Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167915.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_18, whole genome shotgun sequence
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * *** *
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* * * * * * * *
4061 TAAATTTATTAATATTAAGGCAATTAATAAGTAAAATATTTTAAAAATAAATTTGTTTACCAAAC
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* * * **
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* * * * * *
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* * *
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126 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * *
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*
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** * * * *
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** *
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* * * *
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* * *
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* *
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173 TTATG
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* * * * * * *
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* * ** * * *
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* * *
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* * *
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* * * * * *
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* * ** * * *
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1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTAT-TCATACAAGCTTATTTCGAAT-AAAATAAT
* * * * * *
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* * * * * * **
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1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATA-
* * * * * *
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9496 ACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATAAGAATGATTATTTATTTCAAATCGTTATG
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* * ** * * * * * *
9550 ACCTTTTATTTTATTGTAAAAAAATTATTTTGTTCGTACAAGCTTTTATTTGGATTAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTATTCATACAAGC--TTATTTCGAATAAAATAAT-
* ** * * * *
9615 ATAATTTAATAATATTTCAAAAATTTTTAAGTAAGAGATTTGAAAAATAAATTTCTTTATTGAAT
63 ATAATTTATTAATA-TT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCGAA-
* * * ** * * *
9680 CAA-TACAAATGGTTAAGACTATAAGATCAATTATCTATTTAAAATCATTTTG
125 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * *
9732 ACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACATGCTTA-TTCAGAACAAATTAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATA
* * * * * * * * * * *
9796 CTAGTTTAATAAAATTAAAAAAATAACAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAT
64 -TAATTTATTAATATT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATATTTATCGAAC
* * ** *
9861 AAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATA
126 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* ** * * ** * *
9913 ACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTAATACAAGCTCA-AACAAAAAAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATA
** * * * *
9977 CTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAG--A-A-ATTTTAAAAA-AAATTTGTTTACCGAAT
64 -TAATTTATTAATA-TT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCGAA-
* * * * * *
10037 C-AGTTAAAATAATTATGGCCATTT-AAAAGATTAT-TGATTTCAAATCTTTATG
125 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA-ATTATCT-ATTTCAAATCATTATG
* * * * * ** *
10089 ACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTTT-TACCACACAAGTTTATTTAAAATAAAATAATC
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTAT-TCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATA
* * *
10153 TAATTTGTTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTGAAC
64 TAATTTATTAATA-TT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATC-GAA-
* * * *** *
10217 CAA-TTCAAATAGTCA-GACTATTTGAACAATTATCAATCTCAAATTGCTAAG
125 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * **
10268 ATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATAGAAGCTTA-TTCGGTTAAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTTCGAAT-AAAATAATA
* * * * *** * *
10331 CTAATTTAATAATATTCAAAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAACATATATGCCTTTGTCAAATC
64 -TAATTTATTAATATT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCGAA-C
* * ** * * *
10393 AA-TTTAAATAGTAAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATA
126 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * *
10444 ACCTTTTGCTTAGTCATAAAA-TATTTGTTTTATATCTTACAGGCTTA-TTCAGAATAAAATAAT
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTT-TTTTAT-TCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAAT
* * * * * * * *
10507 CTAAATTTGTTAACT-TCAAAAAATTAATAA-TAAAAAGATTTGTAAAAATAAATCTGTTTATTG
63 AT-AATTTATTAA-TAT-TAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTT-AAAAAATAAATATATTTATCG
* * * * * *
10570 AGCAAGTT--AATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTAATT-AAATTATTATG
123 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * *
10622 ACCTTTTGTTTTGACATAAAAAAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTA-TCCAAAATAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATA
* * * * * * *
10686 CTAATTTCA-TAATATTTCAAAAATTAATAAGGAAAAGTTTTAAAAAAATTAATTTGTTTACCGA
64 -TAATTT-ATTAATA-TT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATATTTATCGA
* * * * * * * *
10750 ATAAATCCAAATAGTT-TGACTCTTTGAATAATTCTTTATTTTAAATCATTATG
124 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * ** * *
10803 ACCTTGTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCAATTCATACTAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATA
* * * * *
10867 TTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-ATGATTTAAAAAGTGAATTTGTTTACCGAA
64 -TAATTTATTAATA-T-TAAAAATTAATAAGTAAGA-GATTTAAAAAATAAATATATTTATCGAA
* ** * * * *
10931 TC-AGTTTAAATAACTAT-AGCCATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATT
125 -CAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * ** *
10984 ACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTTAATCGTACAAGCTTATTTAAAATAAAGTAATAC
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATA-
* * *** * *
11049 TAATTTATTAATTTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAAATCGGTTTACCAAACC
64 TAATTTATTAA-TATT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCGAA-C
* * * * * * * *
11114 AA-TTTAAATAGTTATGACTATTTAAATAATCATATACTTGAAATCATTATA
126 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* ** * * * *
11165 ATCTTTTGTCCTATAATAAAAC-ATTTATTTTGGTTCATACTAA-CTTA-TTCAAAATAAAATAA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTT-TTTT-ATTCATAC-AAGCTTATTTC-GAATAAAATAA
* * ** * * * *
11227 TACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTTTTTGTCAA
62 TA-TAATTTATTAATATT--AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCGA
* * * **
11292 ACCAA-TGCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
124 A-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
** ** * * *
11346 ACCTTTTGTTTTCACATAAAACAACTTTTTCAATTCATACTAA-CTTACTTGGAATAAAATAAAA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTTTTTTATTCATAC-AAGCTTATTTCGAATAAAATAATA
* * * ** * * * *
11410 TGAATTTATTAATATTTTAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAGTATTTTTGTTTATCTAACC
64 T-AATTTATTAATA-TTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCGAACA
* * *
11475 AGTTCAAATAATTATGACTATTTTAACAATTATCTATTTAAAATTC-TTATG
127 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATG
* * * *
11526 ACCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTTATATAAG-TT-TGTTCGAAATAAAATAA
1 ACC-TTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTTTTTTATTCATACAAGCTTAT-TTCG-AATAAAATAA
* *
11589 TACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAAT-AGCTAGGAGATTTAAAAAAT--A-A-A-TT-T-G
62 TA-TAATTTATTAATA-T-TAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCG
* * * * * * * ** **
11646 -----TTTCAAATAGTCATGTCCATTCGAACAATTATCTCTTTAAAATTGTTACA
123 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * *** * *
11696 ACCTTTTATTTTATCATAAAACAATCCATTCATTCA-A-AA--TTATTTAGAATAAAATAATACT
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATA-T
* * * * * * *
11757 GATCTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATATGTTCA-CGAAAAT
65 AATTTATTAATA--TTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCGAACA-
* * * *
11817 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATCTCAAATCGTTATG
127 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* ** * * * *
11868 ATC-TTTACTTTGTTATAAAAGAGTTGTTCCTTT-TT-ATACAAGCTTA-TT-AAATTAAAATAA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TT--TTTATTCATACAAGCTTATTTCGAA-TAAAATAA
* *
11928 TAATAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAAAT
62 T-ATAATTTATTAATATT--AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
11978 TAAGTTTTAC
Statistics
Matches: 6775, Mismatches: 1448, Indels: 926
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
159 13 0.00
160 97 0.01
161 3 0.00
162 13 0.00
163 8 0.00
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165 13 0.00
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167 3 0.00
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169 30 0.00
170 201 0.03
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184 1 0.00
185 3 0.00
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187 5 0.00
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Consensus pattern (177 bp):
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ATTTATTAATATTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCGAACAAGTT
CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
Found at i:5695 original size:361 final size:358
Alignment explanation
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Period size: 361 Copynumber: 19.2 Consensus size: 358
5111 ATAATTGGTA
** * * * * *
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* ** ** * * * *
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* * * * * * * * * *
5245 TTTTTTTTCAAATTGTTCTAACTTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTT-AGCTCATACATGC
127 ATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCA--TCATACAAGC
* * * * *
5309 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAGGAAATTAATAAGCAAGAAATTAAAAA
190 TTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA-AAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAA
* * * * * *
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254 AATAAATCAGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAA
* * * *
5439 CCATTATGGCCTTTAATTTTATCATAAAACAATTATTTCAG
318 TCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCAG
* * * * * * * *
5480 TGCATAGAAGCTTATTAGCAATAAAATAATATTACTTATTAATATTTCAAATTTTGATAAGTTAG
1 TTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATATAATTTATTAATATTTCAAA-ATTAATAAGTAAG
* * * * * * *
5545 AGATTTAAAAAATAAATTATTTTATCAAACGA-TTCAAATAATTACGGCTATTTAAATAATTATC
65 AGATTTAAAAAATAAATTATTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* *
5609 TATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCCATCATACAAGCCTAT
130 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-CATCATACAAGCTTAT
* * * * *
5674 TTGGAATAAAATAAAACTAATTTACTAATATCTCAAAAATTAATAAATAGGAGATTTAAAAGAA-
194 TTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAA-AAT
* * **
5738 AAATCTA-TTTACT------GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-ATTTATATATTTCAAATTG
257 AAATC-AGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * *
5795 TTATAACCTTTTATTATGTCATAAAACAAGTATTTCTG
321 TTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCAG
* * * *
5833 TTCAAACAAGTTTATTCA-AAATAAAATAATACT-ATTGTAATAATA-TTCTAAAA--ATTAA-T
1 TTCATACAAGCTTATT-AGAAATAAAATAATA-TAATT-TATTAATATTTC-AAAATTAATAAGT
*** * * *
5892 AAGAGATTTAAAAAATAAATT-TATTTATTGAACTAA-TTCAAATAGTTAAGGCTATATGAACAA
62 AAGAGATTTAAAAAATAAATTAT-TTTACCAAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * * *
5955 TTCTTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATT-TTTT-AGTTCTTAGT
125 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTCA--TCATA-C
* * *
6018 AA-CTTATTTGGAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
186 AAGCTTATTTGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATT
* * * * * * * *
6081 TCAAAAA-AAATTATGCTTATTGAATCAA-TTCAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATCTAT
249 TAAAAAATAAATCA-GTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * *
6144 TTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAATAAATGT-TTTTA-
312 TTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAA-CAAT-TATTTCAG
* * * * * * * * *
6191 TTCTTATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATATCAATTTATTCATATTTTGAAAAGTAAGAAGTAA
1 TTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATAT-AATTTATTAATA-TTTCAAAATTAATAAGTAA
* * * * *
6256 GAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACTAAACCAGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAACAATTT
64 GAGATTTAAAAAATAAAT-TATTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * ** * *
6320 TTTATTTCAAATCGTTATGACCATTTATTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTGTTTATA-TAG-TT
128 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TCATCATACAAGCTT
* * * * *
6382 TTATTGAGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAATG-GATTTAAA
192 AT-TTG-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAA-GAAATTTAAA
* * * * ** ** * * *
6446 AAATGAACCTGTTCACTTGATTAGTGCAAATAGTTATGACTGTTAGAACAATTATCTATTTCAAA
253 AAATAAATCAGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * ** *
6511 TCATTATAACTTTTTATTTTATCACAAAGTAATTGTTTCTA-
318 TCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTC-AG
** * * * * * *
6552 TTTGTAAAAGC-TATTTGAAATAACATAAATCTAATTTATTAATATTCTTAAAATTAATATGTAA
1 TTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAAT-AATATAATTTATTAATATT-TCAAAATTAATAAGTAA
* * * * *
6616 GAGATTTAAAAAATAAACCT-CTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTA
64 GAGATTTAAAAAATAAA-TTATTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* ** *
6680 -CTAATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAACTGTTTGTC-TCCATACAAGC
128 TCT-ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TCAT-CATACAAGC
* * * ** * **
6743 TTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTTTTAATATTTTGACAACCAATAAGTAA-AAGATTTAAA
190 TTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAA
* * * * *** *
6807 AAATAGAT-ATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGTGTAATTATCTATTTAAA
253 AAATAAATCA-GTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * *
6871 ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTATCAA
317 ATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCAG
** * * *
6913 TTCATA-TGGCTTATTCA-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAAATAATGAGTA
1 TTCATACAAGCTTATT-AGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTA
* *** *
6976 AGAGATTTAAAAAATGAAACTATTTT-TTGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATT
63 AGAGATTTAAAAAAT-AAATTATTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * **
7040 ATCTATTTCCAATCATTATGACCTTTTAGTTTTGTCACAAAACAATTG-TTCCTATTCATTTAAG
127 ATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTC-A-TCATACAAG
*
7104 CTTATTTGGAATAAAATAATA-TAAATTTATT-ATCATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTT
189 CTTATTTGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT-ATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTA
* * * * * *
7166 AAAAATAAAT-ATGTTT-TTCGAACACGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAGCAATTATTTATTT
251 AAAAATAAATCA-GTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
*
7229 CAAAT-AGTTACGACCTTTTATTTTGTCAT---AC----A----AG
314 CAAATCA-TTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCAG
* * *
7263 TT--T---A---T-TT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAGGTAG
1 TTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATT-TCAAAATTAATAAGTAA
* * * *
7318 GAGATTTAAAAAATAAA-TATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAAAAATTA
64 GAGATTTAAAAAATAAATTAT-TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * ** * *
7382 TCTATTTTAAATCATTAAAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATT-TATTCATGCA-A-AA--TT
128 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCAT-CATACAAGCTT
** * * * * * * *
7442 ATTCAGAATAAAATAATATTGATCTATTAATATTTTAAAAGTTAATAAG--AGACA--TAAAAAC
192 ATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAA
** * * * *
7503 TAAATTTGTTTAC-AAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCCATCTCAAATC
256 TAAATCAGTTTACTAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* ** * **
7567 GTTATGGTC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTT
320 ATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCAG
* * *
7605 TTCATACAAGCTTATTCA-AATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTA
1 TTCATACAAGCTTATT-AGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTA
* * * * * * *
7669 AGAGATTTAAAAAAATAAATGT-GTTTGCCAAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAATAAT
63 AGAGATTT-AAAAAATAAAT-TATTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * *
7733 TATCTATTTCAAATCATTCTGACCTATTGTTTAGTCATAAAACAATT-ATTTCAGTTCATACAAG
126 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCA--TCATACAAG
** * * * * * *
7797 CTTATTTAAAATAAAATAATTCTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAGTGAGTAAGAGATTTAAA
189 CTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAA
* ** * * * *
7862 AAACTAACTTTGTTTACTAAACATGTTTAAATAGATT-TGACTATTTGAATAATTTTCTATTT-A
253 AAA-TAAATCAGTTTACTAAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* *
7925 AAGTCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTAG
316 AA-TCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCAG
* * * * * * *
7969 TTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTACTTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAT
1 TTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAA
* * * * * *
8034 GAGATTTAAAAACTAAAGCTATTTTA--GAACCATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATA
64 GAGATTTAAAAAATAAA-TTATTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * * * *
8097 TCAATCTCAAATAGTTACGATC-TTTGTTTTCTCATAAAATAATTGTTTTTTATCACACAAGCTT
128 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTCATCATACAAGCTT
* * *
8161 ATTTAG-ATAAAAATAATACTAATTTAATATTATTTCAAAAATTAATAAG--AG--ATTTAAAAA
192 ATTTGGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAA
** ** * * * * * * * *
8221 ATAAATGTGTTTACCGAGCCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAATATTTATCTATATCAAATC
255 ATAAATCAGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * *
8286 ATTTTGACCTTTTGTTTAGTTATATAATAATGTA-TT-AG
320 ATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAT-TATTTCAG
* * *
8324 TTCATACAAGCTTATTAGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCA
1 TTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTC--AAAATTAATAAGTA
* * * *
8388 AGAGATTTGAAAAAATAAATT-TGTTTACCAAACAAGTTTAACT-CTTATGACTATTTGAATAAT
63 AGAGATTT-AAAAAATAAATTAT-TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * *
8451 TATCCATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAAAAAACAATTGTTTT-AGTTCATAAAAG
126 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCA--TCATACAAG
* ** * ** * * * *
8515 CTTATCTAAAATAAAATAATGCTACCTTATTAAAATTTCAAAAGTTAATAAGTTAGAGATTT-AA
189 CTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAA
* * ** * * *
8579 AAATAAATCAATTTACCAAATTAGTTCAAAT-GATTATG-GTCATTTGAACAACTACCTATTTCA
253 AAATAAATCAGTTTACTAAACAAGTTCAAATAG-TTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * *
8642 AATCATTATTACTTTTTTTTTTTTGTCATACAACAATTTTTTTTCA-
316 AATCATTATGAC--CTTTTATTTTGTCATAAAACAA--TTATTTCAG
* *
8688 -ACATACAAGCTTATTCA-AAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTTC--AA-TAATTAA-TA
1 TTCATACAAGCTTATT-AGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAATTAA-TAAGTA
** ** * * *
8747 AGAGATTTAAAACGTAAA-TATGTTTATTGAAACTAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAAT
63 AGAGATTTAAAAAATAAATTAT-TTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * * ** *
8811 TGTCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATCAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGT
126 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTCATCATACAAGC
* * * * * *
8876 TTATTTGAAATAAAATAATAGTAATTTAGTAATATTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAA
190 TTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAA
* * * * * *
8941 AT-AATCCA-TTTGCCGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGATTATATGAACAATTA-CATATTTGC-
255 ATAAAT-CAGTTT-ACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTT-CA
** * * *
9001 AATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTCAG
316 AATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCAG
* * * * *
9044 CTCATACAAGCTTATT-GGAATAGAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAGTTTATAAGTAA
1 TTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAA-TTAATAAGTAA
* * * * *
9108 GAGACTTAGAAAATAAATT-TATTTACCAAACCAA-TTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATT
64 GAGATTTAAAAAATAAATTAT-TTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * ** * * *
9171 ATCTATTTCAAATTGTTACT-ACCTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGT
127 ATCTATTTCAAATCGTTA-TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTCATCATACAAGC
* * * * *
9235 TTGTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAA
190 TTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAA
* * * * * *
9300 AATAAAT-ATGTTTACTAAGCCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCAATTTCAAA
254 AATAAATCA-GTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
** * * ** *
9364 TTGTTATAACCTTTTATTTTGTCATGAAACAATTGGTTCTG
318 TCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCAG
* ** * **
9405 TTCATACTATTTTATTGGAAATAAAATAATACTAATTTCA-TAATATTTCAAAACTTAATAAACA
1 TTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATA-TAATTT-ATTAATATTTCAAAA-TTAATAAGTA
* * * * * * * ** **
9469 AGAAAATTT----CATAAATCTA-ATTGCCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATAAGAATGAT
63 AG-AGATTTAAAAAATAAAT-TATTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * ** * * ** *
9529 TATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTATTGTAAAAAAATTATTTTGTTCGTACAAGCT
126 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCATCATACAAGC-
* * * ** * *
9594 TTTATTTGGATTAAAATAATAATAATTTAATAATATTTCAAAAATTTTTAAGTAAGAGATTTGAA
190 -TTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAA
*** * * * * * ** * *
9659 AAATAAATTTCTTTATTGAATCAA-TACAAATGGTTAAGACTATAAGATCAATTATCTATTTAAA
253 AAATAAATCAGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * *
9723 ATCATTTTGACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTAG
317 ATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCAG
* * * * * * ** * * *
9765 TTCATACATGCTTATTCAG-AACAAATTAATACTAGTTTAATAAAATTAAAAAAATAACAAGAAA
1 TTCATACAAGCTTATT-AGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGTAA
* * *
9829 GAGATTTAAAAAAATAAATCT-GTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATT
64 GAGATTT-AAAAAATAAAT-TATTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * *
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127 ATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTC-A-TCATACAAGC
* ***** * ** *
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190 TTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAA
** * * * * * * *
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254 AATAAATCAGTTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA-ATTATCT-ATTTCA
* * *
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316 AATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCAG
* * * * *
10120 TTACCACACAAGTTTATTTA-AAATAAAATAATCTAATTTGTTAATATTTCAAAAATTAATAAAT
1 TT--CATACAAGCTTA-TTAGAAATAAAATAATATAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGT
* * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * * * * ** * *
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252 AAAATAAAT-CAGTTTACT-AAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* ** * * * * *
10432 CAAATCATTATAACCTTTTGCTTAGTCATAAAATATTTGTTTTA-
314 CAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCAG
* * * * *
10476 TATCTTACAGGCTTATTCAG-AATAAAATAATCTAAATTTGTT-A-ACTTCAAAAAATTAATAA-
1 T-TCATACAAGCTTATT-AGAAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTTC--AAAATTAATAAG
* * * *** * * *
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61 T-AAGAGATTT-AAAAAATAAAT-TATTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * ** * * *
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**** * *
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* ** ** * * * * * * *
10725 TTAAAAAAATTAATTTGTTTACCGAATAAATCCAAATAGTT-TGACTCTTTGAATAATTCTTTAT
248 TT-AAAAAATAAATCAGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
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312 TTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCAG
* *
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1 TTCATACAAGCTTATT-AGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATT-TCAAAATTAATAAGTA
* * * * ** * *
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63 AGA-GATTTAAAAAATAAATTAT-TTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACA
* * * * * * *
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** * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * ** * * * **
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* * * **
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* ** * * *
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* ** *
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* * ** * *
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188 GCTTATTTGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAA
* ** ** * * * *
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* * * **
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316 AA-TCATTATGACC-TTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCAG
* * * * * *
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1 TTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATT-TCAAAATTAATAAG-TA
* * * *
11624 GGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTT--CAAA-TAG-TC--AT-G---T--CCATTCGAACAATT
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* * * ** * * ***
11676 ATCTCTTTAAAATTGTTACAACCTTTTATTTTATCATAAAACAA-TCCATTCATTCA-A-AA--T
127 ATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCA-TCATACAAGCT
* * * **
11736 TATTTAGAATAAAATAATACTGATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG--AG--ATTTAAAAA
191 TATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAA
* * * * * *
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* * * * * * * * **
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318 TCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCAG
* * * *
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*
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* * * * *
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** * *
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* * * * * *
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** * *
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*
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* * * * * *
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* ***
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* * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* *
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* *
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* * * * * *
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* *
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* * * * *
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* * * * ** * * * * **
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* ** ** ** * * *
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** * * ** * * ** * * * **
9530 ATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTATTGTAAAAAAATTATTTTGT-TCGTACAAGCT
570 ATCAATCTCAAATAGTTACAACC-TTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTTTTATCACACAAGC-
** * * *
9594 TTTATTTGGATTAAAATAATAATAATTTAATAATATTTCAAAAATTTTTAAGTAAGAGATTTGAA
633 -TTATTTAAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA---TTAA-TAAGAGATTTAAA
* ** *
9659 AAATAAATTTC-TTTATTGAATCAA
693 AAATAAA-TCCATTTACCGAACCAA
* * * * * * * *
9683 TACAAATGGTTAAGACTATAAGATCAATTATCTATTTAAAATCATTTTGACTTTTTGTTTAGTCA
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATATCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCA
* * * * * * * * *
9748 TAAAACAAT-TATTTTAGTTCATACATGCTTATTCAGAACAAATTAATACTAGTTTAATAA-AAT
66 TAAAATAATGTA--TTAGCTCATACAAGCTTATT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * * *
9811 TAAAAAAATAACAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-TAAGTTCAAATAGTT
128 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAA-TTTAAATAATT
* * * * * *
9875 ATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTA-TAACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATT
192 ATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTACTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * *** * * ***
9939 GTTTCAATTAATACAAGCTCAAACAAAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAA
257 GTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTAAAAAATTAA
* *** * * * *
10004 TAAG--A-A-ATTTTAAAAA-AAATTTGTTTACCGAATCA-GTTAAAATA-ATTATGGCCATTT-
322 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACC-AAACATGTTCAAATAGATT-TGACTATTTG
* * * * * ** *
10061 AAAAGATTA-TTGATTTCAAA-TCTTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTTTTAC
385 AACA-ACTACCT-ATTT-AAAGTCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTACAA
* * ** * * **
10124 CACACAAGTTTATTTAAAATAAAATAA-TCTAATTTGTTAATATTTCAAAAATTAATAA-ATAAG
447 CATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAACACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAACAT--G
* * * * *
10187 AGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACTGAACCAATTCAAATAGTCA-GACTATTTGAACAATTAT
510 AGATTTAAAAACTAAA-CTATTTTA--GAACCATTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAAATAT
* * * * * * * * *
10250 CAATCTCAAATTGCTA-AGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATAGAAGCTTA
572 CAATCTCAAATAGTTACA-ACCTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTTTTATCACACAAGCTTA
**** * *
10314 TTCGGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCAAAAAATTAATAAGAGATTTAAAACATATA
636 TTTAAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAA
** * *
10378 TGCC-TTTGTCAAATCAA
700 T-CCATTTACCGAACCAA
* * * * * * *
10395 TTTAAATAGTAAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGCTTAGTCA
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATATCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCA
* * ** * * * * *
10460 TAAAATATTTGTTTTATATCTTACAGGCTTATTCAGAATAAAATAAT-CTAAATTTGTT-A-ACT
66 TAAAATA-ATGTATTAGCTCATACAAGCTTATT-GGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT
* ** * *** * * *
10522 TCAAAAAATTAATAA-TAAAAAGATTTGTAAAAATAAATCTGTTTA-TTGAGCAAGTT-AATAGT
128 TC-AAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTTAAATAAT
* * * * * *
10584 TATGACTATTTAAATAATTATTTAATT-AAATTATTA-TGACCTTTTGTTTTGACATAAAAAAAT
191 TATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTACTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
** * *
10647 TGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCA-TAATATTTCAAAAATT
256 TGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTT-ATTAAAATTTAAAAAATT
* * * * *** * * ** * *
10711 AATAAGGAAAAGTTTTAAAAAAATTAATTTGTTTACCGAATAAATCCAAATAG-TTTGACTCTTT
320 AATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCAATTTACCAAACATGTTCAAATAGATTTGACTATTT
* * * * * * *
10775 GAATAA-TTCTTTATTTTAAA-TCATTATGACCTTGTGTTTTGTCACAAAACAATT-GTTT-CAA
384 GAACAACTAC-CTA-TTTAAAGTCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTACAA
** * * * * *
10836 TTCATACTAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAA-GT
447 --CATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAACACTAATTTACTAATATTTC-AAAAATTAATAACAT
* * * * * ** * * *
10899 AAATGATTTAAAAAGTGAA-TTTGTTTACCGAATCAGTTT-AAATAACTATAGCCATTTAAACAA
509 -GA-GATTTAAAAACTAAACTAT-TTTA--GAACCA-TTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAA
* ** * ** * * * **
10962 TTATTTATTTCAAATCA-TTATTACCTTTTGTT-TGGTCATATAACAATTGTTTTTAATCGTACA
568 ATATCAATCTCAAAT-AGTTACAACC-TTTGTTCT-ATCATAAAACAATTGTTTTTTATCACACA
* * *
11025 AGCTTATTTAAA-ATAAAGTAATACTAATTTATTAATTTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
630 AGCTTATTTAAATA-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT
* ** *
11089 AAAAAAAAAATCGGTTTACCAAACCAA
690 AAAAAATAAATCCATTTACCGAACCAA
* * * * * * * * *
11116 TTTAAATAGTTATGACTATTTA-AATAATCATATACT-TGAAATCATTATAATCTTTTGTCCTA-
1 TTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAACAATTATCTA-TATCAAATCATTATGACCTTTTGT-TTAG
* * * * * ** * *
11178 TAATAAAA-CATTTATTTTGGTTCATACTAA-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAA
63 TCATAAAATAATGTA--TTAGCTCATAC-AAGCTTATT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* ** * ** **
11241 TATTCCAAAAATTAATAACAAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTTTTTGTCAAACCAATGCAAATA
124 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTTAAATA
* * * * **
11305 GTTA-AGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA-TGACCTTTTGTTTTCACATAAAAC
189 ATTATA-ACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTACTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * ** * * *
11368 AACTT-TTTCAATTCATACTAA-CTTACTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTT-TA
253 AA-TTGTTTTAGTTCATA-AAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAAATTTAAA
* * ** *** * *
11429 AAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAGTATTTTTGTTTATCTAACCA-GTTCAAATA-ATTATGA
315 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTA-CCAAACATGTTCAAATAGATT-TGA
* * * * * * *
11492 CTATTTTAACAATTATCTATTTAAAATTC-TTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTT
378 CTATTTGAACAACTACCTATTT-AAAGTCATTATGACC-TTTTATTTTGTCATAAAACAATTATT
***** * ** * * * * *
11556 TTTGTTTATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTGAAAATTAATA
441 TTACAACATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAACACTAATTTACTAATATTTC-AAAAATTAATA
* * * * ** * * *
11620 GCTAGGAGATTTAAAAAAT-AA--A-TTT-G-----TTTCAAATAGTCATGTCCATTCGAACAAT
505 AC-ATGAGATTTAAAAACTAAACTATTTTAGAACCATTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAAA
** * * * * * *** **
11675 TATCTCTTTAAAATTGTTACAACCTTTTATTTTATCATAAAACAATCCATTCAT-TCA-A-AA--
569 TATCAATCTCAAATAGTTACAACC-TTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTTTTATCACACAAGC
* * * ** *
11735 TTATTTAGAAT-AAAATAATACTGATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACT
633 TTATTTA-AATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAT
*
11799 AAAT--ATGTT-CACGAA-AATA
697 AAATCCAT-TTAC-CGAACCA-A
* * * * * * * ** *
11818 GTTTAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTACTTT-GTT
1 -TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATATCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTC
* * ** * * * *
11882 ATAAAAGAGTTGT-TCCT-TTTTATACAAGCTTATT-AAATTAAAATAATAATAATTTAATAATA
65 ATAAAATA-ATGTAT--TAGCTCATACAAGCTTATTGGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATA
*
11944 TTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTAAAAAAAT
126 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAT
11978 TAAGTTTTAC
Statistics
Matches: 2933, Mismatches: 622, Indels: 378
0.75 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
700 5 0.00
701 57 0.02
702 29 0.01
703 64 0.02
704 5 0.00
706 1 0.00
707 33 0.01
708 2 0.00
709 91 0.03
710 30 0.01
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713 23 0.01
714 88 0.03
715 100 0.03
716 193 0.07
717 261 0.09
718 416 0.14
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722 232 0.08
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725 8 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (716 bp):
TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATATCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCA
TAAAATAATGTATTAGCTCATACAAGCTTATTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTTAAATAATTATAA
CTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTACTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
TAGTTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTAAAAAATTAATAAG
TAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACCAAACATGTTCAAATAGATTTGACTATTTGAACAAC
TACCTATTTAAAGTCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTACAACATAAAAAC
TTATTCAAAATAAAATAACACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAACATGAGATTTAAAAA
CTAAACTATTTTAGAACCATTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATAGT
TACAACCTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTTTTATCACACAAGCTTATTTAAATAAAAATAA
TACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCCATTTACCGAACCA
A
Found at i:9713 original size:541 final size:535
Alignment explanation
Indices: 7584--11636 Score: 1665
Period size: 541 Copynumber: 7.5 Consensus size: 535
7574 TCTTTATTTT
* * * *
7584 GTCATAAAACAATTGTTTCT-TTTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTAATAA
1 GTCATAAAACAATTATTT-TAGTTAATACAAGCTTATTCAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAA
** * * * * *
7648 TATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACCAGTTT-AAAT
64 TATTTAAAAAATTAA-CAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACTAAA-CAATTTCAAAT
** * * ** * * * * *
7712 AGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTATTGTTTAGTCATAAAACA
126 AGTT-TTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACA
** * * ** * * *
7777 ATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATTCTAATTTATTAACATTTGAAAAAT
190 ATTGGTTCTGTTCATACAAGTTTATTGGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTT-AAAAAT
* * * * *** ** * * * * *
7842 TAGTGAGTAAGAGATTTAAAAAACTAA-CTTTGTTTACTAAACATGTTTAAATAGATT-TGACTA
254 TAATAACTAAGAAATTT-AAAAA-TAATC-CAATTGCCGAACCA-ATTCAAATAG-TTAAGACTA
** * * * * * *
7905 TTTGAATAATTTTC-TATTT-AAAGTCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTA
314 TAAGAACAA-TTACATATTTGCAA-TCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAAAAATTATTTCA
* * * * * * * * *
7968 GTTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTACTTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGCA
377 GCTCATACAAGCTTA-TTGGAATAAAATAAAACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTTATAAGTA
* * ** * * * * * * *
8033 TGAGATTTA-AAAACTAAAGCTATTTTA--GAACCATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAA
441 AGAGACTTAGAAAA-TAAATTTA-TTTACCAAACCAATACAAATAATTATAACTA-TTAAACAAT
* * * * *
8095 TATCAATCTCAAAT-AGTTAC-GATC-TTTGTTTT
503 TATCTATTTAAAATCA-TT-CTGACCTTTTGTTTA
* * * * * * *
8127 CTCATAAAATAATTGTTTT--TTATCACACAAGCTTATTTAGATAAAAATAATACTAATTTAATA
1 GTCATAAAACAATTATTTTAGTTA--ATACAAGCTTATTCAAAT-AAAATAATACTAATTTATTA
* * * * ** *
8190 TTATTTCAAAAATT-A-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCGAGCCAGTTT-AAATA
63 ATATTTAAAAAATTAACAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTAAACAATTTCAAATA
** * * * * ** * * * * * * *
8251 GTTAAGACTATTAGAATATTTATCTATATCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTTATATAATAA
127 GTT-TTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAA
* * * *
8316 -T-GTAT-TAGTTCATACAAGCTTATTAGG-AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAA
191 TTGGT-TCT-GTTCATACAAGTTTATT-GGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATT-TAAAA
* **** * * * * * *
8377 ATTAATAAGC-AAGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACC-AAACAAGTTTAACT-CTTATGAC
252 ATTAATAA-CTAAGAAATTT--AAAAAT-AATCCAATTGCCGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGAC
** * * ** * * * *
8439 TATTTGAATAATTATC-CATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA-AAAAACAATTGTTT
312 TATAAGAACAATTA-CATATTTGCAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAAA-AATTATTT
* * * ** ** ** * * * *
8502 TAGTTCATAAAAGCTTATCTAAAATAAAATAATGCTACCTTATTAAAATTTCAAAAGTTAATAAG
375 CAGCTCATACAAGCTTAT-TGGAATAAAATAAAACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTTATAAG
* * ** ** * * * ** *
8567 TTAGAGATTTA-AAAATAAATCAATTTACCAAATTAGTTCAAATGATTAT-GGTCATTTGAACAA
439 TAAGAGACTTAGAAAATAAATTTATTTACCAAACCAATACAAATAATTATAACT-A-TTAAACAA
* * * * * * * *
8630 CTACCTATTTCAAATCATTATTACTTTTTTTTTTTT
502 TTATCTATTTAAAATCATTCTGAC--CTTTTGTTTA
* *
8666 GTCATACAACAATT-TTTT--TTCAACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAATTTATT
1 GTCATAAAACAATTATTTTAGTT--A-ATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATT
* * ** * *
8728 AATATTTCAATAATT-A-A-TAAGAGATTTAAAACGTAAATATGTTTATTGAAACTAGTTT-AAA
62 AATATTTAAAAAATTAACAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-AAAC-AATTTCAAA
* * * * * *
8789 TAGTTATAACTATTTGAACAATTGTCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATCAAAC
125 TAGTT-TTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAAC
* * * *
8854 AATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATAGTAATTTAGTAATATTTAAAAAT
189 AATTGGTTCTGTTCATACAAGTTTATTGGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTTAAAAAT
* * * *
8919 TAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAATCCATTTGCCGAACCAATTCAAATAGTTAAGATTATATG
254 TAATAACTAAGAAATTT-AAAAATAATCCAATTGCCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATAAG
* * *
8984 AACAATTACATATTTGCAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTCAGCTCAT
318 AACAATTACATATTTGCAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAAAAATTATTTCAGCTCAT
* * *
9049 ACAAGCTTATTGGAATAGAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAGTTTATAAGTAAGAGACT
383 ACAAGCTTATTGGAATAAAATAAAACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGACT
*
9114 TAGAAAATAAATTTATTTACCAAACCAATTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATCTATTT
448 TAGAAAATAAATTTATTTACCAAACCAATACAAATAATTATAACTA-TTAAACAATTATCTATTT
* ** *
9179 CAAATTGTTACT-ACCTTTTGTTTT
512 AAAATCATT-CTGACCTTTTGTTTA
* * * * * * *
9203 TTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
1 GTCATAAAACAATTATTTTAGTTAATACAAGCTT-ATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* *
9268 ATTTAAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAGCCATTTCAAATAGT
65 ATTTAAAAAATTAA-CAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAATTTCAAATAGT
* * *
9333 TTTGACTATTTGAATAATTATCAATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCATGAAACAATT
129 TTT-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATT
* * *
9398 GGTTCTGTTCATACTATTTTATTGGAAATAAAATAATACTAATTTCA-TAATATTTCAAAACTTA
193 GGTTCTGTTCATACAAGTTTATTGGAAATAAAATAATACTAATTT-AGTAATATTT-AAAAATTA
* * * *
9462 ATAAAC-AAGAAAATTT-CATA-AATCTAATTGCCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATAAGA
256 AT-AACTAAG-AAATTTAAAAATAATCCAATTGCCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATAAGA
** ** ** * * *
9524 ATGATTATTTATTT-CAAATCGTTATGACCTTTTATTTTATTGTAAAAAAATTATTT-TGTTCGT
319 ACAATTACATATTTGC-AATCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAAAAATTATTTCAGCTCAT
* *
9587 ACAAGCTTTTATTTGGATTAAAATAATAA-TAATTTAATAATATTTCAAAAATTTTTAAGTAAGA
383 ACAAGC--TTA-TTGGAATAAAATAA-AACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGA
* * *** * **
9651 GA-TTTGAAAAATAAATTTCTTTATTGAATCAATACAAATGGTTA-AGACTA-TAAGATCAATTA
444 GACTTAG-AAAATAAATTTATTTACCAAACCAATACAAATAATTATA-ACTATTAA-A-CAATTA
* *
9713 TCTATTTAAAATCATTTTGACTTTTTGTTTA
505 TCTATTTAAAATCATTCTGACCTTTTGTTTA
* * * * * *
9744 GTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACATGCTTATTCAGAACAAATTAATACTAGTTTAATAA-
1 GTCATAAAACAATTATTTTAGTTAATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * *
9808 AATTAAAAAAATAACAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAG
65 ATTTAAAAAATTAAC-AGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACTAAACAATTTCAAATAG
*
9873 TTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGA-TTTGTCATAAAACAA
128 TT-TTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTT-ATTTTGTCATAAAACAA
* ** * * * **** * * **
9937 TTGTTTCAATTAATACAAGCTCAAACAAAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAA-T
191 TTGGTTCTGTTCATACAAGTTTATTGGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTT-AAAAATT
* **** * * * * * * * *
10001 --TAA-TAAGAAATTTTAAAAAAAATTTGTTTACCGAATCAGTTAAAATAATTATGGCCATTTAA
255 AATAACTAAGAAA-TTTAAAAATAATCCAATTGCCGAACCAATTCAAATAGTTA-AGAC-TATAA
* * * * *
10063 -AA-GATTA-TTGATTT-CAAATCTTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTTTTA-
317 GAACAATTACAT-ATTTGC-AATCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAAAAATTA--TTTCAG
* * ** * ** * *
10123 C-CACACAAGTTTATTTAAAATAAAAT-AATCTAATTTGTTAATATTTCAAAAATTAATAAATAA
378 CTCATACAAGCTTA-TTGGAATAAAATAAAACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTTATAAGTAA
* * * ** * * * * *
10186 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACCAATTCAAATAGTCA-GACTATTTGAACAATTAT
442 GAGACTTAGAAAATAAATTTATTTACCAAACCAATACAAATAATTATAACTA-TTAAACAATTAT
* * * * * *
10250 CAATCTCAAAT--TGCTAAGATC-TTTGTTTT
506 CTATTTAAAATCATTCT--GACCTTTTGTTTA
* * * * *** *
10279 GTCATAAAACAATTGTTTCTA-ATCATAGAAGCTTATTCGGTTAAAAATAATACTAATTTAATAA
1 GTCATAAAACAATTATTT-TAGTTAATACAAGCTTATTCAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAA
* * *
10343 TATTCAAAAAATT-A-A-TAAGAGATTTAAAACAT--ATATGCCTTT-GTCAAATCAATTT-AAA
64 TATTTAAAAAATTAACAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATG--TTTACT-AAA-CAATTTCAAA
*** * * ** ** *
10401 TAGTAAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGCTTAGTCATAAAA-
125 TAGT-TTTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAAC
* * * * * * * * **
10465 TATTTGTTTTATATCTTACAGGCTTATT-CAGAATAAAATAAT-CTAAATTT-GTTAACT-TCAA
189 AATTGGTTCTGT-TCATACAAGTTTATTGGA-AATAAAATAATACT-AATTTAG-TAA-TATTTA
* *** *** * *
10526 AAAATTAATAA-TAAAAAGATTTGTAAAAATAAATCTGTTTATTG-AGCAAGTT--AATAGTTAT
249 AAAATTAATAACTAAGAA-A-TT-TAAAAAT-AATCCAATTGCCGAACCAA-TTCAAATAGTTAA
* * ** * * ** * *
10587 GACTATTTA-AATAATTATTTAATT-AAATTATTATGACCTTTTGTTTTGA-CATAAAAAAATTG
309 GACTA-TAAGAACAATTACATATTTGCAATCGTTATGACCTTTTATTTT-ATCATAAAAAAATTA
* * * *** * * *
10649 TTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCATAATATTTCAAAAATTAAT
372 TTTCAGCTCATACAAGCTTAT-TGGAATAAAATAAAACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTTAT
* * ** * * * * ** * * * * *
10714 AAGGAAAAGTTTTAAAAAAATTAATTTGTTTACCGAATAAATCCAAATAGTT-TGACTCTTTGAA
436 AAGTAAGAGACTT-AGAAAATAAATTTATTTACCAAACCAATACAAATAATTATAACT-ATTAAA
* * * * * * *
10778 TAATTCTTTATTTTAAATCATTATGACCTTGTGTTTT
499 CAATTATCTATTTAAAATCATTCTGACCTTTTGTTTA
* * * * * * *
10815 GTCACAAAACAATTGTTTCAATTCATACTAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
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* * * * * * *
10880 ATTCT-AAAAATTAATAAGTAA-ATGATTTAAAAAGTGAATTTGTTTACCGAATCAGTTT-AAAT
65 ATT-TAAAAAATTAA-CAGTAAGA-GATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTAAACAATTTCAAAT
** * * * * ** * * * *
10942 AACTATAGCCATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACA
126 AGTTTTA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACA
* * ** * * ** * * *
11007 ATTGTTTTTAATCGTACAAGCTTATTTAAAATAAAGTAATACTAATTTATTAATTTTTCAAAAAT
190 ATTGGTTCTGTTCATACAAGTTTATTGGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTT-AAAAAT
* * * *** * * * * *
11072 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAAATCGGTTTACCAAACCAATTTAAATAGTTATGACTATTT
254 TAATAACTAAGAAATTT--AAAAATAATCCAATTGCCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTA-TA
* * * * * * * * * ** * * * ** *
11137 A-AATAATCATATACTTGAAATCATTATAATCTTTTGTCCTATAATAAAACATTTATTTTGGTTC
316 AGAACAATTACATATTTGCAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAAAAATTATTTCAGCTC
** * * * * **
11201 ATACTAA-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACAAAGA
381 ATAC-AAGCTTATT-GGAATAAAATAAAACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGA
* * * ** * * *
11265 GATTTAAAAAATAAATTTTTTTGTCAAACCAATGCAAATAGTTA-AGACTATATGAACAATTATC
444 GACTTAGAAAATAAATTTATTTACCAAACCAATACAAATAATTATA-ACTAT-TAAACAATTATC
* ** * *
11329 TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTT
507 TATTTAAAATCATTCTGACCTTTTGTTTA
** * * * ** *
11358 CACATAAAACAACTT-TTTCAATTCATACTAA-CTTACTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATT
1 GTCATAAAACAA-TTATTTTAGTTAATAC-AAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACT-AATTTATT
* * * * ** * * *
11420 AATATTT-TAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAGTATTTTTGTTTATCT-AACCAGTTCAAA
62 AATATTTAAAAAATTAA-CAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTAAACAATTTCAAA
* * * * * * *
11483 TAATTATGACTATTTTAACAATTATCTATTTAAAATTCTTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAA
125 TAGTT-TTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACC-TTTTATTTTGTCATAAAA
* * * * * * * * *
11548 CAAATGTTTTTGTTTATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAA
188 CAATTGGTTCTGTTCATACAAGTTTATTGGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATT-TAAAA
* * *
11613 ATTAATAGCTAGGAGATTTAAAAA
252 ATTAATAACTAAGAAATTTAAAAA
11637 ATAAATTTGT
Statistics
Matches: 2788, Mismatches: 557, Indels: 332
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
529 4 0.00
530 13 0.00
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543 324 0.12
544 8 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (535 bp):
GTCATAAAACAATTATTTTAGTTAATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
TTTAAAAAATTAACAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAATTTCAAATAGTTT
TACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGT
TCTGTTCATACAAGTTTATTGGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTTAAAAATTAATAAC
TAAGAAATTTAAAAATAATCCAATTGCCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATAAGAACAATTA
CATATTTGCAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAAAAATTATTTCAGCTCATACAAGCTT
ATTGGAATAAAATAAAACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGACTTAGAAAAT
AAATTTATTTACCAAACCAATACAAATAATTATAACTATTAAACAATTATCTATTTAAAATCATT
CTGACCTTTTGTTTA
Found at i:12342 original size:182 final size:178
Alignment explanation
Indices: 12011--13353 Score: 1047
Period size: 178 Copynumber: 7.5 Consensus size: 178
12001 ATTCGAATCA
** * ** * * *
12011 TTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATCCATTAATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAA
* *
12076 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAATAAGTCTATTTACCT-AACAAG
65 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-AA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTGAACAAG
* * *
12140 TTCGAATAGTTATGACTATTTGAACAATTTTCTATTTCAAATCATTATGACA
127 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * *
12192 TTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATATAAACTTATTTCAAATAAAATAATA-TAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACT-A
* * * * **
12256 ATTTACTAAATATTCCAAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAAATAAATCTATTTTTTGAACAC
64 ATTTA-TTAATATT-CTAAAAATTAATAAG-AAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACA-
*
12321 A-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACC
125 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACC
* * * * * * *
12374 TTTTGTTTTGTCGTAAACCAATTGTTTTTGTTCATACAGGCATATTCAAAATAAAATTATACTAG
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAA
* *
12439 TTTATTAATATT-TCAAAAA-TAAT----AAGATTAAAAAAAATAAATCTATTTACTGAAAAAGT
65 TTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGAAAGATT-TAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGT
* * * * * * *
12498 TTAAATAATTATTATGCCTATTTGAATAATTATTTATTTTAAAT-AGTTATGATC
128 TCAAAT-A--GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACC
* * * * *
12552 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGTTTTATTTGAAATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAG-CTTA-TTCAAATAAAATAATACTA
* * * *
12617 ATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAGGAAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACTAAATAAG
64 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-AA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAG
* * * *
12681 TTCAAATGGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
127 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * **
12733 TTTTGTTTTCTAAATAAAATAATTGTTTTTGTTCATGA-AAAATTATTCAGAATAAAATAATACT
1 TTTTGTTTTGT-CATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT-ACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACT
* * * * * * * *
12797 GATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG--AGATTTAAAAACTAAATTTGTTTACCGAAACAA-
63 AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTG-AACAAG
* * * * ** ** *
12859 TTTAAATTGTTATGACTATGTGAGCAATTATCTATCCCAAATTGTTATGATC
127 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * ** *
12911 -TTTATTTCGTCAAAAAATAAAT-TTT-T-TTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
12972 TTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTT-GTCAAACCAA
65 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-AA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAA-CAA
* * * * * *
13036 -TTTAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTCTGACC
126 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * *
13088 TTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTT-TAATTCATACAAGCTTATTCATAATAAAATAATATTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTA
* * * * * **
13152 ATTTATTAACATTTTGAAAAATTAATGAGCAAGAGATTT-AAAAA-AGATTTATTTTTTGAACAA
64 ATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAG-AA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAA
* * *
13215 GTT-TAATAGATT-TAACTATTTGAACAATTATCTACTT-AAAGTCATTA-GACC
126 GTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACC
* * * * * *
13266 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGATCATAAAAACTTATCCAAAATAAAAGAATAC-AA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAA
*
13330 CTTTATTAAT-TTTTCAAAAATTAA
65 -TTTATTAATATTCT-AAAAATTAA
13354 AAAGCTACTT
Statistics
Matches: 936, Mismatches: 174, Indels: 108
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
172 1 0.00
173 46 0.05
174 9 0.01
175 32 0.03
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184 30 0.03
185 1 0.00
186 5 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAAT
TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCA
AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
Found at i:13873 original size:492 final size:493
Alignment explanation
Indices: 12938--13870 Score: 1183
Period size: 492 Copynumber: 1.9 Consensus size: 493
12928 TAAATTTTTT
*** *
12938 TCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAG
1 TCATACAAGCTTATTCAAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATT-ATAAGTAAG
* ** *
13003 AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCAAACCAATTTAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATC
65 AGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATC
* *
13068 TATTTTAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTAATTCATACAAGCTTAT
130 TATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTAATTCATACAAGCTTAT
* * * ** *
13133 TCATAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTTTGAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAG
195 TCAGAATAAAATAATACTAATATATTAACATTTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAG
** * * * * *
13198 ATTTATTTTTTGAACAAGTTTAATAGATTTAACTATTTGAACAATTATCTACTTAAAGTCATTAG
260 ATAAATTTTTTAAACAAATTGAATAGATTTAACTATTTGAACAATTATCTAATTAAAATCATTAG
* *
13263 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGATCATAAAAACTTATCCAAAATAAAAGAATAC
325 ACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCAGATCATAAAAACTTATCCAAAATAAAAGAATAC
* * * *
13328 AACTTTATTAATTTTTCAAAAATTAAAAAGCTACTTATGACTATTTGAATAAATATCAATTATCT
390 AACTGTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAGCTA--TATGACGATTTAAATAAATATCAATTATCT
13393 ACTTAAATATCTTTGTTTTCTCATAAAATAATTATTTGTAA
453 ACTTAAATATCTTTGTTTTCTCATAAAATAATTATTTGTAA
*
13434 TCATACAAGCTTATTCAAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAA-T-T-AGTAAGG
1 TCATACAAGCTTATTCAAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTATAAGTAAGA
* * * * *
13496 GATTTAAAAAATAAATGTATTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAA-TATTTTTT
66 GATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCT
* * ** * * * *
13560 AATTTCAAATCATTTTGACTTTTTGTTTAGTCATTGAATAATTGTTTTAGTTTATACAAGCTTAT
131 -ATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTAATTCATACAAGCTTAT
*
13625 TCAGAATAAAATAATACTAATATATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAA-
195 TCAGAATAAAATAATACTAATATATTAACATTTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAG
*
13688 ATAAATTTGTTTACCAAACAAATTCGAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATC-AATATAAAA
260 ATAAATTT-TTT---AAACAAATT-GAATAGATT-TAACTATTTGAACAATTATCTAAT-TAAAA
* * * *
13751 TCATTATGATCTTTTGTTTTATCAT-AAACAATTATTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAA
318 TCATTA-GACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCAGATCATAAAAACTTATCCAAAATAA
* * * *
13815 AATAATACTACTGTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAG-TA-A-GA-GATTTAAA-AAATA
382 AAGAATACAACTGTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAGCTATATGACGATTTAAATAAATA
13871 AATTAGTTTA
Statistics
Matches: 375, Mismatches: 53, Indels: 26
0.83 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
488 5 0.01
489 6 0.02
490 8 0.02
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492 137 0.37
493 1 0.00
494 13 0.03
495 102 0.27
496 65 0.17
ACGTcount: A:0.44, C:0.10, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (493 bp):
TCATACAAGCTTATTCAAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTATAAGTAAGA
GATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCT
ATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTAATTCATACAAGCTTATT
CAGAATAAAATAATACTAATATATTAACATTTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAGA
TAAATTTTTTAAACAAATTGAATAGATTTAACTATTTGAACAATTATCTAATTAAAATCATTAGA
CCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCAGATCATAAAAACTTATCCAAAATAAAAGAATACA
ACTGTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAGCTATATGACGATTTAAATAAATATCAATTATCTACT
TAAATATCTTTGTTTTCTCATAAAATAATTATTTGTAA
Found at i:13963 original size:181 final size:176
Alignment explanation
Indices: 13404--14108 Score: 613
Period size: 177 Copynumber: 3.9 Consensus size: 176
13394 CTTAAATATC
* *
13404 TTTGTTTTCTCATAAAATAATTATTTGTAATCATACAAGCTTATTC-AAATAAAAATAATACTAA
1 TTTGTTTTCTCATAAAACAATTATTT-TAATCATAAAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAA
* * * * * *
13468 TTTAATAATATTCCAAA-AATTAGTAAGGGATTTAAAAAATAAATGTA-TTTACCGAACCAGTTC
64 TTTATTAACATTCAAAAGAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCGAACCAATTC
* * * *
13531 AAATAGTTAAGACTA-TTAGAA-TATTTTTTAATTTCAAATCATT-TTGACTT
128 AAATAGTTATGACTATTTA-AACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATT-AC-T
** ** * * * * * *
13581 TTTGTTTAGTCATTGAATAATTGTTTTAGTTTATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAAT
1 TTTGTTTTCTCATAAAACAATTATTTTA-ATCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * *
13646 ATATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAAT
65 TTATTAACATTC--AAAA-GAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTAGTTTACCGAACCAAT
* * * * * *
13711 TCGAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATATAAAATCATTATGATCT
126 TCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTA-CT
* * * *
13763 TTTGTTTTATCAT-AAACAATTATTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACT
1 TTTGTTTTCTCATAAAACAATTATTTTA-ATCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * *
13827 GTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACTGAATCAGTT
65 TTATTAACA-TTCAAAAG--AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCGAACCAATT
* * * * *
13892 CAAATAATTATGGCCATTTAAACAACTATCTATTTCAAATTATTATTACAT
127 CAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTAC-T
* *
13943 TTTGTTTTCTCATAAAACAATTGCTTTTCAAT-ATAAAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAA
1 TTTGTTTTCTCATAAAACAATT-ATTTT-AATCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * *
14007 TTTACTAGCATTTC--AAGAATTAA-TAAGAGATGTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATT
64 TTTATTAACA-TTCAAAAGAA-TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCGAACCAATT
* * *
14069 TAAATAGTTATGACTATTTGAACTATTATCTATTTCAAAT
127 CAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAT
14109 AAAACAATTG
Statistics
Matches: 425, Mismatches: 83, Indels: 40
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
176 2 0.00
177 127 0.30
178 6 0.01
179 7 0.02
180 77 0.18
181 126 0.30
182 71 0.17
183 9 0.02
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (176 bp):
TTTGTTTTCTCATAAAACAATTATTTTAATCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
TATTAACATTCAAAAGAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCGAACCAATTCAAA
TAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACT
Found at i:14479 original size:182 final size:177
Alignment explanation
Indices: 14144--14844 Score: 553
Period size: 181 Copynumber: 3.9 Consensus size: 177
14134 GCTTATTCAG
* * * * * *
14144 AATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTTTGAAAATTATTAACTAAGGAATTTAAAAAATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATC
* * * * * ** ** * * *
14209 TATTT-GTCGAGCTAGATCAAATAGTTAAGACTACATGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATG
66 TGTTTACT-AAACCACTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATA
* *
14273 ACCTTTAGTTTTCTCATAAAATAATTGTCTTTGTTAATATAAGTTTATTTGA
130 ACTTTTA-TTTTGTCATAAAATAATTGTCTTT-TT-ATATAA-TTTATTTGA
* * * * *
14325 AATAAGATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTT-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAAT
* ** * *
14390 CTGTTTACTAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTGAAATCATTATA
65 CTGTTTACTAAACCACTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATA
* * * **
14455 ACTTCTTATTTTGTCATCAAATAATTGGTCCTATTTATACTATTTTATTCAA
130 ACTT-TTATTTTGTCATAAAATAATT-GT-CTTTTTATA-TAATTTATTTGA
* * * ** *
14507 AATAAAATAATACTAATTTAATAATTTTTTGAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATC
** * * * ** * * * *
14572 TAATTGCTGAACCACTTCAAACAGTTAAGACTATTTGAATGATTATTTGTTCCAAATCGTTATGA
66 TGTTTACTAAACCACTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-A
* * ** * * * *
14637 CCCTTTTCTTTTGTTGTAAAATAGTTGT-TTAATTCATACAATCTTTTTTCG-
130 -ACTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTCTT--TTTATATAAT-TTATTT-GA
* * * *
14688 ATTAAAATAATGCTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * * *
14753 TGTTTACCAAATCAGTTCAAATGGTTAAGATTATTAGAACAATTATCCATTTGAAATCATTCTAA
66 TGTTTACTAAACCACTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAA
* *
14818 CCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGT
131 -CTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGT
14845 TTCAATTCAT
Statistics
Matches: 399, Mismatches: 108, Indels: 27
0.75 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
179 1 0.00
180 23 0.06
181 213 0.53
182 146 0.37
183 13 0.03
184 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATC
TGTTTACTAAACCACTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAA
CTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTCTTTTTATATAATTTATTTGA
Found at i:14913 original size:28 final size:29
Alignment explanation
Indices: 14872--14930 Score: 75
Period size: 28 Copynumber: 2.1 Consensus size: 29
14862 TGCTCAGAAT
* * * *
14872 AAATTAATACTAATTGTTGAACTAGTTCA
1 AAATAAATACTAATTGCTAAACAAGTTCA
14901 AAATAAAT-CTAATTGCTAAACAAGTTCA
1 AAATAAATACTAATTGCTAAACAAGTTCA
14929 AA
1 AA
14931 TAGTTAAGAC
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 4, Indels: 1
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
28 19 0.73
29 7 0.27
ACGTcount: A:0.47, C:0.12, G:0.08, T:0.32
Consensus pattern (29 bp):
AAATAAATACTAATTGCTAAACAAGTTCA
Found at i:15066 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 15043--15079 Score: 58
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 19
15033 TAATGCTAAT
*
15043 TTAATAATAT-TTTAAAAA
1 TTAATAAGATATTTAAAAA
15061 TTAATAAGATATTTAAAAA
1 TTAATAAGATATTTAAAAA
15080 ATAAATTTTT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
18 9 0.53
19 8 0.47
ACGTcount: A:0.57, C:0.00, G:0.03, T:0.41
Consensus pattern (19 bp):
TTAATAAGATATTTAAAAA
Found at i:15210 original size:334 final size:337
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Indices: 14562--15220 Score: 1108
Period size: 334 Copynumber: 2.0 Consensus size: 337
14552 AGAAAATTAA
* * * *
14562 AAAATAAATCTAATTGCTGAACCACTTCAAACAGTTAAGACTATTTGAATGATTATTTGTTCCAA
1 AAAATAAATCTAATTGCTAAACAACTTCAAACAGTTAAGACTATATGAATGATTATCTGTTCCAA
** *** * * *
14627 ATCGTTATGACCCTTTTCTTTTGTTGTAAAATAGTTGTTTAATTCATACAATCTTTTTTCGATTA
66 ATCACTATGACCCTTTTCTTTTGTCACAAAATAGTTGTTTAATTCATACAAGCTTGTTTCAATTA
14692 AAATAATGCTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATTTGTT
131 AAATAATGCTAATTTAATAATATTTTAAAAATT-ATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATTTGTT
14757 TACCAAATCAGTTCAAATGGTTAAGATTATTAGAACAATTATCCATTTGAAATCATTCTAACCTT
195 TACCAAATCAGTTCAAATGGTTAAGATTATTAGAACAATTATCCATTTGAAATCATTCTAACCTT
*
14822 TTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCCTGCTCAGAATAAATTAATACTAATT
260 TTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCCTACTCAGAATAAATTAATACTAATT
14887 GTTGAACTAGTTC
325 GTTGAACTAGTTC
* *
14900 AAAATAAATCTAATTGCTAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATGATTATCTGTTCCAA
1 AAAATAAATCTAATTGCTAAACAACTTCAAACAGTTAAGACTATATGAATGATTATCTGTTCCAA
* *
14965 ATCACTATGACCTTTTTCTTTTGTCACAAAATAGTTGTTTTATTCATACAAGCTTGTTTCAATTA
66 ATCACTATGACCCTTTTCTTTTGTCACAAAATAGTTGTTTAATTCATACAAGCTTGTTTCAATTA
*
15030 AAATAATGCTAATTTAATAATATTTTAAAAA-T-TAA-TAAGATATTTAAAAAATAAATTTTTTT
131 AAATAATGCTAATTTAATAATATTTTAAAAATTATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATTTGTTT
*
15092 ACCGAATCAGTTCAAATGGTTAAGATTATTAGAACAATTATCCATTTGAAATCATTCTAACCTTT
196 ACCAAATCAGTTCAAATGGTTAAGATTATTAGAACAATTATCCATTTGAAATCATTCTAACCTTT
*
15157 TGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCCTACTCAGAATAAATTAATACTAATT
261 TATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCCTACTCAGAATAAATTAATACTAATT
15221 TAGGAACATT
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338 145 0.48
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AAAATAAATCTAATTGCTAAACAACTTCAAACAGTTAAGACTATATGAATGATTATCTGTTCCAA
ATCACTATGACCCTTTTCTTTTGTCACAAAATAGTTGTTTAATTCATACAAGCTTGTTTCAATTA
AAATAATGCTAATTTAATAATATTTTAAAAATTATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATTTGTTT
ACCAAATCAGTTCAAATGGTTAAGATTATTAGAACAATTATCCATTTGAAATCATTCTAACCTTT
TATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCCTACTCAGAATAAATTAATACTAATTG
TTGAACTAGTTC
Found at i:16100 original size:182 final size:181
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Period size: 181 Copynumber: 9.6 Consensus size: 181
14890 GAACTAGTTC
* * * * ** * * **
14900 AAAATAAATCTAATTGCTA-AACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATGATTATCTGTTCCA
1 AAAATAAATCTATTTAC-AGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAA
* * * * * * * *
14964 AATCACTATGACCTTTTTCTTTTGTCACAAAATAGTTGTTTTA-T-TCATACAAGCTTGTTT-CA
65 AATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTATCATACAAGCTTATTTGGA
* * * *
15026 ATTAAAATAATGCTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAG---ATATTTAA
129 A-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAAGATTTAA
* * * * * * * ** *
15077 AAAATAAATTTTTTTACCGAATC-AGTTCAAATGGTTAAGATTATTAGAACAATTATCCATTTGA
1 AAAATAAATCTATTTACAGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAA
* * * * * * * * **
15141 AATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAAT-TCATACAAGCCTACTCAGAA
65 AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTATCATACAAGCTTATTTGGAA
* ** *
15205 TAAATTAATACTAATTTAGGAACA-TTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAA
130 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAA-AGATTT-AA
** *
15258 AAAATAAATCTATTTA-ACGAACAAGTTCAAATAGTTATTTCTATTTGAACAATTATTGATTTAA
1 AAAATAAATCTATTTACA-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAA
* * * * **
15322 AATCATTAT-ACCATTTTGATTTGTCATAAAACAATTCTTTCAGT-TAATACAAGCTTAGATGGA
65 AATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTATCATACAAGCTTATTTGGA
* * *
15385 ATAAAATAATACTAATTTATTAATACTTACTAAAA-TAATAAGTAAGAA-ACTTAA
129 ATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAG-AA-AAGATTTAA
* * * ** * * * * * *
15439 AAAATAAATTTGTTTACCGAATTAGTTAAAATAATTAT-AGCCATTTGAACGATTATCTATTTGA
1 AAAATAAATCTATTTACAGAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATTTATTTAA
* * * * * ***
15503 ACTCATTATGACCTTTTGTTTTGTCCTAAAGCAATTGTTTT-TTATCATACAAGCTTATTCAAAA
65 AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTATCATACAAGCTTATTTGGAA
* *
15567 TACAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGACTTAA
130 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAAGATTTAA
* * * * * * *
15616 AAAATAAATACT-TTTACTA-AACCATTTCAAATAGTTATGACTGTTAGAATAATT-TCTAATCT
1 AAAATAAAT-CTATTTAC-AGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TTATTT
* * * * * * ** ** *
15678 CAAATCGTTAAGA--TATTTGTTTTGTTAGAAAATAGCTATTTTTTTTATCATAAAAGCTTATTT
63 AAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTTTAGTATCATACAAGCTTATTT
* * * *
15741 GG-TTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGGTTTAA
126 GGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAAAGATTTAA
* * * * ** ** * * * *
15798 AAAATAAATGTGTTTTCAGAGTCAA-TTCAAATAGGAAAAACTATTAGAATAATTATTAATTTTA
1 AAAATAAATCTATTTACAGA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAA
* * * * * * * * *
15862 AATCATTCTGACCTTTTATTTAGTTATAAAATATTTGTTTCA-TATCTTACAAGCTTATTTGGAA
65 AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTATCATACAAGCTTATTTGGAA
* * **
15926 CAAAATAAT-CTAAAATTATTAGCA-TTCAGAAAATTAATAAGAAAATGATTTGAA
130 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGAAAA-GATTT-AA
* *
15980 AAAATAAATCTATTTACAGAACAAGTTCAAATAGTAATGACTATTTGAACAAATATTTATTTAAA
1 AAAATAAATCTATTTACAGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAA
* * * ****
16045 ATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATACAACAATTATTTTAGT-TCATAAAAGCTTATCCAAAAT
66 ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTATCATACAAGCTTATTTGGAAT
* * * *
16109 AAAACAATACTAATTTCTTAATAATTCAAAAATTAAATAATTAAAA-ATTAATAAGCAAGA
131 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-AATAA-GAAAAGATT--T-----A-A
* ** * * * * *
16169 GTTTAAAATAAAAGT-TGTTTATTGAAAAATTTTAAATTGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
1 ----AAAAT-AAA-TCTATTTACAGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTA
* * * * * * *
16233 TTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTCTTGTCATAAAATAATTGTTTGAAT-TCATACAAGCTTAGT
60 TTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTATCATACAAGCTTATT
*** * * *
16297 CAAAATAAAACAATACTAATTTATTAATA-TCCTAAAAATTAATAAG---TGATTTAA
125 TGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGAAAAGATTTAA
* * * ** * * * * * * ** *
16351 AAAGTGAATCTGTTTATTGAATC-AGTTCAAATAATTATGGCCATTTCAACTATGATCAATTTCA
1 AAAATAAATCTATTTACAGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAA
** * * * * * * * * ***
16415 AATTGTTATTACTTTTTGTTTGGTTATATAACAAATT-TTTT--TATCATATATGTTTATTCAAA
65 AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTATTTTAGTATCATACAAGCTTATTTGGA
* * * *
16477 ATAAAATAATAGTAATTTATTAATCTTTCAAAAAGTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
129 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAAAGATTT--AA
* * * * * * * *
16533 AAAATAAATCT-GTTATC-GAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTGTATACTTCA
1 AAAATAAATCTATTTA-CAGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAA
* * * * * *
16596 AATCGTTATAACCATTTGTTCTATCATAAAACATTTACTTTT-GT-TCATA
65 AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTTTAGTATCATA
16645 AAACATTTAC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAAATAAATCTATTTACAGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAA
ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTATCATACAAGCTTATTTGGAAT
AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAAGATTTAA
Found at i:16154 original size:15 final size:16
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16118 CTAATTTCTT
16128 AATAATTCAAAAATTA
1 AATAATTCAAAAATTA
16144 AATAATT-AAAAATTA
1 AATAATTCAAAAATTA
16159 A
1 A
16160 TAAGCAAGAG
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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AATAATTCAAAAATTA
Found at i:16537 original size:735 final size:719
Alignment explanation
Indices: 15002--16546 Score: 1532
Period size: 735 Copynumber: 2.1 Consensus size: 719
14992 AAAATAGTTG
* * ** * * *
15002 TTTTATTCATACAAGCTTGTTTCAATTAAAATAATGCTAATTTAATAATATTTTAAAAA-T--TA
1 TTTTA-TCATAAAAGCTTATTAAAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAAGTAATA
* * * * * * * *
15064 A-TAAGATATTTAAAAAATAAAT-TTTTTTACCGAATCAGTTCAAAT-GGTTAAGATTATTAGAA
65 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTT-CAGAGTCAATTCAAATAGG-AAAAACTATTAGAA
* *
15126 CAATTATCCATTTGAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAC
128 CAATTATCAATTTGAAATCATTCTAACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAC
* * *
15191 AAGCCTACTCAGAATAAATTAATACTAATTTAGGAACATTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTA
193 AAGCCTACTCAGAACAAAATAATACTAAATTAGGAACATTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTA
* ** *
15256 AAAAAATAAATCTATTTAACGAACAAGTTCAAATAGTTATTTCTATTTGAACAATTATTGATTTA
258 AAAAAATAAATCTATTTAACGAACAAGTTCAAATAGTAATGACTATTTGAACAAATATTGATTTA
* * * ***
15321 AAATCATTATACCATTTTGATTTGTCATAAAACAATTCTTTCAGTTAATACAAGCTTAGATGGAA
323 AAATCATTATACCATTTTGATTTGACATAAAACAATTATTTCAGTTAATAAAAGCTTAGACAAAA
* * *
15386 TAAAATAATACTAATTTATTAATACTTACTAAAATAATAAGTAAGAAACTTAAAAAATAAATTTG
388 TAAAACAATACTAATTTATTAATAATTACAAAAATAATAAGTAAGAAACTTAAAAAATAAATTTG
** * * *
15451 TTTACCGAATTAGTTAAAATAATTATAGCCATTTGAACGATTATCTATTTGAACTCATTATGACC
453 TTTACCGAAAAAGTTAAAATAATTATAGCCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACC
* * * ** * * *
15516 TTTTGTTTTGTCCTAAAGCAATTGTTTTTTATCATACAAGCTTATTCAAAATACAATAATACTAA
518 TTTTGTCTTGTCATAAAACAATTGTTTAATATCATACAAGCTTAGTCAAAATAAAACAATACTAA
* *
15581 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGACTTAAAAAATAAATACTTTTACTAAACCATTTCAA
583 TTTATTAATATCTCAAAAATTAATAAGAGACTTAAAAAATAAATACTTTTACTAAACCAGTTCAA
* ** * * *
15646 ATAGTTATGACTGTTAGAATAATTTCTAATCTCAAATCGTTAAGATATTTGTTTTGTTAGAAAAT
648 ATAATTATGACCATTACAATAATATCTAATCTCAAATCGTTAAGATATTTGTTTGGTT--AAAAT
* * *
15711 AGCTATTTT
711 AACAAATTT
**** *
15720 TTTTATCATAAAAGCTTATTTGGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAA
1 TTTTATCATAAAAGCTTATTAAAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAAGTAATAA
* * *
15785 GTAAGAGGTTTAAAAAATAAATGTGTTTTCAGAGTCAATTCAAATAGGAAAAACTATTAGAATAA
66 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCAGAGTCAATTCAAATAGGAAAAACTATTAGAACAA
* * * * * * *
15850 TTATTAATTTTAAATCATTCTGACCTTTTATTTAGTTATAAAATATTTGTTTC-ATATCTTACAA
131 TTATCAATTTGAAATCATTCTAACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAAT-TCATACAA
* * ** ** *
15914 GCTTATTTGGAACAAAATAAT-CTAAAATTATTAGCATTCAGAAAATTAATAAGAAA-ATGATTT
195 GCCTACTCAGAACAAAATAATACT-AAATTAGGAACATTCA-AAAATTAATAAGAAAGA-GATTT
* *
15977 GAAAAAATAAATCTATTT-ACAGAACAAGTTCAAATAGTAATGACTATTTGAACAAATATTTATT
257 AAAAAAATAAATCTATTTAAC-GAACAAGTTCAAATAGTAATGACTATTTGAACAAATATTGATT
* * * * **
16041 TAAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGACATACAACAATTATTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCA
321 TAAAATCATTAT-ACCATTTTGATTTGACATAAAACAATTATTTCAGTTAATAAAAGCTTAGACA
* *
16105 AAATAAAACAATACTAATTTCTTAATAATT-CAAAAATTAAATAATTAA-AAA-TTAATAAGCAA
385 AAATAAAACAATACTAATTTATTAATAATTACAAAAA-T-AATAAGTAAGAAACTT-A-AA--AA
** * * ** *
16167 GAGTTTAAAATAAAAGTTGTTTATTGAAAAATTTTAAATTGTTAT-GACTATTTGAACAATTATC
444 -A---T-AAAT-----TTGTTTACCGAAAAAGTTAAAATAATTATAG-CCATTTGAACAATTATC
* *
16231 TATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTCTTGTCATAAAATAATTGTTTGAAT-TCATACAAGCTTA
498 TATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTCTTGTCATAAAACAATTGTTT-AATATCATACAAGCTTA
* * * *
16295 GTCAAAATAAAACAATACTAATTTATTAATATC-CTAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAGTGAA
562 GTCAAAATAAAACAATACTAATTTATTAATATCTC-AAAAATTAATAAGAGACTTAAAAAATAAA
* * * * * * *
16359 T-CTGTTTATTGAATCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTCAACT-ATGATC-AATTTCAAATTGT
626 TACT-TTTACTAAACCAGTTCAAATAATTATGACCATTACAA-TAAT-ATCTAATCTCAAATCGT
** * *
16421 TATTACTTTTTGTTTGGTT-ATATAACAAATTT
688 TAAGA-TATTTGTTTGGTTAAAATAACAAATTT
* * * * * *
16453 TTTTATCATATATGTTTATTCAAAAT-AAAATAATAGTAATTTATTAATCTTTCAAAAAGTAATA
1 TTTTATCATAAAAGCTTATT-AAAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAAGTAATA
16517 AGTAAGAGATTTAAAAAAAATAAATCTGTT
65 AGTAAGAGATTT--AAAAAATAAATCTGTT
16547 ATCGAACTAG
Statistics
Matches: 668, Mismatches: 121, Indels: 59
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
717 45 0.07
718 6 0.01
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TTTTATCATAAAAGCTTATTAAAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAAGTAATAA
GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCAGAGTCAATTCAAATAGGAAAAACTATTAGAACAA
TTATCAATTTGAAATCATTCTAACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAG
CCTACTCAGAACAAAATAATACTAAATTAGGAACATTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAA
AAATAAATCTATTTAACGAACAAGTTCAAATAGTAATGACTATTTGAACAAATATTGATTTAAAA
TCATTATACCATTTTGATTTGACATAAAACAATTATTTCAGTTAATAAAAGCTTAGACAAAATAA
AACAATACTAATTTATTAATAATTACAAAAATAATAAGTAAGAAACTTAAAAAATAAATTTGTTT
ACCGAAAAAGTTAAAATAATTATAGCCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTT
TGTCTTGTCATAAAACAATTGTTTAATATCATACAAGCTTAGTCAAAATAAAACAATACTAATTT
ATTAATATCTCAAAAATTAATAAGAGACTTAAAAAATAAATACTTTTACTAAACCAGTTCAAATA
ATTATGACCATTACAATAATATCTAATCTCAAATCGTTAAGATATTTGTTTGGTTAAAATAACAA
ATTT
Found at i:16644 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 16619--16659 Score: 82
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16609 ATTTGTTCTA
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TCATAAAACATTTACTTTTGT
Found at i:17322 original size:181 final size:181
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16991 ATTCATTAAT
* * * * * * * *
17001 ATTTCAAAAATAAATCTATTTA-TTAAACCAGTCCAAAAAGTTATGACTATTT-AAGCAATTATT
1 ATTTAAAAAATAAATATATTTACGT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATC
* * * ** * * * ** * * *
17064 TATTCCAAATTGTTATAATTTTTTGTTCTGTTACAAAACAATAATTTTTGTTCATAAAAACTTAT
64 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTAT
* * * * * * * *
17129 TCGGATTAAAATAATACTAACTTATTAATATTTTGATAATTAATAAGCAAAAA
129 TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAA
* * * * * * * *
17182 ATTTTAAAAATAAATATGTTTACGTATCTAGATCAAATAGTTATGACCATTTGAATAAGTATTTA
1 ATTTAAAAAATAAATATATTTACGTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA
* * ** *
17247 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTACTTTAGTTCACATC-AGCTTATT
66 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATA-CAAGCTTATT
* * * *
17311 TAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAAAG
130 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAA
* * * * * * *
17363 ATTTAAAAAATGAATCTATTTACCG-AACAAGTTTAAATAATTATGACTGTTTGAACAATTATAT
1 ATTTAAAAAATAAATATATTTA-CGTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT
* * * * * ** ** * *
17427 ATTTAAAATTGCTATAACATTTT-TTGTTGTCACCAAATGATTTTTTTCTGTTCATACAAGCTTA
65 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT-TTGTCATAAAACAATTGTTTT-AGTTCATACAAGCTTA
*
17491 TTTTG-AATAAAATAATAC-AATTTATTAATA-T-TAAGACAATTAATAGGTAAAAA
128 -TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAA-A-AATTAATAAGTAAAAA
** * * ** ** * * *
17544 ATTTTTAAAATAAATTTCTTTACCAAACAAGTTCAAATCTTTATGACTAATTGAACAATTATTTA
1 ATTTAAAAAATAAATATATTTACGTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA
* * * * *
17609 TTTCAAATTGTTATAACCATGTGGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT
66 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATT
* * * * * * *
17673 TGCATTAAAATAATATTAATATATAAAT-TTTTCAAGAAA-TAATAAGTAAAAG
130 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AA-AAATTAATAAGTAAAAA
*
17725 ATTTAAAAAATAAATATGTTTA-GTGAACAAGTTCAAATAGTCT-TGACTATTTGAATAATTATC
1 ATTTAAAAAATAAATATATTTACGT-AACAAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAATAATTATC
* * * * * * * * * * *
17788 TATTTAAAATCATTGTGACCTTTTATTTTGTAAGAAAACAATTGTTTCAGATCATATAGGCTTGT
64 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTAT
* * *
17853 TTGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCTAAAAACTAATGAGTAAAAA
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* * * ** *
17906 A-TTAAAAAATTAATCTATTTAC-TAAACATGTTCAAATAGTTATGACTA-TCAAGATATTTATC
1 ATTTAAAAAATAAATATATTTACGT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA-ATAATTATC
* * * * * *
17968 TATTTCAAAACATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAAATTGGTTCTA-TTCATGCAAGCTT
64 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATT-GTTTTAGTTCATACAAGCTT
* * *
18032 ACTTCG-AATAAAATAAT-CTAAATTTATTAAAACTTC-AAAAATTAATAAGT-CAAA
127 A-TTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAA
* * ** * *
18086 GTTTAAAAAATAAATATGTTT-TTTGAACACGTTCAAATAGTTGTGACTATTTGAATAATTATCT
1 ATTTAAAAAATAAATATATTTACGT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT
* * * * * * * *
18150 ATTTCAAATTGTTATGATCTTTTATTTTATCATAAACCAATTGTTTTCGCTCATAAAAGCTTATT
65 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATT
* * * *
18215 CGAAATAAAATAATATTAATGTATTAAAATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGA
130 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAA-A
* * * * * * * *
18268 TTTTAAAAAAATTAATCTATTTA--TCAAGCGAGTTCAAATAATTATGATTCTTTGAACAATTAT
1 ATTT-AAAAAATAAATATATTTACGT-AA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* * **
18331 TTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAATTTT
63 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTT
** * *** *
18395 ATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAG
127 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAA
* * ** * ** * * * *
18450 ATTTAAAAAATAAATATGTTCACCAAACAAGTTTAAATAGGCATGTCCATTTGAGTTATTATCTA
1 ATTTAAAAAATAAATATATTTACGTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA
* * * * ** * * **
18515 TTTGAAA-CGGTTATAACATTTTGTTTTATTGTAAAACAATTATTTCTA-TTTATACAAAATTAT
66 TTTCAAATC-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTAT
*
18578 TT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG----AG
129 TTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAA
* * * * * * * * *
18627 ATTTGAAAATTAAATCTATTTATC-AAACCAGTTTAAATAGTTATGACAACTTCAATAATTATCT
1 ATTTAAAAAATAAATATATTTA-CGTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT
* * ** *
18691 ATCTCAGATTTTTATGATC-TTTGTTTTGTCAT-AAACAATTG-TTTATGTTCATACAAGCTTAT
65 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-GTTCATACAAGCTTAT
* * * * * *
18753 TCGAAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTGC-AAAAATTAATAAG-AAAAA
129 TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CTAAAAATTAATAAGTAAAAA
* * * * * * *
18805 GATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCG-AACTAGTTTAAATAGTTAT-ACTAGTAGAATAATTATC
1 -ATTTAAAAAATAAATATATTT-ACGTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
* * * * * *
18868 TATTTCAAATCGTTCTGATCTTTTGTTTAG-CTATAAAATAATT-TTTTCAATTCATACATGCTT
64 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTT-AGTTCATACAAGCTT
* * * **
18931 ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAACAAGAAA
127 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AAA
* * * * *
18987 TTTTAAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTATC
1 ATTT-AAAAAATAAATATATTTA-CGTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
** * * * ** * *
19051 TATTT-ATAAGAAG-TATGACTTTTTGTTTTATTATAAAATGATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTT
64 TATTTCA-AA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTT
* * * * * *
19114 ATATGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATT-TCAAAAATTGA-AAGGATAAAG
127 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTA-AAAA
* ** * * * * *
19169 ATTTTAAAAATAGGTCA-GTTTATCG-AATC-ACTTCAAATAAG-TATGGCCATTTAAATAATTA
1 ATTTAAAAAATAAAT-ATATTTA-CGTAA-CAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAATAATTA
* * * * * *** *
19230 TCTCTTTCAAATCATTACGAACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCCT
62 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTT
* * * * *
19295 ATTTGGAATACAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTCATAAGTAAGAG
127 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAA
* * * *
19350 ATTTAATAAATAAATCTATTTAC-TGAAC-----C-AAT--TT-T---TATTCGAACAATTATCT
1 ATTTAAAAAATAAATATATTTACGT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT
* * * * * * * * * * *
19402 ATTTTAAATCATTATAACTTTTTGTTCTATTATAAAATAATAGTTTCAGTTCATATAAGCTTATT
65 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATT
* * * * * * *
19467 TGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTGATAACTAAGAT
130 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAA
* * ** * * ** * *
19519 ATTTAAAAAATAAATCTATTTGCCAAAGTAA-TTCAAATAATTAAAACTATATGAACAATTATCT
1 ATTTAAAAAATAAATATATTTACGTAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT
* ** * * * * * * *
19583 GTTTATCAAA-AATTATGGCCTTTTGTTTGGTCATATAACAATT-TTTTTGATCATTCAAGCCTA
65 -ATT-TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTA
* * * * * *
19646 TTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATCTT-TAAAAAACTAATAAGTAAGAG
128 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAA
* * * * * * * *
19700 ATTT-AAAAATAAATCTGTTTGCCG-AACTAA-TTTAAATA--AATAATTATTTGAACAA-TAGT
1 ATTTAAAAAATAAATATATTT-ACGTAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA-T
** * * * * * *
19759 AAACTTCTAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTA
63 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTA
** * * * * *
19824 TTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGA
128 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AAA
* * * * ** * * *
19879 A-TTAAAAAATAAATTTGTTTGC-TGAACCAA-TTCAAATATTTAAAACTATATAAACAATTATC
1 ATTTAAAAAATAAATATATTTACGT-AA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
* * * * *
19941 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTTTTTAATTCATACTAG
64 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-----TTGTTTTAGTTCATACAAG
* * * * *
20006 CTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAG
124 CTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAA
* * * * * * *
20064 ATTCAAGAAATAATTCTATTTACCTAACCAGTTCAAATAAG-TATGACTATTTGAACAATTATCT
1 ATTTAAAAAATAAATATATTTACGTAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAATAATTATCT
* * * * * * * *
20128 ATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAAATGTTTTTGTTTATATAAGTTTCTT
65 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATT
* * * *
20193 TGGAATAAAGTAATACTAATCTGTTAATATT-TCAAAAATTAATAAG----AA
130 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAA
* * * ** * ** *
20241 ATTAAAAAAATAAATCTATTTATC-AAATGAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAGCAATTATTT
1 ATTTAAAAAATAAATATATTTA-CGTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT
* * * * *
20305 GTTTCAAATAGTTATGA-CTTGTTGTTTTGTTATAAAGCAATTATTTCTA--TCATACAAGCTTA
65 ATTTCAAATCGTTATGACCTT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTA
* * * *
20367 -TTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAATAACTAATAAGCAAAAA
128 TTTGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAA
* * * * * * * *
20421 ATTTTAAAAATAAATATGTTTAC-AAAGCTAGATCAAACAGTCATGACTTTTTGAATAATTATCT
1 ATTTAAAAAATAAATATATTTACGTAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT
* *
20485 ATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATA
65 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
20519 TAAGCTTATT
Statistics
Matches: 2595, Mismatches: 597, Indels: 291
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 128 0.05
172 1 0.00
173 3 0.00
174 3 0.00
175 67 0.03
176 66 0.03
177 180 0.07
178 108 0.04
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185 5 0.00
186 138 0.05
187 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
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TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTT
GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAA
Found at i:18122 original size:361 final size:352
Alignment explanation
Indices: 17135--22385 Score: 3127
Period size: 361 Copynumber: 14.7 Consensus size: 352
17125 TTATTCGGAT
* * * * * * *
17135 TAAAATAATACTAACTTATTAATATTTTGATAATTAATAAGCAAAAAATTTTAAAAATAAATATG
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* * * * * * *
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* * ** * **
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* * * * * **
17327 TAAGTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCGAACA
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* * * * * * * *** * *
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* ** * * **
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* ** *
17498 TAAAATAATAC-AATTTATTAATA-TTAAGACAATTAATAGGTAAAAAATTTTTAAAATAAATTT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAA-A-AATTAATAAGTAAAAAA-TTAAAAAATAAATCT
* * ** * ** *
17561 CTTTACCAAACAAGTTCAAATCTTTATGACTAATTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAAC
63 ATTTACTAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACT-A-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * *
17626 CATGTGGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGCATTAAAATAATATTA
125 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAAT-CTA
* * * * *
17691 ATATATAAATTTTTCAAGAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAGTGAACAA
188 ATTTATTAA-TATTCAA-AAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACAC
* * *
17755 GTTCAAATAGTCT-TGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTGTGACCTTTTATTTTGT
250 GTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
17819 AAGAAAACAATTGTTTCAGATCATATAGGCTTGTTTGAAA
314 CATAAAACAATTGTTTCA-ATCATACAAGCTTATTTGAAA
* * * *
17859 TAAAATAATACAAATTTATTAATATTCTAAAAACTAATGAGTAAAAAATTAAAAAATTAATCTAT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAAATTAAAAAATAAATCTAT
* * * *
17924 TTACTAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATCAAGATATTTATCTATTTCAAAACATTATTACCT
65 TTACTAAACA-GTTCAAATAGTTATGACTATGAACA-A-TTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
* * *
17989 TTTGTTTTGTCATAAAAAAAATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTACTTCGAATAAAATAATCTAAA
127 TTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATCT-AA
* *
18054 TTTATTAAAACTTCAAAAATTAATAAGTCAAAG-TTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAACACGT
189 TTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACACGT
* ** * * *
18118 TCAAATAGTTGTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTATTTTATCAT
252 TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* ** * *
18183 AAACCAATTGTTTTCGCTCATAAAAGCTTATTCGAAA
317 AAAACAATTG-TTTCAATCATACAAGCTTATTTGAAA
* * * * *
18220 TAAAATAATATTAATGTATTAAAATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAAATTAATC
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAA-A-ATT-AAAAAATAAATC
* * * * *
18285 TATTTA-TCAAGCGAGTTCAAATAATTATGATTCTTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATG
62 TATTTACT-AAAC-AGTTCAAATAGTTATGA--CTATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* ** * *
18349 ATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAATTTTATTCAAAATAAAATAATAT
123 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAAT-C
** * ***
18414 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTCACCAAACA
186 TAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACA
* * ** * * * * * * * * *
18479 AGTTTAAATAGGCATGTCCATTTGAGTTATTATCTATTTGAAA-CGGTTATAACATTTTGTTTTA
249 CGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC-ATTATGACCTTTTGTTTTG
** * * * **
18543 TTGTAAAACAATTATTTCTATTTATACAAAATTATTT-AGAA
313 TCATAAAACAATTGTTTC-AATCATACAAGCTTATTTGA-AA
* * * *
18584 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGATTTGAAAATTAAATCTAT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAAATTAAAAAATAAATCTAT
* * * * * * ** *
18646 TTA-TCAAACCAGTTTAAATAGTTATGACAACTTCAATAATTATCTATCTCAGATTTTTATGATC
65 TTACT-AAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTA--TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * *
18710 -TTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCGAAGTAAAATATTGCTAA
126 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAA-TAAAATAAT-CTAA
* * * * ***
18773 ATTAATAATATTGCAAAAATTAATAAGAAAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAACTA-G
189 TTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAAC-ACG
* * * * * * *
18837 TTTAAATAGTTAT-ACTAGTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGATCTTTTGTTTAG-CT
251 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC-
* * * *
18900 ATAAAATAATTTTTTCAATTCATACATGCTTATTCGAAA
315 ATAAAACAATTGTTTCAA-TCATACAAGCTTATTTGAAA
* * ** *
18939 TAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAACAAGAAATTTTAAAAAAATAAATC
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAA-AAA-ATT-AAAAAATAAATC
* ** *
19004 TATTTA-TCAAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTATCTATTT-ATAAGAAGTAT
62 TATTTACT-AAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTA--TGAACAATTATCTATTTCA-AATCATTAT
* * * ** *
19067 GACTTTTTGTTTTATTATAAAATGATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCTTATAT-GAAATAAAATAA
122 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTAT-TCG-AATAAAATAA
* * * * ** *
19130 TATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAA-AGGATAAAGATTTTAAAAATAGGTCA-GTTTATC
184 T-CTAATTTATTAATA-TTCAAAAATT-AATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTATT
* * * * * *
19193 GAATCAC-TTCAAATAAG-TATGGCCATTTAAATAATTATCTCTTTCAAATCATTACGAACTTTT
244 GAA-CACGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * *
19256 ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC-ATCATACAAGCCTATTTGGAA
307 GTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTCAATCATACAAGCTTATTTGAAA
* * * * *
19303 TACAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTCATAAGTAAGAGATTTAATAAATAAATCTA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAA-AAAATTAAAAAATAAATCTA
* * * * *
19368 TTTACTGAAC----C-AAT--TT-TTA-T-TCGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATAACTTT
64 TTTACTAAACAGTTCAAATAGTTATGACTAT-GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
* * * * * * *
19423 TTGTTCTATTATAAAATAATAGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAAT
128 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAAT-CTAAT
* * * * * * **** * *
19487 TTAATAATATTCCAAAAATTGATAACTAAGATATTTAAAAAATAAATCTATTTGCCAAAGTA-AT
190 TTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAA-CACGT
* ** * * * * * *
19551 TCAAATAATTAAAACTATATGAACAATTATCTGTTTATCAAA-AATTATGGCCTTTTGTTTGGTC
252 TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT-ATT-TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * ** * * *
19615 ATATAACAATTTTTTTGATCATTCAAGCCTATTTGGAA
315 ATAAAACAATTGTTTCAATCATACAAGCTTATTTGAAA
* * * * * * *
19653 TAAAATAATATTAATTTATTAATCTTTAAAAAACTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCTGT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAAATTAAAAAATAAATCTAT
* ** * * * * * * ** * * *
19718 TTGCCGAACTAATTTAAATAAATAATTA-TTTGAACAA-TAGTAAACTTCTAATCATTATAACCT
65 TTACTAAAC-AGTTCAAAT-AGTTATGACTATGAACAATTA-TCTATTTCAAATCATTATGACCT
* * * *
19781 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
127 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAAT-CTAAT
* * * * * ** *
19846 CTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTGCTGAAC-CAAT
190 TTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACAC-GT
* ** * * *
19910 TCAAATATTTAAAACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
252 TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * *
19975 AAAATAAGTTTTTTTTTTTAATTCATACTAGCTTATTTGGAA
317 AAAACAA-----TTGTTTCAA-TCATACAAGCTTATTTGAAA
* * * * *
20017 TAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTCAAGAAATAATTCT
1 TAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAAATT-AAAAAATAAATCT
*
20081 ATTTACCTAACCAGTTCAAATAAG-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATG
63 ATTTA-CTAAACAGTTCAAAT-AGTTATGACTA--TGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATG
* * * * * * * * * *
20144 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAAATGTTTTTGTTTATATAAGTTTCTTTGGAATAAAGTAATAC
123 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT-ATTCGAATAAAATAAT-C
* * * * * ** *
20209 TAATCTGTTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AA-ATTAAAAAAATAAATCTATTTATCAAATGA
186 TAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAA-CA
* ** * *
20271 -GTTCAAATAGTTATGAATATTTGAGCAATTATTTGTTTCAAAT-AGTTATGA-CTTGTTGTTTT
249 CGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTT-TTGTTTT
* * * * *
20333 GTTATAAAGCAATTATTTCTATCATACAAGCTTA-TTCAAA
312 GTCATAAAACAATTGTTTCAATCATACAAGCTTATTTGAAA
* * * * *
20373 TTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAATAACTAATAAGCAAAAAATTTTAAAAATAAATAT
1 -TAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAAA-TTAAAAAATAAATCT
* * * * * *
20438 GTTTAC-AAAGCTAGATCAAACAGTCATGACTTTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
63 ATTTACTAAA-C-AGTTCAAATAGTTATGAC--TATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * *
20502 CTTTTTGTTTTGTCAT---ATAA--G-CT-TATTCA-A-AA---TA----AA-ATAAT-A-CTAA
124 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAATCTAA
* * * * *
20548 GTTAATAATATT-ATGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCT-TTT-TGTCAAGCA
189 TTTATTAATATTCA--AAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT-TGAA-C-
* * * * * * *** **
20610 AC-TTTAAATAATTATGACTATTTCAATAATTTTCTTTTTGAAATTGCTACAACCTTTTGTTTTG
248 ACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
** * *** * * *
20674 TCATAAAATGATTTTTTTGTTCATGCAAGTTTATTTCAAA
313 TCATAAAACAATTGTTTCAATCATACAAGCTTATTTGAAA
* ** * *
20714 TAAAATAACAAAAATTTATTAATA-TAAAGACAATTAATAAGTAAAACATTTAAAAAATAAATCT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAA-A-AATTAATAAGTAAAA-AATTAAAAAATAAATCT
* ** * * *
20778 GTTTACCGAACAAGTTCAAAT-CTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTC-TTATGA
63 ATTTACTAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTA--TGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGA
* * * ** * *
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124 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAA-TAAAATAAT-CT
* * * *
20906 AATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAACAG-TTTAAGAAATAAATATGTTTGTTGAACAA
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* * * * *
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* *
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* *
21074 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAAAATTAAAAAA-AGAATCT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAA-AAAATTAAAAAATA-AATCT
** * * * *
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* * * * * * *
21202 CATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTATTCCAAATAAAATAATATA
124 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-CGAATAAAATAATCT-
* * * * * * * *
21267 AATTTATAAATATTTGATAATTTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTTTTGAACACA
187 AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACACG
* * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * *** *
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* * * * * *
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* ** * * * *** * *
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* * *** * * *
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* ** **
21755 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAA
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* * *
21791 TAAAATAATA-TCAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAACTAAATCTA
1 TAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAAATTAAAAAATAAATCTA
* * * ** * * * *
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* * * * * * *
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126 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT-ATTCGAATAAAATAAT-CT-A
* * * * * * **
21981 A-CTAATAGTATTCTAAAAATTAATAATTAAGAGACTTAAAAAATAAATGTGTTTACCGAAC-CA
188 ATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACAC-
* ** * *
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250 GTTCAAATAG-TTATGACTATT-TGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * *
22107 TCATAAAATAATTTTTTCAGTTCATACATGCTTATTTGAAA
313 TCATAAAACAATTGTTTCA-ATCATACAAGCTTATTTGAAA
* * ** * *
22148 TAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAGAAATTAATAAACAACAAATTTTAAAAAATAAATTTA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAA-AAA-ATTAAAAAATAAATCTA
* * * * * * * *
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* * * * * *
22276 ACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAAGTCATAAAAGTTTA-TCTGAAATAAAATAATA
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* ** ** * *
22340 TTACGTTATTAATATTTGAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAA
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TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
GTTTCAATCATACAAGCTTATTTGAAA
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* * ** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * ** * *
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* * * * * *
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1 AAATAGTTATGACTACTTGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTT-GTTTAGCTATA
* ** * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* ** * *
18366 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAATTTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCT
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* * * *
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** * * * * * * * * * *
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* * * ** *
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* * *
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* * * ** *
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1 AAATAGTTATGACTACTTGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTAGCT-ATA
* * * * * *
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* * ** * *
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* * * *
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* * * *
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* *
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* * * * ** *
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1 AAATAGTTATGACTACTTGAATAATTATCTATCTCA-AA-TCGTTATGATC-TTTTG-TTTAGCT
** * * * *
19083 ATAAAATGATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATAT-GAAATAAAATAATATTACTTTATTAATAT
62 ATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTAT-TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-
* ** * * *
19147 TTCAAAAATTGAAAGGATAA-AGATTTTAAAAATAGGTC-AGTTTATCGAATC-ACTTC
125 TTCAAAAATT---A--ATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATC-AAACAAGTTT
* * * * * * * * * * *
19203 AAATAAG-TATGGCCATTTAAATAATTATCTCTTTCAAATCATTACGAACTTTTATTTTG-TCAT
1 AAAT-AGTTATGACTACTTGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTAGCT-AT
* * * *
19266 AAAACAATTGTTTTTC-A-TCATACAAGCCTATTTGGAATACAATAATACTAATTTATTAATATT
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* * *
19329 TCAAAAATTCATAAGTAAGAGATTTAATAAATAAATCTATTTACTGAACCAA--TT
126 TCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCAAACAAGTTT
* * * * * *
19383 ---T--TTAT---T-C--GAACAATTATCTATTTTAAATCATTATAA-CTTTTTGTTCTA-TTAT
1 AAATAGTTATGACTACTTGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTTGTT-TAGCTAT
* * * * * * *
19435 AAAATAATAGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCC
64 AAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-C
* ** * *
19500 AAAAATTGATAACTAAGATATTTAAAAAATAAATCTATTTGCCAAAGTAA-TTC
128 AAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAA-CAAGTTT
* ** * * * ** ** *
19553 AAATAATTAAAACTA-TATGAACAATTATCTGTTTATCAAA-AATTATGGCCTTTTGTTT-GGTC
1 AAATAGTTATGACTACT-TGAATAATTATC--TATCTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTAGCT-
* * ** * * * * * *
19615 ATATAACAATTTTTTTGA-TCATTCAAGCCTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATCTT
62 ATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-AT
* * ** *
19679 TAAAAAACTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTGCCGAACTAA-TTT
126 TCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAC-AAGTTT
* * * * * * * * * *
19733 AAATA--AATAATTATTTGAACAATAGTAAACT-TCT--AATCATTATAACCTTTTGTTTTG-TC
1 AAATAGTTATGACTACTTGAATAAT--T-ATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTAGCT-
* *** * * *
19792 ATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATT
62 ATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * *
19857 CCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTGCTGAACCAA-TTC
127 -CAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-ATCAAACAAGTTT
* ** * * * * * *
19912 AAATATTTAAAACTA-TATAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-TCAT
1 AAATAGTTATGACTACT-TGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTAGCT-AT
* * * * * * *
19975 AAAATAAGTTTTTTTTTTTAATTCATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAA
64 AAAACAA-----TTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAA
* * * * * * * *
20039 TATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTCAAGAAATAATTCTATTTACCTAACCAGTTC
123 TA-TTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTT
* * * * * *
20098 AAATAAG-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTG-TCAT
1 AAAT-AGTTATGACTACTTGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTAGCT-AT
* * *** * * * * * * * * *
20161 AAAAGAAATGTTTTTGTTTATATAAGTTTCTTTGGAATAAAGTAATACTAATCTGTTAATATTTC
64 AAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTC
* * ** *
20226 AAAAATTAATAAGAAATTAAAAAAATAAATCTATTTATCAAATGAGTTC
128 AAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTT
* * ** * * * * * *
20275 AAATAGTTATGAATATTTGAGCAATTATTTGTTTCAAATAGTTATGA-CTTGTTGTTTTGTTATA
1 AAATAGTTATGACTACTTGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCTT-TTGTTTAGCTATA
* * *
20339 AAGCAATTATTTCTA-TCATACAAGCTTATTC-AAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
65 AAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTC
* * * * * * * * *
20402 AATAACTAATAAGCAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTA-CAAAGCTAGATC
128 AAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAA-CAAGTTT
* * ** * * *
20455 AAACAGTCATGACTTTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTTGTTTTG-TCAT
1 AAATAGTTATGACTACTTGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTTGTTTAGCT-AT
* * * * * * ** * * *
20518 ATAAGC--TT-ATTCAA--AATA-AA--ATAAT---ACTAAGTTAATAAT-A-TTATGAAAATT-
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* * * * *
20569 ---AA-TAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTTTTTGTCAAGCAACTTT
128 AAAAATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTT
* * * * * * * * * ** * *
20615 AAATAATTATGACTATTTCAATAATTTTCTTTTTGAAATTGCTACAACCTTTTGTTTTG-TCATA
1 AAATAGTTATGACTACTTGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTAGCT-ATA
** *** * * * ** *
20679 AAATGATT-TTTTTGTTCATGCAAGTTTATTTC-AAATAAAATAACAAAAATTTATTAATA-TAA
65 AAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA
* * * * *
20741 AGACAATTAATAAGTAAAACATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTC
129 A-A-AATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTT
* * * * * * *
20795 AAAT-CTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTC-TTATGA-CTTTTTGTTTTG-TCA
1 AAATAGTTATGACTACTTGAATAATTATCTATCTCAAA-TCGTTATGATC-TTTTGTTTAGCT-A
* * * * * *
20856 TAAAATAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATT-AAAATTACAATAATATTAATTTATTAATATT
63 TAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATA-T
* * * * * * ** **
20920 TCAACAATTAATAAGTAACAGTTTAAGAAATAAATATGTTTGTTGAACAAGTGC
126 TCAAAAATTAATAAG--AGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTT
* * * * * * * * *
20974 AAATAATCT-TGACTATTTGAATAATTATCCATTTTAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTG-TAAT
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* *
21037 AAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCC
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* * * * *
21102 AAAAATTAATGAGTAAGAAAATTAAAAAA-AGAATCTATTTACCGAACATGTTT
128 AAAAATT-A--A-TAAGAGATTTAAAAAATA-AATCTATTTATCAAACAAGTTT
* * * * *
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1 AAATAGTTATGACTACT-TGAATAATTATCTATCTC-AAATCGTTATGATC-TTTTGTTTAGCT-
* * ** * * *
21216 ATAAAATAATTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTATTCCAAATAAAATAATA-TAAATTTATAAATAT
62 ATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-
* * * * * * * * ** *
21280 TTGATAATTTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTTTTGAACACA-TTC
125 TTCAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACA-AGTTT
* * * * * * *
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1 AAATAGTTATGACTACTTGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGA-TCTTTTGTTTAGCT-AT
* * * * *
21399 AAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATAT-GAAATCAAATAATGCTAATTTATTAA-ATTT
64 AAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTAT-TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT
* * * * * *
21462 CCAAAAATTAATAATTAAAAGATTT-AAAAATAAATATATTTACCAAGCGAGTTC
127 -CAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTT
* * * * *
21516 AAATAG-T-T-A-T--TTGAACT-ATTATTTATTTCAAATTGCTATGATCTTTTGTTTTG-TCAT
1 AAATAGTTATGACTACTTGAA-TAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTAGCT-AT
** * * * ** *
21573 AAAACAATTGTTTCTTTTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATTGTAACTTATTAATATTCT
64 AAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-
* * * * * * * *
21638 TAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAACAAATTTGTTCACCAAATAAGTTC
128 AAAAATTAATAA----GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTT
* * * *** * ** * *
21691 AAATAGTCAT-ATCCATTTGAGCCATTATCTATTTCAAATTATTATGA-CATTTTGTTTTG-TCG
1 AAATAGTTATGA-CTACTTGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTTGTTTAGCT-A
* ** *
21753 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATA-TCAATTTATTAATATT
63 TAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-T
* * *
21817 TTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTATCGAACCAA-TTT
126 TCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACAAGTTT
* * * * * * *
21868 TAATAGTTATGATTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTG-TCATA
1 AAATAGTTATGACTACTTGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTAGCT-ATA
* * * * * * * * * *
21931 AAATAATCGTTT-ATATTCATACAAGCTTAATT-GGAGTAAATTATTGCTGAA-CTAATAGTATT
65 AAACAATTGTTTCA-ATTCATACAAGCTT-ATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT
* * * * * *
21993 CTAAAAATTAATAATTAAGAGACTTAAAAAATAAATGTGTTTACCGAACCAA-TTC
127 C-AAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACAAGTTT
** * * * * *
22048 AAAT-GATTAAAACTA-TTATAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAG-TCA
1 AAATAG-TTATGACTACTT-GAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTAGCT-A
* * * * * * *
22110 TAAAATAATTTTTTCAGTTCATACATGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTT
63 TAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * * * * * *
22175 AGAAATTAATAAACAACAAATTTTAAAAAATAAATTTATTTTTCGAACAAGTTC
128 AAAAATTAAT----AAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTT
* *
22229 AAATAGTTAT-AGCTATTTGAACAATTATCTAT
1 AAATAGTTATGA-CTACTTGAATAATTATCTAT
22261 TTTATTATAA
Statistics
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17458 ACCAAATGAT
* * *
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* * * * * *
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* * * ** * *
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* * * * *
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* *** * * *
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* * * * * * ***
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* *
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* * *
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* * *
17981 TATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAAATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTACTTCGAATAAAAT
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* ** ***
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577 AATCTAAATTTAATAAAACTTCAAAAATTAATAAGAAAAAGTTTAAAAAATAAATATGTTTGCCG
* * * * *
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* *
18176 TTATCATAAACCAA
707 TTAGCATAAAACAA
* * * * *
18190 TTGTTTTCGCTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATGTATTAAAATTCTAAAAATT
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* * * * * *
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*
18320 TGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGA-TCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
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** * ***
18384 CATACAATTTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGG
193 CATACAAGCTTATT-GAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAA
* * * *
18448 AGATTTAAAAAATAAATATGTTCACCAAACAAGTTTAAATAGGCATGTCCATTTGAGTTATTATC
256 AGATTTAAAAAATAAATATGTTCACCAAACAAGTTCAAATAGGCATGACCATTTGAATAATTATC
* * * * * *
18513 TATTTGAAA-CGGTTATAACATTTTGTTTTAT-TGTAAAACAATTATTTCTA-TTTATACAAAAT
321 TATTTAAAATC-ATTATAACATTTTATTTTATAAG-AAAACAATTATTTC-AGATCATACAAAAT
* * * **
18575 TATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAA-T-T-AATAAGAGATTTGAAA
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*
18635 ATTAAATCTATTTA-TCAAACCA-GTTTAAATAGTTATGACAACTTC-A-ATAATTATCTATCTC
446 ATT-AATCTATTTACT-AAA-CATGTTCAAATAGTTATGACAA--TCAAGATAATTATCTATCTC
* *** * * * *
18696 AGATTTTTATGATC-TTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTA-TTCGAA
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* *
18758 GTAAAATATTGCTAAA-TTAATAATA-TTGCAAAAATTAATAAGAAAAAGATTTAAAAAATAAAT
571 -TAAAATAAT-CTAAATTTAATAAAACTT-CAAAAATTAATAAGAAAAAG-TTTAAAAAATAAAT
* * *
18821 GTGTTTGCCGAACTA-GTTTAAATAGTTAT-ACTAGTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCT
632 ATGTTTGCCGAAC-ACGTTCAAATAGTTATGACTAGTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
*
18884 GATCTTTT-GTTTAGCTATAAAATAA
696 GATCTTTTAGTTTAGC-ATAAAACAA
* * *
18909 TTTTTTCAATTCATACATGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATT
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** *
18974 AATAAACAAGAAATTTTAAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTATT
65 AATAAGTAA-AAATTTTAAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAATTTTGACTATT
* * * * **
19039 TGAACAATTATCTATTT-ATAAGAAG-TATGACTTTTTGTTTTATTATAAAATGATTGTTTC-AG
129 TGAACAATTATTTATTTCA-AA-TAGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-
* * * *
19101 TTCATAAAAGCTTATATGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGA-AAGGAT
191 TTCATACAAGCTTAT-TGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-
* ** * * * * * * * *
19165 AAAGATTTTAAAAATAGGTCA-GTTTATCGAATC-ACTTCAAATAAGTATGGCCATTTAAATAAT
254 AAAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTCA-CCAAACAAGTTCAAATAGGCATGACCATTTGAATAAT
* * * * * * * *** *
19228 TATCTCTTTCAAATCATTACGAAC-TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAG
317 TATCTATTTAAAATCATTA-TAACATTTTATTTTATAAGAAAACAATTATTTCAGATCATACAAA
** * * * * * *
19292 CCTATTTGGAATACAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTCAT-AAGTAAGAGATTTA
381 ATTATTTGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCT-AAAAACT-ATGAA-TAA-AAAATTA
* * * * * * * * *
19355 ATAAATAAATCTATTTACTGAAC-----C-AAT--TT-T--TATTCGA-ACAATTATCTATTTTA
442 AAAAATTAATCTATTTACTAAACATGTTCAAATAGTTATGACAATCAAGATAATTATCTATCTCA
* * * * * * * * * * *
19408 AATCATTATAACTTTTTGTTCTATTATAAAATAA-TAGTT-TCAGTTCATATAAGCTTATTTGGA
507 AAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGGTTAT-A-TTCATACAAGCTTACTTCGA
* * * *
19471 ATAAAATAATACT-AATTTAATAATA-TTCCAAAAATTGATAACTAAGATA-TTTAAAAAATAAA
570 ATAAAATAAT-CTAAATTTAATAAAACTT-CAAAAATTAATAA-GAA-AAAGTTTAAAAAATAAA
* * * * * * ** * * **
19533 TCTATTTGCCAAAGTA-ATTCAAATAATTAAAACTA-TATGAACAATTATCTGTTTATCAAA-AA
631 TATGTTTGCCGAA-CACGTTCAAATAGTTATGACTAGTA-GAATAATTATCT-ATT-TCAAATCG
** * *
19595 TTATGGCCTTTT-GTTTGGTCATATAACAA
692 TTATGATCTTTTAGTTTAG-CATAAAACAA
* * * * * * * ** * *
19624 TTTTTTTGATCATTCAAGCCTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATCTTTAAAAAACTA
1 TTTTTTCGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCAAAAAATTA
* * ** * * * * *
19689 ATAAGTAAGAGA-TTT--AAAAATAAATCTGTTTGCCGAACTAA-TTTAAATAA--ATAATTATT
66 ATAAGTAA-AAATTTTAAAAAAATAAATCTATTTATCAAAC-AAGTTCAAATAATTTTGACTATT
** * * * * * * *
19748 TGAACAA-TAGTAAACTTCTAATCA-TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGT
129 TGAACAATTA-TTTATTTCAAAT-AGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
* * * * * * *
19811 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAG
192 TCATACAAGCTTATT-GAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA
* * ** * * *** ** * * * *
19876 AGAATTAAAAAATAAATTTGTTTGCTGAACCAA-TTCAAATATTTAAAACTATATAAACAATTAT
256 AGATTTAAAAAATAAATATGTTCAC-CAAACAAGTTCAAATAGGCATGACCATTTGAATAATTAT
* * * * * * * * * * *
19940 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTTTTTA-ATTCATACT
320 CTATTTAAAATCATTATAACATTTTATTTTATAAGAAAACAA-----TTATTTCAGA-TCATACA
** * * ** * * * *
20004 AGCTTATTTGGAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTC
379 AAATTATTTGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCTAAAAACT-ATGAA-TAAAAAATT-
* * * ** *
20068 AAGAAA-TAATTCTATTTACCTAACCA-GTTCAAATAAG-TATGACTAT-TTGAACAATTATCTA
441 AAAAAATTAA-TCTATTTA-CTAAACATGTTCAAAT-AGTTATGACAATCAAG-ATAATTATCTA
* * * * * * * *
20129 TTTCAAATA-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAAA-TGTTTTTGTTTATATAAG-TTTC
502 TCTCAAA-ACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAATTGGTTATATTCATACAAGCTTAC
* * * ** * * *
20191 TTTGGAATAAAGTAATACT-AATCTGTTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AAA-TTAAAAAAAT
565 -TTCGAATAAAATAAT-CTAAATTTAATAAAACTTCAAAAATTAATAAGAAAAAGTTTAAAAAAT
* * ** * * * * * ** * * *
20252 AAATCTATTTATCAAATGA-GTTCAAATAGTTATGAATATTTGAGCAATTATTTGTTTCAAATAG
628 AAATATGTTTGCCGAA-CACGTTCAAATAGTTATGACTAGTAGAATAATTATCTATTTCAAATCG
* * *
20316 TTATGA-CTTGTT-GTTTTGTTATAAAGCAA
692 TTATGATCTT-TTAGTTTAG-CATAAAACAA
* * *
20345 TTATTTC-TATCATACAAGCTTATTC-AAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AATAA
1 TTTTTTCGT-TCATACAAGCTTATTCGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCAAAAAA
* * * * * * * * **
20407 CTAATAAGCAAAAAATTTT--AAAAATAAATATGTTTA-CAAAGCTAGATCAAACAGTCATGACT
63 TTAATAAG-TAAAAATTTTAAAAAAATAAATCTATTTATCAAA-CAAGTTCAAATAATTTTGACT
* * * *
20469 TTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACTTTTTGTTTTGTCAT---ATAA--G---C-
126 ATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * * *
20524 -TT-AT------TCA---AAATAAAATAATACTAAGTTAATAATATTAT-GAAAATTAATAAGTA
190 ATTCATACAAGCTTATTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTA
* * * * *** * * * *** * * *
20577 AGAGATTTAAAAAATGAATCTTTTTGTCAAGCAACTTTAAATAATTATGACTATTTCAATAATTT
254 AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTCACCAAACAAGTTCAAATAGGCATGACCATTTGAATAATTA
* * *** * * * * * * ** ** * * **
20642 TCTTTTTGAAATTGCTACAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATT-TTTTTGTTCATGCAAGTTT
319 TCTATTTAAAATCATTATAACATTTTATTTTATAAGAAAACAATTATTTCAGATCATACAAAATT
* * * * * *
20706 ATTTCAAATAAAATAACAAAAATTTATTAATA-T-AAAGACAATTAAT-AAGTAAAACATTTAAA
384 ATTTGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCTAA-A-AACT-ATGAA-TAAAA-AATTAAA
* * ** * * ** ** * * *
20768 AAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAAT-CTTATGATTAT-TTGAACAATTATTTATTTCAA
444 AAATTAATCTATTTACTAAACATGTTCAAATAGTTATGACAATCAAG-ATAATTATCTATCTCAA
* * * * * * **
20831 ATTC-TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTA-TTAAAAT
508 A-ACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGGTTATATTCATACAAGCTTACTTCGAA-
* * * * * * * * * *
20894 TACAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAACAGTTTAAGAAATAAATATGT
571 TAAAATAATCTAAATTTAATAAAACTTCAAAAATTAATAAGAAAAAGTTTAAAAAATAAATATGT
** * * * * * * * * * *
20959 TTGTTGAACAAGTGCAAATAATCT-TGACTATTTGAATAATTATCCATTTTAAATCATTGTGACC
636 TTGCCGAACACGTTCAAATAGT-TATGACTAGTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATC
* *
21023 TTTT-GTTTTGTAATAAAACAA
700 TTTTAGTTTAG-CATAAAACAA
* * * * * *
21044 TTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATT
1 TTTTTTC-GTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCAAAAAATT
* * * * * * * * * *
21109 AATGAGTAAGAAA-ATTAAAAAAA-GAATCTATTTACCGAACATGTTTAAATACTTATGACTATC
65 AATAAGTAA-AAATTTTAAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAATTTTGACTATT
* * * * * * *
21172 TAAATAATTATCTATTTCAAAATA-TTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGGTTCTGTT
129 TGAACAATTATTTATTTC-AAATAGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * * * * * *
21236 CATGCAAGCTTATTCCAAATAAAATAATATAAATTTATAAATATTTGATAATTTAATAAGTAAAA
193 CATACAAGCTTATT-GAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA
* ***** ** *
21301 -ATTTTAAAAATAAATATGTTTTTTGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
257 GATTTAAAAAATAAATATGTTCACCAAACA-AGTTCAAATAGGCATGACCATTTGAATAATTATC
* * * * * * * * * * *
21364 AATTTCAAATCATTATGACTTTTTTATTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTA-TTCATA-AAAGCT
321 TATTTAAAATCATTATAAC-ATTTTATTTTATAAGAAAACAATTATTTC-AGATCATACAAA-AT
* * * * * * * *
21427 TATATGAAATCAAATAATGCTAATTTATTAA-ATTTCCAAAAATTAAT-AATTAAAAGATTTAAA
383 TATTTGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTCTAAAAACT-ATGAA-TAAAAAATTAAAA
* * * * * * * * *
21490 AATAAATATATTTACCAAGCGA-GTTCAAATAGTTAT----TTGAA-CT-ATTATTTATTTCAAA
445 AATTAATCTATTTACTAAAC-ATGTTCAAATAGTTATGACAATCAAGATAATTATCTATCTCAAA
**** * * * * * * * *
21548 TTGCTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATATAAGTTTA-TTCAAAATA
509 ACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGGTTATATTCATACAAGCTTACTTC-GAATA
* * * * * **** * *
21612 AAATAAT-TGTAACTTATTAATA-TTCTTAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAACAAATTTG
573 AAATAATCT-AAATTTAATAAAACTTC-AAAAATTAATAAGAAAAAG-TTTAAAAAATAAATATG
** * * * * * * * *** **
21675 TTCACCAAATAAGTTCAAATAGTCAT-ATCCATTTGAGCCATTATCTATTTCAAATTATTATGA-
635 TTTGCCGAACACGTTCAAATAGTTATGA-CTAGTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAT
* *
21738 CATTTT-GTTTTGTCGTAAAACAA
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* * ** * * **
21761 TTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATA-TCAATTTATTAATATTTTAAAAAT
1 TTTTTTC-GTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAAATTCAAAAAAT
* * * ** * * *
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* * * * * * *
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* * ** ** * *
21947 TCATACAAGCTTAATTGGAGT-AAAT--TATTGCTGAACTAATAGTATTCTAAAAATTAATAATT
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* * * * * ** ** * *
22009 AAGAGACTTAAAAAATAAATGTGTTTACCGAACCAA-TTCAAAT-GATTAAAACTATTAT-AACA
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* * * * * * * * *
22071 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTAGTCATAAAATAATTTTTTCAGTTCATACA
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*** *
22135 TGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
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22170 CATTTAGAAA
Statistics
Matches: 3101, Mismatches: 676, Indels: 416
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
695 9 0.00
696 109 0.04
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698 9 0.00
699 86 0.03
700 115 0.04
701 16 0.01
702 5 0.00
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705 1 0.00
707 2 0.00
708 7 0.00
709 183 0.06
710 9 0.00
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714 161 0.05
715 43 0.01
716 106 0.03
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718 24 0.01
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721 205 0.07
722 218 0.07
723 55 0.02
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725 266 0.09
726 88 0.03
727 7 0.00
728 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (720 bp):
TTTTTTCGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCAAAAAATTA
ATAAGTAAAAATTTTAAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAATTTTGACTATTTG
AACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
ACAAGCTTATTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
TAAAAAATAAATATGTTCACCAAACAAGTTCAAATAGGCATGACCATTTGAATAATTATCTATTT
AAAATCATTATAACATTTTATTTTATAAGAAAACAATTATTTCAGATCATACAAAATTATTTGAA
ATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCTAAAAACTATGAATAAAAAATTAAAAAATTAATCTAT
TTACTAAACATGTTCAAATAGTTATGACAATCAAGATAATTATCTATCTCAAAACATTATGACCT
TTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGGTTATATTCATACAAGCTTACTTCGAATAAAATAATCTAAAT
TTAATAAAACTTCAAAAATTAATAAGAAAAAGTTTAAAAAATAAATATGTTTGCCGAACACGTTC
AAATAGTTATGACTAGTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTAGTTTAGCATAA
AACAA
Found at i:20319 original size:177 final size:184
Alignment explanation
Indices: 19459--20518 Score: 588
Period size: 186 Copynumber: 5.9 Consensus size: 184
19449 AGTTCATATA
* * * * * * * *
19459 AGCTTATTTGGAATAAAATAATACT-AATTTAATAATATTCCAAAAATTGATAACTAAGATATTT
1 AGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-GAAGAGATTA
* ** * * * * *
19523 AAAAAATAAATCTATTTGCCAAAGTAATTCAAATAATTA-AAACTATATGAACAATTATCTGTTT
64 AAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAAGTATGAA-TATTTGAACAATTATCT-ATT
* * * * * * * *
19587 ATCAAA-AATTATGGCCTTTTGTTTGGTCATATAA-CAATTTTTTTG-ATCATTC--A-
127 -TCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAAATGTTTTTGTTTAATTCATAC
* * * * * * * *
19640 AGCCTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATCTTTAAAAAACTAATAAGTAAGAGATT-T
1 AGCTTATTTGGAATAAAATAAAATGAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAGAGATTAA
* * * * * * ** *
19704 AAAAATAAATCTGTTTGCCGAACTAATTTAAATAA--AT-AATTATTTGAACAA-TAGTAAACTT
65 AAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAAGTATGAA-TATTTGAACAATTA-TCTATTT
* * * * *
19765 CTAATCA-TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAA--TTATT-TTT-GTTCATAC
128 CAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAAATGTTTTTGTTTAATTCATAC
*** * * * *
19817 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAAT
1 -AGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-GAAGAG-AT
* * * ** * ** * * *
19881 T-AAAAAATAAATTTGTTTGCTGAACCAATTCAAATATTTA-AAACTATATAAACAATTATCTAT
62 TAAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAAGTATGAA-TATTTGAACAATTATCTAT
* * * *
19944 TTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTTTTTAATTCATAC
126 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAAATGTTTTTGTTTAATTCATAC
* * *
20003 TAGCTTATTTGGAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTC
1 -AGCTTATTTGGAATAAAATAAAATGAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAGAGATTA
* * * *
20068 AAGAAATAATTCTATTTACCTAACCAGTTCAAATAAGTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
64 AAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAAGTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTC
20133 AAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAAATGTTTTTGTTT-A-T-ATA-
129 AAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAAATGTTTTTGTTTAATTCATAC
* * * * *
20185 AGTTTCTTTGGAATAAAGTAATACT-AATCTGTTAATATTTCAAAAATTAATAAG-A-A-ATTAA
1 AGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGAGATTAA
* ** * * *
20246 AAAAATAAATCTATTTATCAAATGAGTTCAAAT-AGTTATGAATATTTGAGCAATTATTTGTTTC
65 AAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAAG-TATGAATATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * *
20310 AAATAGTTATGA-CTTGTTGTTTTGTTAT-AAAGCAA--TTATT-TCT-A-TCATAC
129 AAATAGTTATGACCTT-TTGTTTTGTCATAAAAGAAATGTTTTTGTTTAATTCATAC
** * * * * * *
20360 AAGCTTA-TTCAAATTAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAATAACTAATAAGCAAAAAAT
1 -AGCTTATTTGGAA-TAAAATAA-AATGAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAGAGAT
** * * * * * * * *
20423 TTTAAAAATAAATATGTTTA-CAAAGCTAGATCAAA-CAGTCATGACTTTTTGAATAATTATCTA
62 TAAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-CCAGTTCAAATAAGT-ATGAATATTTGAACAATTATCTA
*
20486 TTTCAAATCA-TTATGACTTTTTGTTTTGTCATA
125 TTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
20519 TAAGCTTATT
Statistics
Matches: 699, Mismatches: 135, Indels: 90
0.76 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
173 4 0.01
174 10 0.01
175 9 0.01
176 56 0.08
177 106 0.15
178 61 0.09
179 41 0.06
180 101 0.14
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182 5 0.01
183 3 0.00
184 5 0.01
185 10 0.01
186 144 0.21
187 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (184 bp):
AGCTTATTTGGAATAAAATAAAATGAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGAGATTAAA
AAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAAGTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTCAA
ATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAAATGTTTTTGTTTAATTCATAC
Found at i:21665 original size:536 final size:536
Alignment explanation
Indices: 20514--22370 Score: 1521
Period size: 536 Copynumber: 3.4 Consensus size: 536
20504 TTTTGTTTTG
* * * *
20514 TCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTAATAATATTATGAAAATTAATAAGTAAG
1 TCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAG
* * ** * * *
20579 AGATTTAAAAAATGAATCTTTTTGTCAAGCAACTTTAAATAATTATGACTATTTCAATAATTTTC
66 AGATTTAAAAAAAGAATCTATTTACCAA-CAAGTTTAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATC
* * ** ** * * * *
20644 TTTTTGAAATTGCTACAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATT-TTTTTGTTCATGCAAGTTTAT
130 TATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATGCAAGATTAT
* * * ** * *
20708 TTCAAATAAAATAACAAAAATTTATTAATATAAAGACAATTAATAAGTAAAACATTTAAAAAATA
195 TCCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATAT-TTGAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATA
* * *
20773 AATCTGTTTACCGAACA-AGTTCAAAT-CTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTC-
258 AATCTGTTTATCGAACACA-TTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCA
* *
20835 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTAAAATTACAAT
321 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTAAAATCACAAT
* * * * ***
20900 AATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAACAGTTTAAGAAATAAATATGTTTGTTG
386 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGTTTAAGAAATAAATATATTTGACC
* * *
20965 AACAAGTGCAAATAATCTTGACTATTTGAATAATTATCCATTTTAAATCATTGTGACCTTTTGTT
451 AACAAGTGCAAATAA---TGACTATTTGAATAATTATCCATTTCAAATCACTATGACCTTTTGTT
21030 TTGTAATAAAACAATTGTTTCAAT
513 TTGTAATAAAACAATTGTTTCAAT
** * * *
21054 TCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAG
1 TCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * *
21119 AAAATTAAAAAAAGAATCTATTTACCGAACATGTTTAAATACTTATGACTATCTAAATAATTATC
66 AGATTTAAAAAAAGAATCTATTTACC-AACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATC
* * *
21184 TATTTCAAAATATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTAT
130 TATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATGCAAGATTAT
* *
21249 TCCAAATAAAATAATATAAATTTATAAATATTTGATAATTTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAA
195 TCCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTGA-AAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAA
* * * * * *
21314 ATATGTTTTTTGAACACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCAATTTCAAATCATTA
259 ATCTGTTTATCGAACACATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* ** *
21379 TGACTTTTTTATTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATATGAAATCA-AATA
324 TGAC-TTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTAT-TAAAATCACAATA
* *
21443 ATGCTAATTTATTAA-ATTTCCAAAAATTAATAATTAAAAGATTTAA-AAATAAATATATTT-AC
387 ATACTAATTTATTAATATTT-CAAAAATTAATAAGTAAAAG-TTTAAGAAATAAATATATTTGAC
* * * ** ** *
21505 CAAGCGAGTTCAAAT-A-G-TTATTTGAACT-ATTATTTATTTCAAATTGCTATGATCTTTTGTT
450 CAA-CAAGTGCAAATAATGACTATTTGAA-TAATTATCCATTTCAAATCACTATGACCTTTTGTT
* **
21566 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTTT
513 TTGTAATAAAACAATTGTTTCAAT
* ** * **
21590 TCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATTGTAACTTATTAATATTCTTAAAATTAATAAGTTGG
1 TCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * * * * * * ***
21655 AGATTTAAAAAACA-AATTTGTTCACCAAATAAGTTCAAATAGTCAT-ATCCATTTGAGCCATTA
66 AGATTTAAAAAA-AGAATCTATTTACC-AACAAGTTTAAATAATTATGA-CTATTTAAATAATTA
* * * * *
21718 TCTATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATT
128 TCTATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATGCAAGATT
* * * *
21783 ATTCAAAATAAAATAATATCAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG---AGA-TTTAAAAAC
193 ATTCCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATA-TTTGAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAA-
* ** * *
21844 TAAATCTATTTATCGAAC-CAATTTTAATAGTTATGATTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATC
256 TAAATCTGTTTATCGAACAC-ATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * ** *
21908 ATTATGA-TCTTTGTTTTGTCATAAAATAATCGTTTATATTCATACAAGCTTAATTGGAGT-A-A
320 ATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTT-ATTAAAATCACA
* * * * * * * * * * *
21970 ATTATTGCTGAA-CTAATAGTA-TTCTAAAAATTAATAATTAAGAGACTTAAAAAATAAATGTGT
384 A-TAATACT-AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAG-TTTAAGAAATAAATATAT
* ** * * *
22033 TT-ACCGAACCAA-TTCAAATGATTAAAACTATTAT-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
445 TTGACC-AA-CAAGTGCAAAT-A--ATGACTATT-TGAATAATTATCCATTTCAAATCACTATGA
* * * * *
22095 CCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTTTTTCAGT
504 CCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAAT
* * ** * * * ** *
22128 TCATACATGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATT-TAGAAATTAATAAACAAC
1 TCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * * * * *
22192 AAATTTTAAAAAATA-AATTTATTTTTCGAACAAGTTCAAATAGTTAT-AGCTATTTGAACAATT
66 AGA-TTTAAAAAA-AGAATCTA-TTTACCAACAAGTTTAAATAATTATGA-CTATTTAAATAATT
* * * * * * * * * **
22255 ATCTATTTTATTATAAATCTAACCA-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAAG-TCATAAAA
127 ATCTATTTCA-AATTATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-TGTTCATGCAA
* * * ** *
22318 GTTTA-TCTGAAATAAAATAATATTACGTTATTAATATTTGAAAATTGATAAGT
189 GATTATTC-CAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTGAAAATTAATAAGT
22371 TAGAGATTTA
Statistics
Matches: 1067, Mismatches: 211, Indels: 79
0.79 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
530 4 0.00
531 76 0.07
532 36 0.03
533 64 0.06
535 1 0.00
536 247 0.23
537 20 0.02
538 159 0.15
539 69 0.06
540 178 0.17
541 104 0.10
542 98 0.09
543 11 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (536 bp):
TCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAG
AGATTTAAAAAAAGAATCTATTTACCAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATCT
ATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATGCAAGATTATT
CCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTGAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAAT
CTGTTTATCGAACACATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
ACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTAAAATCACAATAATAC
TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGTTTAAGAAATAAATATATTTGACCAACAA
GTGCAAATAATGACTATTTGAATAATTATCCATTTCAAATCACTATGACCTTTTGTTTTGTAATA
AAACAATTGTTTCAAT
Found at i:23260 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 22772--28252 Score: 2992
Period size: 181 Copynumber: 30.6 Consensus size: 179
22762 TTGTTCTGTT
* * * * * *
22772 ATAAAATAGTACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATTAATCT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * * * * * * * * **
22837 GTTTGTCGAAGC-AATTCAAACAATTAAGACTATATGAACAATTATCTACTTT-AAATCATTAAA
66 GTTT-ACCAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA-CTA-TTTCAAATCATTATG
* *
22900 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAA
128 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTAGAA
* * * * *
22953 ATAGAATAATAACAATAATAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAGGTA-ATTTATAAAG
1 AT--AA-AAT---AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAA
* * * * * * * * ** *
23017 TGAACTTGTTTACTAAA-TCAATTCAAATAATTATGGCCATTCCAACAATTATCTATTTCAAATC
59 TAAATTTGTTTACCAAACT-AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA-CTATTTCAAATC
* * * ** * *
23081 ATTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTATTTAAACATTCAATCTTATTAGAA
122 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTTATTCATACAAGCTTATTAGAA
* *
23140 ATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * * * * * *
23205 ATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAGTTGCAAACTTCAAATCCTTATAAC
66 GTTTACCAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAC-TATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * * *
23270 TTTTTGTATTGTCATAAAATAATTATTTTGTTCACACAAGCTTATTTGAA
130 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATACAAGCTTATTAGAA
* * * ** * *
23320 ATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACAAAGAGAATCAAAAAATAAATTT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
*** * * * * * * *
23385 GTTTATTGAACCAGTTTAAATATTTAAGACTATATGAATAATTATCAATTTCAAACCGTTATGAC
66 GTTTACCAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA-CTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * *
23450 CTTTTATTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTGAATTCATACTAGCTTATTTGGA
130 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTT--ATTCATACAAGCTTATTAGAA
* * *
23503 ATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTT-AAAAATAATTT
1 ATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * * *
23566 TGTTTACCTAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATGTATTTCAAATCGTTATAA
65 TGTTTACCAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA-CTATTTCAAATCATTATGA
** * * * * *
23631 CCTTTAATTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAG-A
129 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATACAAGCTTATT-AGAA
* ** * * *
23683 ATAAAGTAATACT-ATTCTATTAATATTT--TGAA-TATTAA-TAAGATATTTAAAAAATAAATC
1 ATAAAATAATACTAATT-TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * *
23743 TATTTATCAAACTAGTTTAAATAGTTAAGACTATTTGAGTAATTATTTATTTCAAATCGTTATGA
65 TGTTTACCAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA-CTATTTCAAATCATTATGA
** * * *
23808 TTTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTGTTTATACAA-CATTATTCAG-A
129 -CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGC-TTATT-AGAA
* * * * * * * *
23861 TTAAAA-AATACTAATTTATTAATATTTCAACATTTAATAAGTAAAAAACTTAAAAAATCAATAT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * * * * * * *
23925 GTTTTATCGAACTAGATCAAATAATCATGATTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCATTATGA
66 G-TTTACCAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA-CTATTTCAAATCATTATGA
* *
23990 CCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTA-AGA
129 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTAGA-A
* * * *
24042 ATAAAATAATACTAATTTATTAATAATCCAAAAATTAATAA-TAAAGAGATTTAAATAATGAATT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATT
*** * * * * * * * * *
24106 TGTTTATTGAACAAGTTTAAATAATTATAACCATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCACTGTAA
65 TGTTTACCAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA-CTATTTCAAATCATTATGA
* * * * **
24171 CCTTTTGTTTTGTTATAAAAGAATTTTTCTTGTTCATACAAGCTTATTTCAA
129 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TTATTCATACAAGCTTATTAGAA
* *
24223 ATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TTAAAATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
1 ATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * *** * * * *
24286 TTGTTTACCGAA-TAAGTTCAAATCA-CTATAACTGTTTGTGCAATTATTTATTCCAACTTATTA
64 TTGTTTACCAAACT-AGTTTAAAT-AGTTATGACTATTTGAATAATTA-CTATTTCAAATCATTA
* * *
24349 TGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCA-AA
126 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATT-AGAA
* * * *
24404 TTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATA
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATT
* * * * * * * * *
24469 TGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTCATGATTATTTGAATAATTATCTATTTTAAAGCATAATGG
65 TGTTTACCAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA-CTATTTCAAATCATTATGA
* * * ** * *
24534 CCTTTTCTTTTATAATAAAACAATTGTTTTAGTTCATGTAAGTTTGCTT-GAA
129 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTT-ATTAGAA
* * * * * *
24586 CTAAAATAATACTAATTTACTAATA-TTCTAAAAATTAATTAGTAAAAGAATT--AAAA-AAATC
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* ** *
24647 TATTTACTGAA-TAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTAT
65 TGTTTACCAAACT-AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA-CTATTTC-AAATCATTAT
* * * * * *
24710 GACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGGTCTTGTTCATGCAAGCTTATTTTG-A
127 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTATTCATACAAGCTTA-TTAGAA
* * * *
24764 ATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATACGTAA-AAATTTTAAAAATAAATC
1 ATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-
*** * * * * *
24827 TAT-TTTTTGAATACT--TTTAAATAGTTATCACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTATTA
64 T-TGTTTACCAA-ACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA-CTATTTCAAATCATTA
* * * * *
24889 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCTATTGGTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGA
126 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTATTCATACAAGCTTATTAGAA
* * * *
24944 ATAAAATAATACTAATTTTTTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * *
25009 GTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAA--ATGTGATA
66 GTTTACCAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA-CTATTTCAAATCAT-T-ATG
* * * *
25072 ACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAAATATTTCTGTTATTTCTGTTCATACAAGTTTATTTGAA
128 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC--A-A--T-TG---TTT-TATTCATACAAGCTTATTAGAA
* **
25134 ATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAATTTGGAGATTTAAAAAAT-AATT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * *
25197 TGTTTACCGAA-TAAGTTTAAATAGTCAT-ATCCATTTGAACT-ATTATCTATTTGAAATCATTA
65 TGTTTACCAAACT-AGTTTAAATAGTTATGA-CTATTTGAA-TAATTA-CTATTTCAAATCATTA
* * * * * **
25259 TGACATTTTATATTGTCATAAAACAATTGTTTTTATGCATGCAAAATTATTCA-AA
126 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATACAAGCTTATT-AGAA
* * *
25314 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA-T---AGATTTAAAAACTAGATTT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * * * * *
25375 GTTTACAAAATTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTAAGAT
66 GTTTACCAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA-CTATTTCAAATCATTATGAC
*
25440 C-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAA
130 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTAGAA
* * * * * * *
25490 GTAAAA-ACTTGCTCAA-CTAATAATATTTTAAAAATTAAT---T-AGAGATTTAAAAAATCAAT
1 ATAAAATA-ATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * *
25549 GTGTTTACTAAACCAATTTAAATAGTTAAGGCTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTG
64 TTGTTTACCAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA-CTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * *
25614 ACCTTTTTGTCTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTAATACATGCTTATTTGAA
128 ACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTAGAA
* ** * *
25668 ATAAAATAATGCTCTTTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGA-AGTTTAAAAAAAATAA
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTT--AAAAAATAA
* * * * * * * *
25731 ATATGTTTATCGAACAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTAAAATTATTA
62 ATTTGTTTACCAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA-CTATTTCAAATCATTA
** * * * * * * * *
25796 CAAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCAGTTAATAAAACCTTATCCA-AA
126 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTAT-TAGAA
* * * * * * * *
25851 ATAAAATAATATTACTTTATTAACATTTCAAAACTTGAGAAGCT-GGAGATTTAAAAAATAAATC
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATT
** *** * ** * * * *
25915 AATTTATTGAA-TCAGTTTAAATAATTATTTCCATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCTTTATA
65 TGTTTACCAAACT-AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA-CTATTTCAAATCATTATG
** * *
25979 ATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TCATCATACAAGCCTATTTCG-A
128 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAT--TCATACAAGCTTA-TTAGAA
* * * * ** *
26032 ATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AATATACTTACCGAACT--A--
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA-AAAAATAAATT
* * * *
26090 -G-TT--CAAA-TAGTTATGACTA-TT-TGAAC-AATT--AT-A-TA-T-TT-CAAATCATTATA
65 TGTTTACCAAACTAGTT-TAAATAGTTATG-ACTATTTGAATAATTACTATTTCAAATCATTATG
* * * * *
26140 ACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATT-ATTTACGTTCACACAAGCTTATTTGGA
128 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA--TTCATACAAGCTTATTAGAA
* * ** * * *
26193 ATACAATAATACTAATCTAAAAATATTAT-GAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAATTT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* ** * * * * * * * * **
26257 TTTTTAAAAAACCAATTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATATATTTTAAATTGTTATGA
65 TGTTTACCAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA-CTATTTCAAATCATTATGA
* * * * *
26322 CCTTTTGTTTTGTCCTAAAACAAATGTTTTTGTTCATAGAAGTTTATTCAG-A
129 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATACAAGCTTATT-AGAA
* * * * *
26374 ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-T--GCGATTTAAAAAGTAAATCT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * * * * * * * *
26433 ATTTATCAAATTAATTCAAATAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAAC
66 GTTTACCAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA-CTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * * * *
26498 CATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGAATCTATTGATGCAACCTTATTTGAA
130 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATACAAGCTTATTAGAA
* * * *
26549 ATAAAGTAATGCTAATTTGTTAATA-TCCTAAAAATTAATAAGTAACG-GATTTAAAAAATAAAT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAAT
* ** ** ** * * * * * *
26612 ATGTTGGCCTGA-TCAGTACAAATAGTTATAATTGTTTGAACAATTATCCATTTCAAAGT-GTTA
64 TTGTTTACCAAACT-AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA-CTATTTCAAA-TCATTA
* * * * * *
26675 T-A-ATTAATTGTTTTGTTACAAAACAATTGGTTTTGA--CAGTACAAG-TTGACTCGGA
126 TGACCTT--TTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTT-ATTCA-TACAAGCTT-ATTAGAA
** * * * * *
26730 ATAATGTAA-ATCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGATATTTAAAAACTAAATC
1 ATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* *** * * * * *
26794 TGCTTA-TTGATTAAGTTCAAATAGTTATGACTCTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATT
65 TGTTTACCAAACT-AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA-CTATTTCAAATCATTATG
* * * * * **
26858 ACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTTTTTCTTTTCATACAAGCATATTTCAA
128 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTAGAA
* * * * * * * *
26911 TTGAAATAATACAAATTTATTAATA-TTCAAACAACTATTTAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATC
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * * * *
26974 TATTTACTAAA-TAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAACCGTTATG
65 TGTTTACCAAACT-AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA-CTATTTCAAATCATTATG
* * * * *
27038 A--TTTTTTTTTGTCATAAAACGATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGA
128 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATACAAGCTTATTAGAA
* * * **** * ** *
27089 TTAAAATAATATTAATTTATTAACATTTTGCCAATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAATAAATAT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * * * * * * *
27154 ATTTACTAAACAAGTTTTAATAGTCATAACTACTTCAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGAC
66 GTTTACCAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA-CTATTTCAAATCATTATGAC
** * * ** * *
27219 CTTTTGTTTCATCATAAAATAATTGAATCAATTCATATAGGCTTATTCA-AA
130 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATACAAGCTTATT-AGAA
* * * * * *
27270 ATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAATATGAATAT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
* *** * * * * * *
27335 ATTTATTGAACAAGCTCAAATAGTTATAACTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGA
66 GTTTACCAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA-CTATTTCAAATCA-TTATGA
* * * * * *
27399 TCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGA
129 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTAGAA
* * *
27451 ATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAGGCAAGAGATTTAAAAAAGAAATA
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-
* * * * * * *
27515 TT-TTTACCAAA-TAAGTTCAAATTGTCATGTCTATTTGAAAAATTATCGATTTCAAATCGTTAT
64 TTGTTTACCAAACT-AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA-CTATTTCAAATCATTAT
* * * * ** *
27578 GATCTTTTGTTTTGTCAGAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAAATTGTTTAG-A
127 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATACAAGCTT-ATTAGAA
* * ** *
27632 ATAAAATAATACTAATTCATTAAGATTTTGAAAATTAATAAG--AGTA-A--TAAAAACT-AATT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATT
* *** ** * *
27691 CTATTTATTGAACTAAATCAAATAGTTATGACTTTTTGAATAATTA-TATATCTCAAATCATTAT
65 -TGTTTACCAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTACTAT-T-TCAAATCATTAT
* * ** * *
27755 GATC-TTTATTTTGTCATTGGAA-AATTGTTTCTTTTCATATAAGCTTATTCAG-A
127 GACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATT-AGAA
* * * * * * * * * * * *
27808 TTAAGATAATACTAATTTAATAATA---C-CAAATAAATGAGT-TGTG-CTGAACCAATTCAAA-
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA-AAAAT-AAAT
* * * * * * *
27866 TCG-TTA--AGACT-G-----ATAG--A--ACAATTAT-C--------TATTTCAAATCGTTCTA
64 TTGTTTACCAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATT-TGAATAATTACTATTTCAAATCATTATG
* * * * *
27909 ACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAA
128 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTAGAA
* *
27962 ATAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATATAAAAAAAATAAA
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGAT-T-TAAAAAATAAA
* * * * * * * * * * * * *
28026 TATGTTTATCGAACAAGCTCAAATAGATATGGCCATCTCAATAATTATCTATTTTAAATCCTTAT
63 TTTGTTTACCAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA-CTATTTCAAATCATTAT
* * * * * * * *
28091 TACCTTTTGTTTAGTCATATAGCAATTATTTTTTATCATACAAGGTTGTTCAG-A
127 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAT-TCATACAAGCTTATT-AGAA
* * *
28145 ATAAAATAATACTAATTGATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * * *
28210 ATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATT
66 GTTTACCAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
28253 GTATACTTCA
Statistics
Matches: 4100, Mismatches: 930, Indels: 540
0.74 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
153 16 0.00
154 55 0.01
155 3 0.00
156 1 0.00
158 10 0.00
159 2 0.00
160 9 0.00
161 82 0.02
162 13 0.00
163 6 0.00
164 10 0.00
165 3 0.00
166 5 0.00
167 1 0.00
169 6 0.00
170 11 0.00
171 13 0.00
172 19 0.00
173 7 0.00
174 11 0.00
175 143 0.03
176 213 0.05
177 213 0.05
178 320 0.08
179 113 0.03
180 459 0.11
181 1378 0.34
182 370 0.09
183 241 0.06
184 76 0.02
185 2 0.00
186 9 0.00
187 130 0.03
188 6 0.00
189 72 0.02
190 70 0.02
191 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
GTTTACCAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTACTATTTCAAATCATTATGACC
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATACAAGCTTATTAGAA
Found at i:24897 original size:721 final size:711
Alignment explanation
Indices: 22772--28272 Score: 3497
Period size: 721 Copynumber: 7.7 Consensus size: 711
22762 TTGTTCTGTT
* * * * * * *
22772 ATAAAATAGTACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATTAATCT
1 ATAAAATAATA-TAATTTATTAATATT-AAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * * * * * * *
22837 GTTTGTCGAAGCAA-TTCAAACAATTA-AGACTATATGAACAATTATCTACTTT-AAATCATTAA
64 GTTT-ACCAAACAAGTTTAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATTTA-TTTCAAATCATTAT
* *
22899 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAGAATAAT
126 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCAAAT--AA-AAT
* * * * * * *
22963 AACAATAATAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAGGTA-ATTTATAAAGTGAACT-TGT
186 ---AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAAT-AAATATAT
* *** ** * * *
23026 TTA-CTAAATCAA-TTCAAATAATTATGGCCATTCCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTAC
246 TTATC-AAA-CAAGTTCAAATAGTTAT-ATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAT
* * * ** * ** *
23089 CTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTATTTA-AACATTCAATCTTATTAGAAATAAAATAATACT
308 ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTTAGTTCATACAAGATTATTCG-AATAAAATAATACT
* *
23153 AATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTA
371 AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAA-AAATCTATTTACCGAA-TA
* * * * * * * *
23218 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAGTT-GCAAACTTCAAATCCTTATAACTTTTTGTATTGT
431 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGT
* * *
23282 CATAAAATAATTATTTTGTTCACACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATAT
495 CATAAAACAATTGTTTTGTTCATACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATACTAATCTAATAATAT
* * * * * * *
23346 TCCAAAAATTAATAACAAAGAGAATCAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACCAGTTTAAATATTTA
559 TTCAAAAATTAAT-ATAAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAAACAGTTTAAATAGTTA
* * * * * * *
23411 AGACTATATGAATAATTATCAATTTCAAACCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAAGTT-
622 AGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAA-TTG
* **
23475 TTTTTGAATTCATACTAGCTTATTTGGA
686 TTTTTG--TTCATACAAGCTTATTTCAA
* * ** *
23503 ATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTT-AAAAATAATTTT
1 ATAAAATAATAT-AATTTATTAATA-TTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * * * *
23567 GTTTACCTAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATGTATTTCAAATCGTTATAAC
64 GTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAAC
** * * * * * *
23632 CTTTAATTTTGTCATAAAACAAA-TGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAGAATAAAGTAATACT
129 CTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACT
** * * * *
23696 -ATTCTATTAATATTT--TGAA-TATTAA-TAAGATATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACT
192 AATT-TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACA
* * * * * * *
23756 AGTTTAAATAGTTAAGACTATTTGAGTAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATTTTTTTGTTTTG
256 AGTTCAAATAGTT-ATATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-TATTTTGTTTTG
* * * *
23821 TTATAAAACAATTGTTTCT-GTTTATACAACATTATTCAGATTAAAA-AATACTAATTTATTAAT
319 TCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGATTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * *
23884 ATTTCAACATTTAATAAGTAAAAAACTT-AAAAAATCAATATGTTTTATCGAACTAGATCAAATA
382 ATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATC--TA---TTTACCGAA-TAGTTCAAATA
* * * * * * * *
23948 ATCATGATTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAA
440 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* ** * * * *
24013 TTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTAAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATCCAAAAATT
505 TTGTTTT-GTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATT
* * * * *
24078 AATAATAAAGAGATTTAAATAATGAATTTGTTTATTG-AACAAGTTTAAATAATTATA-ACCATT
569 AAT-ATAAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAAAC-AGTTTAAATAGTTA-AGACTATT
* * * * *
24141 TGAACAATTATCTATTTGAAATCACTGTAACCTTTTGTTTTGTTATAAAAGAATT-TTTCTTGTT
630 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTT-TTGTT
24205 CATACAAGCTTATTTCAA
694 CATACAAGCTTATTTCAA
24223 ATAAAATAATATAAATTTATTAATATTAAAATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTT
1 ATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTAAAA-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * * * ** * * * *
24288 GTTTACCGAATAAGTTCAAATCA-CTATAACTGTTTGTGCAATTATTTATTCCAACTTATTATGA
64 GTTTACCAAACAAGTTTAAAT-AGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAA
* *
24352 CTTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAATTAAAATAATACT
128 CCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAA-TAAAATAATACT
* * *
24417 AATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTATCAAACA
192 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATATTTATCAAACA
* * * * *** * *
24482 AGTTCAAATAGTCATGATTATTTGAATAATTATCTATTTTAAAGCATAATGGCCTTTTCTTTTAT
256 AGTTCAAATAGTTAT-ATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGT
* ** * * *
24547 AATAAAACAATTGTTTTAGTTCATGTAAGTTTGCTT-GAACTAAAATAATACTAATTTACTAATA
320 CATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGATT-ATTCGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * *
24611 TTCTAAAAATTAATTAGTAAAAGAATTAAAAAAATCTATTTACTGAATAAGTTTAAATAGTTATG
383 TT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATCTATTTACCGAAT-AGTTCAAATAGTTATG
*
24676 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGGT
446 ACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GT
* * * * *
24740 CTTGTTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
509 TTTGTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACT-AATCTAATAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * ** *
24804 CGTAAAA-ATTTTAAAAATAAATCTATTTTTTGAATAC-TTTTAAATAGTTATCACTATTTAAAC
573 --TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAA-ACAGTTTAAATAGTTAAGACTATTTGAAC
* * *** * * *
24867 AATTATTTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCTATTGGTTCTATTCATACA
635 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTTTGTTCATACA
**
24932 AGCTTATTTGGA
700 AGCTTATTTCAA
* * *
24944 ATAAAATAATACTAATTTTTTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTT
1 ATAAAATAATA-TAATTTATTAATATT-AAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTT
* * *
25009 GTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAA--ATGTGATA
64 GTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCAT-T-ATA
* * * *
25072 ACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAAATATTTCTGTTATTTCTGTTCATACAAGTTTATTTGAAATA
127 ACCTTTTGTTTTGTCAT-AAA-AAA-A--T-TG---TTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATA
* ** * *
25137 AAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAATTTGGAGATTTAAAAAAT-AATTTGT
182 AAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATAT
* * * * * * * *
25200 TTACCGAATAAGTTTAAATAGTCATATCCATTTGAACT-ATTATCTATTTGAAATCATTATGACA
246 TTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAT-TATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATGATA
* * * * * *
25264 TTTTATATTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TGCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTA
309 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTAGTTCATACAAGATTATTC-GAATAAAATAATACTA
* * **
25328 ATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA-T---AGATTTAAAAACTAGATTTGTTTACAAAATTAG
372 ATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA--A-ATCTATTTACCGAA-TAG
* * *
25389 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTAAGA-TCTTTGTTTTGTCA
432 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCA
* * * *
25453 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAAGTAAAA-ACTTGCTCAA-CTAATAATA
497 TAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTTGAA-TAAAATA-ATACT-AATCTAATAATA
* * * * * *
25515 TTTTAAAAATTAAT-T-AGAGATTTAAAAAATCAATGTGTTTACT-AAACCAATTTAAATAGTTA
558 TTTCAAAAATTAATATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAAA-CAGTTTAAATAGTTA
* * * * * *
25577 AGGCTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTTGTCTAGTCATAAAATAATTG
622 AGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTG
** * * *
25642 TTTCAGTTAATACATGCTTATTTGAA
686 TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTCAA
* ** * *
25668 ATAAAATAATGCTCTTTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAG-TTTAAAAAAAATAAA
1 ATAAAATAAT-ATAATTTATTAATATT-AAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTT--AAAAAATAAA
* * * * * * * * * * *
25732 TATGTTTATCGAACAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTAAAATTATTAC
61 TTTGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTAT
* * * * * * * *
25797 AAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTC-AGTTAATAAAACCTTATCCAAAATAAAATAAT
126 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAAT
* * * * * * * *
25861 ATTACTTTATTAACATTTCAAAACTTGAGAAGCT-GGAGATTTAAAAAATAAATCA-ATTTATTG
189 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT-ATATTTA-TC
* * * * * *
25924 AATC-AGTTTAAATAATTAT-TTCCATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCTTTATAATATTTTG
251 AAACAAGTTCAAATAGTTATATT--ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATATTTTG
*** ** *
25987 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCCTATTTCGAATAAAATAATGCTAATTTAT
314 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGATTA-TTCGAATAAAATAATACTAATTTAT
*
26052 TAATATTTCAAAAA-T--TAA-T-A-A-A--T------A--TACTTACCGAACTAGTTCAAATAG
378 TAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATCTATTTACCGAA-TAGTTCAAATAG
* * * *
26100 TTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAAT
441 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * * * *
26165 TATTTACGTTCACACAAGCTTATTTGGAATACAATAATACTAATCTAAAAATATTAT-GAAAATT
506 TGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATT-TCAAAAATT
* * * * ** * * * *
26229 AATAACTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTTTTTA-AAAAACCAATTCAAATAGTTAAGGCTATAT
569 AAT-A-TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAAA-CAGTTTAAATAGTTAAGACTATTT
* * * ** * * *
26293 GAATAATTATATATTTTAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCCTAAAACAAATGTTTTTGTTCA
631 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTTTGTTCA
* *
26358 TAGAAGTTTA-TTCAGA
696 TACAAGCTTATTTCA-A
* * * *
26374 ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT--G----CGATTTAAAAAGTAAATCT
1 ATAAAATAATA-TAATTTATTAATA-TTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * * *
26433 ATTTATCAAATTAA-TTCAAATAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAA
64 GTTTACCAAA-CAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAA
* * ** * * * * * *
26497 CCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGAATCTATTGATGCAACCTTATTTGAAATAAAGTAATGCT
128 CCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACT
* * * *** * *
26562 AATTTGTTAATA-TCCTAAAAATTAATAAGTAACG-GATTTAAAAAATAAATATGTTGGCCTGAT
192 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATATATTTATC-AAA
* * * * *
26625 C-AGTACAAATAGTTATAATTGTTTGAACAATTATCCATTTCAAAGT-GTTAT-A-ATTAATTGT
254 CAAGTTCAAATAGTTAT-ATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGATATT--TTGT
* * * * **
26686 TTTGTTACAAAACAATTGGTTTT-G-ACAGTACAAG-TTGACTCGGAATAATGTAA-ATCTAATT
315 TTTGTCATAAAACAATT-GTTTTAGTTCA-TACAAGATT-ATTC-GAATAAAATAATA-CTAATT
* * * ** ** *
26747 TATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGATATTTAAAAACTAAATCTGCTTATTGATTAAGTTC
375 TATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAA--AAATCTATTTACCGAAT-AGTTC
* * * *
26812 AAATAGTTATGACTCTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTATCATAA
435 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * * * *
26877 AATAATTTTTTCTTTTCATACAAGCATA-TTTCAATTGAAATAATACAAATTTATTAATA-TTCA
500 AACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTTGAA-TAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCA
* * * * * * *
26940 AACAACTATTTAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACT-AAATAAGTTCAAATAGTTATG
563 AA-AATTA-ATA-TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAAA-CAGTTTAAATAGTTAAG
* * * * *
27003 ATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAACCGTTATGA--TTTTTTTTTGTCATAAAACG-ATTGTT
624 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-GAATTGTT
*
27065 TTTGTTCATACAAGCTTA-TTCGGA
688 TTTGTTCATACAAGCTTATTTC-AA
* * **** ** *
27089 TTAAAATAATATTAATTTATTAACATTTTGCCAATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAATAAATAT
1 ATAAAATAATA-TAATTTATTAATA-TTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * * * * * * * *
27154 ATTTACTAAACAAGTTTTAATAGTCATAACTACTTCAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGAC
64 GTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAAC
** * ** * * * *
27219 CTTTTGTTTCATCATAAAATAATTGAATCAATTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATTCTA
129 CTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTA
* * * * **
27284 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAATATGAATATATTTATTGAACAAG
193 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACAAG
* * * * * * *
27349 CTCAAATAGTTATAACTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTATTTTATC
258 TTCAAATAGTTAT-ATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGATATTTTGTTTTGTC
* *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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** * * * * **
27606 TTTTTGTTCATACAAAATTGTTTAGAATAAAATAATACTAAT-TCATTAAGATTTTGAAAATT-A
508 -TTTTGTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATCT-AATAATATTTCAAAAATTAA
* * * * * ** * * *
27669 -ATAAGAG-TAATAAAAACTAATTCTATTTATTG-AACTAAATCAAATAGTTATGACTTTTTGAA
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* * * * * **
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* *
27793 ATAAGCTTA-TTCAG
697 ACAAGCTTATTTCAA
* * ** * *
27807 AT----TAAGATAA--TACTAAT-TT----AA-TAAT-A--CCAA-A--T---AAAT-GAGTTG-
1 ATAAAATAATATAATTTATTAATATTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGT
* * * * * * * * *
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* * * * *
27910 CTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
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* * * *
27975 AATTTATTAA-AATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATATAAAAAAAATAAATATGTTTATCGAA
192 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGAT-T-TAAAAAATAAATATATTTATCAAA
* * *** * * * * * ** *
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254 CAAGTTCAAATAGTTAT-ATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTT
* * * * * * *
28104 GTCATATAGCAATTATTTT-TTATCATACAAGGTTGTTCAGAATAAAATAATACTAATTGATTAA
318 GTCATAAAACAATTGTTTTAGT-TCATACAAGATTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * *
28168 TCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACCAGTTCAAATAG
381 TATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAA-AAATCTATTTACCGAA-TAGTTCAAATAG
* * * *
28233 TTATGATTATTTGAACAATTGTATACTTCAAATCAATTAT
441 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-ATTAT
28273 TTAAAAAATA
Statistics
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Found at i:24998 original size:540 final size:540
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* *
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* * * * * * *
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* * * * * ** *
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* * * *** * *
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* * *
23157 TATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CCAA-ACTAGT
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* * **** * * * * *
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* * * * *
23285 AAAATAATTATTT-TGTTCACACAAGCTTATTTGAA
505 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGA
* * * * * * *
23320 ATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAA-CAAAGAGAATCAAAAAATAAATT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATA
*** * * * * * * * *
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65 TGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * *
23449 CCTTTTATTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTGAATTCATACT-AGCTTATTTGGAATAAAATAA-
130 CCTTTTGTTTTATCATAAAATAA-TTGTTTT-AGTTCATA-TAAGCTTATTTAGAATAAAATAAT
* *
23512 AATGAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTT-AAAAATAATTTTGTTTACCT
192 ACT-AATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA-TTTGTTTA-CT
* * * * * **
23575 -AACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATGTATTTCAAATCGTTATAACCTTTAAT
253 GAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * * *
23639 TTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAGAATAAAGTAATACT-ATTCTAT
318 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATT-TAT
** * * * *
23703 TAATATTTTGAATATTAATA--AGATATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCAA-ACTAGTTTAAA
382 TAATATTTCAAAAATTAATAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATTCAATACT--TTCAAA
* ** * ** *
23764 TAGTTAAGACTATTTGAGTAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATTTTTTTGTTTTGTTATAAAA
445 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * **
23829 CAATTGTTTCTGTTTATACAA-CATTATTCAGA
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* * * * * *
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1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATAT
* * * * * * * * *
23925 GTTTTATCGAACTAGATCAAATAATCATGATTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCATTATGA
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* * *
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* * * *
24055 AATTTATTAATAATCCAAAAATTAATAA-TAAAGAGATTTAAATAATGAATTTGTTTATTGAACA
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* * * * * * *
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258 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* *
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323 CATAAAACAATTGTTT-TTGTTCATACAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATACT-AATTTATTAA
* * * * **
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385 TATTTCAAA-AATTAAT-AGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTATTC-AATACTTTCAAAT
* * * ** * * * * *
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446 -AGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* **
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*
24403 ATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAAT
1 A-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAAT
* * * * * *
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64 ATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * **
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129 ACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTAGAA-TAAAATAATA
* * * * * * *
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* *
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* * * * *
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* * * *
24788 ATTTCAAAAATTAATACGTAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTTTTGAATACTTTTAAATAGTT
386 ATTTCAAAAATTAATA-GTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATTCAATACTTTCAAATAGTT
* * * * *
24853 ATCACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCTATTG
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*
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* * * *
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* * * *
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* **
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* * * *
25391 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTAAGATC-TTTGTTTTGTCATA
441 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
*
25455 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGA
506 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGA
* * * * * * *
25489 AGTAAAA-ACTTGCTCAA-CTAATAATATTTTAAAAATTAAT---T-AGAGATTTAAAAAATCAA
1 A-TAAAATA-ATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * *
25548 TGTGTTTACTAAACCAA-TTTAAATAGTTAAGGCTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTT
63 TATGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * *
25612 TGACCTTTT-TGTCTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTAATACATGCTTATTT-GAAATAAAAT
127 TGACCTTTTGT-TTTA-TCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTAG-AATAAAAT
* ** * * * *
25675 AATGCTCTTTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGA-AGTTTAAAAAAAATAAATATGTTT
189 AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTT--AAAAAAT-AATTTGTTT
* * * * * ** *
25739 A-TCGAACAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTAAAATTATTACAAACTT
250 ACT-GAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
* * ** * * * ** * * *
25803 TTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCAGTTAATAAAACCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTT
314 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATT
* * ** * * * *
25868 TATTAACATTTCAAAACTTGAGA-AGCTGGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATTGAATCAGTT
379 TATTAATATTTCAAAAATT-A-ATAG-TAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATTCAAT-ACTT
* ** * * * * * **
25932 T-AAATAATTATTTCCATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCTTTATAATATTTTGTTTTGTCAT
440 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * *
25996 AAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTTCGA
505 AAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGGA
*
26032 ATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTC--AAA--AAT---T---A-A--T---AAAT--ATA-
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATAT
* * * * * *
26078 -CTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAAC
66 GTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * * * *
26142 CTTTTGTTTTGTAATAAAACAATT-ATTTACGTTCACACAAGCTTATTTGGAATACAATAATACT
131 CTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTTA-GTTCATATAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT
* ** * * * * ***
26206 AATCTAAAAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTTTTTAAAAAACCA
195 AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA-TTTGTTTACTGAA-CA
* * * * * * * **
26271 A-TTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATATATTTTAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGT
258 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * *
26335 CCTAAAACAAATGTTTTTGTTCATAGAAGTTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
323 CATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* ** * *
26400 TTTAAAAATTAAT-G---CGATTTAAAAAGTAAATCTATTTA-TCAAATTA-ATTCAAATAGTTA
388 TTCAAAAATTAATAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATTC-AA-TACTTTCAAATAGTTA
* * * * * *
26459 TAACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGA
451 TGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * *
26524 ATCTATTGATGCAACCTTATTTGAA
516 TTCTATTCATACAAGCTTATTTGGA
* * * * **
26549 ATAAAGTAATGCTAATTTGTTAATA-TCCTAAAAATTAATAAGTAACGGATTTAAAAAATAAATA
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
** * * * * * * * * *
26613 TGTTGGCCTGATC-AGTACAAATAGTTATAATTGTTTGAACAATTATCCATTTCAAAGT-GTTAT
65 TGTTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCATTAT
* * * * * * * * ** **
26676 -A-ATTAATTGTTTTGTTACAAAACAATTGGTTTT-G-ACAGTACAAG-TTGACTCGGAATAATG
128 GACCTT--TTGTTTTATCATAAAATAATT-GTTTTAGTTCA-TATAAGCTT-ATTTAGAATAAAA
* * * * * *
26736 TAA-ATCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGATATTTAAAAACTAAATCTGCTTA
188 TAATA-CTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTGTTTA
* ** * * *
26800 TTGATTAAGTTCAAATAGTTATGACTCTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTT
251 CTGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * * * *
26865 GTTTTATCATAAAATAATT-TTTTCTTTTCATACAAGCATATTTCA-ATTGAAATAATACAAATT
316 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TGTTCATACAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATACTAATT
* * * * **
26928 TATTAATA-TTCAAACAACTATTTAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACTAAATAAGTT
379 TATTAATATTTCAAA-AATTA-ATAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTATTCAATACTTT
* * * *
26991 CAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAACCGTTATGA--TTTTTTTTTGTCATA
441 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * *
27054 AAACGATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGA
506 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGA
* * * **** **
27089 TTAAAATAATATTAATTTATTAACATTTTGCCAATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAATAAATAT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATAT
* * ** * * * * *
27154 ATTTACTAAACAAGTTTTAATAGTCATAACTACTTCAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGAC
66 GTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* ** * * * * * *
27219 CTTTTGTTTCATCATAAAATAATTGAATCAATTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATTCTA
131 CTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTA
* * * * * *
27284 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAATATGAATATATTTATTGAACAAG
196 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTGTTTACTGAACAAG
* * * * * * * * *
27349 CTCAAATAGTTATAACTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTATTTTATC
260 TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * *
27413 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-T
324 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * ** * *
27477 TCTAAAAATTAATAGGCAAGAGATTTAAAAAAGAAATATTTTTA-CCAAATAAGTTCAAATTGTC
389 TC-AAAAATTAATA-GTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTATTC-AATACTTTCAAATAGTT
* * ** * * * *
27541 ATGTCTATTTGAAAAATTATCGATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCAGAAAATAATTG
450 ATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * ** * *
27606 TTTTTGTTCATACAAAATTGTTTAGA
515 TTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGA
* * ** ** * * *
27632 ATAAAATAATACTAATTCATTAAGATTTTGAAAATTAATAAG-AGTA-A--TAAAAACTAATTCT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATAT
* *** * * * *
27693 ATTTATTGAACTAA-ATCAAATAGTTATGACTTTTTGAATAATTATATATCTCAAATCATTATGA
66 GTTTACCAAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * ** * * * *
27757 TC-TTTATTTTGTCATTGGAA-AATTGTTTCT-TTTCATATAAGCTTATTCAGATTAAGATAATA
130 CCTTTTGTTTTATCA-TAAAATAATTGTTT-TAGTTCATATAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA
* * *
27819 CTAATTTAATAATA--C--CAAA-T-A-AA-T--GAG--------------TTG--TGCTGAACC
193 CTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTGTTTACTGAA-C
* * * * * * * * *
27858 AA-TTCAAATCGTTAAGACTGA-TAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACTTTTTGTTTA
257 AAGTTTAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* *** *
27921 GTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
321 GTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
* ** * * * ***
27985 -AATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATATAAAAAAAATAAATATGTTTA-TCGAACAAGCTCAA
385 TATTTC-AAAAATTAAT-AGTAA-A-A-ATTTAAAAAATAAATCTATTTATTC-AATACTTTCAA
* * * * * * * * * * * * *
28048 ATAGATATGGCCATCTCAATAATTATCTATTTTAAATCCTTATTACCTTTTGTTTAGTCATATAG
444 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * **
28113 CAATTATTT-TTTATCATACAAGGTTGTTCAGA
509 CAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTTGGA
* * *
28145 ATAAAATAATACTAATTGATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATAT
* * * * * * *
28210 ATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTGTATACTTCAAATCAATTAT
66 GTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC-ATTAT
28273 TTAAAAAATA
Statistics
Matches: 3928, Mismatches: 833, Indels: 414
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
510 4 0.00
511 122 0.03
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551 1 0.00
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Consensus pattern (540 bp):
ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATAT
GTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
CTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTA
ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTGTTTACTGAACAAGT
TTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
AAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
AAAAATTAATAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATTCAATACTTTCAAATAGTTATGACT
ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
TTCATACAAGCTTATTTGGA
Found at i:28193 original size:183 final size:181
Alignment explanation
Indices: 27885--28237 Score: 451
Period size: 183 Copynumber: 1.9 Consensus size: 181
27875 CTGATAGAAC
* * *
27885 AATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCCTTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACA
*
27950 AGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATATA
66 AGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTGATTAAAATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGAT-T-
* * *
28015 AAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGCTCAAATAGATATGGCCATCTCAAT
129 AAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGCTCAAATAGATATGGCCATCTCAAT
* * * * **
28068 AATTATCTATTTTAAATCCTTATTACCTTTTGTTTAGTCATATAGCAATTATTT-TTTATCATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCCTTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAAT-TCATAC
* * **
28132 AAGGTTGTTC-AGAATAAAATAATACTAATTGATTAATCTTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGAT
65 AAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTGATTAA-AATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * *
28195 TTAAAAAATAAATATATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATG
128 TAAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGCTCAAATAGATATG
28238 ATTATTTGAA
Statistics
Matches: 146, Mismatches: 21, Indels: 8
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
181 35 0.24
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ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.08, T:0.37
Consensus pattern (181 bp):
AATTATCTATTTCAAATCCTTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACA
AGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTGATTAAAATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTAA
AAAAATAAATATATTTACCAAACAAGCTCAAATAGATATGGCCATCTCAAT
Found at i:29828 original size:182 final size:180
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Indices: 29569--32465 Score: 1911
Period size: 182 Copynumber: 16.1 Consensus size: 180
29559 AAATTTTAAA
* * * * *
29569 AAAATAATTTTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAACACAAATTTATTAATA-TT
1 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
29632 -AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATCA-T
65 CAA-A-AATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAAT-AGT
* * * * ** *
29695 TATGATTATTTATGCAATTATTTATTTCAACTTGTTATGACTTTTTATTTTGTCAT
126 TATGACTATTTA-ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCAT
* * ** * *
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1 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * * * *
29816 AACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATATTTTTACTAAAAAAGTTCAAATAGTCATG
66 AAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATG
* * ** * *
29881 ACCT-TTAAATAATTATCTATTTCAAATCACAATGACCTTTTCTTTTG-CAAT
130 A-CTATTTAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTC-AT
* * * * * ** *
29932 AAAACAATTGTTT-TAGTTCTTATAGGTTTGTTTGAACTAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
1 AAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * *
29996 CAAAAATTAATTAGTAAGAGAATTTAAAAAA-GAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTAT
65 CAAAAATTAATAAGTAAAAG-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTAT
* * *
30060 GATTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGATTTTTTGTTTTGTCAT
129 GACTAT-TTAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCAT
* * * *** * *
30113 AAAACAATTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTC
1 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT
* * * * * * *
30177 CAAAAATTAATAAGTAAAA-TTTTTAAAAATAAATCTATTTTCTAAACACGTTTAAATAGTTATG
65 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATG
* *
30241 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCCT
130 ACTATTT-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * *
30293 AAACCCATTGTTTCTATTCACAAAAGCTTAATT-ATAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTC
1 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT-ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * *
30357 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTACGGAGTGAGTTCAAATAGTTATG
65 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATG
* * * ** * * *
30422 ACTATTTAAATAATTATTTATTTCAATTTGTTATAATCTTTTTGTTTTATCTT
130 ACTATTT-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTTGTTTTGTCAT
* ** ** * *
30475 AAAACAATTGTTCCTATTCATACAAATTTATTTGAAATAAAATAATTCTACTTTATTAATA-TTC
1 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * ** * * ** * * * *
30539 TAAAATTTAATAATTTGAAGATTTAAAAAATAAATCAACTTACCAAATAAGTTTAAACAATCAT-
66 -AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * * *
30603 ATCCATTTAAACTATTATATATTTTAGATCGTTATGACATTTTATTTTGTCGT
130 A-CTATTT-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCAT
** * * ** *
30656 AAAACGTTTGTTTTTATTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC
1 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* ** * * * * ** * * *
30721 AAAAA-T--TAA-TAAAAGATTTAGAAGCTAATTTTGTTTGCAAAATCATTTCAAATAATTATGA
66 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGA
* * ** *
30782 CTATTTAAACAATTATTTATCTCAAATCGCTATGA-TCTTTGTTTTGTCAT
131 CTATTT-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCAT
** * * * * * ** * *
30832 AAAACAATTGTTTCGGTACATACAAGCTTATTCAGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATTTT
1 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * * * * **
30897 AAAACTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATCAATGTGTTTATTGAACCAGTTC-AATAGTTAAT-
66 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTT-ATG
* * * * * ** *
30960 ACTATTAGAATAATTATCTATTCCAAATCATTCTGACATTTTGTTTAATTAT
130 ACTATT-TAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCAT
* * * ** *
31012 AAAATAATTGTTTC-AGTTCATACATGCTTATTTAAAATAAAATAATACTCTTTTATTAACA-TT
1 AAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * *
31075 CAAAAAATTAATAAATAAGAA-ATTTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGT
65 C-AAAAATTAATAAGTAA-AAGA-TTT-AAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAGT
* * * *
31139 TATGAATATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTAT-ACCCTTTTGTTTTATCAT
126 TATGACTATTT-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * *
31195 AAAATAATTATTT-TAGTTCATAAAAGCTTA-TAAAAAT-AAATAATATTACTTTATTAATATTT
1 AAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * * * * *
31257 CAAAAATTGAGAAGTTAGAGATTTAAAAATTAAAT-AAGTTTATTGAATCAGTTCAAATAATTAT
65 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTAT
*
31321 -ATCTATTTGAACAATTATTTA-TTCAAAT-ATTTATGA-TCTTTTGTTTTGTCAT
129 GA-CTATTT-AACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACT-TTTTGTTTTGTCAT
* * * * * **
31373 AAAATAATTTTTTTTCA-TCATACAAACTTGTTCTGAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTT
1 AAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* ** *
31436 CAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATATGCTTA-TCGAACT-AGTTCAAATAGCTA
65 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAA-TAAGTTCAAATAGTTA
* * * *
31495 TGATTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCACATTATAACATTTTGTTTTGTCAT
128 TGACTATTT-AACAATTATCTATTTCAAAT--CATTATGACTTTTTGTTTTGTCAT
* * * * ** * *
31551 AAAACAATTATTTATGTTCATACAAACTTATTCTGAATACAATAATACTAATTTAATAATATTAT
1 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-T
* ** * * * ** * *
31616 -AAAAATTAATAACTAAGTGATTTAAAAACT-AATTTTTTTGTTGAACCAA-TTCAAATAGTTAA
65 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-TAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * *
31678 GGCTATATGAATAATTATCTATTTGAAACCGTTAATG--TTTTTGTTCTGTCAT
129 GACTAT-TTAACAATTATCTATTTCAAATCATT-ATGACTTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * *** * *
31730 AAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTT
1 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * * * *
31795 GATAATTAATAAG----AGATTTAAAAAGTAAATCTATTTA-TCAA-ACCAGTTAAAATACTTAT
66 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATA--AGTTCAAATAGTTAT
* * * * *
31854 AACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAACTATTTGTTTTGTCAT
129 GACTATTT-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * *
31907 AAAATAATTTTTTTTCTATTGATACAATCTTATTCAAAATAAAGTAATGCTAATTTTTTAATA-T
1 AAAACAA--TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * * *
31971 CCTAGAAATTAATAAGT-AACGAATTTAAAAAATGAATATGTTAGACTG-ACAAGTAT-AAATAG
64 TC-AAAAATTAATAAGTAAAAG-ATTTAAAAAATAAATCTATT-TACTGAATAAGT-TCAAATAG
* * * * * * ***
32033 TTATAACTATTTGAACAGTTATCTATTTTAAATCACTATAACCTTTTGTCCGGTCAT
125 TTATGACTATTT-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCAT
* * *
32090 AAAATAATTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AATTAAAATAATA-TAAATTTATTAATAT
1 AAAACAA-TTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAT
* * * * * *
32153 TT-AGACAACTAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TCAAATAAGTTCAAATAGT
63 TTCA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAATAAGTTCAAATAGT
* * *
32216 TATGACTATTTGAACAATTATTTTTTTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCAT
126 TATGACTATTT-AACAATTA-TCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCAT
* * * *** * * *
32273 AAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTT
1 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * * * * * * * * * * *
32338 GAGAATTAATAAGTAAAATATTTTAAATATAAATATATTTACTAAACAATTTCTAATTGTCATAA
66 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGA
* ** * * *
32403 CTACTTGAGTAATTATCTATTTCAAATCATTTATAAACATTTTGTTTTATCAT
131 CTA-TTTAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTAT-GACTTTTTGTTTTGTCAT
*
32456 AACA-AATTGT
1 AAAACAATTGT
32466 ATAAATCCTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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174 1 0.00
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185 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGA
CTATTTAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCAT
Found at i:31069 original size:719 final size:706
Alignment explanation
Indices: 29569--32353 Score: 2011
Period size: 719 Copynumber: 3.9 Consensus size: 706
29559 AAATTTTAAA
* * * * * *
29569 AAAATAATTTTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAACACAAATTTATTAATATT-A
1 AAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCA
* *
29633 AGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATCA-TTA
66 A-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATCTTTTTACCGAATAAGTTCAAAT-AGTTA
* ** * * *
29697 TGATTATTTATGCAATTATTTATTTCAACTTGTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTAT
128 TGAATATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTAT-ACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTA-
* * * * * * *
29762 TTCTATTCATACAAGTTTATTCGGACTAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAACAATTAATA
191 TTCTATTCATACAAATTTATTAGAAATAAAATAATTCTACTTTATTAATATTTCAA-AATTAATA
* * * *
29827 AGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATATTTTTACTAAAAAAGTTCAAATAGTCATGA-CC-TTTAAA
255 AGT-TAAGA-TTTAAAAAATAAATA-ATTTACTAAATAAGTTCAAATAATCAT-ATCCATTTAAA
* ** * * *
29890 -TAATTATCTATTTCAAATCACAATGACCTTTTCTTTTG-CAATAAAACAATTG-TTTTAGTTCT
316 CT-ATTATATATTTCAAATCATTATGA-CTTTTATTTTGTC-ATAAAACATTTGTTTTTA-TTCA
* *** ** *
29952 TATAGGTTTGTTTGAACTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAAGAGA
377 TACAAAATTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA-TA--AA-AG-
* * * ** * *
30017 ATTTAAAAAAGAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGATTATCTGAACAATTATCTAT
437 ATTTAAAAAATAATATGTTT-CAAAAT-AGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATATAT
* * * * *
30082 TTCAAAAT-ATTATGATTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTATTT
500 TTC-AAATCACTATGA-TCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTC
* ** *
30146 TGAATAAAATAATT-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTTTAAAAATA
563 TGAATAAAAT-ATTCTAAA-TTAATAATATTATAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAAT-
* * * * *
30208 AATCTATTTTCT-AAACACGTTTAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
624 AATCTATTTT-TGAACCA-G-TTCAATAGTTAAT-ACTATTAGAATAATTATCTATTCCAAATCA
* ** *
30271 TTATGACCTTTTGTTTTGTCCT
685 TTATGACATTTTGTTTAATCAT
*** * * * *
30293 AAACCCATTGTTTCTA-TTCACAAAAGCTTAATTATAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTC
1 AAAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATT-
* * *
30357 CAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTTTTTACGGAGTGAGTTCAAATAGTTAT
64 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATCTTTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * *
30421 GACTATTTAAATAATTATTTATTTCAATTTGTTATAATCTTTTTGTTTTATCTTAAAACAATTGT
129 GAATATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTAT-A-CTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTAT
*
30486 TCCTATTCATACAAATTTATTTGAAATAAAATAATTCTACTTTATTAATA-TTCTAAAATTTAAT
192 T-CTATTCATACAAATTTATTAGAAATAAAATAATTCTACTTTATTAATATTTC-AAAA-TTAAT
* * * * *
30550 AATTTGAAGATTTAAAAAATAAATCAACTTACCAAATAAGTTTAAACAATCATATCCATTTAAAC
254 AAGTT-AAGATTTAAAAAATAAAT-AATTTACTAAATAAGTTCAAATAATCATATCCATTTAAAC
* * * * * *
30615 TATTATATATTTTAGATCGTTATGACATTTTATTTTGTCGTAAAACGTTTGTTTTTATTCATGCA
317 TATTATATATTTCAAATCATTATGAC-TTTTATTTTGTCATAAAACATTTGTTTTTATTCATACA
* * * *
30680 AAATTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTAGAAG
381 AAATTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAA
* * * * * * * *
30745 CTAATTTTGTTTGCAAAATCATTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATTTATCTCAAATC
446 ATAA-TATGTTT-CAAAAT-AGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATATATTTCAAATC
* * * * *
30810 GCTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCGGTACATACAAGCTTATTCAGAGTAAAAT
508 ACTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCTGAATAAAAT
* * * * *
30875 ATTGCTAAACTAATAATATTTTAAAACTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATCAATGTGTTTATT
573 ATT-CTAAATTAATAATATTATAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATCTATTT-TT
*
30940 GAACCAGTTCAATAGTTAATACTATTAGAATAATTATCTATTCCAAATCATTCTGACATTTTGTT
635 GAACCAGTTCAATAGTTAATACTATTAGAATAATTATCTATTCCAAATCATTATGACATTTTGTT
*
31005 TAATTAT
700 TAATCAT
* ** *
31012 AAAATAATTGTTTCAGTTCATACATGCTTATTTAAAATAAAATAATACTCTTTTATTAACATTCA
1 AAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTC-
* *
31077 AAAAATTAATAAATAAGAA-ATTTTAAAAAAATAAAT-TTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTT
65 AAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTT-AAAAAATAAATCTT-TTTACCGAATAAGTTCAAATAGTT
* * * ** * *
31140 ATGAATATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATACCCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTA
127 ATGAATATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATA-CTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTA
* * * *
31205 TTTTAGTTCATA-AAAGCTTA-TAAAAAT-AAATAATAT-TACTTTATTAATATTTCAAAAATTG
191 TTCTA-TTCATACAAA-TTTATTAGAAATAAAATAAT-TCTACTTTATTAATATTTC-AAAATTA
* * * * * * * *
31266 AGAAGTTAGAGATTTAAAAATTAAATAAGTTTATTGAATCAGTTCAAATAATTATATCTATTTGA
252 ATAAGTTA-AGATTTAAAAAATAAATAA-TTTACTAAATAAGTTCAAATAATCATATCCATTTAA
* * * *
31331 ACAATTATTTA-TTCAAAT-ATTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTT-TTTTTCA-TC
315 ACTATTATATATTTCAAATCA-TTATGA-CTTTTATTTTGTCATAAAA-CATTTGTTTTT-ATTC
* ** *
31392 ATACAAACTTGTTCTGAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTT
376 ATACAAAATTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTT
* * *
31456 AAAAAATAAATATGCTTATCGAACTAGTTCAAATAGCTATGATTATTTGAACAATTATATATTTC
441 AAAAAAT-AATATG-TT-TCAAAATAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATATATTTC
* * * *
31521 AAATCACATTAT-AACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAACTTATTCT
503 AAATCAC--TATGATC--TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCT
* * * * * * *
31585 GAATACAATAATACTAATTTAATAATATTATAAAAATTAATAACTAAGTGATTTAAAAACTAATT
564 GAATAAAAT-ATTCTAAATTAATAATATTATAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATC
* * ** ** * *
31650 TTTTTGTTGAACCAATTCAAATAGTTAAGGCTA-TATGAATAATTATCTATTTGAAACCGTTAAT
628 TATTT-TTGAACCAGTTC-AATAGTTAATACTATTA-GAATAATTATCTATTCCAAATCATT-AT
* *
31714 G--TTTTTGTTCT-GTCAT
689 GACATTTTGTT-TAATCAT
* * ** * * * ** * * *
31730 AAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTT
1 AAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTC
* * * * * * ** * *
31795 GATAATTAATAAG----AGA-TTTAAAAAGTAAATCTATTTATCAAACCAGTTAAAATACTTAT-
65 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATCTTTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATG
* * ** * * *
31854 AACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAACTATTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTT
130 AA-TATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTAT-ACTTTTTGTTTTATCATAAAACAA---TT
* * * * * * *
31919 TTTCTATTGATAC-AATCTTATTCA-AAATAAAGTAATGCTAATTTTTTAATA-TCCTAGAAATT
190 ATTCTATTCATACAAAT-TTATT-AGAAATAAAATAATTCTACTTTATTAATATTTC-A-AAATT
* * * * * * *
31981 AATAAG-TAACGAATTTAAAAAATGAAT-ATGTTAGACT-GACAAGTAT-AAATAGTTATAACTA
251 AATAAGTTAA-G-ATTTAAAAAATAAATAAT-TT--ACTAAATAAGT-TCAAATAATCATATCCA
* * * * * * *** *
32042 TTTGAAC-AGTTATCTATTTTAAATCACTATAACCTTTTGTCCGGTCATAAAATAATTT-TTTTC
310 TTTAAACTA-TTATATATTTCAAATCATTATGA-CTTTTATTTTGTCATAAAA-CATTTGTTTT-
** * * *
32105 TATTCATACAAGCTTATTTC-AATTAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTAGACAACTAATTA
371 TATTCATACAAAATT-GTTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT---CAA-AAATTA
* * *
32168 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-ATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
430 ATAAAAGATTTAAAAAAT-AATATGTTTCA--AAAT-AGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACA
* * ** * * *
32232 ATTATTTTTTTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACA
491 ATTA-TATATTTCAAATCACTATGA-TCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACA
* * * * * *
32297 AGCTTATT-TGGATTAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTTGAGAATTAATAAGTAA
554 AGCTTATTCT-GAATAAAAT-AT-TCTAAATTAATAATATTATAAAAATTAATAAGTAA
32354 AATATTTTAA
Statistics
Matches: 1657, Mismatches: 310, Indels: 190
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
711 2 0.00
712 80 0.05
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714 13 0.01
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720 119 0.07
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725 8 0.00
726 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (706 bp):
AAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCA
AAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATCTTTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGA
ATATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTCTA
TTCATACAAATTTATTAGAAATAAAATAATTCTACTTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGTTAA
GATTTAAAAAATAAATAATTTACTAAATAAGTTCAAATAATCATATCCATTTAAACTATTATATA
TTTCAAATCATTATGACTTTTATTTTGTCATAAAACATTTGTTTTTATTCATACAAAATTGTTCA
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAATATGTT
TCAAAATAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCACTATGATCTTTG
TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCTGAATAAAATATTCTAAATTAAT
AATATTATAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATCTATTTTTGAACCAGTTCAATAGT
TAATACTATTAGAATAATTATCTATTCCAAATCATTATGACATTTTGTTTAATCAT
Found at i:35649 original size:164 final size:166
Alignment explanation
Indices: 35330--35635 Score: 367
Period size: 168 Copynumber: 1.8 Consensus size: 166
35320 TGTTATGAAC
*
35330 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAAAACTAC
1 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAAAACTAA
*
35395 TTTATTAATATTTCAAAAATGAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCAAATCAGT
65 TTTATTAATATTTCAAAAAT--GTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCAAATCAAT
35460 TTAAATAATTATAGCCATTTGAACAAAATCGTTAATACT
128 TTAAATAATTATAGCCATTTGAACAAAATCGTTAATACT
* * *
35499 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTT-TTCAACTACAAA-CTTAT-TAGAAATAAAATAATAC
1 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTATTC-A-TA-AAAGCTTATCCA-AAATAAAATAAAAC
* * ** * * *
35560 TAATTTATTAATATTTCAAGAAT-T-TGTAATTGATTTAAAAATTAAATCTA-TTTATCGAA-CT
62 TAATTTATTAATATTTCAAAAATGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-AGTTTACCAAATC-
35621 AATTTAAATAATTAT
125 AATTTAAATAATTAT
35636 GATTATTTGA
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 12, Indels: 17
0.80 0.08 0.11
Matches are distributed among these distances:
163 1 0.01
164 41 0.34
165 2 0.02
166 3 0.03
167 2 0.02
168 44 0.37
169 26 0.22
ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (166 bp):
TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAAAACTAAT
TTATTAATATTTCAAAAATGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCAAATCAATTTA
AATAATTATAGCCATTTGAACAAAATCGTTAATACT
Found at i:36767 original size:543 final size:539
Alignment explanation
Indices: 35726--36768 Score: 1233
Period size: 543 Copynumber: 1.9 Consensus size: 539
35716 TATGTGAATA
* ** * * * **
35726 AAATAATACTAATGTAATAATATTTAAAAATTCATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
1 AAATAATACTAATGTAATAATATTTAAAAATTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATGTAATT
* * ** *
35791 GCCAAACTAATTCAAACAATTAAGACTATATGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTT
66 GCCAAACCAATTCAAACAATTAAGACTATAAGAATAATTATCAATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * * * *
35856 TGTTTTGTCATAAAGCAATTATTTTAGCTCATATAAGTTTACTTGGAATAAAATAAAACTAACTT
131 TATTTTGTCATAAAGAAATTATTTTAGCTCATACAAGCTTACTTCGAATAAAATAAAACAAACTT
** ** *
35921 GTTAATATTTCAAAATTTTATAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACTAAACCAATTCAAATA
196 AATAATATTTCAAAATTAAATAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCAAACCAATTCAAATA
** * * * * * *
35986 ATTATTACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCACAAGACAA
261 ATTAAGACTATTAGAACAATTACCTATTTCAAATCACTATGACCTTTTGTTTAGTCACAAAACAA
* * *
36051 TTGTTTCTATTCATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATT
326 TTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTAGAAAATT
* * * *
36116 AATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTG
391 AATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTG
* * * *
36181 TAAGAATTATATATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATCAGACAACAGATTATGTTCA
456 TAAGAATTATATATTTAAAATAGTTAGAACCTTTCGCTTTGTCATCAGACAACAGATTATGTTCA
36246 TACTATTTTATTCAAAATG
521 TACTATTTTATTCAAAATG
* * *
36265 AAATAATACTAATTTAATAATATTCTGAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATGTAAT
1 AAATAATACTAATGTAATAATATT-TAAAAATTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATGTAAT
* * * * *
36330 TGCTAAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATAAGAATGATTATCAATTTCAAATCTTTATGACCTT
65 TGCCAAACCAATTCAAACAATTAAGACTATAAGAATAATTATCAATTTCAAATCATTATGACCTT
* * *
36395 TTATTTTGTCATAAAATAAATT-TTTT-GTTCATACAAGCTTA-TTCGAATTAAAATAATACAAA
130 TTATTTTGTCAT-AAAGAAATTATTTTAGCTCATACAAGCTTACTTCGAA-TAAAATAAAACAAA
* * * *
36457 TTTAATAATATTTCAAAAATTAAAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TATTTACCGAATCAG
193 CTTAATAATATTTC-AAAATT--AAA-TAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTATTTACCAAACCAA
* ** * * *
36521 TTCATATGGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATGACCTTTTGTTTAGTTA
253 TTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTACCTATTTCAAATCACTATGACCTTTTGTTTAGTCA
* * * * *
36586 TAAAACAATTGTTTC-ATTTCATACAAGTTTATTTGGAATAAATTAATACTAATTTGTTAAAATT
318 CAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATT
*
36650 T-GAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-TAGGTTCAAATAGT
382 TAG-AAAATTAATAAGAAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACCA-GTTCAAATAGT
* * *
36713 TATT-ACTATTTG-AATAATTATCTATTTAAAATCA-TTAGGACCTTTCGCTTTGTCAT
444 T-TTGACTATTTGTAAGAATTATATATTTAAAAT-AGTTAGAACCTTTCGCTTTGTCAT
36769 AAAATAATTA
Statistics
Matches: 417, Mismatches: 73, Indels: 24
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
538 5 0.01
539 58 0.14
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542 3 0.01
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544 46 0.11
545 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (539 bp):
AAATAATACTAATGTAATAATATTTAAAAATTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATGTAATT
GCCAAACCAATTCAAACAATTAAGACTATAAGAATAATTATCAATTTCAAATCATTATGACCTTT
TATTTTGTCATAAAGAAATTATTTTAGCTCATACAAGCTTACTTCGAATAAAATAAAACAAACTT
AATAATATTTCAAAATTAAATAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCAAACCAATTCAAATA
ATTAAGACTATTAGAACAATTACCTATTTCAAATCACTATGACCTTTTGTTTAGTCACAAAACAA
TTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTAGAAAATT
AATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTG
TAAGAATTATATATTTAAAATAGTTAGAACCTTTCGCTTTGTCATCAGACAACAGATTATGTTCA
TACTATTTTATTCAAAATG
Found at i:36814 original size:543 final size:537
Alignment explanation
Indices: 35499--36845 Score: 1218
Period size: 543 Copynumber: 2.5 Consensus size: 537
35489 CGTTAATACT
* * ** *
35499 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TT-T-TTCAACTACAAACTTATTAGAAATAAAATAATACT
1 TTTTGTTTAGTCACAAAACAATTGTTTCTATTC-A-TACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * * ** * * * *
35561 AATTTATTAATATTTCA-AGAATT--T--GTAATTGATTTAAAAATTAAATCTATTTATCGAACT
64 AATTTATTAAAATTT-AGAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACC
* * * * * * * ** * * * *
35621 AATTTAAATAATTATGATTATTTG-AACAATTATCTATTTCCAATTGTTATAACCTTTTG-TTAC
128 AGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGTAAGAATTATATATTTAAAATAGTTAGAACCTTTCGCTT-T
* * * * *
35684 GT-A-AAAAATAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTATGTGAATAAAATAATACTAATGTAATAAT
192 GTCATCAAAATAATTATTTC-GTTCATACAAGTATACG-GAAGAAAATAATACTAATTTAATAAT
* ** * * * ** *
35747 ATTTAAAAATTCATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACTAATTCAAACAATT
255 ATTTAAAAATTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATGTAATTGCCAAACCAATTCAAACAATT
* ** * * *
35812 AAGACTATATGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTA
320 AAGACTATAAGAATAATTATCAATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAGAAATTA
* * * * ** **
35877 TTTTAGCTCATATAAGTTTACTTGGAATAAAATAAAACTAACTTGTTAATATTTCAAAATTTTAT
385 TTTTAGCTCATACAAGCTTACTTCGAATAAAATAAAACAAACTTAATAATATTTCAAAATTAAAT
* ** *
35942 AAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACTAAACCAATTCAAATAATTATTACTATTTGAACAATT
450 AAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCAAACCAATTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAATT
* * *
36007 ACCTATTTCAAATCATTATTACT
515 ACCTATTTCAAATCACTATGACC
* * * *
36030 TTTTGTTTTGTCACAAGACAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTAGTCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * * *
36095 TTTATTAATATTTAGAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCATT
66 TTTATTAAAATTTAGAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGT
* * * *
36160 TCAAATAGTTTTGACTATTTGTAAGAATTATATATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA
131 TCAAATAGTTTTGACTATTTGTAAGAATTATATATTTAAAATAGTTAGAACCTTTCGCTTTGTCA
* ** * **
36225 TCAGACAACAGATTA--T-GTTCATACTATTTTATTCAAAATG-AAATAATACTAATTTAATAAT
196 TCA-A-AATA-ATTATTTCGTTCATAC-A-AGTATACGGAA-GAAAATAATACTAATTTAATAAT
* * * * *
36286 ATTCTGAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATGTAATTGCTAAACCAGTTCAAATAAT
255 ATT-TAAAAATTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATGTAATTGCCAAACCAATTCAAACAAT
* * *
36351 TAAGACTATAAGAATGATTATCAATTTCAAATCTTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAAAT
319 TAAGACTATAAGAATAATTATCAATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCAT-AAAGAAAT
* * *
36416 T-TTTT-GTTCATACAAGCTTA-TTCGAATTAAAATAATACAAATTTAATAATATTTCAAAAATT
383 TATTTTAGCTCATACAAGCTTACTTCGAA-TAAAATAAAACAAACTTAATAATATTTC-AAAATT
* * * * **
36478 AAAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TATTTACCGAATCAGTTCATATGGTTAAGACTATTA
446 --AAA-TAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTATTTACCAAACCAATTCAAATAATTAAGACTATTA
* *
36542 GAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATGACC
507 GAACAATTACCTATTTCAAATCACTATGACC
* * * * *
36573 TTTTGTTTAGTTATAAAACAATTGTTTC-ATTTCATACAAGTTTATTTGGAATAAATTAATACTA
1 TTTTGTTTAGTCACAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTA
* *
36637 ATTTGTTAAAATTT-GAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-T
65 ATTTATTAAAATTTAG-AAAATTAATAAGAAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACC
* * *
36700 AGGTTCAAATAGTTATT-ACTATTTG-AATAATTATCTATTTAAAATCA-TTAGGACCTTTCGCT
128 A-GTTCAAATAGTT-TTGACTATTTGTAAGAATTATATATTTAAAAT-AGTTAGAACCTTTCGCT
* * *
36762 TTGTCAT-AAAATAATTATTTCAGTTAATACAAGCATATACGGAAGAAAATAATACGAATTTATT
190 TTGTCATCAAAATAATTATTTC-GTTCATACAAG--TATACGGAAGAAAATAATACTAATTTAAT
36826 AATATTTATAAAATTAATAA
252 AATATTTA-AAAATTAATAA
36846 GAGATTAAAA
Statistics
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0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
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534 4 0.01
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545 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (537 bp):
TTTTGTTTAGTCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
TTTATTAAAATTTAGAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGT
TCAAATAGTTTTGACTATTTGTAAGAATTATATATTTAAAATAGTTAGAACCTTTCGCTTTGTCA
TCAAAATAATTATTTCGTTCATACAAGTATACGGAAGAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAA
AAATTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATGTAATTGCCAAACCAATTCAAACAATTAAGACT
ATAAGAATAATTATCAATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAGAAATTATTTTAG
CTCATACAAGCTTACTTCGAATAAAATAAAACAAACTTAATAATATTTCAAAATTAAATAAGAGA
TTTAAAAAATAATTCTATTTACCAAACCAATTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTACCTAT
TTCAAATCACTATGACC
Found at i:36990 original size:177 final size:177
Alignment explanation
Indices: 35485--37005 Score: 1122
Period size: 182 Copynumber: 8.5 Consensus size: 177
35475 CATTTGAACA
* * * * ** *
35485 AAATCGTTAAT-ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAAC-TACAAACTTATTAGAA
1 AAATCGTT-ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTTATCATACAAGTTTATTCGAA
* ** ** * *
35548 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTTGTAATTGATTTAAAAATTAAATCTATTT
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTT
* * * *
35613 A-TCGAACTAATTTAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTC
130 ACT-AAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * ** * * *
35661 CAATTGTTATAACCTTTTGTTACGT-AAAAAATAATTATTTCTGT-TCATACAAGTTTATGT-G-
1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TTTATCATACAAGTTTAT-TCGA
* *
35722 AATAAAATAATACTAATGTAATAATATTT-AAAAATTCATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
64 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * * * * *
35786 TGTTTGCCAAACTAATTCAAACAATTAAGACTATATGAATAATTATTTATTTC
125 TATTTACTAAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * *** * *
35839 AAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTATTTTAGCTCATATAAGTTTACTT-GGA
1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTTATCATACAAGTTTA-TTCGAA
* * * * *
35903 ATAAAATAAAACTAACTTGTTAATATTTCAAAATTTTATAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTATT
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TATT
* *
35967 TACTAAACCAATTCAAATAATTATTACTATTTGAACAATTACCTATTTC
129 TACTAAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * * *
36016 AAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCACAAGACAATT-GTTTCTATTCATATAAGTTTGTTCGAA
1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTTA-TCATACAAGTTTATTCGAA
*
36080 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATT-A--A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * * *
36144 TGTTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGTAAGAATTATATATTTC
125 TATTTACTAAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTG-AACAATTATCTATTTC
* * * * ** * * * * *
36198 AAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATCAGACAACAGATTATGT-TCATACTATTTTATTCAAA
1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTATTTTTTATCATACAAGTTTATTCGAA
* * * * * * *
36262 ATGAAATAATACTAATTTAATAATATTCTGAAACTTAA-TAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATG
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAA---AATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * ** ** *
36326 TAATTGCTAAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATAAGAATGATTATCAATTTC
125 TATTTACTAAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * *
36379 AAATCTTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAA--ATTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAA
1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTT-ATCATACAAGTTTATTCGAA
* * *
36442 TTAAAATAATACAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAAAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT---AA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
** * * * ** * *
36507 ATTTACCGAATCAGTTCATATGGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTC
126 ATTTACTAAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * *
36559 AAATCGCTATGACCTTTTGTTTAGTTATAAAACAATTGTTTCATT-TCATACAAGTTTATTTGGA
1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TTTATCATACAAGTTTATTCGAA
* * * * *
36623 ATAAATTAATACTAATTTGTTAAAATTTGAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATC
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT----AAGAGATTT-AAAAAATAAATT
* * * * * * *
36688 TATTTACCAAA-TAGGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAATAATTATCTATTTA
125 TATTTACTAAACCA-ATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * ** * *
36741 AAATCATTAGGACCTTTCGCTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTA--ATACAAGCATATACGG
1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT--TTTATCATACAAGTTTATTCGA
* * * *
36804 AAGAAAATAATACGAATTTATTAATATTT-ATAAAATTAATAAGAGATTAAAAAAATAAATTTGT
64 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTAT
* * * * *
36868 TTACTGAATCAATTAAAATAATTTTGACCATTTGAACAATTATCTATTTC
128 TTACTAAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * *
36918 AAATTGTTCTAACCTTTTATTTTGTTATAAAACAATTATTTTTTATCAGACAAGCTTATTCAAAA
1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTTATCATACAAGTTTATTCGAAA
36983 TAAAATAATACTAATTTATTAAT
66 TAAAATAATACTAATTTATTAAT
37006 GTTAACTTTG
Statistics
Matches: 1053, Mismatches: 240, Indels: 103
0.75 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 4 0.00
175 46 0.04
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185 1 0.00
186 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTTATCATACAAGTTTATTCGAAA
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTA
CTAAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
Found at i:43023 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 43004--43038 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 2.2 Consensus size: 16
42994 TGTGATAACA
*
43004 TATCTTTAACAATTAG
1 TATCCTTAACAATTAG
*
43020 TATCCTTAACAATTGG
1 TATCCTTAACAATTAG
43036 TAT
1 TAT
43039 GAGCATGTAT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 17 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (16 bp):
TATCCTTAACAATTAG
Found at i:46931 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 46091--47629 Score: 1186
Period size: 181 Copynumber: 8.5 Consensus size: 181
46081 CCAATTCCTC
* * * * * * * *
46091 TTTGAATAATTACCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCT-ACTATAAAATAATTGTTTC-A
1 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTTTTTCTA
* * * * * *
46154 GTTCATACAAACCTATTT-GGAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTGAAAATTAATAAC
65 -TTCTTAC-AACTTATTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG
* * ** * * * *
46217 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCTGAGGC-AGTTCAAACATTTAAGAATA
127 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-CAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTA
** * * * * * * **
46272 CAT-AAGCAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACTTTTTATTCTATCGTAAAACAATCATTT-TA
1 TTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA
**
46335 GTTCACACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
65 -TTCTTACAA-CTTATTTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * * * *
46398 T----GATTTAAAAAGTGAATCTATTTACCAAA-TCATTTCAAATAATTAGGGCCA
127 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTA
** * * * *
46449 TTCCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTG-TTTGTTCATATAACAAATGTTTTTT
1 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAAC-AAT-TTTTTC
* * * *
46513 TA-TCATT-CAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTGACTAATATTTCAAAGATTAATAT
63 TATTC-TTACAA-CTTATTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * * *
46575 GTAAGAAATTAAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACTAGTTTAAATATTTATGACTA
126 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * ** * * * *
46631 TTTGAA-AGTTATATATTTCAAATTATTATAACCATTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTCTAT
1 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTAT
* * * * * *
46695 TCATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATGTAATAATA-TCCTGAAAATTAATAACTA
66 TCTTACAA-CTTATTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTA
* * * * *
46758 AGAGATTAAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGGCTA
129 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTA
** * *
46811 TACGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTTTTTCTAT
1 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTAT
* * * * * *
46876 TCTTAGTAACTTATTTAG-AATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAATAA
66 TCTTA-CAACTTATTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * ** * *
46940 GACATTTAAAAAATAATTCTATTTGCTGAACTAGTTCAAATAATTATGATTA
130 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTA
*
46992 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATTTTTT-TA
1 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTTTTTCTA
* * * * ** * *
47056 TT-TATATAAGTT-TGTTTGAAATAAAATAA-AATCAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAGAGG
65 TTCT-TACAACTTAT-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * *
47118 TAAGAGATTTAAAAAATAAATC--ATTACTAAACTAGTTCAATTAGTTATAACTA
127 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * * *
47171 TTTGACCAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCATTTATTTTGTCGTAAAATAATTATTTCTAT
1 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTAT
* * * ** * * *
47236 TCATATAGTCTTA-TTCGGTATAAAGTAATGCTAATTTATTAATA-TTCTAAAAGTTAATAAGTA
66 TCTTACA-ACTTATTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * *
47299 ACAAATTTAAAAAATGAATCT-ATTAGCCTAACTAGTGCAAATAGTTATGATTG
129 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * *
47352 TTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACATTTTGTTTTAT-AGCAAAACAATTGTTTCTG
1 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTTTTTCTA
* ** * * * * *
47416 TT-TGTACAAGCATA-TTCGAAATAATGTAATTCTGATTTATTACTATTCCGAAAATTAATAAGT
65 TTCT-TACAA-CTTATTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* *
47479 AAGAGATTTAAAAAATTAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
128 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * *
47533 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCTA
1 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTTTTTCTA
*
47598 TTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATTAATA
65 TTCTTACAA-CTTATTTCGAAATAAAA-TAATA
47630 AGAAAAATAT
Statistics
Matches: 1075, Mismatches: 230, Indels: 104
0.76 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
176 3 0.00
177 68 0.06
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180 127 0.12
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182 89 0.08
183 8 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTAT
TCTTACAACTTATTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTA
Found at i:47281 original size:360 final size:362
Alignment explanation
Indices: 46173--47603 Score: 1121
Period size: 360 Copynumber: 4.0 Consensus size: 362
46163 AACCTATTTG
* * * * * * * *
46173 GAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 GAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAATAACAAATTTAAAAAATGAAT
* * * * * * * ** *
46238 CTGTTTG-CTGAGGC-AGTTCAAACATTTAAGAATACAT-AAGCAATTATCTATTTCAAATCGTT
66 CTATTAGCCT-A-ACTAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATAGTT
* * * * * * * * * *
46300 TTGACTTTTTATTCTATCGTAAAACAATCATTT-TAGTTCACACAAGCTTATTCGAAATAAAATA
128 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTTATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * * * *
46364 ATAT-AAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAGTGAATCTATTTAC
192 AAATCTAATTTATTAATATTCT-GAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC--TTTAC
* * * *** * ** * * *
46423 CAAA-TCATTTCAAATAATTAGGGCCATTCCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTT
254 TAAACT-AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
* * * *
46487 -GTTTGTTCATATAACAAATGTTTTTTTA-TCAT-TCA--AGCTTATTC-
318 ATTTTG-TCGTAAAAC-AAT-TTTTTCTATTCATAT-AGTA-CTTATTCA
* * * * * ** * * *
46531 GAAATAAAATAATACTAATTGACTAATATT-TCAAAGATTAATATGTAAGAAATTAAAAAAATAA
1 G-AATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAATAACAAATTTAAAAAATGA
* * * * * * * * *
46595 ATTTGTTTA-TCAAACTAGTTTAAATATTTATGACTATTTGAA-AGTTATATATTTCAAATTA-T
64 ATCT-ATTAGCCTAACTAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TAGT
* * * *
46657 TATAACCATTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
127 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTTATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * * * * * *
46722 ATA-CTAATGTAATAATATCCTGAAAATTAATAACTAAGAGATTAAAAAAATAAATTTGTTTA-T
192 AAATCTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA--TCTTTACT
* **
46785 CAAACTAGTTCAAATAGTTA-AGGCTATACGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
255 -AAACTAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
* *
46849 GTTTTGTCGTAAAACAATTTTTTCTATTC-T-TAGTAACTTATTTA
318 ATTTTGTCGTAAAACAATTTTTTCTATTCATATAGT-ACTTATTCA
* * *
46893 GAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAGTAAATAAGACATTTAAAAAAT-AA
1 GAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAATAACAAATTTAAAAAATGAA
*
46956 TTCTATTTG-CTGAACTAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTT
65 -TCTATTAGCCT-AACTAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTT
* * * *
47020 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATT-TTTTTATTTATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATA
128 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTATTTCTATTTATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * * *
47084 AAATC-AATTTATTAATATTTTGAAAATTAAGAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCATTACTAA
192 AAATCTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTTTACTAA
* * *
47148 ACTAGTTCAATTAGTTATAACTATTTGACCAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCATTTATTT
257 ACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTT
* * *
47213 TGTCGTAAAATAATTATTTCTATTCATATAGT-CTTATTCG
322 TGTCGTAAAACAATTTTTTCTATTCATATAGTACTTATTCA
* * ** * * *
47253 GTATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAGTTAATAAGTAACAAATTTAAAAAATGAAT
1 GAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAATAACAAATTTAAAAAATGAAT
* * * * *
47318 CTATTAGCCTAACTAGTGCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATG
66 CTATTAGCCTAACTAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * * ** *
47383 ACATTTTGTTTTAT-AGCAAAACAATTGTTTCTGTTTGTACAAGCATATTCGAAATAATGT-AAT
131 ACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTATTTCTATTTATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAA
* * * * *
47446 TCTGATTTATTACTATTCCGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATTAATCTGTTTACCAAA
195 TCTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC--TTTACTAAA
* * * * * *
47511 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACTTTTTATTTT
258 CTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTT
*
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323 GTCGTAAAACAA-TTTTTTCTATTCATA
47604 CAAGCTTATT
Statistics
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CTATTAGCCTAACTAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATG
ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTTATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAAT
CTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTTTACTAAACTA
GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTC
GTAAAACAATTTTTTCTATTCATATAGTACTTATTCA
Found at i:47345 original size:541 final size:538
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46127 TTGTTCTACT
* * * * * * *
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* * * * * * * ** * * *
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65 CCTGAAAATTAATAACTAACAAATTAAAAAAATAAATCTGATTAC-CAAACTAGTGCAAATAGTT
* * * * * * *
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129 AAGACTATAC-GAA-CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTATAGCAAAACAAT
** *** * * *
46328 CATTT-TAGTTCACACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAA-T
192 TGTTTCTA-TTTGTACAAGCATATTAGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * * * * **
46391 -T-AATAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTATTTACCAAA-TCATTTCAAATAATTAGGGCCATTCC
256 ATAAATAAGAGATTTAAAAAAT-AATCTATTTA-CAAACT-AGTTCAAATAATTATGACTATTTG
* * *
46453 AACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATTACCTTTTG-TTTGTTCATATAACAAA-TGTTTT-TTT
318 AACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATAACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAAATTTTTTTATTT
* * * *
46514 ATCATTCAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTGACTAATATTTCAAAGATTAATATGTAA
381 AT-A-T-AAGCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTGACTAATATTTCAAAGATTAAGAGGTAA
** * * *
46579 GAAATTAAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACTAGTTTAAATATTTATGACTATTTGAAAGTTATA
443 GAAATTAAAAAAATAAA-TTCATTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAAGTTATA
* *
46644 TATTTCAAATTATTATAACCATTTGTTATGTC
507 TATTTCAAATCATTATAACCATTTATTATGTC
*
46676 ATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATGTAATAATATC
1 ATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATGTAATAATATC
* * * * * *
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66 CTGAAAATTAATAACTAACAAATTAAAAAAATAAATCTGATTACCAAACTAGTGCAAATAGTTAA
* * * * * * *
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131 GACTATACGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTATAGCAAAACAATTGTT
* * *
46871 TCTATTCT-TAGTAA-CTTATTTAG-AATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAG
196 TCTATT-TGTA-CAAGCATA-TTAGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTA-
* * * *
46933 TAAATAAGACATTTAAAAAATAATTCTATTTGCTGAACTAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAA
257 TAAATAAGAGATTTAAAAAATAA-TCTATTTAC-AAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAA
*
46998 CAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATTTTTTTATTTATAT
320 CAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATTTTTTTATTTATAT
* * * * * *
47063 AAGTTTGTTTGAAATAAAATAAAA-TCAATTTATTAATATTTTGAAA-ATTAAGAGGTAAGAGAT
385 AAGCTTATTTGAAATAAAATAAAACT-AATTGACTAATA-TTTCAAAGATTAAGAGGTAAGAAAT
* * *
47126 TTAAAAAATAAA-TCATTA-CTAAACTAGTTCAATTAGTTATAACTATTTGACCAA-TTATTTAT
448 TAAAAAAATAAATTCATTATC-AAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGA--AAGTTATATAT
* * *
47188 TTCAAATCGTTATGACCATTTATTTTGTC
510 TTCAAATCATTATAACCATTTATTATGTC
* * * ** * * * *
47217 GTAAAATAATTATTTCTATTCATA-TAGTCTTATTCGGTATAAAGTAATGCTAATTTATTAATAT
1 ATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAG-CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATGTAATAATAT
* * * * *
47281 TCT-AAAAGTTAATAAGTAACAAATTTAAAAAATGAATCT-ATTAGCCTAACTAGTGCAAATAGT
65 CCTGAAAA-TTAATAACTAACAAATTAAAAAAATAAATCTGATTA-CCAAACTAGTGCAAATAGT
* * * ** *
47344 TATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACATTTTGTTTTATAGCAAAACAATT
128 TAAGACTATACGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTATAGCAAAACAATT
* * ** * ** * * *
47409 GTTTCTGTTTGTACAAGCATATTCGAAATAATGTAATTCTGATTTATTACTATTCCGAAAATTAA
193 GTTTCTATTTGTACAAGCATATTAGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATT-A
* * * *
47474 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATTAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
257 TAAATAAGAGATTTAAAAAA-TAATCTATTTA-CAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAA
* * * * * *
47539 CAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCTATTCATA
320 CAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATTTTTT-TATTTATA
* *
47604 CAAGCTTATTTCAAATAAAAT
384 TAAGCTTATTTGAAATAAAAT
47625 TAATAAGAAA
Statistics
Matches: 779, Mismatches: 136, Indels: 65
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
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ATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATGTAATAATATC
CTGAAAATTAATAACTAACAAATTAAAAAAATAAATCTGATTACCAAACTAGTGCAAATAGTTAA
GACTATACGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTATAGCAAAACAATTGTT
TCTATTTGTACAAGCATATTAGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTATAAA
TAAGAGATTTAAAAAATAATCTATTTACAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTA
TCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATTTTTTTATTTATATAAGCTT
ATTTGAAATAAAATAAAACTAATTGACTAATATTTCAAAGATTAAGAGGTAAGAAATTAAAAAAA
TAAATTCATTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAAGTTATATATTTCAAATCATT
ATAACCATTTATTATGTC
Found at i:47838 original size:50 final size:51
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47761 CTTATTTGGA
**
47771 TTAAAATAATATGAATTTATTAATACTTTTACCAATTAATAAGT-A-AGATT
1 TTAAAATAATATGAATTTATTAATA-TTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
*
47821 TTAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATGAGTAAGAGATT
1 TTAAAATAATA-TGAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
47872 TTAAAA
1 TTAAAA
47878 AATGAATATG
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 3, Indels: 5
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Matches are distributed among these distances:
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TTAAAATAATATGAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
Found at i:48096 original size:49 final size:51
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48030 CAAAAATTAA
*
48040 TAAGTAAAAATT-AAAAAAA-AAATCTATTTCTTGAACCTATTCCAATAGT
1 TAAGTAAAAATTAAAAAAAATAAATCTATTTCTTGAACCTATTCAAATAGT
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1 TAAGTAAAAATTAAAAAAAATAAATCTATTTCTTGAACCTATTCAAATAGT
48140 TA
1 TA
48142 TGACTATTTG
Statistics
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TAAGTAAAAATTAAAAAAAATAAATCTATTTCTTGAACCTATTCAAATAGT
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48123 GAACCTATTC
* * *
48133 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
1 AAATAGTTATGAC--TTTGAACAATTAT-TTTTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * *
48198 ACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA
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* * ** *
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128 AAATTAATAAGAAAAAGATTAAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTA
48314 AAATAGTTATGACTGTTGAACAATTATGTTTTTCAAATAGTTAT-ACTCTTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACT-TTGAACAATTAT-TTTTTCAAATAGTTATAAC-CTTTTGTTTTGTCATAA
** * * * * *
48378 AACAATTGTTTCTATTCAAACAAGTTTATTCTATATAAAATCATAATAATTTATTAATATTCTAC
63 AACAATTGTTTCTATTCAAACAAGCATATTCGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCCAA
* ** * ** * * * *
48443 AATTTAATTGGTAGGAGATTTAAAAAATATATCTATTTACCAAACAAGTTC
128 AAATTAATAAGAAAAAGATTAAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTA
* * * *
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1 AAATAGTT--AT-GACTTTGAACAATTATTT-TTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
* *
48558 AAA-AATTATTTCTGTTCA
62 AAACAATTGTTTCTATTCA
48576 TACATATTTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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183 2 0.01
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AATTGTTTCTATTCAAACAAGCATATTCGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCCAAAAA
TTAATAAGAAAAAGATTAAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTA
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48448 AATTGGTAGG
* * * *
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*
48523 TATATCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAAAATTATTTCTGTTCATACATATTTTG
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48587 CAATTTAATAAATAGA
131 CAATTTAATAAATAGA
* * * **
48603 AGATTTAAAAAATAAATTTTTTTACCAAACAAATTCAAATAGTCATGTCCACTTAAACAATTATT
1 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAATTCAAAGAGTCACATCCACTTAAACAATTATT
* * * *
48668 TATTTTAAATTGTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAAAAATTATTTCTGTTCATACA
66 TATATCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAAAAATTATTTCTGTTCATACA
48726 GAATTATTGA
Statistics
Matches: 108, Mismatches: 14, Indels: 1
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TATATCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAAAAATTATTTCTGTTCATACATATTTTG
CAATTTAATAAATAGA
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48745 AATAATTATGGCTATTTT
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48763 AATAATTAT-CTATTTT
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48779 AA
1 AA
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Statistics
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48781 ATCGTTATTA
* *
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48856 TG
66 TG
* * * *
48858 CCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGAACATACAAGTTTATTTGAAATAAAAT
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48917 ACTATTAATT
Statistics
Matches: 53, Mismatches: 6, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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CCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTTAAAATAAAATTGTTAG
TG
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48836 ATTTAAAATA
* * * ** * ** **
48846 AAATTGTTAGTG-CCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGAACATACAAGTTTATTTGAA
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** * * *
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* * * * ** * * *
48971 ATTTAC-CGTA-TAAGTTTAAATAGCTATGACTATTTAAACAACTATCTATTTC
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* * * * *
49023 AAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATATT-TGTTCATATAAATTTATTCAAA
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* * * * *
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65 ATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAAAATAAATT
* * * * * * *
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* *** ** * *
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* * *
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* * *
49335 TTTATAGAACTAATTCAAATAATTATAATTATTTGAACAATTATATATTTC
130 TTTCTAGAACTAATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * *
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1 AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTGTTCATATAAACTTATTCAAAA
* * * * *
49451 TAAAATAATACTAATATAATAATATTTTGACAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
66 TAAAATAAAACTAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * * **
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* * * * * ** * * *** * ***
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1 AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTGTTCATATA--AACTTATTCAA
* * * *
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* * * * * *
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127 -TTGTT-TCTAGAACTAATTCAAATAATTAT-AACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * *
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* * * * *
49811 ATAAAATAATATTAATTTATTAATATCTTGAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
65 ATAAAATAAAACTAATTTATTAATAT-TTCAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * * *
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* * * * *
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1 AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTGTTCATAT
49978 GGTCTTATTT
Statistics
Matches: 755, Mismatches: 164, Indels: 69
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Matches are distributed among these distances:
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177 78 0.10
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TTCTAGAACTAATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
Found at i:49881 original size:361 final size:361
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48912 AAAATACTAT
* * * * * * *
48922 TAATTTATTAATATTTCAAGAATTAAT-A-T-A-AGATTCAAAAAATAAATCTATTTACCGTA-T
1 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTAGTTACAGAACC
* ** * * * * * *
48982 AAGTTTAAATAGCTATGACTATTTAAACAACTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTA
66 AA-TTCAAATAATTATAATTAGTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTG
* * *
49047 TCATAAAACAATTATATTTGTTCATATAAATTTATTCAAAATAAAATAACACTAAATTAATAATA
130 TCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA
** * * * * *
49112 TTCCAAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTGTCGAACTAATTCAAACAGT
195 TT-TGAAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAATTCAAATAGT
* * * * *
49177 TAAGACTATATGAATATTTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATT
258 TAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTATTTTATTATAAAATAATT
* * *
49242 ATTTCAACTCATCCAAGCTTATTCATAATAAAATAAAAC
323 ATTTCAACTCAACCAAGCTCATTCAGAATAAAATAAAAC
* * * * *
49281 TAATTTATTAATATTTCAAAATTTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATAGAACT
1 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTAGTTACAGAACC
* *
49346 AATTCAAATAATTATAATTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTGT
66 AATTCAAATAATTATAATTAGTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTGT
* * * ** * * *
49411 CATAAAATAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATATAATAATAT
131 CATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-
* * *
49476 TTTGACAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCACTTCAAATAATTA
195 TTTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTA
* * * * * * *
49541 AGGCTATACGAACAATTATCTATTTCAAATAGATATGACATTTTATTTTATTGTTAAATAATTTT
260 AGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTATTTTATTATAAAATAATTAT
* ** *
49606 TTCAACTCTAACTAA-CTCATTTGGAATAAAAT-AAAT
325 TTCAACTC-AACCAAGCTCATTCAGAATAAAATAAAAC
* *
49642 TGCATTTATTTATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAT-AATGTT-GTTAGCCA-
1 T-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTAGTTA--CAG
* * * *
49703 AACCAATTCAAATAATTATGAA-TAGTTGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATTACTTTTTGT
62 AACCAATTCAAATAATTAT-AATTAGTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGT
* * * * * *
49767 TTTGTCATAAAACAA-AAGTTTTTGTTCGTATAAATTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATTTAT
126 TCTGTCATAAAACAATTA-TTTTTGTTCATATAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAA
* * * * *
49831 TAATATCTTGAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAATCAGTTCAAT
190 TAATAT-TTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAATTCAAA
* * * *
49896 TAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCA-TTTGTTTTATCATAAA
254 TAGTTA-AGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CATTTTATTTTATTATAAA
49959 CAATTGTTTT
Statistics
Matches: 561, Mismatches: 101, Indels: 30
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
359 24 0.04
360 9 0.02
361 219 0.39
362 149 0.27
363 155 0.28
364 5 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (361 bp):
TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTAGTTACAGAACC
AATTCAAATAATTATAATTAGTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTGT
CATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATAT
TTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAA
GACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTATTTTATTATAAAATAATTATT
TCAACTCAACCAAGCTCATTCAGAATAAAATAAAAC
Found at i:50381 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 50355--50394 Score: 80
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
50345 ATTTACTAAA
50355 TAAGTTCAAATAGTTATGAGT
1 TAAGTTCAAATAGTTATGAGT
50376 TAAGTTCAAATAGTTATGA
1 TAAGTTCAAATAGTTATGA
50395 CTATTTGAAC
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 19 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.05, G:0.17, T:0.38
Consensus pattern (21 bp):
TAAGTTCAAATAGTTATGAGT
Found at i:50775 original size:180 final size:176
Alignment explanation
Indices: 50377--50992 Score: 599
Period size: 181 Copynumber: 3.4 Consensus size: 176
50367 GTTATGAGTT
* * *
50377 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTG
** * *
50442 TCATAAAACAATTATTTTTTTTCATAAAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTACTAATA
66 TCATAAAACAA-T-TTTTAATTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-TAATTTACTAATA
*** * * *
50507 TTTTGACAATTAATAAATAAAAGATTTTTAAAAAATAAATATGTTTA-TCGAAT
128 TTCCAAAAATTAAT-AGT-AAAGA-TTTT-AAAAATAAATATGTTTACT-GAAC
* * * * * *
50560 AAGTTTAAATAGTAATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAATCTTTTATTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTG
* * * * * * * * *
50625 TCATACAA-AATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTCAAAACAAAATAATACTAACTTATTAATA
66 TCATAAAACAATT-T-TTAATTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-TAATTTACTAATA
*
50689 TTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGA-TTTAAAACATAAATATATTTACTGAAC
128 TTCCAAAAATTAAT-AGTAA-AGATTTTAAAA-ATAAATATGTTTACTGAAC
* * *
50740 AAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTA
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTG
* * * * * *
50805 CCATAAAATAACTTTTTATGTTTATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTACTAATA
66 TCATAAAACAA-TTTTTA-ATTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATAT-AATTTACTAATA
* * * *
50870 TTCCAAAGATTAATATGTAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTAAAC
128 TTCCAAAAATTAATA-GTAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACTGAAC
* * ** * *
50920 ACGTTCAAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTTTTT
1 AAGTTC-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTT
*
50985 ATCATAAA
65 GTCATAAA
50993 TTAATTGTTT
Statistics
Matches: 354, Mismatches: 67, Indels: 26
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
179 4 0.01
180 108 0.31
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182 55 0.16
183 63 0.18
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (176 bp):
AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTG
TCATAAAACAATTTTTAATTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATAATTTACTAATATTC
CAAAAATTAATAGTAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACTGAAC
Found at i:53155 original size:182 final size:178
Alignment explanation
Indices: 52967--53306 Score: 387
Period size: 181 Copynumber: 1.9 Consensus size: 178
52957 TACTTATTAG
* * * * *
52967 AAATAAACTAATAATATTTTATTAACA-TTCAGAAAATTAATAAGCAAGGAATTTAAAAAAATAA
1 AAATAAAATAATAATACTTTATTAACATTTCA-AAAATCAAGAAGCAAGAAATTT-AAAAAATAA
** *
53031 ATTTGTTTACCGAAT-ATGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAACTATCTATTTAAAATTGTT
64 ATCAGTTTACCGAATAAT-TT-AAATAATTATGACAATTTAAACAACTATCTATTTAAAATTGTT
* *
53095 ATGACCATTTGTTTTATCATAAAAAAATTGTTTCATTTCATAAAAGTTTATCCA
127 ATGAAC-TTT-TGTTATCATAAAAAAATTGTTTCATTTCATAAAAGTTTATCCA
** * **
53149 AAATAAAATAATCTTACTTTATTAATATTTCAAAAATCAAGAAGTTAGAAATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATAATACTTTATTAACATTTCAAAAATCAAGAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAAT
** * * * * *
53214 CAGTTTATTGAATCAATTTAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTTTTTTAAATTGTTATG
66 CAGTTTACCGAAT-AATTTAAATAATTATGACAATTTAAACAACTATCTATTTAAAATTGTTATG
* *
53279 AACTTTTGTTGTCATAAAACAATTGTTT
130 AACTTTTGTTATCATAAAAAAATTGTTT
53307 TTCATCATGC
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 24, Indels: 9
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
179 19 0.15
180 3 0.02
181 62 0.47
182 41 0.31
183 6 0.05
ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
AAATAAAATAATAATACTTTATTAACATTTCAAAAATCAAGAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAAT
CAGTTTACCGAATAATTTAAATAATTATGACAATTTAAACAACTATCTATTTAAAATTGTTATGA
ACTTTTGTTATCATAAAAAAATTGTTTCATTTCATAAAAGTTTATCCA
Found at i:54573 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 54093--55399 Score: 1173
Period size: 180 Copynumber: 7.3 Consensus size: 181
54083 AATTGCTATA
* * *
54093 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATA
* * * *
54156 TAAATTTATTAATATT--AAGACAATTAATAAGTAAAAGATCTAAAAAATAAATATGTTTAGCGA
65 CAAATTTATTAATATTCCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAA
* * ** * * * ***
54219 ACAAATTTAAATCTTTATGACTATTTAAGCAATTATTTATTTTAAATTGCTATG
128 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * *
54273 ACTTTTTGTTTTGTCAT-AAATAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATAT
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
* * * * * * *
54337 TAATTTATTAATTTTTCTACAAA-TAATAATTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTTAAAC
66 AAATTTATTAA-TATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAAC
* * * *
54401 AAATTCAAATAGTCATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATG
130 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * *
54453 ACCTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTCTCTATTCGTATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
* * * * * *
54518 AAATTTATTAATATTCCAAAAATTGATAAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATATGTTTA-CTGAAT
66 AAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-AAAC
* * * * *
54582 ATGTTCAAATAATTATGACTATCTGAAATAATTATCTATTTCAAAACATTATG
130 AAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * ** * *
54635 ACCTTTTGTTGTGTCATAAAACAATTGGTCCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAT
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
* *
54700 AAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG-TTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTAAAT
66 AAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-AAAC
* * *
54763 ACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
130 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* ** * * *
54815 ACTTTTTGTTTTGTCATAAACCATTTTTTTCTATTCATAAAAGCTTATTC-AGAATAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATA
* * * * * * * **
54879 CTAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-TAAAA-AAATCTATTTATCGAGT
65 CAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAAC
* * * * * ** *
54942 GAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGACCAATTATTTATTTCAAATTGTTATA
130 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* ** * * * ** *
54994 ATCTTTAATTTTTTCATAAAAGAATTATTTCTATTCACACAATTTTATTCAAAATAAAATAATAC
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
* *** * * *
55059 TAATTTATTAATATTCTC-AAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC
66 AAATTTATTAATATTC-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAAC
* * * * * *
55123 AAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTATTATG
130 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * **
55175 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTATGTTCATGCAAAATTATTC-AAATTAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAA-TAAAATAATA
* * ** ** * *
55239 -ATGATCTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAACCAAATCTATTT-TCCAA
65 CA-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT-CAA
* * *
55298 A-ATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAAACATTATG
128 ACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * *
55352 ATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTCCTTTTTATACAAGCTTATT
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATT
55400 TAGATTAAAA
Statistics
Matches: 931, Mismatches: 174, Indels: 48
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
176 36 0.04
177 71 0.08
179 150 0.16
180 282 0.30
181 275 0.30
182 116 0.12
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
AAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACA
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
Found at i:55069 original size:179 final size:178
Alignment explanation
Indices: 54101--55428 Score: 1046
Period size: 181 Copynumber: 7.4 Consensus size: 178
54091 TAACCTTTTG
** * *
54101 TTTTGTCATAAAATGATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTT
1 TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTT
* * * * * *
54163 ATTAATA-T-TAAGACAATTAATAAGTAAAAGATCTAAAAAATAAATATGTTTAGCGAACA-AAT
64 ATTAATATTCTAA-A-AATTAATAAGTAAAAGAT-TTAAAAA-AAATCTATTTATCTAA-ATAGT
* ** * * *** * *
54225 TTAAATCTTTATGACTATTT-AAGCAATTATTTATTTTAAATTGCTATGACTTTTTG
124 TCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTA
* * * ** * *
54281 TTTTGTCAT-AAATAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTTAT
1 TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * * *
54345 TAATTTTTCTACAAA-TAATAATTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGT-TAAACAAATTCA
66 TAA-TATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAA-AAATCTATTTATCTAAA-TAGTTCA
* * * * *
54408 AATAGTCATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
127 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTA
* * * * * * ** *
54461 TTTTGTAATAAAATAATTGTCTCTATTCGTATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACAAATTTAT
1 TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * *
54526 TAATATTCCAAAAATTGATAAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATATGTTTA-CTGAATATGTTCAA
66 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA--AATCTATTTATCTAAATA-GTTCAA
* * * *
54590 ATAATTATGACTATCTGAAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTT-
128 ATAGTTATGACTATTTG-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTA
** * *
54641 TGTTGTGTCATAAAACAATTGGTCCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA-TAAATT
1 T-TT-TGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATT
* *
54705 TATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAG-TTTAAAAAATAA-ATATGTTTTCTAAATACGT
63 TATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA-AATCTAT-TTATCTAAATA-GT
* * *
54767 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTG
124 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTA
* * * * *
54823 TTTTGTCATAAACCATTTTTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAT
1 TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * *
54888 TAAAATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAAATCTATTTATC-GAGTGAGTTTAAAT
66 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAAATCTATTTATCTAAAT-AGTTCAAAT
* * ** * *
54952 AGTTATGACTATTTGACCAATTATTTATTTCAAATTGTTATAATCTTTAA
130 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT-A
* * * **
55002 TTTTTTCATAAAAGAATTATTTCTATTCACACAATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
1 TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* *** * *
55067 TAATATTCTCAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CCAAACAAGTTCAA
66 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAA-AAATCTATTTATCTAAA-TAGTTCAA
* * * * * *
55131 ATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTG
128 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTA
* * * * ** * * * *
55183 TTTTGTCATAAAATAATTATTTATGTTCATGCAAAATTATTCAAATTAAAATAATAATGATCTAT
1 TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* *
55248 TAATATTTTAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAACCAAATCTATTT-TCCAAAATAGTTCAA
66 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA--AAATCTATTTAT-CTAAATAGTTCAA
* * *
55308 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAAACATTATGATCTTTA
128 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTA
* * * * * * * * *
55359 TTTTGTCATAAAACAATTGTTCCTTTTTATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATTCTAATTTAA
1 TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
55424 TAATA
66 TAATA
55429 CTATTCTGAA
Statistics
Matches: 940, Mismatches: 168, Indels: 84
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
176 62 0.07
177 62 0.07
178 8 0.01
179 147 0.16
180 266 0.28
181 283 0.30
182 110 0.12
183 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAAATCTATTTATCTAAATAGTTCAAATA
GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTA
Found at i:58075 original size:179 final size:180
Alignment explanation
Indices: 57761--58924 Score: 973
Period size: 180 Copynumber: 6.5 Consensus size: 180
57751 ATCATAAAAT
* * * ** * *
57761 AATTATATATTTCAAATCATTATGAT-TTTTTATTTTGCCACAAAACAATTATTTCT-TTACATA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGATACTTTTGTTTTATCA-TAAATAATTATTT-TATT-CATA
* * * * * *
57824 CAGGTTTATCCAAAATAAAA-AATAAT-ATTTCATAAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAGAT
63 CAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
* * * *
57887 TTTAAAAATAAATCTTTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAAC
127 TTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * *
57941 AATTATCTA-TTCAAATCATTATGATATTTTCTGTTTT-T-ATAAATAATTGTTTCTTTTTATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGATACTTT-TGTTTTATCATAAATAATTATTT-TATTCATAC
58003 AAGTTTGA-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
64 AAGTTT-ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
* * *
58067 TAAAAAATAAATCTATTCACCAAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAAC
128 TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * *
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1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGATACTTTTGTTTTATCA-TAAATAATTATTTTATTCATACA
* * * *
58184 AGCTTT-TTCAAAATAAAAGAATATTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATATGCAAAAGATT
65 AG-TTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATT
** * * * * *
58247 TTTAAAATAAATATGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACAATTT-AAA
128 TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* *
58299 AATTATCTATTTCAAA-C-TGCTATGAT-CTTTTGTTTTCTCATAAAATAATTATTTCTATTTAT
1 AATTATCTATTTCAAATCAT--TATGATACTTTTGTTTTATCAT-AAATAATTATTT-TATTCAT
* * * * * * * *
58361 ATAAGCTTATTCTATATAAAATGATAGTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATAT
62 ACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
* * * * * * *
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127 TTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * * * *
58480 ACTTTTCTATTTCAAAGCATTATGATA-TTTTGTTTTATCACAAAATAGTTGTTTTTGTTTATAT
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGATACTTTTGTTTTATCA-TAAATAATT-ATTTTATTCATAC
* * * *
58544 AAGTTTATTCGAAGTAAAAGAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-T--AAGATTT
64 AAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * * * * *
58603 AAAAATTAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTAAGGATTGTTTGCA-
129 AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * *
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1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGATACTTTTGTTTTATCAT-AAATAATTATTTTATTCATACA
* * * *
58717 AGCTTATTCAAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATCTCAAAATTTAATAAATTAAAA-ATTT
65 AGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AAGTAAAAGATTT
* * * * * * *
58780 TAAAAATAAACCTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTAAAT
129 AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * * * *
58832 AATTATTTATTTAAAATAATTATTAT-CTTTTCTTTTATCATAAAACAATTGTTTTCATTTATTC
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGATACTTTTGTTTTATCAT-AAATAATTATTTT-ATTCATAC
* **
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AATTATCTATTTCAAATCATTATGATACTTTTGTTTTATCATAAATAATTATTTTATTCATACAA
GTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
AAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
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TATTTAAAATAATTATT
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58808 TCAAATAGTT
*
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ATTATTATTTAAATA
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58898 ATTTATTTGA
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1 AA
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AATAAAATAATACT
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58903 TTTGAAATAA
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*
58930 AATAATATGAATAAAAT
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1 AATA
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AATAATATGAATAAAAC
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59045 ACTTATTCAA
* * * * *
59055 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAACATTAAGAAGTAAAAGATTAAAAAAATATATG
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * *
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* * * * ** **
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* * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * *
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1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * ** *
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** * * * *
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* ** * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * * *
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* * * * * *
59716 ACTTTT-AGTTTCGCCATAAAATAATTGTTTCTGTTTATAAAAGTTTATTTTTG
129 ACTTTTCA-TTT-GTCATAAAATAATTTTTTC-ATTCATACAAGTTTA--TTCG
* * * * * *
59769 ACTAAAATAATGCTAATTTTTTAA-ATTTCAAAAATTAATAAGCAAAATATTTAAAATATAGATA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA-A-A
* * * *
59833 TTCT-TATCAAACAAGTTTAAATAGTTATTACAATTT-GAATAATTATCTCTTT-AGAATCATTA
64 -TCTATATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAGAATAATTATCTATTTCA-AATCATTA
* * * * *
59895 TGATATTTTCTTTTGCCATAAAATAATTGTTTT-AGTTCATATAAGTTTATTCAA
127 TGA-CTTTTCATTTGTCATAAAATAATT-TTTTCA-TTCATACAAGTTTATTC-G
* * * *
59949 AATAAAATAATATTAATTTATTAATGTTCCAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
* * * *
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60076 A
129 A
60077 TATTTTATTT
Statistics
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174 2 0.00
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AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
TATATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
TTTTCATTTGTCATAAAATAATTTTTTCATTCATACAAGTTTATTCG
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59970 TAATGTTCCA
** * * *
59980 AAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAATTTTGAC
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*
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60109 TTTATACAACTTTGATC
128 TTTATACAACTTTGATC
* *
60126 AAAATAATAAGTAAAAGAGTAAAAATAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAACAATTATGA
1 AAAATAATAAATAAAAGA-TAAAAA-AAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAACAATTATGA
* * * *
60191 TTATTTAAACAATTATCTATTCAAATCATTATGATATTTTCTTTTTTTATAAATAATTGTTTCTT
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*
60256 TTTATACAAGTTTGATC
128 TTTATACAACTTTGATC
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1 AAAATAA
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AAAATAATAAATAAAAGATAAAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAACAATTATGACT
ATTTAACAATTATCTATTCAAATCACTATGATATTTTATTTTTTTATAAACAATTGTTTCTTTTT
ATACAACTTTGATC
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60116 AACTTTGATC
** * *
60126 AAAA-TAATAAGTAAAAGAGTAAAAATAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAACAATTATG
1 AAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAA-AAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATG
* * * * * *
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* **
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* * * *
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1 AAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGA
* * * * * * *
60371 CTATTTGAATAATTATCTATTTTAAGTCGTTTTGACCTTTTGTTTTGTCACAAAATAATTATTT-
65 CTATTT-AAAAATTATCTATTTCAAATC-TTATGATCTTTTGTTTTCTCA-TAAATAATTATTTC
* * *
60435 TTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAACAATATTAATTTATTAATATTCAA
127 TT-TTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAA
* * * * * *
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1 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGAC
*
60553 AATTTAAAAATTATCTATTTCAAA-CTGCTATGATCTTTTGTTTTCTCATAAAATAATTATTTCT
66 TATTTAAAAATTATCTATTTCAAATCT--TATGATCTTTTGTTTTCTCAT-AAATAATTATTTCT
* * * * *
60617 ATTTATATAAGCTTATTCTATATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
128 TTTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAA
** * * *
60668 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAACAAGTTCCAATAATTTTGAT
1 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGAC
* *
60733 TATTTGAAAATTTATCTATTTTAAAT
66 TATTT-AAAAATTATCTATTTCAAAT
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Statistics
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179 1 0.00
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AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGAC
TATTTAAAAATTATCTATTTCAAATCTTATGATCTTTTGTTTTCTCATAAATAATTATTTCTTTT
TATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAA
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Indices: 60808--60850 Score: 61
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60798 ATTTAAAAAA
* *
60808 AAAACCAAAATAAAATGTTAT
1 AAAACCAAAACAAAATGTCAT
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1 AAAACCAAAACAAAATGTCAT
60849 AA
1 AA
60851 CAATTTGAAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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AAAACCAAAACAAAATGTCAT
Found at i:61136 original size:181 final size:179
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60822 ATGTTATAAA
** * * *
60832 ACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATTGATAATTGTTAAAATATTCATAACTATTTGAATT
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** * * * *
60897 TTTTTGATAAATAGATTTATCTTTTAAATCTTTTATTTATTAGTTTTTTGAATATTAATAAATTA
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* * * *
60962 ATAATAGTTTATTTTGAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTAATT-TATG
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*
61013 ACAAAACAAAATGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAATT
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* * *
61078 TGTACGGAAAACAAATTTGTCTTTTAAATCTTTTACTTTTTAATTTTTTAAATATTAATAAATTA
66 T-TTCGGAAAA-AAATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTA
* * * * * *
61143 ATATTATTTTATTCCAAATAAATTTGTATGGATAGAAACAATTATTTTTTG
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** * * * * * * *
61194 ATGAAATAACATGTCATAATTATTTGAAATAGACAATAGTTCAAATAATTATAATTATTTGAACT
1 ACAAAACAAAATGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-T
* * * * **
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* * * ** * * *
61320 AATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATTAATAGAAATGACTATTATATC
128 AATATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTCTATG
* * * *
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* * * * * * *
61437 TATTCGAAAAACAAAATTATCTTTTAAATCATTTACTTATTAATTTTTTTAGTATTAATAAACTA
65 TTTTCGGAAAA-AAATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTA
* * * *
61502 ATATTACTTTA-TTCTGAATACATTTGTATGAATATAAACAATTATTCTATG
129 ATATTATTTTATTTC-GAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTCTATG
* * * * * *
61553 ACAAAAC-AAAGGTCATAATTGTTTTAAATATATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAATA
1 ACAAAACAAAATGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-
* * *
61617 TTTT--G----------A-----TAAATCTTTTACTTAGTAATTTTTAAAATATTAAGAAATTAA
65 TTTTCGGAAAAAAATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAA
* * * * * *
61665 TATTATTTTATTTTGGATAATCTTCCT-TGAATAGAAACAATTGTTCTATA
130 TATTATTTTATTTCGAATAAACTT-GTATGAATAGAAACAATTATTCTATG
* * * * * * * **
61715 ACAAAGCAAAAGGTCAAAATTATTTCAAATATATAACTATTCAAATAGTTTTAACTATTTGAAAT
1 ACAAAACAAAATGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AAT
* ** * * * * *
61780 TGTTCACTAAATAGATTTATATTTTAAAT-TCTCTACTTATTAA-TTTTCAAATATTAATAAATT
65 TTTTC-GGAAAAAAATTTATCTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATT
* * * * *
61843 AATACTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAAGTA-TCTTATT
128 AATATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTC-TATG
* * *
61895 ACAAAATAAAATGTCATAATGATTTGATATAGATAAT
1 ACAAAACAAAATGTCATAATTATTTGAAATAGATAAT
61932 AATTTTTTAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.07, T:0.43
Consensus pattern (179 bp):
ACAAAACAAAATGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT
TTTCGGAAAAAAATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAAT
ATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTCTATG
Found at i:61506 original size:359 final size:361
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60832 ACAAAACAAA
* * * *
60842 ATGTCATAACAATTTGAAATTGATAATTGTTAAAATATTCATAACTATTTGAATTTTTTTGATAA
1 ATGTCATAACAATTTGAAATAGACAATAGTTAAAATATTCATAACTATTTGAACTTTTTTGATAA
* * *
60907 ATAGATTTATCTTTTAAATCTTTTATTTATTAGTTTTTTGAATATTAATAAATTAATAATAGTTT
66 AAAGATTTATCTTTTAAACCTTTTAGTTATTAG-TTTTTGAATATTAATAAATTAATAATAGTTT
** * * *
60972 ATTTTGAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTAATTTATGACAAAACAAAATGTCATAATTATT
130 ATTTCAAATAAACTTATATGAATAGAAACAACTAATTTATCACAAAACAAAATATCATAATTATT
* * * * * * * *
61037 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAATTTGTACGGAAAACAAATTTGTCTTT
195 TGAAATAGATAATTCTTCAAATAGCCATAAATATTTAAACTTATACGAAAAACAAAATTATCTTT
* * * *
61102 TAAATCTTTTACTTTTTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAATT
260 TAAATCATTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAACTAATATTACTTTATTCCAAATAAATT
*
61167 TGTATGGATAGAAACAATTATTTTTTGATGAAATAAC
325 TGTATGAATAGAAACAATTATTTTTTGATGAAATAAC
** * *
61204 ATGTCATAATTATTTGAAATAGACAATAGTTCAAATAATT-ATAATTATTTGAACTTTTTTGATA
1 ATGTCATAACAATTTGAAATAGACAATAGTTAAAAT-ATTCATAACTATTTGAACTTTTTTGATA
* * *
61268 AAAAGATTTATCTTTTAAACCTTTTAGTTATTCA-TTTTTGGA-A-TAATAAATTAATATTATTT
65 AAAAGATTTATCTTTTAAACCTTTTAGTTATT-AGTTTTTGAATATTAATAAATTAATAATAGTT
* * * **
61330 TATTTCAAATAAGCTTGTATTAATAGAAATGACT-ATTATATCACAAAACAAAATATCATAATTA
129 TATTTCAAATAAACTTATATGAATAGAAACAACTAATT-TATCACAAAACAAAATATCATAATTA
* *
61394 TTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTTATTCGAAAAACAAAATTATCT
193 TTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGCCATAAATATTTAAACTTATACGAAAAACAAAATTATCT
* * ** *
61459 TTTAAATCATTTACTTATTAATTTTTTTAGTATTAATAAACTAATATTACTTTATTCTGAATACA
258 TTTAAATCATTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAACTAATATTACTTTATTCCAAATAAA
*
61524 TTTGTATGAATATAAACAATTATT
323 TTTGTATGAATAGAAACAATTATT
61548 CTATGACAAA
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AAAGATTTATCTTTTAAACCTTTTAGTTATTAGTTTTTGAATATTAATAAATTAATAATAGTTTA
TTTCAAATAAACTTATATGAATAGAAACAACTAATTTATCACAAAACAAAATATCATAATTATTT
GAAATAGATAATTCTTCAAATAGCCATAAATATTTAAACTTATACGAAAAACAAAATTATCTTTT
AAATCATTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAACTAATATTACTTTATTCCAAATAAATTT
GTATGAATAGAAACAATTATTTTTTGATGAAATAAC
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61557 AACAAAGGTC
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* *
61601 CATAACTATTTAAATAT
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Statistics
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ATAATTGTTTAAATAT
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61451 AATTATCTTT
* ** * *
61461 TAAATCATTTACTTATTAATTTTTTTAGTATTAATAAACTAATATTACTTTATTCTGAATACATT
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* * * * * * * *
61526 TGTATGAATATAAACAATTATTCTATGACAAAACAAAGGTCATAATTGTTTTAAATATATAATTG
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*
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* * * * *
61623 TAAATCTTTTACTTAGTAATTTTTAAAATATTAAGAAATTAATATTATTTTATTTTGGATA-ATC
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* *
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**
61751 CTATTCAAATAGTTTTAACTATTTGAAAT
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Statistics
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TAAATCATTTACTTAGTAATTTTTAAAATATTAAGAAACTAATATTACTTTATTCTGAATACATT
TCTATGAATAGAAACAATTATTCTATAACAAAACAAAGGTCAAAATTATTTCAAATATATAACTA
TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATATTTTGA
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61820 TAATTTTCAA
* *
61830 ATATTAATAAATTAATACTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAAGTATCTTAT
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* *
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* * * * * *
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1 ATATTAATAAATTAATACTATTTTATTCAAAATAAGATTGTATAATAGAAACAAGTATCTTAT-A
*
62007 TACAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAAT
65 TACAAAAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAAT
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Statistics
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ATATTAATAAATTAATACTATTTTATTCAAAATAAGATTGTATAATAGAAACAAGTATCTTATAT
ACAAAAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATAATTTTTTAT
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61957 TATTATTTTA
*
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*
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*
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*
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* * * * * * * *
62319 TTTATTTTGAATAA-CTTTGTATGAATAGATACAATTGTTTAATGACAAAACAAAATA-TTATAA
1 TTCA----AAATAAGATTT-TAT-AATAGAAACCATTGTTTTATGACACAACAAAA-AGTCATAA
* * * * * * * * * * *
62382 TTATTTAAAATAAATAATTGTTTAAATAGTTACAACTATTTCAACTTGGTCAAA-AAACATATTT
59 TGATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTAAATAAACAGATGT
62446 ATCTTTTAAA
123 ATCTTTTAAA
62456 GCTTTTCGTT
Statistics
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AATCCTTTACCTTCTAATTTTCGTAATATTAATATATTAACATTAT
Found at i:62474 original size:181 final size:179
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61921 ATATAGATAA
* * * *
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* * * * * *
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64 ATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTTATAATTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAA
* * * * *
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* * * * * * *
62111 TAATTTTCGTAATATTAATATATTAACATTA---T-TTCAAAATAAGATTTTAT-AATAGAAACC
1 TAATTTT-TTAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAA-CTTGTATGAATAGAAACA
* * * * * *
62171 ATTGTTTTATGACATAACAAAAAGTCATAATGATTTGAATTAAATAATTATTCATATAGTCATAA
64 ATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTTATAATTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAA
* * * * *
62236 CTATTTGAACTTGTTAAATAAACAGATGTATCTTTTAAATCCTTTACCTT-C
129 CTATTTGAACTTGTTCATTAAACAGATTTATCTTTTAAATCTTTTA-CTTAT
* * *** *
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* * * * * * *
62352 ATTGTTTAATGACAAAACAAAATATTATAATTATTTAAAATAAATAATTGTTTAAATAGTTACAA
64 ATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTTATAATTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAA
* * ** * *
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129 CTATTTGAACTTGTTCATTAAACAGATTTATCTTTTAAATCTTTTAC-TTAT
* * ** * * * *
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1 TAATTTTT-TAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAA-CTTGTATGAATAGAAACA
* ** * * * ** * * *
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64 ATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTTATAATTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAA
* * * * * * *
62598 CTATATAAACTTGTTTAGTAAAAATATTTATCCTTTAAATCTTTTACTTAT
129 CTATTTGAACTTGTTCATTAAACAGATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTAT
** * * ** * *
62649 TAATTTCTGAAATATTAATAATTTAATATTATTTTATTCCAAGTAAACTTACATGAACAGAAATA
1 TAATTT-TTTAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAAT-AACTTGTATGAATAGAAACA
* ** * * * *
62714 ATTTTTTTTAAAACAAAACAAAAT-TTCATAATTATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAGTAGTGAT
64 A-TTGTTTTATGACAAAACAAAATGTT-ATAATTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * *
62778 AACTATTT-ACACTTGTTCAGTAAATATATTTATCTTTTAAATCTTTTATTTTTT
127 AACTATTTGA-ACTTGTTCATTAAACAGATTTATCTTTTAAATCTTTTA-CTTAT
* * * * * * * * * * *
62832 TAATATTTGTCATATTAACAAATTAATGTCATTTTACTCACGAATAAACTTCTATGAACAAAAAT
1 TAAT-TTTTTAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC-CAAAT-AACTTGTATGAATAGAAAC
* * * * * * * * *
62897 AATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTTGTTATTATTTGAAATAGATAATTGTACAAATAGTCATA
63 AATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTTATAATTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATA
* ** ** *
62962 ATTATTTGAACTTGTTCGGTAAGTAGATTTATCATTTAAATCTTATT--TTAT
128 ACTATTTGAACTTGTTCATTAAACAGATTTATCTTTTAAATCTT-TTACTTAT
* * * * *
63013 TAATTTTATTCAAAATACTAATAAGTTAATAATATTTTATTTCAAATAAGCTTGCAT-AAGTAGA
1 TAATTTT-TT---AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAA-CTTGTATGAA-TAGA
* ** * ** * * * * * *
63077 AGCAGCTATTTTATGACAAAACAAAAAATTGTAATTATATGAAATAGATGATTGTTCAAATAGTG
60 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTTATAATTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTC
* * * * * * * *
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125 ATAACTATTTGAACTTGTTCATTAAACAGATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * ** * *
63196 TCAATTTTCATT-ATATTAATAAATTATTGTAATTTTATTCTGAATAAACTTGTATTAAAAGAAA
1 T-AATTTT--TTAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAAT-AACTTGTATGAATAGAAA
* * * * * *
63260 -AGATTGTTTTGTGATAAAACAAAATGTTAT-ATTTTTTAAAAAATAAATAA-TATTTAAATACT
62 CA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTTATAATTATTT--GAAATAAATAATTATTCAAATAGT
* * *
63322 CATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAA-AGAATAATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
124 CATAACTATTTGAACTTGTTC-ATTAAACAGATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTAT
* ** ** * * *
63377 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTACATGAACAAAAATA
1 TAATTTTT-TAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAA-CTTGTATGAATAGAAACA
* * * *
63442 ATTGTTTTATAACAAAACCAAAGGTTATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
64 ATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTTATAATTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAA
* ** * * * *
63507 ATATTTGAACTTGTTTGTTAAAAATATTAATCTTTTAATTCTTTTACTTAT
129 CTATTTGAACTTGTTCATTAAACAGATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTAT
** * * * * * *
63558 TAACTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTCATTTCAAATAAGCTTGCATGAACAAAAATA
1 TAA-TTTTTTAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAA-CTTGTATGAATAGAAACA
* * * * * ** * * *
63623 ATTGCTATATGACAAAAC-AAATGTGACACTTATTTGAAATATGTAATTGTTAAAATA-ACTATA
64 ATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTTATAATTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTC-ATA
* * * * *
63686 ACTATTTGAACTTGTTCGA-AAAATATATTTATCTTATAAATCATTTACTTAT
128 ACTATTTGAACTTGTTC-ATTAAACAGATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * ** * *
63738 TAATTTTAGCT-ATATTAATAAATTAATGTTATTTTATTTTAAATAAGATTGTCTGAATAGAAAC
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* * * * ** * * * *
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63 AATTGTT-TTATGACAAAACAAAATGTTATAATTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * *
63865 AACTA-TTGAACTTATTCAATAAACAAAGTTAT-TCTTTAAAT-TTCTTACTTAT
127 AACTATTTGAACTTGTTCATTAAACAGATTTATCT-TTTAAATCTT-TTACTTAT
** * * * * * * *
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* * * * * * *
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63 AATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTTATAATTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * *
64046 ACTATTTAAACTTGTTCGTTAAACATATTTATCTTTTAAATCTTTTACATAT
128 ACTATTTGAACTTGTTCATTAAACAGATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTAT
** * *
64098 TAATTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAATCTTGTATGAATAAAAACAA
1 TAATTTTTTAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAA-CTTGTATGAATAGAAACAA
* * * * * * **
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65 TTGTTTTATGACAAAACAAAATGTTATAATTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* * ** * * *
64226 TACTT-ACACTTGCTCGGTAAACAGATTTAT-TATTTAAGTATGTTACTTAT
130 TATTTGA-ACTTGTTCATTAAACAGATTTATCT-TTTAAATCTTTTACTTAT
* * * * *
64276 TAA-TTTTGAAAATATAGAAAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGTTTGTATGAATACAAAA
1 TAATTTTTTAATAT-TA-ATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAA-CTTGTATGAATA-GAAA
* * ** * * * *
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62 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTTATAATTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * *
64405 AACTATTTGCATTTGTTCATTAAATAGATTTATCATTTAAATCTTTT-TTTAT
127 AACTATTTGAACTTGTTCATTAAACAGATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * *
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* * * * * **
64522 ATTATTTTATGAGAAAACAAAATGTCT-TAATCATTTGAAATAAATCATTGTTCAAATCTTCATA
64 ATTGTTTTATGACAAAACAAAATGT-TATAATTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * *
64586 ACTATATGAACTTGTTTATCAAATAGATTTATCTTTTAAATTCTTTT-CTTAT
128 ACTATTTGAACTTGTTCATTAAACAGATTTATCTTTTAAA-TCTTTTACTTAT
* * * * * * * * *
64638 TAATTTTTGTAATATCAATCAATTAACATTGTTTTATTCCAAATAAATTTATATAAACAAAAACA
1 TAATTTTT-TAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAAT-AACTTGTATGAATAGAAACA
* * * * * * ** *
64703 ATTATTTTATGACAAAATAAAATATCATAATTATTTAAAATAAATAAATATTTGAATAGTTATAA
64 ATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTTATAATTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAA
* * * * * *
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* * * *** * ** * *
64819 TAATATTCTAAATTTTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAA-GTCAATTACAT--AAATA
1 TAAT-TTTTTAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAACTTGTATGA-ATAGAAACA
* * ** * * *
64881 ATTATTTTAT-A-ATAA-AAAA-GGCATAATTATTTTAAATAAATAATTATTCTAATAGTTATAA
64 ATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTTATAATTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAA
* * * * * *
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*
64992 T-ATTTTTTGGAATATTATTAAATTAATA
1 TAATTTTTT--AATATTAATAAATTAATA
65020 CTTAAAATTA
Statistics
Matches: 2337, Mismatches: 484, Indels: 183
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
171 3 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TAATTTTTTAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAACTTGTATGAATAGAAACAAT
TGTTTTATGACAAAACAAAATGTTATAATTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACT
ATTTGAACTTGTTCATTAAACAGATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTAT
Found at i:63490 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 63468--63515 Score: 55
Period size: 16 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
63458 ACCAAAGGTT
63468 ATAATTATTTGAAATAG-
1 ATAATTATTTGAAATAGC
*
63485 ATAATTA-TTCAAATAGTC
1 ATAATTATTTGAAATAG-C
*
63503 ATAAATATTTGAA
1 ATAATTATTTGAA
63516 CTTGTTTGTT
Statistics
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Consensus pattern (18 bp):
ATAATTATTTGAAATAGC
Found at i:63498 original size:361 final size:358
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61932 AATTTTTTAT
* * ** * *
61942 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCAAAATAAGATTTTAT-AATAGAAACCATTGTTTTATG
1 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTACATGAATAGAAACAATTATTTTAT-
* * * * *
62006 ATACAACA-AAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGTCATAACTATTTGAAC
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* * * * * * * * *
62070 TTGTTAAATAAACAGA-TGTATCTTTTAAATCCTTTACCTT-CTAATTTTCGTAATATTAATATA
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* * ** * * ** * * *
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* * * * * * * * **
62192 AAGTCATAATGATTTGAATTAAATAATTATTCATATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTAAATAA
256 ATGTTAT-ATTATTTGAAATAGATAATT-GTCAAATACTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAA
* * * *
62257 ACAG-ATGTATCTTTTAAATCCTTTACCTT-CTAATTTTCT-TA
319 A-AGAAT-AATCTTTTAAATCTTTTA-CTTATTAATTTT-TAGA
* * * * ** * * *
62298 ATATTAATATATTAACATTATTTTATTTTGAATAA-CTTTGTATGAATAGATACAATTGTTTAAT
1 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGC-TTACATGAATAGAAACAATTATTTTAT
* * * * * * * * *
62362 GACAAAACAAAATATTATAATTATTTAAAATAAATAATTGTTTAAATAGTTACAACTATTTCAAC
65 AACAAAACAAAA-GTTATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
** ** * * * *
62427 TTGGTCAAAAAACATATTTATCTTTTAAAGCTTTT-CGTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAA
129 TTATTCAGTAAATATAGTTATCTTTTAAATCTTTTAC-TTATTAA-TTTTCATAATATTAATAAA
* * * * * * ** * * *
62490 TTAATATTAGTTTATTCCAAATAAGA-ATGCAT-AA-AAAGACACAAATGTCCTATAACAAAATA
192 TTAATATTATTTTATTCTAAATAA-ACTTGCATGAACAAA-A-ATAATTATTTTATGATAAAACA
* * * * * * *
62552 AAAGGTTATAATTATTTGAAATGGATAATTGTTTAAATAATCATAACTATATAAACTTGTT-TAG
254 AAATGTTAT-ATTATTTGAAATAGATAATTG-TCAAATACTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-
* * *
62616 TAAAA-ATATTTATCCTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTCT-GAA
316 TAAAAGA-A-TAATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-A
* * * * * * * *
62660 ATATTAATAATTTAATATTATTTTATTCCAAGTAAACTTACATGAACAGAAATAATTTTTTTTAA
1 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTACATGAATAGAAACAA-TTATTTTAT
* * * * * *
62725 AACAAAACAAAATTTCATAATTATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAGTAGTGATAACTATTT-ACA
65 AACAAAACAAAAGTT-ATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA-A
* * * * * * *
62789 CTTGTTCAGTAAATATATTTATCTTTTAAATCTTTTATTTTTTTAATATTT-GTCATATTAACAA
128 CTTATTCAGTAAATATAGTTATCTTTTAAATCTTTTA-CTTATTAAT-TTTCATAATATTAATAA
* * * *
62853 ATTAATGTCATTTTACTC-ACGAATAAACTT-CTATGAACAAAAATAATTATTTTATGATAAAAT
191 ATTAATATTATTTTATTCTA--AATAAACTTGC-ATGAACAAAAATAATTATTTTATGATAAAAC
* * * * *
62916 AAAAGGTTGTTATTATTTGAAATAGATAATTGTACAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGG
253 AAAATGTT-ATATTATTTGAAATAGATAATTGT-CAAATACTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA
* * * * *
62981 TAAGTAGATTTATCATTTAAATCTTATT--TTATTAATTTTATTCAAA
316 TAA-AAGAATAATCTTTTAAATCTT-TTACTTATTAA-TTT-TT-AGA
* * * * * **
63027 ATACTAATAAGTTAATAATATTTTATT-TCAAATAAGCTTGCAT-AAGTAGAAGCAGCTATTTTA
1 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTACATGAA-TAGAAACAATTATTTTA
* * * * * * ** * *
63090 TGACAAAACAAAAAATTGTAATTATATGAAATAGATGATTGTTCAAATAGTGGTGACTATTTGCA
64 TAACAAAAC-AAAAGTTATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * *
63155 CATATTCAGTAAATAGAGTTATCTTTTAAATCTTTTACTT-TTCAATTTTCATTATATTAATAAA
128 CTTATTCAGTAAATATAGTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTTTCATAATATTAATAAA
* * * * * * * *
63219 TTATTGTAATTTTATTCTGAATAAACTTGTATTAA-AAGAAA-AGATTGTTTTGTGATAAAACAA
192 TTAATATTATTTTATTCTAAATAAACTTGCATGAACAA-AAATA-ATTATTTTATGATAAAACAA
* * * *
63282 AATGTTATATTTTTTAAAAAATAAATAATAT-TTAAATACTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAT
255 AATGTTATATTATTT--GAAATAGATAAT-TGTCAAATACTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAT
*
63346 AAAAGAATAATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGA
317 AAAAGAATAATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGA
* * * * *
63388 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTACATGAACAAAAATAATTGTTTTATA
1 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTACATGAATAGAAACAATTATTTTATA
* *
63453 ACAAAACCAAAGGTTATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACT
66 ACAAAA-CAAAAGTTATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * *
63518 TGTT-TGTTAAAAATA-TTAATCTTTTAATTCTTTTACTTATTAACTTTTGA-AATATTAATAAA
130 TATTCAG-TAAATATAGTT-ATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTCATAATATTAATAAA
* * ** * *
63580 TTAATATTATTTCATT-TCAAATAAGCTTGCATGAACAAAAATAATTGCTATATGACAAAAC-AA
192 TTAATATTATTTTATTCT-AAATAAACTTGCATGAACAAAAATAATTATTTTATGATAAAACAAA
* * *
63643 ATGTGACACTTATTTGAAATATG-TAATTGTTAAAATAACT-ATAACTATTTGAACTTGTTCGA-
256 ATGTTATA-TTATTTGAAATA-GATAATTG-TCAAAT-ACTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAT
* * * * *
63705 AAAATATATTTATCTTATAAATCATTTACTTATTAA-TTTTAGCT
317 AAAAGA-A-TAATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-A
* * * * * *
63749 ATATTAATAAATTAATGTTATTTTATTTTAAATAAGATTGTC-TGAATAGAAACAATTATTCT-C
1 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTT-ACATGAATAGAAACAATTATTTTAT
* ** * * * * *
63812 AACAAAATAAAAGGACATAATTATTTAAAATAAATAATCATTCAAATAATCACAACTA-TTGAAC
65 AACAAAACAAAA-GTTATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * *
63876 TTATTCAATAAACAAAGTTAT-TCTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTCAGAACATTAATATA
129 TTATTCAGTAAATATAGTTATCT-TTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTCATAATATTAATAAA
* * ** * * * *
63939 TAAATATTATCTTATTCTAAATAAGTTTGCATGAA-ATGAAACAACTATTTTATGATAAAATAAA
192 TTAATATTATTTTATTCTAAATAAACTTGCATGAACA-AAAATAATTATTTTATGATAAAACAAA
* * * * * *
64003 ATGTTATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAAAACTATTTAAACTTGTTCGTTAA
256 ATGTTAT-ATTATTTGAAATAGATAATT-GTCAAATACTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAA
* * * *
64068 ACATATTTATCTTTTAAATCTTTTACATATTAA-TTTTAGA
319 A-AGAATAATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGA
* ** * * *
64108 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAATCTTGTATGAATAAAAACAAATATTTTATC
1 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTACATGAATAGAAACAATTATTTTATA
* * * * *
64173 ACAAAACAAAAGTAAAAAATATTTGAAATAGTTAATTATTCAAATA-TCATAACTACTT-ACACT
66 ACAAAACAAAAGTTATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACT
** * * * * * * * * * *
64236 TGCTCGGTAAACAGATTTAT-TATTTAAGTATGTTACTTATTAATTTTGAAAATA-TAGAAAAAT
130 TATTCAGTAAATATAGTTATCT-TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCATAATATTA-ATAAAT
* ** * * * *
64299 TAATATTATTTTATTCCAAATAAGTTTGTATGAATACAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAA
193 TAATATTATTTTATTCTAAATAAACTTGCATGAACA-AAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAA
* * * * * *
64364 GGTCCTA-ATTATTTGAAATAGATAATTGTTCACATAGTTATAACTATTTGCATTTGTTC-ATTA
257 TGT--TATATTATTTGAAATAGATAATTG-TCAAATACTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TA
* * * *
64427 AATAGATTTATCATTTAAATCTTTT-TTTATTAATTTTT-GTA
318 AA-AGAATAATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-A
* * * * **
64468 ACATTAATAAATTAATATTATTTAATT-TCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTAT
1 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTACATGAATAGAAACAATTATTTTAT
* * * * * * ** *
64532 GAGAAAACAAAATGTCT-TAATCATTTGAAATAAATCATTGTTCAAATCTTCATAACTATATGAA
65 AACAAAACAAAA-GT-TATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * ** * *
64596 CTTGTTTA-TCAAATAGATTTATCTTTTAAATTCTTTT-CTTATTAATTTTTGTAATATCAATCA
128 CTTATTCAGT-AAATATAGTTATCTTTTAAA-TCTTTTACTTATTAATTTTCATAATATTAATAA
* * * * ** * * * *
64659 ATTAACATTGTTTTATTCCAAATAAATTTATATAAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAA
191 ATTAATATTATTTTATTCTAAATAAACTTGCATGAACAAAAATAATTATTTTATGATAAAACAAA
* * * * ** * * * * *
64724 ATATCATAATTATTTAAAATAAATAAATAT-TTGAATAGTTATAACTATTTAAACGTG-TCCAGT
256 ATGTTAT-ATTATTTGAAATAGAT-AAT-TGTCAAATACTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-T
* * * * *
64787 ATACAGATTTATCTTTTAAATATTTTACTTATTAATATTCTA-A
317 A-AAAGAATAATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT-TTTTAGA
* * * * * *
64830 ATTTTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAG-TCA-ATTACAT--AAATAATTATTTTAT
1 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTACATGA-ATAGAAACAATTATTTTAT
* ** * * * * *
64891 -A-ATAA-AAAAGGCATAATTATTTTAAATAAATAATTATTCTAATAGTTATAACTATTTAAACT
65 AACAAAACAAAAGTTATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * * *** *
64953 TGTTCAGTAAATGA-ATTTATCGTTTAACTCTTTT-TTTATTATTTTTTGGAATATTATTAAATT
130 TATTCAGTAAAT-ATAGTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCATAATATTAATAAATT
65016 AATA
194 AATA
65020 CTTAAAATTA
Statistics
Matches: 2155, Mismatches: 437, Indels: 262
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
354 32 0.01
355 67 0.03
356 47 0.02
357 111 0.05
358 27 0.01
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360 357 0.17
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (358 bp):
ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTACATGAATAGAAACAATTATTTTATA
ACAAAACAAAAGTTATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
ATTCAGTAAATATAGTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCATAATATTAATAAATTAA
TATTATTTTATTCTAAATAAACTTGCATGAACAAAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAATGTT
ATATTATTTGAAATAGATAATTGTCAAATACTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAAAGAATA
ATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGA
Found at i:64012 original size:540 final size:535
Alignment explanation
Indices: 62147--64683 Score: 1438
Period size: 540 Copynumber: 4.7 Consensus size: 535
62137 CATTATTTCA
* * * * * * * * * *
62147 AAATAAGATTTTAT-AATA-GAAACCATTGTTTTATGACATAACAAAAAGTCATAATGATTTGAA
1 AAATAAGATTGTATGAATACAAAACAATTATTTCA-GACAAAACAAAAGGACATAATTATTTAAA
* * * * *
62210 TTAAATAATTATTCATATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTAAATAAACAGATGTA-TCTTTTAA
65 ATAAATAA-TATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAA-AAAT-TATTC-TTTAA
* * ** * * * *
62274 ATCCTTTACCTT-CTAATTTTCTTAATATTAATATATTAACATTATTTTATTTTGAATAA-CTTT
126 ATCTTTTA-CTTATTAATTTT-AGAACATTAATAAATTAATATTA-TTTATTCTGAATAAGC-TT
* * * * * * *
62337 GTATG-AATAGATACAATTGTTTAATGACAAAACAAAATATTATAATTATTTAAAATAAATAATT
187 GCATGAAAT-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTTATAATTATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * * *** **
62401 GTTTAAATAGTTACAACTATTTCAACTTG-GTCAAAAAACATATTTATCTTTTAAAGCTTTT-CG
251 ATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTTGTTTGTTAAAA-ATATTTATCTTTTAATTCTTTTAC-
* * **
62464 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTAGTTTATTCCAAATAAGAATGCAT-AA-AAA
314 TTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGCATGAACAAA
* * * * * * * * *
62527 GACACAAATGTCCTATA--ACAAAATAAAAGGTTATAATTATTTGAAATGGATAATTGTTTAAAT
378 -A-ACAAA--TACTATATCACAAAACAAAA-GTAAAAAATATTTGAAATAGTTAATTATTAAAAT
* * * * * ** * * *
62590 AATCATAACTA-TATAAACTTGTTTAGTAAAA-ATATTTATCCTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
438 AA-CATAACTACT-TACACTTG-CTCGAAAAACAGATTTATTATATAAATATGTTACTTATTAAT
* *
62653 TTCTG-AAATATTA-ATAATTTAATATTATTTTATTCC
500 TT-TGAAAATA-TAGAAAAATTAATATTATTTTATTCC
* ** * * * * ***
62689 AAGTAA-ACTTACATG-A-ACAGAAATAATTTTTTTTAAAACAAAACAAAATTTCATAATTATTT
1 AAATAAGA-TTGTATGAATACA-AAACAA--TTATTTCAGACAAAACAAAAGGACATAATTATTT
* * * * * * * *
62751 GAAATAAAAAATTGTTCAAGTAGTGATAACTATTT-ACACTTGTTCAGTAAATATATT-TATCTT
62 AAAATAAATAA-TATTCAAATAATCATAACTATTTGA-ACTTGTTCAATAAA-AAATTAT-TC-T
* * * * * * * * *
62814 TTAAATCTTTTATTTTTTTAATATTT-GTCATATTAACAAATTAATGTCATTTTACTCACGAATA
122 TTAAATCTTTTA-CTTATTAAT-TTTAG-AACATTAATAAATTAATATTA-TTTATTC-TGAATA
* * * * * * * *
62878 AACTT-CTATGAACA-AAAATAATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTTGTTATTATTTGAAATAG
182 AGCTTGC-ATGAA-ATGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTTATAATTATTTGAAATAG
* * * * * ** * * *
62941 ATAATTGTACAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGGTAAGTAGATTTATCATTTAAATCTT
245 ATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTTGTTTGTTAAAAATATTTATCTTTTAATTCTT
* * * *
63006 ATT--TTATTAATTTTATTCAAAATACTAATAAGTTAATAATATTTTATTTCAAATAAGCTTGCA
310 -TTACTTATTAA--TT-TT-GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGCA
* * * ** * * * * *** * * * * *
63069 T-AAGTAGAAGCAGCTATTTTATGACAAAACAAAAAATTGTAATTATATGAAATAGATGATTGTT
370 TGAA-CAAAAACAAATACTATATCACAAAAC-AAAAGTAAAAAATATTTGAAATAGTTAATTATT
* *** * * * * ** * * * * * *
63133 CAAATAGTGGTGACTATTTGCACATATTC-AGTAAATAGAGTTATCT-TTTAAATCTTTTACTT-
433 AAAATA-ACATAACTACTTACACTTGCTCGA-AAAACAGATTTAT-TATATAAATATGTTACTTA
* ** * * * * *
63195 TTCAATTTTCATTATATTA-ATAAATTATTGTAATTTTATTCT
495 TT-AATTTTGAAAATA-TAGAAAAATTAATATTATTTTATTCC
* * * * * * ** * * ** *
63237 GAATAA-ACTTGTATTAAAAGAAAA-GATTGTTTTGTGATAAAACAAAATGTTAT-ATTTTTTAA
1 AAATAAGA-TTGTATGAATACAAAACAATT-ATTTCAGACAAAACAAAAGGACATAATTATTT--
* * * * *
63299 AAAATAAATAATATTTAAATACTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAAAGAATAATTTTTTAA
62 AAAATAAATAATATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAAA-AATTATTCTTTAA
* *
63364 ATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTAC
126 ATCTTTTACTTATTAA-TTTTAGAACATTAATAAATTAATATTA-TTTATTCTGAATAAGCTTGC
* * * * * *
63429 ATGAACA-AAAATAATTGTTTTATAACAAAACCAAAGGTTATAATTATTTGAAATAGATAATTAT
189 ATGAA-ATGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTTATAATTATTTGAAATAGATAATTAT
*
63493 TCAAATAGTCATAAATATTTGAACTTGTTTGTTAAAAATATTAATCTTTTAATTCTTTTACTTAT
253 TCAAATAGTCATAAATATTTGAACTTGTTTGTTAAAAATATTTATCTTTTAATTCTTTTACTTAT
* *
63558 TAACTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTCATTTCAAATAAGCTTGCATGAACAAAAATA
318 TAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGCATGAACAAAAACA
* * * * * * ** *
63623 ATTGCTATATGACAAAACAAATGTGACACTTATTTGAAATA-TGTAATTGTTAAAATAACTATAA
382 AATACTATATCACAAAACAAAAGTAAAAAATATTTGAAATAGT-TAATTATTAAAATAAC-ATAA
* * * * *
63687 CTATTTGA-ACTTGTTCGAAAAATATATTTATCT-TATAAATCAT-TTACTTATTAATTTT-AGC
445 CTACTT-ACACTTGCTCGAAAAACAGATTTAT-TATATAAAT-ATGTTACTTATTAATTTTGA-A
* * * **
63748 TATATTA-ATAAATTAATGTTATTTTATTTT
506 AATA-TAGAAAAATTAATATTATTTTATTCC
* * *
63778 AAATAAGATTGTCTGAATA-GAAACAATTATTCTCA-ACAAAATAAAAGGACATAATTATTTAAA
1 AAATAAGATTGTATGAATACAAAACAATTATT-TCAGACAAAACAAAAGGACATAATTATTTAAA
* *
63841 ATAAATAATCATTCAAATAATCACAACTA-TTGAACTTATTCAATAAACAAAGTTATTCTTTAAA
65 ATAAATAAT-ATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAA-AAA-TTATTCTTTAAA
* * * *
63905 T-TTCTTACTTATTAATTTTCAGAACATTAATATATAAATATTATCTTATTCTAAATAAGTTTGC
127 TCTT-TTACTTATTAATTTT-AGAACATTAATAAATTAATATTAT-TTATTCTGAATAAGCTTGC
* * *
63969 ATGAAATGAAACAACTATTTTATGATAAAATAAAATGTTATAATTATTTGAAATAGATAATTATT
189 ATGAAATGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTTATAATTATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * * *
64034 CAAATAGTTA-AAACTATTTAAACTTGTTCGTTAAACATATTTATCTTTTAAATCTTTTACATAT
254 CAAATAGTCATAAA-TATTTGAACTTGTTTGTTAAAAATATTTATCTTTTAATTCTTTTACTTAT
* * *
64098 TAATTTT-AGAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCTAAATAATCTTGTATGAATAAAAAC
318 TAATTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGCATGAACAAAAAC
* * * *
64161 AAATATTTTATCACAAAACAAAAGTAAAAAATATTTGAAATAGTTAATTATTCAAATATCATAAC
381 AAATACTATATCACAAAACAAAAGTAAAAAATATTTGAAATAGTTAATTATTAAAATAACATAAC
** * *
64226 TACTTACACTTGCTCGGTAAACAGATTTATTATTTAAGTATGTTACTTATTAATTTTGAAAATAT
446 TACTTACACTTGCTCGAAAAACAGATTTATTATATAAATATGTTACTTATTAATTTTGAAAATAT
64291 AGAAAAATTAATATTATTTTATTCC
511 AGAAAAATTAATATTATTTTATTCC
* * * * * * *
64316 AAATAAGTTTGTATGAATACAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCCTAATTATTTGAA
1 AAATAAGATTGTATGAATACAAAACAATTATTTCA-GACAAAACAAAAGGACATAATTATTTAAA
* * * * * * * * *
64381 ATAGATAATTGTTCACATAGTTATAACTATTTGCATTTGTTCATTAAATAGATT-TATCATTTAA
65 ATAAATAA-TATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAA-AAATTAT-TC-TTTAA
* * *
64445 ATCTTTT-TTTATTAATTTTTGTAACATTAATAAATTAATATTATTTAATT-TCGAATAAACTTG
126 ATCTTTTACTTATTAATTTTAG-AACATTAATAAATTAATATTATTT-ATTCT-GAATAAGCTTG
* * * * *
64508 TATG-AATAGAAACAATTATTTTATGAGAAAACAAAATGTCT-TAATCATTTGAAATAAATCATT
188 CATGAAAT-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGT-TATAATTATTTGAAATAGATAATT
* ** * * * * * *
64571 GTTCAAATCTTCATAACTATATGAACTTGTTTATCAAATAGATTTATCTTTTAAATTCTTTT-CT
251 ATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTTGTTTGTTAAAAATATTTATCTTTT-AATTCTTTTACT
* * * * * *
64635 TATTAATTTTTGTAATATCAATCAATTAACATTGTTTTATTCCAAATAA
315 TATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAA
64684 ATTTATATAA
Statistics
Matches: 1565, Mismatches: 337, Indels: 187
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GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTTATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
TCATAAATATTTGAACTTGTTTGTTAAAAATATTTATCTTTTAATTCTTTTACTTATTAATTTTG
AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGCATGAACAAAAACAAATACTATA
TCACAAAACAAAAGTAAAAAATATTTGAAATAGTTAATTATTAAAATAACATAACTACTTACACT
TGCTCGAAAAACAGATTTATTATATAAATATGTTACTTATTAATTTTGAAAATATAGAAAAATTA
ATATTATTTTATTCC
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * **
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* * * * * **
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* * * * ** * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* ** * ** * *
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* * * * * * *
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* * * ** * * * *
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*** * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * ** * *
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* ** * * * *
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* * * *
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* * * * * * * **
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* * * * ** * *
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* * * * * ** *
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* * * * ** * * *
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* * * *
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* *
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* * ** * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* *
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* * * * *
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1 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGATTGTATGAATAAAAACAATTATT-TTAA
* * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * ** * * * *
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*
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** *
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1 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGATTGTATGAATAAAAACAATTATTTTA--
* * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * ** * * *
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* * *
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* * * *
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* *** * * * * **
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* * * * * * *
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* * * * * ** * * *
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* * * * * ** ** * * *
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* * * *
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* * * ** * *
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1 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGATTGTATGA-ATAAAAACAATTATTTTA-
* * * * * * * * *
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TCGATAAACAAATTATTCTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTAGAAAATTAATAAATTAATATT
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CTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGA
Found at i:64040 original size:16 final size:17
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*
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* * * * * * ***
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** * ** * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * **
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* * * ** ** * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * **
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* * * * * * *
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* * * * ** * * *
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* * * * * *
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** * * * * * * *
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* * *
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* * * * * * * * * * *
67146 TAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTGATAACTATTTGAAATTGGTAATTGTTCAAATAGTTAT
65 CAATTGTTCTATGACAAAACAAAAGGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * *
67211 AACTATTTCAACTTATTTGATAAACAAACTTAT-ATTTTAAATCATTTACATA
130 AACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAAATTTATCA-TTTAAATCTTTTACTTA
** * * * * *
67263 TTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAACATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAAACAAAAAC
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
* * * * * *
67328 AATTTTTCTATGAGAAAACAAAATGCCATAATTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCACA
66 AATTGTTCTATGACAAAACAAAAGGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * *
67393 ACTATTTGAA-TAAGTTT-AGCAAACATATTTATCATTTAAATCTTTTAGTTA
131 ACTATTTGAACT-TGTTTGA-TAAATAAATTTATCATTTAAATCTTTTACTTA
* * * * * * * * * * *
67444 TTAAATTCT-AAAAATTATTATATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATAAACAAAAAT
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
* * * * * * *
67508 ATTTGCTT-TGTTAC-AAACAAAAGGTCATAATTATTTAAAATAGAT-ATTGTTTAAATAGTCAC
66 AATTG-TTCTATGACAAAACAAAAGGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * *
67570 AACTATTTGAACTTATTAGATAAGTAGATTTAT-ATTTATATTTTTTTACTTA
130 AACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAAATTTATCATTTA-AATCTTTTACTTA
* * * * * * *
67622 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATAATATTTTATT-TCAAAAAAGCTGGAATGAACAAAAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* * * * *
67686 CAGTTGTTAC-ATGATAAAACTAAAGGTCCA-AATTATTTGAAATAGATAATTAGTT-TAATATT
65 CAATTGTT-CTATGACAAAACAAAAGGT-CATAATTATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGT
* * * * * * *
67748 TA-AAGTTATTTGAATTTGTTCGGTAATTAGATTTATTC-TTTAAATCTTTTACTTA
127 CATAA-CTATTTGAACTTGTTTGATAAATAAATTTA-TCATTTAAATCTTTTACTTA
* * * ** * *
67803 TTAGTTTTTAAAATATTAATGAAA-TAAGATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAAAAGAAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* * * * * *
67867 TAATTATTTTATAACAAAACAAAAGTTTATAATTATTTGAAATAGATAATTAATT-AAATAGTCA
65 CAATTGTTCTATGACAAAACAAAAGGTCATAATTATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAATAGTCA
* ** * * *
67931 TAACTATTTCAACCTT-TTCAATAAATAGATTTAT-TTTTAAATCCTTTACTTA
129 TAACTATTTGAA-CTTGTTTGATAAATAAATTTATCATTTAAATCTTTTACTTA
* * * *
67983 ATAA-TTTTCAGAATATTAAAAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAA
1 TTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAA
68030 TCTCATATGA
Statistics
Matches: 2132, Mismatches: 505, Indels: 210
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
171 7 0.00
172 32 0.02
173 32 0.02
174 83 0.04
175 31 0.01
176 92 0.04
177 18 0.01
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183 7 0.00
184 87 0.04
185 48 0.02
186 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
AATTGTTCTATGACAAAACAAAAGGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
ACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAAATTTATCATTTAAATCTTTTACTTA
Found at i:67104 original size:361 final size:356
Alignment explanation
Indices: 65152--68015 Score: 1760
Period size: 361 Copynumber: 8.0 Consensus size: 356
65142 TTATTTCGAC
* * *
65152 TAAGTTTGTATGAATA-AAA-ATATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTTGTAACTATTTGAAATA
1 TAAGTTTGTATGAATAGAAACA-ATTGTTTTAAGACAAAACAAAA-GTTATAATTATTTGAAATA
* ** * * * ** *
65215 TG-TAATTGTTCAAATAATAATAACTACTTGACTTTGTACGGTAAATAAATTTATC-TTCTAAAT
64 -GATAA-TATTCAAAT-AGCATAATTATTTGACTTT-TTCAATAAATAGATTTATCATT-TAAAT
* * *
65278 -TGTTTAGTTATTAATTTTAAAAATATTAATAAATTAATATTACTTTCATTC-GAAATAAACTTG
124 CT-TTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTA-TTTTATTCTG-AATAAACTTG
* * * * * * *
65341 TATAAACAGAAACAATTATTCTATGACAAAACAAAAGATTATTATTATTTGAAAAAAATAACTAA
186 TATAAATAGAAACAATTATTCTATGACAAAACAAAAGATTATAACTATTTGAAATAGATAATTAT
* * * * * * * ***
65406 TCAAATAGTTATAACTATTTGAATTTTTTCAAT-AACTAGATTTATCTTTTAAATCATTTACCCG
251 TAAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAAC-AAATTTATATTTTAAATCTTTTACTTA
** ** * * * *
65470 TTAATTTTCAAAATATTAGTGTATTAAAATT-TTTTTTC-CAA
315 TTAATTTTTGAAATATTA-TAAATTAATATTATCTATTCTAAA
* * * * ** * * *
65511 TAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTGCA-ACAAAACAAGGGTCA-AATTATTTAAAATTG
1 TAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT-AAGACAAAACAAAAGTTATAATTATTTGAAATAG
* * * * ** * * *
65574 TTAAT-TT-AAATAGTCATAACTTTTTTAACTTATTCGGTAAACAGATTTAT-TTTTAAATAC-G
65 ATAATATTCAAATAG-CATAA-TTATTTGACTTTTTCAATAAATAGATTTATCATTTAAAT-CTT
* * * * * *
65635 CTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATCAATATTATTTTATTTTAAATAAA-TT-TACACG
127 TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATA--
* * * * * * * * * * * *
65697 AACATAAATAATTATTTTATAACAAAATAAAAGGTTATAATTATTTAAAATAGATAATTGTTTAG
190 AATAGAAACAATTATTCTATGACAAAACAAAAGATTATAACTATTTGAAATAGATAATTATTAAA
* * * * * * * * *
65762 ATAGTAACAATTATTT-AACCTTGTT-ATGTACACAGATTAATCTTCTAAATCTTTTACTTATTA
255 ATAGTCATAACTATTTGAA-CTTGTTCA-ATAAACAAATTTATATTTTAAATCTTTTACTTATTA
* * * *
65825 ATTTTTAAAATATTAATAAATAAATATTTTTTATT-TGAAA
318 ATTTTTGAAATATT-ATAAATTAATATTATCTATTCT-AAA
* * * * * * * * *
65865 TAAGTTTTTATAAACAGAAATAATTGTTTCATGACAAAAAAAAAGTGATAATAATTTGAAATAGA
1 TAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAGTTATAATTATTTGAAATAGA
* * * **
65930 TAAATATTCTATTTAAATAGCCATAAATATTTGATCTTATTCAGTAAATAGATTTATCGCTTAAA
66 T-AATATTC-----AAATAG-CATAATTATTTGA-CTTTTTCAATAAATAGATTTATCATTTAAA
* * * *
65995 TCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATTTTAATAAACTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTT
123 TCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTA
* * * * * * * *
66060 TGAACAGAAAC-ATTATTTTATGA-TAAA-ATATGATGTCTTAATTATTTGAAATAGATAATTAT
188 TAAATAGAAACAATTATTCTATGACAAAACAAAAGAT-T-ATAACTATTTGAAATAGATAATTAT
* * * * ** *
66122 TCAAATAGTAATAACTTTTTGAACTTGATCGGTAAACAAATTTATATTTTAAATTTTTTACTTAT
251 TAAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATATTTTAAATCTTTTACTTAT
** * * *
66187 TAATTTGAGGAATATTATTAATTAATATTACTTTATTCTAAA
316 TAATTTTTGAAATATTATAAATTAATATTA-TCTATTCTAAA
* * * *
66229 TAAATTT-TATAAATAGAAACAATTGTTATAAGACAAAACAAAAGGTTATAACTATTTGAAATAG
1 TAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAA-GTTATAATTATTTGAAATAG
* * ** * * ***
66293 TTAATTATGCAAATAATTACAATTATTTGAGTTTGTTTGCTAAATAGATTTATCATTTAAATCTT
65 ATAA-TATTCAAAT-AGCATAATTATTTGACTTT-TTCAATAAATAGATTTATCATTTAAATCTT
* * * * * *
66358 TTACTTATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAATGTTATTTTATTCTGAATAAGCTTGGATGAA
127 TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATAAA
* * * * *
66423 TAGAAACAACTGTTCTATGACAAAACCAAAGGA-CATAACTATTTGAAATAGATAATTA-GACAA
192 TAGAAACAATTATTCTATGACAAAA-CAAAAGATTATAACTATTTGAAATAGATAATTATTA-AA
** * * * * * *
66486 ATACCCAAAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAAAAAAATATATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
255 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAAT-AAACAAATTTATATTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* * *
66551 TTTTTGAAATGTTAATGAATTAAT-TT-T-T-TT-TTAA
319 TTTTTGAAATATT-ATAAATTAATATTATCTATTCTAAA
* * * *
66585 TAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGCTTTATA-ACAAATTA-AAAAGTTATAATTTTTTGAAAT
1 TAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA-AGACAAA--ACAAAAGTTATAATTATTTGAAAT
* * * * * * **
66648 AGGTAATGTT-ACAATAGTCATAATTATCTGAATTTGTTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATC
63 AGATAATATTCA-AATAG-CATAATTATTTGACTTT-TTCAATAAATAGATTTATCATTTAAATC
* * * * ** *
66712 TTTTAGTTATTAAATTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTATATTTTGAATATGCTTGTAAA
125 TTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATA
* * *
66777 AATAGAAACAATTGA-TCTATGTCAAAACAAAAGATTATAATTATTTGAAATTGATAATTATTAA
190 AATAGAAACAATT-ATTCTATGACAAAACAAAAGATTATAACTATTTGAAATAGATAATTATTAA
* * * * * *
66841 AATAGTCATAGCTATTTGAATTTGTTCAATACACAAATTTATCTTTTAAATCTGTTACTGATTAA
254 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATATTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* * *
66906 TTTTTGCAATATTAGTAAACTAATATTATCTCATTCCAAA
319 TTTTTGAAATATTA-TAAATTAATATTATCT-ATTCTAAA
* * * * * * * *
66946 GAAGTTTGTATGAATAGAAACAAATATTTTACGACAAAACAACTAGTTCTAATTATTTGAAACAA
1 TAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAA-AAGTTATAATTATTTGAAATAG
* * *
67011 ATAATATTCAAATAGCAATAACTATTTTACCTTTTTCAATAAATAGTTTTATC-TTATAAATCTT
65 ATAATATTCAAATAGC-ATAATTATTTGA-CTTTTTCAATAAATAGATTTATCATT-TAAATCTT
** * * * * *
67075 TTACTTATTAATTTTTGGAATAATAATAAATGAATATTATTTTATTCTGAAAAAACATGTATAAG
127 TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATAAA
* * * * * * * *
67140 TAGAAATAATTATTTTATAACAAAACAAAA-AGTGATAACTATTTGAAATTGGTAATTGTTCAAA
192 TAGAAACAATTATTCTATGACAAAACAAAAGA-TTATAACTATTTGAAATAGATAATTATTAAAA
* * * ** * * *
67204 TAGTTATAACTATTTCAACTTATTTGATAAACAAACTTATATTTTAAATCATTTACATATTAATT
256 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATATTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
** * * * *
67269 TTCAAAATATTAATAAATTAACATTATTTTATTTTGAA
321 TTTGAAATATT-ATAAATTAATATTA-TCTATTCTAAA
* * * * * * **
67307 TAAGCTTGTATAAACAAAAACAATT-TTTCTATGAGAAAACAAAATGCCATAATTATTTGAAATA
1 TAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT-TAAGACAAAACAAAA-GTTATAATTATTTGAAATA
* * * * * ** * *
67371 GATAATTGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAATAAGTTT-AGCAAACATATTTATCATTTAAATC
64 GATAA-TATTCAAATAG-CATAATTATTTGACT--TTTTCAATAAATAGATTTATCATTTAAATC
* * * * * *
67435 TTTTAGTTATTAAATTCTAAAA-ATTATTATATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATA
125 TTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATA
* * * * * * * *
67499 AACA-AAA-ATATT-TGCTTTGTTAC-AAACAAAAGGTCATAATTATTTAAAATAGAT-ATTGTT
190 AATAGAAACA-ATTATTCTATG--ACAAAACAAAAGATTATAACTATTTGAAATAGATAATTATT
* * * ** * * *
67559 TAAATAGTCACAACTATTTGAACTTATT-AGATAAGTAGATTTATA-TTTATATTTTTTTACTTA
252 AAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-ATAAACAAATTTATATTTTA-AATCTTTTACTTA
* *
67622 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATAATATTTTATT-TCAAA
315 TTAATTTTTGAAATATT-ATAAATTAATATTA-TCTATTCT-AAA
* * * * * * * ** * * * *
67666 AAAGCTGGAATGAACAAAAACAGTTGTTACATGATAAAACTAAAGGTCCA-AATTATTTGAAATA
1 TAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAAGACAAAAC-AAAAGT-TATAATTATTTGAAATA
* ** * ** *
67730 GATAATTAGTT-TAATA-TTTAAAGTTATTTGAATTTGTTCGGTAATTAGATTTATTC-TTTAAA
64 GATAA-TA-TTCAAATAGCAT-AA-TTATTTGACTTT-TTCAATAAATAGATTTA-TCATTTAAA
* * **
67792 TCTTTTACTTATTAGTTTTTAAAATATTAATGAAA-TAAGATTATTTTATTCCAAATAAACTTGT
123 TCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT-AAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAACTTGT
* * * * *
67856 ATGAAA-AGAAATAATTATTTTATAACAAAACAAAAGTTTATAATTATTTGAAATAGATAATTAA
187 AT-AAATAGAAACAATTATTCTATGACAAAACAAAAGATTATAACTATTTGAAATAGATAATT-A
* * * *
67920 TT-AAATAGTCATAACTATTTCAACCTT-TTCAATAAATAGATTTAT-TTTTAAATCCTTTACTT
250 TTAAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTTGTTCAATAAACAAATTTATATTTTAAATCTTTTACTT
* * *
67982 AATAA-TTTTCAGAATATTAAAAAATTAATATTAT
314 ATTAATTTTTGA-AATATT-ATAAATTAATATTAT
68016 TTTATTTTGA
Statistics
Matches: 1956, Mismatches: 434, Indels: 229
0.75 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
350 3 0.00
351 5 0.00
352 125 0.06
353 18 0.01
354 68 0.03
355 94 0.05
356 187 0.10
357 54 0.03
358 32 0.02
359 309 0.16
360 170 0.09
361 475 0.24
362 124 0.06
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364 160 0.08
365 34 0.02
366 2 0.00
367 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (356 bp):
TAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAGTTATAATTATTTGAAATAGA
TAATATTCAAATAGCATAATTATTTGACTTTTTCAATAAATAGATTTATCATTTAAATCTTTTAC
TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATAAATAGA
AACAATTATTCTATGACAAAACAAAAGATTATAACTATTTGAAATAGATAATTATTAAAATAGTC
ATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATATTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
AATATTATAAATTAATATTATCTATTCTAAA
Found at i:68019 original size:361 final size:357
Alignment explanation
Indices: 65025--74066 Score: 2108
Period size: 358 Copynumber: 24.9 Consensus size: 357
65015 TAATACTTAA
* * * * * * * * * * *
65025 AATTACTTAAAATAAATAATTGTTCAAATATTCACAACTATTTAAACTTGTTTAGTAAACAAGTG
1 AATTATTTGAAATAGATAATTATT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATT
** * * * * *
65090 TATCTTTT-AA--TTCCA-TTTTTAATTTTCAAAATATTAACAAATTACTATTATTTTATTTCGA
65 TATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-AGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAA
* * * ** * ** *
65151 CTAAGTTTGTATGAATA-AAA-ATATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTTGTAACTATTTGAAAT
129 ATAAGCTTGTATGAACAGAAACA-ATTGTTACATGACAAAACAAAAGGTCATAATTATTTGAAAT
* * * * * * * * *
65214 ATG-TAATTGTTCAAATAATAATAACTACTTGACTTTGTACGGTAAATAAATTTATCTTCTAAAT
193 A-GATAA-TATT-AAATAGTCACAATTATTTGAATTTGTTCGGTAAATAGATTTATCTT-TAAAT
* * * *
65278 -TGTTTAGTTATTAATTTTAAAAATATTAATAAATTAATATTACTTTCATTCGAAATAAACTTGT
254 CT-TTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTA-TTTTATTCTAAATAAACTTGT
* * *
65342 AT-AAACAGAAACAATTATTCTATGACAAAACAAAAGATTAT
317 ATGAAA-AGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
* * * * * * * * *
65383 TATTATTTGAAAAAAATAACTAATCAAATAGTTATAACTATTTGAATTTTTTCAAT-AACTAGAT
1 AATTATTTGAAATAGATAA-TTATTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAAC-AAAT
* *** * * ** * *
65447 TTATCTTTTAAATCATTTACCCGTTAATTTTCAAAATATTAGTGTATTAA-A--ATTTTTTTTCC
64 TTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-AGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCA
* * * *
65509 AATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTT--TTGCAACAAAAC-AAGGGTCA-AATTATTTAAA
128 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTACATG--ACAAAACAAAAGGTCATAATTATTTGAA
* * * * * * * *
65570 ATTGTTAAT-TTAAATAGTCATAACTT-TTTTAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTAAATA
191 ATAGATAATATTAAATAGTCACAA-TTATTTGAATTTGTTCGGTAAATAGATTTATCTTTAAAT-
** * * * * ** *
65633 C-GCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATCAATATTATTTTATTTTAAATAAATTTACAC
254 CTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTAT
* * * *
65696 GAACATAAATAATTATTTTATAACAAAATAAAAGGTTAT
319 GAAAAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
* * * * * * * * *
65735 AATTATTTAAAATAGATAATTGTTTAGATAGTAACAATTATTT-AACCTTGTT-ATGTACACAGA
1 AATTATTTGAAATAGATAATT-ATTAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTTGTTCA-ATAAACAAA
* * * * *
65798 TTAATCTTCTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATAAATATT-TTTTATTTG
63 TTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC
* * * * * * * *
65862 AAATAAGTTTTTATAAACAGAAATAATTGTTTCATGACAAAA-AAAAAGTGATAATAATTTGAAA
127 AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTACATGACAAAACAAAAGGTCATAATTATTTGAAA
* * * * * *
65926 TAGATAAATATTCTATTTAAATAGCCATAAATATTTG-ATCTTATTCAGTAAATAGATTTATCGC
192 TAGAT--A-A---TA-TTAAATAGTCACAATTATTTGAAT-TTGTTCGGTAAATAGATTTATC-T
* * * *
65990 TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATTTTAATAAACTAATATTATTTTATTTTGAATAAAC
248 TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAAC
* * * * * ** *
66055 TTGTTTGAACAGAAA-CATTATTTTATGATAAAATATGATGTCT-T
313 TTGTATGAAAAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT-TAT
* * * **
66099 AATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAACTTTTTGAACTTGATCGGTAAACAAATT
1 AATTATTTGAAATAGATAATTATT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATT
* * * * *
66164 TATATTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTGAGGAATATT-ATTAATTAATATTACTTTA-TTCTA
65 TATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTA-GAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-A
* * * * * * * *
66227 AATAA-ATTTTATAAATAGAAACAATTGTTATAAGACAAAACAAAAGGTTATAACTATTTGAAAT
128 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTACATGACAAAACAAAAGGTCATAATTATTTGAAAT
* * * * * * *
66291 AGTTAATTATGCAAATAATTACAATTATTTGAGTTTGTTTGCTAAATAGATTTATCATTTAAATC
193 AGATAA-TAT-TAAATAGTCACAATTATTTGAATTTGTTCGGTAAATAGATTTATC-TTTAAATC
* * * * * *
66356 TTTTACTTATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAATGTTATTTTATTCTGAATAAGCTTGGATG
255 TTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATG
* * * * * * **
66421 AATAGAAACAACTGTTCTATGACAAAACCAAAGGACAT
320 AAAAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
* ** ** * * * *
66459 AACTATTTGAAATAGATAATTAGACAAATACCCAAAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAAAAAAAT
1 AATTATTTGAAATAGATAATTA-TTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAAT-AAACAAAT
* * * *
66524 ATATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATGTTAATGAATT-A-ATT-TTTT-TTT--
64 TTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCA
* * * * ** * * *
66583 AATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGCTT-TATAACAAATTAAAAAGTTATAATTTTTTGAAA
128 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTG-TTACATGACAAAACAAAAGGTCATAATTATTTGAAA
* * * * * * *
66647 TAGGTAATGTTACAATAGTCATAATTATCTGAATTTGTTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATC
192 TAGATAATATTA-AATAGTCACAATTATTTGAATTTGTTCGGTAAATAGATTTA-TCTTTAAATC
* * * * * ** *
66712 TTTTAGTTATTAAATTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTATATTTTGAATATGCTTGTA-A
255 TTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATG
* * * *
66776 AAATAGAAACAATTGA-TCTATGTCAAAACAAAAGATTAT
320 AAA-AGAAATAATT-ATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
* * * *
66815 AATTATTTGAAATTGATAATTATTAAAATAGTCATAGCTATTTGAATTTGTTCAATACACAAATT
1 AATTATTTGAAATAGATAATTATT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATT
* * * * * * * *
66880 TATCTTTTAAATCTGTTACTGATTAATTTTTGCAATATTAGTAAACTAATATTATCTCATTCCAA
65 TATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAA
* * * * * *
66945 AGAAGTTTGTATGAATAGAAACAAATATTTTAC--GACAAAACAACTAGTTC-TAATTATTTGAA
129 ATAAGCTTGTATGAACAGAAAC-AAT-TGTTACATGACAAAACAA-AAGGTCATAATTATTTGAA
* * * * * * ** *
67007 ACAAATAATATTCAAATAG-CAATAACTATTTTACCTTT-TTCAATAAATAGTTTTATCTTATAA
191 ATAGATAATATT-AAATAGTC-ACAATTATTTGA-ATTTGTTCGGTAAATAGATTTATCTT-TAA
** * * *
67070 ATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATAATAATAAATGAATATTATTTTATTCTGAAA-AAACATG
252 ATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCT-AAATAAACTTG
* * * *
67134 TAT-AAGTAGAAATAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTGAT
316 TATGAA-AAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
* * * * * * * ** *
67176 AACTATTTGAAATTGGTAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTCAACTTATTTGATAAACAAACT
1 AATTATTTGAAATAGATAATTATT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATT
* * * * * **
67241 TATATTTTAAATCATTTACATATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAACATTATTTTATTTTGA
65 TATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-AGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAA
* * * * * *
67306 ATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATT-TTTCTATGAGAAAACAAAATGCCATAATTATTTGAAAT
129 ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTAC-ATGACAAAACAAAAGGTCATAATTATTTGAAAT
* * ** ** * * *
67370 AGATAATTGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAATAAGTTTAGCAAACATATTTATCATTTAAATC
193 AGATAA-TATT-AAATAGTCACAATTATTTGAATTTGTTCGGTAAATAGATTTATC-TTTAAATC
* * * * * * *
67435 TTTTAGTTATTAAATTCTAAAA-ATTATTATATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTAT-
255 TTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATG
* * ** * * *
67498 AAACAAAAATATTTGCTTTGTTAC-AAACAAAAGGTCAT
320 AAA-AGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
* * * * ** *
67536 AATTATTTAAAATAGAT-ATTGTTTAAATAGTCACAACTATTTGAACTTATT-AGATAAGTAGAT
1 AATTATTTGAAATAGATAATT-ATTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-ATAAACAAAT
* * * * *
67599 TTAT-ATTTATATTTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATAATATTTTATTTC
64 TTATCTTTTA-AATCTTTTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC
* * * * * * *
67663 AAAAAAGCTGGAATGAACAAAAACAGTTGTTACATGATAAAACTAAAGGTCCA-AATTATTTGAA
127 AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTACATGACAAAACAAAAGGT-CATAATTATTTGAA
* * * *
67727 ATAGATAATTAGTTTAATATTTA-AAGTTATTTGAATTTGTTCGGTAATTAGATTTATTCTTTAA
191 ATAGATAA-TA-TTAAATAGTCACAA-TTATTTGAATTTGTTCGGTAAATAGATTTA-TCTTTAA
* * *
67791 ATCTTTTACTTATTAGTTTTTAAAATATTAATGAAA-TAAGATTATTTTATTCCAAATAAACTTG
252 ATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT-AAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAACTTG
* *
67855 TATGAAAAGAAATAATTATTTTATAACAAAACAAAAGTTTAT
316 TATGAAAAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
* * *
67897 AATTATTTGAAATAGATAATTAATTAAATAGTCATAACTATTTCAACCTT-TTCAATAAATAGAT
1 AATTATTTGAAATAGATAATT-ATTAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTTGTTCAATAAACAAAT
* * * **
67961 TTAT-TTTTAAATCCTTTACTTAATAATTTTCAGAATATTAAAAAATTAATATTATTTTATTTTG
64 TTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-AGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCA
* ** ***** * * ** * *
68025 AATAATCTCATATGAACTATTTTTTTGAATTTTTGGA-AT-ATTAAAA-AATTAATATTAT-TTT
128 AATAAGCTTGTATGAAC-A---GAAACAATTGTT--ACATGA-CAAAACAA--AAGGTCATAATT
* * ** * * *** * * **** *
68086 ATTTCAAATAAGCTTTTATGAAAAAAAAAACTAGTGT-TTTAAAATAAAACAATAGGTAATAATA
184 ATTTGAAAT-AGATAATAT-TAAATAGTCAC-AAT-TATTT-GAAT---TTGTTCGGT-A-AATA
* * *** * *** * * ** *
68150 AATTAAAATAGATAATTGCTCAAACAGTCA-TAACTATTT-AAAT-TT-ATTCAGTAA-A-TATT
239 GATT--TATCTTTAAAT-CTTTTAC--TTATTAA-TTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATT
* ** * *** *** * *
68209 TTACTTGT---T-AA-TTGT-TGAAATATTAATATATTACTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTC
298 TTA-TTCTAAATAAACTTGTATGAAA-AGAAATA-ATTA-TTTTATGACAAAAC-AA-AAGGTTA
68268 T
357 T
* * * * ** * * * *
68269 -ATGAATAGAAACA-ATTGTTTTATAAGTAAACAGAGGTCATAACGATTTAAAATTGATATTTTT
1 AATTATTTGAAATAGA-T-AATTAT---T-AA-ATA-GTCATAACTATTTGAACTTG------TT
* * * * ** * ** *
68332 CTTATAGTCATAAC-TATTTGAATTTGTTCATAAAACAGATTTGTTTTTTAAATCTCTTA-CTTT
52 C--A-A-T-A-AACAAATTT--ATCT-TT--TAAATC--TTTTACTTATT-AAT-T-TTAGAATA
** ** * * *
68395 TTAAT-TTTTGGAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAACAAAAA
101 TTAATAAATT--AATA-T--TATTTTA-T-T--------TC-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAA
* * * * ** * * * *
68459 CAATTGCTT-TA-GTCCAAAAGAAAAGGTTATAACGATTTGAAGTAG-T-GTA-TGAATAGTCAT
150 CAATTG-TTACATG-ACAAAACAAAAGGTCATAATTATTTGAAATAGATAATATTAAATAGTCAC
* * ** * * * * **
68519 AACTATTT-AAATTGTTTCCATAAATAAATTTATCTTTTAAATATCTTATTTATTAATTTCCAAA
213 AATTATTTGAATTTG-TTCGGTAAATAGATTTATC-TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAA
* * * * * * * *
68583 ATATTAATAAATTAAAATTATTTTATT-TGGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTCTTAA
276 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCT-AAATAAACTTGTATGAAAAGAAATAATTATTTTAT
* * * *
68647 GACAAAACTAAATGTCAA
340 GACAAAACAAAAGGTTAT
** * * * * *
68665 AACAATTT-AAATAAATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACCATTT-AACCTTGGTT-GATGAACAG
1 AATTATTTGAAATAGATAATTA-TT-AAATAGTCATAACTATTTGAA-CTT-GTTCAATAAACAA
* * * * *
68726 ATTTAT-TTTTAAAATATCTTA-TTCATTAATTTTTAGAATATTAATAGACTAGTATTATTTTAT
62 ATTTATCTTTT-AAATCTTTTACTT-ATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
** * * * * * * ** ** * * **
68789 TTTGAATAAACTTTTA-CAAAAGAAACAAATATTTTATGAGTAGAC-AAAGATCATAACAATTTG
124 TTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTACATGACAAAACAAAAGGTCATAATTATTTG
* * * * * * * *
68852 AACTAGATATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTTGTTGGGTAAA-A-ATTTTCATTTTTT
189 AAATAGATAATATT-AAATAGTCACAATTATTTGAATTTGTTCGGTAAATAGA-TTT-A-TCTTT
* * * *
68915 AAATCTATTACTAATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAAC-T
250 AAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAACTT
* * * *
68979 -TAT------AAACAATTATTTTATGGCAAAACAAAATGTCAT
315 GTATGAAAAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
* * * * * * * * ** **
69015 AATGATTTGAAGTAGTTAATTATTCAAATTGTCATAATTGTTTCAA-ATGTT---TTGATGAATT
1 AATTATTTGAAATAGATAATTATT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATT
* * * * *
69076 AGTATTTTTTAAAATATTTTA-TTCATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATCTTATATTATT
65 --TATCTTTT-AAATCTTTTACTT-ATTAATTTT-AGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
* ** * * * * ** * ** *
69140 CCACGTAAACTTGTATGAATAG-GACGAAGTGTTTTATGACAAAA-TAAAGGTCATAACAATCTG
125 TCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC-AATTGTTACATGACAAAACAAAAGGTCATAATTATTTG
* * * ** * * * * *
69203 AAATAAATAATTTTTTAAATAGTCATAGCTATTTGCACTTATTTGGTAAACATATTAATTTTAAT
189 AAATAGATAA--TATTAAATAGTCACAATTATTTGAATTTGTTCGGT-AA-ATA--GA-TTT-A-
* ** * * * *
69268 TTATTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATAAAATTTTAAAATAATAATGGAAA
245 -TCTT---TAAAT-CTTTTACTTATT--A-A--TT--TT-TAAAATATT--AAT-A-AAT--TAA
* * ** * * * * *
69333 GTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAAAAAAAGGT
291 -TATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAAAAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* *
69398 CAA
355 TAT
* * * * * * **
69401 AATGATTTAAAATGGATAATTGTTTAAATAGTCATAACCATTTGAA-TTGTTTCGATAAACCGA-
1 AATTATTTGAAATAGATAATT-ATTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAATAAACAAAT
* * * * * *
69464 TT-T-TTTT-AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAAAGTAATAAATTAAAATTATTTTATTTCG
64 TTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCA
* * ** * * *
69526 AAT-AGACTTGTATGAACAAAAACATTTGTTTTATTATAAAACAAAAGGT-AGTAACTATTT-AA
128 AATAAG-CTTGTATGAACAGAAACAATTGTTACATGACAAAACAAAAGGTCA-TAATTATTTGAA
* * * * * *
69588 AGTAGTTAATTATTAAGATAGTCATAATTATTTGAA-TTGTTTCGCTAAAAAAATTTATTTTTTA
191 A-TAGATAA-TATTAA-ATAGTCACAATTATTTGAATTTG-TTCGGTAAATAGATTTA-TCTTTA
* * * * * * *
69652 AATCTCTTACTTCTTAATTTTTGAAATA-T--T--A--AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
251 AATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAACTTG
* ** * *
69710 TAT-AAACAAAAATAATTATTTTATGGTAAAACAAAATGTCAT
316 TATGAAA-AGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
* * * * * * *** *
69752 ACTGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATACTCATAACTATTTGAATTTATTTTGTAAACATATT
1 AATTATTTGAAATAGATAATTATT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATT
* * * * * * ** ** **
69817 TATTTTTTAAATATTTAACTTATTAATTTTTGAAATACTAATAGATTGGTATTATTCCATTTTGA
65 TATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAA
* * * * ** * * *
69882 ATAAACTTGTATAAATAGAAACAATTTATTTTATGA-ATAAAC-ATAGGTTATAATGATTTGAAA
129 ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAA-TTGTTACATGACA-AAACAAAAGGTCATAATTATTTGAAA
** * * * ** * * * * *
69945 TAGATGTTTGTTCAAATAGTAATAACCATTTGAACATT-TTCAGTCAACAGATTTATTTTTTAAA
192 TAGAT-AATATT-AAATAGTCACAATTATTTGAA-TTTGTTCGGTAAATAGATTTA-TCTTTAAA
* * * * * * * * * * *
70009 T-TTCTTATTTATTAATTTTTGAAATACTAATAAACTAGTATCATTTTATTTTGAA-CAGCTTGA
253 TCTT-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAACTTGT
* * * *
70072 ATGAATAGAAACAACTATTTTGTGACAAAACAAAAAGGTTAT
317 ATGAAAAGAAATAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGGTTAT
*** * * * * * * *
70114 AGCCATTAT-AAGTAGTTAACTATACAAATAGTCATAACTATTTGAACTAT-TTTAGTAAACAGA
1 AATTATT-TGAAATAGATAATTAT-TAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAATAAACAAA
* * * *
70177 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCATAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTT
63 TTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-AGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC
* * * * **
70242 GAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTCATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
127 AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTACATGACAAAACAAAAGGTCATAATTATTTGAAA
* * ** ** * *
70307 TAAATAATTATTCAAATAGTCATAACCATTTGAATTTGTTTTGTAAATATATTTATTTTTTAAA-
192 TAGATAA-TATT-AAATAGTCACAATTATTTGAATTTGTTCGGTAAATAGATTTA-TCTTTAAAT
* * ** * *
70371 ----TAGCTTATTAATTCTTGAAATATTAATGGATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAATCTTGT
254 CTTTTA-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCT-AAATAAACTTGT
* * * * * ** *
70431 AT-AAATTGAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAAGCCAA
317 ATGAAA-AGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
** * * * * * * *
70472 AACAATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTAATAATTATTT-AAATTGTTTCATTCAACAGAT
1 AATTATTTGAAATAGATAATTATT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAATAAACAAAT
** * * * * * * * * *
70536 TTAT-TTTTTTATCTCTTACATATAAATTTTTGAAAAAGTAATAAATTGATATTATTTTACTCCA
64 TTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCA
* * * * * * * ** * ** *
70600 AGTCATCTTGTATGAATAGACACAACTATTTTATGAC-AAACAAAAGGTAATAACGATTTAAAAT
128 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTACATGACAAAACAAAAGGTCATAATTATTTGAAAT
* * * * *
70664 A-ATTAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAA-CTGTTTCAGTGTAAATAGTAATAATGAT-T
193 AGA-TAA-TATT-AAATAGTCACAATTATTTGAATTTG-TTC-G-GTAAATAG--AT--TTATCT
* ** * *
70726 TGTAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTGGTAA-ACAGATT--TATT
248 T-T-A-A-AT-CTT-TT-ACTTA-T--TAA-T-TTTTAA--AATAT--TAATA-A-ATTAATATT
* * * * * * * *
70788 -TTTTACATTTCTTAATTATTAATTTTTA-GAATATTAGTATATTGTAGTTCTTTTAT-TC-CAA
295 ATTTT--A-TTC-TAA--ATAAACTTGTATGAA-A--AG-A-A--ATAATTATTTTATGACAAAA
** * *
70849 -ATTAGCTTGT
347 CAAAAGGTTAT
* * * * * *
70859 -ATGAATAGAAACA-ATTATTTTATTACTTAACAAAAGTCATAA-TGATTTGAAATATAAATTTG
1 AATTATTTGAAATAGA-TA----ATTA-TT-A-AATAGTCATAACT-ATTTG-------AACTTG
* *
70921 TTCAAATAGTCTTAACTGTTTAAACTTAT-TTGATAACAGATTTACTTTTTAAGTCTCTTACTT-
50 TTC-AATA-----AAC-----AAATTTATCTT--TTA-A-A--T-C-TTTT-A----CTTA-TTA
* * * *
70984 ATTAATTATTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCTAAATAAACTTGAACGAATAGAA
90 ATT-----TTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACAGAA
* *** * * *** * * *
71048 ACAATTATTTTTTGACAAAATAAAATGTCATAGCGATTTGAAGTAGTTAATTATGTAAATAGTCG
149 ACAATTGTTACATGACAAAACAAAAGGTCATAATTATTTGAAATAGATAA-TAT-TAAATAGTCA
* * ** * * * *
71113 TAATTATTGGAACTATT-TT-AATAAATA-ATTTATTTTTTAAATGTATTACTTATTAATTTTCA
212 CAATTATTTGAA-T-TTGTTCGGTAAATAGATTTA-TCTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA
* * * * * * *
71175 GAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACATTTATCTT
274 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCT-AAATAAACTTGTATGAAAAGAAATAATTATTTT
* * * * *
71239 ATGATAAAAGAAAAAGTAAG
338 ATGACAAAACAAAAGGTTAT
** * * * * * **
71259 AACAATTTCAAAAAAATAATTGTTCAAATAGTC--AAC-ATTTGAACTTATTCTGTAAACCAAAT
1 AATTATTTGAAATAGATAATTATT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAA-CAAAT
* * * * * **
71321 TT-T-TTTGTAAATATCTTACTCATTAATTTTGAAAACATTAATGGATTAATATTATTTTA-TTC
64 TTATCTTT-TAAATCTTTTACTTATTAATTTT-AGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC
* * * * ** * * * **
71383 TAAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAATGTCAAAACGATTT-AA
127 -AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTACATGACAAAACAAAAGGTCATAATTATTTGAA
* * ** * * * *
71447 AGTAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTT-AAGCTGTTTCGGTCAACAGATTTATTTTTTT
191 A-TAGATAA-TATT-AAATAGTCACAATTATTTGAATTTG-TTCGGTAAATAGATTTA-TCTTTA
** * * * **
71511 AATCTACTACTTATTAATTTTTGAAAA-AATAATAAATTAGTATTATTTT-TTC-CAATAAGTTT
251 AATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAACTT
* * * * *
71573 GTATCAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTAAT
315 GTATGAAAAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
* * * ** * **
71616 AA-CATTTTAAAGTAGTTAATCGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAT-TTCAGCAAACAAA
1 AATTATTTGAAA-TAGATAATTATT-AAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAATAAACAAA
* * * * * * *
71679 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTCATAAATTTTGGAATATTTATAAATTAGA-ATT-TTTTGTAT
63 TTTATCTTTTAAATCTTTTACTT-ATTAATTTTAGAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTT
* * * * ** **
71742 GAAAAAAGCTTATGTGAACAGAAACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGAG--ATAA-TATTTGA
126 CAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTACATGACAAAACAAAAG-GTCATAATTATTTGA
* * * * ** * ** *
71804 AATAGATAATGGTTCAATTAGTCATAACTATTTGAACATATTCAATAAATAAATTTAAT-TTCTA
190 AATAGATAAT-ATT-AAATAGTCACAATTATTTGAATTTGTTCGGTAAATAGATTT-ATCTT-TA
* * ** * * *
71868 AATATATTA-TATATTAATTTTTGGAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAATT
251 AATCTTTTACT-TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCT-AAATAAACT
* * * * *
71931 TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACTAAAC-AAAGGTCAT
314 TGTATGAAAAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
* * * * * *
71974 AATGATTTGAAATTGATATTTATTCAAATAGTAATAATTATTTGAACTTTTTTC-ATAAA-AAGA
1 AATTATTTGAAATAGATAATTATT-AAATAGTCATAACTATTTGAAC-TTGTTCAATAAACAA-A
* * * *
72037 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTC
63 TTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC
* * * ** * * * **
72100 TAAATTAGCTTATATGAACAGAAACAATGGTTTTATTATAAAATAAAAGGTCATAGCGT-TTTGA
127 -AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTACATGACAAAACAAAAGGTCATA-ATTATTTGA
* * * * ** * * *
72164 AGTAGTTAACTATACAAATAGTCATAATTATTTGAATTAT-TTTAGTAAACATATTTATTTTTTA
190 AATAGATAA-TAT-TAAATAGTCACAATTATTTGAATT-TGTTCGGTAAATAGATTTA-TCTTTA
* * * * * * *
72228 AATATCTTATTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCATTCAAACTT
251 AATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAAT-AAACTT
* * * * * *
72292 GTATGAACAA-AAACAATTATTTTATAATAAAACCAAAGGTCAG
315 GTATGAA-AAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
* * * * * * *** * * *
72335 AATGATTTGAAATAAATTATTGTTCAAATGGTCATAACCT-TTTGAACTTATTTGGTGAATAGAT
1 AATTATTTGAAATAGATAATTATT-AAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAAT
* * * * * * * **
72399 TTATTTTTTAAATATCTTAGTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
64 TTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCA
* * ** ** * * * * *
72464 AATAAGTTTGTATGAACATAAATGATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGCCAGAATGATTTAAAAT
128 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTACATGACAAAACAAAAGGTCATAATTATTTGAAAT
* * * * * ** * * * * * *
72529 AAATTATTGTTCAAATAGTTATAACCATTTTAATTTGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATA
193 AGA-TAATATT-AAATAGTCACAATTATTTGAATTTGTTCGGTAAATAGATTTA-TCTTTAAATC
* * * * ** * * *
72594 TCTTACTTATTAAATTTCATAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTTTTT
255 TTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCT-AAATAAACTTGTAT
* * * * * **
72658 GAAAAGAAACAATTGTTTTATGAGAAAATAACAGGCCAT
319 GAAAAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
** * * * *** ***
72697 AACGATTTAAAATAGATAATTATTTCAATAGTCATAACTATTTAAACCAATTCTAA-AAACTTGT
1 AATTATTTGAAATAGATAATTA-TTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-AATAAACAAAT
* * * * * * *
72761 TTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTCATACTATTACTAAA-AAAGTATTATTTTACTCC
64 TTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-AGAATATTAATAAATTAA-TATTATTTTATTTC
* * * ** * * ** *
72821 AAATAAGCTTGTATGAAAAGAAATAGTTGTTTTATAAAAAAACAAAAGGTCA-AAAGATTTCAAA
127 AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTACATGACAAAACAAAAGGTCATAATTATTTGAAA
* * * * * * * **
72885 TAAATAATTGTTCAAAAAGTCATAACTATTTGAACTATT-TT-GGTAAACAGATTTATTTTTGTA
192 TAGATAA-TATT-AAATAGTCACAATTATTTGAA-T-TTGTTCGGTAAATAGATTTATCTTTAAA
* * ** ** * *
72948 TTTTATTACTTATTAATTTTCAAAATAGAAATAAATTAGA-ATTGCTTTATTCCAAATAAGCTTG
253 TCTT-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTCTAAATAAACTTG
* * * * *
73012 TATGAATAGAAACAATTGTTTTAT-AGCAAAACAAAAGATAAT
316 TATGAAAAGAAATAATTATTTTATGA-CAAAACAAAAGGTTAT
** * ** * * * ** *
73054 AACGATTTGAAGTA-ATTAATTATTCAAATAGAAATAAGTATTTAAAGTAT-TTTGATAAATC-G
1 AATTATTTGAAATAGA-TAATTATT-AAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAATAAA-CAA
* * * * *
73116 ATCTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTAGAAAACTAATAAATCAATATTATTTTA-TT
62 ATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
* ** * * ** * * * * *
73176 CAAAATAAGTTTGCGTGAATAGAAACAATTTTTTTATGACAAAATAAAATGTCATAGTAATTAGA
126 C-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTACATGACAAAACAAAAGGTCATAATTATTTGA
* * * * * * * * *
73241 AATAGTTAACCGTA-CAAATAGTCATAACTATTT-AATCTTATTCGGTGAACAAATTTATTTTTT
190 AATAGATAA---TATTAAATAGTCACAATTATTTGAAT-TTGTTCGGTAAATAGATTTA-TCTTT
* * * * * * * **
73304 AAATATCTTAGTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTACTATTAATTTATTCTAAATAAGTTT
250 AAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAACTT
* * * * * *
73369 GTATCAACAA-AAACAAATATTTTTTGAAAAAACAAAAGATTAT
315 GTATGAA-AAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
** * * *** *
73412 AACGATTTGAAATCA-ATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTTGTTTGGTCAACAAAT
1 AATTATTTGAAAT-AGATAATTATT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAAT
* * * * * *
73476 TCATTTTTTTAAATC----ACTTATTAATTTTTGAAATATTACTAAATTAGTATTTTTTTA-TTC
64 TTA-TCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC
* * ** * * * * *
73536 ---T-A----G-AT-AACAGAAATAATTATTTTATGTCAAAATAAAAGCTCGTAATAATTTGAAA
127 AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTACATGACAAAACAAAAGGTCATAATTATTTGAAA
* * *
73591 TAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTCGAG-AAATAGATTT-T-TTTAAA
192 TAGATAA-TATT-AAATAGTCACAATTATTTGAATTTG-TTCG-GTAAATAGATTTATCTTTAAA
* * * **
73652 TC--TT--TTATTAATTTTCATAATATTAATAAA-GAAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTGT
253 TCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAA-TATTATTTTATTCTAAATAAACTTGT
** * * *
73712 GCGAAAAGAATTAATTGTTTTATGA-AAAA-AATAAGTGATCAT
317 ATGAAAAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAA-AAG-G-TTAT
* * * * * * *
73754 AATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAA-TGATTTGAAC-TGTTTTAGTAAACATA
1 AATTATTTGAAATAGATAATTATT-AAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTG-TTCAATAAACAAA
** ** * * *
73817 TTTAT-TTTTTTAT-TTTGCTACTTATTAATTTTAAGAATAGAAACAAATTAGTATTGTTTTATT
63 TTTATCTTTTAAATCTTT--TACTTATTAATTTT-AGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
* * * * * * * ** * * * * *
73880 CCGAATCAGCTTATATAAATAGAAATAATTGTTTTATGATAAAAATAAAAGATAATAATGATTTG
125 TCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTACATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATTATTTG
* * * * * * *
73945 AATTAGTTAATTATTCAAATAGTAATAAATATTTGAACTATT-TT-GGTAAATAAATTTATTTTT
189 AAATAGATAA-TATT-AAATAGTCACAATTATTTGAA-T-TTGTTCGGTAAATAGATTTA-TCTT
* * * * *
74008 TAAAT-TTCTTTCTTATTAATTTTTGAAATACTAATAAATTAGTATTATTTTACTCTAAA
249 TAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAA
74067 ATGTTTTGTG
Statistics
Matches: 6488, Mismatches: 1599, Indels: 1188
0.70 0.17 0.13
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
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347 7 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (357 bp):
AATTATTTGAAATAGATAATTATTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTT
ATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAAT
AAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTACATGACAAAACAAAAGGTCATAATTATTTGAAATAGA
TAATATTAAATAGTCACAATTATTTGAATTTGTTCGGTAAATAGATTTATCTTTAAATCTTTTAC
TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAAAAGA
AATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
Found at i:69961 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 68201--70696 Score: 1176
Period size: 181 Copynumber: 13.9 Consensus size: 179
68191 ATTTATTCAG
* * * * * ** *
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* * * * ** * * *
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65 TGTATAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
* ** ** *
68329 TTTCTTATAGTCATAACTATTTGAATT-TGTTCATAAAACAGATTTGTTTTT
130 ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAT-TTTGT-AAACAGATTTATTTTT
* * * * *
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1 TAAATAT-TTACTTATTAATTTTTGAAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACT
* * * * ** * * * * *
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65 TGTATAAATAGAAACAATTATTTTATG-ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * * ** * * *
68506 TA-T-GAATAGTCATAACTATTTAAATTGTTTCCATAAATAAATTTATCTTT
129 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTATTT-TGTAAACAGATTTATTTTT
* *** * ** * *
68556 TAAATATCTTATTTATTAATTTCCAAAATATTAATAAATTAAAATTATTTTATTTGGAATAAGCT
1 TAAATAT-TTACTTATTAATTTTTGAAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACT
* * * * * * * * *
68621 TGTATGAATAGAAACAATTGTCTTAAGACAAAACTAAATGTCAAAACAATTT-AAATAAATAA-T
65 TGTATAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
* ** *
68684 AGTTCAAATAGTCATAACCATTT-AACCTT-GGTTGATGAACAGATTTATTTTT
130 A-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAA--TTATTTTG-TAAACAGATTTATTTTT
* * * *
68736 AAAATATCTTA-TTCATTAATTTTT-AGAATATTAATAGACTAGTATTATTTTATTTTGAATAAA
1 TAAATAT-TTACTT-ATTAATTTTTGA-AATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAA
* * * ** * * * *
68799 CTTTTACAAA-AGAAACAAATATTTTATGAGTAGAC-AAAGATCATAACAATTTGAACTAGAT-A
63 CTTGTATAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
* * * * **
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128 TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTATTTTGTAAACAGA-TTT-ATTTTT
* * * * ***
68914 TAAATCTATTACTAATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAAC-
1 TAAATAT-TTACTTATTAATTTTTGAAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACT
* * * * *
68978 --T-T--AT--AAACAATTATTTTATGGCAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAGTAGTTAATT
65 TGTATAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * **
69036 ATTCAAATTGTCATAATTGTTTCAAATGTTTTG--ATGA-ATTAGTATTTTT
130 ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTATTTTGTAAACAGATT--TATTTTT
** * * * * ** *
69085 TAAAATATTTTA-TTCATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATCTTATATTA-TTCCACGTAA
1 T-AAATA-TTTACTT-ATTAATTTTTGAAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAA
* * * * * * * *
69148 ACTTGTATGAATAG-GACGAAGTGTTTTATGACAAAA-TAAAGGTCATAACAATCTGAAATAAAT
62 ACTTGTATAAATAGAAAC-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
* * * * * * *
69211 AATTTTTTAAATAGTCATAGCTATTTGCACTTATTTGGTAAACATATTAATTTTAAT
126 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG-AATTATTTTGTAAACAGATTTATTTT--T
* * * * * * * * * ** **
69268 TTATTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATATCT--T-ACTTA-TAAAATTTTAAAATAAT-AAT
1 TAAAT-ATTTACT-TATTAATTTTTGAAATA-CTAATAAATTAGTATTATTTT---ATTTTGAAT
* * * *** * * *
69328 GGAAAGTAT-TATTTTATTTTGAATAAGT-TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAAA
60 --AAACT-TGTA--TAAATAGAAACAATTATTTTATG-------AC-A-------A-AAC-----
* * * * * * * * *
69391 AAAAGGTCAAAATGATTTAAAATGGATAATTGTTTAAATAGTCATAACCATTTGAATTGTTTCGA
99 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTATTTTG-
*
69456 TAAACCGA--T-TTTTT
163 TAAACAGATTTATTTTT
* * * ** * *
69470 T-AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAAAGTAATAAATTAAAATTATTTTATTTCGAATAGACT
1 TAAATAT-TTACTTATTAATTTTTGAAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACT
* * * * * * * * *
69534 TGTATGAACAAAAACATTTGTTTTATTATAAAACAAAAGGT-AGTAACTATTT-AAAGTAGTTAA
65 TGTATAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAACGATTTGAAA-TAGATAA
* * * * *
69597 TTATT-AAGATAGTCATAATTATTTGAATTGTTTCGCTAAAAAAATTTATTTTT
128 TTATTCAA-ATAGTCATAACTATTTGAATTATTTTG-TAAACAGATTTATTTTT
* * *
69650 TAAATCTCTTACTTCTTAATTTTTGAAATA-T--T--A--AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT
1 TAAATAT-TTACTTATTAATTTTTGAAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACT
* * * ** * *
69708 TGTATAAACAAAAATAATTATTTTATGGTAAAACAAAATGTCAT-ACTGATTTAAAATAGATAAT
65 TGTATAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-GATTTGAAATAGATAAT
* *
69772 TATTCAAATACTCATAACTATTTGAATTTATTTTGTAAACATATTTATTTTT
129 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTATTTTGTAAACAGATTTATTTTT
* * **
69824 TAAATATTTAACTTATTAATTTTTGAAATACTAATAGATTGGTATTATTCCATTTTGAATAAACT
1 TAAATATTT-ACTTATTAATTTTTGAAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACT
* * * **
69889 TGTATAAATAGAAACAATTTATTTTATGA-ATAAAC-ATAGGTTATAATGATTTGAAATAGATGT
65 TGTATAAATAGAAACAA-TTATTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
* * * * *
69952 TTGTTCAAATAGTAATAACCATTTGAA-CATTTTCAGTCAACAGATTTATTTTT
128 TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTATTTT--GTAAACAGATTTATTTTT
* * * * * *
70005 TAAATTTCTTATTTATTAATTTTTGAAATACTAATAAACTAGTATCATTTTATTTTGAA-CAGCT
1 TAAATAT-TTACTTATTAATTTTTGAAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACT
* * * * * * * * *
70069 TGAATGAATAGAAACAACTATTTTGTGACAAAACAAAAAGGTTATAGCCATTAT-AAGTAGTTAA
65 TGTATAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATT-TGAAATAGATAA
* * *
70133 CTATACAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTTAGTAAACAGATTTATTTTT
128 TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTATTTT-GTAAACAGATTTATTTTT
* * * *
70186 TAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTCATAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAAC
1 TAAATAT-TTACTTATTAATTTTTGA-AATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAC
* * * *
70250 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTCATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAAT
64 TTGTATAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * * *
70315 TATTCAAATAGTCATAACCATTTGAATTTGTTTTGTAAATATATTTATTTTT
129 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTATTTTGTAAACAGATTTATTTTT
* * * ** ** *
70367 TAAATA---GCTTATTAATTCTTGAAATATTAATGGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAATCTT
1 TAAATATTTACTTATTAATTTTTGAAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTT
* * * * * * * *
70429 GTATAAATTGAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAAGCCAAAACAATTTGAAATATATAATTA
66 GTATAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA
* * * * *
70494 TTCAAATAGTAATAATTATTTAAATTGTTTCAT-TCAACAGATTTATTTTT
131 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTATTT--TGTAAACAGATTTATTTTT
* * * * * * * ** * *
70544 T-TATCTCTTACATATAAATTTTTGAAAAAGTAATAAATT-GATATTATTTTA-CTCCAAGTCAT
1 TAAATAT-TTACTTATTAATTTTTGAAATACTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTTGAA-TAAA
* * * * *
70606 CTTGTATGAATAGACACAACTATTTTATGAC-AAACAAAAGGTAATAACGATTTAAAATA-ATTA
63 CTTGTATAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA-TA
* * *
70669 ATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAA
127 ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
70697 CTGTTTCAGT
Statistics
Matches: 1769, Mismatches: 408, Indels: 280
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
170 3 0.00
171 31 0.02
172 73 0.04
173 28 0.02
174 127 0.07
175 19 0.01
176 143 0.08
177 198 0.11
178 107 0.06
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185 7 0.00
186 7 0.00
187 1 0.00
190 1 0.00
191 1 0.00
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193 1 0.00
197 6 0.00
198 6 0.00
199 6 0.00
200 16 0.01
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203 6 0.00
204 4 0.00
206 7 0.00
207 49 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TAAATATTTACTTATTAATTTTTGAAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTT
GTATAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA
TTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTATTTTGTAAACAGATTTATTTTT
Found at i:71009 original size:427 final size:424
Alignment explanation
Indices: 70293--71066 Score: 887
Period size: 427 Copynumber: 1.8 Consensus size: 424
70283 ACAAAAGGTC
* ** * * *
70293 ATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACCATTTGAATTTGTTTTGTAAATATA
1 ATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTAATTTGGTAAACAGA
* *
70358 TTTATTTTTTAAATAGCTTATTAATTCTTGAAATATTAATGGATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
66 TTTATTTTTTAAATAGCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
* * *
70423 AATCTTGTATAAATTGAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAAGCCAAAACAATTTGAAATATA
131 AAGCTTGTATAAATAGAAACAATTATTTTAAGACAAAACAAAAAGCCAAAACAATTTGAAATATA
* * * *
70488 TAATTATTCAAATAGTAATAATTATTTAAATTGTTTCATTCAACAGATTTATTTTTTTATCTCTT
196 TAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTAAATTATTTCATTCAACAGATTTACTTTTTAATCTCTT
* * * * * * *
70553 ACATATAAATTTTTGAAAAAGTAATAAATTGATATTATTTTACTCCAAGTCATCTTGTATGAATA
261 ACATATAAATTTTAGAAAAAGTAATAAATTAATATTATTTTACTCCAAATAAACTTGAACGAATA
*
70618 GACACAACTATTTTATGACAAACAAAAGGTAATAACGATTTAAAATAATTAATTGTTCAAATAGC
326 GAAACAACTATTTTATGACAAACAAAAGGTAATAACGATTTAAAATAATTAATTGTTCAAATAGC
70683 CATAATTATTTGAACTGTTTCAGTGTAAATAGTA
391 CATAATTATTTGAACTGTTTCAGTGTAAATAGTA
* * * * *
70717 ATAATGATTTGTAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTGGTAAACAGA
1 ATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTAATTTGGTAAACAGA
* ** * * * *
70782 TTTATTTTTTACATTTCTTAATTATTAATT-TTTAGAATATTAGTATATT-GTAGTTCTTTTATT
66 TTTATTTTTTAAATAGC----TTATTAATTCTTGA-AATATTAATAGATTAGTA-TTATTTTATT
* * ** ** * * **
70845 CCAAATTAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATTACTTAAC-AAAAGTCATAATGATTTGA
125 CCAAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTATTTTAAGACAAAACAAAAAGCCAAAACAATTTGA
* ** * *
70909 AATATA-AATTTGTTCAAATAGTCTTAACTGTTTAAACTTATTTGA-T-AACAGATTTACTTTTT
190 AATATATAA-TTATTCAAATAGTAATAACTATTTAAA-TTATTTCATTCAACAGATTTACTTTTT
* * * * * *
70971 AAGTCTCTTACTTATTAATTATTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAACT
253 AA-TCTCTTACATATAAATT-TTAGAAAAAGTAATAAATTAATATTATTTTACTCCAAATAAACT
* *
71035 TGAACGAATAGAAACAATTATTTTTTGACAAA
316 TGAACGAATAGAAACAACTATTTTATGACAAA
71067 ATAAAATGTC
Statistics
Matches: 282, Mismatches: 58, Indels: 17
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
424 68 0.24
426 18 0.06
427 123 0.44
428 73 0.26
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (424 bp):
ATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTAATTTGGTAAACAGA
TTTATTTTTTAAATAGCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
AAGCTTGTATAAATAGAAACAATTATTTTAAGACAAAACAAAAAGCCAAAACAATTTGAAATATA
TAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTAAATTATTTCATTCAACAGATTTACTTTTTAATCTCTT
ACATATAAATTTTAGAAAAAGTAATAAATTAATATTATTTTACTCCAAATAAACTTGAACGAATA
GAAACAACTATTTTATGACAAACAAAAGGTAATAACGATTTAAAATAATTAATTGTTCAAATAGC
CATAATTATTTGAACTGTTTCAGTGTAAATAGTA
Found at i:71643 original size:965 final size:966
Alignment explanation
Indices: 69762--71670 Score: 2334
Period size: 965 Copynumber: 2.0 Consensus size: 966
69752 ACTGATTTAA
* * * *
69762 AATAGATAATTATTCAAATACTCATAACTATTTGAATTTATTTTGTAAACATATTTATTTTTTAA
1 AATAGATAATTATTCAAATACTCATAACTATTTGAACTAATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAA
***
69827 ATATTTAACTTATTAATTTTTGAAATACTAATAGATTGGTATTATTCCATTTTGAATAAACTTGT
66 ATATTTAACTTATTAATTTTTGAAATACTAATAGATTGGTATTATTCCATTCCAAATAAACTTGT
* * * **
69892 ATAAATAGAAACAATTTATTTTATGAATAAACATAGGTTATAATGATTTGAAATAGATGTTTGTT
131 ATAAATAGAAACAATTTATTTTATGAATAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGAAATTTGTT
* * * *
69957 CAAATAGTAATAACCATTTGAACATTTTCAGTCAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTATTTATT
196 CAAATAGTAATAACCATTTAAACATTTTCAGTCAACAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * * * *
70022 AATTTTTGAAATACTAATAAACTAGTATCATTTTATTTTGAACAGCTTGAATGAATAGAAACAAC
261 AATTTTAGAAATACTAATAAACTAATATCATTTTATTCTAAAAAACTTGAACGAATAGAAACAAC
*
70087 TATTTTGTGACAAAACAAAAAGGTTATAGCCATTATAAGTAGTTAACTATACAAATAGTCATAAC
326 TATTTTGTGACAAAACAAAAAGGTCATAGCCATTATAAGTAGTTAACTATACAAATAGTCATAAC
* * * * *
70152 TATTTGAACTATTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCATAATAT
391 TATTGGAACTATTTTAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTCAGAATAC
** *
70217 TAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTCATGACAA
456 TAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTCATGACAA
* * * * * * * *
70282 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACCATTTGAATTTGTT
521 AACAAAAAGTAAGAACAATTTCAAAAAAATAATTATTCAAATAGTCA-AACCATTTGAACTTATT
* * * * * *
70347 TTGTAAATATATTTATTTTTTAAATAGCTTATTAATTCTTGAAATATTAATGGATTAGTATTATT
585 CTGTAAACAAATTTATTTTGTAAATAGCTTATTAATTCTTGAAACATTAATGGATTAATATTATT
* * * *
70412 TTATTTCAAATAATCTTGTATAAATTGAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAAGCCAAAACAA
650 TTATTTCAAATAAACTTATATAAATAGAAACAATTATTTTAAGACAAAACAAAAAGCCAAAACAA
* * *
70477 TTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTAATAATTATTTAAATTGTTTCATTCAACAGATTTATTT
715 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAATTATTTAAACTGTTTCAGTCAACAGATTTATTT
* *
70542 TTTTATCTCTTACATATAAATTTTTGAAAAAGTAATAAATTGATATTATTTTACTCCAAGTCATC
780 TTTTATCTCTTACATATAAATTTTTGAAAAAATAATAAATTGATATTATTTTACTCCAAGTAATC
* * *
70607 TTGTATGAATAGACACAACTATTTTATGACAAACAAAAGGTAATAACGATTTAAAATAATTAATT
845 TTGTATCAATAGAAACAACTATTTTATGACAAACAAAAGGTAATAACGATTTAAAATAATTAATC
*
70672 GTTCAAATAGCCATAATTATTTGAACTGTTTCAGTGTAAATAGTAATAATGATTTGT
910 GTTCAAATAGCCATAATTATTTGAACTATTTCAGTGTAAATAGTAATAATGATTTGT
* * *
70729 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAC
1 AATAGATAATTATTCAAATACTCATAACTATTTGAACTAATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAA
* * * * * ** * *
70794 ATTTCTTAA-TTATTAATTTTT-AGAATATTAGTATATT-GTAGTTCTTTTATTCCAAATTAGCT
66 ATAT-TTAACTTATTAATTTTTGA-AATACTAATAGATTGGTA-TTATTCCATTCCAAATAAACT
* * * * *
70856 TGTATGAATAGAAACAA-TTATTTTATTACTTAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATATAAATTT
128 TGTATAAATAGAAACAATTTATTTTATGAATAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGAAATTT
** ** * * *
70920 GTTCAAATAGTCTTAACTGTTTAAACTTATTTGA-T-AACAGATTTACTTTTTAAGTCTCTTACT
193 GTTCAAATAGTAATAACCATTTAAACAT-TTTCAGTCAACAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACT
* * *
70983 TATTAATTATTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAACTTGAACGAATAGA
257 TATTAATT-TTAGAAATACTAATAAACTAATATCATTTTATTCTAAA-AAACTTGAACGAATAGA
* * * * * * **
71047 AACAATTATTTTTTGACAAAA-TAAAATGTCATAGCGATT-TGAAGTAGTTAATTATGTAAATAG
320 AACAACTATTTTGTGACAAAACAAAAAGGTCATAGCCATTAT-AAGTAGTTAACTATACAAATAG
* * * *
71110 TCGTAATTATTGGAACTATTTTAATAAATA-ATTTATTTTTTAAATGTATTACTTATTAATTTTC
384 TCATAACTATTGGAACTATTTTAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTC
* *
71174 AGAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACATTTATCTT
449 AGAATACTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTAT-TT
* * *
71239 -ATGATAAAAGAAAAAGTAAGAACAATTTCAAAAAAATAATTGTTCAAATAGTC-AA-CATTTGA
513 CATGACAAAACAAAAAGTAAGAACAATTTCAAAAAAATAATTATTCAAATAGTCAAACCATTTGA
*
71301 ACTTATTCTGTAAACCAAATTT-TTTTGTAAATATCTTACTCATTAATT-TTGAAAACATTAATG
578 ACTTATTCTGTAAA-CAAATTTATTTTGTAAATAGC-T--T-ATTAATTCTTG-AAACATTAATG
* * *
71364 GATTAATATTATTTTA-TTCTAAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAATA
637 GATTAATATTATTTTATTTC-AAATAAACTTATATAAATAGAAACAATTATTTTAAGACAAAACA
* * * * * * *
71428 AAATGTCAAAACGATTT-AAAGTAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAGCTGTTTCGG
701 AAAAGCCAAAACAATTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATAGTAATAATTATTTAAACTGTTTCAG
* *
71492 TCAACAGATTTATTTTTTTAATCTAC-TACTTATTAATTTTTGAAAAAATAATAAATT-AGTATT
765 TCAACAGATTTATTTTTTT-ATCT-CTTACATATAAATTTTTGAAAAAATAATAAATTGA-TATT
* * * * *
71555 ATTTT-TTCCAA-TAAGT-TTGTATCAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTAATA
827 ATTTTACTCCAAGTAA-TCTTGTATCAATAGAAACAACTATTTTATGAC-AAACAAAAGGTAATA
* * *
71617 AC-ATTTTAAAGTAGTTAATCGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTATTTCAG
890 ACGA-TTTAAAATAATTAATCGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAACTATTTCAG
71671 CAAACAAATT
Statistics
Matches: 796, Mismatches: 124, Indels: 46
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
961 29 0.04
962 8 0.01
964 170 0.21
965 325 0.41
966 142 0.18
967 118 0.15
968 4 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (966 bp):
AATAGATAATTATTCAAATACTCATAACTATTTGAACTAATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAA
ATATTTAACTTATTAATTTTTGAAATACTAATAGATTGGTATTATTCCATTCCAAATAAACTTGT
ATAAATAGAAACAATTTATTTTATGAATAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGAAATTTGTT
CAAATAGTAATAACCATTTAAACATTTTCAGTCAACAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTTATT
AATTTTAGAAATACTAATAAACTAATATCATTTTATTCTAAAAAACTTGAACGAATAGAAACAAC
TATTTTGTGACAAAACAAAAAGGTCATAGCCATTATAAGTAGTTAACTATACAAATAGTCATAAC
TATTGGAACTATTTTAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTCAGAATAC
TAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTCATGACAA
AACAAAAAGTAAGAACAATTTCAAAAAAATAATTATTCAAATAGTCAAACCATTTGAACTTATTC
TGTAAACAAATTTATTTTGTAAATAGCTTATTAATTCTTGAAACATTAATGGATTAATATTATTT
TATTTCAAATAAACTTATATAAATAGAAACAATTATTTTAAGACAAAACAAAAAGCCAAAACAAT
TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAATTATTTAAACTGTTTCAGTCAACAGATTTATTTT
TTTATCTCTTACATATAAATTTTTGAAAAAATAATAAATTGATATTATTTTACTCCAAGTAATCT
TGTATCAATAGAAACAACTATTTTATGACAAACAAAAGGTAATAACGATTTAAAATAATTAATCG
TTCAAATAGCCATAATTATTTGAACTATTTCAGTGTAAATAGTAATAATGATTTGT
Found at i:71945 original size:538 final size:535
Alignment explanation
Indices: 70717--74059 Score: 2316
Period size: 538 Copynumber: 6.2 Consensus size: 535
70707 GTAAATAGTA
* *
70717 ATAATGATTTGTAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTGGTAAACAGA
1 ATAAT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTTGGTAAACAGA
* * * * * *
70782 TTTATTTTTTACATTTCTTAATTATTAATTTTT-AGAATATTAGTATATT-GTAGTTCTTTTATT
64 TTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATT
* * * * ** *
70845 CCAAATTAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATTACTTAACAAAAGTCATAATGATTTGAA
127 TCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCAAAATGATTT-AA
* ** * * * *
70910 ATATA-AATTTGTTCAAATAGTCTTAACTGTTTAAACT-TATTTGAT-AACAGATTTA-CTTTTT
191 ATAGATAA-TTGTTCAAATAGTAATAACTATTTAAGCTGT-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTT
* * **
70971 AAGTCTCTTACTTATTAATTATTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAACTT
254 AA-TCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGTTT
* * * * * * * *
71036 GAACGAATAGAAACAATTATTTTTTGACAAAATAAAATGTCATAGCGA-TTTGAAGTAGTTAATT
318 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAAC-ATTTTAAAGTAGTTAATC
* * * * * * * *
71100 ATGT-AAATAGTCGTAATTATTGGAACTATTTTAATAAA-TAATTTATTTTTTAAATGTATTACT
382 GT-TCAAATAGTCATAATTATTTGAACTATTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTTA-T
* * * *
71163 TATTAATTTTCAGAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAA
445 TATAAATTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATATCAAA-AAACTTGTATGAACAGAA
* * * * **
71228 ACATTTATCTTATGATAAAAGAAAAAGTA
508 ACAATTATTTTATAATAAAA-CAAAAGGC
* * * *
71257 AGAACAATTTCAAAAAAATAATTGTTCAAATAGTC--AAC-ATTTGAACTTATTCT-GTAAACCA
1 ATAA-TATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TATT-TGGTAAA-CA
* * * * ** *
71318 AATTT-TTTTGTAAATATCTTACTCATTAA-TTTTGAAAACATTAATGGATTAATATTATTTTA-
62 GATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * *
71380 TTCTAAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAATGTCAAAACGATTT
126 TTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCAAAATGATTT
* * * *
71445 AAAGTAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAGCTGTTTCGGTCAACAGATTTATTTTTT
189 AAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTAAGCTGTTTCGATAAACAGATTTATTTTTT
* * *
71510 TAATCTAC-TACTTATTAATTTTT-GAAAAAATAATAAATTAGTATTATTTT-TTC-CAATAAGT
253 TAATCT-CTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGT
* * *
71571 TTGTATCAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTAATAACATTTTAAAGTAGTTAAT
316 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACATTTTAAAGTAGTTAAT
* *
71636 CGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTATTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
381 CGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTATTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTTA-T
* * * * * * *
71701 TCATAAATTTTGGAATATTTATAAATTAGAATT-TTTTGTATGAAAAAAGCTTATGTGAACAGAA
445 T-ATAAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATATCAAAAAA-CTTGTATGAACAGAA
* * *
71765 ACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGAG-
508 ACAATTATTTTATAATAAAACAAAAG-GC
* * * *** * *
71793 ATAATATTTGAAATAGATAATGGTTCAATTAGTCATAACTATTTGAACATATTCAATAAATAAAT
1 ATAATATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTTGGTAAACAGAT
* * * * *
71858 TTAATTTCTAAATATATTA-TATATTAATTTTTGGAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTC
65 TTATTTTTTAAATATCTTACT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
** * * *
71922 AAATAAATTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
129 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCAAAATGATTT-AAAT
* * * * * * *
71987 TGATATTTATTCAAATAGTAATAATTATTTGAA-CTTTTTTC-ATAAAAAGATTTATTTTTTAAA
193 AGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTT-AAGC-TGTTTCGATAAACAGATTTATTTTTTTAA
* * * *
72050 TCTCTTACTCATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATTAGCTTATA
256 TCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGTTTGTA
* * * * * * *
72114 TGAACAGAAACAATGGTTTTATTATAAAATAAAAGGTCATAGCGTTTTGAAGTAGTTAA-C-TAT
321 TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACATTTTAAAGTAGTTAATCGT-T
* * *
72177 ACAAATAGTCATAATTATTTGAATTATTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATATCTTATTTAT
385 -CAAATAGTCATAATTATTTGAACTATTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTTA-TTA-
* * ** *
72242 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCATTCAAACTTGTATGAACAAAAACA
447 TAAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATATCA-AAAAACTTGTATGAACAGAAACA
*
72307 ATTATTTTATAATAAAACCAAAGGTC
511 ATTATTTTATAATAAAACAAAAGG-C
* * * * *
72333 AGAATGATTTGAAATAAATTATTGTTCAAATGGTCATAACCT-TTTGAACTTATTTGGTGAATAG
1 ATAAT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAAC-TATTTGGTAAACAG
* *
72397 ATTTATTTTTTAAATATCTTAGTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
63 ATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * * ** * * *
72462 TGAATAAGTTTGTATGAACATAAATGATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGCCAGAATGATTTAAA
128 CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCAAAATGATTT-AA
* * * * ** * * * *
72527 ATAAATTATTGTTCAAATAGTTATAACCATTTTAATTTG-TTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAA
191 ATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTA-TTTAAGCTGTTTCGATAAACAGATTTATTTTTTTA
* * * * *
72591 ATATCTTACTTATTAAATTTCATAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTT
255 ATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAG-TTT
* * * * * * *
72655 -TTTGAAAAGAAACAATTGTTTTATGAGAAAATAACAGGCCATAACGA-TTTAAAATAGATAATT
318 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAAC-ATTTTAAAGTAGTTAA-T
** * * * * * *** *
72718 ATTTC-AATAGTCATAACTATTTAAACCAATTCTA-AAAACTTGTTTATTTTTTAAATCTCTTA-
381 CGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTATTTC-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTTAT
* * * ** * * *
72780 T-T-AATTTTCATACTATTACTAAAAAAGTATTATTTTACT-CCAAATAAGCTTGTATGAAAAGA
445 TATAAATTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TATCAAA-AAACTTGTATGAACAGA
* * * *
72842 AATAGTTGTTTTATAAAAAAACAAAAGGTC
507 AACAATTATTTTATAATAAAACAAAAGG-C
* * * *
72872 AAAAGATTTCAAATAAATAATTGTTCAAAAAGTCATAACTATTTGAACTATTTTGGTAAACAGAT
1 ATAATATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTTGGTAAACAGAT
* * * ** ** * ** *
72937 TTATTTTTGT-ATTTTATTACTTATTAATTTTCAAAATAGAAATAAATTAGAATTGCTTTATTCC
65 TTATTTTT-TAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
*
73001 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT-AGCAAAACAAAAGAT-AATAACGATTTGA
129 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAG-TCAA-AATGATTT-A
* * * * * * *
73064 AGTA-ATTAATTATTCAAATAGAAATAAGTATTTAAAG-TATTTTGATAAATC-GATCTA-TTTT
190 AATAGA-TAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTT-AAGCTGTTTCGATAAA-CAGATTTATTTTT
* * * * * *
73125 TTAA-ATC-T-CTTATTAATTTTTAGAAAACTAATAAATCAATATTATTTTATTCAAAATAAGTT
252 TTAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGTT
** * * **
73187 TGCGTGAATAGAAACAATTTTTTTATGACAAAATAAAATGTCATAGTA-ATTAGAAA-TAGTTAA
317 TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATA--ACATTTTAAAGTAGTTAA
* * * * *
73250 CCGTACAAATAGTCATAACTATTT-AATCT-TATTCGGTGAACAAATTTATTTTTTAAATATCTT
380 TCGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-CTAT-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTT
* * ** *
73313 AGTTATTAAATTTT-GAAATATTAATAAATTACTATTAATTTAT-TCTAAATAAGTTTGTATCAA
443 A-TTA-TAAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATATC-AAA-AAACTTGTATGAA
* * * **
73376 CAAAAACAAATATTTTTTGAA-AAAACAAAAGATT
503 CAGAAACAATTATTTTAT-AATAAAACAAAAG-GC
* * * * * * * *
73410 ATAACGATTTGAAATCAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTTGTTTGGTCAACAAA
1 ATAA-TATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTATTTGGTAAACAGA
* * * *
73475 TTCATTTTTTTAA-ATC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTACTAAATTAGTATTTTTTTA-TTC
64 TTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * * ** *
73536 ---T-A----G-AT-AACAGAAATAATTATTTTATGTCAAAATAAAAGCTCGTAATAATTTGAAA
129 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCAAAATGATTT-AAA
* * * * * * *
73591 TAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTCGAGAAATAG----ATTTTTTTAA
192 TAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTT-AAGCTGTTTCGATAAACAGATTTATTTTTTTAA
* * * ** ** ** *
73651 -ATCTT--TTATTAATTTTCATAATATTAATAAAGAAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTGTG
256 TCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGTTTGTA
* * ** * * ** *
73713 CGAAAAGAATTAATTGTTTTATGA-AAAA-AATAAGTGATCATAATAATTTGAAA-TAAATAATT
321 TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAA-AAG-G-TCATAA-CATTTTAAAGTAGTTAATC
* * * * * * * *
73775 GTTCAAATAATCATAATGATTTGAACTGTTTTAGTAAACATATTTATTTTTTTATTTTGC-TACT
382 GTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTATTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATAT-CTTA-T
* ** * * ** * * * *
73839 TATTAATTTTAAGAATAGAAACAAATTAGTATTGTTTTAT-TCCGAATCAGCTTATATAAATAGA
445 TATAAATTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATAT-C-AAAAAACTTGTATGAACAGA
* * * * **
73903 AATAATTGTTTTATGATAAAAATAAAAGATA
507 AACAATTATTTTATAAT-AAAACAAAAG-GC
* ** * * * * *
73934 ATAATGATTTGAATTAGTTAATTATTCAAATAGTAATAAATATTTGAACTATTTTGGTAAATAAA
1 ATAAT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTTGGTAAACAGA
* * *
73999 TTTATTTTTTAAATTTCTTTCTTATTAATTTTTGAAATACTAATAAATTAGTATTATTTTA
64 TTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
74060 CTCTAAAATG
Statistics
Matches: 2221, Mismatches: 464, Indels: 249
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
520 2 0.00
521 8 0.00
522 84 0.04
523 109 0.05
524 81 0.04
525 76 0.03
526 3 0.00
527 39 0.02
531 1 0.00
532 1 0.00
533 7 0.00
534 127 0.06
535 31 0.01
536 83 0.04
537 331 0.15
538 594 0.27
539 245 0.11
540 45 0.02
541 142 0.06
542 77 0.03
543 129 0.06
544 4 0.00
545 1 0.00
546 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (535 bp):
ATAATATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTGGTAAACAGATT
TATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCAAAATGATTTAAATAGA
TAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTAAGCTGTTTCGATAAACAGATTTATTTTTTTAATCTCT
TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGTTTGTATGAAT
AGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACATTTTAAAGTAGTTAATCGTTCAAATA
GTCATAATTATTTGAACTATTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTTATTATAAATTTTA
GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATATCAAAAAACTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTAT
AATAAAACAAAAGGC
Found at i:72403 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 70717--74059 Score: 2154
Period size: 181 Copynumber: 18.7 Consensus size: 180
70707 GTAAATAGTA
* * * *
70717 ATAATGATTTGTAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTGGTAAACAGA
1 ATAATGATTTGAAATAAATTATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGA
* * * * * * *
70782 TTTATTTTTTACATTTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAGTATATT-GTAGTTCTTTTATTC
66 TTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTT
* * * * *
70846 CAAATTAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATTACT-TAACAAAA-GTC
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* * * * *
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1 ATAATGATTTGAAATA-AATTATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAG
* * * * *
70960 ATTTACTTTTTAAGTCTCTTACTTATTAATTATTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC
65 ATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-
* * * * * *
71025 TAAATAAACTTGAACGAATAGAAACAATTATTTTTTGACAAAATAAAATGTC
129 TCAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTC
** * * * * **
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1 ATAATGATTTGAA--A-TAAATTATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTGGTAAA
* * * * *
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* * * * *
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* ** * * *
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1 ATAATGATTTGAAATAAATTATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATT-TGGTAAA-CA
* * * * * * ** *
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* * * *
71382 CTAAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAATGTC
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* * * * * * *
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1 ATAATGATTTGAAA-TAAATTATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CT-TATTTGGTAAAC
* * * *
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63 AGATTTATTTTTTAAATAT-CTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* ** * * * * *
71560 -TTCCAATAAGTTTGTATCAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTA
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* * * * * * *
71614 ATAA-CATTTTAAAGT-AGTTAATCGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TATTTCAGCAAAC
1 ATAATGATTTGAAA-TAAATT-ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTT-GGTAAAC
* * * * * * *
71676 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTCA-TAAATTTTGGAATATTTATAAATTAGAATT-TTTTG
63 AGATTTATTTTTTAAATATCTTACTT-ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * * * *
71739 TATGAAAAAAGCTTATGTGAACAGAAACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGAG--
127 TTTCAATAAA-CTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAATAAAAG-GTC
* * * * * *** * *
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1 ATAATGATTTGAAATAAATTATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGA
* * * * *
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* * *
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130 C-AATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGA-TAAAATAAAAGGTC
** * * * * ** *
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1 ATAATGATTTGAAATAAATTA-TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAG
* *
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* * * * * ** *
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** * * * * * * * *
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1 ATAATGATTTGAAATAAATT-ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTGGTAAACA
* *
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* * * * **
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* * * *
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* *
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* ** * * ** * * *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * ** **
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* * * * * ** *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * ** * **
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* * * * * * *
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* * * ** * ** *
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* * * * *
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** ** * * *
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* * * * ** * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * **
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* ** * ** *
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* * * *
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* * * * * ** * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * *
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** * * * * *
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*
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*
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74060 CTCTAAAATG
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*
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*
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** *
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* *
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* *
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* *
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1 T
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* * *
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75350 ATTTATATGA
Statistics
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A
Found at i:75340 original size:47 final size:46
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Indices: 75248--75396 Score: 194
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75238 TATTTGCATG
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* * *
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Found at i:106417 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 106365--106430 Score: 53
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106355 AATCTTACAG
* *
106365 TTTTTAATTTTA-TATA
1 TTTTTATTTTTATTAAA
* * *
106381 TTTTTAATTTTATGGAAT
1 TTTTTATTTTTAT-TAAA
106399 TTTTTATTTTTATTAAA
1 TTTTTATTTTTATTAAA
* *
106416 TTCTAATTTTTATTA
1 TTTTTATTTTTATTA
106431 TTTATTTTTC
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Consensus pattern (17 bp):
TTTTTATTTTTATTAAA
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Alignment explanation
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110233 ATAAGATAAT
*
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1 TTATTTATTTCTCAAAA
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110278 TATACAATTT
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TTATTTATTTCTCAAAA
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110230 TAAATAAGAT
*
110240 AATTTATTTATTTGTCAA
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1 AATTTAT
110281 ACAATTTAAA
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AATTTATTTATTTCTCAA
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1 TA
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113076 CCTGTGCATA
* * * *
113086 TTTATATATATTATTAATATAATAATAAT-TTTTTTTAAT
1 TTTATAAATATAATTAAGATAATAA-AATATATTTTTAAT
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113164 ATATATTTAA
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Indices: 113121--113188 Score: 86
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113111 TAATTTTTTT
*
113121 TAATTTTATAAATATAATTAAGATAATAAAA
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*
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1 TA-ATTTTATAA-ATATAATTAAGAAAATAAAA
113183 TAATTT
1 TAATTT
113189 AATTTAAAAA
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TAATTTTATAAATATAATTAAGAAAATAAAA
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Indices: 118419--118471 Score: 63
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118409 ATCCAATGCT
* * * *
118419 TA TA TA AA TA AA TA AA TA TA TA TA TG TA TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
118461 TA TA TA T- TA TA
1 TA TA TA TA TA TA
118472 AACTCTTCAC
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 8, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:125789 original size:139 final size:139
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Indices: 125619--125960 Score: 359
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125609 TTAGCATGAA
*
125619 AAAATATCTTAAATAATTATTTTT-TATTTTTATAAATGGATTATTTAA-AAAACGCCTTAAATA
1 AAAATATCTTAAATAATT-TTTTTATATTTTTATAAATGGATTATTTAAGAAAACGCATTAAATA
125682 ATCTTTTTATATTTTAAGATTTAGAGTTTCA-AGTTAATATTTTTATAAAAAGATTATTTAAGAC
65 ATC-TTTTATATTTTAAGATTTAGAGTTT-ATAGTTAATATTTTTATAAAAAGATTATTTAAGAC
*
125746 GTTTCTGTACAG
128 GTTTCTATACAG
*
125758 AAAATATCTTAAATAATTTTTTTATATTTTTATAAATAGATTATTTAGGGCGTTTGTGAATAGAA
1 AAAATATCTTAAATAATTTTTTTATATTTTTATAAAT-G--GA-TTA------TT-T--A-AGAA
* * * * * *
125823 AAGGTATTAAATAATCTTTTATATTTTATGGTTTAGGGTTTATGGTTAATATTTTTATAAAAAGA
52 AACGCATTAAATAATCTTTTATATTTTAAGATTTAGAGTTTATAGTTAATATTTTTATAAAAAGA
**
125888 TTATTTAAGGTGTTTCTATACAG
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* * **
125911 AAAATGA-CTTAAATAATTATTTTATATTTTTACAAACAGATTATTTAAGA
1 AAAAT-ATCTTAAATAATTTTTTTATATTTTTATAAATGGATTATTTAAGA
125961 CATTTCTGTG
Statistics
Matches: 169, Mismatches: 16, Indels: 36
0.76 0.07 0.16
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138 5 0.03
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AAAATATCTTAAATAATTTTTTTATATTTTTATAAATGGATTATTTAAGAAAACGCATTAAATAA
TCTTTTATATTTTAAGATTTAGAGTTTATAGTTAATATTTTTATAAAAAGATTATTTAAGACGTT
TCTATACAG
Done.