Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167915.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_18, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 90000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 71 of 117
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15132606 AATAATCCCA
** * *
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* *
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1 AAAAAATTAGAAGGGATTATTCAAGGTGTTTTTAGCCAAAAATACCTTCAATAATCCACTCAT
* *
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15132649 CACCAAAATA
** * *
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* * * * *
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CCTTCAATAATCCTATCTAAAAAATTAGAAGGGATTATTCAAGGCATTTCTAGCCAAAAAGG
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15134984 TCAACCATAA
*
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*
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* * * * * * **
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TTGAGAGATTTTTGAGATTTAATTCCAGAATCAATTCACATTAAAATGATAG
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15135000 GATTTTTTTA
* * *
15135010 ATTTAATTCCAGAATCAATTCACATTAAAATGATGTTGAGAGATTTTTGAG
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* *
15135061 ATTTAATTCCAAAATCAATT-ATCATTAATAATGATAG-GGAGATATTTTAGGG
1 ATTTAATTCCAAAATCAATTCA-CATTAA-AATGAT-GTGGAGAGATTTTAGAG
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ATTTAATTCCAAAATCAATTCACATTAAAATGATGTGGAGAGATTTTAGAG
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15135620 TTCCATTTTT
*
15135630 ATTTTTATTTTTTTAATTTTTTTTATC
1 ATTTTTA-TATTTTAATTTTTTTTATC
* *
15135657 A-CTTTATATTTTAAGTTTTTTTATTTC
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ATTTTTATATTTTAATTTTTTTTATC
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*
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1 AAAAAAAGAA
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AAAAAAAGAA
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1 AAAAAA
15139461 TGAAGAAGAA
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AAAAAAAAAAAGAA
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*
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1 AAAA
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1 AAAAA
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AAAAATAAAAACAAAAAAAAT
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* *
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* *
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*
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1 AAAAAGA
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*
15140666 TCCAGATCATTTTCCTAGCTCATGGCATCGTCCCGATCATTCATCCT-CGACCTCGACTCAATCT
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
15140781 TCCAAATCATTTTCTTGACTAATGGCATTGTCCCATTCATTCATCTATGACCTCAACTCGATCTT
1 TCCAGATCATTTTCCTAACTCATGGCATCGTCCGA-TCATTCATCTACGACCTCGACTCAATCTT
* * * *
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* ** * * *
15140896 TCTAGATCATTTTCCTAACTCGCGACATCATCTCGATCATTCATCTACGACCTTGACTCAATCTT
1 TCCAGATCATTTTCCTAACTCATGGCATCGTC-CGATCATTCATCTACGACCTCGACTCAATCTT
* * * * *
15140961 GGTCATTTTTAGACTCGTGACATCATCCCAATCATTCAATCTC-AGTTTAG
65 GGTCATTTTTAGACTCGTGACATCGTCCCAGTCATTCGATCTCGA-CTTGG
*
15141011 TCCAGATCATTTTTCTAACTCA
1 TCCAGATCATTTTCCTAACTCA
15141033 CAGTTTTGTC
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GTCATTTTTAGACTCGTGACATCGTCCCAGTCATTCGATCTCGACTTGG
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* * * *
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* *
15141451 TTGCAAATCTAAAACATTTGCA
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* * * * * * * *
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*
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* *
15141558 AAACTTGAAATCTTGCAAATATTCCT-TTCTTGCGAATCTGAAAGTCCTTGTGAACTTGAAATCT
1 AAACTTGAAATCTTGCTAATATT-TTATTCTTGCGAATCTGAAAGTCCTTGTGAACTTGAAATCT
15141622 TTG
65 TTG
15141625 TGAATCCAGA
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85 70 0.56
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TGAAAATCTAAAACATTTACA
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15141368 CATCTTTTTG
** * * *
15141378 ACCTCTATGAAACTTGAAATCTTGTCAATATTTCATTCTTGCCAATCTAAAAGTCCTTATGAACT
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*
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* * * * * * * * * * *
15141464 ACATTTGCAAAACTTGGAATCTTGCTAATCTTTTATTCTTGTGAATATGAAAGTCCATGCGAACC
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*
15141529 TAAAATCTTT-AAAATCTAAA
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* * * * *
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** * *
15141614 TGAAATCTTTGTGAATCCAGA
65 TGAAATCTTTGAAAATCTAAA
* * * *
15141635 ACCTCTACTAAACTTGGAATCTTGTGAATCTTTCATTCTTGCAAATC
1 ACCTCTACAAAACTTGAAATCTTGT-AATATTTCATTCTTGCGAATC
15141682 CAAAAACTTT
Statistics
Matches: 170, Mismatches: 45, Indels: 6
0.77 0.20 0.03
Matches are distributed among these distances:
85 70 0.41
86 99 0.58
87 1 0.01
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GAAATCTTTGAAAATCTAAA
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15142082 AACCGTAATT
* * ***
15142092 AGAGATTTTTGGAATTTAATTCTAGAATCAATTCACATT-AAAATGATGTTT
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* *
15142143 AGAGACTTTTGAGATTTAATTCCAGAATCAATTAGCATTAAAAATGATGGGG
1 AGAGATTTTTGGGATTTAATTCCAGAATCAATTA-CATTAAAAATGATGGGG
* * *
15142195 AGATATTTTTGGGATTTAATTTCAGAATCAATTCTCATTAAAAATGA
1 AGAGATTTTTGGGATTTAATTCCAGAATCAATT-ACATTAAAAATGA
15142242 AAATAAAACA
Statistics
Matches: 84, Mismatches: 12, Indels: 5
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
50 1 0.01
51 33 0.39
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Indices: 15146660--15146786 Score: 193
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15146650 GCATTACACT
***
15146660 AATGAATAAAATGTTTATAAAATTATTTTTGTTGGTATATAAATGGATGATTTACCTTCTGTATG
1 AATGAATAAAATGTTTATAAAATTATTTCCATTGGTATATAAATGGATGA-TTACCTTCTGTATG
15146725 TATG
65 TATG
* *
15146729 AATGAAT-AATTGTTTATAAAATTATTTCCATTGGTATATGAATGGATGATTACCTTCT
1 AATGAATAAAATGTTTATAAAATTATTTCCATTGGTATATAAATGGATGATTACCTTCT
15146787 TACCTTCTGT
Statistics
Matches: 53, Mismatches: 5, Indels: 2
0.88 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
67 9 0.17
68 37 0.70
69 7 0.13
ACGTcount: A:0.35, C:0.06, G:0.15, T:0.44
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AATGAATAAAATGTTTATAAAATTATTTCCATTGGTATATAAATGGATGATTACCTTCTGTATGT
ATG
Found at i:15147332 original size:15 final size:15
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Indices: 15147312--15147348 Score: 56
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15147302 GGTGTAACTC
* *
15147312 TTTATCTATGTTTGT
1 TTTATCAATGTTTAT
15147327 TTTATCAATGTTTAT
1 TTTATCAATGTTTAT
15147342 TTTATCA
1 TTTATCA
15147349 GACTTGGTAC
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
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Indices: 15147625--15147793 Score: 151
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15147615 AATATAATAA
* * *
15147625 AAAAATAAAACATATAAGTCTATACTGAC-AATCTATAACTATCAGTAAAGGTAAG
1 AAAATTAAAACATACAAGTCTATACTGACAAATCTA-AAC-ATCAGTATAGGTAAG
* * * * ** * * *
15147680 AAAATTAAAGCATACAATTCTATACTAATAGTCTCTGACCATCGGTATAGGTAAG
1 AAAATTAAAACATACAAGTCTATACTGACA-AATCTAAACATCAGTATAGGTAAG
* * * *
15147735 GAAATTAAAAAATACAAGTCTATACTGACAAATGCTAAGCATCAGTATAGGTAAC
1 AAAATTAAAACATACAAGTCTATACTGACAAAT-CTAAACATCAGTATAGGTAAG
15147790 AAAA
1 AAAA
15147794 ATTACAAGTC
Statistics
Matches: 86, Mismatches: 25, Indels: 6
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Matches are distributed among these distances:
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Found at i:15155677 original size:33 final size:31
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Indices: 15155634--15155696 Score: 99
Period size: 33 Copynumber: 2.0 Consensus size: 31
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*
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AAATATAATAATTTATATATTCAATTATATA
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*
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TTTTATT
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* * * * * * *
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* * *
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** * * *
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** * *
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* * * *
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*
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AAAATGCCTCCATATTAGCGGCGTTTATATCTTTGAGACGCCACTAATTTAGTTGCATTTTTATG
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* * *
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* * * * ** *
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*
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* * * * *
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* *
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*
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* *
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* *
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15179706 ATATATATAT
* *
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*
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1 AA
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*
15186500 AAAA-AAAGAGAAAATGAAAAAAAAT-AA
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* *
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* *
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*
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1 A
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ATGAAAAA
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*
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* * * *
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* * *
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* * *
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* * * * **
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* ** * * **
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* * * * *
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* * * * *
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* *
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* *
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*
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* * * *
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* * ** *
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* ** * * *
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Consensus pattern (42 bp):
TTTATTTCTCAAAGTTGTTGAGCCTCTGATTAGAGGAGCTTA
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15187950 TAATTATTGA
* * *
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* * * *
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* * *
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*
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1 AGAGGAGCTTTATTTCTTAAAGTTGTTGAGCCTCTGTTT
* * * *
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1 AGA-GGAGCTTTATTTCTTAAAGTTGTTGAGCCTCTGTTT
* *
15188167 AGAGAAGCCTTATTT
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Matches are distributed among these distances:
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15188014 TATTTTTCTC
* * * *
15188024 AAAGTTGTTGAGTCTCTGATTAGAGTAGTCTTATTTATTTCT
1 AAAGTTGTTGAGCCTCTGTTTAGAGGAGCCTTATTTA--T-T
* * *
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*
15188106 AAAGTTGTTGAGCCTCTATTTAGAGGGAGCCTTATTTATT
1 AAAGTTGTTGAGCCTCTGTTTAGA-GGAGCCTTATTTATT
* * *
15188146 AAAGTTGTTGAGCATTTGTTTAGAGAAGCCTTATTTATT
1 AAAGTTGTTGAGCCTCTGTTTAGAGGAGCCTTATTTATT
15188185 TTTTTAAAAG
Statistics
Matches: 102, Mismatches: 15, Indels: 6
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Matches are distributed among these distances:
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15188008 GTTATTTATT
* * * *
15188018 TTTCTCAAAGTTGTTGAGTCTCTGATTAGAGTAGTCTTATTTATTTCTCAAAATTGTTGAGCCTC
1 TTTCTCAAAGTTGTTGAGCCTCTGATTAGAGGAGCCTTATTTA-TTCTCAAAATTGTTGAGCATC
* *
15188083 TGTTTAGAGGAGCTTTA
65 TGTTTAGAGAAGCCTTA
* *
15188100 TTTCTTAAAGTTGTTGAGCCTCT-ATTTAGAGGGAGCCTTATTTA-T-T-AAAGTTGTTGAGCAT
1 TTTCTCAAAGTTGTTGAGCCTCTGA-TTAGA-GGAGCCTTATTTATTCTCAAAATTGTTGAGCAT
*
15188161 TTGTTTAGAGAAGCCTTA
64 CTGTTTAGAGAAGCCTTA
15188179 TTT
1 TTT
15188182 ATTTTTTTAA
Statistics
Matches: 71, Mismatches: 9, Indels: 7
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Matches are distributed among these distances:
79 31 0.44
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GTTTAGAGAAGCCTTA
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Indices: 15188165--15188306 Score: 169
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15188155 GAGCATTTGT
* *
15188165 TTAGAGAAGCCTTATTTATTTTTTTAAAAGTCATTGAGCCTTTAC
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*
15188210 TTAGAGGAGCTTTATTTATTTTTCAAAAGTCATTGAG-CTTCTGC
1 TTAGAGGAGCTTTATTTATTTTT-AAAAGTCATTGAGCCTT-TAC
* * *
15188254 TTAGATGAGCTTTATTTATTTCTTAAAAGTCATGGAGCCTTTAT
1 TTAGAGGAGCTTTATTTATTT-TTAAAAGTCATTGAGCCTTTAC
*
15188298 TTAAAGGAG
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Matches: 84, Mismatches: 9, Indels: 9
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* *
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*
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1 CTA
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*
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* * * * *
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* *
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* *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* *
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* *
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*
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1 ACCCTAA
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*
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*
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*
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*
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*
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* *
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*
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ACCCTAA
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*
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*
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ACCCTAAACCTAAACCCTAA
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* *
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ACCCTAACCCTAA
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* *
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* *
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*
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*
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* **
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*
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CCTAAACCCAAA
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* * **
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* *
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* * * * **
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
15237167 AACTAGAATTGCTTTTCAACTTAGAGAAAACCCTAGGCCTAGACCAGCATGTGGACCATGACATA
324 AACCAAAACTGCTTTTCAACTCAGAGAAAACCCTAGGCCTAGACCAACATGTAGACCATGACACA
** * *
15237232 TGCACATGCCTCGACCACCATTGAAACATGATGGCCTTTGGTCTCAGCACATGCTAGCCCTTTGT
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**** * *
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454 ACAAACAGTTCCCTCGAACAATGTCAA
* * * * ** *
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1 CACATGTTGGGCCATGCACCATG-CAAGGTATCCTAGGCCTGGAACTACACACCATGTACACCAT
* * * * * *
15237388 GACTAGGCAGTAGGTGGATTTAGCCACATCTTCAAATTTCTGCCATGCTAATGCCATTTTTATGG
65 GACTAGGCAGTAGGTGGGTTTAGGCACATCTTCAAATTGCTACCATGCCAATGCCATTTTAATGG
* * * * * * *
15237453 CTTGTAAATTCATATAAGTGCTTACCAACAT-CGC-ACTTGGGTTTGGCTCAATTTTGTCGA-AC
130 CTTGTAAATTCATATAAGCGCTCA-CAA-ATGCCCAACTAGGG-CTGGCTAAATTTTG-CCATAC
* ** *
15237515 CAAAACACTGTGCCTGATCCTCTAGAGTTTTGATCACTTCTAATACCACTGTTCTAGGCTAGTTC
191 CAAAACACTGTGCCTGAGCCTCTAGAGTCCTGATCACTACTAATACCACTGTTCTAGGCTAGTTC
* * *
15237580 CCCATGACTTGGGACAC-AGTA-GACTTCAAGGCCT-GGTCCCCTTAGCTGTTGGACCTTGTCCT
256 CCCATGACTTAGGACACTAGTAGGACTT-AAGG-CTAGGTCCCCTTAGCTATTGGACCCTGT-CT
*
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* * *
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381 ATGACACATGCACATGCCTCGACCACCATTGAA-ACATGA-TAACCATTGGTCTCAACACATGCT
*
15237767 TGTCTCCTTAT-T-CAAACAGTTCCCTCGAAAACAAT-T-AGA
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* * *
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1 CACATGTTGGGCCATGCACCATGC-AAGGTATCCTAGGCCTGGAACTACACACCATGTACACCAT
** * *
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CACATGTTGGGCCATGCACCATGCAAGGTATCCTAGGCCTGGAACTACACACCATGTACACCATG
ACTAGGCAGTAGGTGGGTTTAGGCACATCTTCAAATTGCTACCATGCCAATGCCATTTTAATGGC
TTGTAAATTCATATAAGCGCTCACAAATGCCCAACTAGGGCTGGCTAAATTTTGCCATACCAAAA
CACTGTGCCTGAGCCTCTAGAGTCCTGATCACTACTAATACCACTGTTCTAGGCTAGTTCCCCAT
GACTTAGGACACTAGTAGGACTTAAGGCTAGGTCCCCTTAGCTATTGGACCCTGTCTCCTTAGAA
CCAAAACTGCTTTTCAACTCAGAGAAAACCCTAGGCCTAGACCAACATGTAGACCATGACACATG
CACATGCCTCGACCACCATTGAAACATGATAACCATTGGTCTCAACACATGCTAGCCCTTTGTAC
AAACAGTTCCCTCGAACAATGTCAA
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15253298 ACGATCGGAT
* *
15253308 AGTAGGTGGGTTTAAACACATCTTCATATTTTTATCATGCCAATACCATTTTTATGGCTTGTAAA
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* * * * * **
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* * * **
15253438 TGCCTAAGCCTCTAAAGTCTTAATCATTGCCAATACCATTATTTTAGGCTAATTCCCTATAATTT
131 TGCCTAAGCCTCTAAAGTCTTAATCATTGCCAATACCACTATTCTAGGCTAATTCCCCATAACCT
* *
15253503 GGGCGTCTAATAGGCTTCAAGGCCTGGTCCCCTTGGCTGCCAGATCCTATCCCCCTAAAATCAAA
196 GGGCCTCTAATAGGCTTCAAGGCCTGGTCCCCTTGGCTGCCAGACCCTATCCCCCTAAAATCAAA
* * * * ** ** *
15253568 ATTACTCTTTGACTTAGAGAGAACCCCTAGGCCTAGACTGGCATGTAGACTGTGACACAT-CACA
261 ATTACTCATTGACTGAGAAAAAACCCCTAGGCCTAGACCAGCATACAAACTGTGACACATACACA
*
15253632 TGCCTTGACCACCATTGGCACATGCTAGGCTACGCATCATGCGAGGGTATCCTAAGCTCGGGCAG
326 TGCCTCGACCACCATTGGCACATGCTAGGCTACGCATCATGCGAGGGTATCCTAAGCTCGGGCAG
15253697 CGCATCATGTGCATGATGATTGGGC
391 CGCATCATGTGCATGATGATTGGGC
* * *
15253722 AGTAGGTGGGTTCAGAA-ACATCTTTATATTTTTGCCATGCCAATGCCATTTTTATGGCTTGTAA
1 AGTAGGTGGGTTCA-AACACATCTTCATATTTTTACCATGCCAATACCATTTTTATGGCTTGTAA
* ** **** * * *
15253786 AGTCATACAA-CTGCTCATCAATGCCTGTGTC-AGAGGCTGGCTCAATTTTTCCAAACCTAAACA
65 AGTCATACAAGC-ACTCATCAACACCTACACCTAG-GGCTAGCTCAATTCTGCCAAACCTAAACA
* * ** * * * * *
15253849 CCGTGCTTGAGCCTCTTGAGTGTTAATCGTTGCCTATACCACTATTCTAGGCTAGTTCCCCATGA
128 CCGTGCCTAAGCCTCTAAAGTCTTAATCATTGCCAATACCACTATTCTAGGCTAATTCCCCATAA
* * * * *
15253914 CCTGGGCCTTTAGTAGGCTTCAAGGCCTGGTCCCTTTGGCTGTCAGACCCTATCCCCCTAGAA-C
193 CCTGGGCCTCTAATAGGCTTCAAGGCCTGGTCCCCTTGGCTGCCAGACCCTATCCCCCTAAAATC
* * * * * * *
15253978 TGAAATTGCTCATTGACTCGA-AAAAAACCCCTAGGCTTGGACCATCATACAAATTGTGACATAT
258 -AAAATTACTCATTGACT-GAGAAAAAACCCCTAGGCCTAGACCAGCATACAAACTGTGACACAT
*
15254042 ACACATGCCTCGACCATCATTG
321 ACACATGCCTCGACCACCATTG
15254064 AGGCATGTTG
Statistics
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AGTAGGTGGGTTCAAACACATCTTCATATTTTTACCATGCCAATACCATTTTTATGGCTTGTAAA
GTCATACAAGCACTCATCAACACCTACACCTAGGGCTAGCTCAATTCTGCCAAACCTAAACACCG
TGCCTAAGCCTCTAAAGTCTTAATCATTGCCAATACCACTATTCTAGGCTAATTCCCCATAACCT
GGGCCTCTAATAGGCTTCAAGGCCTGGTCCCCTTGGCTGCCAGACCCTATCCCCCTAAAATCAAA
ATTACTCATTGACTGAGAAAAAACCCCTAGGCCTAGACCAGCATACAAACTGTGACACATACACA
TGCCTCGACCACCATTGGCACATGCTAGGCTACGCATCATGCGAGGGTATCCTAAGCTCGGGCAG
CGCATCATGTGCATGATGATTGGGC
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15263914 TGATGGTGCA
*
15263924 TGGTACGGGCA-TATGCCTTGTCCATCATCGACACAAGCTAGACTT
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** * * *
15263969 TGGTACAAGCACTTGCCTTAACCACTATCGACATAAGCTAGCCTT
1 TGGTACGGGCACTTGCCTTGACCAC-ATCGACACAAGCTAGACTT
* * *
15264014 TGGTATGGGCACTTACCTTGACCACCATCGACACATGCTAG
1 TGGTACGGGCACTTGCCTTGACCA-CATCGACACAAGCTAG
15264055 CCCCTAGTAA
Statistics
Matches: 70, Mismatches: 13, Indels: 6
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Matches are distributed among these distances:
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TGGTACGGGCACTTGCCTTGACCACATCGACACAAGCTAGACTT
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15283993 AAAGCCCAGG
* *
15284003 TGGAGACCATACATAATGGGA
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*
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*
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TGGAGGCCATACATAAAGGGA
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15299474 TGTGGGTGCA
* * * *
15299484 TGCCTCAACCATCATCAACACAAGATGGCCTTTGGTCCAAGCACT
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* * * * *
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* *
15299574 TGCCTTAACCACCATTGACACA
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15299596 TGTTGGCCCT
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 12, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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TGCCTCAACCACCATCGACACAAGATAGCCTTTGGTACAAGCACT
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Indices: 15299524--15299626 Score: 109
Period size: 45 Copynumber: 2.3 Consensus size: 45
15299514 TTTGGTCCAA
* * *
15299524 GCACTTGTCTCAACCACCATCGACACAAGCTAGCCTTTGTTATAG
1 GCACTTGCCTCAACCACCATCGACACAAGCTAGCCCTTATTATAG
* * * * * *
15299569 GCACTTGCCTTAACCACCATTGACACATGTTGGCCCTTATTGTAG
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15299614 GCA-TATGCCTCAA
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15299627 ATAACATTGA
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 10, Indels: 2
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
44 1 0.02
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15301727 GCCTTTGTAT
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* *
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1 CTTACGCTACCTTTATGG
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1 CTTA
15301777 ACCCTGATGA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
18 20 1.00
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CTTACGCTACCTTTATGG
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15310561 TATAAGCACT
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*
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* *
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*
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* *
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*
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GGCTATGCATGTCTTAT
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* * *
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*
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*
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15396706 TGGGGCCACC
*
15396716 TTGAGATTCATGGA
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15396730 TTGAGAATCATGGA
1 TTGAGAATCATGGA
15396744 TTGAGAATCATG
1 TTGAGAATCATG
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15409900 CTAGGCTTTA
* *
15409910 GCTGTACGGGCTAGCCTGCAG
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*
15409931 GCTGTACAGGCTGGCCTACAG
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1 G
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15416007 AAACTTCAAC
*
15416017 TGCCTCGACCATTATTGGCATATGTTGGCCTTTGGTACGAGCACT
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* * * * *
15416062 TGCCTCGACCATCATTGGCACAAGTTGGCTTTTGGTATGGGCACT
1 TGCCTCGACCATCATTGGCATATGTTGGCCTTTGGTACGAGCACT
* * * * *
15416107 TACCTCAACCATCATCGACATATGCTGGCCTTTG
1 TGCCTCGACCATCATTGGCATATGTTGGCCTTTG
15416141 ATACAGGTAC
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15419731 CTGGTGGTGG
* * *
15419741 TCGAGTCATGTGCCCATAATAAAGCATAACATGTACCGATGGTGT
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* *
15419786 TCGAGGTCA-GTGCCCATAATAAAGGC-TAACATATGCTAATAGTGT
1 TCGA-GTCATGTGCCCATAATAAA-GCATAACATATACCAATAGTGT
15419831 TC
1 TC
15419833 AAGGCAACAA
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15420509 CCCAAACCAA
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1 GAAAAATTATAAAAATAA
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GAAAAATTATAAAAATAAT
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15425808 CAAAAGCATG
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*
15425836 TAGATGGTGGATGGTACATT
1 TAGATGGTCGATGGTACATT
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15433407 TTTATTAATA
* * ** *
15433417 TTTATCAAACCAA-TTCAGATAGTTATGACTATTT-AAGTAATTATTTATTTCAAATTGTTATAA
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* * * * * * * * * * * *
15433480 CTTTTTATTCTATTATAAAATAATAGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACC
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* * * * *
15433545 AATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAACATAAATATG
129 AATTTATTAATATTTTAA-AAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * *
15433598 CTTACCAAACTAGATT-AAATAGTTATGACTATTTTAATAATTATCTATGTCAAATCATTATGAC
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** * ** * * * *
15433662 CTTTTGTTTTAACATAAAAAAATCATTT-TGGTTCATATAAACTTATACAAAATAAAATAATACT
65 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-ATTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * * * * *
15433726 AAGTTATCAATATTTTGAAAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTA
129 AATTTATTAATATTTT-AAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * * * *
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1 TTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-C
* * *
15433843 CTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTTTTCTATTCATACAAACTTATTTTG-AATAAAATAAT
65 CTTTTGTTTTGTCATAAAAT-A--ATTGTTTCTATTCATACAAACTTA-TTCGAAATAAAATAAT
* * * * * * *
15433907 ACAAATTTATTAATA--TTAAGGCAATTAATAAGTAATAGATCTAACAAGTAAAT-AG
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** * * ** ** * ** *
15433962 AATACCAAACAAATTCAAATCTTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACT
1 TTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * *
15434027 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAA-AATATTAA
66 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* *
15434091 TTTATTAATATTTTAACAAATAATAAGTAAAAGATTTCAAAAATAAATATG
131 TTTATTAATATTTTAA-AAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * * * *
15434142 TTTATCGAACAAGTTCAAATGGTCATAAGTGTTTGAATAATTAAT-TATTTCAAATCATTGTGAC
1 TTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT-ATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * ** *
15434206 CATTT-TTTTGTAATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACT
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* * * * * *
15434269 AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAG-AAAGAGAATTAAAAGATTAATCTA
129 AATTTATTAATATTTTAAAAA-TAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATCTG
* ** * * * *
15434322 TTTGTCGCACATGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAATAATTATCTGTGTCAAAAT-ATTATGAC
1 TTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC-AAATCATTATGAC
* * *
15434386 CTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTGGTTCTATTCATGCAAACTTATTTC-AAATAAAATAATA-T
65 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAACTTA-TTCGAAATAAAATAATACT
** * * *
15434449 AAATTTATTAATATTCGAACAATTAATAAGT-AAA-ATTTAAAAAACAAATATG
129 -AATTTATTAATATTTTAA-AAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * **
15434501 TTT-TCTAAACATGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGTTATGAC
1 TTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * ** * * * *
15434565 ATTTTGCTTTGTCATAAACCAATTATTTTTGTTTATA-AAAGCTTATTC-AGAATAAAATAATAC
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* ** * *
15434628 TAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAGTTTG
128 TAATTTATTAATATTTTAAAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTG
* *** * ** * * * *
15434682 TTTACCAAGTGAGTTCGAATAGTTATGACCCTTCGAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGATC
1 TTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
** * *
15434747 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAATTTTATTTGAAATAAAATAATTCTAA
66 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
15434812 TTTATTAATATTCTAAAATTAAAAACTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
131 TTTATTAATATTTTAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * *
15434862 TTTA-CTAAGCAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGAATTATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
1 TTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * * *
15434926 ATTTTGTTTTGTCTTAAAATGATTGTTTCCATTCACACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTA
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* * * * *
15434991 ATTTATTAATATTTCAAAAAT--TAA-TAAGAGATTTAAGAATTAAATCTA
130 ATTTATTAATATTTTAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * * * *
15435039 TTTATCGAACCACTTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAATC
1 TTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * * *
15435104 -TTTGTTTTGTAATAAAACAATTGCTTT-TGTTCATACAAACTTATTTGAAGTAAAATATTGCTA
66 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTTCTATTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTA
* * * * * * *
15435167 AATTAATAATATTCTAAAAAT--TAA-TAAGAGCTTTGAAAAATAAATGTG
130 ATTTATTAATATTTTAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * * * * * *
15435215 TTTGTTGAACCAA-TTTAAATAGTTAAGA-TGATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTATTTTTA
1 TTT-ATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * *
15435278 CCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATT-TAGAATAAAATAATA
64 CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAACTTATTCGA-AATAAAATAATA
* * ** * *
15435341 GTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAG-AAAGAGATTTAAATAAAATAAATCTA
127 CTAATTTATTAATATTTTAAAAA-TAATAAGTAAA-AGATTT-AA-AAAATAAATCTG
* **
15435398 TTTATCAAATAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAATAATTATCTATTT-AAAGTTGTTATGA
1 TTTATCAAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGA
* * * * *
15435461 CCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC-ATTTCATAAAAAATTATTC-AAAGTAAAATAATT
64 CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAACTTATTCGAAA-TAAAATAATA
* * * * * ** *
15435524 CTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGGCAAGAGATTTAAAACTTAAGT-TG
127 CTAATTTATTAATATTTTAAAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTG
* ** * * * * * * *
15435578 TTTTTTGAACTAA-TTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAAATATCAATCTCCAATCATTATGAT
1 TTTATCAAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * * **
15435642 C-TTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTCCAATCATTCAAGCTTATTCG-GTTAAAAATAATACT
65 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCGAAAT-AAAATAATACT
* ** * * * *
15435705 AATTTAATAATATTCCAAAAAT--T-AGTGAAATATTTAAAAAATAAATGTA
129 AATTTATTAATATTTTAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTG
** * * * * * * *
15435754 TTTGCCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTGTTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACC
1 TTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
15435819 TTTT
66 TTTT
15435823 ATTAATATTT
Statistics
Matches: 1749, Mismatches: 400, Indels: 156
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Matches are distributed among these distances:
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TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
TTTATTAATATTTTAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTG
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15433420 ATCAAACCAA
* * * ** * * * * *
15433430 TTCAGATAGTTATGACTATTT-AAGTAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTATTCTATT
1 TTCAAATAGTTATGATTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTT-TGTC
* ** * * * *
15433494 ATAAAATAA-TAGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACCAATTTATTAATAT
64 ATAAAACAATTA-TTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * ** * *
15433558 T-TCAACAATTAATAAGTAAA-AAATTTAAAACATAAATATGCTTACCAAACTAGATT-AAATAG
128 TCT-AAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAA-ATTAATCTATTTATCAAACAAG-TTCAAATAG
* * ** *
15433620 TTATGACTATTTTAATAATTATCTATGTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTAACATAAAAAAAT
189 TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT
** * * * * * * *
15433685 CATTT-TGGTTCATATAAACTTATACAAAATAAAATAATACTAAGTTATCAATATTTTGAAAATT
254 TGTTTCT-ATTCATACAAACTTATTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCT-AAAATT
* * * * *
15433749 AATAATTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTATTTAAC-AAACAAT-
316 AATAAGT-AAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTATCTAAAC-ATG
* * * * * * *
15433792 TTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTAT-AGCCTTTTGTTTTGTC
1 TTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CATTTTG-TTTGTC
* * * ** *
15433856 ATAAAATGATTTTTTTTTCTA-TTCATACAAA-CTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTA
64 ATAAAA-CA--ATTATTTC-AGTTCATA-AAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * * ** * *
15433919 ATA-T-TAAGGCAATTAATAAGTAATAGATCTAACAAGTAA-ATAGAATACCAAACAAATTCAAA
124 ATATTCTAA--AAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAATTAATCTA-TTTATCAAACAAGTTCAAA
** ** * ** *
15433981 TCTTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAT
186 TAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT
* * * *
15434046 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAA-AATATTAATTTATTAATATTTTAACAA
251 AATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAA-AA
* * * *
15434110 ATAATAAGTAAAAGATTTCAAAAATAAATATGTTTATC-GAACAAG
314 TTAATAAGT-AAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTATCTAAACATG
* * * * * * *
15434155 TTCAAATGGTCATAAGTGTTTGAATAATTAAT-TATTTCAAATCATTGTGACCATTTT-TTTGTA
1 TTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATT-ATCTATTTCAAATCATTATGA-CATTTTGTTTGTC
* * * *
15434218 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGTTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
64 ATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * ** *
15434282 TCTAAAAATTAATGAGAAAGAGAATTAAAAGATTAATCTATTTGTCGCACATGTTCAAATAGTTA
128 TCTAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAA-ATTAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * *
15434347 TGACTATCTGAATAATTATCTGTGTCAAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTG
192 TGACTATTTGAATAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG
* * * *
15434411 GTTCTATTCATGCAAACTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCGAACAATTAAT
256 TTTCTATTCATACAAACTTA-TTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAA-AATTAAT
*
15434476 AAGTAAAATTTAAAAAACAAATATGTTT-TCTAAACATG
319 AAGTAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATCTAAACATG
* * **
15434514 TTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGTTATGACATTTTGCTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTG-TTTGTCA
* ** * *
15434579 TAAACCAATTATTTTTGTTTATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTC
65 TAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * * * * *** *
15434644 CAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAGTTTGTTTACCAAGTGAGTTCGAATAGTTAT
130 TAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAATTAA-TCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTAT
** * * * *
15434708 GACCCTTCGAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTT
193 GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTT
** * *
15434773 TCTATTCATACAATTTTATTTGAAATAAAATAAT-TCTAATTTATTAATATTCTAAAATTAAAAA
258 TCTATTCATACAAACTTA-TTCAAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTCTAAAATTAATAA
* * * * *
15434837 CTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAAGCAAG
321 -GTA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTATCTAAACATG
* *
15434875 TTCAAATAGTCATG-TCTATTTGAATTATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTC
1 TTCAAATAGTTATGAT-TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTG-TTTGTC
* ** * * * *
15434939 TTAAAATGATTGTTTCCA-TTCACACAAA-ATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
64 ATAAAACAATTATTT-CAGTTCATA-AAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * *
15435002 TT-TCAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAGAATTAAATCTATTTATCGAACCACTTCAAATACT
127 TTCT-AAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAATT-AATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGT
* * * * *
15435062 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAATC-TTTGTTTTGTAATAAAACAATT
190 TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
* * * * ** * *
15435126 GCTTT-TGTTCATACAAACTTATTTGAAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCTAAAAATTA
255 G-TTTCTATTCATACAAACTTA-TTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCT-AAAATTA
** * * * *
15435190 ATAAG--AGCTTTGAAAAATAAATGTGTTTGT-TGAACCAAT-
317 ATAAGTAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATCT-AAAC-ATG
* * * * * * *
15435229 TT-AAATAGTTAAGATGATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTATTTTTACCTTTTGTTTAGTCA
1 TTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTT-GTCA
* * * * *
15435293 TAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATAGTAATTTATTAACATTC
65 TAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * * *
15435358 AAAAAATTAATGAGAAAGAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTATCAAATAAGTTCAAATAGATT
130 TAAAAATTAATAAGAAAGAGATTT--A-AAAATTAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAG-TT
** * *
15435423 -TGACTATTTGAATAATTATCTATTT-AAAGTTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT
191 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
* * * *
15435486 GTTTC-ATTTCATAAAAAATTATTCAAAGTAAAATAAT-TCTACTTTATTAATATTTCAAAAATT
255 GTTTCTA-TTCATACAAACTTATTCAAA-TAAAATAATAT-TAATTTATTAATA-TTCTAAAATT
* * ** * * * *
15435549 AATAGGCAAGAGATTTAAAACTTAAGT-TGTTT-TTTGAAC-TAA
316 AATAAGTAA-A-ATTTAAAAAATAAATATGTTTATCTAAACAT-G
* * * * * * * *
15435591 TTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAAATATCAATCTCCAATCATTATG--ATCTTTGTTTTCTC
1 TTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAT-TTTG-TTTGTC
* * ** ** *
15435654 ATAAAACAATTGTTTCCA-ATCATTCAAGCTTATTC-GGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATA
64 ATAAAACAATTATTT-CAGTTCATAAAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * ** * *
15435717 TTCCAAAAATTAGT--G-AA-ATATTTAAAAAATAAATGTATTTGCCGAACCAGTTCAAATAGTT
127 TTCTAAAAATTAATAAGAAAGAGATTT-AAAAATTAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * *
15435778 AAGACTGTTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTT
191 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
15435823 ATTAATATTT
Statistics
Matches: 1606, Mismatches: 338, Indels: 180
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
352 7 0.00
353 126 0.08
354 6 0.00
355 3 0.00
356 126 0.08
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363 144 0.09
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366 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (357 bp):
TTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTGTCAT
AAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT
AAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAATTAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT
ATTCATACAAACTTATTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAATTAATAAGTAAA
ATTTAAAAAATAAATATGTTTATCTAAACATG
Found at i:15434660 original size:540 final size:538
Alignment explanation
Indices: 15433422--15435822 Score: 1997
Period size: 540 Copynumber: 4.5 Consensus size: 538
15433412 TAATATTTAT
* * * * * *
15433422 CAAACCAATTCAGATAGTTATGACTATTT-AAGTAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACTTTTT
1 CAAA-CAATTCAAATACTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTT
* * * * * * * * *
15433486 ATTCTATTATAAAATAATAGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACCAATTTA
64 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * *
15433551 TTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAACATAAATATGCTTA-CCAAACTAGATT-
129 TTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA-ATAAATATGTTTATCGAACCAAG-TTC
* * * * *
15433614 AAATAGTTATGACTATTTTAATAATTATCTATGTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT-TAACATA
192 AAATAGTTATAACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTGT-A-ATA
* * ** * * *** * * * *
15433678 AAAAAATCATTTTGGTTCATATAAACTTATACAAAATAAAATAATACTAAGTTATCAATATTTTG
255 AAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA
* * * * *
15433743 AAAATTAATAATTAAA-AGATTTAAAAAATGAATCTATTTAACAAACAAT-TTTAAATAATTATG
320 AAAATTAATAA-GAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAC-ATGTTCAAATAGTTATG
* ** * *
15433806 ACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTAT-AGCCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTT
383 ACTATTTGAATAATTATCTATTCAAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAAT-A--ATT
* * ** * *
15433870 TTTTCTATTCATACAAACTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGGCAATT
444 GTTTCTATTCATACAAAATTA-TTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAA--AAATT
* * * ** *
15433933 AATAAGTAATAGATCTAACAAGTAAATA-GAATAC
506 AATAAGTAA-A-ATTTAAAAAATAAATATGTTTTC
* * *
15433967 CAAACAAATTCAAAT-CTTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTT
1 CAAAC-AATTCAAATAC-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTT
* * * * * *
15434031 GTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAA-AATATTAATTTA
64 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTA
**
15434095 TTAATATTTTAACAAA-TAATAAGTAAAAGATTTCAAAAATAAATATGTTTATCGAA-CAAGTTC
129 TTAATATTCCAA-AAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATATGTTTATCGAACCAAGTTC
* * * *
15434158 AAATGGTCATAAGTGTTTGAATAATTAAT-TATTTCAAATCATTGTGACCATTTT-TTTGTAATA
192 AAATAGTTATAACTGTTTGAATAATT-ATCTATTTCAAATCATTTTGACC-TTTTGTTTGTAATA
* * * *
15434221 AAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA
255 AAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA
* * * * * **
15434286 AAAATTAATGAGAAAGAGAATTAAAAGATTAATCTATTTGTCGCACATGTTCAAATAGTTATGAC
320 AAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACATGTTCAAATAGTTATGAC
* * * *
15434351 TATCTGAATAATTATCTGTGTCAAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTGGTTC
385 TATTTGAATAATTATCTAT-TCAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
* * *
15434415 TATTCATGCAAACTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATA-TTCGAACAATTAATAAG
449 TATTCATACAAAATTA-TTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG
*
15434479 TAAAATTTAAAAAACAAATATGTTTTC
512 TAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTC
* * * * *
15434506 TAAACATGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGTTATGACATTTTG
1 CAAACA-ATTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTG
* * * * *
15434571 CTTTGTCATAAACCAATTATTTTTGTTTATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAT
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * *** *
15434636 TAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAGTTTGTTTA-CCAAGTGAGTTCGA
130 TAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATATGTTTATCGAACCAAGTTCAA
* ** * * * *
15434700 ATAGTTATGACCCTTCGAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGATCTTTTGTTTTGTCATAAAA
194 ATAGTTATAACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTG-TTTGTAATAAAA
* ** *
15434765 TAATTGTTTCTA-TTCATACAATTTTATTTGAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCT-AA
258 TAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA
* *** * * * * *
15434828 AATTAAAAACTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAAGCAAGTTCAAATAGTCATGTCT
322 AATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACATGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * *
15434892 ATTTGAATTATTATCTATTTC-AAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCTTAAAATGATTGTTTCC
386 ATTTGAATAATTATCTA-TTCAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT
*
15434956 ATTCACACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-
450 ATTCATACAAAATTATTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * *
15435019 -AGATTTAAGAATTAAATCTATTTATC
513 AAAATTTAAAAAATAAATATGTTT-TC
* * * **
15435045 GAACCACTTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-A-ATCTTTG
1 CAAACAATTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACAT-TTTG
* * * * * *
15435108 TTTTGTAATAAAACAATTGCTTTTGTTCATACAAA-CTTATT-TGAAGTAAAATATTGCTAAATT
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATA-AAAGCTTATTCGGAA-TAAAATAATACTAATTT
* * * * * * *
15435171 AATAATATTCTAAAAATTAATAAG----AGCTTTGAAAAATAAATGTGTTTGTTGAACCAA-TTT
128 ATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATATGTTTATCGAACCAAGTTC
* * * *
15435231 AAATAGTTA-AGA-TGATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTATTTTTACCTTTTGTTTAGTCAT
192 AAATAGTTATA-ACTG-TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTT-GTAAT
* *
15435294 AAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATAGTAATTTATTAACATTC
254 AAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * * *
15435358 AAAAAATTAATGAGAAAGAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTATCAAATAAGTTCAAATAGATT
318 TAAAAATTAATAAGAAAGAGATTT-AA-AAAATAAATCTATTTATCAAACATGTTCAAATAG-TT
* * ** * *
15435423 -TGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAGTTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG
380 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTCAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG
* * *
15435487 TTTC-ATTTCATAAAAAATTATTCAAAGTAAAATAAT-TCTACTTTATTAATATTTCAAAAATTA
445 TTTCTA-TTCATACAAAATTATTCAAA-TAAAATAATAT-AAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * ** * *
15435550 ATAGGCAAGAGATTTAAAACTTAAGT-TGTTTTT
507 ATAAGTAA-A-ATTTAAAAAATAAATATGTTTTC
** * * * * * * **
15435583 TGAACTAATTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAAATATCAATCTCCAATCATTATG--ATCTTT
1 CAAAC-AATTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACAT-TTT
* **** ** *
15435646 GTTTTCTCATAAAACAATTGTTTCCAATCATTCAAGCTTATTCGG-TTAAAAATAATACTAATTT
64 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCGGAAT-AAAATAATACTAATTT
* * * * * **
15435710 AATAATATTCCAAAAA-T--T-AGTGAAATATTTAAAAAATAAATGTATTTGCCGAACC-AGTTC
128 ATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATATGTTTATCGAACCAAGTTC
* * *
15435770 AAATAGTTA-AGACTGTTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTT
192 AAATAGTTATA-ACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTT
15435823 ATTAATATTT
Statistics
Matches: 1524, Mismatches: 265, Indels: 140
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
532 5 0.00
533 123 0.08
534 21 0.01
535 10 0.01
536 140 0.09
537 73 0.05
538 85 0.06
539 310 0.20
540 317 0.21
541 71 0.05
542 9 0.01
543 143 0.09
544 101 0.07
545 115 0.08
546 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (538 bp):
CAAACAATTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGT
TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATT
AATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATATGTTTATCGAACCAAGTTCAAAT
AGTTATAACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTGTAATAAAATAA
TTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATT
AATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
AATAATTATCTATTCAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCAT
ACAAAATTATTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATTTA
AAAAATAAATATGTTTTC
Found at i:15435636 original size:716 final size:714
Alignment explanation
Indices: 15433533--15435821 Score: 1765
Period size: 716 Copynumber: 3.2 Consensus size: 714
15433523 TTATTCGGAT
* * * * *
15433533 TAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAACA-TAAATAT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT--G-AAGAGATTTAAAA-ATTAAATCT
** ** * * * * *
15433597 GCTTACCAAACTAGATT-AAATAGTTATGACTATTTTAATAATTATCTATGTCAAATCATTATGA
62 ATTTGTCGAACCAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAA
* * * * * *
15433661 CCTTTTGTTTT-AACATAAAA-AAAT-CATTTTGGTTCATATAAACTTA-TACAAAATAAAATAA
126 CC-TTTGTTTTGCA-ATAAAACAATTGC-TTCT-ATTCATACAAACTTATTTC-AAATAAAATAA
* * * ** * * *
15433722 TACT-AAGTT-ATCAATATTTTG-AAAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTATTTAA
186 TA-TAAATTTAAT-AATA-TTCGAAAAATTAATAA--GAAA-ATTTAAAAAACAAATATGTTT-T
* * * * * ** *
15433784 C-AAACAAT-TTTAAATAATTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTAT-AGCCT
244 CTAAAC-ATGTTCAAATAGTTAAGA-TGATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGA-CAT
* * * * **
15433845 TTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTTTTCTA-TTCATACAAA-CTTATTTTGAATAAAATAATA
306 TTTGCTTTGTCATAAAA-CA--ATTATTTC-AGTTCATA-AAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA
* * ** * * * * ** *
15433908 CAAATTTATTAATATT-AAGGCAATTAATAAGTAATAGATCTAACAAGTAAATAGA-ATACCAAA
366 CTAATTTATTAAAATTCAA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA
* * ** * * ** * ** *
15433971 CAAATTCAAATCTTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTT
430 TAAGTTCAAATAGTTATGACCATTCGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * ** * *
15434036 GTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGGATTAAAA-AATAT-TAATTTATTA
495 ATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAAATTATTTC-AAATAAAATAAT-TCTAATTTATTA
* * * * * * *
15434098 ATATTTTAACAAA-TAATAAGTAAAAGATTTCAAAAATAAATATGTTTATCGAA-CAAGTTCAAA
558 ATA-TTCAA-AAATTAAAAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAAGCAAGTTCAAA
* * * * * * * * * * * *
15434161 TGGTCATAAGTGTTTGAATAATTAAT-TATTTCAAATCATTGTGACCATTT-TTTTGTAATAAAA
620 TAGTCATGACTATTTGAACAAAT-ATCAATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAA
* * * ** *
15434224 CAATTGTTT-CAGTTCATATAAGTTTATTTGAAA
683 CAATTGTTTCCA-ATCACACAAAATTA-TTCAAA
*
15434257 TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATGAGAAAGAGAATTAAAAGATT-AATC
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT--G-AAGAGATTTAAAA-ATTAAATC
* * * *
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* * * * *
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* *
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* * * * *
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* ** *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * ** *
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* * * * ** *
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*
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* * * * *
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* * * * * * *
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* ** * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* *
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* * **
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447 GACCATTCGAATAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGT
*
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511 TTCTA-TTCATAAAAAATTATTTCAAA-TAAAATAATTCTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAA
** ** * ** **
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* *
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* ** ***
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* * * * * *
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* * * * *
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130 T
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* *
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* *** * * * *
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* * * * * *
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*** ** * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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** * *
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* * * * * * *
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* *
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**** * * * *
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* * * * *
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66 GC-TTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTA
* * ***
15440306 AAAATTAAA-TATGTTTA-TCAAACCAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGGGTA
129 AAAAATAAATTA-GTTTACT-AAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* ** * * * * ** *
15440358 ATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTATTTTGTTATAAAATAATAATTT-ATGTTCATACA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-ATTCATACA
*** * * * * * *
15440422 AGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAA-ATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTT
65 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAGAGTTTA
* * * * ** * * *
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129 AAAAATAAATTAGT-TTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * * *
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1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAA
** * * * *
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* * * * * * * * **
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* * * *** * * **** * ***
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1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACA
* * *
15440779 ACCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAACA-TT-AAGATAATTAATAAGTAAAAGA
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* * * ** * *
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* * * ** * *
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1 ATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACA
** * * * * * *
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65 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGA-GTTT
* * * *
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128 AAAAAATAAATTA-GTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * ** *
15441069 ACTATCTATTTCAAATTATTGTGACCTTTTGCTTTGTAATAAAACAATTGTTTGTATTCATATAA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAA
** * * *
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66 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAA
* * * * * *
15441199 AAAATAAATCTA-TTTACTGAAGATGTTTAAATAGTAAT-ACTATTTGAATA
130 AAAATAAAT-TAGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * **
15441249 ATTATCTATTTTAAAACATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTCTATTAATGTAA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAA
* * * * * * *
15441314 GCTTATTTC-GAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATAATCCAAAATTTAATAAGTAAAAATTTT
66 GCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTA
* * * * * *
15441377 AAAAATAAA-TATGTTTTCTGAACACA-TTTAAATAGTTATAACAATTTGATCA
129 AAAAATAAATTA-GTTTACTAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * *
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1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAA
* * *
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66 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAA
* * * * * * * *
15441555 -CAAT---CTA-TTTATTGAGCGAGTTCAACTAGTTTTGACTATTTGAACA
130 AAAATAAATTAGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* ** * *
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1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAA
** *
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66 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
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** * *
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* *
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* *
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* * **
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* *** * * * * *
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128 CTAAGAAAATTAAAAAAT
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GTTCATATAAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTCATAATATTCTAAAAATTAATAACTA
AGAAAATTAAAAAATGAATGTGTGAATAGTTTTGAC
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* * * * * *
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* *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* *
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* * *
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* * * * * *
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* * * *
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*
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892 TTGAACA
* * * * * * *
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* * * * * * * *
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64 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTT
** * * * ** * *
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* * * * * *
15437161 TTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATATTTCTGTTCATATAAGCTTATTCT
191 TTAAAATAGTTATAACGTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTC-GATCATACAAGCTTATTC-
* * * *
15437226 A-AATAAAATAATACTAATGTAAAAATATTTCATAAATTAATAACTGAGAGATTTAAAAAATAAA
253 AGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * *
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* * * * * *
15437350 ATTTTTG---TTTTG-TTA-TAAAA-CAGTTT-TTTCA-ATTCATACTAGCTTATTCATAATAAA
378 -GTTCTGACCTTTTGTTTAGTAAAATTA-TTTGTTTCATA-TCTTACAAGCTTATTCAAAATAAA
* ** ** * ** *
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440 ATAATACAAATTTATTAACAT-TTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
* * ** * *** * *
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* * * * * * * ** * *
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* * * *
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* * ** * * *
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** ** *
15437725 AACAA-TAGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-GGATGAAAATAATACCAATTTATTAATATTT-
762 AACAATTA-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * * * * *
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* *
15437850 TGATTATTTGAATA
886 TG-TCATTTGAACA
** * * * ** **** *
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1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAATCATACAA
* * * * * *
15437929 GCATATTCAAAATAAATTAATACTAAGTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAATTAAGATATTTA
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* * *
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130 AAAAATAAACATGTTTACTGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTAGAATAATTATCTATTT-A
* * * * * * * ** * *
15438043 AAATCA-TTATAACATTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTTTGTTCATACTATTTTATTTAAA
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* ** * * * *
15438107 ATAAAATAATACTAATTTCATAATATTTTGAAATTTAATAACTAAGAAAATTAAAAAATAAATCT
256 ATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT
* * * * * * * *
15438172 AATTACCAAACCAGTTCAAATAATTAAGATTATATGAATGATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
321 ATTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAAAATTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGAC
* * * * * * *
15438237 CTTTTCCATTGTTGTAAAA-CAATTGATTT-GT-T-TATACAAGCTTATT-ATGATTAAAATAAT
386 CTTTT--GTT-TAGTAAAATTATTTG-TTTCATATCT-TACAAGCTTATTCA-AAATAAAATAAT
* * * * * *
15438297 ACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTCT-GAA
445 ACAAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA
** * * * * ** * *
15438361 TC-AATTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTTTTTGAAATTGTTTTGACATTTTGTTT
510 -CAAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTTTTTAAAATCATTATGACTTTTTGTTT
* * * * * * * *
15438425 AGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCCTATTCAAAATAAATTAATAATAATTTATTAA
574 TGACATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * ** * * * *
15438490 CAATAAAAAAATTAATAAGAAAGAGATATAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATA
639 TATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAG-TTTAAAAAAATAAAT-TGTTTACCAAACAAATTCAAATA
* * * * * * * *** *
15438555 TTTATTACCATTTAAAAAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTAAGTTGTCATAAAATAA
702 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTGAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * ** * * *
15438620 TTGTTTCAGTTAATATAAGCTTAGAT-GGAATAAAATAATATTAGTTTATCAATATTTCCTAAAA
767 TTATTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-CTAAAA
* * * *
15438684 -TACTAAGTAAGAAATTCAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAATTAAAATAATTATAGTCATT
830 TTAATAA-TAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAATTCAAATAATTAT-GTCATT
*
15438748 TGAACG
893 TGAACA
* * *
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* *
15438819 GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACAAATTTAA
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* * *
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131 AAAATAAACATGTTTACTGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTAGAATAATTATCTATTTAAA
* * * * * * *
15438949 ATCAGAT-TAACGTTTTGTTTAGTTATGAAACAATTATTCAATCATGCAAGATTATTCAGAATAA
196 AT-AGTTATAACGTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTCGATCATACAAGCTTATTCAGAATAA
* ** * * * *
15439013 AATAAAACTCCTTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTT
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* *
15439078 GCCAAACCAATTGAAATAGTTAAAATTAT-TAGAATAATTAT-TATTTCTAATCGTTCTGACCTT
325 GCCAAACCAATTCAAATAGTTAAAATTATAT-GAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACCTT
*
15439141 TTGTTTAGTCATAAATTATTTGTTTCATATCTTATC-AGCTTATTCAAAATAAAATAATCCAAAT
389 TTGTTTAGT-A-AAATTATTTGTTTCATATCTTA-CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACAAAT
* * * *
15439205 TTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAACATTTGAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAAT
451 TTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAAT
*
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* * *
15439334 TAAAACAATTGCTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAT-AAATAATACTAATATCTTAATATTT
579 TAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * *
15439398 CAAAAATTAATAAGCAAGAGTTTAAAAATATAAAATTTTTTACCAAACAAATTTAAATAGTTATG
644 CAAAAATTAATAAGCAAGAGTTTAAAAAAAT-AAATTGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATG
* * ** *
15439463 ACTATTTGAACAATTGTTTATTGAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTATTT
708 ACTATTTGAACAATTATCTATTGAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT
* * *
15439528 TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAGATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAA
773 CAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA-ATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAA
** * * * * * *
15439592 TAAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACCAAATTAATTCAAATAAATATGTCCATTTAAATA
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* ** * * * * * * *
15439656 ATTATCTATTTCATATTGTTATTATCTTTTGTTTAGTAATATAACAATTGTTTTTGATCGTACAA
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255 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATA
* * * * ** * * ** *
15439967 TGTTTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTAGGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTATTTTTG
320 TATTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAAAATTATATGAATAATTATCTATTTCAAA-TCGTTCTG
* * ** * * * * * *
15440032 ---TTTT-ATCA-TAAAACAATAT-TTTCA-AT-TTATATTAACTTATTCGAAATAAAATAAAAT
384 ACCTTTTGTTTAGTAAAATTATTTGTTTCATATCTTACA--AGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * * * * * * ** *
15440089 TAATTTGTTAATATTTCAAAAATTAATATA-TAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTGCCTAAC
447 AAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATA-AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAAC
*** * * * * * *
15440153 CGGTTCGAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTG
511 AAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTTTTTAAAATCATTATGACTTTTTGTTTTG
** * * * * ** * *
15440218 TTATAAAACAAATGTTTT-GTTTATATAA-CTTTTTTAAAAATAAAAAAAATACTAATCTATTAA
576 ACATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGC-TTATCCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * *
15440281 TATTTC-AAAATTAATATG--AGA-TTT-AAAAATTAAATATGTTTATCAAACCAATTCAAATAA
639 TATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGTTTAAAAAAATAAAT-TGTTTACCAAACAAATTCAAATAG
*** * ** ** * * * *
15440341 TTATGACTATTTGGGTAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTATTTTGTTATAAAATAAT
703 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTGAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* *** * *
15440406 AATTT-ATGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAA-ATTTC-AACAAT
768 TATTTCA-GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAA-AAT
* * * * * * ** * **
15440468 TAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATAT-TCTTATCGAACTAGA-TCAAATTCTCATAACTAT
831 TAATAA-TAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGT-TTA-CCAAATAAATTCAAATAATTATGTC-AT
*
15440531 TTGAATA
892 TTGAACA
* * * * * * *
15440538 AATATATATTTCAATTCATTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAAAAATTATTTCAATTAAT-ATA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT---TTAATCATA
* * * * * *
15440602 -AA-TTTATTC-AAA-ATAA-AATACTAAGTTATTAACA-TTCTAAAAATTAATAATTAAGAGA-
63 CAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAAAT
* * ** * * * * * *** * *
15440660 TTAAAAACTGAATTTGTTTAC-CAAGCAAGTTTAAATAATTATGGCTATTTGTGCAGTTATTTAT
127 TTAAAAAATAAACATGTTTACTGAA-CTAGTTCAAATAATTATGACTATTAGAATAATTATCTAT
* * * * * * ***** * * * *
15440724 TTGAAATTGCTATAGCCTTTTGTTTTGTGATGAATTTTTTTTTTTTGTTCATACAACCTTATTTC
191 TTAAAATAGTTATAACGTTTTGTTTTGTCAT-AA-AACAATTATTCGATCATACAAGCTTA-TTC
* * * *
15440789 A-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAACA-TT-AAGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAA
253 AGAATAAAATAATACT-AATTTAATAATATTTCAA-A-AATTAATAACTAAGAGATTT-AAAAAA
* * * * ** **** * * * * *
15440850 TATATATGTTTACCGAAA--AAGTTCAAGTCTTTATGGCTATTTAAACAATTATTTATTTTAAAA
314 TAAATATATTTGCC-AAACCAA-TTCAAATAGTTAAAATTATATGAATAATTATCTA-TTTCAAA
* ** * ** * *** *
15440913 T-GTTATGATTTTTTGTTTTGTCATAAAACGA-TTGTTTC-TATTCATACAAGCTTATTTGGATT
376 TCGTTCTGACCTTTTGTTTAG---TAAAATTATTTGTTTCATA-TCTTACAAGCTTATTCAAAAT
** * * * * * *
15440975 AAAATAATATTAA--TATT----TCT-ACAAA-TAATGAGTAAAATATTTATAAAATAAATATGT
437 AAAATAATACAAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * * * * * * * * *
15441032 TTA-CTAACAAGTTAAAATAGTCATGACTATTTGAATAACTATCTATTTCAAATTATTGTGACCT
502 TTATCGAACAAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTTTTTAAAATCATTATGACTT
* * ***
15441096 TTTGCTTTGTA-ATAAAACAATTGTTTGTA-TTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
567 TTTGTTTTG-ACATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTA
* * * * * ** * *
15441159 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGCATT-AAAAAATAAATCTATTTACTGAAGAT
630 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAG-TTTAAAAAAATAAAT-TGTTTACCAAACAA
* * * * * *
15441223 GTTTAAATAGTAAT-ACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAAA-CATTATGACATTTTGTTTTGT
693 ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTGAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* ** *
15441286 CATAAAACAATTGA-TTCTA-TTAATGTAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATA-TAAATTTATTA
757 CATAAAACAATT-ATTTC-AGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTA
* * * * * ** * * *
15441347 ATA-ATCCAAAATTTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTGAACACATTTAAAT
818 ATATTTCTAAAA-TTAATAA-TAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAATTCAAAT
* ** *
15441410 AGTTATAACAATTTGATCA
881 AATTATGTC-ATTTGAACA
* * * * * * * * *
15441429 ATTATTTATTGCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAACCAATT-TTTCTATTCATAAAA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAATCATACAA
*
15441493 GCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTT-
66 GCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTA
* * * * * * * * * * * *
15441555 --CAAT---C-TATTTATTGAGCGAGTTCAACTAGTTTTGACTATTTGAACAATTATTTATTTCA
130 AAAAATAAACATGTTTACTGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTAGAATAATTATCTATTTAA
* * * * ** * *
15441614 AATTGTTATGATC-TTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAATTTTATTAAAAA
195 AATAGTTAT-AACGTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTCGA-TCATACAAGCTTATTCAGAA
15441677 TAAAATAATACTAA
257 TAAAATAATACTAA
15441691 AAAGATCATA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (898 bp):
ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAATCATACAA
GCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAA
AAAATAAACATGTTTACTGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTAGAATAATTATCTATTTAAA
ATAGTTATAACGTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTCGATCATACAAGCTTATTCAGAATAAA
ATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTG
CCAAACCAATTCAAATAGTTAAAATTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTT
GTTTAGTAAAATTATTTGTTTCATATCTTACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACAAATTTATT
AACATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAATTCAAAT
AATTATGACTATTTGAACAATTATCTTTTTAAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGACATAAAACA
ATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
TAATAAGCAAGAGTTTAAAAAAATAAATTGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTG
AACAATTATCTATTGAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCAT
ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAATAAGAAATT
TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAATTCAAATAATTATGTCATTTGAACA
Found at i:15440343 original size:176 final size:174
Alignment explanation
Indices: 15439901--15440710 Score: 462
Period size: 176 Copynumber: 4.6 Consensus size: 174
15439891 AGATTATTCG
* * *
15439901 AAAT-AAAATAATACTAATATAATAATATTTTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAA
1 AAATAAAAAAAATACTAATATATTAATA-TTTCAAAATTAAT-A-T-AGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * *
15439965 TTTGTTTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTAGGACTATATGAACAATTATCTATTTC-AA-ATTAT-
62 TTTGTTT-CCAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATATTATA
* * **
15440027 -TTTTGTTTTATCATAAAACAATATTTTCAATTTATATTAACTTATTCG
126 CTTTTGTTTTGTTATAAAACAATATTTTCAATTTATATTAACTTATTAA
* *
15440075 AAATAAAATAAAAT--TAATTTGTTAATATTTCAAAAATTAATATATAAGAGATTTAAAAAATAA
1 AAATAAAA-AAAATACTAATATATTAATATTTC-AAAATT-A-ATAT-AGAGATTTAAAAAATAA
* * * * *
15440138 TTTTGTTTGCCTAACCGGTTCGAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
61 ATTTGTTT-CCAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTA
** *
15440203 TAACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAA-ATGTTT-TGTTTATA-TAACTTTTTTAA
124 T-A-CTTTTGTTTTGTTATAAAACAATAT-TTTCAATTTATATTAAC-TTATTAA
* * *
15440255 AAATAAAAAAAATACTAATCTATTAATATTTCAAAATTAATAT-GAGATTTAAAAATTAAATATG
1 AAATAAAAAAAATACTAATATATTAATATTTCAAAATTAATATAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
* * *** * *
15440319 TTTATCAAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGGGTAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACT
66 TTT-CCAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TATTAT-AC-
* * * * *
15440384 TTTTATTTTGTTATAAAATAATAATTT--ATGTTCATA-CAAGCTTATT-T
127 TTTTGTTTTGTTATAAAACAATATTTTCAAT-TT-ATATTAA-CTTATTAA
** * * * * * * *
15440431 GGATTAAAATAATATTAATTTATTAA-ATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAA
1 AAATAAAAAAAATACTAATATATTAATATTTCAA-AATTAAT-A-T-AGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * ** * * * * * *
15440495 TATTCTTAT-CGAACTAGATCAAATTCTCATAACTATTTGAATAAATATATATTTCAATTCATTA
62 T-TTGTT-TCCAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTA
* * * * *
15440559 TAACCTTTTGTTTTGTTATAAAAAAAT-TATTTCAATTAATATAAATTTATTCA
124 T-A-CTTTTGTTTTGTTATAAAACAATAT-TTTCAATTTATATTAACTTATTAA
* * * *
15440612 AAAT----AAAATACTAAGT-TATTAACATTCTAAAAATTAATAATTAAGAGA-TTAAAAACTGA
1 AAATAAAAAAAATACTAA-TATATTAATATT-TCAAAATTAAT-A-T-AGAGATTTAAAAAATAA
* * * *
15440671 ATTTGTTTACCAAGCAAGTTTAAATAATTATGGCTATTTG
61 ATTTGTTT-CCAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTG
15440711 TGCAGTTATT
Statistics
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0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (174 bp):
AAATAAAAAAAATACTAATATATTAATATTTCAAAATTAATATAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
TTTCCAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATATTATACTTTT
GTTTTGTTATAAAACAATATTTTCAATTTATATTAACTTATTAA
Found at i:15440775 original size:357 final size:354
Alignment explanation
Indices: 15440170--15440848 Score: 773
Period size: 357 Copynumber: 1.9 Consensus size: 354
15440160 AATAATTATG
* *
15440170 ACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAAATGTTT
1 ACTATTTAAACAAATATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAAATGTTT
* * * * * *
15440235 TGTTTATATAACTTTTTTAAAAATAAAAAAAATACTAATCTATTAATATTTCAAAATTAATATGA
66 TATTAATATAAATTTATTAAAAAT---AAAAATACTAATCTATTAACATTTAAAAATTAATATGA
* *
15440300 GATTTAAAAATTAAATATGTTTATCAAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGGGTAATTATTT
128 GATTTAAAAACTAAATATGTTTATCAAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGGGCAATTATTT
* * * *
15440365 ATTTCAAATTGTTATGACTTTTTATTTTGTTATAAAATAATAATTTATGTTCATACAAGCTTATT
193 ATTTCAAATTGCTATGACCTTTTATTTTGTGATAAAATAATAATTTATGTTCATACAACCTTATT
** * * * *
15440430 TGGATTAAAATAATATTAATTTATTAA-ATTTCA-ACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATA
258 TCAAATAAAATAATATAAATTTATTAACA-TTAAGACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATA
15440493 AATATTCTTATCGAACTAGATCAAATTCTCATA
322 AATATTCTTATCGAACTAGATCAAATTCTCATA
* * *
15440526 ACTATTTGAATAAATATATATTTCAATTCATTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAA-AAAT-TAT
1 ACTATTTAAACAAATATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAAATGT-T
*
15440589 TTCAATTAATATAAATTTATTCAAAAT-AAAATACTAAGT-TATTAACATTCTAAAAATTAATAA
65 TT--ATTAATATAAATTTATTAAAAATAAAAATACTAA-TCTATTAACATT-TAAAAATTAAT-A
* * * * * * *
15440652 TTAAGAGA-TTAAAAACTGAATTTGTTTA-CCAAGCAAGTTTAAATAATTATGGCTATTTGTGCA
125 -T--GAGATTTAAAAACTAAATATGTTTATCAAACCAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGGGCA
* * * * * ** ** *
15440715 GTTATTTATTTGAAATTGCTAT-AGCCTTTTGTTTTGTGATGAATTTTTTTTTTTTGTTCATACA
186 ATTATTTATTTCAAATTGCTATGA-CCTTTTATTTTGTGATAAAATAATAATTTATGTTCATACA
* *
15440779 ACCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAACATTAAGATAATTAATAAGTAAAAGATTTA
250 ACCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAACATTAAGACAATTAATAAGTAAAAAATTTA
15440844 AAAAA
315 AAAAA
15440849 ATATATATGT
Statistics
Matches: 267, Mismatches: 43, Indels: 24
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.07, T:0.43
Consensus pattern (354 bp):
ACTATTTAAACAAATATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAAATGTTT
TATTAATATAAATTTATTAAAAATAAAAATACTAATCTATTAACATTTAAAAATTAATATGAGAT
TTAAAAACTAAATATGTTTATCAAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGGGCAATTATTTATT
TCAAATTGCTATGACCTTTTATTTTGTGATAAAATAATAATTTATGTTCATACAACCTTATTTCA
AATAAAATAATATAAATTTATTAACATTAAGACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATA
TTCTTATCGAACTAGATCAAATTCTCATA
Found at i:15441595 original size:352 final size:346
Alignment explanation
Indices: 15440886--15441691 Score: 858
Period size: 352 Copynumber: 2.3 Consensus size: 346
15440876 GTCTTTATGG
* * *
15440886 CTATTTAAACAATTATTTATTTTAAAATGTTATGATTTTTTGTTTTGTCATAAAACGATTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATTTATTTTAAAATGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * *
15440951 TATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATATTTCTACAAATAATGAGTAAAATATT
65 TATTAATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATAAATATTTATACAAATAATAAGTAAAATATT
* * *
15441016 TATAAAATAAATATGTTTACTAACAAGTTAAAATAGTCATGACTATTTGAATAACTATCTATTTC
130 TATAAAATAAATATGTTTACTAACAAGTTAAAATAGTCATAACAATTTGAATAACTATCTATTGC
* * * * *
15441081 AAATTATTGTGACCTTTTGCTTTGTAATAAAACAATTGTTTGTATTCATATAAGCTTATTTGAAA
195 AAATCATTATGACCTTTTGCTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCGAAA
* * *
15441146 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGCATTAAAAAATAAATCTA
260 TAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGCATT-----ATAAATCTA
*
15441211 TTTACTGAAGATGTTTAAATAGTAATA
320 TTTACTGAAGATGTTCAAATAGTAATA
* * ** *
15441238 CTATTTGAATAATTATCTATTTTAAAACATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTC
1 CTATTTGAACAATTATTTATTTTAAAATGTTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
** *
15441303 TATTAATGTAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTATTAATAATCCAAAATTTAATAAGT
65 TATTAATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATAAA--TATT--T-ATAC-AAA--TAATAAGT
* * *
15441368 AAAA-ATTT-TAAAAATAAATATGTTTTCTGAACACA-TTTAAATAGTTATAACAATTTG-ATCA
122 AAAATATTTAT-AAAATAAATATGTTTACT-AACA-AGTTAAAATAGTCATAACAATTTGAAT-A
* * * * * * *
15441429 ATTATTTATTGCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAACCAATT-TTTCTATTCATAAAA
183 ACTATCTATTGCAAATCATTATGACCTTTTGCTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAA
15441493 GCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAG-ATT-T
248 GCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGCATTAT
* * * * **
15441555 CAATCTATTTATTGAGCGA-GTTCAACTAGTTTTGA
313 AAATCTATTTACTGA-AGATGTTCAAATAGTAAT-A
* *
15441590 CTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATTTATTTTAAAATGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* ** ***
15441654 TATTCATACAATTTTATTAAAAATAAAATAATACTAAA
65 TATTAATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATA-TAAA
15441692 AAGATCATAA
Statistics
Matches: 377, Mismatches: 60, Indels: 34
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
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352 128 0.34
353 1 0.00
354 4 0.01
356 1 0.00
357 5 0.01
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361 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (346 bp):
CTATTTGAACAATTATTTATTTTAAAATGTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
ATTAATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATAAATATTTATACAAATAATAAGTAAAATATTT
ATAAAATAAATATGTTTACTAACAAGTTAAAATAGTCATAACAATTTGAATAACTATCTATTGCA
AATCATTATGACCTTTTGCTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCGAAAT
AAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGCATTATAAATCTATTTACT
GAAGATGTTCAAATAGTAATA
Found at i:15441658 original size:172 final size:173
Alignment explanation
Indices: 15439272--15441690 Score: 881
Period size: 180 Copynumber: 13.7 Consensus size: 173
15439262 GAACAAATTC
* ** *
15439272 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGA-CTTTTTGTTTTGACATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATC-TTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * *
15439336 AAACAATTGCTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAT-AAATAATACTAATATCTTAATATTTC
65 AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTC
* * * ** **
15439399 AAAAATTAATAAGCAAGAGTTTAAAAATATAAAATTTTTTACCAAAC-AAATTT
128 AAAAATTAATAAGTAAAAATTT--AAATAT---A---TTTACTGAACGACGTTT
* ** * *
15439452 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTTTATTGAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCACAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * *
15439517 AACAATTATTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAGATTTTTTAATATTTC
66 AACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA-ATTTATTAA-AATTC
* * ** ** * *
15439580 AAAAATTAATAA-TAAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACCAAATTA-ATTC
128 AAAAATTAATAAGTAAA--AATTT--AAA-T--A--TATTTACTGAACGACGTTT
** * * * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * ** *
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* * * * ** * * *
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* * * * * ** * * *
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* * * * *
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* *** * *
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* ** * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * ** * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * ** *
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* * * *
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* *
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*
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* * * * ** * **
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130 ATAATTGTTCAAATAA
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TAATTGTTCAAATAAATA
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* * * * *
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* * * *
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* * *
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* **
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* * ** * * * * *
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* * * * * * * * **
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* * * *
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** * * * *
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* * * * * * ** * *
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* ** * * * * * *
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* * ** *
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* * * * ** * *
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* * *
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* * * * * *
15444084 TAACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAACTTAGTAATATTTTA-CTCTAAATAAGCTTGCATGA
1 TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGA
* * * * *
15444148 ACAAAAACAAATGTTTTAGGACAAAAC-AAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTTTTTAAA
65 ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * *
15444212 TAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCGATAAAAAGATTTAGTTTTTAAAT-C
129 TAGTCATAACTATTT-AACTGGTTAG-TAACAA-ATTTATTTTTTAAATCC
* **
15444262 -T-C-T-TTAATTTTT-GAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTAT-AAATAATTTTGTATG
1 TTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATG
* * * * ** * * *
15444321 GATAGAAACAACTGTTTTACAACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGGAATAGATAATAGTTCAA
64 AACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * ** * ** *
15444386 ATGGACATGACTATTTGAACTTATTTGGTAAACTGATTAATTTTTTAAAT-C
128 ATAGTCATAACTATTT-AAC-TGGTTAGT-AACAAATTTATTTTTTAAATCC
* * * * *
15444437 TTCAACTTATTAGTTTTTAGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTGTATG
1 TT--ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG
* * **
15444502 AATAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATCTATAATTGTTCAA
64 AACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * *
15444567 ACAGTC--AACTATTTGAACTCGCTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT
128 ATAGTCATAACTATTT-AACT-GGTTAGT-AACAAATTTATTTTTTAAATC-C
* * * * *
15444618 TTACATATTAATTTTGA-AATATTAAT-AATTAGTAATATTTTATTCCAAATAAGCTTGTTTGAA
1 TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
* * * *
15444681 CAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATTGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAAT
66 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * *
15444746 AGTTATAACTATTTGAAC-GTGTTCA--AAAAATAGCTTTATTTTCTAAAAT-T
130 AGTCATAACTATTT-AACTG-GTT-AGTAACAA-A--TTTATTTT-TTAAATCC
* *
15444796 TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATATGCTTGCATG
1 TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATG
* * * * * * * *
15444859 AATAGAACCAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAG
64 AACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* ** * *
15444924 ATAGTCATAACTATTTTAACTTGATCGGTAAGCAAATTCATTTTTTTAATTCTC
128 ATAGTCATAACTA-TTTAAC-TGGTTAGTAA-CAAATTTA-TTTTTTAAATC-C
* * * **
15444978 TTACTCT-TTAATTTTT-GAAATATTAATCAATTAATATTATTTTATTTCAAATAGGCTTACATG
1 TTACT-TATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG
** * * * * *
15445041 AACTGAAACAATTATTTTATTACAAAACAAAAAGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
64 AACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * *
15445106 ATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATCTATTTTTTAAATCTT
128 ATAGTCATAACTATTT-AACTGGTTAG-T-AACAAATTTATTTTTTAAATC-C
* * * * * * *
15445159 TTACTTA-AAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAA
1 TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * *
15445223 TAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTTTTCAAAT
66 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * *
15445288 AGTCATAACAATTGAACTTGTTCGTTAAACATATTTATCTTTTAAATCTT
130 AGTCATAACTATTTAACTGGTTAG-T-AACAAATTTATTTTTTAAATC-C
*
15445338 TTACTTATTAATTATATT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTAT
1 TTACTTATTAATT-T-TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTAT
* ** * * * * * *
15445400 GAACAAAAAAAATCATTTTATGACAAAGCAAGAGGTTATAGCGATTTCATATAGATAATTGTTCA
63 GAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA-AAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * *
15445465 AATAATCATAATTATTTAAATTTGTTTAGTAA-ATAGATTTA-TTTTTAAATCTC
127 AATAGTCATAACTATTT-AA-CTGGTTAGTAACA-A-ATTTATTTTTTAAATC-C
* * * * * * *
15445518 TTAATTAATAATTTTTAGAATATTAATAACTTAATGTTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAA
1 TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
15445583 TTGAAATAAA
Statistics
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Consensus pattern (176 bp):
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GTCATAACTATTTAACTGGTTAGTAACAAATTTATTTTTTAAATCC
Found at i:15442939 original size:358 final size:351
Alignment explanation
Indices: 15442470--15445606 Score: 2188
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15442460 TTAAAATTTT
* * *
15442470 TTACTTATTAATTTTTTGAATATTAACAAATTTGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTTTATGA
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* * * * * *
15442534 ATAGAATA-TATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTGAAATATATAATTGTTCAA
64 ACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * *
15442598 ATAATTATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTC
127 ATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTC
* * * *
15442663 AGAATAGTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCAAATAACCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTT
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* * * * * *
15442728 GTGATAAAACAAATGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTGCAAATAGTCATAACTATTTAC
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320 ACTGGTTA-G-TAACAAATT-TATTTTTTAAATCC
* *
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* * * *
15442891 AACAAAAACAAATGTTTTATGACAAAACAAATAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAA
63 AACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * *
15442956 ACAGTTATAACTAATTGAACTGGATT-AGTAAATAGATTTATTTTTTAATTCTCTTATTAATTTT
127 ATAGTTATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTT
* * * * * * *
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* * * *
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254 TTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* *
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319 -AACTGGTT-AGTAACA-A-ATTTATTTTTTAAATC-C
* *
15443186 TTA-TTGATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTTTGAATAAG-TTAGTAA
1 TTACTT-ATTAATTTTTG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTA-TAT
* ** * ** * * * *
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* * * * * * * * * * *
15443312 ATATAGCCT-TAGCTATGTGAGCTGGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATGTATTAATTATT
125 AAATAG-TTATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTA--TTTT---T-TA--AA-T-CT
* * * * * * * * *
15443376 TTTAAATTAATTTTCTGAATGTTATTACATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGCATGAAC
179 CTT--ATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTA-AATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT
* * * * * * * *
15443441 ATAAATAATTGTTTTATGAGAGAACAAAAGGTTAT-A--A---GAAATTGA-AA---TACAAATA
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* * *
15443496 GTCATATCTATTTAAATTGGTTCAATAA-ATAGATTTATTTTTTAAATCCC
306 GTCATAACTATTT-AACTGGTT-AGTAACA-A-ATTTATTTTTTAAAT-CC
* * * * * *
15443546 TCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTATGTTATGAATAGGC-TAGTATGA
1 TTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTA-TATGA
** * * *
15443610 TGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATATATAAATGTTCAAA
64 ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* ** * * * * *
15443675 TGGCCATAATTATTTTAAC-TGATTC-GATAAACTA-ATTTATGTTTTAAAATTTTAACTTATCA
128 TAGTTATAACTATTTGAACTTG-TTCAG-TAAA-TAGATTTAT-TTTTTAAA-TCT--CTTATTA
* * * * ** * * *
15443737 ATTTTGAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTAATTTGGAATAAGCTTTTAAG-ATCTGAAACAA
186 ATTTTCAGAATATTAATAAATTAA-ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAA
* * * * * *
15443801 TTGTTTTATGATAAAATAAAAGATCATAATGATTTTAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
249 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * ** *
15443866 TATTTAACCTTGTTCAGTAA-ATAGTTTTATTTTTT-TTTAC
314 TATTTAA-CTGGTT-AGTAACA-A-ATTTATTTTTTAAATCC
* * * * * * *
15443906 TTGCGTATTAATTTTCTAAATGTTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTCGAATAAGCATGTATGAA
1 TTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAA
* * * * * * *
15443970 CTAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATAATTTGAAATAGATAATTATTCTAAT
65 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * *
15444035 -GTCT-TAACTATTTGAACTAGATCTGTAAACACATTTATTTTTTAAATCCTAACTTATTAATTT
129 AGT-TATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT-CT--CTTATTAATTT
* * * * * * * *
15444098 TTAGAATATTATTAACTTAGTAA-TATTTTA-CTCTAAATAAGCTTGCATGAACAAAAACAAATG
190 TCAGAATATTAATAAATTA--AATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
* * * *
15444161 TTTTAGGACAAAAC-AAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTTTTTAAATAGTCATAACTAT
252 TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * *
15444225 TTAAACTGGTTCGATAAAAAGATTTAGTTTTTAAAT-C
317 TT-AACTGGTTAG-TAACAA-ATTTATTTTTTAAATCC
* * * ** * *
15444262 -T-C-T-TTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTATAAATAATTTTGTATGGA
1 TTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAA
* * * ** ** * *
15444323 TAGAAACAACTGTTTTACAACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGGAATAGATAATAGTTCAAAT
65 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* ** * * ** * *
15444388 GGACATGACTATTTGAACTTATTTGGTAAACT-GATTAATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAGTT
129 AGTTATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAA-TAGATTTATTTTTTAAATC-T---CTTATTAATT
* * * * * * * *
15444452 TTTAGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTGTATGAATAAAAATAATTGT
189 TTCAGAATATTAATAAATTA-AATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT
** *
15444517 TTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATCTATAATTGTTCAAACAGTC--AACTATT
253 TTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * *
15444580 TGAACTCGCTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT
318 T-AACT-GGTTAGT-AACAAATTTATTTTTTAAATC-C
* * *** * *
15444618 TTACATATTAA-TTTTGAAATATTAAT-AATTAGTAATATTTTATTCCAAATAAGCTTGTTTGAA
1 TTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAA
* * *
15444681 CAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATTGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAAT
65 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* ** * * *
15444746 AGTTATAACTATTTGAACGTGTTCAAAAAATAGCTTTATTTTCTAAAATTTTACTTATTAATTTT
129 AGTTATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTT-TTAAA-TCT-CTTATTAATTTT
* * * * * *
15444811 TAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTA-TTCAAAATATGCTTGCATGAATAGAACCAATTATT
191 CAGAATATTAATAAA-TTAAATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
* * * *
15444875 TTATGACAAAACAAAATG-TCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATT
254 TTATGACAAAACAAAA-GATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-T
* ** * *
15444939 TTAACTTGATCGGTAAGCAAATTCATTTTTTTAATTCTC
317 TTAAC-TGGTTAGTAA-CAAATTTA-TTTTTTAAATC-C
* * ** * *
15444978 TTACTCT-TTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAATATTATTTTATTTCAAATAGGCTTACATGA
1 TTACT-TATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGA
** * * * *
15445042 ACTGAAACAATTATTTTATTACAAAACAAAAAGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
64 ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * *
15445107 TAGTCATGACTATTTGAACTTGTTC-GATAAACATATCTATTTTTTAAATCTTTTACTTAAAATT
128 TAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TT--AATT
* * * * *
15445171 ATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGT
189 TTCAGAATATTAATAAATTAA-ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT
* * * *
15445236 TTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTTTTCAAATAGTCATAACAAT
253 TTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * *
15445300 TGAACTTGTTCGTTAAACATATTTATCTTTTAAATCTT
317 TTAACTGGTTAG-T-AACAAATTTATTTTTTAAATC-C
* * * *
15445338 TTACTTATTAATTATATT-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGA
1 TTACTTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGA
* ** * * * ** * *
15445402 ACAAAAAAAATCATTTTATGACAAAGCAAGAGGTTATAGCGATTTCATATAGATAATTGTTCAAA
64 ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA-AAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * *
15445467 TAATCATAATTATTTAAATTTGTTTAGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTAATTAATAATT
128 TAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-A-T--TAATT
* * * * * * * *
15445531 TTTAGAATATTAATAACTTAATGTTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATTGAAATAAAT-T
189 TTCAGAATATTAATAAATTAA-ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT
*
15445595 TTTATGAAAAAA
253 TTTATGACAAAA
15445607 GTGTTAGGCT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (351 bp):
TTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAAC
AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
TTATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAGAA
TATTAATAAATTAAATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
AAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAACTGGT
TAGTAACAAATTTATTTTTTAAATCC
Found at i:15445254 original size:180 final size:181
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Indices: 15443490--15445606 Score: 1691
Period size: 180 Copynumber: 11.8 Consensus size: 181
15443480 AATTGAAATA
* * * * * ** *
15443490 CAAATAGTCATATCTATTT-AAATTGGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCCCTCACTTAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * *** * * * *
15443554 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTATGTTATGAATAGGCTAGTATG-ATGAAAAAT
65 TAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAAC
* *
15443618 AATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCATAATGATTTGAAATATATAAATGTT
129 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * *
15443671 CAAATGGCCATAATTATTTTAAC-TGATTCGATAAAC-TAATTTATGTTTTAAAAT-TTTAACTT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAT-ATTTAT-TTTTTAAATCTTTTACTT
* * * * *** * * *
15443733 ATCAATTTTGAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTAATTTGGAATAAGCTTTTAAG-ATCTGAA
63 ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAA
* * * * *
15443797 ACAATTGTTTTATGATAAAA-TAAAAGATCATAATGATTTTAGATAGATAATTATT
127 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* *
15443852 CAAATAGTCATAACTATTT-AACCTTGTTC-AGTAAATAGT-TTTATTTTTT---T-TTACTTGC
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTTGTTCGA-TAAACA-TATTTATTTTTTAAATCTT--TTAC
* * * * * *
15443910 GTATTAATTTTCT-AAATGTTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTCGAATAAGCATGTATGAACTA
61 TTATTAATTTT-TAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TA
* * * * * *
15443973 -AAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATAATTTGAAATAGATAATTATT
124 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * *
15444030 CTAAT-GTCTTAACTATTTGAACTAGATCTG-TAAACACATTTATTTTTTAAATC-CTAACTTAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * * * * * * * *
15444092 TAATTTTTAGAATATTATTAACTTAGTAATATTTTACTCTAAATAAGCTTGCATGAACAAAAACA
65 TAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * * * *
15444157 AATGTTTTAGGACAAAACAAAGA-TCATAACGATTTGAGATAGATAATTTTT
130 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * *
15444208 TAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCGATAAAAAGATTTAGTTTTTAAATC---T-C-T-TT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * * ** ** *
15444267 AATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTATAAATAATTTTGTATGGATAGAAACAA
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* ** * ** * *
15444332 CTGTTTTACAACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGGAATAGATAATAGTT
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* * * * * * * **
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1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * * * * * *
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* **
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* * * * *
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1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * * * *
15444626 TAA-TTTTGAAATATTAAT-AATTAGTAATATTTTATTCCAAATAAGCTTGTTTGAACAAAAACA
65 TAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* **
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130 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * * * * * *
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1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACT-TA
* * * * **
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64 TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAA
* * * *
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128 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * *
15445103 CAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATCTATTTTTTAAATCTTTTACTTA-A
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * * *
15445167 AATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAA
66 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
** * *
15445232 TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTTTT
131 TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * *
15445283 CAAATAGTCATAAC-AATTGAACTTGTTCGTTAAACATATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
** * * * *
15445347 AATTATATT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAA
66 AATT-T-TTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
** * * * * ** * *
15445410 AATCATTTTATGACAAAGCAAGAGGTTATAGCGATTTCATATAGATAATTGTT
129 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * * * * *
15445463 CAAATAATCATAATTATTTAAATTTGTT-TAGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTAATTAA
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * * * * * *
15445526 TAATTTTTAGAATATTAATAACTTAATGTTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATTGAAATA
65 TAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* *
15445591 AAT-TTTTATGAAAAAA
130 ATTGTTTTATGACAAAA
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Statistics
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Found at i:15445460 original size:899 final size:883
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* * * *
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* *** * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* *
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** * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * ** * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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**
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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** * ** *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * ** * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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626 TAATTGTT-TAATAGTCATAACTATTTCAACTAGATCAGTAAACA-AATTATTTTTTAAATCTCT
* * * * * * *
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* * * ** * * *
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* *
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*
15444272 TT-GA
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* * ** * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * ** * *
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** * * *
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194 AGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAAAAATAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGG
* ** * *
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* *
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* * *
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* * ** * *
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*
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* * * * *
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* * *
15444988 ATTTTTGAAATATTAATCAATTAATATTATTTTATTTCAAATAGGCTTACATGAACTGAAACAAT
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** * * * *
15445053 TATTTTATTACAAAACAAAAAGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACT
762 TATTTTACAACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACT
* * * *
15445118 ATTTGAACTTGTTCGATAAACATATCTATTTTTTAAATCTTTTACTTAAAATTATCAA
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* *
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* *
15445241 GACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTTTTCAAATAGTCATAAC-AATTGAAC
65 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAATTGAAC
* * *
15445305 TTGTTCGTTAAACATATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATATT-AATATTAATAAAT
130 TTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTAAATATTAATAAAT
* * * * *
15445369 TTGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATCATTTTATGACAAAGCAAGAG
193 TAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAA-AG
* * * * * * *
15445434 GTTATAGCGATTTCATATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTAAATTTGTTTA-GTAAA
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* * * * * * * **
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15445562 TTTCGAATAAGCTT
382 TTTCGAATAAGCTT
15445576 ATATGAATTG
Statistics
Matches: 1726, Mismatches: 361, Indels: 195
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TGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAG
TATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAGGTTA
TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAACTATTTAACTGATTAGGTAAACAAATTT
ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAATTAGTAATATTTTATTTCGAATA
AGCTTTTTGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATAGTCATAATGATTTGAAATAGATA
ATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAATTTTCTTAT
TAATTTTTAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTCAAAATATGCTTGATGAATAAACAATT
ATTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAATAGTCATAACTATT
TCAACTAGATCAGTAAACAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTTTAATTTTTGAAATATTAATAA
ATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTACATGAACTAAAACAATTATTTTACAACAAAACAAA
AAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAA
ACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTAAAATTTCAA
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15446090 TATAACCATA
* * *
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* * * * *
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* * *
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1 CAAACTTGCCTATTAAGAATCC-CTTTCCTCTTAGAATTCTTCTCTTGCAAGT
15446256 C
1 C
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Matches are distributed among these distances:
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ACAAATCTCAA
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* * * * * * *
15446451 CTTATTAATTGTTAAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAGCAG
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* * **
15446516 AAACTATTATTTTATAATAGAACAAAAAG-ACAATGATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATAGT
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15446579 C-TAA-ATTTGAACCAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATTT
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * ** *
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* *
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* *
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* *
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* *
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* * *
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TCTTGCTTATTAAGTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAAT
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* * * * * * *
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* *
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*
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** * * * * * * ** *
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* ** * *
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* * * * * * * * * * *
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1 -T---AAGAAAGAAATTTAAAAAAACAAATCTATTTACCAAACAAGTTAAAATAATTATGACCAT
* * * * ** * * *
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* * * *** * * *** *
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* * * * * * * * * * ** * *
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* * ** * * * * **
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66 ACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACCATTTGA-TTTGTCATAAAATAATTATTTCAG-ATAA
* ** * * * * * ** *
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* * * * * * * *
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1 TAAGAA--AGAA-ATTT-AAAAAAACAAATCTATTTACCAAACAAGTTAAAATAATTATGACCAT
* * * * * * *
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62 TTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACCATTTGATTTGTCATAAAATAATTATTTCAGA-
* * * * *
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* * * * * * * * * * *
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1 T-AAGAAAG-AAA-TTTAAAAAAACAAATCTATTTACCAAACAAGTTAAAATAATTATGACCATT
* * * * * * * * * *
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63 TGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACCATTTGATTTGTCATAAAATAATTATTTCAGATA
*** *
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*
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* * * * * * * *
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** * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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** * * *
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* * ** * ** * *
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* * * * * * * * *
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* * * ** *
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* * * * *
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* * * * * ** * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* ** * *
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* * * * * * *
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* ** * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * *
15449265 CTTAATATTTCCAAAATC-AATAAGC-AA-AG-TTTAAAAATATAAATTTGTTTA
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* * * *
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1 TCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATA-TTATGACCTTTT
* * * *
15449381 GTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTA
65 GTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * *
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* ** * * **
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* * *
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TAATATTCCAAAAACTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
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1 ATACCAATTATTAAAG
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1 ATA
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* * *
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* ** *
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* * *
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* * * *
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* *** * * * * * *
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* * * * * * * *
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Matches are distributed among these distances:
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* ** * * *
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** ** *
15456272 CATTTGAAATTGATAATCGTTCATAGAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTT
130 CATTTGAAATAAATAATTATTCATAGAGTCTTAACTATTTGAACTGATTT
* * * * * * * *
15456322 GGTAATTAGATTTATTTTCTAATTTTCTTAGTTATTAAGTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATT
1 AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTCAAATATTAATAAATTAGTATT
** * ** * * *
15456387 ATTTTATTTTGAATAAA-ATAGTATGAACAGTACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATA
65 ATTTTATTTCAAATAAACTTA-TATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATA
* * * ** * *
15456451 ATGATTTAAAATAAATAATTATTGA-AGCAGTCAAAACTATTTGAAATGATCT
129 A-CATTTGAAATAAATAATTATTCATAG-AGTCTTAACTATTTGAACTGATTT
* * * * *
15456503 AGTAAGTAGATTTACTTTTTAAATCTCTTA-TGGATTTATTTTCTAAATATTAATAAATTAATAT
1 AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTC-AAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * *
15456567 TATTTTATTTCAAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTAACA
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* * *
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129 A-CATTTGAAATAAATAATTATTCA
15456657 AATTGTTATA
Statistics
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0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
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AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTA
TTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAC
ATTTGAAATAAATAATTATTCATAGAGTCTTAACTATTTGAACTGATTT
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1 AATAATTAT-ACTATTTG
15456732 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
15456747 CAAATTGTTA
Statistics
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AATAATTATACTATTTG
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15456775 TTTTTATCCG
* * * *
15456785 TACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATAGTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
1 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * * * * ** * *
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* * * * *
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129 TTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCATTTCA
** * * * * *
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1 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT-CAAAATTAATAAGTAAGAGA
* ** * * * *
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* * * * * *
15457093 ATTTAAAATCTTTATAACCCTTTGA-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTAA
128 ATTTAAAATCATTATGA-CCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCATTTCA
** * * *
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1 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT-CAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * *
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* **
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* *
15457327 TACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACG-G
1 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAATTAATAAGTAA-GAG
* * * * * *
15457391 ATTTAAGAAATAAATTTGTTTATCGAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCAA
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* * * * * * *
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* * * * *
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1 TACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTAATAATA-TTTCAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * ** *
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64 ATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTA
* *
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Statistics
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TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAATTAATAAGTAAGAGAT
TTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATT
TAAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCATTTCA
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Period size: 361 Copynumber: 2.4 Consensus size: 359
15456792 TTATTCGGAT
* * * * * *
15456802 TAAAATAATAGTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGACTTACAAAATAACTTTT
1 TAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATG
* ** * * *
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* * *
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130 TTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATACTAT
*
15456997 TAATAATATTTGAAAAATTAATAAGAAAGTGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTT
195 TAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGTGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTT
* * * * *
15457062 CAAACAATTACTACTATTTTAATAATTGTCTATTTAAAATCTTTATAACCCTTTGATTTGTCATA
260 CAAACAATTACTACTATTTGAATAATTATCAATCTAAAATCATTATAACCCTTTGATTTGTCATA
* * * *
15457127 AAACAATTGTTTCAATTAATACAAGCTTAGATGAAA
325 AAACAATTCTTTCAACTAATAAAAACTTAGATG-AA
* * *
15457163 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGCTAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATG
1 TAAAATAATACTAATTTAATAATATTT-CAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * *
15457228 TTTACCGAATTAG-TTAAATAATTATGG-CCATTTGAATGATTATCTATTTTAAAAT-GTTATGA
65 TTTACCGAATCAGTTTAAATAATTA-GGACCATTAGAATAATTATCTA-TTTAAAATCATTATGA
* *** * **
15457290 CCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTTTGTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATAC
128 CCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATAC
* * * * *
15457355 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACG-GATTT-AAGAAATAAATTTGTTTA-TCGA
192 T-A-TTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAAGTGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACT-AA
* * * *
15457417 ACTAA-TTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAATAATTATCAATCTCAAATCATTA-AGA-TCTTTG
253 AC-AAGTTCAAACAATTACT-ACTATTTGAATAATTATCAATCTAAAATCATTATA-ACCCTTTG
* * * * ** *
15457478 TTTTGTCATAAAATAATTCTTTCTACTCATAAAAACTTATTTGAT
315 ATTTGTCATAAAACAATTCTTTCAACTAATAAAAACTTAGATGAA
* *
15457523 TAAAAATAATATTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT
1 T-AAAATAATACTAATTTAATAATA-TTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT
* * * * * * ** * * * * *
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** *
15457653 CATTTT-TTTAAACA-AAAATATTTGTTTCA
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15457682 TATTTGTTAG
Statistics
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TAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGT
TTACCGAATCAGTTTAAATAATTAGGACCATTAGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCT
TTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATACTATT
AATAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGTGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTC
AAACAATTACTACTATTTGAATAATTATCAATCTAAAATCATTATAACCCTTTGATTTGTCATAA
AACAATTCTTTCAACTAATAAAAACTTAGATGAA
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15459273 AATATCTTAG
* * * *
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* * * *
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* ** * * * * *
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* * * * *
15459463 AAGCTTA-TCTAGAATAAAAT-ATACTAATTTCTTAATATTTTC-AAAA-TAATAAGCAAAAGTT
1 AAGCTTATTCAAG-ATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGAT
* * * * * ** *
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64 TTAAAAAATAAATCTATTTATTGAATCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* *
15459588 TTAAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATAC
129 TTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAC
* *
15459642 AAGCTTATTCAAGATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-CTAAGTGATT
1 AAGCTTATTCAAGATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGC-AAGAGATT
* * * * * * * *
15459706 TAAAAAGTTAATTTGTTTATTGAATC-AGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAATAATTATCTATT
65 TAAAAAATAAATCTATTTATTGAATCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * *
15459770 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATGC
130 TAAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAC
* * * * * *
15459823 AA-ATTATTCAAAATAAAAAAATATTGATTTATT-ATCATTCTAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
1 AAGCTTATTCAAGATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
* * *
15459886 TGAAAAAATAAATCTATTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTAT
65 T-AAAAAATAAATCTATTTATTGAATCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
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129 TTAAAATCATTATGACA-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAC
* * * * * *
15460002 AAGCTTATTGAAAATAAAGTGATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
1 AAGCTTATTCAAGATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT
* *** * * *
15460067 AAAAAATAAATCAATTTACCAAATC-AGATCAAATAATTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTT
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* ** * ****
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1 AAGCTTATTCAAGATAAAAT
15460201 TGTTATTACC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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178 51 0.08
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ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (182 bp):
AAGCTTATTCAAGATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT
AAAAAATAAATCTATTTATTGAATCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
AAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAC
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Period size: 360 Copynumber: 2.5 Consensus size: 358
15459273 AATATCTTAG
* ** * *
15459283 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATTCAAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGC-AAAAGAT
1 AAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA-CTAAGAGAT
* *
15459346 TTGAAAAATAAATCTCTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTA-GACTATTTGAACAATTATTTAT
64 TT-AAAAATAAATCTATTTATCGAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** * *
15459409 TTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTAACATAAAAGAATTGTTTCAATTTATAAAAGCTTATCTA
127 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAA-CTTATCTA
* * * * * * *
15459474 GAATAAAATATACTAATTTCTTAATATTTTCAAAATAATAAGCAAAAGTTTTAAAAAATAAATGT
191 AAATAAAAAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATAATAAGCAAAAGTTTGAAAAAATAAATCT
* * * * *
15459539 GTTTATTGAGCAAATTAAAATAGTTACAACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGAT
256 ATTTACTAAACAAATTAAAATAGTTACAACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAT
* * * * *
15459604 ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATAC
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* * *
15459642 AAGCTTATTCAAGATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGTGATTT
1 AAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTT
* * * * * * * *
15459707 AAAAAGTTAATTTGTTTATTGAATCAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAATAATTATCTATTTC
66 AAAAA-TAAATCTATTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** *
15459772 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATGCAAA-TTAT-TCAAA
130 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCAT-AAAACTTATCT-AAA
* * *
15459835 ATAAAAAAATATTGATTTATT-ATCATTCTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAAT
193 AT-AAAAAATACTAATTTATTAAT-ATTCTAAAAA-TAATAAGCAAAAG-TTTGAAAAAATAAAT
* * ** *
15459899 CTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATG
254 CTATTTACTAAACAAATTAAAATAGTTACAACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATG
15459964 A-ACTTTTGCTTTGCCACAAAACAATTATTTCAG-T-ATAA
319 ATA-TTTTGCTTTGCCACAAAACAATTATTTCAGTTCATAA
* * * * *
15460002 AAGCTTATTGAAAATAAAGTGATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
1 AAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTT
* * * * * *
15460067 AAAAAATAAATCAATTTACCAAATCAGATCAAATAATTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTC
66 -AAAAATAAATCTATTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** *
15460132 AAATTGTTATTA-CTTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
130 AAATCATTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
15460173 TCCAACATAC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTT
AAAAATAAATCTATTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAACTTATCTAAAATA
AAAAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATAATAAGCAAAAGTTTGAAAAAATAAATCTATTTA
CTAAACAAATTAAAATAGTTACAACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATATTTT
GCTTTGCCACAAAACAATTATTTCAGTTCATAA
Found at i:15460236 original size:65 final size:65
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15460122 TATCTATTTC
*
15460132 AAATTGTTATTACTTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCCAACATACAAGCTTATTAAATA
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* *
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15460257 TGACATAAAA
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 3, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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15461195 TAAGAATAAT
* * * * * * * * * *
15461205 TAAAATAATACAAATTTATTAGTGTTCAGACAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAAGAAATCTA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATG
* * * *
15461270 TTTAC-GAA-ATAGGTTCAAATATTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA
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* * * *
15461333 CTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCTGAT
128 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCTGAA
* * * * *
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATG
* * * *
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** * * ** *
15461516 TTTTGTTTCATC-TAAAAATAATTGTATCAATTCATA-TAGCCTTATTC-GAAA
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* * * * * * *
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* * *
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*
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* *
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*
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*
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*
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*
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* ** **
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* * ** * * * *
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* * * * * * **
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* * * * * * * * * *
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* ** * * * * * *
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* * * * * * ** * * * * *
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* * * * ** * * * *
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383 TTGAACAATCATATATGGT-AAATTGTCCTGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-
* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * ** * * *
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15463774 GATTCAATAA
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* * * * * **
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* *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * *** * * * * *
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** * ** *
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* * * * * * ** *
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* * * * * * * *
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* * * * * ** * * * *
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* * *** * * *
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* * * * * *
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* * * * * ** ** * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * ** * * * * *
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* * * * * * * **
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253 AGTTCAAATAGATTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAACA-TTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * ** ** *
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* * *** *
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** * * * * *
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* * * * ***
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* * * * * *
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575 GAGATCTAAAAAATAAATGTGCTTACCAAAACAATTCAAATAATTAAGACTATTAGAAAAATTAT
* * * * * *
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* * *
15463358 TTGGAT
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* *
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* * *
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*
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*
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*
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* *
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**
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* ** * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * **
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** * * * * **
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* * * * * * *
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* *** * * * *
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563 AAAAA-T--TAA-TAAGAGATCTAAAAAATAAATGTGCTTACCAAAAC-AATTCAAATAATTAAG
* * * * ** * * * * *
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623 ACTATTA-GAAAAATTATCTATCT-CAAATCATTATAACC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT
* * * *
15464775 TTCAACTCATACAAGCTTCTTTGGAA
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* * * ** * * * * *
15464866 TTTA-CAGAATTA-GTTCAAATAATTATA-ACTATTTCAACAATTATGTATTTCAAATCATTATT
64 TTTACCA-AA-CACATTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAACAATTATCTTTTTCAAATCGTTCTG
* * * * * * * *
15464928 ACTTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATAC
126 ACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAG-TTATTCGAAATAAAATAATAC
* * * ** *
15464993 TAATTTATTAATA-TTTAGAAAATTAATCAATAAAAGAT-TAAAAAAGTAAATCTGCTTACTAAA
189 TAATTTATTAAAATTTTA-AAAATTAAT-GAGAAAAGATATAAAAAA-TAAATCTATTTACCAAA
* * * * * * * *
15465056 -ACATTTCAAATA-ATTTTGACTATTTGAATAATTAACTA-TTCAAATCATTATAAACTTTTATT
251 CA-AGTTCAAATAGATTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-CATTATGACCTTTTGTT
* * * * ** ** * **
15465118 TTATCATCAAACAATTGGTTTTGTTCGTATTATTTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTA-A
314 TTGTCATAAAACAATT-GTTTTATTCATAAAAACTTATTCAG-AAT-AAA-AATACTAACCTATA
* * * ** * * * * ** * * *
15465181 TAATATTCCAAAAATCAATAACCAAAAAAAATTAAAAAATAAGTCTAATT-GCAGAACCAGTTCA
375 -AATATTCTAAAAATTAAGAAGTAAAAGATA-TAAAAAATAAATATTTTTATC-GAACAAGCTCA
* * * * * * ** * * *
15465245 AATAGTTA-AGACTATATGAAC-GATAATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTT-TCTTTAGTCAT
437 AATAGTTATA-AATATTTCAACAAAT-ATCAATCTCAAATCATTATGACATTTGT-TTT-CTCAT
15465307 AAAACAATTGTTTTTGTTCATATAGTTACGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAAAGTTTTTGTT
498 AAAACAA------TTG-T--T-TA--T--G-------A-----TCAT---AC-AAA---------
* * * * * *
15465372 CATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATACTAATCTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAATT
524 -AT-T-A-----TTTAGAATAAAATAATACGAATATACTAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATC
* * * * * * * ** * * *
15465437 TAAAAAATAAATATGTTTATC-AAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTTTTT
581 TAAAAAATAAATGTGCTTACCAAAACAATTCAAATAATTAAGACTATTAGAAAAATTATCTATCT
* * * * * * *
15465501 CAAATCATTATGACTTTTTGTTATGTTATAAAACAAGATT-TTTTATTCATGCAAG-TATATTC-
646 CAAATCATTATAAC-CTTTGTTTTGTCATAAAA-TA-ATTGTTTCATTCATACAAGCT-TATTCG
*
15465563 AGAT
707 A-AA
* * * * *
15465567 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAATAATTAATAAGTAA-AAGATTT-AAAAATAAATAT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCAAAAATTAATAAG-AAGAA-ATTTAAAAAATAAATGT
* *** ** * * * * * *
15465630 GTTTGCCAAACA-AGTTCAAATAACCATTACTATTTGAGCAATTCTCTATTTCAAATCATTTTGA
63 GTTTACCAAACACA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTTTTTCAAATCGTTCTGA
* * * * * * * * **
15465694 CTTTTTCTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAGGCTTATTTGATGTAAAATAATACT
127 CCTTTT-GTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAG-TTATTCGAAATAAAATAATACT
* * * * * * * *
15465759 AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGA-ATTAAAAA-GAATCTGTTTACCGAATAA
190 AATTTATTAAAATTTTAAAAATTAATGAG-AAAAGATATAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAA
* * * *
15465822 GTTCAAATAG-TTATGACTATTTAAACAATAAT-TGATTTCAAAACATAATGACCTTTTGTTTTG
254 GTTCAAATAGATTATGGCTATTTGAACAATTATCT-ATTTC-AAACATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * ** * ** *
15465885 TCACAAAACAATTGGTTCTATTGATGCAAGCTTATTTCA-AATAAAATAGTA-TAAATTTATTAA
317 TCATAAAACAATT-GTTTTATTCATAAAAACTTA-TTCAGAATAAAA-A-TACT-AACCTATAAA
* * * * * ** *
15465948 TATT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATTAGTTCAAATA
377 TATTCT-AAAAATTAAGAAGTAAAAGATATAAAAAATAAATATTTTTATCGAACAAGCTCAAATA
* * * * * ** * * * *
15466012 GTTATGACTATGTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAA
441 GTTATAAATATTTCAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGACA-TTTGTTTTCTCATAAAACAA
* * * * * ***
15466077 TTATTT-TTATTTATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATA-GTAA-ATTATTAATATTTTGAAA
505 TTGTTTATGA-TCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACG-AATA-TACTAATATTCCAAAA
* ** * * * * * *
15466139 ATTAATAAGAGATTTAAAAGGTAAATTTGTTTACC-AAACAAGGTCAAAT-GTTATGACTATTTG
567 ATTAATAAGAGATCTAAAAAATAAATGTGCTTACCAAAACAA-TTCAAATAATTAAGACTATTAG
* * ** * * * * *
15466202 AATAATTGTCTATCTCAAATTGTTTTGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATG
631 AAAAATTATCTATCTCAAATCATTATAACCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-ATTCATA
* *
15466267 CAAGCTTATTCGGAG
695 CAAGCTTATTCGAAA
** * * * * ** * *
15466282 TAAAAT-ATAGCTAAACTAATAATATTCTAAAATTAATAAGTAATAGGTTTTAAAAATAAATGTA
1 TAAAATAATA-CTAATTTATTAAAATTCAAAAATTAATAAG-AAGAAATTTAAAAAATAAATGTG
* * * * * * * *
15466346 TTTGCCGAATCA-AATCAAATAGGTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
64 TTTACC-AAACACATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTTTTTCAAATCGTTCTGAC
* * * * * * *
15466410 CTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACATGCTTATCCAAAATAAAATAACACT-
128 CTTTTGTTT-GTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAG-TTATTCGAAATAAAATAATACTA
** * * **
15466474 ATTCTATTAGCA-TTCATAAAATTAAT-A-AACAAGAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTACTGA
191 ATT-TATTAAAATTTTA-AAAATTAATGAGAA-AAG--A-TATAAAAAATAAATCTATTTACCAA
* * * * * *
15466536 ACAAATTCAAATAG-TCAAGTCTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGGCCTTTTGTT
250 ACAAGTTCAAATAGATTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-CATTATGACCTTTTGTT
* * **
15466600 TTATAATAAAAC-A-------A---A-AGGAA-TTA--C----T-----T--T-A--T-TAACAT
314 TTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATAAAAACTTATTCAGAATAAAAATACTAACCTATAA-AT
* * * * * * *
15466635 -TTC-AAAAATTAAGAAGTTAGATATTTTAAAAATAAATCA-ATTTA-CTGAATCAA-TTCAAAT
378 ATTCTAAAAATTAAGAAGTAAAAGATATAAAAAATAAAT-ATTTTTATC-GAA-CAAGCTCAAAT
* *** * * * * * * * *
15466695 AATTATAGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTGTCATAAAACT
440 AGTTATAAATATTTCAACAAATATCAATCTCAAATCATTATG-ACATTTGTTTTCTCATAAAACA
** *** * * * ** *
15466760 ATTGCTTT-TCTTTGCAT--AAGCCTA-TTAAAAAAAAATAATACTAAT-TTTTAATATTTCAAA
504 ATTG-TTTAT-GAT-CATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACGAATATACTAATATTCCAAA
* * * * * * * * *
15466820 AATTAAAGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACC-GAACTAGTTCAACTAGTTATGACT
566 AATT--A-A-TAAGAGATCTAAAAAATAAATGTGCTTACCAAAAC-AATTCAAATAATTAAGACT
* * * * * * *
15466884 ATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTATTT-AT
626 ATTAGAAAAATTATCTATCTCAAATCATTATAACC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAT
*
15466948 GCTCATACAAGCTTATT-TAGAA
690 --TCATACAAGCTTATTCGA-AA
* * * * * * *
15466970 TAAAATAATACTAATGTAATAATATT-ATGAAAATTAATAACTAACAGATTTAAAAAATAAATTT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCA--AAAATTAATAA-GAAGAAATTTAAAAAATAAATGT
* * * * * * * *
15467034 ATTTGCCAAAC-CAATTTAAATAATTAAGATTA-TATGAATAATTATCTATTTT-AAATCATTAT
63 GTTTACCAAACAC-ATTCAAATAGTTAAGACTATTA-GAACAATTATCT-TTTTCAAATCGTTCT
* * * ** * * * *
15467096 GACCATTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTCTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATA
125 GACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAG-TTATTCGAAATAAAATAATA
* * * * * * * * ** **
15467161 CTAATATACTAATATGTCAAAAATTAAT---AAGATATTTAAAAAATAAAATCTATGCAATAAAC
188 CTAATTTATTAAAATTTTAAAAATTAATGAGAAAAGATATAAAAAAT-AAATCTATTTACCAAA-
* * * * * * *
15467223 CAA-TTGAAATAG-TTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTTAAATTATTATGACTTTTTGTTT
251 CAAGTTCAAATAGATTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-CATTATGACCTTTTGTTT
** * * * * * * * * * ** *
15467286 TGTTGTAAAATAATAGTTTATGTTCATATAAGCATATTCGGATTAAAATAATATTAATTTATTAA
315 TGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATAAAAACTTATTCAGAAT-AAA-AATACTAACCTATAAA
* * * * * * * *
15467351 TATTTTGATAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAATATATTTAT-GAACAAGTTCAAATAG
377 TATTCTAAAAATTAAGAAGTAAAAGATATAAAAAATAAATATTTTTATCGAACAAGCTCAAATAG
* * * ** * ** * * * * * * * * *
15467414 TCATAACTATTTGAGTAATTATTTATTTCAAATTATTTTAACCTTTTCTTTTGTAATAAAATAAT
442 TTATAAATATTTCAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGA-CATTTGTTTTCTCATAAAACAAT
* * * ** * * * * * *
15467479 TCTTT-TAGTTCATATAAGCTTATAT-GATGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAAT
506 TGTTTAT-GATCATACAAAATTATTTAGA-ATAAAATAATACGAATATACTAATATTCCAAAAAT
* * * * ** * ** * * *
15467542 TAATGAGTAAAAGAAT-TAAAGAA-AGATCTATTTACCGAATGAGTTCAAATAGTTATGACTATC
569 T-A--A-TAAGAG-ATCTAAAAAATAAATGTGCTTACCAAAACAATTCAAATAATTAAGACTAT-
* * * * * * * * *
15467605 TA-AACAATTATTTATTTCAAAACATAATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATT
628 TAGAAAAATTATCTATCTCAAATCATTATAACC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-ATT
* *
15467669 GATGCAAGCTTATTTCG-AA
691 CATACAAGCTTA-TTCGAAA
* *
15467688 TAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATC
1 TAAAATAATACT-AATTTATTAA-AATTCAAAAATTAATAAG-AAGAA-ATTTAAAAAATAAATG
* * * * * * ** *
15467751 TATTTACTAAGCTA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT-TTATTTCAAATTATTAT
62 TGTTTACCAAAC-ACATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTT-TTTCAAATCGTTCT
* * ** * ** *
15467814 AACATTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAAAATATT-TAGAATAAAATAA
125 GACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATT-ATTTTAGTTCATAC-AAGTTATTCGA-AATAAAATAA
* * * * * * * * *
15467877 TACTAATTTATTAATATTTCAAAATTTAAT---AAGAGATTTAAAAACTAAATATGTTTACCATA
186 TACTAATTTATTAAAATTTTAAAAATTAATGAGAAAAGATATAAAAAATAAATCTATTTACCAAA
* * * * * * * *
15467939 CTAGTTTAAATAG-TTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTATTATAACATTTTGTTT
251 CAAGTTCAAATAGATTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-CATTATGACCTTTTGTTT
** * ** *
15468003 TGTTGTAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAAA-ATATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTA
315 TGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATA-AAAACTTATTCAGAAT-AAA-AATACTAACCTATAA
* * * * * * * *
15468067 ATATT-TCAAAAATT---AA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATATGTTTA-CCAGACTAGTTTAAA
376 ATATTCT-AAAAATTAAGAAGTAAAAGATATAAAAAATAAATATTTTTATCGA-ACAAGCTCAAA
* * * * * * * *
15468126 TAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAAC
439 TAGTTATAAATATTTCAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGA-CATTTGTTTTCTCATAAAAC
* * * ** ** * * * * * * *
15468190 AATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGAGTAAAATATTGCTAA-ACTAATAGTATT-CTAAA
503 AATTGTTTATGATCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACGAATA-TACTAATATTCCAAAA
* ** * * ** * *
15468253 ATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATAAATGTATTTGCCAAACCCGTTCAAATAGTTTAGACTAT
567 ATTAATAAG----AGATCTAAAAAATAAATGTGCTTACCAAAACAATTCAAATAATTAAGACTAT
* ** * * * *
15468318 TAG-AAAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACCCTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTT
628 TAGAAAAATTATCTATCTCAAATCATTAT-AACCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCA-TT
*
15468382 CGTA-AATGC-TATTCTGAAA
691 CATACAA-GCTTATTC-GAAA
* * * *
15468401 TAAAATAATACT-ATTCTATTAACATTTAAAAAATTAAT---AAGAAATTCAAAAAAATAAATTT
1 TAAAATAATACTAATT-TATTAA-AATTCAAAAATTAATAAGAAGAAATT-TAAAAAATAAATGT
** * * * * * * * * * * * *
15468462 GTTGGCCGAACAAATTCAGATAGTCATGTCTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGAC
63 GTTTACCAAACACATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTTTTTCAAATCGTTCTGAC
** * * * * *
15468527 CTTTTGTTAAATAATAAAACAATTATTTTTAGTTCATAAAAGCTTATGCAAAATAAAATAATATT
128 CTTTTGTT-TGTCATAAAACAATTA-TTTTAGTTCATACAAG-TTATTCGAAATAAAATAATACT
* * * ** *
15468592 ACTTTATTAATA-TTTCAAAATT--T--GAAAAG---T------TGGA--GATTTA--AAA-AA-
190 AATTTATTAAAATTTTAAAAATTAATGAGAAAAGATATAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAG
* * ** ** * *
15468637 -T--AA-A-ATCA--GCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AAATTTTTTATTTAT
255 TTCAAATAGATTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-CATTATGACCTTTTGT-TTTGT
* * * * ** * * *
15468694 CATAAAACAATAGTTTT-TCATCGTATAAACCTATTTGGAATAAAATAATACTAA-TTTTTAATA
318 CATAAAACAATTGTTTTAT--TCATAAAAACTTATTCAGAAT-AAA-AATACTAACCTATAAATA
* * * * * *
15468757 CTTC-AAAAATTAATG-AGTAGAAA-ATTTAAAAAATAAAT-TTCTTTATCAAACTAGTTTAAAA
379 -TTCTAAAAATTAA-GAAGTA-AAAGATATAAAAAATAAATATT-TTTATCGAACAAGCTCAAAT
* * * * * ** * * *
15468818 AGTTATGACTATTTGAAACAATTAT-ATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
440 AGTTATAAATATTT-CAACAAATATCA-ATCTCAAATCATTATGA-CATTTGTTTTCTCATAAAA
* * * * * * * * ***
15468882 CAATTATTTATGCTAATAC-AAACTATTCAGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTATGAAA
502 CAATTGTTTATGATCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACGAATATACTAATATTCCAAAA
* * * * * * * *
15468946 ATTAATAACTTAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAA-AGCTA
567 ATTAAT-A---AGAGATCTAAAAAATAAATGTGCTTACCAAAACAATTCAAATAATTAAGA-CTA
* * * * * * * * **
15469010 -TATGAATAATTATCCATTTTAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTTTG
627 TTA-GAAAAATTATCTATCTCAAATCATTATAAC-CTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTTCA
** * * *
15469074 TTCATTTAAGTTTGTTTGAAA
689 TTCATACAAGCTTATTCGAAA
* * * ** * ** *
15469095 TAAAATAGTATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG-AG--ATTTAAAAATTAAAAATCT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCAAAAATTAATAAGAAGAAATTTAAAAAATAAATGTGT
* * * * * *
15469157 TTACTAAACTA-GTTCAATTAGTTATA-ACAATTCA-AACAATTAT-TTATTTCAAATCATTAT-
65 TTACCAAAC-ACATTCAAATAGTTA-AGACTATT-AGAACAATTATCTT-TTTCAAATCGTTCTG
* * * * * * *
15469217 TCCTATTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTA-TTGATACAGATTTATTGGGAATAAAGTAAT
126 ACCT-TTTG-TTTGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATACA-AGTTATTCGAAATAAAATAAT
* * * * * * * ** ***
15469281 GCTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAGCAA-ATTTAGAAAATGAATCTATTGGCTTG
187 ACTAATTTATTAAAATTTTAAAAATTAATGAG-A-AAAGATATAAAAAATAAATCTATTTACCAA
* * * * * * * * *
15469345 ACCAGTGCAAATA-CTTAT-GATAATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGC
250 ACAAGTTCAAATAGATTATGGCT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-CATTATGACCTTTTGT
* * * * * * * * ** *
15469408 TTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTCCGTATAAGCTTATTCAGAACAACATAATTCTAATTTATT
313 TTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATAAAAACTTATTCAGAATAA-A-AATACTAACCTATA
* ** * * * * * * *
15469473 AATATT-TCAAAAATTAATAAGGCAAATATTTAAAAACTAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAA
375 AATATTCT-AAAAATTAAGAAGTAAAAGATATAAAAAATAAATATTTTTATCGAACAAGCTCAAA
* * * * * * * * * * * *
15469537 TGGCTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
439 TAGTTATAAATATTTCAACAAATATCAATCTCAAATCA-TTATGA-CATTTGTTTTCTCATAAAA
* * * ** * * * * *
15469601 TAATTTTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTCA-ATTAAAATAAAACAAATTTATTAATATT-CAA
502 CAATTGTTTATGA-TCATACAAAATTATTT-AGAATAAAATAATACGAATATACTAATATTCCAA
* * * ** * * * * *
15469663 ACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATATGTTTACTGGATA-AGTTTAAATAGTTATG
565 A-AATTAATAAG----AGA-TCTAAAAAATAAATGTGCTTAC-CAAAACAATTCAAATAATTAAG
* * * *** * * * * * *
15469727 ACTATTTA-AACAATTATTTATTTCAAATTGCTATGACATTTTGTTCTATCATAAAACAATTTTT
623 ACTA-TTAGAAAAATTATCTATCTCAAATCATTATAAC-CTTTGTTTTGTCATAAAATAA--TTG
** ** *
15469791 TTTTGTTCATACAAATTTATTC-AGAT
684 TTTCATTCATACAAGCTTATTCGA-AA
* * * ** * * *
15469817 TAAAATAATATTATTTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAA-AAGATTTTAAAAATAAATAT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCAAAAATTAATAAG-AAGAA-ATTTAAAAAATAAATGT
* * * * * * * *
15469881 GTTTATCAAACA-AGTTCAAGTAGTCATA-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
63 GTTTACCAAACACA-TTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAACAATTATCTTTTTCAAATCGTTCTG
* * * * * * * * * * * **
15469944 AACTTTTATTTCATCATAAAGCAATTGTATCAGTTCATATAGGCCTATTAGAAATAAAATAACGC
126 ACCTTTTGTTT-GTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAG-TTATTCGAAATAAAATAATAC
* * *** * ** *
15470009 TAA-TTATTAATATTTTGAAAATTAATGAGTACGTGATTTAAAATGTGAATCTATTTACCAAACA
189 TAATTTATTAAAATTTTAAAAATTAATGAG-AAAAGATATAAAAAATAAATCTATTTACCAAACA
* * * * * *
15470073 AATTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTTTATATTTCAAATCATTATGACATTTTGCTTTG
253 AGTTCAAATAGATTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-CATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * ** * *
15470137 TCATAAAAAAATTGTTTCTACTCATACAAGCTTATTCCA-AATAAAATAATACAAATTTTTTAAT
317 TCATAAAACAATTGTTT-TATTCATAAAAACTTATT-CAGAAT-AAA-AATACTAACCTATAAAT
* * * * * * *
15470201 ATTCAAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAAT--ATATTTATTTTCTAAACACGTTCAAA-A
378 ATTCTAAAAATTAAGAAGTAAAAGATATAAAAAATAAATATTT-TTATC-GAACAAGCTCAAATA
* * * * * * * * *
15470262 TGTTATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACATTTTATTTTGTCAT-AAAC
441 -GTTATAAATATTTCAACAAATATCAATCTCAAATCA-TTATGACA-TTTGTTTTCTCATAAAAC
* * * * * * * **
15470325 TAATTGTTTCT-ATTCATAC-AAATGTATTCAAAATAAAATAATACTAGTTTAATAATATTAAAA
503 -AATTGTTTATGA-TCATACAAAAT-TATTTAGAATAAAATAATACGAATATACTAATATTCCAA
* * * ** * * * * *
15470388 AAATTAAGAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAGCAAGTTCAAATAGTTATGACT
565 AAATT-A-A-TAAGAGATCTAAAAAATAAATGTGCTTACCAAAACAA-TTCAAATAATTAAGACT
* * * * * * ***
15470452 GTTTGAATAATTATTTATTTCAAGT-AGTTATGATTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT
626 ATTAGAAAAATTATCTATCTCAAATCA-TTAT-AACCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-
* *
15470516 ATTCATATAAGTTTATTC-ATAA
688 ATTCATACAAGCTTATTCGA-AA
* * * * * * * * *
15470538 TAAAAGAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAGTTAATAGGTAGGAGACTTAAAAAATAAATCTA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAAAATTC-AAAAATTAATAAG-AAGAAATTTAAAAAATAAATGTG
* ** * * * * * * * * * * * *
15470603 TTTACCGAACATGTTTATATAATCATGTCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-ACC
64 TTTACCAAACACATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTTTTTCAAATCGTTCTGACC
* * * * * * *
15470667 TTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTCTA-TCCATGCAAAATTATTCAAAGAAAAAATAATACT
129 TTTTG-TTTGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATAC-AAGTTATTCGAA-ATAAAATAATACT
* * * * * * *
15470731 GATCTATTAATATTTTGAAAATTAAT---AAGAGATTTAAAAACA-AAATCTGTTTACCAAA-AT
190 AATTTATTAAAATTTTAAAAATTAATGAGAAAAGATATAAAAA-ATAAATCTATTTACCAAACA-
* * * * * * * * *
15470791 AATTCACATAG-TTATGACTATCTAAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTATTTTG
253 AGTTCAAATAGATTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-CATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * *
15470854 TCATAAAATAATTGTTCCTCTTCATACAAGCTTATTCA-ATTAAAATAATACTAA--TTTAATAG
317 TCATAAAACAATTGTT-TTATTCATAAAAACTTATTCAGAAT-AAA-AATACTAACCTATAA-A-
* * * * * * * * *
15470916 TATT-TAGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTTGAACCAGTTCAAATA
377 TATTCTA-AAAATTAAGAAGTAAAAGATATAAAAAATAAATATTTTTATCGAACAAGCTCAAATA
* * * * * * * * *
15470980 GTTA-AAACTATTTGAACAATTATCGATTTCAAATCGTTCTAACCTTT-TCTTTAGTCATAAAAC
441 GTTATAAA-TATTTCAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGACATTTGT-TTT-CTCATAAAAC
* * * ** * * * * * * *
15471043 AATTATTT-TAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAATTAATACTAATTTATTAACATT-CAAAA
503 AATTGTTTAT-GATCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACGAATATACTAATATTCCAAAA
* * ** * *
15471106 ATTAATGAGCGAGAGAT-TTAAAAA-AAATCTATTTACCAAATA-AGTTCAAATAGATTTA-ACT
567 ATTAAT-A---AGAGATCTAAAAAATAAATGTGCTTACCAAA-ACAATTCAAATA-ATTAAGACT
** * * * * *
15471167 ATTTCAATAATTATCTAT-TTAAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCA
626 ATTAGAAAAATTATCTATCTCAAA-TCATTATAACC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCA
* * *
15471231 GCTCATAAAAACTTA-T---AA
689 -TTCATACAAGCTTATTCGAAA
* * * ** * *
15471249 -AAAA-AATACTACTTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTGGGAGATTTAAAAACT-AATGAT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCAAAAATTAATAAG-AAGAAATTTAAAAAATAAATG-T
* ***** * * * *** * * *
15471311 ATTTTTTGGAC-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATAAATCTCAAACCGTTATGA
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* * * * * * *
15471375 TC-TTTGTTTTATCAT-AAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTTG-GATAAAAATAATAC
127 CCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAG-TTATTCGAAAT-AAAATAATAC
* * * * * * ** *
15471437 TAATTTAATAATATTTTAAAAATTAAT---AAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACTGAACCA
189 TAATTTATTAAAATTTTAAAAATTAATGAGAAAAGATATAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAA
* * * ** *
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TTGTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTA
TTAAAATTTTAAAAATTAATGAGAAAAGATATAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAA
TAGATTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
AATTGTTTTATTCATAAAAACTTATTCAGAATAAAAATACTAACCTATAAATATTCTAAAAATTA
AGAAGTAAAAGATATAAAAAATAAATATTTTTATCGAACAAGCTCAAATAGTTATAAATATTTCA
ACAAATATCAATCTCAAATCATTATGACATTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTATGATCATAC
AAAATTATTTAGAATAAAATAATACGAATATACTAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATCTAAAA
AATAAATGTGCTTACCAAAACAATTCAAATAATTAAGACTATTAGAAAAATTATCTATCTCAAAT
CATTATAACCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCATTCATACAAGCTTATTCGAAA
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* ** * * ** * * **
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* * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * *
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* *** * * * *
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* * * ** * * *
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1 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATGCAAGCTTATTCAGA-ATAAAATAA
* * * *
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* * * *
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129 TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTAT
* * * *
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1 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAAT
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* * * *
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* * * * * * **
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1 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA
* * * * * * * *
15466117 GTAAATTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAGGTAAATTTGTTTACCAAAC
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* * * * ** *
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* * *
15466228 GATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAGCTTATTCGGAGTAAAAT-ATA
1 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA
** * * * * * *
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* * * * *
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129 T-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * * * *
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1 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATGCAAGCTTATTCAGAATAAAATAAT
** ** *
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* * * * * * *
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* * *
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Statistics
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GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA
CTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACCGAATA
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
Found at i:15467092 original size:181 final size:180
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15466614 AAGGAATTAC
* * * * * ** * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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1 TTTATTAATATTT-AAAAATTAATA-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACCAG
* * * *
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* *
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* * * * * * * *
15466984 TGTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAACAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGCCAAACCAAT
1 TTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACCAGT
* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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130 AAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAA
* * * * * ** ** *
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1 TTTATTAATAT-TTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATATATTTACCAAACCAG
* ** * * * * **
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* * * * ** * *
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* * * * ** *
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* * * * * * *
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65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * *
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* * * * * * * **
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* * * * * * *
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65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * *
15467651 AAAACAATTGGTTCTATTGATGCAAGCTTATTTCGAATAAAATAATA-TAAA
130 AAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT-AA
* * * * * *
15467702 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAGCTAAT
1 TTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACCAGT
* * **
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* * ***
15467832 AAAACAATTGTTTTTATTCATACAAAAATATTTAGAATAAAATAATACTAA
130 AAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAA
* * * * *
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1 TTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACCAGTT
* * * **
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* * *** *
15468010 AAACAATTGTTTTTATTCATACAAAAATATTCAGAATAAAATAATACTAA
131 AAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAA
* * * *
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1 TTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACCAGT
* * * * * *
15468121 TTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGTCAT
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCAT
* * ** * * *
15468185 AAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGAGTAAAATATTGCTAA
130 AAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAA
** * * * * * *
15468236 ACTAATAGTATTCT-AAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATAAATGTATTTGCCAAACCCGT
1 TTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACCAGT
* * ** * * * *
15468300 TCAAATAGTT-TAGACTATTAGAA-AATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACCCTTTGTTTAGTCA
65 TCAAATAGTTAT-GACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCA
* *
15468363 TAAAATAATTGTTT-TAGTTCGTA-AATGC-TATTCT-GAAATAAAATAATACT-A
129 TAAAACAATTGTTTAT-GTTCATACAA-GCTTATT-TAG-AATAAAATAATACTAA
* * * * ** * *
15468414 TTCTATTAACATTTAAAAAATTAATAAG--A-A-ATTCAAAAAAATAAATTTGTTGGCCGAACAA
1 TT-TATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATT-TAAAAAATAAATATATTTACCAAACCA
* * * * * * * *** *
15468475 ATTCAGATAGTCATGTCTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTAAATA
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* * * ** * * *
15468540 ATAAAACAATTATTTTTAGTTCATAAAAGCTTATGCAAAATAAAATAATATTAC
128 ATAAAACAATTGTTTAT-GTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAA
* **
15468594 TTTATTAATATTTCAAAATTTGAA-AAGTTGGAGATTTAAAAAATAAA
1 TTTATTAATATTT-AAAAATT-AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
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Statistics
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CAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
AAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAA
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* ** * * * *
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** * * ** *
15468712 CATCGTATAAACCTATTTGGAATAAAATAATACTAATTT-TTAATACTTCA--AAAATTAATGAG
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* * * *
15468774 TAGAAAATTTAAAAAATAAATTTCTTTATCAAACTAGTTTAAAAAGTTATGACT
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* * * * *
15468828 ATTTGAAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTAT
1 ATTTG-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * * *
15468893 GCTAATACAAACTATTCAGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAACTTA
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* * ** * *
15468958 G-AAATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTA-AAGCT
129 GAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGA-CT
* * * * * * * *
15469009 ATATGAATAATTATCCATTTTAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTTTG
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** * * ** * * *
15469074 TTCAT-TTAAGTTTGTTTGAAATAAAATAGTATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG-A
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* ** * * * *
15469137 G---ATTTAAAAATTAAAAATCTTTA-CTAAACTAGTTCAATTAGTTATAACA
129 GAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACTAGTTCAAATAGTTATGACT
** * * * * *
15469186 ATTCAAACAATTATTTATTTCAAATCATTAT-TCCTATTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCT
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* * ** ** * * * *
15469250 ATTGATACAGATTTATTGGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTA
65 GTTCATACA-AACTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAAGTA
* * * ** ** * * *
15469315 GCAAATTTAGAAAATGAATCTA-TTGGCTTGACCAGTGCAAATACTTATGA-T
129 GAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACTAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * *
15469366 AATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGCTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT
1 -ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * * * * * *
15469431 GTCCGTATAAGCTTATTCAGAACAACATAATTCTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG-
65 GTTCATACAAAC-TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAT-GAAAATTAATAAGT
* ** * * *
15469494 -GCAAATATTTAAAAACTAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATGGCTATGACT
128 AG-AAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * *
15469548 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG
* * * *
15469613 TTCATACAAGCTTATTTCA-ATTAAAATAAAACAAATTTATTAATATTCA--AACAATTAATAAG
66 TTCATACAAAC-TA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-ATGAA-AATTAATAAG
* * ** *
15469675 TA-AAAGATTTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTGGA-TAAGTTTAAATAGTTATGACT
127 TAGAAA-A-TTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACT-AGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * * * *
15469730 ATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTGCTATGACATTTTGTTCTATCATAAAACAATTTTTTTTT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCT
* * * * * *
15469795 GTTCATACAAATTTATTCAGATTAAAATAATATTATTTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTA
65 GTTCATACAAA-CTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAAGTA
* * * * * * *
15469860 -AAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAGTAGTCATAACT
129 GAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * ** * * *
15469912 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTCATCATAAAGCAATTGTATCAG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG
* ** ** * *
15469977 TTCATATAGGCCTATT-AGAAATAAAATAACGCTAA-TTATTAATATTTTGAAAATTAATGAGTA
66 TTCATACA-AACTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAAGTA
** ** * * * *
15470040 CG-TGATTTAAAATGTGAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACT
129 -GAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * *
15470092 ATTTGAACAATTTTATATTTCAAATCATTATGACATTTTGCTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG
* * * * *
15470157 CTCATACAAGCTTATTCCA-AATAAAATAATACAAATTTTTTAATATTCA-AAAAATTAATAAGT
66 TTCATACAAAC-TATT-CAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-ATGAAAATTAATAAGT
* * *
15470220 A-AAGATTTAAAAAATATATTTATTT-TCTAAAC-ACGTTCAAA-ATGTTATGACT
128 AGAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACTA-GTTCAAATA-GTTATGACT
* * * *
15470272 ATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTTATTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCT
* * * * * ** *
15470336 ATTCATACAAATGTATTCAAAATAAAATAATACTAGTTTAATAATATTAAAAAAATTAA-GAGTA
65 GTTCATACAAA-CTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAAGTA
* * *
15470400 -AAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACT
129 GAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * ** * *
15470452 GTTTGAATAATTATTTATTTCAAGTAGTTATGATTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG
* ** * * * *
15470517 TTCATATAAGTTTATTCATAATAAAAGAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAGTTAATAGGTA
66 TTCATACAA-ACTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAA-TTAATAAGTA
* * * * * * * * * * *
15470581 GGAGACTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAC-ATGTTTATATAATCATGTCC
129 GAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTA-GTTCAAATAGTTATGACT
* * * *
15470633 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTCTA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG
* * * * * *
15470697 TCCATGCAAAATTATTCAAAGAA-AAAATAATACTGATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG-
66 TTCATAC-AAACTATTC--AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAAGT
* * * * *
15470760 AG---ATTTAAAAACA-AAATCTGTTTACCAAAATAATTCACATAGTTATGACT
128 AGAAAATTTAAAAA-ATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * * *
15470810 ATCTAAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTCCTC
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG
* * * *
15470874 TTCATACAAGCTTATTCA-ATTAAAATAATACTAATTTAATAGTATT-TAGAAAATTAATAAGTA
66 TTCATACAAAC-TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAT-GAAAATTAATAAGTA
* * * * ** * **
15470937 -AGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTTGAACCAGTTCAAATAGTTAAAACT
129 GA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * *
15470989 ATTTGAACAATTATCGATTTCAAATCGTTCTAACCTTTTCTTTAGTCATAAAACAATTATTT-TA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-
* * * * * *
15471053 GTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCA--AAAATTAATGAG-
65 GTTCATACAAAC-TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-ATGAAAATTAATAAGT
* * * *
15471115 CGAGAGATTT-AAAAA-AAATCTATTTACCAAA-TAAGTTCAAATAGATT-TAACT
128 AGA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACT-AGTTCAAATAG-TTATGACT
* * * * *
15471167 ATTTCAATAATTATCTATTT-AAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * * * *
15471231 GCTCATAAAAAC--TT-ATAA-AAAA-AATACTACTTTATTAATATT-TCTAAAATTAATAAGTG
65 GTTCATACAAACTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAT-GAAAATTAATAAGTA
* * * * * *** *
15471290 GGAGATTTAAAAACT-AATGATATTTTTTGGACCAGTTCAAATAGTTATGACT
129 GAAAATTTAAAAAATAAAT-CTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACT
* ** * * * * *
15471342 ATTTGAACAAATATAAATCTCAAACCGTTATGATC-TTTGTTTTATCAT-AAACAATTGTTTTTG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG
* * * * * * *
15471405 ATCATACAAGCTTATT-TGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAG-A
66 TTCATACAAAC-TATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAAGTA
* * * * * *
15471468 G---ATTTAAAAAATAAATGTGTTTA-CTGAACCAGTTCAAATGGTTAAGACT
129 GAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACTAGTTCAAATAGTTATGACT
** * *** * * * * * *
15471517 ATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCCAACCTATGGTTTAGTCATATAATAATTGTTTCAG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG
15471582 TTCATACAA
66 TTCATACAA
15471591 GCTTATTCTA
Statistics
Matches: 2161, Mismatches: 485, Indels: 237
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
172 18 0.01
173 40 0.02
174 27 0.01
175 138 0.06
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177 240 0.11
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181 586 0.27
182 196 0.09
183 60 0.03
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG
TTCATACAAACTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAAGTAGA
AAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACT
Found at i:15469378 original size:358 final size:360
Alignment explanation
Indices: 15468727--15471224 Score: 848
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15468717 TATAAACCTA
*
15468727 TTTGGAATAAAATAATACTAATTTTTAATACTTCAAAAATTAATGAGTAGAAAATTTAAAAAATA
1 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTTTAATACTTCAAAAATTAATGAG-AGAAAATTTAAAAAATA
** * * * * **
15468792 AATTTCTTTATCAAACTAGTTTAAAAAGTTATGACTATTTGAAACAATTATATATTTCAAATTGT
65 AAAATCTTTATCAAACTAGTTCAAAAAGTTATAACTAATTCAAACAATTATATATTTCAAATCAT
*
15468857 TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATGCTAATACAAACTATTCAGAATAAAATAA
130 TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATACTAATACAAACTATTCAGAATAAAATAA
* * * * *
15468922 TACTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAACTTAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAA
195 TACTAATCTAATAATATTATAAAAATTAATAACGTAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTGGCCAA
* * * * * * *
15468987 ACCAGTTCAAATAGTTAAAGCTATATGAATAATTATCCATTTTAAATCATTATGACTTTTTGTTT
260 ACCAGTGCAAATACTTAAAGATATATAAATAATTATCCATTTCAAATCATTATGACCTTTTGCTT
*
15469052 TGTCGTAAAACAATTGTTTTTGTTCATTTAAGTTTG
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* * * ** * *
15469088 TTTGAAATAAAATAGTATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT-A-AG-AGATTTAAAAATTA
1 TTTGAAATAAAATAATACTAATTT-TTAATACTTCAAAAATTAATGAGAGAAAATTTAAAAAATA
** *
15469150 AAAATCTTTA-CTAAACTAGTTCAATTAGTTATAAC-AATTCAAACAATTATTTATTTCAAATCA
65 AAAATCTTTATC-AAACTAGTTCAAAAAGTTATAACTAATTCAAACAATTATATATTTCAAATCA
* * * * * ** ** *
15469213 TTAT-TCCTATTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTGATACAGATTTATTGGGAATAAAG
129 TTATAACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATACTAATACA-AACTATTCAGAATAAAA
* * * * * *
15469277 TAATGCTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA-GTAGCAAATTTAGAAAATGAATCTATTGG
192 TAATACTAATCTAATAATATTATAAAAATTAATAACGTAG-AAATTTAAAAAATAAATCTATTGG
*** * * ** *
15469341 CTTGACCAGTGCAAATACTT-ATGATAATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGACCTTT
256 CCAAACCAGTGCAAATACTTAAAGAT-ATATAAATAATTATCCATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * * * *
15469405 TGCTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTCCGTATAAGCTT-
320 TGCTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATTTAAGTTTG
* * * * * * *
15469445 ATTCAGAACAACATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-GCAAATATTTAAAAA
1 TTTGA-AATAAAATAATACTAATTT-TTAATACTTCAAAAATTAATGAGAG-AAA-ATTTAAAAA
* ** * ** * ** * * ** *
15469509 CTAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATGGCTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
62 ATAAAAATCTTTATCAAACTAGTTCAAAAAGTTATAACTAATTCAAACAATTATATATTTCAAAT
* * * * * * * *
15469573 -AGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-ATTA
127 CA-TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATACTAATACAAAC-TA-TTCAGAATA
* * * * * * *
15469636 AAATAAAACAAATTTATTAATATTCA-AACAATTAATAA-GTAAAAGATTTTAAAAAATAAATAT
189 AAATAATACTAATCTAATAATATT-ATAAAAATTAATAACGTAGAA-A-TTTAAAAAATAAATCT
* ** *** ** ** * * * * ** ***
15469699 GTTTACTGGATAAGTTTAAATAGTT-ATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTGCTATGA
251 ATTGGCCAAACCAGTGCAAATACTTAAAGA-TATATAAATAATTATCCATTTCAAATCATTATGA
* * * ** *
15469763 CATTTTG-TTCTATCATAAAACAATTTTTTTTTGTTCATACAAATTT-
315 CCTTTTGCTT-TGTCATAAAACAA-TTGTTTTTGTTCATTTAAGTTTG
* * * * * * ** * * *
15469809 ATTCAGATTAAAATAATATTATTTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTA-AAAGATTTTAAAA
1 TTTGA-AATAAAATAATACTAATTT-TTAATACTTCAAAAATTAATGAG-AGAAA-ATTTAAAAA
* * * ** * ** * *
15469873 ATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAGTAGTCATAACT-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
62 ATAAAAATCTTTATCAAACTAGTTCAAAAAGTTATAACTAATTCAAACAATTATATATTTCAAAT
* ** * * * * ***
15469937 CATTATGAA-CTTTTATTTCATCATAAAGCAATTGTATCAGTTC-ATATA-GGCCTATT-AGAAA
127 CATTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT-TTA-TACTA-ATACAAACTATTCAG-AA
** * * * * ** ** *
15469998 TAAAATAACGCTAAT-TATTAATATTTTGAAAATTAATGA-GTACGTGATTTAAAATGTGAATCT
187 TAAAATAATACTAATCTAATAATATTATAAAAATTAATAACGTA-GAAATTTAAAAAATAAATCT
** * * * * * * * * * **
15470061 ATTTACCAAACAAATTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTTTATATTTCAAATCATTATGA
251 ATTGGCCAAACCAGTGCAAATACTTAAAGA-TATATAAATAATTATCCATTTCAAATCATTATGA
* * * ** ** * *
15470125 CATTTTGCTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTACTCATACAAGCTTA
315 CCTTTTGCTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATTTAAGTTTG
** *
15470171 TTCCAAATAAAATAATACAAATTTTTTAATA-TTCAAAAAATTAAT-A-AGTAAAGATTTAAAAA
1 TTTGAAATAAAATAATACTAA-TTTTTAATACTTC-AAAAATTAATGAGAG-AAA-ATTTAAAAA
* ** * * * ** * *
15470233 ATATATTTATTT-TCTAAAC-ACGTTCAAAATGTTATGACT-ATTTGAGCAATTATCTATTTCAA
62 ATAAAAATCTTTATC-AAACTA-GTTCAAAAAGTTATAACTAATTCAAACAATTATATATTTCAA
* * * * * * * * *
15470295 AT-AGTTATGACATTTTATTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTATTCATACAAATGTATTCAAAA
125 ATCA-TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTATTTATACTAATACAAA-CTATTCAGAA
* * * * *
15470358 TAAAATAATACTAGTTTAATAATATTAAAAAAATTAA-GA-GTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
187 TAAAATAATACTAATCTAATAATATTATAAAAATTAATAACGTAGAA-ATTTAAAAAATAAATCT
*** * * * * * * * * * ** *
15470421 ATTTATCGAGCAAGTTCAAATAGTT-ATGACTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAGT-AGTTATG
251 ATTGGCCAAACCAGTGCAAATACTTAAAGA-TATATAAATAATTATCCATTTCAAATCA-TTATG
** * * * * *
15470484 ATTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATATAAGTTT-
314 ACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATTTAAGTTTG
* * * * * * *
15470530 ATTCATAATAAAAGAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAGTTAAT-AGGTAGGAGACTTAAAA
1 TTTGA-AATAAAATAATACTAATTT-TTAATACTTC-AAAAATTAATGA-G-AGAAAATTTAAAA
** * * * * * * ** * ** * *
15470593 AATAAATCTATTTACCGAAC-ATGTTTATATAA-TCATGTC-CATTTGAATAATTATCTATTTCA
61 AATAAAAATCTTTATCAAACTA-GTTCA-AAAAGTTATAACTAATTCAAACAATTATATATTTCA
** * * * * * *
15470655 AATTGTTAT-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTCTA-TCCATGCAAAATTATTCAAAG
124 AATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATACT-AATAC-AAACTATTC--AG
* * * *
15470718 AA-AAAATAATACTGATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAA-G-AG--ATTTAAAAACA-AAAT
185 AATAAAATAATACTAATCTAATAATATTATAAAAATTAATAACGTAGAAATTTAAAAA-ATAAAT
* ** ** * * * * * * * * * *
15470777 CTGTTTACCAAAATAATTCACATAGTT-ATGACTATCTAAACAATTATCTATCTCAAATCGTTAT
249 CTATTGGCCAAACCAGTGCAAATACTTAAAGA-TATATAAATAATTATCCATTTCAAATCATTAT
* * ** * ** *
15470841 GATCTTTAT--TTTGTCATAAAATAATTGTTCCTCTTCATACAAGCTT-
313 GACCTTT-TGCTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATTTAAGTTTG
* * * * * *
15470887 ATTCAATTAAAATAATACTAATTTAATAGTA-TTTAGAAAATTAAT-A-AGTAAGAGATTTAAAA
1 TTTGAAATAAAATAATACTAATTT-TTAATACTTCA-AAAATTAATGAGAG-AA-A-ATTTAAAA
** * * ** * * * ** **
15470949 AATAAATGTGTTTGTTGAACCAGTTCAAATAGTTAAAACT-ATTTGAACAATTATCGATTTCAAA
61 AATAAAAATCTTTATCAAACTAGTTCAAAAAGTTATAACTAATTCAAACAATTATATATTTCAAA
* * * * * * * * *
15471013 TCGTTCTAACCTTTTCTTTAGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATA
126 TCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATA-CTAATACAAAC-TATTCAGAATA
* * * * * * *
15471077 AATTAATACTAATTTATTAACATT-CAAAAATTAATGAGCG-AGAGATTT-AAAAA-AAATCTAT
189 AAATAATACTAATCTAATAATATTATAAAAATTAAT-AACGTAGAAATTTAAAAAATAAATCTAT
** ** * * * * * * *
15471138 TTACCAAATAAGTTCAAATAGATTTAA-CTATTTCAATAATTATCTATTT-AAAGTCATTATGAC
253 TGGCCAAACCAGTGCAAATA-CTTAAAGATATATAAATAATTATCCATTTCAAA-TCATTATGAC
*
15471201 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
316 CTTTTGCTTTGTCATAAAACAATT
15471225 ATTTCAGCTC
Statistics
Matches: 1664, Mismatches: 381, Indels: 187
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
353 2 0.00
354 1 0.00
355 15 0.01
356 122 0.07
357 198 0.12
358 305 0.18
359 28 0.02
360 282 0.17
361 181 0.11
362 251 0.15
363 112 0.07
364 158 0.09
365 5 0.00
366 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (360 bp):
TTTGAAATAAAATAATACTAATTTTTAATACTTCAAAAATTAATGAGAGAAAATTTAAAAAATAA
AAATCTTTATCAAACTAGTTCAAAAAGTTATAACTAATTCAAACAATTATATATTTCAAATCATT
ATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATACTAATACAAACTATTCAGAATAAAATAAT
ACTAATCTAATAATATTATAAAAATTAATAACGTAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTGGCCAAA
CCAGTGCAAATACTTAAAGATATATAAATAATTATCCATTTCAAATCATTATGACCTTTTGCTTT
GTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATTTAAGTTTG
Done.