Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167904.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_17, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 100000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 4 of 121
Found at i:313774 original size:18 final size:18
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Indices: 313737--313783 Score: 60
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313727 AAAAAAAATG
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1 AAAAAATGAAAGAAAGAA
*
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*
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313784 AAGAGAGAAA
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AAAAAATGAAAGAAAGAA
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314596 GAAACCTATG
*
314606 AATGGTGATCAAGTGATGAAAAT
1 AATGATGATCAAGTGATGAAAAT
*
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1 AATGATGATCAAGTGATGAAA
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AATGATGATCAAGTGATGAAAAT
Found at i:315135 original size:79 final size:80
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314994 TTAAGTTCTC
* * * *
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*
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66 GAATCTTTGAATCTT
* * *
315083 AAATGAGAATATTTGAATTTCAAATAAGAATCTTTGAGGTGTGAAACCCAAAATTTGTCTAATGA
1 AAATGAGAATATTTGAATTTCAAATAAGAATCTTTGAGGAGTGAAACCCAAAATTTGTCGAACGA
*
315148 GAATCTTTGAATTTT
66 GAATCTTTGAATCTT
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1 AAATGAGAA
315172 GCCTTGAGGT
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AAATGAGAATATTTGAATTTCAAATAAGAATCTTTGAGGAGTGAAACCCAAAATTTGTCGAACGA
GAATCTTTGAATCTT
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315074 TTTGGACTTA
* *
315084 AATGAGAATATTTGAATTTCAAATAAGAATCTTTGAGGTGTGAAACCCAAAATTTGTCT
1 AATGAGAATATTTGAATTTCAAATAAGAAGCCTTGAGGTGTGAAACCCAAAATTTGTCT
* * * * *
315143 AATGAGAATCTTTGAATTTTAAATGAGAAGCCTTGAGGTGTGAAACCTAAGATTTGTC
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315201 AAATATGAGC
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AATGAGAATATTTGAATTTCAAATAAGAAGCCTTGAGGTGTGAAACCCAAAATTTGTCT
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315271 TGAATCTTGG
* *
315281 ATGCGAATCTTGCAAT-TTGCAA
1 ATGCAAATCTTGAAATCTTGCAA
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1 ATGCAAATCTTGAAATCTTGCAA
315326 AT
1 AT
315328 TTGAATCCTT
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ATGCAAATCTTGAAATCTTGCAA
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315431 AGCAATTTAG
315441 AAATTTTAGGATTTTTTTCA
1 AAATTTTAGGATTTTTTTCA
*
315461 AAATTTTTGG-TTTTTTT
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315478 TTTTTCAAAT
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19 7 0.44
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AAATTTTAGGATTTTTTTCA
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315978 AAATTTAAGA
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1 AAAAATA-AAT
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1 AAAAATAAAT
316019 A
1 A
316020 TTTTGAATAA
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AAAAATAAAT
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316558 TCTTTTCAAG
* *
316568 AAAAAAAAAGAAAAATAATTTCTAAATAGGCCCAAATAGTGAAAAGTTTAGAAATTTCGAAAAA-
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64 AGAAAATATTTCTAAATTGATCC-AAATGGTAGAAAAATTTAGAGATAAAT
* * *
316681 AAAATAAAATAAAAAGAATTTCTAAATAGGCCCAAATGGTGAAAAATTTAGAAATTCAAAAAGAG
1 AAAAAAAAAGAAAAAGAATTTCTAAATAGGCCCAAATAGTGAAAAATTTAGAAATTCAAAAAGAG
* *
316746 AAAATATTTCTAATTTGATCCAAATGGTAGAATAATT
66 AAAATATTTCTAAATTGATCCAAATGGTAGAAAAATT
316783 AGATATGTTT
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111 5 0.05
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AAAAAAAAAGAAAAAGAATTTCTAAATAGGCCCAAATAGTGAAAAATTTAGAAATTCAAAAAGAG
AAAATATTTCTAAATTGATCCAAATGGTAGAAAAATTTAGAGATAAAT
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317707 ACAAATAATA
* * ***
317717 TCCTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTACTATTTTATTTTGAATTGGCTTATAT-
1 TCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATG
** * *
317781 -AATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAATTAAAAGTTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTC
66 AAATG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * *
317845 AAATGGCCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACTA-ATTTATTTTTTAAATC
129 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGATAAAC-AGATTTATTTTTTAAATC
* * * * * * * *
317898 TCCAACTTCTCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATCTTATTTTGGATAAACTTTTATG
1 TCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATG
* * *
317963 AAATGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAA
66 AAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * *
318028 ATAGTCATAATTATTTAAACTTATTT-AGTAAACAAATTTATTTTTTTAAAT-
131 ATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGA-TAAACAGATTTA-TTTTTTAAATC
** * * * * ** * *
318079 TCCTTACTTATTAATTTTTTTAATGTTGATAAAATATTATTATTTTATTTCAAAT-AAGTATGTA
1 TCC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACT-TATA
* * * ** * * **
318143 TGAACTTAAACAATTATTTTATGACTGAACAAAAGGTTAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
64 TGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* ** * * *
318208 TAATAGTGTTAACTATTTG-A-TTGATTTGACAAATACATTTATTTTTTAAATC
129 AAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC
* ** * * * * *
318260 -CCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCTGAAT-AAGTTATA
1 TCC-TACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATA
* * * ***
318322 TG-AATAGAAATAATTCTTTTATGAC--AAC-AAAGATCATACCAATTTGAAATAGATAATTGTT
64 TGAAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* ** * * * * *
318383 CAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAATCAGATTTAGTTTTTGAA--
128 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC
* * ** * * * ** *
318435 T-CT-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAATAGTATCGTTCTATTCTAAATAATTTTGTATG
1 TCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATG
* * * * *
318498 -TATAGAAACAATTGTTATATAACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATAT-TTC
66 AAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT-TGTTC
* * * * * *
318561 AAATGGACATGATTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATC
129 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC
* * * * * * *
318614 TCCAACTTATTAATTCTT-AGAATATCAATAAATTAGTAGTATCTTATTTCGAATAAACTTGTAT
1 TCCTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATAT
* * * * *
318678 G-AATAGAAACTATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT-ATGATTTGAAATAAATAATTATTT
65 GAAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
** * * *
318741 AAATAGTCATAACTATTTGAAC-TCGTTCAGTAACCAGATTTATCTTTTAAATC
129 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATC
** * * * * * *
318794 TTTTAGTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCCTT-TAT
1 TCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-ACTTATAT
* * * *
318858 -AAATAGAAACAATTGGTTTATGATAAAAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTG
65 GAAAT-GAAACAATT-GTTT-T-ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * ** * *
318922 TTCAAATAATCATAACTATTTGAA-TGTGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAAT-
126 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TATTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC
* * * * *
318977 T--TAACTTATTAATCTTTGGAATATTAGTAAATTTA-TATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGT
1 TCCT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAACTTAT
* * * * *
319038 ATGAACAT-AAACAATTGTTTTATAATAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATGGATAACTGT
63 ATGAA-ATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * *
319102 TGAAATAGTCATAATTATTTGAACTTATTTGATAAACATATTCATTTTTTAAATC
127 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC
* * * * * * * * *
319157 TCTTACTCATTCATTTTTGGATTATTAA-AAAGTTACTATTATTTTATTTCGAATAAGCATATAT
1 TCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATAT
* * * * * * *
319221 GAATTGATACAATT-TTTTATGACAAAATAAAAGATCACAATGATTTGAAATAAATAATTATTCA
65 GAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * * * *
319285 AATAGTTATCACTATTTGAACTTGTTCGATAAAAATATTTATTTTTAAAATG
130 AATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC
** ** * * * ** *
319337 TTTTACTTATTAATGGTTGAAATATTAATGAATTAATATTATTTTA-ATCCAAAAAAGCCTT-T-
1 TCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAA--CTTATA
* * * * *
319399 T--AAT-----AATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAAATAATTGTTC
64 TGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * ** *
319457 AAATAATAATAACTATTTGAACTTATTCAATAAATAGATTT
129 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGATAAACAGATTT
319498 GAATAAGCTT
Statistics
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0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
172 4 0.00
173 115 0.09
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175 1 0.00
176 49 0.04
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179 113 0.09
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181 303 0.24
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Consensus pattern (181 bp):
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AAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
ATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC
Found at i:319091 original size:18 final size:18
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1 AAATGTCATAATGATTTG
*
319088 AAATG-GATAACTG--TTG
1 AAATGTCATAA-TGATTTG
*
319104 AAATAGTCATAATTATTTG
1 AAAT-GTCATAATGATTTG
319123 AA
1 AA
319125 CTTATTTGAT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 3, Indels: 9
0.71 0.07 0.22
Matches are distributed among these distances:
16 7 0.24
17 6 0.21
18 11 0.38
19 5 0.17
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Consensus pattern (18 bp):
AAATGTCATAATGATTTG
Found at i:319135 original size:543 final size:534
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Indices: 317519--319497 Score: 1652
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317509 TTTGAATTGG
* * * * * * *
317519 TTTGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTATG-ATATTATTAGATTAG
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* * * * * * *
317583 TATTA-TTTATTTCGGATAAGCATGTACGAACAT-AAATAATTGTTTTATCACAAAACAAAAGGT
65 TATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATG-A-ATGAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGAT
* ** * * * * * * *
317646 TATAACAACTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTGATAAACAA
127 CA-AATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAA-AA
* * * * *
317711 -A--TA-----ATATC--CTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTACTATTTTATTT
190 CATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * ** * *
317766 TGAAT-TGGC-TTATATAATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAATTAAAAGTTCATAATAATTTG
255 TAAATAAGCCTTTATA-AAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTG
*** * *
317829 AAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACTA-ATTTATTTTTT
318 AAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTGATTC-AAAAAATAGATTTATTTTTT
* * * * * *
317893 AAATCTCCAACTTCTCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATCTTATTTTG-GATAAACT
382 AAAT-T-TAACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTATATTATTTTA-TTTGAAATAAACT
* * * *
317957 TTTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATT
443 TGTATGAAAT-AAACAATTGTTTTATAATAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAA-T
*
318022 GTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTA
506 GTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTA
* ** * * *
318051 TTT-AGTAAACAAATTTATTTTTTTAAAT-TCCTTACTTATTAATTTTTTTAATGTTGATAAAAT
1 TTTGA-TAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTCC-TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT
* * * * **
318114 ATTATTATTTTATTTCAAAT-AAGTATGTATGAACTTAAACAATTATTTTATGACTGAACAAAAG
63 ACTATTATTTTATTTCGAATAAACT-TGTATGAA-TGAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAA-
* * ** * * ** * *
318178 GTTAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCT-AATAGTGTTAACTATTTG-A-TTGATTTGACAA
124 GATCAAATGATTTGAAATAAATAATTATT-TAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAA
* ** * ** * *
318240 ATACATTTATTTTTTAAATCCCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAGTTTAGCAATATTT
187 AAACATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * * * *
318304 TACTCTGAATAAG--TTATATGAATAGAAATAATTCTTTTATGAC---AACAAAGATCATACCAA
250 TATTCTAAATAAGCCTT-TATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACAA
* * * *** *
318364 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTC-GGTAATCAGATTTAGT
314 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTGATTCAAAAAAT-AGATTTATT
* * * * ** * *
318428 TTTTGAATCT--CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAATAGTATCGTTCTATTCT-AAATAAT
378 TTTTAAATTTAACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATT-TGAAATAAA
* * * * *
318490 TTTGTATGTATAGAAACAATTGTTATATAACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
441 CTTGTATG-AAATAAACAATTGTTTTATAATAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
* * * * *
318555 TATTTCAAATGGACATGATTATTTGAACTTG
505 T-GTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTA
* * * *
318586 TTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTCTTAGAATATCAATAAATTAGT
1 TTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTACT
* * *
318651 AGTATCTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACTATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCA
66 ATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAAT-GAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGATCA
* * ** *
318716 TATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTC-AGTAACCAGAT
129 AATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAAAACAT
* * *
318780 TTATCTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA
193 TTAT-TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA
* * ** *
318845 AATAAGCCTTTATAAATAGAAACAATTGGTTTATGATAAAAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTAA
257 AATAAGCCTTTATAAATAGAAACAATT-GTTT-T-ATGACAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGA
*
318910 AATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAA-TGTGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTA
319 AATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTG-ATTCAAAAAATAGATTTATTTTTTA
* * * *
318974 AATTTAACTTATTAATCTTTGGAATATTAGTAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTA
383 AATTTAACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTTGAAATAAACTTGTA
* * *
319039 TGAACATAAACAATTGTTTTATAATAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATGGATAACTGTTG
447 TGAA-ATAAACAATTGTTTTATAATAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAA-TGTTC
319104 AAATAGTCATAATTATTTGAACTTA
510 AAATAGTCATAATTATTTGAACTTA
* * * * * *
319129 TTTGATAAACATATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTCATTTTTGGATTATTAA-AAAGTTAC
1 TTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAC
* * * * *
319193 TATTATTTTATTTCGAATAAGCATATATGAATTGATACAATTTTTTATGACAAAATAAAAGATCA
65 TATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAA-TGAAACAATTTTTTATGACAAAACAAAAGATCA
* * * *
319258 CAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATCACTATTTGAACTTGTTCGATAAAAATAT
129 -AATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAAAACAT
* ** * * * *
319323 TTATTTTTAAAATGTTTTACTTATTAATGGTTGAAATATTAATGAATTAATATTATTTTAATCCA
193 TTATTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA
* * * * *
319388 AAAAAGCCTTT-T-AAT------AATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCAAAACGATTTGAAAT
257 AATAAGCCTTTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * * *
319445 AAATAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAACTTATTCAATAAATAGATTT
322 AGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTGATTCAAAAAATAGATTT
319498 GAATAAGCTT
Statistics
Matches: 1154, Mismatches: 228, Indels: 130
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
531 1 0.00
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544 9 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (534 bp):
TTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTACT
ATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATGAAACAATTTTTTATGACAAAACAAAAGATCAAA
TGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAAAACATTTA
TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATA
AGCCTTTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAT
AATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTGATTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTAAC
TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATATTATTTTATTTGAAATAAACTTGTATGAAATAAA
CAATTGTTTTATAATAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATGTTCAAATAGTCATA
ATTATTTGAACTTA
Found at i:319476 original size:896 final size:883
Alignment explanation
Indices: 317616--319480 Score: 1858
Period size: 896 Copynumber: 2.1 Consensus size: 883
317606 GTACGAACAT
* * * * * *
317616 AAATAATTGTTTTATCACAAAACAAAAGGTTATAACAACTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGT
1 AAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAAT
* * * *
317681 CATAATTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATAATATCCTACTTATAAATTTTTGAAATATTAAT
66 CATAATTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATAATATCCAACTTATAAATTTTAGAAATATCAAT
* * *** **
317746 AAATTAGTACTATTTTATTTTGAATTGGCTTATATAATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAATTA
131 AAATTAGTACTATCTTATTTCGAATAAACTTATATAATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * *
317811 AAAGTTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAACTATTTGAACTGATTCGAT
196 AAAGATCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTGATTCGAT
* * *
317876 AAACTAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATC
261 AAACCAATTTATCTTTTAAATCTCCAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATC
* ** * * *
317941 TTATTTTGGATAAACTTTTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGA
326 TTATTCTAAATAAACCTTTATGAAATGAAACAATTGGTTTATGATAAAAAAAAAGGTCATAACGA
* * * * **
318006 TTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTATTTAGTAAACAAATTTATTT
391 TTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTATTCAAAAAACAAATTTATTT
* * ** *
318071 TTTTAAATTCCTTACTTATTAATTTTTTTAATGTTGATAAAATATTATTATTTTATTTCAAATAA
456 TTTTAAATT-CTAACTTATTAATCTTTGGAATATTGATAAAATATTATTATTTTATTTCAAATAA
* * * *
318136 GTATGTATGAACTTAAACAATTATTTTATGACTGAACAAAAGGTTAAAACAATTTGAAATAGATA
520 GTATGTATGAACATAAACAATTATTTTATGAATAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATA
* * ** * *
318201 ATTGTTCTAATAGTGTTAACTATTTGATTGATTTGACAAATACATTTATTTTTTAAATCCCTTAC
585 ACTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGATTGATTTGACAAACACATTCATTTTTTAAATCCCTTAC
* ** *
318266 TTATTAATTTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCTGAATAAGTTATATGAATAGAA
650 TCATTAATTTTTAGAATATTAAAAGTTTAGCAATATTTTACTCTGAATAAGATATATGAATAGAA
* * * * * *
318331 ATAATTCTTTTATGACAACAAAGATCATACCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAA
715 ACAATTCTTTTATGACAAAAAAGATCACAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAA
* ** * **
318396 CTATTTGAACTGGTTCGGTAATCAGATTTAGTTTTTGAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAA
780 CTATTTGAACTGGTTCGATAAAAAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATGGTTAAAATATTAA
* * * * * *
318461 TAAAATAGTATCGTTCTATTCTAAATAATTTTGTATGTATA
845 TAAAATAATATCATTCTAATCCAAATAA--TAGCATGTATA
* * * *
318502 GAAACAATTGTTATATAACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATAT-TTCAAATG
1 -AAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAAT-TGTTCAAAT-
* * * *
318566 GA-CATGATTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTC
63 AATCATAATTATTTGAACTTGTTTGATAAACA-A---A-----T-AATATCCAACTTATAAATT-
* * * *
318630 TTAG-AATATCAATAAATTAGTAGTATCTTATTTCGAATAAACTTGTATGAAT-AGAAACTATTG
117 TTAGAAATATCAATAAATTAGTACTATCTTATTTCGAATAAACTTATAT-AATGAAAAACAATTG
* * *
318693 TTTTATGACAAAACAAAAGATCAT-ATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTAT
181 TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGCCATAACTAT
*** * * * *
318757 TTGAACTCG-TTC-AGT-AACCAGATTTATCTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTGGAATTT
246 TTGAACT-GATTCGA-TAAACCA-ATTTATCTTTTAAATCTCCAACTTATCAATTTTTGAAATAT
* * * *
318819 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCCTTTAT-AAATAGAAACAATTGGTTTATGATA
308 TAATAAAGTAATATTATCTTATTCTAAATAAACCTTTATGAAAT-GAAACAATTGGTTTATGAT-
* *
318883 AAAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAA-T
371 --AAAAAAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACT
* * *
318947 GTGTTCAAAAAATAGATTTA-TTTTTTAAATT-TAACTTATTAATCTTTGGAATATT-AGT-AAA
434 -TATTCAAAAAACAAATTTATTTTTTTAAATTCTAACTTATTAATCTTTGGAATATTGA-TAAAA
* * *
319008 TTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCT-TGTATGAACATAAACAATTGTTTTAT-AATAAAACAA
497 TAT-TATTATTTTATTTCAAATAAG-TATGTATGAACATAAACAATTATTTTATGAAT-AAACAA
* * ** * * * *
319071 AATGTCATAATGATTTGAAATGGATAACTGTTGAAATAGTCATAATTATTTGAACTT-ATTTGAT
559 AAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAACTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-A-TTGATTTGAC
* * * * * *
319135 AAACATATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTCATTTTTGGATTATTAAAAAG-TTA-CTATTA
622 AAACACATTCATTTTTTAAATCCCTTACTCATTAATTTTTAGAATATT-AAAAGTTTAGC-AATA
* * *
319198 TTTTA-TTTCGAATAAGCATATATGAATTGATACAATT-TTTTATGACAAAATAAAAGATCACAA
685 TTTTACTCT-GAATAAG-ATATATGAATAGAAACAATTCTTTTATGAC--AA-AAAAGATCACAA
** * * *
319261 TGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATCACTATTTGAACTTGTTCGATAAAAATATTTA
745 CAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAAAAGATTTA
* * * * * *
319326 -TTTTTAAAATGTTTTACTTATTAATGGTTGAAATATTAATGAATTAATATTATTTTAATCCAAA
810 GTTTTT-AAA---TCT-CTTATTAATGGTTAAAATATTAATAAAATAATATCATTCTAATCCAAA
*
319390 -AA-AGCCT-T-T-
870 TAATAGCATGTATA
* * * * *
319399 TAATAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAAT
1 AAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAAT
* *
319464 AATAACTATTTGAACTT
66 CATAATTATTTGAACTT
319481 ATTCAATAAA
Statistics
Matches: 788, Mismatches: 148, Indels: 75
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
887 79 0.10
888 2 0.00
891 1 0.00
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899 76 0.10
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903 4 0.01
904 37 0.05
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (883 bp):
AAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAAT
CATAATTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATAATATCCAACTTATAAATTTTAGAAATATCAAT
AAATTAGTACTATCTTATTTCGAATAAACTTATATAATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
AAAGATCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTGATTCGAT
AAACCAATTTATCTTTTAAATCTCCAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATC
TTATTCTAAATAAACCTTTATGAAATGAAACAATTGGTTTATGATAAAAAAAAAGGTCATAACGA
TTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTATTCAAAAAACAAATTTATTT
TTTTAAATTCTAACTTATTAATCTTTGGAATATTGATAAAATATTATTATTTTATTTCAAATAAG
TATGTATGAACATAAACAATTATTTTATGAATAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAA
CTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGATTGATTTGACAAACACATTCATTTTTTAAATCCCTTACT
CATTAATTTTTAGAATATTAAAAGTTTAGCAATATTTTACTCTGAATAAGATATATGAATAGAAA
CAATTCTTTTATGACAAAAAAGATCACAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAAC
TATTTGAACTGGTTCGATAAAAAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATGGTTAAAATATTAAT
AAAATAATATCATTCTAATCCAAATAATAGCATGTATA
Found at i:320668 original size:356 final size:357
Alignment explanation
Indices: 320031--320946 Score: 998
Period size: 356 Copynumber: 2.6 Consensus size: 357
320021 ATAAAAACAT
* * * *
320031 TTGTTTTATAATAAAACAAAAGATGATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATATTCATAAT
1 TTGTTTTATAATAGAACAAAAGGTGATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATACTCATAAT
* * * *
320096 TATTTGAATTGGTTCGACTAACAAAATTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAAATTTTGAAATAT
66 TATTTGAATTGGTTC-AATAA-AAAATTATTTTTTAAATCTCTTAC-TA--AATTTTTAAAATAT
* * * * * *
320161 TAATAAATTCA-ATTTATTTTATTCCGAAT-AAGTTAGTAA-GAGCTGAAAAAATTGTTTTACAA
126 TAATAAATT-AGTTTTATTTT-TTTCGAATAAACTT-G-AATGAGCTGAAATAATTATTTTATAA
* *
320223 TAAATTAAAA-TGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTGAAAT
187 CAAAATAAAAGTGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTGAAAT
* * * * * *
320287 GTTTTGAAAAACAATTTTGTTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTGTCAAAATATTATTAGA-TT
252 GTGTTCAAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTCATGAATTGTCAAAATATTATTA-ATTT
* * * *
320351 AGTATTATTTTATTCTAG-ATAAGCCTGTATGAATAGATATAA
316 AGTATTATTTTATT-TAGAATAAACCTATATGAACAGAAATAA
* * *
320393 TTGTTATATAATAGAACAAAAGGTGATAACAATTTGAAATATATAATTATTCAAATAACT-ATAA
1 TTGTTTTATAATAGAACAAAAGGTGATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-ACTCATAA
320457 TTATTTGAATTGGTTCAATAAAAAATTATTTTTTAAATCTCTTA-TAAATTTTTAAAATATTAAT
65 TTATTTGAATTGGTTCAATAAAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTAAATTTTTAAAATATTAAT
*
320521 AAATTAGTTTTATTTTTTTACGAATAAACTTGAATGAGCTGAAATAATTATTTTATAACAAAACA
130 AAATTAGTTTTATTTTTTT-CGAATAAACTTGAATGAGCTGAAATAATTATTTTATAACAAAATA
* * * *
320586 AAAGT-TCATAA-TAATTTGAAATAGATAATTATTTATATAGTCTTAATTATTTGAATTG-GTTC
194 AAAGTGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTGAAATGTGTTC
* * * * *
320648 AACAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTCATGAATTTTTACAATATTATTAATTTAGTGTT
258 AA-AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTCATGAATTGTCAAAATATTATTAATTTAGTATT
* **
320713 ATTTTATTTCGAATAAATTTATATGAACAGAAATAA
322 ATTTTATTTAGAATAAACCTATATGAACAGAAATAA
* * * * *
320749 TTGTTTTATGATAGAACAAAAAGTTATAACAATTTG-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
1 TTGTTTTATAATAGAACAAAAGGTGATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATACTCATAAT
* *** * * *
320813 TATTTGAACTT-ATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTGAATCTCATACT-AATTCTTAAAATATTA
66 TATTTGAA-TTGGTTCAATAAA-AAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTAAATTTTTAAAATATTA
* * ** ** *
320876 ATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAGTAAACTTGTATGTTCAAAAATAATTATTTTATGACAAA
128 ATAAATTAGTTTTATTTT-TTTCGAA-TAAACTTGAATGAGCTGAAATAATTATTTTATAACAAA
320940 ATAAAAG
191 ATAAAAG
320947 ATACTAACAA
Statistics
Matches: 472, Mismatches: 65, Indels: 39
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
354 2 0.00
355 48 0.10
356 225 0.48
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358 6 0.01
360 22 0.05
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363 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (357 bp):
TTGTTTTATAATAGAACAAAAGGTGATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATACTCATAAT
TATTTGAATTGGTTCAATAAAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTAAATTTTTAAAATATTAATA
AATTAGTTTTATTTTTTTCGAATAAACTTGAATGAGCTGAAATAATTATTTTATAACAAAATAAA
AGTGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTGAAATGTGTTCAAA
AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTCATGAATTGTCAAAATATTATTAATTTAGTATTATTT
TATTTAGAATAAACCTATATGAACAGAAATAA
Found at i:320957 original size:176 final size:175
Alignment explanation
Indices: 319838--320959 Score: 709
Period size: 181 Copynumber: 6.3 Consensus size: 175
319828 AAATAAGACA
* * * * * *
319838 GTATGAGCAGAAACAATTATTTTATGATAAAATAAATGGT-CAGAACAATTTGAAATAAATAATT
1 GTATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAAAA-AAA-AGTAC-TAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * * *** * *
319902 GTTCAAATAGTTATAACTAATTAAATTGGTTTTGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACT-
63 ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCAATAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTA
* * ** * *
319966 AATTTTCAAGATATTAATAAATTAAAATTATTTTA-TTCTGAACAAATTT
127 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAACTT
* * * * * * * * * *
320015 ATATAAATAAAAACATTTGTTTTATAATAAAACAAAAGATGA-TAACAATTTAAAATAGATAATT
1 GTATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAAAA-AAAAG-T-ACTAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * * *
320079 GTTCAAATATTCATAATTATTTGAATTGGTTCGACTAACAAAA-TTATTTTTTAAATATCTTACT
63 ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTC-AATAA-AAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-
* * * * *
320143 TATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTCAAT-TTATTTTATTCCGAAT-AAGTT
125 TA--AATTTTTAAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCGAATAAACTT
* * * * * ** * * *
320195 AGTAAGAGCTGAAAAAATTGTTTTACAATAAATTAAAATGT-CATAACTATTTGAAATAGATAAT
1 -GTATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAAA--AAAAAGTAC-TAACAATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * * *
320259 TATTCATATAGCCTTAACTATTTGAAATGTTTTGAA-AAACAATTTTGTTTTTTAAATCTCTTAG
62 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG-ATTCAATAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-
* * * * * * * *
320323 TTATTAATTGTCAAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTA-TTCTAGATAAGCCT
124 CTA--AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAACTT
* * * * * * * *
320377 GTATGAATAGATATAATTGTTATATAATAGAACAAAAGGTGA-TAACAATTTGAAATATATAATT
1 GTATGAACAGAAATAATTATTTTATGACA-AA-AAAAAGT-ACTAACAATTTGAAATAGATAATT
* * *
320441 ATTCAAATA-ACTATAATTATTTGAATTGGTTCAATAAAAAA-TTATTTTTTAAATCTCTTA-TA
63 ATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAATTGATTCAATAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTA
*
320503 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTT-TTTACGAATAAACTT
127 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-CGAATAAACTT
* * * * * *
320552 GAATGAGCTGAAATAATTATTTTATAACAAAACAAAAGTTCATAATAATTTGAAATAGATAATTA
1 GTATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAAAA-AAAAGTAC-TAACAATTTGAAATAGATAATTA
* * * * * *
320617 TTTATATAGTCTTAATTATTTGAATTGGTTCAACAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTCA
64 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCAATAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTA--C-
* * * * * *
320682 TGAATTTTTACAATATTATTAATTTAGTGTTATTTTATTTCGAATAAATTT
125 TAAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTT
* * *
320733 ATATGAACAGAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAAGTTA-TAACAATTTG-AATAGATAATT
1 GTATGAACAGAAATAATTATTTTATGACA-AA-AAAAAG-TACTAACAATTTGAAATAGATAATT
* *** * *
320796 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTGAATCTCATACT
63 ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTCAATAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
*
320860 -AATTCTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAGTAAACTT
126 AAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA-TAAACTT
** *
320909 GTATGTTCAAAAATAATTATTTTATGACAAAATAAAAGATACTAACAATTT
1 GTATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAAAA-AAAAG-TACTAACAATTT
320960 TATTTCAAAT
Statistics
Matches: 739, Mismatches: 158, Indels: 97
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
173 1 0.00
174 8 0.01
175 120 0.16
176 79 0.11
177 113 0.15
178 7 0.01
179 20 0.03
180 77 0.10
181 287 0.39
182 24 0.03
183 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (175 bp):
GTATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAAAAAAAAGTACTAACAATTTGAAATAGATAATTATT
CAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCAATAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAAATT
TTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTT
Found at i:322601 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 320956--323553 Score: 2094
Period size: 181 Copynumber: 14.5 Consensus size: 181
320946 GATACTAACA
** * ** * *
320956 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG--TTGCAAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTAAT
1 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* * * * *
321019 AA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTTATTTAGTAATA-TGA
64 AACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAA-ACAGA
* * *
321082 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTGTTAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTATT
127 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * *
321137 ATTTTATTATGGATAAACTTTTGTGAACT-GAAACAATTGTTTTATGAC--AACAAAAGTTCATA
1 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATA
* * * * * *
321199 ACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTGGAACTTATTCTGTAAATAAATTT
65 ACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTT
*
321264 -TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAAA-GTTAA-AATATTAGTATT
130 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAAATATTAATAA-ATTAGTATT
* * * * * * *
321315 ATTTTCTTTTGAATGAGCTTGTATGAATTGAAATAATTATTTTATGAC-AAACGAAAGGTCA-AA
1 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA
* * * * * * * * * *
321378 ATGATTTAAAATAAATAATTATTCTAATAATCTTAACTATTTGAA-TTGATTCA-CAAGCACA--
66 CT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTCAGTAAACAGATT
* * *
321439 T-TTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATT
129 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * *
321491 ATTTT-TATTTGAATAAGTTTTTATGATTAGAGACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATA
1 ATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATA
* ** * * ** * *
321554 A-TGATTT-AAGATTGATTTTTGTTCAAATAGTCATAAATATTAGAAC-TATTTTG-AAAAATAA
65 ACT-ATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACA-GA
* * * * *
321615 CTTTAGTTTTTAAATCTCCTACTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTA-TGATT
127 -TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGT-ATT
* * * * * * *
321671 ATTTTATTTCGGATAAGTTTTTATTAACT-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATG-TTA-
1 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCAT
* * * * * * *
321733 AAATAATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATATCTATTTGAAATTGTTCAGTAAACATAT
64 AACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGAT
* ** *
321798 TTATTGTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATT
128 TTATT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
321853 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAATG-TTAG
1 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCAT
* * * * * * * *
321916 AACAATTTGAAGTAGATAATTGTTCTAACAGTCTTAACTATTTGAA-TTAGTTCAGCAAAAATAT
64 AACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCAGTAAACAGAT
* * *
321980 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTACTAAATTAGTATC
128 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * *
322034 ATTTTAATCTGAATAAGCCTGTATGAAAAGAAACAATTGTTGTATGACAAAA-TAAAGATCATTA
1 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA
* * * * * * * **
322098 CGATTTGAGATGGATAATTATTCAAATATTCATAAATATTTCAACTGGTTCAGTAAACAGATTTA
66 CTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTTA
* * *
322163 -GTTTTAAA-ATC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATT
131 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * *
322210 ATTTTA-TTTGAATAA-TTCTATATGAACAGAAATAATTATTTTACGAC-AAACAAAAGGTTATA
1 ATTTTATTTTGAATAAGCT-TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATA
* * * * * ** *
322272 A-TGATTTGAAATAGATAAATGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATT
65 ACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATT
* * *
322336 TATTTTTTAAATCTCTTAC-CATTAA-TTTAAAGAATATTAATAAAGTAGTATT
129 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAA-AATATTAATAAATTAGTATT
*** * * * * *
322388 ATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGCTTTATGATAAAACAAAAGATTATAA
1 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA
* * * * * * * *
322453 CTATTTGAAACAAAAAATTGTTGAAACAATCATAACTATTT-AAGCTTACTCGGTAAACAGATTT
66 CTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTTATTCAGTAAACAGATTT
* * *
322517 ATTTTTTAAATCTTTTACGTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
130 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * *
322569 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGGATAGAAACAATTGGTTTATCACAAAA-ATAAAGGTCATA
1 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGATCATA
* * * * * *
322633 ACTATTTAAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTCTA-AAAATAAAT
65 ACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TATTC-AGTAAACAGAT
* *
322696 TTATTTTTTAAA-----TAC-TA--AA-TTTTGAAATATTAATATATT--TAATT
128 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGT-ATT
** * *
322740 ATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAGAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAA
1 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA
* ** * * *
322804 -TGATTTGAAATAGACAATTGTTCAACCAATCATAACTATTTAAACTTGATT-AGTAAATAGATT
66 CT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTCAGTAAACAGATT
* * * *
322867 CATTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATAATAATAAATTAGTGA-T
129 TA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGT-ATT
** * * * * *
322921 ATTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAACT-TATACAATTGTTTTATGACAAAACAATAGATCATA
1 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATA
* * * * * * *
322985 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTAGTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTT
65 ACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTT
* * *
323050 A-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATT
130 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* ** * * * * *
323101 ATTTTAATCCGAATTAGCTTGTATGAAGAAAAACAATTGTGTCATGACAAAACAAAA-AGTCATA
1 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATA
* * * * * *
323165 ACGATTTGAAATAAATTATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTATTC-GATGAATAGATT
65 ACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAG-TAAACAGATT
* * * * * * * *
323229 TATTTTTTTAATCTTTTACTTGTTAGTTATCT-GAATATTAATAAATTTGTATA
129 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
323282 ATCTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAGATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT-
1 ATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATA
* * * * * *
323345 AGTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGTACATGTTCGGTAAATC-GAT
65 ACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAA-CAGAT
* * * * * * * *
323409 TCATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTCAGAATGTTAAAAAAATAGGATT
128 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* ** * * * *
323463 ATGTTATTTCAAATAAGCTTGTACGAATAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTCA-AA
1 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA
*
323527 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
66 CT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
323554 CAGTTGTCAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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184 1 0.00
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Consensus pattern (181 bp):
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CTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTTA
TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
Found at i:323174 original size:713 final size:707
Alignment explanation
Indices: 320956--323552 Score: 2308
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320946 GATACTAACA
* * ** ** * *
320956 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGCA-AAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATA
1 ATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATG-AACAGAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAAGTTATA
** * * * * ** *
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* ** * * *
321084 TATTTTTTAAATCTCTTACTTGTTAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTATGG
128 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
* * * * * *
321149 ATAAACTTTTGTGAACTGAAACAATTGTTTTATGAC-AACAAAAGTTCATAACAATTTTAAATAG
192 ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG
* * * **
321213 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTGGAACTTATTCTGTAAATAAATTT-TTTTTTAAATCTC
257 ATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCTAAAAATAAATTTATTTTTTAAA----
* * * *
321277 TTACTTATTAATTTTTCAAA-AGTTAAAATATTAGTATTATTTTCTTTTGAATGAGCTTGTATGA
317 TTACTTA-TAATTTTTCAAATA-TTAATATATTAG-ATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGA
* * * * * *
321341 ATTGAAATAATTATTTTATGAC-AAACGAAAGGTCAAAATGATTTAAAATAAATAATTATTCTAA
379 ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC-AA
* * * * *
321405 TAATCTTAACTATTTGAA-TTGATT--CACAAGCA--CATTTTTTTAAATATCTTACTTATTAAT
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* * *
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* ** * *
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* * * * *
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631 ATT-GAACT-TGTTAGTAAACAT-A-TTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATA
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692 TTAATAAAGTAAT-ATT
* * * * * * * * *
321671 ATTTTATTTCGGATAAGTTTTTATTAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTTAAAA
1 ATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATT-GTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAA
* * * * * * * * *
321736 TAATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATATCTATTTGAAATTGTTCAGTAAACATATTTA
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* *
321801 TTGTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
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* * * * * * *
321866 TAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAATGTTAGAACAATTTGAAGTAG
193 TAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG
* * *
321931 ATAATTGTTCTAACAGTCTTAACTATTTGAATTAGTTC-AGCAAAA-ATATTTATTTTTTAAATC
257 ATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAATT-GTTCTA--AAAATAAATTTATTTTTTAAA--
* * * * *
321994 TCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTACTAAATTAGTATCATTTTAATCTGAATAAGCCTGTATG
317 --TTACTTA-TAATTTTTCAAATATTAATATATTAG-ATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATG
* * * * * * * *
322059 AAAAGAAACAATTGTTGTATGACAAAATAAAGATCATTACGATTTGAGATGGATAATTATTCAAA
378 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC-AA
* * * * * * *
322124 TATTCATAAATATTTCAAC-TGGTTCAGTAAACAGATTTA-GTTTTAAAATCTC-T--TATTAAT
442 TAATCATAACTATTTAAACTTGATT-AGTAAA-AGATTCATTTTTTTAAATCTCTTACTATTAAT
* ** * *
322184 TTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAATTCTATATGAACAGAAATAATTAT
505 TTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGTCTATATGAACTTAAACAATTGT
* * * * * *
322249 TTTACGAC-AAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAAATGTTCAAATGGACATGACTATT
570 TTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATGACTA-T
* * * *
322313 TGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-CATTAA-TTTAAAGAATATTAA
633 TGAACTTG-TTAGTAAACATATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAA-AATATTAA
*
322376 TAAAGTAGTATT
696 TAAAGTAATATT
* * * * *
322388 ATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGCTTTATGATAAAAC-AAAAGATTATA
1 ATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAAG-TTATA
* * * * * * *
322452 ACTATTTGAAACAAAAAATTGTTGAAACAATCATAACTATTT-AAGCTTACTCGGTAAACAGATT
64 ACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTTATTCGGTAAACAGATT
* *
322516 TATTTTTTAAATCTTTTACGTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
128 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
* * * * *
322581 ATAAGCTTGTATGGA-TAGAAACAATTGGTTTATCACAAAAATAAAGGTCATAACTATTTAAAAT
192 ATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAAA-AAAGGTCATAACAATTTGAAAT
322645 AGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAATGTGTTCTAAAAATAAATTTATTTTTTAAA-T
255 AGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAAT-TGTTCTAAAAATAAATTTATTTTTTAAATT
* *
322709 AC-TA-AA-TTTTGAAATATTAATATATTTA-ATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAATAG
319 ACTTATAATTTTTCAAATATTAATATA-TTAGATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * *
322770 AAAGAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATTGTTCAACCAATC
383 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA-TAATC
*
322835 ATAACTATTTAAACTTGATTAGTAAATAGATTCATTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTA
447 ATAACTATTTAAACTTGATTAGTAAA-AGATTCATTTTTTTAAATCTCTTACT-ATTAATTTTCA
* * * * *
322900 GAATAATAATAAATTAGTGA-TATTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAACTTATACAATTGTTTT
510 AAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTT-GAATAAGTCTATATGAACTTAAACAATTGTTTT
* * *
322964 ATGACAAAACAATAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTAGTTGA
573 ATGACAAAACAA-AGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATGACTA-TTGA
* *
323029 ACTTGTTCAGTAAACATATTTA-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA
636 ACTTGTT-AGTAAACATATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA
*
323093 TTAATATT
700 GTAATATT
* * * * * *
323101 ATTTTAATCCGAATTAGCTTGTATGAAGAAAAACAATTGTGTCATGACAAAACAAAAAGTCATAA
1 ATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGT-TTATGACAAAACAAAAAGTTATAA
* * * * * *
323166 CGATTTGAAATAAATTATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTATTCGATGAATAGATTTA
65 CAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTA
* * * * * * * *
323231 TTTTTTTAATCTTTTACTTGTTAGTTATCTGAATATTAATAAATTTGTATAATCTTA-TTTGAAA
130 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AA
* * * ***
323295 TAAGCTTGTATGAA-TAGAAAGATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTGAAATA
193 TAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
* * *** ** *
323359 GATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGTACA-TGTTCGGTAAATCGATTCATTTTTTAAATC
256 GATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTG-A-ATTGTTCTAAAAATAAATTTATTTTTTAAAT-
* * * * * * *
323423 T-CTTATTTATTAATTTTCAGAATGTTAAAAAAATAGGATTATGTTATT-TCAAATAAGCTTGTA
318 TACTTA--TA--ATTTTTCA-AATATTAATATATTA-GATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTA
* * * * *
323486 CGAATAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
376 TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
323551 AA
440 AA
323553 ACAGTTGTCA
Statistics
Matches: 1525, Mismatches: 281, Indels: 143
0.78 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
705 2 0.00
706 102 0.07
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708 6 0.00
710 3 0.00
711 39 0.03
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714 20 0.01
715 120 0.08
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721 7 0.00
722 13 0.01
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724 35 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (707 bp):
ATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAAC
AATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTAT
TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
GCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA
TTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAATTGTTCTAAAAATAAATTTATTTTTTAAATTACTTATA
ATTTTTCAAATATTAATATATTAGATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT
GTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAATAATCATAACTATT
TAAACTTGATTAGTAAAAGATTCATTTTTTTAAATCTCTTACTATTAATTTTCAAAATATTAATA
AATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGTCTATATGAACTTAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
GATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATGACTATTGAACTTGTTAGTAAACA
TATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATT
Found at i:323549 original size:894 final size:882
Alignment explanation
Indices: 320956--323557 Score: 2471
Period size: 894 Copynumber: 2.9 Consensus size: 882
320946 GATACTAACA
* *
320956 ATTTTATTTCA-AATAAGCTTGTATG-TTGCAAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTAAT
1 ATTTTA-TTCAGAATAAGCTTGTATGAATG--AAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAGGTAAT
* * *
321019 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA-ATGGCCATAATTATTTGAACTTATTTAGT-AATATGA
62 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAACA--GTCATAACTATTTGAACTTAGTTAGTAAATA-GA
* * *
321082 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTGTTAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTAT
124 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTA-TATTTTATT-T
* * * * * * * * *
321147 -GGATAAACTTTTGTGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAACA-AAAGTTCATAACAATTTTAAA
186 CGAATAAGCCTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAACGATTTGAAA
* * * * * * *
321210 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTGGAACTTATTCTGTAAATAAATTTTTTTTTAAATC
251 TAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATT-GAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTAAAATC
* * *
321275 TCTTACTTATTAATTTTTCAAAA-GTTAA-AATATTAGTATTATTTTCTTTTGAATGAGCTTGTA
315 T-TTACTTATTAATTTTT-AAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTT-ATTTGAATTAGCTTGTA
** * * * * *
321338 TGAATTGAAATAATTATTTTATGACAAACGAAAGGTCAAAATGATTTAAAATAAATAATTATTCT
376 TGAACAGAAATAATTATTTTATGACAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCA
* ** * * *
321403 AATAATCTTAACTATTTGAA-TTGATTC-A-CAAGCA--CATTTTTTTAAATATCTTACTTATTA
441 AATAGTAATAACTATTTGAACTT-ATTCGATAAAG-ATTTATTTTTTT-AATCTCTTACTTATTA
* * * * * * *
321463 ATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTTG-AATAAGTTTTTATGATTAGAGACAA
503 A-TTTCAGAATATTAATAAATTAGTA-TAATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
* * **
321527 TTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTT-AAGATTGATTTTTGTTCAAATAGTCATAA
566 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGATTATAATGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * ** * * * *
321590 ATATTAGAACTATTTTGAAAAAT-AACTTTAGTTTTTAAATCTCCTACTTAATAATTTTTGAAAT
630 ATATTTGAAC-ATTTCGGTAAATCGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * * * * *
321654 ATTAATAAAGTATGATTATTTTATTTCGGATAAGTTTTTATTAACT-GAAACAATTATTTTATGA
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* * * * * *
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* * *
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** * * * * * *
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** * * * * *
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* *
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* ** * * * * *
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* * * *
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* ** *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** * * *
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* * * * * * * *
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* *
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* * * * * *
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*
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* *
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* * * *
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* * *
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* *
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* *
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* ** *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * *
332043 AC-ATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTT
64 ACAATTT-TTTTATGA-AAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAAAGTT
* *
332107 ATAATTATTTGAACTAGTT
126 ATAAATAATTGAACTAGTT
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AATTTTTTTATGAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAAAGTTATAAA
TAATTGAACTAGTTTAGTAAATAAATTTATTTTTCAAATTTCTTC
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331795 CCGTTACTTA
* * * * *
331805 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCGAATAAAACTGTATGAATAGAAAC
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*
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* * *
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*
331980 TTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-AA-ACAAACTTATATGAATAAAA
1 TTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTACTTTATTTCGAATA-AAAC-TATATGAATAAAA
* * *
332043 AC-ATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTT
64 ACAATTT-TTTTATGA-AAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAAAGTT
* * *
332107 ATAATTATTTGAACTAG-TTAGGCAAACAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTT
126 ATAAATAATTGAACTAGTTTA-GCAAACA-AATTTATTTTTCAAATCTCTT
332156 ACTTGTTAGG
Statistics
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173 1 0.01
174 10 0.07
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TTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTACTTTATTTCGAATAAAACTATATGAATAAAAAC
AATTTTTTTATGAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAAAGTTATAAA
TAATTGAACTAGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTCAAATCTCTTC
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332270 ACTAAAAATA
* * * * * * *
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** * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * *
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* * ** *
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* * * * * *
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1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-CATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-A
* * * * * ** *
332706 TAATTATTCGAAC-TAATT-TGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCAAACTTATCAA-TTTTG
64 TAACTATTTGAACTTGATTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * ** * * * *
332768 AAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAGATAAATTTTTATGTACTGATAC
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* * * * * *
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1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * *
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66 ACTATTTGAACTTGATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAA
* * * * * * *
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* * * * * * * **
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1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * *
333067 ACTATTTAAAC-TGATTCAGAAAACACATTTA-TTTTTAAA--TC---CTTATTCATTTTTGAAA
66 ACTATTTGAACTTGATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * *** ** * *
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131 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* * * * * * * *
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1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAACGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAG-TC
* ** * * * *
333238 ATGACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTAG
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* * * *
333302 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTACGAGCAAAAAC
128 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* ** * *
333357 AATTCG-TTTATGGCAAAACAAATTGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
1 AATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * *
333421 AACTATTTGAACATG-TTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAACTTTTGGA
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* * * * *
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* * * * * **
333535 AATTATTTTATGAGAAAACAAATGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTTTAATAGTCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * *
333600 ACTATTTGAACTTGA-TCAATAAACAGATTCATTTTTTTAATTCTCTTACTCT-TTAATTTTTGG
66 ACTATTTGAACTTGATTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTGA
* * * * * * *
333663 TATATTAATAAGTTAGAATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATTAACTGAAAC
129 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* * * * * * * *
333717 AATTGTTTTATTACAAAACATAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAGTTATTCAAATAATCTTG
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
** * * * *
333782 ACTATTTGAACTTCTTTGA-TAAACATATTTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTGTTGAA
66 ACTATTTGAACTTGATTCAGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * *
333845 ATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAACAAGCTTGTATGAATATAAAC
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*
333898 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAC
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333930 AATTATGTTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
173 7 0.01
174 115 0.10
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TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
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333935 TGTTTGTAGA
333945 ACTATTTCAAATAATTAT
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*
333963 GACTATTT-GAATAATTAT
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333981 -CTATTTCAAAT
1 ACTATTTCAAAT
333992 CAACATTAAC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACTATTTCAAATAATTAT
Found at i:334530 original size:181 final size:178
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334036 TATAAGTTTG
* * **
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* * * * * *
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* * * * *
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** * *
334228 TTCAGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAACAGATTTAGAAAAT
1 TTCAGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAAGAGATTTA-AAAAT
* * * ** * * * * *
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* * * *
334357 TTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAATAATTATATTTAT-TT-ATACAAGCTAA
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* * *
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1 TTCAG-AATAA-AGTAATGCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAA-AA
* *
334472 ATGAATCTGTGTACAAAACAAGTTCAAATAGTTATAGCTATTTAAA-ACATTTTCTATTTCAAAT
63 ATGAATCTGT-TAC-AAACCAGTTCAAATAGTTATAGATATTTAAACA-ATTTTCTATTTCAAAT
334536 TGCTATAACC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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GACCATTTGTTTTATAACAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTAA
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** * * * * * * *
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* * * * * * *** * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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1 AAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
** * * * * *
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66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
* * *
334906 ATACTAACTTATTACTATTCCAAAAATTAATAAGT----GATCTAAAAAAT
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* * * *
334953 AAATCTGTTTACCCAACAACTTAAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
1 AAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
** * * *
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66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAAT
* * *
335082 AAT-GTAAATTTACTAATATTCCAAAGATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAAT
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* *** * * *
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1 AAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * * * *
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* * * *
335262 AATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAGTAAGTAAAAAATTAAAAAAAT
130 AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
** * * * * * *
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1 AAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * ** * * *
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* * ** * *
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131 ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * *
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1 AAATCTGTTTACCGAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATC
* * * * * * *
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* * ** * * * *
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128 ATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * *
335671 AAATGTATTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
1 AAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * *
335736 TTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTC-ACTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAAT
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * *
335800 AATACTATTTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAG-CAAAGAATTTAAAAAAAT
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* * * * * * *
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* * * * * *
335917 TTATAATCTTTTGTTTTATCATAAAA-AATTATTTC-ATTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAA
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* * * * * * ** *
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129 TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-A--A-GAT-TTAA-A---AAAT
*** ** * ** * * * * ** *
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1 AAATCTGTTTA-CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * ** * * * *
336097 GTTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGAACTTTGGTTTTGTCATAAAACAA
64 GTTATGACCTTTTG---TTTTGTC-A--T-AAA--A----CAA--TT-G-TTTCT-ATT------
* * *
336162 TTGGTATTCATCATACAAGCCTATTCAAAAGGAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
105 --------CA---TACAAGCTTATTCAAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAAT
**
336227 TAAT-AGATAGGAGA--T------T
158 TAATAAG-TAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * *
336243 --ATCTGTTTACTGAACTAGTTCTAATAATTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAGTCAT
1 AAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * * *
336306 TATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTATATTCATACAAGCTTCTTCTAAATAAAATA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
* * *** * * *
336371 ATTA-TAATCTAATAATATTATGAAAATCAATAATTAAGAGATTTGACAAAAAT
131 A-TACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-A-AAAAAT
* ** * * * * * *
336424 AAATTTGTTTATTGAATCAA-TTCAAGTAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATTG
1 AAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * * *
336488 TTATGTCCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAAATGTTTTTGTTCATA-AAGTTTGTTCAAAATAAAAT
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* *** *
336552 AATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT--G--ATAGATTTAAAAAAT
130 AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * **
336600 AAATTTGTTTACCAAACCAA-TTCAATTAGTTATAACAATTTAAACAATTATTTATTT-TTATCG
1 AAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * *
336663 TTATGA-CTATTTGTTTTGTCTTAAAACAATTATTTCTATTGATA-TAGTCTTATTCAAAATAAA
65 TTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTCAAAATAAA
* * ** *
336726 AGTACTGCTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAAT
128 A-TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* ** * * * *
336781 GAATCTGTTGGCCTGACCAA-TGCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
1 AAATCTGTTTACC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * * * * *
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65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AAATAAAA
* * * * * *
336909 TAATTCTAATTTATTAATATTACAAAATTTAATAAATAAGAGATTT-AAAACT
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* ** * * *
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* * * * * *
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* * * * * * **
337141 AAATTTGTTTA-CTATATAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAAATATTTATTTCAAATTA
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Statistics
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ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
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* * * * * ** * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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** * * * ** * *
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*
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* * * * *
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** * * *
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* * * * * ***
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* * * *
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* * *
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260 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAACTTATTAA-AATAAAATAATACTAATTTATTA
* * *
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* ** * * * * *
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1 AAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * ** * * *
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66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATA
* ** * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * **
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258 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC-ATAAAAACTTATT-AAAATAAAATAATACTAATTTA
* * *
335631 ATAATATTCTAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
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* * * * * *
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1 AAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * *
335736 TTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTC-ACTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAAT
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* * * * *
335800 AATACTATTTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAGAATTTAAAAAAATAAATATATTTAC
130 AATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAA-AATTT-AAAAAATAAATATATTTAC
* * * * * * *
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* * * * * * *
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257 CTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAACTTAT-TAAAATAAAATAATACTAATTT
* *****
335992 ATTAATATTTCAAAAATTGAGAAATAA-T-ATTACTTTGT
320 ATTAATATTCCAAAAATT----AATAAGTGATTAAAAAAT
* * * ** * * ** * ** *
336030 TAATAT-TTCAAAAATTGAGAAGTTGAAA-A-TTAAAAACATAAATT--A-GTTTATCGAATTGG
1 AAATCTGTTTACCAA---ACAAGTTCAAATAGTT-ATGAC-T-ATTTGAACAATTATC-TA-T--
* * ** * * * * *
336089 TTCAAAT-AGTTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGAACTTTGGTTTTGTC
56 TTCAAATCA-TTATGACCTTTTG---TTTTGTC-A--T-AAAACA-ATT--A-TTT--CTAT-TC
* ** * *** *** * * * **
336153 ATAAAACAATTG-GTATTCATCATACAAGCCTATTCAAAAGGA-AAATAATACTAATTTATTAAT
106 AT---ACAA--GCTTATTCAGAATAAAATAATATT--AATTTATTAAT-ATTCCAA-AAATTAAT
** * * * * * * *
336216 ATTTCAAAAA-TTAATAGATAGGAGATTATCTGTTTACTGAACTAGTTCTAATAATTATGACTAT
162 AAGT-AAAAATTTAAAAAATA--A-A-TA--TATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * * * * * *
336280 TTGAATAATTATATATTTCAAGTCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTATATT
220 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * * * * * ** *
336345 CATACAAGCTTCTTCTAAATAAAATAATTA-TAATCTAATAATATTATGAAAATCAATAATTAAG
285 CATAAAAACTTATT-AAAATAAAATAA-TACTAATTTATTAATATT-CCAAAA--ATTAA-TAAG
*
336409 AGATTTGACAAAAAT
344 TGA-TT-A-AAAAAT
* ** * * * * * * **
336424 AAATTTGTTTATTGAATCAA-TTCAAGTAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATTG
1 AAATCTGTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * *
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65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
*** * * * * *
336552 AATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT--G-ATAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCA
130 AATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCG
* * * * * ** *
336614 AACCAA-TTCAATTAGTTATAACAATTTAAACAATTATTTATTT-TTATCGTTATGA-CTATTTG
195 AA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTC
* * * * ** * *
336676 TTTTGTCTTAAAACAATTATTTCTATTGATATAGTCTTATTCAAAATAAAAGTACTGCTAATTTA
258 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAACTTATT-AAAATAAAA-TAATACTAATTTA
**
336741 TTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAAT
321 TTAATATTCCAAAAATTAATAAG---T-GA-TTAAAAAAT
* ** * * * *
336781 GAATCTGTTGGCCTGACCAA-TGCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
1 AAATCTGTTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
336845 TTATGATCTTTTATTTTGTTATAAAATAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATT-AGGAATAACA
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-GAATAAAA
* * * * * * *
336909 TAAT-TCTAATTTATTAATATTACAAAATTTAATAAATAAGAGATTT-AAAACTAAATTTGTTTA
129 TAATAT-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATATTTA
** * * ** *
336972 TTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATGGCCATAACCTTTT
192 CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
* * * * * * * *
337037 GTTTTGTCATAACATAATTTTTTCTATTGC-TACAAGCTTATTACAATTAAAATAATA-AAATTT
257 CTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT-CATAAAAACTTATTA-AAATAAAATAATACTAATTT
*
337100 ATT-ATCATT-CATACAATTAATAAGTAAAGGATTTAAAAAAT
320 ATTAAT-ATTCCA-AAAATTAATAAGT----GA-TTAAAAAAT
* * * * * * * *
337141 AAATTTGTTTACTATATAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAAATATTTATTTCAAATTAT
1 AAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
337206 TATGA-CTTTT
66 TATGACCTTTT
337216 AACGATTTGG
Statistics
Matches: 1699, Mismatches: 434, Indels: 259
0.71 0.18 0.11
Matches are distributed among these distances:
355 4 0.00
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ATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCGA
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TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAACTTATTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
ATTCCAAAAATTAATAAGTGATTAAAAAAT
Found at i:335370 original size:16 final size:17
Alignment explanation
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335324 ACCGAATGAG
*
335334 TTCAAATACTTATGATTAT
1 TTCAAATAATTAT--TTAT
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*
335369 TTCAAATCATTAT
1 TTCAAATAATTAT
335382 GATCTTTTAT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.02, T:0.50
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334605 ACTAAATAAT
* * * * * * *
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* * * ** * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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** * * * * *
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*
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* * * * *
335005 TATTTCAAATCGTTATGATATTTTGTTTTGCCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
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* * *
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****
335135 ATCTATTTTTTGAA-CACG
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* * *
335153 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAGGACCTTTTCTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTAGTCA
* ** * * *
335218 TAAACCAATTGCTTCTATTCATAAAAACTTATTAAGAATAAGATAATACTAATTTATTAAAATTC
66 TAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTAAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTC
* * **
335283 CAAAAATTAGTAAGTAAAAAATTAAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATGAGTTCAAATACTTATG
131 CAAAAATTAATAAGTAAAAAATTAAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATACTTATG
* * *
335348 ATTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
196 ACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTGTTT
* * * * * *
335413 CTATACATACAAAATTAGTCATAATAAGATAAAATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG
260 C-ATTCATA-AAACTTA-TCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * ** *
335478 AT-ATTTAAAAACTAAATCTGTTTATCGGACTAAC-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
322 -TGATCTAAAAAATAAATCTGTTTACCCAAC-AACTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * *
335541 TCTATCTT-AAATTGGTATGAT-CTTCGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTCTA-TCTATACAAAC
385 TCTAT-TTCAAATCGGTATGATACTTCGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTCTATTC-ATACAAAC
* * * * *
335603 TTA-TTCAGAGTAAAATATTGCTAAA-CTAATAATATTCTAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAA
448 TTATTTC-GAATAAAATAATG-TAAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAA
*
335666 AAAATAAATGTATTTGCCAAACCAG
510 AAAATAAATCTATTTGCCAAACCAG
* ** *
335691 TTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTA-AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTAGTC
* * * *
335755 ATAAAATAATTATTTC-ACTTCATACATGCTTATTCAA-AATAAAATAATACTATTTTATTAACA
65 ATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATT-AAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAA
* * * * * *
335818 TTCAAAAAATTAATAAGCAAAGAATTTAAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTACAAATAGC
128 TTCCAAAAATTAATAAGTAAA-AAATTAAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATA-C
* * * * *
335883 -TATGACTATTTGAATAATTA-TCATTTTAATATCGTTATAATCTTTTGTTTTATCATAAAAAAT
191 TTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAA-ATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAT
* *
335946 TATTTCATTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATT
255 TGTTTCA-TTCATAAAA-CTTAT-CAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
336010 GAGAAATAAT
Statistics
Matches: 706, Mismatches: 134, Indels: 34
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
536 5 0.01
537 79 0.11
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539 88 0.12
540 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (534 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTAGTCA
TAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTAAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTC
CAAAAATTAATAAGTAAAAAATTAAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATACTTATG
ACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAAAATTGTTTC
ATTCATAAAACTTATCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGAT
CTAAAAAATAAATCTGTTTACCCAACAACTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
TCAAATCGGTATGATACTTCGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTCG
AATAAAATAATGTAAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCT
ATTTGCCAAACCAG
Found at i:336017 original size:36 final size:36
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Period size: 36 Copynumber: 2.1 Consensus size: 36
335967 ATCCAAAATA
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1 AAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAG
*
336013 AAATAATATTACTTTGTTAATATTTCAAAAATTGAG
1 AAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAG
336049 AA
1 AA
336051 GTTGAAAATT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
36 37 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.05, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (36 bp):
AAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAG
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336236 GGAGATTATC
* * * * * * **
336246 TGTTTACTGAACTAGTTCTAATAATTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAGTCATTATAA
1 TGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACCATAA
* * * * *** *
336311 CCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTATATTCATACAAGCTTCTTCTAAATAAAATAATTAT
66 CCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTATATTCATACAAGCTTATTAGCAATAAAATAATTAA
* * * * *
336376 AATCTAATAATATTATGAAAA-TCAATAATTAAGAGATTTGACAAAAATAAATT
131 AATTTATTAATATTA-CAAAATTTAATAAATAAGAGATTT---AAAAATAAATT
* * * * * * **** *
336429 TGTTTATTGAATCAA-TTCAAGTAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
1 TGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACCATA
* * * * * * * * * * *
336493 TCCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAAATGTTTTTGTTCATA-AAGTTTGTTCA-AAATAAAATAA-T
65 ACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTATATTCATACAAGCTTATT-AGCAATAAAATAATT
* ** *
336555 ATTAATTTATTAATATTTTGAAAA-TTAAT-GAT---AGATTTAAAAAATAAATT
129 A-AAATTTATTAATA-TTACAAAATTTAATAAATAAGAGATTT-AAAAATAAATT
** * * * * * ** *** *
336605 TGTTTACCAAACCAA-TTCAATTAGTTATAACAATTTAAACAATTATTTATTT-TTATCGTTATG
1 TGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACCATA
* * * * * * *
336668 A-CTATTTGTTTTGTCTTAAAACAATTATTTCTATTGATA-TAGTCTTATTCA-AAATAAAAGTA
65 ACCT-TTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTATATTCATACAAG-CTTATT-AGCAATAAAA-TA
* *** ** * * * * *
336730 CTGCTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATGAATC
126 ATTAAAATTTATTAATATTACAAAATTTAATAAATAAGAGATTT-AAAAATAAATT
** * * * ** *
336786 TGTTGGCCTGACCAA-TGCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
1 TGTT-TACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACCATA
* * * * * *
336850 ATCTTTTATTTTGTTATAAAATAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTAGGAATAACATAATTC
65 ACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTATATTCATACAAGCTTATTAGCAATAAAATAATTA
* *
336915 TAATTTATTAATATTACAAAATTTAATAAATAAGAGATTTAAAACTAAATT
130 AAATTTATTAATATTACAAAATTTAATAAATAAGAGATTTAAAAATAAATT
* * **
336966 TGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATGGCCATAA
1 TGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACCATAA
* * * *
337031 CCTTTTGTTTTGTCATAACATAATTTTTTCTATTGC-TACAAGCTTATTA-CAATTAAAATAA-T
66 CCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTATATT-CATACAAGCTTATTAGCAA-TAAAATAATT
*
337093 AAAATTTATT-ATCATT-CATACAA-TTAATAAGTAA-AGGATTTAAAAAATAAATT
129 AAAATTTATTAAT-ATTACA-A-AATTTAATAAATAAGA-GATTT-AAAAATAAATT
* * * *
337146 TGTTTACT-ATATAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAAATATTTATTTCAAAT
1 TGTTTACTGA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
337203 TATTATGACT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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184 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACCATAA
CCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTATATTCATACAAGCTTATTAGCAATAAAATAATTAA
AATTTATTAATATTACAAAATTTAATAAATAAGAGATTTAAAAATAAATT
Found at i:337654 original size:181 final size:176
Alignment explanation
Indices: 337265--337778 Score: 577
Period size: 181 Copynumber: 2.9 Consensus size: 176
337255 TTTGAACTGA
* * * * *
337265 TTCAATAAAGAGAATTATTTTTTAAATCTCTTATA-AAATTTTGAAATATTAACAAATTAGTTTT
1 TTCAGTAAA-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTATATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* **
337329 ATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAGTTGAAATAATT-ATTTTATGACAAACAAAAGGTCATAA
65 ATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAAAAATAATTGA-TTTATGACAAACAAAAGGTCATAA
* * * * *
337393 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATTGTCTTAATTGTTTAAATTCG
129 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGTCATAACTATTTAAATTCG
* * * *
337441 TTCAGGAAATGAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGT
1 TTCAGTAAAAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTA--TAT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* * * * *
337506 ATTATTTTATTTCGAATAAACATGTATGAACAAAAATAATTGATTTATGATAGAACAAAAAGTTA
62 ATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAAAAATAATTGATTTATGACA-AACAAAAGGTCA
* * *
337571 TAACAATTTGAAATGGATAATTGTTCAAATTGTCATAACTATTTAAATTGG
126 TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGTCATAACTATTTAAATTCG
* * *
337622 TTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
1 TTCAGTAAA-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTATATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * *
337686 ATTTTACTTC-ATATAAGCTTGTATGATTTAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGCCAT
65 ATTTTATTTCGA-ATAAACTTGTATGA-ATAAAAATAATTGATTTATGAC-AAACAAAAGGTCAT
**
337750 AACGATTTGAAATAGATAATCATTCAAAT
127 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
337779 GGCTATATAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTCAGTAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
TTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAAAAATAATTGATTTATGACAAACAAAAGGTCATAACG
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGTCATAACTATTTAAATTCG
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Indices: 338335--338656 Score: 379
Period size: 177 Copynumber: 1.8 Consensus size: 178
338325 CTATTTGAAC
* * * *
338335 AATTATCAGTCTTAAATCATTAAGA-TTTTTGTTTTGTCGTAAAA-TAACTGTTTC-TGATCATA
1 AATTATCAATCTTAAATCATTAAGACCTTTTGTTTAGT--AAAAATTAACTGTTTCAT-ATCATA
* * * * *
338397 TAAACTTATTC-GATTAAAATAATACC-AATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
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*
338460 TT-AAAAAATAAATGTTTTTGTCGAATCAATTCAAATATTTAAAACTATTAG
127 TTGAAAAAATAAATCTTTTTGTCGAATCAATTCAAATATTTAAAACTATTAG
** ** *
338511 AATTATCAAT-TTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTAAAAATTATTTGTTTCATATCTTACA
1 AATTATCAATCTT-AAATCATTAAGACCTTTTGTTTAGTAAAAATTAACTGTTTCATATCATACA
** * *
338575 AGTTTATTCAGAATAAAATAATCCAAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGAAAAAGATTTG
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338640 AAAAAATAAATCTTTTT
130 AAAAAATAAATCTTTTT
338657 ACCAAACAAG
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 19, Indels: 12
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.40
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AATTATCAATCTTAAATCATTAAGACCTTTTGTTTAGTAAAAATTAACTGTTTCATATCATACAA
ACTTATTCAGAATAAAATAATCCAAATTTAATAACATTTCAAAAATTAATAAGAAAAAGATTTGA
AAAAATAAATCTTTTTGTCGAATCAATTCAAATATTTAAAACTATTAG
Found at i:338989 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 337796--339463 Score: 1232
Period size: 180 Copynumber: 9.3 Consensus size: 180
337786 TAACATTTTC
* * * * * * *
337796 AACAATTATTTATTTAAAATCATTATGATCATTTATTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTA-CTAA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCA
* * * *
337859 TACAATCTTATTCGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACG-G
65 TAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-AA-GAG
* * * ** * * *
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** * ** * ** **
337976 AACAATTATCTATTTCAAATTGTTGTGA-CTTTTGTTTTAACACAAAACAATTGTTTTTGTTTGT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCAT
* * * * * * * *
338040 ACAATCTTATTTTG-AATAACATAATTCTAATTTATTAGTATTC-CAAAATTAATATGTAAGAGA
66 AAAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-AAGAGA
* * * *
338103 TTTAAAAACTAAGA-CTATTTATCAAACAAGTTCT-AATAGTTATGACTATTTG
129 TTTAAAAAATAA-ATTTGTTTACCAAACAAGTT-TAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * *
338155 AATAATTATCTAGTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTGGTTT--TTATC
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCAGT-TC
* * * * *
338218 ATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATCAATATTTTAGAAATTAAT---AAGAGA
64 ATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAAGAGA
* ** * * * *
338280 TTTAAGAAATAAATTTGTTGGCTAAACTAGTTTAAATATTTATGCCTATTTG
129 TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * *
338332 AACAATTATC-AGTCTT-AAATCATTAAGA-TTTTTGTTTTGTCGTAAAATAACTGTTTCTGATC
1 AACAATTATCTA-T-TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTC
* * *
338394 ATATAAA-CTTATTCG-ATTAAAATAATACCAATTTAATAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAG
64 ATA-AAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAG-AAG
* * * * * **
338456 AGATTTAAAAAATAAATGTT-TTTGTCGAATCAA-TTCAAATATTTAAAACTA-TT-
126 AGATTTAAAAAATAAAT-TTGTTT-ACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * *
338509 -AGAATTATCAATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGT-A-AAAATTATTTGTTTCA-TATC
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTCAGT-TC
* * * * * * *
338570 TTACAAGTTTATTC-AGAATAAAATAATCCAAATTTATTAACATT-TGAAAAATTAATAAGAAAA
64 ATAAAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAG-AAG
** *
338633 AGATTTGAAAAAATAAATCTT-TTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTACAACTATTTA
126 AGATTT-AAAAAATAAAT-TTGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * * * *
338689 AATAATTGTTTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGACATAAAAGAATTGTTTCAATTTAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCAT
* * * * *
338754 ATAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATT-TCCAAAATTAATAAGCAAGAG-
66 AAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAG-AAGAGA
* *
338817 TTTAAACAAATAAATTTGTTTACGAAACAAATTTAAATAGTTATGACTATTTG
129 TTTAAA-AAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTG
* * * *
338870 AACAATTGTCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTT-TTTGGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCAT
* * * *
338934 AAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATCAATATTCTAAAACTTAATAATGAAGTGAT
66 AAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA-GAAGAGAT
* * ** * * *
338999 TTAAAAAATTAGTTTGTTTACCAAATCAA-TCCAAATAGTCATGTCCATTTG
130 TTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAA-CAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTG
* * * **
339050 AATAATTATCTATTTCAAA-CTGTTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TTTTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATC-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA
** *
339112 TGCAAAA--TTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGCAAGA
65 T--AAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-AAGA
* * ** * * *
339175 GATTTGAAAAAATAAATCTATTTAATAAACAAGTTCAATTAGTTATGATTATTTG
127 GATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTG
* * ** * *
339230 AACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGAATTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAGTTCCT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCAT
* * * *
339295 AAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATGCTACTTTATTAATATT-TCAAAAATTAAT---AAGAGAT
66 AAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGAAGAGAT
* * * * * * *
339356 TTAAAAAATAAATTAGTTTACCAAATCAA-ATCAAATATTTCTTG-CCATTCG
130 TTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAA-CAAGTTTAAATAGTT-ATGACTATTTG
* ** * * **
339407 AACAATTATCTATTTCAATTTGTTATTATCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
339464 TTCAACATCA
Statistics
Matches: 1191, Mismatches: 233, Indels: 131
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 1 0.00
175 45 0.04
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178 53 0.04
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183 6 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCAT
AAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAAGAGATT
TAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTG
Found at i:339246 original size:541 final size:529
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Indices: 337796--339463 Score: 1550
Period size: 541 Copynumber: 3.1 Consensus size: 529
337786 TAACATTTTC
* * * *
337796 AACAATTATTTATTTAAAATCATTATGATCATTTATTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTA-CTAA
1 AACAATTATCTATTTAAAATCATTATGA-CCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGATCA
* * *
337859 TACAATCTTATTCGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACGGA
64 TA-AAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTA-TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-GGA
* * * ** * **
337924 TTTAAAAAATGAATCTATTGGCCTGATCAGTGTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
126 TTTAAAAAATAAAT-TTTTTGCCAAATCAATCCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * ** ** *
337989 TTCAAATTGTTGTGACTTTTGTTTTAACACAAAACAATTGTTTTTGTTTGTACAATCTTATTTTG
190 TTCAAACTGTT-TGACCTTTGTTTT-TCATAAAACAATTATTTTT-TTCATACAAAATTATTTAG
* * ** * * * *
338054 AATAACATAATTCTAATTTATTAGTATTC-CAAAATTAATATGTAAGAGATTT-AAAAACTAAGA
252 AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTGAAAAAATAA-A
* *
338117 -CTATTT-ATCAAACAAGTTCTAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAGTTCAAATCATTA
316 TCTATTTAAT-AAACAAGTTC-AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTA
* ** * * * *
338180 TGACCTTTTGTTTT-ATCATAAAAAAATTGGTTTTTA-TCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATA
379 TAACCTTTTGTTTTGA-CATAAAAAAATT-GTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATA
* * * * ** * *
338243 ATACTAATTTATCAATATTTTAGAAATTAATAAGAGATTTAAGAAATAAATTTGTTGGCTAAACT
442 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACA
*
338308 AGTTTAAATATTTATGCCTATTTG
507 AATTTAAATATTTATG-CTATTTG
* ** * * * * *
338332 AACAATTATC-AGTCTT-AAATCATTAAGATTTTTGTTTTGTCGTAAAATAACTGTTTCTGATCA
1 AACAATTATCTA-T-TTAAAATCATTATGACCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGATCA
* *
338395 TATAAACTTATTCG-ATTAAAATAATACCAATTTAATAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAG
64 TA-AAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT-ATAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAG-G
* * * * ** * *
338458 ATTTAAAAAATAAATGTTTTTGTCGAATCAATTCAAATATTTAAAACTA-TT--AGAATTATCAA
125 ATTTAAAAAATAAAT-TTTTTGCCAAATCAATCCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * *
338520 TTTCAAATCAT-TTTGACCTTT-TGTTT-AGT-AAA-AATTATTTGTTTCATATCTTACAAGTTT
189 TTTCAAA-C-TGTTTGACCTTTGTTTTTCA-TAAAACAATTATTTTTTTCATA-C--A-AA-ATT
* * * *
338580 ATTCAGAATAAAATAATCCAAATTTATTAACATT-TGAAAAATTAATAAGAAAAAGATTTGAAAA
246 ATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCT-AAAAATTAATAAGAAAGAGATTTGAAAA
* ** * ** * * *
338644 AATAAATCTTTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTACAACTATTTAAATAATTGTTTATTTAAAAT
310 AATAAATCTATTTAATAAACAAG-TTCAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAAT
* * *
338709 CATTATAACCTTTTGTTTTGACATAAAAGAATTGTTTCAATTTATATAAGCTTATCCAAAATAAA
374 CATTATAACCTTTTGTTTTGACATAAAAAAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAA
* *
338774 ATAATACTAATTTCTTAATATTTCCAAAATTAATAAGCAAGAGTTTAAACAAATAAATTTGTTTA
439 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AGA-TTTAAA-AAATAAATTTGTTTA
* *
338839 CGAAACAAATTTAAATAGTTATGACTATTTG
500 CCAAACAAATTTAAATATTTATG-CTATTTG
* * *
338870 AACAATTGTCTATTTAAAATCGTTATGACCTTT-TTTTGGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCAT
1 AACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTATTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCAGATCAT
* *
338934 AAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATCAATATTCTAAAACTTAATAA-TGAAGTGA
65 AAAA-CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAT-AATATTCTAAAAATTAATAAGT-AAG-GA
* * * * * * *
338998 TTTAAAAAATTAGTTTGTTTACCAAATCAATCCAAATAGTCATGTCCATTTGAATAATTATCTAT
126 TTTAAAAAATAAATTT-TTTGCCAAATCAATCCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* *
339063 TTCAAACTGTTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTTTCATGCAAAATTATTTAAA
190 TTCAAACTGTT-TGACCTTTGTTTT-TCATAAAACAATTATTTTTTTCATACAAAATTATTTAGA
*
339128 ATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATC
253 ATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTGAAAAAATAAATC
* * *
339193 TATTTAATAAACAAGTTCAATTAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGA
318 TATTTAATAAACAAGTTCAA-TAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTAT-A
* ** * * * *
339258 A-TTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAGTTCCTAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATGC
381 ACCTTTTGTTTTGACATAAAAAAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATAC
* *
339322 TACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCAAATCAAA-
446 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAA-CAAAT
* * * *
339386 TCAAATATTTCTTGCCATTCG
510 TTAAATATTT-ATGCTATTTG
* * ** * *
339407 AACAATTATCTATTTCAATTTGTTATTATCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
1 AACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTT-ATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
339464 TTCAACATCA
Statistics
Matches: 915, Mismatches: 164, Indels: 104
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
527 4 0.00
528 9 0.01
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530 1 0.00
531 4 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (529 bp):
AACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGATCATA
AAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGGATTTAA
AAAATAAATTTTTTGCCAAATCAATCCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
CTGTTTGACCTTTGTTTTTCATAAAACAATTATTTTTTTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATA
ATACTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTAAT
AAACAAGTTCAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTT
TTGACATAAAAAAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
ATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAATTTAAATATTTA
TGCTATTTG
Found at i:339314 original size:361 final size:356
Alignment explanation
Indices: 337796--339465 Score: 945
Period size: 359 Copynumber: 4.7 Consensus size: 356
337786 TAACATTTTC
* * * * *
337796 AACAATTATTTATTTAAAATCATTATGATCATTTATTTT-GTCAT-AAACAATTGTTTCTA-CTA
1 AACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGAAC-TTT-TTTTGGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTC
* * * * * * *
337858 ATACAATCTTATTCGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAACG
63 ATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATCAATATTTC-AAAAATTAATAAG--A--
* ** ** * * * * *
337922 GATTTAAAAAATGAATCTA-TTGGCCTGATC-AGTGTAAATA-GTTATGACTATTTGAACAATTA
123 GATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAATCAAAT-CAAATATGTCATG-CCATTCGAACAATTA
* * ** ** * * ** * **
337984 TCTATTTCAAATTGTTGTGA-CTTTTGTTTTAACACAAAACAATTGTTTTTGTTTGTACAATCTT
185 TCTATTTCAAACTGTTATGACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTATTTTT-TTCATGCAAAATT
** * * ** * * *
338048 ATTTTGAATAACATAATTCTAATTTATTAGTA-TTCCAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAA-AA
249 ATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAG-TTTAAACAA
* ** * *
338111 CTAAGA-CTATTTATCAAACAAGTTCTAATAGTTATGACTATTTG
313 ATAA-ATCTATTTAAGAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * ** * *
338155 AATAATTATCTAGTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTGGTTT--TTATC
1 AACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGAACTTTT-TTTGGTCATAAAACAATT-GTTTCAGT-TC
* * * * * *
338218 ATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATCAATATTTTAGAAATTAATAAGAGATTT
63 ATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATCAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTT
* * ** * ** * * *
338283 AAGAAATAAATTTGTTGGCTAAA-CTAGTTTAAATAT-TTATGCCTATTTGAACAATTATC-AGT
128 AAAAAATAAATTAGTTTACCAAATC-AAATCAAATATGTCATGCC-ATTCGAACAATTATCTA-T
* * * ** * * * * ** ** *
338345 CTT-AAA-TCATTAAGA-TTTTTGTTTTGTCGTAAAATAACTGTTTCTGATCATATAAACTTA-T
190 -TTCAAACT-GTTATGACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTATTT-TTTTCATGCAAAATTATT
** * * * * *
338406 TCGATTAAAATAATACCAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA-AAATA
252 TAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAG-TTTAAACAAATA
* * ** * * **
338470 AATGTTTTTGTCGAATC-AATTCAAATATTTAAAACTA-TT-
316 AATCTATTT-AAGAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * * * *
338509 -AGAATTATCAATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGT-A-AAAATTATTTGTTTCA-TATC
1 AACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGAACTTTT-TTTGGTCATAAAA-CAATTGTTTCAGT-TC
* * * * * * * * * *
338570 TTACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATCCAAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGAAAAAG
63 ATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATCAATATTTCAAAAATTAATAAG----AG
* * * * * ** *
338635 ATTTGAAAAAATAAATCT-TTTTACCAAA-CAAGTTTAAATA-GTTACA-ACTATTTAAATAATT
124 ATTT-AAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAATCAA-ATCAAATATG-T-CATGCCATTCGAACAATT
* * * * * ** * * * * ** *
338696 GTTTATTT-AAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGACATAAAAGAATTGTTTCAATTT-ATATAAG
184 ATCTATTTCAAACT-GTTATGACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTATTT--TTTTCATGCAAA
* ** * * *
338759 CTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCCAAAATTAATAAGCAAGAGTTTAAAC
246 ATTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGTTTAAAC
* * * *
338824 AAATAAATTTGTTTACGAAACAAATTTAAATAGTTATGACTATTTG
311 AAATAAATCTATTTAAGAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTG
* *
338870 AACAATTGTCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTTTTGGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA
1 AACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGAACTTTTTTTGGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA
* * * *
338935 AAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATCAATA-TTCTAAAACTTAATAATGAAGTGAT
66 AAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATCAATATTTC-AAAAATTAATAA-G-A--GAT
* * * * *
338999 TTAAAAAATTAGTTTGTTTACCAAATC-AATCCAAATA-GTCATGTCCATTTGAATAATTATCTA
126 TTAAAAAATAAATTAGTTTACCAAATCAAAT-CAAATATGTCATG-CCATTCGAACAATTATCTA
*
339062 TTTCAAACTGTTATGACCTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTTTCATGCAAAATTATTTA
189 TTTCAAACTGTTATGACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTTTCATGCAAAATTATTTA
339126 AAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAA-AAATA
254 AAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAG-TTT-AAACAAATA
* * * *
339189 AATCTATTTAATAAACAAGTTCAATTAGTTATGATTATTTG
316 AATCTATTTAAGAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * *
339230 AACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGAATTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAGTTCCT
1 AACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGAACTTTT-TTTGGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCAT
* * *
339295 AAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATGCTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAA
65 AAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATCAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAA
* *
339360 AAAATAAATTAGTTTACCAAATCAAATCAAATATTTCTTGCCATTCGAACAATTATCTATTTCAA
130 AAAATAAATTAGTTTACCAAATCAAATCAAATATGTCATGCCATTCGAACAATTATCTATTTCAA
** * * *
339425 TTTGTTATTATCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
195 ACTGTTATGACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTATTTTT
339466 CAACATCAAG
Statistics
Matches: 1044, Mismatches: 203, Indels: 129
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
351 8 0.01
352 58 0.06
353 34 0.03
355 31 0.03
356 147 0.14
357 119 0.11
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359 157 0.15
360 157 0.15
361 141 0.14
362 95 0.09
363 6 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (356 bp):
AACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGAACTTTTTTTGGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA
AAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATCAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAA
AAATAAATTAGTTTACCAAATCAAATCAAATATGTCATGCCATTCGAACAATTATCTATTTCAAA
CTGTTATGACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTTTCATGCAAAATTATTTAAAATAAA
ATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGTTTAAACAAATAAATCTATTTA
AGAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTG
Found at i:339807 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 339487--340860 Score: 1154
Period size: 181 Copynumber: 7.6 Consensus size: 180
339477 TTATTAAATA
* *** **
339487 AAATTATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTCAGCATACAAGCTTATTTGAAA
1 AAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAA
* *
339551 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAGAA-T--T-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATA
66 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
*
339612 TTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTG-ATCAATTATTTATTTC
130 TTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT-AATTATCTATTTC
* * * * *
339663 AAATTGTTATAACCTTTTATTCTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCACACAAGTTTATTCAAAA
1 AAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAA
* * * **
339728 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCC
66 TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
**** * * *
339793 TTTGTTGAACCAATTCAAACAGTTAAGACTATATGAATAATTA-CTTATTTC
130 TTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC-TATTTC
* * * * ** * * ***
339844 AAA-TAGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAGACAATTATTTCAGCTCATACAAGTTTATTTGGA
1 AAATTA-TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAA
* * * * *
339908 ATAAAATAAAACTAATTTGTTAATATTTCAAAGTTTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAATAATT
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-ATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAAAATAAAT
* * * * *** *
339973 CTATTTAACAAACTAATTCAAATAATTATAACTATTTGCCCAATTATCTATTTT
127 CTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
* * * * * * * * * *
340027 AGATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTAAAAA
1 AAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAA
* * * * *
340092 TAAAATAAAACTAATTTATTAATATTT-AGAAATTAATCATTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTG
66 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * * *
340156 TTTACCAAATCATTTCTAATAGTTTTGACTACTAGAATAATTATCTATTTC
130 TTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
* * * * * ** ** **
340207 AAATTGTTATAACATTTTCTTTTATCATCAAACAATTGGTTTTGTTCATATTATTTTATTCAAAA
1 AAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAA
* * ** * *
340272 TAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTA
66 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * ** * * * *
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130 TTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA-ATTATCTATTTC
* * * * ** * *
340388 AAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATT-TCTTTGTTTGTACAAGCTTATTCGAAT
1 AAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAA
* * * * * * *
340452 TAAAATAATACAAATTTAATAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGATATTAAGAAAAATAAATTTG
66 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA-AAAAATAAATCTA
* * * * * * * *
340517 TTTATCGAACCAGTTCATATGGTTAAGACTACTAGAATAATTATCTATTTC
130 TTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
* * * * * **
340568 AAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAGAA-TATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAA
1 AAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA-AACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAA
* * * * *
340632 ATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGAAACAGATTTAAAAAAAATAAAT
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-CAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAAAATAAAT
* * * *
340697 CTATTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAATAATTGTCTACTTA
127 CTATTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
* * ** * * * * * *
340751 AAATTGTTATGACCTTTTAATTTGTCATAAAACAATTACTTTAGTTAATATAAGCTTATACAGAA
1 AAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAA
* * *
340816 TAAAATAACACAAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAATAAG
66 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAG
340861 GTTATACAAA
Statistics
Matches: 938, Mismatches: 232, Indels: 49
0.77 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
176 33 0.04
177 45 0.05
178 6 0.01
179 14 0.01
180 259 0.28
181 284 0.30
182 41 0.04
183 253 0.27
184 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAA
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
TTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
Found at i:340698 original size:544 final size:540
Alignment explanation
Indices: 339487--340855 Score: 1388
Period size: 544 Copynumber: 2.5 Consensus size: 540
339477 TTATTAAATA
* * * **
339487 AAATTATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCAG--CATACAAGCTTATTTGAA
1 AAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-TA-TTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTAAAA
* * * *
339550 ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAGTAAG--AGATTTAAAAAATAAATATAT
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGAAAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* *
339613 TTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTG-ATCAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACC
128 TTACCAAA-CAATTCAAATAGTTTTGACTATTTGAAT-AATTATCTATTTCAAATTGTTATAACC
* * * *
339677 TTTTATTCTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCACACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
191 TTTTATTTTGTCATAAAACAATTACTTTTGTTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
** * * * * ** **
339742 TTTATTAATATTTTGAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCCTTTGTTGAACCAAT
256 TTTATTAATATTTCCAAAATTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCCAATTGCCGAACCAAT
* *
339807 TCAAACAGTTAAGACTATATGAATAATTACTTATTTCAAATAGTTATGACATTTTGTTTTATCAT
321 TCAAACAGTTAAGACTATATGAATAATTACTAATTTCAAATAGTTATAACATTTTGTTTTATCAT
* * * * **
339872 AAGACAATTATTTCAGCTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAAAACTAATTTGTTAATATTTC
386 AAAACAATTATTTCAGCTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAAAACAAATTTAATAATATTTC
** * *
339937 AAAGTTTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAATAATTCTATTTAACAAACTAATTCAAATAATTAT
451 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAATAATTCTATTTAACAAACCAATTCAAATAATTAT
* * ** *
340002 AACTATTTGCCCAATTATCTATTTT
516 AACTACTAGAACAATTATCTATTTC
* * * ** * * *
340027 AGATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTAAAAA
1 AAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT-ATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTAAAAA
* * ** * *
340092 TAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTAGAAATTAATCATTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTGT
65 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAAT-AAGAA-AGATTTAAAAAATAAATCTAT
* * * * *
340157 TTACCAAATCATTTCTAATAGTTTTGACTACTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACAT
128 TTACCAAA-CAATTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCT
* * * ** * *
340222 TTTCTTTTATCATCAAACAATTGGTTTTGTTCATATTATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
192 TTTATTTTGTCATAAAACAATTACTTTTGTTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * **
340287 TTAATAATA-TTCCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCCGAACCGGT
257 TTATTAATATTTCCAAAA-TTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCCAATTGCCGAACCAAT
* * * *
340351 TCAAATAGTTAAGACTATATGAA-ATATTA-TCAATTTTAAATCA-TTATAACCTTTTGTTTTGT
321 TCAAACAGTTAAGACTATATGAATA-ATTACT-AATTTCAAAT-AGTTATAACATTTTGTTTTAT
* * * * ** *
340413 TATAAAATAATT-TCTT-TGTTTGTACAAGCTTA-TTCGAATTAAAATAATACAAATTTAATAAT
383 CATAAAACAATTAT-TTCAGCTCATACAAGCTTATTTCGAA-TAAAATAAAACAAATTTAATAAT
* * * * * * *
340475 ATTT-AAAAATTAATAAGTAAGATA-TTAAGAAAAATAAATT-TGTTTATCGAACCAGTTCATAT
446 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAT-AATTCTATTTAACAAACCAATTCAAAT
** *
340537 GGTTA-AGACTACTAGAATAATTATCTATTTC
510 AATTATA-ACTACTAGAACAATTATCTATTTC
* *
340568 AAATCATT-TTGACCTTTTGTTTAGTCATAAGAATATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAA
1 AAATCATTATT-ACCTTTTGTTTTGTCATAA-AATATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTAAAA
* *
340632 ATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGAAACAGATTTAAAAAAAATAAAT
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAG-AA-AGATTT--AAAAAATAAAT
* * *
340697 CTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATT-ACTATTTGAATAATTGTCTACTTAAAATTGTTAT
124 CTATTTACCAAACAA-TTCAAATAGTT-TTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
* * * * * * * *
340761 GACCTTTTAATTTGTCATAAAACAATTACTTTAGTTAATATAAGCTTATACAGAATAAAATAACA
187 AACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTACTTTTGTTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATA
* *
340826 CAAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAA
252 CTAATTTATTAATATTTCCAAAATTAATAA
340856 ATAAGGTTAT
Statistics
Matches: 667, Mismatches: 137, Indels: 46
0.78 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
539 6 0.01
540 40 0.06
541 160 0.24
542 45 0.07
543 45 0.07
544 359 0.54
545 12 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (540 bp):
AAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAATATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTAAAAAT
AAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
CCAAACAATTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTA
TTTTGTCATAAAACAATTACTTTTGTTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
TAATATTTCCAAAATTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCCAATTGCCGAACCAATTCAAA
CAGTTAAGACTATATGAATAATTACTAATTTCAAATAGTTATAACATTTTGTTTTATCATAAAAC
AATTATTTCAGCTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAAAACAAATTTAATAATATTTCAAAAA
TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAATAATTCTATTTAACAAACCAATTCAAATAATTATAACTA
CTAGAACAATTATCTATTTC
Found at i:340866 original size:56 final size:56
Alignment explanation
Indices: 340800--340916 Score: 198
Period size: 56 Copynumber: 2.1 Consensus size: 56
340790 TTTAGTTAAT
* *
340800 ATAAGCTTATACAGAATAAAATAACACAAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAA
1 ATAAGCTTATACAAAATAAAATAACACAAATTTATTAACATTTCTAAAATTAATAA
* *
340856 ATAAGGTTATACAAAATAAAATAATACAAATTTATTAACATTTCTAAAATTAATAA
1 ATAAGCTTATACAAAATAAAATAACACAAATTTATTAACATTTCTAAAATTAATAA
340912 ATAAG
1 ATAAG
340917 AGATTTAGAA
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 4, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
56 57 1.00
ACGTcount: A:0.55, C:0.08, G:0.04, T:0.33
Consensus pattern (56 bp):
ATAAGCTTATACAAAATAAAATAACACAAATTTATTAACATTTCTAAAATTAATAA
Found at i:340903 original size:28 final size:29
Alignment explanation
Indices: 340816--340910 Score: 74
Period size: 28 Copynumber: 3.4 Consensus size: 29
340806 TTATACAGAA
* *
340816 TAAAA-TAACACAAATTTATTAATATTTC
1 TAAAATTAATACAAATTTATTAACATTTC
* * ***
340844 TAAAATTAATAAATAAGGTTA-T-ACA-AAA
1 TAAAATTAATACA-AA-TTTATTAACATTTC
340872 TAAAA-TAATACAAATTTATTAACATTTC
1 TAAAATTAATACAAATTTATTAACATTTC
340900 TAAAATTAATA
1 TAAAATTAATA
340911 AATAAGAGAT
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 12, Indels: 13
0.66 0.16 0.18
Matches are distributed among these distances:
25 3 0.06
26 3 0.06
27 9 0.19
28 15 0.31
29 12 0.25
30 3 0.06
31 3 0.06
ACGTcount: A:0.55, C:0.07, G:0.02, T:0.36
Consensus pattern (29 bp):
TAAAATTAATACAAATTTATTAACATTTC
Found at i:341071 original size:237 final size:239
Alignment explanation
Indices: 340623--341090 Score: 532
Period size: 237 Copynumber: 2.0 Consensus size: 239
340613 TCATACAAGC
* * * *
340623 TTATTCAAAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGAAACAGATTTAAAA
1 TTATACAAAATAAAATAATACAAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGAAACAGATTTAAAA
* * * * * * *
340688 AAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAATAATTGTCTACTTAAA
66 AAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTAAAATAATTATGACCATTTGAACAACTCTCTACTTAAA
** * * *
340753 ATTGTTATGACCTTTTAATTTGTCATAAAACAATTACTTTAGTTAATATAAGCTTATACAGAATA
131 ATCATTATGACCTTTTAATTTGTCATAAAACAATTACTTTAGATAATACAAGCTTATACAGAACA
*
340818 AAATAACACAAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAATAAGG
196 AAATAACACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGG
* * *
340862 TTATACAAAATAAAATAATACAAATTTATTAACATTTCTAAAATTAATAA-ATAAGAGATTT-AG
1 TTATACAAAATAAAATAATACAAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGA-AACAGATTTAAA
* * * * * * *
340925 AAACA-AAATTTGTTTACTAAATC-AGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAACAACTCTCTATTTC
65 AAAAATAAATCTATTTACCAAA-CAAGTTAAAATAATTATGACCATTTGAACAACTCTCTACTTA
** * * * * * **
340988 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGCTTTTGATCATACAAGCTTGTTTTA-A
129 AAATCATTATGACCTTTTAATTTGTCATAAAACAATTACTTTAGATAATACAAGCTT-ATACAGA
* *
341052 ACAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
193 ACAAAATAACACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
341091 GATAGATTTA
Statistics
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TTATACAAAATAAAATAATACAAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGAAACAGATTTAAAA
AAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTAAAATAATTATGACCATTTGAACAACTCTCTACTTAAA
ATCATTATGACCTTTTAATTTGTCATAAAACAATTACTTTAGATAATACAAGCTTATACAGAACA
AAATAACACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGG
Found at i:341207 original size:174 final size:177
Alignment explanation
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Period size: 174 Copynumber: 5.1 Consensus size: 177
340859 AGGTTATACA
* * * * * *
340869 AAATAAAATAATACAAATTTATTAACATTTCTAAAATTAATAAATAAGAGATTTAGAAACA-AAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT---GAAGAGATTTAAAAAAATAAA
* * * * * * * * * * *
340933 TTTGTTTACTAAATC-AGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAACAACTCTCT-ATTTCAAATCATT
63 TATATTTACCAAA-CAAGTTCAAGTAGTTATGACTATTTGAACAA-T-TATAATTTAAAATCGTT
* * *
340996 ATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGCTTTTGATCATACAAGCTTGTTTT
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* * *
341050 AAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATG-ATAGATTT-AAAAAATAAATTT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAAGAGATTTAAAAAAATAAATAT
* * * * *
341113 ATTTCCCGAATC-AGTTCGAA-TAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCAATCTCAAATTGTTATG
66 ATTTACC-AAACAAGTTC-AAGTAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-AATTTAAAATCGTTATG
* *
341175 A-TTTTGTTTTGTCTTAAAACAATTGTTTTTGATCATAGAAGCTTATTTGGT
128 ACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTT--T
* * *
341226 -TA-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAAT-AAGAGATTT-AAAAAATAAATGT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAAGAGATTTAAAAAAATAAATAT
* ** * ** * * * * * *
341287 GTTTGTCAAACTAGTTCAAGTAGTTAAAACTATTAGAATAATTAT-TTTTTAAATTGTTTTGACC
66 ATTTACCAAACAAGTTCAAGTAGTTATGACTATTTGAACAATTATAATTTAAAATCGTTATGA-C
* * * * *
341351 TTTT-TTTAGTCATAAAATATTTGTTTCAT-ATCATACAAGCTCATTTT
130 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGATCATACAAGCTTATTTT
* * * * * *
341398 GAATAAAATAATCCTAATATATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAGATAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT--G-AAGAGATTTAAAAAAATAA
* * * *
341462 ATCTATTTACCAAACAAGCTCAATTAGTTATGACTATTTGAACAATTACTTATTTAAAATCGTTA
62 ATATATTTACCAAACAAGTTCAAGTAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TAATTTAAAATCGTTA
* * * * * ***
341527 TGACCTTAT-CTTT-TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCA
126 TGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTTT
* *
341578 AAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTACTAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA--ATG-AAGAGATTTAAAAAAATAAA
* ** * * * * *
341643 TATATTTTCTGAACAAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTGTACATTTAAAATCATTAT
63 TATATTTACCAAACAAGTTCAAGTAGTTATGACTATTTGAACAATTATA-ATTTAAAATCGTTAT
* ** * * *
341708 GACCTCTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCAAATAAGCTTA-TTT
127 GA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTTT
341759 AGAATAAAATAATA
1 A-AATAAAATAATA
341773 ATATTAAAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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175 22 0.04
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ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (177 bp):
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAAGAGATTTAAAAAAATAAATAT
ATTTACCAAACAAGTTCAAGTAGTTATGACTATTTGAACAATTATAATTTAAAATCGTTATGACT
TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTTT
Found at i:342842 original size:179 final size:177
Alignment explanation
Indices: 342004--343656 Score: 1078
Period size: 179 Copynumber: 9.2 Consensus size: 177
341994 CAAATTGTTA
* * * * * * * *
342004 TTTTGGTCATATAACAATTGTTTTGGA-ACATTCATGCTTATTCGAAACAAAACAAAACAAATTT
1 TTTT-GTCATAAAACAATTGTTTT--ATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * * *
342068 ATTATTCTTTCATAAATTAATAAGT-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAGCTCAA
62 ATTAATATTTCA-AAAATAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTTTTTACCAAACTAGTTCAA
* * * ** *
342132 ATAGTTATAACTATTTGAACAATTGTAAACTTT-AAATCATTATAACCTTTTG
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* * * * * *
342184 TTCTATCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATGCTAATATAA
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * *** *
342249 TAACAGTCCAAAAATTAATAACTAAAATAATTAAAAAATAAAT-TTATTTAAGGAA-TCAGTTCT
64 TAATATTTCAAAAA-TAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTT-TTTACCAAACT-AGTTCA
* * * * * ** *
342312 AATATTTAAGATTATATGAACAATTATCTATTTTAAATTGTT-TCAACCTTTTG
125 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-GACCTTTTG
* * * * * * ** * *
342365 TTTTAAT-GTAAAATAAGTTTTTTTGAATTTATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAAAACAAATT
1 TTTT-GTCATAAAACAA-TTGTTTT--ATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATT
* * * *
342429 TATTAATATTTTAAAAATCAATAAGTAAGAGATTTAGAAAAT-AATTTTATTTACCAAACCT-GT
61 TATTAATATTTCAAAAAT-AATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTT-TTTACCAAA-CTAGT
* * * ** *
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122 TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * *
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1 TTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTTATTCATAC-AAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTA
* * * *
342609 TTAATATTTCAAAAAT--TAA-TAAGAGATTTAAAAAACAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAA
63 TTAATATTTCAAAAATAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTTTTTACCAAACTAGTTCAAA
* ** * * *
342671 TAGTTATGACTATTTGAGTAATTATTTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTAAG
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*
342722 TTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTAT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCAAA-TAAAATAATACTAATTTAT
* * *
342787 TAATATTTCAACAATAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATTTTTACCAAACTAGGTCAAATA
64 TAATATTTCAAAAATAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTTTTTACCAAACTAGTTCAAATA
* * *
342852 ATCATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTCTG
129 ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * *
342901 TTTTGTCATAAAAGAATTGTTTTAGTTTATATAAGCTTGTTCGAAATAAATTAATAATAATTTAT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * *** *
342966 TAATATTCCAAAAATTAATAA-TAAAGGATTTAAAAAATGAAA-ATGTTTATTGAACTAGTTTAA
64 TAATATTTCAAAAA-TAATAAGTAAA-AATTTAAAAAAT-AAATCTTTTTACCAAACTAGTTCAA
* * * * *** *
343029 ATAATTATGATTGTTTGAACATTTATCTATTTGAAATTGCTATAACCCTTTT-
126 ATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTG
* * *
343081 TTTTGTCATAAAA-AATTGGTTTTATTCATGCAAGCATATT-ATGAATAAAATAAT-TTAAATTT
1 TTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTATTCATACAAGCTTATTCA--AATAAAATAATACT-AATTT
* **
343143 ATTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTT-CTGAA-TACGTTC
62 ATTAATATTTCAAAAA-TAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCT-TTTTACCAAACTA-GTTC
* * * * *
343206 AAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTATTG
124 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * *
343260 TTTTGCCAT-AAGCAAATTGTTTCTGTTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
1 TTTTGTCATAAAAC-AATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * * * *
343324 TTAAAATTTTAAAAAGAACAAGTAAAATATTTATTAAAAACAAATCTGTTTACCAAGCGAGTTAA
63 TTAATATTTCAAAAATAATAAGTAAAA-ATTTA--AAAAATAAATCTTTTTACCAAACTAGTTCA
* * * * * *
343389 AATAGTTATGAATATTT-ACATAATTATTTATGTCAAATCATTATGATCTTTTG
125 AATAATTATGACTATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * *
343442 TTTTGTAACAAAATAATTATTTCTATTCGTACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTAT
** * * * ** * * * *
343507 TAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAGATAATAAATCTGCTTATCGAACAAATTCAA
64 TAATATTTC-AAAAA-TAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAATCTTTTTACCAAACTAGTTCAA
* * * * * * * ** *
343571 ATAATTAT-ATCCATTTTAACTATTGTATATTTCAAATCGTTGTGATATTTTA
126 ATAATTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* *
343623 TTTTTTCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAA
1 TTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTATTCATACAA
343657 ACTAAGTCTA
Statistics
Matches: 1159, Mismatches: 243, Indels: 141
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
173 2 0.00
174 47 0.04
175 45 0.04
176 7 0.01
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185 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTA
ATATTTCAAAAATAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTTTTTACCAAACTAGTTCAAATAAT
TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
Found at i:343181 original size:359 final size:354
Alignment explanation
Indices: 341812--343327 Score: 1092
Period size: 359 Copynumber: 4.3 Consensus size: 354
341802 AGCTCAAATT
* * * * *
341812 TATTTCAAATCGTTATTATCTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTAT
1 TATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTGTTTT-GTTCATATAAGCTTAT
** * * ** * *
341877 TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGTATT--ATGAA--AATAAGTAAGTGATTTAAAAAATT
64 TCGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-TAA-AGATTTAAAAAATA
* * * * * * *** ***
341938 AATTTGTTTACCAAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATGCCAACAATTATCTATTTCAAATTGT-
127 AATATATTTATCGAACTAGTTTAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTA
** ** * * * * * * *
342002 T-A---TTT-TGGTCATAT-AACAATTGTTTTGGA-ACATTCATGCTTATT-CGAAACAAAACAA
192 TAACCCTTTATTTTTGTATAAAAAATTGTTTT--ATTCATACAAGCTTATTATG-AATAAAATAA
* * * * * * * *
342059 AACAAATTTATTATTCTTTCATAAATTAATAAGT-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAA
254 TATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTTTTTACCAAA
* * * * *
342123 CTAGCTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTGTA
319 CTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * *
342159 AACTTT-AAATCATTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTA
1 TA-TTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTGTTTT-GTTCATATAAGCTTA
** * * * *
342223 TTCGAAATAAAATAATGCTAATATAATAACAGTCCAAAAATTAATAACTAAA-ATAATTAAAAAA
63 TTCGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-TAAAGAT--TTAAAAAA
* ** * * * *
342287 TAAATTTATTTAAGGAA-TCAGTTCT-AATATTTAAGATTATATGAACAATTATCTATTTTAAAT
125 TAAATATATTTATCGAACT-AGTT-TAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * * *
342350 TGTTTCAACCTTTTGTTTTAATGTA-AAATAAGTTTTTTTGAATTTATACTAGCTTATT-TGGAA
188 TGTAT-AACCCTTTATTTT--TGTATAAA-AAATTGTTTT--ATTCATACAAGCTTATTAT-GAA
* * * * * * *
342413 TAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTTAAAAATCAATAAGTAAGAGATTTAGAAAAT-AATTTT
246 TAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTT
* *
342477 ATTTACCAAACCT-GTTCTAATAATTATGACTATTT-AGCAATTATC
310 -TTTACCAAA-CTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATC
* ** * * * * * *
342522 TATTTTAAATTGTAATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATAT-TTTTGTTCATCTAAGTTTGTT
1 TATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAT-TGTTTTGTTCATATAAGCTTATT
* * * * *
342586 C-AGAATAAAGTAA-AACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A-AGAGATTTAAAAAACAA
65 CGA-AATAAAATAATAA-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATAAAGATTTAAAAAATAA
* * * * * ** * *
342647 ATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGTAATTATTTATTTCAAATCGTTA
128 ATATATTTATCGAACTAGTTTAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTG-TA
* *
342712 TGA--CTTTAAGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA--AATTAAAA
192 TAACCCTTT-ATTTTTG-TATAAAA-AATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATT-ATGAA-TAAAA
* *
342773 TAATACT-AATTTATTAATATTTCAACAA-TAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATTTTTAC
251 TAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTTTTTAC
* * *
342836 CAAACTAGGTCAAATAATCATGATTATTTGAACAATTATC
315 CAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * *
342876 TATTTCAAATCATTATGACCTTCTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTTAGTTTATATAAGCTTGT
1 TATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTGTTTT-GTTCATATAAGCTTAT
*
342941 TCGAAATAAATTAATAATAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATAAAGGATTTAAAAAATGA
64 TCGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATAAA-GATTTAAAAAAT-A
* * * * *
343006 AA-ATGTTTATTGAACTAGTTTAAATAATTATGATTGTTTGAACATTTATCTATTTGAAATTGCT
127 AATATATTTATCGAACTAGTTTAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTG-T
* *
343070 ATAACCCTTT-TTTTTGTCATAAAAAATTGGTTTTATTCATGCAAGCATATTATGAATAAAATAA
191 ATAACCCTTTATTTTTGT-ATAAAAAATT-GTTTTATTCATACAAGCTTATTATGAATAAAATAA
* * **
343134 TTTAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTT-CTGA
254 TATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCT-TTTTACCAA
* * *
343198 A-TACGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATC
318 ACTA-GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * *
343235 TATTTCAAATCATTATAACCTATTGTTTTGCCATAAGCAAATTGTTTCTGTTCATAAAAGTTTAT
1 TATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA-AAAATTGTTT-TGTTCATATAAGCTTAT
* *
343300 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
64 TCGAAATAAAATAATAATAATTTATTAA
343328 AATTTTAAAA
Statistics
Matches: 919, Mismatches: 183, Indels: 122
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
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365 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (354 bp):
TATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAATTGTTTTGTTCATATAAGCTTATTC
GAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATAAAGATTTAAAAAATAAATA
TATTTATCGAACTAGTTTAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTATAAC
CCTTTATTTTTGTATAAAAAATTGTTTTATTCATACAAGCTTATTATGAATAAAATAATATAAAT
TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTTTTTACCAAACTAGTTC
AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATC
Found at i:343767 original size:112 final size:114
Alignment explanation
Indices: 343564--343768 Score: 263
Period size: 112 Copynumber: 1.8 Consensus size: 114
343554 TTATCGAACA
* * * * * *
343564 AATTCAAATAATTATATCCATTTTAACTATTGTATATTTCAAATCGTTGTGATATTTTATTTTTT
1 AATTCAAATAATTATATCCATTTGAACTATTATATATCTCAAATCGTTATGATACTTTATTTTGT
*
343629 CATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAACTAAGTCTATTTACTGAGCC
66 CATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAACTAAGTCTATTTACTGAGCC
* * * *
343678 AATTCAAATAATTATGA-CTATTTGAAC-ATTATCTATCTCAAATTGTTATGAT-CTTTGTTTTG
1 AATTCAAATAATTAT-ATCCATTTGAACTATTATATATCTCAAATCGTTATGATACTTTATTTTG
* *
343740 TCATAAAATAATTATTTCTGTTCATACAA
65 TCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAA
343769 GCTTATTCGG
Statistics
Matches: 77, Mismatches: 13, Indels: 4
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
112 33 0.43
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AATTCAAATAATTATATCCATTTGAACTATTATATATCTCAAATCGTTATGATACTTTATTTTGT
CATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAACTAAGTCTATTTACTGAGCC
Found at i:344196 original size:180 final size:182
Alignment explanation
Indices: 343680--344298 Score: 500
Period size: 180 Copynumber: 3.4 Consensus size: 182
343670 ACTGAGCCAA
* * * * *
343680 TTCAAATAATTATGACTATTTGAAC-ATTATCTATCTCAAAT-TGTTATGATC-TTTGTTTTGTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCT-TTATGACCTTTTGTTTTATC
* * * **** * * ** * *
343742 ATAAAATAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGGTGTTAAATATTACTA-AACTAGTAATAT
65 ATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTATTTC-ATTAAAAT
** * * ** * *
343806 TCTAAAAATTAAT-A-AATAAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTTG-AACCAG
129 TGAAAAAATTAATGAGCA-AAAAG-TTTAAAAAACAAATCAGTTTATTGAAACAAG
* *
343859 TTCAAATAGTTA--ATCTTATTAGAACAATTATTTATTTCAAATCATTT-TGACCTTTT-ATTTA
1 TTCAAATAGTTATGA-C-TATTAGAACAATTATCTATTTCAAATC-TTTATGACCTTTTGTTTTA
** *** *
343920 TTCATAAAATAATTGTTTCAGTTTGTACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTATTTCTTTAAA
63 -TCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTATTTCATTAAA
*
343985 ATTGAAAAAATTAATGAGCAAAAAGTTTAAAAACCAAATCCA-TTTATT-AAACAAG
127 ATTGAAAAAATTAATGAGCAAAAAGTTTAAAAAACAAAT-CAGTTTATTGAAACAAG
*
344040 TTCAAATAGTTATGACTATTCGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTATCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTATCA
*
344105 -AAAATAATTGTTTCAGTTCATA-AAGGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTT-ATTAAAAT
66 TAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAA-GCTTATCCAAAATAAAATAATACTA-TTTCATTAAAAT
*** **** * *
344167 TTTGAAAATTAATGAG-TTGGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATTGAATCAA-
129 TGAAAAAATTAATGAGCAAAAAG-TTTAAAAAACAAATCAGTTTATTGAAACAAG
* * * * * * * * *
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1 TTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTATCA
*
344285 TAAAACAATTGTTT
66 TAAAATAATTGTTT
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** * * * * * *
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* * * *
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* * * ** * **
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* * *
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65 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA-ATAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTAT
** * * *
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* *** * * * *
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1 ATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * * * *
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* * *
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* * * * **** * *
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** * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * **
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* * *
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* ** * * * * * * * *
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1 ATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * *
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* * *
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* * * * * *
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1 ATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACA-AGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAAT-TAT
* ** * * *
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* * *
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** ** * * *
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1 ATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
** * * * * *
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65 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTT-TAGTTCATACAAGCTTA-
* * *
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128 TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAG-AG
* * * * * * * * * *
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1 ATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * **
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*
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* * * * **
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1 ATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * *
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* * * * * *
346084 CGAAGTAAAATATTTCTAAATTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAATAG
130 -GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * ** * ** *
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1 ATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
*
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66 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTT-AGTTCATACA-AGCTTA-
* * * ** *
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128 TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAA-TTAATAAGTAAGAG
* * * * * *
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1 ATTT-AAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * * * *
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65 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTAT-
* * *
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* * * * *
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1 ATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* ** * * *
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* * * * *
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Statistics
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* * * *
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*** * ** * * * *
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* * * * * *
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1 AAAAAATAAATCTATTTGCCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * *
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66 AAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAATTTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAA
** *
344837 TAAAATAATATAAATTTATTAATAAAAAGATGATTAATAAGTAAAAGGTAT
130 TAAAATAATATAAATTTATTAATAAAAAGAAAATTAATAAGTAAAAGATAT
* * * *
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1 AAAAAATAAATCTATTTGCCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * *
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* **** * * *
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130 TAAAATAATATAAATTTATTAATAAAAAGAAAATTAATAAGTAAAAGATAT
* * *** * * * * * * *
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1 AAAAAATAAATCT-ATTTGCCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * ** * ** * * * ** *
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65 CAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTTTTTAGTT-CAT-ACA-AGCTTATTTG
* *** * * **
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127 AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATAAAAAGAAAATTAATAAGTAAAAGATA-T
** * * * * * *
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1 AAAAAATAAATC-TAT--TTGCCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * * ** * *
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*** *
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* * **** * * * *
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1 AAAAAATAAATCTATTTGCCAAACA-AGTTCAAATA-ATTATGACTATTTGAACAAT-TATCTAT
* * ** * *
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63 TTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATT-TTT-TAGTTCATACAAGCTTATTT
* ** *
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126 GAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATAA--AAAGAAAATTAATAAGTAAAAGATAT
* *** * ** *
345605 AAAAAATAAATCTATTTACCAAGTGAGTTCAAGTAGCTATGACTA-TTGAACAATTATTTATTTC
1 AAAAAATAAATCTATTTGCCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * ** * *
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*** * * **
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128 AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-AAAAGAAAATTAATAAGTAAAAGATAT
* *** * * * * * * * *
345785 -AAAAA-AAATCTGTTAATCGAACTAGTTTAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTC
1 AAAAAATAAATCTATTTGCCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * **
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*** *
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128 -AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-AAAAGAAAATTAATAAGTAAAAGATAT
* * * **** * * ** *
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1 AAAAAATAAATCTATTTGCCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * * *
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* * * * *** * *
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129 ATAAAATA-ATATAAATTTATTAATA-AAAAGAAAATTAATAAGTAAAAGATAT
* * **** * * ** * ** *
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1 AAAAAATAAATCTATTTGCCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * *
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* * ** * ** *
346269 ATAAAATAATACT-AATTTACTAACACTTAA-AAATTTAATAAACAAGAA-ATTT
129 ATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-AAAAGAAAATTAATAAGTAA-AAGATAT
* * * * * * *
346321 AAAAAAAGAAATCGATTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTT
1 -AAAAAATAAATCTATTTGCCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * * * *
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* * *** * * *
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129 ATAAAATAATATAAATTTATTAATA-AAAAGAAAATTAATAAGTAAAAGATAT
* * *** * * * *
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* ** * * *** * *
346565 TCAAATCATTATAAATTTTTGTTTTGTGATAAAATAATTTTTTTCATCATACAAGCCTATTTGGA
64 TCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAA
* * *** *** *
346630 ATAAAATAATACAAAATTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAGGCGATTT
129 ATAAAATAATATAAATTTATTAATA-AAAAGAAAATTAATAAGTAAAAGATAT
* * *
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* * * * *
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* *** * * *
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* * * * * *
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* * * ** * * * **
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***
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* * * * * * * * *
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* * ** * * * * * *
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* ***** * *
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* * * * ** * * * * * * *
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* * * *
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66 AAATTATTATAACC-TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATT-TTTT-AGTTCATACAAGCT-TATTTG
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1 AAAAAAT-AAATCTATTTGCCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * ** * *
347443 CAAAACT-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAGTTTTTTCAATTCATAGTGAG-TTA-ATC
65 C-AAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTTTTT-AGTTCATA-CAAGCTTATTTG
* * *** * * *
347505 AGAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATCAGTAAGAGATTTT
127 A-AATAAAATAATATAAATTTATTAATA-AAAAGAAAATTAATAAGTAAAAGA-TAT
* * * * * * * *
347561 AAAAAATAATTATGTTTACTTAACCAA-TTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATCTATTT
1 AAAAAATAAATCTATTTGC-CAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * *
347625 CAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAA-TTTTT--TT-ATATAAGTTTGTTT-AG
65 CAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAATTTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGA-
* * * **** * *
347685 AATAAAGTAATACT-AGTCTATTAATATTTCGAAAA--CA-AA-TAAAAGATTT
128 AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATAAAAAGAAAATTAATAAGTAAAAGATAT
*** ** * * *
347734 AAAAAATAAATCTATTAATCAAACCGGTTCAAATAATTATAACTATTTG-ACAAATTCTTTATTT
1 AAAAAATAAATCTATTTGCCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC-AATTATCTATTT
* * * * * * * *
347798 CAAATCATTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATTAGTTTT-GTTCATACAAGCTTATTTGG
65 CAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATT--TTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGA
* *
347862 ATTAAAATAATATTAA-TTATTAA
128 AATAAAATAATATAAATTTATTAA
347885 CATTTTGACA
Statistics
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0.73 0.17 0.10
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AAAAAATAAATCTATTTGCCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
AAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAAT
AAAATAATATAAATTTATTAATAAAAAGAAAATTAATAAGTAAAAGATAT
Found at i:345278 original size:359 final size:352
Alignment explanation
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Period size: 359 Copynumber: 5.8 Consensus size: 352
344396 AGCAATTTTT
* * * * * ** * * *
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1 TATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTT-T-GTATAAACTAATTGATACTATTAATAAAAGCTTAT
* * *
344471 TCGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-AATTTAAAAACA
64 TCGAAATAAAATAATACTAA--TATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGAA-TTAAAAA-A
* * ** *
344535 -AAAT-ATGTTTATCGAAGT-AGATCAAATAGTTATGACTATTTGAGTAATTATCTATTTCAAAT
125 TAAATCA-G-TTA-C-AAGTGAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT
* * * * * *
344597 CATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAGA-AATTATTTTAGTTCTTATAAGCTTA-TTGAAATAA
186 CATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAA-ACAATT-GTTT-CTTCATACAAGCTTATTTGGAATAA
*** * *** * * * * *
344660 AATAA-GGCAAGTTATTAATATTATGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTT
247 AATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAATAA-AAAGTTAAAAAATAAATATATTT
*** * * *
344724 GCCGAACAAGTT-TAATTA--ATTATGACTATTTCAACAAT-TATC
311 TTTGAACAAATTCCAA-TAGCATTA--ACTATTTGAA-AATATATC
* * * * * * ** * ** * *
344766 TATTTAAAATTACTATAACCTTTTTTTTTGTCATAAAATAAATT-TTTTTGTTCGTAGAAGCCTA
1 TATTTCAAATTATTATGACC-TTTTGTTTGT-ATAAACT-AATTGATACTATTAATAAAAGCTTA
* ** *
344830 TTTC-AAATAAAATAATA-TAA-ATTTATTAA-TAAAAAGATGATTAATAAGTAAAAG--GTATA
63 -TTCGAAATAAAATAATACTAATA-TTA-AAATTTCAAA-A--ATTAATAAGTAAAAGAATTA-A
** * *** *
344889 AAAATAAATTTGTTTGCCAAACAAGTTCAAATATTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAA
121 AAAATAAATCAG-TT-ACAAGTGAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAA
** * *
344954 ATTGTTATGACTTATTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCGTTCATACAAGCTTATATGGATTAA
184 ATCATTATGACTT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TTCATACAAGCTTATTTGGAATAA
*** * * *
345019 AATAATATTAATTTATTAATATTTTGATAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATGAATATGA-T
247 AATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAATAAAA-AGTTAAAAAATAAATAT-ATT
*
345083 TTTTGAGCAAATT-CAATTAGTCATT-ACTATTTGAATAAT-TATC
310 TTTTGAACAAATTCCAA-TAG-CATTAACTATTTGAA-AATATATC
* * **
345126 TATTTCAAATTATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAATTAA-T-ATACTATTTGAATAATATATT
1 TATTTCAAATTATTATGACCTTTTG-TTTGT-ATAAACTAATTGATACTA-TT-AATAA-A-AGC
* * * **
345189 TTAATT-GAAATAAAATAATACTAA-ATTAATATTTCAAAAATTATTGAGTATGAGAATTAAAAA
60 TT-ATTCGAAATAAAATAATACTAATATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAA
** * * *
345252 ATGTATC-GTT-CAA-TGAAAATGTTCAAATAATTATAACTATCTGAGCAATTATTTATTTCAAA
124 ATAAATCAGTTACAAGTG---A-GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA
* * * * * * *
345314 ACATTATGACCTTCTGTTTTGTCATAAAATAATAGGTTCTAGTCATGCAAGCTTATTTTGAATAA
185 TCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT--TCATACAAGCTTATTTGGAATAA
* * * *
345379 AATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTTATAAGTAAAAAGTTAGAAAATAAATATATTTT
247 AATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAATAAAAAGTTAAAAAATAAATATATTTT
* * * *
345444 TTGAACACATTCCAATAGCTTTAACTATTTGAACATATATT
312 TTGAACAAATTCCAATAGCATTAACTATTTGAAAATATATC
* * * * *
345485 TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTGTCTAAACTAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTC
1 TATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTGTATAAACTAATTGATACTATTAATAAAAGCTTATTC
* *
345550 GGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
66 GAAATAAAATAATACTAA--TATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAA
* * **
345615 TCTATTTACCAAGTGAGTTCAAGTAGCTATGACTA-TTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTAT
129 TC-AGTTA-CAAGTGAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTAT
* * * * *
345679 GATATTTTGTTTTATCAAAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATA
192 GA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC--TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATA
* * * ** ** * * * ** *
345744 CTAATTTATTAATATTCTAAATATTAATACGT-TGAAGATATAAAAA-AAATCTGTTAATCGAAC
254 TTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAATAAAAAGTTA-AAAAATAAATATATTTTTTGAAC
* * ** * *
345807 TAGTTTAAATAGTCATGT--CCATTTG-AACTATTATC
318 AAATTCCAATAG-CAT-TAACTATTTGAAAATA-TATC
* * * * * * * * **
345842 TATTTCAAATCATTATGACATTTTTTTTATCGTAAAAAGT-ATTGTTTCTATTCATAAAAAATTA
1 TATTTCAAATTATTATGAC-CTTTTGTT-T-GTATAAACTAATTGATACTATTAATAAAAGCTTA
* * * *
345906 TT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAC
63 TTCGA-AATAAAATAATACTAA--TATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAA
** * * * ** * *
345966 TAAATTTGTTTATTGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATGATTATCTATCTCAAATC
125 TAAATCAG-TTA--CAAGTGAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATC
* * * * * * *
346030 GTTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTACTTTTGTTCATATAAGCTT-GTTCGAAGTAAAA
187 ATTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT--GTTTCTTCATACAAGCTTATTTGGAA-TAAAA
* * * ** * * * * * *
346094 T-ATTTCTAAATTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTA
249 TAATAT-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAATAA-AAAGTTAAAAAATAAATATATTTT
* * * * * *
346158 TTGAACTAGTTCAAATAG--TTAAAACTATTAGAGTAAT-TATG
312 TTGAACAAATTCCAATAGCATT--AACTATTTGA-AAATATATC
* * * * *
346199 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAAATT--TTC-AGTTCATACATA-C
1 TATTTCAAATTATTATGACCTTTTG-TTTGT-ATAAACT--AATTGATACTA-TTAATA-AAAGC
* * *
346260 TTATTTGAAATAAAATAATACTAAT-TTACTAACACTT-AAAAATTTAATAA--ACAAGAAATTT
60 TTATTCGAAATAAAATAATACTAATATTA--AA-ATTTCAAAAA-TTAATAAGTAAAAG-AA-TT
* * *** * *
346321 AAAAAAAGAAATCGATTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTT
119 -AAAAAATAAATC-AGTTAC-AAGTGAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTT
* * * * * * * * * * * *
346386 AAAATAAATATAACCTTTTATTTTATCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAAAAGTTTATCTGAA
181 CAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTT-CTTCATACAAGCTTATTTGGA
* * * *
346451 ATAAAATAATATCACTTTATTAATATTTCAAAAATTGATAA
243 ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
346492 GTTAGAGATT
Statistics
Matches: 1334, Mismatches: 281, Indels: 219
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
353 1 0.00
354 13 0.01
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356 59 0.04
357 168 0.13
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364 6 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (352 bp):
TATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTGTATAAACTAATTGATACTATTAATAAAAGCTTATTC
GAAATAAAATAATACTAATATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATC
AGTTACAAGTGAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACT
TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTT
ATTAATATTCCAAAAATTAATAAATAAAAAGTTAAAAAATAAATATATTTTTTGAACAAATTCCA
ATAGCATTAACTATTTGAAAATATATC
Found at i:345303 original size:539 final size:532
Alignment explanation
Indices: 344348--346692 Score: 1514
Period size: 539 Copynumber: 4.4 Consensus size: 532
344338 AGATATTTAA
* * * * *
344348 AAAAATAAATATATTTATCAAACTAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTTTTTATTTCA
1 AAAAATAAATATATTTATCAAACAAGTTCAAATATTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCA
* * * * *
344413 AATTGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGATT
66 AATTGTTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCGTTCATACAAGCTTATTCGGATT
*
344478 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAACA-AAATATG
129 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-ATAAATATG
* * * *
344542 TTTATCGAAGTAGATCAAATAGTTATGACTATTTGAGTAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC
193 TTTATCGAAGCAAATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC
* * * ** *
344607 TTTTGTTTTGTCATAAAGAAATTATTTTAGTTCTTATAAGCTTATTGAAATAAAATAAGGCAAGT
258 TTTTGTTTTGTAATAAAGAAATTATTTGAGATAATATAAGCTTATTGAAATAAAATAAGACAA--
* * * *** *
344672 TATTAATATTATGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTGCCGAACAAGTTT
321 TATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATCTATTCAACGAACAAGTTC
* * * * * *
344737 AATTAATTATGACTATTTCAACAATTATCTATTT-AAAATTACTATAACCTTTTTTTTTGTCATA
386 AAATAATTATAACTATCTCAACAATTATCTATTTCAAAA-CACTATAACCTTCTGTTTTGTCATA
** * * *
344801 AAATAA-ATTTTTTTGTTCGTAG-AAGCCTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATA-AA
450 AAATAATAGGTTCTAG-TCAT-GCAAGCCTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATACAA
*
344863 AAGATGATTAATAAGTAAAAGGTAT
513 AA-AT--TT-ATAAGTAAAAAGT-T
* * **
344888 AAAAATAAATTTGTTTGCCAAACAAGTTCAAATATTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCA
1 AAAAATAAATATATTTATCAAACAAGTTCAAATATTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCA
344953 AATTGTTATGACTTATTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCGTTCATACAAGCTTATAT-GGATT
66 AATTGTTATGACTT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCGTTCATACAAGCTTAT-TCGGATT
* ** * * *
345017 AAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGATAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATGAATATGA
129 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG-
* * * * * *
345082 TTT-TTG-AGCAAATTCAATTAGTCATTACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTGTGAC
193 TTTATCGAAGCAAA-TCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC
* ** *
345145 CTTTTGTTTTGTAATAAATTAATATACTATTTGA-ATAATAT-ATTTTAATTGAAATAAAATAAT
257 CTTTTGTTTTGTAATAAA-GAA-AT--TATTTGAGATAATATAAGCTT-ATTGAAATAAAATAAG
* * * * * *
345208 ACTAA-ATTAATATT-TCAAAAATTATTGAGTATGAGAATTAAAAAATGTATC-GTTCAATGAA-
317 AC-AATATTAATATTAT-AAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATCTATTCAACGAAC
* * * * *
345269 AATGTTCAAATAATTATAACTATCTGAGCAATTATTTATTTCAAAACATTATGACCTTCTGTTTT
380 AA-GTTCAAATAATTATAACTATCTCAACAATTATCTATTTCAAAACACTATAACCTTCTGTTTT
* **
345334 GTCATAAAATAATAGGTTCTAGTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAAT
444 GTCATAAAATAATAGGTTCTAGTCATGCAAGCCTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAAT
345399 ATTCCAAAAATTTATAAGTAAAAAGTT
509 A---CAAAAATTTATAAGTAAAAAGTT
* ** *
345426 AGAAAATAAATATATTTTTTGAACACA-TTCCAATAGCTTTA--ACTATTTGAAC-ATATATTTA
1 A-AAAATAAATATATTTATCAAACA-AGTTCAAATA--TTTATGACTATTTGAACAAT-TATTTA
* *
345487 TTTCAAATTGTTATGACCTTTTG-TTTGTC-T-AAACTAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATT
61 TTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTC-GTTCATACAAGCTTATT
* *
345549 CGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
123 CGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
* * * * ** * * *
345614 ATCTATTTA-CCAAGTGAGTTCAAGTAG-CTATGACTA-TTGAACAATTATTTATTTCAAATCAT
188 ATATGTTTATCGAAG-CAAATCAAATAGTC-ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
* ** * * * * * * *
345676 TATGATATTTTGTTTTATCAA-AAA-ACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTGAAATAAA
251 TATAACCTTTTGTTTTGT-AATAAAGA-AATTATTT-GAGATAATATAAGCTTA-TTGAAATAAA
* * * * * *
345738 ATAATACTAATTTATTAATATTCTAAATATTAATACGT-TGA-AGATATAAAAAA--AATCTGTT
312 ATAAGAC-AA--TATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAGAGA-AT-TAAAAAATGAATCTATT
* * * * ** * * * * * * * *
345799 -AATCGAACTAGTTTAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGACAT
372 CAA-CGAACAAGTTCAAATAATTATAACTATCTCAACAATTATCTATTTCAAAACACTATAACCT
* * * * * * ** ***
345863 T-TTTTTTATCGTAAAA-AGTATTGTTTCTATTCATAAAAAATTATTT-AGAATAAAATAATACT
436 TCTGTTTTGTCATAAAATA--ATAGGTTCTAGTCATGCAAGCCTATTTCA-AATAAAATAATA-T
* * *
345925 -AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT---GATTT
497 AAATTTATTAATA---CAAAAATTTATAAGTAAAAAGTT
* * ** * * ** * *
345960 AAAAACTAAATTTGTTTATTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATGATTATCTATCTC
1 AAAAA-TAAATATATTTATCAAACAAGTTCAAATATTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC
* * * * * * * *
346025 AAATCGTTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTACTTTTGTTCATATAAGCTTGTTCGAAGT
65 AAATTGTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCGTTCATACAAGCTTATTCGGATT
* * * * * * *
346090 AAAATATTTCTAAATTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATAAATGTGT
129 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGT
* ** * ** * * * *
346155 TTATTGAA-CTAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAGTAATTATGTATTTCAAATCATTATGACC
194 TTATCGAAGC-AAATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC
* * * * * * * *
346219 TTTTGTTTTGTCATAAAATAAAAT-TTTCAGTTCATACATA-CTTATTTGAAATAAAATAATACT
258 TTTTGTTTTGTAAT-AAAGAAATTATTTGAGATAATATA-AGCTTA-TTGAAATAAAATAAGAC-
* * * ** * * * *
346282 AATTTACTAACACTTA-AAAATTTAATAAACAAGA-AATTTAAAAAAAGAAATCGATT-TACTAA
319 AA--TATTAATA-TTATAAAAATTAATAAGTAAGAGAA-TTAAAAAATG-AATCTATTCAAC-GA
* * * * * * * * * *
346344 ACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTT-AAAATAAATATAACCTTTTATT
378 ACAAGTTCAAATAATTATAACTATCTCAACAATTATCTATTTCAAAA-CACTATAACCTTCTGTT
* * * ** ** * * * *
346408 TTATCATAAAATAAT-TGTTTTAGTTCATAAAAGTTTATCTGAAATAAAATAATATCACTTTATT
442 TTGTCATAAAATAATAGGTTCTAG-TCATGCAAGCCTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATT
* * * *
346472 AATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTT
506 AATA---CAAAAATTTATAAG-TAAAAAGTT
* * * * * * * *
346503 AAAAATAAGT-TAGTTTATTGAATC-AGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTT
1 AAAAATAAATATA-TTTA-TCAAACAAGTTCAAATATTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTT
** * * * * * * * *
346566 CAAATCATTATAAATTTTTGTTTTGTGATAAAATAATTTTTTTC-ATCATACAAGCCTATTTGGA
64 CAAATTGTTAT-GACTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCGTTCATACAAGCTTATTCGGA
* * * ***
346630 ATAAAATAATACAAAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGCGATTTAAAAAATAAAT
127 TTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
346693 CTATTTCCTA
Statistics
Matches: 1455, Mismatches: 260, Indels: 178
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
532 3 0.00
533 14 0.01
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535 129 0.09
536 129 0.09
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544 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (532 bp):
AAAAATAAATATATTTATCAAACAAGTTCAAATATTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCA
AATTGTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAA
AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTT
ATCGAAGCAAATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTT
TGTTTTGTAATAAAGAAATTATTTGAGATAATATAAGCTTATTGAAATAAAATAAGACAATATTA
ATATTATAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATCTATTCAACGAACAAGTTCAAATA
ATTATAACTATCTCAACAATTATCTATTTCAAAACACTATAACCTTCTGTTTTGTCATAAAATAA
TAGGTTCTAGTCATGCAAGCCTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATACAAAAATTTAT
AAGTAAAAAGTT
Found at i:346331 original size:14 final size:16
Alignment explanation
Indices: 346299--346332 Score: 54
Period size: 16 Copynumber: 2.2 Consensus size: 16
346289 TAACACTTAA
346299 AAATTTAATAAACAAG
1 AAATTTAATAAACAAG
346315 AAATTTAA-AAA-AAG
1 AAATTTAATAAACAAG
346329 AAAT
1 AAAT
346333 CGATTTACTA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
14 7 0.39
15 3 0.17
16 8 0.44
ACGTcount: A:0.68, C:0.03, G:0.06, T:0.24
Consensus pattern (16 bp):
AAATTTAATAAACAAG
Found at i:346705 original size:24 final size:23
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Indices: 346678--346722 Score: 63
Period size: 24 Copynumber: 1.9 Consensus size: 23
346668 TAAGTAGGCG
346678 ATTTAAAAAATAAATCTATTTCCT
1 ATTTAAAAAAT-AATCTATTTCCT
* *
346702 ATTTGAAAAATTATCTATTTC
1 ATTTAAAAAATAATCTATTTC
346723 TAATTGTTAT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
23 9 0.47
24 10 0.53
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.02, T:0.44
Consensus pattern (23 bp):
ATTTAAAAAATAATCTATTTCCT
Found at i:346839 original size:158 final size:156
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Indices: 346546--346856 Score: 383
Period size: 158 Copynumber: 2.0 Consensus size: 156
346536 AATTATGGCC
* * * *
346546 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAAATTTTTGTTTTGTGATAAAATAATTTTTTTCA
1 ATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATAAACTTTTGTTCTGTGATAAAATAATTTGTTTCA
** * * *
346611 TCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACAAAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGG
66 TCATACAAGCCTATTTACAATAAAATAATACAAAATTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAG
*
346676 CGATTTAAAAAATAAATCTATTTCCT
131 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTCCT
* ** * **
346702 ATTTGAAAAATTATCTATTTCTAATTGTTATAACCTTTTGTTCTGTTTCTAAAATAA-TTGTTTC
1 ATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATAAACTTTTGTTCTG-TGATAAAATAATTTGTTTC
* * * *
346766 AAGTCATATAAGCTTATTTACAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAC
65 -A-TCATACAAGCCTATTTACAATAAAATAATACAAAATTAATAATATTTC-AAAAATTAATAAC
*
346830 TAAGAGATTTAAAAAATAAGTCTATTT
127 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
346857 GCCAAAATAG
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 21, Indels: 6
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
156 44 0.34
157 13 0.10
158 73 0.56
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (156 bp):
ATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATAAACTTTTGTTCTGTGATAAAATAATTTGTTTCA
TCATACAAGCCTATTTACAATAAAATAATACAAAATTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAG
AGATTTAAAAAATAAATCTATTTCCT
Found at i:347363 original size:182 final size:179
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Indices: 346700--347889 Score: 767
Period size: 181 Copynumber: 6.6 Consensus size: 179
346690 AATCTATTTC
* * * * *
346700 CTATTTGAAAAATTATCTATTTCTAATTGTTATAACC-TTTTGTTCTGTTTC-TAAAATAATTGT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTGTT-TG--TCATAAAACAATTAT
* * * * *
346763 TTCAAGTCATATAAGCTTATTTACAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAAT
63 TT-TATTCATATAAG-TTATTTAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTC-AAAAATTAAT
* * * * * ** * * *
346827 AACTAAGAGATTTAAAAAATAAGTCTATTTGCCAAAATAGTTCAAACAGTTA-AGA
125 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACCAATTCAAATAATTATA-A
* * * * * * *
346882 CTATATGAATAATTATCTATTTCTAATTGTTATGA-CTTTCCAT-TTTGTCACAAAACAACTGTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTT--TTGTTTGTCATAAAACAATTATT
* * * *
346945 TTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
64 TTA-TTCATATAAG-TTATTTAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * ** **
347010 GT----GACTTAAAAAGTGAATCAATTTACTAAATTAATTCAAATAATTATGG
127 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACCAATTCAAATAATTATAA
* * * *
347059 CTATGTCAACAATTATCTATTTCAAGTTGTTATTG-CC-TTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTA
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA-TGACCTTTTTGTTT-GTCATAAAACAA-T-TA
* * * * * * ** * *
347122 TTTGAATGTTCA-AT--CTTA-TTCGAAATAAAAGAATACTAATTTATTATTCCTTGAAAAATTT
62 TTT---TATTCATATAAGTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTA
* **
347183 ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACCATTTCAAATAGCTATAA
123 ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACCAATTCAAATAATTATAA
* * * * * * *
347240 CTATGTGAATAGTTGTATACTTCAAATTGTTATAACCTTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTGTT-TGTCATAAAACAATTATTT
* * * * *
347305 TCATTCATATAAGTATATTTGGAATAAAATAATACTAATCTAATAGTATTCCAAAAATTAATAAC
65 T-ATTCATATAAGT-TATTTAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * *
347370 TAAGAGAATT-AAAAATAAAAT-TGTTTGA-TAAACTACTTCAAATATTTA-AGA
128 TAAAAGATTTAAAAAAT-AAATCTATTT-ACTAAACCAATTCAAATAATTATA-A
* ** * * *
347421 CCATAAGAACAATTATCTATTTCAAAACT-TTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAGTT-TT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATTGTTATGACCTTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTATT
* * * * * * *
347483 TTCAATTCATAGTGAGTTAATCAGAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATC
64 TT--ATTCATA-TAAGTTATTTAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * *
347548 AGTAAGAGATTTTAAAAAATAATTATGTTTACTTAACCAATTCAAATAATTATAA
126 AGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACCAATTCAAATAATTATAA
*
347603 CTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTAT-TTTGTCATAAAACAA--ATTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT-TGTTTGTCATAAAACAATTATTT
* * * * * *
347665 T-TTTATATAAGTTTGTTTAGAATAAAGTAATACTAGTCTATTAATATTTCGAAAA--CA-AA-T
65 TATTCATATAAG-TTATTTAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* **
347725 AAAAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTAATCAAACCGGTTCAAATAATTATAA
129 AAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-AAACCAATTCAAATAATTATAA
* * ** * *
347776 CTATTTG-ACAAATTCTTTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTTGTTCTATTATAAAACAATTAGT
1 CTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTGTT-TGTCATAAAACAATTA-T
* * * * * *
347839 TTTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAAT-TATTAACATTT
63 TTTATTCATATAAG-TTATTTAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTT
347890 TGACAATTTC
Statistics
Matches: 788, Mismatches: 165, Indels: 116
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
171 1 0.00
172 13 0.02
173 71 0.09
174 6 0.01
175 3 0.00
176 19 0.02
177 144 0.18
178 46 0.06
179 10 0.01
180 82 0.10
181 203 0.26
182 178 0.23
183 10 0.01
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTGTTTGTCATAAAACAATTATTTT
ATTCATATAAGTTATTTAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACCAATTCAAATAATTATAA
Found at i:348849 original size:348 final size:348
Alignment explanation
Indices: 348457--349108 Score: 755
Period size: 348 Copynumber: 1.9 Consensus size: 348
348447 AAATATGAGC
* * * * *
348457 TTTTGTTTTATCATAAAAAAATTGTTTCAGTTCATAATAGCTTATCCAAAATCAAATAATATTAC
1 TTTTGTTCTATCATAAAAAAATTGTTTCAATTCATAATAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * ** *
348522 TATATTAATATTTCAAAAAATGATAAGTTAGAAATTTTAAAAATATGTC-AGTTTATCGAATCAG
66 TATAATAATATTCCAAAAAATGATAACTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATCGAAGCAG
* * *
348586 TTCAAATAATT-ATGCCCATTTTAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTACAAACTTTTT-TT-AG
130 TTCAAATAATTAAT-ACCATATGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTA-AAACTTTTTGTTGAG
* * *
348647 TCATAAAACATTTGTTTTTC-A-TCATACAAGCCTA-CCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAA
192 TCATAAAACAATTG--TTTCAATTCATACAAGCCTATCCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAA
* * * * *
348709 TATTTCAAAAATTAGTAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCCTATTT
255 TATTCCAAAAAGTAATAAGCAAGAGATTT--AAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCCTATTT
348774 GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAAAACA
318 GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAAAACA
* * * * *
348805 TTTTGTTCTATTATAAAATAATTGTTTCAATTCAT-TTAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTCTATCATAAAAAAATTGTTTCAATTCATAAT-AGCTTATCCAAAATAAAATAATACTA
* * * * *
348869 ATTTAATAATATTCCAAAAATTTATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGTCGAAGCAG
65 ATATAATAATATTCCAAAAAATGATAACTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAAGCAG
* * ** *
348934 TTCAAATAGTTAATACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTGTGTCA
130 TTCAAATAATTAATACCATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAAAACTTTTTGTTGAGTCA
* * *
348999 TAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTC
195 TAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCCTATCCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTC
* * *
349064 CAAAAAGTAATAAGCAAGCGATTTAAAGTGAATTTGTTTACCAAA
260 CAAAAAGTAATAAGCAAGAGATTTAAAATAAATTTGTTTACCAAA
349109 TCAATTCAAA
Statistics
Matches: 250, Mismatches: 45, Indels: 18
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
347 12 0.05
348 161 0.64
349 30 0.12
350 47 0.19
ACGTcount: A:0.42, C:0.12, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (348 bp):
TTTTGTTCTATCATAAAAAAATTGTTTCAATTCATAATAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAA
TATAATAATATTCCAAAAAATGATAACTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAAGCAGT
TCAAATAATTAATACCATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAAAACTTTTTGTTGAGTCAT
AAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCCTATCCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCC
AAAAAGTAATAAGCAAGAGATTTAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCCTATTTGAACAATT
ATCTATTTCAAATCGTTAAAACA
Found at i:348889 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 348608--349284 Score: 477
Period size: 181 Copynumber: 3.9 Consensus size: 169
348598 TGCCCATTTT
*
348608 AACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTACAAAC-TTTT-TT-TAGTCATAAAACATTTGTTTTTC-A
1 AACAATTATCTATTTCAAATCA-TTA-AAACATTTTGTTCTA-TCATAAAACAATTG--TTTCAA
* * * * * *
348668 -TCATACAAGCCTA-CCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGTAG
61 TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTA-TAAGTAA
* *
348731 GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAG-T-TCCTATTTG
125 GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAA-CAGTTATACTATATG
* * *
348775 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTAAAACATTTTGTTCTATTATAAAATAATTGTTTCAATTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTAAAACATTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCAT
** * *
348840 TTAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTTATAACTAAGAGAT
66 ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA-TTATAAGTAAGAGAT
*
348905 TTAAAAAATAAATCTAT-TTGTCGAAGCAGTTCAAATAGTTAATACTATATG
130 TTAAAAAATAAAT-T-TGTT-T---A-C----CAAACAGTT-ATACTATATG
** * * *
348956 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTGTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTAAAACATTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCAT
* * * *
349021 ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCCAAAAAGTAATAAGCAAGCGAT
66 ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA-TTATAAGTAAGAGAT
* * * * *
349086 TT--AAAGTGAATTTGTTTACCAAATCAATTCAAATAATTATGGCCGTG
130 TTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAA-CAGTT---AT-ACTAT----ATG
* ** ** * * * *
349133 TCAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTT-TGGTCATATAACAATTGTATTTGAA
1 --AACAATTATCTATTTCAAATCATTAAAACATTTTGTTCT-ATCATAAAACAATTG--TTTCAA
** * * * * *
349197 --CATTTAACCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TGTTCAAAAATTAATACGTA
61 TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TCCAAAAATT-ATAAGTA
*
349259 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
124 AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
349285 TTTAATTAGT
Statistics
Matches: 409, Mismatches: 61, Indels: 66
0.76 0.11 0.12
Matches are distributed among these distances:
166 8 0.02
167 28 0.07
168 23 0.06
169 63 0.15
170 9 0.02
171 2 0.00
172 3 0.01
173 5 0.01
174 2 0.00
175 1 0.00
177 4 0.01
178 8 0.02
179 113 0.28
181 140 0.34
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
AACAATTATCTATTTCAAATCATTAAAACATTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCAT
ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTATAAGTAAGAGATT
TAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAGTTATACTATATG
Found at i:349002 original size:529 final size:528
Alignment explanation
Indices: 348287--349284 Score: 1183
Period size: 529 Copynumber: 1.9 Consensus size: 528
348277 CCTTTTAGTC
* * * * **
348287 ATAAAATAATTATTTTAGTTCATACATGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTGTTAATATT
1 ATAAAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT
*
348352 CAGAAAATCAATAAACAAAAGATTTTATAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAACAGTTA
66 CAGAAAATCAATAAACAAAAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAACAGTTA
* * *
348417 TAACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATAAATATGAGCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTGT
131 TAACTATATGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATGAGCTTTTGTTGTATCATAAAAAAATTGT
* * * * * *
348482 TTCAGTTCATA-ATAGCTTATCCAAAATCAAATAATATTACTATATTAATATTTCAAAAAATGAT
196 TTCAATTCATACA-AGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTCCAAAAAATAAT
** * * * * *
348546 AAGTTAGAAATTTTAAA-AATATGTCAGTTTATCGAATCAGTTCAAATAATTATGCCCATTTTAA
260 AAGCAAGAAA-TTTAAAGAAT-T-T--GTTTACCAAATCAATTCAAATAATTATGCCCATGTCAA
* * *
348610 CAATTATCTATTTCAAATAGTTACAAACTTTT-TTTAGTCATAAAACATTTGTTTTTCATCATAC
320 CAATTATCTATTTCAAATAGTTACAAACTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTATTTCAACATAC
* * *
348674 AAGCC-TA-CCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT-TTCAAAAATTAGTAAGTAGGAGAT
385 AA-CCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TGTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
*
348736 TTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAA
448 TTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAA
348801 AACATTTTGTTCTATT
513 AACATTTTGTTCTATT
* **
348817 ATAAAATAATTGTTTCAATTCATTTAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT
1 ATAAAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT
** * * *
348882 CCA-AAAATTTAT-AACTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTGTCGAAGC-AGTTCAAATAG
66 -CAGAAAATCAATAAAC-AAAAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAA-CAAGTTCAAACAG
* * * * *
348943 TTA-ATACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTTGTTGTGTCATAAAACA
128 TTATA-ACTATATGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATGAGC-TTTTGTTGTATCATAAAAAA
* * * *
349006 ATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCCAAAAAG
191 ATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTCCAAAAAA
** * *
349071 TAATAAGCAAGCGATTTAAAGTGAATTTGTTTACCAAATCAATTCAAATAATTATGGCCGTGTCA
256 TAATAAGCAAGAAATTTAAA--GAATTTGTTTACCAAATCAATTCAAATAATTATGCCCATGTCA
* * ** * * * * *
349136 ATAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTATTTGAACATT
319 ACAATTATCTATTTCAAATAGTTACAAACTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTATTTCAACATA
* **** *
349201 TAACCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATTGTTCAAAAATTAATACGTAAGAGATT
384 CAACCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTGTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
349266 TAAAAAATAAATCTGTTTA
449 TAAAAAATAAATCTGTTTA
349285 TTTAATTAGT
Statistics
Matches: 389, Mismatches: 66, Indels: 27
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
527 60 0.15
528 37 0.10
529 216 0.56
530 71 0.18
531 5 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (528 bp):
ATAAAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT
CAGAAAATCAATAAACAAAAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAACAGTTA
TAACTATATGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATGAGCTTTTGTTGTATCATAAAAAAATTGT
TTCAATTCATACAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTCCAAAAAATAATA
AGCAAGAAATTTAAAGAATTTGTTTACCAAATCAATTCAAATAATTATGCCCATGTCAACAATTA
TCTATTTCAAATAGTTACAAACTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTATTTCAACATACAACCTT
ATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTGTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
TAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAAAACATTTT
GTTCTATT
Found at i:349089 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 348768--352894 Score: 2299
Period size: 181 Copynumber: 23.1 Consensus size: 181
348758 AAACCAGTTC
* ** * * * * *
348768 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAAAACATTTTGTTCTATTATAAAATAATTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* ** * * * *
348833 AATTCATTTAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTTATAACT
66 TATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * *
348898 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGTCGAAGCAGTTCAAATAGTTAAT-A
131 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATCAGTTCAAATAGTT-ATGA
* * *
348949 CTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTGTGTCATAAAACAATTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * *
349014 AATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCCAAAAAGTAATAAGC
66 TATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * * * * *
349079 AAGCGATTT--AAAGTGAATTTGTTTACCAAATCAATTCAAATAATTATGG
131 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTATGA
** * * * ** * * *
349128 CCGTGTCAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTATT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TT
* ** * * *
349193 -TGA-ACATTTAACCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TGTTCAAAAATTAATA
65 CT-ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTCAAAAATTAATA
* ** *
349255 CGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTTAATTAGTTCAAATA-TTATGA
128 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTATGA
* ** * * * * *
349308 CTATTTGAACAATTGTAAACTTT-AAATCGTTATAACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTT
1 CTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* ** ** * * * ** *
349372 ATGGTCATACTCGCTTAATT-GGAATAAAATAGTAGTAATCCAATAATATTTTC-AAAATTAATA
65 CTATTCATACAAGCTT-ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATA
* * * ** * * * * *
349435 ACTAAGAGAATT-AAAAATAAATTTGTTTGCCTAACCAATTCTAATATTTAATGA
128 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATCAGTTCAAATAGTT-ATGA
* * * * * * *
349489 CTATATGAACAACTATCAATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-TATGTTTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTT
* * * * * * * **
349553 TTGAACTT-ATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAAAACAAATTTATAAATATTTTGAAAA-T--T
65 CT--A-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * * * *
349614 AA-TAAGAGATTTAAAAAACAATTCTGTTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATAA
127 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTATGA
* * * *
349668 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAAAATGTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTT
* * * * * * * * * * * *
349733 TTGTTTATATAAGTTTGTTTGGAACAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAA-T--T-AC
65 CTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * *
349794 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACTAGTTTAAATAGTTATGA
130 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATC-AGTTCAAATAGTTATGA
** * * * * * * * *
349846 CTATTTGAGTAGTTAT-TAATTTTAAATTATTGTGACCTTTTGTTCTATAACAAAACAATTGTGT
1 CTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-T
* * * ** *
349910 T-TTTTCATACAAGCATATTC-AGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATA
64 TCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * * * * * *
349973 GGTAAAAAAAATTT-AAAAATAAATAC-GTTTA-CCAAACTAGATGAAATAATCAAGA
128 AGT--AAGAGATTTAAAAAATAAAT-CTGTTTATCGAATC-AGTTCAAATAGTTATGA
* * * * ** * * *
350028 CTGTGTGAATAATTAT-TTTTTCAAATGGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAAGATTTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * * * *
350092 -AGTTCATATAAGTTTATTAGATATAAAATAATAGTAATTTAGTAATAATCCAAAAATTAATAA-
66 TA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* ** * * * *
350155 TAAAGAGATTTAAAAAATGAATCCATGTA-CTGAATAAGTTAAAATAATTATGA
130 T-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAATCAGTTCAAATAGTTATGA
* * * *
350208 CTATGTT----AA--ATC----GC---T-A-TA--ACTTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTTTTT
1 CTAT-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * *
350256 CTATACATATAAGCTTATT-TAGAATAAAATAATA-TAAAATTATTAA-A-TT-AAGATAATTAA
65 CTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAA
* * * * *
350316 TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGCTTA-CTGAA-CAAATTCAAATTGATAT-A
126 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAATC-AGTTCAAATAGTTATGA
* * * *** ** * *
350371 TCTATTTGAGCAATTATTTATTTCAACTTGGTATGATTTTTTGTTTTGTCATGAAACAACTGTTT
1 -CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* ** *
350436 CTA-T--T-C-AG---A-T-----TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAG
65 CTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* ** * * * **
350487 TAAAAGATTTTTAAAATATATATGTTTATAGAA-CAAGTTCAAATAGCCATGA
130 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATC-AGTTCAAATAGTTATGA
* * *
350539 CTATTTG---AA--ATC-A--T----T-ATGAT-A--TTTTGTTTTGTCATCAAACAATTCTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* *
350588 TATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTATTA-TTCTAAAAATTAATAAG
66 TATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG
** * * * * * *
350652 TTGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTG-AGCAAGTTTAAATAGTCATGT
130 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATC-AGTTCAAATAGTTATGA
* * * * *
350704 CCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATTACATTTTGATTTGTCATAAAACAATTGCTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTT
* ** * *
350769 -TATTCTTACAAAATTACTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-
65 CTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * *
350829 CAAGAGCTTTAAAAACTAAATTTGTTTA-CCAAACTAGTTCAAATAGTTATGA
130 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATC-AGTTCAAATAGTTATGA
* * * * *
350881 CTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTTTGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * *
350945 TGA-TCATACAAGC-TATTCGGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATA-TTCTAAAACA-TAATA
66 T-ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAA-ATTAATA
* * * ** * * *
351006 AATAAGAGATTTAAAAAAATTAATATGTTTGCCGAACCAATTCAAATAGTTAAGA
128 AGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * *
351061 CTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATCATTCTGACCTTTT-TATTTAGTCATAAAATAATTGTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT-TTT-GTCATAAAACAATTGTT
* * * * * * * *
351125 TCAATTCAAACATGCATATTTGAAATAAAATAATAGTATTTTATTAACA-TTCAAAAAATT-A-A
64 TCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATA
* * * * * * *
351187 AGCAACAAATTTTAAAAAAATAAATAC-GTTTA-CCAAACAAATTCAAATAGTTTTGA
128 AGTAAGAGA-TTT-AAAAAATAAAT-CTGTTTATCGAATC-AGTTCAAATAGTTATGA
* * * * *
351243 CTATTTGAACAATTATCCATTTAAAAT--TGTATGACCCTTTGTTTTATCTTAAAACAATTGTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * * * *
351306 CAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAG
65 CTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
** * * ** * *
351371 TTGGAGATTTAAAAAGTAAATCAGTTTATC-AATTTTGTTTAAATAATTATG-
130 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-TCAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * *
351422 TTCATTTAAATAATTATCTATTTCAAAT-AGCTATAAACTTTTGTTTTGTCATAAAACCATTGTT
1 CT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * *
351486 TTTCA-TCATACAAGCCTATTCTGAATCCTATTTTGAATAAAATAAAACTAATTAATTAATATTT
64 TCT-ATTCATACAAGCTTATTC-G------A-----AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * * * *
351550 TAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAAGAAATATTTTTA-CTGAACCAATTTAAATAGTTAT
116 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAATCAGTTCAAATAGTTAT
351614 GA
180 GA
* * * * *
351616 CTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTAATGAAACAATTATTT-
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * * *
351680 AAGTTTATACAAGCTTAATC-AAATTAAAATAGTACTAATCTAATAATATTAT-GAAAATTAATA
66 TA-TTCATACAAGCTTATTCGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATA
* * * * * * ** * *
351743 ACTAAGAGA-ATAAAAAAAAAATTTGTTTACCGAA-CTAATTTGAATAGTTAAGT
128 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATC-AGTTCAAATAGTTATGA
* * ** * * * * * *
351796 CTATATGTATTATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCCTTT-TTTT-TCGTAAAACAAATATTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * ** *
351859 TGTTCATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTTACAATTAAT-A--
66 TATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * * *
351921 AA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAATTAGTTGT-A
131 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * ** * * * *
351970 ATAATTTGAATAATTATTTAATTCAAGTCGTTATGACCAGTTATTTTGTTACAAAACAATTGCTT
1 CT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * * * *
352035 CTGTTCGTATAAGCTGATTTGAAATAACATAATTCTAATTTATTAATA-TTCTTAAAATTAATAA
65 CTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA
* ** * * *
352099 GTACGAGATTTAAAAACGAAATTTGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGA
129 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTATGA
* * ** ** * * * *
352152 TTATTTAAACAATTGCCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTATTTTGACATAAAATATATT-TTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGTTT
* * * **
352216 -TATTCATACAAGCCTATTAC-AATTAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTT-AGACAAGAAAT
65 CTATTCATACAAGCTTATT-CGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCA-AAAATTAAT
* * *
352277 AAGTAAAAGATTTAAAAAATTAAATCTGTTTATTGAATAAGTTCAAATAGTTATGA
127 AAGTAAGAGATTTAAAAAA-TAAATCTGTTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
352333 CTATTTAAACAATTATTTATTTGAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * * * *
352398 TGTTTATACAAGCTTGTTC-CAATAAAAATAATATTAATTTACTAATATTTCAACAATTGATAAG
66 TATTCATACAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * *
352462 TAAAAGATTTTAAAAATAAATAC-GTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATAA
130 TAAGAGATTTAAAAAATAAAT-CTGTTTATCGAATC-AGTTCAAATAGTTATGA
* * * *
352514 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCCTTATGACCTTTTGTTTCGTCA-ACAAACAATTGTAT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AAACAATTGTTT
** * * * *
352578 GAATTCATATAGGCTTA-T-----TAAAATAATACTAATTGATTAATA-TTCTAAAAATTAATGA
65 CTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA
* * * ** *
352636 GTAAGGGATTTAAAATATGAATCTACTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTAT-A
129 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATC-AGTTCAAATAGTTATGA
*
352688 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC-TGAAAATAATTGTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTT
* * * *
352752 TTGTTCATACAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATA-TAAGTTTATTAATATTCCAAAAATTAGTA
65 CTATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * * * *
352815 AGTAAAAG-TGTAAAAAATAAATTTGTTTTTTGAA-CACATTTAAATAATTATGA
128 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATCA-GTTCAAATAGTTATGA
352868 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
352895 TTTTATGATA
Statistics
Matches: 3045, Mismatches: 694, Indels: 415
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
151 27 0.01
152 1 0.00
153 1 0.00
154 3 0.00
155 2 0.00
156 2 0.00
159 2 0.00
160 1 0.00
161 1 0.00
162 4 0.00
163 5 0.00
164 57 0.02
165 140 0.05
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169 4 0.00
170 3 0.00
171 2 0.00
172 2 0.00
173 2 0.00
174 80 0.03
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178 197 0.06
179 282 0.09
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181 736 0.24
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184 1 0.00
185 1 0.00
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191 1 0.00
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193 135 0.04
194 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
TATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTATGA
Found at i:349298 original size:360 final size:358
Alignment explanation
Indices: 348837--349722 Score: 918
Period size: 360 Copynumber: 2.5 Consensus size: 358
348827 TGTTTCAATT
* * * *
348837 CATTTAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTTATAACTAAGA
1 CATTTAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-TTAT-ACTAAGA
* * * * *
348902 GATTTAAAAAATAAATCTATTTGTCGAAGCAGTTCAAATAGTTA-ATACTATATGAACAATTATC
64 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCTAACCAGTTCAAATA-TTATA-ACTATTTGAACAATTATC
* * *
348966 TATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTGTGTCATAAAACAATTGTTTCAAT-TCATACAAGCTT-
127 TATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT--ATGTCATACAAGCTTA
* * * *
349029 ATTCGAAATAAAATAATACTAATCTATTAATA-TTCCAAAAAGTAATAAGC-AAGCG-ATTTAAA
190 ATT-GAAATAAAATAATACTAATCCAATAATATTTCC-AAAAGTAATAA-CTAAGAGAATTAAAA
* * * * * * * * * *
349091 GTGAATTTGTTTACCAAATCAATTCAAATAATT-ATGGCCGTGTCAATAATTATCTATTTCAAAT
252 ATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAATTAATGACCATATCAACAACTATCAATTTAAAAT
* *
349155 TGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACA-AT-TGTATTTGAA
317 CGTTATGACCTTTTGTTTGGTCATA-AA-ATATGTGTATTTGAA
*
349197 CATTTAACCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TGTTCAAAAATTAATACGTAAG
1 CATTTAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTCAAAAATT-ATAC-TAAG
* ** * * **
349261 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTTAATTAGTTCAAATATTATGACTATTTGAACAATTGTAA
63 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCTAACCAGTTCAAATATTATAACTATTTGAACAATTATCT
* * * **
349326 ACTTT-AAATCGTTATAACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTATGGTCATACTCGCTTAA
128 A-TTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTAT-GTCATACAAGCTTAA
* * * * *
349390 TTGGAATAAAATAGTAGTAATCCAATAATATTTTCAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAATAA
191 TTGAAATAAAATAATACTAATCCAATAATATTTCCAAAAGTAATAACTAAGAGAATTAAAAATAA
* * * * * *
349455 ATTTGTTTGCCTAACCAATTCTAATATTTAATGACTATATGAACAACTATCAATTTAAAATCGTT
256 ATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAATTAATGACCATATCAACAACTATCAATTTAAAATCGTT
* * *
349520 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATATGTTTTTTTGAA
321 ATGACCTTTTGTTTGGTCATAAAATATGTGTATTTGAA
* * * **
349558 C-TTATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAAAACAAATTTATAAATATTTTGAAAATTA-A-TAAG
1 CATT-TA--AGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATACTAAG
* * *
349620 AGATTTAAAAAACAATTCTGTTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATC
63 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCTAACCAGTTCAAAT-ATTATAACTATTTGAACAATTATC
*
349685 TATTTCAAATCACTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAA
127 TATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAA
349723 TAAAATGTTT
Statistics
Matches: 432, Mismatches: 74, Indels: 40
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
357 2 0.00
358 1 0.00
359 148 0.34
360 183 0.42
361 56 0.13
362 1 0.00
363 40 0.09
364 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (358 bp):
CATTTAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATACTAAGAGA
TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCTAACCAGTTCAAATATTATAACTATTTGAACAATTATCTATT
TCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTCATACAAGCTTAATTGAA
ATAAAATAATACTAATCCAATAATATTTCCAAAAGTAATAACTAAGAGAATTAAAAATAAATTTG
TTTACCAAACCAATTCAAATAATTAATGACCATATCAACAACTATCAATTTAAAATCGTTATGAC
CTTTTGTTTGGTCATAAAATATGTGTATTTGAA
Found at i:349431 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 348768--349853 Score: 694
Period size: 179 Copynumber: 6.0 Consensus size: 179
348758 AAACCAGTTC
* * ** * * * *
348768 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAAAACATTTTGTTCTATTATAAAATAATTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTATTT-
* * * * *
348833 AATT-CATT-TA--AGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCCAAAAATTTA
64 --TTGC-TTATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTTC-AAAATTAA
* ** * *
348893 TAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGTCGAAGCAGTTCAAATAGTTAAT-A
125 T-ACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTAACCAGTTCAAATAGTT-ATGA
* * * * * * *
348949 CTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTGTGTCATAAAACAATT-GTTT
1 CTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTATTTT
*** * * * * * *
349013 CAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTATTAATA-TTCCAAAAAGTAATAA
65 TGCTT-ATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTTC-AAAATTAAT-A
* * * * * * * * *
349077 GC-AAGCGATTT--AAAGTGAATTTGTTTACCAAATCAATTCAAATAATTATGG
127 -CTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTAACCAGTTCAAATAGTTATGA
** * * * * * * * * * * * *
349128 CCGTGTCAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTATT
1 CTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATA-AAAAATTATTTT
* * * *
349193 TGAACATT-TA--ACCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TGTTCAAAAATTAAT
65 TG--C-TTATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTTC-AAAATTAAT
** **
349254 ACGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTTAATTAGTTCAAATA-TTATGA
126 AC-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTAACCAGTTCAAATAGTTATGA
* * * *
349308 CTATTTGAACAATTGTAAACTTT-AAATCGTTATAACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTT
1 CTATTTGAACAATTATCAA-TTTAAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTATTT
* * * * * * * *
349372 ATGGTCATACTCGCTTAATTGGAATAAAATAGTAGTAATCCAATAATATTTTCAAAATTAATAAC
64 TTGCTTATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTTCAAAATTAAT-AC
* * * * * *
349437 TAAGAGAATT-AAAAATAAATTTGTTTGCCTAACCAATTCTAATATTTAATGA
128 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTAACCAGTTCAAATAGTT-ATGA
* * * * *
349489 CTATATGAACAACTATCAATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATATGTTTTTT
1 CTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAAAT-TATTTT
* * * *
349554 TGAACTTATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAAAACAAAT-TTATAAATATTTTGAAAATT-A-A
65 TG--CTTATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATCTAAT-AATATTTTCAAAATTAATA
* * * *
349616 -TAAGAGATTTAAAAAACAATTCTGTTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATAA
127 CTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTAACCAGTTCAAATAGTTATGA
* * ** * *
349668 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAAAATGTTT
1 CTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCAT-AAA-AAATTATTT
* * * * * * *
349733 TTGTTTATA-TAAGTTTGTTTGGAACAAAGTAATACTAATCTATTAATA-TTTCAAAA--ATTAC
64 TTGCTTATACT-AGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTTCAAAATTAATAC
* * * * *
349794 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTTAAATAGTTATGA
128 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTAACCAGTTCAAATAGTTATGA
349846 CTATTTGA
1 CTATTTGA
349854 GTAGTTATTA
Statistics
Matches: 707, Mismatches: 159, Indels: 81
0.75 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
177 14 0.02
178 87 0.12
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180 148 0.21
181 200 0.28
182 4 0.01
183 44 0.06
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
CTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAAATTATTTTT
GCTTATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTTCAAAATTAATACTAA
GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTAACCAGTTCAAATAGTTATGA
Found at i:349787 original size:360 final size:358
Alignment explanation
Indices: 348837--349846 Score: 904
Period size: 360 Copynumber: 2.8 Consensus size: 358
348827 TGTTTCAATT
* * * * * * *
348837 CATTTAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTA-ATAATAT-TCCAAAAATTTATAACTAA
1 CATTTAACCTTATTTGGAATAAAATAAAACAAATTTATA-AAT-TGTTCAAAAATTAAT-ACTAA
* * * * * *
348900 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGTCGAAGCAGTTCAAATAGTTA-ATACTATATGAACAATTA
63 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCTAACCAGTTCAAATAATTATA-ACTATTTGAACAATTA
* * * *
348964 TCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTGTGTCATAAAACAATTGTTTCA-ATTCATACAAGCT
127 TCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-ATGTTCATATAAGCT
* * * * *
349028 TATTCGAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCCAAAAAGTAATAAGC-AAGCG-ATTTAAA
191 TATTTGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTC-AAAA-TAATAA-CTAAGAGAATTAAAA
* * * * * * * * * * *
349091 GTGAATTTGTTTACCAAATCAATTCAAATAATTATGGCCGTGTCAATAATTATCTATTTCAAATT
253 ATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAATTATGACCATATCAACAACTATCAATTTAAAATC
*
349156 GTTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTATTTGAA
318 GTTATGACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTATTTGAA
* * *
349197 CATTTAACCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATTGTTCAAAAATTAATACGTAAGA
1 CATTTAACCTTATTTGGAATAAAATAAAACAAATTTATAAATTGTTCAAAAATTAATAC-TAAGA
* ** * * **
349262 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTTAATTAGTTCAAAT-ATTATGACTATTTGAACAATTGTAA
65 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCTAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * *
349326 ACTTT-AAATCGTTATAACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTATGGTCATACT-CGCTTA
130 A-TTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATA-TAAGCTTA
* * * * *
349389 ATTGGAATAAAATAGTAGTAATCCAATAATATTTTCAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAATA
193 TTTGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATA-TTTCAAAA-TAATAACTAAGAGAATTAAAAATA
* * * * * *
349454 AATTTGTTTGCCTAACCAATTCTAATATTTAATGACTATATGAACAACTATCAATTTAAAATCGT
256 AATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAATT-ATGACCATATCAACAACTATCAATTTAAAATCGT
* * *
349519 TATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AA-ATATGTTTTTTTGAA
320 TATGACCTTTTGTTTGGTCATATAACA-AT-TGTATTTGAA
* **
349558 C-TTATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAAAACAAATTTATAAATAT-TTTGAAAATT-A-A-TA
1 CATT-TA--ACCTTATTTGGAATAAAATAAAACAAATTTATAAAT-TGTTCAAAAATTAATACTA
* * *
349618 AGAGATTTAAAAAACAATTCTGTTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTA
62 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCTAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTA
* * * * * *
349683 TCTATTTCAAATCACTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAAAATGTTTTTGTTTATATAAGTT
127 TCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTATGTTCATATAAGCT
* * * * *
349748 TGTTTGGAACAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTC-AAA-AATTACTAAGAGATTTAAAAAAT
191 TATTTGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAATAATAACTAAGAGAATT-AAAAAT
* * * * * * *
349811 AAATCTATTTATCAAACTAGTTTAAATAGTTATGAC
255 AAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAATTATGAC
349847 TATTTGAGTA
Statistics
Matches: 520, Mismatches: 108, Indels: 47
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
357 19 0.04
358 29 0.06
359 150 0.29
360 185 0.36
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362 1 0.00
363 40 0.08
364 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (358 bp):
CATTTAACCTTATTTGGAATAAAATAAAACAAATTTATAAATTGTTCAAAAATTAATACTAAGAG
ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCTAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTA
TTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATATAAGCTTATTT
GGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAATAATAACTAAGAGAATTAAAAATAAATTT
GTTTACCAAACCAATTCAAATAATTATGACCATATCAACAACTATCAATTTAAAATCGTTATGAC
CTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTATTTGAA
Found at i:351350 original size:180 final size:182
Alignment explanation
Indices: 351015--351362 Score: 409
Period size: 182 Copynumber: 1.9 Consensus size: 182
351005 AAATAAGAGA
* * * * * * **
351015 TTTAAAAAAATTAATATGTTTGCCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATTTA
1 TTTAAAAAAATAAATACGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCCA
* * * * * *
351080 TTTCAAATCATTCTGACCTTTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCAAACATGCATATT
66 TTTAAAAT-ATTATGACCTTTGTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCAAACAAGCATATC
** *
351145 TGAAATAAAATAATAGTATTTTATTAACA-TTCAAAAAATTAAAGCAACAAAT
130 CAAAATAAAATAATAGTACTTTATTAACATTTCAAAAAATTAAAGCAACAAAT
** *
351197 TTTAAAAAAATAAATACGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTATCCA
1 TTTAAAAAAATAAATACGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCCA
* *
351262 TTTAAAAT-TGTATGACCCTTTGT-TTTA-TCTTAAAACAATTGTTTCAATTCATAA-AAGCTTA
66 TTTAAAATAT-TATGA-CCTTTGTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCA-AACAAGCATA
* *
351323 TCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAA
128 TCCAAAATAAAATAATAGTACTTTATTAACATTTCAAAAA
351363 TTGAGAAGTT
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 24, Indels: 9
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
180 53 0.38
181 18 0.13
182 67 0.49
ACGTcount: A:0.44, C:0.12, G:0.06, T:0.38
Consensus pattern (182 bp):
TTTAAAAAAATAAATACGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCCA
TTTAAAATATTATGACCTTTGTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCAAACAAGCATATCC
AAAATAAAATAATAGTACTTTATTAACATTTCAAAAAATTAAAGCAACAAAT
Found at i:353017 original size:135 final size:136
Alignment explanation
Indices: 352774--353029 Score: 333
Period size: 135 Copynumber: 1.9 Consensus size: 136
352764 GCTTATTTCG
*
352774 AATAAAATAATATAAGTTTATTAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAAAGTGTAAAAAATAAATTT
1 AATAAAATAATATAAGTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGTGTAAAAAATAAATTT
* ** * *
352839 GTTTTTTGAACACATTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTTTTATGAT
66 GTTTATTGAACACATGCAAATAATTATCACTATTCGAACAATTATCTATTTCAAATTTTTATGAT
352904 ATATGA
131 ATATGA
* * *
352910 AATAAAA-AATACTAA-TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATA-TAAGTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAG-TGTAAAAAATAAAT
* * *
352973 CTT-TTTATTGAGCA-AGTGCAAATAA-TATCCCTATTCGAACAATTATTTATTTCAAAT
64 -TTGTTTATTGAACACA-TGCAAATAATTATCACTATTCGAACAATTATCTATTTCAAAT
353030 AGTTATTATC
Statistics
Matches: 104, Mismatches: 12, Indels: 9
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
135 63 0.61
136 39 0.38
137 2 0.02
ACGTcount: A:0.46, C:0.07, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (136 bp):
AATAAAATAATATAAGTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGTGTAAAAAATAAATTT
GTTTATTGAACACATGCAAATAATTATCACTATTCGAACAATTATCTATTTCAAATTTTTATGAT
ATATGA
Found at i:353353 original size:670 final size:670
Alignment explanation
Indices: 352251--353486 Score: 1456
Period size: 670 Copynumber: 1.8 Consensus size: 670
352241 AAATAATATA
* *
352251 AATTTATTAATATTTAGACAAGAAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATTAAATCTGTTTATTGAATA
1 AATTTATTAATATTTAGAAAAGAAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATTAAATCTGTTTATTGAACA
* * * * *
352316 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTGAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGT
66 AGTGCAAATAGATATCACTATTCAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGT
* * * * * *
352381 CATAAAACAATTATTTTTGTTTATACAAGCTTGTTCCAATAAAAATAATATTAATTTACTAATAT
131 CATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTGTTACAATAAAAATAATACTAATTTACAAATAT
* * * * *
352446 TTCAACAATTGATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATACGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTA
196 TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATACATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCA
* * *
352511 TAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCCTTATGACCTTTTGTTTCGTCAACAAACAATTGT
261 TAACCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCATCAACAAACAATTGT
* *** *
352576 ATGAATTCATATAGGCTTATTAAAATAATACTAATTGATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAG
326 ATG-ACTCATATAAAATTATTAAAAAAATACTAATTGATTAATATTCTAAAAATTAA-GAGTAAG
* * **
352641 GGATTTAAAATATGAATCTACTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTAT-ACTATTTGAACAATTATC
389 AGATTTAAAATATAAATCTACTTACAAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * *
352705 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC-TGAAAATAATTGTTT-TTGTTCATACAAGCTT
454 TATCTAAAATCATTATGACC-TTTATTTTGCCAT-AAAACAATTGTTTCTT-TTCAAACAAGCTT
* *
352768 ATTTCGAATAAAATAATA-TAAGTTTATTAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAAAGTGTAAAAAA
516 ATTTCGAATAAAATAATACTAA-TTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGTGTAAAAAA
352832 TAAATTTGTTTTTTGAACACATTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTT
580 TAAATTTGTTTTTTGAACACATTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTT
352897 TTATGATATATGAAATAAAAAATACT
645 TTATGATATATGAAATAAAAAATACT
** * * *
352923 AATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAA-TAAATCTTTTTATTGAGC
1 AATTTATTAATATTT-AGAAAAGAAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATTAAATCTGTTTATTGAAC
* * *
352986 AAGTGCAAATA-ATATCCCTATTCGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATTA-TCTTTTGTTT
65 AAGTGCAAATAGATATCACTATTCAAACAATTATTTATTTCAAATCA-TTATGACT-TTTTGTTT
* * *
353048 TGTCATAAAGCAATTGTTTCTATTCATACAAGTCTAT-TTAGAAT-AAAATAATACTAATTTACA
128 TGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAG-CT-TGTTACAATAAAAATAATACTAATTTACA
** * *** *
353111 AATA-TTCTAAAAATTAAT-AGCTAGGAGATTTAAAAAATAAGT-CTATTTATTGAACAAGTTTA
191 AATATTTC-AAAAATTAATAAG-TAAAAGATTTAAAAAATAAATAC-ATTTACCAAACAAGTTCA
** * *
353173 AATAGTCATGTCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTAT-AATAA
253 AATAGTCATAACCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCATCAACAA
* * *
353237 A-ATAGTTGTTCCTG-CTCATGTAAAATTATTCCAAAAAAAAAATACTAATCT-ATTAATATTTT
318 ACA-A-TTG-T-ATGACTCATATAAAATTATT-----AAAAAAATACTAAT-TGATTAATATTCT
*
353299 AAAAATT-A-A-TAAGAGATTTAAAA-ATAAATCTATTTATCAAAACAAGTT-AAATAGTTATGA
373 AAAAATTAAGAGTAAGAGATTTAAAATATAAATCTACTTA-CAAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* *
353359 CTATTTGAGCAATTATCTATCTAAAATCATTATGATCTTTATTTTGCCATAAAACAATTGTTTCT
437 CTATTTGAACAATTATCTATCTAAAATCATTATGACCTTTATTTTGCCATAAAACAATTGTTTCT
* * * *
353424 TTTCAAACAAGTTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG
502 TTTCAAACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAG
353487 AGATTTAAAA
Statistics
Matches: 471, Mismatches: 70, Indels: 48
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
668 1 0.00
669 14 0.03
670 285 0.61
671 95 0.20
672 43 0.09
673 1 0.00
674 1 0.00
675 30 0.06
676 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (670 bp):
AATTTATTAATATTTAGAAAAGAAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATTAAATCTGTTTATTGAACA
AGTGCAAATAGATATCACTATTCAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGT
CATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTGTTACAATAAAAATAATACTAATTTACAAATAT
TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATACATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCA
TAACCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCATCAACAAACAATTGT
ATGACTCATATAAAATTATTAAAAAAATACTAATTGATTAATATTCTAAAAATTAAGAGTAAGAG
ATTTAAAATATAAATCTACTTACAAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
TCTAAAATCATTATGACCTTTATTTTGCCATAAAACAATTGTTTCTTTTCAAACAAGCTTATTTC
GAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGTGTAAAAAATAAATT
TGTTTTTTGAACACATTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTTTTATGA
TATATGAAATAAAAAATACT
Found at i:354087 original size:539 final size:530
Alignment explanation
Indices: 352911--355355 Score: 1833
Period size: 539 Copynumber: 4.6 Consensus size: 530
352901 GATATATGAA
*
352911 ATAAAA-AATACTAA-TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATAAATC
1 ATAAAATAATACTAATTTTA-TAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATA
** * * * * *** * * * *
352974 T-TTTTATTGAGCAAGTGCAAATA-ATATCCCTATTCGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATT
61 TATTTT-CCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATA
* * * *
353037 ATCTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTCTATTCATACAAG-TCTATTTAGAATAAAATAATA
125 ACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCT-TATTTAGAATAAAATAATA
** * * * *
353101 CTAATTTACAAATATTCTAAAAATTAATAGCTAGGAGATTTAAAAAATAAGTCTATTTATTGAAC
189 CTAATTTATTAACATTC-AAAAATTAATAGCTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAAC
* * * *
353166 AAGTTTAAATAGTCATGT-CCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
253 AAGTTCAAATAGT-ATTTACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * * * * *
353230 ATAATAAAATAGTTGTTCCT-GCTCATGTAAAA-TTATTCCAAA-AAAAAAATACTAATCTATTA
317 GTCATAAAACAATTGTT-TTAGTTCAT-AAAAACTTATT--AAATAAAATAATACTAATTTATTA
*
353292 ATATTTTAAAAATTAAT-A--AGAGATTTAAAAATAAATCTATTTATCA-AAACAAGTTAAATAG
378 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAATAAA-CTATTTAT-AGAAACAA-TTAAATAG
* * * *
353353 TTATGACTATTTGAGCAATTATCTATCTAAAATCATTATGATCTTTATTTTGC-CATAAAACAAT
440 TTATGACTATTTGAACAAATATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTATTTT-CTCATAAAACAAT
*** * *
353417 TGTTTCTTTTCAAACAAGTTTATTTGG
504 TGTTTCTCAACATACAAGCTTATTTGG
* * *
353444 ATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATC
1 A-TAAAATAATACTAATTTTATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATATT
* * * * * * * * * * * * *
353509 TGCCAAACCAGTTGAAACAGTTAAAAGTATAAAAATAATTTTTTATTTCAAATCGTTCTAACCTC
65 TTCCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTT
*
353574 TTGTTTAGTCATAAAACAATTATTT-TAGGTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAAT
130 TTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAAT
* **
353638 TTATTAACATTCAACAAATTAATGAGC-AAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATCAA
194 TTATTAACATTCAA-AAATTAAT-AGCTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACTGAA-CAA
* * *
353702 -TTCAATTAG-ATTTTACTATTTAAATAATTATCTA-TAAAAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTG
255 GTTCAAATAGTA-TTTACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTG
* *
353764 TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTATATGAAATAAAATAATACTACTTTATTTATA
318 TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTAT-T-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * *
353829 TTTCAAAAATTAATAAGCTAGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTTTTTGAACCAATTGAAACAGTT
381 TTTCAAAAATTAATAAG-TAGAGATTTAAAAA-TAAA-CTATTTATAGAAACAATT-AAATAGTT
* * * * *
353894 ATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCGTTATGGTCTTTATTTTCTTATAAAATAATTCT
442 ATGACTATTTGAACAAATATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTATTTTCTCATAAAACAATTGT
* * * *
353959 TTCTGACCATACAAGCATATTCGG
507 TTCTCAACATACAAGCTTATTTGG
* * * * *
353983 ATGAAAGTAATACTAATTTTACAATATTTTAAAAATTAATACGAGATTTAAAAAATAAATATGTT
1 AT-AAAATAATACTAATTTTATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATATT
* * * * * * *
354048 TTCCGAACTAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTGAAATCGTTCTGACTTT
65 TTCCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTT
* * * * *
354113 TTATTTAGTCATATAATAATTATTT-TAGTTCATACAATCTTATTTGGAATAAAATAATACTAAT
130 TTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAAT
* * *
354177 TTATTAACATTTGAAATATTAATAAGC-AAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATCTACTGAACAAG
194 TTATTAACA-TTCAAAAATTAAT-AGCTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAG
* * * *
354241 TTCAAATAGTGA-TAACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATCTTTTATTTTGTC
256 TTCAAATAGT-ATTTACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * *
354305 ATAAAACAATTATTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCTCAATAAAATAATACTAAATTATTAATTTT
320 ATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTAT--TAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * *
354370 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTAGTATACAGAATCAATTCAAATAATTAT
383 TCAAAAATTAATAAGT-AGAGATTT-AAAAATAAACTA-TTTATAGAAACAATT-AAATAGTTAT
* * * * * * *
354435 GACCACTTGAACAACTATCTATTTCAAAAT-GTTATTATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
444 GACTATTTGAACAAATATCTATCTC-AAATCGTTATGATC-TTTATTTTCTCATAAAACAATTGT
* * *
354499 TTTTCAACATATAAGCTTATTTGAA
507 TTCTCAACATACAAGCTTATTTG-G
* * *
354524 ATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGACTTAAAAAATAAATCTATT
1 ATAAAATAATACTAATTTTA-TAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATATT
* * *
354588 TAT-CGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCT
65 T-TCCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCT
* * * *
354652 TTTGTTCTA-TCATAAAATAATTGTTTCTATTCATGCAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATAATA
129 TTTGTT-TAGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTA
* * * * ** * **
354715 ATTTAGTAAAATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTTAAAAATAAATCCGTTT-GTCGAACCT
192 ATTTATTAACATT-CAAAAATTAATAGCTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAACAA
* ** * * ** * *
354779 GTTCAAACAGT-TAAGACTATATT-AATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCCTTTGTTTTA
255 GTTCAAATAGTAT-TTACTAT-TTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * ** * * *
354842 TCATAAAACAATTATTTTAGCTCA-AACAAGCTTATTTGGAATAGGATAAAATTAATTTATTAAC
318 TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAA-AAACTTA-TT-AAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * *
354906 ATTTCCAAAATTTAT-A--AGAGATTTAGAAAATAATTCTATTTATCGAATCATTTCAAATA---
380 ATTTCAAAAATTAATAAGTAGAGATTTA-AAAATAA-ACTATTTATAGAAACAATT-AAATAGTT
* * * * * * * **
354965 AT---TA--T------A-A-CTATGTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTGACAAAACAATCA
442 ATGACTATTTGAACAAATATCTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTATTTTCTCATAAAACAATTG
**** * **
355017 TTTCAGTTCATATAAGCTTATTTAA
506 TTTCTCAACATACAAGCTTATTTGG
* *
355042 AGTAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTTTGATAATTAA-TAAGTAAGAGAATTAAAAAA-AGA
1 A-TAAAATAATACTAATTTTA-TAATA-TTTCA-AA--AATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATA-A
* * * ** * * *
355104 ATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATT
58 ATATATTTTCCGAACCAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * *
355168 ATGACATTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGATTT-TATTCATGCAAGTTTATTTTGAATAAAAT
122 ATAACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATT-ATTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAAT
** * * *
355231 AATA-TAAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAATTAA-A-AATTAAAAAATAAATTTATTTTC
185 AATACT-AATTTATTAACA-TTCAAAAATTAATAGCTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* ** * * * ** *
355293 TAAACATTTTTAAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCGAATCATAATGACCTTT
248 TGAACAAGTTCAAATAGTAT-TTACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTT
355356 GTTAGCTTTA
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TCCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTT
TGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTT
ATTAACATTCAAAAATTAATAGCTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAA
ATAGTATTTACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
CAATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTATTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
TAATAAGTAGAGATTTAAAAATAAACTATTTATAGAAACAATTAAATAGTTATGACTATTTGAAC
AAATATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTATTTTCTCATAAAACAATTGTTTCTCAACATACAA
GCTTATTTGG
Found at i:354518 original size:181 final size:178
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352897 TTATGATATA
*
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1 TGAAATAAAATAATACTAAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * * * ** * *
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* * * *
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127 TATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TCATAAAAGCT-TATT
* ** *
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1 TGA-AATAAAATAATACTAAATTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * * * *
353148 TAAGTCTATTTATTGAACAAGTTTAAATAGTCATGTCCATTTGAATAATTATCTATTTC-AAATC
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* * * * * * * * **
353212 ATTATGACCTTTTGTTTTATAATAAAATAGTTGTTCCTGCTCATGTAAAA--TTATT
125 GTTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TTTATCA--TAAAAGCTTATT
** * *
353267 CCAAA-AAAAAAATACT-AATCTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT-AAAAATA
1 TGAAATAAAATAATACTAAAT-TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * *
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* * * * *
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126 TTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTATCATAA-AAGCTTATT
* * * *
353441 TGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAA
1 TGAAATAAAATAATACTAAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * * ** * *** * * *
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* * * * * *
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* * * *
353618 T-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAACAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAA
1 TGA-AATAAAATAATACTAAATTATTAATATTTCAA-AAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAA
* * * * * * * *
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63 TAAATCTATATA-CGAA-CAATTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAA-
* * * * *
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** * *
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1 TGAAATAAAATAATACTAAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATA
* * ** * * * * *
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** * * * * * * * * *
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127 TATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTATCATAAAAGCTTATT
* * * * *
353980 CG-GATGAAAGTAATACT-AATT-TTACAATATTTTAAAAA-T--TAA-TACGAGATTTAAAAAA
1 TGAAAT-AAAATAATACTAAATTATT--AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * * * * * *
354038 TAAATATGTTTTCCGAACTAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTT-GAAATC
63 TAAATCT-ATATACGAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-
* * * * * * *
354102 GTTCTGA-CTTTT-TATTTAGTCATATAATAATT-ATTTTAGTTCATACAATCTTATT
125 GTTATAATCTTTTGT-TTT-GTCATAAAACAATTGTTTTTA--TCATAAAAGCTTATT
* * * * * *
354157 TGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAATATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATA
1 TGAAATAAAATAATACTAAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATA
* * * *
354222 AATCTATCTACTGAACAAGTTCAAATAGTGATAACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAATCAT
65 AATCTATATAC-GAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-GT
* * * *
354286 TATGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATT-ATTTTAGTTCATAAAAGCTTATCC
127 TATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA--TCATAAAAGCTTAT-T
* * *
354340 T-CAATAAAATAATACTAAATTATTAATTTTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
1 TGAAATAAAATAATACTAAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * *
354404 AT-TAGTATACAGAATCAATTCAAATAATTATGACCACTTGAACAACTATCTATTTCAAAATGTT
66 ATCTA-TATAC-GAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATGTT
* * *
354468 ATTATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATATAAGCTTATT
128 ATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-ATCATAAAAGCTTATT
*
354520 TGAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGACTTAAAAAATA
1 TGAAATAAAATAATACTAAA-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * *
354580 AATCTATTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTT
65 AATCTATATA-CGAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATGTT
* * * * * **
354645 ATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATGCAAGCTTATT
128 ATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TCATAAAAGCTTATT
* * * * * * *
354697 TGAAATAAAATAATAATAATTTAGTAAAATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTTAAAAATAA
1 TGAAATAAAATAATACTAAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * ** * * * * *
354762 ATCCGTTTGT-CGAACCTGTTCAAACAGTTAAGACTATATT-AATAATTATTTATTTCAAATTGT
66 AT-C-TATATACGAA-CAATTCAAATAGTTATGACTAT-TTGAACAATTATCTATTTCAAAATGT
* * * * *
354825 TATGACCCTTTGTTTTATCATAAAACAATT-ATTTTAGCTCA-AACAAGCTTATT
127 TATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA--TCATAA-AAGCTTATT
* ** * * * * * *
354878 TGGAATAGGATAAAATTAATTTATTAACATTTCCAAAATT--T-A-TAAGAGATTTAGAAAATAA
1 TGAAATAAAATAATACTAAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * ** **
354939 TTCTATTTATCGAATCATTTCAAATAATTATAACTA--TG-TCAA--ATC-A-TT-ATGACCTT-
66 ATCTATATA-CGAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATGTTA
* * *** *
354995 T--TCTTTTG---TGACAAAACAATC-ATT-TCAGT-TCATATAAGCTTATT
129 TAATCTTTTGTTTTGTCATAA-AA-CAATTGTTTTTATCATAAAAGCTTATT
* ** * *
355039 T-AAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGATAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAA-A
1 TGAAA-TAAAATAATACTAAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * * * **
355102 GAATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACAT
65 -AATCTATATA-CGAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATGT
* * * ** *
355167 TATGA-CATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGATTTTATTCATGCAAGTTTATTT
127 TATAATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TCATAAAAGCTTA-TT
* * *
355221 TG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAATTAA-A-AATTAAAAAATA
1 TGAAATAAAATAATACTAAA-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * * *
355282 AATTTATTTTCTAAACATTTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
65 AATCTATATAC-GAACA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
355339 GAATCATAAT
Statistics
Matches: 1748, Mismatches: 372, Indels: 266
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Matches are distributed among these distances:
160 2 0.00
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Consensus pattern (178 bp):
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ATCTATATACGAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATGTTATA
ATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATCATAAAAGCTTATT
Found at i:354694 original size:358 final size:356
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Indices: 352910--355355 Score: 1662
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352900 TGATATATGA
*
352910 AATAAAA-AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAA-AGATTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* ** * * * ** *
352973 CT-TTTTATTG-AGCAAGTGCAAATA-ATATCCCTATTCGAACAATTATTTATTTC-AAATAGTT
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* * *
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** *
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* * * * * * * *
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248 CGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
* * * * * * ** ** *
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* * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * *
353328 CTA-TTTATCA-AAACAAGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATCTATCT-AAAATCAT
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* * * * * * *
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* * * ** *
353453 ATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATCTGCCAAACC
189 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACC
* * ** * *** * * * * * *
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* *
353582 TCATAAAACAATTATTT-TAGGTCATACAAGCTTATTTAG
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** * *
353621 AATAAAATAATACTAATTTATTAA-CATTCAACAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTCAA-AAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAA
* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
353809 ATAATACTACTTTATTTATATTTCAAAAATTAATAAGCTAGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTTT
186 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A---AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * * * **
353874 TTGAACCAATTGAAACAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCGTTATGGTC-TTT
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* * * * * ** *
353938 ATTTTCTTATAAAATAATTCTTTCT-GACCATACAAGCATA-TTC
312 GTTTTATCATAAAACAATTATTTCTAGTTCATACAAGCTTATTTC
* * * *
353981 GGATGAAAGTAATACTAATTT-TACAATATTTT-AAAAA-T--TAA-TACGAGATTTAAAAAATA
1 -AAT-AAAATAATACTAATTTAT-TAAT-TTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * * * *
354040 AA-TATGTTTTCCGAA-CTAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTT-GAAATC
62 AATTA-GTTTACAGAATC-AATTCAAATAGTTATGACTATT-GAACAATTATCTATTTCAAAAT-
* * * * * *
354102 GTTCTGA-CTTTT-TATTTAGTCATATAATAATT-ATTTTAGTTCATACAATCTTATTTGGAATA
123 GTTATGATCTTTTGT-TTT-GTCATAAAACAATTGTTTTTA--TCATACAAGCTTATTTGAAATA
* * *
354164 AAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAATATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTAT
184 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT----AAGAGATTT-AAAAAATAAATCTAT
* * * * * * *
354229 CTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTGATAACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATC
244 TTATC-GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * *
354293 TTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCTC
308 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTAGTTCATACAAGCTTAT-TTC
* *
354342 AATAAAATAATACTAAATTATTAATTTTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * *
354407 AGTATACAGAATCAATTCAAATAATTATGACCACTTGAACAACTATCTATTTCAAAATGTTATTA
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* *
354472 TCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-T
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*
354536 AAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGACTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAGTT
194 -AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAGTT
* * *
354601 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATA
258 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATA
* * * *
354666 AAATAATTGTTTCTA-TTCATGCAAGCTTATTTGA
323 AAACAATTATTTCTAGTTCATACAAGCTTATTT-C
* * ** * * * *
354700 AATAAAATAATAATAATTTAGTAAAATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTTAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * ** * * * * * *
354765 CGTTTGTC-GAACCTGTTCAAACAGTTAAGACTATATTAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATG
66 AGTTT-ACAGAATCAATTCAAATAGTTATGACTAT-TGAACAATTATCTATTTCAAAATGTTATG
* * * * * * ** *
354829 ACCCTTTGTTTTATCATAAAACAATT-ATTTTAGCTCAAACAAGCTTATTTGGAATAGGATAAAA
129 ATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA--TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
* * * * * * * *
354893 TTAATTTATTAACATTTCCAAAATTTATAAGAGATTTAGAAAATAATTCTATTTATCGAATCATT
192 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAGT
* * * * * *
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257 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCAT
* * *
355007 AAAACAATCATTTC-AGTTCATATAAGCTTATTTA
322 AAAACAATTATTTCTAGTTCATACAAGCTTATTTC
* * *
355041 AAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT-GATAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAA-AGA
1 AA-TAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-A
* **
355104 A-TATGTTTACCA-AAT-AAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACA
63 ATTA-GTTTA-CAGAATCAA-TTCAAATAGTTATGACTA-TTGAACAATTATCTATTTCAAAATG
* * * *
355166 TTATGA-CATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGATTTTATTCATGCAAGTTTATTTTG-AATAAA
124 TTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAA
* * * * *
355229 ATAATA-TAAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAATTAAAAATTAAAAAATAAATTTATTT-T
186 ATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA--GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAT
* * * * * * *
355292 CTAAACATTTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCGAATCATAATGACCTTT
248 CGAACCA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
355356 GTTAGCTTTA
Statistics
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*** * *
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* * * * ** * **
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** * * * *** *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * ** * * * * *
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* * * * * *
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* * ** * * *
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1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
* * * * * ** *
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* * * * * * **
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* * *
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1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
* * * * *
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* ** **
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* * * * * * * ** ** * *
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1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
* ** * * * * *
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* * * **
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* * **
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* * * * * * * *
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* * * * * * ** *
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* * * ** * *
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* * * *
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* * * * * ** *
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* * * ** * *
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1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
* * * * * **
361838 TAATCTAATAATATTTCCAAAATTAATAAG--AGA-A-TTAAAAAATAAATTTGTTTACCTAATT
66 TAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TTGTTTATCAAACA
* * * *
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* * * * * * **
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1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-----ATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * **
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1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGTTTCAGTTCATACA-AGCTTATTTGAAATAAAA-TAA
* *
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* * * * * **
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* * * * * * * **
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1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
* * * * * *
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* *** * * * * * * **
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* * * * ** *
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* ** * * *
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* * * * *** *
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* * ** * * *
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1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
* * * * *
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* * * * * **
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* * * * * *
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1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
* * * *
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65 CTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTATCA-AA
* * * * * **
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* * * *
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1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
* * * * * ** *
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65 CTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTATCAAAC
* * * * ** *
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128 AAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
** * * * * * ** * ** *
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1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
* * *
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** *
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1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
* * * * *
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* * * * *
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1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * ** * *
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* * * * ** *
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* * * ** * *
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* * * *
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* * *
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* * *
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* * * * * * * * *
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* ** * * * * * *
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* * ** ** ** * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAG-CTTATTTGAAATAAAATAAT
* * *
364521 GA-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATATGTAACG-GATTTAAAAAATGAATATG-TTAGCC
64 -ACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTA-TC
* ** * * * * * * *
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* * * * * * ** * *
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1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
* * * * * *
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65 CTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTATCAAAC
* ** * * *
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128 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * *
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* ** * * * *
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* * * * * * * *
364946 TAAGTTTAAACAATTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTGAAATCATTATG
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* * ** * * *
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* * * * * **
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * **
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* ** * *
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* * *
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* * * * ** *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * ** *
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* * * * * **
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** * * * * * * *
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* * **
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * *** * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCT-TATTTGAAAT-AAAATAAT
* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * **
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* * * ** *
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* *** * * ** *
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1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
* * * * *
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65 CTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TTGTTTAT
367077 TGAATCAATT
Statistics
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* * * * * *
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* *
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* * * * * * * * *
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* * * ** * *
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* * * ** * *
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* * * * * ** *
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* * * * *
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* * * * ***
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** * * *
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* * * ** * * *
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* * * * * **
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* ***
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* * * * *
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* * ** * * *
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* * ** ** *
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* * * * * *
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* * *
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*
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* * * * * * **
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* * * * * * * * **
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* * * * *
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* *
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* * *
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* * * * * ***
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* * * * * * * **
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* ** * ** *
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* * * ***
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * * ***
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* * * * * * *** *
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* * * * *
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** * * * * **
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** * * * ** *
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* * * * * * *
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* * * * * *
364116 --ATAAAA-AATTATTT-ATTTTCATGA-AAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATCTAATAA
191 TCATAAAACAATTGTTTCA-ATTCAT-ACAAGCTTATTGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAA
* * * * * * * * * **
364176 TATAAT-GAAAATTAATAACTAAGAGATTTGAAAAAA-GAATTTGTTTGTTG-AACCAATTTGAA
253 TAT-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTAGTTTATCGAAACTAGTTCAAA
* * * * * * *
364238 TAGTTAAGGCTATATGTATAATTATCTATTTCAAATTATTATGAC
316 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAA
* * ** * ** * * ** *
364283 CTTTTGTTTTATCGTAAAACAAACGTTTTT-GTTCATTTAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATATT
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
** *
364347 AATTTATTAATATTTTGAAAATTAA-CAA-A-AGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACCAA
66 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAGAGATTT-AAAAATAAATTTA-TTACCAAA-CAA
* * * * ** * * * * *
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128 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATC
* * * * *
364473 ATAAAACAATTGTTTCTATTAATAC-AGTCTTATTCGGAATAGAGTAATGA-TAATTTATTAATA
193 ATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAG-CTTATT-GAAATAAAATAAT-ATTAATTTATTAATA
* * * ** * ***
364536 -TTCTAAAAATTAATATGTAACG-GATTTAAAAAATGAA-TA-TGTTAGCCTAACCAACACAAAT
255 TTTC-AAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATTAGT-TTATCGAAACTAGTTCAAAT
* * * * **
364597 AATTATAATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAAGCGTTAT-AA
317 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAA
* * * * * * * * *
364640 CCTTTTCTTTTGTTACAAAATAATTGTTTCT-ATTCATACAAGATGATTCAAAATAACATAATTC
1 -CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * * * * * *
364704 TAATTTATTAATA-TTCTGAAAACTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTGAATCTATTTATCAAAT
65 TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAAT-AGAGATTTAAAAA-TAAATTTA-TTACCAAAC
* ** * * * *
364768 AAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTGCCTATTTAAAATCTTTATCACCTTTTGTTTTG
126 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTA
* * ** * *
364833 TCATAAAATAAATT-TTT-TATTCATACAAGCTTATTTTAATTAAATAATATAAATTTATTAATA
191 TCATAAAA-CAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA
** * * * *
364896 -TTCAAACAACAAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTA-TTTACCG-AA-TAAGTTTAAAC
255 TTTCAAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TTAGTTTATCGAAACT-AGTTCAAAT
* * * * * **
364957 AATTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTGAAATCATTATG-A
317 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAA
* * * * * * *
365000 ---TT-TTTTATCATAAAATAATTGTTTTT-GTTTATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATATT
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* ** * * * * *
365060 AATTTACTAATATTTTGATAATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAAA-AATATGT-TTATCAAACA
66 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAT-AGAGA--TTTAAAAATAA-ATTTATTACCAAACA
* * * * * *
365123 AGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTGGTTTCAT
127 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTAT
* * * * * * * *
365188 CATAAAATAATTGTATT-AGTTCATATAGGCCTA-T----TAAAATAATACTAATTGATTAACAT
192 CATAAAACAATTGT-TTCAATTCATACAAGCTTATTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
* * * * * *
365247 TCCAAAAATAAATGAGTAAGAGA-TTAAAAATATGAATCTA-TTTA-CTG-AACAAGTTCAAAAA
256 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAAAT-TAGTTTATC-GAAACTAGTTCAAATA
* *
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* * * ***
365350 CTTTTTGTTTTGTCAGAAAATAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-
1 C-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * * * * * * **
365413 TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATTTTTGTTCTGAACA
65 T-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAGAGATTT-AAAAATAAATTTAT-TACCAAACA
* * * ** * *
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127 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTA
* * * * *
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191 TCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA
* * * * * * * * * *
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* * ** * * *
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* * **
365710 CTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCT-ATTCATA-AATTTTATTCAAAATAAAATAATACT
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* ** ** *
365773 AATGTACAAATA-TTCTAAAAATTAATTGATAGAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACA
66 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAATAG-AGATTT-AAAAATAAATTT-ATTACCAAACA
* * * * * *
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* ** * ** * *
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** * * * *
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* * ** *
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* * * * * *
366067 C-TTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTT--TTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATAT
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTCATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * * * *** *
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65 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAT-AGAGATTT-AAAAATAAATTTAT-TACCAAACA
* * * * * * * * *
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* * ** * *
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* * * * *
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* * * ** **
366385 AGATT-TTACTATTTGAACAATTATCTGTAT-AAAGTCATTATGGC
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* * * * * *
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* *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
366607 TTTCTCTTAAAACAATTGTTTCCGA-TCATACAAG-TATATTTG-GATGAAAATAATACTAATTT
187 TTTATCATAAAACAATTGTTT-CAATTCATACAAGCT-TA-TTGAAAT-AAAATAATATTAATTT
* * * *
366669 -TATAATATTTTAAAAA-T-A-AA-TAAAAGATTTAAAAAAATAAATGTA-TTT-GCTGAATC-A
248 AT-TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAAT-TAGTTTATC-GAAACTA
* * * * * * **
366726 ATTTAAATAGTTAAGACTATTAGAAAAATTATCTATTTGAAATCATTCA--AA
309 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTT-ATGAA
* * **
366777 CTTTT-TATTTAGTCATATAATAATTG-TTTT-AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
1 CTTTTGT-TTT-GTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
* * *
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63 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAGAGATTT-AAAAATAAATTTA-TTACCAAAC
* * * * * * * **
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126 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTA
* * * * * * * *
366966 TCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATGATACTAATTTAGTAAAA
191 TCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATT-GAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA
* * * *
367031 TTTCAAAAATTAATGACTAAGAGATTTTAAAAATAAATTTGTTTAT
255 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTAT
367077 TGAATCAATT
Statistics
Matches: 5207, Mismatches: 1187, Indels: 668
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341 3 0.00
343 2 0.00
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Consensus pattern (360 bp):
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AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAGAGATTTAAAAATAAATTTATTACCAAACAAGTT
CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATA
AAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAA
AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTATCGAAACTAGTTCAAATAGTTATGAC
TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAA
Found at i:363981 original size:539 final size:530
Alignment explanation
Indices: 359988--367115 Score: 3114
Period size: 539 Copynumber: 13.3 Consensus size: 530
359978 AAGGCTAACA
* ** * *
359988 ACCTTTTGTTTTTGTCATAAACCAATTGTTT-ATGTTCATATAACCTTAT-TAAGAATAAAATAA
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* * **
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* * * * * * *
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* * * * ** *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *** * * *
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311 AATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTAGTCATAAA
* *** * * * *
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* ** * *
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* * * * *
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* * * * * *
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1 ACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCTTATAT-AAAATAAAATAAT
** * * * * * * * * * **
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* * * * * * * *
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124 ACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGAACTTTGT-TTT
* * * ** * *
360713 AGTCATAAAATAATTATTTC-AGTTCATACATGCTTATTTGAAATAAAATAATTCTAATTCATTA
188 A-TCATAAAACAATTGTTTCTA--TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* ** * * * **
360777 AGATT-TAGAAAATTAATAAACAGGAAATTTTATAAAATAAAT-T-TATTACCGAACAAGTTCAA
250 ATATTCTA-AAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATGTGT-TTACTAAACAAGTTCAA
* * * * * * * *
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312 ATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTG-TTTAGTCATAAA
* * ** * * * * * *
360902 ACAATTGTTTCAATTTGTAAAAGCTTATCTGAAATAAAATAATATTACTATATTAATATTTCA-A
376 ATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTAT-TAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAGA
* * ** * * ** * * * * *
360966 AACTTGATAAGTTAGAGATT-TAAAAAATAGGTTAGTTTATCGAATCGATTCAAATAATTATGGC
439 AAATTAATAAGCAAGAAATTAAAAAAAATA-AATA-CTAAAC-AA--G-TTCAAATAGTTATGAC
* * * **
361030 CATTTTAACAATTATCTATTTTAAAT-AGTTACA
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* * * * * * **
361063 AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA--TCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAAT
1 ACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTG--TTTCAGTTCATAAAAGCTTATATAAAATAAAATAAT
* * * *
361126 ACTGATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGTAGGAGATTTAAAAGATAAA-T-TTGT-TT--A
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* * * ** *
361186 C---T-AAACTAG-T-TCA-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA-AAACCTTT-TATT
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* * * * ** ** * * *
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* * * * * * *
361307 ATATTC-CAAAATTTATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTACTGAAGC-AGTTCAAAC
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* * ** *
361370 AGTTAATACTA-TATGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTGTTGT-GTCATAAAA
314 AGTTAAGACTATTA-GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTT-TAGTCATAAAA
* * * *
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* * * * * *** * * * *
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440 AATTAATAAGCAAG-AAATTAAAAA---AA-ATAAATACTAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * ** ** *
361561 ATGTCAACAATTATCTATTTCGAATTGTTATT
499 ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATG
** * * * ** ** * **
361593 ACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTATT-TGAACATTCAAGCTTATTTGGAATAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTGT-TTCAGTTCATAAAAGCTTATATAAAATAAAATAATA
* * * * *
361657 ATAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTA-TGTTTATCGAA
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* * * * * * * ** *
361721 CTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGT-AAGCTTCAAATTGTTAT-AACCTTTTATT
125 C-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA-TTTTAAATCATTATGAA-C-TTTGTT
* * * * * * *** * *
361784 TTGTCATAATACAATTATTTTTGTTCATA-TAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATCTAATA
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* * **
361848 ATATT-TCCAAAATTAATAAG--AGA-A-TTAAAAAATAAATTTGTTTACCT-AATTAGTTCAAA
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* * * *
361907 TA-TTGAAAGACTA-TATGAATAACTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
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* * * * * * * *
361970 AATATGTTTTTTTTTTTAATTCATACTAGCTTATTCAAAATAAAATAA-A-AAATTTATTTATAT
375 AATA-----ATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAACAT
** * * * ** * * *
362033 TTTGAAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAATTATGTTTACCT-AACTAGTTGAAATAATT
434 TCAGAAAATTAATAAGCAAGA-AATTAAAAAA-AA-TA--AATA-CTAAACAAGTTCAAATAGTT
* * * *
362097 ATGACTATTTAAACAATTATCTAATTCAAATCACTATG
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* * * * * * * *
362135 ACATTTTATTTTGTCATAAAATAGA-TGTTTTAGTTCACATATA-TTTAT-TCAAAATAAAAGTA
1 ACCTTTTGTTTTATCATAAAA-AAATTGTTTCAGTTCATA-AAAGCTTATAT-AAAATAAAA-TA
* * * * * **
362197 ATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATT--AATTAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTATCAAA
62 ATATTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAGAAGTAAAGATTTAAAAAATAAA-CTATTTATTGAA
* * ** * ** *
362260 CTAGTTCGAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTTAAATTGTTATG-ACTTTTTGTTC
125 C-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGAAC--TTTGTTT
* * * * **
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187 TATCATAAAACAATTGTTTCTA-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * ** * *** *
362389 TATTTTGACAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACTACACCGAATA
251 TATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACTAAACAAGTTCAAATA
* * * * * ** * * *
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315 GTTAAGACTAT-TAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTAGTCATAAAATA
* * * * * * *
362518 ATTATTTCAGTTCATATAAGCTTACTCAAAATAAAATAATAATAATTTAGTAATAATCCA-AAAA
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** * *** * *
362582 TTAATAATAAAGAGATTTAAAAAATGAATCCGTGTACTAAACAAGTTAAAATAATTATGACTATT
442 TTAATAAGCAAGA-AATTAAAAAA--AAT--AAATACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * *** *
362647 TGAACAATTACCTATTTGAAATCGCAATA
502 TGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATG
* ** * * * * *
362676 ACCTTTTATTTTATCATAAAAGTATTTTTTCTA-TACATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA
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** ** * * * *** *
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* * ** * * * **
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* * * * *** * * *
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* * * * * * *
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252 ATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACTA-AACAAGTTCAAATAG
* * * * * ** * * **
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* *** **
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** * ** * * * * *
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* * ** *
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503 GAACAATTATCTATTTAAAATCATTATG
** * * * * * **
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* * * * * * **
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** * * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * *
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* * *
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*
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* * *
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* * * **
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* *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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*
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* * * * * * *
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* *** ** * ** * *
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* * * * *
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* * ** ** * * * *
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* * ***
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* * * * * * * * * *
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* ** * *
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* * * * **
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* * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * ** * *
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** * *
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* * * ** *
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* ** * * **
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * ** *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * ** * * *
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** * ** *
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* * * * * *
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*
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* * * * *
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* * * * * * * ** *
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* * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * ***
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* * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* ** * ** *
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* * * ** *
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* ** * * * *
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* * * * * * *
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** * * *
375844 AATTA-TT----CAAAAT-A-A-AA--TA--ATACTT-CAAAAATTAATAAG--AGA-T-TTGAA
65 GTTTATTTAGAATAAAATAATATAATTTATTATA-TTCCAAAAATTAATAAGTAAAATTATTTAA
* * * * * * *
375892 AACTA-AATCTATTTATCAAAACAGTTCAAATAGTTATGAGTATTTAAACA
129 AA-AATAATTTGTTTA-CCAAACAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACA
* * * * * * * * ** * *
375942 ATAATCTATCTCAGATCATTATGATC-TTTGTTATGTCATAAAACAATTGTTTCCATTTATACAA
1 ATTATCTATTTCAAAT-GTTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAAGAATTGTTTCTGTTCATATAA
* ** * * * * * * **
376006 GCTTATTCGGAATAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGA-GGTTTA
65 GTTTATTTAGAATAAAATAAT-AT-AATTTATTATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAATTATTTA
* * * * * * ** **
376070 AAAAATAAATGTGTTGACCATACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAAAAGT
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* * * * * * * *
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1 ATTATCTATTTCAAAT-GTTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAAGAATTGTTTCTGTTCATATA-
* * * * * ** *
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64 AGTTTATTTAG-AATAAAATAATA-TAATTTATT-ATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AATTAT
* * ** * * * * * *
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* ** * * * * *
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1 ATTATCTATTTCAAAT-GTTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAAGAATTGTTTCTGTTCATATAA
* * * * ** * * * *
376366 ATATTATCT-GAAATAAAATAATATTACTATATTAATATTTTAAAAATTGATAAGT-TAGTGATT
65 GT-TTATTTAG-AATAAAATAATA-TAATTTATT-ATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAATTATT
** * * **
376429 TAAAAAATATATCAGTTTATCGAATCAGTTCAAATAATTAT-AGCCATTTGAACA
126 TAAAAAATA-ATTTGTTTA-CCAAACAGTTCAAATAATTATGA-TTATTTGAACA
* * * * * * ** *
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1 ATTATCTATTTCAAAT-GTTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAAGAATTG-TTTCTGTTCATATA
** * * * ** **
376547 AGCCTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGTATGA-GCTTT
64 AGTTTATTTAGAATAAAATAATA-TAATTTATT-ATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAATTATTT
* * * *
376611 AAAATATAAATCTGTTTACCAAAC----C----AA-T-T-CTTATTTAAACA
127 AAAAAAT-AATTTGTTTACCAAACAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACA
* * * ** * * * * ** * *
376652 ATTATCTATTTTAAATCATCAAAACCTTTTGTTCTATATTAAAATAATTGTTTCAATTCATTTCA
1 ATTATCTATTTCAAAT-GTTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAAGAATTGTTTCTGTTCATATAA
* * * * * *
376717 -TCATATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTTATAACTAAGA-GATT
65 GT-TTATTTAG-AATAAAATAATA-TAATTT-ATTATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAATTATT
* * * * ** * *
376779 TACAAAATAAATGTGTTTGCCAAAACAATTCAAATGGTTAAT-ACTATTAT-AATA
126 TAAAAAAT-AATTTGTTTACC-AAACAGTTCAAATAATT-ATGATTATT-TGAACA
* * ** * * * * * *
376833 ATTATCTATATCAAATCATCCT-AACTTTTTTTTTAATCATAAAACAATTGTTT-TGGTTCATAC
1 ATTATCTATTTCAAAT-GTTATGACCTTTTGTTTT-GTAATAAAAGAATTGTTTCT-GTTCATAT
* * * * * * * *
376896 ATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTATTTTATTA-ACATCCAAACTATTAATAAGCAAGAA--A
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* * * * *
376958 TTTAAAAAAAAATTTGTTTACCAAATAAGTTTAAATAATTATGACTATCTGAACA
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* * * * * *
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1 ATTATCTATTTCAAAT-GTTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAAGAATTGTTTCTGTTCATATAA
* ** * * * *** *
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* * * ** * * * * *
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127 AAAAAAT-AATTTGTTTA-CCAAACAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACA
* * * * * ** *
377194 ATTATCTATTTCAAATCGTTATAAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTCATCATACAA
1 ATTATCTATTTCAAAT-GTTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAAGAATTGTTTCTGTTCATATAA
** * * * ** *
377259 GCCTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTATGA-GATTTA
65 GTTTATTTAGAATAAAATAATA-TAATTTATT-ATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAATTATTTA
* * * *
377323 AAAAATAAATCTGTTTACCTAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACA
128 AAAAAT-AATTTGTTTACCAAAC-AGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACA
* * ** * * * * * * * *
377375 ATTATATATTTTAAATCGTTAT-AGCCTTTTAATTTATCATAAAACAATTATCTATGTTTATACA
1 ATTATCTATTTCAAAT-GTTATGA-CCTTTTGTTTTGTAATAAAAGAATTGTTTCTGTTCATATA
* * ** * * * *
377439 AGTTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATCTAACAATATTAC-AAAATTAATAACTAAGA-GATT
64 AGTTTATTTAG-AATAAAATAATA-TAAT-TTATTATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAATTATT
* * * * * * ** * *
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126 TA-A-AAAATAATTTGTTTAC-CAAACAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACA
* ** * * * ** *
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1 ATTATCTATTTCAAA-TGTTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAAGAATTGTTTCTGTTCATATAA
* * * *** *
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*
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377703 TTGTTCAACT
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* * * * * * ** * * *
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* * * * *
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* * ** ** * ** *
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* *
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* * *** * * ** *
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* * * * * ** ** * *
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* *** * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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*
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* * *
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* * * * *
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*** * * ** *
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* * * * * * * * *
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** * * * * * *
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* ** * * * *
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* * * ** * * * *
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* * * ** *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* *
377236 AATAATTGTTTTTCATCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTAT
127 AATAATTG-TTTTCATCATAAAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
*
377290 TAATATTTCAAAAATTAATAAG-TATGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTAA-CTAGTTCA
1 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTTA-GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATC-AGTTCA
* * * * * ** **
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* * * ** * * ** * * *
377418 ACAATTATCTATGTTTATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTAA
128 ATAATTGT-TTTCATCATAAAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * * * * * ** *
377471 CAATATTAC-AAAATTAATAACTAAGAGATTTAGATAACATATTTGTTTGCTGAACCAGTTCAAA
1 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATCAGTTCAAA
* * * *
377535 TAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAAT
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377571 TATTATGACC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATCAGTTCAAA
TAATTATGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTACAAACTTTTGTTTTATCATAAAATA
ATTGTTTTCATCATAAAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
Found at i:376849 original size:711 final size:711
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Period size: 711 Copynumber: 1.9 Consensus size: 711
376006 GCTTATTCGG
* * * * *
376016 AATAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGGTTTAAAAAATAAATG
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* * * * * *
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* * *
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* * * * **
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* *
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* **
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* * * *
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* * * *
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*
376531 TGATTTTCATCATAAAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
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* * *
376596 GTAAGTATGAGCTTTAAAATATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCTTATTTAAACAATTATCTAT
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376726 A
711 A
* * *
376727 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTTATAACTAAGAGATTTACAAAATAAATG
1 AATAAAATAATACTAAATTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATG
* * *
376792 TGTTTG-CCAAAAC-AATTCAAATGGTTAATACTATTATAA-TAATTATCTATATCAAATCATCC
66 TG-TTGACC-AAACTAATTCAAATAGTTAAGACTATTAAAAGT-ATTATCTATATCAAATCATCC
* * ** * *
376854 TAACTTTTTTTTTAATCATAAAACAATTGTTTTGGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAAT
128 TAACTTTTTGTTTAATAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACATACTAATTCAAAATAAAATAAT
* ** * * *
376919 ACTATTTTATTAACATCCAAACTATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAAAAATTTGTTTACCAAAT
193 ACTAATTTATTAACATCCAAAAAATTAATAAACAAGAAATTTAAAAAAAAATCTGTTTACCAAAC
* *** *
376984 AAGTTTAAATAATTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTA
258 AAGTTTAAACAATTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCTTTTATTTTA
* * *
377049 TCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATA
323 TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGATTATCCAAAATAAAATAATATTACTATATTAATA
* * *
377114 TTTCAAAAATTGAAAAGTTGTAGATTTAAAAGATAAATTAGTTTATCGAATTAATTCAAATAATT
388 TTTCAAAAATTGAAAAGTTGTAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAATCAATTCAAATAATT
* * * * * *
377179 ATGGTCATTCGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG
453 ATAGCCATTCGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTACAAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * *
377244 TTTTTCATCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
518 ATTTTCATCATAAAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
377309 AAGTATGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC
583 AAGTATGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC
377342 TAACTAGTTC
Statistics
Matches: 532, Mismatches: 75, Indels: 16
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (711 bp):
AATAAAATAATACTAAATTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATG
TGTTGACCAAACTAATTCAAATAGTTAAGACTATTAAAAGTATTATCTATATCAAATCATCCTAA
CTTTTTGTTTAATAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACATACTAATTCAAAATAAAATAATACT
AATTTATTAACATCCAAAAAATTAATAAACAAGAAATTTAAAAAAAAATCTGTTTACCAAACAAG
TTTAAACAATTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCTTTTATTTTATCA
TAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGATTATCCAAAATAAAATAATATTACTATATTAATATTT
CAAAAATTGAAAAGTTGTAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAATCAATTCAAATAATTATA
GCCATTCGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTACAAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATT
TTCATCATAAAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
TATGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCTTATTTAAACAATTATCTATTTTAA
ATCATCAAAACCTTTTGTTCTATATTAAAATAATTGTTTCAATTCATTTCATCATATTTGA
Found at i:377123 original size:361 final size:357
Alignment explanation
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Period size: 361 Copynumber: 7.1 Consensus size: 357
375048 AACCATTTCA
* * * * *
375058 AATAATTATTACTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTG-CAATAAAACAA-TATATTCAAT
1 AATAATTA-T-CTATTTCAAATCATTCT-AACTTTTTTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTTC-A-
* * ** * * * * * *
375121 TCATATAAGCTTATTTGAAGTAAATTAACACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATGAGTAAG
60 TCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAG
* * * * * *
375186 AGAA-TTAAAAAAATAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAACTAGTTATGACTATTTAAATAATTAT
125 A-AATTTAAAAAAA-AATCTGTTTACCAAACAAGTTTAAATAATT-TGACTA-TTGAACAATTAT
* * * * * ** *
375250 CTATTTCAAAAT-ATTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGGTTCTA-TTCATGTAAGTT
186 CTATTT-AAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCT
** * * * * **
375313 TATTTTG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAAATTTTTTAA
249 TA-TCCGAAATAAAATAATACT-AATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-GATTTAA
* * * * ** *
375376 AAAAT--AT-T-TTT--TG-AACATATTTAAATAATTACGATTATT-T
311 AAAATAAATGTGTTTGCCGAAACA-GTTCAAATAGTTAATACTATTAT
* * ** ** * * * * ** *
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1 -AATAATTATCTATTTCAAATCATTCT-AACTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTCATCA
* *** * * * * *
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* * * * *
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* * ** * * * * * * **
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* * * * * *
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* * * * * *
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*** * * * ** * * *
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* ***
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** * * * * * * *
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127 ATTT-AAAAAAAAATCTGTTTACCAAACA-AGTTTAAATAATT-TGACTA-TTGAACAATTATCT
* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * *
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62 ATACA-AGCCT-A-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGCA
* ** * * *
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* * **
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* * * * * * * * *
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* ** ** * * *
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* * *
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* * * * * *
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* *
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* * ** * * * * *** * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * **
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* * * * * *
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* *
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* * * *
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* * * * *
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** ** * * ** **
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* * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * *
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*
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* *
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* *
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* * * * *
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* * * * *
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* *
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* *
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*
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* * * * *
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* *
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* * *
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* * * *** * *
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* * ** * * * * **
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* * * * * * *
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* * ** *
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* * * * **
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* * * * *
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* * * * ** *
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* * **
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* ** *
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*
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*
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* *
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* * *
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* * *
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*
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*
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*
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* *
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* * *
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* * *
397833 AATAACATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
261 AATAATAATAATTTAATAATATTTC-AAAATTAA
397867 AGTAAATAAT
Statistics
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529 53 0.04
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532 310 0.25
533 2 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (532 bp):
TTATTTATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTGACATAAAACATTTGTTTCAGTTCATAAAAA
CTTATGCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCCAAAATTAATAAGTAAGAGTTTTAAA
AAATAAATTTGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTACGACTATTTGAACAATTATCTATTTATAA
TCGTTATTACCTTTTATTTTGTCATAAAATAGTTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAA
AATAATAATAATTTAATAATATTTCAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATATGTTTGTCGAATCA
GTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTGTCTATTTCAAATCATTATGATTCTTTATTTAGTC
ATAAAATATTTCTTTCATATCTTACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATCAAAATTTATTAACATT
CAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTGAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTT
ATTTAAAATTAT
Found at i:400137 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 399635--400396 Score: 695
Period size: 181 Copynumber: 4.2 Consensus size: 179
399625 TTCAAAAGCT
* * * *
399635 AATAATACTAATTTATTAATTTTTCAAAAATTTATAAGTAAGAAATTTAAAGAA-TAAATT-CGT
1 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA-AAGT-AATTATGT
* * * * *
399698 TTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAGCAATTGTATATTTCAAATCATTATAACAT
64 TTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAC-T
* * * * * *
399763 TTTGTTTTATCATAAAATAAATTATTTATGTTCGTACAAGCTTATTCAAAATAA
128 TTTGTTTTGTCATAAAAT-AATTTTTTA-GTTCATACTAGTTTATTTAAAATAA
** * ** * * *
399817 AATAATACTAATCCAATAATATTTTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAAATAA-AATTGT
1 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAGTAATTA-TGT
* * * *
399881 TTACCGAACCAATTCAAATAGTTA-AGACTATATT-AACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGAC
64 TTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATA-ACTAT-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AA
* * * **
399944 CTTTTATTTTGTCATAAAATAATTTTTTCAATTCAAACTAGTTTATTTGGAATAA
126 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTT-AGTTCATACTAGTTTATTTAAAATAA
* *
399999 AATAA-AATAAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAGTAATTATGTT
1 AATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAGTAATTATGTT
* * *
400063 TACCAAACCAGTTCAAATAATTATAA-TAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACTT
65 TACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACTT
*
400127 ATTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTT-ATTA-TAAGTTT-TTTCAAAATAA
129 -TTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTAGTTCA-TACT-AGTTTATTT-AAAATAA
* * * *
400180 AATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAGTAGGAGATTTAAAAAGTAAATATAG-T
1 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAGTAATTAT-GTT
* * * * * * *
400244 TAGCAAATCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCTTTATAACCTT
65 TACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAA-CTT
* * * * * * * **
400309 TT-ATTTGTAATCAAACAATTGGTTCT-GTTCATACTATTTTAATCGAAATAA
129 TTGTTTTGTCATAAAATAATT--TTTTAGTTCATACTAGTTTATTTAAAATAA
* *
400360 AATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAA
1 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
400397 CCAAAAAAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAGTAATTATGTTT
ACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACTTTT
GTTTTGTCATAAAATAATTTTTTAGTTCATACTAGTTTATTTAAAATAA
Found at i:400746 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 400420--401486 Score: 761
Period size: 182 Copynumber: 5.9 Consensus size: 181
400410 AAGGTAAATA
* * * *
400420 TATTTCAAATCATTATGACATTTTCTTTTATCATAAAATAATTGTTT-TTGTCATATAAGCTTAT
1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTATCATAAAATAATTGTTTATTATCATACAAGCTTAT
* * * * * * * *
400484 TTGGATTAAAATAATACAAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
65 TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAAGTAATAAGAAAGATATTTAAAAAATA
* * ** *
400549 AATTTTTTTACCGAATCAGTTCAAATGTTTAAGACTATTAAAATAATTTATC
130 AATCTTTTTACCGAATCAATTCAAATAATTATGACTATTAAAATAATTTATC
* * *
400601 TATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAAT-TCATACAAGTTTA
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* * * *
400665 TTTAGAATAAATTAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAGGTAATAGGAAAGATTTTTAAAAAAT
64 TTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAAGTAATAAGAAAGATATTTAAAAAAT
* * * * * *
400730 AAATCTATTTACCGAATAAATTCAAATAATTATTATTATTTGAAA-AATTTGTC
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* **
400783 TATTTAAAATCATTAT-ACCATTTTGATTTATCATAAAATAATTGTTTCAGTTA--ATACAAATT
1 TATTTCAAATCATTATGACC-TTTTG-TTTATCATAAAATAATTGTTT-A-TTATCATACAAGCT
*** * ** * * *
400845 TAAACAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTCTAAATTAATAAGTAAA-AAATTTTTAA
62 TATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAAGTAATAAG-AAAGATA-TTTAAA
** * * * * *
400909 AAATAAATCTTTTTACTAAATCAATTAAAATAATTATGGCCATTTAAATGA-TTATC
125 AAATAAATCTTTTTACCGAATCAATTCAAATAATTATGACTATTAAAATAATTTATC
* * * * *
400965 TATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTTATCAAACAAGCTTAT
1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTATCATAAAATAATTGTTTATTATCATACAAGCTTAT
* * * *
401030 TT-GAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TCAAAAAGTAATAAGCAACAAATTTAAAAAA
65 TTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAAGTAATAAGAAAGATATTTAAAAAA
* ** * * * * * ** *
401093 TAAATCTGTTTATTGCATCAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAGTAA-TTATC
128 TAAATCTTTTTACCGAATCAATTCAAATAATTATGACTATTAAAATAATTTATC
* * * ** * * **
401146 AATCTCAAATCAATAAAATC-TTTGTTGTA--ATAAAATAATTGTTTGTTATCATTGAAGCTTAT
1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT-TATCATAAAATAATTGTTTATTATCATACAAGCTTAT
* * * * * * *
401208 TT-GATTAAAAATAATATTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAT
65 TTAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAAGTAATAAGAAAGATATTTAAAAAAT
* * *** * ** * ** * *
401271 AAATGTGTTCGTC-AAACTAGCTCAAATAGTTAAAATTATTAGAATAA-TTATC
129 AAATCTTTTTACCGAATC-AATTCAAATAATTATGACTATTAAAATAATTTATC
** * * * * *
401323 TATTTCAAATTGTTCTGTCCTTTTGTTTAGCTATAAAATATTTGTTT-TATATCTTACAAGCTTA
1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTATC-ATAAAATAATTGTTTAT-TATCATACAAGCTTA
* * * * * * * *
401387 TTCAGAATAAAATAATCCAAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAACAAAAGAT-TTAAAAAA
64 TTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAAGTAAT-AA-GAAAGATATTTAAAAA
* * * *
401451 ATAAATCTGTTTACCAAATAAATTTAAATAATTATG
127 ATAAATCTTTTTACCGAATCAATTCAAATAATTATG
401487 GTTTTTAGGT
Statistics
Matches: 696, Mismatches: 159, Indels: 61
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
176 2 0.00
177 57 0.08
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179 4 0.01
180 70 0.10
181 114 0.16
182 311 0.45
183 58 0.08
ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTATCATAAAATAATTGTTTATTATCATACAAGCTTATT
TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAAGTAATAAGAAAGATATTTAAAAAATAA
ATCTTTTTACCGAATCAATTCAAATAATTATGACTATTAAAATAATTTATC
Found at i:401384 original size:358 final size:354
Alignment explanation
Indices: 400446--401485 Score: 976
Period size: 364 Copynumber: 2.9 Consensus size: 354
400436 GACATTTTCT
* *
400446 TTTATCATAAAATAATTGTTT-TTGTCATATAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACAAATTTAAT
1 TTTA-CATAAAATAATTGTTTGTTATCAT-TAAGCTTATTT-GATTAAAATAATACTAATTTAAT
* * *
400510 AATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTTTTTACCGAATCAGTTCAAAT
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*
400575 -GTTTAAGACTATTAAAATAATTTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAA
125 AG-TTAAGACTATT-AAATAA-TTATCTATTTCAAATTATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAA
* * * *
400639 TAATTGTTTCA-ATTCATACAAGTTTATTTAGAATAAATTAATACTAATTTATTAATATTCTAAA
187 TAATTGTTTTATA-TCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAA
* * * * * *
400703 AGGTAAT-AGGAAAGATTTTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATAAATTCAAATAATTATTATT
251 AAGTAATAAGCAAA-A-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAAATTCAAATAATTATAACT
* * * **
400767 ATTTGAAAAATTTGTCTATTTAAAATCATTATACCATTTTGA
314 ATTTGAAAAATTTATCAATCTAAAATCA-TATAAAATTTTGA
* *** *
400809 TTTATCATAAAATAATTGTTTCAGTTAATACA--AA-TTTAAACAGAATAAAATAATACTAATTT
1 TTTA-CATAAAATAATTGTTT--GTT-AT-CATTAAGCTT-ATTTGATTAAAATAATACTAATTT
* ** * * * * *
400871 ATTAATATTTTCTAAATTAATAAGTAAAAAATTTTTAAAAATAAATCTTTTTACTAAATCAATTA
60 AATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA--TTTAAAAATAAATCTTTAT-C-AAATCAGTTC
* * * * * * *
400936 AAATAATTATGGCCATTTAAATGATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
121 AAATAGTTAAGACTA-TTAAATAATTATCTATTTCAAATTATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAA
* * * *
401001 AATAATTATTTTTTATCAAACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-
185 AATAATTGTTTTATATCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCA
** * * * * *
401064 AAAAAGTAATAAGCAACAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGCATCAGTTTAAATAGTTATAA
248 AAAAAGTAATAAGCAA-AAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAAATTCAAATAATTATAA
** *
401129 CTATTTGAGTAA-TTATCAATCTCAAATCA-ATAAAATCTTTG-
312 CTATTTGAAAAATTTATCAATCTAAAATCATATAAAAT-TTTGA
*
401170 TTGTA-ATAAAATAATTGTTTGTTATCATTGAAGCTTATTTGATTAAAAATAATATTAATTTAAT
1 TT-TACATAAAATAATTGTTTGTTATCATT-AAGCTTATTTGATT-AAAATAATACTAATTTAAT
* * *
401234 AATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATGTGTTCGTCAAA-CTAGCTCAAAT
63 AATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCT-TT-ATCAAATC-AGTTCAAAT
* * * *
401298 AGTTAAAATTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTCTGTCCTTTTGTTTAG-CTATAAAAT
125 AGTTAAGACTATTA-AATAATTATCTATTTCAAATTATTCTGACCTTTTGTTTAGTC-ATAAAAT
* * * * * *
401362 ATTTGTTTTATATCTTACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATCCAAATTTATTAACATTCAAAAAA
188 AATTGTTTTATATCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAA
* * * *
401427 TTAATAAACAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAATTTAAATAATTAT
253 GTAATAAGCAAAA-ATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAAATTCAAATAATTAT
401486 GGTTTTTAGG
Statistics
Matches: 544, Mismatches: 100, Indels: 70
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
356 2 0.00
357 12 0.02
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359 43 0.08
360 59 0.11
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368 2 0.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (354 bp):
TTTACATAAAATAATTGTTTGTTATCATTAAGCTTATTTGATTAAAATAATACTAATTTAATAAT
ATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCTTTATCAAATCAGTTCAAATAGTTAA
GACTATTAAATAATTATCTATTTCAAATTATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTT
TATATCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAAGTAATAAG
CAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAAATTCAAATAATTATAACTATTTGAAAAATT
TATCAATCTAAAATCATATAAAATTTTGA
Found at i:401898 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 401877--401915 Score: 60
Period size: 18 Copynumber: 2.2 Consensus size: 18
401867 TTTTTTTTGT
*
401877 TTTTAGTAGTTTTTGGCA
1 TTTTAGTAGTTTTTGACA
*
401895 TTTTATTAGTTTTTGACA
1 TTTTAGTAGTTTTTGACA
401913 TTT
1 TTT
401916 CGATTGATTT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 19 1.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.05, G:0.15, T:0.62
Consensus pattern (18 bp):
TTTTAGTAGTTTTTGACA
Done.