Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167905.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_170, whole genome shotgun sequence
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* * * ** * * * *
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* * ** *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * ** *
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Statistics
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173 3 0.00
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Found at i:905 original size:178 final size:177
Alignment explanation
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * *
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1595 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTCAT-ATCTATA
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* * ** * * * * **
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*** ***** * * ** * ** * * * *
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114 AATTA-ATAAGT-AAGATT-TTA-AAAATAAATATG-TTT-AC-GAACAAGTTCA-AATAG-TTA
*
3243 TAGAAATTTATT
170 T-G--A-CTATT
* * * * * * *** * *** *
3255 CAGAATAGAGTAAAACTAATTAT-TAAT-ATT-TCAAAAATTTATAAGAGAT-TTAAGAA-AA-T
1 -TGAACA-A-T-TATCT-ATT-TCAAATCATTAT-GACCTTTTGT-TTTG-TCATAA-AACAATT
** * * * * * * *** *
3314 AATTCTATT--TACAGAAC-CAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAT
56 GTTTCTGTTCATACA-AGCTTA-TTCGAATAA-AATAA-TA-CTAATTTATTA-ATATTTCAAA-
* * ** *** * ** *
3376 CATTATTACTTTTTATTTTGTAATAAA-ACAATATTTTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCAAAAT
114 AATTAATAAGTAAGA-TTT-TAA-AAATA-AATA-TGTTTACG---A-ACAA----GTTC-AAAT
* *
3440 AAAATAAT-ACTAATTT
165 --AGTTATGACT-A-TT
* * * * * *
3456 ATTAATATTTATCAAACCAGTTCAAAT-AGTTATGA-CTATTTGAGCATTTAT-TTATTTCAAAT
1 -TGAACAATTAT----CTATTTCAAATCA-TTATGACCT-TTT--G--TTT-TGTCA--T-AAA-
* * * * * * * * * * * *
3518 TGTTATGACTT-TTTGTTGTGTTATA-AAACAATAGTTTCTG-TTCATACAA-GCTTATTTGGAT
50 ----A-CAATTGTTT-CTGT-TCATACAAGC-TTA--TTC-GAATAAAATAATACTAATTT--AT
** ** ** * * * ** *
3579 TAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAACA-ATTAATAACTAAA-AAATTTA-AAAC-A--T-
102 T--AAT-ATTTCAA-AAATTAATAAGT-AAGATTTTAA-AAATAAATATGTTTACGAACAAGTTC
* * **
3637 AAATATTCTTACCGAACTAGA
161 AAATA--GTTA-TG-ACTATT
* * * *
3658 TCAA-ATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
1 TGAACA-A-TTAT--CTATTT-CA-AATCA--------------TTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* ** * * * * * *
3722 TAAAAAAATCATTTCGGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAAGTTATCAATA-TT
46 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * * *
3786 CTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTAACGAACAAGTTTAAATAATTAT
110 C-AAAAATTAATAAGT-A-AGATTTTAAAAATAAATATGTTT-ACGAACAAGTTCAAATAGTTAT
*
3851 GACTGTT
171 GACTATT
* * * * * *
3858 TGAACAATTATCTATTTGAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTTCTATT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTCTGTT
* *
3923 CATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAA
65 CATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGT--
* * **** * **
3986 AAGA-TCT---AATAAATCTACCCA-GACCAAGTTCAAATCTTTATGACTATT
125 AAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* ** *
4034 TGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTC
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTC
* * * * * *
4099 ATACAAGCTTATTTGGATTAAAA-AATATTAATTTATTAATATTTCGACAAGTAATAAGTAAAAG
66 ATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT--AAG
* * * *
4163 ATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATGGTCATGAGTATT
128 ATTTTAAAAATAAATATGTTTA-CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * *
4214 TGAATAATTAAT-TATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTCAGTT
1 TGAACAATT-ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTT
* * * *
4278 TATATAAGCTTATTTGATATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATGAGTAAG
65 CATACAAGCTTATTCGA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT-A-
* * * * * * *
4342 AGAATTAAAAAATTAATACTATTTACGAATCATGTTCAAATAGTTATGATTATC
126 AGATTTTAAAAATAAATA-TGTTTACGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
*
4396 TGAACAATTATATATTTCAAA-CATTATGA-CTTTTG-TTTGTC-TAAAAC-ATTGGTTTCTG-T
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTGTT
* * *
4455 CATGCAAGCTTATTTTTGAATAAAATAATA-TAATTTTATTAATATTCTTAAAAAATTAATAA-T
65 CATACAAGCTTA--TTCGAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATA-T-TTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * *
4518 AAAAATTTAAAAAATAAATATATTTTCCTGAACACGTTCAAATAGTTATGGCTATT
125 -AAGATTTTAAAAATAAATAT-GTTTAC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* ** * * * ** *
4574 TCAACAATTATCTAATTTCAAATTGTGAACGACC-TTAGTTTTGTCATAAGCCAATTGTTTC-AT
1 TGAACAATTATCT-ATTTCAAATCAT-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGT
* * * *
4637 TCATAAAAGCTTACTCAGAAATAAAATAATACTAAATCTATTAAAATTTCCAAAAATTAATAAGT
64 TCATACAAGCTTATTC-G-AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT-CAAAAATTAATAAGT
* * *
4702 AAAAGA-TTTAAAAATAAATTTGTTTACTGGAACGAAGTTTTCGAATAGTTTATGACCATT
125 --AAGATTTTAAAAATAAATATGTTTAC--GAAC-AAG--TTCAAATAG-TTATGACTATT
** * * ** * * * *
4762 CAAAC-ATTATTTATTTCAAATCATTTTGATATTTAGTTTTGTCATAAAA-ATTTTTTTTCTATT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGTTTCTGTT
** ** * *
4825 CATACAATTTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAATTAATAAGTTGGA
65 CATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-T-AA
* * * *
4889 GATTTAAAAAATAAATATGCTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCTATT
127 GATTTTAAAAATAAATATGTTTAC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
** * * ** *
4941 TGAATTATTATCTATTTCAAATCTTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATGATTGTTTCTATTC
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTC
** * *
5006 ATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATATTAGTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AA-A-
66 ATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAT
* * * *
5068 TTTAAGAATTAAATCTGTTTATCGAACCAA-TTCAAATACTTATGGCTATT
130 TTTAA-AAATAAATATGTTTA-CGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * *
5118 TGAACAATTATCTATCTCAAATTATTATGA--TATTTGTTTTGTAATAAAACAAATGCTTCTGTT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTT
* * * * * * * * *
5181 CATACAAACTTATTATGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCCAAAAATTAATAAG--AGC
65 CATACAAGCTTATT-CGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * *
5244 TTTGAAAAATAAATGTGTTAATTGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATT
129 TTTTAAAAATAAATATGTTTA-CGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * *
5294 AGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTTACCTTTTGTTTAT-TCATAAAACAATTATTTCAGTT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTGTT
** * * *
5358 CATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATTGTAATTTATTAATA-TTCGAAAAATTGATGAGCAAG
65 CATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-TA-
* * * * *
5422 AGATTTAAATAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAAATT-TGGACTATT
126 AGATTT-TA-AAAATAAATATGTTTA-CGAACAAGTTCAAAT-AGTTAT-GACTATT
** *
5478 TGAACAATTATCTATTT-AAAGTTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT-T
1 TGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TGT
* * * *
5541 TCATAAAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTACTTTA-TAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAG
64 TCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * *
5605 AGATTTAAAACTAAAGTTAT-TTT-CTGAACTAGTTCAAATAGTTATGAGTATT
128 A-TTTTAAAAATAAA--TATGTTTAC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * *
5657 TGAACAAATATC-ATTCTCAAATCTTTATGA-TTTTTGTTTTCTCATAAAACAGTTG-TTCTGAT
1 TGAACAATTATCTATT-TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTT
* * * * *
5719 CATACAAGCTTATTTGAATAAAATAATATTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAGT--GAAAGA
65 CATACAAGCTTATTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * * *
5781 TTTAAAAAATAAATGTATTTGCCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACCATT
129 TTTTAAAAATAAATATGTTT-ACGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
** * * *
5831 AAAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
5867 ATTAATATTT
Statistics
Matches: 4297, Mismatches: 956, Indels: 779
0.71 0.16 0.13
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.00
168 5 0.00
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Consensus pattern (177 bp):
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ATACAAGCTTATTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATT
TTAAAAATAAATATGTTTACGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
Found at i:1190 original size:534 final size:536
Alignment explanation
Indices: 1--14674 Score: 4605
Period size: 537 Copynumber: 27.0 Consensus size: 536
* ** * * * * * * *
1 ATTTAAAAAAAAAAT-TGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTAAAGGCTGTATGAATAATTATCTA
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTA
* * * * * * * ** *
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** * * *
127 -GGAATAAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTTA-AAATT-AT---TAAGAGATTTAAAATATA
131 CAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAGAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATA
* * * ** * * * *
185 AAT-TGTTTACCAA-ACTAGTTCAATTAGTTACAACAATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCGT
194 AATATGTTTACGAATA--AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
** * * * ** *
248 TATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTGATACAATTTTATTTGGAATAAAATA
257 TATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATA
* * * * **
313 ATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAATA-TTTAAAAA-AGAATCTGTTGGCTTG
321 ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGATTTTAAAAATA-AATATGTT-TATTG
* * * * *
376 ACCAA-TGCAAATAGTTATATCTGTTTGAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTCTAT
384 AACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTG-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTA-
* * ** ** *
440 TTTGTCACAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGGAATAGCATAATTCTAATTTAT
447 TTTATCATAAAACAATTG-TT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAT
504 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AG
510 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAG
* * * * * *
530 AATTTAAAAACTAAATCTGTTTATTGAACAAGTT-AAA-A-TTACGATTATTTGAACAATTACCT
1 -ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCT
** * * *
592 ATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTCTATTCATACAACCTTATT
65 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAACTTATT
* *
656 TC-AATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTCAGAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAA
130 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAGAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAA
* * * * *
720 CTATGTTTACGAATAAATTCAAATAGTTGTGATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTAT
195 ATATGTTTACGAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* *
785 GACTTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAAT
260 GAC-TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAA-TAAAATAAT
* *** *
849 ATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGAACA
323 ACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGAACA
* * * * *
914 AGTTTAAATTGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTCAT
388 AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTT-AT
* * * * *
979 CATAAAACAATTATATTAGTTCATATAGGCTAATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
452 CATAAAACAATTGT-TTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
*
1044 TTCAAAAATTAATGAGTAGAG
516 TTCAAAAATTAATAAGTAGAG
* * * * * * * *
1065 ATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTC-AATTGTTATGGCT-TATAAATAATT-TCTA
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTA
** * * * * *
1127 TTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTATCAT-AAATAATTATTTCTGTTCATATAAGCTTATTT
66 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAACTTATTT
* * *
1191 C-AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-TTTTAAAAAATA
131 CAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-CAGAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATA
* * * * * * *
1253 AATATGTTTTCCAAT-ACTTCAAATAGTTATGATTATCTGAATAATTATCTATTTTAAATAATTA
194 AATATGTTTACGAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * *
1317 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCGTATTC-AA-AATAAGTAA
259 TGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAATAA-AA-TAA
* * * * *
1380 TGCTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAATAAATCTATTTA-CGA
322 TACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT--AAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGA
* * * * * * *
1443 GCAAGTTCAAATAGTTAT-GCTTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTT
385 ACAAGTTCAAATAGTTATAAC-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-AT
* *
1507 TTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATGCAAGTTTATTCA-AA-AAAAT-ATACTAATTTATT
448 TTATCATAAAACAATTG-TT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATT
** *
1568 AATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAG
511 AATATTTCAAAAATTAATAAGTA-GAG
* * * *
1595 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTCAT-ATCTATATGAATAATTATCT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATATGAACAATTATCT
* * *
1659 ATTTCAAAACATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATGCAAAA-TTA-
65 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCAT-AAAAACTTAT
** * * * *
1722 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTG-AA--AATTAATAAGAGATTTAAATACTA
129 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAGAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATA
* * * * * * *
1784 AATCTATTTAC-AA-AATAGTTTAAATAGTTATTACTATTTGAATGATTATCTATCTC-AATCGT
194 AATATGTTTACGAATAA-A-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
* * *
1846 TATGA-TGTTTATTTTGTCATAAAAACAATTGTTTCTT-TTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAA
257 TATGACTTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTT-TTATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAA
* * * * *
1909 TAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAG--AGCTTTGAAAAAT-AATGTGTTTGTTG
319 TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATTG
* * *
1971 AACCAGTTTAAATAGTTA-AGACTA-TT-ATACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTG
384 AACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTA
* * * **
2032 TTTAGTTATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAACTTATTCAGAATAAAATAATTGTAATTTAT
447 TTTA-TCATAAAACAATTGTTT-AGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * *
2097 TAACATTTGAAAAATTAATGAGCAAGAG
510 TAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAGAG
* * * * *
2125 ATTTAAAAAATATAAATTTATTTATCAAACAAGTTCAAATAATT-TGACTATTTGAACAATTATC
1 ATTT-AAAAA-ATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATC
* *
2189 TATTT-AAAGTCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTTCATAAAAACTT
64 TATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATAAAAACTT
* * * * *
2252 ATTTCGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAACAAAAGATTT-AAAA
127 ATTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAGAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAA
* ** * * * * *
2316 CTAAAGT-TGTTTTTTTGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAA
191 ATAAA-TATG--TTTACGAA-TAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
* ** * * *
2379 ATCATTATGA-TCTTTGTTTACTCATAAAACAATCT-TTTTTGA-TCATACAAGCTTATTTGGAC
252 ATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTTT-ATTCATACAAGCTTATTCGAAT
* * * * *
2441 AAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTGAG--AGATTTAAAAAATAAATATATTT
315 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGATTTTAAAAATAAATATGTTT
** * * * * * *
2504 GCTGAACCAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTT
380 ATTGAACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT
* * * * *
2568 TTATTTAGTCCTATAATAATTGTTTCAGTTTATACACGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATT
444 TTATTTA-TCATAAAACAATTGTTT-AGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATT
* * *
2633 TATTAACATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAG
507 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAGAG
* * * * * * *
2664 ATTCGAAAAGATAAATGTGTTTATCGAATAAGTTCAAAGAGTTATGACTATTTGAACAATTATCA
1 ATT-TAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCT
* * *
2729 ATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTA-
65 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATAAAAACTTAT
* * * * * *
2791 TCCAAAAGAAAATAATACTACTTTATTATTATTTC-GAAAGTTAATAACTAAGAGATTTAAAAAA
129 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAGAAA-TTAATAAATAAAAGATTTAAAAAA
* ** * * * * * * * * *
2855 TAAATCA-GTTGATAAATAAGTTCAAATAATTATGGCCATTTAAAAAACTATTTATTTCAAATTA
192 TAAAT-ATGTTTACGAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* *** * **
2919 TTATTAC-TTTTG-TTTGTCATAAAACAA-TGTTTTTTAAAAAAATA-AATG-TT-TTACCAACC
256 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTT--ATTCATACAA-GCTTATT-CGAATA
** * * ** * * ** * * **
2978 AGTTCA-A-T-AGTTA-TAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAGATTGTTATAACAT-TTTAT-
316 AAATAATACTAATTTATTAA-TATTCCAAAAATTA-ATAAGTAAGATT-TTA-AAAATAAATATG
** * * **
3037 TCTATAATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAA--AATAAAACAA-TA-CTAATT
377 T-T-T-ATTGAACAA--G-TTC-A---A-A-TAG-TTA-T-AACTATTTGAACAATTATCT-ATT
* *** * * *
3098 T-AGTAATTCTGAAAATTAAT-AACTAAGAAATTTA--A-AAAATAAATATGTTT-GCTGA-ACC
426 TCA--AA-TC-G----TT-ATGACCT--TTTATTTATCATAAAA-CAAT-TGTTTAGTTCATA-C
** * * ** * * *
3156 AA--TTCAAACA-ATTAAGACTATATGAAC-AA-TTATT--TAACTC-AAATTGTTATGACATTT
477 AAGCTT-ATTCAGAATAA-AATA-AT--ACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT-TAAT-A-A-GT
* **
3213 TGTT
533 AGAG
* * * * * * * * ** *
3217 TTGTCATAAAAAATTATTTTAGCTTGTAGAA-ATTTA-TTCAGAATAGAGTAAAACTAATTATTA
1 AT-T--TAAAAAATAAATCT-GTTTATCGAACA---AGTTCA-AATAG-TTATGACT-A-TATGA
* * *** ** * ** * * * *
3280 ATATTTCAAAAATTT-ATAAGAGATTTAAGAAAATAATTCTATTTACAGAACCAGTTCAAATAAT
55 ACAATT-ATCTATTTCA-AA-TCA-TTATG-ACCT--TT-TGTTT--TG--TCA--TAAAATAAT
* ** * * * * * **
3344 TATAACTATT--TAAACAATTATCTATTTC-AAAT-CATTATTACT-TTTTATTTTGTAATAAAA
106 TGTTTCTATTCATAAA-AA--CT-TATTTCAAAATAAAATAATACTAATTTA---T-TAAT-ATT
* ** * * * ** ** * ** *
3404 CA-ATATTTTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCAAAATAAA-AT-AATACTAATTTATT--AATAT
162 CAGA-A----ATTAATAAATAAAAGATT-TAAAAAATAAATATGTTTACGAATAAATTCAAATAG
* * ** * *
3464 TTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCATTTATTTATTTCAAATTGTTATGACTT
221 TTAT--GACTA-TTTGAATAATTAT--CTATTT---CA---A---A--TC--ATTAT---GACTT
* * * * * * * *
3529 TTTGTTGTGTTATAAAACAATAGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACCAAT
265 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATACTAAT
* * * * * ** * *
3594 TTATTAATATTTCAACAATTAATAACTAAAAAATTTAAAACATAAATAT-TCTTACCGAACTAGA
329 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-AAGATTTTAAAA-ATAAATATGT-TTATTGAACAAGT
* * * * *
3658 TCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
391 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-ATTTATCAT
* ** * * * * * *
3723 AAAAAAATCATTTCGGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAAGTTATCAATA-TTC
455 AAAACAATTGTTT-AGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* *
3787 TGAAAATTAATAATTAAGAG
519 -AAAAATTAATAAGT-AGAG
* * * * * * *
3807 ATTTAAAAAATGAATTTGTTTAACGAACAAGTTTAAATAATTATGACTGTTTGAACAATTATCTA
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTA
* * * * * *
3872 TTTGAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATT
66 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT-AATTGTTTCTATTCATAAAAACTTATT
** * * * *
3937 T-TGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATCT----AATA
130 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAGA-AATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATA
* **** ** * ** * * **
3997 AATCTACCCA-GACCAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTA
194 AATATGTTTACGAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * *
4061 TGA-TCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAA-AA
259 TGACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAA
* * * * * * *
4124 TATTAATTTATTAATATTTCGACAAGTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGA
322 TACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT--AAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGA
* * * * * * * *
4189 ACAAGTTCAAATGGTCATGAGTATTTGAATAATTAAT-TATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTT
385 ACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-AT
* * * * * *
4253 TTGTAATAAAATAATTGTTTCAGTTTATATAAGCTTATT-TGATATAAAATAATACTAATTTATT
448 TTATCATAAAACAATTGTTT-AGTTCATACAAGCTTATTCAGA-ATAAAATAATACTAATTTATT
*
4317 AATA-TTCTAAAAATTAATGAGTAAGAG
511 AATATTTC-AAAAATTAATAAGT-AGAG
* * * * * * *
4344 AATTAAAAAATTAATACTATTTA-CGAATCATGTTCAAATAGTTATGATTATCTGAACAATTATA
1 ATTTAAAAAATAAAT-CTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATC
* * ** *
4408 TATTTCAAA-CATTATGA-CTTTTG-TTTGTC-TAAAA-CATTGGTTTCT-GTCATGCAAGCTTA
64 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-GTTTCTATTCATAAAAACTTA
*** *
4467 TTTTTGAATAAAATAATA-TAATTTTATTAATATTCTTAAAAAATTAAT-AATAAAA-ATTTAAA
128 TTTCAAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTC---AGAAATTAATAAATAAAAGATTTAAA
* * * ** * * *
4529 AAATAAATATATTTTCCTGAACACGTTCAAATAGTTATGGCTATTTCAACAATTATCTAATTTCA
189 AAATAAATAT-GTTTAC-GAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT-ATTTCA
** * * * * ** * * *
4594 AATTGTGAACGAC-CTTAGTTTTGTCATAAGCCAATTG-TTTCATTCATAAAAGCTTACTCAGAA
251 AATCAT-TATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTC-G-A
* *
4657 ATAAAATAATACTAAATCTATTAAAATTTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAATAAAT
313 ATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCCAAAAATTAATAAGT--AAGATTTTAAAAATAAAT
* * * * * ** * *
4721 TTGTTTACTGGAACGAAGTTTTCGAATAGTTTATGACCATTCAAAC-ATTATTTATTTCAAATCA
374 ATGTTTA-TTGAAC-AAG--TTCAAATAG-TTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * ** * *
4785 TTTTGA--TATTTAGTTTTGTCATAAAA-ATTTTTTTTCTA-TTCATACAATTTTATTTAAAATA
434 TTATGACCT-TTTA--TTTATCATAAAACA--ATTGTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATA
* *
4846 AAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAATTAATAAGTTGGAG
493 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAGAG
* * * * * **
4890 ATTTAAAAAATAAATATGCTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGAATTATTATCT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCT
* * *
4954 ATTTCAAATCTTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATGATTGTTTCTATTCATACAAAA-TTA-
65 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATA-AAAACTTAT
* * * * * * *
5017 TTCAGAATAAAATAATATTAGTTTATTAATATTTCAAAAATTAAT--A-AGAA-ATTTAAGAATT
129 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAGAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAAT
* ** * * * * *
5078 AAATCTGTTTATCGAACCAATTCAAATACTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTAT
193 AAATATGTTTA-CGAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * * * *
5143 TATGA-TATTTGTTTTGTAATAAAACAAATGCTTCTGTTCATACAAACTTATTATGAGTAAAATA
257 TATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATT-CGAATAAAATA
* * * * * * * *
5207 TTGCTAAATTAATAATATTCCAAAAATTAATAAG--AGCTTTGAAAAATAAATGTGTTAATTGAA
321 ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGAA
* * * * *
5270 CCAA-TTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTTACCTTTTGTT
386 -CAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATT
* **
5333 TATTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATTGTAATTTATTA
449 TA-TCATAAAACAATTGTTT-AGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * *
5398 ATA-TTCGAAAAATTGATGAGCAAGAG
512 ATATTTC-AAAAATTAATAAG-TAGAG
* * * *
5424 ATTTAAATAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAAATT-TGGACTATTTGAACAATTA
1 ATTT-AA-AAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAAT-AGTTAT-GACTATATGAACAATTA
** * *
5488 TCTATTT-AAAGTTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTTCATAAAAAC
62 TCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATAAAAAC
* * * ** *
5551 TTA-TTCGAAATAAAATAATACTACTTTA-TAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AA
125 TTATTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAGAAATTAATAAATAAAAGATTTAAA
* * * * *
5613 AACTAAAGTTAT-TTT-CTGAACT-AGTTCAAATAGTTATGAGTATTTGAACAAATATC-ATTCT
189 AAATAAA--TATGTTTAC-GAA-TAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATT-T
* * * * * *
5674 CAAATCTTTATGA-TTTTTGTTTTCTCATAAAACAGTTGTTCTGA-TCATACAAGCTTATTTGAA
249 CAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAA
* * * * * * * *
5737 TAAAATAATATTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAGT--GAAAGATTTAAAAAATAAATGTATT
314 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGATTTTAAAAATAAATATGTT
*** * * ** * * * *
5800 TGCCGAACTAGTTCAAATAGTTA-AGACCATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCT
379 TATTGAACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT
* * * * ** * * * * **
5864 TTTATTAATATTTAGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAAG-TAAAATT--GTTTACCAAAC
443 TTTATT--TA-TCATAAAA-CAAT-TGT-TTAG-TTCATACAAGCT--TATTCAGAATA--AAA-
*** * * * * * * * *
5926 CCTTTCAAATAGTT-TTGACTATTTGAATAATT-ATCTATTCCA-ATTC
496 TAATACTAAT--TTATT-AATATTTCAAAAATTAAT-AAGT--AGA--G
**** * * * * * * **
5972 ATTCTAACCTTTTATTTTG-TCATCAAACAATTGGTTCTATTCATACTA-TTAGTCAAAATTAAT
1 ATT-TAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAA---GTTC-A---A-A-TAGTTA-TGACTA-T-AT
* * * * * ****** * ***
6035 AAATAATAAT-AATTT-AATAT-ATTTTGACACTTAATAACCAAGACAATTAAAA-AA-TAAATC
53 GAACAATTATCTATTTCAA-ATCATTATGAC-CTT--TTGTTTTGTC-A-TAAAATAATTGTTTC
* * * * * *
6095 AAATTGC-T--AAAC-CATTTCAAATAGTAAGATTATA-TGAA-TGATTACCTATTTCA-AATCA
112 -TATT-CATAAAAACTTATTTCAAA-A-TAAAATAATACT-AATTTATTA-ATA-TTCAGAA--A
** *** * * ***
6153 TT-ATGACCT-TTTGTTTTATCATAAAA-CAAT-TGTTTTTTATCATACAAGCTTAATCGAAATA
168 TTAAT-AAATAAAAGATTTA--A-AAAATAAATATGTTTACGA--ATA-AA---T--TC-AAATA
** * * * * * * * **** *
6214 -AAAT-AATA-CT-AACTTATTA-ATATTTCAAA-AATTAATAAGTAAGAG-ATT-T-A-AAATA
220 GTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATT-ATGACTTTTTGTTTTGTCATAAA-A
* * * * * *
6269 TAAATATGTTTA--C---CGAA--TTAGTTC-AA-ATAATTATGACT-ATTTGAGCAATT-ATCA
282 CAATTGTTTTTATTCATAC-AAGCTTA-TTCGAATAAAATAAT-ACTAATTT-----ATTAAT-A
** * ** ** * * * * * *
6323 TTCCAAATCGTTAAGATCTTTG-TTCTGTCATAAAACAATTATTTTTTTATCATA-AAGCTT-AT
338 TTCCAAA-AATTAATAAGTAAGATT-T-T-A-AAAATAAATATGTTTAT-TGA-ACAAG-TTCAA
* * * * * ** ** ***
6385 TTAGTTAAAAATA-AT--ACTAATTTAATAATATTTCAAA-AATTAAT-AAGTAAGAGATTTA--
395 ATAGTTATAACTATTTGAAC-AA-TT-AT-CTATTTCAAATCGTT-ATGACCT--TTTATTTATC
* * * *
6443 A-AAAATAAATGTGTTT-G-TCGA-ACCAG-TTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTA-TAT
453 ATAAAA-CAAT-TGTTTAGTTC-ATACAAGCTT---AT--TCAGAA-TA--A-AATAA-TACTA-
*** ** * *
6502 ATTT-TTAATCA-TTCTAACCTTTTGTTTAGTTAGAAAAT
504 ATTTATTAAT-ATTTC-AA-AAATTAATAAG-TAG---AG
* *** * *** * *
6540 ATTTGTTTCATATCTTACAATCTTATTTGAAATAA-AATGATCCAAAT--TTATTAACCT-T-TG
1 A----TTT-AAAAAATA-AATC-TGTTT-ATCGAACAA-G-TTCAAATAGTTA-TGA-CTATATG
* ** ** * * * * * * * * * *
6600 AAAAATTAATAAGAAAAAGTTT-AAAAAAGTA-AATCTGTT-TATCGAACAAGTTCAAATAGTTA
54 AACAATT-AT-----CTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-TC-A--TAAAATAATTG
* * ** * * * * * * * *
6662 TTACTATTTGAATAATTATTTATTT-AAAAT--CATTATGACCT-TTTGTTTTGATA-TAAAACA
108 TTTCTA-TT-CATAAAAACTTATTTCAAAATAAAATAAT-A-CTAATT-TATTAATATTCAGA-A
** * * * * *
6722 ATTATTTTAGTTTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAAGAATACTAATTT-CTTAAT-ATTTCAAA-
167 ATTA----A-TAAATAAAAGATT-T--AAAA-AATA-AATA-T-GTTTAC-GAATAAATTCAAAT
* * * * *
6784 AATTAATAAGCAATAGTTTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAA-CAAATTCAAATAGTTATGCT
219 AGTT-AT--G-ACTA--TTTGAATAAT-TATCTA-TTT--CAAATC--ATT---AT-G--A--CT
**
6847 TATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA
264 T-TTTG---TTTTGTC-A--TAAAA-C---A--A---TT-G---T-T--T-----------TT--
* * * *
6912 ATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
293 ATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA
** * * * ** * *
6977 AGCGA-TTTAAAAAGTAAATCGGTTTA-CGAA-ATTAGTTCAAATAATTGTGGCCATTTCAACAA
357 A--GATTTTAAAAA-TAAATATGTTTATTGAACA--AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAA
* * * * * * * ** *
7039 TTATCTATTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTTGGTTATATAACAATTGTTTTTTATTATACAAA
417 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTT-ATCATAAAACAATTGTTTAGT-TCATAC-AA
* * ** * * *
7104 GTTTATTCAAAATAAAATAATAGAAATTTATTAATCTCTC-AAAA-T--TAAGAAGAG
479 GCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAG
* * ** * * * * *
7158 ATTTAAAAAATAAATTTATTTATCGAACTCGTTTAAATAG-T-TGACTACT-TGAATAAATGTAT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TATGAACAATTATCT
* * * * * * * *
7220 ACTTCAAAT-AGTTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTCTATTTATACAAGCTTA-
65 ATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAACTTAT
* * ** * * * * *
7283 TTCAAAATAAAATAATATTAATATAAAAATATTCCAAAAATTAATAACTGAGAGATTTAGAAAAT
129 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAGAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * ***
7348 AAATTTGTTTGCTAA-ACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATAAACCTTTATCTATTTCAAATC-
193 AAATATGTTTACGAATA--AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * *
7411 -----A-TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCAATTCACACTAA-CTTATTTGAAATAAA
256 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TATTCATAC-AAGCTTATTCG-AATAAA
* * * * * * * * * *
7468 ATAA-AATGAATTTATTCATACT-AAAAAATTAATATGCAAGAGATTTAAAAAGTAATTCTATTT
318 ATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGA-TTTTAAAAA-TAAATATGTTT
* * * * * * * *
7531 ACCT-AACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTTTTTCAAATAGCTATGACCTT
380 A-TTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT
* * * ** * ** *
7595 TTGTTCTATCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATGTAAGTTTGCTC-GAAATAAAAGAATACTAAT
444 TTATT-TATCATAAAACAATTG-TTTAGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAAT
*
7659 CTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--G-G
506 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAG
* * * * * *
7687 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAGCAATTATTTA
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTA
** * * * * * * * * * *
7752 TTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATAGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTT
66 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAACTTATTT
** * * * * *
7817 -GGATTAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCA-CAATTAATAAGTAAAAAATTTCAAAAAATA
131 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAGAAATTAATAAATAAAAGATTT-AAAAAATA
* * * * *
7880 AATATGCTTACTGAACTAGA-TCAAGTAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGT
194 AATATGTTTAC-GAA-TAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * ** ** * *
7944 TATGGCGTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATCATTTCGATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATA
257 TATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATA
** * * * * * * *
8009 ATACTAAGCTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTA-AG
321 ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-A-AGATTTTAAAAATAAATATGTTTATTG
* * * * * * * * * *
8073 AAAAAATTAAAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTCT
384 AACAAGTT-CAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-A
* ** * ** * *
8138 TTTGTCATAAAATGATTTTTTTCTATCCATACAAACTTATTTC-GAATAAAATAATACAAATTTA
447 TTTATCATAAAACAATTGTTTAGT-T-CATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTA
* *
8202 TTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAA
509 TTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGT-AGAG
* * * * * * ** *
8231 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATCGTTATGATTATTTGTGCAATTATTTA
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTA
** * * * * * * * * *
8296 TTTCAAATTGTTATGACCTTTTTTTTGTTGTTATAAGACAATAGTTTTTGTTCATATAAGCTTAT
66 TTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTT-TTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAACTTAT
** * * *
8361 TT--GGATGAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCA-ACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAA
129 TTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAGA-AATTAATAAATAAAAGATTTAAAAA
* * * *
8423 ATAAATATGCTTACCGAACTAGA-TCAAATAGTCATGACTATTTGACTAATTATCTATTTCAAAT
191 ATAAATATGTTTA-CGAA-TAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
** * * * * * **
8487 GGTTACGACATTTTCTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATACAAGCTTACTT-GAAATAA
254 CATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTA-TTCG-AATAA
* *** ** * *
8551 AATAATACTAAGTTATTAATATTATGAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAAATGAATCTGTTT
317 AATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-A-AGATTTTAAAAATAAATATGTTT
* ** * * * * * ** *
8616 GTCAAACAAGTTTAAATAATTTTGACTACTTTG-ACAATTATCTATTTGAAATCACTATAACCTT
380 ATTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT
* * ** * * ** *
8680 TTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATT
444 TT-ATTTATCATAAAACAATTGTTT-AGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATT
* *
8745 TATTAATA-TT-AAGCCAATTAATAAGTAAAAG
507 TATTAATATTTCAA--AAATTAATAAGT-AGAG
* * ** ** * * *
8776 TTTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAACAA-TATCAAATCTTTATGACTATTTGAAAAATTATTT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGT-TCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCT
* * * * * ***
8840 ATTTCAAATTAGTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTA-TCATACATGTTTATT
65 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAACTTATT
* * * ** * * *
8904 TC-GATTAACAA-AATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAGAATATTTAAAAAAT
130 TCAAAATAA-AATAATACTAATTTATTAATATTCAGA-AATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAAT
** * * * * * *
8967 AAATATGTTTTTTGAACAAGTTCAACTAGTCATAATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
193 AAATATG-TTTACGAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * * *
9032 TGTGACCTTTTGTTTTGTAATATAACAATT-ATTTTAGCTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAAT
257 TATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAAT
* * * * ** *
9096 AATACTAATTTTTTAATTTTCCAAAAATTAATGAGAAAGAGAATTAAAAA-AGGAATCT-TGTTA
320 AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGA-TTTTAAAAATA--AATATGT-TTA
* * * * * ** *
9159 CCT-AACATGTTTAAATAGTTATGACTATCTGAATTATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
381 -TTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
* * * * * *
9223 TGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAACCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATT
445 T-ATTTATCATAAAACAATTG-TTTAGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATT
* * * *
9287 TATTAATA-TTCTAGAAGTTAATGAGAAAGAG
507 TATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-TAGAG
* * * * *
9318 AATTAAAAAATAAATCT-TGTTACCAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGT-TTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCT
* * * * * * ** * *
9382 ATTTTAAAAT-ATTATGACATTTTGTTTTCTCATAAAACATTTGGTTCTATTCATGCAAGCATAT
65 A-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAACTTAT
* ** * *
9446 TTC-TAATAAAATAATAAAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTT-AAAAAT
129 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAGAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * **
9508 AAATATATTTTCTAA-ACATTTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAGTTATCTATTTAAAATTG
193 AAATATGTTTACGAATA-A-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
9572 TTATGACATTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTTGAAATGAAAT
256 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAAT
* * * * * * *
9637 AATACTAACTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTC
320 AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT--AAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATT
* * * * * *
9702 GAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGT
383 GAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-A
* *
9767 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTA
447 TTTATCATAAAACAATTG-TT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTA
* * *
9830 TTAATATTT-TAAAATTAATAAGTTGAAA
509 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAG-AG
* * * * * * * * * **
9858 ATTTTAAAAATAAATTTGTTCACCAAACAAGCTT-AAATAGTCATGTCCATTTGAACTGTTATCT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCT
* ** * **
9922 ATATCAAATTGTTATTATATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAAA-TTA-
65 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATA-AAAACTTAT
* * * *
9985 TTCAAAATAAAATAATACCAATTTACTAATATTTC--AAA--AATTAATAAAAGATTTAAAAACT
129 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAGAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAAT
* * ** * * * * * *
10046 AAATCT-TTCTATTGAACCAATTCAAATAATTATGATTTTTTGAACAATTATCTATCTCAAATCG
193 AAATATGTT-TA-CGAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * * *
10110 TTATGA-TATTTT-TTTTGTCATAAAGCAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAGTAAAA
256 TTATGACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAA
* * * * * ***
10173 TATTGA-TAAATTAATAATATT-C------TAATAA--AAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCC
319 TAAT-ACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATT
* * ** * *
10228 AAACTAA-TTCAAATAGATA-AGAAAATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTT
383 GAAC-AAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
* * * * * * *
10291 GCTTT-TCATAAAATAGTATT-TTCAGTTCATGCATGCTTATTCAAAATAACATAATACTAATTT
446 -ATTTATCATAAAACA--ATTGTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTT
** ** * *
10354 ATTAGCA-TTCAAAAAATTAATAAACAACAA
508 ATTAATATTTC-AAAAATTAAT-AAGTAGAG
* * * * *
10384 ATTTTAAAAAATAAATTTTTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
1 A-TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCT
* * * * * * * * * *
10449 ATTTAAAATAAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTCAATTTATAAAAGCTTATC
65 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAACTTATT
* * * * * * * * *
10514 T-GAAATAAAATAATATTACTTTATTAATGCTTCAAAAATTGATATATTAGAGATTTAAAAAAT-
130 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAGAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATA
* * * * * *
10577 AA-A----T-CGAACT-AGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATT
194 AATATGTTTACGAA-TAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATT
** * * * * *
10635 ACAAACTTTTT-TTTT-TCATAAAATAATTATTTTT-TATCATACAAGCCTATTTGGAATAAAAC
258 A-TGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT-TCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAAT
* * * * * * * *
10697 AATATTAGTTTATTAAAATTTCAAAAATTAAT-AGGAAGGAGATTTAAAAAT--ATATATCTATT
320 AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-GA-TTTTAAAAATAAATATGTTTATT
* * * * * * * * *
10759 -TA-AA---CAATTAG-T-T-CCTATTTAAACAATTATCTATTTTAAATTGTTGTAACCTTTTGT
383 GAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTAT
* * * * * ** *
10816 TCTATCGTAAAATAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAAT
448 T-TATCATAAAACAATTGTTT-AGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATT
* * *
10881 AATATTCCCAAAATTAATAACTAAGAG
511 AATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGAG
* * * *
10908 ATTTAAAAAATAAATATGTTT-GCTGAA-ATAGCTT-AAACAGTTAAGACTATATGAACAATTAT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACA-AG-TTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTAT
* * * * * * *
10970 CTATTTGAAATCATTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TAGGTCATAGAAGCTT
63 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATAAAAACTT
* * ***
11034 A-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGTTATTTAAAAA
127 ATTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAGAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAA
* * * * *
11098 GTGAATTTGTTTATCGAATCAATTCAAATAATTATGA-TCATGTT--ATCAATTATCTATTTCAA
191 ATAAATATGTTTA-CGAATAAATTCAAATAGTTATGACT-AT-TTGAAT-AATTATCTATTTCAA
** * * * * * * **
11160 ATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATATAACAATTGTATTTGA-GCATTCAATTTTATTCGGAAT
252 ATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTTTATTCATACAAGCTTATTC-GAAT
* * ** * *
11224 ACAATAATACT-ATTTATTAATCTTTTAAAAATTAATAAGTAAG-TGATTTAAAAATTAAATCTA
315 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAT--TTTAAAAA-TAAATATG
* * * * * ** * * *
11287 TTTATCGAACTAGTTCAAACA-TCAATGACTATTTGAACAATTATAAACTTCAAATTGTTATAAC
377 TTTATTGAACAAGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* * * **
11351 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCTTCATACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACT
441 CTTTT-ATTTATCATAAAACAATT-GTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACT
** *
11415 AACATAATAATATTAT-AAAAATTAA-AAGCTAAGAG
503 AATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG-T-AGAG
* * * ** * * * * *
11450 AATTAAAAAATAAATTTATTTA-CTGAATTAGTTCCAATATTTAAGACTATATGAATAGTTATCT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCT
* * ** * *
11514 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGGTCATAAAATAAGGTTTTTTGAATTCATAATACCTTA
65 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA--TTGTTTCTATTCATAAAAACTTA
* ** * * * * * *
11579 CTT-GGAATAAAATAA-AATGAATTTATAAATATTTCAAAAATAAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
128 TTTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCAGAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAA
* * * ** * * * * * *
11642 ATAATTCTATTTACCTATCCAATTTAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTCCAAATC
191 ATAAATATGTTTACGAAT-AAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * ** * *
11707 ATTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAAATGCTTTTGTTCATATAAATTTGTTTGGAATAAAA
255 ATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTT-ATTCGAATAAAA
* * * * * * **
11771 TAATACTAATCTATTAATATTTCAAATATTAATAAG--AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCA
319 TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATTG
** * * * * * * * *
11834 AAGTAGTTCAACTAGTTTTGACTATTTGAGCAATTATTTATTTTAAATC-TTATGACTTTTTGTT
384 AACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATT
* * * * ** *
11898 CTATTATAAAATAATTGTTTCTA-TTCGTACATGCTTATTTGGACTAAAATAATACTAATTTATT
449 -TATCATAAAACAATTG-TT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATT
** * *
11962 AATATTTCAGCAATTGATAAGTA-AA
511 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAG
* * * * * * * * * * *
11987 ATTTAAAAAATAATTATGTTTACCGAACTAGATCAAATAATCATGATTTTTTGAATAATTATCTA
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTA
* * * * * * *
12052 TTTCAAGTCATTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAAGAAATGTTTCAATTCATATAAGCTTA-TT
66 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAACTTATTT
* * *
12116 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGTAATTCAAAAATTAAT-AATAAAGAAATTTAAAAAGAT
131 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAGAAATTAATAAATAAA-AGATTTAAAAA-AT
* * * * * * * * * * **
12180 GACTCTGTTTACTAAAAAAGTTTAAATAATTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGC
193 AAATATGTTTACGAATAAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * * * *
12245 TATAACCTTTGGTTTTTGTCACAAAAGAATT-TTATCTATTCATACAATCTTATTTCAAATAATA
257 TATGACTTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTT-TTTATTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAA
* * * *
12309 TAATTCAAATTTATTAATATT--AAGACAATTAAAAATGTAAAAGA-TTTAAAAATAAATTTGTT
319 TAATACTAATTTATTAATATTCCAA-A-AATTAATAA-GT--AAGATTTTAAAAATAAATATGTT
*** * * *** * * * *
12371 TACCAAACAAGTTCAAATCGTTATCACTATTTGTGTAATTATTTATTTCAACTTGTTAT-AGCTT
379 TATTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCT
* * * * *
12435 TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTAGATTAAAATAATATTAA
443 TTT-ATTTATCATAAAACAATTG-TT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* * *
12499 TTTATTAATATTTCGACAATTAATAAGTAAAAG
505 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGAG
* ** * * * * * * * *
12532 ATTTAAAAAA-AAA-ATGTTTGCCAAATAAGTTAAAATAGTCATGACTATTTAAATAATTATTTA
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTA
* * * * * **
12595 TTTCAAATCATTATGACTTTTTCTTTTGTAATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATATAAGTTTATT
66 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATAAAAACTTATT
* ** * * * * ** *
12659 T-GATGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGA-ACAAAAAAAA
130 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAGAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATA
*** * * * * * * *
12722 GAATCCATTTACCAAATAAGTTCAAATACTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTTAAA-AAT
194 -AATATGTTTA-CGAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * **
12786 TATGACCTTTTGTTTTG-CTACAAAATAATTGGTTTTGTTCATGCAAGCTTACTTTTAATAAAAT
257 TATGACTTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAAT
*
12850 AAT-TTAAATTTATTAATATTCCAAAAA-T--TAA-TAAG------AAAA-AAA-ATGTTT-TCT
320 AATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTAT-T
* * * * * *
12901 GAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCGAATC-ATATGATCTTTTG
383 GAACA-AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTA
* * * * *
12964 TTTCATCAT-AAACTAATTGTTTTTGCTCA-AAAAACTTATTCGGAATAGAAATAATACTAATTT
447 TTT-ATCATAAAAC-AATTG-TTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATA-AAATAATACTAATTT
* *
13027 ATTAA-AATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAG
508 ATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT-AGAG
* * * * * *
13057 ATTTAAAAAATAAATCTATTTAACGAGCGAGTTCAAATAGTTATGAATAGT-TGAACAATTATTT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TATGAACAATTATCT
*** * * **
13121 ATTTCAAATCATTATGTTATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTA-T
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* * * * *
13185 TCGAAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAATTAGAGATTTAAAAAATA
130 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AGAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATA
* * *
13250 AATATGTTTGCCGAATAAATTCAAATAGTCAT-ATTCATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAATCA
194 AATATGTTT-ACGAATAAATTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCA
* * ** * * ** * *
13313 TTATGGCATTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTG-TTTCATTTATACAAAATTATTCAGAATCAAGT
256 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAAT
* * * * ***
13377 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--ACA-TTTAAAAGCTAAATCTGTTTACCA
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* * * * * * * * *
13439 AACTAGTTTAAATAGTTATGACAATTTCAACAATTACCTA-CTCAAATAG-TATGATCTTTGT-T
384 AACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT-TAT
* * * * * ** *
13501 TTGTCATAAAAAAAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCTGAATAAAATAATGCTAAACTAAT
448 TTATCAT-AAAACAATTGTTT-AGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATT
13566 AATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAG
511 AATATTTC-AAAAATTAATAAGT-AGAG
* * ** * * * *
13593 ATTTAAAAAATAAATGTGGTTGCCAAACCAA-TT-ATAATAGTTAAGACTAT-TAGAATAATTGT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAAGTTCA-AATAGTTATGACTATAT-GAACAATTAT
* * * * ** * ** * *
13655 CTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTTGTTAGAAATTTTTTTTTTTTCGGTTCATACAAGCT
63 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA--ATAATTGTTTCTATTCATAAAAACT
* * * ** **
13720 AATTT-GAAATAAAATAA-AATAATTTTATTAGCATTCAGAAAATTAATAAGCAAGAA-ATTTTA
126 TATTTCAAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTCAG-AAATTAATAAATAA-AAGA-TTTA
* * * * *
13782 AAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAA
187 AAAAATAAATATGTTTAC-GAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
** * * * * * * * *
13847 AATTGTTATAAAC-TTTTGTTTTATTATAAAACAATT-ATTTTAGTTTAATA-AAACTTATCCAA
251 AATCATTAT-GACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA--TTCATACAAGCTTATTC-G
* * * * * * *
13909 AATAAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAT
312 AAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-T-AAGATTTTAAAAATAAAT
* ** * ** * *
13974 CA-GTTTATCGAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
374 -ATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * * **
14038 GAACTTTTTATTTTGTTATAAAACAATTGTTT-TTCATCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAA
438 G-ACCTTTTA-TTTATCATAAAACAATTGTTTAGT--TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
* *
14102 TATTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATAAGTAGGAG
499 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-GAG
* * ** * * * * * * *
14141 AATTAAAAAATAAATATACTTATCGGACTAGTTTAAATAGTTATTACTATTTGAATAATTATATA
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTA
* * * * * *
14206 -TT----TCA--A--A------------TCATAAAATAATTATTTATGTTCACACAAGCTTA-TT
66 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAACTTATTT
** * * * * * * *
14249 CGGAATAAAATAATTCTTATCTAATAATATT-ATGAAAATCAATAACTAAGAGATTTAAAAAATA
131 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA-G-AAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATA
* * * * * **
14313 AATTTGTTTATCGAATTAATTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
194 AATATGTTTA-CGAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * * * * * * * *
14378 ATAACCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAAATATTTCTGTTCATATAAGTTTGTTTTGAATAAAATAA
258 ATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTT-ATTCGAATAAAATAA
* * * * *** * * * * ***
14443 CATTTATTTTTTAATATTTTGAAAATTATTAAG--AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC
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* * * * *
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387 -AAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTT-TATT
* * * * * *
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* *
14631 GATA-TTCTAAAAATTAATAAATA-ATGG
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*
14658 ATTTAAAAAATGAATCT
1 ATTTAAAAAATAAATCT
14675 ACTGGCTTGA
Statistics
Matches: 10717, Mismatches: 2420, Indels: 2027
0.71 0.16 0.13
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (536 bp):
ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTA
TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAACTTATTT
CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAGAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAA
TATGTTTACGAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAATACT
AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGT
TCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTATCATA
AAACAATTGTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
AAATTAATAAGTAGAG
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* * * * *
113 ATATAAGTTTGTTTGGAATAAAAATAATA-TAATTTATTAATATTT-TAAAATT-AT---TAAGA
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* * * * * * * *
172 GATTTAAAATATAAATTGTTTACCAAACT-AGTTCAATTAGTTACAACAATTTGAATAATTATTT
128 GATTTAAAAAATAAATTGTTTATCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCT
* * * * **
236 ATTTTAAATCGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTGATACAATTTTATT
192 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATT
*** * * *
301 TGGAATAAAATAATGCTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGT-A-ATATTTAAAAAA-G
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* ** * * * *
362 AATCTGTTGGCTTGACCAA-TGCAAATAGTTATATCTGTT
321 AATCTATTTAC--GAACAAGTTCAAATAGTTAT-GCTATT
* * * * *
401 TGAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTCTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATT
1 TG-AACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * ** *
466 CATACAAGCTTATTTGGAATAGCATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
65 CATACAAGCTTA-TT-CAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * ** * *
531 -ATTTAAAAACTAAATCTGTTTATTGAACAAGTT-AAA-A-TTACGATTATTTGAACAATTACCT
128 GATTTAAAAAATAAAT-TGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCT
** * * *
592 ATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTCTATTCATACAACCTTATT
192 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA-T
* * * * *
656 TC-AATTAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTCAGAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATA
256 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * * * *
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321 AATCTATTTACGAACAAGTTCAAATAGTTATG-CTATT
* * * * *
757 TGAACAATTATTTATTTCAAATCA-TTATGACTTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTGT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGA-TCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
* * ** *
820 TCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGT-A-
64 TCATACAAGCTTATTC-AA-AAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * * * *
883 AGATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTTAAATTGTCATAACTATTTGAATAATTATC
127 AGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATC
** * ** * * * *
948 TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTCATCATAAAACAATTATAT-TAGTTCATATAGGCTAA
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*
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* * * *
1076 AAATTTATTTACCAAACAAGTTC-AATTGTTATGGCT-TA
320 AAATCTATTTA-CGAACAAGTTCAAATAGTTAT-GCTATT
* * * * * * *
1114 TAAATAATT-TCTATTTCAAATCA-TTATGATATTTTGTTTTATCAT-AAATAATTATTTCTGTT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* *
1176 CATATAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-
65 CATACAAGCTTA-TTCAAA-AAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * * *
1239 A-ATTTTAAAAAATAAATATGTTT-TCCAAT-ACTTCAAATAGTTATGATTATCTGAATAATTAT
127 AGA-TTTAAAAAATAAAT-TGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTAT
* * * * *
1301 CTATTTTAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCGTA
190 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA
* * * * *
1366 TTCAAAAT-AAGTAATGCTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAT
255 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* *
1429 AAATCTATTTACGAGCAAGTTCAAATAGTTATGCTTGTT
320 AAATCTATTTACGAACAAGTTCAAATAGTTATGC-TATT
* *
1468 TGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTC
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
* * ** * *
1533 ATGCAAGTTTATTCAAAAAAAT-ATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAGAT
66 ATACAAGCTTATTCAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * *
1597 TTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTCATATCTATATGAATAATTATCTATT
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1662 TCAAAACATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATTCAA
195 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAA
** * *
1727 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAATACTAAATC
260 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * *
1788 TATTTAC-AAAATAGTTTAAATAGTTATTACTATT
325 TATTTACGAACA-AGTTCAAATAGTTA-TGCTATT
** * * * * *
1822 TGAATGATTATCTATCTC-AATCGTTATGAT-GTTTATTTTGTCATAAAAACAATTGTTTCTTTT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTCTATT
* * *
1885 CATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAA-T--TAA-TAAGA
65 CATACAAGCTTATTCA-A-AAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * ** *
1946 GCTTTGAAAAAT-AATGTGTTTGTTGAACCAGTTTAAATAGTTA-AGACTA-TT-ATACAATTAT
128 GATTTAAAAAATAAAT-TGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGA-ACAATTAT
* * * *
2007 CTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTAGTTATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAACTT
190 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTT
* ** * * * *
2070 ATTCAGAATAAAATAATTGTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAA
254 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAA
* * *
2135 TATAAATTTATTTATCAAACAAGTTCAAATAATT-TGACTATT
318 -ATAAATCTATTTA-CGAACAAGTTCAAATAGTTATG-CTATT
* *
2177 TGAACAATTATCTATTT-AAAGTCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-T
* * * * **
2240 TCATAAAAACTTATTTCGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAACAA
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* * * * * *
2305 AAGATTT-AAAACTAAAGTTGTTTTTTTGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAAT
126 GAGATTTAAAAAATAAA-TTG-TTTATCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATT
* * * ** *
2368 ATCAATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTACTCATAAAACAATCT-TTTTTGA-TCATACAAG
188 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TATTTCT-ATTCATACAAG
*** * * * *
2430 CTTATT-TGGACAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAA-T--T-AGTGAGAGATTTAAA
251 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * *
2490 AAATAAATATATTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATT
316 AAATAAATCTATTTAC-GAACAAGTTCAAATAGTTATG-CTATT
* * * * * * * * * *
2534 AGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTCTAACCTTTTATTTAGTCCTATAATAATTGTTTC-AGT
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* * * * *
2597 TTATACACGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGCAAG
64 TCATACAAGCTTATTCA-AA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * *
2662 AGATTCGAAAAGATAAATGTGTTTATCGAATAAGTTCAAAGAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
127 AGATT-TAAAAAATAAAT-TGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTAT
* * * *
2727 CAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTT
190 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTT
* * * * * * *
2790 ATCCAAAAGAAAATAATACTACTTTATTATTATTTCGAAAGTTAATAACTAAGAGATTTAAAAAA
254 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* ** * * *
2855 TAAATC-AGTTGATAAATAAGTTCAAATAATTATGGCCATT
319 TAAATCTA-TTTACGAACAAGTTCAAATAGTTAT-GCTATT
* * * * *
2895 TAAAAAACTATTTATTTCAAATTA-TTATTA-CTTTTG-TTTGTCATAAAACAA-TGTTT-T-TT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * * *** * ** ** ** * * * * * ** *
2954 AAAAAAATAAATGTTTTACCAACCAGTTC-AATAGTTA-TAACTATTTGAACAATTATCTATTTT
65 CATACAA-GCTTATTCAAAAAAATAATACTAAT--TTATTAA-TATTTCAAAAATTA-ATAAGTA
* * * * * ** * *
3017 AGA-TTGTTATAACAT--TTTATTCTAT--AATAA-AAC-AATTGTT-T--CTA-TTCATACAAG
125 AGAGAT-TTAAAAAATAAATTGTT-TATCGAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGA-ACAA-
* ** * * * * ** ** *
3071 CTTATTCAAAAT-AAAACAATACT-A-ATTTAGTAATTCTGAAAATTAATAACTAAGAAATTT-A
186 -TTA-TCTATTTCAAATCATTA-TGACCTTTTGT--TT-TG-TCA-TAA-AAC-AA-TTATTTCT
*** * * ** * * * **
3132 AAAAATAAATATGTTTGCTGAACCAATTCAAACAATTAAGACT-ATATGAACAATTATTT-AACT
240 ATTCATACA-A-GCTTATTCAA--AA-T--AA-AA-TAATACTAAT-TTATTAA-TATTTCAA--
* * ** *** * * *
3195 CAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAAATTATTTTAGCTTGTA-GAA-ATTTA-TTCA
292 -AAA-T-TAAT-A-AGTAAGAGAT-T--TAAAAAATAAATCTA--TT-TACGAACA---AGTTCA
3257 GAATAG--A-G-TA--
343 -AATAGTTATGCTATT
* * * **** * * **
3267 -AAACTAATTATTAATATTTCAAA-AATT-T-AT-AAGAG-ATT-T-A-AGAA-AA-TAATTCTA
1 TGAAC-AATTA-T-CTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * * * *** * * *
3321 TT--TACAGAAC-CAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATT
63 TTCATACA-AGCTTA-TTCAAA-AA-AATAA-TA-CTAATTTATTA-ATATTTCAAA-AATTAAT
** *** ** * * * **
3383 ACTTTTTATTTTGTAATAAAACAATATT-TTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCAAAATA-AAATA
120 AAGTAAGAGATT-TAA-AAAATAA-ATTGTTTATCG---A-ATAA----GTTC-AAATAGTTAT-
* * * * *
3446 ATACTAATTTATTAATATTTATCAAACCAGTTCAAAT-AGTTATGA-CTATTTGAGCATTTAT-T
172 A-ACT-A-TT-TGAACAATTAT----CTATTTCAAATCA-TTATGACCT-TTT--G--TTT-TGT
* *** * * ** *** * * * * * *
3508 TATTTCA-AATTGTTATGACTTTTTGT-TGTG-TTA-T--AAA-ACAATAGTTTCT-GTTCATAC
222 CATAAAACAATTATT-T--CTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA-ATACTAATTTAT-T
* ** ** ** * * * *
3565 AAGCTTATTTGGATTAA--AATAA-TACCA-ATTTATTAATATTTCAACAAT-TAATAACTAAAA
282 AA---TATTT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA--AA-AAAT--A-AATCTATTTACGAACA
* * ** **
3625 AATTTAAA-ACATA-AATATT
337 AGTTCAAATAGTTATGCTATT
* * * ** * * * * **
3644 CTTACCGA--A-CTAGATCAAATAGTCATGA-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
1 -TGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCT-TTTG--T-TTTGTC-A--T-AAAACAAT-T
* * * * * * *
3705 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATCATTTCGGTTCATATAAGCTTATTCAA-AATA-AAATAA
56 G----TTT-CTAT-TCAT---ACAAGC--TT--ATTCA-A-AA----A---AATAATACTAAT-T
* * * * * * *
3768 TATTAAGT-TATCAATATTCTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTAACG
98 TATTAA-TATTTCAAAAAT-T-AATA------AGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATTGTTTATCG
* * * * * * *
3832 AACAAGTTTAAATAATTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAATCATTATAACCTTTTGTT
153 AATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * *** *
3897 TTGTCATAAAATGATTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATT
218 TTGTCATAAAA-CAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * *** *
3962 AATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATCT----AATAAATCTACCCA-GACCAAGTTCAAA
282 AATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACGAACAAGTTCAAA
**
4020 TCTTTATGACTATT
345 TAGTTATG-CTATT
* * *
4034 TGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTC
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
* ** * * * * *
4099 ATACAAGCTTATTTGGATTAAAA-AATATTAATTTATTAATATTTCGACAAGTAATAAGTAAAAG
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* * * * * *
4163 ATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATGGTCATGAGTATTTGAATAATTAAT-T
129 ATTTAAAAAATAAAT-TGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATT-ATCT
* * * * * *
4227 ATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTC-AGTTTATATAAGCTTAT
192 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTAT
** * * *
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* * * *
4355 TAATACTATTTACGAATCATGTTCAAATAGTTATGATTATC
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* * *
4396 TGAACAATTATATATTTCAAACA-TTATGA-CTTTTG-TTTGTC-TAAAAC-ATTGGTTTCT-GT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATT
* * * *
4455 CATGCAAGCTTATTTTTGAATAAAATAATA-TAATTTTATTAATATTCTTAAAAAATTAATAA-T
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* * * * ** *
4518 AA-AAATTTAAAAAATAAATATATTT-TCCTGAACACGTTCAAATAGTTATGGCTATTTCAACAA
124 AAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTAT-C-GAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAA
** * * * ** * *
4581 TTATCTAATTTCAAATTGTGAACGACC-TTAGTTTTGTCATAAGCCAATTGTTTC-ATTCATAAA
186 TTATCT-ATTTCAAATCAT-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACA
* * * *
4644 AGCTTACTCAGAAATAAAATAATACTAAATCTATTAAAATTTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
249 AGCTTATTCA-AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * *
4709 TT-AAAAATAAATTTGTTTACTGGAACGAAGTTTTCGAATAGTTTATGACCATT
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** * * * * * *
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** * * **
4824 TCATACAATTTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAATTAATAAGTTGG
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* * * ** **
4888 AGATTTAAAAAATAAATATGCTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGAATTATTAT
127 AGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTATC-GAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTAT
* * ** * **
4952 CTATTTCAAATCTTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATGATTGTTTCTATTCATACAAAATTA
190 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA
* * * * *
5017 TTCAGAATAAAATAATATTAGTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--A-A-ATTTAAGAATT
255 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* *
5078 AAATCTGTTTATCGAACCAA-TTCAAATACTTATGGCTATT
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
5241 AGCTTTGAAAAATAAATGTGTTAATTGAACCAA-TTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAACAATTA
127 AGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTATCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTA
* *
5304 TCTATTTCAAATCATTCTTACCTTTTGTTTAT-TCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAGC
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* ** * * *
5367 TTATTCAGAATAAAATAATTGTAATTTATTAATA-TTCGAAAAATTGATGAGCAAGAGATTTAAA
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* *
5431 TAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAAATT-TGGACTATT
315 -AAAATAAATCTATTTA-CGAACAAGTTCAAAT-AGTTAT-G-CTATT
* * *
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* * * *
5541 TCATAAAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTACTTTA-TAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAG
64 TCATACAAGCTTATTC-AAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * *
5605 AGATTT-AAAACTAAAGTTATTT-TCTGAACT-AGTTCAAATAGTTATGAGTATTTGAACAAATA
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* * * * *
5667 TC-ATTCTCAAATCTTTATGA-TTTTTGTTTTCTCATAAAACAGTT-GTTCTGA-TCATACAAGC
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** * * *
5728 TTATT-TGAATAAAATAATATTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAGT--G-AA-AGATTTAAA
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* * * * *
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** * * * * * * * * * ** *
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* * * * ** ** *
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* * * *** ** *** * *
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* * * * ** * * *
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* * * ** ** * * ** **
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* * *
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1 -TGA-ACAA--TT-ATCTATTTCAAATAGTTA-TGATCTT-TT-GTTTTGTCATAAAA-CAAT--
** * * * * *
6252 GTAAGAGATTTAAAAT-ATAAATATGTTTACCGAATTAGTTC-AAATAATTATGACT-ATTTGAG
55 -T----G-TTTCTATTCATACA-A-G-----C---TTA-TTCAAAAAAATAAT-ACTAATTT-AT
* ** * ** ** *** * * *
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101 TAA-TAT--TT-CAAA-AATTAATAAGTAAGAGAT-T--TAAAA-AATAAATTGTTTATCGAAT-
** * * * * * ** **
6377 AAGCTT-ATTTAGTTAAAAATA-AT--ACTAATTTAATAATATTTCAAA-AATTAAT-A-AGTAA
156 AAG-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC-AA-TT-AT-CTATTTCAAATCATT-ATGACCTTTT
** * * * * ** * *
6435 GAGATT-T-AAAAAATAAATGTGTTTGTCGAACCAGTTCAA--ATAGTT-AAAACTATTAGAATA
215 G-TTTTGTCATAAAA-CAAT-T-ATT-TCTATTCA-TACAAGCTTA-TTCAAAA-TA--A-AATA
*** ** * * * * ***
6495 ATTA-TATATTT-TTAATCA-TTCTAACCTTTTGTTTAGTTAGAAAATATTTGTTTCATATCTTA
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* * *
6557 CAATCTTATTTGA-AATAAAATGATCCAAAT--TTAT--TAACCTT
321 -AATC-TATTT-ACGA-ACAA-G-TTCAAATAGTTATGCT-A--TT
* ** * * * * * * * * * *
6598 TGAAAAATTAATAAGAAAAAGTTTAAAAAAG-TA-AATCTGTT-TATCGAACAAGTTCAAATAGT
1 TGAACAATT-AT-----CTA-TTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTG-TC-A--TAAAACAAT
* * * * * ** * * * * *
6660 TATTACTATTTGAATA-ATTA-TTTATTTAAAATCATTATGACCT--TTTGTT-TTGATATAAAA
55 TGTTTCTA-TT-CATACA--AGCTTATTCAAAAAAATAAT-A-CTAATTTATTAAT-ATTTCAAA
* * * * * ** * *
6720 CAATTATTTTAGTTTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAAGAATACTAATT-TCTTAAT-ATTTCAA
113 -AATTA-ATAAG----TAAGAGATT-T--AAAA-AATA-AAT--TGTTTATC-GAATAAGTTCAA
* * * *
6783 A-AATTAATAAGCAATAGTTTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAA-CAAATTCAAATAGTTATG
164 ATAGTT-ATAA-C--TA--TTTGAACAAT-TATCTA-TTT--CAAATC--ATT---AT-G--A--
* ** * *
6845 CTTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
209 CCT-TTTG---TTTTGTC-A--TAAAA-CA--ATTA--TTTC--TAT-TC--A-----------T
*
6910 CAATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAG
246 --A--C----AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * ** * * *
6975 TAAGCGATTTAAAAAGTAAATCGGTTTACGAA-ATTAGTTCAAATAATTGTGGCCATT
303 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACGAACA--AGTTCAAATAGTTAT-GCTATT
* * * * * * * *
7032 TCAACAATTATCTATTTTAAATCA-TTATAACCTTTTGTTTGGTTATATAACAATTGTTTTTTAT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTAT
* ** * *
7096 T-ATACAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAGAAATTTATTAATCTCTC-AAAA-T--TAAG-AA
64 TCATAC-AAGCTTATTC-AAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * * *
7155 GAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCGAACT-CGTTTAAATAG-T-TGACTACTTGAATAAATG
126 GAGATTTAAAAAATAAA-TTGTTTATCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTA
* * * * *
7217 TATACTTCAAAT-AGTTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTCTATTTATACAAGCT
189 TCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCT
* * ** * * * *
7281 TATTCAAAATAAAATAATATTAATATAAAAATATTCCAAAAATTAATAACTGAGAGATTTAGAAA
253 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * * * *
7346 ATAAATTTGTTTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATA
318 ATAAATCTATTTAC-GAACAAGTTCAAATAGTTATG-CTATT
* ** * * *
7388 TAAACCTTTATCTATTTC--A-A---ATCAT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTC
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
* * * * * * * *
7446 ACACTAA-CTTATTTGAAATAAAATAA-AATGAATTTATTCATA-CTAAAAAATTAATATGCAAG
66 ATAC-AAGCTTA-TTCAAA-AAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * * ** * * *
7508 AGATTTAAAAAGTAATTCTATTTACCTAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATC
127 AGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * * * ** * *
7573 TTTTTCAAAT-AGCTATGACCTTTTGTTCTATCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATGTAAGTTTG
191 TATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA
* * * *
7637 CTCGAAATAAAAGAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---G-GATTTAAAAAAT
255 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * *
7698 AAATCTGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGATTATT
320 AAATCTATTTA-CGAACAAGTTCAAATAGTTATG-CTATT
* * * * * * * * *
7738 TGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTTGTTCTATTATAAAACAATAGTTTTTGTT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* ** * * *
7802 CATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACCAATTTATTAATATTTC-ACAATTAATAAGTAAAA
65 CATACAAGCTTA-TT-CAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * * *
7866 AATTTCAAAAAATAAATATGCTTA-CTGAACT-AGATCAAGTAGTCATGACTATTTGAATAATTA
128 GATTT-AAAAAATAAAT-TGTTTATC-GAA-TAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTA
* * * * * * *
7929 TCTATTTCAAATCGTTATGGCGTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATCATTTCGATTCATATAAGCTT
189 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTT
** ** *
7994 ATTTGAAATAAAATAATACTAAGCTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAA
254 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * * *
8058 ATGAATCTATTTAAGAAAAAATTAAAAATAATTATGACTATT
318 ATAAATCTATTTACGAACAAGTT-CAAATAGTTATG-CTATT
* * * * * * * * * *
8100 TGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTCTTTTGTCATAAAATGATTTTTTTCTATC
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTCTATT
* * *
8165 CATACAAACTTATTTCGAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAA
65 CATACAAGCTTA-TTC-AAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAA
* * * * * * * * **
8228 AAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATCGTTATGATTATTTGTGCAATTAT
126 GAGATTTAAAAAATAAA-TTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTAT
* ** * * * * * *
8293 TTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTTTTGTTGTTATAAGACAA-TAGTTTTTGTTCATATAAGC
190 CTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTT-TTGTCATAAAACAATTA-TTTCTATTCATACAAGC
*** * * * *
8357 TTATT-TGGATGAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAA
252 TTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* ** * * *
8421 AAATAAATATGCTTACCGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATT
316 AAATAAATCTATTTA-CGAACAAGTTCAAATAGTTATG-CTATT
* * * * * *
8465 TG-ACTAATTATCTATTTCAAATGGTTACGA-CATTTTCTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAAT
1 TGAAC-AATTATCTATTTCAAATAGTTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
* * *
8528 TCATACAAGCTTACTTGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTAT-GAAAATTAATAAGTAA
64 TCATACAAGCTTA-TTCAAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * * * *
8592 GAGATTAAAAAAATGAATCTGTTTGTCAAACAAGTTTAAATAATTTTGACTACTTTG-ACAATTA
126 GAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATAACTA-TTTGAACAATTA
* * * ** * *
8656 TCTATTTGAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTCTGTTCATACAAGCTT
189 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTT
*** * * * *
8721 ATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGCCAATTAATAAGTAAAAGTTTTAAAA
254 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA--AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
** **
8784 AATAAATCTATTTATTAAACAA-TATCAAATCTTTATGACTATT
317 AATAAATCTATTTA-CGAACAAGT-TCAAATAGTTATG-CTATT
* * * *
8827 TGAAAAATTATTTATTTCAAATTAG-TATGA-CTTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTA-
1 TGAACAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
* * * * * ** *
8889 TCATACATGTTTATTTCGATTAACAA-AATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGT-A
64 TCATACAAGCTTA-TTC-A-AAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * * *
8952 GAATATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAACAAGTTCAACTAGTCATAATTATTTGAATAATTA
126 G-AGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTA
* * * * *
9017 TCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATATAACAATTATTT-TAGCTCATATAAGCT
189 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCT
** * * * *
9081 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTTTTAAT-TTTCCAAAAATTAATGAGAAAGAGAATTAAAA
253 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
** * * * *
9145 AAGGAATCT-TGTTACCTAACATGTTTAAATAGTTATGACTATC
317 AATAAATCTAT-TTA-CGAACAAGTTCAAATAGTTATG-CTATT
** * *
9188 TGAATTATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTT-TAGT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-T
* * * * * * *
9251 TCATATAACCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAGAAGTTAATGAGAAA
64 TCATACAAGCTTA-TTCAAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA
* * * * * *
9315 GAGAATTAAAAAATAAATCT-TGTTACCAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
126 GAGATTTAAAAAATAAAT-TGT-TTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTA
* * * * ** * *
9379 TCTATTTTAAAAT-ATTATGACATTTTGTTTTCTCATAAAACATTTGGTTCTATTCATGCAAGCA
189 TCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCT
* ** *
9443 TATTTC-TAATAAAATAATAAAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTT-AAA
253 TA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * **
9505 AATAAATATATTTTCTAAACATTTTCAAATAGTTATGACTATT
317 AATAAATCTATTTAC-GAACAAGTTCAAATAGTTATG-CTATT
* * * * * * * *
9548 TAAATAGTTATCTATTTAAAATTGTTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * * * * * * *
9612 CATAAAAGCTTATTTGAAATGAAATAATACTAACTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAACTAAAA
65 CATACAAGCTTA-TTCAAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* ** * *
9677 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTT
128 GATTTAAAAAATAAA-TTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCT
* * *
9742 ATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATT
192 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * *
9807 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-TAAAATTAATAAGTTGAA-A-ATTTTAAAAAT
257 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-T-AAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * *
9869 AAATTTGTTCACCAAACAAGCTT-AAATAGTCATGTCCATT
320 AAATCTATTTA-CGAACAAG-TTCAAATAGTTATG-CTATT
** * * * * *
9909 TGAACTGTTATCTATATCAAATTGTTATTATATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTC
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
** * *
9974 ATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTACTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AA-AG
66 ATACAAGCTTATTC-AAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * * *
10035 ATTTAAAAACTAAATCT-TTCTATTGAACCAA-TTCAAATAATTATGATTTTTTGAACAATTATC
129 ATTTAAAAAATAAAT-TGTT-TATCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATC
* * ** * * * *
10098 TATCTCAAATCGTTATGATATTTT-TTTTGTCATAAAGCAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTAT
191 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTAT
*** * * * *
10162 TTGGAGTAAAATATTGA-TAAATTAATAATA-TTC------TAAT-A--AA-AGATTTAAAAAAT
256 TCAAAATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * **
10215 AAATGTGTTTGCCAAACTAA-TTCAAATAGATAAGAAAATT
320 AAATCTATTT-ACGAAC-AAGTTCAAATAGTTATG-CTATT
* * * * * * *
10255 AGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGCTTT-TCATAAAATAGTAT-TTTC-AGT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCTA-T
* * ** **
10317 TCATGCATGCTTATTCAAAATAACATAATACTAATTTATTAGCA-TTCAAAAAATTAATAAACAA
64 TCATACAAGCTTATTCAAAA-AA-ATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA
* * * * *
10381 CAAATTTTAAAAAATAAATTTTTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
126 GAGA-TTTAAAAAATAAA-TTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTA
* * * * * * * *
10446 TCTATTTAAAATAAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTCAATTTATAAAAGCTT
189 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTT
* * * ** * *
10511 A-TCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATGCTTCAAAAATTGATATA-TTAGAGATTTAAAA
254 ATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AGTAAGAGATTTAAAA
* * *
10574 AAT-AA---A--T-CGAACTAGTTCAAATAATTATGGCCATT
317 AATAAATCTATTTACGAACAAGTTCAAATAGTTAT-GCTATT
* ** * * * * *
10609 TGAACAATTATATATTTCAAATCA-TTACAAACTTTT-TTTTTTCATAAAATAATTATTT-TTTA
1 TGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-
* * * * * * * *
10671 TCATACAAGCCTATTTGGAATAAAACAATATTAGTTTATTAAAATTTCAAAAATTAAT-AGGAAG
64 TCATACAAGCTTA-TT-CAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-
* * * * * * * *
10735 GAGATTT-AAAAATATA-TATCTAT---TTAA--ACAATTAG-T-T-CCTATTTAAACAATTATC
126 GAGATTTAAAAAATAAATTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATC
* ** * * * * * * * *
10790 TATTTTAAATTGTTGTAACCTTTTGTTCTATCGTAAAATAATTATTTCAATTCATATAAGCTTAT
191 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTAT
*** * * * *
10855 TTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCCAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATA
256 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * * *
10920 AATATGTTTGCTGAA-ATAGCTT-AAACAGTTAAGACTATA
321 AATCTATTTAC-GAACA-AG-TTCAAATAGTTATG-CTATT
* * * * *
10959 TGAACAATTATCTATTTGAAATCA-TTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TAGG
1 TGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-T
* *
11022 TCATAGAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAG
64 TCATACAAGCTTATTC-AAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
** * * * * *
11087 TTATTTAAAAAGTGAATTTGTTTATCGAATCAA-TTCAAATAATTATGA-TCATGTT-ATCAATT
127 AGATTTAAAAAAT-AAATTGTTTATCGAAT-AAGTTCAAATAGTTATAACT-AT-TTGAACAATT
** * * * * * *
11149 ATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATATAACAATTGTATTT-GA-GCATTCAAT
188 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TATTTCTATTCATACAAG
* ** * * * *
11212 TTTATTCGGAATACAATAATACT-ATTTATTAATCTTTTAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAA
251 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * *
11276 AATTAAATCTATTTATCGAACTAGTTCAAACA-TCAATGACTATT
316 AAATAAATCTATTTA-CGAACAAGTTCAAATAGT-TATG-CTATT
** * * * * * * *
11320 TGAACAATTATAAACTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCTTC
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
** *
11385 ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAACATAATAATATTAT-AAAAATTAA-AAGCTAAG
66 ATACAAGCTTATTC-AAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG-TAAG
* * * * * * * *
11448 AGAATTAAAAAATAAATTTATTTA-CTGAATTAGTTCCAATATTTA-AGACTATATGAATAGTTA
127 AGATTTAAAAAATAAA-TTGTTTATC-GAATAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTA
* * * ** *
11511 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGGTCATAAAATAAGGTTTTTTGAATTCATA-ATAC
189 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA--TTATTTCTATTCATACA-AG
** * * *
11575 CTTACTT-GGAATAAAATAA-AATGAATTTATAAATATTTCAAAAATAAATAAGTAAGAGATTTA
251 CTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * * * *
11638 AAAAATAATTCTATTTACCTATCCAA-TTTAAATAATTATGATTATT
314 AAAAATAAATCTATTTA-CGA-ACAAGTTCAAATAGTTATG-CTATT
* * * *
11684 TGAACAATTATCTATTCCAAATCA-TTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAAATGCTTT-TGT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTAT
* ** * * * * *
11746 TCATATAAATTTGTTTGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTC--AAA-TATTAA-TAAG
64 TCATACAAGCTT-ATT-CAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * * *
11807 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAGT-AGTTCAACTAGTTTTGACTATTTGAGCAATTAT
127 AGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTATCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * * * *
11871 TTATTTTAAATC-TTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAATAATTGTTTCTATTCGTACATGCTTA
190 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA
*** * ** *
11935 TTTGGACTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAGCAATTGATAAGTAA-A-ATTTAAAAAAT
255 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * * *
11998 AATTATGTTTACCGAACTAGATCAAATAATCATGATTTTT
320 AAATCTATTTA-CGAACAAGTTCAAATAGTTATG-CTATT
* * * * * * *
12038 TGAATAATTATCTATTTCAAGTCA-TTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAAGAAATGTTTCAATT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * *
12102 CATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGTAATTCAAAAATTAATAA-TAAAG
65 CATACAAGCTTATTC-AAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAG
* * * * * * * * *
12166 AAATTTAAAAAGATGACTCTGTTTA-CTAAAAAAGTTTAAATAATTATGACTGTTTGAACAATTA
127 AGATTTAAAAA-ATAAAT-TGTTTATC-GAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTA
* ** * * * * *
12230 TCTATTTGAAATCGCTATAACCTTTGGTTTTTGTCACAAAAGAATT-TTATCTATTCATACAATC
189 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTATT-TCTATTCATACAAGC
* * * * *
12294 TTATTTC-AAATAATATAATTCAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAAAAATGTAAAAGATTT
252 TTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAA-GTAAGAGATTT
* * * * *
12356 -AAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATCGTTATCACTATT
313 AAAAAATAAATCTATTTA-CGAACAAGTTCAAATAGTTAT-GCTATT
*** * * * * *
12402 TGTGTAATTATTTATTTCAACTTGTTAT-AGCTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * * * * * *
12466 CATACAAGTTTATTTAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCGACAATTAATAAGTAAAA
65 CATACAAGCTTATTCA-A-AAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* ** * * * * * * *
12531 GATTTAAAAAA-AAAATGTTTGCCAAATAAGTTAAAATAGTCATGACTATTTAAATAATTATTTA
128 GATTTAAAAAATAAATTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * *
12595 TTTCAAATCATTATGACTTTTTCTTTTGTAATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATATAAGTTTATT
193 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATT
** ** * * ** *
12659 TGATGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGA-ACAAAAAAAAG
257 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-
* * * * *
12723 AATCCATTTACCAAATAAGTTCAAATACTTATGACTATA
321 AATCTATTTA-CGAACAAGTTCAAATAGTTATG-CTATT
* * * * * *
12762 TGAACAATTATCTATTTTAAA-AATTATGACCTTTTGTTTTG-CTACAAAATAATTGGTTT-TGT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATT-GTTTCTAT
* * * * *
12824 TCATGCAAGCTTACTTTTAATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTCCAAAAA-T--TAA-T-A
64 TCATACAAGCTTA--TTCAAAAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* *
12883 -AG-----AAAAA-AAA-TGTTT-TCTGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
126 GAGATTTAAAAAATAAATTGTTTATC-GAATA-AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTA
* * * ** * * ** * *
12938 TTTATTTCGAATCA-TATGATCTTTTGTTTCATCAT-AAACTAATTGTTTTTGCTCA-AAAAACT
189 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTATTTCTATTCATACAAGCT
** * *
13000 TATTCGGAATAGAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA
253 TATTCAAAATA-AAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * *
13064 AAATAAATCTATTTAACGAGCGAGTTCAAATAGTTATGAATAGT
316 AAATAAATCTATTT-ACGAACAAGTTCAAATAGTTATG-CTATT
* * *
13108 TGAACAATTATTTATTTCAAATCA-TTATGTTATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * *
13172 CATACAAGTTTATTCGAAACAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAATTAG
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** * * * *
13236 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCGAATAAATTCAAATAGTCAT-ATTCATTTGAACTATTAT
127 AGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATAACT-ATTTGAACAATTAT
* * ** * * **
13300 CTATTTCAAATCATTATGGCATTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTC-ATTTATACAAAATTA
190 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA
* * * * **
13364 TTCAGAATCAAGTAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGACATTTAAAAGCT
255 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * *
13425 AAATCTGTTTACCAAACTAGTTTAAATAGTTATGACAATT
320 AAATCTATTTA-CGAACAAGTTCAAATAGTTATG-CTATT
* * * * *
13465 TCAACAATTACCTA-CTCAAATAG-TATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAAAAAATTGTTTCTGTT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTCTATT
* * ** *
13527 CATACAAGCTTATTCTGAATAAAATAATGCTAAACTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAG
65 CATACAAGCTTATTC--AAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAG
* ** * * * *
13591 AGATTTAAAAAATAAATGTGGTTGCCAAACCAA-TT-ATAATAGTTA-AGACTATTAGAATAATT
127 AGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTATCGAA-TAAGTTCA-AATAGTTATA-ACTATTTGAACAATT
* * * * **** * **
13653 GTCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTTGTTAGAAATTTTTTTTTTTTCGGTTCATACAAG
188 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA--ACAATTATTTCTATTCATACAAG
* ** * ** * *
13718 CTAATTTGAAATAAAATAA-AATAATTTTATTAGCA-TTCAGAAAATTAATAAGCAAGAAATTTT
251 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGA-TTT
*
13781 AAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
313 AAAAAATAAATCTATTTAC-GAACAAGTTCAAATAGTTATG-CTATT
* * * * * * *
13828 TGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAAACTTTTGTTTTATTATAAAACAATTATTT-TAGTT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA--T
* * * * * * * **
13892 TAATA-AAACTTATCCAAAATAAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTG
64 TCATACAAGCTTATTC--AA-AAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * ** *
13956 GAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTAT
126 GAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTAT
* * * * * *
14021 CTATTTCAAATCATTATGAACTTTTTATTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGTT
190 CTATTTCAAATCATTATG-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCT-ATTCATACAAGCT
*** * * * *
14085 TATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATAAGTAGGAGAATTAAAAA
253 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * * *
14150 ATAAATATACTTATCGGACTAGTTTAAATAGTTATTACTATT
318 ATAAATCTATTTA-CGAACAAGTTCAAATAGTTA-TGCTATT
* * * * * *
14192 TGAATAATTATATATTTC----A---A--A------------TCATAAAATAATTATTTATGTTC
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
* * * * * * * * *
14236 ACACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATTCTTATCTAATAATATTAT-GAAAATCAATAACTAAGA
66 ATACAAGCTTATTC--AAAAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * *
14300 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATTAA-TTCAAATAGTTA-AGGCTATATGAATAATTAT
128 GATTTAAAAAATAAA-TTGTTTATCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTAT
** * * * * * * *
14363 CTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAAATATTTCTGTTCATATAAGTTTG
190 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA
*** * * * * **
14428 TTTTGAATAAAATAACATTTATTTTTTAATATTTTGAAAATT-AT---TAAGAGATTTAAAAAAT
255 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * *
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* * * * *
14529 TGAACAATTATTTATTTCAAATCA-TTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * * *
14593 GATA-TAGTCTTATTCAAAATAAAGT-ATACTAATTTATTGATA-TTCTAAAAATTAATAAATAA
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14655 TG-GATTTAAAAAAT
126 -GAGATTTAAAAAAT
14669 GAATCTACTG
Statistics
Matches: 10639, Mismatches: 2533, Indels: 2185
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Consensus pattern (357 bp):
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TTAAAAAATAAATTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTT
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ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
ATTTACGAACAAGTTCAAATAGTTATGCTATT
Found at i:2613 original size:888 final size:882
Alignment explanation
Indices: 51--14648 Score: 2410
Period size: 902 Copynumber: 16.1 Consensus size: 882
41 AAAGGCTGTA
* * * * * * * *
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1 TGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGACTTTTATTTCATCATAAAACAATTATATTAGTTCA
* * ** *** * ** *
114 TATAAGTTTGTTTGGAATAAAAATAATA-TAATTTATTAATATT-TTAAAATT-ATTA-AGAGAT
66 TACAAGCTAATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATGAGAGAGAT
* * * * * * *
175 TTAAAATATAAAT-TGTTTACCAAACTAGTTCAATTAGTTACA-ACAATT-TGAATAATTATTTA
130 TTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACAAGTT-AAATAGTTA-AGAC--TTATAAACAATT-TCTA
* * * * * **
237 TTTTAAATCGTTATGACCA-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTGATACAATTTTAT
190 TTTCAAATCATTATGA-TATTTTGTTTTATCAT-AAACAATTATTTC-AGTTCATACAAACTTAT
** * * * * * *
300 TTGGAATAAAATAATGCT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAATATTT-AAAAAA-G
252 TTCAAATAAAATAAT-ATAAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGCAAAATTTAAAAAAATA
* * * ** * * *
362 AATCTGTTGGCTTGACCAA-TGCAAATAGTTAT-ATCTGTTTGAAACAATTATCTATTTCAAATC
316 AATATATT---TTCAAAAACTTCAAATAATTATGA-CTATTTG-AACAATTATCTATTT-AAATC
* * * * **
425 GTTATGACCTTCTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-GGAATAGC
375 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAAATAAA
* *
489 ATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAACTAAATCTG-TTT
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* * * * ** * *
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503 TTTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTT
* * * * *
614 TGTTTTGTCATAAAATAATTTTTCTATTCATACAACCTTATTTCAATTAAAATAATACAAATTTA
568 TG-TTTATCATAAAACAATTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAA-AAAAATAATACTAATTTA
* * * * * *
679 TTAATATTCAGAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAACTATGTTTACGAATAAATTCAAAT
631 TTAATATTC-CAAA--AATTAATGAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACGAATAAGTTCAAAT
** * * * *
744 AGTTGTGATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTTGTTTTGTCATAAAAT
693 AGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTTGTTTTGTCATAAAAT
** * * * *
809 AATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAA
757 AATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAA
* * * *
873 TTAATAAGTAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTTAAATTGTCATAACTATT
822 TTAATAAG-AAGATTTTAAAAATAAATATATTTA-TCAAAAAGTTTAAATAGTCATAACTATT
* *
936 TGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTCATCATAAAACAATTATATTAGTTC
1 TGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGA-CTTTTATTTCATCATAAAACAATTATATTAGTTC
* * * *
1001 ATATAGGCTAATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAGAGA
65 ATACAAGCTAATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATGAG-AGAGA
* * * * * *
1066 TTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAATTGTTATGGCTTATAAATAATTTCTATTTC
129 TTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACAAGTTAAATAGTTAAGACTTATAAACAATTTCTATTTC
* * * *
1131 AAATCATTATGATATTTTGTTTTATCATAAATAATTATTTCTGTTCATATAAGCTTATTTCAAAT
194 AAATCATTATGATATTTTGTTTTATCATAAACAATTATTTCAGTTCATACAAACTTATTTCAAAT
* * * *
1196 AAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAATTTTAAAAAATAAATATGTT
259 AAAATAATATAAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGCAAAATTTAAAAAAATAAATATATT
* * * * * * **
1261 TTCCAATACTTCAAATAGTTATGATTATCTGAATAATTATCTATTTTAAATAATTATGACCTTTT
324 TTCAAAAACTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTAAATCGTTATGACCTTTT
* * * * * *
1326 GTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCGTA-TTCAAAAT-AAGTAATGCTAGTTT
388 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * ** *
1389 ATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAA-TCTATTTACGAGCAAGTTCAA
453 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAACTAAATTGTTTTTTTGAACAAGTTCAA
* *
1453 ATAGTTATG-CTTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAA
518 ATAGTTATGAC-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGATCTTTTG-TTTATCATAA
* * ***
1516 AACAATTGTTTCTATTCATGCAAGTTTA-TTCAAAAAAAT-ATACTAATTTATTAATATTTTGAA
580 AACAATT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA
* * *
1579 AATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTCATA-TCT
644 AATTAAT--G-A-GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CGAATAAGTTCAAATAGTTA-AGACT
*
1643 A-TATGAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT
703 ATTA-GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-
* **
1707 A-TTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG-
766 AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGA
* * * *
1770 AGA-TTTAAATACTAAATCTATTTA-CAAAATAGTTTAAATAGTTATTACTATT
831 AGATTTTAAA-AATAAATATATTTATCAAAA-AGTTTAAATAGTCATAACTATT
* ** * **
1822 TGAATGATTATCTATCTC-AATCGTTATGA-TGTTTATTTTGTCATAAAAACAATTGT-TTCTTT
1 TGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGACT-TTTATTTCATCAT-AAAACAATTATATT-AGT
* * *
1884 TCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAAT-A-AGAG
63 TCATACAAGCTAATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATGAGAGAG
* * * **** * *
1947 CTTTGAAAAAT-AATGTGTTTGTTGAACCAGTTTAAATAGTTAAGAC-TATTATACAATTATCTA
128 ATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACAAG-TTAAATAGTTAAGACTTA-TAAACAATT-TCTA
* * *
2010 TTTCAAATCGTTATGA-CTTTTG-TTTAGTTATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAACTTA-T
190 TTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTA-TCAT-AAACAATTATTTCAGTTCATACAAACTTATT
* ** *
2072 TCAGAATAAAATAAT-TGTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAT
253 TCA-AATAAAATAATAT-AAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGCAA-A-ATTTAAAAAA-
* *
2136 ATAAATTTATTTATCAAACAAGTTCAAATAATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAGTC
313 ATAAATATATTT-TCAAA-AACTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAA-TC
* *
2200 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTTCATAAAAACTTATTTCGAAATAA
375 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCGAAATAA
* * **
2264 AATAATACTACTTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAACAAAAGATTTAAAACTAAAGTTGTTTT
439 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAACTAAA-TTGTTTT
* * * *
2329 TTTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATC-TT
503 TTTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTT
* ** *
2393 TGTTTACTCATAAAACAATCTTTTTTGA-TCATACAAGCTTATTTGGACAAAATAATACTAATTT
568 TGTTTA-TCATAAAACAAT-TTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTCAAAAAAATAATACTAATTT
* * * * **
2457 AATAATATTCCAAAAATTAGTGAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTGCTGAACCAGTTCAAATA
630 ATTAATATTCCAAAAATTAATGAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC-GAATAAGTTCAAATA
* * * * * * *
2522 GTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTATTTAGTCCTATAATAA
694 GTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
* * * * ***
2587 TTGTTTCAGTTTATACACGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCCAAAAATT
759 TTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATT
** * * * * * * *
2652 AATAAGCAAGAGATTCGAAAAGATAAATGTGTTTATCGAATAAGTTCAAAGAGTTATGACTATT
824 AATAAG--A-AGATTTTAAAA-ATAAATATATTTATC-AAAAAGTTTAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * ** * *
2716 TGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTTAGTTC
1 TGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGA-CTTTTATTTCATCATAAAACAATTATATTAGTTC
* * * * * * * * * * * *
2780 ATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAATAATACTACTTTATTATTATTTCGAAAGTTAATAACTAAGAG
65 ATACAAGCTAATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATGA--GAGAG
* * * * * * * *
2845 ATTTAAAAAATAAAT-CAGTTGA-TAAATAAGTTCAAATAATTATGGCCATT-TAAAAAACTATT
128 ATTTAAAAAATAAATGTA-TTTACCAAACAAGTT-AAATAGTTA-AGAC-TTATAAACAA-T-TT
* * * * *** * *
2907 -TATTTCAAATTATTAT--TACTTTTG-TTTGTCATAAAACAATGTTTTTTA-AAAAAATAAA-T
187 CTATTTCAAATCATTATGATA-TTTTGTTTTATCAT-AAACAAT-TATTTCAGTTCATACAAACT
** * * ** * * *
2966 GT-TTTACCAACCAGTTCAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATT-TTAGATTGTTATAA
249 -TATTT--CAA--A-TAAAATA-ATATAA--ATTT-----ATTAAC-ATTCCAAAAAT-TAATAA
** * * * * * **
3029 -CATTTTATTCTATAATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAACAAT-A
298 GCA--AAATT-TA-AA-AAAATAAATATAT-T-TTCA-A-AAAC---TTC-AAAT--AATTATGA
** ** ** *
3092 CTAATTTAGTAATTCTGAAAATTAATAACTA-AGAAAT--TTAAAAAATAAATATGTTTGCTGAA
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* * **** * * * **
3154 CCAATTCAAACAATTAAGACTATATGA-ACAA--TTATTT--AACTCAAATTGTTA-TGACATTT
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** * * * * * * * * * **
3213 -TGTTTTGTCATAAAAAATTATTTTAGCTTGTAGAAATTTATTCAGAATAGAGTAAAACT-AATT
453 AT-TAATAT-TTCAAAAATTA--ATA---AGTA-AAA--GATT--TAA-A-ACT-AAATTGTTTT
* * * * * * * *
3276 ATT-AA-TATTTCAAAAATTTATAAGA-GATTTAAGAA-AATAATTCTATTTACAGAACCAGTTC
503 TTTGAACAAGTTCAAATAGTTAT--GACTATTT--GAACAATTA-TCTATTT-CA-AATCA-TT-
* * * *** * * * * *
3337 A-AATAATTATAACTAT--TTAAACAA-TTATCTATTTCAAATCATTATTACTTTTTATTTTGTA
559 ATGAT-CTTTTGTTTATCATAAAACAATTTTTCTA-TTCATA-CA--A--GC---TTA-TTT-CA
* * * ** * ** ** * * *
3398 ATAAAACAATATTTTTTTTGTTAATA-T---AAGTTTGTTCA-A-AATAAAATAATACTAATTTA
612 AAAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGAGATTTAAA-AA-A-TAA---A
* * ** * * ** * * **
3457 TTAATATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCATTTATTTATTTCAAATTGTT
670 -T-ATGTTTA-CGAATAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * * *** *
3522 ATGACTTTTTGTTGTGTTATAAAACAATAGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAA
732 ATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * * * * *
3587 TACCAATTTATTAATA-TTTCAACAATTAATAACTAAAAAATTTAAAACATAAATAT-TCTTACC
797 TACTAATTTATTAATATTTTGAA-AATTAATAA--GAAGATTTTAAAA-ATAAATATAT-TTATC
** * * *
3650 GAACTAGATCAAATAGTCATGACTATT
857 -AAAAAGTTTAAATAGTCATAACTATT
* * ** * * *
3677 TGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATCAT-TTCGGTT
1 TGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGA-CTTTTATTTCATCATAAAACAATTATATT-AGTT
* * * * ** * *
3741 CATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAAGTT-ATCAATATTCTGAAAATTAATAATTAAG
64 CATACAAGCTAATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAAT-AATATTCCAAAAATTAATGA--GAG
* * * * * * * * *
3805 AGATTTAAAAAATGAATTTGTTTAACGAACAAGTTTAAATAATTATGACTGTTTGAACAATTATC
126 AGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACAAG-TTAAATAGTTAAGACT-TATAAACAATT-TC
* * ** * * *
3870 TATTTGAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA-ATGATTTTTTTCTA-TTCATACAAGCT
188 TATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTATCATAAACA--A-TTATTTC-AGTTCATACAAACT
** * * * * ***
3933 TATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATT--AAGACAATTAATAAGTAAAA---GATCT
249 TATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAACATTCCAA-A-AATTAATAAGCAAAATTTAAAAA
* ** * * ** *
3993 AATAAATCTA--CCCAGACCAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT
312 AATAAATATATTTTCA-A-AAACTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAT
* * * * *
4056 TGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTT-GGATTAA
374 CGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAAATAA
* * * * *
4120 AA-AATATTAATTTATTAATATTTCGACAAGTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG-TT
439 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAACTAAAT-TGTTT
* * * * * * * *
4183 TATCGAACAAGTTCAAATGGTCATGAGTATTTGAATAATTAAT-TATTTCAAATCATTGTGACCT
502 TTTTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATCATTATGATCT
* * * * * * *
4247 TTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTC-AGTTTATATAAGCTTATTTGATATAAAATAATACTAA
566 TTTG-TTTATCATAAAACAATT-TTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCA-AAAAAATAATACTAA
* * * * *
4311 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATTAATACTATTTACGAATCATG
627 TTTATTAATATTCCAAAAATTAAT--G--AGAGATTTAAAAAATAAATA-TGTTTACGAAT-AAG
* * * *
4376 TTCAAATAGTTATGATTATCT-GAACAATTATATATTTCAAA-CATTATGAC-TTTTG-TTTGTC
686 TTCAAATAGTTAAGACTAT-TAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTC
* * * ***
4437 -TAAAA-CATTGGTTTCTG-TCATGCAAGCTTATTTTTGAATAAAATAATA-TAATTTTATTAAT
750 ATAAAATAATT-GTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAAT
* * * * * * *
4498 ATTCTTAAAAAATTAATAATAAAAATTTAAAAAATAAATATATTT-TCCTGAACACGTTCAAATA
812 ATT-TT-GAAAATTAATAA-GAAGATTTTAAAAATAAATATATTTAT-C--AAAAAGTTTAAATA
* **
4562 GTTATGGCTATT
871 GTCATAACTATT
* * * * * * * ** ** *
4574 TCAACAATTATCTAATTTCAAATTGTGAACGAC-CTTAGTTTTGTCATAAGCCAATTGT-TTCA-
1 TGAATAATTATCT-ATCTCAAATCGT-TATGACTTTTA-TTTCATCATAAAACAATTATATT-AG
* * * * * * *
4636 TTCATAAAAGCTTACTCAGAAATAAAATAATACTAAATCTATTAAAATTTCCAAAAATTAATAAG
62 TTCATACAAGCTAATTCA-AAATAAAATAATACT-AATTTAATAATA-TTCCAAAAATTAATGAG
* * * ** * * *
4701 TAAAAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTACTGGAACGAAGTTTTCGAATAGTTTATGACCATT-CA
124 --AGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTAC-CAAAC-AAG--TT-AAATAG-TTAAGA-C-TTATA
* * * * *
4764 AAC-ATTATTTATTTCAAATCATTTTGATATTTAGTTTTGTCATAAA-AATTTTTTTTCTA-TTC
179 AACAATT-TCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTATCATAAACAA--TTATTTC-AGTTC
** * * * **
4826 ATACAATTTTATTTAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-CTAAAATTAATAAGTTGGA
240 ATACAAACTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAG--CAA
* * * * * * * * * **
4889 GATTT-AAAAAATAAATATGCTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGAATTATTATC
302 AATTTAAAAAAATAAATAT-ATT-TTCAAAAACTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATC
* * ** **
4953 TATTTCAAATCTTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATGATTGTTTCTATTCATACAAAATTA-
365 TATTT-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * *
5017 TTC-AGAATAAAATAATATTAGTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AA-ATTTAAGAAT
429 TTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA-AAC
* * * * *
5077 TAAATCTG-TTTATCGAACCAA-TTCAAATACTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATCTCAAAT
492 TAAAT-TGTTTTTTTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * ** * * * **
5140 TATTATGAT-ATTTGTTTTGTAATAAAACAAATGCTTCTGTTCATACAAACTTATTATGAGTAAA
555 CATTATGATCTTTTG-TTTATCATAAAAC-AATTTTTCTATTCATACAAGCTTATT-TCAAAAAA
* * * * * * * * * *
5204 ATATTGCTAAATTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAGCTTTGAAAAATAAATGTGTTAATTGA
617 ATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CGA
* * * * *
5269 ACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTTACCTTTTGTT
681 A-TAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTT
* * * **
5333 TAT-TCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATTGTAATTTATT
745 T-TGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * *
5397 AATA-TTCGAAAAATTGATGAGCAAGAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCA
809 AATATTTTG-AAAATTAATAAG--A-AGATTT-TA-AAAATAAATATATTTATCAAA-AAGTTTA
* * *
5461 AATAAAT-TTGGACTATT
867 AAT-AGTCAT-AACTATT
* * * * * ** * *
5478 TGAACAATTATCTAT-TTAAAGTTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCATT
1 TGAATAATTATCTATCTCAAA-TCGTTATGA-CTTTTATTTCATCATAAAACAATTATATT-AGT
* * * * * * *
5541 TCATAAAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTACTTT-ATAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAG
63 TCATACAAGCTAATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATGAG--AG
* * ** * * * * * *
5605 AGATTT-AAAACTAAA-GTTATTTTCTGAACTAGTTCAAATAGTTATGAGTATTTGAACAAATAT
126 AGATTTAAAAAATAAATG-TATTTACCAAACAAGTT-AAATAGTTAAGACT-TATAAAC-AATTT
* * * * * * *
5668 C-ATTCTCAAATCTTTATGAT-TTTTGTTTTCTCATAAAACAGTT-GTTCTGATCATACAAGCTT
187 CTATT-TCAAATCATTATGATATTTTGTTTTATCAT-AAACAATTATTTCAGTTCATACAAACTT
* * * * * *
5730 ATTT-GAATAAAATAATATTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAGT--G-AAAGATTT-AAAAAA
250 ATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGCAAA-ATTTAAAAAAA
* * ** * * * * ** * *
5790 TAAATGTATTTGCCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACCATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCA
314 TAAATATATTT-TC-AAAAACTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCG
* * * * * * * **** * * * * *
5855 TTCTAACCTTTTATTAATAT-TTAGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAAGTAAAATTGTTT
376 TTATGACCTTTTGTT--T-TGTCATAAAA-CAAT-TGT-TTCTATTCATACAAG----CTTATTT
* ***** * * * * * * * ***
5919 ACCAAACCCTTTCAA-A-TAGTTT-TGACTATTTGAATAATT-ATCTATTCCAATTCATTCT-AA
431 -CGAAATAAAAT-AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AAGT--AAAAGATT-TAAA
* * * ** * *
5979 CCT--TTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTC---TA-TTCAT-ACTATTAGTCAA-AATTA-AT
490 ACTAAATTGTTTT-T--TTGAACAA---GTTCAAATAGTT-ATGACTATT--TGAACAATTATCT
** * * * * * * * ***** **
6035 AAATAATAATAATTTAAT-ATATTTTGACACTTAATAACCAAGACAATTAAAAAATAAAT-CAAA
546 ATTTCA-AATCA-TT-ATGATCTTTTG----TTTATCA-TAAAACAATTTTTCTATTCATAC-AA
* * * * * *
6098 TTGCTAAACCATTTCAAATAGTAAGATTATA-TGAA-TGATTACCTATTTCAAATCATT-ATGAC
602 --GCT----TATTTCAAA-A--AA-ATAATACT-AATTTATTA-ATATTCCAAA-AATTAATGA-
** * * * * * * * * *
6160 CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTTATC-ATACAAGCTTAATCGAAATA--AAATAATA
653 ---GAGATTTA--A-AAAATAAAT-ATGTTTA-CGA-ATAAG--T--TC-AAATAGTTAAGACTA
* * * * * * * **** * ***
6222 CTA-ACTTATTA-ATATTTCAAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAATATAAAT-A-TGTTT-A
704 TTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATT-ATGACTTTTTGTTTTGTCATA-AAATAATTGTTTCA
* ** * ** ***
6281 ---C---CGAA--TTAGTTC-AAAT--AATTATGACT-ATTTGAGCAATTATCATTCCAAATCGT
767 GTTCATAC-AAGCTTA-TTCAAAATAAAATAAT-ACTAATTT-ATTAA-TAT-TTTGAAAATTAA
* * * * * * ** * * *
6334 TAAGATCTTTG-TTCTGTCATAAAACAATTATTTTTTTATCATAAAGCTTATTTAGTTAAAAATA
826 TAAGA----AGATT-T-T-A-AAAATAA--ATATATTTATCAAAAAGTTTAAATAGTCATAACTA
*
6398 -A
881 TT
* * * ** * * *** * * * *
6399 T-ACTAATTTAATAATATTTCAAA-AATTAATAAGTAAGAGATTT-A--A-AAAATAAATGTGTT
1 TGAATAA-TT-AT-CTATCTCAAATCGTT-ATGACT--TTTATTTCATCATAAAACAATTATATT
* * * * * *
6458 TG-TCGA-ACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTA-TATATTT-TTAATCATT-CTA
60 AGTTC-ATACAAG--CTAAT--TCAAAA-TA--A-AATAA-TACTA-ATTTAATAAT-ATTCCAA
** * *** * ** * * *
6518 ACCTT-TTG-TTTAG--TTAGAAAATATTTGT-TTCATATCTTACAATCTTATTTGAAATAAAAT
113 AAATTAATGAGAGAGATTTAAAAAATAAATGTATT--TA-C---CAAAC-AAGTT-AAAT---A-
* * * * ** * ** ** * *
6578 GATCCAA-ATTTATTAAC-CTTTGAAAAATTAATAAGAAAAAGTTTAAAAAAGTAAATCTG-TTT
166 G-T-TAAGACTTATAAACAATTT---CTATT--TCA-AATCA--TT--ATGA-T-ATTTTGTTTT
* * ** * ** *
6640 ATCGA-ACAAGTTCAAATAGTT-A-TTACTATTTGAATAATTATTT-ATTTAAAATCATTATGAC
217 ATC-ATA-AA---CAATTATTTCAGTT-C-A-TACAA-ACTTATTTCAAATAAAAT-AATAT-A-
** * *** * * * *
6701 CTTTTGTTTTGATAT-AAAACAATTATTTTAGTTTATAAAAGCTTATCCAAAATAAA-AGAATAC
270 AATTTATTAACAT-TCCAAA-AATTA-ATAAG----CAAAA--TT-T--AAAA-AAATA-AATA-
* * * * * * * *
6764 TAATTTCTTAATATTTCAAA-AATTAATAAGCAATAGTTTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAA
320 TATTTTC-AAAAACTTCAAATAATT-AT--G-ACTA--TTTGAACAAT-TATCTA-TTT------
* ** * *
6827 CAAATTCAAATAGTTATG-CTTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTCGTTT
370 -AAA-TC-----GTTATGACCT-TTTG---TTTTGTC-A--TAAAA-CAAT-TG---TTTC--TA
* *
6891 TGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTACTAA
414 T-TCAT---ACAA--G---C---T--T---A---T-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
** * * * **
6956 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGCGATTTAAAAAGTAAATCG-GTTTACGAA-ATTAGTTCAAAT
458 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAACTAAATTGTTTTTTTGAACA--AGTTCAAAT
* * * * * * * * * * *
7019 AATTGTGGCCATTTCAACAATTATCTATTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTTGGTTATATAACA
520 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTT-ATCATAAAACA
* * ** *
7084 ATTGTTTTTTATT-ATACAAAGTTTA-TTCAAAATAAAATAATAGAAATTTATTAAT-CTCTC-A
584 A-T-TTTTCTATTCATAC-AAGCTTATTTC-AAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTC-CAA
* * * *
7145 AAATTAA-GAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCGAACT-CGTTTAAATAGTT--GACTAC
643 AAATTAATG-AGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CGAA-TAAGTTCAAATAGTTAAGACTA-
* * * * * * * * *
7206 TT-GAATAAATGTATACTTCAAAT-AGTTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTCTA
704 TTAGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-A
* * * ** ***
7269 -TTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATATAAAAATATTCCAAAAATTAATAACTG
767 GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAA--G
* * * * * * *
7333 AGAGA-TTTAGAAAATAAATTTGTTT-GCTAAACTAGTTCAAATAGTTA-AGACTATA
830 A-AGATTTTA-AAAATAAATATATTTATC-AAA-AAGTTTAAATAGTCATA-ACTATT
* *** * * ** * *
7388 TAAACCTTTATCTATTTCAAATC---AT---TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCAATTC
1 TGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGACTTTTATTTCATCATAAAACAATTATATT-AGTTC
* * ** * * * * *
7446 ACACTAA-CTTATTTGAAATAAAATAA-AATGAATTTATTCATACT-AAAAAATTAAT-ATGCAA
65 ATAC-AAGCTAATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTAATAATATTCCAAAAATTAATGA-G--A
* * * * * * * * *
7507 GAGATTTAAAAAGTAATTCTATTTACCTAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAT
125 GAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACAAG-TTAAATAGTTAAGACT-TATAAACAATT-T
* * ** * * * ** ** *
7572 CTTTTTCAAAT-AGCTATGACCTTTTGTTCTATCATAAAACAAATGTTTTTGTTCAT-GTAAGTT
187 CTATTTCAAATCA-TTATGATATTTTGTTTTATCAT-AAACAATTATTTCAGTTCATACAAACTT
* * * * * **
7635 -TGCTCGAAATAAAAGAATACT-AATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--GGATTT-AAAA
250 AT-TTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGCAAAATTTAAAAA
* * * * * * * *
7695 AATAAATCTGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAAT
312 AATAAATATATTT-TCAAA-AACTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAT
* * * * * * * * * *
7760 TGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATAGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTT-GGATTAA
374 CGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAAATAA
* * * * *
7824 AATAATACCAATTTATTAATATTTC-ACAATTAATAAGTAAAAAATTTCAAAAAATAAATATG-C
439 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT--AAAACTAAAT-TGTT
** * * * * * * *
7887 TTACTGAACTAGATCAAGTAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATG-GCG
501 TTTTTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC-
* * * * * *
7951 TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATCATTTCGATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
565 TTTTG-TTTATCATAAAACAAT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAA-AAAATAATACTAA
** * * * * * * * *
8016 GCTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTAAGAAAAAATT
627 TTTATTAATATTCCAAAAA-T--TAA-TGAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACGAATAAGTT
* * * * * * *** * * *
8081 AAAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTCTTTTGTCAT
688 -CAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * *
8146 AAAATGATTTTTTTCTA-TCCATACAAACTTATTTC-GAATAAAATAATACAAATTTATTAATAT
752 AAAAT-AATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
** * * * * * * * * *
8209 TAAGACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATCGTTA
814 TTTGAAAATTAATAAG---AAGATTTTAAAAATAAATATATTTATCAAA-AAGTTTAAATAGTCA
* *
8274 TGATTATT
875 TAACTATT
*** * * * * ** * * * *
8282 TGTGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTTTTGTTGTTATAAGACAA-TAGTTTTTG
1 TGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGA-C-TTTTATT-TCATCATAAAACAATTA-TATTAG
* * *** * * * * *
8346 TTCATATAAGCTTATT-TGGATGAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTA
62 TTCATACAAGCTAATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATGAG--
* * * ** * * * * * **
8410 AAAAATTTAAAAAATAAATATGCTTACCGAACTAGATCAAATAGTCATGAC-TATTTGACTAATT
124 AGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACAAG-TTAAATAGTTAAGACTTA-TAAAC-AATT
** * * * * * * *
8474 ATCTATTTCAAATGGTTACGACATTTTCTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATACAAGCT
186 -TCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTATCAT-AAACAATTATTTCAGTTCATACAAACT
* * * * *** *
8539 TACTTGAAATAAAATAATACT-AAGTTATTAATATTATGAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTAAAA
249 TATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGCAA-A-ATTTAAAA
* * * * * *
8602 AAATGAATCTGTTTGTCAAACAAGTTTAAATAATTTTGACTACTTTG-ACAATTATCTATTTGAA
311 AAATAAATATATTT-TCAAA-AACTTCAAATAATTATGACTA-TTTGAACAATTATCTATTT-AA
** * ** * * *
8666 ATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTTG-AAT
372 ATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAAAT
* * * *
8730 AAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGCCAATTAATAAGTAAAAGTTTTAAAAAATAAATCT
437 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA--AAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAACTAAAT-T
* * * ** * * * *
8793 -ATTTATTAAACAA-TATCAAATCTTTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATTAGTATG
498 GTTTTTTTGAACAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * *
8856 A-CTTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTA-TCATACATGTTTATTTCGATTAACAA-AAT
562 ATC-TTTTG-TTTATCATAAAACAATT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-A-AAAAAATAAT
* *** * * **
8918 ATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAGAATATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAA
622 ACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT--G-AG-AGATTTAAAAAATAAATATG-TTTACGAA
* * * * * * *
8983 CAAGTTCAACTAGTCATA-ATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTT
682 TAAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTT
* * * * * * * ** *
9047 TGTAATATAACAATTATTTTAGCTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTTTTAA
746 TGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
** * ** * * * *
9112 T-TTTCCAAAAATTAATGAGAAAGAGAATTAAAAA-AGGAATCT-TGTTACCTAACATGTTTAAA
811 TATTT-TGAAAATTAATAAG-AAGA-TTTTAAAAATA--AATATAT-TTATC-AAAAAGTTTAAA
* * *
9174 TAGTTATGACTATC
869 TAGTCATAACTATT
* * * * ** * * *
9188 TGAATTATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTAGTTC
1 TGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGA-CTTTTATTTCATCATAAAACAATTATATTAGTTC
* * * ** * * * *
9253 ATATAACCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAGAAGTTAATGAGAAAGAG
65 ATACAAGCTAATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATGAG--AGAG
* * * * * *
9318 AATTAAAAAATAAATCT-TGTTACCAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
128 ATTTAAAAAATAAATGTAT-TTACCAAACAAGTT-AAATAGTTAAGACT-TATAAACAATT-TCT
* * * * ** * * *
9382 ATTTTAAAAT-ATTATGACATTTTGTTTTCTCATAAAACATTTGGTTCTA-TTCATGCAAGCATA
189 A-TTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTATCAT-AAACAATTATTTC-AGTTCATACAAACTTA
* * * * *
9445 TTTCTAATAAAATAATAAAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTT--AAAAAT
251 TTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAG-CAAAATTTAAAAAAAT
** * * * * *
9508 AAATATATTTTCTAAACATTTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAGTTATCTATTTAAAATTGT
315 AAATATATTTTC-AAA-AACTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCGT
* * * * * *
9573 TATGACATTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTT-GAAATGAAAT
377 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAAATAAAAT
* * * * * *
9637 AATACTAACTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTGT
442 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAACTAAATTGT-TTTTT
* * *
9701 CGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTG
505 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTG
* *
9766 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTA
570 -TTTATCATAAAACAATT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAA-AAAATAATACTAATTTA
** * * * * * * *
9830 TTAATATT-TTAAAATTAATAAGTTGAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTCACCAAACAAGCTT-A
631 TTAATATTCCAAAAATTAAT--G-AG-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CGAATAAG-TTCA
* * * * * * * ** *
9893 AATAGTCATGTCCATTTGAACT-GTTATCTATATCAAATTGTTATTA-TATTTTGTTTTGTCATA
690 AATAGTTAAGACTATTAGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT-TTTTGTTTTGTCATA
** * * *
9956 AAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTACTAATATTTC
753 AAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT
* * * * * * * *
10020 AAAAATTAATAA-AAGA-TTTAAAAACTAAATCT-TTCTATTGAACCAA-TTCAAATAATTATGA
817 GAAAATTAATAAGAAGATTTTAAAAA-TAAATATATT-TA-TCAA-AAAGTTTAAATAGTCATAA
* *
10081 TTTTT
878 CTATT
* * ** * * * *
10086 TGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGA-TATTTTTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTTTGTTC
1 TGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGACT-TTTATTTCATCATAAAACAATTATATTAGTTC
* *** * * * *
10150 ATACAAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGA-TAAATTAATAATATT-C------TAAT-A-AAAGA
65 ATACAAGCTAATTCAAAATAAAATAAT-ACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATGAGAGAGA
* * * * *
10205 TTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACTAA-TTCAAATAGATAAGAAAATTA-GAACAATTATCT
129 TTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAAC-AAGTT-AAATAGTTAAG--ACTTATAAACAATT-TCT
* * ** * * * **
10268 ATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGCTTT-TCATAAA-ATAGTATTTTCAGTTCATGCATGCTTA-
189 ATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTATCATAAACA-ATTA-TTTCAGTTCATACAAACTTAT
* * * * *
10330 TTCAAAATAACATAATACT-AATTTATTAGCATTCAAAAAATTAATAAACAACAAATTTTAAAAA
252 TTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGC-A-AAATTTAAAAAA
* * * * *
10394 ATAAATTTTTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATA
313 ATAAATATATTT-TCAAA-AACTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATC
** * * * * * *
10459 AATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTCAATTTATAAAAGCTTATCT-GAAATAAA
375 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAAATAAA
* * ** * * * *
10523 ATAATATTACTTTATTAATGCTTCAAAAATTGATATA-TTAGAGATTTAAAAAATAAA-------
440 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AGTAAAAGATTT-AAAACTAAATTGTTTT
* * * * * * ** *
10580 -TCGAACTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTACAAACTTT
503 TTTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTT
* * * * * * * * * *
10644 TTTTTTTCATAAAATAATTATTT-TTTATCATACAAGCCTATTTGGAATAAAACAATATTAGTTT
568 TGTTTATCATAAAACAATT-TTTCTAT-TCATACAAGCTTATTT-CAAAAAAATAATACTAATTT
* * * * *
10708 ATTAAAATTTCAAAAATTAATAGGAAGGAGATTT-AAAAATATATATCTATT-----TAA--ACA
630 ATTAATATTCCAAAAATTAAT--G-A-GAGATTTAAAAAATAAATATGT-TTACGAATAAGTTCA
* * * * ** * * * * * *
10765 ATTAGTT---CCTATTTA-AACAATTATCTATTTTAAATTGTTGTAACCTTTTGTTCTATCGTAA
690 AATAGTTAAGACTA-TTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAA
* * * *** * ***
10826 AATAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCCA
754 AATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGA
* * * * * * * * *
10891 AAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTGAAATAGCTTAAACAGTTA-AGAC
819 AAATTAATAA--GA-AGATTTTAAAAATAAATATATTT-ATCAAAAAGTTTAAATAGTCATA-AC
*
10955 TATA
879 TATT
* * * * * * * * * *
10959 TGAACAATTATCTATTTGAAATCATTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGGTC
1 TGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGA-CTTTTATTTCATCATAAAACAATTATATTAGTTC
* * * *
11024 ATAGAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA-AGT
65 ATACAAGCTAATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATGAG-AGAG-
* * * * * * * * * * * *
11088 TATTTAAAAAGTGAATTTGTTTATCGAATCAA-TTCAAATAATTATGATCATGTTATCAATTATC
128 -ATTTAAAAAATAAATGTATTTA-CCAAACAAGTT-AAATAGTTAAGA-CTTATAAACAATT-TC
** * ** * * * **
11152 TATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATATAACAATTGTATTTGAG--CATTCAATTTT
188 TATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTATCATA-AACAA-T-TATTTCAGTTCATACAAACTT
* * ** * *
11215 A-TTCGGAATACAATAATACT--ATTTATTAATC-TTTTAAAAATTAATAAGTAAGTGATTT-AA
250 ATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAA-CATTCCAAAAATTAATAAGCAA--AATTTAAA
* * ** * * * ** *
11275 AAATTAAATCTATTTATCGAACTAGTTCAAA-CATCAATGACTATTTGAACAATTATAAACTTCA
310 AAAATAAATATATTT-TC-AAAAACTTCAAATAAT-TATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTA
* * * * *
11339 AATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCTTCATACAAGCTTA-TTCGAAA
371 AATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAAA
** * * * *
11403 TAAAATAATACTAACATAATAATATTAT-AAAAATTAA-AAGCTAAGAGAATTAAAAAATAAATT
436 TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG-TAAAAG-ATTTAAAACTAAATT
** ** * * * * * *
11466 -TATTTACTGAATTAGTTCCAATATTTAAGACTATATGAATAGTTATCTATTTCAAATCATTATG
498 GT-TTTTTTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * ** *
11530 ACCTTTTGTTTGGTCATAAAATAAGGTTTTT-TGAATTCATA-ATACCTTACTTGGAATAAAATA
562 ATCTTTTGTTT-ATCATAAAACAA--TTTTTCT--ATTCATACA-AGCTTA-TTTCAAAAAAATA
* * * * * * * *
11593 A-AATGAATTTATAAATATTTCAAAAATAAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACC
620 ATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAAT---TAA-TGAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACG
* * * * * * * * *
11657 TATCCAA-TTTAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTCCAAATCATTATGACCTTTT-
680 AAT--AAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTG
* * * * ** * *** *
11720 TTTTGTCATAAAACAAATGCTTT-TGTTCATATAAATTTGTTTGGAATAAAATAATACTAATCTA
743 TTTTGTCATAAAATAATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * *
11784 TTAATA-TTTCAAATATTAATAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAGTAGTTCAACT
807 TTAATATTTTGAAA-ATTAATAAGAAGATTTTAAAAATAAATATATTTATCAAA-AAGTTTAAAT
** *
11847 AGTTTTGACTATT
870 AGTCATAACTATT
** * * * * * * *
11860 TGAGCAATTATTTATTTTAAATC-TTATGACTTTT-TGTTCTATTATAAAATAATTGTTTCTA-T
1 TGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGACTTTTAT-TTC-ATCATAAAACAATTATAT-TAGT
* * * *** * * * ** * *
11922 TCGTACATGCTTATTTGGACTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAGCAATTGATAAGTA-A
63 TCATACAAGCTAATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATGAG-AGA
* * * * * * * * * * * * * *
11986 AATTTAAAAAATAATTATGTTTACCGAACTAGATCAAATAATCATGATTTTTTGAATAATTATCT
127 GATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACAAG-TTAAATAGTTAAGA-CTTATAAACAATT-TCT
* ** * * * * * * * *
12051 ATTTCAAGTCATTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAAGAAATGTTTCAATTCATATAAGCTTA-T
189 ATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTATCAT-AAACAATTATTTCAGTTCATACAAACTTATT
**
12115 TCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAGTA-ATT-CAAAAATTAATAATAAAGAAATTTAAAAA
253 TC-AAATAAAATAATA-TAAATTTATTA--ACATTCCAAAAATTAATAA-GCA-AAATTTAAAAA
* * * * * * * * *
12177 GATGACTCTGTTTACTAAAAAAGTTTAAATAATTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAAT
312 AATAAATATATTT--TCAAAAACTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAT
* * * * * *
12242 CGCTATAACCTTTGGTTTTTGTCACAAAAGAATT-TTATCTATTCATACAATCTTATTTC-AAAT
374 CGTTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTT-TCTATTCATACAAGCTTATTTCGAAAT
* * * * *
12305 AATATAATTCAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAAAAATGTAAAAGATTTAAAAATAAATT-
437 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAA-GTAAAAGATTTAAAACTAAATTG
**** * * *** * * **
12367 TGTTTACCAAACAAGTTCAAATCGTTATCACTATTTGTGTAATTATTTATTTCAACTTGTTAT-A
499 T-TTTTTTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * *
12431 GCTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTT-AGATTAAAATAATA
563 TC-TTTTG-TTTATCATAAAACAATT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-A-AAAAATAATA
* * * * * * *
12495 TTAATTTATTAATATTTCGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA-AAA-ATGTTTGCCAAAT
623 CTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT--G--AGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-ACGAAT
* * * * *
12558 AAGTTAAAATAGTCATGACTATTTA-AATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTCTTTT
683 AAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTT
* * * * ** **
12622 GTAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGTTTATTTGATGTAAAATAATACTAATTTATTAAT
747 GTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
*** * **** * * * *
12687 ATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAACAAAAA-AAAGAATCCATTTACCAAATAAGTTCAAATAC
812 ATTTTGAAAATTAATAAG-AAGATTTTAAAAATAAA-TAT--ATTTATCAAA-AAGTTTAAATAG
* * *
12751 TTATGACTATA
872 TCATAACTATT
* * * ** * * * * *
12762 TGAACAATTATCTATTTTAAA-AATTATGACCTTTTGTTT--TGCTACAAAATAATTGGT-TTTG
1 TGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGA-CTTTTATTTCAT-C-ATAAAACAATT-ATATTAG
* * ** * *
12823 TTCATGCAAGCTTACTT-TTAATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT---A
62 TTCATACAAGC-TAATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTAATAATATTCCAAAAATTAATGAGA
** * * *
12883 -AG-----AAAAA-AAATGT-TTT-CTGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
125 GAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACA-AGTT-AAATAGTTAAGACT-TATAAACAATT-
* * * * * ** * *
12938 TTTATTTCGAATCA-TATGATCTTTTGTTTCATCATAAACTAATTGTTTTTGCTCA-AAAAACTT
186 TCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTATCATAAAC-AATTATTTCAGTTCATACAAACTT
* * * *
13001 A-TTCGGAATAGAAATAATACT-AATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AA
250 ATTTC-AAATA-AAATAATA-TAAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAG-CAAA-ATTTAAA
* * *** * * * * *
13063 AAAATAAATCTATTTAACGAGCGAGTTCAAATAGTTATGAATAGTTGAACAATTATTTATTTCAA
310 AAAATAAATATATTT-TC-AAAAACTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AA
* *** * *
13128 ATCATTATGTTATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTA-TTCGAAAC
372 ATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAAAT
* * * *
13192 AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAATTAGAGATTTAAAAAATAAATATG
437 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAACTAAAT-TG
*** * * * * *
13256 -TTTGCCGAATAAATTCAAATAGTCAT-ATTCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATG-
499 TTTTTTTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * ** * ** * *
13318 GCATTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTC-ATTTATACAAAATTA-TTCAGAATCAAGTAATA
563 TC-TTTTG-TTTATCATAAAACAATT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AA-AAAATAATA
* * * ** * *
13381 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGACATTTAAAAGCTAAATCTGTTTACCAA-ACTAG
623 CTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACGAATA--AG
* * * ** * * * * *
13445 TTTAAATAGTTATGACAATTTCAACAATTACCTA-CTCAAAT-AGTATGA-TCTTTGTTTTGTCA
686 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCA
* * ** * ** *
13507 TAAAAAAAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCTGAATAAAATAATGCTAAACTAATAATATT
751 T-AAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * ** ** *
13572 CTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGGTTGCCAAACCAA--TTATAATAGTT
815 TTGAAAATTAATAAG--A-AGATTTTAAAAATAAATATATTTATCAAA--AAGTTTA-AATAGTC
13635 A-AGACTATT
874 ATA-ACTATT
* * * * * * ** * * **** * * *
13644 AGAATAATTGTCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTTGTTAGAAATTTTTTTTTTTTCGGT
1 TGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGA-CTTTTATTTCATCATAAA-ACAATTATATT-AGT
** * * ** *
13709 TCATACAAGCTAATTTGAAATAAAATAA-AATAATTTTATTAGCATT-CAGAAAATTAATAAGCA
63 TCATACAAGCTAATTCAAAATAAAATAATACTAA-TTTAATAATATTCCA-AAAATTAATGAG--
* * ** * * * *
13772 AGAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
124 AGAGA-TTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACAAGTT-AAATAGTTAAGACT-TATAAACAATT
* ** * * * *
13837 ATCTATTTAAAATTGTTAT-AAACTTTTGTTTTATTATAAAACAATTATTTTAGTTTAATA-AAA
186 -TCTATTTCAAATCATTATGATA-TTTTGTTTTATCAT-AAACAATTATTTCAG-TTCATACAAA
* * * * * * * ** *
13900 CTTA-TCCAAAATAAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTT-
247 CTTATTTC-AAAT-AAAATAATATAAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAG--CAAAATTTA
* ** * * *
13963 AAAAAATAAATCAGT-TTATCGAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTT
308 AAAAAATAAAT-A-TATTTTC-AAAAACTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * *
14027 CAAATCATTATGAACTTTTTATTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGTTTATTT-
370 -AAATCGTTATG-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTC
* * * ** * *
14090 GGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATAAGTAGGAGAATTAAAAAATAAA
432 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG-ATTTAAAACTAAA
** * * * * * * * *
14155 TAT-ACTTATCGGACTAGTTTAAATAGTTATTACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCA-TA
496 T-TGTTTTTTTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * *
14218 --A----------A--AT-----AATTATTTATGTTCACACAAGCTTA-TTCGGAATAAAATAAT
560 TGATCTTTTGTTTATCATAAAACAATT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTC--AAAAAAATAAT
* * * * ** * * *
14263 TCTTATCTAATAATATTATGAAAATCAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAA
622 ACTAATTTATTAATATT-CCAAAA--ATTAA-TGAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CGAA
* ** * *
14328 TTAA-TTCAAATAGTTAAGGCTA-TATGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTT
682 -TAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTA-GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTT
* * * * * * * * *** * * * *
14391 TTGTCGTAAAACAAATATTTCTGTTCATATAAGTTTGTTTTGAATAAAATAACATTTATTTTTTA
745 TTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * *
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* *
14519 TATAACAATT
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* * * * * * * ** *
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* * * * * * *
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64 CATACAAG-CTAATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAAT
14649 AAATAATGGA
Statistics
Matches: 10152, Mismatches: 2509, Indels: 2107
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Matches are distributed among these distances:
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869 98 0.01
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Consensus pattern (882 bp):
TGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGACTTTTATTTCATCATAAAACAATTATATTAGTTCA
TACAAGCTAATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATGAGAGAGATT
TAAAAAATAAATGTATTTACCAAACAAGTTAAATAGTTAAGACTTATAAACAATTTCTATTTCAA
ATCATTATGATATTTTGTTTTATCATAAACAATTATTTCAGTTCATACAAACTTATTTCAAATAA
AATAATATAAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGCAAAATTTAAAAAAATAAATATATTTT
CAAAAACTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAATCGTTATGACCTTTTGTT
TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATT
AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAACTAAATTGTTTTTTTGAACAAGTTCAAATA
GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTATCATAAAACAAT
TTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
GAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACGAATAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTA
TCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTT
ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAAGATTTTAAAAATAA
ATATATTTATCAAAAAGTTTAAATAGTCATAACTATT
Found at i:3216 original size:284 final size:284
Alignment explanation
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2684 TTATCGAATA
* * * * * *
2694 AGTTCAAAGAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAAGAGTTATAACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATAACATTTTATTCTAT
* * * *
2759 CATAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAATAATACTACTTTATTATTATT
66 AATAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAACAATACTAATTTAGTA-TATT
* * * * *
2824 TCGAAAGTTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTGATAAATAAGTTCAAATAATTATG
130 TCGAAAATTAATAACTAAGAAATTTAAAAAATAAATCAGTTGATAAACAAGTTCAAACAATTAAG
* * ** *
2889 GCCATTTAAAAAACTATTTATTTCAAATTATTATTACTTTTG-TTTGTCATAAAACAATGTTTTT
195 ACCATATAAAAAACTATTTAACTCAAATTATTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATGTTTTT
2953 TAAAAAAATAAATGTTTTACCAACC
260 TAAAAAAATAAATGTTTTACCAACC
* * * * **
2978 AGTTC-AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAGATTGTTATAACATTTTATTCTAT
1 AGTTCAAAGAGTTATAACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATAACATTTTATTCTAT
* * *
3042 AATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAACAATACTAATTTAGTA-A-
66 AAT-AAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAACAATACTAATTTAGTATAT
* *
3104 TTCTGAAAATTAATAACTAAGAAATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTGCTGAACCAA-TTCAAACAA
129 TTC-GAAAATTAATAACTAAGAAATTTAAAAAATAAATCA-G-TTGAT-AAACAAGTTCAAACAA
* * * * *
3167 TTAAGACTATATGAACAATTATTTAACTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAA
190 TTAAGACCATATAAAAAACTATTTAACTCAAATTATTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAA
3228 AATTATTTTA
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (284 bp):
AGTTCAAAGAGTTATAACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATAACATTTTATTCTAT
AATAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAACAATACTAATTTAGTATATTT
CGAAAATTAATAACTAAGAAATTTAAAAAATAAATCAGTTGATAAACAAGTTCAAACAATTAAGA
CCATATAAAAAACTATTTAACTCAAATTATTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATGTTTTTT
AAAAAAATAAATGTTTTACCAACC
Found at i:3797 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 3460--5866 Score: 1977
Period size: 181 Copynumber: 13.4 Consensus size: 181
3450 TAATTTATTA
* * * * * * **
3460 ATATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCATTTATTTATTTCAAATTGTTATG
1 ATATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * *
3525 ACTTTTTGTTGTGTTATAAAACAATAGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATAC
66 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATAC
* * * * *
3590 CAATTTATTAATATT-TCAACAATTAATAACTAAAAAATTTAAAACATAAAT
131 TAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
3641 AT-TCTTACCGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
1 ATAT-TTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* ** * * * *
3705 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATCATTTCGGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
65 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA
* * * * * * *
3770 TTAAGTTATCAATATTCTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAAT
130 CTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * *
3822 TTGTTTAACGAACAAGTTTAAATAATTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAATCATTATA
1 ATATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * *
3887 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA
66 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA
* *
3952 CAAATTTATTAATA-T-TAAGACAATTAATAAGTAAAAGATCT----AATAAAT
130 CTAATTTATTAATATTCTAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * ** * **
4000 CTA---CCCAGACCAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTAT
1 ATATTTACC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * *
4062 GATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAA-AATA
65 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA
* * * *
4126 TTAATTTATTAATATT-TCGACAAGTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
130 CTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
4178 ATGTTTATCGAACAAGTTCAAATGGTCATGAGTATTTGAATAATTAAT-TATTTCAAATCATTGT
1 ATATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * *
4242 GACCTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTCAGTTTATATAAGCTTATTT-GATATAAAATAAT
65 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGA-ATAAAATAAT
* * * *
4306 ACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATTAAT
129 ACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * *
4359 ACTATTTA-CGAATCATGTTCAAATAGTTATGATTATCTGAACAATTATATATTTCAAA-CATTA
1 A-TATTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* *
4422 TGA-CTTTTG-TTTGTC-TAAAAC-ATTGGTTTCTG-TCATGCAAGCTTATTTTTGAATAAAATA
64 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTTAGAATAAAATA
4482 ATA-TAATTTTATTAATATTCTTAAAAAATTAATAA-TAAAA-ATTTAAAAAATAAAT
127 ATACTAA-TTTATTAATATTC-T-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * ** *
4537 ATATTTTCCTGAACACGTTCAAATAGTTATGGCTATTTCAACAATTATCTAATTTCAAATTGTGA
1 ATATTTACC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCAT-T
* * ** * * * *
4602 ACGACC-TTAGTTTTGTCATAAGCCAATTGTTTC-ATTCATAAAAGCTTACTCAGAAATAAAATA
63 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATA
* * *
4665 ATACTAAATCTATTAAAATTTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAAT
127 ATACT-AATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * ** *
4721 TTGTTTACTGGAACGAAGTTTTCGAATAGTTTATGACCATTCAAAC-ATTATTTATTTCAAATCA
1 ATATTTAC-CGAAC-AAG--TTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* ** * * * * ** *
4785 TTTTGATATTTAGTTTTGTCATAAAA-ATTTTTTTTCTATTCATACAATTTTATTTAAAATAAAA
61 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAA
***
4849 TAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAT
125 TAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
** * * * ** *
4905 ATGCTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGAATTATTATCTATTTCAAATCTTTATG
1 ATATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* ** * ** * *
4970 ACATTTTGTTTTGTCATAAAATGATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATAT
66 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATAC
* * *
5035 TAGTTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG---AA-ATTTAAGAATTAAAT
131 TAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
5082 CTGTTTATCGAACCAA-TTCAAATACTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTATTAT
1 ATATTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * * *
5146 GA--TATTTGTTTTGTAATAAAACAAATGCTTCTGTTCATACAAACTTA-TTATGAGTAAAATAT
65 GACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTA-GAATAAAATAA
* * * * * *
5208 TGCTAAATTAATAATATTCCAAAAATTAATAAG----AGCTTTGAAAAATAAAT
128 TACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * ** * * *
5258 GTGTTAATTGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCT
1 ATATTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * *
5322 TACCTTTTGTTTAT-TCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAT
65 GACCTTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAAT
** * * * * *
5386 TGTAATTTATTAATATTCGAAAAATTGATGAGCAAGAGATTTAAATAAAATAAAT
129 ACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AA-AAAATAAAT
* * * * **
5441 CTATTTATCAAACAAGTTCAAATAAATT-TGGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTTGTT
1 ATATTTACCGAACAAGTTCAAAT-AGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATT
* * * *
5504 ATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT-TTCATAAAAACTTA-TTCGAAATAAAAT
63 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TGTTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAAT
* * * *
5567 AATACTACTTTA-TAATATT-TCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAACTAAAGT
126 AATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-T
* * * * * *
5622 -TATTTTCTGAACTAGTTCAAATAGTTATGAGTATTTGAACAAATATC-ATTCTCAAATCTTTAT
1 ATATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT-TCAAATCATTAT
* * * *
5685 GA-TTTTTGTTTTCTCATAAAACAGTTG-TTCTGATCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAATA
65 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA
* * *
5747 TTAATTTAATAATATTCTAAAAA-T--T-AGTGAAAGATTTAAAAAATAAAT
130 CTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * ** * * *
5795 GTATTTGCCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACCATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTA
1 ATATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
5860 ACCTTTT
66 ACCTTTT
5867 ATTAATATTT
Statistics
Matches: 1790, Mismatches: 343, Indels: 192
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
173 10 0.01
174 92 0.05
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177 181 0.10
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
ATATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATAC
TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
Found at i:6695 original size:181 final size:182
Alignment explanation
Indices: 5864--12816 Score: 2966
Period size: 181 Copynumber: 38.8 Consensus size: 182
5854 ATTCTAACCT
* * * *
5864 TTTATTAATATTT-AGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAAGTAAAAT-TGTTTACCAAACC
1 TTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-T-AAATCTGTTTATCGAACA
** * ** * * *
5927 CTTTCAAATAGTT-TTGACTATTTGAATAATTATCTATTCCAATTCATTCTAACCTTTTATTTTG
63 AGTTCAAATAGTTATT-ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTG
* * * * * ** * * *
5991 TCATCAAACAATTGGTTC-TATTCATACTA--TTAGTCAAAATTAATAAATAATAATAA
127 TTATAAAACAATTGTTTCATAGTCTTAAAAGCTTATTCAAAA-T-A-AAATGATACTAA
* ** * * ** * * *** * * * *
6047 TTTAAT-ATATTTTGACACTTAATAACCAAGACAATTAAAAAATAAATCAAATT-GCTAAACCAT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAG
** * * ** * * * * *
6110 TTCAAATAG-TAAGATTATATGAATGATTACCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCA
65 TTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTTA
** * * * * *
6174 TAAAACAATTGTTTTTTA-TCATACAAGCTTAATCGAAATAAAATAATACTAA
130 TAAAACAATTGTTTCATAGTCTTAAAAGCTTATTCAAAATAAAATGATACTAA
* * * * **
6226 CTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAATATAAATATGTTTACCGAATTAGT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGT
* * * ** * * * *
6291 TCAAATAATTATGACTATTTGAGCAATTATC-ATTCCAAATCGTTA-AGATC-TTTGTTCTGTCA
66 TCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATA-ACCTTTTGTTTTGTTA
* ** * * ** *
6353 TAAAACAATTATTTTTTTA-TCAT-AAAGCTTATT-TAGTTAAAAATAATACTAA
130 TAAAACAATT-GTTTCATAGTCTTAAAAGCTTATTCAAAAT-AAAATGATACTAA
* * * *
6405 TTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCGAACCAGT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGT
** * * * ** * * *
6470 TCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATATATTTTTAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTTAG
66 TCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTTAT
* * * * ** * *
6535 AAAATATTTGTTTCATA-TCTTACAATCTTATTTGAAATAAAATGATCCAAA
131 AAAACAATTGTTTCATAGTCTTAAAAGCTTATTCAAAATAAAATGATACTAA
** * * *
6586 TTTATTAACCTTTGAAAAATTAATAAGAAAAAG-TTTAAAAAAGTAAATCTGTTTATCGAACAAG
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-TAAATCTGTTTATCGAACAAG
* * * *
6650 TTCAAATAGTTATTACTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGATA
65 TTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTTA
* * *
6715 TAAAACAATTATTT--TAGTTTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAA-GAATACTAA
130 TAAAACAATTGTTTCATAGTCT-TAAAAGCTTATTCAAAATAAAATG-ATACTAA
* * * * * * *
6767 TTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAATAGTTTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAACAAA
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTATCGAACAAG
* * * * *
6831 TTCAAATAGTTA-TGCTTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTCGTTTTGTC
65 TTCAAATAGTTATTAC-TATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTT
* * *
6895 ATAAAACAATTGTTTCA-ATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
129 ATAAAACAATTGTTTCATAGTCTTAAAAGCTTATTCAAAATAAAATGATACTAA
* * * *
6948 TTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGCGATTTAAAAAGTAAATCGGTTTA-CGAA-ATTA
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACA--A
* * ** * * * *
7011 GTTCAAATAATTGTGGCCATTTCAACAATTATCTATTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTTGGTT
64 GTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTT
* ** * * **
7076 ATATAACAATTGTTTTTTA-T-TATACAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAGAAA
129 ATAAAACAATTGTTTCATAGTCT-TA-AAAGCTTATTCAAAATAAAATGATACTAA
* * * * **
7130 TTTATTAATCTCTC-AAAA-T--TAAG-AAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCGAACTCGT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGT
* * * * * * * * * * *
7190 TTAAATAG-T-TGACTACTTGAATAAATGTATACTTCAAAT-AGTTATAACCTTTTGTTCTGTCA
66 TCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCA-TTATAACCTTTTGTTTTGTTA
* * *
7252 TAAAACAATTATTTC-TA-T-TTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAA
130 TAAAACAATTGTTTCATAGTCTTA-A-AAGCTTATTCAAAATAAAATGATACTAA
* ** * * * * * * * *
7304 TATAAAAATATTCCAAAAATTAATAACTGAGAGATTTAGAAAATAAATTTGTTT-GCTAAACTAG
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAG
** * * ** * *
7368 TTCAAATAGTTAAGACTATATAAACCTTTATCTATTTCAAATC---AT----TTTTGTTTTGTCA
65 TTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTTA
* * ** * ** * *
7426 TAAAACAATTTTTTCA-ATTCACACTAA-CTTATTTGAAATAAAAT-AAAATGAA
130 TAAAACAATTGTTTCATAGTCTTA-AAAGCTTATTCAAAATAAAATGATACT-AA
* * * * * * * * * * *
7478 TTTATTCATA-CTAAAAAATTAATATGCAAGAGATTTAAAAAGTAATTCTATTTACCTAACCAGT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGT
* * * * * * * * * *
7542 TTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTTTTTCAAAT-AGCTATGACCTTTTGTTCTATCA
66 TCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCA-TTATAACCTTTTGTTTTGTTA
* * * ** * ** *
7606 TAAAACAAATGTTT--TTGTTCATGTAAGTTTGCTCGAAATAAAA-GAATACTAA
130 TAAAACAATTGTTTCATAG-TCTTAAAAGCTTATTCAAAATAAAATG-ATACTAA
* * *
7658 TCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---G-GATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACTAGT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGT
* * * * * ** * * * *
7719 TCAAATAGTTATGATTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTATTAT
66 TCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTTAT
* * * * *** * * *
7784 AAAACAATAGTTT--TTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACCAA
131 AAAACAATTGTTTCATAG-TCTTAAAAGCTTATTCAAAATAAAATGATACTAA
* * * * * *
7835 TTTATTAATATTTC-ACAATTAATAAGTAAAAAATTTCAAAAAATAAATATGCTTA-CTGAACTA
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAA
* * * * * * * ** * *
7898 GATCAAGTAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGGCGTTTTGTTTTGTC
64 GTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTT
* ** * * ** *
7963 ATAAAAAAATCATTTCGAT--TCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
129 ATAAAACAATTGTTTC-ATAGTCTTAAAAGCTTATTCAAAATAAAATGATACTAA
** * * * * * *
8016 GCTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTA-AGAAAAAA
1 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAG
* * * * *** * *
8079 TTAAAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTCTTTTGTC
65 TT-CAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTT
* * * * * * *
8144 ATAAAATGATTTTTTTC-TA-TCCATACAAA-CTTATTTC-GAATAAAATAATACAAA
129 ATAAAA-CAATTGTTTCATAGT-CTTA-AAAGCTTA-TTCAAAATAAAATGATACTAA
* * * * *
8198 TTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAA
1 TTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAA
* * * ** * * ** * *
8261 GTTCAAATCGTTATGATTATTTGTGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTTTTGTTG
64 GTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACC-TTTTGTT-TTG
* * * * * *** * *
8326 TTATAAGACAATAGTTT--TTGTTCATATAAGCTTATT-TGGATGAAAATAATACCAA
127 TTATAAAACAATTGTTTCATAG-TCTTAAAAGCTTATTCAAAAT-AAAATGATACTAA
* * * * * * * *
8381 TTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGCTTACCGAACTAGA
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGT
* * * ** ** * * *
8446 TCAAATAGTCATGACTATTTG-ACTAATTATCTATTTCAAATGGTTACGACATTTTCTTTTGTCA
66 TCAAATAGTTATTACTATTTGAAC-AATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTTA
* * * * * * *
8510 TAAAAAAATTATTTCA-ATTCATACAAGCTTACTT-GAAATAAAATAATACTAA
130 TAAAACAATTGTTTCATAGTCTTAAAAGCTTA-TTCAAAATAAAATGATACTAA
* * * * * *
8562 GTTATTAATATTAT-GAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAAATGAATCTGTTTGTCAAACAAG
1 TTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAG
* * * *
8626 TTTAAATAATT-TTGACTACTTTG-ACAATTATCTATTTGAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGT
65 TTCAAATAGTTATT-ACTA-TTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
* ** * * * *** * *
8689 CATAAAATGATTTTTTC-T-GTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAA
128 TATAAAACAATTGTTTCATAG-TCTTAAAAGCTTATTCAAAATAAAATGATACTAA
* * * * **
8743 TTTATTAATA-TT-AAGCCAATTAATAAGTAAAAGTTTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAACAA
1 TTTATTAATATTTCAA--AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAA
** * * * * * * * * *
8806 -TATCAAATCTTTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATTAGTATGACTTTTTGTTTTAT
64 GT-TCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * * *
8870 CATAAAATAATTGTTTC-TA-TCATACATGTTTATTTCGATTAACAAAAT-AT--TAA
128 TATAAAACAATTGTTTCATAGTCTTAAAAGCTTA-TTC-A-AAATAAAATGATACTAA
** * * * * *
8923 TTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGT-AGAATATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAACAAG
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAG
* * * * * * * * *
8987 TTCAACTAGTCATAATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAA
65 TTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTTA
* * * * ** *
9052 TATAACAATTATTT--TAGCTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
130 TAAAACAATTGTTTCATAG-TCTTAAAAGCTTATTCAAAATAAAATGATACTAA
* * * * ** * * *
9104 TTTTTTAAT-TTTCCAAAAATTAATGAGAAAGAGAATTAAAAAAGGAATCT-TGTTACCTAACAT
1 TTTATTAATATTT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT-TTATCGAACAA
* * * ** * * *
9167 GTTTAAATAGTTATGACTATCTGAATTATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTA
64 GTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTT
* * * ** *
9232 ATAAAACAATTGTTT--TAGTTCATATAACCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
129 ATAAAACAATTGTTTCATAG-TCTTAAAAGCTTATTCAAAATAAAATGATACTAA
* * * * * * * *
9285 TTTATTAATA-TTCTAGAAGTTAATGAGAAAGAGAATTAAAAAATAAATCT-TGTTACCAAACAT
1 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT-TTATCGAACAA
* * * *
9348 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAAAT-ATTATGACATTTTGTTTTCT
64 GTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTA-TTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
* * * * * ** * * * **
9412 CATAAAACATTTGGTTC-TATTCATGCAAGCATATTTC-TAATAAAATAATAAAAA
128 TATAAAACAATTGTTTCATAGTCTTAAAAGCTTA-TTCAAAATAAAATGATACTAA
* * * * **
9466 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTT-AAAAATAAATATATTT-TCTAAACATT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAG
* * * * ** * * *
9528 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAGTTATCTATTTAAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCA
65 TTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTTA
* * * ** * *
9593 TAAACCAATTGTTT--TTGTTCATAAAAGCTTATTTGAAATGAAATAATACTAA
130 TAAAACAATTGTTTCATAG-TCTTAAAAGCTTATTCAAAATAAAATGATACTAA
* * * * * * * *
9645 CTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCGAGCAAGT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGT
* * * * * *
9710 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCAT
66 TCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTTAT
* * * * * *
9775 AAAACAATTGTTTC-TATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
131 AAAACAATTGTTTCATAGTCTTAAAAGCTTATTCAAAATAAAATGATACTAA
* * * * * *
9826 TTTATTAATATTT-TAAAATTAATAAGTTGAA-A-ATTTTAAAAATAAATTTGTTCACCAAACAA
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-T-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAA
* * ** * * ** * **
9888 GCTT-AAATAGTCATGT-CCATTTGAACTGTTATCTATATCAAATTGTTATTATATTTTGTTTTG
64 G-TTCAAATAGTTAT-TACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTG
* * * * * * *
9951 TCATAAAATAATTGTTTC-TATTCATACAAA-ATTATTCAAAATAAAATAATACCAA
127 TTATAAAACAATTGTTTCATAGTCTTA-AAAGCTTATTCAAAATAAAATGATACTAA
* * *
10006 TTTACTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAACTAAATCT-TTCTATTGAACCAA
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT-TATCGAA-CAA
* * * * * * * * ** *
10066 -TTCAAATAATTATGATTTTTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATATTTT-TTTTGTC
64 GTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTT
* * * * *** *
10129 ATAAAGCAATTGTTT--TTGTTCATACAAGCTTATTTGGAGTAAAAT-ATTGA-TAA
129 ATAAAACAATTGTTTCATAG-TCTTAAAAGCTTATTCAAAATAAAATGA-T-ACTAA
* * * ** *
10182 ATTAATAATA-TTC------TAAT-A--AA-AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACTAA-
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAAC-AAG
* ** ** * * * * * * *
10235 TTCAAATAGATAAGAAAATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGCTTT-TCA
65 TTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTTA
* * * ** * * *
10299 TAAAATAGTAT-TTTC--AGTTCATGCATGCTTATTCAAAATAACATAATACTAA
130 TAAAACAAT-TGTTTCATAG-TCTTAAAAGCTTATTCAAAATAAAATGATACTAA
** ** * * * * * *
10351 TTTATTAGCA-TTCAAAAAATTAATAAACAACAAATTTTAAAAAATAAATTTTTTTATCAAATAA
1 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAA
* * * * * *
10415 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCTTTTGTTTTATC
64 GTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTT
* * * * * *
10480 ATAAAACAATTTTTTCA-A-TTTATAAAAGCTTA-TCTGAAATAAAATAATATTAC
129 ATAAAACAATTGTTTCATAGTCT-TAAAAGCTTATTC-AAAATAAAATGATACTAA
** * * *
10533 TTTATTAATGCTTCAAAAATTGATATA-TTAGAGATTTAAAAAAT-AA-------ATCGAACTAG
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAG
* ** * * * * *
10589 TTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTACAAACTTTT-TTTT-TTC
65 TTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTT-
* * ** * * * *** ** * *
10652 ATAAAATAATTATTTTTTA-TCATACAAGCCTATTTGGAATAAAACAATATTAG
129 ATAAAACAATTGTTTCATAGTCTTAAAAGCTTATTCAAAATAAAATGATACTAA
* * * *
10705 TTTATTAAAATTTCAAAAATTAAT-AGGAAGGAGATTTAAAAATATATATCTATTTA---AACAA
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAA-ATAAATCTGTTTATCGAACAA
* * * ** * * * *
10766 --T----TAG---TTCCTATTTAAACAATTATCTATTTTAAATTGTTGTAACCTTTTGTTCTATC
64 GTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTT
* * * * * * *** *
10822 GTAAAATAATTATTTCA-ATTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA
129 ATAAAACAATTGTTTCATAGTCTTAAAAGCTTATTCAAAATAAAATGATACTAA
* * * * * *
10875 TTTAATAATATTCCCAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-GCTGAA-ATA
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACA-A
* ** * * * * *
10938 GCTT-AAACAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTGAAATCATTATGACCATTTGTTTTAT
64 G-TTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
* * * *
11002 CATAAAACAATTGTTT--TAGGTCATAGAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
128 TATAAAACAATTGTTTCATA-GTCTTAAAAGCTTATTCAAAATAAAATGATACTAA
* ** * * *
11056 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGTTATTTAAAAAGTGAATTTGTTTATCGAATCAA-
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAAG
* * * * ** *
11120 TTCAAATAATTATGA-TCATGTT-ATCAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGT
65 TTCAAATAGTTATTACT-AT-TTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
* * * ** ** * *
11183 CATATAACAATTGTATT--TGAG-CATT-CAATTTTATTCGGAATACAATAATACT-A
128 TATAAAACAATTGT-TTCAT-AGTC-TTAAAAGCTTATTCAAAATAAAATGATACTAA
* * * * * *
11236 TTTATTAATCTTTTAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAATTAAATCTATTTATCGAACTAGT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGT
* * * ** * * ** *
11301 TCAAACA-TCAATGACTATTTGAACAATTATAAACTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA
66 TCAAATAGT-TATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTTA
* * ** * * * *
11365 TAAAACAATTATTT-TTCTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
130 TAAAACAATTGTTTCATAGTCTTAAAAGCTTATTCAAAATAAAATGATACTAA
** * * * * **
11417 CATAATAATATTAT-AAAAATTAA-AAGCTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTATTTA-CTGAATT
1 TTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACA
* * ** * * * * * *
11479 AGTTCCAATATTTAAGACTATATGAATAGTTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGGT
63 AGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * * * ** * *
11544 CATAAAATAAGGTTTTTTGA-ATTCATAATACCTTACTT-GGAATAAAAT-AAAATGAA
128 TATAAAACAA--TTGTTTCATAGTCTTAAAAGCTTA-TTCAAAATAAAATGATACT-AA
* * * * * * *
11600 TTTATAAATATTTCAAAAATAAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTATCCAA-
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGA-ACAAG
* * * * ** * *
11664 TTTAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTCCAAATCATTATGACCTTTT-TTTTGTCA
65 TTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTTA
* * * * *** *
11728 TAAAACAAATGCTTT--T-GTTCATATAAA-TTTGTTTGGAATAAAATAATACTAA
130 TAAAACAATTG-TTTCATAG-TCTTA-AAAGCTTATTCAAAATAAAATGATACTAA
* * * * **
11780 TCTATTAATATTTC--AAA-TATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAGTAGT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGT
* * * * * * * *
11841 TCAACTAGTT-TTGACTATTTGAGCAATTATTTATTTTAAATC-TTATGACTTTTTGTTCTATTA
66 TCAAATAGTTATT-ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTTA
* * * * * *** * *
11904 TAAAATAATTGTTTC-TATTCGTACATGCTTATTTGGACTAAAATAATACTAA
130 TAAAACAATTGTTTCATAGTCTTAAAAGCTTATTCAAAATAAAATGATACTAA
** * * * * * *
11956 TTTATTAATATTTCAGCAATTGATAAGTAA-A-ATTTAAAAAATAATTATGTTTACCGAACTAGA
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGT
* * * * * * * * * * *
12019 TCAAATAATCATGATTTTTTGAATAATTATCTATTTCAAGTCATTATGACCTTTTTTTTTGTCAT
66 TCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTTAT
* * * * * *
12084 AAAAGAAATGTTTCA-ATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
131 AAAACAATTGTTTCATAGTCTTAAAAGCTTATTCAAAATAAAATGATACTAA
* * * * * * *
12135 TTTATTAGTAATTCAAAAATTAATAA-TAAAGAAATTTAAAAAGATGACTCTGTTTA-CTAAAAA
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAA-ATAAATCTGTTTATC-GAACA
* * * * * ** *
12198 AGTTTAAATAATTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGCTATAACCTTTGGTTTTTG
63 AGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTG-TTTTG
* * * * * * * * * * *
12263 TCACAAAAGAATT-TTATC-TATTCATACAATCTTATTTC-AAATAATATAATTCAAA
127 TTATAAAACAATTGTT-TCATAGTCTTAAAAGCTTA-TTCAAAATAAAATGATACTAA
* * * * *
12318 TTTATTAATA-TT-AAGACAATTAAAAATGTAAAAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTACCAAACA
1 TTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAA-GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACA
* * *** * * * ** * * *
12380 AGTTCAAATCGTTATCACTATTTGTGTAATTATTTATTTCAACTTGTTATAGCTTTTTGTTTTAT
63 AGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * * * * *
12445 CATAAAACAATTGTTTC-TATTCATACAAGTTTATTTAGATTAAAATAATATTAA
128 TATAAAACAATTGTTTCATAGTCTTAAAAGCTTATTCAAAATAAAATGATACTAA
* * * * ** * *
12499 TTTATTAATATTTCGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA-AAA-ATGTTTGCCAAATAAGT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGT
* * * * * * * * * * *
12562 TAAAATAGTCATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTCTTTTGTAAT
66 TCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTTAT
* * * ** ** *
12627 AAAACAATTGTTTC--AGTTCATATAAGTTTATTTGATGTAAAATAATACTAA
131 AAAACAATTGTTTCATAG-TCTTAAAAGCTTATTCAAAATAAAATGATACTAA
* * ** * ** * * *
12678 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGA-ACAAAAAAAAGAATCCATTTACCAAATAAG
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-AATCTGTTTATCGAACAAG
* * * * *
12742 TTCAAATACTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTTAAAA--ATTATGACCTTTTGTTTTGCT
65 TTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTA-TTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTT
* *
12805 ACAAAATAATTG
129 ATAAAACAATTG
12817 GTTTTGTTCA
Statistics
Matches: 5298, Mismatches: 1179, Indels: 589
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 163 0.03
170 86 0.02
171 7 0.00
172 77 0.01
173 134 0.03
174 90 0.02
175 82 0.02
176 191 0.04
177 226 0.04
178 112 0.02
179 551 0.10
180 765 0.14
181 1960 0.37
182 481 0.09
183 338 0.06
184 30 0.01
185 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (182 bp):
TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGT
TCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTTAT
AAAACAATTGTTTCATAGTCTTAAAAGCTTATTCAAAATAAAATGATACTAA
Found at i:6809 original size:362 final size:358
Alignment explanation
Indices: 5864--14216 Score: 3033
Period size: 362 Copynumber: 23.3 Consensus size: 358
5854 ATTCTAACCT
* *
5864 TTTATTAATATTT-AGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAAGTAAAAT-TGTTTACCAAACC
1 TTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAGT-AAATCTGTTTACGAAA--
** * * * * ** * * * *
5927 CTTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTCCAATTCATTCTAACCTTTTATTTTGT
62 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * *
5992 CATCAAACAATTGGTTCTATTCATAC-TA--TTAGTCAAAATTAATAAATAATAATAATTTAAT-
127 -ATAAAACAATT-ATT-TTTTTATACAAAGCTTA-TCAAAA-T-A-AAATAATACTAATTTATTA
** * * * * * * ** * * * *
6053 ATATTTTGACACTTAATAACCAAGACAATTAAAAAATAAATCAAATTGCTAAACCATTTCAAATA
185 ATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCAAACAAATTCAAATA
** ** * * * *
6118 G-TAAGA-TTA-TATGAATGATTACCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAA
250 GTTAA-ACTTATTA-GAACAATTATATATTTAAAATCATTATAACCTTTCG-TTTAGTCAGAAAA
** *
6179 CAATTGTTTTTTATCATACAAGCTTAATCGAAATAAAATAATACTAA
312 CAATTGTTTCATATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * *
6226 CTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAATA-TAAATATGTTTACCGAATTAG
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAGTAAATCTGTTTA-CGAA-AAG
* * ** * * * *
6290 TTCAAATAATTATGACTATTTGAGCAATTA-TCATTCCAAATCGTTAAGATC-TTTGTTCTGTCA
64 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT-A
* ** ** *
6353 TAAAACAATTATTTTTTTATCATAAAGCTTATTTAGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTT
128 TAAAACAATTATTTTTTTAT-ACAAAGCTTATCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* ** * * *
6418 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGT-GTTTGTCGAACCAGTTCAAATAGTTAA
191 CAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTT-A
* ** * * * * *
6482 AAC-TATTAGAATAATTATATATTTTTAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTTAGAAAATATTTGT
254 AACTTATTAGAACAATTATATATTTAAAATCATTATAACCTTTCGTTTAGTCAGAAAACAATTGT
* * * * * *
6546 TTCATATCTTACAATCTTATTTGAAATAAAATGATCCAAA
319 TTCATATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
** * * *
6586 TTTATTAACCTTTGAAAAATTAATAAGAAAAAG-TTTAAAAAAGTAAATCTGTTTATCGAACAAG
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAGTAAATCTGTTTA-CGAA-AAG
* * *
6650 TTCAAATAGTTATTACTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGATA
64 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-TA
* *
6715 TAAAACAATTATTTTAGTTTATA-AAAGCTTATCCAAAATAAAAGAATACTAATTTCTTAATATT
128 TAAAACAATTATTTT--TTTATACAAAGCTTAT-CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * *
6779 TCAAAAATTAATAAGCAATAGTTTTAAAAAATAAATTAGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTAT
190 TCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTAA
* * * * * * *
6844 GCTTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
255 ACTTATTAGAACAATTATATATTTAAAATCATTATAACCTTTCGTTTAGTCAGAAAACAATTGTT
* *
6909 TCA-ATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
320 TCATA-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * *
6948 TTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGCGATTT-AAAAAGTAAATCGGTTTACGAAATTAG
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAGTAAATCTGTTTACGAAA--AG
* * * * * * * *
7012 TTCAAATAATTGTGGCCATTTCAACAATTATCTATTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTTGGTTA
64 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-TA
* * * ** * *
7077 TATAACAATTGTTTTTTATTATACAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAGAAATTTATTAATCTC
128 TAAAACAATT-ATTTTT-TTATACAAAGCTTA-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * *** *
7142 TC-AAAA-T--TAAG-AAGAGATTTAAAAAATAAATTTA-TTTATCGAACTCGTTTAAATAGTT-
190 TCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAA-TTAGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTA
* * * * * * * *
7200 GAC-TACTT-GAATAAATGTATACTTCAAAT-AGTTATAACCTTTTGTTCT-GTCATAAAACAAT
254 AACTTA-TTAGAACAATTATATATTTAAAATCA-TTATAACCTTTCGTT-TAGTCAGAAAACAAT
* * * *
7261 TATTTC-TATTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAA
316 TGTTTCATA-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* ** * * * * * * *
7304 TATAAAAATATTCCAAAAATTAATAACTGAGAGATTTAGAAAA-TAAATTTGTTTGCTAAACTAG
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAGTAAATCTGTTTACGAAA--AG
* * * * ** * *
7368 TTCAAATAGTTAAGACTATATAAACCTTTATCTATTTCAAATC---AT----TTTTGTTTTGTCA
64 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT-A
* * * ** * *
7426 TAAAACAATT-TTTTCAATTCACACTAA-CTTATTTGAAATAAAATAA-AATGAATTTATTCATA
128 TAAAACAATTATTTT---TTTATACAAAGCTTA-TCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA
* * * * * * * * * *
7488 -CTAAAAAATTAATATGCAAGAGATTTAAAAAGTAATTCTA-TTTACCTAACCAGTTTAAATAAT
188 TTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAACAAATTCAAATAGT
* * * * * * * * *
7551 TATGAC-TATTTGAACAATTATCTTTTTCAAAT-AGCTATGACCTTTTGTTCTA-TCATAAAACA
252 TA-AACTTATTAGAACAATTATATATTTAAAATCA-TTATAACCTTTCGTT-TAGTCAGAAAACA
* * * ** * ** *
7613 AATGTTT-TTGTTCATGTAAGTTTGCTCGAAATAAAAGAATACTAA
314 ATTGTTTCAT-ATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
*
7658 TCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---G-GATTTAAAAAA-TAAATCTGTTTATC-AAACTA
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAGTAAATCTGTTTA-CGAAA--A
* * * * ** *
7717 GTTCAAATAGTTATGATTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTAT-
63 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTT-T-TG
*** * *
7781 TATAAAACAA-TAGTTTTTGTTCATAC-AAGCTTATTTGGATTAAAATAATACCAATTTATTAAT
126 TATAAAACAATTA-TTTTT-TT-ATACAAAGCTTA-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * ** * *
7844 ATTTC-ACAATTAATAAGTAAAAAATTTCAAAAAATAAA-TATGCTTACTGAACTAGA-TCAAGT
187 ATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAATTA-GTTTACCAAAC-AAATTCAAAT
* * * * * * * ** * * * * *
7906 AGTCATGAC-TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGGCGTTTTGTTTTGTCATAAAAA
249 AGTTA-AACTTATTAGAACAATTATATATTTAAAATCATTATAACCTTTCGTTTAGTCAGAAAAC
** * *
7970 AATCATTTCGAT-TCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
313 AATTGTTTC-ATATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
** * * * * *
8016 GCTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAA-TGAATCTATTTAAGAAAAAA
1 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAGTAAATCTGTTTACG-AAAAG
* * * *** * *
8079 TTAAAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTCTTTTGTC
64 TT-CAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT-
** * *
8144 ATAAAATGATT-TTTTTCTATCCATACAAA-CTTATTTC-GAATAAAATAATACAAATTTATTAA
127 ATAAAACAATTATTTTT-T-T--ATACAAAGCTTA--TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * *
8206 TA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAAT
186 TATTTCAA-A-AATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCAAACAAATTCAAAT
* * * ** * * ** * ** * * * *
8269 CGTTATGA-TTATTTGTGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTTTTGTTGTTATAAG
249 AGTTA-AACTTATTAGAACAATTATATATTTAAAATCATTATAACC-TTTCGTT-TAGTCAGAAA
* * * * * * *
8333 ACAATAGTTT-TTGTTCATATAAGCTTATTTG-GATGAAAATAATACCAA
311 ACAATTGTTTCAT-ATCATACAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAA
* * * * * *
8381 TTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAA-TAAATATGCTTACCGAACTAG
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAGTAAATCTGTTTA-CGAA-AAG
* * * * * ** * * *
8445 ATCAAATAGTCATGACTATTTG-ACTAATTATCTATTTCAAATGGTTACGACATTTTCTTTTGTC
64 TTCAAATAATTATGACTATTTGAAC-AATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT-
* * * ** *
8509 ATAAAAAAATTATTTCAATTCATAC-AAGCTTACTTGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATAT
127 ATAAAACAATTATTT--TTTTATACAAAGCTTA-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * ** * * *
8573 TAT-GAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAAATGAATCT-GTTTGTCAAACAAGTTTAAATAAT
189 T-TCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAACAAATTCAAAT-AG
** * * * * * * * **
8636 TTTGAC-TACTTTG-ACAATTATCTATTTGAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGA
251 TTAAACTTA-TTAGAACAATTATATATTTAAAATCATTATAACCTTTCGTTTAGTCAGAAAACAA
* * * *
8699 TTTTTTC-TGTTCATACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATACAAA
315 TTGTTTCAT-ATCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * * **
8743 TTTATTAATA-TT-AAGCCAATTAATAAGTAAAAGTTTTAAAAAA-TAAATCTATTTATTAAACA
1 TTTATTAATATTTCAA--AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAGTAAATCTGTTTACGAAA-A
* ** * * * * * *
8805 ATATCAAATCTTTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATTAGTATGACTTTTTGTTTTAT
63 GT-TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * * * *
8870 CATAAAATAATTGTTTCTATCATAC-ATGTTTATTTC-GATTAACAA-AATATTAATTTATTAAT
127 -ATAAAACAATTATTT-TTTTATACAAAGCTTA--TCAAAATAA-AATAATACTAATTTATTAAT
** * * * **** * *
8932 ATTTTGACAATTAATAAG-TAGAATATTTAAAAAATAAA-TATGTTTTTTGAACAAGTTCAACTA
187 ATTTCAAAAATTAATAAGCAAG-AGATTTAAAAAATAAATTA-GTTTACCAAACAAATTCAAATA
* * * * * * * * * * * *
8995 GTCATAA-TTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATATAACA
250 GTTA-AACTTATTAGAACAATTATATATTTAAAATCATTATAACCTTTCGTTTAGTCAGAAAACA
* * ** * *
9059 ATTATTTTAGCTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
314 ATTGTTTCATATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
9104 TTTTTTAAT-TTTCCAAAAATTAATGAGAAAGAGAATTAAAAAAG-GAATCT-TGTTACCTAACA
1 TTTATTAATATTT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAGTAAATCTGT-TTA-CGAA-A
* * * * ** * *
9166 TGTTTAAATAGTTATGACTATCTGAATTATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
62 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * **
9231 AATAAAACAATTGTTTTAGTTCATA-TAACCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
127 -ATAAAACAATTATTTT--TTTATACAAAGCTTA-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * **
9295 -TTCTAGAAGTTAATGAGAAAGAGAATTAAAAAATAAATCTTG-TTACCAAACATGTTCAAATAG
188 TTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAACAAATTCAAATAG
* * * * * * ** *
9358 TTATGAC-TATTTGAACAATTATCTATTTTAAAAT-ATTATGACATTTTGTTTTCTCATAAAACA
251 TTA-AACTTATTAGAACAATTATATA-TTTAAAATCATTATAACCTTTCGTTTAGTCAGAAAACA
* * * * * **
9421 TTTGGTTC-TATTCATGCAAGCATATTTC-TAATAAAATAATAAAAA
314 ATTGTTTCATA-TCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
9466 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTT-AAAAA-TAAATATATTTTCTAAACATT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAGTAAATCTGTTTACGAAA-A-G
* * * * * ** *
9528 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAGTTATCTATTTAAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCA
64 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT-A
* * ** * * *
9593 TAAACCAATTGTTTTTGTTCATA-AAAGCTTATTTGAAATGAAATAATACTAACTTATTAAAATT
128 TAAAACAATTATTTTT-TT-ATACAAAGCTTA-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * ** * * *
9657 CCAAAAATTAATAA-CTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCGAGCAAGTTCAAATAGTTA
190 TCAAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTA
* * * * * * * * *
9721 TGAC-TATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
254 -AACTTATTAGAACAATTATATATTTAAAATCATTATAACCTTTCGTTTAGTCAGAAAACAATTG
*
9785 TTTC-TATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
318 TTTCATA-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * * *
9826 TTTATTAATATTT-TAAAATTAATAAGTTGAA-A-ATTTTAAAAA-TAAATTTGTTCACCAAACA
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-T-AAGAGATTTAAAAAAGTAAATCTGTTTA-CGAA-A
* * * * ** * * * ** * **
9887 AGCTT-AAATAGTCATGTCCATTTGAACTGTTATCTATATCAAATTGTTATTATATTTTGTTTTG
62 AG-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * *
9951 TCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAA-ATTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTACTAAT
126 T-ATAAAACAATTATTT-T-TTTATACAAAGCTTA-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* *** *
10015 ATTTCAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAACTAAATCT--TTCTATTGAACCAATTCAAATA
187 ATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTT-TACCAAACAAATTCAAATA
* * * * * * * * * ** * * * *
10074 ATTATGA-TTTTTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATATTT-TTTTTGTCATAAAGCA
250 GTTA-AACTTATTAGAACAATTATATATTTAAAATCATTATAACCTTTCGTTTAGTCAGAAAACA
* * * * * *
10137 ATTGTTT-TTGTTCATACAAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGA-TAA
314 ATTGTTTCAT-ATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT-ACTAA
* * * * * *
10182 ATTAATAATA-TTC------TAAT-A--AA-AGATTTAAAAAA-TAAATGTGTTTGCCAAACTAA
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAGTAAATCTGTTTACGAAA--AG
* ** * * * * * *
10235 TTCAAATAGA-TAAGAAAATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGCTTTT-C
64 TTCAAATA-ATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTG-TTTTGT
* * * * * * **
10298 ATAAAA-TAGTATTTTCAGTTCATGC-ATGCTTATTCAAAATAACATAATACTAATTTATTAGCA
127 ATAAAACAATTATTTT---TTTATACAAAGCTTA-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * ** * * *
10361 -TTCAAAAAATTAATAAACAACAAATTTTAAAAAATAAATTTTTTTATCAAATAAGTTCAAATAG
188 TTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGA-TTTAAAAAATAAATTAGTTTACCAAACAAATTCAAATAG
* * * * * * * *
10425 TTATGAC-TATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACA
251 TTA-AACTTATTAGAACAATTATATATTTAAAATCATTATAACCTTTCG-TTTAGTCAGAAAACA
* * * * *
10488 ATTTTTTCA-ATTTATAAAAGCTTA-TCTGAAATAAAATAATATTAC
314 ATTGTTTCATA-TCATACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAA
** * * **
10533 TTTATTAATGCTTCAAAAATTGATATA-TTAGAGATTTAAAAAA-TAAATC-G---A--ACTAGT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AGTAAGAGATTTAAAAAAGTAAATCTGTTTACGAAAAGT
* * * * ** * *
10590 TCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTACAAACTTTT-TTTTTTCAT
65 TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT-AT
* * *** * * * *
10654 AAAATAATTATTTTTTATCATAC-AAGCCTATTTGGAATAAAACAATATTAGTTTATTAAAATTT
129 AAAACAATTATTTTTT-T-ATACAAAGCTTA-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* *
10718 CAAAAATTAAT-AGGAAGGAGATTTAAAAATATATATCTA-TTT---AAAC-AA-T----TAGTT
191 CAAAAATTAATAAGCAA-GAGATTTAAAAA-ATAAAT-TAGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTT
* * * ** * * *
10772 ---CCTATTTA-AACAATTATCTATTTTAAATTGTTGTAACCTTTTGTTCTA-TC-GTAAAATAA
253 AAACTTA-TTAGAACAATTATATATTTAAAATCATTATAACCTTTCGTT-TAGTCAG-AAAACAA
* * * *
10831 TTATTTCA-ATTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA
315 TTGTTTCATA-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
10875 TTTAATAATATTCCCAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAA-TAAATATGTTTGCTGAAATAG
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAGTAAATCTGTTTAC-GAAA-AG
* * * * * * * *
10939 CTT-AAACAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTGAAATCATTATGACCATTTGTTTTATC
64 -TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT-
* * * *
11003 ATAAAACAATTGTTTTAGGTCATA-GAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
127 ATAAAACAATTATTTT--TTTATACAAAGCTTA-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * ** * * * * * *
11067 TCCAAAAATTAATAAGTAAGTTATTTAAAAAGTGAATTTGTTTATCGAATC-AATTCAAATAATT
189 TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTA-CCAAACAAATTCAAATAGTT
* * * * * * ** * * * * *
11131 ATGA-TCATGT-TATCAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATATAACAAT
253 A-AACTTAT-TAGAACAATTATATATTTAAAATCATTATAACCTTTCGTTTAGTCAGAAAACAAT
* * ** * *
11194 TGTATT--TGAGCATTCAATTTTATTCGGAATACAATAATACT-A
316 TGT-TTCAT-ATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
11236 TTTATTAATCTTTTAAAAATTAATAAGTAAGTGATTT-AAAAATTAAATCTATTTATCGAACTAG
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAGTAAATCTGTTTA-CGAA-AAG
* * ** * * ** *
11300 TTCAAA-CATCAATGACTATTTGAACAATTATAAACTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTC
64 TTCAAATAAT-TATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT-
* ** *
11364 ATAAAACAATTATTTTTCTTCATAC-AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAACATAATAATAT
127 ATAAAACAATTATTTTT-TT-ATACAAAGCTTA-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* ** ** * * *
11428 TAT-AAAAATTAA-AAGCTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTA-TTTACTGAATTAGTTCCAATAT
189 T-TCAAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTAAAAAATAAA-TTAGTTTACCAAACAAATTCAAATAG
* * * * * * * * *
11490 TTAAGAC-TA-TATGAATAGTTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGGTCATAAAATA
251 TTAA-ACTTATTA-GAACAATTATATATTTAAAATCATTATAACCTTTCGTTTAGTCAGAAAACA
* * * * *
11553 AGGTTTTTTGA-ATTCATA-ATACCTTACTT-GGAATAAAATAA-AATGAA
314 A--TTGTTTCATA-TCATACA-AGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AA
* * * * * *
11600 TTTATAAATATTTCAAAAATAAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-TAATTCTATTTACCTATCCAA
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAGTAAATCTGTTTA-CGA--AAA
* * * **
11664 -TTTAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTCCAAATCATTATGACCTTTT-TTTTGTC
63 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT-
** * * * * *** *
11727 ATAAAACAAATGCTTTTGTTCATATAAA-TTTGTTTGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATAT
127 ATAAAAC-AATTATTTT-TTTATACAAAGCTT-ATCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * ** * *
11791 TTCAAATATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATCAAAGTAGTTCAACTAGTT
189 TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAACAAATTCAAATAG-T
** * * * * * * * * * *
11851 TTGAC-TATTTGAGCAATTATTTATTTTAAATC-TTATGACTTTTTGTTCTA-TTATAAAATAAT
252 TAAACTTATTAGAACAATTATATATTTAAAATCATTATAACCTTTCGTT-TAGTCAGAAAACAAT
* * * * *
11913 TGTTTC-TATTCGTACATGCTTATTTGGACTAAAATAATACTAA
316 TGTTTCATA-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
** * * * *
11956 TTTATTAATATTTCAGCAATTGATAAGTAA-A-ATTTAAAAAA-TAATTATGTTTACCGAACTAG
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAGTAAATCTGTTTA-CGAA-AAG
* * * * * * * * *
12018 ATCAAATAATCATGATTTTTTGAATAATTATCTATTTCAAGTCATTATGACCTTTTTTTTTGTCA
64 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT-A
* * * * * * * *
12083 TAAAAGAAATGTTTCAATTCATA-TAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGTAAT
128 TAAAACAATTATTT--TTTTATACAAAGCTTA-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
** * * * * * *
12147 TCAAAAATTAATAATAAAGAAATTTAAAAAGATGACTCT-GTTTACTAAA-AAAGTTTAAATAAT
190 TCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAA-ATAAAT-TAGTTTACCAAACAAA-TTCAAATAGT
* * * ** * * * *
12210 TATGACTGT-TT-GAACAATTATCTATTTGAAATCGCTATAACCTTTGGTTTTTGTCACAAAAGA
252 TA-AACT-TATTAGAACAATTATATATTTAAAATCATTATAACCTTTCG-TTTAGTCAGAAAACA
* * * *
12273 ATT-TTATC-TATTCATACAATCTTATTTC-AAATAATATAATTCAAA
314 ATTGTT-TCATA-TCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * *
12318 TTTATTAATA-TT-AAGACAATTAAAAATGTAAAAGATTT-AAAAA-TAAATTTGTTTACCAAAC
1 TTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAA-GTAAGAGATTTAAAAAAGTAAATCTGTTTA-CGAA-
** * *** * * ** *
12379 AAGTTCAAATCGTTATCACTATTTGTGTAATTATTTATTTCAACTTGTTAT-AGCTTTTTGTTTT
61 AAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTT
* * * * * * * *
12443 ATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-AAGTTTATTTAGATTAAAATAATATTAATTTATTAA
125 GT-ATAAAACAATTATTT-T-TTTATACAAAGCTTA-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * * * *
12507 TATTTCGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA-AAAAT-GTTTGCCAAATAAGTTAAAATAG
186 TATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCAAACAAATTCAAATAG
* * * * * * * * * *
12570 TCATGAC-TATTTA-AATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTC-TTTTGTAATAAAAC
251 TTA-AACTTA-TTAGAACAATTATATATTTAAAATCATTATAAC-CTTTCGTTTAGTCAGAAAAC
* * * **
12632 AATTGTTTCAGT-TCATATAAGTTTATTTGATGTAAAATAATACTAA
313 AATTGTTTCA-TATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * ** * ** *
12678 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGA-ACAAAAAA-AAGAATCCATTTACCAAATAA
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAGTA-AATCTGTTTA-CGAA-AA
* * *
12741 GTTCAAATACTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTTAAAA--ATTATGACCTTTTGTTTTGC
63 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTA-TTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-
* * * * * *** *
12804 TACAAAATAATTGGTTTTGTTCATGC-AAGCTTACTTTTAATAAAATAAT-TTAAATTTATTAAT
126 TATAAAACAATT-ATTTT-TTTATACAAAGCTTA-TCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT
* * ** *
12867 ATTCCAAAAATTAAT-----A-AG-----AAAAA-AAA-T-GTTTTCTGAACACATTCAAATAGT
187 ATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCAAACAAATTCAAATAGT
* * * ** * * * *
12918 TATGAC-TATTTGAACAATTATTTATTTCGAATCA-TATGATCTTTTGTTTCA-TCA-TAAACTA
252 TA-AACTTATTAGAACAATTATATATTTAAAATCATTATAACCTTTCGTTT-AGTCAGAAAAC-A
* * * * *
12979 ATTGTTT-TTGCTCA-AAAAACTTATTCGGAATAGAAATAATACTAA
314 ATTGTTTCAT-ATCATACAAGCTTATTCGAAATA-AAATAATACTAA
* * * **
13024 TTTATTAA-AATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA-TAAATCTATTTAACGAGCGA
1 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAGTAAATCTGTTT-ACGA-AAA
* * * * ***
13087 GTTCAAATAGTTATGAATAGTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGTTATTTTGTTTTGTC
63 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT-
* * * * *
13152 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-AAGTTTATTCGAAACAAAATAATACTAATTTATTAATA-
127 ATAAAACAATTATTT-T-TTTATACAAAGCTTA-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
*** * * *
13215 TTCTAAAAATTAATAAATTAGAGATTTAAAAAATAAA-TATGTTTGCCGAATAAATTCAAATAGT
189 TTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTA-GTTTACCAAACAAATTCAAATAGT
* * * * * * ** * * * *
13279 CATA-TTCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGGCATTTTGTTTTGT-TGTAAAACAA
252 TAAACTT-ATTAGAACAATTATATATTTAAAATCATTATAACCTTTCGTTTAGTCAG-AAAACAA
* ** * *
13342 TTGTTTCAT-TTATACAAAATTATTC-AGAATCAAGTAATACTAA
315 TTGTTTCATATCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAA
* *
13385 TTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGACATTT--AAAAGCTAAATCTGTTTACCAAACTA
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAG-TAAATCTGTTTACGAAA--A
* * * * ** * * * *
13444 GTTTAAATAGTTATGACAATTTCAACAATTACCTA-CTCAAAT-AGTATGATC-TTTGTTTTGTC
63 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT-
* * * ** * ** *
13506 ATAAAAAAAATTGTTTCTGTTCATAC-AAGCTTATTCTGAATAAAATAATGCTAAACTAATAATA
127 AT-AAAACAATTATTT-T-TTTATACAAAGCTTA-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * *
13570 -TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGT-GGTTGCCAAACCAATT-ATAATA
188 TTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAACAAATTCA-AATA
* * * * * * * * * *
13632 GTTAAGAC-TATTAGAATAATTGTCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTTGTTAGAAATTT
250 GTTAA-ACTTATTAGAACAATTATATATTTAAAATCATTATAACCTTTCGTTTAGTCAGAAA--A
*** * * * * *
13696 TTTTTTTTTCGGT-TCATACAAGCTAATTTGAAATAAAATAA-AATAA
312 CAATTGTTTC-ATATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
** * * *
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1 -TTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAAGTAAATCTGTTTAC-GAA-
* * ** * *
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* * *
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* * *** * * * ** *
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185 ATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCAAACAAATTCAAATA
* ** * * * * * ** * * *
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* * * * *
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* * * * ** **
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* * * * * *
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Statistics
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CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
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* * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* ** ** * *
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* * * * * * *
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* **
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* * * * **
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* * * * * *
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* * * * ** *
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* * * * * * * * * *
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* * * * ** *
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* * * * * * * * * *
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*** *
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*
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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** * * * ** *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* *
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* * * *
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* * * *
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** * *
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* * * **
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* * *
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* * * * ** *
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* ** * * * * *
8947 AAGTAGAATATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAACAAGTTCAACTAGTCATAATTATTTGAAT
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* * * * **
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512 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * ** * * *
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* * * ** * *
9168 TTTAAATAGTTATGACTATCTGAATTATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAA
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* * * *
9233 TAAAACAATTGTTT-TAGTTCATATAACCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
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* * * * * *
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* * * * * * *
9360 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAAATATTATGACATTTTGTTTTCTCATAAAACATTTG
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* * * * **
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* * * * *
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* * * * * * ** *
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*
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* * *
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** * * *
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** * * * * *
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* * * * * * * ** * * *
11428 TATAAAAATTAA-AAGCTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTATTTACTGAATTAGTTCCAATATTT
193 T-CAACAATTAATAAG--AAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TCAAACAATTCAAATAGTT
* * * * * * * ** *
11492 AAGACTATATGAATAGTTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGGTCATAAAATAAGGT
254 ATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTAGTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA--T
* ** * * * * *
11557 TTTTTGAATTCATA-ATACCTTACTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATAAATATTTCAAAAAT
317 TGTTTCTA-TCATACA-AGCTTATTTCGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * * * * * * * * *
11620 AAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCT-ATCCAATTTAAATAATTATGATTATT
379 TAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * ** *
11684 TGAACAATTATCTATTCCAAATCATTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAAATGCTTTT-GTT
442 TGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTATTTTAATT
** * *
11747 CATATAAATTTGTTTGGAATAAAATAATACTAA
506 CATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * * **
11780 TCTATTAATATTTC--AAA-TATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAGTAGT
1 TTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGT
* * * * * * * * * * *
11841 TCAACTAGTTTTGACTATTTGAGCAATTATTTATTTTAAATC-TTATGACTTTTTGTTCTATTAT
65 TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * *
11905 AAAATAATTGTTTCTATTCGTACATGCTTATTT-GGACTAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
130 AAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT
* * * * * * * * *
11969 CAGCAATTGATAAGTAAA-ATTTAAAAAATAATTATGTTTACCGAACTAGA-TCAAATAATCATG
194 CAACAATTAATAAGAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAAC-A-ATTCAAATAGTTATG
* * * * * * * * * * *
12032 ATTTTTTGAATAATTATCTATTTCAAGTCATTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAAGAAATGTTT
257 ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTAGTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT
* * * * *
12097 CAATTCATATAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGTAATTCAAAAATTAATAA
322 CTA-TCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * ** * * * *
12161 -TAAAGAAATTTAAAAAGATGACTCTGTTTACTAAAAAAGTTTAAATAATTATGACTGTTTGAAC
385 GT-AA-AAATTTAAAAA-ATAAATATGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * * * * *
12225 AATTATCTATTTGAAATCGCTATAACCTTTGGTTTTTGTCACAAAAGAATT-TTATCT-ATTCAT
447 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTATT-T-TAATTCAT
* * * * * *
12288 ACAATCTTATTTCAAATAATATAATTCAAA
509 ATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * * *
12318 TTTATTAATATT-AAGACAATTAAAAATGTAAAAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTACCAAACAA
1 TTTATTAATATTCAA-A-AATTAATAA-GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAA
** * *** * * ** * * *
12381 GTTCAAATCGTTATCACTATTTGTGTAATTATTTATTTCAACTTGTTATAGCTTTTTGTTTTATC
63 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTC
* * * * **
12446 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTAG-ATTAAAATAATATTAATTTATTAATAT
128 ATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-
* * ** * * *
12510 TTCGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA-AAA-ATGTTTGCCAAATAAGTTAAAATAGTCA
192 TTCAACAATTAATAAG-AAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAA-TTCAAATAGTTA
* * * * * * * *
12573 TGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTCTTTTGTAATAAAACAATTGT
255 TGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTAGTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGT
* * * *
12638 TTC-AGTTCATATAAGTTTATTT-GATGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAA
320 TTCTA--TCATACAAGCTTATTTCGA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * *** * * * *
12701 TGAGTAAGAGAA--CAAAAAAAAGAATCCATTTAC-CAAATAAGTTCAAATACTTATGACTATAT
382 TAAGTAA-A-AATTTAAAAAATA-AATATGTTTACTGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * ** * * * *
12763 GAACAATTATCTATTTTAAA-AATTATGACCTTTTGTTTTG-CTACAAAATAATTGGTTTT-GTT
443 GAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATT-ATTTTAATT
** * *
12825 CATGCAAGCTTACTTT-TAATAAAATAAT-TTAAA
506 CATATAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACT-AA
*
12858 TTTATTAATATTCCAAAAA-T--TAA-T-A-AG-----AAAAA-AAA--TGTTT-TCTGAACACA
1 TTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACA-A
* * * * * **
12908 -TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCGAATCA-TATGATCTTTTGTTTCATC
63 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTC
** * * * *
12971 AT-AAACTAATTGTTTT-TGCTCA-AAAAACTTA-TTCGGAATAGAAATAATACTAATTTATTAA
128 ATAAAAC-AATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAAATA-AAATAATACAAATTTATTAA
* * * * * * *
13032 AATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAACGAGCGAGTTCAAATAG
190 TATTC-AACAATTAATAAG-AAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAAC-AATTCAAATAG
* * * * *** *
13097 TTATGAATAGTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGTTATTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
252 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTAGTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAT
* *
13162 TGTTTCTATTCATACAAGTTTA-TTCGAAACAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAAT
317 TGTTTCTA-TCATACAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAAT
* * * * * * * *
13225 TAATAAATTAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCGAA-TAAATTCAAATAGTCAT-ATTCAT
379 TAAT-AAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACT-AT
* * * ** * *
13288 TTGAACT-ATTATCTATTTCAAATCATTATGGCATTTTGTTTTGTTGTAAAACAATT-GTTTCAT
441 TTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAAT
* * ** * * *
13351 TTATACAAAATTA-TTCAGAATCAAGTAATACTAA
505 TCATATAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAA
* ** * *
13385 TTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGACATTTAAAAGCTAAATCTGTTTACCAAACTAGT
1 TTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGT
* * * * * * * * *
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* * * * * *
13508 AAAAAAAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCTG-AATAAAATAATGCTAAA-CTAATAATA
130 -AAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-GAAATAAAATAATAC-AAATTTATTAATA
* * * * **
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192 TTC-AACAATTAATAAG-AAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAA-CAATTCA-AATAGT
* * * * * * * * * * * ****
13634 TAAGACTATTAGAATAATTGTCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTTGTTAGAAATTTTTT
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* * * **
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* * *
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* * * * * * *
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* * * *** * *
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* * ** * * **
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1 TTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGT
* * * * *
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* * **
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* * ** * * ** ** * *
14118 TTTCAAAAACTAATAAGTAGGAGAATTAAAAAATAAATATACTTATCGGACTAGTTTAAATAGTT
192 -TTCAACAATTAATAAG-AAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAAC-AATTCAAATAGTT
* * * * **
14183 ATTACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCA-TA--A-----------A--AT--AATTATT-
254 ATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTAGTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG
* * * * * * * * *
14229 TATGT-TCACACAAGCTTA-TTCGGAATAAAATAATTCTTATCTAATAATATTAT-GAAAATCAA
319 TTTCTATCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAA
* * * * * * * *
14291 TAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TCGAATTAATTCAAATAGTTAAGGCTATATGA
382 TAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * * *
14355 ATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAAATATTTCT-GTTCAT
445 ATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TAATTCAT
* * * * *
14419 ATAAGTTTGTTTTG-AATAAAATAACATTTA
509 ATAAGCTT-ATTTGAAATAAAATAATACTAA
* ** * *
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1 TTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAAC-AAG
* * * * * *
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* * * * * * *
14574 TAAAACAATTATTTCTATTGATA-TAGTCTTA-TTCAAAATAAAGT-ATACTAATTTATTGATAT
129 TAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAG-CTTATTTCGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATAT
* * *
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AAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCA
ACAATTAATAAGAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAATTCAAATAGTTATGACTA
TTTGAACAATTATTTATTTCAAATTAGTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAT
CATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA
ATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA
TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAATTCATATAAGCTTATTT
GAAATAAAATAATACTAA
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9531 AAATAGTTATGACTATTT-
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*
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* * * * *
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*
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* * * * * * * * *
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** * * * * *
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* *
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* * ** * * *
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* **
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66 AGGTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
* * * * * * *
11084 AAGTTATTTAAAAAGTGAATTTGTTTATCGAATCAATTCAAATAATTATGA
131 AAGTGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAAT-AGTTCAAA-CATAATGA
* * *
11135 -TCATGTT-ATCAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATATAACAATTGTA
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* ** * * **
11198 TTT-GAG-CATTCAATTTTATTCGGAATACAATAATACT-ATTTATTAATCTTTTAAAAATTAAT
63 TTTAG-GTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
* * *
11260 AAGTAAGTGATTTAAAAATTAAATCTATTTATCGAACTAGTTCAAACATCAATGA
127 AAGTAAGTGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAA-TAGTTCAAACAT-AATGA
** * *
11315 CTATTTGAACAATTATAAACTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT
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*** * ** * **
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* * * * **
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130 TAAGTGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-GAA-TAGTT-CAA-ACATAATGA
* * * ** * * *
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** * * * * *
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* * * * ** * * * *
11622 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTA-CCTATCCAATTTAAATAATTATGA
125 ATAAGTAAGTGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAAT--AGTTCAAA-CATAATGA
* * ** * *
11679 TTATTTGAACAATTATCTATTCCAAATCATTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAAATGCTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTT
* * ** * * * * *
11743 T-GTTCATATAAATTTGTTTGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAATATTAATAAG
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* * * **
11807 --A--GATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAGTAGTTC-AACTAGTTTTGA
130 TAAGTGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAA-TAGTTCAAAC-A-TAATGA
* * * * * * * * * *
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* * * * * * ** *
11919 TA-TTCGTACATGCTTATTTGGACTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAGCAATTGATAAG
65 TAGGTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* * * * * *
11983 TAA--AATTTAAAAAATAATTATGTTTACCGAACTAGATCAAATAATCATGA
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* * * * ** * * * * *
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** * ** *
12098 AATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGTAATT-CAAAAATTAATAA-
66 AGGTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCCAAAAATTAATAAG
** * * * ** * * * *
12161 TAAAGAAATTTAAAAAGATGACTCTGTTTACTAAAAAAGTTTAAATAATTATGA
130 T-AAGTGATTTAAAAA-ATAAATATGTTTA-TCGAATAGTTCAAA-CATAATGA
* * * * * * *
12215 CTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGCTATAACCTTTGGTTTTTGTCACAAAAGAATT-TTA
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTT-
* * * * * *
12279 TCTA-TTCATACAATCTTATTTC-AAATAATATAATTCAAATTTATTAATATT--AAGACAATTA
64 T-TAGGTCATACAAGCTTA-TTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA-A-AATTA
* ** * * * * * * *
12340 AAAATGTAAAAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATCGTTATCA
125 ATAA-GTAAGTGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAA-TAGTTCAAA-CATAATGA
*** * * * * *
12397 CTATTTGTGTAATTATTTATTTCAACTTGTTATAGCTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-
* * ** * * * * *
12462 TA-TTCATACAAGTTTATTTAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCGACAATTAATAAG
65 TAGGTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
** ** * * * *
12526 TAAAAGATTTAAAAAA-AAA-ATGTTTGCCAAATAAGTTAAAATAGTCATGA
130 TAAGTGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAAT-AGTTCAAACA-TAATGA
* * * ** * * * * *
12576 CTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTCTTTTGTAATAAAACAATTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * * * * *
12641 AGTTCATATAAGTTTATT-TGATGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAG
66 AGGTCATACAAGCTTATTCGGA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* ** * *** * * * *
12705 TAAGAGA-ACAAAAAAAAGAATCCATTTACCAAATAAGTTCAAATACTTATGA
130 TAAGTGATTTAAAAAATA-AATATGTTTATCGAAT-AGTTCAAACA-TAATGA
* * ** * * *
12757 CTATATGAACAATTATCTATTTTAAA-AATTATGACCTTTTGTTTTG-CTACAAAATAATTGGTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATT-GTT
* * ** *
12820 TT-GTTCATGCAAGCTTACTT-TTAATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
64 TTAGGTCATACAAGCTTA-TTCGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
* * * * * * ** *
12882 AAGAAAAAAAATGTTTTCTGAACACATTCAAATA-G-TTAT-GACTA-TTTGAAC--AATTA
127 AAG----TAAGTG-ATT-T-AA-AAAAT-AAATATGTTTATCGAATAGTTCAAACATAATGA
* * ** * * * * *
12938 TTTATTTCGAATCATATGATCT-TTT--GTTTCATCATAAACTAATTGTTTTTGCTCAAAAAACT
1 -CTATTT-GAA-CA-ATTATCTATTTCAAATT-GTTATAACCT-TTTG-TTTTG-TCATAAAAC-
* *** ** * * * ** *
13000 TATTCGGAATA-GAAATA-ATA-CTAATT--TATTAAAAT--T-CTAA-AAATTAATAAGT--AA
57 AATT-GTTTTAGGTCATACA-AGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCCAA
*** ** * * * *
13054 AAGATTTAA-AA--AA-T-A---AATCTATTTA-ACG---AGCG---AGTTCAAATAGTTATGA
119 AA-A-TTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAATAGTTCAAACA-TAATGA
* * * ** ****
13103 ATAGTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGTTATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-
* * * * * *
13168 TA-TTCATACAAGTTTATTCGAAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAA
65 TAGGTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* * ** * * *
13232 TTAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCGAATAAATTCAAATAGTCAT-A
130 TAAGTGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAAT-AGTTCAAACA-TAATGA
* * ** ** * **
13283 TTCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGGCATTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTT
1 CT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * ** * * * *
13348 CA-TTTATACAAAATTATTCAGAATCAAGTAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
65 TAGGTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* ** * * * * * *
13412 --A--CATTTAAAAGCTAAATCTGTTTACCAAACTAGTTTAAATAGTTATGA
130 TAAGTGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAA-TAGTTCAAACA-TAATGA
* * * * * * * *
13460 CAATTTCAACAATTACCTA-CTCAAATAG-TATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAAAAAATTGTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTT
* * * ** * *
13522 CT-GTTCATACAAGCTTATTCTGAATAAAATAATGCTAAACTAATAATATTCTAAAAATTAATAA
65 -TAGGTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
* * * ** * * * *
13586 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGGTTGCCAAACCAATT-ATAATAGTTAA-GA
129 GTAAGTGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAA-TAGTTCA-AACA--TAATGA
* * * ** * * * * **** *
13639 CTATTAGAATAATTGTCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTTGTTAGAAATTTTTTTTTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA-ACAATTGTTT
* * * * * **
13704 TCGGTTCATACAAGCTAATTTGAAATAAAATAA-AATAATTTTATTAGCATT-CAGAAAATTAAT
65 TAGG-TCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTCCA-AAAATTAAT
* ** * * * *
13767 AAGCAAGAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTGAATAAGTTCAAATAGTTATGA
127 AAGTAAGTGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTATC-GAAT-AGTTCAAACA-TAATGA
* * * * *
13823 CTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAAACTTTTGTTTTATTATAAAACAATTATTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * * * ** * * * * *
13888 AGTTTAATA-AAACTTATCCAAAATAAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAA
66 AG-GTCATACAAGCTTATTCGGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
** * * * *
13952 GTTGGAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTATCGAATTAGTTCAAATAATTATGG
129 GTAAGTGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTATCGAA-TAGTTCAAA-CATAATGA
* ** * * *
14005 CCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTTATTTTGTTATAAAACAATTGTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
*** * * * * *
14070 TTCATCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATAAG
65 TAGGTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* * * ** * * * * *
14135 TAGGAGAATTAAAAAATAAATATACTTATCGGACTAGTTTAAATAGTTATTA
130 TAAGTGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-GAATAGTTCAAACA-TAATGA
* *
14187 CTATTTGAATAATTATATATTTCAAAT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
14214 CATAAAATAA
Statistics
Matches: 2470, Mismatches: 610, Indels: 359
0.72 0.18 0.10
Matches are distributed among these distances:
158 1 0.00
159 9 0.00
160 13 0.01
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168 1 0.00
170 1 0.00
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189 5 0.00
190 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
AGGTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
AAGTGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAATAGTTCAAACATAATGA
Found at i:13165 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 12908--14216 Score: 1057
Period size: 182 Copynumber: 7.2 Consensus size: 181
12898 TCTGAACACA
* * ** ** *
12908 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCGAATCA-TATGATCTTTTGTTTCATCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAATTTTGTTTTGTTA
* * * *
12972 T-AAACTAATTGTTTTTGCTCA-AAAAACTTATTCGGAATAGAAATAATACTAATTTATTAAAAT
66 TAAAAC-AATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGAATA-AAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * *
13035 TCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAACGAGCGAG
129 TCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACTAG
* * * ** *
13088 TTCAAATAGTTATGAATAGTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGTTATTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAATTTTGTTTTGTTA
* * * * *
13153 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
66 TAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * * * * *
13218 TAAAAATTAATAAATTAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCGAA-TAAA
131 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACT-AG
* * * **
13269 TTCAAATAGTCAT-ATTCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGGCATTTTGTTTTGTT
1 TTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAATTTTGTTTTGTT
* * ** * * *
13333 GTAAAACAATTGTTTCAT-TT-ATACAAAATTATTCAGAATCAAGTAATACTAATTTATTAATAT
65 ATAAAACAATTGTTT-TTGTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* ** * *
13396 T-TCAAAAA-T--TAA-TAAGACATTTAAAAGCTAAATCTGTTTACCAAACTAG
129 TCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACTAG
* * * * * * *
13445 TTTAAATAGTTATGACAATTTCAACAATTACCTA-CTCAAAT-AGTATG--ATCTTTGTTTTGTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAAT-TTTGTTTTGTT
* * * * ** *
13506 ATAAAAAAAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCTGAATAAAATAATGCTAAACTAATAATAT
65 AT-AAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* ** * * * *
13571 TCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGGTTGCCAAACCAA
129 TCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACTAG
* * * * * **
13624 TT-ATAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTGTCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTTGTT
1 TTCA-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAATTTTGTTTTGTT
* **** * * * * * **
13688 AGAAATTTTTTTTTTTTCGGTTCATACAAGCTAATTTGAAATAAAATAA-AATAATTTTATTAGC
65 ATAAAACAATTGTTTTT--GTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAA-TTTATTAAT
* * *
13752 ATTC-AGAAAATTAATAAGCAAGAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-TAAG
127 ATTCTA-AAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACT-AG
* ** *
13808 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTAT-AAACTTTTGTTTTATT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAA-TTTTGTTTTGTT
* * * * * ** * *
13872 ATAAAACAATTATTTTAGTTTAATA-AAACTTATCCAAAATAAAAATAATATTACTTTATTAATA
65 ATAAAACAATTGTTTTTG-TTCATACAAGCTTATTCGGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA
* * ** * *
13936 TT-TCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATC-AGTTTATCGAATTAG
128 TTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCGAACTAG
* * * * *
13990 TTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTTATTTTGTT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-ATTTTGTTTTGTT
** * * *
14055 ATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
65 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * *
14120 -TCAAAAACTAATAAGTAGGAGAATTAAAAAATAAATATACTTATCGGACTAG
130 CT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACTAG
* * * *
14172 TTTAAATAGTTATTACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCAT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
14217 AAAATAATTA
Statistics
Matches: 893, Mismatches: 194, Indels: 82
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
172 2 0.00
173 12 0.01
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178 4 0.00
179 56 0.06
180 91 0.10
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185 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAATTTTGTTTTGTTA
TAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACTAG
Found at i:13996 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 10386--14216 Score: 857
Period size: 181 Copynumber: 21.4 Consensus size: 181
10376 AACAACAAAT
** * *
10386 TTTAAAAAATAAATTTTTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
1 TTTAAAAAATAAA-TCATTTATCGAATTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * *
10451 TTAAAATAAATAT-GACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA-T-TTTTTCAATTTATA-AAAGCTTA
65 TTCAAATCATTATAAACTTTTTATTTTATTATAAAACAATTATTTTTC-A-TAATACAAA-CTTA
** * ** * * * *
10512 TCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATGCTTCAAAAATTGATATATTA-GAGA
127 TCCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAAGA-AGTAGGAGA
* * * * *
10567 TTTAAAAAAT--A--A---ATCGAACTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATATATT
1 TTTAAAAAATAAATCATTTATCGAATTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * * ***
10625 TCAAATCATTACAAACTTTTT-TTTT-TCATAAAATAATTATTTTTTATCATACAAGCCTATTTG
66 TCAAATCATTATAAACTTTTTATTTTATTATAAAACAATTATTTTTCATAATACAAACTTATCCA
* * * * * * * *
10688 GAATAAAACAATATTAGTTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAGGAAGGAGA
131 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAAGAAGTAGGAGA
* * ** * * *
10739 TTT-AAAAAT--AT-A--TATCTATTTA-AACAATTAG-T-T-CCTATTTAAACAATTATCTATT
1 TTTAAAAAATAAATCATTTATCGAATTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* ** * * * * ** * *
10794 TTAAATTGTTGT-AACCTTTTGTTCTATCGTAAAATAATTATTTCAATTCAT-AT--AAGCTTAT
66 TCAAATCATTATAAACTTTTTATTTTATTATAAAACAATTATTT---TTCATAATACAAACTTAT
**** * * * * * * * *
10855 TTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCCAAAATTAATAACTAAGAGA
128 CCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAAGAAGTAGGAGA
* * * *
10909 TTTAAAAAATAAAT-ATGTT-TGCTGAAATAGCTT-AAACAGTTAAGACTATATGAACAATTATC
1 TTTAAAAAATAAATCAT-TTAT-C-GAATTAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * ** * * * *** * * *
10971 TATTTGAAATCATTAT-GACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGGTCATAGAAGCTTA
62 TATTTCAAATCATTATAAACTTTTTATTTTATTATAAAACAATTATTTTTCATAATACAAACTTA
* * * * * * **
11035 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGTTA
127 TCCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAAGAAGTAGGAGA
* * ** * * * *
11090 TTTAAAAAGTGAATTTGTTTATCGAATCAATTCAAATAATTATGA-TCATGTT-ATCAATTATCT
1 TTTAAAAAAT-AAATCATTTATCGAATTAGTTCAAATAGTTATGACT-AT-TTGAACAATTATCT
** * * * * * * * * * ** * **
11153 ATTTCAAATTGTTAT-TACCTTTTGTTTTGTCATATAACAATTGTATTTGAGCATTCAATTTTAT
63 ATTTCAAATCATTATAAACTTTTTATTTTATTATAAAACAATTATTTTTCATAATACAAACTTAT
* ** * * * * * * * *
11217 TCGGAATACAATAATACT-ATTTATTAATCTTTTAAAAATTAATAAGTAAGTGA
128 CCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAAGAAGTAGGAGA
* * * * **
11270 TTTAAAAATTAAATCTATTTATCGAACTAGTTCAAACA-TCAATGACTATTTGAACAATTATAAA
1 TTTAAAAAATAAATC-ATTTATCGAATTAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATCTA
* ** * * * * * * * *
11334 CTTCAAATTGTTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCTTCATACAAGCTTATT
64 TTTCAAATCATTATAAACTTTTTATTTTATTATAAAACAATTATTTTTCATAATACAAACTTATC
* * ** * * *
11398 CGAAATAAAATAATACTAACATAATAATATTAT-AAAAATTAA-AAGCTAAGAGA
129 CAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TCAAAAACTAAGAAG-TAGGAGA
* * * * * * * *
11451 ATTAAAAAATAAATTTATTTA-CTGAATTAGTTCCAATATTTAAGACTATATGAATAGTTATCTA
1 TTTAAAAAATAAA-TCATTTATC-GAATTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * ** * * *
11515 TTTCAAATCATTAT-GACCTTTTGTTTGGTCATAAAATAAGGTTTTTTGAATTCATAATAC---C
64 TTTCAAATCATTATAAACTTTTTATTTTATTATAAAACAA--TTATTT---TTCATAATACAAAC
*** * * * * *
11576 TTA-CTTGGAATAAAATAAAATGAATTTATAAATATTTCAAAAA-TAAATAAGTAAGAGA
124 TTATC-CAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAACT-AAGAAGTAGGAGA
* ** * * * * *
11634 TTTAAAAAATAATTCTATTTA-CCTATCCAATTTAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTA
1 TTTAAAAAATAAATC-ATTTATCGAAT-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * ** ** * * * * *
11698 TTCCAAATCATTAT-GACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAAATGCTTTTGTTCATATAAATTTGTT
64 TTTCAAATCATTATAAACTTTTTATTTTATTATAAAACAATTATTTTTCATAATACAAACTTATC
*** * * ** *
11761 TGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTC--AAA-TATTAA-TAAGAGA
129 CAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAAGAAGTAGGAGA
* * * * * *
11810 TTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAGTAGTTCAACTAGTTTTGACTATTTGAGCAATTATTTAT
1 TTTAAAAAATAAATC-ATTTATCGAATTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * ** ** *
11875 TTTAAATC-TTAT-GACTTTTTGTTCTATTATAAAATAATTGTTTCT-ATTCGTACATGCTTATT
65 TTCAAATCATTATAAACTTTTTATTTTATTATAAAACAATTATTTTTCA-TAATACAAACTTATC
*** * * ** * * * *
11937 TGGACTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAGCAATTGATAAGTA--AAA
129 CAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAAGAAGTAGGAGA
* * * * * * * * *
11988 TTTAAAAAATAATTAT-GTTTACCGAACTAGATCAAATAATCATGATTTTTTGAATAATTATCTA
1 TTTAAAAAATAA--ATCATTTATCGAATTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * * * * *
12052 TTTCAAGTCATTATGACCTTTTT-TTTTGTCATAAAAGAA--ATGTTTCAATTCATATAAGCTTA
64 TTTCAAATCATTATAAACTTTTTATTTTATTATAAAACAATTATTTTTC-A-TAATACAAACTTA
* * * * * * * *
12114 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGTAATTCAAAAATTAATAA-TAAAGAAA
127 TCCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAAGAAGT-AGGAGA
* * * * ** * * *
12169 TTTAAAAAGATGACTCTGTTTA-CTAAAAAAGTTTAAATAATTATGACTGTTTGAACAATTATCT
1 TTTAAAAA-ATAAATC-ATTTATC-GAATTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* ** * * * * * * * * *
12233 ATTTGAAATCGCTATAACCTTTGGT-TTTTGTCACAAAAGAA-T-TTTATCTATTCATACAATCT
63 ATTTCAAATCATTATAAACTTT-TTATTTTATTATAAAACAATTATTTTTC-A-TAATACAAACT
* * * * * **
12295 TATTTC-AAATAATATAAT-TCAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAAAAATGTAAAAGA
125 TA-TCCAAAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTCAA-A-AACTAAGAA-GTAGGAGA
** * * ** * * *** *
12353 TTT-AAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATCGTTATCACTATTTGTGTAATTATTTAT
1 TTTAAAAAATAAA-TCATTTATCGAATTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** * * * * * * ** *
12417 TTCAACTTGTTAT-AGCTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGTTTATT
65 TTCAAATCATTATAAACTTTTTATTTTATTATAAAACAATTATTTTTCA-TAATACAAACTTATC
* * * * * * * **
12480 TAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCGACAATTAATAAGTAAAAGA
129 CAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAAGAAGTAGGAGA
* * ** * * * * * * *
12533 TTTAAAAAAAAAAT-GTTTGCCAAATAAGTTAAAATAGTCATGACTATTTAAATAATTATTTATT
1 TTTAAAAAATAAATCATTTATCGAATTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * **
12597 TCAAATCATTAT-GACTTTTTCTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTCAT-AT--AAGTTTAT
66 TCAAATCATTATAAACTTTTTATTTTATTATAAAACAATTATTT---TTCATAATACAAACTTAT
*** ** * * * *
12658 TTGATGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATG-AGTAAGAGA
128 CCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAA-GAAGTAGGAGA
** * * * * * *
12712 -ACAAAAAAAAGAATCCATTTACCAAATAAGTTCAAATACTTATGACTATATGAACAATTATCTA
1 TTTAAAAAATA-AAT-CATTTATCGAATTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * ** * * ** ** * * *
12776 TTTTAAA-AATTAT-GACCTTTTGTTTTGCTACAAAATAATTGGTTTTGTTCATGCAAGCTTA-C
64 TTTCAAATCATTATAAACTTTTTATTTTATTATAAAACAATTATTTTTCATAATACAAACTTATC
*** * *
12838 TTTTAATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTCCAAAAA-T--TAA-TA--AG-
129 -CAAAATAAAATAATATT-AATTTATTAATATTTCAAAAACTAAGAAGTAGGAGA
* * * *
12885 ----AAAAA-AAAT-GTTT-TCTGAA-CACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTA
1 TTTAAAAAATAAATCATTTATC-GAATTA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * *
12942 TTTCGAATCA-TATGATC-TTTTGTTTCATCAT-AAACTAATTGTTTTTGC-TCAA-A-AAACTT
64 TTTCAAATCATTATAAACTTTTTATTTTATTATAAAAC-AATTATTTTT-CAT-AATACAAACTT
* ** * * * * **
13001 ATTCGGAATAGAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGA
126 ATCCAAAATA-AAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAACTAAGAAGTAGGAGA
* *** * * *
13058 TTTAAAAAATAAATCTATTTAACGAGCGAGTTCAAATAGTTATGAATAGTTGAACAATTATTTAT
1 TTTAAAAAATAAATC-ATTTATCGAATTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * * * * * * **
13123 TTCAAATCATTAT--GTTATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGTTTAT
65 TTCAAATCATTATAAACT-TTTTATTTTATTATAAAACAATTATTTTTCA-TAATACAAACTTAT
* * * * * * *
13185 TCGAAACAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAATTA-GAGA
128 CCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAACTAA-GAAGTAGGAGA
* * * * *
13239 TTTAAAAAATAAAT-ATGTT-TGCCGAATAAATTCAAATAGTCAT-ATTCATTTGAACTATTATC
1 TTTAAAAAATAAATCAT-TTAT--CGAATTAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATC
** * * * * * * *
13301 TATTTCAAATCATTAT-GGCATTTTGTTTTGTTGTAAAACAA-T-TGTTTCATTTATACAAAATT
62 TATTTCAAATCATTATAAACTTTTTATTTTATTATAAAACAATTATTTTTCA-TAATACAAACTT
* * * * * * * *
13363 ATTCAGAATCAAGTAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGACA
126 ATCCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAAGAAGTAGGAGA
** * * * * * * * *
13415 TTTAAAAGCTAAATCTGTTTACCAAACTAGTTTAAATAGTTATGACAATTTCAACAATTACCTA-
1 TTTAAAAAATAAATC-ATTTATCGAATTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * * ** * *
13479 CTCAAAT-AGTATGATCTTTGTT-TTGTCA-TA-AAAAAAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTAT
65 TTCAAATCATTATAAACTTT-TTATT-TTATTATAAAACAATTATTTTTCATAATACAAACTTAT
* ** ** ** * * * *
13540 TCTGAATAAAATAATGCTAAACTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGA
128 CCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAACTAAGAAGTAGGAGA
* ** * ** * * * * *
13594 TTTAAAAAATAAAT-GTGGTTGCCAAACCAATT-ATAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTGTCT
1 TTTAAAAAATAAATCAT--TTATCGAATTAGTTCA-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * **** * * * * *
13657 ATTTCAAATCATTCT-GACCTTTTGTTTTGTTAGAAATTTTTTTTTTTTCGGTTCATACAAGCTA
63 ATTTCAAATCATTATAAACTTTTTATTTTATTATAAAACAATTATTTTTC--ATAATACAAACTT
*** * ** * * * * *
13721 ATTTGAAATAAAATAA-AATAATTTTATTAGCA-TTCAGAAAATTAATAAGCAAGAAA
126 ATCCAAAATAAAATAATATTAA-TTTATTAATATTTCA-AAAACTAAGAAGTAGGAGA
*
13777 TTTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
1 -TTTAAAAAATAAATC-ATTTATC-GAATTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* ** * *
13841 ATTTAAAATTGTTATAAAC-TTTTGTTTTATTATAAAACAATTATTTTAGT-TTAATA-AAACTT
63 ATTTCAAATCATTATAAACTTTTTATTTTATTATAAAACAATTATTTT--TCATAATACAAACTT
* * * *
13903 ATCCAAAATAAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGA
126 ATCCAAAAT-AAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAAGAAGTAGGAGA
* * *
13960 TTTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTAT
1 TTTAAAAAATAAATCA-TTTATCGAATTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * ** **
14025 TTCAAATCATTATGAACTTTTTATTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGTTTATTT
65 TTCAAATCATTATAAACTTTTTATTTTATTATAAAACAATTATTTTTCATAATACAAACTTATCC
** *
14090 GGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATAAGTAGGAGA
130 AAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAAGAAGTAGGAGA
* * * * * * *
14142 ATTAAAAAATAAAT-ATACTTATCGGACTAGTTTAAATAGTTATTACTATTTGAATAATTATATA
1 TTTAAAAAATAAATCAT--TTATCGAATTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
14206 TTTCAAATCAT
64 TTTCAAATCAT
14217 AAAATAATTA
Statistics
Matches: 2803, Mismatches: 647, Indels: 399
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
165 18 0.01
166 85 0.03
167 5 0.00
168 10 0.00
169 32 0.01
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174 26 0.01
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185 4 0.00
186 10 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TTTAAAAAATAAATCATTTATCGAATTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
TCAAATCATTATAAACTTTTTATTTTATTATAAAACAATTATTTTTCATAATACAAACTTATCCA
AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAAGAAGTAGGAGA
Found at i:14260 original size:160 final size:160
Alignment explanation
Indices: 14078--14373 Score: 362
Period size: 160 Copynumber: 1.9 Consensus size: 160
14068 TTTTCATCAT
* * * * * *
14078 ACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATT-TCAAAAACTAATAAGTAGGAG
1 ACAAGCTTATTCGGAATAAAATAAT-TCTAATCTAATAATATTATCAAAAAC-AATAACTAAGAG
* * * ** *
14141 AATTAAAAAATAAATATACTTATCGGACTAGTTTAAATAGTTATTACTATTTGAATAATTATATA
64 AATTAAAAAATAAATATACTTATCGAACTAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATATA
14206 TTTCAAATCATAAAATAATTATTTATGTTCAC
129 TTTCAAATCATAAAATAATTATTTATGTTCAC
* * * *
14238 ACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATTCTTATCTAATAATATTATGAAAATCAATAACTAAGAGAT
1 ACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATTCTAATCTAATAATATTATCAAAAACAATAACTAAGAGAA
* ** * * *
14303 TTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATTAATTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTATT
66 TTAAAAAATAAATATACTTATCGAACTAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATATATT
14368 TCAAAT
131 TCAAAT
14374 TGTTATAACC
Statistics
Matches: 112, Mismatches: 22, Indels: 4
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
159 1 0.01
160 105 0.94
161 6 0.05
ACGTcount: A:0.46, C:0.08, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (160 bp):
ACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATTCTAATCTAATAATATTATCAAAAACAATAACTAAGAGAA
TTAAAAAATAAATATACTTATCGAACTAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATATATT
TCAAATCATAAAATAATTATTTATGTTCAC
Found at i:15014 original size:177 final size:179
Alignment explanation
Indices: 14699--15370 Score: 616
Period size: 177 Copynumber: 3.7 Consensus size: 179
14689 TACAAATAGT
* * * * * *
14699 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTGTCAAAATATTATTAGATTAGTATTAT
1 TAAATAAA-TTATTTTTTAAATCTCTTAG-TATAAATTCTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * *
14764 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGAGAAAACAAAAGGTTATAACA
64 TTTATTATGAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACA
* ** *
14829 AATTAAAATATATAATCGTTCAAATAGGT-ATAATTATTTGAAGTGGTTCCA
129 ATTTAAAATATATAATTATTCAAATA-GTCATAATTATTTGAACTGGTTCCA
*
14880 TAAATAACATTATTTTTTAAATCTCTTA-TA-AAATT-TTAAAATATTAATAAATTAGTTTTATT
1 TAAATAA-ATTATTTTTTAAATCTCTTAGTATAAATTCTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * **
14942 TTATTATGAATAAACTTGGATGAGTTGAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACGG
65 TTATTATGAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAA
* * * *
15007 TTTAAAATAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGA
130 TTTAAAAT-AT--ATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCCA
* * * * * * *
15060 CAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGTATTAT
1 TAAATAAA-TTATTTTTTAAATCTCTTAG-TATAAATTCTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
*** * * * * * *
15125 TTTATTCCAAATAAATTTCTATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAGAACAAAAAGGTTCTAAT
64 TTTATTATGAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGGTTATAAC
* * * **
15190 AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTGTTTGAACTTATT-CA
128 AATTTAAAATATATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCCA
* * *
15241 GTAAATAGATTTATTTTTTGAATCTC--A-TACT-AATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
1 -TAAATA-AATTATTTTTTAAATCTCTTAGTA-TAAATTCTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * *
15302 TTTTATT-TCAAATAAATTTGTATG-TTCA-AAATTATTATTTTATGACAAAACGAAAA-G-TAC
63 TTTTATTAT-GAATAAACTTGTATGAAT-AGAAATAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGGTTA-
15362 TAACAATTT
124 TAACAATTT
15371 TATTTCGAAT
Statistics
Matches: 400, Mismatches: 74, Indels: 39
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.00
176 9 0.02
177 110 0.28
178 55 0.14
179 6 0.01
180 55 0.14
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184 62 0.16
185 18 0.05
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TAAATAAATTATTTTTTAAATCTCTTAGTATAAATTCTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
TATTATGAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAAT
TTAAAATATATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCCA
Found at i:15352 original size:361 final size:360
Alignment explanation
Indices: 14700--15358 Score: 839
Period size: 361 Copynumber: 1.8 Consensus size: 360
14690 ACAAATAGTT
*
14700 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTGTCAAAATATTATTAGATTAGTATTATT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTGTCAAAATATTATTAGATTAGTATTATT
*** * * * *
14765 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGAGAAAACAAAAGGTTATAACAA
66 TTATTCCAAATAAACTTCTATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAA
* * * *
14830 ATTAAAATATATAATCGTTCAAATAGGTATAATTATTTGAAGTGGTTCCATAAATAACATTATTT
131 ATTAAAATAGATAATCATTCAAATAGGTATAATTATTTGAACTGATTCCATAAATAACATTATTT
* *
14895 TTTAAATCTCTTATAAAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTATGAATAAACTTG
196 TTTAAATCTC-TATAAAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATAAATAAACTTG
* *
14960 GATGAGTTGAAATAATTGTTTTATAACAAAAC-AAAAGGTTATAACGGTTTAAAATAATAGATAA
260 GAT-AGTTAAAATAATTATTTTATAACAAAACGAAAAGGTTATAACGGTTTAAAATAATAGATAA
15024 TTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGAC
324 TTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGAC
* * *
15061 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTTAGAATATTATTA-ATTTAGTATTAT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTGTCAAAATATTATTAGA-TTAGTATTAT
* * * *
15125 TTTATTCCAAATAAATTTCTATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAGAACAAAAAGGTTCTAAT
65 TTTATTCCAAATAAACTTCTATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGGTTATAAC
* * * * * *
15190 AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA-GTCATAATTGTTTGAACTTATT-CAGTAAATAGA-TT
129 AAATTAAAATAGATAATCATTCAAATAGGT-ATAATTATTTGAACTGATTCCA-TAAATA-ACAT
* * *
15252 TATTTTTTGAATCTC-ATACTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAAT
191 TATTTTTTAAATCTCTATA-AAATT-TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTAT-AAAT
* * * *
15315 AAATTTGTAT-GTTCAAAATTATTATTTTATGACAAAACGAAAAG
253 AAACTTGGATAGTT-AAAATAATTATTTTATAACAAAACGAAAAG
15359 TACTAACAAT
Statistics
Matches: 252, Mismatches: 36, Indels: 19
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
360 7 0.03
361 129 0.51
362 115 0.46
363 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (360 bp):
AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTGTCAAAATATTATTAGATTAGTATTATT
TTATTCCAAATAAACTTCTATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAA
ATTAAAATAGATAATCATTCAAATAGGTATAATTATTTGAACTGATTCCATAAATAACATTATTT
TTTAAATCTCTATAAAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATAAATAAACTTGG
ATAGTTAAAATAATTATTTTATAACAAAACGAAAAGGTTATAACGGTTTAAAATAATAGATAATT
ATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGAC
Found at i:15375 original size:66 final size:67
Alignment explanation
Indices: 15301--15437 Score: 168
Period size: 67 Copynumber: 2.1 Consensus size: 67
15291 AATTAGTATT
* * ** *
15301 ATTTTATTTCAAATAAATTTGTATGTT-CAAAATTATTATTTTATGACAAAACGAAAAGTACTAA
1 ATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGTTGAAAAACAATTATTTTATGACAAAACGAAAAGTAATAA
15365 CA
66 CA
* * * * *
15367 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAA
1 ATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGTTGAAAAACAATTATTTTATGACAAAACGAAAAGTAATAA
*
15432 CG
66 CA
15434 ATTT
1 ATTT
15438 GAAATAGATA
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 11, Indels: 1
0.83 0.15 0.01
Matches are distributed among these distances:
66 24 0.41
67 35 0.59
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (67 bp):
ATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGTTGAAAAACAATTATTTTATGACAAAACGAAAAGTAATAA
CA
Found at i:15568 original size:84 final size:85
Alignment explanation
Indices: 15408--15572 Score: 208
Period size: 84 Copynumber: 2.0 Consensus size: 85
15398 AACAATTGTT
* *
15408 TTATGACAAAATGAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATATCCATAATTATTT
1 TTATGACAAAATGAAAGATAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATATCCATAATTATTT
**
15473 AAATTGATTCAGTAAACTAA
66 AAACCGATTCAGTAAACTAA
* * * * *
15493 TTATGACAAAAT-AAAGATCATTACGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAATTATT
1 TTATGACAAAATGAAAGATAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA-TCCATAATTATT
* *
15556 TGAACCGGTTCAGTAAA
65 TAAACCGATTCAGTAAA
15573 TAGATTTAGT
Statistics
Matches: 68, Mismatches: 11, Indels: 3
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
84 55 0.81
85 13 0.19
ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (85 bp):
TTATGACAAAATGAAAGATAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATATCCATAATTATTT
AAACCGATTCAGTAAACTAA
Found at i:15950 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 15595--16068 Score: 478
Period size: 181 Copynumber: 2.6 Consensus size: 179
15585 TTAAATCTCT
* * * *
15595 TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTTGAATA-ATTCTATATGAATAGA
1 TATTAATTTTCAAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTA-TTTGAATAGACT-TGTATGAATAGA
* * * * * *
15659 AACAATTGTTTTACCACAAAACAAAAGGTCATAA-TAATTTAAAATATATAATTATTCAAATGGA
64 AACAATTGTTTTATCACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAAAAAATTACTCAAA-GCA
** *
15723 AATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATATATATTTTAAATCTCCTACA
127 AATAACTATTTGAACTTACTCGATAAACAGATATATATTTTAAATCTCCTACA
* * *
15776 TATTAACTTGCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCTGAATAGACTTGTATGAATAGAA
1 TATTAATTTTCAAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATT-TGAATAGACTTGTATGAATAGAA
* * * *
15841 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCCTAACTATTTGAAATAAAAAATTGCTCAAA-CAATC
65 ACAATTGTTTTATCACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAAAAATTACTCAAAGCAA--
* ** *
15905 ATAA-TAATTTGAGCTTACTC-AGTAAACAGAT-TCAT-TTTATAAATCTTTTACT
128 ATAACT-ATTTGAACTTACTCGA-TAAACAGATAT-ATATTT-TAAATCTCCTACA
** * * * * *
15957 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCAAATAGGCTTGTATGGACAAAA
1 TATTAATTTTCAAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTT-GAATAGACTTGTATGAATAGAA
* *
16022 ACAAATT-ATTTATCACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGCAATAAA
65 AC-AATTGTTTTATCACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAA
16069 TAGCAAATAT
Statistics
Matches: 244, Mismatches: 38, Indels: 22
0.80 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
179 2 0.01
180 9 0.04
181 226 0.93
182 7 0.03
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (179 bp):
TATTAATTTTCAAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTGAATAGACTTGTATGAATAGAAA
CAATTGTTTTATCACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAAAAATTACTCAAAGCAAATA
ACTATTTGAACTTACTCGATAAACAGATATATATTTTAAATCTCCTACA
Found at i:16115 original size:689 final size:686
Alignment explanation
Indices: 14840--16098 Score: 1407
Period size: 689 Copynumber: 1.8 Consensus size: 686
14830 ATTAAAATAT
** *
14840 ATAATCGTTCAAATAGGTATAATTATTTGAAGTGGTTCCATAAATAACATTATTTTTTAAATCTC
1 ATAATCGTTCAAATAGGTATAATTATTTGAACCGGTTCCATAAATAACATTAGTTTTTAAATCTC
* * *
14905 TTATAAAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTATGAATAAACTTGGATGAGTTGA
66 TTATAAAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAACTT-GATGAATAGA
* * * ** *
14970 AATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACGGTTTAAAATAATAGATAATTATTCATATA
130 AACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAATA-ATAATTATTCAAATA
*** * * * ** * *
15035 GTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTT
194 GAAATAACTATTTGAACTGGTTCGACAAACAAATATATATTTTAAATCTCCTACATATGAACTTG
* * * ** * *
15100 TAGAATATTATTAATTTAGTATTATTTTATTCCAAATAAATTTCTATGAACAGAAATAATTATTT
259 CAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTCTATGAACAGAAACAATTATTT
* * * * * * * * **
15165 TATGACAGAACAAAAAGGTTCTAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTGTTT
324 TATGACAAAACAAAAAGATCCTAATAATTTGAAATAAAAAATTACTCAAACAATCATAATAATTT
* * * * * *
15230 GAACTTATTCAGTAAATAGATTTATTTTTTGAATCTCATACTAATTCTTGAAATATTAATAAATT
389 GAACTTACTCAGTAAACAGATTCATTTTATAAATCTCATACTAATTCTTGAAATATTAATAAACT
* ** ** *
15295 AGTATTATTTTATTTCAAATAAATTTGTATGTTCAAAATTATTATTTTATGACAAAACGAAAAGT
454 AGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGGACAAAAAAATTATTTTATCACAAAACGAAAAGT
* * * ** * * * ** * *
15360 ACTAACAATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAAG
519 ACTAACAATTTCATATCAAATAAGC-TAAATATTCAAAAACAACTGTTGAAGGACAAAAGGAAAG
15425 GTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATATCCATAATTATTTAAATTGATTCAGTAAAC
583 GTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATATCCATAATTATTTAAATTGATTCAGTAAAC
15490 TAATTATGACAAAATAAAGATCATTACGATTTGAGATAG
648 TAATTATGACAAAATAAAGATCATTACGATTTGAGATAG
* * *
15529 ATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACCGGTT-CAGTAAATAGA-TTTAGTTTTTAAATC
1 ATAATCGTTCAAATAGGTATAATTATTTGAACCGGTTCCA-TAAATA-ACATTAGTTTTTAAATC
* * * *
15592 TCTTAT-TAATTTTCAAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTTGAATAATTCTAT-ATGAA
64 TCTTATAAAATTTT-AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAA-ACT-TGATGAA
* *
15655 TAGAAACAATTGTTTTACCACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTAAAAT-AT-ATAATTATTCAA
126 TAGAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAATAATAATTATTCAA
* * * * *
15718 ATGGAAATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATATATATTTTAAATCTCCTACATATTAAC
191 ATAGAAATAACTATTTGAACTGGTTCGACAAACAAATATATATTTTAAATCTCCTACATATGAAC
** * * * *
15783 TTGCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCTGAATAGACTTGTATGAATAGAAACAATTG
256 TTGCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTCTATGAACAGAAACAATTA
*
15848 TTTTATGACAAAAC-AAAAGATCCTAACT-ATTTGAAATAAAAAATTGCTCAAACAATCATAATA
321 TTTTATGACAAAACAAAAAGATCCTAA-TAATTTGAAATAAAAAATTACTCAAACAATCATAATA
* * * *
15911 ATTTGAGCTTACTCAGTAAACAGATTCATTTTATAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
385 ATTTGAACTTACTCAGTAAACAGATTCATTTTATAAATC---T-CATACTAATTCTTGAAATATT
**
15976 AATAAACTAGTATTATTTTATTTCAAATAGGCTTGTATGGACAAAAACAAATTA-TTTATCACAA
446 AATAAACTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGGAC-AAAA-AAATTATTTTATCACAA
* *
16040 AAC-AAAAGGT-CATAACTATTTGCA-AT-AAAT-AGC-AAATATTCAAATAAGAACT-TTGAAG
509 AACGAAAA-GTAC-TAACAATTT-CATATCAAATAAGCTAAATATTCAAA-AACAACTGTTGAAG
16098 G
570 G
16099 CCGAAGGAGG
Statistics
Matches: 463, Mismatches: 91, Indels: 35
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
685 70 0.15
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690 30 0.06
691 6 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (686 bp):
ATAATCGTTCAAATAGGTATAATTATTTGAACCGGTTCCATAAATAACATTAGTTTTTAAATCTC
TTATAAAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAACTTGATGAATAGAA
ACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAATAATAATTATTCAAATAGA
AATAACTATTTGAACTGGTTCGACAAACAAATATATATTTTAAATCTCCTACATATGAACTTGCA
AAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTCTATGAACAGAAACAATTATTTTA
TGACAAAACAAAAAGATCCTAATAATTTGAAATAAAAAATTACTCAAACAATCATAATAATTTGA
ACTTACTCAGTAAACAGATTCATTTTATAAATCTCATACTAATTCTTGAAATATTAATAAACTAG
TATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGGACAAAAAAATTATTTTATCACAAAACGAAAAGTAC
TAACAATTTCATATCAAATAAGCTAAATATTCAAAAACAACTGTTGAAGGACAAAAGGAAAGGTA
ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATATCCATAATTATTTAAATTGATTCAGTAAACTAA
TTATGACAAAATAAAGATCATTACGATTTGAGATAG
Found at i:21780 original size:106 final size:101
Alignment explanation
Indices: 21598--21801 Score: 230
Period size: 106 Copynumber: 2.0 Consensus size: 101
21588 TTTTTTGGCT
* * * * *
21598 TGTAAATTCATAAAATGCTAACCAACACCCACACCTAGGCTTGGCTTAATTTTTCCAAACCTGAA
1 TGTAAATTCATAAAATGCTAACCAACACCCACACCTAGGCCTAGCTCAATTTATCCAAACCCGAA
* * ** *
21663 CATCGGGCCTAATCCTCTAGAGTCTTGATCACTGCC
66 CAGCAGGCCTAAGACTCTAAAGTCTTGATCACTGCC
* *
21699 TGTAAATTCATAAAATGCTAACCAAGACACCTATACCCCCTAGGCCTAGCTCAATTCTAT-CAAA
1 TGTAAATTCATAAAATGCTAACC-A-ACACC--CA-CACCTAGGCCTAGCTCAATT-TATCCAAA
*
21763 CCCGAACAGCAGGCCTAAGATTCTAAAGTCTTGATCACT
60 CCCGAACAGCAGGCCTAAGACTCTAAAGTCTTGATCACT
21802 ACCATTCCAT
Statistics
Matches: 84, Mismatches: 13, Indels: 7
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.32, C:0.28, G:0.13, T:0.26
Consensus pattern (101 bp):
TGTAAATTCATAAAATGCTAACCAACACCCACACCTAGGCCTAGCTCAATTTATCCAAACCCGAA
CAGCAGGCCTAAGACTCTAAAGTCTTGATCACTGCC
Found at i:39752 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 39655--39740 Score: 111
Period size: 45 Copynumber: 1.9 Consensus size: 45
39645 GTAAGTGTTA
* * *
39655 ATGGTGGTCGAGGCATGTGCCCATACCAAGGCCTAGCATATACTG
1 ATGGTGTTCGAAGCAAGTGCCCATACCAAGGCCTAGCATATACTG
* *
39700 ATGGTGTTCGAAGCAAGTGCCCGTAGCAAGGGCC-AGCATAT
1 ATGGTGTTCGAAGCAAGTGCCCATACCAA-GGCCTAGCATAT
39741 GTCGATGGTG
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 5, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (45 bp):
ATGGTGTTCGAAGCAAGTGCCCATACCAAGGCCTAGCATATACTG
Found at i:41102 original size:101 final size:103
Alignment explanation
Indices: 40898--41105 Score: 246
Period size: 105 Copynumber: 2.0 Consensus size: 103
40888 GAATAATGGA
* * * * * *
40898 ACAGGTAGTGATCAAGACTTAGAGGCTTAGGCCTAGTGTTCGAGTTTGACAGAATTGAGCTAGGC
1 ACAGGTAGTGATCAAGACTTAAAGGATTAGGCCGAGTGTTAGAGTTTGACAGAATTGAGCCAAGC
* * *
40963 CTAGGGGTGTGTGTGTGTTGGTTAGCATTTTATGAATTT
66 ATA-GGGTGCGTGTGTGTTAGTTAGCATTTTATGAATTT
*
41002 ACAGGTAGTGATCAAGACTCTAAAGGATTAGGCCCGA-TGTTTAG-GTTTGGCAGAATTGAGCCA
1 ACAGGTAGTGATCAAGACT-TAAAGGATTAGG-CCGAGTG-TTAGAGTTTGACAGAATTGAGCCA
*
41065 AGCATA-GGTGCG-G-GTGTTAGTTAGCGTTTTATGAATTT
63 AGCATAGGGTGCGTGTGTGTTAGTTAGCATTTTATGAATTT
41103 ACA
1 ACA
41106 AGCCATAAAA
Statistics
Matches: 90, Mismatches: 11, Indels: 9
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Matches are distributed among these distances:
101 26 0.29
102 1 0.01
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ACGTcount: A:0.25, C:0.12, G:0.30, T:0.32
Consensus pattern (103 bp):
ACAGGTAGTGATCAAGACTTAAAGGATTAGGCCGAGTGTTAGAGTTTGACAGAATTGAGCCAAGC
ATAGGGTGCGTGTGTGTTAGTTAGCATTTTATGAATTT
Found at i:46953 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 46650--47777 Score: 940
Period size: 181 Copynumber: 6.3 Consensus size: 181
46640 ATTTGCTATT
* * * * * *
46650 TATTTCAAATAGTTATGA-CTTTTTGTTTTGTGATAAATA-AATTGTTTTTGTCCAGACAAGCCT
1 TATTTCAAATAGTTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAA-ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
** * ** * *
46713 ATTTGAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTATAAAA
64 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * * * *
46778 TGAATCTGTTTACTGAGTAAGCTCAAATTA-TTATGACTGTTTGAGCAATTTTT
129 TAAATATGTTTACTGAATAAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* *
46831 TATTTCAAATAGTTAGGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTAT
1 TATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * * *
46896 TCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGTAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATA
66 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * **
46961 TATATGTTTA-TCGAACAAGTTCAAATAGTTATGTTTATTTGAACAATTATC
131 AATATGTTTACT-GAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * ** *
47012 TATTTTAAATTA-TTATGACCTTTTGTTTTGTGGTAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-AGAATT
1 TATTTCAAA-TAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTT
* *
47075 ATTCAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAC
64 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * *
47136 TAAATCTATTTACTGAACT-AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATC
129 TAAATATGTTTACTGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * **
47189 TATATCAAATCGTAATGATC-TTTATTTTGTCATACAACAATTGTTTCTTTTCATGTAAGCTTAT
1 TATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * * * *
47253 TC-GATTAAAATGATACTAATTTAATAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
66 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * **
47317 AATATGTTT-GTCGAACT-AGTTTAAATAGTTAAAACTATTTGAACAATTATC
131 AATATGTTTACT-GAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * * *
47368 TATTTCAAATAATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACTATTATTT-TAGTTCATACAAACTTA
1 TATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA
** * * * * *
47432 TTCGGAATAAAATAATACTAATGTATTAACA-TTCGAAAAATTACTAAGCAAGAGATTTAAAAAA
65 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTG-AAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAA
* * * * * *
47496 AATAAATCTGTTTACTGAACAATTTTAATTAGATATGACTATTTGAACAATTATC
127 AATAAATATGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * ** * * *
47551 TATTTAAAATTGTT-TTAACTTTT-TATCTTGTCATAAAATGATTGTTTCAATTAATA-AA-CGT
1 TATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGT-T-TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
* * * * *
47612 A-TCTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAA
64 ATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * ** * *
47676 CTAAAGT-TGTTTTCTAAAGCAA-TTTTAATAGTTATGACTATTTGGACAAATATC
128 ATAAA-TATGTTTACTGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * *
47730 AATCTCAAATCA-TTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAATAGTTGTTTCT
1 TATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
47778 GATCGTAATA
Statistics
Matches: 769, Mismatches: 145, Indels: 69
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 30 0.04
176 37 0.05
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178 26 0.03
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184 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
AATATGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
Found at i:47369 original size:356 final size:357
Alignment explanation
Indices: 46650--48314 Score: 1032
Period size: 362 Copynumber: 4.7 Consensus size: 357
46640 ATTTGCTATT
* * * * * * * * * * *
46650 TATTTCAAATAGTTATGACTTTTTGTTTTGTGATAAATA-AATTGTTTTTGTCCAGACAAGCCTA
1 TATTTCAAATAATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAA-ACAATTATTTTAGTTCATACAAACTTA
** * *
46714 TTTGAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTATAAAAT
65 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAG----AGATTTA-AAAAT
* * * * * * * *
46779 GAATCTGTTTACTG-AGTAAGCTCAAATTA-TTATGACTGTTTGAGCAATTTTTTATTTCAAATA
125 AAATCTGTTTACTGAACT-AGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATATCAAATA
* * *
46842 GTTAGGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAA
188 GTAAGGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * * * * *
46907 TAATACTACTTTATTAATATTTTGTAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATATATATGTTTAT
253 TAATACTAATTTAATAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
****
46972 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGTTTATTTGAACAATTATC
318 CGAACAAGTTCAAATAGTTAAAACTATTTGAACAATTATC
* * * * ** *
47012 TATTTTAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTGGTAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAGAA-TT
1 TATTTCAAATAATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATACA-AACTT
* *
47075 ATTCAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAA
64 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA-TAAA
* * * * *
47140 TCTATTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATATCAAATCGTAAT
128 TCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATATCAAATAGTAAG
* * ** * * *
47205 GATC-TTTATTTTGTCATACAACAATTGTTTCTTTTCATGTAAGCTTATTC-GATTAAAATGATA
193 GATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
*
47268 CTAATTTAATAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCGAAC
258 CTAATTTAATAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAAC
* *
47333 TAGTTTAAATAGTTAAAACTATTTGAACAATTATC
323 AAGTTCAAATAGTTAAAACTATTTGAACAATTATC
* *
47368 TATTTCAAATAATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACTATTATTTTAGTTCATACAAACTTAT
1 TATTTCAAATAATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAACTTAT
** * * *
47433 TCGGAATAAAATAATACTAATGTATTAACA-TTCGAAAAATTACTAAGCAAGAGATTTAAAAAAA
66 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCG-AAAA-T--TAA-TAAGAGATTT---AAAA
* * * * * * * *
47497 ATAAATCTGTTTACTGAACAATTTTAATTAGATATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATT
123 ATAAATCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATATCAAATA
*** * * ** * * * *
47562 GT-TTTAACTTTTTATCTTGTCATAAAATGATTGTTTCAATTAATA-AA-CGTA-TCTGAAATAA
188 GTAAGGATC-TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAAATAA
* * * * * * *
47623 AATAATACTACTTTATTAATATTTTAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGT-TGTT
251 AATAATACTAATTTAATAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TATGTT
* ** ** * *
47687 T-TCTAAAGCAA-TTTTAATAGTTATGACTATTTGGACAAATATC
315 TATC-GAA-CAAGTTCAAATAGTTAAAACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * *
47730 AATCTCAAATCATTATGATCTTTAT-TTT-GTCAT--AA-AA-TA-GTT-GTT--T-----CTGA
1 TATTTCAAATAATTATAACCTTT-TGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAACTTA
* ** *
47780 -TC--------GTAATACTAATTTAACAATATTTTC-AAAATTAATAA-ATAATTTAAAAA-AAA
65 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCGAAAATTAATAAGA-GATTTAAAAATAAA
* * * * * * * *
47833 TGTGTTTGCT--ACATCAATTCAAATAGTTAAGATTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCA-T
128 TCTGTTTACTGAAC-T-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATATCAAAT-AGT
*** * * * * * * * * *
47895 TTTGACCTTTTGTTTAGTCATTAAATAATT-TTT-TAGTTCAAAAAAGCTTATTCGAAAGAAAAT
190 AAGGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* ** * * *
47958 AATACTAATTTATTAACT-TTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTATTTA
254 AATACTAATTTAATAA-TATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTA
* * * *
48022 -CTGAACAAGTTCAAATAGCTATAACTATTTAAATAATTATC
317 TC-GAACAAGTTCAAATAGTTAAAACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * *
48063 TATTTAAAATCGA-TATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTTCACA-AAAGTT
1 TATTTCAAAT-AATTAT-AACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAACTT
* * ** *
48125 -TATCCAAA-AAAATAATACTAGTTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATCTAAAAAATAA
64 AT-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGAGAT-TTAAAAATAA
* * * * * * * *
48188 ATCAGTTTACTGAA-TCAATTTAAATAATTATGGA-TATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGT
127 ATCTGTTTACTGAACT-AGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATATCAAATAGT
* ** * * * * *
48251 TATTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-ACATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
190 AAGGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
48315 TGTTAGTACT
Statistics
Matches: 1024, Mismatches: 203, Indels: 157
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
329 3 0.00
330 7 0.01
331 67 0.07
332 65 0.06
333 61 0.06
334 8 0.01
335 6 0.01
336 5 0.00
337 2 0.00
338 2 0.00
339 21 0.02
340 2 0.00
341 3 0.00
346 1 0.00
347 4 0.00
348 3 0.00
353 4 0.00
354 29 0.03
355 17 0.02
356 249 0.24
357 76 0.07
358 63 0.06
359 8 0.01
360 11 0.01
361 14 0.01
362 255 0.25
363 38 0.04
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (357 bp):
TATTTCAAATAATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAACTTAT
TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAATAAATCT
GTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATATCAAATAGTAAGGAT
CTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
ATTTAATAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAG
TTCAAATAGTTAAAACTATTTGAACAATTATC
Found at i:47708 original size:362 final size:356
Alignment explanation
Indices: 46858--47766 Score: 904
Period size: 356 Copynumber: 2.5 Consensus size: 356
46848 ATCTTTTGTT
* * *** *
46858 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTA
1 TTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAACGTATTCGAAATAAAATAATACTACTTTATTA
* * * * *
46923 ATATTTTGTAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATATATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATA
66 ATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAA-TTTAAATA
** * * * * **
46988 GTTATGTTTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTGGTAAAACAA
130 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAA
* * * *
47053 TTGTTTCTATTCATACAGAATTATTCAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTTGAAAATT
195 TTATTTCTATTCATACAGAATTATTCAAAATAAAATAATACAAATGTATTAACATTTCGAAAATT
* * * * *
47118 AATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATA
260 AACAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGATATAACTATTTGAACA
* * *
47183 ATTATCTATATCAAATCGTAATGATCTTTATT
325 ATTATCTATATAAAATCGTAATAATCTTTATC
* ** * * * * * * *
47215 TTGTCATACAACAATTGTTTCTTTTCATGTAAGCTTATTCG-ATTAAAATGATACTAATTTAATA
1 TTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAACGTATTCGAAATAAAATAATACTACTTTATTA
* * *
47279 ATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCGAACTAGTTTAAATA
66 ATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAAC-AATTTAAATA
** * *
47344 GTTAAAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACTA
130 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAA
** *
47409 TTATTT-TAGTTCATACA-AACTTATTCGGAATAAAATAATACTAATGTATTAACA-TTCGAAAA
195 TTATTTCTA-TTCATACAGAA-TTATTCAAAATAAAATAATACAAATGTATTAACATTTCG-AAA
* * * * *
47471 ATTACTAAGCAAGAGATTTAAAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAATTTTAATTAGATATGACT
257 A-T--TAA-CAAGAGATTT--AAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGATATAACT
* * ** *
47536 ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTTTAACTTTTTATC
316 ATTTGAACAATTATCTATATAAAATCGTAATAA-TCTTTATC
**
47578 TTGTCATAAAATGATTGTTTCAATT-A-ATAAACGTA-TCTGAAATAAAATAATACTACTTTATT
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* * * * * *
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* * * * * * *
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*
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* * *
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* * * *
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* * *
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* * **
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TA
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* * * * * *
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* *** ** *
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* * * * *
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*
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* * * * * * *
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** * * *
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** * **
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* * * * *
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**
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* * *
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* *
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* * ** * * *
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* *
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* * *
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* * * * * **
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* * * ** * * **
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** * * * *
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* * * *
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* * * * ** *
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1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACA-ATTT
* * * * * *
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* * *
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** * * *** * * * *
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* * * * *
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* * * ***
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*** * * * * * ** * * *
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1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACA-ATTT
* * * * *
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* * **
51547 GAATAAGCTTATATGAACT-GAAAC-ATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
126 GAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGACCATA
* * * * * * * * * **
51600 A-AATTTGAAATAGACAATTATTCAAAAAATCATGATTATTTGATCTAGTTC-ATAAACATATTT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACA-ATTT
* * ** * *
51663 ATTTTTTAAAT-T-TTAGTTATCAATTGCT-GAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTAGTCCAA
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* * * * *
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* * * * * * * * ** * *
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1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACA-ATTT
* * *
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65 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAA
* ** * * * ** *
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* * * * * * * * * *
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1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACA-ATTT
*
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* ** ** * * * **
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* * * * * * * * *
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1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAA-CAATTT
* * * * *
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* * * ***
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** * ** ** * * * *
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1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACA-ATTT
* * * *
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** * * * ***
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** * * * * ** *
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* * ** * *
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* * * * **
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* * * * ** *
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* ** * *
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* * * * * *** *
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** * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * ****
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * **
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* * ** ** *
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* * * * * ** *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * ***
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** * * **
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** * * * * * * * * * **
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* *
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* * *
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126 GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGACCATA
* ** **
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* * * * *
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* * * *
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** * * ** * *
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* ** *
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* * * * * *
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* * *
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** * * *
54447 ATGATTTGAAATAGATAATAATTCAGATAGTCATAACTATTTGAACAT-GTTAGG-TAACAAGAT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTTCGGCAAAC-A-AT
** * * * * * *
54510 TCCTTTTTTAATTCTCTTTCTCATTAATTTTTGGAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTCA
63 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCG
* * * ** *
54575 AATAAGCTTATATGAACTA-AAATAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACA
127 AATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGACCATA
* * * * * * ***
54628 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATTATGACTAGTTGAACTTGTTCAAAAAACATATTT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACA-ATTT
* * * * * *
54693 ATTTTTTAAATAT-TCTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATT-TTGTTAATCGA
65 ATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTCG-
* * * * * *
54756 AATAAACATGTATG-ACAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAA-AGTCATA
127 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAACAAAAGA-CCATA
*** * * ** * *** *
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1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTGGTTCGGCAAACA-ATT
* * *
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* * * ** ***
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126 GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGACCATA
* * * * * * *
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1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACA-ATT
* * * * * * *
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* * * * *
55118 ATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTTTTTTATGACAAAAGAAAATG-TCATA
128 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAA-GACCATA
** * * * * *
55170 ACCATTTGAAATAGATAATTAG-TCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCGGTAAGCATATT
1 ATGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACA-ATT
* * * * *
55234 TATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGTT-GAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTAATCCG
64 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCG
* * * * * * * **
55298 AATAAGCTTATATGAACAAAAACTATTGTCTTATAACAAAAAAAAGGTCATA
127 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAACAAAAGACCATA
** * ** * * *
55350 ACAATTTGAAATAAATAATTGCACAAATAGTCATAACGATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAAC-AATTT
* * * *
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65 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCG-
* * ** ***
55478 AATAAGTTTGTATGAATAGAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATA
127 AATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGACCATA
*** * * * * * ** *
55532 GCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAATTATTTAAACTTGTTTC-TTAAATAGATT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTTCGGCAAACA-ATT
* * ** *
55596 CATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAGCTTAGTATTATTTTATTTCAA
64 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGA
* * ** * *
55661 ATAAGCTTATATGAACCA-AAATGATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGCCATA
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*
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* * ** * **
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* ** *
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* *
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1 TTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTAAATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATG
* * * * * * *
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50908 AATTGTTCAT
* ** **
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* * * * * *
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* * *
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* * * *
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*
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*
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51237 CAAGTTGAAA
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 20, Indels: 5
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TTTTATGACAAAACAAAAAGCCATAATTATTTAA
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51059 AGAAAAAGTC
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* * * * *
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* * * * * * * ***
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* * * * * *
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* * ** * ** **
51327 TTGTCTT--AATATTAATAAATTTG-ACTTATATTATTTGAAATAAGACTGTATGAATAGATTAA
251 TT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTCCAAATAAG-CTATATGAATTCAAAAA
* * * * * * *
51389 ATTCTTTTGTGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATGG
312 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * * * * *
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1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCGA-TAAACAAATTTAT-TTTTTAAATC
* * * * * *
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** * * *
51560 TGAACTGAAAC-ATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AATTTGAAATAGACAATTATTC
125 TGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * * *
51623 AAAAAATCATGATTATTT-GATCTAGTTCA--TAAACATATTTATTTTTTAAAT-T-TTAGTTAT
190 AAATAGTCATAACTATTTAAAT-T-GTT-AGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTA-TT-T
** * * ** *
51683 CAATTGCTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTAGTCCAAATAAGCATGTATGAATAGAAACA
250 --ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGC-TATATGAATTCAAAAA
* * * * * * *
51747 ATTATTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATAA
312 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * * * **
51790 ATAATTGCTCAAATAGTCAAAACTAGTTGAACTAGTTTGATAAATAGGTTTATTTTTTAAATCTC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * ** *
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* * * * ** *
51917 AAAAGCATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGGAATAGATAATTGTTCAAATA
130 AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * *
51982 ATCATAATTATTTAAATTGGATAGGTAAATAGAATTATTTTTTTAAATCTCTTATTTATTTTTGA
195 GTCATAACTATTTAAATT-GTTAGGTAAATAGAATTA-TTTTTTAAATCTCTTATTTATTTTTGA
* * * *
52047 AATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCGAGTAAGCTACTATGAATTCAAAAAACCTTATTT
258 AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTA-TATGAATTCAAAAAA--TTGTTT
*
52111 TATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
319 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * * * * ** * *
52147 ATAACTATTCATATAGTCTTAAATATTGGAACTGATTCGGCAAATAAATTTATTTTTTAATTCTC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* *
52212 TTAGCTT-TTAATTTTCATAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA
65 TTA-CTTATTAATTTTCA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA
* * * * **
52276 ACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGTTTATAATTGTTCAAA
128 ACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
** * * * * *
52341 TAGTCATTGCTGTTTGAACTAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
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* * * *
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253 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTATATGAA--TTCAAA-A-AAT
* * *
52467 TGTTATATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAG
314 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * * * * * *
52508 ATAATTGAT-AACAT-GATCATAATTATTTGAATTGATTCGATAAATAGATTCACTTTTTAAATA
1 ATAATTGTTCAA-ATAG-TCATAACTATTTGAACTG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* ** * *
52571 ACTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTCTATG
63 TCTTACTTATTAA-TTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG
* * * * * ** * *
52636 ACCTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAT
127 AACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * ** * * * *
52701 ATAGTCTTAACTGTTTAAGCTACTTCA-GCAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA
192 ATAGTCATAACTATTTAA-ATTGTT-AGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTA--T-TT-A
* * * * *
52765 TTTTGGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATT
251 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGC-TATATGAATTCAAAAAATT
* * * * * * * *
52830 ATTTTACGATAGAACAAAAGGTTACAACAATTTAAAATAG
315 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * * *
52870 ATAATTGTTTAAATAG---GAAC----TG-A---TTC-AGTAAATAGATATATTTTTTAAATCTC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-
* * * * * * * *
52923 CTT-CCTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAATACTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATGA
64 CTTACTTATTAA-TTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA
** * * ** ** *
52987 TGAAAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGTTTGTAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAA
128 ACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * * *
53052 TGGCCATAATTATTTGAA---CTA-GT---TCG-ATGTATTTTTTAAATCTCTAATATATCAATT
193 TAGTCATAACTATTTAAATTGTTAGGTAAATAGAAT-TATTTTTTAAATCTCT--TAT-T-TATT
* * * * * * * *
53109 TTTGAAGTATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAGATAAGCTTTTATAAATTGAAAAAATTGT
253 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGC-TATATGAATTCAAAAAATTGT
* *** *
53174 TTTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAG
317 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* *
53212 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAAATTT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCGATAAACAAATTTATTTTTT-AAATCT
* ** * ** * * *
53277 GTTGTTTATTAATTTTCTGAATGCTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGCATGA
64 CTTACTTATTAATTTTC-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA
* * * * * * *
53342 ACTGAAAA-TACTATTTTATGAC-AAGCAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTA
128 AC-AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
** * * * * * * * * *
53405 ATTTTCTTATCTATTTGAATTAGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAA--TCTT-TTTA-TTTA
192 ATAGTCATAACTATTTAAATT-GTTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTTTT
* * * * * *
53466 G-AATATTATTAATTTA-TCAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGAA--CAAAAACAATTGC
256 GAAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTCCAAATAAGC-TATATGAATTC-AAAA-AATTGT
*
53527 TTTATGACAAAA-AAATA--TCATAACGATTTGAGATAG
317 TTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * * * * *
53563 ATAATTGTTCAAAAAATCATAATTATTTGAATTGGTTCAATATAA-AGATTTAGTTTTTAAA--T
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCGATA-AACAAATTTATTTTTTAAATCT
* * * **
53625 GTT--TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGA
64 CTTACTTATTAA-TTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA
* * ** * * * * *
53688 ATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATATAATAACAAGTTGATATAGATAATAGTTTAAA
128 ACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * * * * * *
53753 TGGACATGACTATTTAAGCTTGTTTGGTGAACA-AATTTATTTTTAAAATTTTCAACTTATTAAT
193 TAGTCATAACTATTTAA-ATTGTTAGGTAAATAGAA-TTATTTTTTAAA---TC-TCTTATTTAT
* * * * ** *
53817 TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTG
252 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGC-TATATGAATTCAAAAAATTG
* * *
53882 TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAA
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*
53921 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TACTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT--TCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * * *
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64 CTTACTTATTAA-TTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA
* ** * *
54050 ACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAA
128 ACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * *
54115 TAGTCATAACTATTTGAAAATGTTTA-GAAAATATATTTA-TTTTTAAATTTTTACTTATTAATT
193 TAGTCATAACTATTT-AAATTG-TTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAA--TCT-CTTATTTATT
** * * ** *
54178 TTTGAAATATTAAT-AATTTTTATTATTTTATTCAAAATAGGCT-TGCATGAATAGAACCAAA-T
253 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAT--ATGAATTCAA-AAAATT
* * * *
54240 GTTTTATGAGAAAACAAAATGTCATAA-TATTTTAAAATAG
315 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAG
* * *
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* * * * ** ** *
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* *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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65 T-TACTTATTAATTTTC-AAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTTCG-AATAAGCTTGTAT
* * * * * *
54769 G-ACAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTCATACCAATTTGAAATAAATAATTTTTCA
126 GAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
** * * * * *
54833 AATAGTCATAAAGATTTGATATTGTTCA-ATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
191 AATAGTCATAACTATTT-AAATTGTT-AGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTATTTATT-
* * * * * ***
54897 ATTGCCTTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAAT
253 TTTG---AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGC-TATATGAATTCAAAAAAT
** * ** *
54962 CATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTCAAATAG
314 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * * * * *
55003 ATAATTG-TCAAAATAGTCAAAATTATTTAAACTTGTTCGACAAACAGATTCATTTTTTTAATCT
1 ATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
* * *
55067 CTTAATTATTAATTTTCATAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA
64 CTTACTTATTAATTTTCA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA
*** * * * * *
55132 ATTGAAATAATTTTTTTATGACAAAAGAAAATGTCATAACCATTTGAAATAGATAATTAG-TCAA
128 ACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT-GTTCAA
* * * ** * * * *
55196 ATAGTCATGACTATTT-GATCTAGTTCGGTAAGCATATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAA
192 ATAGTCATAACTATTTAAAT-T-GTTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAA---TCT-CTTATTTA
* * * *
55260 TTGTTGAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTATATGAA--CAAAAACTA
251 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGC-TATATGAATTCAAAAA--A
* * * *
55323 TTGTCTTATAACAAAA-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAA
313 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
** * * * * *
55364 ATAATTGCACAAATAGTCATAACGATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTAAAATTTT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * *
55429 TTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTCGAAATAAGTTTGTATGA
65 TTACTTATTAATTTTC-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGA
* * * * * *
55493 ATAGAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAA
128 ACA-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * ***
55558 ACAGTCATAATTATTTAAACTTGTTTCTTAAATAG-ATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAA
192 ATAGTCATAACTATTTAAA-TTGTTAGGTAAATAGAATT-ATTTTTTAAATCTCTT-A-T-TT-A
** * * *
55622 TTTTT-AGAATATTAATAGCTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-CCAAAATGA
251 TTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGC-TATATGAATTCAAAA-AA
* *
55685 TTTTTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAACGATTTGAAATAG
313 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
55727 ATAATT
1 ATAATT
55733 ATTTATTTTT
Statistics
Matches: 3388, Mismatches: 714, Indels: 398
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
341 1 0.00
342 120 0.04
344 2 0.00
345 8 0.00
346 62 0.02
347 66 0.02
348 6 0.00
349 3 0.00
350 142 0.04
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366 16 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (354 bp):
ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT
TACTTATTAATTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA
AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
TCATAACTATTTAAATTGTTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTTTTGAAAT
ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTATATGAATTCAAAAAATTGTTTTATGACA
AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
Found at i:52757 original size:542 final size:539
Alignment explanation
Indices: 51069--55732 Score: 3612
Period size: 542 Copynumber: 8.7 Consensus size: 539
51059 AGAAAAAGTC
* * * ** * *
51069 ATAATTATTTAAATAGTCATGACTATTTGAACTTA-TTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAC-TAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
* * * * *
51133 TTTA-CTTATTAATTGTCGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTA-ATCTAAATAAACTTGTA
64 CTTAGCTTATTAATTTTC-ATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTA
* * * * * * * * ***
51195 TGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGCCATAACAAGTTGAAATAAATAATTACAC
127 TGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * *
51260 AAATAGTGATAACGATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACATTTTT
192 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-TTATT
* * * *
51325 AATTGTCTT--AATATTAATAAATTTG-ACTTATATTATTTGAAATAAGAC-TGTATGAATAGAT
256 AATT-T-TTAAAATATTAAT-AATTAGTA-TTATTTTATTTCAAATAAG-CTTGTATGAACA-A-
* * * * * * * * * *
51386 TA-AATTCTTTTGTGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATGGATAATTGTTCAAACAGTC
314 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATC
* * * * *
51450 ATAATTATTTAAACTT-TTTC-AGTAAACAGATTCATCTTTTTAAATTTCTTTA-TTGTTAATTT
379 ATAATTATTTGAA-TTGATTCGA-TAAATAGATTTAT-TTTTTAAA--TC-TTACTTATTAA-TT
* * * * * *
51512 TTTGAATTACTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTGAAAC-ATTTT
437 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTCTATGAACTAAAACAATTGT
51576 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AATTTGAAATAG
502 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG
* * * * * * * *
51613 ACAATTATTCAAAAAATCATGATTATTTGATCTAGTTCA-TAAACATATTTATTTTTTAAAT-T-
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * * *
51675 TTAG-TTATCAATTGCTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTAGTCCAAATAAGCATGTATG
65 TTAGCTTATTAATT-TTCATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG
* * * * * * * * *
51737 AATAGAAACAATTATTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTGCTCAA
129 AACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * *
51802 ATAGTCAAAACTAGTTGAACTAGTTTGATAAATAGGTTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAAT
194 ATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * ** * *
51863 ATTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCGAACAAATTTATATGAACAAAAGCATTTG
259 TTTTAAAATATTAATA-ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAA-CAATTG
* * *
51928 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGGAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTAT
322 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTAT
* * * * *
51993 TTAAATTGGA-TAGGTAAATAGAATTATTTTTTTAAATC-T-CTTATTTATTTTTGAAATATTAA
387 TTGAATT-GATTCGATAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * * * * *
52055 TAAATTCA-TTTTATTTTATTCCGAGTAAGCTACTATGAATTCAAAA-AACCTTATTTTATAACA
450 TAAATT-AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTCTATGAACT-AAAACAA--TTGTTTTATGACA
*
52118 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
511 AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG
* * * * * * * * * *
52147 ATAACTATTCATATAGTCTTAAATATTGGAACT-GATTCGGCAAATAAATTTATTTTTTAATTCT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT-TAACTAG-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
* * *
52211 CTTAGCTT-TTAATTTTCATAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG
64 CTTAGCTTATTAATTTTCATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG
* * * * * **
52275 AACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGTTTATAATTGTTCAA
129 AACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
** * *
52340 ATAGTCATTGCTGTTTGAACTAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
194 ATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * ** * **
52405 TTTTAAAAGATTAATAAATAGTATTATTGTATTCCAAATAAAATTGAATGTTCAAATACAATTGT
259 TTTTAAAATATTAATAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAA-ACAATTGT
* * * * *
52470 TATATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGAT-AACATGATCATAATTAT
323 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA-ATAATCATAATTAT
* * *
52534 TTGAATTGATTCGATAAATAGATTCACTTTTTAAATAACTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAA
387 TTGAATTGATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAAT--CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * *
52599 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTCTATGACCTAAAACAATTGTTTTATGATAAAAC
450 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTCTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* ** *
52664 AAATGGTCATAATGATTTCAAATAG
515 AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG
* * * * * *
52689 ATAATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTTAAGCTACTTCAGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAA-CTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
*** * * *
52754 TTAG-TTATTAATTTTGGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGA
65 TTAGCTTATTAATTTTCATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA
*** * * * * * * * *
52818 ATTGAAACAATTATTTTACGATAGAACAAAAGGTTACAACAATTTAAAATAGATAATTGTTTAAA
130 ACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * *
52883 TAG---GAAC----TG----A-TTCAGTAAATAGATATATTTTTTAAATCTCCTT-CCTATTAAT
195 TAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAAT
* * * * * *
52935 TTTTGAAATTTTAATAAATTAATACTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATGATGA-AAAACAATT
259 TTTTAAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA--ACAAAACAATT
* * * ** * * ***
52999 ATTTTATGAAAAAACAAAAGTTTGTAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATGGCCATAATTA
321 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTA
* * * *
53064 TTTGAACT-AGTTCG----AT-G---TATTTTTTAAATCTCTAATATATCAATTTTTGAAGTATT
386 TTTGAATTGA-TTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TACT-TATTAATTTTTGAAATATT
* * * * * *
53120 AATAAAGTAATATTATTTTATTTC-AGATAAGCTTTTATAAATTGAAAA-AATTGTTTTATGATA
448 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTCTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGACA
*** *
53183 AAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAG
511 AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG
* * *
53212 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-TGATAAACAAATTTATTTTTTAAAATT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AACTAGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTT-AAATC
* * ** ** * *
53276 TGTT-GTTTATTAATTTTC-TGAATGCTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGCA
63 TCTTAGCTTATTAATTTTCAT-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTA
* * * * *
53339 TGAACTGAAAA-TACTATTTTATGAC-AAGCAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
127 TGAAC-AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* ** * * * * * *
53402 CTAATTTTCTTATCTATTTGAATTAGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAA--TC-T--TT-TT
191 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * *
53461 -A--TTTAGAATATTATTAATTTA-TCAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACA
256 AATTTTTAAAATATTAATAA-TTAGT-ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACA
* * *
53522 ATTGCTTTATGACAAAA-AAATA--TCATAACGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAAAAATCATA
318 ATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATA
* * * *
53584 ATTATTTGAATTGGTTCAATATAA-AGATTTAGTTTTTAAATGTT--TTATTAATTTTTGAAATA
382 ATTATTTGAATTGATTCGATA-AATAGATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* ** * *
53646 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGAC
446 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTCTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGAC
** * * *
53710 AAAACAAAATATAATAACAAGTTGATATAG
510 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG
* * * * * * ** * *
53740 ATAATAGTTTAAATGGACATGACTATTTAAGCTTGTTTGGTGAACAAATTTATTTTTAAAAT-T-
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAA-CTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * *
53803 TTCAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATG
65 TT-AGCTTATTAATTTTCATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG
* * * * * *
53868 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
129 AACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * *
53933 ATAGTCATAACTATTTGAACTTACTT-GATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
194 ATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * *
53997 TTTTTGAAATTTTAATAAGTTAGTATTATTTCATTTCAAATAAGCTTTTATGAACAGAAACAATT
258 TTTTTAAAATATTAATAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATT
* * * * * *
54062 GGTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTA
321 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTA
* * * * *
54127 TTTGAAAATGTTTAGA-AAATATATTTA-TTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
386 TTTG-AATTGATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAA-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
** * * * * *
54190 AT-AATTTTTATTATTTTA-TTCAAAATAGGCTTGC-ATGAA-TAGAACCAAATGTTTTATGAGA
449 ATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTT-CTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACA
* * * *
54251 AAACAAAATGTCATAATATTTTAAAATAG
511 AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG
** *
54280 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-ATGTTTGGT-AACAAGATTTATTTTTTAATTC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AACTA-GTTCAGTAAACAA-ATTTATTTTTTAAATC
* * * * *
54343 TCTT-TCTCATTAA-TTTCTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCGTATA
63 TCTTAGCTTATTAATTTTC-ATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTA
* * * * * **
54406 TGAACTAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATAATTC
127 TGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * ** * * *
54471 AGATAGTCATAACTATTTGAAC-ATGTTAGGT-AACAAGATTCCTTTTTTAATTCTCTTTCTCAT
192 AAATAGTCATAACTATTTGAACTA-GTTCGGTAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
** * * *
54534 TAATTTTTGGAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAATA
255 TAATTTTTAAAATATT-AATAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACA
* * * * * *
54599 ATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATTATGA
318 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAA
* * * * * * * * **
54664 CTAGTTGAACTTG-TTCAAAAAACATATTTATTTTTTAAATATTCTACTTATTAATTGTCAAAAT
383 TTATTTGAA-TTGATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAAT-CT-TACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * * * *
54728 ATTAATAAATTAATATT-TTGTTA-ATCGAAATAAACATGTATG-AC-AGAAACAATTATTTTAT
445 ATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTTCG-AATAAGCTTCTATGAACTA-AAACAATTGTTTTAT
* * * *
54789 GATAAAACAAAAAGTCATACCAATTTGAAATAA
507 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG
* ** * * * *
54822 ATAATTTTTCAAATAGTCATAAAGATTTGATA-TTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-A-ACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
* ** * *
54886 TTTA-CTTATTAATTGCCTTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTAT
64 CTTAGCTTATTAATTTTCATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTAT
* * ** *
54949 GAACAGAAAA-AATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTCAAATAGATAATTG-TC
128 GAACA-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * ** * * *
55012 AAAATAGTCAAAATTATTTAAACTTGTTCGACAAACAGATTCATTTTTTTAATCTCTTAATTATT
192 -AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * ** *
55077 AATTTTCATAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAA
256 AATTTTTAAAATATTAATAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-CAAAACAA
* * * * * *
55142 TTTTTTTATGACAAAAGAAAATGTCATAACCATTTGAAATAGATAATTAG-TCAAATAGTCATGA
319 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAATCATAA
* * ** * * *
55206 CTATTTG-ATCT-AGTTCGGTAAGCATATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAA
383 TTATTTGAAT-TGA-TTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAA--TCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * * * * *
55269 TATTAATAAATTGGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTATATGAACAAAAACTATTGTCTTATAA
444 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTCTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGA
*
55334 CAAAA-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAA
509 CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG
** * * * * * *
55364 ATAATTGCACAAATAGTCATAACGATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTAAAATTTT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * *
55429 TTA-CTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTCGAAATAAGTTTGTATG
65 TTAGCTTATTAATTTTCATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATG
* * * * * * *
55492 AATAGAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCA
129 AACA-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * * * *
55557 AACAGTCATAATTATTTAAACTTGTTTC-TTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTA
193 AATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * **
55621 ATTTTTAGAATATTAATAGCTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACCAAAATGAT
257 ATTTTTAAAATATTAATA-ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-CAAAACAAT
* *
55686 TTTTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAACGATTTGAAATAGATAATT
320 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
55733 ATTTATTTTT
Statistics
Matches: 3331, Mismatches: 620, Indels: 339
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
521 2 0.00
522 5 0.00
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537 92 0.03
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544 90 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (539 bp):
ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT
TAGCTTATTAATTTTCATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
CAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
AGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
TTAAAATATTAATAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAACAATTGTTTT
ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGA
ATTGATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTCTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
TCATAACAATTTGAAATAG
Found at i:53045 original size:169 final size:169
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Period size: 173 Copynumber: 2.9 Consensus size: 169
52729 CAAACATATT
** * * * *
52739 TATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTGGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAA
1 TATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAATTTTGGAAATATTAATAAATTAATACTATTTTATTCCAA
* *
52804 ATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTATTTTACGATAGAACAAAAGGTTACAACAATTTAAAATA
66 ATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTATTTTACGAAAAAACAAAAGGTTACAACAATTTAAAATA
*
52869 GATAATTGTTTAAATAGGAACTGATTCAGTAAATAGATA
131 GATAATTGTTCAAATAGGAACTGATTCAGTAAATAGATA
* *
52908 TATTTTTTAAATCTCCTT-CCTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAATACTATTTTATTCCA
1 TATTTTTTAAATCT-CTTACCTATTAATTTTGGAAATATTAATAAATTAATACTATTTTATTCCA
* * * * ** ** *
52972 AATAGGCTTGTATG-A-TGAAAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGTTTGTAATGATTTGAA
65 AATAAGCTTATATGAATTG--AAACAATTATTTTACGAAAAAACAAAAGGTTACAACAATTTAAA
* * * * * ** * *
53035 ATATATAATTGTTCAAAT-GGCCATAATTATTTGAACTAGTTCGATG
128 ATAGATAATTGTTCAAATAGG--A-ACTGA-TT-CAGTAAATAGATA
* ** * * * * * * *
53081 TATTTTTTAAATCTCTAATATATCAATTTTTGAAGTATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAG
1 TATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAATTTTGGAAATATTAATAAATTAATACTATTTTATTCCAA
* * * * * * * * *** *
53146 ATAAGCTTTTATAAATTGAAAAAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATA
66 ATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTATTTTACGAAAAAACAAAAGGTTACAACAATTTAAAATA
53211 GATAATTGTTCAAATAG
131 GATAATTGTTCAAATAG
53228 TCATAACTAT
Statistics
Matches: 256, Mismatches: 52, Indels: 19
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.01
168 3 0.01
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170 4 0.02
171 3 0.01
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175 2 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (169 bp):
TATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAATTTTGGAAATATTAATAAATTAATACTATTTTATTCCAA
ATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTATTTTACGAAAAAACAAAAGGTTACAACAATTTAAAATA
GATAATTGTTCAAATAGGAACTGATTCAGTAAATAGATA
Found at i:53837 original size:23 final size:25
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53775 TTTGGTGAAC
* *
53785 AAATTTATTTTTAAAATTTTCAACT
1 AAATTAATTTTTAAAATATTCAACT
*
53810 -TATTAATTTTTAAAATATT-AA-T
1 AAATTAATTTTTAAAATATTCAACT
53832 AAATTA
1 AAATTA
53838 GTATTATTTT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 4, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
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AAATTAATTTTTAAAATATTCAACT
Found at i:55760 original size:140 final size:140
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Period size: 140 Copynumber: 2.0 Consensus size: 140
55587 AAATAGATTC
* ** * *
55597 ATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATT-TTTAGAATATTAATAGCTTAGTATTATTTTATTTCAA
1 ATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTGTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAA
* * * * *
55661 ATAAGCTTATATGAACCAAAA-TGATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAACGATTTGAAAT
65 ATAAGCTTATATGAACAAAAACT-ATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGCCATAACAATTTGAAAT
*
55725 AGATAATTATTT
129 AAATAATTATTT
* * * *
55737 ATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTAATCCAAA
1 ATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAA
* * * *
55802 TAAGCTTGTATGAACAAAAACTATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAA
66 TAAGCTTATATGAACAAAAACTATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGCCATAACAATTTGAAATAA
55867 ATAATT
131 ATAATT
55873 GCTCAAATAA
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 19, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
140 111 0.97
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ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (140 bp):
ATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAA
TAAGCTTATATGAACAAAAACTATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGCCATAACAATTTGAAATAA
ATAATTATTT
Found at i:56457 original size:181 final size:181
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Period size: 181 Copynumber: 11.3 Consensus size: 181
55723 ATAGATAATT
* * * * * *
55733 ATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTAATC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * * * * * * * **
55798 CAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACTATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAA
66 TGAATAAGCTTGTATAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAA
* * * * * **
55863 ATAAATAATTGCTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACCG
131 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAG
* *
55914 ATTTATTTTTTAAATC-C---CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTCTTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* ** * ** * * * * * * *
55975 CGAGCAAACTTACATGAGCAAAAACATTTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTCATAGCT-ATTTGA
66 TGAATAAGCTTGTATAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATA-ATGATTTGA
* * * * *
56039 AA-AGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTAAACTGGTTAGGTAAATAG
130 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAG
* * * * * * *
56090 AATTACTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTT-TAGTATGAATAAATTCA-TTTTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT
*** * * ** *
56153 CCAAATAAG-TTAGTGTGAATTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAAC--AA----A-AATGATTTG
65 TTGAATAAGCTT-GTATAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTG
** * * * * * * *
56210 AAATAGATAAAGGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTT-TAGCAAACAA
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGA-TAAATAG
* * * ** *
56263 ATTTATTTTTTAAATCTCTCAGTTATTAATTTTTGGAATATTTTTATATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* *
56328 TGAATAAGCTTGTATAAACAGAAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAACT-ATTTGA
66 TGAATAAGCTTGTATAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA-TGATTTGA
* * * * * *
56392 AGTATACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCGATAAATAA
130 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAG
* * * *
56444 ATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAGAGATTAATAAATTACTATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * *
56505 TGAATAAACTTTGTATAATA-AAAAACAATTGTTATATAACCAAACAAAAGGTTATAATGATTTA
66 TGAATAAGC-TTGTATAA-ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTG
* * * * * * * * **
56569 AAATAGATAATTGTTGAAATGGCCACAATTATTTGAACTGATTTGGTAAACCG
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAG
* * *
56622 ATTTACTTTTTAAATCGCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * ** * *
56687 TGAATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAA
66 TGAATAAGCTTGTATAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAA
* * * * *
56752 ATAGACAATTGTTCAAATAAG-CATAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAACTA-
131 ATAGATAATTGTTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAA-TAG
* * * *
56803 ATTTATTTTTTTAAA-CTATTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTCTTTTATT
1 ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * *
56867 TTGGATAAGCTTTTATAAACTGAAACAATTGTTTTAT-ATCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTT
65 TTGAATAAGCTTGTATAAACAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTTATAATGATTTG
* * * *
56931 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTAATCACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAG
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAG
* * * * * *
56984 ATTTATTTTTTCAAA-CTTTTCCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * * * * *
57048 TCGAATAAGATTGTA-AGATATGAAACAAATATTTTCTAACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTA
65 TTGAATAAGCTTGTATAAACA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTG
* * * ** * * * *
57112 AAATATATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAATTGGTTCGACAAACAC
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAG
* *
57165 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAA
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-T
* * * * *
57229 CTAAATAAGCTT-TATGATCAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCT-TAATGATTTG
65 TTGAATAAGCTTGTATAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-TATAATGATTTG
* * * * ** * *
57291 -GATTGATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAATTCGGTAAACAG
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAG
57343 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * *
57408 CGAATAAGCTTGTATGATA-A-AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
66 TGAATAAGCTTGTAT-AAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGA
* * * * * * * *
57471 AATAGATAATCGTTCATATAGTC-TTACTATTTGAAATGGTT-TAGCAATTTG
130 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGA-TAAATAG
* * ** * * ** *
57522 ATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTGTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * * * * * * *
57587 TGAATAAAATAGTATGAATAGAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAATGAATTGGA
66 TGAATAAGCTTGTATAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAA
* * ** * *
57652 ATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAAGGGTTTGGTAAATAG
131 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAG
* * *
57703 TTTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCT-AAATATTAATAAA
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAA
57751 AGGTTAGAAT
Statistics
Matches: 1456, Mismatches: 326, Indels: 110
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
171 1 0.00
172 9 0.01
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175 2 0.00
176 56 0.04
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182 59 0.04
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
TGAATAAGCTTGTATAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAA
ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAG
Found at i:56693 original size:359 final size:358
Alignment explanation
Indices: 55733--57750 Score: 1533
Period size: 359 Copynumber: 5.6 Consensus size: 358
55723 ATAGATAATT
* * * ** *
55733 ATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTAATC
1 ATTTATTTTTTAAA--CTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTC
* * * * * * * * * **
55798 CAAATAAGCTTGTATGAA-CAAAAACTATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAACAATTTGA
64 TAAATAAACTTTTAT-AATAAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAATGATTT-A
* * * * * *
55862 AATAAATAATTGCTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACCGATTTATTTTTTAA
127 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAACTA-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAA
* * ** * **
55927 ATC-C---CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTCTTTTATTTCGAGCAAACTTAC
191 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGT
* * * * * * * *
55988 ATGAGCAAAAACATTTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTCATAGCTATTTGAAA-AGATAATTGTT
256 ATAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGACAATTATT
* * * *
56052 CAAATAATCATAATTATTTAAACTGGTTAGGTAAATAGA
321 CAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCGATAAATA-A
* * * * * *
56091 A-TTACTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTT-TAGTATGAATAAATT-CATTTTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAA-CTC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAC-TATTATTTTATT
* * * * ** *
56153 CCAAAT-AAGTTAGTGTGAATTGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAAC--AA----A-AATGATTT
63 CTAAATAAACTT-TTAT-AATAAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAATGATTT
** * ** * * *
56209 GAAATAGATAAAGGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTT
126 -AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAACTA-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTT
* * * ** * *
56274 AAATCTCTCAGTTATTAATTTTTGGAATATTTTTATATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
189 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT
* * * * *
56339 GTATAAACAGAAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAACTATTTGAAGTATACAATTA
254 GTATAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGACAATTA
56404 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCGATAAATAA
319 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCGATAAATAA
* * *
56444 ATTTATTTTTTAAA-TCT-CTTATTAATTTTTGAGAGATTAATAAATTACTATTATTTTATTCTG
1 ATTTATTTTTTAAACTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTCTA
* *
56507 AATAAACTTTGTATAATAAAAAACAATTGTTATATAACCAAACAAAAGGTTATAATGATTTAAAA
66 AATAAACTTT-TATAATAAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAATGATTT-AAA
* * * * * *
56572 TAGATAATTGTTGAAATGGCCACAATTATTTGAACTGATTTGGTAAACCGATTTACTTTTTAAAT
129 TAGATAATTGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAACT-ATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT
* * * *
56637 CGCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTAT
193 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT
* ** * *
56702 GAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTTAAATAGACAATTGTTC
258 AAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGACAATTATTC
* * * * *
56766 AAATAAG-CATAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAACT-A
322 AAAT-AGTCATAACTATTTAAACTGGTTCGATAAA-TAA
* * * * * *
56803 ATTTATTTTTTTAAACTATTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTCTTTTATTT
1 ATTTA-TTTTTTAAACT-CTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTC
** * ** * *
56868 TGGATAAGCTTTTATAA-ACTGAAACAATTGTTTTATATCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTA
64 TAAATAAACTTTTATAATA-AAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAATGA-TTTA
* * * *
56932 AATAAATAATTGTTCAAATAGTAATC-ACTATTTGAACT-TGTTCGATAAATAGATTTATTTTTT
127 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-CAACTATTTGAACTAT-TT-GGTAAACAGATTTATTTTTT
* * * * * * *
56995 CAAA-CTTTTCCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTTCGAATAAGAT
189 -AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCT
* * * * * * * * * * * *
57059 TGTA-AGATATGAAACAAATATTTTCTAACTAAACAAAAGGTTAGAA-TGATTTAAAATATATAA
253 TGTATAAACA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGACAA
* ** * * * * *
57122 TTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAATTGGTTCGACAAACAC
316 TTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCGATAAATAA
* * *
57165 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAA
1 ATTTATTTTTTAAA-CTC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTAT-T
* * * * * * *
57229 CTAAATAAGC-TTTATGATCAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCT-TAATGATTTG
63 CTAAATAAACTTTTATAATAAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGT-TATAATGATTTA
* * * * * *
57291 GATTGATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAA
127 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAACT-ATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAA
57356 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGT
191 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGT
* * * * **
57421 ATGATA-A-AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATCGT
256 AT-AAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGACAATTAT
* * * * * **
57484 TCATATAGTC-TTACTATTTGAAA-TGGTT-TAGCAATTTG
320 TCAAATAGTCATAACTATTT-AAACTGGTTCGA-TAAATAA
** ** * * ** * * *
57522 ATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTGTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAA-ACTC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTC
* * ** * * * * * **
57587 TGAATAAAATAGTATGAAT-AGAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAATGAATTGG
64 TAAATAAACTTTTAT-AATAAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAATG-ATTTA
* * *** * * *
57651 AATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAAGGGTTTGGTAAATAGTTTTACTTTTTAA
127 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCACAACTATTTG-AACTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAA
*
57716 ATCTCTTACTGATTAATTTTCT-AAATATTAATAAA
191 ATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAA
57751 AGGTTAGAAT
Statistics
Matches: 1329, Mismatches: 269, Indels: 122
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
349 64 0.05
350 14 0.01
351 33 0.02
352 25 0.02
353 92 0.07
354 56 0.04
355 3 0.00
356 52 0.04
357 102 0.08
358 84 0.06
359 321 0.24
360 112 0.08
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362 264 0.20
363 55 0.04
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (358 bp):
ATTTATTTTTTAAACTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTCTA
AATAAACTTTTATAATAAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTAAATA
GATAATTGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAACTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATAAA
CAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGACAATTATTCAAAT
AGTCATAACTATTTAAACTGGTTCGATAAATAA
Found at i:58097 original size:176 final size:176
Alignment explanation
Indices: 57784--58112 Score: 395
Period size: 174 Copynumber: 1.9 Consensus size: 176
57774 TAATTATTTT
* ** *
57784 AATACGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAATACATTTATTTTTAAATCTTTCACTAATTTT
1 AATACGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGAAAAATACATTTATATTTAAATCTTTCACTAATTTT
* * * ** *
57849 AGAATATTATTAAATTAATATTATTTTTATTCAAATAAGCTTGTATGATCAGAAACAATTGTTTT
66 AGAATATTAATAAAGTAATATTATTTATATTCAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTA
*
57914 ATGACAAAATAAAA-ATCATAAAGATTTGAGAATGATATTTGTTCA
131 ATGACAAAACAAAATATCATAAAGATTTGAGAATGATATTTGTTCA
*
57959 AATA-GTCATAACTATTTGAACTAGTTC-AAAAATA-ACTTTAGTATTTAAATCTCTTGCTTATT
1 AATACGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGAAAAATACA-TTTA-TATTTAAATCT-TT-C--ACT
* *
58021 AATTTT-GAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTAT-TTCGAATAAG-TT-TATGAAAATGAAACA
60 AATTTTAG-AATATTAATAAAGTAATATTATTTATATTCAAATAAGCTTGTATGAAAA-GAAACA
*
58082 ATTGTTTAATGACAAAACAAAATGTCATAAA
123 ATTGTTTAATGACAAAACAAAATATCATAAA
58113 TAACTTTAAA
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 15, Indels: 16
0.81 0.09 0.10
Matches are distributed among these distances:
172 1 0.01
173 9 0.07
174 32 0.25
175 12 0.09
176 29 0.22
177 17 0.13
178 30 0.23
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (176 bp):
AATACGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGAAAAATACATTTATATTTAAATCTTTCACTAATTTT
AGAATATTAATAAAGTAATATTATTTATATTCAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTA
ATGACAAAACAAAATATCATAAAGATTTGAGAATGATATTTGTTCA
Found at i:58836 original size:178 final size:179
Alignment explanation
Indices: 58286--59618 Score: 890
Period size: 179 Copynumber: 7.5 Consensus size: 179
58276 ACTTGTTAAT
* * * * * * * *
58286 AGAAACAATTGTTTTATTA-TAAACAAAAGGTAAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATA
1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACTAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * * *
58350 GTCTTAACTATTTGAATTGGTTCAATTAACACATTTATTTTTCAAAGC---T-CTTATTAATTTT
66 GTCATAACTATTTGAACT-GTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTT
* * * * * * * *
58411 TGGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACT-CATAATAAGTTTGTATGAAC
129 TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA-AATAAGCTTGAATGAAC
** * * * * * *
58462 A-AAAGCTTTTGTTTTATTACAAAAC-ATA--TCATAATA-ATTTGAGAGAGATACTTGTTCAAA
1 AGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACTAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * * * * *
58522 TAGCCATAAGTATTTGAATTGGTT-TGATAAATC-GATTTAATTCTTAAATC--TT--TTATTAA
64 TAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCAG-TAAA-CATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* * * * ** ** * *
58581 TTTTTGAAATATTAAT-AACTAATATCATTTTA-TCTGAAT-ATTTTGTATGAAT
126 TTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGAATGAAC
** * * *
58633 AGAAACAATCCATTTTATGACAAAAC-AAATGTCATAAAGATTTGAAACAGATAATAATTCAAAT
1 AGAAACAAT-TGTTTTATGACAAAACTAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * ***
58697 AGACATGACTATTTGAACTGTTCAGCAAAGCATATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTT
65 AGTCATAACTATTTGAACTGTTCAGTAAA-CATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
** **
58762 TAGAATATTAAATAAATTAGTATTA-TTTATTTTAAATAAAATTGAATGAA-
129 TAGAATATT-AATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGAATGAAC
* * * **
58812 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACTAAAGATCA-AAATGATTTGATATAAATAATTATTTGAAT
1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACTAAAGGTCATAAA-GATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * *
58876 GGTCATAACTATTTAAACTCGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
65 AGTCATAACTATTTGAACT-GTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TT
* ** **
58941 TTAAAAT-TTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CTGATAAGCTTTTATGAA-
128 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGAATGAAC
* ** * * * *
58990 TGAAACAATTGGCTTATGACAAAACTAAAGGTCGTCACA-ATTTGAAATAGATAATTGTTTAAAT
1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACTAAAGGTCAT-AAAGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* ** * * *
59054 AGCCATAACTATTTGAGTGTGTTCAGAAAAATATATTTATTTTTTTAAATTTTTTACTTATTAAT
65 AGTCATAACTATTTGA-ACTGTTCAG-TAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* *
59119 TTTAGAATA-TAATAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGGAATGAAAC
127 TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTT-GAATG-AAC
* * * * * *
59172 AGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTTGTTCAGAT
1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACTAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAA-TTATTCAAAT
* * * * * ** *
59237 AGTCATAACTATTTGAACATGATT--GTAAATAGA-TTA-ATTTT-ATTCTCTTACCAACTAATT
65 AGTCATAACTATTTGAAC-TG-TTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
* * * *
59297 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTATATAAAT
128 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGA-ATGAAC
* * * * *
59350 TGAAACAATTATTTTTATTACAAAAC-AAAGGTCACAATTGATTTGAAATTA-ATTAATTATTCA
1 AGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACTAAAGGTCATAA-AGATTTGAAA-TAGA-TAATTATTCA
* * * * *
59413 AATACTCATGACCATTTAAACTTGTTCAGATAAACATATTTATTTTTTAAAATCTTTAACTTATT
62 AATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCAG-TAAACATATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATT
* * * * *
59478 ACTTGTT-GAAATATTAATAAATTAATATTTTTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAC
124 AATT-TTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGAATGAAC
* * * * *
59535 AGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACA-ATTTGAAATAAATAATTGTTTCAAA
1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACTAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAA
**
59599 TAGTCATAAAGATTTGAACT
64 TAGTCATAACTATTTGAACT
59619 TGGTCGGGTA
Statistics
Matches: 903, Mismatches: 193, Indels: 115
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
171 14 0.02
172 22 0.02
173 23 0.03
174 131 0.15
175 5 0.01
176 15 0.02
177 31 0.03
178 179 0.20
179 205 0.23
180 63 0.07
181 15 0.02
182 47 0.05
183 37 0.04
184 44 0.05
185 34 0.04
186 38 0.04
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACTAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
GTCATAACTATTTGAACTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTA
GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGAATGAAC
Found at i:59035 original size:357 final size:354
Alignment explanation
Indices: 58647--59607 Score: 971
Period size: 357 Copynumber: 2.7 Consensus size: 354
58637 ACAATCCATT
* * * *
58647 TTATGACAAAACAAATGTCATAAAGATTTGAAACAGATAATAATTCAAATAGACATGACTATTTG
1 TTATGACAAAACAAAGGTC-TCAAGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGACATGACTATTTG
* **
58712 AACTGTTCAGCAAAGCATATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTAGAATATTAAATAA
65 AACTGTTCAG-AAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTAACTTATTAATTTTAGAATATT-AATAA
** ** *
58777 ATTAGTATTATTTATTTTAAATAAAATTGAATGAA-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACTAAA
128 ATTA-TATTATTTATTCAAAATAAGCTTGAATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * *
58841 GATCAAAATGATTTGATATAAATAATTAT-TTGA-ATGGTCATAACTATTTAAAC-TCG-TTCAG
192 GATCATAATGATTTGAAATAAATAATT-TGTTCAGATAGTCATAACTATTTAAACAT-GATT--G
* * ** *
58902 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAAT-TTAATAAATTAGTATTAT
253 TAAACAAA-TTA-ATTTT-AATCTCTTACCAACTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
** *
58966 TTTA-TTCTGATAAGCTTT-TATGAA-TGAAACAATT-GGC
314 TTTATTTCAAATAAGCTTTATATAAATTGAAACAATTAGGC
* * * *
59003 TTATGACAAAACTAAAGGTCGTCACA-ATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGCCATAACTATT
1 TTATGACAAAAC-AAAGGTC-TCA-AGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGACATGACTATT
** * * *
59067 TGAGTGTGTTCAGAAAAATATATTTATTTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTAGAATA-TAA
63 TGA-ACTGTTCAG-AAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTTTAACTTATTAATTTTAGAATATTAA
* *
59131 TAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGGAATGAAACAGAACCAATTGTTTTATGACAAAA
125 TAAATTATATTA-TTTATTCAAAATAAGCTT-GAATG-AACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * *
59196 CAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAACATGATT
187 CAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTTGTTCAGATAGTCATAACTATTTAAACATGATT
* * * *
59261 GTAAATAGATTAATTTTATTCTCTTACCAACTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
252 GTAAACAAATTAATTTTAATCTCTTACCAACTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
***
59326 ATTTCAAATAAGCTTTATATAAATTGAAACAATTATTT
317 ATTTCAAATAAGCTTTATATAAATTGAAACAATTAGGC
* * ** *
59364 TTATTACAAAACAAAGGTCACAATTGATTTGAAATTA-ATTAATTATTCAAATACTCATGACCAT
1 TTATGACAAAACAAAGGTCTCAA--GATTTGAAA-TAGA-TAATTATTCAAATAGACATGACTAT
* *
59428 TTAAACTTGTTCAGATAAACATATTTATTTTTTAAAATCTTTAACTTATTACTTGTT-GAAATAT
62 TTGAAC-TGTTCAGA-AAACATATTTATTTTTT-AAATCTTTAACTTATTAATT-TTAG-AATAT
* * * * *
59492 TAATAAATTAATATTTTTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAA
122 TAATAAATT-ATA-TTATTTATTCAAAATAAGCTTGAATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAA
** *
59557 AACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAA-TTGTTTCAAATAGTCATAA
185 AACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTTG-TTCAGATAGTCATAA
59608 AGATTTGAAC
Statistics
Matches: 498, Mismatches: 76, Indels: 55
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
356 25 0.05
357 99 0.20
358 41 0.08
359 43 0.09
360 76 0.15
361 46 0.09
362 65 0.13
363 70 0.14
364 12 0.02
365 19 0.04
366 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (354 bp):
TTATGACAAAACAAAGGTCTCAAGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGACATGACTATTTGA
ACTGTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTAACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATT
ATATTATTTATTCAAAATAAGCTTGAATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATC
ATAATGATTTGAAATAAATAATTTGTTCAGATAGTCATAACTATTTAAACATGATTGTAAACAAA
TTAATTTTAATCTCTTACCAACTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
AAGCTTTATATAAATTGAAACAATTAGGC
Done.