Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167915.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_18, whole genome shotgun sequence
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* * * *
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* * * * * * ** * *
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* * * * ** * * *
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* * * * **
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* * * * * * * **
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* * * * *
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128 ATTTTAAAAA-T--TAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACT
* * * * * * * * * * *
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* * * * * * ** ** * *
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* * * ** * * ** **
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* * * * * * *
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** * * *
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* *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * ** ** * *
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* * * * * * * ** *
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* * * * * * * *
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*** * * * * * ** *
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* * ** * * * *
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* ** * * * * * * * * * *
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* ** * ** * * * *
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** * * ** * * * * * **
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122 ATTAATATTTTAAA--AATTAAGTAAGA-GA-TTTAAAAAATAAAT--CTATTT-ACCAA-ACT
* * ** ** * *** * **
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* ** * ** * * *
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** * * ** ** * ** * * *
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* *
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* * *
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* * * * * *
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* * * **
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* ** * * ** * * * *
15476109 AAGTTTAAATTGTTATGTTTATTTGAGCAATTATTTATTTCAGCTTGTTGTGACTTTTTGTTTTA
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* * * * * * * * *
15476174 TCATAAAATAATTATTTCTATTCGTACAAGTTTATTCGAATTAAAATAATATTAATTTATAAATA
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* * * * * *
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* * * * ** * * *
15476290 AAGTTCAAATAGTCATGAATATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATCATGACCTTTTTTTTTG
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** * * * * *
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15476469 AAATTCAAATAGTTATGATTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACC-TTTGTTTTG
1 -AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTG-TTTG
* * * **
15476533 TCAT-AAACAATTAG-TTCTGTTCATGCAAGCTTTTTTC-AAATAAAAT-AATTTAAATTTATTA
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* * * *
15476594 ATATTTCAAAAATTAA-TAAGTAAAATTTTTAAAAAATAAATATACTTT-CCGAA-T
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** ** * * * *
15476648 ATGTTCGAATAGTTACAACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTG
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* * * *
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64 TCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATA
* * *
15477482 -TTCAAAATATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACA
129 TTTTAAAA-ATT-A--AGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACT
* * * * * * *
15477535 AGTTGAAATAGATT-TGATTGTTTGAATAATTATCTATTT-AAAGTCGTTATCACTTTTTGTTTT
1 AGTTTAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TTGTTATTACCTTTTG-TTT
* * * * * *
15477598 GTCAT-AAATCAATTGTTT-TAGTTCACAAAAACTTA-TCTGAAATAAAATAATACTACTTTATT
63 GTCATAAAAT-AATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTC-AAAATAAAATAAAACTAATTTATT
* * * * * *
15477660 AATATTTCAAAAATTAA-TAAGCAAAAGATTTAAAAACTAAAGCTATTTTCTAAACC
125 AATATTTTAAAAATTAAGTAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACT
* * * * * * * *
15477716 ATTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAATTTGTTATGATC-TTTGTTTTTT
1 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTG-TTTGT
* * * * * * * *
15477780 GATAAAATAATTATTTTTGATCATACAAGCTTATT-TAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATA
65 CATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAAAACTAATTTATTAATA
* * ** * *
15477844 TTCTAAAAATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGCTTGCCAAACC
129 TTTTAAAAATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACT
* * ** * * *
15477892 AGTTCAAATAGTTAAGACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATTATT-TTGACCTTTTGTTTCT
1 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATT-ACCTTTTGTTTGT
** * ** *** * * *
15477956 CATTTAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTGACAT
65 CATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATAT
** * * * * *
15478021 TCAAAAAATTCA-TAAGCATTAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACA
130 TTTAAAAATTAAGTAAG----AGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACT
* * * * ** * *
15478073 AGTTCAAATAGTTATG---GTTTCAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCGTATAT-TTTG
1 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACC-T-TTTGTTTG
* * * * * *
15478134 TCACAAAACAATTGTTT-TAGTTTATAAAAAGCTTA-TCTAAAATAAAATAATACTACTTTATTA
64 TCATAAAATAATTGTTTCT-GTTCAT-ACAAGCTTATTC-AAAATAAAATAAAACTAATTTATTA
* * *
15478197 ATATTTTGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATC-AGTTTACCGAA-T
126 ATATTTT-AAAA--ATTAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTA-TTTACCAAACT
* * * * * * *
15478252 CAGTTTAAATAATCAT-AGCCATTTAAATAACTATCTATTTTAAATTGTTATTACCTTTTTGTTT
1 -AGTTTAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACC-TTTTG-TT
* * *** * * * ***
15478316 TGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATATAAGCTTTTTCAAAATACAATAATGGTAATTTATTAA
62 TGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAA
* * * * * * ****
15478381 TATTTCAAGAATTAA-TAAAAGATTTTAAAAAGAAATCTGTTTGGTGAA-T
127 TATTTTAAAAATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACT
* * * * * *
15478430 CAATTCAACTAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACC-TTTGTTCTA
1 -AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTT-TG
** * * **
15478494 TCAT--AATAATTGTTTCCATTCATACAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATAA-TAATTTGGTAA
64 TCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATAC-AAGCTTATTCAAAATAAAATAA-AACTAATTTATTAA
* * * * * **
15478556 TATTCTTAAAATTAATAACTATGAGATTTAAAAAATAAATCCATTTGCTGAACT
127 TATT-TTAAAA--ATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACT
* * ** * * *
15478610 AGTTCAAATAGTTAAGACTAGATGAATAATTATTTATTTCAAATTG-TATAACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTG-TTTGT
* * * * * ** * *
15478674 CATAAAATAATTATTTCAGCTCATATAAGCCTATTCGGAATAGAATAAAATTAATTTATT-A-A-
65 CATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATAT
** * * *
15478736 --T----ATT---TAAGAGATTTAGGAAATAATTCTATTTACGAAACC
130 TTTAAAAATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACT
* * * * *
15478775 AGTTCAAATAATTATAACTATTT-ACACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACTTTTTGTTTTG
1 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTG-TTTG
* * * * * *
15478839 TGATAAAACAATTGTTTTTGTTAATA-AAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
64 TCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATA
* * * ** *
15478903 TTTAAAAAATTAATCAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTGCTTGCCAAACT
129 TTTTAAAAATT-A--AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACT
* * * * * * * *
15478955 ATTTTAAATAGTTTTGGCTATTTGAATAATTA-CGTATTTC-AATTCATTATAACTTTTTATTTT
1 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATT-GTTATTACCTTTT-GTTT
* * * * * * ** * * * ** *
15479018 GTCATCAAACAATTGGTTCTATTTATACTAA-TTTATTCGGAAGAAGA-CAATGTAAATTTAATA
63 GTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATAC-AAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACT-AATTTATTA
* * * * * *
15479081 ATATTTCAAAACTTAA-TAACCAAGAAAATT-AAAAA-AAATCTAATTACCAAACC
126 ATATTTTAAAAATTAAGT----AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACT
* * * *** * ** * *
15479134 AATTTAAATAGTTAAGACTATATGAATGGTTATCTATTTTAAAACGTTATGACCTTTTCTTTTGT
1 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTT-GTTTGT
* * * * *
15479199 CACAAAATAATTGTTT-TGTTTATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTCA-TAATA
65 CATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTT-ATTAATA
** * * * *
15479262 TTACAAAAATTAA-TAAGAAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAA-T
129 TTTTAAAAATTAAGTAAG--AG--ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACT
* * * * * * ** * *
15479313 CA-TTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATTTACTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTA
1 -AGTTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTT-
* ** * * * *
15479377 GTCATAAAACT-ATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAATTAATACTAATTTATTAA
63 GTCATAAAA-TAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAA
* ** * *
15479441 CATTCCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACA
127 TATTTTAAAAA-T--TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACT
* * * * **** * ** * * * ** * *
15479495 AATTCAAATAGTTATTAGTATTTGATTTGTCATAACT-TTTTGATTTGTCATAAAATGTT-TTAG
1 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT--TATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTG
* * * * * * * *
15479558 T-A-AATACAA--G---C--TT-AGACAA----AAT-AAAAT--AATACTAATTTA-TTAAT-AT
64 TCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA-AAACTAATTTATTAAT
* ** * * * * * *
15479604 TTCCTAAATTAA-TAGGTAAGAAATCTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATT
128 ATTTTAAA--AATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACT
* * ** ** * *
15479655 AG-TTAAGATAATTATG-GTCATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTT
1 AGTTTAA-ATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTT-GTTT
* * * * * * * *
15479718 GTCATAAAATAATTATTTTTGATCATATAAACTTATTCAAAATTAAATAATATTAATTTGATT-A
63 GTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTT-ATTAA
* * * * * *
15479782 TATTTCAAAAATTAAATAAGTAAACAATTTAAACAATAAAATCTATTTACTGAAACC
127 TATTTTAAAAATTAAGTAAG---A-GATTTAAAAAAT-AAATCTATTTAC-CAAACT
* * * * * ** ** *
15479839 AGTTCAAATA-TTATGGCACTATTTGAATTAATTATCAAATCTGAAATCATTAAAAATCTTTTGT
1 AGTTTAAATAGTTAT-G-ACTATTTGAA-CAATTATC-TATTTCAAATTGTT-ATTACCTTTTG-
* * * ** * ** *
15479903 TTTTGTCATAAAACAATTATGTCTAATCAT-GAAGCTTTATTTGCGTTTAA-AAAATAATACTAA
60 -TTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGC-TTA-TT-C--AAAATAAAATAAAACTAA
* * * **** * *
15479966 TTTAATAATATTCTAAAAATTAATATGTAAGA-ATTTTAAAAAATAAATGT-GCCGCTAAACC
119 TTTATTAATATTTTAAAAATT-A-A-GTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACT
** * * * * * *
15480027 AGTTTCAAATAGTTAAAACCTATTAGATA-TATTATCTATTTCAAATCGTTA--AACTATCGTTT
1 AGTTT-AAATAGTTATGA-CTATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTG-TT
* * * * * ** * *
15480089 TAGTCATAAAATATTTGCTTCAG-TCTTACAAACTTATTCAAAATAAAATAATCCGAATTTATGA
62 T-GTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTA
* * * * *
15480153 ACATTTTGGAAAATAATAAGTAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTGCCAAACA
126 ATATTTT--AAAA-ATTAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACT
* * * * *
15480209 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATGTA----AAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGA
1 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTG-TTTGT
* * * * * * *
15480270 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTAATTCAAAATAAAATAATATTAATTTCTTAATAT
65 CATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATAT
* * * * *
15480335 TTCAAAAATTAA-TAAGCAAGAGTTTCAAAAAATAAATTTGTTTATCGAAA-A
130 TTTAAAAATTAAGTAAG--AGA-TTT-AAAAAATAAATCTATTTA-CCAAACT
* * * * * * * * *
15480386 AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTTTATTTAAAATCGCTATGACCTTTTTATTTTG
1 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACC-TTTT-GTTTG
* * * *** *
15480451 TCATAAAACAATAGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATTTTAATTTATTATTA
64 TCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATA
** * * ** * * * *
15480516 TTCCAAAATATTAATAATTAAGTGATTCGAAAAGTGAATCTATTTGCTAAA-T
129 TTTTAAAA-A-T--TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACT
* * * * * * *
15480568 CAGTTCAAATAATTATGGCCATTTCAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATCACC--TTG---GT
1 -AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTGT
* * * * *** * *
15480628 CATATAACAATTGTTTTTTTATCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATC
65 CATAAAATAATTGTTTCTGT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATA
* * * ** *
15480693 TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTTAACC
129 TTTTAAAAA-T--TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACT
* * ** * * * * * * *
15480745 AGTTCAAACAACTATGACTATTTAAACAATTGTATACTTCAAATCGTTGTAACCTTTTGTTATGT
1 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTT-TGT
* ** * * * * *** *
15480810 CATAAAACAATT-TTCTCAATTTATGCTAGATTATTTGGAATATAATAAAA-TGAATTTATTAAT
65 CATAAAATAATTGTT-TCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACT-AATTTATTAAT
* * * * *
15480873 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTAAAAAA-AATTTTATCTACCTAACT
128 ATTTTAAAAA-T--TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACT
* * * * * ** ** *
15480924 AGTTCAAATAATTATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAA-TCATAGTGGCCTTTTGTTTTA
1 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA-TTACCTTTTG-TTTG
* * * * * * *
15480988 TCATAAAATAAATGTTTTTGTTCATAAAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATA
64 TCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATA
* * * **
15481053 TTTCAAAAATTAA-TAAGAGATTTAAAAAAAAAAT-TGTTTGTCAAACT
129 TTTTAAAAATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACT
* * * * * *
15481100 AGTTCAAATAATTATAAATATTT-AAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTCTTTGTTCT
1 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCT-TTTGTT-T
* * ** * * * * *
15481163 CTTATAAAATAAGAGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTATGAAT
63 GTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAAT
* * * * * *
15481228 ATTTTGATAATTAA-TAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATATTTATCGAACT
128 ATTTT-A-AA--AATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACT
* * * * * * * * * *
15481281 AGATCAAATAGTCATGACTACTTGAATAATTATCTCTTTTAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGT
1 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTG-TTTGT
* * * * * * *
15481346 CATAAAAAAATTATTT-TAGTTCATATAAGGTTATTCGAAATAAAATAATACT-ATGTTAGTAAT
65 CATAAAATAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAAT-TTATTAAT
* * * *
15481409 ATTCTAAAAATT---TAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCTAACA
128 ATTTTAAAAATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACT
* * * * * * *
15481456 AGTTTAAATAATTATGACCATTCGAGCAATTAT-TGATTT-AGAATCGCTATAACCTTTTGGTTT
1 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCA-AATTGTTATTACCTTTT-GTTT
*** * *
15481519 GTCATAAAATGACA-T-TTTCTGTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAAATAATACAAATTTATT
63 GTCATAAAAT-A-ATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAAAACTAATTTATT
* * * * *
15481582 AATA--TTAAGACAATTAAGAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACA
125 AATATTTTAA-A-AATT---AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACT
* * * * * * * * *
15481638 AGTTCAAATCGTTATAATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTCTTATGACTTGTTTATTTTG
1 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCT-TTT-GTTTG
* * ** *** * * * * *
15481703 TCATAAAATAATTGTTTCTATCCATATGAGCTTATTTGGATTAACATAATATTAAATTATTAATA
64 TCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATA
* * * * ***
15481768 TTTCTACAATTAA-TAAGTAAAAGATTT-CAAAA-AAATATGTTTATTGAA-T
129 TTT-TA-AA--AATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACT
* * * * ** * *
15481817 AAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTACTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTG
1 -AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTG-TTTG
* * * ** * ** * ** ** * *
15481882 TAAAAAAACAATTGTTTCAATTAATGTAAGATTATTTGAAATAAAATAGTACCAATTTATTATTA
64 TCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATA
** * ** *
15481947 TTCCAAAAATTAAAGAGTAAGA-ATTGAAAAAATAAATCTATTTACTGAACA
129 TTTTAAAAATT--A-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACT
* * * *** * *
15481998 AGTTTAAATTGTTATGACTATCTG-ACTAATTATCTATTTTAAAACATTATGACCTTTTATTTTG
1 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTT-GTTTG
* * * *
15482062 TCATAAAACAACTGGTTT-TGTTCATGCAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTATTA
64 TCATAAAATAA-TTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAAAACT-AATTTATTA
* ** * ****
15482124 ATGTTCCAAAAATTAA-TAAGTAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTTTTGAAC-
126 ATATTTTAAAAATTAAGTAAG--AGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCAAACT
* * ** * *
15482177 ATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTG
1 A-GTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTG-TTTG
* * ** * * * * * *** * * *
15482242 CCGTAAACCAATTGTTTCTATTCAAAAAACCCTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTTTTAATG
64 TCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATA
** * * * * ** * *
15482307 TTCCAAAATTAATAAGTAAAAGACTTT-AAAAATAAATATGTTTACTGAGCG
129 TTTTAAAA--ATTAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACT
* * * * *
15482358 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGACCAATTATTTATTTCAATTTGTTATGATCC-TTTGTTTTG
1 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTA-CCTTTTG-TTTG
* * * * * *
15482422 TCATAAAAAAATTGTTTCTTTTCATACAAGTTTATTTATAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
64 TCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATA
* * * * *
15482487 TTCTAAAAATTAA-TAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAATCTACTTACCGAACA
129 TTTTAAAAATTAAGTAA---G-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACT
* * * * * * * *
15482539 AGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTGTCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGT
1 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTG-TTTGT
* * * * * ** * *
15482604 CGTAAAACAATTGCTTCTATTCATATAAAATTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTACTA
65 CATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATA
* * * *** *
15482668 TTTCAAAAATTAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTCTTTACTGGACC
129 TTTTAAAAATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACT
* * * ** * *
15482716 AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AATTATCTATCT-AATATCATTA-TATC-TTTGTACTG
1 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA-ATTGTTATTACCTTTTGT-TTG
* * * * * * * * *** * *** * *
15482777 TCCTAAAACATTTATCTCTATACATACAAGCTCATTTGGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATA
64 TCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATA
* * * * * *
15482842 TTCTAAACATTAA-TAAGTAAGGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAATT
129 TTTTAAAAATTAAGTAAG--A-GATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACT
* * * **
15482893 AGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT-CGACCTTTTGTTTAGT
1 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTT-GT
* * * * * *
15482957 CATAAAATAATTGCTTCAGCTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAATTTATTAACA-
65 CATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATAT
* *
15483021 TTTAGAAAATTAA-TAAGTAAGAAATT-AAAAA-AAATCTATTTACCAAACA
130 TTTA-AAAATTAAGTAAG--AG-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACT
* * * * * * * * *
15483070 AGTTCAAATAGTTTTTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGCTATGACCTTTTATTTTAT
1 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTT-GTTTGT
* * * * * * * *
15483135 CATAAAATAATTGTTTCAGATCATAAAAGTTTATTTGAAAA-AAAATAATATTACTTTATTAATA
65 CATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATA
* * * * * *
15483199 CTATAAAAATTTATAAGTTAGAGATTTAAAATATAAAT-TAGTTTAGCGAA-T
129 TTTTAAAAA--T-TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCAAACT
* * * * * *
15483250 CAATTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTAACTTTTGTTTTG
1 -AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTG-TTTG
* * * * * * **
15483315 TCATAAAACAATTATTTTTCTTCATACAAGCCTATTCGAAATAAAATAGTACTAATTTATTAATA
64 TCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATA
* * * ***
15483380 TTTCAAAAATTAA-TAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACT
129 TTTTAAAAATTAAGT-A--AG-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACT
* * * * * *
15483432 AGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCGAATTGTTATAACCTTTTGTTCTAT
1 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTT-TGT
* * * ** * *
15483497 CATAAAATAATTATTTCTGTTCATGCAAGCTTATTCAGAATAAAATAATGCTAATGTAATAATAT
65 CATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATAT
* * * * * * *
15483562 TCTAAAAATTAATAACTAAGAAATTTAAAAAATGAATTTATTTGCCAAACC
130 TTTAAAAA-T--TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACT
* * * ** * * * * * * * *
15483613 AGGTCAAAAAACTAAGGCTATATGAATAATTTTTTA-TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTG-TTTGT
* * * * *
15483677 CGTAAAATAATTTTTTCAT-TTTATACTAA-CCTATTCGAAATAAAATAAAA--AATTTTATTAA
65 CATAAAATAATTGTTTC-TGTTCATAC-AAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAA-TTTATTAA
* * * * * * *
15483738 TATTTCAATAATTAATCAATAAGAGATTTAAAAAATAATTCTGTTCATCAAA-T
127 TATTTTAAAAATT-A--AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACT
* * * * ***
15483791 CAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTGCGACCTTTTGTTTTG
1 -AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTG-TTTG
* * * * * * * ** * * **
15483856 TCATAAAAGAAATGTTTTTGTTCATAGAAGTTTGTTTAGCATAAAATAATATTAAGATATTAATA
64 TCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATA
* * * * *
15483921 TTTTGAAAATTAA-TAAGATATTTAAAAGATAAATCTGTTTATCAAACT
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* * * * * *
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1 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTT-TG
* * * * * * * *
15484033 TTATAAAACAATAGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCATATTAAAATGATACTAATTTATTAATA
64 TCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATA
* * ** * * * *
15484098 TTTTGACAATTAA-TAAGTAAAAAATTTTTAAAA-AAATATGTTTACCGAATT
129 TTTT-A-AA--AATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACT
* * * * * ** * * *
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1 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTGTC
* * ** * * * ** * *
15484213 ATAAAAAAATTATTTCAATTCATATACGGTTATTTGAAATAAAATAATACT-ATGTTATCAATAT
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* * * * *** *
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130 TTTAAAAA-T--TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACT
** * * ** ** * *
15484328 AGTTTAAATAACTATGAGTATTTGAACAATTATCAATTTGGAATCATTATAACCTTTTGGTTTTT
1 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTT-GTTTGT
* * ** * *
15484393 CATAAAATGATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAAA-AAAATAATAC-AAATTATTAATA
65 CATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATA
* * * ** *
15484456 --TTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACA
129 TTTTAA-A-AA-T--TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACT
* * * * * * *
15484508 AGTTCAAAT--CTGTGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATT-TTATGACTTTTTTGTTTTG
1 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTAC-CTTTTG-TTTG
* * * * * ** * * *
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64 TCATAAAATAATTGTTTCTGTTC-ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAAT
* * * * * *
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128 ATTTT-A-AA--AATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACT
* * * * ** * * *
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1 A-GTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTT-GTTTG
* * * * ** ** * **
15484748 TAATAAAACAATTGCTTCAGTTCATGTAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATACATTAATA
64 TCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATA
** * * *
15484813 TTCCAAAAATTAAAGAGTAAGAGAATTAAAAAAAAAAAT-TATGTTTACCAAACA
129 TTTTAAAAATT--A-AGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAATCTA--TTTACCAAACT
* * * * *** *
15484867 AGTTCAAATAGTTATGAGTATCTGAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTG-TTTGT
* * * * ** *
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65 CATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAAAACT-AATTTATTAAT
* * * * * ****
15484995 -TTTCCAAAACTGAATAAGTAA-AAATTTAACAAATAAACCTATTTTTTGAA-T
128 ATTT-TAAAA---ATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACT
* * * * *
15485046 ATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACC-ATTGTTTTA
1 A-GTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTG-TTTG
** * * * * * * *
15485110 TCATAAACCAATTGTTTATGTTCAAAAAACCTTATCCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
64 TCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATA
* * ** * * * * *
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129 TTTTAAAA--ATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACT
* * * * * ** *
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1 -AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT--TACCTTTTG-TT
* * * * *
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TTAAAAATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACT
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* * * * *
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* * ** * * * *
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* * * * *
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* ***
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* * *
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* * * * * *
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*
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* * *
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* * * * **
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* * * **
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* * * ** *
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* * * * * *
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** * * **
15472418 TTTTATTCAGAATAAAATAATAA-TAATTTAATAATATTTCACAACTTAAT-AGCCAAGAAAATA
63 GCTTATTCAGAATAAAATAA-AACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG---AG-ATTTA
* * * * * ** *
15472481 AAAAATAAATCTAATT-GCCTAACTAGTTCAAATAGCTA-AGACTATATGAATGATTATCTATTT
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* * * * * * * * * ** * * ***
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186 CAAATTGTTATAACCTTTTT-TTCTATCATAAAATAATTGTTTCTGTTAATACAAACTTATTCAA
* * * * *
15472607 ATTAAAATAATACTAATTTAATAACATT-TCAAAATTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
250 AAT-AAATAATACTAATTTAATAATATTCT-AAAAATTAATAACTAAGAGATTCAAAAAATAAAT
*** * * * *** * *
15472671 TTTTTTACTGAATC-AGTTCAAATGGTTAAGGC-AT-TAGAACAAT
313 CCATTTA-TCAAACAAGTTTAAACAATTAAGACTATAT-GAATAAT
* * * * * * * * *
15472714 TCTCTATTTCAAGTTGT--TCTAACTTTTTTTATAATGATAAAAC-ATTTGTTTCAG-TTCATAC
1 TATCTATTTCAAATCGTCATC-ACCATTTGTT-T-GTCATAAAACAATTAG-TT-AGATTCATAC
* * ** *
15472775 AAGCTTATTCAGAATAAATTAAAACTAATTTATTAGCATTTGAAAAATTAATAAGAAAGAGATTT
61 AAGCTTATTCAGAATAAAATAAAACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAAT----AAGAGA--T
* * * * * * * *
15472840 TTAAAA-A-AAATCTGTTTACCAAACAAATTCATATAGTTATTACTATTTGAATAATTGTCTATT
120 TTAAAAGATAAATCTATTAACCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATT
** * * * * * *
15472903 TAAAATCGTTATAACCTTTTAATT-TATCATAAGATAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTAAAT-
185 CCAAATTGTTATAACCTTTT-TTTCTATCATAAAATAATTGTTTCTGTTAATACAAACTT-ATTC
** * ** * * **
15472966 GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCT--AAATTAATAGGTAAAAAATTTTAAAAATA
248 AAAAT-AAATAATACTAATTTAATAATA-TT-CTAAAAATTAATAACTAAGAGATTCAAAAAATA
** * * * * * * * *
15473029 AATCTGTTTACTGAATCAA-TTAAAACAATTATGCCCATTTGAATGAT
310 AATCCATTTA-TCAAACAAGTTTAAACAATTAAGACTATATGAATAAT
* * * *
15473076 TATCTATTTCAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAGCAATT
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15473123 GCTTTTGGTC
Statistics
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TATCTATTTCAAATCGTCATCACCATTTGTTTGTCATAAAACAATTAGTTAGATTCATACAAGCT
TATTCAGAATAAAATAAAACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAGATAA
ATCTATTAACCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTCCAAATTGTTA
TAACCTTTTTTTCTATCATAAAATAATTGTTTCTGTTAATACAAACTTATTCAAAATAAATAATA
CTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTCAAAAAATAAATCCATTTATCAAAC
AAGTTTAAACAATTAAGACTATATGAATAAT
Found at i:15472979 original size:537 final size:535
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15471689 TTTTTCAACC
* ** * * *
15471699 TACAAGCTTATTCAAAATAAAACAAAACTAATTTGCTAATATTTTA-AGAATTAAT----AATAG
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* ** * * * * * * *
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* * *
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128 TTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTT-TATCAT-AAATAATTGTTTCAGTTCATAC-AACTTAAT
* **
15471888 TGGAAT-AAATAATGCTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATA
190 TGGAATAAAATAA--CTAATTTAATAATATTTCTAAAAATTAATAACCAAGAGAAATAAAAAATA
* * * * *
15471951 AATCCATTTATCGAACAAGTTTAAACAATTAAGACTATATGAATAATTATTTATTTCAAATTGTC
253 AATCCAATTACCGAACAAGTTCAAACAACTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATTGTC
* *
15472016 ATGACCATTTGTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGCTTATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAA
318 ATCACCATTTGTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGCTTATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAA
* * *
15472081 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAATTCTATTAACCAAA
383 ACTAATTTAATAACATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTAACCAAA
* * * * *
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448 CTAGTTCAAATAGTTATAACTATTAGAACAATTCTCTATTCCAAATCTTTATAACTTTTTGTTTA
*
15472211 GTCATAAAAAATATTTTTGTTAA
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* * * * * *
15472234 TATAAGTTTATTCAAAATAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATCAGTAAGAGAT
1 TACAAGCTTATTCAAAATAAATAAAACTAATTTATTAACATTTAGAAAATTAATAAGAAAGAGAT
* * *
15472299 TCAAAAAATAAATCTGTTTACAAACCATTTCAAATAGTT-TTGACTATTTGAATAATTATCTCTT
66 TCAAAAAATAAATCTGTTTACAAACAAATTCAAATAGTTATT-ACTATTTGAATAATTATCTATT
* * * * * * * *
15472363 TCAAATCGATATCACCTTCTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTAT-A-TTCATACTATTTTATTC
130 TCAAATCGTTATAACCTTTTATTTTATCAT-AAATAATT-GTT-TCAGTTCATACAACTTAATT-
* * * * *
15472426 AGAATAAAATAATAATAATTTAATAATATTTC-ACAACTTAATAGCCAAGA-AAATAAAAAATAA
191 GGAATAAAAT-A-ACTAATTTAATAATATTTCTAAAAATTAATAACCAAGAGAAATAAAAAATAA
* * * * * * * * *
15472489 ATCTAATTGCCTAACTAGTTCAAATAGCTAAGACTATATGAATGATTATCTATTTGAAATTGTTA
254 ATCCAATTACCGAACAAGTTCAAACAACTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATTGTCA
*** * * * * * * ** * *
15472554 TCATTTTTTCTTTTGTCATACAACAATTATTTTA-TTTGTACTAGCTTATTTTGATTAAAATAAT
319 TCACCATTT-GTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGCTTATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAA
* * **
15472618 ACTAATTTAATAACATTTC-AAAATTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TTTTTACTG
383 ACTAATTTAATAACATTTCAAAAATTT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTATTAACCA
* * * * *
15472681 AA-TCAGTTCAAATGGTTA-AGGC-ATTAGAACAATTCTCTATTTCAAGT-TGTTCTAACTTTTT
446 AACT-AGTTCAAATAGTTATA-ACTATTAGAACAATTCTCTATTCCAAATCT-TTATAACTTTTT
* * *
15472742 -TTATAATGATAAAACAT-TTGTTTCAGTTCA
508 GTT-TAATCATAAAAAATATT-TTT--GTTAA
* *
15472772 TACAAGCTTATTCAGAATAAATTAAAACTAATTTATTAGCATTT-GAAAAATTAATAAGAAAGAG
1 TACAAGCTTATTCAAAATAAA-TAAAACTAATTTATTAACATTTAG-AAAATTAATAAGAAAGAG
** * *
15472836 ATTTTTAAAAA-AAATCTGTTTACCAAACAAATTCATATAGTTATTACTATTTGAATAATTGTCT
64 A-TTCAAAAAATAAATCTGTTTA-CAAACAAATTCAAATAGTTATTACTATTTGAATAATTATCT
* * * *
15472900 ATTTAAAATCGTTATAACCTTTTAATTTATCATAAGATAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTAAA
127 ATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTTATCATAA-ATAATTGTTTCAGTTCATACAA-CTTAAT
*
15472965 TGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAA
190 TGGAATAAAAT-A-ACTAATTTAATAATATTT-CTAAA
15473003 TTAATAGGTA
Statistics
Matches: 614, Mismatches: 120, Indels: 63
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (535 bp):
TACAAGCTTATTCAAAATAAATAAAACTAATTTATTAACATTTAGAAAATTAATAAGAAAGAGAT
TCAAAAAATAAATCTGTTTACAAACAAATTCAAATAGTTATTACTATTTGAATAATTATCTATTT
CAAATCGTTATAACCTTTTATTTTATCATAAATAATTGTTTCAGTTCATACAACTTAATTGGAAT
AAAATAACTAATTTAATAATATTTCTAAAAATTAATAACCAAGAGAAATAAAAAATAAATCCAAT
TACCGAACAAGTTCAAACAACTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATTGTCATCACCAT
TTGTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGCTTATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAAACTAATTT
AATAACATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTAACCAAACTAGTTCA
AATAGTTATAACTATTAGAACAATTCTCTATTCCAAATCTTTATAACTTTTTGTTTAATCATAAA
AAATATTTTTGTTAA
Found at i:15473665 original size:179 final size:179
Alignment explanation
Indices: 15473395--15473862 Score: 480
Period size: 179 Copynumber: 2.6 Consensus size: 179
15473385 TAACATTCAA
* * * **
15473395 AAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGAC
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* * *
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65 TATTTGAACAATTATCTATCTAAAATCATTATCACCTTTT-TTTTGAAATAAAACAATTATTTTA
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* * * * ** * * * *
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AAAATTAATAAGCAAGAAGTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACCAAATTAAATAGTTACAACT
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* ** * *
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* * * *
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* ** *
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** ** * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * * ** *
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* * * * * *
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*
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* * ** * * * *
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* * * * *
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* * ** * * * *
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** * * * * * *
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1 AAATCATT-ATGACCTTTT-TTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGC-TTA-TT
* * * *
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* **** ** ** * *
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* * ** * * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * *
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** * * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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** * * *
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** * ** * * ** * *
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64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAA-ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * *
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128 TGTTTATC-AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * * *** *
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1 AAATCATTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTA-TTGAA
* * *
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64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* ** * ** * * * *
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* * * * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * ** * * * *
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* * *
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64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * *
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** * * ** * *
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1 AAATCATTATGAC-CTTT-TTTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTGA-
* * * * * * * *
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63 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * *
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128 TGTTTATC-AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * *
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1 AAATCATTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT-GAAA
* * *
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65 TAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * * * *
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129 GTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTC
** * ** *
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1 A-AATCATTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAAT-A-ATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA--TT
* * *
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61 GAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * *
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123 AAATCTGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* **
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1 AAA-TCATTATGACCTT-TTT-TTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTA-TT
* * * * * * * *
15481740 GGATTAACATAATATTAAATTATTAATATTTCT-ACAATTAATAAGTAAAAGATTT-CAAAA-AA
61 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* ** * * *
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* * * * * * * ** *
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1 AAATCATTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTGAAA
* * * ** *
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65 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * *
15481986 ATTTA-CTGAACAAGTTTAAATTGTTATGACTATCTG-ACTAATTATCTATTTT
129 GTTTATC-AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AATTATCTATTTC
* * * * * * *
15482038 AAAACATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAACTGGTTT-TGTTCATGCAAGCTTATTTCAA
1 AAATCATTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAATAA-TTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTGAA
* **
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64 ATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * ** * * *
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128 T-GTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * ** * * * * *
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1 AAATCATTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTA-TTGAA
* * ** * *
15482282 ATAAAATAATACTAATTTTTTAAT-GTTCCAAAATTAATAAGTAAAAGACTTT-AAAAATAAATA
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATC
* *** * *
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128 TGTTTATC-AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* ** * * ** * *
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1 AAATCATTATGA-CCTTTTTTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTGA-A
* * *
15482462 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT-TGAAGATTTAAAAAATTAATC
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATC
** * * * * * * * *
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128 TGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * * * * ** *
15482579 AAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGCTTCTA-TTCATATAAAATTATTTCAA
1 AAATCATTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTA-TTGAA
* * *
15482643 ATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCT
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* ** ** *
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* * ** * * * * * * * *
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1 AA-ATCATTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTA-TTGA
* * * * * * * *
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** * * * *
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128 TGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * *
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1 AAATCATTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT-GAAA
* * *
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65 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * *
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129 GTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * * *
15483110 AAATCGCTATGACCTTTTATTTTATCATAAAATAATTGTTTCAGATCATAAAAGTTTATTTGAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTGAAA
* * * * * * * *
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65 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-
* * * * *
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129 GTTTATCAAAT-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * * * *** *
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1 AAATCATTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT-GAAA
* * *
15483356 TAAAATAGTACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGAAGATTTAAAAAATAAATTT
65 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATCT
* * * *
15483420 GTTTATTGAACT-AGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTC
129 GTTTA-TCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* ** * * * * * * * *
15483472 GAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTCTGTTCATGCAAGCTTATTCAGAA
1 AAATCATTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTGA-AA
* * * * * * * * *
15483537 TAAAATAATGCTAATGTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAAATTTAAAAAATGAATTTA
65 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
** ** * * ** * * * * * *
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* * * * * * *
15483652 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCGTAAAATAATTTTTTCATTTTATACTAA-CCTATTCGAA
1 AAATCATTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATAC-AAGCTTATT-GAA
* * * *
15483716 ATAAAATAA-A-AAATTTTATTAATATTTCAATAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAATAATT
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* *
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* ** * * * ** * * * * *
15483832 AAATCGTTGCGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAAATGTTTTTGTTCATAGAAGTTTGTTTAGCA
1 AAATCATTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTGA-AA
* ** * * *
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65 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* *
15483958 TTTATCAAACT-AGTTCAAATAGTTATGAATATTT-AAGCAATTATTTATTTC
130 TTTATCAAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTC
** * * * * ** *
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1 AAATCATTATGACCTTTTT-TTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTGA-A
* * * * * * ** *
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* * * * * * *
15484137 GTTTACCGAATTAGATT-ATATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTTTTTC
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* * * * * * * *
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* * * * *
15484252 TAAAATAATACT-ATGTTATCAATATTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTGAAAAATGAATCT
65 TAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* ** * * ** * * *
15484316 ATTTATTGAACAAGTTTAAATAACTATGAGTATTTGAACAATTATCAATTTG
129 GTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * *
15484368 GAATCATTATAACCTTTTGGTTTT-TCATAAAATGATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTTG
1 AAATCATTATGACCTTTT-TTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTA--TTG
* *
15484431 AAA-AAAATAATAC-AAATTATTAATA--TTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
62 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * *
15484492 ATTTGTTTA-CTGAACAAGTTCAAAT--CTGTGACTATATGAACAATTATTTATTTC
125 ATCTGTTTATC-AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * * *
15484546 AAAT-TTTATGACTTTTTTGTTTTGTCATAAGACAATTATTT-TG-TCTGTACGAGCTTATTCGG
1 AAATCATTATGACCTTTTT-TTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTC-ATACAAGCTTATT-GA
* * * * * * *
15484608 ATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTT-TAAAA-AAATA
63 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * ** * * * *
15484671 TGTTTACCGACCATGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTACTTC
128 TGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * **
15484724 AAATCATTGTGACCTTTTATTTTGTAATAAAACAATTGCTTCAGTTCATGTAAGCTTATTTGAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTGAAA
** ** * *
15484789 TAAAATAATACTAATACATTAATATTCCAAAAATTAA-AGAGTAAGAGAATTAAAAAAAAAAATT
65 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA-AGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAA-T
* * * * * *
15484853 ATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAGTATCTGAATAATTATCTATTTC
127 CTGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * ** *
15484907 AAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGGTTCTA-TTCATGTAAGCTTATTTCAA
1 AAATCATTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTA-TTGAA
* * * * * *
15484971 ATAAAATAATA-TAAATTTATTAAT-TTTCCAAAACTGAATAAGTAA-AAATTTAACAAATAAAC
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* * ** *
15485033 CTATTTTTTGAATATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
127 CTGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * ** * * * **
15485087 AAATTATTATGACC-ATTGTTTTATCATAAACCAATTGTTT-ATGTTCAAAAAACCTTATCCAGA
1 AAATCATTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCA-GTTCATACAAGCTTATTGA-A
* ** * * *
15485150 ATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAATAAACAAAATATTTTAAAAATAAATCT
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* *
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* * * * * * * ** ** *
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* * * *
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* * *
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* * * * * * * * *
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*
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * ** * * * * * * *
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251 AAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
* * * * * * * * *
15477757 ATTTGTTATGA-TCTTTGTTTTTTGATAAAATAATTATTTTTGATCATACAAGCTTATTT-AGAT
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* * * *
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** * * ** * *
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* ** * *
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510 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-A
* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *** *
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* ** * * * *
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* * ** ** *
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* *** * * * ** *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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** * * *
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* * *
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* * * * * ** *
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* * * *
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* * * * *
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* *
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** ** * * *
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** * * *
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* * * * *
15480300 TAATTCAAAATAAAATAATATTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGTTTCAAAA
192 TTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AATTT-AAAA
* * * * * * * * *
15480365 AATAAATTTGTTTATCGAAAAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTTTATTTAAAAT
254 AATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
* * * *
15480430 CGCTATGACCTTTTTATTTTGTCATAAAACAA-TAGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATA
319 CGTTATGA-CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAAAATA
** * * ** * * *
15480494 AAATAATTTTAATTTATTATTATTCCAAAATATTAATAATTAAGTGATTCGAAAAGTGAATCTAT
382 AAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAA-ATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * * ** *
15480559 TT-GCTAAATC-AGTTCAAATAATTATGGCCATTTCAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATCAC
445 TTATC-AAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* **
15480622 C--TTG----GTCATATAACAATTGTTTTTT
508 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCA
* * *
15480647 TATCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTA
1 T-TCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA
* * ** ** * ** * *
15480712 AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTTAACCAGTTCAAACAACTATGACTATTTAAACAATTG
65 AGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * * * * *
15480777 TATACTTCAAATCGTTGTAACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATT-TTCTCAATTTATGCTAGAT
130 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTCT--GTTCATACAAGCT
** * *
15480841 TATTTGGAATATAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTAAAA
193 TA-TTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTAAAA
* * * * * * * *
15480904 AA-AATTTTATCTACCTAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAAT
254 AATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * * * * * * * *
15480968 C-ATAGTGGCCTTTTGTTTTATCATAAAATAAATGTTTTTGTTCATAAAAGTTTGTTCAAAATAA
319 CGTTA-TGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAA
* * * *
15481032 AATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAA-T--TAATAAGAGATTTAAAAAAAAAAT-TGTTTG
383 AATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * * * * **
15481093 TCAAACTAGTTCAAATAATTATAAATATTT-AAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTCT
448 TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-T
* * * * ** *
15481156 TTGTTCTCTTATAAAATAAGAGTTTCTG
511 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-A
* * * *** *
15481184 TTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTATGAATATTTTGATAATTAATAAGTAA
1 TTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * * * *
15481249 AAAATTTTAAAAATAAATATATTTATCGAACT-AGATCAAATAGTCATGACTACTTGAATAATTA
66 GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * * *
15481313 TCTCTTTTAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTTAGTTCATATAAGGTT
130 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTCT-GTTCATACAAGCTT
* *
15481378 ATTCGAAATAAAATAATACT-ATGTTAGTAATA-TTCTAAAAATT--TAAG--AGATTTAAAAAA
194 ATTC-AAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAATTTAAAAAA
* * * * * * **
15481437 TGAATCTATTTACCTAACAAGTTTAAATAATTATGACCATTCGAGCAATTAT-TGATTT-AGAAT
256 TAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT-ATTTCA-AAT
* * * * * **
15481500 CGCTATAACCTTTTGGTTTGTCATAAAATGACA-T-TTTCTGTTCATACAAGCTTATTTTGAATA
319 CGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAA-CA-ATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAAAAT-
* * * *
15481563 AAAATAATACAAATTTATTAATATT--AAGACAATTAAGAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTT
381 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA-A-AATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * *
15481626 GTTTATCAAACAAGTTCAAATCGTTATAATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTC-TTATGA
443 GTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGA
* * *
15481690 CTTGTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA
507 CCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-A
* ** * * * * * * * *
15481723 TCCATATGAGCTTATTTGGATTAACATAATATTAAATTATTAATATTTCTACAATTAATAAGTAA
1 TTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
* * ** * *
15481788 AAGATTT-CAAAA-AAATATGTTTATTGAATAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTAT
66 GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * ** * ** *
15481851 CTACTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAAAAAAACAATTGTTTCAATTAATGTAAGATTA
131 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTCTGTTCATACAAGCTTA
* * * * * *
15481916 TTTGAAATAAAATAGTACCAATTTATTATTATTCCAAAAATTAA-AGAGTAAGAATTGAAAAAAT
195 -TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AGTAA-AATTTAAAAAAT
* * * * * * * *
15481980 AAATCTATTTACTGAACAAGTTTAAATTGTTATGACTATCTGACTAATTATCTATTTTAAAACAT
257 AAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGT
* * ** * *
15482045 TATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAACTGGTTT-TGTTCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAAT
322 TATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAAT
* * *
15482109 AATA-TAAATTTATTAATGTTCCAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTAAAAAATAAATCTATTTTT
386 AATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTA
** * *
15482171 TTGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTT
448 TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * *
15482236 GTTTTGCCGTAAACCAATTGTTTCTA
513 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-A
* * * * * * *
15482262 TTCAAAAAACCCTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTTTTAATGTTCC-AAAATTAATAAGTAA
1 TTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
* * *** *
15482326 AAGACTTT-AAAAATAAATATGTTTACTGAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGACCAATTA
66 GAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * *
15482390 TTTATTTCAATTTGTTATGATCC-TTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTTTTCATACAAGTT
130 TCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTCTGTTCATACAAGCT
* *
15482454 TATTTATAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAA
193 TATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-T-AAAATTTAAAA
* * * * * *
15482518 AATTAATCTACTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACT-ATTGTCTATTTCAAA
254 AATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAA
* * * ** * * ** *
15482582 TTGTTATGACATTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGCTTCTATTCATATAAAATTATTTCAAATAA
318 TCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAA
* * * *
15482647 AATAATACTAATTTATTACTATTTCAAAAA-T--TAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTCTTTA
383 AATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
** * * *
15482709 CTGGACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AATTATCTATCT-AATATCATTAT-ATC-T
448 -TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA-ATCATTATGACCTT
** * * * *
15482769 TTGTACTGTCCTAAAACATTTATCTCTA
511 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-A
* * * * * * * * * *
15482797 TACATACAAGCTCATTTGGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCTAAACATTAATAAGTAA
1 TTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * *
15482862 G-GATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAATTAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTAT
66 GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * *
15482926 CTATTTCAAATCGTT-CGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGCTTCAGCTCATACATGCTTA
131 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTCTGTTCATACAAGCTTA
* * *
15482990 TTCAAAATAAAATAACACTAATTTATTAACATTT-AGAAAATTAATAAGTAAGAAATT-AAAAA-
195 TTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAA-AATTTAAAAAAT
* * * * * *
15483052 AAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTTTTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGC
257 AAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * * * * * *
15483117 TATGACCTTTTATTTTATCATAAAATAATTGTTTCAGATCATAAAAGTTTATTTGAAAA-AAAAT
322 TATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTT-AAAATAAAAT
* * * ** * * * *
15483181 AATATTACTTTATTAATACTATAAAAATTTATAAGTTAGAGATTTAAAATATAAAT-TAGTTTAG
386 AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTAT
* * * * * ** * *
15483245 CGAATCAA-TTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTAACTTTT
449 C-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
*
15483309 GTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTC-
513 GTTTTGTCATAAAACAA-T-TGTTTCA
* * *
15483335 TTCATACAAGCCTA-TTCGAAATAAAATAGTACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-
1 TTCATACAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA
* ** *
15483398 AGAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACT-AGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
65 AG-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * * * * *
15483462 TATATATTTCGAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTCTGTTCATGCAAGC
128 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTCTGTTCATACAAGC
* * * *
15483527 TTATTCAGAATAAAATAATGCTAATGTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGAAATTTAAA
192 TTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT-A-AAATTTAAA
* * * * * * * ** * * * * *
15483591 AAATGAATTTATTTGCCAAACCAGGTCAAAAAACTAAGGCTATATGAATAATTTTTTA-TTCAAA
253 AAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA
* * * * * * **
15483655 TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCGTAAAATAATTTTTTCAT-TTTATACTAA-CCTATTCGAAAT
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* * * *
15483718 AAAATAA-A-AAATTTTATTAATATTTCAATAATTAATCAATAAGAGATTTAAAAAATAATTCTG
381 AAAATAATACTAA-TTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-AATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * **
15483781 TTCATCAAATCAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTGCGAC
444 TTTATCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * **
15483845 CTTTTGTTTTGTCATAAAAGAAATGTTTTTG
508 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCA
* * * * * * ** ***
15483876 TTCATAGAAGTTTGTTTAGCATAAAATAATATTAAGATATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAA
1 TTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * *
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66 GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATT
* * * * * * * *
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* * ** * **
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* * ** * * *
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* * * ** * * * *
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* * * * *
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** * ** * * * ** *
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447 ATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
**
15484385 TGGTTTT-TCATAAAATGATTGTTTCTA
512 T-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-A
* * *
15484412 TTCATACAAGCTTATTTTGAAAAAAATAATAC-AAATTATTAATATT--AAGACAATTAATAAGT
1 TTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA-A-AATTAATAAGT
* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** * *
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192 TTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAA-ATTTAAAA
* * * * * *
15484664 AA-AAATATGTTTACCGACCATGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTACTTCAAAT
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* * * * * ** * ** *
15484728 CATTGTGACCTTTTATTTTGTAATAAAACAATTGCTTCAGTTCATGTAAGCTTATTTGAAATAAA
319 CGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAA
** * * *
15484793 ATAATACTAATACATTAATATTCCAAAAATTAA-AGAGTAAGAGAATTAAAAAAAAAAATTATGT
384 ATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA-A-TAAGAG-ATTTAAAAAATAAA-TCTGT
* * * *
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445 TTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
* *
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510 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-A
** * * * *
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* * ** *
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** * * * * * * *
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* ** * * *
15485205 AATAAATCTGTTTACC-AAGTGAGTTCAAATAGTTATGATTATTTAAATAATTATTTATTTCAAA
254 AATAAATCTATTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA
* * * * * * * *
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318 TCGTTATGACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTA-TT----TA
* *
15485333 AAATAATAAGTTGTATGAACAAACTTTAATAAGTTGAAGATTAATATTCAAAAAATTAATAAGT-
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* * * * * * *
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* * *
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485 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-CA
** * * * *
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* * * * *
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65 AGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
15485630 GAAATATTAA
Statistics
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Consensus pattern (537 bp):
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GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTCTGTTCATACAAGCTTAT
TCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATTTAAAAAATAAAT
CTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATAC
TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAA
GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
ATAAAACAATTGTTTCA
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*
15476750 AAAATAAAATAACACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAGTAAA
1 AAAATAAAATAACACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * *
15476815 TCTGTTTATCGAGCAAGTTGAACTAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATATTTATTTCAAATTGT
66 TCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCAAGACCATTTGAACT-A-TA-ATCTATTTCAAATTGT
* *
15476879 TATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTATCAATTTTATTC
128 AATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTATCAATTTTATTC
** ** * * ***
15476924 AAAATAAAATAATTCTAATTTATTAGCATTCTAAAAATTAATAAGTTTGAGATTTAAAAAATAAA
1 AAAATAAAATAACACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAA
*
15476989 TCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCAAGTCCATTTGAACTATAATCTATTTCAAATTGTAAT
66 TCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCAAGACCATTTGAACTATAATCTATTTCAAATTGTAAT
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TCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCAAGACCATTTGAACTATAATCTATTTCAAATTGTAAT
GATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTATCAATTTTATTC
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* * * **
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*
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* * * * * * * * *
15477393 AAAATCATTTTAACCTTTTTTTTAGTCATAAAACAATATTT-CAGTTCACACAAGCTTATTCATA
131 CAAATTATTTTAACCTTTGTTCTA-TCATAATA-ATTATTTCCA-TTCATACAAGCTTATTTAGA
* * *
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* * * * * *
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** * * * * *
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322 CCGTATATTTTGTCACAAAACAATTGTTTTAGTTCACAAAAACTTATCTAAAATAAAATAATACT
* * *
15477652 ACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAACTAAAGCTATTTTCTAAACCA
387 ACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAAGCTATTTACCAAACCA
* * * * * * *
15477717 TTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAATTTGTTATGATCTTTGTTTTTTGA
452 GTTTAAATAATCATGACCATTTAAACAAATATCAATCTCAAATTGTTATGACCTTTGTTTTTTGA
* * *
15477782 TAAAATAATTATTTTTGAT
517 TAAAACAATTATTTTTCAA
*
15477801 CATACAAGCTTATTTAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGAGATT
1 CATACAAGCTTATTTAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAAAGATT
* * * * * *
15477866 TAAAAAATAAATGTGCTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAAAATAATTATCTATTT
66 TAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATATATTT
* * * *
15477931 CAAATTATTTTGACCTTTTGTTTCTCAT-TTAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGA
131 CAAATTATTTTAACC-TTTG-TTCT-ATCATAATAATTATTTCCATTCATACAAGCTTATTTAGA
* ** *
15477995 ATAAAATAATACTAATTTATTGACATTCAAAAAATTCATAAGCATTAGATTTGAAAAAATAAATC
193 ATAAAATAATACTAATTTATTGACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATC
* * *
15478060 TGTTTATCGAACAAGTTCAAATAG-TT-ATGGTTTCAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAC
258 TGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGATTGATGGTTTCAACAATTATCTATTTAAAATCATTATCAC
* *
15478123 CGTATATTTTGTCACAAAACAATTGTTTTAGTTTATAAAAAGCTTATCTAAAATAAAATAATACT
323 CGTATATTTTGTCACAAAACAATTGTTTTAGTTCACAAAAA-CTTATCTAAAATAAAATAATACT
** * * * *
15478188 ACTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATC-AGTTTACCGAAT
387 ACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTT-AAAAAATAAAGCTA-TTTACCAAAC
* * * * * *
15478252 CAGTTTAAATAATCAT-AGCCATTTAAATAACTATCTATTTTAAATTGTTATTACCTTT-TTGTT
450 CAGTTTAAATAATCATGA-CCATTTAAACAAATATCAATCTCAAATTGTTATGACCTTTGTT-TT
*
15478315 TTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAA
513 TTG--ATAAAACAATTATTTTTCAA
* ** * *
15478340 CATATAAGCTT-TTTCA-A-AATACAATAATGGTAATTTATTAATATT-TCAAGAATTAATAAAA
1 CATACAAGCTTATTT-AGATAA-A-AATAATACTAATTTAATAATATTCT-AAAAATTAATAAAA
* * * ** * * * *
15478401 GATTTTAAAAAGAAATCTGTTTGGTGAATCAATTCAACTAGTTATGACTATTTGAACAATTATAT
62 GATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATAT
* * *
15478466 ATTTCAAATTGTTATAACCTTTGTTCTATCATAATAATTGTTTCCATTCATACAAAGCTTATTTA
127 ATTTCAAATTATTTTAACCTTTGTTCTATCATAATAATTATTTCCATTCATAC-AAGCTTATTTA
* ** * * ** *
15478531 GAATAAAATAATAATAATTTGGTAATATTCTTAAAATTAATAA-CTATGAGATTT-AAAAAATAA
191 GAATAAAATAATACTAATTTATTGACATTCAAAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTAAAAAAATAA
15478594 ATC
255 ATC
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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541 1 0.00
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CATACAAGCTTATTTAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAAAGATT
TAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATATATTT
CAAATTATTTTAACCTTTGTTCTATCATAATAATTATTTCCATTCATACAAGCTTATTTAGAATA
AAATAATACTAATTTATTGACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGT
TTACCAAACAAGTTCAAATAGATTGATGGTTTCAACAATTATCTATTTAAAATCATTATCACCGT
ATATTTTGTCACAAAACAATTGTTTTAGTTCACAAAAACTTATCTAAAATAAAATAATACTACTT
TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAAGCTATTTACCAAACCAGTTT
AAATAATCATGACCATTTAAACAAATATCAATCTCAAATTGTTATGACCTTTGTTTTTTGATAAA
ACAATTATTTTTCAA
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15480911 TATCTACCTA
*
15480921 ACTAGTTCAAATAATTAT
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1 -ACTATTTCAAATAATTAT
15480957 -CTATTTCAAAT
1 ACTATTTCAAAT
15480968 CATAGTGGCC
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
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ACTATTTCAAATAATTAT
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Alignment explanation
Indices: 15480659--15480995 Score: 437
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15480649 TCATACAAGC
* *
15480659 TTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
1 TTATTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
* * * * *
15480724 AATAAATCTGTTTACTTAACCAGTTCAAACAACTATGACTATTTAAACAATTGTATACTTCAAAT
66 AATAAATCTATCTACCTAACCAGTTCAAACAACTATAACTATTTAAACAATTATATACTTCAAAT
* * *
15480789 CGTTGTAACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTTTCTCAATTTATGCTAGA
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* *
15480840 TTATTTGGAATATAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTAAA
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* * * * * * * *
15480903 AAA-AATTTTATCTACCTAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAA
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** *
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15480996 TAAATGTTTT
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 23, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
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TTATTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
AATAAATCTATCTACCTAACCAGTTCAAACAACTATAACTATTTAAACAATTATATACTTCAAAT
CATAGTAACCTTTTGTTATATCATAAAACAATTTTCTCAATTTATGCTAGA
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*
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*
15485263 TTCAAATCATTAT
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15485276 GGTCCTCTGT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
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TTCAAATAATTATTTAT
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15485621 ATGACTATTG
* * ** * * *
15485631 AAATATTAATTAATTTATATTATTTTATTTGGAATAAGCTTATATGAATAAAAATAATTGTTTTA
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* * ** * *
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* ** * *
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*** * ** * ** * * *
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1 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCCAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA
* * * ** * * * * **
15485875 TGACGAAATAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTACATAGTTATGAC--TTTGAA
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* * * * *
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130 CTTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTAA-ATCCTTTACTTATTAATT-TCT
* * *
15485988 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAATAAGCTTGTATGAACAAAAACCATTATTTTAT
1 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTAT
* * * * *
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66 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT-AAATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAA
* * **
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130 CTTATTCGGTAAATAGATTTATTTT-TAAATCCTTTACTTATTAATT-TCT
* * * *
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1 AAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTCCAATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTGTTTT
* * * * ** * *
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* * * * *
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129 ACTTATTCGGTAAATAG-ATTTATTTTTAAATCCT-TTACTTATTAATTTCT
* * ** * * *
15486347 AAATATTAACAAATTAGA-ATTATGTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTA-TTCCAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTT
** * * * *
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64 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGA
** ** * * *
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129 ACTTATTC-GGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATCCTTTACTTATTAATTTCT
* * * * * *
15486527 AAAATATTAATAAATT-ATCATTACTTTATTCAAAATAAGAC-TATATCAATAGAAACAATTGTT
1 -AAATATTAATAAATTAAT-ATTATTTTATTC-CAATAAG-CTTGTATGAACAAAAACAATTGTT
* * * * *
15486590 TTATGACAAAACAAATGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGGTT-AAATTGTTATAAA-TAA
62 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATT-ATTCAAATAGTCA-AAACTAT
* * *
15486653 TTGAAC-TAGTTTGGTGAATAGATTTATTTTTTAAAT-C--T-CTTATTAATTTTT
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** ** * * * * * *
15486704 AAAATATTAATAAATTGTTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATTTGACCAAAAACATTTGTTTT
1 -AAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCCAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTT
* * ***
15486769 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATTAATAATTATTCATATAG-CCTTACTATTTGA
64 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGA
* * * * * *
15486833 A-TTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-ATCTTAGTTATTAATTT-T
129 ACTT-ATTCGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATCCT-TTACTTATTAATTTCT
* * * ** * *** *
15486883 CATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTTTAATAATTGTTT
1 -A-AATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCCAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTT
* * * * *
15486948 TATCACAAAAAAAAATGTTATAACGGCTTGAAATGTATAGCTGTTAAAATAATCATAATTGTTCA
63 TATGACAAAACAAAAGGTCATAA---C----AA--T-T---TG---AAATAA--ATAATTATTCA
* ** * *
15487013 AATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCTATAAACAGATTTATTTTTTAAATATCC--TACTCAT
110 AATAGTCAAAACTATTTGAACTTA-TTCGGTAAATAGATTTA-TTTTT-AA-ATCCTTTACTTAT
*
15487075 TAATTTTTT
171 TAA-TTTCT
* * ** * * *
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1 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCCAATAAGCTTGTATGAA-CAAAAACAATTGTTTT
* * * * ** * * * * *
15487147 ATGATAGAACAAAAGTTTATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAAA-TATTTG
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*** ** * * *
15487211 AA-TTGATTTTATAAACT-GATTTATTTTTTAAAT-CTCCAACTTCTCAATTTTT
128 AACTT-ATTCGGTAAA-TAGATTTA-TTTTTAAATCCT-TTACTTATTAATTTCT
* * * * *
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* * * ** *
15487326 TATTACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTTAAATAGATAATCGTTCAAATAGTCATAACTATTT
63 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACA-ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTT
* * ** * * *
15487390 GAATTTGTTCAATAAATAGAGTTATTTTTTAAAAAT-TTCTTACGTATTAATTT-T
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* * ** * *** *
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1 A--AATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCCAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTT
* * * ** * * * **
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* ** * *
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127 GAACTTA-TTCGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATCCT-TTACTTATTAATTTCT
* ** * * * * * * *
15487625 AGAATATTATTAGTTTAGTAATATTTTACTCCAAAGAAGCTTGTACGAATC-GAAACAATTATTT
1 A-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCC-AATAAGCTTGTATGAA-CAAAAACAATTGTTT
* * * * *
15487689 TATGATAAAAC-AAAGATCATAA-AGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
63 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACA-ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTT
* * * * *
15487752 GAAC-TAGTCCGATAAACAGATTTAGGTTTTAAAT-C--T-CTTATTAATTTTT
127 GAACTTA-TTCGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATCCTTTACTTATTAATTTCT
* * * ** ** * * * *
15487801 AAAGCATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTTGAATAATTTTGTACGAATAAAAATAATTATTTT
1 AAA-TATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCCAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTT
* * * * * * * * *
15487866 CTGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATAATTCAAATGGACATATGACTCTTT
64 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCA-A-AACTATTT
* ** * * * * ** *
15487931 GAACTTGTTTAGTAAACATATTAATTTTTTTAAGT-CTACAACTCATTAATTT-T
127 GAACTTATTCGGTAAATAGATT--TATTTTTAAATCCT-TTACTTATTAATTTCT
* * ** * * * *
15487984 ATAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAATAAAAACAATTATTTT
1 A-AATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCCAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTT
* * * * * *
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64 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGA
* * *
15488099 ACTCACTT-GGTAAATAGATTTATTTTTTTAAT-CTTTCACTTATTAATTTTT
129 ACTTA-TTCGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATCCTTT-ACTTATTAATTTCT
* * ** ** *
15488150 GAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAATTTGTATGAACAGAAACAATT-TGTT
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*
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63 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATT
15488256 CTCTTAACAG
Statistics
Matches: 1905, Mismatches: 406, Indels: 268
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
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AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTAT
GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAC
TTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTAAATCCTTTACTTATTAATTTCT
Found at i:15487015 original size:18 final size:18
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15486979 AATGTATAGC
15486989 TGTTAAAATAATCATAAT
1 TGTTAAAATAATCATAAT
* *
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15487024 CTATTTGAAC
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TGTTAAAATAATCATAAT
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Indices: 15487002--15487914 Score: 865
Period size: 363 Copynumber: 2.5 Consensus size: 353
15486992 TAAAATAATC
*
15487002 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCTATAAACAGATTTATTTTTTAAATATC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAGATTTA--TTTTAAAT-T-
* * *
15487067 CTACTCATTAATTTTTTAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTATTAATG
62 CTACT-ATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATGAATG
* * * * *
15487132 AAAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGTTTATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATG
125 -AAAACAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTCAAAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATA
* ** * * *
15487197 GCCATAAATATTTGAATTGATTTTATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAATTTT
189 GCCATAAATATTTGAATAGATTCGACAAACTGATTTATTTTTTAAATATCCAACTTATCAATTTT
* * ** * * * * *
15487262 TGAATATTAGTAAAATTATATTATTTTACTTTAGATAAGCTTTTATGAACAAAAGCAATTGTTTT
254 AGAATATTAGTAAAATTATAATATTTTACTCCAAAGAAGCTTGTACGAACAAAAGCAATTATTTT
* * *
15487327 ATTACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTTAAATAG
319 ATGACAAAACAAAAGATCATAAAGATTTGAAATAG
* * * * *
15487362 ATAATCGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCAATAAATAGAGTTATTTTTTAAAAATT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAGA-TT-TATTTT--AAA-T
* *
15487427 TCTTACGTATTAATTTTATGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATG
61 TC-TAC-TATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC-T-TATG
*
15487492 AATTG-AAACAATTATTTTATGACTA-AATAAAAGGTCAAAATGATTTTAAAA-AGATAATTGTT
121 AA-TGAAAACAATTATTTTATGA-TAGAACAAAAGGTCAAAATGA-TTTAAAATAGATAATTGTT
* * * * * * **
15487554 CTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAG-TTCGGCAAGCAT-ATTTATTTTTTAAATATCTTACTTA
183 CAAATAGCCATAAATATTTGAA-TAGATTCGACAAAC-TGATTTATTTTTTAAATATCCAACTTA
* * ** *
15487617 TTAATTTTAGAATATTA-TTAGTTTAGTAATATTTTACTCCAAAGAAGCTTGTACGAATCGAAA-
246 TCAATTTTAGAATATTAGTAAAATTA-TAATATTTTACTCCAAAGAAGCTTGTACGAA-CAAAAG
* *
15487680 CAATTATTTTATGATAAAAC-AAAGATCATAAAGATTTGAGATAG
309 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAAGATTTGAAATAG
* * *
15487724 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTCCGATAAACAGATTTAGGTTTTAAA-TCT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAGATTTA--TTTTAAATTCT
* * ** * *
15487788 -CTTATTAATTTTTAAAGCATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTTGAATAATTTTGTACGAATA
64 AC-TATTAATTTTTAAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-GCT-TATGAATG
* * * * * * * * **
15487852 AAAATAATTATTTTCTGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATAATTCAAAT
125 AAAACAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTCAAAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAAT
15487915 GGACATATGA
Statistics
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ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAGATTTATTTTAAATTCTAC
TATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATGAATGAAAACA
ATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTCAAAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAA
ATATTTGAATAGATTCGACAAACTGATTTATTTTTTAAATATCCAACTTATCAATTTTAGAATAT
TAGTAAAATTATAATATTTTACTCCAAAGAAGCTTGTACGAACAAAAGCAATTATTTTATGACAA
AACAAAAGATCATAAAGATTTGAAATAG
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Alignment explanation
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15488344 TATTAATTGC
** * * * *
15488354 ATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTT
1 ATGAATAGAAAAAATTATTTTATGAC-AAA-AAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATT
* * * * * * * *
15488419 TAGATTGTCATGACTATTTAAA-TTTTTTCGATAAACAGATTTTTTTTTTAATTCTCTTACTCAT
64 CAAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTT-GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTAT
* * * * * * *
15488483 TAATTTTTGAAATATTAACAAAGTAGTATTATTTTACTTCAAATAGGCATAT
128 TAATTGTCGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTAT
* * **
15488535 ATGAACT-GAAAAAAATTATTTTATTACAAAAGAAATAGTCATAATGATTTGAATTTGATAATTA
1 ATGAA-TAG-AAAAAATTATTTTATGACAAAA-AAA-AGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTA
** * * *
15488599 TTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
62 TTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTA
* * ** * * *
15488664 TTAATTGTCAAAATATTATTAAATTAAAATTATTTCAATCCAAATAAGCTTGT
127 TTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTAT
* * ** * ** * *
15488717 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGTTAATTAAAAAAGTAATAACAAGTTGAAATAAATAATTGTT
1 ATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAA--AAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATT
* ** * * * * *
15488782 CAAATAGTCAT-AATGATTTGGACTTGATCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTTAATTA
64 CAAATAGTCATGACT-ATTTAAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TCTTAATTA
** * *
15488846 TTAATTGTCTTAATATTAATAAATTTGTATTATTTT-ATTCAAAATAAGCTTGT
127 TTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTC-AAATAAGCTTAT
* * * *** *
15488899 ATGAATAGAAAAAATCATTTTATGACAAAATGAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAAATAATTATT
1 ATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAA--AAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATT
* * * * * *
15488964 CAAATAGTCATAATTATTTAAATTTGTTTGATAAATAGATTCATTTTTAAAATCTCTTAATTATT
64 CAAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATT
* * * *
15489029 AAATT-TTGGAATATTAATAACTTAGTTTTATTTTAATTCAAATAAGCTTAT
129 -AATTGTCGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTAT
* * * * *
15489080 ATGAACATAAACAATTTTTTTATGACAAAAAAAGGTCATAATGATTTGA
1 ATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAAAAAAGTCATAATGATTTGA
15489129 TCTAGTTCAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCA
AATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAA
TTGTCGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTAT
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Indices: 15489439--15489471 Score: 50
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15489429 TAATGATTTG
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1 AAATAG-CATAATTATT
15489472 TGAACGGTTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
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Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTATTC
Found at i:15489476 original size:180 final size:179
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Indices: 15489250--15492299 Score: 1906
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15489240 ACAAAAAGTC
* * * * * * *
15489250 AATGATTTGAAGA-AAATAATTACTCAAGTAGTCATAAGTATTTGAACTGGTTTGATAAATAGAT
1 AATGATTTGAA-ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAAT
* *
15489314 TTATTTTTTAAAATCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGGATTAATATTATTTTATTTTGA
65 TTATTTTTTAAAATCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTTGA
* * * * * *
15489378 ACAAACTTATATGAACAAAAATATTTGTTTTATGATAAAATAAAAAGGTCAT
129 ATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCAT
* * *
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1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-TGATAAACAAAT
* * * *
15489493 TTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCT
65 TTATTTTTTAAA-ATC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTT
* ** * * * ** *
15489557 AAATAAGC-TAGTATGAATTTAGAA-AATTGTTTCATGACAAAATAAAAGCCCGT
127 GAATAAGCTTA-TATGAA-CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * *
15489610 AACGA-TTGAAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTAAACTA-TTTCATGAAACAAA
1 AATGATTTG-AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGAT-AAACAAA
* * * * * * *
15489673 TTTATTTTTTAAATTGCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTTGTATTATTTTATTTC
64 TTTATTTTTTAAAAT-C-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* * * * * * * *
15489738 AAATACGC-TAGTATGAACAAAAATAATTATTTTGTGATAGAACAAAAGGTTAT
127 GAATAAGCTTA-TATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* ** * * * * *
15489791 AATGAGTT-AAAGTTTAAAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGAT
1 AATGATTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAAT
* * * * **
15489855 TTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAAAAGATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTTCA
65 TTATTTTTTAAA-ATC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
** * * *
15489920 AATAAGCTTGA-ATGTTCAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAAT
128 AATAAGCTT-ATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * *
15489972 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTGACATGGCCATAATTATTTCAACT-GATTT-AGTAAACAAA
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTGA-TAAACAAA
* ** *
15490035 TTCACATTTT-AAATCACTCACTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTT
64 TTTATTTTTTAAAAT--CT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** *
15490099 TGAAT-AGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGGTCAT
126 TGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * * * * * * *
15490152 AACAATTTGAAATAGATAATTATTCATAA-AGTCTTAATTGTTTGAACTACTTCGACAAACAGAT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAAT
* * * ** * *
15490216 TTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTCATTTTAAAAATATTATTGAATTAGTATTATTTTATTTTG
65 TTATTTTTTAAA-ATC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
* * * * * * *
15490281 AAAAAGCTTATATGAACTAAAACAATTATTTTATAACAGAACAAAAGGTTAA
128 AATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * *
15490333 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG---GAGCTAGTT---C-A----G-TAAACAAATT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAATT
* * * * *
15490386 TATTATTTAAAATCTACTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTCTTCTA
66 TATTTTTTAAAA--T-CTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
* * ** * *
15490450 AATATGCTTGTATGATGAAAAACAATT-TTTTATGATAAAACAAAAGTTCAT
128 AATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * * * * * *
15490501 AATGATTTGAAATAG-TAATTGCTCAAATGGCCATAATTATTTGAAAT-GATTTGATAAACTAAC
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTGATAAACAAAT
* * * * **
15490564 TTA-TTTTTAAATATCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATGAAGTAATATTA-TTTATTTCA
65 TTATTTTTTAAA-ATCT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
* * ** **
15490627 AATAAGCTTTTACGAACTGAAACAATT-TTTTATGTTAAAACAAAAGGTCAT
128 AATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * * * * * *
15490678 ATTTATTT-TAATAAATAGTTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAAAAAAA
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA-TAAACAAAT
** * * **
15490741 TTATTTTTTTAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCG
65 TTA-TTTTTTAAAATC-TACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* * * * * * * *
15490805 GAATAAGCATGTATGAACTGAAGA-AATTATTTTATGACCAAACAAAAGGTTAG
127 GAATAAGCTTATATGAAC-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* ** ** * ** * *
15490858 AATGATTTGAAATAAATAA-TAGTTTTAATAGTTTTAACTATTTAAACTAGTTCAACAAACACAT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAAT
* * * * * * * * * * **
15490922 TTATTGTTTAAATCTCTTACATATCAAATTTT-ATTATATTATTAATTTAGTAATATTTTACTCC
65 TTATTTTTTAAA-ATC-TACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* * * *
15490986 AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-ATCAT
127 GAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * *
15491038 AATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-ATTTGAACTAGTTCGATAAATAGATT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAATT
* * *
15491102 TAGTTTTT-AAATCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTT-TTTCGAAT
66 TATTTTTTAAAATCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
** * * * * * *
15491164 AAATTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTACGGCAAAACAAAATGTCGT
131 AAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * ***
15491213 AATGATTTAAAATAGATAA-TAGTTTAAATGGACATGA-TATTTGAACTTGTGCAATAAACAAA-
1 AATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAAT
* * *
15491275 TT-TTTTTT-ATATCTCCAACTTATTAACTTTT-AGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
65 TTATTTTTTAAAATCT---ACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * *
15491337 TGAATAATCTTGTATGAATAGAAGCAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGATCAT
126 TGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * * * *
15491391 AACGATTTGAAATAAAT-ATTATTAAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCGGTAAAAAAAAT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAATT
* * * *
15491455 TATTTTTT-CAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAATATTATTTTATTCTG
66 TATTTTTTAAAATC---TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
* * * **
15491519 AATAAGCTTTTATG-A-ATAGA-AA----TTTATGACAAAACAAATTGTCAT
128 AATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * *** * *
15491564 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAATCATAACTATTTAAAACT-GTCAAAAAAACATAT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-GAACTAGTTTGATAAACAAAT
* * * *
15491628 TCA-TTTTTAAAATTTTTATTTATT-ATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTT
65 TTATTTTTTAAAA--TCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTT
** * * * *
15491689 GAAATAAGCTTGCATGAACGAAAACAATTATTTTGTG-----AC---A--TAAT
127 G-AATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * *
15491733 -A-G-TTTAAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAAC-ATGGTTGGTAAACAGAT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-GTTTGATAAACAAAT
* ** * *
15491794 TCATTTTTTAATTCTCTTA-TTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
65 TTATTTTTTAA-AATC-TACTT-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* * *** ** *
15491858 AAATAAGCTTATTTGAATTGAAA-AATTGTTTTATTCCAAAACATAAGGTCAT
127 GAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * * *
15491910 AATAATTTGAAATAGTTAATTATTCAAATTGTCATGACTATTTTAACTTGTTTGCTAAACATATT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAATT
* * * * * * * *
15491975 TATTTTTTAAATCTTCTACTAATTAATTGTCGAAA-ATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAA
66 TATTTTTTAAA--ATCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
* * * * ** *
15492039 ATAACCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGGTAAAACAAAAAGTCAT
129 ATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * * * * * *
15492090 AACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TAATATGAACTTGTCTGATAAACAGAT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTAGTTTGATAAACAAAT
15492154 TTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTATCTT--AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTAT
65 TTATTTTTTAAAATC---TACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAT
*** * * * * * *
15492215 TCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTATTTTATGATAAAAAAAAAGGTTAT
124 TTTGAATAAGCTTATATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * *
15492271 AGTGATTTCAAATAAATAATTGTTCAAAT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
15492300 TAACAAATTC
Statistics
Matches: 2236, Mismatches: 493, Indels: 281
0.74 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
165 3 0.00
166 48 0.02
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183 2 0.00
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Consensus pattern (179 bp):
AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAATT
TATTTTTTAAAATCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
AAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
Found at i:15490034 original size:362 final size:359
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* * * *
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* *
15489394 AAAAATATTTGTTTTATGATAAAATAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
63 AAAAATAATTGTTTTATGATAAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-
* * * * *
15489459 AGTCATAATTATTTGAAC-GGTTATG-TAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATT
126 AGTCATAATTATTTGAACTAGTT-CGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * *
15489522 TTTGAAATATTAATAAATTCA-T-TTTATTTTA-TTCTAAATAAGCTAGTATGAATT-TAGAA-A
190 TTTAAAATATTAATAAATT-AGTATTT-TTTTATTTC-AAATAAGCTTGAATG--TTCTAAAACA
* * **** * * * *
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* ** ** *
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313 ACTATTTAAACTATTTCATGAAACAAATTCACATTTTAAATCACTCA
* * * *
15489693 GTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTTGTATTATTTTATTTCAAATACGCTAGTATGAACAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATACGCTA-TATGAACAA
* * * * * ** * *
15489758 AAATAATTATTTTGTGATAGAACAAAAGGTTATAATGAGTT-AAAGTTTAAAATTGTTCAAACAG
65 AAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA-TAGATAATTATTCAAA-AG
* *
15489822 TCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTT
128 TCATAATTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* *
15489887 AAAAGATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTTCAAATAAGCTTGAATGTTCAAAAACAATTGTTAT
193 AAAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTTCAAATAAGCTTGAATGTTCTAAAACAATTGTT-T
* * * *
15489952 ATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGACATGGCCATAATTATTTCA
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322 ACT-ATTTCATG-AAACAAATTCACATTTTAAATCACTCA
* * ** **
15490055 CTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA-GCTTATATGAACTG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATACGC-TATATGAACAA
* * * **
15490119 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCATAAAGT
65 AAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA-AAAGT
* * * * * * *
15490184 CTTAATTGTTTGAACTACTTCGACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTCATTTTAA
129 CATAATTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * * ** *
15490249 AAATATTATTGAATTAGTATTATTTTATTTTGAAA-AAGCTT-ATATGAACTAAAACAATTATTT
194 AAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTA-TTTCAAATAAGCTTGA-ATGTTCTAAAACAATT-GTT
* * * * * *
15490312 TAT-AACAGAACAAAAGGTTAA-AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG---GAGCTAGT
256 TATGACCA-AACAAAAGG-TAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCACATAGCCATAACTATT
* * * *
15490372 T---C-A----GT-AAACAAATTTATTATTTAAAATCTACT-A
319 TAAACTATTTCATGAAACAAATTCA-CATTTTAAATC-ACTCA
* * * * * **
15490405 CTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAACTAGTATTATTTT-CTTCTAAATATGCTTGTATGATGA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTC-AAATACGC-TATATGAACA
* * ** *
15490468 AAAACAATT-TTTTATGATAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAG-TAATTGCTCAAATGG
64 AAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-AG
* * * * * * *
15490531 CCATAATTATTTGAAAT-GATTTGATAAACTA-ACTTA-TTTTTAAATATCTAACTTATCAATTT
128 TCATAATTATTTGAACTAG-TTCGATAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * ** * ** * *
15490593 TTGAAATATTAATGAAGTAATA-TTATTTATTTCAAATAAGCTTTTACGAACTGAAACAATTTTT
191 TTAAAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTTCAAATAAGCTTGAATGTTCTAAAACAATTGTT
*** * * * * * * * ** *
15490657 TATGTTAAAACAAAAGGTCATATTTATTT-TAATAAATAGTTGTTCAAATAATCATAACTATTTG
256 TATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCACATAGCCATAACTATTTA
* * ** * ** **
15490721 AACT-TGTTCAGTAAAAAAAATT-ATTTTTTTAATTTCTTG
321 AACTAT-TTCA-TGAAACAAATTCACATTTTAAATCACTCA
* * * * *
15490760 CTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGGAATAAGCATGTATGAAC
1 CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTC-AAATACGC-TATATGAAC
* * * ** * * * *
15490823 TGAAGA-AATTATTTTATGACCAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAAATAA-TAGTTTTAA
63 -AAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA--TTCAA
* ** * * * * * * * * *
15490886 TAGTTTTAACTATTTAAACTAGTTCAACAAACACATTTATTGTTTAAATCTCTTACATATCAAAT
125 AAGTCATAATTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
** * * * * * * * ** * *
15490951 TTTATTATATTATTAATTTAGTAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTAT
190 TTTAAAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTTCAAATAAGCTTGAATGTTCTAAAACAATT-G
* * * * * *
15491016 TTTATGACAAAACAAAA-ATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-ATT
254 TTTATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCACATAGCCATAACTATT
* * * * * **
15491079 TGAACTAGTTCGAT-AAATAGATTTAGTTTTTAAAT--CT--
319 TAAACTATTTC-ATGAAACAAATTCACATTTTAAATCACTCA
* * * *** * *
15491116 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTT-TTTCGAATAAATTTATATGAATAG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCAAAT-ACGCTATATGAACAA
* * ** * * * * *
15491180 AAACAATTGTTTTACGGCAAAACAAAATGTCGTAATGATTTAAAATAGATAA-TAGTTTAAATGG
65 AAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAA-AG
* * * * * * * ** *
15491244 ACATGA-TATTTGAACTTGTGCAATAAACA-AATT-TTTTTTATATCTCCAACTTATTAACTTTT
128 TCATAATTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * ** * * ** *
15491306 AGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAATCTTGTATG-AATAGAAGCAATTGTTT
193 AAAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTTCAAATAAGCTTGAATGTTCTA-AAACAATTG-TT
* * * * * * * * * * *
15491370 TACGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAAT-ATTATTAAAATAGTCATAACTATTTG
256 TATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCACATAGCCATAACTATTTA
* * * * ** * ** *
15491434 AACT-TGCTCGGTAAAAAAAATT-ATTTTTTCAATCTTTTA
321 AACTAT-TTC-ATGAAACAAATTCACATTTTAAATCACTCA
* * * * * *
15491473 CTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTTTATG-A-A
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTC-AAATACGC-TATATGAACA
* * * ** * * *
15491535 TAGA-AA----TTTATGACAAAACAAATTGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAA
64 AAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-AG
* * * * * * * * *
15491595 TCATAACTATTTAAAACT-G-TCAAAAAAACATATTCATTTTTAAAAT-TTTTATTTATT-ATTT
128 TCATAATTATTT-GAACTAGTTC-GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
** * * * ** * *
15491656 TTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAACGAAAACAATTAT
191 TTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTTTTTTATTTCAAATAAGCTTGAATGTTCTAAAACAATTGT
** * * *
15491720 TT-TG---TGAC---A--TAAT-A-G-TTTAAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTT
255 TTATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCACATAGCCATAACTATTT
* ** * ** * * *
15491773 GAAC-ATGGTTGGT-AAACAGATTCATTTTTTAATTCTCTTA
320 AAACTAT--TTCATGAAACAAATTCACATTTTAAATCACTCA
* * * * **
15491813 -TTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATTTGAATT
1 CTT-ATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATACGC-TATATGAACA
* *** * * * *
15491877 GAAA-AATTGTTTTATTCCAAAACATAAGGTCATAATAATTTGAAATAGTTAATTATTCAAATTG
64 AAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-AG
* * * * * * * * *
15491941 TCATGACTATTTTAACTTGTTTGCTAAACATATTTATTTTTTAAATCT-TCTACTAATTAATTGT
128 TCATAATTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTT
** * * * * * **
15492005 CGAAA-ATTAATAAATTAATATTATTTTA-ATCTAAATAACCTTGTATG-AATAGAAACAATTGT
192 TAAAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTTC-AAATAAGCTTGAATGTTCTA-AAACAATTG-
*** * * ** * * *
15492067 TTTATGGTAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TAAT
254 TTTATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCACATAGCCATAACT-AT
* * * * * ** ** *
15492131 ATGAACT-TGTC-TGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
318 TTAAACTATTTCATG--AAACAAATTCACATTTTAAATCACTCA
* * *
15492173 CTTATTAATTATCTT--AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTATGA
1 CTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAGA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATACGC-TATATGA
* * * * * * * *
15492234 ATAGAAAA-AATTATTTTATGATAAAAAAAAAGGTTATAGTGATTTCAAATAAATAATTGTTC-A
61 ACA-AAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* *
15492297 AA-T--T-A--A---CAA--A-TTC-----AC-------TTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATT
125 AAGTCATAATTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * * *
15492338 TTTAAAATATTGATAAATTGGTATTATTTTATTTCAAATAAACTT-ATATGAAT-TGAAACAATT
190 TTTAAAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTTCAAATAAGCTTGA-ATG-TTCTAAAACAATT
* * * * * * *
15492401 CTTTTATGA-CAAACCAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATGACT
253 -GTTTATGACCAAA-CAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCACATAGCCATAACT
* * ** * * * ** * * *** *
15492465 AATTGATTTAGTTTGAT-AAACATATTTATTTTTTGATTTTTTTA
316 ATTTAAACTA-TTTCATGAAACAAATTCACATTTTAAATCACTCA
* ** * * * * * *
15492509 CTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAACAG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATACGC-TATATGAACAA
* * * * ** * *
15492574 AAACAATTGTTTTA-AAGTAGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATT-TGTTAAATA
65 AAATAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT-TCAAA-A
* * * * * *
15492637 GTCATAACTATTTGAACTGGTTTGACAAATAGATTTATTTTTTAAA--TCTT--TTATTAGTTTT
127 GTCATAATTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* ** * * * * **** * *
15492698 TAAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTCCGAACAAACTT-ATACAAACAAAAACATTTGTT
192 TAAAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTTCAAATAAGCTTGA-ATGTTCTAAAACAATTG-T
** * * * * * * *
15492762 TTATGATGAAACAAAATGTTATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTT
255 TTATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCACATAGCCATAACTATTT
* * * * ** * *
15492827 GAA-T-TGGT-AGGTAAATAGAATT-ATTTTTTAAATCTCTTA
320 AAACTAT-TTCATG-AAACA-AATTCACATTTTAAATCACTCA
* * * * ** * **
15492866 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TCTTCTTTTATTCCGGATAAGCTAGTATGAATT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATACGCTA-TATGAACA
* * * * * *
15492930 AAAAT-TTTGTATTATGATAAAACAAAAAGTTATAA-CATTTTGACATAGATAATT
64 AAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATT
15492984 GTTATTATAG
Statistics
Matches: 2560, Mismatches: 539, Indels: 391
0.73 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
334 1 0.00
335 37 0.01
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (359 bp):
CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATACGCTATATGAACAAA
AATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAAGTCA
TAATTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAA
ATATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTTCAAATAAGCTTGAATGTTCTAAAACAATTGTTTATGA
CCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCACATAGCCATAACTATTTAAACTA
TTTCATGAAACAAATTCACATTTTAAATCACTCA
Found at i:15490721 original size:177 final size:177
Alignment explanation
Indices: 15490376--15492299 Score: 411
Period size: 180 Copynumber: 10.9 Consensus size: 177
15490366 GCTAGTTCAG
* * *
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* * *
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* ** *
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* * *
15490555 TAAACTAACTTATT-TTTAAATATCTA-ACTTATCAATTTTTGAAATATTAATGAAGTAATATTA
1 TAAACAAACTTATTATTTAAA-ATCTACACTTATCAA-TTTTGAAATATTAATAAACTAATATTA
* * *
15490618 TTTAT-TTC-AAATAAGCTTTTACGAACTG-AAACAATTTTTTATGTTAAAACAAAAGGTCATAT
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* * * * * * *
15490680 TTATTT-TAATAAATAGTTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACT--TGTTCA
126 TGATTTGAAAT-AATAATTGCTCAAATAACCATAACTATTTGAAATGAT-TTGA
* * * ** ** * * * *
15490731 GTAAAAAAAATTATTTTTTTAATTTCT-TGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTAT
1 -TAAACAAACTTA-TTATTTAAAATCTACACTTATCAA--TTTTGAAATATTAATAAACTAATAT
* ** * * * ** * *
15490794 TATTTTATTCGGAATAAGCATGTATGAACTGAAGA-AATTATTTTATGACCAAACAAAAGGTTAG
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* * ** **** **
15490858 AATGATTTGAAATAAATAATAGTTTTAATAGTTTTAACTATTT-AAACT-AGTTCAA
124 AATGATTTGAAAT-AATAATTGCTCAAATAACCATAACTATTTGAAA-TGA-TTTGA
* * * * * * * ** * *
15490913 CAAACACATTTATTGTTT-AAATCT-CTTACATATCAAATTTT-ATTATATTATTAATTTAGTAA
1 TAAACAAACTTATTATTTAAAATCTAC--ACTTATC-AATTTTGA-AATATTAATAAACTAATAT
* * ** * *
15490975 TATTTTAC-TCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-ATCAT
62 TATTTT-CTTCTAAATAAGCTTGTACG-ATGAAAACAATT-TTTTATGATAAAACAAAAGGTCAT
* * ** * *
15491038 AATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-ATTTGAACT-AGTTCGA
124 AATGATTTGAAATA-ATAATTGCTCAAATAACCATAACTATTTGAAATGA-TTTGA
* * * * * * *
15491092 TAAATAGATTTAGTT-TTT-AAATCT---CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTGTTA
1 TAAACAAACTTA-TTATTTAAAATCTACACTTATCAA-TTTTGAAATATTAATAAACTAATATTA
* * ** * * * ** * *
15491152 TTTTTTTC-GAATAAATTTATATGAAT-AGAAACAATTGTTTTACGGCAAAACAAAATGTCGTAA
64 TTTTCTTCTAAATAAGCTTGTACG-ATGA-AAACAATT-TTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * * *
15491215 TGATTTAAAATAGATAATAGTTTAAATGGA-CATGA-TATTTGAACT--TGTGCAA
126 TGATTTGAAATA-ATAATTGCTCAAAT-AACCATAACTATTTGAAATGATTTG--A
* * * * *
15491267 TAAACAAA-TT-TT-TTTTATATCTCCAACTTATTAACTTTT-AGAATATTAATAAATTAATATT
1 TAAACAAACTTATTATTTAAAATCTAC-ACTTATCAA-TTTTGA-AATATTAATAAACTAATATT
* * * * * * * * *
15491328 ATTTTATTTTGAATAATCTTGTATGAAT-AGAAGCAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGATCATA
63 ATTTTCTTCTAAATAAGCTTGTACG-ATGA-AAACAATT-TTTTATGATAAAACAAAAGGTCATA
* ** * ** * * * *
15491392 ACGATTTGAAATAA-ATATTATTAAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-CTCGG
125 ATGATTTGAAATAATA-ATTGCTCAAATAACCATAACTATTTGAA-ATGATTTGA
* * ** ** * * *
15491445 TAAAAAAAATTATT-TTTTCAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAATATTA
1 TAAACAAACTTATTATTTAAAATC-TACACTTATCAA-TTTTGAAATATTAATAAACTAATATTA
* * * * * * * **
15491509 TTTTATTCTGAATAAGCTT-T--TATGAATAGAA--ATTTATGACAAAACAAATTGTCATAATGA
64 TTTTCTTCTAAATAAGCTTGTACGATGAAAACAATTTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGA
* * * * ***
15491569 TTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAATCATAACTATTTAAAACTG-TCAAA
129 TTTGAAATA-ATAATTGCTCAAATAACCATAACTATTTGAAA-TGATTTGA
* * * ** * * * * * *
15491619 AAAACATA-TTCATT-TTTAAAATTTTTATTTATTATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTAT
1 TAAACAAACTT-ATTATTTAAAATCTACACTTATCAATTTTGAAATATTAATAAACTAATATTAT
* * * * * * *
15491682 TTTATT-TGAAATAAGCTTGCATGAACGAAAACAATTATTT-TG-T--GAC---A--TAAT-A-G
65 TTTCTTCT-AAATAAGCTTGTACG-ATGAAAACAATTTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * ** * *
15491735 -TTTAAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAACATG-GTTGG
128 ATTTGAAATA-ATAATTGCTCAAATAACCATAACTATTTGAA-ATGATTTGA
* * * * * * *
15491785 TAAACAGA-TTCATT-TTTTAATTCT-CTTA-TTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTA
1 TAAACAAACTT-ATTATTTAAAATCTAC--ACTT-ATCAA-TTTTGAAATATTAATAAACTAATA
* * ** *** *
15491846 TTATTTTATT-TCAAATAAGCTTATTTGAATTG-AAA-AATTGTTTTATTCCAAAACATAAGGTC
61 TTATTTTCTTCT-AAATAAGCTTGTACG-A-TGAAAACAATT-TTTTATGATAAAACAAAAGGTC
* * ** *** * * * *
15491908 ATAATAATTTGAAATAGTTAATTATTCAAATTGTCATGACTATTTTAACTTG-TTTGC
122 ATAATGATTTGAAATA-ATAATTGCTCAAATAACCATAACTATTTGAA-ATGATTTGA
* * * * * * * *
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** * * * *
15492028 TTTTAATCTAAATAACCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGGTAAAACAAAAAGTCATAA
64 TTTTCTTCTAAATAAGCTTGTACG-ATGA-AAACAATT-TTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAA
** * ** * * *
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* * * ** * * * *
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* * * * *
15492208 ATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTATTTTATGATAAAAAAAAAGGTTATA
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* * *
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TGAAATAATAATTGCTCAAATAACCATAACTATTTGAAATGATTTGA
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* * * * * *
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* * * ** * *** *
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* *
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* * * * * *
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** * * * * * * *
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* * *** * * * * *
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* * * ** * * * * ***
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* * * * *
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*
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* * *
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* * ** * * *
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* *
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* * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * *
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** * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * *
15491785 TAAACAGATTCATTTTTTAATTCTCTTA-TTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAA--ATCTTACTT-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * ** * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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187 TATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTTGAA
* * ** *
15492040 TAACCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGGTAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAA
251 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAA-TCATAACGATTTGAAATAA
*
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315 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTC-GA
15492145 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCTT--AATATTAATAAATTTA-TAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATC--TTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAA-TTAGTAT
* * * * * *
15492207 TATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGATAAAAAAAAAGGTTATA
61 TATTTTATTCAAAATAAGCTTATATGAATAG-AAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATA
* * * * *
15492272 GTGATTTCAAATAAATAATTGTTCAAAT
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15492300 TAACAAATTC
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* *
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* * *
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* *
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* * * * * *
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* * ** * *
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* * * * *
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* * * ** * ** *
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* * * * *
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* * * * *
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* * ** * * *
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* * * * * *
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* ** * * *
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* * *** ** * **
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877 TCAT
** * * * * * * *
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1 AATGATTTGAGATAGATAATTATTCA-AATAGTCATAAGTATTTGAACTAGTTCGATAAATAGAT
** * *
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* * * * *
15490281 AAAAAGCTTATATGAACTAAAACAATTATTTTATAACAGAACAAAAGGTTAAAATGATTTGAAAT
126 AAAAA-CTTATATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
*
15490346 AGATAATTATTCAAATAGG-A-GCTA---G----TT-CAGTAAACAAATTTATTATTTAAAATCT
189 AGATAATTATTCAAAT-GGCATGATATTTGAACTTTGCA-TAAACAAATTT-TT-TTT-AAATCT
* * * *
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249 CCTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAT-CTTGTATGA
* * * * * *
15490464 ATGAAAAACAATT-TTTTATGATAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAAT-AGTAATTGCTCAA
313 AT--AGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
* * * * * * * * *
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376 ATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAAAATTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAA
* * *
15490590 TTTTTGAAATATTAATGAAGTAATATTA-TTTATTTCAAATAAGCTTTTACGAACTGAAACAATT
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* * * *
15490654 TTTTATGTTAAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAATAAATAGTTGTTCAAATAATCATAACTATT
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* *
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562 TGAACTTGTTCAGTAAAAAAAATTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTTGAATGTTAAT
* * * *
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627 AAATTAGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGAATGAAC-GAAAACAATTATTTTATGACCAAAC
* * ***
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* * * * * * ** *
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*
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* *
15491038 AATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CATTTGAACTAGTTCGATAAATAGATT
1 AATGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAGTATTTGAACTAGTTCGATAAATAGATT
* * *
15491102 TAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTT-TTTCGAATAA
66 TATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA-AA
* * * * * *
15491166 ATTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTACGGCAAAACAAAATGTCGTAATGATTTAAAATAGATA
130 ACTTATATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
* * *
15491231 A-TAGTTTAAATGGACATGATATTTGAACTTGTGCAATAAACAAATTTTTTTTATATCTCCAACT
194 ATTA-TTCAAATGG-CATGATATTTGAACTT-TGC-ATAAACAAATTTTTTTTAAATCTCCTACT
* *
15491295 TATTAACTTTT-AGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAATCTTGTATGAATAGA
255 TATTAA-TTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAATCTTGTATGAATAGA
* * *
15491359 AGCAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAAT-ATTATTAAAATAGTC
318 A-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * *
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382 ATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAAATTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * *
15491488 AATTTTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAATTTATGACAAA
446 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTTTATGAATAAAAATTTATGATAAA
** * * *
15491552 ACAAATTGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAATCATAACTATTTAAAAC-TG-T
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* * * *
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* * *
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* * * * * * * * * ***
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* ** * * * * * * *
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762 AATTCACATTTTAAATCACTCA--CATATCAAATTTTGAAATATTAAGAAATTAGTAATATTTTA
* * * *** * ** *
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* * * * * * * * * * * *
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1 AATGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAGTATTTGAACTAGTTCGATAAATAGATT
* * * * *
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* ** * **
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127 AA-AA-CTTATATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * *
15492103 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAATAATATGAAC-TTGTCTGATAAACAGATTTATTTTTTAAAT
189 AGATAATTATTCAAAT-GGCATGAT-ATTTGAACTTTG-C--ATAAACA-AATT-TTTTTTAAAT
** * * * *
15492167 CTTTTACTTATTAATTATCT-TAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTA
247 CTCCTACTTATTAATT-T-TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAATCTTGTA
* * * * * * ** *
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*
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* * ** * *
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* * * * *
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499 ---TTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTT-AAATAAAT-ATTGTTCAAATAATCATAACT
* * * * * * * * * * *** *
15492465 AATTG-ATTTAGTT-TGATAAACATATTTATTTTTTGATTTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATA
559 ATTTGAACTT-GTTCAG-TAAAAAAAATTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTTGAATG
* * *
15492528 TTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCG-AATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTA-AA
622 TTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCGAAATAAGCTTGAATGAACGA-AAACAATTATTTTATGA
** * * * ** * * * *
15492590 GTAGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTTGTT-AAATAGTCATAACTATTTGAAC
685 CCA-AACAAAAGGTAAGAATGATTTGAAATAAATAA-TAGTTGACATAGCCATAACTATTTAAAC
* ** * * * ** ** * ** * * *
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748 TGATTCAACAAACAAATTCACATTTTAAATCACTCACATATCAAATTTTGAAATATTAAGAAATT
* * * * ** * * **
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813 AGTAATATTTTACTCC-AA-ATAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGA
* *
15492778 TGTTAT
876 -ATCAT
* * * * * * * * * *
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* * **
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66 TATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT-TT
* * ** * * * * * *
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125 GAAAAACTTA-TATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAA
* * *** * * *
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187 ATAGATAATTATTCA-AAT-GGCAT-GATATTTG---AAC---TTTGCA-TAAACAAATTT--TT
* ** * * * * *
15493037 TATGATAAAATAAAAAGTTATAACGTT-TTAAATATTTGAATTGGTTTGGCAAACAAATTTATTT
240 T-T--T-AAAT-----CTCCT-AC-TTATT-AAT-TTTGAAAT--ATT----AATAAA-TTAATA
* * * * *
15493101 TTAATCCTCTTAGTTTTTAATTTTTGGAATATTGT-TAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG
285 TT-AT--T-TTA--TTCTAA---AT--AATCTTGTAT-GA--A-TA-GA----A---C-AAT-TG
* * * ** * * *** *
15493165 CTTCTATGAACATAAATAATTATTTTATAATAGA-ACAAAAGGTTATAAAAATTTGAAGTAT-AC
325 -TTTTATG-ACA-AAACAA-AAGATCATAA-CGATTTGAAA---TA-AATAA-TT---GT-TCA-
* * * * ** * * *
15493228 AATTGCTCAAATAGTTATAACTATTTGAAATGGTTTGGCAAAGAAATTTA-TTTTTAAAATC-T-
375 AATAG-TC--ATA---A---CTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAAATTATTTTTTAAATTCTTA
* * * * * **
15493290 CTTATTAATTTTTG-AATGATTAATGAATGAGTATCATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGAATG-AT
431 CTTATTAATTTTTGAAAT-ATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTTTATGAAT
* * * * * *
15493352 CAAAAACATTTGTTATATGACCAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATG
494 --AAAA-ATTTATGATA--A--AACAAAAGGTCATAATGATTT-AAATAAAT-ATTGTTCAAATA
** * * ** * * * *
15493417 GCCATGATTA-TTG-ACAGGATT-A-T--------TCACTTTTTAAA--TC--AATTATTAATTC
550 ATCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAAAAAAATTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTT
** * * * * * *
15493466 TTAAAATATTAAAAAATTCA-TTTTATTATATTTC-AAATAAGCTTGTAT--A-GACAAACGATT
614 TTTGAATGTTAATAAATT-AGTATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGAATGAACGA-AAACAATT
* * * * * ** * **** * *
15493526 GTTTGATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAACAAATAATTA-TTCTTGTAGTCTTAACT
676 ATTTTATGACCAAACAAAAGGTAAGAATGATTTGAAATAAATAA-TAGTTGACATAGCCATAACT
* * * * * *
15493590 GTTTGAACT-ATTTCAACAAACAGATTTATC-TTTTAAAT---T----TATTAATTTTTGAAATA
740 ATTTAAACTGA-TTCAACAAACAAATTCA-CATTTTAAATCACTCACATATCAAATTTTGAAATA
** * * * ** * * ** * *
15493646 TTATTAAATTAGTATTATTTAATTCTGAATAAGTTTGTATGAACTGAAACTATTATTTTATAACA
803 TTAAGAAATTAGTAATATTTTACTCCAAAT-AGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACA
* *
15493711 AAACAAA-AGTTTAT
867 AAACAAAGA-ATCAT
* * * * *
15493725 AACGATTTGAAAT-G-TAA-T-TTC------TCA-AA-TA--AGAACTGGTTTGATAAATAGATT
1 AATGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAGTATTTGAACTAGTTCGATAAATAGATT
* * *
15493776 TATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAA
66 TATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA-AA
** * * * *
15493841 GTTTGTAT-AATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGAA
130 ACTTATATGAAT--AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
* * * ** *
15493905 AATTGTTAAAATTGGCAT-A-A-TT--A-TTTG----AACTAATTTGTTAAATAGAT-TCACTTA
193 AATTATTCAAA-TGGCATGATATTTGAACTTTGCATAAACAAATTT-TT-TTTAAATCTC-C-TA
* * *
15493959 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTATTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAATC
253 CTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCT-AAATAATCTTGTATGAAT-
* * * * * * *
15494023 AAAACAATTTTTTTATGACAAAATAAAA-AGTTATAACGATTTTAAATATACAATTGTTCAAATA
315 AGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
15494087 GTCATAACTATTTGAATTTGTTCAAAAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTT
379 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAAATTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTT
* * ** *
15494152 TGAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTC-GGTAAGCTTTTTTGAACTAAAATGATTTTT
443 TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTCAAATAAGCTTTTATGAA-TAAAA--A----T
* * ** * *
15494216 TTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTT---TAAATA-AG-T-AAATAGTCATAACTATTTGA
500 TTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAATAAATATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGA
* ** * * * *
15494275 GCTTGTTTGGTTAACAAATTTATTTTTTAAAATCTT-TTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATA
565 ACTTGTTCAGTAAAAAAAATTATTTTTT-AAAT-TTCTTACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATA
* * * * * * * * *
15494339 TATTTGGATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGATATG-AAACAAATATTTTATGACTAGA-A
628 AATTAGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGAATGA-ACGAAAACAATTATTTTATGACCAAACA
* * * * *** *
15494402 AAAGGTCAGACA--ATTTGAAATAGATAATTA-TTCTA-ACAGTTTTAACTATTTGAACT-AGTT
692 AAAGGTAAGA-ATGATTTGAAATAAATAA-TAGTT-GACATAGCCATAACTATTTAAACTGA-TT
* * * * ** * * * * * *** * *
15494462 TAACAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTCAATTAATAT
753 CAACAAACAAATTCACATTTTAAATCACTCACATATCAAATTTTGAAATATTAAGAAATTAGTAA
* * ** * *
15494527 TATTTTTA-ACCAAATAAGCTTTTATGATTAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAG-ATCAT
818 TA-TTTTACTCCAAAT-AGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGAATCAT
** * * * * * * ** *
15494590 AACAATTTGAGATTGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTCGAACTGGTTTAATAAGTAGATT
1 AATGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAGTATTTGAACTAGTTCGATAAATAGATT
15494655 TATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
66 TATTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
** * * * ***
15494720 ATAAGTTTATATG-ATCAAAAACAATTATTTTATAACAAAATAAAAGGTCATAGCAATTTGAAAT
127 A-AAACTTATATGAAT--AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * *
15494784 AAAAAATTATTTAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATT-CAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
189 AGATAATTATTCAAATGG-CATGA-TATTTGAACT--TTGCA-TAAACAAA-TT-TTTTTTAAAT
* * * * * *
15494848 CTCTTACTTATTAATTTGAGAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATT-TCATATAAGCTTGTA
247 CTCCTACTTATTAATTT-TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCT-AAATAATCTTGTA
* * * * * * * *
15494912 TTAGCTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-AGTTATAATGATTTTAAATAGACAATTGTT
310 TGA-ATAGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTT
* ** * * * * * *
15494976 CAAGTAGGAATAACTATTTGAACTTGCTC-AGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATTTTTTTCTTA
373 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAAAATTATTTTTT-AAA-TTCTTACTTA
* * * ***
15495040 TTAATTTTTCG-AATGTTGATAAA-TAAGTATTAATTTATTTTGGATAAG-TTTGTATGAACTTA
435 TTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAA-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTT-TATGAA--TA
* * ** * *
15495102 AGCAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTCAGAAAAATTTGAAATAGATATTTGTT-ATAATAG
495 A--AA---ATTTATGA-TAAAACAAAAGGTCATAATGATTT-AAATAAATA-TTGTTCA-AATAA
* * * * * * * * *
15495165 TCTTAACCATATGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAA-TTTT
551 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAAAAAATTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * * * *
15495229 TGAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTACGAA-TAAAAAAATTGTT
616 TG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGAATGAACGAAAACAATTATT
* * * * * * ** * * * ***
15495292 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAATTAAAATTGATAATCGTTCATATAGTGTTAACTATTT
679 TTATGACCAAACAAAAGGTAAGAATGATTTGAAATAAATAATAGTTGACATAGCCATAACTATTT
* * ** ** * * * * * ** **** * * ** * **
15495357 GAACTGGTTCCGCAATTAGATTTA-TTTTTTATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAAAATATGATTA
744 AAACTGATTCAACAAACAAATTCACATTTTAAATCACTCACATATCAAATTTTGAAATATTAAGA
* * * *** * * * * *
15495421 AATTAGTATTATTTTATTCCAAGTAAAATAGTATGAATAGAACCAATTGTTTGATGACAAAA-AA
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*
15495485 A-AAGTTAT
873 AGAA-TCAT
* * * * * * * * *
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1 AATGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAGTATTTGAACTAG-TTCGATAAATAGAT
*
15495557 TTATTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
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* * * * * * * **
15495621 AAACAAACTTATATAAACAAAAATAATTGTTTTATCACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAA
125 GAA-AAACTTATATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * * ** * *
15495686 TAAATAACTGTTCAAATAGTTATAGTTATTTGAACTGATTTGGCA-AATA-GAATTATTTTTTAA
188 TAGATAATTATTCAAAT-GGCAT-GATATTTGAAC---TTT-GCATAA-ACAAATT-TTTTTTAA
** * * * * * * * * *
15495749 ATCTTTTTCTTATAAAATTTTGAAATATTAACAAATTAGTTTTATTTTGTTCCAAATAAACTTAT
245 ATCTCCTACTTAT-TAATTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAATCTTGT
* * * * * * * *
15495814 AAGAGCTAAAATAATT-TTCTTATGACAAAA-TAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
309 ATGA-ATAGAACAATTGTT-TTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGT
* * ** * ** * * *
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372 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAAATTATTTTTTAAAT-TCTTACTTAT
* * * ** ** * * **
15495941 TAAATTTTCATAATATTATTAAATTAGCATTATTTTATTTGGACTAAACTTGCATGAATAAAAAT
436 TAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAAT---AA-
* * * * *
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496 AA--A-TTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTT-AAATAAAT-ATTGTTCAAATAATCATA
* * * **
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556 ACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAAAAAATTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTTG-AA
* * * ***
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620 TGTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGAATGAACG-AAAACAATTATTTTAT
* * * * * * ** * **
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683 GACCAAACAAAAGGTAA-GA-A---TGATTTGAAATAA-ATAATA-GTTG----AC-ATAG--CC
* * * * * *
15496257 ATGAGAAAATGAAAGGTAATAAC-GATTTGAA-ATAGA-AAATTGTTCAAATGGCTATAATTATT
734 AT----AACT---A-TTTA-AACTGA-TTCAACA-A-ACAAA---TTCACAT---TTTAA--A--
* ** * * * ** ** *
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*** ** * * *
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*
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872 AAGA-ATCAT
* * * * * *
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* *
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** * * * * * * **
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125 GAA-AAACTTATATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * * * * * *
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188 TAG-ATAATTATTCAAAT-GGCATGA-TATTTGAACT--TT--GCATAAACA-AATT-TTTTTTA
* * * * * * *
15496712 AATATCTTACTTATTAATTTTCAAAGTATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCCAAATAAGCTT
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* * * * ** *
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* ** * ** * *
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* * * * * *
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* * * *
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* ** * * * *
15497032 ATATCTATTT-AAGCTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTT-TTGCTTATTAATTTT
553 ATAACTATTTGAA-CTTGTTCAGTAAAAAAAATTATTTTTT-AAAT-TTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * * * * *
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* *
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* * * * * *
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1 AATGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAGTATTTGAACTAGTTCGA-TAAATAGAT
* * *
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* * * *
15497457 A-TTATGTATGAATAGAAACAATTATTTTATAACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
130 ACTTA--TATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * * * *
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192 TAATTATTCAAATGG-CATGA-TATTTGAAC---TTTGCATAAACAAA-TT-TTTTTTAAATCTC
* * * * *
15497585 CTACCTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAA
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* * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * * *
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625 ATAAATT
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Statistics
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TATTCAAATGGCATGATATTTGAACTTTGCATAAACAAATTTTTTTTAAATCTCCTACTTATTAA
TTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAATCTTGTATGAATAGAACAATTGT
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AATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAATAAAAATTTATGATAAAACAAAAGGTCA
TAATGATTTAAATAAATATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAAAAAATT
ATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAAA
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ATAATAGTTGACATAGCCATAACTATTTAAACTGATTCAACAAACAAATTCACATTTTAAATCAC
TCACATATCAAATTTTGAAATATTAAGAAATTAGTAATATTTTACTCCAAATAGCTTATATGAAC
AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGAATCAT
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* * * * ** * *** *
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* * * * *
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** * * * * *
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* * * * * * *
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* ** * ** * * * *
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* * * * *** * * * * **
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* * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * *
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** * * * * *
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* * * * * * *
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* * *** * *
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*
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* * *
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** * *
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* * * * *
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* *
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* *
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1 TT-ATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTG
* * * ** ** * *
15491690 AAATAAGCTTGCATGAACGAAAACAATTATTTTG---TGAC-----ATAAT-A-G-TTTAAAATA
65 -AATAAGCTTGTATGAA-TAGAACAATT-TTACGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATA
* * * * * * * * * ** * *
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* * * *
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1 TT-ATTTTTAAAATCTTTTACTT-ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
* * * * * *** * * **
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64 -GAATAAGCTTGTATGAATAGAACAA---TTTTACGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAA
** * ** * * * * * * * *
15491922 TAGTTAATTATTCAAATTGTCATGACTATTTTAACTTGTTTGCTAAACATAT
125 TAAAT-ATTATTAAAATAATCATAACTATTTAAACTTGCTCG-AAAAAAAAA
* * * * * * * *
15491974 TTATTTTTTAAATCTTCTACTAATTAA-TTGTCGAAAATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTA
1 TTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTTG
* * ** *
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65 AATAAGCTTGTATGAATAG-AACAA---TTTTACGACAAAACAAAAGA-TCATAACGATTTGAAA
* * * * * * * *
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125 TAAAT-ATTATTAAAATAATCATAACT-ATTTAAACTTGCTC-GA-AAAAAAAA
* *
15492154 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCTT--AATATTAATAAATTTATATTATTTTATTC
1 TTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-
**
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63 TGAATAAGCTTGTATGAATAGAA
15492240 AAAATTATTT
Statistics
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* * *
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* * * * *
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*
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* *
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* * * ** *
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Statistics
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* * * **
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*
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**
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* * * **
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*
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325 TTTAAAATATTG
** * *
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1 ATAAATTAATATTATTTTAATCT-AAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTCTTTTATGACAAA
* * ** * *
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* * * * * *
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* * * *
15492541 ATTATTTTAATTC-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTAA-AGTAGAACAAAAA-G
192 ATTATTTT-ATTCAAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTATTTTAAGA-TA-AAAAAAAAGG
*
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15492636 AGTCATAACT
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CAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAATAATATGAACTTGTCTG
ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTTATATTA
TTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTATTTTAAGATAAAAAAAAAGGTCATAAC
AATTTCAAATAAATAATTTGTTAAATTAACAAATTCACTTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTT
TTAAAATATTG
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* * * **
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* * * *
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* * * * * * * * *
15492458 CATGACTAATTGATTTAGTTTGATAAACATATTTATTTTTTGATTTTT
128 CATAACTATTTGAATTGGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTT
* *
15492506 TTACTT-ATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGA
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* **
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* *
15492634 ATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGACAAATAGATTTATTTTTTAAATCTT
123 ATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTT
* * * * ** *
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1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CGAATAAACTTATATGAACAGA
* * * *
15492752 AACATTTGTTTTATGATGAAACAAAATGTTATAATGATTTAAAATAAATAA-TTGTTCAAATAGT
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* * * *
15492816 CATAATTATTTGAATTGG-TAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTT
128 CATAACTATTTGAATTGGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAA--TCTT
*
15492865 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
1 --TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACAATTGTTTTATGAGAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTTGTTAAATAGTCAT
AACTATTTGAATTGGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTT
Found at i:15494029 original size:169 final size:169
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15493780 TTTTAAATCT
* *
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* *
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*
15493919 GCATAATTATTTGAACTAATTTGTTAAATAGATTCACTTA
130 GCATAACTATTTGAACTAATTTGTTAAATAGATTCACTTA
* *
15493959 CTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-
1 CTTATTAATTTTTGA-AATAGTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT-AATG
* * * * * *
15494022 CAAAACAATTTTTTTATGACAAAATAAAAAGTTATAACGATTTTAAATATACAATTGTTCAAATA
64 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAGAAAATTGTTAAAATA
*
15494087 GTCATAACTATTTGAA
129 GGCATAACTATTTGAA
15494103 TTTGTTCAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATAATGAA
AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAGAAAATTGTTAAAATAGG
CATAACTATTTGAACTAATTTGTTAAATAGATTCACTTA
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Period size: 181 Copynumber: 13.7 Consensus size: 181
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* *
15493773 ATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAATATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * *
15493834 CGAATAAGTTTGTATAATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAA
66 CAAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * * * * * * *
15493899 ATAGAAAATTGTTAAAATTGGCATAATTATTTGAACTAATT-TGT---TAA
131 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAA
* * * *
15493946 A--TA------GATTCACTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTATTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * *
15494002 TCAAATAAGCTTGTATGAATC-AAAACAATTTTTTTATGACAAAATAAAAAGTTATAACGATTTT
65 TCAAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * ** *
15494066 AAATATACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTG-TTCAAAAAACAT
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGATTCAGTAAACAA
* *
15494119 ATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TT
** * * * * ** * *
15494184 TC-GGTAAGCTTTTTTGAACTAAAATGATTTTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTT--
65 TCAAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * ** *
15494246 --TAAATAA--G-T-AAATAGTCATAACTATTTGAGCTTG-TTTGGTTAACAA
130 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCAGTAAACAA
* * * * * *
15494292 ATTTATTTTTTAAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATATATTTGGATTATTTTAT
1 ATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * *
15494356 TCCAAATAAGCTTGTATGAT-ATGAAACAAATATTTTATGACTAGA-AAAAGGTCA-GACAATTT
64 TTCAAATAAGCTTGTATGATCA-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
* * * ** * ** * *
15494418 GAAATAGATAATTATTCTAACAGTTTTAACTATTTGAACT-AGTTTAACAAATAC
128 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCAGTAAACAA
* * * *
15494472 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTCAATTAATATTATTTT-TAA
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-T
* * * * * *
15494536 CCAAATAAGCTTTTATGATTAGAAACAATTATTTTATGATAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGA
65 TCAAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * * * * * * ** *
15494600 GATTGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTCGAACTGGTTTAATAAGTAG
130 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAA
*
15494652 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * * * *
15494717 TGAATAAGTTTATATGATCAAAAACAATTATTTTATAACAAAATAAAAGGTCATAGCAATTTGAA
66 CAAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * * * * * * *
15494782 ATAAAAAATTATTTAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTCAGTAAACAA
131 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAA
** *
15494833 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTGAGAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * * ** *
15494898 CATATAAGCTTGTATTAGCTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATGATTTTAA
66 CAAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * ** * * *
15494963 ATAGACAATTGTTCAAGTAGGAATAACTATTTGAACTTG-CTCAGTAAATAG
131 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCAGTAAACAA
* * * * * * *
15495014 ATTTATTTTTTAAAATTTTTTTCTTATTAATTTTTCG-AATGTTGATAAATAAGTATTAATTTAT
1 ATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
*** * * ** * * * * *
15495078 TTTGGATAAGTTTGTATGAACTTAAGCAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAAAAATTTG
64 TTCAAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * * * *
15495143 AAATAGATATTTGTT-ATAATAGTCTTAACCATATGAACTGGTTCGGTAAACAA
129 AAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAA
* * *
15495196 ATTTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * *
15495261 CAAATAAGCTTGTACGAAT-AAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAA-TTA
66 CAAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-AATTTG
* * * ** * * * ** *
15495323 AAATTGATAATCGTTCATATAGTGTTAACTATTTGAACTGGTTCCGCAATTAG
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAA
* * ** * ** * * *
15495376 ATTTATTTTTT-ATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAAAATATGATTAAATTAGTATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* ** * * * * * * * **
15495440 CAAGTAAAATAGTATGAAT-AGAACCAATTGTTTGATGACAAAA-AAAAAGTTATAATGATTTGA
66 CAAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * * * **
15495503 AATAGATAATTATTCAAATAGCCAAAACTATTTGAAATGATTTGGTAAACAA
130 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAA
*
15495555 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * * * *
15495619 TCAAACAAACTTATATAAACAAAAATAATTGTTTTATCACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGA
65 TCAAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * * ** ** * *
15495684 AATAAATAACTGTTCAAATAGTTATAGTTATTTGAACTGATTTGGCAAATAGA
130 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACA-A
* * * * * * * *
15495737 A-TTATTTTTTAAATCTTTTTCTTATAAAATTTTGAAATATTAACAAATTAGTTTTATTTTGTTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * * **
15495801 CAAATAAACTTATAAGAGCTAAAATAATT-TTCTTATGACAAAA-TAAAGGTCATAATGATTTGA
66 CAAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTATT-TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * * * ** * *
15495864 AATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACCGGTTTGGCAAACAG
130 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAA
* * * * *
15495916 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTA-TAAATTTTCATAATATTATTAAATTAGCATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * * * * * * * *
15495980 TGGACTAAACTTGCATGAAT-AAAAATAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTTATAATAATTTG
65 TCAAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
15496044 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTCAGTAAACAA
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCAGTAAACAA
** *
15496097 A-TT-TTTTTTAAATCTCTTAC----TAATTCATGAAATATTAATAAATTAGTATAATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * *
15496156 CAAATAAGCTTGTAGGTTGAAAAACAATTATTTTATGACAAAACGAAAGGTAATAACA
66 CAAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
15496214 TTTTTATTTC
Statistics
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0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
165 1 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
CAAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAA
Found at i:15496257 original size:67 final size:68
Alignment explanation
Indices: 15496148--15496284 Score: 231
Period size: 67 Copynumber: 2.0 Consensus size: 68
15496138 ATTAGTATAA
15496148 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTAGGTTGAAAAACAATTATTTTATGACAAAACGAAAGGTAATAAC
1 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTAGGTTGAAAAACAATTATTTTATGACAAAACGAAAGGTAATAAC
15496213 -AT
66 GAT
* * * *
15496215 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAATGAAAGGTAATAAC
1 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTAGGTTGAAAAACAATTATTTTATGACAAAACGAAAGGTAATAAC
15496280 GAT
66 GAT
15496283 TT
1 TT
15496285 GAAATAGAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (68 bp):
TTTTATTTCAAATAAGCTTGTAGGTTGAAAAACAATTATTTTATGACAAAACGAAAGGTAATAAC
GAT
Found at i:15496582 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 15496215--15497254 Score: 879
Period size: 181 Copynumber: 5.8 Consensus size: 180
15496205 GTAATAACAT
* * * ** * *
15496215 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG--TTGAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAATGAAAGGTAATA
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* * * *
15496278 ACGATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAAT-GGCTATAATTATTTGAAC-TGTTC-AGTAAACTAAT
64 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAAAT
* * * *
15496340 TTATTTTATAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAACAAAGTAATATTA
127 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTA
*** * * * *
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1 TTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAC
* * * *
15496459 GATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAAATTTAT
66 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTAT
* *
15496524 TTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTA
131 TTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * *
15496576 TTTTATTTCGAATAAG-TTTATATGAACTGAGACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAA
1 TTTTATTTCAAATAAGCTTT-TATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA
* * * * * ** *
15496640 CAATTTGAAATAGAAAAATT-TTCTAATAGTCTTAACCATTTGAAC-TGATTCGGCAAACACATT
65 CGATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAAATT
* ** *
15496703 TATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTCAAAGTATTATTAAATTAGTATTA
128 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA-TATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
15496757 TTTT-TATCCAAATAAGCTTGTATGATCAGAAACAATTTTTTTATGAGAAAAC-AAAGATCATAA
1 TTTTAT-TTCAAATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA
* * * * * ** * *
15496820 TGATTTGAGATTGATATTTGTTAAAATAGTTGTAACTATTTGAA-TTGGTTCGAAAAACAATTTT
65 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACAAATTT
* * * * *
15496884 AGTTTTTAAATCTCTTCCTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTAGTCA
129 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTA-TTA
* * * *
15496938 -TTTATTTCAGATAAGATTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAAT
1 TTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAC
* * * * * * *
15497002 GATTTTAAATAGATGATTGTTCAAAGAGTCATATCTATTT-AAGCTTGTTTGGTAAACAGATTTA
66 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTTGTTCGATAAACAAATTTA
* * * *
15497066 TTTTTTAAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTATAATATTAATAAATTAATATT-
130 TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * * * * * * * *
15497118 TTTTATTCCAAATAAGCTAGTATAAACTAAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGACC
1 TTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAC
* * * ** * * *
15497183 AATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTTGGCA-AAACACATTT
66 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCG-ATAAACAAATTT
15497247 ATTTTTTA
129 ATTTTTTA
15497255 TTATTAAATT
Statistics
Matches: 683, Mismatches: 148, Indels: 57
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Matches are distributed among these distances:
179 40 0.06
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183 5 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAC
GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTAT
TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTA
Found at i:15496926 original size:361 final size:361
Alignment explanation
Indices: 15496244--15497227 Score: 862
Period size: 361 Copynumber: 2.7 Consensus size: 361
15496234 GTATGTTGAA
* * ** * * *
15496244 AAACAATTGTTTTATGAGAAAATGAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATGGC
1 AAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATGGC
** * * *
15496309 TATAATTATTTGAACTGTTCAGTAAACTAATTTATTTTATAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
66 TATAACCATTTGAACTGTTCAGCAAACTAATTTATTTTATAAATATCTTACTTATTAATTTTTCA
**** * * *
15496374 AATATTAACAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTGAAGCAATTGTTTTAT
131 AATATTAACAAAGTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * * *
15496439 GACAAATCAAAAGTTCATAAGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACT
196 GACAAAACAAAAGATCATAAGATTTGAAATAGATAATTATTAAAATAATCATAACTATTTGAACT
* * * * * * *
15496504 TGTTCGATAAATAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATT
261 TGTTCGAAAAACAAATTTAGTTTTTCAAATCTCTTCCTTAATAATTTTTTGAATATTAATAAAGT
*
15496569 AGTA-TTATTTTATTTC-GAATAAG-TTTATATGAACTG
326 AGTAGTCA-TTTATTTCAG-ATAAGATTT-TATGAACTG
* *
15496605 AGACAATTATTTTATGACT-AAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGAAAAATT-TTCTAATA
1 AAACAATTATTTTATGA-TAAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAG-AAAATTGTTCAAAT-
* * *
15496668 GTCT-TAACCATTTGAACTGATTCGGCAAAC-ACATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAA-T
63 GGCTATAACCATTTGAACTG-TTCAGCAAACTA-ATTTATTTTATAAATATCTTACTTATTAATT
** * *
15496730 TTTCAAAGTATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCCAAATAAGCTTGTATG-ATCAGAAACAAT
126 TTTCAAA-TATTAACAAAGTAATATTATTTTAT-TCCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAAT
* * * * * * * **
15496793 TTTTTTATGAGAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTAAAATAGTTGTAACT
188 TGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA-GATTTGAAATAGATAATTATTAAAATAATCATAACT
*
15496857 ATTTGAA-TTGGTTCGAAAAACAATTTTAGTTTTT-AAATCTCTTCCTTAATAA-TTTTTGAAAT
252 ATTTGAACTT-GTTCGAAAAACAAATTTAGTTTTTCAAATCTCTTCCTTAATAATTTTTTG-AAT
15496919 ATTAATAAAGTAGTAGTCATTTATTTCAGATAAGATTTTATGAACTG
315 ATTAATAAAGTAGTAGTCATTTATTTCAGATAAGATTTTATGAACTG
* * * * ** * **
15496966 AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAATGATTTTAAATAGATGATTGTTCAAA-GAG
1 AAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATG-G
* * ** * * *
15497030 -TCATATCTATTT-AAGCTTGTTTGGTAAAC-AGATTTATTTTTTAAA-ATCTTTTGCTTATTAA
65 CT-ATAACCATTTGAA-C-TGTTCAGCAAACTA-ATTTATTTTATAAATATC--TTACTTATTAA
* * * * *
15497091 TTTTT-ATAATATTAATAAATTAATATT-TTTTATTCCAAATAAGCTAGTATAAACTA-AAATAA
124 TTTTTCA-AATATTAACAAAGTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAA
* * * * ** * **
15497153 TTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGACCA-ATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAA
187 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATA--AGATTTGAAATAGATAATTATTAAAATAATCATAA
15497217 CTATTTGAACT
250 CTATTTGAACT
15497228 GGTTTGGCAA
Statistics
Matches: 505, Mismatches: 86, Indels: 62
0.77 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
359 2 0.00
360 16 0.03
361 248 0.49
362 230 0.46
363 8 0.02
364 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (361 bp):
AAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATGGC
TATAACCATTTGAACTGTTCAGCAAACTAATTTATTTTATAAATATCTTACTTATTAATTTTTCA
AATATTAACAAAGTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
GACAAAACAAAAGATCATAAGATTTGAAATAGATAATTATTAAAATAATCATAACTATTTGAACT
TGTTCGAAAAACAAATTTAGTTTTTCAAATCTCTTCCTTAATAATTTTTTGAATATTAATAAAGT
AGTAGTCATTTATTTCAGATAAGATTTTATGAACTG
Found at i:15497579 original size:177 final size:178
Alignment explanation
Indices: 15497253--15497946 Score: 736
Period size: 181 Copynumber: 3.9 Consensus size: 178
15497243 ATTTATTTTT
* * * * * * *
15497253 TATTATTAAATTAGTATTATCTTAATTT-GAATAACTTTATATGAA-A-AAA-AA-TGTTCTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTTCGAATAACCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATA
* * * * * *
15497313 ACAAAATAAAA--TCAGAATGATTTAAAATAGATAATTATTGAAATAGTCATAACTATTTGAA-T
65 ACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * *
15497375 TGGTTCAGTAAATAGATTTAATTTTTAAATC-TCTTATTAATTTTTAAAA
130 T-GTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCTTATTAATTTTCAAAA
* *
15497424 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-TTATGTATGAATAGAAACAATTATTTTATA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAACCT-TGTATGAATAGAAACAATTATTTTATA
* * *
15497488 ACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGAT-ATGACTATTTTAAC
65 ACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAAC
**
15497552 TTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCTACCTATTAATTTTCAAAA
129 TTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCT---TATTAATTTTCAAAA
* * * * *
15497605 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAACCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATAA
* * * * *
15497670 CAAAAAAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAGCTT
66 CAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * ***
15497735 GCTT-GGTAAACAAATTTATTTCTTAAATCTTTTACATATTAATTTTGGGAA
131 G-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC--TT-CTTATTAATTTTCAAAA
* *
15497786 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGA-TTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAACCTTGTATGAATAGAAACAATT-ATTTTAT-
* **
15497850 AA-AAAACAAAAGGTCATAAATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
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* *
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* * *
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* ** *
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** ****
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* * * * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* ** * * * ** * * *
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*** * * * * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * ** *** * * ** **
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* * *** **
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* * * *
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* * * ** * * *
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* * *
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* * * * * * **
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* * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * **
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* * * * * * *
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* ** * * *
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* ** * ** *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * *** * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* *** *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * ** * *
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* * * * * * *
15525362 TTATGACTATTTTAATAATTATTTATGTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAAAAAT
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** * * ** * * **
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* * * * * *
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*
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* * * * * * *
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* * ** ** * * ** *
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* * * ** ** *
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* * * * *
15525788 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAA-AATATTAATTTATTAATATTTCAACAAAT
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* * * * * * * * * * *
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* * * *
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* * *
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* * *
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* *
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** * * *
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* * ** * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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** * * * * * *
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** * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* ** *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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Statistics
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* * * * * * * *
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* * * * ** *
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* * * *
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*** * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * **
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * **
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* * * ** *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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*** * * * * * *** * *
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121 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATCAGTTT
* * * * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * * *
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65 AAACAATT-ATTTCTATTCATACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * ** *
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15534592 T
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* * * ** * * * *
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** ***
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* * * * * * * *
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1 AA-A-T-AGTTATGACTATTT-GAACAATT-ATCTATTTCAAATAGTT---ATG-ACCTTTTGTT
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** * * ** * * * *
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* **
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*** *** *
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156 -AATAA--ATCTG-TTTACCGAAT-CA---GTTT
* *
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1 A---AA-TAG-T----T-A-T--GACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCT
* * * * * * * *
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*
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* * * * * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * *
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65 AAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * *
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128 C-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATCAGTTT
* * * * ** * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * *
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66 AACAATTATTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATT-A-A--T--
* * * * * *
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* * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * ** * * *
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* ** ** * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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** * * * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTG-TCAT
* * * * * *
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128 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATC-AGTTT
* ** * * * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * ** *
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* * * * * *
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* * * * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * *
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* * * * * *
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129 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATC-AGTTT
* * * * * * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * ** * * * *
15537129 AATAAATGTTTTTGTTCATATAATTTTGTTTGAAATAAAAAAAATACTAATCTATTAATATTTCA
66 AACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * *** * *
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130 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATCAGTTT
* ** * * * * *
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*
15537306 AACAA-TAGCTTTC-ATTCATACAAGCTTATTC-ATATTAAAATAATAC-AATTTATTAATATTT
66 AACAATTA--TTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
** * * * * * * * *
15537367 TGATAATTAATAAGTAAAAAATTTTTAAAAATAAATATGTTTATCGAA-CTAGATC
128 CAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATC-AGTTT
* * * * * *
15537422 AAATAGTCATTACTGTTTGAATAAATATCTATTTCAGATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
** * *
15537486 AAATGATT-TTTACTATTTATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT
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* * * *
15537548 -AAGACAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATAAGTTT
128 CAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATCAGTTT
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1 AAATAGTT-ATGACTATTTGAACAA-TTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * *
15537665 AAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATT-TAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
64 AAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * * * *
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128 CAA-AAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATC-AGTTT
* * * * * * *
15537784 AAATAGTCATGACTATTTAAATAATTATCTAATTT-AAATCA-TTGTGACCTTTTGTTTTATAAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * *
15537847 AAAATAATTGTTT-TAGTTTATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
64 AAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * * *
15537911 CAAAAATTAATGCA-TATGAGAATTAAAAAATGAATCTATATACCGAAAAT-A-TTC
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* *
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** * * **
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* * * * * * *
15538093 TAAAAATTAATAAG-AAAAAATTTAAAAAGTAAATAT-TTT--CTAAACATGTTC
129 -AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATCA-GTTT
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCAT
* * * * * ** * *
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128 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATCAGTTT
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15538326 AAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTATCATTA
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* * * * *
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* * * * * * *
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** ** * *
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* * *
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* ** *
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* * * ** * **
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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**
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * **
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* * * * *
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* * * * * * ** **
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* * * ******* * *
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* * ** * * * * *
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* * * * * * **
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* * * ** *
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** * * * * * * *
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573 CTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATACAAGCTTA
* * * * *
15529312 TTCAAAATAAAAGAATGCTAATCTATTGATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAAT
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* * ** * * * ** *
15529373 AAATTTGTTTGTCAAACCA-GTTTAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTGAAAATTG
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* * * * * * * * *
15529437 TTATGA-CTTTTTTTTCTATTATAAAACAATAGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAATGAAAA
765 TTATGACCTTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTGATTCTATTAATACAAGCTTATTCAAAT-AAAA
* * * * * * * * *
15529501 TAATGCCAATTTATTAATATTTTAACAATTAATAAGTAAAAAATTAAAAAAATAAATATGCTTAC
828 TAATACTAATTTATTAATAATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
15529566 CGAAC-
893 CGAACA
* * * * * **
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* ** ** * ** * * *
15529635 TCATAAAAAAAATCATTTCGGTTCATACAAGAATATTCAAAATAAATTAATACTAAGTTATTAAT
65 TCAT-AAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * *
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* * * * *
15529750 TTTGACTATTTGTATAATTATCTATTTCAAAATCATTATAACATTTTATTTTGTCATCAAACAAT
193 TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC-AAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * ** ** *
15529815 TGGTTTTTTTCATACTATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTCA-TAATATTTTGAAACTT
257 T-GTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT-ATTAATA-TTCAAAAATT
* * * * ** ** * * * *
15529879 AATAACTAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTACC-AAACCGGTTTAAATAGTTAGGATTATAT
319 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAAA-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* ** * *** ** * *
15529943 GAATGATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTCCATTGTTGTAAAACAATTGTTT-TGTTTA
383 AAACAATTATCTATTTCAAAT-GATATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
* * * * *
15530007 TACAAGCTTATT-ATGATTAAAATAACACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAAAG
447 TACAAGCTTATTCA-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * * * * *
15530071 ATTT-AAAAATAAATTTGTTTACCGAATC-AGTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCT
511 ATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * ** * * * * *
15530134 TTTTGAAATCGTTTTGACATTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT
575 ATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATT
* * * * * *
15530199 CAAAATAAATTAATAATAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAATAGATTTAAAAAAAAT
639 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAAAAT
* * * * * * * * * * * * *
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702 AAATCTATTTACCAAAGATGTT-AAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGT
* *** * * * * * **
15530329 TATAACCTTTTAAGTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTAATATAAGCTTAGATGGAATAAAATA
766 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTCTATTAATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATA
* * * * * * * * *
15530394 ATACTAGTTTATCAATATTTCCTAAAA-TACTAAGTAAGAA-ATTCAAAAAATAAATCTATTTAC
830 ATACTAATTTATTAATAATT-CAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
*
15530457 CGAATA
893 CGAACA
* * * * * *
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1 TATTTAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * *
15530527 TCATAAAACAATTGTTTTTAATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
65 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * * *
15530592 TTTCAAAAATTAATAAATAACAGATTTAAAAAATATATATGTTTATTGAAGTAGTTCAAATAATT
130 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACTGAACTAGTTCAAATAGTT
* * * ** * * *
15530657 AAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TACTAATGTTTTGTTTAGTTATGAAACAATT
194 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTA-TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * * * *
15530721 ATTTCAATCGTGCAAGATTATTCAGAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
258 GTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAAT
* * * * *
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* * * * * ** * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * ** **
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* * * *
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* * * * *** * *
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*
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** * * * ** * *
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* * * * * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * **
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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761 ATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTCTA--TTAATACAAGCTTA-TTCAAA
* * * **
15532171 TAAAATAATATTAATTTATTAA-AATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTTTAAAATAAATAT
823 TAAAATAATACTAATTTATTAATAA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATAT
15532235 -TCTTATCGAAC-
887 GT-TTATCGAACA
* * * * * * * *
15532246 TAAATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAATATATATTTCAAATCATTATAAACTTTTGTTTTG
1 T-ATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * * * *
15532311 TTATAAAAAAATTATTTCAATTAATATAAA-ATTATTC-AAA-ATAA-AATACTAAGTTATTAAC
65 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * ** * * *
15532372 ATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGA-TTAAAAACTGAATTTGTTTACCAAACAAGTTTAAATAAT
129 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTATTTACTGAACTAGTTCAAATAGT
* * * * * *** * *
15532436 TATGACTATATGAGTAGTTATTTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATTATT
193 TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAAT
* * * *
15532501 TTTTTTGTTCATACAACCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAACATT-AAGACAAT
257 TGTTTTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCAA-A-AAT
* * **
15532563 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAGTAAATATGTTTACCGAAAAAGTTCAAATCTTTATGACTATTT
318 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * **
15532628 AAACAATTATTTATTTAAAAATGATATGATTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
383 AAACAATTATCTATTT-CAAATGATATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
** * * * * *
15532693 TACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCTACAAA-TAATGAGTAAAAT
447 TACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * * * *
15532757 ATTTATAAAATAAATATGCTTACTAAACAAGTTAAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATATA
511 ATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * *
15532822 TTTCAAATTATTGTGACCTTTTGCTTTGTAATAAAACAATTGTTTGTATTCATATAAGCTTATTT
576 TTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTC
* * * *
15532887 GAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGCA-TTAAAAAATGA
640 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAG-ATTTAAAAAATAA
* * * * *
15532951 ATCTATTTACTAAAGATGTTTAATAGTAAT-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTAT
704 ATCTATTTACCAAAGATGTTAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTAT
* **
15533015 GACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTCTATTAATGTAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA
769 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTCTATTAATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATA
*
15533080 -TAAATTTATTAATAATCCAAAAATTAATAAGTAAAAG-TTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTGA
833 CT-AATTTATTAATAATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-GA
15533142 ACA
896 ACA
* * * * *
15533145 TATTTAAATAGTTATAACTATTTGATCAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGATCTTTTGTTTTGT
1 TATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * *
15533210 TATAAACCAATCT-TTTCTATTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAA
66 CATAAAACAAT-TGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * *
15533274 TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTTACTGAACGAGTTCAACTAGTTT
130 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTA
* * * ** * * *
15533339 TGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTAGTTTTGTCATAAAACAATTGT
195 TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
** *
15533404 TTCTATTCATACAATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAATAATTAATA
260 TT-TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATA
* * * * * * * * * * *
15533469 AATTAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACT
323 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACA
* * * * * ** *
15533534 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGACATAAAATAATTGTTACCGTTCATGCAA
388 ATTATCTATTTCAAAT-GATATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
** * * * * * *
15533599 AATTATTTAGATTAAAATAATACTAATCTATTAATAGTT-TGAAAATT-AT---TAAGAGATTTT
452 GCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
* * * * * *
15533659 AAAACTAAATCTGTTT-TTCAAA-ATATTTCAAATAGTTATGACTATTT-AAGCAATTATTTATC
516 AAAAATAAATATGTTTACT-AAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATT
* * * * *
15533721 TCAAAATGTTATGA--TATTTATTTTGTCATAAAATAATT-TTTCCTTTTCATACAAGCTTATTC
578 TCAAATTATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT--TATTCATACAAGCTTATTC
** * * * *
15533783 GGATTAAAATTATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAA-AAGTAAGAGACTT-AAAAATAAA
640 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * ** * * *
15533846 TGTGTTT-GCTGAGCTAGTTCAAATAGTTAA-GACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
705 TCTATTTACCAAAGAT-GTT-AAATAG-TAATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTT
* * * * * * ** * * *
15533909 CTAACCTTTTGTTTAGTAATAAAATAATT-ATTTCAATTCGTGCAAGCTTATTGAGAACAAAATA
767 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGA-TTCTATTAATACAAGCTTATTCA-AATAAAATA
* * * * **
15533973 ATACTAATTTATTAAT-ATTAAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAATAAACCTGTTTA-C
830 ATACTAATTTATTAATAATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC
* *
15534036 CAAAA
894 GAACA
* * * * * * * *
15534041 AATTTAAAAAAGATT-TAACTTTTTGAACAATCATTCTAACTATTTTAAGTCATTATGAGCTTTT
1 TATTT-AAATAG-TTATGACTATTTGAAC-A--A-T-TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * *
15534105 GTTTTATCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATAAAAACTTA-TCTGAAATAAAAT-ATACTACTT
59 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATT
*** * * * * *
15534167 TATTAATATTTTGCAAACTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAACTATTT-TTAGAACCAGTT
122 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTATTTACT-GAACTAGTT
* * * * * * * *
15534231 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATC-GTTGTTTTCTCATA
185 CAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * *
15534295 AAACAATTGCTTTTAATCATCCATGCTTATTCAGACA-AAAATAATGCTAATTTAATAATGTTCT
250 AAACAATTG-TTTTATTCATACAAGCTTATTCA-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-
* * * * ** * *
15534359 GACAATTAAT-AG---GAGATTTAAAAAA-AAA-ATGTTT-GCTAAACTTGTTCAAATATTTAAG
312 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAAA-AAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * *
15534417 ATTA-TTATAATAATTATTTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTT
376 ACTATTTA-AACAATTATCTATTTCAAATGA-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * ** *
15534481 TC-AGTTCATATAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACCGA-TTATTAACATT-T----ATT--T-
439 TCTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
* ** * * *
15534536 ATTTCAA-ATTGT------T--ATGATCTTT--T-----A-TTCAAATAGTTAAGACTATATGAA
503 AGTAAAAGATT-TAAAAAATAAAT-ATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * *
15534584 CAATTATTTATTTCAACTTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA--G-----------C-
566 CAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATACA
* * * *
15534635 -G--TATTCAGAATAAGATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT--T-A-TAAGAGATTT-
631 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * *
15534692 AGAAATAATTCTATTTACCTAACTAGTTCTTATAATTA-TAAT---TATTTGAACAATTATTTAT
696 AAAAATAAATCTATTTACC-AA--AGATGTTA-AA-TAGTAATGACTATTTGAACAATTATTTAT
* * * * * * * * * *
15534753 TTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAAGATAAGTTTACTCG
756 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTCTATTAATACAAGCTTATTC-
* * * * * * *
15534818 AAATAAAATAACACTAATTTATTAAT-ATTTAGAAAATTAATTAGTAAAAGAGTTCAAAAGTAAT
820 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTCA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* *
15534882 TTTGTTTATCAAACCA
884 TATGTTTATCGAA-CA
* * * * * *
15534898 T-TTTAAATACTTTTGACTATTTGAATAATTATCGATTTCAAATCGTT-TAACCTTTTGTTTTGT
1 TATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * ** ** * * * *
15534961 CATCAAACAATTGGTTATGTTCATACTATTTTATTTGGAATAAACTAATACTAATTTAATAATAT
66 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * ** * * *
15535026 TTCGAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAACTAAATCTAATTA-TCGAACTAGTTCAAATAGTT
131 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTATTTACT-GAACTAGTTCAAATAGTT
* ** * * * * * * **
15535090 AAGACTAAATGAACAATTAGCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTCTTTTATTGTAAAACAATTG
194 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * ** * * * * **
15535155 TTTTGTTCGTACAAGCTTATTCTGATTAAAATAATACTAATTTAATAGTATTTTAAAAGCTAATA
259 TTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATA
* ** ** *
15535220 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAATTAGTTCAAAT-GATTAAGACTA-TTATAA
323 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAAAAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTA-AA
* * * * * * *
15535283 CAATTATCTATTTGAAATCATTTTGACCTTTCGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTTATAC
386 CAATTATCTATTTCAAATGA-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * * * ** * *
15535348 AAGTTTATTCATAATAAATTAATAATAATTTATTAGCATTCGAAAAATTAATAAG-AAAGATATT
450 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAA-AGA-T
* * * * * * *
15535412 TTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATTACCATTTGATCAATTGTCTATT
513 TTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * * * * *
15535477 TAAAATCATTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTTAAGTTAAAACAAGCTTAGAT-G
578 TCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTA-TTCA
* ** *
15535541 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTTAAAA-TAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAA
641 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * ** *
15535605 TCTATTTACCAAATAAAT-TTAATTAATTATGGCCATTTGAATGATTTTTTATTTCAAATCGTTA
705 TCTATTTACC-AA-AGATGTTAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTA
* * * **
15535669 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGA-TCGTACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
768 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTCT-ATTAATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAA
* *
15535733 TACTAATTTATTAATACTTCAAAAATTAATATAAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAA
831 TACTAATTTATTAATAATTCAAAAATT-A-AT-----A--AGT--A-AA-AGATTTAAAAAATAA
15535798 ATATGTTTATCGAACCA
883 ATATGTTTATCGAA-CA
* * * * *
15535815 -GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-ATATCAAATCATTAAGATC-TTTGTTTTGT
1 TATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * ** * *
15535877 CATAAAATAATTATTTCTAATCATAGAAGCTTATTC-AGTTAAAAATAATAATAATTTAATAATA
66 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * *
15535941 TTCCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAA-AAATTTGTTT-GTCGACCCAATTCAAATAGTT
130 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCTATTTACT-GAACTAGTTCAAATAGTT
** * * * * * * *
15536000 AAAACTATTAGAATAATTATCAATTTCAAATCATTCTAACCTTTTATTTAGTCATAAAATATTTG
194 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * ** * * * * * *
15536065 TTTCATATCTTACATGCTTATTCGGAATAAAATAGTCCAAATTTATTAACATTTGAAAAATTAAC
259 TTTTAT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAAT
* * * * * * *
15536130 AGGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACC-AAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTCAA
322 AAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACCGAAA-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAA
* * * * * * *
15536194 ACAGTTATTTATTTAAAATCATTATGAACTTTTATTTTGAT-ATAAAACAGTTGTTTC-AGTTCA
385 ACAATTATCTATTTCAAATGA-TATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCA
* * * * * *
15536257 TAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATT-TCAAAAATTAATCAGTAAGAG
447 TACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAG
** * * * * *
15536321 -TTTTTAAAATAAATTTTTTTA-TCGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCT
511 ATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
** ** * * * * * *
15536384 ATTGAAAATTGGTATGACATTTGGTTTTGTCACAACACAATTGTTTTAACTCATACAAGTTTATT
575 ATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-ATTCATACAAGCTTATT
** * * * * *
15536449 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAGAA-TAATAATTAAGTGATTT----AGTGA
639 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * *
15536509 ATCTATTTACCAAATCA-GTTCAAATAATTATGGCTATTTCAACAATTATATATTTCAAATTGTT
704 ATCTATTTACCAAA-GATGTT-AAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTT
* * * * * * **
15536573 ATTACTTTTTGTTTGGTCATATAA-AATTG-TT-TTTTACAATAAAAATTTATTCGAAATAAAAT
767 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTCTATT--AATACAAGCTTATTC-AAATAAAAT
** * * * * * *
15536635 AATACTAATTTATTAATCTTTCAAAGATTAATAAGTTAGAGATTTACAAAATAAATCTATTTATC
829 AATACTAATTTATTAATAATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC
*
15536700 GAA-T
894 GAACA
* * * * * * *
15536704 TAGTTTAATTAGTTATGACTATTTGAACAATTGTTTACTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTCTG
1 TA-TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * *
15536769 TCATAAAATAATTATTTCTATTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATTATACTAATATAATAATA
65 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * **
15536834 -TTCAAAAAATTAAAAACTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTGAACTAGTTTTAATAGT
130 TTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACTGAACTAGTTCAAATAGT
* * * * *
15536898 TAAGATTATATGAATAATTATCTATTTTAAATC-----AA--TTTTGTTTTGCCATAAAACAAAA
193 TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC--AA
* * * *
15536956 TT-TTTAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA-AATGAGTTTA-TAATATTTCAAAATTT
256 TTGTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCAAAAATT
* * * * * *** * *
15537018 AATCTA-TACGAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTACCTAGCTAGTTCAAATAATCATGACTATTT
319 AAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * * * *
15537082 GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAAATGTTTTTGTTCA
383 AAACAATTATCTATTTCAAAT-GATATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
* ** * * * *
15537147 TATAATTTTGTT-TGAAATAAAAAAAATACTAATCTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG----
447 TACAAGCTTATTCAG-AAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAA
* * * * ** *
15537206 AGATTTAAAAAATAAATATATTTATTAAACCAGTTCAAATAGTT-TAACTATTTGAGGAATTATT
509 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * *
15537270 TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTCTATTATAAAACAATAGCTTTCATTCATACAAGCTTAT
574 TATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATACAAGCTTAT
* * *** * * * *
15537335 TCATATTAAAATAATAC-AATTTATTAATATTTTGATAATTAATAAGTAAAAAATTTTTAAAAAT
638 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAAT
* * * * * * * * * * *
15537399 AAATATGTTTATCGAACTAGA--TCAAATAGTCATTACTGTTTGAATAAATATCTATTTCAGATC
702 AAATCTATTTA-CCAA--AGATGTTAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATC
* ** * *
15537462 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATT-TTTACTATTTATACAAGCTTATTTCAAATAAA
764 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATT-CTATTAATACAAGCTTA-TTCAAATAAA
* * *
15537526 ATAATACAAATTTATTAAT-ATT-AAGACAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATTTGTT
827 ATAATACTAATTTATTAATAATTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTT
* *
15537589 TACCGAATA
890 TATCGAACA
** * * ** * **
15537598 -AGTTTAAATCTTTCATGACTATTTGAACAACTT-TTTATTTTAAATTGTTA-AATTTTTTG-TT
1 TA-TTTAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAA-TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * *
15537659 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATT-TAGATTAAAATAATATTAATTTATTA
63 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * * *
15537723 ATATTTCAACAAA-TAATAAGTGAACAAATTTGAAAAACAAATATGTTTTCGGAACAAGTTCAAA
127 ATATTTCAA-AAATTAATAAGT-AAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACTGAACTAGTTCAAA
* * * * * * *
15537787 TAGTCATGACTATTTAAATAATTATCTAATTT-AAATCATTGTGACCTTTTGTTTTATAAAAAAA
189 TAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT-ATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * *
15537851 TAATTGTTTTAGTTTATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAA
253 CAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAA
* * * * * * *
15537916 ATTAATGCA-TATGAGAATTAAAAAATGAATCTATATACCGAAAATA-TTCAAATAGTTATGACT
316 ATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAAAA-AGTTCAAATAGTTATGACT
* ** *
15537979 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAAAAATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCT
379 ATTTAAACAATTATCTATTTCAAATGA-TATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* ** **
15538044 ATTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATAGAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-A
442 ATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTA
* * *
15538108 AAAAATTTAAAAAGTAAATAT-TTT-CTAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
507 AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * *
15538171 TCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAATCAATTGTTTCTAGTT-ATAAAAGT
572 TCTATTTCAAATTATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TA-TTCATACAAGC
** * * * *
15538235 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTCGTTAAAATTCCTAAAATTTATAAGTAAAAGATTTAAAA
634 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* ** * * *
15538300 AATAAATCTATTTATCGAGTGA-GTTTAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAA
699 AATAAATCTATTTA-CCAAAGATG-TTAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA
* * * * * * *
15538364 TTGTTATGATCTTTTGTTTTATCATTAAACAATTGTTTCTATTTATACAA-CTTTATTAGAAATA
762 TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTCTATTAATACAAGC-TTATT-CAAATA
* * * *** * *
15538428 AAATAATACTAATCTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAATATAAATTTGTT
825 AAATAATACTAATTTATTAATAATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTT
15538493 TATCGAACA
890 TATCGAACA
* * * * * * *
15538502 -AGTTTAAATAGTTATGTCCATTTAAACTATCATATATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTG
1 TA-TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * *
15538566 TCATAAAACAATTGCTTCTATTCATACAAA-ATTATTCAAAATAAAATAATATTAATTT-TTAAT
65 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
15538629 ATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT----A-AAA---A-TTA---AA-T--TT---AT--TT
129 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAGTTCAAATAGTT
* ** * *
15538670 AT--C-----G----A--A-CTAGTTCAAATTGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
194 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * ** * * * *
15538720 TTTTTGTTCATGCAAGCTTATTCTGAGTAAAATATTACTAAATTAATAATATTCTAAAAATTAAT
259 -TTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAAT
* *** ** *
15538785 AAGTAAGAGATTTTAAAAAAATAAATGTGTTTGTTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TTAC
322 AAGTAAGAGA-TTT-AAAAAATAAATATGTTTACCGAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-
* * * * * * * *
15538849 AACAATTATTTATTTCAAATTGTTATTATCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATT-TTTTTAGTTTA
384 AACAATTATCTATTTCAAA-TGATATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCA
* * ** *
15538913 TACATGATT-TTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-ATTTCAAAAAATTAATACA-TAAG
447 TACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATA-AGTAA-
* * * * * *
15538975 AA-ATTTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAATAAGTTCAAATTGTTATTACTATTTGAATAATTA
508 AAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * ** * * * * *
15539039 TTTATTTAAAATAAATATGGGCTTTTGTTTTATCATAAAACAAGTGTTTCAGTTCATAAAAGTTT
572 TCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTT
* * * * * * *
15539104 A-TCCAAATAAAATAATATTACTTTAATAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAA
636 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * *** * * * * *
15539168 TAAGT-TAGTTTATCGAATCGGTTCAAATAATTAT-AGTCATTTAAACAATTATCTATTTCAAAT
701 TAAATCTA-TTTACCAAAGATGTT-AAATAGTAATGACT-ATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT
* * * * * * **
15539231 CATTACGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TT-TTTTATCACACAAGCATATGTGGAATA
763 CGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTCTATTA--ATACAAGCTTAT-TCAAATA
* * ** *
15539294 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATATGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
825 AAATAATACTAATTTATTAATAATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGT
15539359 TTAT----C-
889 TTATCGAACA
** * *
15539364 -A---AACCAGTT-T--CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGT
1 TATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * *
15539422 TATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATATAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATA
66 CATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * *
15539486 TTCCAAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTT-GTCGAAGTAGTAT-AACCT
130 TTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACT-GAACTAGT-TCAA-AT
* * * * * ** * * * * *
15539549 -GTTAAGACTATATGAACAATTATATGTTTCAAATTGTTTTGACTTTTTATTTTGTCATAAAATA
190 AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * *
15539613 ATTGTTTCAATTTATACAAGCTTATTCGAAACAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTCTAAAAT
255 ATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAT
* * * * * * * * *
15539677 TAATAAGTAAGTA-ATTTAAAAAGTGAATCTGTTTA-CTAAATCAGTTGAAATAATTATGGCCAT
318 TAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAAA-AAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * **** * * *
15539740 TTCAACAATTATCTATTTCATATTGTTATTTTATTTTG-TTTGTCATATAACAATTATTT-TTTA
381 TTAAACAATTATCTATTTCA-AATGATATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-
* * * * *
15539803 TCATACAAGTTTGTTCGGAGTAAAATAATACTAATTTATTAATCTT-TCAAAAATTAATAAGTAA
444 TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * * *
15539867 GAGATTTAAAAAATAAATATATTTATTGAACCAA-TTTAAATAATTATGATTATTTGAACAATTG
508 AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * * * * *
15539931 TATACTTT-AAATCATTATAAGCTTTGGATCTATCATAAAAAAATTATTTTTATTCATACAAGCT
572 TCTA-TTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTATTCATACAAGCT
** * **
15539995 TATTCAAAATAAAATAATACTAATAGAATAATATTCCAAAAATTAATAACCAA-ATGATTTAAAA
635 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGA-GATTTAAAA
15540059 AATAAAT
699 AATAAAT
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TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTAT
GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
TTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGT
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ATCTATTTCAAATGATATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
ATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
TAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTA
TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCA
AAGATGTTAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
TGTCATAAAACAATTGATTCTATTAATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
AATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACA
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* * * * * * * *
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* * * *
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* ** * * *
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* * ** *
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* * * *
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* * * * * * * ** * ***
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1 CAATTGTCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTTAAGTTAAAAC
* ** * * *
15535711 AAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATACTTC-AAAAATTAATATAAAAAATTA
66 AAGCTTAGAT-GGAATAAAATAATAATAATTTATTAACA-TTCGAAAAATT-A-AT----AA-GA
* * * * * * * * *
15535774 ATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
122 A-AGAT---A-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAATTATGACCATTTGA
*
15535839 A
182 T
* * * * * * *
15535840 CAATTATC-ATATCAAATCATTA-AGATC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTAA--TCA
1 CAATTGTCTATTTAAAATCATTATA-ACCTTTTGATTTGTCATAAAATAATT-GTT-TAAGTTAA
* * ** * * * *
15535900 TAGAAGCTT--ATTCAGTTAAAAATAATAATAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAG--AG-
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* * ** * * * * ** * *
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126 TAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAATTATGACCATTTG-AT
* * * * * * ***
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1 CAATTGTCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGATTT-GTCATAAAATAATTGTTTAAGT-TAAA
* * * * * * *
15536076 ACATGCTTA-TTCGGAATAAAATAGTCCA-AATTTATTAACATTTGAAAAATTAACAGGCAAAAG
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* * * ** *
15536139 AT--TTGAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTCAAA
125 ATAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAATTATGACCATTTGAT
* * * * * *
15536195 CAGTTATTTATTTAAAATCATTATGAA-CTTTT-ATTTTGAT-ATAAAACAGTTGTTTCAGTTCA
1 CAATTGTCTATTTAAAATCATTAT-AACCTTTTGA-TTTG-TCATAAAATAATTGTTTAAGTT-A
* ***** * * * * *
15536257 TAA-AAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTC-AAAAATTAATCAGTAAGA
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* * * * * * * *
15536320 GT--TTT-TAAAATAAATTTTTTTATCGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
126 -TAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAATTATGACCATTTGAT
*
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1 CAATTGTCTATTTAAAAT
15536393 TGGTATGACA
Statistics
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ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (182 bp):
CAATTGTCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTTAAGTTAAAAC
AAGCTTAGATGGAATAAAATAATAATAATTTATTAACATTCGAAAAATTAATAAGAAAGATAATT
TAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAATTATGACCATTTGAT
Found at i:15539045 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 15538680--15540402 Score: 1010
Period size: 180 Copynumber: 9.8 Consensus size: 180
15538670 ATCGAACTAG
* *
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* * * *
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* * * * ** *
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125 TAAATATGTTTATTGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
15538862 TTCAAATTGTTATTATCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTTTTTTAGTTTATACATGATTTTTTG
1 TTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTAGTTCATACAAG-TTTTTTG
*
15538927 AAATAAAATAATACTAATTTATTAA-ATTTCAAAAAATTAATACA-TAAGAAATTTTAAAAAATA
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* * * * *
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127 AATATGTTTATTGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* *** ** * * * * * * **
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1 TTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTAGTTCATACAAGTTTTTTGA
* * * * * *
15539109 AATAAAATAATATTACTTTAATAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAGT-
66 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATA
* * * * *
15539173 TAGTTTATCGAATCGGTTCAAATAATTAT-AGTCATTTAAACAATTATCTAT
131 T-GTTTATTGAATCAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTAT
** * * * * * *
15539224 TTCAAATCATTACGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT--TATCACACAAGCATATG
1 TTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTAGT-TCATACAAG-TTTTT
* * *
15539287 TGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATATGTAGGAGATTTAAAAAATA
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* **
15539352 AATCTG--T-TT--ATCA----AACCAGTT-T--CTATTTGAACAATTATCTAT
127 AATATGTTTATTGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * * * * * * * *
15539394 TTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTTATAAAATAATTGTTTCAGTTCATATAAGTTTATTTG
1 TTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTAGTTCATACAAGTTT-TTTG
* * * *
15539459 GAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAA
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* * * * * * * * *
15539524 TTTATTTGTCGAAGT-AGTAT-AACCT-GTTAAGACTATATGAACAATTATATGT
129 TATGTTTATTGAA-TCAGT-TCAA-ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * * *
15539576 TTCAAATTGTTTTGA-CTTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTTATACAAGCTTATTC
1 TTCAAATTGTTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTAGTTCATACAAG-TTTTTT
* * * *
15539640 GAAACAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGTA-ATTTAAAAAGTGA
64 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAA
* * * * * * * *
15539703 ATCTGTTTACTAAATCAGTTGAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTAT
128 ATATGTTTATTGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** * *
15539756 TTCATATTGTTATTTTATTTTG-TTTGTCATATAACAATTATTTTT--TATCATACAAGTTTGTT
1 TTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTAGT-TCATACAAGTTT-TT
* * * *
15539818 CGGAGTAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
63 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * * *
15539883 ATATATTTATTGAACCAATTTAAATAATTATGATTATTTGAACAATTGTATACT
128 ATATGTTTATTGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-T
** * * * * * * * * *
15539937 TT-AAATCATTATAAGCTTTGGATCTATCATAAAAAAATTATTTTTA-TTCATACAAGCTTATTC
1 TTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTAGTTCATACAAG-TTTTTT
* ** * * **
15540000 AAAATAAAATAATACTAATAGAATAATATTCCAAAAATTAATAACCAA-ATGATTTAAAAAATAA
64 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-GATTTAAAAAATAA
* *** * * * * * * *
15540064 ATTTGTTTGCCGAA-CTAATTCCAATGGTTAAGACTATATGAATAACTATCTAT
128 ATATGTTTATTGAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * *
15540117 TTC-AA-----ATCAT-TTTTGTTTTGCCATAAAATAA-TTTTTCAATTCATACTAGCTTATTCG
1 TTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTAGTTCATACAAG-TTTTTTG
* * *
15540174 AAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATA-TGC----------AAG---G-GATTTAAAAAATAAT
65 AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * *
15540223 TTTGTTTACCT-AACCAGTTCAAATAATCATAACTATTCGAACAATTATCTAT
129 TATGTTTA-TTGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
15540275 TTCAAATTATTATGACCCTTTGTTTTGTTATAAAACAAATGTTTTT-GCTCATATAAGTTTGTTT
1 TTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTTTTTTAGTTCATACAAGTTT-TTT
*
15540339 G--A-AAAA-AATACTAATCTATTAATATTTC-AAAATT--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAA
64 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
*
15540396 TTTGTTT
129 TATGTTT
15540403 GCTCATATAA
Statistics
Matches: 1191, Mismatches: 272, Indels: 165
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
158 52 0.04
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167 4 0.00
169 4 0.00
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171 2 0.00
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184 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTAGTTCATACAAGTTTTTTGA
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATA
TGTTTATTGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
Found at i:15539495 original size:170 final size:170
Alignment explanation
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Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 170
15539196 AATTATAGTC
* **
15539206 ATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTACGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTT
1 ATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTACGAACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTAGT
* * **
15539271 ATCACACAAGCATATGTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATATGTA
66 ATCACACAAGCATATGTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAAATTAATAACTA
*
15539336 GGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAGTTTCT
131 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAGTTTCT
* * * *
15539376 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-TAACCTTTTATTTTGTTATAAAATAATTGTTTCA
1 ATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTACGAA-CTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-A
* * ** *
15539440 GT-TCATATAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAAATTAATAAC
64 GTATCACACAAGCATATGTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAAATTAATAAC
15539504 TAAGAGATTTAAAAAATAAAT
129 TAAGAGATTTAAAAAATAAAT
15539525 TTATTTGTCG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
169 2 0.02
170 127 0.98
171 1 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
ATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTACGAACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTAGT
ATCACACAAGCATATGTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAAATTAATAACTA
AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAGTTTCT
Found at i:15539730 original size:532 final size:530
Alignment explanation
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Period size: 532 Copynumber: 2.0 Consensus size: 530
15538839 AGACTATTAC
* ** * * * * * *
15538849 AACAATTATTTATTTCAAATTGTTATTATCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTTTTTTAGTTTAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCAT
* * *
15538914 ACATGATTTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAATTTCAAAAAATTAATACATAAGAAAT
66 ACAAGATTTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAAATTCCAAAAAATTAATACATAAGAAAT
* * * ** * * *
15538979 TTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAATAAGTTCAAATTGTTATTACTATTTGAATAATTATTTAT
131 TTTAAAAAATAAATATATTTATCGAATAAGTTCAAACTGTTAAGACTATATGAACAATTATATAT
* * * *
15539044 TTAAAATAAATATGGGCTTTTGTTTTATCATAAAACAAGTGTTTCAGTTCATAAAAGTTTATCCA
196 TTAAAATAAATATGGACTTTTATTTTATCATAAAACAAGTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCA
* * * * *
15539109 AATAAAATAATATTACTTTAATAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAGTT
261 AACAAAATAATACTACATTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAGTT
* * *
15539174 AGTTTATCGAATCGGTTCAAATAATTATAGTCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-CG
326 AGTTTATCAAATCAGTTCAAATAATTATAGCCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATCG
*
15539238 AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTATCACACAAGCATATG-T-GGAATAAAATAAT
391 AA-TTTTG-TTTGTCATAAAACAATTATTTTTTATCACACAAG--TATGTTCGGAATAAAATAAT
* *
15539301 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATATGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAA
452 ACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAA
15539366 ACCAGTTTCTATTTG
516 ACCAGTTTCTATTTG
* *
15539381 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTTATAAAATAATTGTTTCAGTTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCAT
* *
15539446 ATAAG-TTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAAATTAATA-ACTAAGA
66 ACAAGATTT-TTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAA-ATTCCAAAAAATTAATACA-TAAGA
* * * *
15539509 GA-TTTAAAAAATAAATTTATTTGTCGAAGT-AGTAT-AACCTGTTAAGACTATATGAACAATTA
128 AATTTTAAAAAATAAATATATTTATCGAA-TAAGT-TCAAACTGTTAAGACTATATGAACAATTA
* * ** * * * * * * *
15539571 TATGTTTCAAAT-TGTTTTGACTTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTTATACAAGCT
191 TATATTTAAAATAAATATGGAC-TTTTATTTTATCATAAAACAAGTGTTTCAATTCATAAAAGCT
* * *
15539635 TATTCGAAACAAAATAATACTA-ATTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGTA-ATTTAAAA
255 TA-TCCAAACAAAATAATACTACATTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAA
* * * *
15539698 AGTGAA-TCT-GTTTA-CTAAATCAGTTGAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCA
318 AAT-AAGT-TAGTTTATC-AAATCAGTTCAAATAATTATAGCCATTTAAACAATTATCTATTTCA
* ** *** * * * *
15539760 TATTGTTATTTTATTTTGTTTGTCATATAACAATTATTTTTTATCATACAAGTTTGTTCGGAGTA
380 AATCATTATCGAATTTTGTTTGTCATAAAACAATTATTTTTTATCACACAAGTATGTTCGGAATA
*
15539825 AAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
445 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
15539885 ATATTTATTG
Statistics
Matches: 418, Mismatches: 72, Indels: 30
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
529 3 0.01
530 33 0.08
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533 45 0.11
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (530 bp):
AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCAT
ACAAGATTTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAAATTCCAAAAAATTAATACATAAGAAAT
TTTAAAAAATAAATATATTTATCGAATAAGTTCAAACTGTTAAGACTATATGAACAATTATATAT
TTAAAATAAATATGGACTTTTATTTTATCATAAAACAAGTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCA
AACAAAATAATACTACATTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAGTT
AGTTTATCAAATCAGTTCAAATAATTATAGCCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATCG
AATTTTGTTTGTCATAAAACAATTATTTTTTATCACACAAGTATGTTCGGAATAAAATAATACTA
ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAG
TTTCTATTTG
Found at i:15540412 original size:82 final size:83
Alignment explanation
Indices: 15540318--15540485 Score: 329
Period size: 83 Copynumber: 2.0 Consensus size: 83
15540308 AACAAATGTT
15540318 TTTGCTCATATAAGTTTGTTTGAA-AAAAATACTAATCTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGAG
1 TTTGCTCATATAAGTTTGTTTGAACAAAAATACTAATCTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGAG
15540382 ATTTAAAAAATAAATTTG
66 ATTTAAAAAATAAATTTG
15540400 TTTGCTCATATAAGTTTGTTTGAACAAAAATACTAATCTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGAG
1 TTTGCTCATATAAGTTTGTTTGAACAAAAATACTAATCTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGAG
15540465 ATTTAAAAAATAAATTTG
66 ATTTAAAAAATAAATTTG
15540483 TTT
1 TTT
15540486 ATCAAACTAG
Statistics
Matches: 85, Mismatches: 0, Indels: 1
0.99 0.00 0.01
Matches are distributed among these distances:
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TTTGCTCATATAAGTTTGTTTGAACAAAAATACTAATCTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGAG
ATTTAAAAAATAAATTTG
Found at i:15541231 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 15540626--15541924 Score: 1073
Period size: 180 Copynumber: 7.2 Consensus size: 180
15540616 TTAATAACTA
* * * * * *
15540626 AAAAAATAAATATGTTTACTAAACTAGATT-AAATAATCAAGACTATTTGAACAAATATCTATTT
1 AAAAAATAAATATGTTTACCAAAC-ATATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * * *
15540690 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTATTTC-AGTTAACATAAGCTTATTCAA
65 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTCGA
** ** * * *
15540754 AATAAAATAATACAAAGATATTAATATTTCAAAAGTTAATAATTAAAAGAATT
129 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTT
* * * * *
15540807 -AAAAATGAATATGTTTACCAAAGA-AGTTTAAATAATTATGACTATTTTAACAATTATCTATTT
1 AAAAAATAAATATGTTTACCAAACATA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * ** * * ** * * ** *
15540870 GAAATTGCAATAACCTTTGGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTCAATTCATACAAGCATATTTTG-
65 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTA-TTCGA
* ** * * *
15540934 AAT-AAATAGTACAAATTAATTAATA-TT-AAGTCAACTAATAAGTAAAAGACTTT
129 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAA--AAATTAATAAGTAAAA-A-TTT
* * * ** *
15540987 -TAAAA-AAATATGTTTACCGAATA-AGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTT
1 AAAAAATAAATATGTTTACCAAACATA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * *
15541049 TAAATTGTGT-TGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACACTTGTTTTTGTTCATACAAGGTTATTCGA
65 CAAATCGT-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGA
* *
15541113 AATAAAAAAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAA-TAAGAAAATT
129 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AAGTAA-AAATTT
* * *
15541166 AAAAAATGAATATGTTTACCAAATATATTCAAATAGTTATGACT-TTCTGAATAATTATCTATTT
1 AAAAAATAAATATGTTTACCAAACATATTCAAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTATCTATTT
* * * * * * *
15541230 TAAAACATTATGACCTTTTGTTTTATCATTAAACAATTGGTTCTATTCATGCAAGTTTATTTCG-
65 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTA-TTCGA
* * * * *
15541294 AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAACTTAATAAGCAAAATTTT
129 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTT
* * * * * * *
15541346 AAAAAATAGATATATTTTCTAAACATGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAAGAATTATCTATTTC
1 AAAAAATAAATATGTTTACCAAACATATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * *
15541411 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATCAATTGTTTCTATTCATAAAAGTTTATTTGGAA
66 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAA
* *
15541476 TAAAATAATATTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTT
131 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-A-TTT
* * *
15541528 AAAAAATAAATTTGTTTACCAAGCGAGT-TT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATT
1 AAAAAATAAATATGTTTACCAAAC-A-TATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * *
15541591 TCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTTATAGAACAATTGTTTCTATTTATTCAATTTTATTCGA
64 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGA
* * ** *
15541656 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAA--AATAAGTTGGAGATTT
129 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAAAATTT
* * * * * * *
15541707 AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACA-AGTTTAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATCATCTATTT
1 AAAAAATAAATATGTTTACCAAACATA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * ** *
15541771 CAAATCGTCATAACATTTTATTTTGTCATAAAA-AATTATTTCTATTCATACAAAATTATTCAAA
65 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAA
* ** * *
15541835 ACAAAATAATGCTAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGATTT
130 ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTT
* * * * *
15541883 AAAAACTAAATTTGTTTATCAAAC-TAGTTTAAATCGTTATGA
1 AAAAAATAAATATGTTTACCAAACATA-TTCAAATAGTTATGA
15541925 TTTTTGTTTT
Statistics
Matches: 914, Mismatches: 170, Indels: 73
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 42 0.05
177 2 0.00
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183 3 0.00
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AAAAAATAAATATGTTTACCAAACATATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAA
TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTT
Found at i:15541440 original size:361 final size:357
Alignment explanation
Indices: 15540626--15541876 Score: 1131
Period size: 361 Copynumber: 3.5 Consensus size: 357
15540616 TTAATAACTA
* * * * *
15540626 AAAAAATAAATATGTTTACTAAACTAGATT-AAATAATCAAGACTATTTGAACAAATATCTATTT
1 AAAAAAT-AATATGTTTACCAAACAAG-TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * *
15540690 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTATTTC-AGTTAACATAAGCTTATTCAA
64 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGATTATTCAA
* ** * *
15540754 AATAAAATAATACAAAGATATTAATATTTCAAAAGTTAATAATTAAAAGAATT-AAAAATGAATA
128 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATGAATA
* * * *
15540818 TGTTTACCAAAGA-AGTTTAAATAATTATGACTATTTTAACAATTATCTATTTGAAATTGCA--A
193 TGTTTACCAAAGATA--TTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA--ACATTA
* * * ** * * ** * *
15540880 TAACCTTTGGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTCAATTCATACAAGCATATTTTGAAT-AAATAGT
254 TGACCTTTTGTTTTGTCATTAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTCGAATAAAATAAT
* *
15540944 ACAAATTAATTAATATTAAGTCAACTAATAAGTAAAAGACTTTT
319 ATAAATTTATTAATATTAA---AACTAATAAGTAAAA-A-TTTT
* * ** * * *
15540988 -AAAAA-AATATGTTTACCGAATAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTA
1 AAAAAATAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
** * * * * * * *
15541051 AATTGTGT-TGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACACTTGTTTTTGTTCATACAAGGTTATTCGAAA
66 AATCAT-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGATTATTCAAAA
* *
15541115 TAAAAAAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAA-TAAGAA-AATTAAAAAATGAATA
130 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AAGTAA-AAGAATTAAAAAATGAATA
* * *
15541178 TGTTTACCAAATATATTCAAATAGTTATGACT-TTCTGAATAATTATCTATTTTAAAACATTATG
193 TGTTTACCAAAGATATT-AAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATG
* * *
15541242 ACCTTTTGTTTTATCATTAAACAATTGGTTCTATTCATGCAAGTTTATTTCGAATAAAATAATAT
256 ACCTTTTGTTTTGTCATTAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTCGAATAAAATAATAT
*
15541307 AAATTTATTAATATTCCAAAACTTAATAAG-CAAAATTTT
321 AAATTTATTAATATT--AAAAC-TAATAAGTAAAAATTTT
* * * * *
15541346 AAAAAATAGATATATTTTCTAAACATGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAAGAATTATCTATTTC
1 AAAAAATA-ATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * ***
15541411 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATCAATTGTTTCTATTCATAAAAGTTTATTTGGAA
65 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGATTATTCAAAA
* * * * * *
15541476 TAAAATAATATTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATTT
130 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-ATTAAAAAATGAATAT
* * * *
15541541 GTTTACCAAGCGAGT-TTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGA
194 GTTTACCAA-AGA-TATTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGA
* * * * *
15541605 TCTTTTGTTTTGTTA-TAGAACAATTGTTTCTATTTATTCAATTTTA-TTCGAAATAAAATAATA
257 CCTTTTGTTTTGTCATTA-AACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTCG-AATAAAATAATA
* ** *
15541668 CT-AATTTATTAATATTTTAAAA-AAATAAGTTGGAGA-TTT
320 -TAAATTTATTAATA--TTAAAACTAATAAG-TAAAAATTTT
* * * * * * * *
15541707 AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATCATCTATTTC
1 AAAAAAT-AATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * *
15541772 AAATCGTCATAACATTTTATTTTGTCATAAAA-AATTATTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAA
65 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGATTATTCAAAA
* * *
15541836 CAAAATAATGCTAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAG
130 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
15541877 AGATTTAAAA
Statistics
Matches: 724, Mismatches: 132, Indels: 68
0.78 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
358 8 0.01
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363 8 0.01
364 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (357 bp):
AAAAAATAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGATTATTCAAAAT
AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATGAATATGT
TTACCAAAGATATTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTT
TTGTTTTGTCATTAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTCGAATAAAATAATATAAATT
TATTAATATTAAAACTAATAAGTAAAAATTTT
Found at i:15541816 original size:540 final size:534
Alignment explanation
Indices: 15540626--15541876 Score: 1235
Period size: 540 Copynumber: 2.3 Consensus size: 534
15540616 TTAATAACTA
* * * * * * *
15540626 AAAAAATAAATATGTTTACTAAACTAGATTAAATAATCAAGACTATTTGAACAAATATCTATTTC
1 AAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTCATG-CCATTTGAAC-TATATCTATTTC
*
15540691 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTATTTC-AGTTAACAT-AAGCTTATTCAA
64 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTATTTCTA-TT--CATCAAGATTATTCAA
* ** * **
15540754 AATAAAATAATACAAAGATATTAATATTTCAAAAGTTAATAATTAAAAGAATTAAAAATGAATAT
125 AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGAATTAAAAATGAATAT
* * * * *
15540819 GTTTACCAAAGAAGTTTAAATAATTATGACTATTTTAACAATTATCTATTTGAAATTGCAATAAC
190 GTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCAATAAC
* * * * *
15540884 CTTTGGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTCAATTCATACAAGCATATTTTGAATAAATAGTACAAA
255 CTTTGGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATAAAAGCATATTTGGAATAAATAATACAAA
* * *
15540949 TTAATTAATATTAAGTCAACTAATAAGTAAAAGACTTTTAAAAAAATATGTTTACCGAATAAGTT
320 TTAATTAAAATTAAG-AAACTAATAAGTAAAAGACTTTTAAAAAAATATGTTTACCGAACAAGTT
** * *
15541014 CAAATCTTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATTGTGTTGACTTTTTGTTTTGTCATA
384 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTGTTGACTTTTTGTTTTGTCATA
* * * *
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514 AAAA-TAATGAATAAGAAAATT
* * * * * *
15541166 AAAAAATGAATATGTTTACCAAATATA-TTCAAATAGTTATGACTTTCTGAA-TAATTATCTATT
1 AAAAAATAAATATGTTTACCAAACA-AGTTTAAATAGTCATGCCATT-TGAACT-A-TATCTATT
* * * * ** *
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* * * **
15541293 GAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAACTTAATAAGCAAAA-TTTTAAAAAATAGAT
124 AAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGAATT-AAAAAT-GA-
* * * *
15541357 ATAT-TTT-CTAAACATGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAA-T-CAT
186 ATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCA-
* * * **
15541418 TATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAATCAATTGTTTCTATTCATAAAAGTTTATTTGGAATAAAAT
250 -ATAACCTTTGGTTTTGTCATAAAAT-AATTGTTTCAATTCATAAAAGCATATTTGGAAT-AAAT
** * * *
15541482 AATATTAATTTATTAAAATTCCAA-AAATTAATAAGTAAAAGA-TTTTAAAAAATAAATTTGTTT
312 AATACAAATTAATTAAAATT--AAGAAACTAATAAGTAAAAGACTTTT--AAAA-AAATATGTTT
* *
15541545 ACC-AAGCGAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGT-TATGA-TC
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* * * * ** *
15541607 TTTTGTTTTGTTATAGAACAATTGTTTCTATTTATTCAATTTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
434 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGGTTATTCGAAATAAAAAAATACTAA
* ** * *
15541672 TTTATTAATATTTTAAAAA-AAT-AAGTTGGAGATTT
499 TTTATTAATATTTCAAAAATAATGAA-TAAGAAAATT
*
15541707 AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATCATCTATTTC
1 AAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTCATG-CCATTTGAACTAT-ATCTATTTC
* * * * * * *
15541772 AAATCGTCATAACATTTTATTTTGTCATAAAAAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAAC
64 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAATTATTTCTATTCAT-CAAGATTATTCAAAAT
* *
15541837 AAAATAATGCT-AATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAG
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ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAATTATTTCTATTCATCAAGATTATTCAAAATAAA
ATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGAATTAAAAATGAATATGTTTAC
CAAACAAGTTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCAATAACCTTTGG
TTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATAAAAGCATATTTGGAATAAATAATACAAATTAATT
AAAATTAAGAAACTAATAAGTAAAAGACTTTTAAAAAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAG
TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTGTTGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
TGTTTCTATTCATACAAGGTTATTCGAAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATAA
TGAATAAGAAAATT
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*
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* *
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1 ACAAAC
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* * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * *
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* *
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* * *
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* * * * * *
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* ** * * * * *
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* * * * * ** * *
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* * *** * *
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* * *
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* * ** * * *
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1 T-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-T-AAAA
* * * * * * *
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* ** * ** *
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127 AACTATTTGAA-TTGTTCGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * * * * * * * *
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* * * *
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* * *
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** **
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* * * * * *
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* * ** **
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* * * * *
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* ** * * * * *
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* * *
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128 ACTATTTGAA-TTGTTCGATAAAC-TGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * *
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* ** *
15545195 AATTGGTTTATGACAAAACAAATTGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-A
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* * * * *
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* **
15545310 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGCATGAATGAAAA
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* * * * * * *
15545373 CAATT-ATTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTATTCAGATAGTCAT
63 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AAAGTCAT
* * * * *
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* *
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ATTTGAATTGTTCGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
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* * *
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* *
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*
15544028 GATTTATTTTTT-AATCTAC-TACTGATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
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** * * ** * *
15544091 TCTAATTATGCTTCTATGATGGAAAACAATTGTTTTATGATAAATCAAAAGTTCATAACGATTTG
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130 AAATAGTAATTATTCAAAT
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15543690 AAATCACTTA
* * * *** *
15543700 CTTAGTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATGAACT-
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* * * * *
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* * * * * * ** *
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126 GTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * * *
15543892 TTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAAGCTTAT-CTGAACTA-AAACAATTA
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* * * * * *
15543955 TTTTAT-AATGAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGAT-A--A-T-T-AT--TCA-AA-TA
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* * * *** * * * * * *
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* * * * * ** ** * ** *
15544070 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTAATTATGCTTCTATG-ATGGAAAACAATTGTTTTATGATAA
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* * * * * *
15544134 ATCAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAG-TAATTATTCAAAT-GGC-TAAATTATTTGAACTAAT
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* *
15544196 TCGATAACCTAACTTATTTTTAAATCT
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* * * *
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** * * * * * * *
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* ** * * *
15544353 TAGTCATAACTATTTGAAATTGTTC-AGTAAACGTATTTATTTTTTTAATTTCTTGCTTATTAAA
124 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AA
* * ** * * * *
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187 TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATATACAAATAGAAAAAATG
* * * * * *
15544481 ATTTTATGACTACACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATCGTTCTAATAGTCTTAACTA
252 ATTTTATGACTAAACAAAAGATCAAAACAATTTGAAATAAATAATCATTCTAATAGTCATAACTA
* * **
15544546 TTTGAACTAGTTTAACAAACACATTTATTGTTTAAATCTCTTACTTATCAATTTTTATTATATT-
317 TTTGAACTAGCTCAACAAACACATTTATTGTTTAAATCTCTTACTTATCAATTTTTAAAATATTA
* * * *
15544610 ATTAATTTAGCAATATTTTACTCCAAACAAGCTTGTATGGACAGAAACAATTGTTTTATGGCAAA
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* *
15544675 ACAAAAATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCG
446 ACAAAAATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCG
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511 ATAAATA-ATTTA-TTTTTAAATCT
*
15544765 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTATATGAATAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTTAAATAATTTTATATGAATAA
* * * *
15544830 AAACAATTATTTTTCGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTAAAATAGATAATAGTTAAATGGAC
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* * ** *
15544895 ATAAGTATTTGAACTTGTTCGATGAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAACTTTTAG
129 ATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG
* * ** *
15544960 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAAGCATATACGAATAGAAGCAATGGTTTTAT
194 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATATACAAATAGAAAAAATGATTTTAT
* *
15545025 GA-TGAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATT-TAAATAGTCATAACTATTTGA
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* * * * * * * * *
15545088 ACTTGCTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTTCTTATTAATTTTTAAAATTTTAATGAA
322 ACTAGCTCAACAAACACATTTATTGTTTAAATCTCTTACTTATCAATTTTTAAAATATTAATGAA
* * * ** * * * *
15545153 TTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAT
387 TTAGCAATATTTTACTCCAAACAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-
** * * *
15545218 TGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAAAGT-GTTAAGA-A
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* *
15545280 AATAGATTTCTTTTTAAAATTTTT
514 AATA-ATTTATTTTT-AAA--TCT
* ** ** ** *
15545304 ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAATG
1 -CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTTTAAATAATTTTATATGAATA
* * *
15545369 AAAACAATTATTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTA-TTCAGATAG
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* * * * * * *
15545433 TCATAACTATTTGAACATGGTT-GGTAAATAGATTCATTTTTATAATTCTCTTACTCATTAATTT
127 TCATAACTATTTGAAC-TTGTTCGATAAACAAATTTATTTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTT
* *
15545497 TTGGAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
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Statistics
Matches: 1058, Mismatches: 200, Indels: 90
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CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATATTATTTTATTTTAAATAATTTTATATGAATAAA
AACAATTATTTTTGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATAGTTAAATAGTCAT
AACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATATACAAATAGAAAAAATGATTTTATGA
CTAAACAAAAGATCAAAACAATTTGAAATAAATAATCATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTA
GCTCAACAAACACATTTATTGTTTAAATCTCTTACTTATCAATTTTTAAAATATTAATGAATTAG
CAATATTTTACTCCAAACAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAATCA
TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAATAATT
TATTTTTAAATCT
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15545670 TTAATTTTTT
*
15545680 TTAATCTGAATAACCTCGTATGAACAGAAACAATTGTTTTAAGGCAAAAGAAAAAGTCATAACAA
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131 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTC
15545836 TTAATCTGAATAACCTCGTATGAACAGAAACAATTGTTTTAAGGCAAAACAAAAAGTCATAACAA
1 TTAATCTGAATAACCTCGTATGAACAGAAACAATTGTTTTAAGGCAAAACAAAAAGTCATAACAA
15545901 TTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACAATTTGAATTTATTCGATTAATAGATTTATTT
66 TTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACAATTTGAATTTATTCGATTAATAGATTTATTT
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131 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTC
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TTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACAATTTGAATTTATTCGATTAATAGATTTATTT
TTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTC
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15545158 ATTATTTTAT
** * ** *
15545168 TCTGAATAAACTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATTGTCATAACGATTTA
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* * * * *
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**
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* * * *
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192 GTATGAATAGAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATT
* * * * *
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321 CATTAATTTTT-GAA
* * * * ** ** * ** * *
15545503 T-AGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATTGTTTTATTAC-AAATGAAAGGTCATAATGAT
1 TCTG-AATAAACTAGTATGAATAGA-AAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGAT
* * * * * * *
15545566 TTGAAATAGTTAATTATTCAAATTGTCATTACTATTTCAACTTGTTC-AGTAAAAATATTTATTT
63 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTCGA-TAAATAGATTTATTT
* * * ** * * * * * *
15545630 TTTAAATCTTCTAGTTCTTAATTATAAAAAAATTAATAAATTAAT-TTTTTTTAATCTGAATAAC
127 TTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTAATATTAATAAATTTATATTATTTT-ATTTGAAAAAG
* * * * * * * * ** *
15545694 CTCGTATGAACAGAAACAATTGTTTTAAGGCAAAAGAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAA
189 CTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAA
* * * * *
15545759 TTATTCAAATAGTCATAACAATTTGAA-TTTATTCGATTAATAGATTTATTTTT-TAAATCTTTT
254 TTATTCAAATAGTCATAACAATTTGAACATGATT-GATAAATAGATTCATTTTTATAAATCTCTT
*
15545822 ACTTATTAATTGTCTT-AA
318 ACTCATTAATT-T-TTGAA
* * * * * *
15545840 TCTGAATAACCTCGTATGAACAGAAACAATTGTTTTAAGGCAAAACAAAAAGTCATAACAATTTG
1 TCTGAATAAACTAGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTG
* * * * *
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66 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTA
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131 AATCTTTTACTTATTAATT-T-TTAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAAAAGCTTGT
* * * *
15546035 ATGAATAGAAAAAATTATTTTATGATAAAACAAAAGG-CTATAGTGATTTCAAATAAATAATTGT
194 ATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAATGATTTAAAATAAATAATTAT
* ** * * * * * *
15546099 TCAAATTA-TTATAATTATTTAAACTTG-TTCGGTAAATAAATTCATTTTTTTAAATCTCTTAAT
258 TCAAA-TAGTCATAACAATTTGAACATGATT-GATAAATAGATTCATTTTTATAAATCTCTTACT
*
15546162 TATTAATTTT
321 CATTAATTTT
15546172 CAAAATATTG
Statistics
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TCTGAATAAACTAGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTG
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AATCTTTTACTTATTAATTTTTAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAAAAGCTTGTAT
GAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCA
AATAGTCATAACAATTTGAACATGATTGATAAATAGATTCATTTTTATAAATCTCTTACTCATTA
ATTTTTGAA
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Period size: 149 Copynumber: 1.9 Consensus size: 149
15546183 TAAATTGGTA
* * * *
15546193 TTATTTTATTTCGAATAAACTTATATAAACTAAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAT
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* * * * *
15546258 AATGATTTGAAACAAATAATTATTTAAATAGTCATGACTAATTGATCTAGTTCAATATACATATT
66 AATAATTTGAAACAAATAATTATTTAAATAGTCATGACTAATTCAACTAGTTCAATAAACAGATT
15546323 TATTTTTTGAATTTTTTAC
131 TATTTTTTGAATTTTTTAC
* * * * *
15546342 TTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTAT-AGCAGAACAAAAGGTCA
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* * * * ** *
15546406 TAA-AATTTGAAATAAATAGTT-TGTTAAATAGTTAT-ATCTATTTCAACTAGTTTGATAAATAG
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128 ATTTATTTTTT
15546479 AAATCTCACA
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AATAATTTGAAACAAATAATTATTTAAATAGTCATGACTAATTCAACTAGTTCAATAAACAGATT
TATTTTTTGAATTTTTTAC
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15546530 GAACAAAAAG
* * *
15546540 ATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
1 ATTTGTTTTATGATAAAACAAAAGTTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * *
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66 AATATTTGAACTGGTTAGGCAAAAAAATTAATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * * *
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131 ATTAATAGATTTATTATATTTATTTCAAATAAGCT-GTATGAATAGAAAT
** * * *
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1 A-TTTGTTTTATGATAAAACAAAAGTTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCA-AATAGTCA
* * * * *
15546783 TAAATATTTGAACTGGTTTGGCAAACAAATTTA-TTTTTAATTCTCTTATTTATTAATTTTT-AG
64 TAAATATTTGAACTGGTTAGGCAAAAAAATTAATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-
* * *
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* * * * * * * * *
15546899 AATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTT-ATAACAATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTTAT
1 ATTTGTTTTATGATAAAACAAAA-GTTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * * * *
15546963 AATTATTTAAACCGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAA
65 AAATATTTGAACTGGTTAGGCAAAAAAATTAATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
** * *
15547024 GGTTAATA-AATTAGTATAATCTTATTTCAAATAAGCT
130 TATTAATAGATTTATTAT-AT-TTATTTCAAATAAGCT
15547061 TGAATGATAA
Statistics
Matches: 278, Mismatches: 51, Indels: 29
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Matches are distributed among these distances:
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ATTTGTTTTATGATAAAACAAAAGTTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
AATATTTGAACTGGTTAGGCAAAAAAATTAATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
ATTAATAGATTTATTATATTTATTTCAAATAAGCTGTATGAATAGAAAT
Found at i:15547407 original size:179 final size:178
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Indices: 15547181--15547821 Score: 665
Period size: 179 Copynumber: 3.6 Consensus size: 178
15547171 AAATAGCCAA
* * * * *
15547181 AACTATTTGAAATGGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTA-TTGATTAATTTTTTA
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* * * ** *
15547245 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATAAACAAAAATAATTGTTTTAT
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* * *
15547310 CACAAAATAAAAAGTAATAACAATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGTTAT
128 GAAAAAAT-AAAGGTAATAACAATTTAAAATAGATAATT-TTTAAATAGTTAT
* * *
15547363 -ACTTATTTGAAC-AGTCGATAAATATAA-TAATTTTTTAAATCTCTTACTTA-TAATATTTTGA
1 AAC-TATTTGAACTAGTTGATAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTTGA
* * * * *
15547424 AATATTAACAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAGCTGAAATAATTATCTTAT
63 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTGAAATAATTATTTTAT
* * * *
15547489 GAAAAAATAAAGGTCATAACTATTTAAAATAGATAATTGTTCATATAGTCT-T
128 GAAAAAATAAAGGTAATAACAATTTAAAATAGATAATT-TTTAAATAGT-TAT
* * ** * * * *
15547541 AACTGTTTGAACTGGTTTGGCAAACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAA-TTTTCAAA
1 AACTATTTGAACTAG-TTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
*
15547605 TATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTGAAATAATTATTTTATGA
65 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTGAAATAATTATTTTATGA
* * * * * *
15547670 TAGAACAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAGTCAT
130 AAAAATAAAGGTAATAACAATTTAAAATAGATAATTTTT-AAATAGTTAT
* * *
15547720 AACTATTTGAACTACTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC----TAATTCTTGAAA
1 AACTATTTGAACTAGTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
** *
15547781 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTA
65 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTA
15547822 GGTTGAAAAA
Statistics
Matches: 377, Mismatches: 68, Indels: 34
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Matches are distributed among these distances:
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AACTATTTGAACTAGTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTGAAATAATTATTTTATGAA
AAAATAAAGGTAATAACAATTTAAAATAGATAATTTTTAAATAGTTAT
Found at i:15548371 original size:181 final size:180
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15548045 AAAACTTCAT
* * * * *
15548055 AACAATTTGAAATAGATAATTGTCCAAATAATCATAACTGTTTGAACTT-ATTTGATAAACGAAT
1 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGATTTGACAAAC-AAT
* * ** * * *
15548119 TTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTTAATGTTAATAAATCAATATTATTTTATTCT
64 TTATTTTTT-AAAACTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCC
* * * * * *
15548184 AAATAAGCTTTTATGAATTGAGATAATTTTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAG
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* ** * *
15548237 AACGATTTGAAATAGATAATAATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAATTGATTTGACAAACACATT
1 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAATTGATTTGACAAACA-ATT
*
15548302 TATTTTTTAAAACTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTT-TATCCA
65 TATTTTTTAAAACTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT-TCCA
* * * *
15548366 AATAAGCTTGAATGATTCT-AAACATTTTTTTTATGACAAAACAAACA--TCAT
129 AATAAGCTTGTATGA-ACTGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCAG
* * * * * * * *
15548417 AACAATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGT-TGTAACTATTTAAATAGGTTTAAAAAACAATT
1 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAATTGATTTGACAAACAA-T
* * * * * *
15548481 TTAGTTTTT-CAA-TCTTATCCTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTT
64 TTATTTTTTAAAACTCTTA--CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC
** * * * * *
15548544 CGGATAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAT
127 CAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAG
* * * ** * ** *
15548598 AATAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATATTTATTTGAGCTTG-TTCAATAAACAGAT
1 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGA-ATTGATTTGACAAACA-AT
* * ** * *
15548662 TTATTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTCTAATGTTAATAAATTAATATT-TTTTATTTC
64 TTA-TTTTTTAAAACTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCC
* * ** * *
15548726 AAATAAGCTAGTATGAACT-AAAGTAATCATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAG
128 AAATAAGCTTGTATGAACTGAAA-CAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAG
* * *
15548779 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTGGCAAAACACAT
1 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAATTGATTTGAC-AAACA-AT
15548844 TTATTTTTTA
64 TTATTTTTTA
15548854 TTATTAAATT
Statistics
Matches: 492, Mismatches: 103, Indels: 45
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (180 bp):
AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAATTGATTTGACAAACAATTT
ATTTTTTAAAACTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAA
TAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAG
Found at i:15549254 original size:181 final size:180
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Period size: 181 Copynumber: 6.1 Consensus size: 180
15548929 AATTTAAGAC
* * **
15548939 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGGATT-GGTAAACAGATTTAGGTTTTAAAT
1 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT
* * * * * *
15549002 CTCT---TATTAAATATTAAAATATTAATAAATCAATATTAGTTTAGTT-CGAATAA-TTCTGTA
65 CTCTACATATTAAATTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCCAAATAAGCT-TATA
* * * *
15549062 TGAAAAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGGTTTGAAAC
128 TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * ** *
15549115 AGATAATTGTTCAAATGGACCTGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATC
1 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC
* * * * *
15549180 TCCTACCTATTAAATTTCAAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTCCGAATAAACTTATATG
66 T-CTACATATTAAATTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATG
*
15549245 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAAT
130 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAAT
* * * * * * *
15549296 AAATAATTGTTCAGATAGTCATTACTATTTGAGCTTGCTCAGTAAAACAAATTTATTTCTTAAAT
1 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGT-AAACAGATTTATTTTTTAAAT
* * ** * ***
15549361 CTTTTACATATTAATTTTTGGAATCTTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATAT
65 C-TCTACATATTAAATTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATAT
* *
15549426 GGATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAT-ATTTGAAAT
129 GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AATGATTTGAAAT
* * * *
15549478 AGATAATTATTCTAATAGTTATAATTATTTGAA-TGTGTTCAG-AAAGCAGA-TTATTTTTTAAA
1 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAA-CAGATTTATTTTTTAAA
* * * ** * * *
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* ** * * **
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* * * ** * * *
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* * * * ** *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * *
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* * * * ** *
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** * * * ** *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * ** * * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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TTTAAAATAAATAATTG
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*
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*
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*
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* * * * ** * **
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* * * * * * *** *
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*
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TAATTGTTCAAATAAATA
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* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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**
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* ** * *
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* * * * *
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* * * *
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128 AATAGTCATAACT-ATTTAACTGG-TTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCC
* * * * * *
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1 TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
* * * *
15550652 TCAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAACTATTCAAA
66 T-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * ** * * * *
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130 TAGTCATAACTATTT-AACTGGTT-AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-C
*
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* * ** ** * * ** * * * *
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61 ATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
* * * * ** * * * * **
15550893 TTATATAGCCTTAGTTATGTGAGCTGGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATGTATTAG
125 TCAAATAGTCATAACTAT-TTAACTGG-TTAGTAAACAGATTTATTTTTT-AA---A-TCC
* * * * *
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1 TTA--CTT--ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTA
* * * * *
15551019 TGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAAGGT--T-AT-A--AGAAATTGA-AA-TA--C
62 TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * *
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127 AAATAGTCATAACTAT-TTAACTGGTT-AGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-CC
* * * * * *
15551129 CTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAATATTATTATATTAT-GAATAGGCTAGTATG
1 TTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATG
* * * * *
15551192 -ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATACATAAATGTTCA
64 AAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA
* * * * *** * * **
15551256 AATGGCCATAA-TGTTCAAATACATAAATACATAAACTA-ATTTATGTTTTAAATTT
128 AATAGTCATAACTATT--TA-AC-TGGTTA-GTAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCC
* * * * *
15551311 TTAACTTATCAATTTTTAAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTT-AGAATAAGCTTTTATG
1 TT-ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAGCTTGTATG
* * * * * *
15551375 -ATCTGAAACAATTGTTTTATGATAAAATAGAAGGTCATAATGATTTTAGATAGATAATTATTCA
64 AAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA
** * * * * *
15551439 AATAGTCATAACTATTTGGCCTTGTTCGGTAAACAGTTTTATTTTTT--TTAC
128 AATAGTCATAACTATTT-AACTGGTT-AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCC
* * *
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1 TTACTTATTAATTTT-TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA
* * *
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* * * *
15551616 AATAGTCTTAACTATTTGAACTAGATCT-GCAAACACATTTATTTTTTAAATCC
128 AATAGTCATAACTATTT-AACT-GGT-TAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCC
* * * * * * *
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1 TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGA
* * * * * ** * * *
15551733 ACAAAAACAAATGTTTTAGGACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAGATAGATAATTTTTTAAA
65 ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * *
15551797 TAGTAATAACTATTTAAACTGGTTTGGTAAAGAGATTTAGTTTTTAAAT-C
130 TAGTCATAACTATTT-AACTGG-TTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCC
* **
15551847 -T-C-T-TTAATTTTT-GAAGTAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTAT-AAATAATTTTGTATG
1 TTACTTATTAATTTTTAGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATG
** *
15551906 AATAGAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCA
64 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCA
* * * ** * * *
15551970 AATGGACATGACTATTTGAACTTATTTGATAAACTGATTAATTTTTTAAAT-C
128 AATAGTCATAACTATTT-AACTGGTTAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCC
* * * *
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1 TT--ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG
* * * * * *
15552087 AATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAAAACGATTTGAAATATATAATTATTTAA
64 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * * * *
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129 ATAGTCATAACTATTT-AACT-GGTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-C
* *
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1 TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
* * ** ** *
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66 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
** * * * *
15552331 AGTCATAACTATTTGAAC-GTGTTCAAAAAATAGCTTTATTTTCTAAA-CTT
131 AGTCATAACTATTT-AACTG-GTT-AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-C
* * *
15552381 TTACTTATTAATTTTTAGAATATCAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATATGCTTGCATG
1 TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATG
* * *
15552444 AATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAT-ATTTTGAAATAGATAATTATTTA
64 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCA
* * * * * * *
15552508 GATAGTCATAACTATTTTAACTTGATTGGTAAGCAAATTCATTTTTTTTAATTCTC
128 AATAGTCATAACTA-TTTAAC-TGGTTAGTAAACAGATT--TATTTTTTAAATC-C
* * * **
15552564 TTACTCT-TTAATTTTT-GAAATATTAATCAATTAATATTATTTTATTTCAAATAGGCTTACATG
1 TTACT-TATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG
* * *
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64 AA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA
* ** * * * *
15552691 AATAGTCA-AGACTATTTGAACTTGTCCGATAAGCATATCTATTTTTTAAATCTT
128 AATAGTCATA-ACTATTT-AACTGGTTAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATC-C
* * * * * * *
15552745 TTATTTATAAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGA
1 TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGA
* * * * ** * *
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65 ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * * * *
15552874 TAGTCATAACGATTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTT
130 TAGTCATAACTATTTAACTGGTT-AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-C
*
15552925 TTACTTATTAATTATATT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTAT
1 TTACTTATTAATT-T-TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTAT
* ** * * * * * *
15552987 GAATAGAAAAAATCATTTTATGACAAAGCAAAAGGTTATACTGATTTCATATAGATAATTGTTCA
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* * * * *
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128 AATAGTCATAACTATTT-AA-CTGGTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-C
* * * * * * *
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1 TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
* * * ** *
15553171 TTGAAATAATT-TTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAG
66 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * * * * **
15553235 AGTCATGACTGTATGATCTAGTTCAATAAACATATTTATTGTTTTACATTTT
131 AGTCATAACTAT-TTAACTGGTT-AGTAAACAGATTTATT-TTTTA-AATCC
* * * * * *
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1 TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * * * * * *
15553352 AAGAAACTATTATTTTATAATAGAATAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAA
66 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAA
** * *
15553416 TAGTC-TAA--ATTTGAACCAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAAT--
130 TAGTCATAACTATTT-AACTGGTTAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCC
* * * * * *
15553462 TT-CTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAGATTAGTTTTATTTTATTTCAAACAAACTTATGTGA
1 TTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA
* * **
15553525 A-CGAAAACATTTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAATATTGCAAATAGATAATTTGA
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* * * * * **
15553588 TTCAAAAATTAAGTCTATAATTATTTGAACTAGCTAAGTAAACAAAATTATTTTAAAAATCTC
124 TTC--AAA-T-AGTC-ATAACTATTT-AACT-GGTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-C
* * *
15553651 TTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTCA-TTCTAAATAAGCTAGTAT
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* * *
15553713 GAATTGAAA-ATATTGTTTTATGACAAAAAAAAAATGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAATAT
63 GAATAGAAACA-ATTGTTTTATGAC-AAAACAAAA-GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
* * * * **
15553777 TCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACA-ATTTTAAGTTTTAAATCTC
125 TCAAATAGTCATAACTATTT-AACTGGTT-AGTAAACAGA-TTTATTTTTTAAATC-C
* * * * *
15553834 TTAGTTATTAATTTTT-GAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATAA
1 TTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA
* * * * * * * * * * **
15553898 ACAGAAATAATTGTTTTATGATAGAGCGAAAGGTTATAATAATTTGAAGT-GCACAACAACTT-A
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* *
15553961 AATAGTCATAACTATTTGAACCGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT--
128 AATAGTCATAACTATTT-AACTGG-TTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCC
* * * * *
15554012 TT-CTTATTAATTTTTGGAAGATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGATTAAGCTTGTATG-A
1 TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
* * ** * * * ** *
15554075 TCAAAAACAATTATCATATCACCAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTATTGAAA
66 T-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * * * * * *
15554140 TGGCCATAATTATTTGAACTGATTGGATAAACATATTCACTTTTTAAATCAC
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1 TTA
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (178 bp):
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TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
AGTCATAACTATTTAACTGGTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCC
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* * * *
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* * * * * *
15550118 TAGAATA-AATTGTTTTATGACAAACCAAAAGGTTATAGTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
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* * * * * * * *
15550182 TAATCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTGAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTATTCATTTTCA
129 TAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-AGTAAACAGATTTATTTTTTAATTCTCTTATTAATTTTTA
* * * *
15550247 AAATAGTAATAAATTAGA-ATTATGTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATT-TTT
193 AAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATCAAAAACAATTGTTT
* * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * *
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* ** * * * *
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* *
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* * ** * * ** * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * *
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** * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* *
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** * * * *
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* *
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* *
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* * *
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* * * **
15554932 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATTACTTTTTGTTTCAT
1 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * *
15554997 CATAAAATAATTGTTT-TA-TCTTTAAAAGCTTATTCGAATTAAAACAATACTAATTTAATAACA
66 CATAAAATAATTGTTTCAATTC-ATACAAGCTTATTAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * * **
15555060 TTT-CAAACATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATACATTTG-TTACCGAATT
129 TTTCCAAA-ATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACA
* * * * * * * **
15555111 GGTTTAAATGATTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAAT
1 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
15555176 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAA--TTCA--A-AATAAATTAATACT-ATGTAATAATAT
66 CATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTT-ATTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
** *
15555235 TTGAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACA
130 TTCCAAAATTAATAAGCAAA-AGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACA
* * * * * * * *
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1 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTTG
* * * * * *
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65 TCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * **
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129 TTTCCAAAATTAA-TAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACA
* * * ** * * * *
15555465 AGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAATGATTATCTATTTTAAATTGTTATGATCATTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* ** * * *
15555530 CATAAAATAATTATTTTTGA-TCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTGATA
66 CATAAAATAATT-GTTTCAATTCATACAAGCTTATTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * *
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129 TTTCCAAAA-TTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACA
* * * * * * *
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1 AGTTCAAATAA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
15555709 TCATAAAATAATTGTTTCTAA-TCATAGAAACTTATTTGATTAAAAATAATACTAATTTAATAAT
65 TCATAAAATAATTGTTTC-AATTCATACAAGCTTATTAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAAT
** * * * * ** **
15555773 ATTTTAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAAATAAATGTGTTTGTCGAATT
128 ATTTCCAAAATTAATAAGCAAAAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCGAACA
* ** * * * * *
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1 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * *
15555892 TC--AAAAT--TTGTTTC-ATATCTTACATGCTTATTTAGAATTAAATATTTCAAATTTATTAAC
65 TCATAAAATAATTGTTTCAAT-TCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
** * * * *
15555952 ATTTTAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAAATAAATCTCTTTATCAAACA
128 ATTTCCAAAATTAATAAGCAAAAGATTT--AAAAAATAAATTTGTTTACCGAACA
* * * * * * *
15556007 AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGA
1 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * *
15556072 CATAAAAGAATTGTTTCAATTTATACAAGCTTATCTAGAATAAAATAATACTAATTTCTTAATAT
66 CATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTAT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
*
15556137 TTCCAAAATCAATAAGCAAAAG-TTTAAAAATATAAATTTGTTTACCGAACA
130 TTCCAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAA-ATAAATTTGTTTACCGAACA
* * * * *
15556188 AATTTAAATAATTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTAAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * *
15556253 CAAAAAATAATTATTTTAGTTCATACAATCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATA-
66 CATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * *
15556317 TTCCAAAAACTAATAA-C-TAAGTAATTTAAAAAGTTAATTTATTTATCGAATC-
130 TTCC-AAAATTAATAAGCAAAAG--ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-CA
* * * * * *
15556369 AGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAACTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
*
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66 CATAAAATAATTGTTTC
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CATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
TCCAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACA
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*
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* * * * *
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* * *
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* *
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* * * * * * *
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* *
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* *
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* ** * * * ** * *
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* * * *
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* ** * *
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15555645 C
713 C
* * * * * *
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1 AGTTCAAAAAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTGTTTTGTC
* * *
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* * * **
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* * * *
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* * * * * * * *
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*
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* ** * * *
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* ** *
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437 AATTAATACAAGCTTAGATAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCAAAACT-AAGTAA
* * * *
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* *
15556217 TTATCTATTTAAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAAAAAATAATTATTTTAGTTCATACAA-
562 TTATCTATTTAAAATAGTTATGACCATTTGTTTTGTCAAAAAATAATTATTTTAGATCATACAAG
* * *
15556281 TCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTCCAAAAAC-TAATAACTAAGTA-ATTT
627 T-TTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATT-CAAAAACTTAACAACTAA-CAGATTT
* *
15556344 AA-AAAGTTAATTTATTTATCGAATC
689 AAGAAA-TAAATTTATTTATCGAACC
* * * * * * *
15556369 AGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAACTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAAAAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGT
*
15556434 CATAAAACAATTGTTTCT
65 CATAAAATAATTGTTTCT
15556452 GTTGATGCAA
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AGTTCAAAAAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTGTTTTGTC
ATAAAATAATTGTTTCTATCTATAAAAGCTTATTCGAATTAAAACAATACTAATTTAATAACATT
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AGTTCATACAATTCAAAATAAATTAATACAATGTAATAACATTTGAAAAATTAATAAGAAAGAGA
TTTAAAAAAATAAATCTCTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
TTTAAAATCTTTATAGCCATTTGATTTGACATAAAACAATTATTTCAATTAATACAAGCTTAGAT
AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCAAAACTAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCT
ATTTACCGAACAAATTAAAATAATTATGACCATTTCAACAATTATCTATTTAAAATAGTTATGAC
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ATTTATTAATATTCAAAAACTTAACAACTAACAGATTTAAGAAATAAATTTATTTATCGAACC
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*
15565386 ACTAGTTTAAATAGTTATT
1 ACTAGTTCAAATAGTTATT
*
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15565425 ACTA
1 ACTA
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ACTAGTTCAAATAGTTATT
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15565401 TATTGACTAG
* * * * * * * *
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* * * * ** * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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1 TTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * *
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65 ATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* ** *
15565721 TCAAAATTTATAAGTAAGAGATTTTTTAAAA-AATTCTATTTACCAAACCAA
130 TCAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-CAA
* * * *
15565772 TTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTGACA
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* * * * * * * *
15565837 TAAAATAATTGTTTTTA-TTCATATAAGTTTGTTCGAAAGAAAAAAATACTAATTTATTAATATT
66 TAAAATAATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * ** * *
15565901 TAGAAAAAAATAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGCAAGTCTATTTTACCAAATCAT
130 T---CAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCAAA-CAA
* * * * * * * **
15565956 TTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTAACCTTTTATTTTGTTG
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* ** * ** * *
15566021 TCAAATGGTTGTTTCTA-TTCATACTATTTTATTTAGAATAAAATAATTA-TGGCCATTTGAATA
66 TAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAA-TACT---AATTT--AT-
* * ** ** *** *
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15566144 A
179 A
* * ** * * * * ** **
15566145 TTC-AA-ACTTATCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-AAGTAAT-A-AGTAA
1 TTCAAATAGTTAT--AACT-ATTTGA-AC-AA-TTA-T-CTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTT
** * * * * * *
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* * *
15566267 AAAATAATACAAATTTATTAATA-TTCAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA-GAATCTA
105 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * *
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168 TTTACCAAACAA
* * * * ** *
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* ** * * * *
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65 ATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-T
* * * * * * *
15566472 TTGACAATTAGTAAGTAAAATATTTTAAAAATAAATATATTTACCAAACAA
129 TTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAA
* * * ** *
15566523 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTT-TGTT-TC
1 -TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * * *
15566585 ATAAAAAACAGTTGTATAAGTTCATA-TAGCTTTATTT-GAA-AAAAAAATACTAACTGAATAAT
65 ATAAAATA-A-TTGTTTCAGTTCATACAAGC-TTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * ** * *
15566647 ATTCCAAAAATCT-TTAAGTAAGAGATTTAAAATACGAATCTGTTTACCAAATAA
127 ATTTC-AAAAT-TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAA
* * * * *
15566701 GTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATGTCAAATCGTTATGACAC-TTTGTTTTAT
1 -TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTGTTTTGT
* * ** *
15566765 CATAAAATAATTGCTTCTA-TTCATAAAACGCTTA-TTCCATAGAAAATAATA-TAAATTTATTA
64 CATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACAA-GCTTATTTGGA-ATAAAATAATACT-AATTTATTA
* * * * * * * * **
15566827 ATATTTTAAAAATTAATAAG-AAAAAATTTAGAAAACAAATTTGTTTTCTGAACACA
125 ATA-TTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACA-A
* *
15566883 TTCAAATAGTTATGAA-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTCATGACCTTTTGTTTTCT
1 TTCAAATAGTTAT-AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGT
** ** * *
15566946 CATAAACCAATT-TCTTTTGTTCATACAAGCATA-TTGGAAATCAAATAATACTAATTTATTAAT
64 CATAAAATAATTGT-TTCAGTTCATACAAGCTTATTTGG-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * *
15567009 ATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAAATAAATC-GTTTACCAAACAA
127 ATTTC-AAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAA
* * * * *
15567062 GTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGCTATGATCTTTTTGTTTTG
1 -TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGA-CCTTTTGTTTTG
* * *
15567126 TGATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTTATTTGGAATGAAA-AATACTAATTTATTAA
63 TCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAG-CTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * ** * *
15567189 T-TTTCTAAAAATTATTAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAAAATTTTTACTAAACAA
126 TATTTC--AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAA
** * * *
15567244 GTTCAAATAGCCATATCCATTTCG-ATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
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* * *** * * ** * * * *
15567308 CATAAAAACAATTATTTTTCTTCTTGCAAAATTATTTAGAATAAAAATAATACTGATATAATAAT
64 CAT-AAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * ***
15567373 ATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTTTTTATCGAAATGG
127 A-TTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CCAAACAA
* * * * * *
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1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* ** * * * * * * *
15567488 TAAAACAATTGTTTCCTTTCATATAAACTTATTTGGATTAAAATAATACTAACTTAATAAAATTC
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* * * *
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** * * * * *
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*
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* ** * * **
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* * * *
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*** * * *
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* *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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*
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* *
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* * * * * *
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*** * * * * *
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* * * * * * *
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* * ** * *
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* * * * * * * *
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** * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* **
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* * * *
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** * * * * * * *
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* * *
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** * * *
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* * * ** *
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* * * * ** * * * *
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* * * * ** ** *
15569267 AGC-TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTTT-TGTTTATATTATTTTATTTAAAATAAAATAAT
126 A-CTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
* ** * * * * * * * **
15569330 ACTAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAA-TCAAAAAAATTAAAAAAAATAAGTCTCATTGCC
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* * * * * *
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* ** * ** * *
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312 T-GTTTTTCATAAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAAATTATTTAGAATAAAAATAATACT-AT
* * * *
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ACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGAACTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCCTTTCATAA
AACTTATTAGATTAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCAAAAAATTAATAAGATGAGATTTAAA
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* * * * * * *
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** * * * * * * * *
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* * ** * *
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* * * * * * * * *
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* * ** * * * *
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* * * * * *
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** * * * * * ** * *
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* * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * ** * ** *
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* * * ** *
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* * **
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* * *
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* * * *
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* * **
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* * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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** * * * *
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* ** *
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* *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* *
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* * * *
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* * * * * *
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*** * * * *
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* * * *
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* *** * * * *
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* * * *
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* ** * **
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* * * * *
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** * * * * * *
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*** * * * * * * *
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* * ** * * * * * *
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* ** * * * * * ** * *
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* ** *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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*** * *
15569164 TTTTTAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAA-GT-TGCTTACCAAACCATTTCAAATA
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* * * * ** * * * *
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AAAATTAATAAGTAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACTATTCAAATAGTTATGACTATT
AGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTC
ATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCGTAGA
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**
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* *
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* * * *
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* * *
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* * * * * ** * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *** * *
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* *
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* * * * * * ** *
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* * * * * * **
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* * ** * * * *
15578503 ATAAAATAATATTAATTTATTAGTATTTCCTAAATTATTAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATTT
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* ** * *
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* * * * * * *
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** * * * * * * *
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** * * * * * *
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* * *
15578926 AATCTGTTTA-CAAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAAC
316 AATCTATTTACCAAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * *
15578970 AATTATTTATTTAAAATCATCATGACTTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTTGGTTCATAAA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACA
* * * * * * *
15579035 AGCTTATCCAAAATAAAATAATACTATTTTCTTAATATTTCAAAATTAGTAAGCATGAG-TTTAA
66 AGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * * *
15579099 AAAATAAATTTGTTTGCCAAACAAATTCAAATAGTTACTACTATTAGAACAATTGTCTATTTAAA
131 AAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTA-TACTATTAGAATAATTATCTATTTCAA
** * * * * * *
15579164 ATTGTTATTACCTTTTGTTTTATTATAAAACAAGTGTTACAGTTCATACAAGCTAATTCAAAATA
195 ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATA
* *
15579229 AAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAAATTAAAAAAATAAATCTATT
260 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-GAAATTTAAAAAATAAATCTATT
* * * * * *
15579294 TATCGAATCAGTTCAAATAATTATGACCATTTCAAT
324 TACCAAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * *
15579330 AATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTTTTATCATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT-TCATAC
*
15579395 AAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTT
65 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAGAGATTT
*** * * * * * * *
15579459 AAAAAATAAAATCCATTTATCAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-T-TGTATAT
129 AAAAAAT-AAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAT-ACTATTAGAATAATTATCTATTT
* * ** * * **
15579522 CAAATCATTATAACCTTTTGTTCTACCATAAAAAAAATTATTT-TTTTCATACAAGCTTATTCAA
192 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAA
* * * * *
15579586 AATAAAATAATACTAATATAATAATATTTCAAAAATTAATAACTGAGAGATTTAATAAATAAAT-
256 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGAAATTTAAAAAATAAATC
** *
15579650 TAATTTGTCAAA-CTAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAAC
320 T-ATTTACCAAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * *** *
15579691 AATTATTTATTTCAAATAATTACGGCCTTCCATTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTCAATTCATA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT--GTTCATA
* * * *
15579755 CTAGTTTATT-AGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA
64 CAAGCTTATTCA-GAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * *
15579818 TTTAAAAAATAATTTTGTTTACCTAACCAA-ATCAAATAATTATAACTAATT-GAACAATTATCT
126 TTTAAAAAATAAATTTGTTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTAT-ACT-ATTAGAATAATTATCT
* ** **
15579881 ATTTCAAATCATTACGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAAGTTTTTGTTCTATCATAAAACAA
188 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAG---T-TCAT---AC--
* * * ** ** * *** * * * * *
15579946 AAGTTTTTGTTC-ATATAAGTTTGT-TTGGAAAAAAATAAAACTAGTCTACTAATATTTCAAAAA
244 AAG--CTTATTCAAAATAAAATAATACT---AATTTAT-TAA-TA-T-TTC-AAAAATT-AATAA
* * * * *
15580009 TTAAAAAGAGTTTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAG
298 GT-AGAA-A--TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
15580074 C
359 C
* * * ** * * * * *
15580075 AATTATTTAATTCAAATCGTTATGATTTTTTGTTATGTTATAAAACAATAGTTTCTGTTCACACA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACA
* * * * * * * *
15580140 AG-TATATTTAGATTAAAATAATAATAATTTACTGATATTTTGATAATTAATAAGTAAAAGATTT
66 AGCT-TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * * *
15580204 AAAAAATAAATCTATTTACCGAGCAAGTTTAAATAGTCGTA-ACTATTTGATTAATTATCTATTT
129 AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGT--TATACTATTAGAATAATTATCTATTT
* * * * * * * * ** *
15580268 CAAATCATTTTGACTTTTTCTTTTATAATAAAATAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTGAT
192 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAA
* * * *
15580333 GTAAAACAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAA-TTAAAAAA-GAAT
257 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT-AGA-AATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
15580395 ATGTTTACCAAATAAATTCAAACAGTTATGAGTATTTAAAC
319 CTATTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * ** * * *
15580436 AATTATCGATTTCAAAACATAATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTCCTATTGATGCA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACA
* *
15580501 AGCTTATTTCA-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
66 AGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
** * * * * *
15580564 AAAAAATAAATTTGTTTACTGAACGAGTTCAAATAATTATAATTATCT-GAGTAATTATTTATTT
129 AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAT-ACTAT-TAGAATAATTATCTATTT
* * * * * * **
15580628 CAAAT-AGTTATGACATTTT-TTTTGT-GTAAAATAATTATTTTTA-TTTATACAAAATTATTCA
192 CAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCA
***
15580689 AAATAAAATAATACTAATTT-TTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AG--ATTTAAAGGCTAAATC
255 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATC
* * *
15580750 TATTTACCAAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAAT
320 TATTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * *
15580790 AATTATCTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATT-CTTTCGATTCATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG-TTCATAC
* * ** * *
15580853 AAGCTTATTCGGAGTAAAAT-ATAGCTAAACTAATAATA-TTCTAAATTTAATAAGTAAGAG-TT
65 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * *
15580915 TTAAAAATAAATATT-TTT-GCAGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTT
128 TAAAAAATAAAT-TTGTTTACCA-AA-CAAGTTCAAATAGTT-ATACTATTAGAATAATTATCTA
* ** * * * *
15580977 TTTTAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACATGCTTATTT
189 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TT
* *
15581042 TAAAATAAAATAATACT-ATTCTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAA--A-AAATTTTAAAAAAT
253 CAAAATAAAATAATACTAATT-TATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAGAAA-TTTAAAAAAT
* * * * * * * *
15581102 AAATTTGTTTACTAAATAAATTAAAATAGTTAAGTCTATTTGAAC
315 AAATCTATTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * * *
15581147 AATTATCTATTTAAAATCATTATGGCTTTTTGTTTTATAATAAAGCAATTGTTTTAGTTCATAAA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACA
* * * * * * *** * *
15581212 AGCTTATGCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCATAAATTAAGAAATTTCATATTTT
66 AGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * * * * * *
15581277 AAAAATAAATTAG-TT--CAAATAA-TT---AT-G----GCCATTTGAACAATGATTTATTTCAA
130 AAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATACTATTAGAATAATTATCTATTTCAA
* * * * * ***
15581330 GTCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TT-GTATAAGCCTATTTGGAA
195 ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAA
* * * *
15581393 TAAAATAATACTAATTT-TTAATATTTC-AAAATTAA-AGAGCAGGAGATTTAAAAAATGAATTT
258 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AGTA-GAAATTTAAAAAATAAATCT
* *
15581455 ATTTACCGAA-CTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTTAAC
321 ATTTACCAAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * *
15581494 AATTAT-TAATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTC-TTAAACAATTATTTATGTTCATAC
1 AATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAC
* * * * * *
15581557 AGGCTTATTCTA-AATAAAATAACACTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATACGTAAGAGATT
65 AAGCTTATTC-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAATTAATAAGTAAGAGATT
** * * *
15581621 TAAAAAATAAATTTGTTTGTCAAACTAGTTCAAATAATTA-AGGT-TATACGAATAATTATCTAT
128 TAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATA-CTAT-TA-GAATAATTATCTAT
* * * *** * * * *
15581684 TTTAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTCTTCATATATGTTTGTTCA
190 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCA
* * * * * *
15581749 AAATAAAATAATATTAATCTACTAATATGTCAAAAATTAATAAG-AG--ATTTCAAAAATAAA-A
255 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATC
* * * * **
15581810 TATGTATATCAAACCAATTCAAATAGTTGTGA-TATTTGAGT
320 TAT-T-TACCAAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * * *
15581851 AATTATTTATTTCAAAAT-GTTATGACATTTTATTTTGTTATAAAATAATAGTTTCTGTTCATAC
1 AATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAC
* * * *
15581915 AAGCATCTTCA-AATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATT
65 AAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AATTAATAAGTAAGAGA-T
* *** * * ** * *
15581979 TTAAAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAACAGTCATGAAAATTTGAGTAATTATCTAT
127 TT-AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAT-ACTATTAGAATAATTATCTAT
* * * * * *
15582044 TTCAAATTATT-TGGACCTTTT-TTTTGTAAAAAAATAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTT
190 TTCAAATCATTAT-GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTC
* ** *
15582107 GATGTAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAA-T-A-AA--AG-AA-TTAAAAAA-GAA
254 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAA
* * * * ** *
15582163 TAC-GTTTACCAAATAAGTTCAAATACTTATAACTA-TCAAAT
318 T-CTATTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * * * * *
15582204 AATTATCTATTTCAAAACATAATGACCTTTT-TGTTTGTTATAAAATAGTTGGTTCTATTGATGC
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT-TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAC
* ** *
15582268 AAGCATATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
65 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * *
15582332 TAAAAAAATAAATCTGTTTATCAAATGAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTAT
128 T-AAAAAATAAATTTGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTAT-ACTATTAGAATAATTATCTAT
* * * * * * **
15582396 TCCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACTATTGTTTTA-CTCATACAAAATTATTCA
190 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCA
* * * *
15582460 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATACTTCAAAAATTAAT-A--AGAAATTTTAAAACTAAATA
255 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATC
* * * ** *
15582522 TGTTTACCAAACCAGTTCAAATAATTACAACTATTTGAAT
320 TATTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * *
15582562 AATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTTATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACA
* * * * *
15582626 AGCTTATTCGGAGTAAAAT-ATAGCTAAATAAATAATATTAT-AAAATTAATAAG--A-A-ATTT
66 AGCTTATTCAGAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATT-TCAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * ** *
15582685 AAAAAATAAATGTATTTGTCGATCCAA-TTCAAATAGTTA-AGGCTATTAGAATAATTATTTATT
129 AAAAAATAAATTTGTTT-ACCAAACAAGTTCAAATAGTTATA--CTATTAGAATAATTATCTATT
** * * * * * ** * *
15582748 TCAAATTGTTTTGACATTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTTGTACATGCTTA-TCTG
191 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTC-A
* *
15582812 AAATAAAATAATACT-ATTCTATTAATA-TTGAGAAAATTAATAGGCTAGAAATTTTAAAAAAAT
255 AAATAAAATAATACTAATT-TATTAATATTTCA-AAAATTAATAAG-TAGAAA-TTT-AAAAAAT
* ** * * * * *
15582875 AAATCTGTTTACCAAAGAAATTCAAATAGTCAAGTCTATTTGAAT
315 AAATCTATTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * *
15582920 AATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATAAAAAAACAATTGTTTTTAGTTCATAA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-GTTCATAC
* * * * * * **
15582985 AAGCTTATGCAAAACAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAATTTGGA-AAGTTGGAGATT
65 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA-TT-AATAAGTAAGAGATT
*** * * * * * * *
15583049 TAAAAAATAAATCAATTTATCGAATCAA-TTTAAATAATTATGGCCATTAAAATAATTATCTATT
128 TAAAAAATAAATTTGTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTAT-ACTATTAGAATAATTATCTATT
* * * * * * *
15583113 ACAAATCGTTATGA-ATTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA--TCGGTATAAGCCTATT
191 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTCAGTTC-ATACAAGCTTATT
*** * *
15583175 TGGAGTAAAATAATACTAATTT-TTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAGAAGATTTAAAAAATAA
253 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAA-ATTTAAAAAATAA
** *
15583239 AT-TATTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
317 ATCTATTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* ** * * * *
15583281 AATTATATATTTCAAATTGTTA-GAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTAATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAC
* * * * * * *
15583345 AAGCATATTCGGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAACTTAGAGATTT
65 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* *
15583410 AAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTA-AGGCTA-TATGAATAATTATCTATT
129 AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATA--CTATTA-GAATAATTATCTATT
* * * * ** ** *
15583473 TTAAGTCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATTTAAG-TCTATTCC
191 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCT-TATTCA
* **
15583537 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG
255 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
15583581 AGATTTGAAC
Statistics
Matches: 3855, Mismatches: 885, Indels: 470
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
343 1 0.00
344 9 0.00
345 5 0.00
346 98 0.03
347 138 0.04
348 4 0.00
349 11 0.00
350 2 0.00
351 93 0.02
352 228 0.06
353 235 0.06
354 93 0.02
355 37 0.01
356 54 0.01
357 228 0.06
358 290 0.08
359 277 0.07
360 464 0.12
361 595 0.15
362 184 0.05
363 193 0.05
364 185 0.05
365 103 0.03
366 20 0.01
367 4 0.00
369 2 0.00
370 4 0.00
371 4 0.00
372 8 0.00
373 13 0.00
374 9 0.00
375 4 0.00
376 3 0.00
377 2 0.00
378 1 0.00
379 6 0.00
380 6 0.00
381 7 0.00
382 9 0.00
383 127 0.03
384 91 0.02
385 8 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (359 bp):
AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACA
AGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
AAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAA
TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAA
AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTA
CCAAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
Found at i:15579465 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 15578244--15583580 Score: 3307
Period size: 181 Copynumber: 29.7 Consensus size: 181
15578234 TAATTAGAAA
* * * * * ** *
15578244 AATTATGTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTAGTTATAAAACAATTGTTTCAATTT-AAAC
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTTTTCATAC
* *
15578308 AAGCTTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATT
65 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * * *
15578372 TAAAAAAATAAATTTATTTATCGAA-CAAGTTTAAATAGTTATTATTATTTGAGC
129 T-AAAAAATAAATCTGTTTATCAAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * *** *
15578426 AATTGTCTATTTAAAATTATTATAACCTTTTGATTTGTCCTAAAACAATTGTTTCAGTTAATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTTTCATACA
** * * * ** * * * *
15578491 AGCTTAGACAAAATAAAATAATATTAATTTATTAGTATTTCCTAAATTATTAAGTAAAAAATTTT
66 AGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * * *
15578556 AAAAATAAATTTGTTTA-CTAACTCAGTTAAAATAATTATTG-CAATTTGAAC
131 AAAAATAAATCTGTTTATC-AAATCAGTTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAAC
* * * * ** * *
15578607 AATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGATCACAT
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTTTCATAC
* ** *
15578672 AAGCTTATT-TGGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
65 AAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * * * ** * *
15578735 ATAAAAAAATAAATGTGGTTACCGAATCAGTTCAAATAGTAAAAACTATTAGAAT
128 -TTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* ** * * * * * *
15578790 AATTTTCTATTTCAAATTTTTATGACCTTTTGTTTAGTCAT-AAATATTTGTTTTATATCTTACA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTTTCATACA
* * * * * * * *
15578854 TGCTTATT-TGTAATAAAATAAT-CCAATTTAATAACA-TTCAGAAAATTAATAAGCAAAATACT
66 AGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGA-T
* * *
15578916 TTACAAAATAAATCTGTTTA-CAAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAAC
128 TTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * ** *
15578970 AATTATTTATTTAAAATCATCATGACTTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTTGGTTCATAAA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTTTCATACA
* * * * * * *
15579035 AGCTTATCCAAAATAAAATAATACTATTTTCTTAATATTTC-AAAATTAGTAAGCATGAG-TTTA
66 AGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* ** * *
15579098 AAAAATAAATTTGTTTGCCAAA-CAAATTCAAATAGTTACT-ACTATTAGAAC
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* * ** * * * * ****
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** *
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* * * * *
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** * * * *
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* * * * *
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Statistics
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TAAAAATAAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATGATTTATTTCAAGTCATTATGAA
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* * * * * * *
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** *
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* * * * *
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* *
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*
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* *
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* * ** * * *
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** * * *
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** * * ** *
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* * * * *
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65 TTAT-AAAAA-T--TAA-TAAGAAATTTAAAAAATAAATGTATTTGTCAAAACCAATTCAAATAG
* * * * * * * *
15585377 TTAAGACCATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTTCTGTAGTCATAAAATAA
125 TTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * *
15585442 TTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTC-AGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAA
190 TTGTTTCTA-TTTATACAAGCATATTCGA-AATAAAATAATACTAATCTATTAATATTC-AAAAA
* * * * ** *
15585505 TTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAAATAAATTTGTTTACCGTA-TAAGTTCAAATAGATT-TGAC
252 TTAAT-AG-TAGAAATTTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAA-TTCAAATAG-TTATGAC
* * * * *
15585568 TATTTGAACAATTATCTATTTAAAGTCATTATGGTC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT
313 TATTTGAATAATTATTTATTTAAAATCATTAT-GACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * * * *
15585632 AGTTCATA-AAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTAATAGTATTTCAAAAATTAATAAG
377 A-TTCATACAAAA-TTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* ** * ** * *
15585696 CAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTTTCAAAACTAGTTCAAATAGTTAATAGTTATGACTATTT
440 --A-A-ATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACCAGTTC-AA-A--T-A-A-TTATAACTATTT
* * * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
15585865 ATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAA-ATATATATTTG-CCAAACCAGTTCAAATAGTTAA
64 ATTATAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATGTATTTGTCAAAACCAATTCAAATAGTTAA
* * * * * *
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129 GACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * * * *
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* * * *** * * * * * * *
15586055 CTATCT-AT-TTCAAATCATTATTACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATGCA
235 CTAT-TAATATTCAAA-AATTAATA-GTAGAAATTT-TAAAAAAATAAATCTGTTT--AC---CA
* ** * * **
15586118 AGCTTATTCGAAATA-TAATAAT-ACTAATTTG-CTAA-TATTTCAAGAATTAATAAGAGATT-T
291 AACCAATTC-AAATAGT--T-ATGACT-ATTTGAATAATTATTT----ATTTAA-AA-TCATTAT
* * * *** * * * *
15586178 AAAAATTAAATCTGTCTACTGAACTAGTGTA-AATAGTTATGACTATT-TTAACAATTAACTATT
345 GACATTTTGTTTTGTC-A-T-AA--A----ACAATTGTT-T---TATTCAT-ACAA--AATTA-T
* *** ** **** ** **
15586241 TCAAATTGCTATAACCT-TTTGTTCTATCATAAAATAATTGT-TTCTATTCAA-ACTAAATGGAA
393 TCAAAATAAAATAA--TATTAATT-TAT--T--AAT-ATT-TCAAAAATT-AATAAGAAATTTAA
* * *
15586303 TAAAAT-AATACTAATTTA--GTAA-TA-TTCTAAA-AATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATA
448 -AAAATAAATA-T-ATTTACCG-AACCAGTTC-AAATAATT-ATAACT-----ATTTGAATAAT-
* * * * * * * * * ** *
15586362 AATTTGTTTACTGAACCAGTATAAACAGTTAAGATTA
501 TATCTATTT-C-AAATCATTAT-GAC-CTTTATTTTG
* * * ** ** ** * * ** ** *
15586399 T-ATGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTT-TT-TGTTTCATCATAAAAC-AATT-AT
1 TCAT-AA-AA-CAATTGTTTC-TGTTCATACAAGCTTATTCGGAGT-AAAATAATACTAATTAAT
** * * * * **
15586459 TTTAGCTCATAAAAGTTTATTCAG-AATAAAATAAAACTAATTTAT-TAATATT-TC-AAA--AA
61 AATA--TTATAAAA-ATTAATAAGAAATTTAA-AAAA-TAA---ATGT-AT-TTGTCAAAACCAA
* * * * * * * * *
15586518 TTTATA-AGTAACAGA-TTTTGAAAATAATTCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATAACTA
116 TTCAAATAGTTA-AGACTATT-AGAATAA-T-TA--T------CTATTTCAAATCATTATGACCA
* * * * * **
15586581 TTTGAACAATTGTTTAT-TC-CAAATCTTTATTACTT-TTTGTTTTGTCATAAAAAATTTGTTTT
169 -TT------TTGTTT-TGTCATAAAAC---A--A-TTGTTTCTATT-T-AT--ACAA---G--CA
** * * *
15586643 TATTAATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAGT
211 TATTCG-A-AA---TA---------AAATAATACTAATCTATTAATA-TTCAAAAATTAAT-AGT
** * ** * * * * *
15586708 A-AGAGGTTT-CAAATGTAAATATGTTTA-CAAATCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGACTAA
260 AGA-AATTTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
* * ** * * * * * * * *
15586770 TTATCTATTTCAAATTGTTATAAGC-TTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTATGTTTAAACTA
324 TTATTTATTTAAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTATTCATACAA
** *** * * * * * *
15586834 TTTTATTTGGAATAAAATAATAATAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAAACAAGAAAATTAA
387 AATTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTCAAA---AATTAATAAGAAATTTAA
* * * * ** * ** *
15586899 AAAATAAATCTAATTGCCTAACC-GATTCAAATAGCTA-ATACTATATGAACGATTATCTATTTG
448 AAAATAAATATATTTACCGAACCAG-TTCAAATAATTATA-ACTATTTGAATAATTATCTATTTC
* * *
15586962 AAATCGTTATGACTTTTTCTTTTG
511 AAATCATTATGAC-CTTTATTTTG
* * * * * * *
15586986 TCGTACAACAATTATTT-TGCTCATACTAGCTTATTCTGATTAAAATAATACTAATTTAATAATA
1 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGGAGTAAAATAATACTAA-TTAATAATA
* * * * * *
15587050 TT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTTTTTATC-AAATCAGTTCAAATGG
65 TTAT-AAAAATTAATAAG--A-A-ATTTAAAAAATAAATGTATTTGTCAAAACCAATTCAAATAG
* * * * *
15587113 TTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGA-CTTTTTCTTTGGTCATAAAACAA
125 TTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * * *
15587177 TTGTTT-TAATTCATACAAGCTTATT-TAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAA
190 TTGTTTCT-ATTTATACAAGCATATTCGA-AATAAAATAATACTAATCTATTAATATTC-AAAAA
* * * ** * *
15587240 TTAATAAGAAGGAGA-TTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATTACTA
252 TTAAT-AGTA-GAAATTTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * * * * *
15587304 TTTGAACAATTGTCTATTTTAAAT-GTTATAACCTTTTGATTTGTCATAAGACAATTGTTTTAGT
315 TTTGAATAATTATTTATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-T
* ** * ** * **
15587368 TAATACAAGCTTAAAT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAA-ATA
379 TCATACAAAATT-ATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGA-A
* * ** * * ** * *
15587431 A---AAAAAAAAAATGTGGTTACCGAATCAGTTAAAATAATTATGCCCATTTGAATGATTATCTA
442 ATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTA
* * * *
15587493 TTTCAAACCACTATGACATTTTGTTTTG
507 TTTCAAATCATTATGAC-CTTTATTTTG
* * * * * * *
15587521 TCATAAAACAATTGTTTTTGGTCATACAAGATTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
1 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGGAGTAAAATAATACTAA-TTAATAATA
* * * * * * *
15587586 TT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ACCAATCCAGTTCAAGTAG
65 TTAT-AAAAATTAATAAG---AA-ATTTAAAAAATAAATGTATTTGTCAAAACCAATTCAAATAG
* * * * * * *
15587649 TTATGACTATTTGAACAATTATCAATCTCAAATCATTAAGATC--TTTGTTTTGTCATAAAACAA
125 TTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * * ** * *
15587712 CTAT-TTTTTA-TCATAGAAGCTTATT-TAGTTGAAAATAATACAAAT-TTTATAATATTTCAAA
190 -T-TGTTTCTATTTATACAAGCATATTCGAAAT-AAAATAATACTAATCTAT-TAATA-TTCAAA
* * * * * **
15587773 AATTAATAAGTA-AAAGATTT-AAAAAATAAATGTGTTTGCTAAACGAGA-TCAAATACG-TAAA
250 AATTAAT-AGTAGAAA-TTTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCA-ATTCAAATA-GTTATG
* * * ** * * * *
15587834 ACTATTAGCATAATTATCTATTTCCAAT-AGTTCTGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAATATTTGTT
311 ACTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATCA-TTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * ** *** *** *
15587897 TCATATCTTACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATCCAAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATA
375 TTAT-TCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATA
* * * * * * *
15587961 TGCAAAAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTGCCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
438 ---AGAA-ATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATA
* * *
15588025 ATTATTTATTTAAAATCAATT-TGACCTATTGTTTTG
499 ATTATCTATTTCAAATC-ATTATGACCT-TTATTTTG
* * * * ** * **
15588061 AT-ATAAAACAATTTTTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAA
1 -TCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTCGGAGTAAAATAATACTAA-TTAATAA
* * * ** * * ** *
15588125 TATTTTGAAAATCAATAAGCAAGGGTTAAAAAA-AAAT-TGTTTAT-TGAACAAATTC-AATAGT
63 TATTATAAAAATTAATAAG-AA-ATTTAAAAAATAAATGTATTTGTCAAAACCAATTCAAATAGT
* *** * * * * *
15588186 TACA-ACTATTTGTGCAATTGTCTATATAAAATCGTTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAAGAA
126 TA-AGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * * * *
15588249 TTATTTCAATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTCAAAAATT
190 TTGTTTCTATTTATACAAGCATATTCGAAATAAAATAATACTAATCTATTAAT-ATTCAAAAATT
* * * * ** * * *
15588314 AATAATCAAGAGA-TTT-AAAAAATGAATCTATTTACTGAACAAATTTAAATAATTATGACTATT
254 AATAGT--AGAAATTTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATT
* * * ** * * * * * *
15588377 TGAACAATTATCTATTTGAAAT-AGGCATAACCTTTTATTTAGTCATAAAAGAATTTTTTTCTAT
317 TGAATAATTATTTATTTAAAATCA-TTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTT-TAT
* ** * * ** * *
15588441 TCATCCAAGCTTATTTC-TAACAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGGCACTTAATAAGT
379 TCATACAAAATTA-TTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAA--AAATTAATAAG-
* * * * ** * * ** * **
15588503 AAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTTCCAAATAAGTTCAAATCATTTTGTCCATTTGAGCAATT
440 ---AAATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATT
* * ** * *
15588568 ATTTATTTCAACTTGTTATGACCTTTTGTTTTT
502 ATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTATTTTG
* * * * * * * *
15588601 TCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGTTTATTCGAATTAAAATAATATTAATTTATAACTA
1 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGGAGTAAAATAATACTAATTAATAA-TA
* * * * * * * * * * * *
15588666 TTTTGACAATTAATAAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTCTGCCGAAGA--AGTCCAAATAGTCA
65 TTATAAAAATTAAT-AAGAAATTTAAAAAATAAATGTATTTGTC-AAAACCAATTCAAATAGTTA
* * * * * *
15588729 TA-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACC-TTTTCTTTTGTAATAAAGCACTT
128 -AGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * * * *
15588792 ATTT-TAGTTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAGATAATACTAATTTATTAATATTTCCAAAATTA
192 GTTTCTA-TTTATACAAGCATATTCGAAATAAAATAATACTAATCTATTAATA-TTCAAAAATTA
* * * * *
15588856 ATGAGTAAGAGAA--TTAAAAAAA-GAATATGTTTACCGAA-TAATTTCAAATAGTTATGATTAT
255 AT-AGT-AGA-AATTTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTAT
* * * *
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316 -TTGAATAATTATTTATTT-AAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTA
* ** * *
15588979 TTCATGCAAGCTTATTTC-GAATAAAATAAT-TTAAATTTATTAAT-TTCCAAAAATTAATAAGT
378 TTCATACAAAATTA-TTCAAAATAAAATAATATT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-
** * * * *
15589041 AAAATTTTTAAAAAATAAATATACTTT-TTGAA-CACGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAA
440 -AAA--TTTAAAAAATAAATATA-TTTACCGAACCA-GTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAA
* * * *
15589104 TTATCTATTTTAGATCACTATGACCTTTTGTTTTG
500 TTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTATTTTG
* * * * * * * * * *
15589139 TCAT-AAACTAATTATGTCTATTCATAAAAGCTTTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAA
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** * * * * * ** *
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* ** ** * * * * *
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* * * * * * *
15589393 TTAATAAGTTTGAGA-TTT-AAAAAATAAATTTATTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTCATGTCC
252 TTAAT-AG-TAGAAATTTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACT
* * ** * * *
15589455 ATTTGAACT-ATTATCTATTTTAAATTGTAATGACATTTTGTTTTCTCATAAAATAATTGTTTTT
314 ATTTGAA-TAATTATTTATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTT
* * * * * * * ** * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * *
15589681 TCAAAAAACAATTTTGTTT-TTTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAAGAATATTAATTTAATAA
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** * * * ** *
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* * ** * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
15589936 ATGAGTAAGAGA-TTTAAAAAAATAAATATGTTTACTAAA-CAAGTTGAAGTAGATT-TGACTAT
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* * * * * * * **
15589998 TTGAACAATTATATGTATAAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATCAATTTGTTGCAGT
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* * *
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* * ** *** ** * * * *
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* * * * ** * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * ** *
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64 ATTATAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATGTATTTGTCAAAACCAATTCAAATAGTTAA
* * * ** * * *
15590349 GACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACC-TTTTATTTAATCATATAATAATTAT
129 GACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * * * * * *
15590413 TTCAATTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTGACATTCAAAAAATTAATA
194 TTCTATTTATACAAGCATATTCGAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTC-AAAAATTAAT-
* * * * *
15590478 AGCCT-GAGA-TTTGAAAAAATAAATTTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTAT-AGCTATTT
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* * * * * *
15590539 TAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCATTTTATTTTGTCATAAAATAGTTGTTTTAGTTT
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* * * * *
15590604 ATA-AAAGCTTATCCAAAATAAAATATTACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGGAAGA
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* ** * * * ** * * *
15590668 AATTTAAAAAATAAATCA-GTTTATTGAATCAATTCAAATAATCATGGCCATTTAAACAATTATC
441 AATTTAAAAAATAAAT-ATATTTACCGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATC
* *
15590732 TATTTTAAATCATT-TTACCTTTTATTTTG
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15590761 TCATAAAGCAATTGTTTTTCAAT-ATACAAGCTTTTTTGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAAT
1 TCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTCGGAGTAAAATAATACTAA-TTAATAAT
* * * * * * ** * *
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64 ATTAT-AAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATGTATTTGTCAAAACCAATTCAAATAGTTA
* * *
15590888 TGACTATTTGAATAATTTTCTATTTCAAAT
128 AGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAAT
15590918 TGTTACAACG
Statistics
Matches: 7834, Mismatches: 1892, Indels: 1436
0.70 0.17 0.13
Matches are distributed among these distances:
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TATAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATGTATTTGTCAAAACCAATTCAAATAGTTAAGA
CTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
CTATTTATACAAGCATATTCGAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCAAAAATTAATAGTA
GAAATTTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
ATTTATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATACAAAATT
ATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAA
TATATTTACCGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
GACCTTTATTTTG
Found at i:15583543 original size:886 final size:870
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15579995 TAATATTTCA
* ** * * * * * * *
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* ** * * * ** * * * *
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* * * * * * * * ** *
15580134 CACACAAG-TATATTTAGATTAAAATAATAATAATT-TACTGATATTTTGATAATTAATAAGTAA
130 CATACATGCT-TATCTAAAATAAAATAATACT-ATTCTATTAATA-TTCAAAAATTAAT-AGTAA
* * ** * * * *
15580197 AAGA-TTT-AAAAAATAAATCTATTTACCGAGCAAGTTTAAATAGTC--GTAACTATTTGATTAA
191 AA-ATTTTAAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAATTCAAATAGTCAAGT--CTATTTGAATAA
* * * * * * * * *
15580258 TTATCTATTTCAAATCATTTTGACTTTTTCTTTTATAATAAAATAATTGTTTCAATTCATATAAG
253 TTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATAAAAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAG
*** ** * * * * * *
15580323 CTTATTTGATGTAAAACAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAA-GAGAATTAA
318 CTTATGCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATT-TCAAAATT--TGA--AATTAGATTTAA
* * * * * * * * *
15580387 AAAAGAATATGTTTACCAAATAAATTCAAACAGTTATGAG-TATTTAAACAATTATCGATTTCAA
378 AAAATAATA-ATTTA-CGAAT-AATTCAAATAATTATG-GCCATTAAAATAATTATCTATTTCAA
* * * * * ** * * **
15580451 AACATAATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTCCT-ATTG-ATGCAAGCTTATTTCAAA
439 ATCATTATGA-ATTTT-GTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATGGTAT--AAGCCTATTTGGAA
* *
15580514 TAAAATAATATAAATTTATTAATA-TTCCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTG
500 TAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-TTA
* * * * **
15580578 TTTACTGAACGAGTTCAAATAATTATAATTATCTGAGTAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATG-A
564 TTTACTGAACGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCA-TTA-GAA
* * * *
15580641 CATTTT-TTTTGT-GTAAAATAATTATTTTTATTTATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACT
627 CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACT
** * *** * *
15580704 AAT-TTTTAATATT-TCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAGGCTAAATCTATTTACCAAACCAGTT
692 AATCTAATAATATTAT-GAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTT
* * * * * *
15580767 TAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTGTTTTGTCATAA
756 CAAATAATTAAGACTATATGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCATAA
* * *
15580832 AAC-AAT-TCTTTCGATTCATACAAG-CTTATTCGGAGTAAAATATAGCTAAACTAATAATATTC
821 AACAAATGT-TTTTG-TTCATATAAGTC-TATTC------AAA-A-A--T-AA--AATAATATTA
15580894 T
870 T
* * * *
15580895 AAATTTAATAAGTAAGAGTTTTAAAAATAAATATTTTTG-CAGAACCAATTCAAATAGTTAAGAC
1 AAAATTAATAAG-AA-A-TTTAAAAAATAAATATATTTGTC-GAACCAATTCAAATAGTTAAGGC
* * *
15580959 TATTAGAACAATTATCTT-TTTTAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTC
62 TATTAGAATAATTAT-TTATTTCAAATTGTTTTGACATTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTC
* *
15581023 AGTTCATACATGCTTATTTTAAAATAAAATAATACTATTCTATTAACATTCAAAAAATTAATA--
126 AGTTCATACATGCTTA-TCTAAAATAAAATAATACTATTCTATTAATATTC-AAAAATTAATAGT
* * * * *
15581086 AAAAATTTT-AAAAAATAAATTTGTTTACTAAATAAATTAAAATAGTTAAGTCTATTTGAACAAT
189 AAAAATTTTAAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAATTCAAATAGTCAAGTCTATTTGAATAAT
* * * *
15581150 TATCTATTTAAAATCATTATGGCTTTTTGTTTTATAATAAAGCAATTGTTTTAGTTCATAAAAGC
254 TATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATAAAAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGC
* * *
15581215 TTATGCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCATAAATTAAGAAATTTCATATTTTAAA
319 TTATGCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCA-AAATT-TGAAA-TT-AGATTTAAAA
** * * * *
15581280 AAT-A-AA-TTA-G-----TTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATGATTTATTTCAAGTCATT
380 AATAATAATTTACGAATAATTCAAATAATTATGGCCATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCATT
*
15581336 ATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATTGTATAAGCCTATTTGGAATAAAATAA
445 ATGAA-TTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATGGTATAAGCCTATTTGGAATAAAATAA
* ** * *
15581401 TACT-AATTT-TTAATATTTC-AAAATTAA-AGAGCAGGAGATTTAAAAAATGAATTTATTTACC
508 TA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAATTATTTACT
* * * * *
15581462 GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTTAACAATTATTAATTTCAAATCATTATAACCTTTTGT
570 GAACGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTAGAACATTTTGT
* * *** * *
15581527 TTTGTC-TTAAACAATTATTTATGTTCATACAGGCTTATTCTAAATAAAATAACACTAATCTAAT
635 TTTGTCATAAAACAATTATTTATATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAAT
** *
15581591 AATATTATGAAAATTAATACGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCAAACTAGTTCAAAT
700 AATATTATGAAAATT-A-A--TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAAT
** * * *
15581656 AATTAAGGTTATACGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACA
761 AATTAAGACTATATGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * *
15581721 AATGTTTTTCTTCATATATGTTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATCTACTAATATGT
825 AATGTTTTTGTTCATATAAGTCTATTC---A-AAAATAA-AATAA--TA-T--TA--T
* * * *
15581779 CAAAAATTAATAAGAGATTTCAAAAATAAA-ATATGTATATCAAACCAATTCAAATAGTT--GTG
1 --AAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATATAT-T-TGTCGAACCAATTCAAATAGTTAAG-G
* * * * * * * * *
15581841 ATATTTGAGTAATTATTTATTTCAAAATGTTATGACATTTTATTTTGTTATAAAATAATAGTTTC
61 CTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTTTGACATTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTC
* * * * *
15581906 TGTTCATACAAGC--ATCTTCAAATTAAAATAATATTAATT-TATTAATATTTCAACAATTAATA
126 AGTTCATACATGCTTATC-T-AAAATAAAATAATACT-ATTCTATTAATA-TTCAAAAATTAAT-
* * * * * *** *
15581968 AGTAAAAGATTTTAAAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAACAGTCATGAAAATTTGAG
186 AGTAAAA-ATTTTAAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAATTCAAATAGTCAAGTCTATTTGAA
* * * * *
15582033 TAATTATCTATTTCAAATTATT-TGGACCTTTT-TTTTGTAAAAAAATAATTGTTTCAGTTCATA
250 TAATTATCTATTTAAAATCATTAT-GACCTTTTGTTTTATAAAAAAACAATTGTTTTAGTTCATA
* *** ** * * * *
15582096 TAAGCTTATTTGATGTAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAA-AT-AAA--AGAATTAA
314 AAAGCTTATGCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTC-AAAATTTGAAATTAGATTTAA
* * * * ** * *
15582156 AAAAGAATACGTTTACCAAATAAGTTCAAATACTTATAACTA-TCAAATAATTATCTATTTCAAA
378 AAAATAATA-ATTTA-CGAATAA-TTCAAATAATTATGGCCATTAAAATAATTATCTATTTCAAA
* * * * * * * * * * *
15582220 ACATAATGACCTTTTTGTTTGTTATAAAATAGTTGGTTCT-ATTG-ATGCAAGCATATTTTGAAT
440 TCATTATGA--ATTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATGGTAT--AAGCCTATTTGGAAT
*
15582283 AAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTG
501 AAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAAT-TA
* * * * *
15582348 TTTA-TCAAATGAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTCCAAATCATTATAAC
564 TTTACT-GAACGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTAGAAC
* * *
15582412 ATTTTGTTTTGTCATAAAACTATTGTTT-TACTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTA
628 ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * * * *
15582476 ATTTATTAATACTTCA--AAAATTAATAAGAAATTTTAAAACTAAATATGTTTACCAAACCAGTT
693 ATCTAATAATA-TT-ATGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTT
* * *
15582539 CAAATAATTACA-ACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGATCTTTATTTTGTCATA
756 CAAATAATTA-AGACTATATGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCATA
* * * *
15582603 AAACAATTGTTTCTGTTTATACAAG-CTTATTCGGAGTAAAATATAGCTAAATAAATAATATTAT
820 AAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTC-TATTC------AAA-A-A--T--A-AAATAATATTAT
* *
15582667 AAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATGTATTTGTCGATCCAATTCAAATAGTTAAGGCTATT
1 AAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATATATTTGTCGAACCAATTCAAATAGTTAAGGCTATT
* *
15582732 AGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTTTGACATTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTT
66 AGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTTTGACATTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTC
* * * *
15582797 GTACATGCTTATCTGAAATAAAATAATACTATTCTATTAATATTGAGAAAATTAATAGGCTAGAA
131 ATACATGCTTATCTAAAATAAAATAATACTATTCTATTAATATTCA-AAAATTAATA-G-TAAAA
* * *
15582862 ATTTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAGAAATTCAAATAGTCAAGTCTATTTGAATAATTATC
193 ATTTTAAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAATTCAAATAGTCAAGTCTATTTGAATAATTATC
15582927 TATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATAAAAAAACAATTGTTTTTAGTTCATAAAAGCTTA
258 TATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATAAAAAAACAATTG-TTTTAGTTCATAAAAGCTTA
*
15582992 TGCAAAACAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAATTTGGAAAGTTGGAGATTTAAAAAAT
322 TGCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAATTT-GAAA-TT--AGATTTAAAAAAT
* * *
15583057 AAATCAATTTATCGAATCAATTTAAATAATTATGGCCATTAAAATAATTATCTATTACAAATCGT
383 -AAT-AATTTA-CGAAT-AATTCAAATAATTATGGCCATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCAT
*
15583122 TATGAATTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCGGTATAAGCCTATTTGGAGTAAAATA
444 TATGAATTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAT-GGTATAAGCCTATTTGGAATAAAATA
* *
15583187 ATACT-AATTT-TTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATTATTTACTG
507 ATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTATTTACTG
* * ** *
15583250 AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTAGAACTTTTTGTT
571 AACGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTAGAACATTTTGTT
* * * **
15583315 TTGTCATAAAACAATTATTTATGTTAATACAAGCA-TATTCGGAATAAAATAATACTAATCTAAT
636 TTGTCATAAAACAATTATTTATATTCATACAA-AATTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAAT
*
15583379 AATATTATGAAAATTAATAACTTAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAAT
700 AATATTATGAAAATTAAT-A---AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAAT
* * * * * *
15583444 AGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTTAAGTCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
761 AATTAAGACTATATGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACA
* *
15583509 AATGTTTTTGTTCATTTAAGTCTATTC-CAAATAAAATAATATTA
825 AATGTTTTTGTTCATATAAGTCTATTCAAAAATAAAATAATATTA
15583553 ATTTATTAAT
Statistics
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0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
877 6 0.00
878 98 0.05
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Consensus pattern (870 bp):
AAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATATATTTGTCGAACCAATTCAAATAGTTAAGGCTATT
AGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTTTGACATTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTC
ATACATGCTTATCTAAAATAAAATAATACTATTCTATTAATATTCAAAAATTAATAGTAAAAATT
TTAAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAATTCAAATAGTCAAGTCTATTTGAATAATTATCTAT
TTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATAAAAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATGCA
AAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAATTTGAAATTAGATTTAAAAAATAATAATTT
ACGAATAATTCAAATAATTATGGCCATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAATTTTGT
TTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATGGTATAAGCCTATTTGGAATAAAATAATATAAATTTATTA
ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTATTTACTGAACGAGTTCAAATAG
TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTAGAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
TATTTATATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTATGAAAATTA
ATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATATGAATAA
TTATCTATCTCAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGT
CTATTCAAAAATAAAATAATATTAT
Found at i:15583903 original size:181 final size:181
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15583572 ATTAATAAGA
* * ** * * *
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* * * *** * * *
15583646 TATTGATA-TAGTCTTATTTGTAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
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* * * * * * * *
15583710 TAACCGATTTAAAAAATGAATCTGTTGGT-TTG-ACCAGTGCAAATA-ATCATGGC
129 CAACAGATTTAAAAAACGAATCTATT--TATCGAACAAGTGCAAATAGCT-ATGAC
* * * *
15583763 GATTTGAATAACTATCTATTTCAAATCATTATGACCTGTTGTTTTGTCATAAAATGATTATTTGT
1 GATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCATTATAACCTGTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCT
* *
15583828 ATTCACACAAGCTTATTCAAAACAACATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGGC
66 ATTCACACAAGCTTATTCAAAACAACATAATGCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-AAGC
* * * *
15583893 AA-ATATTTAAAAACCGAATCTATTTATCGAATAAGTTCAAATAGCTATGAC
130 AACAGATTTAAAAAACGAATCTATTTATCGAACAAGTGCAAATAGCTATGAC
* * * * * *
15583944 TATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCT
1 GATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCATTATAACCTGTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCT
* * ** * * *
15584009 ATTCATACAAGCTTATTTCAATTA-AA-ATAAAACAAATCTATCAATATT-CAAACAATTAATAA
66 ATTCACACAAGCTTA-TTCAA-AACAACATAATGCTAATTTATTAATATTCCAAA-AATTAATAA
* * * * * * * *
15584071 GTAAAATATTTAAAAAAAGTAAATCTATTTATTGAATAAGTTCAAATAGTTATGAC
128 GCAACAGATTTAAAAAACG--AATCTATTTATCGAACAAGTGCAAATAGCTATGAC
* * * * * ** ** ** * * * * * *
15584127 TATTTGAATAATTATTTATTTTAAATTGTTACGATTTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTTT
1 GATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCATTATAACCTGTTGTTTTGTCATAAAATAATT-ATTTC
* * ** *** ** ** * *** * *
15584192 TTTTCATACAAATTTATTTGGATTAA-AGTAATATTATTTTATTAATATTTTGACATTTAATAAG
65 TATTCACACAAGCTTATTCAAAACAACA-TAATGCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* * * ** ** * * * * * * *
15584256 TAAAAAATTTTTAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAGTAG-TCATAAC
129 CAACAGATTTAAAAAACGAATCTATTTATCGAACAAGTGCAAATAGCT-ATGAC
* * * * * * ** * *
15584309 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTATC-
1 GATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCATTATAACCTGTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCT
* * * * * * * * * *
15584373 AGTTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATACTACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGT
66 A-TTCACACAAGCTTATTCAAAACAACATAATGCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGC
* * ** * * * *
15584438 AAGAGATTTCAAAAGTGAATCTATTTATCGAATAAGTTCATATAGTTATGAC
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* * * * * * * * *
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** ** * * * ***
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* * ** ** * * * * * *
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* * ** * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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*
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* * *
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*
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** * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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*
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* * * * * * *
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* *** * **
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* * * * * * *
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*
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* * * * * * *** *** * *
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* *** * * * * * * *
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* ** ** * * * ** * * * *
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* ** ** ** * ** ** *
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* * * ** * ** * * *
15586381 TATAAACAGTTAAGATTATATGAATA-ATTA-TTTATTTC-AAAT--TGTTATGACCT-TTTTGT
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* * * * * *
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* * * * *
15586504 -TAATAT-TTCAAAAATTTATAAGTAACAG
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* * *** * *
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* * ** * * ** ** * *
15586590 TTGTTTATTCCAAATCTTTATTACTTTTTG-TTTTGTCATAAA-AAATTTGTTTTTATTAATATA
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* *** * **
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** * ** * ** *
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* ** * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTG-TCAT-AAACTAATTGTTT
* * * * ** *
15588078 TTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTTGAAAATCAATAA
63 CT-GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * * * * **
15588143 GCAAG-G-GTTAAAAA-AAAAT-TGTTTATTGAACAAATTC-AATAGTTACAACTATTTG-TGCA
127 GTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTA-CGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAT-CA
* * * * * * * * *
15588202 ATTGTCTATATAAAATCGTTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTATTTCAATTCATATA
190 ATT-TTTATTTCAAATCATTATGATC-TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * *
15588266 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTCAAAAATTAATAA-TCAAGAGATTT
253 AGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAAT-ATTCAAAAATTAATAAGT-AA-AAATTT
* * * * ** * * *
15588330 AAAAAATGAATCTATTTACTGAACAAATTTAAATAATTATGACT
315 TAAAAATAAATCTATTTTC-AAACATGTTCAAATAGTTATAACT
* ** * * * ** *
15588374 ATTTGAACAATTATCTATTTGAAATAGGCATAACCTTTTATTTAGTCATAAAAGAATTTTTTTCT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACTAA-TTGTTTCT
* * * * * * *
15588439 ATTCATCCAAGCTTATTTC-TAACAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGGCACTTAATAA
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* * * * * * * *
15588501 GTAAAAAATTTTAAAAA-TAAATCTATTTTCCAAATAAGTTCAAATCA-TTTTGTCCATTTGAGC
127 GTAAGAGA-TTTAAAAAGTAAATCTA-TTTACGAATAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGATC
* ** * * * *
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189 AATT-TTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * * ** * *
15588629 AGTTTATTCGAATTAAAATAATATTAATTT-ATAACTATTTTGACAATTAATAA--AAAAATTTA
253 AGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAA-TA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTT
* * ** * * * * *
15588691 AAAAATAAATATGTCTGCCGAAGAAGTCCAAATAGTCATAACT
316 AAAAATAAATCTAT-TTTCAAACATGTTCAAATAGTTATAACT
* ** * * * *
15588734 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTCTTTTGTAATAAAGC-ACTTATTT-T
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA-CTAATTGTTTCT
* ** * * *
15588797 AGTTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAGATAATACTAATTTATTAATATTTCCAAAATTAATGAGT
65 -GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * * *
15588862 AAGAGAATTAAAAA-AAGAATATGTTTACCGAATAATTTCAAATAGTTATGATTATCTT-AACAA
129 AAGAGATTTAAAAAGTA-AATCTATTTA-CGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TTGATCAA
* * * * * *
15588925 TTATCTATTTCAAAACATTATGA-CCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGCAAG
191 TT-TTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG
* * *
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255 CTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTAATAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAATTTT-
* ** * * *
15589051 AAAAATAAATATACTTTTTGAACACGCTCAAATAGTTATGACT
316 AAAAATAAATCTA-TTTTCAAACATGTTCAAATAGTTATAACT
* * * * * *
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1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACTAATTGTTTCT
* * * ** * * *
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65 GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * ** * * * **
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130 AGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTA-CGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTGATCAATT
* * * * * **
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* * * * ** * *
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* * * * ** *
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* * * * * * * *
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1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACTAATTGTTTCTG
* ** * * * * ** *
15589520 TTCGTACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTGATCTATTAATATTTTGATAA-T--TAA-TAA
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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313 TTTAAAAATAAATCTATTT--TCAAACATGTTCAAATAGTTATA-ACT
* * * * * * * * * *
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1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCT
* * * * * * * *
15589878 ATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTCATTAACATTTGAAATATTAATGAGTA
65 GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * *
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130 AGAGATTT-AAAAAGTAAATCTATTTAC-GAATAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGATCAAT
* * * * * *
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192 TTTTAT-T-TCAAA-TCATTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAA-TTGTTTCTA-TTCATAC
* * * * *
15590069 AAGCTTA-TCTAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGA-T
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* ** * * * *
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314 TTAAAAA-TAAATCTA-TTTTCAAACATGTTCAAATAGTTATAACT
* * * * * * * * * ** * *
15590178 ATTTGAATAAATATCAATCTCAAATCGTTTTGA-TTTTTGTTGTCTCATAAAAAAATTATTT-TT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACTAATTGTTTCTG
* * * * * * * *
15590241 TATTATAAAAGCTTATTC-GAATAAAAAAATACTATTTTAATAATA-TTCTAAAAGT--TAA-TA
66 T-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * *
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130 AGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACGAATA--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-ATCAAT
* * * * * * * * * * *
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192 T-TTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAACTAATTGTTTC
* * * * *
15590598 TAGTTTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATATTACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
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* * * * * * * * * *
15590663 GAAGAAATTTAAAAAATAAATC-AGTTTATTGAATCAA-TTCAAATAATCATGGCCATTTAAACA
128 TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTA-TTTA-CGAAT-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGATCA
* * * * * * * * *
15590726 ATTATCTATTTTAAATCATT-TTACCTTTTATTTTGTCATAAAGCAATTGTTTTTCAAT-ATACA
190 ATT-TTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACA
* * * * * * *
15590789 AGCTTTTTTGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTGAAGAATTAATAAG---AGATTTTA
253 AGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTA
* * * *
15590851 AAAAGAAATCTATTTACTGAACTAAT-TT-AAATAGTTATGACT
317 AAAATAAATCTATTTTC-AAAC--ATGTTCAAATAGTTATAACT
* * * * * * ** * * * *
15590893 ATTTGAATAATTTTCTATTTCAAATTGTTA-CAACGTTCATTCTATTATAAAGC-AATTATTTCT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA-CTAATTGTTTCT
* * * ** * ** ** *
15590956 ATTCATACATGCTTTTTTGAAATAAAATAATAATAATTTGGTAATA-TTCTGAAATTAATAACTA
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* * * * * * * * **
15591020 TGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTTCCGAACT-AGTTCTAATAGTTAAGACTATATGAAAAATT
130 AGAGATTTAAAAAGTAAATCT-ATTTACGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAATT
15591084 ATTTATTT
193 -TTTATTT
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Statistics
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350 1 0.00
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* *** *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * * *
15584310 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTATC-A
1 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA
* * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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*
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* * * *
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325 TAAATCTATTTTCTGAAC-AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAG
* * * ** *
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* * * * *
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*
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* * *
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* *** ***
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65 AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGA-G
* * * * * ** * * * *
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129 CAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAA
* ** * * * *
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193 TTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATACAAA
* ** * *** * *
15585108 ATTATT---AA-AAAA-AATATTGATCTATTAATATTTTGAAAATTAA-AA--AGAGA-TTTAAA
257 CTTATTCCAAATAAAATAATATAAATCTAATAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAA
* * * * * *
15585164 AACTGAATCTATTTACTGAAACAATTCACATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAA
322 AACTAAATCTATTTTCTG-AACAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA
15585229 TCA-TTATGATC-TTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTTGAATTA
386 T-AGTTATGATCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAG-TTATTTGAATTA
* * *
15585292 AAATAATACTAATTTAATAGTATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATGTGTT
449 AAATAATACTAATTTAATAATATTTGAAAAATTAATAAGTAA-AAATTT-AAAAATAAATATGTT
* * * *
15585357 TACTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACC
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* * * * *
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1 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT-TTTA-TCATAAAACAATTGTTTC
* * * *
15585448 TAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAG
64 TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAG
* * * *
15585513 CAAGAGATTTAAAAAAAATAAATTTGTTTACCGTATAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAAC
129 CAAGAGATTT--AAAAAATAAATCTATTTATCGAATAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAAC
** * *
15585577 AATTATCTATTT-AAAGTCATTATGGTCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATAA
191 AATTATCTATTTCAAA-TCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATAC
* * * * *
15585641 AAACTTA-TCCAAAATAAAATAATACT-ACTTTAATAGTATTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGA
254 AAACTTATTCC-AAATAAAATAATA-TAAATCTAATAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAA-AAA
* ** *
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315 TTTTAAAAACTAAATCTATTTTCTGAAC-AGTTCAAATAG-T--TA--TA--ACTATTTGAATAA
* * * * * * * **
15585767 ATATCAATCTCAAACCA-TTATGATC-TTTGTTTTGTCATCAAACAATTGTTTCTGATCATACAA
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* * *
15585830 GCTTATTTGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTG-AAAATTAATAAG---AGATTTAA
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* * * * *
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* *
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TTCCAAATAAAATAATATAAATCTAATAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAACT
AAATCTATTTTCTGAACAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTT
ATGATCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGTTATTTGAATTAAAATAAT
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AGTTCAAATAGTTATGACT
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* * *
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* * * * * *
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*
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* * * * ** *
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*
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TTTGTTTCATCATAAAACAATTGTTTCTATTCAAACTAAATGG
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* * * * * *
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* * * * **
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* * * *
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* * * ** * *
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* * * *
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* * * * * *
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** * * * * * *
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* * ** * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * ** * *
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* * * * *
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* * * * * * * ** * * *
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** * ** * * ** * *
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* * * * * * * *
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* * * ** * * *
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* * * *
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128 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACT
* * * * * * *
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* *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * ** *
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** * * *
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* * * * ** * ** *
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** *
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* *
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* * * * * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGT
* ** *
15587702 CATAAAACAACTAT-TTTTTA-TCATAGAAGCTTATTT-AGTTGAAAATAATACAAATTT-TATA
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* * * ** *
15587763 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTAAACG
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* ** * * * * ** *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
15587945 A-TTCAAAAAATTAATATGCAAAAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTGCCGAACA
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* * * * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-TTTATGACCTTTTGTTTTG
* * *** *
15588061 AT-ATAAAACAATTTTTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAA
65 -TCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
** * * * ** *
15588125 TATTTTGAAAATCAATAAGCAAG-G-GTTAAAAAA-AAAT-TGTTTATTGAACA
128 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACT
* ** ** * * * * *
15588175 AATTC-AATAGTTACAACTATTTGTGCAATTGTCTATATAAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * ** * ** *
15588239 CATAAAAGAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAA
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* * * *
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* * * * **** * * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * ** * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
15588536 AAGTTCAAATCA-TTTTGTCCATTTGAGCAATTATTTATTTCAACT-TGTTATGACCTTTTGTTT
1 -AGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCT-TTATGACCTTTTGTTT
* * * * * *
15588599 TTTCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGTTTATTCGAATTAAAATAATATTAATTTA-TAA
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** * * * * * **
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* * * * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * *
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* * * *
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* * * *
15588895 AATTTCAAATAGTTATGATTATCTT-AACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACC-TTTGTTTT
1 -AGTTCAAATAGTTATGACTAT-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTT
* * * *
15588958 GTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTCG-AATAAAATAAT-TTAAATTTATTA
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* * ** * * **
15589021 AT-TTCCAAAAATTAATAAGTAAAATTTTTAAAAAATAAATATACTTT-TTGAAC-
127 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACCGAACT
* * * * **
15589074 ACGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTTAGATCACTATGACCTTTTGTTTTG
1 A-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * *
15589139 TCAT-AAACTAATTATGTCTATTCATAAAAGCTTTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAA
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* * * * * * *
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129 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACT
* * * *** * * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * ** ** * *
15589320 AATAAAACAACTGTATCTATTCATACAATTTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAGTA-
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** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** * *
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** * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCT-TTATGACCTTTTGTTTTG
* * ** * *
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* * * * ** *
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* * * * * *
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* ** * * * *
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* * * * ***
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* * * * * * * * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-TTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * **
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* * * ** * * * *
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*** * * *
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* * * * *
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* * * * *** * *
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* * * **
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* * * * * * * *
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1 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-TTTATGACCTTTTGTTTT
* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * ** * *
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* * * * * * * **
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** * * * *
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Statistics
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TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACT
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* * * * ** *
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* * * * **
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* * * * *
15586151 AATATTTCAAGAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAATTAAATCTGTCTACTGAACTAGTGT-AAA
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* *** * * *
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** * *
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* * * * * * * * *
15586332 AAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAGTAT-AAACAGTTAAGA
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* * * ** ** *
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* * * * *
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441 TTTA-TTCATAAAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAA--T-TA
* ** * * * *
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* * * * *
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* ** * * * *
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* * * * ** * * *
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125 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAA
* * ** * * *
15586749 TAGTTTTGACTATTTG-ACTAATTATCTATTTCAAATTGTTATAAGCTTTTATTTTGTCATCAAA
189 TAGTTATGACTATTTGAAC-AATTATATATTT-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAA
* * * * * ** * * * **
15586813 CAA-TTGGTT-ATGTTTAAACTATTTTATTTGGAATAAAATAATAATAATTTAATAATATTTTGA
251 TAATTTGTTTCA-GTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* ** * * * * *
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* ** * * * * * * *
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377 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTT
** ** * *
15587002 TTGCTCATACTAGCTTATTCTGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG
442 TTATTCATAAAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAA-T--TAA-
* * **
15587067 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTTTTTATCAAA-T
501 TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACT
* * *
15587101 CAGTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACTTTT-TCTTTG
1 -AGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACTTTTGT-TTT-
* * * *
15587165 GTCATAAAACAATTGTTTTAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAATTAATACTAATTTATTAAC
63 GTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
*
15587230 A-TTCAAAAAATTAATAAG-AAGGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAATTCAAAT
128 ATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-GAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAAT
* * * * * * *
15587293 AGTTATTACTATTTGAACAATTGTCTATTTTAAAT-GTTATAACCTTTTGATTTGTCATAAGACA
190 AGTTATGACTATTTGAACAATTATATA-TTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA-ATA
* * ** * **
15587357 A-TTGTTTTAGTTAATACAAGCTTAAATGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAA
253 ATTTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * ** * * * * * *
15587421 TTAATAA--ATAAAA---AAAAA-AAATGTGGTTACCGAATCAGTTAAAATAATTATGCCCATTT
318 TTAATAAGTAAAAAATTTAAAAATAAATCTATTTTCCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * * * **
15587480 GAATGATTATCTATTTCAAACCACTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTTGGTC
383 GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTTTTATTC
* * * * *
15587544 ATACAAGATTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG
448 ATAAAAGCTTATTCG-AATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAATTAATAAG----AG
* * * *
15587609 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAATCC
507 ATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACT
* * * * * ** **
15587638 AGTTCAAGTAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATCTCAAATCATTAAGA-TCTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACT-TTTGTTTTGT
* ** * * *
15587702 CATAAAACAACTATTT-TTTATCATAGAAGCTTATTTAG-TTGAAAATAATACAAATTT-TATAA
65 CATAAAACAATTATTTCAAT-TCATACAAGCTTATTTAGAAT-AAAATAATACTAATTTAT-TAA
* * * * * *
15587764 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTAAACGAGATCAAATAC
127 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATA-
** * * * * * *
15587829 G-TAAAACTATTAGCATAATTATCTATTTCCAAT-AGTTCTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAT-A
191 GTTATGACTATTTGAACAATTATATATTT-AAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATAA
* * * * * *
15587891 TTTGTTTCA-TATCTTACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATCCAAATTTATTAACA-TTCAAAAA
254 TTTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAA
* * * * * *
15587954 ATTAATATGCAAAAGATTTAAAAATAAATCTGTTTGCCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
317 ATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAATAAATCTATTTTCCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * *
15588019 TGAATAATTATTTATTTAAAATCAATT-TGACCTATTGTTTTGAT-ATAAAACAATT-TTTTTTA
382 TGAATAATTATCTATTTCAAATC-ATTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAAAAATTATTTTTTA
* * ** * *
15588081 GTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTTGAAAATCAATAAGCA
445 -TTCATAAAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCT-AAAATTAATAAG--
** **** *
15588146 AGGGTTAAAAAA-AAAT-TGTTTATTGAACA
505 AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACT
* *** * * * * *
15588175 AATTC-AATAGTTACA-ACTATTTGTGCAATTGTCTATATAAAATCGTTATGACATTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGAC-TTTTGTTTTG
* * * *
15588238 TCATAAAAGAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
64 TCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * *
15588303 ATTCAAAAATTAATAA-TCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACTGAACAAATTTAAATAAT
129 TTTCAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGT
* ** * * * *
15588367 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAAT-AGGCATAACCTTTTATTTAGTCATAAAAGAAT
193 TATGACTATTTGAACAATTATATATTT-AAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAATAAT
* * ** * * *
15588431 TTTTTTCTA-TTCATCCAAGCTTATTTCTAACAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGGCA
255 TTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA--AA
* * ** * * *
15588493 CTTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTTCCAAATAAGTTCAAATCA-TTTTGTCCA
317 ATTAATAAGTAAAAAA-TTTAAAAATAAATCTATTTTCCGAACCAGTTCAAAT-AGTTATGACTA
** * * ** * *
15588557 TTTGAGCAATTATTTATTTCAACTTGTTATGACCTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTA-TTTTTA
380 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTTTTA
* * * * * *
15588621 TTCATACAAGTTTATTCGAATTAAAATAATATTAATTT-ATAACTATTTTGACAATTAATAAAAA
445 TTCATAAAAGCTTATTCGAA-TAAAATAATACTAATTTAATAA-TATTCT-AAAATTAAT-AAGA
* * * * **
15588685 AATTTAAAAAATAAATATGTCTGCCGAAGA
506 GATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACT
* * * *
15588715 AGTCCAAATAGTCATA-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCT-TTATGACCTTTTCTTTT
1 AGTTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-TGTTTTGA-CTTTTGTTTT
* * * * * * *
15588778 GTAATAAAGCACTTATTTTAGTTCATAAAAGCTTATTT-GAAATAAGATAATACTAATTTATTAA
63 GTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * *
15588842 TATTTCCAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAA-AGAATATGTTTACCGAATAATTTCAAATA
127 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-AATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATA
* * *
15588906 GTTATGATTATCTT-AACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAA-AC
191 GTTATGACTAT-TTGAACAATTATATATTT-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATA-
* * * * * *
15588968 AATTGGTTCTA-TTCATGCAAGCTTATTTCGAATAAAATAAT-TTAAATTTATTAAT-TTCCAAA
253 ATTTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAA
** * * *
15589030 AATTAATAAGTAAAATTTTTAAAAAATAAATATACTTTT-TGAA-CACGCTCAAATAGTTATGAC
316 AATTAATAAGTAAAAAATTT-AAAAATAAATCTA-TTTTCCGAACCA-GTTCAAATAGTTATGAC
* * * * ** * *
15589093 TATTTGAAGAATTATCTATTTTAGATCACTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACTAATTA-TGTC
378 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTTT
* * * * *
15589157 TATTCATAAAAGCTTTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAACT
443 TATTCATAAAAGCTTATTCG-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-CTAAAA-T--TAA-T
* * * * * * *
15589222 AAAAGATTTAAAAAGTAAATATGTTTACCGAGCA
502 AAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACT
* * ** * * *
15589256 AGTTCAAATAGTTATA-ATTATTTTAATTGTTATTTATTTCAAATT-TTATGATCTTTTGTTTTC
1 AGTTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGA-CTTTTGTTTTG
* * * * * ** * * * *
15589319 TAATAAAACAACTGTATCTATTCATACAATTTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAGTA
64 TCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * **
15589384 -TTCTAAAAATTAATAAGTTTGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGT
129 TTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGT
* * * * * ** * * *
15589448 CATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTTAAATTGTAATGACATTTTGTTTTCTCATAAAATAA-T
193 TATGACTATTTGAACAATTATATA-TTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAATAATT
** * ** * * ** *
15589512 TGTTTTTGTTCGTACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTGATCTATTAATATTTTGATAATTA
256 TGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * *
15589577 ATAAG----ATATTTAAAAATGAAATCTATGTAT-CGAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
321 ATAAGTAAAAAATTTAAAAAT-AAATCTAT-TTTCCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTA-TT-
* * * * *
15589637 AATAAGAATAATTATCAATCTCAAATCTTTATGATC-TTT-ATTTGTCA-AAAAACAATT-TTGT
382 --T--GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAA-AATTATT-T
* * * * * * *
15589698 TTTTTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAAGAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTAA
441 TTTATTCATAAAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-CTAAAATTAATAA
* *
15589763 GAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCCAACC
504 GAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACT
* * * * *
15589795 AGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATATATTTCAAATTGTTTTAAGCTTTTGTTTAGT
1 AGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGA-CTTTTGTTTTGT
* * *
15589860 CGTAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTCATTAACAT
65 CATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * * *
15589925 TTGAAATATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTGAAGTAGAT
130 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAG-T
* *
15589990 T-TGACTATTTGAACAATTATATGTATAAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATCAATT
193 TATGACTATTTGAACAATTATATATTTAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAT-AATT
* * * * *
15590054 TGTTGCAGTTCATAAAAGCTTATCTAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTA
256 TGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * * * ** ** *
15590119 ATATGTAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTTTTTGAACCTCTTTAAATAGTTATGACTATTTGA
321 ATAAGTAAAAAATTTAAAAA-TAAATCTATTTTCCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * * * * * *
15590184 ATAAATATCAATCTCAAATCGTTTTGA-TTTTTGTTGTCTCATAAAAAAATTATTTTTTATT-AT
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* *
15590247 AAAAGCTTATTCGAATAAAAAAATACTATTTTAATAATATTCTAAAAGTTAATAAGAGATTTAAA
450 AAAAGCTTATTCGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAA-TTAATAAGAGATTTAAA
*
15590312 AAATAAATGTATTTGCCAAACT
514 AAATAAATGTGTTTGCCAAACT
* * * * * **
15590334 AGCTCAAATAGGTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTATTTAAT
1 AGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGA-CTTTTGTTTTGT
* * * * * *
15590399 CATATAATAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTGACA-
65 CATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
***
15590463 TTCAAAAAATTAATAAGCCTGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTA-TCGAACAAGTTCAAATAG
130 TTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAG
* * * *
15590527 TTAT-AGCTATTTTAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCATTTTATTTTGTCATAAA-AT
192 TTATGA-CTATTTGAACAATTATATATTT-AAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAATA-
* * * * ** * * *
15590590 AGTTGTTTTAGTTTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATATTACTACTTTATTAATATTTCAAAAA
253 ATTTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * * * * * * *
15590655 TTAATAAGGAAGAAATTTAAAAAATAAATC-AGTTTAT-TGAATCAATTCAAATAATCATGGCCA
318 TTAATAAGTAAAAAATTT-AAAAATAAATCTA-TTT-TCCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * ** * *
15590718 TTTAAACAATTATCTATTTTAAATCATT-TTACCTTTTATTTTGTCATAAAGCAATTGTTTTTCA
380 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTTTTA
* * * * * *
15590782 AT-ATACAAGCTTTTTTGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATT-TGAAGAATTAATAAGAG
445 TTCATAAAAGCTTATTCG-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCT-AA-AATTAATAAGAG
* * * * * **
15590845 ATTTTAAAAAGAAATCTATTTACTGAACT
507 ATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACT
* * * * *** * ** * * *
15590874 AATTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTTTCTATTTCAAATTGTTACAACGTTCATTCTATT
1 AGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACTTTTGTTTTGTC
* * * * * **
15590939 ATAAAGCAATTATTTCTATTCATACATGCTT-TTTTGAAATAAAATAATAATAATTTGGTAATA-
66 ATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
** * * * * * *
15591002 TTCTGAAATTAATAACTATGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTTCCGAACTAGTTCTAATAGTTA
130 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * *
15591067 AGACTATATGAAAAATTATTTATTT
195 TGACTATTTGAACAATTATATATTT
15591092 TTGTAAATTA
Statistics
Matches: 3596, Mismatches: 751, Indels: 366
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (535 bp):
AGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACTTTTGTTTTGTC
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CAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
TAAAAAATTTAAAAATAAATCTATTTTCCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTTTTATTCATAAAAGC
TTATTCGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAA
TGTGTTTGCCAAACT
Found at i:15591991 original size:181 final size:181
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15591090 TTTTGTAAAT
* * * * * **
15591100 TAATTTATTAATATTTTAAAAATTTATAAGTAAA-AGATTTAGAAAATAATTCTATTTACAAAAC
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* * * * * * * * *
15591164 TAGTTCAAATAATTATAACTATTTGCATAATTATCCATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTA
65 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTG
* ** * * * * **
15591229 TCATAAAACAATTTTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTACAAATAAAATAATAC
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* * * * *** *
15591345 C-ATTTCAAATAGTTTTCACTATTTGAATAATTATCTATTTTTTATCATTATAACC-ATT-TTTT
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* * * * * ** ** *
15591407 GTCATTAAATAATTGGTTCTA-TTTATACTATTTTATTCAAAATAAAATAATGC
129 GTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
* * * * * * * * * * *
15591460 AAATTCAATAATATTTCGAAACTTAATAACCAAAAAAATTGAAAAAATCTAAT-TG-CTA---AA
1 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-GAAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTACCGAA
* * *** * * *
15591520 CCAA-TTC-AATAGTTAAGACTATATGAATGGTTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTCTTT
64 -CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTT
* * * * * * * *
15591583 TATCACAAAACAATTGTTT-TGTTCGTACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATTC
128 TGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
* *
15591636 TAATTTCA-TAATATTTCAAAAACTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAA---GTTTATCGAAT
1 TAATTT-ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-
* * ** * * * * ** * * *
15591693 C-ATTTCAAATGGTTAAAACTATTAGAATAATTATGTACTTCAAATTGTTCTGACCTTTTGTTTA
64 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTT
* * *
15591757 GTCATAAAACAATAT-TTTCAATTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAATTAATAC
129 GTCATAAAACAAT-TGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATAC
** * **
15591810 TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACA
1 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACA
*** * * * * * *
15591875 AGTTTGTATAGTTATTATTATTTGAACAATTATCCATTTAAAATCATTATAACCATTTGATTTGT
66 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
* * **
15591940 CATAAAATAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTAGATGAAATAAAATAATAC
131 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
* ** * * *
15591991 TAATTTATTAATATATCCTAAACTAATAA-ATAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CGAAA
1 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGA-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCG-AA
* * * ** * **
15592054 TCAA-TT-AGAATAATTATGGCCATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTAATT
64 -CAAGTTCA-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT
* * * *
15592117 TTGTCATAAAACAATTATTTC-TTATCATACAACCTTATTTGAAATAAACTAATAC
127 TTGTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
* * * * * * *
15592172 TAATTGATTAATATTTCATAAATTAATAAGTAAA-AAATTTAAACAATAAATTTATTTACTGAA-
1 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAC
* * * * * *
15592235 AAGTTTAAATAAG-TATGACTATTTGAACAATTATCAATCTCAAATCGTTAAAATC-TTTGTTTT
65 AAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTT
* * * * * **
15592298 ATCATAAAACAATTATTTCTA-ATCATAGAAGTTTATTTG-GTTAAACATAATAC
129 GTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAA-ATAATAC
* * * ** * * * ** *
15592351 TAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAGTTGTGTCTGCTAAACC
1 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACA
** * * * *
15592415 AGTTCAAATAGTTAAAAATATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATT-TAGACCTTTTGTTTAG
66 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATA-ACCTTTTGTTTTG
* * * * * * * *
15592479 TTATAAAATATTTGTTTCA-TGCCTTACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATCC
130 TCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
* * * * * ** * *
15592531 AAATTAATGAACACTTGGAAAATTAATAAGCAAA-AGATTTGAAAAAATAAATCTTTTTACCAAA
1 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAA
* * * *
15592595 CAAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATTTATGTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTT
64 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTT
* * ** * ***
15592660 GACATAAAACAATTGTTTCATTTTGTAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATAC
129 GTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
* * ** * * * * * *
15592713 AAATTTCTTAATATTTTGAAAAGTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAAATAAATTTGCTTATCGAAA
1 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAAC
* * * ** * * * ** * * *
15592777 AAATTCAAATACTTACGACTATTCAAACAATTGTTTATTTAAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTA
65 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTG
* * *
15592842 TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAGTAAAATAATTC
130 TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
* * ** ** * * * * * **
15592894 TAATTTTTTAATATTCCAAAAATTAATAATTAACTGATTTAAAAAGTGAATCTATTTGCTGAATT
1 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACA
** * * ** * *
15592959 AGTTCAAATAAATATG-GTCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTTTTATCACCTTTTGTTTGG
66 AGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTG
* * ** * * *
15593023 TCATATAAGAATTGTTT-TTTATCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAT
130 TCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
* *
15593075 TAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACA
1 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACA
** * * * ** * * *
15593136 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGTAATTGTATACTTCAAATTGTTATTACATTTT-TTACAT
66 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT--TT
* * ** *
15593200 GTTATAAAACAATTATTTCTTTTCATACAAGCTTATGTGAAATAAAATAATAC
129 GTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
* * ** * * ** *
15593253 TAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAATTAAATTTGTTTGTCGAACC
1 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACA
* * * * * * ** * *
15593318 CGTTCAAATAGTTAAGACTATATCAATAATTATCTAATTCAAATTGTTATGACCTTTTGTCTTGT
66 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
* * *
15593383 CATAAAACAATT-TTCTCAATTCATACTAGCTTATTT-AGAATAAAATAA-AA
131 CATAAAACAATTGTT-TCAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATAC
* * * * *
15593433 TGAATTTATTAATGTTTCAAAGATTAATAAGTAAGAGA-TTAAAGAAAT---TCTATTTACCTAA
1 T-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAA-AAATAAATCTGTTTACCGAA
* * *
15593494 CCAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAA
64 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
15593538 TGTTTTGTCA
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AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
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15591574 CTTTTCTTTT
* * *
15591584 ATCACAAAACAATTGTTTTGT-TCGTACAAGCTTATTCGGATTAAAATAAT-TCTAATTTCATAA
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* * * *
15591647 TATTTCAAAAACTAATAAGAGATTTAAAAAATAAA---GTTTATCGAATCATTTCAAATGGTTAA
64 TATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-CAGTTCAAATAGTTAA
* * *
15591709 AACTATTAGAATAATTATGTACTTCAAATTGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAA-TATT
128 AACTATTAGAATAATTATATACTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTAGTTATAAAACAATTA-T
* * * * *
15591773 TTCAATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATA
192 TTCATTTCATACAAGCTTATTGA-AATAAAATAATACTAA-TTAATAATATTTCGAAAATTAATA
*** *** * *
15591838 AG-AAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTTGTATAGTTATTATTATTTGAAC
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* * * *
15591902 AATTATCCATTTAAAATCATTATAACCATTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTAATACA
319 AATTATCCATGTAAAATCATTATAACCATTTGATTTGACATAAAACAATTGTTTCAGTTAATAAA
** * *
15591967 AGCTTAGATGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATATCCTAAACTAATAAATAAGAAATTTA
384 AGCTTAGACAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATATCCAAAACTAATAAATAAGAAATTTA
* * * * ** ** *
15592032 AAAAATAAATATGTTTACGAAATCAATTAGAATAATTATGGCCATTTGAATGATTATCTATTTCA
449 AAAAATAAATATGCTTACGAAATAAATTAGAATAATTACGACCATTCAAACAATTATCTATTTAA
*
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* * * *
15592162 AAACTAATACTAATTGATTAATATTTCATAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAACAATAAATTTAT
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* * * *
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644 TTACTGAAAAGTTCAAATAAATATGACTATTTCAACAATTATCAATCTCAAATCGTTAAAACCTT
*
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709 TGTTTG
* * * * * * *
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1 ATCATAAAACAATTGTTTTTTATCATACAAGCTTATTCGGATTAAA-ATAATATTAATTT-ATAA
* * * * **
15592362 TATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAT-AGTTGTGTCTGCTAAACCAGTTCAAATA
64 TATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACCGAA-CAGTTCAAATA
* * * *
15592425 GTTAAAAATATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCAT-TTA-GACCTTTTGTTTAGTTATAAAAT
123 GTTAAAACTATTAGAATAATTATATACTTCAAAT--TGTTATGACCTTTTGTTTAGTTATAAAAC
* * ** * * * * * * *
15592488 ATTTGTTTCATGCCTTACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATCCAAATTAATGAACACTTGGAAAA
186 AATTATTTCATTTCATACAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAATTAAT-AATATTTCGAAAA
* *
15592553 TTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTTTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGGCTAT
249 TTAATAAGCAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
** * * *
15592618 TTGAACAATTATTTATGTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTCATTT
313 TTGAACAATTATCCATGTAAAATCATTATAACCATTTGATTTGACATAAAACAATTGTTTCAGTT
** ** * * ** * *
15592683 TGTAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACAAATTTCTTAATATTTTGAAAAGTAATAAGTAAG-
378 AATAAAAGCTTAGACAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATATCCAAAACTAATAAATAAGA
* * * * *
15592747 AGTTTAAAAAAATAAATTTGCTTATCGAAA-AAATTCA-AATACTTACGACTATTCAAACAATTG
443 AATTT-AAAAAATAAATATGCTTA-CGAAATAAATT-AGAATAATTACGACCATTCAAACAATTA
* ** * ** * *
15592810 TTTATTTAAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-GTT-TTAGTTCATACAAGC
505 TCTATTTAAAATCATTATGACCTTTAATTTTATCATAAAACAATTATTTCTTA--TCATACAACC
* * ** * ***
15592873 TTATTTGAAGTAAAATAATTCTAATTTTTTAATATTCCAAAAATTAATAATTAACTGATTTAAA-
568 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAC
* * * * * *
15592937 AAGTGAATCTATTTGCTGAATTAGTTCAAATAAATATG-GTCATTTCAACAATTATCTATTTCAA
633 AA-TAAATCTATTTACTGAA-AAGTTCAAATAAATATGACT-ATTTCAACAATTATCAATCTCAA
** **
15593001 ATTTTTATCACCTTTTGTTTG
695 ATCGTTAAAACC-TTTGTTTG
* * * *
15593022 GTCATATAAGAATTGTTTTTTATCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
1 ATCATAAAACAATTGTTTTTTATCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTTA-TAAT
* **
15593087 CTTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
65 ATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAC-AGTTCAAATAGTTAAA
* * * * * *
15593152 ACTATTTGAGTAATTGTATACTTCAAATTGTTATTACATTTT-TTACATGTTATAAAACAATTAT
129 ACTATTAGAATAATTATATACTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTT-TA-GTTATAAAACAATTAT
* *
15593216 TTCTTTTCATACAAGCTTATGTGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATA
192 TTCATTTCATACAAGCTTAT-TGAAATAAAATAATACTAAT-TAATAATATTTCGAAAATTAATA
* *
15593281 A-CTAAGAGATTTAAAAATTAAAT
255 AGC-AAAAGATTTAAAAAATAAAT
15593304 TTGTTTGTCG
Statistics
Matches: 796, Mismatches: 171, Indels: 71
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (714 bp):
ATCATAAAACAATTGTTTTTTATCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTTATAATA
TTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAGTTCAAATAGTTAAAAC
TATTAGAATAATTATATACTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTAGTTATAAAACAATTATTTCA
TTTCATACAAGCTTATTGAAATAAAATAATACTAATTAATAATATTTCGAAAATTAATAAGCAAA
AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
CATGTAAAATCATTATAACCATTTGATTTGACATAAAACAATTGTTTCAGTTAATAAAAGCTTAG
ACAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATATCCAAAACTAATAAATAAGAAATTTAAAAAATA
AATATGCTTACGAAATAAATTAGAATAATTACGACCATTCAAACAATTATCTATTTAAAATCATT
ATGACCTTTAATTTTATCATAAAACAATTATTTCTTATCATACAACCTTATTTGAAATAAAATAA
TACTAATTGATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAACAATAAATCTATTTACTGA
AAAGTTCAAATAAATATGACTATTTCAACAATTATCAATCTCAAATCGTTAAAACCTTTGTTTG
Found at i:15593294 original size:359 final size:356
Alignment explanation
Indices: 15591104--15593537 Score: 1472
Period size: 359 Copynumber: 6.8 Consensus size: 356
15591094 GTAAATTAAT
* * * * * ** *
15591104 TTATTAATATTTTAAAAATTTATAAGTAAAAGATTTAGAAAATAATTCTATTTACAAAACTAGTT
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTT
* * * * * * * *
15591169 CAAATAATTAT-AACTATTTGCATAATTATCCATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTATCAT
66 CAAATAGTTATGGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG-TTTGTCAT
* * * * * *
15591233 AAAACAATT-TTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTAC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
130 AAAACAATTGTTTTTT-ATCATACAAGCTTATT-CGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
** * * *
15591296 T-AGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAATGTAAATTTGCTTACCAAATC-ATTTCAAATAGTT
193 TCA-AAAATT-A--A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTT
*** * *** ** * * * * *
15591359 TTCACTATTTGAATAATTATCTATTTTTTATCATTATAACC-ATTTTT-TGTCATTAAATAATTG
252 AAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTTTATGTCATAAAACAATTA
* * ** * * *
15591422 GTTCTATTT-ATACTATTTTATTCAAAATAAAATAATGCAAA
317 TTTCT-TTTCATACAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * * * * *
15591463 TTCAATAATATTTCGAAACTTAATAACCAAAAAAATT--GAAA-AAATCTAATTGCTAAACCAA-
1 TT-ATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-CAAG
* * *** * * * *
15591524 TTC-AATAGTTA-AGACTATATGAATGGTTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTCTTTTATC
64 TTCAAATAGTTATGGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTT-GTTTGTC
* * * * *
15591587 ACAAAACAATTGTTTTGT-TCGTACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATTCTAATTTCA-TAATAT
128 ATAAAACAATTGTTTTTTATCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTT-ATTAATAT
* * * * *
15591650 TTCAAAAACTAATAAGAGATTTAAAAAATAAA---GTTTATCGAATC-ATTTCAAATGGTTAAAA
192 TTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTAAGA
* * *
15591711 CTATTAGAATAATTATGTACTTCAAATTGTTCTGACCTTTTGTTTA-GTCATAAAACAA-TATTT
256 CTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT-TTTATGTCATAAAACAATTA-TT
** * *
15591774 TCAATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAATTAATACTAA
319 TCTTTTCATACAAGCTTATTGA-AATAAAATAATACTAA
** * *
15591813 TTTATTAATATTTTGAAAATTAATAA-GAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAG
1 -TTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAG
*** * * * * *
15591877 TTTGTATAGTTAT-TATTATTTGAACAATTATCCATTTAAAATCATTATAACCATTTGATTTGTC
64 TTCAAATAGTTATGGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG-TTTGTC
* * * *
15591941 ATAAAATAATTGTTTCAGTTA--ATACAAGCTTAGAT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
128 ATAAAACAATTGTTT--TTTATCATACAAGCTTA-TTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * *
15592003 ATATCCTAAACTAATAAATAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CGAAATCAA-TT-AGAAT
190 AT-TTC-AAA--AATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCG-AA-CAAGTTCA-AAT
* * * * * * ** *
15592065 AATTATGGCCATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTAATTT-TGTCATAAAAC
248 AGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTT-TTTTATGTCATAAAAC
* * *
15592129 AATTATTTCTTATCATACAACCTTATTTGAAATAAACTAATACTAA
312 AATTATTTCTTTTCATACAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACTAA
* * * * *
15592175 TTGATTAATATTTCATAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAACAATAAATTTATTTACTGAA-AAGT
1 TT-ATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGT
* * * * * * *
15592239 TTAAATAAG-TAT-GACTATTTGAACAATTATCAATCTCAAATCGTTAAAATC-TTTGTTTTATC
65 TCAAAT-AGTTATGGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG-TTTGTC
* * * * * * * *
15592301 ATAAAACAATTATTTCTAATCATAGAAGTTTATTTGG-TTAAACATAATACTAATTTAATAATAT
128 ATAAAACAATTGTTTTTTATCATACAAGCTTATTCGGAATAAA-ATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * ** *
15592365 TCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAT-AGTTGTGTCTGCTAAACCAGTTCAAATAGTT
192 TTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * *
15592428 AAAAATATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCAT-TTA-GACCTTTTGTTTA-GTTATAAAATAT
252 AAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAAT--TGTTATGACCTTTT-TTTATGTCATAAAACAA
* * ** * * * *
15592490 TTGTTTCATGCCTTACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATCCAAA
314 TTATTTCTTTTCATACAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAA
* * * ** * **
15592534 TTAATGAACACTTGGAAAATTAATAAGC-AAAAGATTTGAAAAAATAAATCTTTTTACCAAACAA
1 TT-ATTAATATTTCAAAAATTAATAA-CTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACTGAACAA
* * * *
15592598 GTTCAAATAGTTATGG-CTATTTGAACAATTATTTATGTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGA
63 GTTCAAATAGTTATGGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG-TTTGT
* * * ** * *
15592662 CATAAAACAATTGTTTCATTT-T-GTAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACAAATTTCTTAAT
127 CATAAAACAATTGTTT--TTTATCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
** * * * * * *
15592725 ATTTTGAAAAGTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAAATAAATTTGCTTATCGAAAAAATTCAAATACT
190 ATTTCAAAAATTAATAAG--AGA-TTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGT
* * * * * * *
15592790 TACGACTATTCA-AACAATTGTTTATTTAAAATTGTTATGA-CTTTTTGTTTTATCATAAAACAA
251 TAAGACTATT-AGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTT-TTATGTCATAAAACAA
* * * *
15592853 TTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGAAGTAAAATAATTCTAA
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* * * ** * * * **
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1 -TTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGT
** * * ** *
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65 TCAAATAGTTATGGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTT-GTCA
* * * *
15593026 TATAAGAATTGTTTTTTATCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATCTTT
129 TAAAACAATTGTTTTTTATCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
*
15593091 CAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
194 CAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTA
* * * * * * * * *
15593156 TTTGAGTAATTGTATACTTCAAATTGTTATTACATTTTTTACATGTTATAAAACAATTATTTCTT
259 TTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTT-TATGTCATAAAACAATTATTTCTT
15593221 TTCATACAAGCTTATGTGAAATAAAATAATACTAA
323 TTCATACAAGCTTAT-TGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * **
15593256 TCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAATTAAATTTGTTT-GTCGAACCCG
1 T-TATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAACAAG
* * * * * ** *
15593320 TTCAAATAGTTA-AGACTATATCAATAATTATCTAATTCAAATTGTTATGACCTTTTGTCTTGTC
64 TTCAAATAGTTATGGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGT-TTGTC
* ** * ** * *
15593384 ATAAAACAATT-TTCTCAATTCATACTAGCTTATTTAGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATG
128 ATAAAACAATTGTTTTTTA-TCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA
* * * * * * *
15593447 TTTCAAAGATTAATAAGTAAGAGATTAAAGAAAT---TCTATTTACCTAACCAGTTCAAATAATT
191 TTTCAAAAATTAATAAG--AGA-TTTAAA-AAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTT
* *
15593509 ATGACTATTTA-AACAATTATCTATTTCAA
252 AAGACTA-TTAGAATAATTATCTATTTCAA
15593538 TGTTTTGTCA
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Consensus pattern (356 bp):
TTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTT
CAAATAGTTATGGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTGTCATA
AAACAATTGTTTTTTATCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
AAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATT
AGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTTTATGTCATAAAACAATTATTTCTTTTC
ATACAAGCTTATTGAAATAAAATAATACTAA
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* * * * *
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* * * * *
15591810 TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACA
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* *** * ** * ** *
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*
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* * * *
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* ** * *
15592070 TGGCCATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTAATTTTGTCATAAAACAATTAT
326 TGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATCACCTTTAATTTGGTCATAAAACAATTAT
* * *
15592135 TTCTTATCATACAACCTTATTTGAAATAAACTAATACTAATTGATTAATATTTCATAAATTAATA
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* * *
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* * *
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* ** * *
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* * *
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* * * * *
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** * *
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* * *
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* * **
15592648 ACCTTTTGTTTTGACATAAAACAAT-TGTTTCATTTTGTAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTAGACATAAAACAATAT-TTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATA
* * * *
15592712 CAAATTTCTTAATATTTTGAAAAGTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAAATAAATTTGCTTATCGAA
65 CAAATTTATTAATATTTTGAAAAGTAATAAGAAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTACTTATCGAA
* ** ** * ** *
15592776 AAAATTCAAATACTTACGACTATTCAAACAATTGTTTATTTAAAATTGTTATGACTTTTTGTTTT
129 AAAATTCAAATACTTACGACTATTCAAACAATTATCCATTTAAAATCATTATAACCATTTGATTT
* * ** * * *
15592841 ATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAGTAAAATAATTCTAATTTTTTAAT
194 ATCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTAGATGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * ** * * * * * *
15592906 AT-TCCAAAAATTAATAATTAACTGATTTAAAAAGTGAATCTATTTGCTG-AATTAGTTCA-AAT
259 ATATCC-AAAACTAATAAATAACAAATTTAAAAAATAAATATATTTAC-GAAATCAATT-AGAAT
* ** ** * *
15592968 AAATATGGTCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTTTTATCACCTTTTGTTTGGTCATATAAGA
321 AAATATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATCACCTTTAATTTGGTCATAAAACA
* * * * * * *
15593033 ATTGTTTTTTATCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATCTTTCAAAAAT
386 ATTATTTCTTATCATACAACCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTTCAAAAAT
* *
15593098 TAATAAG-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGA
451 TAATAAGAAAATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAA-AAGTTCAAATAAG-TATGACTATTTGA
** * * * * * **
15593161 GTAATTGT--ATACTTCAAATTGTTATTACAT-TTT-TTACATGTTATAAAACAATTATTTCTTT
514 ACAATTATCAAT-C-TCAAATCGTTA--AAATCTTTGTT--ATATCATAAAACAATTATTTCTAA
*
15593222 TCATACAAGCTTATGTGAAATAAA-ATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAA
573 TCATACAAGCTTATGTG-AATAAACATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAA
* * * * *
15593286 GAGATTTAAAAATTAAATT-TGTTTG-TCGAACCCGTTCAAATAGTTAAGACTA-TATCAATAAT
637 GAGATTTAAAAA-T-AATTGTGTCTGCT-AAACCAGTTCAAATAGTTAAAAATATTA-CAATAAT
*
15593348 TATCTAATTCAAAT-TGTTATGACCTTTTGTCTT-GTCATAAAACAATTT-TCTCAAT-TCATAC
698 TATCTAATTCAAATAT-TTA-GACCTTTTGT-TTAGTCATAAAA-AATTTGTCTC-ATGCCATAC
* * ** * * ** * * *
15593409 TAGCTTATTTAGAATAAAATAAAATGAATTTATTAA-TGTTTCAAAGATTAATAAGTAAGAGATT
758 AAGCTTATTCAGAATAAAATAAAACAAATTAATGAACACTTGCAAA-ATTAATAAGCAAAAGATT
* *
15593473 AAAGAAATTCTATTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTAT
822 AAAGAAATTCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTAT
15593529 CTATTTCAAT
Statistics
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Consensus pattern (895 bp):
ACCTTTTGTTTAGACATAAAACAATATTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATAC
AAATTTATTAATATTTTGAAAAGTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTACTTATCGAAAA
AATTCAAATACTTACGACTATTCAAACAATTATCCATTTAAAATCATTATAACCATTTGATTTAT
CATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTAGATGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
ATCCAAAACTAATAAATAACAAATTTAAAAAATAAATATATTTACGAAATCAATTAGAATAAATA
TGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATCACCTTTAATTTGGTCATAAAACAATTAT
TTCTTATCATACAACCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATA
AGAAAATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAAAAGTTCAAATAAGTATGACTATTTGAACAATTA
TCAATCTCAAATCGTTAAAATCTTTGTTATATCATAAAACAATTATTTCTAATCATACAAGCTTA
TGTGAATAAACATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAATA
ATTGTGTCTGCTAAACCAGTTCAAATAGTTAAAAATATTACAATAATTATCTAATTCAAATATTT
AGACCTTTTGTTTAGTCATAAAAAATTTGTCTCATGCCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAA
ACAAATTAATGAACACTTGCAAAATTAATAAGCAAAAGATTAAAGAAATTCTATTTACCAAACAA
GTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATTTATGTAAAATCATTATA
Found at i:15594511 original size:181 final size:179
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Period size: 180 Copynumber: 16.0 Consensus size: 179
15593946 CTGAAAACAA
* * * * *
15593956 ATTTATTTTTCCAAATCTCTTGCCTATTAATTTTTTG-AATGTTAATATATTTAG-ATTATTTTA
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* ** * * * *
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* * ** * * **** *
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* *
15594137 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTCAATTAGTATTATTTTTAAT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTT-AT
* * * * * * * *
15594202 T-GAATAAGCTTCTATGATCAGAAACAAATATTTTATGATAAAA-AAAAGATCATAACGATTTGA
64 TCAAATAAGCTTGTATGA-AAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * ** * **
15594265 GATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTCAAACTAGTTTGACAAATAG
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* * *
15594317 ATTTATTTTTTAAATGTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTA
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TT
* * * * * * *
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65 CAAATAAGCTTGTATGA-AAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * * * * * *
15594447 ATA-AGTAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTTAATTAATCCAGTAAACAA
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* *
15594498 ATTTATTTTTTAAATCTC-T--TT-TTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAG--TTATTTT-GT-
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* ** * * * *
15594555 --ATTAGCTTGTATTTG-CTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTTAA
66 AAATAAGCTTGTA--TGAAAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * ** *
15594617 CTAGACAATTGTTCAAATAGGAATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAG
129 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAATAG
* * * *
15594668 ATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTG-AATGTTGATAAATTAGTA-TAATTTAT
1 ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * ** ** * * * * * *
15594731 TCTAGATAAACTTGTATGAACTTAAGGAATTTTTTTAAGACTAAACAGATGGTCAAAATGATTTG
64 TC-AAATAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
** * * * * * *
15594796 AAATAGATAATTATTTTAATAGTCTTAACCATATGAACTAGTTTGGTAAACAA
127 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAATAG
* * * * *
15594849 ATTTACTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTTGCATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TT
* * *
15594914 TAAATAAGCTTG--TGCAAATAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATATGA
65 CAAATAAGCTTGTATG-AAA-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * ** *
15594977 AATCGATAATCATTCATATAGTCTTAACTATTTAAACTAGTTCCATAATTAG
128 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAATAG
* * ** * * * * *
15595029 ATTTATTTTTT-ATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATCATCTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-
** * * * * *
15595093 CAAATAAAATAGTATGAATAGAACCAATTATTTGATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAA
65 CAAATAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * * *
15595158 ATAGGTAATTATTCAAATAGCCAAAACTATTTGAAAT-GATTTGGTAAACAG
129 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAATAG
* *
15595209 ATTTATTTTTTAAATTTCTTACTGATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-T
* * * * * * * **
15595273 TCAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATCACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGA
64 TCAAATAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * *
15595338 AATGGATAATTATTCAAATAGTTAT-ACTTATTTGAACTAGTTCGATAAATAG
128 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC-TATTTGAACTAGTTCGGTAAATAG
* * * * * * * *
15595390 AATTATTTTTTAAATTTCCTACTTATAAAATTTTGAAATATTAACAAATTAGTTTTATTCTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-
* * *** * * * *
15595455 CGAATAAACTTGTATGACTTGAAATAATTGTCTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTG-T
65 CAAATAAGCTTGTATGA-AAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * ** * * * * * * * * *
15595518 TTAAACTGGTT-TGGCAAACAG--ATTTATTTTTTAAATCT-CTTAGTTATGAAT--
129 ATAGA-TAATTAT-TCAAATAGTCA-TAACTATTTGAA-CTAGTTCGGTA--AATAG
* * ** * *** * * ** *
15595569 TTTTAGAATATTATTAAAT-TAGTA-TTACTTTA-TGCCGAATAAACTTGTATGAACAGAAATAA
1 ATTT---AT-TTTTTAAATCTCTTACTTA-TTAATTTTTGAA-ATA-TT-AAT-AA-ATTAGT-A
* * * * ** ** * * * *
15595631 TTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGT-T--CAAATAGTCAT
55 TTATTTTAT--T-CAA-ATAAGCTTGTATGAA--AAAAACA-ATTATTTTATGACAAA-A--CAA
* * * * * * * *
15595693 AA-CT-ATTTGAACT-AGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-CTC-TTACTAATTCTTGAA
110 AAGGTCA--T-AA-TGA-TTT-G-AAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAACT-A-T-TTGAA
* **
15595753 ATA-TT-AATAAATTAG
164 CTAGTTCGGTAAA-TAG
* ** * * * * *
15595768 -TATTATTTTATTTCAAATAAGCT-TGTAGGTTAAAAAACAATTGTTTTATGACA-AAACGAAAG
1 AT-TTA-TTT-TTT-AAAT---CTCT-TA-CTT----ATTAATT-TTTGA-AATATTAA-TAAA-
* * ** * * * *
15595830 GTAATAACATTTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAAA-AATTGTTTTATGAGAAAATGA
49 TTAGTATTA-TTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATG--AAAAAAACAATTATTTTATGACAAAA-CA
* * * * * * * * *
15595894 AAA-GTAATAACGATTAGAAATAAATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACT-GTTCGAT
109 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGT
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*
15595963 ATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTT
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*** * * * * * *
15596024 TGGATAAGCTTTTATGAATTAAAACAATTGTTTTATGACAAATCAAAAGTTCATAATGATTTTAA
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* * * ** ** *
15596089 AGAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTTTTCAATAAATGG
129 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAATAG
* ** * *
15596140 ATTTATTTTTTAAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTTAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * *
15596205 CTAAATAAGCTTGTATGAACTAAGACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTC-GAATGATTTG
65 C-AAATAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAATGATTTG
* * * * * * * *
15596269 AAATAGATAATTATTCTAATAGTCGTAACCATTTGAATTAATTCGGCAAACAC
127 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAATAG
* * *
15596322 ATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATT
* * * * * *
15596387 CGAATAAGCTTGTATGATCACAAACAATTTTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAG
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* ** * ** * ** *
15596451 ATTGATGTTTGTTCAAATAGTTGTAACTATTGGAACT-GATTCGAAAAACA-
129 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAATAG
* * * * * *
15596501 ACTTTAGTTTTTAAATCTCTTCCTTAATAGTTTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATT
1 A-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-T
*** * * ** * * *
15596566 TTGGATAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTTA
64 TCAAATAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * * ** *
15596631 AATGGATAATTGTTCAGATAGTCATATCTATTTGAGCTTGTTTAGTAAACAG
128 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAATAG
* * ** * *
15596683 ATTTATTTTTTTAAATCACTTGCTTATTAATTTTTCTAATGTTAAAAAATTA--ATT-TTTTATT
1 ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * ** *
15596745 CCAAATAAGCTAGTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACAATTGGG
65 -CAAATAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT-TG
* * *
15596810 AAAT--ATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCG
127 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCG
15596853 ACAAAACGTA
Statistics
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0.71 0.18 0.11
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ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
AAATAAGCTTGTATGAAAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAATAG
Found at i:15595847 original size:67 final size:67
Alignment explanation
Indices: 15595773--15595904 Score: 212
Period size: 67 Copynumber: 2.0 Consensus size: 67
15595763 ATTAGTATTA
*
15595773 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTAGGTT-AAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACGAAAGGTAATAA
1 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTAGGTTGAAAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACGAAAAGTAATAA
15595837 CAT
65 CAT
* * *
15595840 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAAAAATTGTTTTATGAGAAAATGAAAAGTAATAAC
1 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTAGGTTGAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACGAAAAGTAATAAC
15595905 GATTAGAAAT
Statistics
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0.91 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (67 bp):
TTTTATTTCAAATAAGCTTGTAGGTTGAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACGAAAAGTAATAAC
AT
Found at i:15596215 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 15595850--15596846 Score: 853
Period size: 182 Copynumber: 5.5 Consensus size: 180
15595840 TTTTATTTCA
**** * * * * * *
15595850 AATAAGCTTGTATGTTGAAAAAAAATTGTTTTATGAGAAAATGAAAAG-TAATAACGATTAGAAA
1 AATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGA-CAAA-CAAAAGTTCATAATGATTTGAAA
* * * * * * *
15595914 TAAATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAAC-TGTTCGATAAACTGATTTATTTTTTAAA-
64 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAAT
* *
15595977 -TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTG
129 CTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG
* * * * *
15596026 GATAAGCTTTTATGAATTAAAACAATTGTTTTATGACAAATCAAAAGTTCATAATGATTTTAAAG
1 AATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAA-CAAAAGTTCATAATGATTTGAAAT
* * **
15596091 AGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTTTTCAATAAATGGATTTATTTTTTAAAAT
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAACAGATTTATTTTTT-AAAT
** * * *
15596156 CTCTTGCTTATTAATTTTTTTAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCTA
129 CTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG
* * *
15596208 AATAAGCTTGTATGAACTAAGACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTC-GAATGATTTGAAA
1 AATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAA-GTTCATAATGATTTGAAA
* * * * *** *
15596272 TAGATAATTATTCTAATAGTCGTAACCATTTGAA-TTAATTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAA
64 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAA
* * *
15596336 TCTCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCCG
128 TCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTG
* * * *
15596389 AATAAGCTTGTATGATC-ACAAACAATTTTTTTATGACAAA-ACAAAGATCATAATGATTTGAGA
1 AATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAACA-AAAGTTCATAATGATTTGAAA
* ** ** * * *
15596452 TTGATGTTTGTTCAAATAGTTGTAACTATTGGAACTGATTCGAA-AAACA-ACTTTAGTTTTTAA
64 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTC-AATAAACAGA-TTTATTTTTTAA
* * * * * *
15596515 ATCTCTTCCTTAATAGTTTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTG
127 ATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG
* * * * * * *
15596569 GATAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTTAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * * *
15596634 GGATAATTGTTCAGATAGTCATATCTATTTGAGCTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTTAAAT
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAACAGATTTA-TTTTTTAAAT
* ** * * **
15596699 CACTTGCTTATTAATTTTTCTAATGTTAAAAAATTA--ATT-TTTTATTCCA
129 CTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG
* * * ** *
15596748 AATAAGCTAGTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTT-AGAACAATTGGGAA
1 AATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAA-GTTCATAATGATT-TGAA
* * *
15596812 AT--ATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACT
63 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
15596847 GGTTCGACAA
Statistics
Matches: 656, Mismatches: 139, Indels: 50
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 9 0.01
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183 7 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATA
GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
CTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG
Found at i:15597942 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 15596923--15598804 Score: 1071
Period size: 181 Copynumber: 10.5 Consensus size: 180
15596913 TGAAAAAAGG
* * * * * * * * *
15596923 ACAATTGTTCTATGACAAAA-TAAAGATCAGAACGATTTTAGATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
1 ACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * * *
15596987 TAACTATTTGAA-TTGGTTTGGTAAACAAATTTAGTTTT-TAAA--TCT-CTTTTTAATTTTCAA
66 TAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACAGATTTA-TTTTAAAAATTTTTACTTATTAATTTTTAG
** ** ** * **
15597047 AATATTAATAAATCGGTATTATTTTATTTTGAATAATTCTATATGAACAGAA
129 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAACTGGT
* * * * *
15597099 ACAATTGTTTTA-CA-ACAAACAAAAGGTCATAATGATTCGAAATAGGTAATTGTTCAAATGGAC
1 ACAATTGTTTTATGATA-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * ** * ** * *
15597162 ATGACTATTTG-ACTTTGTT-TAGTAAACAGATTTATTTTTTACATCTCCTACCTATTAATTTTC
65 ATAACTATTTGAAC-TTGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTAAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTT
* * * * * ***
15597225 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAA-TAAAA
127 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAACT-GGT
* * * * * *
15597279 AAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAATC
1 ACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * *
15597343 ATGACTATTTGAGCTTTGCTT-GGTAAACAAATTTATTTCT-TAAATCTTTTACATATT-ATTTT
65 ATAACTATTTGAAC-TTG-TTCGATAAACAGATTTATTT-TAAAAAT-TTTTACTTATTAATTTT
* *** ** **
15597405 TTGAAATATTAATAAATTAACGTTATTTTATTTTGAATAAG-CTCATATGAA-TAGAA
126 TAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCT-ATATGAACT-GGT
* * ** * *
15597461 ACAATTGATTTATGACAAAATGAAAGGTCATAAAT-ATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTA
1 ACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCAT-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * ** * * * *
15597525 ATAACTACTTGAACATGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTACTTAATAAATTTTGGA
65 ATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTAAAAATTTTTACTTATTAATTTTTAGA
* ** * **
15597590 ATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTT-ATAAAAAGATTGTATGAA-TAGAA
130 ATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAGCCTATATGAACT-GGT
* ** * * * * *
15597641 ACAATTATTTTATGATAAAACAAAA-G--ATAACAATTTGAAACAGATAACTATCCAAATAGTCT
1 ACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * ** * * *
15597703 TAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAATATATTCATTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTAGA
66 TAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTAAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAGA
15597768 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAACTGGT
130 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAACTGGT
* * * * * * * * *
15597819 ACAATTGCTTGATAATGAAACAAAAGGTCATATTGATTTGAAGTAGATAGTTATTCAAATAGTTA
1 ACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * *
15597884 TGACTATTTGGACTTGTTTGATAAACATATTTATTTTAAAAATATTTTA-TGTATTAATTGTCTA
66 TAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTAAAAAT-TTTTACT-TATTAATT-TTTA
* * * * * * * **
15597948 -AATATTAGTAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTCTGAACAT-AA
128 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAAC-TGGT
* * ** * *
15598000 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
1 ACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * ** *
15598065 TAACTATTTGAACTTATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTTGAA
66 TAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTAAAAATTTTTACTTATTAATTTTTAGAA
* * * *
15598130 TATTTACAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAG-CTACTATGAA-TGGAAT
131 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTA-TATGAACTGG--T
* * * * *
15598181 A-AATTGTTTTACGGTAAAACAAAAAGGTTATAGTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATC
1 ACAATTGTTTTATGATAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * *
15598245 ATAACTATTTGAACTTGTTC-ATTGAACAAATTCATTTGT-TAAA--TCT-CCTATTAATTTCTA
65 ATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGATTTATTT-TAAAAATTTTTACTTATTAATTTTTA
* * * * * * * *
15598305 GAATATTAATAAATTAGAATTATGTTGTTTCAAATATGCTTGTATGAA-TAGA
128 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAACTGGT
* * * * * *
15598357 AGCAATTGTTTTGTGATAAAACAAATGGTTATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAACAATC
1 A-CAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * *** ** ** *
15598422 ATAACTATTT-ACACTGGTTAGGCCAACAGATTCT-TTTTTTAAATCCATTATTTATTAATTTTT
65 ATAACTATTTGA-ACTTGTTCGATAAACAGATT-TATTTTAAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTT
* * * * * ***
15598485 AGAATATTAATAAATTAGCAATT-CTTTA-TTCTGAATAAGACTGTATGAA-TAAAA
127 AGAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTC-AAATAAGCCTATATGAACT-GGT
* * *
15598539 ACAATTGTTTTATGAGAAAACAAATA-GTCATAACGATTTGAAATA-AGTAATTGTTTAAATAGT
1 ACAATTGTTTTATGATAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGT
* * ** *** *
15598602 TATAACTAATTGAAC-TGTTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTTAATTCTCTTGCTTATTAATTTT
64 CATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTAAAAATT-T-TTACTTATTAATTTT
* * * ** * * * * ****
15598666 CAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAACTTATTTGAACAAAA
126 TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAACTGGT
* * **
15598721 ACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
1 ACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * *
15598786 TAATTATTTCAACTGGTTC
66 TAACTATTTGAACTTGTTC
15598805 AACAAATAAA
Statistics
Matches: 1326, Mismatches: 307, Indels: 139
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 1 0.00
175 9 0.01
176 75 0.06
177 133 0.10
178 137 0.10
179 12 0.01
180 208 0.16
181 478 0.36
182 262 0.20
183 11 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
ACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
TAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTAAAAATTTTTACTTATTAATTTTTAGAA
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAACTGGT
Found at i:15598032 original size:539 final size:531
Alignment explanation
Indices: 15596923--15598794 Score: 1623
Period size: 539 Copynumber: 3.5 Consensus size: 531
15596913 TGAAAAAAGG
* * * * * * * *
15596923 ACAATTGTTCTATGACAAAATAAAGA-TCAGAACGATTTTAGATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-AATTTAAAAT-AATAATTGTTCAAATAGTAA
* * *** * * * * * *
15596987 TAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAACAAATTTAGTTTTTAAA--TCT-CTT-TTTAATTTTCAAA
64 TAACTAATTGAACT-GTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTACTTAATAAATTTT-AGA
*** * * *
15597048 ATATTAATAAATCGGTATTATTTTATTT-TGAATAA-TTCTATATGAACAGAAACAATTGTTTTA
127 ATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTAT-AAAAAGCT-TATATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* ** * * * * *
15597111 -CA-ACAAACAAAAGGTCATAATGATTCGAAATAGGTAATTGTTCAAATGGACATGACTATTTGA
190 TGATA-AAACAAAAGGT-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * *
15597174 CTTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTACATCTC-CTACCTATTAATTTTCAAAATATTAATAA
253 ATTTGTTTAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTCT--C-ATTAATTTTTAGAATATTAATAA
* * * * * *
15597238 ATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAA
315 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAACAATTGTTTGATGATAAAACAAA
* * *
15597303 AGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATGACTATTTGAGCTTTGCTTGGT
379 AGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATGACTATTTGA-C-TTGTTTGGT
* * *
15597367 AAACAAATTTATTTCTTAAATCTTTTACATATTATTTTTTGAAATATTAATAAATTAACGTTATT
441 AAACAAATTTATTT-TTAAATCTTTTATATATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAA-ATTATT
* ** *
15597432 TTATTTTGAATAAGCTCATATGAATAGAA
503 TTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAAAA
* ** *
15597461 ACAATTGATTTATGACAAAATGAAAGGTCATAAATATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAA
1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAA-ATTTAAAATA-ATAATTGTTCAAATAGTAA
* * *
15597526 TAACTACTTGAACATGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTACTTAATAAATTTTGGAA
64 TAACTAATTGAAC-TGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTACTTAATAAATTTTAGAA
* * *
15597591 TATTAATAAATTTATATTATTTTATTTATAAAAAGATTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGA
128 TATTAATAAATTTATATTATTTTATTTATAAAAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * *
15597656 TAAAACAAAA-G-ATAACAATTTGAAACAGATAACTATCCAAATAGTCTTAACTATTTGAATTTG
193 TAAAACAAAAGGTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTG
* * *
15597719 TTTGGTAAATATATTCATTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGT
258 TTTAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTC-T-CTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGT
* * * * * * *
15597784 ATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAACTGGTACAATTGCTTGATAATGAAACAAAAGGTCA
321 ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAACAATTGTTTGATGATAAAACAAAAGGTCA
* * * * * * * * *
15597849 TATTGATTTGAAGTAGATAGTTATTCAAATAGTTATGACTATTTGGACTTGTTTGATAAACATAT
385 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATGACTATTT-GACTTGTTTGGTAAACAAAT
* * * * * * **
15597914 TTATTTTAAAAATATTTTATGTATTAATTGTCTAAATATTAGTAAATTAATATTATTTTAATCCA
449 TTATTTT-TAAATCTTTTATATATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAA-ATTATTTTATTCTG
* * *
15597979 AATAAGCTTGTCTGAACATAA
511 AATAAGCTTGTATGAATAAAA
*
15598000 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-AATTTAAAAT-AATAATTGTTCAAATAGTAA
* * * * * * *
15598065 TAACTATTTGAACTTATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTTGAA
64 TAACTAATTGAAC-TGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTACTTAATAAATTTTAGAA
* * * * *
15598130 TATTTACAAATTTGTATTATTTTATTTGA-AATAAGC-TACTATGAATGGAATA-AATTGTTTTA
128 TATTAATAAATTTATATTATTTTATTT-ATAAAAAGCTTA-TATGAATAGAA-ACAATTGTTTTA
* * *** *
15598192 CGGTAAAACAAAAAGGTTATAGTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGA
190 TGATAAAAC-AAAAGG-TATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * *
15598257 ACTTGTTCATTGAACAAATTCATTTGTTAAATCTC-CT-ATTAATTTCTAGAATATTAATAAATT
253 ATTTGTTTAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTCTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT
* * * * *
15598320 AGAATTATGTTGTTTCAAATATGCTTGTATGAATAGAAGCAATTGTTTTG-TGATAAAACAAATG
318 AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAA-CAATTG-TTTGATGATAAAACAAAAG
* * * * * * **
15598384 GTTATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTACACTGGTTAGGCCAAC
381 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATGACTATTT-GACTTGTTTGGTAAAC
* * ** * *
15598449 AGATTCTTTTTTTAAATCCATTATTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCAATT-CTTTA
445 AAATT-TATTTTTAAATCTTTTATATATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTA--AATTATTTTA
15598513 TTCTGAATAAGAC-TGTATGAATAAAA
506 TTCTGAATAAG-CTTGTATGAATAAAA
* * * * * *
15598539 ACAATTGTTTTATGAGAAAACAAATAGTCATAACGATTTGAAATAAGTAATTGTTTAAATAGTTA
1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-AATTTAAAATAA-TAATTGTTCAAATAGTAA
* * * * * *
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* * * * * *
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* *
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TAAATCTTTTATATATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAAATTATTTTATTCTGAATAAGCTTG
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* * *
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* * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * *
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*** * * * * * *
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TATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
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* * ** * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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** *
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* *
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* * *
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** * * * ** *
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* * * * *
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** * * * * * * * **
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* * * * *
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* * * *
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* * *
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Statistics
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* * * * *
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* * * * * **
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* * * *
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** *
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* * * *
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* * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* ** **
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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*** * * * * * *
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* * * * *
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254 AATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * *
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* * * *
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1 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* * * *
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* * * * *
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* * *
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* * *
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* *
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* *** * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * ** * *
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* ** * * *
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* * * * * * *
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1 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-C-T
* * * *
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* * * * * * * *
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* *
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* * * *
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* *
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* * * * *
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1 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTTG
* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* *
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* *** * ** *
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* * * * *
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* * * *
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TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
AGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGA
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* *
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* *
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* * * ** *
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*
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* * *** ** * *
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* * * * *
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* * *
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TTTAAATCACTTATTTGAATTTATTC
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* * *
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* * *
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*
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CTCTTAGAATTCTTCTCCTGGAAGTCAAACTTACCTATTAAGAATCCTATTT
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*
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* *
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** *
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*
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*
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*
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* *
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CTTTCAGCTCTTTCACATCTTAAA
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* * *
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* *
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* *
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Statistics
Matches: 21, Mismatches: 4, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 21 1.00
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Consensus pattern (11 bp):
TCTAACAAATC
Found at i:15609360 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 15609019--15609842 Score: 640
Period size: 181 Copynumber: 4.6 Consensus size: 180
15609009 TGTTTTTATC
* * * *
15609019 CATACAAGCTTAT-TCGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG---A
1 CATACAAGCTTATAT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGAAAA
* * * * * * * * * * * *
15609080 GACTTAAAAAATAACTTTTTTTACTGAATCAGTTTAAATGGTTAGGACCATTAGAATAATTATCT
65 GATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* ** * * *
15609145 ATTTCAAATCATTCTGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTT
130 ATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGATTT-GTCATAAAACAATTGTTTCAATT
** * * * * *
15609196 CATACAAGCTTATAAAAAATATATTAATGCTAA-TTAATAATATTTGAAAAATTAATAAGAAAGT
1 CATACAAGCTTATATGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGAAA-A
* * *
15609260 GATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTACT-ACTATTTTAACAATTGT
65 GATTT-AAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAACAATTAT
*
15609324 CTATTTAAAATTTTTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATT
128 CTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATT
* * **
15609377 AATACAAGCTTAGATGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGCTAAATTAATAAGTAAAA
1 CATACAAGCTTATATGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAG-AAAA
* * * * * * * **
15609442 AATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TCGAATTAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAATGATTATC
65 GATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * **
15609506 TATTTTAAATTGTTATGACCTTTT-ATTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TTTAT
129 TATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGA-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAAT-T
* * * * *
15609558 CATACAAGTTTATTTGAAATAAACTAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACA
1 CATACAAGCTTATATGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAG-AAAA
* * * ** *
15609623 GATTTAAGAAATAAATTTGTTTATCGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
65 GATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * ** * * * ****
15609687 AATCTCAAATCATTA-AGATC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGCT
129 TATTTAAAATTGTTATA-ACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATT
* * * * * * *
15609738 CATAAAAACTTATTTG-ATTAAAAATAATAGTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAG---A
1 CATACAAGCTTATATGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGAAAA
* * *
15609799 GACTTAAAAAATAAATATGTTTGCTAAACCAA-TTCAAATAGTTA
65 GATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAA-TAAGTTCAAATAGTTA
15609843 AAACTATTAT
Statistics
Matches: 522, Mismatches: 104, Indels: 43
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 3 0.01
176 60 0.11
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179 2 0.00
180 82 0.16
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183 3 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
CATACAAGCTTATATGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGAAAAG
ATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
TTTAAAATTGTTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATT
Found at i:15612459 original size:65 final size:65
Alignment explanation
Indices: 15612355--15612479 Score: 205
Period size: 65 Copynumber: 1.9 Consensus size: 65
15612345 TATCTATTTC
* *
15612355 AAATTGTTGTTACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCCAACATACAAGCTTATTAAATA
1 AAATTGTTATTACCTTTCGTTTTGTCAGAAAACAATTGTTTTCCAACATACAAGCTTATTAAATA
* * *
15612420 AAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCAGAAAGCAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATT
1 AAATTGTTATTACCTTTCGTTTTGTCAGAAAACAATTGTTTTCCAACATACAAGCTTATT
15612480 TGACATAAAA
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 5, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
65 55 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (65 bp):
AAATTGTTATTACCTTTCGTTTTGTCAGAAAACAATTGTTTTCCAACATACAAGCTTATTAAATA
Found at i:15613197 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 15612574--15613196 Score: 598
Period size: 182 Copynumber: 3.4 Consensus size: 179
15612564 AATAGTTATG
* * *
15612574 ACCAATTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTCTGTTT
1 ACCATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTT-TGTTT
* * * * * * * *
15612639 TGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATGCAAATTTATTCAAA-AAAATAATAATAATTAAATAAT
65 TGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTTTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * **
15612703 AGTCT-GAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTGTCAA
130 A-TTTAGAAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAAAGTAAATCTGTTTACCAA
* * * * *
15612754 ACCAATTT-AAATGGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
1 ACC-ATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC-TTTGTT
*** * * *
15612818 TTGTCATAAAACAATTATTTTAACTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTGTTA
64 TTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTT-TTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * ** *
15612883 ATATTTCA-AAATTTTATAAGGAAGAGATTTTTTTAAAAAGT---TCTATTTACCAA
128 ATATTT-AGAAAATTAATAACTAAGAGA----TTTAAAAAGTAAATCTGTTTACCAA
* * * * * *
15612936 ACCAATTCAAATAATTATAAATATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACTCTTTGATT
1 ACCATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC-CTTTGTTT
* * *
15613001 TGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
65 TGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTT-TTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
*
15613066 TATTTAGAAAATTAATCAA-TAAAAGATTTAAAAAGTAAATCTGTTTACCAA
129 TATTTAGAAAATTAAT-AACTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTGTTTACCAA
* * * *
15613117 ATCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTAACCCTTT-TTT
1 ACCATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAA-CCTTTGTTT
* *
15613181 ATATCATCAAACAATT
65 -TGTCATAAAACAATT
15613197 GGTCTGTTCA
Statistics
Matches: 355, Mismatches: 69, Indels: 37
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
178 10 0.03
180 81 0.23
181 89 0.25
182 163 0.46
183 3 0.01
185 6 0.02
186 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
ACCATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTGTTTT
GTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTTTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
TTTAGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTGTTTACCAA
Done.