Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167904.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_17, whole genome shotgun sequence
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Warning! 100000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 54 of 121
Found at i:9262173 original size:16 final size:16
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9262144 ATCGATAATA
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1 ATTAAA-TAATATTATT
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ATTAAATAATATTATT
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9262167 ATTATTAAAT
*
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*
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1 AATATTA-TTATTTTAACAATTA
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1 AA
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AATATTATTATTTTAACAATTA
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9262215 TAATTAAACT
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* * * *
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*
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TTAATTAAATATAAATTAAATAAG
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9262351 GGTCCCATTT
9262361 TTA TT- TTA TT- TTA TTTA TTA TTA TTTA TT- TTA TTA TTA TTA TTA
1 TTA TTA TTA TTA TTA -TTA TTA TTA -TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA
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1 TT
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TTA
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9262350 TGGTCCCATT
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1 TTTATTATTATTTTA
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1 TTTATTATTATTTTA
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1 TTT
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TTTATTATTATTTTA
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9262350 TGGTCCCATT
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TTTATTTTATTATTATTATTATTA
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9262355 CCATTTTTAT
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1 TTTATTTTATTTATTATTA
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1 TTTATTTT
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TTTATTTTATTTATTATTA
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9262873 CATCCGGGCA
*
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1 AAGAAAGAAGGGAG
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1 AAGAAAGA-AGGG
9262923 GAAAGAAGAA
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AAGAAAGAAGGGAG
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*
9263298 ATTT-CTTTAAAATGAAAATTTGAAAAAAATATTTTTTGAAGGAAAGTTGAATGTATCA
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* * *
9263356 ATTTCCTTTGAACATAAAAATT-AAAAAATATATTTTTGAGGGAAAGTTGAAAGTATCA
1 ATTTCCTTT-AAAATAAAATTTAAAAAAATAT-TTTTTGAAGGAAAGTTGAAAGTATCA
**
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* * *** *
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* * * *
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* * * * *
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1 A-TTTCCTT
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ATTTCCTTTAAAATAAAATTTAAAAAAATATTTTTTGAAGGAAAGTTGAAAGTATCA
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* * *
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*
9263366 AACATAAAAA-TT-AAAAAATATATTTTTGAGGGAAAGTTGAAAGTATCAATTTCCCTTGG
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9263485 TTGAGAAGGG
* * * *
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* * *
9263557 -TTTTTGAGGAAAAGTTGGAAGTATCAATTTTACTTAAAAATAAAA-CTTGAAAAAAT-AT
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* *
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*
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9266834 TTCATTCATTACATT
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9266849 T
1 T
9266850 AACAAAGTAA
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AAAAAAGAAAAAAAAATGGAC
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* *
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*
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1 ATGAGAATCTTTGAGTTCCAAA
*
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1 ATGAGAATCTTTGAG
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* *
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* * *
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* * * ** * ** *
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*
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Found at i:9271533 original size:44 final size:43
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9271468 GTGCCTTTCT
* * *
9271478 TTAGAGAAGCTTTGTTTATTTTTTTGAAGTTGTTGGGCCTCTGA
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* ** * *
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1 TTAGAGGAGCTTTGTTTATTTTTTTAAAGTTGTTGAGCCTCTA
* *
9271565 TTTAGAGGAGCTTTGCTTATTTTTTTGAAGTTGTTGAGCCTCTA
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** *
9271609 TTTAGAGGAGC--AATTTATTTTTTTTAAGTTGTTGAGCCTCTAA
1 -TTAGAGGAGCTTTGTTTATTTTTTTAAAGTTGTTGAGCCTCT-A
* * ** *
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** * * ** **
9271696 TTAGATTAGCTTTGTTTATGTTTCTTAAAATCATTGAGGTTCTA
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9271740 CTTAGAGGAGCTTTG
1 -TTAGAGGAGCTTTG
9271755 ATCAAAATTT
Statistics
Matches: 189, Mismatches: 38, Indels: 11
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Matches are distributed among these distances:
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Found at i:9271585 original size:88 final size:88
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Indices: 9271449--9271719 Score: 302
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9271439 CAAGGAGCGT
* * *
9271449 TTTA-TTTTCCAAAGTTGTGGTGCCTTTCTTTAGAGAAGCTTTGTTTATTTTTTTGAAGTTGTTG
1 TTTATTTTTCCAAAGTTGTGGTGCCTCTATTTAGAGGAGCTTTGTTTATTTTTTTGAAGTTGTTG
* *
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*
9271536 TTTATTTTTCCAAAGTTGTGGTGCCTCTATTTAGAGGAGCTTTGCTTATTTTTTTGAAGTTGTTG
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*
9271601 AGCCTCT-ATTTAGAGGAGCAATTTA
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* * * * * *** *
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1 TTTATTTTTCCAAAGTTGTGGTGCCTCTATTTAGAGGAGCTTTGTTTATTTTTTTGAAGTTGTTG
**
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66 AGCCTCTGATTAGAGGAGCTTTG
*
9271710 TTTATGTTTC
1 TTTATTTTTC
9271720 TTAAAATCAT
Statistics
Matches: 156, Mismatches: 21, Indels: 15
0.81 0.11 0.08
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85 4 0.03
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87 6 0.04
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89 5 0.03
90 6 0.04
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AGCCTCTGATTAGAGGAGCTTTG
Found at i:9271700 original size:86 final size:86
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9271494 TATTTTTTTG
* * * * *
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* * ***
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*
9271592 AAGTTGTTGAGCCTCT-ATTTAGAGGAGCAATTTATTT-TTTTT-AAGTTGTTGAGCCTCTAATT
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*
9271654 AGAGGAGCTTTATTTATTCTTCCA
63 AGAGGAGCTTTACTTATTCTTCCA
* ** * *
9271678 AAGTCGTTGAGCCTCTGATTAGATTAGCTTTGTTTATGTTTC
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9271720 TTAAAATCAT
Statistics
Matches: 105, Mismatches: 17, Indels: 14
0.77 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
84 6 0.06
85 4 0.04
86 58 0.55
87 2 0.02
88 24 0.23
89 5 0.05
90 6 0.06
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Consensus pattern (86 bp):
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GGAGCTTTACTTATTCTTCCA
Found at i:9272804 original size:60 final size:57
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9272724 GATCTCTTTA
* * * *
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1 AAATAAAAATTT-AAAAAAATA-TTTTTGAAGGAAAGTTGAAAGTATCAATTTCCTTGG
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* * * *
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196 ATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTATAATCCAAATAGGCATGT
* * * * *
9279181 ATGATAAAAAAACAATTGGTTTATAATGAAAC-AAAAGTTCATAATGATTTGAAATATATAATTA
261 ATGATAAAAAAACAATTAGTTTATAATGAAACAAAAAG-TCAAAACGAGTTGAAATAGATAATTA
9279245 TGTAAATGGCTGTAATTATTTGAACTGATTTGATAAGCTA
325 TGTAAATGGCTGTAATTATTTGAACTGATTTGATAAGCTA
*
9279285 ATTT-ATTTTTTAAATCGCTAACTTATCAATTTTTAAAATATTAATA-AGTAATATTATTTTATT
1 ATTTAATTTTTTAAATCGCTAACTTATCAATTTTTAAAATATTAATACAATAATATTATTTTATT
* * * * * * *
9279348 TCGAATAAGCTTTTATGCACT-GAAAT-ATTGTTTTATGATAAAATAAAAGG-TCATAATGATTT
66 TCGAATAAACTTGTATG-AATAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGCT-ATAATAATTT
* * *
9279410 TAAATTTATAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTTAACTT-GTTCAATAAAC-TGATTTATGTT
129 GAAATGTATAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAA-TTGGTTCAATAAACAT-ATTTAT-TT
* * * * * * * * *
9279473 TTTTAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTATTATATTTCAAATTGG
191 TTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTATAATCCAAATAGG
*** * *
9279538 CATGTAT-A-AGCTGAAACAATTATTTTATGACT-AAACAAAAAGTCAAAACGAGTTGAAATAGA
256 CATGTATGATA-AAAAAACAATTAGTTTAT-AATGAAACAAAAAGTCAAAACGAGTTGAAATAGA
* * * * * * *
9279600 TAATTGT-TCTAATAGTCT-TAACTATTTGAACCG-TTTGACAAAC-A
319 TAATTATGT-AAAT-GGCTGTAATTATTTGAACTGATTTGATAAGCTA
* * *
9279644 CATTT-A-TTTTTAAAT--C---CTTATTAATTTTTAAAATAGTAATA-AATTAGTATTATTTTA
1 -ATTTAATTTTTTAAATCGCTAACTTATCAATTTTTAAAATATTAATACAA-TAATATTATTTTA
* **
9279701 TTTTGAATAATTTTGTATGAATA
64 TTTCGAATAAACTTGTATGAATA
9279724 CCAATTATTC
Statistics
Matches: 364, Mismatches: 62, Indels: 35
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
354 26 0.07
355 27 0.07
357 1 0.00
359 10 0.03
360 17 0.05
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363 38 0.10
364 4 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (364 bp):
ATTTAATTTTTTAAATCGCTAACTTATCAATTTTTAAAATATTAATACAATAATATTATTTTATT
TCGAATAAACTTGTATGAATAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGCTATAATAATTTGA
AATGTATAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAATTGGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAA
ATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTATAATCCAAATAGGCATGT
ATGATAAAAAAACAATTAGTTTATAATGAAACAAAAAGTCAAAACGAGTTGAAATAGATAATTAT
GTAAATGGCTGTAATTATTTGAACTGATTTGATAAGCTA
Found at i:9280240 original size:358 final size:359
Alignment explanation
Indices: 9279830--9280674 Score: 942
Period size: 358 Copynumber: 2.4 Consensus size: 359
9279820 CTTGTTTGCT
* * *** *
9279830 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACATATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATT
1 AAATAAATTTATTGTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATT
**
9279895 TTATTTCAAATAAAATTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACCAAAG-AAAAGATCATAATG
66 TTA-TTCAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACCAAAGAAAAAG-TCATAATG
* * *
9279959 AT-TTGAAATAAAT-ATT-TGTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTT-GGTAAACAGA-T-
129 -TGTTGAAATAAATGATTGT-TTAAATAGTCATAACTATTTAAACT-ACTTCAGTAAACAAATTA
* * *
9280018 TTTTTTTAA-TCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAA
191 TTTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAA
*
9280082 TAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGATTTATCACAAAACAAATA-GTCATAACAATTTGAAATA
256 TAA-CTTATATGAACAGAAACAATTGATTTATCACAAAACAAA-AGGTCATAACAATTTGAAATA
* * * *
9280146 GATAATTGTTTAAATAGTTATAACTAGTTAAACGTGTTCAAAA
319 GATAACTATTCAAATAGTCA-AACTAGTTAAACGTG-TCAAAA
* * *
9280189 AAATAAATTTATTGTTTAAAT-TATTATTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTTATATTATT
1 AAATAAATTTATTGTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATT
* ** * * * *
9280253 TTATTCGAAATAAGCTTTCATGAATAGATCCAATTGCTTTCTGACAAAACAAAAAGTCATAATGT
66 TTATTC-AAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACCAAAGAAAAAGTCATAATGT
* * **
9280318 GTTGAAATAGATGATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTAAACTTTTTCAGTAAACAAATTCATTT
130 GTTGAAATAAATGATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTACTTCAGTAAACAAATT-ATTT
* * * *
9280383 TTTTAATTCTCTTACTCATTCATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTTAATAA
194 TTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAA
* * * * * **
9280448 TTTATATTAACTGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
259 CTTATATGAACAGAAACAATTGATTTATCACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA
* * * * * **
9280513 CTATTCAAATAGTCAGACTATTTGAACTTGTCTAGT
324 CTATTCAAATAGTCAAACTAGTTAAACGTGTCAAAA
* * * * *
9280549 AAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTATCGAAATATTAATAAATTAATATTAT
1 AAATAAATTTATTGTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTAT
* * *
9280613 TTTAATCCGAATAAGCTTGT-TGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAGCAAAAAGTCATAA
65 TTT-ATTCAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACCAAAG-AAAAAGTCATAA
9280675 CAATTATCTA
Statistics
Matches: 403, Mismatches: 68, Indels: 29
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
357 4 0.01
358 93 0.23
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360 60 0.15
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362 78 0.19
363 51 0.13
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (359 bp):
AAATAAATTTATTGTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATT
TTATTCAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACCAAAGAAAAAGTCATAATGTG
TTGAAATAAATGATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTACTTCAGTAAACAAATTATTTTT
TTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAACT
TATATGAACAGAAACAATTGATTTATCACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAACT
ATTCAAATAGTCAAACTAGTTAAACGTGTCAAAA
Found at i:9280253 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 9278921--9280679 Score: 1181
Period size: 181 Copynumber: 9.7 Consensus size: 180
9278911 ATTCTAATTT
* * * *
9278921 ATTTAATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTT-AGAATATTATTACAA-TAGTATTATTTTA
1 ATTT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATA-AATTAATATTATTTTA
* * * * * * * *
9278984 TTTTTAATAAACTTGTATGAATAAAAATAATTGTTTTATGACATAACAAAAGGCTATAATAATTT
63 TTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTC-ATAACAATTT
* * *
9279049 GAAAT-GTATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCAGTAAACAT
127 GAAATAG-ATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTT-GTTCAGTAAACAA
** * * * *
9279103 ATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTTTTATTTTAATC
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC
** * * * * * ** **
9279168 CAAATAGGCTTGTATGATAAAAAAACAATTGGTTTATAATGAAACAAAAGTTCATAATGATTTGA
66 TGAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACAATTTGA
* * * * * * * * * *
9279233 AATATATAATTATGTAAAT-GGCTGTAATTATTTGAAC-TGATT-TGATAAGCTA
129 AATAGATAATTGTTTAAATAGTC-ATAACTATTTAAACTTG-TTCAG-TAAACAA
** * * * *
9279285 ATTTATTTTTTAAATCGCTAACTTATCAATTTTTAAAATATTAAT-AAGTAATATTATTTTATT-
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC
* * * * * ** *
9279348 TCGAATAAGCTTTTATGCACT-GAAA-TATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAATGATTTT
66 T-GAATAAGCTTGTATG-AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTG
** * * * * **
9279411 AAATTTATAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTTAACTTGTTCAATAAACTG
128 AAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAA
* * * * * *
9279464 ATTTATGTTTTTTAAT-TTCTTGCTTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTATTATAT
1 ATTTAT-TTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
* ** * * * * * *
9279528 T-TCAAATTGGCATGTAT-AAGCT-GAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAAGTCAAAACGAG
64 TCT-GAATAAGCTTGTATGAA--TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACAAT
* * * * * *
9279590 TTGAAATAGATAATTGTTCT-AATAGTCTTAACTATTTGAAC-CGTT-TGACAAACAC
125 TTGAAATAGATAATTGTT-TAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAG-TAAACAA
* * * *
9279645 ATTTA-TTTTTAAATC-----CTTATTAATTTTTAAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC
** * **
9279704 TGAATAATTTTGTATGAATACCAATTATTCTAAATTATTGGTATTATTTTACAACAAAACAAAAT
66 TGAATAAGCTTGTATGAATA-GAA--A--C---A--ATT-G-----TTTTATGACAAAACAAAA-
* * * * * * *
9279769 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATAGTTTAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTT-TGCTAAA
114 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAG-TAAA
* *
9279833 TAG
178 CAA
*** *
9279836 ATTTATTTTTTAAATCTCCAACATATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
* ** * * * **
9279900 -TCAAATAAAATTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACCAAAGAAAAGATCATAATGATTTG
65 CT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACAATTTG
* * * ** * *
9279964 AAATAAATATTTG-TTAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTT-GGTAAACAG
128 AAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACT-TGTTCAGTAAACAA
*
9280016 A-TT-TTTTTT-AATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAATATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC
* * *
9280078 TGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGATTTATCACAAAACAAATAGTCATAACAATTTGAA
66 TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGTCATAACAATTTGAA
* * * ** *
9280143 ATAGATAATTGTTTAAATAGTTATAACTAGTTAAACGTGTTCAAAAAAATAA
130 ATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTC-AGTAAACAA
* * * *
9280195 ATTTATTGTTTAAAT-TATTATTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTTATATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
** * * **
9280258 C-GAAATAAGCTT-TCATGAATAGATCCAATTGCTTTCTGACAAAACAAAAAGTCATAA-TGTGT
65 CTG-AATAAGCTTGT-ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACAAT-T
* * *
9280320 TGAAATAGATGATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTAAACTTTTTCAGTAAACAA
126 TGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAA
* * * * * *
9280375 ATTCATTTTTTTAATTCTCTTACTCATTCATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
* * * * * * **
9280440 TTTAATAA-TTTATATTAACT-GAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
65 CTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTG
* * * * * * *
9280503 AAATAGATAACTATTCAAATAGTCA-GACTATTTGAACTTG-TCTAGTAAATAT
128 AAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTC-AGTAAACAA
* * *
9280555 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATC
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC
* *
9280620 CGAATAAGCTTGT-TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAAGTCATAACAATT
66 TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACAATT
9280680 ATCTATTTCA
Statistics
Matches: 1239, Mismatches: 255, Indels: 169
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
173 1 0.00
174 47 0.04
175 5 0.00
177 107 0.09
178 32 0.03
179 179 0.14
180 119 0.10
181 370 0.30
182 224 0.18
183 5 0.00
184 3 0.00
186 1 0.00
187 3 0.00
189 6 0.00
190 54 0.04
191 14 0.01
192 11 0.01
194 1 0.00
196 4 0.00
197 53 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC
TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACAATTTGAAA
TAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAA
Found at i:9280561 original size:910 final size:915
Alignment explanation
Indices: 9278921--9280616 Score: 1948
Period size: 910 Copynumber: 1.9 Consensus size: 915
9278911 ATTCTAATTT
** ** * *
9278921 ATTTAATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTACAATAGTATTATTTTATT
1 ATTTAATTTTTTAAATCTCCAACATATTAATTTTTAGAATATTAATACAATAATATTATTTTATT
** * *
9278986 TTTAATAAACTTGTATGAATAAAAATAATTGTTTTATGACATAACAAAAGGCTATAATAATTTGA
66 TCAAATAAAATTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACATAACAAAAGGCTATAATAATTTGA
** *** *
9279051 AATGTATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAA
131 AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATCACTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAA
* * * *
9279116 ATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTTTTATTTTAATCCAAATAGGCTTGT
196 ATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGT
* ** ** *
9279181 ATGATAAAAAAACAATTGGTTTATAATGAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATATATAATTAT
261 ATGATAAAAAAACAATTGATTTATAACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTAT
* * * * * ** * ** * *
9279246 GTAAATGGCTGTAATTATTTGAACTGATTTGATAAGCTAATTTATTTTTTAAATCGCTAACTTAT
326 GTAAATAGCTATAACTAGTTAAACTGATTCAAAAAAATAATTTATTGTTTAAATCGATAACTTAT
* *
9279311 CAATTTTTAAAATATTAATAAGTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGCACTGAAATAT
391 CAATTTTTAAAATATTAATAAGTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTCATGCAATGAAATAT
* * * * * **
9279376 TGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAAATTTATAATTGTTCAAATAGTCATAACA
456 TGCTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACA
* ** * * * * *
9279441 ATTTTAACTTGTTCAATAAACTGATTTATGTTTTTTAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTAAATGT
521 ATTTAAACTTGTTCAATAAACAAATTCATGTTTTTTAATTTCTTACTCATTAATTTTTGAAATAT
* * *
9279506 TAATAAATTAGTATTATTATATTTCAAATTGGCATGTATAAGCTGAAACAATTATTTTATGACTA
586 TAATAAATTAGTATTATTATATTTAAAATT-GCATATATAAGCTGAAACAATTATTTTATGACAA
* * * *
9279571 AACAAAAAGTCAAAACGAGTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACCGTTT
650 AACAAAAAGTCAAAACGAGTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTC-TAACTATTTGAACCGTTA
* * *
9279636 GACAAACACATTTA-TTTTTAAATC-CTTATTAATTTTTAAAATAGTAATAAATTAGTATTATTT
714 GACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTATCAAAATAGTAATAAATTAATATTATTT
9279699 TATTTTGAATAATTTTGTATGAATACCAATTATTCTAAATTATTGGTATTATTTTACAACAAAAC
779 TATTTTGAATAATTTTGTATGAATACCAATTATTCTAAATTATTGGTATTATTTTACAACAAAAC
9279764 AAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATAGTTTAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTGC
844 AAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATAGTTTAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTGC
9279829 TAAATAG
909 TAAATAG
9279836 ATTT-ATTTTTTAAATCTCCAACATATTAATTTTTAGAATATTAATA-AATTAATATTATTTTAT
1 ATTTAATTTTTTAAATCTCCAACATATTAATTTTTAGAATATTAATACAA-TAATATTATTTTAT
* * * * *
9279899 TTCAAATAAAATTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACCA-AAGAAAA-GATCATAATGATT
65 TTCAAATAAAATTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGA-CATAACAAAAGGCT-ATAATAATT
* *
9279962 TGAAATAAATATTTGTT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTT-GGTAAACAGA-TT-TTTT
128 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TCACTTCAGTAAACAGATTTATTTT
** * * **
9280023 TT-AATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGC
192 TTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGC
* * *
9280087 TTGTATGA-ACAGAAACAATTGATTTATCACAAAACAAATAG-TCATAACAATTTGAAATAGATA
257 TTGTATGATAAAAAAACAATTGATTTATAACAAAACAAA-AGTTCATAACAATTTGAAATAGATA
* * * *
9280150 ATTGTTTAAATAGTTATAACTAGTTAAACGTG-TTCAAAAAAATAAATTTATTGTTTAAAT-TAT
321 ATTATGTAAATAGCTATAACTAGTTAAAC-TGATTCAAAAAAAT-AATTTATTGTTTAAATCGAT
* * * ** * *
9280213 TATTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTTATATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTTCATG-A
384 AACTTATCAATTTTTAAAATATTAAT-AAGTAATATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTTCATGCA
* * * *
9280276 AT-AGATCCAATTGCTTTCTGACAAAACAAAAAGTCATAATG-TGTTGAAATAGATGATTGTTTA
447 ATGAAAT---ATTGCTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGAT-TTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * *
9280339 GATAGTCATAACTATTTAAACTTTTTCAGTAAACAAATTCAT-TTTTTTAATTCTCTTACTCATT
508 AATAGTCATAACAATTTAAACTTGTTCAATAAACAAATTCATGTTTTTTAATT-TCTTACTCATT
* * *
9280403 CATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTTAATAATT-TATAT-TAA-CTGAAAC
572 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA--TTATATTTAA-AATTGCATATATAAGCTGAAAC
* * * * * *
9280465 AATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTC-AG
634 AATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCAAAACGAGTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTCTA-
* * * * *
9280529 ACTATTTGAACTTGTCTAG-TAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCGAAA
698 ACTATTTGAAC-CGT-TAGACAAACACATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTATCAAAA
*
9280593 TATTAATAAATTAATATTATTTTA
757 TAGTAATAAATTAATATTATTTTA
9280617 ATCCGAATAA
Statistics
Matches: 640, Mismatches: 115, Indels: 51
0.79 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
908 4 0.01
909 109 0.17
910 187 0.29
911 133 0.21
912 5 0.01
913 41 0.06
914 119 0.19
915 6 0.01
916 36 0.06
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (915 bp):
ATTTAATTTTTTAAATCTCCAACATATTAATTTTTAGAATATTAATACAATAATATTATTTTATT
TCAAATAAAATTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACATAACAAAAGGCTATAATAATTTGA
AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATCACTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAA
ATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGT
ATGATAAAAAAACAATTGATTTATAACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTAT
GTAAATAGCTATAACTAGTTAAACTGATTCAAAAAAATAATTTATTGTTTAAATCGATAACTTAT
CAATTTTTAAAATATTAATAAGTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTCATGCAATGAAATAT
TGCTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACA
ATTTAAACTTGTTCAATAAACAAATTCATGTTTTTTAATTTCTTACTCATTAATTTTTGAAATAT
TAATAAATTAGTATTATTATATTTAAAATTGCATATATAAGCTGAAACAATTATTTTATGACAAA
ACAAAAAGTCAAAACGAGTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTCTAACTATTTGAACCGTTAGA
CAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTATCAAAATAGTAATAAATTAATATTATTTTA
TTTTGAATAATTTTGTATGAATACCAATTATTCTAAATTATTGGTATTATTTTACAACAAAACAA
AATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATAGTTTAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTGCTA
AATAG
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* * *
9285966 TTATTAATATT-TAAACAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATAAGT
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* * * * * * * * *
9286029 TTAAACAATTATGATTATTTTAACAATTATTTACTTT-AAATCGTTATGA-CTTTTAGTTTTCTC
65 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTTGTC
* * * * *
9286092 ATATAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATATTAAT
128 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * * * * * * *
9286146 TTATTAATATTTCGACAATTAATAGGAAAAAAATTT--TAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTT
1 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTT
* ** * * * *
9286209 CAAATAGTTACAACTATTTGAGTAATTATTTATTTCAAGTCGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATA
66 CAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* ***
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* * * * *
9286325 TTATTAATATTCCCAAAATTAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCGTACAAGTT
1 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTT
* * *
9286390 CAAATAGTTATAACTAATTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTTTTCATA
66 CAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
*
9286455 AAACAATTGTTTTTGTTCAT-TCAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAAT
131 AAACAATTGTTTTTGTTCATAT-AAACTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AAT
* * * * * *
9286506 TTATTAATATTTCAAAAATTACTAAGTAGAA-ATTTAGAAAATAAATCTATTTTTTGAACACA-T
1 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACA-AGT
*
9286569 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGCTATGACCTTTTGTTTTGTCA
65 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * **
9286633 TAAACCAATTGTTTTTGTTTATATAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
129 TAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * *
9286686 TTACTAATATTCCAAAAACTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATC-AAGCAAGC
1 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAA-CAAGT
* *
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65 TCAAATAGTTATAACTATTTGA
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TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTT
CAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
AAACAATTGTTTTTGTTCATATAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
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9285972 ATATTTAAAC
* * * * * * *
9285982 AATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATAAGTTTAAACAATTATGATTA
1 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTA
* * * * *
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66 ATTGAACAATTATCTACTTTAAATCATTATGACTTTTAGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTTTGT
* * * *
9286111 TCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCGACAATTAATAGGAAAA
131 TCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAA
* * ** *
9286176 AAATTTTAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTACAACTATTTGAGTAATTATTTA
196 AAATTTAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTACAACTATTTGAACAATTATCTA
* * *
9286241 TTTCAAGTCGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTATCAATTCATATAAACTTATTC
261 TTTCAAATAGCTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTATCAATTCATATAAACTTATTC
* *
9286306 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCCAA
326 AAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTCCAAA
* * * *
9286341 AATTAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCGTACAAGTTCAAATAGTTATAACTA
1 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTA
* *
9286406 ATTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTT-TTTTTTTCATAAAACAATTGTTTTT
66 ATTGAACAATTATCTACTTT-AAATCATTATGA-CTTTTAGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTTT
* *
9286469 GTTCATTCAAGCTTATTTCAAA-TAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTACTAAG-
129 GTTCATACAAGCTTA-TTCAAATTAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGA
* * * **** *
9286532 TAGAAATTTAGAAAATAAATCTATTTTTTGAACACA-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAAT
193 AAAAAATTT--AAAATAAATATATTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTTACAACTATTTGAACAAT
* * * *** *
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255 TATCTATTTCAAATAGCTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTATCAATTCATATAAAC
**
9286661 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTCCAAA
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* * * *
9286702 AACTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATC-AAGCAAGCTCAAATAGTTAT
1 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTAT
9286762 GACTGTTTGA
Statistics
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AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTA
ATTGAACAATTATCTACTTTAAATCATTATGACTTTTAGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTTTGT
TCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAA
AAATTTAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTACAACTATTTGAACAATTATCTA
TTTCAAATAGCTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTATCAATTCATATAAACTTATTC
AAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTCCAAA
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9287608 AACAAAAGAT
*
9287618 TATAACTATTTGAAATA-
1 TATAATTATTTGAAATAG
9287635 TATAATTATTT-AAATAG
1 TATAATTATTTGAAATAG
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1 T-ATAATTATTTGAA
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Statistics
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TATAATTATTTGAAATAG
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9289448 TTTTAAATCT
* * ** **
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1 CTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATA
* * * *
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65 AAAACATATCTT-TATAACAAACAAGAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATAGTT-AAATAGA
* * * *
9289580 CATGATTATTTGAACTTATTCA-GTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCCAA
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* *
9289631 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTCTGAATAG
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* * *
9289696 AAACATATGCTTTATGACAAACAAGAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTAAATAGTCA
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* * * ***
9289761 TAACTATTTTAACTTGCTAGGCAAATAGATTTATTTTTTTAATTTTTTA
130 TAACTATTTGAACTTACTAGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCCAA
* * *
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*
9289873 AGAAACA
64 AAAAACA
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Statistics
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CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAA
AAACATATCTTTATAACAAACAAGAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATAGTTAAATAGACAT
AACTATTTGAACTTACTAGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCCAA
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Period size: 180 Copynumber: 4.2 Consensus size: 177
9289180 TGACTAAATA
* * * * * *
9289190 AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAA-AATTGTTCAAATAATCTTAACTATTTAAACTAGTTCTG
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* * * ** * * ** * *
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* ** * *
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* * * * *
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1 AAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTT-AG
* * * *
9289434 TAAGCAGATTTAGTTTTTAAA--T-CT-CTTATTAATTTTT-GAAATATCAATAAATTAGTATTA
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* ** ** * * *
9289494 TTTTGTTTTGAATAATTTTGTATGAATAAAAACAATT-TGTA-AAC-AA-
128 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTATGACAAAC
* * * * * * * * *
9289540 AATG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATAGTTCCAATAGACATGATTATTTGAACTTATTCAGT
1 AAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-AGC
* *
9289604 AAATAGATTTATTTTTTAAATTTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
65 AAACAGATTTATTTTTTAAATTTCCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* *
9289669 TTATTTCAAATAAACTTGTCTGAATAGAAAC-ATATGCTTTATGACAAAC
130 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT-TG-TTTATGACAAAC
* * *
9289718 AAGAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTT-AAATAGTCATAACTATTTTAACTTGCTAGG
1 AA-AGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTA-G
* * **
9289782 CAAATAGATTTATTTTTTTAATTTTTTACTTATTAATTTTTTA-AAT-TTAAATAAATTAGTATT
64 CAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCCTACTTATTAA-TTTTTAGAATATT-AATAAATTAGTATT
* * *
9289845 ATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTAGTTTATGATAAAAC
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* * * *
9289898 AAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAA
1 -AAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAA
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
AAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTAGCA
AACAGATTTATTTTTTAAATTTCCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
TATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTATGACAAAC
Found at i:9290937 original size:181 final size:181
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Indices: 9290519--9292100 Score: 1293
Period size: 181 Copynumber: 8.8 Consensus size: 181
9290509 GAATCTTCAA
* ** * *
9290519 AATATTAATAGATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGCATGAATAGAAATAAATT-TTTT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTATTTT
* ** * * * * *
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64 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * ** * * *
9290646 AACTTGTTCAGTAAATATA-TTAATTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTCAA
128 AACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG
* * * * *
9290699 AATATTTATAAATCAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAACTTATATGAATAGCAACAATTATTTTA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTA
* ** * * * * * *
9290763 TAACAAAACAAAATATAACAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGTGATAATTGTTTGAA
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* * *
9290828 CTCGCTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTTATTTTTAG
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***
9290880 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATATA-CTTGTATGAATAGAAACAATTGGATTA
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* *
9290944 TGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATTA-TCATAACTATTTGA
65 TGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGA
** * *
9291008 A-TGTGTTCAAAAAATAGATTTCTTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTCTAG
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* *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * ** * * * * *
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* ** * * ** * * **
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** * * * * * * *
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1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTAT
* ** *
9291488 GACAAAACAAAAAGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTATTTGAAC
66 GACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * ** *
9291553 TTATTCAATAAATAGATTTATTTTTTATATCTTTTATTTATT-AGTCATCG
131 TTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG
* * * * * * *
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* * * ** * * **
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* * * * * ** * *
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* * * * * * *
9291784 AATATTAATAAATTAG-AGTTATGTTATTCCAAATAAGCTTATA-CAAAAGAAACAATTGTTTTG
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* * * *
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* * ** * * * **
9291910 TA-TTGGTCAAGCCAACAGATTCAGTTTTTAAATCCGTTACTTATTAATTTTTAG
128 AACTTGTTC-AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG
* * * * * * *
9291964 AATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGTTTGTTTCAATAGAAACAATTATTTTAC
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** * * ** * *
9292029 GACAAAACAAATTGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATACCCTTAACTACTTGAAC
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*
9292094 TAGTTCA
131 TTGTTCA
9292101 ACAATATTTT
Statistics
Matches: 1111, Mismatches: 254, Indels: 73
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Matches are distributed among these distances:
179 16 0.01
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AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTAT
GACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
TTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG
Found at i:9292075 original size:361 final size:360
Alignment explanation
Indices: 9290519--9292099 Score: 1363
Period size: 361 Copynumber: 4.4 Consensus size: 360
9290509 GAATCTTCAA
* * ** * *
9290519 AATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGCATGAATAGAAATAAATT-TTTTA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTATTTTA
* ** * * * * * *
9290583 TGACAAAATAGGAGGTCATAATGATTTGAACTAGATAATTGTTCAAATGGACATGACTATTTGAA
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* * * * *
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* * * * ** * *
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* * * * * * * *
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* * ** * *
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126 GATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * ** * ** *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * ** * * *
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** * * ** * * **
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* * * * * * * *
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* * * * * * ** *
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194 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * *
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259 AGATAA-TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACTA-ATTTATTTTTTAA
* * *
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321 ATCTTCTAACTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * *
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1 TATTTTA-TTTCGAATAAGCT-TGTATGAATAGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * ** * * * * ** *
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63 ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC-TGGTTCAATAAATAG
* * * * * * * *
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127 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATAT-TAATAAATTAGTATTATTTTAT
* ** * ** * *** * * * * *
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190 TCTA--A-ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG-A
* * * * * * * * ** * ** ***
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251 TTTGA--AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACTA-A-TTT
*** * * ** * * *
9297402 AATTTGCAAAAT-AT-TAA-TAAATTAGT-ATAATTTTATTCAGAA-TA-AACT
312 -ATTTTTTAAATCTTCTAACTAATTTTTTGA-AATATTAAT-A-AATTAGTA-T
* * * * * *
9297450 TGTTTGA-ATAGAAATAATTG-TTTTATG-ATA-AAACAA-----------------AAGA-G-C
1 TATTTTATTTCG-AATAA--GCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * * *
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63 ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC-TGGTTCAATAAATAG
* * *
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127 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * *
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192 TAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGA
* * *
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256 AATAGATAATTGTTC--------AAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGATAAACTA-ATT
* * * * *
9297746 TATTTTTT-TAT-TT-TGAC-ATATTAATGTTTGGAATATTGACAAATT--TAAT
311 TATTTTTTAAATCTTCTAACTA-ATT--T-TTTGAAATATTAATAAATTAGT-AT
* *
9297795 TATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAATAAAAAGGTCAT
1 TATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCAT
* * * * * * * * *
9297860 AATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAATCATAACTAATTGAACTTGTTCAGTAAGTAGATT
65 AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAATAGATT
* * ** * * *
9297925 CATTTTCTTAAATC-TCTACTCGTTAAATTTT-AGAATATTAATAAATTAATTTTATTTTATT-T
130 TATTTT-TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* * * * ** * * * ** *
9297987 AGAGTAAGCCTCTATAAATTGATACAATTGTTTCATAATGAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
193 A-AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * * * * *
9298052 ATAAATAATTATTTC-AATAGTTATGACTATTTGAATTTATTCGATAAACAAATTTA-TTTTAAA
257 ATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACTAATTTATTTTTTAA
* * * *
9298115 ATCTT-TTACTTATTAATTGGAAAAATATTAATAAATTCA-TAT
321 ATCTTCTAACTAATT-TTTTG--AAATATTAATAAATT-AGTAT
* * * * * * * * *
9298157 TATTTTAATCCAAATAAGTTTGTGTGAAGAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATA
1 TATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * ** * *
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66 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCA-ATAAATAGATT
* * * **
9298286 TATTTTTAAAATATTTTACTTATTAATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAATAGAA-AAAAATT
130 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA--TT-TTTGAAAT-A---T---T-AATA-AATTAGTATT
* * * * * * * * ** * *
9298350 GTTTTATGACAATATAAAAAGGTGATAGCAATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAATAGTCATAAC-
183 ATTTTAT-TC--TA-AATAAGCT--T-G---TATGAACAGAAACAATTGTTTTAT-GACAAAACA
* ** * * * * * * *
9298413 -TATTTGA-ACTTG-TTTAGTAAATAGATTAATTTTTTAAAT-CTCTTACTTATTAATTTTTGAA
237 AAAGGTCATA-ATGATTT-G-AAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTC--A--TA--ACTATTTGAA
* * * * * * *
9298474 -ATATT-AATAAATTAAAATTATATTATTTCGAATATGCTTGTACAAACAGAAACAATTATTTTT
292 CTTGTTCGATAAACT--AATT-TATT-TTT-TAA-AT-C-T-T-CTAAC-----TAA-T-TTTTT
** * *
9298537 GTGATA-AAACCAAATGTCA-TAAT
340 GAAATATTAA-TAAAT-T-AGT-AT
* * ** * * * * *** * ****
9298560 GATTTAAAATAG-ATAA--TTGT-TCAA-ACAATC-ATAACTATATGCACTGGTC---AGG-C-T
1 TATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG-ACAAAACAAAAGGTCAT
* * *** * * *
9298614 AATAGATTTG--TTTTTTAA--A-TCCAATACTTATTAACT-TTTAGAA-T-ATTC-ATAAATTA
65 AA-CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTA-TAACTATTT-GAACTGGTTCAATAAA-TA
*** * ** * * * * * * * *
9298670 GCA-TTA--TTTT--AT-TCCGA-ATAAGACTGTATG-CATA--AAAACAATTA-TTTTATGATA
126 G-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-AATTAGTATTAT-TTT
** * * * * ** ** *
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188 ATTCTAAATAAG-C-T--TG-TATGAACAGAAACAATTGTT-TTAT-GACAAAAC-AA---AA--
* * *** * * ** * ** * ** * *
9298786 GGTTTAGTAATAGATTCT--ATTTTTTAAATCTTTTACT--TTTTAA-T-TTTCAAAATATT-AA
240 GG-TCA-TAAT-GATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA
* * * * ** * *
9298844 TAAATTAATCTTGTTTTATTTCAAGCAAACTTATATGAAAAAAATTGTTTT-ATAA-ATGAACAA
301 TAAACTAAT-TT-ATTT-TTT--A--AATC-T-TCT--AACTAATT-TTTTGA-AATATTAATAA
**
9298907 A--AACATT
353 ATTAGTA-T
* * * * * ** * * ** *
9298914 TGTTTTATGTC--ATAA-C--GATCTGAA-ATAAATAATTGTTCAAATAGA-TATA-ATTATGT-
1 TATTTTATTTCGAATAAGCTTG-TATGAATAGAAACAATTGTT-TTAT-GACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * * * ** *
9298970 -GAACTAGCTTGGCAAACAAAATTATTTTTTAAAT-CTCT-T-ACTTATTT--A-TTTTTGAAAT
63 ATAAC--GATTTG-AAA-TAGATAATTATTCAAATAGT-TATAAC-TATTTGAACTGGTT-CAAT
** * **
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121 A--AATAGATTTATTTT-TTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAA-ATATT-AATAAATTAGT
**** ** * * * * * * * **
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180 AT-TA-TTTTATTCTAAA--T-A-AGC-TTGTATGAACAGAAACAATTGTT-TTATGA-CAAAAC
* ** * * * * * * * * *
9299144 --TATTTGA-ATTGGTTTGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-T-TTTAGAA
236 AAAAGGTCATAATGATTTG-AAATAGA-TAATTGTTCAAA-----TAGTCA-TAACTATTT-GAA
* * * * * * * * *
9299204 TATTATTAC-ATTAGCAAATTTATTTTTTAAATCTCCT-AGTTATTAATTTT-AGAATATTATTA
292 -CTTGTT-CGATAAACTAATTTATTTTTTAAATCTTCTAACTAATT--TTTTGA-AATATTAATA
*
9299266 CATTAGTAT
352 AATTAGTAT
* * * * *** * *
9299275 TATTTTA-TTCTAAATAAACTTGTGTGAATAGAAATAATTGTTTTATGATGTAAGAAAAGGTTAT
1 TATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * * * * ***
9299339 AATAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAATAGATT
65 AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAATAGATT
* * * * *
9299404 TATTTTTTAAATCTTCTACATATTAATTTTTTAAACATTAGTAAATTAGTATTATTTTATT-TCA
130 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-A
* * * * * * * * *
9299468 AATATGCTTGAATGATCAAAAACATTTGTTATATGACCAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAAT
194 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * * * * *
9299533 AGATAATTGTTGAAATGGCCCTAATTATTTGAA-ATGATTTGGTAAA-TAGATTCATTTTTTAAA
259 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACTA-ATTTATTTTTTAAA
* * * *
9299596 TCACATACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTTGTAT
322 T--C-TTCTAACTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * **
9299637 TATTTTATTTCAAACAAGCTTATATGAACT-GAAATGATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCA-
1 TATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * * ** *** *
9299699 AATTGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAATCT-TAAATGTTTTAACTACTTCGGCAAACAGA
65 AA-CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAATAGA
* * * *
9299763 TTTATTTATTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATT-
128 TTTATTT-TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * * * * * * * *
9299827 TCGAATAAGCATATGTGAACTGAAACAATTATTTTAT-AGTAGAACAAAAGATTATGATGATTTG
192 T-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * *
9299891 AAATAGGTAATTATTCAAATAG----AA--A-TTG-----GTTCGGTAAAC-AGATTTATTTTTT
255 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACTA-ATTTATTTTTT
* *
9299943 AAATCTCCT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
319 AAATCTTCTAAC-TA--ATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * *
9299987 TATTTTATTCCAAATAGGTTTGAATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCAT
1 TATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * ** * * * * *
9300051 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCAGAATTATTTGAACTGATTCAGTAAACAGATT
65 AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAATAGATT
* * ** * * *
9300116 CACTTTTTAAATCACTTGCTTATTAATTTTAGGAATATTATAAATTATTATTATTATTATTATTA
130 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TG-A-A--AT--ATTA--A-TA--A--ATTAGTA
* * * * * * *
9300181 TTATTATTATTTTATTTCAAATAAGATTGTAAGAACTGAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAA
181 TTATT-TTA---T-TCT-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * *
9300246 GGTCAGT-ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GACCAAAATTATTTTAACTAAT-TTAG-
240 GGTCA-TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACT--TGTTCGA
* * * * * *
9300307 TAAACAAATTTGTTTTTTAAATC-TCTTATTAA-TTTTAGAAATATTAATAGATTAGTAT
301 TAAACTAATTTATTTTTTAAATCTTCTAACTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * *
9300365 TATTTTA-TGCCATATAAGCTTGTATTAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCA
1 TATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * * ** *** * *
9300428 TAATGATTTTAAATA-AGTAATTGTTCAAATGGTCATAACTATTTGAGCTTATTTGGTAAACAAA
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* * * * * *
9300492 TTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATATATAAGGATTATTTTATT
128 TTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * *
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191 CTAAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * **
9300617 GAAATAGATAATTATTC---TA---AT-AGT-TTT-AAC-CATTCGA-AAAC-ACATTTATTTTT
254 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACTA-ATTTATTTTT
* *
9300670 TAAATC-TCTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
318 TAAATCTTCTAACTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * * *
9300711 TATTCTATTTCGAATAAGCTTGTCT-AATAAAAAACAATTGGTTTATAACGAAATAAAAGGTTAT
1 TATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * ** * ** * * * * *
9300775 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTTTACTGATTTAGTAAACAAATT
65 AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAATAGATT
* * * *
9300840 TATTTTTGAAATC---T-CTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATCCGT-
130 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-TA
* * * * * ** *
9300900 -TTAAGCATGTATTAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTTAAAT
194 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * * *
9300964 AGATAATTCTTCAAATAGTAATGATTATTTAAACTTATTCAATAAA-TAGATTTATTTTTTTAAA
259 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACTA-ATTTA-TTTTTTAAA
* * * *
9301028 TCTCTTTCTTATTAA-TTTTT-AAATTTTAATTAATTAGTAT
322 --TC-TTCTAACTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * *
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1 TATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * *** *
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* * * * ** *
9301195 ATATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTAAACCA
129 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA
* *
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194 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAA-TT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* ** * ** * * ** * *
9301322 ATTGATAAACGTTCATATAGTTTTAATTATTT-AAATTGGTTCG-GCAATTAGATTAATTTTTTA
257 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACTA-ATTTATTTTTTA
* * * * * ** *
9301385 ATTTTCTTGGTTATTAA-GTTTCAAAATATTATTAAATTAGTAT
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* ** * * * *
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* * * * * *** *
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* * *
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129 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* * * * * * **
9301620 CAAACAAACTTATATGAA-TGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGA
193 -AAATAAGCTTGTATGAACAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * * * *
9301684 AATAGGTAATTGTTTAAATAGTTATAATTATTTGAACTAGTTTGGTAAA-TAGAATTATTTTTTA
256 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACTA-ATTTATTTTTTA
** ** *
9301748 AATC-TCTTAGTTA-TAAAATTTTGAAATATTAACGAATTAGTTT
320 AATCTTC-TA---ACTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * * ** * * *
9301791 TATTTTA-TTCCAAGTAAACTTATATGAGCT-GAAATAATTATCTTAAAATAAAATAAAAGGTTA
1 TATTTTATTTCGAA-TAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * * * * * * *
9301854 TAATGATATGAAATCGATGATTATTCATATAGTTTTAACTGTTTGAACTAGTTCGACAAACAGAT
64 TAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAATAGAT
* * * ** * * * *
9301919 TTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTCAAAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTTTG
129 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA
* * * * * * **
9301984 AATAAACTTGTGTAAACAGAAATAATTGTTTTATG-CAAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAAT
194 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * * * *
9302048 AGATAGTTGCTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTAGTTTGGTAAA-TAGATTTAATTTTTAAAT
259 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACTA-ATTTATTTTTTAAAT
* * *
9302112 CAAT-T-ACTAA-TTCTTGAAATATTAATAAATTGGTAT
323 C-TTCTAACTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
** * * * * * *
9302148 TATTTTATTTTAAATAAGTTTGTATG-TTGAAAAAAAATTGTTTTATAACAAAATGAAAA-GT-A
1 TATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCA
* * * * **
9302210 TTAAC-------AAT---T--TTGTTCAAATGGCTATAATTATTTGAACTGAGTT-GGTAAACTA
64 -TAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTG-GTTCAATAAA-TA
* * *
9302262 -ATTTATTTTGTTAAAT-TTCTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAAAAAAAGTAGTATTATTTT
126 GATTTATTTT-TTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATT-AATAAATTAGTATTATTTT
* ** * * * * * * * *
9302325 ATTTTGGATAAGCTTTTATAAACTGAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGTTCATAATAATT
188 ATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * * *
9302390 TCAAAT-TA-AATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTT-AAGTAAACAAATTTATTTT
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* * * * *
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* * * * *
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129 T-TTTTTT-AAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGAATA-TTAATAAATTAATAT
* ** * * * * * ** * *
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1 TATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * ** * * *
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* * * *
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* * * * ** * *
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* * * * *
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* * ** * * *
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* * * ** * **
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1 TATTTTATTCTGAA-TAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * * * * * * * *
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65 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCAATAAATAGATT
** * ** *
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129 T-TTTTTT-AAATCTT-TTACTTATTAA-TTTTTGAATA-TTAATAAATTAATAT
* * * * * * * ** * * *
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1 TATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
** * * * * * **
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66 ACGATTTGAAATAGATAATTGTT-TAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCAATAAATAG-AT
* * * *
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128 TT-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAATAT
* * * * * * *
9296925 TATTTTAATC-CAA-AATGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTCTATGACAAAA-TAAAGTTCAC
1 TATTTTATTCTGAATAA-GCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * *
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65 AACGATTTGAAATAGATAA-TTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCA-ATAAATAGA
* * * *
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* * * *
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*
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* * * *
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* * * * *
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* * ** * *
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* * * * * *
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* * * * * ** * *
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* * *
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* * * **
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* ** * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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** * * ** * ** * * ** *
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* * * **
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* * *
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* * * *
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* * *
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* * ** *
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* * *
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* * *** * * ** ** **
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755 AAATAGATAATTCTTCAAACAGCCATAATTATTTGAACTGG-TCAAGCAAACAAATACATTTCCT
* * * * ** * * *
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9294785 TATATGA
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* * * *
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* ** *
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* *
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** *
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* * * ** * *
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257 CTGATTCGATAAATTGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
* * *
9295116 TAATATTATTTTATTTTGGATAAATTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATCATAAAACAAAGT
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* * * * * * * *
9295181 TCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACCTGTACGGTAAAT
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** * * * * * ** *
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* * ** * *** * * * * *
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* * *
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Consensus pattern (879 bp):
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AATTATTTGAACTGGTCAAGCAAACAAATACATTTCCTAAATCCTTTACTTATTAATTTTCAAAA
TATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTCGAATAA
Found at i:9296364 original size:541 final size:535
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* * * * *
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* * * * *
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* * ** ** * ***
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* * * * * * * *
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* * ** ** ** * ** *
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* * *** * * *
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** * * * * * *
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381 GAAATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTAT
* * * * * * *
9292678 AACTAAAAAAAAAAGTCA-AAGCAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTAA
446 GAC-AAATAAAAGA-TCATAA-CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * *
9292742 ATTAGTTCG-TCAAACACATTTA-CTTTTA
508 ACTGGTT-GAT-AAACAGATTTATTTTTTA
* * * ** * * * * *
9292770 AATCTCTTACTTATTAATTCTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATA-TTTACTCCAAATAAGTTTG
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* * * * * *** *
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* * * *** *
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131 CAAATAGTCATAACTATTTGAACCTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTA-T
* ** * *
9292955 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGTATGAA-TAGAAGC
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* * * * * * * * * * * *
9293018 AATTGTTTTACGACAAAACAAAATGTCATAAAGATTTAAAATTGGTAA-TAGTTCAAATGGACAT
256 AATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTA-TTCTAATAGTCTT
* * * * * ** *
9293082 GATTATTTGAACTTGTTCGATAAACTA-ATTTATTTTTTAAA-CTTCCAAC-TA--ATTTTTTGA
320 AACTATTTGAACTGGTTCAACAAAC-AGATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTGA
* *** * * *
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383 A-ATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTATTTTAT
* * * * *
9293206 GACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGGAC
446 GAC-AAATAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
** ** * *
9293271 TCACTCAATAAATAGATTTGTTTTTTA
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* * * * * *
9293298 AATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAATATTATTTT-ATTCTGAGTAAGCTT
1 AATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTC-AAATAAGCTT
* * * * * *
9293362 TTATGAACAA-AATCAATTGGTTTATGACAAATTAAAAGGTCATAACGATTTCAAATAGATAATT
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* * * ** * *
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* ** * * ** * * *
9293488 ATTAATTGTTGGATTATTAGTCAGCTA-TATTATTTTA-TTCGGAATAAGCTTGTATGAA-TAGG
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* * * *
9293550 AACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT-TAAATAGT
253 AACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCT-AATAGT
* * * * * *
9293614 -TATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTT
317 CT-TAACTATTTGAACTGGTTCAACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * * * * *
9293678 GGAATATTAATAAATTAGAATTATATTATTCTAATTAAGCTTGTACGAACAGCAACAATTGTTTT
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* * * ** * * * *
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* ** ** * ** **
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508 ACTGGTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTA
* * *
9293837 AATC-CTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTT-ATT----T---C--
1 AATCTC-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTT
* * * *
9293891 GAAT--AAAGAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTG
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* * * * * * *
9293954 TTCAAATAGTTATAACTAATTGAACCGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT--AT-
129 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACCTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTA
* * ** * * * * ** *
9294016 TAATTTTTAAAATATTATAAATTAATATTATTTGGTTCCAAACAAATTTATATGAACAAAAACAT
194 TAATTTTTAAAAT-TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAACTGAAACAA
* * * * * * * *
9294081 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAAT
258 TTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAAC
* ** * * *
9294146 TATTTGAATTGGTTTGACAAACATAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTTTGAAATAT
323 TATTTGAACTGGTTCAACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AA-AT
* * * * * * * ** * *
9294211 TAGTAAATTTGTTTTGTTTTATTCCAAAT-AGGTTAGTAAGCACTGAAA-TTTTGTTTTACGACA
386 TATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTT-GTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACA
** * * * * *
9294274 AACTAAAAGGCCATAACAATTTGCAATAGATAATTGTTCATACA-TCCTTAACTATTTGAAGTGG
450 AA-TAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-CATAACTATTTGAACTGG
** * * *
9294338 TTTGGCAAAAAAAATTATTTTTTA
513 -TTGATAAACAGATTTATTTTTTA
* * * * * * * * *
9294362 AATCTTTTAGTTATTAATTGTTAGAATCTTATTAGATTAGTATTATCTTATTTCAAATAAGCTTG
1 AATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTG
* * * * * * *
9294427 TATGAAAAAAAAGAATTATTGTATGAGAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATATATAATTGT
66 TATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * ** * **
9294492 TCAAATAGTTATAATTATTTGAA-CTGGTTCAGTAAATAAATTT-TTTTTTAAATCTCTAACTTT
130 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACCT-GTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGC--T
* * * * * **
9294555 TAAAATTTTGAAATATTAAAAAATTAGTTTTATTTTATTGCGAATAAACTTGGATGAGA-TGAAA
192 TATAATTTTTAAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGA-ACTGAAA
* * * * * * * *
9294619 TAACTT-CTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTAAAATAGATAATTCTTC-ATATAGTT
255 CAA-TTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTA-ATAGTC
* * * * * *
9294682 TTAATTGTTTTAACTGGTTCAACAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTA-TGATTTTTAG
318 TTAACTATTTGAACTGGTTCAACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-G
* * * * * * * * *
9294746 AATATTTTTAATTTTGTATTACTTTATTTCGAATAAACTTATATGAAC-GAAAATAATTATTTTA
382 AA-ATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTG-AAACAATTATTTTA
* *
9294810 TGACAGAACAAAAGATTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
445 TGACA-AATAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
** * * *
9294875 CAAGTTTAGTAAACGGATTTATTTTTTG
509 CTGGTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTA
* * * *
9294903 AATCTC--A--TACTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACA-TAAAATAAGCTT
1 AATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-ATTCAAATAAGCTT
*** * * * * *
9294963 GTATGTTCA-AAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAACGATTTGAAATAAATAATTA
65 GTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * * * * *
9295027 TTCAAATAGTTATAATTATTTGAA-GTGATTCGATAAATTGTTTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
129 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACCTG-TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTT
* * * * * * * * *
9295091 ATTGATCATTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAATTTTTATGAACTGAAA
193 A-TAAT-TTTTAAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAACTGAAA
* * * * *
9295156 CAATTGTTTTATCA-TAAA-ACAAA-GTTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
255 CAATTGTTTTATGACTAAACA-AAAGGTT-ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTC
* * *** * *
9295218 ATAACTATTTGAACCT-GTACGGTAAATC-GATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCATATTAATTTT
318 TTAACTATTTGAA-CTGGTTCAACAAA-CAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * ** * *
9295281 TCAAAAGTTAATAAATTAGTATTATTTTCTTCCAAATAATTTTGTTTGAATTGAAACAATTATTT
380 T-GAAA-TTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTT
* * * * * * * * **
9295346 TATGACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGTTAATTATTCTAATAGTGTTAACTATTTG
443 TATGAC-AAATAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
*
9295411 AACTGAG--G-TAAACACATTTATTTTTTA
507 AACTG-GTTGATAAACAGATTTATTTTTTA
* * * * * *
9295438 AATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATAATATTAAATTAGTATTATTTTTA-TCTGAATCAA-CT
1 AATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTC-AAAT-AAGCT
** * * * * * * * * *
9295501 TGTATGATCAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATAATCATGTGAGATTGATATTTA
64 TGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* **** * *
9295566 TTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTAGTTCAAAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTT
129 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACCT-GTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTT
* * * ** * *
9295630 AATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTACTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTTTATGAACTAAAA
193 -ATAATTTTT-AAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAACTGAAA
* * * *
9295695 CAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAAGTCATAGCGATTTTAAATAGATAATTATT-TAA-ATGT-
255 CAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATA-GTC
** * ** * * * * *
9295756 TATATTTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTCATTTTTAAAATTTTTTGCTTATTAATTTTT
318 T-TAACTATTTGAACTGGTTCAACAAACAGATTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTT
* * **
9295821 TGAAAGTTAATAAGTTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAATTATTATTTT
380 TGAAA-TTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTT
** * * ** * ** *
9295886 ATTTCTAAATGAAAGATCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTTATAGTCCTAACTATTTGA
444 ATGAC-AAATAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * *
9295951 ACTGGTTCGACAAACATATTTA-ATTCTA
508 ACTGGTT-GATAAACAGATTTATTTTTTA
** * * * *
9295979 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTTAATCCAAATATGCTTG
1 AATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTG
* * *
9296044 TATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGATCCTAATGATTT-AAGATAGATAATTGT
66 TATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTGT
* *
9296108 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACCTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTCAAATTTCTTGCTTA
130 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACCTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTGCTTA
* * * * * *
9296173 TGAATTTTTCAAAAGTTAATAAATTAGTATTATTTTCTTCCAAATAAGCCTGTATGAACTGAAAC
194 T-AATTTTT-AAAA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAACTGAAAC
* * ** * * *
9296238 AATTATTTTATAACTAAGTAAAAGGTTAGAACGAGTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGCCTTA
256 AATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTA
** ** * *
9296303 ACTATTCAAACTAATTCAATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
321 ACTATTTGAACTGGTTCAACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AA-
* * * * ** * *
9296368 ATTATTAAATTAGTACTATTTT-TATCCGAATCAGCTTATATGATA-AAAAACAATTACTTTGTG
384 ATTATTAAATTAGTATTATTTTAT-TCCAAATAAGCTTGTATGA-ACTGAAACAATTATTTTATG
** ** * *
9296431 ACAAA-ACAATTATCATAATGATTT-AAGATTA-ATATTTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA
447 ACAAATA-AAAGATCATAACAATTTGAA-A-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * *
9296493 TTGGTTAAAAAACAGCTTTAGTTTTTA
509 CTGGTTGATAAACAGATTTATTTTTTA
* ** * * * * * * *
9296520 AATTTCCCACTTAATAA-TTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAGTAAGTTTT
1 AATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTG
** * ** * *
9296584 TATGAATTGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTTTTAATAATTTTAAATAGATAATTGT
66 TATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * * *
9296649 TCAAATAGTCTTATCTATTCGAACTTATTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATTTCTTGGTTA
130 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACCTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTGCTTA
* * * * * *
9296714 CTAACTTTTTGAAAGTTAATAAATTTGTAATATTTTATTTTGAATAAACTTATATAAACTGAAAT
194 -TAA-TTTTT-AAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAACTGAAAC
* * * * ** * *
9296779 AATTATTTTATGATTAAACAAAAGTTTAAAATTATTTGAAACAGATAATTATTCTAATAGTCCTA
256 AATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTA
* * * * * *
9296844 ACTATTTGAATTGGTTTAGCAAA-TGTATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGGAA
321 ACTATTTGAACTGGTTCAACAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAA
* * * ** * *
9296908 TATTATTAAATTAATATTATTTTAATCCAAA-ATGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTCTATGA
384 -ATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGA
* * * * * *
9296972 CAAA-ATAAAGTTCACAACAATTTGAGATAGATAATTTGTTCAAATAATCGTAACTATTTGAATT
448 CAAATA-AAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAA-TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* *
9297036 GGTTAGATAAATAGATTTAGTTTTTA
511 GGTT-GATAAACAGATTTATTTTTTA
* *
9297062 AATCTCTTA--TA--AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTC-AATAA-TTC
1 AATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-ATTCAAATAAGCT-
* * **
9297121 TGTATGAACATAAACAACTT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT
64 TGTATGAAAAGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * * * * * * *
9297185 TGTTTAAGTGGACATGACTATGTCAACTTGCTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACC
127 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACCTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCT
* * * * * * * *
9297250 TATTAAATTGTAGAATATGT-ATGAA-TAGAAATA-CTT-TTTC-TAT-GAC--A-A--AAC---
192 TA-TAATTTTTA-AA-AT-TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAACTGA
* * ** * * * * *
9297301 AA-AA--G-TTCATAAC-AATTTGAAATGG--ATAAC--TGTTCAAGT-GCAT-GTGA--CT-AT
253 AACAATTGTTTTATGACTAA--ACAAAAGGTTATAACGAT-TTGAAATAG-ATAATTATTCTAAT
* * * *** * * * * * *
9297352 --T-TGAACT-TGTT---CT-ATTGAACAAATTTA-TT-TTTTTAAATCTC-CTACA-TTTTAAT
314 AGTCTTAACTAT-TTGAACTGGTTCAACAAACAGATTTATTTTTTAA-ATCTCT-TACTTATTAA
**** * * * * *
9297405 TTGCAAAATATTAATAAATTAGTATAATTTTATT-CAGAATAAACTTGTTTGAA-TAGAAATAAT
376 TTTTTGAA-ATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCA-AATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAAT
* * * * * * *
9297468 TGTTTTATGATAAAACAAAAGAGCATAACTATTTGAAAAAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
438 TATTTTATGA-CAAATAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * *
9297533 ATTTTAACTTGCTT-AGTAAATATATTTATTTTTTA
502 ATTTGAAC-TGGTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTA
* * * **
9297568 AATAT-TTAACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
1 AATCTCTT-ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTT
* * * *
9297632 GTATGAATAGAAACAATTGGTCTATGACAAAACCAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATT
65 GTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATT
* * *** *
9297696 GTTCAAATAGATAAATAGTCATAATTATTTGAA--TAGGTTCAAAAATAGA-TTATTTTTT-TAT
128 GTTC--------AAATAGTCATAACTATTTGAACCT-GTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT
* * * * * * *
9297757 -T-TTGACATATTAATGTTTGGAATATTGACAAATT--TAATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGT
184 CTCTTG-CTTA-TAAT-TTT-TAAAATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTCGAATAAACTTAT
* * * * * * *
9297818 ATGAA-TAGAAACAATTGCTTTATGACAAAATAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATATATAATTG
244 ATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACTAAA-CAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTA
* * * * * ** ** * *
9297882 TTCAAATAATCATAACTAATTGAACTTGTTCAGTAAGTAGATTCATTTTCTTAAATCTC-TACTC
307 TTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAACAAACAGATTTATTTT-TTAAATCTCTTACTT
* * * * * * * * * * * *
9297946 GTTAAATTTTAGAATATTAATAAATTAATTTTATTTTATT-TAGAGTAAGCCTCTATAAATTGAT
371 ATT-AATTTTTGAA-ATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCA-AATAAGCTTGTATGAACTGAA
* * * * * * * * * *
9298010 ACAATTGTTTCATAATGAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTTC-AATAGTT
433 ACAATTATTTTATGA-CAAATAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTC
* * ** * *
9298074 ATGACTATTTGAATTTATTCGATAAACAAATTTA-TTTTAA
496 ATAACTATTTGAACTGGTT-GATAAACAGATTTATTTTTTA
* *** * *
9298114 AATCTTTTACTTATTAATTGGAAAAATATTAATAAATTCA-TATTATTTTAATCCAAATAAGTTT
1 AATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTT
* * * ** *
9298178 GTGTGAAGAA-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATT
65 GTATGAA-AAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * * *
9298242 TTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTAGGTAAAAAGATTTA-TTTTTAAA----------
128 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACCTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTT
* * **
9298296 AT-A-TTTT---ACT--T--A-T--TA--ATTTTATTT-GAAATAAGCTTGCATGAA-TAGAAAA
193 ATAATTTTTAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAACTTATATGAACT-G-AAA
* * * * * *
9298345 AAATTGTTTTATGAC-AATATAAAAAGGTGATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTC
255 CAATTGTTTTATGACTAA-A-CAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTC
* * * ** * *
9298408 ATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
318 TTAACTATTTGAACTGGTTCAACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-
* ** * * * * ** * *
9298473 AATATTAATAAATTAAAATTATATTATTTCGAATATGCTTGTACAAACAGAAACAATTATTTTTG
382 AA-ATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTA-TTTTA
* ** * * * *
9298538 TGATAAA-ACCAAATG-TCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATAACTATATG
445 TGACAAATA--AAA-GATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * *
9298601 CACTGGTCAGGCT-AATAGATTTGTTTTTTA
507 AACTGGT--TGATAAACAGATTTATTTTTTA
* * * * * *
9298631 AATC-CAATACTTATTAACTTTTAGAATATTCATAAATTAGCATTATTTT-ATTCCGAATAAGAC
1 AATCTC-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-CAAATAAG-C
* * * * *
9298694 -TGTATGCATAA-AAACAATTATTTTATGATAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAA
63 TTGTATG-AAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
* * * *
9298757 TTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAA-CTGGTTTAGT-AATAGATTCTATTTTTTAAATCTTTT
126 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACCT-GTTTGGTAAATAGATT-TATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * * *
9298820 ACTTTTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATCTTGTTTTATTTC-AAGCAAACTTATATGAA-
189 GC-TTATAATTTT-TAAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA-TAAACTTATATGAAC
* * * * * *
9298883 --AAA-AATTGTTTTATAAATGAACAAAAACATTTGTTTTATGTCATAACGATCTGAAATAAATA
250 TGAAACAATTGTTTTATGACT-AA-ACAAA-A---G------GTTATAACGATTTGAAATAGATA
* * * * * * ** * *
9298945 ATTGTTCAAATAGAT-ATAATTATGTGAACTAGCTT-GGCAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCT
303 ATTATTCTAATAG-TCTTAACTATTTGAACT-GGTTCAACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT
* * *** * *
9299008 TACTTATTTATTTTTGAAA-TATTAATAATTTA-TTTTATTTTATTTTGAATAAG-TTACTAAGA
366 TACTTATTAATTTTTGAAATTATT-A-AA-TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTT-GTATGA
* * * * * * * * * *
9299070 ATTGAAA-AATTGTTCTACGGCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAAGAATTGTTCATA
427 ACTGAAACAATTATTTTATGAC-AAATAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
** * * * *
9299134 TAACCTTAACTATTTGAATTGGTTTG-CAAACAAATTTATTTTTTA
491 TAGTCATAACTATTTGAACTGG-TTGATAAACAGATTTATTTTTTA
* * * * *
9299179 AATCTCTTAGTTATTAA-TTTTAGAATATTATTACATTAGCAAATTTATTTTTTAAATCTCCTAG
1 AATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG--TA-TTA--TTTT-AAT-T-C-A-
* ** * ** * * ** * * * *
9299243 TTATTAATTTTAGAATATTATTACATTAGTATTATTTTAT-TCTAAATAAACTTGTGTGAATAGA
56 --AATAAGCTT-G--TATGAAAAGA-AACAATTGTTTTATGAC-AAA-AAA--------AA-GGT
* *
9299307 AATAATTGTTTTATGATGTAAGAAA-AGGTTATAATAAT-TTGAAATATATAATTGTTCAAATAG
104 CATAA-TG----AT--T-T--GAAATA-G--ATAAT--TGTT--CA-A-AT-A--G------T--
* * *
9299370 TCATAACTATTTGAA-ATGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TCTACATATTAATTT
139 -CATAACTATTTGAACCT-GTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCT-TGCTTA-TAA-TT
* * ** * ** *
9299433 TTTAAACATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATATGCTTGA-ATGATCAAAAACATTTGT
199 TTTAAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTT-ATATGAACTGAAACAATTGT
* * * * * * ** * * * *
9299497 TATATGACCAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCCTAATTATT
262 TTTATGACTAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATT
* * **** * * * * *
9299562 TGAAATGATTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCACATACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
327 TGAACTGGTTCAACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AA-ATTATT
* * * * ** *
9299627 AAATTTGTATTATTTTATTTCAAACAAGCTTATATGAACTGAAATGATTGTTTTATGACAAA-AC
390 AAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAATA-
* ** * * * * * * ** *
9299691 AAAGGTCA-AATTGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAATCTTAAATGTTTTAACTACTTCGG
454 AAAGATCATAA-CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTT-GA
*
9299755 CAAACAGATTTATTTATTTA
517 TAAACAGATTTATTT-TTTA
* * * * * * * *
9299775 AATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCATA
1 AATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTG
* ** * * * * * * * *
9299840 TGTGAACTGAAACAATTATTTTATAGTA-GAACAAAAGATTATGATGATTTGAAATAGGTAATTA
66 TATGAAAAGAAACAATTGTTTTAT-G-ACAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * *
9299904 TTCAAATAG----AA--A-TTG-----GTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTA
129 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACCTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTA
* * ***
9299957 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGTTTGA-ATG-A-TGAAA
194 -TAATTTTT-AAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTT-ATATGAACTG--A
* * * ** * *
9300019 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGC
253 AACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTT-ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGT
** * * ** * *
9300083 CAGAATTATTTGAACTGATTCAGTAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTTGCTTA-TTAATTTTA
317 CTTAACTATTTGAACTGGTTCAACAAACAGATTTATTTTTTAAAT--C-T-CTTACTT-A--TT-
* * * *
9300147 GGAATATTATAAATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTTTATTTCAAATAAGATTGTA
374 --AAT-TT-T---TGA--A--ATTATTA--A--ATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTA
* * * * * *
9300212 AGAACTGAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTCAGT-ACGATTTGAAATAGATAATTGTT
424 TGAACTGAAACAATTATTTTATGA-CAAATAAAAGATCA-TAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * ** * * *
9300276 CAAAT-GACCAAAATTATTTTAACTAATTTAGTAAACAAATTTGTTTTTTA
487 CAAATAG-TCATAACTATTTGAACTGGTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTA
* * *
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1 AATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAAT-TCAAATAAGCT
* * *
9300385 TGTATTAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAAATA-AGTAA
64 TGTATGAA-AAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAA
* * * * * *
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126 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACCTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTG
** * * * * * *
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* * * *
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251 GAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAG
* * *
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316 TCTTAACTATTTGAACTGGTTCAACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * * **
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381 G-AA-ATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACT--GAAACAATTATT
* * * ** * * *
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** * * * *
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* * *** *
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1 AATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTT
* ** * ** * *
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65 GTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * * *** *
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* * * * * * *
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* * *
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256 AATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTA
* **** * * *
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321 ACTATTTGAACTGGTTCAACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AA-
* ** * *
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* * * * ** * ** * * *
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447 A-CAAATAAAAGATCATAACA-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
** ** *
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510 TGGTT-GATAAACAGATTTATTTTTTA
* * ** * * * * **
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1 AATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCA--AATAAGCT
* * * * * *
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64 TGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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252 AAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCT-AATAG
* * **** * * * * *
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316 TCT-TAACTATTTGAACTGGTTCAACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * * *
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** * * * ** * * * * * ** *
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442 TTATGA-CAAATAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* *
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506 GAACTGGTT-GATAAACAGATTTATTTTTTA
* * * * * * ** *
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* * * * ** *
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* * * * ** *
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* * ** ** * *
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* * * * * * * *
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* *** * *
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* **** * * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* ** * * *
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* * * * * * * ** * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * * *
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252 AAAC-AATTGTTTTATGACTAAACAA-AAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATA
* * * * * * * *
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* * ** * * *
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* * *
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* ** * * * *
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** * * **
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* * * ** * * *
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* * * * ***
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* * * * * * * * * *
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* * * * * **
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* * * * * ** *
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* * * * * *
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** *
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509 CTGGTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTA
* * * * * *
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* * * * *
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*
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* * * * * * *
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** *** * *
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* * *
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**
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* * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * *
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** * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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**** * *
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* * * *
9298177 TGTGTGAAGAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAA-AGTCATAACAATTTGAAATAAATAAT
1 TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGAGTCATAACTATTTGAAATAAATAAT
* *
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Statistics
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TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATTAGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATATTTTACT
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* *
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* *
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130 TTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAAT
* * * * *
9298339 AGAAAAA-AATTGTTTTATGACAATATAAAAAGGTGATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTC-A
1 AGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
* * * *
9298402 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
65 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGATTAGTAAAAAGATTAATTTTTAAAATATCTTACTTATTAAT
9298467 TTT
130 TTT
9298470 TGAAATATTA
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AGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
TAGTCATAACTATTTGAACTTGATTAGTAAAAAGATTAATTTTTAAAATATCTTACTTATTAATT
TTATTTGAAATAAGCTTGCATGAAT
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9297786 AAATTTAATT
* *
9297796 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAATAAAAAGGTCATA
1 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGCATGAATAGAAAAAATTGCTTTATGACAAAATAAAAAGGTCATA
** * * *
9297861 ATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAATCATAACTAATTGAACTTGTTCAGTAAGTAGATTC
66 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTAATTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTA
* ** * *
9297926 ATTTTCTTAAATCTCTACTCGTTAAATTTTAGAATATTAATAAATTAATTTTATTTTATTTAGAG
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* ** * * *
9297991 TAAGCCTCTATAAATTGATACAATTGTTTCATAATGAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAA
196 TAAGCCTCTACAAACAGAAACAATTGTTTCATAATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAA
* * * * * * * * ***
9298056 ATAATTATTTCAATAGTTATGACTATTTGAATTTATTCGATAAACAAATTTATTTTAAAATCTTT
261 ATAATTAGTTCAACAATCATAACTATATGAATCTAGTCGATAAACAAATTTATTTTAAAATCCAA
* ** *
9298121 TACTTATTAATTGGAAAAATATTAATAAATTCATATTATTTTAATCCAAATAAGTTTGTGTGAAG
326 TACTTATTAATTGGAAAAATATTAATAAATTCACATTATTTTAATCCAAATAAGACTGTATGAAG
* *
9298186 AAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTTTTCAAATA
391 AAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
*
9298251 GTCATAACTATTTGAACT-TATTAGGTAAAAAGATT-TATTTTTAAAATATTTTACTTATTA
456 GTCATAACTAATTGAACTGT-TTA-GT-AAAAGATTCTATTTTTAAAATATTTTACTTATTA
* * *
9298311 ATTTTATTT-GAAATAAGCTTGCATGAATAGAAAAAAATTGTTTTATGACAATATAAAAAGGTGA
1 ATTTTATTTCG-AATAAGCTTGCATGAATAG-AAAAAATTGCTTTATGACAAAATAAAAAGGTCA
* * * *
9298375 TAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGAT
64 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTAATTGAACTTGTTCAGTAAATAGAT
* *
9298439 TAATTTT-TTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAAAATTATATTATTT
129 TAATTTTCTTAAATCTC-TACTCATTAAATTTTAG-AATATTAATAAATTAAAATTATATTATTT
* * * * * ** * * * *
9298502 CGAATATGCTTGTACAAACAGAAACAATTATTTTTGTGATAAAACCAAATGTCATAATGATTTAA
192 AGAATAAGCCTCTACAAACAGAAACAATT-GTTTCATAATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAA
* * * * * * *
9298567 AATAGATAATT-GTTCAAACAATCATAACTATATGCA-CTGGTCAGGCT-AATAGATTTGTTTTT
256 AATAAATAATTAGTTC-AACAATCATAACTATATGAATCTAGTC--GATAAACAAATTT-ATTTT
* ** * * * *
9298629 TAAATCCAATACTTATTAACTT-TTAGAATATTCATAAATT-AGCATTATTTTATTCCGAATAAG
317 AAAATCCAATACTTATTAA-TTGGAAAAATATTAATAAATTCA-CATTATTTTAATCCAAATAAG
* * ** **
9298692 ACTGTATGCATAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAA
380 ACTGTATGAAGAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAA
* * * *
9298757 TTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACTGGTTTAGTAATAGATTCTATTTTTTAAATCTTTTAC
445 TTGTTCAAATAGTCATAACTAATTGAACT-GTTTAGTAAAAGATTCTATTTTTAAAATATTTTAC
*
9298822 TTTTTA
509 TTATTA
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1 ATTTT
9298833 CAAAATATTA
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ATTTTATTTCGAATAAGCTTGCATGAATAGAAAAAATTGCTTTATGACAAAATAAAAAGGTCATA
ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTAATTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTA
ATTTTCTTAAATCTCTACTCATTAAATTTTAGAATATTAATAAATTAAAATTATATTATTTAGAA
TAAGCCTCTACAAACAGAAACAATTGTTTCATAATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAA
ATAATTAGTTCAACAATCATAACTATATGAATCTAGTCGATAAACAAATTTATTTTAAAATCCAA
TACTTATTAATTGGAAAAATATTAATAAATTCACATTATTTTAATCCAAATAAGACTGTATGAAG
AAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
GTCATAACTAATTGAACTGTTTAGTAAAAGATTCTATTTTTAAAATATTTTACTTATTA
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Alignment explanation
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9298370 GGTGATAGCA
* * *
9298380 ATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTAATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAATTGAACTGGTTTAGT-AATAGATTTATT
* * * * * *
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65 TTTTAAATCTATTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAAACTTATTTTATTCCGAATAA
*
9298509 GCTTGTACAAACAGAAACAATTATTTTTGTGATAAAACCAAATGTCATAATG
129 GCTTGTACAAACAGAAACAATTATTTTTATGATAAAACCAAATGTCATAATG
* * * * * *
9298561 ATTTAAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATAACT-ATATGCACTGG-TCAGGCTAATAGATTTG
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAAT-TGAACTGGTTTA-G-TAATAGATTTA
* * * * *
9298624 TTTTTTAAATCCAATACTTATTAACTTTTAGAATATTCATAAATT-AGCATTATTTTATTCCGAA
63 TTTTTTAAATCTATTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAAAC-TTATTTTATTCCGAA
*
9298688 TAAGAC-TGTATGCATA-A-AAACAATTA-TTTTATGATAAAA-CAAATGGTCATAATG
126 TAAG-CTTGTA--CAAACAGAAACAATTATTTTTATGATAAAACCAAAT-GTCATAATG
* *
9298742 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACTGGTTTAGTAATAGATTCTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAATTGAACTGGTTTAGTAATAGATT-TATT
* * * *
9298807 TTTTAAATCTTTTACTTTTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATCTTGTTTTATT
65 TTTTAAATCTATTACTTATTAATTTT-AAAATATTAATAAATTAAACTTATTTTATT
9298864 TCAAGCAAAC
Statistics
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184 3 0.01
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ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAATTGAACTGGTTTAGTAATAGATTTATTT
TTTAAATCTATTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAAACTTATTTTATTCCGAATAAGC
TTGTACAAACAGAAACAATTATTTTTATGATAAAACCAAATGTCATAATG
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Alignment explanation
Indices: 9299164--9299271 Score: 207
Period size: 54 Copynumber: 2.0 Consensus size: 54
9299154 GGTTTGCAAA
*
9299164 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTAGAATATTATTACATTAG
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1 CAAATTTATTTTTTAAATCTCCTAGTTATTAATTTTAGAATATTATTACATTAG
9299272 TATTATTTTA
Statistics
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Alignment explanation
Indices: 9299164--9299289 Score: 173
Period size: 54 Copynumber: 2.3 Consensus size: 54
9299154 GGTTTGCAAA
* * *
9299164 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTAGAATATTATTACATTAG
1 CAAATTTATATTCTAAATCTCCTAGTTATTAATTTTAGAATATTATTACATTAG
* *
9299218 CAAATTTATTTTTTAAATCTCCTAGTTATTAATTTTAGAATATTATTACATTAG
1 CAAATTTATATTCTAAATCTCCTAGTTATTAATTTTAGAATATTATTACATTAG
* *
9299272 TATTATTT-TATTCTAAAT
1 CA-AATTTATATTCTAAAT
9299290 AAACTTGTGT
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 5, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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CAAATTTATATTCTAAATCTCCTAGTTATTAATTTTAGAATATTATTACATTAG
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Indices: 9299221--9303131 Score: 1928
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9299211 ACATTAGCAA
* * * * *
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* ** * * * *** * * * *
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* * *
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130 AATAGATAATTGTTCAAATAGTC-TAA-TATTTGAAATGGTTCGGTAAACAG
* * * *
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1 ATTTATTTTTTAAATC-TCATACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * *
9299465 TCAAATATGCTTGAATGATCAAAAACATTTGTTATATGACCAAACAAAA-AGTAATAATGATTTG
65 TCAAATAAGCTTGAATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TAATAATGATTTG
* * * * * *
9299529 AAATAGATAATTGTTGAAATGGCCCTAATTATTTGAAATGATTTGGTAAATAG
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCTAA-TATTTGAAATGGTTCGGTAAACAG
* * *
9299582 ATTCATTTTTTAAATCACATACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* ** ** * *
9299647 CAAACAAGCTT-ATATGAACTGAAATGATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCAA-ATTGATTTG
66 CAAATAAGCTTGA-ATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGAT-AATAATGATTTG
* * * * * ** *
9299709 AAATAGATAATTGTTCATATAATCTTAAATGTTTTAACTACTTCGGCAAACAG
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-T-AATATTTGAAATGGTTCGGTAAACAG
* * * *
9299762 ATTTATTTATTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATT
1 ATTTATTT-TTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* ** * * * * *
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65 TCAAATAAGC-T-TGAATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGATAATAATGATT
* *
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* *
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1 ATTTATTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * ** * *
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66 CAAATAAGCTTGAATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATAATAATGATTTGAA
* * * * * * *
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* * * * * * * *
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1 ATTTATTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATT
* * * * * * * *
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65 -TCA--A--A-TA----A--GC---T-TGAATG-AACAA---AAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * * ** *
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* *
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* * * **
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1 ATTTATTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * * *
9300375 CATATAAGCTTGTATTAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAA
66 CAAATAAGCTTGAATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATAATAATGATTTGAA
* ** ** * *
9300440 ATA-AGTAATTGTTCAAATGGTCATAACTATTTGAGCTTATTTGGTAAACAA
131 ATAGA-TAATTGTTCAAATAGTC-TAA-TATTTGAAATGGTTCGGTAAACAG
* * * * * *
9300491 ATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATATATAAGGATTATTTTAT
1 ATTTATTTTTT-AAATCTCATACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * ** * * * * *
9300555 TTTGAATAAGCTTGTATGATA-TGAAACAAATATTTTATGACTAAAAC--AAGGTCA-AACGATT
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* * *** * *
9300616 TGAAATAGATAATTATTCTAATAG-----T-TTT--AACCATTC-GAAAACAC
127 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTAATATTTGAAATGGTTCGGTAAACAG
*
9300660 ATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTCTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* ** * * * * * * *
9300721 CGAATAAGCTTGTCT-AATAAAAAACAATTGGTTTATAACGAAATAAAAGGTTATAATGATTTGA
66 CAAATAAGCTTGAATGAA-CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATAATAATGATTTGA
* * ** * * ** *
9300785 AATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTTTACTGATTTAGTAAACAA
130 AATAGATAATTGTTCAAATAGTC-TAA-TATTTGAAATGGTTCGGTAAACAG
* * * *
9300837 ATTTATTTTTGAAA--TC-T-CTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
*** * * * ** * * ** *
9300897 CGTTTAAGCATGTATTAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTTAA
66 CAAATAAGCTTGAATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATAATAATGATTTGAA
* * * ** ** *
9300962 ATAGATAATTCTTCAAATAGTAATGATTATTT-AAACTTATTCAATAAATAG
131 ATAGATAATTGTTCAAATAGT-CT-AATATTTGAAA-TGGTTCGGTAAACAG
* * * * *
9301013 ATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTT-AAATTTTAATTAATTAGTATTAATTTATT
1 ATTTA-TTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * *
9301077 CCAAATAAACTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAA-AATGATTTG
65 TCAAATAAGCTTGAATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATAATAATGATTTG
* * * * * *
9301141 AAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACT-TATGAACTGGTTTGGTAAATAA
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-TAA-TATTTGAAATGGTTCGGTAAACAG
* * * * ***
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1 ATTTATTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * *
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66 CAAATAAGCTTGAATGAACAAAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGATAATAATGATTTGA
* ** * * * **
9301321 AATTGATAAACGTTCATATAGTTTTAATTATTT-AAATTGGTTCGGCAATTAG
130 AATAGATAATTGTTCAAATAG-TCTAA-TATTTGAAA-TGGTTCGGTAAACAG
* * * * ** * ** * *
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1 ATTTATTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-
* ** * * * * * * * * *
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65 TCAAATAAGCTTGAATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATAATAATGATTTGA
* * *
9301502 AATAGATAATTATTACAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAACAG
130 AATAGATAATTGTT-CAAATAGTC-TAA-TATTTGAAATGGTTCGGTAAACAG
* * *
9301555 ATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * ** **
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65 TCAAATAAGCTTGA-ATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TAATAATGATTT
* * * * * * *
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128 GAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCTAA-TATTTGAAATGGTTCGGTAAACAG
* * * * * ** * *
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1 ATTTATTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * ** * * * ** * * * * *
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66 CAAATAAGCTTGA-ATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATAATAATGATTTGA
* * * * * * * * **
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130 AATAGATAATTGTTCAAATAG-TCTAA-TATTTGAAATGGTTCGGTAAACAG
* * * ** * *
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1 ATTTATTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * ** * * * * * * **
9301982 TGAATAAACTTGTGTAAACAGAAATAATTGTTTTATG-CAAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAA
66 CAAATAAGCTTGAATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATAATAATGATTTGAA
* * * * *
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* * * *
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* * * *** * *
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66 CAAATAAGCTTGAATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATAATAATGATTTGA
* * * * *
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* * * * *
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1 ATTTATTTT-TTAAATCTCATACTTATTAATTTTTGAAATATT-AATAAATTAGTATTATTTTAT
*** ** * ** * * * * * * *
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* * * * * ** *
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** ** * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* *
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*
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* * * * **
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* ** * * * *
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* ** * * *
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* * *
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* * * * * * * * * *
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* ** * * * ** * *
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* * * * * *
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1 ATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * * * * *
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* * * * ** * **
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** * * *
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* * * *
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* * * * * *** * ** * * *
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** * * *
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1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * **
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* * * * * *
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* * * * * *
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1 ATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
*** * * * * * *
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* **
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* * * ** * ** *
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* * * *
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* * * * * ** * *
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* * * ** * * *
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* * ** * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** ** *
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* * * * * *
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* ** * * * *
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* * * * **
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* * * * *
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* * * * * * *
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** * * *
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* * * * *
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* *
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ATT
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* ** **
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*
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* **
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*** * * * ** *** *
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*** ** * * * * *
9301435 TTATGAATAAAATAGTATGAA-TAGAACCAATTGTTTGATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATT
61 TTCCAAATAAGCTTGTATTAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATT
* * * * * * * *
9301499 TAAAATAGATAATTATTACAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAACAGATTTACTTT
125 TGAAATAGATAATTGTT-CAAATGGTCATAACTATTTG-ACTGATTTGGTAAACAAATTTATTTT
* * * *
9301564 TTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCT--AAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAACA
188 TTAAATCTCTT-CTTATTAATTTT-TAGAAATATTAATAAATTAAG-ATTATTTTA-TCCGAATA
* * * * * * * *
9301626 AACTTATATGAA-TGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGG
249 AGCATGTATGAACTG-AAACAAATATTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA
* * * * * ***
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312 TAATT-ATT-CATA---ATGAGTATTTAAACTCA-TTCAATAAA
* * ** *
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1 CA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTA--T-T-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTT
* * * * * * * * * ** * *
9301797 ATTCCAAGTAAACTTATATGAGCTGAAATAATTATCTTAAAATAAAATAAAAGGTTATAATGATA
60 ATTCCAAATAAGCTTGTATTAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATT
* * * * * ** * * ** *
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125 TGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTCATAACTATTTG-ACTGA-TTTGGTAAACAAATTTATTTT
* * * * * **
9301926 TTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTCA-AAATATTATTACATT-AGTATTATTTTATTTTGAATAA
188 TTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTAGAAATATTAATAAATTAAG-ATTATTTTA-TCCGAATAA
* * * * * * * * * *
9301989 ACTTGTGTAAACAGAAATAATTGTTTTATG-CAAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGATA
250 GCATGTATGAACTGAAACAAATATTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATA
* ** * * ***
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314 ATTATTC--ATA---ATGAGTATTTAAACTCA-TTCAATAAA
* * * ** * * * **
9302094 TAGATTTAATTTTTAAATCAATTACTAATTCTTGAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTT
1 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTCC
* *
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* * *
9302213 -ACAAT---T--TTGTTCAAATGG-CTATAATTATTTGAACTGAGTTGGTAAACTAATTTATTTT
126 GA-AATAGATAATTGTTCAAATGGTC-ATAACTATTTG-ACTGATTTGGTAAACAAATTTATTTT
* * * * ** *
9302271 GTTAAATTTCTTACTTACTAATTTTT-GAAATATTAAAAAAAGT-AGTATTATTTTATTTTGGAT
188 -TTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTAGAAATATT-AATAAATTAAG-ATTATTTTA-TCCGAAT
* * * * * * * * * * * *
9302334 AAGCTTTTATAAACTGAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGTTCATAATAATTTCAAAT-TA
248 AAGCATGTATGAACTGAAACAAATATTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA
* * * **
9302398 -AATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTT-AAGTAAA
312 TAATTATTC--AT-A--ATGAGTATTTAAACTCATTCAA-TAAA
* * *
9302440 CAAATTTATTTTTTCAAATCTTTTGGTTATTAATTGTTTG-AATGTTAATAAATTA--A-TGTTT
1 CAAATTTATTTTTT-AAATC---T-CTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * * * ** *
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60 ATTCCAAATAAGCTTGTATTAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATT
* * * * * * * * * * *
9302566 TGAAATAGATCATTATTCTAATAGCCTTAGCCATTTCAACTGATTTGGCAAACATATTTATTTTT
125 TGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTCATAACTATTT-GACTGATTTGGTAAACAAATTTATTTTT
* **
9302631 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTATTAAATT-AGTATTATTTTTATTTGAATAAG
189 TAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTAGAAATATTAATAAATTAAG-ATTA-TTTTATCCGAATAAG
* * * * * * * * * *
9302694 CTTATATGATCAGAAACAAATTTTTTTTGACAAAACAATA-ATCATAA-AATTTGAGATTGATAT
251 CATGTATGAACTGAAACAAATATTTTATGACAAAACAA-AGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA
* * * * ** *
9302757 TTGTTCA-AATGGTCGTAACTAATTGAATTGGTTCAGA-ATA
315 TTATTCATAAT-G-AGT-A-T--TTAAACTCATTCA-ATAAA
* ** * * *
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1 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTAAT--TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTA-
*** * * * * * *
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* * * * * * *
9302926 TTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATATCTATTTGAGCTTG-TTCGATAAACATATTTATTTT
125 TGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTCATAACTATTTGA-C-TGATTTGGTAAACAAATTTA-TTT
* * * *
9302990 TTTAAATCTCTCACTTATTAATTTTTTG-AATTTTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCGAATG
187 TTTAAATCTCT-TCTTATTAATTTTTAGAAATATTAATAAATTAAG-ATTATTTTA-TCCGAATA
** * *
9303053 AGGTTGTATGAACTGAAA-TAAT-TGTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA
249 AGCATGTATGAACTGAAACAAATAT-TTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA
*
9303116 TAATTGTTC-TAAT-AGT-TTT-AACT-ATT---TAAA
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* * * ** * * * * * *
9303146 CTAGTTCA----GCAAAACAC--ATTTATTTTT----TATTATTAAATTAGTATTATCTTAATCT
1 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTATTCC
* * * ** * * * * * * *
9303201 GAATAAGCTTATATGAAAAAAAACAATTGTTCTATAACAAAAT-AAAGATCATTACGATTTGAGA
65 AAATAAGCTTGTATTAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAA
* * ** ** * *
9303265 TATATAATTATTCAAAAAGTCATAACTATTTGAGCT-AGTTTAATAAACAGATTTAGTTTTT-AA
130 TAGATAATTGTTCAAATGGTCATAACTATTTGA-CTGA-TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
* * * * * ** ***
9303328 TACTC--C-TATTAATTTTCA-AAATCTTAATGAATCAATATTATTTTATTCTAAATAATTTTGT
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* * * * *
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* * * * *
9303452 TTCAAATGAACATGACTATTTGAACTTATTTAGTAAA
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* *
9303489 CAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTCT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
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** * * * * * *
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60 ATTCCAAATAAGCTTGTATTAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAA-TGA
* **
9303616 TTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGA
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9303656 GCTTGTTTAG
Statistics
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* *
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* * * * * *
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* * * * ** * * *
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* * * ** *
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
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* *
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* * * *
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* * *** *
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* * **
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* ** * * *
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* * * ** ** *
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*** ** * * * * *
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** * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * **
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* * * ** * *
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* * * * * * * * * * * *
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* * * * * * * ** *
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* * ** * * * *
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* * * * * * *
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* **
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321 CAAATAGTCATAATTATTTAAA-TTGTTCAGTAAATAG
* * * * * *
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1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTC
* * **** * * *
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* * * * *
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129 AATAGATAATTATTCAAATAGTCT-TAACTTA--TGAACTG-GTTTGGTAAACAAATTTATTTT-
* * * * * *
9302272 TTAAATTTCTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAAAAAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAG
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* * * * * * * * *
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253 CTTGTATGAA--GAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA
* * * * * * *
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* ** * *
9302443 ATTTATTTTTTCAAATCTTTTGGTTATTAATTGTTTG-AATGTTAATAAATTA--A-T-GTTTAT
1 ATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-T-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTAT
* * * * ** *
9302503 TCCAAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATGGTTTTACGACTAAACAAAAGGTTAAAACAACTTG
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* * * * * * * *
9302568 AAATAGATCATTATTCTAATAGCCTTAGCCATT-TCAACTGATTTGGCAAACATATTTATTTTTT
128 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTA-AC-TTATGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTT
*
9302632 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTT-GAATAAGCT
191 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCGAATAAGCT
* * * * *
9302696 TATATGATCAGAAACAAATT-TTTTTTGACAAAACAATAA--TCATAA-AATTTGAGATTGATAT
255 TGTATGA--AGAAA-AAATTGTTTTATGACAAAACAA-AAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA
* * * * *
9302757 TTGTTCAAATGGTCGTAACTAATTGAATTGGTTCAG-AATATAG
316 TTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAATT-GTTCAGTAA-ATAG
* * * * * *
9302800 GTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTTGAAATATTAATAAAGTAGTTTTATTTTAGTT-
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTA-TTC
*** * * * * * * * *
9302864 TGGACAAGTTTTTATAAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAAGGTCATAATGATTTTA
65 CAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACTAAA-CAAAAGGTTATAATGATTTGA
* * * * * * * *
9302929 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATATCTATTTGAGCTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTTA
129 AATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACT-TATGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTTA
* * * * *
9302994 AATCTCTCACTTATTAATTTTTTG-AATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATGAGGTT
192 AATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT
* *
9303058 GTATGAACTGAAATAATTG-TTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTG
256 GTATGAA--GAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTG
* ** * * * * *
9303122 TTCTAATAGTTTTAACTATTTAAACTAGTTCAGCAAAACAC
319 TTCAAATAGTCATAATTATTTAAA-TTGTTCAG-TAAATAG
9303163 ATTTATTTTTTA
1 ATTTATTTTTTA
9303175 TTATTAAATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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344 3 0.00
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350 3 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (357 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTCC
AAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAA
TAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTTATGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG
AAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
AGTCATAATTATTTAAATTGTTCAGTAAATAG
Found at i:9303667 original size:181 final size:175
Alignment explanation
Indices: 9303173--9303668 Score: 557
Period size: 181 Copynumber: 2.8 Consensus size: 175
9303163 ATTTATTTTT
* * * * * * *
9303173 TATTATTAAATTAGTATTATCTTAATCTGAATAAGCTTATATGAA-AAAAAACAATTGTTCTATA
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* * *
9303237 ACAAAAT-AAAGATCATTACGATTTGAGATATATAATTATTCAAAAAGTCATAACTATTTGAGCT
64 ACAAAATAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTC-AAAAGTCATAACTATTTGAGCT
* *
9303301 AGTTTAATAAACAGATTTAGTTTTTAATACTCCTATTAATTTTCAAAA
128 TGTTTAGTAAACAGATTTAGTTTTTAATACTCCTATTAATTTTCAAAA
* * * * * ** *
9303349 TCTTAATGAATCAATATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACTA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTA-TA
* * * * * * *
9303414 TAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGAACATGACTATTTGAACTT
65 CAAAATAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAAAG-TCATAACTATTTGAGCTT
* * * *
9303479 ATTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAA-TTTCTAGAA
129 GTTTAGTAAACAGATTTAGTTTTT-AA--TACT-CCTATTAATTTTC-AAAA
*
9303530 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTAT-A
* *
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65 CAAAATAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAA-AGTCATAACTATTTGAGCTT
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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** * ** * * * **
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1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
** *
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* ** * *
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* * * * * * *
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* ** * * *
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* ** * * * *
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* * * * * *
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* ** *
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* * * * * * * *
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1 -AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT-TATTCAAATAGTCA
* * * * ** * * *
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* * * *
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* * * * * *
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1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * *
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* * *
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** * ** * * * * *
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* * ** * * **
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* * * * * * * **
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1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* *** *
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* * * * *
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* * *** *
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1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* ** * * *
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* * * * * *
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* * *
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1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * *
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*
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* * * * * *
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1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* ** * *
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*
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129 ATATTAATAAATT
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* * * * * * *
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** * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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*
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* * *
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* * * *
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* * *
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* * *
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* * * * **
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** * * *
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* * * **
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* *
9304666 TCAGCAAAAAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTGGTTATTAATTTTTATAATATTATTAAATTAG-
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* *
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* * * * * * *
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1 TATGAATAGAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTTATAAC-ATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * *
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* * * *
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* * ** *
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* * * * * *
9305010 AATTATTTGAACTGATTCGATAAACTGATTTATTTTTAAATCTTCAACTTCTCAATTTTTGAAAT
253 AACTATTTGAAATGATTTGGTAAA-TGATTTATTTTTAAATC-T---CTTATTAATTTTTGAAAT
* * * * *
9305075 ATTAATAAACTAATATTATTTCATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGAT
313 ATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGAT
* * * * *
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* * * *
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* *
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* * * *
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1 TATGAA-TAGAAACAATTATTTTAT-AATAAAACAAAAGGTTATAA-CATTTGAAATAGATAATT
* * * * *
9305357 GTTCTAATAGTCT-TAACTATTTGAATTGGTTTAATAAACACATTGATTTTTTTAAATCTCTTAC
63 GTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAATTGGTTCAGT-AACAAATTCA-TTTTTTAAATCTCTTAC
* * ** * *
9305421 TTATTAATTTTTAAAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGA
125 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTAT-AATAGA
* ** * * * *
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188 AAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTA-TC
* * * ** *
9305550 AAACTAATTGAAATAATTTTGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTTTTAATTTTTGAAATAT
252 AAACTATTTGAAATGATTTGGTAAA-TGATTTA-TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATAT
* * ** ** *
9305615 TAATAAATTAGTGTTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAATAAAAACAATTGTTTTACGATAA
315 TAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAAT-AAAACAATTGTTTTATGATAA
* * * * * * * * * *
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** * * **** * * *
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*
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* * * * *
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* * * * * * * *
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65 TCAAATAGTTATAACTATTTGAA-TTGGTTCAGT-AACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * *
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* * * * *
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190 A-AAT-TGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCAT-AATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTA-
* * **** ** * *
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250 TCA-AACTATTTGAAATG-ATTTGGTAAA-TGATTTATTTTT-AAA--TCT-CTTATTAATTTTT
* *** * * * *
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308 GAAATATTAATAAA-TTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTT-ATATGAATA-AAACAATTGTT
* * * * * ** *
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* * * * * * * * * *
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433 TTGAACTTGTTCAGCAAAAAAATTTATTTTTT-TAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTATAATATT
* * * *
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497 AATAAATTAGATATTA-TTTA-TTTCAATAAGCTTG
* * * * * * *** *
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1 TATGAA-TAGAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTTA-TAACATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * * * *
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64 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAA-TTGGTTCAGT-AACAAATTCATTTTTT-AAATCTCTTACT
* * * * ** * * *
9306505 TATTAATTGTGAAAATATTAATTAATTAGTTTTATTCTAATCTGAATAAACTTGTATGAATAGAA
126 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTATT-TTATTTGAATAAGCTTGTAT-AATAGAA
* * * *
9306570 ACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTC
189 AAAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTA-TC
* * * *
9306634 ATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATAAATTGTCT
252 A-AACTATTTGAAATGATTTGGT-AA-ATGATTTA-TTTTTAAATC---T-CTTATTAATT-T-T
* * * * *
9306698 T--AATATTAATAAATT--TATTATTTTA-TTTGAAATGAGCTTGTATGAATAGAAAAAAATTAT
307 TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTG-AATAAACTTATATGAAT--AAAACAATTGT
* * * * * * *
9306758 TTTATG-CAAAACAAAAGGTTATAGC-ATTTCAAAT--ATAAATTATTCAAACAGTCATAATTAT
369 TTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAA-TATTCAAATAGCCATAACTAT
* ** *
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433 TTGAACTTGTTCAGCAAAAAAATTTATTTTTTTAAATCTCTT
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CAAATAGTTATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATAATAGAAAAAATTG
TTTTATGACAAAACAAAGATCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTATCAAACTATTT
GAAATGATTTGGTAAATGATTTATTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAA
TATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAATAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCA
TAACGATTTGAAATAGATAAATATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTGTTCAGCAAAAAAAT
TTATTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTATAATATTAATAAATTAGATATTATTTATTTC
AATAAGCTTG
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9309693 ATTGAACCAG
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*
9309738 TTCAAATAGTTATA
1 TTCAAATAATTATA
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TTCAAATAATTATACTAT
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9310590 TTTTGTTTTG
* * * * *
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* * * ** *
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* * * *
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* * * * *
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* *
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* *
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* * * * * *
9310961 TCAATTAGTTATAACTATTTGAACTTGTACGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTTTTACTAAT
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* * *** *
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* * **
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* * * * * * * ** * *
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1 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * * * *
9311205 TAATTGTCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTT-AATAAGCTTGTATGAACAAAAACA
66 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTATATGAACAAAAACA
* * *
9311269 ATTGTTATATGAGAAAACTAAAA-GTCATAACGATTTAAAATAAATAATTGT
131 ATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGT
* * * * * * * *
9311320 TAAAATAATCATAATTGTTTAAACTTATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTAT
1 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
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9311405 GCTCAAGCAC
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TCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTATATGAACAAAAACA
ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGT
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1 TT
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Statistics
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TTAAAATAACATAATTG
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9312721 TGTAGAGAAA
* * * * *
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* * * * *
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*
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1 AGGGTAATG
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AGGGTAATGGCACATTAGGCATAGAGGCGTTGCATGGTTCAACAAGCTAGCATCACAGAAACCTA
TATGATGCAAGTGCTACATGCCCCAAAAGGCCAATTGAGCACGAAGAG
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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*
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*
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1 AGAACCACTCCCTATCTCAGTG
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1 AGAACC
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AGAACCACTCCCTATCTCAGTG
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9357897 TGGTTCTACC
*
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131 GGACCTCTTTTGCACCTCTATGCCTGGTCTACCTTACATATTGACTTGGTTTTAGTAGCTTTAGA
* *
9358102 ACTGCTCCCTGTCTCAATAAGAACCCTTGGCTTGGTCTTTCCTATCGACAATGACATATAAACTC
196 ACTGCTCCCTGTCTCAATAAGAACCCTTGGCTTGGTCTTTCCTACCAACAATGACATATAAACTC
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*
9358232 GCCACAAACTTCCTTAGCCTAAGCGGCCATAGTCCATCT-AAAAGGCTAGCCATAATGGATCACC
326 ACCACAAACTTCCTTAGCCTAAGCGGCCATAGTCCAT-TGAAAAGGCTAGCCATAATGGATCACC
*
9358296 TCCTCGTAGCTACACCTG
390 TCCTCATAGCTACACCTG
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1 TATTCTTGGGCATACACTTGTACTTACGCCTGGGTCTGTCTGGAAGCTACTAAACCAAATCCACT
* * *
9358379 GGCTTAAGCTTCCAAAGCTCATTTTCGTGCCTATGCATCCATTTTGTGTCATGGTCCTACCCTTG
66 GGCTTAAGCTTCCAAAGCTCATTTTAGTGCCTACGCATCCATTTTGTGTCATGGTCCTACCCTTA
9358444 GGACCTCTTTTGCACCTCTATGCCTGGTCTACCTTACATATTGACTTGGTTTTAGTAGCTTTAGA
131 GGACCTCTTTTGCACCTCTATGCCTGGTCTACCTTACATATTGACTTGGTTTTAGTAGCTTTAGA
* *
9358509 ACTGCTCCCTGTCTCAATAAGAACCCTTGGCTTGGTGTTTCCTACCAACAGTGACATATAAACTC
196 ACTGCTCCCTGTCTCAATAAGAACCCTTGGCTTGGTCTTTCCTACCAACAATGACATATAAACTC
9358574 ATTGAATACATTAGTGTAGCACGTGTGTAGCTTAGAACATCTAAGGGCATCACAAACTTGTTATT
261 ATTGAATACATTAGTGTAGCACGTGTGTAGCTTAGAACATCTAAGGGCATCACAAACTTGTTATT
* * *
9358639 ACCTCAAACTTCCTTAGCCTAAGCGGCCATAGTCCCTTGAAGAGGCTAGCCATAATGGATCACCT
326 ACCACAAACTTCCTTAGCCTAAGCGGCCATAGTCCATTGAAAAGGCTAGCCATAATGGATCACCT
9358704 CCTCATAGCTA
391 CCTCATAGCTA
9358715 GTTAGTAGGC
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Matches are distributed among these distances:
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TATTCTTGGGCATACACTTGTACTTACGCCTGGGTCTGTCTGGAAGCTACTAAACCAAATCCACT
GGCTTAAGCTTCCAAAGCTCATTTTAGTGCCTACGCATCCATTTTGTGTCATGGTCCTACCCTTA
GGACCTCTTTTGCACCTCTATGCCTGGTCTACCTTACATATTGACTTGGTTTTAGTAGCTTTAGA
ACTGCTCCCTGTCTCAATAAGAACCCTTGGCTTGGTCTTTCCTACCAACAATGACATATAAACTC
ATTGAATACATTAGTGTAGCACGTGTGTAGCTTAGAACATCTAAGGGCATCACAAACTTGTTATT
ACCACAAACTTCCTTAGCCTAAGCGGCCATAGTCCATTGAAAAGGCTAGCCATAATGGATCACCT
CCTCATAGCTACACCTG
Found at i:9371481 original size:27 final size:25
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9371441 GAGCCAAGCC
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1 CAAGT
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CAAGTGCACACTGGTGAGTGATGTA
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9371451 CAAGTGCAGG
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1 CACTGGTGAGTGATGTACAAGCA
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1 CACTGGTGAGTGATGTACAAG
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CACTGGTGAGTGATGTACAAGCA
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9434684 ACATGTGGTA
*** *
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1 ATGGTGGTCGAGGCAAATGCCCATACCAAAAACCAGCTTATGTTG
* * *
9434739 ATGGTGGTTGAGGCAAGTGCCTATACCAAAAACCAGCTTATG
1 ATGGTGGTCGAGGCAAATGCCCATACCAAAAACCAGCTTATG
9434781 CCAATGATGG
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9434833 TGGTAGAGGT
* *
9434843 ATATGCCTACACCATGCAGCAGC
1 ATATGCCCACACCATGCACCAGC
* **
9434866 ATGTGCCCACACCATGCATTAGC
1 ATATGCCCACACCATGCACCAGC
* * *
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1 ATATGCCCACACCATGCACCAGC
* *
9434912 ATATGCCCACACCATGCACTAAC
1 ATATGCCCACACCATGCACCAGC
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1 ATATGCC
9434942 AGTGATGGTC
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Matches are distributed among these distances:
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ATATGCCCACACCATGCACCAGC
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* * * * * * *
9434843 ATATGCCTACACCATGCAGCAGCATGTGCCCACACCATGCATTAGC
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*
9434889 GTATGCCCACACCATACACCAACATATGCCCACACCATGCACTAAC
1 ATATGCCCACACCATACACCAACATATGCCCACACCATGCACTAAC
9434935 ATATGCC
1 ATATGCC
9434942 AGTGATGGTC
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 9, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
46 44 1.00
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* *
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*
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*
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* * * * *
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* * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * *
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* * *
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* *
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* *
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* *
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*
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GAAGGATGGCAAGACATCCGATTTCCATTGATTTCGATATACGGCATAGGATCCTAATTGCACCC
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CATCCACACACACTAGTCTATAACCCACCCAATTGATTATTCGAAGAGCAAGCAGATAAAACAAC
GTACGAGGCCATGCCACAACTACTTGGCATGGGAAAAACAAAAGCAATGTCCATGAAACTACCAC
TGCCATCCAATAGGCAACAA
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* *
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* * * *
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* *
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*
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66 CTTACCTATATT
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1 TTTTGATTTTGAT
* *
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1 TTTT
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*
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* * * *
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* *
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*
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*
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* * *
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* *
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* * *
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* * * * *
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*
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* *
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* *
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*
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* * * *
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* * *
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*
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*
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*
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*
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*
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66 AGGTCC
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9576978 CTTACATCCT
9576988 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TATA TTA
1 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA T-TA TTA
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1 TT
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TTA
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* *
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1 AATTAATAAATATAAATTCATATATT-ATTAATAATATA
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AATTAATAAATATAAATTCATATATTATTAATAATATA
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*
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1 TATTATAATTATA
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TATTATAATTATATATCAA
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TATTAATTATATTAT
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1 ATATTATTAACTTGAATTATATT
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*
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*
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* *
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1 A
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*
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* * *
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* *
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1 AATAAATATTATTATAATTAT
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AATAAATATTATTATAATTAT
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*
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*
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*
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* * *
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1 ATAATTTAATATTATATAATTTATAGT
* *
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* *
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Done.