Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167904.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_17, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 21107920
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.15, T:0.34
Warning! 100000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 3 of 121
Found at i:211436 original size:686 final size:681
Alignment explanation
Indices: 210286--211542 Score: 1493
Period size: 686 Copynumber: 1.8 Consensus size: 681
210276 CATACAAATT
* *** *
210286 TTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGGGTTAATAAGAGATTTAAAAAATA
1 TTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATGTCAAAAATTAATAAGAGAATTAAAAAATA
* * * *** *
210351 AATCTATTTACAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTT
66 AATATATTTACAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTCGAACAATTATCTATTTCAAAACATTA
*
210416 TAACCTTTTATTCTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAA
131 TAACCTTTTATTCTATCATAAAACAATTGGTTCAGTTAATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAA
* * * *
210481 TAATTTAGTAAAATTCTAAAAATCAATAACTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTGCTGAACC
196 TAATTTAGTAAAATTCCAAAAATCAATAACTAAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTGATGAAAC
* * *
210546 AGTTTAAACAATTATGACTATTACAAGAATTATCTATTTGAAATTGCTTTAGCCTTTTGTTTTAT
261 AGTTTAAACAATTATGACTATTACAAGAATTATCTATCTCAAATTGCATTAGCCTTTTGTTTTAT
** * * * * * *
210611 CATAAAATGATTTTTTCTGTTCATAGAAGCTTGTTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTTATAT
326 CATAAAACAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTGATTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAAAAT
** * * ** ***
210676 TATGACAATTAATAAGTAAACAATGTAAAAACTAAATCTATTTGTCAAACGAATTCAAATCTTTA
391 TACAAAAATTAATAAGTAAAAAATGTAAAAACTAAATCTATTACTCAAACGAATTCAAATAAGTA
* * * * * *
210741 TGATATTTGAATAATTATTTATTTTGAATTGTTATG-GCTTTT-TGTTTGTCATAAAACAATTGT
456 TGATATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATGATCTTTTGT-TTTATCATAAAACAATTAT
* * *
210804 TTGTATTCGA-ACAAGTTTATTCCAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAAATAAT
520 TTCTATTC-ATACAAGTTTATTCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAAATAAT
210868 AAGTAAAAGACTTAATAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATCATTGTGACATTTTGTTT
584 AAGTAAAAGACTTAATAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATCATTGTGACATTTTGTTT
210933 TGTAATAAAACAATTATTTCAGCTTATACGAGC
649 TGTAATAAAACAATTATTTCAGCTTATACGAGC
* *
210966 TTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATGTCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAA
1 TTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATGTCAAAAATT-A--A-TAAGAGAATTAAAA
* *
211031 AATGAATATATTTATTAAAC-ATGTTCAAAATAGTTATAACTATTCGAACAATTATCTATTTCAA
62 AATAAATATATTTA-CAAACTA-GTTC-AAATAGTTATAACTATTCGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * * **
211095 AACATTATGACCTTTTGTAT-TGTCAT-AAACAATTGGTTCTA-TTCATGCAAGCTTATTTTGAA
124 AACATTATAACCTTTTAT-TCTATCATAAAACAATTGGTTC-AGTTAATACAAGCTTATTCAGAA
* * * * *
211157 TAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-AAAAATTTAAAAAATAAATATG
187 TAAAATAA-AT-AATTTAGTAAAATTCCAAAAATCAATAACTAAAAAATTTAAAAAATAAATATA
* * * * * *
211221 TTTTAT-AAACATGTTTAGATAGTTATGACTATCT-GAATAATTATCTATCTCAAA-T-CATTAT
250 TTTGATGAAACA-GTTTAAACAATTATGACTAT-TACAAGAATTATCTATCTCAAATTGCATTA-
* * * *
211282 GACTTTTTGTTTTGTCCTAAACCAATTATTTCTATTCATAAAAGCTT-ATTCAGAATAAAATAAT
312 G-CCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTGATTCA-AATAAAATAAT
* * * *
211346 ACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAG-AAAAATATTTAAAAA-TAAATCTAATTACT-G
375 ACAAATTTATTAAAATTACAAAAATTAATAAGTAAAAA-ATGTAAAAACTAAATCT-ATTACTCA
* *
211408 AGCGAGTTCAAATAAGTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATGATCTTTTGTT
438 AACGAATTCAAATAAGTATGA-TATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATGATCTTTTGTT
* *
211473 TTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAATTTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTA
502 TTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCCAAATAAAATAATACTAATTTATTA
211538 ATATT
567 ATATT
211543 CTAAAAATTA
Statistics
Matches: 475, Mismatches: 80, Indels: 37
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
680 39 0.08
681 1 0.00
683 1 0.00
684 30 0.06
685 82 0.17
686 227 0.48
687 94 0.20
688 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (681 bp):
TTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATGTCAAAAATTAATAAGAGAATTAAAAAATA
AATATATTTACAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTCGAACAATTATCTATTTCAAAACATTA
TAACCTTTTATTCTATCATAAAACAATTGGTTCAGTTAATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAA
TAATTTAGTAAAATTCCAAAAATCAATAACTAAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTGATGAAAC
AGTTTAAACAATTATGACTATTACAAGAATTATCTATCTCAAATTGCATTAGCCTTTTGTTTTAT
CATAAAACAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTGATTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAAAAT
TACAAAAATTAATAAGTAAAAAATGTAAAAACTAAATCTATTACTCAAACGAATTCAAATAAGTA
TGATATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATT
TCTATTCATACAAGTTTATTCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAAATAATAA
GTAAAAGACTTAATAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATCATTGTGACATTTTGTTTTG
TAATAAAACAATTATTTCAGCTTATACGAGC
Found at i:211573 original size:361 final size:358
Alignment explanation
Indices: 210909--211739 Score: 919
Period size: 361 Copynumber: 2.3 Consensus size: 358
210899 CTAAATAAGT
* * **
210909 TCAAATCATTGTGACATTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTC-AGCTT-ATACGAGCTTATT-
1 TCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA--TTCATAAAAGCTTATTC
* * * * *
210971 TGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATGTCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGA
64 AG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TCAAAAATTAATAAG-AAGAAAATTAAAAAATAA
* *
211036 ATATATTTATTAAACATGTTCAAAATAGTTATAACTATTCGAACAATTATCTATTTCAAAACATT
126 ATATAATTACTAAACATGTTCAAAATAGTTATAACTATTCGAACAATTATCTATTTCAAAACATT
* * * **
211101 ATGACCTTTTGTATTGTCATAAACAATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAAT
191 ATGACCTTTTGTATTATCATAAACAATTAGTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAAT
211166 ATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTA-TAAA
256 ATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATG-TTTACT-AA
* * * * * * *
211230 CATGTTTAGATAGTTATGACTATCTGAA-TAATTATCTATC
319 CAAGTTCAAACAATCATGACCATCTGAACT-ATTATCTATC
* * *
211270 TCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCCTAAACCAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAG
1 TCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAG
* * *
211335 AATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGAA-AAATATTTAAAAATAAATC
66 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGAAGAAA-ATTAAAAAATAAATA
* * * * * * * *
211399 TAATTACTGAGCGA-GTTC-AAATAAG-TATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGTTA
129 TAATTACTAAAC-ATGTTCAAAAT-AGTTATAACTATTCGAACAATTATCTATTTCAAAACATTA
* * * **
211461 TGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAATTTTATTTCAAATAAAATAAT
192 TGACCTTTTGTATTATCAT-AAACAATTAGTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAAT
* * ** * *
211526 ACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAACTTTGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCTA
256 A-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-GTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTA
* * *
211590 ACAAGTTCAAACAATCATGTCCATTTGAACTATTATCTATT
318 ACAAGTTCAAACAATCATGACCATCTGAACTATTATCTATC
* * *
211631 TCAAATCGTTATCACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAA-ATTATTCA
1 TCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATA-AAAGCTTATTCA
* *
211695 AAATAAAATACTACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGA
65 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGA
211740 GATTTAAAAA
Statistics
Matches: 395, Mismatches: 60, Indels: 30
0.81 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
359 53 0.13
360 101 0.26
361 232 0.59
362 9 0.02
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (358 bp):
TCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAG
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGAAGAAAATTAAAAAATAAATATA
ATTACTAAACATGTTCAAAATAGTTATAACTATTCGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGAC
CTTTTGTATTATCATAAACAATTAGTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAA
TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAACAAGTTC
AAACAATCATGACCATCTGAACTATTATCTATC
Found at i:211674 original size:181 final size:182
Alignment explanation
Indices: 210908--211790 Score: 910
Period size: 180 Copynumber: 4.9 Consensus size: 182
210898 ACTAAATAAG
* * *
210908 TTCAAATCATTGTGACATTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTC-AGCTT-ATACGAGCTTATT
1 TTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA--TTCATACAAGCTTATT
* * * * * *
210971 TGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATGT-CAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATG
64 TCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
* * * *
211035 AATATATTTATTAAACATGTTCAAA-ATAGTTATAACTATTCGAACAATTATCTAT
128 AATATATTTACTAAACAAGTTCAAATA-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * ** * *
211090 TTCAAAACATTATGACCTTTTGTATTGTCAT-AAACAATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTT
1 TTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTC
*
211154 GAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAA
66 AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
211217 TATGTTTTA-TAAACATGTTTAGAT-AGTTATGACTATCTGAATAATTATCTAT
130 TAT-ATTTACTAAACAAGTTCAAATAAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
211269 CTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCCTAAACCAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTA-TTC
1 TTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTC
* * *
211333 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGAAAAATATTT-AAAAATAAA
66 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
211397 TCTAATTACTGAGCGAGTTCAAATAAG-TATGACTATTTGAACAATTATTTAT
130 TATATTTACTAAACAAGTTCAAATAAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * **
211449 TTTAAATCGTTATGATC-TTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAATTTTATTT
1 TTCAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTT
* * ***
211513 CAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAACTTTGAGATTTAAAAAATAAA
65 CAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * *
211578 TTTGTTTACCT-AACAAGTTCAAACAA-TCATGTCCATTTGAACTATTATCTAT
130 TATATTTA-CTAAACAAGTTCAAATAAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * **
211630 TTCAAATCGTTATCACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTA-TTC
1 TTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTC
* * *
211694 AAAATAAAATACTACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAACTAAA
66 -AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* * *
211755 TCTATTTATTAAACCAGTTCAAAT-AGTT-TGACTATT
130 TATATTTACTAAACAAGTTCAAATAAGTTATGACTATT
211791 AGTTTTGTTA
Statistics
Matches: 586, Mismatches: 94, Indels: 48
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
176 8 0.01
177 33 0.06
179 55 0.09
180 240 0.41
181 221 0.38
182 29 0.05
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (182 bp):
TTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTC
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
ATATTTACTAAACAAGTTCAAATAAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
Found at i:212783 original size:162 final size:163
Alignment explanation
Indices: 212483--212786 Score: 371
Period size: 162 Copynumber: 1.9 Consensus size: 163
212473 ATTATGAAAT
*
212483 AATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATGAAATAATACTAATTTAGTAATATTATAAAAA
1 AATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATGAAATAATACTAATTTAGTAATATTATAAAAA
* * * * * *
212548 TTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAAGCAGTTCCAACAGTTAAGACTATA
66 TTAAAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAAGCAATTCAAACAATTAAGACTATA
*
212613 TGAACAATTATCCTTTTTATTTTGTCATAAAAC
131 TCAACAATTATCCTTTTTATTTTGTCATAAAAC
* ** *
212646 AATTGTTTCAGTTTATACAAGCTTATTTGAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAA
1 AATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATGAAATAATACTAATTTAGTAATATTAT-AAAA
* * * * * * * * *
212709 GTTAAAAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACCGAATCAATTCAAATAATTATGGA-TA
65 ATTAAAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAAGCAATTCAAACAATTA-AGACTA
*
212773 TTTCAACAATTATC
129 TATCAACAATTATC
212787 TATTTCAAAT
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 22, Indels: 5
0.81 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
161 1 0.01
162 85 0.73
163 31 0.26
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (163 bp):
AATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATGAAATAATACTAATTTAGTAATATTATAAAAA
TTAAAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAAGCAATTCAAACAATTAAGACTATA
TCAACAATTATCCTTTTTATTTTGTCATAAAAC
Found at i:213006 original size:177 final size:177
Alignment explanation
Indices: 212625--213011 Score: 408
Period size: 177 Copynumber: 2.2 Consensus size: 177
212615 AACAATTATC
* *
212625 CTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTTATACAAGCTTATTTGAAATAAATAATACTA
1 CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-AGTTTATACAAGCTTATTTGAAATAAATAATACTA
* * *
212690 ATTTATTAATATTTCAAAAGTTAAAAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACCGAATCAA
65 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAG-AAGT-ATTTAAAAAGTAAATCTGTTTACCAAATCAA
* * *
212755 TTCAAATAATTATGGATATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTA
128 TTCAAATAATTATGGATATTTCAACAATTATATACTTCAAATCATTATAA
* * * * * *
212805 CCTTTTGTTTGGTCTTATAACAATTATTT-TTTATCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATAC
1 CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTAGTT-T-ATACAAGCTTATTTGAAAT-AAATAATAC
* * * *
212869 TAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAG-AGT-TTTGAAGAA-TAAATTTGTTTACCAAA-CT
63 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAGAAGTATTT-AAAAAGTAAATCTGTTTACCAAATC-
** * * * * * *
212930 GGTTTAAATAGTTAT-GACTATTTGAATAATTGTATACTTCAAATCGTTATAA
126 AATTCAAATAATTATGGA-TATTTCAACAATTATATACTTCAAATCATTATAA
*
212982 CTTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTATTTA
1 CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTA
213012 ACTGATTCCA
Statistics
Matches: 169, Mismatches: 31, Indels: 16
0.78 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
176 3 0.02
177 79 0.47
178 6 0.04
179 4 0.02
180 41 0.24
181 36 0.21
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (177 bp):
CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTAGTTTATACAAGCTTATTTGAAATAAATAATACTAA
TTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAGAAGTATTTAAAAAGTAAATCTGTTTACCAAATCAATTC
AAATAATTATGGATATTTCAACAATTATATACTTCAAATCATTATAA
Found at i:213944 original size:447 final size:445
Alignment explanation
Indices: 213110--214008 Score: 1442
Period size: 447 Copynumber: 2.0 Consensus size: 445
213100 AGCTTATTCA
* * * *
213110 GAATAAAATAAAATTAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATATGTAAGAGATTTAAAAACTAATT
1 GAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATATAAGAGATTTAAAAAATAATT
* *
213175 TTGTTTACCCAATCAGTTCAAATAATTATGACTATTTCAAATCATTATTACCTTTTCTTTTGTCA
66 TTATTTACCCAAGCAGTTCAAATAATTATGACTATTTCAAATCATTATTACCTTTTCTTTTGTCA
* *
213240 TAAAACAAATGTTTTTGTTTATATAAGTTTGTTCAGAATAATAAAAATTCTAATCTATTAATATT
131 TAAAACAAATGTTTTTGTTTATATAAATTTGTTCAGAATAATAAAAATTCTAATATATTAATATT
213305 TAAAAAATTAATAAAAGAATTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAATTCAAATAGTTATGACT
196 TAAAAAATTAATAAAAGAATTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAATTCAAATAGTTATGACT
* * * *
213370 ATTTAAGCAATTATTTCTTTCAAATTGTTATGTCTTTTTGTTCTATTATAAAATAATAGTTTCAA
261 ATTTAAGCAATTATTTCTTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAACAACAATTTCAA
*
213435 TTCATACAACTTTATTTGGATTAAAATTAATACTAATTTATTAATATTTTAATAATTAATAAGT-
326 TTCATACAACCTTATTTGGATTAAAATTAATACTAATTTATTAATATTTTAATAATTAATAAGTA
213499 AAAAATTTTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACTACATCTAATAGTCATGACTAATT
391 AAAAATTTTT-AAAAAT-AATAT-TTTACTAAACTACATCTAATAGTCATGACTAATT
*
213557 GAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATATAGGAGATTTAAAAAATAATT
1 GAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATATAAGAGATTTAAAAAATAATT
* * * * *
213622 TTATTTATCGAAGCAGTTCAAATAATTATGATTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTCTTTTTTCA
66 TTATTTACCCAAGCAGTTCAAATAATTATGACTATTTCAAATCATTATTACCTTTTCTTTTGTCA
*
213687 TAAAACAAATGTTTTTGTTTGTATAAATTTGTTCAGAATAA-AAAAATTCTAATATATTAATATT
131 TAAAACAAATGTTTTTGTTTATATAAATTTGTTCAGAATAATAAAAATTCTAATATATTAATATT
* * * * *
213751 TAAAAAAATTAATAAGATATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCATTTCAAATAGTTATGAC
196 T-AAAAAATTAATAAAAGAATTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAATTCAAATAGTTATGAC
* * * *
213816 TATTTGAGCAATTATTTTTTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTGTTATTAAACAACAATTTCA
260 TATTTAAGCAATTATTTCTTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAACAACAATTTCA
* *
213881 ATTCATGCAACCTTATTTGGATTAAAATTAATACTAATTTATTAATATTTTGATAATTAATAAGT
325 ATTCATACAACCTTATTTGGATTAAAATTAATACTAATTTATTAATATTTTAATAATTAATAAGT
* * *
213946 AAAAAATTTTTAAAAATAATATTTTACTAAACTGCATCTAGTAGTCATGCCTAATT
390 AAAAAATTTTTAAAAATAATATTTTACTAAACTACATCTAATAGTCATGACTAATT
214002 GAATAAA
1 GAATAAA
214009 TATTTATTTC
Statistics
Matches: 416, Mismatches: 34, Indels: 6
0.91 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
445 38 0.09
446 28 0.07
447 340 0.82
448 10 0.02
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (445 bp):
GAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATATAAGAGATTTAAAAAATAATT
TTATTTACCCAAGCAGTTCAAATAATTATGACTATTTCAAATCATTATTACCTTTTCTTTTGTCA
TAAAACAAATGTTTTTGTTTATATAAATTTGTTCAGAATAATAAAAATTCTAATATATTAATATT
TAAAAAATTAATAAAAGAATTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAATTCAAATAGTTATGACT
ATTTAAGCAATTATTTCTTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAACAACAATTTCAA
TTCATACAACCTTATTTGGATTAAAATTAATACTAATTTATTAATATTTTAATAATTAATAAGTA
AAAAATTTTTAAAAATAATATTTTACTAAACTACATCTAATAGTCATGACTAATT
Found at i:214400 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 214104--214421 Score: 431
Period size: 169 Copynumber: 1.9 Consensus size: 169
214094 TAAGTTACTG
* * * * * *
214104 ATATTATAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTATCAAACAAGTTTAAATA
1 ATATTATAAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAATTCAAATA
* *
214169 ATTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTGAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATTA
66 ATTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGA
*
214234 TTTTTTCAATTCATACAAGCTTATAATACAAATTTATTA
131 TTGTTTCAATTCATACAAGCTTATAATACAAATTTATTA
*
214273 ATATTA-AAACAATTAATAAGTAAAAGAATTACAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAATTCAAAT
1 ATATTATAAA-AATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAATTCAAAT
** * * * * * * * *
214337 CTTTATTACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAATG
65 AATTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATG
*
214402 ATTGTTTCTATTCATACAAG
130 ATTGTTTCAATTCATACAAG
214422 TTTTTTAGAT
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 21, Indels: 2
0.85 0.14 0.01
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.02
169 124 0.98
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (169 bp):
ATATTATAAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAATTCAAATA
ATTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGA
TTGTTTCAATTCATACAAGCTTATAATACAAATTTATTA
Found at i:214708 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 214256--214727 Score: 493
Period size: 180 Copynumber: 2.6 Consensus size: 178
214246 ATACAAGCTT
* * * * *
214256 ATAATACAAATTTATTAATATTAAAACAATTAATAAGTAAAAGAATTACAAAATAAATCTGTTTA
1 ATAATACTAATTTATTAATATTCAAA-AATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATGAATATGTTTA
* * ** * * *
214321 TCAAACAAATTCAAATCTTTATTACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTT
65 CCGAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATGACTTTTT
* ** * *
214386 GTTTTGTTATAAAATGATTGTTTCTATTCATACAAGTTTTTTAGATTAAA
129 GTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTATTTAGATTAAA
* * * * * *
214436 ATAATATTAATTTACTATTATTTCAACACA-TAATAAGTAAAAGATTTAAGAAATGAATATGTTT
1 ATAATACTAATTTATTAATA-TTCAA-AAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATGAATATGTTT
* * * *
214500 ACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATATATTTCTAA-TGATTGTGACTTT
64 ACCGAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTG-TTATGACTTT
*
214564 TTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATATAAGCCTATTT-GATATAAA
127 TTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAG-CTATTTAGAT-TAAA
* * * * *
214617 ATAATACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATTTGCTTA
1 ATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATGAATATGTTTA
* * *
214682 CCGAACATATTCAAATAGTTATGACTATCTAAATAATTATCTATTT
65 CCGAACA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTT
214728 TAGAACATCA
Statistics
Matches: 238, Mismatches: 44, Indels: 19
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
179 6 0.03
180 130 0.55
181 100 0.42
182 2 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
ATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATGAATATGTTTAC
CGAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGT
TTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTATTTAGATTAAA
Found at i:216037 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 214738--218860 Score: 2960
Period size: 181 Copynumber: 22.9 Consensus size: 181
214728 TAGAACATCA
* * * * * * * * *
214738 TAAAAAATGAATCTATTTACCAAATC-TGTTCAAATAATTATGGCCATGTCAACAATTATATATT
1 TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * *
214802 TCAAATCGTTATTA-CTTTTGTTTGGTC-TAATAACAACTGTATT-TGA-ACATTCAAGCTTA-T
65 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA-AACAATTGT-TTCT-ATTCATACAAGCTTATT
* * * * *
214862 TCAGGATGAAATAATACTCATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
127 TGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * * **
214918 TAAGAAATAAATCTGTTTATCAAACTAGTTCGAATAG-TATTGATTATTTGAACAATTGTAAACT
1 TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAACAATTATCTA-T
* * * * * * * * *
214982 TT-AAATCTTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCATATTCG
64 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * * *
215046 AAATAAAATAATACTAATCTAATAATA-TTCCAAAACTAATAACTAAGAGAAT
129 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * * * *
215098 TAATAAATAAATTTGTTTGCTGAACCAA-TTCAAATATTTATGACTATATGAACAATTAACTATT
1 TAAAAAATAAATCTGTTTAC-CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
** * * * * * * * *
215162 TCAAATTGTTATGATCTTCTGTTTTATCATAAAATAAGTT-TTT-T-TTAATACTAGATTATTCG
65 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * *
215224 TAATCAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTGATATGTAAGAGATT
129 AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * ** * *
215277 TAAAAAATAATTTTGTTTACTTAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC-ATTATCTATTT
1 TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * *
215341 CAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAAAAAATTATTTC-AGTTCATATAAGCTTATTTG
66 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTG
* * * * * * * * *
215404 AAATAAAGTAATACTAAGTTATAAATATTCCAAGAACTATTAATTAAAAGATT
129 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * * *
215457 TAAAAAATGAATCGGTTTATCGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTCAACAATTATCTATTT
1 TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* *** * * * * * *
215522 GAAATTGCTATAACCTTTGGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTTCTATTTATACAAGCTTATTTCG
66 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-G
* *
215587 -AATAAAATAAT-GTAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATT
129 AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATT
* * * ** *
215639 TAAAAAATAAATTTATTTACCTAACAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTT
1 TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
** ** ** * *
215704 CAAATTGTTACAATTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAG
66 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-
* * * ** * * *
215767 ATTAAAATAATATTATTTTATTAATATTTTGACAATTACTAAGTAAAAGATT
130 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * ** * *
215819 TAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
1 TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * *
215884 CAAATAATTGTGACCTTTTGTTTTTTAATAAAATAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTGAA
66 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAA
* * * * * *
215949 ATAAAATAACACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGGAAGGGAAT
131 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * *
216000 TAAAAAATGAATCTATTTACCAAACATGTTTAAATAGTTATGATTATTTGAACAGTTATCTATTT
1 TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* **
216065 CAAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATT-TGTTCTATTCATGGGAA-CTTATTT
66 C-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCTATTCAT-ACAAGCTTA-TT
* * * *
216127 TG-AATAAAATAATA-TAAATTTAGTAATATTTAAAAAATTAATAACTAATA-ATTT
127 TGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TT
* *** * * *
216181 TAAAAAATAAATATGTTTTTTAAATACAA--TAAAATAGTTGTGACTATTTGCACAATTATCTAT
1 TAAAAAATAAATCTG-TTTACCAA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * * * * *
216244 TTCAAATTGTTAGGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGCTTCTATTCATAAAAGCTTATTCG
64 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * * *
216309 AAATAAAATAATACTAATTAATTAAAATTCCAAAAGTTAATAAGAAAAAGATT
129 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * * * *
216362 TAAAAAATAAATCTATTTACCTAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAACTATTTACTT
1 TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
** ** **
216427 CAAATCATTATG-CTCTTTTGTTTTGTCATAAAGTAATTGTTTCTATTCATACAATTTTATTCAA
66 CAAATCATTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA
**
216491 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATT
130 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * ** * * * *
216543 TAAAAAATAAATTTGTATACTGAATAAGTTCAAATAGTCAT-ATCCATTTAAACTAA-TATCTAT
1 TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAAC-AATTATCTAT
* * * * * * ** *
216606 TTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCGTAGAACAATTGTTTTTATACATATAAAATTA-TTC
64 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * * *
216670 AGAATAAAATGACACTAATTTATTAGTATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATT
129 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * * *
216720 TAAAAACTAAATCTGTTTATCAAACCAGTTCAAATCGTTATTAGTATTTGAACAATTACCTATCT
1 TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-T
* * * * * *
216785 T-AAATCATTATGATC-ATTATTTTGTTAGAAAGCAATTGTTT-TCATTCATACAAG-TATATTT
65 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCT-TATTT
* * * * ** *
216846 GAAGTAAAATATTGCAAAACTATTAATGTTAT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATT
128 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * * * *
216900 TAAAAAATAAATGTGTTTACTAAACCAGTTTATATAGTTAAGACTCTTAGAACAATTATCTATTT
1 TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * **
216965 CAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACATGCTTATTCAAA
66 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAA
* * * *
217030 ATAAAATAATACT-ATTTGATTAACA-TTCAGAAAACTAATCAA-CAAGAAATTT
131 ATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTTCA-AAAATTAAT-AAGTAAGAGA-TT
* * * * *
217082 TAAAAAAATAAATTTGTTT-TCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATT
1 T-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * **
217146 TAAAATCATTATGACCTTTTG--TT-T-ATAAAACAATTGCTTC-AGTTCATA-AACTCTTATCC
65 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAA-GCTTATTT
* * ** * * ** * *
217205 AAAATAAAATAATATTACGTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGACACT
128 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * *** * * **
217259 TAAAAAATAAATCAGTTTA-TAGATTTAGTTCAAATAATTATGGCCCTTTGAACAATTATCTATT
1 TAAAAAATAAATCTGTTTACCA-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
** * * * * **
217323 TCAAATCGCTATGAACTTTTGTTTTGTCCTAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTCA
65 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTG
*
217387 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATT
129 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * * *
217440 TAAAAAATAAATATGCTTATCTAACCAGTTCAAATAGTTATGTAATTATTTGAACAATTATATAT
1 TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG--ACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
217505 TTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAGAAA-AATTATTTATCTTCATACAAGCTAATTT
64 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
* * * * * *
217569 GGAATAAAAAAATACTAATCTAATAATATTAT-GAAAATTAATAACTAAGAGATT
128 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * *
217623 TAAAAAATAAAAT-TGTTTGTCGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGGCTATATT-AATAATTATCTA
1 TAAAAAAT-AAATCTGTTT-ACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TTGAACAATTATCTA
* * * * * * * * *
217685 TTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAAATATTTTTGTTCATATATGCTTATTC
63 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
* * **
217750 AAAATAAAA-AATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT-A-T--GAGATT
128 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * * * *
217799 TAAAAAATAAACCTGTTCACCAAGCCAA-TTCAAATAGTTATAACAATTTGAAAAATTATTTGTT
1 TAAAAAATAAATCTGTTTACCAA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * *
217863 TCAAATCATTATGACCATTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATT--GACATAGCCTTATTC
65 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA-AG-CTTATTT
* * * * * *
217926 GGAATTAAGTAATGCTAA-TTATTATTATTTTAAAAATTAATAAGTAATG-GATT
128 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-GAGATT
** ** *** * * * *
217979 TAAAAAATAAAAATGTTGGCTTGACTAGTAT-AAATAGTTATAACTGTTTGTACAATTATCTATT
1 TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * *
218043 TCAAAGCGTTATGACCTTTT-TTTTTTTACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTAATTTGG
65 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-G
* * * * *
218107 AAA-AACATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATT
129 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * *
218159 TAAAAATTGAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTAT-A--ATTTGAACAATTA-C-CTTT
1 TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
** * * * * * * *
218219 CAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTATCGTAAAATAATT-TTCTCTACTAATACAAGCTTATTTCA
66 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TCTATTCATACAAGCTTATTTGA
* * * *
218283 ATTAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TTCAAATGACTAATAAGTAAAAGATT
130 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * * * *
218335 T-AAAAATAAATCTATTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTGTTT
1 TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * * * * *
218399 CAAATCGTTGTGAGCTTTT-TTTTATCATAAAATAATTGTTTTTGTTTATACAAGTTTA-TTCAA
66 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAA
* ** * *
218462 ATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATT
131 A-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * *** * * *
218514 TTAAAAATAAATATGCTTATTGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTT
1 TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* ** * * * *
218579 CAAAT-AGTTATGACCTTTTGGTTCATCATAAAACAATTGTAT-TAGTTCATA-TAGTCATATTC
66 CAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAG-CTTATTT
* *** *
218641 AAAATAAAATAATGA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGTTTAAGATATT
128 GAAATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * *
218695 TAAAATATGAATCTGTTTGCCGAACAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTT
1 TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
** * * *
218760 CAAATTGTTATGA-CTTTT-TTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACATGTTTATTTTG-
66 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTTGA
* *
218822 AATAAAATAATATATGAATTTATTAATATTCCAAAAATT
130 AATAAAATAATA-CT-AATTTATTAATATTTCAAAAATT
218861 TAGTAATTAA
Statistics
Matches: 3091, Mismatches: 700, Indels: 303
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 2 0.00
175 76 0.02
176 258 0.08
177 161 0.05
178 147 0.05
179 234 0.08
180 743 0.24
181 1052 0.34
182 250 0.08
183 157 0.05
184 11 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAA
ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
Found at i:219015 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 218997--219029 Score: 50
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 16
218987 TTAATATTCC
*
218997 AAAAA-TTAATAAGTA
1 AAAAATTTAAAAAGTA
219012 AAAAATTTAAAAAGTA
1 AAAAATTTAAAAAGTA
219028 AA
1 AA
219030 TTTGTTTATC
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
15 5 0.31
16 11 0.69
ACGTcount: A:0.70, C:0.00, G:0.06, T:0.24
Consensus pattern (16 bp):
AAAAATTTAAAAAGTA
Found at i:220556 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 218912--233405 Score: 4891
Period size: 181 Copynumber: 80.7 Consensus size: 179
218902 ATTTAAATAG
* * * * * * * **
218912 TTATGACCTTCTATTTTCTCATAAATCAATTG-TCTATTTAGACAAG-TATATTTGAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATACAAGCT-TATTCAAAATAAAAT
* * * * *
218975 AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAGTAAATTTGTTTATC
65 AATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAACTAGTTTATC
* ** * * * *
219040 G-AGCAAGTTCAAATAACTATGATTATTGGAGCAATTATTTATTTCAAAT-A
129 GAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
219090 GTTATGATCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAAATT-TTTTATTCATACAAGTTTATTTAGATTAAAA
1 -TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * *
219153 TAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTA
64 TAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-CTAGTTTA
* * * * ** *
219217 TCGAA-CAAGTTTAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCATTTCG
127 TCGAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
** ** * * * *
219270 TTATGATATTTTGTTTTACCATAAAATAATTGTATCTATTTATGCAAAGC-TATTCAAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTTATTCATAC-AAGCTTATTCAAAATAAAA
* * ***
219334 TAATGCTGATTTATTAATATT--TTGA-TAATTAA-TAAGAGATTT-AAAAATGAAATCTA-TTT
64 TAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAA-TAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAA-CTAGTTT
** * **
219393 ACTAAAAT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTG
126 A-TCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
219447 TTATAATCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTCTTTTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * * **
219512 AATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAA-GAA-TATGTCTGC
65 AATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAACTA-GTTTAT
* * * * * ** ** *
219574 CGAACCGGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAGTAATTATCTATTTGTAATCG
128 CGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * *
219626 TTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAGTTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATTAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * *
219691 AATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCT-CTTTA
65 AATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAA-CTAGTTTA
* * * **
219755 TCCAA-CAAGTTAAAATAGATT-TGACTACTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTTG
127 TCGAATC-AGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCA
** * * * * * *
219808 TTATGACCTTTTAATTTATCATAAAACAATTGTTTCAGT-ACTAAAAACTTATCCAAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCA-TACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * **
219872 AATGCTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGGGATTTAAAAACCAAAGCTA-TTT-T
65 AATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-CTAGTTTAT
* * * * * * * *
219935 CTGAACCAATTCAAATAGATATGACTATTTAAATAAATATCAATCTCAAATCA
128 C-GAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* *
219988 TTATGA-----T-CTTTCTCATAAAACAATTGTTTCTGA-TCATACAAGCTTATTC-AAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-T-ATTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAA
** * * * ** *
220045 ATAA-AAAAAGTTAATAATATTCTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAAT-AGTTGTGTTT
63 ATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAACT-AGTTT
** * * ** * *
220104 GCCGAACCAATTCAAATAGTTAACACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCA
126 ATCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * ** * *
220158 TTCTGACCTTTTGTTTAGTCGTATAATAATTGTTTCCGTTTATACAAGCTTAATT-AGAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTT-ATTCAAAATAAAA
* * * *
220222 TAATACTAATTTGTTAATATTCAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTGAAAAAATATATCTA-TTT
64 TAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATA-AACTAGTTT
* * * *
220286 ACCGAA-CATGTTTAAATAGTTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTAAAATCA
126 ATCGAATCA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * *
220340 TTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
*
220405 AATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAA-AACGTAAGAGATTTAAAAAATAAACTAGTTTAT
65 AATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAA-GTAAGAGATTTAAAAAATAAACTAGTTTAT
* *** * * * * * *
220469 TGAATCAGTTCAAATAACCATGGCCATTTAAACAATTAGCAATTTTAAATCA
128 CGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * **
220521 TTATTACCTTTTGTTTTGTCTTAAAACAATTGTTTT-TCAACATACAAGCATT-TTTTAAATAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAT--TCATACAAGC-TTATTCAAAATAAA
* * * *
220584 ATAATGCTAATTTATTAACATTTCAAGAA-T--TAA-TAA-AGATTTAGAAAATAAATCTA-TTT
63 ATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-CTAGTTT
* * * **
220643 -GCTGAATCAGTTCAAA-AGTTATAACTATTTGAACATTTATCTATTTCAAATTG
126 ATC-GAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * ***
220696 TTATAACCTTTTATTCTATCATAAAACATTTGTTTCCATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * * *
220761 -AT--T--TTGA--AA-ATT---AAA-GAGTAAG--AGA-ATTAAAAAAATGAATCT-GTTTA-C
65 AATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAACTAGTTTATC
* * * * * * *
220809 CAAACAACTTCAAATAGTTATGATTGTCT-AAGCAATTATCTATTTCAAAACA
129 GAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCA
* *
220861 TTATGACCTTTTG---T-TCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTC-AAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAA
*
220921 TAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAA-TAATAATTAA-A-ATTTTAAAAAATAAATCTA-TT
64 TAATACT-AATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAA-CTAGTT
* *
220981 T-TC-TA-CACGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-A
125 TATCGAATCA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
** * * **
221033 GTTATGACCATTTT-TTTCATCATAAACCAATTGTTTCTATTCAAACAAGCTTATTCGGAATAAA
1 -TTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* ** * * * ** * *
221097 ATACTACTAACATATTAATAATCCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTAC
63 ATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAACTAGTTTAT
* * * * **
221162 CGAA-CAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTG
128 CGAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * ** * * * *
221214 TTATGACATTTTGTCTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTAGAATAGACT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * *
221279 AATACTAATTTATTACTATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAG-TTTAAAAACTAAATCT-CTTTA-
65 AATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-CTAGTTTAT
* * *
221337 CTGAACCTGATCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTT-AAATCA
128 C-GAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCA
* * * * * * * *
221390 TTATGATC-TTTGTTTTGTCCTAAAACATTTATTTCTATTCATATAAGCTTCTTCAGAGTAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * * * * *
221454 ATTGCTAAATTAATAATATGCTAAAAA-T--TAA-TAAG-GATTTAAGAAAAT---GT-GTTTGT
65 AATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA-AAAATAAACTAGTTTAT
** * * * *
221510 TAAACCAGTTCAAATAGTTAAGATTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCA
128 CGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
221562 TTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTACTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * * *
221627 AATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAACAAGCAAGA-AATTAAAAAA-AATCTA-TTTA-C
65 AATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAACTAGTTTATC
* * * * * * **
221688 AAAACAAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTG
129 GAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
221740 TTATGATCTTTTATTTTTATCCTAAAACAATTGTTTTAGTTCGTAAAAGCTTATCCAAAATAAAA
1 TTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * * *
221805 TAATATTACTTTATTAATAATTTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAATATAAA-TCAGTTTA
64 TAATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAACT-AGTTTA
* * * * *
221869 TCGAATCAGTTTAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
127 TCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * ***
221922 TTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TCATCATATAAGCCTATTTGGAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAT--TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * *
221986 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTCAACAAAT-AATTATGTTTA
64 TAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAACTA-GTTTA
* * **
222050 TCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAATTG
127 TCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
222103 TTTTAACTTTTTGTTCTGTTATCAAACAATTATTTATATTCATACAAGCTTATT-AGAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCA-AAATAAAA
* * * * * *
222167 TAATACTAATGTAATAATATTCTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA-TTTG
64 TAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-CTAGTTTA
* ** * * * * * *
222231 TCGAACCAACTCAAATAGTTAAG-CTTATATGAACAATTTTTTGTTTCAAATCG
127 TCGAATCAGTTCAAATAGTTATGAC-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * *
222284 TTTTGACCTTTTGTTTTGT-AGTAAAACAATT-TTTTCAATTCTTACTAA-TTTATTCAAAATAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTT--ATTCATAC-AAGCTTATTCAAAATAA
* * * ** *
222346 AATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATCTA-TAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTT
62 AATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAACTAGTT
* * * * * *
222410 T-GCTGAACCAATGT-AAATAATTATGACTATTTGCATAATTATCTATTTCAAATCA
125 TATC-GAATCAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * *
222465 TTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAAATGTTTTTGTTCAAATAAGGTTTTTTAGAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
** *
222530 -A-A-TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAA-TATGTTTA-
65 AATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAACTA-GTTTAT
* ** * * * **
222590 CTAAAGAGTTC-AAT--TT-TAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTG
128 CGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *** *
222638 TTATGATCATTTATTTTATCATAAAACAATTATTTCCATTCATAC-AGTCTTATTTGGAATAAAG
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAG-CTTATTCAAAATAAAA
* * * *** *
222702 TAATGCTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAATG-GATTTTAAAAATGATTTTA-TTG
64 TAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAAT-AAACTAGTTT
** * *** * * * * * *
222765 GCCTG-ACCAGTGGTAATAGTTATAACTATTTTAATAATTATCTATTTTATATCG
126 ATC-GAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * ** * * *
222819 TTATAATCTTTTGTTTTATCACAAATA-AATTGTTTCTATTTGTACAAGTTTATTCGAAATAACA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA-ACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * * * *
222883 TAATTCTAACTTATTAATATTCCAAAAATTAGTAAATAAGAGAATTAAAAAATGAATCT-GTTTA
64 TAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAACTAGTTTA
* * **
222947 -CTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGTCTATTTAAACAATTGCCTATTTCAAATCA
127 TC-GAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
223000 CTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAATT-TTCTATTTATACAAGCTTATTCCAAATAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC--AATTGTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* *
223064 TAACA-TAAATTTATTAATATTCAAACAATTGAA-AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-TATGTT
64 TAATACT-AATTTATTAATATTCAAA-AATT-AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAACTA-GTT
* * * * **
223126 TA-CTGAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATTG
125 TATC-GAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
223181 TTATGACTTTTTGTTTTATCAAAAAACAACTAT-TTTTATCCATACAAGCTTATTCGAATTAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TGTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * * * ** *
223245 TAATAATAATTAATTAATATTTTCACAAA-TAATAAGTAAAATATTTTTAAAATGAA-TATGTTT
64 TAATACTAATTTATTAATA--TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAACTA-GTTT
* * * * * **
223308 ATCGAA-CAAGTCCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTG
126 ATCGAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
** ** * * * * **
223362 TTATGGTCTTTTGTTTCATTATAAAACAATTGTATTAATTC-TATAGGCTTATTTGAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * *
223426 AATACTAATTGATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTA-TTTA-
65 AATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAACTAGTTTAT
* * * * *
223489 CTAAACAAGTTCAAACAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
128 CGAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
223542 TTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGAATAT-TTCTATTCAGAAAAGCTTATTTC-GAATAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAAT-TGTTTTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAA
* * * ** *
223605 ATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAAATAATTAGT-AGAAACTTTTTAAAA-AATCTA-TT
63 ATAATACT-AATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAACTAGTT
** * * *
223666 T-TCTGAA-CATGTTTTAATAGTTATTACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAAT-A
125 TATC-GAATCA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * **
223720 CTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTTTGTTCATACAACCTTATTTGAAATAAA
1 -TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTG-TTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * * * *
223784 ATAATACTAATTCATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAGAAATAAATTTGTTTA
63 ATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAACTAGTTTA
* * * * * * * *
223849 CCG-AGCAAGCTGAAATAGTTATGACTATCTGAATAATTGTTTATTTCAAAT-A
127 TCGAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
223901 GTTATGATCTTCTCTTTTTTCATAAAATAATTGTTTGTATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAA
1 -TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
** *
223966 TAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTA
64 TAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-CTAGTTTA
* * * *** * *
224030 -CCAAACAAATTCAAATAGTTATGTGGATTTGAATAATTATCCATTTCAAATCA
127 TCGAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * ** * * * *
224083 TTACGATCTTTTGCTTTGTTGTAAAACAATT-ATTTATGCTCTTATAGAA--TTATTTAGAATAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAT--TC--ATACAAGCTTATTCAAAATAA
* * * *** * * *
224145 ATTAATAATGATTTATTAATATTTTGAAATT--TAA-TTAGAGATTTAAAAACTAAATCT-CTTT
62 AATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-CTAGTTT
* * * * * **
224206 A-CTGAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATCTCAAATTG
126 ATC-GAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * *
224260 TTATAATC-TTT-ATTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATATAAGCTTATTCGAATTAAGAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * *
224323 AATACTAATTTAATAATA---AAAAA-TAA-ACGT---A-TTTTACCAAATCAGTTCAAA-TAG-
65 AATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA--AAA--A-AT-AAACTAGT
* * * * * * * * ** *
224377 TTA-AGACT-A-TT-AGAAAAATTA--ACTATTTCAAATCATTCTAACATTTTGTTTAGTCA
124 TTATCGAATCAGTTCA-AATAGTTATGACTATTT-GAA-CAAT-TATC-TATT-TCAAATCA
* * ** * *
224433 -TA-AAACAATTGTTTCAAT-TCAT---AC-A-TGCTTAATTATTAATACTAA-TTTATT-AACA
1 TTATGACCTTTTGTTT---TGTCATAAAACAATTG-TT--TTATTCATAC-AAGCTTATTCAA-A
* * ** ** * * * ** * * * *
224488 TTAAAA-AATTAATAA-GAAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAG
58 ATAAAATAA-TACTAATTTATTA-ATATTCAAAAATTAA--TAAGTA-AG-A-GA-TTTAAA-AA
* * * * * * * * * **
224551 TTATTACTA-TTTAAAC-AATTGTCTGTTTAAAATTGTTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACA
114 ATA-AACTAGTTT-ATCGAA---TCAG-TTCAAATAGTTATGAC----T-ATTTG--A-ACAATT
** *
224614 AT-TGCTTC-AATTA
165 ATCTATTTCAAATCA
* ** * *** *** * *
224627 ATACAAGCTTATATGGAATAAAATAATACTAATT-TATTAATATTTC-TA-AA-ATTAATT-AGT
1 TTATGACCTT-T-TGTTTTGTCATAAAAC-AATTGT-TT--TA-TTCATACAAGCTT-ATTCA--
* * * *
224687 AAGGGATTTAAAA-AATA--AATTTATT--TA-CCAAATCAATTAAATAATTATG-GTCATTTGA
56 AA---A--TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAA--AATT-AATAAGTAAGAG--ATTTAA
* * * * * * * * ** * * * *
224745 ACAATTACCTA--TT-TCTAATC-CTT-ATGAT-CTTTTGGTTTTTTATAAAACAATTGTTTTTT
111 AAAATAAACTAGTTTATCGAATCAGTTCA-AATAGTTAT-GACTATT-T-GAACAA---TTATCT
224804 ATTATGCAAGCTTATCAA
169 ATT-T-CAA----ATC-A
* * ** * ** ** *** * * ** **
224822 TATTTCAAAATTAATAAG-TAAGAAATTTAAAA-AATAAATGTGTTTGT-TGAGC-TAGTTC-AA
1 T-TAT-GACCTT--T-TGTTTTGTCA--TAAAACAATTGTTTTATTCATACAAGCTTA-TTCAAA
* * * * ** * * * * ***
224882 ATAATTAA-AACTATTAGAATAATTATCTATT-TTAAATT-GT-TGTAA-AAATTTTTTAGTCAT
58 ATAA--AATAA-TACTA-ATTTATTA-ATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA--TTTAAAAAAT
* ** * * ** * *
224942 AAAATA--TT-TC-TTTCA-TATC--ATAG--AAG-CTTATTTGGAAAAAAAAT-TA-TACTAAT
116 AAACTAGTTTATCGAATCAGT-TCAAATAGTTATGAC-TATTT-GAACAATTATCTATTTCAAAT
224995 -A
178 CA
* * * *** * * ** * *** *
224996 -TATTAACATTTGAAAAAT-TAAT-AAGCAAGAGATTTAAAAAAATA-AATC-TATTTACTGAAT
1 TTATGACCTTTTG--TTTTGTCATAAAACAATTG-TTT-TATTCATACAAGCTTA-TT-C--AA-
* * * ** *** *
225056 AAGCTCAAATAGTTATCACT-ATTTGAATAATAACTTATTTAAAATCATT-ATGACCATTTGTTT
57 AA--T-AAA-A-TAAT-ACTAATTT--AT--TAA--TATTCAAAA--ATTAATAAGTAAGAGATT
*** * * * * * * *
225119 TGTCATA-AAAC-AATTGT-T----TCAGTTAATAAAAGTTTATACGAAATAAAATAAT-AATAA
108 TAAAAAATAAACTAGTT-TATCGAATCAGTTCA-AATAG-TTAT--G-ACT---AT-TTGAACAA
* *
225176 TTTATTAATATTTCAAA-GA
163 -TTA-T-CTATTTCAAATCA
** * ** * * * * **
225195 TTAAAAAGC--AAG---T-TCA-AATAACTA-TG-ATTATTGGA-GCAATTATTTATTTC-AAAT
1 TT-ATGACCTTTTGTTTTGTCATAA-AACAATTGTTTTATT-CATACAA--GCTTA-TTCAAAAT
** * ** * * ** ** * *
225249 AGTTATGAT-CTTTTGTTTTGTCATAAACAAATTTTTTTATTCA-TACA-AGTTTATTTAGATTA
60 A-AAATAATACTAAT-TTAT-TAATATTCAAA---AATTAATAAGTA-AGAG---ATTTA-A--A
* * * * ** * * *
225311 AAATAATATTAATTTAT-TAAT-A-TTCTAAA-AATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATC
112 AAATAA-ACTAGTTTATCGAATCAGTTC-AAATAGTT-AT--G-A--CTATTTGAACAAT-TATC
*
225372 TATTTATCGAA-CAA
168 TA-TT-TCAAATC-A
** * ** ** * * * ** *
225386 GTT-T-A--AATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCATTTCGTTATGATATTTTGTTT
1 -TTATGACCTTTTGTTTTGT-CA-TAAAACAA-T-TGT-TTT-A-TTC-ATA-CA-AGCTT-ATT
* ** * *
225447 TACCATAAAATAATTGTATCT-ATTTATGCAAAGCTATTC-AAAA-TAA-AA-TAATGCTGATTT
54 CAAAATAAAATAA---TA-CTAATTTAT--TAA--TATTCAAAAATTAATAAGTAA-G-AGATTT
** ** * * * * * * * *
225507 ATTAATATTTTGA-TAATTAAT--AA-GAGATTTAAA-AATGA-AATCTATTT--ACTAA--A-A
109 A--AA-AAATAAACTAGTTTATCGAATCAG-TTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAAC-AATTATC
*
225561 TAGTTCAAAT-A
168 TATTTCAAATCA
* * *
225572 GTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATC-TCAAATCGTTATAATCT-TTATTTTGTCATAAAAC
1 -TTATGACCT-TTTG-----TT-T-TGTCAT-AAA-----ACAAT-TGTT-TTAT-TCAT---AC
* * * * * ** * *
225634 AATTGTTTCTT-TTC-ATACAAACTTATTCGGATTATAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAA
45 AA--G---CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT-T-AT--TAAT-ATTCAA-AA-ATT-----
* * * * * *
225697 AATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TATGTTT-GCCAAGCCAGTTCAAATAGTTAAGACTAGT
93 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAACTA-GTTTATCGAA-TCAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* **
225760 GGAACAATTATCTATTTCAAAATTG
156 TGAACAATTATCTATTTC-AAATCA
* * * * * *
225785 TTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT--TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* *
225850 TAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTA-TT
64 TAATACTAATTTATTAATATTC--AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAA-CTAGTT
* * * * *
225914 TA-CCAAACAAGTTTAAATGGATT-TGATTATTTGAACAATTATCCT-TTT-AAAGTCA
125 TATCGAATC-AGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTAT-CTATTTCAAA-TCA
* * * * * *
225969 TTATGACCTTTTGTTTTATCCTAAAACAATTGTTTCAATTTATAAAAACTTA-TCAAAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTC-AAAATAAAA
* * * **
226033 CAATA-TGATTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAACCTAAAGCTA-TTT
64 TAATACT-AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-CTAGTTT
* * * * * ** *
226096 -TCCAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAACCTCAAATCG
126 ATCGAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * ***
226150 TTATGA--TATTTATTTTCTCATAAAATAGTTGTTTCTAATCATACAAGCCTATT-TGGATAAAA
1 TTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAA
* * * *
226212 ATAACACCAATTTAATAATATTTCAAAACTT-A-AA-TAAGAGATTT-AAAAATAAA-TATGTTT
63 ATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAACTA-GTTT
** * * * * * * * * **
226272 GCCAAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATTTATGTCAAATTG
126 ATCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * ***
226326 TTCTAACTTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTTAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * * *
226391 AATACTAATTTATTAACATTCAAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTGAAAAAAGTAAATTAGTGT
65 AATACTAATTTATTAATATTC--AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAA-TAAACTAGTTT
* * * * *
226456 A-CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTGTTAGAACAATTATCTATTTAAAATCA
126 ATCGAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
226510 TTATGACCATTTGCTTTGTCATAAAACAATT-TTTTAGTGCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAA
* * ** *
226574 TAATACTACTGTATTAATATTTCAAATGTTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAA-TTGATTTA
64 TAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAACTAG-TTTA
* * * * *
226637 -CTGAATCAATTCAAATAGCTATGGCCATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCA
127 TC-GAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
226690 TTATTACATTTTATTTTATCATAAAACAATTTTTTTATGACATATAAGCTTATTCAAAA-AAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * * *
226754 AATGCT-ATTTATTAATATTTCAAGAA-T--TAA-TAAGAGCTTTAAAAAGTAAA-TATATTTAT
65 AATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAACTA-GTTTAT
** * * * *
226813 TAAACCAGTTTAAGTAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTA
128 CGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * ** * * * **
226865 TTATAACCTTTTGTTCTAACATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATACGTAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * ** * *
226930 AATACTAATTTAGTAATATTCTAAAAGTTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAATTTCGTTTGTC
65 AATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAACTAGTTTATC
* * * * ** * * * ** **
226995 GAACCAATTCAAATTGTTAAGACTACATGAATAGTTATTTATTTCACCTTG
129 GAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
227046 TTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTATTTTAGCTT-ACACAAGCTTATTCGAAATAGAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA--TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * *
227110 TAA-ATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAAA-TCGATTTA
64 TAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAACTAG-TTTA
* * * * *
227173 TCGAA-CCGATTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCCATTTCAAATCA
127 TCGAATCAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * * *
227226 TTGTTACTTTTATGTTTTGTCATAAAACAAATTTTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCGAAATAAA
1 TTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAAC-AA-TTGTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * * *
227291 ATAATAATAATTTATTAATATTTACAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCT-GCTT
63 ATAATACTAATTTATTAATATTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-CTAGTTT
* * * * * *
227355 ATCAAACCATTTCAAATCGTTATAAC-CTTT------TTAT-T-TTGTC--ATCA
126 ATCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT-TCAAATCA
** * * * * * ** * * * **
227399 --A--ACAATTGGTTTTGTTCAT---AC---TATTCTATTCGAAATAAAATAATAC-TAATTTAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTTATTC-ATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * * * ***** *
227453 TAATA-T--TTTGAAACTTAATAACTAAGAAAATTAA-AA--AATAAATCTAATTGCCAAACCA-
64 TAATACTAATTT---A-TTAAT-ATTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAACTAG
* * * ** * * **
227511 -AT-TCAAAT-AGTT-AAGACTA--TATGAATGGTT-ATC---TATTT----CAAATTG
123 TTTATCGAATCAGTTCAA-A-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
227556 TTATGA-CATTT-TTTTGTCATAA-ACAATTGTTTTGTTCATACAAGCTTATTCATATTAGAATA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
* * * * * *
227618 ATACTAATTTAATAATAGTTCAAAAATTAATAAGTAAGGGATTTAGAAAATAAATTTGTTTATTG
66 ATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAACTAGTTTATCG
* * * * * *
227683 AATAAGTTCAAATGGTTAAGATTATTAGAAAAACTTATCTATTTCAAATCA
130 AATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
227734 TTCTCACCTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAATT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * * * * * *
227799 AAAATTAATATT-TTAACATTCAAAAAATTAGTAAG-ACAAATATTTACAAAAATAAATTTGTTT
65 AATACTAAT-TTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTA-AGAGATTTA-AAAAATAAACTAGTTT
* * * * * **
227862 A-CCAAACAAGTTTAAATAGTTATTG-CTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTG
126 ATCGAATC-AGTTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *** *
227916 TTATAACCTTTTGATTTATCATAAAATAATTGTTTCAATTAATACAAGCTTA---AATGGAAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* *** * * * *
227978 AATACTAATTTATTTATATTTTTGAAATTAATAAGTAAGAAATTAAAAAAATAAATTTGTTTATC
65 AATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAACTAGTTTATC
* * * * ** * *
228043 GAATCAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAATGATTATCTATTTGAAATCG
129 GAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
** * *
228094 TTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATT-TTTTTTATCATACAAGCTTATT-GAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * *
228157 AATACTGATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAAAAATATATA-TATGTTTA
65 AATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAAACTA-GTTTA
* * * * *
228221 -CCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTAT-TAATCTCAAATCG
127 TCGAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCA
* * * * * * ** *
228274 TTAAGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTAATCATAGAAGGTTATT-TGATTAAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAA
* * *
228337 TAATACTAATTTAATAGTATTCCAAAAA-T--TAA-CAAGAGATTTAAAAAATAAA-T-GTGCTT
64 TAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAACTAGT--TT
* * * * * * * * * *
228396 GTGGAACCAATTCAAATAATTA-AAATCATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCG
126 ATCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
** * * * * ***
228450 TTATGATATTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATATCATACAAGCTTATTTGGAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * * * *
228515 AATCCAAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTGGAAAAAAATAAA-TATGTTT
65 AATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATT--TAAAAAATAAACTA-GTTT
* * **
228579 A-CTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATGTGAACAATTAT-TGATTTAAAATTG
126 ATC-GAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCA
* * ** * *
228633 TTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACATTTGTGTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * * * *
228698 AATACTAATTTCTTAATATTTAAAAAATTAAT-AGCCAAAAG-TTTAAAAAAGTAAATTTGTTTA
65 AATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAA-TAAACTAGTTTA
* * * * * **
228761 GCGAA-CAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATTG
127 TCGAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
228814 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTGTTTAAGATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * *
228879 AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAGTGAATCT-GTTTAC
65 AATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAACTAGTTTAT
* * * * * *
228939 CGAATCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTTAACAATTATCTATTTCGAATTGA
128 CGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCA
* * * * * * * *
228992 -TATTACTTTTTGTTTGGTCACATAACAATTATTTTTTATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * *
229056 AATACTAATTTATTAATCTTTCAATAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAA-TA-TATTAA
65 AATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAACTAGT-TT-A
* * * * * * * **
229119 CCAAACCATTTCAAATACTTATAACTATTTGAACAATTGTAC-ACCTCAAATCAA
127 TCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-CTATTTCAAATC-A
* * * * * * * ** *
229173 TTATTTAAAAAGTAAACCTTTTATTATGTCATAAAATAGTTATTTATGTTCATACGATTTTATTT
1 TTA--T-----G---ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTC
* * * * *
229238 GAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAATTAAA
55 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * ** * **
229303 TTTGTTTGTTGAACCAGTTCAAATAGTGAAAACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTG
119 CTAGTTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* ** * * *
229364 TTATGACCTTTTGTTTTATCAT--AA-TTTTTTTTTCAATTCATACTAGCTTATTCGAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT--ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * *
229426 TAA-AATGAATTTATTAATTTTTCACAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCT-GTTT
64 TAATACT-AATTTATTAA-TATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA-ACTAGTTT
* * * ** * * * * **
229489 ACCAAACCAGTTTTAATAATTGTGACTATTTGCACAATTATCTATTTTAAATTG
126 ATCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
229543 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCTAAACAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * *
229608 AATACTAATCTATTAATATT-TAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCT-TTTTATC
65 AATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-CTAGTTTATC
* * * * *
229667 AAATCAGTTCAAATAATTATGGCTATTT-AAGC-ATTATTTA-TTCCAA--A
129 GAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * ** * * *
229714 -T-TGA-CTTTGTGTTCTATTATAAAACAATAGTTTCTATTTGTACATGCTTATTCAGATTAAAA
1 TTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* ** * * * * *
229776 TAATACTAATTTATTAATGTTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAA-TATATTTA
64 TAATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAACTA-GTTTA
* * * * * **
229840 -CTAAACTAGATCAAATAGTCA-GCACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTG
127 TCGAATC-AGTTCAAATAGTTATG-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * *
229893 TTATG-GCTTTTGTTTTGTCA-AAAA-AATTATTTTAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAATT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * * * *
229955 AATACTAAGTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATTAAAAGAATTAAAAAAATGAATCTACTTT-
65 AATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-ATTTAAAAAAT-AAACTAGTTTA
* * * * *
230019 TCGAA-CAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCCATTTGAAATTGCA
127 TCGAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-T-CA
* * * *
230074 --ATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTC-CAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAA
* ** * * *
230136 TAGTAAAAATTTCTTAATATTCAAACAATTAATAAGTCAA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
64 TAATACTAATTTATTAATATTCAAA-AATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAACTAGTTTA
* * * * **
230200 TCGAGTAAGTTCAAATCGTTATGAGTATTTG----A--A-CTA---CAAATTG
127 TCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
** * * ** *
230243 TTATGATTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATTCAAGCTTATT-GGATTAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* ** * * *
230307 AATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-TACATTTAT
65 AATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAACTA-GTTTAT
* * * * *
230371 C-AAACAAGTTTAAATAGTCATGAATATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
128 CGAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * ** *
230423 TTGTTACCTTTT-TTTTGTAATAAAAACATTTATTTCAATTAATATAAGCTTATTTTATATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* *
230487 TAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAA-AGAGTAAGAGAATTAAAAAAATGAA-TATGTT
64 TAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATA-AGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAACTA-GTT
* * * * *
230550 TA-CTAAACAAGTTCAAATTA-TTATGACTATCTCAATAATTATCTATTTCAAAAT-A
125 TATCGAATC-AGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCA
* * * * * *** *
230605 TTACGACCTTTGGTTTTGTCAAAAAACAATTAGTTTTGTTCATGCAAGCTTATTTTGAATAGAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * * *
230670 GATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAAATTAATAAG-AA-AAATTTTAAAAATAAAATTGTTT-
65 AATACT-AATTTATTAATATT-C-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAACTAGTTTA
* * * * * **
230731 TCTAAACACGTTCAAATAGTTATCACTATTTAAACAAATATCTATTTCAAATTG
127 TCGAATCA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* *
230785 TTATGACCATTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * *
230849 -AATACTAATTTATTAAAATTCCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAGTAAACCTA-TTT
64 TAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-TAAA-CTAGTTT
* * * * * * * * *
230912 A-CTGAGTGAGTTCAAATAATTATGAATCTTTGAATAATTATTTATTTTAAATTA
126 ATC-GAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
230966 TTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGGTTATTCGAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * * *
231031 AATCCTAATTTATTAATATTCTAAAATTAATAAG-ATGGAGATTTAAAAAATAAATCCA-TTTAC
65 AATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTA-AGAGATTTAAAAAATAAA-CTAGTTTAT
* * * * * * *
231094 CAAATAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCC
128 CGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * ** * * *
231146 TTATGACATTTTTTTTTGTCATCAAACAATTGTTTCCATTCATACAAAATTATTTAGAATTAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * * *
231211 AATACTAATTTATTAATATTTAAAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAATTAAA-TGTGTTTATT
65 AATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAACT-AGTTTATC
* * *
231272 GAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AATTTATCTATCTCAAATCA
129 GAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
231323 TTATGATC-TTTGTTTTTTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAGTAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * * * * * *
231387 ATTGCTAAATTAATAATGTTCTAAAAATTAATAAGAAAGAGTTTTAAAAAATAAA-TGAGTTTGT
65 AATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAACT-AGTTTAT
** * * * *
231451 TAAATTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCG
128 CGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * ** * *
231503 TTTTGAACTTTTGTTTAGTCAAAAAATAATT-TTCAATTCATGCATGCTTATTCAAAATAAAATA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
* * * ** * * * * *
231567 ATCCTAATTTATTAACATTCATAAAATTAACAAACAACAAATTTTAAAAAATAAATTTGTTTATT
66 ATACTAATTTATTAATATTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAACTAGTTTATC
* * * ** * *
231632 GATTAAGTTTAAATAGCCATGACTATTTGTACAATTATCTATTT-AGAATAA
129 GAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCA
* * ** * **
231683 ATATGACCTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGCTTCAACTT-ATAAAAGCTTATTTGAAATAAA
1 TTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * * **
231747 ATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGGTAA-AGAGTTAAAAAATAAGTTAGTTT
63 ATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAA-GTAAGAGATTTAAAAAATAAACTAGTTT
* * * * * *
231811 ATCAAATC-GATTTAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATGTCAAATCA
126 ATCGAATCAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * *
231865 TTATGAACTTTTGTTTTGTCTTAAAATAATTGTTTTCCA-TCATACAAGCCTT-TTCGAAATAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT--ATTCATACAAG-CTTATTCAAAATAAA
* *
231928 AGAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAGGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TT
63 ATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAA-CTAGTT
* * * * *
231991 TATTGAATCAGTTC------------CTATTTAAACAATTTTCTATTTCCAATCC
125 TATCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * * **
232034 TTATAACCTTTGGTTATATTATAAAATAATTGTTTCAATTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAA-
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * *
232098 AATACTAATTTAATAATATT------TCAAT-AG---GAGATTTAAAAAATAAA-TCAGTTTACC
65 AATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAACT-AGTTTATC
* * * * * * * *
232152 AAAGCAGTTCAAACAATTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTACTAAA-AA
129 GAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-C-AAATCA
* * * * * *
232204 TTATGGTCC-TTTGTTTGGTCATATAACAATTGATTTTGA-TCATTCATGCTTATTCGAAATAAA
1 TTAT-GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * *
232267 ATAATACTAATTTATTGATCTTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
63 ATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAACTAGTTTA
* * * * * * ** **
232328 -CCAAACTAGTTCAAATA--TATGACTGTGTGAACAATTGT-AAACTCTAAATTG
127 TCGAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCA
* * * * * * ***
232379 TTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTTTTTTTGTTCATATAAGCTTATTTGCAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * * * * * * * *
232444 AATATTAGTCTAATAATATTTCAAAAATCAATAACTAAGATAATTAAAAAATAAATTTGTTTA-C
65 AATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAACTAGTTTATC
* * * * *
232508 TGAA-CTAGTTCGAATATTTAAGACTATATGAACACTTATCTATTTCAAATCA
129 -GAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
** * * * ***
232560 TTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAAATAAGTTTTTTTAAACTCATACTAA-CTTATTTGGAATA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAA-TTGTTTT--ATTCATAC-AAGCTTATTCAAAATA
* * ** *
232624 AAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTT-AAAAATAATTTTGT
61 AAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAACTAGT
* * ** * *
232687 TTACCTAATTGGTTGAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
124 TTATCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * ** *
232743 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAGT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* *
232807 AATACTAATATATTATTATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTAT
65 AATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-CTAGTTTAT
** * * * * **
232867 AAAATGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCATATTG
128 CGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
232919 TTATGACTTTTTGTCTAT-T-ATAAAATAATT-TTTCTATCCATACAAGCTTATTCATATTAAAA
1 TTATGACCTTTTGT-TTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * * **
232981 TAATACTAATTTTTTAATATTCCAATAATTAATAAG-AAAAAATTTTTTAAAATAAA-TATGTTT
64 TAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAACTA-GTTT
* * ** *
233044 A-CTGAA-CTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAGTAATTATCTATTTCAAATCG
126 ATC-GAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
233098 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTCGAAATAACAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * * * *
233163 AATACTAAGTTATTAATATAACAAAAATAAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA-TTT-G
65 AATACTAATTTATTAATAT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-CTAGTTTAT
* * * * **
233226 CCAAACAAGTTTAAATTA-TTATGACTA-TTCAACAATTATCTATTAGAAATCA
128 CGAATC-AGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * *** ** *
233278 TTATAACATTTTGTTGCATCATAAAATGATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAA
* * * * * *
233342 TAATACAAATTTATTAATATT-AAGACAATTAAT-AGTAAAATATTTAAAAATTAAATTCGTTTA
64 TAATACTAATTTATTAATATTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAACTAGTTTA
233405 T
127 T
233406 TTGAATAACT
Statistics
Matches: 10703, Mismatches: 2570, Indels: 2083
0.70 0.17 0.14
Matches are distributed among these distances:
155 8 0.00
156 7 0.00
157 37 0.00
158 11 0.00
159 8 0.00
160 19 0.00
161 65 0.01
162 38 0.00
163 35 0.00
164 35 0.00
165 43 0.00
166 11 0.00
167 10 0.00
168 54 0.01
169 175 0.02
170 212 0.02
171 106 0.01
172 105 0.01
173 215 0.02
174 112 0.01
175 560 0.05
176 499 0.05
177 716 0.07
178 438 0.04
179 1116 0.10
180 1268 0.12
181 2433 0.23
182 784 0.07
183 540 0.05
184 228 0.02
185 76 0.01
186 21 0.00
187 19 0.00
188 20 0.00
189 25 0.00
190 33 0.00
191 35 0.00
192 162 0.02
193 22 0.00
194 46 0.00
195 37 0.00
196 21 0.00
197 32 0.00
198 25 0.00
199 37 0.00
200 43 0.00
201 23 0.00
202 19 0.00
203 21 0.00
204 11 0.00
205 11 0.00
206 26 0.00
207 15 0.00
208 10 0.00
209 5 0.00
210 1 0.00
211 5 0.00
212 12 0.00
213 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
ATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAACTAGTTTATCGA
ATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
Found at i:223713 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 223688--223724 Score: 51
Period size: 17 Copynumber: 2.3 Consensus size: 17
223678 TTTAATAGTT
223688 ATTA-CTATTT-AAATA
1 ATTATCTATTTCAAATA
223703 ATTATCTATTTCAAATA
1 ATTATCTATTTCAAATA
*
223720 CTTAT
1 ATTAT
223725 GACCTTTTGT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.09
Matches are distributed among these distances:
15 4 0.21
16 6 0.32
17 9 0.47
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.00, T:0.49
Consensus pattern (17 bp):
ATTATCTATTTCAAATA
Found at i:225445 original size:845 final size:852
Alignment explanation
Indices: 224469--226072 Score: 1783
Period size: 866 Copynumber: 1.9 Consensus size: 852
224459 GCTTAATTAT
224469 TAATACTAATTTATTAACATTAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTAC
1 TAATACTAATTTATTAACATTAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * *
224534 CGAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTAAACAATTGTCTGTTTAAAATTGTTATAACTTTTTG
66 CGAACAAGTTCAAATAGTCATTACCATTTAAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACTTTTTG
** **
224599 TTTTGTCATAAAACAATTGCT-TCAATTAATAC-AAGCTTATAT-GGAATAAAATAATACTAATT
131 TTTTACCATAAAACAATTG-TATCAATTAATACAAAGC-TAT-TCAAAATAAAATAATACTAATT
* * * *
224661 TATTAATATTTCTAAAATTAATTAGTAAGGGATTTAAAAAAT-AAATTTATTTAC-CAAATCAAT
193 TATTAATATTT-T--AA-TAATTAATAAGAGATTT-AAAAATGAAATCTATTTACTAAAAT-AAT
* * * * * *
224724 T-AAATAATTATG-GTCATTTGAACAATTACCTATTTCTAATCCTTATGATCTTT-TGGTTTTTT
252 TCAAATAATTATGACT-ATTTGAACAATTACCTATCTCAAATCCTTATAATCTTTAT--TTTGTC
* * * *
224786 ATAAAACAATTGTTT-TTTATTATGCAAGCTTA-TC-A-A-T-ATTTCA-AA-ATT-AATAAGTA
314 ATAAAACAATTGTTTCTTT-TCATACAAACTTATTCAATACTAATTTAATAATATTAAATAAGTA
* *** * * *
224842 AGAAATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTTGAGCTAGTTCAAATAATTAAAACTATTAGAATAATTA
378 AGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAGCCAGTTCAAATAATTAAAACTAGTAGAACAATTA
* * * * * *
224907 TCTATTT-TAAATTGTTGTAAAAATTT-TTTAGTCATAAAATATTTCTTTCATA-TCATAGAAGC
443 TCTATTTCAAAATTGTTCTAAAAATTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAAATTCATACAAGC
* * **
224969 TTATTTGGAAAA-AAAATTATACTAATATATTAACATT-TGAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTA
508 TTA-TT-CAAAATAAAATAATACTAATATATTAACATTCAAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTA
** * * *
225032 AAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGCTCAAATAG-TTATCACTATTTGAATAA-TAACTTATT
571 AAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGCTCAAATAGATT-TCACTATTTGAACAATTAACCT-TT
* * ** *
225095 TAAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATAAAAGTTTAT-ACG
634 TAAAATCATTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTAATAAAAACTTATCA-A
* *
225159 AAATAAAATAATAAT-AATTTATTAATATTTCAAAGATTAAAAAGCAAGTTCAAATAACTATGAT
698 AAATAAAACAAT-ATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAGCAAGTTCAAATAACTATGAT
225223 TATTGGAGCAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAACAAATTTTTTTA
762 TATTGGAGCAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAACAAATTTTTTTA
225288 TTCATACAAGTTTATTTAGATTAAAA
827 TTCATACAAGTTTATTTAGATTAAAA
* * * * * *
225314 TAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTA
1 TAATACTAATTTATTAACATT-AAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * *
225378 TCGAACAAGTTTAAATAGTCATGT-CCATTTGAACAATTATCTATTT-CATTTCGTTATGA-TAT
65 CCGAACAAGTTCAAATAGTCAT-TACCATTTAAACAATTATCTATTTAAAATT-GTTATAACT-T
* * * * * *
225440 TTTGTTTTACCATAAAATAATTGTATCTATTTATGCAAAGCTATTCAAAATAAAATAATGCTGAT
127 TTTGTTTTACCATAAAACAATTGTATCAATTAATACAAAGCTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* *
225505 TTATTAATATTTTGATAATTAATAAGAGATTTAAAAATGAAATCTATTTACTAAAATAGTTCAAA
192 TTATTAATATTTTAATAATTAATAAGAGATTTAAAAATGAAATCTATTTACTAAAATAATTCAAA
* * *
225570 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATAATCTTTATTTTGTCATAAAACA
257 TAATTATGACTATTTGAACAATTACCTATCTCAAATCCTTATAATCTTTATTTTGTCATAAAACA
225635 ATTGTTTCTTTTCATACAAACTTATTCGGATTATAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAAT
322 ATTGTTTCTTTTCATACAAACTTATTC----------AATACTAATTTAATAATATT----AAAT
* * * * *
225700 TAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAGCCAGTTCAAATAGTTAAGACTAGTGGAAC
373 AAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAGCCAGTTCAAATAATTAAAACTAGTAGAAC
***
225765 AATTATCTATTTCAAAATTGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAAATTCATA
438 AATTATCTATTTCAAAATTGTTCTAAAAATTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAAATTCATA
* * *
225830 CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAAATTAATGAGTAAGAGAT
503 CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATATATTAACATTCAAAAAAATTAATAAGCAAGAGAT
* * * * * * *
225895 TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTTAAATGGATTTGATTATTTGAACAATTATCCTT
568 TTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGCTCAAATAGATTTCACTATTTGAACAATTAACCTT
* * * *
225960 TTAAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTATCCTAAAACAATTGTTTCAATTTATAAAAACTTATCAA
633 TTAAAATCATTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTAATAAAAACTTATCAA
* *
226025 AAATAAAACAATATGATTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAG
698 AAATAAAACAATATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAGCAAG
226073 AGATTTAAAA
Statistics
Matches: 617, Mismatches: 98, Indels: 67
0.79 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
840 6 0.01
841 58 0.09
842 53 0.09
843 2 0.00
844 7 0.01
845 142 0.23
846 22 0.04
853 1 0.00
854 1 0.00
855 1 0.00
856 5 0.01
857 2 0.00
858 3 0.00
863 68 0.11
864 18 0.03
865 50 0.08
866 171 0.28
867 7 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (852 bp):
TAATACTAATTTATTAACATTAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTAC
CGAACAAGTTCAAATAGTCATTACCATTTAAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACTTTTTG
TTTTACCATAAAACAATTGTATCAATTAATACAAAGCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
TAATATTTTAATAATTAATAAGAGATTTAAAAATGAAATCTATTTACTAAAATAATTCAAATAAT
TATGACTATTTGAACAATTACCTATCTCAAATCCTTATAATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTG
TTTCTTTTCATACAAACTTATTCAATACTAATTTAATAATATTAAATAAGTAAGAAATTTAAAAA
ATAAATATGTTTGCCAAGCCAGTTCAAATAATTAAAACTAGTAGAACAATTATCTATTTCAAAAT
TGTTCTAAAAATTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAA
AATAATACTAATATATTAACATTCAAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTAT
TTACCAAACAAGCTCAAATAGATTTCACTATTTGAACAATTAACCTTTTAAAATCATTATGACCA
TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTAATAAAAACTTATCAAAAATAAAACAATATGAAT
TTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAGCAAGTTCAAATAACTATGATTATTGGAGCAATTATTTAT
TTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAACAAATTTTTTTATTCATACAAGTTTATTTAG
ATTAAAA
Found at i:226059 original size:184 final size:181
Alignment explanation
Indices: 225309--226983 Score: 632
Period size: 176 Copynumber: 9.3 Consensus size: 181
225299 TTATTTAGAT
* * * * * * *
225309 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTA
1 TAAAACAATACTAATTTATTAACATTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAGCTA
* * * * * * * ** * *
225374 TTTATCGAACAAGTTTAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTAT-CTATTTCATTTCGTTATGAT
65 TTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCCT-TTTAAAGTCATTATGAC
* * * * * * * * *
225438 ATTTTGTTTTA-CCATAAAATAATTGTATC-TATTTATGCAAAGC-TATTCAAAA
129 CTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTATTTCAAATTCAT-AAAAACTTATTCAAAA
* * * * ** * *
225490 TAAAATAATGCTGATTTATTAATATTTTGATAATTAAT----AAGAGATTT-AAAAATGAAATCT
1 TAAAACAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAT-AAAGCT
* * * * *
225550 ATTTACTAAA-ATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-CTATCTCAAA-TCGTTAT
64 ATTTACCAAACA-AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCCT-T-TTAAAGTCATTAT
* * * ** * ** *
225612 AATCTTTAT-TTT-GTCATAAAACAATTGTTTC-TTTTCATACAAACTTATTCGGAT
126 GACCTTT-TGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAAATTCATAAAAACTTATTCAAAA
* * * * * ** *
225666 TATAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAA-T--T-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATG
1 TAAAACAATACTAATTTATTAACATT-CAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAGCTA
* * * * * * * * * ** * *
225727 TTTGCCAAGCCAGTTCAAATAGTTAAGACTAGTGGAACAATTAT-CTATTTCAAAATTGTTCTAA
65 TTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCCT-TTT-AAAGTCATTATGA
* * *
225791 CCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAAATTCATACAAGCTTATTCAAAA
128 CCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAAATTCATAAAAACTTATTCAAAA
* * * *
225845 TAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTTAAAAAATAAATC
1 TAAAACAATACTAATTTATTAACATTC--AAAAATTAATAAGCAAGAGA-TTTAAAAAATAAAGC
* * *
225910 TATTTACCAAACAAGTTTAAATGGATT-TGATTATTTGAACAATTATCCTTTTAAAGTCATTATG
63 TATTTACCAAACAAGTTTAAATAG-TTATGACTATTTGAACAAATATCCTTTTAAAGTCATTATG
* * *
225974 ACCTTTTGTTTTA-TCCTAAAACAATTGTTTC-AATTTATAAAAACTTA-TCAAAAA
127 ACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTATTTCAAATTCATAAAAACTTATTC-AAAA
* * **
226028 TAAAACAATA-TGATTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAACCTAAAGCT
1 TAAAACAATACT-AATTTATTAACA-TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAGCT
* * * * *
226092 ATTTTCCAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAAC-CTCAAA-TCGTTATG
64 ATTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATC--CTTTTAAAGTCATTATG
* ** * * * * * * * ***
226155 A--TATTTATTTTCTCATAAAATAGTTGTTTCTAA-TCATACAAGCCTATT-TGGA
127 ACCT-TTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAAATTCATAAAAACTTATTCAAAA
* * * * * * * **
226207 TAAAAATAACACCAATTTAATAATATTTCAAAACTT-A-AA-TAAGAGATTT-AAAAATAAATAT
1 T-AAAACAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAGCT
* * * * * * * ** *
226268 GTTTGCCAAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTAT--TTATGTCAAA-TTGTTCT
64 ATTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCCTT-T-T-AAAGTCATTAT
* * * * * * * * ***
226330 AACTTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTT-TAATTCATACAAGCTTATTTGGAA
126 GACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAAATTCATAAAAACTTATTCAAAA
* *
226385 TAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTGAAAAAAGTAAA-
1 TAAAACAATACTAATTTATTAACATTC--AAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAA-TAAAG
* * * * * * * *
226449 TTAGTGTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTGTTAGAACAATTAT-CTATTTAAAATCATTA
62 CTA-TTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCCT-TTTAAAGTCATTA
* * * * * *
226513 TGACCATTTGCTTT-GTCATAAAACAATT-TTT-TAGTGCATAAAAGCTTATCCAAAA
125 TGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTATTTCAAATTCATAAAAACTTATTCAAAA
* * * * ** * *
226568 TAAAAATAATACTACTGTATTAATATTTCAAATGTTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAA-TT
1 T-AAAACAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAGCT
* * * * * * *
226631 GATTTACTGAATCAA-TTCAAATAGCTATGGCCATTTGAACAACTAT-CTATTTCAAA-TCATTA
64 -ATTTAC-CAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCCT-TTT-AAAGTCATTA
* * * ** * * *
226693 TTACATTTTATTTTA-TCATAAAACAATT-TTT-TTATGACATATAAGCTTATTCAAAA
125 TGACCTTTT-GTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAAAT-TCATAAAAACTTATTCAAAA
* * * * * * **
226749 -AAAATAATGCT-ATTTATTAATATTTCAAGAATTAAT----AAGAGCTTTAAAAAGTAAATATA
1 TAAAACAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAGCTA
** * * * * *
226808 TTTATTAAACCAGTTTAAGTAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-CTATTTCAAA-TTATTATAA
65 TTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCCT-TTT-AAAGTCATTATGA
* * * ** * * * **
226871 CCTTTTGTTCTA-ACATAAAATAATTGTTTC-TGTTCATACAAGCTTATACGTAA
128 CCTTTTGTT-TAGTCATAAAACAATTATTTCAAATTCATAAAAACTTATTCAAAA
* * * *
226924 TAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTAAAAGTTAATAA-CTAAGAGATTTAAAAAATAA
1 TAAAACAATACTAATTTATTAACATTC-AAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTAAAAAATAA
226984 TTTCGTTTGT
Statistics
Matches: 1176, Mismatches: 236, Indels: 164
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
173 1 0.00
174 15 0.01
175 95 0.08
176 197 0.17
177 167 0.14
178 53 0.05
179 58 0.05
180 137 0.12
181 147 0.12
182 27 0.02
183 87 0.07
184 125 0.11
185 62 0.05
186 5 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (181 bp):
TAAAACAATACTAATTTATTAACATTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAGCTAT
TTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCCTTTTAAAGTCATTATGACCT
TTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAAATTCATAAAAACTTATTCAAAA
Found at i:226228 original size:542 final size:530
Alignment explanation
Indices: 225223--226983 Score: 1789
Period size: 542 Copynumber: 3.3 Consensus size: 530
225213 TAACTATGAT
* * * * * *
225223 TATTGGAGCAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAACA-AATT-TTTT
1 TATTGGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAA-ATAATTGTTTT
* * * * * * * *
225286 TATTCATACAAGTTTATTTAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGT
65 AATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGT
* * * * *
225351 AGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTTAAATAGTCATG-TCCATTTGAACAAT
130 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTTAAATAGT-TTGAT-TATTTGAACAAT
* ** * ** * * * *
225415 TATCTATTTCATTTCGTTATGATATTTTGTTTTA-CCATAAAATAATTGTATCTATTTATGCAAA
193 TATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCC-TAAAACAATTGTTTCAATTTAT-AAAA
* ** *
225479 GC-TATTCAAAATAAAATAATGCTGATTTATTAATATTTTGATAATTAAT---AAGAGATTTAAA
256 GCTTA-TCAAAATAAAATAAT-ATGATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGAGATTTAAA
*
225540 AATGAAATCTATTTACTAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAA
319 AAT-AAA-CTATTTACT-AAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCTATCTCAAA
* * * * * * *
225605 TCGTTATAATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAACTTATTCGGATTATA
381 TCGTTATAATATTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTTATCATACAAGCTTATTTGGATAAAA
* * *
225670 ATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAA
446 ATAA-ACCAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAA
* *
225735 GCCAGTTCAAATAGTTAAGAC
510 ACCAGTTTAAATAGTTAAGAC
* * *
225756 TAGTGGAACAATTATCTATTTCAAAATTGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTC
1 TATTGGAACAATTATCTATTTC-AAATTGTTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTT-
* * *
225821 AAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAAATTAATGA
64 TAATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTC-AAAAAATTAATAA
*
225886 GTAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTTAAATGGATTTGATTATTTGAACA
128 GTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTTAAATAG-TTTGATTATTTGAACA
*
225951 ATTATCCT-TTTAAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTATCCTAAAACAATTGTTTCAATTTATAAA
191 ATTAT-CTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCCTAAAACAATTGTTTCAATTTATAAA
* *
226015 AACTTATCAAAAATAAAACAATATGATTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTA
255 AGCTTATC-AAAATAAAATAATATGA-TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAGAGATTTA
* * * * * *
226080 AAACCTAAAGCTATTTTCCAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAACCTCA
317 AAA-ATAAA-CTATTTACTAAA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCTATCTCA
* * * * * *
226145 AATCGTTATGATATTTATTTTCTCATAAAATAGTTGTTTCTAATCATACAAGCCTATTTGGATAA
379 AATCGTTATAATATTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTTATCATACAAGCTTATTTGGATAA
*
226210 AAATAACACCAATTTAATAATATTTCAAAACTTAAATAAGAGATTT-AAAAATAAATATGTTTGC
444 AAATAA-ACCAATTTAATAATATTTCAAAAATT-AATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGC
226274 CAAACCAGTTTAAATAGTTAAGAC
507 CAAACCAGTTTAAATAGTTAAGAC
* * * * * * *
226298 TATTAGAATAATTATTTATGTCAAATTGTTCTAACTTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTTA
1 TATTGGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTA
** *
226363 ATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAAATTAATAAGC
66 ATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTC-AAAAAATTAATAAGT
* * * * * * *
226428 ATGAGATTTGAAAAAAGTAAAT-TAGTGTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTGTTAGAACA
130 AAGAGATTT-AAAAAA-TAAATCTA-TTTACCAAACAAGTTTAAATAGTT-TGATTATTTGAACA
* * * * * * **
226492 ATTATCTATTTAAAATCATTATGACCATTTGCTTTGTCATAAAACAATT-TTTTAGTGCATAAAA
191 ATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCCTAAAACAATTGTTTCAATTTATAAAA
* **
226556 GCTTATCCAAAATAAAAATAATACT-ACTGTATTAATATTTCAAATGTTAATAAGTAAGAGATTT
256 GCTTAT-CAAAAT-AAAATAATA-TGA-TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAGAGATTT
* * * * * * * *
226620 AAAAATAAATTGATTTACTGAATCAATTCAAATAGCTATGGCCATTTGAACAACTATCTATTTCA
316 AAAAATAAACT-ATTTACTAAAT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCTATCTCA
* * **
226685 AATCATTATTACAT-TTTATTTTATCATAAAACAATT-TTT-TTATGACATATAAGCTTA-TTCA
379 AATCGTTA-TA-ATATTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTTAT--CATACAAGCTTATTTGG
* ** * * * * * *
226746 AAAAAAATAATGCTATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAGAGCTTTAAAAAGTAAATATATTT
440 ATAAAAATAAACCAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT
*** * *
226811 ATTAAACCAGTTTAAGTAGTTATGAC
505 GCCAAACCAGTTTAAATAGTTAAGAC
* * *
226837 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTCTA-ACATAAAATAATTGTTTC
1 TATTGGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTT-TAGTCATAAAATAATTGTTT-
* * * * * *
226901 T-GTTCATACAAGCTTATAC-GTAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTAAAAGTTAATAA
64 TAATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAA
*
226964 CTAAGAGATTTAAAAAATAA
128 GTAAGAGATTTAAAAAATAA
226984 TTTCGTTTGT
Statistics
Matches: 1026, Mismatches: 164, Indels: 73
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
533 20 0.02
534 30 0.03
535 3 0.00
536 46 0.04
537 32 0.03
538 159 0.15
539 162 0.16
540 166 0.16
541 193 0.19
542 203 0.20
543 12 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (530 bp):
TATTGGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTA
ATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTA
AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTTGATTATTTGAACAATTAT
CTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCCTAAAACAATTGTTTCAATTTATAAAAGCTTA
TCAAAATAAAATAATATGATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGAGATTTAAAAATAAAC
TATTTACTAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCTATCTCAAATCGTTATAAT
ATTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTTATCATACAAGCTTATTTGGATAAAAATAAACCAAT
TTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAACCAGTTTAAA
TAGTTAAGAC
Found at i:226705 original size:541 final size:533
Alignment explanation
Indices: 225231--227255 Score: 1780
Period size: 541 Copynumber: 3.8 Consensus size: 533
225221 ATTATTGGAG
* * * * * *
225231 CAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAACA-AATT-TTT-TTATTCAT
1 CAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAA-ATAATTGTTTCTAATTCAT
* * * * * * * * *
225293 ACAAGTTTATTTAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGAT
65 ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGAT
* * * *
225358 TTAAAAAATAAATCTATTTA-TCGAACAAGTTTAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTAT
130 TTAAAAAATAAATCTATTTACT-AAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** * * * * * * *
225422 TTCATTTCGTTATGA-TATTTTGTTTTACCATAAAATAATTGTATCTATTTATGCAAAGC-TATT
194 TTAAAATCATTATGACCA-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGT-TTTATTTAT-AAAAGCTTATC
* *
225485 CAAAATAAAATAATGCTGATTTATTAATATTT----TGATAATTAA-TAAGAGATTTAAAAATGA
256 CAAAATAAAATAATACTGATTTATTAATATTTCAAATGTTAA-TAAGTAAGAGATTTAAAAAT-A
*
225545 AATCTATTTACTAAAAT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGT
319 AAT-TATTTACT-AAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCTATCTCAAATCGT
* * * * * *
225609 TA-TAATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAACTTATTCGGATTATAATA
382 TATTAAT-TTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTTATCATACAAGCTTATTTGGATAAAAATA
* * * *
225673 ATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAGCC
446 A-ACCAATTTAATAATATTTC-AAAATTAATAAGAGATTT-AAAAATAAATATGTTTGCCAAACC
* * *
225738 AGTTCAAATAGTTAAGACTAGTGGAA
508 AGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAA
* * *
225764 CAATTATCTATTTCAAAATTGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAAATTCAT
1 CAATTATCTATTTC-AAATTGTTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCTAATTCAT
* * *
225829 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAAATTAATGAGTAAGAGA
65 ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTC-AAAAAATTAATAAGCAAGAGA
* * *
225894 TTTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTTAAATGGATT-TGATTATTTGAACAATTATCC
129 -TTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTTAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTAT-C
* * * * *
225958 T-TTTAAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTATCCTAAAACAATTGTTTCAATTTATAAAAACTTAT
191 TATTTAAAATCATTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TATTTATAAAAGCTTAT
* * ** * *
226022 CAAAAATAAAACAATA-TGATTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAACCT
255 CCAAAATAAAATAATACTGA-TTTATTAATATTTCAAATGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAA-AT
* * * * * *
226086 AAAGCTATTTTCCAAA-CTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAACCTCAAATCG
318 AAA-TTATTTACTAAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCTATCTCAAATCG
* * * * * *
226150 TTA-TGATATTTATTTTCTCATAAAATAGTTGTTTCTAATCATACAAGCCTATTTGGATAAAAAT
381 TTATTAAT-TTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTTATCATACAAGCTTATTTGGATAAAAAT
226214 AACACCAATTTAATAATATTTCAAAACTTAAATAAGAGATTTAAAAATAAATATGTTTGCCAAAC
445 AA-ACCAATTTAATAATATTTCAAAA-TT-AATAAGAGATTTAAAAATAAATATGTTTGCCAAAC
226279 CAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAA
507 CAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAA
* * * * * *
226306 TAATTATTTATGTCAAATTGTTCTAACTTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTT-TAATTCATA
1 CAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCTAATTCATA
** *
226370 CAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAAATTAATAAGCATGAGAT
66 CAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTC-AAAAAATTAATAAGCAAGAGAT
* * * *
226435 TTGAAAAAAGTAAAT-TAGTGTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTGTTAGAACAATTATCT
130 TT-AAAAAA-TAAATCTA-TTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * **
226499 ATTTAAAATCATTATGACCATTTGCTTTGTCATAAAACAATT-TTTTAGTGCATAAAAGCTTATC
192 ATTTAAAATCATTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTA-TTTATAAAAGCTTATC
*
226563 CAAAATAAAAATAATACT-ACTGTATTAATATTTCAAATGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATA
256 CAAAAT-AAAATAATACTGA-TTTATTAATATTTCAAATGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATA
* * * * * * * *
226627 AATTGATTTACTGAATCAATTCAAATAGCTATGGCCATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCATT
319 AATT-ATTTACTAAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCTATCTCAAATCGTT
* ** *
226692 ATTACATTTTATTTTATCATAAAACAATT-TTT-TTATGACATATAAGCTTA-TTCAAAAAAAAT
383 ATTA-ATTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTTAT--CATACAAGCTTATTTGGATAAAAAT
** * * * * ***
226754 AATGCTATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAGAGCTTTAAAAAGTAAATATATTTATTAAACC
445 AAACCAATTTAATAATATTTCAA-AATTAATAAGAGATTTAAAAA-TAAATATGTTTGCCAAACC
* * *
226819 AGTTTAAGTAGTTATGACTATTTGAA
508 AGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAA
* * *
226845 CAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTCTA-ACATAAAATAATTGTTTCT-GTTCAT
1 CAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTT-TAGTCATAAAATAATTGTTTCTAATTCAT
* * * * *
226908 ACAAGCTTATAC-GTAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTAAAAGTTAATAA-CTAAGAG
65 ACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGC-AAGAG
* * * * * * ** * *
226971 ATTTAAAAAATAATTTCGT-TTGT-CGAACCAA-TTCAAATTGTTAAGACTACATGAATAGTTAT
128 ATTTAAAAAATAA-ATC-TATT-TACTAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * ** ** * ** * * * * *
227033 TTATTTCACCTTGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTATTTTAGCTTACACAAGCTTA
190 CTATTTAAAATCATTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTA-TTTATAAAAGCTTA
* * * * * ** *
227098 TTCGAAATAGAATAA-ATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAAT
254 TCCAAAATAAAATAATACTGATTTATTAATATTTCAAATGTTAATAAGTAAGAGATTTA-AAAAT
* * * * * * * * *
227162 AAATCGATTTA-TCGAA-CCGATTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCCATTTCAAATC
318 AAAT-TATTTACT-AAATCAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCTATCTCAAATC
* * * *
227225 ATTGTTACTTTTATGTTTTGTCATAAAACAA
380 GTTATTAATTTTA--TTTTATCATAAAACAA
227256 ATTTTTTTTG
Statistics
Matches: 1224, Mismatches: 212, Indels: 108
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
533 14 0.01
534 30 0.02
535 46 0.04
536 168 0.14
537 76 0.06
538 155 0.13
539 155 0.13
540 168 0.14
541 200 0.16
542 200 0.16
543 12 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (533 bp):
CAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCTAATTCATA
CAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
TAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
AAAATCATTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTATTTATAAAAGCTTATCCAAAA
TAAAATAATACTGATTTATTAATATTTCAAATGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATTATT
TACTAAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCTATCTCAAATCGTTATTAATTT
TATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTTATCATACAAGCTTATTTGGATAAAAATAAACCAATTTA
ATAATATTTCAAAATTAATAAGAGATTTAAAAATAAATATGTTTGCCAAACCAGTTTAAATAGTT
AAGACTATTAGAA
Found at i:228953 original size:541 final size:532
Alignment explanation
Indices: 228574--242079 Score: 3553
Period size: 529 Copynumber: 25.4 Consensus size: 532
228564 AAAATAAATA
* * * * * *
228574 TGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATGTGAACAATTAT-TGATTTAAAATTGTTATG
1 TGTTTACCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCT-ATTTCAAATTGTTATG
* * * * ** *
228638 ACCTTTTGTTTTGACATAAAACATTTGTGTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATAC
65 A-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATAC
* * * * *
228703 TAATTTCTTAATATTTAAAAAATTAAT-AGCCAAAAG-TTTAAAAAAGTAAATTTGTTTAGCGAA
128 AAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAG--AAAAGATTTAAAAAA-TAAATATGTTTA-TGAA
* * * *
228766 CAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTT
189 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * * *
228831 GTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTGTTTAAGATAAAATAATACTAATTTATTAA
253 GACATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * *
228895 TATTCCAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACCGAATC-AGTTCAAATA
317 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTA-C-AAACAAGTTCAAATA
* * * * * * * * * * * *
228955 ATTATGGCCATTTTAACAATTATCTATTTCGAATTGATATTACTTTTTGTTTGGTCACATAACAA
380 GTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
** * * * * *
229020 TTATTTTTTATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAATAATT
445 TTATTTCAT-TCATATAAGCTTATTTA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATT
* *
229085 AATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATA
508 AATAAGT---AGATTTAAAAAATGAATC
* * * * * * * * **
229113 TATTAACCAAACCATTTCAAATACTTATAACTATTTGAACAATTGTACACCTCAAATCAATTATT
1 TGTTTACCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAA-T-T--ATCT-ATTTCAA--ATT
* * * * * * * * **
229178 -TAAAAAGTAAACCTTTTATTATGTCATAAAATAGTTATTT-ATGTTCATACGATTTTATTT-GA
59 GT---TA-T-GA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA--TTCATACAAGCTTATTTAG-
* * * * * *
229240 AATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTC-AAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAATTAAAT
115 AATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAA-GAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * ** *
229304 TTGTTTGTTGAACCAGTTCAAATAGTGAAAACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
178 ATGTTT-ATGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TATTTCAAATTGTTATG
*** * * * *
229369 ACCTTTTGTTTT-ATCAT--AATTTTTTTTTCAATTCATACTAGCTTATTCGAAATAAAATAA-A
241 ACCTTTTGTTTTGA-CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
* * * * * * *
229430 ATGAATTTATTAATTTTTCACAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTACCAAA
305 CT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTA-CAAA
* ** * * * * *
229495 CCAGTTTTAATAATTGTGACTATTTGCACAATTATCTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTGTTTT
368 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTT
** * * * *
229560 GTCATAAAACAAATGT-TTTTGTTCATATAAGTTTGTTCTAAACAAAATAATACTAATCTATTAA
433 GTCATAAAAC-AAT-TATTTCATTCATATAAGCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * *
229624 TATT--TAAAATTAATAAG-AGATTTAAAAAGTAAATC
495 TATTCCAAAAATTAATAAGTAGATTTAAAAAATGAATC
* * * * * ** * *
229659 TTTTTATCAAATCAGTTCAAATAATTATGGCTATTT-AAGCATTATTTATTCCAAA----T-TGA
1 TGTTTACCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * * * ** * * * *
229718 CTTTGTGTTCTATTATAAAACAATAGTTTCTATTTGTACATGCTTATTCAGATTAAAATAATACT
66 CTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACA
* *** * * * * * *
229783 AATTTATTAATGTTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATATTTACTAAACTA
129 AATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAG-AAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TGAACAA
* * * * *
229848 GATCAAATAGTCA-GCACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATG-GCTTTTGTTTTGT
192 GTTCAAATAGTTATG-ACTATTTGAACAATTAT-TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGA
* * * *
229911 CA-AAAA-AATTATTT-TAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAATTAATACTAAGTTATTAATA
255 CATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * * *
229973 TTTCAAAAATTAATAATTAAAAGAATTAAAAAAATGAATCTACTTTTCGAACAAGTTTAAATAAT
319 TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG-ATTTAAAAAATAAATATA-TTTACAAACAAGTTCAAATAGT
* * ** * *
230038 TATGACTATTTGAATAATTATCCATTTGAAATTGCAATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
382 TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * ** *
230103 GTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTCCAATAAAATAGTAAAAATTTCTTAATATT-CAAACAATTA
447 ATTTCA-TTCATATAAGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA-AATTA
* *
230167 ATAAGTCAAAGATTTAAAAAATAAATT
509 ATAAGT---AGATTTAAAAAATGAATC
* *** ** *
230194 TGTTTATCGAGTAAGTTCAAATCGTTATGAGTATTTG----A--A-CTA---CAAATTGTTATGA
1 TGTTTACCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * * * * **
230249 TTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATTCAAGCTTA-TTGGATTAAAATAATATT
66 -CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACA
*** * ** *
230313 AATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATACATTTATCAAACAA
129 AATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAG-AAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT-GAACAA
* * * * ** * *
230378 GTTTAAATAGTCATGAATATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTTACCTTTT-TTTTGTA
192 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTG-A
* * * * * ** *
230442 -ATAAAAACATTTATTTCAATTAATATAAGCTTATTTTATATAAAATAATACTAATTTATTAATA
255 CAT-AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * *
230506 -TTCTAAAAATTAA-AGAGTAAGAGAATTAAAAAAATGAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATT
319 TTTC-AAAAATTAATA-AGTAAAAG-ATTTAAAAAATAAATATATTTAC-AAACAAGTTCAAA-T
* * * * * * *
230569 A-TTATGACTATCTCAATAATTATCTATTTCAAAATATTACGACCTTTGGTTTTGTCAAAAAACA
379 AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
** ** * * *
230633 ATTAGTTTTGTTCATGCAAGCTTATTTTGAATAGAATGATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAA
444 ATTA-TTTCATTCATATAAGCTTA-TTTAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCC-AAAA
* * * *
230697 ATTAATAAGAAAAATTTTAAAAATAAAAT-
505 ATTAATAAG-TAGATTTAAAAAAT-GAATC
* * * * * * * *
230726 TGTTT-TCTAAACACGTTCAAATAGTTATCACTATTTAAACAAATATCTATTTCAAATTGTTATG
1 TGTTTACCGAACCA-GTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* * * *
230790 ACCATTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAA-AATA
65 A-CTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA
* * ** ** * *
230853 CTAATTTATTAAAATTCCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAGTAAACCTATTTACTGAG
127 CAAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAG-AAAAGATTTAAAAAA-TAAATATGTTTA-TGAA
** * * * * * * *
230918 TGAGTTCAAATAATTATGAATCTTTGAATAATTATTTATTTTAAATTATTATGATCTTTTGTTTT
189 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTT
** * * * * *
230983 GTTATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGGTTATTCGAAATAAAATAATCCTAATTTATTAAT
253 GACATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* ** ** *
231048 A-TTCTAAAATTAATAAG-ATGGAGATTTAAAAAATAAATCCATTTACCAAATAAGTTCAAATAG
318 ATTTCAAAAATTAATAAGTA-AAAGATTTAAAAAATAAATATATTTA-CAAACAAGTTCAAATAG
* * * ** * * *
231111 TCATGTCCATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAATCCTTATGACATTTTTTTTTGTCATCAAACAA
381 TTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * ** * **
231175 TTGTTTCCATTCATACAAAATTATTTAGAATTAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATT
445 TTATTT-CATTCATATAAGCTTATTTA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATT
* * *
231240 AATAAG-AGATTTAAAAATTAAATG
508 AATAAGTAGATTTAAAAAATGAATC
** * * * **
231264 TGTTTATTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AATTTATCTATCTCAAATCATTATG
1 TGTTTACCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAA-TTATCTATTTCAAATTGTTATG
* * * * * * *
231328 A-TCTTTGTTTTTTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAGTAAAATATTGC
65 ACT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATAC
* * * * * *
231392 TAAA-TTAATAATGTTCTAAAAATTAATAAGAAAGAGTTTTAAAAAATAAATGA-GTTTGTTAA-
128 -AAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAAA-AGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTATGAAC
* * * * *
231454 ATTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGAACTTTTGTTT
190 A--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT
* * * * * * * *
231519 AGTCAAAAAATAA-T-TTTCAATTCATGCATGCTTATTCAAAATAAAATAATCCTAATTTATTAA
252 TGACATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * ** * * ** ** *
231582 CA-TTCATAAAATTAACAAACAACAA-ATTTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGATTAAGTTTAAA
317 TATTTCA-AAAATTAATAAGTAA-AAGA-TTTAAAAAATAAATATATTTA-CAAACAAGTTCAAA
** * * *** *
231645 TAGCCATGACTATTTGTACAATTATCTATTT-AGAATAAATATGACCTTTTTGTTTTATCATAAA
378 TAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA-AATTGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAA
** * * * *
231709 ACAATTGCTTCAACTT-ATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAA
441 ACAATTATTTC-A-TTCATATAAGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA
* *
231773 AAATTGATAAGGTAAAGAGTTAAAAAAT-AAGT-
503 AAATTAATAA-GT--AGATTTAAAAAATGAA-TC
* * * * * * * * **
231805 TAGTTTATCAAATC-GATTTAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATGTCAAATCATTAT
1 T-GTTTACCGAACCAG-TTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
* * * * *
231869 GAACTTTTGTTTTGTCTTAAAATAATTGTTTTCCA-TCATACAAGCCT-TTTCGAAATAAAAGAA
64 G-ACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTT-CATTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAA
** * * *
231932 TATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGAAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTG
125 TACAAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGAA-AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TG
* * * * ** * *
231996 ---AA--TC----AG-T-T-CCTATTTAAACAATTTTCTATTTCCAATCCTTATAACCTTTGGTT
187 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTT
* * * * * * ** *
232049 AT-ATTATAAAATAATTGTTTCAATTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAA-AATACTAATTTAAT
251 TTGA-CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* *
232112 AATATTTC-------AAT-AG---GAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTACCAAAGC-AGTTCAA
315 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-ATATTTA-CAAA-CAAGTTCAA
* * * * ** * *
232164 ACAATTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTACTAAA-AATTATGGTCC-TTTGTTTGGTCATA
377 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT-C-AAATTGTTAT-GACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * *
232227 TAACAATTGATTTTGA-TCAT-TCATGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTGATCTTT
439 AAACAATT-A-TTTCATTCATAT-AAGCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* *
232290 CAAAAATTAATAAG-AGATTTAAAAAATAAATT
500 CAAAAATTAATAAGTAGATTTAAAAAATGAATC
* * * * * * * ** *
232322 TGTTTACCAAACTAGTTCAAAT-A-TATGACTGTGTGAACAATTGT-AAACTCTAAATTGTTATA
1 TGTTTACCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC-AAATTGTTATG
* * * ** *
232384 ACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTTTTTTTGTTCATATAAGCTTATTT-GCAATAAAATAATA
65 A-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCATTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATA
** * * * * ** *
232448 TTAGTCTAATAATATTTC-AAAAATCAATAA-CTAAGATAATTAAAAAATAAATTTGTTTACTGA
127 CAAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGAAAAGAT--TTAAAAAATAAATATGTTTA-TGA
* * * * * * ** **
232511 ACTAGTTCGAATATTTAAGACTATATGAACACTTATCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTT
188 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT
* * * * *** *
232576 TGTCATAAAAATAAGTT-TTTTTAAACTCATACTAA-CTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATT
252 TGACAT-AAAACAA-TTGTTTCT--ATTCATAC-AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATT
* * * * * * *** *
232638 TATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTT-AAAAATAATTTTGTTTACCTAATTGGTTG
311 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTA-CAAACAAGTTC
* * **
232702 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
375 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
** * * * * *
232767 AACAATGT-TTTTGTTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAGTAATACTAATATATTATTATTTCAA
440 AACAAT-TATTTCATTCATATAAGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA
*
232831 AAATTAATAAG-AGATTTAAAAAATAAATC
503 AAATTAATAAGTAGATTTAAAAAATGAATC
* *** ** * ** * *
232860 TATTTATAAAATGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCATATTGTTATGA
1 TGTTTACCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * * * * *
232925 CTTTTTGTCTAT-T-ATAAAATAATT-TTTCTATCCATACAAGCTTATTCATATTAAAATAATAC
66 C-TTTTGT-TTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATAC
* * * * * ** *
232987 TAATTTTTTAATATTCCAATAATTAATAAGAAAAAATTTTTTAAAATAAATATGTTTACTGAACT
128 AAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAAAAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTA-TGAACA
* * ** *
233052 AGATCAAATAGTCATGACTATTTGAGTAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT-A
191 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGA
* * * * * * *
233116 TCATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTCGAAATAACATAATACTAAGTTATTAATA
255 -CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * * * * * *
233181 TAACAAAAATAAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGCCAAACAAGTTTAAATTA-T
319 TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTT-ACAAACAAGTTCAAA-TAGT
* * ** ** * * *** **
233245 TATGACTA-TTCAACAATTATCTATTAGAAATCATTATAACATTTTGTTGCATCATAAAATGATT
382 TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * *
233309 TTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATT--AAGACAA-T
447 ATTTC-ATTCATATAAGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA-A-AATT
233371 --TAA-TAG---T--AAAAT--A--
508 AATAAGTAGATTTAAAAAATGAATC
* * ** * * * ** *
233384 --TTTA---AA--AATT---A-AATT-CGTTTATTTGAATAACTATTTATTTTACTTTGTTTTGA
1 TGTTTACCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * * * * **
233437 CTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATATATGTTTATTTAGATTAAAATAAATTT
66 C-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAAT-AATAC
* *** * * * *
233502 TAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAAAAAACATGTTTATCGAACA
128 AAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAG-AAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT-GAACA
* * * * ** ** * ***
233567 AGTTCAAATAGTCATCACTCTTTGAATAATTATT-TTT--AA-T-AAAACAACTGTTTCAGTT--
191 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTATTTCAAATTGTTATGACCT-TTTGTTTTGA
* * * * * *** ** * * * ** *
233625 CATATAAGC--TTATTT-GA--AATAAAATAATATT-AATTTATTAAT-ATTCCAA-AAACTAA-
255 CATA-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATA-AAATAATACTAATTTATTAAT
** * * * *** * * * ** *
233681 AGAGT-AAGGGAATTAAGAAATGAATCTATTTACCAAACATGCTCAA-ATAGTTA-TGACTA-TT
318 A-TTTCAA--AAATTAATAAGT-AAAAGATTTA--AAA-A--ATAAATATATTTACAAACAAGTT
* * * * *** * * ** *
233742 -TAATAATTAT--CTATTTCAAAACATTATGAC-ATTT-TGTTTGTCATAAAATAATTGGTTCTA
374 CAAATAGTTATGACTATTTGAATA-ATTAT--CTATTTCAAATTGTTATGACCT--TTTGTT-T-
* * * ** * * ** * * *
233802 TG-CATGTAAGC--TTA-TT--TTGA-ATAAAATAATATAAATTTATTAATA-T--TTCA--AAA
432 TGTCAT-AAAACAATTATTTCATTCATATAAGCTTATTTAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * *
233855 ATT--AATAAGT-A-AA--A-ATTTAAAAAATAAATTTGC
496 ATTCCAAAAATTAATAAGTAGATTTAAAAAATGAA--T-C
* * ** * * *
233888 TTGCTGTACACTTTCAAATAGTTTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAAATTATCTATTTTAAA
1 -TG-TTTAC-C---GAACCAG--TTCAAATAATTATGACTATTTG-AATAATTATCTATTTCAAA
** * * *
233953 TCATTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAACTTATTTAGAAT-A
57 TTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTAGAATAA
** * * * * * *
234016 AATAATATTAATTTATTAAAATTCTAAAAACTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAAT-CGTTT
120 AATAATACAAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAG-AAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTT
* * * * * * * **
234080 ACT-AAGCGAGCTCAAATAGTAAAGA-TATTTGAATAATTTTTATTTCAAATCGTTATGATATTT
184 A-TGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTATTTCAAATTGTTATGACCTTT
* * ** *
234143 TG-TTTCATCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAATTTATTCAAAATAAAATAATATTAATT
247 TGTTTTGA-CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
* * * * *
234207 TATTAATA-TTCTAAAATTAATAAGTTGAAA-ATTTTAAAAATAAATATGTTCATCAAACAAGTT
311 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTA-CAAACAAGTT
* * * * * * * *
234270 CAAATAGTCATGTCCATTTGAATTATTATATTTTTCAAATTGTTATGACATTTT-TTTTGTC-GA
374 CAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * ** * * * *
234333 AAACAAAT-TTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATACTAATTTATTTTTGAACAATTA
439 AAACAATTATTTC-ATTCATATAAGCTTATTTA-AATAAAATAAT-A-CTA-ATTT-----ATTA
* * ** *** * * ** *
234397 TTTATTTCAAATTGTTATGACCTTCTTTTG-TCATAAAACAAATGTTTT
494 -ATATTCCAAA-AATTA--A---TAAGTAGAT--TTAAA-AAATGAATC
*** *** * * * ** **
234445 TGTTTATATAAATTTGTTCGAAATAAAGTAAT-ACTAATCT-ATTAA-TAT-T-TTAAAAATTAA
1 TGTTTA-CCGAACCAGTTC-AAAT-AA-TTATGACT-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGT
* *** ***** * * * *
234505 TA-AAAGATTG--AAAAAATAAAACCATT-TATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGAC-TATTTAA
61 TATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-T----TCA-TTC--ATA--CAAG-CTTATTT-A
* ** * * * * * ****** * * ** *
234565 GTAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTCCATTACA-AA-ACAATATTT--CTATTC
114 G-AATAAAATAATACAAAT--TTATTAATATTCAAAAAATTA-ATAAGAAAAGATTTAAAAAAT-
* * * * ** * * * * ***
234626 ATATATGCTTATTCAAATTAAAAT-AATACTAATATATTAATATTTTG-ACAATTAATGCATAAA
174 AAATATGTTTA-T-GAA-CAAGTTCAA-A-TAGT-TATGACTA-TTTGAACAATT-AT-TATTTC
* ** *** * ** * * * * * * *
234689 AAATT-TAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGATCAAATATTCATGACTATTTGA-ATAA--TT
230 AAATTGTTATGA-CCTTTTGTTT-TGACA-TAAAACAATTGTT--T--CTA-TTCATACAAGCTT
* ** * * * * **** * *
234750 ATT-TATTTCAAAATTATGACCT-TTTGTTTTATCAAAAAAGAAAAATTCAAT-TGATATAAGCT
287 ATTCAAAAT-AAAATAAT-A-CTAATT-TATTA--ATATTTCAAAAATT-AATAAG-TAAAAG--
* * ** * ** * * * * * * * *
234812 ATTCGAAATAAA-ATAATACTAAGTTATTAATATTTTAAAAATTAATAATTAAATGATATAAAAA
342 ATT-TAAA-AAATA-AATA-T-ATTTACAAACAAGTT-CAAA-TAGTTA-TGACT-ATTTGAATA
* * * * * ** *
234876 ATGAATCTGATTCTGAACAAGTT-TAAAT-A-ATTATGACTATTTG--A-ACAATTATTTATTTG
398 AT-TATCT-ATT-T---CAAATTGT-TATGACCTTTTG--T-TTTGTCATA-AAACAATTATTT-
* * * ** * * * ** * * * * * *
234935 AAATCACTATAA-ATT-TTTATTTTGACATAA-AATAATTT-TTTCTGTT-CATACA-TACTTAT
451 CATTCA-TATAAGCTTATTTA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* * *
234994 TAGA-ATAAAATAATAAAAATT
514 TAGATTTAAAA-AAT--GAATC
* * ** * * * * * * ** *
235015 TATTAACATTAAGACAATTAAAAGTAA--A--A-GATTTAAAAAAAAATCTATTTACAAA----C
1 TGTTTAC-CGAA-CCAGTTCAAA-TAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT-CAAATTGTT
** * * * * **
235071 A--A-----GTTTAAATCAT--TATAA--GTAT--TTGA-ACAATTTTATTTAGAA-AAAATAAT
62 ATGACTTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAAT
** * * * * * * **
235121 ATTAATTTATTAATATTC-CAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATCAATGTATTTACGAGTA
126 ACAAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATGAACA
* * * * * *
235185 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTGTTTTTTTCAAGTTGTTATGATCTTTTGTTTTGT
191 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-ATTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGA
* * * ** * *
235250 TATCAAACAATTG-TTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAGTAC-AATTTATTCATA-
255 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* ** * * *
235312 TTCTAAAAATCAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAAT-TGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTC
320 TTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTA-CAAACAAGTTCAAATAGTT
* * *** * * *
235376 ATGTAC-ATTTGAACT-ATTTTCTATTTTAAACCATTATGACATTTTGTTTTGTCGTAAAAGAAT
383 ATG-ACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* ** * * * * *
235439 T-GTTCTATTCATATAA-AATA-TTCAATAAAATAATATTAA-TTACTACTATT-TAAAAATTAA
446 TATTTC-ATTCATATAAGCTTATTTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAA
* * *
235499 TAA--ACATTTAAAAACTAAATC
510 TAAGTAGATTTAAAAAATGAATC
* *** ** * * **
235520 -GTTTTACCTATTTAGTTCAAATAGCTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTAT-
1 TG-TTTACCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* * * * * * * *
235583 A-TCTTTGTTTTTTTCCT-AAACATTTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCAGAGTAAAATATTG
65 ACT-TTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA
* * * ** * * *** *
235646 CTAAA-TTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTATGGTTTTAAAAAAT--GT-T-TTTGCCAA-T
127 C-AAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATGAACA
* * * * * * * *
235705 AGTTCAAATATTTAAGACTATTAGAACAATTATCCA-TT-GAATTGTTCT-AGCCTTTTGTATAG
191 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TATTTCAAATTGTTATGA-CCTTTTGTTTTG
* * * * * * * *
235767 TCATAAAATAATTGTTTCAATTTATATAGGTTTATTCAAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAC
254 ACATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * *
235832 A-TTCAAAAAATTAATAACG-ATAA-ATTAAAAATAAATAAATATGTTTGCCAAACAAGTTCAAA
318 ATTTC-AAAAATTAATAA-GTAAAAGATT-TAAA-AAATAAATATATTT-ACAAACAAGTTCAAA
* * * ** * * * *
235894 TA-TTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATCTTTTATTTTATCATAAACC
378 TAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* ** * * * **
235958 AATTGTTTCAGTTCATA-AATTTTATTGAAA-AAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAAT
443 AATTATTTCA-TTCATATAAGCTTATTTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAAT
* * * *
236021 TGATATGTTAGAGATTTAAAATATAAAT-
507 TAATAAG-T--AGATTTAAAAAATGAATC
* * * * * * * *
236049 TAGTTTATCAAATCAGTTCTAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTC-AATCGTTATA
1 T-GTTTACCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-
* * * *
236113 AACCTTTG-TTTGTCATAAAACAATTTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTTAGAATAAAATAATAC
64 GACTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATAC
* ** * ** * ***
236176 TAATTTATTAATATTTGAATAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAA-AT
128 AAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAG-AAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATGAACA-
* * *
236240 TAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAGTTATATATTTCAAATT-TTATAACCTTTTGTTTTG
191 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
236304 TCATAAAACAATT-ATTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATGTAATAATA
254 ACATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * * * *
236368 CTAT-GAAAATTAATAACTAAGAGACTTAAAAAATAAATTTGTTCACAAACCAGTTCAAATAGTT
319 -TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACAAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * * * * * * *
236432 AAGGCTATATGAACAATTATTTATTTCAAA-TATTATGACCTTTTCTTTTATC--AAAATAATTT
383 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA
* * * **
236494 TTTCCATTCTTACTAA-TTTATTTAAAATAAAAT-A-A--AA-TAATTAATATTTAAAAAATTAA
448 TTT-CATTCATA-TAAGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAA
* * *
236553 TCAGTAGGAGATTAAAAAAT---TT
510 TAAGTA-GA-TTTAAAAAATGAATC
* * * * * * **
236575 TGCTTGCTGAACTAGTTCGAATAATTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCATTATGA
1 TGTTTACCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * * * * * * *
236640 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTC-TTCAAATAAGTTTGTTTGGAATAAAATCATAT
66 -CTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AAT-TGTTTCATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATAC
* *** * * * * *
236704 TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATCTATTCACTAAACC
128 AAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAG-AAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TGAA-C
** * * ***
236769 AA-TTCATTTAGATATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCACTATGA-CTATTTGTTTT
190 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TTATTTCAAATTGTTATGACCT-TTTGTTTT
* * * * * *
236832 GTCATAAAAC-----CTT-TATT--T------TTATTTAGAAT-AAATAATGCTAATTTATTGAT
253 GACATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * ** **
236882 ATTAT-GAAAACTAATAAGTAATAGACTT-AAAAATGAAT-TGTTGGCTTGACAA-TAT-AAATA
318 ATT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTAC-AAACAAGT-TCAAATA
* * * * ** * * *
236942 GTTATGACTGTTTCAACAATTATCTATTTTAAATCATTA-GAACCTTTTGTTTATATCACAAAAT
380 GTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATG-ACCTTTTGTTT-TGTCATAAAAC
* * * * * **
237006 AATTGTTT-ATGTTCATATAAGCTTATTCAAGATAATATAATTCTAATTTATTAAAATTTTGAAA
443 AATTATTTCA--TTCATATAAGCTTATTTAA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAA
**
237070 GTTATAATAA-TAGATTTAAAAAA-GAATC
504 AAT-TAATAAGTAGATTTAAAAAATGAATC
* * * * * * *** *
237098 TATTTA-TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA-TATCTATTTCAAATCACTATAA
1 TGTTTACCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * *
237161 CCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTTTTTTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACA
66 -CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTCATACAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATACA
237225 AATTTATTAATATT-AAAATAATTAATAAGCAAAAGATTTTAAAAAAT--A-A-G--T-T---CA
129 AATTTATTAATATTCAAAA-AATTAATAAG-AAAAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTATGAACA
* * * *
237279 A--T----TAGTTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTTAAA-TGATTATGACTTTTTGCTTTG
191 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TTATTTCAAATTG-TTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *** * * *
237337 TCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTGAAATAATATTAA--TATTAAT-
254 ACATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* ** * * *
237399 TTTTACTAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTC
319 TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTAC-AAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * *** *** * *
237464 ATAACTATTTGAAGAAATACCTATTTCAAACCATTATGACCTTTTGTTTCAACATGAAACAATTG
383 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA
* * * * *
237529 TATAAGTTCATA-GAGCTTATTCGAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATT-A
448 TTTCA-TTCATATAAGCTTATT-TAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAA
* * *
237591 TGAGTAACATAATTAAAAAATGTATC
510 TAAGT-AGAT--TTAAAAAATGAATC
* * * * * * ** *
237617 -ATTTACCCTAA-AAGTTCAAATAGTTA-GACAATTTGATTAATTATCTATTTCAAATCATTTTG
1 TGTTTA-CCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* * *
237679 ATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTACTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATAT
65 A-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATAC
* * * * * *
237744 AAATTTATTAATATTCCAAAAATTACTAAGTATA-ATTTAAAAAATAAATA-GTTTTCTAAAC-A
128 AAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAAAAGATTTAAAAAATAAATATG-TTTATGAACAA
* * * * * * *
237806 -TTTAAATAATTATAACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTC
192 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGAC
* * * * ** * *
237870 ATAAACCAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATAAT
256 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * ** *
237935 CCAAAAATCAATAAGT-AAAGA--TAAAAAATAAATCTATTTACCGACAAGCTCAAATAGTTATG
321 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
237997 ACTGTTTAAATAGTTATTTATTTCAAATAGTTATGA-TTTTTGTTTT-TCATAAAACAATTATTT
386 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT
* * * * * *
238060 CTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATCAATAGG
451 C-ATTCATATAAGCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* *
238125 TAGGAAATCTAAAAAATAAAT-
514 TA-G--ATTTAAAAAATGAATC
* * ** * * * * *
238146 TATTTA-CAAATAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
1 TGTTTACCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * * * ** * **
238210 C-CTT-TTTTGTCAT-AAATAATTGTTTCTGTTCATACAA-ATTATCCATAATAAAATAATACTT
66 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACAA
*** * * * ** *
238271 ATTTATTAATATTTTGAAAATTAATATG---AGATTTAAAAACTAAATCTGTTTACCAAACTAGT
130 ATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TGAACAAGT
* * * * * * *
238333 TTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTATTTTGTCA-
194 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGACAT
* * * * * *
238396 ATAAACAA---TTTCT-TTCATATAAGCTTATTCAGATTAAGATGATACTAATTTAATAATA---
258 A-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * * * *
238454 -AAAAA-TAA-ATGT----GTTTGTCAAACCAATTCAAT-TAGTTA-AGACTACTAT-AACA-A-
322 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATT-T-AAA--AAATAAATATATTTACAAACAAGT-TCAA-ATAG
* * **** * * ** * *
238507 TTAT--CTATTT-CA-AATCATTCTGACTTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAT-TCATA
381 TTATGACTATTTGAATAATTA-TCT-A-TTTCAAATT-GTTATGACCT-TTTGTTT--TGTCATA
* * * * * * * * *** **
238567 CAAGC--TTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTT-ATTAACAT--T-C-AAAAGATTAATA-AG
439 -AAACAATTATTTC--ATTCATATAA-GCTTATTTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * * * * ** *
238623 CAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAA-GCAAGC
500 CAA-A-AATTAATAAGTAGA--T-TTAAAAAATG-AATC
* *** * ** * * * ****
238661 T-TAAATAGATATGACTA-TTTGAACAATTAT--CTATTTAAAATCATTATGACT-TTTTGTTTT
1 TGT--TTACCGA--ACCAGTTCAAATAATTATGACTATTT-GAATAATTAT--CTATTTCAAATT
** ** * * * ** * * ***
238721 GTCATAAAACAATTGTTTCAAT-TCATAAAA-ACTTATCT-A-AAATA-AAGC-AATACTACTTT
59 GT--TATGACTTTTGTTT---TGTCATAAAACAATTGTTTCATTCATACAAGCTTAT-TTAGAAT
* * * * *
238780 ATTAATATTTCAAAGTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-T
118 A-AAATAATACAAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAG-AAAAGATTTAAAAAATAAATAT
* * * * * *
238843 CATTTATCGAATC-AGTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAAAAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
180 -GTTTAT-GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TATTTCAAATTGTTATG
* ** * * * * * * *
238907 ACCTTTTAG-TTAGTTATAAAATAATCGTTT-TAGTTTATACAAGTTTATTTTAGAATAAATTAA
241 ACCTTTT-GTTTTGACATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAA
* ** * *
238970 TA-TAATTTATTAACA-TAAAAAAATTAATAAG-AAAGAAATTTAAAAAAATAAAATCTATTTAC
303 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTT-AAAAAAT-AAATATATTTA-
* * * * * *
239032 CAAACAAGTTCAAATAGTTATTATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTA
364 CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG
* * * * * ** * * *
239097 ATTTGTCAT-AAA-GATTGTTTTCAATT-A-ATAAGTTTAGATGGAACAAAATACTACTAATTTG
429 TTTTGTCATAAAACAATT-ATTTC-ATTCATATAAGCTTA-TTTAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * *
239158 TTAATATTTCCTAAATTATTAAATAA--AAATTTTAAAAATAAATA
491 TTAATA-TTCC-AAA-AATT-AATAAGTAGATTTAAAAAATGAATC
* *** * * * * *
239202 T-ATTA-TTTACTCAATTAAAATAATTATGACCATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCGTTATG
1 TGTTTACCGAAC-CAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* * * * ** * * *
239265 ACTCTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCAATGTTTCAA-CTTATTCA-AATAAAATAATCCA
65 ACT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACA
* * * *
239328 AATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCGAACA
129 AATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAG-AAAAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTA-TGAACA
* * * * *
239393 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCATTTTAAA--ATTAT-A--TTTTGTTTTGAC
191 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGAC
* * * * * * *
239453 ATAAAACAATTATTTCAATTGATAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATT
256 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
** * * * * *
239518 TTGAAAATTAATAAGCAAGAGTTTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAATTCAAATAGTTAT
321 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTA-CAAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * *
239583 GACTA-TT-AAAAATTGTCTATTTAAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTT
385 GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATT
* * * * *
239646 TCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAGACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAA
450 TCA-TTCATATAAGCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
* *
239711 GTAAGTGACTTAAAAAGTGAATC
513 GT-A--GATTTAAAAAATGAATC
* * ** * * * ** * **
239734 -ATTTAGCGAATTAATTCAAATAATTATGGCTATTTTAGCAATTATTTATTTCAAATCATTA-GT
1 TGTTTACCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATG-
* * ** *
239797 ACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTTTATCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAC
65 A-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT-TCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATAC
* * * * * * * * *
239862 TATTTTATTATTTTTTC-AAAAA-TAATAAG---ATATTTAAAAAA-AAATCTATTTATCAAACC
128 AAATTTATTA-ATATTCAAAAAATTAATAAGAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT-GAACA
** * * * ** * *
239921 AGTTTGAATAGTTGTGACTATTTGAACAATTGTATACTT-AAATCATTA-CAACTTTT-TTTCT-
191 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT-TG
* * ** ** * *
239982 ATCATAAAAAAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATTTTAATCTAAT-AT
254 A-CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * *
240046 ATTTCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCAGAACCAGTTCAAATAGT
318 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACA-AACAAGTTCAAATAGT
* * ** * * *
240111 TAAGACTATATGACCAATTATCAATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAAC---T
382 TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * *
240173 -TTTCAATTCATACT-TGCTTA-TTAGGAATAAAATAA-AATGAATCTATTAATATTACAAAAAT
447 ATTTC-ATTCATA-TAAGCTTATTTA--AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAAT
240234 TAATAAG-AGATTTAAAAAAT-AATTC
507 TAATAAGTAGATTTAAAAAATGAA-TC
* * * *
240259 TATTTACCTAACTAGTTCAAATTATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
1 TGTTTACCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * * * * *
240324 CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATGTTT-TTGCTCATATAAG-TT-TTTTGAAATAAAAAAAAT
66 -CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT--TCATACAAGCTTATTTAG-AAT-AAAATAAT
* * * * *
240386 ACTAATCTACTAATATTTC-AAAAATTAATAAG---AGATTT---AAAT--CTA--TTTATCAAA
126 ACAAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT-GAA
* * ** * *
240440 CAAGTTCTAATAGTAATGACTATTT-AAGCAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTC
189 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTA-TTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT
* * * * * * ** * *
240504 T-A-TTAAAACAATAGTTT-TGTTCACACAACCATAATT-GGATTAAAATAATATTAATTTATTA
252 TGACATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC-TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
** * * *
240565 ATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATA
316 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTAC-AAACAAGTTCAAATA
* * ** *
240630 GTCATGACTATTTGAGTAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTT-TTTTGT-AGTAAAACA
380 GTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACA
* * **
240693 ATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGATGTAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAAT
444 ATTATTTCA-TTCATATAAGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAAT
* * *
240757 TAATGAGTAAGAGAATTAAAAAAAGAATC
507 TAATAAGT---AGATTTAAAAAATGAATC
* * * * * * * * * *** *
240786 TGTTTACCAAATCACTTTAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATTTATTTCAAAACATAATGA
1 TGTTTACCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * * * * * * *
240851 CCTTCTATTTTGTCATAAAATAAGTGTTTCTCTTCATGCAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATATA
66 -CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACA
* * * ***
240915 AATTTATTAAT-TTTATAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAGTG
129 AATTTATTAATATTCA-AAAAATTAATAAG-AAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TGAACA
* * * * *
240979 AGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGATATGACATTTTGTTTTGT
191 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGA
* * * * * **
241044 CATTAAACAATTCTTTTTATTTATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
255 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * ** *
241109 TTTAAAAATTAA-AAG----AGATTTAAAAACTAAATCTATTTATTGGATC-AGTTCAAATAGTT
320 TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTA--CAAACAAGTTCAAATAGTT
* ** * *
241168 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTT
383 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA
* * **
241233 TTTCAATTCATACT-CGCTTA-TTAGGAATAAAATAA-AATGAAAACTATTAATAATT-CAAAAA
448 TTTC-ATTCATA-TAAGCTTATTTA--AATAAAATAATACT--AATTTATTAAT-ATTCCAAAAA
*
241294 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAACT-ATTC
506 TTAATAAGT---AGATTT-AAAAAA-TGAATC
* * * * **
241325 TGTTTACCTAATCAGTTCAAATAATTTTGGCTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
1 TGTTTACCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * ** * * * *
241390 CATTT-TTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTT-GAAATAAAAAAAATAC
66 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCATTCATACAAGCTTATTTAG-AAT-AAAATAATAC
* * * * * *
241453 TAATCTACTAATATTTC-AAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAGATAAATCT-TTGTATCAAAC
128 AAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTT-TAT-GAAC
* * * * *
241513 AAGTTCTAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTCT-
190 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * ** *
241577 ATTATAAAACAATAGTTT-TGTTTATACAAG-TATAATT-GGATTAAAATAATA-TCAATTTATT
254 A-CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT-T-ATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATT
** * * **
241638 AATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAAT
315 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTA-CAAACAAGTTCAAAT
* * * ** * * *
241703 AGTCATGACTATTCGAGTAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTTTTTTGT-AGTAAAAC
379 AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAAC
* * ** *
241767 AATTGTTTCCGTTCATATAAGCTTATTTGATGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
443 AATTATTT-CATTCATATAAGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA
* * *
241832 TTAATGAGTAAGATAATTAAAAAAAGAATA
506 TTAATAAGT-AGAT--TTAAAAAATGAATC
* ** * * * * * *** *
241862 TGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTCTCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATAATGA
1 TGTTTACCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * * * * *
241927 CCTTTTGTTTTATCATGAAACAATT-TCTTTATTCATGCAAGCTTCTTTCA-AA-AAAATAATAT
66 -CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCATTCATACAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATAC
* * * *** ** **
241989 AAATTTATTAATTTTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGACTTAAAAAATAAATCCATTTACCAAGTG
128 AAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAG-AAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATGAA-CA
242054 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
191 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
242080 ATAATCCATT
Statistics
Matches: 9628, Mismatches: 2390, Indels: 1897
0.69 0.17 0.14
Matches are distributed among these distances:
493 3 0.00
494 3 0.00
495 8 0.00
497 8 0.00
499 1 0.00
500 10 0.00
501 10 0.00
502 12 0.00
503 30 0.00
504 93 0.01
505 16 0.00
506 20 0.00
507 37 0.00
508 44 0.00
509 29 0.00
510 16 0.00
511 15 0.00
512 49 0.01
513 79 0.01
514 196 0.02
515 155 0.02
516 103 0.01
517 135 0.01
518 128 0.01
519 185 0.02
520 346 0.04
521 325 0.03
522 212 0.02
523 130 0.01
524 159 0.02
525 214 0.02
526 348 0.04
527 184 0.02
528 352 0.04
529 549 0.06
530 440 0.05
531 441 0.05
532 248 0.03
533 328 0.03
534 167 0.02
535 459 0.05
536 293 0.03
537 475 0.05
538 519 0.05
539 359 0.04
540 228 0.02
541 180 0.02
542 198 0.02
543 230 0.02
544 34 0.00
545 27 0.00
546 66 0.01
547 5 0.00
548 72 0.01
549 8 0.00
550 161 0.02
551 27 0.00
552 125 0.01
553 21 0.00
554 6 0.00
555 9 0.00
556 21 0.00
557 3 0.00
558 18 0.00
559 10 0.00
560 8 0.00
561 7 0.00
562 12 0.00
563 10 0.00
564 7 0.00
565 15 0.00
566 5 0.00
567 16 0.00
568 11 0.00
569 13 0.00
570 21 0.00
571 5 0.00
572 10 0.00
573 3 0.00
575 5 0.00
576 3 0.00
577 10 0.00
578 9 0.00
579 7 0.00
580 4 0.00
581 1 0.00
582 7 0.00
583 3 0.00
584 2 0.00
585 4 0.00
586 6 0.00
587 3 0.00
588 8 0.00
589 13 0.00
590 14 0.00
591 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (532 bp):
TGTTTACCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACAAA
TTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATGAACAAGTTC
AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGACATAAA
ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
TTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCATTC
ATATAAGCTTATTTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAGATTT
AAAAAATGAATC
Found at i:229124 original size:898 final size:892
Alignment explanation
Indices: 227539--229156 Score: 2067
Period size: 898 Copynumber: 1.8 Consensus size: 892
227529 ATATGAATGG
* **
227539 TTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTTTTGTCATAAACAATTGTTTTGTTCATACAAGCTTA
1 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTTTTGTCATAAACAATTGTTTCATTCATACAAGCTTA
* * * * * * ** * *
227604 TTCATATTAGAATAATACTAATTTAATAATAGTTCAAAAATTAATAAGTAAGGGATTTAGAAAAT
66 TTCAGAATAAAATAATACAAATTTAATAACAGTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTAAAAAAAT
* * * * * *
227669 AAATTTGTTTATTGAATAAGTTCAAATGGTTAAGATTATTAGAAAAACTTATCTATTTCAAATCA
131 AAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAAAAACTTATCTATTTAAAATCA
* ** * * * * *
227734 TTCTCACCTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAATT
196 TTATCACCTTTTGTTTAGACATAAAACAATTGTGTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAAT
* *
227799 AAAATTAATATTTTAACATTCAAAAAATTAGTAAGACAAATATTTACAAAAATAAATTTGTTTAC
261 AAAACTAATATTTTAACATTCAAAAAATTAATAAGACAAATATTTACAAAAATAAATTTGTTTAC
* *
227864 CAAACAAGTTTAAATAGTTATTGCTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTG
326 CAAACAAATTCAAATAGTTATTGCTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTG
* * *
227929 ATTTATCATAAAATAATTGTTTCAATTAATACAAGCTTAAATGGAAAAAAATACTAATTTATTTA
391 ATTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTAATACAAGCTTAAATAGAAAAAAATACTAATTTATTAA
**** * *
227994 TATTTTTGAAATTAATAAGTAAGAAATTAAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATCAGTTAAAATAA
456 TATTCCAAAAATTAATAAGT-AG-AATTAAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATCAGTTAAAATAA
** * *
228059 TTATGGCCATTTGAATGATTATCTATTTGAAATCGTTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAAT
519 TTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGATATGACCTTTTGTTTCATCACAAAACAAT
* * *
228124 TTTTTTTATCATACAAGCTTATTGAAATAAAATAATACTGATTTATTAATATTTCAAAAATTTAT
584 TTTTTTTATCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * * *
228189 AAGTAAGAGATTTAAAAATATATATATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAA
649 AAGTAAGAGATTTAAAAATATAAATATATTAACCAAACCAGTTCAAATACTTATAACTATTTAAA
228254 CAATTATTAATCTCAAATCGTTAAGATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTAATCATAGA
714 CAATTATTAATCTCAAATCGTTAAGATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTAATCATAGA
228319 AGGTTATTTGATTAAAAATAATACTAATTTAATAGTATTCCAAAAATTAACAAGAGATTTAAAAA
779 AGGTTATTTGATTAAAAATAATACTAATTTAATAGTATTCCAAAAATTAACAAGAGATTTAAAAA
228384 ATAAATGTGCTTGTGGAACCAATTCAAATAATTAAAATCATTAGAATAA
844 ATAAATGTGCTTGTGGAACCAATTCAAATAATTAAAATCATTAGAATAA
*
228433 TTATCTATTTCAAATCGTTATGATATTTTGTTTAGTCATAAA-ATATTTGTTTCATATCATACAA
1 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTT-TTT-GTCATAAACA-A-TTGTTTCAT-TCATACAA
** * *
228497 GCTTATTTGGAATAAAATAATCCAAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTGG
61 GCTTATTCAGAATAAAATAATACAAATTTAATAACAGTTC-AAAAATTAATAAGCAAAAGATT--
* *
228561 AAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATGT-GAACAA-TTAT-TGA
123 AAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTAT-TAGAAAAACTTATCT-A
** * * *
228623 TTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACATTTGTGTCAATTCATAAAAGCTTATCC
186 TTTAAAATCATTATCACCTTTTGTTTAGACATAAAACAATTGTGTCAATTCATAAAAGCTTATCC
* * * *
228688 AAAATAAAATAATACTAAT-TTCTTAATATTTAAAAAATTAAT-AGCCAAA-AGTTTA-AAAAAG
251 AAAATAAAATAAAACTAATATT-TTAACATTCAAAAAATTAATAAGACAAATA-TTTACAAAAA-
* * *
228749 TAAATTTGTTTAGCGAACAAATTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATT
313 TAAATTTGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATTG-CTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATT
* * * * * * ***
228813 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTGTTTAAGATAAAA
377 GTTATAACCTTTTGATTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTAATACAAGCTTAAAT-AGA-AAAA
* * *
228878 TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-G-ATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACCG
440 -AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAGAATTAAAAAAATAAATCTGTTTACCG
* * * * *
228941 AATCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTTAACAATTATCTATTTCG-AATTGATATTACTTTTTGT
504 AATCAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTT-GAAATCGATATGACCTTTTGT
** *
229005 TTGGTCACATAACAATTATTTTTTATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATT
568 TTCATCACAAAACAATT-TTTTTTATCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATT
* * * *
229070 AATCTTTCAATAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAA-ATAAATATATTAACCAAACCATTTCAAA
631 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATATAAATATATTAACCAAACCAGTTCAAA
*
229134 TACTTATAACTATTTGAACAATT
696 TACTTATAACTATTTAAACAATT
229157 GTACACCTCA
Statistics
Matches: 607, Mismatches: 97, Indels: 36
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
894 27 0.04
895 4 0.01
896 9 0.01
897 105 0.17
898 236 0.39
899 146 0.24
900 48 0.08
901 32 0.05
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (892 bp):
TTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTTTTGTCATAAACAATTGTTTCATTCATACAAGCTTA
TTCAGAATAAAATAATACAAATTTAATAACAGTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTAAAAAAAT
AAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAAAAACTTATCTATTTAAAATCA
TTATCACCTTTTGTTTAGACATAAAACAATTGTGTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAAT
AAAACTAATATTTTAACATTCAAAAAATTAATAAGACAAATATTTACAAAAATAAATTTGTTTAC
CAAACAAATTCAAATAGTTATTGCTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTG
ATTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTAATACAAGCTTAAATAGAAAAAAATACTAATTTATTAA
TATTCCAAAAATTAATAAGTAGAATTAAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATCAGTTAAAATAATT
ATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGATATGACCTTTTGTTTCATCACAAAACAATTT
TTTTTATCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
GTAAGAGATTTAAAAATATAAATATATTAACCAAACCAGTTCAAATACTTATAACTATTTAAACA
ATTATTAATCTCAAATCGTTAAGATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTAATCATAGAAG
GTTATTTGATTAAAAATAATACTAATTTAATAGTATTCCAAAAATTAACAAGAGATTTAAAAAAT
AAATGTGCTTGTGGAACCAATTCAAATAATTAAAATCATTAGAATAA
Found at i:230401 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 230079--230402 Score: 418
Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171
230069 TTGCAATAAC
*
230079 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTCCAATAAAATAGTAAAA
1 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTCCAATAAAATAATAAAA
* * *** * **
230144 ATTTCTTAATATTCAAACAATTAATAAGTCAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAGTAAG
66 ATTTATTAATATTCAAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATACATTTATCAAACAAG
* * *
230209 TTCAAATCGTTATGAGTATTTGAACTACAAATTGTTATGAT
131 TTCAAATAGTCATGAATATTTGAACTACAAATTGTTATGAT
* * ** * **
230250 TTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATTCAAGCTTA-TTGGATTAAAATAATATT
1 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTCCAATAAAATAATAAA
***
230313 AATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATACATTTATCAAACAA
65 AATTTATTAATATTCAAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATACATTTATCAAACAA
*
230378 GTTTAAATAGTCATGAATATTTGAA
130 GTTCAAATAGTCATGAATATTTGAA
230403 TAATTATCTA
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 23, Indels: 3
0.83 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
170 87 0.67
171 41 0.32
172 1 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (171 bp):
TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTCCAATAAAATAATAAAA
ATTTATTAATATTCAAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATACATTTATCAAACAAG
TTCAAATAGTCATGAATATTTGAACTACAAATTGTTATGAT
Found at i:232647 original size:184 final size:183
Alignment explanation
Indices: 232418--233292 Score: 518
Period size: 179 Copynumber: 4.9 Consensus size: 183
232408 TTTTTTTTGT
* * *
232418 TCATATAAGCTTATTTGCAATAAAATAATATTAGTCTAATAATATTTCAAAAATCAATAACTAAG
1 TCATATAAGCTTATTTGCAATAAAATAAAATGAATCTAATAATATTTCAAAAATCAATAACTAAG
* *
232483 ATAATTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTGAACTAGTTCG-AATATTTAAGACTATATGAACACTTA
66 A-AATTAAAAAATAAATTTGTTTACCT-AACTAGTT-GAAATAATTAAGACTATATGAACAATTA
*
232546 TCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAAATAAGTTTTTTTAAAC
128 TCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAATAAGTTTTTTTAAAC
* * * * **
232602 TCATACTAA-CTTATTTGGAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAA
1 TCATA-TAAGCTTATTTGCAATAAAATAAAATGAATCTAATAATATTTCAAAAATCAATAACTAA
* * * * * * *
232666 GAGATTTAAAAATAATTTTGTTTACCTAATTGGTTGAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATC
65 GAAATTAAAAAATAAATTTGTTTACCTAACTAGTTGAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATC
* * *
232731 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATGTTTTTGT----
130 TATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAA-ATAAGTTTTTTTAAAC
* * * * * * *
232781 TCATATAAGTTTATTTGAAATAAAGTAATACT-AATATATTATTATTTCAAAAAT---TAA-TAA
1 TCATATAAGCTTATTTGCAATAAAATAA-AATGAATCTAATAATATTTCAAAAATCAATAACTAA
* * * * * * * * *
232841 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA--TAAAATGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATT
65 GA-AATTAAAAAATAAATTTGTTTACCT-AACT-AGTTGAAATAATTAAGACTATATGAACAATT
* * ** * * * *
232904 ATTTATTTCATATTGTTATGACTTTTTGTCTAT-T-AT-AAAATAA-TTTTTCT-ATC
127 ATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGT-TTTGTCATAAAAATAAGTTTTTTTAAAC
* * * ** * * * *
232957 -CATACAAGCTTA-TT-CATATTAAAATAATACT-AATTTTTTAATATTCCAATAATTAATAA-G
1 TCATATAAGCTTATTTGCA-A-TAAAATAA-AATGAATCTAATAATATTTCAAAAATCAATAACT
* ** * * * * * * * **
233017 AAAAAATTTTTTAAAATAAATATGTTTA-CTGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAGTAA
63 AAGAAA--TTAAAAAATAAATTTGTTTACCT-AACTAGTTGAAATAATTAAGACTATATGAACAA
* * * * * *
233081 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAA-AA--TTATTTCAAT
125 TTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAATAAGTTTTTTTAAAC
* * * * * ** *
233137 TCATATAAGCTTATTCGAAATAACATAATACT-AAGT-TATTAATATAACAAAAATAAATAACTA
1 TCATATAAGCTTATTTGCAATAAAATAA-AATGAA-TCTAATAATATTTCAAAAATCAATAACTA
* * * * * * * * *
233200 AGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGCCAAACAAGTTTAAATTATTATGACTAT-TCAACAATTA
64 AGA-AATTAAAAAATAAATTTGTTTACCTAACTAGTTGAAATAATTAAGACTATATGAACAATTA
** *
233264 TCTATTAGAAATCATTATAACATTTTGTT
128 TCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTT
233293 GCATCATAAA
Statistics
Matches: 548, Mismatches: 110, Indels: 70
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
173 8 0.01
174 8 0.01
175 48 0.09
176 70 0.13
177 3 0.01
178 11 0.02
179 115 0.21
180 42 0.08
181 81 0.15
182 8 0.01
183 95 0.17
184 56 0.10
185 3 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (183 bp):
TCATATAAGCTTATTTGCAATAAAATAAAATGAATCTAATAATATTTCAAAAATCAATAACTAAG
AAATTAAAAAATAAATTTGTTTACCTAACTAGTTGAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATCT
ATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAATAAGTTTTTTTAAAC
Found at i:233961 original size:191 final size:189
Alignment explanation
Indices: 233723--234074 Score: 510
Period size: 191 Copynumber: 1.9 Consensus size: 189
233713 CCAAACATGC
*
233723 TCAAATAGTTATGACTATTTAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGTTTGTCATAA
1 TCAAATAGTTATGACTATTTAAAAATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGTTTGTCATAA
* ** * * *
233788 AATAATTGGTTCTATGCATGTAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATT-TCA
66 AACAATTGGTTCTATGCATAAAAACTTATTTAGAAT-AAATAATATAAATTTATTAAAATTCT-A
*
233852 AAAATTAATAAGT-AAAAATTTAAAAAATAAATTTGCTTGCTGTACACTTTCAAATAGTTT
129 AAAACTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGCTTGCTGTACACTTTCAAATAGTTT
* * *
233912 TCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTGTCAT
1 TCAAATAGTTATGACTATTT--AAAAATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGTTTGTCAT
* * * *
233977 AAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAACTTATTTAGAATAAATAATATTAATTTATTAAAATTCTA
64 AAAACAATTGGTTCTATGCATAAAAACTTATTTAGAATAAATAATATAAATTTATTAAAATTCTA
*
234042 AAAACTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAAT
129 AAAACTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAAT
234075 CGTTTACTAA
Statistics
Matches: 143, Mismatches: 16, Indels: 6
0.87 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
189 20 0.14
190 35 0.24
191 88 0.62
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (189 bp):
TCAAATAGTTATGACTATTTAAAAATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGTTTGTCATAA
AACAATTGGTTCTATGCATAAAAACTTATTTAGAATAAATAATATAAATTTATTAAAATTCTAAA
AACTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGCTTGCTGTACACTTTCAAATAGTTT
Found at i:234165 original size:177 final size:179
Alignment explanation
Indices: 233912--234374 Score: 467
Period size: 177 Copynumber: 2.6 Consensus size: 179
233902 CAAATAGTTT
* * * * *
233912 TCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTGTCAT
1 TCAAATAGTAAAGACTATTTGAAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTATCAT
* * *
233977 AAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAACTTATTTAGAAT-AAATAATATTAATTTATTAAAATTCT
66 AAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTCT
234041 AAAAACTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATCGTTTACTAAGCGAGC
131 -AAAACTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATCGTTTACTAAGCGAGC
* * * *
234091 TCAAATAGTAAAGA-TATTTG-AATAATT-TTTATTTCAAATCGTTATGATATTTTGTTTCATCA
1 TCAAATAGTAAAGACTATTTGAAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTT-ATCA
* * * *
234153 TAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAATTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTC
65 TAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTC
* ** * * * * *
234218 TAAAATTAATAAGTTGAAAATTTTAAAAATAAATATGTTCA-TCAAACAAGT
130 TAAAACTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAAT-CGTTTACT-AAGCGAGC
* * * * ** * * ** * * *
234269 TCAAATAGTCATGTCCATTTG-AATTATTATATTTTTCAAATTGTTATGACATTTTTTTTGTC-G
1 TCAAATAGTAAAGACTATTTGAAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTATCAT
* *
234332 AAAACAAAT-TTTCTATTCATACAAAA-TTATTCAGAATAAAATA
66 AAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAAACTTATTCAAAATAAAATA
234375 CTAATTTATT
Statistics
Matches: 237, Mismatches: 40, Indels: 16
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
176 25 0.11
177 100 0.42
178 62 0.26
179 25 0.11
180 25 0.11
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
TCAAATAGTAAAGACTATTTGAAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTATCAT
AAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTCT
AAAACTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATCGTTTACTAAGCGAGC
Found at i:234914 original size:176 final size:174
Alignment explanation
Indices: 234461--234933 Score: 467
Period size: 176 Copynumber: 2.7 Consensus size: 174
234451 TATAAATTTG
* *
234461 TTCGAAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTTAAAAATTAATA-AAAGATTGAAAAAATAAA
1 TTCGAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTTTAAAAATTAATATAAAGATT-AAAAAATAAA
* * * * *
234525 AC-CATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-AAGTAATTATTTATTTCAAATCATT
65 TCTGA-TTCT-AAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAA-TAATTATTTATTTCAAA-CATT
* * * * * * *
234588 ATGACTTTTTGTTCCATTACAAAACAATATTTCTATTCATATATGCTTA
126 ATGACCTTTTGTTCCATCAAAAAACAAAAATTCAATTCATATAAGCTTA
* * * *
234637 TTC-AAATTAAAATAATACTAATATATTAATATTTTGACAATTAATGCATAAAAAATTTAAAAAT
1 TTCGAAA-TAAAATAATACTAATATATTAATATTTTAAAAATTAAT--AT-AAAGATTAAAAAAT
* * * * *
234701 AAATATGTTTACCAAACTAGATCAAAT-ATTCATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAA-AT
62 AAATCTGATT-CTAAACAAGTTCAAATAATT-ATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAACAT
** * *
234764 TATGACCTTTTGTTTTATCAAAAAAGAAAAATTCAATTGATATAAGC-TA
125 TATGACCTTTTGTTCCATCAAAAAACAAAAATTCAATTCATATAAGCTTA
234813 TTCGAAATAAAATAATACTAAGT-TATTAATATTTTAAAAATTAATAATTAAATGATATAAAAAA
1 TTCGAAATAAAATAATACTAA-TATATTAATATTTTAAAAATTAAT-A-TAAA-GAT-TAAAAAA
* * * *
234877 TGAATCTGATTCTGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTT
61 TAAATCTGATTCTAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATTTATTT
234934 GAAATCACTA
Statistics
Matches: 242, Mismatches: 40, Indels: 30
0.78 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
175 7 0.03
176 115 0.48
177 59 0.24
178 3 0.01
179 50 0.21
180 8 0.03
ACGTcount: A:0.45, C:0.09, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (174 bp):
TTCGAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTTTAAAAATTAATATAAAGATTAAAAAATAAAT
CTGATTCTAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAACATTATGAC
CTTTTGTTCCATCAAAAAACAAAAATTCAATTCATATAAGCTTA
Found at i:235188 original size:113 final size:114
Alignment explanation
Indices: 234993--235215 Score: 258
Period size: 113 Copynumber: 2.0 Consensus size: 114
234983 TACATACTTA
234993 TTAGAATAAAATAATAAAAATTTATTAACATTAAGACAATTAAAAGTAAAAGATTTAAAAAAAAA
1 TTAGAATAAAATAATAAAAATTTATTAACATTAAGACAATTAAAAGTAAAAGATTTAAAAAAAAA
* * *
235058 TCTATTTACAAACAAGTTTAAATCA-TTATAAGTATTTGAACAATTTTAT
66 TCTATTTACAAACAAGTTCAAAT-AGTTATAACTATTTAAACAATTTTAT
** * *
235107 TTAGAA-AAAATAATATTAATTTATTAATATTCCA-A-AATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAAT
1 TTAGAATAAAATAATAAAAATTTATTAACATT-AAGACAATTAA-AAGTAAAAGATTTAAAAAA-
* * * ** *
235168 CAATGTATTTACGAGTAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATT
63 AAATCTATTTACAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATT
235216 GTTTTTTTCA
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 13, Indels: 9
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
112 21 0.23
113 64 0.70
114 7 0.08
ACGTcount: A:0.51, C:0.06, G:0.07, T:0.35
Consensus pattern (114 bp):
TTAGAATAAAATAATAAAAATTTATTAACATTAAGACAATTAAAAGTAAAAGATTTAAAAAAAAA
TCTATTTACAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTTTAT
Found at i:236172 original size:178 final size:176
Alignment explanation
Indices: 235113--238361 Score: 1056
Period size: 178 Copynumber: 18.6 Consensus size: 176
235103 TTATTTAGAA
* ** * * *
235113 AAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCCAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATCAATGTAT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGT
* * * * * * * * * *
235176 TTACGAGTAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTGTTTTTTTCAAGTTGTTATGATCTT
65 TTACAAATCAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATATATTTCAA--TGTTATAACCTT
* * * ** **
235241 TTGTTTTGTTATCAAACAATTGTTCT-ATTCATACAAGTTTATTTGAAAT
128 TTGTTTTGTCATAAAACAATTATTCTCA-TCATACAAGCCTATTCAAAAT
* * * * *
235290 AAAATAGTAC-AATTTATTCATATTCTAAAAATCAATAAGTT-GAAGATTTAAAAAATTAATTGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTAG-AGATTTAAAAAATAAATTGT
* * * * * * ** *
235353 TTATCAAA-CAAGTTCAAATAGTCATGTAC-ATTTGAACTATTTTCTATTTTAAACCATTATGAC
65 TTA-CAAATC-AGTTCAAATAGTTATG-GCTATTTGAACAATTATATA-TTTCAA-TGTTATAAC
* * * * * **
235416 ATTTTGTTTTGTCGTAAAAGAATTGTTCT-ATTCATATAA-AATATTC--AAT
125 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTCTCA-TCATACAAGCCTATTCAAAAT
* * * * * *
235465 AAAATAATATTAA-TTACTACTA-TTTAAAAATTAAT-A---A-ACATTTAAAAACTAAATCGTT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTG-T
* * * * * * * * *
235523 TTACCTATTTAGTTCAAATAGCTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTAT-ATC-
65 TTA-CAAATCAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATATATTTC-AAT-GTTATAACCT
* * * * * * * *
235586 TTTGTTTTTTTCCT-AAACATTTGTT-TCTATTCATACAAACTTATTCAGAGT
127 TTTG-TTTTGTCATAAAACAATTATTCTC-A-TCATACAAGCCTATTCAAAAT
* * * * * * *
235637 AAAATATTGCTAAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAG-TATG-GTTTTAAAAAAT--GTT-T
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTA-GAGATTTAAAAAATAAATTGT
* * * * * * ** * * *
235697 TTGCCAAT-AGTTCAAATATTTAAGACTATTAGAACAATTATCCA-TTGAATTGTTCTAGCCTTT
65 TTACAAATCAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATATATTTCAA-TGTTATAACCTTT
* * * * * * * **
235760 TGTATAGTCATAAAATAATTGTT-TCAATTTATATAGGTTTATTCAAAAAT
129 TGTTTTGTCATAAAACAATTATTCTC-A-TCATACAAGCCTATTC-AAAAT
* ** * *
235810 AAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAACGATA-A-ATTAAAAATAAATAAATA
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA-GTTAGAGATT-TAAA-AAATAAAT-
* * * * * * *
235873 TGTTTGCCAAA-CAAGTTCAAATA-TTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATG
62 TGTTT-ACAAATC-AGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATATATTT-CAAT-GTTATA
* * * * * *** *
235936 ATCTTTTATTTTATCATAAACCAATTGTT-TCAGTTCATA-AATTTTATT-GAAA-
123 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTCTCA--TCATACAAGCCTATTCAAAAT
* * * * *
235988 AAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGATATGTTAGAGATTTAAAATATAAATTAGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATT-GT
* * * *
236053 TTATCAAATCAGTTCTAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAATCGTTATAAACC-
65 TTA-CAAATCAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATATATTTCAAT-GTTAT-AACCT
* * * *
236117 TTTG-TTTGTCATAAAACAATTTTTTTCATCATACAAGCCTATTTAGAAT
127 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTCTCATCATACAAGCCTATTCAAAAT
* *
236166 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAATAATTAATAAG-TAGGAGATTTAAAAAATAAATCTG
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTA-GAGATTTAAAAAATAAAT-TG
* * * *
236230 TTTGCCAAATTAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAGTTATATATTTCAAATTTTATAACCT
64 TTT-ACAAATCAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATATATTTC-AATGTTATAACCT
** *
236295 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT
127 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTCTCATCATACAAGCCTATTCAAAAT
* * * * * * * *
236345 AAAATAATACTAATGTAATAATACTATGAAAATTAATAACTAAGAGACTTAAAAAATAAATTTGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAA-TTGT
* * * * * * *
236410 TCACAAACCAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTATTTATTTCAAATATTATGACCTTT
65 TTACAAATCAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATATATTTC-AATGTTATAACCTTT
* * * * * ** *
236475 TCTTTTATC--AAAATAATT-TTTTCCATTCTTACTAA-TTTATTTAAAAT
129 TGTTTTGTCATAAAACAATTATTCT-CA-TCATAC-AAGCCTATTCAAAAT
* * * * *
236522 AAAAT-A-A--AA-TAATTAATATTTAAAAAATTAATCAG-TAGGAGA-TTAAAAAAT--TTTGC
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTA-GAGATTTAAAAAATAAATTGT
* * * * * * * *
236578 TTGCTGAA-CTAGTTCGAATAATTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCATTATGACC
65 TTAC-AAATC-AGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATATATTTC-AAT-GTTATAACC
* * * * ** * ***
236642 TTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGT-TTTTCTTCAAATAAGTTTGTTTGGAAT
126 TTTTGTTTTGTCATAAAAC-AAT-TATTCTCATCATACAAGCCTATTCAAAAT
* * * * * * *
236694 AAAATCATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATCTAT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGT
* * * ** * ** * ** *
236759 TCACTAAACCAATTCATTTAGATATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCACTATGA-CT
65 TTAC-AAATCAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATATATTTC-AAT-GTTATAACCT
** *
236823 ATTTGTTTTGTCATAAAACCTTTATT-T--T--T---A---T-TT-AGAAT
127 -TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTCTCATCATACAAGCCTATTCAAAAT
* * * * * * * * *
236861 -AAATAATGCTAATTTATTGATATTATGAAAACTAATAAGTAATAGACTT-AAAAATGAATTGTT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTGTT
** ** * * * * * * * *
236924 GGCTTGA-CAATAT-AAATAGTTATGACTGTTTCAACAATTATCTATTTTAAATCATTAGAACCT
66 TAC-AAATCAGT-TCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATATA-TTTCAAT-GTTATAACCT
* * * * * ** * * *
236987 TTTGTTTATATCACAAAATAATTGTTTATGTTCATATAAGCTTATTCAAGAT
127 TTTGTTT-TGTCATAAAACAATT-ATTCTCATCATACAAGCCTATTCAAAAT
* * * * * * * * *
237039 AATATAATTCTAATTTATTAAAATTTTGAAAGTT-ATAA-TAATAGATTTAAAAAA-GAATCTAT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGT
** * * * **
237101 TTATGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA-TATCTATTTCAAATCACTATAACCT
65 TTACAAATC-AGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATATATTTC-AAT-GTTATAACCT
* * * *
237164 TTTGTTTTGTTATAAAACAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTTC-AAAT
127 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTCTCA-TCATACAAGCCTA-TTCAAAAT
* * ** *
237214 AAAATAATACAAATTTATTAATA-TTAAAATAATTAATAAGCAAAAGATTTTAAAAAAT-AA--G
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAA-AATTAATAAGTTAGAGA-TTTAAAAAATAAATTG
* * * * * *
237275 -TT-C--A--A--T----TAGTTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTTAAATGATTATGACTT
64 TTTACAAATCAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATATA-TTTCAATG-TTATAACCT
* * ** * *** *
237328 TTTGCTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGATT
127 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTCTCATCATACAAGCCTATTCAAAAT
* * ** * * * *
237379 GAAATAATATTAA--TATTAAT-TTTTACTAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATAT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGT
* * ** * * ** ** *
237441 TTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAGAAATACCTATTTCAAACCATTATGACC
65 TTAC-AAATC-AGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATATATTTC-AA-TGTTATAACC
*** * * * * * * *
237505 TTTTGTTTCAACATGAAACAATT-GTATAAGTTCATA-GAGCTTATTCGAAAT
126 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTCTCA--TCATACAAGCCTATTCAAAAT
* * * * * * ** **
237556 AAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATT-ATGAGTAACATAATTAAAAAATGTATCAT
1 AAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTGT
* * ** * * * * *
237619 TTACCCTAAA--AGTTCAAATAGTTA-GACAATTTGATTAATTATCTATTTCAAATCATTTTGAT
65 TTA--C-AAATCAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATATATTTC-AAT-GTTATAAC
* * ***
237681 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TCTACTCATACAAGCTTATTTTGAAT
125 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTCTC-A-TCATACAAGCCTATTCAAAAT
** * * *
237734 AAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTACTAAG-TATA-ATTTAAAAAATAAATAGT
1 AAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTGT
* * * ** * * *
237796 TTTCTAAA-CA-TTTAAATAATTATAACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCT
65 TTAC-AAATCAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATATATTTC-AAT-GTTATAACCT
* * * ** * **
237859 TTTATTTTGTCATAAACCAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAAT
127 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTCTCATCATACAAGCCTATTCAAAAT
* * ** * * *
237910 AAAATAAAACTAATTTATTAATAATCCAAAAATCAATAAG-TAAAGA--TAAAAAATAAATCTAT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGT
** * * * * * * * * *
237972 TTACCGA-CAAGCTCAAATAGTTATGACTGTTTAAATAGTTATTTATTTCAAATAGTTATGA-TT
65 TTACAAATC-AGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATATATTTC-AAT-GTTATAACCT
**
238035 TTTGTTTT-TCATAAAACAATTATT-TCTATTCATACAAGTTTATTCAAAAT
127 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTCTC-A-TCATACAAGCCTATTCAAAAT
* * * * * *
238085 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATCAAT-AGGTAGGAAATCTAAAAAATAAATTAT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTA-GAGATTTAAAAAATAAATTGT
* * * * *
238149 TTACAAATAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC--
65 TTACAAATCAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATATATTTC-AAT-GTTATAACCTT
* * ** ** * *
238212 TT-TTTTGTCAT-AAATAATTGTTTCTGTTCATACAA-ATTATCCATAAT
128 TTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTCTCATCATACAAGCCTATTCAAAAT
* * *
238259 AAAATAATACTTATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT-A--T-GAGATTTAAAAACTAAATCTGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGT
* *
238320 TTACCAAA-CTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
65 TTA-CAAATC-AGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTA
238362 CCTATCTCAA
Statistics
Matches: 2371, Mismatches: 516, Indels: 375
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
161 9 0.00
162 18 0.01
163 72 0.03
164 58 0.02
165 39 0.02
166 48 0.02
167 7 0.00
168 22 0.01
169 77 0.03
170 88 0.04
171 26 0.01
172 149 0.06
173 58 0.02
174 93 0.04
175 185 0.08
176 204 0.09
177 366 0.15
178 520 0.22
179 167 0.07
180 44 0.02
181 87 0.04
182 34 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (176 bp):
AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTGTT
TACAAATCAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATATATTTCAATGTTATAACCTTTTG
TTTTGTCATAAAACAATTATTCTCATCATACAAGCCTATTCAAAAT
Found at i:237287 original size:163 final size:162
Alignment explanation
Indices: 237109--237431 Score: 409
Period size: 164 Copynumber: 2.0 Consensus size: 162
237099 ATTTATGAAC
*
237109 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-AAACAA-TATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAA-AATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGCTTT
*
237172 GTTATAAAACAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAAT
65 GTCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAA--TATTAAT
237236 ATTAAAATAATTAATAAGCAAAAGATTTTAAAAAAT
128 -TTAAAATAATTAATAAGCAAAAGATTTTAAAAAAT
* * * * * * *
237272 AAGTTCAATTAGTTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTTAAATGATTATGACTTTTTGCTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGCTTTG
* ** * * ** *
237337 TCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTGAAATAATATTAATATTAATTTT
66 TCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATATTAATTTA
* * *
237402 TACTAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAA
131 AAATAATTAATAAGCAAAAGATTTTAAAAA
237432 TAAATATATT
Statistics
Matches: 137, Mismatches: 20, Indels: 7
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
162 29 0.21
163 32 0.23
164 42 0.31
165 34 0.25
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (162 bp):
AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGCTTTG
TCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATATTAATTTA
AAATAATTAATAAGCAAAAGATTTTAAAAAAT
Found at i:238087 original size:175 final size:174
Alignment explanation
Indices: 237276--242079 Score: 1506
Period size: 176 Copynumber: 27.1 Consensus size: 174
237266 AAAAATAAGT
* * * * * *
237276 TCAATTAGTTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTTAAAT-GATTATGACTTTTTGCTTTGTCA
1 TCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATAG-TTATGAC-TTTTGTTTTGTCA
* * *** * * * *
237340 TAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTGAAATAATATTAA--TATTAAT-TTT
64 TAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* ** * * * * *
237402 TACTAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGT
129 CAAAAATCAATAAGTAGAA-A--TAAAAAATAAAT-TATTTAC-CAA-AAGC
* * * * * * * ***
237454 TCAAATAGTCATAACTATTTGAAGAAATACCTATTTCAAACCA-TTATGACCTTTTGTTTCAACA
1 TCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
237518 TGAAACAATTGTAT-AAGTTCATA-GAGCTTATTCGAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATAT
64 TAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAT
* * * * ** * *
237580 TTCAAAAAT-TATGAGTAACATAATTAAAAAATGTATCATTTACCCTAAAAGT
127 TCCAAAAATCAATAAGT-AGA-AA-TAAAAAATAAATTATTTA-CC-AAAAGC
** ** *
237632 TCAAATAGTTA-GACAATTTGATTAATTATCTATTTCAAATCA-TTTTGATCTTTTGTTTTGTCA
1 TCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCA
* * ***
237695 TAAAACAATTGTTTCTACTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATT
64 TAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT
* * * * * * *
237759 CCAAAAATTACTAAGTATAATTTAAAAAATAAA-TAGTTTTCTAAACA-T
128 CCAAAAATCAATAAGTAGAA-ATAAAAAATAAATTA-TTTACCAAA-AGC
* * * * *
237807 TTAAATAATTATAACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCAT
1 TCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCAT
* * * ** * *
237872 AAACCAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATAATCC
65 AAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCC
*
237937 AAAAATCAATAAGTA-AAGATAAAAAATAAATCTATTTACCGACAAGC
130 AAAAATCAATAAGTAGAA-ATAAAAAATAAAT-TATTTACC-AAAAGC
* * * * *
237984 TCAAATAGTTATGACTGTTTAAATAGTTATTTATTTCAAATAGTTATGATTTTTGTTTT-TCATA
1 TCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACTTTTGTTTTGTCATA
* *
238048 AAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA
66 AAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
* * *
238113 AAAATCAATAGGTAGGAAATCTAAAAAATAAATTATTTACAAATAAGT
131 AAAATCAATAAGTA-GAAA--TAAAAAATAAATTATTTACCAA-AAGC
* * * * *
238161 TCAAATAGTCATGTCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-CTT-TTTTGTCAT-
1 TCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * * ***
238223 AAATAATTGTTTCTGTTCATACAA-ATTATCCATAATAAAATAATACTTATTTATTAATATTTTG
66 AAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
* * ** * * *
238287 AAAATTAATATG-AGATTTAAAAACTAAATCTGTTTACCAAACTAGT
131 AAAATCAATAAGTAGAAATAAAAAATAAAT-TATTTACCAAA--AGC
* * * * * *
238333 TTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATCTCAAATCGTTATGA-TCTTTATTTTGTCA-
1 TCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACT-TTTGTTTTGTCAT
* * * * * *
238396 ATAAAC-A--ATTTCT-TTCATATAAGCTTATTCAGATTAAGATGATACTAATTTAATAATA---
65 A-AAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* ** * * ** * * * *
238454 -AAAAATAAATGTGTTTGTCAA-ACCAATTCAATTAGTT---AAGA-C
129 CAAAAATCAATAAG-TAG-AAATAAAAAATAAATTATTTACCAAAAGC
* ** * * *
238496 T--ACTA--TA--AC-AATT-ATC-------TATTTCAAATCA-TTCTGACTTTTTGTTTAGTCA
1 TCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGAC-TTTTGTTTTGTCA
* *
238545 TAAAATAATTATTTC-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATT-
64 TAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * *
238608 CAAAAGATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAGCAAGC
129 CAAAA-ATCAATAAG-TAGA-A-ATAAAAAATAAAT-TATTTACCAA--AAGC
* * * *
238661 TTAAATAGATATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCA-TTATGACTTTTTGTTTTGTCA
1 TCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGAC-TTTTGTTTTGTCA
* * * * ** *
238725 TAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTA-TCTAAAATAAAGCAATACTACTTTATTAATATT
64 TAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * ** * * * * ** *
238789 TCAAAGTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-GATTTAAAAAATAAATTC
128 CCAAA--AATCAATAAGT-AGAAA-TAAAAAATAA-ATTATTT--ACCA-AAA-GC
* ** * *
238844 ATTTATCGAATCAGTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAAAAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
1 -----TCAAAT-AGTT---ATGACT--G--T-TT-GAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA-
* * * ** * * * * *
238909 CTTTTAG-TTAGTTATAAAATAATCGTTT-TAGTTTATACAAGTTTATTTTAGAATAAATTAATA
50 CTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATA
* ** * *
238972 -TAATTTATTAACA-TAAAAAAATTAATAAGAAAGAAATTTAAAAAAATAAAATCTATTTACCAA
112 CTAATTTATTAATATTCCAAAAATCAATAAG-TAGAAA--T-AAAAAAT-AAAT-TATTTACC-A
*
239035 ACAAGT
170 A-AAGC
* * * * * * **
239041 TCAAATAGTTATTATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTAATTTGTCAT
1 TCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * ** * * *
239106 -AAA-GATTGTTTTCAATT-A-ATAAGTTTAGAT-GGAACAAAATACTACTAATTTGTTAATATT
65 AAAACAATT-ATTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-T
* * * * * * *
239166 TCC-TAAATTATTAAATAAAAATTTTAAAAATAAATATATTATTTACTC--AA-T
127 TCCAAAAATCAATAAGTAGAAA---T--AAA-AAATAAATTATTTAC-CAAAAGC
* * ** ** * *
239217 TAAAATAATTATGACCATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTCTTTGTTTAGTCAT
1 TCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACT-TTTGTTTTGTCAT
* * * * * * * *
239282 AAAATATTTGTTTCAATGT--TTCAA-CTTATTC-AAATAAAATAATCCAAATTTATTAACATTC
65 AAAACAATTATTTCTAT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * * * *
239343 AAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGT
129 CAAAAATCAATAAGTAGAA-A--T-AAAAAATAAAT-TATTTACC-AA-AAGC
* * * * *
239396 TTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATC-ATTTTAAA-A-TTAT-A-TTTTGTTTTGACATA
1 TCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * ***
239456 AAACAATTATTTCAATTGATAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTTG
66 AAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
* * ** **
239521 AAAATTAATAAGCAAGAGTTTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAAT
131 AAAATCAATAAG-TAGA--AATAAAAAATAAA-TTATTTACC-AA-AAGC
* * * * * *
239571 TCAAATAGTTATGACT-ATT-AAAAATTGTCTATTTAAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTTAT
1 TCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGAC-TTTTGTTTTGTCAT
* * * *
239634 AAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAGACTAATTTAATAATATTT
65 AAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* ** * * * * *
239698 CAAAAATTAATAAGTAAGTGACTTAAAAAGTGAATCATTTAGCGAATTAA-T
129 CAAAAATCAATAAGT-A--GAAATAAAAAATAAATTATTTA-CCAA--AAGC
* * * * * * *
239749 TCAAATAATTATGGCTATTTTAGCAATTATTTATTTCAAATCA-TTA-GTACCTTTTGTTTGGTC
1 TCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATG-A-CTTTTGTTTTGTC
* * * *** * * *
239812 ATATAACAATTGTTT-TTTATCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTATTTTATTATTTT
63 ATAAAACAATTATTTCTAT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * ** * *
239876 TTCAAAAAT-AATAAG-ATATTTAAAAAA-AAATCTATTTATCAAACCAGT
127 TCCAAAAATCAATAAGTAGAAATAAAAAATAAAT-TATTTACCAAA--AGC
** * * * * * ** *
239924 TTGAATAGTTGTGACTATTTGAACAATTGTATACTT-AAATCA-TTACAACTTTT-TTTCTATCA
1 TCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACTTTTGTTT-TGTCA
* ** ** * * *
239986 TAAAAAAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATTTTAATCTAAT-ATATTT
64 TAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * * ** *
240050 CAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTGCAGAACCAGT
129 CAAAAATCAATAAGT-AGA-A-ATAAAAAATAAATTAT-TTACCA-AA--AGC
* * * * * * *
240102 TCAAATAGTTAAGACTATATGACCAATTATCAATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCAT
1 TCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCAT
* ** * * *
240167 AAAAC---T-TTTCAATTCATACTTGCTTATT-AGGAATAAAATAA-AATGAATCTATTAATATT
65 AAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT
* * ** * * *
240226 ACAAAAATTAATAAG-AGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTAACTAGT
128 CCAAAAATCAATAAGTAGAAATAAAAAATAAAT-TATTTACC-AA-AAGC
* * *
240275 TCAAATTA-TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
1 TCAAA-TAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCA
* * * * ** * * ** * * *
240339 TAAAATAAATGTTTTTGCTCATATAAG-TTTTTTGAAATAAAAAAAATACTAATCTACTAATATT
64 TAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * *
240403 TCAAAAATTAATAAG-AG--AT-----TTAAATCTATTTATCAAACAAGT
128 CCAAAAATCAATAAGTAGAAATAAAAAATAAAT-TATTTA-CCAA-AAGC
* * * * * *
240445 TCTAATAGTAATGACTATTT-AAGCAATTATTTATTTCAAATCA-TTATGACTTTT-TGTTCT-A
1 TCAAATAGTTATGACTGTTTGAA-CAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACTTTTGTTTTGTCA
* * * * ** * *
240506 TTAAAACAA-TAGTTT-TGTTCACACAACCATAATT-GGATTAAAATAATATTAATTTATTAATA
64 -TAAAACAATTA-TTTCTATTCATACAAGC-TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
*** * * * * * *
240568 TTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGT
126 TTCCAAAAATCAATAAGTAGAA-A--TAAAAAATAAAT-TATTTAC-CAA-AAGC
* * ** *
240623 TCAAATAGTCATGACTATTTGAGTAATTATCTATTTCAAATCA-TTCTGACCTTTT-TTTTGT-A
1 TCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCA
* * ** **
240685 GTAAAACAATTGTTT-TAGTTCATATAAGCTTATTTGATGTAAAATAATACTAATTTATTAATAT
64 -TAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * *
240749 T-CAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAA-AGAATCTGTTTACCAAATCA-C
127 TCCAAAAATCAATAAGT-AGA-AA-TAAAAAATA-AAT-TATTTACCAAA--AGC
* * * * * * * * *
240801 TTTAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATTTATTTCAAA-ACATAATGACCTTCTATTTTGTC
1 -TCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATA-GTTATGA-CTTTTGTTTTGTC
* * * * * * *
240865 ATAAAATAAGTGTTTCTCTTCATGCAAGCTTATTC-GAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATTT
63 ATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAT
** * * ** ** *
240928 TATAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAGTGAGT
127 TCCAAAAATCAATAAGTAGAA-A--TAAAAAATAAAT-TATTTA-CCA-AAAGC
* * * * *
240982 TCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGATATGACATTTTGTTTTGTCAT
1 TCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGAC-TTTTGTTTTGTCAT
* * * * * ** **
241047 TAAACAATTCTTTTTATTTATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT
65 AAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCC
* ** * ** ** *
241112 AAAAATTAA-AAG-AGATTTAAAAACTAAATCTATTTATTGGATCAGT
130 AAAAATCAATAAGTAGAAATAAAAAATAAAT-TATTTA--CCAAAAGC
* *
241158 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTATTTTGTCA
1 TCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCA
* * ** * * **
241222 TAAAACAATTTTTTCAATTCATACTCGCTTATT-AGGAATAAAATAA-AATGAAAACTATTAATA
64 TAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AAATAAAATAATACT--AATTTATTAAT-
* * * * * *
241285 ATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-ACTATTCTGTTTACCTAATCAGT
125 ATTCCAAAAATCAATAAGT-AGA-A-ATAAAAAATA--AAT-TATTTACC-AA-AAGC
* * * * * * *
241341 TCAAATAATTTTGGCTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTT-TTTTGTCATA
1 TCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * * ** * * * *
241405 AAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGAAATAAAAAAAATACTAATCTACTAATATTTC
66 AAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCC
* ** * * *
241470 AAAAATTAATAAG-AGATTTAAAAGATAAATCT-TTGTATCAAACAAGT
130 AAAAATCAATAAGTAGAAATAAAAAATAAAT-TATT-TA-CCAA-AAGC
* * * * * * * *
241517 TCTAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTCTATTAT
1 TCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGAC-TTTTGTTTTGTCAT
* * ** *
241582 AAAACAA-TAGTTT-TGTTTATACAAG-TATAATT-GGATTAAAATAATA-TCAATTTATTAATA
65 AAAACAATTA-TTTCTATTCATACAAGCT-T-ATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA
*** * * * * ** *
241642 TTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGT
126 TTCCAAAAATCAATAAGTAGAA-A--TAAAAAATAAAT-TATTTA-CCAA-AAGC
* * * ** * * *
241697 TCAAATAGTCATGACTATTCGAGTAATTATCTATTTCAAATCA-TTCTAACCTTTTTTTTTGT-A
1 TCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCA
* ** * ** **
241760 GTAAAACAATTGTTTCCGTTCATATAAGCTTATTTGATGTAAAATAATACTAATTTATTAATATT
64 -TAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * *
241825 TCAAAAATTAATGAGTAAGATAATTAAAAAA-AGAATATGTTTACCAAATAAGT
128 CCAAAAATCAATAAGT-AGA-AA-TAAAAAATA-AAT-TATTTACC-AA-AAGC
* * * * * *
241878 TCAAATAGTTATGACTCTCTAAACAATTATCTATTTCAAA-ACATAATGACCTTTTGTTTTATCA
1 TCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATA-GTTATGA-CTTTTGTTTTGTCA
* * * *
241942 TGAAACAATT-TCTT-TATTCATGCAAGCTTCTTTC-AAA-AAAATAATA-TAAATTTATTAATT
64 TAAAACAATTAT-TTCTATTCATACAAGCTT-ATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA
* * * * * *
242002 TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGACTTAAAAAATAAATCCATTTACCAAGTGAGT
126 TTCCAAAAATCAATAAGTAGAA-A--TAAAAAATAAAT-TATTTACCAA--AAGC
*
242057 TCAAATAGTTATGACTATTTGAA
1 TCAAATAGTTATGACTGTTTGAA
242080 ATAATCCATT
Statistics
Matches: 3552, Mismatches: 762, Indels: 623
0.72 0.15 0.13
Matches are distributed among these distances:
148 14 0.00
149 13 0.00
150 3 0.00
152 43 0.01
155 6 0.00
156 11 0.00
157 2 0.00
158 7 0.00
159 6 0.00
161 3 0.00
162 2 0.00
163 1 0.00
164 2 0.00
165 2 0.00
166 2 0.00
167 46 0.01
168 28 0.01
169 17 0.00
170 74 0.02
171 20 0.01
172 100 0.03
173 171 0.05
174 99 0.03
175 244 0.07
176 510 0.14
177 341 0.10
178 322 0.09
179 399 0.11
180 464 0.13
181 300 0.08
182 82 0.02
183 73 0.02
184 2 0.00
188 8 0.00
189 3 0.00
191 4 0.00
192 9 0.00
195 11 0.00
196 3 0.00
197 15 0.00
198 72 0.02
199 17 0.00
200 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (174 bp):
TCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACTTTTGTTTTGTCATA
AAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
AAAATCAATAAGTAGAAATAAAAAATAAATTATTTACCAAAAGC
Found at i:238800 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 238778--238810 Score: 66
Period size: 17 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
238768 CAATACTACT
238778 TTATTAATATTTCAAAG
1 TTATTAATATTTCAAAG
238795 TTATTAATATTTCAAA
1 TTATTAATATTTCAAA
238811 AATTAATAAG
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 16 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.06, G:0.03, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
TTATTAATATTTCAAAG
Found at i:238817 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 238780--238818 Score: 53
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 16
238770 ATACTACTTT
*
238780 ATTAATATTTCAAAGTT
1 ATTAATATTTCAAAG-A
238797 ATTAATATTTCAAA-A
1 ATTAATATTTCAAAGA
238812 ATTAATA
1 ATTAATA
238819 AGTAAGAGAT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 7 0.33
17 14 0.67
ACGTcount: A:0.49, C:0.05, G:0.03, T:0.44
Consensus pattern (16 bp):
ATTAATATTTCAAAGA
Found at i:239672 original size:179 final size:181
Alignment explanation
Indices: 238795--242079 Score: 2422
Period size: 180 Copynumber: 18.5 Consensus size: 181
238785 TATTTCAAAG
* *
238795 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TCATTTATCGAATC-AG
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTTA-CCAAACAAG
* * * * * *
238858 TTCAAATGGTTAAGACTATTAGAAAAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTAG-TTAGTT
64 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-GTTTTGTC
* * * * * * *
238922 ATAAAATAATCGTTTTAGTTTATACAAGTTTATTTTAGAATAAATTAATA-TAAT
128 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAAT
* ** * *
238976 TTATTAACA-TAAAAAAATTAATAAGAAAGAAATTTAAAAAAATAAAATCTATTTACCAAACAAG
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAAT-AAATCTATTTACCAAACAAG
* * * * * **
239040 TTCAAATAGTTATTATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTAATTTGTCA
64 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * ** * * *
239105 T-AAA-GATTGTTTTCAATT-A-ATAAGTTTAGATGGAACAAAATACTACTAAT
129 TAAAACAATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
* ** * * * * * ** **
239155 TTGTTAATATTTCCTAAATTATTAAATAA-AAATTTTAAAAATAAATATA-TTATTTACTCAA-T
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CCAAACAAGT
* * * ** *
239217 TAAAATAATTATGACCATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTCTTTGTTTAGTCA
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCA
* * * * *
239281 TAAAATATTTGTTTCAATGTT--T-CAA-CTTA-TTCAAATAAAATAATCCAAAT
129 TAAAACAATTGTTTC-A-GTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
* * * *
239331 TTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAG
1 TTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAG
* * * * *
239395 TTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATC-ATTTTAAA--ATTAT-A--TTTTGTTTTGACA
64 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * ***
239454 TAAAACAATTATTTCAATTGATAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAATACTAAT
129 TAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
* ** * * * *
239507 TTCTTAATATTTTGAAAATTAATAAGCAAGAGTTTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAATT
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTT
* * * * * *
239572 CAAATAGTTATGACTA-TT-AAAAATTGTCTATTTAAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTTATA
66 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
** *
239635 AAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAGACTAAT
131 AAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * * **
239686 TTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGACTTAAAAAGTGAATC-ATTTAGCGAATTAA-T
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CCAAACAAGT
* * * * * * *
239749 TCAAATAATTATGGCTATTTTAGCAATTATTTATTTCAAATCATTA-GTACCTTTTGTTTGGTCA
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG-ACCTTTTGTTTTGTCA
* ** * *
239813 TATAACAATTGTTT-TTTATCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTATT
129 TAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
* * * * *
239866 TTATTATTTTTTC--AAA--AATAA-TAAGATATTTAAAAAA-AAATCTATTTATCAAACCAGTT
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTT
** * * * * * * * *
239925 TGAATAGTTGTGACTATTTGAACAATTGTATACTT-AAATCATTA-CAACTTTT-TTTCTATCAT
66 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT-TGTCAT
* * **
239987 AAAAAAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATTTTAAT
130 AAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * * *
240039 CTAAT-ATATTTCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-GCAGAACCAGT
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCA-AACAAGT
* * * * *
240102 TCAAATAGTTAAGACTATATGACCAATTATCAATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCAT
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* ** * * *
240167 AAAAC---T-TTTCAATTCATACTTGCTTATTAGGAATAAAATAA-AATGAAT
130 AAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AAT
* * * * *
240215 CTATTAATATTACAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTAACTAGTT
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTT
* *
240276 CAAATTA-TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
66 CAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * ** * * * *
240340 AAAATAAATGTTTTTGCTCATATAAG-TTTTTTGAAATAAAAAAAATACTAAT
130 AAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAAT
* * *
240392 CTACTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGA-TT------TAAATCTATTTATCAAACAAGTT
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTT
* * * * * * *
240446 CTAATAGTAATGACTATTT-AAGCAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTCTAT--T
66 CAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * * * *
240508 AAAACAATAGTTT-TGTTCACACAACCATAATTGGATTAAAATAATATTAAT
130 AAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
** * * * * **
240559 TTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTT
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTT
* ** * *
240624 CAAATAGTCATGACTATTTGAGTAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTT-TTTTGT-AGT
66 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA-T
* * **
240687 AAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGATGTAAAATAATACTAAT
130 AAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
* * * *
240739 TTATTAATA-TTCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAA-AGAATCTGTTTACCAAATC-AC
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-AATCTATTTACCAAA-CAAG
* * * * * * * * *
240801 TTTAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATTTATTTCAAAACATAATGACCTTCTATTTTGTCA
64 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * ** * *
240866 TAAAATAAGTGTTTCTCTTCATGCAAGCTTATTCG-AATAAAATAATA-TAAAT
129 TAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AAT
* * *** ***
240918 TTATTAAT-TTTATAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAGTGAGT
1 TTATTAATATTT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGT
* * * *
240982 TCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGATATGACATTTTGTTTTGTCAT
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * ** **
241047 TAAACAATTCTTTTTA-TTTATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
130 AAAACAATT-GTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
* * *** *
241099 TTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA--AAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTATTGGATC-AGT
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CCAAACAAGT
* *
241158 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCAT
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * ** * * * *
241223 AAAACAATTTTTTCAATTCATACTCGCTTATTAGGAATAAAATAA-AATGAAAA
130 AAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT--AAT
* * * * *
241276 CTATTAATAATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-ACTATTCTGTTTACCTAATC-A
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA--AATCTATTTACC-AAACAA
* * * * * *
241339 GTTCAAATAATTTTGGCTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CATTT-TTTTGTC
63 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* ** * * * *
241402 ATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGAAATAAAAAAAATACTAAT
128 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAAT
* * * *
241457 CTACTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAGATAAATCT-TTGTATCAAACAAGT
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATT-TACCAAACAAGT
* * * * * * *
241517 TCTAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTCTATTAT
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * *
241582 AAAACAATAGTTT-TGTTTATACAAG-TATAATTGGATTAAAATAATA-TCAAT
130 AAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCT-TATTTGAAATAAAATAATACT-AAT
** * * * * ***
241633 TTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTT
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTT
* * ** * * * *
241698 CAAATAGTCATGACTATTCGAGTAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTTTTTTGT-AGT
66 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA-T
* * **
241762 AAAACAATTGTTTCCGTTCATATAAGCTTATTTGATGTAAAATAATACTAAT
130 AAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * *
241814 TTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGATAATTAAAAAA-AGAATATGTTTACCAAATAAGT
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-AATCTATTTACCAAACAAGT
* * * * * * *
241878 TCAAATAGTTATGACTCTCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATAATGACCTTTTGTTTTATCAT
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * *
241943 GAAACAATT-TCTTTA-TTCATGCAAGCTTCTTTCAAA-AAAATAATA-TAAAT
130 AAAACAATTGT-TTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AAT
* * * ***
241993 TTATTAAT-TTTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGACTTAAAAAATAAATCCATTTACCAAGTGAGT
1 TTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGT
242057 TCAAATAGTTATGACTATTTGAA
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAA
242080 ATAATCCATT
Statistics
Matches: 2436, Mismatches: 538, Indels: 262
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 33 0.01
168 18 0.01
169 4 0.00
170 68 0.03
171 8 0.00
172 11 0.00
173 174 0.07
174 38 0.02
175 109 0.04
176 385 0.16
177 161 0.07
178 205 0.08
179 373 0.15
180 435 0.18
181 259 0.11
182 95 0.04
183 60 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTT
CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
AAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
Found at i:240959 original size:359 final size:355
Alignment explanation
Indices: 236937--242039 Score: 2123
Period size: 353 Copynumber: 14.5 Consensus size: 355
236927 TTGACAATAT
* * * * * * * *
236937 AAATAGTTATGACTGTTTCAACAATTATCTATTTTAAATCATTA-GAACCTTTTGTTTATATCAC
1 AAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATAATG-ACCTTTTATTT-TATCAT
* * * * * * * *
237001 AAAATAATTGTTTATGTTCATATAAGCTT-ATTCAAGATAATATAAT-TCTAATTTATTAAAATT
64 AAAACAA-TGTTTCTATTCATACAAGCTTAATTCGA-ATAAAATAATAT-AAATTTATTAATATT
* * * * * * *
237064 TTGAAAGTT-ATAA-TAATAGATTTAAAAAA-GAATCTATTTA-TGAACAAGTTCAAATAGTTAT
126 TTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCAT
* * * * * *
237125 GACTATTTAAACAA-TATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTTTT
191 GACTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * *
237189 TTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT--AAAA-TAAT--
255 TTAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * ** *
237247 --TAA-TAAGCAAAAGA--T-TTTAAAAAATAAGTTC
320 GAGAATTAA-AAAAAAATCTGTTTACCAAATCAGTTC
* * * * ** * * ** *
237278 AATTAGTTATGACTATTTGAAA-AATTATTTATTTTAAATGATTATGACTTTTTGCTTTGTCATA
1 AAATAGTTATGACTATCT-AAACAATTATCTATTTCAAAACATAATGACCTTTTATTTTATCATA
* * * * * * * *
237342 AAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTGAAATAATATTAA--TATTAAT-TTTTA
65 AAACAA-TGTTTCTATTCATACAAGCTTAATTCGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTTA
** * * *
237404 CTAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATAAC
129 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGAC
* * * *** * * *
237469 TATTTGAAG-AAATACCTATTTCAAACCATTATGACCTTTTGTTTCAACATGAAACAATTGTATA
194 TATTTG-AGCAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* *
237533 AGTTCATA-GAGCTTATTCGAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTATGAGT
257 AGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTA--A-T
* * ** *
237596 AACATAATTAAAAAATGTATC-ATTTACCCTAAA--AGTTC
318 AAGAGAATTAAAAAA-AAATCTGTTTA-CC-AAATCAGTTC
* * * ** * ** * * *
237634 AAATAGTTA-GACAATTTGATTAATTATCTATTTCAAATCATTTTGATCTTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATAATGACCTTTTATTTTATCATAA
* * * **
237698 AACAATTGTTTCTACTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAA
66 AACAA-TGTTTCTATTCATACAAGCTTAATTCGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTTAA
* * * * * * * *
237763 AAATTACTAAGT-ATA-ATTTAAAAAATAAATA-GTTTTCTAAAC-A-TTTAAATAATTATAACT
130 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACT
* * * * * *
237823 GTTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAACCAATTATTTTT
195 ATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA
* * * * *
237887 GTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATAATCCAAAAATCAATAAGTA
258 GTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-A
* * * *
237952 -AAGATAAAAAATAAATCTATTTACC-GA-CAAGCTC
322 GAA-TTAAAAAA-AAATCTGTTTACCAAATC-AGTTC
* * * * * * * * *
237986 AAATAGTTATGACTGTTTAAATAGTTATTTATTTCAAATA-GTTATGA-TTTTTGTTTT-TCATA
1 AAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAA-ACATAATGACCTTTTATTTTATCATA
* * * *
238048 AAACAATTATTTCTATTCATACAAG-TTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTC
65 AAACAA-TGTTTCTATTCATACAAGCTTAATTC-GAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTT
* * * * * * *
238111 TAAAAATCAATAGGTAGGAA-ATCTAAAAAATAAAT-TATTTAC-AAATAAGTTCAAATAGTCAT
127 TAAAAATTAATAAGTA-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCAT
* * * *
238173 GTCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC--TTTTTTGTCAT-AAATAATTGTTT
191 GACTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * ** * **
238235 CT-GTTCATACAA-ATTA-TCCATAATAAAATAATACTTATTTATTAATATTTTGAAAATTAATA
256 -TAGTTCATATAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * *
238297 TGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTACCAAA-CTAGTTT
319 AGAGAATTAAAAA-AAAATCTGTTTACCAAATC-AGTTC
* * * * * * * * *
238335 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTATTTTGTCA-AT
1 AAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATAATGACCTTTTATTTTATCATA-
* * * * * ***
238398 AAACAA--TTTCT-TTCATATAAGCTT-ATTCAGATTAAGATGATACT-AATTTAATAATA-AAA
65 AAACAATGTTTCTATTCATACAAGCTTAATTC-GAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTT
* ** * * ** * * * * * *
238457 AATAAATGT-GTTTGTCAAACCA-ATTCAATTAGTTAAGACTACT-ATAACAATTATCTATTTCA
128 AA-AAAT-TAATAAGT-AAA--AGATTTAA-AAAATAA-A-TA-TGTTTAC--TGAACAAGTTCA
* * * ** * ** **** *
238519 AATCATTC-TGACTTTTTGTTTAGTC-ATAAAATAATT-ATTTCATTCAT-A-CAAGCTTAT-TC
182 AAT-AGTCATGACTATTTG---AG-CAATTATCTATTTCAAATCATT-ATGACCTTTTTTTTGTC
* ** ** * * ** * * * ** **
238578 A-AAATAAAATAATACTAATTTAT-TAA-C--ATTCAAAAGATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAA
241 ATAAA-ACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATA-AAATAA-TACTA-ATTT-ATTA
** * * ** * * * * * * * *
238638 ATAAATC--TATTTACCAAGCA-AGCTTAAATAGATATGACTATTTGAACAATTATCTATTTA
301 ATATTTCAAAAATTAATAAG-AGA-ATTAAAAAAAAAT--CTGTTT-ACCAA--ATC-AGTTC
***** * * * * *
238698 AAATCA-TTATGACT-T-T-TTGTTTTGTC-A--T-AAAACA-ATTG---TTTCAATTCAT-A-A
1 AAAT-AGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATAATGACCTTTTATTTTATCATA
* * * ** * * * * * * * *
238749 AAAC-TTATCTAAAAT-AAAGCAATAC-TACTT--TAT-TAAT-ATTTCAAAGTTATTAATATTT
65 AAACAATGTTTCTATTCATA-CAA-GCTTAATTCGAATAAAATAATAT-AAATTTATTAATATTT
* * * * *
238807 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TCATTTA-TCGAATC-AGTTCAAATGGTT
127 TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTACT-GAA-CAAGTTCAAATAGTC
* * ** * * * * * *
238869 AAGACTATTAGAAAAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTAGTTAGTTATAAAATAATCG
189 ATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * * * **
238934 TTTTAGTTTATACAAGTTTATTTTAGAATAAATTAATA-TAATTTATTAACA-TAAAAAAATTAA
253 TTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
*
238997 TAAGAAAGAAATTTAAAAAAATAAAATCTATTTACCAAA-CAAGTTC
317 TAAG--AG-AA-TT--AAAAA-AAAATCTGTTTACCAAATC-AGTTC
* * * * ** * * * *
239043 AAATAGTTATTATTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAATTGTTATAACCTTTTAATTTGTCAT-
1 AAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAA-CATAATGACCTTTTATTTTATCATA
* * * * * * * * *
239106 AAAGATTGTTTTCAATT-A-ATAAGTTTAGA-TGGAACAAAATACTACT-AATTTGTTAATATTT
65 AAACAATG-TTTCTATTCATACAAGCTTA-ATTCGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTT
*** * * * * * * * * * *
239167 CCTAAATTATTAAATAAAA-ATTTTAAAAATAAATAT-ATTATTTACTCAA-TTAAAATAATTAT
127 TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGA-ACAAGTTCAAATAGTCAT
* *** * * * * *
239229 GACCATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTCTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTT
191 GACTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * *
239294 TCAATGTT--T-CAA-CTTA-TTCAAATAAAATAATCCAAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAA
255 T-TA-GTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAA
* * * *
239353 TAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CAAGTTT
317 TAAG----AGAATT-AAAAAA-AAATCTGTTTACCAAATC-AGTTC
* * * *
239398 AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATC-ATTT-TAAA-ATTAT-A--TTTTGTTTTGA-CATA
1 AAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATAATGACCTTTTATTTT-ATCATA
* * * * * * * *
239456 AAACAATTATTTCAATTGATAAAAG-TTTATCCAAAATAAAATAATACT-AATTTCTTAATATTT
65 AAACAA-TGTTTCTATTCATACAAGCTTAATTC-GAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTT
* * * * * * ** * *
239519 TGAAAATTAATAAGCAAGAGTTTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATG
127 TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATG
** * * ** * *
239584 ACTA-TT-AAAAATTGTCTATTTAAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTT
192 ACTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * ** * *
239647 CAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAGACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG
256 TAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* ** * * * * *
239712 TAAGTGACTTAAAAAGTGAATC-ATTTAGCGAATTAATTC
321 --A--GAATTAAAAA-AAAATCTGTTTACCAAATCAGTTC
* * * * * * * * * **
239751 AAATAATTATGGCTATTTTAGCAATTATTTATTTCAAATCATTA-GTACCTTTTGTTTGGTCATA
1 AAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATAATG-ACCTTTTATTTTATCATA
* * * * * *
239815 TAACAATTGTTT-TTTATCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACT-ATTTTATT-ATTTTT
65 AAACAA-TGTTTCTAT-TCATACAAGCTTAATTCGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTT
* * * * * ** **
239877 TCAAAAA-TAATAAG----ATATTTAAAAAA-AAATCTATTTA-TCAAACCAGTTTGAATAGTTG
127 T-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTCA
* * * * * * * * *
239935 TGACTATTTGAACAATTGTATACTT-AAATCATTA-CAACTTTTTTTCTATCATAAAAAAATTAT
190 TGACTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTT-TGTCATAAAACAATTGT
* ** * *
239998 TTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATTTTAATCTAAT-ATATTTCAAAAATTAAT
254 TT-TAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--T
* * * *
240061 AATTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-GCAGAACCAGTTC
315 AA-TAAGAGAATTAAAAAA-AAATCTGTTTACCA-AATCAGTTC
* * * * * * * * *
240104 AAATAGTTAAGACTATATGACCAATTATCAATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATAATGACCTTTTATTTTATCATAA
* ** * * * * **
240169 AAC--T-TTTCAATTCATACTTGCTT-ATTAGGAATAAAATAAAATGAATCTATTAATATTACAA
66 AACAATGTTTCTATTCATACAAGCTTAATT-CGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTTAA
* * * * *
240230 AAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCT-AACTAGTTCAAATTA-TTATGA
130 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTGAACAAGTTCAAA-TAGTCATGA
** ** * *
240289 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATGTTTT
193 CTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * * * * *
240354 TGCTCATATAAG-TTTTTTGAAATAAAAAAAATACTAATCTACTAATATTTCAAAAATTAATAAG
257 AGTTCATATAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * *
240418 AG-ATT-----TAAATCTATTTATCAAA-CAAGTTC
321 AGAATTAAAAAAAAATCTGTTTACCAAATC-AGTTC
* * * * * * * * * *
240447 TAATAGTAATGACTATTTAAGCAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTCTAT--TAA
1 AAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATAATGACCTTTTATTTTATCATAA
* * * * * * * *
240510 AACAATAGTTT-TGTTCACACAACCATAATTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGA
66 AACAAT-GTTTCTATTCATACAAGCTTAATTCGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTTAA
*
240574 CAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACT
130 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACT
* *
240639 ATTTGAGTAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTTTTTGT-AGTAAAACAATTGTTTTAG
195 ATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTTAG
**
240703 TTCATATAAGCTTATTTGATGTAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATGAGTAA
259 TTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-A--A-TAA
* *
240767 GAGAATTAAAAAAAGAATCTGTTTACCAAATCACTTT
320 GAGAATTAAAAAAA-AATCTGTTTACCAAATCAGTTC
* * *
240804 AAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATTTATTTCAAAACATAATGACCTTCTATTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATAATGACCTTTTATTTTATCATAA
* * *
240869 AATAAGTGTTTCTCTTCATGCAAGCTT-ATTCGAATAAAATAATATAAATTTATTAAT-TTTATA
66 AACAA-TGTTTCTATTCATACAAGCTTAATTCGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTT-TA
* * * *** * *
240932 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAGTGAGTTCAAATAGTTAAGAC
129 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGAC
* * * * *
240997 TATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGA-TATGACATTTTGTTTTGTCATTAAACAATTCTTTT
194 TATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATC-ATTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATT-GTTT
* ** ** ** *
241061 TA-TTTATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAA-AAG
256 TAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * ****
241124 AGATTTAAAAACTAAATCTATTTATTGGATCAGTTC
321 AGAATTAAAAA-AAAATCTGTTTACCAAATCAGTTC
* * * * *
241160 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATAATGACCTTTTATTTTATCATAA
* * ** * * ** * *
241225 AACAATTTTTTCAATTCATACTCGCTT-ATTAGGAATAAAATAAAATGAAAACTATTAATAATTC
66 AACAA-TGTTTCTATTCATACAAGCTTAATT-CGAATAAAATAATAT-AAATTTATTAATATTTT
* * * * *
241289 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-ACTATTCTGTTTACCT-AATC-AGTTCAAATAATT
128 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA--AATATGTTTA-CTGAA-CAAGTTCAAATAGTC
* * ** * *
241351 TTGGCTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CATTTTTTTGTCATAAAACAAATGT
189 ATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * * *
241415 TTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGAAATAAAAAAAATACTAATCTACTAATATTTCAAAAATTAAT
254 TTTAGTTCATATAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * *
241480 AAGAGATTTAAAAGATAAATCT-TTGTATCAAA-CAAGTTC
318 AAGAGAATTAAAA-AAAAATCTGTT-TACCAAATC-AGTTC
* * * * * * * * * * * *
241519 TAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAA
1 AAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATAATGACCTTTTATTTTATCATAA
* * * * * *
241584 AACAATAGTTT-TGTTTATACAAG-TATAATTGGATTAAAATAATATCAATTTATTAATATTTTG
66 AACAAT-GTTTCTATTCATACAAGCT-TAATTCGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTTA
* *
241647 ACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTCATGAC
129 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGAC
* * * * *
241712 TATTCGAGTAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTTTTTTGT-AGTAAAACAATTGTTTC
194 TATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTT
* **
241776 CGTTCATATAAGCTTATTTGATGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGT
257 AGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-A--A-T
* * *
241841 AAGATAATTAAAAAAAGAATATGTTTACCAAATAAGTTC
318 AAGAGAATTAAAAAAA-AATCTGTTTACCAAATCAGTTC
* * *
241880 AAATAGTTATGACTCTCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATAATGACCTTTTGTTTTATCATGA
1 AAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATAATGACCTTTTATTTTATCATAA
* * ** *
241945 AACAAT-TTCTTTATTCATGCAAGCTTCTTTC-AAAAAAATAATATAAATTTATTAAT-TTTCTA
66 AACAATGTT-TCTATTCATACAAGCTTAATTCGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTT-TA
*
242007 AAAATTAATAAGTAAAAGACTTAAAAAATAAAT
129 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
242040 CCATTTACCA
Statistics
Matches: 3611, Mismatches: 845, Indels: 593
0.72 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
337 7 0.00
338 10 0.00
339 14 0.00
340 58 0.02
341 90 0.02
342 82 0.02
343 89 0.02
344 67 0.02
345 45 0.01
346 62 0.02
347 69 0.02
348 137 0.04
349 160 0.04
350 109 0.03
351 154 0.04
352 192 0.05
353 390 0.11
354 185 0.05
355 243 0.07
356 251 0.07
357 231 0.06
358 283 0.08
359 377 0.10
360 168 0.05
361 114 0.03
362 6 0.00
363 17 0.00
364 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (355 bp):
AAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATAATGACCTTTTATTTTATCATAA
AACAATGTTTCTATTCATACAAGCTTAATTCGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTTAAA
AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTA
TTTGAGCAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTT
CATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGAAT
TAAAAAAAAATCTGTTTACCAAATCAGTTC
Found at i:242099 original size:45 final size:46
Alignment explanation
Indices: 242032--242124 Score: 170
Period size: 45 Copynumber: 2.0 Consensus size: 46
242022 AAGACTTAAA
242032 AAATAAATCCATTTACCAAGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
1 AAATAAATCCATTTACCAAGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
*
242078 AAAT-AATCCATTTACCGAGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
1 AAATAAATCCATTTACCAAGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
242123 AA
1 AA
242125 CCAATTATTT
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 1, Indels: 1
0.96 0.02 0.02
Matches are distributed among these distances:
45 42 0.91
46 4 0.09
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (46 bp):
AAATAAATCCATTTACCAAGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
Found at i:242511 original size:184 final size:176
Alignment explanation
Indices: 242307--242756 Score: 438
Period size: 178 Copynumber: 2.5 Consensus size: 176
242297 TATTTTGAAT
* * *
242307 AATTTTCTATCTCAAATCATTATGATCTT-TGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTTGTAGC
1 AATTTTCTATTTCAAATCATTATGACCTTATGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC-ATTTATA--
* * * * * *
242371 CACGCTTATTCGAAGTAAAATATTGCTAAACCTAATAATTATTCTAAAAATTAATAAGTAATCAG
63 CACGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AACCTAATAA-CATTCAAAAAATTAATAAGTAA-CA-
* * * * * *
242436 ATTTAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACCAATTCAAACAGTTAAGACTATTAGAGC
124 AATT-AAAACAAAT-TGTTTACCAAACAAATTCAAACAGTCAAGACTATTAGAAC
* * * *
242491 AATTTTCTATTTCAAATCATTCTGACCCTTCTG-TTTAGTCCAT-AAATAATTGTTTCAGTTCAT
1 AATTTTCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTATGTTTTA-T-CATAAAACAATTGTTTCA-TTTAT
* ** * *
242554 ACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTATTCTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAAAT
62 ACACGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACCTAATAACATTCAAAAAATTAATAAGTAACAAAT
* * * *
242619 TAAAACAAATTGTTTACCGAATAAATTCAAATAGTCAAGACTATTTGAAC
127 TAAAACAAATTGTTTACCAAACAAATTCAAACAGTCAAGACTATTAGAAC
* * * * *
242669 AATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTATGTTTTATAATAAAACAATTGTTTCATTTCATAAA
1 AATTTTCTATTTCAAATCATTATGACCTTATGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCATTT-ATACA
* *
242734 AGCTTATCCAAAATAAAATAATA
65 CGCTTATTCAAAATAAAATAATA
242757 TTACTTTTGC
Statistics
Matches: 220, Mismatches: 38, Indels: 23
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
176 4 0.02
177 45 0.20
178 57 0.26
179 8 0.04
180 3 0.01
181 1 0.00
182 20 0.09
183 7 0.03
184 45 0.20
185 8 0.04
186 19 0.09
187 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.14, G:0.08, T:0.37
Consensus pattern (176 bp):
AATTTTCTATTTCAAATCATTATGACCTTATGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCATTTATACAC
GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACCTAATAACATTCAAAAAATTAATAAGTAACAAATTAAA
ACAAATTGTTTACCAAACAAATTCAAACAGTCAAGACTATTAGAAC
Found at i:243347 original size:179 final size:178
Alignment explanation
Indices: 243034--243687 Score: 505
Period size: 179 Copynumber: 3.7 Consensus size: 178
243024 CCATTTGAAC
* * * * *
243034 AATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGT-CATAAAACAA--TTT-TGTTCATCGT
1 AATTATATATTTCAAATTATTATGACCATTTGTTTTGTCCATAAAAAAATGTTTATGTTCA---T
* * ** * *
243095 ATAAG-CCTATTTGGAATAAAATAATACTAATTT-TTAATATT-TCAAAAATTAATGAGTAGGAA
63 ACAAGTCTTATTCAGAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAAATTAAT-A--A-GAG
* *
243157 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACAAAACCAATTCAAATGGTTATAACTTTTTAAAA
123 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACAAAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTAAAA
* * *
243213 AATTATATATTTCAAATTATTATAACC-TTTGTTTTGTCCATAAAAAAACTATTTATGTTTATAC
1 AATTATATATTTCAAATTATTATGACCATTTGTTTTGTCCATAAAAAAA-TGTTTATGTTCATAC
* *
243277 AAG-CTTATTCAGAATAATATAATACTAATATAATAATATTATGAAAAATATAACTAAGAGATTT
65 AAGTCTTATTCAGAATAA-ATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAAAT-TAA-TAAGAGATTT
* * * * * * * * * *
243341 -AAAAATAATTTTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAATTA-AGGCTATATGAAT
127 AAAAAATAAATTTGTTTACAAAACCAATTCAAATAGTTATA-ACTATTTAAAA
* * * * * * *
243392 AA-TATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAATAAAAAAATGTTTTTGTTCATATA
1 AATTATATATTTCAAATTATTATGACCATTTGTTTTGTCCATAAAAAAATGTTTATGTTCATACA
* * ** * * *
243456 AGTTTTGTTTGGAACAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTG-AAAATTAATAAGAGATTTAAA
66 AGTCTTATTCAGAA-TAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAAATTAATAAGAGATTTAAA
* ** * * * *
243520 AAATAAATCTACTTACTAAACCAATTCAACTAGTTATAACAATTTAAAC
130 AAATAAATTTGTTTACAAAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTAAAA
* * * * * * * *
243569 TATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCATTT-TTTTAT-CATTAAACAATTGTTTCTGTTGATAC
1 AATTATATATTTCAAATTATTATGACCATTTGTTTTGTCCA-TAAAAAAATGTTTATGTTCATAC
* *
243632 -AGTCTTATTTCAGAATAAAGTAATGCTAATTTTTTAATATTATG-AAAATTAATAAG
65 AAGTCTTA-TTCAGAATAAA-TAATACTAATTTATTAATATTATGAAAAATTAATAAG
243688 TAATGGATTT
Statistics
Matches: 374, Mismatches: 81, Indels: 42
0.75 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
176 19 0.05
177 98 0.26
178 74 0.20
179 121 0.32
180 34 0.09
181 8 0.02
182 10 0.03
183 9 0.02
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
AATTATATATTTCAAATTATTATGACCATTTGTTTTGTCCATAAAAAAATGTTTATGTTCATACA
AGTCTTATTCAGAATAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAAATTAATAAGAGATTTAAAA
AATAAATTTGTTTACAAAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTAAAA
Found at i:243646 original size:356 final size:357
Alignment explanation
Indices: 243001--243679 Score: 818
Period size: 356 Copynumber: 1.9 Consensus size: 357
242991 ATCAGTTTAT
* * * *
243001 CAAATTAGTTTAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTG
1 CAAACTAGTTCAAATAATTAAGGCCATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTG
* * *
243066 TTTTGTCATAAAACAATTTTGTTCATCGTATAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTTTA
66 TTTTGTCATAAAAAAATTTTGTTCATCATATAAGCCTATTTGGAACAAAATAATACTAATTTTTA
* ** *
243131 ATATTTCAAAAATTAATGAGTAGGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACAAAACCAATTCAAATG
131 ATATTTCAAAAATTAATGAG-AGGAAATTTAAAAAATAAATCTACTTACAAAACCAATTCAAATA
** *
243196 GTTATAACTTTTTAAAAAATTATATATTTCAAATTATTATAACCTTTGTTTTGTCCATAAAAAAA
195 GTTATAACAATTTAAAAAATTATATATTTCAAATTATTATAACCTTTGTTTTATCCATAAAAAAA
*
243261 CTATTTATGTTTATACAAGCTTATTCAGAATAATA-TAATACTAATATAATAATATTATGAAAAA
260 CTATTTATGTTGATACAAGCTTATTCAGAATAA-AGTAATACTAATATAATAATATTATGAAAAA
243325 TATAACTAAGAGATTTAAAAATAATTTTGTTTGC
324 TATAACTAAGAGATTTAAAAATAATTTTGTTTGC
* * * *
243359 CAAACTAGTTCAAATAATTAAGGCTATATGAATAA-TATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTG
1 CAAACTAGTTCAAATAATTAAGGCCATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTG
** ** * *
243423 TTTTGTCAATAAAAAAATGTTT-TTGTTCATATAAGTTTTGTTTGGAACAAAATAATATTAATTT
66 TTTTGTC-ATAAAAAAAT-TTTGTTCATCATATAAG-CCTATTTGGAACAAAATAATACTAATTT
** * *
243487 ATTAATATTTTGAAAATTAAT-A-A-GAGATTTAAAAAATAAATCTACTTACTAAACCAATTCAA
128 -TTAATATTTCAAAAATTAATGAGAGGAAATTTAAAAAATAAATCTACTTACAAAACCAATTCAA
* ** * * * *
243549 CTAGTTATAACAATTTAAACTATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCATTT-TTTTAT-CATTAA
192 ATAGTTATAACAATTTAAAAAATTATATATTTCAAATTATTATAACC-TTTGTTTTATCCATAAA
* * * * * * **
243612 ACAATTGTTTCTGTTGATAC-AGTCTTATTTCAGAATAAAGTAATGCTAATTTTTTAATATTATG
256 AAAACTATTTATGTTGATACAAG-CTTA-TTCAGAATAAAGTAATACTAATATAATAATATTATG
243676 AAAA
319 AAAA
243680 TTAATAAGTA
Statistics
Matches: 269, Mismatches: 44, Indels: 18
0.81 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
354 2 0.01
355 25 0.09
356 111 0.41
357 38 0.14
358 48 0.18
359 27 0.10
360 18 0.07
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (357 bp):
CAAACTAGTTCAAATAATTAAGGCCATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTG
TTTTGTCATAAAAAAATTTTGTTCATCATATAAGCCTATTTGGAACAAAATAATACTAATTTTTA
ATATTTCAAAAATTAATGAGAGGAAATTTAAAAAATAAATCTACTTACAAAACCAATTCAAATAG
TTATAACAATTTAAAAAATTATATATTTCAAATTATTATAACCTTTGTTTTATCCATAAAAAAAC
TATTTATGTTGATACAAGCTTATTCAGAATAAAGTAATACTAATATAATAATATTATGAAAAATA
TAACTAAGAGATTTAAAAATAATTTTGTTTGC
Found at i:244274 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 243762--246818 Score: 2035
Period size: 180 Copynumber: 17.2 Consensus size: 179
243752 AATTGTTTAT
* *** * **
243762 ATTCGTACAAGCTTATTTGGAATAACATAATTTTAATTTATTAATATTC--AAATTAAT-AG--A
1 ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * ** * * *
243822 -ATATTTAAAAACTGAATCTG-TTATTGAAC-AGTTTAAATAGTTATGATTATTTGAAATAATTA
66 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-AACAATTA
* * * * * *
243884 CCTATTTCCCAATCGCTAT-AATATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTC
130 TCTATTT-CAAATTGTTATGACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTTTTTC
* * * * * *
243936 TATTCATACAAGCCCTTCTT--TAATTAAATAAAACAAATTTATTAATATTCAAACATTAATAAG
1 -ATTCATACAAG--CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAG
* * * *
243999 TAA-AGATTTCAAAAAT-AAT-TGTTTACCAAATAAGTTTAAATAGTTATGACTAATTTGAACAA
63 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAA
* ** *
244061 TTATTTATTTCAAATTGTTACAATTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTC
127 TTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTC
* * *** * * * * *
244115 ATTTATGCAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAGTTTATTAATATGTCGACAATTAATAAGTA
1 ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * *
244180 AAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATGAAATAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTA
65 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
** * **
244245 TCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTCATCATAAAGCAA-TTAATC
130 TCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTC
* * * * *
244294 AGTTCATATAGGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGT
1 A-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGT
* * * * *
244359 AAGAGATTT-AAAAATGAATCTATTTATCAAACAAGTTTAGATAGTTATGACTATTTGAGCAATT
64 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * ** * * *
244423 TTATATTTTAAATCATTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTC
129 ATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTC
* * *
244474 TATTCATGCAAGTTTATTCAAAATAAAACAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
1 -ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAG
* * *
244538 TAATA-ATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTAAACATGTTTC-AATAGTTATGACTATTTGAACA
63 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* ** * *
244600 ATTATCTATTTGAAAGAGTTATGA-TCTTTTGTTTTGTCATAGAACAATTGTTTC
126 ATTATCTATTTCAAATTGTTATGACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTC
* ** *
244654 GTTCATACAAG--TATTTGAAATAAAATAATACT-ATCTTATTAATATTCCAAAAATTAAAAAGT
1 ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGT
* * * * * * * *
244716 -AGAAGACTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAGCAAGTTCAAATAGCTATGATTGTTTGAATAAT
64 AAG-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * *
244780 TATTTATTTCAAATAGTTTTGATTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC
128 TATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTC
* ** * * * * *
244832 TGTTCATACAATTTTATTTAGAACAAGATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGT
1 -ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGT
** * * * * * *
244897 TGGAGATTAAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAAACAAGTTCATATAATCATGTCCATTTGAACAAT
64 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
** * * ** * * *
244961 TATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAATAATTGTTCC
128 TATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTC
* * ** * * **
245013 TACTCATGCAAAATTATTC-AAA-AAAA-AATACTGATCTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-T
1 -ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * * *
245071 AAGAGATTTCAAAACTAAATTTGTTTA-CAAAAATAATTCAAATATTTATGACTATTTGAATAAT
64 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * *
245135 TATCTATCTT-AAATCGTTATGA-TCTTTATTTTATCTTAAAACAA-TTTTT-
128 TATCTAT-TTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTC
* * ** * * *
245184 -TTAATACAAGCTTGTTCGGATTAAAATAATACTAATTTAATAGTATTCCAAAAATTAATAAGTA
1 ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * * *
245248 AGAGATTAAAAAAATAAATGTGTTTACCGAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTATTAGAATAATTA
65 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* *** * * * *
245313 TCTATTTCGAA-TCAAATTGACCTTTTCTTTAG-CTATAAAACAATTATTTC
130 TCTATTTCAAATTGTTA-TGACTTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTTTTTC
* * * * * *
245363 AGCTCATATAAGCTTATTCAAAATAAATTATTACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGC
1 A-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAG-
* * * *
245428 AAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTAT-AGAATAAATTCAAATAGATT-TGACTATTTGAAC
63 TAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCA-AACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAAC
* ** * *
245491 AATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC
125 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTC
* * * * * * *
245546 AGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGC
1 A-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGT
* * * *
245611 AAGAGATTTAAAAATTAAAACTGTTTCT-AAACCAA-TTC-AATAGTTATGAC-ATTTGAACAAA
64 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * ** * * *
245672 TATCAATCTCAAATCATTATGA-TTTTTGTTTTATCAT-AAACTATTGGTTTTG
128 TATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT--TTTTC
* *** **
245724 ATT-GTACAAGCTTATT-TGGATAAAAATAATACTAATTTAACAATATTCTAAAAA-T--TAA-T
1 ATTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGT
* * * * * * * *
245783 AAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTT-GCTAAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAATAGT
64 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * *
245847 TATCTATTTCAAATTGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTT-
128 TATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTC
* * *** * * * *
245899 AGCTCATA-ATTGCTTATTTGGAATAAAAAAATACTAATTTGTTAACATTCAAAAAATTAGTAAG
1 A-TTCATACA-AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAG
* * * *
245963 CAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTA-CCAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAG
63 TAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * * *
246027 TTATATTTTTAAAATTGTTATGAC-CTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTT
127 TTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTC
* * ** *** *
246079 AGTTCATAAAAGCTT-TTCCAAAAAAAAAAATAATACTCCTTTATT-ATATTTTGAAAGT--TAA
1 A-TTCATACAAGCTTATT-C--AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAA
* * * * * *
246140 -TAAGAGATTT-AAAAATAAAATTTGTTTACTGAATC-AGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAAC
62 GTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTA-TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
** * * ** * *
246202 AGCTATTTATATCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC
125 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TTTTTC
* * * * * * *
246259 A-ACATATATGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAACATTTCAAGAA-T--TAA-TA
1 ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTA
* * * *
246319 AGAGATTT-AAAATTAAATCTATTTACCGAAA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
65 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * *
246382 ATCTATTTCAAATTGTTAT-A-GTGTTGTTCTATC--AAAACAATTGTTTC
129 ATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTC
* * * * * *
246429 TATTCACATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACCAATATAGTAATATTCTAAAAATTAATAACT
1 -ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGT
* ** * * *
246494 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACTAG-TCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATT
64 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * *
246558 ATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAATTCTTTC
129 ATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTC
246609 AATTCATACAAGCTTATTCAAAATAGAAA-ACA-ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-ATAA
1 -ATTCATACAAGCTTATTCAAAATA-AAATA-ATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAA
* * * * * * *
246671 GTAAGAGATTTAGAAAATAATTCTATTTAGCGAACCAA-TTCAAATAAG-TATAACTATTT-AAA
62 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAAC
* * * *
246733 AATTTGTCTATTCCAAATCT-TTATTACTTTTT-TTTT-TCATAAAACAATTGTTTTT
125 AA-TTATCTATTTCAAAT-TGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTC
* * * * *
246788 GTTAATATAAGTTTGTTCAAAAT-AAATAATA
1 ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
246819 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2262, Mismatches: 487, Indels: 264
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 11 0.00
170 6 0.00
171 11 0.00
172 93 0.04
173 29 0.01
174 83 0.04
175 84 0.04
176 274 0.12
177 221 0.10
178 266 0.12
179 226 0.10
180 403 0.18
181 338 0.15
182 81 0.04
183 129 0.06
184 7 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAA
GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
CTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTC
Found at i:244541 original size:22 final size:23
Alignment explanation
Indices: 244516--244558 Score: 61
Period size: 23 Copynumber: 1.9 Consensus size: 23
244506 ATAAATTTAT
* *
244516 TAAT-ATTTCAAAAATTAATAAG
1 TAATAATTTAAAAAATAAATAAG
244538 TAATAATTTAAAAAATAAATA
1 TAATAATTTAAAAAATAAATA
244559 TGTTTTCTAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
22 4 0.22
23 14 0.78
ACGTcount: A:0.60, C:0.02, G:0.02, T:0.35
Consensus pattern (23 bp):
TAATAATTTAAAAAATAAATAAG
Found at i:244660 original size:359 final size:356
Alignment explanation
Indices: 243961--246818 Score: 1982
Period size: 359 Copynumber: 8.0 Consensus size: 356
243951 TTCTTTAATT
* * * *
243961 AAATAAAACAAATTTATTAATATTCAAACATTAATAAGTAA-AGATTTCAAAAAT-AA-TTGTTT
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* * ** ** **
244023 ACCAAATAAGTTTAAATAGTTATGACTAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTACAATTTT
65 ACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATT-TTTATTTCAAATCATTATGACCTT
* * * *** * * *
244088 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TCATTTATGCAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAGT
128 TTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * *
244152 TTATTAATATGTCGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTA-TGAAATAAGT
192 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-AAACAAGT
* * * ** **
244216 TCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTCATCAT
256 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAACAGTTATGAC-TTTTGTTTTGTCAT
** * * * *
244281 AAAGCAATT-AATCAGTTCATATAGGTTTATTCGAAATA
320 AAA-CAATTGTTTC-GTTCATACAAGCTTATTCAAAATA
* * *
244319 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTT-AAAAATGAATCTATT
1 AAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
* * * * * *
244383 TATCAAACAAGTTTAGATAGTTATGACTATTTGAGCAATTTTATATTTTAAATCATTATGACATT
64 TACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTTT-TATTTCAAATCATTATGACCTT
* * * *
244448 TTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATGCAAGTTTATTCAAAATAAAACAATA-TAAAT
128 TTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AAT
* * *
244512 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAATA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAACATGTT
192 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAG-T
* *
244576 TC-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAAGAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCAT
256 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAACAGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCAT
**
244640 AGAACAATTGTTTCGTTCATACAAG--TATTTGAAATA
320 A-AACAATTGTTTCGTTCATACAAGCTTATTCAAAATA
* *
244676 AAATAATACT-ATCTTATTAATATTCCAAAAATTAAAAAGT-AGAAGACTTAAAAAATAAATTTG
1 AAATAATACTAAT-TTATTAATATT-CAAAAATT-AATAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * * * * *
244739 TTTACCAAGCAAGTTCAAATAGCTATGATTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAAT-AGTTTTGAT
62 TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-TTTATTTCAAATCA-TTATGAC
* * ** * * * *
244803 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAATTTTATTTAGAACAAGATAATACTA
125 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* ** * *
244868 ATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAGGTTGGAGATTAAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAA
190 ATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAA
* * * * * *
244932 GTTCATATAATCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTTTGACCTTTTGTTTTGT
254 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-CAGTTATGA-CTTTTGTTTTGT
** * * * **
244996 TGTAAAATAATTG-TTCCTACTCATGCAAAATTATTC-AAA-A
317 CAT-AAACAATTGTTTCGT--TCATACAAGCTTATTCAAAATA
* * ** * *
245036 AAA-AATACTGATCTATTAATATTTTGAAAATT-A-A-TAAGAGATTTCAAAACTAAATTTGTTT
1 AAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* * * * * * *
245097 A-CAAAAATAATTCAAATATTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTT-AAATCGTTATGATC-
65 ACCAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-TTTAT-TTCAAATCATTATGACCT
* * * * * ** *
245159 TTTATTTTATCTTAAAACAA-T-TTT-T-TTAATACAAGCTTGTTCGGATTAAAATAATACTAAT
127 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * ** *
245220 TTAATAGTATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAAATAAATGTGTTTACCGAACTAGTT
192 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTT
* * * * * ** * *
245285 CAAACAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCGAATCAAAT-TGACCTTTTCTTTAG-CTA
257 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAACAGTTATGA-CTTTTGTTTTGTC-A
* * *
245348 TAAAACAATTATTTCAGCTCATATAAGCTTATTCAAAATA
319 T-AAACAATTGTTTC-GTTCATACAAGCTTATTCAAAATA
* * * * * *
245388 AATTATTACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGCAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTA
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAAT-AG-TAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTG
* * * * *
245453 TTTA-TAGAATAAATTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGA
62 TTTACCA-AACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATT-TTTATTTCAAATCATTATGA
* * * *
245516 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATAT
124 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * * *
245580 TACTTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAATTAAA-ACTGTTT-CTAAAC
188 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATA-TGTTTACTAAA-
* * * *
245643 CAA-TTC-AATAGTTATGAC-ATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCA-TTATGATTTTTGTTTT
251 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-CAGTTATGACTTTTGTTTT
* * * * ***
245704 ATCATAAACTATTGGTTTTGATT-GTACAAGCTTATT-TGGATAA
315 GTCATAAACAATT-GTTTCG-TTCATACAAGCTTATTCAAAAT-A
** *
245747 AAATAATACTAATTTAACAATATTCTAAAAATT-A-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTT
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* * * * * * * * * ** *
245809 GCTAAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAATAGTTATCTATTTCAAATTGTTCTGACCTTT
65 ACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-TTTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * * * * *** *
245874 TGTTTAGTCATATAATAATTGTTT-TAGCTCATA-ATTGCTTATTTGGAATAAAAAAATACTAAT
129 TGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACA-AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * *
245937 TTGTTAACA-TTCAAAAAATTAGTAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTAC-CAACAAG
192 TTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAG
* * * * ** *
246000 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAGTTATATTTTTAAAATTGTTATGACCTTTGTTTTGTCAT
255 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAACAGTTATGACTTTTGTTTTGTCAT
* * * *
246065 AAAACAATTTTTTTAGTTCATAAAAGCTT-TTCCAAAAAAAA
320 -AAACAA-TTGTTTCGTTCATACAAGCTTATT-C--AAAATA
** ** *
246106 AAATAATACTCCTTTATT-ATATTTTGAAAGTT-A-A-TAAGAGATTT-AAAAATAAAATTTGTT
1 AAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATTTGTT
* * * * * * * * *
246166 TACTGAATC-AGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAGCTATTTATATCAAATCATTATTACCT
64 TAC-CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA-ATTTTTATTTCAAATCATTATGACCT
* * * * * *
246230 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-ACATATATGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
127 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * * *
246294 TTTAATAACATTTCAAGAA-T--TAA-TAAGAGATTT-AAAATTAAATCTATTTACCGAAA-TAG
191 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTAAACAAG
** * * * *
246353 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AGTGTTGTTCTATCA-
255 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAACAGTTATGACTTTTGTTTTGTCAT
* * *
246416 AAACAATTGTTTCTATTCACATAAGCTTATTCAAAATA
320 AAACAATTGTTTC-GTTCATACAAGCTTATTCAAAATA
* * * *
246454 AAATAATACCAATATAGTAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
* * * * **
246519 TGCCAAACTAG-TCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTT
64 TACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-TTTATTTCAAATCATTATGACCTT
* * *
246583 TTGCTTTGTCATAAAACAATTCTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAGAAA-ACA-ACTAA
128 TTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATA-AAATA-ATACTAA
* * * * * *
246646 TTTATTAATATTTCAAAAATT-ATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAATTCTATTTAGCGAACCAA-
191 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTAAACAAG
* * * * * * *
246709 TTCAAATAAG-TATAACTATTT-AAAAATTTGTCTATTCCAAATC-TTTATTACTTTT-TTTTTT
255 TTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAA-TTATCTATTTCAAA-CAGTTATGACTTTTGTTTTGT
* * * * *
246770 CATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCAAAAT-
317 CAT-AAACAATTG-TTTCGTTCATACAAGCTTATTCAAAATA
246811 AAATAATA
1 AAATAATA
246819 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1977, Mismatches: 400, Indels: 247
0.75 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
348 20 0.01
349 13 0.01
350 161 0.08
351 16 0.01
352 145 0.07
353 234 0.12
354 72 0.04
355 93 0.05
356 109 0.06
357 89 0.05
358 338 0.17
359 359 0.18
360 177 0.09
361 55 0.03
362 17 0.01
363 6 0.00
364 73 0.04
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (356 bp):
AAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTTTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAA
TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAACAGTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAACAA
TTGTTTCGTTCATACAAGCTTATTCAAAATA
Found at i:246519 original size:353 final size:350
Alignment explanation
Indices: 243961--246818 Score: 1420
Period size: 358 Copynumber: 8.0 Consensus size: 350
243951 TTCTTTAATT
* * * *
243961 AAATAAAACAAATTTATTAATATTC-AAACA-TTAATAAGTAAAGATTTCAAAAAT-AA-TTGTT
1 AAATAATACCAATTTA-TAATATTCTAAAAATTTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATTTGTT
** * * * * * ** ** **
244022 TACCAAATAAGTTTAAATAGTTATGACTAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTACAATTT
62 TACTGAATCAGTTCAAATAATTAAGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
** * *** * * *
244087 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCATTTATGCAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAGT
126 TTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCA-ACAT-AAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * * * * *
244152 TTATTAATATGTCGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTA-TGAAATAAGT
188 TTATTAACATTTCAAAAATT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCG-AA-AAGT
* * *
244216 TCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTT-TCATCA
250 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC--TTTGTTCT-ATCA
** * * * *
244280 TAAAGCAATT-AATC-AGTTCATATAGGTTTATTCGAAATA
312 -AAA-CAATTGTTTCTAGTTCACATAAGCTTATTCAAAATA
* * * * *
244319 AAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTT-AAAAATGAATCTAT
1 AAATAATACCAATTTA-TAATATTCT-AAAAATT--T-AATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
* * * * * * * * * * *
244382 TTA-TCAAACAAGTTTAGATAGTTATGACTATTTGAGCAATTTTATATTTTAAATCATTATGACA
61 TTACTGAATC-AGTTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * *
244446 TTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATGCAAGTTTATTCAAAATAAAACAATA-TAA
125 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTC-A-ACAT-AAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-A
* * * * * *
244510 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAATA-ATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTAAACAT
186 ATTTATTAACATTTCAAAAATT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAA-A-
* ** * *
244573 GTTTC-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAAGAGTTATGATCTTTTGTTTTGT
248 G-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-C-TTTGTTCTAT
* * **
244637 CATAGAACAATTGTTTC--GTTCATACAAG--TATTTGAAATA
310 CA-A-AACAATTGTTTCTAGTTCACATAAGCTTATTCAAAATA
* * * * *
244676 AAATAATA-CTATCTTATTAATATTCCAAAAATTAAAAAGTAGAAGACTTAAAAAATAAATTTGT
1 AAATAATACCAAT-TTA-TAATATTCTAAAAATTTAATA--AG-AGATTTAAAAAATAAATTTGT
* * ** * * * * * * *
244740 TTAC-CAAGCAAGTTCAAATAGCTATGATTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAAT-AGTTTTGAT
61 TTACTGAATC-AGTTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGAC
* *** ** * * * *
244803 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAATTTTATTTAGAACAAGATAATACTA
124 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTT-TCAACATA-AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * ** * * **
244868 ATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAGGTTGGAGATTAAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAA
186 ATTTATTAACATTTC-AAAAATT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-AA
* * * * * ** * * *
244932 GTTCATATAATCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTTGTT
248 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-C-TTTGTTCT-AT
* * * * *
244997 GTAAAATAATTGTTCCTA-CTCATGCA-AA-ATTATTC-AAA-A
310 -CAAAACAATTGTTTCTAGTTCA--CATAAGCTTATTCAAAATA
** * * * * *
245036 AAA-AATACTGATCTATTAATATTTTGAAAA-TTAATAAGAGATTTCAAAACTAAATTTGTTTAC
1 AAATAATACCAATTTA-TAATATTCTAAAAATTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
** * * * * * *
245099 AAAAAT-AATTCAAATATTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTT-AAATCGTTATGATC-TT
65 -TGAATCAGTTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGACCTTT
* * * * * ** * *
245161 TATTTTATCTTAAAACAATTTTTT-TA-ATACAAGCTTGTTCGGATTAAAATAATACTAATTTAA
128 TGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAACATA-AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
** * * * * *
245224 TAGTATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAAATAAATGTGTTTACCGAACTAGTTCAAA
192 TAACATTTCAAAAATT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-AAGTTCAAA
* * * * * *** *
245289 CAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCGAA-TCAAATTGACCTTTTCTTTAGCTAT-AAA
255 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA-TGA-C-TTT-GTT--CTATCAAA
* * *
245352 ACAATTATTTC-AGCTCATATAAGCTTATTCAAAATA
314 ACAATTGTTTCTAGTTCACATAAGCTTATTCAAAATA
* * * * * *
245388 AATTATTACTAATTTATTAACATTC-AAAAAATTAATGAGCAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCT
1 AAATAATACCAATTTA-TAATATTCTAAAAATTTAAT-----AAGAGATTT-AAAAAATAAATTT
* * * * *
245452 ATTTA-TAGAATAAATTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATG
59 GTTTACT-GAATCAGTTCAAATA-ATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * *
245515 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATAT
122 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCA--ACAT-AAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * * * * * * *
245580 TACTTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAATTAAAACTGTTT--CTAAAC
184 TAATTTATTAACATTTCAAAAATT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAA-
* * * * ** * *
245643 CAATTC-AATAGTTATGAC-ATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATTTTTGTTTTAT
247 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTGTTCTAT
* * ***
245706 CATAAACTATTGGTTT-T-GATTGTAC--AAGCTTATT-TGGATAA
310 CA-AAACAATT-GTTTCTAG-TT-CACATAAGCTTATTCAAAAT-A
* * * *
245747 AAATAATACTAATTTAACAATATTCTAAAAA-TTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGC
1 AAATAATACCAATTT-ATAATATTCTAAAAATTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
* * * * * * * ** *
245811 TAAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAATAGTTATCTATTTCAAATTGTTCTGACCTTTTG
65 TGAATCAGTTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * *** * *
245876 TTTAGTCATATAATAATTGTTTT-AGCTCATAATTGCTTATTTGGAATAAAAAAATACTAATTTG
130 TTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCA--ACATAA-AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * *
245940 TTAACA-TTCAAAAAATTAGTAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACC-AACAAGTTC
191 TTAACATTTC-AAAAATTA-TAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCGAA-AAGTTC
* * * * * *
246003 AAATAGTTATGACTATTTGAACAGTTATATTTTTAAAATTGTTATGACCTTTGTTTTGTCATAAA
252 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTGTTCTATC--AAA
* * * *
246068 ACAATT-TTTTTAGTTCATAAAAGCTT-TTCCAAAAAAAA
314 ACAATTGTTTCTAGTTCACATAAGCTTATT-C--AAAATA
* * ** *
246106 AAATAATACTC-CTTTATTATATT-TTGAAAGTTAATAAGAGATTT-AAAAATAAAATTTGTTTA
1 AAATAATAC-CAATTTATAATATTCTAAAAATTTAATAAGAGATTTAAAAAAT-AAATTTGTTTA
* * * ** * * *
246168 CTGAATCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAGCTATTTATATCAAATCATTATTACCTTTT
64 CTGAATCAGTTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* *
246233 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATATATGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTA
129 GTTTTGTCATAAAACAA-T-TTTTTCAACATA-AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * *
246298 ATAACATTTCAAGAA-T-TAA-TAAGAGATTT-AAAATTAAATCTATTTACCGAAATAGTTCAAA
191 TTAACATTTCAAAAATTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAA-AGTTCAAA
*
246359 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AGTGTTGTTCTATCAAAACAAT
255 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACT-TTGTTCTATCAAAACAAT
246423 TGTTTCTA-TTCACATAAGCTTATTCAAAATA
319 TGTTTCTAGTTCACATAAGCTTATTCAAAATA
*
246454 AAATAATACCAATATAGTAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
1 AAATAATACCAATTTA-TAATATTCTAAAAATT--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
* * * * * * **
246519 TGC-CAAACTAG-TCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCT
62 TACTGAATC-AGTTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
* *
246582 TTTGCTTTGTCATAAAACAATTCTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAGAAA-ACA-ACTA
126 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAA--CATA-AAGCTTATTCAAAATA-AAATA-ATACTA
* * * *
246645 ATTTATTAATATTTCAAAAATTATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAATTCTATTTAGCGAACCAA-
186 ATTTATTAACATTTCAAAAATTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA--AAG
* * * * * * * *
246709 TTCAAATAAG-TATAACTATTT-AAAAATTTGTCTATTCCAAATCT-TTATTACTTTTTTTTTTC
249 TTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAA-TTATCTATTTCAAAT-TGTTATGACTTTGTTCTATC
* * * * *
246771 ATAAAACAATTGTTT-TTGTTAATATAAGTTTGTTCAAAAT-
311 --AAAACAATTGTTTCTAGTTCACATAAGCTTATTCAAAATA
246811 AAATAATA
1 AAATAATA
246819 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1951, Mismatches: 400, Indels: 299
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
347 1 0.00
348 18 0.01
349 9 0.00
350 169 0.09
351 17 0.01
352 149 0.08
353 230 0.12
354 70 0.04
355 98 0.05
356 108 0.06
357 91 0.05
358 342 0.18
359 323 0.17
360 176 0.09
361 52 0.03
362 20 0.01
363 9 0.00
364 68 0.03
365 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (350 bp):
AAATAATACCAATTTATAATATTCTAAAAATTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT
GAATCAGTTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
TTTGTCATAAAACAATTTTTTCAACATAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAC
ATTTCAAAAATTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAAAGTTCAAATAGTTA
TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTGTTCTATCAAAACAATTGTTTCT
AGTTCACATAAGCTTATTCAAAATA
Found at i:248142 original size:153 final size:153
Alignment explanation
Indices: 247871--248163 Score: 376
Period size: 153 Copynumber: 1.9 Consensus size: 153
247861 AACTAATAAT
* * * * * *
247871 GATTTGAAATATATATTTTTCAAATAGTTATAATTATTTGAATTGGTTCAGTAAATAGAATTATT
1 GATTTGAAATAGATATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTAGTTCAGAAAACAGAATTATT
* * *
247936 CTTTAAATCTCTTACCTATAAAATTTTGAAATATTAACAAATTAGTTTTATTTTA-TTCGAATAA
66 CTTTAAATCTCTTACCTATAAAATTTTAAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
248000 ACTTGTATGAGTTGAAATAATAC
131 ACTTGTATGAGTTGAAATAATAC
* * *
248023 GATTTGAAATAGATAATTGTTCATATTGTCT-TAACTATTTGAATTAGTTCAGAAAACAGATTTA
1 GATTTGAAATAGAT-ATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAATTAGTTCAGAAAACAGAATTA
* ** * **
248087 TTTTTTAAATCTCTTAGTTAT-GAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
64 TTCTTTAAATCTCTTACCTATAAAATTTT-AAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
248151 TAAACTTGTATGA
128 TAAACTTGTATGA
248164 ACATAAATAA
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 18, Indels: 6
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
152 19 0.16
153 81 0.68
154 19 0.16
ACGTcount: A:0.38, C:0.07, G:0.10, T:0.45
Consensus pattern (153 bp):
GATTTGAAATAGATATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTAGTTCAGAAAACAGAATTATT
CTTTAAATCTCTTACCTATAAAATTTTAAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
ACTTGTATGAGTTGAAATAATAC
Found at i:248587 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 248021--249314 Score: 1093
Period size: 181 Copynumber: 7.3 Consensus size: 180
248011 TTGAAATAAT
* * * * * *
248021 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATTGTCTTAACTATTTGAA-TTAGTTCAGAAAACAGATT
1 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCGGTAAACAGATT
* ** * **
248085 TATTTTTTAAATCTCTTAG-TTATGAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCA
65 TATTTTTTAAATCTCTT-GCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTTT
* * * *
248149 AATAAACTTGTATGAAC--ATAAATAATTGATTTATGACAGAACAAAAGCTTATA
128 AATAAGCTTGTATGAACTGA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TTATA
* * *
248202 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-AGTTTGGTAAACAGATT
1 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCGGTAAACAGATT
* * **
248266 TATTTTTTAAA--TC-T-CTTACTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
65 TATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTTTA
* * *
248327 ATAAGCTTGTATG--TTGAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTAATA
129 ATAAGCTTGTATGAACTGA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTATA
* * * * * * **
248379 ACAATTTGAAATATATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTCGGTAAATTGATTT
1 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAGATTT
* * * *
248444 ATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTATGAAATATTAATAAAGTAGTACTATTTATTTTTGAT
66 ATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTATTTTTAAT
248509 AAGCTT-TATGAACTGAACAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGTTCATA
131 AAGCTTGTATGAACTG-A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTT-ATA
* * * * * * *
248560 ACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATTATAACTCTTTGAACTTG-TTTGAT-AATAGATT
1 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCGGTAAACAGATT
* * * * * *
248623 TATTTTTCAAAATCTCTTACATATTAATTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTTG
65 TATTTTT-TAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTATTTTT
* * * *
248687 AATAAGCTTGTATGAATTG-AAAC-ATTATTTTATGAC--AACAAAATCTTAGA
128 AATAAGCTTGTATGAACTGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTATA
* * * * * * ** * *
248737 ACGATTTGAAAATAGATAATTATTCTAAGTAGTCTTAACCA-TTGAATTAATTCGACAAATACAT
1 ACGATTTG-AAATAGATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAGAT
* * **
248801 TTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTT-TTATCG
64 TTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTATTTTTA
* * *
248861 ATAAGCTTGTATGATC-AAAAACAATTTTTTTATGA-AAAAC-AAAGATTATA
129 ATAAGCTTGTATGAACTGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TTATA
* * * * * * * * ** *
248911 GCAATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATGGTTATAACTATTTGAA-TGGTTC-AAAAACAGCTTT
1 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAGATTT
* * *
248974 AATTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTGAAATAATT-A-AAAGTAGTATTATTT-TATTTTA
66 ATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTAT-TTTTA
* * * * * *
249036 ATAAGTTTTTATGAACTG-AAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTGAAA
129 ATAAGCTTGTATGAACTGAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTTATA
* * * * * *
249088 ATGAGTTT-AAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATATCTATTTGATCTTG-TTTGGTAAACATAT
1 ACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCGGTAAACAGAT
*
249151 TTATTATTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
64 TTATT-TTTTAAATCTCTTGCTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTT
* * * * *
249215 TCAATAAGCTTGTATGAACT-AAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAA
126 TTAATAAGCTTGTATGAACTGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTATA
* * *
249270 ACGATTTGAAATATATAATTGTTC-AATAGTCTTAACTTTTTGAAC
1 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
249315 GGTTAAAATA
Statistics
Matches: 898, Mismatches: 161, Indels: 108
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
171 17 0.02
172 14 0.02
173 40 0.04
174 56 0.06
175 69 0.08
176 10 0.01
177 194 0.22
178 44 0.05
179 58 0.06
180 74 0.08
181 236 0.26
182 85 0.09
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAGATTT
ATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTATTTTTAAT
AAGCTTGTATGAACTGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTATA
Found at i:248746 original size:358 final size:353
Alignment explanation
Indices: 248021--253971 Score: 1565
Period size: 354 Copynumber: 16.7 Consensus size: 353
248011 TTGAAATAAT
* * * * * * * * **
248021 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATTGTCTTAACTATTTGAA-TTAGTTCAGAAAACAGATT
1 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGA-TTCGGTAAATTGATT
* ** *
248085 TATTTTTTAAATCTCTTAG-TTATGAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TTTC
65 TATTTTTTAAATCTCTT-GCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTC
* * * * *
248148 AAATAAACTTGTATGAAC-ATAAATAATTGATTTATGACAGAACAAAAGCTTATAACAATTTGAA
129 -AATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATTATAACAATTTGAA
* * *
248212 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA
192 ATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTTGAT-AACAGATTTA-TTTTTAAA
* *
248277 TCTCTTAC--TAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG
255 TCTCTTACTATAATTTTTG-AAT-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-TAATAAGCTTGTATG
* *
248340 --TTGAGAAACAATTGTTTTATGACAAA-ATAAAAGGTAATA
317 AATT--GAAAC-ATTATTTTATGACAAACA-AAAA-GTAAAA
* * * *
248379 ACAATTTGAAATATATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTCGGTAAATTGATTT
1 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCGGTAAATTGATTT
* * * **
248444 ATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTATGAAATATTAATAAAGTAGTACTA-TTTATTTTTGA
66 ATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTCAA
* *
248508 TAAGCTT-TATGAACTGAACAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAG-TTCATAACGATTTTAA
131 TAAGCTTGTATGAACT--A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATT-ATAACAATTTGAA
* * * *
248570 ATAGATAATTGTTCAAATAATTATAACTCTTTGAACTTGTTTGATAATAGATTTATTTTTCAAAA
192 ATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTTGATAACAGATTTATTTTT--AAA
*
248635 TCTCTTACATATTAATTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT
255 TCTCTTAC-TA-TAATTTTTGAAT-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT-AATAAGCTTGTAT
** * *
248700 GAATTGAAACATTATTTTATGAC-AACAAAATCTTAGA
316 GAATTGAAACATTATTTTATGACAAACAAAAAGTAAAA
* * ** * * ** **
248737 ACGATTTGAAAATAGATAATTATTCTAAGTAGTCTTAACCA-TTGAATTAATTCGACAAATACAT
1 ACGATTTG-AAATAGATAATTATTC-AAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCGGTAAATTGAT
* *
248801 TTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTA-TTT-TTATC
64 TTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTC
* * * * * *
248860 GATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTTTTTTATGA-AAAAC-AAAGATTATAGCAATTTGAGAT
129 AATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATTATAACAATTTGAAAT
* * * * ** * *
248923 TGATATTTGTTCAAATGGTTATAACTATTTGAA-TGGTTCAAAAACAGCTTTAATTTTTAAATCT
194 AGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTTGATAACAGATTT-ATTTTTAAATCT
* * * * *
248987 CTTGCTTAATAATTTTTGAA-ATAATTAAAAGTAGTATTATTTTATTTTAATAAGTTTTTATGAA
258 CTTAC-T-ATAATTTTTGAATTTAA-T-AAATTAGTATTATTTTATTTTAATAAGCTTGTATGAA
* * *
249051 CTGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTGAAA
319 TTGAAA-CATTATTTTATGAC-AAACAAAAAGTAAAA
* * * * * *
249088 ATGAGTTT-AAATAGATAATTGTTTAAATAGTCAT-ATCTATTTGATCTTG-TTTGGTAAACAT-
1 ACGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAT-TATTTGAAC-TGATTCGGTAAA-TTG
*
249149 ATTTATTATTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTAT
62 ATTTATT-TTTTAAATCTCTTGCTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * *
249213 TTTCAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTG
125 TTTCAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATTATAACAATTTG
* * *
249278 AAATATATAATTGTTC-AATAG---T--C---TT-AACT-TTTTG--AAC-G-GTTA-----AAA
190 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTTGATAACAGATTTATTTTTAAA
* * * * *** ***
249323 T-AC--A-T-TTATTTTT--A-TTATTAAATTAGTATTATCTTAATCCAAATAAGCTAACATGAA
255 TCTCTTACTATAATTTTTGAATTTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTTTAATAAGCTTGTATGAA
** * * * * * * *
249380 AAGAAGCAATTGTTCTATAACAAAC-TAAAGATCATA
319 TTGAAAC-ATTATTTTATGACAAACAAAAAG-TAAAA
* * * * * *
249416 ATGATTTGAGATAGATCATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTTGGTAAA-T-ATT
1 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGA-TTCGGTAAATTGATT
* * * * * * * *
249478 TAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATTTTAATAAATCAATACTATTTTATTCTGA
65 TATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTCA
* * * * ** * * * * **
249539 AGAA-TTATGTTTGAAC-AAAAAAATTGTTTTACAACAAAGCTAAAGGTCATAATGA-TTGAAAA
130 ATAAGCT-TGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATTATAACAATTTG-AAA
* * * ** * * *
249601 TAGATAATTATTTAAATGGACATGACTATTTGAACTTA-TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA
193 TAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC-TAGTTTGAT-AACAGATTTA-TTTTTAAA
* ** * *
249665 TCTCCTACCTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTA
255 TCTCTTA-CTA-TAATTTT-TGAAT-TTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TTAATAAGCTTGTA
*** * * * * * * *
249730 TGAACAAAAACAAGTCTTTGATCATAAA-ACAAAAGATCATA
315 TGAATTGAAAC-ATTATTTTATGACAAACA-AAAAG-TAAAA
* * * * * * *
249771 ACTATTTGAAATCA-ATAATTATTCATATAGTCATAACTATTAGAGCTTGCTT-GGTAAA-CGAA
1 ACGATTTGAAAT-AGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TGATTCGGTAAATTG-A
*
249833 TTTATTTTTTAAATCAT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TT
63 TTTATTTTTTAAATC-TCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * *
249896 TCGAATAAACTTGTATGAAC-AGAAACAATTGGTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTG
127 TC-AATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATTATAACAATTTG
* * * * *
249960 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-T-GTGTTCAGAAAATAAATTTATTTTT
190 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGT-TT--GATAACAGATTTATTTTT
* * *
250023 AAA--T-TT-C--TAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGGAATGAGTTTG
252 AAATCTCTTACTATAATTTTT-GAAT-TTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTT-TAATAAGCTTG
* * * * * * *
250081 TATGAATAGAAATGATTGTTTTATGACTAAATAAAAGGTTATA
313 TATGAATTGAAA-CATTATTTTATGAC-AAACAAAAAGTAAAA
* * ** * * *** *
250124 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACTTTTTTGGGAAACAAATTC
1 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCGGTAAATTGATTT
* * *
250189 ATTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAGTTTTT-AGAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCG
66 ATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTC-
* * * * * * *
250252 TATAAGCCTATATGAACTAAAACAATGGTTTTATTACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAAT
129 AATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATTATAACAATTTGAAAT
* * * * * ** *
250316 AGATAACTATTCAAATAGTTATGACTATTTGGACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTAAAATC
194 AGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTTGAT-AACAGATTTATTTTT-AAATC
* * ***
250381 TTTTACT-T-ATTATTTGCCAAAATATTAATAAATT--T-TTA---AATCCAAATAAGCTTGTAT
257 TCTTACTATAATT-TTTG----AAT-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAATAAGCTTGTAT
*** * * * * *
250438 GAACAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAATGTCATA
316 GAATTGAAAC-ATTATTTTATG-ACAAACAAAAAGTAAAA
* * * * * * * * ***
250478 ATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATTGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTT
1 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCGGTAAATTGATTT
* * * * **
250543 ATTTTTCAAATCTTTTACCTT-TTAATTATTTG-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGG
66 ATTTTTTAAATCTCTT-GCTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTC
* * * * *
250606 AATAAGCTTGTCTGAA-TAGAAAAAATTGTTTTATGATC-AAACAAATGGTT-TAGCAATTTGAA
129 AATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGATTATAACAATTTGAA
* * * * * * *
250668 AAAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAGTATTTGAAATTA-TTTAGAAAATAAATTTATTTTTTAA
192 ATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTG-AACTAGTTT-GATAACAGATTTA-TTTTTAA
** * * * ** *
250732 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATATGTTAGAATTATATTGTTCCGAATAAGATTGT
254 ATCTCTTAC-TA-TAATTTTT-GAAT-TTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TTAATAAGCTTGT
* * ** * * * * *
250797 ATGAATAGAAATAATTGATTTGCGTTA-AAGCAAAAGGTTATA
314 ATGAATTGAAA-CATT-ATTT-TATGACAAACAAAAAGTAAAA
* *
250839 ACAATTTGAAATTA-ATAATTATTCAAATAGTC------A---GAAC-----C----AATAGATT
1 ACGATTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCGGTAAATTGATT
* * * * *
250885 CATTTTTTAAATC-CATTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTA-TTC
65 TATTTTTTAAATCTC-TTGCTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* * * * ** * * *
250947 CAAATAAGATTGTATGAAC-ATAAGCTATTATTTTATGACAAAATGAATGGTCATAACAATTTGA
128 C-AATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATTATAACAATTTGA
* ** * * * * *
251011 AATAAATAATTGTTCAAATAGAACAAAACAAAAGGTTAT-AAC-AATTT-A-AA-ATATATAATT
191 AATAGATAATTGTTCAAATAG-TTATAAC--TA--TT-TGAACTAGTTTGATAACAGAT-TTATT
* * *** * *
251071 GTTCAAATAGTC--A-TA-ACCATTTGAACTAGTTCAATAAACATATTTATT-TTTTAATTCTCC
249 -TTTAAAT-CTCTTACTATAATTTTTGAA-T--TT-AATAAA-TTA-GTATTATTTT-ATT-T--
* * * *** *
251131 TACTTATTAA--TT-TTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAGGCTTGTAT
302 TA---A-TAAGCTTGTATG--A-ATT--G-AA--A-CATTATTTTA---TGACA-A-AC-AAAAA
251192 GATGAAAA
348 G-T-AAAA
* ** * * * * * * * * *
251200 AC-AATTGTTCATTGACAA--A-ACAAA-AGTTAATAATGATTTGAAATAGGTAACTGTTCAAAT
1 ACGATTTG-AAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAATTATTTGAACT-GAT-TC-GGT-AAAT
* * *** * * *
251260 AG-TTATAATTATTTGAACTAAT-TCGATAAATTGATTTATGTTTTTAAATCTCTAACTTATCAA
60 TGATT-T-ATT-TTT-TA--AATCTC--TTGCTT-ATTAAT-TTTTGAAATAT-TAA--TA--AA
** * *** ** * * *** *
251323 TTTTTATAATATTAATAAAGT-AATATTATTTTATTTTAGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAAT
110 TTAGTAT--TATT-TTATTTTCAATA--AGCTT-GTAT-G--AA-CTAAAAC----------AAT
* * * * * * * *
251387 TGTTTTATGATAAAATAAAAAGGTCATAACTATTTTAAATAGATAATTAG-TCAAATAGTCAAAA
155 TGTTTTATGACAAAA-CAAAAGATTATAACAATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTTATAA
* * * * * *
251451 CTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGATTT-TTTTT-ATTTTCTTACTTACTAATTTTTTGAATGT
218 CTATTTGAACTAGTTTGAT-AACAGATTTATTTTTAAATCTCTTAC-TA-TAA-TTTTTGAAT-T
* * * *
251514 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATGTAT-AAGCTGAAGCAATTATTTTATGACT
278 TAATAAATTAGTATTATTTTATTT-TAATAAGCTTGTATGAA-TTGAAAC-ATTATTTTATGAC-
* * *
251578 AAACAAAAGGTTAGA
339 AAACAAAAAGTAAAA
* * ** * * * * ** *** *
251593 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTTTAGTAGTCTTAACTT-TTAGAACTGGTAT-GACAAACACAC
1 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-TTATTTGAACTGAT-TCGGTAAATTGAT
* * * * * * * * * *
251656 TTATTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATGTTTAAAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCTA
64 TTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTC
* * * * ** ** *
251720 AATAAACTTGTATGAA-TAGAAATAAATGTTTTAGGACAAAAC-AAAGACCATAATGATTTGAGA
129 AATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATTATAACAATTTGAAA
* * * *
251783 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAAAAAGATTTAGATTTTAAA
193 TAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTT-G-ATAACAGATTTA-TTTTTAAA
* * **
251848 TCTCTTA-T-TAA-TTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATG
255 TCTCTTACTATAATTTTTG-AAT-TTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TTAATAAGCTTGTATG
* * * * *
251910 AATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATA-TCACA
317 AATTGAAAC-ATTATTTTATGAC-AAACAAAA-AGTAAAA
* * * * * * * * *
251949 ATGATTTGAAATAAATAA-TAGTTCAAATGGACATCACTATTTGAACTTG-TTCGG-AAAATAAA
1 ACGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TGATTCGGTAAATTGAT
* * *
252011 TCATGTTTTAAA--TCTTGAACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTACTATTA-TTTATT
64 TTATTTTTTAAATCTCTTG--CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * ** **
252072 TTGAATAAACTTGTATG-A-TAGAAAAAATTG-TTTATGAC---A-AAAAGACCATAATGATTTG
126 TTCAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATTATAACAATTTG
* * * * * *
252130 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTCA-CTCGATAAATAGATTTATTTTTA
190 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACT-AGTTTGAT-AACAGATTTATTTTT-
* * *
252194 AAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATGAGTATTATTTTATTTTGAATAATG-TT
252 AAATCTCTTAC-TA-TAATTTTTGAAT-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT-AATAA-GCTT
* * ** ** * *** * *
252258 TTTTGAACAGAAACAATTGGTTTATGAAAAAACAAGTGGTCATA
312 GTATGAATTGAAAC-ATTATTTTATG-ACAAACAAAAAGTAAAA
** * * * * * * *** **
252302 ATAATTTAAAATGGATAATTGTTCACATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTCAAAAAATAAATT
1 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTG-ATTCGGTAAATTGATT
* * *
252366 TATTTTTTAAAAT-TTTTAG-TTATTAATTTTTGGAACATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TT
65 TATTTTTT-AAATCTCTT-GCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * * * *
252427 TGAAGTAAGCTTGCAT-AAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATATTTTG
127 TCAA-TAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATTATAACAATTTG
* * * * *
252491 AAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGCA-AACAAATTTATTTTTT
190 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTT-G-ATAACAGATTTA--TTTT
* * * *
252555 TAATTCTCTTACTCTTTATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT
251 TAAATCTCTTACT-ATAATTTTT-GAAT-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-TAATAAGCTT
** * * * * * *
252620 ACATGAATTGAAACAATTTTTTTTATTATAAAACAAAAGGTCACA
312 GTATGAATTGAAAC-A-TTATTTTATGA-CAAACAAAAAGTAAAA
** * * * * * * * * * *
252665 ATAATTTGAAGTAAATAATTATTCAGATAGTCATGACTATTTAAACTTG-TTTGATAAA--CATA
1 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TGATTCGGTAAATTGATT
* * * * ** * *
252727 TATTTTTTAGATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATATTCA--TTC
65 TATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTTTC
** * * * * * * *
252790 GAATAAGCACGTATGGAC-AGAAACAATTGTTTTATTATAAAATAAAAAAGTCATAAGAATTTGA
129 -AATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TTATAACAATTTGA
* * * * *
252854 AATAAATAATTATTCAAATAGTCATAA-TAGTTTGAACTTA-TTTGCTAAATAGATTTATTTTTT
191 AATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTA-TTTGAAC-TAGTTTGAT-AACAGATTTA-TTTTT
* * * *
252917 AAATCTTTTAC--TAA---TT-AA-TT-AT--CTTA-AATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTAT
252 AAATCTCTTACTATAATTTTTGAATTTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-TAATAAGCTTGTAT
*** * * * * *
252971 GAACAAAAAAAATCATTTTATGACAAACCAAAAGGTTACA
316 GAA-TTGAAACATTATTTTATGACAAA-CAAAAAGTAAAA
* ** * ** * * **
253011 GCGATTCCAAGTCCATGATTGTTCAAATAGTCATAATTA-TT---C--ATT---T---TT-A-AA
1 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCGGTAAATTGATTT
**** * * * * *
253062 ATTTTTT--A-------CTTATTAATTGCCAAAATATTAATAAATTTGTATTATATTAATCTGAA
66 ATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTCAA
* * * * ** * **
253118 CAAGCTTGTGTGAA-TAGAAACTATTGTTTTATAACTGAACAAAA-AGTCATAATGATTTGAAAT
131 TAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TTATAACAATTTGAAAT
* * * *
253181 AAATAATTGCTT-AAATA-TTCATAACTATTTGAATTGGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAA
194 AGATAATTG-TTCAAATAGTT-ATAACTATTTGAACTAGTTTGAT-AACAGATTTA-TTTTTAAA
* * * * * *
253244 TCTTTTA-T-TAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATG
255 TCTCTTACTATAATTTTTG-AAT-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-TAATAAGCTTGTATG
**** * * * *
253307 AGCAAAAACATTTTTTTTATGACAAAACAAAATGTCATA
317 AATTGAAACA-TTATTTTATGAC-AAACAAAAAGTAAAA
* * * * *** *
253346 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTGATTCGGCAAACAAAATT
1 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCGGTAAATTGATTT
* * * * ** * *
253411 ATCTTTTAAACCTATT-ATTGATTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTTTTTTTATTTTATTTTG
66 ATTTTTTAAATCTCTTGCTT-ATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTC
* * * ** * * **
253475 AATAAG-TGAGTAAGAATTTGAAAA-AATTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
129 AATAAGCT-TGTATGAA-CT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATTATAACAATTTGA
* * * * * * * * *
253538 AATAAAGAATTGTTCATATAGCTT-TAACTATTGGAATTGGTTCGGCA-AATAAATTTATTTTTT
191 AATAGATAATTGTTCAAATAG-TTATAACTATTTGAACTAGTT-TG-ATAACAGATTTA-TTTTT
* * * *
253601 AAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTATGAATAAGCTT
252 AAATCTCTTA-CTA-TAATTTTT-GAAT-TTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TTAATAAGCTT
* * * * * ***
253666 GTATGAATAGAAATAATTTTTTTATGTCAGAACAAAAGGTTGTA
312 GTATGAATTGAAA-CATTATTTTATGACA-AACAAAAAGTAAAA
* * * * * * * * * ***
253710 ACAATTTAAAATATATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCGATAAACAAATTT
1 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCGGTAAATTGATTT
* * * *
253775 ATTTTTTAAA-CATTCTAT--TTATTAAATTTTAAAAAATTAAAAAATTAGTATTATTTTA-TTT
66 ATTTTTTAAATC--TCT-TGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
*** * * * * **
253836 CAA-ATAGTCTTGTATGATGAAAAAAATATTGTTTTATGACTAAACAAATG-TTAACAATGATTT
128 CAATA-AG-CTTGTATGAACTAAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATT-ATAACAATTT
* ** * *
253899 GAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAA-TAGATTTGATAAACTGATTTATTTCT
189 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAG-TTTGAT-AACAGATTTATTT-T
253963 TAAATCTCT
251 TAAATCTCT
253972 AATATTATTT
Statistics
Matches: 4229, Mismatches: 902, Indels: 919
0.70 0.15 0.15
Matches are distributed among these distances:
319 3 0.00
320 50 0.01
321 49 0.01
322 1 0.00
323 4 0.00
324 78 0.02
325 79 0.02
326 9 0.00
327 10 0.00
328 63 0.01
329 35 0.01
330 6 0.00
331 7 0.00
332 10 0.00
334 20 0.00
335 77 0.02
336 8 0.00
337 1 0.00
338 1 0.00
339 8 0.00
340 7 0.00
341 5 0.00
342 20 0.00
343 91 0.02
344 42 0.01
345 22 0.01
346 51 0.01
347 39 0.01
348 40 0.01
349 102 0.02
350 111 0.03
351 78 0.02
352 90 0.02
353 335 0.08
354 384 0.09
355 214 0.05
356 171 0.04
357 157 0.04
358 228 0.05
359 146 0.03
360 137 0.03
361 364 0.09
362 225 0.05
363 186 0.04
364 143 0.03
365 9 0.00
366 1 0.00
367 3 0.00
368 1 0.00
369 2 0.00
370 2 0.00
372 1 0.00
373 2 0.00
374 4 0.00
375 3 0.00
376 8 0.00
378 4 0.00
379 2 0.00
380 7 0.00
381 3 0.00
382 5 0.00
383 9 0.00
384 5 0.00
385 8 0.00
386 5 0.00
387 9 0.00
388 8 0.00
389 5 0.00
390 3 0.00
391 5 0.00
392 5 0.00
393 17 0.00
394 5 0.00
395 13 0.00
396 17 0.00
397 7 0.00
398 3 0.00
399 10 0.00
401 4 0.00
402 2 0.00
403 1 0.00
404 5 0.00
405 1 0.00
406 1 0.00
407 3 0.00
408 9 0.00
409 5 0.00
410 11 0.00
411 8 0.00
412 32 0.01
413 40 0.01
414 3 0.00
415 6 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (353 bp):
ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCGGTAAATTGATTT
ATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTCAA
TAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATTATAACAATTTGAAATAG
ATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTTGATAACAGATTTATTTTTAAATCTCTT
ACTATAATTTTTGAATTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAATAAGCTTGTATGAATTGAAAC
ATTATTTTATGACAAACAAAAAGTAAAA
Found at i:249736 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 249387--250871 Score: 1077
Period size: 181 Copynumber: 8.3 Consensus size: 178
249377 GAAAAGAAGC
* * * * * * *
249387 AATTGTTCTATAACAAACTAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATCATTGTTCAAATAGTCATAA
1 AATTGTTTTACAACAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
* * *
249452 CTATTTGAAC-TAGTTTGGTAAAT--ATTTAGTTTTTAAATC--T-CTTATTAATTTTTAAAATT
66 CTATTTGAACTTA-TTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTACCTATTAATTTTTAAAATA
* * * * * *
249511 TTAATAAATCAATACTATTTTATTCTGAAGAA-TTATGTTTGAACAAAAA
130 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCT-TGTATGAACAAAAA
* * * *
249560 AATTGTTTTACAACAAAGCTAAAGGTCATAATGA-TTGAAAATAGATAATTATTTAAATGGACAT
1 AATTGTTTTACAACAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTG-AAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * *
249624 GACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTCAAAA
64 AACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCT-TTACCTATTAATTTTTAAAA
* *
249689 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAACAAAAA
128 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAA
* * * * *
249740 CAAGTCTTTGATCATA-AAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATCA-ATAATTATTCATATAGT
1 -AATTGTTTTA-CA-ACAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAAT-AGATAATTATTCAAATAGT
* * ** ** * *
249802 CATAACTATTAGAGCTTGCTTGGTAAACGAATTTATTTTTTAAATCATTTACTTATTAATTTTTG
61 CATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATC-TTTACCTATTAATTTTTA
* *
249867 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAACTTGTATGAACAGAAAC
125 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAACA-AAAA
* *
249922 AATTGGTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
1 AATTGTTTTACAAC-AAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* ** * **
249986 AACTATTTGAA-TGTGTTCAGAAAATAAATTTA-TTTTTAAA--TTT--C---TAATTTTTGGAA
64 AACTATTTGAACT-TATTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTACCTATTAATTTTTAAAA
* * * *
250042 TATTAATAAATTTA-TATTATTTTATT-TGGAATGAGTTTGTATGAATAGAAAT
128 TATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAACA-AAAA
* ** * * * * *
250094 GATTGTTTTATGACTAAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATA
1 AATTGTTTTACAAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * * * * *
250159 ATTATTTGAACTTTTTTGGGAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTT-GCTCATTAGTTTTTAGAG
65 ACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCT-TTACCT-ATTAATTTTTAAAA
* * * *
250223 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGTATAAGCCTATATGAACTAAAAC
128 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAA
* ** * * * *
250275 AATGGTTTTATTACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTTATG
1 AATTGTTTTACAAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * *** * * * * **
250339 ACTATTTGGACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATT-ATTTGCCAAAA
65 ACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATC-TTTACCTATTAATTT-TTAAAA
* **
250403 TATTAATAAATT--T-TTA----AATCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAA
128 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAA
* * * * * * *
250447 CAATTGTTTTATGAAAAAACAAAATGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATTGTCAT
1 -AATTGTTTTA-CAACAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * *
250512 AACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTCAAATCTTTTACCTTTTAATTATTT-GA
64 AACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATC-TTTACCTATTAATT-TTTAAA
* * *
250576 ATATTAATAAATTTGTATTATTTTATT-TGGAATAAGCTTGTCTGAATAGAAAA
127 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAACA-AAAA
* * * * *** * *
250629 AATTGTTTTATGATCAAACAAATGGT-TTAGCAATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
1 AATTGTTTTA-CAACAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * **
250693 AGTATTTGAAATTATTTAGAAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAAT
65 ACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCT-TTACCTATTAATTTTTAAAAT
** * * * * * * *
250758 ATTAATATGTTAGAATTATATTGTTCCGAATAAGATTGTATGAATAGAAAT
129 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACA-AAAA
* * *** * **
250809 AATTGATTTGCGTTAAAGCAAAAGGTTATAACAATTTGAAATTA-ATAATTATTCAAATAGTCA
1 AATTGTTTTACAACAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATAGTCA
250872 GAACCAATAG
Statistics
Matches: 1053, Mismatches: 198, Indels: 114
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
172 134 0.13
173 63 0.06
174 148 0.14
175 6 0.01
176 19 0.02
177 10 0.01
178 1 0.00
179 13 0.01
180 293 0.28
181 345 0.33
182 20 0.02
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
AATTGTTTTACAACAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
CTATTTGAACTTATTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTACCTATTAATTTTTAAAATAT
TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAA
Found at i:249974 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 249948--249996 Score: 57
Period size: 16 Copynumber: 2.8 Consensus size: 18
249938 AACAAAAGGT
249948 CATAACTATTTGAAATAG
1 CATAACTATTTGAAATAG
* *
249966 -ATAATTA-TTCAAATAG
1 CATAACTATTTGAAATAG
249982 TCATAACTATTTGAA
1 -CATAACTATTTGAA
249997 TGTGTTCAGA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 4, Indels: 5
0.73 0.12 0.15
Matches are distributed among these distances:
16 8 0.33
17 6 0.25
18 6 0.25
19 4 0.17
ACGTcount: A:0.45, C:0.10, G:0.08, T:0.37
Consensus pattern (18 bp):
CATAACTATTTGAAATAG
Found at i:250743 original size:354 final size:353
Alignment explanation
Indices: 249360--257411 Score: 1765
Period size: 362 Copynumber: 22.6 Consensus size: 353
249350 ATTATCTTAA
*** * * * *
249360 TCCAAATAAGCTAACATGAA-AAGAAGCAATTGTTCTAT-AACAAACTAAAGATCATAATGATTT
1 TCCAAATAAGCTTGTATGAACAA-AAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAG-TCATAATGATTT
* * * * *
249423 GAGATAGATCATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTTGGT-AA-ATATTTAGTTTT
64 GAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTGGTAAACAAATTTATTTTT
* * * * * * * *
249485 TAAATCTCTTA---TTAATTTTTAAAATTTTAATAAATCAATACTATTTTA-TTCTGAAGAA-TT
128 TAAATCTTTTACTTTTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCT
* * * ** * **
249545 ATGTTTGAACA-AAAAAATTGTTTTACAACAAAGCTAAAGGTCATAATGA-TTGAAAATAGATAA
191 -TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACAATTTGAAAA-AGATAA
* * * * * ** * * *
249608 TTATTTAAATGGACATGACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTAC
253 TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTATTCAGAAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* *
249673 CTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
318 TTATT-ATTTGCAAAATATTAATAAATTA-TATTA---TAT
* * * * * * *
249714 TCTAAATAAACTTGTATGAACAAAAACAAGTCTTTGATCATAAAACAAAAGATCATAACT-ATTT
1 TCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAG-TCATAA-TGATTT
* * * * * ** *
249778 GAAATCAATAATTATTCATATAGTCATAACTATTAGAGCTTGCTTGGTAAACGAATTTATTTTTT
64 GAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTT
* *
249843 AAATCATTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTT
129 AAATCTTTTACTT-TTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT
* * * * *
249908 GTATGAACAGAAACAATTGGTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTA
192 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACAATTTGAAAAAGATAATTA
* *
249973 TTCAAATAGTCATAACTATTTG-AATGTGTTCAGAAAATAAATTTA-TTTTTAAA--T-TT-CTA
256 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAT-TATTCAGAAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
*
250032 ATT-TTTG--GAATATTAATAAATTTATATTATTTTAT
320 ATTATTTGCAAAATATTAATAAA-TTATATTA---TAT
*** * * * * ** ** * * *
250067 TTGGAATGAGTTTGTATGAATAGAAATGATTGTTTTATGACTAAATAAAAGGTTATAACGATTTG
1 TCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAA-GTCATAATGATTTG
* * * * * *
250132 AAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACTTTTTTGGGAAACAAATTCATTTTTTA
65 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTA
* * * * * * * *
250197 AATCTCTTGCTCATTAGTTTTTAGAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGTATAAGCCTA
130 AATCTTTTACT-TTTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
* * * * * *
250262 TATGAACTA-AAACAATGGTTTTATTACAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAACTAT
193 TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAACAATTTGAAAAAGATAATTAT
* * * * * * * * *
250326 TCAAATAGTTATGACTATTTGGACTTGTTCA-ATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTA
257 TCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTATTCAGA-AAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
*
250390 TTATTTGCCAAAATATTAATAAATT-T-TTA-AA
321 TTATTTG-CAAAATATTAATAAATTATATTATAT
*
250421 TCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAATGTCATAATGATTTA
1 TCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAA-GTCATAATGATTTG
* *
250486 AAATAAATAATTGTTCAAATTGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTCA
65 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTA
* *
250551 AATCTTTTACCTTTTAATTATTTGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGGAATAAGCTTG
130 AATCTTTTA-CTTTTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
* * * * *
250616 TCTGAATAGAAAAAATTGTTTTATGATC-AAACAAATGGT-TTAGCAATTTGAAAAAGATAATTG
193 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAA-GGTCATAACAATTTGAAAAAGATAATTA
* *
250679 TTCAAATAGTCATAAGTATTTGAAATTATTTAGAAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
256 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTATTCAGAAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
**** ** *
250744 TTAATTTTTGGAATATTAATATGTTAGAATTATATTGT
321 TT-ATTTGCAAAATATTAATAAATTA-TATTATA---T
* * * * * * ** ** * * **
250782 TCCGAATAAGATTGTATGAATAGAAATAATTGATTTGCGTTAAAGCAAAAGGTTATAACAATTTG
1 TCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAA-GTCATAATGATTTG
* * * * *
250847 AAATTAATAATTATTCAAATAGTCAGAAC-----CAA--TA----G-------ATTCATTTTTTA
65 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTA
** * * * * *
250894 AATCCATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGATTG
130 AATCTTTTACTT-TTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
* * * * * * * *
250959 TATGAACATAAGCTATTATTTTATGACAAAATGAATGGTCATAACAATTTGAAATAA-ATAATTG
193 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAGGTCATAACAATTTGAAA-AAGATAATTA
* * * * ** * * * * * *
251023 TTCAAATAGAACAAAACAAAAGGTT-ATAACAATT--TAAAATATA-TAATTGTTCAAATAGTC-
256 TTCAAATAG-TCATAAC--TA-TTTGA-AATTATTCAGAAAATAAATTTATTTTTTAAAT-CTCT
* ** * * *
251083 -A-TAACCATTTG--AACTAGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAATT
315 TACTTATTATTTGCAAAATA-TT-AAT--A-A-A-TTATATTAT-A-T
* * * ** ***** * * *
251127 CTCCTACTTATTAA--TT-TTTGAA-ATATTAAGA-AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGCT
1 -TCC-A---AATAAGCTTGTATGAACA-A--AA-ACAATT-GTTTTA-TGAAAAAACAAAAGTCA
* * ** * * * *
251187 TGTATGA--TGAAAAACAATTGTTCATTGACAAAACAAAAGTTAATAA-TGATTTGAAATAGGTA
55 T-AATGATTTGAAATA-AATAATT-GTT--C---A-AATAG-TCATAACT-ATTTGAACT---TA
** * * * * * * ** * * **
251249 ACTGTTCAAA-TAGTTATAATTATTTGAA-CTAATT-CGATAAATTGATTT--ATGTTTTTAAAT
106 TTTGGT-AAACAAATT-T-ATTTTTTAAATCT-TTTACTTTTAATT--TTTGAATATTAATAAA-
* * * * * ** * * ** *** *
251309 CTCTAACTTATCAATTTTTATAATATTAATAAAG-TAATATTATTTTATTTTAGATAAGCTTTTA
164 -T-T-A-GTAT-TA-TTTTAT-TTC-GAAT-AAGCTTGTATGAATAGA-AACA-AT-TG-TTTTA
* * * * * * ** * * *
251373 TGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAAT-AAAAAGGTCATAACTATTTTAAATAG--ATAATT
216 TG-AC-AAAACAA-AG-GTCATAACAATTTGAAAAA-G--ATAATTA-TTCAAATAGTCATAACT
* * * * * *
251435 A-GTCAAA-TAGTCA-AAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGATTTTTTTTATTTTCTTACTT
273 ATTTGAAATTATTCAGAAA--A--TAAA----TT---T------A-TTTTTTAAATCTCTTACTT
* **** *
251497 ACTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTAT
320 A-TTATTTGCAAAATATTAATAAATTA-TATTA---TAT
* * ** * * ** * *
251536 TTCAAATAAGCATGTAT-AAGCTGAAGCAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTT
1 TCCAAATAAGCTTGTATGAA-CAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAA-GTCATAATGATTT
* ** * * ** * ** * *
251600 GAAATAGATAATTGTTTTAGTAGTCTTAACT-TTTAGAACTGGTATGACAAACACACTTATTTTT
64 GAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-GAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTT
* ** * * * * * * *
251664 TAAATC-CTTACTTATTAATGTTTAAAATATTATTAATTTAGCAATATTTTA-CTCTAAATAAAC
128 TAAATCTTTTACTT-TTAAT-TTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGC
* * * ** ** * *
251727 TTGTATGAATAGAAATAAATGTTTTAGGACAAAACAAAGACCATAATGATTTGAGATAGATAATT
190 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAACAATTTGAAAAAGATAATT
* * ** **
251792 GTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTAGTTTGGTAAAA-AAGATTTAGATTTTAAATCTCTTA
255 ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTA-TTCAG-AAAATAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* *
251855 -TTAAT-TTTG--AAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTAT
317 CTTATTATTTGCAAAATATTAATAAATTA-TATTA---TAT
* ** * * * *
251892 TCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT-AACAAAACAAAATATCACAATGATTT
1 TCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAA-AAAACAAAA-GTCATAATGATTT
* * * * * * * * * *
251956 GAAATAAATAATAGTTCAAATGGACATCACTATTTGAACTTGTTCGGAAAATAAA-TCATGTTTT
64 GAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTT
** * * *
252020 AAATCTTGAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTACTATTA-TTTATTTTGAATAAACTT
129 AAATCTTTTACTT-TTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT
* ** ** *
252084 GTATG-ATAGAAAAAATTG-TTTATGAC--AA-AAAGACCATAATGATTTGAAATAA-ATAATTG
192 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAACAATTTGAAA-AAGATAATTA
* * * *
252143 TTCAAATAGTCATAACTATTTG-AATTCACTC-GATAAATAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACT
256 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATT-ATTCAGA-AAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * *
252206 TATTAATTT-TAGAATATTAATAAATGAGTATTATTTTAT
319 TATT-ATTTGCAAAATATTAATAAAT---TA-TATTATAT
*** * * * * ** *
252245 TTTGAATAATG-TTTTTTGAACAGAAACAATTGGTTTATGAAAAAACAAGTGGTCATAATAATTT
1 TCCAAATAA-GCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAA-AAGTCATAATGATTT
* ** * * **** *
252309 AAAATGGATAATTGTTCACATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTCAAAAAATAAATTTATTTTT
64 GAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TATTTGGTAAACAAATTTATTTTT
* *
252373 TAAAAT-TTTTAGTTATTAATTTTTGGAACATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTT-GAAGTAA
128 T-AAATCTTTTACTT-TTAATTTTT-GAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAA-TAA
* * * * * * *
252435 GCTTGCATAAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATATTTTGAAATAGATA
188 GCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAGGTCATAACAATTTGAAAAAGATA
* * * * * ** * * *
252500 ATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTTAATTCTCTT
252 ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTATTCAGAAAATAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTT
****
252565 ACTCT-TTATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
316 ACT-TATTATTTGCAAAATATTAATAAATTA-TATTA---TAT
* * ** *** * * * * *
252607 TTCGAATAAGCTTACATGAATTGAAACAATTTTTTTTATTATAAAACAAAAGGTCACAATAATTT
1 TCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAA-TTGTTTTATGAAAAAACAAAA-GTCATAATGATTT
* * * * * * * *
252672 GAAGTAAATAATTATTCAGATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTTGATAAAC--ATATATTTTTT
64 GAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTT
* *** * * *
252735 AGATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATATTCA-TTCGAATAAGCA
129 AAATCTTTTACTT-TTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTTCGAATAAGCT
* * * * * * * *
252799 CGTATGGACAGAAACAATTGTTTTATTATAAAATAAAAAAGTCATAAGAATTTGAAATAA-ATAA
191 TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAA-ACAAAGGTCATAACAATTTGAAA-AAGATAA
* * * * *
252863 TTATTCAAATAGTCATAA-TAGTTTGAACTTATT-TGCTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
253 TTATTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAAATTATTCAG-AAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
*
252926 AC-TA--A-TT---AATTATCT--TAAATTAT-TT-TAT
316 ACTTATTATTTGCAAAATAT-TAATAAATTATATTATAT
** * ** * * * * ** **
252954 TTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATCATTTTATGACAAACCAAAAGGTTACAGCGATTCC
1 TCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAA-GTCATAATGATTTG
* ** * * *
253019 AAGTCCATGATTGTTCAAATAGTCATAATTA-TT---C--ATTT--T---TAAA---ATTTTTT-
65 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTA
**** * * * *
253069 -A-C--TTA---TTAATTGCCAAAATATTAATAAATTTGTATTATATTA-ATCTGAACAAGCTTG
130 AATCTTTTACTTTTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTG
* * * ** * **
253126 TGTGAATAGAAACTATTGTTTTATAACTGAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAA-ATAATTG
193 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACAATTTGAAA-AAGATAATT-
* * * * * *
253190 CTT-AAATATTCATAACTATTTG-AATTGGTT-TGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA-
255 ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATT-ATTCAGA-AAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
*
253251 TTAATT-TTTG--AAATATTAATAGATTAGTATTATTTTAT
318 TT-ATTATTTGCAAAATATTAATAAATTA-TATTA---TAT
* * * * * * * *
253289 TTCAAACAAACTTATATGAGCAAAAACATTTTTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTG
1 TCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAA-GTCATAATGATTTG
* * * * * * * *
253354 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTGATTCGGCAAACAAAATTATCTTTTA
65 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTA
* * ** * *
253419 AACCTATTA-TTGATTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTTTTTTTATTTTATTTTGAATAAG-T
130 AATCTTTTACTT--TTAA-TTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCT
* * * * ** ** *
253482 GAGTAAGAATTTGAAAAAATTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAA-AGA
191 -TGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACAATTTGAAA-AAGATA
* * * * * * *
253546 ATTGTTCATATAG-CTTTAACTA-TTGGAATTGGTTCGGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCT
252 ATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAAATT-ATTCAGAAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCT
* ** * * *
253609 TAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTACATTAGTATTATTTTAT
315 TACTTATT-ATTTGCAAAATATTAATAAATTA-TATTA---TAT
*** * * * * ** * ** ** *
253653 TATGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTTTTTTATGTCAGAACAAAAGGTTGTAACAATTTA
1 TCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAA-GTCATAATGATTTG
* * * ** * *
253718 AAATATATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTA
65 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTA
* * ** * * *
253783 AA-CATTCTATTTATTAAATTTTAAAAAATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT-AGTCT
130 AATC-TTTTACTT-TT-AATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-CT
* * * * *
253846 TGTATG-ATGAAAAAAATATTGTTTTATGACTAAACAAATGT--TAACAATGATTTGAAATAGAT
191 TGTATGAAT-AGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAAC-A--ATTTGAAAAAGAT
* * * * * * * *
253908 AATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTG-AATAGATT-TGATAAACT-GATTTATTTCTTAAATCT
251 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAT-TATTCAGA-AAA-TAAATTTATTTTTTAAATCT
* * * * *
253970 C-TA-ATATTATTT----TAT-TTCAAACAAGATTTTATGA-AT
313 CTTACTTATTATTTGCAAAATATT--AATAA-ATTATATTATAT
* * * * * * ** * * **** * *
254006 T-GAAACAATCATTTTA-AAATAAAATA-AAAGGTCATAATGATTTTA-AATAG--ATAATTA-T
1 TCCAAATAAGC-TTGTATGAACAAAA-ACAATTGT-TTTATGAAAAAACAAAAGTCATAATGATT
* * * * * * *
254064 TCAAATAGTAAAAACTAT-TTGC-ACTTGTTCGGTAAAC-A---G-A-TT-TTT--TTAA-AATT
63 TGAAATA--AATAA-T-TGTT-CAAATAG-TC-AT-AACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAAT
* * * * *
254117 TTCTTACTTATT-AATTTTTTGAATGTTAA----T-AA-ATTAATATTA-T--T-TTA---T-TT
120 TTATT--TT-TTAAATCTTTT-ACTTTTAATTTTTGAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * *
254167 T-GAATTAGCATATATGAGCTA-AAACAATTATTTTATGACTATACAAAAGGTCAGAACAATTT-
180 TCGAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACAATTTG
* * * * ** *
254229 -----GA-AATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTT-AAACTAGTTTGGCAAAA-ACATTTA-TTTT
243 AAAAAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTA-TTCAG-AAAATAAATTTATTTTT
* * * * *
254285 TAAATC-CTTACTTATTAATGTT-TACAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACT
306 TAAATCTCTTACTTATT-AT-TTGCAAAATATTAATAAATT----ATATTATA-T
* * * * * * * * *
254338 T-CAAATAAGCTTGTTTGAATAGAAATAAATGTTTTAGGACAAAAC-AAAGATCACAACGATTTG
1 TCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAG-TCATAATGATTTG
* * * ** *
254401 AGATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTCTTTGAAC-TAGTTCGGTAATGAGAA-TTAGTTTT
65 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTGGTAAACA-AATTTATTTTT
* ** * **
254464 TAAATCTCTTA---TTAATTTTAAAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAATTT
128 TAAATCTTTTACTTTTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCT
* ** * *
254525 TGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATTTTATAACAATTTGAAATAGATAA-T
191 TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACAATTTGAAAAAGATAATT
* * * * * * * * * * *
254589 AGTTTAAGTGGACATGACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAAATTAATTTTTTAAATCT-TCAAC
255 A-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTATTCAGAAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCT-TAC
*** *
254653 TTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTAT
318 TTATT-ATTTGCAAAATATTAATAAATT---A-TATTATAT
* * * * * * * * **
254694 TTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAGGATTATAACAATTTG
1 TCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAG-TCATAATGATTTG
* * * *** * * **
254759 AAACAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTCAATAAATAGATTTATTTTAAA
65 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTA
* * * * *
254824 AATATTTTACTTATTAATTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGGTTTT
130 AATCTTTTACTT-TTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGT
* * * * ** * * * *
254889 TTGAACAAAAACAATTGGTTTATGATGAAACATATGGTCATAA-AGATTTGAAATAGATGATTGT
194 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAGGTCATAACA-ATTTGAAAAAGATAATTAT
* * * ** ** *
254953 TCAAATAGTTA-AACTATTT-AAACATGTTCA-AATTTTGATTTATTTTTAAAAT-T-TTACTTA
257 TCAAATAGTCATAACTATTTGAAA-TTATTCAGAAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
**** ** *
255013 TTAATTTTTGGACCATTAATAAATTTATACTATTTTAT
321 TT-ATTTGCAAAATATTAATAAA--T-TA-TATTATAT
** * * * * * * *
255051 TTGAAAGAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAGAAAA-AAAGGTCATAATGTTTT
1 TCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA-A-AAAACAAAAGTCATAATGATTT
* * * * * *
255115 GAAATATATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAACTTGTCTGATAAACAGATTTATTTTTT
64 GAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTTA-TTTTT
* * * *
255180 TAAATCTCTTT-CTCTTTAATTTTTGAAATATTGATAAATTTGTATAATTTTATTTCCAATAAGC
128 TAAATCT-TTTACT-TTTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGC
** * * * * ** **
255244 TTACATGAATTGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTAACAATGATTTGAAGTAGATAAT
190 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACAATTTGAAAAAGATAAT
* * * * * * * *
255309 TATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCTG-TAA-ACATATATTTTTTAAATCTTTTACT
254 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTATTCAGAAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* **
255372 TATTAATTGTTGAAA-ATTAATAAATTAATATTATTTTAAT
319 TATTATTTG-CAAAATATTAATAAATT-ATATTA---T-AT
* * *
255412 T-CGAATAAGCTTGTAT-AGACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAAGTCATAA-GAGT
1 TCCAAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAACAATTGTTTTATGA-AAAA-ACAAAAGTCATAATGA-T
* * * * * * *
255474 TTGGAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACGATTTAAACTTATTCGGTAAATAGATTTATTTT
62 TTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTT
* * *
255539 TTAAATCTTTTACTTACTAATTGTCTT-AATATTAATAAATTTGTATTATGTTATTT-GAAATAA
127 TTAAATCTTTTACTT-TTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAA
* * ** * * * * ** *
255602 GCTTGTATGAACA-AAGAGAATCATTTTATGACAAAGCCAAAGTTTATAGCAATTCCAAATCA-A
188 GCTTGTATGAATAGAA-ACAATTGTTTTATGACAAA-ACAAAGGTCATAACAATTTGAAA-AAGA
* * * * * * * *
255665 TAATTGA-TCAAATGGTCATAATTATTT-AAACTTGGTT-GGTAAATAGATTCATTTTTTAATTC
250 TAATT-ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAA-TT-ATTCAGAAAATAAATTTATTTTTTAAATC
* * * *
255727 TCTT-CATTATTAACTTT-CAGAATATCAA-AAACATAGTATTATTTT
312 TCTTAC-TTATT-A-TTTGCAAAATATTAATAAA-TTA-TATTA-TAT
* * ** * *
255772 ATCTCAAATAACCTTATATGAACTGAAATAATT-TTTTATGACAAAGAA-AAATGTCATAATGAT
1 -TC-CAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA-AAA-AACAAAAGTCATAATGAT
* ** * * * *
255835 TT-AAATTAGATAATTAATCAAATAGT-ATGACTATTTGATC-TAGTTTAGTAAACATATTTATT
62 TTGAAA-TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTGGTAAACAAATTTATT
* * *** * ** * *
255897 TTCTAAATTTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTACATTA-ATCTAAATA
125 TTTTAAATCTTTTACTT-TTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATA
* * * * * * * * * *
255961 AGCTTGTAAGGACAGAAACTATTATTTTGTAACAAAATAAACAGTCATAACGATTTGAAATAA-A
187 AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-GGTCATAACAATTTGAAA-AAGA
* * * * *
256025 TAATTA-CCTAAATATTCATAACTATTTG-AATTGGTT-TGATAAATAGATTTA-TTTTTAAATC
250 TAATTATTC-AAATAGTCATAACTATTTGAAATT-ATTCAGA-AAATAAATTTATTTTTTAAATC
* *
256086 TCTTA-TTA--ATTTTCAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTAT
312 TCTTACTTATTATTTGCAAAATATTAATAAATTA-TATTA---TAT
** * * * * * * * **
256129 TCTGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCTTAACAATTTG
1 TCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAA-GTCATAATGATTTG
* * ** * *
256194 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTGATAGTTATTTGAA-TTGGTTTGGTAAACAAAATTATTTTTT
65 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTTGGTAAACAAATTTATTTTTT
* * * * *
256258 AAATCTCTTACTGATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTATTTCAAATAAG-TT
129 AAATCTTTTACT-TTTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT
* * * * * * *
256322 AGTAAGAGCTA-AAATAATTATTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACTACTTGAGATAAAG--A
192 -GTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACAATTTGA-A-AAAGATA
* * * * *** * * *
256384 ATTGTTCATATAG-CTTTAACTATTTGAACTGGCTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTT
252 ATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAAATTATTCAGAAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * ** * * **
256448 AGTTTTTAATTTTTAGAATATTATTGCATTAGTATTATTTTAT
316 ACTTATT-ATTTGCAAAATATTAATAAATTA-TATTA---TAT
* * ** * * ** * * **
256491 TCCCAATAAGCTTGTATGAACATAATTAATTATTTTATGATAGAATTAAAGGTTATAACAATTTG
1 TCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA-AAAAACAAAAGTCATAATGATTTG
* * *** *
256556 AAATATATAATTGATCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCAATAAACAGATTTATTTTTT
65 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTGGTAAACAAATTTATTTTTT
* * * * * *
256620 AAATCTCTTACTTATTAGTTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGCTT
129 AAATCTTTTACTT-TTA-ATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT
* * * * *
256685 TTATG-TTGAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTTATAACAATTT-AAAATAAATAAT
192 GTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACAATTTGAAAA-AGATAAT
* * * * *** ** *
256748 TGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACCAATTCA-ATAAATTGATTTATATTTTAAATCTCTTAC
254 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTATTCAGA-AAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* ** * *
256812 TTATCAATTTTTATAATATTAATAAAGTAATATTATTTTAT
318 TTAT-TATTTGCAAAATATTAATAAA-T--TA-TATTATAT
**** * * ** * * * * * *
256853 TTTGGATAAGCTTTTATCAACTGAAATAATTGTTTTATGATAAAATATAAGGTCAAAATGATTTT
1 TCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACA-AAAGTCATAATGATTTG
* * * * * * * *** * * **
256918 AAATAGATAATTGTTCAAAAATTCAAAATTATTTAAACTTGTTCAATAAATAGA-TT-TTTTTCC
65 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTA
* * * * **
256981 AAT-TTCTTACTTAATAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAGTTTATTTTGAATAAGAAT
130 AATCTT-TTACTT-TTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT
* * * * * **
257045 GTATGAGTTGAAGCAATTATTTTATGACTAAATA-AAAGGTCAAAATGATTT-AAAATAGATAAT
192 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-ACAAAGGTCATAACAATTTGAAAA-AGATAAT
* * * * * * * * *
257108 TATTCTAATACTCTTAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACACATTTATTTTTTAAATC-C--A--
254 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTATTCAGAAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * * * *
257168 -A-TGTTT--AGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACT
319 TATTATTTGCAAAATATTAATAAATT----ATATTATA-T
** * * * * * * ** *
257204 T-TGAATAAGCTTGT-TGAACAGAAATAAATGTTTTAGGACAAAAC-AAAGATCAAAACAATTGG
1 TCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAG-TCATAATGATTTG
* * * ** *
257266 AGATAGATAATTGTTCCAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAA-AAGATTTAGTTTTT
65 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAA-ATTTATTTTTT
* * * **
257330 AAATCTCTTA---TTAATTTTTGAAATAGTAATAAA-T--TATTATTTTA-TTCTAAATAATTTT
129 AAATCTTTTACTTTTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTT
* *
257388 GTACGAATGGAAACAATTGGTTTT
192 GTATGAATAGAAACAATT-GTTTT
257412 GGAACATTAA
Statistics
Matches: 5674, Mismatches: 1451, Indels: 1156
0.69 0.18 0.14
Matches are distributed among these distances:
321 1 0.00
322 12 0.00
323 38 0.01
324 88 0.02
325 67 0.01
326 2 0.00
327 6 0.00
328 7 0.00
329 14 0.00
330 25 0.00
331 38 0.01
332 33 0.01
333 14 0.00
334 13 0.00
335 84 0.01
336 10 0.00
337 10 0.00
338 3 0.00
339 15 0.00
340 17 0.00
341 5 0.00
342 18 0.00
343 117 0.02
344 43 0.01
345 31 0.01
346 93 0.02
347 48 0.01
348 113 0.02
349 70 0.01
350 116 0.02
351 28 0.00
352 93 0.02
353 341 0.06
354 375 0.07
355 204 0.04
356 222 0.04
357 397 0.07
358 153 0.03
359 231 0.04
360 592 0.10
361 525 0.09
362 646 0.11
363 222 0.04
364 150 0.03
365 10 0.00
368 3 0.00
371 2 0.00
373 8 0.00
374 7 0.00
375 9 0.00
376 10 0.00
377 6 0.00
378 14 0.00
379 12 0.00
380 9 0.00
381 16 0.00
382 2 0.00
383 6 0.00
384 13 0.00
385 5 0.00
386 5 0.00
387 11 0.00
388 4 0.00
389 5 0.00
390 9 0.00
391 20 0.00
392 17 0.00
393 20 0.00
394 13 0.00
395 3 0.00
396 13 0.00
397 12 0.00
399 1 0.00
403 11 0.00
404 13 0.00
405 12 0.00
406 3 0.00
407 6 0.00
408 9 0.00
409 8 0.00
410 3 0.00
411 3 0.00
412 7 0.00
413 2 0.00
414 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (353 bp):
TCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGTCATAATGATTTGA
AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAA
ATCTTTTACTTTTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT
GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAACAATTTGAAAAAGATAATTATTCAA
ATAGTCATAACTATTTGAAATTATTCAGAAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATT
TGCAAAATATTAATAAATTATATTATAT
Found at i:251005 original size:163 final size:163
Alignment explanation
Indices: 250714--251031 Score: 374
Period size: 163 Copynumber: 2.0 Consensus size: 163
250704 TTATTTAGAA
* * **
250714 AATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATATGTTAGAATTATAT
1 AATAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATAT
* * * * ** * *
250779 TGTTCCGAATAAGATTGTATGAATAGAAATAATTGATTTGCGTTAAAGCAAAAGGTTATAACAAT
66 TATTCCAAATAAGATTGTATGAACAGAAATAATTGATTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACAAT
*
250844 TTGAAATTAATAATTATTCAAATAGTCAGAACC
131 TTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAGAACC
* *
250877 AATAGATTCATTTTTTAAATC-CATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACT
1 AATAAATTCATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTA-T
* * * ** *
250941 -TTATTCCAAATAAGATTGTATGAACATAAGCT-ATT-ATTTTATGACAAAATGAATGGTCATAA
64 ATTATTCCAAATAAGATTGTATGAACAGAA-ATAATTGA-TTTACGACAAAACAAAAGGTCATAA
*
251003 CAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
127 CAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
251032 AACAAAACAA
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 22, Indels: 8
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
162 2 0.02
163 125 0.97
164 2 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (163 bp):
AATAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATAT
TATTCCAAATAAGATTGTATGAACAGAAATAATTGATTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACAAT
TTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAGAACC
Found at i:251357 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 251033--251461 Score: 435
Period size: 182 Copynumber: 2.4 Consensus size: 181
251023 TTCAAATAGA
* *
251033 ACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACT
1 ACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGATAACTGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACT
* * * *
251098 AGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAATTCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTA
66 AATTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATCAATTTTTGAAATATTAAGAAAGTA
*
251163 GTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTCATTG
131 ATATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTCATTG
** * * * **
251214 ACAAAACAAAA-GTTAATAATGATTTGAAATAGGTAACTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAAC
1 ACAAAACAAAAGGTT-ATAACAATTTAAAATAGATAACTGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAAC
* * *
251278 TAATTCGATAAA-TTGATTTATGTTTTTAAATCT-CTAACTTATCAATTTTT-ATAATATTAATA
65 TAATTCAATAAACAT-ATTTAT-TTTTTAAATCTCCT-ACTTATCAATTTTTGA-AATATTAAGA
* * *
251340 AAGTAATATTATTTTATTTT-AGATAAGCTTTTATGAACTG--AAACAATTGTT-TTATG
126 AAGTAATATTATTTTATTTTGA-ATAGGCTTGTATG-A-TGAAAAACAATTGTTCAT-TG
* * * * * * * * *
251396 ATAAAATAAAAAGGTCATAACTATTTTAAATAGATAATTAG-TCAAATAGTCAAAACTATTTAAA
1 ACAAAA-CAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGATAACT-GTTCAAATAGTCATAACCATTTGAA
251460 CT
64 CT
251462 TGTTCGGTAA
Statistics
Matches: 204, Mismatches: 32, Indels: 22
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
180 4 0.02
181 72 0.35
182 79 0.39
183 44 0.22
184 5 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
ACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGATAACTGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACT
AATTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATCAATTTTTGAAATATTAAGAAAGTA
ATATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTCATTG
Found at i:252369 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 251035--252936 Score: 1484
Period size: 180 Copynumber: 10.6 Consensus size: 180
251025 CAAATAGAAC
* ** * * * *
251035 AAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTAG
1 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * * *
251100 TTCAATAAACATATTTATTTTTTAATTCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGT
66 TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGT
* * * *
251165 ATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTG-TTCATTGAC
130 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTA-TGAA
* * * * * * **
251216 AAAACAAAAGTTAATAATGATTTGAAATAGGTAACTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTAA
1 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
** * * * * *
251281 TTCGATAAATTGATTTATGTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTATAATATTAATAAAGTAA
66 TTCGATAAACAGATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAG
*
251346 TATTATTTTATTTT-AGATAAGCTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGATA
129 TATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA-A
* * *
251399 AAATA-AAAAGGTCATAACT-ATTTTAAATAGATAATTAG-TCAAATAGTCAAAACTATTTAAAC
1 AAA-ACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * *
251461 TTGTTCGGTAAACAGA-TT-TTTTTT-ATTTTCTTACTTACTAATTTTTTGAATGTTAATAAATT
63 TTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATT
** * * * *
251523 AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATGTAT-AAGCT-GAAGCAATTATTTTATGAC
127 AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA--TAGAAACAATTGTTTTATGAA
* * * ** * * *
251577 TAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTTAGTAGTCTTAACT-TTTAGAACTG
1 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-GAACTT
* * * * * *
251641 GTAT-GACAAACACACTTATTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATGTTTAAAATATTATTAATTTA
65 GT-TCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTAGAATATTAATAAATTA
* * * * * * * * * *
251704 GCAATATTTTACTCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAAATGTTTTAGGAC
128 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAA
** * *
251757 AAAAC-AAAGACCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG
1 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * ** *
251821 TTTGGTAAAAAAGATTTAGATTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTT-GAAATAGTAATAAATTAG
66 TTCGAT-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAG
* * **
251881 TATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT-AA
129 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAA
** * * * * * *
251932 CAAAACAAAATATCACAATGATTTGAAATAAATAATAGTTCAAATGGACATCACTATTTGAACTT
1 -AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * *
251997 GTTCGGA-AAATA-AATCATGTTTTAAATCT-TGAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT
65 GTTC-GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATT
* * *
252059 ACTATTA-TTTATTTTGAATAAACTTGTATG-ATAGAAAAAATTG-TTTATG--
127 AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAA
* ** *
252108 -ACA-AAAAGACCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTC
1 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-
** * * * *
252170 ACTCGATAAATAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATGAGT
65 GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGT
* * * *
252235 ATTATTTTATTTTGAATAATG-TTTTTTGAACAGAAACAATTGGTTTATGAA
130 ATTATTTTATTTTGAATAA-GCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAA
** * * * *
252286 AAAACAAGTGGTCATAATAATTTAAAATGGATAATTGTTCACATAGTCATAACTATTTGAA-TGT
1 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-T
* * * * * * * *
252350 GTTCAAAAAATAAATTTATTTTTTAAAAT-TTTTAGTTATTAATTTTTGGAACATTAATAAATTT
65 GTTCGATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAA-TT
* * * *
252414 A-TATTATTTTA-TTTGAAGTAAGCTTGCATAAATAGAACCAATTGTTTTATGAC
127 AGTATTATTTTATTTTGAA-TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAA
* * *
252467 AAAATAAAAGGTCATAAT-ATTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAACTT
1 AAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* ** * * * *
252531 GTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTTAATTCTCTTACTCT-TTATTTTTGGAATATTAATAAATTA
65 GTTCGATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTAGAATATTAATAAATTA
* ** * * * *
252595 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTACATGAATTGAAACAATTTTTTTTATTAT
128 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA-TTGTTTTATGAA
* * * * * * * *
252649 AAAACAAAAGGTCACAATAATTTGAAGTAAATAATTATTCAGATAGTCATGACTATTTAAACTTG
1 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * * * *
252714 TTTGATAAAC--ATATATTTTTTAGATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAAT
66 TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTAGAATATTAATAAATTAGT
* * ** * * *
252777 ATTATATTCA-TTCGAATAAGCACGTATGGACAGAAACAATTGTTTTATTATA
130 ATTAT-TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-A
* * *
252829 AAATA-AAAAAGTCATAA-GAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAA-TAGTTTGAAC
1 AAA-ACAAAAGGTCATAATG-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAAC
* * * * * *
252891 TTATTTGCTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTAATTAATT
63 TTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
252937 ATCTTAAATT
Statistics
Matches: 1379, Mismatches: 267, Indels: 149
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
172 4 0.00
173 81 0.06
174 43 0.03
175 23 0.02
176 72 0.05
177 72 0.05
178 70 0.05
179 185 0.13
180 315 0.23
181 249 0.18
182 193 0.14
183 68 0.05
184 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTA
TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAA
Found at i:252502 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 251033--257411 Score: 2751
Period size: 181 Copynumber: 36.0 Consensus size: 178
251023 TTCAAATAGA
* * * * *
251033 ACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * *
251098 AGTTC-AATAAACATATTTATTTTTT-AATTCTCCTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAAGAAA
65 TGTTCGAA-AAACAGATTTATTTTTTAAATT-T-TTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAA
* * *
251160 TTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTG-TTCATTG
126 TTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTA-TG
* * * * * *
251214 ACAAAACAAAAGTTAATAATGATTTGAAATAGGTAACTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
** * ** * * * * *
251279 AATTCGATAAATTGATTTATGTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTATAATATTAATAAAGT
65 TGTTCGAAAAACAGATTTAT-TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT
* * *
251344 AATATTATTTTATTTTAGATAAGCTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATG
128 AGTATTATTTTATTTGA-ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
251396 ATAAAATAAAAAGGTCATAACTATTTTAAATAGATAATTAG-TCAAATAGTCAAAACTATTTAAA
1 ACAAAA-CAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
** * * * *
251460 CTTGTTCGGTAAACAGA-TT-TTTTTT-ATTTTCTTACTTACTAATTTTTTGAATGTTAATAAAT
63 CTTGTTCGAAAAACAGATTTATTTTTTAAATTT-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
* * * *
251522 TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATGTAT-AAGCT-GAAGCAATTATTTTATG
127 TAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAA--TAGAAACAATTGTTTTATG
* * * ** * *
251575 ACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTTAGTAGTCTTAACT-TTTAGAAC
1 ACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-GAAC
* * * * ** * * * *
251639 TGGTAT-GACAAACACACTTATTTTTTAAATCCTTACTTATTAATGTTTAAAATATTATTAATTT
64 TTGT-TCGAAAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT
* * * * * * * *
251703 AGCAATATTTTACTCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAAATGTTTTAGG
128 AGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
** *
251755 ACAAAAC-AAAGACCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * ** * * *
251819 AGTTTGGTAAAAA-AGATTTAGATTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTGA-AATAGTAATAAATT
65 TG-TTCG-AAAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT
* ** *
251879 AGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATA
128 AGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
** * * * * * *
251931 ACAAAACAAAATATCACAATGATTTGAAATAAATAATAGTTCAAATGGACATCACTATTTGAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * **
251996 TGTTCGGAAAATA-AATCATGTTTTAAATCTTGAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTA
65 TGTTCGAAAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTA
* * *
252060 CTATTA-TTTATTTTGAATAAACTTGTATG-ATAGAAAAAATTG-TTTATG
129 GTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
** *
252108 AC---A-AAAAGACCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-T
1 ACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
** * * * *
252168 TCACTCGATAAATAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATG
65 T-GTTCGAAAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT
* * * *
252232 AGTATTATTTTATTTTGAATAATG-TTTTTTGAACAGAAACAATTGGTTTATG
128 AGTATTATTTTA-TTTGAATAA-GCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* ** * * *
252284 AAAAAACAAGTGGTCATAATAATTTAAAATGGATAATTGTTCACATAGTCATAACTATTTGAA-T
1 ACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * *
252348 GTGTTCAAAAAATAAATTTATTTTTTAAAATTTTTAGTTATTAATTTTTGGAACATTAATAAATT
65 -TGTTCGAAAAACAGATTTATTTTTT-AAATTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-T
* * *
252413 TA-TATTATTTTATTTGAAGTAAGCTTGCATAAATAGAACCAATTGTTTTATG
127 TAGTATTATTTTATTTGAA-TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * *
252465 ACAAAATAAAAGGTCATAATATTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAATA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* ** * * *
252530 TGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTTAATTCTCTTACTCT-TT-ATTTTTGGAATATTAATAAAT
65 TGTTCGAAAAACAGATTTATTTTTTAAATT-T-TTACT-TATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
** * * *
252593 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTACATGAATTGAAACAATTTTTTTTATT
127 TAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA-TTGTTTTATG
* * * * * * * *
252647 ATAAAACAAAAGGTCACAATAATTTGAAGTAAATAATTATTCAGATAGTCATGACTATTTAAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * * *
252712 TGTTTGATAAAC--ATATATTTTTTAGATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTA
65 TGTTCGAAAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTA
* * * ** * * *
252775 ATATTATATTCATTCGAATAAGCACGTATGGACAGAAACAATTGTTTTATT
129 GTATTAT-TTTATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * *
252826 ATAAAATAAAAAAGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAA-TAGTTTGAA
1 ACAAAA-CAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAA
* * ** * *
252890 CTTATTTGCTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC----TAA---TT---A-ATT-AT--CT
63 CTTGTTCGAAAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
* * * * **
252941 TA-AATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATCATTTTATG
127 TAGTATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * ** ** * ** * * *
252993 ACAAACCAAAAGGTTACAGCGATTCCAAGTCCATGATTGTTCAAATAGTCATAATTA-TT-CA-T
1 ACAAAACAAAAGGTCATA-ATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* *** * * * * * *
253055 T-TT--TAAAA-TTTTTTACTTATT-AA---TTGC-CA--AAATATT--AATA--AAT---TT-G
65 TGTTCGAAAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAG
* * * * * *
253101 TATTATATTAATCTGAACAAGCTTGTGTGAATAGAAACTATTGTTTTATA
130 TATTAT-TTTATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
** * * *
253151 ACTGAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATATTCATAACTATTTGAA-
1 ACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * *
253214 TTGGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAA-TCTT--TTATTAATTTTT-GAAATATTAATAGAT
64 TT-GTTCGAAAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAAT
* * * * ** * * *
253275 TAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATGAGCAAAAACATTTTTTTTATG
127 TAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * *
253328 ACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAAC-
1 ACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
** * * * * * *
253392 TGATTCGGCAAACAAAATTATCTTTTAAACCTATTA-TTGATTAATTTTTTGAAATATTAATAAA
65 TG-TTCGAAAAACAGATTTATTTTTTAAA-TTTTTACTT-ATTAATTTTTAG-AATATTAATAAA
** * * * * * **
253456 TTTTTTTTATTTTATTTTGAATAAG-TGAGTAAGAATTTGAAAAAATTGTTTTACA
126 TTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCT-TGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
253511 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAG-CTTTAACTATTGGAA-
1 ACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAAC
** * * * * * *
253574 TTGGTTCGGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTACAT
64 TT-GTTCGAAAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
* *
253639 TAGTATTATTTTATTATGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTTTTTTATG
127 TAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * ** * * * * *
253692 TCAGAACAAAAGGTTGTAACAATTTAAAATATATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTAAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * * * * * *
253757 GGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAACATTCTATTTATTAAATTTTAAAAAATTAAAAAATTA
65 TGTTCGAAAAACAGATTTATTTTTTAAA-TTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTA
* * *
253822 GTATTATTTTATTTCAA-ATAGTCTTGTATG-ATGAAAAAAATATTGTTTTATG
129 GTATTATTTTATTTGAATA-AG-CTTGTATGAAT-AGAAACA-ATTGTTTTATG
* * * * * * * *
253874 ACTAAACAAATGTTAACAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAA-T
1 ACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * * * * *
253938 AGATTTGATAAACTGATTTATTTCTTAAATCTCTA-ATATT-A-TTTT---AT-TTCAA-ACA--
65 TG-TTCGAAAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATT-AATAAATT
* * * * * * *
253993 AG-ATT-TTATGAATTGAAACAATCATTTTAAAATAAAATA-AAAGGTCATAATGATTTTAAATA
128 AGTATTATT-TTATTTG-AATAAGC-TTGT---AT-GAATAGAAA---CA-ATTG-TTTT--AT-
254055 G
178 G
* * * * * * * * * * * * *
254056 ATAATTATTCAAATA-GTAAAAACTATTTGCACTTG-T--TCGGT-AAACAG--AT--TTTTTTA
1 ACAA--A-ACAAA-AGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* ** ** * * * * * * *** * *
254112 AAATT-TTC---TTACTTATTAATTTTTTGAA-TGTTAATAAATTAA-TATTATTTTATT-TTGA
61 AACTTGTTCGAAAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTACT-TATTAATTTTTAGAATATTAATAA
* * * * ** * ** * * * * *
254170 ATTAGCA-TATATGAGCTAAAACAATTATTTTATGACTATACAA-AA--G-GTCA-G
125 ATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAA-GCTTGTATGAATAGA-AACAATTGTTTTATG
*** * * * ** * * *
254221 AACAATTTGAAATTGTTC-TAATAGTCTT-AACTATTTAAACTAGTT----T-GGCAAAAAC-AT
1 -ACAA-AACAAA-AGGTCATAATA-T-TTGAAATAGAT-AA-TTGTTCAAATAGTC-ATAACTAT
* * * * * * *
254278 TT--A-TT-TT--TAAATC---CTTACTTATT-AATGTTTACAATATT-ATTAATTTAGCAATA-
58 TTGAACTTGTTCGAAAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTAC-TTATTAATT--TTTAG-AATAT
* * * * * *
254331 T----------T-TTACTTCA----AATAAGCTTGTTTGAATAGAAATAAATGTTTTAGG
119 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * *
254376 ACAAAAC-AAAGATCACAACGATTTGAGATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTCTTTGAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* ** ** * * * * * *
254440 AGTTCGGTAATGAGAATTAGTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTAAAAATAGTAATAAATTAG
65 TGTTCGAAAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAG
** *
254502 TATTATTTTATTCTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATG
130 TATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
** * * * * * * * *
254552 ACAAAACAAAATTTTATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTTAAGTGGACATGACTATTTGAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * **
254617 TGTTTAGTAAATA-A-ATTAATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTTA-AATATTAATAAA
65 TG-TTCG-AAAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAA
* *
254679 TTAGAATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
126 TTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
254733 ATAAAAC-AAAGGATTATAACAATTTGAAACAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
1 ACAAAACAAAAGG-TCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
*** * ** *
254797 TCACTC-AATAAATAGATTTATTTTAAAAATATTTTACTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAAT
64 TTGTTCGAA-AAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
* * * * * * *
254860 TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGGTTTTTTGAACAAAAACAATTGGTTTATG
127 TAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
** * * * * * * *
254913 ATGAAACATATGGTCATAAAGATTTGAAATAGATGATTGTTCAAATAGTTA-AACTATTTAAACA
1 ACAAAACAAAAGGTCAT-AATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
**** * * **
254977 TGTTC-AAATTTTGATTTA-TTTTTAAAATTTTACTTATTAATTTTTGGACCATTAATAAATTTA
65 TGTTCGAAAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTA
* * * *
255040 -TACTATTTTATTTGAAAGAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATG
129 GTATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * *
255090 ACAGAAA-AAAAGGTCATAATGTTTTGAAATATATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAAC
1 ACA-AAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* *
255154 TTG-TCTGATAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTT-CTCT-TTAATTTTT-GAAATATTGAT
64 TTGTTC-GAAAAACAGATTTA-TTTTTTAAAT-T-TTTACT-TATTAATTTTTAG-AATATTAAT
* * * ** * *
255215 AAATTTGTATAATTTTATTTCCAATAAGCTTACATGAATTGAAACAATTGTTTTATT
123 AAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
255272 ACAAAACAAAAGGTAACAATGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * *
255337 TGTTCTG-TAAAC--ATATATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTT-GAAAATTAATAAATT
65 TGTTC-GAAAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT
* * *
255398 AATATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATAGACA-A-AAACAATTATTTTATG
128 AGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTAT-GA-ATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * *
255450 ACAAAACAAAAAAGTCATAAGAGTTTGGAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACGATTTAAAC
1 ACAAAAC-AAAAGGTCATAATA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* ** * *
255515 TTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTACTAATTGTCTT--AATATTAATAAA
64 TTGTTCGAAAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATT-T-TTAGAATATTAATAAA
* * * * **
255578 TTTGTATTATGTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACA-AAGAGAATCATTTTATG
126 TTAGTATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAA-ACAATTGTTTTATG
* * * * ** * * * *
255632 ACAAAGCCAAAGTTTATAGCA-ATTCCAAATCA-ATAATTGATCAAATGGTCATAATTATTTAAA
1 ACAAAACAAAAGGTCATA--ATATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
** * * * * *
255695 CTTGGTT-GGTAAATAGATTCATTTTTT-AATTCTCTT-CATTATTAACTTTCAGAATATCAA-A
63 CTT-GTTCGAAAAACAGATTTATTTTTTAAATT-T-TTAC-TTATTAATTTTTAGAATATTAATA
* ** * * *
255756 AACATAGTATTATTTTATCTCAAATAACCTTATATGAACT-GAAATAATT-TTTTATG
124 AA-TTAGTATTATTTTAT-TTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATG
* ** * *
255812 ACAAAGA-AAAATGTCATAATGATTT-AAATTAGATAATTAATCAAATAGT-ATGACTATTTGAT
1 ACAAA-ACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * * *
255874 CTAGTT-TAGTAAACATATTTATTTTCTAAATTTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAA
63 CTTGTTCGA-AAAACAGATTTATTTTTTAAA-TTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA
* * * * * * * * * * * *
255938 TTAATATTACATTAATCTAAATAAGCTTGTAAGGACAGAAACTATTATTTTGTA
126 TTAGTATTA-TTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * ** *
255992 ACAAAATAAACA-GTCATAACGATTTGAAATAAATAATT-ACCTAAATATTCATAACTATTTGAA
1 ACAAAACAAA-AGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * *
256055 -TTGGTTTGATAAATAGATTTA-TTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGAT
63 CTT-GTTCGAAAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
* * * * * * *
256115 TAGTATTATTTTATTCTGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTACG
127 TAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * **
256168 ACAAAACAAAAGGTCTTAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTGATAGTTATTTGAA-T
1 ACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* ** * * * *
256232 TGGTTTGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTT-GAAATATTAATAAAT
65 T-GTTCGAAAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAAT
* * * * * * * *
256296 TTGTTTTATTTTATTTCAAATAAG-TTAGTAAGAGCTA-AAATAATTATTTTACG
127 TAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTT-GTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * *
256349 ACAAAACAAAAGGTCATAACTACTTGAGATAAAGAATTGTTCATATAG-CTTTAACTATTTGAAC
1 ACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAAC
* * ** * * * * * **
256413 TGGCTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTTTTAATTTTTAGAATATTATTGCATT
64 TTGTTCGAAAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT
** * * ** *
256478 AGTATTATTTTATTCCCAATAAGCTTGTATGAACATAATTAATTATTTTATG
128 AGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * ** * * * *
256530 ATAGAATTAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGATCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * *
256595 AGTTC-AATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAGTTTTTTA-AATATTAATAAAT
65 TGTTCGAA-AAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTA-ATTTTTAGAATATTAATAAAT
** * * *
256658 TAGTATTATTTTATTCCAAATAGGCTTTTATG-TTGAGAAACAATTGTTTTATG
127 TAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * * *
256711 ACAAAACAAAAGTTTATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACC
1 ACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
** ** * * * * *
256776 AATTC-AATAAATTGATTTATATTTTAAATCTCTTACTTATCAATTTTTATAATATTAATAAAGT
65 TGTTCGAA-AAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT
* * * * *
256840 AATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATCAACT-GAAATAATTGTTTTATG
128 AGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * * * *
256892 ATAAAATATAAGGTCAAAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAAAATTCAAAATTATTTAAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* ** * * *
256957 TGTTC-AATAAATAGA-TT-TTTTTCCAATTTCTTACTTAATAATTTTTTGAATGTTAATAAATT
65 TGTTCGAA-AAACAGATTTATTTTTTAAATTT-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT
* ** * * * *
257019 AGTATTAGTTTATTTTGAATAAGAATGTATGAGTTGAAGCAATTATTTTATG
128 AGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * *
257071 ACTAAATAAAAGGTCAAAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATACTCTTAACTATTTGAAC-
1 ACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
** * * * * *
257135 TGATTCGGTAAACACATTTATTTTTTAAA----T-C----CAATGTTTAGAATATTATTAATTTA
65 TG-TTCGAAAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTA
* * * * * *
257191 GCAATATTTTACTTTGAATAAGCTTGT-TGAACAGAAATAAATGTTTTAGG
129 GTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * *
257241 ACAAAAC-AAAGATCAAAACAATTGGAGATAGATAATTGTTCCAATAGTCATAACTATTTGAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * *
257305 GGTTTGGTAAAA-AGATTTAGTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTT-GAAATAGTAATAAA-T
65 TG-TTCGAAAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATT
* ** * *
257364 --TATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTACGAATGGAAACAATTGGTTTT
128 AGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTT
257412 GGAACATTAA
Statistics
Matches: 4718, Mismatches: 1110, Indels: 747
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
150 6 0.00
151 18 0.00
152 13 0.00
153 2 0.00
154 14 0.00
155 8 0.00
157 5 0.00
158 75 0.02
159 27 0.01
160 11 0.00
161 7 0.00
162 8 0.00
163 9 0.00
164 35 0.01
165 19 0.00
166 53 0.01
167 44 0.01
168 6 0.00
169 72 0.02
170 32 0.01
171 66 0.01
172 31 0.01
173 111 0.02
174 58 0.01
175 60 0.01
176 260 0.06
177 352 0.07
178 184 0.04
179 513 0.11
180 574 0.12
181 1305 0.28
182 530 0.11
183 183 0.04
184 9 0.00
185 17 0.00
186 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
ACAAAACAAAAGGTCATAATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
GTTCGAAAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGT
ATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
Found at i:252819 original size:361 final size:357
Alignment explanation
Indices: 251033--253971 Score: 1827
Period size: 361 Copynumber: 8.3 Consensus size: 357
251023 TTCAAATAGA
* * * * * *
251033 ACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACT
1 ACAAAATAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* ** * * * *
251098 AGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAATTCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTA
65 TGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAATTCTCTTACTTATT-ATTTTTGGAATATTAATAAATTA
* * *
251163 GTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATG-A-TGAAAAACAATTG-TTCATTGACAAAACAAAA
129 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTG--AAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAA
* * * * * * * * ** *
251225 GTTAATAATGATTTGAAATAGGTAACTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTAATTCGATAAA
191 GGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAA
* * * * * * *
251290 TTGATTTATGTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTATAATATTAATAAAGTAATATTATTTT
256 --CATATAT-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTT
* *
251355 ATTTTAGATAAGCTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATG
318 ATTTGA-ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATG
* * * *
251396 ATAAAATAAAAAGGTCATAACTATTTTAAATAGATAATTAG-TCAAATAGTCAAAACTATTTAAA
1 ACAAAAT-AAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * *
251460 CTTGTTCGGTAAACAGA-TT-TTTTTT-ATTTTCTTACTTACTAATTTTTTGAATGTTAATAAAT
63 CTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAATTCTCTTACTTA-TTATTTTTGGAATATTAATAAAT
* * * * *
251522 TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATGTAT-AAGCTGAAGCAATTATTTTATGACTAAACAAAA
127 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-CTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * ** * * * * *
251586 GGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTTAGTAGTCTTAACT-TTTAGAACTGGTATGACAA
191 GGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-GAACTTGTTTGATAA
* * * * * ** *
251650 ACACACTTATTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATGTTTAAAATATTATTAATTTAGCAATATTTT
255 ACATA--TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTT
* * * * * *
251714 ACTCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAAATGTTTTAGG
318 A-TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* ** *
251755 ACAAAA-CAAAGACCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
1 ACAAAATAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * ** * * *
251819 AGTTTGGTAAAAAAGATTTAGATTTTAAATCTCTTA-TTA--A-TTTTGAAATAGTAATAAATTA
65 TGTTCGGT-AAACAGATTTATTTTTTAATTCTCTTACTTATTATTTTTGGAATATTAATAAATTA
* ** * *
251880 GTATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAT
129 GTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * *
251943 ATCACAATGATTTGAAATAAATAA-TAGTTCAAATGGACATCACTATTTGAACTTGTTCGGA-AA
192 GTCACAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-TGATAA
* * * ** * *
252006 ATAAATCATGTTTTAAATCTTGAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTACTATTA-TTTA
255 ACATAT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
* *
252070 TTTTGAATAAACTTGTATG-ATAGAAAAAATTG-TTTATG
319 -TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
** *
252108 AC---A-AAAAGACCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-T
1 ACAAAATAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
** * * * * * * * *
252168 TCACTCGATAAATAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATGA
65 T-GTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAATTCTCTTACTTATTATTTTTGGAATATTAATAAATTA
* * * * * * **
252233 GTATTATTTTATTTTGAATAATG-TTTTTTGAACAGAAACAATTGGTTTATGAAAAAACAAGTGG
129 GTATTATTTTATTTCGAATAA-GCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * * ** *
252297 TCATAATAATTTAAAATGGATAATTGTTCACATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTCAAAAAAT
193 TCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTT-TGATAA-
* * * ** * *
252361 AAATTTATTTTTTAAAAT-TTTTAGTTATTAATTTTTGGAACATTAATAAATTTATATTATTTTA
255 ACATATATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
* * *
252425 TTTGAAGTAAGCTTGCATAAATAGAACCAATTGTTTTATG
319 TTTGAA-TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* *
252465 ACAAAATAAAAGGTCATAATATTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAACT
1 ACAAAATAAAAGGTCATAATA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * *
252530 TGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTTAATTCTCTTACTCT-TTATTTTTGGAATATTAATAAATT
65 TGTTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAATTCTCTTACT-TATTATTTTTGGAATATTAATAAATT
** * * * *
252594 AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTACATGAATTGAAACAATTTTTTTTATTATAAAACAAAAG
128 AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * *
252659 GTCACAATAATTTGAAGTAAATAATTATTCAGATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTTGATAAAC
192 GTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAAC
* * * *
252724 ATATATTTTTTAGATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATATTCATT
257 ATATATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTAT-TTTATT
* ** * * *
252789 CGAATAAGCACGTATGGACAGAAACAATTGTTTTATT
321 TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
252826 ATAAAATAAAAAAGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAA-TAGTTTGAA
1 ACAAAAT-AAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAA
* * * * * * *
252890 CTTATTTGCTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC-TA--A---TT---A-ATT-AT--CTT
63 CTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAATTCTCTTACTTATTATTTTTGGAATATTAATAAATT
* ** * ** *
252942 A-AATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATCATTTTATGACAAACCAAAAG
128 AGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* ** ** * ** * *
253005 GTTACAGCGATTCCAAGTCCATGATTGTTCAAATAGTCAT-A--A-TT--A------T--T---C
192 GTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAAC
* * *** ** * *
253053 ----ATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGCCAAAATATTAATAAATTTGTATTATATTAATC
257 ATATATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTAT-TTTATT
* * * *
253114 TGAACAAGCTTGTGTGAATAGAAACTATTGTTTTATA
321 TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
** * * * *
253151 ACTGAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATATTCATAACTATTTGAA-
1 ACAAAATAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * * *
253214 TTGGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA-TTA--ATTTTTGAAATATTAATAGATT
64 TT-GTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAATTCTCTTACTTATTATTTTTGGAATATTAATAAATT
* * * * * ** * * *
253276 AGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATGAGCAAAAACATTTTTTTTATGACAAAACAAAATG
128 AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * **
253341 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAAC-TGATTCGGCAAAC
193 TCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGATAAAC
* * * * * ** *
253405 AAAATTATCTTTTAAACCTATTA-TTGATTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTTTTTTTATTTT
257 -ATA-TATTTTTTAAATCTTTTACTT-ATTAA-TTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTT
* * * * **
253469 ATTTTGAATAAG-TGAGTAAGAATTTGAAAAAATTGTTTTACA
318 A-TTTGAATAAGCT-TGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * *
253511 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAG-CTTTAACTATTGGAA-
1 ACAAAATAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAAC
* * * * * * * *
253574 TTGGTTCGGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTACAT
64 TT-GTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAATTCTCTTACTTATT-ATTTTTGGAATATTAATAAAT
* * * *
253639 TAGTATTATTTTATTAT-GAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAATAATTTTTTTATGTCAGAACAAA
127 TAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
*** ** * * * * * * *
253702 AGGTTGTAACAATTTAAAATATATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCGATAA
190 AGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAA
* * * * * * *
253767 ACAAATTTATTTTTTAAA-CATTCTATTTATTAAATTTTAAAAAATTAAAAAATTAGTATTATTT
255 AC--ATATATTTTTTAAATC-TTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTT
* * *
253831 TATTTCAA-ATAGTCTTGTATG-ATGAAAAAAATATTGTTTTATG
317 TATTTGAATA-AG-CTTGTATGAAT-AGAAACA-ATTGTTTTATG
* * * * * * * * *
253874 ACTAAACAAATGTTAACAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAA-T
1 ACAAAATAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * *
253938 AGATTTGATAAACTGATTTATTTCTTAAATCTCT
65 TG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAATTCTCT
253972 AATATTATTT
Statistics
Matches: 2017, Mismatches: 434, Indels: 250
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
323 2 0.00
324 81 0.04
325 88 0.04
327 2 0.00
329 1 0.00
330 1 0.00
331 3 0.00
332 3 0.00
334 4 0.00
335 79 0.04
336 1 0.00
338 1 0.00
339 2 0.00
340 1 0.00
341 1 0.00
342 2 0.00
343 1 0.00
345 1 0.00
346 47 0.02
347 31 0.02
348 3 0.00
349 23 0.01
350 62 0.03
351 3 0.00
352 4 0.00
353 114 0.06
354 63 0.03
355 58 0.03
356 148 0.07
357 71 0.04
358 29 0.01
359 110 0.05
360 125 0.06
361 290 0.14
362 168 0.08
363 187 0.09
364 200 0.10
365 7 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (357 bp):
ACAAAATAAAAGGTCATAATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
GTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAATTCTCTTACTTATTATTTTTGGAATATTAATAAATTAGT
ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
CAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATAT
ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGAAT
AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
Found at i:256716 original size:362 final size:361
Alignment explanation
Indices: 254031--257383 Score: 2107
Period size: 360 Copynumber: 9.4 Consensus size: 361
254021 AAAATAAAAT
** * * * * * * * **
254031 AAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTAAAAACTATTTGCACTTGTTCGG
1 AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAA
* * * *
254096 TAAACAGA-TT-TTTTTAAAATTTTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAATATT
66 TAAACAGATTTATTTTTTAAA-TCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
*** * * * * * * *
254158 ATTTTATTTTGAATTAGCATATATGAGCTA-AAACAATTATTTTATGACTATACAAAAGGTCAGA
129 ATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAAC-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * *
254222 ACAATTTG------A-AATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTAAACTAGTTTGGCAAAAACATTT
193 ACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGATTT
* * * * * * * *
254280 A-TTTTTAAATC-CTTACTTATTAATGTTTACAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTT-CAA
257 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCGA
* * * * * *
254342 ATAAGCTTGTTTGAATAGAAATAAATGTTTTAGGACA-AAA
321 ATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAGAAA
* * * * * * **
254382 CAAAGATCACAACGATTTGAGATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTCTTTGAACTAGTTCGG
1 AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAA
** * * ** *
254447 TAATGAGAATTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTAAAAATAGTAATAAATTAGTATTAT
66 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * ** *
254508 TTTATTCTGAATAA-TTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATTTTATAAC
131 TTTATTCCAAATAAGCTTT-TATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * * * * ** * *
254572 AATTTGAAATAGATAATAGTTTAAGTGGACATGACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAAATTAAT
195 AATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG-TATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGATTTAT
** * *
254637 TTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTTA-AATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCGAAT
259 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAAT
* * * *
254701 AAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATA-AAA
323 AAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAGAAA
* * * *
254739 CAAAGGATTATAACAATTTGAAACAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCA-CTC
1 AAAAGG-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTC
* ** * * *
254803 AATAAATAGATTTATTTTAAAAATATTTTACTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATT
64 AATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * ** ** * *
254867 ATTTTATTTCAAATAAGGTTTTTTGAACAAAAACAATTGGTTTATGATGAAACATATGGTCATAA
129 ATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * *
254932 -AGATTTGAAATAGATGATTGTTCAAATAGT-TAAACTATTTAAACAT-GTTC---AAATTTTGA
194 CA-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTAT-AACTATTTGAAC-TGGTTCGGTAAA--TAGA
* * ** *
254991 TTTA-TTTTTAAA-ATTTTACTTATTAATTTTTGGACCATTAATAAATTTA-TACTATTTTATT-
254 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTC
* * * * * *
255052 TGAAAGAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAGAAA
318 CG-AATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAGAAA
*** * * * *
255097 AAAAGGTCATAATGTTTTGAAATATATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TCTG
1 AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTC-A
* * *
255161 ATAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTCT-TTAATTTTTGAAATATTGATAAATTTGTAT
65 ATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* ** ** * * * *
255225 AATTTTATTTCC-AATAAGCTTACATGAATTGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTAAC
128 TATTTTA-TTCCAAATAAGCTTTTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * * * * * * * *
255289 AATGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCTGT-AA-ACATA
192 AACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGATT
* * *
255352 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTT-GAAAATTAATAAATTAATATTATTTTAATT-CG
256 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCCG
* * *
255415 AATAAGCTTGTAT-AGACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACA
320 AATAAGCTTGTATGA-ACATAAACAATTGTTTTATGACAGAA-A
* * * * * * * *
255458 AAAAAGTCATAAGAGTTTGGAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACGATTTAAACTTA-TTCG
1 AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCA
* * * * *
255522 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTACTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTAT
65 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* ** * * * * * * *
255585 TATGTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACA-AAGAGAATCATTTTATGACAAAGCCAAAGTTTAT
128 TATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAACAGAA-ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* ** * * * * *
255649 AGCAATTCCAAATCAATAATTGATCAAATGGTCATAATTATTTAAACTTGGTT-GGTAAATAGAT
192 AACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGAAC-TGGTTCGGTAAATAGAT
* * * * * * *
255713 TCATTTTTTAATTCTCTT-CATTATTAACTTTCAGAATATCAA-AAACATAGTATTATTTTA-TC
255 TTATTTTTTAAATCTTTTAC-TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTC
* * * *
255775 TCAAATAACCTTATATGAAC-TGAAATAATT-TTTTATGACA-AAGA
318 -CGAATAAGCTTGTATGAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAGAA-A
* ** * ** * * *
255819 AAAATGTCATAATGATTT-AAATTAGATAATTAATCAAATAGT-ATGACTATTTGATCTAGTTTA
1 AAAAGGTCATAACAATTTGAAA-TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCA
* * * * * * ** *
255882 GTAAACATATTTATTTTCTAAATTTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTA
65 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
** * * * * * * * * *
255947 CATTAATCTAAATAAGCTTGTAAGGACAGAAACTATTATTTTGTAACAAAATAAACA-GTCATAA
130 TTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAA
* ** * * * *
256011 CGATTTGAAATAAATAATT-ACCTAAATATTCATAACTATTTGAATTGGTTTGATAAATAGATTT
194 CAATTTGAAATAAATAATTGTTC-AAATAGT-ATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGATTT
* * * *
256075 A-TTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCTGAA
257 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAA
* * * * * *
256135 CAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTACGACA-AAA
322 TAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAGAAA
* * * ** * * **
256174 CAAAAGGTCTTAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTGATAGTTATTTGAATTGGTTTG
1 -AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCA
* * * * * *
256239 GTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTA
65 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
256304 TTTTATTTCAAATAAG-TTAGTAAGAGCTA-AAATAATTATTTTACGACAAAACAAAAGGTCATA
130 TTTTATTCCAAATAAGCTT-TTATGAAC-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * *
256367 ACTACTTGAGATAAAGAATTGTTCATATAGCTTTAACTATTTGAACTGGCTCGGTAAATAAATTT
193 ACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG-TATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGATTT
* * * ** *
256432 ATTTTTTAAATCTTTTAGTTTTTAATTTTTAGAATATTATTGCATTAGTATTATTTTATTCCCAA
257 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAA
** * * *
256497 TAAGCTTGTATGAACATAATTAATTATTTTATGATAGAAT
322 TAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAGAAA
* * * *
256537 TAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGATCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAA
1 AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAA
* *
256602 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAGTTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTAT
66 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* *** * * *
256667 TTTATTCCAAATAGGCTTTTATGTTGAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTTATAACA
131 TTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * *** ** * *
256732 ATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACCAATTCAATAAATTGATTTATA
196 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG-TATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGATTTATT
* * * * * ** *
256797 TTTTAAATCTCTTACTTATCAATTTTTATAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAA
260 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAA
* * * *
256862 GCTTTTATCAAC-TGAAATAATTGTTTTATGATA-AAA
325 GCTTGTATGAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAGAAA
* * ** * * * * * * * *
256898 TATAAGGTCAAAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAAAATTCAAAATTATTTAAACTTGTTCA
1 -AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCA
* ** * * *
256963 ATAAATAGA-TT-TTTTTCCAATTTCTTACTTAATAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATT
65 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* *** ** * *** * * * *
257025 AGTTTATTTTGAATAAGAATGTATGAGTTGAAGCAATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTCAAAA
129 ATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** * * * * * * * * *
257090 TGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATACTCTTAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACACATTTA
194 CAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGATTTA
* * * * * *
257155 TTTTTTAAATC-----C-----AATGTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTT-TGAA
258 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCGAA
* * * *
257209 TAAGCTTGT-TGAACAGAAATAAATGTTTTAGGACA-AAA
322 TAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAGAAA
* * * * * * * * ***
257247 CAAAGATCAAAACAATTGGAGATAGATAATTGTTCCAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGG
1 AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAA
* * *
257312 TAAAAAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAA-T--TATTAT
66 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
*
257370 TTTATTCTAAATAA
131 TTTATTCCAAATAA
257384 TTTTGTACGA
Statistics
Matches: 2330, Mismatches: 566, Indels: 220
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
343 17 0.01
345 7 0.00
346 17 0.01
347 7 0.00
348 136 0.06
349 26 0.01
350 46 0.02
351 60 0.03
352 2 0.00
353 7 0.00
354 1 0.00
355 89 0.04
356 72 0.03
357 357 0.15
358 118 0.05
359 132 0.06
360 499 0.21
361 231 0.10
362 462 0.20
363 43 0.02
364 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (361 bp):
AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAA
TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGATTTATTT
TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAG
CTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAGAAA
Found at i:257759 original size:165 final size:166
Alignment explanation
Indices: 257456--257773 Score: 363
Period size: 165 Copynumber: 1.9 Consensus size: 166
257446 TTTTTACTTA
* * * * **
257456 TTAATTTTTGGAACATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATGAGCTTGGATGAATAAAACC
1 TTAATTTTTGAAACATTAATAAATTGATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTACATGAATAAAACC
* * ** * * * *
257521 AATTATTTTATGCCAAAACAAAATGTCGTAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTAAGATAATCATA
66 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGGTTTGAAATAAACAATTATTAAGATAATCATA
*
257586 ACTATTTGAGCTTATTCGATAAATAAATTTAATTTT
131 ACTATTTGAACTTATTCGATAAATAAATTTAATTTT
* *
257622 TTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTACATGAATAGAAA-
1 TTAATTTTTGAAACATTAATAAATTGATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTACATGAATA-AAAC
* * * * *
257685 CAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTTAAAATGGTTTGAAGTAAACAATTATTCAA-ATAGTCA
65 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGGTTTGAAATAAACAATTATT-AAGATAATCA
* * * *
257749 TGATTATTTGAACTTGTTCGGTAAA
129 TAACTATTTGAACTTATTCGATAAA
257774 CATTTTTTTA
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 26, Indels: 5
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
165 115 0.93
166 9 0.07
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (166 bp):
TTAATTTTTGAAACATTAATAAATTGATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTACATGAATAAAACC
AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGGTTTGAAATAAACAATTATTAAGATAATCATA
ACTATTTGAACTTATTCGATAAATAAATTTAATTTT
Found at i:258025 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 257622--259422 Score: 1320
Period size: 181 Copynumber: 10.1 Consensus size: 180
257612 ATTTAATTTT
* * **
257622 TTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTACATGAATAGAAAC
1 TTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
* * * * * * * * *
257686 AATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTTAAAATGGTTTGAAGTAAACAATTATTCAAATAGTCATG
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * *
257751 ATTATTTGAACTTGTTCGGT-AA-ACA--T-TTTTTTAAATATTTTACTTA
130 ACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
** * ** * ** * *
257797 TTAATTGTTAAAAGATTAATAAATTAAAATTATTTTAATCCAAATAAGCTCGTATGGATAGAAAC
1 TTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
* * * * *
257862 AATTGTTTTATGATAAAAAAAAAAGTCATAA-GAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCAT
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * *
257926 AACGATCTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
129 AACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * *
257978 TTAATTGTCTT-CATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTATATGAACA-AAT
1 TTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAA-
* ** * * * ** * ** * * *
258041 AAAATCATTTTATGACAAACCAAAAAGTTATAGCGAATCCAAATTGATAATTGTTCAAATGGCCA
63 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * ** * *
258106 TAATTATTTAAAATTGTTTAGTAAATGCATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTA
128 TAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * *
258159 TTAATTTTTAGAATATTAATAACA-TAGTATTTTTTTATTTCG-AATAACCTTATATGAACTA-A
1 TTAATTTTT-GAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAA-TAGA
* * * *
258221 AATAATT-TTTTATGACAAAA-AAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
62 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * * * * * *
258284 ATGACAATTAGATCTGGTTTAGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTA
127 ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
*** * * *
258338 TTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTAATCT-AAATAAGCTTGTATGACTAGAAA
1 TTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* * * * * * * * * * * *
258402 CTATTGTTTTATAATAGAAGAAAAAGTCACAATAATTTGAAATAAATAATTGCTT-ACATATTTA
64 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCA
* * *
258466 TAACTATTT-AAATTGGTT-TGATAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTA
128 TAACTATTTGAACTT-GTTCAG-TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * ** *
258515 TTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATAATTTTATTTTGAACA-AA-CTTATATGAGCAAAA
1 TTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAA-ATAAGCTTGTATGAATAGAA
*
258578 ACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
63 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* *
258643 TAATTATTTGAAC-TGTTTAGGTAAATAGAA--T-TTTTTT-AATCTCTTACTTA
128 TAACTATTTGAACTTGTTCA-GTAAATA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * *
258693 TTAATTTTTTAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTCCG-AATAATCTAGTATGAATTGAG
1 TTAA-TTTTTGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAATAGA-
* ** * * * *
258756 AA-AATTCTTTTATGATGAGACAAAAGGTCATAACGATTTGAATTAGATAATTGATT-ATATAGT
62 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGT
* * * * * * * *
258819 CTTAACTATTTGAACTAG-TCTGGCAAACAAATTTATTTTTTTTATATCCCTTAGTTA
126 CATAACTATTTGAACTTGTTC-AGTAAATAAATTTA--TTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * *
258876 TTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTGTTTTATTT-AGAATAAGCTTGTATGAACAAAAA
1 TTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGA-AATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* * * * *
258940 TAATTGTTTTATGACATAACAAAAGGTTATAATGATTT-AAAGTATAGAATTGTTCAAATAGTCA
64 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCA
** * *
259004 TAACTATTTGAACTAATTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTA
128 TAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * *
259057 TTAATTTTTGAAAGATTAATATATTATTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAA
1 TTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAA
* * * * * * * *
259121 CAATTGTTATATGACCAAACAAAAGATGATAACGATTTGAAATAGATAATTATTGAAAT-GACCA
64 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCA
* * ** ** * * * *
259185 TCATTATTTGAACTAATTCAACAAATAGATTCACTTTTT-AA--TC--ACTTT
128 TAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* *
259233 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTTG-AATAAACTTGTATGAACT-GAA
1 TTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAA
* * * *
259296 ATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCG
63 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * *
259361 TAACTGA-TAGAATTTGTTCAGTAAATAAATTTATTCTTTTAAA-CTCTTGCTTA
128 TAACT-ATTTGAACTTGTTCAGTAAATAAATTTATT-TTTTAAATCTCTTACTTA
259414 TTAATTTTT
1 TTAATTTTT
259423 TTTTATTTTC
Statistics
Matches: 1266, Mismatches: 282, Indels: 150
0.75 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
174 2 0.00
175 11 0.01
176 246 0.19
177 131 0.10
178 125 0.10
179 137 0.11
180 38 0.03
181 421 0.33
182 33 0.03
183 120 0.09
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
CTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
Found at i:259239 original size:718 final size:716
Alignment explanation
Indices: 257622--262035 Score: 3146
Period size: 718 Copynumber: 6.2 Consensus size: 716
257612 ATTTAATTTT
* * ** *
257622 TTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTACATGAAT-AGAAA
1 TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAA
* * * * * * * *
257685 CAATTGTTTTATTA-CAAAACAAAAGGTTAAAATGGTTTGAAGTAAACAATTATTCAAATAGTCA
65 CAATTGTTTTATGATC-AAACAAAAGATTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * ** *** * * * * *
257749 TGATTATTTGAACTTGTTC-GGTAA-ACATT--TTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTTAAAA
129 TAACTATTTGAACTAATTCAACAAATAGATTCATTTTTTAA-A-TCT-CTTATTAATTTTTGAAA
* ** * *** * * * * *
257810 GATTAATAAATTAAAATTATTTTAATCCAAATAAGCTCGTATGGATAGAAACAATTGTTTTATGA
191 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * ** *
257875 TAAAAAAAAAAGTCATAA-GAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACGATCTGAACT
256 CAAAACAAAAGGTCATAATG-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-T
* * * * *
257939 TGTTCA-GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT-CATATTAATAAAT
319 TGTTTAGGTAAATAGA---ATTTTTTTAATCTCTTACTTATTAATT-TTTTAAATATTAATAAAT
* * * * * * *
258002 TTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTATATGAAC-AAATAAAATCATTTTATGACAAACCAAAA
380 TAGTATTATTTTATTCG-AATAAGCTTGTATGAACTAAA-ACAATTATTTTATGATAAAACAAAA
* * ** * ** * * * * * * *
258066 AGTTATAGCGAATCCAAATTGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTAAAATTGTTTAGTAAA
443 GGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAA
*** * * * * *
258131 TGCATTCA-TTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTT-AGAATATTAATAACA-TAGTATTTTT
508 CAAATTTATTTTTTTAAATCCCTTAGTTATTAATTTTTGA-AATGTTAATAA-ATTAGTATTATT
* * * * * * *
258193 TTATTTCGAATAACCTTATATGAACTAAAATAATT-TTTTATGAC-AAAAAAAATGTCATAACGA
571 TTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAATGA
* * * * * * * * *
258256 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACAATTAGATCTGGTTTAGTAAACATATTTATTT
635 TTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAAATTTATTT
* * *
258321 TTAAAATTTTTTACTTA
700 TTTAAATCTCTTACTTA
* * * * *
258338 TTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTA-ATCTAAATAAGCTTGTATGA-CTAGAA
1 TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGATC-AAAA
* * * * * ** * * * *
258401 ACTATTGTTTTATAAT-AGAAGAAAA-AGTCACAATAATTTGAAATAAATAATTGCTT-ACATAT
64 ACAATTGTTTTATGATCA-AACAAAAGA-TTATAACGATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAATAG
* * * ** ** * * * *
258463 TTATAACTATTTAAATTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAA
126 TCATAACTATTTGAACTAATTCAACAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAA
* * * * * *
258528 TATTAATAGATTAGTATAATTTTATTTTGAACAAACTTATATGAGCAAAAACATTTGTTTTATGA
191 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
* *
258593 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTG
256 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTG
*
258658 TTTAGGTAAATAGAATTTTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTTA-TT
321 TTTAGGTAAATAGAATTTTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAA-TTAGTA
* * * * * * *
258722 TTATTTTATTCCGAATAATCTAGTATGAATTGAGAA-AATTCTTTTATGATGAGACAAAAGGTCA
385 TTATTTTATT-CGAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCA
* * * * * * * *
258786 TAACGATTTGAATTAGATAATTGATT-ATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTCTGGCAAACAAA
448 TAATGATTTTAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAA
* * * * * *
258850 TTTATTTTTTTTATATCCCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTGTTTTATT
512 TTTA-TTTTTTTAAATCCCTTAGTTATTAATTTTTGAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** *
258915 TAGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGAC-ATAACAAAAGGTTATAATGATTT-
576 T-GAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTATTTTATGACTA-AACAAAAGGTTATAATGATTTG
* * * * * * *
258978 AAAGTATAGAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTCAGTAAACAAATTCATTTTTT
639 AAA-TAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTT
259043 AAATCTCTTACTTA
703 AAATCTCTTACTTA
* * * *
259057 TTAATTTTTGAAAGATTAATATATTATTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATCAAAAAC
1 TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATCAAAAAC
* * * * *
259122 AATTGTTATATGACCAAACAAAAGATGATAACGATTTGAAATAGATAATTATTGAAAT-GACCAT
66 AATTGTTTTATGATCAAACAAAAGATTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCAT
* * * * * *
259186 CATTATTTGAACTAATTCAACAAATAGATTCACTTTTT-AATCACTTTTTAATTTTTGGAATATT
130 AACTATTTGAACTAATTCAACAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATT
* ** *
259250 AATAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACAAA
195 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * * * *
259315 ACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCGTAACTGA-TAGAATTTGTT
260 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-TTATTTGAA-TTGTT
* * * ***
259379 CA-GTAAATA-AA----TTT-AT-TCTT--TTA--AA-CTCTTGCTTATTAAT---TT--T-TT-
323 TAGGTAAATAGAATTTTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * *
259424 TTTATTTTCG-ATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTATTTTATG-TCAAAACAAAAGGTCATAA
388 TTT-TATTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGAT-AAAACAAAAGGTCATAA
* * *
259487 TGATTTTATATA-ATTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTTGTAAACAAATTT
451 TGATTTTAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTT
* * * * * * *
259551 ATTTTTTCAAAT-CTTTTGCTTATTAATTTTTCAAATGTTCATAAATTTGGATTATTTTATTCTG
515 ATTTTTTTAAATCCCTTAG-TTATTAATTTTTGAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TG
* * * *
259615 AATAAACTCGTAAG-ACATGAAATAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTT-TGAATGATTTGAA
578 AATAAGCTTGTATGAAC-TGAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAT-AATGATTTGAA
* * * ** *
259678 ATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTTAACAAACATATTTATTTTTTAAA
641 ATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
259743 --TCTT--TTA
706 TCTCTTACTTA
* * * ** * * *
259750 TTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAATATTGTTTT-TAACCAAATAAGCTTCTATGATTAGAAA
1 TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCAAATAAGCTTGTATGATCAAAAA
* * * * * * * * * *
259814 CAATTATTTTATCA-CAAA-ACAAGATTTTAATGATTTGAGATTGAAAAGTGTTCAAATAGTCAT
65 CAATTGTTTTATGATCAAACAAAAGATTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * ** **** * * *
259877 AATTATTTGAATTGGTTTGGTAAATAGATTTATTGTTTAAATTTGTTACTTATTAATTTTTGAAA
130 AACTATTTGAACTAATTCAACAAATAGATTCATTTTTTAAA--T-CT-CTTATTAATTTTTGAAA
* * * * * * *
259942 TATTAGTTAATTAGTATTATTTTATTTTCAATAAGCTTGTACGATA-AAAAATAATTTTTTTATG
191 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGA-ACAAAAACAATTGTTTTATG
* * * *
260006 ACAAAATAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-GACCATAATTATTTTAAT
255 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAATTATTTGAAT
* * * * ***
260070 TGATTT-GGTAAATGGATTTATTTTTTAAATTTCTAACTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAAT
319 TG-TTTAGGTAAATAGA---ATTTTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAAT
* * * * * **
260134 TAGTATTATTTTATTCCATCTAAGCTTGTATTAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAATTAAAAG
380 TAGTATTATTTTATTCGA-ATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAG
* * * * * * * * *
260199 GTTATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTAAACTTGTTCGTTAAAT
444 GTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC
* * ** *
260264 AGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTT
509 AAATTTATTTTTTTAAATCCCTTAGTTATTAA-TTTTTGAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * *
260327 ATTCTTAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAATAAAAGGTTAAAATGATT
573 ATT-TGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAATGATT
* * * * * * ** *
260392 TGAAGTATATAATTATTTTAATAGTCTTAACCATTTAAAATGATTGGGTAAACAAAATTATTTTT
637 TGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTT
260457 TAAATCTCTTACTTA
702 TAAATCTCTTACTTA
* * * ** * *
260472 TTAGTTTTTTAAATATT-ATGAAATTAGTATTATTTTAATATC-AATAAGCTTGTACAAAC-AAG
1 TTAATTTTTAAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATGATCAAAA
* * * * * * * * *
260534 ACAATTATTTTATGATAAAAGAAAA-AGTCATAACGACTTAAAATAGATAATCATTTATATAGTC
64 ACAATTGTTTTATGATCAAACAAAAGA-TTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * ** * * ** * * *
260598 TTAACTATTTCAACTGGTTCAACAATTAGATTTATTTTTTGATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGG
128 ATAACTATTTGAACTAATTCAACAAATAGATTCATTTTTT-A-AATC-T-CTTATTAATTTTTGA
* * * * * * * * * *
260663 AATATTATTAAATTTGCATTATTTTACTTTGAATAAAATAGTATAAATAAAATCAATTGTTTGAT
189 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTAT
* * * *
260728 GACAAAAAAAAAAGGTTATAATGATTT-AAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAA
254 GAC-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAA
* * * ** * * *
260792 ATGTTTTGGCAAGCAGATTTACTTTTTTAAATATCTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAA
318 TTGTTTAGGTAAATAGA---A-TTTTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAA
* * * * * * * *
260857 TTAGTATTATTTTATATCAAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTATTTTATGCTAAAATGAAA
379 TTAGTATTATTTTAT-TCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGATAAAA-CAAA
* * * * *
260922 A-GTAATAATAATTTCAAATAGATAATTGTGT-AAATAGT-A-AATTATTTGAA-TTGGTTTTGT
442 AGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGT
* * * * * *
260982 AAATAGAA-TTA-TTTTCTAAATCTCTTA--TA--AATTTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTA
505 AAACA-AATTTATTTTTTTAAATCCCTTAGTTATTAATTTTTGAAATGTTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * *
261041 TTCTATTCCGAATAAGCTTTTATGAGCTTAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAC
569 TTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAAT
* * * * * * *
261106 AATTTGAAATAAATAATTTTTC-ATATAGTCTTAGCTGTTTGAACTGATTC-GACAAACGAATTT
633 GATTTGAAATAGATAATTATTCTA-ATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTCAG-TAAACAAATTT
* * *
261169 ATATTTTAAATCTCATAGTTA
696 ATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * *
261190 TTAATTTTCAAAATATTACTAAATTATTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAA
1 TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGATCAAAAA
* ** * * *
261254 CAATTGTTTTAGGATTGAACAAAAG-TTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCAT
65 CAATTGTTTTATGATCAAACAAAAGATTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* *
261318 AACTATTTGAAC-AATACCAACAAACT-GATTTC-TTTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAAT
130 AACTATTTGAACTAAT-TCAACAAA-TAGA-TTCATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAAT
* * ***
261380 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAAATAAAGATTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATG
192 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAA-CTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * *
261445 TCAAAACAAAAGTTAATAATGATTTAAAATAGATAGTTATTTAAATAGCCATGATTATTTGAATT
255 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAATT
* * * * ** *
261510 AATTCA-GTAAACT-GATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAACCAAGT
320 -GTTTAGGTAAA-TAGAATT-TTTTT-AATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATT
* * * * * *
261573 AGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTATTTTGTGACAAAACAAATGG
381 AGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGG
*
261638 TCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACA
445 TCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACA
* * ** *
261703 AAATTATTTTTTTCAAAT--CTAATGCTTATTAATTTTTTTAATGTCAATAAATTAGTATTATTT
510 AATTTATTTTTTT-AAATCCCTTA-G-TTATTAATTTTTGAAATGTTAATAAATTAGTATTATTT
** * * * * *
261766 TATTCAAAATAAGCTTGCATGAATTGAAATAATTATTATATGACTAAAGAAAAGGTCA-AGATGA
572 TATT-TGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTATA-ATGA
* * *
261830 TTTCAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTAAACTGATTCAGTAAACACATTTATTT
635 TTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAAATTTATTT
261895 TTTAAATCTC-T-C--A
700 TTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * * *
261908 TTAATTATCAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCCAAATAATCTTGTATGATAAAAAA
1 TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCAAATAAGCTTGTATGATCAAAAA
* ** * * * * **
261972 TAATTGTTTTATGAGAAAAC-AGAGATCATAATGATTTGAGATTCATAATT-TTGCAAATAGTCA
65 CAATTGTTTTATGATCAAACAAAAGATTATAACGATTTGAAATAGATAATTATT-CAAATAGTCA
262035 T
129 T
262036 TGTCATAACA
Statistics
Matches: 2886, Mismatches: 661, Indels: 300
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
691 59 0.02
692 8 0.00
693 65 0.02
694 1 0.00
695 10 0.00
696 131 0.05
697 148 0.05
698 94 0.03
699 5 0.00
700 6 0.00
701 1 0.00
702 2 0.00
704 2 0.00
705 2 0.00
706 13 0.00
707 2 0.00
708 3 0.00
709 3 0.00
710 2 0.00
711 12 0.00
712 4 0.00
713 11 0.00
714 151 0.05
715 155 0.05
716 106 0.04
717 216 0.07
718 756 0.26
719 339 0.12
720 15 0.01
721 27 0.01
722 223 0.08
723 171 0.06
724 135 0.05
725 8 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (716 bp):
TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATCAAAAAC
AATTGTTTTATGATCAAACAAAAGATTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
ACTATTTGAACTAATTCAACAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTA
ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGTTTAG
GTAAATAGAATTTTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
TATTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATT
TTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTT
TTAAATCCCTTAGTTATTAATTTTTGAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCT
TGTATGAACTGAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATT
ATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
A
Found at i:259506 original size:158 final size:158
Alignment explanation
Indices: 259265--259581 Score: 419
Period size: 158 Copynumber: 2.0 Consensus size: 158
259255 ATTAGAATTA
* *
259265 TTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
1 TTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * *
259330 GATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCGTAACTGA-TAGAATTTGTTCAGTAAATAAATTTA
66 GATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTA-AACTTGTTCAGTAAACAAATTTA
259394 TTCTTTT-AAA-CTCTTGCTTATTAATTTTT
129 TT-TTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT
* * * *
259423 TTTTATTTTCG-ATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTATTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAA
1 TTTTATTTT-GAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * **
259487 TGATTTTATATA-ATTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTTGTAAACAAATTT
65 TGATTTTAAATAGA-CAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTAAACTTGTTCAGTAAACAAATTT
*
259551 ATTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTT
128 ATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT
259582 CAAATGTTCA
Statistics
Matches: 139, Mismatches: 14, Indels: 11
0.85 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
157 6 0.04
158 112 0.81
159 21 0.15
ACGTcount: A:0.36, C:0.09, G:0.10, T:0.45
Consensus pattern (158 bp):
TTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
GATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTAAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATT
TTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT
Found at i:260065 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 259423--262035 Score: 1591
Period size: 181 Copynumber: 14.5 Consensus size: 180
259413 ATTAATTTTT
* * ** * * * *
259423 TTTTATTTTCGATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTATTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAAT
1 TTTTATTTTCAATAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAAGTTATAAT
* * * * ** * *
259488 GATTTTATATA-ATTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTG-TTTTGTAAACAAATTT
65 GATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTCGGTAAATAGATTT
* * * * * * *
259551 ATTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTCAAATGTTCATAAATTTGGATTA
128 ATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * ** * * * * *
259605 TTTTATTCTGAATAAACTCGTAAGACATGAAATAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTT-TGAA
1 TTTTATTTTCAATAAGCTTGTATGA-AAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAAGTTAT-AA
* ** * * **** * *
259669 TGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTTAACAAACATATTTA
64 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCGGTAAATAGATTTA
* * * *
259734 TTTTTTAAA--TCTT--TTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAATATTG
129 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
*** * * * * * * *
259782 TTTT-TAACCAAATAAGCTTCTATGATTAGAAACAATTATTTTATCACAAAA-CAAGA-TTTTAA
1 TTTTATTTTC-AATAAGCTTGTATGA-AAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAAGTTATAA
* * * * * * * *
259844 TGATTTGAGATTGAAAAGTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTTGGTAAATAGATTTA
64 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCGGTAAATAGATTTA
* * * * *
259909 TTGTTTAAATTTGTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTTAATTAGTATTA
129 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * *
259961 TTTTATTTTCAATAAGCTTGTACGATAAAAAATAATTTTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAAT
1 TTTTATTTTCAATAAGCTTGTATGA-AAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAAGTTATAAT
* * * * *
260026 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-GACCATAATTATTTTAATTGATTTGGTAAATGGATTTA
65 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAATTGATTCGGTAAATAGATTTA
* * **
260090 TTTTTTAAATTTCTAACTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTA
129 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * *
260142 TTTTA-TTCCATCTAAGCTTGTATTAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAATTAAAAGGTTATAA
1 TTTTATTTTCA-ATAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAAGTTATAA
* * * * * * * *
260206 CGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTAAACTTG-TTCGTTAAATAGATTT
64 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTCGGTAAATAGATTT
* *
260270 ATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTA
128 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * * * *
260323 ATTTATTCTT-AATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAATAAAAGGTTAAAA
1 TTTTATT-TTCAATAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAAGTTATAA
* * ** * * * * * * * *
260387 TGATTTGAAGTATATAATTATTTTAATAGTCTTAACCATTTAAAATGATTGGGTAAACAAAATTA
64 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCGGTAAATAGATTTA
* *
260452 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAGTTTTTTAAATATT-ATGAAATTAGTATTA
129 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTA
* * * * * * * *
260504 TTTTAATATCAATAAGCTTGTA-CAAACAAGACAATTATTTTATGATAAAAGAAAAAGTCATAAC
1 TTTTATTTTCAATAAGCTTGTATGAAA-AAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAAGTTATAAT
* * * * * * * * * *** *
260568 GACTTAAAATAGATAATCATTTATATAGTCTTAACTATTTCAACTGGTTCAACAATTAGATTTAT
65 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCGGTAAATAGATTTAT
* * * ** * * * * *
260633 TTTTTGATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGGAATATTATTAAATTTGCATTA
130 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * ** * * * *
260684 TTTTACTTTGAATAAAATAGTAT-AAATAAAATCAATTGTTTGATGACAAAAAAAAAAGGTTATA
1 TTTTATTTTCAATAAGCTTGTATGAAA-AAAA-CAATTATTTTATGACAAAATAAAAA-GTTATA
* * * * * **
260748 ATGATTT-AAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGTTTTGGCAAGCAGATTT
63 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCGGTAAATAGATTT
* * *
260812 ACTTTTTTAAATATCTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTA
128 A-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * *
260866 TTTTA-TATCAAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTATTTTATG-CTAAAATGAAAAGTAATA
1 TTTTATTTTC-AATAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTATTTTATGAC-AAAATAAAAAGTTATA
* * * * * ** *
260929 ATAATTTCAAATAGATAATTGTGT-AAATAGT-A-AATTATTTGAATTGGTTTTGTAAATAGAAT
63 ATGATTTGAAATAGATAATTAT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCGGTAAATAGATT
* * *
260991 TATTTTCTAAATCTCTTA--TA--AATTTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTA
127 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * *** * * *
261041 TTCTA-TTCCGAATAAGCTTTTATGAGCTTAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA
1 TTTTATTTTC-AATAAGCTTGTATGA-AAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAAGTTATAA
** * * * * * * * ** *
261105 CAATTTGAAATAAATAATTTTTCATATAGTCTTAGCTGTTTGAACTGATTCGACAAA-CGAATTT
64 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCGGTAAATAG-ATTT
* * * ** * *
261169 ATATTTTAAATCTCATAGTTATTAATTTTCAAAATATTACTAAATTATTATTA
128 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *** * *
261222 TTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTAGGATTGAA-CAAAAGTTATAAC
1 TTTTATTTTCAATAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAAGTTATAAT
* * * ** * ***
261286 AATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CAATACCAACAAACT-GATTT
65 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGAT-TCGGTAAA-TAGATTT
* *
261349 CTTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
128 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
** * ** * * *
261398 TTTTATTTAGAAATAAAGATTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGTCAAAA-CAAAAGTTAAT
1 TTTTATTT-TCAAT-AAGCTTGTATG-AAAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAAGTT-AT
* * * * * * * *
261462 AATGATTTAAAATAGATAGTTATTTAAATAGCCATGATTATTTGAATTAATTCAGTAAACT-GAT
62 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCGGTAAA-TAGAT
** *
261526 TTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAACCAAGTAGTATTA
126 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
** * * * * ** *
261580 TTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTATTTTGTGACAAAACAAATGGTCATAAT
1 TTTTATTTTCAATAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAAGTTATAAT
* * * * * * *
261645 GATTTTAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAAAATTA
65 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTCGGTAAATAGATTTA
** * ** * *
261709 TTTTTTTCAAATCTAATGCTTATTAATTTTTTTAATGTCAATAAATTAGTATTA
129 -TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
*** * ** * * * * * *
261763 TTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAATTGAAATAATTATTATATGACTAAAGAAAAGGTCA-AGA
1 TTTTATTTTCAATAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAAGTTATA-A
* * * * * * * *
261827 TGATTTCAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTAAACTGATTCAGTAAACACATTTA
64 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCGGTAAATAGATTTA
* * *
261892 TTTTTTAAATCTC-T-C--ATTAA-TTATCAGAATATTATTAAATTAGTATTA
129 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * * * *
261940 TTTT-TATCCAAATAATCTTGTATGATAAAAAATAATTGTTTTATGAGAAAACAGAGA-TCATAA
1 TTTTATTTTC-AATAAGCTTGTATGA-AAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAAGTTATAA
* **
262003 TGATTTGAGATTCATAATT-TTGCAAATAGTCAT
64 TGATTTGAAATAGATAATTATT-CAAATAGTCAT
262036 TGTCATAACA
Statistics
Matches: 1883, Mismatches: 473, Indels: 156
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
174 1 0.00
175 159 0.08
176 75 0.04
177 162 0.09
178 47 0.02
179 140 0.07
180 332 0.18
181 552 0.29
182 269 0.14
183 145 0.08
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
TTTTATTTTCAATAAGCTTGTATGAAAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAAGTTATAATG
ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCGGTAAATAGATTTATT
TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
Found at i:262650 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 262412--262797 Score: 329
Period size: 41 Copynumber: 9.4 Consensus size: 41
262402 ATGAATCCCA
* * * * * *
262412 AACTTTTAAAAATCAAATGGCTTCTCTGAATAGAGGCAACAG
1 AACTTTGAAAAAT-AAATTGCTCCTCTAAACAGAGGCAACAC
* * * *
262454 AACTTTGGAAAATAAATGGCTCCTCTAATCAAAGGTTC-A-AC
1 AACTTTGAAAAATAAATTGCTCCTCTAAACAGAGG--CAACAC
* * * *
262495 GACTTTGAAAAATAAATGGCTCCTCTAATA-AAAGGC-TCA-
1 AACTTTGAAAAATAAATTGCTCCTCTAA-ACAGAGGCAACAC
* * *** * * * * *
262534 ATGACTTTGGAGAATAAATAAATTCTCTAAGCAGAAGCACCAT
1 A--ACTTTGAAAAATAAATTGCTCCTCTAAACAGAGGCAACAC
* * *
262577 GA-TTTCAAAAATAAA-TGCTCCTTTAAACAGAGGCAACAC
1 AACTTTGAAAAATAAATTGCTCCTCTAAACAGAGGCAACAC
* *
262616 AACTTTGAAAAGTAAATTGCTCCTCTAAATAGAGGCAACCAC
1 AACTTTGAAAAATAAATTGCTCCTCTAAACAGAGGCAA-CAC
* *
262658 GACTTTGAAAAATAAATTGCTCCTCTAAACAGAGGCAACAG
1 AACTTTGAAAAATAAATTGCTCCTCTAAACAGAGGCAACAC
* *
262699 AACTTTGAAAAAATAAATTGCTCCTCTAAATAGAGGCACCAC
1 AACTTTG-AAAAATAAATTGCTCCTCTAAACAGAGGCAACAC
* *
262741 GACTTTGAAAAATAAATTGCTCCTCTAAACAGAGGCAACAG
1 AACTTTGAAAAATAAATTGCTCCTCTAAACAGAGGCAACAC
262782 AACTTTGAAAAA-AAAT
1 AACTTTGAAAAATAAAT
262798 AAATTACTCC
Statistics
Matches: 277, Mismatches: 54, Indels: 28
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
39 17 0.06
40 26 0.09
41 144 0.52
42 89 0.32
43 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.19, G:0.15, T:0.24
Consensus pattern (41 bp):
AACTTTGAAAAATAAATTGCTCCTCTAAACAGAGGCAACAC
Found at i:262692 original size:83 final size:82
Alignment explanation
Indices: 262413--262797 Score: 406
Period size: 83 Copynumber: 4.7 Consensus size: 82
262403 TGAATCCCAA
* * * * * * *
262413 ACTTTTAAAAATCAAATGGCTTCTCTGAATAGAGGCAACAGAACTTTGGAAAATAAATGGCTCCT
1 ACTTTGAAAAAT-AAATTGCTCCTCTAAACAGAGGCAACAGAACTTTGAAAAATAAATTGCTCCT
* ** *
262478 CT-AATCAAAGGTTCAACG
65 CTAAAT-AGAGGCACCACG
* * * * * *** *
262496 ACTTTGAAAAATAAATGGCTCCTCTAATA-AAAGGC-TCA-ATGACTTTGGAGAATAAATAAATT
1 ACTTTGAAAAATAAATTGCTCCTCTAA-ACAGAGGCAACAGA--ACTTTGAAAAATAAATTGCTC
** * *
262558 CTCTAAGCAGAAGCACCATG
63 CTCTAAATAGAGGCACCACG
* * * *
262578 A-TTTCAAAAATAAA-TGCTCCTTTAAACAGAGGCAACACAACTTTGAAAAGTAAATTGCTCCTC
1 ACTTTGAAAAATAAATTGCTCCTCTAAACAGAGGCAACAGAACTTTGAAAAATAAATTGCTCCTC
262641 TAAATAGAGGCAACCACG
66 TAAATAGAGGC-ACCACG
262659 ACTTTGAAAAATAAATTGCTCCTCTAAACAGAGGCAACAGAACTTTGAAAAAATAAATTGCTCCT
1 ACTTTGAAAAATAAATTGCTCCTCTAAACAGAGGCAACAGAACTTTG-AAAAATAAATTGCTCCT
262724 CTAAATAGAGGCACCACG
65 CTAAATAGAGGCACCACG
262742 ACTTTGAAAAATAAATTGCTCCTCTAAACAGAGGCAACAGAACTTTGAAAAA-AAAT
1 ACTTTGAAAAATAAATTGCTCCTCTAAACAGAGGCAACAGAACTTTGAAAAATAAAT
262798 AAATTACTCC
Statistics
Matches: 253, Mismatches: 38, Indels: 24
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
79 1 0.00
80 40 0.16
81 26 0.10
82 63 0.25
83 95 0.38
84 28 0.11
ACGTcount: A:0.42, C:0.19, G:0.15, T:0.24
Consensus pattern (82 bp):
ACTTTGAAAAATAAATTGCTCCTCTAAACAGAGGCAACAGAACTTTGAAAAATAAATTGCTCCTC
TAAATAGAGGCACCACG
Found at i:264632 original size:27 final size:28
Alignment explanation
Indices: 264567--264633 Score: 68
Period size: 27 Copynumber: 2.4 Consensus size: 28
264557 CCATTTTCCT
* *
264567 CCTTTCATCTTTTTTTTTCTTTTTTTTTCA
1 CCTTTCA-CCTTTTTTTTC-TTGTTTTTCA
*
264597 -TTTTC-CCTTTTTTTTC-TGTTTTTCA
1 CCTTTCACCTTTTTTTTCTTGTTTTTCA
264622 CCTTTCACCTTT
1 CCTTTCACCTTT
264634 CACCTTTGAC
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 4, Indels: 7
0.74 0.10 0.17
Matches are distributed among these distances:
25 8 0.26
26 4 0.13
27 15 0.48
29 4 0.13
ACGTcount: A:0.06, C:0.24, G:0.01, T:0.69
Consensus pattern (28 bp):
CCTTTCACCTTTTTTTTCTTGTTTTTCA
Found at i:271232 original size:154 final size:153
Alignment explanation
Indices: 270959--271252 Score: 378
Period size: 154 Copynumber: 1.9 Consensus size: 153
270949 AACTAATAAT
* * * * * * *
270959 GATTTGAAATATATATTTTTCAAATAGTTGTAATTATTTGAATTGGTTCAGTAAATAGAATTATT
1 GATTTGAAATAGATATTGTTCAAATAGTTGTAACTATTTGAACTAGTTCAGGAAACAGAATTATT
* *
271024 CTTTAAATCTCTTACCTATGGAATTTTGAAATATTAACAAATTAGTTTTATTTTATTTCAAATAA
66 CTTTAAATCTCTTACCTATGGAATTTTAAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
271089 ACTTGTATGAGTTGAAATAATAC
131 ACTTGTATGAGTTGAAATAATAC
* *
271112 GATTTGAAATAGATAATTGTTCATATTGTCT-TAACTATTTGAACTAGTTCAGGAAACA-AATTT
1 GATTTGAAATAGAT-ATTGTTCAAATAGT-TGTAACTATTTGAACTAGTTCAGGAAACAGAA-TT
* ** ** *
271175 ATTTTTTAAATCTCTTAGTTAT-GAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCGA
63 ATTCTTTAAATCTCTTACCTATGGAATTTT-AAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
271239 ATAAACTTGTATGA
127 ATAAACTTGTATGA
271253 ACATAAATAA
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 17, Indels: 7
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
153 22 0.18
154 97 0.81
155 1 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.07, G:0.11, T:0.45
Consensus pattern (153 bp):
GATTTGAAATAGATATTGTTCAAATAGTTGTAACTATTTGAACTAGTTCAGGAAACAGAATTATT
CTTTAAATCTCTTACCTATGGAATTTTAAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
ACTTGTATGAGTTGAAATAATAC
Found at i:271675 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 271110--272410 Score: 1107
Period size: 181 Copynumber: 7.2 Consensus size: 180
271100 TTGAAATAAT
* * * **
271110 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATTGTCTTAACTATTTGAACT-AGTTCAGG-AAACAAAT
1 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTC-GGTAAACTGAT
* ** *
271173 TTATTTTTTAAATCTCTTAG-TTATGAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TTT
64 TTATTTTTTAAATCTCTT-GCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* * * *
271236 CGAATAAACTTGTATGAACAT-AAATAATTGATTTATGACAGAACAAAAGCTTATA
128 CG-ATAAGCTTGTATGAAC-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TTATA
* * * ** *
271291 ACAATTTGAAATAGATAATTGTCCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-AGTTTAGTAAACAGATT
1 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCGGTAAACTGATT
* * *
271355 TATTTTTTAAA--TC-T-CTTACTAATTCTT-AAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCA
65 TATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTC-
* **** * * *
271414 AATAAGCTTGTATGTTGAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAATAAAAGGTAATA
129 GATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTATA
* * * * * * *
271467 ACAATTTGAAATATATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAACCGATTCGGTAAACTGATTT
1 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACTGATTT
* * * *
271532 ATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTATGAAATATTAATAAAGTAGTACTATTTTATTTTTGA
66 ATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTCGA
* * *
271597 TTAGCTTTTATGAACTGGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATA
131 TAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTT-ATA
* * * * *
271648 ACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATTATAACTCTTTGAACTTG-TTTGGTAAA-TAGAT
1 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCGGTAAACT-GAT
* * * * *
271711 TTATTTTTTCAAATCTTTTACATATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTGTTTTATTT
64 TTATTTTTT-AAATCTCTTGCTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * *
271775 T-GAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGAC--AACAAAATCTTAGA
127 TCG-ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTATA
* * * * * * * ** *
271828 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAGTAGTCTTAACCATTTGAATTAATTCGACAAA-TACATT
1 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACT-GATT
* * *
271892 TATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCCG
65 TATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTCG
* ** * *
271952 ATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTTTTTTATGAAAAAAC-AAAGATTATA
130 ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TTATA
* * * * * * * * * ** *
272003 GCAATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATGGTTATAACTATTTGAAATGGTTC-AAAAACTAGCTT
1 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACT-GATT
* * * * *
272067 TAATTTTTAAATCTCTTCCTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAAGTAGTATTATTTTATTTTT
65 TATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTTC
* * * * * * *
272132 AATAAGTTTTTATGAACTGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTGAAA
129 GATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTTATA
* * * * *
272185 ATGAGTTT-AAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATATCTATTTGATCTTG-TTTGGTAAACAT-A
1 ACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCGGTAAAC-TGA
*
272247 TTTATTATTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT
63 TTTATT-TTTTAAATCTCTTGCTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * *
272311 TTCAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAA
126 TTCGATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTATA
* * *
272367 ACGATTTGAAATATATAATTGTTC-AATAGTCTTAACTTTTTGAA
1 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
272411 TCGGTTTAGT
Statistics
Matches: 894, Mismatches: 184, Indels: 84
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 42 0.05
175 88 0.10
176 133 0.15
177 13 0.01
178 4 0.00
179 29 0.03
180 93 0.10
181 244 0.27
182 195 0.22
183 46 0.05
184 7 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACTGATTT
ATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTCGA
TAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTATA
Found at i:271912 original size:357 final size:356
Alignment explanation
Indices: 271110--272437 Score: 1206
Period size: 357 Copynumber: 3.7 Consensus size: 356
271100 TTGAAATAAT
* * * * *
271110 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTC-ATATTGTCTTAACTATTTGAACTAGTTC-AGGAAACAAAT
1 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCTA-ATAGTCATAACTATTTGAACTAATTCGA-TAAACAAAT
* ** *
271173 TTATTTTTTAAATCTCTTAG-TTATGAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TTT
64 TTATTTTTTAAA-CTCTT-GCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* * * * *
271236 CGAATAAACTTGTATGAAC-ATAAATAATTGATTTATGACAGAACAAAAGCTTATAACAATTTGA
127 CG-ATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATTATAACAATTTGA
* * * * *
271300 AATAGATAATTGTCCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAA
190 AATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAA
* * * *
271365 ATCTCTTAC--TAATTCTTAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG
255 ATCTCTTACTATAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATG
* * * *
271428 --TTGAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAATAAAAGGTAATA
320 AATT--GAAACAATTATTTTATGACAACA-AAAA-GTAAAA
* * * * * * ** * **
271467 ACAATTTGAAATATATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAACCGATTCGGTAAACTGATTT
1 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTCGATAAACAAATTT
* * * *
271532 ATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTATGAAATATTAATAAAGTAGTACTATTTTATTTTTGA
66 ATTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTCGA
* * ** * *
271597 TTAGCTTTTATGAACTGGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TTCATAACGATTTTAAATA
130 TAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATT-ATAACAATTTGAAATA
* * *
271661 GATAATTGTTCAAATAATTATAACTCTTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATC
194 GATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATC
* * * *
271726 TTTTACATATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG
258 TCTTAC-TA-TAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATG
** * *
271791 AATTGAAACAATTATTTTATGACAACAAAATCTTAGA
320 AATTGAAACAATTATTTTATGACAACAAAAAGTAAAA
* * * * * * *
271828 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAGTAGTCTTAACCATTTGAATTAATTCGACAAATACATTT
1 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTCGATAAACAAATTT
* * *
271893 ATTTTTTAAA-TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCCGAT
66 ATTTTTTAAACTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTCGAT
* * * * * * *
271954 AAGCTTGTATGATCAAAAACAATTTTTTTATGAAAAAAC-AAAGATTATAGCAATTTGAGATTGA
131 AAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATTATAACAATTTGAAATAGA
* * * * * * * *
272018 TATTTGTTCAAATGGTTATAACTATTTGAAATGGTTCA-AAAACTAGCTTTAATTTTTAAATCTC
196 TAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * *
272082 TTCCTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAAGTAGTATTATTTTATTTTTAATAAGTTTTTATGA
260 TTAC-T-ATAATTTTTG-AATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGA
* * *
272147 ACTGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTGAAA
321 ATTGAAACAATTATTTTATGAC--AACAAAAAGTAAAA
* * * * ** * * *
272185 ATGAGTTT-AAATAGATAATTGTT-TAAATAGTCATATCTATTTGATCTTGTTTGGTAAACATAT
1 ACGA-TTTGAAATAGATAATTATTCT-AATAGTCATAACTATTTGAACTAATTCGATAAACAAAT
*
272248 TTATTATTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
64 TTATT-TTTTAAA-CTCTTGCTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * *
272312 TCAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAA
126 TCGATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATTATAACAATTTGAA
* * * *
272377 ATATATAATTGTTC-AATAGTCT-TAACTTTTTGAA-TCGGTTTAGTAAATTACATTTATTTTT
191 ATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACT-TGTTTAGTAAA-TAGATTTATTTTT
272438 ATTATTAAAT
Statistics
Matches: 776, Mismatches: 161, Indels: 61
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
353 6 0.01
354 24 0.03
355 112 0.14
356 42 0.05
357 292 0.38
358 26 0.03
359 2 0.00
360 2 0.00
361 62 0.08
362 38 0.05
363 129 0.17
364 39 0.05
365 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (356 bp):
ACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTCGATAAACAAATTT
ATTTTTTAAACTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTCGAT
AAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATTATAACAATTTGAAATAGA
TAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCT
TACTATAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATTGA
AACAATTATTTTATGACAACAAAAAGTAAAA
Found at i:272126 original size:537 final size:535
Alignment explanation
Indices: 271110--272411 Score: 1526
Period size: 537 Copynumber: 2.4 Consensus size: 535
271100 TTGAAATAAT
* * * * *
271110 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATTGTCT-TAACTATTTGAACTAGTTCAGG-AAACAAAT
1 ACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTTGTT-TGGTAAACAAAT
* * *** * * *
271173 TTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCG
64 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
* * *
271238 AATAAACTTGTATGAACATAAATAATTGA-TTTATGACAGAACAAAAGCTTATAACAATTTGAAA
129 AATAAGCTTGTATGAA-ATAAATAATT-ATTTTATGACA-AACAAAAGCTTAAAACGATTTGAAA
* * * * * * * *
271302 TAGATAATTGTCCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT
191 TAGATAATTGTTC-AATAGTCTTAACTATTTGAATTAATTGAGCAAACACATTTATTTTTTAAAT
* * *
271367 CTCTTACTAATTCTTAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGA
255 CTCTTACTAATTCTTAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATATCAAATAAGCTTGTATGATCA
* *
271432 GAAACAATTGTTTTATGAAAAAATAAAAGGTAATAACAATTTGAAATATATAATTATTCAAATGG
320 AAAACAATTGTTTTATGAAAAAATAAAAGATAATAACAATTTGAAATATATAATTATTCAAATGG
* * ** * * *
271497 CCATAATTATTTGAACCGATTCGGTAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTAT
385 CCATAACTATTTGAAACGATTCGAAAAACTGATTTAATTTTTAAATCTCTTCCTTAATAATTTAT
* * * *
271562 GAAATATTAATAAAGTAGTACTATTTTATTTTTGATTAGCTTTTATGAACTGGAACAATTGTTTT
450 GAAATATTAATAAAGTAGTACTATTTTATTTTTAATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTATTTT
*
271627 ATGACAAAAC-AAAAGTTCATA
515 ATGACAAAACAAAAAG-TCAAA
* * * *
271648 ACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATTATAACTCTTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTT
1 ACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTT
* * *
271713 ATTTTTTCAAATCTTTTACATATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTTGA
66 ATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
* * * *
271778 ATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGAC-AACAAAATCTTAGAACGATTTGAAATAG
130 ATAAGCTTGTATGAAAT-AAATAATTATTTTATGACAAACAAAAGCTTAAAACGATTTGAAATAG
* * * *
271842 ATAATTATTCTAGTAGTCTTAACCATTTGAATTAATTCGA-CAAATACATTTATTTTTTAAATCT
194 ATAATTGTTC-AATAGTCTTAACTATTTGAATTAATT-GAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCT
* * * * **
271906 CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCCGATAAGCTTGTATGATCAA
257 CTTACTAATTCTT-AAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATATCAAATAAGCTTGTATGATCAA
* * * * * * *
271970 AAACAATTTTTTTATGAAAAAA-CAAAGATTATAGCAATTTGAGAT-TGATATTTGTTCAAATGG
321 AAACAATTGTTTTATGAAAAAATAAAAGATAATAACAATTTGAAATAT-ATAATTATTCAAATGG
** * * * *
272033 TTATAACTATTTGAAATGGTTC-AAAAACTAGCTTTAATTTTTAAATCTCTTCCTTAATAATTTT
385 CCATAACTATTTGAAACGATTCGAAAAACT-GATTTAATTTTTAAATCTCTTCCTTAATAATTTA
* * *
272097 TGAAATATTAATAAAAGTAGTATTATTTTATTTTTAATAAGTTTTTATGAACTGAAATAATTATT
449 TGAAATATTAAT-AAAGTAGTACTATTTTATTTTTAATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTATT
*
272162 TTATGACAAAACAAAAAGTGAAA
513 TTATGACAAAACAAAAAGTCAAA
* * * * * * *
272185 ATGAGTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATATCTATTTGATCTTGTTTGGTAAACATATTT
1 ACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTT
* *
272250 ATTATTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTCA
66 ATT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
* * * *
272315 ATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATA
130 ATAAGCTTGTATGAAAT-AAATAATTATTTTATGAC-AAACAAAAGCTTAAAACGATTTGAAATA
* *
272380 TATAATTGTTCAATAGTCTTAACTTTTTGAAT
193 GATAATTGTTCAATAGTCTTAACTATTTGAAT
272412 CGGTTTAGTA
Statistics
Matches: 643, Mismatches: 107, Indels: 28
0.83 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
535 6 0.01
536 89 0.14
537 329 0.51
538 112 0.17
539 107 0.17
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (535 bp):
ACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTT
ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
TAAGCTTGTATGAAATAAATAATTATTTTATGACAAACAAAAGCTTAAAACGATTTGAAATAGAT
AATTGTTCAATAGTCTTAACTATTTGAATTAATTGAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTA
CTAATTCTTAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATATCAAATAAGCTTGTATGATCAAAAACA
ATTGTTTTATGAAAAAATAAAAGATAATAACAATTTGAAATATATAATTATTCAAATGGCCATAA
CTATTTGAAACGATTCGAAAAACTGATTTAATTTTTAAATCTCTTCCTTAATAATTTATGAAATA
TTAATAAAGTAGTACTATTTTATTTTTAATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACA
AAACAAAAAGTCAAA
Found at i:273499 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 273467--273499 Score: 50
Period size: 16 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
273457 AACAAAAGTC
*
273467 ATAACTATTTGAAATAG
1 ATAACTATTTCAAATAG
273484 ATAACTA-TTCAAATAG
1 ATAACTATTTCAAATAG
273500 TTATGACTAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 8 0.53
17 7 0.47
ACGTcount: A:0.48, C:0.09, G:0.09, T:0.33
Consensus pattern (17 bp):
ATAACTATTTCAAATAG
Found at i:273724 original size:173 final size:173
Alignment explanation
Indices: 273427--273929 Score: 434
Period size: 173 Copynumber: 2.8 Consensus size: 173
273417 ATACGCCCTA
* * * * * * *
273427 TATGAGACTAAAACAATGGTTTTATTACAAAACAAAA-GTCATAACTATTTGAAATAGATAACTA
1 TATGA-ACAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAATGTCATAA-TATTTAAAATAGATAATTG
* * * * * * *
273491 TTCAAATAGTTATGACTATTTGGACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTA
64 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTA
273556 TTATTTGCCAAAATATTAATAAA-TT-T-TTA-A-TCCAAATAAGCTTG
129 TTATTTG----AATATTAATAAATTTGTATTATATTCCAAATAAGCTTG
*
273600 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAATGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGT
1 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAATGTCATAAT-ATTTAAAATAGATAATTGT
* * *
273665 TCAAATTGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTCAAATCTTTTACCTTT
65 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTAAAATCTTTTA-C--T
***
273730 TAATTATTTGAATATTAATAAATTTGTATTAGTTTATTTGGAATAAGCTTG
127 T-ATTATTTGAATATTAATAAATTTGTATTA---TATTCCAAATAAGCTTG
* * ** *
273781 TCTGAATAGAAAA-AATTGTTTTATGATCAAAC-AAATGGT-TTAGCA-ATTTGAAAA-AGATAA
1 TATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAT-GTCATA--ATATTT-AAAATAGATAA
* * * * * *
273841 TTGTTCAAATAGTCATAAGTATTTGAAATTATTTAGAAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
61 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTAAAATCTTTTAC
273906 TTATTAATTTTTGGAATATTAATA
126 TTATT-A--TTT-GAATATTAATA
273930 TGTTAGAATT
Statistics
Matches: 272, Mismatches: 35, Indels: 39
0.79 0.10 0.11
Matches are distributed among these distances:
172 28 0.10
173 89 0.33
174 3 0.01
175 1 0.00
176 8 0.03
177 11 0.04
179 4 0.01
180 83 0.31
181 40 0.15
182 5 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (173 bp):
TATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAATGTCATAATATTTAAAATAGATAATTGTT
CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATT
ATTTGAATATTAATAAATTTGTATTATATTCCAAATAAGCTTG
Found at i:273888 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 273455--274036 Score: 478
Period size: 180 Copynumber: 3.3 Consensus size: 181
273445 GTTTTATTAC
* * * * * * * * * *
273455 AAAACAAAA-GTCATAACTATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTTATGACTATTTGGACTTG
1 AAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTA
* * * * * * *
273519 TTCA-ATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATT-A--TTTGCCAA-AAT-ATTAA-TA
66 TTTAGA-AAACAAATTTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-GAATATTAATAAATTA
* * * * * * *
273577 -AATT-T-TTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGAA
129 GAATTATATTATTCCGAATAAGATTGTATGAATAGAAAA-AATTGATTTACGAT
* * ** * * *
273627 AAAACAAAATGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATTGTCATAACTATTTGAACTTA
1 AAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTA
* * * *
273692 TTTGGTAAACAAATTTATTTTTCAAATCTTTTACCTT-TTAATTATTT-GAATATTAATAAATTT
66 TTTAGAAAACAAATTTATTTTTCAAATCTCTTA-CTTATTAATT-TTTGGAATATTAATAAATTA
* ** * * * *
273755 GTATTAGT-TTATTTGGAATAAGCTTGTCTGAATAGAAAAAATTGTTTTATGAT
129 GAATTA-TATTATTCCGAATAAGATTGTATGAATAGAAAAAATTGATTTACGAT
* * * *
273808 CAAACAAATGGTT-TAGCAATTTGAAA-AAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAGTATTTGAAATT
1 AAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATT
* * **
273871 ATTTAGAAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATATGTTAG
65 ATTTAGAAAACAAATTTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAG
* * * *
273936 AATTATATTGTTCCGAATAAGATTGTATGAATAGAAATAATTGATTTGCGTT
130 AATTATATTATTCCGAATAAGATTGTATGAATAGAAAAAATTGATTTACGAT
* *
273988 AAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATTAATAATTATTCAAATAGTCA
1 AAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
274037 GAACCAACAG
Statistics
Matches: 327, Mismatches: 63, Indels: 31
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
172 9 0.03
173 73 0.22
174 4 0.01
175 2 0.01
176 2 0.01
177 7 0.02
178 1 0.00
179 12 0.04
180 139 0.43
181 73 0.22
182 5 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTA
TTTAGAAAACAAATTTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGA
ATTATATTATTCCGAATAAGATTGTATGAATAGAAAAAATTGATTTACGAT
Found at i:274169 original size:162 final size:163
Alignment explanation
Indices: 273888--274195 Score: 374
Period size: 162 Copynumber: 1.9 Consensus size: 163
273878 AAATAAATTT
* ** * *
273888 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATATGTTAGAATTATATTGTTCCGAA
1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATATTATTCCAAA
* * ** * *
273953 TAAGATTGTATGAATAGAAATAATTGATTTGCGTTAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATTA
66 TAAGATTGTATGAACAGAAATAATTGATTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAA
274018 ATAATTATTCAAATAGTCAGAACCAACAGATTC
131 ATAATTATTCAAATAGTCAGAACCAACAGATTC
*
274051 ATTTTTTAAATC-CATTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACT-TTATTCCA
1 ATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTA-TATTATTCCA
* * * ** *
274113 AATAAGATTGTATGAACATAAGCT-ATT-ATTTTATGACAAAATGAATGGTCATAACAATTTGAA
64 AATAAGATTGTATGAACAGAA-ATAATTGA-TTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
*
274176 ATAAATAATTGTTCAAATAG
127 ATAAATAATTATTCAAATAG
274196 AACAAAACAA
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 19, Indels: 9
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
161 1 0.01
162 96 0.79
163 25 0.20
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (163 bp):
ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATATTATTCCAAA
TAAGATTGTATGAACAGAAATAATTGATTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAA
ATAATTATTCAAATAGTCAGAACCAACAGATTC
Found at i:274501 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 274197--276114 Score: 1355
Period size: 181 Copynumber: 10.6 Consensus size: 181
274187 TTCAAATAGA
** * * *
274197 ACAAAACAAAAGGTT-ATAACAATTTAAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAAC
1 ACAAAACAAAA-GTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * *
274261 TAGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAATTCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
65 TAGTTCGATAAATAGATTTATGTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATT
* * *
274326 AGTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTG-TTCATTG
129 AGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATGAAAAACAATTGTTTTA-TG
* * * * *
274378 ACAAAACAAAAGTTAATAATGATTTGAAATAGGTAACTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACT
1 ACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * *
274443 AATTCGATAAATTGATTTATGTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTATAATATTAATAAAGTA
66 AGTTCGATAAATAGATTTATGTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTA
* * *
274508 ATATTATTTTATTTTAGATAAGCTTTTATGAACTG--AAACAATTGTTTTATG
130 GTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * *
274559 ATAAAATAAAAAGGTCATAACT-ATTTTAAATAGATAATTGGTCAAATAGTTAAAACTATTTAAA
1 ACAAAA-CAAAAGTTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * * * *
274623 CTTGTTCGGTAAACAGATTT-T-TTTT-ATTTTCTTGCTTACTAATTTTTTGAATGTTAATAAAT
64 CTAGTTCGATAAATAGATTTATGTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAAT
* * ** * *
274685 TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATGTAT-AA-GCTTAAGCAATTATTTTATG
128 TAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATG-AAAAACAATTGTTTTATG
* * ** * *
274738 ACTAAACAAAAGGTT-AGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTTAGTAGTCTTAACT-TTTAGAA
1 ACAAAACAAAA-GTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-GAA
* * * * * * * * *
274801 CTGGTAT-GACAAACACACTTATTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATGTTTAAAATATTATTAAT
64 CTAGT-TCGATAAATAGATTTATGTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTTAAATATTAATAAA
* * * * * * *
274864 TTAGCAATATTTTACTCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAATA-AA-TGTTTTAGG
127 TTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAAT-GAAAAACAATTGTTTTATG
** *
274918 ACAAAAC-AAAGACCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
1 ACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * *
274982 AGTTTGGTAAAAAAGATTTA-GATTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAAT
66 AGTTCGAT-AAATAGATTTATG-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAAT
* ** * *
275042 TAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATA
128 TAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATGAAAAACAATTGTTTTATG
* * * * * *
275095 ACAAAACAAAA-TATCACAATGATTTGAAATAAATAATAGTTCAAATGGACATCACTATTTGAAC
1 ACAAAACAAAAGT-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * ** *
275159 TTGTTCGGA-AAATAAATCAATGTTTTAAATCT-TGAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA
65 TAGTTC-GATAAATAGATTTATGTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAA
* * * *
275222 TTACTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAAAA-AAATGTTTTATG
127 TTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAAT-GAAAAACAATTGTTTTATG
* * * *
275277 AC---A-AAAGGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT
1 ACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* *
275338 CA-CTCGATAAATAGATTTAT-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAAT
66 -AGTTCGATAAATAGATTTATGTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAAT
* * * * * * *
275400 GAGTATTATTTTATTTTGAATAATG-TTTTTTGAA-CAGAAACAATTGGTTTATG
128 TAGTATTATTTTATTTTAAATAA-GCTTGTATGAATGAAAAACAATTGTTTTATG
* ** * * * *
275453 AAAAAACAAGTGGTCATAATGATTTAAAATGGATAATTGTTCACATAGTCATAACTATTTGAA-T
1 ACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * * * * *
275517 GTGTTCAAAAAATAAATTTATTTTTTAAAAT-TTTTAGTTATTAATTTTTGGAACATTAATAAAT
66 -AGTTCGATAAATAGATTTATGTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAA-
* * * * * *
275581 TTA-TATTATTTTATTTGAAGTAAGCTTGCATAAAT-AGAACCAATTGTTTTATG
127 TTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATGAAAAACAATTGTTTTATG
* * * *
275634 ACAAAATAAAAGGTCATAAT-ATTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAAC
1 ACAAAACAAAAGTTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * ** * * * * *
275698 TTGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTTAATTCTCTTACTCT-TT-ATTTTTGGAATATTAATAAA
65 TAGTTCGATAAATAGATTTA-TGTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTT-AAATATTAATAAA
** ** * * *
275761 TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTACATGAATTGAAAAAAAAAT-TTTTATT
127 TTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * * *
275816 ATAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAGTAAATAATTATTCAGATAGTCATGACTATTTAAACT
1 ACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * * * **
275881 TGTTTGAT-AA-ACATATATTTTTTAGATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTA
66 AGTTCGATAAATAGATTTATGTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTA
* * * *** ** * * * *
275944 ATATTATATTAATCCGAATAAGCACGTATGGA-CAGAAACAATTGTTTTATT
130 GTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATGAAAAACAATTGTTTTATG
* * * *
275995 ATAAAATAAAAAAG-TCATAA-GAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAC-AGTTTG
1 A-CAAA-ACAAAAGTTCATAATG-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTTG
* * * * * *
276057 AACTTGTTTGCTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTAATTAATTATCTTAAAT
62 AACTAGTTCGATAAATAGATTTATGTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTAAAT
276115 TATTTTATTT
Statistics
Matches: 1378, Mismatches: 278, Indels: 160
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 7 0.01
176 17 0.01
177 135 0.10
178 188 0.14
179 151 0.11
180 275 0.20
181 395 0.29
182 190 0.14
183 20 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
ACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
AGTTCGATAAATAGATTTATGTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAG
TATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATGAAAAACAATTGTTTTATG
Found at i:275055 original size:357 final size:354
Alignment explanation
Indices: 274218--275943 Score: 900
Period size: 358 Copynumber: 4.8 Consensus size: 354
274208 GGTTATAACA
* * * *** * * *
274218 ATTTAAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTAGTTCAAT-AAACATATTTAT
1 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAAAAAGATTTAG
* * * * *
274282 TTTTTAATTCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
66 ATTTTAA--AT-CT-CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATA
* * * * * * * * * *
274347 GGCTTGTATG-ATGAAAAACAATT-GTTCATTGACAAAACAAAAGTTAATAATGATTTGAAATAG
127 AGCATGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTA-TAACAAAACAAAAGATCACAATGATTTGAAATAA
* ** * ** *** **
274410 GTAACT-GTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTAATTCGATAAATTGATTTATGTTTTAAATCT
190 ATAA-TAGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTGGTTCGA-AAACAAATCAATGTTTTAAATCT
* * * * * * * * * * *
274474 CTAACTTATCAATTTTTATAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTAGATAAGCTTTTATGA
253 -TAACTTATTAATGTTTAAAATATTAATAAATTACTAATATTTTACTCTAAATAAACTTGTATGA
* * * * **
274539 ACT-G-AAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAAGGTCATAACT-
317 A-TAGAAAAAAAATGTTTTA-G----GACAAAAAGACCATAA-TG
* * * * * * * * *
274581 ATTTTAAATAGATAATTGGTCAAATAGTTAAAACTATTTAAACTTGTTCGGT-AAACAGATTT--
1 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAAAAAGATTTAG
* ** *
274643 TTTTTATTTTCTTGCTTACTAATTTTTTG-AAT-GTTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAA
66 ATTTTA-AATC-T-CTTATTAA-TTTTTGAAATAG-TAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAA
* * * * * * *
274705 TAAGCATGTAT-AAGCT-TAAGCAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAAT
125 TAAGCATGTATGAA--TAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGATCACAATGATTTGAAAT
* * ** * * * * * *
274768 AGATAATTGTTTTAGTAGTCTTAACT-TTTAGAACTGGTAT-GACAAACACA-CTTATTTTTTAA
188 AAATAATAGTTCAAATAGACATAACTATTT-GAACTGGT-TCGA-AAACAAATC-AATGTTTTAA
* *
274830 ATCCTT-ACTTATTAATGTTTAAAATATTATTAATTTAGC-AATATTTTACTCTAAATAAACTTG
249 AT-CTTAACTTATTAATGTTTAAAATATTAATAAATTA-CTAATATTTTACTCTAAATAAACTTG
*
274893 TATGAATAG-AAATAAATGTTTTAGGACAAAACAAAGACCATAATG
312 TATGAATAGAAAAAAAATGTTTTAGGAC--AA-AAAGACCATAATG
* *
274938 ATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAAAAAGATTTAG
1 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAAAAAGATTTAG
***
275003 ATTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTT
66 ATTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCA
* *
275068 TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATATCACAATGATTTGAAATAAATAATA
131 TGTATGAATAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGATCACAATGATTTGAAATAAATAATA
* * * *
275133 GTTCAAATGGACATCACTATTTGAACTTGTTCGGAAAATAAATCAATGTTTTAAATCTTGAACTT
196 GTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTGGTTC-GAAAACAAATCAATGTTTTAAATCTT-AACTT
* * * * * *
275198 ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAA
259 ATTAATGTTTAAAATATTAATAAATTACTAATATTTTACTCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAA
* * *
275263 AAAAATGTTTTATGACAAAAGGATCATAATG
324 AAAAATGTTTTAGGACAAAAAGACCATAATG
* * * * *
275294 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTCA-CTCGAT-AAATAGATTTA
1 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTTGGTAAAAAAGATTTA
* * * * * *
275357 -TTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATGAGTATTATTTTATTTTGAA
65 GATTTT-AAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAA
* * * * ** ** * * *
275420 TAATG-TTTTTTGAACAGAAACAATTGGTTTATGAA-AAAACAAGTGGTCATAATGATTTAAAAT
125 TAA-GCATGTATGAATAGAAACAATTATTTTAT-AACAAAACAAAAGATCACAATGATTTGAAAT
** * * * * * ** *
275483 GGATAATTGTTCACATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTCAAAAAATAAATTTATTTTTTAAAA
188 AAATAATAGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTG-GTTC-GAAAACAAATCAATGTTTT-AAA
* * * * ** * * * * * *
275547 TTTTTAGTTATTAATTTTTGGAACATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTTGAAGTAAGCTTGC
250 TCTTAACTTATTAATGTTTAAAATATTAATAAA-TTACTAATATTTTACTCT-AAATAAACTTGT
* ** * * **
275610 ATAAATAG-AACCAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAAT-
313 ATGAATAGAAAAAAAATGTTTTAGGAC---A-AAAAGACCATAATG
* * * * * *
275654 ATTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGCAAACAA-ATTTA
1 A-TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAAAAAGATTTA
** * * * * *
275718 TTTTTTTAATTCTCTTACTCTTTATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAA
65 -GATTTTAAATCTCTTA---TTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAA
* ** * * ** * * * *
275782 TAAGCTTACATGAATTGAAAAAAAAATTTTTATTATAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAGTA
125 TAAGCATGTATGAATAGAAACAATTA-TTTTATAACAAAACAAAAGATCACAATGATTTGAAATA
* * * * * * * * *
275847 AATAATTA-TTCAGATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTTGATAAACATAT--ATTTTTTAGATC
189 AATAA-TAGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTGGTTCGA-AAACAAATCAATGTTTTAAATC
* *
275909 TTTTACTTATTAAT-TGTCAAAATATTAATAAATTA
252 -TTAACTTATTAATGT-TTAAAATATTAATAAATTA
275944 ATATTATATT
Statistics
Matches: 1080, Mismatches: 213, Indels: 143
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
354 5 0.00
355 15 0.01
356 69 0.06
357 197 0.18
358 255 0.24
359 111 0.10
360 137 0.13
361 116 0.11
362 55 0.05
363 118 0.11
364 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (354 bp):
ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAAAAAGATTTAG
ATTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCA
TGTATGAATAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGATCACAATGATTTGAAATAAATAATA
GTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTGGTTCGAAAACAAATCAATGTTTTAAATCTTAACTTAT
TAATGTTTAAAATATTAATAAATTACTAATATTTTACTCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAAAA
AAATGTTTTAGGACAAAAAGACCATAATG
Found at i:275671 original size:717 final size:708
Alignment explanation
Indices: 274197--280314 Score: 1750
Period size: 719 Copynumber: 8.6 Consensus size: 708
274187 TTCAAATAGA
* * * * *
274197 ACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACT
1 ACAAAA-AAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
*** * * *
274262 AGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAATTCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
64 AGTTTGGTAAAAAAATTTATTTTTTAA--AT-CT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * *
274327 GTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTG-TTCATTGACAAAACAAAAG
125 GTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAATGAAAAACAATTGTTTTA-TAACAAAACAAAA-
* * ** * * **
274390 TTAATAATGATTTGAAATAGGTAACT-GTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTAATTCGATAAA
187 TTCACAATGATTTGAAATAAATAACTAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-AAA
* * * * * *
274454 TTGATTTATGTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTATAATATTAATAAAGTAATATTATTTTA
251 -TAAATAATGTTTTAAATCT-TAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
*
274519 TTTT-AGATAAGCTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAAGG-TCATAACT
314 TTTTGA-ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATG-----A-AAAAAGGATCATAA-T
* * * * * * * *
274581 -ATTTTAAATAGATAATTGGTCAAATAGTTAAAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGATTT-T
370 GATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTAT
* * * * * *
274644 TTTT--ATTTTCTTGCTTACTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
435 TTTTAAATCTT-TTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATGAGTATTATTTTATTTCAAATA
** * * ** * *
274707 AGCATGTATAAGCTTAAGCAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGAT
498 AGCATGTATAAGCAGAAACAATTAGTTTATGAAAAAACAAAAGGTCAGAATGATTTAAAATAGAT
* * * * * *
274772 AATTGTTTTAGTAGTCTTAACTTTTAGAACTGGTATGACAAACACACTTATTTTTTAAATCCTTA
563 AATTGTTTCAATAGTCATAACTTTTAGAACTGGTATAAAAAACAAACTTATTTTTTAAATCCTTA
* * * *
274837 CTTATTAATGTTTAAAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCTAAATAAACTTGTATGAATAG
628 CTTATTAATGTTTAAAACATTATAAATTTAGCAATATTTTACTCTAAATAAACTTGCATAAATAG
*
274902 AAATAAATGTTTTAGG
693 AAACAAATGTTTTAGG
* ** *
274918 ACAAAACAAAGACCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA
1 ACAAAAAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA
** *
274983 GTTTGGTAAAAAAGATTTAGATTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTAT
65 GTTTGGTAAAAAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* ** *
275048 TATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATATCAC
129 TATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATGAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAT-TCAC
* * *
275112 AATGATTTGAAATAAATAA-TAGTTCAAATGGACATCACTATTTGAACTTGTTCGGAAAATAAAT
192 AATGATTTGAAATAAATAACTAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GAAAATAAAT
* *
275176 CAATGTTTTAAATCTTGAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTTG
256 -AATGTTTTAAATCTT-AACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTG
* * * *
275241 AATAAACTTGTATGAATAGAAAAAAAATGTTTTATGACAAAAGGATCATAATGATTTGAAATAAA
319 AATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGAAAAAAGGATCATAATGATTTGAAATAAA
**
275306 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTCACTCGATAAATAGATTTATTTTTAAAATCTT
383 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAATAGATTTATTTTT-AAATCTT
** * * *
275370 TTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATGAGTATTATTTTATTTTGAATAATG-TTTTTTGAA
446 TTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATGAGTATTATTTTATTTCAAATAA-GCATGTAT-AA
* ** * *
275434 -CAGAAACAATTGGTTTATGAAAAAACAAGTGGTCATAATGATTTAAAATGGATAATTG-TTCAC
509 GCAGAAACAATTAGTTTATGAAAAAACAAAAGGTCAGAATGATTTAAAATAGATAATTGTTTCA-
* * ** *
275497 ATAGTCATAACTATTT-GAA-TGTGT-TCAAAAAATAAATTTATTTTTTAAAATTTTTAGTTATT
573 ATAGTCATAACT-TTTAGAACTG-GTAT-AAAAAACAAACTTATTTTTT-AAATCCTTACTTATT
* ** * * * * * *
275559 AATTTTTGGAACATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTTGAAGTAAGCTTGCATAAATAGAACC
634 AATGTTTAAAACATT-ATAAATTTAGCAATATTTTACTCT-AAATAAACTTGCATAAATAGAAAC
* *
275622 AATTGTTTTATG
697 AAATGTTTTAGG
* *
275634 ACAAAATAAAAGGTCATAATATTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAACT
1 ACAAAA-AAAAGGTCATAATA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * *
275699 TGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTTAATTCTCTTACTCTTTATTTTTGGAATATTAATAAATTA
64 AGTTTGGTAAAAAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTA---TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
** * * * *
275764 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTACATGAATTGAAAAAAAAAT-TTTTATTATAAAACAAAAG
125 GTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAA-TGAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAA-
* * * * * * * *
275828 GTCACAATGATTTGAAGTAAATAATTA-TTCAGATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTTGATAA-
187 TTCACAATGATTTGAAATAAATAACTAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAAAAT
* * * * * * * *
275891 ACATATATTTTTTAGATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATATTAA
252 AAATA-ATGTTTTAAATC-TTAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
** ** * * * **
275956 TCCGAATAAGCACGTATGGACAGAAACAATTGTTTTATTATAAAATAAAAAAGTCATAA-GAATT
315 TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG--TT-TTATGAAA-AAAGGA-TCATAATG-ATT
* * *
276020 TGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAC-AGTTTGAACTTGTTTGCTAAATAGATTTATTTT
374 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTA-TTT
* * * *
276084 TTAAATCTTTTACTAATTAA--TT---AT-CT--T--A--A--ATTATTTTATTTGAAATAAGCT
437 TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATGAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCA
* * * * * * ** ** * ** *
276135 TGTATGAA-CA-AAAAAATTTATTTTATGACAAACCAAAAGGTTATAGCGATTCCAAGTCCATGA
502 TGTAT-AAGCAGAAACAA-TTAGTTTATGAAAAAACAAAAGGTCAGAATGATTTAAAATAGATAA
* * **
276198 TTG-TTCAAATAGCCATAA-TTATT--CA-T--T-T-----TTAAA---ATTTTTT--A--CTTA
565 TTGTTTC-AATAGTCATAACTT-TTAGAACTGGTATAAAAAACAAACTTATTTTTTAAATCCTTA
* ** * * * * * * * * ** * *
276243 -TTA--ATTG-CCAAAATATTAATAAATTT-GTATTATATTAATCTGAACAAGCTTGTGTGAACA
628 CTTATTAATGTTTAAAACATT-ATAAATTTAGCAATATTTTACTCTAAATAAACTTGCATAAATA
* * **
276303 GAAACTATTGTTTTATA
692 GAAACAAATGTTTTAGG
* * *
276320 ACTGAACAAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATATTCATAACTATTTGAA
1 AC--AAAAAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * *
276383 TTGGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGT
62 CTAGTTTGGTAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* * * * * * *
276448 ATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATG-A-GCAAAAACATTTTTTTTATGACAAAACAAAATGT
127 ATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAATG-AAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAT-T
* * * * *
276511 CATAATGATTTGAAATAGATAA-TTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAAC-TGATTCGGCAAAC
189 CACAATGATTTGAAATAAATAACTAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTC-G-AAA-
* * * * * ** *
276574 A-AAATTATCTTTTAAACCTATTA-TTGATTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTTTTTTTATTT
250 ATAAATAATGTTTTAAATCT-TAACTT-ATTAA-TTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTT
* * * * **
276637 TATTTTGAATAAG-TGAGTAAGAATTGAAAAAATTGTTTTACAACAAAACAAAAGG-TCATAATG
312 TATTTTGAATAAGCT-TGTATGAATAGAAACAATTGTTTT---A-TGAA-AAAAGGATCATAATG
* * * * ** *
276700 ATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAG-CTTTAACTATTGGAA-TTGGTTCGGCAAATAAATTTA
371 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAATAGATTTA
* * * * * *
276763 TTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTAT-GAA
434 -TTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATGAGTATTATTTTATT-TCAAA
* * * ** ** * * * **
276827 TAAGCTTGTATGAA-TAGAAATAATTTTTTTATGTCAGAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATA
496 TAAGCATGTAT-AAGCAGAAACAATTAGTTTATGAAAAAACAAAAGGTCAGAATGATTTAAAATA
* * * * *
276891 TATAATTG-TTCTAATAGTCATAACTATTTA-AACTAGT-TCGATAAACAAATTTATTTTTTAAA
560 GATAATTGTTTC-AATAGTCATAACT-TTTAGAACTGGTAT-AAAAAACAAACTTATTTTTTAAA
* * * * * * * **
276953 -CATTCTATTTATTAAAT-TTTAAAAAATTAATAAA-TTAGTATTTTTTTTA-TTTCAAATAGTC
622 TC-CT-TACTTATT-AATGTTTAAAACATT-ATAAATTTAGCA-ATATTTTACTCT-AAATAAAC
* * * *
277014 TTGTAT-GAT-GAAAAAAATATTGTTTTATG
681 TTGCATAAATAG-AAACAA-A-TGTTTTAGG
* * * * * * * *
277043 ACCAAACAAATGTTAACAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAA-T
1 A-CAAAAAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* *** * *
277107 AGATTTGATAAACTGATTTATTTCTTAAATCTCTAATATT-A-TTTT---AT-TTCAA-ACA--A
64 AG-TTTGGTAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCT--TATTAATTTTTGAAATATT-AATAAATTA
* * * * * * * * * ** ****
277163 G-ATT-TTATGAATTGAAACAATCATTTTA-AAAT-AAAATA-AA-AG-GTCATAATGATTTTAA
125 GTATTATT-TTATTTG-AATAAGC-TTGTATGAATGAAAA-ACAATTGTTTTATAACAAAACAAA
** * * * * * * * * *
277221 ATAGATAATTA-TTCAAATAGTAAAAACTATTTGC-ACTTGTTCGGTAAACAGATTT----TT-T
186 ATTCACAATGATTTGAAATA--AATAACTAGTT-CAAATAG-TC-AT-AAC-TATTTGAACTTGT
* ** * * * *
277279 T--AAAAT---T--T-TCTTACTTATTAATTTTTTGAA-TGTT--AAT------AAATTAATATT
244 TCGAAAATAAATAATGTTTTAAATCTTAACTTATT-AATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATT
* * * * * * *
277327 ATTTTATTTTGAATTAGCATATATGAGCTA-AAGCAATTATTTTATGACTATACAAAAGG-TCAG
308 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATG---A-A-AAAAGGATCAT
** * * * * ** * *
277390 AACAATTTG------A-AATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAAAACATT
367 AATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATT
* * * * * * * * *
277448 TATTTTTAAATC-CTTACTTATTAATGTTTACAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTTCGAA
432 TATTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT-TTTAGAATATTAATAAATGAGTATTATTTTATTTCAAA
* * * * * * * * * * * *
277512 TAAGCTTGTTTGAA-TAGAAATAAAT-GTTTTAGGACAAAAC-AAAGATCACAACGATTTGAGAT
496 TAAGCATGTAT-AAGCAGAAACAATTAG-TTTATGAAAAAACAAAAGGTCAGAATGATTTAAAAT
* * * *** ** *
277574 AAATAACTG-TTCAAATAGTCATAACTCTTT-GAACTAGT-TCGGTAATGAGAA-TTAGTTTTTA
559 AGATAATTGTTTC-AATAGTCATAACT-TTTAGAACTGGTAT-AAAAAACA-AACTTATTTTTTA
* * * * **
277635 AAT-C-T-CTTATTAAT-TTTAAAA-ATAGTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTGAATAATTT
620 AATCCTTACTTATTAATGTTTAAAACAT--T-ATAAATTTAGCAATATTTTACTCTAAATAAACT
* * * * *
277694 TGTATGAATAGAAACAATTATTTTATG
682 TGCATAAATAGAAACAAATGTTTTAGG
** * * * * * * * *
277721 ACAAAACAAAATTTTATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTTAAGTGGACATGACTATTTGAACT
1 ACAAAA-AAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * *
277786 TGTTTAGT-----AA---A-----T-AA------ATTAATTTTTTAAATCTTCATAAATTAGAAT
64 AGTTTGGTAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * *
277831 TATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAGGATT-A
129 TATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAATGAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAA--ATTCA
* ** * * *** *
277894 TAACAATTTGAAACAAATAA-TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTCAATAAATAGA
191 CAATGATTTGAAATAAATAACTAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-AAATA-A
* * * * * ** *
277958 TTTAT-TTTAAAAATATTTTACTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
254 ATAATGTTT-TAAAT-CTTAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
** * * * * * * *
278021 CAAATAAGGTTTTTTGAACAAAAACAATTTGGTTTATGATGAACATATGG-TCATAA-GATTTGA
317 TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA-TT-GTTT-T-ATGAA-AAAAGGATCATAATGATTTGA
* * * * * *
278084 AATAGATGATTGTTCAAATAGTTA-AACTATTT-AACATGTTC-A-AATTTTGATTTATTTTTAA
377 AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAA-ATAGATTTATTTTTAA
* * * * * * *
278145 A-CTTTTACTTATTAATTTTGGAACCATTAAATAAATTTA-TACTATTTTATTTGAAAGAAGCTT
441 ATCTTTTACTTATTAATTTTAGAA-TATT-AATAAA-TGAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCAT
* * * * * * *
278208 GCATGAA-TAGAACCAATT-GTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGTTTTGAAAATATATAA
503 GTAT-AAGCAGAAACAATTAG-TTTATGAAAAAACAAAAGGTCAGAATGATTT-AAAATAGATAA
* * * * * *
278270 TTG-TTCAGATAGTCATAACTATTT-GAACTTGTCTGATAAACAGATTTATTTTTTTTAAATCTC
565 TTGTTTCA-ATAGTCATAACT-TTTAGAACTGGTATAAAAAACAAACTTA--TTTTTTAAATC-C
* * * * * * * * *
278333 TTTCTCT-TTAATTTTTGAAATATTGATAAATTT-G-TATAATTTTTA-TTTCCAATAAGCTTAC
625 TTACT-TATTAATGTTTAAAACATT-ATAAATTTAGCAAT-A-TTTTACTCT-AAATAAACTTGC
* * * **
278394 ATGAATTGAAAACAATTGTTTTATT
685 ATAAATAG-AAACAAATGTTTTAGG
* * * *
278419 ACAAAACAAAAGGTAACAATGATTTGAAAGTAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAAC
1 ACAAAA-AAAAGGTCATAAT-ATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * *
278484 TTGTTCT-GT--AAACATATATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAA-ATTAATAAAT
63 TAGTT-TGGTAAAAAAATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
* * * * *
278545 TAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGGA-CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
123 TAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAATGAAAAACAATTGTTTTATAACAAAAC--AA
* * * * * * * * *
278609 AAGTCATAA-GAGTTTGGAATAAATAA-TTGTTCAAATAGTTATAACGATTTAAACTTATTCGGT
185 AATTCACAATGA-TTTGAAATAAATAACTAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GA
* * * * * **
278672 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTACTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTA
248 AAATA-AATAATGTTTTAAATC-TTAACTTATTAATT-T-TTAAAATATTAATAAATTAATATTA
* * * ** * * *
278735 TGTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAACA-AAGAGAATCATTTTATGACAAAGCCAAAGTTTATA
309 TTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAA-ACAATTGTTTTATGA-AAA---AAGGATCATA
*** ** * * ** * * *
278798 GCAATTCCAAATCAATAATTGATCAAACGGTCATAATTATTTAAACTTGGTT-GGTAAATAGATT
368 ATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAATAGATT
* * * * * * * *
278862 CATTTTTTAATTCTCTTAATTATTAACTTTCAGAATATCAAAAACAT-AGTATTATTTTATCTCA
432 TA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAA-ATGAGTATTATTTTATTTCA
* * * * * * * * *
278926 AATAACCTTATATGAA-CTGAAATAATT-TTTTATGACAAAGA-AAAATGTCATAATGATTTAAA
494 AATAAGCATGTAT-AAGCAGAAACAATTAGTTTATGA-AAAAACAAAAGGTCAGAATGATTTAAA
* ** * * * * ** * * *
278988 TTAGATAATT-AATCAAATAGTCATGACTATTT-GATCTAGTTTAGTAAACATATTTATTTTCTA
557 ATAGATAATTGTTTC-AATAGTCATAACT-TTTAGAACTGGTATAAAAAACAAACTTATTTTTTA
** * * ** * ** *
279051 AATTTTTTACTTATTAAT-TATCAAAATATTAATAAA-TTAATATTACATTAATCTAAA-AAAGC
620 AA-TCCTTACTTATTAATGT-TTAAAACATT-ATAAATTTAGCAATATTTTACTCTAAATAAA-C
* ** * * * * *
279113 TTGTATGGACAGAAACTATTATTTT-GTA
681 TTGCATAAATAGAAACAAATGTTTTAG-G
* * ** *
279141 ACAAAATAAACA-GTCATAACGATTTGAAATAAATAATT-ACCTAAATATTCATAACTATTTGAA
1 ACAAAA-AAA-AGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * ** *
279204 TTGGTTTGATAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATTAGT
62 CTAGTTTGGTAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* * * * * ** *
279268 ATTATTTTATTCTGAACAAACTTATATGAA-CAAAAACATTTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTC
127 ATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATGAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAA-TTC
** ** * * * ** *
279332 TTAACAATTTGAAATAGATAA-TTGTTCAAATAGTGATAGTTATTTGAA-TTGATTTGGTAAACA
190 ACAATGATTTGAAATAAATAACTAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG--TTCG-AAA-A
* * * * * ** *
279395 -AAATTATTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTAT
251 TAAATAATGTTTTAAATCT-TAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
** * * * * *
279459 TTCAAATAAG-TTAGTAAGAGCTA-AAATAATTATTTTACGACAAAACAAAAGG-TCATAACT-A
315 TTTGAATAAGCTT-GTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATG----AA-AAAAGGATCATAA-TGA
* * * * * * *
279520 CTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAG-CTTTAACTATTTGAACTGGCTCGATAAATAAATTTATT
372 TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTA-T
* * * ** * * *
279584 TTTTAAATCTTTTAGTTTTTAATTTTTAGAATATTATTGCATTAGTATTATTTTATTCCCAATAA
435 TTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATGAGTATTATTTTATTTCAAATAA
* * ** * * * ** * * ** * *
279649 GCTTGTATGAA-CATAATTAATTATTTTATGAGAGAATTAAAGGTTATAACAATTTGAAATATAT
499 GCATGTAT-AAGCAGAAACAATTAGTTTATGAAAAAACAAAAGGTCAGAATGATTTAAAATAGAT
* * * * *
279713 AATTG-ATCAAATAGTCATAACTATTT-GAACTAGT-TCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
563 AATTGTTTC-AATAGTCATAACT-TTTAGAACTGGTAT-AAAAAACAAACTTATTTTTTAAATC-
* * * * * * * ** **
279775 CTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGCTTTTAT-
624 CTTACTTATTAATGTTTAAAACATT-ATAAATTTAGCAATATTTTACTCTAAATAAACTTGCATA
** * *
279838 GTTGAGAAACAATTGTTTTATG
688 AAT-AGAAACAAATGTTTTAGG
* * * * * * * * *
279860 ACAAAACAAAAGTTTATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACC
1 ACAAAA-AAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* *** *** * *
279925 AATTCAATAAATTGATTTATATTTTAAATCTCTTACTTATCAATTTTT-ATAATATTAATAAAGT
64 AGTTTGGTAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA--T-T-AATTTTTGA-AATATTAATAAATT
* * * * * * * *
279989 AATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATCAACTG--AAATAATTGTTTTATGATAAAATATAA
124 AGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAA-TGAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACA-AA
** * * * * * * * * * *
280052 GGTCAAAATGATTTTAAATAGATAA-TTGTTCAAAAATTCAAAATTATTTAAACTTGCTC---AA
186 ATTCACAATGATTTGAAATAAATAACTAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAAAA
* * * * * * *
280113 TAAATAGATTTTTTTCCAATTTCTT-ACTTAATAAGTTTTT-GAATGTTAATAAATTAGTATTAG
251 TAAATA-A-TGTTTT--AA-ATCTTAACTTATTAA-TTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTAT
** * * * * *
280176 TTTATTTTGAATAAGAATGTATGAGTTGAAGCAATTATTTTATGACTAAATAAAAGG-TCAAAAT
310 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG----AA-AAAAGGATCATAAT
* * * * * * * *
280240 GATTTAAAATAGATAATTATTCTAATACTCTTAACTATTTGAAC-TGATTCGATAAACACATTTA
370 GATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAATAGATTTA
280304 TTTTTTAAATC
434 -TTTTTAAATC
280315 CAATGTTTAG
Statistics
Matches: 4101, Mismatches: 909, Indels: 773
0.71 0.16 0.13
Matches are distributed among these distances:
656 3 0.00
657 1 0.00
658 4 0.00
661 3 0.00
662 8 0.00
663 3 0.00
664 10 0.00
665 24 0.01
666 11 0.00
667 13 0.00
668 5 0.00
669 9 0.00
670 5 0.00
673 1 0.00
674 1 0.00
676 3 0.00
677 11 0.00
678 66 0.02
679 34 0.01
680 37 0.01
681 65 0.02
682 58 0.01
683 93 0.02
684 130 0.03
685 141 0.03
686 125 0.03
687 61 0.01
688 35 0.01
689 74 0.02
690 62 0.02
691 15 0.00
692 11 0.00
693 1 0.00
694 58 0.01
695 10 0.00
696 18 0.00
697 28 0.01
698 121 0.03
699 45 0.01
700 6 0.00
701 1 0.00
702 4 0.00
703 6 0.00
704 11 0.00
705 2 0.00
707 4 0.00
708 9 0.00
709 76 0.02
710 5 0.00
711 3 0.00
712 23 0.01
713 63 0.02
714 26 0.01
715 126 0.03
716 120 0.03
717 304 0.07
718 293 0.07
719 356 0.09
720 203 0.05
721 250 0.06
722 271 0.07
723 215 0.05
724 155 0.04
725 17 0.00
726 67 0.02
727 61 0.01
728 15 0.00
729 6 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (708 bp):
ACAAAAAAAAGGTCATAATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG
TTTGGTAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
TTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAATGAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATTCACAATG
ATTTGAAATAAATAACTAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAAAATAAATAATGT
TTTAAATCTTAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGC
TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAAGGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTT
CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTA
ATTTTAGAATATTAATAAATGAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATGTATAAGCAGAAACAATT
AGTTTATGAAAAAACAAAAGGTCAGAATGATTTAAAATAGATAATTGTTTCAATAGTCATAACTT
TTAGAACTGGTATAAAAAACAAACTTATTTTTTAAATCCTTACTTATTAATGTTTAAAACATTAT
AAATTTAGCAATATTTTACTCTAAATAAACTTGCATAAATAGAAACAAATGTTTTAGG
Found at i:275693 original size:539 final size:532
Alignment explanation
Indices: 274218--277105 Score: 1722
Period size: 539 Copynumber: 5.4 Consensus size: 532
274208 GGTTATAACA
* * * * *
274218 ATTTAAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAAC-TAGTTCAATAAACATATTTAT
1 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCGATAAACACATTTAT
* * *
274282 TTTTTAATTCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT-
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* ** * * * *
274346 AGGCTTGTATGATGAAAAACAATT-GTTCATTGACAAAACAAAAGTTAATAATGATTTGAAATAG
129 AAG-TTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTA-TGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAAAT-G
* * * ** * * * *
274410 G-TAACTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTAATTCGATAAATTGATTTATGTTTTAAATCT
190 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTCAAAAAATAGATTTATATTTTAAAT-T
* * * * * *
274474 CTAACTTATCAATTTTT-ATAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTAGATAAGCTTTTATG
254 TTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTTAAG-TAAGCTTGTAT-
* * *
274538 AACT-GAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAAGGTCATAACTATTTT-AAATAGATAATTGGT
315 AAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAT-AAAAGGTCATAA-TATTTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * *
274601 CAAATAGTTAAAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGAT-TTTTTTTATTTTCTTG-CTTACTA
378 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGAAAACAAATATTTTTTTA-ATTCTTGACTTATTA
* * * * **** **
274664 ATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATGTAT-AAGCTTAAGCAA
442 ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAA
* * *
274728 TTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATG
507 ATATTTTATG-----ACAAAAGGTCACAATG
* ** * * * *
274759 ATTTGAAATAGATAATTGTTTTAGTAGTCTTAACT-TTTAGAACTGGTA-T-GACAAACACACTT
1 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-GAACT--TATTCGATAAACACATTT
* * * * * * *
274821 ATTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATGTTTAAAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCTAAA
63 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
* * * * * * * * *
274885 TAAACTTGTATGAATAGAAATAAATGTTTTAGGACAAAACAAAGACCATAATGATTTGAGATAGA
127 TAAAGTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAGATCATAATGATTTGAAATGGA
** *
274950 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAAAA-AGATTTAGATTTTAAA--T
192 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTT-CAAAAAATAGATTTATATTTTAAATTT
* * * ** *
275012 CT-CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAA
255 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATT-TAAGTAAGCTTGTATAAA
* * ** * * *
275076 TAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATATCACAATGA-TTTGAAATAAATAATAGTTCAAA
318 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAAT-ATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * * *
275140 TGGACATCACTATTTGAACTTGTTCGGAAAATAAATCAATGTTTTAAATCTTGAACTTATTAATT
382 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGAAAACAAAT-ATTTTTTTAATTCTTG-ACTTATTAATT
* * * *
275205 TTTAGAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAAAAAAATG
445 TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAAATA
*
275270 TTTTATGACAAAAGGATCATAATG
510 TTTTATGACAAAAGG-TCACAATG
* * *
275294 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTCACTCGATAAATAGATTTAT
1 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTCGATAAACACATTTAT
* * * *
275358 TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATGAGTATTATTTTATTTTGAATAA
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
* * * * * * *
275423 TGTTTTTTGAACAGAAACAATTGGTTTATGAAAAAACAAGTGGTCATAATGATTTAAAATGGATA
130 AGTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAA-AGATCATAATGATTTGAAATGGATA
* * *
275488 ATTGTTCACATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTCAAAAAATAAATTTATTTTTTAAAATTTTT
194 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT-TTCAAAAAATAGATTTATATTTT-AAATTTTT
* * * *
275552 AGTTATTAATTTTTGGAACATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAGTAAGCTTGCATAAATA
257 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTT-AAGTAAGCTTGTATAAATA
* * *
275617 GAACCAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATATTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAG
320 GAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
275682 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTTAATTCTCTTACTCT-TT-ATTT
385 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGAAAACAAA--TATTTTTTTAATTCT-TGACT-TATTAATTT
* ** *
275745 TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTACATGAATTGAAAAAAAAATT
446 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAG-AAAAAAAA-T
* *
275810 TTTATTATAAAACAAAAGGTCACAATG
509 ATT-TTAT--GACAAAAGGTCACAATG
* * * * * * * *
275837 ATTTGAAGTAAATAATTATTCAGATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTTGAT-AA-ACATATATT
1 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAACACATTTATT
* * * * * * **
275900 TTTTAGATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATATTAATCCGAAT-A
66 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
** * * * * * * **
275964 AGCACGTATGGACAGAAACAATTGTTTTATTATAAAATAAAAAAGTCATAA-GAATTTGAAATAA
130 AG-TTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAA-CAAAGA-TCATAATG-ATTTGAAATGG
* * *
276028 ATAATTATTCAAATAGTCATAAC-AGTTTGAACTTGTTTGC--TAAATAGATTTATTTTTTAAAT
191 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAAC-TGTTT-CAAAAAATAGATTTATATTTTAAAT
* * * * *
276090 CTTTTACTAATTAA---TT---AT-CT--TAAATTATTTTATTTGA---AA-TAAGCTTGTATGA
253 -TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATATTATTTTATTTAAGTAAGCTTGTATAA
* * * ** * ** ** * ** *
276142 ACA-AAAAAATTTATTTTATGACAAACCAAAAGGTTATAGCGA-TTCCAAGTCCATGATTGTTCA
317 ATAGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATA-ATATTTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * *
276205 AATAGCCATAATTA-TT-CA-TT-TT-------TAAA-A-----TT--TT-TT-ACTTATTAATT
380 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGAAAACAAATATTTTTTTAATTCTTGACTTATTAATT
*** * * * * * * * ** *
276249 GCCAAAATATTAATAAATTTGTATTATATTA-ATCTGAACAAGCTTGTGTGAACAG-AAACTATT
445 TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAAAT
* * *
276312 GTTTTATAACTGAACAAAAAGTCATAATG
509 -ATTT-T-A-TG-ACAAAAGGTCACAATG
* * * * *
276341 ATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATATTCATAACTATTTGAA-TTGGTTTGATAAATAGATTTA
1 ATTTGAAATAAATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTCGATAAACACATTTA
* * ** *
276404 TTTTTTAAA--TCTT--TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCAAAC
64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * * * * ** *
276465 AAACTTATATGAGCAAAAACATTTTTTTTATGACAAAACAAA-ATGTCATAATGATTTGAAATAG
128 AAAGTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAGA--TCATAATGATTTGAAATGG
* * * *** * * * * * *
276529 ATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTGATTCGGCAAACAAAATTATCTTTTAAACCTA
191 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTCAAAAAATAGATTTATATTTTAAA-TTT
* * *
276594 TTA-TTGATTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTTTTTTTATTTTATTTTGAA-TAAG-TGAGTA
255 TTACTT-ATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAA-TTATATTATTTTA-TTT-AAGTAAGCT-TGTA
* * ** * * *
276656 -AGAATTGAAAAAATTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAAAGAATTGT
314 TA-AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAAT-ATTTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * *
276719 TCATATAG-CTTTAACTATTGGAA-TTGGTTCGGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-AGT
377 TCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTT-GTTCGGAAAACAAA--TATTTTTTTAAT-TCTTGACT
* *
276781 TATTAATTTTTAGAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTAT-GAATAAGCTTGTATGAATAG-
437 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * * * * **
276844 AAATAATTTTTTTATGTCAGAACAAAAGGTTATAACA
501 AAAAAAATATTTTA--T--G-ACAAAAGGTCACAATG
* * * * *
276881 ATTTAAAATATATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTAAAC-TAGTTCGATAAACAAATTTAT
1 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCGATAAACACATTTAT
* * * **
276945 TTTTTAAA-CAT-TCTATTTATTAAATTTTAAAAAATTAATAAATTAGTATTTTTTTTATTTCAA
65 TTTTTAAATC-TCT-TACTTATT-AATTTTAAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTTGA
*** ** * * * * * * *
277008 ATAGTCTTGTATGATGAAAAAAATATTGTTTTATGACCAAACAAATGTTAACAATGATTTGAAAT
126 ATAAAGTTGTATGAACAGAAACA-ATTGGTTTATGACAAAACAAA-GATCATAATGATTTGAAAT
* * * *
277073 AGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAA
189 GGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
277106 TAGATTTGAT
Statistics
Matches: 1814, Mismatches: 391, Indels: 279
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
499 1 0.00
500 6 0.00
501 72 0.04
502 64 0.04
503 15 0.01
504 65 0.04
505 49 0.03
506 14 0.01
507 2 0.00
508 2 0.00
509 3 0.00
511 4 0.00
512 11 0.01
514 1 0.00
516 2 0.00
517 61 0.03
518 7 0.00
519 3 0.00
521 2 0.00
524 2 0.00
525 2 0.00
526 1 0.00
527 6 0.00
528 66 0.04
529 3 0.00
531 1 0.00
532 1 0.00
533 12 0.01
534 25 0.01
535 190 0.10
536 135 0.07
537 11 0.01
538 59 0.03
539 248 0.14
540 242 0.13
541 98 0.05
542 72 0.04
543 118 0.07
544 40 0.02
545 35 0.02
546 63 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (532 bp):
ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAACACATTTATT
TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAA
GTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAGATCATAATGATTTGAAATGGATAAT
TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTCAAAAAATAGATTTATATTTTAAATTTTTACTT
ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATATTATTTTATTTAAGTAAGCTTGTATAAATAGAAACA
ATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
CTATTTGAACTTGTTCGGAAAACAAATATTTTTTTAATTCTTGACTTATTAATTTTTAGAATATT
AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAAATATTTTATGACAA
AAGGTCACAATG
Found at i:276023 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 275279--276105 Score: 490
Period size: 180 Copynumber: 4.6 Consensus size: 179
275269 GTTTTATGAC
* * **
275279 AAAAGGATCATAATG-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTCACT
1 AAAAGG-TCATAA-GAATTTGAAATAAATAATTATTCAGATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTT
* * * * * * *
275342 CGATAAATAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATT-TTAGAATATTAATAAATGAGTAT
63 TGAT-AA-ACATTTATTTTT-TAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATAT
* * ** * *** * * * * *
275406 TATTTTATTTTGAATAATGTTTTTTGAA---CAGAAACAATTGGTTTATGAAAAAAC
125 TATATTAATCCGAATAA-G-CTACAGAATGGAAGAAACAATTGTTTTATTATAAAAT
** * ** * *
275460 AAGTGGTCATAATG-ATTTAAAATGGATAATTGTTCACATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTC
1 AAAAGGTCATAA-GAATTTGAAATAAATAATTATTCAGATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTT-
** * * * * *** * *
275523 AAAAAATAAATTTATTTTTTAAAAT-TTTTAGTTATTAATTTTTGGAACATTAATAAATTTATAT
63 TGATAA-ACATTTATTTTTT--AATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATAT
* ** * * * * *
275587 TAT-TTTATTTGAAGTAAGCTTGCATAA---ATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAAT
125 TATATTAATCCGAA-TAAGC-TACAGAATGGA-AGAAACAATTGTTTTATTATAAAAT
* * * * * *
275641 AAAAGGTCATAATATTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
1 AAAAGGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTATTCAGATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA
* * * *** *
275706 CAAACAAATTTATTTTTTTAATTCTCTTACTCT-TT-ATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATT
66 TAAAC--ATTTA-TTTTTTAA-TCTTTTACT-TATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATT
* * * * * * *
275769 ATTTTATTTCGAATAAGCTTACATGAATTGAA-AAAAAAAT-TTTTATTATAAAAC
126 ATATTAATCCGAATAAGC-TACA-GAATGGAAGAAACAATTGTTTTATTATAAAAT
* * * *
275823 AAAAGGTCACAATG-ATTTGAAGTAAATAATTATTCAGATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTTG
1 AAAAGGTCATAA-GAATTTGAAATAAATAATTATTCAGATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG
*
275887 ATAAACATATATTTTTTAGATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATA
65 ATAAACATTTATTTTTTA-ATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATA
*
275952 TTAATCCGAATAAGC-AC-GTATGGACAGAAACAATTGTTTTATTATAAAAT
129 TTAATCCGAATAAGCTACAGAATGGA-AGAAACAATTGTTTTATTATAAAAT
* *
276002 AAAAAAGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAC-AGTTTGAACTTGTTT
1 -AAAAGGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTATTCAGATAGTCATAACTA-TTTGAACTTGTTT
* * *
276066 GCTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTAATTAATT
64 GAT-AA-ACATTTATTTTTT-AATCTTTTACTTATTAATT
276106 ATCTTAAATT
Statistics
Matches: 516, Mismatches: 96, Indels: 67
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
176 5 0.01
177 1 0.00
178 9 0.02
179 33 0.06
180 190 0.37
181 149 0.29
182 120 0.23
183 7 0.01
184 1 0.00
185 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
AAAAGGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTATTCAGATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA
TAAACATTTATTTTTTAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATATT
AATCCGAATAAGCTACAGAATGGAAGAAACAATTGTTTTATTATAAAAT
Found at i:276699 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 276253--277102 Score: 591
Period size: 182 Copynumber: 4.7 Consensus size: 179
276243 TTAATTGCCA
* * * * * * * ** **
276253 AAATATTAATAAATTTGTATTATATTAATCTGAACAAGCTTGTGTGAACAGAAACTATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTTATTTTATTTTATTTTGAATAAG-TTGTATGAATTGAAAAAATTGTTTTA
* ** * * * *
276318 TAACTGAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATATTCATAACTATTTGA
65 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTAA
* * * ** * * *
276382 ATTGGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC-TT-TTATTAA-TTTTTG
129 ACTGATTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAACCTTTATTATTAATTTTTTG
* * ** * * * *
276430 AAATATTAATAGA-TTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATG-A--GCAAAAACATTTTT
1 AAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTTTGAA-TAAGTTGTATGAATTG-AAAAA-A-TTGT
* *
276491 TTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATT
61 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* *
276556 TAAACTGATTCGGCAAACAAAATTATCTTTTAAACCTATTATTGATTAATTTTTTG
126 TAAACTGATTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAACCT-TTATT-ATTAATTTTTTG
* * *
276612 AAATATTAATAAATTTTTTTTATTTTATTTTGAATAAGTGAGTAAGAATTGAAAAAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTTATTTTATTTTATTTTGAATAAGT-TGTATGAATTGAAAAAATTGTTTTA
** * * * * **
276677 CAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAG-CTTTAACTATTGGA
65 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTAA
* * * * *
276741 ATTGGTTCGGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAG
129 ACTGATTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAACCT-TTA-TTATTAATTTTTTG
* * * * * * *
276794 -AATATTATTACA-TTAGTATTATTTTATTATGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTTTTTT
1 AAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTTTGAATAAG-TTGTATGAATTGAAAAAATTGTTTT
* * * ** * * *
276857 ATGTCAGAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATATATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTAA
64 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAA
** * * *
276922 ACT-AGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAACATTCTATTTATTAA-ATTTTA
129 ACTGA-TTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAACCTT-TA-TTATTAATTTTTTG
* **
276974 AAAAATTAATAAATTAGTATTTT-TTTTATTTCAAAT-AGTCTTGTATG-A-TGAAAAAAATATT
1 AAATATTAATAAATT--TATTTTATTTTATTTTGAATAAG--TTGTATGAATTG--AAAAA-ATT
* * * * * * * *
277035 GTTTTATGACCAAACAAATGTTAACAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTA
59 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
277100 TTT
124 TTT
277103 GAATAGATTT
Statistics
Matches: 520, Mismatches: 122, Indels: 56
0.74 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 1 0.00
175 3 0.01
176 6 0.01
177 112 0.22
178 2 0.00
179 2 0.00
180 9 0.02
181 152 0.29
182 161 0.31
183 64 0.12
184 7 0.01
185 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
AAATATTAATAAATTTATTTTATTTTATTTTGAATAAGTTGTATGAATTGAAAAAATTGTTTTAT
GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC
TGATTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAACCTTTATTATTAATTTTTTG
Found at i:276900 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 276253--277106 Score: 704
Period size: 181 Copynumber: 4.7 Consensus size: 178
276243 TTAATTGCCA
* * * * * * ** *
276253 AAATATTAATAAATTTGTATTATATTAATCTGAACAAGCTTGTGTGAACAGAAACTATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTTTTTTA
* ** * *
276318 TAACTGAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATATTCATAACTATTTGA
65 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* ** *
276382 ATTGGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAA-TCTT-TTATTAATTTTTG
129 ATTGGTTCGGCAAATAAATTTATTTTTTAAACTCTTATTATTAATTTTTG
* * * * * ** *
276430 AAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATGAGCA-AAAACATTTTTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTTTTTT
* * * *
276494 ATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAA
64 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * *
276559 ACTGATTCGGCAAACAAAATTATCTTTTAAACCTATTATTGATTAATTTTTTG
129 ATTGGTTCGGCAAATAAATTTATTTTTTAAA-CTCTTATT-ATTAA-TTTTTG
** * * * * *
276612 AAATATTAATAAATTTTTTTTATTTTATTTTGAATAAG-TGAGTAAGAATTGAAAAAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCT-TGTATGAATAGAAAAAATTTTTTT
** * * * *
276676 ACAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAG-CTTTAACTATTGG
64 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTG
276740 AATTGGTTCGGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTT-
128 AATTGGTTCGGCAAATAAATTTATTTTTTAAA-CTCTTA-TTATTAATTTTTG
* * *
276792 AGAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTATGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTTTTTT
1 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTTTTTT
* * * ** * * * *
276857 ATGTCAGAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATATATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTAA
64 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * ** * * *
276922 ACTAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAACAT-TCTATTTATTAAATTTTA
129 ATTGGTTCGGCAAATAAATTTATTTTTTAAAC-TCT-TA-TTATTAATTTTTG
* * *
276974 AAAAATTAATAAATTAGTATTTTTTTTATTTCAA-ATAGTCTTGTATG-AT-GAAAAAAATATTG
1 AAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTGAATA-AG-CTTGTATGAATAG-AAAAAAT-TT-
* * * * * * * * *
277036 TTTTATGACCAAACAAATGTTAACAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTAT
60 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
277101 TTGAAT
125 TTGAAT
277107 AGATTTGATA
Statistics
Matches: 533, Mismatches: 118, Indels: 46
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
176 10 0.02
177 117 0.22
179 3 0.01
180 9 0.02
181 176 0.33
182 155 0.29
183 63 0.12
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTTTTTTAT
GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
TGGTTCGGCAAATAAATTTATTTTTTAAACTCTTATTATTAATTTTTG
Found at i:277003 original size:363 final size:358
Alignment explanation
Indices: 276309--277004 Score: 832
Period size: 363 Copynumber: 1.9 Consensus size: 358
276299 AACAGAAACT
* ** *
276309 ATTGTTTTATAACTGAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTTAAATATTCATAA
1 ATTGTTTTACAACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAAGAATTGCTTAAATATT-ATAA
* * * *
276374 CTATTTGAATTGGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTATTAATTTTTGAAATATTAA
65 CTATTGGAATTGGTTCGACAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * *
276439 TAGATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATGAGCAAAAACATTTTTTTTATGACAAAAC
130 TACATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTTTTTTATGACAAAAC
* ** * * *
276504 AAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTGATTCGG
195 AAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTCGA
* * * * *
276569 CAAACAAAATTATCTTTTAAACCTATTATTGATTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTTTTTTTA
260 CAAACAAAATTATCTTTTAAACATATTATTGATTAATATTTTAAAAAATTAATAAATTTATTTTA
276634 TTTTATTTTGAATAAGTGAGTAAGAATTGAAAAA
325 TTTTATTTTGAATAAGTGAGTAAGAATTGAAAAA
* *
276668 ATTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAGAATTG-TTCATATAGCTT-T
1 ATTGTTTTACAACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAAGAATTGCTT-AAATA--TTAT
*
276731 AACTATTGGAATTGGTTCGGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTT-AGA
63 AACTATTGGAATTGGTTCGACAAATAAATTTATTTTTTAAA--TCTT--TTATTAATTTTTGA-A
* * * * * * * *
276795 ATATTATTACATTAGTATTATTTTATTAT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTTTTTTAT
123 ATATTAATACATTAGTATTATTTTATT-TCAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTTTTTTAT
* * * * *
276859 GTCAGAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATATATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTAAAC
187 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC
* * * *
276924 T-AGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAACAT-TCTATTTATTAA-ATTTTAAAAAATTAATAA
252 TGA-TTCGACAAACAAAATTATCTTTTAAACATAT-TATTGATTAATATTTTAAAAAATTAATAA
276986 ATTAGTATTTT-TTTTATTT
315 ATT--TATTTTATTTTATTT
277005 CAAATAGTCT
Statistics
Matches: 282, Mismatches: 42, Indels: 22
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
358 2 0.01
359 86 0.30
361 6 0.02
362 21 0.07
363 161 0.57
364 6 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (358 bp):
ATTGTTTTACAACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAAGAATTGCTTAAATATTATAAC
TATTGGAATTGGTTCGACAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
ACATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTTTTTTATGACAAAACA
AAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTCGAC
AAACAAAATTATCTTTTAAACATATTATTGATTAATATTTTAAAAAATTAATAAATTTATTTTAT
TTTATTTTGAATAAGTGAGTAAGAATTGAAAAA
Found at i:277705 original size:176 final size:178
Alignment explanation
Indices: 277403--277730 Score: 396
Period size: 176 Copynumber: 1.9 Consensus size: 178
277393 AATTTGAAAT
* * * *
277403 TGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAAAACATTTATTTTTAAATCCTTACTTA
1 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAAAACAATTATTTTTAAATCCTTACTTA
* * * * * *
277468 TTAATGTTTACAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTTCGAATAAGCTTGTTTGAATAGAAAT
66 TTAATGTTTAAAATAGTAATAAATTAGCAATATTTTACTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
*
277533 AAATGTTTTAGGACAAAACAAAGATCACAACGATTTGAGATAAATAAC
131 AAATATTTTAGGACAAAACAAAGATCACAACGATTTGAGATAAATAAC
* * ** *
277581 TGTTCAAATAGTCATAACTCTTTGAACTAGTTCGGTAATGAGAATTAGTTTTTAAAT-C-T-CTT
1 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAAAACAATTA-TTTTTAAATCCTTACTT
* * **
277643 ATTAAT-TTTAAAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAATTTTGTATGAATAGA
65 ATTAATGTTT-AAAATAGTAATAAATTAGCAATATTTTACTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGA
* *
277706 AACAATTATTTTATGACAAAACAAA
128 AACAAATATTTTAGGACAAAACAAA
277731 ATTTTATAAC
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 22, Indels: 8
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
175 6 0.05
176 70 0.56
177 1 0.01
178 39 0.31
179 9 0.07
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAAAACAATTATTTTTAAATCCTTACTTA
TTAATGTTTAAAATAGTAATAAATTAGCAATATTTTACTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
AAATATTTTAGGACAAAACAAAGATCACAACGATTTGAGATAAATAAC
Found at i:277835 original size:685 final size:687
Alignment explanation
Indices: 276713--278020 Score: 1462
Period size: 685 Copynumber: 1.9 Consensus size: 687
276703 TGAAATAAAG
* *
276713 AATTGTTCATATAGCTTTAACTATTGGAATTGGTTCGGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
1 AATTGTTCATATAGCTTTAACTATTGGAACTAGTTCGGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * *
276778 AGTTATTAATTTTTAGAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTATGAATAAGCTTGTATGAATA
66 ACTTATTAATGTTTACAATATTATTACATTAGCAATATTTTATTACGAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * * * * * * * *
276843 GAAATAATTTTTTTATGTCAGAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATATATAATTGTTCTAATAG
131 GAAATAAATGTTTTAGGACAAAACAAAAGATCACAACAATTTAAAATAAATAACTGTTCAAATAG
* *
276908 TCATAACTATTTAAACTAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAACATTCTATTTATTAAATTTT
196 TCATAACTATTTAAACTAGTTCGATAAACAAATTTAGTTTTTAAACATTCTACTTATTAAATTTT
* * * *
276973 AAAAAATTAATAAATTAGTATTTTTTTTATTTCAAATAGTCTTGTATGATGAAAAAAATATTGTT
261 AAAAAAGTAATAAATTAGTATTTATTTTATTTCAAATAATCTTGTATGATGAAAAAAATATTATT
* ** * * *
277038 TTATGACCAAACAAATGTTAACAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTT
326 TTATGACAAAACAAATGTTAACAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATAACTATTT
* *
277103 GAATAGATTTGATAAACTGATTTATTTCTTAAATCTCTAATATTATTTTATTTCAAACAAGA-TT
391 GAATAGATTTGATAAACTAATTAATTTCTTAAATCTCTAATATTATTTTATTTCAAACAA-ACTT
* * ** * * *
277167 TTATGAATTGAAACAATCATTTTAAAATAAAATAAAAGG-TCATAATGATTTTAAATAGATAATT
455 GTATGAATAGAAACAATCATTTTAAAATAAAA-AAAAGGATCATAACAATTTGAAACAAATAATT
* *** ** *
277231 ATTCAAATAGTAAAAACTATTTGCACTTGTTCGGTAAACAGATTT-TTTT-AAAATTTTCTTACT
519 ATTCAAATAGTAAAAACTATTTGAACTCACTCAATAAACAGATTTATTTTAAAAATATT-TTACT
* *
277294 TATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATTAGCATATATGAGCTAAA
583 TATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATTAGCATATATGAGCTAAA
277359 GCAATTATTTTATGACTATACAAAAGGTCAGAACAATTTGA
647 GCAATTATTTTATGACTATACAAAAGGTCAGAACAATTTGA
* *
277400 AATTGTTC-TAATAG-TCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAA-AACATTTA-TTTTTAAATC-
1 AATTGTTCAT-ATAGCT-TTAACTATTGGAACTAGTTCGGCAAATAA-ATTTATTTTTTAAATCT
*
277460 CTTACTTATTAATGTTTACAATATTATTA-ATTTAGCAATATTTTACTT-CGAATAAGCTTGTTT
63 CTTACTTATTAATGTTTACAATATTATTACA-TTAGCAATATTTTA-TTACGAATAAGCTTGTAT
* * *
277523 GAATAGAAATAAATGTTTTAGGACAAAAC-AAAGATCACAACGATTTGAGATAAATAACTGTTCA
126 GAATAGAAATAAATGTTTTAGGACAAAACAAAAGATCACAACAATTTAAAATAAATAACTGTTCA
* * * **
277587 AATAGTCATAACTCTTTGAACTAGTTCGGTAATGAGAA-TTAGTTTTT-AA-A-TCT-CTTATT-
191 AATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGATAAACA-AATTTAGTTTTTAAACATTCTACTTATTA
* * *
277646 AATTTTAAAAATAGTAATAAATTAGTA-TTATTTTA-TTCTGAATAATTTTGTATGAAT-AGAAA
255 AATTTTAAAAA-AGTAATAAATTAGTATTTATTTTATTTC-AAATAATCTTGTATG-ATGAAAAA
* * * * *
277708 CA-ATTATTTTATGACAAAACAAAAT-TTTATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTTAAGTGGAC
317 AATATTATTTTATGACAAAAC-AAATGTTAACAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGAC
* * *
277771 ATGACTATTTGAACTTG-TTT-AGTAAA-TAAATTAATTTTTTAAATCTTCATAAATTAGAATTA
381 ATAACTATTTGAA-TAGATTTGA-TAAACT-AATTAATTTCTTAAATC-TC-T-AA-T---ATTA
* * ** ** * *
277833 TTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAGGATTATAAC
436 TTTTATTTCAAACAAACTTGTATGAATAGAAACAATCATTTTAAAATAAAAAAAAGGATCATAAC
* * * *
277898 AATTTGAAACAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTCAATAAATAGATTTAT
501 AATTTGAAACAAATAATTATTCAAATAGTAAAAACTATTTGAACTCACTCAATAAACAGATTTAT
*
277963 TTTAAAAATATTTTACTTATTAATTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
566 TTTAAAAATATTTTACTTATTAATTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
278021 CAAATAAGGT
Statistics
Matches: 513, Mismatches: 84, Indels: 50
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
677 2 0.00
678 81 0.16
679 43 0.08
680 22 0.04
681 5 0.01
682 2 0.00
683 2 0.00
684 71 0.14
685 208 0.41
686 31 0.06
687 46 0.09
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (687 bp):
AATTGTTCATATAGCTTTAACTATTGGAACTAGTTCGGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
ACTTATTAATGTTTACAATATTATTACATTAGCAATATTTTATTACGAATAAGCTTGTATGAATA
GAAATAAATGTTTTAGGACAAAACAAAAGATCACAACAATTTAAAATAAATAACTGTTCAAATAG
TCATAACTATTTAAACTAGTTCGATAAACAAATTTAGTTTTTAAACATTCTACTTATTAAATTTT
AAAAAAGTAATAAATTAGTATTTATTTTATTTCAAATAATCTTGTATGATGAAAAAAATATTATT
TTATGACAAAACAAATGTTAACAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATAACTATTT
GAATAGATTTGATAAACTAATTAATTTCTTAAATCTCTAATATTATTTTATTTCAAACAAACTTG
TATGAATAGAAACAATCATTTTAAAATAAAAAAAAGGATCATAACAATTTGAAACAAATAATTAT
TCAAATAGTAAAAACTATTTGAACTCACTCAATAAACAGATTTATTTTAAAAATATTTTACTTAT
TAATTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATTAGCATATATGAGCTAAAGCAA
TTATTTTATGACTATACAAAAGGTCAGAACAATTTGA
Found at i:277954 original size:157 final size:157
Alignment explanation
Indices: 277662--277965 Score: 385
Period size: 157 Copynumber: 1.9 Consensus size: 157
277652 AAAAATAGTA
* **
277662 ATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAA
1 ATAAATTAGAATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAA
** * * * * * * *** *
277727 CAAAATTTTATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTTAAGTGGACATGACTATTTGAACTTGTTTA
66 CAAAAGATTATAACAATTTGAAACAAATAATAGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTCACTCA
*
277792 GTAAATAAATTAATTTTTTAAATCTTC
131 ATAAATAAATTAATTTTTTAAATCTTC
* *
277819 ATAAATTAGAATTATTTTATT-TCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAA
1 ATAAATTAGAATTATTTTATTCT-GAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAA
* * *
277883 ACAAAGGATTATAACAATTTGAAACAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTC
65 ACAAAAGATTATAACAATTTGAAACAAATAATAGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTCACTC
* *
277948 AATAAATAGATTTATTTT
130 AATAAATAAATTAATTTT
277966 AAAAATATTT
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 23, Indels: 2
0.83 0.16 0.01
Matches are distributed among these distances:
156 1 0.01
157 122 0.99
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (157 bp):
ATAAATTAGAATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAA
CAAAAGATTATAACAATTTGAAACAAATAATAGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTCACTCA
ATAAATAAATTAATTTTTTAAATCTTC
Found at i:279345 original size:176 final size:177
Alignment explanation
Indices: 277800--280532 Score: 988
Period size: 181 Copynumber: 15.3 Consensus size: 177
277790 TAGTAAATAA
* * * * * * *
277800 ATTAATTTTTTAAATCTTCATAAATTAGAATTATTTTATT-TCGAATAAACTTGTATGAATAGAA
1 ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTC-AATAAACTTATATGAACAAAA
* * * * *
277864 ACAATTGTTTTATGATAAAAC-AAAGGAT-TATAACAATTTGAAACAAATAATTGTTCAAATAGT
65 ACAATTATTTTACGACAAAACAAAAGG-TCT-TAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGT
*** * * * ** *
277927 CATAACTATTTGAACTCACTCAATAAATAGATTTATTTTAAAAATATTTTACTT
128 CATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAAATTTATTTT-TTAA-A-TCT-CTT
** ** * *
277981 ATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGGTTTTTTGAACAAAA
1 ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTC-AATAAACTTATATGAACAAAA
* ** * * * * * * *
278044 ACAATT-TGGTTTATGA-TGAACATATGGTCATAA-GATTTGAAATAGATGATTGTTCAAATAGT
65 ACAATTAT--TTTACGACAAAACAAAAGGTCTTAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGT
* **** *
278106 TA-AACTATTT-AACAT-GTTC-A-AATTTTGATTTA-TTTTTAAACTTTTACTT
128 CATAACTATTTGAAC-TGGTTCGATAA-ACAAATTTATTTTTTAAA--TCT-CTT
** ** * * ** *
278155 ATTAATTTTGGAACCATTAAATAAATTTA-TACTATTTTATT-TGAA-AGAAGCTTGCATGAATA
1 ATTAATTTTTAAAATATT-AATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTCAATA-AA-CTTATATGAACA
* * * * * *** * * *
278217 GAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGTTTTGAAAATATATAATTGTTCAGATA
62 AAAACAATTATTTTACGACAAAACAAAAGGTCTTAACAATTTG-AAATAAATAATTGCTCAAATA
* *
278281 GTCATAACTATTTGAACTTG-TCTGATAAACAGATTTATTTTTTTTAAATCTCTTTCT
126 GTCATAACTATTTGAACTGGTTC-GATAAACAAATTTA--TTTTTTAAATCTC--T-T
* * * * * * * **
278338 CTTTAATTTTTGAAATATTGATAAATTTGTATAATTTTTATT-TCCAATAAGCTTACATGAATTG
1 -ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCT-CAATAAACTTATATGAA-CA
* ** *** ** * **
278402 AAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTAACAATGATTTGAAAGTAGATAATTATTCAAATA
62 AAAACAATTATTTTACGACAAAACAAAAGGTCTTAACAATTTGAAA-TAAATAATTGCTCAAATA
* * *
278467 GTCATGACTATTTGAACTTGTTCTG-TAAAC--ATATATTTTTTAAATCTTTTACTT
126 GTCATAACTATTTGAACTGGTTC-GATAAACAAATTTATTTTTTAAATC---T-CTT
* * * * * * *
278521 ATTAATTGTTGAAA-ATTAATAAATTAATATTATTTTAATTC-GAATAAGCTTGTATGGACAAAA
1 ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTCAATAAACTTATATGAACAAAA
* * * * * * * * *
278584 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTCATAAGAGTTTGGAATAAATAATTGTTCAAATAGTT
65 ACAATTATTTTACGACAAAAC-AAAAGGTCTTAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTC
* * ** * * *
278649 ATAACGATTTAAACTTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
129 ATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATC---T-CTT
* * * * * *
278702 ACTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATGTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAACAA
1 ATTAATT-T-TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-CAATAAACTTATATGAACAA
* * * * * * ** * * **
278764 AGAGAATCATTTTATGACAAAGCCAAA-GT-TTATAGCAATTCCAAATCAATAATTGATCAAACG
63 AAACAATTATTTTACGACAAAACAAAAGGTCTTA-A-CAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATA
* * * * * * *
278827 GTCATAATTATTTAAACTTGGTT-GGTAAATAGATTCATTTTTTAATTCTCTT
126 GTCATAACTATTTGAAC-TGGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * *
278879 AATT-ATTAACTTTCAGAATATCAA-AAACATAGTATTATTTTA-TCTCAAATAACCTTATATGA
1 -ATTAATT---TTT-AAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTC-AATAAACTTATATGA
** * * * * ** * **
278941 ACTGAAATAATT-TTTTATGACAAAGA-AAAATGTCATAATGATTT-AAATTAGATAATTAATCA
59 ACAAAAACAATTATTTTACGACAAA-ACAAAAGGTCTTAACAATTTGAAA-TAAATAATTGCTCA
* * * * * * *
279003 AATAGTCATGACTATTTGATCTAGTT-TAGTAAACATATTTATTTTCTAAATTTTTTACTT
122 AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAA---TCT-CTT
* * * ** * * * * *
279063 ATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTACATTAATCT-AAAAAAGCTTGTATGGACAGAA
1 ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTCAATAAA-CTTATATGAACAAAA
* *** * * * * *
279127 ACTATTATTTTGTAACAAAATAAACA-GTCATAACGATTTGAAATAAATAATTAC-CTAAATATT
65 ACAATTATTTTACGACAAAACAAA-AGGTCTTAACAATTTGAAATAAATAATTGCTC-AAATAGT
* * * *
279190 CATAACTATTTGAATTGGTTTGATAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTCTT
128 CATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * *
279239 ATTAATTTTCAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCTGAACAAACTTATATGAACAAAAA
1 ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTCAATAAACTTATATGAACAAAAA
* * * * *
279304 CATTTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCTTAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTGAT
66 CAATTATTTTACGACAAAACAAAAGGTCTTAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCAT
** * * * * *
279369 AGTTATTTGAATTGATTTGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACT
131 AACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-T--T
* * * * * * *
279419 GATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTATT-TCAA-ATAAGTTAGTAAGAGCTA
1 -ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTCAATA-AACTTA-TATGAACAA
* * * * * * *
279482 AAATAATTATTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACTACTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAG-
63 AAACAATTATTTTACGACAAAACAAAAGGTCTTAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGT
* * * *
279546 CTTTAACTATTTGAACTGGCTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTT
128 C-ATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * ** * * *
279597 AGTTTTTAATTTTTAGAATATTATTGCATTAGTATTATTTTATTCCCAATAAGCTTGTATGAACA
1 A----TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTCAATAAACTTATATGAACA
* ** * * * ** * *
279662 TAATTAATTATTTTATGAGAGAATTAAAGGT-TATAACAATTTGAAATATATAATTGATCAAATA
62 AAAACAATTATTTTACGACAAAACAAAAGGTCT-TAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATA
* * *
279726 GTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
126 GTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTT
* ** * *** *
279782 ATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-CAAATAGGCTTTTATGTTGAGAA
1 ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTC-AATAAACTTATATGAACAAAA
* * * * * * *
279846 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTTATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATGGCC
65 ACAATTATTTTACGACAAAACAAAAGGTCT-TAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTC
* *** * *** *
279910 ATAATTATTTGAACCAATTCAATAAATTGATTTATATTTTAAATCTCTT
129 ATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * ** * * * *
279959 ACTTATCAATTTTTATAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATCAACT
1 A--T-T-AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTCAATAAACTTATATGAACA
* * * * * * * ** ** * * * * *
280024 GAAATAATTGTTTTATGATAAAATATAAGGTCAAAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAAAAT
62 AAAACAATTATTTTACGACAAAACAAAAGGTCTTAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAG
* * * * * * * * ** *
280089 TCAAAATTATTTAAACTTGCTCAATAAATAGA-TT-TTTTTCCAATTTCTT
127 TCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
** * * * * * * **
280138 ACTTAATAAGTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAGTTTATTTTGAATAAGA-ATGTATGAGT
1 A-TTAAT---TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTCAATAA-ACTTATATGAAC
** * * * * ** ** * * ** *
280202 TGAAGCAATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTCAAAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATA
61 AAAAACAATTATTTTACGACAAAACAAAAGGTCTTAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATA
* * * *
280267 CTCTTAACTATTTGAACTGATTCGATAAACACATTTATTTTTTAAATC-C--
126 GTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * * * * * *
280316 ---AATGTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTT-TGAATAAGCTTGT-TGAACAGAA
1 ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTCAATAAACTTATATGAACAAAA
* * * * * ** * * * * *
280376 ATAAATGTTTTAGGACAAAAC-AAAGATCAAAACAATTGGAGATAGATAATTGTTCCAATAGTCA
65 ACAATTATTTTACGACAAAACAAAAGGTCTTAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCA
* *
280440 TAACTATTTGAACTGGTAT-GGTAAA-AAGATTTAGTTTTTAAATCTCTT
130 TAACTATTTGAACTGGT-TCGATAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * *
280488 ATTAATTTTTGAAATAGTAATAAA-T--TATTATTTTATTCTAAATAA
1 ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTCAATAA
280533 TTTTGTACGA
Statistics
Matches: 1970, Mismatches: 451, Indels: 271
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 69 0.04
170 22 0.01
171 36 0.02
172 16 0.01
173 1 0.00
174 20 0.01
175 46 0.02
176 177 0.09
177 62 0.03
178 30 0.02
179 239 0.12
180 228 0.12
181 760 0.39
182 100 0.05
183 28 0.01
184 43 0.02
185 36 0.02
186 52 0.03
187 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTCAATAAACTTATATGAACAAAAA
CAATTATTTTACGACAAAACAAAAGGTCTTAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCAT
AACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
Found at i:279617 original size:718 final size:718
Alignment explanation
Indices: 278518--279814 Score: 1530
Period size: 718 Copynumber: 1.8 Consensus size: 718
278508 AAATCTTTTA
* * * * *
278518 CTTATTAATTGTTGAAAATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGGACAAA
1 CTTATTAATTGTTAAAAATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAACAAACTTATATGAACAAA
* * * *
278583 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTCATAAGAGTTTGGAATAAATAATTGTTCAAATAGT
66 AACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
278648 TATAACGATTTAAACTTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTACTAATTGTCT
131 GATAACGATTTAAACTTATTCGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTGACTAATTGTCT
* *
278713 TAATATTAATAAATTTGTATTATGTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAGAGAATCATTTTA
196 TAATATTAATAAATTTGTATTATGTTATTTCAAATAAGCTTGTAAGAACAAAGAGAATCATTTTA
* * * * * * * * * *
278778 TGACAAAGCCAAAGTTTATAGCAATTCCAAATCAATAATTGATCAAACGGTCATAATTATTTAAA
261 CGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTCCAAATAAAGAATTGATCAAACGCTCATAACTATTTAAA
* * * *
278843 CTTGGTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAATTCTCTTAATTATTAACTTTCAGAATATCAAAAACA
326 CTTGGTCGATAAATAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAACTTTCAGAATAT-AAAAACA
278908 -TAGTATTATTTTA-TCTCAAATAACCTTATATGAAC-TGAAATAATT-TTTTATGACAAAGAA-
390 TTAGTATTATTTTATTC-CAAATAACCTTATATGAACAT-AAATAATTATTTTATG--AAAGAAT
* ** * * * *
278968 AAATGTCATAATGATTT-AAATTAGATAATTAATCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTTAG
451 AAAGGTCATAACAATTTGAAA-TAGATAATTAATCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAA
* * *
279032 TAAACATATTTATTTTCTAAATTTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTAC
515 TAAACAGATTTATTTTCTAAATCTCTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTAC
279097 ATTAATCTAAAAAAGCTTGTATGGACAGAAACTATTATTTTGTAACAAAATAAACAGTCATAACG
580 ATTAATCTAAAAAAGCTTGTATGGACAGAAACTATTATTTTGTAACAAAATAAACAGTCATAACG
279162 ATTTGAAATAAATAATTACCTAAATATTCATAACTATTTGAATTGGTTTGATAAATAGATTTATT
645 ATTTGAAATAAATAATTACCTAAATATTCATAACTATTTGAATTGGTTTGATAAATAGATTTATT
279227 TTTAAATCT
710 TTTAAATCT
* *
279236 CTTATTAATT-TTCAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTT-ATTCTGAACAAACTTATATGAAC
1 CTTATTAATTGTT-AAAA-ATTAATAAATTAATATTATTTTAATTC-GAACAAACTTATATGAAC
* * * *
279299 AAAAACATTTGTTTTACGACAAAAC-AAAAGGTCTTAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
63 AAAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
*** * * *
279363 AGTGATAGTTATTTGAA-TTGATTTGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATT
128 AGTGATAACGATTTAAACTT-ATTCGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTGACTAATT
* * * * *
279427 -TTTTAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTATTTCAAATAAG-TTAGTAAGAGCTAAA-ATAAT
192 GTCTT-AATATTAATAAATTTGTATTATGTTATTTCAAATAAGCTT-GTAAGAAC-AAAGAGAAT
* * * * *
279489 TATTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACTACTT-GAAATAAAGAATTGTTCATATA-GCT-TTA
254 CATTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAAC-AATTCCAAATAAAGAATTGATCA-A-ACGCTCATA
* * * * * * *
279551 ACTATTTGAAC-TGGCTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTTTTAATTTTTAGAA
316 ACTATTTAAACTTGG-TCGATAAATAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAACTTTCAGAA
* *** * * * *
279615 TATTATTGCATTAGTATTATTTTATTCCCAATAAGCTTGTATGAACATAATTAATTATTTTATGA
380 TATAAAAACATTAGTATTATTTTATTCCAAATAACCTTATATGAACATAAATAATTATTTTATGA
* * * *
279680 GAGAATTAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGATCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA
445 AAGAA-TAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTAATCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA
* * ** *
279745 GTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAG
509 GTTCAATAAACAGATTTATTTTCTAAATCTCTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAA
279810 TATTA
574 TATTA
279815 TTTTATTCCA
Statistics
Matches: 474, Mismatches: 87, Indels: 35
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
717 20 0.04
718 268 0.57
719 182 0.38
720 4 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (718 bp):
CTTATTAATTGTTAAAAATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAACAAACTTATATGAACAAA
AACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
GATAACGATTTAAACTTATTCGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTGACTAATTGTCT
TAATATTAATAAATTTGTATTATGTTATTTCAAATAAGCTTGTAAGAACAAAGAGAATCATTTTA
CGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTCCAAATAAAGAATTGATCAAACGCTCATAACTATTTAAA
CTTGGTCGATAAATAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAACTTTCAGAATATAAAAACAT
TAGTATTATTTTATTCCAAATAACCTTATATGAACATAAATAATTATTTTATGAAAGAATAAAGG
TCATAACAATTTGAAATAGATAATTAATCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACA
GATTTATTTTCTAAATCTCTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTACATTAAT
CTAAAAAAGCTTGTATGGACAGAAACTATTATTTTGTAACAAAATAAACAGTCATAACGATTTGA
AATAAATAATTACCTAAATATTCATAACTATTTGAATTGGTTTGATAAATAGATTTATTTTTAAA
TCT
Found at i:279766 original size:362 final size:359
Alignment explanation
Indices: 277823--280532 Score: 1656
Period size: 362 Copynumber: 7.6 Consensus size: 359
277813 ATCTTCATAA
* * * * * * * *
277823 ATTAGAATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAA
1 ATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAA
* * * * **
277888 GGATTATAACAATTTGAAACAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCA-CTCAATA
66 GG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTCGGTA
* ** * * ** *
277952 AATAGATTTATTTTAAAAATATTTTACTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
129 AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTTGTATTATTT
* * * * ** * * *
278016 TATTTCAAATAAGGTTTTTTGAACAAAAACAATT-TGGTTTATGA-TGAACATATGGTCATAA-G
194 TATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAATAATTAT--TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT
* * * * * *
278078 ATTTGAAATAGATGATTGTTCAAATAGTTA-AACTATTT-AACAT-GTTC-A-AATTTTGATTTA
256 ATTTGAAATAAATAATTGATCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTTCGATAA-ATAGATTTA
* * * *
278138 -TTTTTAAA-CTTTTACTTATTAATTTT-GGAACCATTAAATAA
319 TTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTCAGAA-TATTAAA-AC
* * * ** * * *
278179 ATTTA-TACTATTTTATT-TGAAAGAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACA
1 A-TTAGTATTATTTTATTCCG-AATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-A
*** * * *
278242 AAA-GTCATAATGTTTTGAAAATATATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TCTG
63 AAAGGTCATAACAATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTC-G
* * * *
278305 ATAAACAGATTTATTTTTTTTAAATCTCTTTCTCT-TTAATTTTTGAAATATTGATAAATTTGTA
126 GTAAACAGATTTA--TTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTTGTA
* * ** * * * * *
278369 TAATTTTTATTTCCAATAAGCTTACATGAATTGAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTA
188 TTA-TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA--CAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * *
278434 ACAA-TGATTTGAAAGTAGATAATT-ATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCTG-T-AA
250 ATAACT-ATTTGAAA-TAAATAATTGA-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTC-GATAAA
* * * *
278495 -ACATATATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTT--GAAAATTAATAA-
311 TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATT-TTCAGAATATTAA-AAC
* * *
278543 ATTAATATTATTTTAATT-CGAATAAGCTTGTATGGACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
1 ATTAGTATTATTTT-ATTCCGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-AA
* * * * * * * *
278607 AAAAGTCATAAGAGTTTGGAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACGATTTAAACTTA-TTCGG
63 AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCGG
* * * *
278671 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTACTAATTGTCTT-AATATTAATAAATTTGTATTA
127 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTTAAATATTAATAAATTTGTATTA
* * * * * * * * *
278735 TGTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAGAGAATCATTTTATGACAAAGCCAAAGTTTATAGC
191 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAA-ATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* ** * ** * * * *
278800 AATTCCAAATCAATAATTGATCAAACGGTCATAATTATTTAAACTTGGTT-GGTAAATAGATTCA
255 TATTTGAAATAAATAATTGATCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTTCGATAAATAGATTTA
* * *
278864 TTTTTTAATTCTCTTAATTATTAACTTTCAGAATATCAAAAAC
319 TTTTTTAAATCTCTT-ATTATTAATTTTCAGAATAT-TAAAAC
* * ** *
278907 A-TAGTATTATTTTA-TCTCAAATAACCTTATATGAACTGAAATAATT-TTTTATGACAAAGAAA
1 ATTAGTATTATTTTATTC-CGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAA-AAA
* ** ** * * **
278969 AATGTCATAATGATTT-AAATTAGATAATTAATCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTTAGT
64 AAGGTCATAACAATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGT
* * * * * ** ** **
279033 AAACATATTTATTTTCTAAATTTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTACA
128 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTTGTATTATT
* * * * * *
279098 TTA-ATCTAAAAAAGCTTGTATGGACAGAAACT-ATTATTTTGTAACAAAATAAACA-GTCATAA
193 TTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACA-AAA-TAATTATTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAA
* * * * *
279160 CGATTTGAAATAAATAATT-ACCTAAATATTCATAACTATTTGAATTGGTTTGATAAATAGATTT
254 CTATTTGAAATAAATAATTGATC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTT
* * *
279224 A-TTTTTAAATCTC---TTATTAATTTTCAAAATATTAATAG
318 ATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTCAGAATATTAAAAC
* * * * *
279262 ATTAGTATTATTTTATTCTGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTACGACAAAACAAA
1 ATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAA
* * ** * *
279327 AGGTCTTAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTGATAGTTATTTGAA-TTGATTTGGTA
65 AGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGGTA
* * * *
279391 AACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTTGTTTTATTT
129 AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTTGTATTATTT
* * *
279456 TATTTCAAATAAG-TTAGTAAGAGCTAAAATAATTATTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACTA
194 TATTTCAAATAAGCTT-GTATGAAC-AAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTA
* * * * * * *
279520 CTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAG-CTTTAACTATTTGAACTGGCTCGATAAATAAATTTATT
257 TTTGAAATAAATAATTGATCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTATT
* * * ***
279584 TTTTAAATCTTTTAGTTTTTAATTTTTAGAATATTATTGC
321 TTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTCAGAATATTAAAAC
* * * ** * * **
279624 ATTAGTATTATTTTATTCCCAATAAGCTTGTATGAACATAATTAATTATTTTATGAGAGAATTAA
1 ATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACA-AAAAAA
* * * **
279689 AGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGATCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAA
65 AGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAA
*
279754 ACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
130 ACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTTGTATTATTTT
* * * *** * * * * *
279819 ATTCCAAATAGGCTTTTATGTTGAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTTATAACAATT
195 ATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATT
* * * * * *** * * *
279884 TAAAATAAATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACCAATTCAATAAATTGATTTATATTT
259 TGAAATAAATAATTGATCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTT
* * *
279949 TAAATCTCTTACTTATCAATTTTTATAATATTAATAA-
324 TAAATCTCTTA-TTATTAATTTTCAGAATATTAA-AAC
* * ** * * * ** * * *
279986 AGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATCAACTGAAATAATTGTTTTATGATAAAATATA
1 ATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAA
* ** * * * * * * * * **
280051 AGGTCAAAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAAAATTCAAAATTATTTAAACTTGCTCAATAA
65 AGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAA
* ** * * * * * * *
280116 ATAGA-TT-TTTTTCCAATTTCTTACTTAATAAGTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAGTTT
130 ACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTTGTATTATTTT
** ** *** ** * * *
280179 ATTTTGAATAAGAATGTATGAGTTGAAGCAATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTCA-AAATGAT
195 ATTTCAAATAAGCTTGTATGA-ACAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-AT
* * * * * * * *
280243 TTAAAATAGATAATT-ATTCTAATACTCTTAACTATTTGAACTGATTCGATAAACACATTTATTT
258 TTGAAATAAATAATTGA-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTT
* *
280307 TTTAAATC-C--A--A-T--GTTT-AGAATATTATTAA-
322 TTTAAATCTCTTATTATTAATTTTCAGAATATTA-AAAC
* * * * * * * * * *
280336 TTTAGCAATATTTTACTT-TGAATAAGCTTGT-TGAACAGAAATAAATGTTTTAGGACAAAACAA
1 ATTAGTATTATTTTA-TTCCGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAA
* * * * * *
280399 AGATCAAAACAATTGGAGATAGATAATTGTTCCAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTAT-GGTA
65 AGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT-TCGGTA
* * * *
280463 AAAAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAA--T-TATTATTT
129 AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTTGTATTATTT
280521 TA-TTCTAAATAA
194 TATTTC-AAATAA
280533 TTTTGTACGA
Statistics
Matches: 1827, Mismatches: 433, Indels: 201
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
342 2 0.00
343 14 0.01
346 21 0.01
347 1 0.00
348 54 0.03
349 27 0.01
350 37 0.02
351 5 0.00
354 1 0.00
355 16 0.01
356 155 0.08
357 207 0.11
358 35 0.02
359 28 0.02
360 225 0.12
361 248 0.14
362 471 0.26
363 109 0.06
364 57 0.03
365 76 0.04
366 36 0.02
367 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (359 bp):
ATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAA
GGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAA
CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTA
TTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTG
AAATAAATAATTGATCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTA
AATCTCTTATTATTAATTTTCAGAATATTAAAAC
Found at i:280081 original size:543 final size:540
Alignment explanation
Indices: 277800--280519 Score: 1870
Period size: 543 Copynumber: 5.1 Consensus size: 540
277790 TAGTAAATAA
* * * * * *
277800 ATTAATTTTT-TAAATCTTCATAAATTAGAATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAA-TAGA
1 ATTAATTTTTAT-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT-GA
* * * * ** * *
277863 AACAATTGTTTTATGATAAAAC-AAAGGATTATAACAATTTGAAACAAATAATTGTTCAAATAGT
64 AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * ** *
277927 CATAACTATTTGAACTCA-CTCAATAAATAGATTTATTTTAAAAATATTTTACTTATTAA-TTTT
128 CATAACTATTTGAACT-AGCTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * * * *
277990 GGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGGTTTTTTGAACAAAAACAATT-TGGT
192 AGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTAT--T
* * ** * * * * *
278054 TTATGATGAACAT-ATGGTCATAA-GATTTGAAATAGATGATTGTTCAAATAGTTA-AACTATTT
255 TTATGA-CAAAATAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGATCAAATAGTCATAACTATTT
** * * ** **
278116 -AAC-ATGTTCAA-ATTTTGATTTATTTTTAAACTTTTACTTATTAATTTTGGAACCATTAAATA
319 GAACTA-GTTCAATAAATAGATTTATTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATT-AATA
* * * * * *
278178 AATTTA-TACTATTTTATTTGAAAGAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACA
382 AA-TTAGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* *** * * * *
278242 AAAG-TCATAATGTTTTGAAAATATATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAA-C-TTGTCT
446 AAAGTTTATAACAATTT-AAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACCGAT-TC-
*
278304 GATAAACAGATTTATTTTTTTTAAATCTCTTTCTCT
508 GATAAACAGATTTA--TTTTTTAAATCTCTTACT-T
* * * * * *
278340 -TTAATTTTTGA-AATATTGATAAATTTGTATAATTTTTATTTCCAATAAGCTTACATGAATTGA
1 ATTAATTTTT-ATAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTG-
* * *
278403 AAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGT-AACAATGATTTGAAAGTAGATAATTATTCAAATA
63 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAA-AATGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
278467 GTCATGACTATTTGAACTTGTTCTG-T-AA-ACATATATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTG
126 GTCATAACTATTTGAACTAGCTC-GATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* * * *
278529 TT-GAAAATTAATAAATTAATATTATTTTAATT-CGAATAAGCTTGTATGGACAAAAACAATTGT
190 TTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTAT
* * * * * * *
278592 TTTATGACAAAACAAAAAAGTCATAAGAGTTTGGAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACGAT
254 TTTATGAC-AAA-ATAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGATCAAATAGTCATAACTAT
* ** * * *
278657 TTAAACTTA-TTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTACTAATTGTCTT-AATATT
317 TTGAAC-TAGTTCAATAAATAGATTTA-TTTTTAAA-CTCTTACTTATTAATT-TTTTAAATATT
* * * * **
278720 AATAAATTTGTATTATGTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACA-AAGAGAATCATTTTATGACAA
378 AATAAATTAGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAACAGAA-ACAATTGTTTTATGACAA
* * * ** * * ** * * *
278784 AGCCAAAGTTTATAGCAATTCCAAATCAATAATTGATCAAACGGTCATAATTATTTAAACTTGGT
442 AACAAAAGTTTATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-CGAT
* * * * *
278849 T-GGTAAATAGATTCATTTTTTAATTCTCTTAATT
506 TCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * * * * *
278883 ATTAACTTTCAGAATATCAA-AAACATAGTATTATTTTATCTCAAATAACCTTATATGAACTGAA
1 ATTAATTTTTATAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAA
* * **
278947 ATAATT-TTTTATGACAAAGA-AAAATGTCATAATGATTT-AAATTAGATAATTAATCAAATAGT
65 ATAATTGTTTTATGACAAA-ACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGT
* * ** * * * * * *
279009 CATGACTATTTGATCTAG-TTTAGTAAACATATTTATTTTCTAAATTTTTTACTTATTAATTATC
128 CATAACTATTTGAACTAGCTCGA-TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* ** * * * * * *
279073 AAAATATTAATAAATTAATATTACATTAATCTAAAAAAGCTTGTATGGACAGAAACTATTATTTT
192 AGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTT
* * * * *
279138 GTAACAAAATAAACAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATT-ACCTAAATATTCATAACTATTTG
257 ATGACAAAATAAA-AGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGATC-AAATAGTCATAACTATTTG
* * ** ** *
279202 AATTGGTTTGATAAATAGATTTATTTTTAAA-TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGAT
320 AACTAGTTCAATAAATAGATTTATTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAAT
* * * *
279264 TAGTATTATTTTATTCTGAACA-AA-CTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTACGACAAAACAAA
385 TAGTATTATTTTATTC-GAA-ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * * * ** * *
279327 AGGTCT-TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTGATAGTTATTTGAATTGATTTGGTA
448 A-GTTTATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACCGATTCGATA
* * *
279391 AACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTG
512 AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * * *
279420 ATTAATTTTT-TAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTATTTCAAATAAG-TTAGTAAGAGCTAA
1 ATTAATTTTTAT-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA-TATGAACTGA
* * * * * * *
279483 AATAATTATTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ACTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAG-
64 AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-AAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * *
279546 CTTTAACTATTTGAACTGGCTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTTTTAATTTTT
128 C-ATAACTATTTGAACTAGCTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* ** * * * **
279611 AGAATATTATTGCATTAGTATTATTTTATTCCCAATAAGCTTGTATGAACATAATTAATTATTTT
192 AGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTT
* * * * *
279676 ATGAGAGAATTAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGATCAAATAGTCATAACTATTTGA
257 ATGACA-AAATAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGATCAAATAGTCATAACTATTTGA
*
279741 ACTAGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAA
321 ACTAGTTCAATAAATAGATTTA-TTTTTAAA-CTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAA
* * * ***
279806 TTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGCTTTTATGTTGAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
384 TTAGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * *
279871 GTTTATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACCAATTCAATAAA
449 GTTTATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACCGATTCGATAAA
** *
279936 TTGATTTATATTTTAAATCTCTTACTT
514 CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * *** * *
279963 ATCAATTTTTATAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATCAACTGAAA
1 ATTAATTTTTATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAA
* * * * * * *
280028 TAATTGTTTTATGATAAAATATAAGGTCAAAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAAAATTCAA
66 TAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * ** *
280093 AATTATTTAAACTTGCTCAATAAATAGA-TT-TTTTTCCAAT-TTCTTACTTAATAAGTTTTT-G
131 AACTATTTGAACTAGCTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAA-TTTTTAG
* * * *** ** **** *
280154 AATGTTAATAAATTAGTATTAGTTTATTTTGAATAAGAATGTATGAGTTGAAGCAATTATTTTAT
194 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTAT
* * ** * * * * *
280219 GACTAAATAAAAGGTCAAAATGATTTAAAATAGATAATT-ATTCTAATACTCTTAACTATTTGAA
259 GACAAAATAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGA-TCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * *
280283 CT-GATTCGATAAACACATTTATTTTTTAAA-TC---C-----AA-TGTTTAGAATATTATTAAT
322 CTAG-TTCAATAAATAGATTTA-TTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTTA-AATATTAATAAA
* * * * * *
280337 TTAGCAATATTTTACTTTG-AATAAGCTTGT-TGAACAGAAATAAATGTTTTAGGACAAAAC-AA
384 TTAGTATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * ** * * * * * * *
280399 AGATCAAAACAATTGGAGATAGATAATTGTTCCAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTAT-GGTA
448 AGTTTATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACCGAT-TCGATA
* *
280463 AAAAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTT
512 AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* *
280488 ATTAATTTTTGA-AATAGTAATAAATTATTATT
1 ATTAATTTTT-ATAATATTAATAAATTAGTATT
280520 TTATTCTAAA
Statistics
Matches: 1706, Mismatches: 391, Indels: 181
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
525 29 0.02
526 2 0.00
527 2 0.00
529 63 0.04
530 30 0.02
531 33 0.02
532 2 0.00
536 9 0.01
537 176 0.10
538 207 0.12
539 62 0.04
540 148 0.09
541 228 0.13
542 182 0.11
543 346 0.20
544 44 0.03
545 12 0.01
546 103 0.06
547 25 0.01
548 2 0.00
549 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (540 bp):
ATTAATTTTTATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAA
TAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
AACTATTTGAACTAGCTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAA
TATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGA
CAAAATAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGATCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG
TTCAATAAATAGATTTATTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTAT
TATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTTATA
ACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACCGATTCGATAAACAGATTT
ATTTTTTAAATCTCTTACTT
Found at i:280908 original size:165 final size:165
Alignment explanation
Indices: 280619--280922 Score: 378
Period size: 165 Copynumber: 1.8 Consensus size: 165
280609 TTTTTGGAAC
* * * **
280619 ATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATGAGCTTGGATGAATAAAACCAATTATTTTATGAC
1 ATTAATAAATTGATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTACATGAATAAAACCAATTATTTTATGAC
* * * * * * *
280684 AAAACAAAATGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTAAGATAATCATAACTATTTGAGCTTA
66 AAAACAAAAGGTCAAAATGGTTTGAAATAAACAATTATTAAGATAATCATAACTATTTGAACTTA
280749 TTCGATAAATAAATTTAATTTTTTAATCTTGAAAT
131 TTCGATAAATAAATTTAATTTTTTAATCTTGAAAT
* * *
280784 ATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTACATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATTA
1 ATTAATAAATTGATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTACATGAATA-AAACCAATTATTTTATGA
* * * * *
280848 CAAAACAAAAGGTTAAAATGGTTTGAAGTAAACAATTATTCAA-ATAGTCATGATTATTTGAACT
65 CAAAACAAAAGGTCAAAATGGTTTGAAATAAACAATTATT-AAGATAATCATAACTATTTGAACT
* *
280912 TGTTCGGTAAA
129 TATTCGATAAA
280923 CATTTTTTTA
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 22, Indels: 4
0.82 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
165 110 0.96
166 5 0.04
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (165 bp):
ATTAATAAATTGATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTACATGAATAAAACCAATTATTTTATGAC
AAAACAAAAGGTCAAAATGGTTTGAAATAAACAATTATTAAGATAATCATAACTATTTGAACTTA
TTCGATAAATAAATTTAATTTTTTAATCTTGAAAT
Found at i:281163 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 280781--282570 Score: 1262
Period size: 181 Copynumber: 10.0 Consensus size: 180
280771 TTAATCTTGA
* **
280781 AATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTACATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * * * * * * * *
280846 TACAAA-ACAAAAGGTTAAAATGGTTTGAAGTAAACAATTATTCAAATAGTCATGATTATTTGAA
66 GACAAACA-AAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * **
280910 CTTGTTCGGTAAAC--A--T-TTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTTAA
130 CTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTG
* ** * * * *
280957 AAGATTAATAAATTAAAATTATTTTAATCCAAATAAGCTCGTATGGATAGAAACAATTGTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * *
281022 GATAAACAAAAAAGTCATAA-GAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTAATAACGATCTGAA
66 GACAAACAAAAAAGTCATAACG-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * *
281086 CTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT-
130 CTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTG
* * * * * * **
281138 CATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTATATGAACA-AATAAAATCATTTTA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAA-ACAATTGTTTTA
* * * * ** * * * * *
281202 TGACAAACCAAAAAGTTATAGCGAATCCAAATTGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTAAA
65 TGACAAACAAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * *
281267 ATTGTTTAGTAAATACATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAG
130 CTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-G
* * * * *
281319 AATATTAATAACA-TAGTATTTTTTTATTTCGAATAACCTTATATGAACTA-AAATAATT-TTTT
1 AATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTT
* * * *
281381 ATGACAAA-AAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTAGA
64 ATGACAAACAAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * * * ***
281445 TCTAGTTTAGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAA
129 ACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTG
* * * *
281498 AATATTAATAAATTAGTGTTATTTTA-ATCTAAATAAGCTTGTATGACTAGAAACTATTGTTTTA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * * ** * * * *
281562 TAATAGAA-GAAAAAGTCACAATAATTTGAAATAAATAATTGCTT-ACATATTTATAACTATTT-
65 TGACA-AACAAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTG
* *
281624 AAATTGGTT-TGATAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTG
128 AACTT-GTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * ** * * * ** * *
281674 AAATATTAATAGATTAGTATAATTTTATTTTGAACAAACTTATATGACCAAAAACATTTGTTTTA
1 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * *
281739 TGACAAA-ACAAAAGGCCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGA
65 TGACAAACA-AAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * *
281803 AC-TGTTTAGGTAAATAGAA--T-TTTTTT-AATCTCTTACTTATTAATTTTTA
129 ACTTGTTCA-GTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * * *
281852 AATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTCCGAATAATCTAGTATGAATTGAGAA-AATTCTTTT
1 AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGA-AACAATTGTTTT
* * * * * *
281915 ATGATGAGAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAATTAGATAATTGATT-ATATAGTCTTAACTATTT
64 ATGA-CAAACAAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * *
281978 GAACTAG-TCTGGCAAACAAATTTATTTTTTTTATATCCCTTAGTTATTAATTTTTGG
127 GAACTTGTTC-AGTAAACAAATTTA--TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-G
* * * * * *
282035 AATATTATTAGATTAGTATTGTTTTATTT-AGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * * *
282099 TGACATAAC-AAAAGGTTATAACGATTTAAAATATAGAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
65 TGACA-AACAAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
** *
282163 ACTAATTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
129 ACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * *
282215 AAAGATTAATATATTATTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACAATTGTTAT
1 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTT
* * * * * * *
282279 ATGACCAAACAAAAGA-TGATAACGATTTGAAATAGATAATTATTGAAAT-GACCATCATTATTT
64 ATGA-CAAACAAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTT
** ** * * * * *
282342 GAACTAATTCAACAAATAGATTCACTTTTT-AA--TC--ACTTTTTAATTTTTGG
127 GAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-G
* ** * *
282392 AATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACT-GAAATAATTGTTTTA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTA
* * * * * * *
282456 TGACAAA-ACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTCCAAATAGTCGTAACTGA-TAG
65 TGACAAACA-AAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTG
* * *
282519 AATTTGTTCAGTAAATAAATTTATTCTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTT
128 AACTTGTTCAGTAAACAAATTTATT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
282571 TTTTATTTTC
Statistics
Matches: 1256, Mismatches: 285, Indels: 141
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 3 0.00
175 14 0.01
176 240 0.19
177 218 0.17
178 42 0.03
179 125 0.10
180 33 0.03
181 429 0.34
182 41 0.03
183 109 0.09
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
GACAAACAAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
TTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
Found at i:281506 original size:360 final size:358
Alignment explanation
Indices: 281011--285110 Score: 1483
Period size: 360 Copynumber: 11.4 Consensus size: 358
281001 GGATAGAAAC
* * * * *
281011 AATTGTTTTATGATAAACAAAAAAGTCATAA-GAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTAAT
1 AATTGTTTTATGACAAA-AAAAAGGTCATAACG-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * **
281075 AACGATCTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTTCA
64 AACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTCTAAA
*
281140 TATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTATATGAACAAATAAAATCATTTTATGA
129 TATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTATATGAACAAA-AAAATCGTTTTATGA
* * ** * * *
281205 -CAAACCAAAAAGTTATAGCGAATCCAAATTGATAATTG-TTCAAATGGCCATAATTATTTAAAA
193 CCAAA-CAAAAAGTCATAACGAATTGAAATAGATAATTGATTCAAATGGCCATAACTATTTGAAA
* * * * *
281268 TTGTTTAGTAAATACATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATA-ACA
257 TAGTTTAGCAAACAAATTCATTTTTTAAATCTC-T--TTATTAATTTTTGGAATATTAATAGA-A
* * * *
281332 TAGTATTTTTTTATTTCGAATAACCTTATATGAACTAAAAT
318 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAAAAAT
* * *
281373 AATT-TTTTATGACAAAAAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGA
1 AATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * * * *
281437 CTATTAGATCTAGTTTAGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATA
66 CTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTCTAAATA
* * * * ** *
281502 TTAATAAATTAGTGTTATTTTAATCT-AAATAAGCTTGTATG-ACTAGAAACTATTGTTTTAT-A
131 TTAATAAATTTGTATTATTTT-ATTTGAAATAAGCTTATATGAAC-A-AAAAAATCGTTTTATGA
** * * * * * * **
281564 ATAGAAGAAAAAGTCACAA-TAATTTGAAATAAATAATTGCTTACATAT--TTATAACTATTT-A
193 CCA-AACAAAAAGTCATAACGAA-TTGAAATAGATAATTGATT-CAAATGGCCATAACTATTTGA
* * * * *
281625 AATTGGTTT-GATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGAT
255 AA-TAGTTTAG-CAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTTATTAATTTTTGGAATATTAATAGAA
* * * *
281688 TAGTATAATTTTATTTTGAACAAACTTATATGACCAAAAAC
318 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAAAAAT
* * *
281729 ATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * *
281794 ATTATTTGAACT-GTTTAGGTAAATAGA---ATTTTTTTAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAAA
65 ACTATTTGAACTAGTTCA-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTCTAAA
* * * * * * *
281854 TATTAATAAATTTATTTTATTTTATTCCG-AATAATC-TAGTATGAATTGAGAAAATTC-TTTTA
129 TATTAATAAATTTGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTA-TATGAA--CAAAAAAATCGTTTTA
** * * * * * * * *
281916 TGATGAGACAAAAGGTCATAACGATTTGAATTAGATAATTGATT-ATATAGTCTTAACTATTTGA
190 TGACCAAACAAAAAGTCATAACGAATTGAAATAGATAATTGATTCAAATGGCCATAACTATTTGA
* * * * * * *
281980 ACTAGTCTGGCAAACAAATTTATTTTTTTTATATCCCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTA
255 AATAGTTTAGCAAACAAATTCA--TTTTTTAAATCTC-T--TTATTAATTTTTGGAATATTAATA
* * * * *
282045 GATTAGTATTGTTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAT
315 GAATAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAAAAAT
* * * * *
282089 AATTGTTTTATGACATAACAAAAGGTTATAACGATTTAAAATATAGAATTGTTCAAATAGTCATA
1 AATTGTTTTATGACA-AAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * *
282154 ACTATTTGAACTAATTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAA
65 ACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTCT-AAA
* * * * * * *
282218 GATTAATATATTAT-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTATATG
129 TATTAATAAATT-TGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTATATGAACAAAAA-AATCGTTTTATG
* * * * * *
282282 ACCAAAC-AAAAGATGATAACGATTTGAAATAGATAATT-ATTGAAATGACCATCATTATTTGAA
192 ACCAAACAAAAAG-TCATAACGAATTGAAATAGATAATTGATTCAAATGGCCATAACTATTTGAA
* * * * * * * *
282345 CTAATTCAACAAATAGATTCACTTTTT-AATCACTTT-TTAATTTTTGGAATATTAATA-AATTA
256 ATAGTTTAGCAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTTATTAATTTTTGGAATATTAATAGAA-TA
* * **
282407 GAATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTGAAAT
320 GTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAAAAAT
* * * * *
282446 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTCCAAATAGTCGTA
1 AATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * *
282511 ACTGA-TAGAATTTGTTCAGTAAATAAATTTATTCTTTTAAA-CTCTTGC---TT-A---T-T--
65 ACT-ATTTGAACTAGTTCAGTAAACAGATTTATT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTCTAA
* * ** * **
282564 A-ATT--T---TTT-T-TTA--TT-TTCG--ATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTATTTTATG
128 ATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTATATGAA-CAAAAAAATCGTTTTATG
* * * * * * * * *
282616 TCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTATATA-ATTAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTT-AA
192 ACCAAACAAAAAGTCATAACGAATTGAAATAGA-TAATTGATTCAAATGGCCATAACTATTTGAA
* * * * ** * *
282678 ACTTGTTCT-GTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTCAAATGTTCATA
256 A-TAGTT-TAGCAAACAAATTCATTTTTT-AAATC-TCT--TTATTAATTTTTGGAATATTAATA
* * * ** * *
282742 -AATTTGGATTATTTTATTCTGAATAAACTCGTAAG-ACATGAAAT
315 GAA-TAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACA-AAAAT
* * * * * * * **
282786 AAATATTTTATGACTAAACAAAAGGT-TTGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTT
1 AATTGTTTTATGAC-AAAAAAAAGGTCAT-AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * ** * *
282850 AACTATTTGAACTGGTTTAACAAACATATTTATTTTTTAAA--TCTT--TTATTAATT-TTTAAA
64 AACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTCT-AA
* ** * *** * ** * **
282910 ATATTATTAAATTAATATTGTTTT-TAACCAAATAAGCTTCTATGATTAGAAACAATTATTTTAT
128 ATATTAATAAATTTGTATTATTTTAT-TTGAAATAAGCTTATATGAACA-AAAAAATCGTTTTAT
* * * ** * * * * * * * * *
282974 CACAAAAC-AAGA-TTTTAATGATTTGAGATTGAAAAGTG-TTCAAATAGTCATAATTATTTGAA
191 GACCAAACAAAAAGTCATAACGAATTGAAATAGATAATTGATTCAAATGGCCATAACTATTTGAA
* * ** * * * * * * * * *
283036 TTGGTTCGGTAAATAGATTTATTGTTTAAATTTGTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTTA-A
256 ATAGTTTAGCAAACAAATTCATTTTTTAAATCT-CT--TTATTAATTTTTGGAATATTA-ATAGA
* * * *
283100 TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTACGATA-AAAAAT
317 ATAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGA-ACAAAAAT
* * * * * *
283142 AATTTTTTTATTACAAAATAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-GACCAT
1 AATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCAT
* * * ** ** * * **
283206 AATTATTTTAA-TTGATTTGGTAAATGGATTTATTTTTTAAATTTCTAACTTATTAATT-TAGGA
64 AACTATTTGAACTAG-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGT-CTA
* ** ** * * * *
283269 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCATCTAAGCTTGTATTAACTAAAACAATTGTTTTAT
127 AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTATATGAAC-AAAAAAATCGTTTTAT
* * * * * * ****
283334 GA-CAAATTAAAAGGTTATAACGATTTTAAATAGACAATTG-TTCAAATAATAATAACTATTT-A
191 GACCAAA-CAAAAAGTCATAACGAATTGAAATAGATAATTGATTCAAATGGCCATAACTATTTGA
* * * * * * * *
283396 AACTTG-TTCGTTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATA
255 AA-TAGTTTAG-CAAACAAATTCATTTTTTAAATCTC--T-TTATTAATTTTTGGAATATTAATA
* * * *** *
283460 -AATTAGTATTAATTTATTCTT-AATAAGCTTGTATGAATTGAAAC
315 GAA-TAGTATTATTTTATT-TTGAATAAACTTATATGAACAAAAAT
* * * * * * * ** *
283504 AATTGTTTTATGACTAAATAAAAGGTTAAAATGATTTGAAGTATATAATTATTTTAATAGTCTTA
1 AATTGTTTTATGAC-AAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * ** * * * * *
283569 ACCATTTAAAAT-GATTGGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAGTTTTTTAAA
65 ACTATTTGAACTAG-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTCTAAA
* * * * ** * * **
283633 TATT-ATGAAATTAGTATTATTTTAATAT-CAATAAGCTTGTACAAACAAGACAATTATTTTATG
129 TATTAAT-AAATTTGTATTATTTT-ATTTGAAATAAGCTTATATGAACAAAAAAATCGTTTTATG
** * * * * * * * * * * *
283696 ATAAAAGAAAAAGTCATAACGACTTAAAATAGATAA-TCATTTATATAGTCTTAACTATTTCAAC
192 ACCAAACAAAAAGTCATAACGAATTGAAATAGATAATTGATTCAAATGGCCATAACTATTTGAAA
* * * ** * * * * * * *
283760 TGGTTCAACAATTAGATTTATTTTTTGATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGGAATATTATTA-AAT
257 TAGTTTAGCAAACAAATTCATTTTTTAAATCTC-T--TTATTAATTTTTGGAATATTAATAGAA-
* * * * **
283824 TTGCATTATTTTAGTTTGAATAAA-ATAGTAT-AAGTAAAAT
318 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTA-TATGAACAAAAAT
* * * *
283864 CAATTGTTTGATGACAAAATAAAAAGGTTATAATGATTT-AAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
1 -AATTGTTTTATGAC-AAA-AAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * ** * * * * * *
283928 AAACTATTTGAAAT-GTTTTGGCAAGCAGATTTACTTTTTTAAATATCTTACTGATTAATTTTTT
63 TAACTATTTGAACTAG-TTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTCT
* * * * * * * * **
283992 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTGTATCAAACAAACTTATATTAAAAAAAACAATTATTTTA
126 AAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTATATGAACAAAAA-AATCGTTTTA
* * * * * * *
284057 TG-CTAAA-ATGAAAAGTAATAA-TAATTTCAAATAGATAATTG-TGT-AAATAG-TA-AATTAT
190 TGACCAAACA--AAAAGTCATAACGAA-TTGAAATAGATAATTGAT-TCAAATGGCCATAACTAT
* * * * * * * *
284115 TTGAATTGGTTTTGTAAATAGAATT-ATTTTCTAAATCTC-TTATAAATTTTTGAAATATTAATA
251 TTGAAATAGTTTAGCAAACA-AATTCATTTTTTAAATCTCTTTATTAATTTTTGGAATATTAATA
* * * ** * * * **
284178 -AATTAATTTTATTCTATTCCGAATAAGCTTTTATGAGCTTAAAT
315 GAA-TAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAAAAAT
* * * * * * * *
284222 AATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTTTTCATATAGTCTTA
1 AATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * * *
284287 ACTGTTTGAACT-GATTC-GACAAACAAATTTATATTTTAAATCTCATAGTTATTAATTTTCAAA
65 ACTATTTGAACTAG-TTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTCTAA
* * * *
284350 ATATTACTAAATTAT-TATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTA
128 ATATTAATAAATT-TGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTATATGAACA-AAAAAATCGTTTTA
* *** * * *
284413 GGATTGAAC-AAAAGTTATAAC-AATTTGAAATATATAATTG-TTCAAATAGTCCATAACTATCT
190 TGACCAAACAAAAAGTCATAACGAA-TTGAAATAGATAATTGATTCAAAT-GGCCATAACTAT-T
** * * * * * *
284475 TGAACA-A-TACCAACAAACTGATTTC-TTTTTTAAATCTC-TTATTAATTCCTTGAAATATTGA
252 TGAA-ATAGT-TTAGCAAAC-AAATTCATTTTTTAAATCTCTTTATTAATT-TTTGGAATATTAA
* * * * *** *
284536 TACCAATTAGTATTATTTTATTTAGAA-AAAGATTGTATGTTGAAAAAC
313 TA-GAA-TAGTATTATTTTATTTTGAATAAA-CTTATATGAACAAAAAT
* * * * * * * * *
284584 AATTGTTTTTATGTCAAAAAAAAAGTTAATAATGATTTAATAATAGATAGTTATTTAAATAGCCA
1 AATTG-TTTTATGAC-AAAAAAAAGGTCATAACGATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * *
284649 TGATTATTTGAATTAATTCCAGTAAACTGATGTTA--TTTTAAATGCTCTTACTTATTAATTTTT
63 TAACTATTTGAACTAGTT-CAGTAAACAGAT-TTATTTTTTAAAT-CTCTTACTTATTAA-TTGT
* ** * * * *
284712 GTAAATATTAA-CCAGTAGTTATTATTTTATTTTGGATGCATAAGCCCTT-TATGAACTAAAACC
124 CTAAATATTAATAAATTTG-TATTATTTTA-TTT-GA--AATAAG--CTTATATGAAC-AAAA-A
** * * ** * * * * *
284775 AATTATTTTGTGGACAAAAC-AATGGTCATCAAATG-ATTTAAATAGATAATTG-TTGAAATAGT
180 AATCGTTTTAT-GACCAAACAAAAAGTCAT--AACGAATTGAAATAGATAATTGATTCAAATGGC
* * * * *
284837 CATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAAATTAATTTTTTTCAAAATCTAATGCTTTA-TAAT
242 CATAACTATTTGAAATAGTTTAGCAAAC-AAATTCA-TTTTTT--AAATC---T-CTTTATTAAT
** * * *** * * * * *
284901 TTTTTTAATGTCAATA-AATTAGTATTAATTTTATTCAAAATTACCTTGTATGAATTGAAAACT
299 TTTTGGAATATTAATAGAA-TAGTATT-ATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAA--CAAAAAT
* * * * * * * * *
284964 AATTATTATA-GACTAAAGAAAAGGTCAAAATGATTTCAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTA
1 AATTGTTTTATGAC-AAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * *
285028 ACTATTTAAACT-GATTCAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTC-T-C--ATTAATTATC-AGA
65 ACTATTTGAACTAG-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTCTA-A
* *
285087 ATATTATTAAATTAGTATTATTTT
128 ATATTAATAAATTTGTATTATTTT
285111 TATCCAAATA
Statistics
Matches: 2851, Mismatches: 676, Indels: 413
0.72 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
333 3 0.00
334 78 0.03
335 7 0.00
336 6 0.00
337 3 0.00
338 4 0.00
339 18 0.01
340 126 0.04
341 5 0.00
342 1 0.00
343 1 0.00
344 1 0.00
346 4 0.00
347 4 0.00
349 1 0.00
350 1 0.00
351 1 0.00
352 6 0.00
353 5 0.00
354 97 0.03
355 73 0.03
356 295 0.10
357 328 0.12
358 90 0.03
359 77 0.03
360 411 0.14
361 258 0.09
362 380 0.13
363 113 0.04
364 138 0.05
365 23 0.01
366 27 0.01
367 3 0.00
370 6 0.00
371 29 0.01
372 34 0.01
373 21 0.01
374 27 0.01
375 7 0.00
376 18 0.01
377 49 0.02
378 39 0.01
379 15 0.01
380 15 0.01
381 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (358 bp):
AATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
CTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTCTAAATA
TTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTATATGAACAAAAAAATCGTTTTATGACCA
AACAAAAAGTCATAACGAATTGAAATAGATAATTGATTCAAATGGCCATAACTATTTGAAATAGT
TTAGCAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTTATTAATTTTTGGAATATTAATAGAATAGTATTA
TTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAAAAAT
Found at i:282654 original size:158 final size:158
Alignment explanation
Indices: 282413--282729 Score: 419
Period size: 158 Copynumber: 2.0 Consensus size: 158
282403 ATTAGAATTA
* *
282413 TTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
1 TTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * *
282478 GATTTTAAATAGACAATTGTCCAAATAGTCGTAACTGA-TAGAATTTGTTCAGTAAATAAATTTA
66 GATTTTAAATAGACAATTGTCCAAATAGTCATAACT-ATTA-AACTTGTTCAGTAAACAAATTTA
282542 TTCTTTT-AAA-CTCTTGCTTATTAATTTTT
129 TT-TTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT
* * * *
282571 TTTTATTTTCG-ATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTATTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAA
1 TTTTATTTT-GAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * *
282635 TGATTTTATATA-ATTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCTGTAAACAAATTT
65 TGATTTTAAATAGA-CAATTGTCCAAATAGTCATAACTA-TTAAACTTGTTCAGTAAACAAATTT
*
282699 ATTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTT
128 ATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT
282730 CAAATGTTCA
Statistics
Matches: 139, Mismatches: 14, Indels: 11
0.85 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
157 6 0.04
158 112 0.81
159 21 0.15
ACGTcount: A:0.36, C:0.09, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (158 bp):
TTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
GATTTTAAATAGACAATTGTCCAAATAGTCATAACTATTAAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATT
TTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT
Found at i:283213 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 282600--285202 Score: 1317
Period size: 181 Copynumber: 14.4 Consensus size: 180
282590 TTATGAATTG
* * * * * * *
282600 AAACAATTATTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTATATA-ATTAATTGTTCAAATAG
1 AAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAG
* * * * * *
282664 TCATAACTATTTAAACTT-GTTCTGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTT
65 TCATAACTATTTGAA-TTGGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * * * * * *
282728 TTCAAATGTTCATAAATTTGGATTATTTTATTCTGAATAAACTCGTA-AGACATG
128 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATATA-A-A
* * * * * *
282782 AAATAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTT-TGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAG
1 AAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAAGTTAT-AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
** * **** * *
282846 TTTTAACTATTTGAACTGGTTTAACAAACATATTTATTTTTTAAA--TCTT--TTATTAATTTTT
65 TCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * **** * * *
282907 AAAATATTATTAAATTAATATTGTTTT-TAACCAAATAAGCTTCTATGATTAG
130 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTAT-ATAAA
* * * * * * * * *
282959 AAACAATTATTTTATCACAAAA-CAAGA-TTTTAATGATTTGAGATTGAAAAGTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * *
283022 CATAATTATTTGAATTGGTTCGGTAAATAGATTTATTGTTTAAATTTGTTACTTATTAATTTTTG
66 CATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * *
283087 AAATATTAGTTAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTACGATAAA
131 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTA-TATAAA
* * * *
283138 AAATAATTTTTTTATTACAAAATAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-GA
1 AAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-
* * * * * * * * **
283202 CCATAATTATTTTAATTGATTTGGTAAATGGATTTATTTTTTAAATTTCTAACTTATTAATTTAG
65 TCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
** *
283267 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCATCTAAGCTTGTAT-TAACTA
130 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTATATAA--A
* * * * * * * *
283319 AAACAATTGTTTTATGACAAATTAAAAGGTTATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAAT
1 AAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * *
283384 AATAACTATTTAAACTT-GTTCGTTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTT
66 CATAACTATTTGAA-TTGGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTT
* * **
283448 TG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTT-AATAAGCTTGTATGA-ATTG
129 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TTGAATAAGCTTGTAT-ATA-AA
* * * * * * **
283500 AAACAATTGTTTTATGACTAAATAAAAGGTTAAAATGATTTGAAGTATATAATTATTTTAATAGT
1 AAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * * * * * * * *
283565 CTTAACCATTTAAAATGATTGGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAGTTTTTT
66 CATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * *
283630 AAATATT-ATGAAATTAGTATTATTTTAATATCAATAAGCTTGTACA-AACA
131 AAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATATAA-A
* * * * * * * * * *
283680 AGACAATTATTTTATGATAAAAGAAAAAGTCATAACGACTTAAAATAGATAATCATTTATATAGT
1 AAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * *** * * * * ** *
283745 CTTAACTATTTCAACTGGTTCAACAATTAGATTTATTTTTTGATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTG
66 CATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * ** *
283810 GAATATTATTAAATTTGCATTATTTTAGTTTGAATAAAATAGTATA-AGTAA
131 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATATA--AA
* * *
283861 AATCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAAGGTTATAATGATTT-AAATAGATAATTATTCAAATAG
1 AAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAA-GTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * ** * *
283925 TCAAAACTATTTGAAATGTTTTGGCAAGCAGATTTACTTTTTTAAATATCTTACTGATTAATTTT
65 TCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * ** * * * *
283990 TTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTGTATCAAACAAACTTATATTAAAAA
129 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTA-TATAAA
* * * * *
284043 AAACAATTATTTTATG-CTAAAATGAAAAGTAATAATAATTTCAAATAGATAATTGTGT-AAATA
1 AAACAATTATTTTATGAC-AAAATAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTAT-TCAAATA
* ** * *
284106 GT-A-AATTATTTGAATTGGTTTTGTAAATAGAATTATTTTCTAAATCTCTTA--TA--AATTTT
64 GTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * ** * ****
284165 TGAAATATTAATAAATTAATTTTATTCTATTCCGAATAAGCTTTTATGAGCTT
129 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT-ATAAA
* * ** * * *
284218 AAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTTTTCATATAGT
1 AAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * ** * * * * * **
284283 CTTAACTGTTTGAACTGATTCGACAAACAAATTTATATTTTAAATCTCATAGTTATTAATTTTCA
66 CATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * *
284348 AAATATTACTAAATTATTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGA-ACAG
131 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT-ATA-AA
* * *** * ** * *
284399 AAACAATTGTTTTAGGATTGAA-CAAAAGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
*** * *** *
284463 CCATAACTATCTTGAA-CAATACCAACAAACT-GATTTCTTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATT
66 -CATAACTAT-TTGAATTGGT-TCGGTAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * * * *
284522 CCTTGAAATATTGATACCAATTAGTATTATTTTATTTAGAAAAAGATTGTATGTTGAA
127 -TTTGAAATATTAATA--AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT-ATAAA
* * * * *
284580 AAACAATTGTTTTTATGTCAAAA-AAAAAGTTAATAATGATTTAATAATAGATAGTTATTTAAAT
1 AAACAATT-ATTTTATGACAAAATAAAAAGTT-ATAATGATTTGA-AATAGATAATTATTCAAAT
* * * ** *
284644 AGCCATGATTATTTGAATTAATTCCAGTAAACT-GATGTTA--TTTTAAATGCTCTTACTTATTA
63 AGTCATAACTATTTGAATTGGTT-CGGTAAA-TAGAT-TTATTTTTTAAAT-CTCTTACTTATTA
** *
284706 ATTTTTGTAAATATTAA-CCAGTAGTTATTATTTTATTTTGGATGCATAAGCCCTT-TATGA-AC
124 ATTTTTG-AAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTT-GA---ATAAG--CTTGTAT-ATA-
284768 TAA
179 -AA
* * * ** * * *
284771 AACCAATTATTTTGTGGACAAAA-CAATGGTCATCAAATGATTT-AAATAGATAATTGTTGAAAT
1 AAACAATTATTTTAT-GACAAAATAAAAAGTTAT--AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * ** *
284834 AGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAACAAAATTAATTTTTTTCAAAATCTAATGCTT-TA
63 AGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCGGTAAA-TAGATTTA-TTTTTT--AAATCTCTTACTTAT-
** * * *** * * **
284897 TAATTTTTTTAATGTCAATAAATTAGTATTAATTTTATTCAAAATTACCTTGTATGAATTGA
122 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT--ATAAA
* * * * * * * *
284959 AAACTAATTATTATA-GACTAAAGAAAAGGTCAAAATGATTTCAAATAGATAATTATTCTAATAG
1 AAAC-AATTATTTTATGACAAAATAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * * * *
285023 TCTTAACTATTTAAACTGATTCAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTC-T-C--ATTAA-TTAT
65 TCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * *** *
285083 CAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCCAAATAATCTTGTATGATAAA
130 GA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTAT-ATAAA
* * * * * * * * **
285136 AAATAATTGTTTTATGAGAAAACAGAGA-TCATAATGATTTGAGATTCATAATT-TTGCAAATAG
1 AAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATT-CAAATAG
285199 TCAT
65 TCAT
285203 TGTCATAACA
Statistics
Matches: 1842, Mismatches: 473, Indels: 218
0.73 0.19 0.09
Matches are distributed among these distances:
174 2 0.00
175 157 0.09
176 42 0.02
177 112 0.06
178 32 0.02
179 121 0.07
180 212 0.12
181 582 0.32
182 250 0.14
183 40 0.02
184 24 0.01
185 21 0.01
186 20 0.01
187 66 0.04
188 14 0.01
189 24 0.01
190 45 0.02
191 24 0.01
192 24 0.01
193 26 0.01
194 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
CATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATATAAA
Found at i:285626 original size:42 final size:41
Alignment explanation
Indices: 285579--285964 Score: 328
Period size: 41 Copynumber: 9.4 Consensus size: 41
285569 ATGAATCCCA
* * * *
285579 AACTTTTAAAAATCAAATGGCTTCTCTGAATAGAGGCAACAG
1 AACTTTGAAAAAT-AAATTGCTCCTCTAAATAGAGGCAACAG
* * *
285621 AACTTTGGAAAATAAATGGCTCCTCT-AATCAAAGGTTCAAC-G
1 AACTTTGAAAAATAAATTGCTCCTCTAAAT-AGAGG--CAACAG
* * *
285663 -ACTTTGAAAAATAAATGGCTCCTCT-AATAAAAGGC-TCA-
1 AACTTTGAAAAATAAATTGCTCCTCTAAAT-AGAGGCAACAG
* * *** * * * *
285701 ATGACTTTGGAGAATAAATAAATTCTCTAAGTAGAAGCACCATG
1 A--ACTTTGAAAAATAAATTGCTCCTCTAAATAGAGGCAACA-G
* * * * *
285745 -A-TTTCAAAAATAAA-TGCTCCTTTAAACAGAGGCACCAC
1 AACTTTGAAAAATAAATTGCTCCTCTAAATAGAGGCAACAG
*
285783 AACTTTGAAAAGTAAATTGCTCCTCTAAATAGAGGCAACCATG
1 AACTTTGAAAAATAAATTGCTCCTCTAAATAGAGGCAA-CA-G
*
285826 -ACTTTGAAAAATAAATTGCTCCTCTAAACAGAGGCAACAG
1 AACTTTGAAAAATAAATTGCTCCTCTAAATAGAGGCAACAG
*
285866 AACTTTGAAAAAATAAATTGCTCCTCTAAATAGAGGCACCACG
1 AACTTTG-AAAAATAAATTGCTCCTCTAAATAGAGGCAACA-G
*
285909 -ACTTTGAAAAATAAATTGCTCCTCTAAACAGAGGCAACAG
1 AACTTTGAAAAATAAATTGCTCCTCTAAATAGAGGCAACAG
285949 AACTTTGAAAAA-AAAT
1 AACTTTGAAAAATAAAT
285965 AAATTACTCC
Statistics
Matches: 283, Mismatches: 41, Indels: 42
0.77 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
38 1 0.00
39 17 0.06
40 30 0.11
41 140 0.49
42 90 0.32
43 5 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.18, G:0.15, T:0.25
Consensus pattern (41 bp):
AACTTTGAAAAATAAATTGCTCCTCTAAATAGAGGCAACAG
Found at i:285859 original size:83 final size:82
Alignment explanation
Indices: 285580--285964 Score: 397
Period size: 83 Copynumber: 4.7 Consensus size: 82
285570 TGAATCCCAA
* * * * * * *
285580 ACTTTTAAAAATCAAATGGCTTCTCTGAATAGAGGCAACAGAACTTTGGAAAATAAATGGCTCCT
1 ACTTTGAAAAAT-AAATTGCTCCTCTAAACAGAGGCAACAGAACTTTGAAAAATAAATTGCTCCT
* ** * *
285645 CT-AATCAAAGGTTCAACG
65 CTAAAT-AGAGGCACCATG
* * * * * *** *
285663 ACTTTGAAAAATAAATGGCTCCTCTAATA-AAAGGC-TCA-ATGACTTTGGAGAATAAATAAATT
1 ACTTTGAAAAATAAATTGCTCCTCTAA-ACAGAGGCAACAGA--ACTTTGAAAAATAAATTGCTC
* *
285725 CTCTAAGTAGAAGCACCATG
63 CTCTAAATAGAGGCACCATG
* * * * *
285745 A-TTTCAAAAATAAA-TGCTCCTTTAAACAGAGGCACCACAACTTTGAAAAGTAAATTGCTCCTC
1 ACTTTGAAAAATAAATTGCTCCTCTAAACAGAGGCAACAGAACTTTGAAAAATAAATTGCTCCTC
285808 TAAATAGAGGCAACCATG
66 TAAATAGAGGC-ACCATG
285826 ACTTTGAAAAATAAATTGCTCCTCTAAACAGAGGCAACAGAACTTTGAAAAAATAAATTGCTCCT
1 ACTTTGAAAAATAAATTGCTCCTCTAAACAGAGGCAACAGAACTTTG-AAAAATAAATTGCTCCT
*
285891 CTAAATAGAGGCACCACG
65 CTAAATAGAGGCACCATG
285909 ACTTTGAAAAATAAATTGCTCCTCTAAACAGAGGCAACAGAACTTTGAAAAA-AAAT
1 ACTTTGAAAAATAAATTGCTCCTCTAAACAGAGGCAACAGAACTTTGAAAAATAAAT
285965 AAATTACTCC
Statistics
Matches: 254, Mismatches: 37, Indels: 24
0.81 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
79 1 0.00
80 41 0.16
81 27 0.11
82 63 0.25
83 94 0.37
84 28 0.11
ACGTcount: A:0.42, C:0.18, G:0.15, T:0.25
Consensus pattern (82 bp):
ACTTTGAAAAATAAATTGCTCCTCTAAACAGAGGCAACAGAACTTTGAAAAATAAATTGCTCCTC
TAAATAGAGGCACCATG
Found at i:286272 original size:97 final size:96
Alignment explanation
Indices: 286166--286350 Score: 205
Period size: 97 Copynumber: 1.9 Consensus size: 96
286156 TCGAGATTTG
* * *
286166 CATTTGCAAA-TTGCAAGACTCGCATCC-AACATTTAAAGATCCTT-ATTTGAATTTTGGAGATT
1 CATTTGCAAACTTG-AA-ACTCACATCCAAAAATCTAAAGAT-CTTCATTTGAATTTTGGAGATT
** * *
286228 CACATCCAAAAGTTCAAGGCTTTTCAAAGGTTCT
63 CACATAAAAAAATTCAAAGCTTTTCAAAGGTTCT
* * * * *
286262 CATTTGGCAAACTTGGAATTCATATCCAAAAATCTAAAGCTTTTCATTTGAATTTTGGAGATTCA
1 CATTT-GCAAACTTGAAACTCACATCCAAAAATCTAAAGATCTTCATTTGAATTTTGGAGATTCA
286327 CATAAAAAAATTCAAAGCTTTTCA
65 CATAAAAAAATTCAAAGCTTTTCA
286351 TTTTAGTTCA
Statistics
Matches: 73, Mismatches: 12, Indels: 7
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
96 14 0.19
97 56 0.77
98 3 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.18, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (96 bp):
CATTTGCAAACTTGAAACTCACATCCAAAAATCTAAAGATCTTCATTTGAATTTTGGAGATTCAC
ATAAAAAAATTCAAAGCTTTTCAAAGGTTCT
Found at i:286311 original size:44 final size:43
Alignment explanation
Indices: 286250--286353 Score: 104
Period size: 43 Copynumber: 2.4 Consensus size: 43
286240 TTCAAGGCTT
* * * **
286250 TTCAAAGGTTCTCATTTGGCAAACTTGGA-ATTCATATCCAAAAA
1 TTCAAAGCTTTTCATTT-G-AAACTTGGAGATTCACATAAAAAAA
**
286294 -TCTAAAGCTTTTCATTTGAATTTTGGAGATTCACATAAAAAAA
1 TTC-AAAGCTTTTCATTTGAAACTTGGAGATTCACATAAAAAAA
286337 TTCAAAGCTTTTCATTT
1 TTCAAAGCTTTTCATTT
286354 TAGTTCAAAG
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 7, Indels: 7
0.78 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
42 7 0.14
43 29 0.58
44 14 0.28
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (43 bp):
TTCAAAGCTTTTCATTTGAAACTTGGAGATTCACATAAAAAAA
Found at i:287785 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 287750--287792 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 2.2 Consensus size: 19
287740 CATTTTTTTT
287750 CTTTTTTTTTTATTTTC-C
1 CTTTTTTTTTTATTTTCAC
*
287768 CTTTTTTTTTCTGTTTTTCAC
1 CTTTTTTTTT-T-ATTTTCAC
287789 CTTT
1 CTTT
287793 CACCTTTCAC
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 3
0.84 0.04 0.12
Matches are distributed among these distances:
18 10 0.48
19 1 0.05
20 5 0.24
21 5 0.24
ACGTcount: A:0.05, C:0.19, G:0.02, T:0.74
Consensus pattern (19 bp):
CTTTTTTTTTTATTTTCAC
Found at i:287793 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 287783--287813 Score: 62
Period size: 7 Copynumber: 4.4 Consensus size: 7
287773 TTTTTCTGTT
287783 TTTCACC
1 TTTCACC
287790 TTTCACC
1 TTTCACC
287797 TTTCACC
1 TTTCACC
287804 TTTCACC
1 TTTCACC
287811 TTT
1 TTT
287814 GACCATTTTC
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
7 24 1.00
ACGTcount: A:0.13, C:0.39, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (7 bp):
TTTCACC
Found at i:294512 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 294467--294515 Score: 64
Period size: 18 Copynumber: 2.9 Consensus size: 17
294457 TTTTATTTTG
*
294467 ATAAATAA-AAAGTAAA
1 ATAAATAAGAAAATAAA
*
294483 ACAAATAAAGAAAATAAA
1 ATAAAT-AAGAAAATAAA
294501 ATAAATAAGAAAATA
1 ATAAATAAGAAAATA
294516 CCAAAAATTT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 3, Indels: 3
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.18
17 11 0.39
18 12 0.43
ACGTcount: A:0.76, C:0.02, G:0.06, T:0.16
Consensus pattern (17 bp):
ATAAATAAGAAAATAAA
Found at i:295771 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 295480--295942 Score: 495
Period size: 180 Copynumber: 2.6 Consensus size: 180
295470 TTAATTATCA
* * * * * *
295480 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAAT-AAGTATGCATAAATAGAAACAACTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAAT-TGTATGAATAGAAACAATTGATTT
* * * *
295544 ATGACAAAACAAAATGTCATTACAATTTGAAATAGAA-AATAATTCAAATAGA-CATGACTATTT
65 ATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATA-AATAATAATTCAAATA-ATCATAAATATTT
* * *** *
295607 GAACTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTGAATCTCAAACTTATTAATTTTTG
127 GAACTTGCTCGCTAAATAAATTTATTTTAAAAATCTCAAACTTATTAATGTTTG
* * * *
295661 GAATACTAATAAATTATTTTTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTG-TTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGATTTA
* *
295725 TGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAAATATTTGAA
66 TGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAAATAATAATTCAAATAATCATAAATATTTGAA
* ***
295790 CTTGCTCGCTAAATAGATTTATTTTAAAAATCTTTTACTTATTAATGTTTG
130 CTTGCTCGCTAAATAAATTTATTTTAAAAATCTCAAACTTATTAATGTTTG
* * * * * * *
295841 AAATTTTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCAAA-AAAGCTTTTATGAACAAAAACAGTTGATTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAA-ATTGTATGAATAGAAACAATTGATTT
* ** *
295905 ATTATTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAACAAATA
65 ATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAAATA
295943 GTCAAAATAT
Statistics
Matches: 234, Mismatches: 41, Indels: 14
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
179 7 0.03
180 142 0.61
181 81 0.35
182 4 0.02
ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (180 bp):
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGATTTA
TGACAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATAATTCAAATAATCATAAATATTTGAAC
TTGCTCGCTAAATAAATTTATTTTAAAAATCTCAAACTTATTAATGTTTG
Found at i:296438 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 295947--298354 Score: 1368
Period size: 181 Copynumber: 13.4 Consensus size: 181
295937 CAAATAGTCA
* * * * * * * * *
295947 AAATATTTATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAA-TAAAAATAATTATTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTATTTT
* * * ** * * * * * ***
296011 ATGACAAAACAAAATGTCATAACAAGTTGAAATAAATAATTGATGAAATAGCCATAACGGTTTGA
65 ATGAAAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGA
* *
296076 ACTT-GTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAA-TTGTC
130 A-TTAGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTAC-TATTAATTTTTG
* * * *
296127 ATAATATTAATAAATTTGAATTATTTTATTT-GAAAATAAGCTTAGATGAA-TAGAGAAAACATT
1 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG--AATAAGCTTATATGAACT-GA-AACA-ATT
* * * * * * * * *
296190 CTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCT-ATTTCAAACAGATAATTATTCAAACAATCCTAATT
60 ATTTTATGAAAAAACAAAAGGTTATA-ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATT
* * * *
296254 ATTTAAATTTGTTTAGTAAACAAATTCAATTTTTAAATCTCTTTACTATTAATTTTTG
124 ATTTGAATTAGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTACTATTAATTTTTG
* * * * * *
296312 GATTAATAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGCAACAATTCTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTA
* * * * * *
296377 TGAAAAAACAAAAGATTAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAGTAGTCATGATTATTTG-A
66 TGAAAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA
* * * * * **
296441 TCTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTTACTTATTAATTGTCA
131 T-TAGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTAC-TATTAATTTTTG
* * * * * *
296493 AAATATTAATAAATTAGTATTAGTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAACCAATTTTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTATTTT
* * * ** * * * *
296557 AT-AATAGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
65 ATGAA-AAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTG
* * *
296621 AACTAGTTT-GATAAA-TAATTTATTTTTTAAATC-C-CT--TATTAATTTTTG
129 AATTAGTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTACTATTAATTTTTG
* * * * ** * *
296669 AAATATTAATAGATTAGT-TCTACTTCATTTCGAATAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTAT-TATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTT
* * * *
296733 ATGATAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAG-CAATAATTATTTG
65 ATGAAAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAATTATTTG
* * * * *
296797 AACT-GGTTAGGTAAACATAA-TTATTTTTTAAATCTC-TTAGTTACTAATATTTG
129 AATTAGTTTA-GTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTTA-CTATTAATTTTTG
* * * * *
296850 AAATATTAATAAATTCA-T-TTCATTTTATTCCAAATAAGC-TAGTATGAATTCAAACAAACCTA
1 AAATATTAATAAATT-AGTATT-ATTTTATTTCGAATAAGCTTA-TATGAACTGAAAC-AA-TTA
* * * * ** **
296912 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGCTCATATAGTTTTAAACAT
61 TTTTATGAAAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTAT
* * * * **
296977 TTAAATTGGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTTGTTATTAATTTTTG
126 TTGAATTAGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTACTATTAATTTTTG
* * * * * * * ** * *
297033 GAATATTATTAGATTAGTGTTATTTTA-TTCTAAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTATTCT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTT
* * * ** * *
297097 AT-AATAGAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTTTATAATTGTTCAAATAATCA-AACTATTTG
65 ATGAA-AAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTG
* *
297160 AATTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTG
129 AATTAGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTAC-TATTAATTTTTG
* * * * * ** * * * *
297213 AAAGATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAAAAAGCTTGA-ATGTTC-AAATAAAATTCTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT-ATATGAACTGAA-ACAATTATTT
** * * * * *
297276 TATGACGAAACAAAAGGTAATAATGATTT-AAGATAAATAATTGTTGACATAGCCATAATTATTT
64 TATGAAAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTT
* * * * * * * * *
297340 AAACTA-ATTCGATAAATATATTCATTTTTTAAATCAC--T--TATTAAATTTTG
128 GAATTAGTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTACTATTAATTTTTG
* * * * * *
297390 GAATATTAATAAAATAGTTTTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTGAAAC-AATTATTTT
* ** * * * * * * * *
297455 ATGACAAAGTAAAAGGTGAAAACT-ATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGTCTTACTTGTTTG
65 ATGAAAAAACAAAAGGTTATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTG
* * ** * * * * *
297519 AACTACTTCGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTG
129 AATTAGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTACTATTAATTTTTG
* * * * *
297572 AAATAATATTAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAAGTAAGCTTATA-CAAGTTGAAACAATTATTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA-TAAGCTTATATGAA-CTGAAACAATTATTT
* * *
297635 TAT-AATAGAATAAAAGTTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG------------
64 TATGAA-AAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTT
* * * * *
297687 GAATTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-ATACTTATAAATGTTTG
128 GAATTAGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTAC-TATTAATTTTTG
* * * * *
297741 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAGGCATGTATG-A-TAAAAACAGTTATTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTATTT
* * ** * * * *
297803 TA-GACAAAACAAAA-TTTCATAACAATTTGAAATAGATAATAACTATTCAAATGGCCATTATTA
64 TATGAAAAAACAAAAGGTT-ATAATGATTTGAAATAGATAAT---TGTTCAAATAGTCATAATTA
** ** * * * *
297866 TTTGAA-CCGATTTCA-TAAACTGACTTATTTTTTTAATCTC-TAACTTATCAA---TTG
125 TTTGAATTAG-TTT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTAC-TATTAATTTTTG
* * * * * * *
297920 AAATACTAATAAAGTAATGTTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTA
* * * * *
297985 TGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA
66 TGAAAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA
* * * **
298050 CTT-GTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAAAT-TTTTTGTTTATTAATTTTTTG
131 -TTAGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTT-ACTATTAA-TTTTTG
* * * * *
298103 -AATGTTAATAAATTAGTAATATTTT-TTT-GAATAAGCATGTATGAACTGAAAAAAATTATTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTG-AAACAATTATTTT
** ** * * * * *
298165 ATGACTAAACAAAATTTTAGAATGGTTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTT-TTTA
65 ATGAAAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TTATTTG
* * * * ** *
298229 AACTAGTTTGGCAAACACATTTACATTTTAAAT-T-TCT--TATTAATTTTT-
129 AATTAGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTACTATTAATTTTTG
* * * * * * * * * *
298277 AGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCGAATAAGCTTTTGTGAACAGAAACAATTGTTTT
1 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTT
*
298342 ATGATAAAACAAA
65 ATGAAAAAACAAA
298355 GATCATAACG
Statistics
Matches: 1721, Mismatches: 395, Indels: 227
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
166 3 0.00
167 28 0.02
168 15 0.01
169 78 0.05
170 11 0.01
175 10 0.01
176 144 0.08
177 87 0.05
178 141 0.08
179 63 0.04
180 204 0.12
181 520 0.30
182 135 0.08
183 151 0.09
184 122 0.07
185 9 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTA
TGAAAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA
TTAGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTACTATTAATTTTTG
Found at i:297369 original size:721 final size:714
Alignment explanation
Indices: 295979--297686 Score: 1666
Period size: 721 Copynumber: 2.4 Consensus size: 714
295969 TTTTAATCCA
* * * * * * *
295979 AATAAACTTGTATGAATAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAAGTTGAAAT
1 AATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAA-TATTTGAAAT
* * ** *
296044 AAATAATTGATGAAATAGCCATAACGGTTTGAACTTGTTTA-GTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
65 AAATAATTGTTCAAATAG-CATAATTGTTTGAAC-TGCTTAGGTAAACAAA-TTATTTTTTAAAT
* * * * * **
296108 CTTTTACTTATTAATTGTCATAATATTAATAAATTTGAATTATTTTATTTGAAAATAAGCTTAG-
127 CTCTTAATTATTAATTTTGA-AATATTAATAAA-TT-ATTTATTTTA-TTCCAAATAAGC-TAGT
* * * * * *
296172 ATGAATAGAGA-AAACATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCT-ATTTCAAACAGATAAT
187 ATGAATTGAAACAAAC-TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATA-ATGATTTGAAATAGATAAT
* * * ** * *
296235 TATTCAAACAATCCTAATTATTTAAATTTGTTTAGTAAACAAATTCAATTTTTAAATCTCTTTAC
250 TGTTCAAATAGTCCTAAACATTTAAATTGGTTTAGCAAACAAATTCAATTTTTAAATCTCTTTAC
* * * * ***
296300 TATTAATTTTTGGATTAATAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGCA
315 TATTAATTTTTGGAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTATATGAACAAAA
* * * *
296365 ACAATTCTTTTATGAAAAAACAAAAGATTAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAGTAGTCA
380 ACAATTATTCTATGAAAAAACAAAAGATTAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCA
* * * * *
296430 TGATTATTTGATCTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAA
445 TAACTATTTGATCTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTGTCAAA
* * * * * * *
296495 ATATTAATAAATTAGTATTAGTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAACCAATTTTTTTATA
510 AGATTAATAAATTAATATTAGTTTAATCCAAAAAAGCTTGAATGAATAGAA-CAATTCTTATATA
* * * *
296560 ATAGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
574 AGAGAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAAATAACTATTCAAATAGCCATAACTATTTAAACT
* * * * * * *
296625 AGTTTGATAAATAATTTATTTTTTAAATCCCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTTCT
639 AATTCGATAAATAATTCATTTTTTAAATCACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAAATAGTTCT
296690 ACTTCATTTCG
704 ACTTCATTTCG
* * *
296701 AATAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAAT
1 AATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAAT-ATTTGAAAT
* * *
296766 ATATAATTGTTCAAATAGCAATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAACATAATTATTTTTTAAATC
65 AAATAATTGTTCAAATAGC-ATAATTGTTTGAACTGCTTAGGTAAACA-AATTATTTTTTAAATC
* *
296831 TCTTAGTTACTAATATTTGAAATATTAATAAATTCATTTCATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATG
128 TCTTAATTATTAAT-TTTGAAATATTAATAAATT-ATTT-ATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATG
* * * *
296896 AATTCAAACAAACCTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGCTC
190 AATTGAAACAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* ** * * * **
296961 ATATAGTTTTAAACATTTAAATTGGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTTGTTATTA
255 AAATAGTCCTAAACATTTAAATTGGTTTAGCAAACAAATTCAATTTTTAAATCTCTTTACTATTA
* * * * * *
297026 ATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTGTTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAACAAAAATAAT
320 ATTTTTGGAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTATATGAACAAAAACAAT
* * * * * * ** *
297091 TATTCTAT-AATAGAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTTTATAATTGTTCAAATAATCA-AAC
385 TATTCTATGAA-AAAACAAAAGATTAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAAC
* * **
297154 TATTTGAAT-TAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGA
449 TATTTG-ATCTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTGTCAAAAGA
* * *
297218 TTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAAAAAGCTTGAATGTTCAA-ATAA-AATTCTTATATGA
513 TTAATAAATTAATATTAGTTTAATCCAAAAAAGCTTGAATG---AATAGAACAATTCTTATAT-A
* * ** * * * * *
297281 CGA-AACAAAAGGTAATAATGATTT-AAGATAAATAATTGTTGACATAGCCATAATTATTTAAAC
574 AGAGAACAAAAAGTAATAACAATTTGAA-ATAAATAACTATTCAAATAGCCATAACTATTTAAAC
*
297344 TAATTCGATAAATATATTCATTTTTTAAATCACTTATTAAATTTTGGAATATTAATAAAATAGTT
638 TAATTCGATAAATA-ATTCATTTTTTAAATCACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAAATAGTT
* * * *
297409 TTATTTTATTTTG
702 CTACTTCATTTCG
* ** ** *
297422 AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAAATTGTTTTATGACAAAGTAAAAGGTGAA-AACTATTTGAA
1 AATAAACTTGTATGAACAAAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGT-AATAA-TATTTGAA
* * * * * * * * *
297486 ATAAATAATTATTCATATAGTCTTACTTGTTTGAACTACTTCGGCAAATAGATTTATTTTTTAAA
63 ATAAATAATTGTTCAAATAG-CATAATTGTTTGAACTGCTTAGGTAAACA-AATTATTTTTTAAA
* * *
297551 TCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATAATATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAGTAAGCT--TA
126 TCTCTTAATTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTA-T-TTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTA
* * * * * *
297614 TACAAGTTGAAAC-AA-TTATTTTATAATAGAATAAAAGTTTATAATGATTTGAAATAGATAATT
188 T-GAA-TTGAAACAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATT
297677 GTTCAAATAG
251 GTTCAAATAG
297687 GAATTAGTTT
Statistics
Matches: 801, Mismatches: 159, Indels: 54
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
719 2 0.00
720 214 0.27
721 299 0.37
722 272 0.34
723 14 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (714 bp):
AATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATATTTGAAATA
AATAATTGTTCAAATAGCATAATTGTTTGAACTGCTTAGGTAAACAAATTATTTTTTAAATCTCT
TAATTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTATTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATTGA
AACAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
TCCTAAACATTTAAATTGGTTTAGCAAACAAATTCAATTTTTAAATCTCTTTACTATTAATTTTT
GGAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTATTCT
ATGAAAAAACAAAAGATTAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGA
TCTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTGTCAAAAGATTAATAAA
TTAATATTAGTTTAATCCAAAAAAGCTTGAATGAATAGAACAATTCTTATATAAGAGAACAAAAA
GTAATAACAATTTGAAATAAATAACTATTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTAATTCGATAAAT
AATTCATTTTTTAAATCACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAAATAGTTCTACTTCATTTCG
Found at i:298091 original size:14 final size:15
Alignment explanation
Indices: 298062--298102 Score: 50
Period size: 14 Copynumber: 2.8 Consensus size: 15
298052 TGTTTGGTAA
298062 ATAAATTTATTT-TTT
1 ATAAATTT-TTTGTTT
298077 A-AAATTTTTTGTTT
1 ATAAATTTTTTGTTT
*
298091 ATTAATTTTTTG
1 ATAAATTTTTTG
298103 AATGTTAATA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 1, Indels: 4
0.82 0.04 0.14
Matches are distributed among these distances:
13 3 0.13
14 10 0.43
15 10 0.43
ACGTcount: A:0.29, C:0.00, G:0.05, T:0.66
Consensus pattern (15 bp):
ATAAATTTTTTGTTT
Found at i:298709 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 298380--301721 Score: 1718
Period size: 181 Copynumber: 18.8 Consensus size: 179
298370 AATTGGTTTG
* * *
298380 ATAAATAGATTTAGTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTA-AATATTAAAAAATTAGTATTAT
1 ATAAATAGATTTAATTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * ** *
298441 TTTATTCTGAAT-AATTTGTATGAATAGAAACAATTTTTTTAAAACAAAACAAAATG-TCATAAC
66 TTTATT-TGAATAAACTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAAT
* * * * * *
298504 AATTTGAAATAGATGATAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTCA
129 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA
**
298555 ATAAATAGATTTAATTTTTAAATTTCAAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
1 ATAAATAGATTTAATTTTTAAATTT-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * *** * * *
298620 TTTTATTATGAATAAAATTGAATGTGTAGAAACAATCGCTTTATGACAAAACAAAAGATCAAAAT
65 TTTTATT-TGAATAAACTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAT
* * *
298685 GATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTCT-CTCA
129 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCA
* *
298736 GTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAAT-TCTAATAAATTAGTAT
1 ATAAATAGATTTA-ATTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAGAATAT-TAATAAATTAGTAT
* ** * *
298799 TATTTTATTTCAA-ACAAGGTGTTATGAACAGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAA-AGTCA
63 TATTTTATTTGAATA-AACTTG-TATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCA
* * ** ** *
298862 TAATGATTTGAAATGGATAATTCTTTGAATAGTCATAACTATTTGAACACGTTTA
125 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA
* * *
298917 GA-AAA-A-ATATT-ATTTTTAAAATTTTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAAGAAATTTA-TA
1 -ATAAATAGAT-TTAATTTTT-AAATTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTA
* * * * * * * * *
298977 TTATTTTATTTGAAATAAGCTCGCATGAACA-TAACTAATTATTTTATGATAAAAC-AAAGGTAA
62 TTATTTTATTTG-AATAAACTTGTATGAAAAGAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCA
* * *
299040 TAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACATGTTCA
125 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA
** * * * *
299095 GCAAATAGA-TTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
1 ATAAATAGATTTAATTTTTAAATT-T-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
* * * ** * *
299159 ATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGCAT-ATA
64 ATTTTATTT-GAATAAACTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-ATCATA
* * * * **
299223 ATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATGACTATTTGAACTTATTTGG
127 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCA
* * * * * * *
299277 A-AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTT-GAAATATTAACAAATTAATAAT
1 ATAAATAGATTTAATTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATT
* * **
299340 ATTTTATACTGAATAAGCTTGTACCAACAA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TCAT
64 ATTTTAT-TTGAATAAACTTGTATGAA-AAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCAT
** * * * ** *
299403 AACAATTTGAAATAAATAATTGTTCCAATAGTCACAAAGATTTGAACTTGTTCG
126 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA
* * * * * *** * * *
299457 GTAAATAAATTTATTTTTTTCAATCTTTTACTTATTAATTATCCTAATGTTAAAAAATTTGTATT
1 ATAAATAGATTTA-ATTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * ** * * * *
299522 ATTTTATTCGAAATAAGCTTGTA-CAAACAAAAAAAATCATTTTACGAGAAAACAAAAGGTTATA
64 ATTTTATTTG-AATAAACTTGTATGAAA-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATA
** * * * * * * *
299586 ACAATTTCAAATAGATAATTGTTGAAATAGTTATAATTATTTAAACTTATTCG
127 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA
* * * * * **
299639 ATAAACAAATTCT-TTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTT-GAAATATTAATAGCTTAGTAT
1 ATAAATAGATT-TAATTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * * *
299702 TATTTTATTTCAAATAAACTT-TAT-ATAAACTAAAATAATTTTTTTATGATAGAACAGAAGGTC
63 TATTTTATTT-GAATAAACTTGTATGA-AAA--GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATC
* * * * * * * * * ** **
299765 TTAAGGATTTGAAATCGATATTTATTCAAATAGTCATGATTAATTGATCTAATTTG
124 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA
* * * * * * * *
299821 GTAAACATATTTATTTTTTTAATTTTTTAGTTATTAATTATT-GAAATATTAATAAAATAGTATT
1 ATAAATAGATTTA-ATTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATT
*** * * *
299885 ATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAA-AAACTATTATTTTAT-AGCAGAATA-AAAAG-TC
64 ATTTT-ATTTGAATAAACTTGTATGAA-AAGAAACAATTGTTTTATGA-CA-AA-ACAAAAGATC
* * * * **
299946 ATACA--ATTTGAAAGAAATAATTACTT-AAATAGTCAT-AC-ATATTGAAACTGGTTTG
124 ATA-ATGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTAT-TTG-AACTTGTTCA
* *
300001 ATAAATAGATTT-ATTTTCTAAA--TCT-CTTATTAATTTTT-GCAATATTATTAGAA-TAG---
1 ATAAATAGATTTAATTTT-TAAATTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATA-AATTAGTAT
* * * * * * * * *
300057 TA-TTT-TTT-AACAAACTTATATGAACAA-AAGCATTTATTTTTTGATAAAACAAAAGGTCACA
63 TATTTTATTTGAATAAACTTGTATGAA-AAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATA
* * **
300118 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTG
127 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA
* * * * * * *
300171 ATAAACAAAATTATTTTTTTAAATCCTTTACATATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTCA-TT
1 ATAAATAGATTTA-ATTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATT-AGTA
* ** *
300234 TTATTTTATTTTGAAT-AAGTTAGTATGAATTGAAA-AATTGTTTTATGATAAAAC---A-A--A
62 TTATTTTA-TTTGAATAAACTT-GTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCA
* * * * *
300291 -AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATACTCTTAACTATTGGAA-TTAGTTTA
125 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCA
** * * * * * *
300345 GCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTT-GAAATATTACTATATTAGTATT
1 ATAAATAGATTTAATTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATT
* ** * * * * *
300409 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAA-AATTAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATA
64 ATTTTATTT-GAATAAACTTGTATGAA-AAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATA
* * * * * * ** **
300473 ATGATTTGAAGTATACAACTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTAATTTG
127 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA
* * * * **
300526 GTAAACAAATTT-ATACTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTT-GAA-AGTTTAATAAATTAGTA
1 ATAAATAGATTTAAT-TTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAGAATA--TTAATAAATTAGTA
* * * * * *
300588 -TATTTTATTTCAAATAAACTTGTTTGATCAA-AAATAATTGTTATATGAC-AAACAAAAGCATA
62 TTATTTTATTT-GAATAAACTTGTATGA-AAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-ATC
* * * *
300650 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATGGCCAT-A--A--TG-A-TATG---A
124 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCA
* * * **
300697 ATAGAATGGATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAAT-AATTAGTAT
1 ATA-AATAGATTTAATTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTAT
* * * **
300760 TATTTTCTTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATTTC-AAACAAAA-AGTCA
63 TATTTT-ATTTGAATAAACTTGTATGAA-AAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCA
* * * * ** * **
300822 AAATGATTTGTAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTGCTTAAACTACTTCA
125 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA
** * * * * *
300877 GCAAATAGATTT-ATATTTTAAATCTCTTATTTATTAAATTTTGGAATATTATTAAATTAGTATT
1 ATAAATAGATTTAAT-TTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
* * ** * * * * * * * * *
300941 ATTTTATTTTGAATAAATTTATATGAACTGAAATATTTTATTTTATAACAGAATAAAAGGTTAAA
64 ATTTTA-TTTGAATAAACTTGTATGAAAAGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATA
*
301006 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG----AACTAGTTTG-----G----
127 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAACTTGTTCA
* * *
301047 -TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTGTA--TATT-ATTTTT-GAAATATTAATAAATTACTA
1 ATAAATAGATTTAATTTTTAAAT-T--TTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTA
** * * ** **
301107 TTATTTTATTTCGAATAGGCTTGTATGATGAA-AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATTTTG
62 TTATTTTATTT-GAATAAACTTGTATGA-AAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCA
* * * *
301171 TAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTCATAATTATTTGAAC-TGATTCG
125 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCA
* * * * * * *
301226 ATAAACTAG-CTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTT-GAAATACTAATAAAGTAGTAT
1 ATAAA-TAGATTTAATTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTAT
* ** ** * *
301289 TATTTTATTTTGAATAAACTTTTATGAACTGAAATGATTG-TTTATGATAAAA-AAAAGGTCATA
63 TATTTTA-TTTGAATAAACTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATA
* * * * * **
301352 TTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCAGAACTATTTGAACTTACTCA
127 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA
* * * * ** * *
301405 GTAAACAAATTTATTTTTTAAAATTTTTTGTGTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATT
1 ATAAATAGATTTAATTTTT-AAATTTTTACT-TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
* * * *
301470 ATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACTAA-AAA-AATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAT
64 ATTTTATTTG-AATAAACTTGTATGAA--AAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* * * **
301533 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTTG
126 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCA
* * * * * * * * * *
301587 GTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTGA-TTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATA
1 ATAAATAGATTTAATTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
*** * * * *
301651 TTTTACTCCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTGTGACAAAAC-AAA-ATCATAAT
65 TTTTA-TTTGAATAAACTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAT
*
301714 AATTTGAA
129 GATTTGAA
301722 CTAGTTTGAT
Statistics
Matches: 2464, Mismatches: 517, Indels: 369
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
167 52 0.02
168 54 0.02
169 57 0.02
170 52 0.02
171 54 0.02
172 91 0.04
173 71 0.03
174 81 0.03
175 46 0.02
176 26 0.01
177 8 0.00
178 117 0.05
179 212 0.09
180 431 0.17
181 661 0.27
182 428 0.17
183 20 0.01
184 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
ATAAATAGATTTAATTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTTGAATAAACTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGA
TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA
Found at i:299252 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 299220--299252 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
299210 ACAAAAGCAT
299220 ATAATGATTTGAAATAG
1 ATAATGATTTGAAATAG
*
299237 ATAATTATTT-AAATAG
1 ATAATGATTTGAAATAG
299253 TCATGACTAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
17 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (17 bp):
ATAATGATTTGAAATAG
Found at i:299448 original size:540 final size:538
Alignment explanation
Indices: 298405--301706 Score: 2461
Period size: 540 Copynumber: 6.2 Consensus size: 538
298395 TTTTAAATCT
* * *
298405 CTTATTAATTTTT-AAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTCTG-AATAA-TTTGTATGAATA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAACA
* * * ** * * * ** * * *
298467 GAAACAATTTTTTTAAAACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATGATAGTTCAAATGG
64 AAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * **
298532 ACATGACTATTTGAACTTGTTCA-ATAAATAGATTTAATTTTTAAATTTCAAACTTATTAATTTT
129 TCATAATTATTTGAAC-TGTTCAGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * ** * *
298596 T-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAAATTGA-ATG-TGTAGAAACAATCG
193 TGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTT-ATATGAACT-GAAATAATTG
* *
298658 CTTTATGACAAAACAAAAGATCA-A-AATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
255 TTTTATGACAAAACAAAAG-TCATATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * *
298721 ATTTAAACTCT-CTCAGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AAT-
319 ATTTGAACT-TATTCAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTGAAATA
* * * *
298783 TCTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAG-GTGTTATGAACAGAAACAATTGA-TTTATG
382 T-TAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTG-TATGAACAAAAACAATT-ATTTTATG
* * * * ** *
298846 ACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATGGATAATTCTTTGAATAGTCATAACTATTTGAACA
443 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACA
298911 CGTTTAGAAAAAATATTATTTTTAAAAT-TTTTA
508 -GTTTAGAAAAAAT-TTATTTTT-AAATCTTTTA
* * * * * *
298944 CTCATTAATTTTTGGAATATTAAGAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTCGCATGAACAT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAA
* * *
299009 AACTAATTATTTTATGATAAAAC-AAAGGTAATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAAT
65 AAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * *
299073 CATAACTATTTGAACATGTTCAG-CAAATAGATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTT
130 CATAATTATTTGAAC-TGTTCAGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* ** *
299137 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATTGTTTT
194 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACTGAAATAATTGTTTT
* * * *
299202 ATTACAAAACAAAAG-CATATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATGACTATTTG
259 ATGACAAAACAAAAGTCATATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
** * * * * *
299266 AACTTATTTGGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAACAA
324 AACTTATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
* * * ** *
299331 ATTAATAATATTTTATACTGAATAAGCTTGTACCAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
389 ATTAGTATTATTTTAT-TTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
* * * * * * * **
299396 ATGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCCAATAGTCACAAAGATTTGAACTTGTTCGGTAA
453 AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAAC-AGTTTAG-AA
*
299461 ATAAATTTATTTTTTTCAATCTTTTA
516 A-AAATTTA--TTTTTAAATCTTTTA
* *** * * * * **
299487 CTTATTAATTATCCTAATGTTAAAAAATTTGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTACAAACAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * * * ** * *
299552 AAAAAATCATTTTACGAGAAAACAAAAGGTTATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTGAAATAGT
65 AAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * *
299617 TATAATTATTTAAACTTATTC-GATAAACAAATTCTTTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTT
130 CATAATTATTTGAAC-TGTTCAGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
** ** * * *
299681 GAAATATTAATAGCTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTTATATAAACTAAAATAATTTTTT
194 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAC-TTATATGAACTGAAATAATTGTTT
* * * * * * * * * *
299746 TATGATAGAACAGAAGGTC-T-TAAGGATTTGAAATCGATATTTATTCAAATAGTCATGATTAAT
258 TATGACAAAACA-AAAGTCATATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * ** * * * *
299809 TGATCTAATTTGGTAAACATATTTATTTTTTTAATTTTTTAGTTATTAATTATTGAAATATTAAT
322 TGAACTTATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* *** * * * *
299874 AAAATAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACTATTATTTTAT-AGCAGAAT
387 AAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGA-CAAAAC
* * * * * * *
299938 AAAAAGTCAT-ACAATTTGAAAGAAATAATTACTT-AAATAGTCATACATA-TTGAAACTGGTTT
450 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAAATATTTG-AAC-AGTTT
300000 -GATAAATAGATTTATTTTCTAAATC---T-
512 AGA-AAA-A-ATTTATTTT-TAAATCTTTTA
* * * * *
300026 CTTATTAATTTTTGCAATATTATTAGA--ATAGTA-TTT-TTT-AACA-AA-CTTATATGAACAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATATTATTTTATTTGAA-ATAAGCTTGTATGAACAA
** * * * *
300084 AAGCATTTATTTTTTGATAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
65 AAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * *
300149 CATAATTATTTGAACTGGTT-TGATAAACAAAATT-ATTTTTTTAAATC-CTTTACATATTAATT
130 CATAATTATTTGAACT-GTTCAGATAAA-TAGATTCA-TTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATT
* * *
300211 TTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTTGAAT-AAGTTAGTATGAATTGAAA-AATT
191 TTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTA-TATGAACTGAAATAATT
* * * *
300273 GTTTTATGATAAAAC---A---A-A-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATACTCTTAACT
254 GTTTTATGACAAAACAAAAGTCATATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * *
300330 ATTGGAA-TTAGTTTAGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATAT
319 ATTTGAACTTA-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTGAAATAT
* * ** * *
300394 TACTATATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAATTAATTATTTTATGATAG
383 TAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAA
* * * * * * * * *
300459 AACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTATACAACTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTAATT
447 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAAC-AGTT
* * **
300524 TGGTAAACAAATTTATACTTTAAATCTCATA
511 TAG-AAA-AAATTTAT-TTTTAAATCTTTTA
* * * *
300555 CTTATTAATTTTTGAAAGT-TTAATAAATTAGTA-TATTTTATTTCAAATAAACTTGTTTGATCA
1 CTTATTAATTTTTGAAA-TATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * * *
300618 AAAATAATTGTTATATGA-CAAACAAAAGCATAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATG
64 AAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAG-GTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
300682 GCCATAATGATATGAA----T-AG---AATGGATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTT
128 GTCATAATTATTTGAACTGTTCAGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * *
300739 TGAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTCTTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTT
193 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACTGAAATAATTGTTT
** * * * **
300803 TATTTC-AAACAAAAAGTCA-A-AATGATTTGTAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTGCT
258 TATGACAAAAC-AAAAGTCATATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * * * * *
300865 TAAAC-TACTTCAGCAAATAGATTTATATTTTAAATCTCTTATTTATTAAATTTTGGAATATTAT
322 TGAACTTA-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAA
** * ** * * * *
300929 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAATTTATATGAACTGAAATATTTTATTTTATAACAGAA
386 TAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACA-ATTATTTTATGACAAAA
* * * *
300994 TAAAAGGTTAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG----AACTAGTTTG----G--TA
449 CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATA-TTTGAACAGTTTA
* * *
301049 -AATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTGTA
513 GAAAAAATTTA-TTTTTAAATCT--TTTA
* **
301077 --TATT-ATTTTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCG-AATAGGCTTGTATGATGA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAACA
* * ** ** * *
301138 AAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATTTTGTAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGG
64 AAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
301203 TCATAATTATTTGAACTGATTC-GATAAACTAGCTT-ATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTT
129 TCATAATTATTTGAACTG-TTCAGATAAA-TAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * *
301266 TTGAAATACTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATGAACTGAAATGATTG-T
192 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACTGAAATAATTGTT
* * * * *
301330 TTATGATAAAA-AAAAGGTCATAT--TTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCAGAACTAT
257 TTATGACAAAACAAAA-GTCATATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * *
301392 TTGAACTTACTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAAT-TTTTTGTGTATTAATTTTTTG-AATGT
321 TTGAACTTATTCAGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTTTTAGT-TATTAA-TTTTTGAAATAT
*
301455 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAA-AATTATTTTATGACT
383 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAAC-AAAAACAATTATTTTATGACA
* * * * * **
301519 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGT
446 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAA-CAGT
* * *
301584 TTGGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTA
510 TTAG-AAA-AAATTTA-TTTTTAAATCTTTTA
* * * * * * * ** * * *
301616 CTTATTGATTTTAG-AATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCAAATAAGCTTATATGAATAG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * *
301680 AAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAA
65 AAATAATTATTTTATGATAAAACAAAA
301707 TCATAATAAT
Statistics
Matches: 2201, Mismatches: 431, Indels: 260
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
518 1 0.00
519 23 0.01
520 104 0.05
521 11 0.00
522 2 0.00
523 5 0.00
524 141 0.06
525 82 0.04
526 61 0.03
527 10 0.00
528 158 0.07
529 128 0.06
530 14 0.01
531 28 0.01
532 234 0.11
533 119 0.05
534 17 0.01
535 66 0.03
536 5 0.00
538 3 0.00
539 67 0.03
540 336 0.15
541 123 0.06
542 19 0.01
543 92 0.04
544 163 0.07
545 182 0.08
546 6 0.00
547 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (538 bp):
CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAA
AATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
ATAATTATTTGAACTGTTCAGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACTGAAATAATTGTTTTAT
GACAAAACAAAAGTCATATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
CTTATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
TAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG
TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACAGTTTAGAAAAAAT
TTATTTTTAAATCTTTTA
Found at i:302139 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 301755--303334 Score: 1306
Period size: 180 Copynumber: 8.8 Consensus size: 180
301745 TTTTAAATCT
* * * ** *
301755 CTTATTAATTTTTG-AAATATTAAAAAATTATTATTATTTTA-TTCTTAATAATTTTGTATAAAT
1 CTTATTAATTTTTGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAAT
* ** ** * * *
301818 AGAAACAATTGTTTTACAACAATGCAAAATATCATAACAATTTGAAATAGATGA-TAGTTCAAAT
65 AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAAT
* * ***
301882 A--C---AC-----AAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAA
129 AGTCATAACTATTTAAAC-TGTTCGGTAAACAGA-TTATTTTTTAAATCTTTTA
* * **
301926 CTTATTAATTTTT-AGAATATTTATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATA
1 CTTATTAATTTTTGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * * *
301990 GAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGATTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
66 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
** *
302055 TCATAACTATTTAAACTCACTCGGTAAATAGATTATTTTTTAAATCTTTTA
131 TCATAACTATTTAAACT-GTTCGGTAAACAGATTATTTTTTAAATCTTTTA
** * *
302106 CTTATTAATTTTTGAAAAT-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTACGAATA
1 CTTATTAATTTTTGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA
* * * *
302170 GAAACAATTGA-TTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATA
66 GAAACAATT-ATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
** * ** * * *
302234 GTCATAAAAATTTGAACGTGTTTAGAAAATATATCTATTTTTTAAAT-TTTTA
130 GTCATAACTATTTAAAC-TGTTCGGTAAACAGAT-TATTTTTTAAATCTTTTA
* * *
302286 CTTATTAAATTTTG-GAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGCATGAA
1 CTTATTAATTTTTGAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * * * *
302348 CAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGAT
64 TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * *
302413 AATCATAACTATTTAAACGTGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAATTCTCTTA
129 AGTCATAACTATTTAAAC-TGTTCGGTAAACAGATT-ATTTTTTAAATCTTTTA
* * * *
302467 CTCATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTCAAAAAAGCTTATATAAACT
1 CTTATTAATTTTTGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-T
* * * * *
302530 -GAAACAATTATTTTATTG-CAAAACAAAAGGTCACAATGATTTAAAATAGATAATTATTCACAT
65 AGAAACAATTATTTTA-TGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * *
302593 AGTCATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
129 AGTCATAACTATTTAAAC-TGTTCGGTAAACAGA-TTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * *
302647 CTTATT-ATTTGTCAAAATATTATTAAATTAATATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTAT-AAT
1 CTTATTAATTTTTGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-
* * * * *
302709 TAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAACAATTTAAAATAAAAAATTATTCAAA
64 TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
** * **
302773 TAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
128 TAGTCATAACTATTTAAAC-TGTTCGGTAAACAGA-TTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * *
302828 CTTGTTAATTGTCTT---AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATAAA
1 CTTATTAATT-T-TTGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * ** * *
302890 TAGAAAAAAATCATTTTATGAGAAAATAGAAGATTATAGTGATTTCAAATAGATAATTATTGAAA
64 TAG-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * * *
302955 TAGTTATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAACATATTCATTTTTTAAATCTCTTA
128 TAGTCATAACTATTTAAAC-TGTTCGGTAAACAGATT-ATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * * ** * *
303010 ATTATTAATTTTTG-GAATATTAATAACTTAGTATTATTCTAATTCAAATAATTTTATGTGAACT
1 CTTATTAATTTTTGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-T
* * * * * *
303074 A-AAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATATTTAATCAAATA
65 AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * * *
303138 GTCATGACTATTTGATCTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTA
130 GTCATAACTATTTAAACT-GTTCGGTAAACAGA-TTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * *
303191 CTTATTAA-TTGTCAAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATA
1 CTTATTAATTTTTGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * * * * *
303255 GAAACTATTATTTTATAATAGAACAAAA-AGTCATAACAATTTGAAACAAATAATTCCTT-AAAT
66 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACGATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAAT
* *
303318 ACTTATAACTATTTAAA
129 AGTCATAACTATTTAAA
303335 TTGGTTTAAT
Statistics
Matches: 1142, Mismatches: 216, Indels: 92
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
171 101 0.09
172 4 0.00
173 1 0.00
176 2 0.00
179 11 0.01
180 445 0.39
181 428 0.37
182 145 0.13
183 4 0.00
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
CTTATTAATTTTTGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA
GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
TCATAACTATTTAAACTGTTCGGTAAACAGATTATTTTTTAAATCTTTTA
Found at i:302146 original size:851 final size:848
Alignment explanation
Indices: 301009--302557 Score: 1994
Period size: 851 Copynumber: 1.8 Consensus size: 848
300999 GGTTAAAACG
* * * * *
301009 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCT
1 ATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAAAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCA
* * ***
301074 GTATATTATTTTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCGAATAGGCTTGTATGATGAA
66 CTATATTATTTTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGATGAA
* ** * * * *
301139 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATTTTGTAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGT
131 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATTATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
* * * * *
301204 CATAATTATTTGAACTGATTCGATAAACTAGCTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTG
196 CATAACTATTTAAACTCACTCGATAAACTAGATTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTG
* **
301269 AAATACTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATGAACT-GAAATGATTG-TTT
261 AAATACTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTACGAA-TAGAAACAATTGATTT
* * * * * **
301332 ATGA-TAAAAAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCAGAACTATTTGA
325 ATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGCCAGAAAAATTTGA
* * * ** * * *
301396 ACTTACTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATTTTTTGTGTATTAATTTTTTGAATGTTAATAA
390 ACGTACTCAGAAAACAAATCTATTTTTT-AAATTTTTACT-TATTAAATTTTGGAATATTAATAA
** * *
301461 A-TTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAAAAATTATTTTATGACTAAACA
453 ATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAAC-AGAAAAAATTATTTTATGACAAAACA
* * * * *
301524 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTA-ATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTTG
516 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATT-TAGATAATCATAACTATTTAAACGT-GTTCG
* * * * *
301587 GTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTGATTTTAG-AATATTATTAATTTAGCAATA
579 GTAAACACATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTA-CAATA
* * *
301651 TTTTACTCCAAATAAGCTTATATGAA-TAGAAACAATTGTTTT-GTGACAAAACAAAATCATAAT
643 TTTTACTCCAAAAAAGCTTATATAAACT-GAAACAATTATTTTAGTG-CAAAACAAAATCATAAT
301714 AATTTGAACTAGTTTGATCAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAAA
706 AATTTGAACTAGTTTGATCAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAAA
301779 AAATTATTATTATTTTATTCTTAATAATTTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTACAACAATGCA
771 AAATTATTATTATTTTATTCTTAATAATTTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTACAACAATGCA
301844 AAATATCATAACA
836 AAATATCATAACA
* *
301857 ATTTGAAATAGATGATAGTTCAAATACACAAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
1 ATTTGAAATAGATAATAGTTCAAAT--A-AAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
* *
301922 CCAACT-TATTAATTTTT-AGAATATTTATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTAT
63 CC-ACTATATT-ATTTTTGA-AATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTAT
* * * *
301985 GAAT-AGAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGATTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTC
125 G-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATTATAACGATTTGAAATAAATAATTATTC
* * * *
302049 AAATAGTCATAACTATTTAAACTCACTCGGTAAA-TAGATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
189 AAATAGTCATAACTATTTAAACTCACTCGATAAACTAGATTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCA
* * *
302113 ATTTTTGAAA-ATTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTACGAATAGAAACAA
254 ATTTTTGAAATA-CTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTACGAATAGAAACAA
* *
302177 TTGATTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAAA
318 TTGATTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGCCAGAAA
** * * *
302242 AATTTGAACGTGTTTAGAAAATATATCTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAAATTTTGGAATATT
383 AATTTGAACGTACTCAGAAAACAAATCTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAAATTTTGGAATATT
** *
302307 AATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACAGAACCAATTGTTTTATGACAAA
448 AATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAA
* *
302372 ACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAATCATAACTATTTAAACGTGTTC
513 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAGATAATCATAACTATTTAAACGTGTTC
* * * * * *
302437 GGTAAATAGATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATATTA
578 GGTAAACACATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTACAATA
* * *
302502 TTTTATTTCAAAAAAGCTTATATAAACTGAAACAATTATTTTATTGCAAAACAAAA
643 TTTTACTCCAAAAAAGCTTATATAAACTGAAACAATTATTTTAGTGCAAAACAAAA
302558 GGTCACAATG
Statistics
Matches: 590, Mismatches: 93, Indels: 33
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
848 23 0.04
850 6 0.01
851 328 0.56
852 160 0.27
853 73 0.12
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (848 bp):
ATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAAAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCA
CTATATTATTTTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGATGAA
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATTATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
CATAACTATTTAAACTCACTCGATAAACTAGATTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTG
AAATACTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTACGAATAGAAACAATTGATTTA
TGACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGCCAGAAAAATTTGAA
CGTACTCAGAAAACAAATCTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAAATTTTGGAATATTAATAAATT
TATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG
TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAGATAATCATAACTATTTAAACGTGTTCGGTAAACA
CATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTACAATATTTTACTC
CAAAAAAGCTTATATAAACTGAAACAATTATTTTAGTGCAAAACAAAATCATAATAATTTGAACT
AGTTTGATCAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTATTAT
TATTTTATTCTTAATAATTTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTACAACAATGCAAAATATCATA
ACA
Found at i:302407 original size:360 final size:362
Alignment explanation
Indices: 301908--303270 Score: 1348
Period size: 363 Copynumber: 3.8 Consensus size: 362
301898 TAAACAAATT
*** * *
301908 TATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTTATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCA
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAATTTTAGAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTA-TTCA
** * * * * *
301972 AATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGATTATAACGATTTGAAAT
65 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * *
302037 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTCACTCGGTAAATAGA-TTATTTTTTAAATC
130 AAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-ATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC
** * *
302101 TTTTACTTATTAATTTTTGAAAAT-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTAC
194 TTTTACTTATTAATTTTTGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT
* * *
302165 GAATAGAAACAATTGA-TTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTCTTC
259 AAATAGAAACAATT-ATTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTC
* *
302229 AAATAGTCATAAAAATTTGAACGTGTTTAGAAAATATATC
323 AAATAGTCATAAATATTTGAACTTGTTTAGAAAATATATC
*
302269 TATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAAATTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAA
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAATTTTAGAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTC-A
* * * *
302332 AATAAGCTTGCATGAACAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAAT
65 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * * * * * *
302397 AGATAATTGTTTAGATAATCATAACTATTTAAACGTGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAATTC
130 AAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC
* * * *
302462 TCTTACTCATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTCAAAAAAGCTTATAT
194 TTTTACTTATTAATTTTTGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT
* *
302525 AAACT-GAAACAATTATTTTATTG-CAAAACAAAAGGTCACAATGATTTAAAATAGATAATTATT
259 AAA-TAGAAACAATTATTTTA-TGACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATT
* * * * * * * *
302588 CACATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATT
322 CAAATAGTCATAAATATTTGAACTTGTTTAGAAAATATATC
* * *
302629 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATT--ATTTGTCAAAATATTATTAAA-TTAATATTATTTTAATT
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAATTT-T-AGAATATTAATAAATTTAGTATTATTTT-ATT
** * * * * *
302691 TGAATAAGCTTGTAT-AATTAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAA
63 CAAATAAGCTTGTATGAA-CAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* ** * * **
302755 AATAAAAAATTATTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAA
127 AATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAA
* * *
302820 ATCTTTTACTTGTTAATTGTCTT---AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCT
191 ATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT
* * * * * * * * *
302882 TGTATAAATAGAAAAAAATCATTTTATGAGAAAATAGAAGATTATAGTGATTTCAAATAGATAAT
254 TGTATAAATAG-AAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAAT
* * * * *
302947 TATTGAAATAGTTATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAACATAT-TC
318 TATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTTGTTTAG-AAA-ATATATC
* * * * * *
302993 -ATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAAT-AACTTAGTATTATTCTAATTCA
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAATTTTAGAATATTAATAAATTTAGTATTATT-TTATTCA
** * * * * *
303056 AATAATTTTATGTGAACTA-AAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAA
65 AATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * * * * *
303120 TAGATATTTAATCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAAT
129 TAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTA-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT
* * * * * *
303185 TTTTTACTTATTAA-TTGTCAAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTA
193 CTTTTACTTATTAATTTTTGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTA
* *
303249 TGAATAGAAACTATTATTTTAT
258 TAAATAGAAACAATTATTTTAT
303271 AATAGAACAA
Statistics
Matches: 819, Mismatches: 151, Indels: 63
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
359 8 0.01
360 261 0.32
361 221 0.27
362 51 0.06
363 265 0.32
364 8 0.01
365 5 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (362 bp):
TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAATTTTAGAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTCAA
ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
AATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
TTACTTATTAATTTTTGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATAA
ATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAA
TAGTCATAAATATTTGAACTTGTTTAGAAAATATATC
Found at i:302768 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 301887--303331 Score: 1302
Period size: 181 Copynumber: 8.0 Consensus size: 180
301877 CAAATACACA
* * *** * * *
301887 AACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTTATAA
1 AACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAA
** * * *
301952 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAGAAC-AA
66 ATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
* * * *
302016 AAGATTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTA
130 AAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
*** * *
302068 AACTCACTCGGTAAATAGA-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAAT-TTAATA
1 AACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTCAAAATATTAATA
* * *
302131 AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTACGAATAGAAACAATTGA-TTTATGACAAAA-A
65 AATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-ATTTTATGACAAAACA
* * **
302194 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAAAAATTTG
128 AAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* ** * * * * **
302248 AACGTGTTTAGAAAATATATCTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAAATTTT-GGAATATTAATA
1 AACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTTTCAAAATATTAATA
* * * * *
302311 AATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACA
65 AA-TTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACA
* * * * * * * *
302375 AAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAATCATAACTATTTA
128 AAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * * **
302428 AACGTGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAA
1 AACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAA
* * *
302493 ATTA-TATTATTTTATTTCAAAAAAGCTTATATAAACT-GAAACAATTATTTTATTG-CAAAACA
66 ATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTA-TGACAAAACA
* * * * * *
302555 AAAGGTCACAATGATTTAAAATAGATAATTATTCACATAGTCATGACTATTTG
128 AAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* *
302608 AACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTGTCAAAATATTATTA
1 AACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT-TCAAAATATTAATA
* * *
302672 AATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTAT-AATTAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACA
65 AATTAGTATTATTTT-ATTTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACA
* * * * **
302736 AAAAGTCATAACAATTTAAAATAAAAAATTATTCAAATAGTCATAAAGATTTG
128 AAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
** * * **
302789 AACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTGTTAATTGTCTTAATATTAATAA
1 AACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAA
* * * * * *
302854 ATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATAAATAGAAAAAAATCATTTTATGAGAAAA-TA
66 ATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTATTTTATGACAAAACAA
* * ** * * * * *
302918 GAAGATTATAGTGATTTCAAATAGATAATTATTGAAATAGTTATAATTATTTA
129 AAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * ***
302971 AACTTGTTTGGTAAACATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAATAA
1 AACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAA
* * * ** * * * *
303036 CTTAGTATTATTCTAATTCAAATAATTTTATGTGAACTA-AAATAATTTTTTTATGACAAAACAA
66 ATTAGTATTATT-TTATTTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
* * * * *
303100 AAGGTTATAACGATTTGAAATAGATATTTAATCAAATAGTCATGACTATTTG
129 AAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * * * *
303152 ATCTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAACAA
1 AACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAA
** * * * *
303217 ATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTATTTTATAATAGAACAAA
66 ATTAGTATTATTTT-ATTTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
* * * * * *
303282 AAGTCATAACAATTTGAAACAAATAATTCCTT-AAATACTTATAACTATTT
130 AAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAATAGTCATAACTATTT
303332 AAATTGGTTT
Statistics
Matches: 1023, Mismatches: 208, Indels: 66
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
179 9 0.01
180 432 0.42
181 434 0.42
182 142 0.14
183 6 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAA
ATTAGTATTATTTTATTTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA
AGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
Found at i:302957 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 302936--302968 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
302926 TAGTGATTTC
302936 AAATAG-ATAATTATTG
1 AAATAGTATAATTATTG
302952 AAATAGTTATAATTATT
1 AAATAG-TATAATTATT
302969 TAAACTTGTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGTATAATTATTG
Found at i:303890 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 303430--305058 Score: 1116
Period size: 181 Copynumber: 9.1 Consensus size: 181
303420 AACAATCCGA
* * ** * ** * * *
303430 AAATGGATAATTATTCAAATAGTTACCATTA-TTGAACTGGTTAGGTAAATAAAATTATTTTTTA
1 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTA
* * *
303494 AATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTA-TTCTGAACAAGCT
66 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCT
* * ** * *
303557 AGTATGAATTGAAAA-TTTTGGTTTATGCA-AAAACAAAA----AT---GATTTA
129 TGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATG-ATAAAACAAAAGGTTATAACGATTTG
* * * * *
303603 AAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAAATATTTGAACTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTA
1 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTA
* * * * *
303668 AATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
66 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
* * * * * *
303733 TAGGAATAGAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAATGACTTG
131 TATGAATAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACGATTTG
* * * * *
303784 AAATATACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAATTTGGTAAACAGATTTATTTTGTA
1 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTA
* * * * * *
303849 AATCTCTTACTCATTAGTTTTTGAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTG
66 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
* ** * * *
303914 T-TCG-ATAAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATGACAATTTG
131 TAT-GAAT-AAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACGATTTG
* * * * * * * ** * **
303965 AAATAGATAACTATTGAAATGGCCATAATTATTTGAATTGATTTGGTAAACTGATTCACCTTTTA
1 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTA
** * * * *
304030 AATCAATTAATTATTAATTTTT-AGAATATTAATTAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTT
66 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT
** * * * *
304094 GTATGAATTCAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAA-GATTTT
130 GTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACGATTTG
* * * * * * * * *
304145 CAATTGACAATCATTCAAATAATCATAAGTATTTGAATTTGA-TTGGTAAAAAAATTTATTTTTT
1 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTAATTTGGTAAACAAATTTA-TTTTT
** * * *
304209 TAAA-CTCTTGTTTATTATTTTTTGAAATATTAAGAAATTAG--TTA---T-TTT-GGATAAGCT
64 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCT
* * * * * *
304266 TTTATGAA-ATGAAACAATTGTTTTAT-TTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTT
129 TGTATGAATA-AAAACAATTGTTTTATGAT-AAAACAAAAGGTTATAACGATTTG
** * * ** * * *
304319 ATGTA-ATTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTCTTCGATAAACAGATTTATTTTTT
1 AAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTGGTAAACAAATTTATTTTTT
* * * *
304383 CAAATCTTTTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTTAG-ATTATTTTA-TGCTGAATA
65 -AAATC-TCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-GAATA
** * * * * ** * *
304445 AGAATGTAAG-ATATGAAACAAATATTTTATGA-CCAACAAAAGGTTAGAATGATTTG
125 AGCTTGTATGAATA-AAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACGATTTG
** ** * * * * * *
304501 AAATAGATAATTATTTTAATAGTTTTAACTATTTGAACAAATTTAGCAAATAACTTTCTTTTTTA
1 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTA
* * * **
304566 AA--TC-T-CTTATTCATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCGAATAAGCTT
66 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTT
* * * * * *
304626 CTATG-ATAAAAATTAATTGTTTAACGATAGAAC-AAAGATCT-TAACGATTTG
130 GTATGAATAAAAA-CAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGT-TATAACGATTTG
* * * * * * * *
304677 ATACTA-ATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTTAACTTATTTGATAAACATATTTGTTTTTT
1 A-AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTGGTAAACAAATTTATTTTTT
* * *
304741 AAATCTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
65 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT
** * * * *
304806 GTATGACCAAAAACAATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAACAATTTG
130 GTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACGATTTG
** * * * * * *
304858 AAATAGATAATCGTTCAAATAGCCATAATTATTTTAATTGATTTGATAAACAAATTTATTTTTTA
1 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTA
* * * * *
304923 AATTTCTTACTTGTT-ATTTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCATTTAAGCT
66 AATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCT
* * * * * *
304986 TGTATTAACT-TAAACAATTGTTTTATGACAAATCAAAATGTTATAACGATTTT
129 TGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACGATTTG
* *
305039 AAATAGACAATTGTTCAAAT
1 AAATAGATAATTATTCAAAT
305059 GGTAAATAAA
Statistics
Matches: 1128, Mismatches: 268, Indels: 112
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
173 84 0.07
174 150 0.13
175 18 0.02
176 127 0.11
177 19 0.02
178 11 0.01
179 1 0.00
180 147 0.13
181 478 0.42
182 66 0.06
183 27 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTA
AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
TATGAATAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACGATTTG
Found at i:305437 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 305192--305849 Score: 492
Period size: 181 Copynumber: 3.6 Consensus size: 178
305182 TATTAGAACA
* * * ** * * * * * *
305192 ATTTCAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACTA-ATTTGGTAAACAAATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAAATATTTAAAC-AGGTTCGATAAATAGATTTAT
*
305256 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTTAAATTAGTATTATTTTA-ATCAAAA
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTA-TTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAA
* * * *
305320 TAAGCTTGTACGAACAAAAAAATTGTTTTGCAACAAAAGAAAAGGTCATAATG
128 TAA-CTTATACGAACAAAAAAATTGTTTTG-AACAAAACAAAAAGTAATAATG
* * * * * *
305373 ATTTAAAATAGATAATTATTCATATAATCTTAAATATTTAAACAGGTTCAACAATTAGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAAATATTTAAACAGGTTCGATAAATAGATTTATT
* * ** * * * *
305438 TTTTAATTTTCTTGGTTACTAAGTTTTGAAATATGATTAAATTATTATTATTTTATTTC-AAATA
66 TTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAAT-
* * * * ** * * * *
305502 AAATAATATGAATAGAACCAATT-ATTTGATGACAAAATAAAATGTTATAATG
129 AACTTATACGAACA-AAAAAATTGTTTTGA--ACAAAACAAAAAGTAATAATG
* * * * * *
305554 ATTTGAAATAGAAAATTATTCAAATGGTC-AAAACTATTT-GACATGGTTTGTTAAATAGATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAAA-TATTTAAACA-GGTTCGATAAATAGATTTA
* * *
305617 CTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAC
64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA-
*
305682 A-AACTTAT-CTTAACAAAAACAATTGTTTT-ATGACAAAACAAAAAGTAATAATG
127 ATAACTTATAC-GAACAAAAA-AATTGTTTTGA--ACAAAACAAAAAGTAATAATG
* * * * *
305735 GTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAAATATTTAAGC-TGTTCGATAAATAGAATTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCT-TAAATATTTAAACAGGTTCGATAAATAGATTTAT
* * * * * * * *
305798 TTTCTAAACCTCTTACTCATAAATTTTTGGAATGTTAATAAATTAGTTTTAT
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTATTAAATTAGTATTAT
305850 CCTATTTCGA
Statistics
Matches: 369, Mismatches: 89, Indels: 39
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
179 2 0.01
180 104 0.28
181 249 0.67
182 13 0.04
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAAATATTTAAACAGGTTCGATAAATAGATTTATT
TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAATAA
CTTATACGAACAAAAAAATTGTTTTGAACAAAACAAAAAGTAATAATG
Found at i:306026 original size:158 final size:157
Alignment explanation
Indices: 305828--306115 Score: 384
Period size: 158 Copynumber: 1.8 Consensus size: 157
305818 AAATTTTTGG
* * * * * *
305828 AATGTTAATAAATTAGTTTTATCCTATTTCGAATATGCTTGTATGAGTTGAAATAATTGTTTTAT
1 AATGTTAATAAATTAGTATTATCCTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTATAT
* * *
305893 GAC-AAACAAAAGGTCATAGCAA-TTTGAAATAAATAATTGTTC-ATATAGTCTTAATTGTTTGA
66 GACTAAACAAAAGGT--TAG-AATTTTGAAATAAATAATTATTCTA-ATAGTCTTAACTATTTGA
305955 ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAAATA
127 ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAAATA
** *
305986 AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTATAT
1 AATGTTAATAAATTAGTATTATCCTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTATAT
*
306051 GACTAAACAAAAGGTTAGAATGTTTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAAC
66 GACTAAACAAAAGGTTAGAA--TTTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAAC
306116 TGGTTTAGCA
Statistics
Matches: 112, Mismatches: 13, Indels: 9
0.84 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
156 2 0.02
157 3 0.03
158 59 0.53
159 47 0.42
160 1 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (157 bp):
AATGTTAATAAATTAGTATTATCCTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTATAT
GACTAAACAAAAGGTTAGAATTTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACAA
AAGGTCATAACAATTTGAAATAAAATA
Found at i:306403 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 305985--308252 Score: 1270
Period size: 180 Copynumber: 12.6 Consensus size: 178
305975 GAAATAAAAT
* ** * * * * *
305985 AAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTATA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * * * * *
306050 TGACTAAACAAAAGGTTAGAATGTTTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA
66 TGAC-AAA-AAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * *
306115 CTGGTTTAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTC--C-TATTAATTTTTA
129 CTGATTCAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTA
* * * * * *
306162 AAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCCGAATAAGCTTTGATG-ATCAGAAATAATTGTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCAAATAAACTTTTATGAAT-AGAAACAATTGTTT
* * * *
306225 TATGAGAAAATAAAGATCATAATGATTTGATATTGATATTTACTCAAATAGTCATAACTATTTGA
64 TATGACAAAA-AAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGA
** * * *
306290 ACTGATTCAAAAAACA-ATTTTAGTTTTTGAATCTCTTGCTTATTAATTTTCA
128 ACTGATTCAGTAAACACA-TTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTA
* * *
306342 AAATATTAATAAAGTAGCATTATTTTATTTCAAATAAATTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTTTATGAA-TAGAAACAATTGTTTT
* * * * ** * * * *
306406 ATGACAAAACAAAAGCTCATAATAACTTTAAATAGTTAGAATGATTGTTTAAAAAGTCA-AATTT
65 ATGAC-AAA-AAAAGATCATAATGA-TTTGAA-A--TAG-ATAATTACTCAAATAGTCATAACTA
* ** ** * * * *
306470 TTTTAACTTTTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATATCTTGCTCATTAATTTTTT
123 TTTGAACTGATTCAGTAAACACATTTA-TTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTA
* * * * * * * *
306528 GAATGTTAATAAATTAGTATTACTTTA-TTCTAAATAAGCTTTTATGAAAATTAAATAATTGCTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTTTATGAATA-GAAACAATTGTTT
* * * * * *
306592 TATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATTGTCTTAACTATTTG
64 TATGAC-AAA-AAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * *
306657 AACTAATTCAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
127 AACTGATTCAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTA
* * * * * *
306710 GAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAA-AAAGAACAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTTTATGAATAGA-AACAATTGTTTT
* * * ** * *
306774 ATGACAAAATAAAGATAAT-A-GCATTTTAAGATAGATAACTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTA
65 ATGACAAAA-AAAGATCATAATG-ATTTGAA-ATAGATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * *
306837 AACTGTTTC-GAAAAAAAGATTTAGTTTTTAAA--TC-TCTTATTAATTTTTA
127 AACTGATTCAG-TAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTA
** * * * * *
306886 AAATATTAATAGGTTAGTATTATTTTA-ATCTGAAT-AATTTTTCATGAATAGAAGCAATTCTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTTT-ATGAATAGAAACAATTGTTT
* * * * * * *
306949 TATAACAAAAAAATAGTCATAACGATTTGAAATAAATAA-TAGCTTAAATAGACATGACTATTTG
64 TATGACAAAAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-CTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * ** *
307013 AACTTG-TTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTCAACTTAATAATTTTTA
127 AAC-TGATTCAGTAAACACATTTATTTTTTAAATC-TCTTCTTATTAATTTTTA
* * * *
307066 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAATTGTGTGAATAGAAACAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * * **
307131 TGACAAAACAAAAGATCATAA-CATTTAAAATAAATATTTGTTCAAATA---AT--C-A-TT-AA
66 TGAC-AAA-AAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * *
307187 C---CTC-GATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATATTCA
129 CTGATTCAG-TAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTA
* * * * ** **
307235 GAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAGGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGCTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* ** * *
307300 TGACAAAACAAAAAGTCATAACAATCTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-AA
66 TGACAAAA-AAAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * ** * * * *
307364 GTGTGTTTAAAAAACATATTTATTTTTTAAAT-T-TTACGTATTAACTTTTG
129 CTG-ATTCAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTA
* * * * ** *
307414 GAATATTAATTAATTTA-TATTATTTTACTTGAAA-AAAGCTTGCATGAATA-AAACCAATTATT
1 AAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAA-CTTTTATGAATAGAAA-CAATTGTT
* * * ** * * *
307476 TTATAACAAAAGAAATGGT-ATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAATTATAACTATTT
63 TTATGACAAAA-AAA-GATCATAATGATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * *
307540 AAACAT-ATT-ATGTAAACAAATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTA
126 GAAC-TGATTCA-GTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTA
* * * * *
307594 GAATATTAATACATTAGTATTATTTTATTTAAAATAAACTTATATGAATGGAAACAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * * * *
307659 TTATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATATTCATAACTATTTGAA
66 TGA-CAAA-AAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * *
307724 CTTG-TTAAGT-AA-ACATATATTTTTGTAAATCT-TGTACTTATT--TTTTAAA
129 C-TGATTCAGTAAACACATTTATTTTT-TAAATCTCT-T-CTTATTAATTTT-TA
* * * * * * * * *
307773 GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTATTTT
1 -AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* ** * * ** ** *
307838 ATGATAAAACAAAAGATCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTCA
65 ATGA-CAAA-AAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * *
307903 ACTTG-TTCAGTGAGCATATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCTT-
128 AC-TGATTCAGTAAACACATTTA-TTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATT-T-TTA
* * * * * * ** *
307957 -AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATCATTGT
1 AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * *** * * * * *
308020 ATGACAAAATAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAATTATTTAA
65 ATGAC-AAA-AAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGA
** * * * * *
308085 ACTTG-TTTGGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTTG
128 AC-TGATTCAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTA
* ** * ** * *
308137 GAATATTAATAGCTTAGAATTATTTTATTTTGAAT-AA-TTTTA-GATTAACTGAAATAATT-TT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTTTATGAAT-A--GAAACAATTGTT
* *
308198 TTAATGACAAAAATAA-ATGTCATAACT-ATTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGT
63 TT-ATGACAAAAA-AAGA--TCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGT
308253 TATGACTCTT
Statistics
Matches: 1642, Mismatches: 342, Indels: 210
0.75 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 9 0.01
169 101 0.06
170 21 0.01
172 3 0.00
173 4 0.00
174 1 0.00
175 15 0.01
176 190 0.12
177 73 0.04
178 70 0.04
179 102 0.06
180 417 0.25
181 221 0.13
182 230 0.14
183 40 0.02
184 2 0.00
185 29 0.02
186 81 0.05
187 32 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
TGACAAAAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
GATTCAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTA
Found at i:306505 original size:881 final size:880
Alignment explanation
Indices: 305136--306825 Score: 1849
Period size: 881 Copynumber: 1.9 Consensus size: 880
305126 ATTTAATCTA
* * * * *
305136 AATAAGCTTGTATGAACTGAAGCTATTGTTTTATAACTAAACAAAATATTAGAACAATTTCAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTATATAACTAAACAAAAGATTAGAACAATTTCAAAT
* * *
305201 AGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACTAATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
66 AGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACTAATTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATC
305266 TCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTTAAATTAGTATTATTTTAATCAAAATAAGCTTGTAC
131 TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTATTTAAATTAGTATTATTTTAATCAAAATAAGCTTGTAC
* * * *
305331 GAACAAAAAAATTGTTTTGCAACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAT
194 GAACAAAAAAATTGTTTTACAACAAAAGAAAAGATCATAATGATTTAAAATAGATAATTACTCAA
* * * ** * * *
305396 ATAATCTTAAATATTTAAACAGGTTCAACAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTACTAAG
259 ATAATCATAAATATTTAAACAGATTCAAAAAACAGATTTATTTTTGAATTCTCTTGCTTACTAAG
* * * ** *
305461 TTTTGAAATATGATTAAATTATTATTATTTTATTTCAAATAAAATAATATGAATAGAACCAATTA
324 TTTTAAAATATGAATAAAGTAGCATTATTTTATTTCAAATAAAATAATATGAATAGAAACAATTA
* * * **
305526 TTTGATGACAAAATAAAATGTTATAATGATTTGAAATAGAAAATTATTCAAATGGTCAAAACTAT
389 TTTGATGACAAAACAAAATGTCATAATAATTTGAAATAGAAAATTATTCAAAAAGTCAAAACTAT
* * * * *
305591 TTGACATGGTTTGTTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCTAAATATTAA
454 TTAACATGGTTTGGTAAACAAATTTACTTTTTAAATATCTTACTAATTAATTTTCTAAATATTAA
* * * *
305656 TAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAACAAACTTATCTTAACAA-AAACAATTGTTTTATGACAAA
519 TAAATTAGTATTACTTTATTCT-AAACAAACTTATATGAA-AATAAACAATTGCTTTATGACAAA
* * *
305719 ACAAAAAGT-AATAATGGTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAAATATTT-AAGCT-G
582 ACAAAAAGTCAA-AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCT-TAAATATTTGAA-CTAA
* * *
305780 TTC-GATAAATAGAATTATTTTCTAAACCTCTTACTCATAAATTTTTGGAATGTTAATAAATTAG
644 TTCAG-TAAACACAATTATTTTCTAAACCTCTTACTCATAAATTTTTGGAATATTAATAAATTAG
* * * * *** * *
305844 TTTTATCCTATTTCGAATATGCTTGTATG-AGTTGAAATAATTGTTTTATGACAAACA-AAAGGT
708 TATTATCCTAATTCAAATAAGCTTGTATGAAAAAG-AACAATTGTTTTATGACAAA-ATAAAGAT
* * *
305907 CATAGCAATTTGAA-ATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAATTGTTTGAACAAAAGGTCATAACA
771 AATAGC-ATTTGAAGATAAATAACTGTTCAAATAGTCTTAATTGTTTGAACAAAAGGTCATAACA
305971 ATTTGAAATAAAATAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
835 ATTTGAAATAAAATAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
* * * *** *
306017 AATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGTTTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTATATAACTAAACAAAAGATTAGAACAATTTCAAAT
* ** *
306082 AGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTAGCAAACACATTTATTTTTTAAATC
66 AGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACTAATTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* ** *
306147 TC-C-TATTAATTTTTAAAATATTA-TTAAATTAGTATTATTTTTATCCGAATAAGCTT-TGATG
131 TCTCTTATTAATTTTTAAAATATTATTTAAATTAGTATTATTTTAATCAAAATAAGCTTGT-ACG
* * ** * * * * * *
306208 ATCAGAAATAATTGTTTTATGAGAAAA-TAAAGATCATAATGATTTGATATTGATATTTACTCAA
195 AACA-AAAAAATTGTTTTACAACAAAAGAAAAGATCATAATGATTTAAAATAGATAATTACTCAA
* * * * *
306272 ATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAAAAAACA-ATTTTAGTTTTTGAA-TCTCTTGCTTATTA
259 ATAATCATAAATATTTAAACAGATTCAAAAAACAGA-TTTA-TTTTTGAATTCTCTTGCTTACTA
* * **
306335 A-TTTTCAAAATATTAATAAAGTAGCATTATTTTATTTCAAATAAATTTTTATGAACTA-AAACA
322 AGTTTT-AAAATATGAATAAAGTAGCATTATTTTATTTCAAATAAAATAATATGAA-TAGAAACA
* * * *
306398 ATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GCTCATAATAACTTT-AAATAGTTAGAATGATTGTTTAAAAA
385 ATTATTTGATGACAAAACAAAATG-TCATAATAA-TTTGAAATAG--A-AA--ATTATTCAAAAA
** * ** * * *
306461 GTCAAATTTTTTTAAC-TTTTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATATCTTGCTCATTAATTT
443 GTCAAAACTATTTAACATGGTTTGGTAAACAAATTTA-CTTTTTAAATATCTTACTAATTAATTT
* * * * * * *
306525 TTTGAATGTTAATAAATTAGTATTACTTTATTCTAAATAAGCTTTTATGAAAATTAAATAATTGC
507 TCTAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTCTAAACAAACTTATATGAAAA-TAAACAATTGC
* * * * *
306590 TTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATTGTCTTAACTATT
571 TTTATGACAAAACAAAAAGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAAATATT
* * * * * * *
306655 TGAACTAATTCAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATT
636 TGAACTAATTCAGTAAACACAATTATTTTCTAAACCTCTTACTCATAAATTTTTGGAATATTAAT
**
306720 AAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAAAAAGAACAATTGTTTTATGACAAAATA
701 AAATTAGTATTATCCTAATTCAAATAAGCTTGTATGAAAAAGAACAATTGTTTTATGACAAAATA
* *
306785 AAGATAATAGCATTTTAAGATAGATAACTGTTCAAATAGTC
766 AAGATAATAGCATTTGAAGATAAATAACTGTTCAAATAGTC
306826 AAAACTATTT
Statistics
Matches: 657, Mismatches: 127, Indels: 48
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
875 7 0.01
876 181 0.28
877 49 0.07
878 2 0.00
879 2 0.00
880 17 0.03
881 196 0.30
882 72 0.11
883 128 0.19
884 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (880 bp):
AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTATATAACTAAACAAAAGATTAGAACAATTTCAAAT
AGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACTAATTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATC
TCTCTTATTAATTTTTAAAATATTATTTAAATTAGTATTATTTTAATCAAAATAAGCTTGTACGA
ACAAAAAAATTGTTTTACAACAAAAGAAAAGATCATAATGATTTAAAATAGATAATTACTCAAAT
AATCATAAATATTTAAACAGATTCAAAAAACAGATTTATTTTTGAATTCTCTTGCTTACTAAGTT
TTAAAATATGAATAAAGTAGCATTATTTTATTTCAAATAAAATAATATGAATAGAAACAATTATT
TGATGACAAAACAAAATGTCATAATAATTTGAAATAGAAAATTATTCAAAAAGTCAAAACTATTT
AACATGGTTTGGTAAACAAATTTACTTTTTAAATATCTTACTAATTAATTTTCTAAATATTAATA
AATTAGTATTACTTTATTCTAAACAAACTTATATGAAAATAAACAATTGCTTTATGACAAAACAA
AAAGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAAATATTTGAACTAATTCAGTA
AACACAATTATTTTCTAAACCTCTTACTCATAAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATCC
TAATTCAAATAAGCTTGTATGAAAAAGAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGATAATAGCATTT
GAAGATAAATAACTGTTCAAATAGTCTTAATTGTTTGAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAA
AATAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
Found at i:307591 original size:528 final size:529
Alignment explanation
Indices: 305990--308250 Score: 1543
Period size: 528 Copynumber: 4.2 Consensus size: 529
305980 AAAATAAATG
* ** * * * * *
305990 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTATATGACT
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAAATTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * ** * * * * * *
306055 AAACAAAAGGTTAGAATGTTTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGT
66 AAACAAAAGATCATAATCATTTAAAATAAATAATTATTCAAATA-T-AT-ACTATTTGAACTCGA
* * *
306120 TTAGCAAACACATTTATTTTTTAAATC---T-CCTATTAATTTTTAA-AATATTATTAAATTAGT
128 TAAG--AA-ACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAGAATATTAATAAATTAGT
* * * * * * *
306180 ATTATTTT-TATCCGAATAAGCTT-TGATGATCAGAAATAATTGTTTTATGAGAAAATAAAGA-T
189 ATTATTTTAT-TCCAAATAAGCTTGT-ATGA-AAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGT
** * * * * ** * *
306242 CATAATGATTTGATATTGATATTTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-ATTCAAAAAACA
251 CATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGTGTTCAAAAAACA
* * * ** *
306306 -ATTTTAGTTTTTGAATCTCTTGCTTATTAATTTTCAAAATATTAA-TAAAGTAGCATTATTTTA
316 TA-TTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTT--AAATATTAATTAATTTA-TATTATTTTA
* * ** ** * * * * **
306369 TTTCAAATAAATTTTTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGCTCATAATAACT
375 ATTGAAATAAGCTTGCATGAA-TAAAAACAATTATTTTATAACAAAA-AAATGGT-ATAACGA-T
* * * * * * *
306433 TTAAATAGTTAGAATGATTGTTTAAA-AAGTCA-AATTTTTTTAACTT-TTTTGGTAAACAAATT
436 TTGAA-A--TAG-ATAATTG-TTAAATAA-TCATAACTATTTAAACTTGTTAT-GTAAACAGATT
* * * * * *
306495 TATTTTTTTAAATATCTTGCTCATTAATTTTTTGAATG
494 CA-TTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTAGAATA
* ** * * * * *
306533 TTAATAAATTAGTATTACTTTATTCTA-AATAAGCTTTTATGAAAATTAAATAATTGCTTTATGA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAGAATAAAATTATATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * * * *
306597 CTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATTGTCTTAACTATTTGAACT-
64 CAAAACAAAAGATCATAATCATTTAAAATAAATAATTATTC-AAATAT-AT-ACTATTTGAACTC
* * ** *
306661 AATTCAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTA
126 GA-TAAG--AA-ACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAAGAATATTAATAAATTA
* *
306726 GTATTATTTTAATT-CAAATAAGCTTGTATGAAAAAGAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGA-
187 GTATTATTTT-ATTCCAAATAAGCTTGTATGAAAAA-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG
* * * * * *
306789 TAATAGCATTTTAAGATAGATAACTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTAAACTGT-TTCGAAAAAA
250 TCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGTGTTC-AAAAAA
* * * **
306853 -AGATTTAGTTTTTAAA-TCT-CTTATTAATTTTTAAAATATTAA-TAGGTTAGTATTATTTTAA
314 CATATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAA-TTTT-AAATATTAATTAATTTA-TATTATTTTAA
** * * * * *
306914 TCTG-AATAATTTTTCATGAATAGAAGCAATTCTTTTATAACAAAAAAATAGTCATAACGATTTG
376 T-TGAAATAAGCTTGCATGAATAAAAACAATTATTTTATAACAAAAAAATGGT-ATAACGATTTG
* * * * * *
306978 AAATAAATAATAGCTTAAATAGA-CATGACTATTTGAACTTGTTCA-GTAAATAGATTTATTTTT
439 AAATAGATAATTG-TTAAATA-ATCATAACTATTTAAACTTGTT-ATGTAAACAGATTCATTTTT
* * *
307041 TAAATCTTCAACTTAATAATTTTTAAAATA
501 TAAATCTT-TACTTATTAATTTTTAGAATA
* * *
307071 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAATTGTGTGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAAATTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* *
307136 AAACAAAAGATCATAA-CATTTAAAATAAATATTTGTTCAAATA-AT-C-A-TT-AACCTCGATA
66 AAACAAAAGATCATAATCATTTAAAATAAATAATTATTCAAATATATACTATTTGAA-CTCGATA
* * * * *
307195 A-ATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATATTCAGAATTTTAATAAATTAGTATTATT
130 AGAAACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * **
307259 TTATTCCGAATAGGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGCTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAA
195 TTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAA
* * * * *
307324 TCTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-AAGTGTGTTTAAAAAACATATTTATT
259 TTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGTGTTCAAAAAACATATTTATT
* * * *
307388 TTTTAAATTTTACGTATTAACTTTTGGAATATTAATTAATTTATATTATTTTACTTGAAAAAAGC
324 TTTTAAATTTTACTTATTAA-TTTT-AAATATTAATTAATTTATATTATTTTAATTGAAATAAGC
* * *
307453 TTGCATGAATAAAACCAATTATTTTATAACAAAAGAAATGGTATAATGTTTTGAAATAGATAATT
387 TTGCATGAATAAAAACAATTATTTTATAACAAAA-AAATGGTATAACGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * *
307518 GTTCAGATAATTATAACTATTTAAACATATTATGTAAACAAATTCATTTTTTAATTCTCTTACTC
451 GTT-AAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTATGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCT-TTACTT
307583 ATTAATTTTTAGAATA
514 ATTAATTTTTAGAATA
* * * * * *
307599 TTAATACATTAGTATTATTTTATTTAAAATAAACTTATATGAATGGAAACAATTGTTTTATTATA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAAATTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * * *
307664 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATATTCATAACTATTTGAACTTGT
66 AAACAAAAGATCATAATCATTTAAAATAAATAATTATTCAAATA-T-AT-ACTATTTGAACTCGA
* * *
307729 TAAGTAAACATATATTTTTGTAAATCTTGTACTTATT--TTTTAAAGAAATATTAATAAATTAAT
128 TAAG-AAACATTTATTTTT-TAAATCTTTTACTTATTAATTTT-AAG-AATATTAATAAATTAGT
* * * * *
307792 ATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTATTTTATGATAAAAC-AAAAGATC
189 ATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TC
* ** * *** *
307856 ATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTCAACT-TGTTCAGTGAGCAT
252 ATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGTGTTCAAAAAACAT
* * *
307920 ATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCTTAATATTAATAAATTTATATTATTTTATT
317 ATTTA-TTTTTTAAA--TTTTACTTATTAATT-T-TAAATATTAATTAATTTATATTATTTTAAT
* * * * * * * * * *
307985 TGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATCATTGTATGACAAAATAAAAGGTTATAGCAATTTCA
377 TGAAATAAGCTTGCATGAATAAAAACAATTATTTTATAACAAAA-AAATGG-TATAACGATTTGA
* * *
308050 AATAGATAATTATTTAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTT-TGGTAAACAGATTCATTTTTTA
440 AATAGATAATT-GTTAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTAT-GTAAACAGATTCATTTTTTA
* *
308114 AATCTTTTAATTATTAATTTTTGGAATA
503 AATC-TTTACTTATTAATTTTTAGAATA
** * * ** * * *
308142 TTAATAGCTTAGAATTATTTTATTTTGAATAATTTTAGATTAACT-GAAATAATT-TTTTAATGA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAAATTATATGAA-TAGAAACAATTGTTTT-ATGA
* * *
308205 CAAAA-ATAAATG-TCATAA-CTATTTGAAATAGATATTTATTCAAATA
64 CAAAACA-AAA-GATCATAATC-ATTTAAAATAAATAATTATTCAAATA
308251 GTTATGACTC
Statistics
Matches: 1385, Mismatches: 261, Indels: 144
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
524 3 0.00
525 106 0.08
526 57 0.04
527 8 0.01
528 214 0.15
529 39 0.03
530 2 0.00
531 1 0.00
532 2 0.00
533 1 0.00
534 1 0.00
535 4 0.00
536 25 0.02
537 37 0.03
538 91 0.07
539 155 0.11
540 15 0.01
541 3 0.00
542 91 0.07
543 213 0.15
544 165 0.12
545 8 0.01
546 1 0.00
547 7 0.01
548 126 0.09
549 9 0.01
550 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (529 bp):
TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAAATTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
AAACAAAAGATCATAATCATTTAAAATAAATAATTATTCAAATATATACTATTTGAACTCGATAA
GAAACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAAGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
TATTCCAAATAAGCTTGTATGAAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATT
TAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGTGTTCAAAAAACATATTTATTTT
TTAAATTTTACTTATTAATTTTAAATATTAATTAATTTATATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGC
ATGAATAAAAACAATTATTTTATAACAAAAAAATGGTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTAA
ATAATCATAACTATTTAAACTTGTTATGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATT
TTTAGAATA
Found at i:308233 original size:543 final size:539
Alignment explanation
Indices: 305990--308250 Score: 1324
Period size: 543 Copynumber: 4.2 Consensus size: 539
305980 AAAATAAATG
* * ** * * * *
305990 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT-GTATGAATTGAAACAATTATTATATGAC
1 TTAATACATTAGAATTATTTTATTTAAAATAAACTTAG-ATGAATGGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * *
306054 TAAACAAAAGGTTAGAATGTTTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGG
65 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATATTCATAACTATTTGAACTTG
* * * ** * * *
306119 TTTAGCAAACACATTTATTTTT-TAAATCTCCTA-TTAATTTTT--A-AAATATTATTAAATTAG
130 TTAAG-TAA-ACATATATTTTTGTAAATCTTGTACTTATTTTTTAAAGAAATATTAATAAATTAA
* * * * * * * *
306179 TATTATTTTTATCCGAATAAGCTT-TGATGATCAGAAATAATT-GTTTTATGAGAAAATAAAGA-
193 TATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGT-ATGAACAGAAACAATTAG-CTTATGACAAAACAAAAAG
** * * * ** * * ** *
306241 TCATAATGATTTGATATTGATATTTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-ATTCAAAAAAC
256 TCATAACAATCTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAAGATTT-AACTGTGTTCAAAAAAC
* * * * ** * *
306305 A-ATTTTAGTTTTTGAATCTCTTGCTTATTAA-TTTTCAAAATATTAATAAA-GTAGCATTATTT
320 ATA-TTTATTTTTTAAAT-T-TTACGTATTAACTTTT-GGAATATTAATAAATTTA-TATTATTT
* * * ** * * ** * * * * *
306367 TATTTCAAATAAA-TTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGCTCATAATAA
380 TACTTGAAA-AAAGCTTGCATGAACAAAAAAAATCATTGTATAACAAAAGAAAAGGT-ATAACAA
* * * * * * * * *
306431 CTTTAAATAGTTAGAATGATTGTTTAAA-AAGTCA-AATTTTTTTAAC-TTTTTTGGTAAACAAA
443 -TTTCAA-A--TAG-ATAATTATTCAAATAA-TCATAACTATTTAAACATATTAT-GTAAACAAA
* * ** * *
306493 TTTATTTTTTTAAATATCTTGCTCATTAATTTTTTGAATG
501 TTCA-TTTTTTAAATCTCTTAATCATTAATTTTTAGAATA
* * * * ** * * *
306533 TTAATAAATTAGTATTACTTTATTCT-AAATAAGCTTTTATGAAAAT-TAAATAATTGCTTTATG
1 TTAATACATTAGAATTATTTTATT-TAAAATAAACTTAGATG--AATGGAAACAATTGTTTTATG
* * * *
306596 ACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAAT-TGTCTTAACTATTTGAAC
63 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAT-TCATAACTATTTGAAC
** * * * * * *
306660 TAATTCAGTAAACACATTTATTTTT-TAAATCTTTTACTTATTAATTTT--TGGAATATTATTAA
127 TTGTTAAGT-AA-ACATATATTTTTGTAAATCTTGTACTTATT--TTTTAAAGAAATATTAATAA
* * * * *
306722 ATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAA-AAAGAACAATT-GTTTTATGACAAAATA
188 ATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAGA-AACAATTAG-CTTATGACAAAACA
* * * * * * * * * *
306785 AAGA-TAATAGCATTTTAAGATAGATAACTGTTCAAATAGTCA-AAACTATTTAAACTGT-TTCG
251 AAAAGTCATAACAATCTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAA-GATTT-AACTGTGTTC-
* * * * * ** **
306847 AAAAAA-AGATTTAGTTTTTAAA-TCT-CTTATTAATTTTTAAAATATTAAT-AGGTTAGTATTA
313 AAAAAACATATTTATTTTTTAAATTTTACGTATTAACTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTA
* * ** * * ** * *
306908 TTTTAATCTG-AATAATTTTTCATGAATAGAAGCAATTC-TTTTATAACAAAA-AAATA-GTCAT
377 TTTTACT-TGAAAAAAGCTTGCATGAACA-AAAAAAATCATTGTATAACAAAAGAAA-AGGT-AT
* * * * * * * *
306969 AACGATTTGAAATAAATAA-TAGCTT-AAATAGA-CATGACTATTTGAACTTGTTCA-GTAAATA
438 AACAATTTCAAATAGATAATTA--TTCAAATA-ATCATAACTATTTAAACATATT-ATGTAAACA
* * * * * *
307030 GATTTATTTTTTAAATCT-TCAACTTAATAATTTTTAAAATA
499 AATTCATTTTTTAAATCTCTTAA-TCATTAATTTTTAGAATA
* * ** * * *
307071 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAATT-GTGTGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
1 TTAATACATTAGAATTATTTTATTTAAAATAAACTTAG-ATGAATGGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * *
307135 AAAACAAAAGATCATAA-CATTTAAAATAAATATTTGTTCAAATA---AT--C-A-TT-AACCTC
65 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATATTCATAACTATTTGAA-CTT
* * * * * * * *
307191 GATAA--ATAGATTTATTTTT-TAAATCTTTTACTTATTAATATT-CAG-AATTTTAATAAATTA
129 GTTAAGTAAACATATATTTTTGTAAATCTTGTACTTATT--TTTTAAAGAAATATTAATAAATTA
* * * * * * *
307251 GTATTATTTTATTCCGAATAGGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGCTTATGACAAAACAAAAAGT
192 ATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTAGCTTATGACAAAACAAAAAGT
* * ** * *
307316 CATAACAATCTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAGTGTGTTTAAAAAACAT
257 CATAACAATCTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAAGATTTAACTGTGTTCAAAAAACAT
*
307381 ATTTATTTTTTAAATTTTACGTATTAACTTTTGGAATATTAATTAATTTATATTATTTTACTTGA
322 ATTTATTTTTTAAATTTTACGTATTAACTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTACTTGA
* ** * * * *** *
307446 AAAAAGCTTGCATGAATAAAACCAATTATTTTATAACAAAAGAAATGGTATAATGTTTTGAAATA
387 AAAAAGCTTGCATGAACAAAAAAAATCATTGTATAACAAAAGAAAAGGTATAACAATTTCAAATA
* * * *
307511 GATAATTGTTCAGATAATTATAACTATTTAAACATATTATGTAAACAAATTCATTTTTTAATTCT
452 GATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAACATATTATGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCT
*
307576 CTTACTCATTAATTTTTAGAATA
517 CTTAATCATTAATTTTTAGAATA
* * * *
307599 TTAATACATTAGTATTATTTTATTTAAAATAAACTTATATGAATGGAAACAATTGTTTTATTATA
1 TTAATACATTAGAATTATTTTATTTAAAATAAACTTAGATGAATGGAAACAATTGTTTTATGACA
*
307664 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATATTCATAACTATTTGAACTTGT
66 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATATTCATAACTATTTGAACTTGT
307729 TAAGTAAACATATATTTTTGTAAATCTTGTACTTATTTTTTAAAGAAATATTAATAAATTAATAT
131 TAAGTAAACATATATTTTTGTAAATCTTGTACTTATTTTTTAAAGAAATATTAATAAATTAATAT
* * ** *
307794 TATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTATTTTATGATAAAAC-AAAAGATCAT
196 TATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTAGCTTATGACAAAACAAAAAG-TCAT
* * *** *
307858 AACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTCAACT-TGTTCAGTGAGCATAT
260 AACAATCTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAAGATTT-AACTGTGTTCAAAAAACATAT
* * *
307922 TTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTATCT-TAATATTAATAAATTTATATTATTTTATT
324 TTA-TTTTTTAAA--TTTTACGTATTAACTT-T-TGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTACT
* * * * *
307985 TGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATCATTGTATGACAAAATAAAAGGTTATAGCAATTTCA
384 TGAAAAAAGCTTGCATGAACAAAAAAAATCATTGTATAACAAAAGAAAAGG-TATAACAATTTCA
* * * * * *
308050 AATAGATAATTATTTAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTT-TGGTAAACAGATTCATTTTTTA
448 AATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAACATATTAT-GTAAACAAATTCATTTTTTA
* * *
308114 AATCTTTTAATTATTAATTTTTGGAATA
512 AATCTCTTAATCATTAATTTTTAGAATA
** ** * *
308142 TTAATAGC-TTAGAATTATTTTATTTTGAATAATTTTAGATTAACT-GAAATAATT-TTTTAATG
1 TTAATA-CATTAGAATTATTTTATTTAAAATAAACTTAGATGAA-TGGAAACAATTGTTTT-ATG
* *
308204 ACAAAA-ATAAATGTCATAACT-ATTTGAAATAGATATTTATTCAAATA
63 ACAAAACA-AAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
308251 GTTATGACTC
Statistics
Matches: 1370, Mismatches: 265, Indels: 166
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
525 106 0.08
526 56 0.04
527 15 0.01
528 203 0.15
529 39 0.03
530 1 0.00
531 1 0.00
532 2 0.00
533 1 0.00
534 1 0.00
535 1 0.00
536 31 0.02
537 38 0.03
538 82 0.06
539 155 0.11
540 16 0.01
541 3 0.00
542 91 0.07
543 216 0.16
544 160 0.12
545 17 0.01
546 1 0.00
547 8 0.01
548 118 0.09
549 8 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (539 bp):
TTAATACATTAGAATTATTTTATTTAAAATAAACTTAGATGAATGGAAACAATTGTTTTATGACA
AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATATTCATAACTATTTGAACTTGT
TAAGTAAACATATATTTTTGTAAATCTTGTACTTATTTTTTAAAGAAATATTAATAAATTAATAT
TATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTAGCTTATGACAAAACAAAAAGTCATA
ACAATCTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAAGATTTAACTGTGTTCAAAAAACATATTT
ATTTTTTAAATTTTACGTATTAACTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTACTTGAAAAA
AGCTTGCATGAACAAAAAAAATCATTGTATAACAAAAGAAAAGGTATAACAATTTCAAATAGATA
ATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAACATATTATGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTA
ATCATTAATTTTTAGAATA
Found at i:308365 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 308337--308378 Score: 84
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
308327 TTGGCTCTTT
308337 TTTATTTGAATTTTTTTATCGA
1 TTTATTTGAATTTTTTTATCGA
308359 TTTATTTGAATTTTTTTATC
1 TTTATTTGAATTTTTTTATC
308379 TTTTATAATT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 20 1.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.05, G:0.07, T:0.67
Consensus pattern (22 bp):
TTTATTTGAATTTTTTTATCGA
Found at i:308861 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 308821--308861 Score: 57
Period size: 17 Copynumber: 2.6 Consensus size: 16
308811 TTAGAGAGAG
308821 AAAGAGAGAAAAAAGGA
1 AAAGAGAGAAAAAA-GA
308838 AAAGAGAGAAAAAA-A
1 AAAGAGAGAAAAAAGA
*
308853 AAAGGGAGA
1 AAAGAGAGA
308862 TCTGCTAAAA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 9 0.39
17 14 0.61
ACGTcount: A:0.71, C:0.00, G:0.29, T:0.00
Consensus pattern (16 bp):
AAAGAGAGAAAAAAGA
Found at i:309392 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 309381--309417 Score: 60
Period size: 7 Copynumber: 4.9 Consensus size: 8
309371 TCAAAACCAA
309381 AAAAAATT
1 AAAAAATT
309389 -AAAAATT
1 AAAAAATT
309396 -AAAAATT
1 AAAAAATT
309403 AAAAAATT
1 AAAAAATT
309411 AAAAAAT
1 AAAAAAT
309418 AGAAAAAAAT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 2
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
7 14 0.50
8 14 0.50
ACGTcount: A:0.76, C:0.00, G:0.00, T:0.24
Consensus pattern (8 bp):
AAAAAATT
Found at i:309407 original size:15 final size:14
Alignment explanation
Indices: 309382--309415 Score: 59
Period size: 15 Copynumber: 2.4 Consensus size: 14
309372 CAAAACCAAA
309382 AAAAATTAAAAATT
1 AAAAATTAAAAATT
309396 AAAAATTAAAAAATT
1 AAAAATT-AAAAATT
309411 AAAAA
1 AAAAA
309416 ATAGAAAAAA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 1
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
14 7 0.37
15 12 0.63
ACGTcount: A:0.76, C:0.00, G:0.00, T:0.24
Consensus pattern (14 bp):
AAAAATTAAAAATT
Found at i:313316 original size:12 final size:13
Alignment explanation
Indices: 313294--313318 Score: 50
Period size: 13 Copynumber: 1.9 Consensus size: 13
313284 AAAAGATCTC
313294 AAAGAAAAAAAAA
1 AAAGAAAAAAAAA
313307 AAAGAAAAAAAA
1 AAAGAAAAAAAA
313319 GCAAAACAAA
Statistics
Matches: 12, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 12 1.00
ACGTcount: A:0.92, C:0.00, G:0.08, T:0.00
Consensus pattern (13 bp):
AAAGAAAAAAAAA
Found at i:313724 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 313710--313799 Score: 55
Period size: 9 Copynumber: 10.0 Consensus size: 9
313700 AATGGATGGG
313710 AAAAGAAGA
1 AAAAGAAGA
313719 AAAAGAAGA
1 AAAAGAAGA
*
313728 AAAAAAATGAA
1 AAAAGAA-G-A
313739 AAAAGAA-A
1 AAAAGAAGA
*
313747 GAAAGAA-A
1 AAAAGAAGA
*
313755 AAAA-ATGA
1 AAAAGAAGA
*
313763 AAGAATGGA-A
1 AA-AA-GAAGA
*
313773 AAAAGATGA
1 AAAAGAAGA
313782 AAAAG-AGA
1 AAAAGAAGA
313790 GAAAAGAAGA
1 -AAAAGAAGA
313800 CTCAAATTGA
Statistics
Matches: 62, Mismatches: 10, Indels: 17
0.70 0.11 0.19
Matches are distributed among these distances:
7 1 0.02
8 17 0.27
9 30 0.48
10 7 0.11
11 7 0.11
ACGTcount: A:0.74, C:0.00, G:0.21, T:0.04
Consensus pattern (9 bp):
AAAAGAAGA
Found at i:313758 original size:25 final size:27
Alignment explanation
Indices: 313709--313799 Score: 91
Period size: 25 Copynumber: 3.4 Consensus size: 27
313699 TAATGGATGG
313709 GAAAAGAAGAAAAAGAAGAAAAAAAAT
1 GAAAAGAAGAAAAAGAAGAAAAAAAAT
*
313736 GAAAA-AAGAAAGA-AAGAAAAAAAAT
1 GAAAAGAAGAAAAAGAAGAAAAAAAAT
* *
313761 G-AAAGAATGGAAAAAAGATGAAAAAGAGA-
1 GAAAAGAA--G-AAAAAGAAGAAAAA-AAAT
313790 GAAAAGAAGA
1 GAAAAGAAGA
313800 CTCAAATTGA
Statistics
Matches: 53, Mismatches: 4, Indels: 14
0.75 0.06 0.20
Matches are distributed among these distances:
24 3 0.06
25 15 0.28
26 7 0.13
27 7 0.13
28 5 0.09
29 8 0.15
30 8 0.15
ACGTcount: A:0.74, C:0.00, G:0.22, T:0.04
Consensus pattern (27 bp):
GAAAAGAAGAAAAAGAAGAAAAAAAAT
Done.