAAGCTTTTA
190 CTTTTACTTATTAATTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAACTAAGCTTATA
* * * * * * *
115838 TGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCAAAATGATTTTAAATAGATAATTGTTC
254 TTAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTC
* * * * * ** *
115903 AAGTAATCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTCAAATC-TCAAGTTTAT
318 AAATAGTTA-AACTATTT-AACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTTTTA-CTTAT
* * * * * * *
115967 TAATTTTTTGAACGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTTAAACA
379 TAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAATATTAATTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAATGAAATA
* * * * * ** * * *
116032 ATTATTATATGACTAACCAAAATG-TCAAAATGATTTGGAATATATAATTATTCTAATAGT-TTC
444 ATTGTTTTGTGACTAAACAAAA-GATTAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAGTCTT-
* * * * * * *
116095 AACTATTTGGACTGATTTGGCAAACACATTTATCTTT-TAAATATC---TTATTAATTTTT-GAA
507 AACTATTT-AAATGAATCGACAAACAAATTTAT-TTTAAAAAT-TCTTATTATTAATTTTTAG-A
* * * *** * * * * *
116155 ATTTTATTAAATTAGTATTATTTT-ATTTTGAATAAACTTGTATGAACTA-AAACAATTATTATA
568 ATATTATTAAACTAATATTATTTTCA-ACAGAATAAGCCTCTACGAAC-AGAAACAATTATTTTA
* * * * * ** * * ** * *
116218 TGACTAACCAAAATGTCAAAATGATTTGGAATATATAATTATTCTAATAGT-TTCAACTATTT-A
631 CGACAAAACAAAA-ATCATAACAATTTGAAATAGATAATCGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTCA
* * * *
116281 GACTGATTTGGCAAACAC
694 -ACTGGTTTAGTAAACAG
* * * * ** * *
116299 ATTTATTTTTTAAATATCTTA-TTAAT-TTTTTA-AATTTTATTAAATTAGTATTATTTT-TATT
1 ATTTACTTTTTAAATCTCTTACTTAGTAATTCCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TT
* ** * * * * * * *
116360 CGAATAAGCTTGTATGATCAGAAACAATTATTTTAGGAGAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAG
65 TGAATAAAATTGTATGAACA-AAACAA-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAA
* * * * * * *
116424 ATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTTGGAAA-ATAGCTTTAGTTTTTAA
128 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTT-AATTA-TTAGTAAACA-A-ATTTA-TTTTTAA
* * ** * * ** * *
116488 ATATCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAGTGTTATTTTATTT-TGCATAAGTTTT
188 ATCTTTTACTTATTAATTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAC-TAAGCTTA
* *
116552 TATGAACTGAAACAGTTGTTTTATGACAAAACAAAA
252 TATTAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
116588 TATCATAATG
Statistics
Matches: 1919, Mismatches: 394, Indels: 224
0.76 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
690 3 0.00
691 1 0.00
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695 3 0.00
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711 1 0.00
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726 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (710 bp):
ATTTACTTTTTAAATCTCTTACTTAGTAATTCCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
GAATAAAATTGTATGAACAAAACAATGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATA
GATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAATTATTAGTAAACAAATTTATTTTTAAATCTTTTA
CTTATTAATTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAACTAAGCTTATATTAATGA
AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTT
AAACTATTTAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAA
TGTTAATAAATTAATATTAATTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAATGAAATAATTGTTTTGTGA
CTAAACAAAAGATTAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAGTCTTAACTATTTAAATGA
ATCGACAAACAAATTTATTTTAAAAATTCTTATTATTAATTTTTAGAATATTATTAAACTAATAT
TATTTTCAACAGAATAAGCCTCTACGAACAGAAACAATTATTTTACGACAAAACAAAAATCATAA
CAATTTGAAATAGATAATCGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTGGTTTAGTAAACAG
Found at i:116197 original size:177 final size:177
Alignment explanation
Indices: 115787--116391 Score: 756
Period size: 177 Copynumber: 3.4 Consensus size: 177
115777 AAACAGATTT
* * * * * *
115787 ATTTTTTAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAAT
1 ATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTAAAACAAT
* * * ** * * * *
115852 TATTTTATGACAAAAC-AAATGGTCAAAATGATTTTAAATAGATAATTGTTC-AAGTAATCAT-A
66 TATTATATGACTAACCAAAAT-GTCAAAATGATTTGGAATATATAATTATTCTAA-TAGT-TTCA
* * ** * * *
115914 ACTATTTGAACTTG-TTCGATAAATAGATTTATTTTTTCAAATCTCAAGTTTATTA
128 ACTATTTGGAC-TGATTTGGCAAACACATTTATTTTTT-AAATATC----TTATTA
** *
115969 ATTTTTTG-AACGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTTAAACAA
1 A-TTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTAAAACAA
116033 TTATTATATGACTAACCAAAATGTCAAAATGATTTGGAATATATAATTATTCTAATAGTTTCAAC
65 TTATTATATGACTAACCAAAATGTCAAAATGATTTGGAATATATAATTATTCTAATAGTTTCAAC
*
116098 TATTTGGACTGATTTGGCAAACACATTTATCTTTTAAATATCTTATTA
130 TATTTGGACTGATTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATATCTTATTA
*
116146 ATTTTTGAAATTTTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTAAAACAAT
1 ATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTAAAACAAT
116211 TATTATATGACTAACCAAAATGTCAAAATGATTTGGAATATATAATTATTCTAATAGTTTCAACT
66 TATTATATGACTAACCAAAATGTCAAAATGATTTGGAATATATAATTATTCTAATAGTTTCAACT
*
116276 ATTTAGACTGATTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATATCTTATTA
131 ATTTGGACTGATTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATATCTTATTA
* * * * *
116323 ATTTTTTAAATTTTATTAAATTAGTATTATTTT-TATTCGAATAAGCTTGTATGATC-AGAAACA
1 ATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAACTTGTATGAACTA-AAACA
116386 ATTATT
64 ATTATT
116392 TTAGGAGAAA
Statistics
Matches: 380, Mismatches: 35, Indels: 21
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
176 8 0.02
177 231 0.61
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183 11 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (177 bp):
ATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTAAAACAAT
TATTATATGACTAACCAAAATGTCAAAATGATTTGGAATATATAATTATTCTAATAGTTTCAACT
ATTTGGACTGATTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATATCTTATTA
Found at i:116305 original size:516 final size:513
Alignment explanation
Indices: 115273--116315 Score: 1095
Period size: 516 Copynumber: 2.0 Consensus size: 513
115263 ACTTATAAAA
* * * ** * * *
115273 TTTTCAAATATTAATAAATTAGTTTCAATTTGTTTTGAATAAGCTTGTATGAGTTGAAATAATTG
1 TTTTTAAATATTAATAAAGTAGTTTCAATTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTA
* * * * *
115338 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTATATAGTCTTAACTGC
66 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAATCATAACTAC
* * *
115403 TTGAACTGGTTCAGCAAAGTGGATTTATTTTTTAAATATATTAGTTATTAATTTTCATAATATTA
131 TTGAACTGGTTCAGCAAAATAGATTTATTTTTTAAATATA-TAGTTATTAATTTTCATAACATTA
* * *
115468 CTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
195 ATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTATTATATGACAAAA
* * * *
115533 CAAAAGGTTATAAGAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTAAATTGGTTCA
260 CAAAAGGTCAAAAGAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTGATTCA
* * * * *
115598 GTAAATAAATTTATTTTTTAAATATCTTATTAATTCTTGGAATAAGAATGAATTAGTATTATTTT
325 GCAAACAAATTTATCTTTTAAATATCTTATTAATTCTTGAAATAAGAATAAATTAGTATTATTTT
* * * *
115663 ATTTTGAATAAACTTATATCTTGAAAAAAATTTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTAATAACGATT
390 ATTTTGAATAAACTTATA--TTGAAAAAAAATTATTATATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATT
* * * * *
115728 TGAAATAAATAGTTGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAACTGTTTCGGTAAACAGATTTAT
453 TGAAATAAATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTGTTTCGGCAAACACATTTAT
* * *
115789 TTTTTAAATATTAATAAAGTAGTATT-ATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATT
1 TTTTTAAATATTAATAAAGTAGT-TTCAATTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATT
* ** * *
115853 ATTTTATGACAAAACAAATGGTCAAAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCA-AGTAATCATAACT
65 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATA-TAATCATAACT
* * * *
115917 ATTTGAACTTGTTC-G-ATAAATAGATTTATTTTTTCAAATCTCA-AGTTTATTAATTTT-TTGA
129 ACTTGAACTGGTTCAGCA-AAATAGATTTATTTTTT-AAATAT-ATAG-TTATTAATTTTCAT-A
* *** **
115978 ACGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTTAAACAATTATTATATG
189 ACATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTATTATATG
* * * * * * **
116043 ACTAACCAAAATGTCAAAATG-ATTTGGAATATATAATTATTCTAATAGTT-TCAACTATTTGGA
254 ACAAAACAAAAGGTCAAAA-GAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAT-AACTATTTAAA
** * * *** *
116106 CTGATTTGGCAAACACATTTATCTTTTAAATATCTTATTAATTTTTGAAATTTTATTAAATTAGT
317 CTGATTCAGCAAACAAATTTATCTTTTAAATATCTTATTAATTCTTGAAATAAGAATAAATTAGT
* * * *
116171 ATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTA-TGAACTAAAACAATTATTATATGACTAACCAAAATGTC
382 ATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATTGAA--AAAA-AATTATTATATGACAAAACAAAAGGT-
* * * * **
116235 AA-AATGATTTGGAATATATAATTATTCTAATAG-TTTCAACTATTT-AGACTGATTT-GGCAAA
443 AATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGCCAT-AACTATTTGA-ACTG-TTTCGGCAAA
116296 CACATTTAT
505 CACATTTAT
116305 TTTTTAAATAT
1 TTTTTAAATAT
116316 CTTATTAATT
Statistics
Matches: 430, Mismatches: 81, Indels: 32
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
513 4 0.01
514 1 0.00
515 27 0.06
516 389 0.90
517 9 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (513 bp):
TTTTTAAATATTAATAAAGTAGTTTCAATTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTA
TTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAATCATAACTAC
TTGAACTGGTTCAGCAAAATAGATTTATTTTTTAAATATATAGTTATTAATTTTCATAACATTAA
TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTATTATATGACAAAAC
AAAAGGTCAAAAGAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTGATTCAG
CAAACAAATTTATCTTTTAAATATCTTATTAATTCTTGAAATAAGAATAAATTAGTATTATTTTA
TTTTGAATAAACTTATATTGAAAAAAAATTATTATATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGA
AATAAATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTGTTTCGGCAAACACATTTAT
Found at i:116338 original size:18 final size:20
Alignment explanation
Indices: 116303--116341 Score: 64
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
116293 AAACACATTT
116303 ATTTTTTAAATATCTTATTA
1 ATTTTTTAAATATCTTATTA
116323 ATTTTTTAAAT-T-TTATTA
1 ATTTTTTAAATATCTTATTA
116341 A
1 A
116342 ATTAGTATTA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
18 7 0.37
19 1 0.05
20 11 0.58
ACGTcount: A:0.36, C:0.03, G:0.00, T:0.62
Consensus pattern (20 bp):
ATTTTTTAAATATCTTATTA
Found at i:119074 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 117310--122936 Score: 2059
Period size: 181 Copynumber: 31.0 Consensus size: 181
117300 AGTTGGTTTG
*
117310 ATAAATAGATTTA-TTTTTAAATC-TCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
1 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTCC-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * *
117373 ATTTTAATCTAAATAGGCCTGTATGATGAAAAACAATTGCTTTACGAC--AACAAAAGTTCATAA
65 ATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * ** * ** **
117436 TGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTTG
130 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCA
* ** * *
117488 GTAAACAGATACACTTTTTAAA---T-CACTTATTAATTTTT-AGAATATTAA-AAATTATTATT
1 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTCCACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATT
* *** * *
117547 ATTTTATT-TCGAATAAGC-T-TATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTAATA
65 ATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * *
117609 ATGATTTTAAATATACAATTGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATTTGTTGA
129 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCA
* *
117662 GA-AAACAAATTTATTTTTTTAAATATCTT--GCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
1 -ATAAACAGATTTA-TTTTTT-AA-ATCTTCCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* ** * *
117724 ATTATTTTATTTTGGATAAG-TTTTATAAACTG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
62 ATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTAT-GA-TGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * ** **
117786 CATAATAATTTTAAATA-AGTAATTATTCAAATAGTCATAA-TAATTTGAGTTTATTCA
125 CATAATGATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTTATAACT-ATTTGAACTGGTTCA
* * * * * *
117843 GTAAACATATTTATTTTTTCAAATC-TCTTACTTATTAATTATTTG-AATGTTAATATATTAGGA
1 ATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTTC-CACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * * ** * * * *
117906 TTATTTTATTCCAAACAAGCTTGTCTGAT-ATGAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAA
63 TTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * ** *
117970 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTAATTTA
128 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCA
* * *
118024 ACAAACACATTTATTTTTTAAATGTCTT--ACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTAT
1 ATAAACAGATTTATTTTTTAAA--TCTTCCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * *
118087 TATTTT-TAACCAAATAAGCTTCTATGATAAAAAAACAATTGTTTTTATGACAAAAC-AAAGATC
64 TATTTTAT-TCTAAATAAGCTTGTATGAT-GAAAAACAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * *
118150 ATAGTGATTTGAGATTGATAAGTGTTCAAATAGTCATAACTATTCGAACTGGTTCG
126 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCA
* * * * *
118206 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTCGAAATATTAACATATTAGTATC
1 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTC-CACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
*** * * * *
118270 ATTTTATTCCGTATAAGTTTGTATTAACTG--AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCAT
65 ATTTTATTCTAAATAAGCTTGTA-TGA-TGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * *
118333 AATGATTT-AAATAG-CAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTCG
128 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCA
* ** * ** * * *
118385 GT--A-AG-TAAAATTTTT-AATCTCTTTA-TTATTAATTTTTTG-AATTTTAATAAACTAGGAT
1 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TCCACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * *** * *
118443 TAATTTATGCCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAA
64 TATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* ** * * * *
118508 AAGATTTGAAATAGATAACCATTCTAATAGGCTA-AA-TCATATGAACTCGTTCA
129 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA-GTTATAACT-ATTTGAACTGGTTCA
* * * * *
118561 GTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTT----TTACTAATTTTTGAAATATTATTAAATTTGTATTA
1 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTCCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * ** * *
118621 TTTTAATCTAAATAAGCTTATACGAACAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
66 TTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * * * *
118686 GATTTAAAATTGATAATTGTTCATACAGTCT-TAATTGTTTGAACTGGTTCA
131 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTGGTTCA
* ** * * * * * *
118737 GTAATTAGATTTATTTTTT-AA-GTTCCATGGTTATTAAGTGTTGAAATATTATTAAATTAATAT
1 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTCCA--CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
** * * ** * * * ** *
118800 TATTTTATT-TCAAATAAAATGGTGTGAACAAAATCAATTATTTGATGACAAAACAAAATATTAT
64 TATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * *
118864 AATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAAAACTATTTGAAATGGTTCA
128 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCA
*
118918 ATAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTTCCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
1 ATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTTCCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
118983 ATTTTATTCTAAATAGGCTTGTATGATGAAAAAAAATTGTTTTAAGAAAAAACAAAAGTTCATAA
65 ATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** * * ** * * * *
119048 CAATTTGCAATAGATAATTGTTCAAAT-GACCATAATTATTTTAATTGATTCA
130 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TTATAACTATTTGAACTGGTTCA
* * * * * * * * *
119100 ATAAACTGATTTATGTTTTAAGTC-TCTAAATTATCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATT
1 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTC-CACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
** * * * * *
119164 ATTTTATT-TGGATAGGTTTTTATGAATTG--AAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCAT
65 ATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATG-A-TGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * **
119226 AACGATTTTAAATAGATAATTATTCAAAGAGTTATAACTATTTGAACTTTTTCA
128 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCA
* * * ** * * *
119280 ATGAATAGATTTATTTTTTTAAT-TTCTTGCTTGTTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGGAT
1 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTC-CACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * ** * * * *
119343 TATTTTATTTTGAATAAGAATGTATCAACTG--AAACAATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTCA
64 TATTTTATTCTAAATAAGCTTGTAT-GA-TGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* ** * * * * * * * **
119406 AAACAATTCGAAATAGAGAATTATTCTAATAGTCT-TAATTATTTCAATTGATTTG
127 TAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTGGTTCA
* * *** * * * ** *
119461 ACAACACA-ATTCAAAGTATACAAT-TATTCACATAGTCATAACTAATT-AAACTAGTACAATAA
1 ATAA-ACAGATTTATTTTTTA-AATCT-TCCACTTA-T--TAA-TTTTTGAAA-TA-T-TAATAA
* * * * ** * * * * *
119523 A-CATTTTTAATTTCTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTT
56 ATTAGTATT-ATTT-T--AT-TC-TA---AATAA-GCTTGTATGATGAA-AAA-CA--ATTGTTT
* ** * * * ** * ** ** * *
119587 TATTTTGA-ATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTATATGACCA--A-GCAAA-AGGTAATA
107 TA---TGACA-AAAC--AAAAGGTCATAATGATTTGAAATA-GATAATTATTCAAATA-GTTATA
* * *
119647 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTAAA
164 ACTATTTGAACT-G------GTT-CA
* * ** *
119673 ATGACCATAACTATTGGAACTGATTTGGTAAATAGATT-CACTTTTTAAATCACTTACTTATTAA
1 AT----A-AAC-A---G-ATTTATTTTTTAAAT--CTTCCAC----------------TTATTAA
* * *
119737 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATGAACTG--AAACAA
38 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATG-A-TGAAAAACAA
* * * * * *
119800 TTATTTTATGAGAAAACAAAAAGTCATAAGGATTTTAAATAGACAATTA-TCAAAATTAGTATTA
101 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC-AAA-TAG--TTA
** ** *
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162 ---TAA-CTATTTGAA-CTGGTTC-A
* * * * *** * * *
119889 ACAAAACA-ATTGT-TTTATGACAT-TAGAAAAGGTCA-TAATGATTTGAAAATATATAATCATT
1 A-TAAACAGATT-TATTTTTTAAATCT--TCCA-CTTATTAAT-TTTTG-AAATAT-TAAT-A--
* * * * * * * *****
119950 CATGTAGTCTTAACTATTTGAATTGCTTCGGTAATTAGATT-TAT-TTTATAATTTTCTTGGTTA
55 AAT-TAGTATT-A-T-TTT--ATT-C-T---AAATAAGCTTGTATGATGA-AAAACAATT-GTT-
** ** * * * * *
120013 TTATGTTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAATGATTTGGAATAGATAATTTTTCATATGGTCT-T
106 TTATG--ACAAAAC-AA----AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-TAT
* * *
120077 AACTATTTAAACTGCTTCG
163 AACTATTTGAACTGGTTCA
* * * * * * * *
120096 TTAAACATATTTATTTTTTAAATCTGT-TAGTTATTAATTTTTGTAATGTTATTAAATTTGTATT
1 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TCCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
120160 ATTTTATT-TCAAAAAAGCTTATATGAATTG--AAACAATTATTTTATAACAAAA-AAAAGGTTA
65 ATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATG-A-TGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * *
120221 TAACTGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCG
127 TAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCA
* * * * *** * *
120277 ATAAGCAAAATTATTTTTTTAAT-TTCTTGTTTATTAATTTTTTG-AATGTTGATAAATTAGTAT
1 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTC-CACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * *
120340 TATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACTG--AAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTTA
64 TATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATG-A-TGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* ** * * * * **
120403 GAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAG-TATTAACCATTTGAACTAGTTTG
127 TAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTA-TAACTATTTGAACTGGTTCA
** * * * * * * * * *
120458 GCAAACACATGTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATCTTTAAAATTTTATTAATTTAGTAAT
1 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTC-CACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * ** * * * *
120522 ATTTTACTCCAAATAAGTTTGTATGAACAAAAGCAATTGCTTTATAACAAAAC-AAAGATCATAA
65 ATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * *
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* ** * * *
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1 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTCCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * ** * * * *
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* * ** * * *
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130 TGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCA
* * * * * *
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1 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTC-CACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * *
120878 TATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAAT-AGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCGT
64 TATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* ***
120942 AATGATTTGAAATA-ATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTCACTCA
128 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCA
* * *
120995 ATAAACATATTTATTTTTTAAATCGTT-TACTTATTAATTTTTGGAAGT-TTAATAAATTAGTAT
1 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TTCCACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * *
121058 TATTTTATTTCT-AATAAGCTTTTATGAAT-AGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAAGTTA
64 TATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * *
121121 TAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTATTTA
127 TAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTG-GTTCA
* * ** * *
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1 -ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTCCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTAT
* * * * * * * *
121238 TATCTTATTCGAAATAAGCTTGCATGGAT-AGAACCAATAGTTTTATG-CAAAACGAAATGTCAT
64 TATTTTATTCTAAATAAGCTTGTAT-GATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * *
121301 AAT-ATTTTGAAATAGATAATTATTTAGATAGTCATAACTATTTGAACAT-ATTCG
128 AATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC-TGGTTCA
* * * *
121355 ATAAACAAATTCATTTTTT-AATTTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
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* * * ***
121419 ATTTTATT-TCAAATAAGCTTATATGAGTTG--AAACAATTATTTTATTACAAAACAAATTATCA
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* * * * * * *
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127 TAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCA
* * ** * *
121536 GTAAACATATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAATATT
1 ATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTTCCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * *
121601 ATTTTAATCCAAATAAG-TT-TAT-ATG--AATCAATTATTTTATGACAAAACAATTA-GTCACA
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** * * ** * **
121660 ACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAAGATTTGAATTTATTCA
129 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCA
* * ** *
121713 ATAAATAGATTTA-TATTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTAT
1 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTCCACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * ** * ** * *
121775 TATTTTAATT-GAAATAAGCTTGCATAAACAAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAATGGTTA
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** * * * * * * * *
121839 TAGCGA-TTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTTAAATTTGTTTA
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* ** * * * * *
121894 ATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAAATTTTAAAATATTAATAACTTACTATTA
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*** * *
121959 TTTTATT-TCAAATAAGCACATATGA--AATCAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
66 TTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGATGAA--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * *
122021 AACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGA-TAATTTGATCTAGTT-A
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* * ** ** * * **
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* * *** * *
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66 TTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** * * **
122188 ---TTTGAAA-A-ATAATT-GCCAAATAGTCATAACTATTTG-ACTAGTTTG
130 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCA
* *
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* * * * * *
122292 ATTTTAAATCCAACA-AA-CTTATATGA-AACAAAAAAATAATGTTTTATGACAAAATAAAAGGT
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* * * *
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* * * * * ** *
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* * * * ** * *
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** * ** *
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124 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCA
* * * * * * * *
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1 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTC-CACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * * *** * * *
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** * * * * * * *
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128 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCA
* * ** * * *
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1 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TCCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * *
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* * * ** *
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* * * *
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* *
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* * * *
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** * * *
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* *
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* * * ** * * **
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* *
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* * *
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ATTATTTGATGACAAAACAAAATATTATAATA
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119889 ACAAAACAAT
** * * * *
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* ** *
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* *
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120006 TTGGTTATTA
* * * * * * *
120016 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAATGATTTGGAATAGATAATTTTTCATATGGTCTTAACT
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* * * * * *
120081 ATTTAAAC-TGCTTCG-TTAAACATATTTATTTTTTAAATCTGTTAGTTATTAATTTTTGTAATG
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* * ** * * * * *
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* * *
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* * * * * ** * *
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256 ATTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATT
** *
120335 AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACT-GAAACAAT
318 AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAAT
* * * * * * ** *
120378 TATTTTATAACTAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGT-ATTAAC
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* * * * * ** *
120442 CATTTGAACTAGTTTG-GCAAACACATGTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATCTTTAAAATT
65 TATTTGAACTTG-TTGAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTTGAATA
* * * * *** * * * *
120506 TTATTAATTTAGTAATATTTTACTCCAAATAAGTTTGTATGAACA-AAAGCAATTGCTTTATAAC
128 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGAC
* * * * * *
120570 AAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATAAATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTAAACTGG
192 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
* * ** * * *
120634 TTCAATAAACAGATTTAGTTTTCCAATC--T-CTTATTAATTTTTGACATATCAATAAACTAGTA
257 TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* ** *
120696 TTATTTTATTAT-GAATAATTTTGTATGAATAGAAATAAT
322 TTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* * * * * * *
120735 TGTTTTACGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATACTAGTTCAAATGGACATGACT
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * **
120800 ATTTGAACTTGTTGAGTAAACAAATTCATATTTTAAATCTCAAACTTATTAATTTTTAGAATATT
66 ATTTGAACTTGTTGAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATT
* * *
120865 AATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAA
130 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * * * *
120930 ACAAAAGATCGTAATGATTTGAAATA-ATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTCACTC
195 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTC
* * *
120994 AATAAACATATTTATTTTTTAAATCGTTTACTTATTAATTTTTGGAAGT-TTAATAAATTAGTAT
260 AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTAT
* *
121058 TATTTTATTTCTAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAAT
323 TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* *
121096 TGGTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * *
121160 TATTTGAA-TGTATTTAGAAAAGATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATA
65 TATTTGAACT-TGTTGAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATA
* * * * * * *
121223 TTAATAAATTTA-TGTTATCTTA-TTCGAAATAAGCTTGCATGGATAGAACCAATAGTTTTATG-
128 TTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * *
121285 CAAAACGAAATGTCATAAT-ATTTTGAAATAGATAATTATTTAGATAGTCATAACTATTTGAACA
191 CAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-
* * * *
121349 T-ATTC-GATAAACAAATTCATTTTTTAATTTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
254 TGATTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
* * *
121412 TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAGTTGAAACAAT
317 TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* * * * * * ** *
121456 TATTTTATTACAAAACAAATTA-TCACAGTGATTTGAAATAGATACTTACTCAAATAGTCATGAC
1 TGTTTTATGACAAAACAAA-AAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * *
121520 TATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATTGAAATA
65 TATTTGAACTTGTTGAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATA
* * *** * *
121585 TTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAG-TT-TAT--AT-GAATCAATTATTTTATGACA
128 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * ** * ** * *
121645 AAACAATTA-GTCACAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAAGATTTGAATTTA
193 AAACAA-AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
* * * *
121709 TTCAATAAATAGATTTA-TATTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTT
257 TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTA
* * * * * * *
121771 GTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGCATAAACAAAAAAAAAT
319 GTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAAT
** ** * ** * *
121814 CATTTTATGACAAAACAAATGGTTATAGCGA-TTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATT
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * * * * **
121878 ATTTTAAATTTGTTTAATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAAATTTTAAAATAT
66 A-TTTGAACTTGTTGAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTTGAATAT
* * ** *** * * *
121943 TAATAACTTACTATTATTTTATTTCAAATAAGCACATATGAA-ATCAAATAATTTTTTTATGACA
129 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACA
* * * *
122007 AAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGA-TAATTTGATCT-A
193 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTGA
* * * ** * * * **
122070 GTT-AATAAATATATTTATTTTAAAAATTTTTAGTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGT
257 -TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* * **
122134 ATTA-TTTAATTCAAATAAGCTTGTATAAATAG----TTT
321 ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* * *
122169 TGTTTTTAT-ATAGAAC----A-TC-------TTTGAAA-A-ATAATTG-CCAAATAGTCATAAC
1 TG-TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* *
122218 TATTTG-ACTAGTTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATC-C--A-TTATTAATTTTTGAATAT
65 TATTTGAACTTG-TTGAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATAT
* * ** ** * * * * *
122277 T-ATAAGATTAATATAATTTTAAATCCAACAAACTTATATGAA-ACAAAAAAATAATGTTTTATG
129 TAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAAT--TGTTTTATG
* * * *
122340 ACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTAATTTAAATAGTCATAA-TATTTGAAC
190 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * **
122404 -G-GT-AGGTAAA-TGAATTA-TTTTTAAATTTCTGTACATATTAGCTTTTGAAAT-TGGTAA-A
254 TGATTCA-GTAAACAGATTTATTTTTTAAA--TCTTTACTTATTAATTTTTGAAATAT--TAATA
* * * ** ** *
122462 ACTTAAATTTTTATTTTATTTTGAATAA-CTAATATGATTA-AAA-AAT
314 AATT--AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* * * *
122508 TGTTTTATGAC--AAC--GAA---A-AATGATTTGAAATAGATAATTGCTCATATAGTCCTAACT
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * *
122565 ATTTGAACTAGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTAAGAATATT
66 ATTTGAACTTGTTGAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAATATT
* * * * * * * * ***
122630 ATTAGATTACTAGTACTTTATTTTGAATATGTTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGATGGA
130 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * ** * * * * * * * * *
122695 ACCAAAGATTATAACAATTTGAAGTATAGAATTGTTCAAATAGTTATAACCATTTAAATTGGTTC
195 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTC
* * * * *
122760 AGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTATTGCTTATTAATTTTTGAAAGATTTATAAATTAGCATT
260 AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
** * * * *
122825 ATTTTATTTTTAATAAACTTGT-TGGATAAAAAATAAT
324 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAAT
* * * * * * * * * *
122862 TGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAACT-ATTTAAAATAGATAATTATTGAAATGGCCATAAT
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * *
122926 TATTTGAAC-TGATTTAGTAAATC-GATTTACTTTTTAGA--TC--AC----------TTG---C
65 TATTTGAACTTG-TTGAGTAAA-CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATA
* * *
122972 TT-ATTAA--A-TATTATTTCATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACA
128 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * *
123033 AAACAAAATGTCATAGTGATTTTAAATAGACAATTATTCAAATAGT-AGTAACTATTTGAATTTG
193 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAA-CTG
* * * * * *
123097 -TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAA-CTCTTGCCTATTAAATTTTGAAATATTAAGAAATTA
256 ATTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
*** * *
123160 GTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACTA-AAACAAT
319 GTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAAT
* ** *
123202 TGTTTTATGTCAAAACAAATGGTCATAATGAATTT-AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * ** * * * * *
123266 TATTTGAACTTGTTTAATAAACAAATCCATTTTCTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTAAATG
65 TATTTGAACTTGTTGAGTAAACAAATTTATTTT-TTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAATA
* * * * * ** *
123331 TTAATAACTTTGGATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAAG-ATATGAAACAAATACTTTATGAT
128 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * ** * * *
123395 TAAACAAAATGTCAAAATGATTTGAAATAGATATTTATTCTAATAGTTTTAAGTATTTGAATTGG
192 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
** * * *
123460 TTCAACAAACACATTTATTTTTTAAATCCTTACTTATTAATTTTTAAAATATT-ATAAAATTAGT
257 TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGT
* * * * *
123524 ATTATTTTTAATT-GAATAAGCTTCTATG-ATAAAAAATAAT
321 ATTA-TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAAT
* * ** ** * * * *
123564 TGTTTTACGACAAAACAAAGA-TTTTAACAATTTGAGATTGATAATTGCTCAAATAGTCAAAACT
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * *
123628 ATCTGAACTGGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGAAATAT
66 ATTTGAACTTGTT-GAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATAT
* ** * *
123691 CAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-ATAAAAAACAATTTTTTTATGACA
129 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * *
123755 AAACAAAAGGTCATAATTG-TTTGAAAGAGATAAAT-TTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGA
193 AAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
* * * * ** *
123818 TTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTCTTAATTTAGGAAATACTAATAAATTAGT
257 TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* *** * *
123883 ATTATTTTATTCCTTCTAAGCTTATATTAACT-GAAACAAT
321 ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAAT
* * * * * * * * * * *
123923 TATTTTATGACAAATC-AAAGGTTATAACGATTTTAAATAGACAATTATTCAATTAATAATAACT
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * *
123987 ATTT-AACTTATTTG-GTAAATAGATTTATTTTTTTAAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTGAAT
66 ATTTGAACTT-GTTGAGTAAACAAATTTA-TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAT
* * * * *
124050 GTTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGGACT-GAAAGAATTGTTTTATAA
127 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT-GAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * ** * ** *
124114 CTAAATAAAATGTCAGAACGATTTGAAATAGGTAATGGTTCTAATAGTTTTAACTATTTGAATTG
191 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG
* * * * ** * * *
124179 ATTCGGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAGTCAG
256 ATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * *
124244 TATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAATAAT
320 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* * * * * * ** * * **
124284 TATTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATGGCTCAATAATT-AGATTTATTTTTA
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGAT-AATTGTTCA-A-ATAGTCATA
*** * * **** * * *
124348 A-T-TTTCTTCGTTATTAAGTTCTGAAA--TA-TTATTAAA----TTA-ATATT-A-TTTT-ATT
63 ACTATTTGAAC-TTGTTGAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAT
* * * ** ***** * * *
124400 ATAAATAAAATAGTATGA--GCAGAACCAAT-TGTTTG-ATGACAAAATAAAGTTATAACGATT-
127 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG----AAT--AG--A-AACAATTG
*** * * * * * * *
124460 TGAAAT-AGATAACTATTTAAACAGTCAAAACT-ATTTGAAAT-GGT--TTGTT-AAGTAG--AT
183 TTTTATGACAAAAC-A---AAA-GGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-
* * * * * * * * * * * *
124517 TTACT-TTTTAA---ATCTC--T-TACTGATTAATTTTTTAAAT-ATTAATAAATCAGTATT---
241 TAACTATTTGAACTGAT-TCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * * **** * * *
124571 ATTTTATTTCAAA-CA-AACTTATGTTAACAAAAACAATTG-TTTTATG-ATA-AAACAAAA
305 ATATTA-AT-AAATTAGTA-TTATTTTATTTCAAATAA--GCTTGTATGAATAGAAAC-AAT
* * ** ** * *
124628 AG--TAAT-A-ATGACTTAAA---AT-A-GA--T--AAT---T-A---TTCAAATAGTTATAATT
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * *
124673 ATTTGAGCTAGTTCAGTAAATAGAA-TTATTTTCTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGAAATAT
66 ATTTGAACTTGTTGAGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATAT
* * *** * * * * *
124737 TAATAAATTAGTTTTATTCTATTCCAAATAAGGTTGTATGAGTTGAAATAATTATTTT-TGACAA
129 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* ** * * * * * * *
124801 AATAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTAATTGAACTGGTT
194 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATT
** * * *
124866 CAACAAAC-GAATTTATTATTTAAATC--T-CTTATTAATTTTT-AGAATATTACTAAATTATTA
259 CAGTAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTA
* * * * *
124926 TTATTTAATTAT-GAATAAGCTTATATGAACAAAAACAAT
322 TTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* * * * * ** * * *
124965 TGTTTTATGATAGAACAAGAGGTTATAACAATTTGAAATAGATATTTGTTTAAATAGTTATAACT
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * * *
125030 ATTTGAACTAGTTCAATAAATAGA--TATTTTTTAAA-AT-TTA-TTATTAATTATTGAAATATT
66 ATTTGAACTTGTTGAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATT
* * *
125090 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-TTGAAAAACAATTGTTATATGACAA
130 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * ** * * * * * *
125154 AACAAAAGCTAATAACAATTTAAAATAGATATTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTGACT
194 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-T
* * *
125219 T-TG-ATAACTA-A-TTATGTTTTAAAATC--T-CTTATTAA-TTTT-AAACTATT-ATCAATAT
258 TCAGTA-AAC-AGATTTAT-TTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAAA-TATTAATAAAT-T
** * **
125274 AGTATTATTTTATTT-TGATAAGCTTTTTATG-ATCTTAAACAAT
318 AGTATTATTTTATTTCAAATAAGC-TTGTATGAAT-AGAAACAAT
* ** *
125317 T-TGTTTATGACAAAATAAATTGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTTCAAAATAGTCAT
1 TGT-TTTATGACAAAACAAA-AAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TTC-AAATAGTCAT
* *
125381 AACTATTT-ACAGCTTGTTG-GTATAACAAATTTATTTTGTCAAATCTC-AAGCTTATTAATTTT
62 AACTATTTGA-A-CTTGTTGAGTA-AACAAATTTATTTT-TTAAATCTCTTA-CTTATTAA-TTT
*** * * *
125443 TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTTTGAACTA-AAACAATTATT
121 TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTT
* ** * * * * *
125507 ATATGAGTAAACAAAAGGTTAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCTATT
185 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATT
* * * * *
125572 TGAACTGATT-TGACAAACACATTTATTTTTTAAATC--T-CTTATTAATTTTTAAAATATTATT
249 TGAACTGATTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * *
125633 AAATTAGAATTATTTT-TATCCGAATAAGCTTGTATG-ATAAAAAACAAT
313 AAATTAGTATTATTTTAT-TTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAAT
* * * * * * * ** *
125681 TGTTTAATGAGAAAACAAAGA-TCATAACGTTTTGAGATTGATTTTTGTTCAAATATTCATAACT
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * ** * * *
125745 ATTTGAA-TTGGTTTAGAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATAT
66 ATTTGAACTT-GTTGAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATAT
* * * * * *
125809 TAATAAAGTAGTATTGTTTTA-TTTCATATAAGTTTTTATGAACTA-AAATAATTGTTTTATGAC
129 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC
* ** * * *
125872 AAAACAAAAGATCATAACAACTTT-ATATAGATAATTGTTCAAATAGTTA-AATCTATTTGAACT
192 AAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACT
* * * * *
125935 TATT-AGTTTGATAAGAAGACTTAGTTTTTAAATC--T-CTTATTAATTTTTGAAATATTCATAA
255 GATTCAG--T-A-AA-CAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
* * * *
125996 ATTAGTATTTTTTTTATTAT-GAATAA-TTATATATGAATAGAAACAAT
315 ATTAGTA-TTATTTTATT-TCAAATAAGCT-TGTATGAATAGAAACAAT
* * ** ** * *
126043 TGTTTTA-CAGCAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATAATTCAAATAGACATGAC
1 TGTTTTATGA-CAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * **
126107 TATTTGAACTTGCTCG-GTGAATAGATTTATTTTTTGAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATA
65 TATTTGAACTTG-TTGAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATA
* * * *
126171 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAAAAAATGTTTAATGACA
128 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * ** * * *
126236 TAACAAAAGATTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCAC
193 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-
* * *
126301 TT-GGTAAATAGATTT-CTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAA-ATTTAATAAATTAG
257 TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTTTGAAATA-TTAATAAATTAG
* * *
126363 TATTA-TTTATTTTCGAATAAACTTTTATGAATAGAAACAAT
320 TATTATTTTA-TTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* * * *
126404 TGGTTTATGAAAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATATTCATAACT
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * ** * * * * *
126469 ATATGAACGTGTTCAAAAAATATATTTA-TTTTTGAGT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATT
66 ATTTGAACTTGTTGAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATT
* *** * * * * *
126532 AATAAATTCA-TATCATTTTATTCAAAATAAACTTGCATCAATAGAACCAATTGTTTTATGATAA
130 AATAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * *
126596 AACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATT
194 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATT
* * * * * *
126661 CAGTAAATAGATTCT-TTTTCTCATTCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAACAAATTAGTA
259 CAGTAAACAGATT-TATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * * * *
126725 TTATTTTA-CTAAGAATAAGCTTATATAAACTA-AAACAAC
322 TTATTTTATTTCA-AATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAAT
* * * * **
126764 TATTTTATTG-CAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGGC
1 TGTTTTA-TGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * *
126828 TATTTGAACTTATTTAGTAAACATATTCA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATAT
65 TATTTGAACTTGTTGAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATAT
* * ** *
126892 TAACAAATTAATATTATTTT-TATCCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTG-TTTATGACA
129 TAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * ** * *
126955 AAATAAAAGGTGATAA-GAAGTTAAAATAAATAATTGCTCAAATAGTTATAACGATTTGAACTTG
193 AAACAAAAGGTCATAATG-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TG
*
127019 -TTC-GTTAAACAAATTTATTTTTTAAATCATTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAAT
256 ATTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAAT
* ** * * *
127080 TTGTATTATTTTATTGGAAATAAGCTTGTATCAATAAAAAAAAT
317 TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* * * * ** * * *
127124 TATTTTATGACGAAACAAAAGGTTATAGCGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATT
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * *** * * *
127189 ATTTAAATTTGTTCAGTAAATGGATTCAATTTTTAAATCTCTTTA-TTATTAATTTTTGGATTAT
66 ATTTGAACTTGTTGAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTT-GAATAT
* ** * * * * *
127253 TAATACATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATTAATTGAAACAATTCTTTTATGATAA
129 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * *
127318 AACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAATTCAAATAGTCATGATTATTTGATCT-AGT
194 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-T
* * * * * *
127382 TCAGTAAATATATTTATTTTTAAAAATTTTTTACTTATTAA-TTGTCAAAGTATTAATAAATTAG
258 TCAGTAAACAGATTTATTTTT-TAAA-TCTTTACTTATTAATTTTTGAAA-TATTAATAAATTAG
* * * * * *
127446 ---TATTTTAATTCAAATAAACTTATCTAAATAGAAATAAT
320 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* * * * * * * * *
127484 TATTTTATAACAGAACAAAAAATTATAAAGATTTGAAATAAATAATTACTT-AAATAGTTATAAC
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * *
127548 TATTTGAACTAGTTTAATAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTGTTAATTTTTGAAATAT
65 TATTTGAACTTGTTGAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATAT
* * * * ** * * * * *
127609 TATTAGATTAATATTACTTTATTTCAAACATAA-CTTATATGAACAAAAAC-ATTTTTTTAGGAC
129 TAATAAATTAGTATTATTTTATTT-TGA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * *
127672 AAAAGAAAAGGTGATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAATTATTTGAACTGG
192 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
* * *
127737 TT-AGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAATTTTGAAATATT-ATAAATTCA
257 TTCA-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-A
* * * *
127800 -TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTGGTATGAATTCA-AAAAAACT
319 GTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-T-AGAAACAA-T
* * * * * *
127843 TATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATA-TCTTAAAT
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* ** * * *
127907 ATTTGAACTGGTTTG-GTAAATGAATTTATTTTTTAATTTTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATAT
66 ATTTGAACTTG-TTGAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATAT
* ** * * * * * ***
127971 TAATAGATTAGTATTATTTTA-TTCCACAAAAGCTTGCATG-A-A-CAA-AA-GGTTATA-GTTG
129 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
*** ** ** ** *** * * * *
128029 ATTGAATTGGTTCAATAAACATTTTTAATTTTTAA--ATCTC--TTACTTATTAA-TTTTTGAA-
193 AAACAAAAGG-TC-ATAATGATTTGAAATAGATAATTAT-TCAAATAGTCA-TAACTATTTGAAC
* * * * * * *
128088 AGATT-AATAAATTAG-TATTATTTTATTCCAAA----AAGC-T-TGAATGTTCG--A-A--AA-
254 TGATTCAGTAAA-CAGAT-TTATTTT-TT--AAATCTTTA-CTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * * * ** * *
128139 CAATT-G--TTATATGA--CCAAATAAAAG-TTAATAACAATTTGAAATAGAT
313 AAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT--AAGCTT-GTATGAA-TAGAAACA-AT
** * ** * * * ** * * * * * *
128186 AATTAT-TGACAAGGCCATAATTTTTAAACTAATTCGATAAACAGATTCACTT-TTTAAATCACT
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAT-AA-TGATTTG--AAATAGA-T-AATTGTTCAAAT-AGT
* * * * ** * *
128249 TATTAA-TTTTTGGAA--TATT-AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC
59 CA-TAACTATTT-GAACTTGTTGAGTAAACAAAT-TTA-TTT-TTT-AAAT---C-TCT-T--AC
* ** * ** * * ** * ** * *
128310 TGAAACAATGGTTTTATGACAAAACAA-AAGGTCA-TAACGATTTGAAATAG-ATAA--TTAT-T
111 T-TATTAA---TTTT-TGA-ATATTAATAA-ATTAGT-ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT
* **** * ** * ** ** * ** **
128369 CATATAGTCTTAATTGCTTGAACTATTTCGATAAACAGATTTACTTTTTAA--ATCTCTAATTTA
168 GA-ATAGAAACAATTG-TT---TTATGAC-A-AAACA-A--AAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* ** * ** * * ****
128432 TTAATT-TTCAAAATATTTTTATATTAGTATT-ATTTTATTTCA--AATA-AGCTTATATGAACT
223 -TAATTATTC-AAATAGTCATA-ACTA-T-TTGAACTGA-TTCAGTAA-ACAGATT-TATTTTTT
* * ***** * * * * ** *
128492 AAAACAATTA-TT-TTACAATAGAACAAAAAGTT-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
280 AAATC-TTTACTTATT--AATTTTTGAAATA-TTAAT-A-AATTAGTATTATTTTA-T-TTCAAA
* * *
128554 TAGAACTAGT-TCAAT--AAACAAAT
337 TA-AGCTTGTATGAATAGAAAC-AAT
** * ** * * * * ** *
128577 T-TATTT-T-TTAAATCACTACGT-ATTAAT-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 TGT-TTTATGACAAAACAAAAAGTCA-TAATGATTTGAAATA--GAT-AATT-GT-TCA-AATAG
* * * * * *** *
128637 TCCA-AACGGATTTGTA--TGATGA--AAA-ATAATTGT-TTTATGATAAAAC-AAAAGTTCA-T
58 T-CATAAC-TATTTGAACTTGTTGAGTAAACA-AATT-TATTT-T-TTAAATCTCTTACTT-ATT
* * * * *
128693 AATGATTTGAA-ATAAAT-AATT-GTATGGCCATAATTA-TTTGAACCAA---TG--TG-AT--A
116 AAT-TTTTGAATATTAATAAATTAGTAT---TAT-TTTATTTTGAA-TAAGCTTGTATGAATAGA
** * * * ** * *
128746 AACTAATT-TTTTAAATCTCAACTTATCAAATTTTGTTTCGGATAAACTTTTTTGAATTGAAATA
175 AAC-AATTGTTTT--ATGACAA---AACAAA---AG-GTC--AT-AA-TGATTTGAAAT-AGATA
* * ** ** * * * * * * *
128810 ATTGTTTTATAATAAAACA-AA--AGGTCATACTTATT--TTAAATAGA-TAATTGTTCAAA---
225 ATT-ATTCA-AAT-AGTCATAACTATTTGA-ACTGATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * ** * * * *
128866 -TAGTTA-TAACTATTT-AAACTTATTCAGTAAACAATTTTTTTTTTTAATTTCTAGTTTATTAA
286 TTACTTATTAA-TTTTTGAAA--TATT-AATAAATTA-GTATTATTTT-ATTTC-A----AATAA
* * * *
128928 --TTTTTTGAAT-GTTAATAAGT
340 GCTTGTATGAATAG-AAACAA-T
* *** *** * * ** * * *
128948 TAGTATTATTTTATTTTCGAATAAG-CATGTATGAACTGAAA-ATATTATTTTATAACTAAGCAA
1 T-GTTTTATGACA-AAAC-AAAAAGTCAT-AATGATTTGAAATAGATAATTGT-T--C--A--AA
* * * * * * * * ** * * * * *
129011 AATGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAAT-TGGTTCAGT
55 TA-GTCATAACTATTTGAACTTGTTGAGTAAAC-AA-A-T-TT-ATTTTTTAAATCT-CTT-ACT
* ** ** ** *
129075 AAACACATTTATT---T-TT--TAAATCTCTTACTTATTAAATTTTAGAAT-A--TTGT-TAAAT
112 TATTA-ATTT-TTGAATATTAATAAAT-TAGTA-TTATTTTATTTT-GAATAAGCTTGTATGAA-
* * * ** ** * ** * * * * *
129130 TAGCAA-TATTTTACTTCTAATGAGCTTGTATGAACA-GAAACAATTATTTTACGACAAAACAAA
171 TAGAAACAATTGT--TT-T-ATGA-C--AAAACAAAAGGTCATAATGA-TTT--GA-AATAGATA
* * ** * * * * * *
129193 GATCATAACAGTTTGTGATAGA-TAATTGTTCAAAT-AGTCA-T-AAC-TATTTGAATTGGTTCG
225 -ATTAT-TCAAATAGTCATA-ACT-A-T-TTGAACTGATTCAGTAAACAGATTT--ATT--TT--
* ** * * * * *
129253 ATAAAAAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACT-AATTTTTGAAATAAAATTAGCATTATTTTA-TT
278 -T-TAAATCTTTACTTATT-AAT-T-TT--TGAAATATT--AAT-AAATTAGTATTATTTTATTT
** * *
129316 CTAAATAATTTTGTATAAATGGAAACAAT
333 C-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* * * * * *
129345 TGTTTTACGAC-AAACAAAATG-CTATAATAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGACATGAC
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTC-ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * ** *
129408 TATTTGAACCTATTTAGTGAACAAATTTTATTTTTTTAAATCTCCAACTTATTCATTTTTAGAAT
65 TATTTGAACTTGTTGAGTAAACAAA-TTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAT
* ** *
129473 ATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTCCAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
127 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * *
129538 AAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
192 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TG
* * * * * * *
129603 -CTCGGTAAATAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTATTGGAATTTTAATAAATTAG
256 ATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * * *
129667 TACTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAACAAAAATAAT
320 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* * * ** * * *
129708 TGGTTTATGACCAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAACAGATAAGTGTTCAAATAGTTATAACT
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * ** *** * *
129773 ATATGAA-TGTATTCAAAAAATGGATTTATTTTTTAAAT-TTTTATTTATTAATTTTTGAAATAT
66 ATTTGAACT-TGTTGAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATAT
*** * * * *
129836 TAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGTTTGCATGAAAAGAACCAATTGTTTTATGACA
129 TAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * *
129900 AAACAAAAGGTCATAATGCTTTGAAATAGGTAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAATATG-
193 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGA
** * * * * *
129964 TTTGGTAAACAGATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTAGT
257 TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* *
130029 ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATTTGAA-ATGAAACAAT
321 ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAAT
* ** * * *
130069 TGTTTTATTACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGGAATAGTTAATTATTCAAATAGTCATAACT
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * ***
130134 ATTTCAACTTGTTTG-GTAAACATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTAATTAATTGTCAAAATAT
66 ATTTGAACTTG-TTGAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAATAT
* * * * * * *
130197 TAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAACCTTGTATGTATAGAAACAATTATTTTATGACAA
129 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * * *
130262 AACAAAAAGTCATAA-CATTTTGAAATAAATAATTGTTCGAATAGTCATAA-TGTTTGAACTTGT
194 AACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGA
* * * * *** *
130325 TTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAGTCTTTTACTTATTAATTGTCCTAATATTAATAAATTTGT
257 TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
*
130389 ATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTATATGAATAG-AACAAAT
321 ATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC-AAT
* * * ** * * *
130429 TATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCGATATCAAATAGATAATT-TTCAAATAGTCATAATT
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * *
130493 ATTTAAACTTGTTCAATAAACATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATT
66 ATTTGAACTTGTTGAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATT
* * ** * * * *
130558 AATAAATT-GATGTTATTTTGTTTCAAATAA-ATATATATGAACT-GAAGCAATTCTTTTATGAC
130 AATAAATTAG-TATTATTTTATTTTGAATAAGCT-TGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * *
130620 AAAACATAAGGTCATAATGA-TTGTAATAGGA-AATTATTCAAGTAGTCATGACTATTTGATCTC
192 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA-GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-
** * * * * * ** *
130683 G-TTTGGTAAACATATCTATTTTTAAAAATTTTTGACTTATTAATTATCAAAATATTAAAAAATT
255 GATTCAGTAAACAGATTTATTTTT-TAAATCTTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* *
130747 AGTATTATTTTA-ATCTAAATAAGCTTGTATTAATAGAAACAAT
318 AGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* *** * * * *
130790 TGTTTTATAATTGAACAAAAAGTCATAATGACTTGAAACAAATAATT-TGTCAAATAGTCATAAT
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT-TCAAATAGTCATAAC
* * * * *
130854 TATTTTAA-TTAGTTTGA-TAAATAGATTTA-TTTCTAAATATC---C-TATTAATTTTTGAAAT
65 TATTTGAACTT-G-TTGAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AAT
* * * * * * * * * * *
130912 ATTAATAGATTAGTATTACTTTATTCTGAACAAACTTATATAAAGAAAAACATTTGTTGTATGAC
127 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * *
130977 -AAACTAAATGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTC-AATAGTCATAATTATTAGAACTT
192 AAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-T
** * *
131040 G-TT-AGGTAAACAGAAATATTATTTTAAATCTCTTGCTTATTAA-TTTTGAAGTATTAATAAAT
255 GATTCA-GTAAACAGATTTATT-TTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
* ** ** * *
131102 TCA-TTTTATTTTATTTTGAATAAGCTAATATGAATTGAAAAAAT
317 T-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* * * *
131146 TGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAA-CATTTTGAAATAGATAATT-TTCATGATTAGTCTTG
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCA--AATAGTCAT-
* * * * * * * * * * *
131208 AAAATATTTAAACTGGTTTGGGCAAGCAAA-TTA--TTTCAACTCCCTTAGTTAATAGTTATTTT
62 -AACTATTTGAACTTG-TTGAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-AT--TAATTTT
* * * * *
131270 TGGAATATTATTAAATATCAGTATTCA-CTTATTTTGAATAAGAGCTTGT-TGAAACAAAAATAA
122 T-GAATATTAATAAAT-T-AGTATT-ATTTTATTTTGAAT-A-AGCTTGTATG-AATAGAAACAA
** * * * * * * *
131333 TTGTTTTATGGTAGAA-AAAAGGT-TTAA-CAATTGAAGTATACAATTATTCAAATAGTCATAAA
180 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-AA
* * * * * * * *
131395 TTATTTAAATTGGTTTAGTAAAATAAATTTATTTTTTAAATATCTTA-TTAATTTAAAAGATGAT
244 CTATTTGAACTGATTCAGT-AAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTT-A-TT---A-AT--T
* * * * * * * *
131459 AATTCATATTATTTTCTACAT-AATTA-AATTATTTTA-TCCAACTAAGCTTGAATG-ATCAAAA
299 -TTTGA-A--A-TAT-TA-ATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAA
*
131520 ACATT
356 ACAAT
* * * *
131525 TGTTATATGACCAAAA-AAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAAT-GACCATAA
1 TGTTTTATGA-CAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAA
* * * * * * * * *
131588 TTATTTTAA-ATGATATG-GTAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTAACTTATTAATTTTTTTAA
64 CTATTTGAACTTG-T-TGAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAA
* * **
131651 TATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTTGATTAAGCTTGTATGAACTA-AAATGATTGTTTTATG
126 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATG
* ** * ** * * *
131715 ACAAAAGAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTATGTAGTCTTAATTATTTGAATT
190 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* ** * * * *
131780 GCTTCACCAAACAGATTT-TTTTTTAAAATTTCTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTACTAAATT
255 GATTCAGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* * * *
131844 AGTATTAATTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAATTGATACAAT
318 AGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* * * * * * *
131887 TATTTTATAATAGAAC-AAAAGCTTATAATGATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAG--A-AAC
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
*
131948 TA---GTAC------AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TCTACTTATTAATTTTTGAAATA
65 TATTTGAACTTGTTGAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTG-AATA
* * * * * *
132003 TTAATAAATTAGTGTTATTTTATTCTGAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAATAATTTTTTTATGA-
128 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * *
132066 AAAA-AAAAGTTCGTAATGATTTGAAATAG-TAATTGTTGAAATGGTCATAATTATTTGAACTAA
192 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
* * *** * * * * *
132129 TTCGGTAAAAAGATTCCCTTTTTAAAGCACTTACTTATTAGTTTTTGGAATATTAATAAATTATT
257 TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* * *
132194 A-T-TTTTATTTCGAATAAGTTTGTATGAATTGAAACAAT
321 ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* * * * * *
132232 TGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATATACAATTGTTCAAATAGTCGTAACT
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* *
132297 ATTTGAATTTGTTCAAG-AATA-ATAA-TTATTTTCTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
66 ATTTGAACTTGTT-GAGTAA-ACA-AATTTATTTT-TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AA
* * *
132359 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAACCTCT-TATGAACT-GAAACAATCGTTTTAT
126 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT-TGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTAT
* * ** * *
132422 CATC-AAAC-AAAGATCATAATGATTTTCAATA-AGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTAGTT-A
189 GA-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * ** *
132483 AGTTTATTCAGCAAACAGATTTATTTTTTTAAATC-TCAGGCTTATTAATTTTCCAAATGTTAAT
252 A-CTGATTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTA--CTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * * *
132547 ATATTAGGATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATG-ATATGAAACAAA
313 AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAAT
* * * ** * * * **
132595 TATTTTATGAC-TAA-AAAAAGATCAGAACAATTTGAAATAGATGATTATTCTAATAGTTTTAAC
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
*** * *** *
132658 TATTTGAACCAATTCGA-CAAATGTATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATA
65 TATTTGAACTTGTT-GAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATA
* *
132718 TTAATAAATT-GATATTA-TTT-TTTT-AATAAGCTTGGATG-ATCATAAACAATTGTTTTAT--
128 TTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGA
* * * *
132776 -----C-AAAGGTTATAATGATTTGAAATAGGTAATTATTCAAA-AGGTCATAAATATTTTAACT
191 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA-GTCATAACTATTTGAACT
** * * *
132834 GATTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTATATCTTTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTA
255 GATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * ** * *
132898 ATAGTATTTTA-TTCTGTATAAGCTTTTATTAACT-GAAACAAT
319 GTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAAT
* ** ** * * *
132940 TGTTTTATGA-AAAGCAAAATTTCATAACAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACT
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * *
133004 ATTTGAACTTGTTCAGTAAA-TAATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATATTTTTAAATT
66 ATTTGAACTTGTTGAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATT-A-ATTTTTGAATA
* * * * * *
133068 TTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTAAAT-AGCTTGT-TGAATAGAAATAATTATTTTACGACT
128 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC-
* * * * * * * * * * *
133131 AAAA-AAAAAGTTAGAATAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATTGTCTTAACCATATGAATTGG
192 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
* * * *
133195 TTCAGTAAACA-ATTTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTATTAAATTTG
257 TTCAGTAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * *
133259 TATTATTTTAATCCAAATAAGCTTCTATGAACA-AAA-AAT
320 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* * * * * * * * *
133298 TATTTTATGACAATACAAAAAGTAATAATGATTTAAAATTGATAATCGATCATATAGTCTTAACT
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * * *
133363 ATTTGAA-TTGGTT--CT---TAGATTTATTTTTTTAATTTTCTTGA-TTATTAAGTTTTAAAGT
66 ATTTGAACTT-GTTGAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTGAA-T
* ** * * * *
133421 ATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTATGAATAGAACCAATTGTTTGATGAT
127 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * *
133486 AAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGA
192 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
* ** * * * *
133551 TT-TGATAAACAGATTTACATTTTAAATC--AACTGACTACTTTTCT-AAATATTAATAAATTAG
257 TTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAG
** ** * * * * * *
133612 TGCTATTTTATTTTGAACAAACTTATGTGAACAAAAACAAT
320 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* * * * * *
133653 TGTTTTAAGATAAAACAAAAAGTAATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCCAAATA-TTATAAT
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-CAAATAGTCATAAC
* * * * * *
133717 TATTTGAACTAGTTCG-TTAAATAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTTATTTATAAAATTTTGAAAT
65 TATTTGAACTTGTT-GAGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AAT
* * ** * * * * *
133780 ATTAAGAAATTAGTTTTATTTTATTCCGAATAAACTTATATTAGCTA-AAAGAATTGTTTTATGA
127 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGA
** * * * * * * *
133844 CAAAA-AAAATGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCATATATTCTTAACTGTTTAAACT
191 CAAAACAAAA-GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * * * ** * *
133908 GGTTTAGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTCATGAAATTTCAAAATATTATTAAATGA
255 GATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * *
133973 GTATTATTTTA-TTCCAATAAACTTGTATGAACAGAAATAAT
319 GTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* * * * * * *
134014 TTTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAATAATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAATTGTCATAACT
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * *
134079 ATTTAAACTAGTTCGA-TAAACAACTTTATTTTTTTAAATCTCGTAC----TAATTCTTGAATAT
66 ATTTGAACTTGTT-GAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATAT
* * * *
134139 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATG-TTGAAAAACAATTGTTTTATGATA
129 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACA
** ** * * * * * *
134203 TTACAAAAGGAGATAACT-ATTTAAAATAGATAATTATTTAAATGGCCATAATTATTTGAACTAA
193 AAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
** * ** * *
134267 TTTC-GTAAATTGATTTATTTTTTTAAAT-TAGTTACTTATAAATTTTCAAAATACTAATAAAAT
257 -TTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCT--TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* * *** * * *
134330 AGTGTTATTTTGTTTTGGATAAGCTTTTATGAGTTGAAACAAT
318 AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* * *
134373 TGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAAC
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * *
134437 TATTTAAACTTGTTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAT-
65 TATTTGAACTTG-TTGAGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATA
* * * * * * * **
134500 TTAATAAATTACTATTATTTCATTCTAAATAAGGTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGAGT
128 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * * * * * *
134565 AAACAAAAGGTTAGAATAATTTCACATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAATTTAT
193 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGAT
* * * * *
134630 TTAGCAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT-ATTAATTAGTA
258 TCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * * *
134694 TTATTTT-TCTCTGAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAATAAT
322 TTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAAT
* * * * * **
134733 T-TTTTATGACAAAACCAAAA-TCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATGGTTGTAACT
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * *
134796 ATTTGAA-TTGTTTTG-GAAAACAAATTCAATTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTGAAATA
66 ATTTGAACTTG--TTGAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATA
* ** * *
134859 TTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTT-AGATAAATTTTTATAAACT-GAAACAATTGTTTTATGA
128 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * *
134922 CAAAACAAAAGGTCATAACT--TTTTAAATAGATAATTATGCAATTAGTCATATCTATTTG-A-T
191 CAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * *
134983 --TTC-GT-------TTGA-----TAAA-C-ATAGTTATT--TTTTTATAAATATTAATAAATTA
255 GATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTA
* ** *
135029 GTATTATTTTATTTCAAATAGGCTTGTATGAGGAAAAACAAT
319 GTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* * *
135071 TGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-GGCTACAA
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAA
* * * * * *
135134 TTATTTGAA-TTGATTCGA-TAAACTAATTTATGTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTAAAA
64 CTATTTGAACTTG-TT-GAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAA
* * * * * * *
135197 TATTACTAAAGTAATATTATTTTA-TTTCAGATAAGTTTTTGTGAACTA-AAACAATTGTTTTAT
126 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTAT
* * * ** * * * *
135260 GATAAAATAAAATGTCATAACAATTTTAAATAGAAAATTATTCAAATAGTTAAAACTATTTGAAC
189 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * *
135325 TTG-TTTAGTAAATA-A-TT-TTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAA
254 -TGATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAA
* * * *
135385 ATAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCATGTATGAATTGAAACAAT
316 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* * * * *
135430 TATTTTATGACTAAACAAAAAGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACT
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * *
135495 ATTTGAACTGGTTTGA-CAAACACAA-TTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTAGAAAA
66 ATTTGAACTTG-TTGAGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATA
* * * * * ** * * *
135557 TTATTAATTTAGTAGTATTTTACTCTGAATAAATTTGTATGAACT-GAAACAAATGTTTTAGGAT
128 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * * *
135621 AAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATAAAGAATTGTTCAAATAATCATATCTATTTGAATTGG
192 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
* * *
135685 TTCTGTAAAGAGATTTAGTTTTTAAATCCTTTA-TTAATTTTTGAAATAGTAATAAATT-ATTAT
257 TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-CTTTACTT-A---TT--AAT--T--T---TTGA--A-
* * * * *
135748 TATTTTATTTTAAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAACATAACCAAT
305 -A---TA--TT-AATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* * * * * *
135811 TGTTTTATGAAAAAACAAGAGGTCATAAT-ATTTTGTAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAAC
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * *
135875 TATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTTTTTTTTAATTCTCTTACTCT-TTAATTTTTGAAATA
65 TATTTGAACTTGTTGAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTG-AATA
** * * *
135939 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTATTTTATTAC
128 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * *
136003 AAAAC-AAA-GCCACATTAATTTGAAATAG-------TT---AT-G-----ACTATTTGAACCTG
192 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTG
* * ** *
136050 -TTCAATAAACATATTTATTTTTTTGATCTTTTACTTATT-ATTTTTCAAAATATTAATAAATTA
256 ATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTA
* * * * *
136113 ATATTACTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAAT
319 GTATTA-TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* ** * * * *
136155 AGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAATCATAACA
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * *
136220 ATTTGAACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTCTT-AATAT
66 ATTTGAACTTGTTGAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAATAT
* * ** * * ** * *
136284 CAATAAATTTA-TATTATTGTATTTAAAATAAGCTTGTATGAATGGAAAAAAATCATTTTACGAG
129 TAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGAC
* * * * ** * * *
136348 AAATCAAAAAGGTTAGAGTGATTACAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAATTATTTAAACTT
192 AAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-T
** * * * * *
136413 G-TTTGGTAAATAGATTCT-TTTTTTAAATCTCTTAATTATTAA-TGTTCATAATATTGATAACA
255 GATTCAGTAAACAGATT-TATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAA-A
* * *
136475 -TAGTATTATTTCATTTCAAATAAGCTTATATGAACT-GAAATAAT
316 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAAT
* * * * * *
136519 T-TTTTATGACAAAATAAAAGGACATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATGACT
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * * * * * ***
136583 ATTTGATCTAGTTCAGTAAACACATTCATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAACTGTCAAAATATT
66 ATTTGAACTTGTTGAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAATATT
* * * * *
136648 AATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAA-AGAAACTATTCTTTTATGATAAA
130 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * * *
136712 ACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-T
195 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGAT
* * * * *
136775 TCTGTAAACA-ATTT-TTTTTTAATTTTTTTACTTTTTAATTTTTGAAATACTAATAAATTAGTA
258 TCAGTAAACAGATTTATTTTTTAA-ATCTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
*
136838 TTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAAT
322 TTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAAT
* * * *
136877 TATTTTATTACAAAAC-AAAAGTCACATTGATTTG--A-A-AT-A--G-T----TA-TC---ACT
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
*** * * * * ***
136925 ATTTGAACCCATTCGA-CAAACATATTTATTTTTT-TATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATAT
66 ATTTGAACTTGTT-GAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAATAT
* * * *** * * * *
136988 TAATAAATTAATATTACTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATAGTTTTATGACAA
129 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
** * * * * *
137053 AA-AAAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACGATTTGAATTTG-T
194 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGAT
*
137115 TCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTGTCTT--AATATTAATAAATTTA
258 TCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAA-TTA
* * *
137177 -TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATGAAAAAAAAAAT
319 GTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT---AGAAACAAT
** * * * * * *** * * *
137221 CATTTTATGAGAAATCAAAAAGTTAGAGTGATGACAAATATATAATTATTCAAATAGTCA-AATT
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * *
137285 ATTTAAACTTGTTCGA-TAAACAGATTCATTTATTAAATCTCTTAATTATTAATGTTCTCTTAAT
66 ATTTGAACTTGTT-GAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TT-T-TGAA-
* * **
137349 TATTAATGTTCATAATATCAATAACATGGTATTATT-TCATTTCAAGTAAGCTTACATGAACT-G
126 TATTAA---T-A-AAT-T-AGT---AT--TATT-TTAT--TTTGAA-TAAGCTTGTATGAA-TAG
* * * *
137412 AAATAATTTTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATTATTCAAATAGT
174 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * *
137477 CA-AGACTATTTG-ATTTAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAA-TTG
239 CATA-ACTATTTGAACTGA-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAA-TCTTTACTTATTAATTTT
* * *
137539 TGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAA-AGCAACTAT
301 TG-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* * *
137599 TGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATAGTCATAAC
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAAC
* *** *
137663 TATTTGAACTAGTTTGA-TAAATGGATTTATTTTTTAAA--T-TT-CTTACTAATTTTTGAAATA
65 TATTTGAACTTG-TTGAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATA
* * * * * * * ** * * *
137723 TTAATAGATTAATATTTTTTTATTCTGAACAAACTTATATGAGCAAAAACATTTATTTTATGACA
128 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * *
137788 AAAC-AAAGGTCATAAAGATTTGAAATAAATAAGTT-TTCAAATAGTTATAATTATTTGAACT-A
193 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
* * * * * *
137850 CTT-GGATAAACAGAATTATATTCTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTGATAAATTC
257 -TTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-
* * ** * * *
137914 A-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTACTACGAATTGAAAAAAT
318 AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* * * * * * *
137956 TGTTTCATGATAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATTGATAATTGTTCATATAGTCTTAACT
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * * **
138021 ATTTGAACTAGTTCA-AAAAGTAAATTTATTTTTTTGAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATA
66 ATTTGAACTTGTTGAGTAAA-CAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAATA
* * * ** * * *
138085 TTATTAGATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAGGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGA-T
128 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * * *
138149 GAACAAAAGGTTACAAAGATTTGAAGT-G-TACGATTATTCAAATAGTCATAGCTATTTGAAGTG
193 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA--ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG
* * * *
138212 ATTC-GATAAACAGATTTATGTTTTAAATC--T-CTCATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAA
256 ATTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* *
138273 TATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATG-ATAAAAAACCAAT
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* * * * * * * *
138315 TGTTATATGACTAAACAAAAAG-CAATAACT-ATTTGAAATTGATATTTATTGAAATGGCCATAA
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTC-ATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * * *
138378 TTATTTGAA-TTAATTTGA-TAAATAGATTCATGTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTAGAA
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* * *
138441 TATTAA-AAATTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATAAACT-GAAACAATTGCTTTAT
126 TATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTAT
* * * **
138504 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTTGTAACTATTTGAAT
189 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-
* * * * * *
138569 TTG-TTC-GATAAACAAATTTATCTTTTAAA-CTCTTGCCTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAA
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*** * *
138631 TTAGTATTATTTTATTTTGGATAAACTTTTATGAACT-GAAACAAT
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* * * * * * **
138676 TGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTATATAAATAATTGTTCAAAAAGTTTTAACT
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * ** * * *
138741 ATTGGAACTTATTTG-GTTAACGGATTTATTTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTGAATG
66 ATTTGAACTT-GTTGAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAATA
* * * * * * *
138805 TTAATAAATTTGGATTATTGTATTTTGAATATGCTTGTAAGATATA-AAACAAATATTTTATGAC
128 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * ** *
138869 TAAAC-AAAGGATCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCTAATATTTTTAACTAATTGAACTG
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* ** * * * * *
138933 GTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATC--T-CTTATTCATTTTTGGAATATTATTAAATTAGT
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** * * *
138995 ATTATTTTTAACTGAAA-AAGCTTCTATGATTAGAAACAAT
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* ** *
139035 TATTTTATGACAAAAC--AAAGTTTTTAATGATTT-AAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * *
139097 CTATTTGAACTAGTTCG-GTAAATAGATTTATTGTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTT
64 CTATTTGAACTTGTT-GAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
139156 TAAATATGAT
Statistics
Matches: 14194, Mismatches: 3335, Indels: 2504
0.71 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
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323 11 0.00
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354 127 0.01
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Consensus pattern (360 bp):
TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
ATTTGAACTTGTTGAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTA
ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCA
GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
Found at i:121409 original size:360 final size:359
Alignment explanation
Indices: 120016--124311 Score: 2505
Period size: 362 Copynumber: 12.1 Consensus size: 359
120006 TTGGTTATTA
* * * * * *
120016 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAA-TGATTTGGAATAGATAATTTTTCATATGGTCTTAAC
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * * *
120080 TATTTAAACTG--CTTCGTTAAACATATTTATTTTTTAAATCTGTTAGTTATTAATTTTTGTAAT
65 TATTTGAA-TGTATTTAG-AAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * * * * * *
120143 GTTATTAAATTTGTATTATTTTATTTC-AAAAAAGCTTATATGAATTGAAACAATTATTTTATAA
128 ATTAATAAA-TTATATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * *
120207 CAAAA-AAAAGGTTATAACTGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT
191 CAAAACAAAAGGTCATAA-T-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-
* * ** * *
120271 TG-TTCGATAAGCAAAATTATTTTTTTAATTTCTTGTTTATTAATTTTTTG-AATGTTGATAAAT
253 TGATTCGATAAACAAATTTA-TTTTTTAATTTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAAT
** *
120334 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACT-GAAACAAT
316 TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAAT
* * * * * * *
120378 TATTTTATAACTAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGT-ATTAAC
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAAC
* * * * * * * * * *
120442 CATTTGAA-CTAGTTTGGCAAACACATGTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATCTTTAAAATT
65 TATTTGAATGTA-TTTAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * * * * * * * *
120506 TTATTAATTTAGTAATATTTTACTCCAAATAAGTTTGTATGAACA-AAAGCAATTGCTTTATAAC
129 TTAATAAATTA-TATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGAC
* * * * * *
120570 AAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATAAATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTAAACTGG
192 AAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
* * ** * * *
120634 TTCAATAAACAGATTTAGTTTTCCAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGACATATCAATAAACTAGT
256 TTCGATAAACAAATTTA-TTTTTTAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* ** *
120695 ATTATTTTATTAT-GAATAATTTTGTATGAATAGAAATAAT
320 ATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* * * * * * *
120735 TGTTTTACGACAAAACAAAATGTCATAA-TGATTTGAAATAGATACTAGTTCAAATGGACATGAC
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * ***
120799 TATTTGAACT-TGTTGAGTAAACAAATTCATATTTTAAATCTCAAACTTATTAATTTTT-AGAAT
65 TATTTGAA-TGTATTTAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AAT
* * *
120862 ATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTG-AATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGA
128 ATTAATAAATT-ATATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * *
120926 CAAAACAAAAGATCGTAATGATTTGAAATA-ATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTC
191 CAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG
* * * * *
120990 ACTCAATAAACATATTTATTTTTTAA-ATCGTTTACTTATTAATTTTTGGAAGT-TTAATAAATT
255 ATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAATTTC--TTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATT
* *
121053 AGTATTATTTTATTTCTAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAAT
317 AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* * *
121096 TGGTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * *
121161 ATTTGAATGTATTTAGAAAAGATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATT
66 ATTTGAATGTATTTAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * * * * *
121225 AATAAATTTATGTTATCTTATTCGAAATAAGCTTGCATGGATAGAACCAATAGTTTTATG-CAAA
131 AATAAA-TTATATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * *
121289 ACGAAATGTCATAATATTTTGAAATAGATAATTATTTAGATAGTCATAACTATTTGAACAT-ATT
195 ACAAAAGGTCATAATA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATT
*
121353 CGATAAACAAATTCATTTTTTAATTTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
258 CGATAAACAAATTTATTTTTTAA-TTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * *
121418 TATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAGTTGAAACAAT
322 TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* * *** * * * ** *
121456 TATTTTATTACAAAACAAATTATCA-CAGTGATTTGAAATAGATACTTACTCAAATAGTCATGAC
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * *
121520 TATTTGAACT-TGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATTGAAAT
65 TATTTGAA-TGTATTTAGAAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * *
121584 ATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAG-TT-TAT--AT-GAATCAATTATTTTATGAC
128 ATTAATAAATT-ATATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * ** * *
121644 AAAACAATTA-GTCACAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAAGATTTGAATTT
192 AAAACAA-AAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG
* * * * *
121708 ATTCAATAAATAGATTTATATTTAAATCTT-TTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATT
255 ATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAT-TTCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATT
* * * * * * * *
121770 TGTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGCATAAACAAAAAAAAAT
317 AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAAT
** * * * * * *
121814 CATTTTATGACAAAACAAATGGTTATAGCGA-TTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATT
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * * *
121878 ATTTTAAATTTGTTTA-ATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAAATTTTAAAATA
66 A-TTTGAATGTATTTAGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* *** * * *
121942 TTAATAACTTACTATTATTTTATTTC-AAATAAGCACATATGAA-ATCAAATAATTTTTTTATGA
129 TTAATAAATTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGA
* * * *
122005 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGA-TAATTTGATCT
191 CAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACT
* * * ** * * **
122069 -AGTT-AATAAATATATTTATTTTAAAAATTT-TTAGTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATT
254 GA-TTCGATAAACAAATTTATTTT-TTAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* * **
122131 AGTATTA-TTTAATTCAAATAAGCTTGTATAAATAG----TTT
317 AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* * * *
122169 TGTTTT-T----ATATAGAA---CAT--C--TTTGAAA-A-ATAATTG-CCAAATAGTCATAACT
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* *
122219 ATTTG-A-CTAGTTT-GATAAACAGATTTATTTTTTAAATC---CA-TTATTAATTTTTG-AATA
66 ATTTGAATGTA-TTTAGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * * * * *
122276 TT-ATAAGATTAATATAATTTTAAATCCAACA-AA-CTTATATGAA-ACAAAAAAATAATGTTTT
129 TTAATAA-ATT-ATATTATTTT-ATTCGAA-ATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAAT--TGTTTT
* * * *
122337 ATGACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTAATTTAAATAGTCATAA-TATTTG
187 ATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * ** * * **
122401 AAC-G-GTAGGTAAATGAA-TTATTTTTAAATTTCTGTACATATTAGCTTTTGAAAT-TGGTAA-
250 AACTGATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAATTTCT-TACTTATTAATTTTTGAAATAT--TAAT
* * * ** ** *
122461 AACTTAAATTTTTATTTTATTTTGAATAA-CTAATATGATTA-AAA-AAT
312 AAATT--AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* * * *
122508 TGTTTTATGAC--AACGAAAA----AT---GATTTGAAATAGATAATTGCTCATATAGTCCTAAC
1 TGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * *
122564 TATTTGAA-CTAGTTCA-ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAA-TTTTAAGAA
65 TATTTGAATGTA-TTTAGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AA
* * * * * * * *
122626 TATTATTAGATTACTAGTACTTTATTTTG-AATATGTTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATG
127 TATTAATAAATTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
*** * * * * * * * * * * * *
122690 ATGGAACCAAAGATTATAACAATTTGAAGTATAGAATTGTTCAAATAGTTATAACCATTTAAATT
190 ACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * * *
122755 GGTTC-AGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTATTGCTTATTAATTTTTGAAAGATTTATAAATT
254 GATTCGA-TAAACAAATTTATTTTTT-AATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* ** * * * *
122819 AGCATTATTTTATTTTTAATAAACTTGT-TGGATAAAAAATAAT
317 AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAAT
* * * * * * * * *
122862 TGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAACTATTTAAAATAGATAATTATTGAAATGGCCATAATT
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * *
122927 ATTTGAACTG-ATTTAGTAAATC-GATTTACTTTTTAGATC----ACTTGCTT-A---TT-AAAT
66 ATTTGAA-TGTATTTAG-AAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT-ATTAATTTTTGAAAT
* *
122981 A-T--T--A-T-T-TCA--TT-TT-G-AATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACA
128 ATTAATAAATTATATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * *
123033 AAACAAAATGTCATAGTGATTTTAAATAGACAATTATTCAAATAGT-AGTAACTATTTGAATTTG
193 AAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAA-CTG
* ** * * * *
123097 -TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAACTCTTGCCTATTAAATTTTGAAATATTAAGAAATTAG
255 ATTCGATAAACAAATTTA-TTTTTTAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
*** * *
123161 TATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACTA-AAACAAT
319 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAAT
* * *
123202 TGTTTTATGTCAAAACAAATGGTCATAA-TGAATTT-AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT--ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * ** * * *
123265 CTATTTGAACT-TGTTTA-ATAAACAAATCCATTTTCTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTAA
64 CTATTTGAA-TGTATTTAGA-AAACAGATTTATTTT-TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * * **
123328 ATGTTAATAACTT-TGGATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTAAG-ATATGAAACAAATACTTT
126 ATATTAATAAATTAT--ATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTT
** * * * * ** *
123390 ATGATTAAACAAAATGTCAAAATGATTTGAAATAGATATTTATTCTAATAGTTTTAAGTATTTGA
187 ATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * * * *
123455 ATTGGTTCAACAAACACATTTATTTTTTAAATCCTTACTTATTAATTTTTAAAATATT-ATAAAA
251 ACTGATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAA
* * * * *
123519 TTAGTATTATTTTTAATT-GAATAAGCTTCTATG-ATAAAAAATAAT
315 TTAGTATTA-TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAAT
* * ** * * * * *
123564 TGTTTTACGACAAAAC-AAAGATTTTAACAATTTGAGATTGATAATTGCTCAAATAGTCAAAACT
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * *
123628 ATCTGAACTG--GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTTTGAAATA
66 ATTTGAA-TGTATTTAGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * *
123690 TCAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATG-ATAAAAAACAATTTTTTTATGA
129 TTAATAAATTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * *
123753 CAAAACAAAAGGTCATAATTGTTTGAAAGAGATAAAT-TTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTG
191 CAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG
* * * ** *
123817 ATT-TAGTAAACATATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTCTTAATTTAGGAAATACTAATAAATTA
255 ATTCGA-TAAACAAATTTATTTTTT-AATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* *** * *
123881 GTATTATTTTATTCCTTCTAAGCTTATATTAACT-GAAACAAT
318 GTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAAT
* * * * * * * * * *
123923 TATTTTATGACAAATC-AAAGGTTATAACGATTTTAAATAGACAATTATTCAATTAATAATAACT
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * *
123987 ATTT-AACT-TATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAAATCTCTTT-CTTATTAATTTTTTG-A
66 ATTTGAA-TGTATTTAGAAAACAGATTTA-TTTTTT-AAATCT-TTTACTTATTAA-TTTTTGAA
* * * * *
124048 ATGTTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGGACT-GAAAGAATTGTTTTA
126 ATATTAATAAATTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTAT-GAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * * * * * ** * **
124111 TAACTAAATAAAATGTCAGAACGATTTGAAATAGGTAATGGTTCTAATAGTTTTAACTATTTGAA
188 TGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* ** * * ** * *
124176 TTGATTCGGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAGT
252 CTGATTCGATAAACAAATTTATTTTTT-AATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
* * * * *
124241 CAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAATAAT
316 TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* *
124284 TATTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAA
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
124312 TGTTTTGAAA
Statistics
Matches: 3068, Mismatches: 650, Indels: 432
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
333 10 0.00
334 43 0.01
335 40 0.01
336 55 0.02
337 28 0.01
338 13 0.00
339 39 0.01
340 219 0.07
341 39 0.01
342 11 0.00
343 13 0.00
344 8 0.00
345 13 0.00
346 19 0.01
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349 18 0.01
350 53 0.02
351 34 0.01
352 43 0.01
353 34 0.01
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356 20 0.01
357 395 0.13
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362 520 0.17
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364 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (359 bp):
TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
ATTTGAATGTATTTAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
AATAAATTATATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
CAAAAGGTCATAATATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGA
TAAACAAATTTATTTTTTAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
Found at i:122210 original size:357 final size:354
Alignment explanation
Indices: 120797--122161 Score: 860
Period size: 360 Copynumber: 3.8 Consensus size: 354
120787 AATGGACATG
* * * * * ** * *
120797 ACTATTTGAACTTGTTGAGTAAACAAATTCA-TATTTTAAATC-TCAAACTTATTAATTTTTAGA
1 ACTATTTAAACTTGTTCAATAAACAGATTCATTTTTTTAAATCTTTTAA-TTATTAATTATTAAA
* *** * ** *
120860 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAAT-AATTGTTTTAT
65 ATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGC--ACAT--AT-G-AATCAATTATTTTAT
** ** * * * **
120924 GACAAAACAA-AAGATCGTAATGATTTGAAAT-AATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
124 GACAAAACAATAAG-TCACAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAAGATTTGAA
* * * * * * ** *
120987 -CTCACTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCGTTTACTTATTAATTTTTGGAAGT-TTAATAA
188 TCT-ATTCAATAAATAGATTTA-TATTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTGTCAAAATATTAATAA
* * * * * * ***
121050 ATTAGTATTATTTTATTTCTAATAAGCTTTTATGAA-TAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAA
250 ATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGC-TTGAT-AACAAAAAAAAATCATTTTATGACAAAAC-A
** * * * **
121114 AAAGTTATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
312 ATCGTTAAAAC-AATTCAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATA
* * * * * * * * **
121158 ACTATTTGAA-TGTATTTAGA-AAAGATATTTA-TTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGG
1 ACTATTTAAACT-TGTTCA-ATAAACAGATTCATTTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTATTAA
* * * * * * *
121219 AATATTAATAAATTTATGTTATCTTATTCGAAATAAGCTTGCATGGATAGAACCAA-TAGTTTTA
64 AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGC--ACAT--AT-GAATCAATTA-TTTTA
* * * * * * * * **
121283 TG-CAAAACGAA-ATGTCATAATATTTTGAAATAGATAATTATTTAGATAGTCATAACTATTTGA
123 TGACAAAAC-AATAAGTCACAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAAGATTTGA
* * * * * * * * **
121346 A-CATATTCGATAAACAAATTCATTTTTTAATTTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
187 ATC-TATTCAATAAATAGATTTATATTTAAATCTT-TTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAA
* **** * * *
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* ** * * *
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* * * * * *
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1 ACTATTTAAACTTGTTCAATAAACAGATTCATTTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTATTAAAA
***
121583 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGTTTATATGAATCAATTATTTTATGACAAAA
66 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCACATATGAATCAATTATTTTATGACAAAA
* * *
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** *
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* * * *
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* **
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* * *
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* * * * *
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* * * *
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* *
122065 ATCTAGTT-AATAAATATATTTAT-TTTAAAAAT-TTTTAGTTATTAATTGTCAAAATATTAATA
187 ATCTA-TTCAATAAATAGATTTATATTT--AAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATA
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Statistics
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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** ** * * * * * * * *
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* *
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* *
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* * * * * *
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* * ** *
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* *** * * *
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* * * * * * * * * * * *
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* * *
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* * * * * * * * *
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* * * * ** * ** * *
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** * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * ** * * * * * *
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*
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * *
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** * ** * * * *
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* * *
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* * *
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* *
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* * * * * * * *
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* * *
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128 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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** * * * *
125883 TCATAACAACTTT-ATATAGATAATTGTTCAAATAGTTA-AATCTATTTGAACTTA-TTAGTTTG
64 TCATAATGA-TTTGAAATAGATAAATGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTGATTTAG--T-
* * * *
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* * * *
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* ** * * * * **
126061 AATGTCATAACAATTTGAAATAGAT-AATAATTCAAATAGACATGACTATTTGAACTTG-CTCGG
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* * * * **
126124 TGAATAGATTTATTTTTTGAATCTCCAACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAG
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* * * * * *
126183 TATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAAAA-AA-TGTTTAATGACATAACAAAAGA
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-ATA-AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG
* ** * * * * * *
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* * *
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* * * ** * *
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* * * * * ** *
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64 TCATAATGATTTGAAATAGATAAATGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTTAGTAAAC
* * * * *
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* * * * * *
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* * ** *
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* * * * * *
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*
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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** ** *** * * * * * * *
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** * *** * ** * * **
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*
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128168 TAACAATTTGAAATAG-ATAA--TTAT-TG--ACAAGGCCATAATTTT-TAAACTAATTCGATAA
1 T-ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTATTTTAT-GAC-AAAAC-A-AA
* * * * * * * ** * * * * *
128226 A---CAGATTCACTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAA--ATTAGTA-TTATT
61 AGGTCATAATGA--TTTGAAAT-A--GA-TAAATGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-T
* * * *** * * * ***** *
128285 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAA-CAATGGTT--TTATGACA-AAACAAAAGGTCATA
119 TTA-GT-AAACAA-ATT-TAT-TTTTTAAATC--T-CTTACTTATTA-ATTTTTGAAA--T-ATT
128346 ACGATTTGAAA-TAG
172 A--A--T-AAATTAG
* * * * * * * *
128360 ATAATTATTCATATAGTCTTAAT-TGCTTGAACTATTTCGAT-AAACAGATTTACTTTTTAAATC
1 -T-ATTATT-TTAT-TTC-GAATAAGCTTG---TA--T-GATAAAAAACAATTA--TTTT--ATG
* * ** *** * * * * *
128423 TCTAATTTATTAATTTTCAAAAT-ATTTTTATATTAGTATTATTTTAT-TTCAAATAAGCTTATA
51 AC-AA--AACAAAAGGTCATAATGA-TTTGA-AATAG-A-TA---AATGTTCAAAT-AG--T-CA
**** * * * * * * * ** *
128486 TGAACTAAAACAA-TTATTTTACAATAGAACAAA--AAGTTATAACAAT-T-TGAAATAGATAAT
102 T-AACTATTTGAACTGA-TTT--AGTA-AACAAATTTATTTTTTA-AATCTCTTACTTA-TTAAT
* ** *
128546 TGTTCAAATAGAACTAGTTCAATAAACAAA
160 T-TT----T-GAAATA-TT-AATAAATTAG
* * ** * ** *
128576 T-TTATTTTTTAAATCACTACGTATTAATTTTTGAAAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-T
1 TATTA--TTTT--AT---TTCG-AATAA-GCTTG-TATGA-TAA-AAA--ACAATTATTTTATGA
* * *** * *** *
128638 CCAAACGGATTTGT-ATGATGAAAAATAATTGTTTTATGATAAA---ACAAA-AGTTCATAA-TG
52 CAAAAC-AAAAGGTCATAATG----AT--TTGAAATA-GATAAATGTTCAAATAG-TCATAACT-
* * ** ** * ** * *
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107 ATTTGAACT-GAT--TTAGTA--AACA-AATTTATTTTTTA--AATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * *
128757 TAAAT-CT--CAACTTA-
164 GAAATATTAATAAATTAG
* * * * * * ** * * * *
128771 TCA-AATTTTGTTTCGGATAAACTTTTTTGA-ATTGAAATAATTGTTTTATAATAAAACAAAAGG
1 T-ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATA-AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * * * *
128834 TCATACTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTTATTCAGTAAAC-
64 TCATAATGATTTGAAATAGATAAATGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAGTAAACA
* * * * * *
128898 AATTTTTTTTTTTAATTTC-TAGTTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAGTTAG
129 AATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * * * *
128951 TATTATTTTATTTTCGAATAAGCATGTATGA-ACTGAAAA-TATTATTTTATAACTAAGCAAAAT
1 TATTATTTTA-TTTCGAATAAGCTTGTATGATA--AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
* ** * * * * * * *
129014 GTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAAC
63 GTCATAATGATTTGAAATAGATAAATGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAGTAAAC
* * **
129079 ACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTT-AGAATATTGTTAAATTAG
128 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAG
* * * * * * * *
129133 CAATATTTTACTTCTAATGAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTATTTTACGACAAAAC-AAAGAT
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATA-AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* ** * * * *
129196 CATAA-CAGTTTGTGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG-GTTCGATAAA-
65 CATAATGA-TTTGAAATAGATAAATGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAG-TAAAC
*
129258 AAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTAC----TAATTTTTG-AA-A-T-A-AAATTAG
128 AA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * ** * * * *
129304 CATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGTAT-A-AATGGAAACAATTGTTTTACGAC-AAACAAAAT
1 TATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGATAA--AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
* * * *
129365 G-CTATAATAATTTGAAATAGAT-AATAGTTCAAATAGACATGACTATTTGAACCT-ATTTAGTG
63 GTC-ATAATGATTTGAAATAGATAAAT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGATTTAGTA
** *
129427 AACAAATTTTATTTTTTTAAATCTCCAACTTATTCATTTTT-AGAATATTAATAAATTAG
125 AACAAA-TTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAG
* * * * * *
129486 TGTTATTTTATTTCCAATAAACTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGAT
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATA-AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * ** *
129550 CATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-CTCGGTAAATA
65 CATAATGATTTGAAATAGATAAATGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTTAGTAAACA
* * * * * *
129614 GATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTATTGGAATTTTAATAAATTAG
129 AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * * ** *
129667 TACTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGA-ACAAAAATAATTGGTTTATGACCAAACAAAAGGT
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATA-AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
** * * * * * ** **
129731 CATAACAATTTGAAACAGATAAGTGTTCAAATAGTTATAACTATATGAA-TGTATTCAAAAAATG
65 CATAATGATTTGAAATAGATAAATGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-ATTTAGTAAACA
* * *
129795 GATTTATTTTTTAAAT-TTTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-
129 AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAG
* * * * *
129847 TATTATTTTA-TTCAAAATAAGTTTGCATGA-AAAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
1 TATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGATAAA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * *
129910 TCATAATGCTTTGAAATAGGTAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAATATG-TTTGGTAAAC
64 TCATAATGATTTGAAATAGATAAATGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGATTTAGTAAAC
* * * * * *
129974 AGATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTAG
128 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * * * *
130028 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATTTGA-AATGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAATGGT
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATAA-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * *
130092 CATAATGATTTGGAATAGTTAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTTG-TTTGGTAAACA
65 CATAATGATTTGAAATAGATAAATGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTTAGTAAACA
* * * * ** *
130156 TATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTAATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAA
129 AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * *
130208 TATTATTTTA-ATCTAAATAACCTTGTATG-TATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAG
1 TATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGATA-AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * *
130271 TCATAA-CATTTTGAAATAAATAATTGTTCGAATAGTCATAA-TGTTTGAACTTG-TTT-GATAA
64 TCATAATGA-TTTGAAATAGATAAATGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTTAG-TAA
* * * *** *
130332 ACAAATTTATTTTTTAAGTCTTTTACTTATTAATTGTCCTAATATTAATAAATTTG
126 ACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * *
130388 TATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTATATGA-ATAGAACAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG
1 TATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGATAAAAAAC-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGG
* ** * * * * * * *
130451 TTATAGCGATATCAAATAGAT-AATTTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTG-TTCAATAAAC
64 TCATAATGATTTGAAATAGATAAATGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTTAGTAAAC
* * * *
130514 ATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT-G
128 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * * ** * * *
130567 ATGTTATTTTGTTTCAAATAA-ATATATATGA-ACTGAAGCAATTCTTTTATGACAAAACATAAG
1 -TATTATTTTATTTCGAATAAGCT-TGTATGATA-AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * *
130630 GTCATAATGA-TTGTAATAGGA-AATTATTCAAGTAGTCATGACTATTTGATCTCG-TTTGGTAA
63 GTCATAATGATTTGAAATA-GATAAATGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GATTTAGTAA
* * * * * ** *
130692 ACATATCTATTTTTAAAAAT-TTTTGACTTATTAATTATCAAAATATTAAAAAATTAG
126 ACAAATTTATTTTT-TAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * *** *
130749 TATTATTTTA-ATCTAAATAAGCTTGTAT--TAATAGAAACAATTGTTTTATAATTGAACAAAAA
1 TATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGATAA-A-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * *
130811 GTCATAATGACTTGAAACAAAT-AATTTGTCAAATAGTCATAATTATTTTAA-TTAGTTT-GATA
63 GTCATAATGATTTGAAATAGATAAATGT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTTAG-TA
* * * * *
130873 AATAGATTTA-TTTCTAAATATC---C-TATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAG
125 AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * * * * * *
130925 TATTACTTTA-TTCTGAACAAACTTATAT-AAAGAAAAACATTTGTTGTATGAC-AAACTAAATG
1 TATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGATA-AAAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAG
* * * * * *
130987 GTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTC-AATAGTCATAATTATTAGAACT--TGTTAGGTAA
63 GTCATAATGATTTGAAATAGATAAATGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGAT-TTA-GTAA
* * *
131049 ACAGAA-ATATTATTTTAAATCTCTTGCTTATTAA-TTTTGAAGTATTAATAAATTCA-
126 ACA-AATTTATT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AG
* * ** ** *
131105 TTTTATTTTATTTTGAATAAGCTAATATGAATTGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGT
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-ATAAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * * * *
131168 CATAA-CATTTTGAAATAGAT-AATTTTCATGATTAGTCTTGAAAATATTTAAACTGGTTTGGGC
65 CATAATGA-TTTGAAATAGATAAATGTTCA--AATAGTCAT--AACTATTTGAACTGATTT-AGT
* * * * * * * *
131231 AAGCAAA-TTA--TTTCAACTCCCTTAGTTAATAGTTATTTTTGGAATATTATTAAATATCAG
124 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-AT--TAATTTTTGAAATATTAATAAAT-T-AG
* * * * * ** *
131291 TATTCA-CTTATTTTGAATAAGAGCTTGT-TGAAACAAAAATAATTGTTTTATGGTAGAA-AAAA
1 TATT-ATTTTATTTCGAAT-A-AGCTTGTATGATA-AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * * * * * * *
131353 GGT-TTAA-CAATTGAAGTATACAATTATTCAAATAGTCATAAATTATTTAAATTGGTTTAGTAA
62 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAAATGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTGATTTAGT-A
* * **** * ** *
131416 AATAAATTTATTTTTTAAATATCTTA-TTAATTTAAAAGATGATAAT-TCATATTATTTTCTACA
125 AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-A-TTAATTTTTGA-AATAT--TAATA-AAT-TA-G
** * * ** * ** *
131479 TAATTAAATTATTT--TATCCAA-CTAAGCT-TGAATGATCAAA-AA-CATTTGTTAT-A-TGAC
1 T-ATTATTTTATTTCGAAT--AAGCT-TG-TATG-AT-AAAAAACAATTA-TT-TTATGACAAAA
**** * ** * * * * * *
131536 CAAAAAAAAAGTAAT-A-ATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAAT-GACCATAATTATTTTAAA
57 CAAAAGGTCA-TAATGATTTGAAAT-AGAT--A-AA-TGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAAC
* * * * * * * **
131598 TGATATGGTAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTAACTTATTAATTTTTTTAATATTAATAAATT
115 TGATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
*
131663 TG
180 AG
* * * ** * *
131665 TATTATTTTATTTTGATTAAGCTTGTATGA-ACTAAAATGATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGGT
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATA-AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
** * * * ** * * * * * ** *
131729 CATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTATGTAGTCTTAATTATTTGAATTGCTTCACCAAACAG
65 CATAATGATTTGAAATAGATAAATGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAGTAAACAA
* * * *
131794 ATTT-TTTTTTAAAATTTCTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTACTAAATTAG
130 ATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* ** * * * * *
131846 TATTAATTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGA-ATTGATACAATTATTTTATAATAGAACAAAAGC
1 TATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGATA-AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * *
131909 TTATAATGATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAG--A-AACTA---G---T-A--CAGTAAACA
64 TCATAATGATTTGAAATAGATAAATGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAGTAAACA
131962 AATTTATTTTTTAAATCT-TCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
129 AATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * * *
132015 TGTTATTTTA-TTCTGAATAGGCTTGTATGATGAAAAATAATTTTTTTATGA-AAAA-AAAAGTT
1 TATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * **
132077 CGTAATGATTTGAAATAG-TAATTGTTGAAATGGTCATAATTATTTGAACTAATTCGGTAAA-AA
65 CATAATGATTTGAAATAGATAAATGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAGTAAACAA
*** * * * * *
132140 GATTCCCTTTTTAAAGCACTTACTTATTAGTTTTTGGAATATTAATAAATTAT
130 -ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* ** * *
132193 TA-T-TTTTATTTCGAATAAGTTTGTATGA-ATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGT
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATA-AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * *
132255 CATAATGATTTTAAATATACAATTGTTCAAATAGTCGTAACTATTTGAATTTG-TTCAAG-AATA
65 CATAATGATTTGAAATAGATAAATGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGATT-TAGTAA-A
132318 -ATAA-TTATTTTCTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
127 CA-AATTTATTTT-TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * ** ** *
132373 TATTATTTTATTTTGGATAACCTCT-TATGA-ACTGAAACAATCGTTTTATCATC-AAAC-AAAG
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCT-TGTATGATA-AAAAACAATTATTTTATGA-CAAAACAAAAG
* ** * * * * * *
132434 ATCATAATGATTTTCAATA-AGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTAGTT-AAGTTTATTCAGCAA
63 GTCATAATGATTTGAAATAGA-TAAATGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGATTTAGTAA
* *** ** * *
132497 ACAGATTTATTTTTTTAAATCTCAGGCTTATTAATTTTCCAAATGTTAATATATTAG
126 ACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * ** * * *
132554 GATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGATATGAAACAAATATTTTATGACTAAA-AAAAGATC
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* ** * * * * ** * * * * ***
132618 AGAACAATTTGAAATAGATGATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAAC-CAATTCGACAAATGT
66 ATAATGATTTGAAATAGATAAATGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAG-TAAACAA
*
132682 ATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT-G
130 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * *
132729 ATATTATTTT-TTT--AATAAGCTTGGATGATCATAAACAATTGTTTTAT-------C-AAAGGT
1 -TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * *
132783 TATAATGATTTGAAATAGGTAATTATTCAAA-AGGTCATAAATATTTTAACTGATTTGGTAAACA
65 CATAATGATTTGAAATAGATAAATGTTCAAATA-GTCATAACTATTTGAACTGATTTAGTAAACA
* * * *
132847 AATTTA-TTTTTATATCTTTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAA
129 AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * * * *
132899 TAGTATTTTA-TTCTGTATAAGCTTTTAT--TAACTGAAACAATTGTTTTATGA-AAAGCAAAAT
1 TATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGATAA--AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
* ** * * * * *
132960 TTCATAACAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAA
63 GTCATAATGATTTGAAATAGATAAATGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTTAGTAAA
* * * *
133024 -TAATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATATTTTTAAATTTTAATAAATTAG
127 CAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * * *
133080 TATTAATTTA-TTCTAA-ATAGCTTGT-TGA-ATAGAAATAATTATTTTACGACTAAAA-AAAAA
1 TATTATTTTATTTCGAATA-AGCTTGTATGATA-AAAAACAATTATTTTATGAC-AAAACAAAAG
* * * * * * * * * * * * *
133140 GTTAGAATAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATTGTCTTAACCATATGAATTGGTTCAGTAAAC
63 GTCATAATGATTTGAAATAGATAAATGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAGTAAAC
* * * * *
133205 AATTTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTATTAAATTTG
128 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * * * * *
133259 TATTATTTTAATCCAAATAAGCTTCTATGA-ACAAAA-AATTATTTTATGACAATACAAAAAGTA
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * *
133322 ATAATGATTTAAAATTGAT-AATCGATCATATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCT--T----A
66 ATAATGATTTGAAATAGATAAAT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATT-TAGTAAACA
* * * * *
133380 GATTTATTTTTTTAATTTTCTTGA-TTATTAAGTTTT-AAAGTATTATTAAATTAG
129 AATTTA-TTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTGAAA-TATTAATAAATTAG
* ** * * * * * *
133434 TATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTATGA-ATAGAACCAATTGTTTGATGATAAAACAAAAGGT
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATA-AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * *
133498 TATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGATTT-GATAAACA
65 CATAATGATTTGAAATAGATAAATGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAG-TAAACA
* ** * * * *
133562 GATTTACATTTTAAATCAACTGAC-TACT--TTTCT-AAATATTAATAAATTAG
129 AATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
** * * * * * * * * *
133612 TGCTATTTTATTTTGAACAAACTTATGTGA-ACAAAAACAATTGTTTTAAGATAAAACAAAAAGT
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATA-AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * * *
133676 AATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCCAAATA-TTATAATTATTTGAACT-AGTTCGTTAAAT
65 CATAATGATTTGAAATAGATAAATGTT-CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAG-TAAAC
* * * *
133739 AGAA-TTATTTTTTAAATCTCTTATTTATAAAATTTTGAAATATTAAGAAATTAG
128 A-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * * *** * *
133793 TTTTATTTTATTCCGAATAAACTTATATTAGCTAAAAGAATTGTTTTATGACAAAA-AAAATGGT
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GGT
** * * * * * * * * * *
133857 CATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCATATATTCTTAACTGTTTAAACTGGTTTAGCAAACAG
65 CATAATGATTTGAAATAGATAAATGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAGTAAACAA
* * * * ** * *
133922 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTCATGAAATTTCAAAATATTATTAAATGAG
130 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * * *
133974 TATTATTTTA-TTCCAATAAACTTGTATGA-ACAGAAATAATTTTTTTATGACAAAATAAAAGGT
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATA-AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * * *
134037 TATAATAATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAATTGTCATAACTATTTAAACT-AGTTCGATAAACA
65 CATAATGATTTGAAATAGATAAATGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAG-TAAACA
* * *
134101 ACTTTATTTTTTTAAATCTCGTAC----TAATTCTTG-AATATTAATAAATTAG
129 AATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
** * * * * ** **
134150 TATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGATATTACAAAAGGAG
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * * * ***
134215 ATAACT-ATTTAAAATAGATAATTATTTAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTTCGTAAATTG
66 ATAA-TGATTTGAAATAGATAAATGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAGTAAACAA
* * ** * *
134279 ATTTATTTTTTTAAAT-TAGTTACTTATAAATTTTCAAAATACTAATAAAATAG
130 ATTTA-TTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * * ** * *
134332 TGTTATTTTGTTTTGGATAAGCTTTTATGAGT-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTT
1 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA-TAAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * *
134396 CATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTG-TTT-GATAAAC
65 CATAATGATTTGAAATAGATAAATGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTTAG-TAAAC
* * *
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* * * ** **
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* * * * * * * * * * * * *
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* *
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* * *
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* * ** * ** * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* *
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* * *
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* * * * * *
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* * *
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** * *
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* * * * * *
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* *
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* * * * ** *
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* *
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*** * * * * *
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* * * * * *
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118 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTG-TTCGATAAATAGATTTAT
* * * *
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* * * ** * * *
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245 ACTTGTATGATACAAAAACAATTGTTTAATGACAAAACAAAAGATAATAACAATTTAAAATAGAT
** * * **
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* * *
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* *
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* *
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* *
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* * * * * * *
126080 ATAGATAATAATTCAAATAGACATGACTATTTGAACTTGCTCGGTGAATAGATTTATTTTTTGAA
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* *
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* * * * *
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*** * * * *
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**
126337 TAATTTTTGAAA-ATTTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTTCGA-ATAAACTTTTATGAA-TAGA
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* * ** * *
126398 AACAATTGGTTTATGAAAAAACAAAA-AGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATA-T
441 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * *
126461 TCATAACTATATGAAC--GTGTTCAAAAAA
505 T-A-AACTATTTGAACTTTTGTT-TATAAA
* ** * * *
126489 TATATTTATTTTTGAGTTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTCA-TATCATTTTAT
1 -AGATTTATTTTT-A-AATCT-CTTATTAATTTTTGAAATATT-ATAAATT-AGTATTATTTTAT
* ** * * * * ***
126553 TCA-AAATAAAC-TTGCATCAATAGAACCAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGTTT
60 T-ATGAAT-AACTTTATATGAATA-AAACAATTGTTTTA--AGAAAACAAAAGGTTATAACAATT
* * *
126616 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTC-AGTAAATAGATTCT-TTT
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* ** * * * **
126679 TCTCATTCTCTTACTCATTAATTTTT-GAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTACTAAGAATAA
183 T-TTA-AATCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
* * * * * * * * ** *
126743 GCTTATAT-AAACTAAAACAACTAT-TTTATTG-CAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
245 ACTTGTATGATACAAAAACAA-T-TGTTTAATGACAAAACAAAAGATAATAACAATTTAAAATAG
* ** ** * * *
126805 ATAATTATTCAAATAGTCATGGCTATTTGAACTTATTTAGTAAACA-TATTCATTTTTAAATCTT
308 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGAAAATAGAATT-ATTTTTAAAT-TT
* * * * ** *
126869 -TTACTTATTAATTGTTGAAATATTAACAAATTAATATTATTTT-TATCCGA-ATAAACTTGTAT
371 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTC-ATATAAGTTTTTAT
* * * * * * *
126931 GAA-TAGAAACAATTG-TTTATGACAAAATAAAAGGTGATAAGAAGTTAAAATAAATAATTGCTC
434 GAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTC
*
126994 AAATAGTTATAACGATTTGAACTTGTTCG-TTA-AACA
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*
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1 AGATTTA-TTTTTAAATC---T-CTTATTAATT-T-TTGAAATATT-ATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * * * *
127092 ATT-GGAAATAAGC-TTGTATCAATAAAAAAAATTATTTTATGACGAAACAAAAGGTTATAGCGA
58 ATTATG-AATAA-CTTTATATGAAT-AAAACAATTGTTTTAAGA--AAACAAAAGGTTATAACAA
* * * * * * *
127155 TTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAATTTGTTC-AGTAAATGGATTCAAT
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* * * *
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* * * *** * * * * * * ** *
127283 AGCTTATATTA-ATTGAAACAATTCTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAGA
244 AACTTGTATGATACAAAAACAATTGTTTAATGACAAAACAAAAGATAATAACAATTTAAAATAGA
** * * * * * * * * *
127347 TAATAATTCAAATAGTCATGATTATTTGATCTAGTTCAGTAAATATATTTATTTTTAAAAATTTT
309 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGAAAATAGAATTATTTTT--AAATTTC
* * * * ** * *
127412 TTACTTATTAA-TTGTCAAAGTATTAATAAATTAG---TATTTTAATTCAAATAAACTTATCT-A
372 TTACTTATTAATTTTTGAAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCATATAAGTTTTTATGA
* * * * * * * * * *
127472 AATAGAAATAATTATTTTATAACAGAACAAAAAATTATAA-AGATTTGAAATAAATAATTACTT-
436 ACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACA-ATTTAAAATAGATAATT-GTTC
*
127535 AAATAGTTATAACTATTTGAAC--TAGTTTAATAAA
498 AAATAGTTA-AACTATTTGAACTTTTGTTT-ATAAA
* * * *
127569 TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGTTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAATATTACTTTATT-T
1 -AGATTTA-TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTA-TAAATTAGTATTATTTTATTAT
* * * * * * **
127633 CAAACATAAC-TTATATGAACAAAA-ACATTTTTTTAGGACAAAAGAAAAGGTGATAATGATTTG
63 --GA-ATAACTTTATATGAATAAAACA-ATTGTTTTA--AGAAAACAAAAGGTTATAACAATTTG
* * * * * * *
127696 AAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAATAGAATTATTTTTTA
122 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTA
* * * * *
127761 AATCTTTTACTTATTAAATTTT-GAAATATT-ATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCT
187 AATC--TTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCGAATAAACT
* * * * * * * *
127823 GGTATGAATTCAAAAA-AACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATA
248 TGTATG-ATACAAAAACAA-TTGTTTAATGACAAAACAAAAGATAATAACAATTTAAAATAGATA
* * * * * *
127887 ATTGTTCATATA-TCTTAAATATTTGAACTGGTTTGGTAAAT-GAATTTATTTTTTAATTTTCTT
311 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGAAAATAGAA-TTA-TTTTTAAATTTCTT
* * * * * * * **
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** * ** *** *** * ** *** * *
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* * * *
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* * *** * ** ** * * *
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** * * ** * * ** * * ** * * *
128154 CAAATAAAAGTTAATAACAATTTGAAATAGATAATTATTGACAAGGCCATAA-TTTTTAAACTAA
62 TGAAT--AACTTTATATGAA--TAAAACA-ATTGTT-TTAAGAA-AACAAAAGGTTAT-AAC-AA
* * * * * * * * *
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* ** *
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*** * * * * ***** *
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* * * * * * *** * ** * **
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* * * ** * * * ** * **
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* ** * ** * *
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** * * * ** * * ** *
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*** ** * *
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1 AGAT--TT-ATTT-T--TAAATC---TCTT-ATTAAT-TTTTGAAATATTATAAATTAGTAT---
* * ** *
128721 CATAATTATT-TG---AAC-CAATGTG-AT-AAACTAATT-TTTTAA-ATCTCAACTTATCAAAT
52 TAT-TTTATTATGAATAACTTTATATGAATAAAAC-AATTGTTTTAAGA----AA---A-CAAA-
* * ** * * * * ** ** *
128777 TTTGTTTCGGATAAACTTTTTTGAATTGAAATAATTGTTTTATAATAAAACA-AA--AGGTCATA
106 --AGGTT---AT-AAC-AATTTGAAAT-AGATAATT-ATTCA-AAT-AGTCATAACTATTTGA-A
* * * * * * * *
128839 CTTATT--TTAAATAGA-TAATTGTTCAAA---TAGTTA-TAACTATTTA-AACTTATTCAGTAA
159 CTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAA-TTTTTAGAA--TATT-AATAA
** * * * * ** * * * ** *
128896 ACAATTTTTTTTTTTAATTTCTAGTTTATTAATTTTTTGAATGTTA-ATAAGTTAGTATTATTTT
220 ATTA-GTATTATTTT-ATTTC--G---AATAA--ACTTGTATGATACA-AA--AACAATT-GTTT
* ** * * ** * *** *
128960 ATTTTCGAATAAGC--ATGTATGAACTGAA-AATATT--ATTTTATAACTAAGCAAA-ATGTCAG
272 AATGAC-AA-AA-CAAAAG-AT-AA-T-AACAAT-TTAAAATAGATAATTGTTCAAATA-GTCAT
* * * *** ** * * * **
129019 AACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACACATT
328 AACTATTTGAACT-GGT--TTA-GAAAATAGAATT-A-T-TTTTAAAT--TTC--T-TACTTATT
* * * * ** * * ** * *
129084 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATT-TTAGAATATTGTTAAAT-TAGCAATATTT-T--AC
381 AATTTTTGAAA-----TA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCATATA--AGTTTTTATGAAC
* * * * *
129144 T---TCTAATGAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTACGA-CAAAACAAAGATCATAACAGT
438 TAAAAC-AAT-TG-TTTTATG-ACA-AAACAA--A----A-GATCATAAC--A-AT-TTAA-A--
* * *
129205 TTGTGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA--TTGGTTCGATAAAA
484 -----ATAGATAATTGTTCAAATAGTTA-AACTATTTGAACTTTTGTT-TAT-AAA
* * * *
129259 AGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTAATTTTTG-AA-A-TA-AAATTAGCATTATTTTATTCTAA
1 AGATTTA-TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTATAAATTAGTATTATTTTATTATGA
* * * * * * * *
129320 ATAATTTTGTATAAATGGAAACAATTGTTTTACGACAAACAAAATGCTATAATAATTTGAAATAG
65 ATAACTTTATATGAAT-AAAACAATTGTTTTAAGA-AAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAG
* * * * * *
129385 ATAA-TAGTTCAAATAGACATGACTATTTGAACCTAT-TTAG-TGAACAAATTTTATTTTTTTAA
128 ATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CT-TGTTCGATAAATAGA-TTTA-TTTTTTAA
* * * *
129447 ATCTCCAACTTATTCATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTCCAATAAACTTGT
188 ATCT--TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGT
* * * * ** * *
129512 ATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGT
251 ATGATACAAAAACAATTGTTTAATGACAAAACAAAAGATAATAACAATTTAAAATAGATAATTGT
* * ** * *
129576 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCGGTAAATAGATTTATTTTTAAAATCTT-TTACTTA
316 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGAAAATAGAATTATTTTT-AAAT-TTCTTACTTA
* * * * * * * * *
129640 TTAATTATTGGAATTTTAATAAATTAGTACTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAACAAAAAT
379 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCATATAAGTTTTTATGAACTAAAAC
* * * * * *
129705 AATTGGTTTATGACCAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAACAGATAAGTGTTCAAATAGTTATA
444 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTA-A
* * * * *
129770 ACTATATGAA--TGTATTCAAAAA
508 ACTATTTGAACTTTTGTTTATAAA
* *
129792 ATGGATTTATTTTTTAAATTTTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTT
1 A--GATTTA-TTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATT-ATAAA-TTAGTATTATTTT
* * ** * * ***
129856 ATTCA-AAATAAGTTTGCATGAA-AAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGC
58 ATT-ATGAATAACTTTATATGAATAA-AA-CAATTGTTTTA--AGAAAACAAAAGGTTATAACAA
* * * * * * *
129919 TTTGAAATAGGTAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAA-TATGTTTGGTAAACAGATTCATT
118 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGATAAATAGATTTATT
* * * * *
129983 TTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
182 TTTTAA--ATCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
* * * * * * * * * ** ** *
130048 GCTTATTTGA-A-ATGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGGAATAGT
245 ACTTGTATGATACA-AAAACAATTGTTTAATGACAAAACAAAAGATAATAACAATTTAAAATAGA
* * * * * * * *
130111 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAATCTT-T
309 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGAAAATAGAATTATTTTTAAAT-TTCT
* * ** * * * ** * *
130175 TACTAATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-ATCTAAATAACCTTGTATGTA
373 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-ATATAAGTTTTTATGAA
* * * * *
130239 -TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAACATTTTGAAATAAATAATTGTTCGA
437 CTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAA
* *
130302 ATAGTCATAA-TGTTTGAAC--TTGTTTGATAAA
500 ATAGTTA-AACTATTTGAACTTTTGTTT-ATAAA
* * * *** *
130333 CAAATTTATTTTTTAAGTCTTTTACTTATTAATTGTCCTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTA
1 -AGATTTA-TTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATT-ATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * *
130398 TTCA-AAATAAGC-TTATATGAATAGAACAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCGAT
59 TT-ATGAATAA-CTTTATATGAATAAAAC-AATTGTTTTA--AGAAAACAAAAGGTTATAACAAT
* * * * * * * *
130461 ATCAAATAGATAATT-TTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCAATAAACATATTCATTTT
119 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTT
* * * * *
130525 TTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT-GATGTTATTTTGTTTCAAATAAA
184 TTAAA--TCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTCGAATAAA
* ** * * * * * * **
130589 -TATATATGA-ACTGAAGCAATTCTTTTATGACAAAACATAAGGTCATAATGATTGT--AATAGG
246 CT-TGTATGATACAAAAACAATTGTTTAATGACAAAACAAAAGATAATAACAATT-TAAAATA-G
* * * * * * * * *
130650 A-AATTATTCAAGTAGTCATGACTATTTGATCTCGTTTGGTAAACA-TATCTATTTTTAAAAATT
308 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGAAAATAGAAT-TATTTTT--AAATT
* ** * * * * *
130713 T-TTGACTTATTAATTATCAAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTA-ATCTAAATAAGCTTGTA
370 TCTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-ATATAAGTTTTTA
* * *** ** * * * *
130776 TTAA-TAGAAACAATTGTTTTATAATTGAACAAAA-AGTCATAATGACTTGAAACAAATAATT-T
433 TGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACAATTTAAAATAGATAATTGT
* * * *
130838 GTCAAATAGTCATAATTATTTTAA--TTAGTTTGATAAA
496 -TCAAATAGTTA-AACTATTTGAACTTTTGTTT-ATAAA
* * * * * *
130875 TAGATTTATTTCTAAATATCCTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTCTG
1 -AGATTTATTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATT-ATAAATTAGTATTATTTTATTATG
* * * * * * * * *
130940 AACAAAC-TTATATAAAGAAAAACATTTGTTGTATGACAAACTAAATGGTCATAACGATTTGAAA
64 AA-TAACTTTATATGAA-TAAAACAATTGTTTTAAGA-AAAC-AAAAGGTTATAACAATTTGAAA
* * * * * * **
131004 TAAATAATTATTC-AATAGTCATAATTATTAGAACTTGTTAGGTAAACAGAAATATTATTTTAAA
125 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATT-TTTTAAA
* * * * **
131068 TCTCTTGCTTATTAA-TTTT-GAAGTATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTTGAATAAGCTAA
189 --TCTTACTTATTAATTTTTAGAA-TATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTG
** * * * * *
131130 TATGA-ATTGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACATTTTGAAATAGATAATT
250 TATGATA-CAAAAACAATTGTTTAATGACAAAACAAAAGATAATAACAATTTAAAATAGATAATT
* * * * * * ** * * **
131192 -TTCATGATTAGTCTTGAAAATATTTAAACTGGTTTGGGCAAGCA-AATTA-TTTCAACTCCCTT
314 GTTCA--AATAGTCAT--AACTATTTGAACTGGTTT-AGAAAATAGAATTATTTTTAAATTTCTT
* * * * * * *
131254 AGTTAATAGTTATTTTTGGAATATTATTAAATATCAGTATTCA-CTTATTTTGA-ATAAGAGCTT
374 ACTT-AT--TAATTTTTGAAATATTAATAAAT-T-AGTATT-ATTTTA-TTTCATAT-A-AGTTT
* * * ** * * * * * * *
131317 GT-TGAAACAAAAATAATTGTTTTATGGTAGAA-AAAAGGT-TTAACAA-TTGAAGTATACAATT
430 TTATG-AACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTAAAATAGATAATT
* * * *
131378 ATTCAAATAGTCATAAATTATTT-AA-ATTGGTTTAGTAAAA
494 GTTCAAATAGT--TAAACTATTTGAACTTTTGTTTA-T-AAA
* * ** * * *
131418 TAAATTTATTTTTTAAATATCTTATTAATTTAAAAGATGATAATTCATATTATTTTCTACATAAT
1 -AGATTTA-TTTTTAAATCTCTTATTAATTT--TTGA-AAT-ATT-ATA--A--AT-TA-GT-AT
* * * * * *
131483 TAAATTATT-TTATCCAACTAAGCTTGA-ATG-ATCAAAAACATTTGTTATATGACCAAAAAAAA
52 T--ATT-TTATTAT-GAA-TAA-CTTTATATGAAT--AAAACAATTGTTTTAAGA--AAACAAAA
* * ** * * * * * * *
131545 AGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAAT-GACCATAATTATTTTAA-ATGATAT-GGT
107 GGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTG-T-TCGAT
* * * * ** *
131607 AAACAGATTCACTTTTTAAATCACTAACTTATTAATTTTTTTAATATTAATAAATTTGTATTATT
169 AAATAGATTTATTTTTTAAAT--CTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * ** * * * *
131672 TTATTTTGATTAAGCTTGTATGA-ACTAAAATGATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAACA
232 TTATTTCGAATAAACTTGTATGATACAAAAACAATTGTTTAATGACAAAACAAAAGATAATAACA
* * * ** * * * * * ** * * *
131736 ATTTGAAATAGATAATTATTTATGTAGTCTTAATTATTTGAATTGCTTCACCAAACAGATTTTTT
297 ATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGAAAATAGAATTATT
* * * * *
131801 TTTAAAATTTCTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTACTAAATTAGTATTAATTTATTCTGA-ATA
362 TTT-AAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCATATA
* * * * * * * * * * * ** * *
131865 AGCTTGTATGAATTGATACAATTATTTTATAATAGAACAAAAGCTTATAATGATTTGAAATAGGT
425 AGTTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTAAAATAGAT
* * *
131930 AATTATTCAAATAG--AAACTA---GTAC---AG--TA-AACA
490 AATTGTTCAAATAGTTAAACTATTTGAACTTTTGTTTATAA-A
*
131962 A-ATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTAT
1 AGATTTA-TTTTTAAA---TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATT-ATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * **
132026 TCTGAATAGGCTTGTATGATG-A-AAAATAATTTTTTTATGAAAA-AAAAAGTTCGTAATGATTT
60 TATGAATA-ACTT-TAT-ATGAATAAAACAATTGTTTTAAGAAAACAAAAGGTT-ATAACAATTT
* * * * ** * * ***
132088 GAAATAG-TAATTGTTGAAATGGTCATAATTATTTGAACTAATTCGGTAAAAAGATTCCCTTTTT
121 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTT
* * * * **
132152 AAAGCACTTACTTATTAGTTTTTGGAATATTAATAAATTATTA-T-TTTTATTTCGAATAAGTTT
186 AAA--TCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTT
*** * * * * ** * * *
132215 GTATGA-ATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATATACAATT
249 GTATGATACAAAAACAATTGTTTAATGACAAAACAAAAGATAATAACAATTTAAAATAGATAATT
* * * * *
132279 GTTCAAATAGTCGTAACTATTTGAATTTGTTCAAGAATAAT--AATTATTTTCTTAAATCTCTTA
314 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTT-TAGAA-AATAGAATTA-TTT-TTAAATTTCTTA
*** ** * *
132342 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAACCTCTTATGAACTG
375 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCATATAAGTTTTTATGAACTA
* * ** **
132407 AAACAATCGTTTTATCATC-AAAC-AAAGATCATAATGATTTTCAATA-AGTAATTGTTCAAATA
440 AAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGATCATAACAATTTAAAATAGA-TAATTGTTCAAATA
* * * * * *
132469 GTCATAACTAGTT-AA-GTTTATTCAGCAAA
503 GTTA-AACTATTTGAACTTTTGTTTA-TAAA
** * * *
132498 CAGATTTATTTTTTTAAATCTCAGGCTTATTAATTTTCCAAATGTTAATATATTAGGATTATTTT
1 -AGATTTA--TTTTTAAATCT----CTTATTAATTTTTGAAATATT-ATAAATTAGTATTATTTT
*** * * * * * * * *
132563 ATTCCAAATAAAC-TTGTATGATATGAAACAAATATTTTATGACTAAA-AAAAGATCAGAACAAT
58 ATTATGAAT-AACTTTATATGA-ATAAAACAATTGTTTTAAGA--AAACAAAAGGTTATAACAAT
* * ** *** *
132626 TTGAAATAGATGATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACCAATTCGACAAAT-GTATTTATTT
119 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAG-ATTTATTT
* *
132690 TTTAAATC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT-GATATTATTTT-TTT--AATAAGC
183 TTTAAATCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTCGAATAAAC
* * * * * ** * *
132749 TTGGATGAT-CATAAACAATTGTTT--T-----ATC-AAAGGTTATAATGATTTGAAATAGGTAA
247 TTGTATGATACAAAAACAATTGTTTAATGACAAAACAAAAGATAATAACAATTTAAAATAGATAA
* * * * * * * *
132805 TTATTCAAA-AGGTCATAAATATTTTAACTGATTTGGTAAACA-AATTTATTTTTATATCTT-TT
312 TTGTTCAAATA-GTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGAAAATAGAA-TTATTTTTAAAT-TTCTT
* * * * * *
132867 ACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATAGTATTTTA-TTCTGTATAAGCTTTTATTAAC
374 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-ATATAAGTTTTTATGAAC
* * ** * *
132931 TGAAACAATTGTTTTATGA-AAAGCAAAATTTCATAACAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATA
438 TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATA
* *
132995 GTAATAACTATTTGAAC--TTGTTCAGTAAA
503 GTTA-AACTATTTGAACTTTTGTTTA-TAAA
* * *
133024 TA-ATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATATTTTTAAATTTTAATAAATTAGTATTAATT
1 -AGATTTA--TTTTTAAA--TC--TCTTATTAAT-TTTTGAAATATT-ATAAATTAGTATTATTT
* * * * * * * * * * *
133088 TATTCTAAATAGC-TTGT-TGAATAGAAATAATTATTTTACGACTAAAAAAAAAGTTAGAATAAT
57 TATTATGAATAACTTTATATGAATA-AAACAATTGTTTTAAGA--AAACAAAAGGTTATAACAAT
* * * * * *
133151 TTGAAATAGATAATTATTCTAATTGTCTTAACCATATGAA-TTGGTTC-AGTAAACA-ATTTTAT
119 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGA-TAAATAGA-TTTAT
* * * * *
133213 TTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTTA-AATATTATTAAATTTGTATTATTTTAATCCAAAT
181 TTTTT-AA-ATCTTACTTATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
* * * * * ** *
133277 AAGCTTCTATGA-AC-AAAA-AATTATTTTATGACAATACAAAA-AGTAATAATGATTTAAAATT
243 AAACTTGTATGATACAAAAACAATTGTTTAATGACAAAACAAAAGA-TAATAACAATTTAAAATA
* * * * * ** *
133338 GATAATCGATCATATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCTTAG---AT-TTATT-TTTTTAATTT
307 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGG-T-TTAGAAAATAGAATTATTTTTAAATT
* * * ** **
133398 TCTTGA-TTATTAAGTTTT-AAAGTATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAAATAGT
370 TCTT-ACTTATTAATTTTTGAAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCATATAAGTTTTT
* * * * * * * *
133460 ATGAA-TAGAACCAATTGTTTGATGATAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTAT
432 ATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTAAAATAGATAATTGT
* * ** *
133524 TCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGAT-TTGATAAA
496 TCAAATAGT-TAAACTATTTGAACTTTTGTTTATAAA
* * * * * **
133560 CAGATTTACATTTTAAATCAACTGACTACTTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTGCTATTTTATT
1 -AGATTTA-TTTTTAAATC-TCTTATTAATTTT-TGAAATATT-ATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * *
133624 TTGAACAAAC-TTATGTGAACAAAAACAATTGTTTTAAGATAAAACAAAAAGTAATAA-AGATTT
61 ATGAA-TAACTTTATATGAA-TAAAACAATTGTTTTAAG--AAAACAAAAGGTTATAACA-ATTT
* * * * * *
133687 GAAATAGATAATTGTTCCAAATA-TTATAATTATTTGAACTAGTTCGTTAAATAGAATTATTTTT
121 GAAATAGATAATTATT-CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTT
* * * * * *
133751 TAAATCTCTTATTTATAAAATTTT-GAAATATTAAGAAATTAGTTTTATTTTATTCCGAATAAAC
185 TAAA--TCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAC
* * * * * *
133815 TTATAT--TAGCTAAAAGAATTGTTTTATGACAAAA-AAAATGGTCATAACAATTTAAAATAGAT
247 TTGTATGATA-CAAAAACAATTGTTTAATGACAAAACAAAA-GATAATAACAATTTAAAATAGAT
* * * * * * * * *
133877 AATTGTTCATATATTCTTAACTGTTTAAACTGGTTTAGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
310 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGAAAATAGAATTA-TTTTTAAATTTCTT
* * * * ** * * * ** *
133942 AGTCATGAAATTTCAAAATATTATTAAATGAGTATTATTTTATTCCA-ATAAACTTGTATGAAC-
374 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCATATAAGTTTTTATGAACT
* * * * * *
134005 AGAAATAATTTTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAATAATTTGAAAA-AGATAATTGTTCAAAT
439 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTT-AAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * *
134069 TGTCATAACTATTTAAAC--TAGTTCGATAAA
502 AGTTA-AACTATTTGAACTTTTGTT-TATAAA
* * *
134099 CA-ACTTTATTTTTTTAAATCTCGTACTAATTCTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 -AGA-TTTA--TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATT-ATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * ** *
134162 TTAAATAAGCTTGTATGTTG-A-AAAACAATTGTTTTATGATATTACAAAAGGAGATAACTATTT
61 ATGAATAA-CTT-TAT-ATGAATAAAACAATTGTTTTAAGA-A-AACAAAAGGTTATAACAATTT
* * * * * *
134225 AAAATAGATAATTATTTAAATGGCCATAATTATTTGAACTAAT-TTCG-TAAATTGATTTATTTT
121 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT--TGTTCGATAAATAGATTTA-TTT
* * * * * * * * * * *
134288 TTTAAATTAGTTACTTATAAATTTTCAAAATACTAATAAAATAGTGTTATTTTGTTTTGGATAAG
183 TTTAAA-T-CTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAA
* ** * * * ** *
134353 CTTTTATGAGT--TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTTAAATAGAT
246 CTTGTATGA-TACAAAAACAATTGTTTAATGACAAAACAAAAGATAATAACAATTTAAAATAGAT
* * * * * * *
134416 AATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTT-GATAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTC
310 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGA-AAATAGAATTA-TTTTT-AAATTTC
* * * * * *
134480 TTGCTTATTAATTTTTG-AAT-TTAATAAATTACTATTATTTCA-TTCTAAATAAGGTTGTATGA
372 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-ATATAAGTTTTTATGA
* * * ** * * * * * * * *
134542 ATTGAAACAATTATTTTATGAGTAAACAAAAGGTTAGAATAATTTCACATAGATAATTATTCTAA
436 ACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * *
134607 TAGTCTTAACCATTTGAA--TTTATTTAGCAAA
501 TAGT-TAAACTATTTGAACTTTTGTTTA-TAAA
* *
134638 CAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAATTAGTATTATTTT-T
1 -AGATTTA-TTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * **
134702 CTCTGAATAAGC-TTGTATG-ATCAAAAATAATT-TTTTATGACAAAACCAAAA--TCATAATGA
60 -TATGAATAA-CTTTATATGAAT--AAAACAATTGTTTTA--AGAAAA-CAAAAGGTTATAACAA
* * * * * ** * * * * *
134762 TTTGAGATTGATATTTGTTCAAATGGTTGTAACTATTTGAA-TTGTTTTGGA-AAACAAATTCAA
118 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG--TTCGATAAATAGATTTAT
* * * *
134825 TTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTT-GAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTT-TAGA
181 TTTTTAAA--TCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-A
* * * ** * * * * *
134888 TAAATTTTTAT-AAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-TTTTTAAATA
242 TAAACTTGTATGATACAAAAACAATTGTTTAATGACAAAACAAAAGATAATAACAATTTAAAATA
* * * * ** * * *
134951 GATAATTATGCAATTAGTCATATCTATTTGATTTCGTTT-G---ATA-AA-CA----T--A---G
307 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGAAAATAGAATTATTTTTAAATTTC
* * * * * *
135001 TTA-TT-TT--TTTAT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAGGCTTGTATGAG
372 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCATATAAGTTTTTATGAA
** * ** * *
135061 GAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
437 CTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * *
135126 GGCTACAATTATTTGAA---TTGATTCGATAAA
502 AGTTA-AACTATTTGAACTTTTG-TT-TATAAA
* * * *
135156 CTA-ATTTATGTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTAAAATATTACTAAAGTAATATTATTTT
1 --AGATTTAT-TTTTAAA--TCT--CTTATTAATTTTTGAAATATTA-TAAATTAGTATTATTTT
* * * * * * * *
135220 ATT-TCAGATAAGTTTTTGTGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAATGTCATAACAAT
58 ATTATGA-ATAACTTTATATGAA-TAAAACAATTGTTTTA--AGAAAACAAAAGGTTATAACAAT
* * * * *
135284 TTTAAATAGAAAATTATTCAAATAGTTAAAACTATTTGAACTTGTT-TAGTAAATA-A-TT-TTT
119 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAATAGATTTATTT
* * * * *
135345 TTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCGAATAAG
183 TTTAAA--TCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAA
* *** * * * ** *
135410 CATGTATGA-ATTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAA-AGTCAA-AATGATTTGAAATAGA
246 CTTGTATGATACAAAAACAATTGTTTAATGACAAAACAAAAGA-T-AATAACAATTTAAAATAGA
* * * * *
135472 TAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTT-GACAAACACAATTATTTTTTAAATCT-
309 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGA-AAATAGAATTA-TTTTTAAATTTC
* * * * * * *
135535 TTACTTATTAATTTTTAGAAA-ATTATTAATTTAGTAGTATTTTACTCTGA-ATAAATTTGTATG
372 TTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCATATAAGTTTTTATG
* * * * ** * * * *
135598 AACTGAAACAAATGTTTTAGGATAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATAAAGAATTGTTCAA
435 AACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * *
135662 ATAATCATATCTATTTGAA--TTGGTTCTGTAAA
500 ATAGTTA-AACTATTTGAACTTTTGTT-TATAAA
* *
135694 GAGATTTAGTTTTTAAATC-CTTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTATTATTATTTTATTT
1 -AGATTTA-TTTTTAAATCTC-TTATTAATTTTTGAAATA-TTATAAATTAGTATTATTTTA--T
* * * *
135758 TAAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAACATAACCAATTGTTTTATGAAA
60 T--AT-GA---ATA--A----CTTT---AT-A---TGAAT--A-A-AA-CAATTGTTTTA--AGA
* * * * * * * *
135823 AAACAAGAGGTCATAATATTTTGTAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
99 AAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* * *
135888 TC-AGTAAACAGATTTTTTTTTTAATTCTCTTACTCT-TTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTA
164 TCGA-TAAATAGATTTATTTTTTAA--ATCTTACT-TATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTA
* * * ** * * *
135950 GTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGA-ACTGAAACAATTATTTTATTACAAAAC-AAAG-
224 GTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGATACAAAAACAATTGTTTAATGACAAAACAAAAGA
** * * *
136012 ---CCAC-A--T----TA-AT--TTG---AAATAGTTATGACTATTTGAACCT-GTTCA-ATAAA
289 TAATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGGTTTAGA-AAA
* * * ** * *
136059 CATATTTATTTTTTTGATCTT-TTACTTATT-ATTTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTACTT
352 TAGAATTA-TTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTA-TT
* * * * * *
136122 TAATTTGA-ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATAGTTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAACA
413 TTATTTCATATAAGTTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACA
* * * * * * *
136185 ATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAATCATAACAATTTGAAC--TTGTTCAATAAA
477 ATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTA-AACTATTTGAACTTTTGTT-TATAAA
* *
136240 TAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATCAATAAATTTA-TATTATT
1 -AGATTTA-TTTTT-AA-A-TCT-CTTATTAATT-T-TTGAAATAT-TATAAA-TTAGTATTATT
* * * * ** * *
136302 GTATT-TAAAATAAGC-TTGTATGAATGGAAAAAAATCATTTTACGAGAAATCAAAAAGGTTAGA
56 TTATTAT-GAATAA-CTTTATATGAAT--AAAACAATTGTTTTA--AGAAAAC-AAAAGGTTATA
*** ** * * * * *
136365 GTGATTACAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAATAGATTC
114 ACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATT-
* * * * * * *
136430 T-TTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATGTTCATAATATTGATAACA-TAGTATTATTTCATTTCA
178 TATTTTTTAAA--TCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTCG
* * ** * * * * ** *
136493 AATAAGCTTATATGA-ACTGAAATAATT-TTTTATGACAAAATAAAAGGA-CATAATGATTTGAA
240 AATAAACTTGTATGATACAAAAACAATTGTTTAATGACAAAACAAAA-GATAATAACAATTTAAA
* * * * * * * * *
136555 ATAGATAATTATTCAAATAATCATGACTATTTGATCTAGTTCAGTAAACA-CATTCATTTTTAAA
304 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGAAAATAGAATT-ATTTTT-AA
* * * ** * * *
136619 ATTTTTTACTTATTAACTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGA-ATAAGCTTG
367 ATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-ATATAAGTTTT
* * * * * * *
136683 TATGAA--AGAAACTATTCTTTTATGATAAAACAAAA-AGTTATAACGATTTGAAATAAATAATT
431 TATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACAATTTAAAATAGATAATT
* *
136745 GCTT-AAATAGTCATAACTATTTGAAC--TTGTTCTGTAAA
494 G-TTCAAATAGTTA-AACTATTTGAACTTTTGTT-TATAAA
* * * * *
136783 CA-ATTTTTTTTTAATTTTTTTACTTTTTAATTTTTGAAATACTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 -AGATTTATTTTTAA---ATCT-CTTATTAATTTTTGAAATA-TTATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * *
136847 T-TCAAATAAGC-TTATATGAACTGAAACAATTATTTTATTACAAAACAAAA-G---TCAC-A--
60 TAT-GAATAA-CTTTATATGAA-TAAAACAATTGTTTTA--AGAAAACAAAAGGTTATAACAATT
* * * *** * * *
136903 T----T-G---A-T-TTGAAATAGTTATCACTATTTGAACCCATTCGACAAACATATTTATTTTT
120 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTT
* * * * * * * * * *
136958 T-TATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTACTTTAATCCAAATAAGCT
185 TAAATC--TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACT
* * * * * *
137022 TGTATGA-ACAAAAATAATAGTTTTATGACAAAA-AAAAG-TCATAACAATTTGAAATAAATAAT
248 TGTATGATACAAAAACAATTGTTTAATGACAAAACAAAAGATAATAACAATTTAAAATAGATAAT
* * * * * * *
137084 TGTTCAAATAATCATAACGATTTGAATTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTAC
313 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGAAAATAGAATTA-TTTTTAAAT-TTCTTAC
* * *
137148 TTATT-ATTGTCTT--AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAAT
376 TTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCATATAAG-TT-T-T-TAT
* * ** * * * * *** * * *
137209 GAA-AAAAAAAATCATTTTATGAGAAATCAAAA-AGTTAGAGTGA-TGACAAATATATAATTATT
434 GAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACAATTTA-AAATAGATAATTGTT
* * * *
137271 CAAATAGTCAAATTATTTAAAC--TTGTTCGATAAA
497 CAAATAGTTAAACTATTTGAACTTTTGTT-TATAAA
* *
137305 CAGATTCATTTATTAAATCTCTTAATTATTAATGTTCTCTTAATTATTAATGTTCATAATATCAA
1 -AGATTTATTT-TTAAATCTC----TTATTAAT-TT-T-TGAA--A-T-A--TT-ATAA-AT---
* * * * * * *
137370 TAACATGGTATTATTTCATT-TCAAGTAAGC-TTACATGAACTGAAATAATTTTTTTATGATAAA
46 T---A--GTATTATTTTATTATGAA-TAA-CTTTATATGAA-TAAAACAATTGTTTTA--AGAAA
* ** * *
137433 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATTATTCAAATAGTCA-AGACTATTTG-ATTTAGT
101 ACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAACTT-GT
* * * * * *
137496 TC-AGTAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGTGAAAATATTAATAAATTAGT
164 TCGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAA--TCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGT
* ** * * *
137560 ATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGA-A-AGCAACTATTGTTTTATGATAAAACAAAA-AG
226 ATTATTTT-ATTTCGAATAAACTTGTATGATACAAAAACAATTGTTTAATGACAAAACAAAAGA-
* * * * *
137621 TCATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTT-GATAAA
289 TAATAACAATTTAAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGA-AAA
* * * * *
137684 TGGATTTATTTTTTAAATTTCTTAC----TAATTTTTGAAATATTAATAGATTAATATTTTTTTA
352 TAGAATTA-TTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * ** * * * * * *
137745 TTCTGA-ACAAACTTATATGAGCAAAAACATTTATTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAA-AGAT
416 TT-TCATATAAGTTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACA-AT
* * * * *
137807 TTGAAATAAATAAGTT-TTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTACTTG--GATAAA
479 TTAAAATAGATAA-TTGTTCAAATAGTTA-AACTATTTGAACT-TTTGTTTATAAA
* * *
137860 CAGAATTATATTCTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTGATAAATTCA-TTTTATTTT
1 -AGATTTAT-TTTTAAATCTC----TTATTAATTTTTGAAATATT-ATAAATT-AGTATTATTTT
*** * * * * *
137924 ATTCCAAATAAGC--TACTACGAATTGAAAA-AATTGTTTCATGATAAAACAAAAGGTCATAATA
58 ATTATGAATAA-CTTTA-TATGAA-T-AAAACAATTGTTT--TAAGAAAACAAAAGGTTATAACA
* * * * * * *
137986 ATTTGAAATTGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTC-AAAAAGTAAATTTAT
117 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAA-TAGATTTA-
* * * * * * * *
138050 TTTTTTGAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTGTTTCAAAT
180 TTTTTT-AA-ATCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
** * * * * ** * * * * *
138115 AGGCTTGTATGA-ATAGAAATAATTGTTTTATGA-TGAACAAAAGGTTACAA-AGATTTGAAGT-
243 AAACTTGTATGATACAAAAACAATTGTTTAATGACAAAACAAAAGATAATAACA-ATTTAAAATA
* * * * * * *
138176 G-TACGATTATTCAAATAGTCATAGCTATTTGAAGT-GATTCGATAAACAGATTTATGTTTTAAA
307 GATA--ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGA-AAATAGAATTAT-TTTTAAA
* * * * * *
138239 --TC-T-CTCATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGA-ATAAGCTTGT
368 TTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCATATAAGTTTTT
* * * * * * * *
138299 ATGATA-AAAAACCAATTGTTATATGACTAAACAAAA-AGCAATAACTATTTGAAATTGATATTT
432 ATGA-ACTAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATC-ATAACAATTTAAAATAGATAATT
* * * ** * * *
138362 ATTGAAATGGCCATAATTATTTGAA-TTAAT-TTGATAAA
494 GTTCAAATAGTTA-AACTATTTGAACTT-TTGTTTATAAA
* *
138400 TAGATTCATGTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAAAAATTTAGTATTATTTT
1 -AGATTTAT-TTTTAAAT--C-T-CTTATTAATTTTTGA-AATATTATAAA-TTAGTATTATTTT
* * * * * * **
138464 ATTTTGAATAAGCATGTATA--AACTGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
58 ATTATGAATAA-C-TTTATATGAA-TAAAACAATTG-TTT-TAAGAAAACAAAAGGTTATAACAA
* * * ** * * * *
138527 TTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTTGTAACTATTTGAATTTGTTCGATAAACAAATTTATCT
118 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTT
* * * * *
138592 TTTAAACTCTTGCCTATTAATTTTT-GAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAA
183 TTTAAA-TCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAA
* ** * * * * ** * * *
138656 CTTTTATGA-ACTGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTATATAAATA
246 CTTGTATGATACAAAAACAATTGTTTAATGACAAAACAAAAGATAATAACAATTTAAAATAGATA
* ** * ** * ** ** *
138720 ATTGTTCAAAAAGTTTTAACTATTGGAACTTATTTGGTTAACGGATTTATTTTTTTAAATCTT-T
311 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGAAAATAGAATTA--TTTTTAAAT-TTCT
* * * * * * * * * *
138784 TGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTTGGATTATTGTATTTTGA-ATATGCTTGTAAGA
373 TACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCATATAAGTTTTTATGA
* * * * ** * * *
138847 TA-TAAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAGGATCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCTA
436 -ACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAA
* * * ** *
138911 ATATTTTTAACTAATTGAACTGGTTTG-GCA-AAC
500 ATA-GTTAAACTATTTGAACT--TTTGTTTATAAA
* * * *
138944 ACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTCATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACT
1 AGATTTA-TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTA-TAAATTAGTATTATTTTATTA-T
* * * * * * * **
139008 GAAAAAGC-TTCTATGATTAGAAACAATTATTTTATGACAAA-ACAAAGTTTTTAATGATTT-AA
63 GAATAA-CTTTATATGAATA-AAACAATTGTTTTAAGA-AAACA-AAAGGTTATAACAATTTGAA
* * * * *
139070 GATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAATAGATTTATTGTTTAA
124 -ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAA
139135 ATCTGTTACTTATTAATTTTT
188 ATC--TTACTTATTAATTTTT
139156 TAAATATGAT
Statistics
Matches: 10767, Mismatches: 2371, Indels: 2290
0.70 0.15 0.15
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (531 bp):
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TAACTTTATATGAATAAAACAATTGTTTTAAGAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATA
ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTACT
TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGATACAAA
AACAATTGTTTAATGACAAAACAAAAGATAATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
ATAACTATTTGAACTGGTTTAGAAAATAGAATTATTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAA
ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCATATAAGTTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATG
ACAAAACAAAAGATCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTAAACTATTTGAACTT
TTGTTTATAAA
Found at i:126423 original size:180 final size:177
Alignment explanation
Indices: 124334--134981 Score: 3770
Period size: 181 Copynumber: 58.9 Consensus size: 177
124324 GCTCAATAAT
* * * * *
124334 TAGATTTATTTTT-AAT-TTTCTTCGTTATTAAGTTCTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTT
1 TAGATTTATTTTTAAATCTTT-TAC-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* ** * ** * * * *
124397 ATTAT-AAATAAAATAGTATGAGCAGAACCAATTGTTTGATGACAAAA-TAAA-GTTATAACGAT
64 -TT-TCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * * * * * * *
124459 TTGAAATAGATAACTATTTAAACAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGTTAAG
126 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTGGTAAA
* * * *
124512 TAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTA
1 TAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-
* * * * * * * * * * * * *
124577 TTTCAAACAAACTTATGTTAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTAATAATGACTT
64 TTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * * * * *
124642 AAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTGAGCTAGTTCAGTAAA
128 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-GGTAAA
* * * * *
124693 TAGAATTATTTTCTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTA
1 TAGATTTATTTT-TAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT-TT
* * * * * * * *
124758 TTCCAAATAAGGTTGTATGAGTTGAAATAATTATTTT-TGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTT
64 TTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * * * * * *
124822 AAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTAATTGAACTGGTT--CAACA
128 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTGGTAA-A
* * *
124871 AACGAATTTATTATTTAAATC---T-CTTATTAATTTTT-AGAATATTACTAAATTATTATTATT
1 TA-G-ATTTATT-TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * * *
124931 TAATTAT-GAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAGAGGTTATAACA
62 T--TTTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * **
124995 ATTTGAAATAGATATTTGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAA
124 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-GGTAAA
* * *
125050 TAGATAT-TTTTTAAA--ATTTA-TTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 TAGATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-T
* * * * * * *
125111 TTTGAATAAGCTTGTATG-TTGAAAAACAATTGTTATATGACAAAACAAAAGCTAATAACAATTT
65 TTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * * * * * * *
125175 AAAATAGATATTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTGACTTTGATAAC
128 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-A-GTTGGTAAA
*
125227 TA-A-TTATGTTTTAAAATC---T-CTTATTAA-TTTT-AAACTATT-ATCAATATAGTATTATT
1 TAGATTTAT-TTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAA-TATTAATAAAT-TAGTATTATT
* * ** * *
125283 TTATTTTG-ATAAGCTTTTTATG-ATCTTAAACAATTTGTTTATGACAAAATAAATTGGTCATAA
62 TT-TTTCGAATAAGC-TTGTATGAAT-AGAAACAATTT-TTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAA
* * *
125346 TGATTTTAAATAGATAATTGTTTCAAAATAGTCATAACTATTT-ACAGCTTGTTGGTATAA
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* * **
125406 CAAATTTATTTTGTCAAATC-TCAAGCTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATT
1 TAGATTTATTTT-T-AAATCTTTTA-CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * ** * *
125469 TTATTCCAAATAAACTTGTTTGAACTA-AAACAATTATTATATGAGTAAACAAAAGGTTAAAACG
62 TT-TTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * **
125533 ATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCTATTTGAACTGATTTGACAAA
124 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACT-AGTTGGTAAA
* * * * *
125589 CACATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGAATTATTTTT
1 TAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTT
* * * * * *
125650 ATCCGAATAAGCTTGTATG-ATAAAAAACAATTGTTTAATGAGAAAAC-AAAGATCATAACGTTT
65 -TTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* * ** * * * * *
125713 TGAGATTGATTTTTGTTCAAATATTCATAACTATTTGAATTGGTTTAGAAAA
127 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTGGTAAA
* * * *
125765 TAGCTTTAGTTTTTAAAT-TTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTGTTTT
1 TAGATTTA-TTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * *
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64 -TTTCGA-ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
* * *
125892 CTTT-ATATAGATAATTGTTCAAATAGTTA-AATCTATTTGAACTTATTAGTTTGATAAGA
125 -TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAAC----TAG-TTGGTAA-A
* * *
125951 -AGACTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTCATAAATTAGTATTTTTTTT
1 TAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTT
* * * * * *
126011 ATTATGAATAA-TTATATATGAATAGAAACAATTGTTTTA-CAGCAAAACAAAATGTCATAACAA
65 -TT-CGAATAAGCT-TGTATGAATAGAAACAATT-TTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACGA
** * * * * *
126074 TTTGAAATAGATAATAATTCAAATAGACATGACTATTTGAACTTGCTCGGTGAA
125 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTGGTAAA
* ***
126128 TAGATTTATTTTTTGAATCTCCAACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
1 TAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * * * * *
126192 ATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAAAAAATGTTTAATGACATAACAAAAGATTATAACAATT
64 -TTTCGAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* *
126257 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTTGGTAAA
127 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTGGTAAA
*
126309 TAGATTTCTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAA-ATTTAATAAATTAGTATTATTTAT
1 TAGATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATA-TTAATAAATTAGTATTATTT-T
* * * * * *
126373 TTTCGAATAAACTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGAAAAAACAAAAAGTCATAATGATTT
64 TTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * * ***
126438 GAAATAGATAATTGCTCAAATATTCATAACTATATGAACGT-GTTCAAAAAA
128 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTT-GGTAAA
* * * * * *
126489 TATATTTATTTTTGAGT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTCA-TATCATTTTA
1 TAGATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTT
* * * * * * * *
126552 TTCAAAATAAACTTGCATCAATAGAACCAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGTTTT
65 TTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* *
126617 GAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCAGTAAA
128 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTT-GGTAAA
* * * * *
126668 TAGATTCT-TTTTCTCATTCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAACAAATTAGTATTATTTT
1 TAGATT-TATTTT-TAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* ** * * * * *
126732 ACTAAGAATAAGCTTATATAAACTA-AAACAACTATTTTATTG-CAAAAGAAAAGGTCATAATGA
64 -TTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAA-TTTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
* ** * *
126795 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGGCTATTTGAACTTATTTAGTAAA
125 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTGGTAAA
* * * * * *
126849 CATATTCATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAACAAATTAATATTATTTTTA
1 TAGATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTT-
* * * * * * *
126914 TCCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTATGACAAAATAAAAGGTGATAA-GAAGTTA
65 TTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG-ATTTG
* * * * * *
126978 AAATAAATAATTGCTCAAATAGTTATAACGATTTGAACTTGTTCGTTAAA
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-GGTAAA
* * * *
127028 CAAATTTATTTTTTAAATCATTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTT
1 TAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * * * *
127091 TATTGGAAATAAGCTTGTATCAATAAAAAAAATTATTTTATGACGAAACAAAAGGTTATAGCGAT
63 TTTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * * * * *
127156 TTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAATTTGTTCAGTAAA
126 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-GGTAAA
* * * * *
127209 TGGATTCAATTTTTAAATCTCTTTA-TTATTAATTTTTGGATTATTAATACATTAGTATTATTTT
1 TAGATT-TATTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * * *
127273 ATTTCAAATAAGCTTATATTAATTGAAACAATTCTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAATGATT
64 -TTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
** * * * *
127338 TGAAATAGATAATAATTCAAATAGTCATGATTATTTGATCTAGTTCAGTAAA
127 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-GGTAAA
* * * *
127390 TATATTTATTTTTAAAAATTTTTTACTTATTAA-TTGTCAAAGTATTAATAAATTAGTA-T-TTT
1 TAGATTTATTTTT--AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAA-TATTAATAAATTAGTATTATTT
** * * * * * * * * ** * *
127452 AATTCAAATAAACTTATCTAAATAGAAATAATTATTTTATAACAGAACAAAAAATTATAAAGATT
63 TTTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* * * **
127517 TGAAATAAATAATTACTT-AAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTTAATAAA
127 TGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTGGTAAA
* * * * *
127569 TAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTGTTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAATATTACTTTA
1 TAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTT
* * * * * * * * *
127630 TTTCAAACATAA-CTTATATGAACAAAAACATTTTTTTAGGACAAAAGAAAAGGTGATAATGATT
64 TTTC-GA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* * *
127694 TGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAA
127 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-GGTAAA
* * *
127746 TAGAATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAATTTTGAAATATT-ATAAATTCA-TTTTATTTT
1 TAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTT
* * * * **
127809 ATTCCAAATAAGCTGGTATGAATTCA-AAAAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA
64 -TTTCGAATAAGCTTGTATGAA-T-AGAAACAA-TT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * *
127873 ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATA-TCTTAAATATTTGAACTGGTTTGGTAAA
124 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTGGTAAA
* * * * *
127927 T-GAATTTATTTTTTAATTTTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTAATAGATTAGTATTATTTT
1 TAG-ATTTATTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * ** ** *** **
127991 ATTCCACAAAAGCTTGCATGAACA-AAA-GGTTATAGT-TG---ATTGAATTGGTTCAATAAAC-
64 TTTCGA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGG-TC-AT-AACG
** *** * ** * **
128049 ATTTTTAATTTTTAAATCTCTT-ACTTA-T--TAA-TTTTTGAA--AGATTAATAAA
124 ATTTGAAATAGAT-AAT-TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTGGTAAA
* * ** ** * * **
128099 TTAG-TATTATTTTATTCCAAAAAGCTTGAATGTTCGAAAACAATTGTT-ATATGACCAAATAAA
1 -TAGAT-TTA-TTT-TT----AAATCTT---T-TAC-TTATTAATTTTTGAAAT-A-TTAATAAA
* **** * ** * * *
128162 --AGTTAATAACAATTT-GAA-ATAGATAAT-TATTGACA-AG-GCCATAATTTTTA-AACTAAT
51 TTAG-TATTATTTTTTTCGAATA-AGCT--TGTA-TGA-ATAGAAACA-ATTTTTTATGAC-AAA
* * * * * * * ** * * * *
128219 TCGATAAACAG--ATTCAC-TTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAA--ATTAGT
108 AC-A-AAA-GGTCA-TAACGATTTGAAAT-A--GA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * **
128279 ATTATTTTATTTCAAA
165 ACTA-GTT-GGT-AAA
* *** * ** ** **** * *
128295 TAAGCTTGTATGAACTGAAACAATGGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT--TGAAA-
1 T-AGATT-TAT----TTTTA-AAT--CTTT-T-ACTTATTAATTTTTGA-AA-TATTAAT-AAAT
** * * * * *
128357 TAGATAATTATTCATATAGTCTTAAT-TGCTTGAACT-ATTTCGATAAACAGATTTACTTTTTAA
52 TAG-T-ATTATT--T-TTTTC-GAATAAGCTTGTA-TGA-AT--AGAAACA-A--T--TTTTT--
** * ** *** ** * * * * *
128420 ATCTCTAATTTATTAATTTTCA-AAATATTTTTATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA
100 ATGAC-AA--AACAAAAGGTCATAACGA-TTTGA-AATAG-A-TA-ATT-GTTCAAAT-AG-TCA
*** * ** * * **
128484 TATGAACTAAAACAATTATTTTACAA
154 TAACTATTTGAACTAGT-TGGTA-AA
*** *** * ** * ** **
128510 TAGAACAAAAAGTTATAA-CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGAACTAGTTCAATAAACA
1 TAG-ATTTATTTTTA-AATC-TTTT-ACTTA-TTAATT-TTTGAA-A----TA-TT-AATAAATT
* * ** * **
128574 AAT-TTATTTTTTAAATCACTACGTATTAATTTTTGAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTAT
53 AGTATTA-TTTTT---T---T-CG-AATAA-GCTTG---TATGAATAGAA--ACAATT-TTTTAT
* * *** * * ** *** **
128637 -TCCAAACGGATTTGTATGATGAAAAATAATTGTTTTATGATAA---AACAAA-AGTTCATAA-T
102 GACAAAAC--AAAAG-GTCAT-AACGAT--TTGAAATA-GATAATTGTTCAAATAG-TCATAACT
* * *
128696 GATTTGAAATAAATAATTGT--A
159 -ATTTGAACT-AGT--TGGTAAA
* * * * * * * * * * * * *
128717 TGGCCA-TAATTATTTGAACCAATGTGA-TAAACTAATTTTTTAAAT-CT--CAACTTA-TCA-A
1 TAG--ATTTATT-TTTAAATC--TTTTACT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-ATT
* * * * * * * *
128775 ATTTTGTTTCGGATAAACTTTTTTGAATTGAAATAATTGTTTTATAATAAAACAAAAGGTCAT-A
59 ATTTT-TTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * *
128839 CTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTTA-TTCAGTAAA
122 C-GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTT-GGTAAA
* * * * * * *
128897 CA-ATTTTTTTTTTTAAT-TTCTAGTTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAGTTAGTATTATTT
1 TAGA-TTTATTTTTAAATCTTTTA-CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TT
* * * * * *
128959 TATTTTCGAATAAGCATGTATGAACT-GAAA-ATATTATTTTATAACTAAGCAAAATGTCAGAAC
62 T-TTTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACA-ATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * * *
129022 AATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAA
123 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-GGTAAA
* * * * ** * *
129078 CACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTT-AGAATATTGTTAAATTAGCAATATTTT
1 TAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * *
129142 ACTTCTAATGAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTACGACAAAAC-AAAGATCATAAC-AGT
64 -TTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-T
** * * *
129205 TTGTGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGATAAA
126 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-GGTAAA
* * * *
129258 AAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTACTAATTTTTG-AA-A-T-A-AAATTAGCATTATTTTA
1 TAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTT
* ** * * * * **
129314 TTCTAAATAATTTTGTATAAATGGAAACAATTGTTTTACGAC-AAACAAAATG-CTATAATAATT
65 TTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAACGATT
* * * * * *
129377 TGAAATAGATAATAGTTCAAATAGACATGACTATTTGAACCTATTTAGTGAA
127 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTAGTTGGTAAA
* * *** * *
129429 CAAATTTTATTTTTTTAAATCTCCAACTTATTCATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTGTTATT
1 TAGA-TTTA--TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * *
129493 TTATTTCCAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGA
62 TT-TTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
* * *
129558 TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCGGTAAA
125 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTGGTAAA
* * * *
129612 TAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTATTGGAATTTTAATAAATTAGTACTATTTTA
1 TAGATTTATTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-
* * * * * * * * *
129677 TTCCAAATAAGCTTTTATGAACAAAAATAATTGGTTTATGACCAAACAAAAGGTCATAACAATTT
64 TTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * * * * ***
129742 GAAACAGATAAGTGTTCAAATAGTTATAACTATATGAATGTA-TTCAAAAAA
128 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTAGTT-GGTAAA
* *
129793 TGGATTTATTTTTTAAAT-TTTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTT
1 TAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTT
* * * * * * * *
129856 ATTCAAAATAAGTTTGCATGAAAAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGCTT
64 TTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* *
129921 TGAAATAGGTAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAA-TATGTTTGGTAAA
127 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-G-TTGGTAAA
* * * * * * *
129973 CAGATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTAGTATTATTTTA
1 TAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-
* * * * * *
130038 TTTCAAATAAGCTTATTTGAA-ATGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAATGGTCATAATGATT
64 TTTCGAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* * * * *
130102 TGGAATAGTTAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTTGTTTGGTAAA
127 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTGGTAAA
* * * * ** * **
130154 CATATTTATTTTTAAATCTTTTACTAATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAA
1 TAGATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTT
* * * *
130219 TCTAAATAACCTTGTATGTATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAC-ATTTT
66 TC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTT
* * * * *
130283 GAAATAAATAATTGTTCGAATAGTCATAA-TGTTTGAACTTGTTTGATAAA
128 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTGGTAAA
* * * * *** * *
130333 CAAATTTATTTTTTAAGTCTTTTACTTATTAATTGTCCTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTA
1 TAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTT
* * * * *
130398 TTCAAAATAAGCTTATATGAATAG-AACAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCGATA
65 TTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC-AATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* * * * **
130462 TCAAATAGATAATT-TTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCAATAAA
127 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-GGTAAA
* * * * * * *
130513 CATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT-GATGTTATTTT
1 TAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTT
* * * * * *
130577 GTTTCAAATAA-ATATATATGAACT-GAAGCAATTCTTTTATGACAAAACATAAGGTCATAATGA
64 -TTTCGAATAAGCT-TGTATGAA-TAGAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
* * * * * *
130640 -TTGTAATAGGA-AATTATTCAAGTAGTCATGACTATTTGATCTCGTTTGGTAAA
125 TTTGAAATA-GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTGGTAAA
* * * * ** *
130693 CATATCTATTTTTAAAAAT-TTTTGACTTATTAATTATCAAAATATTAAAAAATTAGTATTATTT
1 TAGATTTATTTTT--AAATCTTTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
** * * * *** * * *
130757 TAATCTAAATAAGCTTGTATTAATAGAAACAATTGTTTTATAATTGAACAAAAAGTCATAATGAC
63 TTTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * * * *
130822 TTGAAACAAATAATT-TGTCAAATAGTCATAATTATTTTAATTAGTTTGATAAA
126 TTGAAATAGATAATTGT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTGGTAAA
* * * * * *
130875 TAGATTTATTTCTAAA---TAT-CCTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTAT
1 TAGATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTT
* * * * *
130936 TCTGAACAAACTTATAT-AA-AGAAAAACATTTGTTGTATGAC-AAACTAAATGGTCATAACGAT
66 TC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA-ATTT-TT-TATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGAT
* * * * *
130998 TTGAAATAAATAATTATTC-AATAGTCATAATTATTAGAACTTGTTAGGTAAA
126 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-GGTAAA
* * * * *
131050 CAGAAATATTA-TTTTAAATCTCTTGCTTATTAA-TTTTGAAGTATTAATAAATTCA-TTTTATT
1 TAG--AT-TTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATT
* ** * *
131112 TTATTTTGAATAAGCTAATATGAATTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAAC-A
62 TT-TTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
* * * * * * *
131175 TTTTGAAATAGATAATT-TTCATGATTAGTCTTGAAAATATTTAAACTGGTTTGGGCAAG
125 -TTTGAAATAGATAATTGTTCA--AATAGTCAT--AACTATTTGAACTAG-TT-GGTAAA
* * * * ** * * * *
131234 CA-AATTA-TTTCAACTCCCTTAGTTAATAGTTATTTTTGGAATATTATTAAATATCAGTATTCA
1 TAGATTTATTTTTAAATCTTTTACTT-AT--TAATTTTTGAAATATTAATAAAT-T-AGTATT-A
* * * * ** * *
131297 CTTATTTT-GAATAAGAGCTTGT-TGAAACAAAAATAATTGTTTTATGGTAGAA-AAAAGGT-TT
60 -TTTTTTTCGAAT-A-AGCTTGTATG-AATAGAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * * * * *
131358 AAC-AATTGAAGTATACAATTATTCAAATAGTCATAAATTATTTAAATTGGTTTAGTAAAA
120 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTAG-TTGGT-AAA
* * * **** * ** *
131418 TAAATTTATTTTTTAAATATCTTA-TTAATTTAAAAGATGATAAT-TCATATTATTTTCTACATA
1 TAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTT-A-TTAATTTTTGA-AATAT--TAATA-AAT-TA-GT-
* * * * * ** *
131481 ATTAAATTATTTT---ATCCAA-CTAAGCT-TGAATGATCAAAAACATTTGTTAT-A-TGACCAA
56 ATT--ATTTTTTTCGAAT--AAGCT-TG-TATGAAT-A-GAAACA-ATTTTTTATGACAAAACAA
**** ** * *** * * * * * * *
131539 AAAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAAT-GACCATAATTATTTTAAAT-GAT
112 AAGGTCA-TAACGAT-TTGAAATAG--ATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTAG-T
131602 ATGGTAAA
171 -TGGTAAA
* * ** * ** *
131610 CAGATTCACTTTTTAAATCACTAACTTATTAATTTTTTTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTA
1 TAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-
* * ** * *
131675 TTTTGATTAAGCTTGTATGAACTA-AAATGATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAACAATT
64 TTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* * ** * * * ***
131739 TGAAATAGATAATTATTTATGTAGTCTTAATTATTTGAA-TTGCTTCACCAAA
127 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TT-GGTAAA
* * * * * *
131791 CAGATTTTTTTTTAAAAT-TTCTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTACTAAATTAGTATTAATTT
1 TAGATTTATTTTT-AAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * * * * *
131855 ATTCTGAATAAGCTTGTATGAATTGATACAATTATTTTATAATAGAACAAAAGCTTATAATGATT
64 TTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* * *
131920 TGAAATAGGTAATTATTCAAATAG--A-AACTA---GTAC-A----GTAAA
127 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTGGTAAA
* * * * *
131960 CAAATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTA
1 TAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTT
* * * * * *
132025 TTCTGAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAATAATTTTTTTATGA-AAAA-AAAAGTTCGTAATGATT
65 TTC-GAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAA-TTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* * * *
132087 TGAAATAG-TAATTGTTGAAATGGTCATAATTATTTGAACTAATTCGGTAAA
127 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-GGTAAA
* ** * ** * * * *
132138 AAGATTCCCTTTTTAAAGCACTTACTTATTAGTTTTTGGAATATTAATAAATTATTATT-TTTAT
1 TAGATT-TATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTT
* * * * *
132202 TTCGAATAAGTTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTT
65 TTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * * * **
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129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTGGTA-AA
*
132316 TA-ATAATTATTTTCTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
1 TAGAT--TTA-TTT-TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * *
132380 TTATTTTGGATAACCTCT-TATGAACT-GAAACAATCGTTTTATCATC-AAAC-AAAGATCATAA
62 TT-TTTCGAATAAGCT-TGTATGAA-TAGAAACAAT-TTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAA
* ** * * * *
132441 TGATTTTCAATA-AGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTAGTT-AAGTTTA-TTCAGCAAA
122 CGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA--CTAGTT-GGTAAA
* **** ** * * *
132498 CAGATTTATTTTTTTAAATCTCAGGCTTATTAATTTTCCAAATGTTAATATATTAGGATTATTTT
1 TAGATTTA--TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * * * *
132563 ATTCCAAATAAACTTGTATG-ATATGAAACAAATATTTTATGACTAAA-AAAAGATCAGAACAAT
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* * * ** * * **
132626 TTGAAATAGATGATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACCAATTCGACAAA
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*
132679 T-GTATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT-GATATTATTT
1 TAG-ATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-TATTATTT
* * * *
132738 TTTT--AATAAGCTTGGATG-ATCATAAACAATTGTTTTAT-------C-AAAGGTTATAATGAT
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* * * * *
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* * * * * * *
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1 TAGATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTT
* * * * ** *
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* * * * *
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* * *
133024 TA-ATTTATTTTTTTAAATCTCTTT-CTTATTAATATTTTTAAATTTTAATAAATTAGTATTAAT
1 TAGATTTA--TTTTTAAATCT-TTTACTTATTAAT-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * **
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * ***
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* * * * *
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* * * * * * * * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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* * * ** * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * ** * * **
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* * * * * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * ** * *
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* ** * * *
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** * * * *
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** * * * * *
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* * *
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* * *** *
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* ** * * *
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* * * *
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* ** * * *
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65 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * * *
130184 ATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAACCTTGTA
130 ATT-TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTA
* * * * *
130235 TGTATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACATTTTGAAATAAATAATTGTTC
1 TGAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * *
130300 GAATAGTCATAA-TGTTTGAACTTGTT-TGATAAACAAATTTATTTTTTAAGTCTTTTACTTATT
65 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
*** * *
130363 AATTGTCCTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTATA
129 AATT-TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTA
* * * * * *
130415 TGAAT-AGAACAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCGATATCAAATAGATAATT-TT
1 TGAATGA-AAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * *
130478 CAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCAATAAACATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATT
64 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * *
130543 AATTTTTGGAATATTAATAAATT-GATGTTATTTTGTTTCAAATAA-ATATATA
129 AA-TTTTAGAATATTAATAAATTAG-TATTATTTT-ATTCAAATAAGCT-TGTA
* * * ** * *
130595 TGAACTGAAGCAATTCTTTTATGACAAAACATAAGGTCATAATGA-TTGTAATAGGA-AATTATT
1 TGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA-GATAATTGTT
* * * * ** * * * *
130658 CAAGTAGTCATGACTATTTGATCTCGTTTGGTAAACATATCTATTTTTAAAAAT-TTTTGACTTA
64 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTT-TAAATCTCTT-ACTTA
* * * *
130722 TTAATTATCAAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTA
127 TTAATT-TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTA
* * *** * ** * * *
130776 TTAATAGAAACAATTGTTTTATAATTGAACAAAAAGTCATAATGACTTGAAACAAATAATT-TGT
1 TGAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT-T
* * * * * *
130840 CAAATAGTCATAATTATTTTAA-TTAGTT-TGATAAATAGATTTA-TTTCTAAATATC---C-TA
64 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * * *
130898 TTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTCTGAACAAACTTATA
127 TTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTA
* * * * * * *
130952 T-AAAGAAAAACATTTGTTGTATGAC-AAACTAAATGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTAT
1 TGAATG--AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * ** *
131015 TC-AATAGTCATAATTATTAGAACTTGTT-AGGTAAACAGAAATATTATTTTAAATCTCTTGCTT
63 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-GTAAACAGATTTATT-TTTTAAATCTCTTACTT
* ** **
131078 ATTAATTTT-GAAGTATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTTGAATAAGCTAATA
126 ATTAATTTTAGAA-TATTAATAAATT-AGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTA
* *
131132 TGAATTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACATTTTGAAATAGATAATT-TTC
1 TGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * ** * * * * * * *
131195 ATGATTAGTCTTGAAAATATTTAAACTGGTTTGGGCAAGCA-AATTA--TTTCAACTCCCTTAGT
65 A--AATAGTCAT--AACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-C
* * * *
131257 TAATAGTTATTTTTGGAATATTATTAAATATCAGTATTCACTTATT-TT-GAATAAGAGCTTGT-
124 T--TA-TTAATTTTAGAATATTAATAAAT-T-AGTATT-A-TT-TTATTCAAAT-A-AGCTTGTA
** * ** * * * * * *
131319 TGAAACAAAAATAATTGTTTTATGGTAGAA-AAAAGGT-TTAACAA-TTGAAGTATACAATTATT
1 TG-AA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * *
131381 CAAATAGTCATAAATTATTT-AAATTGGTTTAGTAAAATAAATTTATTTTTTAAA--T-AT-CTT
64 CAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTT-GTTCAGT-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * * * * *
131441 ATTAA-TTTAAAAGA-TGAT-AATTCA-TATTATTTTCTACATAATTAA-ATTAT-
126 ATTAATTTTAGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCA-AA-TAAGCTTGTA
** ** ** * ** * *
131491 TTTATCCAACTAA--GCTTGAATGATCAAAAACATTTGTTATATGACCAAAAAAAAAGTAATAAT
1 TGAATGAAAC-AATTG-TTTTATGA-C-AAAACA------A-AAGGTC--ATAACAA-T--T--T
* * * * * * * * *
131554 GATTTGAAATAGATAATTGTTGAAAT-GACCATAATTATTTTAA-ATGATAT-GGTAAACAGATT
48 GA---AATAG--ATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTG-T-TCAGTAAACAGATT
* * * * ** * **
131616 CACTTTTTAAATCACTAACTTATTAATTTTTTTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTTGA
105 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAA
*
131681 TTAAGCTTGTA
168 ATAAGCTTGTA
* ** * * *
131692 TGAACTAAAATGATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTT
1 TGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
** * * ** * *
131757 ATGTAGTCTTAATTATTTGAA-TTGCTTCACCAAACAGATTT-TTTTTTAAAATTTCTTAGTTAT
65 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTAT
* * * *
131820 TAATTTTTAAAATATTACTAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTA
128 TAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTA
* * * * * * * ** * *
131873 TGAATTGATACAATTATTTTATAATAGAACAAAAGCTTATAATGATTTGAAATAGGTAATTATTC
1 TGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
* *
131938 AAATAG--A-AAC----T--A---GTACAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TCTACTTATT
65 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATT
* * * *
131990 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTCTGAATAGGCTTGTA
129 AATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTA
* * * * **
132042 TG-ATGAAAAATAATTTTTTTATGA-AAAA-AAAAGTTCGTAATGATTTGAAATAG-TAATTGTT
1 TGAATG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * ** * * *** * *
132103 GAAATGGTCATAATTATTTGAACTAATTCGGTAAAAAGATTCCCTTTTTAAAGCACTTACTTATT
64 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * *
132168 AGTTTTTGGAATATTAATAAATTATTA-T-TTTTATTTCGAATAAGTTTGTA
129 A-ATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTA
* ** * * *
132218 TGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATATACAATTGTTC
1 TGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * *
132283 AAATAGTCGTAACTATTTGAATTTGTTCAAG-AATA-ATAATTATTTTCTTAAATCTCTTACTTA
65 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-AGTAA-ACAGATTTATTTT-TTAAATCTCTTACTTA
* *** *
132346 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAACCTCT-TA
127 TTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCT-TGTA
* * * ** **
132400 TGAACTGAAACAATCGTTTTATCATC-AAAC-AAAGATCATAATGATTTTCAATA-AGTAATTGT
1 TGAA-TGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA-TAATTGT
* * * * ***
132462 TCAAATAGTCATAACTAGTT-AAGTTTATTCAGCAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCAGGCTT
63 TCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTTGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * *
132526 ATTAATTTTCCA-AATGTTAATATATTAGGATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTA
126 ATTAATTTT--AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CAAATAAGCTTGTA
* * * * * * *
132581 TGATATGAAACAAATATTTTATGACTAAA-AAAAGATCAGAACAATTTGAAATAGATGATTATTC
1 TGA-ATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
* ** ***
132645 TAATAGTTTTAACTATTTGAACCAATTC-G-ACAA-ATGTATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA
65 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTA-AACA-G-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * *
132706 --ATTTTTAAAATATTAATAAATT-GATATTATTTT-TT-TAATAAGCTTGGA
127 TTAATTTTAGAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTCAAATAAGCTTGTA
* ** * *
132754 TGATCAT-AAACAATTGTTTTAT-------C-AAAGGTTATAATGATTTGAAATAGGTAATTATT
1 TGA--ATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * ** * * *
132810 CAAA-AGGTCATAAATATTTTAAC-TGATTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTATATCTTTTACTTA
64 CAAATA-GTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * ** *
132872 TTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATAGTATTTTATTCTGTATAAGCTTTTA
127 TTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTA
* * ** * *
132926 TTAACTGAAACAATTGTTTTATGA-AAAGCAAAATTTCATAACAATTTTAAATAGACAATTGTTC
1 TGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * *
132990 AAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATA-ATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATT
65 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* *
133054 AATATTTTTA-AATTTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTAAAT-AGCTTGT-
129 -A-A-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTA
* * * * * * * *
133105 TGAATAGAAATAATTATTTTACGACTAAAA-AAAAAGTTAGAATAATTTGAAATAGATAATTATT
1 TGAAT-GAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * *
133169 CTAATTGTCTTAACCATATGAA-TTGGTTCAGTAAACA-ATTTTATTTTTTAAATATCTTACTTA
64 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * *
133232 TTAATTTTTTA-AATATTATTAAATTTGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTCTA
127 TTAA--TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCAAATAAGCTTGTA
* * * * * * ** * * * *
133286 TGAA-CAAAAAATTATTTTATGACAATACAAAAAGTAATAATGATTTAAAATTGATAATCGATCA
1 TGAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * *
133350 TATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTC--T---TAGATTTATTTTTTTAATTTTCTTGA-TTAT
66 AATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTT-ACTTAT
* ** ** *
133408 TAAGTTTTA-AAGTATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTA
128 TAA-TTTTAGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTA
* * * * * *
133461 TGAATAGAACCAATTGTTTGATGATAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
1 TGAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * ** * *
133526 AAATAGTCAAAACTATTTGAA-ATGATT-TGATAAACAGATTTACATTTTAAATCAACTGAC-TA
65 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTA
* ** ** * * * *
133588 CTT--TTCTA-AATATTAATAAATTAGTGCTATTTTATTTTGAACAAACTTATG
127 -TTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTA
** * * * *
133639 TGAACAAAAACAATTGTTTTAAGATAAAACAAAAAGTAATAA-AGATTTGAAATAGATAATTGTT
1 TGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA-ATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * *
133703 CCAAATA-TTATAATTATTTGAACTAGTTC-GTTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTATTTA
64 -CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * *
133766 TAAAATTTT-GAAATATTAAGAAATTAGTTTTATTTTATTCCGAATAAACTTATA
127 T-TAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CAAATAAGCTTGTA
* * * * *
133820 TTAGCTAAAAGAATTGTTTTATGACAAAA-AAAATGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTT
1 TGA-ATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * * * * *
133884 CATATATTCTTAACTGTTTAAACTGGTTTAGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTCATG
64 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT-
* * * * * * *
133949 AAATTTCAAAATATTATTAAATGAGTATTATTTTATTCCAATAAACTTGTA
128 TAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAATAAGCTTGTA
* * * * * * *
134000 TGAACAGAAATAATTTTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAATAATTTGAAAAAGATAATTGTTC
1 TGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * *
134065 AAATTGTCATAACTATTTAAACTAGTTC-GATAAACA-ACTTTATTTTTTTAAATCTCGTAC---
65 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGA-TTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTA
*
134125 -TAATTCTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTA
127 TTAATT-TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTA
* * ** ** * * *
134177 TG-TTGAAAAACAATTGTTTTATGATATTACAAAAGGAGATAACTATTTAAAATAGATAATTATT
1 TGAATG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * ** *
134241 TAAATGGCCATAATTATTTGAACTAAT-TTC-GTAAATTGATTTATTTTTTTAAAT-TAGTTACT
64 CAAATAGTCATAACTATTTGAACT--TGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCT-CTTACT
* * * * * * *** *
134303 TATAAATTTTCAAAATACTAATAAAATAGTGTTATTTTGTTTTGGATAAGCTTTTA
125 TATTAATTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCAAATAAGCTTGTA
* * ** * *
134359 TGAGTTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTC
1 TGA-ATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * *
134424 AAATAATCATAACTATTTAAACTTGTT-TGATAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTAT
65 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTAT
* * * *
134488 TAATTTTTGAAT-TTAATAAATTACTATTATTTCATTCTAAATAAGGTTGTA
128 TAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTA
* ** * * * * * *
134539 TGAATTGAAACAATTATTTTATGAGTAAACAAAAGGTTAGAATAATTTCACATAGATAATTATTC
1 TGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * * * *
134604 TAATAGTCTTAACCATTTGAATTTATTTAGCAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
65 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * *
134669 ATTTTTGAAATATT-ATTAATTAGTATTATTTT-TCTCTGAATAAGCTTGTA
130 ATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TC-AAATAAGCTTGTA
* * ** * * *
134719 TG-ATCAAA-AATAATTTTTTATGACAAAACCAAAA--TCATAATGATTTGAGATTGATATTTGT
1 TGAATGAAACAAT--TGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* ** ** * * * * *
134780 TCAAATGGTTGTAACTATTTGAA-TTGTTTTGGAAAACAAATTCAATTTTTAAATCTCTTGCTTA
63 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * ** *
134844 ATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTAGATAAATTTTTA
127 TTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTA
* * * * *
134898 TAAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-TTTTTAAATAGATAATTATGC
1 TGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
* *
134962 AATTAGTCATATCTATTTGA
65 AAATAGTCATAACTATTTGA
134982 TTTCGTTTGA
Statistics
Matches: 4647, Mismatches: 1013, Indels: 687
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
165 14 0.00
166 64 0.01
167 27 0.01
168 18 0.00
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180 1163 0.25
181 1096 0.24
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183 103 0.02
184 41 0.01
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186 22 0.00
187 21 0.00
188 34 0.01
189 5 0.00
190 1 0.00
191 5 0.00
192 19 0.00
193 16 0.00
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196 8 0.00
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199 6 0.00
200 22 0.00
201 5 0.00
202 9 0.00
203 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
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AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAATAAGCTTGTA
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131972 TTAAATCTTC
*
131982 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTA-TTCTGAATAGGCTTGTATG-A
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* * * * *
132045 -TGAAAAATAATTTTTTTATGA-AAAA-AAAAGTTCGTAATGATTTGAAATAGT-AATTGTTGAA
64 TTG--AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA-TAAATTGTTCAA
* * * *
132106 ATGGTCATAATTATTTGAACTAATTC-GGTAA-AA-AGATTCCCTTT-TTAAAGCACT
126 ATAGTCATAACTATTTGAACTAATTCAAG-AATAATA-ATT-ACTTTCTTAAAGCACT
* * *
132160 TACTTATTAGTTTTTGGAATATTAATAAATTA--TTATTTTTATTTCGAATAAGTTTGTATGAAT
1 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTA-TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT
*
132223 TGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATATACAATTGTTCAAATA
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* * ** * * *
132288 GTCGTAACTATTTGAATTTGTTCAAGAATAATAATTATTTTCTTAAATCTCT
129 GTCATAACTATTTGAACTAATTCAAGAATAATAATTACTTTCTTAAAGCACT
* * *
132340 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAACCTCT-TATGAA
1 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-TTATTTTATTTCGAATAAGCT-TGTATGAA
* * * * * **
132404 CTGAAACAATCGTTTTATCATCAAAC-AAAGATCATAATGATTTTCAATA-AGTAATTGTTCAAA
64 TTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATATA--AATTGTTCAAA
* * * * * * * * * *
132467 TAGTCATAACTAGTT-AAGTTTATTC-AGCAA-ACAGATTTATTTTTTTAAATCTCA
127 TAGTCATAACTATTTGAA-CTAATTCAAG-AATA-ATAATTACTTTCTTAAAGCACT
** ** * * * * * *
132521 GGCTTATTAATTTTCCAAATGTTAATATATTAGGATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATG-AT
1 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-GTTTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT
* * * * ** * * * *
132585 ATGAAACAAATATTTTATGACT-AAA-AAAAGATCAGAACAATTTGAAATAGATGATTATTCTAA
65 -TGAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATATA-AATTGTTCAAA
** * * * * *
132648 TAGTTTTAACTATTTGAACCAATTCGACA-AAT-GTATTTA-TTTTTTAAA--TC-
127 TAGTCATAACTATTTGAACTAATTC-A-AGAATAATAATTACTTTCTTAAAGCACT
* *
132698 T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT-GATATTATTTT-TTT--AATAAGCTTGGATG-A
1 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-T-TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
* *
132757 TCAT-AAACAATTG-TTT-T-AT----C-AAAGGTTATAATGATTTGAAATAGGT-AATTATTCA
64 T--TGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA--TAAATTGTTCA
* * * ** * * **
132812 AA-AGGTCATAAATATTTTAACTGATT-TGGTAA-ACA-AATTTA-TTT-TTATATCTTT
125 AATA-GTCATAACTATTTGAACTAATTCAAG-AATA-ATAA-TTACTTTCTTAAAGCACT
* * * * * *
132866 TACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATAGTATTTTA-TTCTGTATAAGCTTTTATTAA
1 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-TTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAA
* * ** ** * *
132930 CTGAAACAATTGTTTTATGA-AAAGCAAAATTTCATAACAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAAT
64 TTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATATA-AATTGTTCAAAT
* ** * * * * *
132994 AGTAATAACTATTTGAACTTGTTC-AGTA-AATAATTTATTTTTTTAAATCTCT
128 AGTCATAACTATTTGAACTAATTCAAGAATAATAA-TTACTTTCTTAAAGCACT
* * * * *
133046 TTCTTATTAATATTTTTAAATTTTAATAAATTAGTATTAATTTA-TTCTAA-ATAGCTTGT-TGA
1 TACTTATTAAT-TTTTGAAATATTAATAAATTAGT-TTATTTTATTTCGAATA-AGCTTGTATGA
* * * * * * * * * * *
133108 ATAGAAATAATTATTTTACGACTAAAA-AAAAAGTTAGAATAATTTGAAATAGATAATTATTCTA
63 ATTGAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATATA-AATTGTTCAA
* * * * * ** * * * *
133172 ATTGTCTTAACCATATGAATTGGTTC-AGTAAACAAT-TTTA-TTTTTTAAA-TATCT
126 ATAGTCATAACTATTTGAACTAATTCAAG--AATAATAATTACTTTCTTAAAGCA-CT
* * * * * * *
133226 TACTTATTAATTTTTTAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTCTATGAA-
1 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT
* * * * * * * * * * *
133290 -CAAAAAATTATTTTATGACAATACAAAAAGTAATAATGATTTAAAAT-TGATAATCGATCATAT
65 TGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAT-A-AATTGTTCAAAT
* * ** * * ****
133353 AGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCTTAG-AT--TTATT--TTT-TTAATTTTCT
128 AGTCATAACTATTTGAACTAATTC-AAGAATAATAATTACTTTCTTAAAGCACT
* * * ** *
133401 TGA-TTATTAAGTTTT-AAAGTATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTATGA
1 T-ACTTATTAATTTTTGAAA-TATTAATAAATTAGT-TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA
* * * * * * *
133464 ATAGAACCAATTGTTTGATGATAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
63 ATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATATA-AATTGTTCAAA
* * * ** * * * * *
133529 TAGTCAAAACTATTTGAAATGATTTGATAA-ACAGATTTACATT-TTAAATCAACT
127 TAGTCATAACTATTTGAACTAATTCAAGAATA-ATAATTACTTTCTTAAAGC-ACT
* * * * * * * * * *
133583 GAC-TACT--TTTCT-AAATATTAATAAATTAGTGCTATTTTATTTTGAACAAACTTATGTGAAC
1 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT
** * * * * *
133644 AAAAACAATTGTTTTAAGATAAAACAAAAAGTAATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCCAAAT
65 TGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATATA-AATTGTT-CAAAT
* * * * * * * *
133709 A-TTATAATTATTTGAACTAGTTCGTTA-AAT-AGAATTA-TTTTTTAAATCTCT
128 AGTCATAACTATTTGAACTAATTC--AAGAATAATAATTACTTTCTTAAAGCACT
* * * * * * * * **
133760 TATTTATAAAATTTTGAAATATTAAGAAATTAGTTTTATTTTATTCCGAATAAACTTATATTAGC
1 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-TTTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT
* * * ** * * *
133825 TAAAAGAATTGTTTTATGACAAAA-AAAATGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCATAT
65 TGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAA-GGTCATAATGATTTGAAATATA-AATTGTTCAAAT
* * * * ** * * * * * *
133889 ATTCTTAACTGTTTAAACTGGTT-TAGCAA-ACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCT
128 AGTCATAACTATTTGAACTAATTCAAG-AATA-ATAATTACTTTCTTAAAGCACT
* * * * ** * * * * *
133941 TAGTCATGAAATTTCAAAATATTATTAAATGAGTATTATTTTA-TTCCAATAAACTTGTATGAAC
1 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT
* * * * * * * * * *
134005 AGAAATAATTTTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAATAATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAATT
65 TGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATATA-AATTGTTCAAATA
* * * * * *
134070 GTCATAACTATTTAAACTAGTTC--G-ATAAACAACTTTATTTTTTTAAA--TC-
129 GTCATAACTATTTGAACTAATTCAAGAAT-AATAA--TTACTTTCTTAAAGCACT
* * * **
134119 T-CGTACTAATTCTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATG--T
1 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT
** ** * * * *
134180 TGAAAAACAATTGTTTTATGATATTACAAAAGGAGATAACT-ATTTAAAATAGATAATTATTTAA
65 TG--AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATATA-AATTGTTCAA
* * * * * * * ** *
134244 ATGGCCATAATTATTTGAACTAATTTC--GTAA-ATTGATTTATTTTTTTAAATTAGT
126 ATAGTCATAACTATTTGAACTAA-TTCAAG-AATAAT-AATTACTTTCTTAAAGCACT
* ** * * * * * * *
134299 TACTTATAAATTTTCAAAATACTAATAAAATAGTGTTATTTTGTTTTGGATAAGCTTTTATGAGT
1 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT
* * * * *
134364 TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATA
65 TGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATATA-AATTGTTCAAATA
* * ** ** * * * * * *
134429 ATCATAACTATTTAAACTTGTTTGATAA-ACAGATTTA-TTTTTTCAAATCTCT
129 GTCATAACTATTTGAACTAATTCAAGAATA-ATAATTACTTTCTT-AAAGCACT
* * * * *
134481 TGCTTATTAATTTTTG-AAT-TTAATAAATTACTATTATTTCA-TTCTAAATAAGGTTGTATGAA
1 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-TTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * * * *
134543 TTGAAACAATTATTTTATGAGT-AAACAAAAGGTTAGAATAATTTCACATAGATAATTATTCTAA
64 TTGAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATATA-AATTGTTCAAA
* * * * * * * *
134607 TAGTCTTAACCATTTGAATTTATT-TAGCAA-ACA-AATTTAGTTT-TTAAATCTCT
127 TAGTCATAACTATTTGAACTAATTCAAG-AATA-ATAA-TTACTTTCTTAAAGCACT
* *
134660 TACTTATTAATTTTTGAAATATT-ATTAATTAGTATTATTTT-TCTCTGAATAAGCTTGTATG-A
1 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-TTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAA
** * * * *
134722 TCAAAAATAATT-TTTTATGACAAAACCAAAA--TCATAATGATTTGAGAT-TGATATTTGTTCA
64 T-TGAAACAATTGTTTTATGATAAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAT-A-AATTGTTCA
* ** ** *** * * * *
134783 AATGGTTGTAACTATTTGAA-TTGTTTTGGAA-AACAAATTCAATTT-TTAAATCTCT
125 AATAGTCATAACTATTTGAACTAATTCAAGAATAA-TAATT-ACTTTCTTAAAGCACT
* * * * ** * *
134838 TGCTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTT-TAGATAAATTTTTATAAA
1 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-TTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * *
134902 CTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT--TTTTAAATAGATAATTATGCAAT
64 TTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATATA-AATTGTTCAAA
* ** ** ** * * * * **
134965 TAGTCATATCTATTTGATTTCGTTTGATAA-ACATAGTTATTTTTTTATAAATA-T
127 TAGTCATAACTATTTGAACTAATTCAAGAATA-ATAATTACTTTCTTA-AAGCACT
* * ** * ***
135019 TAATAAATTAGTATTATTT----TATT--TCAAA-TAG--GCTTGTATGAGGAA-AA------A-
1 TACT-TATTA--ATT-TTTGAAATATTAAT-AAATTAGTTTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT
* * * * * *
135067 CAATTG-----TT----TTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA
61 GAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATATA-AATTGTTCA
* * * * * * * * * *
135123 AAT-GGCTACAATTATTTGAATTGATTCGATAA-ACTAATTTA-TGTT-TTAAATCTCT
125 AATAGTC-ATAACTATTTGAACTAATTCAAGAATAATAA-TTACT-TTCTTAAAGCACT
* * * * * * * * *
135178 AACTTATCAATTTTTAAAATATTACTAAAGTAATATTATTTTATTTC-AGATAAGTTTTTGTGAA
1 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-TTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAA
* * * * ** * * *
135242 CTAAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAATGTCATAACAATTTTAAATAGAAAATTATTCAAAT
64 TTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA-TAAATTGTTCAAAT
* * ** * * * ***
135307 AGTTAAAACTATTTGAACTTGTT-TAGTA-AATAATT--TTTTTTAAATTTCT
128 AGTCATAACTATTTGAACTAATTCAAGAATAATAATTACTTTCTTAAAGCACT
* * * *
135356 TGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCATGTATGAA
1 TACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * *
135420 TTGAAACAATTATTTTATGACT-AAACAAAAAGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAA
64 TTGAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATATA-AATTGTTCAAA
* ** ** * * * * *
135484 TAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGACAA-ACACAATTA-TTTTTTAAATC-TT
127 TAGTCATAACTATTTGAACTAATTCAAGAATA-ATAATTACTTTCTTAAAGCACT
* * * * **
135536 TACTTATTAATTTTTAGAAA-ATTATTAATTTAGTAGTATTTTA-CTCTGAATAAATTTGTATGA
1 TACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGT-TTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGA
* * * * * *
135599 ACTGAAACAAATGTTTTAGGATAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATAAAGAATTGTTCAAA
63 ATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATATA-AATTGTTCAAA
* *
135663 TAATCATATCTATTTGAA
127 TAGTCATAACTATTTGAA
135681 TTGGTTCTGT
Statistics
Matches: 2671, Mismatches: 624, Indels: 451
0.71 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
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156 3 0.00
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TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATT
GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATATAAATTGTTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACTAATTCAAGAATAATAATTACTTTCTTAAAGCACT
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Period size: 539 Copynumber: 2.0 Consensus size: 541
133410 AGTTTTAAAG
* ** * *
133420 TATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTATGAATAGAACCAATTGTTTGATGA
1 TATTATTAAATGAGTATTATTTTATTTCCAATAAAATAGTATGAACAGAAACAATTGTTTGATGA
* * *
133485 TAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATG
66 CAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAAAAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATG
* * * *
133550 ATTTGATAAACAGATTTACATTTTAAATCAACTGACTACTTTTCTAAATATTAATAAATTAGTGC
131 ATTCGATAAACAGATTTACATTTTAAATCAACTGACTAATTCTCTAAATATTAATAAATTAGTAC
* * *
133615 TATTTTATTTTGAACAAACTTATGTGAACAAAAACAATTGTTTTAAGATAAAACAAAAAGTAATA
196 TATTTTATTTTAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTAAGATAAAACAAAAAGGAATA
* * **
133680 AAGATTTGAAATAGATAATTGTTCCAAATATTATAATTATTTGAACTAGTTCGTTAAATAGAATT
261 AAGATTTAAAATAGATAATTATTCCAAATACCATAATTATTTGAACTAGTTCGTTAAATAGAATT
* * * * *
133745 ATTTTTTAAATCTCTTATTTATAAAATTTTGAAATATTAAGAAATTAGTTTTATTTTATTCCGAA
326 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAAATTTTAAAATACTAAGAAAATAGTGTTATTTTATTCCGAA
* *
133810 TAAACTTATATTAGCTAAAAGAATTGTTTTATGACAAAA-AAAATGGTCATAACAATTTAAAATA
391 TAAACTTATATGAGCTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAACAATTTAAAATA
* * * * *
133874 GATAATTGTTCATATATTCTTAACTGTTTAAACTGGTTT-AGCAAACAGATTTATTTTTT-AAAT
455 GATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAACTGGTTTGA-CAAACAGATTTATTTTTTCAAAT
133937 CTCTTAGTCATGAAATTTCAAAA
519 CTCTTAGTCATGAAATTTCAAAA
* * * * *
133960 TATTATTAAATGAGTATTATTTTA-TTCCAATAAACTTGTATGAACAGAAATAATTTTTTTATGA
1 TATTATTAAATGAGTATTATTTTATTTCCAATAAAATAGTATGAACAGAAACAATTGTTTGATGA
* * * * *
134024 CAAAATAAAAGGTTATAATAATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAATTGTCATAACTATTT-AAACT
66 CAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAAAAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAA-T
** * *
134088 -AGTTCGATAAACA-ACTTTATTTTTTTAAATC-TC-GTACTAATTCT-TGAATATTAATAAATT
130 GA-TTCGATAAACAGA-TTTA-CATTTTAAATCAACTG-ACTAATTCTCTAAATATTAATAAATT
* * * * *** * **
134148 AGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGATATTAC-AAAAG
191 AGTACTATTTTATTTTAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTAAGATAAAACAAAAAG
** * * *
134212 GAGATAACTATTTAAAATAGATAATTATT-TAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTTCG-TAA
256 GA-ATAAAGATTTAAAATAGATAATTATTCCAAAT-ACCATAATTATTTGAACT-AGTTCGTTAA
* * * *
134275 ATTGATTTATTTTTTTAAAT-TAGTTACTTAT-AAATTTTCAAAATACTAATAAAATAGTGTTAT
318 ATAGAATTA-TTTTTTAAATCT-CTTACTTATAAAATTTT-AAAATACTAAGAAAATAGTGTTAT
* ** * * * * * * **
134338 TTTGTTTTGGATAAGCTTTTATGAGTTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATG
380 TTTATTCCGAATAAACTTATATGAGCTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * *
134403 ATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAACAGATTTATT
445 ATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAACTGGTTTGACAAACAGATTTATT
134468 TTTTCAAATCTCTT
510 TTTTCAAATCTCTT
134482 GCTTATTAAT
Statistics
Matches: 430, Mismatches: 78, Indels: 28
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
537 10 0.02
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540 46 0.11
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (541 bp):
TATTATTAAATGAGTATTATTTTATTTCCAATAAAATAGTATGAACAGAAACAATTGTTTGATGA
CAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAAAAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATG
ATTCGATAAACAGATTTACATTTTAAATCAACTGACTAATTCTCTAAATATTAATAAATTAGTAC
TATTTTATTTTAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTAAGATAAAACAAAAAGGAATA
AAGATTTAAAATAGATAATTATTCCAAATACCATAATTATTTGAACTAGTTCGTTAAATAGAATT
ATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAAATTTTAAAATACTAAGAAAATAGTGTTATTTTATTCCGAA
TAAACTTATATGAGCTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAG
ATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAACTGGTTTGACAAACAGATTTATTTTTTCAAATCT
CTTAGTCATGAAATTTCAAAA
Found at i:135322 original size:181 final size:179
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Indices: 135006--135757 Score: 604
Period size: 178 Copynumber: 4.2 Consensus size: 179
134996 CATAGTTATT
* * * * ***
135006 TTTTTATAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAGGCTTGTATGAGGAAAAACAAT
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* * * * *
135071 TGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCTACAATT
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* * *
135136 ATTTGAATTGATTCGATAAACTAATTTATGTTTTAAATCTCTAACTTATCAA
129 ATTTGAATTGATTAGATAAACTAATTTAT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * * * *
135188 TTTTTA-AAATATTACTAAAGTAATATTATTTTATTTCAGATAAGTTTTTGTGAACTAAAACAAT
1 TTTTTAGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAGATAAGCTTGTATGAACTAAAACAAT
** * *
135252 TGTTTTATGATAAAATAAAATGTCATAACAATTTTAAATAGAAAATTATTCAAATAGTTAAAACT
66 TGTTTTATGATAAAA-AAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAAAACT
* * *
135317 ATTTGAACTTGTTTAG-TAAA-TAATTT-TTTTTAAATTTCTTGCTTATTAA
129 ATTTGAA-TTGATTAGATAAACTAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * * *
135366 TTTTTTG-AATGTTAATAAAATAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCATGTATGAATTGAAACAA
1 TTTTTAGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAG-ATAAGCTTGTATGAACTAAAACAA
* * * * *
135429 TTATTTTATGACTAAACAAAAAGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCT-TAA
65 TTGTTTTATGA-TAAA-AAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-TAAAA
* * * * *
135493 CTATTTGAACTGGTTTGACAAAC-ACAATTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAA
127 CTATTTGAATTGATTAGATAAACTA-ATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* ** * * * ** *
135546 TTTTTAGAAA-ATTATTAATTTAGTAGTATTTTA-CTCTGAATAAATTTGTATGAACTGAAACAA
1 TTTTTAGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAG-ATAAGCTTGTATGAACTAAAACAA
* * * * * * * * * * *
135609 ATGTTTTAGGATAAAACAAAGATCATAATGATTTGAGATAAAGAATTGTTCAAATAATCATATCT
65 TTGTTTTATGATAAAAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAAAACT
* * *
135674 ATTTGAATTGGTTCTG-TAAA-GAGATTTAGTTTTTAAATC-C-T--TTATTAA
129 ATTTGAATTGATT-AGATAAACTA-ATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * *
135722 TTTTT-GAAATAGTAATAAATTATTATTATTTTATTT
1 TTTTTAGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTT
135758 TAAATAAATT
Statistics
Matches: 461, Mismatches: 88, Indels: 47
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 4 0.01
176 30 0.07
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178 128 0.28
179 83 0.18
180 73 0.16
181 123 0.27
182 13 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (179 bp):
TTTTTAGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAGATAAGCTTGTATGAACTAAAACAAT
TGTTTTATGATAAAAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAAAACTAT
TTGAATTGATTAGATAAACTAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
Found at i:135765 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 135735--135789 Score: 85
Period size: 25 Copynumber: 2.2 Consensus size: 25
135725 TTGAAATAGT
*
135735 AATAAA-TTATTATTATTTTATTTTA
1 AATAAATTTA-TATTATTTTATTTGA
135760 AATAAATTTATATTATTTTATTTGA
1 AATAAATTTATATTATTTTATTTGA
135785 AATAA
1 AATAA
135790 GCTTGCATGA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 1, Indels: 2
0.90 0.03 0.06
Matches are distributed among these distances:
25 25 0.89
26 3 0.11
ACGTcount: A:0.44, C:0.00, G:0.02, T:0.55
Consensus pattern (25 bp):
AATAAATTTATATTATTTTATTTGA
Found at i:136145 original size:163 final size:163
Alignment explanation
Indices: 135864--136173 Score: 405
Period size: 163 Copynumber: 1.9 Consensus size: 163
135854 AATTGTTTAG
* *
135864 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTTTTTTTTAATTCTCTTACTCTTTAAT
1 ATAGTCATAACTATTTGAACCTGTTCAATAAACAGATTTTTTTTTTAATTCTCTTACTCTTTAAT
* * * **
135929 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTA
66 TTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTAATTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAA-TA
*
135994 -TTTTATTACAAAACAAAGCCACATTAATTTGAA
130 GTTTTATGACAAAACAAAGCCACATTAATTTGAA
* * * * *
136027 ATAGTTATGACTATTTGAACCTGTTCAATAAACATATTTATTTTTTTGA-TCTTTTACT-TATT-
1 ATAGTCATAACTATTTGAACCTGTTCAATAAACAGATTT-TTTTTTTAATTCTCTTACTCT-TTA
* *
136089 ATTTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTACTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACA
64 ATTTTT-AAAATATTAATAAATTAATATTA-TTTAATTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACA
136153 ATAGTTTTATGACAAAACAAA
127 ATAGTTTTATGACAAAACAAA
136174 AAGTCATAAC
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 15, Indels: 10
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162 9 0.07
163 103 0.81
164 15 0.12
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Consensus pattern (163 bp):
ATAGTCATAACTATTTGAACCTGTTCAATAAACAGATTTTTTTTTTAATTCTCTTACTCTTTAAT
TTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTAATTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATAG
TTTTATGACAAAACAAAGCCACATTAATTTGAA
Found at i:136634 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 136036--136916 Score: 785
Period size: 180 Copynumber: 4.9 Consensus size: 180
136026 AATAGTTATG
* * * * ** * *
136036 ACTATTTGAACCTGTTCAATAAACATATTTATTTTTTTGATCTTTTACTTATTATTTTTCAAAAT
1 ACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATGTTCAAAAT
* * * ** *
136101 ATTAATAAATTAATATTACTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATAGTTTTATGA
66 ATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAAT-TTTTTATGA
* ** * * *
136165 CAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAATCATA
129 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATA
* * * * * **
136217 ACAATTTGAACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAAT-TGTCTTAA
1 ACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATGT-TCAAAA
* * * * *
136281 TATCAATAAATTTA-TATTATTGTATTTAAAATAAGCTTGTATGAA-TGGAAAAAAATCATTTTA
65 TATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT-G-AAACAAT-TTTTTA
* * * * * * ** * *
136344 CGAGAAATCAAAAAGGTTAGAGTGATTACAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTA
126 TGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATA
* * ** * * * * *
136400 ATTATTTAAACTTGTTTGGTAAATAGATTCTTTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATGTTCATAAT
1 ACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATGTTCAAAAT
* * * *
136465 ATTGATAACA-TAGTATTATTTCATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATTTTTTATGAC
66 ATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTTTTTATGAC
* * *
136529 AAAATAAAAGGACATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATG
130 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATA
* * * * *
136580 ACTATTTGATCTAGTTCAGTAAACACATTCATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAACTG-TCAAAA
1 ACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TGTTCAAAA
* * * *
136644 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAA-AGAAACTATTCTTTTATGA
65 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATT-TTTTATGA
* * * * * * *
136708 TAAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATAGTCATA
129 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAATAATCATA
* * * * * * **
136760 ACTATTTGAACTTGTTCTGTAAACA-ATT-TTTTTTTAATTTTTTTACTTTTTAATTTTTGAAAT
1 ACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATGTTCAAAAT
* * *
136823 ACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATTAC
66 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATT-TTTTATGAC
* *
136888 AAAACAAAA-GTCACATTGATTTGAAATAG
130 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
136917 TTATCACTAT
Statistics
Matches: 560, Mismatches: 124, Indels: 35
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
177 1 0.00
178 81 0.14
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183 118 0.21
184 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
ACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATGTTCAAAAT
ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTTTTTATGACA
AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATA
Found at i:136849 original size:363 final size:355
Alignment explanation
Indices: 136025--139152 Score: 1263
Period size: 362 Copynumber: 8.7 Consensus size: 355
136015 CATTAATTTG
* * * * * *
136025 AAATAGTTATGACTATTTGAACCTGTTCAATAAACATATTTATTTTTTT-GATCTTTTACTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGA-TTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * * * * **
136089 ATTTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTACT-TTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC
65 ATTTTT--AAATATTAATAAATTAGTATTATTATTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAAC
* * * ** *
136152 AATAGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAATCATA
128 AAT-TTTTTATGACAAAACAAAAGGACATAATGATTTGAAATAGATAA-T-TTTAAATAATCAT-
* * * * * **
136217 ACAATTTGAACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTCTTAAT
189 ACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACACATTTA-TTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTCAAAAT
* * * * ** * * *
136282 ATCAATAAATTTATATTATTGTATTTAAAATAAGCTTGTATGAATGGAAAAAAATCATTTTACGA
253 ATTAATAAA-TTATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAATATTC-TTTTATGA
* * ** ** * *
136347 GAAATCAAAAAGGTTAGAGTGATTACAAATAGATAATTATTC
316 -AAAACAAAAA-GTTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTC
* * * ** * * * *
136389 AAATAGTCTTAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAATAGATTCTTTTTTTAAATCTCTTAATTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATT-
* * * * *
136454 ATGTTCATAATATTGATAACA-TAGTATTA-T-TTCATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAAT
65 ATTTTTA-AATATTAATAA-ATTAGTATTATTATTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAAC
*
136516 AATTTTTTATGACAAAATAAAAGGACATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATGA
128 AATTTTTTATGACAAAACAAAAGGACATAATGATTTGAAATAGATAATT-TT-AAATAATCAT-A
* * * *
136581 CTATTTGATCTAGTTCAGTAAACACATTCATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAACTGTCAAAATA
190 CTATTTGAACTAGTTCAGTAAACACATTTATTTTT-AAATATTTTACTTATTAATTGTCAAAATA
* *
136646 TTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAA-AGAAACTATTCTTTTATGATA
254 TTAATAAATTA-TATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAATATTCTTTTATGA-A
136710 AAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTT-
317 AAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTG-TTC
* * * *
136749 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTGTAAACA-ATT-TTTTTTTAATTTTTTTACTTTTTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATT-
*
136812 ATTTTTGAAATACTAATAAATTAGTATTA-T-TTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACA
65 ATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTATTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACA
* *
136875 ATTATTTTATTACAAAACAAAAGTCACAT--TGATTTGAAATAG-------T---T-ATC--ACT
129 ATT-TTTTATGACAAAACAAAAG-GACATAATGATTTGAAATAGATAATTTTAAATAATCATACT
* * * ** * *
136925 ATTTGAACCCA-TTC-GACAAACATATTTATTTTTTTATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATAT
192 ATTTGAA-CTAGTTCAG-TAAACACATTTATTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTCAAAATAT
* * ** *
136988 TAATAAATTAATATTACTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAATAATAGTTTTATGACA
255 TAATAAATT-ATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAT-ATTCTTTTATGAAA
* *
137052 AA-AAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTC
318 AACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTC
* * * *
137089 AAATAATCATAACGATTTGAATTTGTTCAGTAAATAGATT-TATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTAT-TTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* *
137153 ATTGTCTT-AATATTAATAAATT--TA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAA
65 ATT-T-TTAAATATTAATAAATTAGTATTATTA-TTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTG---
* * * * * ** * * *** * *
137213 AAAAAAATCATTTTATGAGAAATCAAAAAGTTAGAGTGATGACAAATATATAATTATTCAAATAG
124 -AAACAAT-TTTTTATGACAAAACAAAAGGACATAATGATTTGAAATAGATAATT-TT-AAATAA
* * * *
137278 TCAAATTATTTAAACTTGTTC-GATAAACAGATTCATTTATTAAATCTCTTAATTATTAATGTTC
185 TCATACTATTTGAACTAGTTCAG-TAAAC--A--CATTTA-T---T-T-TTAA--A-T-AT-TT-
* * * ** * * * **
137342 T-CTTAATTATTAATGTTCATAATATCAATAACATGGTATTATTTCATTTCAAGTAAGCTTACAT
233 TACTT-ATTA--ATTG-TCAAAATATTAATAA-ATTATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTAT
* * * * * ** *
137406 GAACTG-AAATAATTTTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATTATTC
293 GAACAGAAAAT-ATTCTTTTATGA-AAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTC
* * *
137470 AAATAGTCA-AGACTATTTG-ATTTAGTTCAGTAAACATATT-TATTTTTTAAATTTTTTACTTA
1 AAATAGTCATA-ACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACAGATTAT-TTTTTTAAATCTTTTACTTA
** * * * * *
137532 TTAATTGTGAAAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAA-AGCA
63 TT-ATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTATTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAA
* * * * * * *
137594 ACTATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTTAAATAGTCA
126 ACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGACATAATGATTTGAAATAGATAATT--TTAAATAATCA
* *** * * * **
137659 TAACTATTTGAACTAGTT-TGATAAATGGATTTATTTTTTAA-A-TTT-CTTACTAATTTTTGAA
188 T-ACTATTTGAACTAGTTCAG-TAAACACATTTATTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTCAAA
* * * * * * * * *
137720 ATATTAATAGATTAATATT-TTTTTATTCTGAACAAACTTATATGAGCA-AAAACATTTATTTTA
251 ATATTAATAAATT-ATATTATTTTAATTC-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAAATA-TTCTTTTA
* * *
137783 TGACAAAAC-AAAGGTCATAAAGATTTGAAATAAATAAGTT-TTC
313 TGA-AAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAAATAA-TTGTTC
* * ** * * * * *
137826 AAATAGTTATAATTATTTGAACTACTT-GGATAAACAGAATTA-TATTCTAAATCTCTTAGTTAT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAG-ATTATTTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * * *
137889 TAATTTTTGAAATATTGATAAATT--CATT-TTATTTTATTCCAAATAAGC-TACTACGAATTGA
64 T-ATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTA-TTTATTTCAAATAAGCTTA-TATGAACTGA
* * * * * * * *
137950 AAAAATTGTTTCATGATAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATTGATAATTGTTCATATAGTC
125 AACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGACATAATGATTTGAAATAGATAATT-TT-AAATAATC
* * * * * * * * *
138015 TTAACTATTTGAACTAGTTCA-AAAAGTAAATTTATTTTTTTGAATCTCTTAGTTATTAATTTTC
187 AT-ACTATTTGAACTAGTTCAGTAAA-CACATTTA--TTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTC
* * ** * * *
138079 AAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAGGCTTGTATGAATAG-AAATAATTGTTT
248 AAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAT-ATTCTTT
** * * * * ** ** *
138143 TATGATGAACAAAAGGTTACAAAGATTTGAAGTGTACGATTATTC
311 TATGAAAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTC
* * * * *
138188 AAATAGTCATAGCTATTTGAA-GTGATTC-GATAAACAGATT-TATGTTTTAAATCTCTCA-TTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAG-TAAACAGATTAT-TTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * * **
138249 --ATTTTTGAAAGATTAATAAATTAATATTA-T-TTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGATA-AAA
63 TTATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTATTTATTTC-AAATAAGCTTATATGA-ACTGA
* * * * * *
138308 AACCAATTGTTATATGACTAAACAAAAAG-CAATAACT-ATTTGAAATTGATATTTATTGAAATG
125 AA-CAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGAC-ATAA-TGATTTGAAATAGATAATT-TT-AAATA
** * * * * * * * *
138371 GCCATAATTATTTGAATTAATT-TGATAAATAGATTCATGTTTTAAATCA-CTTACTTATTAATT
184 ATCAT-ACTATTTGAACTAGTTCAG-TAAACACATTTAT-TTTTAAAT-ATTTTACTTATTAATT
* * * * ** * * *
138434 TTTAGAATATTAA-AAATTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATAAACTGAAACA-ATT
245 GTCAAAATATTAATAAA-TTA-TATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAA-ATATT
* * * * * *
138497 GC-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTC
307 -CTTTTATGA-AAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTC
** * * * * * *
138547 AAATAGTTGTAACTATTTGAATTTGTTC-GATAAACAAATT-TATCTTTTAAA-CTCTTGCCTAT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTAT-TTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* *** * *
138609 TAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTA-T-TTTATTTTGGATAAACTTTTATGAACTGAAA
64 T-ATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTATTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAA
* * * * * **
138672 CAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTATATAAATAATTGTTCAAA-AAGTTT
127 CAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGACATAATGATTTGAAATAGATAATT-TT-AAATAA-TCA
* ** * ** * * * **
138736 TAACTATTGGAACTTA-TTTGGTTAACGGATTTATTTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTT
188 T-ACTATTTGAAC-TAGTTCAGTAAACACATTTA--TTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTCA
* * * * ** * * * * *
138800 GAATGTTAATAAATT-TGGATTATTGTATTTTGAATATGCTTGTAAGATATA-AAACA-AATATT
249 AAATATTAATAAATTAT--ATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAA-ATATTCTT
* * * * * *
138862 TTATGACTAAAC-AAAGGATCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTC
310 TTATGA-AAAACAAAAAG-TTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTC
* * ** * * ** * *
138909 TAATATTTTTAACTAATTGAACTGGTTTGGCAAACACATT-TATTTTTTAAATC---T-CTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTAT-TTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * ** * * *
138969 CATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATT-TTTAACTGAAA-AAGCTTCTATG-ATTAGAAA
65 -ATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTATTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT-GAAA
**** * *
139031 CAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGTTTTTAATGATTT-AAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCA
127 CAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGACATAATGATTTGAA-ATAGATAATT-TT-AAATAATCA
* * * * *
139094 TAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAATAGATTTATTGTTTAAATCTGTTACTTATTAATT
188 T-ACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACACATTTATT-TTTAAATATTTTACTTATTAATT
139153 TTTTAAATAT
Statistics
Matches: 2146, Mismatches: 452, Indels: 339
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
338 2 0.00
339 5 0.00
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343 5 0.00
344 21 0.01
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355 8 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (355 bp):
AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTATTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAAT
TTTTTATGACAAAACAAAAGGACATAATGATTTGAAATAGATAATTTTAAATAATCATACTATTT
GAACTAGTTCAGTAAACACATTTATTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAA
ATTATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAATATTCTTTTATGAAAAACAAAAA
GTTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTC
Found at i:137335 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 137314--137354 Score: 57
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137304 ACAGATTCAT
137314 TTATTAA-ATCTCTTAA
1 TTATTAAGATCTCTTAA
*
137330 TTATTAATGTTCTCTTAA
1 TTATTAA-GATCTCTTAA
137348 TTATTAA
1 TTATTAA
137355 TGTTCATAAT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
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TTATTAAGATCTCTTAA
Found at i:137345 original size:18 final size:18
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Indices: 137322--137359 Score: 76
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
137312 ATTTATTAAA
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1 TCTCTTAATTATTAATGT
137358 TC
1 TC
137360 ATAATATCAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (18 bp):
TCTCTTAATTATTAATGT
Found at i:137634 original size:180 final size:178
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Indices: 137500--139154 Score: 1184
Period size: 180 Copynumber: 9.2 Consensus size: 178
137490 TTTAGTTCAG
* * * *
137500 TAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGTGAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * *
137565 TTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAAAGCAACTATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACGA
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** * *
137630 TTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA
129 TTTGAAATTGATAATT-ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA
** * * * * *
137680 TAAATGGATTTATTTTTTAAATTTCTTAC-TA--ATTTTTGAAATATTAATAGATTAATATTTTT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * *
137742 TTATTCTGAACAAACTTATATGAGCAA-AAACATTTATTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAAAG
66 TTATT-TGAATAAGCTTGTATGA--AAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATG
** * * * *
137805 ATTTGAAATAAATAAGTT-TTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTACTTGGA
128 ATTTGAAATTGATAA-TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA
* * * * * *
137856 TAAACAGAATTATATTCTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTGATAAATTCA-TTTTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTA
** ** * * * *
137920 TTTTATTCCAAATAAGCTACTACGAATTGAAAAAATTGTTTCATGATAAAACAAAAGGTCATAAT
64 TTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAA-AGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * *
137985 AATTTGAAATTGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTC-A
127 GATTTGAAATTGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA
* * * * * * * *
138036 AAAAGTAAATTTATTTTTTTGAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATTATTAGATTAGTATT
1 TAAA-CAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * *
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63 ATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAA-AGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAA
* * * *
138165 AGATTTG-AAGTG-TACGATTATTCAAATAGTCATAGCTATTTGAAGT-GATTCGA
126 TGATTTGAAATTGATA--ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGA
* * *
138218 TAAACAGATTTATGTTTTAAATCTC-T-C--ATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAATATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * *
138279 TTTATTCTGAATAAGCTTGTATGATAAAAAACCAATTGTTATATGACT-AAACAAAAAG-CAATA
65 TTTATT-TGAATAAGCTTGTATGA-AAGAAA-CAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGGTC-ATA
* * * * * * * *
138342 ACT-ATTTGAAATTGATATTTATTGAAATGGCCATAATTATTTGAATTAATTTGA
125 A-TGATTTGAAATTGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA
* * * * *
138396 TAAATAGATTCATGTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAA-AAATTTAGTATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAA-TTAGTATTA
* * *
138460 TTTTATTTTGAATAAGCATGTAT-AAACTGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
64 TTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAAA--GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * ** * *
138524 TGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTTGTAACTATTTGAATTTGTTCGA
126 TGATTTGAAATTGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA
* * * * *
138577 TAAACAAATTTATCTTTTAAA-CTCTTGCCTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * *
138641 TTTATTTTGGATAAACTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATG-TCAAAACAAAAGGTCATAAT
65 TTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAA-AGAAACAATTGTTTTATGAT-AAAACAAAAGGTCATAAT
* * ** * * ** * * *
138705 GATTTTATATAAATAATTGTTCAAAAAGTTTTAACTATTGGAACTTA-TTTGG
127 GATTTGAAATTGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCGA
* * * * * * *
138757 TTAACGGATTTATTTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTTGGATT
1 TAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA--TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
138821 ATTGTATTTTGAATATGCTTGTAAGATATA-AAACAAATATTTTATGACT-AAAC-AAAGGATCA
63 ATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGA-A-AGAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGG-TCA
* ** * * ** * * * *
138883 TAATGATTTAAAATAAATAATTATTCTAATATTTTTAACTAATTGAACTGGTTTGG
123 TAATGATTTGAAATTGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA
* * * *
138939 CAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTCA-T--TTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-
** * * * * * * **
139000 TTTTAACTGAAAAAGCTTCTATGATTAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGTTTTTAATG
64 TTTTATTTGAATAAGCTTGTATGA-AAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATG
* *
139064 ATTT-AAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGG
128 ATTTGAA-ATTGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA
* * *
139115 TAAATAGATTTATTGTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
139155 TTAAATATGA
Statistics
Matches: 1166, Mismatches: 240, Indels: 139
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 7 0.01
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181 240 0.21
182 243 0.21
183 9 0.01
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTATTTGAATAAGCTTGTATGAAAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATT
TGAAATTGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA
Found at i:138642 original size:538 final size:533
Alignment explanation
Indices: 137407--138749 Score: 1289
Period size: 538 Copynumber: 2.5 Consensus size: 533
137397 AGCTTACATG
* * *
137407 AACTGAAATAATTTTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATTATTCAA
1 AACTGAAA-AAATTGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATTGTTCAA
** * * * *
137472 ATAGTCAAGACTATTTG-ATTTAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAA
65 ATAGTTTA-ACTATTTGAATTT-GTTCA-TAAACAAATTTATTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAA
* * *
137536 -TTGTGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAAAGCAACTATT
126 TTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTAAATAAGCTTGTATGAAAGCAAATATT
* * * *
137600 GTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTTAAATAGTCATAACTA
190 GTTTTATGATAAAACAAAAAGTCACAAAGATTTGAAATAAACAATTGATTAAATAGTCATAACTA
* ** * * * * *
137665 TTTGAACTAGTTTGATAAATGGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTAATTTTTGAAATATTAATAG
255 TTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATGTTTTAAATCTCTCACTAATTTTTGAAAGATTAATAA
* * * *
137730 ATTAATATTTTTTTATTCTGAACAAACTTATATGAGCAAAAACATTTATTTTATGACAAAACAAA
320 ATTAATATTATTTTATTCTGAACAAACTTATATGAGAAAAAACAATTATTATATGACAAAACAAA
* ** *
137795 GGTCATAAAGATTTGAAATAAATAAGTTTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTACTTGGATAAA
385 AGTCATAAAGATTTGAAATAAATAAGTTTTCAAATAGCCATAATTATTTGAACTAATTGGATAAA
* * * *
137860 CAGAATTATATTCTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTGATAAATTCATTTTATTTTA
450 CAGAATTATATTCTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTGAAAAATTCATATTATTTTA
*
137925 TTCCAAATAAGCTACTACG
515 TTCCAAATAAGCTACTACA
* * *
137944 AATTGAAAAAATTGTTTCATGATAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATTGATAATTGTTCAT
1 AACTGAAAAAATTGTTT-ATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATTGTTCAA
* * * * *
138009 ATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAAAAAGTAAATTTATTTTTTTGAATCTCTTAG-TTATTA
65 ATAGT-TTAACTATTTGAATTTGTTCATAAA-CAAATTTA-TTTTTT-AAACTCTT-GCTTATTA
** * * * *
138073 ATTTTCAAAATATTATTAGATTAGTATTATTTT-GTTTCAAATAGGCTTGTATGAATAG-AAATA
125 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTT-AAATAAGCTTGTATGAA-AGCAAAT-
* * * * ** *
138136 ATTGTTTTATGAT-GAACAAAAGGTTACAAAGATTTGAAGTGTACGATT-ATTCAAATAGTCATA
187 ATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCACAAAGATTTGAAATAAACAATTGATT-AAATAGTCATA
* * *
138199 GCTATTTGAAGT-GATTCGATAAACAGATTTATGTTTTAAATCTCTCATTAATTTTTGAAAGATT
251 ACTATTTGAACTAG-TTCGATAAACAGATTTATGTTTTAAATCTCTCACTAATTTTTGAAAGATT
* * * * * *
138263 AATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGATAAAAAACCAATTGTTATATGACTA
315 AATAAATTAATATTATTTTATTCTGAACAAACTTATATGAGAAAAAA-CAATTATTATATGACAA
** ** * * * *
138328 AACAAAAAG-CAATAACTATTTGAAATTGAT-ATTTATTGAAATGGCCATAATTATTTGAATTAA
379 AAC-AAAAGTC-ATAAAGATTTGAAATAAATAAGTT-TTCAAATAGCCATAATTATTTGAACTAA
* * * * *
138391 TTTGATAAATAG-ATTCATGTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTT-AGAATATT-AAAAATTT
441 TTGGATAAACAGAATT-ATATTCTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTGAAAAATTC
*** * *
138453 AGTATTATTTTATTTTGAATAAGC-ATGTATA
504 A-TATTATTTTATTCCAAATAAGCTA-CTACA
* * * * *
138484 AACTGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAA
1 AACTGAAAAAATTG-TTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATTGTTCAA
* *
138549 ATAGTTGTAACTATTTGAATTTGTTCGATAAACAAATTTATCTTTTAAACTCTTGCCTATTAATT
65 ATAGTT-TAACTATTTGAATTTGTTC-ATAAACAAATTTATTTTTTAAACTCTTGCTTATTAATT
* * ** * * * *
138614 TTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAACTTTTATGAACTG-AAACAATTG
128 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTAAATAAGCTTGTATGAA-AGCAAA-TATTG
* * * * * * * **
138678 TTTTATG-TCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTATATAAATAATTG-TTCAAAAAGTTTTAACT
191 TTTTATGAT-AAAACAAAAAGTCACAAAGATTTGAAATAAACAATTGATT-AAATAGTCATAACT
*
138741 ATTGGAACT
254 ATTTGAACT
138750 TATTTGGTTA
Statistics
Matches: 645, Mismatches: 131, Indels: 58
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
536 10 0.02
537 83 0.13
538 256 0.40
539 104 0.16
540 185 0.29
541 7 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (533 bp):
AACTGAAAAAATTGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATTGTTCAAA
TAGTTTAACTATTTGAATTTGTTCATAAACAAATTTATTTTTTAAACTCTTGCTTATTAATTTTT
GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTAAATAAGCTTGTATGAAAGCAAATATTGTTTTA
TGATAAAACAAAAAGTCACAAAGATTTGAAATAAACAATTGATTAAATAGTCATAACTATTTGAA
CTAGTTCGATAAACAGATTTATGTTTTAAATCTCTCACTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAAT
ATTATTTTATTCTGAACAAACTTATATGAGAAAAAACAATTATTATATGACAAAACAAAAGTCAT
AAAGATTTGAAATAAATAAGTTTTCAAATAGCCATAATTATTTGAACTAATTGGATAAACAGAAT
TATATTCTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTGAAAAATTCATATTATTTTATTCCAA
ATAAGCTACTACA
Found at i:138770 original size:720 final size:716
Alignment explanation
Indices: 137411--138797 Score: 1515
Period size: 720 Copynumber: 1.9 Consensus size: 716
137401 TACATGAACT
* * * *
137411 GAAATAATTTTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATTATTCAAATAG
1 GAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCACAAAGATTTGAAAGTGATAATTATTCAAATAG
* * * * * *
137476 TCAAGACTATTTGATTTAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGTG
66 TCAAGACTATTTGAGTGAGTTCAGTAAACAGATTTATGTTTTAAA--TTCTACTCATTAATTGTG
* * ** * *
137541 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAAAGCAACTATTGTTTTA
129 AAAAGATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAAAAAAACAATTGTTATA
* *
137606 TGATAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTTAAATAGTCATAACTATTTGAA
194 TGATAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGATTAAATAGCCATAACTATTTGAA
* * * * *
137671 CTAGTTTGATAAATGGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAAT
259 CTAATTTGATAAATAGATTCATGTTTTAAATTTCTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAAT
* * * * * *
137736 ATTTTTTTATTCTGAACAAACTTATATGAGCAAAAACATTTATTTTATGACAAAACAAAGGTCAT
324 ATTATTTTATTCTGAACAAACATATATAAACAAAAACAATTACTTTATGACAAAACAAAGGTCAT
* * *
137801 AAAGATTTGAAATAAATAAGTTTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTACTTGGATAAACAGAAT
389 AAAGATTTGAAATAAACAAGTTTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTACTTCGATAAACAGAAT
* * * *
137866 TATATTCTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTGATAAATTCATTTTATTTTATTCCAA
454 TATATTCTAAATCTCTTAGCTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTCATATTATTTTATTCCAA
* * *
137931 ATAAGCTACTACGAATTGAAAAAATTGTTTCATGATAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATT
519 ATAAACTACTACGAACTGAAAAAATTGTTTCATGATAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATA
* * * * *
137996 GATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAAAAAGTAAATTTATTTTTTTGAATC
584 AATAATTGTTCAAAAAGTCTTAACTATTGGAACTAGTTCAAAAAG-AAATTTATTTTTTTAAATC
138061 TCTTAG-TTATTAATTTTCAAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAGGCTTGTAT
648 T-TTAGCTTATTAATTTTCAAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAGGCTTGTAT
138125 GAATA
712 GAATA
* *
138130 GAAATAATTGTTTTATGAT-GAACAAAAGGTTACAAAGATTTG-AAGTG-TACGATTATTCAAAT
1 GAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCACAAAGATTTGAAAGTGATA--ATTATTCAAAT
138192 AGTCATAG-CTATTTGAAGTGA-TTC-GATAAACAGATTTATGTTTTAAA-TCT-CTCATTAATT
64 AGTCA-AGACTATTTG-AGTGAGTTCAG-TAAACAGATTTATGTTTTAAATTCTACTCATTAA-T
*
138252 TTTG-AAAGATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTCTGAATAAGCTTGTATGATAAAAAACCAAT
125 TGTGAAAAGATTAATAAATTAATATTATTTTAATT-TGAATAAGCTTGTATGA-AAAAAA-CAAT
* ** * *
138315 TGTTATATGACT-AAACAAAAAG-CAATAACTATTTGAAATTGAT-ATTTATTGAAATGGCCATA
187 TGTTATATGA-TAAAACAAAAAGTC-ATAACGATTTGAAATAAATAATTGATT-AAATAGCCATA
* * *
138377 ATTATTTGAATTAATTTGATAAATAGATTCATGTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTT-AGAA
249 ACTATTTGAACTAATTTGATAAATAGATTCATGTTTTAAAT---TT-CTTACTAATTTTTGA-AA
* * * * * ** *
138441 TATTAA-AAATTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATAAACTGAAACAATTGCTTTATG
309 TATTAATAAA-TTAATATTATTTTATTCTGAACAAACATATATAAACAAAAACAATTACTTTATG
* * * * *
138505 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAA-TTGTTCAAATAGTTGTAACTATTTGAAT
373 ACAAAAC-AAAGGTCATAAAGATTTGAAATAAACAAGTT-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC
** * *
138569 TTGTTCGATAAACA-AATTTATCTTTTAAA-CTCTT-GCCTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAA
436 TACTTCGATAAACAGAA-TTATATTCTAAATCTCTTAG-CTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAA
**** ** * * *
138631 TT-AGTATTATTTTATTTTGGATAAACTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATG-TCAAAACAA
499 TTCA-TATTATTTTATTCCAAATAAACTACTACGAACTGAAAAAATTGTTTCATGAT-AAAACAA
* * * * * ***
138694 AAGGTCATAATGATTTTATATAAATAATTGTTCAAAAAGTTTTAACTATTGGAACTTATTTGGTT
562 AAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAAAGTCTTAACTATTGGAAC-TAGTT-CAA
* * *
138759 AACG-GATTTATTTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTT
625 AAAGAAATTTATTTTTTTAAATCTTTAGCTTATTAATTTT
138798 TTGAATGTTA
Statistics
Matches: 549, Mismatches: 92, Indels: 53
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
713 3 0.01
714 48 0.09
715 16 0.03
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717 6 0.01
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719 34 0.06
720 220 0.40
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722 3 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (716 bp):
GAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCACAAAGATTTGAAAGTGATAATTATTCAAATAG
TCAAGACTATTTGAGTGAGTTCAGTAAACAGATTTATGTTTTAAATTCTACTCATTAATTGTGAA
AAGATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAAAAAAACAATTGTTATATG
ATAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGATTAAATAGCCATAACTATTTGAACT
AATTTGATAAATAGATTCATGTTTTAAATTTCTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATAT
TATTTTATTCTGAACAAACATATATAAACAAAAACAATTACTTTATGACAAAACAAAGGTCATAA
AGATTTGAAATAAACAAGTTTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTACTTCGATAAACAGAATTA
TATTCTAAATCTCTTAGCTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTCATATTATTTTATTCCAAAT
AAACTACTACGAACTGAAAAAATTGTTTCATGATAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAA
TAATTGTTCAAAAAGTCTTAACTATTGGAACTAGTTCAAAAAGAAATTTATTTTTTTAAATCTTT
AGCTTATTAATTTTCAAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAGGCTTGTATGAAT
A
Found at i:139309 original size:141 final size:140
Alignment explanation
Indices: 139028--139309 Score: 304
Period size: 141 Copynumber: 2.0 Consensus size: 140
139018 CTATGATTAG
* ** ** ** *
139028 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGTTTTTAATGATTTAAGATTGATAATTGTTCAAATAGTC
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGGTCATAATGATTTAAGATAAATAATCATTCAAATAGCC
* ***
139093 ATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAATAGATTTATTGTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTTTA
66 ATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTGTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTAGAA
*
139158 AATATGATAA
131 AATATAATAA
* *
139168 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA-ATAAATAATCATTCAAATGG
1 AAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTT-AAGATAAATAATCATTCAAATAG
* * * *
139232 CCATAATTAGTTT-AACT-GATTCGGTAAACATATTTA-T-TTTATAATTTTTTACTTATTAATT
64 CCATAACTA-TTTGAACTAG-TTCGGTAAACAGATTTATTGTTTA-AATCTGTTACTTATTAATT
139293 TAGAAAATATTAATAA
126 TAGAAAATA-TAATAA
139309 A
1 A
139310 TTAGTATTAT
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 19, Indels: 11
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
139 4 0.03
140 47 0.40
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142 5 0.04
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (140 bp):
AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGGTCATAATGATTTAAGATAAATAATCATTCAAATAGCC
ATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTGTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTAGAA
AATATAATAA
Found at i:140242 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 140005--140511 Score: 513
Period size: 183 Copynumber: 2.8 Consensus size: 179
139995 GAAAAATAGT
* * * * * *
140005 TTTAATTTTTAAATATTTTGCTTATTAATTTTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTT
1 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * *
140070 CAAATAAG-TTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAATGACTTT-A
65 CAAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACAAA-CAAAAGGTCAGAATGA-TTTGA
** * * *
140133 AAGAGATAATTGTTCAAATAGTCAATT-CTATTTGAACTTGTTCTATAAATAGA
128 AAGAGATAATTGTTCAAATAGTC--TTACTATTTGAACTAATTCAATAAACACA
* * *
140186 TTTATTTTTTTAAAATCTCTTACTCATTAATTTTTTTAATGTTAATAAATTAGTATTATATTA-T
1 TTTA-TTTTTT-AAATCTCTTACTCATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * *
140250 TCTAAACAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTG
64 TC-AAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCAGAATGATTTG
* * *
140315 AAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAATTCAATAAACACC
127 AAAGAGATAATTGTTCAAATAGTCTT-ACTATTTGAACTAATTCAATAAACACA
* ** ** *
140369 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAAAAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTT
1 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTT
* ** * * * *
140434 -GAATAAGCTTATATGAAAAGAAATAATTGTTTTATGACAAA-ATAAAGATCACAACGATTTGAG
65 CAAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACAAACA-AAAGGTCAGAATGATTTGAA
* *
140497 ATAGATAATTTTTCA
129 AGAGATAATTGTTCA
140512 GAGTAATTAA
Statistics
Matches: 271, Mismatches: 44, Indels: 23
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
179 1 0.00
180 31 0.11
181 83 0.31
182 44 0.16
183 109 0.40
184 3 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (179 bp):
TTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
AAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAAG
AGATAATTGTTCAAATAGTCTTACTATTTGAACTAATTCAATAAACACA
Found at i:145588 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 144982--150327 Score: 3149
Period size: 181 Copynumber: 29.8 Consensus size: 181
144972 ATTCTACTAC
** * * * * * *
144982 TATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAACAAAAATAATTGGTTTATGACCAAACAAAAGGTCATA
1 TATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
** * * * * * ** *
145047 ACAATTTGAAACAGATAAGTGTTCAAATAGTTATAACTATATGAA--TGTATT-CAAAAAATGGA
66 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT-TTGGTAAACA--GA
* * *
145109 TTTATTTTTAAAAT-TTTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TAT
128 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTAT
** * * *
145162 TATTTTATTCAAAATAAGTTTGCATGAA-AAAAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
1 TATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * *
145226 AATGCTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAA-TATGTTTGGTAAACAGAT
65 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTTGGTAAACAGAT
* * * * *
145290 TCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTAGTAT
129 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * *
145343 TATTTTATT-TCAAATAAGCTTATTTGAA-ATGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAATGGTCA
1 TATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * *
145406 TAATGATTTGGAATAGTTAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTTGTTTGGTAAACATAT
64 TAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGAT
* * * * ** *
145471 TTA-TTTTTAAATCTTTTACTAATTAACTGTCAAAATATTAATAAATTAATAT
129 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * *
145523 TATTTTAATCTAAATAACCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATA
1 TATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * *
145588 A-CATTTTGAAATAAATAATTGTTCGAATAGTCATAA-TGATTTGAACTTGTTTGATAAACAAAT
66 ATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGAT
* * * *** *
145651 TTATTTTTTAAGTCTTTTACTTATTAATTGTCCTAATATTAATAAATTTGTAT
129 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
** * * *
145704 TATTTTATTCAAAATAAGCTTATATGAATAG-AACAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
1 TATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * * * * *** *
145768 AGCGATATCAAATAGATAATT-TTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCAATAAACATATT
65 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATT
* * * *
145832 CATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT-GATGT
130 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-TAT
* * * * * * *
145884 TATTTTGTT-TCAAATAA-ATATATATGAACT-GAAGCAATTTTTTTATGACAAAACATAAGGTC
1 TATTTTATTCT-GAATAAGCT-TGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * *
145946 ATAATGA-TTGTAATAGGA-AATTATTCAAGTAGTCATGACTATTTGATCTCGTTTGGTAAACAT
63 ATAATGATTTGAAATA-GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAG
* * * * ** * *
146009 ATCTATTTTTAAAAAT-TTTTGACTTATTAATTATCAAAATAATAAAAAATTAGTAT
127 ATTTATTTTT-TAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * *** *
146065 TATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATTAATAGAAACAATTGTTTTATAATTGAACAAAAAGTCATA
1 TATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * *
146130 ATGACTTGAAACAAATAATT-TGTCAAATAGTCATAATTATTTTAA-TTAGTTTGATAAATAGAT
66 ATGATTTGAAATAGATAATTAT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAACAGAT
* * *
146193 TTA-TTTCTAAATATC---C-TATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTAT
129 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * * * * * *
146241 TACTTTATTCCGAACAAACTTATATAAAGAAAAACATTTGTTGTATGAC-AAACTAAATGGTCAT
1 TATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCAT
* * * * * **
146305 AACGATTTGAAATAAATAATTATTC-AATAGTCATAATTATTAGAACTTGTTAGGTAAACAGAAA
65 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATT
* *
146369 TATTATTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAGTATTAATAAATTCA-TTT
130 TATT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTAT
* ** * *
146421 TATTTTATTTTGAATAAGCTAATATGAATTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
1 TATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * * * *
146486 A-CATTTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAAATATTTAAACTGGTTTGGCAAGCAAATT
66 ATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATT
* * * * * * * *
146550 TA-TTTTCAACTCCCTTAGTTAATAATTTTTGGAATATTATTAAATCAGTAT
130 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * ** * *
146601 TACTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGGTAGAACAAAAGGTTATA
1 TATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
** * * * * * * * *
146666 ACAATTTGAAGTATACAATTATTCAAATAGTCATAATTATTT-AAATTGGTTTAGTAAATAAATT
66 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAACAGATT
* * * *
146730 TATTTTTTAAA--T-AT-CTTATTAATTTTTAAAAGATTGATAAATTCA-TAT
130 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTAT
** * ** * * **** * * *
146778 TATTTTATAATAAATTCATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGAATGATCAAAAACATTTGTTAT
1 TATTTTATTCTGAA-T-A-A-GCTTGTA-T--GAAT-A----GAA--A-C-AATTGTTTTATGAC
* * **** * * *** * * * * * *
146843 ATGACCAAAAAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAAT-GATCATAATTATTTT
50 A-AAACAAAAGGTCA-TAATGAT-TTGAAATAG--ATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTG
* * * * * ***
146907 AA-ATGATATGGTAAACAGATTTACTTTTTAAATCACTAACTTATTAATTTTTTTCATATTAATA
109 AACTTG-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
*
146971 AATTTGTAT
173 AATTAGTAT
* * ** *
146980 TATTTTATTTTGATTAAGCTTGTATGAACT-GAAATGATTGTTTTATGACAAAAAAAAAAAGGTC
1 TATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC--AAAACAAAAGGTC
** * ** * * ****
147044 ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTATGTAGTCTTAATTATTTGAA-TTGCTTCACCAAACAG
63 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAG
* * * * *
147108 ATTTATTTTTAAAATTTCTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTACTAAATTAGTAT
127 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * * * * *
147163 TAATTTATTATGAATAAGCTTGTATGAATTGATACAATTATTTTATAATAGAACAAAAGCTTATA
1 TATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* ** * **** * * **
147228 ATGATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAAAAACTAGTACAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
66 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT--AGTC-A-TA-ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAA-C
* * * * * * *
147293 --TTTTACTTATT-AAT-T-TT--TGA--AA-TATT--AAT-C-----AATTAGTGT
125 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * *
147332 TATTTTATTCTGAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAATAATTTTTTTATGA-AAAAAAAAAGTTCGT
1 TATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * ** * *
147395 AATGATTTGAAATAG-TAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTCGGTAAAAAGATT
65 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATT
*** * * * * *
147459 CCCTTTTTAAAGCACTTACTTATTAGTTTTTGGAATATTAATAAATTATTA-
130 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * *
147510 T-TTTTATT-TCGAATAAGTTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCAT
1 TATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * * ** *
147573 AATGATTTTAAATATACAATTGTTCCAATAGTCGTAACTATTTGAATTTGTTCAAG-AATA-ATA
65 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-TGGTAA-ACAGA
*
147636 ATTATTTTCTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
128 TTTATTTT-TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * *
147691 TATTTTATTTTGGATAACCTCT-TATGAACTA-AAACAATCGTTTTATCATC-AAAC-AAAGATC
1 TATTTTATTCTGAATAAGCT-TGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTC
** * * * * *
147752 ATAATGATTTTCAATA-AGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTAGTT-AAGTT-TATTCAGCAAAC
63 ATAATGATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT-TT-GGTAAAC
*** ** * * *
147814 AGATTTATTTTTTTAAATCTCAGGCTTATTAATTTTCCAAATGTTAATATATTAGGAT
125 AGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
** * * * * * * *
147872 TATTTTATTCCAAATAAACTTGTATG-ATGTGAAACAAATATTTTATGACTAAA-AAAAGATCAG
1 TATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * * ** *** * ** *
147935 AACAATTTGAAATAGATGATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACCAATTCGACAAA-TGTAT
65 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAG-AT
*
147999 TTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT-GATAT
129 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-TAT
* * *
148048 TATTTT-TT-T-AATAAGCTTGGATG-ATCATAAACAATTGTTTTAT-------C-AAAGGTTAT
1 TATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * *
148101 AATGATTTGAAATAGGTAATTATTCAAA-AGGTCATAAATATTTTAAC-TGATTTGGTAAACAAA
65 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA-GTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAGA
* * * * *
148164 TTTA-TTTTTATATCTTTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATAG
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* * * * **
148217 TATTTTATTCTGTATAAGCTTTTATTAACT-GAAACAATTGTTTTATGA-AAAGCAAAATTTCAT
1 TATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * * * * ** * *
148280 AACAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAAATT
65 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATT
* *
148345 TATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATATTTT-AAATTTTAATAAATTAGTAT
130 TA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * * * * *
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1 TATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * **
148462 AATAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATTGTCTTAACCATATGAA-TTGGTTCAGTAAACA-AT
65 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAACAGA-
* * * *
148525 TTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTATTAAATTTGTAT
128 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* ** * * * * * *
148579 TATTTTAATCCAAATAAGCTTCTATGAACA-AAA-AATTATTTTATGACAATACAAAAAGTAATA
1 TATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * *
148642 ATGATTTAAAATTGATAATCGA-TCATATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTT-CT---TAGATT
66 ATGATTTGAAATAGATAAT-TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATT
* * * *
148701 TATTTTTTTAATTTTCTTGA-TTATTAAGTTTT-AAAGTATTATTAAATTAGTAT
130 TA-TTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTGAAA-TATTAATAAATTAGTAT
* ** * * * * *
148754 TATTTTATTTTGAATAAAATAGTATGAATAGAACCAATTGTTTGATGATAAAACAAAAGGTTATA
1 TATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * *
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** * * * * **
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130 TATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * * * * * *
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1 TATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
149113 TATTTTATTCCGAATAAACTTATATTAGCTA-AAAGAATTGTTTTATGACAAAA-AAAATGGTCA
1 TATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTCA
** * * * * * * * * * *
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64 TAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGAT
* * * * ** * *
149241 TTATTTTTTAAATCTCTTAGTCATGAAATTTCAAAATATTATTAAATGAGTAT
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* * * * * * *
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1 TATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * *
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66 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGA-TT
* *
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130 TA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * ** **
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1 TATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * ** * **
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* * ** * * *
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129 TTA-TTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * *
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1 TATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * *
149717 ATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAACAGATTT
66 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTT
* *
149782 ATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AAT-TTAATAAATTACTAT
131 ATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * ** * *
149833 TATTTCATTCTAAATAAGGTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGAGTAAACAAAAGGTTAGA
1 TATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * * * * *
149898 ATAATTTCACATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAATTTATTTAGCAAACAAATTT
66 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTT
* *
149963 AGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT-ATTAATTAGTAT
131 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* *
150013 TATTTT-TCTCTGAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAATAATT-TTTTATGACAAAACCAAAA--TC
1 TATTTTAT-TCTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTC
* * * * * ** * *
150073 ATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATGGTTGTAACTATTTGAA-TTGTTTTGGAAAACAA
63 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAG
* * * * *
150137 ATTCAATTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTAT
127 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* ** * *
150192 TATTTTATT-TTAGATAAATTTTTATAAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
1 TATTTTATTCTGA-ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * * *
150255 TAACT--TTTTAAATAGATAATTATGCAATTAGTCATATCTATTTG-ATTTCGTTTGATAAACAT
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*
150317 AGTTATTTTTT
127 ATTTATTTTTT
150328 TATAAATATT
Statistics
Matches: 3960, Mismatches: 970, Indels: 472
0.73 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
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163 9 0.00
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171 4 0.00
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189 2 0.00
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ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTT
ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
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* * * * * *
144982 TATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAACA-AAAATAATTGGTTTATGACCAAACAAAAGGTCAT
1 TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-ATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
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* * * * **
145110 TTATTTTTAAAAT-TTTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCA
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* * *
145173 AAATAAGTTTGCATGAA-AAAAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGC-TTTGA
193 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA--CATTTGA
* * * * *
145236 AATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAA-TATGTTTGGTAAACAGATTCATTTTTTA
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* * * *
145300 ATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTAGTAT
318 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * *
145343 TATTTTATTTCAAATAAGCTTATTTGAAATGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAATGGTCATA
1 TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * *
145408 ATGATTTGGAATAGTTAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTTGTTTGGTAAACATATTT
66 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTT
* * * * * * * *
145473 A-TTTTTAAATCTTTTACTAATTAACTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAA
131 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAA
* * * *
145537 TAACCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACATTTTGAAATAA
196 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA-TTTGAAATAG
* * * *
145602 ATAATTGTTCGAATAGTCATAATGATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAGTCTT
260 ATAATTATTCAAATAGTCATAAT-ATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* *** *
145667 TTACTTATTAATTGTCCTAATATTAATAAATTTGTAT
324 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * *
145704 TATTTTA-TTCAAAATAAGCTTATATG-AAT-AGAACAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTT
1 TATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAAATGA-AAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
** * * * * * *
145766 ATAGCGATATCAAATAGATAATT-TTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCAATAAACATA
63 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGA
* * ** * *
145830 TTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT-GATGTTATTTTGTTT
128 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTT
* * * * * * *
145894 CAAATAA-ATATATATGAACT-GAAGCAATTTTTTTATGACAAAACATAAGGTCATAATGA-TTG
192 TAAATAAGCT-TGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CATTTG
* * * * * * * *
145956 TAATAGGA-AATTATTCAAGTAGTCATGACTATTTGATCTCGTTTGGTAAACATATCTATTTTTA
254 AAATA-GATAATTATTCAAATAGTCAT-AATATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTT-
* * * ** * *
146020 AAAAT-TTTTGACTTATTAATTATCAAAATAATAAAAAATTAGTAT
316 TAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * *** *
146065 TATTTTA-ATCTAAATAAGCTTGTAT-TAATAGAAACAATTGTTTTATAATTGAACAAAAAGTCA
1 TATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * * *
146128 TAATGACTTGAAACAAATAATT-TGTCAAATAGTCATAATTATTTTAA-TTAGTTTGATAAATAG
64 TAATGATTTGAAATAGATAATTGT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACAG
* * * * * *
146191 ATTTA-TTTCTAAATATC---C-TATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTC
127 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * * * * * * * *
146251 CGAACAAACTTATATAAAGAAAAACATTTGTTGTATGAC-AAACTAAATGGTCATAACGATTTGA
192 TAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAAC-ATTTGA
* * * * *
146315 AATAAATAATTATTC-AATAGTCATAATTATTAGAACTTGTTAGGTAAACAGAA-ATATTATTTT
255 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTTGTTTGATAAACA-AATTTATT-TTTT
* *
146378 AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAGTATTAATAAATTCA-TTT
317 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTAT
** ** * *
146421 TATTTTATTTTGAATAAGCTAATATGAATTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
1 TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * ** * *
146486 A-CATTTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAAATATTTAAACTGGTTTGGCAAGCAAATT
66 ATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATT
* * * * * ** * * * *
146550 TA-TTTTCAACTCCCTTAGTTAATAATTTTTGGAATATTATTAAATCAGTATTACTTTATTTTGA
130 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAA
* * * ** * * *
146614 ATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGGTAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGTA
195 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-ATTTGAAATA
* * * *
146679 TACAATTATTCAAATAGTCATAATTATTT-AAATTGGTTT-AGTAAATAAATTTATTTTTTAAAT
259 GATAATTATTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTT-GTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * *
146742 ATCTTA-TTAATTTTTAAAAGATTGATAAATTCATATTATTTTATAATAAATTCA-TAT
321 CTCTTACTT-A---TT---A-ATT--T---TTGA-A--A-TAT-TAATAAATT-AGTAT
* * * * * *
146799 TATTTTATTCCAAATAAGCTTGAATGATCAA--AAACATTTGTTATATGACCAAAA-AAAAAGTA
1 TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA--AATGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTC
* * * * *
146861 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAAT-GATCATAATTATTTTAA-ATGATAT-GGTAAAC
63 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTG-T-TCGATAAAC
* * * *** *
146923 AGATTTACTTTTTAAATCACTAACTTATTAATTTTTTTCATATTAATAAATTTGTATTATTTTAT
125 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * ** *
146988 TTTGATTAAGCTTGTATGAACT-GAAATGATTGTTTTATGACAAAAAAAAAAAGGTCATAACAAT
190 TTTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC--AAAACAAAAGGTCATAAC-AT
* ** * * * * *
147052 TTGAAATAGATAATTATTTATGTAGTCTTAATTATTTGAA-TTGCTTCACCAAACAGATTTATTT
251 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTTGTTTGA-TAAACAAATTTATTT
* * * * *
147116 TTAAAATTTCTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTACTAAATTAGTAT
314 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * * * * *
147163 TAATTTATTAT-GAATAAGCTTGTATGAATTGATACAATTATTTTATAATAGAACAAAAGCTTAT
1 TATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * *
147227 AATGATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATA---AAAACTA---GTAC-----AG-TAAACAAATT
65 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATT
* * * * * *
147280 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTGTTATTTTATTCTGA
130 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAA
* * * * * * * *
147345 ATAGGCTTGTATG-ATGAAAAATAATTTTTTTATGA-AAAAAAAAAGTTCGTAATGATTTGAAAT
195 ATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CATTTGAAAT
* * * * ** * * *** *
147408 AG-TAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTCGGTAAA-AAGATTCCCTTTTTAAAG
258 AGATAATTATTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTTGTTTGATAAACAA-ATTTATTTTTTAAAT
* * * *
147471 CACTTACTTATTAGTTTTTGGAATATTAATAAATTATTA-
321 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * *
147510 T-TTTTATTTCGAATAAGTTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATA
1 TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * * * *
147574 ATGATTTTAAATATACAATTGTTCCAATAGTCGTAACTATTTGAATTTGTTCAAGAATA-ATAAT
66 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAA-ACAGATT
* *
147638 TATTTTCTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
130 TATTTT-TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTA
* * * * * * **
147703 GATAACCTCT-TATGAACTA-AAACAATCGTTTTATCATC-AAAC-AAAGATCATAATGATTTTC
194 AATAAGCT-TGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAA-CATTTGA
* * * * * *
147764 AATA-AGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTAGTT-AAGTT-TATTCAGCAAACAGATTTATTTTT
255 AATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTTGT-TTGA-TAAACAAATTTA-TTTT
*** ** * * *
147826 TTAAATCTCAGGCTTATTAATTTTCCAAATGTTAATATATTAGGAT
315 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * ** * * * * *
147872 TATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGATGTGAAACAAATATTTTATGACTAAA-AAAAGATCAGA
1 TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
** * * * ** *** * *
147936 ACAATTTGAAATAGATGATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACCAATTCGACAAA-TGTATT
66 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAG-ATT
148000 TATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT-GATATTA-TTT-TTTT-
130 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTTA
* * * *
148057 AATAAGCTTGGATG-ATCATAAACAATTGTTTTAT-------C-AAAGGTTATAATGATTTGAAA
194 AATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CATTTGAAA
* * * *
148113 TAGGTAATTATTCAAA-AGGTCATAAATATTTTAAC-TGATTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTAT
257 TAGATAATTATTCAAATA-GTCAT-AATATTTGAACTTG-TTTGATAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * *
148175 ATCTTTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATAG
319 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
** * * * * **
148217 TATTTTA-TTCTGTATAAGCTTTTATTAACTGAAACAATTGTTTTATGA-AAAGCAAAATTTCAT
1 TATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * * * * *
148280 AACAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTC-AGTAAATAAAT
65 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGAT
* * * *
148344 TTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATATTTT-AAATTTTAATAAATTAGTATTAATTTATTC
129 TTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * * * *
148408 TAAATAAGCTTGTACGAACAGAAATAATTATTTTACGACTAAAA-AAAAAGTTAGAATAATTTGA
192 TAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAA-CATTTGA
* * * * * * * *
148472 AATAGATAATTATTCTAATTGTCTTAACCATATGAA-TTGGTTCAGTAAACAATTTTATTTTTTA
255 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTTGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTA
* * * *
148536 AATATCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTATTAAATTTGTAT
318 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * *
148579 TATTTTAATCCAAATAAGCTTCTATGAACA--AAA-AATTATTTTATGACAATACAAAAAGTAAT
1 TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-ATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * *
148641 AATGATTTAAAATTGATAATCGATCATATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTC--T---TAGAT
65 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACAGAT
* * * * *
148700 TTATTTTTTTAATTTTCTTGA-TTATTAAGTTTTAAAGTATTATTAAATTAGTATTATTTTATTT
129 TTA-TTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* ** * * * * *
148764 TGAATAAAATAGTATGAATAGAACCAATTGTTTGATGATAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAA
192 TAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-ATTTGAA
* * * **
148829 ATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAA-ATGATTTGATAAACAGATTTACATTTTAA
256 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTTG-TTTGATAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * * **
148893 ATCAACTGAC-TACT--TTTCT-AAATATTAATAAATTAGTGC
319 ATC-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
** * * * * * * * * *
148932 TATTTTATTTTGAACAAACTTATGTGAACA-AAAACAATTGTTTTAAGATAAAACAAAAAGTAAT
1 TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-ATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * *
148996 AAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCCAAATA-TTATAATTATTTGAACTAGTTCGTTAAATAGAA
65 AATGATTTGAAATAGATAATTGTT-CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGAT
* * * * * * ***
149060 TTATTTTTTAAATCTCTTATTTATAAAATTTTGAAATATTAAGAAATTAGTTTTATTTTATTCCG
129 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTA
* * * * * *
149125 AATAAACTTATATTAGCTA-AAAGAATTGTTTTATGACAAAA-AAAATGGTCATAACAATTTAAA
194 AATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAAC-ATTTGAA
* * * * * * * * *
149188 ATAGATAATTGTTCATATATTCTTAACTGTTTAAACTGGTTT-AGCAAACAGATTTATTTTTTAA
256 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTTGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * * ** * *
149252 ATCTCTTAGTCATGAAATTTCAAAATATTATTAAATGAGTAT
319 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * *
149294 TATTTTA-TTCCAATAAACTTGTATGAACA-GAAATAATTTTTTTATGACAAAATAAAAGGTTAT
1 TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-ATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * *
149357 AATAATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAATTGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGATAAACA-ACT
65 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGA-T
* * *
149421 TTATTTTTTTAAATCTCGTAC----TAATTCTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
129 TTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* * * ** ** *
149481 AAATAAGCTTGTATG-TTGAAAAACAATTGTTTTATGATATTACAAAAGGAGATAACTATTTAAA
193 AAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-ATTTGAA
* * * ** ***
149545 ATAGATAATTATTTAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTTCG-TAAATTGATTTATTTTTTTA
256 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTTGTTT-GATAAACAAATTTA-TTTTTTA
* * ** * * *
149609 AAT-TAGTTACTTATAAATTTTCAAAATACTAATAAAATAGTGT
318 AATCT-CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* *** * ** *
149652 TATTTTGTTTTGGATAAGCTTTTATGAGTTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATA
1 TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * *
149717 ATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAACAGATTT
66 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTT
* ** * * *
149782 ATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAAT-TTAATAAATTACTATTATTTCATTCTAA
131 ATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAA
* * * ** * * * * *
149846 ATAAGGTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGAGTAAACAAAAGGTTAGAATAATTTCACATA
195 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CATTTGAAATA
* * * * * * *
149911 GATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAATTTATTT-AGCAAACAAATTTAGTTTTTAAATC
259 GATAATTATTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTTGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATC
*
149975 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT-ATTAATTAGTAT
322 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * *
150013 TATTTT-TCTCTGAATAAGCTTGTATGATCAA--AAATAATT-TTTTATGACAAAACCAAAA--T
1 TATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGA--AATGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGT
* * * * ** *
150072 CATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATGGTTGTAACTATTTGAA-TTGTTTTGGA-AAAC
62 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG--TTCGATAAAC
* * * * * * *
150135 AAATTCAATTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTAT
125 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* ** * * * *
150200 TTTAGATAAATTTTTATAAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTTTTT
190 TTTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACATTTG
* * * * *
150264 AAATAGATAATTATGCAATTAGTCATATCTATTTG-ATTTCGTTTGATAAAC--A--TA---GTT
254 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA-ATATTTGAACTT-GTTTGATAAACAAATTTATTTTTT
150321 --A--T-TT--TT-TT-A----T-AAATATTAATAAATTAGTAT
317 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * *
150351 TATTTTATTTCAAATAGGCTTGTATGAGGAA--AAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAGTTCA
1 TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA--AATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * *
150414 TAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-GGCTACAATTATTTGAA-TTGATTCGATAAACTA
64 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAAC-A
* * * * * *
150477 -ATTTATGTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTAAAATATTACTAAAGTAATATTATTTTATT
126 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * * *
150541 TCAGATAAGTTTTTGTGAACTA-AAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAATGTCATAACAATTTT
191 TTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-ATTTG
* * * *
150605 AAATAGAAAATTATTCAAATAGTTAAAACTATTTGAACTTGTTT-AGTAAA-TAA-TT-TTTTTT
254 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTTGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTT
* * * *
150666 AAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAAATAGTAT
317 AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * *
150710 TATTTTATTTCGAATAAGCATGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAAGTCAAA
1 TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * *
150775 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGACAAACACAATT
66 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTT
* * * * * *
150840 ATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTAGAAA-ATTATTAATTTAGTAGTATTTTACTCTGA
131 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAA
** * * * * * *
150903 ATAAATTTGTATGAACT-GAAACAAATGTTTTAGGATAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGAT
195 ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CATTTGAAAT
* * * * * * * *
150966 AAAGAATTGTTCAAATAATCATATCTATTTGAA-TTGGTTCTG-TAAAGAGATTTAGTTTTTAAA
258 AGATAATTATTCAAATAGTCATA-ATATTTGAACTT-GTT-TGATAAACAAATTTATTTTTTAAA
* * *
151029 TCCTTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTATT-ATTATTTTATTTTAAATAAATTTA-TAT
320 T-C--TCTT-A--CTT---AT--TAAT---TT-TTGA--A----ATATT-AATAAA-TTAGTAT
* * * * *
151091 TATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAACAT-AACCAATTGTTTTATGAAAAAACAAGAGGTCAT
1 TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-ATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * *
151155 AAT-ATTTTGTAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-AGTAAACAGA
65 AATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGA
* * *
151218 TTTTTTTTTTAATTCTCTTACTCT-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
128 TTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * *
151282 CAAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTATTTTATTACAAAAC-AAA-G-C----C-----AC
192 TAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACATTTGAA
* * * * ** * **
151334 AT---TAA-T-TTGAAATAGTTATGACTATTTGAACCTGTTCAATAAACATATTTATTTTTTTGA
256 ATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-AATATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAA
* * *
151394 TCTTTTACTTATT-ATTTTTCAAAATATTAATAAATTAATAT
320 TCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * *
151435 TACTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATAGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCA
1 TA-TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-ATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
** * * * * * *
151498 TAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAATCATAACAATTTGAACTTGTTCAATAAATAGAT
64 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGAT
* * * *
151563 TTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATCAATAAATTTA-TATTATTGTATT
129 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT
* * * ** * * * * * ** *
151625 TAAAATAAGCTTGTATGAATGGAAAAAAATCATTTTACGAGAAATCAAAAAGGTTAGAGTGATTA
191 TTAAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATA-ACATTT
* * * * * *
151690 CAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAATAGATTCT-TTTTT
253 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATT-TATTTTT
* * * *
151754 TAAATCTCTTAATTATTAA-TGTTCATAATATTGATAACA-TAGTAT
316 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAA-ATTAGTAT
* * * * * *
151799 TATTTCATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATT-TTTTATGACAAAATAAAAGGACATA
1 TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * *
151863 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATGACTATTTGATCTAGTTC-AGTAAACACATT
66 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGATT
* * * * * * * * **
151927 CATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAACTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGA
130 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAA
* * * * *
151992 ATAAGCTTGTATGAA-AGAAACTATTCTTTTATGATAAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATA
195 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-ATTTGAAATA
* * *
152056 AATAATTGCTT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTG-TAAACAAATTT-TTTTTTAATT
259 GATAATT-ATTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTTGTT-TGATAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * * *
152118 TTTTTACTTTTTAATTTTTGAAATACTAATAAATTAGTAT
321 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * *
152158 TAATTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATTACAAAACAAAA-GTCACA
1 TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* *** * *
152222 TTGATTTG--A-A-AT-A--G-T----TA-TC---ACTATTTGAACCCATTCGACAAACATATTT
66 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTT
* * * * * * * **
152271 ATTTTTT-TATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTACTTTAATCCAAA
131 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAA
* * * * * *
152335 TAAGCTTGTATGAACAAAAATAATAGTTTTATGACAAAA-AAAAAGTCATAACAATTTGAAATAA
196 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-ATTTGAAATAG
* * * * * * *
152399 ATAATTGTTCAAATAATCATAACGATTTGAATTTG-TTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
260 ATAATTATTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTTGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
*
152463 TTTACTTATT-ATTGTCTT--AATATTAATAAATTTA-TAT
323 CTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAA-TTAGTAT
* * ** * * *
152500 TATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATG-AATGAAAAAAAAAATCATTTTATGAGAAATCAAAAAGT
1 TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAATG----AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * *** * * * *
152564 TAGAGTGATGACAAATATATAATTATTCAAATAGTCA-AATTATTTAAACTTGTTCGATAAACAG
62 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAG
* * * *
152628 ATTCATTTATTAAATCTCTTAATTATTAATGTTCTCTTAATTATTAATGTTCATAATATCAATAA
127 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA--TT-T-TT-A--A--AAT-AT--TAATA--AAT--
* * * * ** * * *
152693 CATGGTATTATTTCATTTCAAGTAAGCTTACATGAACT-GAAATAATTTTTTTATGATAAAACAA
176 --TAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * *
152757 AAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATTATTCAAATAGTCA-AGACTATTTG-ATTTAG-TTCA
238 AAGGTCATAA-CATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA-A-TATTTGAACTT-GTTTGA
* * * *
152819 GTAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAA-TTGTGAAAATATTAATAAATTAGTAT
299 -TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * *
152882 TATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAAA-GCAACTATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCAT
1 TATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * **
152945 AACGATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATGGAT
65 AATGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGAT
* * * * * *
153009 TTATTTTTTAAA--T-TT-CTTACTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAATATT-TTTTATTCTG
129 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTA
* * * ** * * * *
153069 AACAAACTTATATGAGCAAAAACATTTATTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAAAGATTTGAAAT
194 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AACATTTGAAAT
* * ** * * *
153133 AAATAAGTT-TTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTACTTGGATAAACAGAA-TTATATTCTAAA
258 AGATAA-TTATTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTTGTTTGATAAACA-AATTTATTTTTTAAA
* * *
153196 TCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTGATAAATTCA-TTT
320 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTAT
* ** * * * * *
153237 TATTTTATTCCAAATAAGCTACTACGAATTGAAAAAATTGTTTCATGATAAAACAAAAGGTCATA
1 TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * *
153302 ATAATTTGAAATTGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTC-AAAAAGTAAATT
66 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAA-CAGATT
* * * * * * *
153366 TATTTTTTTGAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTGTTTCA
130 TA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTA
* * ** * *
153431 AATAGGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGA-TGAACAAAAGGTTACA-AAGATTTGAAG
194 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-T-CATAACATTTGAAA
* * * * *
153494 T-G-TACGATTATTCAAATAGTCATAGCTATTTGAA-GTGATTCGATAAACAGATTTATGTTTTA
257 TAGATA--ATTATTCAAATAGTCATA-ATATTTGAACTTG-TTTGATAAACAAATTTATTTTTTA
* *
153556 AATCTC-T-C--ATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAATAT
318 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * *
153595 TATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGATAA-AAAACCAATTGTTATATGACTAAACAAAAAG-C
1 TATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGA-AATGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * * * *
153657 AATAACT-ATTTGAAATTGATATTTATTGAAATGGCCATAATTATTTGAA-TTAATTTGATAAAT
63 -ATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAAC
* * * *
153720 AGATTCATGTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAA-AAATTTAGTATTATTTTA
125 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA
* * * * *
153784 TTTTGAATAAGCATGTATAAACT-GAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
189 TTTTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CATT
* * * ** * * *
153848 TTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTTGTAACTATTTGAATTTGTTCGATAAACAAATTTATCTTT
252 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTT
* * *
153913 TAAA-CTCTTGCCTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTAT
316 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
*** * * * *
153957 TATTTTATTTTGGATAAACTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATA
1 TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * ** * * * * * *
154022 ATGATTTTATATAAATAATTGTTCAAAAAGTTTTAACTATTGGAACTTATTTGGTTAACGGATTT
66 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTT
* * ** * * * * *
154087 ATTTTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTTGGATTATTGTATTTTG
131 A--TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTA
* * * * * * *
154152 AATATGCTTGTAAGATATA-AAACAAATATTTTATGACTAAAC-AAAGGATCATAATGATTTAAA
194 AATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAA-CATTTGAA
* * * ** * * ** *
154215 ATAAATAATTATTCTAATATTTTTAACTAATTGAACTGGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAA
256 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAA
* * *
154280 --TC-T-CTTATTCATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTAT
320 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
** * * * * * **
154317 TATTTTTAACTGAAA-AAGCTTCTATG-ATTAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGTTTT
1 TA-TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * *
154379 TAATGATTT-AAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAATAGA
64 TAATGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGA
* * *
154443 TTTATTGTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTTTAAATAT
128 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATAT
154483 GATAAAAACA
Statistics
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TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTT
ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAA
TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACATTTGAAATAGA
TAATTATTCAAATAGTCATAATATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
Found at i:146815 original size:25 final size:21
Alignment explanation
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Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
146756 TAAAAGATTG
146766 ATAAATTCATATTATTTTATA
1 ATAAATTCATATTATTTTATA
146787 ATAAATTCATATTATTTTAT
1 ATAAATTCATATTATTTTAT
146807 TCCAAATAAG
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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ATAAATTCATATTATTTTATA
Found at i:149693 original size:539 final size:541
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Indices: 148737--149798 Score: 1200
Period size: 539 Copynumber: 2.0 Consensus size: 541
148727 AGTTTTAAAG
* ** * *
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* * *
148802 TAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATG
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* * * *
148867 ATTTGATAAACAGATTTACATTTTAAATCAACTGACTACTTTTCTAAATATTAATAAATTAGTGC
131 ATTCGATAAACAGATTTACATTTTAAATCAACTGACTAATTCTCTAAATATTAATAAATTAGTAC
* * *
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196 TATTTTATTTTAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTAAGATAAAACAAAAAGGAATA
* * **
148997 AAGATTTGAAATAGATAATTGTTCCAAATATTATAATTATTTGAACTAGTTCGTTAAATAGAATT
261 AAGATTTAAAATAGATAATTATTCCAAATACCATAATTATTTGAACTAGTTCGTTAAATAGAATT
* * * * *
149062 ATTTTTTAAATCTCTTATTTATAAAATTTTGAAATATTAAGAAATTAGTTTTATTTTATTCCGAA
326 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAAATTTTAAAATACTAAGAAAATAGTGTTATTTTATTCCGAA
* *
149127 TAAACTTATATTAGCTAAAAGAATTGTTTTATGACAAAA-AAAATGGTCATAACAATTTAAAATA
391 TAAACTTATATGAGCTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAACAATTTAAAATA
* * * * *
149191 GATAATTGTTCATATATTCTTAACTGTTTAAACTGGTTT-AGCAAACAGATTTATTTTTT-AAAT
455 GATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAACTGGTTTGA-CAAACAGATTTATTTTTTCAAAT
149254 CTCTTAGTCATGAAATTTCAAAA
519 CTCTTAGTCATGAAATTTCAAAA
* * * * *
149277 TATTATTAAATGAGTATTATTTTA-TTCCAATAAACTTGTATGAACAGAAATAATTTTTTTATGA
1 TATTATTAAATGAGTATTATTTTATTTCCAATAAAATAGTATGAACAGAAACAATTGTTTGATGA
* * * * *
149341 CAAAATAAAAGGTTATAATAATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAATTGTCATAACTATTT-AAACT
66 CAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAAAAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAA-T
** * *
149405 -AGTTCGATAAACA-ACTTTATTTTTTTAAATC-TC-GTACTAATTCT-TGAATATTAATAAATT
130 GA-TTCGATAAACAGA-TTTA-CATTTTAAATCAACTG-ACTAATTCTCTAAATATTAATAAATT
* * * * *** * **
149465 AGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGATATTAC-AAAAG
191 AGTACTATTTTATTTTAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTAAGATAAAACAAAAAG
** * * *
149529 GAGATAACTATTTAAAATAGATAATTATT-TAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTTCG-TAA
256 GA-ATAAAGATTTAAAATAGATAATTATTCCAAAT-ACCATAATTATTTGAACT-AGTTCGTTAA
* * * *
149592 ATTGATTTATTTTTTTAAAT-TAGTTACTTAT-AAATTTTCAAAATACTAATAAAATAGTGTTAT
318 ATAGAATTA-TTTTTTAAATCT-CTTACTTATAAAATTTT-AAAATACTAAGAAAATAGTGTTAT
* ** * * * * * * **
149655 TTTGTTTTGGATAAGCTTTTATGAGTTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATG
380 TTTATTCCGAATAAACTTATATGAGCTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * *
149720 ATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAACAGATTTATT
445 ATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAACTGGTTTGACAAACAGATTTATT
149785 TTTTCAAATCTCTT
510 TTTTCAAATCTCTT
149799 GCTTATTAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (541 bp):
TATTATTAAATGAGTATTATTTTATTTCCAATAAAATAGTATGAACAGAAACAATTGTTTGATGA
CAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAAAAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATG
ATTCGATAAACAGATTTACATTTTAAATCAACTGACTAATTCTCTAAATATTAATAAATTAGTAC
TATTTTATTTTAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTAAGATAAAACAAAAAGGAATA
AAGATTTAAAATAGATAATTATTCCAAATACCATAATTATTTGAACTAGTTCGTTAAATAGAATT
ATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAAATTTTAAAATACTAAGAAAATAGTGTTATTTTATTCCGAA
TAAACTTATATGAGCTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAG
ATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAACTGGTTTGACAAACAGATTTATTTTTTCAAATCT
CTTAGTCATGAAATTTCAAAA
Found at i:150227 original size:540 final size:540
Alignment explanation
Indices: 144982--154482 Score: 4539
Period size: 540 Copynumber: 17.6 Consensus size: 540
144972 ATTCTACTAC
** * * ** * * * *
144982 TATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAACAAAAATAATTGGTTTATGACCAAACAAAAGGTCATA
1 TATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTTATA
* * * * * * * ** ***
145047 ACAATTTGAAACAGATAAGTGTTCAAATAGTTATAACTATATG-AATGTATTCAAAAAATGGATT
65 ATAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAT-TATTTAGTAAACAAATT
* * * *
145111 TA-TTTTTAAAAT-TTTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCA
129 TATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCT
* * * * * *
145173 AAATAAGTTTGCATGA-AAAAAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGCTTTGAA
193 AAATAAGCTTGTATGATCAAAAA-TAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAAGTCATAATGATTTGAA
* * * * * * * * *
145237 ATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAATATG-TTTGGTAAACAGATTCATTTTTTAA
256 ATAGATAATTATTCAAATGGTTATAACTATTTGAAT-TGATTCGGAAAATAAATTTATTTTTTAA
* * * * * * * *
145301 TTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTAT
320 ATCTCTTACTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAA-TAGTATTATTTTATTTTAGATAAGCTTGT
* * * * ** *
145366 TTGAAATGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGGAATAGTTAATTATT
384 ATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATT
* * * * * *
145431 CAAATAGTCATAACTATTTCAACTTGTTTGGTAAACATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTAATT
449 CAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATT
* *** *
145495 AACTGTCAAAATATTAATAAATTAATAT
514 AA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * *
145523 TATTTTAATCTAAATAACCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCAT
1 TATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTTAT
* * * * * * *
145587 AACATTTTGAAATAAATAATTGTTCGAATAGTCATAA-TGATTTGAACTTGTTT-GATAAACAAA
64 AATAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAAATTATTTAG-TAAACAAA
* * * *** *
145650 TTTA-TTTTTTAAGTCTTTTACTTATTAATTGTCCTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTC
127 TTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * * * ** * *
145714 AAAATAAGCTTATATGAAT-AGAACA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCGATATC
192 TAAATAAGCTTGTATG-ATCA-AAAATAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAAGTCATAATGATTTG
* * * * * * * *
145777 AAATAGATAATT-TTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTG-TTC-AATAAACATATTCATTTTT
254 AAATAGATAATTATTCAAATGGTTATAACTATTTGAA-TTGATTCGGA-AAATAAATTTATTTTT
* * * * * * * * *
145839 TAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTGATGTTATTTTGTTTCAAATAA-AT
317 TAAATCTCTTACTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAATAG-TATTATTTTATTTTAGATAAGCT
* * * * *
145903 ATATATGAACTGAAGCAATTTTTTTATGACAAAACATAAGGTCATAATGATTGT-AATAGGA-AA
381 -TGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATA-GATAA
* * * * * * * * * *
145966 TTATTCAAGTAGTCATGACTATTTGATCTCGTTTGGTAAACATATCTATTTTTAAAAAT-TTTTG
444 TTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTT-TAAATCTCTTG
*** * *
146030 ACTTATTAATTATCAAAATAATAAAAAATTAGTAT
508 -CTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * * *
146065 TATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATTAA-TAGAAACAATTGTTTTATAATTGAACAAAAAGTCAT
1 TATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTTAT
* * * * * * * * *
146129 AATGACTTGAAACAAATAATT-TGTCAAATAGTCATAATTATTT-TAATTAGTTT-GATAAATAG
64 AATAATTTCAAATAGATAATTGT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTA-TTTAG-TAAACAA
* * * *
146191 ATTTA--TTTCTAAATATC---C-TATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATT
126 ATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * * * * ** * * * * ** *
146250 CCGAACAAACTTATATAAAGAAAAACATTTGTTGTATGACAAACTAAATGGTCATAACGATTTGA
191 CTAAATAAGCTTGTATGATCAAAAATAATTGTTTTATGACAAA-AAAAAAGTCATAATGATTTGA
* * * * * * *
146315 AATAAATAATTATTC-AATAGTCATAATTATTAGAACTTG-TTAGGTAAACAGAAA--TATTATT
255 AATAGATAATTATTCAAATGGTTATAACTATTTGAA-TTGATTCGG-AAA-ATAAATTTATT-TT
* * *
146376 TTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAGTATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTT-GAATAA
316 TTAAATCTCTTACTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAA-T-AGTATTATTTTATTTTAG-ATAA
** * * *
146438 GCTAATATGAATTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CATTTTGAAATAGAT
378 GCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTT-AAATAGAT
* * * * * ** * * * * *
146502 AATTGTTCATATAGTCTTAAATATTTAAACTGGTTTGGCAAGCAAATTTA-TTTTCAACTCCCTT
442 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * *
146566 AG-TTAATAATTTTTGGAATATTATTAAATCAGTAT
507 -GCTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTAT
* * * ** * *
146601 TACTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGGTAGAACAAAAGGTTATA
1 TATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATA-AACAAAAGGTTATA
* * * * * * * * *
146666 ACAATTTGAAGTATACAATTATTCAAATAGTCATAATTATTT-AAATTGGTTTAGTAAATAAATT
65 ATAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATT-ATTTAGTAAACAAATT
* * * * * *
146730 TATTTTTTAAATATCTTATTAATTTTTAAAAGATTGATAAATTCATATTATTTTATAATAAATTC
129 TATTTTTTTAA-ATC-TCTTACTTATT---A-ATT--T---TTGA-A--A-TAT-TAATAAATT-
* * * * *
146795 A-TATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGAATGATCAAAAACATTTGTTATATGACCAAAAAAAAAG
177 AGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGATCAAAAATAATTGTTTTATGA-CAAAAAAAAAG
* * * * * * * * * *
146859 TAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGATCATAATTATTTTAAATGATAT-GGTAAAC
241 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTTATAACTATTTGAATTGAT-TCGGAAAAT
* * * * * *** *
146923 AGATTTACTTTTTAAATCACTAACTTATTAATTTTTTTCATATTAATAAATTTGTATTATTTTAT
305 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAA-TAGTATTATTTTAT
** * **
146988 TTT-GATTAAGCTTGTATGAACTGAAATGATTGTTTTATGACAAAAAAAAAAAGGTCATAACAAT
369 TTTAGA-TAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGAC--AAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * ** * * * * * *
147052 TTGAAATAGATAATTATTTATGTAGTCTTAATTATTTGAA-TTGCTTCACCAAACAGATTTATTT
431 TTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGA-TAAACAGATTTATTT
* * * *
147116 TTAAAATTTCTTAG-TTATTAATTTTTAAAATATTACTAAATTAGTAT
495 TTTAAATCTCTT-GCTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * * *
147163 TAATTTATTATGAATAAGCTTGTATGAATTGATACAATTATTTTATAATAGAACAAAAGCTTATA
1 TATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATA-AACAAAAGGTTATA
* * * * * *
147228 ATGATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATA---AAAACTA---G----TA--CAGTAAACAAATTT
65 ATAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTATTTAGTAAACAAATTT
* * * *
147281 A-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTGTTATTTTATTCTGA
130 ATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAA
* * * *
147345 ATAGGCTTGTATGATGAAAAATAATTTTTTTATGA-AAAAAAAAAGTTCGTAATGATTTGAAATA
195 ATAAGCTTGTATGATCAAAAATAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATA
* * ** * * * * *** *
147409 G-TAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTCGGTAAAA-AGATTCCCTTTTTAAAGC
259 GATAATTATTCAAATGGTTATAACTATTTGAATTGATTCGG-AAAATAAATTTATTTTTTAAATC
* * * * * *
147472 ACTTACTTATTAGTTTTTGGAATATTAATAAAT--TATTATTTT-TATTTCGAATAAGTTTGTAT
323 TCTTACTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAATAGTATTATTTTAT-TTTAG-ATAAGCTTGTAT
* * * * * *
147534 GAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATATACAATTGTTCC
386 GAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCA
* * * ** * * * *
147599 AATAGTCGTAACTATTTGAATTTGTTCAAGAATA-ATAATTATTTTCTTAAATCTCTTACTTATT
451 AATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGATAA-ACAGATTTATTTT-TTAAATCTCTTGCTTATT
147663 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
514 AATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * * *
147691 TATTTTATTTTGGATAACCTCT-TATGAACTAAAACAATCGTTTTATCATCAAAC-AAAGATCAT
1 TATTTTATTCTGAATAAACT-TGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGAT-AAACAAAAGGTTAT
* * * * * *
147754 AATGATTTTC-AATA-AGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTAGTT-AAGTTTATTCAGCAAACAG
64 AAT-AATTTCAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-ATTATTTAGTAAACAA
*** ** * * *
147816 ATTTATTTTTTTAAATCTCAGGCTTATTAATTTTCCAAATGTTAATATATTAGGATTATTTTATT
126 ATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * *** * * * * * **
147881 CCAAATAAACTTGTATGATGTGAAACAAATATTTTATGAC-TAAAAAAAGATCAGAACAATTTGA
191 CTAAATAAGCTTGTATGATCAAAAATAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAG-TCATAATGATTTGA
* * * * *** **
147945 AATAGATGATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACCAATTC-GACAAATGTATTTATTTTTTA
255 AATAGATAATTATTCAAATGGTTATAACTATTTGAATTGATTCGGA-AAATAAATTTATTTTTTA
* *
148009 AATCTCTTA--T--TAATTTTTAAAATATTAATAAATTGATATTA-TTT-TTTTA-ATAAGCTTG
319 AATCTCTTACTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAATAG-TATTATTTTATTTTAGATAAGCTTG
* * * * *
148067 GATGATCAT-AAACAATTGTTTTAT-------C-AAAGGTTATAATGATTTGAAATAGGTAATTA
383 TATGAAC-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTA
* * * * * * *
148123 TTCAAA-AGGTCATAAATATTTTAAC-TGATTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTATATCTTTTACT
447 TTCAAATA-GTCATAACTATTTAAACTTG-TTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCT
* * *
148185 TATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATAG
510 TATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTAT
* * * * *
148217 TATTTTATTCTGTATAAGCTTTTATTAACTGAAACAATTGTTTTATGA-AAAGCAAAA-TTTCAT
1 TATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAA-CAAAAGGTT-AT
* * * * * * * *
148280 AACAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAAATT
64 AATAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTATTTAGTAAACAAATT
* * *
148345 TATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATATTTT-AAATTTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCT
129 TATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* * * * * * * *
148409 AAATAAGCTTGTACGAACAGAAATAATTATTTTACGACTAAAAAAAAAGTTAGAATAATTTGAAA
193 AAATAAGCTTGTATGATCAAAAATAATTGTTTTATGAC-AAAAAAAAAGTCATAATGATTTGAAA
* * * * * * * * *
148474 TAGATAATTATTCTAATTGTCT-TAACCATATGAATTGGTTCAGTAAACAATTTTATTTTTTAAA
257 TAGATAATTATTCAAATGGT-TATAACTATTTGAATTGATTCGGAAAATAAATTTATTTTTTAAA
* * * * * * ** * *
148538 TATCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTCTA
321 TCTCTTACTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAA-TAGTATTATTTTATTTTAGATAAGCTTGTA
* * * * * * * *
148603 TGAAC--AAAAAATTATTTTATGACAATACAAAAAGTAATAATGATTTAAAATTGATAATCGA-T
385 TGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAAT-TATT
* * * * * * * * *
148665 CATATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTT-CT---TAGATTTATTTTTTTAATTTTCTTGATTAT
449 CAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTGCTTAT
* * *
148725 TAAGTTTTAAAGTATTATTAAATTAGTAT
513 TAATTTTTGAA-TATTAATAAATTAGTAT
* * * * *
148754 TATTTTATTTTGAATAAAATAGTATGAA-TAGAACCAATTGTTTGATGATAAAACAAAAGGTTAT
1 TATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGAT-AAACAAAAGGTTAT
** * * * * *
148818 AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGATTT-GATAAACAGAT
64 AATAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTATTTAG-TAAACAAAT
** * * * * ** *
148882 TTA-CATTTTAAATCAACTGAC-TACT--TTTCT-AAATATTAATAAATTAGTGCTATTTTATTT
128 TTATTTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * * * * * * * *
148942 TGAACAAACTTATGTGAACAAAAACAATTGTTTTAAGATAAAACAAAAAGTAATAAAGATTTGAA
192 TAAATAAGCTTGTATGATCAAAAATAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAAGTCATAATGATTTGAA
* * * * **
149007 ATAGATAATTGTTCCAAAT-ATTATAATTATTTGAACT-AGTTCGTTAAATAGAA-TTATTTTTT
256 ATAGATAATTATT-CAAATGGTTATAACTATTTGAATTGA-TTCGGAAAATA-AATTTATTTTTT
* * * * ** *
149069 AAATCTCTTA-TTTATAAAATTTTGAAATATTAAGAAATTAGTTTTATTTTA-TTCCGAATAAAC
318 AAATCTCTTACTTAAT-AATTTTTGAAATATTAATAAA-TAGTATTATTTTATTTTAG-ATAAGC
* * * * * ** *
149132 TTATATTAGCTAAAAGAATTGTTTTATGACAAAA-AAAATGGTCATAACAATTTAAAATAGATAA
380 TTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAATGATTTTAAATAGATAA
* * * * * * *
149196 TTGTTCATATATTCTTAACTGTTTAAACTGGTTT-AGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
444 TTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-
* * *** * *
149260 G-TCATGAAATTTCAAAATATTATTAAATGAGTAT
507 GCTTAT-TAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * *
149294 TATTTTATTC-CAATAAACTTGTATGAACAGAAATAATTTTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATA
1 TATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTTATA
* * * * * * *
149358 ATAATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAATTGTCATAACTATTT-AAACTAGTTCGATAAACAACTT
65 ATAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTATTTAG-TAAACAAATT
* * *
149422 TATTTTTTTAAATCTCGTAC----TAATTCTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTA
129 TATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA
* * * * * * * ** *
149482 AATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGATATTACAAAAGGAGATAACT-ATTTAAAA
194 AATAAGCTTGTATGATCAAAAATAATTGTTTTATGACA-AAAAAAAAGTCATAA-TGATTTGAAA
* ** * * * * **
149546 TAGATAATTATTTAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTTC-GTAAATTGATTTATTTTTTTAA
257 TAGATAATTATTCAAATGGTTATAACTATTTGAATTGA-TTCGGAAAATAAATTTA-TTTTTTAA
* ** * * * *
149610 AT-TAGTTACTT-ATAAATTTTCAAAATACTAATAAAATAGTGTTATTTTGTTTTGGATAAGCTT
320 ATCT-CTTACTTAAT-AATTTTTGAAATATTAAT-AAATAGTATTATTTTATTTTAGATAAGCTT
* ** *
149673 TTATGAGTTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTTAAATAGATAATTA
382 GTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTA
*
149738 TTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTT
447 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTGCTT
*
149803 ATTAATTTTTTGAAT-TTAATAAATTACTAT
511 ATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTAT
* * ** * * *
149833 TATTTCATTCTAAATAAGGTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGAGTAAACAAAAGGTTAGA
1 TATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTTATA
* * * * * * *
149898 ATAATTTCACATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAATTTATTTAGCAAACAAATTT
65 ATAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTATTTAGTAAACAAATTT
* * *
149963 A-GTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT-ATTAATTAGTATTATTTT-TCTCTG
130 ATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTA
* *
150025 AATAAGCTTGTATGATCAAAAATAATT-TTTTATGACAAAACCAAAA-TCATAATGATTTGAGAT
194 AATAAGCTTGTATGATCAAAAATAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAAGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * * * * *
150088 TGATATTTGTTCAAATGGTTGTAACTATTTGAATTGTTTTGGAAAACAAATTCAATTTTTAAATC
258 AGATAATTATTCAAATGGTTATAACTATTTGAATTGATTCGGAAAATAAATTTATTTTTTAAATC
* ** * *
150153 TCTTGCTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTAGATAAATTTTTATA
323 TCTTACTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAA-TAGTATTATTTTATTTTAGATAAGCTTGTATG
*
150218 AACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT--TTTTAAATAGATAATTATGCA
387 AACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTTAAATAGATAATTATTCA
* * * * *
150281 ATTAGTCATATCTATTT-GATTTCGTTTGATAAAC--A--TA---GTT--A--T-TT--TT-TT-
451 AATAGTCATAACTATTTAAACTT-GTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTA
*
150329 A----TAAATATTAATAAATTAGTAT
515 ATTTTTGAATATTAATAAATTAGTAT
* ** **** *
150351 TATTTTATT-TCAAATAGGCTTGTATGAGGAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAA-GTTCA
1 TATTTTATTCT-GAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTT-A
* * * * * * * *
150414 TAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-GGCTACAATTATTTG-AATTGA-TTCGATAAACT
63 TAATAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAAATT-ATTTAG-TAAACA
* * * * * * *
150476 AATTTA-TGTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTAAAATATTACTAAAGTAATATTATTTTAT
125 AATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * * * **
150540 T-TCAGATAAGTTTTTGTGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAATGTCATAACAATTT
190 TCT-AAATAAGCTTGTATGATCAAAAATAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAAGTCATAATGATTT
* * * * ** *
150604 TAAATAGAAAATTATTCAAATAGTTAAAACTATTTGAACTTG-TTTAGTAAAT-AA-TT-TTTTT
253 GAAATAGATAATTATTCAAATGGTTATAACTATTTGAA-TTGATTCGGAAAATAAATTTATTTTT
* * * * *
150665 TAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAAATAGTATTATTTTA-TTTCGAATAAG
317 TAAATCTCTTACTTAATAA-TTTTTGAAATATTAAT-AAATAGTATTATTTTATTTTAG-ATAAG
* * * * * * *
150728 CATGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAAGTCAAAATGATTTGAAATAGATAA
379 CTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAA
* * * * * * * * *
150793 TTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGACAAACACAATTATTTTTTAAATCT-TTAC
444 TTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGC
* * * *
150857 TTATTAATTTTTAGAAAATTATTAATTTAGTAG
509 TTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * *
150890 TATTTTACTCTGAATAAATTTGTATGAACTGAAACAAATGTTTTAGGATAAA-ACAAAGATCATA
1 TATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAACA-AAAGGTTATA
* * * * * * * * * *
150954 ATGATTTGAGATAAAGAATTGTTCAAATAATCATATCTATTTG-AATTGGTTCT-GTAAAGAGAT
65 ATAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATT-ATT-TAGTAAACAAAT
* * * *
151017 TTA-GTTTTTAAATCCTTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTATT-ATTATTTTATTTTAAA
128 TTATTTTTTTAAAT-C--TCTT-A--CTT---AT--TAAT---TT-TTGA--A----ATATT-AA
* * * **
151080 TAAATTTA-TATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGCATGAACATAACCAATTGTTTTATGA-AAA
171 TAAA-TTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGATCAAAAATAATTGTTTTATGACAAA
* * * * * * *
151142 AACAAGAGGTCATAAT-ATTTTGTAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAACTTG-
234 AA-AA-AAGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTTATAACTATTTGAA-TTGA
* * * * * * *
151205 TTCAGTAAACAGATTTTTTTTTTAATTCTCTTACTCT-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
295 TTCGGAAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TAATAATTTTTGAAATATTAATAAA-TAG
* * * * *
151269 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATTACAAAAC-AAA-G-C
358 TATTATTTTATTTTAGATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * ** *
151331 ----------CACAT---TAA-T-TTGAAATAGTTATGACTATTTGAACCTGTTCAATAAACATA
423 ATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAACAGA
** * * * *
151381 TTTATTTTTTTGATCTTTTACTTATT-ATTTTTCAAAATATTAATAAATTAATAT
488 TTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT--GAATATTAATAAATTAGTAT
* * ** * * * *
151435 TACTTTAATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATAGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAT
1 TA-TTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTTAT
* * * * * * * * * * * *
151499 AACAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAATCATAACAATTTGAACTTGTTCAATAAATAGATT
64 AATAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTATTTAGTAAACAAATT
* * * *
151564 TA-TTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATCAATAAATTTA-TATTATTGTATT
129 TATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT
* ** * * * * * *
151625 -TAAAATAAGCTTGTATGAATGGAAAAA-AATCATTTTACGAGAAATCAAAAAGGTTAGAGTGAT
191 CT-AAATAAGCTTGTATG-AT-CAAAAATAATTGTTTTATGACAAA--AAAAAAGTCATAATGAT
** * * * * * *
151688 TACAAATAGATAATTATTCAAATAGTCT-TAATTATTTAAACTTG-TTTGGTAAATAGATTCT-T
251 TTGAAATAGATAATTATTCAAATGGT-TATAACTATTTGAA-TTGATTCGGAAAATAAATT-TAT
* * * * * * * *
151750 TTTTTAAATCTCTTAATTATTAA-TGTTCATAATATTGATAACATAGTATTATTTCATTTCAAAT
313 TTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTTTGA-AATATTAATAA-ATAGTATTATTTTATTTTAGAT
* * * * *
151814 AAGCTTATATGAACTGAAATAATT-TTTTATGACAAAATAAAAGGACATAATGATTTGAAATAGA
376 AAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGA
* * * * * * * * * * *
151878 TAATTATTCAAATAATCATGACTATTTGATCTAG-TTCAGTAAACACATTCATTTTTAAAATTTT
441 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * ***
151942 TTACTTATTAACTGTCAAAATATTAATAAATTAGTAT
505 TTGCTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * *
151979 TATTTTAATTC-GAATAAGCTTGTATGAA-AGAAACTATTCTTTTATGATAAAACAAAAAGTTAT
1 TATTTT-ATTCTGAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGAT-AAACAAAAGGTTAT
** * * * *
152042 AACGATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCT-GTAAACAAA
64 AATAATTTCAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTATT-TAGTAAACAAA
* * * * * *
152105 -TT-TTTTTTTAATTTTTTTACTTTTTAATTTTTGAAATACTAATAAATTAGTATTAATTTATT-
127 TTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * ** * * * * * *
152167 TCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATTACAAAACAAAAGTCACATTGATTTGAA
192 T-AAATAAGCTTGTATGATCAAAAATAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGTCATAATGATTTGAA
*** * * *
152232 ATAG----TTA-TC-----------ACTATTTGAACCCATTC-GACAAACATATTTATTTTTT-T
256 ATAGATAATTATTCAAATGGTTATAACTATTTGAATTGATTCGGA-AAATAAATTTATTTTTTAA
* * * ** * * * ** *
152279 ATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTACTTTAATCCAAATAAGCTTGT
320 ATCTCTTACTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAA-TAGTATTATTTTATTTTAGATAAGCTTGT
** * * * ** * * *
152344 ATGAACAAAAATAATAGTTTTATGACAAAA-AAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTT
384 ATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATT
* * * * * * * *
152408 CAAATAATCATAACGATTTGAATTTG-TTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
449 CAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTAT
152472 T-ATTGTCTT-AATATTAATAAATTTA-TAT
513 TAATT-T-TTGAATATTAATAAA-TTAGTAT
* * ** * *
152500 TATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAAAAAAAAATCATTTTATGAGAAATCAAAAAG
1 TATTTTATTCTG-AATAAACTTGTATGAACTG----AAACAATTGTTTTATGATAAA-CAAAAGG
* * * ** * * * * *
152563 TTAGAGTGATGACAAATATATAATTATTCAAATAGTCA-AATTATTT-AAACTT-GTTCGATAAA
60 TTATAATAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAA-TTATTTAG-TAAA
* * * * *
152625 CAGATTCA-TTTATTAAATCTCTTAATTATTAATGTTCTCTTAATTATTAATGTTCATAATATCA
123 CAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TT-T-TGAA--A-T-A---T--TAATA--A
* * * ** * ** * *
152689 ATAACATGGTATTATTTCATT-TCAAGTAAGCTTACATGAACTGAAATAATTTTTTTATGATAAA
174 AT----TAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGATCAAAAATAATTGTTTTATGACAAA
* * * * *
152753 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATTATTCAAATAGTCA-AGACTATTTG-ATTTAGT
234 A-AAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTTATA-ACTATTTGAATTGA-T
* * * * * * * *
152816 TCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAA-TTGTGAAAATATTAATAAATTAGT
296 TCGGAAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTTTG-AAATATTAATAAA-TAGT
* * * * * *
152880 ATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAA-AGCAACTATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTC
359 ATTATTTTATTTTAG-ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * **
152943 ATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATGG
423 ATAATGATTTTAAATAGATAATT-ATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAACAG
* * *
153007 ATTTATTTTTTAAA--T-TT-CTTACTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAATAT
487 ATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTAT
* * * ** * * * *
153058 T-TTTTATTCTGAACAAACTTATATGAGCAAAAACATTTATTTTATGACAAA-ACAAAGGTCATA
1 TATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAACA-AAAGGTTATA
* * * * * * *
153121 A-AGATTTGAAATAAATAAGTT-TTCAAATAGTTATAATTATTTG-AACTACTTGGATAAACAGA
65 ATA-ATTTCAAATAGATAA-TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTATTTAG-TAAACA-A
* * * * *
153183 A-TTA-TATTCTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTGATAAATTCA-TTTTATTTTAT
126 ATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTAT
* ** * ** * * * *
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190 TCTAAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAATAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAAGTCATAATGATTT
* * * * * *
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253 GAAATAGATAATTATTCAAATGGT-TATAACTATTTGAATTGA-TTCGGAAAA-TAAATTTA-TT
* * * ** * * * * * *
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* ** * * * * *
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* * * * *
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442 A--ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTG-TTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* *
153561 C-T-C--ATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAATAT
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* ** * * **
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1 TATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGA-ACTGAAA-CAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTTA
* * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * ** * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
153911 TTTAAA-CTCTTGCCTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAA
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* * * *
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379 CTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAA
* * ** ** * * * * *
154040 TTGTTCAAAAAGTTTTAACTATTGGAACTTATTTGGTTAACGGATTTATTTTTTTTAAATCTTTT
444 TTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAACAGATTTA--TTTTTTAAATCTCTT
* * *
154105 GCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTTGGAT
507 GCTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTAT
* * ** * * * * *
154140 TATTGTATTTTGAATATGCTTGTAAGATA-TAAAACAAATATTTTATGACTAAAC-AAAGGATCA
1 TATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGA-ACTGAAACAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGG-TTA
* * * * * * ** * * ** * * *
154203 TAATGATTTAAAATAAATAATTATTCTAATATTTTTAACTAATTGAACTGGTTTGGCAAACACAT
63 TAATAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTATTTAGTAAACAAAT
* * * *
154268 TTA-TTTTTTAAA--TC-T-CTTATTCATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAAC
128 TTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TC
* * * * * * **
154327 TGAAA-AAGCTTCTATGATTAGAAACAATTATTTTATGAC-AAAACAAAGTTTTTAATGATTT-A
192 T-AAATAAGCTTGTATGATCAAAAATAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAG-TCATAATGATTTGA
* * * * * * * *
154389 AGATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTCGGTAAATAGATTTATTGTTT
255 A-ATAGATAATTATTCAAATGGTTATAACTATTTGAATTGA-TTCGGAAAATAAATTTATTTTTT
* * *
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TAAGCTTGTATGATCAAAAATAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGA
TAATTATTCAAATGGTTATAACTATTTGAATTGATTCGGAAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCT
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TCATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT
GAATATTAATAAATTAGTAT
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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** * *
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* *
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** * * * *
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* * * * *
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* ** *
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* ** * * * ** * *
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1 TTTTTA-AAATATTAATAAAATAGTATTATTTTA-TTTCAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAAT
* * * * * * * * * *
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*
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* * * *
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TTTTATGATAAAAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAAAACTATTT
GAACTTGTTTAGTAAATAATTTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
Found at i:151083 original size:25 final size:25
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*
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1 AATAA
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Statistics
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AATAAATTTATATTATTTTATTTGA
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* *
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* * * **
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*
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* * * * *
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* *
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* * ** *
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* ** * * *
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* * * * * **
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* * * *
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* * * * * * ** * *
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* * ** * * * * *
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* * *
151783 ATTGATAACA-TAGTATTATTTCATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATTTTTTATGAC
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* * *
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* * * * *
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* * * *
151962 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAA-AGAAACTATTCTTTTATGA
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* * * * * * *
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* * * * * * * **
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* * *
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* *
152207 AAAACAAAA-GTCACATTGATTTGAAATAG
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Statistics
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AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATA
Found at i:152655 original size:16 final size:17
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*
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TTATTAAGATCTCTTAA
Found at i:152665 original size:18 final size:18
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Matches are distributed among these distances:
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TCTCTTAATTATTAATGT
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* * * *
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* * * *
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** * *
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** * * * *
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* * * * * * *
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** * * * *
153124 ATTTGAAATAAATAAGTT-TTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTACTTGGA
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* * * * * *
153175 TAAACAGAATTATATTCTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTGATAAATTCA-TTTTA
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** ** * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
153420 ATTTTGTTTCAAATAGGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGAT-GAACAAAAGGTTACAA
63 ATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAA-AGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAA
* * * *
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* * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAA-TTAGTATTA
* * *
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* * * * ** * *
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* * * * *
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1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * *
153960 TTTATTTTGGATAAACTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATG-TCAAAACAAAAGGTCATAAT
65 TTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAA-AGAAACAATTGTTTTATGAT-AAAACAAAAGGTCATAAT
* * ** * * ** * * *
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127 GATTTGAAATTGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCGA
* * * * * * *
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1 TAAACAGATTTA--TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA--TTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * *
154140 TATTGTATTTTGAATATGCTTGTAAGATATA-AAACAAATATTTTATGACT-AAAC-AAAGGATC
62 TATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGA-A-AGAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGG-TC
* ** * * ** * * * *
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* * * *
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1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-
** * * * * * * **
154320 TTTTAACTGAAAAAGCTTCTATGATTAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGTTTTTAATG
64 TTTTATTTGAATAAGCTTGTATGA-AAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATG
* *
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* * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* ** *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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1 GTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAT-TGAAAA-AATTGTTTTATGA-TAAAACAAAA
* * * * * * * * **
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* * * * *
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* * * * * *
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* ** * * *
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* * * * *
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* *
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*
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* * * * *
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TAATTTTTTAAA
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* * * * * *
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* * * *
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** * * *
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** * *
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* * *
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* * *
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* * * ** *
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*
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AATAAGCTTATATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAGGTCAGAATGATTTGAAAG
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*
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* * *
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* ** ** * * *
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* * * *
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* * * * * ** *
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* * * * *
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*** * *
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* ** * **
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* *
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* * * * * *
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* * * * * **
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* * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * ** * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* ** * *
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** ** *
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* * * * * *
172096 -TTATTTTTTAAATCTCTTATTTATAAAATTTTGAAATATTAAGAAATTAGTTTTATTTTATTCC
1 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * ** * * * *
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* * * * * * * *
172224 TAGATAATTGTTCATATATTCTTAACTGTTTGAACTGGTTCAGCAAATAAA
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* * * * * *
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* * *** * * * *
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66 AAAT-AAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * *
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* *
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* **
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* * * ** *
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*
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* *
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* * ** * *
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* * ** **
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* * * * ** * * * *
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* * *
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* *
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** * * * *
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258 ATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * *
167051 ---ATGGTCT-TAATTATTTGAACCAATGTGA-TAAACTA-A
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* ** * * *
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1 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTA-TT
* * * * ** * ** *
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* * * * *
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* * ** * * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * *
167405 TTCTAATAGTCT-TAACTATTTGAACTGGTTCAGCAAACACA
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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64 CGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGA
* * * *
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* * * * **
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*** * * * * * *
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* ** * * *
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*** *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* **
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*
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* * * * * *
168224 AAAATAAGTTTGTATGAACAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAGAGGTCATAATGCTTTGAA
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* * *
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* * * *
168353 TTCTCTTA-TTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA
193 ATCTCTTACTT-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTG
* * * * * * *
168417 TTTGAA-ATGAAACAATTGTTTTATTACAAAACGAACA-GTCATAATGATTTGGAATAGTTAATT
257 TATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
* * * * ** *
168480 ATTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTTGTTTGGTAAACATA
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* * * ** * *
168522 TTTA-TTTTAAAATCTTTTACTAATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCT
1 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-
* * * * *
168586 AAATAACCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAC-ATTTTGAA
65 GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAA
* * * * *
168650 AAAAATAATTGTTCGAATAGTCATAA-TGATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAA
129 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * * *
168714 GTCTTTTACTTGTTAATTATCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTT
193 ATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTT
* * * * * * * *
168777 ATATGAA-TAGAACAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCGATATCAAATAGATAATT
256 GTATGAACAAAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * *
168841 TTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCAATAAACATA
320 GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC-TATTCAGTAAACAGA
* * * * * * * *
168883 TTCATTTTTTAAATGTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAACAAATT-GATGTTATTTTGTTT
1 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTT-ATT
* * * * * * * * * *
168947 CAAATAA-ATATATATGAACTGAAGCAATTCTTTTATGACAAAATATAAGGTCATAATGA-TTGT
64 CGAATAAGCT-TGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * * * * * * * *
169010 AATAGAAAATTATTCAAGTAGTCATGACTATTTGATCTCGTTTGGTAAATATATATATTTTTTAA
128 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTT-A
* * * ** * *
169075 AATTTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTG
192 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTG
* * * * ** * * * * *
169140 TATTAATAGAAACAATTGTTTTATAATTAAACAAAAAGTCATAATGACTTGAAACAAATAATT-T
257 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * *
169204 GTCAAATAGTCAGAACTATTTGAACTAGTT-TGATAAATAGA
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* * * *
169245 TTTA-TTTCTAAATC--TT-C-TATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTATTATTACTTTATTCC
1 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-C
* * * * * * * * * * *
169305 GAACAAACTTATATAAAGAAAAACATTTGTTGTATGATAAAATAAATGGTCATAACGATTTGAAA
65 GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * **
169370 TAAATAATTATTC-AATAGTCATAATTATTAGAACTTGTTAGGTAAACAAAAATATTTTTTTAAA
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* * *** **
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194 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGT
**
169497 ATGAATTGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-ATTTTGAAATAGATAATTG
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* * * ** * * *
169560 TTCATATAGTCT-TAAATATTTAAACTAGTTTGGCAAGCAAA
321 TTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTA-TTCAGTAAACAGA
* * * * * * * * *
169601 TTTA-TTTTCAATTCTCTTAGTTAATAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTACTTTATTCT
1 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-
* * * * * * *
169665 TAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTAT-AGTAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAA
65 GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * * * ** *
169729 GTATG-CAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGGTTTAGTAAATAAATTTATTTTTTA
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* * *
169792 AA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAAGATTGATAAATTCA-TATTATTTTATTCCAAATAAGCTT
192 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTT
* * * * * *
169852 GAATGATCAAAAACATTTGTTATATGA-ACAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATT
256 GTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
* ** * * * **
169916 GTTGAAAT-GACCATAATTATTTTAAATAATTTGGTAAACAGA
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* * ** * ** * *
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* * * ** *
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* * * ***
170087 ATAGATAATTGTTCATATAGT-TTTA--ATTTGAA-TTGCTTCACCAAACAAATTTATTTTTTAA
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* * * * * *
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193 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGT
*** * * * * * * * * * *
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* * *
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* * *
170370 GAATATGCTTGTATGATGA-AG-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTG-
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* * * * * * * *
170432 AATAG-TAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTCAAC-TGATTCGGTAAA-AGGATTCACTTTTT
128 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACA-AATTTATTTTTT
* * * * * * * * *
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*** * * * * *
170557 GTATGAATTGAAACAAATGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATATACAATTG
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* ** * * *
170621 TTCCAATAGTCGTAACTATTTGAATTTGTTCAAG-AATA-ATA
321 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAA-CTATTC-AGTAA-ACAGA
* *
170662 ATTATTTTCTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 TTTATTTT-TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TT
* * * * * * * * * **
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* * ** * * *
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*** * ** * * * *
170854 AAATCTCAGGCCTATTAATTTTCCAAATATTAATATATTAGGATTATTTTATTCCAAATAAACTC
191 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTT
** * * * * * *
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* * * * * * *
170982 ATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTT-TGACAAACACA
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* * * **
171024 TTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAACTGGTATTATTTTTTTTT
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* * * * *
171085 AATAAGCTTGGATGATCATAAACAATTGTTTTAT-------C-AAAGGTTATAAAGATTTGAAAT
66 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * * * *
171142 AGTTAATTATTCAAA-AGGTCATAAGTATTTTAAC-CGATTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTATA
131 AGATAATTGTTCAAATA-GTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
* * * * ***
171204 TCTCTAACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTCTGTATAAGCTTGTA
194 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTA
* ** * * * * * * *
171269 T-TACTTGAAATAATTGTTTTATGAGAAAATAAAATGTCATAACAATTTTAAATAGAAAATTGTT
259 TGAAC-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * *
171333 CAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAAA
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* * *
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* * * * * * * *
171435 TGAATAAACTTGTATGAACTA-AAACAATTATTTTACGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGA
64 CGAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * * * * * * * *
171499 AATAGATACTTATTCTAATAATCTTAACCATATGAACTGGTTCAGTAAACAATTTTATTTTTTAA
128 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * * * *
171564 ATATCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTTT
193 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGT
* * * * * * * *
171629 ATGAACAAAAA-ATTTATTTTATGACAATACAAAAGGTAATAACGATTTAAAATTGATAATCGAT
258 ATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * ***
171693 CATATAGTCT-TAACTATTTGAATTGGTTCAGCAGTTAGA
323 CAAATAGT-TATAACTATTTGAACT-ATTCAGTAAACAGA
* * * * *
171732 TTTATTTTTTTAATTTTCTTGA-TTATTAAGTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT
1 TTTATTTTTTAAATCTT-TT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-T
* ** * * * * * * *
171796 TTGAATAAAATAGTATGAATAGAACCAATTGTTTGATGACAAAACAAAATGTTATAACAATTTGA
63 TCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * * * ** *
171861 AATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAA-ATGATTTGGTAAACAGATTTACATGTTA
128 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTA
* * * * * ** ** *
171925 AATCACTAACTAACTACTTTTCT-AAATATTAATAAATTAGCGTTATTTTATTTTGAACA-AAAC
192 AATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAA-ATAAGC
* * * * * * * *
171988 TTATGTGAACAAAAACAATTGTTTTAAGATAAAACAAAAAGTAATAAAGATTTGAAATAGATAAC
254 TTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * *
172053 TGTTCAAATA-TTATAATTATTTGAACTATTTCATTAAATAGA
319 TGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTA-TTCAGTAAACAGA
* * * * * * *
172095 ATTATTTTTTAAATCTCTTATTTATAAAATTTTGAAATATTAAGAAATTAGTTTTATTTTATTCC
1 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-C
* * * * * *
172160 GAATAAACTTGTATTAGCTA-AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACAATTT-AA
65 GAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * * * * * * *
172223 ATAGATAATTGTTCATATATTCTTAACTGTTTGAACTGGTTCAGCAAATAAATTTATTTTTTAAA
129 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
* * * * * * *
172288 TCTCTTAGTCATGAAATTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCC-AATAAAACTTGT
194 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT-AAGCTTGT
* * * * *
172352 ATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAAAAGATAATTGTT
258 ATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * ** *
172417 CAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTGGTAAACAGC
323 CAAATAGTTATAACTATTTGAACTA-TTCAGTAAACAGA
172456 TTTATT
1 TTTATT
172462 ACAAAAGGTA
Statistics
Matches: 4476, Mismatches: 1011, Indels: 462
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
343 28 0.01
344 77 0.02
345 84 0.02
346 75 0.02
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364 152 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (360 bp):
TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCG
AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATG
AACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
ATAGTTATAACTATTTGAACTATTCAGTAAACAGA
Found at i:170346 original size:169 final size:167
Alignment explanation
Indices: 170129--170441 Score: 418
Period size: 169 Copynumber: 1.9 Consensus size: 167
170119 TTGCTTCACC
* *
170129 AAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTACTAAATTAGTATTAAT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAAT
* * * *
170194 TTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATTG-A-TACAATTATTTTATAATAGAACAAAAGCTT-ATAA
66 TTATTATAAATAAGCTTGTATG-A-TGAAGAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAG-TTCATAA
170256 TGATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAGAAACTAGTACAGT
128 TGATTTG-AATA-GTAATTATTCAAATAGAAACTAGTACAGT
* * * *
170298 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTGTTAT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAA
* * * *
170362 TTTATTATGAATATGCTTGTATGATGAAGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATG
65 TTTATTATAAATAAGCTTGTATGATGAAGAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGTTCATAATG
170427 ATTTGAATAGTAATT
130 ATTTGAATAGTAATT
170442 GTTGAAATGG
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 14, Indels: 10
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 8 0.06
168 8 0.06
169 107 0.85
170 3 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.06, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (167 bp):
AAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAAT
TTATTATAAATAAGCTTGTATGATGAAGAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGTTCATAATGA
TTTGAATAGTAATTATTCAAATAGAAACTAGTACAGT
Found at i:171879 original size:542 final size:542
Alignment explanation
Indices: 167410--172440 Score: 1622
Period size: 542 Copynumber: 9.4 Consensus size: 542
167400 AATTATTCTA
* * *
167410 ATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAAA
1 ATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATT-AA
* * * * * * ** * *
167475 TTTTAGAATATTATTAAATTAGCAATATTTTGCTTCT-AATGAGCTTGTATGAACA-AAACAATT
65 TTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-ATTTTGAATAAAATTGTATGAATAGAAATAATT
* * * * * * ** *
167538 ATTTTACGACAAAA-CAAA-GATCATAATAGTTTGGGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
129 GTTTTATGACAAAATAAAATG-TTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACT
* * ** * * *
167601 ATTT-AAATTGGTTC-GATAAA-AAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACT-ACT--TTTTC--AA-
193 ATTTGAACTTGATTCAG-TAAACAA-ATTTACATGTTAAATCACTAACTAACTAATTTTCTAAAT
* * * * ** * *** * *
167657 A-T-A-CAATTAGTATTATTTTATTCT-AA-ATAATTTTGTATGAATGCAAACAATTGTTTTACG
256 ATTAATAAATTAGCATTAATTTATTTTGAACA-AAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTAAG
* * ** * * * * * * *
167717 ACAAAACAAAATGCCATAATGATTTGAAAGAGATAA-TAGTTCAAATGGA-CATGACTATTTGAA
320 ATAAAACAAAAAGTAAGAAAGATTTGAAATAGATAACTA-TTCAAAT--ATTATAACCATATGAA
* * ** ** * * *
167780 CCTA-TTCAGTGAACA-AATTTTATTTTTTTAAATCTCCAACTTATTCATTTTTAGAATATTAAT
382 -CTAGTTCAGTAAACAGAA--TTA-TTTTTTAAATATCTTACTTATAAAATTTTAAAATATTAAG
* * *
167843 AAATTAGTATTATTTTATTTCC-AATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTTTTTTATGACAAAA
443 AAATTAGTATTATTTTA-ATCCAAATAAACTTGTATGAACTA-AAATAATTATTTTATGACAAAA
* * * * * *
167906 CAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
506 CAAAAGGTAATAACAATTT-AAATAGATAATCGATCAT
* * * * * * * *
167944 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
1 ATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAAT
** * * *** * ** * * *
168009 TATTGGAAT-TTAAATAAATTAGTACTATTTTATTCCAAATTAGCTTTTATGAACAAAAATAATT
66 T-TTAAAATATT-ATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTGTATGAATAGAAATAATT
* * * * * * * *
168073 GGTTTATGACCAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAGTGTTTAAATAGTTATAACTA
129 GTTTTATGACAAAATAAAATGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTA
* ** * ** * ** * * * *
168138 TTTGAACGT-ATTCAAAAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTATTTATTAATTTT-TGAAATAT
194 TTTGAACTTGATTCAGTAAACAAATTTACATGTTAAATCACTAACTAACTAATTTTCT-AAATAT
* * * * * * * * *
168200 TAATAAATTTA-TATT-ATTT-TATTCAA-AATAAGTTTGTATGAACAGAACCAATTGTTTTATG
258 TAATAAA-TTAGCATTAATTTATTTTGAACAA-AA-CTTATATGAACAAAAACAATTATTTTAAG
* * * * * * * * * * * * *
168261 ACAAAACAAGAGGTCATAATGCTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAA-T
320 ATAAAACAAAAAGTAAGAAAGATTTGAAATAGATAACTATTCAAATA-TTATAACCATATGAACT
** * * * * ** *
168325 ATGTTTGGTAAACA-AATTCATTTTTTAATTCTCTTA-TTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAA
384 A-GTTCAGTAAACAGAATT-ATTTTTTAAATATCTTACTT-ATAAAATTTTAAAATATTAAGAAA
* * * * * * * * * * *
168388 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATTTGAAATGAAACAATTGTTTTATTACAAAACGAAC
446 TTAGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAACTAAAATAATTATTTTATGACAAAAC-AAA
* ** * * * *
168453 A-GTCATAATGATTTGGAATAGTTAAT-TATTCAA
510 AGGTAATAACAATTT-AAATAGATAATCGA-TCAT
* * * ** * * * * * * *
168486 ATAGTCATAACTATTTCAACTTGTTTGGTAAACATATTTA-TTTTAAAATCTTTTACTAATTAAT
1 ATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAAT
* * * * * * ** * *
168550 TGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAACCTTGTATGAATAGAAACAATTA
66 T-TTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTGTATGAATAGAAATAATTG
* * * * * * * *
168615 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACATTTTGAAAAAAATAATTGTTCGAATAGTCATAA-TGA
130 TTTTATGACAAAATAAAATGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACT-A
* * ** * * ** * *** * *
168679 TTTGAACTTGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAGTCTTTTACTTGTTAATTATCTTAATATT
194 TTTGAACTTGATTCAGTAAACAAATTTACATGTTAAATCACTAACTAACTAATTTTCTAAATATT
* * * * * * *
168743 AATAAATTTGTATT-ATTT-TATTCAA-AATAAGCTTATATGAA-TAGAACAAATTATTTTATGA
259 AATAAATTAGCATTAATTTATTTTGAACAA-AA-CTTATATGAACAAAAAC-AATTATTTTAAGA
* * * * ** * * * * * ** * * *
168804 CAAAACAAAAGGTTATAGCGATATCAAATAGATAATTTTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTT
321 TAAAACAAAAAGTAAGAAAGATTTGAAATAGATAACTATTCAAATA-TTATAACCATATGAACTA
* * * * * * ** *
168869 GTTCAATAAACA-TATTCATTTTTTAAATGTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAACAAATT-
385 GTTCAGTAAACAGAATT-ATTTTTTAAATATCTTACTTATAAAATTTTAAAATATTAAGAAATTA
* ** * * * ** * * *
168932 GATGTTATTTTGTTTCAAATAAA-TATATATGAACTGAAGCAATTCTTTTATGACAAAATATAAG
449 G-TATTATTTTAATCCAAATAAACT-TGTATGAACTAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
* ** * *
168996 GTCATAATGATTGT-AATAGAAAAT-TATTCA-
512 GTAATAACAATT-TAAATAGATAATCGA-TCAT
* * * * ** * * * * * *
169026 AGTAGTCATGACTATTTGATCTCGTTTGGTAAATATATATATTTTTTAAAATTTTTTACTTATTA
1 A-TAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAGCAAATAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTAGTTATTA
* * * * * ** * *
169091 ATTATCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATTAATAGAAACAAT
64 ATT-TTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTGTATGAATAGAAATAAT
* ** * * * ** * * * * *
169156 TGTTTTATAATTAAACAAAAAGTCATAATGACTTGAAACAAATAATT-TGTCAAATAGTCAGAAC
128 TGTTTTATGACAAAATAAAATGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGT-TCAAATAGTAATAAC
* * * * * * * *
169220 TATTTGAACTAGTTTGA-TAAATAGATTT--ATTTCTAAAT--CT-TCT-ATTAATTTT-TGAAA
192 TATTTGAACTTGATTCAGTAAACAAATTTACATGT-TAAATCACTAACTAACTAATTTTCT-AAA
* ** * ** * * * * * *
169277 TATTAATAGATTATTATTACTTTATTCCGAAC-AAACTTATATAAAGAAAAACATTTGTTGTATG
255 TATTAATAAATTAGCATTAATTTATTTTGAACAAAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTAAG
* ** * * * * * * **
169341 ATAAAATAAATGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTC-AATAGTCATAATTAT-TAGAAC
320 ATAAAACAAAAAGTAAGAAAGATTTGAAATAGATAACTATTCAAATA-TTATAACCATAT-GAAC
* * * * * * * *
169404 TTGTT-AGGTAAACAAAAATATTTTTTTAAATCTCTTACTTAT-TAATTTTGAAGTATTAATAAA
383 TAGTTCA-GTAAACAGAATTA-TTTTTTAAATATCTTACTTATAAAATTTTAAAATATTAAGAAA
* * *** * ** * *
169467 TTCA-TTTTATTTTATTTTGAATAAGCTAATATGAATTGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAA
446 TT-AGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAACT-AAAATAATTATTTTATGACAAAACAA
* * * *
169530 AAGGTCATAACATTTTGAAATAGATAATTGTTCAT
509 AAGGTAATAACAATTT-AAATAGATAATCGATCAT
* * * ** ** * * *
169565 ATAGTCTTAAATATTTAAACTAGTTTGGCAAGCAAATTTA-TTTTCAATTCTCTTAGTTAATAAT
1 ATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-
** * * **
169629 TTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTACTTTATTCTT-AATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATT
65 TTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT-TTGAATAAAATTGTATGAATAGAAATAATT
* * * * * * * *
169693 GTTTTAT-AGTAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGTATG-CAATTATTCAAATAGTCATAAC
129 GTTTTATGA-CAAAATAAAATGTTATAACAATTTGAAATA-GATAATTGTTCAAATAGTAATAAC
* * * * ** * * * *
169756 TATTT-AAATTGGTTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAAT--CT--CTTATTAATTTT-TAAAAG
192 TATTTGAACTTGATTCAGTAAACAAATTTACATGTTAAATCACTAACTAACTAATTTTCT-AAAT
* * * ** * * * * *
169815 ATTGATAAATTCA-TATTATTTTA-TTCCAA-ATAAGCTTGA-ATGATCAAAAACATTTGTTATA
256 ATTAATAAATT-AGCATTAATTTATTTTGAACA-AAACTT-ATATGAACAAAAACAATTATTTTA
* * * * * * * ** ** * *
169876 TGA-ACAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGACCATAATTATTTTA
318 AGATA-AAACAAAAAGTAAGAAAGATTTGAAATAGATAACTATTCAAAT-ATTATAACCATATGA
* * ** * * * * ** *
169940 AATAATTTGGTAAACAG-ATTCACTTTTTAAATCA-CTAACTTATTAATTTTTTTAATATTAATA
381 ACTAGTTCAGTAAACAGAATT-ATTTTTTAAAT-ATCTTACTTATAAAATTTTAAAATATTAAGA
* * * * * * ** * * * *
170003 AATTTGTCTTATTTTATTTCGATTAAGGTTGTATGAACTGAAATGATTGTTTTATGACAAAAGAA
444 AATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAACTAAAATAATTATTTTATGACAAAACAA
* * * *
170068 AAGGTCATAACACTTTGAAATAGATAATTGTTCAT
509 AAGGTAATAACAATTT-AAATAGATAATCGATCAT
* * * * * *
170103 ATAGT-TTTA--ATTTGAATTGCTTCACCAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTTAGTTATTAAT
1 ATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-
* * * * ** * * * *
170165 TTTTAAAATATTACTAAATTAGTATTAATTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATTGATACAATTA
65 TTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTGTATGAATAGAAATAATTG
* * * * ** * *
170230 TTTTATAATAGAACAAAA-GCTTATAATGATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAG--A-AACTA
130 TTTTATGACAAAATAAAATG-TTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTA
* ** * * * *
170291 ---G----T-A--CAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTCT-ACTTATTAATTTT-TGAAATA
194 TTTGAACTTGATTCAGTAAACAAATTTACATGTTAAATC-ACTAACTAACTAATTTTCT-AAATA
** * * * ** * ** * * * *
170344 TTAATAAATTAGTGTTATTTTATTATGAA-TATGCTTGTATGATGAAGAACAATTGTTTTATGAC
257 TTAATAAATTAGCATTAATTTATTTTGAACAAAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTAAGAT
* * * * * * *** ** * *
170408 AAAAC-AAAAGTTCATAATGATTTG-AATAG-TAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTCAACT-
322 AAAACAAAAAG-TAAGAAAGATTTGAAATAGATAACTATTCAAAT-ATTATAACCATATGAACTA
* * * * * * ** ** *
170469 GATTCGGTAAA-AGGATTCACTTTTTAAAGCA-CTTACCTATTAGTTTTTGGAATATTAATAAAT
385 G-TTCAGTAAACAGAATT-ATTTTTTAAA-TATCTTACTTATAAAATTTTAAAATATTAAGAAAT
* * * * ** * * * * *
170532 TATTA-T-TTTTATTTCGAATAAGTTTGTATGAATTGAAACAAATGTTTTATGAC-AAACAAAAG
447 TAGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAACTAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * *
170594 GTCATAATGATTTTAAATATACAATTGTTCCA-
512 GTAATAA-CAATTTAAATAGATAATCGAT-CAT
* * * * *
170626 ATAGTCGTAACTATTTGAATTTGTTCA--AGAATAATAATTATTTTCTTAAATCTCTTACTTATT
1 ATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAGCA-AATAA-ATTTATTTT-TTAAATCTCTTAGTTATT
* * * ** * *
170689 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAACCTTTTATGAACT-GAAACA
63 AA-TTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTGTATGAA-TAGAAATA
* * * * ** ** * *
170753 ATCGTTTTATCATC-AAA-CAAA-GATCATAATGATTTTCAATA-AGTAATTGTTTAAATAGTCA
126 ATTGTTTTATGA-CAAAATAAAATG-TTATAACAATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTAA
* * * * ** * * * *
170814 TAACTAGTTG-AGTTTATTCAGCAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTC-AGGCCT-ATTAATTTT
188 TAACTATTTGAACTTGATTCAGTAAACAAATTTA-CATGTTAAATCACTA--ACTAACTAATTTT
* * * * ** ** ** *
170876 CCAAATATTAATATATTAGGATTATTTTA-TTCCAA-ATAAACTCGTATGATA-TGAAACAAATA
250 CTAAATATTAATAAATTAGCATTAATTTATTTTGAACA-AAACTTATATGA-ACAAAAACAATTA
* * * *
170938 TTTTATA-ACT-AAA-AAAAGGTCAA-AACA-ATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAA
313 TTTTA-AGA-TAAAACAAAAAGT-AAGAA-AGATTTGAAATAGATAACTATTCAAATA-TTATAA
* * * * * * * * * *
170998 CTATTTGAACTGGTT-TGACAAACACATTTATTTTTT-AA-ATC-T-CTTATTAATTTTTGAAAT
373 CCATATGAACTAGTTCAG-TAAACAGAATTATTTTTTAAATATCTTACTTATAAAATTTTAAAAT
* * * * *** * * * * *
171058 ATTAATAAACTGGTATTATTTT-TTTTTAATAAGCTTGGATGATC-ATAAACAATTGTTTTAT--
437 ATTAAGAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAACTA-AAATAATTATTTTATGA
* * *
171119 -----C-AAAGGTTATAA-AGATTTGAAATAGTTAAT-TATTCA-
501 CAAAACAAAAGGTAATAACA-ATTT-AAATAGATAATCGA-TCAT
* * * * * * ** * * * * *
171155 AAAGGTCATAAGTATTTTAACCGATTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTATATCTCTAACTTATTAA
1 ATA-GTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA
* * * * * ** * * *
171219 TTTTAGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTCTGTATAAGCTTGTATTACTTGAAATAATT
65 TTTTA-AAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTGTATGAATAGAAATAATT
* * * *
171284 GTTTTATGAGAAAATAAAATGTCATAACAATTTTAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTAATAACTA
129 GTTTTATGACAAAATAAAATGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTA
* ** * * ** * * * *
171349 TTTGAACTTG-TTCAGTAAATAAATTT-TTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTAAATGTT
194 TTTGAACTTGATTCAGTAAACAAATTTACATGTTAAATCACTAACTAACTAATTTTCTAAATATT
* * * * *
171412 AATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAA-TAAACTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTACGACT-
259 AATAAATTAGCATTAATTTATTTTGAACAAAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTAAGA-TA
* * * * *
171475 AAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGAT-ACTTATTCTAATAATCT-TAACCATATGAACTG
323 AAACAAAAAGTAAGAAAGATTTGAAATAGATAAC-TATTCAAAT-AT-TATAACCATATGAACTA
* * * ** *
171538 GTTCAGTAAACA-ATTTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTT
385 GTTCAGTAAACAGA-ATTATTTTTTAAATATCTTACTTATAAAATTTTAAAATATTAAGAAATTA
* * *
171602 GTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTTTATGAAC-AAAA-AATTTATTTTATGACAATACAAAAGG
449 GTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAACTAAAATAA-TTATTTTATGACAAAACAAAAGG
* *
171665 TAATAACGATTTAAAATTGATAATCGATCAT
513 TAATAACAATTT-AAATAGATAATCGATCAT
* ** * * *
171696 ATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCAGCAGTTAGATTTATTTTTTTAATTTTCTT-GATTATTA
1 ATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAGCAAATAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTAG-TTATTA
* **
171760 AGTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTATGAATAGAACCAAT
64 A-TTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTGTATGAATAGAAATAAT
* * *
171825 TGTTTGATGACAAAACAAAATGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAA-AAC
128 TGTTTTATGACAAAATAAAATGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-AATAAC
* ** * *
171889 TATTTGAA-ATGATTTGGTAAACAGATTTACATGTTAAATCACTAACTAACTACTTTTCTAAATA
192 TATTTGAACTTGATTCAGTAAACAAATTTACATGTTAAATCACTAACTAACTAATTTTCTAAATA
* * * *
171953 TTAATAAATTAGCGTTATTTTATTTTGAACAAAACTTATGTGAACAAAAACAATTGTTTTAAGAT
257 TTAATAAATTAGCATTAATTTATTTTGAACAAAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTAAGAT
* * ** * *
172018 AAAACAAAAAGTAATAAAGATTTGAAATAGATAACTGTTCAAATATTATAATTATTTGAACTATT
322 AAAACAAAAAGTAAGAAAGATTTGAAATAGATAACTATTCAAATATTATAACCATATGAACTAGT
* * * * * *
172083 TCATTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTATTTATAAAATTTTGAAATATTAAGAAATTAGTT
387 TCAGTAAACAGAATTATTTTTTAAATATCTTACTTATAAAATTTTAAAATATTAAGAAATTAGTA
* * * * * * *
172148 TTATTTTATTCCGAATAAACTTGTATTAGCTAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCAT
452 TTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAACTAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAAT
* *
172213 AACAATTTAAATAGATAATTGTTCAT
517 AACAATTTAAATAGATAATCGATCAT
* * * *
172239 ATATTCTTAACTGTTTGAACTGGTTCAGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTCATGAAA
1 ATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTAT-TAA
** * *
172304 TTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAATAAAACTTGTATGAACAAAAATAATT
65 TTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAA-TTGTATGAATAGAAATAATT
* * *
172368 GTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
129 GTTTTATGACAAAATAAAATGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTA
*
172433 TTTAAACT
194 TTTGAACT
172441 AGTTTGGTAA
Statistics
Matches: 3569, Mismatches: 710, Indels: 427
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
523 33 0.01
524 72 0.02
525 7 0.00
526 137 0.04
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528 223 0.06
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531 8 0.00
532 49 0.01
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545 8 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (542 bp):
ATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAAT
TTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTGTATGAATAGAAATAATTGT
TTTATGACAAAATAAAATGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATT
TGAACTTGATTCAGTAAACAAATTTACATGTTAAATCACTAACTAACTAATTTTCTAAATATTAA
TAAATTAGCATTAATTTATTTTGAACAAAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTAAGATAAAA
CAAAAAGTAAGAAAGATTTGAAATAGATAACTATTCAAATATTATAACCATATGAACTAGTTCAG
TAAACAGAATTATTTTTTAAATATCTTACTTATAAAATTTTAAAATATTAAGAAATTAGTATTAT
TTTAATCCAAATAAACTTGTATGAACTAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACA
ATTTAAATAGATAATCGATCAT
Found at i:172777 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 172554--173006 Score: 486
Period size: 180 Copynumber: 2.5 Consensus size: 179
172544 TTTTAAATAG
* ** * * * * * * * *
172554 TTACTTATAAATTTTCAAAATACTAATAAAATAGTGTTATTTTGTTTTGGATAAGCTTTTATGAG
1 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-TTCTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * *
172619 CTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTTATAACGATTTTAAATAGATAATTATTCAAAT
65 CTGAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * *
172684 AAT-TATAACTATTTAAACTTATTTGGTAAAC-AGATTTATTTTTTCAAATCTC
129 AATCT-TAACCATTTAAACTTATTTAGCAAACAAG-TTTAGTTTTT-AAATCTC
* * *
172736 TTGCTTATTAATTTTTTG-AAT-TTAATAAATTAATATTATTTTTTCTAAATAAGCCTGTATGAA
1 TTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTTTCTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * *
172799 TTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATAATTTGACATAGATAATTATTCTAAT
65 CTGAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * *
172864 AGTCTTAACCATTTGAATTTATTTAGCAAACAAGTTTAGTTTTTAAATCTC
129 AATCTTAACCATTTAAACTTATTTAGCAAACAAGTTTAGTTTTTAAATCTC
* * *
172915 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTCTCTGAATAAGCTTGTATGAT
1 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTT-TCTGAATAAGCTTGTATGAA
*
172980 C-AAAACAA-TTTTTATGACAAAACAAAA
65 CTGAAACAATTTTTTATGACAAAACAAAA
173007 ATCATAATGA
Statistics
Matches: 225, Mismatches: 40, Indels: 16
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
178 23 0.10
179 21 0.09
180 128 0.57
181 37 0.16
182 12 0.05
183 4 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (179 bp):
TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTTTCTGAATAAGCTTGTATGAAC
TGAAACAATTTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAA
TCTTAACCATTTAAACTTATTTAGCAAACAAGTTTAGTTTTTAAATCTC
Found at i:174018 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 173549--174946 Score: 1116
Period size: 181 Copynumber: 7.8 Consensus size: 180
173539 ATGATTGGCG
* * * * *
173549 ATAAATAATTGTTCAAATAATGATAAATATTTGAACTGGTTCCA-TAAACAAATTTAGTTTTTT-
1 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-CAGTAAATAAATTTA-TTTTTTA
* * * * *
173612 AATC---T-CTTACTAA-TTTTCAAAAATTAATAAATTAGAAATATTTTATTTTGAAT-AA-TTC
64 AATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTT-
* ** * * * * *
173670 CATATGAATGGAAATAATTGTCTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
128 -GTATGAATAAAAACAATTATTTTATGAC-AAACAAAAGATCATAACTATTTGAA
* * * * ** *
173725 ATAGATAATTGTTCAAATGGACATGACTATTTGAAC-TGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
1 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAA
*** * * *
173789 TCTCCCACCTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTGGT
66 TCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGT
* * * * *
173853 ATGAATAAAAATAATTATTTTATGATAAGCGAAAATATCATAGCTATTTGAA
130 ATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAC-AAAAGATCATAACTATTTGAA
* * * ** ** *
173905 ATAAATAATTGTTTAAACAGCCATAACTATTTGGCCTTACTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAA
1 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAA
* *
173970 TCTTTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTA
66 TCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTA
* * ** *
174035 TGAATAGAAATAATTATTTTATGATGAACAAAAGGTCATAACTATTTGAA
131 TGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAACAAAAGATCATAACTATTTGAA
* * * ** * *
174085 ATAGATAATTGTTCCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTTAAAAAACAAATTTATTTTTAAA
1 ATAAATAATTGTT-CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAA
* *** * *
174150 AT-TTTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTATTAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCCT
65 ATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTT
* * * * * *
174212 ATATGGACATAAAC-A--ATTTTATGAC-AAC-AAAGGTCA-AAATGATTTGAA
128 GTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAA
* * * *
174260 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGAG-AAATAGATTCATTTTTTAA
1 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-AGTAAATAAATTTATTTTTTAA
* * * * * * *
174324 ATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTTTG-ATAAGCCTA
65 ATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTTGAATAAACTTG
** * * * * * *
174388 TATGAATTGATACAATTCTTTTCTAACAAAACAAAAGATCATAACGAGTTGAA
129 TATGAATAAAAACAATTATTTTATGAC-AAACAAAAGATCATAACTATTTGAA
* * * * * * * * * * *
174441 A-AAGATAATTATTAAAATAGTTATGACTATGTGGACTTGTT-TG-GAA-AAAGTTAGGTTTTAA
1 ATAA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAAATTTA-TTTTTTA
** * * *
174502 AATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-ATTGAAAAAAGCTT
64 AATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAA-CTT
* * * * * * *
174566 CTATAAAGAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAAATCGTAA-TGATTTAAA
128 GTATGAATAAAAACAATTATTTTATGAC-AAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAA
* * * **
174620 ATAAATAATTATTCAAATAGTCCTAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAA
1 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAAATTTATTTTTT-AA
174685 ATCTTTTACTTATTAATTGTTTG-AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTTGAA-ACAAGC
65 ATCTTTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATA-AA-C
* * * * * *
174746 TTGTAAGAATAGAAAA-AATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAGCAATTTGAA
126 TTGTATGAATA-AAAACAATTATTTTATGAC-AAACAAAAGATCATAACTATTTGAA
* * * * *
174802 ATAGATAACTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATACATTTATTTTTTGAA
1 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAA
* * * * * *
174867 TCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAGTTAGAATTATGTTATTTTGAATAAGCTTGTA
66 TCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTA
*
174932 TGAACAAAAACAATT
131 TGAATAAAAACAATT
174947 GTTCAAACAG
Statistics
Matches: 979, Mismatches: 194, Indels: 93
0.77 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 61 0.06
175 96 0.10
176 35 0.04
177 12 0.01
178 14 0.01
179 133 0.14
180 201 0.21
181 257 0.26
182 160 0.16
183 10 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAA
TCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTA
TGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAACAAAAGATCATAACTATTTGAA
Found at i:174148 original size:361 final size:360
Alignment explanation
Indices: 173464--174946 Score: 1311
Period size: 361 Copynumber: 4.1 Consensus size: 360
173454 TTTTTATAAT
* * ** * ** ** *
173464 TAAATTAGTATTATCTTAATCCAAATAAGCTCATATGAA-AAGAAACAATTGCTCTATGACAA-A
1 TAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACAA-AAACAATTATTTTATGACAACA
* * ** *** * **
173527 ATAAAGATTATAATGATTGGCGATAAATAATTGTTCAAATAATGATAAATATTTGAACTGGTTCC
65 A-AAA-ATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTATT-C
* * * * * *
173592 A-TAAACAAATTTAGTTTTTT-AATCTCTTA-C---TAA-TTTTCAAAAATTAATAAATTAGAAA
127 AGTAAATAAATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * *
173650 TATTTTATTTTGAATAA--TTCCATATGAATGGAAATAATTGTCTTATGACAAAACAAAAGGTCA
191 TATTTTATTTTGAATAAGCTT--ATATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * **
173713 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGACTATTTGAAC-TGTTTGGTAAACAAAT
254 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAATAAACAAAT
* ** *
173777 TTATTTTTTAAATCTCCCACCTATTAATTTTTAGAATATTAA
319 TTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAA
* * * *
173819 TAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTGGTATGAATAAAAATAATTATTTTATGATAAGCG
1 TAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAA-C-
* * * * ** *
173884 AAAATATCATAGCT-ATTTGAAATAAATAATTGTTTAAACAGCCATAACTATTTGGCCTTACTCA
64 AAAAAATCATA-ATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTATTCA
*
173948 GTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
128 GTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* **
174013 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGA-TGAACAAAAGGTCATAAC
193 TTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * *
174077 TATTTGAAATAGATAATTGTTCCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTTAAAAAACAAATTTA
258 AATTTGAAATAGATAATTGTT-CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAATAAACAAATTTA
* * *
174142 -TTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAT
322 GTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAA
** * * * * *
174180 TAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCCTATATGGACATAAAC-A--ATTTTATGACAAC-
1 TAAA-TTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAACA
** * * * * *
174240 AAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGAG
65 AAAAATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTATTC-AG
* * * * *
174305 -AAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTA-CTCATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTAGTATTA
129 TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACCT-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * *
174368 TTTTATTTTTG-ATAAGCCTATATGAATTGATACAATTCTTTTCTAACAAAACAAAAGATCATAA
193 TTTTA-TTTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * * * * ** *
174432 CGAGTTGAAAAAGATAATTATTAAAATAGTTATGACTATGTGGACTTGTTT--GGAA-AAAGTTA
257 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAATAAACAAATTTA
* * * *
174494 GGTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAA
322 -GTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAA
* * * * * *
174534 TAAATTAATATTATTTTAAT-TGAAAAAAGCTTCTATAAAGAAAAACAATTATTTTATGACAAAA
1 TAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAA-CTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGAC--AA
* * * * *
174598 TAAAAAATCGTAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCC-TAACTATTTGAACTTATTT
63 CAAAAAATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG-CCATAACTATTTGAACTTATTC
* *
174662 GGTAAATAAATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTTG-AATATTAATAAATTTA-T
127 AGTAAATAAATTTATTTTTT-AAATCTTTTACCTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAA-TTAGT
* * * * * *
174725 ATTATTTTA-TTTGAAACAAGCTTGTAAGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTT
189 ATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTATATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * *
174789 ATAGCAATTTGAAATAGATAACTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATACA
253 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAATAAACAAA
* * *
174854 TTTATTTTTTGAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAA
318 TTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAA
* * * * *
174897 TAAGTTAGAATTATGTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATT
1 TAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATT
174947 GTTCAAACAG
Statistics
Matches: 894, Mismatches: 188, Indels: 84
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
352 6 0.01
353 13 0.01
354 57 0.06
355 213 0.24
356 98 0.11
357 15 0.02
358 13 0.01
359 7 0.01
360 104 0.12
361 257 0.29
362 31 0.03
363 69 0.08
364 11 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (360 bp):
TAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAACAA
AAAATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTATTCAGTA
AATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
TATTTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAT
TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAATAAACAAATTTAGTTT
TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAA
Found at i:175053 original size:135 final size:135
Alignment explanation
Indices: 174811--175081 Score: 327
Period size: 135 Copynumber: 2.0 Consensus size: 135
174801 AATAGATAAC
* * * *
174811 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATACATTTATTTTTTGAATCTCTTACT
1 TGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTCGTTCAAGAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
** * *
174876 TATTAATTTTTGGAATATTAATAAGTTAGAATTATGTTATTTTGAATAAG-CTTGTATGAACAAA
66 TATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGAACTATGTTATTTTGAATAAGACTT-TATGAACAAA
174940 AACAAT
130 AACAAT
* **
174946 TGTTCAAACAGTCATAACTATTTGCACTCG-TCAAGCCA-ACATATTCATTTTTTAAATC-CGTT
1 TGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTCGTTCAAGAAATACAT-TT-ATTTTTTAAATCTC-TT
* * *
175008 ACTTATTAATTTTCATAATATTAATAAATTAGCACTACT-TTATTTTGAATAAGACTTTATGAAT
63 ACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGAACTA-TGTTATTTTGAATAAGACTTTATGAAC
*
175072 AGAAACAAT
127 AAAAACAAT
175081 T
1 T
175082 ATTTTATGAT
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 15, Indels: 10
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
133 4 0.03
134 8 0.07
135 100 0.86
136 4 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (135 bp):
TGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTCGTTCAAGAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
TATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGAACTATGTTATTTTGAATAAGACTTTATGAACAAAA
ACAAT
Found at i:175246 original size:14 final size:15
Alignment explanation
Indices: 175222--175250 Score: 51
Period size: 14 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15
175212 TGAATATTAT
175222 TTTATTTTGAACAAA
1 TTTATTTTGAACAAA
175237 TTTA-TTTGAACAAA
1 TTTATTTTGAACAAA
175251 AAAATTTATT
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 1
0.93 0.00 0.07
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* * * * *
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* * * ** * *
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* * * *
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* ** * * * ** **
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** * * * ** * *
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* * * * * * * * **** ** *
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* * * * * *
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* ** * * * *** * * * *
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* * * ** * * * * * *
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* * *
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* ** * * *
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128 -A-AAAAAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATATAT
* * * * * * *
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* * *
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* * * * ** *
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126 AA-A-AAAAAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATATAT
* * ** * ** * * *
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* * * * * * *
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* *** * * * * *
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* * ** * * *** * * *
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* * * * *
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* * * * ** * *
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* * * ** *** ** * *
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* * *
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* * * **
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126 AA-A-AAAAAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATATAT
* * * *
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AATAAATTATTATTATTTTATTCAA
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CAAATAGCATAATTATT
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176487 TTTTATTTTG
* * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* *
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* *
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* * * *
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* * *
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*
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* *
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* * *
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*
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* *
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* *
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*
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*
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* * *
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131 TAAACAGATTTTTTTTTAATTCTCTTACTCTTTAATTTTTGAAATACTAATAAATTAGTATTATT
* **
177575 TTATTTCAAATAAGCTTATATGAAATGAAACAATTATTTTATTACAAAACAAAAGTCACATTGGT
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* * *
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* *
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324 TTAATTATCAAAATATTAATAAAGTAATATTACTTAAATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC
* *
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*
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* ** *
177893 TAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTTTGAAT-GAAAAAAATCATTTTATGAGAAAT
516 TAAATTTATATTATTGTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATGGAAAAAAATCATTTTATGAGAAAT
*
177957 CAAAAGGTTAAAGTGATTACAAATAGATAATTATTAAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTTG
581 CAAAAGATTAAAGTGATTACAAATAGATAATTATTAAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTTG
* *
178022 GTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATGTTCATAACATCAATAACATGGTATTA
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* * *
178087 TTTCATTTCAAATAAGCTTACATGAACTGAAATAATTTTTTATGATAAAACGAAAGGTCATAATG
711 TTTCATTTCAAATAAGCTTACATGAACTGAAATAATTTTTTATGACAAAACAAAAGGACATAATG
* * *
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*
178217 TTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATT
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* *
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* * * * *
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178382 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATT-TCTTACT
131 -TAAACAGATTT-TTTTTT-AATTCTCTTACT
178413 AATTTTTTAA
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CAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG
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TTATTTCAAATAAGCTTATATGAAATGAAACAATTATTTTATTACAAAACAAAGCCACATTAATT
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AATTATCAAAATATTAATAAAGTAATATTACTTAAATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAA
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CTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTCTTAATATCAATAAAT
TTATATTATTGTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATGGAAAAAAATCATTTTATGAGAAATCAAAA
GATTAAAGTGATTACAAATAGATAATTATTAAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAA
CAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATGTTCATAACATCAAGAACATAGTATTATTTCA
TTTCAAATAAGCTTACATGAACTGAAATAATTTTTTATGACAAAACAAAAGGACATAATGATTTG
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AATTTTTTACCTATTAATTGTCAAAATATT
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177633 CATTGGTTAG
* * ** * * * *
177643 AAATAGTTATGACTATTTGAACCCGTTCGATAAACATATTTATTTATTT-TATCTTTTACTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAATTTATTT-TTTAAATCTCTTACTTATT
** * * * * *
177707 AATTATCAAAATATTAATAAAGTAATATTACTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAA-CAAA-AA
65 AATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATGAAACAA
* * ***
177769 TAATAGTTTTATGAGAAAACAAAAAGTCATAGCAATTTG----AAATAA--ATT--AAT--T-AT
128 T--TA-TTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * *
177823 AGCGATTTGAACTT-GTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATTGTCTT-
190 AACTATTTGAA-TTAGTTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTA
* * * **
177885 -AATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTTTGAA-TGAAAAAAATCATTTT
251 AAATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTT-AAATAAGCTTCTATGAACTG-AAACAATTGTTTT
* * * * ** * *
177948 ATGAGAAATCAAAAGGTTA-AAGTGATTACAAATAGATAATTATTA
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* * * * * * *
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* * * * * * ** *
178058 ATGTTCATAACATCAATAACA-TGGTATTATTTCATTTCAAATAAGCTTACATGAACTGAAATAA
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* ** *
178122 TT-TTTTATGATAAAACGAAAGGTCATAATGATTTGAAATCGATAATTATTCAAATAGTCATGAC
128 TTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * *
178186 TATTTGATTTAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATAT
193 TATTTGAATTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATAT
* * * *
178251 TAATAAATTAGTATTATTTTAATTTTAATAAGCTTGTATGAA-AGAAACTATTGTTTTATGATAA
257 TAATAAATTA-TATTATTTT-ATTTAAATAAGCTTCTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAA
** * * *
178315 AACAAAAAGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTATTT
320 AACAAAAAGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTC
* * *
178353 AAATAGTCATAACCATTTGAACTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTAC-TA--A
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * * * * * *
178415 TTTTTTAAATATTAATAGATTAATATTTTTTTTATTCTGAACA-AA-CTTATATGAA-CAAAAAA
66 ATTTTTAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATT-TCAA-ATAAGCTTGTATGAATGAAACAA
* * * *
178477 TTTATTTTTTGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAAATAAATT-TTCAAATAGTTATA
128 -TTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAT-AATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * * *
178541 ATTATTTGAACTAATT-GGATAAACAAAATTATATTCTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAA
191 ACTATTTGAATTAGTTCGG-TAAACAAATTTAT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * * *
178605 TATTGATAAATTCATTTTATTTTATTCTAAATAAGCTACTATGAATTGAAAAAATTGTTTCATGA
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* *
178670 T--AACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATTGTTC
317 TAAAACAAAAA-GTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTC
* * ** *
178710 ATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGATAAGTAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * * *
178775 ATTTTCAAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAGGCTTGTATGAATAGAAACAAT
66 ATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-GAAACAAT
* * * * * * * ** * *
178840 TGTTTTATGAT-GAACAAAATGTTACAAAGATTTGAAGTGTACAATTATTCAAATAGTCATAGCT
129 TATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* * * *
178904 ATTTGAAGT-GATTCGATAAATAGATTTATGTTTTAAATCTC-T-C--ATTAATTTTTGAAAA-A
194 ATTTGAATTAG-TTCGGTAAACAAATTTAT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAAATA
* * * *
178963 TTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTAT-AA-TAAAAACAATTGTTATATGAC
256 TTAATAAATT-ATATTATTTTATT-TAAATAAGCTTCTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGA-
* * * * *
179026 T-AAACAAAAAG-CAATAACT-ATTTGAAATTGATATTTATTG
317 TAAAACAAAAAGTC-ATAA-TGATTTTAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * * *
179066 AAATGGCCATAATTATTTGAATTAATTTGATAAACAAATTCATGTTTTAAATCACTTACTTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* ** *
179131 ATTTTTAGAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAAACTGAAACAAT
66 ATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAAT
* * * *** * * **
179196 TACTTTATGATAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTTAAATAGGCAATTGTTCAAATAATTGTAACT
129 TATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* * * *
179261 ATTTGAATTTGTTCGGTAAACAAATTTATCTTTTAAA-CTCTTGCCTATTAATTTTTGAAATATT
194 ATTTGAATTAGTTCGGTAAACAAATTTAT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATT
* ** * *
179325 AAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAACTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATG-TCAA
258 AATAAATTA-TATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTCTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGAT-AA
* * *
179389 AACAAAAGGTCATAATGATTTTATATAAATAATTGTTC
320 AACAAAAAGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTC
** * * * * * *
179427 AAATAGTTTTAACTATTGGAACTTA-TTTGGTCAACAGATTTATTTTTTTAAAATCTTTTGCTTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTTGATAAACAAATTTA-TTTTTT-AAATCTCTTACTTA
* * * * * *
179491 TTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTTCAAATATGCTTGTAAGAA--AAACA
63 TTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATGAAACA
* ** * * * **
179554 AATATTTTATGACT-AAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAAATAAATATTCTAATATTTTTA
127 ATTATTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * ** * * **
179618 ACTAATTAAACTGGTTCGGCGAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTCATTTTTGGAAT
191 ACTATTTGAATTAGTTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* * **** * *
179683 ATTATTAAATTAGTATTGTTTTTAACCGAATAAGCTTCTATG-ATTAGAAACAATTATTTTATGA
255 ATTAATAAATTA-TATT-ATTTTATTTAAATAAGCTTCTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGA
* ** *
179747 CAAAAC--AAAGTTTTTAATGA-TTTAAGATTGATAATTGTTC
317 TAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTTAA-ATAGATAATTGTTC
* * * * *
179787 AAATAGTCATAACTATTTGAAGTAGTTTGGTAAATAAATTTATTGTTTAAATCTGTTACTTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
** * * *
179852 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATGAGTTTGTATG-ATAAAAACAAT
66 ATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-GAAACAAT
* * * * * *
179916 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATCATTCAAATGGCCATAATT
129 TATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* * * * ***
179981 AGTTT-AACT-GATTCGGTAAACATATTTATTTTATAAATTTTTTACTTATTAATTTAGGAAATA
194 A-TTTGAATTAG-TTCGGTAAACAAATTTATTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATA
* * *
180044 TTAATAAATTATATTATTTTATCTAATATAAGCTTCTATTAACTGAAACAATTATTTTATGATAA
256 TTAATAAATTATATTATTTTATTTAA-ATAAGCTTCTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAA
* * *
180109 ATCAAAAAGTTATAATGATTTTAAATAGA-CATGTGTTC
320 AACAAAAAGTCATAATGATTTTAAATAGATAAT-TGTTC
* * * * *
180147 AAATAATAATAACTAATTGAACTTGTTTTG-TAAACAAATTTATTTTATTAAATCTCTTTCTTAT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTGATAAACAAATTTATTTT-TTAAATCTCTTACTTAT
* * * * *
180211 TAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTACTAGTTTATTCCAAATATAGTCTTAAGTATTTGAACT
64 TAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA-AG-CTT--GTA--TGAA-T
** ** ****** * *
180276 GGTTCGACAATTAGATTTATATTTTAATTTTTTTA-GTTATTAT-ATTT----TGAAAT-ATTAT
121 -G--AAACAATT--ATTT-TATGATAA-AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT-AAATAATTAT
** * * * ** * ** * **
180334 T-AAATTAGT-ATTATTTTATTTTGAATAAAATACTATGAATAGAAA-CAATTGTTT-GATGAC-
178 TCAAA-TAGTCA-TA-ACTA-TTTGAAT-TAGTTCGGT-AA-ACAAATTTATT-TTTAAATCTCT
** * * * * * ** * * *
180394 -A-AAATAAAATGTTATAATGATT--TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAA-AA-C-TATAT
235 TACTTATTAATTTTTAAAAT-ATTAAT-AAAT-TAT-ATTATT-TTAT-TTAAATAAGCTTCTAT
* * * * **** * *
180452 GAAATAATTTCGTAAGCAAATT-TTGTT-T-CTAAATCTCTTACTGATCAAT--TTTCTAAATAT
294 G----AA-CT-G-AAAC-AATTGTT-TTATGATAAAACAAAAAGTCAT-AATGATTT-TAAATA-
* * *
180512 TAATAAAT-TTG
347 -GATAATTGTTC
* * * * * * * * * * * **
180523 TATTA-T-TTTA-T-TTTGAACAAACTTAT-ATTAGCAAAAACAATTGTTTTATGGCAAA-ATAA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTT-TGA-TA--AACAA-ATTTATTTT-T--TAAATCTCT
* ** * * ** * *
180582 AAAGTAATAATGTTTTGAAATAGATAAT-TGTTCAAATAGTTATAATTATTT-AAACT-AG-TTC
57 TACTTATTAAT-TTTT-AAATA-TTAATAAATT--AGTA-TTAT-TTTATTTCAAA-TAAGCTT-
** ***** * * * * ** * ** *
180643 G-AAAAATAGCTTTGATT-TTTGTTTTATAAGAAAACAAAGATCATAACAATTTGAGATTGATAT
113 GTATGAAT-GAAACAATTATTT-TATGATAA-AACA-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAA
** * * ** * ** * * *
180706 TTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGAAAAATAGTTTTAGTTTTTAAATATTTTGC
174 TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTAC
* * *
180771 TTATTAATTTTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTTTATGAACTG
238 TTATTAA-TTTTTAAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTT-AAATAAGCTTCTATGAACTG
* * * *
180836 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGACTTTAAAGAGATAATTGTTC
300 AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTC
* * * * *
180894 AAATAGTCA-ATTCTATTTGAACTTGTTCTG-TAAATAGATTTATTTTTTTAAAATCTCTTACTC
1 AAATAGTCATA-ACTATTTGAACTAGTT-TGATAAACAAATTTA-TTTTTT-AAATCTCTTACTT
* * *
180957 ATTAATTTTTTTAATGTT-ATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAACTAAA
62 ATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAA-TGAA
* * * * * * *
181020 ATAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTC
124 ACAATTATTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTC
* * * ** ** * **
181084 TTAACTATTTGAACTAATTCAATAAACACCTTTATTTTTTAAATCTCTTAC----TAACTTTTGG
188 ATAACTATTTGAATTAGTTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAA
* * * ** * *
181145 AATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTATATGAAAAGAAATAATTATTTTAT
252 AATATTAATAAATTA-TATTATTTT-ATTTAAATAAGCTTCTATGAACTGAAACAATTGTTTTAT
* * * * *
181210 GACAAAATAAAGA-TCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTC
315 GATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTC
* * *
181252 AAATAGTCATAACTATTTGAAAT-GTTTCAGTAAACAAATTTAATTTTTAAA--TCTT--TTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
** * ** ** ** * **
181312 AATTTTTAAAATATTAATGGATCAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTACATGAACAGAAGTAA
65 AATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAA
* * * * * * * * * *
181377 TTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATGATATGAAATAGATAACTATTTAAATGGACATGAC
128 TTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* ** * * * * * * * * *
181442 TATTTAAACTTGCATGAATT-TTTAGA-ATATTAAGTTTCAAATCTCCTACCTATTAGTTTTCAA
193 TATTTGAA-TT--A-G--TTCGGTAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAA
* * * *
181505 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAAA-AAACTTGTATGAA-TAGAAATAATTGCTTT
252 AATATTAATAAATT-ATATTATTTTATT-T-AAATAAGCTTCTATGAACT-GAAACAATTGTTTT
* * * * * * *
181568 ATGATAAAACCAAATA-CCAAAACT-ATTTGAAATAAACAATTCTTC
313 ATGATAAAA-CAAAAAGTCATAA-TGATTTTAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * * * * *
181613 TAACAATCATAACTATTTGAACTTG-CTCAGTAAACAAACTTACTTTTTAAATTTTTTACTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * *
181677 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAGTTT-GAATATGCTTCTATGAACAGAAACA
65 AATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACA
** * * * *
181741 ATTGGTTTATAAAAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATA
127 ATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * * *
181805 ACTATTTAAATGT-GTTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTTAAA
191 ACTATTTGAAT-TAGTTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * *
181868 TATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAAG-TTGC-ATGAA-TAGCAACAATTATTTTA
254 TATTAATAAA-TTATATTATTTTATT-TAAAT-AAGCTT-CTATGAACT-GAAACAATTGTTTTA
* * *
181930 TGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
314 TGATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * * * * * * *
181974 ATATAGTTATAACTATTTAAAATTGTTCGGTAAACAGATTCATATTTTAAATCTCTTACTCATCA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* ** * * **
182039 ATTTTTGGAAA-ATTAATAAATGAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACTGATGCAA
66 ATTTTT--AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAA
* * * * * * * *
182103 TTGTTTTATAACAAAA-AAAAGGTCATAAT-ATTTTCAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGA
128 TTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAA
* * * * * *
182166 CTATTTGAACTT-GTTTGGT--ACACATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAGTTGTTGAAAT
192 CTATTTGAA-TTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* ** * *** * * *
182228 GTTAATAAATTAATATTATTTTAATCAAAATAAGCTTGTATGAAGAAAAACCATTATTTTATGAC
255 ATTAATAAATT-ATATTATTTT-ATTTAAATAAGCTTCTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGAT
* * * * *
182293 AAAATAAAAAGTCATAAGGATTTAAAATAAATAATTGTTT
318 AAAACAAAAAGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTC
* ** * *
182333 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTGGTAAGTAGATTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTTGATAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * * *
182397 TAGTTGTATGAATA-TAACTAAATTTGTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA
64 TAATT-TTTAAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-GAAAC
* * *** **
182461 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAGTCATA
126 AATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATA
* * **
182526 ACTATTTAAACTT-GTTCGATAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAA
191 ACTATTTGAA-TTAGTTCGGTAAACAAATTT-ATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * * * *
182590 TATTAATAAATTAGAAATAGTTTT-TCCT-AATCAA-CAT-GACGTAA-TAGAAACAATTGTTTC
254 TATTAATAAATTA-TATTA-TTTTAT-TTAAAT-AAGCTTCTATG-AACT-GAAACAATTGTTTT
* * * * * * * *
182650 GTAACAGAACAAAAGGTCATAATGCTTTGAAATGGATAATTGTTC
313 ATGATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTC
* * *** * ** *** *
182695 AAACAGTTATAACTATTTGTGTTGGTCAGGCCAACAAATTCATTTTTTAAATC-C--A-TTA-T-
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * * *
182754 -TTATT--A-ATT--T---TTAGCATTACTTTA-TTCTGAATAAGAC-TGTATGAATAGAAATAA
66 ATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAG-CTTGTATGAAT-GAAACAA
* * * * * *
182808 TTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGATTTGAAATGAATAATTATTCAAATTGAT-ATAA
128 TTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG-TCATAA
** *** *
182872 CTATTTGAA-CCGATTTTATAAATAGAA-TTATTTTTTAAATCTC--A--TATTAATTTTTAAAA
192 CTATTTGAATTAG-TTCGGTAAACA-AATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * * * ** * * *
182931 TATCAAT-AATTAACATTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACACTTATTTTACGA
254 TATTAATAAATT-ATATTATTTTATT-TAAATAAGCTTCTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGA
* * *
182995 CAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
317 TAAAACAAAAAGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * *
183036 ATATAGCCTTAACTATTTGAA-TTGATTTAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * * * ** ** *
183100 AATTTTCATAATATCATTATATTACTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACACAAATAA
65 AATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAA
*
183165 CTATTTTATGATAAAACAAAAG
128 TTATTTTATGATAAAACAAAAG
183187 ATTATAAATG
Statistics
Matches: 3911, Mismatches: 964, Indels: 631
0.71 0.18 0.11
Matches are distributed among these distances:
339 4 0.00
340 12 0.00
341 109 0.03
342 3 0.00
343 1 0.00
344 5 0.00
345 119 0.03
346 5 0.00
348 4 0.00
349 39 0.01
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351 10 0.00
352 16 0.00
353 100 0.03
354 11 0.00
355 27 0.01
356 230 0.06
357 382 0.10
358 169 0.04
359 292 0.07
360 777 0.20
361 620 0.16
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363 107 0.03
364 91 0.02
365 132 0.03
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367 9 0.00
368 9 0.00
369 42 0.01
370 43 0.01
371 44 0.01
372 44 0.01
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376 44 0.01
377 34 0.01
378 18 0.00
379 10 0.00
380 4 0.00
381 5 0.00
382 5 0.00
383 6 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (357 bp):
AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
ATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATGAAACAATTA
TTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
TTGAATTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT
AAATTATATTATTTTATTTAAATAAGCTTCTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAA
AAGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTC
Found at i:178705 original size:537 final size:532
Alignment explanation
Indices: 177643--183185 Score: 2169
Period size: 537 Copynumber: 10.3 Consensus size: 532
177633 CATTGGTTAG
* * *** * * ** *
177643 AAATAGTTATGACTATTTGAACCCGTTCGATAAACATATTTATTTATTTTATCTTTTACTTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCGGTAAACAAATTTATTT-TTAAATCTCTTACTTATTA
* * * * * * *
177708 ATTATCAAAATATTAATAAAGTAATATTACTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAAT
65 ATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTTAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAAT
* * * * * *
177773 AGTTTTATGAGAAAACAAAAAGTCATAGCAA-TTT---GAAATAA--ATT--AAT--T-ATAGCG
129 TGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* * * * *
177827 ATTTGAACTTG-TTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTGTCTTAATATT
194 ATTTGAACTAGTTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAATT-TT-T-TAAATATT
* * * *
177891 AATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTTTGAATGAAAAAAATCATTTTATGAGAAA
255 AATAAATTAATATTATTTTATTTGAAATAA-CTTGTATGAA--AAAAAAATTATTTTATGACAAA
* ** * * **
177956 TCAAAAGGT--TAAAGTGATTACAAATAGATAATTATTAAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGT
317 ACAAAAGGTCATAAA--GATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAAC-TAA
* * * * * * * *
178019 TTGGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAA-TGTTCATAACATCAATAACA-TGG
379 TTGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAGAATATTAATAA-ATTAG
* *
178082 TATTATTTCATT-TCAAATAAGCTTAC-ATGAACTGAAATAATTTTTTATGATAAAACGAAAGGT
443 TATTATTTTATTCT-AAATAAGC-TACTATGAACTGAAACAATTTTTTATGATAAAAC-AAAGGT
* *
178145 CATAATGATTTGAAATCGATAATTATTC
505 CATAATGATTTGAAATTGATAATTGTTC
* * * * * *
178173 AAATAGTCATGACTATTTGATTTAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTT-AAATCTCTTACTTATTA
* *
178238 ATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTTAATAAGCTTGTATGAA-AGAAACTAT
65 ATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTTAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAAT
* *
178302 TGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACC
129 TGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACT
*
178367 ATTTGAACTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTAATTTTTTAAATATTAATA
194 ATTTGAACTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTTTTTAAATATTAATA
* * * * *
178432 GATTAATATTTTTTTTATTCTGAACA-AACTTATATGAACAAAAAATTTATTTTTTGACAAAACA
259 AATTAATA-TTATTTTATT-TGAA-ATAACTTGTATGAA-AAAAAAATTATTTTATGACAAAACA
* *
178496 AAAGGTCATAAAGATTTGAAATAAATAAATT-TTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTAATTGGA
320 AAAGGTCATAAAGATTTGAAATAAAT-AATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTAATTGG-
* * * * *
178560 TAAACAAAATT-ATATTCTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGA-AATATTGATAAATTCA-TTT
383 TAAAC-AAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAGAATATTAATAAATT-AGTAT
* * *
178622 TATTTTATTCTAAATAAGCTACTATGAATTGAAAAAATTGTTTCATGATAACAA-AAAGGTCATA
446 TATTTTATTCTAAATAAGCTACTATGAACTGAAACAATT-TTTTATGATAA-AACAAAGGTCATA
178686 ATGATTTGAAATTGATAATTGTTC
509 ATGATTTGAAATTGATAATTGTTC
* * * * * ** *
178710 ATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGATAAGTAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * * * *
178775 ATTTTCAAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAGGCTTGTATGAATAGAAACAAT
65 ATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-TAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAAT
* * * * * * ** * *
178840 TGTTTTATGAT-GAACAAAATGTTACAA-AGATTTGAAGTGTACAATTATTCAAATAGTCATAGC
129 TGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACA-ATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * * *
178903 TATTTGAAGT-GATTCGATAAATAGATTTATGTTTTAAATCTCTCATTAATTTTTGAAAAATTAA
193 TATTTGAACTAG-TTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTTTTTAAATATTAA
* * *
178967 TAAATTAATATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTAT-AATAAAAACAATTGTTATATGACTAAA
257 TAAATTAATATTATTTTATT-TGAAATAA-CTTGTATGAA-AAAAA-AATTATTTTATGACAAAA
* ** ** * * * * * *
179030 CAAAAAG-CAATAACTATTTGAAATTGATATTTATTGAAATGGCCATAATTATTTGAATTAATTT
318 CAAAAGGTC-ATAAAGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTAA-TT
* * * *
179094 GATAAACAAATTCATGTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAAAAAATTAGTAT
381 GGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAGAATATTAATAAATTAGTAT
* * ** * * *
179158 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAAACTGAAACAATTACTTTATGATAAAACAAAAGGTCAAA
446 TATTTTATTCTAAATAAGCTACTATGAACTGAAACAATT-TTTTATGATAAAAC-AAAGGTCATA
* * **
179223 ATGATTTTAAATAGGCAATTGTTC
509 ATGATTTGAAATTGATAATTGTTC
* ** * * *
179247 AAATAATTGTAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACAAATTTATCTTTTAAA-CTCTTGCCTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCGGTAAACAAATTTAT-TTTTAAATCTCTTACTTATTA
** * * * * *
179311 ATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAACTTTTATGAACTGAAACAAT
65 ATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT-AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAAT
* ** * * **
179376 TGTTTTATG-TCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTATATAAATAATTGTTCAAATAGTTTTAAC
129 TGTTTTATGAT-AAAACAAAAAGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* * * * *
179440 TATTGGAACTTA-TTTGGTCAACAGATTTATTTTTTTAAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTGAA
193 TATTTGAAC-TAGTTTGATAAACAGATTTA-TTTTTT-AAATC---T-CTTACTAATTTTTTAAA
* *** * * * * *
179504 TGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTTCAAATATGCTTGTAAGAAAAACAAA-TATTTTATGACT
251 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGAAATA-ACTTGTATGAAAAAAAAATTATTTTATGACA
** * * * * ** * * **
179568 AAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAAATAAATATTCTAATATTTTTAACTAATTAAACTGGT
315 AAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTAAT
** * * * *
179633 TCGGCGAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTCATTTTTG-GAATATTATTAAATTAGT
380 T-GGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAGAATATTAATAAATTAGT
* * ** * * * * *
179697 ATTGTTTT-TAACCGAATAAGCTTCTATG-ATTAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGTTT
444 ATTATTTTAT-TCTAAATAAGCTACTATGAACT-GAAACAATT-TTTTATGATAAAACAAAGGTC
*
179760 TTAATGATTT-AAGATTGATAATTGTTC
506 ATAATGATTTGAA-ATTGATAATTGTTC
* * * *
179787 AAATAGTCATAACTATTTGAAGTAGTTTGGTAAATAAATTTATTGTTTAAATCTGTTACTTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCGGTAAACAAATTTATT-TTTAAATCTCTTACTTATTA
** * *
179852 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATGAGTTTGTATGATA-A-AAACAA
65 ATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT-AATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAA
* * ** * * * * *
179915 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATCATTCAAATGGCCATAAT
128 TTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * * *
179980 TAGTTT-AACT-GATTCGGTAAACATATTTATTTTATAAATTTTTTACTTATTAATTTAGGAAAT
193 TA-TTTGAACTAG-TTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAATT--TTT--TAAAT
* * * * *
180043 ATTAATAAATT-ATATTATTTTATCT-AATATAAGCTTCTATTAACTGAAACAATTATTTTATGA
252 ATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGAA-ATAA-CTTGTATGAA--AAAAAAATTATTTTATGA
* * * * * * * * * * * * * *
180106 TAAATCAAAAAGTTATAATGATTTTAAATAGA-CATGTGTTCAAATAATAATAACTAATTGAACT
313 CAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAAATAAT-TATTCAAATAGTCATAATTATTTAAAC-
** * * * * *
180170 TGTTTTGTAAACAAATTTATTTTATTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTT-TGAATGTTAATAAAT
376 TAATTGGTAAACAAATTCATTTT-TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAGAATATTAATAAAT
* * * * ** *
180234 TAGTACTAGTTTATTCCAAATATAGTCTTAAGTATTTGAACTGGTTCGACAATTAGATTTAT-AT
440 TAGTATTATTTTATTCTAAATA-AG-C-T-ACTA--TGAACT-G--AAACAATT--TTTTATGAT
*** *** ** * * ** * *
180298 --TTTAATTTTTTTAGTTATTAT-ATTTTGAAATATTATT-
494 AAAACAAAGGTCATAATGATT-TGAAATTGATA-ATTGTTC
** * * * ** * ** * ** *
180335 AAATTAGT-ATTATTTTATTTTGAATAAAATACTATGAATAGAAA-CAATTGTTT-GATGAC-AA
1 AAA-TAGTCA-TA-ACTA-TTTGAAT-TAGTTCGGT-AA-ACAAATTTATT-TTTAAATCTCTTA
** * * * ** * * *
180396 AATA-AAATGTT-ATAATGATT--TGAAA-TAGATAATTATTCAAATAGTCAA-AA-C-TATATG
58 CTTATTAATTTTCAAAAT-ATTAAT-AAATTAG-T-ATTATT-TTAT-TTTAATAAGCTTGTATG
* * * * **** * * *
180453 AAATAATTTCGTAAGCAAATT-TTGTT-T-CTAAATCTCTTACTGAT--CAATTTT--CTAAAT-
117 -AA-CA----G-AAAC-AATTGTT-TTATGATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTTAAATAAATA
* * ** *
180510 ATTAAT-AAATTTGT-ATTATTTTATTTTGAACAAACTTA-TATTAGCAAAAACA-ATTGT-TTT
173 ATTATTCAAA-TAGTCA-TA-ACTA-TTTG----AAC-TAGT-TT-G-ATAAACAGATT-TATTT
** **** * * * ** *
180570 ATGGCAAAATAAAAAGTAATAATGTTTTGAAATAGATAAT-TGTTCAAATAGTTATAATTATTT-
225 -T--TTAAAT--CTCTTACTAAT-TTTTTAAATA-TTAATAAATT--AATA-TTAT-TTTATTTG
* *** * * *
180633 --A-AACTAGT-TCGAAAAATAGCTTTGATTTT-TGTTTTATAAGAAAACAAAGATCATAACA-A
279 AAATAACTTGTAT-GAAAAA-AAAATT-ATTTTATG----ACAA-AACA-AAAGGTCATAA-AGA
* ** * ** * * ** * * *
180692 TTTGAGATTGATATTTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCG-AAA-AATAGTTTTAG
334 TTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTAATTGGTAAACAA-A--TTCAT
* * * * * *
180755 TTTTTAAATATTTTGCTTATTAATTTTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATT-TCAAA
396 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAA
* ** * **
180819 TAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGACTTT-AAAGA
460 TAAGCTACTATGAACTGAAACAATT-TTTTATGATAAAAC-AAAGGTCATAATGA-TTTGAAATT
180883 GATAATTGTTC
522 GATAATTGTTC
* * * * *
180894 AAATAGTCA-ATTCTATTTGAACTT-GTTCTGTAAATAGATTTATTTTTTTAAAATCTCTTACTC
1 AAATAGTCATA-ACTATTTGAA-TTAGTTCGGTAAACAAATTTA--TTTTT-AAATCTCTTACTT
*** * *
180957 ATTAATTTTTTTAATGTT-ATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTA-AA
61 ATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TTAATAAGCTTGTATGAAC-AGAA
* * * * ** * * * *
181020 ATAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTC
124 ACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAAGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTC
* * ** ** * **
181084 TTAACTATTTGAACTAATTCAATAAACACCTTTATTTTTTAAATCTCTTACTAACTTTTGGAATA
188 ATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTTTTTAAATA
* * * *
181149 TTATTAAATTAGTATTATTTTAATCT-AAATAAGCTTATATGAAAAGAAATAATTATTTTATGAC
253 TTAATAAATTAATATTATTTT-ATTTGAAATAA-CTTGTATGAAAA-AAA-AATTATTTTATGAC
* * * * * * * *
181213 AAAA-TAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAA-TG
314 AAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTT-AAACTA
* * * * * ** *
181276 TTTCAGTAAACAAATTTAATTTTTAAA--TCTT--TTATTAATTTTT-AAAATATTAATGGATCA
378 ATT-GGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAGAATATTAATAAATTA
* * ** * ** * *
181336 GTATTATTTTATTTTGAATAATTTTAC-ATGAACAGAAGTAATTATTTTATGACAAAACAAAAAG
442 GTATTATTTTATTCTAAATAA-GCTACTATGAACTGAAACAATT-TTTTATGATAAAAC-AAAGG
* * * * * *
181400 TTATAATGATATGAAATAGATAACTATTT
504 TCATAATGATTTGAAATTGATAATTGTTC
* * * * ** * * * * * * *
181429 AAATGGACATGACTATTTAAACTTGCATGAATT-TTTAGA-ATATTAAGTTTCAAATCTCCTACC
1 AAATAGTCATAACTATTTGAA-TT--A-G--TTCGGTAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTACT
* * * * * *
181492 TATTAGTTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAAAAAACTTGTATGAATAGAA
60 TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TTAATAAGCTTGTATGAACAGAA
* * * * * * * * * * * *
181557 ATAATTGCTTTATGATAAAACCAAATA-CCAAAACTATTTGAAATAAACAATTCTTCTAACAATC
124 ACAATTGTTTTATGATAAAA-CAAAAAGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTC
* * * * * * * * *
181621 ATAACTATTTGAACTTG-CTCAGTAAACAAACTTACTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTG
188 ATAACTATTTGAACTAGTTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAA---TCT-CTTACTAATTTTTT
* * * * **
181685 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAGTTTG-AATATGCTTCTATGAACAGAAACAATTGGTTT
248 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTGAAATA-ACTTGTATGAA-A-AAAAAATTATTTT
* * ** * * *
181749 ATAAAAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTAA
309 ATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAA
** * * * * * * *
181814 A-TGTGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTTA-AATATTAATA
374 ACT-AATT-GGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAGAATATTAATA
* * * * *
181876 AATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAAGTTGC-ATGAA-TAGCAACAATTATTTTATGACAAAA
437 AA-TTAGTATTATTTTATTCTAAAT-AAGCTACTATGAACT-GAAACAATT-TTTTATGATAAAA
* * *
181938 CAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
498 C-AAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATTGTTC
* * * * * * *
181974 ATATAGTTATAACTATTTAAAATT-GTTCGGTAAACAGATTCATATTTTAAATCTCTTACTCATC
1 AAATAGTCATAACTATTT-GAATTAGTTCGGTAAACAAATTTAT-TTTTAAATCTCTTACTTATT
** * * * * **
182038 AATTTTTGGAAA-ATTAATAAATGAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACTGATGCA
64 AA-TTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT-AATAAGCTTGTATGAACAGAAACA
* * * * * * * *
182102 ATTGTTTTATAACAAAA-AAAAGGTCATAA-TATTTTCAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATG
127 ATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTT-AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * *
182165 ACTATTTGAACTTGTTTGGT--ACACATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAGTTGTTGAAAT
191 ACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAATT--TT-TT-AAAT
* * ** *
182228 GTTAATAAATTAATATTATTTTAATCAAAATAAGCTTGTATGAAGAAAAACCATTATTTTATGAC
252 ATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGAAATAA-CTTGTATGAA-AAAAA-AATTATTTTATGAC
* * * * * * * *
182293 AAAATAAAAAGTCATAAGGATTTAAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA
314 AAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAAC-TA
* ** * * * * *
182358 TTTGGTAAGTAGATTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-AGTTGT-ATGAATA-TAACTAAAT
378 ATTGGTAAACA-AATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-GAATATTAA-TAAAT
* * ** * *
182420 TTGTATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAA
440 TAGTATTATTTT-ATTCTAAATAAGCTACTATGAACT-GAAACAATT-TTTTATGATAAAAC-AA
* *** * * *
182483 AGGTTATAGCAATTTGAAATAGGTAATTATTC
501 AGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATTGTTC
* *
182515 AAATAGTCATAACTATTTAAACTT-GTTCGATAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGTTCGGTAAACAAATTT-ATTTTTAAATCTCTTACTTATT
*** * * ** * * *
182579 AATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAAATAGTTTT-TCCTAATCAA-CATG-ACGTAATAGAAAC
64 AATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTTAAT-AAGCTTGTATG-AACAGAAAC
** * * * * *** * ** * * *
182641 AATTGTTTCGTAACAGAACAAAAGGTCATAATGCTTTGAAATGGATAATTGTTCAAACAGTTATA
126 AATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATA
*** * ** *** * * * *
182706 ACTATTTGTGTTGGTCAGGCCAACAAATTCATTTTTTAAATC-C--A-TTATTTATT--A-ATT-
191 ACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTTTTTAAATATTA
** * * *
182763 -T---TTAGCATTACTTTATTCTG-AATAAGAC-TGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAA
256 ATAAATTAATATTATTTTATT-TGAAAT-A-ACTTGTATGAA-A-AAAAAATTATTTTATGACAA
* * * * * * * *
182822 AACAAATGGTCATAACGATTTGAAATGAATAATTATTCAAATTGAT-ATAACTATTTGAACCGAT
316 AACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG-TCATAATTATTT-AAACTAA
** * * * *
182886 TTTATAAATAGAATT-ATTTTTTAAATCTC--A--TATTAATTTTT-AAAATATCAAT-AATTAA
379 TTGGTAAACA-AATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAGAATATTAATAAATTAG
* * * * ** * * * *
182944 CATTATTTTATTCCAAACAAACTTA-TATGAACAAAAACACTTATTTTACGACAAAACAAAAAGT
443 TATTATTTTATTCTAAATAAGC-TACTATGAACTGAAACAATT-TTTTATGATAAAAC-AAAGGT
* *
183008 CATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
505 CATAATGATTTGAAATTGATAATTGTTC
* * * **** *
183036 ATATAGCCTTAACTATTTGAATT-GATTTAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAATTAG-TTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * * * * *
183100 AATTTTCATAATATCATTATATTACTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACACAAATAA
64 AATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT-AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAA
* *
183165 CTATTTTATGATAAAACAAAA
128 TTGTTTTATGATAAAACAAAA
183186 GATTATAAAT
Statistics
Matches: 3800, Mismatches: 909, Indels: 616
0.71 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
520 10 0.00
521 148 0.04
522 38 0.01
523 9 0.00
524 1 0.00
526 13 0.00
527 96 0.03
528 8 0.00
529 40 0.01
530 102 0.03
532 2 0.00
533 7 0.00
534 10 0.00
535 136 0.04
536 296 0.08
537 636 0.17
538 100 0.03
539 170 0.04
540 411 0.11
541 590 0.16
542 174 0.05
543 86 0.02
544 7 0.00
545 127 0.03
546 27 0.01
547 8 0.00
548 38 0.01
549 25 0.01
550 41 0.01
551 34 0.01
552 15 0.00
553 25 0.01
554 12 0.00
555 21 0.01
556 29 0.01
557 26 0.01
558 35 0.01
559 59 0.02
560 35 0.01
561 12 0.00
562 7 0.00
563 16 0.00
564 36 0.01
565 81 0.02
566 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (532 bp):
AAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
TTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTG
TTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
TTGAACTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTTTTTAAATATTAATAAA
TTAATATTATTTTATTTGAAATAACTTGTATGAAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
CATAAAGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTAATTGGTAAACAAA
TTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
TAAATAAGCTACTATGAACTGAAACAATTTTTTATGATAAAACAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
TGATAATTGTTC
Found at i:179401 original size:897 final size:896
Alignment explanation
Indices: 178228--180249 Score: 2163
Period size: 897 Copynumber: 2.3 Consensus size: 896
178218 TTAAAATTTT
* * *
178228 TTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTTAATAAGCTTGTATGAA
1 TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTTAATAAGCTTGTAT-AA
* * ** * * * *
178293 A--GAAACTATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTATTTAAA
64 ACTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAA
* * * * * * *
178356 TAGTCATAACCATTTGAACTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAA-T-TTCTTACTAATTTT
129 TAATAATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAACTCTTCTTATTAATTTT
* * * *
178419 TTAAATATTAATAGATTAATATTTTTTTTATTCTGAACAAACTTATATGAACAAAAAATTTATTT
194 TGAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTCTGAACAAACTTATATGAACAAAAAATTTATTT
* * *
178484 TTTGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAAATAAATT-TTCAAATAGTTATAATTATTT
258 TATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAAAT-AATTGTTCAAATAGTTATAACTATTG
178548 GAAC-TAATTGGATAAACAAAATTA-TATTCT-AAATCTCTTAG-TTATTAA-TTTTTGAAATAT
322 GAACTTAATTGG-TAAACAAAATTATTATTCTAAAATCT-TTAGCTTATTAATTTTTTG-AATAT
* ** *
178608 TGATAAATTCATTTTATTTTA-TTCTAAATAAGCTACTATGAATTGAAA-AAAT-TGTTTCATGA
384 TAATAAATTCAGATTATTTTATTTC-AAATAAGCTACTAAGAA---AAACAAATAT-TTT-ATGA
** * * * *
178670 -T-AACAAAA-AGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATTGTTC-ATATAGTCTTAACTATTTGAA
443 CTAAACAAAATA--TCATAATGATTTGAAATAAATAAATATTCTA-ATAGTCTTAACTAATTAAA
* * * * *
178731 CTAGTT-TGATAAGTAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATTATTAGA
505 CTAGTTCGGAGAA-CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAA
** * * * **
178795 TTAGTATTATTTTGT-TTCAAATAGGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-TGAACAAA
569 TTAGTATTATTTT-TAACCAAATAAGCTTCTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
*
178858 ATGTTACAAAGATTTGAAG--TGTACAATTATTCAAATAGTCATAGCTATTTGAAGT-GATTCGA
633 AT-TTACAAAGATTT-AAGATTG-ACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAGTAG-TTCGA
*
178920 TAAATAGATTTA-TGTTTTAAATC-T-CTCATTAATTTTTGAAAAATTAATAAATTAATATTATT
694 TAAATAAATTTATTG-TTTAAATCTTACTCATTAATTTTTGAAAAATTAATAAATTAATATTATT
*
178982 TTATTCTGAATAAGCTTGTATAATAAAAACAATTGTTATATGACTAAACAAAAAG-CAATAACT-
758 TTATTCTGAATAAGCTTGTATAATAAAAACAATTGTTATATGACAAAACAAAAAGTC-ATAA-TG
** * * * * *
179045 ATTTGAAATTGATATTTATTGAAATGGCCATAATTA-TTTGAATTAATTTGATAAACAAATTCAT
821 ATTTGAAATAAATAATCATTCAAATGGCCATAATTAGTTT-AACTAATTCGATAAACAAATTCAT
179109 GTTT-TAAATCAC
885 -TTTATAAATCAC
*
179121 TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAAA
1 TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT-AATAAGCTTGTATAAA
* * * *
179186 CTGAAACAATTACTTTATGATAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTTAAATAGGCAATTGTTCAAAT
65 CTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAAT
** * * * *
179251 AATTGTAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACAAATTTATCTTTTAAACTCTTGCCTATTAATTTT
130 AATAATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAACTCTT-CTTATTAATTTT
* * * * * * *
179316 TGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAACTTTTATGAACTGAAACAA-TTGTT
194 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAACAAACTTATATGAAC--AAAAAATTTATT
* * * * *
179380 TTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTATATAAATAATTGTTCAAATAGTTTTAACTATTG
257 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTG
* * * * * * * *
179445 GAACTTATTTGGTCAACAGATTTATTTTTTTAAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAA
322 GAACTTAATTGGTAAACAAAATTATTATTCTAAAATCTTTAGCTTATTAATTTTTTGAATATTAA
** * **
179510 TAAATTTGGATTATTTTATTTCAAATATGCTTGTAAGAAAAACAAATATTTTATGACTAAACAAA
387 TAAATTCAGATTATTTTATTTCAAATAAGCTACTAAGAAAAACAAATATTTTATGACTAAACAAA
* * * *
179575 ATATCATAATGATTTGAAATAAATAAATATTCTAATATTTTTAACTAATTAAACTGGTTCGGCGA
452 ATATCATAATGATTTGAAATAAATAAATATTCTAATAGTCTTAACTAATTAAACTAGTTCGGAGA
* * *** *
179640 ACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTCATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTGTTTT
517 ACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT
* * * ** *
179705 TAACCGAATAAGCTTCTATGATTAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGTTTTTAATGATTT
582 TAACCAAATAAGCTTCTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATTTACAAAGATTT
* * * *
179770 AAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAGTAGTTTGGTAAATAAATTTATTGTTT
647 AAGATTGACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAGTAGTTCGATAAATAAATTTATTGTTT
* * * * * *
179835 AAATCTGTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATGAGTTT
712 AAATC--TTACTCATTAATTTTTGAAAAATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTT
* * *
179900 GTATGATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATCAT
775 GTATAATAAAAACAATTGTTATATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATCAT
* * * * ***
179965 TCAAATGGCCATAATTAGTTTAACTGATTCGGTAAACATATTTATTTTATAAATTTT
840 TCAAATGGCCATAATTAGTTTAACTAATTCGATAAACAAATTCATTTTATAAATCAC
* * * *
180022 TTACTTATTAA--TTTAGGAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATCTAATATAAGCTTCTATT
1 TTACTTATTAATTTTTA-G-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTA-ATAAGCTTGTATA
* *
180084 AACTGAAACAATTATTTTATGATAAATCAAAAAGTTATAATGATTTTAAATAGAC-ATGTGTTCA
63 AACTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTTAAATAGACAAT-TGTTCA
* *
180148 AATAATAATAACTAATTGAACTTGTTTTGTAAACAAATTTATTTTATTAAATCTCTTTCTTATTA
127 AATAATAATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTT-TTAAA-CTC-TTCTTATTA
* * *
180213 ATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTACTAGTTTATTC
189 A-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
180250 CAAATATAGT
Statistics
Matches: 933, Mismatches: 152, Indels: 79
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
892 8 0.01
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895 1 0.00
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903 8 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (896 bp):
TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAATAAGCTTGTATAAAC
TGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATA
ATAATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAACTCTTCTTATTAATTTTTG
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAACAAACTTATATGAACAAAAAATTTATTTTAT
GACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTGGAAC
TTAATTGGTAAACAAAATTATTATTCTAAAATCTTTAGCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAA
TTCAGATTATTTTATTTCAAATAAGCTACTAAGAAAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAATAT
CATAATGATTTGAAATAAATAAATATTCTAATAGTCTTAACTAATTAAACTAGTTCGGAGAACAA
ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAAC
CAAATAAGCTTCTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATTTACAAAGATTTAAGA
TTGACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAGTAGTTCGATAAATAAATTTATTGTTTAAAT
CTTACTCATTAATTTTTGAAAAATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATAA
TAAAAACAATTGTTATATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATCATTCAAAT
GGCCATAATTAGTTTAACTAATTCGATAAACAAATTCATTTTATAAATCAC
Found at i:180888 original size:460 final size:460
Alignment explanation
Indices: 180255--181099 Score: 1033
Period size: 460 Copynumber: 1.8 Consensus size: 460
180245 TATTCCAAAT
* * * * * *
180255 ATAGTCTTAAGTATTTGAACTGGTTCGACAATTAGATTTATATTTTAATTTTTTTAGTTATTATA
1 ATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGAAAAATAGATTTATATTTTAAATATTTTAGTTATTATA
* * * **
180320 TTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATACTATGAATAGAAACAATTG
66 TTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATACTATGAATAGAAACAATTG
* * * *
180385 TTTGATGACAAAATAAAATGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTAT
131 TTTGATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAGAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTAT
* *
180450 ATGAAATAAT-TTC-GTAAGCAAATTT-TGTTTCT-AAATCTCTTACTGATCAATTTTCTAAATA
196 ATGAAAT--TGTTCTGTAAACAAATTTATGTTTCTAAAATCTCTTACTCATCAATTTTCTAAATA
* * * * * *
180511 TTAATAAATTTGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATTAGCAAAAACAATTGTTTTATGGCA
259 TT-ATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACA
* * * *
180576 AAATAAAAAGTAATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAATTATTTAAACTAG
323 AAACAAAAAGTAAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT-TAACTATTTAAACTAG
180640 TTCGAAAAATAGCTTTGATTTTTGTTTTATAAGAAAACAAAGATCATAACAATTTGAGATTGATA
387 TTCGAAAAATAGCTTTGATTTTTGTTTTATAAGAAAACAAAGATCATAACAATTTGAGATTGATA
180705 TTTGCTCAA
452 TTTGCTCAA
*
180714 ATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGAAAAATAGTTTTAGT-TTTTAAATATTTT-GCTTATTA
1 ATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGAAAAATAGATTTA-TATTTTAAATATTTTAG-TTATT-
* ** **
180777 ATTTTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTTTATGAACT-GAAACA
63 ATATTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATACTATGAA-TAGAAACA
* * *
180841 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGACTTT-AAAGAGATAATTGTTCAAATAGTCAAT
127 ATTGTTTGATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAAGAGATAATTATTCAAATAGTCAAA
* * * * * * * * * *
180905 TCTATTTGAACTTGTTCTGTAAATAGATTTATTTTTTTAAAATCTCTTACTCATTAATTTTTTTA
191 ACTATATGAAATTGTTCTGTAAACAAATTTATGTTTCTAAAATCTCTTACTCATCAATTTTCTAA
* * * * * *
180970 ATGTTATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGA
256 ATATTATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * * *
181035 CTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTA
321 CAAAACAAAAAGTAAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTAAACTA
181100 ATTCAATAAA
Statistics
Matches: 319, Mismatches: 57, Indels: 18
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
458 2 0.01
459 54 0.17
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461 112 0.35
462 27 0.08
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (460 bp):
ATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGAAAAATAGATTTATATTTTAAATATTTTAGTTATTATA
TTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATACTATGAATAGAAACAATTG
TTTGATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAGAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTAT
ATGAAATTGTTCTGTAAACAAATTTATGTTTCTAAAATCTCTTACTCATCAATTTTCTAAATATT
ATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
CAAAAAGTAAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTAAACTAGTTCG
AAAAATAGCTTTGATTTTTGTTTTATAAGAAAACAAAGATCATAACAATTTGAGATTGATATTTG
CTCAA
Found at i:180987 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 180710--182765 Score: 1534
Period size: 180 Copynumber: 11.4 Consensus size: 181
180700 TGATATTTGC
* * * * * * * *
180710 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTC-GAAAAATAGTTTTAGTTTTTAAATATTTTGCTTA
1 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * *
180774 TTAATTTTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTTTATGAACTGAAA
65 TTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAA
* * *
180839 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGACTTT-AAAGAGATAATTGT
129 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTAT
* * *
180892 TCAAATAGTCA-ATTCTATTTGAACTTGTTCTGTAAATAGATTTATTTTTTTAAAATCTCTTACT
1 TCAAATAGTCATA-ACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTT-AAATCTCTTACT
* ** * *
180956 CATTAATTTTTTTAATGTT-ATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAACTAA
63 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACTGA
* * * * * *
181019 AATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTGT
127 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
* * ** * **
181074 TCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAATTCAATAAACACCTTTATTTTTTAAATCTCTTAC----
1 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * ** *
181135 TAACTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-ATCTAAATAAGCTTATATGAAAAGAAAT
66 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACTGAAAC
* * * *
181199 AATTATTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGT
130 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
* * *
181250 TCAAATAGTCATAACTATTTGAA-ATGTTTCAGTAAACAAATTTAATTTTTAAA--TCTT--TTA
1 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* ** * ** ** ** * **
181310 TTAATTTTTAAAATATTAATGGATCAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTACATGAACAGAAGT
65 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAAC
* * * *
181375 AATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATGATATGAAATAGATAACTAT
130 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
* * * * * * * * **** ** * * *
181427 TTAAATGGACATGACTATTTAAACTTGCATGAATTTTTAGAATATTAAGTTTCAAATCTCCTACC
1 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAG-AT-TTATTTTTTAAATCTCTTACT
* ** * * *
181492 TATTAGTTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAAA-AAACTTGTATGAA-TAG
63 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAACT-G
* ** * * *** * * * *
181555 AAATAATTGCTTTATGATAAAACCAAATACCAAAACT-ATTTGAAATAAACAATTCT
126 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTAT
* * * * * * * * *
181611 TCTAACAATCATAACTATTTGAACTTGCTCAGTAAACAAACTTACTTTTTAAATTTTTTACTTAT
1 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * *
181676 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAGTTT-GAATATGCTTCTATGAACAGAAAC
66 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAAC
** * *
181740 AATTGGTTTATAAAAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTAT
130 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTAT
* * * * *
181792 TTAAATAGTCATAACTATTT-AAATGTGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTA
1 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* *
181855 TTAATTTTTTAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAAG-TTGCATGAA-TAG
65 TTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAAT-AAGCTTGTATGAACT-G
* *
181916 CAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
126 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
* * * * * * * *
181972 TCATATAGTTATAACTATTTAAAATTGTTCGGTAAACAGATTCATATTTTAAATCTCTTACTCAT
1 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * ** * * **
182037 CAATTTTTGGAAA-ATTAATAAATGAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACTGATGC
66 TAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAAC
* * *
182101 AATTGTTTTATAACAAAA-AAAAGGTCATAAT-ATTTTCAAATAGATAATTAT
130 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTAT
* * * ** * * *
182152 TTAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTTGGT--ACACATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTAT
1 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * ***
182215 TAGTTGTTGAAATGTTAATAAATTAATATTATTTTA-ATCAAAATAAGCTTGTATGAAGAAAAAC
66 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACTGAAAC
* * * * * * *
182279 CATTATTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAAGGATTTAAAATAAATAATTGT
130 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
* * ** ** *
182331 TTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAGTAGATTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
1 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * *
182396 TTAGTTGTATG-AATA-TAACTAAATTTGTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGA
65 TTAATT-TTTGAAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT-GA
* * *** *
182458 AAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGGTAATTAT
127 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
* * *
182513 TCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTC-GATAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTA
1 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * * * *
182577 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAAATAGTTT-TTCCTAATCAA-CATG-ACGTAA-TAGA
65 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT-AAGCTTGTATG-AACT-GA
* ** * * * * *
182638 AACAATTGTTTCGTAACAGAACAAAAGGTCATAATGCTTTGAAATGGATAATTGT
127 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
* * ** * ** * * *
182693 TCAAACAGTTATAACTATTTG-TGTTGGTCAGGCCAACAAATTCATTTTTTAAATC-CATTATTT
1 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTT
182756 ATTAATTTTT
64 ATTAATTTTT
182766 AGCATTACTT
Statistics
Matches: 1482, Mismatches: 330, Indels: 126
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 4 0.00
176 148 0.10
177 106 0.07
178 88 0.06
179 68 0.05
180 338 0.23
181 280 0.19
182 305 0.21
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184 117 0.08
185 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACA
ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
Found at i:181810 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 181764--181815 Score: 72
Period size: 18 Copynumber: 2.9 Consensus size: 18
181754 AAAACAAAAG
181764 GTCATAACTATTTGAAATA
1 GTCATAACTATTT-AAATA
*
181783 G--ATAATTATTTAAATA
1 GTCATAACTATTTAAATA
181799 GTCATAACTATTTAAAT
1 GTCATAACTATTTAAAT
181816 GTGTTCAGAA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 2, Indels: 5
0.81 0.06 0.14
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.21
17 9 0.31
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19 1 0.03
ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (18 bp):
GTCATAACTATTTAAATA
Found at i:182644 original size:721 final size:710
Alignment explanation
Indices: 180750--183193 Score: 1861
Period size: 721 Copynumber: 3.4 Consensus size: 710
180740 GAAAAATAGT
* * * * *
180750 TTTAGTTTTTAAATATTTTGCTTATTAATTTTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTT
1 TTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATT-A-GTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TT
* * * * *
180815 C-AAATAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGACTTTA
62 CAAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGA-TTTA
* * * *
180879 AAGAGATAATTGTTCAAATAGTCA-ATTCTATTTGAACTTGTTCTGTAAATAGATTTATTTTTTT
126 AATAAATAATTGTTTAAATAGTCATA-ACTATTTGAACTTGTT-TGTAAATAGATTTA-TTTTTT
* * * * * *
180943 AAAATCTCTTACTCATTAATTTTTTTAATGTTATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAAGCT
188 -AAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAATATAATAAATTAGTATTATTTTAATT-GAAATAAGCT
* * * **
181007 TGTATGAACTA-AAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAAT
250 TGTATGAA-TAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAAT
* * * * ** * **
181071 TGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAATTCAATAAACACCTTTATTTTTTAAATCTCTTAC-
314 TATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * * *
181135 ---TAACTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAAT-CTAAATAAGCTTAT-ATG-AAAA
379 TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT--TCCT-AATAA-C--ATGACGTAATA
* * * *
181194 GAAATAATTATTTTATGACAAAATAAAGA-TCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAG
438 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
181258 TCATAACTATTTGAAATGTTTCAGTAAACAAATTTAATTTTTAAATCTTTTATTAATTTTTAAAA
503 TTATAACTATTTAAAATGTTTCAGTAAACAAATTCAATTTTTAAATCTTTTATCAATTTTTAAAA
** *** * *
181323 TATTAATGGATCAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTACATGAACAGAAGTAATTATTTTATGA
568 TATTAATAAATCAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTACATGAACAGAAGCAATTATTTTATAA
* * *
181388 CAAAACAAAAAGTTATAATGATATGAAATAGATAACTATTTAAATGGACATGACTATTTAAACTT
633 CAAAACAAAAAGTCATAATGATATCAAATAGATAACTATTTAAATAGACATGACTATTTAAACTT
** *
181453 GCATGAATTTTTAGAA
698 G-AT--ATTGGTACAA
* * ** *
181469 TATTAAGTTTCAAATCTCCTACCTATTAGTTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC
1 T-TT-ATTTTTAAATCTTTTACTTATTAGTTTT-AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC
* * * * * * * *
181534 TGAAAA-AA-CTTGTATGAATAGAAATAATTGCTTTATGATAAAACCAAATA-CCAAAACTATTT
63 --AAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAAGTCATAACGATTT
* * ** * * * *
181596 GAAATAAACAATTCTTCTAACA-A-TCATAACTATTTGAACTTGCTCAGTAAACAAACTTACTTT
125 -AAATAAATAATTGTT-TAA-ATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGTAAATAGATTTATTTT
* * *
181659 TTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAGTTTG-AATATG
186 TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATA-TAATAAATTAGTATTATTTTA-ATTGAAATAAG
* * * * * * * *
181723 CTTCTATGAACAGAAACAATTGGTTTATAAAAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAA
248 CTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAA
* * * *
181788 TTATTTAAATAGTCATAACTATTTAAA-TGTGTTCAGA-AAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTT
313 TTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-TGTTC-GATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
** ** *
181850 ACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAA-AGTTG-CATGA
376 ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTA-TTT-TTCCTAATAACA--TGACGT-A
* * *
181912 ATAGCAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATA
435 ATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* *
181977 TAGTTATAACTATTTAAAAT-TGTTCGGTAAACAGATTC-ATATTTTAAATCTCTTACTCATCAA
500 TAGTTATAACTATTTAAAATGT-TTCAGTAAACAAATTCAAT-TTTTAAATCT-TT--T-ATCAA
* * * * *
182040 TTTTTGGAAA-ATTAATAAATGAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACTGATGCAAT
559 TTTTT-AAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTACATGAACAGAAGCAAT
* * * * **
182104 TGTTTTATAACAAAA-AAAAGGTCATAAT-ATTTTCAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGAC
623 TATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAATGA-TATCAAATAGATAACTATTTAAATAGACATGAC
*
182167 TATTTGAACTTG-T-TTGGTACACA
687 TATTTAAACTTGATATTGGTACA-A
* * *
182190 TTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAGTTGTTGAAATGTTAATAAATTAATATTATTTTAATCA
1 TTTATTTTT-AAATCTTTTACTTATTAGTT-TTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCA
* * * * * *
182255 AAATAAGCTTGTATGAAGAAAAACCATTATTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAAGGATTTAAAA
64 AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTT-AAA
* *
182320 TAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAGTAGATTTTATTTTTTAAA
128 TAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT-GTAAATAGA-TTTATTTTTTAAA
* * *
182385 TCTTTTACTTATTAGTTGTATGAATATAACTAAATTTGTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTA
191 TCTTTTACTTATTAATT-TTTGAATATAA-TAAATTAGTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTA
* * *
182450 TGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGGTAATTATTC
254 TGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTC
*
182515 AAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTA
319 AAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* *
182580 ATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAAATAGTTTTTCCTAATCAACATGACGTAATAGAAACAATT
384 ATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTTCCTAAT-AACATGACGTAATAGAAACAATT
* ** * * * * * *
182645 GTTTCGTAACAGAACAAAAGGTCATAATGCTTTGAAATGGATAATTGTTCAAACAGTTATAACTA
447 ATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTA
* ** * ** *
182710 TTT---GTGTTGGTCAGGCCAACAAATTCATTTTTTAAATCCATTAT---TTATT--AAT-TT--
512 TTTAAAATGTT--TCA-GTAAACAAATTCAATTTTTAAATCTTTTATCAATTTTTAAAATATTAA
* * * * ** * ** * *
182764 T---T-AGCATTACTTTATTCTGAATAAGACTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAAC
574 TAAATCAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTACATGAACAGAAGCAATTATTTTATAACAAAAC
** * * * * * * * * * *
182825 AAATGGTCATAACGATTTGAAAT-GAATAATTATTCAAATTGATATAACTATTTGAAC-CGAT-T
639 AAAAAGTCATAATGATATCAAATAG-ATAACTATTTAAATAGACATGACTATTTAAACTTGATAT
**
182887 TTATA-AA
703 TGGTACAA
** * * *
182894 TAGAATTATTTTTTAAATCTCATA-TTA--ATTTTTAAAATATCAAT-AATTAACATTATTTTAT
1 T----TTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAGTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
* * * * * * * * *
182955 TCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACACTTATTTTACGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTG
61 TCAAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTT-
* * * * * * ** * *
183020 AAATAGATAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTGAA-TTGATTTAACAAACAAATTTATTTTTT
125 AAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTT-GTAAATAGATTTATTTTTT
* * * * * * *
183084 AAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAT-AATATCATTATATTACTATTAATTTATTTTG-AATAAGC
188 AAATCTTTTACTTATTAATTTT--TGAATAT-AATAAATTAGTATTATTTTA-ATTGAAATAAGC
* * * * * * *
183147 TTGTATGAACACAAATAACTATTTTATGATAAAACAAAAGATTATAA
249 TTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA
183194 ATGTAGATAC
Statistics
Matches: 1377, Mismatches: 267, Indels: 179
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Consensus pattern (710 bp):
TTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAGTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCAAA
ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTAAATAA
ATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTT
TACTTATTAATTTTTGAATATAATAAATTAGTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATGAATAG
AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
CATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTCCTAATAACATGACGTAATAGAAACAATTATTTTATGA
CAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAAATG
TTTCAGTAAACAAATTCAATTTTTAAATCTTTTATCAATTTTTAAAATATTAATAAATCAGTATT
ATTTTATTTTGAATAAGCCTACATGAACAGAAGCAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAA
TGATATCAAATAGATAACTATTTAAATAGACATGACTATTTAAACTTGATATTGGTACAA
Found at i:182666 original size:541 final size:537
Alignment explanation
Indices: 180712--182713 Score: 1300
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180702 ATATTTGCTC
* * * * *
180712 AAATAGTCATAACTATTTGAACTG-GTTC-GAAAAATAGTTTTAGTTTTTAAATATTTTGCTTAT
1 AAATAGTCATAACTATTT-AAATGTATTCAG-AAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTAT
* * * **
180775 TAATTTTTTAAAATATTAATAAA-GTAGTATTATTTTATTTC-AAAT-AAGTTTTTATGAACT-G
63 TAATTGTAT-AAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAAG-TTGCATGAA-TAG
* * * * * * *
180836 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGACTTT-AAAGAGATAATTGTTCAAATAG
123 AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-CAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * * * *
180900 TCA-ATTCTATTTGAACTTGTTCTG-TAAATAGATTTATTTTTTTAAAATCTCTTACTCATTAAT
187 TCATA-ACTATTTAAAATTGTTC-GATAAACA-AATTAATATTTT-AAATCTCTTACTCATCAAT
** ** * * * * * * * * * *
180963 TTTTTTAATGTT-ATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTG
248 TTTTGGAAAATTAATAAATGAGAAATATTTTATCCTGAATAA-CCTATACGAACTGAAACAATTG
* * * * * * * * *
181027 TTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCT-TAACT
312 TTTCATAAC-AAAAAAAAGGTCATAAT-ACTTTCAAATAGATAATTATTCAAACAGT-TATAACT
** *** * * * *
181090 ATTTGAACTAATTCAATAAACACCTTTATTTTTTAAATCTCTTAC-TA--ACTT-TTGGAATATT
374 ATTTGAACTTGTTTGGT--ACACATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATT
* * * * * * * *
181151 ATTAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTATATGAA-AAGAAATAATTATTTTATGACAA
436 AATAAATTAATATTATTTTAATCAAAATAAGCTTCTATGAACAA-AAACAATTAGTTTATAAAAA
* * * * * * * *
181215 AATAAAGA-TCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTC
500 AACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTATTT
* * * *
181252 AAATAGTCATAACTATTTGAAATGT-TTCAGTAAACAAATTTAATTTTTAAATCTTTTA-TTAAT
1 AAATAGTCATAACTATTT-AAATGTATTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTT-AT
** * *** ** * * **
181315 T--TT-TA-AAATATTAATGGA-TCAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTACATGAACAGAAGT
63 TAATTGTATAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAAGTTGCATGAATAGAAAA
* ** * * * * * *
181375 AATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATGATATGAAATAGATAACTATTTAAATGGACATG
127 AATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * ** * * * * * *
181440 ACTATTTAAACTTGCAT-GAATTTTTAGAATATTAA-GTTTCAAATCTCCTAC-CTAT-TAGTTT
192 ACTATTTAAAATTG-TTCG-A--TAAACAA-ATTAATATTTTAAATCTCTTACTC-ATCAATTTT
** * * * * * * * *
181501 TCAAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTCTGAAAAAACTTGTATGAA-TAGAAATAATTG
251 TGGAAA-ATTAATAAATGAGA-AATATTTTATCCTG-AATAACCTATACGAACT-GAAACAATTG
* * * *** * * * * * * * *
181564 CTTT-ATGATAAAACCAAATACCAAAACTA-TTTGAAATAAACAATTCTTCTAACAATCATAACT
312 -TTTCATAACAAAA-AAAAGGTCATAA-TACTTTCAAATAGATAATTATTCAAACAGTTATAACT
* ** * * * *
181627 ATTTGAACTTGCTCAGTAAACAAACTTACTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
374 ATTTGAACTTGTTTGGT--ACACATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATT
* * *** * * *
181692 AATAAATTAGTATTATTTTAGTTTGAATATGCTTCTATGAACAGAAACAATTGGTTTATAAAAAA
436 AATAAATTAATATTATTTTAATCAAAATAAGCTTCTATGAACAAAAACAATTAGTTTATAAAAAA
* * * *
181757 ACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTT
501 ACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTATTT
*
181794 AAATAGTCATAACTATTTAAATGTGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAA
1 AAATAGTCATAACTATTTAAATGTATTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAA
* * * *
181859 TTTTTTAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAAGTTGCATGAATAGCAACAATT
66 TTGTATAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAAGTTGCATGAATAGAAAAAATT
** * *
181924 ATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTTATAACTA
131 ATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * *
181989 TTTAAAATTGTTCGGTAAACAGATTCATATTTTAAATCTCTTACTCATCAATTTTTGGAAAATTA
196 TTTAAAATTGTTCGATAAACAAATTAATATTTTAAATCTCTTACTCATCAATTTTTGGAAAATTA
* * ** * ** *
182054 ATAAATGAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACTGATGCAATTGTTTTATAACAAAA
261 ATAAATGAGAAATATTTTATCCTGAATAA-CCTATACGAACTGAAACAATTGTTTCATAACAAAA
* * * *
182119 AAAAGGTCATAATATTTTCAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTTGG
325 AAAAGGTCATAATACTTTCAAATAGATAATTATTCAAACAGTTATAACTATTTGAACTTGTTTGG
* *
182184 TACACATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAGTTGTTGAAATGTTAATAAATTAATATTATTT
390 TACACATTTATTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTT
* * * * * * * *
182249 TAATCAAAATAAGCTTGTATGAAGAAAAACCATTATTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAAGGAT
454 TAATCAAAATAAGCTTCTATGAACAAAAACAATTAGTTTATAAAAAAACAAAAAGTCATAACGAT
*
182314 TTAAAATAAATAATTGTTT
519 TTAAAATAAATAATTATTT
* ** * *
182333 AAATAGTCATAACTATTTGAACT-TATTTGGTAAGTAGATTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
1 AAATAGTCATAACTATTT-AAATGTATTCAGAAAATAGA-TTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTAT
* * * * *
182397 TAGTTGTATGAATA-TAACTAAATTTGTATTATTTTAATT-GAAAT-AAGCTTGTATGAATAGAA
63 TAATTGTATAAATATTAA-TAAATTTATATTATTTT-ATTCAAAATAAAG-TTGCATGAATAGAA
* * * *
182459 AAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAGTCA
125 AAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * *
182524 TAACTATTTAAACTTGTTCGATAAACAAATTTAAT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGG
190 TAACTATTTAAAATTGTTCGATAAACAAA-TTAATATTTTAAATCTCTTACTCATCAATTTTTGG
* *
182588 AATATTAATAAATTAGAAATAGTTTT-TCCT-AATCAA-C-ATGACGTAA-TAGAAACAATTGTT
254 AAAATTAATAAATGAGAAATA-TTTTATCCTGAAT-AACCTAT-ACG-AACT-GAAACAATTGTT
* * * * * *
182648 TCGTAACAGAACAAAAGGTCATAATGCTTTGAAATGGATAATTGTTCAAACAGTTATAACTATTT
314 TCATAACA-AAAAAAAGGTCATAATACTTTCAAATAGATAATTATTCAAACAGTTATAACTATTT
182713 G
378 G
182714 TGTTGGTCAG
Statistics
Matches: 1152, Mismatches: 250, Indels: 119
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
534 5 0.00
535 103 0.09
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537 118 0.10
538 25 0.02
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540 99 0.09
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543 12 0.01
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545 109 0.09
546 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (537 bp):
AAATAGTCATAACTATTTAAATGTATTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAA
TTGTATAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAAGTTGCATGAATAGAAAAAATT
ATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
TTTAAAATTGTTCGATAAACAAATTAATATTTTAAATCTCTTACTCATCAATTTTTGGAAAATTA
ATAAATGAGAAATATTTTATCCTGAATAACCTATACGAACTGAAACAATTGTTTCATAACAAAAA
AAAGGTCATAATACTTTCAAATAGATAATTATTCAAACAGTTATAACTATTTGAACTTGTTTGGT
ACACATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
ATCAAAATAAGCTTCTATGAACAAAAACAATTAGTTTATAAAAAAACAAAAAGTCATAACGATTT
AAAATAAATAATTATTT
Found at i:190910 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 190868--190911 Score: 54
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
190858 GGCAAACACA
*
190868 ATTATTTTTTAAATATCTTACTT
1 ATTAATTTTTAAATA-CTTACTT
190891 ATTAATTTTTACAATA-TTACT
1 ATTAATTTTTA-AATACTTACT
190912 AATTTAGTAA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 3
0.83 0.04 0.13
Matches are distributed among these distances:
22 5 0.26
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ACGTcount: A:0.34, C:0.09, G:0.00, T:0.57
Consensus pattern (22 bp):
ATTAATTTTTAAATACTTACTT
Found at i:191988 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 190650--192899 Score: 1674
Period size: 180 Copynumber: 12.5 Consensus size: 179
190640 GATATTGGCT
* * **
190650 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGTTAAACAGATTTATTTTTTTAAAT-TTCTTGTTTATTAA
1 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTA--TTTTTAAATCTT-TTAATTATTAA
* * *
190714 TTTTGTGAATCTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-TATGTATGAACTGAAACAAT
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* ** * * *
190778 TATTTTATGATTAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAAATAGATAATTATTCTAA
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* * * * * * * *
190833 TAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTTGGCAAACACAATTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAAT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTAATTATTAAT
* * * * * * * * *
190897 TTTTACAATATTACTAATTTAGTAATATTTTACTTCAAATGAA-CTTCTA-CAAATAGAAACAAT
64 TTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT-AAGCTTGTATGAACTA-AAACAAT
* * * *
190960 TGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTGTCCAAA
126 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
*** * * * *
191013 TAGTCATAACTATTT-AA-TTGATTCAATAAATAGATTAAGTTTTTAATTCTCTT-ATTA--ATT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTAATTATTAAT
** *
191073 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAATTTTGTATGAA-TAGAAACAATA
64 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATT
* ** * * *
191136 GTTTTATGACAAAATAAAATATCATAAACGATTTAAAATAGATAATAGTTCAAA
127 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* ** * * ** *
191190 TGGAAATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTGTTTTTTAAATC-TCCAACCTATTAAT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTT-ATTTTTAAATCTTTTAA-TTATTAAT
* * * ** **
191254 TTTTAGAATATTCATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTGTATGAA-TAGAAGTAATT
64 TTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATT
** * * * *
191318 GTTTTATGACAAAACAAAATATTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAA
127 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* *** * * *
191371 TAATCATAACTATTTGAACTCACTTGGTAAACAGATTGATTTTTAAATCTTCT-ATCTATTAATT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTAAATCTTTTAAT-TATTAA-T
* * * * * *
191435 TTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTGTTTTGAATAAGCTTTTAT-AAATAGAAATAATTG
64 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTG
* * *
191499 ATTTATAACAAAACAAAAGGTCATAAT-AGTTTGAAATAGATAATTATTCAAA
128 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* **** * *
191551 TAGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAAAAAATATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTT-AAATCTTTTAATTATTAA-T
* * * *
191615 TTTAAAATATTAATAATTTTA-TATTATTTTATTTGGAATAAGCTTGCATGAAC-AAAACCAATT
64 TTTGAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAA-CAATT
**
191678 -TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATTTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
127 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* ** * * * * * * * *
191730 AAGTCATAACTATTCAAACATGTTTGATAAACAGATTCATTTTTTAATTTTCTTACTCATTAATT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTAAATCTT-TTAATTATTAA-T
* * *
191795 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGC
64 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGT
* * * *
191860 TTTATTACAAAACAAAATGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
129 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * **** * *
191911 TAGTCATGACTATTTGAATTTGTTCAAAAAATATATTTACTTTTTAAATCTTTTAATTAGTAATT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTAATTATTAATT
* * * *** * * * *
191976 GTCAACATATTAATAAATTAATATTATTTTAGCCCAAATAAGCTTATATGAACAGAAAAAAATTG
65 TTGAA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC-TAAAACAATTG
* * * * * * * *
192041 TTTTATGATAAAATAAAAAGTTATAATAATTTAAAATAAATAATTGTTCGAA
128 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* ** * * *
192093 TAATCATAAAGATTTGAACTT-TTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTAATTATTAATT
** * ** * * **
192157 GTTTTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTAAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATCAT
65 -TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGT
** * ** * ** * *
192222 TTTATGACAAATTAAAAGGTTATAGCGATTTCAAATCTATAATTGCTAAAA
129 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * * *
192273 TAGTCATAATTATTTAAACTTGTTTAGCAAACATATTTATTCTTTAAATCTCTTAATTATTAATT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATT-TTTAAATCTTTTAATTATTAATT
* * * * * * *
192338 TTCATAATATTAA-AAACTTGGTATTATTATATTTCGAGTAAGCTTATATGAACTAAAA-TATTT
65 TTGA-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTG
*
192401 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
128 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * * * *
192453 TAGTCA-AGATTATTT-AA-TCGATTTTGGCAAACATATTTATTTTAAAATTTTTTTACTTATTA
1 TAGTCATA-ACTATTTGAACTTG--TTTGGTAAATAGATTTATTTTTAAA-TCTTTTAATTATTA
* ** * * *
192515 ACTGTCAAAATATTAATAAATTCA-TATTATTTTA-ATCTGAATAAGCTTGTATAAACAAAAACA
62 A-TTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACTAAAACA
* * * * * * *
192578 ATTATTTTATAATAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAACTGCTCAAA
124 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * *
192634 TAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ATTA--ATTT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTAATTATTAATT
** * ** * * *
192696 TTGAAATATTAATGGATTAGTATTACTTTATTTAAAAAAAAAGACTTATATGAA-TAAAAACATT
65 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT--CGAATAAG-CTTGTATGAACT-AAAACAAT
* ** * *
192760 TGTTTTTTGGTAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAA
126 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * * * *
192814 TAGTAATAATTACTTAAACTGGTTAGGTAAACATA-ATTATTTTTTTTAAATCTCTTACA-TATT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGT-AA-ATAGA-T-TTATTTTTAAATCTTTTA-ATTATT
192877 AATTTTTGAAATATTAATAAATT
61 AA-TTTTGAAATATTAATAAATT
192900 CATTTTATTT
Statistics
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TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTT
TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
Found at i:192414 original size:542 final size:536
Alignment explanation
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* * * * **
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** * * * * *
190714 TTTTGTGAATCTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-TATGTATGAACTGAAACAAT
63 TTTT-CAAATATTAATAAATTAGTATTATTATATTTCAAATAAGCT-TATATGAACTAAAACAAT
** ** * * * *
190778 TATTTTATGATTAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTA-A
126 TGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTG-AAATAGATAATTATTCAAATAGTC-AAGA
*** * * * * * * * * *
190842 CTATTTGAAT-TGGTTTGGCAAACACAATTATTTTTTAAATATC--TTACTTATTAATTTTTACA
189 CTATTT-AATAT--TTTAAAAAACATATTTA-TTTTAAAAT-TCTTTTAATTAGTAACTGTCAAA
* * * * * * * * *
190904 ATATTACTAATTTAGTAATATTTT-ACTTCAAATGAA-CTTCTACAAATAG-AAACAATTGTTTT
249 ATATTAATAAATTAATATTATTTTAAC-CCAAAT-AAGCTTATATAAACAGAAAAAAATTGTTTT
* * * ** * * *
190966 ATGA-CAAAACAAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTGTCCAAATAGTCATAACTATTT-A
312 ATAATAAAAAAAAAG-TCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * *
191029 A-TTGATTCAATAAATAGATTAAGTTTTT-AATTC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
376 ACTT--TTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA
* * ** * * *
191090 TTAGTATTATTTTATTCT-GAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATAGTTTTATGACAAAATAAA
439 TTTGTATTATTTTATT-TAAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATA-TTTTATGACAAAACAAA
** * * * * * *
191154 ATATCATAAACGATTTAAAATAGATAATAGTTCAAA
502 AGGTTAT-AATGATTTGAAATAGATAATTGCTAAAA
* ** * * * * * * * * *
191190 TGGAAATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTGTTTTTTAAATCTC-CAACCTATTAAT
1 TAGTCATAATTATTTAAAC-TGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAA-TTATTAAT
* * * ** ** * **
191254 TTTTAGAATATTCATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTGTATGAA-TAGAAGTAATT
64 TTTCA-AATATTAATAAATTAGTATTATTATATTTCAAATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATT
* ** * * * * * * *
191318 GTTTTATGACAAAACAAAATATTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAATCATA-ACT
127 GCTTTATGACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AGACT
* *** * * * * * * * ** *
191382 ATTTGAACTCA-CTTGGTAAACAGATTGATTTTTAAA-TCTTCT-ATCTATTAATTTTTGAAATT
191 ATTT-AA-T-ATTTTAAAAAACATATTTATTTTAAAATTCTTTTAAT-TAGTAACTGTCAAAATA
* ****** * * * * *
191444 TTAATAAATTAGTATTATTTTGTTTTGAATAAGCTTTTATAAATAG-AAATAATTGATTTATAAC
252 TTAATAAATTAATATTATTTTAACCCAAATAAGCTTATATAAACAGAAAAAAATTGTTTTATAAT
* * * * *
191508 AAAACAAAAGGTCATAATAGTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTG
317 AAAA-AAAAAGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TT
* * * * * * *
191573 TTCAAAAAATATATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAATTTTATA
380 TTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTGTA
** * * * *
191638 TTATTTTATTTGGAATAAGCTTGCATGAACAAAACCAATTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
445 TTATTTTATTTAAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATA
** *
191703 ATTTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAAA
510 ATGATTTGAAATAGATAATTGCT-AAAA
* * * * * * * *
191731 -AGTCATAACTATTCAAACATGTTT-GATAAACAGATTCATTTTTTAATTTTCTTACTCATTAAT
1 TAGTCATAATTATTTAAAC-TGTTTAG-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAA-
* *
191794 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTG
63 TTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTATATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTG
* * *
191859 CTTTATTACAAAACAAAATGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTAT
128 CTTTATGACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAGACTAT
* * * *
191924 TTGAAT-TTGTTCAAAAAATATATTTACTTTTTAAA-TCTTTTAATTAGTAATTGTCAACATATT
193 TT-AATATT-TT-AAAAAACATATTTA-TTTTAAAATTCTTTTAATTAGTAACTGTCAAAATATT
* * *
191987 AATAAATTAATATTATTTTAGCCCAAATAAGCTTATATGAACAGAAAAAAATTGTTTTATGATAA
254 AATAAATTAATATTATTTTAACCCAAATAAGCTTATATAAACAGAAAAAAATTGTTTTATAATAA
* * * * **
192052 AATAAAAAGTTATAATAATTTAAAATAAATAATTGTTCGAATAATCATAAAGATTTGAACTTTTC
319 AA-AAAAAGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTC
* *
192117 GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTTT-TAATATTAATAAATTTGTAT
383 GATAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATT-TTTAAAATATTAATAAATTTGTAT
* **
192181 TATTTTATTTAAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATCATTTTATGACAAATTAAAAGGTTATA
446 TATTTTATTTAAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAAT-ATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATA
** * **
192246 GCGATTTCAAATCTATAATTGCTAAAA
510 ATGATTTGAAATAGATAATTGCTAAAA
* *
192273 TAGTCATAATTATTTAAACTTGTTTAGCAAACATATTTATTCTTTAAATCTCTTAATTATTAATT
1 TAGTCATAATTATTTAAAC-TGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATT
* * * * *
192338 TTCATAATATTAA-AAACTTGGTATTATTATATTTCGAGTAAGCTTATATGAACTAAAA-TATTT
65 TTCA-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTATATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTG
* * *
192401 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAGATTAT
128 CTTTATGACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAGACTAT
*** * * *
192466 TTAATCGATTTTGGCAAACATATTTATTTTAAAATTTTTTTACTTATTAACTGTCAAAATATTAA
193 TTAAT--ATTTTAAAAAACATATTTATTTTAAAATTCTTTTAATTAGTAACTGTCAAAATATTAA
* * ** * * *
192531 TAAATTCATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATAAACA-AAAACAATTATTTTATAATAAAA
256 TAAATTAATATTATTTTAACCCAAATAAGCTTATATAAACAGAAAAAAATTGTTTTATAATAAAA
* * * *
192595 CAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAACTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTT-
321 AAAAAG-TCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT--TTTC
* ** *
192659 GATAAATAGATTTATTTTTTAAA-TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATGGATTAGTATTA
383 GATAAATAGATTTATTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTGTATTA
* * * * * * * **
192721 CTTTATTTAAAAAAAAAGACTTATATGAATAAAAACATTTGTTTTTTGGTAAAACAAAAGGTTAT
448 TTTTATTT--AAAATAAG-CTTGTATGAACAAAAACA-ATATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
*
192786 AATGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAA
509 AATGATTTGAAATAGATAATTGCTAAAA
* * * *
192814 TAGTAATAATTACTTAAACTGGTTAGGTAAACATAATTATTTTTTTTAAATCTCTTACA-TATTA
1 TAGTCATAATTATTTAAACTGTTTA-GTAAACAT-ATT-TATTTTTTAAATCTCTTA-ATTATTA
*
192878 ATTTTTGAAATATTAATAAATT
62 A-TTTTCAAATATTAATAAATT
192900 CATTTTATTT
Statistics
Matches: 1374, Mismatches: 276, Indels: 117
0.78 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
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536 3 0.00
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Consensus pattern (536 bp):
TAGTCATAATTATTTAAACTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTT
TCAAATATTAATAAATTAGTATTATTATATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGCTT
TATGACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAGACTATTTA
ATATTTTAAAAAACATATTTATTTTAAAATTCTTTTAATTAGTAACTGTCAAAATATTAATAAAT
TAATATTATTTTAACCCAAATAAGCTTATATAAACAGAAAAAAATTGTTTTATAATAAAAAAAAA
GTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTCGATAAATA
GATTTATTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTT
AAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAA
TAGATAATTGCTAAAA
Found at i:192848 original size:361 final size:354
Alignment explanation
Indices: 190650--192899 Score: 1710
Period size: 361 Copynumber: 6.2 Consensus size: 354
190640 GATATTGGCT
* * * **
190650 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGTTAAACAGATTTATTTTTTTAAATTTCTTGTTTATTAAT
1 TAGTCATAACTATTTAAAC-TGTTTGGTAAACAGATTTA--TTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * **
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63 TGTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCT-TGTATGAACAAAAACAAT
* ** * * * * *
190778 TATTTTATGATTAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAAC
125 TATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATGATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
*** * * *
190843 TATTTGAA-TTGGTTTGGCAAACACAATTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTT-ACAAT
189 TATTTGAACTT-GTTTAAAAAATATATTTATTTTTT-AA-ATC-T-CTTATTAATTTTTCA-AAT
* * * * * ** *
190906 ATTACTAATTTAGTAATATTTTACTTCAAATGAA-CTTCTACAAATAGAAACAATTGTTTTATGA
248 ATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTCAAAT-AAGCTTATATGAATAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * * *
190970 CAAAAC-AAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTGTCCAAA
311 CAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* *** * *
191013 TAGTCATAACTATTT-AATTGATTCAATAAATAGATTAAGTTTTT-AAT-TC-T-CTTATTAATT
1 TAGTCATAACTATTTAAACTG-TTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* ** * *
191073 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAA-TAG
64 GTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTA-
* * * * * * * ** *
191137 TTTTATGACAAAATAAAATATCATAAACGATTTAAAATAGATAATAGTTCAAATGGAAATGACTA
127 TTTTATAACAAAACAAAAGATCAT-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
*** * * *
191202 TTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTGTTTTTTAAATCTCCAACCTATTAATTTTT-AGAATATT
191 TTTGAACTTGTTTAAAAAATATATTTATTTTTTAAATCT----CTTATTAATTTTTCA-AATATT
* ** ** * * **
191266 CATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTGTATGAATAGAAGTAATTGTTTTATGACAAA
251 AATAAATTAGTATTA-TTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAA
** * * *
191331 ACAAAATATTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAA
315 ACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * ** *
191371 TAATCATAACTATTTGAACTCACTTGGTAAACAGATTGATTTTTAAATCT-TCTA-TCTATTAAT
1 TAGTCATAACTATTTAAACT-GTTTGGTAAACAGATTTATTTTTAAATCTCT-TACT-TATTAAT
* * * * * * * *
191434 TTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTGTTTTGAATAAGCTTTTATAAATAGAAATAATTG
63 TGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATT-
* *
191499 A-TTTATAACAAAACAAAAGGTCATAAT-AGTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
126 ATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * *
191562 ATTTGAACGTGTTCAAAAAATATATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTA
190 ATTTGAACTTGTTTAAAAAATATATTTATTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTCAAATATTA
* ** ** * *
191627 ATAATTTTA-TATTATTTTATTTGGAATAAGCTTGCATGAACAAAACCAATT-TTTTATGACAAA
252 ATAA-ATTAGTATTA-TTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAA
* **
191690 ACAAAAGGTCATAATTTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
315 ACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * * *
191730 AAGTCATAACTATTCAAACATGTTTGATAAACAGATTCATTTTTTAATTTTCTTACTCATTAATT
1 TAGTCATAACTATTTAAAC-TGTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * **
191795 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGC
64 GTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTAT
* * * *
191860 TTTATTACAAAACAAAATG-TCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTAT
128 TTTATAACAAAACAAAA-GATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * *
191924 TTGAATTTGTTCAAAAAATATATTTACTTTTTAAATCTTTTAATTAGTAATTGTCAACATATTAA
192 TTGAACTTGTTTAAAAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTT-ATTA--ATTTTTCAA-ATATTAA
* *** * * *
191989 TAAATTAATATTATTTTAGCCCAAATAAGCTTATATGAACAGAAAAAAATTGTTTTATGATAAAA
253 TAAATTAGTATTA-TTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * * *
192054 TAAAAAGTTATAATAATTTAAAATAAATAATTGTTCGAA
316 CAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* ** * *
192093 TAATCATAAAGATTTGAACT-TTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
1 TAGTCATAACTATTTAAACTGTTT-GGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
** * * * *
192157 GTTTTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTAAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATCAT
64 GTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTAT
* ** * * ** * ** * * *
192222 TTTATGACAAATTAAAAGGTTATAGCGATTTCAAATCTATAATTGCTAAAATAGTCATAATTATT
128 TTTATAACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* ** * * *
192287 TAAACTTGTTTAGCAAACATATTTATTCTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCATAATATTAA-
193 TGAACTTGTTTAAAAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTT-ATTA--ATTTTTCA-AATATTAAT
* * * * *
192351 AAACTTGGTATTATTATATTTCGAGTAAGCTTATATGAACT-AAAA-TATTTTTTTATGACAAAA
254 AAA-TTAGTATTATT-TATTTCAAATAAGCTTATATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* *
192414 CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
316 CAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * * *
192453 TAGTCA-AGATTATTTAATC-GATTTTGGCAAACATATTTATTTTAAAATTTTTTTACTTATTAA
1 TAGTCATA-ACTATTTAAACTG--TTTGGTAAACAGATTTATTTTTAAA-TCTCTTACTTATTAA
* ** * *
192516 CTGTCAAAATATTAATAAATTCA-TATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAAT
62 TTGTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAAT
* * * *
192580 TATTTTATAATAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAACTGCTCAAATAGTCATAACT
125 TATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * *
192645 ATTTGAACTGGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATG
190 ATTTGAACTTGTTTAAAAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTCAAATATTAATA
* * * * * **
192710 GATTAGTATTACTTTATTTAAAAAAAAAGACTTATATGAATAAAAACATTTGTTTTTTGGTAAAA
255 AATTAGTATTA-TTTATTT--CAAATAAG-CTTATATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
*
192775 CAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAA
316 CAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * * *
192814 TAGTAATAATTACTTAAACTGGTTAGGTAAACATAATTATTTTTTTTAAATCTCTTACATATTAA
1 TAGTCATAACTATTTAAACT-GTTTGGTAAACA-GA-T-TTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
*
192879 TTTTTGAAATATTAATAAATT
62 TTGTTGAAATATTAATAAATT
192900 CATTTTATTT
Statistics
Matches: 1511, Mismatches: 307, Indels: 138
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
354 1 0.00
355 3 0.00
356 6 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (354 bp):
TAGTCATAACTATTTAAACTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGT
TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTT
ATAACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
ACTTGTTTAAAAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAG
TATTATTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTA
TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
Found at i:193201 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 192965--193422 Score: 528
Period size: 181 Copynumber: 2.5 Consensus size: 179
192955 TCAAATAGTT
* * * *
192965 TAACTATTTGAACTAGT-TTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTGTTTCTTATTAGTTTTTGA
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*
193029 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT-ATGATCAAAAACAATT-CTTTT
64 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTGATAATC-AAAACAATTGC-TTT
* * *
193092 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGACCA
127 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGACAATT-TTCAAATAACAA
* * * * * * *
193146 TAATTATTTTAAC-TGATTTTATAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTAGAA
1 TAACTATTTGAACTTG-TGTTATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTATTTTTG-A
* ** * * *
193210 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGTTTAAGCTTGTGTTAATCGAAATAATTGCTTTAT
64 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTGATAATCAAAACAATTGCTTTAT
* * * * *
193275 GACAAATCAAAAGGTTATAGCGATTTTAAATAGACAATTTTCAAATAATAA
129 GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGACAATTTTCAAATAACAA
* **
193326 TAACTATTTGAACTTGTGTTATAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTT
1 TAACTATTTGAACTTGTGTTATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTTCTTATT-ATTTTTGA
* *
193391 AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGA
64 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
193423 GTATAGTCTT
Statistics
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0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
180 40 0.17
181 179 0.78
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ACGTcount: A:0.38, C:0.07, G:0.09, T:0.46
Consensus pattern (179 bp):
TAACTATTTGAACTTGTGTTATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTATTTTTGAAA
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTGATAATCAAAACAATTGCTTTATGA
CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGACAATTTTCAAATAACAA
Found at i:194141 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 193831--195379 Score: 533
Period size: 180 Copynumber: 8.7 Consensus size: 178
193821 TAAATTTATT
** ** * * *
193831 TTTA-AAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTACGAACAAAGCAATTGT
1 TTTAGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAAATAGTATGAACAAAACAATTGT
* * * * * * * * * **
193895 TTTACGACAAAGGAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATTATCATTTATATAGTCTTAACTATT
66 TTTATGACAAAAGAAAA--TTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATT
* * * * *
193960 TGAACTAGTTTGGTAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTAGTTATTAAG
129 TGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTCTTAAATCTCATAGTTATTAAG
* * * *
194010 TTTAGGAATATTATTAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTATGAACAGAACCAATTG
1 TTTAGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAAATAGTATGAACA-AAACAATTG
*
194075 TTTGATGACAAAATGAAATATTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTAT
65 TTTTATGACAAAA-GAAA-ATTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTAT
* * * ** * * *
194140 TTGAAATGGTTCGGTAAGCAGATTTACTTCTTAAATCTCATATTTATTAAT
128 TTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTCTTAAATCTCATAGTTATTAAG
** * * *
194191 TTTTTAAATATTAGTAAATTAGTATTA-TTTAATTTGAATAAAATTA-TATTAACAAAAAAAATT
1 TTTAGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAAA-TAGTATGAAC-AAAACAATT
* * * * * * *
194254 ATTTTATGACAAAACAAAAAGTAGTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCGAATAGTTAAAATTA
64 GTTTTATGACAAAA-GAAAATTA-TAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTA
* * * * *
194319 TTTGAACTAGTTTGGCAAATAGAATTATTTGC-TAAATCTCTTACTTA-TAATT
127 TTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTT-CTTAAATCTCATAGTTATTAA-G
* * * * * *** * ** * *
194371 TTTTGAAATATTAATAAATTAAT-TTATTCTAGTCCAAATAAGATTTTATGAGCTAAAATAATTG
1 TTTAGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAAATAGTATGAAC-AAAACAATTG
* * ** * * * * ** *
194435 TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAACAATT-TTTATTATAGTCTTAACTG
65 TTTTATGACAAAA-GAAA-ATTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAGTCAAAACTA
* * * * * ** * *
194499 TTTGGACT-GATTTAGCAAA-CGAATTTATTTTTTAAATCTTTTTGTTATTAAT
127 TTTGAACTAG-TTTGGTAAATAG-ATTTATTTCTTAAATCTCATAGTTATTAAG
* * ** ** * * ***
194551 TTTCA-AAATATTACTAAATTAGTATTATTTT-GTTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATGGT
1 TTT-AGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATT-TGAATAAAATAGTATGAACA-AAACAAT
* * * *
194614 TGTTTTATG---ATAG--AA-CA-AATG-GTT---ATA-ACAA-T-TTCAAATAGTCATAAACTA
63 TGTTTTATGACAAAAGAAAATTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AAACTA
* ** * * *
194665 TTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAA-C-C-T-CTTATTAA-
127 TTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTCTTAAATCTCATAGTTATTAAG
* * * ** ** *
194712 TTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGTTTTTATGTTGA-AAAACAA
1 TT-TAGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTT-GAATAAAATAGTATG--AACAAAACAA
** * * * * * *
194775 TTGTTTTATGACAAAAGAAAAGGGAATAACGATTTGAAATAGATAGTTATTCAAATGGCCATAAT
62 TTGTTTTATGACAAAAGAAAA--TTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAAC
*
194840 TATTTGAACT-GATTTGGTAAACTA-ATTTATTT-TTCAAATCTC----TTATTAAA
125 TATTTGAACTAG-TTTGGTAAA-TAGATTTATTTCTT-AAATCTCATAGTTATTAAG
* * * * ** **
194890 TTTCA-AAATATTAATCAAGTAGTATTATTTT-ATTTGGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAAT
1 TTT-AGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTT-GAATAAAATAGTATGAAC-AAAACAAT
* * * * * * *
194953 TGTTTTATGATAAAA-CAAATGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCACAGAGTCATAAC
63 TGTTTTATGACAAAAGAAAAT--T-ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAAC
* *** * *
195017 TATTTAAACTTA-TTCAATAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTCAT-GCTTATTAA-
125 TATTTGAAC-TAGTTTGGTAAATAGATTTATTTCTT-AAATCTCATAG-TTATTAAG
*** * * * * *** * *
195071 TTTTTTAATGTTAATAAATAAGTACTATTTT-ATTCTGAATACGCTTGTATGAA-ATGAATCAAT
1 TTTAGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATT-TGAATAAAATAGTATGAACA--AAACAAT
* * * * * ** * * * **
195134 TATTATATGACTAAACAAAATTTTAGAACAATTTAAAATAGAAAATTATTCTAATAGTCTCAACT
63 TGTTTTATGACAAAAGAAAA--TTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACT
* * **** * * * *
195199 ATTTGAATTGGTTCAACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTCATT---
126 ATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTCTTAAATCTCATAGTT-ATTAAG
* * * * ** * *
195249 TTT-GAAATAGTATTAAATTAGTATTATTTTTATTCGAGTAAGCTTGTATGATCAGAAACAATTG
1 TTTAGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAAATAGTATGAACA-AAACAATTG
* * * * * * * * *
195313 TTTTATGAAAAAACAAAGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTC--ATATTCATAACTATT
65 TTTTATGACAAAAGAAA-ATTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATT
195376 TGAA
129 TGAA
195380 TTGATTCAAA
Statistics
Matches: 1055, Mismatches: 237, Indels: 161
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
161 2 0.00
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163 2 0.00
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183 1 0.00
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
TTTAGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAAATAGTATGAACAAAACAATTGT
TTTATGACAAAAGAAAATTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTG
AACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTCTTAAATCTCATAGTTATTAAG
Found at i:194901 original size:177 final size:177
Alignment explanation
Indices: 194663--195510 Score: 482
Period size: 177 Copynumber: 4.8 Consensus size: 177
194653 AGTCATAAAC
* * **
194663 TATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAACCTCTTATTAATTCTTGAAATATTAAT
1 TATTTGAACTGATTCAGTAAACAGATTTATTTTTCAAACCTCTTATTAATTCTCAAAATATTAAT
* * *** *
194728 AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTTTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAGA
66 AAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
194793 AAAGGGAATAACGATTTGAAATAGATAGTTATTCAAATGGCCATAAT
131 AAAGGGAATAACGATTTGAAATAGATAGTTATTCAAATGGCCATAAT
** *
194840 TATTTGAACTGATTTGGTAAACTA-ATTTATTTTTCAAATCTCTTATTAAATT-TCAAAATATTA
1 TATTTGAACTGATTCAGTAAAC-AGATTTATTTTTCAAACCTCTTATT-AATTCTCAAAATATTA
* *** * *
194903 ATCAAGTAGTATTATTTTATTTGGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAA
64 ATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* ** * * * * * * *
194968 CAAATGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCACA-GAGTCATAAC
129 CAAAAGGGAATAACGATTTGAAATAGATAGTTATTCAAATG-GCCATAAT
* * * *** *
195017 TATTTAAACTTATTCAATAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTCATGCTTATTAATT-TTTTAATG
1 TATTTGAACTGATTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTCAAA-C-C-T-CTTATTAATTCTCAAAATA
* * * * * * * *
195081 TTAATAAA-TAAGTACTATTTTA-TTCTGAATACGCTTGTATGAA-ATGAATCAATTATTATATG
61 TTAATAAAGT-AGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTTTATGAACA-AAAACAATTGTTTTATG
* **** * * * * * * * * *
195143 ACTAAACAAAATTTTAGAACAATTTAAAATAGAAAATTATTCTAATAGTC-TCAAC
123 ACAAAACAAAAGGGAATAACGATTTGAAATAGATAGTTATTCAAATGGCCAT-AAT
* * ** * * * * * ** * *
195198 TATTTGAATTGGTTCAACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTCATTTTTGAAATAGTATT
1 TATTTGAACTGATTCAGTAAACAGATTTATTTTTCAAACCTCTTATTAATTCTCAAAATATTAAT
* * * * * * *
195263 AAATTAGTATTATTTT-TATTCGAGTAAGCTTGTATGATCAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAAC
66 AAAGTAGTATTATTTTAT-TTCAAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
*** * * * * * * * *
195327 -AAAGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCATAT--TCATAAC
130 AAAAGGGAATAACGATTTGAAATAGATAGTTATTCAAATGGCCATAAT
* ** * * **
195372 TATTTGAATTGATTCAAAAAACA-ACTTTAGTTTTT-AAATCTCTTGCTTATTATTTTTTGAAAT
1 TATTTGAACTGATTCAGTAAACAGA-TTTA-TTTTTCAAA-C-C-T-CTTATTAATTCTCAAAAT
* * * **** *
195435 ATTAATAAAGTAGTATCATTTTATTTCGAATAAGTTTTTATGATTTGAAACAATTGTTCTATGAC
60 ATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAC
*
195500 AAAAGAAAAGG
125 AAAACAAAAGG
195511 ATTATTTTTA
Statistics
Matches: 523, Mismatches: 120, Indels: 54
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
173 1 0.00
174 33 0.06
175 6 0.01
176 36 0.07
177 217 0.41
178 92 0.18
179 5 0.01
180 13 0.02
181 114 0.22
182 6 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
TATTTGAACTGATTCAGTAAACAGATTTATTTTTCAAACCTCTTATTAATTCTCAAAATATTAAT
AAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
AAAGGGAATAACGATTTGAAATAGATAGTTATTCAAATGGCCATAAT
Found at i:195123 original size:520 final size:524
Alignment explanation
Indices: 194121--195123 Score: 1091
Period size: 520 Copynumber: 1.9 Consensus size: 524
194111 TAGATAATTA
* * *
194121 TTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTCGGTAAGCAGATTTACTTCTTAAATCTCATATTTA
1 TTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTCAGTAAACAGATTTACTTCTTAAATCTCATACTTA
* * * *
194186 TTAATTTTTTAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTAATTTGAATAAAATTATATTAACAAAAAAA
66 TTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTAATTTAAATAAAATTATATTAACAAAAAAA
* * * * * **
194251 ATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTAGTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCGAATAGTTAAAA
131 ATTATTTTATGACAAAACAAAAAGGAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCAAAA
**
194316 TTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAGAATTATTTGCTAAATCTCTTACTTATAATTTTTTGAAATA
196 TTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAGAATTATTTGCTAAATCTCTTACTTATAA-TTTTCAAAATA
* * *
194381 TTAATAAATTAATTTATTCTAGTCCAAATAAGATTTTATGAGCTAAAATAATTGTTTTATGACAA
260 TTAATAAAGTAATTTATTCTAGTCCAAATAAGATTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * **
194446 AACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAACAATTTTTATTATAGTCTTAACTGTTTGGACTGATT
325 AACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAACAATTTTCATCAGAGTCATAACTATTTAAACTGATT
* * ** * * *
194511 TAGCAAACGAATTTATTTTTTAAATCTTTTTGTTATTAATTTTCAAAATATTACTAAATTAGTAT
390 CAACAAACGAATTTATTTTTTAAATCTTCATGTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATAAGTAC
*
194576 TATTTTGTTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATGGTTGTTTTATGATAGAACAAATGGTTATA
455 TATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATGGTTGTTTTATGATAGAACAAATGGTTATA
194641 ACAAT
520 ACAAT
* * *
194646 TTCAAATAGTCATAAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAA-C-C-T-CTT
1 TTCAAATAGTCA-AAACTATTTGAAATGGTTCAGTAAACAGATTTACTTCTTAAATCTCATACTT
* ** * **
194707 ATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTTTATGT-TGAAAA
65 ATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTAATTT-AAATAAAATTATAT-TAACAAAA
* * * * * *
194771 ACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGGGAATAACGATTTGAAATAGATAGTTATTCAAATGGCCA
128 AAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGGAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCA
* * * *
194836 TAATTATTTGAACT-GATTTGGTAAACTA-ATTTATTT-TTCAAATCTCTTA-TTA-AA-TTTCA
193 AAATTATTTGAACTAG-TTTGGCAAA-TAGAATTATTTGCT-AAATCTCTTACTTATAATTTTCA
* * * * **** *
194895 AAATATTAATCAAGTAGTATTATTTTATTTGGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTA
255 AAATATTAATAAAGTAAT-TTATTCTAGTCCAAATAAGATTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTA
* * * ** * * *
194960 TGATAAAACAAATGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCA-CAGAGTCATAACTATTTAA
319 TGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAACAATT-TTCATCAGAGTCATAACTATTTAA
* * ** *
195024 ACTTATTCAATAAAC-AGATTTATTTTTTCAAATC-TCATGCTTATTAATTTT-TTAATGTTAAT
383 ACTGATTCAACAAACGA-ATTTATTTTTT-AAATCTTCATG-TTATTAATTTTCAAAATATTAAT
** *
195086 AAATAAGTACTATTTTATTCTGAATACGCTTGTATGAA
445 AAATAAGTACTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA
195124 ATGAATCAAT
Statistics
Matches: 389, Mismatches: 78, Indels: 27
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
519 19 0.05
520 146 0.38
521 21 0.05
522 44 0.11
523 105 0.27
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525 13 0.03
526 37 0.10
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (524 bp):
TTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTCAGTAAACAGATTTACTTCTTAAATCTCATACTTA
TTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTAATTTAAATAAAATTATATTAACAAAAAAA
ATTATTTTATGACAAAACAAAAAGGAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCAAAA
TTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAGAATTATTTGCTAAATCTCTTACTTATAATTTTCAAAATAT
TAATAAAGTAATTTATTCTAGTCCAAATAAGATTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAA
ACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAACAATTTTCATCAGAGTCATAACTATTTAAACTGATTC
AACAAACGAATTTATTTTTTAAATCTTCATGTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATAAGTACT
ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATGGTTGTTTTATGATAGAACAAATGGTTATAA
CAAT
Found at i:195984 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 195595--198049 Score: 1640
Period size: 181 Copynumber: 13.6 Consensus size: 179
195585 GCAATGGATG
* * * * * * *
195595 TCATAATGACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-AAATTTATTTAAAATTA-TTTGGCAA
1 TCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAA-CTATTT-GAACTAGTTCGGTAA
* * * * * * * * *
195657 ATAGTTTTATTTTTTAAATCTCTTGCCTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATCATTTT
63 ACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTT
* * * * * * *
195722 ATTCTGATTAGGCTTGTGTGAACT-GAAATAGTTGTTTTATGACTAAAGAAAAAG-
128 ATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGA--AAA-AAAAAGA
* * * *
195776 TCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGGACTAGTTCGGTAAACA
1 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACA
* * * * *
195841 TATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTACTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTTAAT
66 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
*** * * *
195906 CCAAATAAGTTTGTATTAA-AAGAAACAATTGTATTATGAAAAAATAAAGA
131 TTGAATAAGCTTGTATGAATAA-AAACAATTGTTTTATGAAAAAA-AAAGA
* * * * * **
195956 TCATAACAATTTGAGATAGATAAATTGTTCAAATACT-TATAACTATTTAAACTATTTTAGTAAA
1 TCATAACGATTTGAAATAGAT-AATTGTTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAA
* * * * * * *
196020 CAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATATATCAGTGTTATCTTA
64 CAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
** * * *
196081 TTTTGAATAATTTTGCATGAACAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGA
129 TTTTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGA-AAAA-AAAAGA
* * * * * * * * *
196134 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGACATGACTATTTGAATTTGTTCGGTAAGCA
1 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACA
* * *
196199 AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTGATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
66 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
* * * * **
196264 ATGAATAAACTTGTATGAATAGAAAGAATTGTTTTACAATAAAACAAAAGA
131 TTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGA-AAAA-AAAAGA
* *
196315 TCATAACTATTTGAAATAAAATAATTGTTCAAACT-GT-TATAACTATTTGAAC-ATGCTT-GGT
1 TCATAACGATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAA-TAGTCT-TAACTATTTGAACTA-G-TTCGGT
* * * * *
196376 AAATAGATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATT
61 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATT
* * * * * *
196440 TTATTTCGAATATGTTTGTATAAATAAAAATAATTGGTTTATGACAAAACAAAA-A
126 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGA-AAAA-AAAAGA
* * * * *
196495 GTCCTAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC--AATTATTTGAACGT-GTTCAGAAAA
1 -TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAAC-TAGTTCGGTAAA
* * * * *
196557 TAGTTTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTGATTTTTAGAACATTAATAAATTTATATTATTTTA
64 CAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
* * ** *
196621 TTTGGAATAAGTTTGTATGAATGGAAACAATTATTTTATAGCAAAACAAAAAG-
129 TTTTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTAT-G-AAAA-AAAAAGA
* * * * * *
196674 TCATAACGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATA
1 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACA
* * * *
196739 GA-TCATATTTTAAATCTTTTACTCATTACTTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
66 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
*** * * * * * *
196803 GCAAATAAACCTATATGAATTAATACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGG
131 TTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGA-AAAA-AAAAGA
* * * * * * * *
196854 TTATAATGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAATA-TTTTGATTA-TTGAACTTA-TTAGGTAAA-
1 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAAC-TAGTTCGGTAAAC
* * *
196915 TGTATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTCTT-GAAATATTAATAAATTAATATTATTTT
65 AG-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTT
* * * * * *
196979 AATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAAATATTTTATGGCAAAACAAAATA
128 ATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTAT-G-AAAAAAAAAGA
* * * * ***
197033 TCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAA-TTGATTTAATAAA
1 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAA
* * * *
197096 CAGATTTATTTTCTAAGTCTTTT--TTATTAATTGTCT-GAATATTAATAAATTTATATTATTTT
64 CAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTT
* * * * * *
197158 AATTTAAAGAAGCTTGTATGAATAAAAA-AAATATTTTATGACAAAACAAAAGG
128 ATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGA-AAAA-AAAAGA
* ** * * * *
197211 TTATAGTGATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTA-TT-GAATAAA
1 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAAC-TAGTTCG-GTAAA
* * * *
197274 CAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTTATTTATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGAT-TTATGT
64 CAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTA-ATATTAT-T
* * * *
197337 TT-TTCTAAATCAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
126 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGA-AAAA-AAAAGA
* * * * * *** ** *
197392 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGCACTGGTGAAGCCAATA
1 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACA
** * ** * *
197457 GATACATTTTCTAAATCCATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAACATTACTTTATT
66 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
* *
197522 TTGAATAAGAC-TGTATGAATAAACACAATTGTTCAGTGAACAAAAATAATTGTTCGACAAACAA
131 TTGAATAAG-CTTGTATGAATAAAAACAATTGTT---T---------T-A----T-GA-AAAAAA
*
197586 AAGG
176 AAGA
* * * * * * * *
197590 TCATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGCCTTAACAAGTTGAATTGGTTCGGCTAAA-
1 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGG-TAAAC
* * * * * * * * *
197654 AAATTTATTTTTTAAATCTTTGAGTTATTAATTTTCATAATATTATTAGATTAGTATTATGTTAT
65 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
* * * * * *
197719 TCTGAATAAACTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
130 TTTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGA-AAAA-AAAAGA
** *** * * * * * *
197771 TTTTTGTGATTTGAAATATATCA-TATTCAAATAGTCATAACTATTT-AGACTAGCTCGGTAAGC
1 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGA-ACTAGTTCGGTAAAC
* * * * * *
197834 ATATTTATTTTTTAAATCTTCTATTTATTAAATTTT-GAAATATTAATAAATTATTATTATTTTC
65 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTA
* * * *
197898 TTCCT-AATAGGCTTGTATG-ATGTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-T
129 TT-TTGAATAAGCTTGTATGAAT-AAAAACAATTGTTTTATGA-AAAA-AAAAGA
* * * * * * * * * * *
197950 TCATAACAATTTGAAATTGATAATTGTTTAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTTGATGAACT
1 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAAC-
** *
198015 A-ATTTATTTTTTAAATCTTCAACTTATCAATTTTT
65 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
198050 GATAAGTTTT
Statistics
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Consensus pattern (179 bp):
TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACA
GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
TTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAAAAAGA
Found at i:196593 original size:359 final size:355
Alignment explanation
Indices: 195608--198051 Score: 1652
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195598 TAATGACTTT
* * * * * * *
195608 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATTTATTT-AAAATTATTTGGCAAATAGTTTTATTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAA-CTATTTGAACA-TGTTTAGTAAATAGATTTA-TTTT
* * * * * * *
195671 TAAATCTCTTGCCTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATCATTTTA-TTCTGATTAGGC
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* * * * * * * **
195735 TTGTGTGAACT-GAAATAGTTGTTTTATGACTAAAGAAAAAGTCAAAACAATTTGAAATAGATAA
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* * * * * * *
195799 TTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGGACTAGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
189 TTGTTCAAATAGTC--AACTATTTGAACTTGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
* * *** * * *
195864 TTACTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGTTTGTATTAAAAGA
252 TTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * *
195929 AACAATTGTATTATGAA-AAAA-TAAAGATCATAACAATTTG
315 AACAATTGTTTTAT-AACAAAACAAAAGATCATAACTATTTG
* * * *
195969 AGATAGATAAATTGTTCAAATACTTATAACTATTTAAACTAT-TTTAGTAAACAGATTTAGTTTT
1 AAATAGAT-AATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC-ATGTTTAGTAAATAGATTTA-TTTT
* * * * * * **
196033 TAAATC---TCTTATTAATTTTTAAAATATTAATATATCAGTGTTATCTTATTTTGAATAATTTT
63 TAAATCTTTTCTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT
* * * *
196095 GCATGAACAAAAACAATTATTTTATGATAAAAC-AAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATT
127 GTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * ** * *
196159 ATTCAAATGGACATGACTATTTGAATTTGTTCGGTAAGCAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTG
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* *
196224 ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAACTTGTATGAATAGAAA
254 ATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* * *
196289 GAATTGTTTTACAATAAAACAAAAGATCATAACTATTTG
317 CAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACTATTTG
* * *
196328 AAATAAAATAATTGTTCAAACT-GTTATAACTATTTGAACATGCTTGGTAAATAGATTTATTTTT
1 AAAT-AGATAATTGTTCAAA-TAGTTATAACTATTTGAACATGTTTAGTAAATAGATTTATTTTT
* * * *
196392 AAAATTTTTTACTTATTAATTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATATGTTT
64 -AAATCTTTT-CTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT
* * * *
196457 GTATAAATAAAAATAATTGGTTTATGACAAAACAAAAAGTCCTAACT-ATTTGAAATAGATAATT
127 GTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATT
* * *
196521 GTTCAAATAGTCAATTATTTGAACGTGTTCAGAAAATAGTTTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTAT
191 GTTCAAATAGTCAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * * *
196585 TGATTTTTAGAACATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGGAATAAGTTTGTATGAATGGAAACA
256 TAATTTTT-GAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * *
196650 ATTATTTTATAGCAAAACAAAA-AGTCATAACGATTTG
319 ATTGTTTTATAACAAAACAAAAGA-TCATAACTATTTG
* * * * * *
196687 AGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGA-TCATATTTTA
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACATGTTTAGTAAATAGATTTAT-TTTTA
* * * * * * * *
196751 AATCTTTTACTCATTACTTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTGCAAATAAACCTA
65 AATCTTTT-CTTATTA-ATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
* * * * * * *
196816 TATGAATTAATACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTAGATAATTAT
128 TATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* ** * * * *
196881 TCAAATATTTTGATTA-TTGAACTTATT-AGGTAAAT-GTATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTA
193 TCAAATA-GTCAACTATTTGAACTTGTTCA-GAAAATAG-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * *
196943 TTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC
255 TTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
* * ** * *
197008 AAATATTTTATGGCAAAACAAAATATCATAA-TGATTTA
318 AATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTG
* * * *
197046 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA-TTGATTTAATAAACAGATTTATTTTCT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACATG-TTTAGTAAATAGATTTATTTT-T
* * *
197110 AAGTCTTTT-TTATTAATTGTCT-GAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTAATTT-AAAGAAGC
64 AAATCTTTTCTTATTAATT-T-TAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAGC
* * * * * *
197171 TTGTATGAATAAAAA-AAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTGAAATAGGTAAT
125 TTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * *
197235 TGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTATTGA-ATAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTAT
190 TGTTCAAATAGTC--AACTATTTGAACTTGTTCAGA-AAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
* * *
197299 TTATTTATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAT-TTATGTTT-TTCTAAATCAGCTTGTATGAATA
252 TTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTA-ATATTAT-TTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATA
* * *
197362 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTG
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* * * ** ** **
197405 AAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGCAC-TGGTGAAGCCAATAGATACATTTTCT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAT-GTTTAGTAAATAGATTTATTTT-T
* * ** * *
197469 AAATCCATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAACATTACTTTATTTTGAATAAGAC-
64 AAAT-CTTTTCTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-CT
* * * *
197533 TGTATGAATAAACACAATTGTTCAGTGAACAAAAATAATTGTTCGACAAACAAAAGGTCATAAAG
126 TGTATGAATAAAAACAATTGTT---T---------T-A-TG-AC-A-AAACAAAAAGTCATAATG
* * * * * *
197598 ATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGCCTTAACAAGTTGAA-TTGGTTCGGCTAAAA-A-ATTT
174 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG--TCAACTATTTGAACTT-GTTCAG--AAAATAGATTT
* * * * * *
197660 ATTTTTTAAATCTTTGAGTTATTAATTTTCAT-AATATTATTAGATTAGTATTATGTTATTCTGA
234 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT--TGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TGA
* * * * * * * ***
197724 ATAAACTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-TTTTGTGATTTG
296 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTG
* * * * * ** ** *
197784 AAATATATCA-TATTCAAATAGTCATAACTATTT-AGAC-TAGCTCGGTAAGCATATTTATTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGA-ACAT-GTTTAGTAAATAGATTTA-TTTT
* * * * *
197846 TAAATCTTCTAT-TTATTAAATTTT-GAAATATTAATAAATTATTATTATTTTCTTCCTAATAGG
63 TAAATCTT-T-TCTTATT-AATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG
* * ** *
197909 CTTGTATG-ATGTAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAATTCATAACAATTTGAAATTGATA
124 CTTGTATGAAT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATA
* * * * * *
197972 ATTGTTTAAATGGCCATAATTATTTGAACTAAT-TTGATG-AACTA-ATTTATTTTTTAAATCTT
188 ATTGTTCAAATAGTC--AACTATTTGAACT--TGTTCA-GAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTT
** *
198034 CAACTTATCAATTTTTGA
248 TTACTTATTAATTTTTGA
198052 TAAGTTTTTA
Statistics
Matches: 1659, Mismatches: 318, Indels: 214
0.76 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
356 2 0.00
357 85 0.05
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365 2 0.00
366 1 0.00
374 1 0.00
375 2 0.00
376 2 0.00
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381 5 0.00
382 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (355 bp):
AAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACATGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTAA
ATCTTTTCTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT
GAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
AATAGTCAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
TTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
TATAACAAAACAAAAGATCATAACTATTTG
Found at i:199001 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 198410--200710 Score: 1674
Period size: 181 Copynumber: 12.8 Consensus size: 179
198400 ATATCTTTAG
* *
198410 AAACAATTATTTTATGACAAAA-AAATAG-TCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TA
* * * * * *
198473 -TTATAACAATTTGAA-TCAGTTTAGTAGATAGATTTGTTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTT
64 GTCATAACTATTTGAACT-GGTTTAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * ** * *
198532 TCAAAATTTTATTAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAATTTATATTAACAA
128 T-AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAA-TA
* * * *
198586 AAACATTTGTTTTATGACAAAATAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * *
198650 CCTTAACTATTTGAATTGGTGT-GGAAAGCAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTT
65 TCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAA-TATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * * ** *
198714 CATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTACAAACA
129 -AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATA
* * *
198766 TAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTT-ATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATA
1 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * *** * *
198830 GTCAAAACTATTTGAACTGGTTCAGTGGGTATATTTATTTTTTAAATCTCCTATTTATTAATTTT
64 GTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* ** * *
198895 AAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCCTATAGGCTTACATG-ATGA
129 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAAT-A
* *
198946 AAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAG
1 AAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * ** * * ** * * *
199011 CCA-AATTATTTGAATTCATTCAATAAAT-TGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCGAGTTT
65 TCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAT-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT-TAATTT
* * * * * *
199074 TGAAATATTAAT-AAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCATT-TATGAACTG
128 TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGC-TTATATGAA-TA
* * * * *
199126 AAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * *
199191 CATAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTAATTTCTTACTTATTAATTTTCT
66 CATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-A
* * * * * * * *
199256 AAATGTTAATAGAA-TAATATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTTTGATTTG
130 AAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGA-ATA
* * * * * ** * *
199307 AAACAATT-TTTCTATGACTAAATAAAAGGTGAGAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCTAATAG
1 AAACAATTGTTT-TATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
199371 TCTTAACTATTTGAACTGATTTAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATGTTT
65 TCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTT
* * * * * * * ** *
199436 AGAATATT-ATTAGTGTAGCAATATTTTA-CTCTAAATAAATTTGTATGAATA
129 AAAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTATATGAATA
* * * *
199487 GAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TATAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAG
1 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
199551 TCATAACTATTTGAA-TCAGTTT-GATAAGTAGATTTAGTTTTTAAA--TCTT--TTATTAATTT
65 TCATAACTATTTGAACT-GGTTTAG-TAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TT
* * ** *
199610 TTGAAATATTAATAAATTAGTACTATTTTATTAT-GAATAATTTTGTATGAATA
127 TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTATATGAATA
** * * *
199663 AAAGCACCTGTTTTATGATAAAACAAAA-TGTCATAACGATTTGAAATTGATAATTGTTCAAATA
1 AAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGT-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * **
199727 GTTATGACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTGT
64 GTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T
* * * ** *
199792 TAGAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTAGAATAAAATTGTATGAATA
128 TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATA
* * *
199844 GAAACAATTGTTTCATGATAAAACAAAA-TATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
1 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGT-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
*** * * * *
199908 GTCATAACTATTTGAACTCACTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
64 GTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTT
** * * * * *
199973 TTGAATTTTAGTAAATTA-TTTTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAATAA
128 TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAAT-A
* * * * * * *
200025 AAACAACTGGTTTATAATAAAACAAAAG--------GTTTTGAAATATAAAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * ** * *
200082 CTTAACTATTTGGAC-GTGTTCAAAAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTG
66 CATAACTATTTGAACTG-GTTTAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-
* * **
200145 GAAATGTTAATAAATTTA-TATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGCATGGGCAA-A
129 AAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTT--ATATG-AATA
* * * * * * *
200198 AACCAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAAGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATACT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* ** * * * * *
200263 CATAATTA-TCAAACAT-GTTTGGTAAACATATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTT
66 CATAACTATTTGAAC-TGGTTTAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTT
** * *
200326 GGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTG
129 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAA-TA
* * * * * * *
200378 AAATAATTGTTTTATTATAAAATAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * ** * *
200443 CATAACTATTTGAATTTGTTCAGAAAACATATTTGCTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCA
66 CATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTA
* * * * *
200508 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTATATAAATA
130 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATA
* * * **
200558 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAA-CATTTGAAATAAATAATTTTTTGAATA
1 -AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
** * * * * *
200621 GTCATAAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTGT
64 GTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T
** * *
200686 TTTAATACTAATAAATTTGTATTAT
128 TAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
200711 GAACTGAAAC
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AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATA
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*
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* * * * * * *
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* * * * * ** * *** *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * **
198723 ATTAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTACAAA
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* * * * * *
198764 CATAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAAT
1 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
* * ** *** * * * * *
198829 AGTCAAAACTATTTGAACTGGTTCAGTGGGTATATTTATTTTTTAAATCTCCTATTTATTAATTT
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* ** ** * *
198894 TAAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCCTATAGGCTTACATGA-TGAAAACCAATTGTT
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* * ** *
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* * ** ** * * *
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* * ** *
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* * * * * *
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1 -TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
*
199187 TAGTCATAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTAATTTCTTACTTATTAATT
64 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTAATTTCTTACTTATTAATT
* * * * *
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* * * * * *
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* * * *
199380 TTTGAACTGATTTAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATGTTTAGAATATT-
255 TTTGAACTG-TTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTAGAATATTA
* * * * * *
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318 ATAAAT-TA-TATTATTTTA-TTTAAATAAACTTGTATGAA
* * * *
199485 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATATAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATA
1 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * * *
199550 GTCATAACTATTTGAA-TCAGTTTGATAAGTAGATTTA-GTTTTTAA-ATCTT--TTATTAATTT
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* * ** * * * * *
199610 TTGAAATATTAATAAATTAGTACTATTTTATTAT-GAATAATTTTGTATGAATAAAAGCACCTGT
130 TT-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTATATGATTGAAA-CA-ATTT
* * *
199674 TTTATGA-TAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATTGATAATTGTTCAAATAGT-TATGACTA
191 TTTATGACTAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT-TAACTA
* * * **
199737 TTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTGTTAGAATATTA
255 TTTGAAC-TGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTAGAATATTA
*
199802 ATAAATTACTATTATTTTATTTAGAATAAAATTGTATGAA
318 ATAAATTA-TATTATTTTATTTA-AATAAACTTGTATGAA
* * *
199842 TAGAAACAATTGTTTCATGATAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
1 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
*** *** * * *
199907 AGTCATAACTATTTGAACTCACTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATT
65 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAT-TTCTTACTTATTAA-T
* * * * * * ** **
199971 TTTTGAATTTTAGTAAATT-ATTTTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAATAAAAACAACTGG
128 TTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATG-ATTGAAACAA-TTT
* * *
200035 TTTAT-AATAAAACAAAAGG---T-----TTTGAAATATAAAATTGTTCAAATAGTCTTAACTAT
191 TTTATGACTAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTAT
* * * * * *
200091 TTGGACGTGTTCAAAAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTGGAAATGTTAA
256 TTGAAC-TGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAG-AATATTAA
* * **
200155 TAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGGG
319 TAAA-TTATATTATTTTATTT-AAATAAACTTGTATGAA
* * * * * * *
200194 CAAAAACCAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAAGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAGA
1 TAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
* * ** * * * * *
200259 TACTCATAATTA-TCAAACATGTTTGGTAAACATATTCA-TTTTTTAATTCTCTTACTCATTAAT
64 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTAATT-TCTTACTTATTAAT
* * * * *
200322 TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATTG
128 TTTT-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATG-ATTGAAACAATT-
* * * * * *
200387 TTTTATTA-TAAAATAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
190 TTTTATGACTAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTA
* * ** * * *
200451 TTTGAATTTGTTCAGAAAACATATTTGCTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTA
255 TTTGAA-CTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTAGAATATTA
** * * *
200516 ATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTATATAAA
318 ATAAATT-ATATTATTTT-ATTTAAATAAACTTGTATGAA
* * **
200556 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAA-CATTTGAAATAAATAATTTTTTGAA
1 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
** * *
200619 TAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTATTTATTAA-
64 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAT-TTCTTACTTATTAAT
* * *
200682 TTGT---T-TTAAT--ACTAATA--A----ATTT-G--T-A---T-TATGAACTGAAACAATTGT
128 TTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATG-ATTGAAACAATT-T
* * ** * *
200727 TTTATTAC-AAAACAAAAGGTCACATTGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-TATGACTA
191 TTTATGACTAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT-TAACTA
* * * ** * * *
200790 TTTGAATTTGTTCGGAAAACATATTTGCTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTA
255 TTTGAA-CTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTAGAATATTA
* * *
200855 ATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTACGAA
318 ATAAATT-ATATTATTTT-ATTTAAATAAACTTGTATGAA
* * * * **
200895 CAAAAATAATTGTTTTATGACAAAAAAAAG-TTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
1 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * * * * **
200959 GTTATAA-TGATTTAAACTTTTTTGGTAAACATATTTATTATTGAAATCTT-TTACTTATTAATT
66 GTCATAACT-ATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAT-TTCTTACTTATTAATT
201022 GTCTTAATAC
Statistics
Matches: 1822, Mismatches: 346, Indels: 198
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
337 5 0.00
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340 1 0.00
343 1 0.00
344 1 0.00
347 4 0.00
350 1 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.43
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TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
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TAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGATTGAAACAATTTTTTAT
GACTAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAA
CTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTA
TATTATTTTATTTAAATAAACTTGTATGAA
Found at i:200055 original size:19 final size:21
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200004 TGAATAAGCT
**
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1 TTTATGAATAAAAACAAAAGG
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200061 ATATAAAATT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 4
0.79 0.07 0.14
Matches are distributed among these distances:
18 1 0.04
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TTTATGAATAAAAACAAAAGG
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Indices: 198445--201021 Score: 1480
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198435 TAGTCATAAT
* * ** * *
198445 GATTTGAAATA-AATAATTGTTCAAATTA-TTATAACAATTTGAATCAGTTTAGTAGATAGATTT
1 GATTTGAAATAGAA-AATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAATCAGTTTAAAAAACAGATTT
* ** * * * * * *
198508 -GTTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATTTTATTAAATTAATATTATTTTATT-TCAAACA
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** ** * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * **
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* * * * * *
198763 ACAT-AAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAA
315 A-ATGAAACAATTGTTTCATGATAAAATAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
* ** ***** ** *
198827 ATAGTCAAAACTATTTGAACTGGTTCAGTGGGTATATTTATTTTTTAAATCTCCTATTTATTAA-
379 ATAGTCATAACTATTTGAACTCATTCA-AAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* * * * * *** ** *
198891 TTTTAAAATATTAATAAAT-TTGTATTATTTTATTTCCT--ATAGGCTTACATG-ATGAAAACCA
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* * * * * * *
198952 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAAC
504 ACTGGTTTAT-A-AATATAGAA---CAAAAG
* * * * * * **
198983 GATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCA-AATTATTTGAATTCA-TTCAATAAATTGATTTA
1 GATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TCAGTTTAAAAAACAGATTTA
* * * * * * * * * *
199046 TTTTTTAAATCTCCAACTTCTCGAGTTTT-GAAATATTAAT-AAGTAATATTATTTTATTTTGGA
65 GTTTTTAAATCT----TTTAT-TAATTTTGGAAATATTAATAAATTAGTACTATTTTATTATGAA
* * * * *
199109 TAAGCATT-TATGAACTGAAA-TAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAAT
125 TAAGC-TTGCATGAA-TAAAACCAATTATTTTATGATAAAACAAAA-GTCATAAAGATTTGAAAT
*
199172 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTAATT
187 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAATT
* * * * *
199237 -TCTTACTTATTAATTTTCTAAATGTTAATAGAA-TAATATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTT
251 CTCTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATA-AATTAATATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTA
* * * **
199300 TGATTTGAAACAATT-TTTCTATGACT-AAATAAAAGGTGAGAACAATTTGAAATAAATAATTGT
313 TGA-ATGAAACAATTGTTTC-ATGA-TAAAATAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAAATAATTGT
* * * * * * * *
199363 TCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTTAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACATAT
375 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCATTCA-AAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * *
199428 TAATGTTTAGAATATTATTAGTGTAGCAATATTTTACTCTAAATAAATTTGTATGAATAGAAACA
439 TAATTTTTAGAATATTATAAATGTAGCAATATTTTACTCTAAATAAATTTGTATGAATAAAAACA
* * * * *
199493 ATTGTTTTATGACAAAATATAGATCATAAT
504 ACTGGTTTAT----AAATATAGAACAAAAG
* * * * **
199523 GATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATCAGTTTGATAAGTAGATTTAG
1 GATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATCAGTTTAAAAAACAGATTTAG
* **
199588 TTTTTAAATCTTTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTACTATTTTATTATGAATAATTT
66 TTTTTAAATCTTTTATTAATTTTGGAAATATTAATAAATTAGTACTATTTTATTATGAATAAGCT
* * ** * * *
199653 TGTATGAATAAAAGCACCTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATTGATAATT
131 TGCATGAATAAAACCAATTATTTTATGATAAAACAAAA-GTCATAAAGATTTGAAATAGATAATT
* * * * **
199718 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTT
195 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAATTCTCTTACTT
* * **
199783 ATTAATTGTTAGAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTAGAATAAAATTGTATGAATAGAAA
260 ATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTA-AATAAGCTTGTATGAAT-GAAA
* ** *
199848 CAATTGTTTCATGATAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
322 CAATTGTTTCATGATAAAATAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
* *
199913 AACTATTTGAACTCACTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAA
387 AACTATTTGAACTCATTCAA-AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAA
* *** * * * *
199978 TTTTAGTAAAT-TA-TTTTATTTTATTTTGAATAAGCTTT-TATGAATAAAAACAACTGGTTTAT
451 TATTA-TAAATGTAGCAATATTTTACTCTAAATAA-ATTTGTATGAATAAAAACAACTGGTTTAT
200040 -AATA-A-AACAAAAG
514 AAATATAGAACAAAAG
* * * * *
200053 GTTTTGAAATATAAAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGGA-C-GTGTTCAAAAAACATATTT
1 GATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATCAGT-TT-AAAAAACAGATTT
* * * *
200116 ATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTGGAAATGTTAATAAATTTA-TATTATTTTATT-TGAA
64 AGTTTTTAAA-TCTT--TTATTAATTTTGGAAATATTAATAAA-TTAGTACTATTTTATTATG-A
* * *
200179 ATAAGCTTGCATGGGCA-AAAACCAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAAGTTTTGAAA
124 ATAAGCTTGCAT--GAATAAAACCAATTATTTTATGATAAAACAAAAG-TCATAAAGATTTGAAA
* * * ** * * * *
200243 TAGATAATTGTTCAGATACTCATAATTA-TCAAACATGTTTGGTAAACATATTCATTTTTTAATT
186 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAATT
* * *
200307 CTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATAT
251 CTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTAT
* * * * *
200372 GAACTGAAATAATTGTTTTATTATAAAATAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA
314 GAA-TGAAACAATTGTTTCATGATAAAATAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCA
* ** **
200437 AATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCAGAAAACATATTTGCTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
378 AATAGTCATAACTATTTGAACTCATTCA-AAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* * * ** * * * ** * * * *
200502 TTGTCAAAATATTAATAAAT-TAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTATATAAATAGAAACAAT
442 TTTTTAGAATATT-ATAAATGTAGCAATATTTTACTCTAAATAAATTTGTATGAATAAAAACAAC
* * * * *
200566 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-
506 TGGTTTAT-A-AATA-TAGAA--CAAAAG
* * ** ** * *** *
200594 CATTTGAAATA-AATAATTTTTTGAATAGTCATAAAGATTTGAA-CTTGTTTGGTAAATAGATTT
1 GATTTGAAATAGAA-AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATC-AGTTTAAAAAACAGATTT
* * * * **
200657 ATTTTTTAAATCTTTTATT--TATT---AAT-TGT--T---TTAATACTAATAAATT-TG--T-A
64 AGTTTTTAAATCTTTTATTAATTTTGGAAATAT-TAATAAATTAGTACTATTTTATTATGAATAA
* * * * * **
200707 --TT--ATGAACTGAAA-CAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACATTGATTTGAAATAGAT
128 GCTTGCATGAA-TAAAACCAATTATTTTATGATAAAACAAAA-GTCATAAAGATTTGAAATAGAT
* * * * * * * * ** * *
200767 AATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATTTGTTCGGAAAACATATTTGCTTTTTAAATCTTTT
191 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAATTCTCTT
*** * * *
200832 ACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTACGAACA
256 ACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTTAAATAAGCTTGTATGAA-T
* * * * * * **
200897 AAAATAATTGTTTTATGACAAAA-AAAA-GTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
318 GAAACAATTGTTTCATGATAAAATAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * ** *** * *
200960 TTATAA-TGATTTAAACTTTTTTGGTAAACATATTTATTATTGAAATCTTTTACTTATTAATT
383 TCATAACT-ATTTGAAC-TCATTCAAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
201022 GTCTTAATAC
Statistics
Matches: 1622, Mismatches: 333, Indels: 188
0.76 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
517 1 0.00
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525 1 0.00
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531 5 0.00
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544 1 0.00
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TTTTTAAATCTTTTATTAATTTTGGAAATATTAATAAATTAGTACTATTTTATTATGAATAAGCT
TGCATGAATAAAACCAATTATTTTATGATAAAACAAAAGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTG
TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAATTCTCTTACTTA
TTAATTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTAAATAAGCTTGTATGAATGAAACAAT
TGTTTCATGATAAAATAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
ATTTGAACTCATTCAAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTA
TAAATGTAGCAATATTTTACTCTAAATAAATTTGTATGAATAAAAACAACTGGTTTATAAATATA
GAACAAAAG
Found at i:200743 original size:158 final size:159
Alignment explanation
Indices: 200558--200844 Score: 378
Period size: 159 Copynumber: 1.8 Consensus size: 159
200548 TATATAAATA
* * **
200558 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATA-ACATTTGAAATAAATAATTTTTTGAATAG
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCACATACATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
* * * * *
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66 TCATAAAGATTTGAACTTGTTCGGAAAACAGATTTACTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTT
200687 TTAATACTAATAAATTTGTATTATGAACT
131 TTAATACTAATAAATTTGTATTATGAACT
* * ** *
200716 GAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACATTGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCACATACATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
* * ** * * *
200781 TTATGACTATTTGAATTTGTTCGGAAAACATATTTGCTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGT
66 TCATAAAGATTTGAACTTGTTCGGAAAACAGATTTACTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGT
200845 CAAAATATTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TCATAAAGATTTGAACTTGTTCGGAAAACAGATTTACTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTT
TTAATACTAATAAATTTGTATTATGAACT
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Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 10.5 Consensus size: 181
201105 ACAGATTCAC
* * *
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1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA-AAT
* * * * **
201179 AAGCTTGTTTGAACT-TAAACAATTTTTTTATGATAAAACAAAATG-TCATAACAATTTGAAATA
65 AAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAATGATTTGAAATA
* * * * * * * **** ** *
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128 AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAATAAACAAATTTAT
* * * **
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1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
* * * * * *
201361 AGCTTTTATGAACT-AAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGA
66 AGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAA
* * *
201425 TAATTG------T--TCA-AAC-A--GGAACTGGTTCGATAAACAAATTTAT
130 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTAT
* * *
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1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAAT
* *
201529 ATA-CTTGTATGGATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATA
65 A-AGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA-TGATTTGAAATA
* * * ** **
201592 AATAATTCTTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCGGTAAACGGATTTAT
128 AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTAT
* * * * * **
201646 TTTTTAAATCTTTTAGTTACTAATTTTTGGATTATTAATAAACTAGTATTATTTT-TTTTTAATA
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
* * * *
201710 TGCTTGTGTGAATAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAAA
66 AGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA-TGATTTGAAATAAA
* * ** *
201774 TAATTGTTCAATTAGTCATAACTATTTGAACTTTTTTGATAAACAAAATTAT
130 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTAT
* ** * * * *
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1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * * * *
201890 AAACATGTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGACCAAAATGGTTTGAAATAG
65 AAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATA-
* * * * * ** * * *
201954 AA-AATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTTAGCAACCACATTTAC
128 AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTAT
* * * * * * * * * *
202007 TTTTTGAA--T-GT-CTTATTAATTTTTAGG-ATAGT-GTTAATCTAGCAATATTTTACTCCGAA
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GGAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTTCAAA
* * * * * * * *
202066 TAAGCATGTATGAATAGAAATAATTGTTTTAGGACAAAA-TAAAGATCATAACGGTTTGAGATAA
64 TAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAA
* * * *
202130 ATAATTGTTCAAATAGTCA-AAGCTTTTTGAACTAGTTCGATAAACAAATTTAG
129 ATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTAT
* *
202183 TTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATTATTATTTTA-TTCTAAAT
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAAT
* * * * ** *
202243 AA-TTTTTATGAATAGAAACAATTGTTATACAACAAAACAAAATG-TCATAATGATTTGAAATAG
65 AAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAATGATTTGAAATAA
* * * * * * * *
202306 ATAATAGTTCAAATGGACCTAATTATTTGAACTTGTTCAGTAACCAAATTTTTT
129 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAA-TTTAT
** * * *
202360 TTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATA
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
* * * *
202425 AGTTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTAGGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAAT
66 AGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAAT
* * * * * ***
202490 AATTGTTCAAA-AGTCAAAACTATCTAAACTCGCTCAATAAATGGATTTAT
131 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTAT
* * * * *
202540 TTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTACTATTATTTTATTTCAAATA
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
* * ** *
202605 AGCTTTTATGAAGAAAAACAATTCATTTATGACAAAACAAAATG-TCATAATGATTTGAAATAGA
66 AGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAATGATTTGAAATAAA
* ** * * *
202669 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGGGTTTAAAAAACATATTTAT
130 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTAT
* * * *
202721 TTGTTAAAT-T-TTACTTATTAGTTTTTAGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTCA-TTCAAAT
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * * * * * *
202782 AAGCTTGCAT-AAGCAAGACCAATTGTTTTATGATAAAACAAACGATTAGAAT-ATTTTGAAATA
65 AAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGA-TTTGAAATA
* * * ** * * *
202845 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATATTCGGTAAATAGATTCAT
128 AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTAT
* *
202899 TTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
*
202964 AGCTTATATGAAATAAAA
66 AGCTTGTATG-AATAAAA
202982 CAAAAAGTCA
Statistics
Matches: 1351, Mismatches: 276, Indels: 117
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
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TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
AGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAAT
AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTAT
Found at i:202874 original size:178 final size:178
Alignment explanation
Indices: 201453--202968 Score: 831
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201443 CTGGTTCGAT
* * * * *
201453 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTTTTAT
1 AAACAGATTTATTTGTTAAA-CTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTA-TATTAT
* * * * *
201517 TTTA-TTCTAAATATA-CTTGTATGGATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGATCATAA
64 TTTATTTC-AAATA-AGCTTGTAT-AAGAAGAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAGATTATAA
* * * ** ***
201580 CT-ATTTGAAATAAATAATTCTTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCGGT
125 -TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGCGCTCAAA
* * * * * * *
201634 AAACGGATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTACTAATTTTTGGATTATTAATAAA-CTAGTATTAT
1 AAACAGATTTATTTGTTAAA-CTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTA-TATTAT
** * * * * * * *
201698 TTT-TTTTTAATATGCTTGTGTGAATAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT
64 TTTATTTCAAATAAGCTTGTAT-AAGAAGAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATTATAA-T
* * **** ** *
201762 -ATTTGAAATAAATAATTGTTCAATTAGTCATAACTATTTGAACTTTTTTGAT
126 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGCGCTCAAA
* * * * **
201814 AAACAAAATTATTTTTTAAATTTCTTGGTTATTAATTTTTTA-AA-AGTTAATAAA-TTACTATT
1 AAACAGATTTATTTGTTAAACTT-TTACTTATTAA-TTTTTAGAATA-TTAATAAATTTA-TATT
* * * * * ** *
201876 ATTTTATTTCGAATAAACATGTATGAACTAA-AACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGACCAAA
62 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT-AA-GAAGAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATTATA
* * * * * * * **
201940 ATGGTTTGAAATAGAAAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTAAACTG-GTTTAGC
124 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-GCGCTCAAA
* * * * * * * * * * *
201995 AACCACATTTACTTT-TTGAA--TGT-CTTATTAATTTTTAGGATAGT-GTTAATCTAGCAATAT
1 AAACAGATTTA-TTTGTTAAACTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTA-TATTAT
* * * * * * * * * *
202055 TTTACTCCGAATAAGCATGTATGAA-TAGAAATAATTGTTTTAGGACAAAATAAAGATCATAACG
64 TTTATTTCAAATAAGCTTGTAT-AAGAAG-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATTATAATG
* * * * ** * * *
202119 GTTTGAGATAAATAATTGTTCAAATAGTCA-AAGCTTTTTGAACTAGTTCGAT
127 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACGCGCTCAAA
* *
202171 AAACAAATTTAGTTT-TTAAA--TCT-CTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAA-TTATTATTA
1 AAACAGATTTA-TTTGTTAAACTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTTA-TATTA
* * * * **
202230 TTTTA-TTCTAAATAA-TTTTTATGAA-TAGAAACAATTGTTATACAACAAAACAAA-ATGTCAT
63 TTTTATTTC-AAATAAGCTTGTAT-AAGAAG-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGAT-T-AT
* * * * * ** * **
202291 AATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACCTAATTATTTGAACTTGTTCAGT
123 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGCGCTCAAA
* * * * *** *
202347 AACCAAATTTTTTTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTAT
1 AAACAGA-TTTATTTGTTAAA-CTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTATATTAT
* * * *
202412 TTTATTTCGAATAAGTTTGTATAA-ATAGAAACAATTGTTTTAGGACAAAACAAAAGATCATAAT
64 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATAAGA-AG-AACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATTATAAT
* * * * * *
202476 GATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA-AGTCAAAACTATCTAAACTCGCTCAAT
126 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGCGCTCAAA
** * * *
202528 AAATGGATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTTTT-GAAATTTTAATAAA-TTACTATTA
1 AAACAGATTTATTTGTTAAA-CTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTTA-TATTA
* * **
202591 TTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAAGAAAAACAATTCATTTATGACAAAACAAA-ATGTCATAA
63 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT-AAGAAGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGAT-T-ATAA
* * * *
202655 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGGGTTTAAA
125 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGCGCTCAAA
* *
202709 AAACATATTTATTTGTTAAA-TTTTACTTATTAGTTTTTAGAATATTAATAAATTTATATTATTT
1 AAACAGATTTATTTGTTAAACTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTATATTATTT
* * * * *
202773 CA-TTCAAATAAGCTTGCATAAGCAAGACCAATTGTTTTATGATAAAACAAACGATTAGAAT-AT
66 TATTTCAAATAAGCTTGTATAAG-AAGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-GATTATAATGA-
**** ***
202836 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATATTCGGT
128 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGCGCTCAAA
* * * * * * *
202887 AAATAGATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTAT
1 AAACAGATTTATTTGTTAA-ACTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTA-TATTAT
202951 TTTATTTCAAATAAGCTT
64 TTTATTTCAAATAAGCTT
202969 ATATGAAATA
Statistics
Matches: 1062, Mismatches: 219, Indels: 108
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 2 0.00
175 37 0.03
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177 72 0.07
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179 50 0.05
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182 69 0.06
183 3 0.00
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
AAACAGATTTATTTGTTAAACTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTATATTATTT
TATTTCAAATAAGCTTGTATAAGAAGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATTATAATGATTT
GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGCGCTCAAA
Found at i:203380 original size:179 final size:180
Alignment explanation
Indices: 202978--203997 Score: 753
Period size: 179 Copynumber: 5.7 Consensus size: 180
202968 TATATGAAAT
* * * * * * * *
202978 AAAACAAAAAGTCACAATGATTTGAAATAGATAAATAGTCAAATAGTCATGATTATTTGAACTTG
1 AAAACAAAAGGTTATAACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTG
* * *
203043 TTTAGTAAACATATTTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAAT
66 TTTAGTAAACAGA-TTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAACTTAGT
* * * * * * ** *
203108 AATATTTTAAT-ATGAATAAGTTTGTGTGATCAAAAACAATTGTTTTATGAG
130 ATTATTTTAATCA-AAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATCATTTTATGAC
* * * * * *
203159 AAATCAAATA-G-TATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAAGTT
1 AAAACAAA-AGGTTATAACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTT
* * * ** *
203222 GTTTAGTAAATAGATTTATTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTGTCTTAATATTAATGAA-TTTG
65 GTTTAGTAAACAGATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAAT-AACTTAG
* *
203286 TATTATTTTAATCAAAATATGCTTGTATGAACTGAAA-AATCATTTTATGAC
129 TATTATTTTAATCAAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATCATTTTATGAC
* * * * * * *
203337 AAAACAAAAGGTTTTAGCGATTTCAAATAGATGACTCTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTG
1 AAAACAAAAGGTTATAACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTG
* * * * * * *
203402 TTCAGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAAATT-TTAGAATATTAATAACTTAG
66 TTTAGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTATCAAAATATTAATAACTTAG
* *** * * **
203466 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTAAAATAATGTTTTTATGAC
129 TATTATTTTAATCAAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATCATTTTATGAC
* * * * *
203518 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTT-AATTTA
1 AAAACAAAAGGTTATAACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTT-
* * *
203582 GTTTAGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAGTTAG
65 GTTTAGTAAACAGATTTATTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAACTTAG
* * ** * *
203647 TATTATTTTAATCTAAAT-A-CTTGTATGAA-TAGAAACTATTGTTTTATAAT
129 TATTATTTTAATCAAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATCATTTTATGAC
* * * * ** * * *
203697 AAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTCTAATAGTCATAACTATTT-AAATTA
1 AAAACAAAAGGTTATAACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTT-
* * * * *
203761 GTTT-GATAAACAGATTTATTTTTTAA--TTCT-CTTATTAATTTTTGAAAA-ATTAA-AAGATT
65 GTTTAG-TAAACAGATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTATCAAAATATTAATAA-CTT
* *** * * * * * * *
203820 AGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGAACAAAAATATTTATTTTATGAC
127 AGTATTATTTTAATCAAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATCATTTTATGAC
* ** * * * * * * *
203874 AACACAAAAGGTCGTAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTAATATTTATTTGAACTAG
1 AAAACAAAAGGTTATAACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTG
* * * * * * * **
203939 -TTAGGTAAATAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTTATTTTTGAAATATTAATAA
66 TTTA-GTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAA
203998 ATTCATTTTT
Statistics
Matches: 671, Mismatches: 140, Indels: 55
0.77 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
174 2 0.00
175 31 0.05
176 13 0.02
177 79 0.12
178 36 0.05
179 223 0.33
180 142 0.21
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182 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AAAACAAAAGGTTATAACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTG
TTTAGTAAACAGATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAACTTAGTA
TTATTTTAATCAAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATCATTTTATGAC
Found at i:203455 original size:521 final size:522
Alignment explanation
Indices: 202534--203829 Score: 1333
Period size: 521 Copynumber: 2.4 Consensus size: 522
202524 CAATAAATGG
* * ** * * *
202534 ATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTACTATTATTTT-ATT
1 ATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATA
* ** *
202598 TCAAATAAGCTTT-TATGAAGAAAAACAATTCATTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTG
65 T-AAATAAG-TTTGTATG-ATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTG
* * ** *
202662 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACG-GGTTTAAAAAACATATTTATTTGTT
126 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-GTTGTTTAGTAAACAGATTTATTT-TT
* *
202726 AAATTTTACTTATTAGTTTTTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTCATTCAAATAAGCTTGCA
189 AAATTTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTTATATTATTTCAATCAAATAAGCTTGCA
** ** * * * * *
202791 TAAGCAAGACCAATTGTTTTATGATAAAACAAACGATTAGAATATTTTGAAATAGATAATTGTTC
253 TAAGCAAGAAAAATCATTTTATGACAAAACAAACGATTAGAAGATTTTCAAATAGATAACTCTTC
* * * *
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* *
202921 ATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATG-AAATAA-A-AC
383 AATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAAATAATAGAC
* *
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512 TTAGTAAACAT
*
203055 ATTTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATAATATTTTAATA
1 A-TTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATA
* * * * *
203120 TGAATAAGTTTGTGTGATCAAAAACAATTGTTTTATGAGAAATCAAATAGT-ATAACAATTTGAA
65 TAAATAAGTTTGTATGAT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGTCATAACGATTTGAA
* *
203184 ATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAAGTTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTAAAT
128 ATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAGTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTAAA-
* * * * * *
203249 CTTTTAGTTATTAATTGTCTT-AATATTAATGAATTTGTATTATTTTAATCAAAATATGCTTGTA
192 -TTTTACTTATTAATT-T-TTAAATATTAATAAATTTATATTATTTCAATC-AAATAAGCTTGCA
* * * * *
203313 TGAA-C-TGAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTTTAG-CGA-TTTCAAATAGATGACTC
253 T-AAGCAAGAAAAATCATTTTATGACAAAAC-AAACG-ATTAGAAGATTTTCAAATAGATAACTC
* * * *
203374 TTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCAGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTA
315 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACATATTCAGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATCA
* **
203439 TTAAATTTTAGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTAAAAT
380 TTAAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATG----AAAAT
* * *
203504 AATGTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATG
441 AA------TA-GAC--AACAAAAGGTCACAATGATTTAAAATAGATAAATAGTCAAATAGTCATG
*
203569 ACTATTTAATTTAGTTTAGTAAACAT
497 ACTATTTAACTTAGTTTAGTAAACAT
* * * *
203595 ATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAGTTAGTATTATTTTAATC
1 ATTTATTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATA
* * * * *
203660 TAAAT-A-CTTGTATGAATAGAAACTATTGTTTTATAATAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAA
65 TAAATAAGTTTGTATG-ATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACGATTTGAA
** * * *
203723 ATAAATAATTGCTCTAATAGTCATAACTATTT-AAATTAGTTT-GATAAACAGATTTATTTTTTA
128 ATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAGTT-GTTTAG-TAAACAGATTTATTTTTAA
* *
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AAATAAGTTTGTATGATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAATA
AATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAGTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTAAATTTT
ACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTTATATTATTTCAATCAAATAAGCTTGCATAAGCAAG
AAAAATCATTTTATGACAAAACAAACGATTAGAAGATTTTCAAATAGATAACTCTTCAAATAGTC
ATAACTATTTAAACATATTCAGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATCATTAAATTTTAG
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAAATAATAGACAACAAAAG
GTCACAATGATTTAAAATAGATAAATAGTCAAATAGTCATGACTATTTAACTTAGTTTAGTAAAC
AT
Found at i:203672 original size:359 final size:357
Alignment explanation
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202968 TATATGAAAT
* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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** *
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* * ** *
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*
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* ** * * *
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* * *
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*
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* * * * *
203530 CATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTT-AATTTAGTTTAGTAAACA
191 CATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAAGTT-GTTTAGTAAACA
* *
203594 TATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAAT-AAGTTAGTATTATTTTAA
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* * ** *
203658 TCTAAATA-CTTGTATGAATAGAAACTATTGTTTTATAAT
318 TCAAAATAGCTTGTATGAATAGAAACAATCATTTTATAAC
* * * *
203697 AAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTCTAATAGTCATAACTATTTAAA-TTA
1 AAAACAAAAAGTCATAACGATTTCAAATAAATAACTGCTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTT-
* * *
203761 GTTTGATAAACAGATTTATTTTTT-AAT-TC-T-CTTATTAATTTTTGAAAAATTAA-AAGATTA
65 GTTAG-TAAACAGA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAA-ATTA
* * * *
203821 GTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGAACAAAAATATTTATTTTATGACAACACAAAAGGT
126 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * **
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191 CATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAA
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AAAACAAAAAGTCATAACGATTTCAAATAAATAACTGCTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTG
TTAGTAAACAGATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
ATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
TGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAAGTTGTTTAGTAAACAGATTTA
TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATGAATTAGTATTATTTTAATCAAAATA
GCTTGTATGAATAGAAACAATCATTTTATAAC
Found at i:203913 original size:17 final size:18
Alignment explanation
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203878 CAAAAGGTCG
*
203888 TAATGATTTGAAATA-AA
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*
203923 TATTTATTTGAA
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203935 CTAGTTAGGT
Statistics
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TAATTATTTGAAATAGAA
Found at i:204413 original size:16 final size:18
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Indices: 204392--204428 Score: 51
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204382 TAATGGTTTA
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204427 AA
1 AA
204429 CTATTTGATA
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AAATAGCATAATTATTTG
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204254 TAATAAATAG
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** * * ** * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * *
204507 TTTGAATCAGCTTGTATGAATTGGAACAATTGTTTTATGACAAA-AAAATGGTCATAACGATTTT
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* *
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* * *
204623 ATTTAATTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTACTATTTTATT
1 ATTTAATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * *
204687 TTAGATAAGCTTTTATGAATTGAAAGAATTGTTTTATGTCAATACAAAAGGTCATAATGATTTTA
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* * *
204752 AACAAGTAATTATTCAAATAGTCATAACTATTCGAACTTATTTGGTAAATC-A
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* * * ** * * * *
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** * * * * **
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* * ** * **
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* * * *
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*** * * * ** * * * *
205043 ACCTAATAGGCTTCTATG-ATCAGAAATGATTGTTTTATGAC-AA-GAAAGATCTTAATGATTTG
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* * * * * * * *
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127 A-AATAATAATT-TTTAAATAGTC-TAACTATTT-AATTA-TTTGGTAAACAA
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205179 TTAATTTTTA
Statistics
Matches: 574, Mismatches: 119, Indels: 86
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Consensus pattern (174 bp):
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TAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAAT
AATAATTTTTAAATAGTCTAACTATTTAATTATTTGGTAAACAA
Found at i:205644 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 205290--207296 Score: 1254
Period size: 181 Copynumber: 11.2 Consensus size: 181
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* * * * * * * * *
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** * ** * ** *
205355 ATAGTAATAACTATTTGAATTTA-TTCAATAAATAGTTTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTA
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* * * * * *
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* * ** * * *
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1 AACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * *
205536 ATAATCTTAA-TCATTTGAACTAATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
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* **
205600 TTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTACTTTAATCAT-AATAAGCTTGTACA
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* ** * * *
205652 AAC-AAAATTATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGGA-CATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCA
1 AACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * ** ** * * * **
205715 TATAGTATTAACTATTTGAACTAGTTCGACAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAA
65 AATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* ** * * ** ** *
205780 GTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATGGTAT-
130 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTAATCATGAATAAGCTTGTATG
* * * * * * * *
205831 AAATAGAACCAATTGTTTAATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA
1 AACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
** * * * * * *
205896 AATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAACAAATTTACTTTTTAAATTTCTCA-TTGATTA
65 AATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTA
* * * * * *
205960 ATTTTCT-AAATATT-ATGAAATTAGTATTATTTTAT-TTAGAACAAACTTATATT
129 ATTTT-TGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTAATCAT-GAATAAGCTTGTATG
** *
206013 AACAAAAACAATTGTTTTATGAC--AA-AAAA-AT-A-AA-GATTTGGAA-AGATAATTGTTCAA
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* * * * * * *
206070 ATGGT-TATAATTATTTGAAATAGTTCGGTAAATAGAA-TTATTTTCTAAATCTTTTACTTATAA
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* * *
206133 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTATTC--GAAATAAGCTTGCATG
129 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT-TAATCATG-AATAAGCTTGTATG
* * * * * * * *
206186 AGCTGAAATAATTATTTTATGAGAAAACAGAAGGTCATAA-AAGTTTGAAATAAATAATTGTTCA
1 AACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * ** * * * * * *
206250 TATAGTCTTAATTGCTTGAACTGGTTTGGCAAACATATTTAATTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA
65 AATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * ** *
206315 TTTTT-AGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGAATG
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* * * * *
206367 AA-TAGAAACAATTGTTTTAT-AAAAGAACAAAAGCTTATACCTATTTGAAATAGATAATTGTTC
1 AACT-GAAACAATTGTTTTATGACAA-AACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * *
206430 AAATAGTCATAACTATTTAAACTA-TTCGATAAACAGATTTAATTTTTAAA--TC-T-CTTATTA
64 AAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * ** *
206490 ATTCTTGAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTCTATG
129 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTAATCATGAATAAGCTTGTATG
* * * * *
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1 AACTG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * ** *** * *
206605 CAAATGGCCGTAATTATTTGAACT-GATTCAATAAATTGATTTATTTTTTAAATATCTTACTTGT
63 CAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * ** * *
206669 TAAACTTTGGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGAA-AAACTTTTATG
127 T-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTAATCAT-GAATAAGCTTGTATG
* * ** * * * * * * *
206725 CACTTAAACAATTGTCATATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTTAAATGGATAATTGTTCAA
1 AACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* ** * * * * **
206790 ATAGTCATAACTATTCAAACTTGTTTGGTAAAC-CATTT-TTGGTCCAAATCTCTTACTTATTAA
66 ATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAAATTTATT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * * *
206853 TTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-TAAATAAGCCTATATG
130 -TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTAATCATGAATAAGCTTGTATG
* * * * * * * * *
206905 AATTGAAACAATTATTATATGA-ATAAACTAAAGGTCAGAACGATTTGAAATAAATAATTATTCT
1 AACTGAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * *
206969 AATATTTTTAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACACATTTATTTTGTAAA--TC-T-CTTATTAA
65 AATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * * *
207030 TTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCCA--AATAAACTTGAATG
130 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTAAT-CATGAATAAGCTTGTATG
* * * * * * *
207082 ATCAGAAACAATTGTTTTATGAGAAAAC-AAAGATCAGAACGATTT-AAGATTGATATTTGTTTA
1 AACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCA
* * ** * * * *
207145 AATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTTAGAAAACAACTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAA
65 AATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
** * * * ** * * * *
207210 TTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTATTTTTTTTTATTTTGGATAAGTTTTTAGG
130 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA--TTATTTAATCATGAATAAGCTTGTATG
*
207264 AACTGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAG
1 AACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
207297 GTTATAATGA
Statistics
Matches: 1423, Mismatches: 324, Indels: 156
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
172 2 0.00
173 107 0.08
174 17 0.01
175 7 0.00
176 192 0.13
177 94 0.07
178 12 0.01
179 21 0.01
180 337 0.24
181 469 0.33
182 156 0.11
183 8 0.01
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
AACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
ATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTAATCATGAATAAGCTTGTATG
Found at i:206351 original size:535 final size:534
Alignment explanation
Indices: 205476--206705 Score: 1248
Period size: 535 Copynumber: 2.3 Consensus size: 534
205466 GTATGAACTG
* *
205476 AAACAATTATTTTATGACTAATGAAAAGATCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAAT
1 AAACAATTGTTTTATGAC-AA--AAAAGATCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAAT
* * * *
205541 CTTAATCATTTGAACTAATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
63 CTTAATCATTTGAAATAATTCGGTAAACAAATTTATTTTCTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTG
* * * *
205606 AAATATTATTAAATTAGTATTACTTTAATCATAATAAGCTTGTACAAACAAAATTATTGTTTTAT
128 AAATATTAATAAATTAGTATTACTTTAATCATAATAAGCTTGCACAAACAAAATAATTATTTTAT
* * * *
205671 GACAAAAGAAAAGGACATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCATATAGTATTAACTATTTGAAC
193 GACAAAACAAAAGGACATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTATTAACTACTTGAAC
** * * * * *
205736 TAGTTCGACAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATT
258 TAGTTCGACAAACAGATTTAATTTTTAAATCTCTTAGTTATTAAGTTTCAAAATATTACTAAATT
* * * *
205801 AGTATTATTTTATTTTGAATAAAATGGTATAAATAGAACCAATTGTTTAATGACAA-AATAAAAG
323 AGTATTATTTTATTTTGAATAAAATGGAATAAATAGAAACAATTGTTTAAT-AAAAGAACAAAAG
* * * *
205865 GTTATA-ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAA-TGGTTTGGTAA
387 CTTATACAT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTT-AAACT-ATTCGATAA
* * **
205928 ACAAATTTACTTTTTAAATTTCTCATTGATTAATT-TTCTAAATATTATGAAATTAGTATTATTT
449 ACAAATTTAATTTTTAAA--TCTC-TT-ATTAATTCTT-GAAATATTAACAAATTAGTATTATTT
205992 TATTTAGAACAAACTTATAT-TAACAA
509 TATTTAGAACAAACTTATATGT-ACAA
* **
206018 AAACAATTGTTTTATGACAAAAAA-AT-A-AA-GATTTGGAA-AGATAATTGTTCAAATGGT-TA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAAAAGATCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCT-
* * * *
206077 TAATTATTTGAAATAGTTCGGTAAATAGAA-TTATTTTCTAAATCTTTTACTTATAAATTTTTGA
65 TAATCATTTGAAATAATTCGGTAAACA-AATTTATTTTCTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGA
* * ** * *
206141 AATATTAATAAATTAGTTTTA-TTCTATTCGA-AATAAGCTTGCATGAGCTGAAATAATTATTTT
129 AATATTAATAAATTAGTATTACTT-TAATC-ATAATAAGCTTGCACAAAC-AAAATAATTATTTT
* * * * * *
206204 ATGAGAAAACAGAAGGTCATAA-AAGTTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAATTGCTTG
191 ATGACAAAACAAAAGGACATAACAA-TTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTATTAACTACTTG
* * * * * * *
206268 AACTGGTTTGGCAAACATATTTAATTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTACTAA
255 AACTAGTTCGACAAACAGATTTAATTTTTAAATCTCTTAGTTATTAAGTTTCAAAATATTACTAA
** * * *
206333 ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGAATGAATAGAAACAATTGTTTTATAAAAGAACAAA
320 ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATGGAATAAATAGAAACAATTGTTTAATAAAAGAACAAA
* * *
206398 AGCTTATACCTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTATTCGATAAA
385 AGCTTATACATATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTAAACTATTCGATAAA
* *
206463 CAGATTTAATTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTT
450 CAAATTTAATTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTA
* * * **
206528 GAATAAGCTTCTATGTTGAA
515 GAACAAACTTATATGTACAA
* * * * ** * ***
206548 AAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAATGTAATAACAATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAATGGC
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAGA--TCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAAT
* * * * ** *** * * * * *
206613 CGTAATTATTTGAACTGATTCAATAAATTGATTTATTTTTTAAATATCTTACTTGTTAAACTTTG
63 CTTAATCATTTGAAATAATTCGGTAAACAAATTTATTTTCTAAATCTCTTACTT-ATAAATTTTT
* *
206678 GAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTA
127 GAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTA
206706 TTTTGGAAAA
Statistics
Matches: 570, Mismatches: 95, Indels: 49
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
530 69 0.12
531 7 0.01
532 5 0.01
533 3 0.01
534 136 0.24
535 222 0.39
536 5 0.01
537 9 0.02
538 59 0.10
539 34 0.06
540 2 0.00
541 2 0.00
542 17 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (534 bp):
AAACAATTGTTTTATGACAAAAAAGATCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCTT
AATCATTTGAAATAATTCGGTAAACAAATTTATTTTCTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGAAA
TATTAATAAATTAGTATTACTTTAATCATAATAAGCTTGCACAAACAAAATAATTATTTTATGAC
AAAACAAAAGGACATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTATTAACTACTTGAACTAG
TTCGACAAACAGATTTAATTTTTAAATCTCTTAGTTATTAAGTTTCAAAATATTACTAAATTAGT
ATTATTTTATTTTGAATAAAATGGAATAAATAGAAACAATTGTTTAATAAAAGAACAAAAGCTTA
TACATATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTAAACTATTCGATAAACAAATT
TAATTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTAGAACAA
ACTTATATGTACAA
Found at i:206897 original size:538 final size:527
Alignment explanation
Indices: 205773--207061 Score: 1247
Period size: 538 Copynumber: 2.4 Consensus size: 527
205763 ATTTTCTTGG
* * * * ** * * *
205773 TTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATGGTATAAATAGA
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGAATGAATAGA
* * * * *
205838 ACCAATTGTTTAATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
66 AACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTTATACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * * * *
205903 AAAACTATTTGAAA-TGGTTTGGTAAACAAATTTACTTTTTAAATTTCTCATTGATTAATTTTCT
130 ATAACTATTT-AAACT-ATTCGATAAACAAATTTAATTTTTAAA--TCTC-TT-ATTAATTTT-G
*
205967 AAATATTATGAAATTAGTATTATTTTATTTAGAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTA
188 AAATATTATCAAATTAGTATTATTTTATTTAGAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTA
* * * ** *
206032 TGACAAAAAAATAAAGATTTGGAAAGATAATTGTTCAAATGGTTATAATTATTTGAAATAGTTCG
253 TGAAAAAAAAATAAAAATTTGAAAAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAAATAGTTCA
* * * * * * *
206097 GTAAATAGAATTATTTTCTAAATCTTTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTA
318 ATAAATAGAATTATTTTCTAAATATCTTACTTATAAACTTTGGAAATATTAATAAAGTAGTATTA
* ** *
206162 TTCTATTCGAAATAAGCTTGCATGAGCTGAAATAATTATTTTATGAGAAAACAGAAGGTCATAAA
383 TTCTATTCGAAATAAGCTTGCATGAGCTGAAACAATTATCATATGAGAAAACAAAAGGTCATAAA
* * * * *
206227 AGTTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAATTGCTTGAACTGGTTTGGCAAACATATTTAA
448 AGTTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTGATTAAACTGGTTTGGCAAACATATTT-A
* ** *
206292 TTTTTAAATCTCTTAG
512 TGTCCAAATCTCTTAC
*
206308 TTATTAATTTTTAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGAATGAATAGA
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGAATGAATAGA
* *
206373 AACAATTGTTTTAT-AAAAGAACAAAAGCTTATACCTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
66 AACAATTGTTTTATGAAAA-AACAAAAGGTTATA-CTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
*
206437 CATAACTATTTAAACTATTCGATAAACAGATTTAATTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAATA
129 CATAACTATTTAAACTATTCGATAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTATTAATT-TTGAAATA
* * * * * **
206502 TTAACAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTCTATGT-TGAAAAACAATTGTTTTATGAA
193 TTATCAAATTAGTATTATTTTATTTAGAACAAACTTATAT-TAACAAAAACAATTGTTTTATG-A
* * *
206566 AAAACAAAATGTAATAACAATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAATGGCCGTAATTATTTGAACT-G
256 AAAA-AAAA--T-A-AA-AATTTGAAA-AGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAAATAG
* * * *
206630 ATTCAATAAATTGATTTATTTTTTAAATATCTTACTTGTTAAACTTTGGAAATATTAATAAAGTA
314 -TTCAATAAATAGAATTATTTTCTAAATATCTTACTT-ATAAACTTTGGAAATATTAATAAAGTA
* * ** * * * *
206695 GTATTATTTTATTTTGGAAA-AA-CTTTTATGCA-CTTAAACAATTGTCATATGATAGAACAAAA
377 GTATTATTCTA--TTCGAAATAAGCTTGCATG-AGCTGAAACAATTATCATATGAGAAAACAAAA
* * ** * *
206757 GGTTATAACAA-TTTTAAATGGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTCAAACTTGTTTGGTA
439 GGTCATAA-AAGTTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTGATT-AAACTGGTTTGGCA
206820 AACCAT-TTT-TGGTCCAAATCTCTTAC
502 AA-CATATTTAT-GTCCAAATCTCTTAC
* * * * * *
206846 TTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCCT-ATATGAATTG
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGA-ATGAATAG
* * * * * * * * * *
206910 AAACAATTATTATATGAATAAACTAAAGGTCAGAACGATTTGAAATAAATAATTATTCTAATATT
65 AAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTTA-TACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
** * * *
206975 TTTAACTATTTGAACTAGTTC-AGTAAACACATTT-ATTTTGTAAATCTCTTATTAATTTTTGGA
129 CATAACTATTTAAACTA-TTCGA-TAAACAAATTTAATTTT-TAAATCTCTTATTAA-TTTTGAA
*
207038 ATATTATTAAATTAGTATTATTTT
190 ATATTATCAAATTAGTATTATTTT
207062 TATCCAAATA
Statistics
Matches: 621, Mismatches: 104, Indels: 54
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
530 64 0.10
531 9 0.01
532 8 0.01
534 29 0.05
535 119 0.19
536 3 0.00
537 10 0.02
538 194 0.31
539 169 0.27
540 10 0.02
541 6 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (527 bp):
TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGAATGAATAGA
AACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTTATACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
TAACTATTTAAACTATTCGATAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTATTAATTTTGAAATATTA
TCAAATTAGTATTATTTTATTTAGAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAA
AAATAAAAATTTGAAAAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAAATAGTTCAATAAATAG
AATTATTTTCTAAATATCTTACTTATAAACTTTGGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTCTATTC
GAAATAAGCTTGCATGAGCTGAAACAATTATCATATGAGAAAACAAAAGGTCATAAAAGTTTGAA
ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTGATTAAACTGGTTTGGCAAACATATTTATGTCCAAAT
CTCTTAC
Found at i:207303 original size:539 final size:537
Alignment explanation
Indices: 206297--207303 Score: 1163
Period size: 538 Copynumber: 1.9 Consensus size: 537
206287 TTTAATTTTT
* * * * *
206297 AAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
1 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCCT
* * * * * * * *
206362 GAATGAATAGAAACAATTGTTTTATAAAAGAACAAAAGCTTATACCTATTTGAAATAGATAATTG
66 GAATGAATAGAAACAATTATTATATAAAAGAACAAAAGCTCAGAACGATTTGAAATAAATAATTA
*
206427 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTATTCGATAAACAGATTTAATTTTTAAATCTCTTATTAAT
131 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTATTCGATAAACACATTTAATTTTTAAATCTCTTATTAAT
*** * * * *
206492 TCTTGAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTCTATGTTGAAAAACAATTG
196 TCTTGAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTCAATGATCAAAAACAATTG
* * * *
206557 TTTTATGAAAAAACAAAATGTAATAACAATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAATGGCCGTAATTAT
261 TTTTATGAAAAAACAAAA-GTAAGAACAATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAATAGCCATAACTAT
** * * **
206622 TTGAACTGATTCAATAAATTGATTTATTTTTTAAATATCTTACTTGTTAAACTTTGGAAATATTA
325 TTGAACTGATTCAATAAATCAATTTAGTTTTTAAATATCTTACTTATTAAACTTTCAAAATATTA
* * * * *
206687 ATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGAAAAACTTTTATGCACTTAAACAATTGTCATATGATAGAA
390 ATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGAAAAACTTTTAGGAACTGAAACAATTGTCATATGACAAAA
206752 CAAAAGGTTATAACAATTTTAAATGGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTCAAACTTGTTTG
455 CAAAAGGTTATAACAATTTTAAATGGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTCAAACTTGTTTG
206817 GTAAACCATTTTTGGTCC
520 GTAAACCATTTTTGGTCC
* *
206835 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCCT
1 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCCT
* * * *
206900 -ATATGAATTGAAACAATTATTATATGAATA-AACTAAAGGTCAGAACGATTTGAAATAAATAAT
66 GA-ATGAATAGAAACAATTATTATAT-AAAAGAACAAAAGCTCAGAACGATTTGAAATAAATAAT
* * ** *
206963 TATTCTAATATTTTTAACTATTTGAACTAGTTC-AGTAAACACATTT-ATTTTGTAAATCTCTTA
129 TATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTA-TTCGA-TAAACACATTTAATTTT-TAAATCTCTTA
* * ** * *
207026 TTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCCAAATAAACTTGAATGATCAGAAA
191 TTAATTCTTGAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTAT-TCCAAATAAACTTCAATGATCAAAAA
* * * * * * *
207090 CAATTGTTTTATGAGAAAAC-AAAGATCAGAACGATTT-AAGATTGATATTTGTTTAAATAGTCA
255 CAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAG-TAAGAACAATTTGAA-ATAGATAGTTGTTCAAATAGCCA
* * * * *
207153 TAACTATTTGAA-TTAGTTTAGA-AAA-CAACTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATT-AATTTT
318 TAACTATTTGAACTGA-TTCA-ATAAATCAA-TTTAGTTTTTAAATATCTTACTTATTAAACTTT
* * **
207214 CAAAATATTAATAAAGTAGTATTTTTTTTTATTTTGGATAAGTTTTTAGGAACTGAAACAATTGT
380 CAAAATATTAATAAAGTAGTA--TTATTTTATTTTGGAAAAACTTTTAGGAACTGAAACAATTGT
** *
207279 TTTATTACAAAACAAAAGGTTATAA
443 CATATGACAAAACAAAAGGTTATAA
207304 TGACTTACTT
Statistics
Matches: 384, Mismatches: 72, Indels: 25
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
537 31 0.08
538 202 0.53
539 151 0.39
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (537 bp):
AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCCT
GAATGAATAGAAACAATTATTATATAAAAGAACAAAAGCTCAGAACGATTTGAAATAAATAATTA
TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTATTCGATAAACACATTTAATTTTTAAATCTCTTATTAAT
TCTTGAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTCAATGATCAAAAACAATTG
TTTTATGAAAAAACAAAAGTAAGAACAATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAATAGCCATAACTATT
TGAACTGATTCAATAAATCAATTTAGTTTTTAAATATCTTACTTATTAAACTTTCAAAATATTAA
TAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGAAAAACTTTTAGGAACTGAAACAATTGTCATATGACAAAAC
AAAAGGTTATAACAATTTTAAATGGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTCAAACTTGTTTGG
TAAACCATTTTTGGTCC
Found at i:207829 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 207642--207976 Score: 449
Period size: 181 Copynumber: 1.9 Consensus size: 181
207632 TGGACATGAT
* * *
207642 TATATGAACTTGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCCTT-CCTATTAA-TTTTGAGAAT
1 TATATGAACTTGCTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAGTCT-CTTACCTACTAATTTTTG-GAAT
* * * * * * *
207705 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTACAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTGTGAG
64 ATTAATAAACTAATATTATTTTATTACAAATAAACTTGCATAAATAGAAACAATTGGTTTATGAC
*
207770 AAAACAAAATATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTCCAAACAATCTTAAC
129 AAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTCCAAACAATCTTAAC
* * *
207823 TATATGAACTTGCTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAGTCTTTTACTTACTAATTTTTGGAATGT
1 TATATGAACTTGCTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAGTCTCTTACCTACTAATTTTTGGAATAT
* *** **
207888 TAATAAACTAATATTATTTTGTTTTGAATATGCTTGCATAAATAGAAACAATTGGTTTATGACAA
66 TAATAAACTAATATTATTTTATTACAAATAAACTTGCATAAATAGAAACAATTGGTTTATGACAA
*
207953 AACAAAAGGTCATAACTATTTGAA
131 AACAAAAGATCATAACTATTTGAA
207977 CGTGTTAAAA
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 21, Indels: 4
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
180 2 0.02
181 124 0.95
182 5 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TATATGAACTTGCTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAGTCTCTTACCTACTAATTTTTGGAATAT
TAATAAACTAATATTATTTTATTACAAATAAACTTGCATAAATAGAAACAATTGGTTTATGACAA
AACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTCCAAACAATCTTAAC
Found at i:208085 original size:145 final size:146
Alignment explanation
Indices: 207846--208121 Score: 376
Period size: 145 Copynumber: 1.9 Consensus size: 146
207836 TAGGTAAACA
* * *
207846 AATTTATTTTTTAAGTCTTTTACTTACTAATTTTTGGAATGTTAATAAACTAATATTATTTTGTT
1 AATTTATTTTTTAAGACTTTTACTTACTAATTTTTGGAATATTAATAAACTAATATTATTTTATT
* * * * *
207911 TTGAATATGCTTGCATAAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTG
66 TGGAATAAGCTTGCATAAACAGAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA-TGATTTG
207975 AACGTGTTAAAAAAATG
130 AACGTGTTAAAAAAATG
* * * *
207992 AATTTATTTTTTAA-ACTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTTATAAATTTATATTATTTTATT
1 AATTTATTTTTTAAGACTTTTACTTACTAATTTTTGGAATATTAATAAACTAATATTATTTTATT
* * * * *
208056 TGGAATAAGCTTGTATGAACAGAAGCAATTATTTTATGACAAAACAAAATATCATAATGATTTGA
66 TGGAATAAGCTTGCATAAACAGAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGA
208121 A
131 A
208122 ATAAAAAATT
Statistics
Matches: 112, Mismatches: 17, Indels: 3
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
144 1 0.01
145 97 0.87
146 14 0.12
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (146 bp):
AATTTATTTTTTAAGACTTTTACTTACTAATTTTTGGAATATTAATAAACTAATATTATTTTATT
TGGAATAAGCTTGCATAAACAGAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGA
ACGTGTTAAAAAAATG
Found at i:208445 original size:505 final size:506
Alignment explanation
Indices: 207506--208481 Score: 1087
Period size: 505 Copynumber: 1.9 Consensus size: 506
207496 TTTAAAATCT
* * **
207506 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAGATCAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATAAACAA
1 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATCAATATTATTTTATTTGGAATAAGCTTGCATAAACAA
* * * * *
207571 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAAAGATTTGAAGCAGAAAATTGTTCAAATGGA
66 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAATGATCATAAAGATTTGAAACAAAAAATTGTTCAAATGGA
* * * *
207636 CATGATTATATGAACTTGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCCTTCCTATTAATTTTGA
131 CATAACTATATGAACTTGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTTACTATTAATTTTGA
* * * * * *
207701 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTACAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTG
196 GAATATTAATAAATTAGCATTAGTTTATTA-AAATAAACGTATATGAATAGAAACAATTGCTTTA
* * *
207766 TGAGAAAACAAAATATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTCCAAACAATCTTAACTATATGAA
260 TGAGAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATCCAAACAATCTTAACTATATGAA
* * * *** *
207831 CTTGCTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAGTCTTTTACTTACTAATTTTTGGAATGTTAATAAAC
325 CTTGCTAGGTAAACAAATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTACTAATTGTCAAAATATTAATAAAC
** *** * *
207896 TAATATTATTTTGTTTTGAATATGCTTGCATAAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAG
390 TAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGCATAAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAA
207961 GTCATAACT-ATTTGAACGTGTTAAAAAAATGAATTTATTTTTTAAACTTTTA
455 GTCATAA-TGATTTGAACGTGTTAAAAAAATGAATTTATTTTTTAAACTTTTA
** * ** * * *
208013 CTTATTAATTTTTGGAATATTTATAAATTTATATTATTTTATTTGGAATAAGCTTGTATGAACAG
1 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATCAATATTATTTTATTTGGAATAAGCTTGCATAAACAA
* * *
208078 AAGCAATTATTTTATGACAAAACAAAAT-ATCATAATGATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAATGG
66 AAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAATGATCATAAAGATTTGAAACAAAAAATTGTTCAAATGG
* * * * * *
208142 TCCTAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTTAAAATCT-CTTACTCATTAAT
130 ACATAACTATATGAACTTGTTAGGTAAACAAATTTA--TTTTTT-AAATCTCCTTACT-ATTAA-
* * **
208206 TTTTGA-AATATTAATAAATTAGCATT-GTTT-TT-GAATAAGCGTATATGAACT-GTCAC-ATT
190 TTTTGAGAATATTAATAAATTAGCATTAGTTTATTAAAATAAACGTATATGAA-TAGAAACAATT
* * * * * * * *
208265 GCTTTATGATG-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTTTGATT
254 GCTTTATGA-GAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATCCAAACAATCTTAACT
* * * *
208329 ATTTGAACTTGTTCA-GTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATAT
318 ATATGAACTTGCT-AGGTAAACAAATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTACTAATTGTCAAAATAT
* * * *
208393 TAATAAATTGATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTCTGTAAA-A-AAACAATTGTTTTATGAC
382 TAATAAACTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTG-C-ATAAATAGAAACAATTGGTTTATGAC
208456 AAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAA
445 AAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAA
208482 ATAAATAATT
Statistics
Matches: 384, Mismatches: 73, Indels: 26
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
504 1 0.00
505 171 0.45
506 20 0.05
507 137 0.36
508 6 0.02
509 14 0.04
510 29 0.08
511 6 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (506 bp):
CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATCAATATTATTTTATTTGGAATAAGCTTGCATAAACAA
AAACAATTATTTTATGACAAAACAAATGATCATAAAGATTTGAAACAAAAAATTGTTCAAATGGA
CATAACTATATGAACTTGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTTACTATTAATTTTGA
GAATATTAATAAATTAGCATTAGTTTATTAAAATAAACGTATATGAATAGAAACAATTGCTTTAT
GAGAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATCCAAACAATCTTAACTATATGAAC
TTGCTAGGTAAACAAATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTACTAATTGTCAAAATATTAATAAACT
AATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGCATAAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAAG
TCATAATGATTTGAACGTGTTAAAAAAATGAATTTATTTTTTAAACTTTTA
Found at i:208492 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 207993--209382 Score: 1068
Period size: 181 Copynumber: 7.7 Consensus size: 180
207983 AAAAAAATGA
** *
207993 ATTTATTTTTTAAA-CTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTTATAAATTTATATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTT
** * *
208057 GGAATAAGCTTGTATGAACAGAAGCAATTATTTTATGACAAAACAAAATA-TCATAATGATTTGA
65 CAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAATGATTTGA
* * * * *
208121 AATAAAAAATTGTTCAAATGGTCCTAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAG
129 AATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
* * * * *
208173 ATTTATTTTTTTTAAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGCA-T-TGTT-
1 ATTTA--TTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTA
* * * **** ** ** * *
208235 TTT-GAATAAGCGTATATGAACTGTCAC-ATTGCTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACGATTT
62 TTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTT
* ** * * * *
208298 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTTTTGATTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAT
127 GAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
* * * * *
208352 ATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTGATATTATTTTAATC
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT-ATATTATTTTATTT
* *
208417 CAAATAAGCTTGTCTGTAA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGA
65 CAAATAAGCTTGTATG-AACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGA
* * * * * *
208481 AATAAATAATTATTTAAATAGTCATAATTGTTTAAACTTATTCGGTAAATAG
129 AATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
* * * * *
208533 ATTTATTTTTTAAGTCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAAGTTCTCTTATTTTAATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTT
* * * * ***
208597 GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AGTTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAGCAATTTGA
65 CAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGA
** * ** * *
208661 AATAGGTAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTAGGGTAGATAG
129 AATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
* * * ** * *
208713 ATTCAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTT
* ** * * * ** *
208778 CAAATAAGCTTCTACAAACAGAAACAATTATTTTCTAATGAAACAAAATGTCATAATGATTTGAA
65 CAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAA
* * * ** ** *
208843 ATAAATAATTGTTCAAATTA-TTATAACTAATTGAACTACTTTTGTAAGCAG
130 ATAAATAATTATTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
* * * *
208894 ATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTGTCAAAATATTAATCAATTAATATTATTTTATTG
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT-ATATTATTTTATTT
* * * * * * * * *
208955 CAAACAAACTTATATGAATAAAAACATTTGTGTTT-TGA-TAAACATAAGGTCAT-ATCGATTTG
65 CAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTAT-TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAT-GATTTG
* * * * * *** *
209017 AAATAGATAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTAAAC-TGATTTTTTCAAACAA
128 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGT-AAACAG
** * * *
209071 ATTTATTTTTTAAATCTTTTTGTTATTAATTTTTCACAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATT
** * * * * * * *
209136 TTGAATAAGATTGTATGAACATAAATAATTATTTTATGGCAAAA-GAAAGGTTATAATGATTTGA
64 TCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGA
* * * * * *
209200 AATATATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTAAACTGGTTTGGTAAACAG
129 AATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
* * *
209252 ATTT-TTTTTTAAAAT-TTCCTACTCATTAATTTTTGAAATATT-A-AAATTAGTATTATTTTA-
1 ATTTATTTTTT-AAATCTT-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTAT
* * ** * * * *
209312 TTCGAAATAGGCTTATATGATGAAAAACAATTGTCTTATGTCAAAAC-AAAAGTTAATAATGATT
63 TTC-AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATT
209376 TGAAATA
126 TGAAATA
209383 GCTTATTCAA
Statistics
Matches: 949, Mismatches: 220, Indels: 83
0.76 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 4 0.00
176 85 0.09
177 87 0.09
178 59 0.06
179 97 0.10
180 198 0.21
181 270 0.28
182 106 0.11
183 13 0.01
184 30 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTATATTATTTTATTTC
AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAA
TAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
Found at i:208509 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 208465--208516 Score: 54
Period size: 18 Copynumber: 2.9 Consensus size: 18
208455 CAAAACAAAA
*
208465 AGTCATAATGATTTGAAAT
1 AGTCATAATTATTT-AAAT
*
208484 A--AATAATTATTTAAAT
1 AGTCATAATTATTTAAAT
*
208500 AGTCATAATTGTTTAAA
1 AGTCATAATTATTTAAA
208517 CTTATTCGGT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 4, Indels: 5
0.75 0.11 0.14
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.19
17 9 0.33
18 12 0.44
19 1 0.04
ACGTcount: A:0.46, C:0.04, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (18 bp):
AGTCATAATTATTTAAAT
Found at i:208784 original size:361 final size:357
Alignment explanation
Indices: 207999--209295 Score: 997
Period size: 361 Copynumber: 3.6 Consensus size: 357
207989 ATGAATTTAT
* * * **
207999 TTTTTAAA-CTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTTATAAATTTA-TATTATTTTATTTGGAAT
1 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGAATTATTTTATTTCAAAT
* * *
208062 AAGCTTGTATGAACAGAAGCAATTATTTTATGACAAAACAAAATA-TCATAATGATTTGAAATAA
65 AAGCTTGTCTGAA-AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAATGATTTGAAATAA
* * * * * *
208126 AAAATTGTTCAAATGGTCCTAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTTAAAAT
128 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTCGGTAAATAGATTTA-TTTTTTTAAAAT
*
208191 CTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTGTTTTTGAATAAGCGTATATGAAC
192 CTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTGTTATTGAATAAGCGTATATGAAC
** * * ** * * *
208256 TGTCACATTGCTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
257 TGAAAAATTACTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAA
** * * * * *
208321 TTTTGATTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTA
322 TCATAACTATTTGAACTTGTACAGTAAACAGATTCA
* * * * *
208357 TTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATT-GATATTATTTTAATCCAAA
1 TTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGA-ATTATTTTATTTCAAA
*
208421 TAAGCTTGTCTGTAAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAA
64 TAAGCTTGTCTG-AAAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAA
* * * *
208486 ATAATTATTTAAATAGTCATAATTGTTTAAACTTATTCGGTAAATAGATTTA-TTTTTT-AAGTC
128 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAAATC
* * ** * *
208549 TTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAAGTTCTCTTATT-TTAATTGAAATAAGCTTGTAT
193 TCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGC--ATTGTT-ATTG-AATAAGCGTATAT
* * * *
208612 GAA-TAGAAAAAGTTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAGCAATTTGAAATAGGTAATTATTC
253 GAACT-GAAAAA-TTACTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTC
** * *
208676 AAATAATCATAACTATTTGAACTTGTAGGGTAGATAGATTCA
316 AAATAATCATAACTATTTGAACTTGTACAGTAAACAGATTCA
* * *
208718 GTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCAAAT
1 -TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAAAT
* * * ** *
208783 AAGC-T-TCTACAAACAGAAACAATTATTTTCTAATGAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATA
65 AAGCTTGTCT-GAAA-A-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * ** **
208846 AATAATTGTTCAAATTA-TTATAACTAATTGAAC-TACTTTTGTAAGCAGATTTA-TTTTTT-AA
127 AATAATTATTCAAA-TAGTCATAACTATTTAAACTTA-TTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAA
* ** * ** * * * *
208907 ATCTC-T--T-ATTAATTGTCAAAATATTAATCAATTAATATTATTTTATTGCAAACAAACTTAT
190 ATCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGCA-T-TGTTATTG--AATAAGCGTAT
* ** * * * * * *
208968 ATGAA-TAAAAACATTTGTGTTTTGA-TAAACATAAGGTCATATCGATTTGAAATAGATAATTAT
251 ATGAACTGAAAA-ATTACT-TTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTAT
* ** * * **** * *
209031 TCATATAGCCTTAACTATTTAAAC-TGATTTTTTCAAACAAATTTA
314 TCAAATAATCATAACTATTTGAACTTG-TACAGT-AAACAGATTCA
** * * * * **
209076 TTTTTTAAATCTTTTTGTTATTAATTTTTCACAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAA
1 -TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAAA
* * * * * * * * *
209141 TAAGATTGTATGAACATAAATAATTATTTTATGGCAAAA-GAAAGGTTATAATGATTTGAAATAT
64 TAAGCTTGTCTGAA-AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAA
* * ** * * *
209205 ATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTAAACTGGTTTGGTAAACAGA-TT-TTTTTTTAAAATT
128 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAAATC
*
209268 TCCTACTCATTAATTTTTGAAATATTAA
193 TCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAA
209296 AATTAGTATT
Statistics
Matches: 743, Mismatches: 155, Indels: 78
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
355 1 0.00
356 15 0.02
357 108 0.15
358 143 0.19
359 67 0.09
360 164 0.22
361 219 0.29
362 26 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (357 bp):
TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAAATA
AGCTTGTCTGAAAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATA
ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAAATCTCT
TACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTGTTATTGAATAAGCGTATATGAACTGAA
AAATTACTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCAT
AACTATTTGAACTTGTACAGTAAACAGATTCA
Found at i:210030 original size:182 final size:178
Alignment explanation
Indices: 209384--210855 Score: 1091
Period size: 182 Copynumber: 8.2 Consensus size: 178
209374 TTTGAAATAG
* *
209384 CTTATTCAACATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAA
1 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAA-CAAGAGATTTAAA
* * * * * * * *
209449 AAATAAATTTGTTTCCCAAACAAGTTTAAATAGATT-TTACTATTTGAATAATTTATC-ACTTTC
64 AAATAAATCTATTTACTAAACCAGTTCAAAT--ATTATGACTATTTGAACAA-TTATCTA-TTTC
* ** * * * *
209512 AAGTCATTATGACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAA
125 AAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAT
* * * * **
209566 ATTATCCAAAATTAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGCAAGAGA-TTAAA
1 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAA-CAAGAGATTTAAA
* * ** * * *
209630 AACTAAAGCTATTTTTTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTT-AA
64 AAATAAATCTATTTACTAAACCAGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAA
* * * *
209694 ATTGTTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTCTAA-TCATACAAG
127 ATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AATTCATACAAT
*** *
209745 CTTATT-TGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-TAAT---AAGAGATTTAAA
1 CTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAACAAGAGATTTAAA
* * * * *
209805 AAATAAATGTATTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTAAAA
64 AAATAAATCTATTTACTAAACCAGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * *
209870 TTGTTCTGACATTTTATTTGGTCATATAATAATTGTTTCAATTCATACAAT
128 TTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAT
* * *
209921 CTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAACAAGCAAGAGATTTGAA
1 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAA-CAAGAGATTT-AA
* * * * *
209986 AAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAAATATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAA
63 AAAATAAATCTATTTACTAAACCAGTTC-AAATATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
** * * * *
210051 ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGT
127 ATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAA-T
* * * *
210104 -TTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATTAAGAGACTTAAA
1 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAA-CAAGAGATTTAAA
* * ** * * * *
210168 AAATAAATCAATTTGCTAAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAACTATCTATTTCAAG
64 AAATAAATCTATTTACTAAACCAGTTCAAAT-ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
** ** * * *
210233 TCATTATTTCCTTGTATTTTATCATAAAACATTTGTTTTTCAA--CATACAAAT
128 TTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTG--TTTCAATTCATAC-AAT
* ***
210285 TTTATT-AGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGGGTTAAT---AAGAGATTTAAA
1 CTTATTCA-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAACAAGAGATTTAAA
*
210346 AAATAAATCTATTTAC-AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
64 AAATAAATCTATTTACTAAACCAGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * * * *
210410 TTGTTTTAACCTTTTATTCTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAG
128 TTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAT
* * * * * *
210461 CTTATTCAGAATAAAATAA-A-TAATTTAGTAAAATTCTAAAAATCAATAACTAAAAAATTTAAA
1 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAC-AAGAGATTTAAA
* * * * ** * *
210524 AAATAAATCTATTTGCTGAACCAGTTTAAACAATTATGACTATTACAAGAATTATCTATTTGAAA
64 AAATAAATCTATTTACTAAACCAGTTCAAA-TATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * ** * ** * *
210589 TTGCTT-T-AGCCTTTTGTTTTATCATAAAATGATTTTTTCTGTTCATAGAAG
128 TTG-TTATGA-CCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAT
* * * * * * *
210640 CTTGTTTC-AAATAAAATAATACAAATTTATTTATATT-ATGACAATTAATAAGTAA-ACAATGT
1 CTT-ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA--AAAATTAATAA-CAAGA-GATTT
* * * * * * *
210702 AAAAACTAAATCTATTT-GTCAAACGAATTCAAATCTTTATGA-TATTTGAATAATTATTTATTT
61 AAAAAATAAATCTATTTACT-AAACCAGTTCAAAT-ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
** * **
210765 TGAATTGTTATG-GCTTTT-TGTTTGTCATAAAACAATTGTTTGTATTCGA-ACAAGT
124 CAAATTGTTATGACCTTTTAT-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTC-ATACAA-T
* * *
210820 -TTATTCCAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATT
1 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
210856 TTGACAAATA
Statistics
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0.77 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (178 bp):
CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAACAAGAGATTTAAAAA
ATAAATCTATTTACTAAACCAGTTCAAATATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTG
TTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAT
Found at i:210530 original size:537 final size:535
Alignment explanation
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Period size: 537 Copynumber: 2.3 Consensus size: 535
209372 GATTTGAAAT
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1 AGCTTATTCAA-ATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTA
* * * ** * *
209447 AAAAATAAATTTGTTTCCCAAACAAGTTTAAATAGATT-TTACTATTTGAATAATTTATC-ACTT
65 AAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTTAAACA-ATTATGACTATTTGAATAA-TTATCTA-TT
* * **
209510 TCAAGTCATTATGACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAAATTATCCAA
127 TAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAAATTATCCAA
* ** * *
209575 AATTAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGCAAGAGATTAAAAACTAAAGCT
192 AATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTAAAAAATAAAGCA
** * * * **
209640 ATTTTTTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTTAAATTGTTATGAT
257 ATTTGCTAAACCAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAAATATCAATCTTAAATCATTATGAT
* * * *
209705 CTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGCTTATTTGGATAAAAATAATACTAA
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*
209770 TTTAATAATATTTCAAAAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACTAAACCAGTTCAAA
387 TTTAATAATATTTCAAAAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACCAGTTCAAA
* * * * *
209835 TAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTCTGACATTTTATTTGGTCATATAAT
452 TAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTCTAACATTTTATTTGATCATAAAAC
*
209900 AATTGTTTCAATTCATACA
517 AATTGTTTCAATTAATACA
* * *
209919 ATCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAACAAGCAAGAGATTTG
1 AGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-
*
209984 AAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAA-ATATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
64 AAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTTAAACA-ATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
* **
210048 AAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGTTTATCCAAA
128 AAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAAATTATCCAAA
** *
210113 ATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATTAAGAGACTTAAAAAATAAATCA
193 ATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGA-TTAAAAAATAAAGCA
** * * * * *
210178 ATTTGCTAAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAACTATCTAT-TTCAAGTCATTAT-T
257 ATTTGCTAAACCAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAAATATCAATCTT-AAATCATTATGA
* * **
210241 TCCTTGTATTTTATCATAAAACATTTGTTTTTCAA-CATACAAATTTTATTAGAA-ATAAAATAA
321 T-CTT-TATTTTATCATAAAACAATTGTTTCT-AATCATAC-AAGCTTATTAGAATA-AAAATAA
* *** *
210304 TACTAATTTATTAATATTTCAAGGGTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-AAACTA
381 TACTAATTTAATAATATTTCAA-AAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACCA
* * * * *
210368 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTTTAACCTTTTATTCT-AT
445 GTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTCTAACATTTTATT-TGAT
*
210432 CATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACA
509 CATAAAACAATTGTTTCAATTAATACA
* * * * * *
210459 AGCTTATTCAGAATAAAATAA-A-TAATTTAGTAAAATTCTAAAAATCAATAA-CTAAAAAATTT
1 AGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGC-AAGAGATTT
* * * ** *
210521 AAAAAATAAATCTATTTGCTGAACCAGTTTAAACAATTATGACTATTACAAGAATTATCTATTTG
64 AAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTTAAACAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT-
* * * ** * *
210586 AAATTGCTTTA-G-CCTTTTGTTTTATCATAAAATGATTTTTTCTGTTCATA
128 AAAAT-CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA
210636 GAAGCTTGTT
Statistics
Matches: 610, Mismatches: 89, Indels: 36
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
537 263 0.43
538 142 0.23
539 34 0.06
540 139 0.23
541 32 0.05
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (535 bp):
AGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAA
AAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTTAAACAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAA
ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAAATTATCCAAAATA
AAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTAAAAAATAAAGCAATTT
GCTAAACCAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAAATATCAATCTTAAATCATTATGATCTTT
ATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGCTTATTAGAATAAAAATAATACTAATTTA
ATAATATTTCAAAAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACCAGTTCAAATAGT
TAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTCTAACATTTTATTTGATCATAAAACAATT
GTTTCAATTAATACA
Done.