Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167904.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_17, whole genome shotgun sequence
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Warning! 100000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 55 of 121
Found at i:9579858 original size:20 final size:20
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TATATAATTAATTAAATAAAGT
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* *
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* * *
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ATTATATAATTAATTAATAAATAATATTAATTATATT
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1 AT
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ATTAAATAGATTATATAATTAATTAATAAAGTTAT
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TAATATATATTAATAATTAG
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*
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TATTATTATATAACAT
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TATTTAATACATAATATAT
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* * * *
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TATAGTATTAATCTATATTTAATACATAAATATAATTATAAACA
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* * *
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*
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AT
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1 ATA
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* *
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1 A
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TAATTATAATT
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*
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TTAATAATTATT
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* * * *
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TATTATAATATTATAT
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*
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TTAATAATAAATAA
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* * **
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*
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** *
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* * * * *
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* * ** * *
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* ** * * *
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*
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* * *
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* * * * *** * ***
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**
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* * * * *
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*
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* * * * *
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* * * ** * *
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* *
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* * * * *
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* * *
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* *
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* * * * *
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* * * * * * * * * ** * *
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** *
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* * * * * * *
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*
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AATTATGTATTATCTATTAT
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* **
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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* **
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*
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* *
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9598371 TATATAAATAATT
1 TATATAAATAATT
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1 TATATAAATAATT
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1 TATAT
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Statistics
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TATATAAATAATT
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9598286 ATAAAATAGT
*** *
9598296 TTTATATTAAATAAATTTATTTTATATATTTTTAATTAATTATTATAA
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* *
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1 TTTATATTA-AATAA-AT--TTATTTTATATATAAATAATTAATTATAATAA
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1 TTTATATT
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TTTATATTAAATAAATTTATTTTATATATAAATAATTAATTATAATAA
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9598616 TTTATTTAATTAATAAATATTTG
1 TTTATTTAATTAATAAATATTTG
* *
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1 TTTATTTAATTAATAAATATTT
9598661 ATTTTAAAAT
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TTTATTTAATTAATAAATATTTG
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9599095 TGGAATAAGG
* * * * *
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1 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAGATAAT
* * * *
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* * * * **
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* * * *
9599281 TTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAATGTCTTAACAATTTGAAATATATAAT
1 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * * * * * **
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65 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGCTCGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* **
9599411 TATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAAC
129 TATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAC
* * * * * *
9599462 TTGTATGAATATAAGCAATCGTTTTATGACAAAACAAAAGATTATAACAATTTAAAATAAATAAT
1 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAGATAAT
* *
9599527 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTCGCTCGGTAAACATATTTATTTTTTGAAA-CTTTTAC
65 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GCTCGGTAAAAAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTAC
*
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* * ** *
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1 TTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAA-AGTCATAACAATTTGAAATAGATAA
* * * ** * * *
9599706 TTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAACATGTTTAG-AAAATGAATTTATTTTTT-TATTTTTTA
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* ** * * ** *
9599769 TTTATTAATTTTTGGAATATCAATAAATTTA-TAATATTTTA-TTCGAGTTAAGC
127 CTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAAC
*
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9599862 GTAATAATGT
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TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGCTCGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
TTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAC
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9599841 TGTTTTATGA
*
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1 CAAAACAAAAGATAATAATGTTTT
9599899 GAAATAGATA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
24 23 1.00
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CAAAACAAAAGATAATAATGTTTT
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9600100 TAGAAACAAT
* ** * * * * *
9600110 AAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAAACAATTATTCAAATAGTCATAACAATTTAAACTTG-
1 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGA
* * * * * * *
9600174 TTCGGTAAATAGATTTATTATTTAAATCTTTTACTTATTAAATGTCTT--AATATTAATA-AATT
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** *** * **
9600236 TGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGGACA-T--AATAAATCATTTTATGACA
128 AATATTATTTTATTTTGAATAAG-TTATAT-GA-ATTGAAAT-AATTGTTTTATGACA
* * ** * * * * *
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1 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGAT
* * * * *
9600356 TCGATAAACAAATTCATTTTTTTAAATATCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAATAGCA-TAT
66 TCGATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGAATTAA
9600420 TATTATTTTATTTTGAATAAGTTTATATGAATTGAAATAATT-TTTTATGACA
130 TATTATTTTATTTTGAATAAG-TTATATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACA
* * * *
9600472 AAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGATCT-AG
1 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-
* * * * * **
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65 TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGAATTAA
* * * * * * *** *
9600597 TAATATTTTAATTCGAATAAACTTGTGTGAACAAAAACT-ATTGTTTTATAACA
130 TATTATTTTATTTTGAAT-AAGTTATATGAATTGAAA-TAATTGTTTTATGACA
* * * * *
9600650 GAACAAAAAGTCATAA-GATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATAGTCATAACTATTTAAACTAA
1 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
* * * * * *
9600713 TTTGATAAATAGATTTATTTTTT-AA-ATC-T-CTTATTAATTTTTGAAATACTAATAG-GTTAC
65 TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGAATTAA
* * *
9600773 TATTATTTTATTATGAACAA---A-A--ACATT----T-A---TTTTATAACA
130 TATTATTTTATTTTGAATAAGTTATATGA-ATTGAAATAATTGTTTTATGACA
* * * *
9600812 AAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTAGTT-AACTGGT
1 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGAT
* * * * * * * *
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66 TCGATAAACA-AATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGAATTAA
* * * * * *
9600938 TTTTATTTTGTTTCGAATAAGCTAGTATGATTTGAAAAAATTGTTTTATGAC-
130 TATTATTTTATTTTGAATAAGTTA-TATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACA
* * * * * *
9600990 -AACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATACATATAGTCTTAACTATTTGAACCGAT
1 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGAT
* ** ** ** * * *
9601054 TTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCCCTTTGTTATTAATTTTTAAAATATTATTAG-ATTAGT
66 TCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGAATTAAT
* * * * *
9601118 ATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGGATAGAAATAATTATTTTATGACA
131 ATTATTTTATTTTGAAT-AAGTTATATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACA
* * * * * * * * *
9601170 GAAGAAAAGGTTATAATGATTTGAAGT-GTACAATCGTTCAAATGGTCATTACTATTTGAACTAA
1 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
* * * *
9601234 TTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAA-ACTTTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATA-AATTA
65 TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATA-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGAATTA
* * ** * * * *
9601297 ATATTATTTTATTTCGAATAAGCTA-ATGAGATAAAAAACAATTGTTATATAACC
129 ATATTATTTTATTTTGAATAAGTTATATGA-AT-TGAAATAATTGTTTTATGACA
* * * * * *
9601351 AAACAAAAGGTGATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGCA-TGAT
1 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGAT
* * * * *
9601415 TCAATAAACAGATTCATTTTTTAAATCA-CCTACTTATTAATTTTTGTAATA-TAATTA-AATTA
66 TCGATAAACAAATTTATTTTTTAAAT-ATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA-TAGAATTA
* * * * * *
9601477 ATATTATATAATTTTGAATAAGCTTCTATAAACTGAAACAATTGTTTTATGACA
129 ATATTATTTTATTTTGAATAAG-TTATATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACA
* * * * * *
9601531 AAACACAAGATCAT-ACGATTTTAAATAGACAATTATTCAAATAGT
1 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
9601576 ATTATTTTAT
Statistics
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0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
162 47 0.05
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171 2 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGAT
TCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGAATTAAT
ATTATTTTATTTTGAATAAGTTATATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACA
Found at i:9600895 original size:162 final size:165
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9600614 TAAACTTGTG
* *
9600624 TGAACAAAAACTATTGTTTTATAACAGAACAAAAAGTCATAAGATTTGAAATAAATAATTGCTTA
1 TGAACAAAAACTATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAAGATTTGAAATAAATAATTGCTTA
* * *
9600689 AATAGTCATAACTATTTAAACTAATTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAA-TC-T-CTTATTAAT
66 AATAGTCATAACTAGTTAAACTAATTAGATAAATAGAATTATTTTTTAAACTCATACTTATTAAT
9600751 TTTTGAAATACTAATAGGTTACTATTATTTTATTA
131 TTTTGAAATACTAATAGGTTACTATTATTTTATTA
* * * *
9600786 TGAACAAAAAC-ATTTATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
1 TGAACAAAAACTA-TTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAA-GATTTGAAATAAATAATTGCT
** * *
9600850 TAAATAGTCATAACTAGTT-AACTGGTTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAACTCATATTTATTA
64 TAAATAGTCATAACTAGTTAAACTAATTAGATAAATAGAATTATTTTTTAAACTCATACTTATTA
*
9600914 ATTTTTGAAATATTAATA
129 ATTTTTGAAATACTAATA
9600932 AGTTCATTTT
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 14, Indels: 7
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
161 1 0.01
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AATAGTCATAACTAGTTAAACTAATTAGATAAATAGAATTATTTTTTAAACTCATACTTATTAAT
TTTTGAAATACTAATAGGTTACTATTATTTTATTA
Found at i:9601226 original size:521 final size:523
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Period size: 521 Copynumber: 2.0 Consensus size: 523
9600270 ATAATAAATC
* * *
9600280 ATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAGCGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAATTA
1 ATTTTATAACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTA
* * * * *
9600345 TTTAAACTTATTCGATAAACAAATTCATTTTTTTAAATATCTTAATTATTAATTTTTGGAATATT
66 GTTAAACTGATTAGATAAACAAATTCATTTTTTTAAATATCATAATTATTAATTTTTGAAATATT
* * *
9600410 AATAGCATATTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTATATGAATTGAAATAATTTTTTATGACAAAA
131 AATAGCATATTATTATTTTATTTCGAATAAGTCTATATGAATTGAAAAAATTTTTTATGAC-AAA
* * *
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195 CAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTATACAAATAGTCATAACTATTTGACCGAGTTCG
* * *
9600540 ATAAACATATTTATTTTCTAAATTTTTTATATTAATTGTCAAAATATTAAAAATTAATAATATTT
260 ACAAACAAATTTATTTTCTAAATTTTGTATATTAATTGTCAAAATATTAAAAATTAATAATATTT
* *
9600605 TAATTCGAATAAACTTGTGTGAACAAAAACTATTGTTTTATAACAGAACAAAAAGTCATAAGATT
325 TAATTCGAATAAACTTGTATGAACAAAAACTATTATTTTATAACAGAACAAAAAGTCATAAGATT
* * *
9600670 TGAAATAAATAATTGCTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTAATTTGATAAATAGATTTATTTTT
390 TGAAATAAACAATCGCTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTAATTCGATAAATAGATTTATTTTT
* ** *
9600735 T-AAA-TCT-CTTATTAATTTTTGAAATACTAATAGGTTACTATTATTTTATTATGAACAAAAAC
455 TAAAACTCTACTTATTAATTTTTGAAAGACTAATAAATTAATATTATTTTATTATGAACAAAAAC
9600797 ATTT
520 ATTT
* * * * *
9600801 ATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTA
1 ATTTTATAACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTA
* * * * *
9600866 GTT-AACTGGTTAGGTAAATAGAATT-A-TTTTTTAAA-CTCATATTTATTAATTTTTGAAATAT
66 GTTAAACTGATTAGATAAACA-AATTCATTTTTTTAAATATCATAATTATTAATTTTTGAAATAT
* * *
9600927 TAATAAG-TTCATT-TTATTTTGTTTCGAATAAG-CTAGTATGATTTGAAAAAATTGTTTTATGA
130 TAAT-AGCAT-ATTATTATTTTATTTCGAATAAGTCTA-TATGAATTGAAAAAATT-TTTTATGA
* * * * *
9600989 C-AACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATACATATAGTCTTAACTATTTGAACCGA
191 CAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTATACAAATAGTCATAACTATTTG-ACCGA
* * * * * * *
9601053 -TTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCCCTTTGT-TATTAATTTTTAAAATATTATTAGATTA
255 GTTCGACAAACAAATTTATTTTCTAAAT---TTTGTATATTAATTGTCAAAATATTA-AAAATTA
* * * * * * * * * *
9601116 GTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGGATAGAAA-TAATTATTTTATGACAGAAGAAAAGG
316 ATAATATTTTAATTCGAATAAACTTGTATGAACAAAAACT-ATTATTTTATAACAGAACAAAAAG
* * ** * * *
9601180 TTATAATGATTTGAAGTGTACAATCG-TTCAAATGGTCATTACTATTTGAACTAATTCGATAAAT
380 TCATAA-GATTTGAAATAAACAATCGCTT-AAATAGTCATAACTATTTAAACTAATTCGATAAAT
* *
9601244 AGATTTATTTTTTAAAACTTTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAATATTATTTTAT
443 AGATTTATTTTTTAAAAC-TCTACTTATTAATTTTTGAAAGACTAATAAATTAATATTATTTTAT
9601309 T
507 T
9601310 TCGAATAAGC
Statistics
Matches: 422, Mismatches: 70, Indels: 30
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
517 75 0.18
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Consensus pattern (523 bp):
ATTTTATAACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTA
GTTAAACTGATTAGATAAACAAATTCATTTTTTTAAATATCATAATTATTAATTTTTGAAATATT
AATAGCATATTATTATTTTATTTCGAATAAGTCTATATGAATTGAAAAAATTTTTTATGACAAAC
AAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTATACAAATAGTCATAACTATTTGACCGAGTTCGA
CAAACAAATTTATTTTCTAAATTTTGTATATTAATTGTCAAAATATTAAAAATTAATAATATTTT
AATTCGAATAAACTTGTATGAACAAAAACTATTATTTTATAACAGAACAAAAAGTCATAAGATTT
GAAATAAACAATCGCTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTAATTCGATAAATAGATTTATTTTTT
AAAACTCTACTTATTAATTTTTGAAAGACTAATAAATTAATATTATTTTATTATGAACAAAAACA
TTT
Found at i:9601809 original size:278 final size:278
Alignment explanation
Indices: 9601333--9601854 Score: 629
Period size: 278 Copynumber: 1.9 Consensus size: 278
9601323 TGAGATAAAA
* *
9601333 AACAATTGTTATATAACCAAACAAAAGGTGATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCC
1 AACAATTGTTATATAACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCC
* * * ** * **
9601398 ATAATTATTTGCATGATTCAATAAACAGATTCATTTTTTAAATCACCTACTTATTAATTTTTGTA
66 ATAATTATATGAATAATTCAATAAACAGATTCACGTTTTAAATCACCTAATTATTAATTTTTAAA
* * * * *
9601463 ATATAATTAAATTAATATTATATAATTTTGAATAAGCTTCTATAAACTGAAACAATTGTTTTATG
131 ATATAATCAAAGTAATATTATATAATTTTGAATAACCTTCTATAAACTAAAACAATTGTTTGATG
9601528 ACAAAACACAAGA-TCAT-ACGATTTTAAATAGACAATTATTCAAATAGTATTATTTTATTTCAA
196 ACAAAACA-AAGAGTCATAACGATTTTAAATAGACAATTATTCAAATAGTATTATTTTATTTCAA
9601591 AAAAGCTTGTACGTTGAAC
260 AAAAGCTTGTACGTTGAAC
* * * * * *
9601610 AACAATTGTTTTATGACAAAATAATAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAGTTGTTTAAATAGG-
1 AACAATTGTTATATAACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAAT-GGC
** ** * ** *
9601674 CATAATTATATGAACTAATTCGGTAAATTGATTTACGTTTTAAATGTCTTAATTATTAATTTTTA
65 CATAATTATATGAA-TAATTCAATAAACAGATTCACGTTTTAAATCACCTAATTATTAATTTTTA
* * * * *
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* * * *
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* *
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*
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* * *
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* ** **
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*** *
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* * *
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* *
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* * *
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* * * * * ** *
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* * * *
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* *
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** * * *
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** *
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* * *
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* * * * *
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*
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* * * * * * *
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* * *
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** * * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * **
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* ** * * * * *** *
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* * * * * * * * * *
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* ** ** * * *
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* * * * ** * ** *
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* **
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** * * *
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* ** * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * ** * *
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* * * * ** *
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** * *
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** * * * *
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* ** ** * * * * * * *
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*
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314 AAATTTATATTATTTTA
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* * * * *
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* ** * * * * * *
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* * * *
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*
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* * * * *
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* * * * * *
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** * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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* * * ** * ** ** *
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* * * ** ** *
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* * * * * * *
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* * * * *
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64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATA
* * * * * ** * *
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* * ** * * * * *
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* * * * * * * * * *
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64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAAT
* * * * * *
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* * * ** * **
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* * * * *
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65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAAT
* * * * * *
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* * * *
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1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT-CAAATAAACTTA-TATGAAC
* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAACTTATATGAACTG
* * * ** *
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* * * * * * * *
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* * * * ** *
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* * * * * * *
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65 AA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAA
* * * * * * *
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* * * *
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1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAACTTATATGAACTG
* * * * * * *
9607687 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAACTGTTTATATAGT
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAAT
** ** *
9607752 TTTAACTATTTGAACTACTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
130 CATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * *
9607803 GTTATTAAATTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAA-AAAGCTTATATGAACT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAA-CTTATATGAACT
* * * * * * *
9607867 AAAACAATTATTTTATAACAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGACAA---TT---AT--
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAA
* * * * * *
9607924 TCA-AA-TA--GGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTA
129 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
** * * ** *
9607972 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAACATTACTTTATTCTGAATAGGCTTGTATG-A-TG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAACTTATATGAACTG
* * ** * *
9608035 AAAAGCAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGTTTGTAATGATTTGAAATAGATAATTGTCCAAATA
65 -AAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
** * *** * * ** * * *
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128 ATCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* *
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1 CTTATTAATTTTTGAA-ATATTAATAAA
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Statistics
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Consensus pattern (180 bp):
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AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATC
ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
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9607772 CGGCAAACAA
* * * ** *
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*
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*
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*
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* * * * * * *
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* *
9608078 GAAATAGATAATTGTCCAAATAG
128 GAAATAGACAATTATCCAAATAG
9608101 CCATAATTAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
167 1 0.01
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ATAGACAATTATCCAAATAGGAACTGGTTTGGTAAATAG
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* * * * * *
9608269 TAAAATAATATTAATTTGTTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAACTAAATATG
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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** *
9608561 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAGTTCTGTTCATGCAAAATT-A
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* *
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1 ---TAAA-ATAAT-A-AT-AATTTATTAATATTCCAAAAAT-TAATAAGTAAAAGAATTAAAAAA
* ** * * * * * * * * *
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58 TAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTC-ATCACTATCTAAACAACTATCTATTTAAAATC
* * * *
9608733 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTT-ATATTCA
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9608776 TAAAA
1 TAAAA
9608781 GTTTATTTGA
Statistics
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ATTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAATTCA
Found at i:9608739 original size:180 final size:179
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9608422 GTTTCAATTC
* * * *
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* ** * * * *
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64 TGTTTTCTGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAATCATTATG
* *
9608559 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAG-TTCTGTTCATGCAAAATTATTTTAA
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1 ATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAA-ATAATAAGTAAAGAATTTAAAAAATAAATA
* * * * *
9608675 TGTTTTCTGAACATGTTTAAATTGCTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
64 TGTTTTCTGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGA
* * *
9608740 CCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTATATTCAT-AAAAGTTTATTTGAA
129 CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATCAAAA--TTATTTGAA
* * * * * * *
9608792 ATAAAATAATAGTAATTAATTAAAATTTCAAAAGTTAATAAGTAAATG-ATTTAAAAAATAATTC
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAA-ATAATAAGTAAA-GAATTTAAAAAATAAATA
* * * * **
9608856 TGTTCAT-TGAGCGA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGCTAT
64 TGTT-TTCTGAAC-ATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTAT
* * *
9608919 GA-TCATTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-ACAAGTTATTTCGAA
127 GACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATCA-AAATTATTT-GAA
* * * *
9608973 ATAAAGTAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATCAATAAG---AG-ATTTAAAAACTAAATCT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAAT-AATAAGTAAAGAATTTAAAAAATAAATAT
* * * * * * *
9609034 ATTTATC-AAACCA-GCTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTATCTCAAA-CTGTTAT
65 GTTT-TCTGAA-CATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATC-ATTAT
* * * * * ** *
9609096 GA-TCTTTGTTTTTTCCTAAAACAATTGTCTGTATTCATACAAGCTTA-TTCAA
127 GACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-CAAAATTATTTGAA
** * * * * * * *
9609148 AGTAAAATGTTGCTAAATTAATAATATTCTAAAATTAAT-A--AAAG-ATTTAAAAAATTAATGT
1 A-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATAATAAGTAAAGAATTTAAAAAATAAATAT
* * ** * * * * * * * * *
9609209 GATTGCCAAACCA-CTTCAAATACTTAAGACAATTTAAACATTTATCTATCTCAAGTCATTATGA
65 GTTTTCTGAA-CATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGA
* * * * * * *
9609273 -TCTTTGTTTTGTCCTAAAACAATAGTTTGTGTTCATACAAACTTA-TTCAA
129 CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-CAAAATTATTTGAA
* * * * * *
9609323 AGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCTAAAATTAATAAG
1 A-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATAATAAG
9609365 AGATTTAAAA
Statistics
Matches: 625, Mismatches: 98, Indels: 63
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Matches are distributed among these distances:
174 2 0.00
175 154 0.25
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Consensus pattern (179 bp):
ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATAATAAGTAAAGAATTTAAAAAATAAATATG
TTTTCTGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACT
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATCAAAATTATTTGAA
Found at i:9608938 original size:181 final size:175
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Indices: 9608432--9609383 Score: 690
Period size: 175 Copynumber: 5.4 Consensus size: 175
9608422 GTTTCAATTC
* * * * *
9608432 ATAAAAT-ATAATAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATTT
1 ATAAAATAAT-ATAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCT
*** * * * * *
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* *
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125 TC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCAT--AAAAGTTATTTGAA
* * *
9608612 ATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAATATAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATG
1 ATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTTCAAAAT-TAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * * *
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64 TTAT-TGAACA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC
* *
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127 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAG-TTATTTGAA
* * *
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1 ATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAA-TTAATAAGTAAA-GATTTAAAAAATAAATCT
* * * **
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63 GTT-ATTGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAT
* * *
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126 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGTTATTT-GAA
* * *
9608973 ATAAAGTAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATCAATAAG---AGATTTAAAAACTAAATCTA
1 ATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCT-
* ** * * * *
9609035 TTTATCAAACCAGCTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTATCTCAAA-CTGTTATGAT
63 GTTATTGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-ATTATGAT
* * * * * *
9609099 C-TTTGTTTTTTCCTAAAACAATTGTCTGTATTCATACAAGCTTA-TTCAA
126 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAG-TTATTTGAA
** * * * *
9609148 AGTAAAATGTTGCTAAATTAATAATA-TTCTAAAATTAAT-A--AAAGATTTAAAAAATTAA--T
1 A-TAAAATAAT-ATAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * * * *
9609207 GTGATTGCCAAACCACTTCAAATACTTAAGACAATTTAAACATTTATCTATCTCAAGTCATTATG
63 GTTATTG---AA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * *
9609272 ATC-TTTGTTTTGTCCTAAAACAATAGTTTGTGTTCATACAAACTTA-TTCAA
124 ATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAAGTTATTTGAA
* * * * *
9609323 AGTAAAATATTGCTAAATTAATAATA-TTCTAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAACAAATCT
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ATAAAATAATATAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
ATTGAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTT
GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGTTATTTGAA
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1 AA
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AATATTCTAAAATTAAT
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9610342 CAGCTAATTT
* * * * * *
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* * * * * * * ** *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * * ** *
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* * * * * * * * **
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* * * * *
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* * * * * *
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* *
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* * * * *
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1 AGAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTACAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * *
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66 CTATTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATG
* * * * **
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* ** *
9611072 ATATTAAAAT-ATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAA-AAAGTTTAAAAAATAA
1 AGAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT-ACAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAA
* * * * *
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64 ATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAATAATTATCTATTT-CAAATAGTT
* *
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128 ATGATCTTTTGTTATGTC-TAAAA
9611223 GAATTATTTC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (180 bp):
AGAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTACAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
CTATTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATG
ATCTTTTGTTATGTCTAAAAACAAATGTTTTTGTTCATACAAGTTTGTGC
Found at i:9611240 original size:181 final size:178
Alignment explanation
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9610081 AACAGTTAAG
* * * * *
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* * ** * * *
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** * * * *** * *
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129 AAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACT-AGA-TCAAACAATCATA
* * * * * * ** * *
9610267 GCAATGTCAACAATTTTCTATTTCAAATCA-TTACAACCTTTTGTT-TGGTCATATAACAATTGT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTAT-GTCATAAAACAATTAT
* * * * * * * * *
9610330 TT---TT-AAACAAGCCAGCTAATTTAGAATAAAATAATAATATTTTATTAAT-CTTTCAAAAAT
64 TTCAGTTCATACAAG-C--TTATTTTATATTAAAAT-ATACTAATCTATTAATATTTTCAAAAA-
* * * * * ** ** *
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124 TAAGTAA--AAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACTAGATCAAACAATCATA
* ** * * * *
9610446 ATTATTTGAATAATTATAAATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTT
** * * ** * * * ** *
9610511 TTGGTCATACAAG-TT-TATTA-AAAAAAAAAAACTAATCTAATAATATTCTAAAAACTAATAAC
66 CAGTTCATACAAGCTTATTTTATATTAAAATATACTAATCTATTAATATT-TTCAAA--AATAAG
* * * * * * * * * *
9610573 TAAGAGAATTAAAAAATAAATTTATTTGCTAAACCAGTTC-AATATTTA-A
128 TAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACTAGATCAAACAATCATA
* * ** * * * *
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1 -ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTATGTCAT-AAA-ACA-AT
* * * * * * * *
9610686 TTTTTTAATTCATACTAGCTTA-TTTAGA--ACAAATAAAATAAAATTTATTAATA-TTTCAAAA
61 TATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTTATATTA-AAATATACT--AATCTATTAATATTTTCAAAA
* * * * * * * *
9610747 ATTAA-TAAATAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTAACCAGTTCAAAATAATTATG
123 A-TAAGT--A-AA-AGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACTAGATC-AAACAATCATA
* * * * * * * *
9610808 ATTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTC-TAAAAACAAATGTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTATGTCAT-AAAACAATTATT
** * **** ** * *
9610872 TTTGTTCATATAAG-TT-TGTGCGGAACAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTTCAAAAATTAG
65 TCAGTTCATACAAGCTTAT-TTTATATTAAAAT-ATACTAATCTATTAATATTTTCAAAAATAAG
* * * * * * * *
9610935 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTTAAATAGTTATA
128 TAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACTAGATCAAACAATCATA
* * * * ** * * *
9610986 ACTATTTGAGTAATTATTTATTTTAAATCGTTATGATTTTTTGTTATGTTATATAACAATTTTTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTT
** * *
9611051 TTGTTCATACAAGCTTATTTTATATTAAAATATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAG
66 CAGTTCATACAAGCTTATTTTATATTAAAATATACTAATCTATTAATATTTT--CAA-AAATAAG
* *
9611116 TAAAA-AGTTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGATCAAACAATCATG
128 TAAAAGA-TTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACTAGATCAAACAATCATA
* * *
9611167 ATTATTTGAATAATTATCTATTTCCAAATAG-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTATT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTT-CAAATAGTTATGACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATT
* *
9611231 TCAGTTCATATAAGGTTAT
65 TCAGTTCATACAAGCTTAT
9611250 AATAATTTAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTT
CAGTTCATACAAGCTTATTTTATATTAAAATATACTAATCTATTAATATTTTCAAAAATAAGTAA
AAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACTAGATCAAACAATCATA
Found at i:9611538 original size:181 final size:179
Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 3.8 Consensus size: 179
9611276 ACTAGTATGG
* * * *
9611286 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCATATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTTTTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-TAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * *
9611350 TTTATTTTGAATAGGCTTGTATGATA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCGTAAT
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129 GATTTGAAATAGATAATTATTTAAATGGCCTTAC-TATTTGAACTAATTTAA
* * *
9611466 TAAACTA-ACTTATTTTTTAAATCTC-TATCTTATCAAATTTTGAAATATTAATAAAGTAATATT
1 TAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTTAT-AAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
** * ** *
9611529 ATTTTATTTTGGATAAACGTT-TATGAACTGAAACAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTCATA
63 ATTTTATTTTAAATAAGC-TTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * * * * **
9611592 TTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTATTCGA
127 ATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAAT-GGCCTTACTATTTGAACTAATTTAA
* * * *
9611646 TAAACAGATTTATTTTTTAAAATTTTTTA-TGTATTAATTTCCT-AAATGTTAATAAATTAGTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACT-TATAAATTT--TGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * *
9611709 TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATAAACTAAAAAAAATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTCAT
62 TATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * ** **
9611774 AGTGATTTGAAAAAGATAATTATTCT-AATAGTCATAGCTATTTGAACTGGTTTTG
126 AATGATTTGAAATAGATAATTATT-TAAATGGCCTTA-CTATTTGAACTAATTTAA
* * * * * * * *
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1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * *
9611894 TTTACTTTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATG
65 TTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
9611958 ATTTGAA
130 ATTTGAA
9611965 CTGGTTCGAT
Statistics
Matches: 396, Mismatches: 82, Indels: 42
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (179 bp):
TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
TTTGAAATAGATAATTATTTAAATGGCCTTACTATTTGAACTAATTTAA
Found at i:9612258 original size:180 final size:175
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Period size: 181 Copynumber: 18.4 Consensus size: 175
9611964 ACTGGTTCGA
* *
9611974 TAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCT--TATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTCATATTAATTTTTG-AATATT-AATAATTAGTATTATTT
** ** * * *
9612037 TATTTTTAATAATTTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCCTAACGAT
64 TATTTCAAATAAAATTTTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGAT
* * * *
9612102 TTGAAATAGATGATAGTTCAAATGAACATAACTATTTGAACTTATTTAG
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1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-C-TCATATTAATTTTT-GAATATTAATAATTAGTATTATT
** * * *
9612216 TTATTTCAAATAAAATTTGGTGAATACAAACAATTTTTTTATGACAAAATAAAAGATCATAATGA
63 TTATTTCAAATAAAATTTTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAATGA
* * * * *
9612281 TTTGCAATAAATAATTGTTCAAACAATCAT-ACTATATAAACTCACTTAG
127 TTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAA-CATAACTATTTAAACTCACTTAG
* *
9612330 TAAATAGA--T-TTTTTTAAATCTTTTACATATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTAT
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* ** * * *
9612392 TTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAATAGAAAAAACTAATTTATGACAAAACAGAAAGGTCATAAT
62 TTTATTTCAAATAAAATTTTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACA-AAA-GTCATAAT
* * *
9612457 GATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTCAACGT--GTTCA-
125 GATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATA-ACATAACTATTTAAAC-TCACTT-AG
* * * * * * * * * *
9612508 -AAAAACATATTATTTTTTAAA-CAT-T-A-ATAAATTTAT-ATTATT--TTACTCGAAATAAGC
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** * * * * * * *
9612565 TTGCATTAGCAAA-ACCAATTGTT-T---TA-TAACAA--A----A-CAA------AAGGTTATA
61 TTTTATT-TCAAATA-AAATT-TTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTCATA
* * * * * * * *
9612611 ATGTTTTGAAATAGCTAATTGTTCAGATAGCAATAACTATTTGAA--CATGTTCGG
123 ATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAAC-ATAACTATTTAAACTCA-CTT-AG
* * * * * * **
9612665 TAAACATATTCATTTTTTAATTCTATTACTCATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
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** ** * * * *
9612730 TTTATTTTGAATAAGCTTATATAAACT-GAAACAATTATTTTATTACAAAACAAAATGTCACAAT
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* ** ** * **
9612794 GATTTAAAATAGATAATTA-TTTGAATAGTTATGACTATTTAAACT-TGTTCAG
125 GATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATA-ACATAACTATTTAAACTCACTT-AG
* * * * * *
9612846 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTA
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* ** * *
9612910 TTTTA-ATCTAAATAAGCTTTTAT-AATCA-AAAGCAATTATTTTATGGCAAAATAAAAAGTCAT
61 TTTTATTTC-AAATAAAATTTTATGAAT-AGAAA-CAATTATTTTATGACAAAA-CAAAAGTCAT
** * * * * ** ** **
9612972 AACAAATTAAAATAAAAAAATTA-TTCAAA-AAGTCATAAAGATTTGCACT-TGTTCAG
122 AATGATTTGAAAT-AGATAA-TAGTTCAAATAA--CATAACTATTTAAACTCACTT-AG
* * *
9613028 TAAATTA-A-TTATTTTTTAAAT-T-TACTTATTAATTGTCTT-AATATTAATAAATTTGTATTG
1 TAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTCT-CATATTAATT-T-TTGAATATTAAT-AATTAGTATTA
* * * * *
9613088 TTTTA-TTCAAA-AAAAGCTTGTATAAATAGAAAAAATCATTTTATGACTAAAGA-AAAAGGTTA
61 TTTTATTTCAAATAAAA--TTTTATGAATAGAAACAATTATTTTATGAC-AAA-ACAAAA-GTCA
* ** * * * ** * **
9613150 CAGCGATTTCAAATAGATAATTGTTGAAATAGTTATAATTATTTAAACT-TGTTCAG
121 TAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATA-ACATAACTATTTAAACTCACTT-AG
* * * * * * *
9613206 TAAACATATTCATTTTTTGAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAACAACCTAGTATTAT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC-TCA-TATTAATTTTT-GAATATTAATAA-TTAGTATTAT
* * * *
9613271 TTTACTTT-GAAT-AATTTTCTATGAATTGAAATAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
62 TTTA-TTTCAAATAAAATTT-TATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAA
* * * * * *
9613333 TGATTTGAAATAGATATTTA-TTCAAATAGTCATGACTATTTAATCT-AGTTCG
124 TGATTTGAAATAGATA-ATAGTTCAAATA-ACATAACTATTTAAACTCACTTAG
* * * * * * * *
9613385 ATAAACATATTTATATTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
1 -TAAATAGATTTATTTTTTAAA-TCTCT-CATATTAATTTTTG-AATATTAAT-AATTAGTATTA
* * * * * * * * *
9613450 TTTTA-ATCAGAAT-AAGTTTGTATGAACATAAACTATTATTTTATAATAGAACAAAAGACATAA
61 TTTTATTTCA-AATAAAATTT-TATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTCATAA
** * * ** * ** * * * *** *
9613513 CAAATTGAAATAAATAATTCCTT-TAATAGTTATAGCTACTTGAA-TTGGTTTG
124 TGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATA-ACATAACTATTTAAACTCACTTAG
* *
9613565 ATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCT--TATTAATTTTTGAAATATTATTATATTAGTATTTTT
1 -TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTCATATTAATTTTTG-AATATTAATA-ATTAGTATTATT
* * * ** * * * * **
9613628 TTA-TTCGAACAAACTTACATGAACAAAAACATTTATATTACAACAAAACAAAAGGTCATAATGA
63 TTATTTCAAATAAAATTTTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGA
* * ** * * **
9613692 TTTGGAATAGATAATTGTTCAAATGGTCATAATTATTTGAACT-GGTTAGG
127 TTTGAAATAGATAATAGTTCAAAT-AACATAACTATTTAAACTCACTTA-G
* * * * * *
9613742 TAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAACTTTTGAAATATCAATAAATTCA-TTTTA
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC-T-CATATTAATTTTTG-AATATTAAT-AATT-AGTATTA
** ** ** * * ** * *
9613806 TTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGAATTGAAAAAATTATTTTATG-GTAAA-ATAA---A-AACG
61 TTTTATTTCAAATAAAATTTTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATG
* * * *** * * *
9613865 ATTTAAAATAGATAATTA-TTTATATAGTTTTAACTGTTTGAACT-AGTTCAG
126 ATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATA-ACATAACTATTTAAACTCACTT-AG
* * * * * *
9613916 CAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTATATTAATATTAT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTCA--TATTAATTTTT-GAATATTAATA-ATTAGTATTAT
* ** * * * * * *
9613981 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAATG
62 TTTATTTCAAATAAAATTTTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATG
* * * * * * * * *
9614046 ATTTGAAGTATACAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTAAACTAATTTGG
126 ATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATA-ACATAACTATTTAAACTCACTTAG
* * * *
9614097 TAAACAGATTTATTTTGTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC-T-CATATTAATTTTTG-AATATTAAT-AATTAGTATTAT
* * * * * * * * * *
9614162 TTTATTTCGAATAAACTTGTAT-AATCAAAAACAATTGTTATATGACCAAATAAAAGGTAATAAC
62 TTTATTTCAAATAAAATTTTATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAAT
** * ** * * * * *
9614226 GATTTGAAATAGATAATTCTTGAAATGGCCATAATTATTTGAACTTATTTGG
125 GATTTGAAATAGATAATAGTTCAAAT-AACATAACTATTTAAACTCACTTAG
* * * * * *
9614278 TAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAATAT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC-TCA-TATTAATTTTTG-AATATTAAT-AATTAGTATTAT
** * * * * * *
9614343 TTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACT-GAAATAATTGTTTTGTGACAAAACAAAATGTCATAAC
62 TTTATTTCAAATAAAATTTTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAAT
** * * * *
9614407 GATTTTCAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-T---TT-G
125 GATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATA-ACATAACTATTTAAACTCACTTAG
* * * * ** * *
9614454 TTTAATA-A-AT-TTTTTTAACT-TTTGTTTATTAAATTTTGAAATATTAAGAATTAGTATTATT
1 -TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCT-CATATTAATTTTTG-AATATTAATAATTAGTATTA--
* ** ** * *
9614515 TTTTTTTTTGAATAAGGTTTTATGAATTGAAACAATTATTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAAT
61 TTTTATTTCAAATAAAATTTTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAAT
* * * * * * * ***
9614580 GATTTTAAATA-ATTAATTGTTGAAATAGTCATAATTATTTGAATTTGTTTAG
125 GATTTGAAATAGA-TAATAGTTCAAATA-ACATAACTATTTAAACTCACTTAG
* * * * * *
9614632 TAAAT-GTATTTATTTTTTCAAATATTTTTC-TTTTAATTTTTTGAATTTTAATAAATTTGGATT
1 TAAATAG-ATTTATTTTTT--AA-ATCTCTCATATTAA-TTTTTGAATATTAAT-AATTAGTATT
* * * * * * * *
9614695 ATTTTA-TTCTGAATAAGCA-TGTAAG-ATATGAAACAAATATTTTGTGACTAAACAAAAAGTTA
60 ATTTTATTTC-AAATAA-AATTTTATGAATA-GAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGTCA
* * ** *** * ** *
9614757 AAACGATTTGAAATAGATAATTA-TTTTAATAGTTTTAACTATTTGAACTGGC-TCG
121 TAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATA-ACATAACTATTTAAACTCACTTAG
* * *
9614812 ACAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCT--TATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATT
1 -TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTCATATTAATTTTT-GAATATTAAT-AATTAGTATTATT
** * * * * * * *
9614875 TT-TAACCAAAT-AAGTTTCTATG-ATAAAAATAATTGTTTTATGAGAAAAC-AAAGATCTTAAC
63 TTAT-TTCAAATAAAATTT-TATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAAT
* * * * * * ** *
9614936 AATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GGTTCG
125 GATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATA-ACATAACTATTTAAACTCACTTAG
* * * * * * *
9614987 AAAAACATATTTATTTTTTAAATATCTTATTTATTAATATTTGAAATATTAATAAATTAGTACTA
1 -TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTCA--TATTAATTTTTG-AATATTAAT-AATTAGTATTA
* ** * * *
9615052 GTTTATTTTGAAT-AAGTTTGAATG-ATAAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATA
61 TTTTATTTCAAATAAAATTT-TATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG-TCATA
** * ** * * * * * *
9615115 ACAATTTGAAATAGATAATCGTTCAAATGGCCATAATTATTTTAATTGATTTGG
123 ATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAAT-AACATAACTATTTAAACTCACTTAG
* * * *
9615169 TAAGTAGATTTATTTTTTAAAT-T-TCTTACTTATTTTTTTAAGAAATATTAATAAATTAGCATT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTCATA-TTA-ATTTTT--G-AATATTAAT-AATTAGTATT
9615232 ATTTTATT
60 ATTTTATT
9615240 CCATCTAAGC
Statistics
Matches: 2339, Mismatches: 536, Indels: 424
0.71 0.16 0.13
Matches are distributed among these distances:
155 2 0.00
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TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTCATATTAATTTTTGAATATTAATAATTAGTATTATTTTA
TTTCAAATAAAATTTTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATGATTTG
AAATAGATAATAGTTCAAATAACATAACTATTTAAACTCACTTAG
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Alignment explanation
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Period size: 322 Copynumber: 1.8 Consensus size: 323
9611679 TTAATTTCCT
* *
9611689 AAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATAAACTAAAAAAAATTATTTT
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* * ** * * *
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* * * * * *
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131 ACTGATTTAGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCATACATATTAATTTTTAGAATATTAATAAT
* * *
9611884 TTAGCAGTATTTTACTTTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAG
196 TTAGCAGTATTTTACTTTAAATAAACTTGTATGAATACAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAG
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261 ATCATAATGATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTG
** ** * * * * *
9612012 AAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTTTAATAATTTTTTATGAA-TAGAAACAATTGTTTT
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* * * *
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66 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAAAGATAATTA-TTCAAATAG-ACATAACTATTT
* * *
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129 GAACTGATTTAGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-CATACATATTAATTTTTAGAATATTAAT
* * * * *
9612203 AA-TTAGTATTATTTTA-TTTCAAATAAAATT-TGGTGAATACAAACAATTTTTTTATGACAAAA
193 AATTTAGCAGTATTTTACTTT-AAATAAACTTGT-ATGAATACAAACAATTGTTTTATGACAAAA
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256 -AAAAGATCATAATGATTTG
9612285 CAATAAATAA
Statistics
Matches: 228, Mismatches: 39, Indels: 13
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
320 4 0.02
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ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (323 bp):
AAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATAAACTAAAAAAAATTATTTT
ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAAAGATAATTATTCAAATAGACATAACTATTTGA
ACTGATTTAGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCATACATATTAATTTTTAGAATATTAATAAT
TTAGCAGTATTTTACTTTAAATAAACTTGTATGAATACAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAG
ATCATAATGATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTG
Found at i:9612436 original size:177 final size:179
Alignment explanation
Indices: 9611974--9612482 Score: 561
Period size: 180 Copynumber: 2.9 Consensus size: 179
9611964 ACTGGTTCGA
* * *
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** ** * * *
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* * * * * * *
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*
9612151 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCATCATATTAATTTTTAGAATATTAAT-AATTAGTATTAT
1 TAAATAGA-TTATTTTTTAAATCTCCATCATATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * *
9612215 TTTATTTCAAATAAAATTTGGTGAATACAAACAATTTTTTTATGACAAAATAAAAGATCATAATG
65 TTTATTTCAAATAAAATTTTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAATG
* *
9612280 ATTTGCAATAAATAATTGTTCAAA-CAATCAT-ACTATATAAACTCACTTAG
129 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATCAA-CATAACTATATAAACTCACTTAG
** *
9612330 TAAATAGA-T-TTTTTTAAATCT-TTTACATATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAATAGATTATTTTTTAAATCTCCAT-CATATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* ** * * *
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65 TTTATTTCAAATAAAATTTTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACA-AAA-GTCATAAT
*
9612457 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
128 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
9612483 AGTCATAACT
Statistics
Matches: 279, Mismatches: 42, Indels: 20
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.00
176 34 0.12
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181 19 0.07
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TAAATAGATTATTTTTTAAATCTCCATCATATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTATTTCAAATAAAATTTTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATGAT
TTGAAATAGATAATTGTTCAAATCAACATAACTATATAAACTCACTTAG
Found at i:9612851 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 9612515--9615315 Score: 1803
Period size: 181 Copynumber: 15.6 Consensus size: 181
9612505 TCAAAAAACA
* * * * * * * *
9612515 TATT-ATTTTTTAAACATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-CTCGAAATAAGCTTGCATTAGC-A
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* * * * * * * *
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64 AAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTGA-ATA
* * * * *
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127 GTC-ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* ** * *
9612695 CATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATAAACTGAA
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAA
* * * * * *
9612760 ACAATTATTTTATTACAAAACAAAATGTCACAATGATTTAAAATAGATAATTATTTGAATAGTTA
66 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTGAATAGTCA
* * *
9612825 TGACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
131 TAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * * * * * *
9612876 TATT-ATTTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTTTAT-AA-TCA
1 TATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-G
* * * * * * * * ** *
9612938 AAAGCAATTATTTTATGGCAAAATAAAAAGTCATAACAAATTAAAATAAAAAAATTATTCAAAAA
64 AAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT-AGATAATTATTTGAATA
** * * *
9613003 GTCATAAAGATTTGCACTTGTTCAGTAAA-TTAATTATTTTTTAAA--T-TTACT
127 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * *** * *
9613054 TATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTGTTTTATTCAAAAAAAGCTTGTAT-AAATA
1 TATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-
* * * * * * *
9613116 GAAAAAATCATTTTATGACTAAAGA-AAAAGGTTACAGCGATTTCAAATAGATAATT-GTTGAAA
63 GAAACAATTATTTTATGAC-AAA-ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTG-AA
* * * * * *
9613179 TAGTTATAATTATTTAAACTTGTTCAGTAAACATATTCATTTTTTGAATCTCTTAAT
125 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* ** * ** * *
9613236 TATTAATTTTT-AGAATATTAACAACCTAGTATTATTTTACTTTGAATAATTTTCTATGAATTGA
1 TATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGA
* * * **
9613300 AATAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTC
65 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTGAATAGTC
* * * * * *
9613364 ATGACTATTT-AATCTAGTTC-GATAAACATATTTATATTTAAAATTTTTTACT
130 ATAACTATTTGAA-CTTGTTCAG-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * ** *
9613416 TATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCAGAATAAGTTTGTATGAACAT-A
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC-TGA
* * * * * * * * *
9613480 AACTATTATTTTATAATAGAACAAAA-GACATAACAAATTGAAATAAATAATTCCTTT-AATAGT
65 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT-ATTTGAATAGT
* * * * * *
9613543 TATAGCTACTTGAA-TTGGTT-TGATAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CT
129 CATAACTATTTGAACTT-GTTCAG-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * * * * * ** **
9613592 TATTAATTTTTGAAATATTATTATATTAGTATTTTTTTA-TTCGAACAAACTTACATGAACAAAA
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAA
* * ** * * * ** *
9613656 ACATTTATATTACAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGGAATAGATAATTGTTCAAATGGTCA
66 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTGAATAGTCA
* * * * *
9613721 TAATTATTTGAACTGGTT-AGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACA
131 TAACTATTTGAACTTGTTCA-GTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * * * *
9613772 TATTAACTTTTGAAATATCAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGAATTGA
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGA
* ** * *
9613836 AAAAATTATTTTATG-GTAAA-ATAA----A-AACGATTTAAAATAGATAATTATTT-ATATAGT
65 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTGA-ATAGT
** * * * * *
9613893 TTTAACTGTTTGAACTAGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGT
129 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * * * * *
9613946 TATTAATTTTTGGAATATTATTATATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAA
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAA
* * * * * * * * *
9614011 ATAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTATACAATT-GTTGAAATAGTC
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* ** ** * *
9614075 ATAACTATTTAAACTAATTTGGTAAACAGATTTATTTTGTAAATCTCTTACT
130 ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * * **
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1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-CTGA
* * * * * * * *
9614191 AACAATTGTTATATGACCAAATAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATT-CTTGAAATGGC
65 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTG-AATAGT
* * ** * * * * *
9614255 CATAATTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTTAAT
129 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* *
9614308 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAATATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTGAA
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAA
* * * * ** * * **
9614373 ATAATTGTTTTGTGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTTCAATAGACAATTGTTCAAATAGTCA
66 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTGAATAGTCA
* * **
9614438 TAACTATTTGAATTTGTT---TAATA-A-A--T-TTTTTT-AA-CTTTTGTT
131 TAACTATTTGAACTTGTTCAGTAA-ACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * * * * *
9614480 TATTAAATTTTGAAATATTAA-GAATTAGTATTATTTTTTTTTTTGAATAAGGTTTTATGAATTG
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA--TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * *
9614544 AAACAATTATTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATA-ATTAATT-GTTGAAATA
64 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA-TAATTATTTG-AATA
* * * ** * * *
9614607 GTCATAATTATTTGAATTTGTTTAGTAAATGTATTTATTTTTTCAAATATTTTTCT
127 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTT-AAATCTCTTACT
* * * * * *
9614663 T-TTAATTTTTTG-AATTTTAATAAATTTGGATTATTTTATTCTGAATAAGCATGTAAGATA-TG
1 TATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ACTG
* * * * * * *
9614725 AAACAAATATTTTGTGACTAAACAAAAAGTTAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAGT
64 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTGAATAGT
** * * * * *
9614790 TTTAACTATTTGAACTGGCTC-GACAAATAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CT
129 CATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * **** * * *
9614839 TATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCAAATAAGTTTCTATG-A-TAA
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGAACT-G
* * * * * * * * * **
9614901 AAATAATTGTTTTATGAGAAAAC-AAAGATCTTAACAATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGT
64 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTGAATAGT
* * * *
9614965 CATAACTATTTGAACTGGTTC-GAAAAACATATTTATTTTTTAAATATCTTATT
129 CATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * * * * **
9615018 TATTAATATTTGAAATATTAATAAATTAGTACTAGTTTATTTTGAATAAGTTTGAATGATA-AAA
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ACTGA
* * ** ** * *
9615082 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATCGTTCAAATGGCC
65 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTGAATAGTC
* * ** ** * *
9615147 ATAATTATTTTAA-TTGATTTGGTAAGTAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACT
130 ATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* ** * *
9615199 TATT--TTTTTAAGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTA-TTCCATCTAAGCTTGTATTAACT
1 TATTAATTTTT--GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * * * * *
9615261 TAAACAATTGTTTAATAACAAATCAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAGACAATT
63 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
9615316 GTTCAGATGG
Statistics
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ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTGAATAGTCA
TAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
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9612564 CTTGCATTAG
* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * ** *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * **
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307 TTATTATATTAATATTATTTTATTTCGAACA-AA-CTTACATGAA
* * *** * * ** * ** * * *
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1 -CAAAAACAATTATATTACAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGGAAT-AGATAATTGTTCAA
* ** * * **
9613000 AAAGTCATAAAGATTTGCACTTGTTCA-GTAAATTAA-TTATTTTTTAAA--T-TTACTTATTAA
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* * * * * * *
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126 TT-T-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCAGAATAAGCTAGTATGAAAT-GAAAAAA
* * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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** * * * * *
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306 ATTATTATA-TTAATATTATTTTA-TTTCGAACAAACTTAC-ATGAA
*** * * ** * * *
9613296 TTGAAATAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATATTTATTCAAAT
1 CAAAAACAATTATATTACAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGGAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * *
9613360 AGTCATGACTATTTAATCTAGTTCGATAAACATATTTATATTTAAAATTTTTTACTTATTAATTG
66 AGTCATAACTATTTAA-CTAGTTAGGTAAACAAATTTAT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-
* * **
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128 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCAGAATAAGCTAGTATGAA-ATGAAAAAATTAT
* * *
9613489 TTTATAATAGAACAAAAGACATAACAAATTGAAATAAATAATTCCTTTA-ATAGTTATAGCTACT
192 TTTATAAT--AA-AAAA-A-A-AACAAATTAAAATAAATAATT-ATTTATATAGTTATAACTACT
* * * * * *
9613553 TGAATTGGTT-TGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTATTAATTTTTGAAATATTATTAT
250 TGAACTAGTTCAG-CAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTATTAATTTTTGAAATATTATTAT
* *
9613616 ATTAGTATTTTTTTA-TTCGAACAAACTTACATGAA
314 ATTAATATTATTTTATTTCGAACAAACTTACATGAA
*
9613651 CAAAAACATTTATATTACAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGGAATAGATAATTGTTCAAAT
1 CAAAAACAATTATATTACAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGGAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * *
9613716 GGTCATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAACTT
66 AGTCATAACTATTT-AACTAGTTAGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TT
* * * ** *
9613781 TTGAAATATCAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGAATTGAAAAAATTAT
128 TTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTAATCAGAATAAGCTAGTATGAAATGAAAAAATTAT
** * * * * * **
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192 TTTATAATAAAAAAAAAACAAATTAAAATAAATAATTATTTATATAGTTATAACTACTTGAACTA
*
9613910 GTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTATATTAA
257 GTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-T--TTATTAATTTTTGAAATATTATTATATTAA
* * **
9613975 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
319 TATTATTTTATTTCGAACAAACTTACATGAA
* * * ** * * * * * *
9614006 CAGAAATAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAATGATTT-GAAGTATACAATTGTTGAAA
1 CAAAAACAATTATATTACAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGGAA-TAGATAATTGTTCAAA
* * *
9614070 TAGTCATAACTATTTAAACTAATTTGGTAAACAGATTTATTTTGTAAATCTCTTACTTATTAATT
65 TAGTCATAACTATTT-AACTAGTTAGGTAAACAAATTTATTTT-TAAATCTCTTACTTATTAA-T
*
9614135 TTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTA
127 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
9614166 TTTCGAATAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (349 bp):
CAAAAACAATTATATTACAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGGAATAGATAATTGTTCAAAT
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AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCAGAATAAGCTAGTATGAAATGAAAAAATTATTTTA
TAATAAAAAAAAAACAAATTAAAATAAATAATTATTTATATAGTTATAACTACTTGAACTAGTTC
AGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTATTAATTTTTGAAATATTATTATATTAATATTATT
TTATTTCGAACAAACTTACATGAA
Found at i:9614193 original size:536 final size:529
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Period size: 541 Copynumber: 11.5 Consensus size: 529
9612505 TCAAAAAACA
* * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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129 C-ATAATTATTTGAACTTGTTAGGTAAACATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTT-
* * *
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* *
9612770 TATTACAAAACAAAATGTCACAATGATTTAAAATAGATAATTATTTGAATAGTTATGACTATTTA
256 TATGA-AAAA-AAAA----A-AACGATTTAAAATAGATAATTATTT-AATAGTTATGACTATTT-
* *
9612835 AACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTTTCAAAATATTAATA
312 AACTAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATA
* ** *
9612899 AATTAATATTATTTTAATCTA-AATAAGCTTTTAT-AATCAAAAGC-AATTATTTTATGGCAAAA
376 AATTAATATTATTTTAATC-AGAATAAGCTTGTATGAA-CAAAA-CTAATTATTTTATGATAGAA
* * * ** * * *
9612961 TAAAAAGTCATAACAAATTAAAATAAAAAAATTATTCAAAAAGTCATAAAGATTTGCACTTGTTC
438 -CAAAAGTCATAACAAATTGAAAT-AAAAAATTATT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTT
*
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500 GGTAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTTACT
* * * * *
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1 TATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAATAAA-CTTGCATAAAT--
* * * * * * *
9613117 AAAAAATCATTT-TATGACTA-AAGA-AAAAGGTTACAGCGATTTCAAATAGATAATTGTTGAAA
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* * *
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* * ** * ** ** *
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* * * * *
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253 TTTTATGA-AAAA-AAAA----A-AACGATTTAAAATAGATAATTATT-TAATAGTTATGACTAT
* * * *
9613372 TTAATCTAGTTC-GATAAACATATTTATATTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTA
310 TTAA-CTAGTTCAG-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * *
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373 ATAAATTAATATTATTTTAATCAGAATAAGCTTGTATGAACA-AAACTAATTATTTTATGATAGA
* * * * * * * * *
9613500 ACAAAAGACATAACAAATTGAAATAAATAATTCCTTTAATAGTTATAGCTACTTGAATTGGTTTG
437 ACAAAAGTCATAACAAATTGAAATAAAAAATT-ATTAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTG
*
9613565 ATAAATAGATTTATTTTTTAAATC-T-CT
501 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTACT
* * * * * *
9613592 TATTAATTTTTGAAATATTATTATATTAGTATTTTTTTATTCGAACAAACTTACATGAA-CAAAA
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAATAAACTTGCATAAATCAAAA
* * * * *
9613656 ACATTTATATTACAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGGAATAGATAATTGTTCAAATGGTCA
66 ACATTTATATGACAACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* *
9613721 TAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAACAAAATT-ATTTTTTAAATCTCTTACA-TATTAACTTTTG
131 TAATTATTTGAACTTGTTAGGTAAAC-ATATTCATTTTTTAAATCTCTTA-ATTATTAA-TTTTG
* * * *
9613784 AAATATCAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGAATTGAAAAAATTATTTT
193 AAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGAACTGAAATAATTATTTT
** * * * *
9613848 ATGGTAAAATAAAAACGATTTAAAATAGATAATTATTTATATAGTTTTAACTGTTTGAACTAGTT
257 ATGAAAAAAAAAAAACGATTTAAAATAGATAATTATTTA-ATAGTTATGACTATTT-AACTAGTT
* * * * * * *
9613913 CAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTATATTAATAT
320 CAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATAT
* *
9613978 TATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAA-TAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTA
385 TATTTTA-ATCAGAATAAGCTTGTATGAACA-AAACTAATTATTTTATGATAGAACAAAA-GTCA
** * * * * * * * *
9614041 TAATGATTTGAAGTATACAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTAAACTAATTTGGTAAACAGAT
447 TAACAAATTGAAATAAAAAATTATT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGAT
*
9614106 TTATTTTGTAAATCTCTTACT
511 TTATTTTTTAAA--TCTTACT
* *
9614127 TATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTAT-AATCAAA
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAACTTGCATAAATCAAA
* * * * *
9614191 AACAATTGTTATATGAC--C-AAATAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTCTTGAAATG
65 AAC-A-T-TTATATGACAACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
9614253 GCCATAATTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTTAATTATTAATTTT
127 GTCATAATTATTTGAACTTGTTAGGTAAACATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAA-TTT
* * * *
9614318 TGAAATATTAATAAATTAGTAATATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTGAAATAATTGTTT
191 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGAACTGAAATAATTATTT
* ** * * * * *
9614383 TGTGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTTCAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
256 TATGA-AAAA-AAAA----A-AACGATTTAAAATAGATAATTATT-TAATAGTTATGACTATTT-
* * ** * *
9614448 AATTTGTT---TAATA-A-A--T-TTTTTT-AA-CTTTTGTTTATTAAATTTTGAAATATTAA-G
312 AACTAGTTCAGTAA-ACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* ** ** * * ** *
9614502 AATTAGTATTATTTTTTTTTTTGAATAAGGTTTTATGAATTGAAAC-AATTATTTTATG-TCAAA
376 AATTAATATTA--TTTTAATCAGAATAAGCTTGTATGAA-CAAAACTAATTATTTTATGAT-AGA
** * * ** * * * *
9614565 ACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAATTAATTGTTGAAATAGTCATAATTATTTGAATTTGTTT
437 ACAAAA-GTCATAACAAATTGAAATAAAAAATTATT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTT
* * *
9614630 AGTAAAT-GTATTTATTTTTTCAAATATTTTTCT
500 GGTAAATAG-ATTTATTTTTT--AA-ATCTTACT
* * * * * * *
9614663 T-TTAATTTTTTG-AATTTTAATAAATTTGGATTATTTTATTCTGAATAAGCATGTA-AGATATG
1 TATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-GAATAAACTTGCATA-A-ATC
** * * * * **
9614725 AAACAA-ATATT-T-TG-TGACTAAACAAAAAGTTAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTTTAA
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** * * * * ** * * * *
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125 TAGTCATAATTATTTGAACTTGTTAGGTAAACATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATT
* * **** * ** * *
9614848 TTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCAAATAAGTTTCTATG-A-TAAAAATAATTG
190 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTAGTATGAACT-GAAATAATTA
* * * * * * * * *
9614910 TTTTATGAGAAAACAAAGATCTTAACAATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
253 TTTTATGA-AAAA-AAA-A---AAACGATTTAAAATAGATAATTATT-TAATAGTTATGACTATT
* * * * * *
9614975 TGAACTGGTTC-GAAAAACATATTTATTTTTTAAATATCTTATTTATTAATATTTGAAATATTAA
311 T-AACTAGTTCAG-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * * ** * * * * *
9615039 TAAATTAGTACTAGTTTATTTTGAATAAGTTTGAATGATAAAAAAC-AATTATTTTATGACAAAA
374 TAAATTAATATTATTTTAATCAGAATAAGCTTGTATGA-ACAAAACTAATTATTTTATGATAGAA
* * * ** * * * * *
9615103 CAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATCGTTCAAATGGCCATAATTATTTTAA-TTGATTT
438 CAAAAG-TCATAACAAATTGAAATAAAAAATTATT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTT
*
9615167 GGTAAGTAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACT
500 GGTAAATAGATTTATTTTTTAAA--TCTTACT
* * * * * * *
9615199 TATT--TTTTTAAGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTCCATCTAAGCTTGTATTAA-CT
1 TATTAATTTTT--GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGA-ATAAACTTGCATAAATCA
* * * * * * * * * * * *
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* **
9615326 T-A-AATAGATTT--A-TT-TT---TTTA-A-A-TC---TTTT---TCTC---ATTAATT--TTT
128 TCATAAT-TATTTGAACTTGTTAGGTAAACATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATT-ATTAATTT
** * * * * * * * * *
9615368 TG-AATGCTAATAAATTATTGTTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATTGGAACAATTGTTT
191 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGAACTGAAATAATTATTT
* * * * *
9615432 TATGATTAAACAAAAGGTCAGAACGATTTCAAATTGATAATTATTCTAATAGTCT-TAACCATTT
256 TATGA--AAA-AAAA----AAAACGATTTAAAATAGATAATTATT-TAATAGT-TATGACTATTT
* * * ** *
9615496 GAACTACTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-TTAATTTTCAAAATATTATTA
312 -AACTAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* * * ** * *
9615560 AATTAGTATTATTTTAATCAGAATAAACTTATACAAACAAAAC-AATTGTTTTA-CA-A-AA-AA
376 AATTAATATTATTTTAATCAGAATAAGCTTGTATGAACAAAACTAATTATTTTATGATAGAACAA
** * * * * * * * ***
9615620 AAGGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATCATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAAT
441 AA--GTCATAACAAATTGAAATAAAAAATTATT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGT
* * **
9615685 AATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGT
503 AAATAGATTTATTTTTTAA--ATCTTACT
* ** * * * * * * * **
9615714 TATTAAGTTTCAAAATATT-CTTAATTAGCATTATTTTATTCTGAATAAAATAGTATTAAT-GGA
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-GAATAAACTTGCATAAATCAAA
* * * * ** * * * * * *
9615777 ACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAAGTTGTAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTC
65 AACATTTATATGACAACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * * * *
9615842 AAAACTATTTGAAATGGTTTGGTGAACAGATTTC-CTTTTTAAATCTCTT-ATCAATTAATTTTC
130 ATAATTATTTGAACTTGTTAGGTAAACATA-TTCATTTTTTAAATCTCTTAAT-TATTAATTTT-
* * * * * * * ** * **
9615905 TAAATACTAGTAAATTAGTGTTATTTTATTTTGAACAAACTTA-TCTTG-ACAAAAACAATTGCT
192 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC-TAGT-ATGAACTGAAATAATTATT
* * * * * *
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255 TTATG----AA-AAAAA--AAAAACGATTTAAAATAGATAATTATT-TAATAGTTATGACTATTT
* * * * * * * *
9616033 GAATTGGTTTAGTAAATAGAATTATTTTCTAAATC---T-CTTATAAATTTTTGAAATATTAATA
312 -AACTAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* * ** * * * * * * * *
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376 AATTAATATTATTTTAATCAGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACTAATTATTTTATGATAGAAC-
* * * * * ** *
9616158 AAAAGTTATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCTTATAGTCTTAACTATTTGAA-TA-------
439 AAAAGTCATAACAAATTGAAATAAAAAATTATT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGT
* **
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503 AAATAGATTTATTTTTTA-AATCTT-ACT
* * * * * * **
9616234 -AATAA---AT-AAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-CTGA
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAACTTGCATAAATCAAA
* * * * * * * * *** *
9616293 AACAATTATTATTG---GCTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTAAAATAGATAATTATTTTGATAC
65 AACATTTA-TA-TGACAACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
9616355 TCTTAACTATTTGAA-TCGATTTA-GCAAACACATTTATTTTTTAAATCTC----CTATTAATTT
128 TCATAATTATTTGAACTTG--TTAGGTAAACATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTT
* * * * * * ** * *
9616414 TTAGAATATTATTAAATTAGTTTTAATTTTA-TTTGAATAAGCTTGGATGATCAAAAACAATTGT
191 TGA-AATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGAACTGAAATAATTAT
* * * * * * *
9616478 TTTATGAAAAAACAAAGATCATAATGATTTAAGATAGATATTTGTTGAAATAGTCT-TAAGTATT
254 TTTATG-AAAAA-AAA-A--A-AACGATTTAAAATAGATAATTATT-TAATAGT-TATGACTATT
* * * * *
9616542 TGAACTAGTTCA--AAAAATAGTTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTATTTTTTGAAATATTA
311 T-AACTAGTTCAGTAAACATA--TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * * * * * * * *
9616605 ATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAG-ATAAGGTTTTATTAACTAAAAC-AATTGTTTTGTGACAA
373 ATAAATTAATATTATTTTA-ATCAGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACTAATTATTTTATGATAG
* ** * * *** * * * *
9616668 AACAAAAGCTTATAATGACTTTAAAT-AGTTATTGTTCAAAAAGTCA-AATCTTTTTGAACT-TT
436 AACAAAAG-TCATAACAAATTGAAATAAAAAATTATT-AAATAGTCATAA-CTATTTGAACTAGT
** * *
9616730 TTCTATAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCT
498 TT-GGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAA--TCTTACT
* * * * * * * *
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1 TATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-GAATAAACTTGCAT-AAATCA
* * * * * *
9616830 AATAATTATTT-TATG---ACTAAACAAAAAGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-ATGA
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* * * * * * * *
9616890 TAATCTTAACTATTTGAACTAGTTCA-GTAAACACATTTATTTTTTAAATATCTTAGTTATTAAT
125 TAGTCATAATTATTTGAACTTGTT-AGGTAAACATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAA-
* * * * * * * * * * ** * * *
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* * * * * *
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253 TTTTATG--AAAA-AAAA-A--A-AACGA-TTTAAAATAGATAATTATT-TAATAGTTATGACTA
** * * * * * **
9617083 TTTGAACT-GTTTCAAAAAATAAATTTGGTTTTATAAAAC---T-CTTATTAATTTTCAAAATAT
309 TTT-AACTAG-TTCAGTAAACATATTT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
** * * * ** ** * * *
9617143 TAATTGATCAGTATT-CTTTAATTTGAATAATTTTGCATGAATAGAAAC-AATTATTTTATGACA
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* * * * * * * * *
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435 GAACAAAAG-TCATAACAAATTGAAATAAAAAATTA-TT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTAG
*
9617270 TTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTCAACT
497 TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTT--ACT
* * * * *
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1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAACTTGCATAAATCAAA
* ** * * *
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65 AAC-ATT-TAT-ATGACAACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * ** * * *
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127 GTCATAATTATTTGAACTTGTTAGGTAAACATATTCATTTTTTAAATCTC--TTAATTATTAA-T
* * ** **
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** * * * * * *
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* * * * * * *
9617622 TTTGAACGT-GTTCAGAAAACATAATTATTTTTAAAAGC-TTTAGTTATTAATTTTTGGAATGTT
309 TTT-AAC-TAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
** ** * * * * * * *
9617685 AATAAATTTGTATTATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGCATGAACAAAACCAATTGTTTCATCACAA
372 AATAAATTAATATTATTTTAATCAG-AATAAGCTTGTATGAACAAAACTAATTATTTTATGATAG
* *** * * * * *
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* * *
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* * ** ** *
9617846 CATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAA-CAA
1 TATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAACTTGCATAAATCAA
* * * * ** * * * * * * * *
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64 AAACATTTATATGACAACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
9617974 CATGACTATTTGAACTTGTTTA-GTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTGT
129 CATAATTATTTGAACTTG-TTAGGTAAACATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTT-T
* * * *** * * * * *
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192 -GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGAACT-GAAATAATTATT
* * * * * * * **
9618101 TTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTT
255 TTAT--GAAAA-AAAAA---A-AACGATTTAAAATAGATAATTATT-TAATAGTTATGACTATTT
* * * *
9618166 AAACTTGTTCAATAAAC--A--TATTTTTAAAATATTTTACTTATTAATTATCTT--AATATTAA
312 -AACTAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAA
* * ** * ** * * *
9618225 TAAATTTATATTAGTTTGTTC-GAAATAAGCTTGTAAGAACAAAAAAAATCATTTTATGACAAAA
374 TAAATTAATATTATTTTAATCAG-AATAAGCTTGTATGAACAAAACTAATTATTTTATGATAGAA
* ** * * * * * * * * *
9618289 CAAAAGGTTATAGTAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAATTTGTTTG
438 CAAAA-GTCATAACAAATTGAAATAAAAAATTATT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTG
* * * *
9618354 GTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAAT
501 GTAAATAGATTTATTTTTTAAA--TCTTACT
* * * ** * * *
9618385 TATTATTTTTTGGAACATTAATAGCTTAGTATTATTTTATTTTGAAT-AA-TTGTATATTAACTG
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAACTTGCATA--AA-TC
* * * * * * *
9618448 AAATA-ATTTTTGTGAC--C-AAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATATTTATTCAAATA
62 AAAAACATTTATATGACAACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * * * *
9618509 GTCATGACTATTTGATCTAGCTCGGTAAACATATTTA-TTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGT
127 GTCATAATTATTTGAACTTGTTAGGTAAACATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATT-T
* * * *
9618573 TGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAAC
191 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGAAC
9618624 ATAAACTATT
Statistics
Matches: 4329, Mismatches: 911, Indels: 662
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ACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTT
AATCAGAATAAGCTTGTATGAACAAAACTAATTATTTTATGATAGAACAAAAGTCATAACAAATT
GAAATAAAAAATTATTAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTA
AATCTTACT
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Indices: 9612707--9618717 Score: 961
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9612697 TTAATTTTCA
* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * ** * * * *
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1 AAATATTAATAAATTAGTAATATTTTATTTTGAATAAA-CTTGTATGAACT-GAAACAATTATTT
* * * * * * * *
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* * * ** *
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* ** * * ** * * *
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* * * * * *
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* * ** ** *
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* * * * * * * * * * * * * *
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* * *** ** * *
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* * * * * * ** ** * *
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1 AAATATTAATAAATTAGTAATATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTA
** * ** * * *
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* * * * *** *
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* ** * * * *
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** * * * * * * ** *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * ** *
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* * * * * * * * * *
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* *
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* * * ** * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * ** * * * * * *
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1 AAATATTAATAAATTAGTAATATTTTATTTTGA-ATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTATTTT
* * * * * *
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* ** *
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** * ** * * * * * *
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* * * ** *
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* * * ** * ** * *
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1 AAATATTAATAAATTAGTAATATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTA
* * * ** * *
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* * * * * * **
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* * * * * * * * * * *
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1 AAATATTAATAAATTAGTAATATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACT-GAAACAATTATTTT
* * ** * * * * * *
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* * * * * * ** *
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* * ** * * * ** **
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1 AAATATTAATAAATTAGTAATATTTTATTTTGAATAAACTTGT-ATGAACTGAAACAATTATTTT
* * * * * * * *
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* * * *
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** ** ** ** * *
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* * * ** * * * ** *
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* *** * * *
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* * * * *
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1 AAATATTAATAAATTAGTAATATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTA
* * * * * * * *** * *
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66 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * ** *
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131 TTTG-TTTA--ATA-A-A--T-TTTTTTAACTTTTGTTTATTAAATTTTG
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* * * * * * * *
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* * * * * * **
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* * * ** * * * *
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1 AAATATTAATAAATTAGTAATATTTTATTTTGA-ATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTATTTT
* * * * * ** * *
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* * * * * *
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* * * *
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* **** * *
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* * **** * *
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* * *
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64 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* ** ** * ** *
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* * **
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* * * * *** * *
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1 AAATATTAATAAATTAGTAATATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACT-GAAACAATTATTTT
* * * * * * ** *
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65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * *
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130 ATTTGTTTAAT-AA-AT-TTTTTTAACT-TTTGT--TTATTAAATT-T-TG
* * * * * * * ** * *
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1 AAATATTAATAAA-TTAGTAATATTTTATTTTG-AATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTATTT
* *** * * * *
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64 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * ** **
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129 AATTTG-TT--T-AATAAA-T--TTTTTT-AA-CTTTTGTTTATTAAATTTTG
* * ** * * *
9618397 GAACATTAATAGCTTAGTATTATTTTATTTTGAAT-AA-TTGTATATTAACTGAAATAA-T-TTT
1 AAATATTAATAAATTAGTAATATTTTATTTTGAATAAACTTG--TATGAACTGAAACAATTATTT
* * * * * * * *
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64 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * *
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129 AAT-TTG-T--TTAATA-A-A-TT-TTTTTAACTTTTGT--TTATTAAATT-TTG
* * * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* *
9618704 ACTGGTTTAATAAA
130 ATTTGTTTAATAAA
9618718 CAGATTTAAT
Statistics
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Consensus pattern (172 bp):
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Alignment explanation
Indices: 9612593--9618701 Score: 1249
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9612583 TTGTTTTATA
* * *
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* * * * * * *
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* * * * ** * *
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* * * * * * ** * * * * *
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* * * ** * * **
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * * **
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* * ** * * *
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* * * * * *
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124 TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAA-CTTGTAT-AATCA-AAAACAATTATTATATGAC-AAA-A
* * * * * ** * * *
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184 CAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTCTTGAAATAGCCATAATTATTTGAACTTATTTA
* * * * * ** *
9613205 GTAAACATATTCATTTTTTGAATCTCTTAATTATTAATTTTT-AGAATATTAACAACCTAGTATT
249 GTAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTTAATTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGGATT
* ** * * *
9613269 ATTTTACTTTGAATAATTTTCTATGAATTGAAATAATT-TTTTATG
313 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTATTTTGTG
* * * * * * * *
9613314 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTCATGACTATTT-AATC
1 ACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA--
* * * * * * *
9613378 TAGTTCGATAAACATATTTATATTT-AAAATTTTTTACTTATT-AATTGTTGAAATATTAATAAA
64 T--TT-GGTAAACAGAATTAT-TTTGTAAATCTCTTACTTATTAAATT-TTGAAAGATTAATAAA
* ** * * * * * *
9613441 TTAGTATTATTTTA-ATCAGAATAAGTTTGTATGAA-CATAAACTATTATTTTATAATAGAACAA
124 TTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAACTTGTAT-AATCAAAAACAATTATTATATGACAAAACAA
* * * * ** ** * *
9613504 AA-G-ACATAACAAATTGAAATAAATAATTCCTT-TAATAGTTATAGCTACTTGAA-TTGGTTT-
187 AAGGTA-ATAACGATTTGAAATAGATAATT-CTTGAAATAGCCATAATTATTTGAACTT-ATTTA
* * * * * * *
9613564 GATAAATAGATTTATTTTTTAAAT--C-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTATATTAGTATT
249 G-TAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGGATT
* * * * ** ** * * * ***
9613625 TTTTTA-TTCGAACAAACTTACATGAACAAAAACATTTATATTACA
313 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTATTTTGTG
* * * ** * * *
9613670 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGGAATAGATAATTGTTCAAATGGTCATAATTATTTGAACT
1 ACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-T
* * * * * *
9613735 GGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAACTTTTGAAATATCAATAAATTC
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* * * * ** * **
9613800 A-TTTTATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGAATTGAAAA-AATTATTTTATG-----GTAAAA-
126 AGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTAT-AATCAAAAACAATTATTATATGACAAAACAAAAG
* * * * * *** * * * *
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190 GTAATAACGATTTGAAATAGATAATTCTTGAAATAGCCATAATTATTTGAACTTA-TTTAGTAAA
* * * * * * * * **
9613920 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTATATTAATATTATTTTA
254 CAGATTCACTTTTTAAATCACTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGGATTATTTTA
* * *
9613985 TTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTATG
319 TTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTATTTTGTG
* * * * * * * * *
9614025 ATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTATACAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTAAACT
1 ACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT----G
* *
9614090 AATTTGGTAAACAGATTTATTTTGTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTA
62 AATTTGGTAAACAGAATTATTTTGTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTGAAAGATTAATAAATTA
* * *
9614155 GTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATAATCAAAAACAATTGTTATATGACCAAATAAAAGGT
127 GTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATAATCAAAAACAATTATTATATGACAAAACAAAAGGT
* *
9614220 AATAACGATTTGAAATAGATAATTCTTGAAATGGCCATAATTATTTGAACTTATTTGGTAAACAG
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* *
9614285 ATTCACTTTTTAAATCACTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAATATTTTATTT
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* *
9614350 TGAATAAACTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTGTG
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* * *
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1 ACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT
* * * * ** * *
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* * ** * ** * * *
9614511 TATTTTTTTTTTTGAATAAGGTTTTATGAAT-TGAAACAATTATTTTATGTCAAAACAAAAGGTC
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* * * * * * *
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193 ATAACGATTTGAAATAGA-TAATTCTTGAAATAGCCATAATTATTTGAACTTATTTAGTAAACAG
* * ** * * *
9614638 TATTTATTTTTTCAAAT-A-TTTTTCTTTTAATTTTTTG-AATTTTAATAAATTTGGATTATTTT
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* * * * *
9614700 ATTCTGAATAAGCATGTAAGATA-TGAAACAAATATTTTGTG
318 ATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ACTGAAATAATTATTTTGTG
* * * * * ** ** *
9614741 ACTAAACAAAAAGTTAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAGTTTTAACTATTTGAA-C
1 ACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT
* * * * * *
9614805 TGGCTCGACAA-ATAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAAT
66 TGG-T--A-AACA-GAA-TTATTTTGTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTGAAAGATTAATAAAT
** * ** * * * * * *
9614865 TAGTATTATTTT-TAACCAAATAAGTTTCTATGAT-AAAAATAATTGTTTTATGAGAAAAC-AAA
125 TAGTATTATTTTAT-TTCGAATAAACTTGTATAATCAAAAACAATTATTATATGACAAAACAAAA
* ** * * * * * * * ** * *
9614927 GATCTTAACAATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTTCGAAAA
189 GGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTCTTGAAATAGCCATAATTATTTGAACTTATTTAG-TAA
* * * * * * * *
9614991 ACATATTTATTTTTTAAAT-ATCTTATTTATTAATATTTGAAATATTAATAAATTAGTACTAGTT
253 ACAGATTCACTTTTTAAATCA-CTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGGATTATTT
* * ** * *
9615055 TATTTTGAATAAGTTTGAATGATA-AAAAACAATTATTTTATG
317 TATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ACTGAAATAATTATTTTGTG
* * * * * * * * *
9615097 ACAAAAC-AAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATCGTTCAAATGGCCATAATTATTTTAAT
1 ACAAAACAAAAAG-TTATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTTGA-
** * * * * *
9615161 TGATTTGGTAAGTAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATT--TTTTTAAGAAATATTAATAAA
63 --ATTTGGTAAACAGAATTATTTTGTAAATCTCTTACTTATTAAATTTT--GAAAGATTAATAAA
* * * * ** * * *
9615224 TTAGCATTATTTTA-TTCCATCTAAGCTTGTATTAA-CTTAAACAATTGTT-TAATAACAAATCA
124 TTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAACTTGTA-TAATCAAAAACAATTATTAT-ATGACAAAACA
* * * * * *** * * *
9615286 AAAGGTTATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAGATGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCT
186 AAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAA---TTC---TTG-AAATAGCCATAATTATTTGAA-CT
* * * * * * * * * *
9615351 T-TTT-CT---C--ATTAATTTTTTGAAT-GC-TAATAAATT-ATTGTT-AATTTATT-CTGAA-
243 TATTTAGTAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTTAAT-TATTAATTTTTGAA-ATATTAATAAAT
* * * * * * * * * * * *
9615403 TAAGCTTGTATGAATTGGAACAATTG-TTTTATG-A-TTAAACAA--A---AG-G
306 TAGGATTATTTTATTTTGAATAA--GCTTGTATGAACTGAAATAATTATTTTGTG
* * * ** * * * * * *
9615449 TCAGAACGATTTCAAA-TTGATAATTATTCT-AATAGTCTTAACCAT-TTGAACTACTTCAGTAA
1 ACAAAAC-A---AAAAGTT-ATAACGATTTTAAATAGAC--AA--TTGTTCAAATA-GTCA-T-A
* ** ** * * * *
9615511 ACAAATTT--ATTTTTTAAATC--TCTTACTTT-TAATTTTCAAAATA-TTATTAAA--TT---A
54 AC-TATTTGAATTTGGTAAA-CAGAATTATTTTGTAAATCTC---TTACTTATTAAATTTTGAAA
* * * * *
9615565 -------------GTATTATTTTA-ATCAGAATAAACTTATACAAAC-AAAACAATTGTT-T-T-
114 GATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAACTTGTATAATCAAAAACAATTATTATATG
* * * * * * * *
9615612 ACAAAA-AAAAGGGTCATAATGATTTAAAATAGATAA-TCATTCATATAGTCTTAACTATTTGAA
178 ACAAAACAAAA-GGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTC-TTGAAATAGCCATAATTATTTGAA
* * ** * * * ** ** * ** * *
9615675 C-TAGTTCAATAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAAAATATT-CTTAA
241 CTTA-TTTAGTAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * ** * * ** *
9615738 TTAGCATTATTTTATTCTGAATAAAATAGTATTAA-TGGAACCAATT-GTTTGATG
305 TTAGGATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAATAATTATTTTG-TG
* * * * * * * *
9615792 ACAAAATAAAAAGTTGTAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCAAAACTATTTGAAAT
1 ACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AA-
* * * * * * * *
9615857 GGTTTGGTGAACAGATTTCCTTTT-TAAATCTCTTA-TCAATT-AATTTTCTAAATACTAGTAAA
64 --TTTGGTAAACAGAATT-ATTTTGTAAATCTCTTACT-TATTAAATTTT-GAAAGATTAATAAA
* * * * * * *
9615919 TTAGTGTTATTTTATTTTGAACAAACTTATCTTGA-CAAAAACAATTGCTT-TATGACAAAACAA
124 TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGT-ATAATCAAAAACAATT-ATTATATGACAAAACAA
* * * * * ** *
9615982 AAAGTAAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAA-TTGGTTTAGT
187 AAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTCTTGAAATAGCCATAATTATTTGAACTT-ATTTAGT
* * **
9616046 AAATAGAATT-A-TTTTCTAAATCTCTT-A-TA--AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTA
251 AAACAG-ATTCACTTTT-TAAATCACTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGGATTA
** ** * * **
9616105 TCCTATTCCGAATACGCTTGTATGAGCTGAAATAATTATTTTACG
314 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTATTTTGTG
** * * * ** *
9616150 ACAAAACAAAAAGTTATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCTTATAGTCTTAACTATTTGAA--
1 ACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT
* * ** * *
9616213 ---TAAA-A-AGTCA----CAACAAT-T-TGA---AATAAA---T-AAATG-TTAATAAATTAGT
66 TGGTAAACAGAATTATTTTGTA-AATCTCTTACTTATTAAATTTTGAAA-GATTAATAAATTAGT
* ** * *
9616259 ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-CTGAAACAATTATTAT-TGGCTAAACAAAAGGTC
129 ATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTAT-AATCAAAAACAATTATTATATGACAAAACAAAAGGT-
* * * *** * * * *
9616322 AA-AACAATTTAAAATAGATAATTATTTTGATA-CTCTTAACTATTTGAA-TCGATTTAGCAAAC
192 AATAACGATTTGAAATAGATAATTCTTGAAATAGC-CATAATTATTTGAACT-TATTTAGTAAAC
* * * ** * **
9616384 ACATTTATTTTTTAAAT--C-T-CCTATTAATTTTT-AGAATATTATTAAATTAGTTTTAATTTT
255 AGATTCACTTTTTAAATCACTTAATTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGGATT-ATTTT
* * ** * * *
9616444 A-TTTGAATAAGCTTGGATGATCAAAAACAATTGTTTTATG
318 ATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTATTTTGTG
* * * * * * * * * *
9616484 AAAAAACAAAGA-TCATAATGA-TTTAAGATAGATATTTGTTGAAATAGTCTTAAGTATTTGAAC
1 ACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTTAA-ATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
* * * * ** *
9616547 TAGTTCAAA-AAATAGTTTTAGTTTT-TAAATCTCTTGCTTATTATTTTTTGAAATATTAATAAA
65 TTGGT-AAACAGA-A---TTA-TTTTGTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTGAAAGATTAATAAA
* ** * * * * *
9616610 GTAGTATTATTTTATTTC-AGATAAGGTTTTATTAA-CTAAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAA
124 TTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAACTTGTA-TAATCAAAAACAATTATTATATGACAAAACAA
* * * * * * * * * *
9616673 AAGCTTATAATGACTTT-AAATAG-TTATTGTTCAAAAAGTCA-AATCTTTTTGAACTTTTTCTA
187 AAGGTAATAACGA-TTTGAAATAGATAATTCTTGAAATAGCCATAAT-TATTTGAACTTATT-TA
* * * ** * * * *
9616735 -TAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTTG-AGTGTTAATAAATTAGTAT
249 GTAAACAGATTCA-CTTTTTAAATCACTTAATTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGGAT
* * * *
9616798 TATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTATTTTATG
312 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTATTTTGTG
* * * * * * * *
9616845 ACTAAACAAAAAGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-ATGATAATCTTAACTATTTGAAC
1 ACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAA-
* * * * * * * * * * *
9616909 TAGTTCAGTAAACACATTTATTTTTTAAATATCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTTAATT
64 T--TT-GGTAAACAGAATTATTTTGTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTGAAAGATTAATAAATT
* * * * ** * * *
9616974 AGTACTATTTTA-ATCTAAATAAACTTGTGTGAA--AGGGAACAATTTTTTTATGACAAAATAAA
126 AGTATTATTTTATTTC-GAATAAACTTGTAT-AATCA-AAAACAATTATTATATGACAAAACAAA
* * * * * ** * * **
9617036 AGATCATAAC-ATTTTGATATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTGT-TTCAAA
188 AGGTAATAACGA-TTTGAAATAGATAATTCTTGAAATAGCCATAATTATTTGAACT-TATTTAGT
* * *** * ** ** * * *
9617099 AAATAAATTTGGTTTTATAAA--AC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATTGATCAGTATT-C
251 AAACAGATTCACTTTT-TAAATCACTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGGATTAT
* ** * * *
9617159 TTTAATTTGAATAATTTTGCATGAA-TAGAAACAATTATTTTATG
315 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAATAATTATTTTGTG
* * * * * * *
9617203 ACAAAAC-AAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATCACTATTTGAAC
1 ACAAAACAAAAAG-TTATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-
* * * * * * * *
9617267 TTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TCAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
64 ---TTTGGTAAACAGAATTATTTTGTAAATCTCT-TACTTATTAAATTTTGAAAGATTAATAAAT
* * *
9617331 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAAATTGTATGAAT-AGAAACAATTGTT-TAATGA-ACAAACAA
125 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTAT-AATCAAAAACAATTATTAT-ATGACA-AAACAA
** * * * * * ** * * *
9617393 AAAATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTT-AAATT-TGATAGG
187 AAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTCTTGAAATAGCCATAATTATTTGAACTTAT-TTA-G
** * * ** * * * *
9617456 TAAGTAGATTTATTTTTTATCTCATTTACTTATTAATTTTTGGAAT-TGTAATAAATTAGTATTA
250 TAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTTAATTATTAATTTTTGAAATAT-TAATAAATTAGGATTA
* ** * ** *
9617520 TTTAATTTCAAATAAGCTTTTATGAA-TAGAAATAATTGGTTTATG
314 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAATAATTATTTTGTG
* * * * *
9617565 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATCTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACG
1 ACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA--
* * * * * * *
9617630 TGTTCAGAAAACATAATTATTTT-TAAAAGCT-TTAGTTATTAATTTTTGGAATG-TTAATAAAT
64 T-TT-GGTAAACAGAATTATTTTGT-AAATCTCTTACTTATTAAATTTT-GAAAGATTAATAAAT
* * * * * *
9617692 TTGTATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGCATGAA-CAAAACCAATTGTT-TCATCACAAAACAA
125 TAGTATTATTTTATTTCG-AATAAACTTGTAT-AATCAAAAACAATTATTAT-ATGACAAAACAA
* * * * * * * *
9617754 AATGTTATAACGTTTTGAAATAGATAATTGTT-AGATAGTCATAATTATTTGAACATGTTTAGTA
187 AAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTCTTGAAATAGCCATAATTATTTGAACTTATTTAGTA
* * * * * * *
9617818 AATAGATTCATTTTTTAAGTCTCTTACTCATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATT
252 AACAGATTCACTTTTTAAATCACTTAATTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGGATTATT
** * * ** * * * *
9617882 TTATTTCAAATAAGTTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATT
316 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTATTTTGTG
* * * * * * ** * * * *
9617925 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAGTATATGATTATTTAAATAGCCATGACTATTTGAACT
1 ACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA--
* * * * * * *
9617990 TGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT--ATTTGTAGGAATATTAATAAAT
64 --TTTGGTAAACAGAATTATTTTGTAAATCTCTTACTTATTAAATTT-T-GAAAGATTAATAAAT
* * * * * * * *
9618053 TAATATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATCAAT-AGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAA
125 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTAT-AATCAAAAACAATTATTATATGACAAAACAAAA
* * * * * * * * ** * * * *
9618117 AGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTAAACTTGTTCAATAAA
189 GGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTCTTGAAATAGCCATAATTATTTGAACTTATTTAGTAAA
* * *
9618182 C--A-T-A-TTTTTAAAAT-ATTTTACTTATTAATTATCTT--AATATTAATAAATTTA-TATTA
254 CAGATTCACTTTTT-AAATCA-CTTAATTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAA-TTAGGATTA
* * * * ** * * *
9618238 GTTT-GTTCGAAATAAGCTTGTAAGAACAAAAAAAATCATTTTATG
314 TTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTATTTTGTG
* *** * * * *
9618283 ACAAAACAAAAGGTTATAGTAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAATT
1 ACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA--
* * ** * * **
9618348 TGTTTGGTAAACA-AATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTATTTTTTGGAACATTAATAGCTT
64 --TTTGGTAAACAGAATT-ATTTTGTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTGAAAGATTAATAAATT
* * * * *
9618412 AGTATTATTTTATTTTGAAT-AA-TTGTAT-ATTAACTGAAATAATT-TT-TGTGACCAAACAAA
126 AGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATAATCAA---AAACAATTATTATATGACAAAACAAA
* * * * * * * * * * **
9618472 ATGTCATAACGATTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATC-TAGCTCGGTA
188 AGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTCTTGAAATAGCCATAATTATTTGAACTTA-TTTAGTA
* * *** * * * *
9618536 AACATATTTA-TTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTT
252 AACAGATTCACTTTTTAAATCACTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGGATTATTT
* * * * *
9618600 TAATCTGAATAAGCTTGTATGAACAT-AAACT-ATTGTTTTATA
317 TATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC-TGAAA-TAATTATTTTGTG
* * * * * * * * *
9618642 ATAGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGGCATAACTATTT
1 ACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
9618702 AAACTGGTTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (358 bp):
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TGGTAAACAGAATTATTTTGTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTGAAAGATTAATAAATTAGTAT
TATTTTATTTCGAATAAACTTGTATAATCAAAAACAATTATTATATGACAAAACAAAAGGTAATA
ACGATTTGAAATAGATAATTCTTGAAATAGCCATAATTATTTGAACTTATTTAGTAAACAGATTC
ACTTTTTAAATCACTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGGATTATTTTATTTTGAA
TAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTATTTTGTG
Found at i:9615674 original size:176 final size:178
Alignment explanation
Indices: 9615421--9616212 Score: 582
Period size: 177 Copynumber: 4.4 Consensus size: 178
9615411 TATGAATTGG
** * * * * *
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1 AACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAT-ATAGT
* *
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* *
9615550 AATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCAGAATAAACTTATACAAACAA
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* * *
9615600 AACAATTGTTT-T-ACAAAA-AAAAGGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATCATTCATATAGTC
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* ** * * * ** *
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* * * * ***
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129 AATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTA-TA-CAAACAA
* * **
9615777 ACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAAGTTGTAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTC
1 AACAATTGTTT-ATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTC
** * * ** * * ** ** *
9615842 AAAACTATTTGAAATGGTTTGGTGAACAGATTTCCTTTTTAAATCTCTTATCAATTAATTTTCTA
65 TTAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTTTTAATTTTCAA
* * * * * **
9615907 AATACTAGTAAATTAGTGTTATTTTATTTTGAACAAACTTAT-CTTGACAAA
129 AATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTATAC-AAAC-AA
* * * *
9615958 AACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAAGTAAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-
1 AACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTC
* * * * * * * **
9616022 TATAATTATTTGAATTGGTTTAGTAAATAGAA-TTATTTTCTAAATCTCTTA---TAAATTTTTG
65 T-TAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTTTAATTTTCA
* * ** * ** * ** * *
9616083 AAATATTAATAAATTAGTTTTATCCTATTCCGAATACGCTTGTATGAGCTGA
128 AAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTATACAAAC-AA
* * * * * * * *
9616135 AATAATTATTTTACGACAAAACAAAAAGTTATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCTTATAGTC
1 AACAATT-GTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTC
9616200 TTAACTATTTGAA
65 TTAACTATTTGAA
9616213 TAAAAAGTCA
Statistics
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0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 6 0.01
176 105 0.22
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179 9 0.02
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182 6 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
AACAATTGTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCT
TAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTTTAATTTTCAAAA
TATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTATACAAACAA
Found at i:9615850 original size:180 final size:176
Alignment explanation
Indices: 9615443--9615854 Score: 429
Period size: 176 Copynumber: 2.3 Consensus size: 176
9615433 ATGATTAAAC
* * * * *
9615443 AAAAG-GTCAGAACGATTTCAAATTGATAATTATTC-TAATAGTCTTAACCATTTGAACTACTTC
1 AAAAGAGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAT-ATAGTCTTAACTATTTGAACTACTTC
* * *
9615506 AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTTTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTA
65 AATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTTTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGCATTA
*
9615571 TTTTAATCAGAATAAACTTATACAAACAAAACAATTGTTTTACAAAA
130 TTTTAATCAGAATAAAATTATACAAACAAAACAATTGTTTTACAAAA
* * *
9615618 AAAAGGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATCATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCA
1 AAAAGAGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTACTTCA
** * * * ** *
9615683 ATAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAAAATATTCTT-AATTAGCATTA
66 ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-TTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGCATTA
* * * *** *
9615747 TTTTATTCTGAATAAAA-TAGTATTAATGGAACCAATTGTTTGATGACAAAA
130 TTTTAATCAGAATAAAATTA-TA-CAAACAAAACAATTGTTT--T-ACAAAA
** * **
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* * *
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* * * * *
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* ** * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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65 AAAACAAAAGATCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACT
* * * * * *
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128 TGTTCTAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATA
* * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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** * * * * * ***
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** * * * * ** * *
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1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * *
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* * **
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* ** *
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1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * *
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66 -AAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
** **
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* * * *
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1 T-TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * *
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65 AAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * * * *
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130 TTCTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATA
* * * * * *
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1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGAC
* * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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** * * ** *
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* * * *
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* * * * * * **
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* * * * * * * *
9618284 CAAAACAAAAGGTTATAGTAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAATTT
64 CAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * *
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129 GTTCTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATA
** ** * * *
9618402 TTAATAGCTTAGTATTATTTTATTTTGAATAA--TTGTAT-ATTAACTGAAATAA-T-TTTTGTG
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-A--GAAACAATTGTTTTATG
* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
9618580 TTAATAAATTAGTATTATTTTA-ATCTGAATAAGCTTGTATGAACATAAACTATTGTTTTATAAT
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* ** * * * * *
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* * *
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Statistics
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TCTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATA
Found at i:9617365 original size:539 final size:538
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9616236 TAAATAAATG
* * *
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* * ** * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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** * * * * *
9616560 AGTTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTATTTTTTGAAATATTAATAAAG-TAGTATTATTTTA
320 AAATTT--TTTTAAAAT-ACTTACTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAAGTTAGTATTATTTTA
* * * ** * * * *
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* * * * *
9616689 T-AAATAG-TTATTGTTCAAAAAGTCA-AATCTTTTTGAACTT-TTTCTATAAACAGATTTATTT
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** * * *
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* * * *
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1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGATTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGAC
* * * * *
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* * *
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* * * * *
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195 ATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGATC
* *
9617041 ATAACATTTTGATATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTGT-TTCAAAAAATAA
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* ** * * *
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** * *
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* * * * * *
9617230 AATAGATAATAGTTCAAATGGACATCACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAA
447 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTCATTTTTTAA
* *
9617295 ATCT-TCAACTTATTAATTTTTAAAATA
512 ATCTCT-AACTCATTAATTTTTAGAATA
* * *
9617322 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAATTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTAATGAA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGATTGTATGAACT-GAAACAATTATTTTATG-A
* * * * *
9617386 C-AAACAAAAAATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCA-AATAGT-TATAACTATTTAAAT
64 CTAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATT-ATAATAGTCT-TAACTATTTGAAC
* * ** * **
9617448 TTGAT-AGGTAAGTAGATTTATTTTTTATCTCAT-TTACTTATTAATTTTTGGAAT-TGTAATAA
127 TAGTTCA-GTAAACACATTTATTTTTTAAAT-ATCTTACTTATTAATTTTTGGAATAT-TAATAA
* * * *
9617510 ATTAGTATTA-TTTAATTTCAAATAAGCTTTTATGAATAGAAATAATTGGTTTATGACAAAACAA
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* *
9617574 AAGGTCATAACGATCTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-GTGTTCAGA
252 AAGATCATAAC-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTGTTCA-A
* * * * * *
9617638 AAACAT-AATTATTTTTAAAA-GCTTTAGTTATTAATTTTTGGAATGTTAATAAA-TTTGTATTA
315 AAA-ATAAATT-TTTTTAAAATAC-TTACTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAAGTTAGTATTA
* * *
9617700 TTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAACAAAACCAATTGTTTCATCACAAAACAAAATGTTATAAC
377 TTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAACAAAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTTATAAC
* * * * *
9617765 GTTTTGAAATAGATAATTGTT-AGATAGTCATAATTATTTGAACATGTTT-AGTAAATAGATTCA
440 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACAGATTCA
* *
9617828 TTTTTTAAGTCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATA
504 TTTTTTAAATCTCTAACTCATTAATTTTTAGAATA
* * * ** * * *
9617863 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATTACA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGATTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACT
* * * * * * * *
9617928 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAGTATATGATTATT-TAAATAGCCATGACTATTTGAACTTG
66 AAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTAT-AATAGTCTTAACTATTTGAACTAG
* * * * * *
9617992 TTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTGTAGGAATATTAATAAATTAA
130 TTCAGTAAACACATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTT-TTGGAATATTAATAAATTAG
* * * *
9618056 TATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATCAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAA-AGT
194 TATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGA-T
* * ** * *
9618120 CATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTAAACT-TGTTC-AATAA-A
257 CATAAC-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTGTTCAAAAAATA
* * * * ** * * * *
9618182 CATATTTTTAAAATATTTTACTTATTAATTATCTTAATATTAATAAATTTA-TATTAGTTTGTTC
321 AATTTTTTTAAAATA-CTTACTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAAGTTAGTATTATTTTATTT
* * * * *** *
9618246 GAAATAAGCTTGTAAGAACAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTAATTTCAA
385 GAAATAAGCTTGCATGAAC-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTTATAACGATTTGAA
* * * * *
9618311 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAATTTGTTTGGTAAACAAATTCATTTTTTAAA
448 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTCATTTTTTAAA
* * * *
9618376 TCTCTTAA-TTATTATTTTTTGGAACA
513 TCTC-TAACTCATTAATTTTTAGAATA
** * * * *
9618402 TTAATAGCTTAGTATTATTTTATTTTGAAT-A-ATTGTATATTAACTGAAATAA-T-TTTTGTGA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGATTG--TATGAACTGAAACAATTATTTTATGA
* * * * * * *
9618463 CCAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATATTTATTCA-AATAGTCATGACTATTTGATCT
64 CTAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATT-ATAATAGTCTTAACTATTTGAACT
* * * * * * * *
9618527 AGCTCGGTAAACATATTTA-TTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATTTTAATAAATTA
128 AGTTCAGTAAACACATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA
* * * * * *
9618591 GTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACATAAACTATTGTTTTATAATAGAACAAAAAG-
193 GTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA-AA-AAAAAGA
* * * *
9618655 TCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGGCATAACTATTTAAACTG
256 TCATAAC-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG
9618708 GTTTAATAAA
Statistics
Matches: 1570, Mismatches: 280, Indels: 150
0.79 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
536 131 0.08
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Consensus pattern (538 bp):
TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGATTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACT
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TCAGTAAACACATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTA
TTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGATCATA
ACATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTGTTCAAAAAATAAATTT
TTTTAAAATACTTACTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAAGTTAGTATTATTTTATTTGAAATA
AGCTTGCATGAACAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTATAACGATTTGAAATAGATAA
TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTAAC
TCATTAATTTTTAGAATA
Found at i:9619195 original size:169 final size:171
Alignment explanation
Indices: 9618884--9619195 Score: 398
Period size: 169 Copynumber: 1.8 Consensus size: 171
9618874 TAATTTTCAT
* * *
9618884 GATATTATTAGATTAATATTATTTTATTTCAAATAACCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTAT
1 GATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAACCTTGTATGAACATAAAGAATTGTTTTAT
* * * *
9618949 AACAAAACAAAATGTTATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAACAATCATAATTATTTGAAT
66 AACAAAACAAAATGTTATAAAGATTTGAAATATATAATTATTCAAACAACCATAATTATTTGAAC
* *
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*** * **
9619055 GATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCTAAATTGGCTTTTATGATGA-AAAGAATTGTTTTA
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* ***
9619118 -GACAAAACAAAA-GTTCATAAAGATTTGAAATATATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGA
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*
9619181 GCTGATTCGATAAAC
129 ACTGATTCGATAAAC
9619196 TGATTTATTT
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 20, Indels: 6
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.03
169 63 0.53
170 16 0.13
171 37 0.31
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (171 bp):
GATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAACCTTGTATGAACATAAAGAATTGTTTTAT
AACAAAACAAAATGTTATAAAGATTTGAAATATATAATTATTCAAACAACCATAATTATTTGAAC
TGATTCGATAAACAAATAATCTTTTATTTATTAATTTTTGA
Found at i:9619896 original size:180 final size:182
Alignment explanation
Indices: 9619320--9620023 Score: 616
Period size: 180 Copynumber: 3.9 Consensus size: 182
9619310 ATGTCATAAT
* * * *
9619320 GATAATTGTGCAAAT-GTCATAATTATTTAAACTT-AT-TCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT
1 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATCT-AGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT
** * * * * *
9619382 TCCTTGCTTACAAATTTCTT-GAATATTAATAAA-ATATTTTTATTTTATTTCAAATAAG-TAAG
65 T-CTTGCTTATTAATTT-TTGGAATATTATTAAATA-AGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTA-
* * * *
9619444 TATGAACTAAAACAATTATTTTATGACTAAAC-AAAAGGTCAAAATAATTTGAAATA
126 TATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * ** * * * * * *
9619500 GATAACTGTTCTAACAATTTTAACTATTTG-A-TTGGTTTGGCAAATACATTTATTTTCTAAATC
1 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATCTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT-
* ** * * * * *
9619563 TCTTGCTTATTAATTTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCCAAATAAGTTTATATG
65 TCTTGCTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATAAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATG
* * **
9619628 AA-ATAGAAACTATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAATCATAATGATTTGAAATA
130 AACA-A-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * *
9619682 AATAATTATTTAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGCTCT-GTAAATAGATTTATTTTTTAAATC
1 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATCTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT-
* *
9619746 TTTTAG-TTATTAATTTTTGGAATTTTATTAAATAAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCCTT-TA
65 TCTT-GCTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATAAGTATTATTTTATTCCAAATAAG-CTTATA
**
9619809 TGAACAAAAACAATTGGTTTATGA-AAAA-AAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
128 TGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * *
9619862 GATAATTATTCAAATAGTCATAAGTATTTGAACTT-ATTTAG-AAATTAGATTTATTTTTAAAAT
1 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATCTAGTAAA-TAGATTTATTTTTTAAAT
* * * * * ** *
9619925 TTTTACTTATTAATCTTTGGAATATTAGTAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTAT
65 TCTTGCTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAA-TAAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATAT
* *
9619989 AAACATAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAG
129 GAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAG
9620024 TTATAACTAT
Statistics
Matches: 422, Mismatches: 80, Indels: 43
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
178 3 0.01
179 77 0.18
180 158 0.37
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184 9 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (182 bp):
GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATCTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATT
CTTGCTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATAAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGA
ACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
Found at i:9620237 original size:321 final size:322
Alignment explanation
Indices: 9619697--9620343 Score: 750
Period size: 321 Copynumber: 2.0 Consensus size: 322
9619687 TTATTTAAAT
* * *
9619697 AGTTATAACTATTTGAACTTGCTCTGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTT
1 AGTTATAACTATTTGAACTTGCTCAGTAAATAGATTCATTTTTTAAATC--TTACTTATTAATTT
* * *
9619762 TTGGAATTTTATTAAATAAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCCTTTATGAACAAAAACAATTGGT
64 TTGGAATATTATTAAATAACTATTATTTTATTCCAAATAAGCCTATATGAACAAAAACAATTGGT
* **
9619827 TTATGAAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAGTATTTG
129 TTATGAAAAAAAAAAGATCATAACCATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAGTATTTG
* ** * * * * *
9619892 AACTTATTTAGAAATTAGATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATCT-TTGGAATATTAGTA
194 AACTTAGTTAGAAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTTAAATTATTAAT-TGTAGAAATATTAATA
* * ** * *
9619955 AATTTATATTATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGTATAAACATAAACAATTATTTTATGACAAAACA
258 AA-TTAAACTATTTTAATCCG-AATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTATTTTATAAC-AAACA
9620019 AAA
320 AAA
*
9620022 AGTTATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTCATTTTTTAAATC-T-CTTATTAATTTTT
1 AGTTATAACTATTTGAACTTGCTCAGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTT
* * * * *** * * *
9620085 GGAATATTATTAAGTTACTATTATTTTATTGCGAATAAGCCTATATGAATTGATATAATT-TTTT
66 GGAATATTATTAAATAACTATTATTTTATTCCAAATAAGCCTATATGAACAAAAACAATTGGTTT
* ** * * *
9620149 ATGACATAGCAAAAGATCATAACCATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATTATTATTTGA
131 ATGA-AAAAAAAAAGATCATAACCATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAGTATTTGA
* * *
9620214 ACTT-GTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTAAATTATTAATTGTAGAAATATTAATAA
195 ACTTAGTTAGA-AAACAGATTTATTTTTAAAATCTTTAAATTATTAATTGTAGAAATATTAATAA
* * * *
9620278 ATTAAACTATTTTAATCCGAATAAGCTTTTATGAACAAAAATAATTGTTTTATAACAAACAAAA
259 ATTAAACTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTATTTTATAACAAACAAAA
9620342 AG
1 AG
9620344 GTCATAATGA
Statistics
Matches: 270, Mismatches: 47, Indels: 15
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
320 21 0.08
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (322 bp):
AGTTATAACTATTTGAACTTGCTCAGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTT
GGAATATTATTAAATAACTATTATTTTATTCCAAATAAGCCTATATGAACAAAAACAATTGGTTT
ATGAAAAAAAAAAGATCATAACCATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAGTATTTGAA
CTTAGTTAGAAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTTAAATTATTAATTGTAGAAATATTAATAAAT
TAAACTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTATTTTATAACAAACAAAA
Found at i:9620483 original size:121 final size:119
Alignment explanation
Indices: 9620297--9620524 Score: 280
Period size: 121 Copynumber: 1.9 Consensus size: 119
9620287 TTTTAATCCG
* * **
9620297 AATAAGCTTTTATGAACAAAAATAATTGTTTTATAACAAACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATTGTTTTATAACAAACAAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* *
9620362 AAATAATTATTCAAATA-GTCATAACTATTTGAACTTTTTCGGTGAACAAATTTGA
66 AAATAATTATTCAAATACCT-ATAACTA-TTGAACTTGTTCGGTGAACAAATTTGA
* * * * * *
9620417 AATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAATTGTTTTATGACAAA-ACAAATGGTTATAGCAATTTTAA
1 AATAAGCTTGTATGAACA-AAAAAAATTGTTTTATAACAAACA-AAAAGGTCATAACAATTTGAA
* *
9620481 ATAGATAATTGTTCAAATACCTATAACTATTGAACTTGTTCGGT
64 ATAAATAATTATTCAAATACCTATAACTATTGAACTTGTTCGGT
9620525 AAATAGATTT
Statistics
Matches: 91, Mismatches: 14, Indels: 6
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
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122 1 0.01
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Consensus pattern (119 bp):
AATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATTGTTTTATAACAAACAAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
AAATAATTATTCAAATACCTATAACTATTGAACTTGTTCGGTGAACAAATTTGA
Found at i:9626344 original size:361 final size:359
Alignment explanation
Indices: 9625561--9627238 Score: 1503
Period size: 361 Copynumber: 4.7 Consensus size: 359
9625551 AGGTAATAAT
* * * * *** *
9625561 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTTAGTAAACTGATTTAT
1 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGCTTAGTAAACAGATTTAT
* * * *
9625626 TTTTTAAA--TC-TCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAA
66 TTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
* * * * * * *
9625688 ACTTTTGTGAACTA-AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATAGTTTTAAATAGAT
131 GCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAGAT
* * * * * * *
9625752 AATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAATAGATATATTTTTTCAAATCCC
194 AATTGTTCAAATAGTCATTACTATTAGAACTTGTTCAGACAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTC
* * * * *
9625816 TTACTTATTAATTTTTCAAA-AGTTAATAAATTATTATTATTTTCTTTTGAACATGCTTGTATGA
258 TTACTTATTAATTTTT-AAATA-TTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA
* ** * *
9625880 ACTGAAACAATTATTTTATAATTAAACAAAAGGTCAAAAT
321 ACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-ATCAAAAC
* * * * * * * * *
9625920 GATTTAAAATAG-TAATT-TTCTAATAATCTTAACTATTTG-AACTGATTCAGCAAACACATTTA
1 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGCTT-AGTAAACAGATTTA
* * * *
9625982 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAACATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATTCAAA
65 TTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAA
* * * * *
9626046 TTAGCTTGTATGATCAGATACAATTGTTTTATGACAAAACACAAA-TCATAACAATTTGAGATTG
128 TAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGTCATAACAATTTGAAATAG
* * * * * *
9626110 ATATTTGTTCAAACAGTCATTACTATTAAAAC-TGTTTCAGA-AAACAGTTTTAGTTTTTGAATC
192 ATAATTGTTCAAATAGTCATTACTATTAGAACTTG-TTCAGACAAACAGATTTATTTTTTAAATC
* * * *
9626173 TCTTGCTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTT-AGATAAGTTTTTAT
256 TCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTAT
* *
9626237 TAACTGAAACTATTATTTTATGACAAAACAAAAATTCAAAAC
319 GAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAA-TCAAAAC
* * *
9626279 AATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATATCTAATTGAAATTG-TTCAGTAAACAGATTTA
1 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGCTT-AGTAAACAGATTTA
* * *
9626343 TTTTTTAAATCTCTTGCTTTTTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
65 TTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
* * * * * * * * *
9626408 AAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAAGAAAAGGTTAGAACGATTTTAAATAGG
129 AAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGA
* * * * *
9626473 TAATTGTTCTAATAGTC-TTAACTATTTGAACTGGTTC-GACAAACATATTTATTTTATAAATCT
193 TAATTGTTCAAATAGTCATT-ACTATTAGAACTTGTTCAGACAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * *
9626536 CTTACTTATTAAATTTTAGAATATTATTAAATTAGTATCATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGA
257 CTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA
** * * * * **
9626601 AAAGAAACAATTGTTGTATGACAAAATAAAGATCATTAC
321 ACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAATCAAAAC
* * * * * * *
9626640 AATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGCTTGGTAAATAGATGTAG
1 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGCTTAGTAAACAGATTTAT
*
9626705 TTTTTAAA--TC-TCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
66 TTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
** * * * **
9626767 TTTTGGATGAACATAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
131 GCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATA
* * * * *
9626832 ATTGTTCAAATGGACATGACTAATAGAACTTGTTCA-ACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCT
195 ATTGTTCAAATAGTCATTACTATTAGAACTTGTTCAGACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * *
9626896 ACATATTAATTTGTAAAATAGTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAA-T
260 ACTTATTAATTT-TTAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT
* * *
9626960 AGAAACAATTGTTATATGACAAAACAAAAAATCATAAC
324 -GAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAATCAAAAC
* * * * * * *
9626998 TATTTGAAACAAAAAACTGTTCAAACTA-TCATAACTATTT---A-TGCTTACT---CGGTATTT
1 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAAATTGCTTAGTAAACAG-ATTT
* * ** *
9627055 ATTTTTTACATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
64 ATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA
* * * ** * *
9627120 TAAGCTTGTATGGACAGAAACAATTGGTTTATCACAAAGTAGAAGGTCATAACTATTTGAAATAG
128 TAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGTCATAACAATTTGAAATAG
* * ** * * *
9627185 ATAATTGTTCAAAAAATCAGAACTATTTGAACGTGTTCA-A-AAACAAATTTATTT
192 ATAATTGTTCAAATAGTCATTACTATTAGAACTTGTTCAGACAAACAGATTTATTT
9627239 GGAATATTAA
Statistics
Matches: 1059, Mismatches: 223, Indels: 78
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
351 1 0.00
352 11 0.01
354 6 0.01
355 14 0.01
356 127 0.12
357 258 0.24
358 51 0.05
359 115 0.11
360 70 0.07
361 262 0.25
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363 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (359 bp):
AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGCTTAGTAAACAGATTTAT
TTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
GCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAA
TTGTTCAAATAGTCATTACTATTAGAACTTGTTCAGACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
CTTATTAATTTTTAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGA
AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAATCAAAAC
Found at i:9626370 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 9625531--9627238 Score: 1482
Period size: 181 Copynumber: 9.5 Consensus size: 180
9625521 ATAAGCTTAT
** * * * * * *
9625531 TTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAAT
1 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
** * * *
9625596 TATTTGAACTAATTTAGTAAACTGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATAT
66 TATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATAT
* * * * * *
9625657 TAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAACTTTTGTGAACTAAAATAA
131 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTT-GATAAGCTTGTATGAACTGAAACAA
* * * *
9625708 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATAGTTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAAC
1 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * *
9625773 TATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATATATTTTTTCAAATCCCTTACTTATTAATTTTTCAAAA-
66 TATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAAAT
* * *
9625837 GTTAATAAATTATTATTATTTTCTTTTGA-ACATGCTTGTATGAACTGAAACAA
129 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGATA-A-GCTTGTATGAACTGAAACAA
* * ** * * ** * * * *
9625890 TTATTTTATAATTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTAAAATAG-TAATT-TTCTAATAATCTTAAC
1 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * *
9625953 TATTTGAAC-TGATTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAACA
66 TATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATA
* *** * * * *
9626017 TTATTAAATTAGTATTATTTTTATTCAAATTAGCTTGTATGATCAGATACAA
130 TTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTTGATAAGCTTGTATGAACTGAAACAA
* * * * *
9626069 TTGTTTTATGACAAAACACAAA--TCATAACAATTTGAGATTGATATTTGTTCAAACAGTCATTA
1 TTGTTTTATGACAAAACA-AAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
** * * * * * * *
9626132 CTATTAAAAC-TGTTTCAGAAAACAGTTTTAGTTTTTGAATCTCTTGCTTAATAATTTTTGAAAT
65 CTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* * * * *
9626196 ATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTAGATAAGTTTTTATTAACTGAAACTA
129 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT-GATAAGCTTGTATGAACTGAAACAA
* * * * *
9626249 TTATTTTATGACAAAACAAAAATTCAAAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATATC
1 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * *
9626314 TAATTGAAATTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTTTTAATTTTTTAAATGT
66 TATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATAT
* *
9626379 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAA
131 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAA
* * * * * * * *
9626430 TTGTTTTATGACTAAAGAAAAGGTT-AGAACGATTTTAAATAGGTAATTGTTCTAATAGTCTTAA
1 TTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * *
9626494 CTATTTGAACTGGTTC-GACAAACATATTTATTTTATAAATCTCTTACTTATTAAATTTTAGAAT
65 CTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* * * * **
9626558 ATTATTAAATTAGTATCATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAA
129 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAA
* * * * *
9626611 TTGTTGTATGACAAAA-TAAAGATCATTACAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
1 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * *
9626675 TATTTGAACTGGCTT-GGTAAATAGATGTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATA
66 TATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATA
** *
9626735 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGGATGAACAT-AAACAA
130 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-ATAAGCTTGTATGAAC-TGAAACAA
* * ** * * *
9626787 TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGAC
1 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * ** * * * *
9626852 TAATAGAACTTGTTCAACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACATATTAATTTGTAAAATAG
66 TATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATAT
* * *
9626917 TAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAA
131 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-ATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAA
* ** * * * * *
9626968 TTGTTATATGACAAAACAAAAAATCATAACTATTTGAAACAAAAAACTGTTCAAACTA-TCATAA
1 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAA
* * * * **
9627032 CTATTT--A--TGCTT-ACT---CGGTATTTATTTTTTACATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAA
65 CTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
** * *
9627089 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGGACAGAAACAA
128 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-TGATAAGCTTGTATGAACTGAAACAA
* * ** * * * * * *
9627143 TTGGTTTATCACAAAGTAGAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAAAATCAGAAC
1 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * *
9627208 TATTTGAACGTGTTCA-AAAACAAATTTATTT
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Statistics
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181 TA
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* * ** * *
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** * **
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* *
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*
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** * ** * * * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* *
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** * * * * * *
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* *
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* ** *
9628382 GACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGACATAAATAATTGTTCA
66 GACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCA
9628426 GAGTATTAAT
Statistics
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ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (355 bp):
AATATTAATAAAATAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTAT
GACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
TTGTTAAGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTA
GTATATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
AACGATTTGAAATAGATAATTATTCGAATAGTTATAACTATTTGAACTTTTAGGTAAACAAATTT
ATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTAA
Found at i:9628622 original size:130 final size:129
Alignment explanation
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Period size: 129 Copynumber: 2.0 Consensus size: 129
9628478 ACAATTATTT
**
9628488 TATGACAAAACAAATTGTCATAATGATTTGAAATAAATAATT-TTTCAAACAGTTATAATAATTG
1 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTT-AAACAGTTA-AATAATTG
* * * * * * *
9628552 AACTGGTTTAGG-AAATAGATTTATTTTTTAAATTTGTTACTTCTTAA-TTTTCAAAATATTAAT
64 AACTAG-TTAGGCAAAAAGAATTACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTT-AAAATATTAAT
9628615 AAA
127 AAA
* * * *
9628618 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGACATAAATAATTGTTTAAATAGTTAATTATTTGAA
1 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAACAGTTAAATAATTGAA
*
9628683 CTAGTTAGGCAAAAAGAATTACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAA
66 CTAGTTAGGCAAAAAGAATTACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTAAAATATTAATAAA
9628747 T
1 T
9628748 TAATTTTATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.43, C:0.07, G:0.10, T:0.40
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TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAACAGTTAAATAATTGAA
CTAGTTAGGCAAAAAGAATTACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTAAAATATTAATAAA
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Alignment explanation
Indices: 9628624--9629120 Score: 425
Period size: 176 Copynumber: 2.8 Consensus size: 178
9628614 TAAATATGAC
* ** * * * * * *
9628624 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGACATAAATAATTGTTTA-AATAGTTAATTATTTGAACTAGT
1 AAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAAGAATTGTTCAGAATA--TAACTATTTAAATTAGT
* * * * * *
9628688 TAGGCAAAAAGAATT-ACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTT-GAAATATTAATAAATTAA
64 TCGACAAACA-AATTAACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTCAAAATATTAGTAAATTAG
* * * ** * * * * *
9628751 TTTTATTTTATTCCAAAT-AAGTT-ACTAAAAACTGAAAAAATTGTTTTATAAT
127 TATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTGTGAATA--GATATAATTGTTTTATAAG
* *
9628803 AAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAAGAATTGTTC-GCAT-TAACTATTTGAATTAGTTC
1 AAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAAGAATTGTTCAGAATATAACTATTTAAATTAGTTC
* * * ** * *
9628866 -AGCAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTTTGTTATTAATTTTCAAAATATTATTACATTAGTAT
66 GA-CAAACAAATTAACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAGTAAATTAGTAT
*
9628930 TATTTTATTCTAAATAAACTTGTGTGAATAGATATAATTGTTTTATGAG
130 TATTTTATTCTAAATAAACTTGTGTGAATAGATATAATTGTTTTATAAG
* * * * * * * *
9628979 ATAAGAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAATTGG
1 AAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAAGAATTGTTC--AGAAT-ATAACTATTTAAATTAG
* ** *
9629044 TTCGATAAACAAATTAACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTCGT
63 TTCGACAAACAAATTAACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAGTAAATTAGT
9629109 ATTATTTTATTC
128 ATTATTTTATTC
9629121 CGATTAGGCT
Statistics
Matches: 254, Mismatches: 52, Indels: 22
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
AAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAAGAATTGTTCAGAATATAACTATTTAAATTAGTTC
GACAAACAAATTAACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAGTAAATTAGTATT
ATTTTATTCTAAATAAACTTGTGTGAATAGATATAATTGTTTTATAAG
Found at i:9629630 original size:537 final size:536
Alignment explanation
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Period size: 537 Copynumber: 2.1 Consensus size: 536
9628988 GGTTATAACA
* * * * * *
9628998 ATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAATTGG-TTCGATAAACAAATTAAC
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGTTTAGA-AAACACATTTA-
* * * *
9629062 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTCGTATTATTTTATTCCGATTA
64 TTTTGAAA--TC---CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTCGTATTATTTTATTCCGAATA
* * * * * **
9629127 GGCTTGTAT-GATGAAAAGCAATTGTTTTATGATAAAACAAAA-GTTTATAA-TGATTTGAAATA
124 AGCTTGTATAAAT-AAAAGCAATTATTTTACGACAAAACAAAATG-CCATAACT-ATTTGAAATA
** * * ** **
9629189 GATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTTGATAGGCTGATTTATTTTTTAAATAT
186 GATAACAATTCAAATGGACATAACTATTTGAACTAATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATAT
* * ****
9629254 CTAACTTATCAA-TTTT-GAAATATTAATAAAGTAATGTTATTTTATTTTGGATAAACGTT-TAT
251 CTAACTTATCAATTTTTAGAAA-A-TAATAAAGTAATATGATTTTATTCCAAATAAAC-TTGTAT
* * * * * *
9629316 GTACAGAAACAGTTGTTTTATGATAAAATAAAAAG-TCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTC
313 GAACAGAAACAGTTGTTTTAAGAAAAAAGAAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTC
* * * * * * *
9629380 AAATAGTCATAACTATTTGAATTTATTCGGTAAATATATTATTTTTTTAAA-ATTTATTACTTAT
378 AAATAGTCATAAATATTTGAACTTACTCAGTAAATAGATT-TATTATTAAATA-TT-TTACTTAT
*** * *
9629444 TAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATCATATTTCGAATAAGCATGTATGAAC-TGAAAT
440 TAATTTTAAAAATATTAATAAATTAGTATTATCATATTTCGAATAAGCATGTATGAACAT-AAAC
*
9629508 AATT-ATTTTTGGACTAA-ACAAA-AGATCATAATG
504 AATTGATTTAT-GAC-AAGACAAATAG-TCATAATG
* * * *
9629541 ATTTGGAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAATTATTTAAATTGGTTTAGAAAACACATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGTTTAGAAAACACATTTATT
* ** **
9629606 TTGAAATCCTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTGGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGT
66 TTGAAATCCTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTCGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGT
*
9629671 ATAAATAGAAGCAATTATTTTACGACAAAACAAAATGCCATAACTATTTGAAATAGATAACAATT
131 ATAAATAAAAGCAATTATTTTACGACAAAACAAAATGCCATAACTATTTGAAATAGATAACAATT
* ** * * *
9629736 CAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATT
196 CAAATGGACATAACTATTTGAACTAATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTAACTTATC
* * *
9629801 AATTTTTAGAAAATAATAAATTAGTATGATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAGT
261 AATTTTTAGAAAATAATAAAGTAATATGATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAGT
*
9629866 TGTTTTAAGAAAAAAGGAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAA
326 TGTTTTAAGAAAAAAGAAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAA
9629931 TATTTGAACTTACTCAGTAAATAGATTTATTATTAAATATTTTACTTATTAATTTTAAAAATATT
391 TATTTGAACTTACTCAGTAAATAGATTTATTATTAAATATTTTACTTATTAATTTTAAAAATATT
** * * *
9629996 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATGAGCTTGTATGAACATAAACAATTGGTTTATGACAAG
456 AATAAATTAGTATTATCATATTTCGAATAAGCATGTATGAACATAAACAATTGATTTATGACAAG
* *
9630061 ACAAATTGTTATAATG
521 ACAAATAGTCATAATG
*
9630077 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
9630116 GAACATGTTC
Statistics
Matches: 480, Mismatches: 82, Indels: 33
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
535 2 0.00
536 116 0.24
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539 4 0.01
540 2 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (536 bp):
ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGTTTAGAAAACACATTTATT
TTGAAATCCTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTCGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGT
ATAAATAAAAGCAATTATTTTACGACAAAACAAAATGCCATAACTATTTGAAATAGATAACAATT
CAAATGGACATAACTATTTGAACTAATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTAACTTATC
AATTTTTAGAAAATAATAAAGTAATATGATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAGT
TGTTTTAAGAAAAAAGAAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAA
TATTTGAACTTACTCAGTAAATAGATTTATTATTAAATATTTTACTTATTAATTTTAAAAATATT
AATAAATTAGTATTATCATATTTCGAATAAGCATGTATGAACATAAACAATTGATTTATGACAAG
ACAAATAGTCATAATG
Found at i:9630482 original size:365 final size:362
Alignment explanation
Indices: 9628618--9630616 Score: 1307
Period size: 361 Copynumber: 5.6 Consensus size: 362
9628608 TATTAATAAA
* * * * * * * *
9628618 TATGACAAAACAAAAG-GTCATAATGATTTGACATAAATAATTGTTTAAATAGT--TAATTATTT
1 TATGACAAAAC-AAAGTGTTACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTT
* * * * * * * * *
9628680 GAACTAGTTAGGCAAA-AAGAATTACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAAT
65 GAACTTGTTTGGTAAACAATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAAT
* * * * ** * * * *
9628744 AAATTAATTTTATTTTATTCCAAAT-AAGTTACTAAAAACTGAAAAAATTGTTTTATAATAAAAC
130 AAATTTATATTATTTTATTCCAAATAAACTT-GTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* ** * * * *
9628808 AAAAGATCATAACAATTTGAAATAAAGAATTGTTC-----G-CATTAACTATTTGAA-TTAGTTC
194 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCA-TAAATATTTGAACTTA-CTC
* * * * ** * * * *
9628866 AGCAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTTTGTTATTAATTTTCAAAATATTATTACATTAGTATT
257 AGTAAACAAATTTA-TTATTAAATATCTTACTCATTAATTTTAAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * * *
9628931 ATTTTA-TTCTAAATAAACTTGTGTGAATAGATATAATTGTTT
321 ATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAACATAAACAAATGCTT
* * ** * * * *
9628973 TATGAGATAAGA-AAAG-GTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAATCATAACTATT
1 TATGACA-AA-ACAAAGTGTTACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATT
* * * * * * *
9629036 T-AAATTGGTTCGATAAACAA-ATTAACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
64 TGAACTT-GTTTGGTAAACAATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTA
* ** * * ** ** *
9629099 GTAAATTCGTATTATTTTATTCCGATTAGGCTTGTATGATGA-AAAGCAATTGTTTTATGATAAA
128 ATAAATTTATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAA
* * * * * * * *
9629163 ACAAAAGTTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAAC-TAATT
192 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTTACTC
* ** ** * * * * * * * *
9629227 TGATAGGCTGATTTATTTTTTAAATATCTAACTTATCAATTTT-GAAATATTAATAAAGTAATGT
257 AG-TAAACAAATTTA-TTATTAAATATCTTACTCATTAATTTTAAAAATATTAATAAATTAGTAT
*** * * * ** *
9629291 TATTTTATTTTGGATAAACGTT-TATGTACAGAAACAGTTGTTT
320 TATTTTATTTCAAATAAGC-TTATATGAACATAAACAAATGCTT
* * ** * * * *
9629334 TATGATAAAATAAAAAGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
1 TATGACAAAACAAAGTGTTACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTG
* * * * * *
9629399 AATTTATTCGGTAAA-TATA-TTATTTTTTTAAAAT-TTATTACTTATTAATTTTTTGAATGTTA
66 AACTTGTTTGGTAAACAATATTTA-TTTTTT-AAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTA
** * * * * * * * *
9629461 ATAAA-TTAGTATTATCATATTTCGAATAAGCATGTATGAACTGAAATAATTATTTT-TGGACTA
128 ATAAATTTA-TATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTAT-GACAA
* * * * * * * **
9629524 AACAAAAGATCATAATGATTTGGAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAATTATTT-AAATTGGT
191 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTT-AC
* * * * * ** * *
9629588 TTAGAAAACACATTTATT-TTGAA-ATC---CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTGGTAT
255 TCAGTAAACAAATTTATTATTAAATATCTTACTCATTAATTTTAAAAATATTAATAAATTAGTAT
** ** * * **
9629648 TATTTTATTTTGAATAATTTTGTAT-AA-ATAGAAGCAATTATTT
320 TATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACATA-AA-CAAATGCTT
* * ** * ** * *
9629691 TACGACAAAACAAAATGCCATAACT-ATTTGAAATAGATAACAATTCAAATGGACATGACTATTT
1 TATGACAAAACAAAGTGTTACAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTT
* * * *
9629755 GAACTTGTTTGGTAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAGAA-AATAAT
65 GAACTTGTTTGGTAAACAATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAAT
* * * * *
9629818 AAA-TTAGTATGATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAGTTGTTTTAAGAAAAAAG
130 AAATTTA-TATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-
* *
9629882 GAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTTACTCA
193 CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTTACTCA
* * * *
9629947 GTAAATAGATTTATTATTAAATATTTTACTTATTAATTTTAAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
258 GTAAACAAATTTATTATTAAATATCTTACTCATTAATTTTAAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
9630012 TTTATTTCGAATGAGCTTGTATGAACATAAACAATTGGTT
323 TTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACATAAACAAATGCTT
* * * * *
9630052 TATGACAAGACAAATTGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
1 TATGACAAAACAAAGTGTTACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTG
* ** * * *
9630117 AACATGTTCAG-AAACAATATTTGTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATA
66 AACTTGTTTGGTAAACAATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATA
** * * * *
9630180 AATTTATATTATTTTATTTAAAATAAGCTTGCATGAACAGAACCAATTATTTTATGACAAAACAA
131 AATTTATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * * ** **
9630245 ATGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTTAGATAGTTATAGCTATTTGAACTTGTTCAGTA
196 AAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTTACTCAGTA
* * ****
9630310 AACAAATTTATTTTTTTTAATTTCATCTTACTCATTAATTTTGGGTATATTAATAAATTA-TAAT
261 AACAAATTTA---TTATTAA-AT-ATCTTACTCATTAATTTTAAAAATATTAATAAATTAGT-AT
* *
9630374 TATTTTATTTCAAATAAGCTTATATTAAC-TAAAATAAATGCTT
320 TATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAT-AAACAAATGCTT
* *
9630417 TATTACAAAACAAAAGT-TTACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATATTCATGACTATTT
1 TATGACAAAAC-AAAGTGTTACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTT
* * *
9630481 GAA-TTGTTTGGTAAAC-ATATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTGTTGAAATATTAAT
65 GAACTTGTTTGGTAAACAATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAAT
* * * * *
9630544 AAATTAATATTATTTTAATCCAAATAATCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTCATGACAAAACA
130 AAATTTATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
9630609 AAAGGTCA
195 AAAGGTCA
9630617 CAACAATTCT
Statistics
Matches: 1300, Mismatches: 282, Indels: 114
0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
355 93 0.07
356 108 0.08
357 248 0.19
358 11 0.01
359 4 0.00
360 102 0.08
361 296 0.23
362 182 0.14
363 17 0.01
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365 212 0.16
366 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (362 bp):
TATGACAAAACAAAGTGTTACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTG
AACTTGTTTGGTAAACAATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATA
AATTTATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
AAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTTACTCAGTA
AACAAATTTATTATTAAATATCTTACTCATTAATTTTAAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
ATTTCAAATAAGCTTATATGAACATAAACAAATGCTT
Found at i:9630671 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 9630636--9630681 Score: 62
Period size: 18 Copynumber: 2.6 Consensus size: 19
9630626 TGTTTGAAGA
*
9630636 ACTATTTCAAATAATTATG
1 ACTATTTCAAACAATTATG
9630655 ACTATTT-AAACAATTAT-
1 ACTATTTCAAACAATTATG
9630672 -CTATTTCAAA
1 ACTATTTCAAA
9630682 TAGTTATTAC
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 4
0.83 0.03 0.13
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.24
17 3 0.12
18 9 0.36
19 7 0.28
ACGTcount: A:0.43, C:0.13, G:0.02, T:0.41
Consensus pattern (19 bp):
ACTATTTCAAACAATTATG
Found at i:9630894 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 9630641--9631287 Score: 642
Period size: 181 Copynumber: 3.6 Consensus size: 179
9630631 GAAGAACTAT
* * *
9630641 TTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATTACCTTTTGTTTTGTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACC-TTTGTTTTGTC
* * * *
9630705 ATAAAACAAATGTTTTTGTCCATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
64 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAAT-TTAATTTATTAATATT
* * *
9630770 -TCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACCAG
128 AT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATATATATGTTTACCAAACCAG
* * * * * *
9630822 TTCAATTAGTTTTAACTATTTGAACAATTATTTTTTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTATCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCA
* *
9630887 TAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAA-TCTTATTTGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATT
65 TAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGT-TTATTTGAAATAAAATAAT-TTAATTTATTAATATT
* * * ** **
9630951 ATGAAAATTAATAAGTAACGA-ATTTAGAAAATATATCTGTTGGCCTGACCAG
128 ATAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATATATATGTTTACCAAACCAG
* * *
9631003 TGT-AAATAATTATGA-TAGTTTGAACAATTATGTATTTCAAATCATTATGATCCTTTATTTTGT
1 T-TCAAATAGTTATGACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTGTTTTGT
* * ** * * * * * *
9631066 CACAAAACAATTGTTTCTGTTTGTACAAGCTTCTTTGGAATAACATCATTATAATTTATTAATAT
63 CATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATT-TAATTTATTAATAT
* ** **
9631131 TATAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATATATATGTTTACTGAATAAG
127 TATAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATATATATGTTTACCAAACCAG
* * * * * *
9631184 TTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTACTATAATCTTTTGTATTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTGTTTTGTCA
* * * *
9631249 TAAAACAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAAT
65 TAAAACAATTGTTTT-TGTTCATATAAGTTTATTTGAAAT
9631288 CTATTTACTG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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181 360 0.95
182 9 0.02
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Consensus pattern (179 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCAT
AAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATTTAATTTATTAATATTATA
AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATATATATGTTTACCAAACCAG
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Period size: 120 Copynumber: 2.0 Consensus size: 119
9631161 AATATATATG
* * * *
9631171 TTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTACTATAATC
1 TTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCACTATAACC
9631236 TTTTGTATTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATCTA
66 TTTTGTATTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATCTA
* * * * * * *
9631291 TTTACTGAATAATTTCAGATAGTTATGATTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATCATTATGACC
1 TTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCACTATAACC
* * *
9631356 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT-TGTTCATACTAGCTTATTCAAAT
66 TTTTGTATTGTCATAAAACAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAT
9631407 TAAAATAATA
Statistics
Matches: 101, Mismatches: 14, Indels: 3
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Matches are distributed among these distances:
119 7 0.07
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121 4 0.04
ACGTcount: A:0.34, C:0.11, G:0.08, T:0.46
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TTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCACTATAACC
TTTTGTATTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATCTA
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Indices: 9631012--9631582 Score: 733
Period size: 301 Copynumber: 1.9 Consensus size: 301
9631002 GTGTAAATAA
*
9631012 TTATGATAGTTTGAACAATTATGTATTTCAAATCATTATGATCCTTTATTTTGTCACAAAACAAT
1 TTATGATAGTTTGAACAATTATGTATTTAAAATCATTATGATCCTTTATTTTGTCACAAAACAAT
* ** * ** * *
9631077 TGTTTCTGTTTGTACAAGCTTCTTTGGAATAACATCATTATAATTTATTAATATTATAAAAATTA
66 TATTTCTGTTCATACAAGCTTCATTCAAATAAAATAATTATAATTTATTAATATTATAAAAATTA
* * * * * **
9631142 ATAAATAAGAGATTTAAAAAATATATATGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGA
131 ATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTAATAACTATTTGA
* * * *
9631207 ACAATTATCTATTTCAAATTACTATAATCTTTTGTATTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATA
196 ACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTATTGTCATAAAACAATTTTATCAATTCATA
9631272 CAAGCTTATTTCAAATCTATTTACTGAATAATTTCAGATAG
261 CAAGCTTATTTCAAATCTATTTACTGAATAATTTCAGATAG
* * * *
9631313 TTATGATTA-TTTGAATAATTATTTATTTAAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
1 TTATGA-TAGTTTGAACAATTATGTATTTAAAATCATTATGATCC-TTTATTTTGTCACAAAACA
* * *
9631376 ATTATTTTTGTTCATACTAGCTT-ATTCAAATTAAAATAA-TATTAATTTATTAATATT-TCAAC
64 ATTATTTCTGTTCATACAAGCTTCATTCAAA-TAAAATAATTA-TAATTTATTAATATTAT-AAA
*
9631438 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAG-TCTAAATAGTAATAACT
126 AATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTC-AAATAGTAATAACT
* * *
9631502 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT-TTCGTCATAAAACAATTTTATCA
190 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTATT-GTCATAAAACAATTTTATCA
* *
9631566 ATTCATATAGGCTTATT
254 ATTCATACAAGCTTATT
9631583 CGAAATAAAA
Statistics
Matches: 230, Mismatches: 33, Indels: 14
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Matches are distributed among these distances:
300 13 0.06
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ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (301 bp):
TTATGATAGTTTGAACAATTATGTATTTAAAATCATTATGATCCTTTATTTTGTCACAAAACAAT
TATTTCTGTTCATACAAGCTTCATTCAAATAAAATAATTATAATTTATTAATATTATAAAAATTA
ATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTAATAACTATTTGA
ACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTATTGTCATAAAACAATTTTATCAATTCATA
CAAGCTTATTTCAAATCTATTTACTGAATAATTTCAGATAG
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Indices: 9631304--9632587 Score: 672
Period size: 180 Copynumber: 7.2 Consensus size: 173
9631294 ACTGAATAAT
* * * * *
9631304 TTCAGATAGTTATGATTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCAGTATGA----ATGTTTTGTCA
* * * ** * *
9631369 TAAAACAATTATTTTTGTTCATACTAGCTTATTCA-AATTAAAATAATATTAATTTATTAATATT
62 TAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTCATAA-TAAAATAATACTAATTTATTAAAATT
* * *
9631433 TCAACAATTAA-TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGA-ACAAG
126 T-AA-AA--AATTAA-CAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAGA-AAG
* * * * * *
9631485 -TCTAAATAGTAATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCGTC
1 TTC-AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCAGTATGA----ATGTTTTGTC
* * *** *
9631549 ATAAAACAATT-TTATCAATTCATATAGGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAACTTTACT---
61 ATAAAACAATTATT-TCTATTCATACAAAATTATTC-ATAATAAAATAATACTAA-TTTATTAAA
** * *
9631609 ATTTTGAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTATCGA-ACAAG
123 ATTTAAAAAATTAA-CA--AA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAGA-AAG
* * * * * *
9631664 CTCAAATAGTT-TGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT-TCC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCAGTATGA----ATGTTTTGT-C
* * * * * ** * * **
9631727 ATAAAATAATTGTTTTTGTTCGTACAAGCTTATTCCA-AATAAAGTAATA-TAAATTTACTAATG
61 ATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATT-CATAATAAAATAATACT-AATTTATTAAAA
** * * * *
9631790 TTCCAAAGATTAATAAGTAAAAATTT-AAAAATAAATCTGTTT-TCTGA-ACACG
124 TTTAAAAAATTAA-CA--AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAGA-AAG
* *
9631842 TTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATC-GT-T-AA-GTTTTGTTATAAA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCAGTATGAATGTTTTGTCATAAA
* * *
9631903 CCAATTGTTTCTATTCATA-AAAACTTATTCGGT-ATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCA
66 ACAATTATTTCTATTCATACAAAA-TTATTC-ATAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTT--
* **
9631966 AAAAAATTAGCAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTATCGAGTGAG
127 AAAAAATTAACAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCGAGAAAG
* * *
9632014 TTCAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCAGTATGAA----TGTTTTGTCA
* *
9632079 TAAAACAATTATTTCTATTTATACAAAATTATTCATAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
62 TAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTCATAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTT
** * * * *
9632144 TGAAAATTAATAAAAGATTTAAAAACTAAATCTATTTAGC-AGACAAG
127 AAAAAATTAACAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAGA-AAG
* * * * * *
9632191 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCAGTGTGATCTTTGTTTTGTCTT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCAGTATGA---ATGTTTTGTCAT
* * * * * * * * ** * *
9632256 AAAACAATTGTTTCTGTCCATACAAACTTATTCAGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATTCT
63 AAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTCATAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATT-T
* * * *
9632321 AAAAATTTATA-AGTAAGAGATTTAAAAAA-AAATGTATTT-GCGA-AACTAG
127 AAAAAATTA-ACA--AA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAGAA--AG
** * * * * * *
9632370 TTCAAATAGTTAAAACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAAT-TGTTATGACCTTTTGTTTAGTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCAG-TATGA----ATGTTTTGTC
* * * * * * *
9632434 ATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACATACTTATTCGA-AATAAAATATTACTATTTTATTAACA
61 ATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAAATTATTC-ATAATAAAATAATACTAATTTATTAAAA
* * * * *
9632497 TTCAAAAAATTAATAAGCAAGGAATTTAAAAAAATAAATTTGTTTA-CCAAACAAG
124 TTTAAAAAATTAACAA--AA-G-ATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCGAGA-AAG
*
9632552 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TTATTT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTT
9632588 TAAAATTGTT
Statistics
Matches: 890, Mismatches: 148, Indels: 130
0.76 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
170 10 0.01
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173 10 0.01
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180 157 0.18
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184 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (173 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCAGTATGAATGTTTTGTCATAAA
ACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTCATAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTAAAA
AATTAACAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAGAAAG
Found at i:9632467 original size:180 final size:181
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Period size: 181 Copynumber: 25.7 Consensus size: 181
9631294 ACTGAATAAT
* * * * *
9631304 TTCAGATAGTTATGATTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* ** * * *
9631369 TAAAACAATTATTTTTGTTCATACTAGCTTATTCA-AATTAAAATAATATTAATTTATTAATATT
66 TAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAACTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * *
9631433 -TCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAG
130 CT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAG
* * * *
9631485 -TCTAAATAGTAATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCGTC
1 TTC-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * ** *
9631549 ATAAAACAATT-TTATCAATTCATATAGGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAACTTTACT-AT
65 ATAAAACAATTGTT-TCAGTTCATACAAACTTATTCAG-AATAAAATAATACTAA-TTTATTAAT
* * * *
9631611 -TT-TGAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTATCGAACAAG
127 ATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAG
* *
9631664 CTCAAATAGTT-TGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT-TCC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT-C
* ** * * * * *
9631727 ATAAAATAATTGTTTTTGTTCGTACAAGCTTATTCCA-AATAAAGTAATA-TAAATTTACTAATG
65 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAACTTATT-CAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA
* * *
9631790 TTCCAAAGATTAATAAGTAAAA-ATTT-AAAAATAAATCTGTTT-TCTGAACACG
128 TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAG
* * * * *
9631842 TTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTA--A------GTTTTGTTA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
9631899 TAAACCAATTGTTTCTA-TTCATAAAAACTTATTCGGTATAAAATAATACTAATTTATTAAAATT
66 TAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAACTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * ***
9631963 -TCAAAAA--AATTAGCAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTATCGAGTGAG
130 CT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAG
* * * * *
9632014 TTCAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * *
9632079 TAAAACAATTATTTCTA-TTTATACAAAATTATTCATAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
66 TAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAACTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * *
9632143 TTGAAAA-T--TAA-TAAAAGATTTAAAAACTAAATCTATTTAGC-AGACAAG
130 CTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGA-ACAAG
* * * * *
9632191 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCAGTGTGATC-TTTGTTTTGTCT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * ** *
9632255 TAAAACAATTGTTTCTGTCCATACAAACTTATTCAGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATTC
66 TAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAACTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * * * * *
9632320 TAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-AAATGTATTT-GCGAAACTAG
131 TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCG-AACAAG
** * ** *
9632370 TTCAAATAGTTAAAACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTAGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
9632435 TAAAATAATTGTTTCAGTTCATACATACTTATTC-GAAATAAAATATTACTATTTTATTAACATT
66 TAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAACTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * *
9632499 CAAAAAATTAATAAG-CAAGGAATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAG
130 CTAAAAATTAATAAGTAAAAG-ATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAG
* ** *
9632552 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TATTTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * *
9632616 ATAAAACAATTGTTTCATTTCATA-AAAGCTTATCCAAAATAAAATAGTATTACTTTATTAATAT
65 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAA-CTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * *** **
9632680 T-TCAAAATTTGAGAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGAGAAGT-TGGAGATTTA
129 TCT-AAAAATT----AAT-A-AGTA----A--AAGA-TTTAAAAAAT-A-AA-TCTGTTTATCGA
*
9632743 A-AAC
177 ACAAG
* * * * * *
9632747 AT-AAATCGGTTTATTGAATCAGTTTAAATAGTTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
1 TTCAAAT-AG-TTA-TGACT-A-TTTGAACAATTAT------------------CTATTTCAAAT
* * * * *
9632811 CATTTTGAACTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTTTCA--TCATACAAGCCTACTT-AGAAT
43 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTCAGTTCATACAAACTTA-TTCAGAAT
**
9632873 AAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAGGAGA-TT-----AT---T-TG
105 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTG
* *
9632927 TTTATTGAACCAG
169 TTTATCGAACAAG
* * * * * *
9632940 ATCAAATAATTATGAC-ATTTGAACAACTATATATTTCAATTCATTATAACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * **
9633004 TAAAACAATTATTT-ATGTTCATACAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATATAAAAATAT
66 TAAAACAATTGTTTCA-GTTCATACAAACTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * *
9633067 TATAAAAATTAATAATTAAGAGATTTGAAAAATAAAAT-TGTTTGTTGAACCAA-
129 TCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTATCGAA-CAAG
* * * * ** * *
9633120 TTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGTCCTTTTGTTTTGTCG
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * ** ** * * *
9633185 TTAAACAAATGTTTTTA-TTCATGTAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
66 TAAAACAATTG-TTTCAGTTCATACAAACTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * *
9633249 TTGAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAG
130 CTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAG
* * * * * * * * *
9633297 TTCAATTAGTTATAACAATTTAAACAATTATTTATTTCATATCATTATGATCATTTGTTTTATCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * * * **
9633362 TAAAAAAATTATTTGTA-TTGATACAATCTCA-TCTGAAATAAAGTAATGTTAATTTATTAATAT
66 TAAAACAATTGTTT-CAGTTCATACAAACTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* ** * * * * *
9633425 TTTAAAAATTAATAAGTAATGGATTTATAAAATGAATCTG-TTAGCCTAACTAG
129 TCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TCGAACAAG
* * * * * * *
9633478 TGCAAACAATTATGACTGTTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * ** *
9633543 CAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTCATTCAAAATAGCATAATTCTAATTTATTAATATTC
66 TAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAACTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * * * * * *
9633608 TAAAAATTAATAAATAAGAGATTTGAAAATTGAATTTGTTTATTGAACAAG
131 TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAG
* * ** *
9633659 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTAAAATCACCATAACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * * * *
9633724 TAAAATAATT-TTTTATATTCCTGCAAGCTTATTTCA-ATTAAAATAATGCAAATTTATT-ATCA
66 TAAAACAATTGTTTCA-GTTCATACAAACTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-A
* * * * **
9633786 TTC-AAATGATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTACCGAATATC
128 TTCTAAA-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAG
* * * * * * ** *
9633839 TTCAAATAGTTATGAATATTTGAACAAATATTTATTGCATATCGTTATGAGTTTTTGTTTTCATC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT-GTC
** * * * *
9633904 ATAAAACAATTGTTTTTGTTTATACAAGCTTATTC-GAATTAAAA-AATATTAGTTTATTAATAT
65 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAACTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * ** * *
9633967 T-TCGATAGTTAATAAGTAGAAGATTTTTAAAATAAATATGTTTA-CTAAACAAG
129 TCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAG
* * * *
9634020 TTTAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
9634085 TAAATCAATTGTTTTTA-TTCACACAAGCATATT-TGAAATAAAATAATAC-AATTTTATTAATA
66 TAAAACAATTG-TTTCAGTTCATACAAACTTATTCAG-AATAAAATAATACTAA-TTTATTAATA
* * * *
9634147 TTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CCAAGTAAG
128 TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAAG
* * * * * *
9634201 TTCAAATAGTTATAATTGTTTGAACAATTATTTATGTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTC
** ** *
9634265 ATAAAACAATTGTTTCTA-TTCACGCAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
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Done.