Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167834.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_106, whole genome shotgun sequence
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TTATCTAATTAGA
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243 ATATTTTTAT
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* *
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ATAATAATTATAATA
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1238 ATATAGTATT
*
1248 ATTATATTATTATTTAA
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1 ATTA
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ATTATATTATTATATAA
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1892 TGTATAAATA
*
1902 TTAATTTATTTATACAAC
1 TTAATTTATTAATACAAC
* * *
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1947 AAAATCAAAT
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TTAATTTATTAATACAAC
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2256 TTGAATGATC
* *
2266 AAATAAATATTACTTTTAATTT
1 AAATAAATATTAATTTAAATTT
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1 -AAATAAATATTAATTTAA-ATTT
*
2311 AAAGAAATTATTA
1 AAATAAA-TATTA
2324 TATAAGTAAT
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AAATAAATATTAATTTAAATTT
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2309 TTAAAGAAAT
*
2319 TATTATATAAGTA-ATAAATTTAA
1 TATTAAATAAGTATATAAATTTAA
*
2342 TATTAAATAATTATATAAATTTA
1 TATTAAATAAGTATATAAATTTA
2365 TTGAATTATA
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TATTAAATAAGTATATAAATTTAA
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2379 ATTAATATTG
2389 TATTAA-TAATTAA
1 TATTAATTAATTAA
2402 T-TTAAATTAA-T-A
1 TATT-AATTAATTAA
2414 TATT-ATTGAATTAA
1 TATTAATT-AATTAA
*
2428 T-TTAATTAATTAT
1 TATTAATTAATTAA
*
2441 TATTAAATAATTA
1 TATTAATTAATTA
2454 TTGATTTACA
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TATTAATTAATTAA
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2380 TTAATATTGT
* *
2390 ATTAATAATTAAT-TTAA
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*
2428 TTTAATTAATTATTATTAA
1 ATTAATT-ATTATTATTAA
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1 ATTAATTATT
2456 GATTTACAAT
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ATTAATTATTATTATTAA
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2468 AATCAAACAA
2478 TATATAAATATT-A-TT-AAATT
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1 TATATAAATTTAATTTAAAATT
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1 TATATAA-ATTTAAT-TTAA
2539 TAATAAGAAA
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TATATAAATTTAATTTAAAATT
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2618 ATAAATTTAA
*
2628 TTAATAAATTATAATAT
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1 TTAATAAATAATAATAT
*
2660 ATAATAAAT
1 TTAATAAAT
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TTAATAAATAATAATAT
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*
2655 TAATAATAATAAATCATTAT
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*
2675 TAATGATAA-AAATAATTAT
1 TAATAATAATAAATAATTAT
2694 TAA
1 TAA
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TAATAATAATAAATAATTAT
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3843 TATCGCTTAC
3853 AATATA-AATTAATTA
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3887 AATATATAATAA-TA
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3901 AATATATAATA
1 AATATATAATA
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AATATATAATAATTA
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*
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AAATATATAAATAAT
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3941 GCCTAATATA
*
3951 ATTATAAATAATAATTAAT
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3970 ATT-TATAATATAATGTAAT
1 ATTAT-TAATATAAT-TAAT
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1 ATTATTAATATAATTA
4004 TTAGTTATAA
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4537 ATCTCAATTT
* *
4547 ATAATTATAATATAGTTACA
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4559 TAGTTACAAC
* *
4569 TAATTATAATACAATTAT
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4587 TAATAATAACTATAA-AT
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*
4604 TAATTATAATATAATAAT
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1 TAATAA
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5686 TTATTCGTTA
*
5696 ATAAATAATTATTATTAATTAT
1 ATAAATAATTATTATCAATTAT
*
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1 AT-AAATAATT--ATTATCAATTAT
5742 ATAAATA
1 ATAAATA
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* * * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * *
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* * *** ** *
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* * *
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* *
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* * * * * * *
7695 AAATAAAATAAAACTAATCTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAA
1 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAA
* * * * * * * *
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65 TCTGTTTACTAAACAAGTTTAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * *
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130 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCG
* * * * ** * *
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1 A-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* * * *
7939 TCTGTTTACCTAACCAA-TTTAAATAATAATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA
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* * * * * *
8003 TTACCTTTTGTTTTGTTATAAAACTAATGTTTT-TGTTCATATAAGTTTATTCG
129 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-TAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCG
* * * *
8056 AAATAAAATAATAGTAATATATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AAAA-TTTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* ** * * * * *
8117 CTATTTA-TCAAA-TTGGTT-CA-AATTA-AGACTATTT-AAGCAATTATTTATTCCAAATCATT
66 CTGTTTACT-AAACAAGTTTAAATAATTATA-ACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * ** * *
8176 ATGA-CTTTCTGTTCTATTATAAGATAATAGTTTCTATTTATTCAAAGCTTATTC-
128 ATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATAC-AAGCTTATTCG
* * * * * * * * *
8230 AGATTAAAATTATATAAATCTATTAATATTTTCACAATTAGTAAGTAAAAAATGTAAAAAATTAA
1 A-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA-TAA
** * * * * * * * * * *
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64 ATCTGTTTACTAAACAAGTTTAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * *
8360 TGACATTTTCTTCTGTCATAAAA-AATTTATTTCAATTCATATAAGCTTATTCG
129 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTCG
* * * * *
8413 AAATAAAATAATATTAAGTTATTAATATTTTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAAT
1 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * ** * *
8478 CTGTTCACTGAACAAGTTTAAATAATTATAATTATTTGAACAATTATTTATTAGAAATCGCTATA
66 CTGTTTACTAAACAAGTTTAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * *
8543 ACCTTTTGCTTTGTCATAAAATGATTTTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTTG
131 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCG
*
8595 -AATAAAATAATA-AAATTTATTAA-A--TTAAGATAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAA
1 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
* * * * *
8654 ATCTGTTTACTAAATAAGTTTAAATCATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTA
64 ATCTGTTTACTAAACAAGTTTAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * *
8719 TGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TGTTCATACTAGTTTATTCG
129 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTCG
* * *
8772 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTTATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * ** * * * * * * * *
8837 ATGTTTGCCGAATAAGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAATAATAATCTATTTCAAAT-GATCAT
66 CTGTTTACTAAACAAGTTTAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG-TTAT
* * ** * * *
8901 GAGCTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGCTTC-AGTTCATATAAGCCTATTTG
130 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCG
* * * * * * *
8953 AGATAAAATAATATTCCA---A--AA-A--TTAAAGAGTAA-CAG----A-ATTAAAAAAATGAA
1 AAATAAAATAATATT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * ***
9004 T-TTTCTTA-TCAATCAAGTTGAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTT-AAAAAATT
65 TCTGT-TTACT-AAACAAGTTTAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * * * * *
9066 ATGACATTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGGTTT-TGTTCATGCAAGCATATTTTG
128 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCG
* ** * * * *
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* * * * * * *
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* *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * **
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* * * * * *
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* * * * *
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* *
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* * *
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*
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* * * * * * * *
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* * * *
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** * * * * * *
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* * * * ***
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* * ** ** *
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* * * * *
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** * *
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* **
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9498 TATAT TATAT TATAT TATAT TATAT T
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TATAT
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* * *
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1 A
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*
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*
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1 TTAA
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* *
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*
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*
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1 T
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* * *
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* * * *
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** * * * *
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* * ** * *
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* *
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* * * * *
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* **
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* * *
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* * * * * * *
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*
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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*
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* * * * *
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* * * * *
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* *
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**
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* * *
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* *
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*
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*
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* *
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* *
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*
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TTATAATTATTATTAT
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* ** **
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* * *
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* *
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* * * * * * *
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** ** *
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TAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
TTTACTGAATAAGTTT
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* * *
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* * * * *
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* *
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** * *
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AATAGTCATGACT
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* *
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*
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*
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*
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* * *
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AAAG
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* *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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* *
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* *
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* ** * * * *
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* * * *
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* ** *
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*
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* * * *
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* *
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* *
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* * *
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* *
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*
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* *
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37522 ACAATTATCT
*
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*
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*
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1 TAT
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* *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* ** *
65048 TTTCAAAAATGTAATATAAAAATCATTTGCATGATTTTAATTTTTCATACTTATCTGTTTTAGAT
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* * * **
65113 GCATTTTTAGGAGTATTCAAGAATGTTGTAGGGAATTTGAGGGATGCTGTTGATATTTATTTGGA
308 GCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTTGAGGGATGCTGTTG--A--TATTTGGA
* * **
65178 TGTCATTTGTGAAATCATTATCAGTGCTTGATGTGATTAACCGTGTGCTAACTTGTTTTCATATA
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** *
65243 TTACACACAAACTCAAAGCTCAATG-TTTCTGA
434 TTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTCTAA
* * *
65275 AGCTTTTTATGCTTTGCTTTGGAAGTC-TTTTCTGCTGGAGTCGAGATTTAAAAGTATGAAATAT
1 AGC-TTTTATGCTTTGCTTTGAAAGTCATTTT-TGTTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATAT
* * * * *
65339 TGTTTTAACAGGTCTTTAAATGAAAATGAATATCTTGAATCCATTGTTTTAAAT-CTCAAACACA
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* * *
65403 GCAACGTGATAACTTGCATTGGTTTTCATTTTTTACATTGTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTT
129 GCAACATGATAACTTGCATTGGTTTTCA-TTTTTACAGTGTTAAGTGTAAGTTATAAAGGATTTT
* * * * *
65468 GGAGCTTAAAAAATCAAAATTTCGTTTCTTAACAATTACGGGCATAAAAACCATCTGCATAATTT
193 GGAGCTTAAAATATC-AAATTTTGTTT-TTAACAATTATGGGCATAAAAACTATCTGTATAATTT
* *
65533 CAAAAATTTTGTATAAAAA-C-CTTAATTTTTCATA-TTATCTGGTTTAGATGCAATTTTAGGAG
256 CAAAAATTTTGTATAAAAATCTCTTAATTTTTCATACTTATCTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAG
** * * * *
65595 GATTCATGAACACTCCAGGAAATTTGAAGGATGCTGTTGATATTTGGATATCATTTGTCAAATCG
321 GATTCATGAATGCTCCAGGGAATTTGAGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCG
** * * * *
65660 TTATTGGTGCTTGATGCGATTAATTATGTGGTATCTTGTTTTCTTATATTATGCACAAACTCAAA
386 TTATCAGTGCTTGATGCGATTAACTATGTGCTAACTTGTTTTCATATATTATGCACAAACTCAAA
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451 GCTCAATGTTTTCTAA
* *
65740 AGCTTTTATGCTTTGTTTTGAAAGTCATTTTTGTTGGAATCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTG
1 AGCTTTTATGCTTTGCTTTGAAAGTCATTTTTGTTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTG
* * *
65805 TTTTAGCAAGTCTTTAGATGGAAATGAATATCTTGAATCCAACGTTTTAACTCGCTTAAACACAT
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* *
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129 GCAACATGATAACTTGCATTGGTTTTCA-TTTTTACAGTGTTAAGTGTAAGTTATAAAGGATTTT
* *
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193 GGAGCTTAAAATATCAAATTTT-GTTTTT-AACAATTATGGGCATAAAAACTATCTGTATAATTT
* * * * *
65999 CAAAAA-TGTGATACAAAAATCAT-TTGCACGATTTTAAAATTTCAAACTTATCTACTTTAGATC
256 CAAAAATTTTG-TATAAAAATC-TCTT--A--A--TT----TTTCATACTTATCTGCTTTAGATG
*
66062 CATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTTGAGGGATGCTATTGATATTTGGATGTCA
309 CATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTTGAGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCA
*** * *
66127 TTTGTGAAATCGTTATCAACACTTGATGCGATTAACTATGTGCTAACTTGTTTTCATAAAATATG
374 TTTGTGAAATCGTTATCAGTGCTTGATGCGATTAACTATGTGCTAACTTGTTTTCATATATTATG
* *
66192 CACAAACTCAAAGCTCAATATTTTCTGA
439 CACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTCTAA
** * * * ** * * *
66220 AG-TTGGA-G--TCGACCTTTAAAAGT-ATGACATATTGTTTTAG-CAAGTCTTT-CAA-T-GGA
1 AGCTTTTATGCTTTG--CTTTGAAAGTCAT----TTTTGTTGGAGTCGAG-CTTTAAAAGTATGA
* ** * * * * * * *
66276 AATTAACATCATTAATCCAATGT-TTTAAACTTGCTCAAACAT-AACAACATGATAACTTGCATT
59 AA-T-A-TTGTTTTA-GCAA-GTCTTTAAA--TG---AAA-ATGAATATCTTG--AA--TCCAAT
* * *** ***** ** * * * ** * * *
66339 GGATTT--CT-TTTTTGCAGTTTTAGGTG-TAAGTT--ATGAAGGATTTTGGAGCTTAATA-TAT
109 -GTTTTAACTGCTTAAACACAGCAACATGATAACTTGCAT--TGG-TTTT-CATTTTTACAGTGT
* * * * * ** * * * *
66397 TAAAATTTTATTTCTAAACAATTATGG-GCATAAAA-ATC--A-TATG-----CACAATT-T---
169 T-AAGTGTAAGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATCAAATTTTGTTTTTAACAATTATGGG
* * *
66448 C----AAA-T-TGTG-AT-A--T-AAAAGTAATTTGTAT---GAT-T-TTAATTTTTCATACTTA
233 CATAAAAACTATCTGTATAATTTCAAAA--ATTTTGTATAAAAATCTCTTAATTTTTCATACTT-
* * * *
66497 AT-TGCTTTAGATGCAGTTTTAGGAGTATTCATGAGTGCTCCAGGGAATTTGTGGGATGCTGTTG
295 ATCTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTTGAGGGATGCTGTTG
*** * * * *
66561 ATATTTTCTTGTCATTTGTGAAATTGTTATCGGCGCTTGATGTGATTAACTATGTGCTAACTTGT
360 ATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATCAGTGCTTGATGCGATTAACTATGTGCTAACTTGT
* * * **
66626 TTTGATACATTATGCACAAACTCAAAGCTCCATGTTTT-TGT
425 TTTCATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTCTAA
** * * * *
66667 AGCTTTTATG-TGTTGCTTTGAAAACCGTTCCTTGCTAGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATAT
1 AGCTTTTATGCT-TTGCTTTGAAAGTCATT-TTTGTTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATAT
* *
66731 TGTTTTAGCAAGAT-TTTAGAA-GGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTTGAACTTGCTCAAA
64 TGTTTTAGCAAG-TCTTTA-AATGAAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTT-AAC-TGCTTAAA
* * ** *
66794 CACAAG-AACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTGACAGTGTTAAGTGTTAGTTACGAAGT
125 CAC-AGCAACATGATAACTTGCATTGGTTTTCATTTTT-ACAGTGTTAAGTGTAAGTTATAAAGG
* ** * *
66858 ATTTTGGAG-TCTAAATTATCAAAATTTCATTTCTGAACAATTATGGGCAT-AAAACTATCTGCA
188 ATTTTGGAGCT-TAAAATATC-AAATTTTGTTT-TTAACAATTATGGGCATAAAAACTATCTGTA
* * * * * *
66921 CAATTTC--AAATTATGATATAAAAATCATTTGCATGATTTTAATTTTCCTTATTTATTTGCTTT
250 TAATTTCAAAAATTTTG-TATAAAAATC---T-C------TTAATTTTTCATACTTATCTGCTTT
* * * * * * * **
66984 AGAAGCATTTTTAGGAAGATTCATGAGTGCTCCAAGGAATTCGTGGGATGCTGTTGATAAATTAA
304 AGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTTGAGGGATGCTGTTGAT-ATTTGG
* ** * * * * * *
67049 ATGTTATTTGTGAAATCGTTATTGGTGCTTGATGCAATTAATTGTGTGTTAACTTGTTTTTATAC
368 ATGTCATTTGTGAAATCGTTATCAGTGCTTGATGCGATTAACTATGTGCTAACTTGTTTTCATAT
* * * *
67114 ATTATGCACAAATTGAAAGCTCCATGTTTT-TGA
433 ATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTCTAA
*** * ** * * * * *
67147 AGCTTTTACATTTTCCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGTCAAGCTTTAAAAGTTTGAAATATTA
1 AGCTTTTATGCTTTGCTTTGAAAGTCATTTTTGTTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTG
* * * ** * *
67212 TTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATAAATATCCAGAATCTAATGTTTTAAACTTGCTCAAACACA
66 TTTTAGCAAGTCTTTAAATGAAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTT-AAC-TGCTTAAACACA
* * * * *
67277 GGAACATGATAATTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTACGTTATGAAA-GATTT
129 GCAACATGATAACTTGCATTGGTTTTCATTTTT-ACAGTGTTAAGTGTAAGTTAT-AAAGGATTT
* * * * * *
67341 TGGAGCTTAAACTATCAAAATTTCGTTTCGGTAA-AATTATGGGCATAAAAACCATTTGCA-AAT
192 TGGAGCTTAAAATATC-AAATTTTGTTT--TTAACAATTATGGGCATAAAAACTATCTGTATAA-
* * * * *
67404 TTTC--AAATTGTGATATAAAGAACATTTGCACGATTTTAATTTTTCTTATTTATTTGCTTTAGA
253 TTTCAAAAATTTTG-TAT-AA-AA-A--T---C--TCTTAATTTTTCATACTTATCTGCTTTAGA
* * * * * * *
67467 TGCATTTTTAGGAGGATTCATGAGTGCCCCAGGGAGTTCGTGGGATACTGTTGATATTTAGATGT
307 TGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTTGAGGGATGCTGTTGATATTTGGATGT
* ** * * * * ** **
67532 CATTTGTGAAATCATTATTGGCGGTTGATGCGATTAATTGTGTGCTAACTTGTTTGAATGCATTA
372 CATTTGTGAAATCGTTATCAGTGCTTGATGCGATTAACTATGTGCTAACTTGTTTTCATATATTA
* * *
67597 TGCACAAACTCAAAGTTCCATGTTTT-TGA
437 TGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTCTAA
* * ** * * *
67626 AGCTTTTACGTTTTGCTTTGAAAACCATTTTTGCTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTTTGAAATATTA
1 AGCTTTTATGCTTTGCTTTGAAAGTCATTTTTGTTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTG
* *
67691 TTTTAGCAAG-CTTTTAAATGAAAATGAATATCCTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAC
66 TTTTAGCAAGTC-TTTAAATGAAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTT-AAC-TGCTTAAACAC
* * ** * *
67755 AGGAACATGATAATTTGCATTTATTTT-AATTTTCCAGTGTTAAGTGTAAGTTATTAAA-GATTT
128 AGCAACATGATAACTTGCATTGGTTTTCATTTTTACAGTGTTAAGTGTAAGTTA-TAAAGGATTT
* * * *
67818 TGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTTGGTAA-AATTATGGGCATAAAAACCATATGCA-AAT
192 TGGAGCTTAAAATATC-AAATTTTGTTTT--TAACAATTATGGGCATAAAAACTATCTGTATAA-
* * ** *
67881 TTTC--AAATTGTGATATAAAAACCATTTGCACGTTTTTAATTTTTCATGTTTAT-TTCATTTAG
253 TTTCAAAAATTTTG-TAT-AAAA--A--T---C--TCTTAATTTTTCATACTTATCTGC-TTTAG
* * * *
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306 ATGC-ATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTTGAGGGATGCTGTTGATATTTGGAT
* * * * * *
68005 ATCATTTGTGAAATCGTTATCGGTGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCAAACTTGTTTTTATACAT
370 GTCATTTGTGAAATCGTTATCAGTGCTTGATGCGATTAACTATGTGCTAACTTGTTTTCATATAT
* * *
68070 TATGCACAAACTCAAAGCTCCATGTTCT-TGA
435 TATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTCTAA
* * ** * * * *
68101 AGCTTTTATGTTTTTCTTTGAAAACCATTTCTATTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTTTGAAATATTA
1 AGCTTTTATGCTTTGCTTTGAAAGTCATTTTTGTTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTG
* * * * * * *
68166 TCTTAGCAAGT-TTTAAATGTAAATGAATATCCTAAAACTAATGTTTTAAACTTGCTCAAACACA
66 TTTTAGCAAGTCTTTAAATGAAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTT-AAC-TGCTTAAACACA
* * * * * * * *
68230 GAAACGTGATGACTTACATTGGTTTTCATTTTTTACAGTGTTAAGAGTAATTTATGAAGGATTTA
129 GCAACATGATAACTTGCATTGGTTTTCA-TTTTTACAGTGTTAAGTGTAAGTTATAAAGGATTTT
* * *
68295 GGAGCTTAAAATATCATAATTTCGTTTTTGAACAATTATGGGCATAAAAACCT-TCTGCACAATT
193 GGAGCTTAAAATATCA-AATTTTGTTTTT-AACAATTATGGGCATAAAAA-CTATCTGTATAATT
* * * * *
68359 TCAAAAA-TGTGATATAAAAACAATTTGCACGATTTTAATTTTTCGTACCTATTTGCTTTAGATG
255 TCAAAAATTTTG-TAT--AAA-AA--T---C--TCTTAATTTTTCATACTTATCTGCTTTAGATG
** * * * *
68423 CATTTTTAGGAGGATTCATGAACACTGCAGCGAATTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGCCA
309 CATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTTGAGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCA
* * * * * *
68488 TTTGTGAAATCATTATCGGTGCTTGATGTGATTAACTGTGTGCT-ATTTTTTTTCATATATTATG
374 TTTGTGAAATCGTTATCAGTGCTTGATGCGATTAACTATGTGCTAACTTGTTTTCATATATTATG
* *
68552 CACAAACCCAAAGCTCAATGTTTT-TGA
439 CACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTCTAA
** * * * * * *
68579 AGCTTTTATTTTTTGCTTTGAAAATCATTTCTGCTGGAGTTGAGCTTTAAAAGTATGACATATTT
1 AGCTTTTATGCTTTGCTTTGAAAGTCATTTTTGTTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTG
* * * * * * *** *
68644 TTTTGGTAAGTATTTAATTCAGAATGAATATCTTGAATCTGTTGTTTTAAACTCGCTCAAACACA
66 TTTTAGCAAGTCTTTAAATGAAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTT-AACT-GCTTAAACACA
* * * *
68709 GGAACATGATAACATGCATTGGTTTTCTTTTTTCACTA-TGTTAAGTGTAAAGTTATGAAGGATT
129 GCAACATGATAACTTGCATTGGTTTTCATTTTT-AC-AGTGTTAAGTGT-AAGTTATAAAGGATT
* * * * *
68773 TTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCA-AAGAAACCATCTGCACAA
191 TTGGAGCTTAAAATATC-AAATTTTGTTT-TTAACAATTATGGGCATAA-AAACTATCTGTATAA
* * * *
68837 ATTC-AAAA-TGTGATATAAAAACTATTTGCATGATTTTAATTTTTCATACTTATCTACTTTAGA
253 TTTCAAAAATTTTG-TAT-AAAA--A--T-C----TCTTAATTTTTCATACTTATCTGCTTTAGA
* * ** * *
68900 TGCATTTTTAGGGGGATTCATGAACGCTCCAGGGAATTTGCCGGTTACTGTTGATATTTGGATGT
307 TGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTTGAGGGATGCTGTTGATATTTGGATGT
* *
68965 CATTTGTGAAATCGTTATCGGTGCTTGATGAGATTAACTATGTGCTAACTTGTTTTCATATATTA
372 CATTTGTGAAATCGTTATCAGTGCTTGATGCGATTAACTATGTGCTAACTTGTTTTCATATATTA
69030 TGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTC-AA
437 TGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTCTAA
* * * **
69059 AGCTTTTATGCTTTGCTTTGAAAATC-TTTTCTGCTGGAGTCGAGATTTAAAAGTATGAAACGTT
1 AGCTTTTATGCTTTGCTTTGAAAGTCATTTT-TGTTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATT
* * * *
69123 GTTTTAGCAAGTGTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAGTCCAATGTTTTAAACTCGCTCAAACAC
65 GTTTTAGCAAGTCTTTAAATGAAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTT-AACT-GCTTAAACAC
* * * ** * * *
69188 AGCAACGTGAAAACTTGCATTAGTTTTCACTTTAGAAATTGTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTT
128 AGCAACATGATAACTTGCATTGGTTTTCA-TTTTTACAGTGTTAAGTGTAAGTTATAAAGGATTT
* ** * * * * *
69253 TGGAGCTTAAAATATCAAAATATCATTTTTGAGCAATTATGGGCATAGAAACCATCTGCACAATT
192 TGGAGCTTAAAATATC-AAATTTTGTTTTT-AACAATTATGGGCATAAAAACTATCTGTATAATT
**
69318 TCAAAAA-TGAGATATAAAAATCATTTGCACGATTTTAATTTTTCATACTTATCTGC-TTAGATG
255 TCAAAAATTTTG-TATAAAAATC---T---C----TTAATTTTTCATACTTATCTGCTTTAGATG
* ** * * *
69381 CATTTTTAGGAGGATTCATGAACGCTGAATGGAATTTGTGGGATGCTTTTGATATTTGGATGTCA
309 CATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTTGAGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCA
* * * * ** ** * * * *
69446 CTTGAGAAATTGTTGTTGGCACTTGATGAGA-TAAGCTGTGCGCTAACTTGTCTTCATATATTAT
374 TTTGTGAAATCGTTATCAGTGCTTGATGCGATTAA-CTATGTGCTAACTTGTTTTCATATATTAT
* * *
69510 GCACAAACTCAAAGGTCAAT-TTTTTTGA
438 GCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTCTAA
* * * * * * *
69538 AGCTTTTATGCTTTGCTGTGAAAATCATATCTGCTGGAGTTGAGATTTAAAAGTATGAAATATTG
1 AGCTTTTATGCTTTGCTTTGAAAGTCATTTTTGTTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTG
* * * * * *
69603 TTTTAGCAAGTCCTTAAAAGGAAATTAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAACTCGCTCAAACACA
66 TTTTAGCAAGTCTTTAAATGAAAATGAATATCTTGAATCCAATG-TTTTAACT-GCTTAAACACA
* * * * *
69668 GCAACTTGATAACTTGCATTAGTTTTCATTTTTCACAGTGTTAAGGGCAAGTTATGAAGGATTTT
129 GCAACATGATAACTTGCATTGGTTTTCATTTTT-ACAGTGTTAAGTGTAAGTTATAAAGGATTTT
* * * * * * * *
69733 GTAGCTTAAATTATCAAAATTTCGTTTATAAACAATTATGGGCATAAAAACCATTTGCACAATTT
193 GGAGCTTAAAATATC-AAATTTTGTTT-TTAACAATTATGGGCATAAAAACTATCTGTATAATTT
** * * *
69798 CAAAAA-AGTGATATAAAAACCATTTGCACAATTTTAAATTTTCATACTTATCTACTTTAGATGC
256 CAAAAATTTTG-TAT-AAAA--A--T---C--TCTTAATTTTTCATACTTATCTGCTTTAGATGC
*
69862 ATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCTTCAGGGAATTTGAGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCAT
310 ATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTTGAGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCAT
* * * * * * *
69927 TTGTAAAATCATTATCGGCGCTTGATGTGATTTAACTATGTGCTAACTTGTTCTCATATATTATA
375 TTGTGAAATCGTTATCAGTGCTTGATGCGA-TTAACTATGTGCTAACTTGTTTTCATATATTATG
**
69992 CACAAACTCAAAGCTCAATG-TTTCCGA
439 CACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTCTAA
* * * * ** * * *
70019 AGCTTTTATGCTTAGGTTTGAAA-ACTAATTCGGCTGCAGTTGAGCTTTAAAAGTATGAAATATT
1 AGCTTTTATGCTTTGCTTTGAAAGTC-ATTTTTGTTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATT
* * *
70083 GTTTTAGCAAGT-TTTGAAATCAGAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTCGCTCAAACA
65 GTTTTAGCAAGTCTTT-AAATGAAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTT-AACT-GCTTAAACA
* * * * * **
70147 CAGGAACAGGATAACATGCATTGGTTTTCATTTTTTATAGTTTTAAGTGTAAGTTATGTAGGATT
127 CAGCAACATGATAACTTGCATTGGTTTTCA-TTTTTACAGTGTTAAGTGTAAGTTATAAAGGATT
* * * * * * * *
70212 TTGGAGTTTAAAATATAAAATTTTCGTTTATGAACAATTATGGGCATAGAAGCCA-CTGCACAAT
191 TTGGAGCTTAAAATATCAAATTTT-GTTT-TTAACAATTATGGGCATAAAAACTATCTGTATAAT
* * * *
70276 TTCAAAAA-TGTGATATAAAAACCATTTGCCTGATTTTAATTTTTCATACTTATCAGGGC-ATAG
254 TTCAAAAATTTTG-TAT-AAAA--A--T--C---TCTTAATTTTTCATACTTATC--TGCTTTAG
* * * * * * * *
70339 ATGCATTTTTAGGACGATTCATGAACGTTGCAAGGAAATCGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATG
306 ATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTTGAGGGATGCTGTTGATATTTGGATG
*
70404 TCATATGTGAA
371 TCATTTGTGAA
70415 CATTGGTTTT
Statistics
Matches: 4255, Mismatches: 661, Indels: 454
0.79 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
436 4 0.00
437 4 0.00
439 3 0.00
440 6 0.00
441 36 0.01
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443 3 0.00
444 3 0.00
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450 5 0.00
451 2 0.00
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454 2 0.00
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457 1 0.00
458 3 0.00
460 5 0.00
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462 4 0.00
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AGTGCTTGATGCGATTAACTATGTGCTAACTTGTTTTCATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCA
ATGTTTTCTAA
Found at i:67509 original size:480 final size:479
Alignment explanation
Indices: 66223--70414 Score: 4945
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66213 TTTCTGAAGT
* * * * * *
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* ** *
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** * * * * ** *
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* * * *** * *
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* * * *
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*** * **
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* * * *
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* * *
66676 GTGTTGCTTTGAAAACCGTTCCTTGC
455 GTTTTGCTTTGAAAACCATTTC-TGC
* *
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1 TGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTTA-AATGGAAATGAATATCT
* * *
66766 TGAATCCAATGTTTTGAACTTGCTCAAACACAAGAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTT
65 TGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACACAGGAACATGATAACTTGCATTGGTTTTCATTTTT
* * * * * *
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130 CACAGTGTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGCT-TAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAA
* * * * *
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* * * * * * *
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259 TTAATTTTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAAT
* * ** * * *
67024 TCGTGGGATGCTGTTGATAAATTAAATGTTATTTGTGAAATCGTTATTGGTGCTTGATGCAATTA
324 TTGTGGGATGCTGTTGAT-ATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATCGGCGCTTGATGCAATTA
* * * * * *
67089 ATTGTGTGTTAACTTGTTTTTATACATTATGCACAAATTGAAAGCTCCATGTTTTTGAAGCTTTT
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** *
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453 ATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGC
* * * * **
67181 TGGAGTCAAGCTTTAAAAGTTTGAAATATTATTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATAAATATCCA
1 TGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATGAATATCTT
* * *
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66 GAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACACAGGAACATGATAACTTGCATTGGTTTTCATTTTTC
* * * * *
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131 ACAGTGTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTG-AAC
* *
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195 AATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAA-TTTCAAAATGTGATATAAA-AACCATTTGCACGAT
* * * * *
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* * * * * * *
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323 TTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATCGGCGCTTGATGCAATTA
* ** * * *
67568 ATTGTGTGCTAACTTGTTTGAATGCATTATGCACAAACTCAAAGTTCCATGTTTTTGAAGCTTTT
388 ACTGTGTGCTAACTTGTTTTCATACATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTGAAGCTTTT
* *
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453 ATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGC
* * * * *
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1 TGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATGAATATCTT
* ** *
67725 GAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACACAGGAACATGATAATTTGCATTTATTTT-AATTTTC
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* *
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131 ACAGTGTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCT-G-AA
* * *
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194 CAATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAA-TTTCAAAATGTGATATAAAAACCATTTGCACGAT
** * *
67915 TTTAATTTTTCATGTTTATTT-CATTTAGATGCAATTTTT-GGAGGATTCATGAGTGCTTCA-GG
258 TTTAATTTTTCATACTTATTTGC-TTTAGATGC-ATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGG
* * * *
67977 -ATTTGTGGGATGTTGTTGATATTTGGATATCATTTGTGAAATCGTTATCGGTGCTTGATGCGAT
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* * * *
68041 TAACTGTGTGCAAACTTGTTTTTATACATTATGCACAAACTCAAAGCTCCATGTTCTTGAAGCTT
386 TAACTGTGTGCTAACTTGTTTTCATACATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTGAAGCTT
* **
68106 TTATGTTTTTCTTTGAAAACCATTTCTAT
451 TTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGC
* * * * *
68135 TGGAGTCGAGCTTTAAAAGTTTGAAATATTATCTTAGCAAG-TTTTAAATGTAAATGAATATCCT
1 TGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATGAATATCTT
* * * * * * * *
68199 AAAACTAATGTTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACGTGATGACTTACATTGGTTTTCATTTTTT
66 GAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACACAGGAACATGATAACTTGCATTGGTTTTCATTTTTC
* * * * *
68264 ACAGTGTTAAGAGTAATTTATGAAGGATTTAGGAGCTTAAAATATCATAATTTCGTTTTTGAACA
131 ACAGTGTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACA
* *
68329 ATTATGGGCATAAAAACCTTCTGCACAATTTCAAAAATGTGATATAAAAACAATTTGCACGATTT
196 ATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAATTTC-AAAATGTGATATAAAAACCATTTGCACGATTT
* * ** * *
68394 TAATTTTTCGTACCTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAACACTGCAGCGAATT
260 TAATTTTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATT
* * * **
68459 TGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGCCATTTGTGAAATCATTATCGGTGCTTGATGTGATTAAC
325 TGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATCGGCGCTTGATGCAATTAAC
* * * *
68524 TGTGTGCT-ATTTTTTTTCATATATTATGCACAAACCCAAAGCTCAATGTTTTTGAAGCTTTTAT
390 TGTGTGCTAACTTGTTTTCATACATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTGAAGCTTTTAT
* *
68588 TTTTTGCTTTGAAAATCATTTCTGC
455 GTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGC
* * * * * * **
68613 TGGAGTTGAGCTTTAAAAGTATGACATATTTTTTTGGTAAGTATTT-AATTCAGAATGAATATCT
1 TGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGA-AATGAATATCT
*** * * *
68677 TGAATCTGTTGTTTTAAACTCGCTCAAACACAGGAACATGATAACATGCATTGGTTTTCTTTTTT
65 TGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACACAGGAACATGATAACTTGCATTGGTTTTCATTTTT
68742 CACTA-TGTTAAGTGTAAAGTTATGAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGA
130 CAC-AGTGTTAAGTGT-AAGTTATGAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGA
* * *
68806 ACAATTATGGGCA-AAGAAACCATCTGCACAAATTCAAAATGTGATATAAAAACTATTTGCATGA
193 ACAATTATGGGCATAA-AAACCATCTGCACAATTTCAAAATGTGATATAAAAACCATTTGCACGA
* * * *
68870 TTTTAATTTTTCATACTTATCTACTTTAGATGCATTTTTAGGGGGATTCATGAACGCTCCAGGGA
257 TTTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGA
** * * *
68935 ATTTGCCGGTTACTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATCGGTGCTTGATG-AGAT
322 ATTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATCGGCGCTTGATGCA-AT
* * **
68999 TAACTATGTGCTAACTTGTTTTCATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTCAAAGCTT
386 TAACTGTGTGCTAACTTGTTTTCATACATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTGAAGCTT
* * *
69064 TTATGCTTTGCTTTGAAAATCTTTTCTGC
451 TTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGC
* ** *
69093 TGGAGTCGAGATTTAAAAGTATGAAACGTTGTTTTAGCAAGTGTTTAAATGGAAATGAATATCTT
1 TGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATGAATATCTT
* * * * * * * **
69158 GAGTCCAATGTTTTAAACTCGCTCAAACACAGCAACGTGAAAACTTGCATTAGTTTTCACTTTAG
66 GAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACACAGGAACATGATAACTTGCATTGGTTTTCATTTTTC
* * * * * *
69223 AAATTGTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATATCATTTTTGAGCA
131 ACAGTGTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACA
* * *
69288 ATTATGGGCATAGAAACCATCTGCACAATTTCAAAAATGAGATATAAAAATCATTTGCACGATTT
196 ATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAATTTC-AAAATGTGATATAAAAACCATTTGCACGATTT
* * ** *
69353 TAATTTTTCATACTTATCTGC-TTAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAACGCTGAATGGAATT
260 TAATTTTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATT
* * * * * * *
69417 TGTGGGATGCTTTTGATATTTGGATGTCACTTGAGAAATTGTTGTTGGCACTTGATG-AGA-TAA
325 TGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATCGGCGCTTGATGCA-ATTAA
* * * * *
69480 GCTGTGCGCTAACTTGTCTTCATATATTATGCACAAACTCAAAGGTCAATTTTTTTGAAGCTTTT
389 -CTGTGTGCTAACTTGTTTTCATACATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTGAAGCTTTT
* * * *
69545 ATGCTTTGCTGTGAAAATCATATCTGC
453 ATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGC
* * ** * *
69572 TGGAGTTGAGATTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTCCTTAAAAGGAAATTAATATCTT
1 TGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATGAATATCTT
* * * * *
69637 GAATCCAATGCTTTAAACTCGCTCAAACACAGCAACTTGATAACTTGCATTAGTTTTCATTTTTC
66 GAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACACAGGAACATGATAACTTGCATTGGTTTTCATTTTTC
* * * * * *
69702 ACAGTGTTAAGGGCAAGTTATGAAGGATTTTGTAGCTTAAATTATCAAAATTTCGTTTATAAACA
131 ACAGTGTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACA
* * *
69767 ATTATGGGCATAAAAACCATTTGCACAATTTCAAAAAAGTGATATAAAAACCATTTGCACAATTT
196 ATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAATTTC-AAAATGTGATATAAAAACCATTTGCACGATTT
* * * *
69832 TAAATTTTCATACTTATCTACTTTAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCTTCAGGGAATT
260 TAATTTTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATT
* * * * *
69897 TGAGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTAAAATCATTATCGGCGCTTGATGTGATTTAA
325 TGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATCGGCGCTTGATG-CAATTAA
* * * * **
69962 CTATGTGCTAACTTGTTCTCATATATTATACACAAACTCAAAGCTCAATGTTTCCGAAGCTTTTA
389 CTGTGTGCTAACTTGTTTTCATACATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTGAAGCTTTTA
* * * * * *
70027 TGCTTAGGTTTGAAAACTAATTCGGC
454 TGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGC
* * * *
70053 TGCAGTTGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTGAAAT-CAGAATGAATATCT
1 TGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGA-AATGAATATCT
* * *
70117 TGAATCCAATGTTTTAAACTCGCTCAAACACAGGAACAGGATAACATGCATTGGTTTTCATTTTT
65 TGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACACAGGAACATGATAACTTGCATTGGTTTTCATTTTT
* * * * * *
70182 TATAGTTTTAAGTGTAAGTTATGTAGGATTTTGGAGTTTAAAATAT-AAAATTTTCGTTTATGAA
130 CACAGTGTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATCAAAA-TTTCGTTTCTGAA
* *
70246 CAATTATGGGCATAGAAGCCA-CTGCACAATTTCAAAAATGTGATATAAAAACCATTTGC-CTGA
194 CAATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAATTTC-AAAATGTGATATAAAAACCATTTGCAC-GA
** * * * * * *
70309 TTTTAATTTTTCATACTTATCAGGGC-ATAGATGCATTTTTAGGACGATTCATGAACGTTGCAAG
257 TTTTAATTTTTCATACTTAT--TTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGG
* * *
70373 GAAATCGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATATGTGAA
320 GAATTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAA
70415 CATTGGTTTT
Statistics
Matches: 3231, Mismatches: 436, Indels: 90
0.86 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
474 69 0.02
475 183 0.06
476 91 0.03
477 235 0.07
478 128 0.04
479 1432 0.44
480 758 0.23
481 330 0.10
482 5 0.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.13, G:0.17, T:0.39
Consensus pattern (479 bp):
TGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATGAATATCTT
GAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACACAGGAACATGATAACTTGCATTGGTTTTCATTTTTC
ACAGTGTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACA
ATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAAATGTGATATAAAAACCATTTGCACGATTTT
AATTTTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTT
GTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATCGGCGCTTGATGCAATTAACT
GTGTGCTAACTTGTTTTCATACATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTGAAGCTTTTATG
TTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGC
Found at i:69325 original size:959 final size:957
Alignment explanation
Indices: 66223--70414 Score: 5004
Period size: 959 Copynumber: 4.4 Consensus size: 957
66213 TTTCTGAAGT
* * * * *
66223 TGGAGTCGACCTTTAAAAGTATGACATATTGTTTTAGCAAGTCTTTCAATGGAAATTAACATCAT
1 TGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGT-TTTAAATGGAAATGAATATC-T
* * * * *
66288 T-AATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACATAACAACATGATAACTTGCATTGGATTTCTTTTTT
64 TGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACACAGCAACGTGATAACTTGCATTGGTTTTCATTTTT
* * * * * ** *
66352 GCAGTT-TTAGGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGCTTAATATATTAAAATTTTATTTCTAAAC
129 GAAATTGTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAAC
* * * * *
66416 AATTATGGGCATAAAAATCATATGCACAATTTC-AAATTGTGATATAAAAGTA-ATTTGTATGAT
194 AATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAAAATGTGATATAAAA--ACATTTGCACGAT
* * * ** *
66479 TTTAATTTTTCATACTTAATTGCTTTAGATGCAGTTTTAGGAGTATTCATGAGTGCTCCAGGGAA
257 TTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAACGCTGCA-GGAA
*** **
66544 TTTGTGGGATGCTGTTGATATTTTCTTGTCATTTGTGAAATTGTTATCGGCGCTTGATGTGATTA
321 TTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCATTATCGGCGCTTGATGTGATTA
* * * * *
66609 ACTATGTGCTAACTTGTTTTGATACATTATGCACAAACTCAAAGCTCCATGTTTTTGTAGCTTTT
386 ACTGTGTGCTAACTTGTTTTCATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTGAAGCTTTT
* * * *
66674 ATGTGTTGCTTTGAAAACCGTTCCTTGCTAGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAG
451 ATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTC-TGCTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAG
* * * * *
66739 CAAG-ATTTTAGAAGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTTGAACTTGCTCAAACACAAGAAC
515 CAAGTATTTAATAAGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTCGCTCAAACACAGGAAC
* * * * *
66803 ATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTGACAGTGTTAAGTGTTAGTTACGAAGTATTTTGGAG-
580 ATGATAACTTGCATTGGTTTTCATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGC
* * *
66867 TCTAAATTATCAAAATTTCATTTCTGAACAATTATGGGCAT-AAAACTATCTGCACAATTTCAAA
645 T-TAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAA
* * * * * * * * * *
66931 TTATGATATAAAAATCATTTGCATGATTTTAATTTTCCTTATTTATTTGCTTTAGAAGCATTTTT
709 ATGTGATATAAAAACCATTTGCACGATTTTAATTTTTCATACTTATCTACTTTAGATGCATTTTT
* * * * * ** *
66996 AGGAAGATTCATGAGTGCTCCAAGGAATTCGTGGGATGCTGTTGATAAATTAAATGTTATTTGTG
774 AGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTTGTGGGATGCTGTTGAT-ATTTGGATGTCATTTGTG
* * * * *
67061 AAATCGTTATTGGTGCTTGATGCA-ATTAATTGTGTGTTAACTTGTTTTTATACATTATGCACAA
838 AAATCGTTATCGGTGCTTGATG-AGATTAACTATGTGCTAACTTGTTTTCATACATTATGCACAA
* * * * *** *
67125 ATTGAAAGCTCCATGTTTTTGAAGCTTTTACATTTTCCTTTGAAAACCATTTCTGC
902 ACTCAAAGCTCAATGTTTTCGAAGCTTTTATGCTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGC
* * * * **
67181 TGGAGTCAAGCTTTAAAAGTTTGAAATATTATTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATAAATATCCA
1 TGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAG-TTTTAAATGGAAATGAATATCTT
* * * * * *
67246 GAATCTAATGTTTTAAACTTGCTCAAACACAGGAACATGATAATTTGCATTGGTTTTAATTTTTC
65 GAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACACAGCAACGTGATAACTTGCATTGGTTTTCATTTTTG
* * * * * *
67311 ATAGTGTTAAGTGTACGTTATGAAAGATTTTGGAGCTTAAACTATCAAAATTTCGTTTCGGTAA-
130 AAATTGTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTG-AAC
* *
67375 AATTATGGGCATAAAAACCATTTGCA-AATTTTC-AAATTGTGATATAAAGAACATTTGCACGAT
194 AATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAA-TTTCAAAAATGTGATATAAA-AACATTTGCACGAT
* * ** ** *
67438 TTTAATTTTTCTTATTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAGTGCCCCAGGGAG
257 TTTAATTTTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAACGCTGCA-GGAA
* * * * * *
67503 TTCGTGGGATACTGTTGATATTTAGATGTCATTTGTGAAATCATTATTGGCGGTTGATGCGATTA
321 TTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCATTATCGGCGCTTGATGTGATTA
* ** ** * *
67568 ATTGTGTGCTAACTTGTTTGAATGCATTATGCACAAACTCAAAGTTCCATGTTTTTGAAGCTTTT
386 ACTGTGTGCTAACTTGTTTTCATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTGAAGCTTTT
* * * *
67633 ACGTTTTGCTTTGAAAACCATTTTTGCTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTTTGAAATATTATTTTAGC
451 ATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGC
* * * *
67698 AAGCT-TTTAA-ATGAAAATGAATATCCTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACACAGGAAC
516 AAG-TATTTAATAAGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTCGCTCAAACACAGGAAC
* ** * * *
67761 ATGATAATTTGCATTTATTTT-AATTTTC-CAGTGTTAAGTGTAAGTTATTAAAGATTTTGGAGC
580 ATGATAACTTGCATTGGTTTTCATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGC
*
67824 TTAAAATATCAAAATTTCGTTT-TGGTAA-AATTATGGGCATAAAAACCATATGCA-AATTTTCA
645 TTAAAATATCAAAATTTCGTTTCT-G-AACAATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAA-TTTCA
* * ** *
67886 AATTGTGATATAAAAACCATTTGCACGTTTTTAATTTTTCATGTTTAT-TTCATTTAGATGCAAT
707 AAATGTGATATAAAAACCATTTGCACGATTTTAATTTTTCATACTTATCTAC-TTTAGATGC-AT
* * * *
67950 TTTT-GGAGGATTCATGAGTGCTTCA-GG-ATTTGTGGGATGTTGTTGATATTTGGATATCATTT
770 TTTTAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTT
* * * *
68012 GTGAAATCGTTATCGGTGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCAAACTTGTTTTTATACATTATGCAC
835 GTGAAATCGTTATCGGTGCTTGATGAGATTAACTATGTGCTAACTTGTTTTCATACATTATGCAC
* * * **
68077 AAACTCAAAGCTCCATGTTCTT-GAAGCTTTTATGTTTTTCTTTGAAAACCATTTCTAT
900 AAACTCAAAGCTCAATGTT-TTCGAAGCTTTTATGCTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGC
* * * * * *
68135 TGGAGTCGAGCTTTAAAAGTTTGAAATATTATCTTAGCAAGTTTTAAATGTAAATGAATATCCTA
1 TGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTAAATGGAAATGAATATCTTG
* * * * * *
68200 AAACTAATGTTTTAAACTTGCTCAAACACAGAAACGTGATGACTTACATTGGTTTTCATTTTTTA
66 AATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACACAGCAACGTGATAACTTGCATTGGTTTTCATTTTTGA
* * * * * * *
68265 CAGTGTTAAGAGTAATTTATGAAGGATTTAGGAGCTTAAAATATCATAATTTCGTTTTTGAACAA
131 AATTGTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAA
*
68330 TTATGGGCATAAAAACCTTCTGCACAATTTCAAAAATGTGATATAAAAACAATTTGCACGATTTT
196 TTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAAAATGTGATATAAAAAC-ATTTGCACGATTTT
* * *
68395 AATTTTTCGTACCTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAACACTGCAGCGAATTT
260 AATTTTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAACGCTGCAG-GAATTT
* *
68460 GTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGCCATTTGTGAAATCATTATCGGTGCTTGATGTGATTAACT
324 GTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCATTATCGGCGCTTGATGTGATTAACT
* * * *
68525 GTGTGCT-ATTTTTTTTCATATATTATGCACAAACCCAAAGCTCAATGTTTTTGAAGCTTTTATT
389 GTGTGCTAACTTGTTTTCATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTGAAGCTTTTATG
* * * * * *
68589 TTTTGCTTTGAAAATCATTTCTGCTGGAGTTGAGCTTTAAAAGTATGACATATTTTTTTGGTAAG
454 TTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAG
* ***
68654 TATTTAATTCA-G-AATGAATATCTTGAATCTGTTGTTTTAAACTCGCTCAAACACAGGAACATG
519 TATTTAA-TAAGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTCGCTCAAACACAGGAACATG
* *
68717 ATAACATGCATTGGTTTTCTTTTTTCACTA-TGTTAAGTGTAAAGTTATGAAGGATTTTGGAGCT
583 ATAACTTGCATTGGTTTTCATTTTTCAC-AGTGTTAAGTGT-AAGTTATGAAGGATTTTGGAGCT
*
68781 TAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCA-AAGAAACCATCTGCACAAATTCAAAA
646 TAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATAA-AAACCATCTGCACAATTTCAAAA
* *
68845 TGTGATATAAAAACTATTTGCATGATTTTAATTTTTCATACTTATCTACTTTAGATGCATTTTTA
710 TGTGATATAAAAACCATTTGCACGATTTTAATTTTTCATACTTATCTACTTTAGATGCATTTTTA
* * ** * *
68910 GGGGGATTCATGAACGCTCCAGGGAATTTGCCGGTTACTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAA
775 GGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAA
*
68975 ATCGTTATCGGTGCTTGATGAGATTAACTATGTGCTAACTTGTTTTCATATATTATGCACAAACT
840 ATCGTTATCGGTGCTTGATGAGATTAACTATGTGCTAACTTGTTTTCATACATTATGCACAAACT
* * *
69040 CAAAGCTCAATGTTTTCAAAGCTTTTATGCTTTGCTTTGAAAATCTTTTCTGC
905 CAAAGCTCAATGTTTTCGAAGCTTTTATGCTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGC
* **
69093 TGGAGTCGAGATTTAAAAGTATGAAACGTTGTTTTAGCAAGTGTTTAAATGGAAATGAATATCTT
1 TGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGT-TTTAAATGGAAATGAATATCTT
* * * * * *
69158 GAGTCCAATGTTTTAAACTCGCTCAAACACAGCAACGTGAAAACTTGCATTAGTTTTCACTTTAG
65 GAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACACAGCAACGTGATAACTTGCATTGGTTTTCATTTTTG
* * * *
69223 AAATTGTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATATCATTTTTGAGCA
130 AAATTGTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACA
* *
69288 ATTATGGGCATAGAAACCATCTGCACAATTTCAAAAATGAGATATAAAAATCATTTGCACGATTT
195 ATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAAAATGTGATATAAAAA-CATTTGCACGATTT
* *
69353 TAATTTTTCATACTTATCTGC-TTAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAACGCTGAATGGAATT
259 TAATTTTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAACGCTGCA-GGAATT
* * * ** * * * *
69417 TGTGGGATGCTTTTGATATTTGGATGTCACTTGAGAAATTGTTGTTGGCACTTGATGAGA-TAAG
323 TGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCATTATCGGCGCTTGATGTGATTAA-
* * * *
69481 CTGTGCGCTAACTTGTCTTCATATATTATGCACAAACTCAAAGGTCAATTTTTTTGAAGCTTTTA
387 CTGTGTGCTAACTTGTTTTCATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTGAAGCTTTTA
* * * * * *
69546 TGCTTTGCTGTGAAAATCATATCTGCTGGAGTTGAGATTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCA
452 TGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCA
** * * * *
69611 AGTCCTTAA-AAGGAAATTAATATCTTGAATCCAATGCTTTAAACTCGCTCAAACACAGCAACTT
517 AGTATTTAATAAGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTCGCTCAAACACAGGAACAT
* * * *
69675 GATAACTTGCATTAGTTTTCATTTTTCACAGTGTTAAGGGCAAGTTATGAAGGATTTTGTAGCTT
582 GATAACTTGCATTGGTTTTCATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGCTT
* * * * *
69740 AAATTATCAAAATTTCGTTTATAAACAATTATGGGCATAAAAACCATTTGCACAATTTCAAAAAA
647 AAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAATTTC-AAAAT
* *
69805 GTGATATAAAAACCATTTGCACAATTTTAAATTTTCATACTTATCTACTTTAGATGCATTTTTAG
711 GTGATATAAAAACCATTTGCACGATTTTAATTTTTCATACTTATCTACTTTAGATGCATTTTTAG
* * *
69870 GAGGATTCATGAATGCTTCAGGGAATTTGAGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTAAAA
776 GAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAA
* * * * * *
69935 TCATTATCGGCGCTTGATGTGATTTAACTATGTGCTAACTTGTTCTCATATATTATACACAAACT
841 TCGTTATCGGTGCTTGATGAGA-TTAACTATGTGCTAACTTGTTTTCATACATTATGCACAAACT
* * * * * *
70000 CAAAGCTCAATGTTTCCGAAGCTTTTATGCTTAGGTTTGAAAACTAATTCGGC
905 CAAAGCTCAATGTTTTCGAAGCTTTTATGCTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGC
* * *
70053 TGCAGTTGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTGAAAT-CAGAATGAATATCT
1 TGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTT-AAATGGA-AATGAATATCT
* * *
70117 TGAATCCAATGTTTTAAACTCGCTCAAACACAGGAACAG-GATAACATGCATTGGTTTTCATTTT
64 TGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACACAGCAAC-GTGATAACTTGCATTGGTTTTCATTTT
* * * * *
70181 TTATAGTT-TTAAGTGTAAGTTATGTAGGATTTTGGAGTTTAAAATAT-AAAATTTTCGTTTATG
128 TGA-AATTGTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATCAAAA-TTTCGTTTCTG
* *
70244 AACAATTATGGGCATAGAAGCCA-CTGCACAATTTCAAAAATGTGATATAAAAACCATTTGC-CT
191 AACAATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAAAATGTGATATAAAAA-CATTTGCAC-
** * * *
70307 GATTTTAATTTTTCATACTTATCAGGGC-ATAGATGCATTTTTAGGACGATTCATGAACGTTGCA
254 GATTTTAATTTTTCATACTTAT--TTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAACGCTGC-
* * *
70371 AGGAAATCGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATATGTGAA
316 AGGAATTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAA
70415 CATTGGTTTT
Statistics
Matches: 2795, Mismatches: 380, Indels: 115
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
952 3 0.00
953 327 0.12
954 308 0.11
955 42 0.02
956 205 0.07
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959 897 0.32
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961 74 0.03
962 1 0.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.13, G:0.17, T:0.39
Consensus pattern (957 bp):
TGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTAAATGGAAATGAATATCTTG
AATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACACAGCAACGTGATAACTTGCATTGGTTTTCATTTTTGA
AATTGTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAA
TTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAAAATGTGATATAAAAACATTTGCACGATTTTA
ATTTTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAACGCTGCAGGAATTTGT
GGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCATTATCGGCGCTTGATGTGATTAACTGT
GTGCTAACTTGTTTTCATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTT
TTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTA
TTTAATAAGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTCGCTCAAACACAGGAACATGATA
ACTTGCATTGGTTTTCATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGCTTAAAA
TATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAAATGTGAT
ATAAAAACCATTTGCACGATTTTAATTTTTCATACTTATCTACTTTAGATGCATTTTTAGGAGGA
TTCATGAATGCTCCAGGGAATTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTT
ATCGGTGCTTGATGAGATTAACTATGTGCTAACTTGTTTTCATACATTATGCACAAACTCAAAGC
TCAATGTTTTCGAAGCTTTTATGCTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGC
Found at i:70610 original size:250 final size:249
Alignment explanation
Indices: 70165--70664 Score: 700
Period size: 250 Copynumber: 2.0 Consensus size: 249
70155 GGATAACATG
* * * * * *
70165 CATTGGTTTTCATTTTTTATAGTTTTAAGTGTAAGTTATGTAGGATTTTGGAGTTTAAAATATAA
1 CATTGGTTTTCAATTTTCACAGTTTCAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATAA
* *
70230 AATTTTCGTTTATGAACAATTATGGGCATAGAAGCCACTGCACAATTTCAAAAATGTGATATAAA
66 AATTTTCGTTTATGAACAATTATGGGCATAAAAACCACTGCACAATTTCAAAAATGTGATATAAA
* * *
70295 AACCATTTGCCTGATTTTAATTTTTCATACTTATCAGGGCATAGATGCATTTTTAGGACGATTCA
131 AACCATTTGCATGATTTTAATTTTTCATACTTATCA-GGCATAGAAGCATTATTAGGACGATTCA
* *
70360 TGAACGTTGCAAGGAAATCGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATATGTGAA
195 TGAACGCTCCAAGGAAATCGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATATGTGAA
70415 CATTGGTTTTCAATTTTCACA-TTGTCAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATC
1 CATTGGTTTTCAATTTTCACAGTT-TCAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGCTTAAAATAT-
* * *
70479 AAAA-TTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCATGTGCACAATTTCAAAAATGTGATGT
64 AAAATTTTCGTTTATGAACAATTATGGGCATAAAAACCA-CTGCACAATTTCAAAAATGTGATAT
* * * * *
70543 AAAAACCATTTGTATGATTTTAATTTTTCATGCTTATC-TGCTTTAGAAGCATTATTAGGAGGAT
128 AAAAACCATTTGCATGATTTTAATTTTTCATACTTATCAGGC-ATAGAAGCATTATTAGGACGAT
* * * * *
70607 TCATGAACGCTCCAGGGAATTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTTATTTGTGAA
192 TCATGAACGCTCCAAGGAAATCGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATATGTGAA
70665 ATCGTTACCA
Statistics
Matches: 220, Mismatches: 26, Indels: 8
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
249 4 0.02
250 154 0.70
251 62 0.28
ACGTcount: A:0.31, C:0.11, G:0.20, T:0.38
Consensus pattern (249 bp):
CATTGGTTTTCAATTTTCACAGTTTCAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATAA
AATTTTCGTTTATGAACAATTATGGGCATAAAAACCACTGCACAATTTCAAAAATGTGATATAAA
AACCATTTGCATGATTTTAATTTTTCATACTTATCAGGCATAGAAGCATTATTAGGACGATTCAT
GAACGCTCCAAGGAAATCGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATATGTGAA
Found at i:71476 original size:421 final size:419
Alignment explanation
Indices: 70441--71512 Score: 1736
Period size: 419 Copynumber: 2.6 Consensus size: 419
70431 TCACATTGTC
*
70441 AAGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGG
1 AAGTGTAAGTTGTGAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGG
*
70506 CATAAAAACCATGTGCACAATTTCAAAAATGTGATGTAAAAACCATTTGTATGATTTTAATTTTT
66 CATAAAAACCATATGCA-AATTTCAAAAATGTGATGTAAAAACCATTTGTATGATTTTAATTTTT
* *
70571 CATGCTTATCTGCTTTAGAAGCATTATTAGGAGGATTCATGAACGCTCCAGGGAATTTGTGGGAT
130 CATACTTATCTGCTTTAGATGCATTATTAGGAGGATTCATGAACGCTCCAGGGAATTTGTGGGAT
* * **
70636 GCTGTTGATATTTGGATGTTATTTGTGAAATCGTTACCAGCGCTTGATGTGGTTAACTGTGTGCT
195 GCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATCAGCGCTTGATGTGGTTAACTGTACGCT
70701 ATCTTGTTTTCATATTTTATGCACAAACTCAAAGCTCAATATTTTTGAAGCTTTTATGCTTTGCT
260 ATCTTGTTTTCATATTTTATGCACAAACTCAAAGCTCAATATTTTTGAAGCTTTTATGCTTTGCT
* *
70766 TTGAAAATAATTTCTGCTGGAGTCGAGATTTAAAAATTGAAATATTGTTTTTGCAAGTCTTTAAA
325 TTGAAAATAATTTCTGCTAGAGTCGAGATTTAAAAATTGAAATATTGTTTTAGCAAGTCTTTAAA
70831 TGGAAATGAATATCTTGAATCTAATGTTTT
390 TGGAAATGAATATCTTGAATCTAATGTTTT
* * *
70861 AAGTGTAAGTTGTGAAGGATTTTGGAGCTTTAAACATAAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGG
1 AAGTGTAAGTTGTGAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGG
* * *
70926 CATAAAAACCATCTGCACATTTCAAAAATGTGATGTAAAAACCATTTGCATGATTTTAATTTTTC
66 CATAAAAACCATATGCAAATTTCAAAAATGTGATGTAAAAACCATTTGTATGATTTTAATTTTTC
* * *
70991 ATACTTATCTGCTTTAGATGCATTATTAGGAGGATTTATGAACGCT-TAGGGGAATTTCTGGGAT
131 ATACTTATCTGCTTTAGATGCATTATTAGGAGGATTCATGAACGCTCCA-GGGAATTTGTGGGAT
* * *
71055 GCTGTTGATATTGGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATCGGCGCTTGATGTGGTTAACTGTACGTT
195 GCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATCAGCGCTTGATGTGGTTAACTGTACGCT
*
71120 ATCTTGTTTTCATATTTTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTGAAGCTTTTATGCTTTGCT
260 ATCTTGTTTTCATATTTTATGCACAAACTCAAAGCTCAATATTTTTGAAGCTTTTATGCTTTGCT
*
71185 TTGAAAATCATTTCTGCTAGAGTCGAGATTTAAAAATATGAAATATTGTTTTAGCAAGTCTTTTA
325 TTGAAAATAATTTCTGCTAGAGTCGAGATTTAAAAAT-TGAAATATTGTTTTAGCAAGTC-TTTA
*
71250 AATGGAAATGAATATCTTGAATTTAATGTTTT
388 AATGGAAATGAATATCTTGAATCTAATGTTTT
* *
71282 AAGTGTAAGTTGTGAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTAAAGAATTATGGG
1 AAGTGTAAGTTGTGAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGG
* * * *
71347 CATAAAAACCATATTCATAATTTAAAAAATGTGATGTAAAAATCATTCGTAAT-ATTTTAA-TTT
66 CATAAAAACCATATGCA-AATTTCAAAAATGTGATGTAAAAACCATTTGT-ATGATTTTAATTTT
* * *
71410 TCAAACTTATCTGCTTTAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAACGCTCCATGGAATTTGTGGGA
129 TCATACTTATCTGCTTTAGATGCATTATTAGGAGGATTCATGAACGCTCCAGGGAATTTGTGGGA
* * *
71475 TGTTTTTGATGTTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTAT
194 TGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTAT
71513 GGCCGCTATC
Statistics
Matches: 600, Mismatches: 46, Indels: 11
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
418 1 0.00
419 260 0.43
420 98 0.16
421 204 0.34
422 35 0.06
423 2 0.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.11, G:0.19, T:0.39
Consensus pattern (419 bp):
AAGTGTAAGTTGTGAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGG
CATAAAAACCATATGCAAATTTCAAAAATGTGATGTAAAAACCATTTGTATGATTTTAATTTTTC
ATACTTATCTGCTTTAGATGCATTATTAGGAGGATTCATGAACGCTCCAGGGAATTTGTGGGATG
CTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATCAGCGCTTGATGTGGTTAACTGTACGCTA
TCTTGTTTTCATATTTTATGCACAAACTCAAAGCTCAATATTTTTGAAGCTTTTATGCTTTGCTT
TGAAAATAATTTCTGCTAGAGTCGAGATTTAAAAATTGAAATATTGTTTTAGCAAGTCTTTAAAT
GGAAATGAATATCTTGAATCTAATGTTTT
Found at i:72439 original size:479 final size:478
Alignment explanation
Indices: 71520--74740 Score: 4025
Period size: 479 Copynumber: 6.8 Consensus size: 478
71510 TATGGCCGCT
* * * *
71520 ATCCAATGTTTTAAACTCGTTC-AACACAGCAACACGATAACTTGCACTGGTTTTCAGTTTTCAC
1 ATCCAATGTTTTAAACTCGCTCAAACACAGCAACATGATAACTTGCATTGGTTTTCATTTTTCAC
* *
71584 AGTTTTAAGTGTAAGTTATGAAGAATTTCT-GAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTAAACAA
66 AGTTTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTT-TGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAA
* *
71648 TTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAAATGTGATGTAAAAACCATTTGCATGATTTTA
130 TTATGAGCATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAAATGTGATATAAAAACCATTTGCATGATTTTA
* * * * *
71713 ATTTTTCGTACTTATCTACTTTAGATGCATTTTTTGGAGCATTCATGAACGCTGCAGGGAATTTG
195 ATTTTTCATACTTATCTACTTTAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCTCCA-GGAATTTG
** * * * * *
71778 TGGGAAACTGTTGATATTTGGTTGTCATTTGTGAAATCGTTATCGGTGCTTAACGCGATTAACTG
259 TGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATCAGCGCTTGATGCGATTAACTG
* **
71843 TGTGCTAACTTGTTTTCATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCTATGTTTTCAAAGCTTTTATGC
324 TGTGCTAACTTGTTTTCATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTGAAGCTTTTATGC
*
71908 TTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAATT
389 TTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGT
*
71973 CTTTAAATGGAAAAGAATATCATGA
454 CTTTAAATGGAAAAGAATATCTTGA
*** * *
71998 AAATAATGTTTTAAACT-GACTCAAACACAGCAACAAGATAACTTGCATTGGCTTTCATTTTTCA
1 ATCCAATGTTTTAAACTCG-CTCAAACACAGCAACATGATAACTTGCATTGGTTTTCATTTTTCA
* * ** * *
72062 CTGTTTTAAGGGTAAGTTAAAAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTGGTTTCTGAAGAA
65 CAGTTTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAA
* * * *
72127 TTATGAGCATAAAAACCATCTGCACAATTTAAAAAATGTGATGTAAAAACCATTTGCACGCTTTT
130 TTATGAGCATAAAAACCATCTGCACAATTT-CAAAATGTGATATAAAAACCATTTGCATGATTTT
* * * * ** *
72192 AAATTTTCATACTTATCTGCTTT-GATGAATTATTAGGAGGATTCATGAACACTTCGAGGAATTT
194 AATTTTTCATACTTATCTACTTTAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGC-TCCAGGAATTT
* * *
72256 GTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATCGGTGCTTGATGCGGTTAACT
258 GTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATCAGCGCTTGATGCGATTAACT
* * *
72321 GTGTCCTATCTTGTTTTCATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAACGTTTTTGAAGCTTTTATG
323 GTGTGCTAACTTGTTTTCATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTGAAGCTTTTATG
* * * *
72386 CTTTGCTTTGAAAACCATTTTTGCTGGTGTCAAGCTTTAAAAGTATAAAATATTGTTTT-GCGAA
388 CTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGC-AA
* *
72450 GTCTTTAAAT-AAAAATGAGTATCTTGA
452 GTCTTTAAATGGAAAA-GAATATCTTGA
* * *
72477 AACTAATGTTTTAAACTCGCTTAAACACAGCAACATGATAACTTGCATTGGTTTTCATTTTTCAC
1 ATCCAATGTTTTAAACTCGCTCAAACACAGCAACATGATAACTTGCATTGGTTTTCATTTTTCAC
* * * *
72542 AGTGTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTAGGAGCTTAAAATATAAAAAATTCG-TT-T---C---
66 AGTTTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAAT
* * * *
72599 TA--A--ATAAAAACCATTTGCTA-AATTTCAAATTGTGATACAAAAACCATTTGCACGATTTTA
131 TATGAGCATAAAAACCATCTGC-ACAATTTCAAAATGTGATATAAAAACCATTTGCATGATTTTA
* * * * * *
72659 ATTTTTCGTACTTATTTGCTTTAGATGCTTTTTTAGGAGGATTCATGAGTGCTCCAGGTAATTTA
195 ATTTTTCATACTTATCTACTTTAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGG-AATTTG
* * ** * *
72724 TGGCATGCTGTTAATATTTGGAAATCATTTGTGAAATCATTATCAGCGTTTGATGCGATTAACTG
259 TGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATCAGCGCTTGATGCGATTAACTG
* *
72789 TGTGCTAACTTGTTTTCATATATTATGCGCAAACTCAAAGCTCAATGTTTTGGAAGCTTTTATGC
324 TGTGCTAACTTGTTTTCATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTGAAGCTTTTATGC
* *
72854 TTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGTCGAGTTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTGGCAAGT
389 TTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGT
*
72919 CTTTAAATGGAAATGAATATCTTGA
454 CTTTAAATGGAAAAGAATATCTTGA
* * * *
72944 ATCCAATGTTTTAGACTCACACAAACACAGCAACATGATAACTTGAATTGGTTTTCATTTTTCAC
1 ATCCAATGTTTTAAACTCGCTCAAACACAGCAACATGATAACTTGCATTGGTTTTCATTTTTCAC
* * * * *
73009 AGTTTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGCTGAAAACATCAAATTTTCGTTTATGAATAAT
66 AGTTTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAAT
* * * * * *
73074 TATGGGCAT-AAAACCATCTGCACAATTTCAGATTGTGATATAAAAACTATTTGCGTAATTTTAA
131 TATGAGCATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAAATGTGATATAAAAACCATTTGCATGATTTTAA
* * ** *
73138 TTTTTCATACTTATTTACTTTAGATG-AGCTTTTAGGATAATTCATTAATGCTCCAGCGAATTTG
196 TTTTTCATACTTATCTACTTTAGATGCA-TTTTTAGGAGGATTCATGAATGCTCCAG-GAATTTG
* * * * * *
73202 TGGGATG-TGGTTGATATTTGGATGCCATTTGTGAAGTCGTTACCAGCACTTGATGCAATTAATT
259 TGGGATGCT-GTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATCAGCGCTTGATGCGATTAACT
* **
73266 GTGTGCTAACTTG-TTT-ATACATTATGCACAAACT-----C-C-ATG-TTTTGTCGCTTTTATG
323 GTGTGCTAACTTGTTTTCATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTGAAGCTTTTATG
* * **
73321 -TATTGCTTTGAAAACCATTCCTACAAGAGTCGAGCTTTAAAAG-ATGAAATATAT-TTTTAGCA
388 CT-TTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATAT-TGTTTTAGCA
* * *
73383 AGTTTTTAGAA-GGAAATGGATATCTTGA
451 AGTCTTTA-AATGGAAAAGAATATCTTGA
* * * * * * *
73411 ATCCAATCTTTTAAACTTGTTCAAACACAAG-AACATGATAACTTGCTTTCGTTTTAATTTTTTA
1 ATCCAATGTTTTAAACTCGCTCAAACAC-AGCAACATGATAACTTGCATTGGTTTTCATTTTTCA
** *
73475 CAGTGATAAGTGTAAGTTATGAAGGA-TTTGAGAGCTTAAAATATAAAAATTT-GTTTCTGAACA
65 CAGTTTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTTG-GAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACA
* * * * * **
73538 ATTATGAGCATAAAAACCATCTGCACAATTTGAAAAACGTGACATGAAAACCATTCGCCCGATTT
129 ATTATGAGCATAAAAACCATCTGCACAATTT-CAAAATGTGATATAAAAACCATTTGCATGATTT
* * * *
73603 TAATTTTTCATACCTACCTACTTTAGATGCATTTTTAAGAGGATTCATTAATGCTCCATGGAATT
193 TAATTTTTCATACTTATCTACTTTAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCTCCA-GGAATT
* * *
73668 TGTGGGATACTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATCAGTGCTTGATGAGATTAAC
257 TGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATCAGCGCTTGATGCGATTAAC
* ** * *
73733 TTTGTGCTAACAAGTTTTCATATATTATGCACAAACTCAGAGCTCCATGTTTTTGAAGCTTTTAT
322 TGTGTGCTAACTTGTTTTCATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTGAAGCTTTTAT
* * *
73798 GCTTTGCTTTGAAAACCAATTCTGCTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATAATGTTTTAGAAA
387 GCTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAA
* *
73863 GTCTTTAAAT-G-AAATATTCATCTTGA
452 GTCTTTAAATGGAAAAGAAT-ATCTTGA
** * *
73889 ATCCAATGTTTTAAACTCGCTCAAACACAAAAACGTGATAACTTGCATTGGTTTTCATTTTTCTC
1 ATCCAATGTTTTAAACTCGCTCAAACACAGCAACATGATAACTTGCATTGGTTTTCATTTTTCAC
* *
73954 AGTATTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTTGATTTCTGAACAA
66 AGTTTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCG-TTTCTGAACAA
* * * *
74019 TTATGGGCAAAAAAATCATCTGCACAATTTCGAAAATGTGCTATAAAAACCATTTGCATGATTTT
130 TTATGAGCATAAAAACCATCTGCACAATTTC-AAAATGTGATATAAAAACCATTTGCATGATTTT
* * * **
74084 AATTTTTCATACTTATCTCCTTTAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAACGTTGTAGGGAATTT
194 AATTTTTCATACTTATCTACTTTAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCTCCA-GGAATTT
* * * *
74149 GTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCAGTTGTGAAATTGTTATCAACGCTTGATGAGATTAACT
258 GTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATCAGCGCTTGATGCGATTAACT
** *
74214 GTGTGCTAACAAGTTTTCATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATG-TTTTGAAGGTTTTATG
323 GTGTGCTAACTTGTTTTCATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTGAAGCTTTTATG
* * * *
74278 TTTTGCTTTGAAAACCATTTCTACTGGAGTCAAGCTTT-AAAGTATGAAATATTGTTTTGGCAAG
388 CTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAG
*
74342 TCTTTAAATGGAAATGAATATCTTGA
453 TCTTTAAATGGAAAAGAATATCTTGA
*
74368 ATCCAATGTTTTAAACTCGCACAAACACAGCAACATGATAACTTGCATTGGTTTTCATTTTTCAC
1 ATCCAATGTTTTAAACTCGCTCAAACACAGCAACATGATAACTTGCATTGGTTTTCATTTTTCAC
* * *
74433 AGTTTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATCAAACTTTTGTTTATGAACAAT
66 AGTTTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAAT
* * * *
74498 TATGTGCGT-AAAACCTATCTGCACAAATTCAAATTGTGATAT-AAAACCATTTGCATGATTTTA
131 TATGAGCATAAAAACC-ATCTGCACAATTTCAAAATGTGATATAAAAACCATTTGCATGATTTTA
* * * * * *
74561 ATTTTTAATACTTATTTACTTTAGATGCATTTTTAAGAGAATTCATTAGTGCTCCAGGAAATTTG
195 ATTTTTCATACTTATCTACTTTAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGG-AATTTG
* * * * * *
74626 TGGAATGTTATTGATATTTGAATGCCATTTGTGAAATCGTTACCAGCGCTTGATGCGATTAACTG
259 TGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATCAGCGCTTGATGCGATTAACTG
* * *
74691 TGTGCTAACTTG-TTT-ATACATTATGCACAAAGTCAAAGCTCCATGTTTTT
324 TGTGCTAACTTGTTTTCATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTT
74741 CGAACAATTA
Statistics
Matches: 2360, Mismatches: 319, Indels: 131
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
466 77 0.03
467 492 0.21
468 203 0.09
469 11 0.00
470 18 0.01
471 3 0.00
474 27 0.01
475 12 0.01
476 154 0.07
477 29 0.01
478 405 0.17
479 647 0.27
480 282 0.12
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.17, T:0.38
Consensus pattern (478 bp):
ATCCAATGTTTTAAACTCGCTCAAACACAGCAACATGATAACTTGCATTGGTTTTCATTTTTCAC
AGTTTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAAT
TATGAGCATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAAATGTGATATAAAAACCATTTGCATGATTTTAA
TTTTTCATACTTATCTACTTTAGATGCATTTTTAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGAATTTGTG
GGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATCAGCGCTTGATGCGATTAACTGTG
TGCTAACTTGTTTTCATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTGAAGCTTTTATGCTT
TGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTCT
TTAAATGGAAAAGAATATCTTGA
Found at i:73590 original size:946 final size:947
Alignment explanation
Indices: 71520--74744 Score: 3962
Period size: 946 Copynumber: 3.4 Consensus size: 947
71510 TATGGCCGCT
* * *
71520 ATCCAATGTTTTAAACTCGTTC-AACACAGCAACACGATAACTTGCACTGGTTTTCAGTTTTCAC
1 ATCCAATGTTTTAAACTCGTTCAAACACAGCAACATGATAACTTGCATTGGTTTTCATTTTTCAC
* * ** * *
71584 AGTTTTAAGTGTAAGTTATGAAGAATTTCTGAGCTTAAAATAT-CAAAATTTCGTTTCTAAACAA
66 AGTGTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTGAGAGCTTAAAATATAAAAAATTT-GTTTCTGAACAA
* * *
71648 TTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAAATGTGATGTAAAAACCATTTGCATGATTTTA
130 TTATGAGCATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAAATGTGATATAAAAACCATTTGCACGATTTTA
* ** * * *
71713 ATTTTTCGTACTTATCTACTTTAGATGCATTTTTTGGAGCATTCATGAACGCTGCAGGGAATTTG
195 ATTTTTCATACTTATCTACTTTAGATGCATTTTTAAGAGGATTCATGAATGCTCCA-GGAATTTG
* *** * * * *
71778 TGGGAAACTGTTGATATTTGGTTGTCATTTGTGAAATCGTTATCGGTGCTTAACGCGATTAACTG
259 TGGGATACTGTTGATATTTGGAAATCATTTGTGAAATCGTTATCAGCGCTTGATGCGATTAACTG
* *
71843 TGTGCTAACTTGTTTTCATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCTATGTTTTCAAAGCTTTTATGC
324 TGTGCTAACTTGTTTTCATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCCATGTTTTCGAAGCTTTTATGC
*
71908 TTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAATT
389 TTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGT
* * *** * *
71973 CTTTAAATGGAAAAGAATATCATGAAAATAATGTTTTAAACTGACTCAAACACAGCAACAAGATA
454 CTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTCACTCAAACACAGCAACATGATA
* * * **
72038 ACTTGCATTGGCTTTCATTTTTCACTGTTTTAAGGGTAAGTTAAAAAGGATTTTGGAGCTTAAAA
519 ACTTGCATTGGTTTTCATTTTTCACAGTTTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGCTTAAAA
* * * *
72103 TATCAAAATTTGGTTTCTGAAGAATTATGAGCATAAAAACCATCTGCACAATTTAAAAAATGTGA
584 TATC-AAATTTTGTTTCTGAACAATTATGGGCAT-AAAACCATCTGCACAATTT-CAAAATGTGA
* * * * *
72168 TGTAAAAACCATTTGCACGCTTTTAAATTTTCATACTTATCTGCTTT-GATGAATTATTAGGAGG
646 TATAAAAACCATTTGCATGATTTTAATTTTTCATACTTATCTACTTTAGATGAATT-TTAGGAGG
* *
72232 ATTCATGAACACTTCGAGGAATTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGT
710 ATTCATGAACGC-TCCAGGAATTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGT
* * ** * *
72297 TATCGGTGCTTGATGCGGTTAACTGTGTCCTATCTTGTTTTCATATATTATGCACAAACTCAAAG
774 TATCAGCGCTTGATGCAATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTCATATATTATGCACAAACT---A-
* * * *
72362 CTCAACGTTTTTGAAGCTTTTATGCTTTGCTTTGAAAACCATTTTTGCTGGTGTCAAGCTTTAAA
835 CTCAATG-TTTTGAAGCTTTTATG-TTTGCTTTGAAAACCATTTCTACTGGAGTCAAGCTTTAAA
* **
72427 AGTAT-AAA-ATATTGTTTTGCGAAGTCTTTAAATAAAAAT-GAGTATCTTGA
898 AGTATGAAATATATT-TTTAGC-AAGTCTTTAAATGGAAATGGA-TATCTTGA
* *
72477 AACTAATGTTTTAAACTCGCTT-AAACACAGCAACATGATAACTTGCATTGGTTTTCATTTTTCA
1 ATCCAATGTTTTAAACTCG-TTCAAACACAGCAACATGATAACTTGCATTGGTTTTCATTTTTCA
*
72541 CAGTGTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTT-AGGAGCTTAAAATATAAAAAATTCG-TT-T---C-
65 CAGTGTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTGA-GAGCTTAAAATATAAAAAATTTGTTTCTGAACA
* * *
72599 --TA--A--ATAAAAACCATTTGCTA-AATTTCAAATTGTGATACAAAAACCATTTGCACGATTT
129 ATTATGAGCATAAAAACCATCTGC-ACAATTTCAAAATGTGATATAAAAACCATTTGCACGATTT
* * * * * *
72657 TAATTTTTCGTACTTATTTGCTTTAGATGCTTTTTTAGGAGGATTCATGAGTGCTCCAGGTAATT
193 TAATTTTTCATACTTATCTACTTTAGATGCATTTTTAAGAGGATTCATGAATGCTCCAGG-AATT
* * * * * *
72722 TATGGCATGCTGTTAATATTTGGAAATCATTTGTGAAATCATTATCAGCGTTTGATGCGATTAAC
257 TGTGGGATACTGTTGATATTTGGAAATCATTTGTGAAATCGTTATCAGCGCTTGATGCGATTAAC
* * *
72787 TGTGTGCTAACTTGTTTTCATATATTATGCGCAAACTCAAAGCTCAATGTTTTGGAAGCTTTTAT
322 TGTGTGCTAACTTGTTTTCATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCCATGTTTTCGAAGCTTTTAT
* *
72852 GCTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGTCGAGTTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTGGCAA
387 GCTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAA
* *
72917 GTCTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAGACTCACACAAACACAGCAACATGA
452 GTCTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTCACTCAAACACAGCAACATGA
* *
72982 TAACTTGAATTGGTTTTCATTTTTCACAGTTTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGCTGAA
517 TAACTTGCATTGGTTTTCATTTTTCACAGTTTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGCTTAA
* * * * *
73047 AACATCAAATTTTCGTTTATGAATAATTATGGGCATAAAACCATCTGCACAATTTCAGATTGTGA
582 AATATCAAATTTT-GTTTCTGAACAATTATGGGCATAAAACCATCTGCACAATTTCAAAATGTGA
* * * * * **
73112 TATAAAAACTATTTGCGTAATTTTAATTTTTCATACTTATTTACTTTAGATGAGCTTTTAGGATA
646 TATAAAAACCATTTGCATGATTTTAATTTTTCATACTTATCTACTTTAGATGA-ATTTTAGGAGG
* * * *
73177 ATTCATTAATGCTCCAGCGAATTTGTGGGATG-TGGTTGATATTTGGATGCCATTTGTGAAGTCG
710 ATTCATGAACGCTCCAG-GAATTTGTGGGATGCT-GTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCG
* * * *
73241 TTACCAGCACTTGATGCAATTAATTGTGTGCTAACTTG-TTT-ATACATTATGCACAAACT-C-C
773 TTATCAGCGCTTGATGCAATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTCATATATTATGCACAAACTACTC
** * ** *
73302 -ATGTTTTGTCGCTTTTATGTATTGCTTTGAAAACCATTCCTACAAGAGTCGAGCTTTAAAAG-A
838 AATGTTTTGAAGCTTTTATGT-TTGCTTTGAAAACCATTTCTACTGGAGTCAAGCTTTAAAAGTA
*
73365 TGAAATATATTTTTAGCAAGTTTTTAGAA-GGAAATGGATATCTTGA
902 TGAAATATATTTTTAGCAAGTCTTTA-AATGGAAATGGATATCTTGA
* * * * * *
73411 ATCCAATCTTTTAAACTTGTTCAAACACAAG-AACATGATAACTTGCTTTCGTTTTAATTTTTTA
1 ATCCAATGTTTTAAACTCGTTCAAACAC-AGCAACATGATAACTTGCATTGGTTTTCATTTTTCA
*
73475 CAGTGATAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTGAGAGCTTAAAATAT-AAAAATTTGTTTCTGAACAA
65 CAGTGTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTGAGAGCTTAAAATATAAAAAATTTGTTTCTGAACAA
* * * * * *
73539 TTATGAGCATAAAAACCATCTGCACAATTTGAAAAACGTGACATGAAAACCATTCGCCCGATTTT
130 TTATGAGCATAAAAACCATCTGCACAATTT-CAAAATGTGATATAAAAACCATTTGCACGATTTT
* * *
73604 AATTTTTCATACCTACCTACTTTAGATGCATTTTTAAGAGGATTCATTAATGCTCCATGGAATTT
194 AATTTTTCATACTTATCTACTTTAGATGCATTTTTAAGAGGATTCATGAATGCTCCA-GGAATTT
** * *
73669 GTGGGATACTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATCAGTGCTTGATGAGATTAACT
258 GTGGGATACTGTTGATATTTGGAAATCATTTGTGAAATCGTTATCAGCGCTTGATGCGATTAACT
* ** * *
73734 TTGTGCTAACAAGTTTTCATATATTATGCACAAACTCAGAGCTCCATGTTTTTGAAGCTTTTATG
323 GTGTGCTAACTTGTTTTCATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCCATGTTTTCGAAGCTTTTATG
* * *
73799 CTTTGCTTTGAAAACCAATTCTGCTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATAATGTTTTAGAAAG
388 CTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAG
* * ** *
73864 TCTTTAAAT-GAAAT-ATTCATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTCGCTCAAACACAAAAACGTGA
453 TCTTTAAATGGAAATGAAT-ATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTCACTCAAACACAGCAACATGA
* *
73927 TAACTTGCATTGGTTTTCATTTTTCTCAGTATTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGCTTAA
517 TAACTTGCATTGGTTTTCATTTTTCACAGTTTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGCTTAA
* *
73992 AATATCAAAATTTTGATTTCTGAACAATTATGGGCAAAAAAATCATCTGCACAATTTCGAAAATG
582 AATATC-AAATTTTG-TTTCTGAACAATTATGGGC-ATAAAACCATCTGCACAATTTC-AAAATG
* * *
74057 TGCTATAAAAACCATTTGCATGATTTTAATTTTTCATACTTATCTCCTTTAGATGCATTTTTAGG
643 TGATATAAAAACCATTTGCATGATTTTAATTTTTCATACTTATCTACTTTAGATG-AATTTTAGG
* ** *
74122 AGGATTCATGAACGTTGTAGGGAATTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCAGTTGTGAAAT
707 AGGATTCATGAACGCTCCA-GGAATTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAAT
* * **
74187 TGTTATCAACGCTTGATG-AGATTAACTGTGTGCTAACAAGTTTTCATATATTATGCACAAACTC
771 CGTTATCAGCGCTTGATGCA-ATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTCATATATTATGCACAAACT-
*
74251 AAAGCTCAATGTTTTGAAGGTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTACTGGAGTCAAGCTTT
834 --A-CTCAATGTTTTGAAGCTTTTATG-TTTGCTTTGAAAACCATTTCTACTGGAGTCAAGCTTT
* *
74316 -AAAGTATGAAATAT-TGTTTTGGCAAGTCTTTAAATGGAAATGAATATCTTGA
895 AAAAGTATGAAATATAT-TTTTAGCAAGTCTTTAAATGGAAATGGATATCTTGA
**
74368 ATCCAATGTTTTAAACTCGCACAAACACAGCAACATGATAACTTGCATTGGTTTTCATTTTTCAC
1 ATCCAATGTTTTAAACTCGTTCAAACACAGCAACATGATAACTTGCATTGGTTTTCATTTTTCAC
* * ** *
74433 AGTTTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTTG-GAGCTTAAAATATCAAACTTTTGTTTATGAACAA
66 AGTGTTAAGTGTAAGTTATGAAGGA-TTTGAGAGCTTAAAATATAAAAAATTTGTTTCTGAACAA
* * * * *
74497 TTATGTGCGT-AAAACCTATCTGCACAAATTCAAATTGTGATAT-AAAACCATTTGCATGATTTT
130 TTATGAGCATAAAAACC-ATCTGCACAATTTCAAAATGTGATATAAAAACCATTTGCACGATTTT
* * * * *
74560 AATTTTTAATACTTATTTACTTTAGATGCATTTTTAAGAGAATTCATTAGTGCTCCAGGAAATTT
194 AATTTTTCATACTTATCTACTTTAGATGCATTTTTAAGAGGATTCATGAATGCTCCAGG-AATTT
* ** * *
74625 GTGGAATGTTATTGATATTT-G-AATGCCATTTGTGAAATCGTTACCAGCGCTTGATGCGATTAA
258 GTGGGATACTGTTGATATTTGGAAAT--CATTTGTGAAATCGTTATCAGCGCTTGATGCGATTAA
* *
74688 CTGTGTGCTAACTTG-TTT-ATACATTATGCACAAAGTCAAAGCTCCATGTTTTTCGAA
321 CTGTGTGCTAACTTGTTTTCATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCCATG-TTTTCGAA
74745 CAATTATGGG
Statistics
Matches: 1945, Mismatches: 259, Indels: 130
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
933 10 0.01
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937 1 0.00
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ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.17, T:0.38
Consensus pattern (947 bp):
ATCCAATGTTTTAAACTCGTTCAAACACAGCAACATGATAACTTGCATTGGTTTTCATTTTTCAC
AGTGTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTGAGAGCTTAAAATATAAAAAATTTGTTTCTGAACAAT
TATGAGCATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAAATGTGATATAAAAACCATTTGCACGATTTTAA
TTTTTCATACTTATCTACTTTAGATGCATTTTTAAGAGGATTCATGAATGCTCCAGGAATTTGTG
GGATACTGTTGATATTTGGAAATCATTTGTGAAATCGTTATCAGCGCTTGATGCGATTAACTGTG
TGCTAACTTGTTTTCATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCCATGTTTTCGAAGCTTTTATGCTT
TGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTCT
TTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTCACTCAAACACAGCAACATGATAAC
TTGCATTGGTTTTCATTTTTCACAGTTTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGCTTAAAATA
TCAAATTTTGTTTCTGAACAATTATGGGCATAAAACCATCTGCACAATTTCAAAATGTGATATAA
AAACCATTTGCATGATTTTAATTTTTCATACTTATCTACTTTAGATGAATTTTAGGAGGATTCAT
GAACGCTCCAGGAATTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATCAGC
GCTTGATGCAATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTCATATATTATGCACAAACTACTCAATGTTTT
GAAGCTTTTATGTTTGCTTTGAAAACCATTTCTACTGGAGTCAAGCTTTAAAAGTATGAAATATA
TTTTTAGCAAGTCTTTAAATGGAAATGGATATCTTGA
Found at i:75467 original size:479 final size:476
Alignment explanation
Indices: 74738--76623 Score: 2216
Period size: 477 Copynumber: 3.9 Consensus size: 476
74728 GCTCCATGTT
* * *
74738 TTTC-GAACAATTATGGGCATAACAACCATCTGCGCAATTTTCAAAAATGTGCTATAAAAACCAT
1 TTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAA-TTTC-AAAATGTGATATAAAAACCAT
* * *
74802 TTGCACAATTTTAATTTTTCATACTTATCTCCTTTAGATGCATTTTTAGAAGGATTCATAAACGT
64 TTGCACAATTTTAATTTTTCATACTTATCTACTTTAGATGCATTTTTAGGAGGATTCA-ATA-G-
* * *
74867 TG-T--AGGGAATTTGTGGGAAGCTGTTGATATTTGGATGTCAGTTGTGAAATTGTTATCAACGC
126 TGCTCCA-GGAATTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATCAACGC
* * *
74929 TTGATGAGATTAACTATGTGCTAACAAGTTTGCATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTT
190 TTGATGCGATTAACTGTGTGCTAACAAGTTTTCATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTT
* * * * * * * *
74994 TTTGAGGGTTTTATGTTTTGCTTTGAATACCATTTCTACTGGTGTTGAGCTTTAAAATTTTGAAA
255 TTTGA-GCTTTTATGCTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAA
* * * *
75059 TATTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATGAATATCGTGAATCCAATGTTTTTAAACTTGCTTA
319 TATTGTTTTAGCAAGTCTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATG-TTTTAAACTCGCTCA
* * * * * *
75124 AATAGAGGAACATGATAACTTACATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAGGTGTAAGTTTGAAGT
383 AACACAGGAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTTGAAGG
75189 ATTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCG
448 ATTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCG
** * * *
75218 TTTCTGAACAATTATTAGCACAAAAACCATTTGCTA-AATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATT
1 TTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCATCTGC-ACAATTTCAAAATGTGATATAAAAACCATT
* * * * * *
75282 TGCACAATTCTAATTTTTTATACTTATTTGCTTTAGATTCATTTTTAGGAGGATTCAATAGTGGT
65 TGCACAATTTTAATTTTTCATACTTATCTACTTTAGATGCATTTTTAGGAGGATTCAATAGTGCT
* * * ** * *** *
75347 GCAGGTAATTTCTGGCATGCTGTTGATATTTGGAAATCATTTGTGAAATCATTATTGGCCCTTGA
130 CCAGG-AATTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATCAACGCTTGA
* ** * * * *
75412 TGCGATTAACTGTTTGCTAACTTGTTTTCATATATTATGCGCAAACTCAAAGCTCAGTCTTTTCG
194 TGCGATTAACTGTGTGCTAACAAGTTTTCATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTG
* *
75477 AAGC-TTTATGCTTCGCTTTGAAAACAATTTCTGCTGGAGTCGAGC-TTAAAAGTATGAAATATT
259 -AGCTTTTATGCTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATT
** * * *
75540 GTTTCGGAAAGTCTTTAAATGGAAATGAATATCTTAAATCCAATGTTTTAAACTCGCACAAACAC
323 GTTTTAGCAAGTCTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTCGCTCAAACAC
* * * *
75605 AGCAACATGATAACTTGCATTGCTTTTCATTTTTCACAGTTTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTT
388 AGGAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTT-TGAAGGATTT
* *
75670 TGGAGCTTAAAATATCAAATTTTCA
452 TGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCG
* * * * *
75695 TTTCTGAATAATTATGGGCATAAAACCCATCTGCACAATTTCCAATTGTGATATAAAAACCACTT
1 TTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAAATGTGATATAAAAACCATTT
* * *
75760 GCACTATTTTAATTTTTCAATACTTATTTACTTTAGATGCATTTTTAGGAGAATTC-ATGAGTGC
66 GCACAATTTTAATTTTTC-ATACTTATCTACTTTAGATGCATTTTTAGGAGGATTCAAT-AGTGC
* * *
75824 TCCAAGGAATTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGCCATTTGTGAAATCGTTACCAATGCTTG
129 TCC-AGGAATTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATCAACGCTTG
* * *
75889 ACGCGATTAACTGTGTACTAAC--GTGTTT-ATACATTATGCACAAACTCAAAGCTTC-ATGTTT
193 ATGCGATTAACTGTGTGCTAACAAGT-TTTCATATATTATGCACAAACTCAAAGC-TCAATGTTT
* * * *
75950 TTGTAGCTTTTATGTTTTGCTTTAAAAACCATTCCTGCAGGAGTC-ATGCTTTAAAAGTATGAAA
256 TTG-AGCTTTTATGCTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGTCGA-GCTTTAAAAGTATGAAA
* * * * *
76014 TATAT-TTTTGGCAAGTTTTTGAAA--GAAATTG-ATATCTTGAATACAATGTTCTAAACTTGCT
319 TAT-TGTTTTAGCAAGTCTTT-AAATGGAAA-TGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTCGCT
* * * * *
76075 CAAACACAAGAACATAATAACTTGCTTTGGTTTTAATTTTTTACAGTGTTAAGTGTAAGTAATGA
381 CAAACACAGGAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGT-TTGA
*
76140 AGGA-TTTGAGAGCTTAAAATATCAAAATTTTG
445 AGGATTTTG-GAGCTTAAAATATCAAAATTTCG
* * * *
76172 TTT-TAAACAATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAATTTAAAAAATGTGACAAAAAAACCA-T
1 TTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAATTT-CAAAATGTGATATAAAAACCATT
** *
76235 T-CACATGATTTTAATTTTTCATACTTATCTACTTTAGATGCATTTTTAGGAGGATTCGTTAATG
65 TGCACA--ATTTTAATTTTTCATACTTATCTACTTTAGATGCATTTTTAGGAGGATTCAATAGTG
* *
76299 CTCCATGGAATTTGTGGGATGCTTTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATCAGCGCTT
128 CTCCA-GGAATTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATCAACGCTT
* *
76364 GAT-CAGATTGACTGTGTGCTAACAAGTTTTCACATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTT
192 GATGC-GATTAACTGTGTGCTAACAAGTTTTCATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTT
* * *
76428 TTAAAGCTCTTATGCTTTGCTTTGAAAACCAATTCTGCTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAAT
256 TT-GAGCTTTTATGCTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAAT
* * *
76493 AATATTTTAG-ACAGTCTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATGCAATGTTTTAAACTCGCTCAA
320 ATTGTTTTAGCA-AGTCTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTCGCTCAA
* * * * * *
76557 AGACAGAAACATGATAACTTGCATTGGTTTTCATTTTTCTCAGTATTAAGTGTAAGTTATGACGG
384 ACACAGGAACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTT-TGAAGG
76622 AT
448 AT
76624 ATTTAGATGT
Statistics
Matches: 1187, Mismatches: 178, Indels: 82
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
475 5 0.00
476 253 0.21
477 350 0.29
478 273 0.23
479 271 0.23
480 9 0.01
481 26 0.02
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.17, T:0.38
Consensus pattern (476 bp):
TTTCTGAACAATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAAATGTGATATAAAAACCATTT
GCACAATTTTAATTTTTCATACTTATCTACTTTAGATGCATTTTTAGGAGGATTCAATAGTGCTC
CAGGAATTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAATCGTTATCAACGCTTGATG
CGATTAACTGTGTGCTAACAAGTTTTCATATATTATGCACAAACTCAAAGCTCAATGTTTTTGAG
CTTTTATGCTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGTCGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTT
TTAGCAAGTCTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTCGCTCAAACACAGG
AACATGATAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTTGAAGGATTTTGGA
GCTTAAAATATCAAAATTTCG
Found at i:77707 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 77652--77750 Score: 189
Period size: 40 Copynumber: 2.5 Consensus size: 40
77642 CGGCGCTCGA
*
77652 TGTGATTAACTGTGTGCTAATATGTTTTCATATATTTGAT
1 TGTGATTAACTGTGTGCTAAGATGTTTTCATATATTTGAT
77692 TGTGATTAACTGTGTGCTAAGATGTTTTCATATATTTGAT
1 TGTGATTAACTGTGTGCTAAGATGTTTTCATATATTTGAT
77732 TGTGATTAACTGTGTGCTA
1 TGTGATTAACTGTGTGCTA
77751 GGGAATTTGT
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 1, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
40 58 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.08, G:0.20, T:0.47
Consensus pattern (40 bp):
TGTGATTAACTGTGTGCTAAGATGTTTTCATATATTTGAT
Found at i:78815 original size:333 final size:334
Alignment explanation
Indices: 78209--78882 Score: 1082
Period size: 333 Copynumber: 2.0 Consensus size: 334
78199 CATTTTTAGG
* * *
78209 AGGATTCATGAATGCTCCAGGGAAATTGTTGGATGCTATTGATATTTGGATGTCATTTGTGAAGT
1 AGGATTCATGAATGCTCCAGGGAAATTGTGGGATGCTATTGATATTTGGATGCCATTTGTGAAAT
* * * *
78274 CGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAACTATGTGCTAACTTGTTTTTATAGTTTAAGGCACAAACTC
66 CATTATTGGTGCTTGATGCGATTAACTATGTGCGAACTTGTTTTTATACTTTAAGGCACAAACTC
78339 AAAGCTCAATGTTTTTCAAGCTTTTATGTTTTGTTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGTCGAGCTT
131 AAAGCTCAATGTTTTTCAAGCTTTTATGTTTTGTTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGTCGAGCTT
78404 TAAAAGTATGAAATATTGCTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTT
196 TAAAAGTATGAAATATTGCTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTT
* * * *
78469 TAAACTTGATCAAGCACAAGAACATAACAACTTCCATTGGATTTAGTTTTT-CAGTGTTATGTGT
261 CAAACTTGATCAAGCACAAGAACATAACAACTTCCATTCGATTTAATTTTTACAGTATTATGTGT
78533 AAGTTATGA
326 AAGTTATGA
* * * * *
78542 AGGATTCATGAATGCTCTAGGGAATTTGTGGGTTTCTGTTGATATTTGGATGCCATTTGTGAAAT
1 AGGATTCATGAATGCTCCAGGGAAATTGTGGGATGCTATTGATATTTGGATGCCATTTGTGAAAT
* *
78607 CATTATTGGTGCTTGATGCGATTAACTGTGTGCGAACTTGTTTTTATACTTTAATGCACAAACTC
66 CATTATTGGTGCTTGATGCGATTAACTATGTGCGAACTTGTTTTTATACTTTAAGGCACAAACTC
* * *
78672 AAAGCTCAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGTTTTGAAAACCATTTTTGGTGGAGTCGAGCTT
131 AAAGCTCAATGTTTTTCAAGCTTTTATGTTTTGTTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGTCGAGCTT
*
78737 TAAAAGTATGAAATATTG-TTTGAGCAAGTTTTTAAATGGAAATGATTATCTTGAATCCAATGTT
196 TAAAAGTATGAAATATTGCTTT-AGCAAGTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTT
* * *
78801 TCAAACTTGATCAAGCACAGGAACATGACAACTTCCATTCGATTTAATTTTTCACAGTATTATTT
260 TCAAACTTGATCAAGCACAAGAACATAACAACTTCCATTCGATTTAATTTTT-ACAGTATTATGT
*
78866 GTAATTTATGA
324 GTAAGTTATGA
78877 AGGATT
1 AGGATT
78883 TTGGAGTCTA
Statistics
Matches: 312, Mismatches: 26, Indels: 4
0.91 0.08 0.01
Matches are distributed among these distances:
332 3 0.01
333 284 0.91
335 25 0.08
ACGTcount: A:0.29, C:0.12, G:0.19, T:0.39
Consensus pattern (334 bp):
AGGATTCATGAATGCTCCAGGGAAATTGTGGGATGCTATTGATATTTGGATGCCATTTGTGAAAT
CATTATTGGTGCTTGATGCGATTAACTATGTGCGAACTTGTTTTTATACTTTAAGGCACAAACTC
AAAGCTCAATGTTTTTCAAGCTTTTATGTTTTGTTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGTCGAGCTT
TAAAAGTATGAAATATTGCTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATGTTT
CAAACTTGATCAAGCACAAGAACATAACAACTTCCATTCGATTTAATTTTTACAGTATTATGTGT
AAGTTATGA
Found at i:82873 original size:479 final size:478
Alignment explanation
Indices: 79441--85169 Score: 6558
Period size: 479 Copynumber: 11.9 Consensus size: 478
79431 TGAACAATTA
** * * * *
79441 TAGGAGGATTCGGGAACGCTCCAGGGAATTTGAGGGATGCTATCGATATTTGGATGTCATTTGTG
1 TAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTG
* * * * * * *
79506 AAATCGTTATCGGTGCTTGCTGCGATTGACTTTGTGCTAAATTGTTTTCATATATCATGCTCAAA
66 AAATCGTTATCGGTGCTTGATGTGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTCATATATTATGCACAAA
* * * *
79571 GTCAAAGCTCAATGTTTTCGAAGCTTTTATGCTTTGCTTTGAAAACCATTTCTCCTGGTGT-GAA
131 CTCAAAGCTCAATGTTTTCGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGTCG-A
* * *
79635 GCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTATAGCAAGTCTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCGAAT
195 GCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAAT
* * * * **
79700 GTTTTAAACTAGATCAAACACAGAAACATGATAACTTGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCATTTTT
260 GTTTTAAACTTGCTCAAACACAGCAACATGATAACTTGC----------ATTGGTTTTCATTTTT
* * * * *
79765 CATAGTGTTAAGTGTAAGTTATGACGGATTTTGCAGCTTAGAATATCAAAATTTCCATTT-TGAA
315 CACAGTGTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATTT-CGTTTCTGAA
* * *
79829 CAATTATGGGCATAAAAGCCATCTGCAAAATTTCAAAATTGTGATATAAAAACCACTTGCACGAT
379 CAATTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAATTTC-AAATTGTGATATAAAAACCATTTGCACGAT
* * *
79894 TTTAAATTTTAATACTTATTTTCTTTAGATGCAATTT
443 TTT-AATTTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTT
* * * * *
79931 TAGGAGGATTCATGAATGCTCTAGGGAATTTGTGGGATGCCGTTGATA-TTGGATGCCTTTTGTA
1 TAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTG
* * * * *
79995 AAATCGTTATTGGTTCTTGATGTGATTAACTGTGTGGTAACTTGTTTTTATACT-TTAATGCGCA
66 AAATCGTTATCGGTGCTTGATGTGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTCATA-TATT-ATGCACA
* * *
80059 AACTCAAAGCTCAATGTTATT-TAAGC-TTTATGTTTTGTTTTGAAAACCATTTCTGATGGAGTC
129 AACTCAAAGCTCAATGTT-TTCGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGTC
80122 GAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCA
193 GAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCA
* * * * * * * * * *
80187 ATGTTTTAAACTTGCTCAAATATAGAAAGAAGATAACTTGCTTTTGTTTTAATTTTTTATAATAG
258 ATGTTTTAAACTTGCTCAAACACAGCAACATGATAACTTGCATTGGTTTTCA--TTTT-TCACAG
* ** * * * * *
80252 TGTTATGCATAAGTTATGGAGGATTTTGGAGCTTAAAATGTC-AAATTTCATTTCTGAACAGTTT
320 TGTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTA
* * ** * * *
80316 TGGGCGTAAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTCTGATA-AAAAAAAACTTGTATGATTTTAATT
385 TGGGCATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCACGATTTTAA-T
80380 TTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTT
449 TTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTT
* * ** * *
80410 TAAGAGAATTCATGAATGGACCAGGGAATTTGTGGGTTGCTGTTGATATTTGGATGTAATTTGTG
1 TAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTG
* * * * *
80475 AAATCATTATTGGTGCTTGATGTGATTAACTGTGTGCTAACATGCTTTCATATATTATGCCCAAA
66 AAATCGTTATCGGTGCTTGATGTGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTCATATATTATGCACAAA
* *
80540 CTCAAAGCTCAATGTTTTCGAAGCTTTTTATGTTTTACTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGTTGA
131 CTCAAAGCTCAATGTTTTCGAAGC-TTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGTCGA
* * * *
80605 GCTTTAAATA-TATGAAAATATTGCTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATTACTATCATGAATCCA
195 GCTTTAAA-AGTATG-AAATATTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCA
* * *
80669 ATGTTTTAAACTCAT-CTCAAACACAGCAACATAATAACTTGCATTGGTTTTCATGTTTCATAGT
258 ATGTTTTAAACT--TGCTCAAACACAGCAACATGATAACTTGCATTGGTTTTCATTTTTCACAGT
* * *
80733 GTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATCAAATTTTCGTTTCTTAACAA-TAA
321 GTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTAT
** * * * *
80797 CAGCATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAAATTGTGACATAAAAACCATTTACATGATTTTAAAA
386 GGGCATAAAAACCATCTGCACAATTTC-AAATTGTGATATAAAAACCATTTGCACGATTTT-AAT
*
80862 TTTAATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTT
449 TTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTT
* * * *
80892 TAGGAGGATACATGAATGCTCCAGGGATTTTGTGGGGTGCAGTTGATATTTGGAT-TCCATTTGT
1 TAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGT-CATTTGT
* * * * * * * *
80956 GAAATCGTTATTGGTGGTTCATGCGATTAACTGTGTGCTATCCTGTTTTTATACT-TTAATGCGC
65 GAAATCGTTATCGGTGCTTGATGTGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTCATA-TATT-ATGCAC
* * *
81020 AAACTTAAAGCTCAATGTTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGTTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGT
128 AAACTCAAAGCTCAATG-TTTTCGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGT
* * *
81085 CAAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGGAAGTTTTTAAATTGAAATGAATATCTTGAATCC
192 CGAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCC
* * * * * * * * * * * *
81150 AATGTTTTGAACATGCTC-AACTATAGAAAGAAGATAACTTACTTTTGTTTTAATTTTTTATAAT
257 AATGTTTTAAACTTGCTCAAAC-ACAGCAACATGATAACTTGCATTGGTTTTCA--TTTT-TCAC
* ** * * **
81214 AGTTTTAAGCATAAGTTATGGAGGATTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCATTTCTTGAA-GG
318 AGTGTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTC-TGAACAA
* ** * * * *
81278 TTTTTAGCGTAAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGTAATAATAAAAAAAAAACCACTTGTACG
382 TTATGGGCATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGTGAT-AT-----AAAAACCATTTGCACG
81343 ATTTTAACTTTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTT
441 ATTTTAA-TTTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTT
* * * * ** * *
81382 TAAGAGAATTCGTGAACGAACCAGGGAATTTGTGGGTTGCTGTTGATATTTGGATGTAATTTGTG
1 TAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTG
* * * * *
81447 AAATCGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAACTGCGTGCTAACATGCTTTCATATATTATGCCCAAA
66 AAATCGTTATCGGTGCTTGATGTGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTCATATATTATGCACAAA
* * *
81512 CTCAAAGCTCAATGTTTTTGAAGCTTTTTATGTTTTACTTTGAAAACCATTTCTGCTGGTGTCGA
131 CTCAAAGCTCAATGTTTTCGAAGC-TTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGTCGA
* *
81577 GCTTCAAATA-TATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATGACTAT-TATGAATCCA
195 GCTTTAAA-AGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATGAATATCT-TGAATCCA
* *
81640 ATGTTTTAAACTCAT-CTCAAACACAGCAACATAATAACTTGCATTGGTTTTCATGTTTCACAGT
258 ATGTTTTAAACT--TGCTCAAACACAGCAACATGATAACTTGCATTGGTTTTCATTTTTCACAGT
* * *
81704 GTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTTAACAATAAC
321 GTTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTAT
* *
81769 AGACATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCACGATTTTAAAT
386 GGGCATAAAAACCATCTGCACAATTTC-AAATTGTGATATAAAAACCATTTGCACGATTTT-AAT
* *
81834 TTTAATACTTATTTGCTTGAGATGCATTTT
449 TTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTT
* * *
81864 TAGGAGGATACATGAATGCTCCAGGGATTTTGTGGGATGCTGTTCATATTTGGAT-TCCATTTGT
1 TAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGT-CATTTGT
* * * * *
81928 GACATCGTTATTGATGCTTGATGTGATTAACTGTGTGATAACTTGTTTTTATACT-TTAATGCAC
65 GAAATCGTTATCGGTGCTTGATGTGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTCATA-TATT-ATGCAC
* * *
81992 AAACTTAAAGCTCAATGTTTTTGAAGCTTTTATGTTTTGTTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGTC
128 AAACTCAAAGCTCAATGTTTTCGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGTC
* * *
82057 AAGCATTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGGAAGTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCA
193 GAGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCA
* ** * * *
82122 ATGTTTT-AA---G-T----TATGGCTAA-AT--TAA--TGCAAT-GCTTTAATTTTTCACAGTG
258 ATGTTTTAAACTTGCTCAAACACAGC-AACATGATAACTTGCATTGGTTTTCATTTTTCACAGTG
* * * *
82172 TTATGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGCCTAAAATATCAAATTTTCGTTTCTGGACAATTATG
322 TTAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATG
* *
82237 GGCATAAAAGCCATCTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCATGATTTTAATTTT
387 GGCATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCACGATTTTAA-TTT
* *
82302 TAATATTTATTTGCTTTAGATGCATTTT
451 TCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTT
* * * * *
82330 TAAGAGGATACGTGAATGCTCCGGGGAATTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTGATTTGTG
1 TAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTG
* * ** * *
82395 AAATCGCTATCGGCGCTTGATGCAATTAACTGTGTGCTAACATGTTTTCATATATTACGCACAAA
66 AAATCGTTATCGGTGCTTGATGTGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTCATATATTATGCACAAA
* * * *
82460 CTCATATCTCAATGTTTTCGAAGCTTTTATGTTTTACTTTGAAAATCATTTCTGCTGGAGTCGAG
131 CTCAAAGCTCAATGTTTTCGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGTCGAG
* * * * * **
82525 CTTTAAATGTATGAAATATTATTTTAGCAAGTCTTTAAATGGAAATGAATATCTTAAAGCCAACA
196 CTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATG
* * * * * *
82590 TTTCAAACTCGCTCAAACACAGCAACATGTTTACTTGCATTGGTATTCATTTTTCACATTGTTAA
261 TTTTAAACTTGCTCAAACACAGCAACATGATAACTTGCATTGGTTTTCATTTTTCACAGTGTTAA
* * * *
82655 GTGTAAGTTATTAGGGATTTTGGAGC-TAAAATATTAAAATTTCCTTTCTGAACAATTATGGGCA
326 GTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCA
* * *
82719 TAAAAACCATCTGCACAATTTCAAAAATGTGATATAAAAACCATTTGGATGATTTTAATTTTCCA
391 TAAAAACCATCTGCACAATTTC-AAATTGTGATATAAAAACCATTTGCACGATTTTAATTTT-CA
*** * *
82784 TACTTATCCACTTTAGCTGAATTTT
454 TACTTATTTGCTTTAGATGCATTTT
* **
82809 TTGGAGGATTCATGAACACTCCAGGGAATTTGAT-GGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGT
1 TAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTTG-TGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGT
* * * * * *
82873 GAAATCGTTATCGATGCTTGCTGCGAATAACTTTGTGCTAACTTGTTTTCATATATTATACACAA
65 GAAATCGTTATCGGTGCTTGATGTGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTCATATATTATGCACAA
* ** * * *
82938 ACTCAAAGCTCAATGTTTTCGAAGCATTTTATGCTTTGCTTTGAAAGTCATTTCTCCT-GTGTCC
130 ACTCAAAGCTCAATGTTTTCGAAGC-TTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGTCG
* *
83002 AGCATTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTCTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAA
194 AGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAA
* * * * * **
83067 TGTTTTAAACTCGCTCGAACGCAGCAACATGATAACTTGCATTGATTTTCATGTTTCATGGTGTT
259 TGTTTTAAACTTGCTCAAACACAGCAACATGATAACTTGCATTGGTTTTCATTTTTCACAGTGTT
* * * *
83132 ACGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTTTGAACACTTATGAG
324 AAGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGG
* * * * *
83197 CTTAAAAACGATCTGCACAATTTTCAAATTGTGATATGAAAACTATTTGCACAATTTTAATTTTC
389 CATAAAAACCATCTGCACAA-TTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCACGATTTTAATTTTC
*
83262 ATACTTATCTGCTTTAGATGCATTTT
453 ATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTT
* * *
83288 TAGGAGGATTCATGAATGCTCCAAGGAATTTGAGGGATGATGTTGATATTTGGATGTCATTTGTG
1 TAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTG
* ** * * *
83353 AAATCATTATCATTACTTGATGCGATTAACTGTGTGCGAACTTGTTTTCATATATTATGCACAAA
66 AAATCGTTATCGGTGCTTGATGTGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTCATATATTATGCACAAA
* * * * *** *
83418 CTCAAAGCTCAATATTTTCGAAGGTTTTAT-TCTTTGGTTTGAAAATCATTTCTGCCATAGTTGA
131 CTCAAAGCTCAATGTTTTCGAAGCTTTTATGT-TTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGTCGA
* *
83482 -CATTTAAAAGTATGAAATATTATTTTAGCAAGTTTTTAAAT-TAGAATGAATATCTTGAATCCA
195 GC-TTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGA-AATGAATATCTTGAATCCA
* * * * * *
83545 ATGTTTTAAACTTGCTCAAACATAGGAACATGATAACTTTCATTGGTTTTTATTTTTTACTGTGT
258 ATGTTTTAAACTTGCTCAAACACAGCAACATGATAACTTGCATTGGTTTTCATTTTTCACAGTGT
* * *
83610 AAAGTGTAA-TTAATGAAGGATTTTGGAACTTAAAATATCAAACTTTCGTTTCTGAACAATTATG
323 TAAGTGTAAGTT-ATGAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATG
* * * *
83674 GGCATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGTGATAAAAAAAAATCATTTGAACGAATTTAATT
387 GGCATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGTGAT--ATAAAAACCATTTGCACGATTTTAA-T
* * *
83739 TTTCACAGTTA-CTGCTTTAGATGCATTTT
449 TTTCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTT
* ** *** * *
83768 TAGGAGGATTCATGAACGCTTTAGGGAATTTGACTGATGTTGTTGACATTTGGATGTCATTTGTG
1 TAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTG
* * * *
83833 AAATCGTTATC-GTCGCTTGATGTGATTAACTGTATGCTAACTTGTTTTCATGTATTATGTATAA
66 AAATCGTTATCGGT-GCTTGATGTGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTCATATATTATGCACAA
* * * * *
83897 ACTCAAAGCTAAATGTTTTCGAAGCTTTTATGCTTTGTTTTGAAAATCATTTCGGCTGGAGTCGA
130 ACTCAAAGCTCAATGTTTTCGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGTCGA
* *
83962 GCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTACCAAGTTTTTAAAT-CAGAATGAATATCTTGAATCCAA
195 GCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGA-AATGAATATCTTGAATCCAA
* ** *
84026 TGTTTTAAACTTGCTCAAACACAGGAACATGATAACTTGCATTTTTTTTCATTTTTAACAGTGTT
259 TGTTTTAAACTTGCTCAAACACAGCAACATGATAACTTGCATTGGTTTTCATTTTTCACAGTGTT
* * * * * **
84091 AAGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGGGCTTAAAATATCAAAATTTTGCTTCTAAACAAATATGTT
324 AAGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGG
* * * *
84156 TAT-AACACCATCTACACAATTTCAAATTGTGATATAAAAATCATTTGCACGATTTTAATTTTTC
389 CATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCACGATTTTAA-TTTTC
84220 ATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTT
453 ATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTT
* * *
84246 TAGGAGGATTCACGAATGCTCTAGGGAATTTGTGGG-TCGTTGTTGATATTTGGATGTCATTTGT
1 TAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTTGTGGGAT-GCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGT
* * *
84310 GAAATTGTTATCGGTGCTTGATGTGATTAACTATGTGCTAACTTGTTTTTATATATTATGCACAA
65 GAAATCGTTATCGGTGCTTGATGTGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTCATATATTATGCACAA
* **
84375 ACTTAAAGCTCAATGTTTTCGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCAAGAGTCGA
130 ACTCAAAGCTCAATGTTTTCGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGTCGA
*
84440 GCTTTAAAAGTATGAAATATT-TTCTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATTAATATCTTGAATCCAA
195 GCTTTAAAAGTATGAAATATTGTT-TTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAA
* * * * * * * * * * *
84504 TGTTTTAAACTTGATCAAGCATAGGACCATGACAACTTCCGTTGGATTTTGATATTTCACGGTGT
259 TGTTTTAAACTTGCTCAAACACAGCAACATGATAACTTGCATTGG-TTTTCATTTTTCACAGTGT
* * * * * * ** * * *
84569 TTAGTGTAGGTTATGATGGATTTTGGAGCCTAAAACATTC-AATTTTTATTTTTGGACCATTATG
323 TAAGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGCTTAAAATA-TCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATG
* * *
84633 GGCAT-AAAACCATATGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCATGATTTTTAAATT
387 GGCATAAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCACGA-TTTTAATTT
*
84697 TAATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTT
451 TCATACTTATTTGCTTTAGATGCATTTT
* * * * *
84725 GAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGACTTTGTGGGATGCTATGGATATTTGGATGCCATTTGTG
1 TAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTG
* * ** * *
84790 AAATTGTTATTGAAGCTTGATGTGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTTATATTTTAGTGCACAA
66 AAATCGTTATCGGTGCTTGATGTGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTCATATATTA-TGCACAA
* * * * * * *
84855 ACTCAAAGCTCAATGCTTTT-GAAGCCTTAATGTTTTGTTTTAAAAACCATTTTTACTAGAGTCG
130 ACTCAAAGCTCAATG-TTTTCGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGTCG
* * * * *
84919 AGCTTCAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGGAAGTTTTTAAATGGAAATTAATATCTTAAATTCAA
194 AGCTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAA
* * * ** * * * *
84984 TGTTTTAAACTTGATCAATCACAGGAACATGACGACTTCCATTGGATTTAATTTTTAACAGTGTT
259 TGTTTTAAACTTGCTCAAACACAGCAACATGATAACTTGCATTGGTTTTCATTTTTCACAGTGTT
* * * * * *
85049 ATGTGTTAGTTATGAAGGATTTTGGAGCGTAAAGTATCAAATTTTCGTTTCTGAACAATTATAGG
324 AAGTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGG
** * *
85114 CATAAAAGGCATCCT-CACAATTTCAAATTGTGATCTAAAAACCATTTGTACGATTT
389 CATAAAAACCAT-CTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCACGATTT
Statistics
Matches: 4472, Mismatches: 656, Indels: 233
0.83 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
465 127 0.03
466 164 0.04
467 98 0.02
468 5 0.00
469 1 0.00
470 4 0.00
472 5 0.00
473 4 0.00
474 5 0.00
476 3 0.00
477 36 0.01
478 390 0.09
479 1181 0.26
480 834 0.19
481 171 0.04
482 541 0.12
483 139 0.03
484 72 0.02
485 31 0.01
486 3 0.00
487 80 0.02
488 23 0.01
489 309 0.07
490 239 0.05
491 7 0.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.13, G:0.17, T:0.39
Consensus pattern (478 bp):
TAGGAGGATTCATGAATGCTCCAGGGAATTTGTGGGATGCTGTTGATATTTGGATGTCATTTGTG
AAATCGTTATCGGTGCTTGATGTGATTAACTGTGTGCTAACTTGTTTTCATATATTATGCACAAA
CTCAAAGCTCAATGTTTTCGAAGCTTTTATGTTTTGCTTTGAAAACCATTTCTGCTGGAGTCGAG
CTTTAAAAGTATGAAATATTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATGAATATCTTGAATCCAATG
TTTTAAACTTGCTCAAACACAGCAACATGATAACTTGCATTGGTTTTCATTTTTCACAGTGTTAA
GTGTAAGTTATGAAGGATTTTGGAGCTTAAAATATCAAAATTTCGTTTCTGAACAATTATGGGCA
TAAAAACCATCTGCACAATTTCAAATTGTGATATAAAAACCATTTGCACGATTTTAATTTTCATA
CTTATTTGCTTTAGATGCATTTT
Done.