Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167915.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_18, whole genome shotgun sequence
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Warning! 90000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 73 of 117
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Statistics
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* * * * *** *
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* * * ** ** * * *
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* * * * ** * * ** *
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* * * * ** * * *
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* * * ** *
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* * *
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* * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * ** ** *
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* *
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* * * **
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*** * * *
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* * * *
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* * * *
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254 ATTCACACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTAATAAAATTCCAAAAATTAATAAGTA
* *
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* * * * * * * * * *
15614705 ATTTCAAATACTTAAGACTATTAGAATAATTATCTT-TTTGAAATCGTTCTAACCTTTTGTTTAG
1 AGTTCAAATAGTT-ATACTATTTGAACAATTAT-TTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
15614769 TCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA
64 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAA-C-TATTCAAAATAAAATAATATTGATTTATTAATA
* *
15614834 TTCAAAAAATTAATGAGCAAAAGATTTAAATAAATAAATCTATTTACC-AAACAAGTTGAAATAG
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* * * *
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* * * * ** *** * * *
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* * * *** **** *
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* * * * * * * * * *
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* * ** * ** ** *
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* * * * * ** * * * *
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* * * * * *
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* * * * * **
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* * * * *
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* * * * * *
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* * *** * *
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* * * * * * * ** * * *
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* * * * * * * * * * *
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* ** * ** *
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* * * ** * * * *
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* * * * * * * *
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* ** * * * *
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* * * * * ** * * * *
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* * * * * * * * * **
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* * * * * *
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* * * * * ** * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * * * * *
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** * ** ** * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * ** * * * * * *
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* * * * * * *
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* ** ** *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * *
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126 ATTCAAAAAA-T--TAA-T-AAAGA--T--AAAAAATAAATTTATTTACCAAAACAA-TTCAAAT
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* * * * * * ** ** * *
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* * * * * * * *
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* ** * * *
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* * * * * *
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* * * ** * * * * * *
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* * ** * * * ** *
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* * ** * *
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* * * * * * * * *
15618189 TTTTTCAATTCATACTAGCTTATTAGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATT
247 TATTTCTATTCACACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACT-AATTTAATAAAATTCCAAAAATT
* * * * * * * *
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* * * *
15618423 TC-AAAAATTAAT-AAGCAATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACAGTTCGAATAGTTATGA
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* * * * * * * * * * * *
15618485 CTATTCGAGCAATTATTTTTTTCAAATCGTTTTGACTTTTTG-TTATGTTATAAAACAA-GAGTT
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* * * * * * *** *
15618548 TCTATTCATACAAG-TATATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGATAATTAATA
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* * *
15618612 AGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACC-AAAC
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*** * * * * *
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1 -AGTTCAAATAGTTA-TACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * ** ** * *
15618712 GTAATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATATAGGCTTATTTGATGTAAAATAATACTAATTTATTAA
63 GTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACA-AC-TATTCAAAATAAAATAATATTGATTTATTAA
* * * * * *
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15618962 ATTAACAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATT
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* * * * *
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* ** *
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*** * * * * *
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* * * * * * *
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* * * ** * ** * * * * * *
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* *
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** * ** ** **
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* * * * * *
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* * * *
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*
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* ***
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*
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* * * ** *
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* * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * ** ** * *
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* * * * *
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* ** * * * ** * *
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** * ** * *
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* *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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*
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* * * * * *
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* * * *** * * *
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**** * * * *
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** * *
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* ** * * * * * *
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* *
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* * * * * * *
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66 TCGTTATAACCTTTTGTTTA-GTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCT-TATTCAAAA
* ** * * * *
15618573 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
128 TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAAT-AGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA
** * ** *
15618638 TTTACCAAACAAGTTCAAATAACCATTA-CTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATCATTTTGAC
191 TTTACCAAACAAGTTCAAAT-A-GTTTAGCTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATTGTTATGAC
* * * ** * *
15618702 TTTTTCTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAGGCTTATT-TGATGTAAAATAATACT
253 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATA-AAACTTATTCAGA-ATAAAATAATACT
* * * *
15618766 AATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAA-GAATCTATTTACCGAATA
316 -ATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-A
* * * * * * *
15618829 -AGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTAT-TGATTTCAAAACATAATGAC-CTTTTGCTT
374 CAATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATG-CTCTTTT--TT
* * * * ** *
15618891 TGTCACAAAACAATTGGTTCTGTTGAT----GCTTATTTCAAATAAAATAGTA-TAAATTTATTA
435 TGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACT-AATTTATTA
** *
15618951 ATATTTAAAAAATTAACAAGTAA-AAGATTTAA
499 ATATTCCAAAAATTAATAA-TAAGAA-ATTTAA
* ** * * * * *
15618983 AAAATAAATCTGTTTACCGAATTAGTTCTAATAGTTATGACTATGTGAATAATTATTTATTTCAA
1 AAAATAAATCTATTTACC-AAACATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * * * * **
15619048 ATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTA-TTTATACAAAATTATTCAAAAT
65 ATCGTTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATT-GTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT
* * *** * *
15619112 AAAATAATACTAAATTATTAATATTTCAAAAATTAAT---AAGAGATTTAAAAGCCAAATTTGTT
129 AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATT
* * * * * * ** * *
15619174 TATCAGACCAGTTCAAATA--TTATGACTATTTGAATAATTATCTGTCTCAAATCATTATAATC-
193 TACCAAACAAGTTCAAATAGTTTA-G-CTATTTGAACAATTATCTAT-TTAAATTGTTATGACCT
* * * * *
15619236 TTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTCTA-TTTATACAAGCTTATTCGGAGTAAAAT-ATAGCTA
255 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATA-AAACTTATTCAGAATAAAATAATA-CT-
** * * * * * * ** **
15619299 AACTAATAATA-TTCTAAAATTAATAAGAGATTTTAAAAATAAATGTATTTGTCGAATTAATTCA
316 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAACAATTCA
** * * *
15619363 AATAGGTA-AGACAATTAGAACATTTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTGTTTAGTCATA
381 AATAATTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG-CTCTTTT-TTT-GTCATA
* ** ** **** ** **
15619426 AAATAATTGTTTCAGTTCATACATTCTTATCCAAAATAAAATAATACT-ATTCTATTAGCATTAA
442 AAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATT-TATTAATATTCC
* *
15619490 AAAAATTAATAAACAATAAATTTAAA
506 AAAAATTAAT-AATAAGAAATTT-AA
* * * * * * * * *
15619516 AAAATAAATATGTTTACCGAACAAATTCAAATAATCAAGTCTATTTGAACAATTATCTATTTAAA
1 AAAATAAATCTATTTACCAAAC-ATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * *
15619581 ATCATCATGACCTTTTGTTTTA-TAATAAAACAA
65 ATCGTTATAACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAA
15619614 AGAAAATTAC
Statistics
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0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
525 1 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (529 bp):
AAAATAAATCTATTTACCAAACATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
TCGTTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAA
AATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
CAAACAAGTTCAAATAGTTTAGCTATTTGAACAATTATCTATTTAAATTGTTATGACCTTTTGTT
TTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAACTTATTCAGAATAAAATAATACTATTTATTAAT
ATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAACAATTCAAATAATTATA
ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGCTCTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
TTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATAA
GAAATTTAA
Found at i:15619645 original size:148 final size:147
Alignment explanation
Indices: 15619490--15619758 Score: 312
Period size: 147 Copynumber: 1.8 Consensus size: 147
15619480 TTAGCATTAA
* *
15619490 AAAAATTAATAAACAATAAATTTAAAAAAATAAAT-ATGTTTACCGAA-CAAATTCAAATAATCA
1 AAAAATTAAGAAACAAGAAATTT-AAAAAATAAATCA-GTTTACCGAATC-AATTCAAATAATCA
* * *
15619553 -AGTCTATTTGA-ACAATTATCTATTTAAAATCATCATGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAAAG
63 TAG-CCATTT-ACACAATTATCTATTTAAAATCATCATGAACTTTTATTTTATAATAAAACAAAG
15619616 AAAATTACTTTATTAATATTTC
126 AAAATTACTTTATTAATATTTC
*** * * ** *
15619638 AAAAATTAAGAAGTTAGAGATTTTAAAAATAAATCAGTTTATTGAATCAATTCAAATAATTATAG
1 AAAAATTAAGAAACAAGAAATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCGAATCAATTCAAATAATCATAG
* * * *
15619703 CCATTTACACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTGTCATAAAAC
66 CCATTTACACAATTATCTATTTAAAATCATCATGAACTTTTATTTTATAATAAAAC
15619759 TATTGTTTTT
Statistics
Matches: 100, Mismatches: 17, Indels: 9
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Matches are distributed among these distances:
146 1 0.01
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ACGTcount: A:0.46, C:0.11, G:0.06, T:0.37
Consensus pattern (147 bp):
AAAAATTAAGAAACAAGAAATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCGAATCAATTCAAATAATCATAG
CCATTTACACAATTATCTATTTAAAATCATCATGAACTTTTATTTTATAATAAAACAAAGAAAAT
TACTTTATTAATATTTC
Found at i:15620146 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 15619624--15621417 Score: 1296
Period size: 181 Copynumber: 10.1 Consensus size: 180
15619614 AGAAAATTAC
* * * * ** *** *
15619624 TTTATTAATATT-TCAAAAATTAAGAAGTTAGAGATTTTAAAAATAAATCAGTTTATTGAATCAA
1 TTTATTAATATTAT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAA
* * * ** * *
15619688 TTCAAATAATTAT-AGCCATTT-ACACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTGT
65 TTCAAATAGTTATGA-CTATTTGA-ATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * *
15619751 CATAAAACTATTGTTTTTCTTTGCAT--AAGCCTA-T-----TAAAA-AATACTAA
128 CATAAAACAATTG-TTTT-GTT-CATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAA
* * * * * ** *
15619798 TTT-TTAATATT-CAAAAATTAA-GAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCGAATGAGT
1 TTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAAT
* ** * *
15619860 TCAAATAGTTATGACTATTTG-ATCAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGCCA
66 TCAAATAGTTATGACTATTTGAAT-AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * *
15619924 TAAAACAATTATTTATGTGCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATGCTAA
130 TAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
15619976 TCTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAACAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAAT
1 TTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAAT
* * * * * *
15620041 TCAAATAATTAAGATTATATGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCAT
66 TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * *
15620106 AAAACAAATGCTTTTCTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATACTAA
131 AAAACAATTG-TTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAA
* * * * * ** *
15620157 TCTACTAATATGT-CAAAAATTAATAAG----ATATTTAAAAAATAAATATGTACAACAAACCAA
1 TTTATTAATAT-TATAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAA
* ** * * * *
15620217 TTGAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTTAAATTGTTATGA-CTTTTTTTTTGTTA
65 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
15620281 TAAAATAATAGTTTATGTTCATATAAGCATATTCGGATTAAAATAATATTAA
130 TAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAA
* * * * * **
15620333 TTTATTAATATTTTGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTA-TGAA-CAAG
1 TTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAA-
* * * * * * *
15620396 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAGTAATTATGTATTTCAAATTACTT-TGACCTTTTCTTTTGTA
65 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATT-GTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * *
15620460 ATAAAATAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATAT--GATGTAAAATAATACTAA
129 ATAAAACAATTGTTTT-GTTCATACAAGCTTAT-TCGGA-ATAAAATAATACTAA
* * * * * * *
15620513 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAAAGAATTAAAAAA-AGA-TCGATTTACCGAACGAA
1 TTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTG-TTTACCAAACCAA
* * * *** * *
15620576 TTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATAATGACCTTTTATTTTGTCA
65 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
15620641 TAAAACAATTTGTTCTATTGATGCAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAA
130 TAAAACAA-TTGTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCGGAATAAAATAATACT-AA
* ***
15620693 TTTATTAATA-TATCAAAAATTAATAAGTAAAAGGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAGTGAA
1 TTTATTAATATTAT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAA
* * * * **
15620757 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTATTATAACATTTTGTTTTGTTG
65 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* *** *
15620822 TAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAAAATATTCAGAATAAAATAATACTAA
130 TAAAACAATTG-TTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAA
* * * ** *
15620874 TTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAACTAAATATGTTTACCATAGTAG
1 TTTATTAATATTAT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAA
* * * *
15620934 TTTAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATTGTTATGATC-TTTGTTTTGTCA
65 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * *
15620998 TAAAACAATTTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGAGTAAAATATTGCTAA
130 TAAAACAA-TTGTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAA
** * * * * * * **
15621050 ACTAATAATATTCT-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTGCCAAACCTGT
1 TTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAAT
* * *
15621114 TCAAATAGTT-TAGACTATTAGAA-AATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACCCTTTT-TTTAGTC
66 TCAAATAGTTAT-GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTC
* * **
15621176 ATAAAATAATTGTTTTAGCTT-GTA-AATGC-TATTCCAAAATAAAATAATACT-A
129 ATAAAACAATTGTTTT-G-TTCATACAA-GCTTATT-CGGAATAAAATAATACTAA
* * ** * *
15621228 TTCTATTAACATTCA-AAAAATTAATAAG--AAA-TTTTAAAAAATAAATTTGTTGGCCGAACAA
1 TT-TATTAATATT-ATAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCA
* * * * ** **
15621289 ATTCAGATAGTCATGTCTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTAT-ATCCTTTTGTTTAAT
64 ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CCTTTTGTTTTGT
* * * ** * *
15621353 GATAAAACAATTGTTTTCAGTTCATAAAAGCTTATGCAAAATAAAATAATATTAC
128 CATAAAACAATTGTTTT--GTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAA
15621408 TTTATTAATA
1 TTTATTAATA
15621418 GTTCAAAATT
Statistics
Matches: 1292, Mismatches: 258, Indels: 135
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.00
170 5 0.00
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173 8 0.01
174 3 0.00
175 16 0.01
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179 175 0.14
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181 277 0.21
182 10 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAAT
TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
AAAACAATTGTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAA
Found at i:15622100 original size:176 final size:174
Alignment explanation
Indices: 15621461--15624326 Score: 729
Period size: 180 Copynumber: 16.1 Consensus size: 174
15621451 TAAATCAGCC
* * *
15621461 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAACTTTT-TATTTGTCATAAAACAA-TAGTTTT
1 ATTTGAACAATTATATATTTCAAAT-ATTAT-ACCTTTTGT-TTTGTCATAAAACAATTA-TTTA
* * ** *
15621524 TCATCATATAAACCTAT-TTGGAATAAAATAATACTAATTT-TTAATACTTCA--AAAATTAATG
62 T-ATTA-ATACAGTTTTATTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT-ATGAAAATTAAT-
* * *
15621585 AGTAGAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TCAAACTAGTTTAAAAAGTTATGACT
122 A--AG-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAACTAGTTCAAATAGTTATAACT
* * * *
15621641 ATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTGTAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTATG
1 ATTTGAACAATTATATATTTCAAA-TATTAT-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATA
*** * * *
15621706 TTAATACA-AACTATTTAGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAACTTA
64 TTAATACAGTTTTA-TTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAAT-A---A
* * *
15621770 GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTA-AAGCT
124 GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATAA-CT
* * ** * * * * *
15621821 ATATGAATAATTATCCATTTTAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTA
1 ATTTGAACAATTATATATTTCAAAT-ATTAT-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATA
* * * ** *
15621886 TTCATTTA-AGTTTGT-TTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAGCATTTTGAAAATTAATAAGA
64 TT-A-ATACAGTTT-TATTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAAGA
* ** * * *
15621949 GATTTAAAAATTAAAAATCTTTACTAAACTAGTTCAATTAGTTATAACA
126 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATAACT
* * *
15621998 ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATATTATTCCTATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTAT
1 ATTTGAACAATTATATATTTCAAATATTATACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATAT
* * * * *
15622063 TGATACAGTTTTATTGGGAATAAATTAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAGC
65 TAATACAGTTTTATT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAAG-AG-
* * ** ** ** * * * *
15622128 AAATTTAGAAAATGAA-TCATTGGCTTGACCAGTGCAAATAATTATGA-T
127 --ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATAACT
* * * * * ** **
15622176 AATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATGGTTTCG
1 -ATTTGAACAATTATATATTTCAAAT-ATTAT-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTAT
*** * * * * * ***
15622241 ATCCGTACAAG-CTTATTCAGAACAACATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGA
63 ATTAATAC-AGTTTTATT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAAG-
* * * * * * * * * *
15622305 CAAATATTTAAAAACTAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATGGCTATGACT
125 ---AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATAACT
* * * * *
15622358 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-TGCTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCT
1 ATTTGAACAATTATATATTTCAAATAT--TAT-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTAT
* * *** * ** * *
15622422 ATTCATACAAGCTTTCA-AACAAT-TAATAAGTAAAAGATTT-TTAA-A-AAT-AAATATGT-TT
63 ATTAATAC-AG-TTTTATTGGAATAAAATAA-TACTA-ATTTATTAATATTATGAAA-AT-TAAT
* ** * * * * * ** *
15622480 ACTG-GA--T-AAATTTAAA-TAG-TTA-T-GACTATTTGAACAATTATTTATTTCA
122 A-AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTT---CAAATAGTTATAACT
* * * * * * ** * * * * *
15622529 AATTG--CTATGACATTTTGTCCTATCATAAAATA-TTTTTTTTTTGTTCATACAA-ATTTATTC
1 ATTTGAACAATTATATATT-T-C-A-AATATTATACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTATTT
*** * * * * * * * *
15622590 GGGTTAAAATAATATTATTTG-AT----TAATA-T--TTTGA--CA-ATTA--ATAAGT-A-AA-
61 ATATTAATACAGTTTTATTGGAATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTATGAAAATTAATAAG
* * * * * * *
15622639 AGATTTTAAAAATAAATATGTTTA-TCAAACAAGTTTAAGTAGTCATAATT
125 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAACTAGTTCAAATAGTTATAACT
* * * * * *
15622689 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTCGTCATAAAGCAA-T-TGTATC
1 ATTTGAACAATTATATATTTCAAAT-ATTAT-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTAT-
* * ** * * * *
15622752 AGTTCATATAGGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGT
63 A-TTAATACAGTTTTATT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAAGA
* ** * * * * * * * *
15622817 GATTTTAAATGTGAATCTATTTACCAAACAAATTCAGATAGTTATGACT
126 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATAACT
* * * * * * *
15622866 ATTTGAACAATTTTATATTTCAAATCATTATGACATTTTGCTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTG
1 ATTTGAACAATTATATATTTCAAAT-ATTAT-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATA
* * ** * * *
15622931 TTCATACAAG-CTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTTTTAATATTCA-AAAAATTAATAAGT
64 TTAATAC-AGTTTTA-TTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-ATGAAAATTAATAAG-
* * * * *
15622994 AAAGATTTAAAAAATATATTTATTTTCTAAAC-ATGCTCAAA-ATGTTATGACT
125 --AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTA-GTTCAAATA-GTTATAACT
* * * * * * *
15623046 GTTTGAGCAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTTATTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCT
1 ATTTGAACAATTATATATTTCAAATA-TTAT-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTATTTAT
* * ** * ** * * *
15623110 ATTCATAAAAATGTATTCAAAGTAAAATAATACTAGTTTAATAATATTCA-AAAAATTAATAAGT
63 ATTAATACAGTTTTATTGGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-ATGAAAATTAATAAG-
* * * * * * * *
15623174 AAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCTGAGCAAGTTAAAATAGTTATGACT
125 ---AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATAACT
* * * * ** * *
15623227 GTTTGAATAATTATTTATTTCAAGTAGTTATGATTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
1 ATTTGAACAATTATATATTTCAAATA-TTAT-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATA
* * *
15623292 TTCATATA-AG-TTTATTCGTAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGT
64 TT-A-ATACAGTTTTATT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATA---
* * * * ** * ** *
15623355 AGGAGATTTGAAAATTAAATCTATTTACCGAAC-ATGTTCATATA-TTCATGTCC
123 A-GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTA-GTTCAAATAGTT-ATAACT
* * * * * * *
15623408 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTCTG
1 ATTTGAACAATTATATATTTCAAA-TATTAT-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATA
** * *** * * * *
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* * * * * *
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126 GATTTAAAAA-ATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATAACT
* * * * * * * * * ** *
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1 ATTTGAACAATTATATATTTCAAAT-ATTAT-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATA
* * * * * *
15623650 TTCATTCAAG-CTTATTTGAATTAAAATAATACTAATTTAATAGTATT-TAGAAAATTAATAAGT
64 TTAATAC-AGTTTTATTGGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTAT-GAAAATTAATAAG-
* ** * *
15623713 ACAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTTGAACCAGTTCAAATAGTTA-AGACT
125 ---AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATA-ACT
* * *
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1 ATTTGAACAATTATAT-ATTTCAAATA-TTAT-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTAT
* ** * * *
15623829 AGTTCATATA-AG-CTTATTCAAAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCA-AAAAATTAATG
63 A-TT-A-ATACAGTTTTATT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-ATGAAAATTAAT-
* * *
15623891 AGTGAGAGATTT-AAAAA-AAATATGTTTACCAAA-TAAGTTCAAATAGATT-TGACT
122 A---AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACT-AGTTCAAATAG-TTATAACT
* * * * * *
15623945 ATTTCAATAATTATCTATTT-AAAGTCGTTGTGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTATTT-T
1 ATTTGAACAATTATATATTTCAAA-T-ATTAT-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTAT
* * *** *** * *
15624008 AGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG
63 A-TTAATACAGTTTTAT-TGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAT-GAAAATTAAT-A-
* ** ** * * *
15624072 TAGGAGATTTAAAAACTAAAGCTGTTTTTTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACT
123 -A-GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATAACT
* * * * * * *
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1 ATTTGAACAATTATATATTTCAAAT-ATTAT-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTAT-
* * * * *
15624190 ATCATATA-AG-CTTATTTGG-ATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTGCAAATTAATAAG
63 ATTA-ATACAGTTTTA-TTGGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAAG
* * * * * *
15624252 GGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACTGAACCAATTCAAATGGTTA-AGACT
125 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATA-ACT
** * *
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* *** * * ** * * * * **
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* ** *** * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * ** * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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** * * *
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* * * ** *
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* *
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* ** ** * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * **** * *
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* * * * * *
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66 TTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA
* * * *
15623830 GTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCAAAA
129 GTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA
* * * * *
15623883 AATTAATGAGTGAGAGA-TTTAAAAA-AAATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGATT-TGACT
1 AATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG-TTATGACT
* * * * * * * *
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* * * * *
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129 GTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAA
** * **** *
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1 AATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAA-TAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* ** * * * * *
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* * * * **
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* * * * * * *
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** *
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AATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
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TCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA
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* * * * *
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* * * * * ** * * * ** *** **
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* * * **
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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** * * *
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* ** * * **
15623586 ATCTAAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTCCTTT
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*
15623651 TCATTCAAGCTTATTTGAATT
514 TCATTCAAGCTTATTTGAATA
*
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** * ** * *
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63 TTACTGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAAAACAATTATTGATTTCAAATACCTCCAACCT
* ** * *
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128 ATGGTTTAGTCATAAAACAATT-TTTTAGTTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* *
15623867 TTATTAACATTCAAAAAATTAAT-GAGT-GAGAGATTT-AAAA-AAAATATGTTTACCAAATAAG
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* *
15623928 TTCAAATAGATT-TGACTATTTCAATAATTATCTATTT-AAAGTCGTTGTGACCTTTTGTTTTGC
255 TTC--ATAGATTATGACCATTTCAATAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTGC
* * *
15623991 CATAAAACAATTATTT-TAGTTCAT-AAAAACTTATCCAAA-ATAAAATAATACT-ACTTTATTA
317 CATAAAACAATTATTTCT-GTCCATGAAAAA-TTATCCAAAGAAAAAATAATACTGA-TCTATTA
* * **** * *
15624052 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAACTAAAGCTGTTTTTTGAACCAGTTCAAATA
379 ATATTTCAAAAATTAAT-A--A-GAGATTTAAAAACAAAAGATGTTTACCAAAACAATTCAAATA
* * * *
15624117 GTTATGACTATTTGAACAAATATAAATCTCGAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
440 GTTATGACTATCTAAACAAATATAAATCTCAAATCATTATGATCTTTATTTTGTCATAAAACAAT
* *
15624182 TGTTTCTGATCATAT-AAGCTTATTTGGATA
505 TGTTCCTGATCAT-TCAAGCTTATTTGAATA
* *
15624212 AAAATAATACTAATTTAATAATATTCT-GCAAATTAATAAG-GGATTTAAAAAATAAATGTGTTT
1 AAAATAATACTAATTTAATAATATT-TAGAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTT
* *
15624275 ACTGAACCAATTCAAATGGTTAAGACTATTAAAATAATTATCT-ATTTCAAAT-CGCTCCAACCT
65 ACTGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAAAACAATTAT-TGATTTCAAATAC-CTCCAACCT
* * *
15624338 ATGGTTTAGTCATATAATAATTTTTTCAGTTCATACAAGTTTATTC
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Statistics
Matches: 597, Mismatches: 96, Indels: 41
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Consensus pattern (534 bp):
AAAATAATACTAATTTAATAATATTTAGAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTA
CTGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAAAACAATTATTGATTTCAAATACCTCCAACCTATG
GTTTAGTCATAAAACAATTTTTTAGTTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
TAACATTCAAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTGAAAATAAAATATATTTACCAAACAAGTTCATA
GATTATGACCATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACA
ATTATTTCTGTCCATGAAAAATTATCCAAAGAAAAAATAATACTGATCTATTAATATTTCAAAAA
TTAATAAGAGATTTAAAAACAAAAGATGTTTACCAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATCTAAA
CAAATATAAATCTCAAATCATTATGATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTCCTGATCATTCA
AGCTTATTTGAATA
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* * * * * * *** *
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*** * ** * *
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* * * * * * *
15624553 TTAAATCCATTTACCTAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
130 ATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAAT
* * *
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* * * * *
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* * * * * *
15624732 AATAAATCCATTTACGAAACCAGTTTAAACAGTTAAGAGTATATGAATAAT
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* * * * * * *
15624783 TATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGCTCATACAAGCT
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*** * * * * * * *
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66 TATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * *
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* * * * * * * *
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* ** * *
15625026 TTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAGTAAGAGATTCAAA
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* * * * **
15625090 AAGTAAATCTGTTTA-CAAATCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAAT
128 AAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAAT
* * * * * * * * * * **
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* * * * * * *
15625206 TTATTCGAAATAAAATAATAATAATTTAATAATATTTCAAAACTTAAT-AGCTAAGAAAATT-AA
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* * * * * * * *
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* * * * * ** * * ** *
15625321 TATCTTTTTGAAATTGTTATCA-TTTTTTTTTGTCGTACGACAATTATTT-TATTTGTACTAGCT
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* * * * *
15625384 TATTTTGATTAAAATAATACTAATTTAATAACATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAG
66 TATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * * *
15625449 ATAAATTTGTTTACCGAATCAGTTCAAATGGTTAAGAC-ATTAGAATAAT
130 ATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAAT
* * * * * * *
15625498 TATCTATTTCAAGTCGATCTGA-CTTTTTTTATAATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAG
1 TATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTTTT-T-GTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAG
** * * * *
15625562 CTTATTCAGAATAAATTAAAACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAA
64 CTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AA
* * ** *
15625627 AAAATAAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAAT
127 AAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAAT
* * ** * * * * *
15625680 TGTCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGATTTGTCATAAGATAATTGTTTCAGTTAATACAAGC
1 TATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGC
** ** * * * *
15625745 TTAAATGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAGGTAAAAAATTTTAAA
65 TTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
** * * * * * * * * **
15625810 AATAAATCTATTTACTGAATCAATTAAAACAATTATGCCCATTTGAACGAT
129 AATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAAT
* * * *
15625861 TATCTATTTCAAATTAG-TATGACATTTTGTGTTGTCATAAAACAATTGCTTT-TGGTCATACAA
1 TATCTATTTCAAATT-GTTATAACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTGTTCATACAA
15625924 GCTTATT
63 GCTTATT
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Statistics
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TATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCT
TATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
TAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAAT
Found at i:15625177 original size:359 final size:355
Alignment explanation
Indices: 15624427--15627424 Score: 1315
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15624417 TTTAAACAAC
* * *
15624427 TATCTATTTCAAATAGTTATTACCTTTTGTTTATCATAAAACAATTATTTTTCAAC-C-TACAAG
1 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTATCATAAAACAATTA--TTTCAGCTCATACAAG
** * *
15624490 CTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTGCTAATATTTTAAGAA--T-TAA-TCAA-AGATTTAA
64 CTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAACATTTCAA-AATTTATAAGT-AAGAGATTTAA
* * * *
15624550 AAATTAAATCCATTTACCTAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
127 AAA-TAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * *
15624615 ATTGTTATAACCTTTTTTTCTATCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATTTGGAAT-
191 ATTGTTATAA-CTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTAATACAAGCTTATTTGGAATA
* * * * * **
15624679 AAATAATGCTAACTTAATAATATTCTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCATT
255 AAATAATACTAATTTAATAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTAAAAAGTAAATCTGTT
* * * *
15624744 TACGAAACCAGTTT-AAACAGTTAAGAGTATATGAATAAT
318 TAC-AAATCA-TTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAAT
* * * *
15624783 TATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGCTCATACAAGCT
1 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTATCATAAAACAATTATTTCAGCTCATACAAGCT
* *
15624848 TATTCAAAATAGAATAAAACTAATTTATTAACATTTCAAATTTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAA
66 TATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAACATTTCAAAATTTATAAGTAAGAGATTTA-AAAA
* * * * *
15624913 TAATTCTATTAACCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTGTTTATTCCAAATCT
130 TAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-T
* * * * **
15624978 -TTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTA-TTCAAATAAAA
194 GTTATAACTTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTAATACAAGCTTATTTGGAATAAAA
* *
15625041 TAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAGTAAGAGATTCAAAAAGTAAATCTGTTTAC
258 TAATACTAATTTAATAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATT-AAAAAGTAAATCTGTTTAC
**
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321 AAATCATTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAAT
* * * * * ** *
15625141 TATCTCTTTCAAATCGTTATCACCTTCTAT-TTTGTCATCAAACGATTGGTT-ATG-TCCATACT
1 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT-T-TGTTTATCATAAAACAATTATTTCA-GCT-CATACA
** * * * * * *
15625203 ATTTTATTCGAAATAAAATAATAA-TAATTTAATAATATTTCAAAACTTA-ATAGCTAAGAAAAT
62 AGCTTATTCAAAATAAAATAA-AACTAATTTATTAACATTTCAAAATTTATA-AG-TAAGAGATT
* * * * * * ** *
15625266 TAAAAGTAAATCTAATTGCCTAACTAGTTCAAATAGCTA-AGACTATATGAATGATTATCTTTTT
124 TAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * ** * * ** * * *
15625330 GAAATTGTTATCA-TTTTTTTTTGTCGTACGACAATTATTT-TATTTGTACTAGCTTATTTTGAT
188 CAAATTGTTATAACTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTAATACAAGCTTATTTGGAA
* * *
15625393 TAAAATAATACTAATTTAATAACATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAGATAAATTTG
253 TAAAATAATACTAATTTAATAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAG-TAAATCTG
* * * *
15625458 TTTACCGAATCAGTTCAAATGGTTAAGAC-ATTAGAATAAT
316 TTTA-CAAATCATTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAAT
* * * * * *
15625498 TATCTATTTCAAGTCGATCTGA-CTTTTTTTATAATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAG
1 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT-T-ATCATAAAACAATTATTTCAGCTCATACAAG
* * * * *
15625562 CTTATTCAGAATAAATTAAAACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAA
64 CTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAACATTT-CAAAATTTATAAGTAAGAGATTT--A
* * * * *
15625627 AAAATAAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAA
126 AAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
** ** * * * **
15625692 ATCATTATAACCTTTTGATTTGTCATAAGATAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTAAATGGAATA
191 ATTGTTATAA-CTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTAATACAAGCTTATTTGGAATA
* ** * * * *
15625757 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAGGTAAAAAATTTTAAAAA-TAAATCTAT
255 AAATAATACTAATTTAATAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGA--TTAAAAAGTAAATCTGT
* * * * * * * * **
15625821 TTACTGAATCAATTAAAACAATTATGCCCATTTGAACGAT
317 TTAC-AAATCATTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAAT
* * * * * *
15625861 TATCTATTTCAAATTAG-TATGACATTTTGTGTTGTCATAAAACAATTGCTTT-TGGTCATACAA
1 TATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGT-TTATCATAAAACAATT-ATTTCAGCTCATACAA
* ** * **
15625924 GCTTATTCGAAAATAACTATTTTTGAACATAGAAGCTTATT--CGGTT-AAAA---ATAA-T-AG
63 GCTTATTC-AAAATAA--A--ATAAAAC-T--AA-TTTATTAACATTTCAAAATTTATAAGTAAG
* * * ** * * ** ** * * * *** *
15625981 AAATTTTATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATTAATGTGTTTGTTGAACC
119 AGATTTAAAAATAAATC--TATTTACCAA--ACTAG-TTCAAATAGTT-ATAACTAT-TTGAA-C
* * * *
15626046 AAATCAAATAGGTAAAACTA-TTAAAATAGTTATCTATTTCCAATTGCTTTGGCATTTTGTTTAG
176 -AAT----TA--T----CTATTTCAAATTGTTA--TA-----ACTT--TTT----TTTTG-TCA-
* * * * * * *** * *
15626110 TCATA-AAATATTTGT-TTCATATCTTACAAGTTTATTCAAAATAAAATAAT-CCAATTTTATTA
215 TAAAACAATTGTTTCTGTT-A-A---TACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA-TTTAATA
* * * * *
15626172 ACATTCAAAAAATTAATAAGAAAAAGATTTGAAAAA-TAAATATGTTTATCAAA-CAAGTTT-AA
274 ATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TT-AAAAAGTAAATCTGTTTA-CAAATC-A-TTTCAA
* *
15626234 ATAGTTATGACTATTTGAACAAT
333 ATAGTTAAGACTATTTGAATAAT
* * * * * * *
15626257 TATTTATTTAAAATCATTATCACCTTTTGTTT-TGAAATAAAACAATTGTTTCAGCTCATAAAAG
1 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAT--CATAAAACAATTATTTCAGCTCATACAAG
* * * * * * * * * *
15626321 CTTATCCAAAATAAAACAATACTAGTTTCTTAATATTTTGAAAATTAATAAGCAAGAG-TTAAAA
64 CTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAACA-TTTCAAAATTTATAAGTAAGAGATT-TAA
* * ** * * * * * *
15626385 AAATAAATTTGTTTACTGAACAAATTC-AATAGTTACAACTATTTGAATAATTATCTATCTAAAA
127 AAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
** * * * * * ***
15626449 TCATTATGACATTTTGTTTTCTCATAAAACAATTATTT-TAGTTTATACAAGCTTATTCAAAATA
192 TTGTTATAAC-TTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTAATACAAGCTTATTTGGAATA
* * * * * *
15626513 AAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAACTTAATAAGTTAA-TGTTTAAAAAATAAATCTATT
255 AAATAATACTAATTTAATAATATTT-AAAAATTAATAAG-TAAGAGATTAAAAAGTAAATCTGTT
* * * * * * *
15626577 TACCAAATCAGTTCAAATAATTATGTCCATTTCAACAAT
318 TA-CAAATCATTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAAT
* * * * * * * * **** *
15626616 TATCTATTTTAAATCATTATTACCTTTTTTTTGGTCACATAACAATTGTTTTTTATCATTA-TAG
1 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT-ATCATAAAACAATTATTTCAGCTCA-TACAAG
* * * *
15626680 TTTTTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATC-TTTCAAAA-AT-TAA-TAAGAGATTTCAA
64 CTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAA-CATTTCAAAATTTATAAGTAAGAGATTT-AA
* * * * * * *
15626741 AAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATACTTT-AA
127 AAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAA
* * * * * * * *
15626805 ATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATAAAAGTTTATTTGAAATA
191 ATTGTTATAA-CTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTAATACAAGCTTATTTGGAATA
* * * * *
15626870 AAATAATACTAATATAATAATATTCTAAAAATGAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
255 AAATAATACTAATTTAATAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTAAAAAGTAAATCTGTT
* * ** * * * *
15626935 TGTCGAA-CTAGCTCAAATAGTTGAGAGTGTATGAATAAT
318 T-ACAAATC-ATTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAAT
* * * * ***
15626974 TATCTATTTCAAATCATT-T----TTAT-TTTATCATAAAACAATTTTTTCTA-TTCATGTTAGC
1 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTATCATAAAACAATTATTTC-AGCTCATACAAGC
* *** * * * * *
15627032 TTTTTTGGAATACAATAAAA-TGAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAA
65 TTATTCAAAATAAAATAAAACT-AATTTATTAACATTTC-AAAATTTATAAGTAAGAGATTT-AA
* * * * * * * *
15627096 AAATAATTTTGTTTACCTAACCAGTTCAAATAATTCTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
127 AAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
** ** * * * * * * * * * *
15627161 TCATTATGTCCCTTTGTTTTGTCATTAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCGGAAT-A
192 TTGTTAT-AACTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTAATACAAGCTTATTTGGAATAA
* * * * * *
15627225 AATAATACTAATCTATTGATATTTCAAAAATTAATAAG--ATA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTA
256 AATAATACTAATTTAATAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAGTAAATCTGTTTA
* * * *
15627287 TCAAA-CTAGTT-AAATAGTTATGACTACTT-AAGCAAT
320 -CAAATC-ATTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAA-TAAT
* * * * * * * *
15627323 TATTTATTTTAAATCGTTACGACTTTTTGTTCTCTTATAAAACAA-TAGTTTCTGTTCATACAAG
1 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT-TATCATAAAACAATTA-TTTCAGCTCATACAAG
* * * ** * *
15627387 CATGTGCGGATTAAAATAAAACTAATTTATTAATATTT
64 CTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAACATTT
15627425 TGACAATTAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (355 bp):
TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTATCATAAAACAATTATTTCAGCTCATACAAGCT
TATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAACATTTCAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAT
AAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGT
TATAACTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTAATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAA
TACTAATTTAATAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAGTAAATCTGTTTACAAATC
ATTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAAT
Found at i:15626467 original size:179 final size:180
Alignment explanation
Indices: 15626180--15626935 Score: 473
Period size: 179 Copynumber: 4.2 Consensus size: 180
15626170 TAACATTCAA
** * **
15626180 AAAATTAATAAGAAAAAGATTTGAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTTAAATAGTTATGAC
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* * * * *
15626245 TATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATCACCTTTTGTTTTGAAATAAAACAATTGTTTCA
66 TATTTGAACAATTATCTATCTAAAATCATTATCACATTTTGTTTTCAAATAAAACAATTATTTCA
* *
15626310 GCTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAACAATACTAGTTT-CTTAATATTTTG
131 GCTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAACAATACTAATTTAC-TAATA-TTTC
* * * * *
15626361 AAAATTAATAAGCAAGAG-TTAAAAAAATAAATTTGTTTA-CTGAACAA-ATTCAATAGTTACAA
1 AAAATTAATAAGAAAAAGATTAAAAAAATAAATATGTTTATC-AAACAAGATTAAATAGTTACAA
* * ** *
15626423 CTATTTGAATAATTATCTATCTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTCTCATAAAACAATTATTTT
65 CTATTTGAACAATTATCTATCTAAAATCATTATCACATTTTGTTTTCAAATAAAACAATTATTTC
* * * * *
15626488 AGTTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTC
130 AGCTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAACAATACTAATTTACTAATATTTC
** * * * * * * *
15626539 AAAACTTAATAAGTTAATG-TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATC-AG-TTCAAATAATTAT
1 AAAA-TTAATAAGAAAAAGATTAAAAAAATAAATATGTTTATCAAA-CAAGATT-AAATAGTTAC
** * * * * * * * * *
15626601 GTCCATTTCAACAATTATCTATTTTAAATCATTATTACCTTTTTTTTGGTCACAT--AACAATTG
63 AACTATTTGAACAATTATCTATCTAAAATCATTATCACATTTTGTTT--TCAAATAAAACAATTA
**** * * * * * * * *
15626664 TTTTTTATCATTATAGTTTTTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTC
126 TTTCAGCTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAACAATACTAATTTACTAATATTTC
** * * * **
15626719 AAAAATTAATAAG----AGATTTCAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAA-TTTAAATAGTTATG
1 -AAAATTAATAAGAAAAAGATTAAAAAAATAAATATGTTTATCAAA-CAAGATTAAATAGTTACA
* * * * * * ***
15626779 ACTATTTGAACAATTGTATA-CTTTAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATT
64 ACTATTTGAACAATTATCTATC-TAAAATCATTATCACATTTTGTTTTCAAATAAAACAATTATT
* * *** * * * *
15626843 TCTA-TTCATAAAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTCTA
128 TC-AGCTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAACAATACTAATTTACTAATATT-TC
* ** * * *
15626897 AAAATGAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
1 AAAATTAATAAGAAAAAGATTAAAAAAATAAATATGTTT
15626936 GTCGAACTAG
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Consensus pattern (180 bp):
AAAATTAATAAGAAAAAGATTAAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGATTAAATAGTTACAAC
TATTTGAACAATTATCTATCTAAAATCATTATCACATTTTGTTTTCAAATAAAACAATTATTTCA
GCTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAACAATACTAATTTACTAATATTTC
Found at i:15626692 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 15626137--15627337 Score: 616
Period size: 180 Copynumber: 6.7 Consensus size: 178
15626127 CATATCTTAC
* * *
15626137 AAGTTTA-TTCAAAATAAAATAAT-CCAATTTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGAAAAAGA
1 AAGTTTATTTCAAAATAAAATAATACTAA-TTTAATAATATTTC-AAAAATTAATAAG----AGA
* * * * * * * * *
15626199 TTTGAAAAATAAATATGTTTATCAAA-CAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTA
60 TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAA-TTCAAATAATTATGACCATTTCAACAATTATATA
* ** * * *
15626263 -TTTAAAATCATTATCACCTTTTGTTTTGAAATAAAACAATTGTTTC-AGCTCATAA
124 CTTT-AAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTATTTCTA-TTCATAA
* * * * ** ** *
15626318 AAGCTTA-TCCAAAATAAAACAATACTAGTTTCTTAATATTTTGAAAATTAATAAGCAAGAGTTA
1 AAGTTTATTTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG--AGA-TTT
* * ** * * ** * * * *
15626382 AAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAATTC-AATAGTTACAACTATTTGAATAATTATCTA-TCT
63 AAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAATTATGACCATTTCAACAATTATATACT-T
* * * * * * *
15626445 AAAATCATTATGACATTTTGTTTTCTCATAAAACAATTATTT-TAGTTTATAC
127 TAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTATTTCTA-TTCATAA
* * *
15626497 AAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAACTTAATAAGTTA-ATGTT
1 AAGTTTATTTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG--AGA--TT
* * * * *
15626560 TAAAAAATAAATCTATTTACCAAATCAGTTCAAATAATTATGTCCATTTCAACAATTATCTATTT
62 TAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAATTATGACCATTTCAACAATTATATACTT
* * * * *
15626625 TAAATCATTATTACCTTTT-TTTTGGTCACATAACAATTGTTT-TTTATCATTA
127 TAAATCATTATAACCTTTTGTTTT-GTCACAAAACAATTATTTCTAT-TCATAA
* * * *
15626677 TAGTTT-TTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGAGATTTCAA
1 AAGTTTATTTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAA
* * * * * *
15626741 AAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATACTTTAAA
66 AAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAATTATGACCATTTCAACAATTATATACTTTAAA
* *
15626806 TTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATAA
131 TCATTATAACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTATTTCTATTCATAA
* *
15626854 AAGTTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATATAATAATA-TTCTAAAAATGAATAACTAAGAGAT
1 AAGTTTATTTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAAT---TAA-TAAGAGAT
* * ** * * ** * *** * * * *
15626917 TTAAAAAATAAATTTGTTTGTCGAACTAGCTCAAATAGTTGA-GAGTGTATGAATAATTATCTA-
61 TTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAATT-ATGACCATTTCAACAATTATATAC
* * * * **
15626980 TTTCAAATC---AT----TTTTATTTTATCATAAAACAATTTTTTCTATTCATGT
125 TTT-AAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTATTTCTATTCATAA
* ** * * * *
15627028 TAGCTTT-TTT-GGAATACAATAA-AATGAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGA
1 AAG-TTTATTTCAAAATAAAATAATACT-AATTTAATAATATTTCAAAAATT-A-A--TAAGAGA
* * * * * * * * *
15627090 TTTAAAAAATAATTTTGTTTACCTAACCAGTTCAAATAATTCTGACTATTTGAACAATTATCTA-
60 TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAATTATGACCATTTCAACAATTATATAC
** * ** * * * * *
15627154 TTTCAAATCATTATGTCCCTTTGTTTTGTCATTAAACAAATGTTTTTGTTCATAT
125 TTT-AAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTATTTCTATTCATAA
* ** * * * *
15627209 AAGTTT-GTTCGGAAT-AAATAATACTAATCTATTGATATTTCAAAAATTAATAAGATATTTAAA
1 AAGTTTATTTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAA
* * * * * * * * *
15627272 AAATAAATCTGTTTATCAAACTAGTT-AAATAGTTATGACTACTT-AAGCAATTATTTATTTTAA
66 AAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAATTATGACCATTTCAA-CAATTATATACTTTAA
15627335 ATC
130 ATC
15627338 GTTACGACTT
Statistics
Matches: 818, Mismatches: 161, Indels: 88
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
171 1 0.00
172 1 0.00
173 3 0.00
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182 5 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
AAGTTTATTTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAA
AAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAATTATGACCATTTCAACAATTATATACTTTAAA
TCATTATAACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTATTTCTATTCATAA
Found at i:15627051 original size:536 final size:526
Alignment explanation
Indices: 15626137--15627337 Score: 1243
Period size: 536 Copynumber: 2.2 Consensus size: 526
15626127 CATATCTTAC
* *
15626137 AAGTTTATTCAAAATAAAATAAT-CCAATTTTATTAA-CATTCAAAAAATTAATAAGAAAAAGAT
1 AAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATCTTTC-AAAAATTAATAAG----AGAT
* * *
15626200 TTGAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATT
60 TTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAA-TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATT
* *
15626265 TAAAATCATTATCACCTTTTGTTTTGAAATAAAACAATTGTTTCAGCTCATAAAAGCTTATCCAA
124 TAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGAAATAAAACAATTATTTCAGCTCATAAAAGCTTATCCAA
* * ** * * *
15626330 AATAAAACAATACTAGTTTCTTAATATTTTGAAAATTAATAAGCAAGAGTTAAAAAAATAAATTT
189 AATAAAACAATACTAATATAATAATATTCTAAAAATGAATAAGCAAGAGTTAAAAAAATAAATTT
* *
15626395 GTTTACTGAACAAATTCAATAGTTACAACTATTTGAATAATTATCTATCTAAAATCATTATGACA
254 GTTTACTGAACAAACTCAATAGTTACAACTATATGAATAATTATCTATCTAAAATC--TAT---A
* * * *
15626460 TTTTGTTTTCTCATAAAACAATTATTTTAGTTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT-AATACTA
314 TTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTAAAAATAAAATGAAT-CT-
* * *
15626524 ATTTACTAATATTTCAAAACTTAATAAGTTAA-TG-TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATCA
377 A--T--TAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCA
* * *
15626587 GTTCAAATAATTATGTCCATTTCAACAATTATCTATTTTAAATCATTAT-TACCTTTTTTTTGGT
437 GTTCAAATAATTATGACCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGTACCTTTGTTTT-GT
*
15626651 CACAT-AACAATTGTTTTT-TATCAT-T
501 CA-ATAAACAAATGTTTTTGT-TCATAT
* *
15626676 ATAGTTTTTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGAGATTTCAA
1 A-AGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAA
* *
15626741 AAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATACTTT-AA
65 AAATAAATCTGTTTATCAAA-CAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATA-TTTAAA
* ** * * ***
15626805 ATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATAAAAGTTTATTTGAAAT
128 ATCATTATAACCTTTTGTTTTGAAATAAAACAATTATTTC-AGCTCATAAAAGCTTATCCAAAAT
* *
15626869 AAAATAATACTAATATAATAATATTCTAAAAATGAATAA-CTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
192 AAAACAATACTAATATAATAATATTCTAAAAATGAATAAGC-AAGAG-TTAAAAAAATAAATTTG
* * * * * * * *
15626933 TTT-GTCGAACTAGCTCAAATAGTTGA-GAGTGTATGAATAATTATCTATTTCAAATC-AT-TTT
255 TTTACT-GAACAAACTC-AATAGTT-ACAACTATATGAATAATTATCTATCTAAAATCTATATTT
* *** *
15626994 TATTTTATCATAAAACAATTTTTTCTA-TTCATGTTAGCTTTTTTGGAATACAATAAAATGAATC
317 TATTTTATCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATACAAGC-TTATT--AA-A-AATAAAATGAATC
* * * * *
15627058 TATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCTAACCAGTTC
376 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTC
* * * * *
15627123 AAATAATTCTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGTCCCTTTGTTTTGTCATTA
441 AAATAATTATGACCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGTACCTTTGTTTTGTCAATA
15627188 AACAAATGTTTTTGTTCATAT
506 AACAAATGTTTTTGTTCATAT
* ** * * * *
15627209 AAGTTTGTTCGGAAT-AAATAATACTAATCTATTGATATTTCAAAAATTAATAAGATATTTAAAA
1 AAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAA
* * * * *
15627273 AATAAATCTGTTTATCAAACTAGTTAAATAGTTATGACTACTT-AAGCAATTATTTATTTTAAAT
66 AATAAATCTGTTTATCAAACAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATATATTTAAAAT
15627337 C
130 C
15627338 GTTACGACTT
Statistics
Matches: 558, Mismatches: 78, Indels: 61
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
529 5 0.01
530 36 0.06
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535 5 0.01
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541 7 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (526 bp):
AAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAA
AATAAATCTGTTTATCAAACAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATC
ATTATAACCTTTTGTTTTGAAATAAAACAATTATTTCAGCTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAA
CAATACTAATATAATAATATTCTAAAAATGAATAAGCAAGAGTTAAAAAAATAAATTTGTTTACT
GAACAAACTCAATAGTTACAACTATATGAATAATTATCTATCTAAAATCTATATTTTATTTTATC
ATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTAAAAATAAAATGAATCTATTAATATTTCAAA
AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACCA
TTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGTACCTTTGTTTTGTCAATAAACAAATGTTTTTGT
TCATAT
Found at i:15627067 original size:174 final size:174
Alignment explanation
Indices: 15626460--15627165 Score: 423
Period size: 174 Copynumber: 4.0 Consensus size: 174
15626450 CATTATGACA
* * * * * ** *
15626460 TTTTGTTTTCTCATAAAACAATTATTT-TAGTTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
1 TTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATAAAAGTTTATTTGAAATAAAATAATAATA
* * * * * * * * * *
15626524 ATTTACTAATATTTCAAAACTTAATAAGTTAA-TG-TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATCA
65 ATATAATAATATTTCAAAAATGAATAA-CTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCA
* * * * * *
15626587 GTTCAAATAATT-ATGTCCATTTCAACAATTATCTATTTTAAATCATTAT
129 GCTCAAATAATTCA-GACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATC---AT
* * * * * * * * *
15626636 TACCTTTTTTTTGGTCACATAACAATTGTTT-TTTATCATTATAGTTT-TTTCAAAATAAAATAA
1 T---TTTATTTT-ATCATAAAACAATTATTTCTAT-TCATAAAAGTTTATTT-GAAATAAAATAA
* * * * * * *
15626699 TACTAATTTATTAATCTTTCAAAAAT---TAA-TAAGAGATTTCAAAAATAAATCTGTTTACCAA
60 TAATAATATAATAATATTTCAAAAATGAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGA
** * * * * * * *
15626760 ACCAATTTAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTGTATACTTTAAATTATTAT
125 ACCAGCTCAAATAATTCA-GACTATATGAACAATTATCTA-TTTCAA--ATCAT
* *
15626813 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATAAAAGTTTATTTGAAATAAAATAATA
1 ----TTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATAAAAGTTTATTTGAAATAAAATAATA
* **
15626878 CTAATATAATAATA-TTCTAAAAATGAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCGAA
62 ATAATATAATAATATTTC-AAAAATGAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA
* * * * * *
15626942 CTAGCTCAAATAGTTGAGAGTGTATGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
126 CCAGCTCAAATAATTCAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* *** * *
15626991 TTTTATTTTATCATAAAACAATTTTTTCTATTCATGTTAGCTTT-TTTGGAATACAATAA-AATG
1 TTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATAAAAG-TTTATTTGAAATAAAATAATAAT-
* * * ** * *
15627054 AATCTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCTAACCA
64 AATATAATAATATTTCAAAAATGAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCA
* * *
15627119 GTTCAAATAATTCTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
129 GCTCAAATAATTCAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
15627165 T
1 T
15627166 ATGTCCCTTT
Statistics
Matches: 420, Mismatches: 84, Indels: 54
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
173 2 0.00
174 137 0.33
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176 5 0.01
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179 10 0.02
180 67 0.16
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182 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (174 bp):
TTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATAAAAGTTTATTTGAAATAAAATAATAATAA
TATAATAATATTTCAAAAATGAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAGC
TCAAATAATTCAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
Found at i:15628634 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 15627507--15629276 Score: 1221
Period size: 181 Copynumber: 9.8 Consensus size: 180
15627497 AATAATTATC
* *
15627507 TATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA-AGCTAATTTATTAATATTTCAAAACTT
1 TATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTT-AAAAATT
* * * * * * * *
15627571 AATAAGT----GATTTAAAAAGTGAATTTGTTTAATGAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATATC
64 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTG
* * * ** * *
15627632 AACAATTATCTATTTCAAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTACCATATAAGAAT
129 AACAATTATCTTTTTC-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* ** * * * * *
15627685 TGTATTT-GAACATTCAAGCTTATTCAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATCTTTCAAAAGTT
1 TAT-TTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATT
* * *** *
15627749 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCGATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
64 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTG-TTTATTGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTT
* *** * * *
15627813 GAACAATTGTAAACTTT-AAATTGTTATAACCTTTTG-TTCGATCATAAAACAAT
128 GAACAATTAT-CTTTTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAAT
* * * * * * * *
15627866 TATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAACACTAGTATAATAATATTCCAAAAATTA
1 TATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTA
* * * * * * * * ** *
15627931 ATAACTAATAGAATTAAAATATAAATTTGTTTGTTGAACCAATT-AAATATTTAAAACTATATGA
65 ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGA
* *
15627995 ACAATTATCTATTTT-AAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-TAT
130 ACAATTATCT-TTTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * * * *
15628045 GTTTTGTTGAATTCATACCAGCTTTTTTGGAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAA
1 -TATT-TT-AGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT-AAAA
* * *
15628109 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTATTTACCT-AACTAGTTCAAATAATTATGACT
61 ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTA-TTGAACTAGTTCAAATAATTATGACT
* * * * *
15628172 TTTTGAACAATTATATATTTT-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAA
124 ATTTGAACAATTATCT-TTTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * * * * *
15628229 TATTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCGAAATAAAGTAATAATAATCTATTAAT-TTAAAAAATTAA
1 TATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAA
* * ** * * * *
15628293 TAAG----AGATTTAAAAAATAATTTTGTTTGTCAAACTAGTTTAAATAGTCATGAATATTT-AA
66 TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAA
* * * * * *
15628353 GCAATTAT-TTATTTCAAATCATTATGACTTTTTATTCTGTTAGAAAACAA-
131 -CAATTATCTT-TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * *
15628403 TAGTTTCTA-TTCATACAAGCTAATT-TAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAATAA
1 TA-TTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAA-AA
* * * *
15628466 TTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTATTGAACTAGATCAAATAATCATGACTATT
62 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATT
** * *
15628531 TGAATTATTATCTTTTTACAAATCGTTATGACCTTTTTTTTTTGTCATAAAAGAAT
127 TGAACAATTATCTTTTT-CAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * *
15628587 TATTTTAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-ATTTATTAATAATCTAAAAATTA
1 TATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTTAAAAATTA
* * ** * * * * *
15628651 ATAA-TAAAGAGATCTAAAAAATGAAGCTATTTACTGAA-TAAATTTAAATAATTATGACTGTTT
65 ATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACT-AGTTCAAATAATTATGACTATTT
* * * * * * ** *
15628714 GAATAATTATCTATTTGAAATAGGTATAACCTTTTGTTTCATCATAAAAGAATTT
128 GAACAATTATCTTTTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA--T
* * * *
15628769 TTTTTTTGTTTATCCAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TTAAGACAA
1 TATTTTAGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTAA-A-AA
* * * ** **
15628831 TTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAAA-AAA-TTGTTT-GT-AAATAAGTTCAAATTGTTATGTTTA
62 TTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACT-AGTTCAAATAATTATGACTA
* * * ** *
15628892 TTTGAGCAATTAT-TTATTTCAACTTGTTATGATTTTTTGTTTTATCATAAAACAAT
125 TTTGAACAATTATCTT-TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * * *
15628948 TATTTCTA-TTCGTACAAGTTTATTCGAATTAAAATAATATTAATTTTATAAATATTTTAACAAT
1 TATTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATA-TTTAAAAAT
* ** * * *
15629012 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATTAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATT
63 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA-TAAATTTGTTTATTGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATT
* * * * *
15629077 TGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-TTTTGTAATAAAACACT
127 TGAACAATTATCTTTTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * * *
15629130 TGTTTCAGTTCATATAAGCTTATAT-GAAGTAAGATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATT
1 TATTTTAGTTCATACAAGCTTAT-TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATT
* * * * * * * * * * *
15629194 AATGAGTAAGAGAATTAAAAAA-ATATATGTTTATCGAA-TAAATTTAAATAGTTATGATTATCT
64 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACT-AGTTCAAATAATTATGACTATTT
*
15629257 GAACAATTATCTATTTCAAA
128 GAACAATTATCTTTTTCAAA
15629277 ACATTATATC
Statistics
Matches: 1249, Mismatches: 268, Indels: 149
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
173 1 0.00
174 9 0.01
175 111 0.09
176 9 0.01
177 10 0.01
178 63 0.05
179 105 0.08
180 112 0.09
181 314 0.25
182 307 0.25
183 190 0.15
184 18 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAA
TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAA
CAATTATCTTTTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
Found at i:15630265 original size:181 final size:176
Alignment explanation
Indices: 15629588--15636241 Score: 2743
Period size: 180 Copynumber: 37.3 Consensus size: 176
15629578 ATTTTATTAA
* * ** * ** *
15629588 AATAAAATTATTCTAATTTATTAGCATTCTAAAAATTAATAAGTTTGAAATTTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-GAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * *
15629653 TATTTTTCGAAA-AGTTCAAATAGTTATG-TCTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTGTAATT
65 T-GTTTACCAAACAATTTAAATAGTTATGAT-TATTTGAACAATTATCTA-TTCAAATCG---TT
* * ** *
15629716 ATA-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATGTTT-GTTCATGCAAAATTATTAAG
124 AGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT-TTTAGTTCATACAAGCTTATTCAG
* * * *
15629768 AATAAAATAATACTGATCTATTAATATTTTGATAA-T--TAA-TAAGAGATTT-AAAAATGAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAAT
* * * * * * *
15629828 CTATTTACTGAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTTTCTATCTCAAATCTTTATG
64 CTGTTTAC-CAAACAATTTAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTAT-TCAAATCGTTA-G
* * * **
15629893 A-TCTTT-ATTTGTCAAAAAAATAATT-TTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCA-
126 ACT-TTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTATTTT-AGTTCATACAAGCTTATTCAG
* * * *
15629943 ATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTC-CAAA--AA-AA-TAAGTGATTTAAAAAATAAA-CG
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-
* * * * * * *
15630002 TGTTTGCCGAACCAATTCAAATAGTTAAGATTATTAGAACAATTATATATTTGAAATCGTTTTAG
65 TGTTTACC-AAACAATTTAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTA-TTCAAATCG--TTAG
* * *
15630067 CCTTTT-TTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCACACAAGCTTATTCAG
126 ACTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAG
* *
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* * * * * *
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*
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* * * * * *
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* * *
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* * ** ** *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCGAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * *** * * * * * * * * *
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64 CTGTTT-ACCAAACAATTTAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTA-TTCAAATCGTTA-G
* * * * * * *
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126 ACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATAC-AAGCTTATTCAG
* * * * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-GAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
** * * * * * * ** * * * *
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* * * * * *
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127 C-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAG
* * * * ** *
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1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * *
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64 CTGTTTACCAAA-CAATTTAAATAGTTATGATTATTTGA-ACAATTATCTA-TTCAAATCGTTA-
* * * * ** * * *
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125 GAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAG
** * * *
15631552 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * ** * * * * *
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65 TGTTTACCAAAC-AATTTAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTA-TTCAAATCGTTA-GA
* * * * * *
15631682 CCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTA-TTTATACTAA-TTTATTCAG
127 -CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTTAGTTCATAC-AAGCTTATTCAG
* * * * ** * * *
15631733 AAGAAAATAATGCAAATTTAATAATATTTC-AAAACTTAATAACCAGGAAAATTAAAAAA-AAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCGAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *** * *
15631796 CTAATTGT-CGAACCAATTTAAATAGTTAAGACTATATGAATGGTTATCTATTTTAAATTGTTAT
64 CT-GTT-TACCAAACAATTTAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTA-TTCAAATCGTTA-
* * * * **
15631860 GAGCTTTTCTTTTGTCACAAAATAATTGTTTT-GTTTGTACAAGCTTATTCAG
125 GA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAG
* * *
15631912 ATTAAAATAATACTAATTT-TGTAATATTTC-ATAAATTAATAAGAAAGAAATTTAAAAAATAAA
1 AATAAAATAATACTAATTTAT-TAATA-TTCGA-AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * * *
15631975 TTTGTTTATCTAATC-ATTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATTTACTTCAAATCATTC
63 TCTGTTTA-CCAAACAATTT-AAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTA-TTCAAATCGTT-
* * * * * * * *
15632039 TGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACTATTGTTTCAATTCACACAAGCTTATTTAG
124 AGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAG
* ** * *
15632093 AATAAATTAATACTAATTTATTAGCATTCCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * *
15632158 TATTTACCGAACAAGTTAAATAGCTATTATTATTTG---ATTTGTC-A-T--AA-C--T----TT
65 TGTTTACCAAACAATTTAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTCAAATCGTTAGACTT
** * * * * * * *** * *
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130 TTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TATT--TTAGTTCATA-C-AAG-CTTATTCAG
* * * ** * * *
15632261 AATAATACTAAT--TTA-TTAAT-AT-TTCCTAAATTAATAAGTAAGAAATCTAAAAAATAAATA
1 AATAA-AATAATACTAATTTATTAATATTCGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * ** *
15632321 TGTTAACCAAATTAGTTAAAATAATTATTG-TCATTTGAATGATTATCGATTTCAAATCAG-TAT
65 TGTTTACCAAA-CAATTTAAATAGTTA-TGATTATTTGAACAATTATCTA-TTCAAATC-GTTA-
* * * * * * *
15632384 GACCTTTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGATCATATAAACTTATT-TG
125 GA-C-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAG
* * * * *
15632437 AAATAAAATAATATTAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAACAATAAAT
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * *
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64 CTGTTTACC-AAACAATTTAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTAT-TCAAATCGTTAGA
* * * * *
15632567 ATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATGTCTA-ATCATAGAAGCTTATT-TG
127 CT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT-TTTAGTTCATACAAGCTTATTCAG
** * * * *
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1 AAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTC-GAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * ** * * *
15632682 GTGTTTGCTAAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTAG
64 CTGTTTACCAAA-CAATTTAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTA-TTCAAATCG-TTAG
* * * * * * * * * * *
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126 A-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGT-TCATACAAGCTTATTCAG
* * * * * *
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1 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCGAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAA
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63 TC--TGTTTACCAAACAA-TTTAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTCAAATCGTTA
* * * * * * * *
15632925 TAACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTAATCCAA
125 -GA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAG
* * * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCGAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAAT
* * * * * * * * *
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64 CTGTTTA-CCAAACAATTTAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTA-TTCAAATCGTTA-G
* * * * *
15633108 ACCTTTTATTTTGTCATAAATCAA-TAGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAA
126 A-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAG
** * * * * * * *
15633160 AATAAAATAATTTTAATTTATTATTATTCCAAAAATTAATAATTAAGTGATTTGAAAAGTGAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * *** * * * *
15633225 TATTTGCTAAACCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATCA
65 TGTTTACCAAA-CAATTTAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTA-TTCAAATCGTTA-GA
* * ** **
15633290 CCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTATTTTTTTATCATACAAGCTTATTTGG
127 -CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGT-TCATACAAGCTTATTCAG
* * *
15633342 AATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATATATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * ** * * * *
15633407 TGTTTACTGAACCAGTTCAAATAACTATGACTATTTGAACAATTGTATACTTCAAATCGTTATAA
65 TGTTTAC-CAAACAATTTAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTA-TTCAAATCGTTA-GA
* * * * * * **
15633472 CCTTTTGTTATGTCATAAAACAATT-TTCTCAATTCATGCTAGATTATTTGG
127 -CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATT-TTAGTTCATACAAGCTTATTCAG
* * * *
15633523 AATATAATAA-AATGAATTTATTAATAATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TT-AAAAA-AATT
1 AATAAAATAATACT-AATTTATTAAT-ATTCGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * * * *
15633584 TTATCTACCTAACCAATTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCCTAGTG
64 CTGTTTACC-AAACAATTTAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTA-TTCAAATCGT--TA
* * * * * **
15633649 GCCTTTTGTTTTATCATAAAATGAATGT-TTTT-GTTCATAAAAGTTTGCTCAG
125 GACTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAAT-TATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAG
* * * * *
15633701 AATAAAATAATATTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTGAAAAATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
** * * * ** * *
15633762 TGTTTGTCAAACTAGTTCAAATAATTAT-AAAATTT-AAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATG
65 TGTTTACCAAAC-AATTTAAATAGTTATGATTATTTGAA-CAATTATCTA-TTCAAATCGTTA-G
* * * * *
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126 ACT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAG
* * ** * * *
15633877 ATTAAAATAATACTAATTTATGAATATTTTAACAATTAATAAGTAAAACATTTAAAAAATAAATA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCGAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * * *
15633942 TATTTATCGAACTAGA-TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAGTTATCTCTTTTAAATCGTTATG
65 TGTTTACCAAAC-A-ATTTAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCT-ATTCAAATCGTTA-G
* * *
15634006 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTTAGTTCATATAAGGTTATTC-G
126 A-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAG
*
15634057 AAATAAAATAATACT-ATGTTATTAATATTCTGAAAA-T--T---TAAGAGATTTAAAAAATGAA
1 -AATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTC-GAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * ** * * *
15634115 TCTATTTACCAAACAAGTTTAAATAATTATGACCATTTGAGCAATTAT-TGATTTAGAATTGCTA
63 TCTGTTTACCAAACAA-TTTAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCT-ATTCA-AATCG-T-
* * * * * **
15634179 TA-ACCTTTTGGTCTGTCATAAAATGACATT-GTCTA-TTCATACAAGCTTATTTTG
123 TAGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAA-CA-ATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAG
* * * *
15634233 AATAAAATAATAC-AA--T-TT--TATT--AATATTAAGAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
** * * *
15634290 GTTTACTGAACAAGTTCAAATCGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTC-TTATGA
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* * * * *
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127 C-T-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTC-ATACAAGCTTATTCAG
* * * * * * * *
15634405 CATTAACATAATATTAAATTATTAATATTTCTACAATTAATAAGTAAAAGATTT-CAAAA-AAAT
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * *
15634468 ATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTACTTCAAATCATTGTG
64 CTGTTTACCAAACAA-TTTAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTA-TTCAAATCGTT-AG
* * * * * ** *
15634533 ACCTTTTGTTTTGTAAAAAAACAATTGTTTCAATTCATGTAAGCTTATT-TG
126 A-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAG
* * *
15634584 AAATAAAATAATACTAATTTATTATTATTCCAAAAATTAA-AGAGTAAGA-ATTAAAAAAATAAA
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CGAAAATTAATA-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* ** * * * * * * *
15634647 TCTATTTACTGAACAAGTTCAAATTGTTATGACTATCTG-ACTAATTATCTATTTTAAAACATTA
63 TCTGTTTACCAAACAA-TTTAAATAGTTATGATTATTTGAAC-AATTATCTA-TTCAAATCGTTA
* * *
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125 -GA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTATTTTAGTTCATACAAGCTTA-TTCAG
*
15634765 AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-CGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* ** * * * * *
15634827 CTATTT-TTAGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
64 CTGTTTACCA-AACA-ATTTAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTA-TTCAAATCGTTA-
* * * * * * * **
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* * * *
15634944 AATAAAATAATACTAATTTATTAATGTTCCAAAATTAATAAGTAAAAGACTTT-AAAAATAAATA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCGAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATC
** * * * * * * * *
15635008 TGTTTACTGAGCGAGTTCAAATAGTTATGATTATTTAAATAATTATTTATTTCAATTTGTTATGA
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* * * ** * * *
15635073 TCCTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTA-TTCACGCAAGTTTATTTAT
127 -CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAG
* * * *
15635124 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT-TGAAGATTTAAAAAATTATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-GAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAAT
* * * *** ** * * *
15635188 CTATTTACCGAACAAGTTCAAATA-TTCATGGCCATTTGAATTATTGTCTATTTCAAATTGATAT
64 CTGTTTACCAAACAA-TTTAAATAGTT-ATGATTATTTGAACAATTATCTA-TTCAAATCGTTA-
* * * * ** *
15635252 GGCATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTCTA-TTCATATAAAATTATTTTA-
125 GAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTTAGTTCATACAAGCTTA-TTCAG
** *
15635305 AATAAAATAATACTAATTTATTGGTATTTCGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* ** * * * * * * *
15635366 TCTTTATTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTGTCTCATATCATTATA-
65 TGTTTA-CCAAACAATTTAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTAT-TCAAATCGTTAGAC
* * * * * *
15635430 TCTTTGTATTGTCCTAAAACATTTATCTCTA-TTCATACAAGCTCATTCAT
128 T-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT-TTTAGTTCATACAAGCTTATTCAG
* * * * * *
15635480 AGTAAAATATTTCTAAATTAATAATATTCTAAACATTAATAAGTAAG-GATTTAAAAAATAAATG
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCGAAA-ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-
* * * * * * *
15635544 C-GTTTGCCAAATTAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCA-
64 CTGTTTACCAAA-CAATTTAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTA-TTCAAATCGTT-AG
* * ** * *
15635607 ACCTTTTGTTTAGTCAT-AAATAATTGCTTTAGCTCATACATGCTTATTCA-
126 A-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAG
* * *
15635657 AAT----T--TATTAA--CATT--TA---GAAAATTAATAAGTAAGA-AATT-AAAAA-AAATCT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * *
15635706 ATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGCTCT-GA
66 GTTTACCAAACAA-TTTAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTA-TTCAAATCG-T-TAGA
* * * * * ** * *
15635770 CCTTTTATTTTATCATAAAATAATTGTTTCAGACCATAAAAGCTTATT-TG
127 -CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAG
* * * * * * * *
15635820 AAACAAAATAATATTACTTTATTAACACTAT-AAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAATATAAA
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-T-TCGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * ** *
15635884 T-TAGTTTAGCGAATCAATTCAAATAATTATGGCTATTTGAACAATTATCTGTTTCAAATCGTTA
63 TCT-GTTTA-CCAAACAATTTAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCT-ATTCAAATCGTTA
* * * * *
15635948 TTAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTT-CTTCATACAAGCCTATTCAA
125 --GACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAG
*
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCGAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAAT
* * ** * * * * * *
15636065 ATGTTTATCAAACTAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCGAATTGTTATA
64 CTGTTTACCAAAC-AATTTAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTA-TTCAAATCGTTA-G
* * * *
15636130 ACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTAAG
126 A-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAG
* * * *
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Statistics
Matches: 4978, Mismatches: 1132, Indels: 727
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * ** * *
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* ** ** * *
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** * * * ** **
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** * * * * *
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* * * * * *
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* ** *
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** * * * * * * ** * * * *
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* * * * * * *
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* * ** * **
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* * * ** * * * * * *
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* * * * * * * *
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* ** * * ** * * *
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* * * * * * *
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* * * * **
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* * * ** * ** * *
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* * * * * *
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* * * *** * * **
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* * * * * * * ***
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** * * * * * * ** ** * * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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* * * ** * *
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** ** * * * * *
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** * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * ****
15632562 TTAAAATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATGTCTAATCATAGAAGCTTATTTGGTTAAAAAT
126 TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-ATTCATAAAAGCTTATTAAAAT-AAAAT
* * * * *
15632626 AACACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGC
189 AATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
* * *
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253 TAAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTATAGACCTTTTA
* * * *
15632755 TTTAGTTATAAAATATTTGTTTCATG-TCTTACAAACTTAT
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* * * * * ** *
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1 TTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAAAGATTTGAAAAAAT
*
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* * * *
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* * * *
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** * ** * * * *
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* * *
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* * * * ** *
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* * * * * * * **
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* * * ** * **
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* * *
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** * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* ** * * * * * * * **
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* * * * * *
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** * * *
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** * * * *
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* * * ** * * * * **
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* * * * * ** ** * *
15634349 TATGACTTGTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-TATCTATACGAGCTTATTTGCATTAACA
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* * * * * *
15634413 TAATATTAAATTATTAATATTTCTACAATTAATAAGTAAAAGATTT-CAAAA-AAATATGTTTAC
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** * * ** * * *
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* * * * ** *
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* * * * * * *
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1 TTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AATAAAAGATTTGAAAAAA
* ** * * *
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* * * ** ** *
15634706 CATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAACTGATTTTGTTCATGCAAGCTTATTTCAAATAAA
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* * *
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* ** *
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* * * * * *
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** * * * *
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126 TTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-ATTCATAAAAGCTTA-TTAAAATAAAA
* * * * *
15635131 TAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGT-TGAAGATTTAAAAAATTATTCTATTT
188 TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATATGTTT
** * *** * * * * * *
15635194 ACCGAACAAGTTCAAATA-TTCATGGCCATTTGAATTATTGTCTATTTCAAATTG-ATATGGCAT
251 ACTAAACCAGTTCAAATAGTT-AAAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTATA-GACCT
* * * * *
15635257 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTC-T-ATTCATATAAAATTAT
314 TTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCATGA-TCATACAAACTTAT
* * ** * * *
15635301 TTTAAATAAAATAATACTAATTTATTGGTATTTCGAAAA-T--T-AATAAGAGATTT-AAAAACT
1 TTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAAAGATTTGAAAAAAT
* *** * * * * *
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* * * * * * * * *
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126 TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-ATTCATAAAAGCTTATT-AAAATAAAAT
* * * * * ** *
15635488 ATTTCTAAATTAATAATA-TTCTAAACATTAATAAGTAAG-GATTTAAAAAATAAATGCGTTTGC
189 AATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
* ** * * * * *
15635551 CAAATTAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCAT-TCA-ACCTTTT
253 TAAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTAT-AGACCTTTT
* * * **
15635614 GTTTAGTCAT-AAATAATTGCTTT-A-GCTCATACATGCTTA-
317 ATTTTGTCATAAAATAATTG-TTTCATGATCATACAAACTTAT
* * * *
15635653 TTCAAAT----T--TATTAA--CATT--TA----GAAAATTAATAAGTAAGAA-A-TT--AAAAA
1 TTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAA-AAGATTTGAAAAAA
* * * *
15635700 -AAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTAA-AATC
65 TAAATCTATTTGCCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTA--AAATAAT-
* * * * * * ** * *
15635763 GCTCTGACCTTTTATTTTATCATAAAATAATTGTTTCAGACCATAAAAGCTTATTTGAAACAAAA
127 --TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCA-TTCATAAAAGCTTA-TTAAAATAAAA
* * * * * * *
15635828 TAATATTACTTTATTAACACTAT-AAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAATATAAAT-TAGTTT
188 TAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTT
* * * * *** * *
15635891 AGC-GAATCAATTCAAATAATTATGGCTATTTGAACAATTATCTGTTTCAAATCGTTATTA-A-C
251 A-CTAAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCG-TA-TAGACC
* * * *
15635953 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTC-T--TCATACAAGCCTAT
313 TTTTATTTTGTCATAAAATAATT-GTTTCATGATCATACAAACTTAT
* * * *
15635997 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAGATTT-AAAAAAT
1 TTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAAAGATTTGAAAAAAT
* * ** * * * * * **
15636061 AAATATGTTTATCAAACTAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCGAATTGT
66 AAATCTATTTGCCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTA----AAATAAT
* * * *
15636126 TATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTAAGAATAAAATA
127 TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-ATTCATAAAAGCTTATTAA-AATAAAATA
* * * *
15636191 ATACTAATGTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAAT
190 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
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AAATCTATTTGCCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTAAAATAATTATA
ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCATTCATAAAAGCTTATTAAAATAAAATAATACTA
ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACCAG
TTCAAATAGTTAAAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTATAGACCTTTTATTTTGTCA
TAAAATAATTGTTTCATGATCATACAAACTTAT
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15632611 TATTTGGTTA
* * * *
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* * * * * * *
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* * * *** * * *
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* * * *
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* * * * * * * **
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* * ** * * *
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* * * * *
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* ** * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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126 TTTTGTTTTATCATAAAAT-AAGAGTTTCTGTTCATAAAAGCTTACTCAGAAT
** * * * * * * * *
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1 AAAATAATACTAATCTATGAATATTTCAAAAATTAATAA--AA--GATTTGAAAAATAAATTTGT
* ** * * * ** *
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** * * * * * * * **
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125 CTTTTGTTTTATCATAAAATAA-GAGTTTCTGT-TCATAAAAGCTTACTCAGAAT
* * * * * *
15633345 AAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATATATCTGT
1 AAAATAATACTAATCTATGAATATTTCAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTGAAAAATAAATTTGT
* * * * * * * * * * * *
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* * * * * *** * * **
15633473 CTTTTGTTATGTCATAAAA-CA-ATTTTCTCAATTCATGCTAGATTATTTGGAAT
125 CTTTTGTTTTATCATAAAATAAGAGTTTCT--GTTCATAAAAGCTTACTCAGAAT
* * * * * * * *
15633526 ATAATAA-AATGAATTTATTAATAATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT-AAAAA-AATTTTAT
1 AAAATAATACT-AATCTATGAATATTTCAAAAATTAATAA--AAGA-TTTGAAAAATAAATTTGT
* ** * * * * *
15633588 CTACCTAACCAATTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCCTAGTGGCCT
62 TTGTCAAACTAGTTCAAATAATTATAACAATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCCTAGTGACCT
* * * *
15633653 TTTGTTTTATCATAAAATGAA-TGTTTTTGTTCATAAAAGTTTGCTCAGAAT
127 TTTGTTTTATCATAAAAT-AAGAGTTTCTGTTCATAAAAGCTTACTCAGAAT
* *
15633704 AAAATAATATTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTGAAAAATAAATTTGTTTGT
1 AAAATAATACTAATCTATGAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTGAAAAATAAATTTGTTTGT
* * **
15633769 CAAACTAGTTCAAATAATTATAA-AATTTAAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTA-TGA-CTCTT
66 CAAACTAGTTCAAATAATTATAACAATTTAAACAATTATCTATTTCAAA-TCCTAGTGACCT-TT
* * * * * *
15633831 TGTTTTCTTATAAAATAAGAGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGATT
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* * * * * * *
15633880 AAAATAATACTAATTTATGAATATTTTAACAATTAATAAGTAAAACATTTAAAAAATAAATATAT
1 AAAATAATACTAATCTATGAATATTTCAA-AA--ATTAA-TAAAAGATTTGAAAAATAAATTTGT
* * * * * * * * * * * *
15633945 TTATCGAACTAGATCAAATAGTTATGACTATTTGAATAGTTATCTCTTTTAAATCGTTA-TGACC
62 TTGTCAAACTAGTTCAAATAATTATAACAATTTAAACAATTATCTATTTCAAATC-CTAGTGACC
*
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (177 bp):
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CAAACTAGTTCAAATAATTATAACAATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCCTAGTGACCTTTTG
TTTTATCATAAAATAAGAGTTTCTGTTCATAAAAGCTTACTCAGAAT
Found at i:15634788 original size:359 final size:358
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Period size: 361 Copynumber: 14.5 Consensus size: 358
15632245 AGCTTAGAAA
*
15632255 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCT-AAATTAATAAGTAAGAA-ATCTAAAAAATAA
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* ** * * * * *
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* * * * * *
15632381 TATGACCTTTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGA-TCATATAAACTTATTTGAAATAAAA
126 TATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * * *
15632445 TAATATTAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAACAATAAATCTATTTAC
189 TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * ** *
15632510 CGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAACTATCAATCTCAAATCATTAAAATC-TTT
253 TGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * ** *
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*** * * * *
15632616 GGTTAAAAATAACACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAA
1 AAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAA
* * * * ** *
15632680 ATGTGTTTGCTAAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTT-
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* * * * * * * * **
15632744 TAGACCTATTATTTAGTTATAAAATATTTGTTTC-ATGTCTTACAAACTTATTCAAAATAAAATA
128 T-GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * *** * * * *
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* * * *
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* * * * *
15632932 TTGTTTTGACATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATAAAAGC-TAATCC
314 TTGTTTTGTCATAAAACAA-TGATTT-TGTTCATACAAGCTTATTTC
* * * * *
15632977 AAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATCAATAAGCAAGAG-TTTCAAAAAATAA
1 -AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTT--AAAAATAA
* * * * * * * * *
15633041 ATTTGTTTATCAAAAAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTTTATTTAAAATCGCTA
63 ATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * *
15633106 TGACCTTTTATTTTGTCATAAATCAATAGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAA
128 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
** * * * * * * * *
15633170 TTTTAATTTATTATTATTCCAAAAATTAATAATTAAGTGATTTGAAAAGTGAATCTATTTGCTAA
192 TACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAG-AATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGA
* * * * * * ** *
15633235 ACCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATCACCTTTTGTTT
256 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-GACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * *
15633300 GGTCATATAACAATTATTTTTTTATCATACAAGCTTATTTG
320 TGTCATAAAACAATGA-TTTTGT-TCATACAAGCTTATTTC
* * * * *
15633341 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATATAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAAT
* ** * ** * * * * *
15633406 CTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAACTATGACTATTTGAACAATTGTATACTTCAAATCGTTATA
65 ATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * * * * *
15633471 ACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATT-TTCTCAATTCATGCTAGATTATTTGGAATATAATAA-A
130 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
* * * *
15633534 ATGAATTTATTAATAATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TT-AAAAA-AATTTTATCTACCT-
194 CT-AATTTATTAAT-ATTCCAAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTG
* * * * *
15633594 AACCAA-TTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATC-CTAGTGGCCTTTTG
255 AA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-GACAATTATCTATTTCAAATCATTA-TGACCTTTTG
* * * * *
15633657 TTTTATCATAAAATGAATGTTTTTGTTCATAAAAG-TT-TGCTC
317 TTTTGTCATAAAA-CAATGATTTTGTTCATACAAGCTTAT-TTC
* * *
15633699 AGAATAAAATAATATTAATCTATTAATATTTC-AAAA--ATTAA-TAAAAGATTTGAAAAATAAA
1 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAA
* ** * * ** * * *
15633760 TTTGTTTGTCAAACTAGTTCAAATAATTAT-AAAATTT-AAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTA
64 TATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * ** * *
15633823 TGA-CTCTTTGTTTTCTTATAAAATAAGAGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTT-AGATTAAAATA
128 TGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATA
* ** * * *
15633886 ATACTAATTTATGAATATTTTAACAATTAATAAGTAAAACATTTAAAAAATAAATATATTTA-TC
191 ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-
* * * * *
15633950 GAACTAGATCAAATAGTTATGACTATTTGA-ATAGTTATCTCTTTTAAATCGTTATGACCTTTTG
254 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGACA-A-TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * *
15634014 TTTTGTCATAAAAAAATTATTTTAGTTCATATAAGGTTA-TTC
317 TTTTGTCATAAAACAATGATTTT-GTTCATACAAGCTTATTTC
*
15634056 GAAATAAAATAATACT-ATGTTATTAATA-TTCTGAAAATT--TAAG----AGATTTAAAAAATG
1 -AAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATA
* * * * * ** *
15634113 AATCTATTTACCAAACAAGTTTAAATAATTATGACCATTTGAGCAATTAT-TGATTT-AGAATTG
62 AATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT-ATTTCA-AATCG
* * * * *
15634176 CTATAACCTTTTGGTCTGTCATAAAATGACATTG--TCTATTCATACAAGCTTATTTTG-AATAA
125 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CA-ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAA
* * * *
15634238 AATAATAC-AATTTTATTAATATT---AAGA--AGTAA--AAG-ATTTAAAAAATAAATTTGTTT
187 AATAATACTAA-TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAATTTAAAAAATAAATCTATTT
* * * *
15634294 ACTGAACAAGTTCAAATCGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTC-TTATGACTTG
251 ACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-ACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCT-
* * * *
15634358 TTTATTTTGTCATAAAATAATTG-TTTCT-ATCTATACGAGCTTATTTGC
313 TTTGTTTTGTCATAAAACAA-TGATTT-TGTTC-ATACAAGCTTATTT-C
* * * * * *
15634406 -ATTAACATAATATTAAATTATTAATATTTCTACAATTAATAAGTAAAAGATTTCAAAA-AAATA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATA
* * * * *
15634469 TGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTACTTCAAATCATTGTGA
66 TGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * * **
15634534 CCTTTTGTTTTGTAAAAAAACAATTGTTTCAATTCATGTAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT
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* *
15634599 AATTTATTATTATTCCAAAAATTAA-AGAGTAAGAATTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAA
196 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA-AGTAAGAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAA
* * * * *
15634663 GTTCAAATTGTTATGACTATCTGACTAATTATCTATTTTAAAACATTATGACCTTTTATTTTGTC
260 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAC-AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
*
15634728 ATAAAACAACTGATTTTGTTCATGCAAGCTTATTTC
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* *
15634764 AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-AAA-ATTTAAAAAATAAA
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* * * *
15634826 TCTATTTTTA--GAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATT
64 --TATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * * * *
15634889 ATGACCATTTGTTTTGTCGT-AAACTAATTGTTTCTATTCAAAAAACCCTATTTGGAATAAAATA
127 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * * *
15634953 ATACTAATTTATTAATGTTCC-AAAATTAATAAGTAAAAGACTTT-AAAAATAAATATGTTTACT
191 ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT--AAGAATTTAAAAAATAAATCTATTTACT
* * * * * * * **
15635016 GAGCGAGTTCAAATAGTTATGATTATTTAAATAATTATTTATTTCAATTTGTTATGATCC-TTTG
254 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-GACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTG
* * ** *
15635080 TTTTGTCATAAAAAAATTG-TTTCTATTCACGCAAGTTTATTT-
317 TTTTGTCATAAAACAA-TGATTT-TGTTCATACAAGCTTATTTC
** *
15635122 ATAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTA
1 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAA
* * * * * * * * * *
15635186 TTCTATTTACCGAACAAGTTCAAATA-TTCATGGCCATTTGAATTATTGTCTATTTCAAATTGAT
63 ATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * ** *
15635250 ATGGCATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTCTATTCATATAAAATTATTTTAAATAAAATAA
127 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
** * * * * *
15635315 TACTAATTTATTGGTATTTCGAAAATTAATAAG--AG-ATTTAAAAACTAAATCTCTTTATTGAA
192 TACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA
* * * * *
15635377 CCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTGTCTCATATCATTAT-ATC-TTTGTAT
257 -CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * * *
15635439 TGTCCTAAAACATTTATCTCTATTCATACAAGCTCA-TTC
320 TGTCATAAAACAATGAT-TTTGTTCATACAAGCTTATTTC
* * * * * *
15635478 ATAGTAAAATATTTCTAAATTAATAATA-TTCTAAACATTAATAAGT-AAGGATTTAAAAAATAA
1 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAA-ATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAA
** * ** * * * * *
15635541 ATGCGTTTGCCAAATTAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTC
63 ATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTT-
* * * * * *
15635606 A--ACCTTTTGTTTAGTCAT-AAATAATTGCTT-TAGCTCATACATGCTTA-TTCAAAT----T-
127 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * * * **
15635661 -TATTAA--CATT--TA----GAAAATTAATAAGTAAGAAATT-AAAAA-AAATCTATTTACCAA
191 ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGA
* * ** * *
15635715 ACAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGCTCTGACCTTTTATTT
256 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * ** * *
15635780 TATCATAAAATAATTG-TTTCAGACCATAAAAGCTTATTTG
320 TGTCATAAAACAA-TGATTT-TGTTCATACAAGCTTATTTC
* * * * * * * * *
15635820 AAACAAAATAATATTACTTTATTAACACTAT-AAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAATATAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA-ATAAA
* * * * * *
15635884 T-TAGTTTAGCGAATCAA-TTCAAATAATTATGGCTATTTGAACAATTATCTGTTTCAAATCGTT
64 TAT-GTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * * * **
15635947 ATTAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTT-TCTTCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAA
127 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
* * *
15636011 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TC
192 TACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAG-A-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-
* * * * * ** *
15636074 AAACTAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCGAATTGTTATAACCTTTTGT
254 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * * *
15636139 TCTATCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA-TTA
318 TTTGTCATAAAACAATGATTT-TGTTCATACAAGCTTATTTC
* * * * * * *
15636180 AGAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATGAA
1 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAA
* * * * * * * *
15636245 T-T-TATTGCAAAAC-AGGTC--ATAGCTAAG-GTATATGAATAATT-TTTA-TT-AAAT-GTTA
64 TATGT-TTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * *
15636300 T-ACC-TTTG--TCGT-A-AAATA-GATT-TTTC-ATTTTATACTAA-C-TATTTG-AATAAAAT
128 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAA-ACAATTGTTTCTA-TTCATAC-AAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * *
15636353 AA-A-TATTTTATT-AT-TTTCAATAATT-AT-A-TTAG-ATTT-AAAAAT--A--T-TTTA---
190 AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTG
*** * *
15636401 ATTTAGTTCAAATA---AT-AC-ACTTTG--AA-T-TCTA--T--AATC-GT-T-A-CATTTGTT
255 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTGACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* *
15636449 TTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAG-TT-TGTTC
319 TTGTCATAAAAC-AATGATTTTGTTCATACAAGCTTAT-TTC
* * ** *
15636489 AGCATAAAATAATATTAAGATATTAATATTT-TGAAAATTAATAAG----ATATTTAAAAGATAA
1 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA-ATAA
* * * * ** *
15636549 ATTTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGAATATTT-AACCATTATTTATTTCAAATCGTTA
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* * * * * * * * * *
15636613 TAACTTTTTGTTATGTTATAAAAGAATAGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCAGATTAAAATGA
128 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAAT-A
* * *** * * * *
15636677 A-ACTGATTTATTAATGTTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTT-AAAAATAAA--TGTTTACCG
191 ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-AAGAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTG
* * * *
15636738 AACTAGATT-AAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCCT-TTTCAAATCATTATGA-C-ATTG
255 AACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTG-ACAATTAT-CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * ** * *
15636799 TTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAAG-GTATTTC
317 TTTTGTCATAAAACAATGATTT-TGTTCATACAAGCTTATTTC
* * *
15636841 AAAATAAAATAATACT-ATGTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTGAAAAATG
1 -AAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATA
* * *** * ** * * * ** *
15636904 AATCTATTTATTGAACAAGTTTAAATAACTATGAATATTTGAACAATTATCGATTTGGAATCATT
62 AATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * ** *
15636969 ATAACCTTTTGGTTTGTCATAAAATGATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAAAAAAATAA
127 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
* * *
15637034 TACAAATTTATTAATATT--AAGACAATTAATAAGTTAA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
192 TACTAATTTATTAATATTCCAA-A-AATTAATAAG-TAAGA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* ** * * * *
15637096 TAAACAAGTTCAAATCTTTGTGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTC-TTATGACTTTTT
253 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-ACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGAC-CTTT
* * *
15637160 TGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT-TGTCTATACGAGCTTATTTG
315 TGTTTTGTCATAAAACAATGATTTTGT-TC-ATACAAGCTTATTTC
* * * * *
15637205 GATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-TGACAATTAATAAAG-AAAAGATTTTAAAA-AAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAAT-AAGTAAAAGATTTAAAAATAAA
* * * * * * *
15637267 TATGTTTACC-GACTATGTTCAAATACTCATGACTATTTGAATAATTATCTACTTCAAATCATTG
64 TATGTTTACCAAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * **
15637331 TGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGCTTC-AGTTCATGTAAGCTTATTTGAAATAAA
128 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAA
15637391 GAGTAAGAGA
Statistics
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TGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
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TTCAAATAGTTATGACTATTTGACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
AAAACAATGATTTTGTTCATACAAGCTTATTTC
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15636790 ATGACATTGT
* * * * *
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* * * * *
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* **
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** *
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* *
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*** * * ** * * *
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* * * ** *
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** *
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63 TTAATATTAAGACAATTAAT-AAGTTAAAGA-TTTAAAAAA
15637266 ATATGTTTAC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (181 bp):
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ATATTAAGACAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATA
ACTATGAATATATGAACAATTATCGATTTCAAATTCTTATAACTCTTTTGG
Found at i:15638618 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 15638167--15645656 Score: 4111
Period size: 181 Copynumber: 41.5 Consensus size: 180
15638157 GACTATTGAC
* * * * * * *
15638167 ATATTAATTAATTTA-TATTAATTTATTTGGAATAAGCTTATATGAATAAAAATAATTGTTTTAT
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* * * * * *
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* * * * * **
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* * ** * * *
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1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTAT
* * * *
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* * * *
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130 TTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAA-ATCTTTACTTATTAATTTTTAAA
* * ** * *
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1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATG
* * * * * * *
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** * * * * *
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131 TGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA-TCTTTACTTATTAATTTTTAAA
* * * * * *
15638706 ATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-ATTGAAATAAACTTGTATGAACAGAAAAAAAATCTTTT
1 ATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTATTTT
* * * * * *
15638769 AAGACAAAACAAAAGGT-TTAGCGATTTGAAATAGGTAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
63 ATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * *
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128 ACTTGTTTGGTAAATAG-ATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTAAA
* * *
15638886 ATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATG
* ** * * *
15638951 ACAAAAC-AAAAGATCACAATAATGTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGCAT
66 ACAAAACAAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
** ** * * *
15639015 TTGTCAGGCCAACAGATTCATTTTTTAAATCCGTTACTTATTAATTTTTAAA
130 TTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT-CTTTACTTATTAATTTTTAAA
* * * * *** * * * **
15639067 ATGTTAATAGATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGAC-TATATCAGTAGAAACAATTGGTTTAT
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTAT
** * * * * * *
15639131 GACAAAACAAATGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATTA-TTATAAATAATTAA
65 GACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAA-TAGTCATAACTATTTGA
*
15639194 ACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA--TTT-CTTATTAATTTTTAAA
128 ACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTAAA
* * * ** * * * * * * *
15639244 ATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCGAACAAATTTATTTGAACAAAAACATTTGTTTTACG
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATG
* * * * * * *
15639309 ATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATTA-ATAATTATTCATATTG-CCTTACTATTTGAA-
66 ACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * * *
15639371 TTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATCAATTTTCATA
130 TT-GTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTAAA
* * * * * * * *
15639424 ATATTATTAGATTTGTATTATTTTATTTCGAATAAACTT-TAATTGTTTTATCACAAAACAA-AA
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT-A-TG---AAT-A-GAAACAATTA
* *** ** * * * *
15639487 TGTTAT-A-ACGGCTTGAAA-T-ATATA-GTTGTTAAAATAATCATAATTGTTCAAATAGTCATA
59 TTTTATGACAAAAC-AAAAAGTCATA-ACGAT-TTGAAAT-A-GATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * ** * *
15639547 ACTATATGAACTAGTTCT-ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCCACTCATTAATTTTTTAA
119 ACTATTTGAACTTGTT-TGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTAAA
* * * * *
15639610 ATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTTTGAATAGGCTTATAT-AATGAAAAACAATTGTTTTA
1 ATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTA
* * * * * * * * * * *
15639674 TGATAGAAC-AAAAGTTCGTAGCGATTTAAAATAGATAATTGTTTAGATGGCCATAAATATTTGA
64 TGACAAAACAAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
** ** * * * *
15639738 A-TTGATTTTCTAAA-ATGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAAATTTT-GA
128 ACTTG-TTTGGTAAATA-GATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTAAA
* * * * * *
15639791 ATATTAGTAAAATTA-TATTATTTTACTTT-AGATAAGCTTTTACGAACA-AAAGCAATTGTTTT
1 ATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTATTTT
* * * * * *
15639853 ATTACAAAATAAAAAGGTCATAAAGATTTTAAATATATAATCATTCAAATAGTCATAACTATTTG
63 ATGACAAAACAAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* *** * *
15639918 AATTTGTTCAATAAATAGATTTATTATTTTAAAATTTCTTACTTATTAA-TTTTATGA
127 AACTTGTTTGGTAAATAGATTTATT-TTTT-AAATCT-TTACTTATTAATTTTTA-AA
* * * * * *
15639975 ATGTTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAATTGAAGCAACTATTTTATG
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATG
* * ** * * * * * * *
15640040 ACTAAATAAAGGGTCAAAATGATTTTAAAAAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACT
66 ACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * *
15640105 AGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAA-TTTTAGA
131 TGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTAAA
* ** * * *** *
15640155 ATATTATTAGTTTAGTAATATTTTACTCCAAAGAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATG
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATG
* * * *
15640220 ATAAAACAAAGA-TCATAAAC-ATTTGAGATGGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
66 ACAAAACAAAAAGTCAT-AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* ** * * * ** *
15640283 TAGTCCGATAAACAAATTTAGGTTTTAAATC--T-CTTATTAATTTTTAAG
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* * * * *
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* * *
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* * * * * * * * *
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* * *
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Indices: 15639512--15639547 Score: 54
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15639502 AAATATATAG
15639512 TTGTTAAAATAATCATAA
1 TTGTTAAAATAATCATAA
* *
15639530 TTGTTCAAATAGTCATAA
1 TTGTTAAAATAATCATAA
15639548 CTATATGAAC
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TTGTTAAAATAATCATAA
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15641704 CATAAATATT
15641714 TGATTTGATTTTCTAAAC
1 TGATTTGATTTTCTAAAC
*
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1 TGATTTGATTTTCTAAA
15641748 TCTCCAACTT
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TGATTTGATTTTCTAAAC
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15643883 CAATAAATAG
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1 ATTTATTTTTTTAAAATTT
15643931 CTTACTTACT
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ATTTATTTTTTTAAAATTT
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15644158 CCAAAGAAGC
* * * * * *
15644168 TTGTACGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAGA-TCATAA-ACATTTGAGATGGATAA
1 TTGTATGAATAAAAACAATT-TTTTATAATAAAACAAAAAGTCATAACA-ATTTGAAATAGATAA
* * * * ** * ** *
15644231 TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTCCGATAAACAGATTCAGGTTTTAAATC-T---
64 TTATTCAAATGGACATAGCTATTTGAACTCACTTAG-TAAACAGATTAAATTTTTTAATCTTACA
* *** * *
15644291 CTTATTAATTTTTAAGGCATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTCTGAATAAAT
128 CTCATTAATTTTTAAAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAAT
* * * *
15644344 TTGTATGAATAAAAATAATTATTTTCTAATAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
1 TTGTATGAATAAAAACAATT-TTTTATAATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT
* * *** *
15644409 AATTCAAATGGACATATGACTCTTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTAAATTTTTTAAGTC-TAC
65 TATTCAAATGGACATA-G-CTATTTGAACTCACTTAGTAAACAGATTAAATTTTTTAA-TCTTAC
* *
15644473 AACTCATTAA-TTTTAAAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAC
127 -ACTCATTAATTTTTAAAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAAT
* * * * * *
15644527 TTGTATGAATAAAAACAATTTTTTATTACAAAACAAAAAATTATAACCATTTGAACTA-AGTAAT
1 TTGTATGAATAAAAACAATTTTTTATAATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGA-TAAT
* * * * * * *
15644591 TGTTCAAATGGTCATAGCTATTTGAACTCACTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTAATCTTTCACT
65 TATTCAAATGGACATAGCTATTTGAACTCACTTAGTAAACAGATTAAATTTTTTAATCTTACACT
* * ** *
15644656 TATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGT
130 CATTAATTTTTAAAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAAT
* * *
15644707 TTGTATGAATAGAAACAATTTGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT
1 TTGTATGAATAAAAACAATTT-TTTATAATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT
* *
15644772 TATTCAAATAGTCGA-AGCTATTTGAAC
65 TATTCAAATGGAC-ATAGCTATTTGAAC
15644799 GTGTTAAGAA
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TTGTATGAATAAAAACAATTTTTTATAATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
ATTCAAATGGACATAGCTATTTGAACTCACTTAGTAAACAGATTAAATTTTTTAATCTTACACTC
ATTAATTTTTAAAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAAT
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Period size: 181 Copynumber: 14.0 Consensus size: 181
15645757 CATATAACAT
* ** * *
15645767 AACAACAA-GTCATAATGATTTGAAGA-AAATAATTGCTCAAGTAGTCATAACTATTTGAACTAG
1 AACAA-AAGGTCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAG
* * * * * *
15645830 TT-TGATAAATAGATTTATTTTTTAAA-ATC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGGATTA
64 TTCAGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-AATTA
* * ** *
15645891 GTATTATTTTATTTCGAACA-AA-CTTA-TGTGAACAAAAACATTTTGTTTTATGACAA
128 -TATTATTTTA-TTCTAA-ATAAGC-TAGTATGAATTAAAACA-ATTGTTTTATGACAA
* * * *
15645947 AATAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTTTTTGAACTGGT
1 AA-CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGT
** * * *
15646012 T-AGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTATTTTTTGAAATATTAATAAATTCAT
65 TCAGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AT
* *
15646076 TTTATTTTATTCTAAATAAGCTAGTATGAATTTAAAA-AATTGTTTCATGACAA
129 ATTATTTTATTCTAAATAAGCTAGTATGAA-TTAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * * * *
15646129 AACAAAAGGCCATAATGATTGGAAATATATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTATTT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTT
* * ** * * * *
15646194 CAG-GAAACAAATTTATTTTTTAAATCGCTTAGATATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTTGTA
66 CAGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-AATTATA
* * * * * *
15646258 TTATTTTATT-TCAAATACGCTAGTATGAA-CAAACATAATTATTTTATGATAG
130 TTATTTTATTCT-AAATAAGCTAGTATGAATTAAA-ACAATTGTTTTATGACAA
* * ** * * *
15646310 AACAAAAGGTTATAATTATTT-AAAGTTTATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGAATTAGT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGT
*
15646374 TCA-ACAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAG
65 TCAGACAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-
* * * * *
15646438 TA-T-TTTTATTCCAAATAAGCTTGAATG--TTCAAAAAACAATTGTTATATGACCA
128 TATTATTTTATTCTAAATAAGCTAGTATGAATT---AAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * * * *
15646491 AACAAAAGATAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGACATGGCCATAATTATTTCAACT-GAT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAG-T
* * ** * * *
15646555 TCA-ATAAACAAATTCACATTTTAAATCACTCACTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGT
65 TCAGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-T
* * * * * *
15646619 ATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATAACAA
129 ATTATTTTATTCTAAATAAGCTAGTATGAATTAAAACAATTGTTTTATGACAA
* ** * * * *
15646672 AACAAAGGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCATAA-AGCCTTAATTGTTTGAACTACT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAGTCATAATTATTTGAACTAGT
* * * * *
15646736 TC-GACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTCATTTTTAAAATATTATTAAATTAGT
65 TCAGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-T
* * * * * *
15646800 ATTATTTTATTTTGAAA-AAGCTTA-TATGAACTAAAACAATTATTTTATAATAG
129 ATTATTTTATTCT-AAATAAGC-TAGTATGAATTAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * *
15646853 AACAAAAGGTTATGATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG------------GAGCTAGTT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTT
* *
15646906 CAG-TAAACCAATTTATTTTTTTAAATCTAC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
66 CAGACAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-
* * * * *
15646969 TATTATTTTGTTCTAAATATGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGATAA
128 TATTATTTTATTCTAAATAAGCTAGTATGAAT-TAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * * *
15647023 AACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAG-TAATTGTTCAAATGGCCATTATTATTTGAAATAATT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTT
* * * * * * ** * *
15647087 -TGATAAACTAACTT-GTTTTTAAATATCGAACTTATCT-ATTTTTGAAATATTAATGAAGTAAT
66 CAGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT-TAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAT
** * * * **
15647149 ATTA-TTTATT-TCAAATAAGCTTTTACGAACTGAAACAATTGTTTTATGTTAA
129 ATTATTTTATTCT-AAATAAGCTAGTATGAATTAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * *
15647201 AACAAAAGGTCATATTTATTT-TAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-T
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TAGT
* * * *
15647264 TCAGTA-AAA-AAATTTATTTTTTTAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTA
65 TCAG-ACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * *
15647326 GTATTATTTTATT-TGGAATAAGC-ATGTATGAACTGAAGA-AATTATTTTATGACTA
128 -TATTATTTTATTCT-AAATAAGCTA-GTATGAA-TTAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * ** * * *
15647381 AACAAAATGTTAAAACGATTTGAAATAAATAA-TAGTTTTAATAGTCTTAACTATTTAAACTAGT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGT
* * * * * *
15647445 TCA-ACAAACACATTTATTGTTTAAATCTCTTACTTATCAATTTTT-ATTATATTATTAATTTAG
65 TCAGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTA-
* * * * ** *
15647508 TAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAA
128 TATTATTTTATTCTAAATAAGCTAGTATGAATTAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * *
15647562 AACAAAA-ATCATAATGATTTGAGATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CATTTGAACTGGTT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTT
* * * * *
15647625 C-GATAAATAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTG
66 CAGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TA
* * ** * * *
15647685 TTATTTTATTTTGAATAAATTTA-TATGAA-TAAAAGCAGTTGTTTTACGATAA
130 TTATTTTATTCTAAAT-AAGCTAGTATGAATTAAAA-CAATTGTTTTATGACAA
* * * * * *
15647737 AACAAAATGTCGTAATGATTTTAAAATAGATAA-TAGTTCAAATGGAT-ATGA-TATTTGAACTT
1 AACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAG-TCATAATTATTTGAACTA
* * * * * *
15647799 GTTCAG-TAAACAAA--T-TTTTTTATATCTC-CAATGTATTGACTTTT-AGAATATTAATAAAT
63 GTTCAGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTGA-AATATTAATAAAT
* * **
15647858 TAATATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAGCAATTGTTTTACAAC-A
126 T-ATATTATTTTATTCT-AAATAAGCTAGTATGAATTA-AAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * * *
15647914 AACAAAAGATCATAAGGATTTGAAATAAATAATTATTAAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTT
* * * *
15647979 C-GATAAA-AAAATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGT-
66 CAGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TA
* ** ** * * *
15648041 TTTTTTTATTCCGAATAAGCTTTTATG-ACT-AGA-AA----TTTAAGACAA
130 TTATTTTATTCTAAATAAGCTAGTATGAATTAAAACAATTGTTTTATGACAA
** * * * ** *
15648086 AACAAATTGTCATAATGATTTGAAATAGATCATTGTTCAAATAGTTATAACGATTTAAAACTA--
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTT-GAACTAGT
* * * * * * *
15648149 TCAAAAAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTATTTATT-ATTTTTGGAATATTAATAAATTTAT
65 TCAGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAT
* * ** * * *
15648212 ATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGCATGAACGAAAATAATTATTTTGTGACAA
129 ATTATTTTATTCT-AAATAAGCTAGTATGAATTAAAACAATTGTTTTATGACAA
15648265 AACAAAAG
1 AACAAAAG
15648273 ACCATTTGTT
Statistics
Matches: 1820, Mismatches: 379, Indels: 255
0.74 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
169 35 0.02
170 104 0.06
171 28 0.02
172 85 0.05
173 20 0.01
174 13 0.01
175 69 0.04
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177 89 0.05
178 176 0.10
179 158 0.09
180 182 0.10
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183 20 0.01
184 30 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTT
CAGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATAT
TATTTTATTCTAAATAAGCTAGTATGAATTAAAACAATTGTTTTATGACAA
Found at i:15646319 original size:362 final size:361
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Indices: 15645767--15648272 Score: 1762
Period size: 362 Copynumber: 7.0 Consensus size: 361
15645757 CATATAACAT
* *
15645767 AACAACAA-GTCATAATGATTTGAAGA-AAATAATTGCTCAAGTAGTCATAACTATTTGAACTAG
1 AACAA-AAGGTCATAATGATTTGAA-ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-
* * * *
15645830 TTTGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAA--A-TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGGATT
63 TTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCACT-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-AATT
* * * * * *
15645890 AGTATTATTTTATTTCGAACAAAC-TTA-TGTGAACAAAA-ACATTTTGTTTTATGACAAAATAA
126 AGTATTATTTTATTTC-AA-ATACGCTAGTATGAACAAAACACA-ATTGTTTTATGATAAAA-CA
* * **
15645952 AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTTTTTGAACTGGTTAGGT
187 AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTAGAC
* * *
15646017 AAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTATTTTTTGAAATATTAATAAATTCATTTTATT
252 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA-TTTTTGAAATATTAATAAATT-ATATTATT
* * *
15646082 TTATTCTAAATAAGCTAGTATGAATTTAAAA-AATTGTTTCATGACAA
315 TTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * *
15646129 AACAAAAGGCCATAATGATTGGAAATATATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTATTT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTT
* * ** * * * *
15646194 CAGGAAACAAATTTATTTTTTAAATCGCTTAGATATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTTGTAT
66 CAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * *
15646259 TATTTTATTTCAAATACGCTAGTATGAAC-AAACATAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTAT
131 TATTTTATTTCAAATACGCTAGTATGAACAAAACACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCAT
** ** * * *
15646323 AATTATTT-AAAGTTTATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCA-ACAAACAAA
196 AACGATTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTT-AGACAAACAAA
*
15646386 TTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTA-T-TTTTATTC
259 TTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTC
* * * * *
15646449 CAAATAAGCTTGAATG-TTCAAAAAACAATTGTTATATGACCA
321 TAAATAAGCTTGTATGAAT--AAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * * * * *
15646491 AACAAAAGATAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGACATGGCCATAATTATTTCAACTGA-T
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATT
* * ** * *
15646555 TCAATAAACAAATTCACATTTTAAATCACTCACTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTA
65 TCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
** * * * * * *
15646620 TTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATGAACTAAA-ACAATTGTTTTATAACAAAACAAAGGGTCA
130 TTATTTTATTTCAAATACGCTAGTATGAACAAAACACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCA
* * * * * * *
15646684 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCATAA-AGCCTTAATTGTTTGAACTACTTCGACAAACAGA
195 TAACGATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTAGACAAACAAA
* * * *
15646748 TTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTCATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTT
259 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTCT
* * * * *
15646813 GAAA-AAGCTTATATGAACT-AAAACAATTATTTTATAATAG
322 -AAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * *
15646853 AACAAAAGGTTATGATGATTTGAAATAGATAA---TT---AT--TCA-AA-TA--GGAGCTAGTT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTT
*
15646906 CAGTAAACCAATTTATTTTTTTAAATCTAC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
66 CAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATC-ACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* * * ** *
15646970 ATTATTTT-GTTCTAAATATGCTTGTATGATGAAAA-ACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGTT
129 ATTATTTTATTTC-AAATACGCTAGTATGAACAAAACACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGT
* * * * * * * * * *
15647033 CATAATGATTTGAAATAG-TAATTGTTCAAATGGCCATTATTATTTGAAATAATTTGATAAACTA
193 CATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTAGACAAACAA
* * * ** * *
15647097 ACTT-GTTTTTAAATATCGAACTTATCTATTTTTGAAATATTAATGAAGTAATATTA-TTTATT-
258 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT-TATTTTTGAAATATTAAT-AAATTATATTATTTTATTC
* * * **
15647159 TCAAATAAGCTTTTACGAACT-GAAACAATTGTTTTATGTTAA
321 T-AAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * *
15647201 AACAAAAGGTCATATTTATTT-TAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TAT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAT-T
* * ** * *
15647264 TCAGTAAAAAAATTTATTTTTTTAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGT
65 TCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
** * ** * * *
15647328 ATTATTTTATTTGGAATAAGC-ATGTATGAACTGAAGA-AATTATTTTATGACT-AAACAAAATG
129 ATTATTTTATTTCAAATACGCTA-GTATGAACAAAACACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGG
* * * ** * * *
15647390 TTAAAACGATTTGAAATAAATAA-TAGTTTTAATAGTCTTAACTATTTAAACTAGTTCA-ACAAA
192 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTT-AGACAAA
* * * * * * *
15647453 CACATTTATTGTTTAAATCTCTTACTTATCAATTTTT-ATTATATTATTAATTTAGTAATATTTT
255 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT-TATTTTTGA-AATATTAATAAATTA-TATTATTTT
* * * *
15647517 ACTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAA
317 ATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * **
15647562 AACAAAA-ATCATAATGATTTGAGATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-ATTTGAACTGGTT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTT
* * * *
15647625 C-GATAAATAGATTTAGTTTTTAAAT--C-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTG
66 CAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
** *** * * * * *
15647685 TTATTTTATTTTGAATAAATTTA-TATGAATAAAA-GCAGTTGTTTTACGATAAAACAAAATGTC
130 TTATTTTATTTCAAAT-ACGCTAGTATGAACAAAACACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTC
* * * * * * *
15647748 GTAATGATTTTAAAATAGATAA-TAGTTCAAATGGAT-ATGA-TATTTGAACTTGTTCAG-TAAA
194 ATAACGA-TTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAG-TCATAATTATTTGAACTAGTT-AGACAAA
* * * *
15647809 CAAA--T-TTTTTTATATCTC-CAATGTATTGACTTTT-AGAATATTAATAAATTAATATTATTT
255 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATT-ATTTTTGA-AATATTAATAAATT-ATATTATTT
* * **
15647869 TATT-TCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAGCAATTGTTTTACAAC-A
316 TATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * ***
15647914 AACAAAAGATCATAAGGATTTGAAATAAATAATTATTAAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTT
* ** *
15647979 C-GATAAA-AAAATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGT-
66 CAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * * * ** * * * * **
15648041 TTTTTTTATTCCGAATAAGCTTTTATG-AC--TAGA-AA----TTTAAGACAAAACAAATTGTCA
130 TTATTTTATTTCAAATACGCTAGTATGAACAAAACACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCA
* * * * ** * * * * *
15648098 TAATGATTTGAAATAGATCATTGTTCAAATAGTTATAACGATTTAAAACTA-TCAAAAAAACATA
195 TAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTT-GAACTAGTTAGACAAACAAA
* * * *
15648162 TTTATTTTTAAAAT-TTTTATTTATTATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATT-TG
259 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTTTGAAATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTCT-
* ** * * *
15648225 AAATAAGCTTGCATGAACGAAAATAATTATTTTGTGACAA
322 AAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAA
15648265 AACAAAAG
1 AACAAAAG
15648273 ACCATTTGTT
Statistics
Matches: 1695, Mismatches: 350, Indels: 209
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
347 13 0.01
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349 75 0.04
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351 123 0.07
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (361 bp):
AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTT
CAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
TATTTTATTTCAAATACGCTAGTATGAACAAAACACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCAT
AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTAGACAAACAAATT
TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTTTGAAATATTAATAAATTATATTATTTTATTCTAAAT
AAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAA
Found at i:15646339 original size:17 final size:17
Alignment explanation
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Period size: 17 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
15646304 TGATAGAACA
15646314 AAAGGTTATAATTATTT
1 AAAGGTTATAATTATTT
*
15646331 AAAGTTTATAATTATT
1 AAAGGTTATAATTATT
15646347 CAAACAGTCA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
17 15 1.00
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Consensus pattern (17 bp):
AAAGGTTATAATTATTT
Found at i:15646843 original size:543 final size:538
Alignment explanation
Indices: 15645778--15648272 Score: 2041
Period size: 543 Copynumber: 4.7 Consensus size: 538
15645768 ACAACAAGTC
** * ** * * *
15645778 ATAATGATTTGAAGA-AAATAATTGCTCAAGTAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAG
1 ATAATGATTTGAA-ATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAACAAACAA
* *
15645842 ATTTATTTTTTAAA-ATC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGGATTAGTATTATTTTATT
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-AATTAGTA-TATTTTATT
* * * * * * * * * * *
15645904 TCGAACAAACTTATGTGAAC-AAAAACATTTTGTTTTATGACAAAATAAAAAGGTCATAACGATT
128 CCAAATAAGCTTGTATGATCAAAAAACA-ATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGATCATAATGATT
* * * * * *
15645968 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTTTTTGAACTGGTT-AGGTAAACAAAATTATTTT
191 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAACTGATTCA-ATAAACAAAATTAGTTT
* * * * *
15646032 TTAAAT-CTCTTTCTTATTATTTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCTAAATAA
255 TTAAATACTC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATT-AGTATTATTTTATTTTAAATAA
* * * * * * *
15646095 GCTAGTATGAATTTAAAA-AATTGTTTCATGACAAAACAAAAGGCCATAATGATTGGAAATATAT
317 GCTTGTATGAA-CTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGAT
* * *
15646159 AATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTATTTCAGGAAACAAATTTATTTTTTAAATCGCTT
381 AATTATTCA-AAAGTCTTAACTATTTGAACTA-TTCA-GAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * *
15646224 AGATATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTTGTATTATTTTATTTCAAATACGC-TAGTATGAAC
443 AGTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA-TATGAAC
* *
15646288 -AAACATAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTT
507 TAAA-ACAATTATTTTATAATA-AACAAAAGGTT
* ** * *
15646321 ATAATTATTT-AAAGTTTATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCAACAAACAA
1 ATAATGATTTGAAA-TAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAACAAACAA
*
15646385 ATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTAT-TTTTATTC
65 ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATATTTTATTC
* * * * *
15646449 CAAATAAGCTTGAATGTTCAAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGATAATAATGATTTGA
129 CAAATAAGCTTGTATGATCAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGA
* * * * **
15646514 AATAGATAATTGTTGACATGGCCATAATTATTTCAACTGATTCAATAAAC-AAATTCACATTTTA
194 AATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAACTGATTCAATAAACAAAATT-AGTTTTTA
* *
15646578 AATCACTCACTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTG
258 AAT-ACTCACTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTG
* * *
15646643 TATGAACTAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAGGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTAT
322 TATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTAT
* * * * *
15646708 TCATAAAGCCTTAATTGTTTGAACTACTTCGACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTAT
387 TCA-AAAGTCTTAACTATTTGAACTA-TTC-AGAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTAT
* * * *
15646773 TCATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAA-AAGCTTATATGAACTAAAAC
449 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAAC
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513 AATTATTTTATAATA-AACAAAAGGTT
* * * ** *
15646864 ATGATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG------------GAGCTAGTTCAGTAAACCAA
1 ATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAACAAACAAA
*
15646917 TTTATTTTTTTAAATCTAC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTGTT
66 TTTA-TTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-TATTTTATT
* * * * *
15646981 CTAAATATGCTTGTATGAT-GAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGTTCATAATGATTTG
128 CCAAATAAGCTTGTATGATCAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTG
* * * * ** * *
15647045 AAATAG-TAATTGTTCAAATGGCCATTATTATTTGAAATAATTTGATAAACTAACTT-GTTTTTA
193 AAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAACTGATTCAATAAACAAAATTAGTTTTTA
* * *
15647108 AATA-TCGAACTTATCT-ATTTTTGAAATATTAATG-AAGTAATATTA-TTTATTTCAAATAAGC
258 AATACTC--ACTTAT-TAATTTTTGAAATATTAA-GAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGC
* * * ** * * * *
15647169 TTTTACGAACTGAAACAATTGTTTTATGTTAAAACAAAAGGTCATATTTATTT-TAATAAATAAT
319 TTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAAT
* * * * *
15647233 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAAAAAATTTATTTTTTTAATTTCTT-GC
384 TATTCAAA-AGTCTTAACTATTTGAAC-TATTCAG-AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAG-
* * ** * *
15647297 TTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGGAATAAGCATGTATGAACTGA
445 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT-A
* * *
15647362 AGA-AATTATTTTATGACTAAACAAAATGTT
509 AAACAATTATTTTAT-AATAAACAAAAGGTT
* * ** * * *
15647392 AAAACGATTTGAAATAAATAA-TAGTTTTAATAGTCTTAACTATTTAAACTAGTTCAACAAACAC
1 ATAATGATTTGAAATAAATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAACAAACAA
* * * * * *
15647456 ATTTATTGTTTAAATCTCTTACTTATCAATTTTT-ATTATATTATTAATTTAGTAATATTTTACT
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGT-ATATTTTATT
* *
15647520 CCAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-ATCATAATGATTTG
128 CCAAATAAGCTTGTATGATCAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTG
* * * * * * * * *
15647583 AGATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTAGTTTTTA
193 AAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAACTGATTCAATAAACAAAATTAGTTTTTA
* * * ** *
15647647 AAT-CT--CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTTGAATAAATTTAT
258 AATACTCACTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGT
* * * * * * *
15647709 ATGAA-TAAAAGCAGTTGTTTTACGATAAAACAAAATGTCGTAATGATTTTAAAATAGATAA-TA
323 ATGAACTAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-AATTTGAAATAGATAATTA
* ** * * * * *
15647772 GTTCAAATGGATATGA-TATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAA--T-TTTTTTATATCTC-CAATG
386 -TTCAAAAGTCT-TAACTATTTGAAC-TATTCAG-AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGT-
* * * *
15647832 TATTGACTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGA
446 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTA-A
* * * * * *
15647896 AGCAATTGTTTTACAACAAACAAAAGATC
510 AACAATTATTTTATAATAAACAAAAGGTT
* * * * * *
15647925 ATAAGGATTTGAAATAAATAATTATTAAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCTCGATAAA-AAA
1 ATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAACAAACAAA
* * * * * *
15647989 ATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTTTTTTTTATTCCG
66 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATATTTTATTCCA
* * * * *
15648054 AATAAGCTTTTATGA-C--TAGA-AA----TTTAAGACAAAACAAATTG-TCATAATGATTTGAA
131 AATAAGCTTGTATGATCAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGATCATAATGATTTGAA
* ** ** * * * *
15648110 ATAGATCATTGTTCAAATAGTTATAACGATTTAAAACT-A-TCAAAAAAACATATTTA-TTTTTA
195 ATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTT-GAACTGATTC-AATAAACAAAATTAGTTTTT-
** * * * * *
15648172 AAATTTTTATTTATT-ATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTT
257 AAATACTCACTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAA-TTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTT
* * * * *
15648235 GCATGAACGAAAATAATTATTTTGTGACAAAACAAAAG
321 GTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
15648273 ACCATTTGTT
Statistics
Matches: 1577, Mismatches: 297, Indels: 171
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
524 15 0.01
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (538 bp):
ATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAACAAACAAA
TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATATTTTATTCCA
AATAAGCTTGTATGATCAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAA
TAGATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAACTGATTCAATAAACAAAATTAGTTTTTAAAT
ACTCACTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATG
AACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAA
AAGTCTTAACTATTTGAACTATTCAGAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTT
TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTATTT
TATAATAAACAAAAGGTT
Found at i:15647043 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 15646747--15647063 Score: 424
Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 168
15646737 CGACAAACAG
* * * *
15646747 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTCATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * *
15646812 TGAAAAAGCTTATATGAACTAAAACAATTATTTTATAATAGAACAAAAGGTTATGATGATTTGAA
66 TGAAAAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAA
15646877 ATAGATAATTATTCAAATAGGAGCTAGTTCAGTAAACCA
131 ATAG-TAATTATTCAAATAGGAGCTAGTTCAGTAAACCA
* *
15646916 ATTTATTTTTTTAAATCTAC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTGT
1 ATTTA-TTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * ** * *
15646980 TCT-AAATATGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAA-GTTCATAATGATT
64 TCTGAAA-AAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTT-ATAATGATT
*
15647043 TGAAATAGTAATTGTTCAAAT
127 TGAAATAGTAATTATTCAAAT
15647064 GGCCATTATT
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 16, Indels: 8
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Matches are distributed among these distances:
169 23 0.18
170 104 0.81
171 1 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (168 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
TGAAAAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAA
ATAGTAATTATTCAAATAGGAGCTAGTTCAGTAAACCA
Found at i:15647257 original size:178 final size:178
Alignment explanation
Indices: 15646937--15647972 Score: 480
Period size: 178 Copynumber: 5.8 Consensus size: 178
15646927 TAAATCTACT
* * * *
15646937 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTCTAAATATGCTTGTATGATGA
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTGTTCTAAATAAGCTTGTACGATG-
* * *
15647002 AAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGTAATTGTTCAAATGGC
65 AAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAATAATTGTTCAAATAGC
* *
15647067 CATTATTATTTGAAATAATTTGATAAACTAACTTGTTTTTAAATATCGA
130 CATAACTATTTGAAATAATTTGATAAACTAACTTGTTTTTAAATATCGA
* *
15647116 ACTTATCT-ATTTTTGAAATATTAATGAAGTAATATTATTTAT-TTC-AAATAAGCTTTTACGAA
1 ACTTAT-TAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTT-TGTTCTAAATAAGCTTGTACG-A
* * * *
15647178 CTG-AAACAATTGTTTTATGTTAAAACAAAAGGTCATATTTATTT-TAATAAATAATTGTTCAAA
63 -TGAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT-AATAATTGTTCAAA
* * * * ** * * * * **
15647241 TAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCAGTAAAAAAATTTATTTTTTTAATTTCTT
126 TAGCCATAACTATTTGAAATAATTTGA-TAAACTAACTT-GTTTTTAAATATCGA
* * * * * * * *
15647295 GCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGGAATAAGCATGTATGAA
1 ACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTGTTCT-AAATAAGCTTGTACG-A
* * * * * * * **
15647358 CTGAAGA-AATTATTTTATGACT-AAACAAAATGTTAAAACGATTTGAAATAAATAATAGTTTTA
63 -TGAAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT-AATAATTGTTCAA
* * * ** * * * * **
15647421 ATAGTCTTAACTATTT-AAACTAGTTCAACAAAC-ACATTTATTGTTTAAATCTCTT
125 ATAGCCATAACTATTTGAAA-TAATTTGATAAACTA-ACTTGTT-TTTAAATATCGA
* * * ** * * ** * * *
15647476 ACTTATCAATTTTT-ATTATATTATTAATTTAGTAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGAAC
1 ACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAAGTAATATTATTTTGTTCTAAATAAGCTTGTACG-AT
* * * * *
15647540 AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-ATCATAATGATTTGAGATAAATAATTGTTCAAATA
64 GAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT-AATAATTGTTCAAATA
* * ** * *
15647604 GTCATAAC-ATTTGAACTGGTTCGATAAA-TAGATTTAGTTTTT-AA-ATC--
128 GCCATAACTATTTGAAATAATTTGATAAACTA-ACTT-GTTTTTAAATATCGA
* * * * * * * ** * *
15647651 TCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTTGAATAAATTTATATGAAT-
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTGTTCTAAATAAGCTTGTACG-ATG
* * * * * *
15647715 AAAAGCAGTTGTTTTACGATAAAACAAAATGTCGTAATGATTTTAAAATAGATAATAGTTCAAAT
65 AAAA-CAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATA-ATAATTGTTCAAAT
* ** * * * * * * *
15647780 GGATATGA-TATTTGAACT--TGTTCAGTAAAC-AAATT-TTTTTATATCTCCA
127 AGCCATAACTATTTGAAATAAT-TTGA-TAAACTAACTTGTTTTTAAATATCGA
* * * * *
15647829 A-TGTATTGACTTTT-AGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGA
1 ACT-TATTAATTTTTGA-AATATTAATAAAGTAATATTATTTTGTTCT-AAATAAGCTTGTACG-
* * * * * *
15647891 AT-AGAAGCAATTGTTTTA-CA-ACAAACAAAAGATCATAAGGATTTGAAATAAATAATTATTAA
62 ATGA-AAACAATTGTTTTATGATA-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT-AATAATTGTTCA
*
15647953 AATAGTCATAACTATTTGAA
124 AATAGCCATAACTATTTGAA
15647973 CTCGCTCGAT
Statistics
Matches: 662, Mismatches: 148, Indels: 96
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
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182 2 0.00
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Consensus pattern (178 bp):
ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTGTTCTAAATAAGCTTGTACGATGA
AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAATAATTGTTCAAATAGCC
ATAACTATTTGAAATAATTTGATAAACTAACTTGTTTTTAAATATCGA
Found at i:15647454 original size:709 final size:701
Alignment explanation
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Period size: 709 Copynumber: 3.5 Consensus size: 701
15645752 ATGAACATAT
* ** * *
15645762 AACATAACAACAAG-TCATAATGATTTGAAGA-AAATAATTGCTCAAGTAGTCATAACTATTTGA
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* * * *
15645825 ACT-AGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
63 ACTCA-CTCGATAAA-AAAATTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* * * * * * *
15645885 GGATTAGTATTATTTTATTTCGAACAAACTTATGTGAAC-AAAAACATTTTGTTTTATGACAAAA
125 -AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAGAA-A--TTATTTTATGACAAAA
* * * * * * *
15645949 TAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA-TTCA-AATAGTCATAATTTTTTGAACTGGT
186 -CAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAA-TAGTT-ATAATAGTCTTAACTATTTAAACT-AT
** * * * * *
15646012 T-AGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATT-ATTTTTTGAAATATTAATAAATTCA
247 TCA-ACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTCA-TTTTTAAAATATTATTAAATT-A
* * ** * * *
15646075 -TTTTATTTTATTCT-AAATAAGCTAGTATGAATTTAAAA-AATTGTTTCATGACAAAACAAAAG
309 GTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAA-CAAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAA-
** * * * * * * *
15646137 GCCATAATGATTGGAAATATATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTATTTCAGGAAAC
371 ATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG--TGAACTAGTT---CGA--T----AAAC
* * * * * * *
15646202 AAATTTATTTTTTAAATCGCTTAGATATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTTGTATTATTTTAT
425 AGATTTAGTTTTTAAATCTC-T---TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * * * * * * * * *
15646267 T-TCAAATACGC-TAGTATGAACAAACATAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAATTA-T
486 TCT-AAATAAACTTA-TATGAATAAAAACAATTGTTTTACGATAAAACAAAATGTCATAATGATT
* ** ** * * **
15646329 TTAAAGTTTATAATTA-TTCAAACAGTCATAACTATTTG-AATTAGTTCAACAAACAAATTTATT
549 TTAAAATAGATAA-TAGTTCAAATGGACATGA-TATTTGAAATT-GTTCAGTAAAC-AA---ATT
* * * * * * * * *
15646392 TTTTTAAATCTCTTACT-TATT-AATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTA-T-TTTTATTCCAAA
607 TTTTTAAATATC-CAATGTATTGACTTTTAG-AATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAA
* * * *
15646453 TAAGCTTGAATGTTCAA-A-AAACAATTGTTATATG
670 TAAGCTTGTACG---AATAGAAACAATTGTTTTA-C
* * * * * * * * * * *
15646487 ACCAAACAAAAGATAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGACATGGCCATAATTATTTCAACT
1 AACAAACAAAAGATCATAAGGATTTGAAATAAATAATTATTAAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * ** ** * *
15646552 GATTCAATAAACAAATTCACATTTTAAATCACTCACTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTA
66 CACTCGATAAAAAAATT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * * **
15646617 GTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAGGGT
130 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAGA-AATTATTTTATGACAAAACAAAATGT
* * * * * *
15646682 CATAACAATTTGAAATAGATAATTA-TTCATAA-AGCCTTAATTGTTTGAACTACTTCGACAAAC
194 CATAACGATTTGAAATAGATAA-TAGTT-ATAATAGTCTTAACTATTTAAACTA-TTCAACAAAC
* *
15646745 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTCATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAT
256 ACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTCATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-
* * * * * * *
15646810 TTTGAAA-AAGCTTATATGAACTAAAACAATTATTTTATAATAGAACAAAAGGTTATGATGATTT
320 TTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAA-ATCATAATGATTT
* * *
15646874 GAAATAGATAATTATTCAAATAG-GAGCTAGTTC-AGTAAACCA-ATTTATTTTTTTAAATCTAC
384 GAAATAAATAATTATTCAAATAGTGAACTAGTTCGA-TAAA-CAGATTTA-GTTTTTAAA--T-C
* ** *
15646936 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTCTAAATATGCTTGTATG-AT
443 T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTATATGAAT
* * *
15647000 GAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAA-GTTCATAATGA-TTTGAAATAG-TAATTGTTCAA
507 -AAAAACAATTGTTTTACGATAAAACAAAATG-TCATAATGATTTTAAAATAGATAATAGTTCAA
* * * * *
15647062 ATGGCCATTATTATTTGAAATAAT-TTGA-TAAACTAACTTGTTTTTAAATATCGAACT-TATCT
570 ATGGACATGA-TATTTGAAAT--TGTTCAGTAAAC-AAATT-TTTTTAAATATCCAA-TGTAT-T
* * *
15647124 -A-TTTTTGAAATATTAATGAAGTAATATTA-TTTATTTCAAATAAGCTTTTACGAACT-GAAAC
628 GACTTTTAG-AATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTACGAA-TAGAAAC
*
15647185 AATTGTTTTATGT
691 AATTGTTTTA--C
* * *** * * *
15647198 TA-AAACAAAAGGTCATATTTATTT-TAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
1 AACAAACAAAAGATCATAAGGATTTGAAATAAATAATTATTAAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * *
15647261 TATTC-AGTAAAAAAATTTATTTTTTTAAT-TTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAA
66 CACTCGA-TAAAAAAA-TTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAA
* * *
15647323 TTAGTATTATTTTATTTGGAATAAGCATGTATGAACTGAAGAAATTATTTTATGACTAAACAAAA
127 TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT-AAGAAATTATTTTATGACAAAACAAAA
* * * *
15647388 TGTTAAAACGATTTGAAATAAATAATAGTTTTAATAGTCTTAACTATTTAAACTAGTTCAACAAA
191 TGTCATAACGATTTGAAATAGATAATAGTTATAATAGTCTTAACTATTTAAACTA-TTCAACAAA
* ** * *
15647453 CACATTTATTGTTTAAATCTCTTACTTA-TCAATTTTTATTATATTATTAATTTAGTAATATTTT
255 CACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTC-ATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT
* ** *
15647517 ACTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAATCATAATGATTT
319 ATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAATCATAATGATTT
* * * *
15647582 GAGATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTAGTTTTTA
384 GAAATAAATAATTATTCAAATAG----------TGAACTAGTTCGATAAACAGATTTAGTTTTTA
* * * *
15647647 AATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTTGAATAAATTTATATG
439 AATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTATATG
* * *
15647712 AATAAAAGCAGTTGTTTTACGATAAAACAAAATGTCGTAATGATTTTAAAATAGATAATAGTTCA
504 AATAAAAACAATTGTTTTACGATAAAACAAAATGTCATAATGATTTTAAAATAGATAATAGTTCA
* * * *
15647777 AATGGATATGATATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTTTTTATATCTCCAATGTATTGACTTT
569 AATGGACATGATATTTGAAATTGTTCAGTAAACAAATTTTTTTAAATATCCAATGTATTGACTTT
* * *
15647842 TAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAGCAATTGTTT
634 TAGAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTACGAATAGAAACAATTGTTT
15647907 TAC
699 TAC
15647910 AACAAACAAAAGATCATAAGGATTTGAAATAAATAATTATTAAAATAGTCATAACTATTTGAACT
1 AACAAACAAAAGATCATAAGGATTTGAAATAAATAATTATTAAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* *
15647975 CGCTCGATAAAAAAATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAG
66 CACTCGATAAAAAAATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * *
15648040 T-TTTTTTTATTCCGAATAAGCTTTTATG-ACT-AG-AA--A-TTTAAGACAAAACAAATTGTCA
131 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAGAAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCA
* * * * *
15648098 TAATGATTTGAAATAGATCATTGTTCA-AATAGT-TATAACGATTTAAAACTA-TCAAAAAAACA
196 TAACGATTTGAAATAGATAATAGTT-ATAATAGTCT-TAACTATTT-AAACTATTC-AACAAACA
* * * * ** *
15648160 TATTTATTTTTAAAAT-TTTTATTTATT-ATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTAT
257 CATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTCATTTTTAAAATATTATTAAA-TTAGTATTATTTTAT
* * * * *
15648222 TTGAAATAAGCTTGCATGAACGAAAATAATTATTTTGTGACAAAACAAAA
321 TTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAA
15648272 GACCATTTGT
Statistics
Matches: 1444, Mismatches: 256, Indels: 192
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
703 68 0.05
704 13 0.01
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728 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (701 bp):
AACAAACAAAAGATCATAAGGATTTGAAATAAATAATTATTAAAATAGTCATAACTATTTGAACT
CACTCGATAAAAAAATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAGAAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCA
TAACGATTTGAAATAGATAATAGTTATAATAGTCTTAACTATTTAAACTATTCAACAAACACATT
TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTCATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTGAA
ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAATCATAATGATTTGAAATAA
ATAATTATTCAAATAGTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTT
TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTATATGAATAAAAACAATTGTTT
TACGATAAAACAAAATGTCATAATGATTTTAAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGATATTTG
AAATTGTTCAGTAAACAAATTTTTTTAAATATCCAATGTATTGACTTTTAGAATATTAATAAAGT
AATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTACGAATAGAAACAATTGTTTTAC
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Alignment explanation
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15647829 ATGTATTGAC
* * *
15647839 TTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAGCAATTG
1 TTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAA-CAATTG
*** *
15647904 TTTTACAACAAACAAAAGATCATAAGGATTTGAAATAAATAATTATTAAAATAGTCATAACTATT
65 TAAGACAACAAACAAAAGATCATAAGGATTTGAAATAAATAATTATTAAAATAGTCATAACGATT
* * * *
15647969 TGAACTCGCTCGATAAAAAAATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
130 TAAACTC-ATCGAAAAAAAAATTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAAT
* * * * * *
15648018 TTTTGAAATTTTAATAAA-TTAGT-TTTTTTTATTCCG-AATAAGCTTTTATGACTAG-A-AATT
1 TTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAATAGAACAATT
* * * * * * *
15648078 -TAAGAC-A-AAACAAATTG-TCATAATGATTTGAAATAGATCATTGTTCAAATAGTTATAACGA
64 GTAAGACAACAAACAAA-AGATCATAAGGATTTGAAATAAATAATTATTAAAATAGTCATAACGA
*
15648139 TTTAAAACT-ATC-AAAAAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTATTTATT-AT
128 TTT-AAACTCATCGAAAAAAA-A-A-TTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAAT
*
15648189 TTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAA
1 TTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAA
15648242 CGAAAATAAT
Statistics
Matches: 182, Mismatches: 32, Indels: 27
0.76 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
170 6 0.03
171 23 0.13
172 83 0.46
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175 4 0.02
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178 28 0.15
179 16 0.09
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
TTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAACAATTGT
AAGACAACAAACAAAAGATCATAAGGATTTGAAATAAATAATTATTAAAATAGTCATAACGATTT
AAACTCATCGAAAAAAAAATTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAAT
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15648934 GCCAAATCAG
15648944 TTCAAATAATTATAACTAT
1 TTCAAATAATTAT-ACTAT
15648963 TT-AAATAATTAT-CTAT
1 TTCAAATAATTATACTAT
15648979 TTCAAAT
1 TTCAAAT
15648986 CGTTATTACT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 4
0.85 0.00 0.15
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.27
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19 2 0.09
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Consensus pattern (18 bp):
TTCAAATAATTATACTAT
Found at i:15649796 original size:363 final size:362
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Indices: 15648277--15654731 Score: 2135
Period size: 358 Copynumber: 18.0 Consensus size: 362
15648267 CAAAAGACCA
* * * * * *
15648277 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATAGTACT
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAG-TAATAAAAGCTTATACGAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * ** *
15648342 TTCTTAATACTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAATAATAAATCAATTTATTGAATC-AGT
65 TT-ATAATATTTCCAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAATCAAGT
* * * * * * * * * * *
15648406 TCAAATAATTATGGCCATGT-GACCAATTATCTATTTCGAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCA
129 TCAAATAGTTAAGACTAT-TAGAACAATTATCTATTACAAATCATTATAACCTTTTGCTTAGCCA
* * *
15648470 TAAAACAATAGTTTTTCAA--CGTA-AAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
193 TAAAATAAT--TGTTTCAATTCATACAAA-CTTATTTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-
** * * * * * ** * **
15648531 TTTTC-AAGAATTGATAAG---AGATTT-AAAAAATAAATTTGGTTT-TTGAACTAGTTCGAATA
254 CATTCAAAAAATTAATAAGAAAAAATTTGAAAAAATAAATCT-ATTTACCGAACAAGTTAAAATA
* * * *
15648590 GTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-TGTTATAACCT
318 GTTATTATTATTTGAATAATTATCAATTTAAAATCT-TTATAACCT
* * * * * *
15648635 TTTGTTCTATCATAAAACAATTGTGTCTAGTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTAATAAAAGCTTATACGAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * **
15648700 TTAGTAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATCAA-
65 TTA-TAATATTTC-CAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAATCAAG
* * * * * * * ** * *
15648763 TTCGAACAATTAAAACTA-TATGAATAATTATTTATTTTC-AATTTTTATAACCTTTTGCTTTGT
128 TTCAAATAGTTAAGACTATTA-GAACAATTATCTA-TTACAAATCATTATAACCTTTTGCTTAGC
* * * *
15648826 CATAAAATAATTATTTCAACTT-ATA-AAAGCTTATTCAG-AATAGAATAAAACTAATTTATTAA
191 CATAAAATAATTGTTTCAA-TTCATACAAA-CTTATTTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * * * *
15648888 TATTTC-AAAAATTTATAAGTAAGAGATTT-AGAAAATAATTCTATTTGCCAAATC-AGTTCAAA
254 CA-TTCAAAAAATTAATAAG-AAAAAATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CAAGTTAAAA
* * * * * * * * *
15648950 TAATTATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACTT
316 TAGTTATTATTATTTGAATAATTATCAATTTAAAATCTTTATAACCT
* ** * * * **
15648997 TTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATACTAAT
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAG-TAATAAAAGCTTATACGAAATAAAATAATACTAAT
*** * * *** ** * *
15649062 TTATTAATATTAAAAAAATTAATCAGTAA-AAGATTTAAAAAGTAAA-TGGCTTACCAAAAC-AT
65 TTA-TAATATTTCCAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAATCAAG
** * * * * * *
15649124 TTCAAATAGTTTTGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTG-TTTG--A
128 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTACAAATCATTATAACCTTTTGCTTAGCCA
* * * * * * * * * * * *
15649186 -ATAGT-TTTG-AT-AGTTCATAC-TATTTATTCA-AAAT-AAATAATGCTAATTTAATCATATT
193 TAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAACTTATTTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-T
* * * * * * *
15649244 TC-AAAACTTAATAACCAAGAAAA-TT-AAAAAATAAATCTAATTGCCAAACTAGTTCAAATAGT
257 TCAAAAAATTAATAA-GAA-AAAATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTAAAATAGT
** * * * * * *
15649306 TAAAACTATATGAATGATTATCTATTTCAAAT-TTTATCACCT
320 TATTATTATTTGAATAATTATCAATTTAAAATCTTTATAACCT
* ** * ** * * * * *
15649348 TTTCTTTTGTTGTAGAACAATT-TTTTTGTTCATATAAGCTTATTCTAATTAAAATAATACTAAT
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAG-TAATAAAAGCTTATACGAAATAAAATAATACTAAT
** * *
15649412 TTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAAATTTTAAAAATAACTTTATTTACTGAATC-AGT
65 TT-ATAATATTTCCAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAATCAAGT
* * * *
15649476 TCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATATATTACAAATCATTCTAACCTTTTGCTTAGCCAT
129 TCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTACAAATCATTATAACCTTTTGCTTAGCCAT
* * * * * *
15649541 AAAACAACTGTTTCAATTTATACAAGCTTATTTAGAAA-AAATTAATACTAATTTATTAACATTG
194 AAAATAATTGTTTCAATTCATACAAACTTATTTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTC
* * * *
15649605 AAAAAATTAATAAGAAAGACATTTGAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAATTCAAATAGTTAT
259 AAAAAATTAATAAGAAA-AAATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTAAAATAGTTAT
* *
15649670 TATTATTTGAACAATTGTCAATTTAAAATCTTTATAACCT
323 TATTATTTGAATAATTATCAATTTAAAATCTTTATAACCT
* * * *
15649710 TTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTAGACGAAATAAAATAATACTAAT
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAG-TAATAAAAGCTTATACGAAATAAAATAATACTAAT
* * *
15649775 TTATCAATATTTCCTAAATTAATAAGTAAGAAATTTTAAAAATAAATCTATTTACTGAATC-AGT
65 TTAT-AATATTTCCAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAATCAAGT
* * * * * * * * * * * * * *
15649839 TAAAATAATTATGGCCATTTGAACGATTATCTACTACAAATC-GTATGACATTTTTCTTTGTCAT
129 TCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTACAAATCATTATAACCTTTTGCTTAGCCAT
** * * * *
15649903 AAAATAATTGTTTTTGA-TCATACAAGCTTATTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATCAATATT
194 AAAATAATTG-TTTCAATTCATACAAACTTATTTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-T
* * * * * *
15649967 TC-AAAAATTAATAAGCAACAAATTT-AAAAATTAAATTTGTTTACCAAATC-AGTTTAAATAGT
257 TCAAAAAATTAATAAG-AAAAAATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CAAGTTAAAATAGT
* * * * *
15650029 TATGATTGTTTGAATAATTATCAATCTAAAATCTATGA-AATC-
320 TATTATTATTTGAATAATTATCAATTTAAAATCT-TTATAACCT
* * * * ** *
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* ** * * * *
15650135 TTTAGTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACTG-ACCTA
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* * * * * * * **
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* * * * * * *
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*
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* ** * *
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* * *
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1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTA-ATAAAAGCTTATACGAAATAAAATAATACTAA-
* * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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**** * * * * *
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256 TTCAAAAAATTAATAAGAAAAAATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CAAGTTAAAATAGT
** * * * * * * **
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320 TAT-TATTATTTGAA-TAATTATCAATTTAAAATCTTTATAACCT
* * ** * * * * * *
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1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCAGTAATAAAAGCTTATACGA-AATAAAATAATACTAA
* * * * * * *
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* * * * ** *
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* ** * * * * ** * ** * * *
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* * * * * * ** * *
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*** * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTAATAAAAGCTTATACGAAATAAAATAATACTAAT
* * * * *
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* * * * ** * * *
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* * **** * ** ** * * *
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* * * * * ** * * * * *
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* * ** * * *
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** * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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** * * * * * * * *
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* * ** * * * **
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255 A-TTCAAAAAATTAATAA-GAAAAAATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTAAAATA
* * * * * ** *
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* * * * ** * * * * * *
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* *** * * * ** *
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* * * * * ** * * *
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* * * * * * ** *
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* *** * * * * * * * *
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254 CATTCAAAAAATTAATAAG-AAAAAATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTAAAATA
* * * * * *
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* * * *
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** ** * * *
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* * * * * *
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* *** * *
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*** * * * ** * *
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* * * ** * ** * *
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* * * ** * * * *
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* * * * *
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* * * * *** ** * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * ** * *
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* * * ** * ** * *
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** * ** * *
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* * * * * *
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* ** * * *
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** * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * ** * *
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65 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAAT-AATTTATTTA-CGAAACAATT
* * * * * * *
15648407 CAAATAATTATGGCCATGTGACCAATTATCTATTTCGAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATA
128 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* *** * * * * *
15648472 AAACAATAGTTTTTCAACGTAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTCA
193 AAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-A
* * * * *** * * *
15648537 AGAATTGATAAG---AGATTTAAAAAATAAATTTGGTTTTTGAACT-AGTTCGAATAGTTATGAC
257 AAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAA--TCGTTTAACAAATAATTTCAAATAGTTATGAC
* ** * ** *
15648598 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTGTCT
320 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT-T-TGTTAAAACAATTGTTTCT
* * * *
15648663 AG-TCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAATAAC
383 -GTTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG
* * * * ** * *
15648726 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-TCAATTCGAACAATTAAAACTATATGAATAA
446 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* ** * * * *
15648790 TTATTTATTTTC-AATTTTTATAACCTTTTGCTTTGTCATAAAATAATTATTTCAACTT-ATAAA
510 TTA--TATATTCAAATCATTATAACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACA
* * *
15648853 AGCTTATTC-AGAATAGAATAAAACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTTATAAGTAAGAGATT
571 AGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * ** * * * *
15648916 TAGAAAATAATTCTATTTGCCAAATC-AGTTCAAATAATTATA-ACTATTTAAATAATTATCTAT
634 TAAAAAATAAATCTGTTT-CTGAA-CAAATTCAAATAGTTA-AGACTA--TGAACAATTATCTAT
* *
15648979 TTCAAATCGTTATTACTT
694 TTCAAATCATTATGACTT
* *** * * * * **
15648997 TTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATACTAAT
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
** * * * *** * *
15649062 TTATTAATATTAAAAAAATTAATCAGTAA-AAGATTTAAAAAGTAAATGGCTTACCAAAACATTT
65 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAATTTATTTA-CGAAACAATT
* * * * *
15649126 CAAATAGTTTTGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTG-TTTG-----
128 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * * * *
15649185 -AATAGTT-TTGATAGTTCATACTA-TTTATTCAAAAT-AAATAATGCTAATTTAATCATATTTC
193 AAACAATTGTT-TTTGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-
* ** * ** * *
15649246 AAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATC-TAATTGCCAAACT-AGTTCAAATAGTTAA
256 AAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCGT--TTAACAAA-TAATTTCAAATAGTTAT
* * ** * * * *
15649309 AACTATATGAATGATTATCTATTTCAAAT-TTTATCACCTTTTCTTTTGTTGTAGAACAATT-TT
317 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-T-TAAAACAATTGTT
* * * * *
15649372 TTTGTTCATATAAGCTTATTCTA-ATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATA
380 TCTGTTCATACAAGCTTATT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
* * * * * ** * * * *
15649436 AGTAAGAAATTTTAAAAATAACTTTATTTACTGAA-TCAGTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAAT
444 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * *
15649500 AATTATATATTACAAATCATTCTAACCTTTTGCTTAGCCATAAAACAACTGTTTCAATTTATACA
508 AATTATATATT-CAAATCATTATAACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * * * * *
15649565 AGCTTATTTAGAAA-AAATTAATACTAATTTATTAACATTGAAAAAATTAATAAGAAAGACATTT
571 AGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* ** * * *
15649629 GAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATTATTATTTGAACAATTGTCAATTT
635 -AAAAAATAAATCTGTTT-CTGAACAAATTCAAATAGTTAAGACTA--TGAACAATTATCTATTT
* * * *
15649694 AAAATCTTTATAACCT
696 CAAATCATTATGACTT
* * * * ** *
15649710 TTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTAGACGAAATAAAATAATACTAAT
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* ** * * * *
15649775 TTATCAATATTTCCTAAATTAATAAGTAAGAAATTTTAAAAATAAATCTATTTACTGAATCAGTT
65 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAAT-AATTTATTTAC-GAAACAATT
* * * * * * * * *
15649840 AAAATAATTATGGCCATTTGAACGATTATCTACTACAAATC-GTATGACATTTT-TCTTTGTCAT
128 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT-TTTGTCAT
* * * * *
15649903 AAAATAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATCAATATTT
192 AAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * *
15649968 CAAAAATTAATAAGCAACAAATTTAAAAATTAAATTTGTTTACCAAATCAGTTT-AAATAGTTAT
256 -AAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAA-TCGTTTAACAAAT-AATTTCAAATAGTTAT
* * * * * * ** *
15650032 GATTGTTTGAATAATTATCAATCTAAAATC--TATGAAATCTTTGTTTTGTCATAAAACCATTGT
317 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGT--TAAAACAATTGT
* * * * *
15650095 TTCTGATCATAGAAGCTTATTT-GATTAAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAAT
379 TTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT
* * ** * * ** * *
15650159 AAGTAAGTGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACTGACCTAGTTCAGATAGTTAAAACTATTAGAAT
443 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * *
15650224 AATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTCTTGTTTAATCATAAAATATTTGTTTC-ATATCTTAC
508 AATTATATA-TTCAAATCATTATAACCTTTTGTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATAC
* * * * * ** * *
15650288 AAACTCATTCAAAATAAAATAATCCAAATTTATTAGCATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTT
570 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * ** * *
15650353 GAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTAAAATAGTTATTACTATTTGAATAATTATTTATTT
635 -AAAAAATAAATCTGTTT-CTGAACAAATTCAAATAGTTAAGACTA--TGAACAATTATCTATTT
* *
15650418 AAAATCATTATGACCT
696 CAAATCATTATGACTT
* * * * *
15650434 TTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTCAGTACATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAAT
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * *
15650499 TTTTTAATATTTCCAAAATTAATAAGCAA-AAGTTTAAAAAAATAAATTTGTTTATCG-AACAAA
65 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAAAT-AATTTATTTA-CGAAAC-AA
* *
15650562 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTAG-CT
126 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC-
* * ** *
15650626 ATAAAATAATT-TTTTTAGTTCATGCAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAA-TTATTAATAT
190 ATAAAACAATTGTTTTT-GTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-
** * * * * * *
15650689 TTTGTAAATTAATAAG---CAATTTAAAAAATGAATC-TATTTACTGAATCAGTTT-AAATAATT
253 TTTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCGT-TTAAC-AAAT-AATTTCAAATAGTT
* * * * * ** * *
15650749 ATGTCCA-TTCAACAAATTATCTATTTTAAATCATTATTATGTTTTGTTTGGTCATACAACAATT
315 ATGACTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT--TAAAACAATT
* * * * * *
15650813 GGTTT-T-TTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAGTATTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTA
377 -GTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTA
* *
15650876 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
441 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* ** * * * *
15650941 ACAATTGTATACTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTATGTCATGAAGCAATTATTTCTATTCACA
506 ACAATTATATA-TTCAAATCATTATAACCTTTTGTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA
* * ** * * * * *
15651006 TAAGTTTATTCGAAATAAAATAGGACTAATCTAATAAAATTAAAAAAATTAATAATTAAGAGATT
569 CAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * *
15651071 TAAAAAATAAATTTGTTTGTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGGCTATGAACACTTATCTATTTCAA
634 TAAAAAATAAATCTGTTTCTGAACAAATTCAAATAGTTAAGACTATGAACAATTATCTATTTCAA
15651136 ATCATTATGACTT
699 ATCATTATGACTT
* * ** * * *
15651149 TTTGTTTTGTCGTAAAACAATTTTTCAACTT-ATAGAAGCTTATTCGGAATAGAATAAAACTACT
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTCAA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * *
15651213 TTATTAACATTTCAAAAATCT-ATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAATTCTATTTACGAAAACAAT
65 TTATTAATATTTCAAAAAT-TAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAATT-TATTTACG-AAACAAT
* * * ** *
15651277 TCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATTA-CTTTTGGTTTTGTCA
127 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTTGTCA
* * ** * * *
15651341 TAAAACAATTGTTTTTGGTAATGTAAGTTTGTTCAAAATAAACTAATACTAATTTATTAATATTT
191 TAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * **
15651406 AGAAAATTAATAAGTAAAACATTTAAAAAGTAAATCGCTTAACAAACCATTTCAAATAGTTATGA
256 A-AAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCGTTTAACAAATAATTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * * *
15651471 CTATTTGAGCAATTATTTCTTTCAAATTATTATGACTTTTTCTTTTGTTAAAAGCAATAGTTTTT
319 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTAAAA-CAATTGTTTCT
* * * * *
15651536 GTTCATATAAGCTTATTTAGAATAAAATAATGCTAATTTAATAATATTTTGACAATTAATAAGTA
383 GTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * *
15651601 AAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTAAATAATTA
448 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * *
15651666 TCTATTTCAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAAAAATTATTTC-AGTTCATATAAGCT
513 TATA-TTCAAATCATTATAACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCT
* * * * *
15651730 TATTTGAAATAAAATAATACTAAGTTGTTAATATTTC-AAAAATTAATAATTAAAAGATTTAAAA
575 TATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
** * * * * * * * *
15651794 AACGATTCTATTTATCGAACAACTTTC-AATAATTATGACTATTTGAATAATTTATCTATTTGAA
639 AATAAATCTGTTTCT-GAACAA-ATTCAAATAGTTAAGACTA--TGAACAA-TTATCTATTTCAA
* *
15651858 ATCACTAT-AATCT
699 ATCATTATGACT-T
* * * ** * * *
15651871 TTGGCTTTGCCATTAAATGATTTTTTCAATTCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATACAAA
1 TTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTTTTCAATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * ** *
15651935 TTTATTGATA-TT-AAGACAATTAGTAAGTAAAAAATTTTTAAAATAAATTTATTTTTCG-AACA
64 TTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAAT-AATTTA-TTTACGAAACA
* * * * * * ** * *
15651997 AGCTCAAATCGTTTTAACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTAT
125 A-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * ** *
15652062 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATTAAAATAATTTTTATTTATTAATA
189 CATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTCGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * *
15652126 TTTTGATAACTATTAAGTAAAAAATTTTAAAAAATAAAT-GTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTC
253 -TTTAAAAATTAATAAGT-AAAAA-TTTAAAAAATAAATCGTTTAACAAATAATTTCAAATAGTT
* * *
15652190 ATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAAC-A--
315 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGT--TAAAACAATT
* * *
15652252 -TTTCAGTTCATATAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTA
377 GTTTCTGTTCATACAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTA
** * * * * *
15652315 A-AGAGTAAGAGAATTTAAAAAATTTATTTGTTTACCAAACAAGCTCAAATAGTTATGAGTATCT
441 ATA-AGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* ** * * * * * * *
15652379 -AAAAAAAATCTATTTCAAAACATTATCACTTTTTATTTTTTCATAAAACAATTGGTTT-TGTTC
504 GAACAATTATATA-TTCAAATCATTATAACCTTTT-GTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTC
* * *
15652442 ATGCAAGCTTATTTC-CAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTACA
566 ATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTA-A
* * *** * *
15652505 -A-ATTTTAAAAATAAATCTGTTTTCTAAATTCATTCAAATAGTTATGACTCTTTGAACTAATT-
628 GAGATTTAAAAAATAAATCTG-TTTCTGAACAAATTCAAATAGTTAAGA--CTATGAAC-AATTA
* *
15652567 TTTATTTCAAATCATTATGACTA
689 TCTATTTCAAATCATTATGACTT
* * * *
15652590 TTTGTTTTGTCATGAACCAATTTTTTCTATTCAAACAA-CTTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTTTTCAATTCATACAAGC-TTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * *
15652654 TTTATTAATACTT-AAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTG-AGCGA
64 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAAT-AATTTATTTA-CGAAAC-A
* * * * * * * *
15652716 GTTCAAATAGTTTTGAGTATTTGAACAGTTATTTATTTCAAGTCATTATGATCTTTTGTTTTTAT
125 ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTTGT
* * ** * * *
15652781 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTGCATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTATTAT
189 CATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * * *
15652846 TCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAATCTGTTT-ACTGAACAAGTTCAAATAGTC
254 T-TAAAAATTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAATC-GTTTAAC-AAATAATTTCAAATAGTT
* * * * * ** * *
15652910 ATGTCCATTTAAACTATTATCTATTTTAAATTTTTAAGACATTTTGTTTTGTCTTAAAACAATTG
315 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG--TTAAAACAATTG
* ** * * *
15652975 TTTCTATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTATTGTTTCAAAAA-T--T
378 TTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT
* * * * *
15653037 GA-TAAGACATTTAAAAACTAAATCTCTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
443 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * * *
15653101 AATTATCTATCACAAATCGTTATGA-TTTTTGTTTGGTCCTAAAACATTTGTTTCTACTCATACA
508 AATTATATAT-TCAAATCATTATAACCTTTTGTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * * * * * * *
15653165 AGTTTATTCTG-AGTAAGATATTACCAAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGA-ATTT
571 AGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * *
15653228 AAAAAATGAATGTGTTTACCGAACTAATGCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTC
635 AAAAAATAAATCTGTTT-CTGAACAAATTCAAATAGTTAAGACTA-T-GAACAATTATCTATTTC
* * *
15653293 AAATTATTTTG-GTCT
697 AAATCATTATGACT-T
* * *
15653308 TTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * *
15653373 TTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAG-AATTTAAAAACATAAATTTGTTTACCAAACAAG
65 TTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAA-AT-AATTTATTTACGAAACAA-
* * * * * * *
15653436 TTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAACTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTATTTTATCA
126 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* *** * * * *
15653501 TAAAACATTTGTTTCAATTCATAAAAGCTTA-TCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATT
191 TAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-T
* * * * * * * * *
15653565 TTAAAAATTGATTAGTTAGAGATTTAAAACATAAATTAGTTTATCGAATTAA-TTCAAATAATTA
254 TTAAAAATTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAA-TCGTTTAAC-AAATAATTTCAAATAGTTA
* * * * * ** ** *
15653629 TGGCCATTTGAGCAATTATTTATTTTAAATCATTACAAAATTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGT
316 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT--TAAAACAATTGT
* ** * * *
15653694 TTTTCATCATACAAGGC-TCTTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
379 TTCTGTTCATACAA-GCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT
* * * * **
15653758 AAGTAGGAGATTTCAAAAATAAATCTATTTA-TAGAACTAGTTCAAATAGTTACAACTATTTGAA
443 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA-AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * *
15653822 C--------CTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAAAAATTATTTCTATTCATACA
507 CAATTATATATTCAAATCATTATAACCTTTTGTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * ** * * *
15653879 AGCTTATTCGAAATATAATAATGCTAACGTAATAATATT-ATGAAAATTAATAACTAAGAGATTT
571 AGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * *
15653943 AAAAAATAAATTTGTTTGTTGAACCAATTCAAATAGTTAA-AGCTATATGAACAATTCTTTATTT
635 AAAAAATAAATCTGTTT-CTGAACAAATTCAAATAGTTAAGA-C--TATGAACAATTATCTATTT
* *
15654007 CAAATCGTTATGACCT
696 CAAATCATTATGACTT
* * * * * * *** * *
15654023 TTTGTTCTATCATAAAATAAATTTTTTAGTTCTTACTAA-CTTATTTGGAATAAAATAAAACAAA
1 TTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTTTTCAATTCATAC-AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* ** * * * ** **
15654087 TTTATTAGTACCTAAAAAATTAATTAGTAAGAAATTTGAAAAATAATTTTGATTGCCG-AACTGG
64 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAA-TTT-ATTTACGAAAC-AA
* *
15654151 TTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
126 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
15654216 TAAAATAAATGTTTTTGTTCAAAATAAGTTTGTTC-AGAATAAAATAATA-TCAATTTATTAACA
191 TAAAACAATTGTTTTTGTTC-ATACAAGTTTATTCGA-AATAAAATAATACT-AATTTATTAATA
* * *
15654279 TTTTCAAAATTAATAA-T-AGAA-TTAAAAAATAAATCTGTTT-ACTAAAACAATTT--AATAAG
253 -TTTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATC-GTTTAAC--AAATAATTTCAAAT-AG
* ** * * * *
15654338 TTATAACTATTTGAATGATTAT-TTTTTCAAATCACTATGACCATTTGTTTTGTCAGAAAACAAT
313 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT--TAAAACAAT
* * * * * * * * *
15654402 TGTTTCTATTCATAGAATCCTATTTAGAATAAAGTAATGCAAATTTGTTAATATTCTAAAAATTA
376 TGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTA
* * ** *** * * *
15654467 ATAAGTAACAGATTTAAAAAATGAATCTGTTGGCTTGACCAATGCAAATAGTTATGACTATTTGA
441 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * * * * ** *
15654532 ACAATTATTTGATTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTCATCACAAAACAATTATTTTTGTTTGTG
506 ACAATTATAT-ATTCAAATCATTATAACCTTTTGTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA
* * * * * *
15654597 CAAGCTTATTCAAAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAGTTAATAAGTAATAGATT
569 CAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * ** *
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634 TAAAAAATAAATCTGTTT-CTGAACAAATTCAAATAGTTAAGACTA--TGAACAATTATCTATTT
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* *
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* * * * * *
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* ** * * *
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* * **
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* * * * * *
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** * * ** *
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* * *
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* * * * * * **
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* ** * * * *
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* * * * * ** * * *
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* * * **
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* * * * *
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* * * * * * * **
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* * * *
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* ** *
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* * * * * *
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*
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* * * * * *
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* * * * * * * *** *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * **
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* ** * *
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* * * * * * *
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* * * * ** *
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* * * * *
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* * ** ** *
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* * * **
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* * * * * * *** *
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* * * * *
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* * *
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* ** * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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** * * ** ** * **
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* * * **
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* * *
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* * ** * * * * * * *
15665930 TATTACAATTGGAAAGATATAATTGTTCAACTAGTCATAACTATTTGAATTAGTTTGGTAAGCAT
1 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAG
*
15665995 ATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAAAATTTAA-AAATTAGTATTATTTTATT
66 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * *
15666055 CCAAATAGGCTTATATG-ATGAAAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGCT
129 TCGAATAAGCTTGTATGAAT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-T
* ** * * * * * *
15666107 TATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACT-GATTCGATAAATT
1 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTGGTAAA-C
* * * * * * * * *
15666171 A-ATTTATTTTTTAGATCTCTGATTTCTCAAAATTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTAT
64 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT-TAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * *
15666235 TTTGGATAAGCTTTTGTG-ATCTAAAACAATTGTTTTTTGATAAAATAAAAAGGT
128 TTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA-GT
* * * *
15666289 CATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAA
1 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAG
* * * * * * *
15666354 ATTTATTTTTTAAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAAATAGTACTATTTCATT
66 ATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * *
15666419 TCAAATAAGCTTGTCTGAACT-AAAATAATTATTTTATGACTAAAC-AAAGGT
129 TCGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGT
* * * * * * * * *
15666470 TAGAACT-ATTTGACATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAATTATTTGAACTAGTTCGATAAACA
1 CATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACA
* *
15666534 CATTTATTTTTGAAATCTCTTA
65 GATTTATTTTTTAAATCTCTTA
15666556 TTAATTTTTA
Statistics
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185 1 0.00
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Consensus pattern (180 bp):
CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAG
ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
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Found at i:15662820 original size:361 final size:359
Alignment explanation
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Period size: 361 Copynumber: 12.2 Consensus size: 359
15662151 TCTTATTTAC
* * * * * * *
15662161 CATAACGATTTGAAATAGATAATCT-TTCAAATAATCTTAACTATTTGAATTGGTTCGGTAATTA
1 CATAACGATTTGAAATAGATAAT-TGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTCGATAAATA
* * * * * * * *
15662225 GATTTATTTTTTAATTTTCCTAGTTATTAAGTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT
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** ** ** * * * * *
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* * * ** *
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** * **
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* * * *
15662473 -TTTATATTAATAAAAACAACTATTTTATGACAAAACAAAAAGT
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* * * * **
15662516 AATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAG
1 CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTCGATAAATA-
* * *
15662581 AATTATTTTCTAAATCTCTTACTTATAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTATTCT
65 AATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-T
* * * * ** *
15662646 GAATAAGCTTTTATGAGTTGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAA
129 GAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * * * * * * *
15662711 TAAATCATTATTCATATAGTCTTAATTGTTTGAA-TTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
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** * * * * *
15662775 TCTCTTAGATATTAATTTTTAGAGTATTACTAAATTATTATTATTTTATTTCAAATAGGCTAGTA
258 TCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTA
* * *
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323 TGAAT-AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGT
* * * * * *
15662877 -AGTAATGATTTGAAATAGATAAATGGTCAAATGGCCACAATTATTTGAACT-GATTCGATAAAT
1 CA-TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAG-TTCGATAAA-
* * * * * * *
15662940 TGATTTATTATTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTAT
63 TAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-TAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-
* * * *
15663005 TTTGGATAAGCTT-T-T-AACTAAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAATGGTCATAATG-TTTC
126 TTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT-
* * *
15663065 TAAATCGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAGACAGATTTATTTTTT
190 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTT
* * * ** * **
15663130 CAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTGAATGCTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT
255 -AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT
* * * *
15663195 TGTACGAACT-AAAACAATTATTATATGACCAAACAAAAGGT
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* * * * * * * * *
15663236 TAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAAATATTTGAACAAGTTCGACAAACAT
1 CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTCGATAAATA-
* * * * **
15663301 ATTTATTTATTAAATCTCTTA-TTA-ATA-TTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCC
65 AATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTT
* * * * * * * *
15663363 AAATAATCTCT-TATG-A-TAAAAAATAGTTTTTTTATGAGAAAAC-AAAGATCATAACGATTTG
129 GAATAAGCT-TGTATGAATTGAAACA-A-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * * * *
15663424 AGATTGATATTTGTTCAAATAATCATAACTATTAGAA-TTGGTTC---AAACAGCTATAGTTTTT
191 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAGATTTATTTTTT
* * * * * * * * *
15663485 AAATCTCTTGCTTATTAACTTTCAAAATATTAAAAAAGTAGTATTATTTTATTTTTAGATAAGTT
255 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAAATAAGCT
* * ** *
15663550 TTTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGT
319 TGTATGAA-TAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGT
* *
15663591 CATAATGACTTT-AAATAGATAATT-TGTCAAATAGTCA-AATCTATTTGAACTTCG-TCGATAA
1 CATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGT-TCAAATAGTCATAAT-TATTTGAAC-TAGTTCGATAA
* * * * * **
15663652 ACAAATATATTTTTTTAAATATCTTGCTCATTAATTTTTTG-AATGCTAATAAATTAGTATTATT
62 ATAAAT-TA-TTTTTTAAATCTCTTACTTA-TAA-ATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * *
15663716 TTATTCTGAAT-AGACTTGTATAAATTGAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATG
123 TTATT-TGAATAAG-CTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * ** * * * * *
15663780 ATTTAAAATAAATAATTGTTCTAATAGTTTTAATTATTTGAACTAGTTTGGCAAACACATTTTAT
186 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGA-TTTAT
* * * * * * *
15663845 TTTTTAAATCTCTTATTTACTATTTTTTGGGATATT-ATAAAATTAGTATTATTTTA-ATCTGAA
250 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTC-AAA
* * * * *
15663908 TAAGCTTGTATAAAAAGAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAATA-T
313 TAAGCTTGTATGAATA-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGT
* * * * * * * * * *
15663955 CATAACTA-ATGAAGACAAATATTTGTCCAAATAGTCATAACTAATTGAA-TTGTTTCAATAAAT
1 CATAACGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAG-TTCGATAAAT
* * * * *
15664018 AGATTTATTTTTTAAA--T-TT-CTTATTAATTTTCAAAACATTAATAAATTAGTATTATTTTGT
64 A-AATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-A
** *** *
15664079 TTTGAATAATTTTGTAT-AACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTG
126 TTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * *
15664143 AAA-AGATAATTGTTCAAATGGACATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTA
191 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTA
* * *
15664207 AATCTCCTA-TCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTT
256 AATCTCTTACT-TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
* *
15664271 GTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAATCAAAGA-C
320 GTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAA-CAAAAAGT
* * * * * * * * *
15664311 CATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAATCCTAAGTATTTGAACTTGTTCAATAAATAA
1 CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTCGATAAATAA
* * * * *
15664376 ATTTATTTTTTAAGTTTTTTACTTACTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTT
66 A-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-TAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * * *
15664440 CAAATATGCTTGTACGAATAGAAACAATTGGTTTATG-CAAAACAAAAGGTTATAATTATTTGAT
129 -GAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * * * **
15664504 ATTGATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTAAACATGTTCAG-AAA-AAATTTTAAGTTTTAA
193 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGA-TTTATTTTTTAA
* * *
15664567 AT-TTTTACTTATTAATTTTTAGAATGTTAATAAATGTA-TATTATTTTA-TTCAAAAAAAGCTT
257 ATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTT
* * * *
15664629 GTATGAACAGAAACAATTATTTTA-GAAAAAAAATAAAAGAT
320 GTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACA-AAAAG-T
* * * * * * *
15664670 CATAATGATTTGAAATGGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTTAACTTGTTC-AGTAAACA
1 CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTCGA-TAAATA
* * * * *
15664734 AATTCATATTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATT
65 AATT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTA-TAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * **
15664799 TCAAGTAAGCCTATATGAACT-AGTACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
128 TGAA-TAAGCTTGTATGAATTGA-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * *
15664863 AAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTT-GAGTAAACATATTTATTTTTA
191 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG-GTAAACAGATTTATTTTTT
* * **
15664927 AAATCGT-TTACTTATTAA-TTGTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAACTCAAATAAGC
255 AAATC-TCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC
* * **
15664990 TTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATCT
318 TTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGT
* * * * * * *
15665032 CATAATGATTTGAAA-A-AAAATTTGTTCAAATGGTCATTATTATTTAAATTCA-TTCAATAAAT
1 CATAACGATTTGAAATAGATAA-TTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT-AGTTCGATAAAT
* * * * * *
15665094 GGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTTG-AATATCAATAAATCTA-AATTATTTT
64 -AAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-TAAAT-TTTGAAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTT
* * * * * **
15665157 AATTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCGATT
125 ATTTG-AATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * * *
15665222 TGAAATAGGTAATTGTTCAAAGAGTCATAACTATTTGAATTTGTTTGATAAACAGATTTAATTTT
189 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTT
* * *
15665287 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTA-TTCTAAATAAGC
254 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGC
* * * * * *
15665351 TGGTATGAATAGAAACAATTGTTTTGTGATAAAACAGAAA-T
318 TTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGT
* * * ** * * *
15665392 CATAACAATTTGAAGTAGATAATTGTTTAAATAGTTTTAACTATTT-ATACTAGTT-AAGTCAAT
1 CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGA-ACTAGTTCGA-TAAAT
** * * * * * *
15665455 GGATTCATTTTTTAAATC-CATTATTTATTAATTTTTAGAATATTAGTAAATTAGTATTACTTGA
64 AAATT-ATTTTTTAAATCTC-TTACTTATAAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * *
15665519 TTTCAAATAA-CATTGTATCAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAATGGTCATAATGATT
126 TTT-GAATAAGC-TTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * * * * *
15665582 TGAAATAAATAATTATTTAAATTGTTATAA-TAATTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTT
189 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTT
* * * * * *
15665646 TAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAACAAACT
254 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT
* * * * * ** *
15665707 TATGTGAACAAAAAACATTTGTTTTACAACAAAACATAAAGT
319 TGTATGAA-TAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGT
* * * * * * * * * *
15665749 CATAATGATTTGAAACAGATAATTATTCAAATAGGC-TAAACTATTTGAATTGGTT-TAGCAAAC
1 CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AATTATTTGAACTAGTTCGA-TAAAT
* * * * **
15665812 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCATAATATTATTGGATTAGTATTATTTTAT
64 AAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-
* * * * * * **
15665877 TTTGAATAAGCTTGTATGGACA-T-AAATAATTTTTTTATGACAAAATAAAATGTTATTACAATT
126 TTTGAATAAGCTTGTAT-GA-ATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * * * *
15665940 GGAAAGATATAATTGTTCAACTAGTCATAACTATTTGAA-TTAGTTTGGTAAGCATATTTATTTT
189 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAGATTTATTTT
* * * *
15666004 TTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAAAATTTAA-AAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGG
253 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG
*
15666064 CTTATATG-ATGAAAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGCT
317 CTTGTATGAAT-AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAG-T
* * * *
15666107 TATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACT-GATTCGATAAATT
1 CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAG-TTCGATAAA-T
* * * * * * * *
15666171 AATTTATTTTTTAGATCTCTGATTTCTCAAAATTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATT
64 AAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT-AAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-T
* * * * * * *
15666236 TTGGATAAGCTTTTGTG-ATCTAAAACAATTGTTTTTTGATAAAATAAAAAGGTCATAATGATTT
127 TTGAATAAGCTTGTATGAAT-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATGATTT
* *
15666300 TAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTT
190 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTT
* * * * * * *
15666365 AAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAAATAGTACTATTTCATTTCAAATAAGCT
255 -AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT
* * * *
15666430 TGTCTGAACT-AAAATAATTATTTTATGACTAAAC-AAAGGT
319 TGTATGAA-TAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGT
* * * * * * * *
15666470 TAGAACTATTTGACATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAATTATTTGAACTAGTTCGATAAACAC
1 CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTCGATAAATA-
* *
15666535 ATTTATTTTTGAAATCTCTTA
65 AATTATTTTTTAAATCTCTTA
15666556 TTAATTTTTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
353 4 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (359 bp):
CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTCGATAAATAA
ATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGA
ATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
CTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA
ATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGT
Found at i:15664797 original size:540 final size:536
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Indices: 15662161--15666613 Score: 3172
Period size: 540 Copynumber: 8.3 Consensus size: 536
15662151 TCTTATTTAC
* * * * * **
15662161 CATAACGATTTGAAATAGATAATCT-TTCAAATAATCTTAACTATTTGAATTGGTTCGGTAATTA
1 CATAACTATTTGAAATAGATAAT-TATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACA
* * * ** *
15662225 GATTTATTTTTT-AAT-TTTCCTAGTTATTAAGTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA
65 AATTTATTTTTTAAATCTTT--TACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
** ** ** * * * * * *
15662288 TTTTGAATAAAATAATATGAACAGTCAA-AA-----CTAT-TC-AAATAAAAGGTTATAATGATT
128 TTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * * ** * *
15662345 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAAAGTTTTGGCTAGTAGATTTACTTTT
192 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG--AACTGTT--CGAAAAAATTTATTTTT
* ** * **
15662410 TAAATCTCTTACCGATTAATTTTCT-AAATATTAATAAAT-TAATATTATTTTATTTCGAACGAA
253 TAAAT-TTTTACTTATTAATTTT-TAAAATATTAATAAATGT-ATATTATTTTATTT-TAAATAA
* * * * * * * *
15662473 -TTTATATTAA-TAAAAACAACTATTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGAT
314 GCTTGTATGAACT-AAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
* * * * * * * *
15662536 AATTATTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAGAA-TTATTTTCTAAATCTCT
378 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCT
* * * * * * *
15662600 TACTTA-TAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTATTCTGAATAAGCTTTTATGAGT
442 TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGA-A
* *
15662664 TGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
506 TAAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGGT
* * * * * * * * *
15662696 CATAACAATTTAAAATAAATCATTATTCATATAGTCTTAATTGTTTGAA-TTGATTCGGTAAACA
1 CATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAG-TTCGATAAACA
* ** * * *
15662760 AATTTATTTTTTAAATCTCTTAGATATTAA-TTTTTAGAGTATTACTAAATTATTATTATTTTAT
65 AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * *
15662824 TTCAAATAGGCTAGTATGCTAA-A-AAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAAGT-AGTAATGAT
129 TTCAAATAAGCTTGTATG--AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAATGAT
* * * * * * * *
15662886 TTGAAATAGATAAATGGTCAAATGGCCACAATTATTTGAACTGATTCGATAAATTGATTTATTAT
191 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTCGA-AAA--AATTTATTTT
**
15662951 TTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-GTAGTATTATTTTATTTTGGATAAG
252 TTAAATTT-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATGTA-TATTATTTTATTTTAAATAAG
* * * * *
15663015 CTT-T-T-AACTAAAACAATT-GTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATG-TTTCTAAATCGATA
315 CTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTT-GAAATAGATA
* * *
15663075 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAGACAGATTTATTTTTTCAAATCTCAT
379 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTT
* * ** * * * *
15663140 GCTTATTAATTTTTTGAATGCTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTACGAACT
443 ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-T
* *
15663205 AAAACAATTATTATATGACCAAACAAAAGGT
507 AAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGGT
* * * * * * * *
15663236 TAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAAATATTTGAACAAGTTCGACAAACAT
1 CATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAA
* * * *
15663301 ATTTATTTATTAAATC---T-CTTATTAATATTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAT
66 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-T
* * * * * * *
15663361 CCAAATAATCTCT-TATG-ATA-AAAAATAGTTTTTTTATGAGAAAAC-AAAGATCATAACGATT
130 TCAAATAAGCT-TGTATGAATAGAAACA-A-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * * * ** * *
15663422 TGAGATTGATATTTGTTCAAATAATCATAACTATTAGAATTGGTTC-AAACAGCTATAGTTTTTA
192 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCGAAA-AAATTTATTTTTTA
* * * * * * *
15663486 AATCTCTTGCTTATTAACTTTCAAAATATTAA-AAAAGTAGTATTATTTTATTTTTAGATAAGTT
255 AAT-TTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATGTA-TATTATTTTA-TTTTAAATAAGCT
* * **
15663550 TTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAATGACTTT-AAATAGATAAT
317 TGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAAT
* * *
15663614 T-TGTCAAATAGTCA-AATCTATTTGAACTTCG-TCGATAAACAAATATATTTTTTTAAATATCT
381 TGT-TCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCT
* * * ** * *
15663676 TGCTCATTAATTTTTTGAATGCTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT-AGACTTGTATAAA
442 TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAG-CTTGTATGAA
* * *
15663740 TTGAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGT
506 -TAAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGGT
* * * * * * * * * **
15663773 TAGAA-TGATTTAAAATAAATAATTGTTCTAATAGTTTTAATTATTTGAACTAGTTTGGCAAACA
1 CATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACA
* * * * **
15663837 CATTTTATTTTTTAAATCTCTTATTTACT-ATTTTTTGGGATATT-ATAAAATTAGTATTATTTT
65 -AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTT-AAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTT
* * * * *
15663900 A-ATCTGAATAAGCTTGTATAAAAAGAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAATA--TCATAACT
127 ATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAA-T
* * * * * * * *
15663962 -A-ATGAAGACAAATATTTGTCCAAATAGTCATAACTAATTGAATTGTTTCAATAAATAGATTTA
188 GATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTCGA-AAA-A-ATTTA
* * * *
15664025 TTTTTTAAA--TTT-CTTATTAATTTTCAAAACATTAATAAAT-TAGTATTATTTTGTTTTGAAT
248 TTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATGTA-TATTATTTTATTTTAAAT
** * * * *
15664086 AATTTTGTAT-AACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAA-AGA
312 AAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * * * * * * *
15664149 TAATTGTTCAAATGGACATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCC
377 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT
* * *
15664214 TA-TCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAA
442 TACT-TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA
**
15664278 TAAAAACAATTATTTTATGACAAAATCAAAGAC
506 T-AAAACAATTATTTTATGACAAAA-CAAAGGT
* * * * * * * *
15664311 CATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAATCCTAAGTATTTGAACTTGTTCAATAAATAA
1 CATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAA
* * *
15664376 ATTTATTTTTTAAGTTTTTTACTTACTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTT
66 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * *
15664440 CAAATATGCTTGTACGAATAGAAACAATTGGTTTATG-CAAAACAAAAGGTTATAATTATTTGAT
131 CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * **
15664504 ATTGATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTAAACATGTTCAGAAAAAATTTTAAGTTTTAAAT
196 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTC-GAAAAAA-TTTATTTTTTAAAT
* * ** *
15664569 TTTTACTTATTAATTTTTAGAATGTTAATAAATGTATATTATTTTATTCAAAAAAAGCTTGTATG
258 TTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATGTATATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATG
* * *
15664634 AAC-AGAAACAATTATTTTA-GAAAAAAAATAAAAGATCATAATGATTTGAAATGGATAATTGTT
323 AACTA-AAACAATTATTTTATG--AAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * *
15664697 CAAATAATCATAACTATTTTAACTTGTTCAGTAAACAAATTCATATTTTAAATCTCTTACTCATT
385 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * **
15664762 AATTTTTGGAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAGTAAGCCTATATGAACTAGTACA
450 AATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACA
* **
15664826 ATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGT
513 ATTATTTTATGACAAAAC-AAAGGT
* *
15664851 CATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACTTGTT-GAGTAAA
1 CATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAACTAGTTCGA-TAAA
* * * * ** *
15664913 CATATTTATTTTTAAAATCGTTTACTTATTAATTGTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
63 CAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
** * * **
15664978 ACTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATCTCATAATGATTT
128 TTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * * * * *
15665043 GAAA-A-AAAATTTGTTCAAATGGTCATTATTATTTAAATTCATTC-AATAAATGGATTTATTTT
193 GAAATAGATAA-TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCGAA-AAA---ATTTATTTT
* * * * * *
15665105 TTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTT-GAATATCAATAAATCTAAATTATTTTAATTGAAATAAG
252 TTAAAT-TTTTACTTATTAATT-TTTAAAATATTAATAAATGTATATTATTTTATTTTAAATAAG
* * * ** *
15665169 CTTGTATGAA-TAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTGAAATAGGTA
315 CTTGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
* * * * * *
15665233 ATTGTTCAAAGAGTCATAACTATTTGAATTTGTTTGATAAACAGATTTAATTTTTAAATCTCTTA
379 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * *
15665298 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCTAAATAAGCTGGTATGAATAG
444 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATA-
* * * *
15665363 AAACAATTGTTTTGTGATAAAACAGAA-AT
508 AAACAATTATTTTATGACAAAACA-AAGGT
* * * * * * * *
15665392 CATAACAATTTGAAGTAGATAATTGTTTAAATAGTTTTAACTATTT-ATACTAGTT-AAGTCAAT
1 CATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGA-ACTAGTTCGA-TAAAC
** * ** * * * *
15665455 GGATTCATTTTTTAAATCCATTATTTATTAA-TTTTTAGAATATTAGTAAATTAGTATTACTTGA
64 AAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* *
15665519 TTTCAAATAA-CATTGTATCAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAATGGTCATAATGATT
128 TTTCAAATAAGC-TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * * * * *
15665582 TGAAATAAATAATTATTTAAATTGTTATAA-TAATTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTT
192 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-G-TTCG-AAA-AAATTTATTTTT
* * ** * *
15665646 TAAA--TCT-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAT-TAATATTATTTTATTCCAAACAAACT
253 TAAATTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATGT-ATATTATTTTATTTTAAATAAGCT
* * * * * * *
15665707 TATGTGAACAAAAAACATTTGTTTTA-CAACAAAACATAAA-GTCATAATGATTTGAAACAGATA
317 TGTATGAAC-TAAAACAATTATTTTATGAA-AAAACA-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
* * ** *
15665770 ATTATTCAAATAGGC-TAAACTATTTGAA-TTGGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT
379 ATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT
* *** * ** * *
15665833 TAATTATTAATTTTCATAATATTATTGGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGGAC
442 TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTAT-GA-
* * * *
15665898 AT-AAATAATTTTTTTATGACAAAATAAAATGT
505 ATAAAACAATTATTTTATGACAAAA-CAAAGGT
* * * * * * * * * * * * * *
15665930 TATTACAATTGGAAAGATATAATTGTTCAACTAGTCATAACTATTTGAATTAGTTTGGTAAGCAT
1 CATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAA
* *
15665995 ATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTAAAAAATTTAA-AAATTAGTATTATTTTATT
66 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTAAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * **
15666055 CCAAATAGGCTTATATG-ATGAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGCTTATAACAATTTG
130 TCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * *
15666119 AAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTCGATAAATTAATTTATTTTTTA
194 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTCGA-AAA--AATTTATTTTTTA
* * * * * * ** * **
15666184 GATCTCTGATTTCTCAAAATTTGAAATATTAATAAA-GTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTT
255 AAT-TTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATGT-ATATTATTTTATTTTAAATAAGCTT
* * * * * *
15666248 TTGTGATCTAAAACAATTGTTTTTTGATAAAATA-AAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAAT
318 GTATGAACTAAAACAATTATTTTATGA-AAAA-ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* *
15666312 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATTTCTTGC
381 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTAC
* * * * * *
15666377 TTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAAATAGTACTATTTCATT-TCAAATAAGCTTGTCTGAACTA
445 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAA-TA
* *
15666441 AAATAATTATTTTATGACTAAACAAAGGT
508 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGGT
* * * * * *
15666470 TAGAACTATTTGACATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAATTATTTGAACTAGTTCGATAAACAC
1 CATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAA
* * ** * * *
15666535 ATTTATTTTTGAAATC---T-CTTATTAA-TTTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTA-C
66 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
*
15666594 TCTAAATAAGCTTATATGAA
130 TC-AAATAAGCTTGTATGAA
15666614 CAAAGATAGA
Statistics
Matches: 3103, Mismatches: 633, Indels: 358
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
531 3 0.00
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546 11 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (536 bp):
CATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAA
ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTCGAAAAAATTTATTTTTTAAATTTT
TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATGTATATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAAC
TAAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
TGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAAAACAATTATTTT
ATGACAAAACAAAGGT
Found at i:15666726 original size:135 final size:135
Alignment explanation
Indices: 15666484--15666727 Score: 294
Period size: 135 Copynumber: 1.8 Consensus size: 135
15666474 ACTATTTGAC
* * ** * *
15666484 ATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAATTATTTGAACTAGTTCGATAAACACATTTATTTTTGAAA
1 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTAGTTCGATAAACACATTTATATCTGAAA
* **
15666549 TCTCTTATTAATTTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCTAAATAAGCTTATATGAA
66 TCTCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCAATATTTTACTCTAAATAAGCTTATATGAA
15666614 CAAAG
131 CAAAG
* * * * * *
15666619 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTGGTTTGGTAAAGAGATTTAGTATCT-AA
1 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTAGTTCGATAAACACATTTA-TATCTGAA
* * *
15666683 ATCTTTTATTAAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
65 ATCTCTTATT-AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCAATATTTTA
15666728 TTATGAATAA
Statistics
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0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
135 78 0.88
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ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTAGTTCGATAAACACATTTATATCTGAAA
TCTCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCAATATTTTACTCTAAATAAGCTTATATGAA
CAAAG
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Alignment explanation
Indices: 15666303--15666887 Score: 670
Period size: 311 Copynumber: 1.9 Consensus size: 314
15666293 ATGATTTTAA
* * * * *
15666303 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
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* * *
15666368 ATTTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAAATAGTACTATTTCATTTCAAATAAGCTTGT
66 A-TTCTT-CTTATTAAATTTTTAAATATTAATAAAATAGTACTATTTCATTTCAAATAAGCTTGT
* * * * *
15666433 CTGAACTAAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAGGTTAGAACTATTTGACATAGATAATTATTC
129 ATGAACTAAAATAATTAGTTTATGACAAAACAAAGGTCAGAACTATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * * * *
15666498 TAATAGTCTTAATTATTTGAAC-TAGTTCGATAAACACATTTATTTTTGAAATCT-CTTATTAAT
194 GAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCAAAAAACAAATTTATTTTCGAAATCTACTT-TTAAT
15666561 TTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCTAAATAAGCTTATATGAACAAAG
257 TTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCTAAATAAGCTTATATGAACAAAG
* * *
15666619 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTGGTTTGGTAAAGAGATTTAGTATCT-AA
1 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTAGTATCTAAA
* * * * **
15666683 A-TCTT-TTATTAAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTAT-GAATAATTTTGTA
66 ATTCTTCTTATTAAATTTTTAAATATTAATAAAATAGTACTATTTCATT-TCAAATAAGCTTGTA
* *
15666745 TGAA-TAAAAATAATT-GTTTATGACAAAACAAAATGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAA-TAG
130 TGAACT-AAAATAATTAGTTTATGACAAAAC-AAAGGTCAGAACT-ATTTGAAATAGATAATTA-
* * *
15666806 TTCGAATGGAT-ATGACTATTTGAACTTATTCAAAAAACAAATTTATTTTCGAATTCTCCAACTT
191 TTCGAATAG-TCATAACTATTTGAACTTATTCAAAAAACAAATTTATTTTCGAAATCT---ACTT
15666870 TTAATTTTTAGAATATTA
252 TTAATTTTTAGAATATTA
15666888 ATAAATTAGT
Statistics
Matches: 224, Mismatches: 34, Indels: 24
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
310 16 0.07
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313 4 0.02
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ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (314 bp):
ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTAGTATCTAAA
ATTCTTCTTATTAAATTTTTAAATATTAATAAAATAGTACTATTTCATTTCAAATAAGCTTGTAT
GAACTAAAATAATTAGTTTATGACAAAACAAAGGTCAGAACTATTTGAAATAGATAATTATTCGA
ATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAAAAAACAAATTTATTTTCGAAATCTACTTTTAATTTTT
AGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCTAAATAAGCTTATATGAACAAAG
Found at i:15667030 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 15666688--15667664 Score: 838
Period size: 180 Copynumber: 5.5 Consensus size: 178
15666678 TCTAAATCTT
* * ** *
15666688 TTATTAAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAATTTTGTATGAATAA
1 TTATT-AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAACTTGTATGAATAG
* * ** *
15666752 AAATAATTGTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCGAATGGA
65 AAACAATTGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTTAAATAG-
* * * **
15666816 T-ATGACTATTTGAACTTATTCAAAAAACAAATTTATTTTCGAATTCTCCAAC
128 TCATAACTATTTGAACTTATTCAGAAAATAAATTTATTTT--AATTCTCTTAC
15666868 TT-TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAACTTGTATGAATAGA
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAACTTGTATGAATAGA
* ** * * * *
15666932 AACAACTGTTTTATGATGAAACAAAAGATCATGACGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTC
66 AACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTC
* * * *
15666997 ATAACTATTTGAACTCACTTC-GTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
130 ATAACTATTTGAACTTA-TTCAGAAAATAAATTTA--TTTTAATTCTCTTAC
* * * ** * *
15667048 TTATTAATTTTTA-ATTTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATATGCTTTTATGCATAGA
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAACTTGTATGAATAGA
* * * *
15667112 AACAATTAGTTTATGACAAAATAAAAGGTCACAATGATTTGAAATATATAATTGTTTAAATAGTC
66 AACAATT-GTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTC
* * * *
15667177 ATAACTATTTGAACGTGTTCAGAAAATAGATTCATTTTTAAAATT-T-TTAC
130 ATAACTATTTGAACTTATTCAGAAAATAAATTTA-TTTT--AATTCTCTTAC
* * * * * *
15667227 TTATTAAATTTTGGAATATCAATAAATTTA-AATTATTTTATTTGAAATAAACTTGCATG----G
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTAAATAAACTTGTATGAATAG
* * *
15667287 -AACTAGTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTTAGATAG
65 AAAC-AATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAG
* * * *
15667351 TCATAACTATTTAAACTTATTCAGTAAATAGATTTCTTTTAATTCTCTTAC
128 TCATAACTATTTGAACTTATTCAGAAAATAAATTTATTTTAATTCTCTTAC
* * * * *
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1 TTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAACTTGTATGAATAG
* * * *
15667457 AAACAATTGTTTTAATTACAAAATAAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
65 AAACAATTG-TTT-ATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATA
* * * * * * * *
15667522 GTTATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACT-TATGTATTTTTAAATCTTTTAC
127 GTCATAACTATTTGAACTTATTCAG-AAAATAAATTTA-TTTTAATTCTCTTAC
* * * ***
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*
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TAACTATTTGAACTTATTCAGAAAATAAATTTATTTTAATTCTCTTAC
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* * * ** * * * * *
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*
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* * * * * * *
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* * * * ** **
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* * * * *
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** *
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314 GTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAA
* *
15666975 ATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTTCGTAAATAAATTTATTTTTTAAA
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* *
15667040 TCTTTTACTTATTAATTTTTAATTTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATATGCTTTTAT
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* * *
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128 GCATAGAAACAATT-GTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * *
15667170 AATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAGAAAATAGATTCATTTTTAAAATTTTTACTTATTAAA
192 AATAGT-ATGACTATTTGAACTTGTTCAGAAAATAAATT-ATTTTT-AAATTTTTACTTATTAAA
* **
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* * *
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317 TTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAA
* * * * *
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1 ATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTCATTC-GTAAATAGATTTATTTTTTAAA
* * *
15667394 TCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTACTTC-AATATG----A-
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* * * *
15667453 AC-T-GAAACAATTGTTTTAATTACAAAATAAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATT
128 GCATAGAAACAATTG-TTT-ATGACAAAAT-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* *
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190 CAAATAG-TATGACTATTTGAACTTGTTCAG-AAAATAAAT-TATTTTTAAAT-TTTTACTTATT
*
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251 AAATT-TTGGAATATTAATAAATTAA-ATTATTTTA
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Statistics
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ATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTCATTCGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT
CTTTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAATATGTTTTATGCA
TAGAAACAATTGTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
GTATGACTATTTGAACTTGTTCAGAAAATAAATTATTTTTAAATTTTTACTTATTAAATTTTGGA
ATATTAATAAATTAAATTATTTTATTTGAAATAAACTTGCATGAGAAACAACTGTTTTATGACAA
AACAAAAGATCATAACGATTTGAA
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15667549 AACTTATGTA
* * *
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* * *
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* * * * * * * *
15667670 TTTTTAATTCTTTTAGTTACTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTACTTTATTTAGAATA
1 TTTTTAAATCTTTTACTTACTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTACTTTAATCAGAATA
* *
15667735 AGC-TTGTATCAACAAAAATAATTGTTTTATG
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15667766 ACAGAATAAA
Statistics
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TTTTTAAATCTTTTACTTACTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTACTTTAATCAGAATA
ACTTTGTATCAACAAAAACAATTGTCTTATGTCAAAACAAATTTAT
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* * * * * * * * ** *
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* * * * ** * *
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*
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* * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTGTCATAA
* ** * * **
15668371 AATAATCATTT-TGATTCATATAAGCTTATTT-GAAATAAGATAATACTAATTTATTAATATTCC
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* * * ** **
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* * ** * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATA
* * * * *
15668553 AAACAATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTGATATTTC
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* * * * ** *
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* * *
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* * * * * **
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* * * ***
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* * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATA
* * * *
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** * * *
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130 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTC
* * * * * * *
15669030 AAATAGTCATGTCCATTTAAACTATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTATCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTGTCATAA
* ** * * *
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66 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAA
* * * *
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131 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTC
* * * * * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACAT-TTTGTTTTGTCATA
* * * * * * * * * *
15669269 AAACATTTGTTTTTGTTCATACAAACTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTTTA
65 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA
* * * * *
15669334 AAAATTAATAAGT-AAGGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGC-CAATCTAGTTC
130 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTC
* * * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * *
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Statistics
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AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTC
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* * * * *
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* ** * **
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* * * * * *
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* * * * * * ** *
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* * * ** * ** * * *
15668362 TTGTAATAAAATAATCATTT-TGATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAGATAATACTAATTTATT
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** * * *
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129 AATATTTTAAAAATTAATA-AG-AAGAT--TT-AAAAAATAAATCT-CTTATCA
* * * *** *
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* * ** ** *
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* * * * * * * **
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* * * * * ** *
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* * * * * ** * *
15668724 TTTGTCATAAACCAATTATTTCTATTTAAACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATT
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** * * * * *
15668789 AATA-TTCCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAGAATAAATTTGTTTACCG
129 AATATTTTAAAAATTAATAAG---AAGATTTAAAAAATAAATCT-CTTATCA
*** * * *
15668840 AGTGAGTTCAAATAGTAAT-AACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGATCTTTTGT
1 AACAAGTTCAAATAGTAATGAA-TATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGT
* ** *
15668904 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAAGACTAATTTATT
65 TTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTGGAATAAAATATG-CTAATTTATT
* * * **
15668969 AATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAATCTATTTATGG
129 AATATTTTAAAAATTAATAA---GAAGATTTAAAAAATAAATCT-CTTATCA
* * *** *
15669021 AATAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTAAACTATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CATTTTGT
1 AACAAGTTCAAATAGTAATGAATATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATC-TTTTGT
* *
15669085 TTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAAATTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATT
65 TTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTGGAATAAAAT-ATGCTAATTTATT
* * *
15669150 ACTATTTTGAAAATTAATAAG-AGATTTAAAAACTAAATCTCTTATCA
129 AATATTTTAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATCTCTTATCA
* *
15669197 AACCAGTTCAAATAG-ATATGAATATTTAAACAATTATCTATCTCAAATTGTTATGATC-TTTGT
1 AACAAGTTCAAATAGTA-ATGAATATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGT
* * * * * * * *
15669260 TTTATCCTAAAACATTTGTTTTTGTTCATACAAACTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAATTAAT
65 TTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTGGAATAAAATA-TGCTAATTTATT
* *
15669325 AATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGGATTTAAAAAATAAATGTGTT-TGCCA
129 AATATTTTAAAAATTAATAAG-AA-GATTTAAAAAATAAATCTCTTAT--CA
* * * *
15669376 ATCTAGTTCAAATAGTTAA-GACTA-TTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTGA-CATTTT
1 AACAAGTTCAAATAG-TAATGAATATTTA-AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATC-TTTT
* * * *
15669438 G-TTTAGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATA-AAAACCTATCTGAAATAAAATA
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15669492 ATATTACTTT
Statistics
Matches: 976, Mismatches: 176, Indels: 86
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Matches are distributed among these distances:
174 1 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (176 bp):
AACAAGTTCAAATAGTAATGAATATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTT
TTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTGGAATAAAATATGCTAATTTATTAA
TATTTTAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATCTCTTATCA
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* ** * * *
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1 ATTTGAACAATTAT-TATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TTTTTA
* *
15669609 A-TCATACTAGCCTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
63 ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * *
15669673 AGAGATTTAGAAAATAAATTTGTTTACCT-AACCAGTTTAAATAGTTATGACT
128 AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * *
15669725 ATTTGAACAATTATATATTTCAATTTCTTATTACCTTTTGTTTCTGTCATAAAACAATTATTTTT
1 ATTTGAACAATTAT-TATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTT-TGTCATAAAACAATT-TTTTA
* * * * * *
15669790 TTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATGTGA-TAATATTAT-GAAAATTAAAAAC
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* * * *
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* * * * * *
15669907 ATATGAACAATTCTTAATTTTAAATTATTATGACATTTAGTTTTATCATAAAACAATTTTTTCAA
1 ATTTGAACAATTATT-ATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTT-AA
* * * * *
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* * * * *
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* ** * * *
15670088 ATTTGAACAATTATCTTTTTCAAAACATTATAACCTCTTGTTTTGCCATAAAACAAATGTTTTT-
1 ATTTGAACAATTAT-TATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AAT-TTTTTA
* * * * * * *
15670152 ATTCAAACAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGCA
63 ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * *
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* * * *
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1 ATTTGAACAATTA-TTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTAA
* * * *
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64 TTCATACAAG-CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT
* * * * ** * *
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* * * * * **
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1 ATTTGAACAATTAT-TATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTAA
* * * * *
15670514 TTCATACAAGCTTATTCGAAATAACATAATTCTAATTTATTAACAATCCAAAAATTAATAAGTAA
64 TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * *
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*** *
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1 ATTTGAACAATTA-TTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTT-AA
* ** * * * *
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64 TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAGTA
* * * * * * *
15670759 AAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTACTAAATAAGTTTAAATAATTATGACCT
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** * ** * * * ** *
15670812 -TTTGAGTAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTTTCATAAAAAAATTGATTATG
1 ATTTGAACAATTA-TTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTA-A
* * * * * *
15670876 TTCATACAATCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AGACAATTAATAAGTA
64 TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTA
* * * * * * * * *
15670940 AAATATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTCCAATTAGTCATAACT
128 AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* ** * ** * * ***
15670992 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TAGTTACAAACTTTTGTTTCATTATAAAAAAATTGTACCA
1 ATTTGAACAATTAT-TATTTCAAATTA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTA
** * * * *
15671056 ATTTGTATAGGCTTATTCGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTA
63 ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * *
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128 AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* ** *
15671173 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAGTTT-CT
1 ATTTGAACAATTAT-TATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTAAT
* * *
15671237 GTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATA-TAAATTATTAATA-TTCTGAAAATTAATAAGTA
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* * * * * *
15671300 A-AAATTTTAAAAATAAATTTGTTTTCTAAACACGTTCAAACAGTTATGACT
128 AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * *
15671351 ATTTGAACAATTATCTATTTCTAA-TAGCTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAATCAATTGTTTTT
1 ATTTGAACAATTAT-TATTTCAAATTA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTA
* * * ** * * *
15671415 GTTCGTAGAAGCTTATTATAAACAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA
63 ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * *
15671480 AAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTAC-CAAGCAAGCTCCAATAGTTATGATT
128 AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACT
** * *
15671532 GCTTGAACAATTATTTATTTCAAA-TAGTTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
1 ATTTGAACAATTA-TTATTTCAAATTA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTT-T
* * * * * ** *
15671596 -ATTCATACAGGTTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGGT
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* * ** * *
15671660 AGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATG-TT
127 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * ** *
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1 -ATTTGAACAATTAT-TATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTT-T
* * * * * * *
15671777 -GTTCATAC-AGAATTATTCAAAATAAAGTAATATTGATTTATTAAGT-TTT-GAAAATTAATAA
62 AATTCATACAAG-CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTTCAAAAATTAATAA
* * * * ** *
15671838 G--A-A-ATTTCAAAACTAAATCTATTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGATT
125 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * *
15671889 ATTTGAACAATTATCTCTCTCAAATCATTATGATC-TTTATTTTGTCATAGAACAATTATTTT
1 ATTTGAACAATTAT-TATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTT
15671951 TATATAAGCT
Statistics
Matches: 1794, Mismatches: 367, Indels: 137
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Consensus pattern (179 bp):
ATTTGAACAATTATTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTAATT
CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
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Period size: 723 Copynumber: 4.8 Consensus size: 718
15669534 AATTATGGTC
* * * ** * ** **
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*
15669608 CATCATACTA-GCCTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
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* * * * *
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* * * * *
15669736 TATATATTTCAATTTCTTATTACCTTTTGTTTCTGTCATAAAACAATTATTTTTTTTCATACAAG
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* * * * * *
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* * * * * * *
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319 AAAATAAATTTGTTT-CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAA
** * * *
15669930 ATTATTATGACATTTAGTTTTATCATAAAACAATTTTTTCAATTCTTACTAA-CTTATTCA-AAA
383 ATTGCTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTCAATTCATAC-AAGCTTATT-ATAAA
* * * * * *
15669993 TAAAATAAAACAAATTTATTCATATTTCAAAAATTAATCAATAAGAGATTTAAAAAATAATTTTG
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* * * * * *
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* * * * * * ***
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573 TTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAATTGTTTATATTCATACAA-TTTATTTGGAATAAAATAATATT
* * * * * *
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*
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* * * ** * ** * ***
15670269 ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTT
1 ATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATAGTTACAAACATTTGTTTCATCATAAAAAAATTGTCAATT
* * * * * *
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* ** * * *
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* * *
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192 TATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTG-TCATACAAGC
* * * **
15670525 TTATTCGAAATAACATAATTCTAATTTATTAACAATCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
256 TTATTCGAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* *
15670590 AATGAATCTG-TTCATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA
321 AATAAATTTGTTTC-T-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA
* * * *
15670654 TTGCCATGACCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTTTTTCAATTCACACAAGCTTATTTTAAACAA
384 TTGCTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTCAATTCATACAAGCTTATTATAAACAA
* * * *
15670719 AATAATACCAATTTGTTAATATTCAAACAATTAATAAATAAAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTT
449 AATAATACAAATTTATTAATATTCAAA-AATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* * ** *
15670784 ACTAAATAAGTTTAAATAATTATGACCTTTTGAGTAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACTTTT
513 ACTAAACAAGTTAAAATAATTATGA-CTTTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTT
* * * *
15670849 TGTTTTTTCATAAAAAAATTGATTATGTTCATACAATCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTT
577 TGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTATATTCATACAAT-TTATTTGGAATAAAATAATATTAATTT
* * * * * * *
15670914 ATTAATATTTAGACAATTAATAAGTAAAATATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTCCA
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15670979 ATTAGTCATAACT
706 ATTAGTCATAACT
* * *
15670992 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTACAAACTTTTGTTTCATTATAAAAAAATTGTACCAA
1 ATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATAGTTACAAACATTTGTTTCATCATAAAAAAATTGT--CAA
* * * *
15671057 TTT-GTATAGGCTTATTCGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTA
64 TTTCATACAGGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * *
15671121 AGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAACAATTA
129 AGAGATTTAAAAAATGAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * *
15671186 TCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TAGTTTCTGTCATACAAGCTT
194 TCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTTTTGTCATACAAGCTT
* * * * *
15671250 ATTCCAAATAAAATAA-TATAAATTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAA
258 ATTCGAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * *
15671313 TAAATTTGTTTTCTAAACACGTTCAAACAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCTAATAG
323 TAAATTTG-TTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTG
* * * ** * *
15671378 CTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAATCAATTGTTTT-TGTTCGTAGAAGCTTATTATAAACAAAA
387 CTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-TTTTCAATTCATACAAGCTTATTATAAACAAAA
** * *
15671442 TAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTAC
451 TAATACAAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
* * * ** * *
15671507 CAAGCAAGCTCCAATAGTTATGA-TTGCTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGA-TCTTT
515 TAAACAAGTTAAAATAATTATGACTT--TTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACT-TTT
* * * *
15671570 TATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAGGTTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTT
577 TGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTATATTCATACA-ATTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTT
* * *
15671635 ATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCA
641 ATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCA
* **
15671700 AATAGTCAT-GTT
706 ATTAGTCATAACT
* * * * ** * * **
15671712 CATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCA-TTA-AGATCTTTTATTTTATTGTAAAATAATTATTT
1 -ATTTGAAAAATTATCTATTTCAAAT-AGTTACA-AACATTTGTTTCATCATAAAAAAATTGTCA
* ** * * * * *
15671775 CTGTTCATACAGAATTATTCAAAATAAAGTAATATTGATTTATTAAGT-TTT-GAAAATTAATAA
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* * * * * ** *
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126 GTAAGAGATTTAAAAAATGAATATGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * *
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* **
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* ** ** * * *
15672001 AAAGT-GCTTTG--TC-GAACCAA-TTCAAATAGTTAAAACTATTAGGACAATTATCTATTTCAA
319 AAAATAAATTTGTTTCTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAA
* * * * **
15672061 ATTG-TTTAGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATGCGT-A
383 ATTGCTAT-GACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTTTTTCAATTCATACAAGCTTAT-TATAA
* * * * * * * * *
15672123 ATAAATTAGTACATATTTATTAACATTAGAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAACAAAATAAATC
445 ACAAAATAATACAAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAA-AAAATAAATT
* * * * * *
15672188 TATTTA-TCAAACATGTTCAAATAGA-TATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCGTTAT
508 TGTTTACT-AAACAAGTTAAAATA-ATTATGACT-TTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTAT
* * * * * * **
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570 GACTTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTT-ATATTCAT--ACAATTTATTTGGAATAAAATAA
* ** * * * * * ***
15672315 TACTACCTTATTAATATTTCA-AAAATTATTAAGCAAGAGTTTTAAAAACTCAAAT-TATTTTTT
632 TATTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTACC
* * *
15672378 GAACTAGTTCAAATAGT--TCAACT
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* * ** * **
15672401 ATTTGAACAAA-TATCAATATCAAATCA-TTATGATC-TTTGTTTTGTCATAACAAAAAATTGT-
1 ATTTGAA-AAATTATCTATTTCAAAT-AGTTACAAACATTTGTTTCATCAT-A-AAAAAATTGTC
** * * * * * *
15672462 TTTTGATCATACAAGTTTATT-TAGATAAATATAATACTAATTTAATAATATTTCAAGAATTAA-
62 AATT--TCATACAGGCTTATTCGAAATAAA-ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * *
15672525 AAGTCAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TCAA-ATCAGTTCAAAT-GTTTAAGACTATTG
124 AAGT-AAGAGATTTAAAAAATGAATATGTTTACTGAACA--AGTTCAAATAG-TTATGACTATTT
* * * * * * * * * ** *
15672586 GAATAATTATCAATTGCAAATCATTCTAACATTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTTA
185 GAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTG-TCA
* *
15672651 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC--AAAA--AATTAA-TAAGAG
249 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAA-TAAGTAAGAG
* * * * * *
15672711 ATTTGAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTCAACAATTATCT
313 ATTT-AAAAAATAAATTTGTTT-CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTT
* * * * * ** * * * * *
15672776 ATCT-AAACTCGTTATGAACTTCTAATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGTTTAT
376 ATTTCAAA-TTGCTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTCAATTCATACAAGCTTAT
* * * * * * *
15672840 CCA-AAATAAAAAAAGTACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
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** * * * * * * *
15672904 TAAATCAGTTTACTAAATC-AGTTCAAATACTTATGGGCATTTGAACAAATATCTATTTTAAATC
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* * ** * *
15672968 ATTATTACTTTTCATTTCGTCATAAAACAATTGTTT
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15673004 TTCAACATAC
Statistics
Matches: 2188, Mismatches: 426, Indels: 245
0.77 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
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CGAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
ATTTGTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGCTAT
GACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTCAATTCATACAAGCTTATTATAAACAAAATAATA
CAAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACA
AGTTAAAATAATTATGACTTTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTC
ATAAAAAAATTGTTTATATTCATACAATTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
AGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAATTAGTCATA
ACT
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* * * * ** * *
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* * * * * *
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** * *
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* * * * * * *
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* * **
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* * * * * **
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* * *
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* ** * * * * * *
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65 T-A-AAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCTAAAATAAA-ATAATACTAATTTATTAATA
* *
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* * * *
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* * *
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* **
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* * * * * * **
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* * * *
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*
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* * * * * * * * *
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* * **
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66 TA
* * *
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66 TA
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TA
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*** * * * *
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* * *
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* *
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* * *
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* * **
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* * * ** *
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* * * * * *
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** * * *
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** *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* **
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* * ** * * * *
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1 GTTTTGTCATAAAAC-AATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTT
* ** ** * ** * *
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* ** * * * *
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* * * * * *
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* * *
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AGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACTTTTT
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1 AGATTATAATAATAT
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AGATTATAATAATAT
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* * * *
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* *
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* *
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*
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ATTTCGAATAGC
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* * * **
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* *
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* * ** ** * *
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* * * *
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* * * *
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* * *
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* ** * * *
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* * * * * * ** *
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* * * * *
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* * * * **
15674613 TATGACCGGTTGTTTTGTCATAAAATAATTGCTTTAGTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATA
1 TATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
* * ** * * * *
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* * * * * * * * *
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127 -AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGT
* * * ** *
15674794 TATGAACTTT-TGTTTGTGATAAAACAATTGTTTT-TCATCATAAAATTTTACTT-AGAATAAAA
1 TATGACCTTTGT-TTTGTCATAAAACAATTGTTTTAT--TCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAA
* *
15674856 TAATACTAATTTATTAATATATCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTA-
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** * ** *
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* * * * * * * *
15674962 AATAACCTTTAGTTCTATTATAAAATAATTATTTTAGTT-ACACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
1 TATGACCTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
* * * * * *
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* * * ** *
15675091 AAGCAA-TTGAAATAGTTAGGACTACATAAACAATTATCTATTTCAAATTGT
126 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGT
* * ** * **
15675142 TATCACCTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATCATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
1 TATGACC--TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * * * *
15675207 GATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT----G-TTTAAAAGGTGAGTATGATTAC
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* * * * *
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124 CTAAACAAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGT
* * * * *
15675319 TTTCACCTTT-TATTTGGTCATATAACAAATGTTTTTAATT-ACT-CAAGCTTATTCAGAATAAA
1 TATGACCTTTGT-TTT-GTCATAAAACAATTG-TTTT-ATTCA-TACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * *
15675381 ATGATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAAT-A-T--GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
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* * * * * * * * *
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124 CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGT
* * * * * * *
15675495 TATAACTTTTTGTTCTGTTATAAAACAATTATGTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATA
1 TATGAC-CTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
* * * * *
15675560 ATACTAATCTAATAAAATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAATAAATTTGTTTA-TCA
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* * * ** *
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* * * * * **
15675674 TATGACTTTTATTTTGTCATAAAATAGTT-TTTTGAATTCATACTAGCTTATTCGGAATAAAATA
1 TATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT--ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
*
15675738 A-AATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAATTAATAAGTAAGAGATT
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* * *
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**
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* * * * * *
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* *
15675938 AATACTAATCTATTAATATTTC-AAAA--ACTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC
63 AATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTA-C
* * **
15675999 AAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGATA-AATTATTTATTTCAAATCCT
125 TAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAATTGT
* * * * * * * * * *
15676051 TATAACCTTTTGTTCTATTATAAAACAATTGCTTCTGTTCATACAAGCTTGTTCAGATTAAATTA
1 TATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
* ** * * * * *
15676116 ATACTAATTTCTTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAAATTTAAAAATAAATATGTTTACCA
64 ATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAATAAATTTGTTTACTA
* * * * * *
15676181 AACTAGATCAATTAGTCATGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATTGT
127 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGT
* * * * * * *
15676232 TATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAGAATTATTTCAGTTCATATAAGTTTATT-GAAATAAAATA
1 TATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
* * * * * * * *
15676296 ATGCCAATTTATTAGTATTCTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAGAAATGAATTTGTTTATTG
64 ATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA-AAATAAATTTGTTTACTA
* * * * * * * *
15676361 GACAAGTTTAAATAATTATGA-TAATTTAAACAATTACCTATTTAAAATCGC
127 AACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGT
* * * * * * *
15676412 TATAACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTGTTCATACAAGCCTATTTC-GAATAAAAT
1 TATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAAT
* * *
15676476 AATA-TAAATTTATTAATATT-AAGATAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATCTATTT
63 AATACT-AATTTATTAATATTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAGA-TTT-AAAAATAAATTTGTTT
* * * * * *
15676539 ATTGAACAAGTTCAAATTGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAACTGT
123 ACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGT
* * * **
15676594 TATGGCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA-AA
1 TATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * * * * * *
15676658 AATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAACACATTTTAAAAATAAATATGTTTACTGA
65 TACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAATAAATTTGTTTACTAA
* * * * **
15676723 CCAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
128 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGT
* * * * * *
15676773 TATGACCTTTTGTTTCT-T-ATAAAACAATTGTATAAGTTCATATAGGTTTATTCGAAATAAAAT
1 TATGACC-TTTGTTT-TGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * * * * *
15676836 AATACTAATATATTAATATTCTAAAAATTATTGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACC
63 AATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTACT
* * * * * **
15676901 AAACAAGTTTAAATAGTTGTGACTATTTAAACAATTTTCTATTTTAAATCAT
126 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGT
* * *
15676953 TATGACATTTTGTTTTGACATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAAT
1 TATGAC-CTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAAT
* * * *
15677017 AATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAATCTATTTTC
63 AATACT-AATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAATAAATTTGTTTAC
***
15677080 TAAATTTGTTCAAATAGTTATGAC
125 TAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
15677104 CTTTTGTTTT
Statistics
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Consensus pattern (177 bp):
TATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
ACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATTTGTTTACTAAACA
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGT
Found at i:15674789 original size:857 final size:863
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Period size: 857 Copynumber: 1.9 Consensus size: 863
15673263 TATTTGGAAT
** * *
15673273 AAAATAATACTAATTTAATAATATTATGAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
1 AAAATAATACTAATTTAATAATATTACCAAAAAT-ATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGT
* * * * *
15673338 TTGTCAAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAGGACCT
65 TTATCAAACTAGTACAAACAGTTAAAACTATAAGAACAATTATCTATTTCAAATTATTAGGACCT
* * * * * * *
15673403 TTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTTAGCTTATACAAATTTATTTAGAATAACATAAAACTAAT
130 TTTATTTAGTCATAAAATAATTATTTTAGATCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAAAACTAAT
* * * ** * * * *
15673468 TTGTTAATATTTCAAAATCTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCGAACCAGTT
195 ATATTAACATTTCAAAAAATTATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCAAACAAGCT
* * * *
15673533 CAAATAAGTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATC
260 CAAATAAGTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACTCTTTGTTTTGTCATA
* *** * *
15673598 AAACAATTATTTTTGTTCATACAAATCTATTTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTAG
325 AAACAATCATTTTTGTTCATACAAATCTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTAG
* * * * * * * *
15673663 AAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTCTTTACTAAACCATTTCAAATAGTTTTAGC
390 AAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATATCTTTACTAAACAAATTCAAATAGTTATAGC
* * * ** * * * * * *
15673728 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTTTTTTGTCATCAACTAGTTGGTTTT
455 TATTTGAACAATTATATATTTAAAATCATTATAACAGGTTGTTTTGTCATAAAATAATTGCTTTA
* * * * *
15673793 GTCCATACTATTTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTATCAAACTTAATAACCA
520 GTCCATACAAGTTTATTTTGAATAAAATAAAAATAATTTAATAATATTATCAAAATTAATAACCA
* * * * *
15673858 AGAAAATAAAAAATAAATCTAATTGCCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACGATTAT
585 AGAAAATAAAAAATAAATCTAATTACCGAACTAGTTCAAATAATTAAGACCATATCAACAATTAT
* * * ** *
15673923 CAATTTCAAATTGTTATGACCTATTGTTTTCTCATAAAATAATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTA
650 CAATTTCAAATCGTTATGAACTATTG-TTTCTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATAAAAGCTTA
* * *
15673987 -TTCAGATTATAATAATA-TAGATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAA-A-AGATTTAAAAAAT
714 CTT-AGAATAAAATAATACTA-ATTTAATAATATATCAAAAATTAATAAGAGAGATTTAAAAAAT
*
15674048 AAATTTGTTTATCAAACCATTTCGAATAGCTATGACTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTG
777 AAATTTATTTATCAAACCATTTCGAATAGCTATGACTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTG
15674113 ATCATAAAAGCTTATTTAGTTA
842 ATCATAAAAGCTTATTTAGTTA
15674135 AAAATAATACTAATTTAATAATATT-CCAAAAAT-TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTT
1 AAAATAATACTAATTTAATAATATTACCAAAAATATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTT
* * **
15674197 TATCAAACTAGTACAAATAGTTAAAACTATAAGAATAATTATCTATTTCAAATTATTTTGACCTT
66 TATCAAACTAGTACAAACAGTTAAAACTATAAGAACAATTATCTATTTCAAATTATTAGGACCTT
* * * **
15674262 TT-TTTAGTCATAAAATATTTGTTTTATATCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATCCTAATA
131 TTATTTAGTCATAAAATAATTATTTTAGATCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATA
* * *
15674326 TATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAATATAAATT-TGTTTACTAAACAAG
196 TATTAACATTTCAAAAAATT-ATAAGCAAGAGATTT-AAAAAAT-AATTCTATTTACCAAACAAG
* ** *
15674389 CTCAAAT-AGTTATGACTATTTG-ATCAATTA-CTTATTTAAAATTGTTGTGAC-CTTTGTTTTG
258 CTCAAATAAG-TATAACTATTTGAAT-AATTATC-TATTTAAAATCATTATGACTCTTTGTTTTG
*
15674450 TCATAAAACAATCA-TTTTGATTCATA-AAAGTTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTACTAA
320 TCATAAAACAATCATTTTTG-TTCATACAAA-TCTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTACTAA
* * ** * *
15674513 TATTTCA-AAAATTATTAAGCAAAAGA-TTAGAAAAATAAATATGTTTTTTGAACAAATTGAAAT
383 TATTT-AGAAAATTAATAAGCAAAAGATTTA-AAAAATAAATATCTTTACTAAACAAATTCAAAT
* * *
15674576 AGTTATA-CTATTTGAACAATTATATATTTAAAATTATTATGACCGGTTGTTTTGTCATAAAATA
446 AGTTATAGCTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCATTATAACAGGTTGTTTTGTCATAAAATA
* * * *
15674640 ATTGCTTTAGTTCATACAAGTTTA-TTTGAAATAAAATAAAAATAATTTATTAATATTTTGAAAA
511 ATTGCTTTAGTCCATACAAGTTTATTTTG-AATAAAATAAAAATAATTTAATAATATTATCAAAA
** * ** * * * * *
15674704 TTAATAAGTAAGCGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACC-ATA-TCAGTTTAAATAATTATGGCCA
575 TTAATAACCAAG-AAAATAAAAAATAAATCTAATTACCGA-ACT-AGTTCAAATAATTAAGACCA
* *** * * *
15674767 TTTCAACAATTATTTGTTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTGTGATAAAACAATTGTTTTTCAT
637 TATCAACAATTATCAATTTCAAATCGTTATGAACTATTGTTTCTCATAAAACAATTGTTTTTCAT
** *
15674832 CATAAAATTTTACTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATATCAAAAATTAATAAGTAGGA
702 CATAAAAGCTTACTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATATCAAAAATTAATAAG-A-GA
*
15674897 GATTTAAAAAATAAATTTATTTATCGAACCA
765 GATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAACCA
15674928 GTTCCTATTT
Statistics
Matches: 647, Mismatches: 125, Indels: 43
0.79 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
855 4 0.01
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862 25 0.04
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (863 bp):
AAAATAATACTAATTTAATAATATTACCAAAAATATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTT
TATCAAACTAGTACAAACAGTTAAAACTATAAGAACAATTATCTATTTCAAATTATTAGGACCTT
TTATTTAGTCATAAAATAATTATTTTAGATCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATA
TATTAACATTTCAAAAAATTATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCAAACAAGCTC
AAATAAGTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACTCTTTGTTTTGTCATAA
AACAATCATTTTTGTTCATACAAATCTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTAGA
AAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATATCTTTACTAAACAAATTCAAATAGTTATAGCT
ATTTGAACAATTATATATTTAAAATCATTATAACAGGTTGTTTTGTCATAAAATAATTGCTTTAG
TCCATACAAGTTTATTTTGAATAAAATAAAAATAATTTAATAATATTATCAAAATTAATAACCAA
GAAAATAAAAAATAAATCTAATTACCGAACTAGTTCAAATAATTAAGACCATATCAACAATTATC
AATTTCAAATCGTTATGAACTATTGTTTCTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATAAAAGCTTACT
TAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATATCAAAAATTAATAAGAGAGATTTAAAAAATAAAT
TTATTTATCAAACCATTTCGAATAGCTATGACTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGATCA
TAAAAGCTTATTTAGTTA
Found at i:15675457 original size:177 final size:177
Alignment explanation
Indices: 15674981--15675769 Score: 478
Period size: 176 Copynumber: 4.4 Consensus size: 177
15674971 TAGTTCTATT
* * * * * *
15674981 ATAAAATAATTATTTTAGTTACACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTT
1 ATAAAATAATCATTTTAGTTACTCAAGCTTATTCAGAATAAAATGATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * * * *
15675046 CAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCGAAGC-AATTGAAATAGTTAG
66 CAAAAATTAAT-A-T--GAGATTTAAAAAATAAATATATTT-ACCAAACTAATTCAAATAATTAG
* *
15675110 GACTACATAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATCACCTTTTTGTTTTGTC
126 GACTACATAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATCACCTTTTTATTTGGTC
* *
15675162 ATAAAATAATCATTTCAGTT-CATACAAGCTTATT-TGAAATAAAATGATA-TAAATTTATTAAT
1 ATAAAATAATCATTTTAGTTAC-T-CAAGCTTATTCAG-AATAAAATGATACT-AATTTATTAAT
* * * ** * * * *
15675224 ATTCCAAAAATTAATAAGTG-TTTAAAAGGTGAGTATGA-TTACCTAA-TCATTTCAAATAATTA
62 ATTTCAAAAATTAATATGAGATTTAAAAAATAAATAT-ATTTACCAAACT-AATTCAAATAATTA
* ** * *
15675286 TGGGC-ATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTTTCACC-TTTTATTTGGTC
125 -GGACTACATAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATCACCTTTTTATTTGGTC
** * *
15675338 ATATAACA-AATGTTTTTAATTACTCAAGCTTATTCAGAATAAAATGATACTAATTTATTAATCT
1 ATA-AA-ATAATCATTTTAGTTACTCAAGCTTATTCAGAATAAAATGATACTAATTTATTAATAT
* * *
15675402 TTCAAAAATTAATATGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTTA--A
64 TTCAAAAATTAATATGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACTAATTCAAATA-ATTAGGA
* * * * * * * * *
15675465 CTATC-TGAACAATTGTATACTTAAAATTTTTAT-AACTTTTTGTTCT-GTT
128 CTA-CATAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATCACCTTTTTATT-TGGTC
* * * * * *
15675514 ATAAAACAATTATGTTT-GTT-CATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATCTAATAAAA
1 ATAAAATAATCAT-TTTAGTTAC-T-CAAGCTTATTCAGAATAAAATGATACTAATTTATTAATA
* * * * * * *
15675577 TTTCAAAAATTAATAACTAAGAGAATT-AAAAATAAATTTGTTTATCAAACCAGTTCAAATATTT
63 TTTCAAAAATTAAT-A-T--GAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACTAATTCAAATAATT
* * * *
15675641 AAGACTACA-ATAACAATTATCT-TTTCGTAA-TGTTATGA-C-TTTTATTTTGTC
124 AGGACTACATA-AACAATTATCTATTTC-AAATTGTTATCACCTTTTTATTTGGTC
* * * * * * *
15675692 ATAAAATAGT-TTTTTGAATT-CATACTAGCTTATTCGGAATAAAAT-AAAATAAATTTATTAAT
1 ATAAAATAATCATTTT-AGTTAC-T-CAAGCTTATTCAGAATAAAATGATACT-AATTTATTAAT
15675754 ATTTCAAAAATTAATA
62 ATTTCAAAAATTAATA
15675770 AGTAAGAATT
Statistics
Matches: 475, Mismatches: 94, Indels: 82
0.73 0.14 0.13
Matches are distributed among these distances:
174 2 0.00
175 12 0.03
176 152 0.32
177 104 0.22
178 79 0.17
179 39 0.08
180 23 0.05
181 20 0.04
182 44 0.09
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (177 bp):
ATAAAATAATCATTTTAGTTACTCAAGCTTATTCAGAATAAAATGATACTAATTTATTAATATTT
CAAAAATTAATATGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACTAATTCAAATAATTAGGACTA
CATAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATCACCTTTTTATTTGGTC
Found at i:15675786 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 15675761--15675804 Score: 81
Period size: 20 Copynumber: 2.1 Consensus size: 21
15675751 AATATTTCAA
15675761 AAATTAATAAGTAAGA-ATTT
1 AAATTAATAAGTAAGAGATTT
15675781 AAATTAATAAGTAAGAGATTT
1 AAATTAATAAGTAAGAGATTT
15675802 AAA
1 AAA
15675805 AAAAAATTGT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 1
0.96 0.00 0.04
Matches are distributed among these distances:
20 16 0.70
21 7 0.30
ACGTcount: A:0.57, C:0.00, G:0.11, T:0.32
Consensus pattern (21 bp):
AAATTAATAAGTAAGAGATTT
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Alignment explanation
Indices: 15674084--15677051 Score: 1182
Period size: 361 Copynumber: 8.3 Consensus size: 358
15674074 TAGCTATGAC
* * * * * * ** *
15674084 TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGATCATAAAAGCTTATTTAGTTAAAAATAATACTAAT
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGTTTATTGAAAT-AAAATAATACCAAT
* * * * * * *
15674149 TTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTATC-AAACTAGTACAA
65 CTATTAATATTTCAAAAAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAAAC-AATTCAA
* ** ** * * * ** * *
15674213 ATAGTTAAAACTATAAGAATAATTATCTATTTCAAATTATTTTGACCTTTT-TT-TAGTCATAAA
129 ATAATTATGACTATTTGAAAAATTACCTATTTAAAATCCTTATAACCTTTTATTCTA-TCATAAA
* * * * * * * * * *
15674276 ATATTTG-TTTTATATCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATCCTAATATATTAACATTCAA-
193 ACAATTGCTTCTGT-TCATACAAGCTTGTTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-AAG
* * * * * * * * * * *
15674339 AAAATTAATAAG-CAAGAGATTTGAAAATATAAATTTGTTTACTAAACAAGCTCAAATAGTTATG
256 ACAATTAATAAGTAAAAAAATTT-AAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGATCAAATTGTCATG
* *
15674403 ACTATTTG-ATCAATTA-CTTATTTAAAATTGTTGTGACC-
320 ACTATTTGAAT-AATTATC-TATTTCAAATTGTTATGACCT
* * ** *
15674441 TTTGTTTTGTCATAAAACAATCAT-TTTGA-TTCATAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAATACTA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAAT--TGTTTCAGTTCATATAAGTTTAT-TGAAATAAAATAATACCA
* * * * * ***
15674504 ATTTACTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAAAGA-TTAGAAAAATAAATATGTTT-TTTGAACA
63 ATCTATTAATATTTCAAAAA--A-TAA-TAAGAGATTTA-AAAAATAAATTTGTTTATCAAAAC-
* * * ** ** * ** * * *
15674567 AATTGAAATAGTTAT-ACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATTATTATGACCGGTTGTTTTGT
122 AATTCAAATAATTATGACTATTTGAAAAATTACCTATTTAAAATCCTTATAACCTTTTATTCTAT
* * * * * *
15674631 CATAAAATAATTGCTT-TAGTTCATACAAGTTTATT-TGAAATAAAATAAAAATAATTTATTAAT
187 CATAAAACAATTGCTTCT-GTTCATACAAGCTTGTTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
** * *** * * * * * *
15674694 ATTTTGAAAATTAATAAGT-AAGCGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCATATC-AGTTTAAATA
250 ATTAAGACAATTAATAAGTAAAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCA-AACAAGATCAAATT
* * * * * * * * * *
15674757 ATTATGGCCATTTCAACAATTATTTGTTTCAAATCGTTATGAACT
314 GTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCT
* * * *
15674802 TTTG-TTTGTGATAAAACAATTGTTTTTCA--TCATAAAATTTTACTT-AGAATAAAATAATACT
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTCAGTTCATATAAGTTTA-TTGA-AATAAAATAATACC
* * * * *
15674863 AATTTATTAATATATCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATC-GAAC-
62 AATCTATTAATATTTC-AAAA--AATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAAACA
* * ** * ** *
15674926 ---C-----AGT-T-CCTATTTGAGTAATTACCTATTTCAAATTGTAATAACC-TTTAGTTCTAT
123 ATTCAAATAATTATGACTATTTGAAAAATTACCTATTTAAAATCCTTATAACCTTTTA-TTCTAT
* * * * * * * * *
15674980 TATAAAATAATT-ATTTTAGTT-ACACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATGTAATAATA
187 CATAAAACAATTGCTTCT-GTTCATACAAGCTTGTTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * * * *
15675043 TTTCAA-A-AATTAATAACT-AAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCGAAGCAA-TTGAAAT
251 -TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAAAATTTAAAAAATAAATATATTT-ACCAAACAAGATCAAAT
* * * ** * * *
15675104 AGTTAGGACTACATAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATCACCTT
313 TGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC-T
* ** * * * **
15675151 TTTGTTTTGTCATAAAATAATCATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATGATATAAAT
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGTTTA-TTGAAATAAAATAATACCAAT
* * * * ** * * * * * * * *
15675216 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTG-TTTAAAAGGTGAGTATGATTACCTAATCATTTCAAA
65 CTATTAATATTTCAAAAAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAAACAATTCAAA
* * * * * ** * * * *
15675280 TAATTATGGGC-ATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTTTCACCTTTTATT-TGGTCATATA
130 TAATTAT-GACTATTTGAAAAATTACCTATTTAAAATCCTTATAACCTTTTATTCT-ATCATAAA
* * * * *
15675343 ACAAATG-TT-T-TTAATTACTCAAGCTTATTCAGAATAAAATGATACTAATTTATTAATCTTTC
193 ACAATTGCTTCTGTTCA-TA--CAAGCTTGTTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATT-
* * * * * * *
15675405 AA-A-AATTAAT-A-T---GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGT-T
253 AAGACAATTAATAAGTAAAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGATCAAATTGTCA
* * * * * * * * * *
15675462 TAACTATCTGAACAATTGTATACTTAAAATTTTTATAACTT
318 TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCT
* * * * * *
15675503 TTTGTTCTGTTATAAAACAATTATGTTT--GTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TGTTTCAGTTCATATAAGTTTATTGA-AATAAAATAATACCA
* * * * *
15675566 ATCTAATAAAATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGAATT-AAAAATAAATTTGTTTATCAAACCAG
63 ATCTATTAATATTTC-AAAA--AATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAAACAA
* * ** * * ** * * * *
15675630 TTCAAATATTTAAGACTACAAT-AACAATTATCT-TTTCGTAAT-GTTATGA-CTTTTATTTTGT
124 TTCAAATAATTATGACTA-TTTGAAAAATTACCTATTT-AAAATCCTTATAACCTTTTATTCTAT
* * * * * * *
15675691 CATAAAATAGTT--TTTTGAATTCATACTAGCTTATTCGGAATAAAATAA-AATAAATTTATTAA
187 CATAAAACAATTGCTTCTG--TTCATACAAGCTTGTTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAA
*
15675753 TATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAATTTAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAATTGTA
249 TA-TT-AAGACAATTAATAAGTAA-AA---AAATT--TAA--AA-A-A--T------AAA-TATA
* * ** * * * ** *
15675816 TTTACCTAACCAA-TTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGAC
293 TTTACC-AAACAAGATCAAATTGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
15675880 CT
357 CT
* * ** * * * *
15675882 TTTGGTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAACTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAAT
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGTTTATT-GAAATAAAATAATACCAAT
*
15675947 CTATTAATATTTCAAAAACTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAAACAATTCAAA
65 CTATTAATATTTCAAAAAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAAACAATTCAAA
* * ** * * *
15676012 TAGTTATGACTATTTGATAAATTATTTATTTCAAATCCTTATAACCTTTTGTTCTATTATAAAAC
130 TAATTATGACTATTTGAAAAATTACCTATTTAAAATCCTTATAACCTTTTATTCTATCATAAAAC
* * * **
15676077 AATTGCTTCTGTTCATACAAGCTTGTTCAGATTAAATTAATACTAATTTCTTAATATTTTGACAA
195 AATTGCTTCTGTTCATACAAGCTTGTTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAGACAA
* *
15676142 TTAATAAGTAAAAAAATTT-AAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGATC-AATTAGTCATGACTA
260 TTAATAAGTAAAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGATCAAATT-GTCATGACTA
*
15676205 TATGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCT
324 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCT
* * * * *
15676240 TTTGTTTTATCATAAAAGAATTATTTCAGTTCATATAAGTTTATTGAAATAAAATAATGCCAATT
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGTTTATTGAAATAAAATAATACCAATC
* * * * ***
15676305 TATTAGTATTCTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAGAAATGAATTTGTTTAT-TGGACAAGTT
66 TATTAATATT-TCAAAA--AATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAAACAA-TT
* * *
15676369 TAAATAATTATGA-TAATTT-AAACAATTACCTATTTAAAATCGC-TATAACCTTTTATTTTGTC
126 CAAATAATTATGACT-ATTTGAAA-AATTACCTATTTAAAATC-CTTATAACCTTTTATTCTATC
* **
15676431 ATAAAATAATTTTTTCTGTTCATACAAGCCTAT-TTC-GAATAAAATAATA-TAAATTTATTAAT
188 ATAAAACAATTGCTTCTGTTCATACAAG-CT-TGTTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT
* * * * *** *
15676493 ATTAAGATAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATTG
250 ATTAAGACAATTAATAAGTAAAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGATCAAATTG
* * * *
15676558 TTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAACTGTTATG-GCT
315 TCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCT
* * * * **
15676601 TTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA-AAAATTAA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATATAAGTTTA-TTGAAATAAAATAATACCAA
* * * * * ** *
15676664 TTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAACACATTTTAAAAATAAATATGTTTA-CTGACCAAG
64 TCTATTAATATTTCAA-AA--AATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAAACAA-
* * * * * * * * *
15676728 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCT-T-
124 TTCAAATAATTATGACTATTTGAAAAATTACCTATTTAAAATCCTTATAACCTTTT-ATTCTATC
** * * * * *
15676791 ATAAAACAATTG-TATAAGTTCATATAGGTTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATATATTAATA
188 ATAAAACAATTGCT-TCTGTTCATACAAGCTTGTTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * * * *
15676854 TTCTAA-A-AATTATTGAGT-AAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAACAAGTTTAAATA
251 -T-TAAGACAATTAATAAGTAAAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGATCAAATT
** * * * * ** *
15676916 GTTGTGACTATTTAAACAATTTTCTATTTTAAATCATTATGACAT
314 GTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCT
* * * * * **
15676961 TTTGTTTTGACATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATATAAGTTTA-TTGAAATAAAATAATACCAA
* * *
15677025 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
64 TCTATTAATATTTCAAAAAATAATAAG
15677052 TAAAAATTTT
Statistics
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0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (358 bp):
TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGTTTATTGAAATAAAATAATACCAATC
TATTAATATTTCAAAAAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAAACAATTCAAAT
AATTATGACTATTTGAAAAATTACCTATTTAAAATCCTTATAACCTTTTATTCTATCATAAAACA
ATTGCTTCTGTTCATACAAGCTTGTTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAGACAAT
TAATAAGTAAAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGATCAAATTGTCATGACTATT
TGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCT
Found at i:15676834 original size:541 final size:541
Alignment explanation
Indices: 15675781--15677103 Score: 1495
Period size: 541 Copynumber: 2.5 Consensus size: 541
15675771 GTAAGAATTT
* * * *
15675781 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-AAATTGTATTTACCTAACCAA-TTCAAATAATTATGA
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* * * * *
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* * * *
15675909 -TGTTCATATAA--CTTTGTTCAAAATAAAATAATACT-AATCTATTAATATTTCAAAAACTAAT
127 CTGTTCATACAAGCCTAT-TTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAAT
* *
15675970 AAG----AGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAT
188 AAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAT
** *
15676030 AAATTATTTATTTCAAATCCTTATAACCTTTTGTTCTATTATAAAACAATTGCTTCTGTTCATAC
253 AAATTATTTATTTCAAATCCTTATAACCTTTTGTTCTACCATAAAACAATTGCTTCTATTCATAC
* * * * **
15676095 AAGCTTGTTCAGATTAAATTAATACTAATTTCTTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAAATT
318 AAGCTTGTTCAGAATAAATAAAAACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAAATT
* * *
15676160 TAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGATCAATTAGTCATGACTATATGAATAATTATCTATTTC
383 TAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGATCAAATAGTCATAACTATATGAATAATTATCTATTTC
** * * *
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448 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATATAAGTTCATATAAGTTTATTGAAAT
* * * *
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513 AAAATAATACCAATATATTAATATTCTAA
* * * * ****
15676319 AAATTAATAATTAAGAGATTTAAGAAATGAATTTGTTTATTGGACAAGTTTAAATAATTATGATA
1 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAACAAGTTTAAATAATTATGAT-
* ** * * *
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65 ATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTTTTTCTG
*
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130 TTCATACAAGCCTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCAA-A-AATTAATAAGTA
** *
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193 AAAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGATA-AA
* ** * * *
15676576 TTATTTATTTCAAA-CTGTTAT-GGCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
256 TTATTTATTTCAAATC-CTTATAACCTTTTGTTCTACCATAAAACAATTGCTTCTATTCATACAA
* * * * * *
15676639 GCTTATT-TGAAATAAA-AAAAATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAACACATTTT
320 GCTTGTTCAG-AATAAATAAAAACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAAATTT
** * * *
15676702 AAAAATAAATATGTTTACTGACCAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
384 AAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGATCAAATAGTCATAACTATATGAATAATTATCTATTTCA
* *
15676767 AATCATTATGACCTTTTGTTTCT-T-ATAAAACAATTGTATAAGTTCATATAGGTTTATTCGAAA
449 AATCATTATGACCTTTTGTTT-TATCATAAAACAATTATATAAGTTCATATAAGTTTATT-GAAA
*
15676830 TAAAATAATACTAATATATTAATATTCTAA
512 TAAAATAATACCAATATATTAATATTCTAA
* * * *
15676860 AAATTATTGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTGTGACT
1 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAACAAGTTTAAATAATTATGA-T
* * * * * * *
15676925 ATTTAAACAATTTTCTATTTTAAATCATTATGACATTTTGTTTTGACATAAAACAATTATTTCTA
65 ATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTTTTTCTG
*
15676990 TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
130 TTCATACAAGCCTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAA
****
15677055 AA-ATTTT-AAAAATAAATCTATTT-TCTAAATTTGTTCAAATAGTTATGAC
194 AAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAAACAATTCAAATAGTTATGAC
15677104 CTTTTGTTTT
Statistics
Matches: 654, Mismatches: 106, Indels: 49
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
536 2 0.00
537 15 0.02
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543 64 0.10
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (541 bp):
AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAACAAGTTTAAATAATTATGATA
TTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTTTTTCTGT
TCATACAAGCCTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAA
GATTTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGATAAATTATT
TATTTCAAATCCTTATAACCTTTTGTTCTACCATAAAACAATTGCTTCTATTCATACAAGCTTGT
TCAGAATAAATAAAAACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAAATTTAAAAATA
AATATGTTTACCAAACAAGATCAAATAGTCATAACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATT
ATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATATAAGTTCATATAAGTTTATTGAAATAAAATAAT
ACCAATATATTAATATTCTAA
Found at i:15677354 original size:325 final size:326
Alignment explanation
Indices: 15676763--15677403 Score: 767
Period size: 325 Copynumber: 2.0 Consensus size: 326
15676753 AATTATCTAT
* ** *
15676763 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCTTATAAAACAATTGTATAAGTTCATATAGGTTTATTCGA
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCTTATAAAACAATTGTATAAGTTCATATAAGCATATTCAA
* * * * *
15676828 AATAAAATAATACTAATATATTAATATTCTAAAAATTATTGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATC
66 AATAAAATAATACTAATATATTAATATTCTAAAAAGTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
* * *
15676893 TATTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTGTGACTATTTAAACAATTTTCTATTTTAAATCATTATGA
131 TATTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGAATATTTAAACAATTTTCTATTTCAAATCATTATGA
*
15676958 CATTTTGTTTTGACATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATA
196 CATTTTATTTTGACATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATA
* * *
15677023 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA-AAAATTTTAAAAATAAATCTATTTTCTAAATTT
261 AATTTATTAAAATTCCAAAAACTAATAAGTAGAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTAAATTT
15677087 G
326 G
* * * * * *
15677088 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTTTCATGAACCAATTGTTTATGTTCATATAAGCATGTTC
1 TTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTCTT-ATAAAACAATTGTATAAGTTCATATAAGCATATTC
* * *
15677152 AAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTC-CAAAAGTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
64 AAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTCTAAAAAGTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
** * * *
15677216 TCTATTTACTGACCAAGTTTAATTAGTTATGAATATTTGAACAATTATT-TATTTCAAAT-AGTT
129 TCTATTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGAATATTTAAACAATT-TTCTATTTCAAATCA-TT
** * * * * * *
15677279 ATGATC-TTTTATTTTGTTATAAAATAGTTGTTTTTGTTCATACAAGTTTA-TTCAGAATAAAAT
192 ATGA-CATTTTATTTTGACATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAAT
*** * * *
15677342 AATACT-AATTTATTAAAATTTTGAAAACTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
255 AATA-TAAATTTATTAAAATTCCAAAAACTAATAAGTAGAAAATTTAAAAAATAAATCTATTT
15677404 ACCGAACAAG
Statistics
Matches: 264, Mismatches: 44, Indels: 15
0.82 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
324 6 0.02
325 178 0.67
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (326 bp):
TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCTTATAAAACAATTGTATAAGTTCATATAAGCATATTCAA
AATAAAATAATACTAATATATTAATATTCTAAAAAGTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
TATTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGAATATTTAAACAATTTTCTATTTCAAATCATTATGA
CATTTTATTTTGACATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATA
AATTTATTAAAATTCCAAAAACTAATAAGTAGAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTAAATTT
G
Found at i:15677455 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 15677088--15677717 Score: 641
Period size: 181 Copynumber: 3.5 Consensus size: 179
15677078 TCTAAATTTG
* * * * *
15677088 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTT-TTCATGAACCAATTGTTTATGTTCATATAAGCATGTTC
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTT-ATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCATATTC
* ** * *
15677152 AAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATA-TTCCAAAAGTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
65 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAACTAAT-AGT-AGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * *
15677216 TCTATTTACTGACCAAGTTTAATTAGTTATGAATATTTGAACAATTATTTAT
128 TCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTAA
* * * * **
15677268 TTCAAATAGTTATGATCTTTTATTTTGTTATAAAATAGTTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTCA
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTTATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCATATTCA
* *
15677333 GAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTTGAAAACTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAAT
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAACTAATA-GTA-GAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
15677398 CTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAACAATTATTTAA
129 CTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTAA
* * * * *
15677449 TTCAAATTGTTGTGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTATGTTCATACAA-AATTATTC
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTTATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCA-TATTC
* * * * *
15677513 AAAATAAAATAATACTGATCTATTAATATTTTGAAAACTAATA--AGAGTTTTAAAAACTAAATT
65 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAACTAATAGTAGAGATTTAAAAAATAAATC
* ** ***
15677576 TGTTTACTGAATTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGTTATT-TTCT-A
130 TATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATT-TAA
* * * * * * *
15677625 TCGCAAATCA-TTAAGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATATAAGCATATT
1 T-TCAAAT-AGTTATGACCTTTTATTTTGTTATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCATATT
*
15677688 C-AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT
64 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
15677718 CTAAAAATAA
Statistics
Matches: 370, Mismatches: 71, Indels: 23
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
175 26 0.07
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177 61 0.16
178 1 0.00
180 77 0.21
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ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTTATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCATATTCA
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAACTAATAGTAGAGATTTAAAAAATAAATCT
ATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTAA
Found at i:15677557 original size:506 final size:503
Alignment explanation
Indices: 15676664--15677606 Score: 1157
Period size: 506 Copynumber: 1.9 Consensus size: 503
15676654 AAAAAATTAA
* * * * *
15676664 TTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAACACATTTTAAAAATAAATATGTTTACTGACCAAGT
1 TTTATTAATATTCCAACAAGTAATAAGTAAAACATTTAAAAAATAAATATATTTACTGACCAAGT
*
15676729 TCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCTTATA
66 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCTTATA
* * *
15676794 AAACAATTGTATAAGTTCATATAGGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTCTA
131 AAACAATTGTATAAGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATATATTAAAATTCTA
* * * * * **
15676859 AAAATTATTGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTGTGAC
196 AAAATAATAGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATCATGAC
* * * *
15676924 TATTTAAACAATTTTCTATTTTAAATCATTATGACATTTTGTTTTGACATAAAACAATTATTTCT
261 CATTTAAACAATTTTCTAATTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGACATAAAACAATTATTTAT
** * *
15676989 ATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA
326 ATTCATACAAAATTATTTCAAATAAAATAATATAAATCTATTAATATTCCAAAAACTAATAAG--
* *
15677054 AAAATTTTAAAAA-TAAATCTATTTTCTAAATTTGTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTTTCA
389 --AATTTTAAAAACTAAATCTATTTACTAAATTAGTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTTTCA
15677118 TGAACCAATTGTTTATGTTCATATAAGCATGTTCAAAATAAAATAATACTAG
452 TGAACCAATTGTTTATGTTCATATAAGCATGTTCAAAATAAAATAATACTAG
* *
15677170 TTTATTAATATTCCAA-AAGTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGACCAAGT
1 TTTATTAATATTCCAACAAGTAATAAGTAAAACATTTAAAAAATAAATATATTTACTGACCAAGT
* * * * * * *
15677234 TTAATTAGTTATGAA-TATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTATTTTGTT
66 TCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTT-GTTTCTT
* * * ** *
15677297 ATAAAATAGTTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTC-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAAT
128 ATAAAACAATTGTATAAGTTCATACAAGTTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATATATTAAAAT
* * * *
15677361 TTTGAAAACTAATAG-GTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATC
192 TCT-AAAAATAATAGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATC
* * ** * * **
15677425 ATGTCCATTTGAACAATTATT-TAATTCAAATTGTTGTGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATT
256 ATGACCATTTAAACAATT-TTCTAATTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGACATAAAACAATT
* * ***
15677489 ATTTATGTTCATACAAAATTA-TTCAAAATAAAATAATACT-GATCTATTAATATTTTGAAAACT
320 ATTTATATTCATACAAAATTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATCTATTAATATTCCAAAAACT
* * * *
15677552 AATAAGAGTTTTAAAAACTAAATTTGTTTACTGAATTAGTTCAAATAGTTATGAC
383 AATAAGAATTTTAAAAACTAAATCTATTTACTAAATTAGTTCAAATAGTTATGAC
15677607 TATTTGAGTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTTATTAATATTCCAACAAGTAATAAGTAAAACATTTAAAAAATAAATATATTTACTGACCAAGT
TCAAATAGTCATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCTTATA
AAACAATTGTATAAGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATATATTAAAATTCTA
AAAATAATAGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATCATGAC
CATTTAAACAATTTTCTAATTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGACATAAAACAATTATTTAT
ATTCATACAAAATTATTTCAAATAAAATAATATAAATCTATTAATATTCCAAAAACTAATAAGAA
TTTTAAAAACTAAATCTATTTACTAAATTAGTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTTTCATGAA
CCAATTGTTTATGTTCATATAAGCATGTTCAAAATAAAATAATACTAG
Found at i:15678712 original size:357 final size:348
Alignment explanation
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15677734 TTGTCAAACC
** * * * *
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1 AATTCAAATAGTTATGACTATT-TGACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTA-
* * * *
15677808 TCATAAAATAATTATTTCAATTTATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATTACTTTATTAACA
64 TCATAAAATAATTATTT-TATTTATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACA
* * * *
15677873 TTTGAAAAATTAGTGA-GCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTCAAATAGATT-
128 TTT-AAAAATTAAT-ACACAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATTCAAATAG-TTA
* * * *
15677936 TTACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTAT
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** * *
15678000 TTCAGTTCATAAAAACATTTTCAAAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAA
255 TTCAGTTCATAAAAACATTTAAAAAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAA
* **
15678065 ATTTAAAAACTAAAGCTATTTTTTGAACT
320 ATTGAAAAACTAAAGCTATTTACTGAACT
* * * *
15678094 AGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAAATATCGTAATCAATCTCAAATTATTATGA--TATTT
1 AATTCAAATAGTTATGACTATTTG-ACAATTATC-T-AT---T-TCAAATTGTTATGACCT-TTT
* ** * * *
15678157 GTTTTCTCATAAACCAATTGTTTCTAATTATACAAGCTTA-TTCGAATAAAAATAATACTAATTT
58 GTTTTATCATAAAATAATTATTT-TATTTATACAAGCTTATTTAGAAT-AAAATAATACTAATTT
* * * * * *
15678221 AATAATATTCCAAAAATCAAT----AAGAGATTTAAAAAAGA-AAA-GTGTTGACCGAACCAGTT
121 ATTAACATT-TAAAAATTAATACACAAGAGATTTAAAAAA-ATAAATCTGTTTACC-AA--A-TT
* * * * * * * * * *
15678280 CAAACAGTTAAGACTATTAGAATAATTATATATTTCAAATCGTTCTAACCTTTTG-GTTAGTCAC
180 CAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA-TCAT
* * * * * *
15678344 ATAATAATTG-TTCTAGTTTATACAAGCTTATTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTG
244 AAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAAC--ATT----TAAAA-AATACTAATTTATTAACATTTC
* * * ** *
15678408 AACAATTAATAAGCTAGAGATATGAATAAA-TAAATTTGTTTACTGAA-T
301 AAAAATTAATAAGCAAGAAAT-TGAA-AAACTAAAGCTATTTACTGAACT
* *
15678456 AAATTCAAATAGTTATGACTATTTGACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTAT
1 -AATTCAAATAGTTATGACTATTTGACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTAT
* *
15678521 CATAAAATAATTATTTTAGTTTATACATGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACAT
65 CATAAAATAATTATTTTA-TTTATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACAT
* * *
15678586 TTAGAAATTAATACACAAGAAATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATTCAAATAGTTATGAC
129 TTAAAAATTAATACACAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATTCAAATAGTTATGAC
* * * * *
15678651 TGTTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCTTCTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCA
194 TATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCA
15678716 GTTCATAAA
259 GTTCATAAA
15678725 TGCTTATCCG
Statistics
Matches: 486, Mismatches: 103, Indels: 77
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (348 bp):
AATTCAAATAGTTATGACTATTTGACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATC
ATAAAATAATTATTTTATTTATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTT
AAAAATTAATACACAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATTCAAATAGTTATGACTA
TTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGT
TCATAAAAACATTTAAAAAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTGAA
AAACTAAAGCTATTTACTGAACT
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Alignment explanation
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Period size: 177 Copynumber: 5.7 Consensus size: 176
15677734 TTGTCAAACC
** * * ** * *
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1 AATTCAAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA
* * * *
15677807 GTCATAAAATAATTATTTCAATTTATACAAGCTTATTC-AGAATAAAATAATATTACTTTATTAA
65 -TCATAAAACAATTATTTCAGTTTATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * *
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128 CATTT-AAAAATTAAT-AACAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCA
* * * * *
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1 AATTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA
* * * * *
15677986 TCAT-AAACAATTATTTCAGTTCATAAAAACATT-TTC-------AA-AATACTACTTTATTAAT
65 TCATAAAACAATTATTTCAGTTTATACAAGC-TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAC
* * * * *
15678041 ATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTT-AAAAACTAAAGCTATTTTTTGAACT
129 ATTT-AAAAATTAATAA-CAAGAGATTTAAAAAAATAAA--T-TTGTTT-ACCA
* * * * *
15678094 AGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAAATATCGTAATCAATCTCAAATTATTATGA--TATTT
1 AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-T-AT---T-TAAAATCATTATGACCT-TTT
* * * *
15678157 GTTTTCTCATAAACCAATTGTTTCTA-ATTATACAAGCTTATTCG-AATAAAAATAATACTAATT
59 GTTTTATCATAAAACAATTATTTC-AGTTTATACAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAATT
* * * * * *
15678220 TAATAATATTCCAAAAATCAAT---AAGAGATTTAAAAAAGA-AAA-GTGTTGACCGA
122 TATTAACATT-TAAAAATTAATAACAAGAGATTTAAAAAA-ATAAATTTGTTTACC-A
* * * * * * * * * *
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1 A--A-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * *
15678337 TAGTCACATAATAATT-GTTCTAGTTTATACAAGCTTATT-GGAATAAAATAATACTAATTTATT
63 TA-TCATAAAACAATTATTTC-AGTTTATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * *
15678400 AACATTTGAACAATTAATAAGCTAGAGATATGAATAAATAAATTTGTTTACTGAATA
126 AACATTT-AAAAATTAATAA-CAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTAC----CA
*
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1 AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTAT
* * * **
15678521 CATAAAATAATTATTTTAGTTTATACATGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACAT
66 CATAAAACAATTATTTCAGTTTATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACAT
* *
15678586 TTAGAAATTAATACACAAGAAATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCA
131 TTAAAAATTAATA-ACAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCA
* * * *
15678633 AATTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCTTCTGTTTTAT
1 AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTAT
* * * ** *
15678698 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA-AATGCTTATCCGAAATAAAATAGCATTAATTTATTAA
66 CATAAAACAATTATTTCAGTTTATACAA-GCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
15678760 TGTTAGCCTT
Statistics
Matches: 655, Mismatches: 126, Indels: 115
0.73 0.14 0.13
Matches are distributed among these distances:
168 10 0.02
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170 3 0.00
171 6 0.01
172 28 0.04
173 1 0.00
174 2 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (176 bp):
AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTAT
CATAAAACAATTATTTCAGTTTATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACAT
TTAAAAATTAATAACAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCA
Found at i:15684408 original size:38 final size:38
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Indices: 15684357--15684433 Score: 127
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* **
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1 TTGGATTAGGATGCATAAATCAAGGGGGAGTTTTGCCA
15684433 T
1 T
15684434 GCATTCTTTA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 3, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
38 36 1.00
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Consensus pattern (38 bp):
TTGGATTAGGATGCATAAATCAAGGGGGAGTTTTGCCA
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Indices: 15684645--15690938 Score: 3682
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15684635 TAAGTTCTTA
* * * ** * * * *
15684645 AGTCTTAAATATTTGAACTAGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTT
1 AGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * *
15684710 TTGGAATATTATTAGATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAGTAATTGT
66 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAA-CAATTGT
* * * * ** *
15684775 TTTATGACAATACAAAAGGTTATAAGGATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAAT
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* * *
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1 AGTCATAACTATTTGA-ACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * ** * * *
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* * * * ** ***
15684955 TTATATGACCAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATCATTGGCAT
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* * * * * * * *
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1 AGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * ***
15685072 TTTAAAATATTAATAAATTATTATTATTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAAC
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* * *
15685137 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCTTAATGATTTGAAATAGATAGTTGTTCATAT
124 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
** * * * * ** * * * *
15685195 AGTTTTAATTGTTTGAATTA-TTTCGACAAGCAGATTAATTTTTTAAATCTTTTAGTTGTTAATT
1 AGTCATAACTATTTGAACTAGTTT-GATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * * * * * *
15685259 TTTGGAATATTATTAAATTATTA-TATTTTA-TTC-CA-AA-TTTATATGAACTACAACAATCGT
65 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGT
* * * * * *
15685319 TTTATAATAGAACAAAAGATTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
130 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
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1 AGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * ** * *
15685423 TTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATGATGAAAAGCAATTAT
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* * ** * * *
15685488 TTTATAACAAAACAAAAGTTTGTAATGATTTAAAATAGATAATTATTTAAAT
130 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * * *
15685540 GGCCAAAATTATTTAAACCAATTTGATAAACT-GACTT-TTTTTTAAATCTC-TATCTTATCAA-
1 AGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAAT
* * * * * * ***
15685601 TTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCATCTATGAATTGAAACAATTG
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* * * * *
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129 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT-TTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * ** *
15685719 AGCCATAACTACTTGAACTTGTTT-AGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATTTGTTGTTTACTAAT
1 AGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA-TAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAAT
* * * *
15685783 TTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAGCATGTATGAACTGAAAA-AAT
64 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT-AAGCTTGTATGAAC-AAAAACAAT
* * *
15685846 TATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAAT
127 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * ** * * *
15685901 AGTCTTAA-TCATTTGAATTAGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAA--TC-T-GTTATTAA-T
1 AGTCATAACT-ATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * * * * * * * *
15685960 TTTAAGAATACTATTAATTTAGGAATAATTTACTTCGAATAAGCTTGTATGAATATAAACAATTA
65 TTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTG
* * * ** *
15686025 TTTTATGACACAA-TAAAGATCATAACAATTTTGAGATAGATAATTGTTCAAAT
129 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * *
15686078 AATCATAACTATTAGAACTGGTTTGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTT-C---TTAATTT
1 AGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * ** * * * * *
15686139 TTAAAATATTGATAAATTGGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTCTAAATAGAAATAATTGTT
66 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTT
* * * * *
15686204 TTACGACAAAATAAAACGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGCTCAAAT
131 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * * **
15686255 GGAT-ATGACTATTTGAACTTGTTCGGTGAATAAATTTATTTTTTAAATCCCCAACTTATTAA-T
1 AG-TCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * * * *
15686318 TTTGAGAATATTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAATAGAAATAATTG
65 TTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTG
* *** * * *
15686383 TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAGCAATTTGAAACAAATAATTATTCAAAT
129 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * *
15686436 AGTCATAACTATTTGAACTCGCTTGGTAAACAAATTTATTTTCTAAATCTTTTACTTATTAATTT
1 AGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * *
15686501 TTGGAATTTTAAT-AATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGGT
66 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTT
* ** * *
15686565 TTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATATATAATTATTCAAAT
131 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * *
15686616 AGTCATAACTATTTGAA-T-GTGTTCAAAAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTACTAAT
1 AGTCATAACTATTTGAACTAGT-TT-GATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * *
15686678 TTTTCAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAAT
64 TTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAAT
* * * * *
15686741 TATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAT-ATTTTGAAATAGATAATTATTTAGAT
127 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * * * *
15686796 AGTCATATCTATTTAAAC-ATGTTTGGTAAACATATTCATTTTTTAATTTTCTTACTCATTATTT
1 AGTCATAACTATTTGAACTA-GTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * * * *
15686860 TTTGGAATATTAATAAATTGGTATTGTTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACTAAAACAATTGT
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* * * *
15686925 TTTATTACAAAAAAAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
130 TTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
*** * * * * * * * ** * *
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1 AGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
** * * * *
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* * * *
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130 TTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATG-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * * *
15687159 AGTTATAA-GATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGCTTTATTTTTTAAATGTTTTACTTATTAAATG
1 AGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AAT-
** * * *
15687223 TCTTT---ATATTAATAAATTTTTATTATTCTATTT-GAAATAAACTTGTATGAATAGAAAA-AA
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* *** * * * *
15687283 TCT-TTTTATGACAAAACAAAATG-CTATAGCAATTTTAAAAAGA-AGATTATTAAAAT
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* * * * * ** * * * *
15687339 AGTCATAATTATTTAAAGTTGCTCAACAAACATATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
1 AGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
** * *
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66 TTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGT
* * * * * ** * *
15687462 --AAGGTCATAAC-----G--AT-TTGAAAT-ATATA-ATTA---TTCAAAT
130 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * ** ** * *
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1 AGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGAT--A-A-A--TAGATTT---ATTTTTTAAATCTCTTACT
* * * * * *
15687561 ATGTTGAAATATT--AA------TAAATTAGTATTATTTTA-ATCTAAATAAGCTTGTATGAATA
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* * * *
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* * *
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* * * * * * ** *
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*
15687804 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATTACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
129 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
** * * ** * * *
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1 AGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * *
15687918 TTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATAAATTCAAAAA-AACT
66 TTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA--CAAAAACAA-T
** * * * *
15687981 TACTTTATGCCAAAATAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCATAT
127 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * ** * * * * *
15688036 AGTCTTAA-TATTCGAACTGGTTCAACAAACAAATTTA-TTTTTAATTCTCTTAGTTATTAA-TT
1 AGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * ** * * *
15688098 TTCAGAATATTATTATTTTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGATTGTATGAACAGAAATAATTG
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* * * * * ** *
15688162 --TTATGATAGAACAAAAGGTTATAATGAATTGAAGTTTACAATTGTTCAAAT
129 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * *
15688213 AGTTAT-A-TGTTT-AATCTAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATT
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* * ** * * * * *
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** * * ** * * *
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129 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT-GAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * ** * * * * *
15688389 AGTCTTAATTATTTGAACTACTTCAACAAACATATTTGTTTTTTAAATCTCTTAGTTA-T-A---
1 AGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * ** * *
15688449 -T----TA-T--TAAATTAGTATTATTTCA-TTCCAAAAAGGCTTATATGAAGTACAACAATTAT
66 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA-GCTTGTATGAACAAAAACAATTGT
* * * * * *
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130 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
** *
15688557 AG--A-AACTGGTT---C-A---T--TAAATAGATTTATTTGTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
1 AGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * ***
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66 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTT
* * ** * *
15688675 TTATGACAAAATAAAAGTTTTTACA-GTTTTGAAATAGATAATTGTTTAAAT
131 TTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * ** *
15688726 GGCCATAATTATTTTAAGCGA-TTCAATAAACTA-ACTTATTTTTTTAAATCT-TTATCTT-TTC
1 AGTCATAACTATTTGAA-CTAGTTTGATAAA-TAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTA-CTTATT-
* * * * *
15688787 AATTTTTGAAATATTAATAAAGTACTATTATTTTATTT-TAGATAAGCTT-TATGAACTAAACCA
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* * * * ** *
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* * * * **
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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** * * * ** * * *
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1 AGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * *
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* *
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* * * *
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1 AGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* ** * * * * *
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* * * *
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* * ** **
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * **
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* * * *
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* * * * * *
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** * * * * * * *
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* * * * * *
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** * * * * * * *
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1 AGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-
* * * *
15690411 CCTT--CATATTAATAAATT-GTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AA-
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** * * * *** *
15690470 TCATTTAGTGACAAAATAATAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAAT
127 TGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * *
15690526 ATTCATAATTATTTAAACTTA-TTTGATAAATAGATTCATTTTTTAAAATCTTTTAATTATTAAT
1 AGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAAT
* *
15690590 TTTT-AGAATATTAATAATTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC-TGATATGAACTAAAATA-A
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* * * *
15690652 ATT-TTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATGATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT
125 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * *
15690708 AGTCATGACTATTT-AATCTAATTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATT
1 AGTCATAACTATTTGAA-CTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
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15690772 GTCAAAATATGAATAAATTAGTATTATTTTA-ATCCACATAAATTTTTATGAGCAGAAATTATTG
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* * * * * ** ** * *
15690836 TTTTGTAATAGAAGAAAAAATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAAT
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* * * * *
15690889 AGTCATAATTTTTTAAATTGGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
1 AGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
15690939 AATATTAATA
Statistics
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Consensus pattern (181 bp):
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TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
Found at i:15686123 original size:177 final size:177
Alignment explanation
Indices: 15685373--15694263 Score: 3770
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15685363 GTTCAAATAG
* * * *
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* * * * *
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* *** * * * * *
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* * * * * * * *
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*** * * *
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* * * * * * *
15685733 GAACTTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATTTGTTGTTTACTAATTTT-TGAATGTTAAT
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* * * * *
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* ** * *
15685861 CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAA-TCATTT
124 CAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTT
* * * * * * *
15685915 GAA-TTAGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTGTTATTAATTTTAAGAATACTATTAATT
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* * * * * * * *
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* * *
15686043 ATCATAACAATTTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTA
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* * * * * *
15686092 GAACTGGTTTGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTCTTAATTTTTAA-AATATTGATAAAT
1 GAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAA-TTTTAAGAATATTAATAAAT
* * ** * * * * *
15686156 TGGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTCTAAATAGAAATAATTGTTTTACGACAAAATAAAAC
65 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-
** * * * *
15686221 G-TCATAATGATTTGAAATAGATAATAGCTCAAATGGAT-ATGACTATTT
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* * * *
15686269 GAACTTGTTCGGTGAATAAATTTATTTTTTAAATCCCCAACTTATTAATTTTGAGAATATTAATA
1 GAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAAT---C-TCTTATTAATTTTAAGAATATTAATA
* * * * *
15686334 AGTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAA
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* * * *
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* * * * ** *
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1 GAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTAAGAATATTAATA
* * * * * * *
15686514 AATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGGTTTATAACAAAACAA
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* * *
15686579 AAGGTCATAACAATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
127 AAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
**** * * * * *
15686630 GAA-TGTGTTCAAAAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTACTTACTAATTTTTCA-AATATTAAT
1 GAACT-TGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAA--TCT-CTTATTAA-TTTTAAGAATATTAAT
* * *
15686693 AAATTTA-TATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTATTTTATGACAAAA
61 AAA-TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * * *
15686756 CAAAATG-TCATAATATTTTGAAATAGATAATTATTTAGATAGTCATATCTATTT
124 CAAAA-GATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * * * **
15686810 AAACATGTTTGGTAAACATATTCATTTTTTAATTTTCTTACTCATTATTTTTTGGAATATTAATA
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* * * * * * *
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62 AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAAC
* * ** * *** * *
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* ** * ** *
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1 GAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATT-TTAAGAATATTAAT
* * * * *
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61 AAATTAGTATTATT-TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * *
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125 AAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * ** * * * ****
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1 GAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAA---TCT-CTTATTAATTTTAAGAATATTAATA
** * * *
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62 AATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT-TGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * *
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125 AAAA-GATCATAACAATTTGAAATAGATA-ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * **** * * * * *
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1 GAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTAAGAATATTAATA
** * * * ** * * * * ****
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62 AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* ** * * * *
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127 AAGATCATAACAATTTGAAATAG--AT-A--A-TTGTTCAAATAGTC-AT-AAC-TATTT
* ** * * * * * * * *
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1 GAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTAAGAATATTAATAAATT
* * * *
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66 AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA-AAG
* * * *
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130 ATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * *
15687694 GAACTCGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTTTTAA-ATTATTAATAGAT
1 GAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAA-TTTTAAGAATATTAATAAAT
* * * * * ** * * *
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65 TAGTATTATTTTATTTCGAA-TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * **
15687822 GGTCATTACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAGTTATTT
129 GATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
** * *
15687871 GAA-TTGGTAAGGTAAATAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTTGTTAATTTT-TGAAATATTAATAA
1 GAACTT-GTTTGGTAAATA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTAAG-AATATTAATAA
* * * * * * ** *
15687933 ATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATAAATTCA-AAAAAACTTACTTTATGCCAAAA
63 ATT-AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-T-AGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAA
* * * * * *
15687996 TAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAA-TATTC
124 CAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* **** * * * *
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1 GAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTAAGAATATTAATA
** * * * * *
15688113 TTTTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGATTGTATGAACAGAAATAATTG--TTATGATAGAACA
62 AATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * ** * * *
15688175 AAAGGTTATAATGAA-TTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTTAT-A-TGTTT
126 AAAGATCATAA-CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * *
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1 GAA-CTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAA-TTTTAAGAATATTAATAAA
** * * * * ** *
15688288 TTAGTATTATTTTATTTTTAATAGGCATGAATG-ATCGAAACAATTTGTTACATGACAAAAAAAA
64 TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAA
** *** * * * * *
15688352 AGGCCATAATTTTTTATAAACAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTATTT
128 AGATCATAACAATTT-GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
** **** * * * * *
15688403 GAACTACTTCAACAAACATATTTGTTTTTTAAATCTC---TT-A-GTT----ATATTATTAAATT
1 GAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTAAGAATATTAATAAATT
* * * * * * * * *
15688459 AGTATTATTTCA-TTCCAAAAAGGCTTATATGAAGTA-CAACAATTATTTTATAACATAATAAAA
66 AGTATTATTTTATTTCGAATAA-GCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * *
15688522 GGTTAAAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG--A-AAC----T
129 GATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
*** * * * *
15688564 G-----GTTCATTAAATAGATTTATTTGTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTACT
1 GAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTAAG-AATATTAAT
* * * * *
15688623 AAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATG-ATGGAAAACAATTGTTTTATGACAAAAT
61 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAAC
** * * * * * *
15688687 AAAAG-TTTTTACAGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGGCCATAATTATTT
125 AAAAGATCATAACA-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* *** * *
15688740 TAAGC--GATTCAATAAACT-AACTTATTTTTTTAAATCT-TTATCTTTTCAATTTT-TGAAATA
1 GAA-CTTG-TTTGGTAAA-TAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTA----TT-AATTTTAAG-AATA
* * * * * *
15688800 TTAATAAAGTACTATTATTTTATTT-TAGATAAGCTT-TATGAACTA-AACCAATCGTTTTATAA
56 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * *
15688862 TAAAACAAAAGGTCAT-AC-TTCTTATAAATATATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTT
119 CAAAACAAAAGATCATAACAAT-TT-GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
** * * ** *
15688920 GAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTTAAAATTTCATGTTTATTAATTTTTTGAATGTTAA
1 GAACTTGTTTGGTAAATAAATTTA-TTTTTT-AAA--TC-T-CTTATTAATTTTAAGAATATTAA
* * * * * * *
15688985 TAAATTAGTATTAGTTTATTTCAAATAAGCATGTATGAACTA-AAAGAATTATTTTATAACTAAA
60 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * ** * * * * **
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124 CAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* **** * * * *
15689103 -AAATTGGTTCAACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTACT
1 GAACTT-GTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTAAGAATATTAAT
* * * * *
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** *
15689231 -AAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTT-AAAGTAGTCATAACTATTT
125 AAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTT
* * * * * * *
15689283 AAACTGGTTTGATAAATAAATTTAATTTTTAAATCTTTTATTAATTTT-TGAAAATTAATAAATT
1 GAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTAAGAATATTAATAAATT
* ** * * *
15689347 AGTATTATTTTA-TTCTGAACAATTTTGTATAAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAT
66 AGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-
* * * * * *
15689411 G-TTATAACCATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTT
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* * * *
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1 GAACTTGTT-TGGTAA-ATAAATTTATTTTTTAAATCT----CTTATTAATTTTAAGAATATTAA
* * ** * *
15689522 TAAATCAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTATATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAAC
60 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * *
15689587 AAAAGATCGTAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCTAAGAGTCATAACTATTT
125 AAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
*** * * * **
15689640 GAACTCACTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAAATCTTTTACTTAATAATTTTTGAA-ACTTTA
1 GAACTTGTTTGGTAAATAAATTTA-TTTTTT-AAATCTCTTA-TTAAT--TTTAAGAATA--TTA
* * * * * *
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59 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * *
15689769 GAAAAAATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACACAAATATTT
124 CAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* ** * * * * *
15689823 GAACATGTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATA
1 GAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTAAG-AATATTAATA
* *
15689887 AATTTA-TATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATT-TTTTATGACAAAAC
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* * * * * * *
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* ** * * * *
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1 GAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAAT--C-T-CTTATTAA-TTTTAAGAATATTAAT
* * * *
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61 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * ** * *
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125 AAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA-ACTATTT
** * * * * *
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1 GAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA--T-TAATTT-T-AAGAATATTAAT
* * * * *
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61 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * * **
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* * * ******
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1 GAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTAAGAATATTAATA
* * ** *
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* * * * * * *
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125 AAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * *
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1 GAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTT-AAATC---T-CTTATTAATTTTAAGAATATTAAT
* * *
15690605 AATTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC-TGATATGAACTA-AAATAAATT-TTTTATGACAAA
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* * * ** * * *
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** * * * * * *
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1 GAA-CTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAA---TCT-CTTATTAATT-TTAAGAATATTAA
* * ** * ** ** * * * *
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* * * * *
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124 CAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * *
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1 GAACTT-GTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTAAGAATATTAATAAAT
* * * * ** * * *
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**** * * * * *
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* * * *
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* * * *
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60 TAAATT-AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCT-TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * * * *
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123 ACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * ** * *
15691223 GAACTAGTTTGGCAAACAAATTTGTTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATT-TTT
1 GAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTAAGAATATTAATA
* * * * * * * *
15691287 TATTAGTGTTATTTGATTTTGAATAAGCTTATATGAA-AAAAAAAATTGTTTTATGATAAAACAA
62 AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * *
15691351 AA-AGTTATAACGATTTGAAGA-ATACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
127 AAGA-TCATAACAATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * *
15691402 -AAATTGGTTCGAG-AAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAAGATT
1 GAACTT-GTTTG-GTAAATAAATTTA-TTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTAAG-AATATT
* * * * * * * * * * *
15691464 AATAAATTATTATTATTTAATTTTTG-ATAAACATATATG-ATCAAAAACAATTGCTATATAACC
58 AATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * * *
15691527 AAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATTGATAATTGTTGAAAT-GGCTATAATTATTT
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*** * * * * **
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1 GAACTTG-TTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAAT--C-T-CTTATTAATTTTAAGAATATTAAT
** * ** * *
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61 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-C
* ** * ** *
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* * * *
15691766 GAATTTGTTTGGTAAACAAATTTA--TTTTAAACTCCTACTTATTAATTTT-TGAATTATTAAGA
1 GAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAA-T-CT-CTTATTAATTTTAAGAA-TATTAATA
* * * * *
15691828 AATTAGTATTATTTTATTTTGGACAAGCTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGTCAAAAC-
62 AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* ** * * *
15691891 AAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATCACTATTT
126 AAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * ** *
15691943 GAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTCCAAATCATTTCCTTATTAATTTTTTGAATGTTAAT
1 GAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTT-TAAATC---T-CTTATTAATTTTAAGAATATTAAT
* * * * *
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61 AAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA-ATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * *
15692070 ACAAAATG-TCAAAACAATTTGAAATTA-ATAA-TGATTCTAATAG-CTTTAACTATTT
123 ACAAAA-GATCATAACAATTTGAAA-TAGATAATTG-TTCAAATAGTC-ATAACTATTT
* * * *
15692125 GAA-TTGGCTTGGTAAACACATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTA
1 GAACTT-GTTTGGTAAATAAATTTA-TTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTAAG-AATATTA
* ** * * *
15692188 TTAAATTAGTATTATTTTA-ACCAAATAAGCTTATATG-ATCAGAAACAATTGTTTTTTGACAAA
59 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAA
** * * * * * * * *
15692251 AC-AAATTTCTTAACGACTTGGGATTA-ATAATTGTTCAAATACTCATAGCTACTT
123 ACAAAAGATCATAAC-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
** * * *
15692305 GAAC-TGATTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGA-AATATTAAT
1 GAACTTG-TTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTAAGAATATTAAT
* * *
15692368 AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAT
61 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* ** ** ** *
15692432 AAAAGGTCATAATC-A-TTGAAAATAGATAATCATTCAAACGGTTGTAATTATTT
125 AAAAGATCATAA-CAATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* ** *** * * * *
15692485 TAACTAATTCAAT-AACAAATTTATTTTTTAAGTTTCTTACTTATTATTTT-AGTAAGTGTTAAT
1 GAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA--ATTTTAAG-AA-TATTAAT
* * * * *
15692548 AAA-T--TATTATTTTA-TTCCATCTAAGCTTGTATTAACT-GAAACAATTGTTTTATGACTAAT
61 AAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * * * *
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124 CAAAAGATCATAACA-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * *
15692662 GAACTTGTTCGTTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTT-TGAATATTAAT
1 GAACTTGTTTGGTAAATAAATTTA-TTTTTTAAA--TC--TCTTATTAATTTTAAGAATATTAAT
* * * *
15692726 AAATTAGTATTAATTTA-TTCTAA-ATAGCCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAA
61 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA-AG-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * * * * * *
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124 CAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * *
15692843 GAAC-TGATTTGG-AAAAAAAATTATTTGTTAAATCTCTTATTTATTCATTTTCAA-AATATTAT
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* * ** * *
15692905 TAAATTAGCATTATTTTAATAAGAAAAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTACGACAAAAG
60 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-
* * * ** * ** * *
15692969 AAAAAGGTTATAATGATTTGGAATAGATAATCATTCATATAGTCTTAACTATTT
124 CAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
**** * * * * * * *
15693023 GAA-TTCGTTCAACAATTAGACTTATTTTTTAATTTTCTTGTTTATTAAGTTTT-ATAATATTAT
1 GAACTT-GTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAA--ATC-T-CTTATTAA-TTTTAAGAATATTAA
* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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60 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * * ** *
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* * * ** * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* *
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* * * * * * * * *
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* ** * * *
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* * ** * ** *
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1 GAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTT-AAA--TC-T-CTTATTAATTTTAAGAATATTAAT
* * * * *
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61 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * ** * * * **
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* ** * * * * * **
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* * * * * * *
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** * * * *
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Statistics
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * ** * *
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322 ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATGTGTTC
* * * * * *
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* * * * *
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* ** *
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* * * * ***** *
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* * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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382 TGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-A
** * * * * *
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*
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* * * * * *
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* * ** *
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* *** * *
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* ** *
15686448 TTGAACTCGCTT-GGTAAACAAATTTATTTTCTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTA
194 TTGAACT-GCTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTA
** * * * *
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* * *
15686576 CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATGTGTTCA
323 CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATGTGTTCG
* * * *
15686641 AAAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTACTTACTAATTTTTCAAATATTAATAAATTTATATTAT
388 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTATATTAT
* * *
15686706 TTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATA
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* *
15686771 TTTTGAAATAGATAATTA-TTTAGAT
517 TTTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAAT
* * * ** * * * * * ** * *
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* * * * *
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* * * *** * *
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** ** * *
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* * *
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* * * * * * *
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323 -CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTT
* * *
15687181 CGGTAAACAGCTTTATTTTTTAAATGTTTTACTTATTAAATGTCTTT---ATATTAATAAATTTT
386 CGATAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATT-AAT-T-TTTGAAATATTAATAAA-TTA
* * * * *
15687243 TATTATTCTATTTGAAATAAACTTGTATGAATAGAAAAAATCT-TTTTATGACAAAACAAAATG-
446 TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAATAGAAACAAT-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* *
15687306 CTATAGCA-ATTTT-AAAAAGA-AGATTA-TTAAAAT
510 C-ATA--ATATTTTGAAATAGATA-A-TAGTTCAAAT
* * * * ** * * * **
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1 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTT
* **
15687404 TTATAATATTAATAACCTAGTATTATTTTATTTC----AAA--TA-A-G--C--------TTA--
66 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACTAAAATAATTATT
* * *
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131 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * ** * * * * *
15687513 GATCTACTTCAATAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTA-TGTATT-ATATGTTGAAATATTAA
196 GAACTGCTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACT-TATTAAT-TTTTAAAATATTAA
* * * *
15687576 TAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAAC
259 TAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * *
15687641 AACAA-GTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTACTTGAACT-CGTTC
324 AA-AAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTC
* * * * *
15687704 GATAAATAGATTTATTTTTTAAA--TCT-CTTACTAATTTTT-AAATTATTAATAGATTAGAATT
387 GATAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAA-TATTAATAAATTA-TATT
* ** * ** * * *
15687765 ACTTTATTCCAAACAAAG-TTAAATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATT
450 ATTTTATTTGAAA-TAAGCTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-T
* *
15687829 ACTA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
513 AATATTTTGAAATAGATAATAGTTCAAAT
** * * * *
15687857 AGTCATAGTTATTTGAA-TTGGTAAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCT----CTTGTTAATT
1 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATT
* * * * * *
15687917 TTT-GAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGC-TAGTATAAATTCAAAAAAA
65 TTTAG-AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTA-TATGAACT-AAAATAA
* * * * * * *
15687979 CTTACTTTATGCCAAAATAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAA
126 -TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
* * *** * * * * *
15688044 -TATTCGAACTGGTTCAACAAACAAATTTA-TTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTCAGAATA
190 CTATTTGAACTGCTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATA
* ** * * *
15688107 TTATTATTTTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGATTGTATGAACAGAAATAATTG--TTATGATA
255 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * ** * * * *
15688170 GAACAAAAGGTTATAATGAA-TTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTTAT-A-TGTTT-AATCTA
320 AAACAAAAGGTCATAA-CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATGT-
* * * * *
15688231 GTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTTAAAGATTAATAAATTAGT
383 GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-T
** * * * * ** * *
15688293 ATTATTTTATTTTTAATAGGCATGAATG-ATCGAAACAATTTGTTACATGACAAAAAAAAAGGCC
447 ATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAATAGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * *
15688357 ATAATTTTTTATAAACAGATAATTGTTCATAT
511 ATAATATTTT-GAAATAGATAATAGTTCAAAT
* * ** ** * * * *
15688389 AGTCTTAATTATTTGAACTACTTCAACAAACATATTTGTTTTTTAAATCT----C---TT-A--G
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* * * * * * *
15688444 TT---ATATTATTAAATTAGTATTATTTCATTCCAAA-AAGGCTTATATGAAGTACAACAATTAT
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* * * * * * *
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** * * * * * *
15688563 TG----G-TTCATTAAATAGATTTATTTGTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTACT
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** * ** *
15688623 AAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATG-ATGGAAAACAATTGTTTTATGACAAAAT
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** * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* **
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* * * *** * * *
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* * * * *
15689165 CTAATTTAGTAATATTTTACTT-TGACTAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAA
258 ATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* ** * *
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* * * * *
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* ** * * * * * *
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*
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* * * * ** * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* ** * * * **
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*
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* *
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* * *
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514 ATATTTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAAT
* * * * * ** * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * *
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258 ATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * * * ** * *
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* * * * * *
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** * * ** * * *
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449 TATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCAT
** * * *
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* * * * * * **
15690526 ATTCATAATTATTTAAACTTATT-TGATAAATAGATTCATTTTTTAAAATCTTTTAA-TTATTAA
1 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAATAGATTTATTTTTT-AAATC-TCCAACTTATTAA
* * *
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* * * *
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** * * * * * *
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192 ATTTGAA-CTGCTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATAT
* * * ** * * ** * * *
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256 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA-ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * ** * * * * *
15690846 GAAGAAAAAATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAATTTTTTAAAT-TGG
320 AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATGT-G
* *
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Found at i:15690281 original size:720 final size:717
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* * * *
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* * * * * * * **
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* * * *
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* * *
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* * * *
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* ** * * * *
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* * * ** *
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* * * *
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* * * * * * * * * * **
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* * * * * * * ** *
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** * ** * * * *
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* ** * *
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* ** *
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*
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* * * * *
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* * ** * * * * ** *
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* *
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250 T-GTTCAGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAATT
* * *
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* * * * *
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377 ATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATCAAAGTAGTCATAACCATTTAAACTGGTTAGATAAAT
* * * *
15689300 AAATTTAATTTTTAAATCTTTTATTAATTTTTGAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA
442 AAATTTAATTTTTAAATCTTTCATTAATTTTAGAAAATTAATAAATTAGTAATATTTTATTCTAA
** * * * * * *
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* * *
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* * * * *
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*
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* * * * *
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***
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* * **
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* ** * *
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*
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* * * * *
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* * *
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* *
15690020 -TTAATTTTTTAATTCACTTACTCATTAAGTTTTAGAATATTAATAAATTAGTAATATTTTATT-
445 TTTAA-TTTTTAAAT--CTT--TCATTAA-TTTTAGAAAATTAATAAATTAGTAATATTTTATTC
* * * * **
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504 T-AAACAAGCTTATAT-AAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCACAACCATTTG
* * *
15690147 AAAAAGATAATTA-TTCAAATAGTCAAGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTT-TTTTTT
567 AAAAAGATAA-TAGTTCAAATAGACAAGACTATTTAAACTTGTTCAGGAAACATATTTATTTTTT
*** * * * * * **
15690210 AAATCTTTTACTTGTT-ATTTGTCAAAATATTTATATATTAATATTATTTAATCT-GAATAAGCT
631 AAATCTCCAACTTATTAATTT-TCAAAATATTAATAAATCAATATTATTTAATCTCAAATAAAAT
*
15690273 TGTATGAATAGAAACAATTGTTT
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* * **
15690296 TATGAAAAAACAAAAAGTCATAAGAATTTAAAATAAATAATTGTTCCATTAGTCATAAAGATTTG
1 TATGAAAAAACAAAAAGTCATAAGAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * * * * *
15690361 CACTTGTTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTT-AAATCTTTTACCTATTAATTGCCTTCATA-TTAA
66 AACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAAATCTTTTACTTAATAATT--TTTGAAATTTAA
* * * * * * *
15690423 TAAATT-GTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATCATTTAGTGACAAAAT
129 TAAATTAGTATTACTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACATAAAAATTAATTTA-TGACAAAAC
* * * * * * * * *
15690487 AATAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATATTCATAATTATTTAAACTTATT-TG
193 AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTT-AACATGTTCAG
* * * * *
15690551 ATAAATAGATTCATTTTTTAAAATCTTTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAATTTAGTATT
257 ACAAACACATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAATTTAGTATT
* * * *
15690616 ATTTTATTTCAAATAAGC-TGATATGAACTA-AAATAAATTTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCAT
321 ATTTTATTTGAAATAAGCTTG-TATGAA-TAGAAA-CAATTTTTTATGAC-AAAACAAAGATCAT
* * * *
15690679 GATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAA-TAGTCATGACTATTTAA
382 AATGATTTGAAATAGATAATTA-TCAAAGTAGTCATAACCATTTAA
15690724 TCTAATTTGG
Statistics
Matches: 2014, Mismatches: 387, Indels: 312
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Matches are distributed among these distances:
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AACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAAATCTTTTACTTAATAATTTTTGAAATTTAATA
AATTAGTATTACTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACATAAAAATTAATTTATGACAAAACAAA
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ACACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAATTTAGTATTATTTT
ATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTTTTTATGACAAAACAAAGATCATAATGATTTG
AAATAGATAATTATCAAAGTAGTCATAACCATTTAAACTGGTTAGATAAATAAATTTAATTTTTA
AATCTTTCATTAATTTTAGAAAATTAATAAATTAGTAATATTTTATTCTAAACAAGCTTATATAA
ATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCACAACCATTTGAAAAAGATAATAGTTCAAA
TAGACAAGACTATTTAAACTTGTTCAGGAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATT
TTCAAAATATTAATAAATCAATATTATTTAATCTCAAATAAAATTATATGAATAGAAACAATTGT
TT
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* * *
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* * *
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** *
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* * * * * *
15691183 GATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAATTATTTGAACTAGTTTGGCAAACAAATTTGT
1 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTGGTTAGG-AAACAAATTTAT
* * * ** **
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65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTGATTCCGAATA
* *
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* * * * *
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1 -GATTTGAA-ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTGGTTAG-GAAACAAATTT
* * * * **
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* * * * * * * *
15691490 -ATAAACATATATGATCAAAAACAATTGCTATATAACCAAACAAAAGGTAATAA
126 AATAAGCTTATATGA-AAAAAAAAATTGCTTTATGACAAAACAAAA-AT-AT-A
* * * * * * * ** *
15691543 CGATTTGAAATTGATAATTGTTGAAAT-GGCTATAATTATTTGAATTGATTCAATAAACAAATTC
1 -GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAATTATTTAAACTGGTT-AGGAAACAAATTT
* * * * * * *** *
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63 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTGATTCCGAA
* ** * * * *
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128 TAAGCTTATATGAA-AAAAAAAATTGCTTTATGACAAAACAAAAA--T-AT-A
* ** * ** * * * *
15691725 TGATTTTAAATAGGCAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAATTTGTTTGGTAAACAAATTTA
1 -GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTGGTTAGG-AAACAAATTTA
* * * * * ** * *
15691790 --TTTTAAA-CTCCTACTTATTAATTTTTGAATTATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGAC
64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTGATTCCGAAT
* ** * * * **
15691852 AAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAGGTCATAA
129 AAGCTTATATGAA-AAAAAAAATTGCTTTATGACAAAACAAAAAT-AT-A
* * * * * * * * * *
15691902 TGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATCACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTA
1 -GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTGGTTAGG-AAACAAATTTA
* * * * *
15691967 TTTTTCCAAATCAT-TTCCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTTAG-ATTATTTTATTCC
64 TTTTT-TAAATC-TCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTGTTATTTGATTCC
* * * * * * *
15692029 AAATAAGCTTGTGA-GATATGAAACAAATAT--TTTATGACTAAACAAAATGTCAAAA
125 GAATAAGCTTAT-ATGA-A-AAAAAAAAT-TGCTTTATGACAAAACAAAA-AT--ATA
* * * * * * * *
15692084 CAATTTGAAATTA-ATAATGATTCTAATAG-CTTTAACTATTTGAATTGGCTT-GGTAAACACAT
1 -GATTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAATTATTTAAACTGG-TTAGG-AAACAAAT
* * * *
15692146 TTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-ACC
61 TTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTGATTCC
* * * * * * ** *
15692210 AAATAAGCTTATATGATCAGAAACAATTGTTTTTTGACAAAACAAATTTCTTAA
125 GAATAAGCTTATATGA-AAAAAAAAATTGCTTTATGACAAAACAAAAAT-AT-A
* * * * * ** * * * * *
15692264 CGACTTGGGATTA-ATAATTGTTCAAATACTCATAGCTACTTGAACTGATTCAGTAAACATATTT
1 -GA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTGGTT-AGGAAACAAATTT
* * * **
15692328 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
63 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTGATTCCGAA
* * * * *
15692392 TAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATA
128 TAAGCTTATATGA-AAAAAAAAATTGCTTTATGACAAAACAAAA-AT-ATA
* ** ** * **
15692443 -ATCATTGAAAATAGATAATCATTCAAACGGTTGTAATTATTTTAACTAATTCA--ATAACAAAT
1 GAT--TTG-AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTGGTT-AGGA-AACAAAT
* * * * * *
15692505 TTATTTTTTAAGTTTCTTACTTATT-ATTTTAGTAAGTGTTAATAAATTA---TTATTTTATTCC
61 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTGTTATTTGATTCC
* * * ** * * * * *
15692566 -ATCTAAGCTTGTATTAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAATCAAAAGGTTATAAA
125 GA-ATAAGCTTATATGAA-AAAAAAAATTGCTTTATGACAAAACAAAA----ATATA
* * * * * * * * * * * * *
15692622 GATTTTAAATAGACATTTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAACTTGTTCGTTAAATAGATTTAT
1 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTGGTTAG-GAAACAAATTTA-
* * **
15692687 TTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTAATTT-ATTCTAAA
64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTGTT-ATTTGATTCCGAA
* ** * * * * *
15692750 T-AGCCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAA
128 TAAG-CTTATATGAA-AAAAAAAATTGCTTTATGACAAAACAAAA-AT-AT-A
* * * * * * ** * * * * *
15692802 CGACTTCAAATAGATAATTGTTCTAATAATCTTAACCATTTGAACTGATTTGGAAAAAAAATTAT
1 -GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTGGTTAGGAAACAAATTTAT
* * * ** * ** * * ** *
15692867 TTGTTAAATCTCTTATTTATTCATTTTCAAAATATTATTAAATTAGCATTATTTTAATAAGAAAA
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTGATTCCGAATA
* * * * * *
15692932 AGCTTGTATGAATAAAACAATTGTTTTACGACAAAAGAAAAAGGTTATAA
130 AGCTTATATGAAAAAAAAAATTGCTTTATGACAAAACAAAAA---TAT-A
* * * * * * * * ** ** * *
15692982 TGATTTGGAATAGATAATCATTCATATAGTCTTAACTATTTGAATTCGTTCAACAATTAGACTTA
1 -GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTGGTT-AGGAAACAAATTTA
* * ** * * * * *
15693047 TTTTTTAATTTTCTTGTTTATTAAGTTTT-ATAATATTATTAAATTAGTATTATTTTG-TTCTGT
64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTGTTA-TTTGATTCCGA
* ** ** * *
15693110 ATGAA--ATAGTATGAACTGAACCAATTG-TTTGATGACAAAATAAGAAGTTATAA
127 AT-AAGCTTA-TATGAA-AAAAAAAATTGCTTT-ATGACAAAACAA-AA-ATAT-A
* * * * * *
15693163 CGATTTGAAATAGATAGTTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAA-TAGTTTAGCAAACAGATTT
1 -GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTT-AAACT-GGTTAGGAAACAAATTT
* * * * * **
15693227 ACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
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* * * * * * * ** * *
15693292 ACAAACTCATATTAACAAAGACAATTGTTTTATGGGAAAATAAAAGGTCATAA
127 ATAAGCTTATATGAA-AAAAAAAATTGCTTTATGACAAAACAAAA-AT-AT-A
* * * ** * * * * * ***
15693345 CAATTTGAAATAAATAATTATTTATGTAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAATGGATTTA
1 -GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAACT-GGTTAGGAAACAAATTTA
* * ** * * * * **
15693410 TTTTTTAAAATTTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATAATACTAAATTAGTATTATTTTATTCAAAA
64 TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTGATTCCGAA
* * * * * * *
15693475 TAGGCTTATATGAACAGAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATA
128 TAAGCTTATATGAA-AAAAAAAATTGCTTTATGACAAAACAAAA--ATATA
* * * *
15693526 GCAATTCGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AACTGGTTTGGTAAACAAATTT
1 G--ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTGGTTAGG-AAACAAATTT
* * * * *
15693590 ATTTTTTAGATCTC-TA---ATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTACTTT-ATTTCAA
63 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTGTTA-TTTGATTCCGA
* ** * *
15693650 ATAGGCTTCTATATTG--AAAAGCAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAAGTAATAA
127 ATAAGC-T-TATA-TGAAAAAAAAAATTGCTTTATGACAAAACAAAAA-T-AT-A
* * * * * * *
15693703 CAATTTGAAATAGACAGTTGTTTAAAT-GGCAATAATTATTTGAAC----T--G------ATTTA
1 -GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAATTATTTAAACTGGTTAGGAAACAAATTTA
* * * * * **
15693755 TTTTTTCAA--TC-T-CTTATTAACTTTTGAAATATTAATACAA-TAGTTTTTTTTTTTAATTTT
64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-AATTAG---TGTTATTTGATTCC
* * * * *
15693815 GGATATGCTTTTATGAACAAAAATAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
125 GAATAAGCTTATATGAA-AAAAAAAATTGCTTTATGACAAAACAAAA-AT-AT-A
* * * * * * * * *
15693869 TGATTTTAAATTGATAATTGTTCAAATACTCATAACTA-TTCAATTTGTTCAGTAAACAAATTTA
1 -GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTGGTT-AGGAAACAAATTTA
* * * **
15693933 TTTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
64 TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTGATTCCGA
*
15693997 ATAAGCTTGTATGAA
127 ATAAGCTTATATGAA
15694012 CTGAAACAGT
Statistics
Matches: 2175, Mismatches: 496, Indels: 308
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
162 3 0.00
164 37 0.02
165 9 0.00
166 51 0.02
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170 1 0.00
171 8 0.00
172 107 0.05
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Consensus pattern (175 bp):
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TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTGATTCCGAATAA
GCTTATATGAAAAAAAAAATTGCTTTATGACAAAACAAAAATATA
Found at i:15693566 original size:364 final size:354
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15691174 AATAAAAATG
* * * * * * *
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* ** * ** * * * *
15691249 TTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATT-TTTTATTAGTGTTATTTGATTTTGAATA-
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** * * * * * *
15691312 AGCTTATATGAA-AAAAAAAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAGA-ATA
129 A-CTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTTATAACAATTCGAA-ATAGA
* * * * * *
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* * * * * *
15691440 TTACTTATTAATTTT-TGAAAGATTAATAAATTATTATTATTTAATTTTTGATAAACAT-ATATG
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* * * * ** * *
15691503 ATCAAAA-ACAATTGCTATATAACCAAACAAAAGGTAATAACG
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** ** * * * * * * ** * * *
15691545 ATTTGAAATTGATAATTGTTGAAAT-GGCTATAATTATTTGAA-TTGATTCAATAAACAAATTCA
1 ATTTGAAATAAATAATCATTCATATAGTCT-TAACTATTTGAACTAG-TTTAGCAAATAGATTTA
* ** * * ** * * *
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64 TTTTTTAAATTTCTT-GTTATTA-ATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT
* * * * * * ** **
15691673 A-AGCTTGTATGAATTCAGACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGGTCATAATGATTTTAAATA
127 AGA-CTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAAT-AAAAGGTTATAACAATTCGAAATA
** * * *
15691737 GGCAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAATTTGTTTGGTAAACAAATTTA-TTTTAAA-CTC
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* * * * * * * ** *
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* ** * * **
15691864 ACTGAA-ACAATTGTTTTATG-TCAAAACAAAGGTCATAATG
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* ** * * * * * *
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1 ATTTGAAATAAATAATCATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAATAGATTTATT
* ** ** * *
15691969 TTTCCAAATCATT-TCCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTTAG-ATTATTTTATTCCAAA
66 TTT-TAAAT--TTCTTGTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTAAA
* * * * * * * *
15692032 TA-AGCTTGTGA-GATA-TGAAACAAATATTTTATGACT-AAACAAAATGTCAAAACAATTTGAA
126 TAGA-CTTAT-ATGA-ACTGAAACAATTGTTTTATGA-TAAAATAAAAGGTTATAACAATTCGAA
* * * * * *
15692093 ATTA-ATAA-TGATTCTAATAG-CTTTAACTATTTGAATTGGCTTGGTAAACACATTTATTTTTT
187 A-TAGATAATTG-TTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACT-G-TTTGCAAACAAATTTA--TTTT
* * *** *
15692155 TAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAACCA-AATAAGC
245 TAAATCTCTTA--TATTAATTTTCTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAA-AAAC
* * * * * * ** ** *
15692218 TTATATGATCAGAA-ACAATTGTTTTTTGA-CAAAACAAATTTCTTAACG
307 TCATAT--TAAAAAGACAATTGTTTTATGAGAAAAAAAAAGGTAATAACA
* ** * ** * * * * * * * * *
15692266 ACTTGGGATTAATAATTGTTCAAATACTCATAGCTACTTGAACT-GATTCAGTAAACATATTTAT
1 ATTTGAAATAAATAATCATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAG-TTTAGCAAATAGATTTAT
* * * *
15692330 TTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
65 TTTTTAAAT-TTCTT-GTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATA
* ** * *
15692394 -AGCTTGTATGATA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATC-ATT-GAAAAT
128 GA-CTTATATGA-ACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTTATAA-CAATTCG-AAAT
** ** ** * * ** * *
15692455 AGATAATCATTCAAACGGTTGTAATTATTTTAACTAATT-CAATAACAAATTTATTTTTTAAGTT
189 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTGC-A-AACAAATTTA-TTTTTAAATC
* * * * *** * **
15692519 TCTTACTTATT-ATTTTAGT-AAGTGTTAATAAA-T--TATTATTTTATTCCATCTAAGCTTGTA
251 TCTTA--TATTAATTTT-CTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAGAAAAACTCATA
* ** ** *
15692579 TTAACTGAA-ACAATTGTTTTATGACTAATCAAAAGGTTATAA-A
312 TTAA--AAAGACAATTGTTTTATGAGAAAAAAAAAGGTAATAACA
* * * * ** * * ** * * *
15692622 GATTTTAAATAGACATTTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAACTTG-TTCGTTAAATAGATTTA
1 -ATTTGAAATAAATAATCATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTAG-CAAATAGATTTA
* * ** *
15692686 TTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTAAAT
64 -TTTTTTAAATTTC-TTGTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT
* * * * *
15692751 AGCCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAACGACTTC-AAATAG
127 AGACTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTTATAAC-AATTCGAAATAG
* * * * * * *
15692815 ATAATTGTTCTAATAATCTTAACCATTTGAACTGATTTGGAAAAAAAATTATTTGTTAAATCTCT
191 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTTGCAAACAAATTTATTT-TTAAATCTCT
* * * * * ** *
15692880 TATTTATTCATTTTC-AAAATATTATTAAATTAGCATTATTTTAATAAGAAAAAGCTTGTATGAA
254 TA--TATTAATTTTCTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAAAAA-CTCATATTAA
* * * **
15692944 TAAA-ACAATTGTTTTACGACAAAAGAAAAAGGTTATAATG
316 -AAAGACAATTGTTTTATGAGAAAA-AAAAAGGTAATAACA
* * * * * * * *
15692984 ATTTGGAATAGATAATCATTCATATAGTCTTAACTATTTGAATTCGTTCAACAATTAGACTTATT
1 ATTTGAAATAAATAATCATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAATAGATTTATT
* * * * **
15693049 TTTTAATTTTCTTGTTTATTAAGTTTTATAATATTATTAAATTAGTATTATTTTGTTCTGTAT-G
66 TTTTAAATTTCTTG-TTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAG
** * * * * *
15693113 AAATAGTATGAACTGAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAGAA-GTTATAACGATTTGAAATAGA
129 ACTTA-TATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAATAA-AAGGTTATAACAATTCGAAATAGA
* * * * *
15693177 TAGTTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATAGTTTAGCAAACAGATTTACTTTTTAAATCTCT
192 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTT-GCAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCT
*
15693242 TACTGATTAATTTTCTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTCATATTAA
254 TA-T-ATTAATTTTCTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAA-AAACTCATATTAA
* * *
15693307 CAAAGACAATTGTTTTATGGGAAAATAAAAGGTCATAACA
316 -AAAGACAATTGTTTTATGAGAAAAAAAAAGGTAATAACA
* * * *
15693347 ATTTGAAATAAATAATTATTTATGTAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAATGGATTTATT
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* * *
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* * * * * *
15693477 GGCTTATATGAACAGAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAGCAATTCGAAATAGAT
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* *
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* * * ** *
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* * * * * *
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* * ** * *
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* * * *
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** * * * ** *
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* * * **
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*
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* *
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1 ATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAGATTTTTG-AATATTATTAAATTAGTATTAATTTAA
* * *
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* ** * ** * *
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* * * * * * * *
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* * *** * * *
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* * ** * * * * *
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* * ** ** **
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* * * ** * * ** * * *
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* * ** * * ** * * * * * *
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* * * * ** * * * * *
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* ** * * ** * * *
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* * * * ** * * *
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* * * *
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* * * * ** *
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* *
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*
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* **
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * **
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* * * * * *
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* * ** * * * * *
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* *
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* *
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** *
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** *
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* *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * ** * *
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* * * * * * *
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65 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * *
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130 TTAATT-T-TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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** * * ** * * *
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* ** * *
15703248 CAATT-GTTTAATGACAAAA-AAAATGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT-
193 CAATTAGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
** ** * * * * * * * *
15703310 ATAGAACAAATGGTTGTAAC-AATTT-G-AAATATA-TAATTGTTCAAATAGTCATAAC-TATTA
257 AT--AA-GTAT--TTG-AACTTGTTTAGAAAACAGATTTATTTTTTAAAT-CT-TTCACTTATT-
* * * ** * * *
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313 AA-T-TTTCAGAATATTAATAAATTT-AGTATT-ATT-T--TA-TTCGAATAA-GTTTG
* ** ** * ** * * * * **
15703423 AAATATTAATA-AATTAGTATT-TTTTATTTCGAATAGGCTTGTATGATGAAAA-CAATTGTTTA
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* * ** * * * * * *
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* * ** *
15703545 TCTAAACTAATTCGATAAGCTGATTTATGTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTATAATATTA
110 T-T----T--TT---T-A----A---ATCTCTTACT----T-A--T-T-AA-TTTTAAAATATTA
* * * * **
15703610 ATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACT-GAAACAATT-GTTTTATGATTA
147 ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTAGTTTTATGACAA
* ** * * * * *
15703673 AATAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGCTAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTT-TT
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* * * *
15703737 TAGTAAACA-AATT-TTTTTT-AAT-TTCTTACTTATTAATTTTCTA-AATGTTAATAAA-TTAG
276 TAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TCACTTATTAATTTTC-AGAATATTAATAAATTTAG
* * **
15703796 CATTATTTTATTTTGAATAAGCATG
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* * * * * **
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* * * * * * *** *
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* * * * * * *** * *
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* * * * *
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* * * ** *
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* *
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* *
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* * * ** * * * * *
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* * * *
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** * * *
15704366 ACAATT--TTTTAATG-----AC-AAAGGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAG
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* * * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * *** * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* ** * *
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** * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * *
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* * ** * * * * * ** *
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* * * * * * * * *
15705299 TCAAATGGTCATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAATAGATTCATTTTTAAAATCAT-TTAATTA
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* * * * * * * * *
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130 TTAA-TTTTAAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAA-
* * ** * * * *
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192 ACAATT-AGTTTTATGACAAA--ACAAAAGGTCA-TAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
** * * ** * * * ***
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* ** * ** * * * *
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15705596 G
362 G
* * ** * ** ** ** *
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** * ** ***
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* *** * * * * * * *** * * *
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* ** * ** * * *
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*** ** * * * * * * ** *
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209 AAA---A-C---AA-AAGGTC-ATAATG-ATT-TGA-AATAGATAA--TTAT-TC-AAAT--AGT
* * * * *** *
15705912 GATAATTATTCAATAGTATAATTATTTA-AATGATTTTGACA-ACAAATTATTTTTCAAACCTCT
256 CATAAGTATT---T-G-A-ACTTGTTTAGAA--A-----ACAGATTTATT-TTTT--AAATCT-T
* * * * *
15705975 T-ACTAATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTT-GTTTTATTTTATTTTGAATAAGTTAG
304 TCACTTATTAATTTTCAG-AATATTAATAAATTTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGTTTG
* * * ** * * *
15706033 TAAGAATTGAAAAAATTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAAA-GATTTGAAATAAATAATTA
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCA-AAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * *
15706097 TTCATATAG-CTTTAACTATTTGAA-TTGGTTTC-GTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTCAT
65 TTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTT-G-TTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * ** * *
15706159 TTATTAATTTTTAGAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTTT-TATAATATT-AAT-AA-AGT
127 TTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGA
* ** * * * ** * *
15706220 AA-TATTA-TTTTATTTC-AAAC--AAGAT-TTTATGAACTGAAACA-ATTATTTATAAT-AAA-
191 AACAATTAGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTAT--TCAAAT
* * * * *
15706276 A-T-AAAAGGT-TAT-AACGAT-TTTA-AATAGACA-A-TTATTCTAAATAGTCAAAACTATTTG
253 AGTCATAA-GTATTTGAAC-TTGTTTAGAA-A-ACAGATTTATT-T---T--T-TAAA-TCTTT-
* * ** *** * ** * ** * * *
15706333 AACTTGTTTCGTAAACA-AATTTTTTTTAATTTCTTATTAATTTTTTGAATGT-TAATAAATTAG
305 CACTT-ATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTTAGTATT-A--TTTT--AT-TCGAATAAGTTTG
* * ** ** * * * * * ** * *
15706396 TATTATTTTATTTCGAATAAGCATATATGAGCTAAAGCAATTATTTTATGACTAAAAAAAATGTC
1 TATGAATAGA-AAC-AAT-TG-TTTTATGA-C-AAAACAA--A----A-GA-TCAAAATGATTTG
* * * * ** * *
15706461 AAACA-ATTTAAAATT-TTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATACATTTATTT
52 AAATAGA--T--AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTT
* * * * ** * *
15706524 TTTGAATC-CTTACTTATTAATGTTTAGAATATTATTAATTTACCAATATTTTACTTTGAATAAG
113 TTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG
* * * * * * * *
15706588 CTTGTGTGAATAGAAATAAAT-GTTTTAGGACAAAAC-AAAGATCATAACGGTTTGAGATAGATA
177 CTTGTATGAATAGAAACAATTAGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
* * * * * * *
15706651 ATTGTTCAAATAGTCATAAAATATTTGAACTAGTTCAGTAAAGAGATTTAGTTTTTAAA--TTT-
242 ATTATTCAAATAGTCAT-AAGTATTTGAACTTGTTTAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTC
* * * ** * * *
15706713 -CTTATTGATTTT-TGAAATAGTAATAAA-TTACCATTAGTTTATTCTAAATAATTTTG
306 ACTTATTAATTTTCAG-AATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTC-GAATAAGTTTG
* * * * * * ** *
15706769 TATAAATAGAAGCAATTATTTTATGATAAAACAAAATG-TTATAACAATTTGAAATAGATAATAG
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCAAAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * * *
15706833 TTCAAAT-G----GAC-A--TG-AC-TATTCAGTGAACAGATTAATTTTTTAAATCT-TCAACTT
65 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTT
** * ** *
15706887 ATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCGGAATAA-ATTGGTATGAATAGAA
129 ATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT-GTATGAATAGAA
* * * * *
15706951 ACAATT-GTTTTATAACAAAAC-AAAGGATTATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
192 ACAATTAGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* *** * * * * * *
15707014 CATAACTATTTGAACTCACTTAGTAAATAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTACTAATTTTGA
256 CATAAGTATTTGAACTTGTTTAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTCACTTATTAATTTTCA
*
15707079 -AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATCTCAAATAAGGTTT-
321 GAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTAT-TCGAATAA-GTTTG
* * * * * * * *
15707120 TTTGAA-AAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTAT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * ** * * *
15707184 TTAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTC-AAAAAAATTAATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTT
66 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA-T-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
** * * *
15707247 ATTAATTTTTGGAACATTAATAAATTTA-TATTA-TTTAATTTGAAATAAGCTTGCATGAATAGA
129 ATTAA-TTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAATAGA
* * * * *
15707310 ACCAATT-GTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGT
191 AACAATTAGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
*
15707374 CATAACTATTTGAACTTGTTT-GATAAACAGATTTAGTTTTTTAAATCTCTT-ACTCT-TTAATT
256 CATAAGTATTTGAACTTGTTTAGA-AAACAGATTTA-TTTTTTAAATCT-TTCACT-TATTAATT
** * * * *
15707436 TTTGGAATATTAATAAA-TTAATATTATTTTAATTTGAATACGCTTG
317 TTCAGAATATTAATAAATTTAGTATTATTTT-ATTCGAATAAGTTTG
* * * * *
15707482 TATGGATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAAGTCATAA-GAATTTGAAA-AAATAATT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCAAAATG-ATTTGAAATAGATAATT
* * *
15707545 GTTCAAATAGTCATAA-TGATTTGAACTTGTTCGATAAA-TTAATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
64 GTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * ***
15707608 TTACTAATTGTCT-TAATATTAATAAATTTGTATTATGTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATAG
127 TTATTAATT-T-TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * ** ** *
15707672 AAAAAAATCA-TTTTATGAC-AAACTAAAAGGTTATAGCGATTCCAAATCA-ATAATTGTTCAAA
190 -AAACAATTAGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAAT-AGATAATTATTCAAA
* * * * * * * *
15707734 TGGTCATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTT-AATTATTAAC
252 TAGTCATAAGTATTTGAACTTGTTTAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTCACTTATTAA-
* * * * ** *
15707798 TTTT-GGAATATTAACAACA--AAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTA
315 TTTTCAGAATATTAATAA-ATTTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGTTTG
* * * * * * * * *
15707845 TATGAACT-TAAATAATTTTTTTATGACAAAACCAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTA
1 TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAAAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * ** * *
15707909 TTGAAATAGTCATGACTATTTGATCTAATTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTA
65 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * * * * *
15707973 TTAATTGTCAAATATTAGTAAATTATTGTTGTATTAATCTGTAA-AAGCTTGTATGAATAG-AAC
130 TTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
* * ** * * * * ** * *
15708036 TATT-GTTTTATAACTGAATAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATT-GCCTAAATATTTA
194 AATTAGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC-AAATAGTCA
* * * * *
15708099 TAACTATTTGAA-TTGGTTTTA-TAAATAGATTTA-TTTTT-AA---TTCTCTTATTAATTTT-T
258 TAAGTATTTGAACTT-G-TTTAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTCACTTATTAATTTTCA
* * ** *
15708156 GAAATATTAATAGA-TTAGTATTATTTTATTCCGAACAAACTTA
321 G-AATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATT-CGAATAAGTTTG
* * ** ** * **
15708199 TATGAACA-AAATCATTTGTTTTATGACAAAATGAAAGGCCATAACAATTTGAAATAGATAATTG
1 TATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAAAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * * * *
15708263 TTGAAATAGTCATAATTATTTGAAATGGTTCAGTAAACAGAATTATTTTTTTAAATCTCTTACTG
65 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * * ** * **
15708328 ATTAATTTTTGAAATATTGATAAATTTGTTTTATTTTATTTCAAATAAG-TTAGTAAGAGCCA-A
129 ATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT-GTATGA-ATAGA
* * * ** * * * * **
15708391 AAAAATT-GTTTTACGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAAC
191 AACAATTAGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * ** * * * *
15708455 CTTAACTATTTGAAC-TGGCTCGACAAATAAATTTATTTTTTAAATCATTT-AGTTATTAATTTT
256 CATAAGTATTTGAACTTGTTTAGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATC-TTTCACTTATTAATTTT
* * * * *
15708518 TAGAATATTATTACA-TTAGTATTATTTTATTCCCAATAAGCTTG
319 CAGAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATT-CGAATAAGTTTG
* * ** * * * * * * * ** *
15708562 TATGAACATAATTAATTGCTTTATGATAGAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * *
15708627 TCAAATATTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAACCTCCTACTTAT
66 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* *** * * *
15708692 TAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCCAATAGGCTTGTAT-ATTGAAAAAC
131 TAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAAC
* * * * * *
15708756 AATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAACTGTTCACATGGCCAT
194 AATTAGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * * * * * * *
15708820 TATTATTTGTAC-TGATTCA-ATAAACTGATTTATGTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTAT
259 AAGTATTTGAACTTG-TTTAGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTCACTTATTAATTTTCAG
* * * *
15708883 AATATTAATAAA-GTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTT-
322 AATATTAATAAATTTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAG-TTTG
* * * * * *
15708924 TATGAACT-GAAACAATTG-TTTATGATAAAAAAATAAGGTCATAATAATTTTAAATAGATAATT
1 TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA-AAGATCAAAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * * *
15708987 ATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATGT-TTTTCT-AATTTCTTACTT
64 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* ** * * * * *
15709050 AATAATTTTTGGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAGTTGAAG
129 ATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* * * * * *
15709115 CAATTA-TTTTATCACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCT
193 CAATTAGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* ** * * *
15709179 TAACTATTTGAACTACTTTGGCAAACACATTTATTTTTTTAAATC--T---TTATTAATGTTT-A
258 TAAGTATTTGAACTTGTTTAGAAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTCACTTATTAAT-TTTCA
* * * *
15709238 GAATATT-ATTAATTTAGTAATATTTTACTTTGAATAAGCTTG
321 GAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGTTTG
* * * * * * *
15709280 T-TGAACAGAAATAAATGTTTTAGGATAAAAC-AAAGATCATAAA-GATTGGAGATAGATAATTG
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCA-AAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * * *
15709342 TTCAAATAGTCA-AATTATTTGAACTGGTTTGGTAAAGAGATTTAGTTTTTAAA--T-TT-CTCA
65 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * **
15709402 TTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATCATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAAA
130 TTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAG-AAA
*
15709467 CAATTGGTTTT
193 CAATTAGTTTT
15709478 GGAACATTAA
Statistics
Matches: 5550, Mismatches: 1334, Indels: 1219
0.68 0.16 0.15
Matches are distributed among these distances:
339 5 0.00
340 107 0.02
341 21 0.00
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383 20 0.00
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Consensus pattern (362 bp):
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TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
TAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
TTAGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
GTATTTGAACTTGTTTAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTCACTTATTAATTTTCAGAATA
TTAATAAATTTAGTATTATTTTATTCGAATAAGTTTG
Found at i:15702494 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 15701591--15709477 Score: 2886
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15701581 ATTTATTTTT
* * * * ** *
15701591 TATTATTAAA-TTAATATTATATTAATCTGAATAAGCTAATATGAAAAGAAACAATTGTTTTATG
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* * * *
15701655 ACAAAA-TAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGGTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
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* * ** *
15701719 AGTTCGGTAAACATATTTAGCTTTTAAATCTCTTAC-TA--AATTTCAA-AA
130 TGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAGAA
* * * * * * *
15701767 TTTTAATAAA-TTAATATTATTTTATTTTGAATAA-TTCTGTATGAACACAAACATTTGTTTTAT
1 TATTAATAAATTTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCT-TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * * *
15701830 AATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGA-ATATTATTCAAATGGACATAAGTATTTGAA
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* * * * *
15701894 CTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTCAGAA
128 CTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAGAA
* * * * * * * * *
15701948 GA-TAA-AAAATTAGCATTATTTTATTCCGAATAAACTTGCATAAATAAAAACAATTGTTTGATC
1 TATTAATAAATTTAGTATTATTTTATT-CGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
** * * * ** * * *
15702011 ACAAAACAAAATATCAAAACT-ATTTGAAATCA-ATAATTATTCAAACAAACGTAACTATTAGAG
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* *
15702074 CTTGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCAT-TTACTTATTAATTTT-TGAAA
128 CTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTAAG-AA
* *
15702128 TATTAATAAA-TTAGTATTTTTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTAG-TTTAT
1 TATTAATAAATTTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTTAT
* * * *
15702191 GGCAAAACAGAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCATAACCATTTGA
64 GACAAAACA-AAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * **
15702255 AATGTGTTTAGAAAATCA-ATTTATTTTTTAAAT-T-TTCACTTATTAATTTTTGGAA
127 ACT-TGTTTGGTAAA-CATATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTAAGAA
* *
15702310 TATTAATAAATTTA-TAGTATTTTATTCGAAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* *
15702374 ACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
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* * *
15702439 TGTTTGGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTAAGAA
130 TGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAGAA
* * * *
15702491 TATTAATAAA-TTAGTATTATTTTTATTTCGAACAAGCCTATATGAACTA-ATACAATTGTTTTA
1 TATTAATAAATTTAGTATTA-TTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTA
* * * * * * * * *
15702554 TTACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAACTATTTAAATAGTTATGATTATTTGGA
63 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * *
15702619 CTTGTTCGATAAACATATTTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATT-ATTTGTCAA-AA
128 CTTGTTTGGTAAACATA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-T-AAGAA
* * * * * * *
15702674 TATTAATATA-TTAATATTATTTTAATCGAAATAAGTTTGTATGAACAAAAAGAATTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* ** * * *
15702738 ACAAAACAAAAAGTCATAGCGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATTGTCATAACTATTTGAACT
65 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * * * * **
15702803 TATTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTTTTAATTATCTGAA
130 TGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAGAA
* * * * * *
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1 TATTAATAAATTTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * *
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65 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * *
15702982 TATTTAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA
130 TGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAGAA
* * * * *
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1 TATTAATAAAT-TTAGTATTAT-TT-TATTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * * * * * **
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63 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * ** * * * *
15703159 ATTCATTTTTTAAATCCGT-TGCTTATTAATTTATGGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATT
128 CTT-GTTTGGTAAA--CATAT--TTATT--TTT-T--AA-A-T-CT--CTTA-C-TTA-TTAATT
** *
15703223 CCGAATAA
175 -TTAAGAA
* ** ** * * * * * ** * * * *
15703231 AACTGT-ATGAACATAAACAATTGTTTAATGACAAAAAAAATGGTCATAACAATTTGAAATAAAT
1 TA-T-TAAT-AA-ATTTAGTATTATTTTAT-TCGAATAAGCTTGT-AT--GAA--T---AGAAAC
** * * * ** ** *
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53 AATTGTT-TTAT-G-ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * * *
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115 ATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAG
15703423 AAA
180 -AA
*
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1 TATTAATAAATTTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTA-
* * * * * * *
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63 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
** * * * * * * * *
15703551 CTAATTCGATAAGC-TGATTTATGTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTATAA
128 CTTGTTTGGTAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAGAA
* * * * *
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1 TATTAATAAATTTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTAT
** * ** * * *
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64 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * *
15703733 TT-TTTAGTAAACA-AATT-TTTTTT-AATTTCTTACTTATTAATTTTCTA-AA
129 TTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-AAGAA
* * * * * * *
15703782 TGTTAATAAA-TTAGCATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTAT-AAGCT-GAAGCAATTATTTTG
1 TATTAATAAATTTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAA--TAGAAACAATTGTTTTA
* * * * *
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63 TGACAAAACAAAAGGTCAT-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * *** *
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127 ACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTAAGAA
* * * * * * * * * *
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1 TATTAATAAATTTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
*
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* * * ** * *
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129 TTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAGAA
* **
15704135 TAGTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
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65 ACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* ** * * * * * *
15704263 TTGTTCGAAAAACAAATTAATGTTTTAAATAT-TCAACTTATTAATTTTTAGAA
129 TTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTAAGAA
* * * *
15704316 TATTAATAAA-TTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGCATGAATAGAAACAATT-TTTTAAT
1 TATTAATAAATTTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT-AT
** * *
15704379 G-----AC-AAAGGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA
64 GACAAAACAAAAGG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * *** * * * * *
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128 CTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAGAA
* * * * * *
15704491 TATTAATAAA-TGAGTATTATTTTATTTCAAATAATGTTTGT-TGAACATAAACAATTGGTTTAT
1 TATTAATAAATTTAGTATTATTTTA-TTCGAATAA-GCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
*
15704554 G-----ACAAAA---C--AA--A---G-AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
64 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * **** * * * * * *
15704603 GTCTTCAAAAAATAAATTTTGTTTTTTAGAT-TTTTACTTATTAATTTTTAGAA
129 TTGTTTGGTAAACATA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAGAA
* * * * *
15704656 CATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAACA-ACACCAATTGTTTTAT
1 TATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGA-AACAATTGTTTTAT
* * * * * *
15704719 GACAAAATAAAAGGTCATAACGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGAGAGTCATAACTATTTGAAC
64 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * **
15704784 TTGTTCGGCAAACAGATTTATTTTTTTAATTCTCTTACTCT-TT-ATTTTTGGAA
129 TTGTTTGGTAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTAAGAA
* ** * *
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1 TATTAATAAATTTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * *
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65 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * *
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130 TGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTAAGAA
* * * * * * *
15705015 TATTAATAAA-TTAATATTATGTTAATCTGAATAAGCTCGTATGGACAGAAACAATTATTTTATG
1 TATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
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* * * * * * **
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127 ACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAGAA
* * * * **
15705196 TATTAATAAATTT-GCATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAAAATCATTTTATG
1 TATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * ** * * * *
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65 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * *
15705324 TGTTTGGTAAATAGATTCATTTTTAAAATCAT-TTAATTATTAATTTTTAGAA
130 TGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTAAGAA
* * * * *** * * **
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1 TATTAATAA-ATTTAGTATTATTTTATTCGAATAAGCTTGTAT-G--AATAGAAACAATTGTTTT
** ** * * * **
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62 ATGACAA-AACAAAAGGTCA-TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA-ATAGTCA-TA-ACTA
* * * * * * * * * *
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122 TTT----GAACTTGTTTG--GTAAACAT-ATTTATTTT-T--------TAAATCTCTTACTTA-T
* *
15705550 TGAA-ATTAAAAA
170 T-AATTTTAAGAA
* * * * ** ** ***
15705562 TCATTCACAAAGTTGTGACTATT-TGATTTAGTTCG-ATAAAC--AAAT-TTTTTTAA-AA--GT
1 T-ATTAATAAA-TT-T-AGTATTAT--TTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT
* ** ** ** * * ** *
15705619 TTT-TTAC-TTATTAATTGTCAAAAT-ATTAGTAAATTAGTATTATATTAATCTAAACAAGCTTG
59 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG-AAA-TAG-A-TA-ATTGTTC-AAA-TAG--T-
** ** * *** * *
15705681 CATGAAC-A--AAAACTATTGTTTAATACATACAAAAGTCATAATGATTTGAAAAATAATATTAC
114 CAT-AACTATTTGAAC--TTGTTTGGTA-A-AC---A-T-AT--TTATTTTTTAAAT-CTCTTAC
*
15705743 TT-TAAATATTCATACTATTGAA
166 TTATTAAT-TT--TA--A--GAA
* * * * * *** * *
15705765 TTGGTTTGATAATAGATTTATTTTTAAATCTTTATT-TAATTTTTAA--AAATATTAATAGATTT
1 ----TAT--TAATAAATTTAGTATT--AT-TTTATTCGAA----TAAGCTTGTATGAATAGA--A
** * **** ** * ** *** **
15705827 AGTATTATTTTAT-TTTGAACAAACTTATCTGAAACAAAAACAATTTTGTTTTATGATAA---AA
51 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAA---A---G-GTC-ATAATGA-TTTGAAATA-GATAATTGTT
* * ** * * * * * *
15705888 CAAA-AGGTCATAACGATTTGAA-ATGATAATTATTCAATAGTA-TAATTATTTAAATGATTTTG
106 CAAATA-GTCATAACTATTTGAACTTG-T--TTGGTAAACA-TATTTATTTTTTAAAT-CTCTT-
** * *
15705950 ACAACAAATTATTTTTCAA-ACCTCT
164 ---ACTTATTAATTTT-AAGA----A
* * * * ** * * ** * *
15705975 TACTAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTATTTTGAATAAGTTAGTAAGAAT
1 TATTAA-TAA-ATTT--AGTATT-AT---TTTATTCGA-ATAAGCTTGTATGA---A-T----A-
* ** * * * *
15706040 TGAAAAAATTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAAATAATTATTCATATA
48 -GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
15706105 G-CTTTAACTATTTGAA-TTGGTTTCGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTCATTTATTAATT
112 GTC-ATAACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
*
15706168 TTTAGAA
175 TTAAGAA
* * *** ** * * * * **
15706175 TATTATTACA-TTAGTATTATTTTATTTTTATAATATT-AAT-AA-AGTAA-TATTATTTTATTT
1 TATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * ** * * * * * *
15706235 C-AAAC--AAGAT-TTTATGAACTGAAACA-ATTATTTATAATAAAATAAAAGGTTATAACGATT
66 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTGT--TCAAAT---A-GTCATAAC--TA
* * * * *
15706295 TTAAATAGACAATTATTCTAAATAGTCAAA-ACTATTTGAACTTGTTTCGTAAACAAATTTTTTT
122 TT---T-GA-ACTT-GT-T---TGGT-AAACA-TATTT--A-TT-TTT--T----AAA--TCTCT
**
15706359 TAATTTCTTATTAATTTTTTGAA
163 T-A---CTTATTAATTTTAAGAA
* * * * * *
15706382 TGTTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCATATATGAGCTA-AAGCAATTATTTTAT
1 TATTAATAAATTTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * *
15706445 GACTAAAA-AAAATGTCA-AA-CAATT----TA-A-AATT-TTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA
64 GAC-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * *
15706500 CTGGTTTAGTAAATACATTTATTTTTTGAATC-CTTACTTATTAATGTTT-AGAA
128 CTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTAAGAA
* ** * * * * * *
15706553 TATT-ATTAATTTACCAATATTTTACTTTGAATAAGCTTGTGTGAATAGAAATAAATGTTTTAGG
1 TATTAATAAATTTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
15706617 ACAAAAC-AAAGATCATAACGGTTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAAATATTTGAAC
65 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAAC
* ** * * * * *
15706681 TAGTTCAGTAAAGAGATTTAGTTTTTAAA--T-TT-CTTATTGATTTT-TGAAA
129 TTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAG-AA
* ** * * ** * * *
15706730 TAGTAATAAA-TTACCATTAGTTTATTCTAAATAATTTTGTATAAATAGAAGCAATTATTTTATG
1 TATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * ** * * * *
15706794 ATAAAACAAAATGTTATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACTA-TT---C-
65 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * **
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130 TGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTAAGAA
* *
15706901 TATTAATAAA-TTAGAATTATTTTATTCGGAATAA-ATTGGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
1 TATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTC-GAATAAGCTT-GTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * * *
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*** * * * * * * *
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128 CTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAGAA
* * * * * *
15707081 TATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATCTCAAATAAGGTTTTTTGAA-AAAAACAATTGGTTTATG
1 TATTAATAAATTTAGTATTATTTTAT-TCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
15707144 ACAAAACAAATGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACG
65 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
*** * * * **
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* * * * *
15707261 CATTAATAAATTTA-TATTATTTAATTTGAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * *
15707325 ACAAAACAAAATGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAACT
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* * **
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130 TGTTTGGTAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTAAGAA
* * * * *
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1 TATTAATAAATTTAGTATTATTTT-ATTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* *
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* * * * * * ***
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127 ACTTGTTTGGTAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAGAA
* * * **
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1 TATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTC-GAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTAT
* ** ** * * *
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* * * * *
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127 ACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAAGAA
* * * * * * * *
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1 TATTAATAA-ATTTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTA
* * * * * * *
15707868 TGACAAAACCAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTATTGAAATAGTCATGACTATTTGAT
63 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
** ** * * *
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128 CTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAGAA
* * * * * * *
15707985 TATTAGTAAA-TTATTGTTGTATTAATCTGTAA-AAGCTTGTATGAATAG-AACTATTGTTTTAT
1 TATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTC-G-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* ** * * * * * * *
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** * * *
15708111 -TTGGTTTTATAAATAGATTTA-TTTTT-AAT-TC-T-CTTATTAATTTT-TGAAA
128 CTT-GTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAG-AA
* * * * * *
15708160 TATTAATAGA-TTAGTATTATTTTATTCCGAACAAACTTATATGAACA-AAATCATTTGTTTTAT
1 TATTAATAAATTTAGTATTATTTTATT-CGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTAT
** * ** * * *
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64 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* ** * * * *
15708288 TGGTTCAGTAAACAGAATTATTTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTT-TGAAA
129 TTGTTTGGTAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAG-AA
* * * * ** *
15708342 TATTGATAAATTT-GTTTTATTTTATTTCAAATAAG-TTAGTAAGAGCCA-AAAAAATTGTTTTA
1 TATTAATAAATTTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTT-GTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTA
* * ** * * * ** *
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63 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * ** * * * *
15708469 CTGGCTCGACAAATAAATTTATTTTTTAAATCAT-TTAGTTATTAATTTTTAGAA
128 CTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTAAGAA
* * * * * ** *
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1 TATTAATAAATTTAGTATTATTTTATT-CGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * ** * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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64 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
*** * * * * *
15708832 -TGATTCAATAAAC-TGATTTATGTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTATAA
129 TTG-TTTGGTAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAGAA
* * * * *
15708885 TATTAATAAA-GTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACT-GAAACAATTG-TTTAT
1 TATTAATAAATTTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * *
15708947 GATAAAAAAATAAGGTCATAATAATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAA
64 GACAAAACAA-AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
** * * * * * * **
15709012 CTTGTTCAGTAAATAGATGT-TTTTCT-AATTTCTTACTTAATAATTTTTGGAA
128 CTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAGAA
* * * * * * * *
15709064 TGTTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAGTTGAAGCAATTATTTTATC
1 TATTAATAAATTTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * *
15709128 ACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACT
65 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
** * *
15709193 ACTTTGGCAAACACATTTATTTTTTTAAA--TC-T--TTATTAATGTTT-AGAA
130 TGTTTGGTAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTAAGAA
* * * * * * *
15709241 TATT-ATTAATTTAGTAATATTTTACTTTGAATAAGCTTGT-TGAACAGAAATAAATGTTTTAGG
1 TATTAATAAATTTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * *
15709304 ATAAAAC-AAAGATCATAAAGATTGGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATTATTTGAACT
65 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * *
15709367 GGTTTGGTAAAGAGATTTAGTTTTTAAA--T-TT-CTCATTAATTTT-TGAAA
130 TGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAG-AA
* * * **
15709415 TAGTAATAAA-TTAGTATCATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAAACAATTGGTTTT
1 TATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTC-GAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATT-GTTTT
15709478 GGAACATTAA
Statistics
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0.70 0.17 0.13
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
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TATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
GTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAGAA
Found at i:15703288 original size:163 final size:163
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15702981 TTATTTAGTA
* **
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1 AACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTATAGAATACTAATAAATTAGAATTATAT
* * *** * * * * * ***
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*
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131 TTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGTCAAAACC
* * * *
15703154 AACAAATTCATTTTTTAAATC-CGTTGCTTATTAATTTATGGAATATTAATAAATTAGCATTACT
1 AACAAATTCATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTATAGAATACTAATAAATTAGAATTA-T
*
15703218 -TTATTCCGAATAAAACTGTATGAACATAAACAATTG-TTTAATGACAAA-AAAAATGGTCATAA
64 ATTATTCCGAATAAAACTGTATGAACAGAAACAATTGATTT-ATGACAAAGAAAAA-GGTCATAA
15703280 CAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
127 CAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
15703306 TAGTATAGAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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163 117 0.93
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (163 bp):
AACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTATAGAATACTAATAAATTAGAATTATAT
TATTCCGAATAAAACTGTATGAACAGAAACAATTGATTTATGACAAAGAAAAAGGTCATAACAAT
TTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGTCAAAACC
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Alignment explanation
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Period size: 353 Copynumber: 5.8 Consensus size: 352
15703316 CAAATGGTTG
* * *
15703326 TAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTAAACTAGTTCGGTAAACAAAT
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* *
15703390 TTCTTTTTTAAT-TCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-TTTTATTTC
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* * *
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128 GAATAAGCTTGTATGAATG-AAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGT-CTAATGATTTGAA
* * * * * ** *
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190 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTCGA-AAAATGATTTAT-TTTAAAA
* * * * *
15703581 TCTCTAACTTATCAATTTTTATAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTA
253 TCTCT-ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTA
* * *
15703646 TGAACT-GAAACAATTGTTTTATGATTAAATAAAAGGTCA
317 TGAA-TAGAAA-AAATGTTTTATGA-CAAA-AAAAGATCA
* * * * *
15703685 TAACAATTTTAAATAGCTAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACT-TTTTAGTAAACAAAT
1 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAAAT
* * *
15703749 TT-TTTTTAATTTCTTACTTATTAATTTTCT-AAAT-GTTAATAAATTAGCATTATTTTATTTTG
66 TTATTTTTAATATCTTACTTATTAATTTT-TGAAATAG-TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
* * * * *
15703811 AATAAGCATGTAT-AAGCTGAAGCAATTATTTTGTGACTAAACAAAAGGTCTGAATGATTTGAAA
129 AATAAGCTTGTATGAA--TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCT-AATGATTTGAAA
* * * * **
15703875 TAGATAATTGTTCTAGTAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTCGGCAAATGCATTT-TTTTAAAATC
191 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTCGAAAAATG-ATTTATTTTAAAATC
* * * ** * * ***
15703939 T-TACTTATTAATGTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCAAATAAACTTTTATGA
255 TCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATGA
* *
15704003 ATAGAAATAAATGTTTTAGGACAAAACAAATATCA
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** * **
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*
15704102 TTTAGGTTTTAA-ATC-T-CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCT
65 TTTA-TTTTTAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-
** *
15704163 GAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACT-ATTTGAA
128 GAATAAGCTTGTATGAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-TAA-TGATTTGAA
* * * * * * ** *
15704227 ATAGATAATAGTTCAAATAGACATGACTATTTGAATTTGTTCGAAAAACAAATTAATGTTTTAAA
190 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTCGAAAAA-TGATT--TATTTTAAA
* **
15704292 TAT-TCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGC
252 -ATCTCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTTT
* * *
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316 ATGAATAGAAAAAATGTTTT-ATGACAAAAAAAGATCA
* * * * * * *
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1 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAAAT
* * * * *
15704456 TTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATGAGTATTATTTTATTTCA
66 TTATTTTTAATATC--TTACTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
* *
15704520 AATAATGTTTGT-TGAACAT-AAACAATTGGTTTATG-----ACAAAA---C-AA--A---G-AA
129 AATAA-GCTTGTATG-A-ATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCTAATGATTTGAAA
* * * * * * * *
15704568 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGT-CTTCAAAAAATAAATTTTGTTTTTTAG
191 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TAGTTCGAAAAAT-GA-TTT-ATTTTAAA
* * * * * **
15704632 ATTTTTACTTATTAATTTTTAGAACATTAATAAATTTATATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGC
252 ATCTCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTG-AATAAACTTTT
* * * *
15704696 ATGAACA-ACACCAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCA
316 ATGAATAGA-A-AAAATGTTTTATGAC-AAA-AAAAGATCA
** * * * * * * *
15704736 TAACGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGAGAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGCAAACAGAT
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* * *
15704801 TTATTTTTTTAATTCTCTTACTCT-TT-ATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
66 TTA--TTTTTAA-TATCTTACT-TATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* ** * *
15704864 CAAATAAGCTTACATGAATTGAAACAATTGTTTTATTACAAAATAAAAGGTC-ACAGTGATTTGA
127 CGAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCTA-A-TGATTTGA
* * * * * * * * * *
15704928 AGTAGATAATTATTCAAATAGACATGACTATTTGAACTTATTTGGTAACAT-ATTT-TTTTATAA
189 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TAGTTCGAAAAATGATTTATTTTAAAA
* * * * * * * * * **
15704991 TCTTTTATTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATGTTAATCTGAATAAGCTCGTA
253 TC-TCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTA
* * * * * *
15705056 TGGACAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAAGTCA
317 TGAATAGAAA-AAATGTTTTATGA-CAAA-AAAAGA-TCA
* * * * * * *
15705096 TAAGAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATTA-TCATAACGATTTGAACTTGTTC-GATAAATAG
1 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAG-TAAACAA
* * * * *
15705159 ATTTATTTTTTTAATCTTTTACTTATTAATTTATT--AATATTAATAAATTTGCATTATTTTATT
64 ATTTA--TTTTTAATATCTTACTTATTAATTT-TTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * ** * * **
15705222 T-GAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAATCATTTTATGACAAATCAAAA-GTTTATAGTGATTAC
126 TCG-AATAAGCTTGTATGAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCTA-A-TGATTTG
* * * * * ** *
15705285 AAATTGATAATTGTTCAAATGGTCATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAATAGATTCATTTTTAA
188 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTCGAAAAAT-GATTTA-TTTTAA
* * *
15705350 AATCATTTAATTATTAATTTTTAGAATGTTAATAACA-TAATATTAT
251 AATC-TCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAA-ATTAATATTAT
15705396 ATAATTTTTT
Statistics
Matches: 1367, Mismatches: 247, Indels: 192
0.76 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
339 8 0.01
340 110 0.08
341 10 0.01
344 2 0.00
345 70 0.05
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351 11 0.01
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (352 bp):
TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAAAT
TTATTTTTAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA
TAAGCTTGTATGAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCTAATGATTTGAAATAGAT
AATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTCGAAAAATGATTTATTTTAAAATCTCTACT
TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATGAATAGAA
AAAATGTTTTATGACAAAAAAAGATCA
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Indices: 15704402--15704725 Score: 408
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15704392 AACAATTTGA
* * * *
15704402 AATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TCGCTCAATAAATAGA-TTTATTTTTA
1 AATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTC-CTCAAAAAATAAATTTTATTTTTA
* * *
15704465 AAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAA-TGAGTATTATTTTATTTCAAATAATGT
65 AAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAGAACATTAATAAATTGA-TATTATTTTATTTCAAATAA-GC
*
15704528 TTG-TTGAACATA-AACAATTGGTTTATGACAAAACAAAG
127 TTGCATGAACA-ACAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAG
* * * *
15704566 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTCTTCAAAAAATAAATTTTGTTTTTTA
1 AATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTCCTCAAAAAATAAATTTTATTTTTAA
* * *
15704631 GATTTTTACTTATTAATTTTTAGAACATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGC
66 AATTTTTACTTATTAATTTTTAGAACATTAATAAATTGATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGC
* *
15704696 ATGAACAACACCAATTGTTTTATGACAAAA
131 ATGAACAACAACAATTGGTTTATGACAAAA
15704726 TAAAAGGTCA
Statistics
Matches: 137, Mismatches: 17, Indels: 11
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
164 62 0.45
165 73 0.53
166 2 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (165 bp):
AATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTCCTCAAAAAATAAATTTTATTTTTAA
AATTTTTACTTATTAATTTTTAGAACATTAATAAATTGATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGC
ATGAACAACAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAG
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Indices: 15705309--15705475 Score: 275
Period size: 87 Copynumber: 1.9 Consensus size: 87
15705299 TCAAATGGTC
*
15705309 ATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAATAGATTCATTTTTAAAATCAT-TTAATTATTAATTTTT-
1 ATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAATAGATTCATTTTTAAAATC-TCCTAATTATTAATTTTTG
*
15705372 AGAATGTTAATAACATAATATTAT
65 A-AATATTAATAACATAATATTAT
*
15705396 ATAATTTTTTAAACTTGTTTGGTAAATAGATTCATTTTTAAAATCTCCTAATTATTAATTTTTGA
1 ATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAATAGATTCATTTTTAAAATCTCCTAATTATTAATTTTTGA
15705461 AATATTAATAACATA
66 AATATTAATAACATA
15705476 GCATTATTTT
Statistics
Matches: 75, Mismatches: 3, Indels: 4
0.91 0.04 0.05
Matches are distributed among these distances:
86 1 0.01
87 73 0.97
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ACGTcount: A:0.40, C:0.06, G:0.07, T:0.48
Consensus pattern (87 bp):
ATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAATAGATTCATTTTTAAAATCTCCTAATTATTAATTTTTGA
AATATTAATAACATAATATTAT
Found at i:15706203 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 15706165--15706234 Score: 95
Period size: 33 Copynumber: 2.1 Consensus size: 33
15706155 TCATTTATTA
* * * *
15706165 ATTTTTAGAATATTATTACATTAGTATTATTTT
1 ATTTTTAGAATATTAATAAAGTAATATTATTTT
*
15706198 ATTTTTATAATATTAATAAAGTAATATTATTTT
1 ATTTTTAGAATATTAATAAAGTAATATTATTTT
15706231 ATTT
1 ATTT
15706235 CAAACAAGAT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 5, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
33 32 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.01, G:0.04, T:0.57
Consensus pattern (33 bp):
ATTTTTAGAATATTAATAAAGTAATATTATTTT
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Indices: 15709587--15711511 Score: 895
Period size: 361 Copynumber: 5.3 Consensus size: 359
15709577 GAATAGAACT
* * * * * * * *
15709587 AATTATTTTATGACAAAACAAAATGTTGTAATGTTTTGAAACTAGATAATTATT-AAGATAGTCA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTT-AAA-TATAAAATTGTTCAA-ATAGTCA
* * ** * * * * *
15709651 TAATTATTTGAGCTTGTTTGATAAACAAATTTATATTTTTAATTCTCTTACTTTTTAATTTTTGG
63 TAACTATTTGAACTAATTCGGTAAACAAA-TTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * ** * * * *
15709716 AATACTAATAAATT-GTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA-CATGAATCGAAACAATTGTTTTA
126 AAGATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCAAATAAGC-TAGTATGAATTAAAAAAACTCTTGTA
* * * * * ** * * * * * * * * * *
15709779 TTACAAAACAAAAAGTTACAATGATTTGAAGTAGACAATTATTCAAATAATCATGATTATT-TAA
190 TGACCAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAACTGTTAAAATGACCATAACTATTGGAA
** * * * * *
15709843 CTTGTTCGATAAACATATT---TTTTTAAAT-ATTTTACTTATTAATTGTTAAAATATTAATAAA
255 CTAATTCGACAAACAGATTCACTTTTTAAATCA-CTTACTTATTAATTTTTGAAATATT-ATAAA
* ** * *
15709904 TTA-ATATTATTTTAATCCA-AGTAAGCCCAT-G-TGGACAAAAAC
318 TTAGA-ATTATTCT-ATTTAGAATAAG-CC-TGGATGAACAAAAAC
* * * * *
15709946 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTCATAA-GAATTTGAAATA-AATAATTGTTTAAATATTT
1 AATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTTATAACG-ATTT-AAATATAA-AATTGTTCAAATAGTC
* ** * * * *
15710009 ATAA-TGATTTGAAGTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTA-TGTATTAATTGT
62 ATAACT-ATTTGAACTAATTCGGTAAACA-AATTATTTTTT-AAATCTCTTACT-TATTAATT-T
* * *
15710072 CTT--AATATTAATAAATT-TGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTA-TATGAA-CAAATAAAA-
122 -TTGAAAGATTAATAAATTAT-TATTATTTTATTTCAAATAAGC-TAGTATGAATTAAA-AAAAC
* * * * * ** * * * *
15710131 TCATTTTATGA-CAAACCAAAAAGTTATAGCGATTACAAATCGATAATTGTTCAAATGGCCATAA
183 TC-TTGTATGACCAAA-CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAACTGTTAAAATGACCATAA
* ** ** * ** * * * * *
15710195 TTATTTAAACTTTTTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAA-TTTTCAGAAT
246 CTATTGGAACTAATTCGACAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGA-AAT
* * * ** * *
15710259 ATTAATAACA-TAGTATTATTTTATTTCGAATAA-CCTTATATGAACTAAAAT
310 ATT-ATAA-ATTAGAATTATTCTATTTAGAATAAGCC-TGGATGAACAAAAAC
* * * * * * *
15710310 AATT-TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCCTG
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTT-AAATATAAAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * **
15710374 ACTATTT-AATCTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTGTACTTATTAATTGTCAAA
65 ACTATTTGAA-CTAATTCGGTAAACA-AATTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTGAA
* * * * * * *
15710437 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-ATCTAAATAAG--A-T-CGAATGAACAGAAACTATTGTC
127 AGATTAATAAATTATTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTAGTATGAATTAA-AAAAACTCTTG--
** * * * * * * *
15710497 TTAT-AATAGAACAAAAAGTCACAACAATTTGAAATAAATAATTACTT-GAAT-ATTCATAACTA
188 -TATGACCA-AACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAACT-GTTAAAATGA-CCATAACTA
* * * * * * * **
15710559 TTTGAACTAGTTTGATAAACACATTTATTTTTTAAAT--C-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTA
249 TTGGAACTAATTCGACAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATT-
* * * * * **
15710620 ATAGATTA-ATATTATTTTATTCT-GAACAAACTTATAT-AAGCAAAAAC
313 ATAAATTAGA-ATTATTCTATT-TAGAATAAGCCTGGATGAA-CAAAAAC
* * * * *
15710667 ATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAA-ATAGATAACTATTCAAATAGTCAT
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTAAATATA-A-AATTGTTCAAATAGTCAT
* * * *
15710731 AATTATTTGAACTATTTAGGTAAATAGAA-T-TTTTTT-AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
64 AACTATTTGAACTAATTCGGTAAACA-AATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * * * * *
15710793 TATTAATAAATTCTTTTTATTTTATTTCAAATAATCTAGTATGAATTGAGAAAATTCTTTTATGA
128 GATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTATGAATTAAAAAAACTCTTGTATGA
** * ** * ** * * * *
15710858 TGAGACAGGAGGTCATAACAATTTGAATTATTTAACTGTTCATAT-ATTCTTAACTATTGGAACT
193 CCAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAACTGTTAAAATGA-CCATAACTATTGGAACT
* *** * * * **
15710922 AGTTC-AGCAAACA-ATTTTGTTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAAT-TGT-TTGAT
257 AATTCGA-CAAACAGA-TTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATAT-TATAAAT
* * * * *
15710983 TAAGCATTGTTCTATTTAGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAT
319 T-AGAATTATTCTATTTAGAATAAGCCTGGATGAACAAAAAC
* * * *
15711025 AATTGTTTTATGACATAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGTATAAAATTGTTCAAATAGTAATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTT-AAATATAAAATTGTTCAAATAGTCATA
15711090 ACTATTTGAACTAATTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAG
65 ACTATTTGAACTAATTCGGTAAACAAATT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAG
* ** * *
15711155 ATTAATAGATTATTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATTAAAAACAACTGTTGTATGA
129 ATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTATGAATTAAAAA-AACTCTTGTATGA
* * * * * *
15711219 CCAAACAAAAGGTGATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATGACCATAATTCTTTGAACTA
193 CCAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAACTGTTAAAATGACCATAACTATTGGAACTA
* *
15711284 ATTCGATAAATAGATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
258 ATTCGACAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATT-ATAAATTAG
* * *
15711349 AATTATTTTATTTTGAATAAGCCTGGATGAACTAAAAC
322 AATTATTCTATTTAGAATAAGCCTGGATGAACAAAAAC
* * *
15711387 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTTAAATA-AACCATTGTTCAAATAGTCGT
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGA-TTTAAATATAA-AATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * *
15711451 AACTATTAGAATTTATTAC-GTAAACAAATTTATTTTTTTAAA-CTCTTGCCTATTAATTTTT
64 AACTATTTGAACTAATT-CGGTAAACAAA-TTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
15711512 TTTATTTTGG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (359 bp):
AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTAAATATAAAATTGTTCAAATAGTCATAA
CTATTTGAACTAATTCGGTAAACAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGAT
TAATAAATTATTATTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTATGAATTAAAAAAACTCTTGTATGACCA
AACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAACTGTTAAAATGACCATAACTATTGGAACTAATT
CGACAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATAAATTAGAATT
ATTCTATTTAGAATAAGCCTGGATGAACAAAAAC
Found at i:15711423 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 15709499--15711511 Score: 1362
Period size: 181 Copynumber: 11.2 Consensus size: 181
15709489 TTTTAAATAA
* * * * *
15709499 ATTTATTTTTTGAAT-TTTTACTTA-TAATTTTTGTAACATTAATAAATTTA-TGTTATTTTA-T
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT
* * * * * ** * *
15709560 TTGAAATAAGCTTGAACGAA-TAGAACTAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTTGTAATGTTTT
65 TTG-AATAAGCTTGTATGAACTAAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * * * * *
15709624 GAAACTAGATAATTATT-AAGATAGTCATAATTATTTGAGCTTGTTTGATAAACAA
128 GAAA-TAGATAATTGTTCAA-ATATTCATAATTATTTGAACTAGTTCGATAAACAG
* * * *
15709679 ATTTATATTTTTAATTCTCTTACTTTTTAATTTTTGGAATACTAATAAATT-GTATTATTTTATT
1 ATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** ** * * * * * *
15709743 TCAAATAAGCTTACATGAA-TCGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAAGTTACAATGATTTG
65 TTGAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * * * *
15709807 AAGTAGACAATTATTCAAATAATCATGATTATTT-AACTTGTTCGATAAAC--
129 AAATAGATAATTGTTCAAATATTCATAATTATTTGAACTAGTTCGATAAACAG
* * * * * * *
15709857 ATAT-TTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-AT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** *** * * * *
15709920 CCAAGTAAGCCCATGTGGACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTCATAA-GAATTT
66 TGAA-TAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACG-ATTT
* * * * * * *
15709984 GAAATAAATAATTGTTTAAATATTTATAATGATTTGAAGTTGTTCGATAAATAG
128 GAAATAGATAATTGTTCAAATATTCATAATTATTTGAACTAGTTCGATAAACAG
* *
15710038 ATTTATTTTTTAAAATCTTTTA-TGTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTT
1 ATTTATTTTTT-AAATCTCTTACT-TATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * ** * * * *
15710100 A-TTTGAAATAAGCTTATATGAAC-AAATAAAATCATTTTATGACAAACCAAAAAGTTATAGCGA
62 ATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACTAAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
** * *** * ** * * *
15710163 TTACAAATCGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTAAACTTTTTTGGTAAATAG
125 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATATTCATAATTATTTGAACTAGTTCGATAAACAG
* * *
15710220 ATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAA-TTTTCAGAATATTAATAACA-TAGTATTATTTTAT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTAT
* * * * *
15710283 TTCGAATAACCTTATATGAACTAAAATAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTG
64 TTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * * * * * *
15710347 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCCTGACTATTT-AATCTAGTTTGGTAAACAT
129 AAATAGATAATTGTTCAAATATTCATAATTATTTGAA-CTAGTTCGATAAACAG
* * * ** *
15710400 ATTTATTTTTAAAAT-TTTGTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAAT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * * * * * * *
15710464 CTAAATAAGATCGAATGAAC-AGAAACTATTGTCTTATAATAGAACAAAAAGTCACAACAATTTG
65 TTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * * * *
15710528 AAATAAATAATTACTT-GAATATTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAC
129 AAATAGATAATT-GTTCAAATATTCATAATTATTTGAACTAGTTCGATAAACAG
** * * *
15710581 ATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATTAATATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * *
15710642 TGAACAAACTTATAT-AAGCAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAA
66 TGAATAAGCTTGTATGAA-CTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * * * * *
15710706 AATAGATAACTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTATTTAGGTAAATAG
130 AATAGATAATTGTTCAAATATTCATAATTATTTGAACTAGTTCGATAAACAG
* ** *
15710758 A---ATTTTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCTTTTTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * * * * ** * ** *
15710820 CAAATAATCTAGTATGAATTGAGAA-AATTCTTTTATGATGAGACAGGAGGTCATAACAATTTGA
66 TGAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* ** * * * * * *
15710884 ATTATTTAACTGTTCATATATTCTTAACTATTGGAACTAGTTC-AGCAAACA-
130 AATAGATAATTGTTCAAATATTCATAATTATTTGAACTAGTTCGA-TAAACAG
* * * ** * * *
15710935 ATTTTGTTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAAT-TGT--TTGATTAAGCATTGTTCTA
1 A-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT-TAATAAATT-AGTATTATTTTA
* * * * * *
15710997 TTTAGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACATAACAAAAGGTTATAACAATTT
63 TTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * * * * * * * *
15711062 GAAGTATAAAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTAATTCGGTAAACAA
128 GAAATAGATAATTGTTCAAATATTCATAATTATTTGAACTAGTTCGATAAACAG
* * * *
15711116 ATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAGATTATTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * *
15711181 TGAATAAGCTTGTATG-ATTAAAAACAACTGTTGTATGACCAAACAAAAGGTGATAACGATTTGA
66 TGAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * * *
15711245 AATAGATAATTGTTAAAATGA-CCATAATTCTTTGAACTAATTCGATAAATAG
130 AATAGATAATTGTTCAAAT-ATTCATAATTATTTGAACTAGTTCGATAAACAG
* * * *
15711297 ATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * *
15711362 TGAATAAGCCTGGATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTTAA
66 TGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* ** * * * * * *
15711427 ATAAACCATTGTTCAAATAGTCGTAACTATTAGAATTTA-TTACG-TAAACAA
131 ATAGATAATTGTTCAAATATTCATAATTATTTGAA-CTAGTT-CGATAAACAG
* *
15711478 ATTTATTTTTTTAAA-CTCTTGCCTATTAATTTTT
1 ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
15711512 TTTATTTTGG
Statistics
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0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 9 0.01
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185 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
TGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
ATAGATAATTGTTCAAATATTCATAATTATTTGAACTAGTTCGATAAACAG
Found at i:15711611 original size:157 final size:158
Alignment explanation
Indices: 15711354--15711669 Score: 395
Period size: 157 Copynumber: 2.0 Consensus size: 158
15711344 ATTAGAATTA
15711354 TTTTATTTTGAATAAGCCTGGATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAC
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* * **
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66 GATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTA-AACATATTCA-GTAAACAAATTT
*
15711482 ATTTTTTTAAA-CTCTTGCCTATTAATTTT
129 ATTTTTTCAAATCTCTTGCCTATTAATTTT
* * ** * * * * * * *
15711511 TTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTTTTTTATGTCAAAACTAAAGGTTCTAAT
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* ** *
15711576 GATTTTATATAATTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACATGTTCAGTAAACAAATTTAT
66 GATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACATATTCAGTAAACAAATTTAT
* *
15711641 TTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTT
131 TTTTTCAAATCTCTTGCCTATTAATTTT
15711669 T
1 T
15711670 CAGTGTTCAT
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 22, Indels: 5
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
157 113 0.84
158 21 0.16
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (158 bp):
TTTTATTTTGAATAAGCCTGGATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAC
GATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACATATTCAGTAAACAAATTTAT
TTTTTCAAATCTCTTGCCTATTAATTTT
Found at i:15712130 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 15711589--15718000 Score: 2774
Period size: 181 Copynumber: 36.0 Consensus size: 179
15711579 TTTATATAAT
* * * *
15711589 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-A-TGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATC
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * * * *
15711716 ACATGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTT-TGAACGATTTGAAATAGA
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* * ** * *
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* * *
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* * * * * * *
15711894 TTAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAGA-TTTTAACAATTTGAGATTGA
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* * * *
15711946 TAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTGTTTAAATCTGT
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* * * * *
15712011 TACCTATTAATTTTTGAAATATCAATTAATTAGTATTATGTTATTTCAAATAAGATTGTATGATA
66 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTATTACAAATAAGCTTGTATGATA
* * *
15712076 AAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAATAATTTGAAATAGA
130 AAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGA
* * * * * * * * *
15712126 TAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTTATCTAATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCT
1 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT
** * * *
15712191 TACTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCATATAAGCTTGTATTA-A
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* * * * *
15712255 CTAAAACAGTTGTTTTATGACAAATTAAAAGGTTATAACGATTTTAAATAGA
130 --AAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGA
* * * *** ** *
15712307 CAATTGTTTAAATAAAAATAACTATTTGAACTTA-TTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
1 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * * *
15712371 TTTCTTATTAA-TTTTGGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATT-CGCAATAAGCTTGCATAA
65 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTATTAC-AAATAAGCTTGTAT-G
** * * *** ** *
15712434 ATTGAAACAATTG--TCA--A-AATGATTTGAAGTATATAATTATTCT--AATAGTCT
127 ATAAAAACAATTGTTTTATGACAA-AATAAAAAGT-TATAACAATT-TGAAATAG--A
* * * *** **** * ** **
15712485 TAATAATTTGAAATAAT--TGGGTAAAAAAATTA-TTTTTTAAATCTCTTATTGT-TTTTTTAAA
1 TAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAA---CAGATT-TATTTTTTAAA
* ** * * * ** * * * *
15712546 --TATTACGAAATTAGTATTATTT-TAATATGAATAAGCTT-GTACAAATGA-AAC-AATTA--T
61 TCTCTTAC-TTATTA--ATT-TTTGAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTATTACAAATAAGCT
* * ** * * * ** * * *
15712603 TTTATGATAAAGGA-AA--GGGTCATAACGATTTGAAATAG--ATAACCATTT---CT--A
121 TGTATGATAAA-AACAATTGTTTTATGACAAAAT-AAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGA
* * * * * ** * * *
15712654 T-AGTCTT-AACTA-T-TTGAATTGGTTCAACTA--TT-AT------ATTTATTTTTTAATTTTC
1 TAATTATTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
** ** * * * * ** * *
15712706 TTGGTTATTAAGTTTCAG-AATATTATTAAATTTGTATTATTTTATTTCGAATAAAATAGTATAA
65 TTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTACAAATAAGCTTGTAT-G
* ** * * **
15712770 ATAGAATTAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGA
127 ATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGA
* * * * ** * * *
15712823 TAATTATGT-AAAGAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGCAAACATATTTACTTTTTAAATATC
1 TAATTAT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * * * * *
15712887 TTACTGATTAATTTTTTAGATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GATCAAACTTATATTA
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* * * **
15712951 ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGA
127 ATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGA
* * * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * ** *
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* * * * ** * * *** *
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* * *** * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * **
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* * * * * * * * * *
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* * * * **** *
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* * ** * ** * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * **
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129 A--AAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAG-TTATAACAATTTGAAATAGA
* * * * *
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* ** * * *
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* * * * * * * * * *
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128 T-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGA
* * * * * * *
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1 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTT-GATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCT
* * ** * ** ** * *
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** * * * ** * *
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* * * * *
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* * * * * *
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** * * * * * * *
15714382 ATTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAGAAGGTTAAAACGATTTGAAATAGA
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* * * * * *
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1 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * *
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* *
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* * * * * *
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* ** * * * ** *
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* * * * * * * **
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** * * **
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** * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * **
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* * ** * *
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* ** *
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* * * * ***
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1 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTTGATAAACA-GATT-TATTTTTTAAATC
* * * * * * *
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* * * * * * * ** *
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* * * * * * *
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1 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
* ** * * * * * *
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* * * *
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** * *
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* * *
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1 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * *** *
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* * * * * **
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* ** * * *
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* * * * * **
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* * * *
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* * * * * *** *
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1 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-GTTTGATAAACAG-ATTTA-TTTTTTAAATC
* ** * *** *
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* * * * * * * *
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* * * *
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15718001 CTGGCATGAT
Statistics
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Consensus pattern (179 bp):
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TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTATTACAAATAAGCTTGTATGATAA
AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGA
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Alignment explanation
Indices: 15711606--15712447 Score: 556
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15711596 TCAAATAGTC
* * * * *
15711606 ATAACTATTTAAAC-ATGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTT-
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1 ATAACTATTTGAACTAATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGGA
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* * * *** * * * *
15712143 ATAATTATTTTATCTAATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTAGGA
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*
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15712272 TGACAAATTAAAAGGTTATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTTAAATAAAA
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* *
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* * * * *
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** *
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* * **** *
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* * * * * * * * * * * *
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* *** * * ****
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* * ** * * * * ** ***
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* * * ** * * ** * *
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* * * * * *
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* * * * * * ** *
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*
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* * ** ** ** * * * *
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* * ** * * * * *
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* ** * ** ** *
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* * * * * * * ** ** *
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** * ** *
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* *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* ** ** * * ***
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* * ** *
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** *** ** * * *
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* * * * * * * *
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** ** * * * *
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** * * * * * *
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* * * * * *
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* * * ** * *
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* * ** * *
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** *** *
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** * * * *
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* * * * * *
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* * ** * * * * ** * ** *
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* * * * * * * * * * ** *
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* ** *
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* *** ** * * * * * *
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* *
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* * * * * * * *
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* * * * * ** *
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* * * * * *
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* * * * * *
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15712697 TTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAGAATATTATTAAATTTGTATTATTTTATT-TCGAATAAA
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* * ** * * * * * * *
15712891 TGATTAATTTTTTAGATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GATCAAACTTATATTAACAA
378 TTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAAT-AAGCTTGTA-TGA-AA
* * * *
15712955 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAG---ATTACTGTAAATAG
440 AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAA-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTACT-CAAATAG
* * * * * * * *
15713017 TTATAATTATTTGAACTGGATTCA-TAAATAGAA
503 TCATAACTATTT-AAATAG-TTTAGAAAACAGAT
* * * * * * *
15713050 TTATTTTCTAAATCTTTTA--TA--AATTTTTTAAATATTAATAAATTATTTTTATTCTATTTTC
1 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA
* * ** * * * * * *
15713111 AATAAGCTTCTATGAGCTTAAATAATTTTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAA-CAATTTGAAA
66 AATAAGCTTTTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTGAAA
* * * * * ** *
15713175 TAAATAATTTTTCATATAGT-ATTAACTGTTTGAACTAGTTCAATAAA-TGAATTTA-TTTTTTA
131 TAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG-ATTTATTTTTTTA
* ** * * * * * * * *
15713237 AATCTCATAGTTATTAATGTTCAGAACGTTACTAAATTATTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTA
194 AATCTCTTTCTTATTAATTTTTAGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTT-TTCTAAATAAGCTTG
** * * * * *
15713302 TATGAAGAGAAATAATTTTTTTATGATTGAACAAAA-GTTATAA-GAATTTGAAATAGATAATTG
258 TATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACG-ATTTGAAATAGATAATTA
* *** * * *
15713365 TTCAAATACTCATAACTATTTGAA-TCGTATTAACAAATAGATTTCTTTTTTAAATCTCTTATTA
322 TTC-AATAGTCATAACTATTTGAACT-GT-TTGGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTA
* ** ** * *
15713429 ATTCTTGAAATATTAATAAATTAG-ATTATTTT-ATTTAGAAAAAGCTTGTATGTTGAAAAACAA
384 ATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCA-AATAAGCTTGTATG--AAAAAACAA
* * * ** * * *
15713492 TTGTTTTATGATAAAACAAAAGATAATAATGATTT-AAGATAGATAGTTGTTTAAATGGTCATGA
446 TTGTTTTATGATAAAACAAAA-ATCATAACGATTTGAA-ATAGATAATTACTCAAATAGTCATAA
* * * * * *
15713556 TTATTTGAATTAATTCAGTAAACTGAT
509 CTATTT-AAATAGTTTAGAAAACAGAT
* * * * * * *
15713583 TTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTGTTTTG
1 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA
* * * *
15713648 GATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTTTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTT-AC
66 AATAAGCTTTTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTGAA
* * *
15713711 ATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTCAA
130 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTTAA
* * * * * *
15713776 ATCTCATGCTTATTAATTTTTTA-AATGTCAAT-AATTAGTATTACTTTATTCCAAATAAACTTG
195 ATCTCTTTCTTATTAA-TTTTTAGAATGTTAATAAATTAGTATTA-TTTTTTCTAAATAAGCTTG
* * * * * *
15713839 TATGAACTGAAATAATTATTATATGACTAAACAAAAGCTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTAT
258 TATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTAT
* *
15713904 TCGAATAGTCTTAATTATTTGAACTGATTTGGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAAT
323 TC-AATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTTGGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAAT
* * * * *
15713969 TATCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCCAAATAAGCTTATATGGTAAAAAACAATTT
386 TGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTAT-G-AAAAAACAATTG
* * * * * * * *
15714034 TTTTATAAGAAAACAAAGATCATAACGATTTCAGATTGATATTTACTCAAACAGTCATAACTATT
449 TTTTATGATAAAACAAAAATCATAACGATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATAACTATT
* *
15714099 TAAAGTGGTTTAGAAAACAGTT
514 TAAA-TAGTTTAGAAAACAGAT
* ** * *
15714121 TTAGTTTTTTAAATCTTTTCCAAATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTT
1 TTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
** * ** * *
15714186 AGGTAAGGTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATGATGACTTT-AA
65 AAATAAGCTTTTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTGAA
* * *
15714250 ATATATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTCAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTTAA
130 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTTAA
* * * *
15714314 ATCTTTTTCTCATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTGTTATTTTTTCTAAATAAGCTTGTA
195 ATCTCTTTCTTATTAATTTTTAGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTTTCTAAATAAGCTTGTA
* * * *
15714379 TCAATTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAGAAGGTTAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
260 TGAATTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * *
15714444 TAATAGTCTTAACTATTTAAACTGATTCGGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTT
325 -AATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTTGGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTG
*** * * *
15714509 TTGGAATATTATTATATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAGCATTTGTT
388 TCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAAA-AA-CAATTGTT
* * * ** *
15714574 TTATGACAAAATAAAAATCATAAAGATTT----TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTA
451 TTATGATAAAACAAAAATCATAACGATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTA
* * *
15714635 AATTGTTTCAGTAAATAGAT
516 AATAGTTT-AGAAAACAGAT
* * ** * * *
15714655 TT-TGTTTTTAAATC----CCTTATTAATTATCAAAATATTAATAGATCAATATTATTTTATTCT
1 TTAT-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* * * * *
15714715 AAATAA--TTTTGCATGAATAGAAACACTTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATTATGA-TTTG
65 AAATAAGCTTTT--ATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTG
** * * * * * *
15714777 AAATAGATAATACTTCAAATGGACATGACCATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTA-TCTTTT
128 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTT
*** ** **
15714841 AAATCTCAAACTTATTAATTTTTAGAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAA-AA
193 AAATCTCTTTCTTATTAATTTTTAGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTT-TTCT-AAATAAGCT
* * * * * * * *
15714904 TGTATGAATAGGAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAATGATCATAACGATTTGAAATAAATAATT
256 TGTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
* ** * * *
15714969 ATTCATATAGTCATAAATATTTGAGGTTGCTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
321 ATTCA-ATAGTCATAACTATTTGA-ACTGTTTGGTAAACACATTTATTTTTTAAATC---T-CTT
* ** * * * * * *
15715034 ATTAATTTTTGAAATTTTAATACATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAAGCTTTTATGAACAAAAA
380 ATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATG-A-AAAAA
* * * ** *
15715099 CAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCAT
443 CAATTGTTTTATGATAAAACAAAA-ATCATAACGATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTCAT
* * * *
15715164 AACTATTTGAATATGTTCAAAAAACATAT
507 AACTATTTAAATA-GTTTAGAAAACAGAT
* *
15715193 TTATTTTTTAAA-ATTTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTATT-
1 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTC
** * *
15715254 TGAAATAAGCTTGCATGAACAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATG-TTTTG
64 T-AAATAAGCTTTTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTG
* * * * *
15715318 AAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAGCTTATTCGGTAATC--ATGTTCTTTTTT
128 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGAT-TTATTTTTT
* * * * * * * * ****
15715381 TAATTTTCTTACTCATTAATTTATGGAATATTAATAAATTACTATTA---TCAAAAAATAAGCTT
192 TAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTAGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTTTCTAAATAAGCTT
* * * * * * *
15715443 ATATGAACTT-AAATAAGTGTTTTATTAC-AATAGAAAAATGTCATAATGATTTGAAATCGATAA
257 GTATGAA-TTGAAATAATTGTTTTATGACTAA-A-CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
* * * * *
15715506 TTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTTGTAAATATATTTATTTTTTGAATATTTTAC
319 TTATTC-AATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTGGTAAACACATTTATTTTTT-AA-A-TCT-C
* * * *
15715571 TTATTAATTGTCAAAATATTTATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAACTTGTATGGACAAA
378 TTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTAT-GA-AAA
* * * * * * **
15715636 AATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAACAAGTTT-AAATAAATAATTACTTAAATAAC
441 AACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAA-TCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGT
* * * *
15715700 CATAACGATTTGAACTTA-TTTGGTAAACAGAT
504 CATAACTATTT-AA-ATAGTTTAGAAAACAGAT
*
15715732 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTC
1 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* ** * * * * *
15715795 AAAATAAGCTTGGATGAATAGAAGA-AATTCTTTTATGGCAAAACAAAAGGTTATAGCT-ATTTT
64 TAAATAAGCTTTTATGAACAGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ATGATTTT
* * * * * * * * *
15715858 -AAATAGATAATTATTCAAACAGTCCTAATTATTT-AAATTCATTTAGG-AAATAGATTTA-GTT
127 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT--GTTCGGTAAACAGATTTATTTT
* * * * * *
15715919 TTTAAATCTCTTTATTATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTAGTGTTACTTTATTT-TGAATAA
190 TTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTAGAATGTTAATAAATTAGTATTA-TTT-TTTCTAAATAA
* * * * * *
15715983 GCTTATATGAACT-ACAACAATTCTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
253 GCTTGTATGAATTGA-AATAATT-GTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * * *
15716047 TAATTATTCAAGTAGTCATGATTATTTGATTA-AGTTTGGTAAATATATTTATTTTTAAAATTTT
316 TAATTATTCAA-TAGTCATAACTATTTGA--ACTGTTTGGTAAACACATTTATTTTTTAAA---T
* *
15716111 ATACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA
375 CT-CTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * * *
15716176 TAGAAATAATTGTCTTATAATAGAACAAAAAGTCATAGCAATTTGAAATAAATAACTACTCAAAT
439 -A-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAA-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTACTCAAAT
* *
15716241 AGTCATAACTATTTGAACTAGTTT-GATAAATAGAT
501 AGTCATAACTATTT-AAATAGTTTAGA-AAACAGAT
* * *
15716276 TTATTTTTTAAATC----ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTCCA
1 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA
* * * * * * * * * *
15716337 GATAAACATATATGAACAAAAACATTTGTTTTACGACAAAACAAAAAGTAATAACGA-TTTGAAA
66 AATAAGCTTTTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTGAAA
* * ** * ** * *
15716401 TATATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACCGGTTAGGTAAACA-AAATAGTCTTTTAAA
131 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTTAAA
* * * * * * *
15716465 TCTCTTACTTACTAATTTTTAAAATGTTAATAAATTCA-TTTTATTTCATTCCAAATAAGCTAGT
196 TCTCTTTCTTATTAATTTTTAGAATGTTAATAAATT-AGTATTATTT-TTTCTAAATAAGCTTGT
* * * * * * * * * *
15716529 TTGAATTCAAACAAACCTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGGTAATTG
259 ATGAATTGAAA-TAA-TTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA
** * ** *
15716594 TTCATATAGTTTTAAATATTTGAACTGGTTTGACAAACA-ATTTATTTTTTAATTCTCTTTGTTA
322 TTCA-ATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTGGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTC----TTA
* *** * * * * * * * *
15716658 TTAATTTTTGGAATATTATTATATTAGTGTTATTTTATTCTAAATAAACTTGTACGAATAAAAAT
381 TTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATG-A-AAAAAC
* * * * ** **
15716723 AATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGTTTATAATTGTTCAAATAGTCA-A
444 AATTGTTTTATGATAAAACAAAA-ATCATAACGATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATA
* * *
15716787 ACTATTT-GA-A--TTAGGTAAACAAAT
508 ACTATTTAAATAGTTTA-GAAAACAGAT
* * * *
15716811 TTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTTAAAGATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCA
1 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA
* ** ** * * * ** * *
15716872 AAAAAGCTTGAATGTTCA-AATAAAATTCTTATATGATGAAACAAAAGGTAATAACGA-TTTGAA
66 AATAAGCTTTTATGAACAGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTGAA
* * * * * * * * *
15716935 ATAGATAATTGTTGACATAGCCATAATTATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTCA-GTTTTTAA
130 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTTAA
* * * * * * *
15716999 A--TC--ACTTATTAAATTTTGGAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
195 ATCTCTTTCTTATTAATTTTTAGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTT-TTCTAAATAAGCTTGT
* * * * * * *
15717060 AT-AAGCTAAAATGATTGTTTTATGA-TAAAGTAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGACAATTG
259 ATGAA-TTGAAATAATTGTTTTATGACTAAA-CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA
* * * * ** * *
15717123 TTCATATAGTCTTAATTGTTTGAACTACTTCAGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTAA
322 TTCA-ATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTGGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTC-T--T-A
* ** * * * * *
15717188 TTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTT-TTCCAAATAATG-TTATA-AAAACTGAA
381 TTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAA-GCTTGTATGAAA---AA
* * * * * * * * **
15717250 ATAGTTATTTTGTAATAGAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG---
442 ACAATTGTTTTATGATAAAACAAAA-ATCATAACGATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTCA
* ** * *
15717312 -GA--A--T---TAGTTCGGTAAATAGAT
506 TAACTATTTAAATAGTTTAGAAAACAGAT
** * *
15717333 TTATTTTTTAAATCTCCTACTTATAAATATTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TC
1 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-
* * * * * ** * * *
15717397 GAATAGGCGTGTATGATA-A-AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATTTCATAA-CAATTCGA
65 AAATAAGCTTTTATGA-ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTGA
* * * * * * * * *
15717459 AATAGATAATTATTTAAATGGCCATAATTATTTGAAC-CGATTTGATAAACTA-ACTTA-TTTTT
129 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAAC-AGATTTATTTTTT
* ** * * * * * *
15717521 CAAATCTCTAACTTATCAATTTTT-GAAATATTAATAAAGTAATGTTATTTTATT-TCAGATAAG
192 TAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTAG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTT-TTCT-AAATAAG
* * * * * *** *
15717584 CTTTTCTGAAATGAAACAATTATTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCAT-TTTATTTTAAATAGATA
254 CTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATA
* * * * * *
15717647 ATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAACATGTTTAGAAAAGA-ATTTACTTTTTTACATTTCTT
318 ATTATTC-AATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTGGTAAACACATTTA-TTTTTTA-A-ATC-T
* * *** * * *** *
15717711 GTGTATTAATTTTTTTAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAATT
377 CT-TATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA--
* * * * * ** *
15717776 GAAAA-AATTATTTTATGACT-AAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAGTAGATAATTGTTCTAAT
439 -AAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAA-ATCATAACGATTTGAAATAGATAATTACTCAAAT
* * * * * *
15717839 AGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACACAT
501 AGTCATAACTATTT-AAATAGTTTAGAAAACAGAT
* * * * * * * * * * * * * *
15717874 GTGTATTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTCT-AGATTATTATTAATTTTGCAATATTTTACTCC
1 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* * * * * * *
15717938 GAATAAGCATGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAACGA-TTTGAA
65 AAATAAGCTTTTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTGAA
* ** * * * * * * * * ** ** *
15718001 CT-G-GCA-TGAT-AAATAG--ATTTAGT-TTTTAA-AT-CTC-TTATTA-ATTTTTGAAATATT
130 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTTGTTCGGTA-AACAGATTT-ATTTTTT
* ** * * * * * * * * ** * *
15718055 AAAAAAT-TAGTATTATTTAATTTTGAATAATTTTTTATGAA-TAGAAACAATTTTTT-TACGAC
192 TAAATCTCT-TTCTTA-TTAATTTT-TAGAA-TGTTAATAAATTAG-TATTATTTTTTCTA-AAT
*** ** * * * ** ** * * * *
15718117 AA---AAAAAAAATGTCATAACAATTTGAAGTAGATGA-TAGTTCAAATGGACATGACTATTTG-
251 AAGCTTGTATGAAT-TGA-AATAA-TTG--TTTTATGACTA-AACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * * * *
15718177 -A-A-CT--TT-TTCAATA--AAT-A-GATTT--A-T-TTT--T---TA-A---A--TCTCAAA-
310 AATAGATAATTATTCAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTGGTAAACACATTTATTTTTTAAAT
* * * * * ** *
15718216 --CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGAAT-AAG
375 CTCTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA-
* * * * **
15718278 TAGAAACAATTGTTCTATGAAAAAACAAAAGATTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
439 -A-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAA-ATCATAACGATTTGAAATAGATAATTACTCAAAT
* * *
15718343 AGTCATAACTATTTAAACT-TTCTTGGTAAAC--AT
501 AGTCATAACTATTTAAA-TAGT-TTAGAAAACAGAT
* * * *
15718376 AT-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGAAATTTTAATACATTAGTATTATTTTATTC-C
1 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA
* * * *
15718438 AATAAGCTTTTATGAGCAGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATGA-TTTGAAA
66 AATAAGCTTTTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTGAAA
* * * ** * * *
15718502 TAGATAATTCTTCAAATAGTCATAACAATTTGAA-TGTTTTTAGAAAACATATTTATTTTTTAAA
131 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTTAA
* * * * *
15718566 AT-T-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATTAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTG
195 ATCTCTTTCTTATTAATTTTTAGAATGTTAA-TAAATTAGTATTATTTT-TTCTAAATAAGCTTG
* * ** * * * * * * *
15718628 CATGAACAT-AACCAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATAATAATGTTTTGAAATAGATAATTG
258 TATGAA-TTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA
* * ** * *
15718692 TTCAGATAGTCATAATTATTTGAACATGTTCGACAAA-AAATTTCATTTTTTAATTCTCTTACTC
322 TTCA-ATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTGGTAAACACATTT-ATTTTTTAAATCTC-T--T-
* * * ** * *
15718756 ATTAATTTTCAAAATATTGATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATCT-AAATTGAA
380 ATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAA---AA
* * * * * * * *
15718820 ACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGCTTACAATGATTTGAAGTAGATAATTACTTAAATAGTCA
442 ACAATTGTTTTATGATAAAACAAAA-ATCATAACGATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTCA
* * * ** *
15718885 TGACTATTTGAACTTGTTCGGAAAACATAT
506 TAACTATTT-AAATAGTTTAGAAAACAGAT
* ** * *
15718915 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTTTTTTC
1 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA--TTTTATTC
* * * * ** *
15718980 CAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAAGTCATAACT-A-TTTG
64 TAAATAAGCTTTTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTTG
** * *
15719043 AAATCA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTA-TTTTT
128 AAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTT
* * * * * *
15719106 TAAATAT-TTTACTTATTAATTATCATAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATT-TGAAATAAG
192 TAAATCTCTTT-CTTATTAATTTTTAGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTT-TTCT-AAATAAG
* * ** * * * *
15719169 CTTGTATGAATAGAAAAAATCATTTTATGA-TAAAACAAAAGGTTATAGA-AATTTCAAATAGGT
254 CTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTCATA-ACGATTTGAAATAGAT
* * * * * * * * * * * *
15719232 AATTGTTGAAAAAGTTATAAGTGTTTAAACT-TATTCGATAAAATAGATTCA-TTTTTAGATCTC
317 AATTATT-CAATAGTCATAACTATTTGAACTGT-TT-GGT-AAACACATTTATTTTTTAAATCTC
*** * * * *** *
15719295 TTAATTATTAATT-TTGGAATATTAGTAACTTAGTATTATTTTTATTTTGAATAAGCTTATATGA
378 ----TTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGA
* * * * * * * *
15719359 ACTGAAATAATTTTTTTATGATAGAACAAAAGGTCATAAGGATTTGAAATAGATATTTATTCAAA
438 A--AAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAA-ATCATAACGATTTGAAATAGATAATTACTCAAA
* * ** * * * * *
15719424 TAGTAATGACTATTTGATCTAATTCAGTAAACATAA
500 TAGTCATAACTATTT-AAATAGTTTAGAAAACAGAT
* * * * * ** * **
15719460 TTATTTTCTAAATTTTTTAATTTTTAATTATCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCG
1 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA
* * * * ** * * * *
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66 AATAAGCTTTTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTGAAA
* * * * * * * *
15719588 CAAATAATTGCTCAAATAGTCAT-ACATATTT-AAATTAGTTTGATAAATAAATTTA-TTTTTTA
131 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-TATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTTA
* * *
15719650 AA--TC--TCTTATTAATTTTT-GCAATATTATTAGATTAGTA-T-TTTTTT-TAACA-AA-CTT
194 AATCTCTTTCTTATTAATTTTTAG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTTTCTAA-ATAAGCTT
* *** * * *
15719705 ATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
257 GTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * *
15719769 GTTCGAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAAATTATTTTTTAAATCCTTTACAT
321 ATTC-AATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTGGTAAACACATTTATTTTTTAAAT-C--T-CTT
* * ** * *
15719834 ATTAATT-TCTAAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCTGAATAA-ATTAGTATGAATTG
380 ATTAATTGTC-AAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTT-GTATGAA--A
* * * * ** *
15719896 AAA-ATTTGTTTTATGACAAAAC----A-CA-AGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTC
440 AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAATCATAACGATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTC
* * *
15719954 -TGAATTA-TTAGAATTAGTTTAGCAAACAAAT
505 AT-AACTATTTA-AA-TAGTTTAGAAAACAGAT
* * * * * *
15719985 TTATTTTTTAAATCTCTCAATCATTAATTTTTGAAATATTATTATATTAGTATTATTTTATT-TC
1 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-
* * * * * * * * * *
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65 AAATAAGCTTTTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTGAA
* * ** * * * * *
15720113 GT-GTACAATTGTTCAAATAGTCATAGTTATTTAAACTGGTTCAGTAAACATATTTATATTTTT-
130 ATAG-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTTA
* * * *
15720176 AATCTCATACTTATTAATTTTT-GAAAGTTTAATAAATTAGTA-TATTTAATTTC-AAATAAACT
194 AATCTCTTTCTTATTAATTTTTAGAATG-TTAATAAATTAGTATTATTT--TTTCTAAATAAGCT
** * * * * *
15720238 TGTATG-ATAAAAAATAATTCTTATATGAC-AAAC-AAAGCATAATAACGATTAGAAATAGATAA
256 TGTATGAAT-TGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAG-GTCATAACGATTTGAAATAGATAA
* * * * * *** *
15720300 TTATTGAAATGGCCATAATTATTTGAACAGATTTGGTAAATGGATTCATTTTTTAAATCACTTAC
319 TTATT-CAATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTTGGTAAACACATTTATTTTTTAAAT--C-T-C
* ** ** * * *
15720365 TTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTGTTTCGAATAAGGTTGTATGAACTGA
378 TTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA---A
* * * * ** *
15720429 AAAAAATTATTTTATGACAAATCAAAAACTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC--ATATT
440 AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAA-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGT
* * * * *
15720492 CTTAACTATTTAAACTACTTTGGTAAATAGAT
504 CATAACTATTTAAA-TAGTTTAGAAAACAGAT
* * * * *
15720524 TTGTATTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTCG-AATATTATTAAATTAGTATT-TTTT-TT-T
1 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* * * * * * ** * *
15720585 -AATAAACTTATATGAACTGAAATAATTATTTTATAACAAAGTAAAAGGTTATAACGA-TTTGAA
65 AAATAAGCTTTTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTGAA
* * * *
15720648 ATAGATAATTGTTCAAATAG----GACCA---G-TC-TG--C--TAAACAAATTTA-TTTTTTAA
130 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTTAA
* * *
15720699 ATCTTCTAT-TTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAGGCTT
195 ATC-TCTTTCTTATTAATTTTTAG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTT-TTCTAAATAAGCTT
* * * * *
15720762 GTACG-A-TGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACATAAGTTTC-TAACAATTTGAAATAGATAA
257 GTATGAATTG--AAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAG-GTCATAACGATTTGAAATAGATAA
* * * * * * * * *
15720824 TTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTCGATAAACTAGA-TTATTTTTTAAATTTC-TA
319 TTATTC-AATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTGGTAAAC-ACATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * * *** * *
15720887 --ACTTATC-AATTTTTGAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTT-TATGAACTTAAA
381 TTAATTGTCAAAATATT-AATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA--AAAA
* * * *** * **
15720948 CTATTGTTTTATTG-TAAAACAAAAGGTTATATTTATTTTAAATA-AGTAATTGTTCAAATAGTC
443 CAATTGTTTTA-TGATAAAACAAAA-ATCATAACGATTTGAAATAGA-TAATTACTCAAATAGTC
* * *
15721011 ATAACTATTTGAACT--TATTCGATAAAAAGAT
505 ATAACTATTT-AAATAGT-TTAGA-AAACAGAT
* * **
15721042 TTATTTTTTAAAAT-TTCTT-GTGTATTAATTTTTTTG-AATGTTAATAAATTAACATTATTTTA
1 TTATTTTTT-AAATCTT-TTACT-TATTAA--TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * ** * * *
15721104 TT-TCAAATAAACTTGTATG-A-A-AAA-AATTACTTTGTGACTAAACAAAAGGTCATAA-CA-T
61 TTCT-AAATAAGCTTTTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * * * * *
15721162 TTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACATATTTA-TTT
125 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTT
* * * * * * * **
15721226 TTTAAATCTCTTAT-TTATTAATTTTTATAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCGAATAA
190 TTTAAATCTCTT-TCTTATTAATTTTTAGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTT-TTCTAAATAA
* * * * * * * * ** *
15721290 GCTTCTATTAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAACCAGTTC
253 GCTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT-
* * * ** * * * *
15721354 AATAAATACATTTAGTTTTTAAATCGT-TTATTAA-TTTTTGAAATATTAA-AAATTAGTATTAT
317 AAT-TATTCA-ATAG-TCAT-AA-C-TATT-TGAACTGTTTG--GTA--AACACATT--TATT-T
* * ** *
15721416 TTT--AT-TCTTAATAATTTTGT-ATAAATA-GAA-ACAATT-G--TT-TTACAA--CAAACAA-
368 TTTAAATCTCTTATTAA--TTGTCA-AAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAG
** * * * * *** * * * *
15721468 AATGTCAT---AATA-ATTTGAAATATATGATAGTTCAAATA-CATGACTATTTGAACT---T-A
429 CTTGT-ATGAAAAAACAATTG--TTTTATGATAAAACAAAAATCATAACGATTTGAAATAGATAA
* * * * * * ** **
15721524 TT-CGTTAAACA-T-ATTTA-TTTTTTAA-A-TCT--CCAACTTA-
491 TTAC-TCAAATAGTCA-TAACTATTTAAATAGTTTAGAAAACAGAT
* * * * * * *
15721561 TTAATTTTTAGAATATTTATAAATTAGT-ATTATTT--TAT-TTCGAATAAAATT-GTCTGA---
1 TTATTTTTTA-AATCTTT-T-ACTTATTAATT-TTTGAAATATT--AAT-AAATTAGTATTATTT
** * ** ** *
15721618 -A-TAGAAACAATTTTTTTATG-ACA-AAACAA----AATAT--CATAAC--AA--T--T--T-A
59 TATTCTAAATAA-GCTTTTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
* * * *** * * *
15721664 -----AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTCACTCGATAAATAGA-TTAAT
123 TTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATT
* * * *
15721723 TTTTAAAAT-T-TTGTACTTATTAATTTTTGAAAAT-TTAATAAATTAGTACTATTTTATTCCAA
188 TTTTTAAATCTCTT-T-CTTATTAATTTTT-AGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTT-TTCTAA
* * * * * *
15721785 ATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGATTTATGA-TGAAAGAAAAAGATCATAACGATTTGAAA
249 ATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACT-AAA-CAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * *
15721849 TAGATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTTAGAAAACATATCTATTTTTTAATT
312 TAGATAATTATTC-AATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTGGTAAACACATTTATTTTTTAA--
* * * * *** * * * *
15721914 TTTTAATTATTAATTTTTGGAATAGTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGCAT
373 ATCT-CTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTAT
* * * * * * ** **
15721978 GAATGAACCAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCGTAA-TTTTTGAAATAGATAATTGTTCAA
436 GAA-AAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAA-ATCATAACGATTTGAAATAGATAATTACTCAA
* ** * *
15722042 ATAGTCATAACTATTTGAGCAT-GTTCGGTAAATAGAT
499 ATAGTCATAACTATTT-A-AATAGTTTAGAAAACAGAT
* * * *
15722079 TCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
1 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTC-
* * * * * *
15722144 AAATTTCAAATAAGCTTATATAAACTGAAACAATTATTTTATTG-CAAAACCAAAA-ATCACAAT
64 -----T-AAATAAGCTTTTATGAACAGAAACAATTGTTTTA-TGACAAAA-CAAAAGGTCATAAT
* * *** * * * * *
15722207 GA-TTTAAAATAGATAATTATTTGCATAGTAATAACTATTTGAACTTATGCAGTAAATAGATTTA
121 GATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTA
* * *
15722271 TTTTTTT-AATCT-TTTACTTATTAATTGTTA-AATTATTAATAAATTAATATTATTTTAATT-T
186 TTTTTTTAAATCTCTTT-CTTATTAATTTTTAGAA-TGTTAATAAATTAGTATTATTTT--TTCT
* * * * * * *
15722332 TAATAAGCTTGTAT-AATTAGAAACAA-TATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTTAA
247 AAATAAGCTTGTATGAATT-GAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGA
* * ** *** * *
15722395 AATAAAAAATTGA-TCGAATAGTCATAAAGATTTGAACTTGTACAGTAAACAGATTTACTTTTTA
310 AATAGATAATT-ATTC-AATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTGGTAAACACATTTA-TTTTTT
* * ** * * * **
15722459 AATATTTTTCTCATTAATTGTCTTAATATTAATTAAATTTGTATTATCTTATTTGAAATAAGCTT
371 AA-A--TCTCTTATTAATTGTCAAAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTT
** * ** * * * * *
15722524 GTATAAATAGAAAAAA-AATCATTTTATGACAAAACAGAAGGTTATAGCGACTTCAACTAGATAA
432 G--T--AT-GAAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACA-AAAATCATAACGATTTGAAATAGATAA
* * * * ** * *
15722588 TGT--TAAAATAGTTATAATTATTTAAACTTGTTCGGTAAACATAT
491 T-TACTCAAATAGTCATAACTATTTAAA-TAGTTTAGAAAACAGAT
* ** * * * ** *
15722632 TCATTTTTTAAATCTCATAATTATTACTTTTTGGAATATTAATAACGTAGTATTATTCTATTC-A
1 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA
** * * * **
15722696 AATAA--TTTTATGTGAATTGAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAAGTTGTAATGA-TTTGA
66 AATAAGCTTTTA--TGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTGA
* ** * * * * ** *
15722758 AATAGATACTTAATCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTTGGTAAACCTATTTA-TTTTTAA
129 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTTA
* * * * * * *
15722822 AAT-TTTTTATTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTG
194 AATCTCTTTCTTATTAATTTTTAGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTT-TTCTAAATAAGCTTG
*** * * * *
15722886 TATGAACAAAAACT-ATTGTTTTAT-AATAGAACAAAA-ATCATAACAATTTGAAATAAATAATT
258 TATGAATTGAAA-TAATTGTTTTATGACTA-AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * **
15722948 CA-TCAAATACTTATAATTATTTGAACTAGTTTGATAAATATGTTTATTTTTTAAATCTCTTATT
321 -ATTC-AATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTGGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTATT
* * * * * * *
15723012 -CTTTTGAGAAATATTAATATAA-TAGTATT-TTTTTATCTCAAACAAACTTATATGAACAAAAA
383 AATTGTCA-AAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTAATC-CAAATAAGCTTGTATG-A-AAAAA
* * ** * ** * **
15723074 CATTTATTTTACAACAAAACAAGAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
443 CAATTGTTTTATGATAAAACAA-AAATCATAACGATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTCAT
* * * * * * *
15723139 AATTATTTGAACTGGTTAAGTAAACAAAA
507 AACTATTT-AAATAGTTTAGAAAACAGAT
* * *
15723168 TTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCT
1 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCT
* ** ** * * *
15723232 GAATAAGCTAGTATGAATTGAAAAAATTGTTTTATG-----GCAAAA----A-AATGA-TTTAAA
65 AAATAAGCTTTTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTGAA
* * * * * * * * *
15723286 ATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTGTTTGAACTAGTTTGGCAAATA-AATT-TTTTTTTAA
130 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTTAA
** * ** * *
15723349 ATCTCTTAGTTATTAATTTTT-GAATATTTTTATATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTG
195 ATCTCTTTCTTATTAATTTTTAGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTT-TTCT-AAATAAGCTTG
*** * * * *
15723412 TATGAACAAAAATAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGGTTATAATGATTT-AAAGTATACAATT
258 TATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA-TAGATAATT
* * * * * * * *
15723475 GTTCAAACAGTCATAACTATTTAAACTAATTCGGTAAACAAATTT-TATTTT--AT-T-TTGAAT
321 ATTC-AATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTGGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTT-ATT
* * ** * * ** ** * *
15723535 AAGCTTGT-ATGAACAAAAAT-AATCA-TTTTATGATAAAACAAA-AGGCTATAATGATTTGAAG
383 AA--TTGTCA-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGC--T--TG-TATGAA-
* * * * * * * * * * * *
15723596 TATACAATTG-TTCA--A-ACAGACATAACTAT-TTAAACTAATTCGGTAAACAAAT-TTTATTT
439 AAAACAATTGTTTTATGATA-AAACA-AA-AATCAT-AAC-GATT-TG-AAATAGATAATTA--C
* ** *
15723655 TGCAAAT-CTC-TTTCT-TATT-AAT--TTTTG-AAA-A-AT
495 T-CAAATAGTCATAACTAT-TTAAATAGTTTAGAAAACAGAT
* *** * * * ** * ** * *
15723688 TAATAAATTAATATTATTTTA-TTCTGAATAAACTTG-TATGA-TAA-AAA--ACAATTGTTATA
1 TTATTTTTTAA-A-TCTTTTACTTATTAAT--TTTTGAAAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * * *** * * *
15723747 TGACCAAACAA-----AAGGTA-A-TAACAATT-TGAAAT-AGATAACTATTGAAATGGCCATAA
61 T-TCTAAATAAGCTTTTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-A---AAA-GGTCATAA
* * * * * * * * * **
15723803 TTA-TTTG-AATTGAT-A-TGGT-AAACA-T-ATTCACT-TTTTAA----ATCGCTTAA-TTATT
120 TGATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATT
* ** * * *** * * * * *
15723855 AATTTTTAGATAT-TAGTAAATTACT-ATTATTT--TATTTTGAATAAACTT-GTATGA-----A
184 TATTTTTTTAAATCT-CTTTCTTATTAATT-TTTAGAATGTT-AATAAA-TTAGTATTATTTTTT
* *** * * * ***
15723910 CTGAAATAA--TTGT-T--TTGTGACAA-AA----CAAAAG-GT-CACAAGATTTTCGATAGACA
245 CT-AAATAAGCTTGTATGAAT-TGA-AATAATTGTTTTATGACTAAACAA-AAGGTC-ATA-AC-
* * * * * * **
15723963 GTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT--T--T---GA-TTG----G--T--TAAAAAATTAT
303 GAT-TTGAAATAG--ATAATTA-TTCAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTGGTAAACACAT-T
* * * * ** * * * ****
15724012 T-TTTTTGAACTCTTGGTTATTAATTTTTGAAGTATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGAT
363 TATTTTTTAAATC-T-CTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAAT
* * * * *
15724076 AAGCTTTTATGAAATGAAC-ATTG-TTTATG-T-TAACAAAAAGTCATAATGAATTTTAAATA-A
426 AAGCTTGTATGAAA-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAA-TCATAACG-ATTTGAAATAGA
** * * **
15724136 TTAATTGTTCAAATAG---TAACTATTTGAATTTGTTT---AAATGGAT
488 -TAATTACTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATAGTTTAGAAAACAGAT
* * * * *
15724179 TTATTTTTTTCAAATTTTTTGCTTATTTATTTTTG-AATGTTAATAAATT--TATTATTTTATGC
1 TTA-TTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
** * * * * * * * * *
15724241 --AATAAGAATGTAAGATA-TGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACGA-TTTG
64 TAAATAAGCTTTTATGA-ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTG
* * ** * * *** * * * *
15724302 AAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGCA-TAGGTTTAATAAATAAATGT-CTTTTT
128 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTT
* * * * ** *
15724365 TAGA--TC--TCTTATTAATTTTT-GAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAACCGAATAAGA
192 TAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTAG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTT-TCTAAATAAGC
* * * * * * * * * *
15724425 TTCTATG-ATCAGAAATAACTATTTAACGA-TAAAC-TAAGATCTTAACGATTTGAGACTA-ATA
255 TTGTATGAAT-TGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA-AATAGATA
* * * * *
15724486 ATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTGGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTA
318 ATTATTC-AATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTGGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* ** * * ***
15724551 CTTCCTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGACCAA
381 --T--TAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGA--AA
* * * * * * * *
15724616 AAACAATTATTTT-TGGACATAACAAAATGTCATAACAATTTAAAATAGATAATCATTCAAATAG
440 AAACAATTGTTTTAT-GATAAAACAAAA-ATCATAACGATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAG
* * * * *
15724680 GCATAATTATTTTAATTGATTT-GATAAACAAAT
503 TCATAACTATTTAAATAG-TTTAGA-AAACAGAT
* *
15724713 TTATTTTTTAAA---TTT-CTT-TT-ATTTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
1 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
** * * * ** * * * *
15724772 ATCTAAACTTGTAT-TA-TTAAACAATTG-TTTATGACAAATCAAAATGTTATAACGATTTT---
65 AAATAAGCTTTTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTGAA
* * * * *
15724831 -TA-AT--TAG-GC-AATTGT--T--C-A----AA-----T-GGT-AACAAATTCATTTTTTT-A
130 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTTAA
* * * * * *
15724873 ATCTCTTTCTCATTAATTTTT-G-ATGCTAATAAATTATTA-TA-ATTATCTGAAAT-T----GT
195 ATCTCTTTCTTATTAATTTTTAGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTTTCT-AAATAAGCTTGT
* * * * * * *
15724929 AAGAA-TGAAGCT-ATTGTTTTAT-A-TAAA-AAAATGTCAGAA--AATT-CAATAAAT-ATTAT
259 ATGAATTGAA-ATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTAT
* * * * *
15724985 TCAATAGTCTTAACCATTTGAACTAATTTTGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATT
323 TCAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTGGTAAACACATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATT
* * *
15725049 AATT-TTAAAAT-TTATTAAATTAG--TTATTTTTAA-CCAGAATAAGCTTGTACGAACAAAACA
383 AATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTAATCCA-AATAAGCTTGTATGAA-AAAACA
* * * ** * * * * * * * *
15725109 ATTGTTTTGT-AGCAAAAGAAATGGTAATAATGATTT--AA-AGATAATCATTTATATTGTCTTA
445 ATTGTTTTATGA-TAAAACAAA-AATCATAACGATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATA
* * * * ***
15725170 ACTATTTGAATTGGTTCGATAGTTAGAT
508 ACTATTTAAATAGTTTAGA-AAACAGAT
* * ** * * * * *
15725198 TTATTTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGAAATATTATTAAATTATTATTATTGTATTTT
1 TTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* *** * * * * * * *
15725263 GAATAA--AAGTGTGAATAG--ACAATTGTCTGATGACAAAATAAATGGT-ATAACGA-TTTGAA
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* * * * * * *
15725322 ATAGATAA-TATTCAAATAGTCAAAACTA-TTGATA-ATGATTTGTTAAATAGATTTA-CTTTTT
130 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTTG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTT
* * * * * * * *
15725383 AAAT-TCTTACTAATTAATTTTCTA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAACT
193 AAATCTCTTTCTTATTAATTTT-TAGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTT-TTCTAAATAAGCT
* * * **** ** * * * * *
15725446 TATCTTAGCAAAAACCATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGGTTTGAAATAGATAATT
256 TGTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * *
15725511 GTTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGGTTTGGTAAATAAAATTT-TTTTCTAAATCTCTTACT
321 ATTC-AATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTGGTAAA-CACATTTATTTTTTAAATCTCTTA--
** * ** * * * * **
15725575 TATAAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATCCTATTTCGAATACGCTTGTATGAGCTGAA
381 T-T-AATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGA--AAAA
** * * * * * *
15725640 ATGATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAAATAATT-GT---TTA-T-A
442 ACAATTGTTTTATGATAAAACAAAA-ATCATAACGATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTCA
* * * * *
15725699 T-AGT-CTTAACT-GTTT-GAACAAAAG-G
506 TAACTATTTAAATAGTTTAGAA-AACAGAT
* * * *
15725724 TTA-----TAACA-ATTTGA---A-TAA---AT-AAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT-T
1 TTATTTTTTAA-ATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* * * ** * * * *** * *
15725774 CGAATAAGCTTGTGTGAATTGAAATAATTATTATATGATTGAACAAAACGTCAAAATGA-TTTGA
65 -AAATAAGCTTTTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTGA
* * * ** ** * *
15725838 AATCGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAA-TTAGTTTAGCAAACACATTTA--TTTTT
129 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTT
* ** * *
15725900 AAATCTC---C-TATTAATTTTTAGGATAATATTAAATTAGTATTATTTTTATCCAAATAAGCTT
193 AAATCTCTTTCTTATTAATTTTTAGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTT-TCTAAATAAGCTT
* * * * * * * * *
15725961 GGATG-ATTAAAAAAAGTTGTTTTATGA-GAAA-ATAAAGATCATAATGATTTGAGATTGATATT
257 GTATGAATTGAAATAA-TTGTTTTATGACTAAACA-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* ** * *
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320 TATTC-AATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTGGTAAACACA-TTTA-TTTTTTAA-ATC-T-C
* * * * * * * *
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378 TTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA--AA
* * * * * * * **
15726151 AACAATTATTTTATGACAAAAGAAAAGCTCATAATGACTTTAAATAGTTAGAATGATTGTTCAAA
441 AACAATTGTTTTATGATAAAACAAAA-ATCATAACGA-TTTGAA-A--TAG-ATAATTACTCAAA
* * * ** * * *
15726216 AAGTCAAAACTTTTTAAACTTTTTTGGTAAACAAAT
500 TAGTCATAACTATTTAAA-TAGTTTAGAAAACAGAT
* * * * * *
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1 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* * * * * * *
15726316 GAATAAGCTTCTATGAACTA-AAATAATTGTTTTATAACTAAACAAAAGGTCAGAACGA-TTTGA
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* ** * * * *
15726379 AATAGATAATTGTTCTAATAGTTTTAACTATTT-AAGCTAGTTTGGCAAACACATTTA-TTTTTT
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* * * * *
15726442 AAATC-C---CTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTT
193 AAATCTCTTTCTTATTAATTTTTAGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTT-TTCTAAATAAGCTT
** * * *** *
15726503 GTATGAAAAGGAACAATTGTTTTATGAC-AAA-ATAAAGAAAATAAC-ATTTTGAGATAGATAAT
257 GTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACA-AAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAAT
* * * * * * *
15726565 TATTCAAATAGTCTTAATTATTTG-ACTATTTCAGAAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTATT
320 TATTC-AATAGTCATAACTATTTGAACTGTTT-GGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTATT
* * ** * * * *
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* * * * * * *
15726693 ATTATTTTATGACAAAAAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAA-TAGCTCAAATGGACATG
445 ATTGTTTTATGATAAAACAAAA-ATCATAACGATTTGAAATAGATAATTA-CTCAAATAGTCATA
* * * * *
15726757 ACTATTTGAACTTG-TTGGTAAATAGAT
508 ACTATTT-AAATAGTTTAGAAAACAGAT
*** *
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1 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
** * * * * * ** * *
15726848 AAATAAAATTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAAAAAAATATCATAA-CAATTTGAA
65 AAATAAGCTTTTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTGAA
* * * * * * *
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130 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTTAA
* * * * ** *
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* * * * * * * *
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259 ATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATT
** *** * * *
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324 C-AATAGTCATAACTATTTGAACTGT-TT-GGTAAACACATTTATTTTTTAAA--TCT-CTTATT
* *** * * * * *
15727169 AATTTTTGGAATATTAATTAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACAGAACCA
383 AATTGTCAAAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA-A-AAACA
* * * ** * *
15727233 ATTGTTTTATGACAAAACAAATGATCATAATG-TCTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATA
445 ATTGTTTTATGATAAAACAAA-AATCATAACGAT-TTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATA
* *
15727297 ACTATTTGAACATA--TTCGCTAAACAGAT
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* * * * * ** *
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* ** * * *
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* * * ** * *
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* * * * **
15727516 AATCT-TTTACTTATT-ATTTGTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCCAATAAGCT
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* * * * * * * *
15727579 TGTATGAACAT-AATTAATTATTTTATGACAAAACAAATA-GTCATAGCAATTTAAAATAAATAA
256 TGTATGAA-TTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAA-AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
* ** * * * *
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* ** * *
15727707 TTATTAATTATCCTAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGC-AATAAGCTTGTATGAACA
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* ** * *** * * * **
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * **
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* * * * * * * * *
15727994 ATAGATATTTATTCAAATAGTTATAACTATTTGATCTAGTTCAGCAAACATATTTA-TTTTTAAA
130 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTTAA
* * * * *
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15728120 GTAT
257 GTAT
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
484 2 0.00
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TTTAGAAAACAGAT
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* * * * ** *
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* * * * * ** ** *
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* ** * * * * *
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* ** * * * * ** * * * *
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* * * * * ** *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* ** * * * * * *
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* * ** * * * * * *
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* * * ** *
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* * * ** * * **
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* * * * * * *** *
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* * * * *
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* * * * *
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*** * * * *
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65 AAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA-ATAG
* * * * * * * * *
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129 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA-TAAACAGAT
* * * * ***
15713583 TTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTGTTTTG
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* * * * * * * *
15713648 GATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTTACAT
62 AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * *
15713713 AGATAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGAT
127 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAGAT
* * * *
15713764 TTATTTTTTCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTAAATGTCAAT-AATTAGTATTACTTTATTCC
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* ** * * * * * * *
15713828 AAATAAACTTGTATGAACTGAAATAATTATTATATGACTAAACAAAAGCTCAAAATGATTTGAAA
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* * * * * *
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126 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTGATAAACAGAT
* * ** *
15713945 TTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTATCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCCAAAT
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* * * * * * * * *
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* ** * * * * *
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** * **
15714121 TTAGTTTTTTAAATCTTTTCCAAATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTT
1 TTA-TTTTTTAAATCACTT----ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
** * * *** * *
15714186 AGGTAAGGTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATGATGACTTT-AA
61 AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAA
* * * *
15714250 ATATATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTCAACTTGTTTGGTAAACAGAT
125 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAGAT
* * * *
15714302 TTATTTTTTTAAATCTTTTTCTCATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTGTTATTTT-TTC
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* * *** * * * * *
15714365 TAAATAAGCTTGTATCAATTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAGAAGGTTAAAACGATTTGAA
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* * * * * * *
15714430 ATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTAAACT-GATTCGGTAAACACAT
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* * * * * *
15714483 TTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTTTTGGAATATTATTATATTAGTATTATTTTAATCCAAATA
1 TTATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA
* * * * *
15714548 AGCTTGTATGAA-AAGAAGCATTTGTTTTATGACAAAATAAAA-ATCATAAAGATTT----TAGA
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* * * * *
15714607 TAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTT-AAATTGTTTCAGTAAATAGAT
130 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA-TAAACAGAT
* * ** * * * *
15714655 TT-TGTTTTTAAATCCCTTATTAATTATCAAAATATTAATAGATCAATATTATTTTATTCTAAAT
1 TTAT-TTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
** * * * * * * * *
15714719 AATTTTGCATGAATAGAAACACTTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATTATGATTTGAAATAGA
65 AAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
** * * * * * * * *
15714784 TAATACTTCAAATGGACATGACCATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAAT
130 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAGAT
* * *
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1 TTATTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
** * ** * * *
15714896 AAATAA-AATGTATGAATAGGAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAATGATCATAACGATTTGAAA
61 AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * ** * * *
15714960 TAAATAATTATTCATATAGTCATAAATATTTGAGGTTGCTTGATAAACAAAT
126 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAGAT
* * *
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* * * * *
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62 AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* ** * *
15715142 AGATAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTGAA-TATGTTCAAAAAACATAT
127 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-GTTTGATAAACAGAT
* * **
15715193 TTATTTTTTAAAATTTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTATTTG
1 TTATTTTTT-AAA--TCACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCC
* * * * * *
15715256 AAATAAGCTTGCATGAACAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGTTTTGAAA
61 AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * *
15715321 TAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAGCTTA-TTCGGTAATCATG-T
126 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTTGATAAACA-GAT
* * * * * * **
15715373 TCT-TTTTTTAATTTTCTTACTCATTAATTTATGGAATATTAATAAATTACTATTA--TCA--AA
1 T-TATTTTTTAA--ATC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
* ** * * * * *
15715433 AAATAAGCTTATATGAACTTAAATAAGTGTTTTATTACAATAGA-AAAATGTCATAATGATTTGA
61 AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAA-A-ACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * * * *
15715497 AATCGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTTG-TAAATATAT
124 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTGATAAACAGAT
* * ** * * * *
15715551 TTATTTTTTGAATATTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTTATAAATTAATATTATTTTAATCCG
1 TTATTTTTT-AA-A--TCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA
* * * * * *
15715616 AATAAACTTGTATGGACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAACAAGTTT-AAA
62 AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAA
* * ** * *
15715680 TAAATAATTACTT-AAATAACCATAACGATTTGAACTTA-TTTGGTAAACAGAT
126 TAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTTGATAAACAGAT
*
15715732 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTC
1 TTATTTTTTAAATC----ACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * * * * * * *
15715795 AAAATAAGCTTGGATGAATAGAAGA-AATTCTTTTATGGCAAAACAAAAGGTTATAGCTATTTTA
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* * * * * * * *
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124 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTTGA-TAAACAGAT
* * * * * * ***
15715913 TTAGTTTTTAAATCTCTTTATTATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTAGTGTTACTTTATTTTG
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* * * * *
15715978 AATAAGCTTATATGAACTACAACAATTCTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
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126 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTTGATAAACAGAT
* * * ** * *
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* * ** *
15716225 AAATAACTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGAT
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* * *
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* ** * * *
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* * * * * * *
15716452 ATAGTCTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTAAAATGTTAATAAATTCA-TTTTATTTCATTC
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* * ** * * *
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* * ** * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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** * *
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* * * * *
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* ** * * ** *
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* * * * * *
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* * * * * ***
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* ** * ** *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * *
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1 TTATTTTTTAAA--T-C-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA
* * * * ** * *
15717398 AATAGGCGTGTATG-ATAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATTTCATAACAATTCGAAAT
62 AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * * * *
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* * * * * *
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1 TTATTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA
* * * * * * *** *
15717578 GATAAGCTTTTCTGAA-ATGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCAT-TTTATTTTAAA
62 AATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* *
15717641 TAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAAC-ATGTTT-AGAAA-AGAAT
126 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-GTTTGATAAACAG-AT
* ** ** * **
15717692 TTACTTTTTTACATTTCTTGTGTATTAATTTTTTTAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
1 TTA-TTTTTTA-A-ATC-ACT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
* * ** * * * *
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* * * * ** *
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* * * * * * * * * * * *
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1 TTATTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
* * * * * *
15717938 GAATAAGCATGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAACGATTTGAA
61 AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
15718001 CTGGCATGAT
Statistics
Matches: 4093, Mismatches: 990, Indels: 452
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Consensus pattern (177 bp):
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AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAGAT
Found at i:15717585 original size:529 final size:529
Alignment explanation
Indices: 15712862--15717840 Score: 1775
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15712852 AATGGTTTGG
* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * ** * * *
15713243 ATAGTTATTAA-TGTTCAGAACGTTACTAAATT-ATTATTATTTTATTT-TGAATAAGCTTATAT
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*** * * * *** * * *
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* * * *
15713367 CAAATACTCATAACTATTTGAATCGTA-TTA-A
499 CATATAGTCTTAAATATTTGAA-C-TACTTAGA
* * * * *
15713398 CAAATAGATTTCTTTTTTAAATCTC-T--T-ATTAATTCTTGAAATATTAATAAATT-AGATTAT
1 CAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTAATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTAT
* * *** * * * * *
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65 TTTATTCCA-AATAAA-CTTATAAAAAT-AAAAATAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTTATA
** * * * ** *
15713520 ATGATTT-AAGATAGATAGTTGTTTAAATGGTCATGATTATTTGAATTAATTCAGTAAACT-GAT
127 ACAATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAG--A--AACATTTGAATT-A---GGTAAA-TAGAT
* * * * **
15713583 TTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTGTTTTG
182 TTATTTTTTAAA--TC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* * * * * ** * * * *
15713648 GATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTTACAT
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* * * * * * * * *
15713713 AGATAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAATAGATTTATTTTTTCAAA
307 AGATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAAC-CGATTAGATAAACA-AATTAGTTTTT-AAA
* * * * * * * * * * *
15713777 TCTCATGCTTATTAATTTTTTAAATGTCAAT-AATTAGTATTACTTTATTCCAAATAAACTTGTA
369 TCTC-TACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTATTTTATTTCAGATAAGCTTGTA
* * * * * * * ** * *
15713841 TGAACTGAAA-TAA-TTATTATATGACTAAACAAAAGCTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTAT
433 TGAACTCAAACAAACCTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGACAATTGT
* * *
15713904 TCGA-ATAGTCTTAATTATTTGAACTGA-TTTGG
498 TC-ATATAGTCTTAAATATTTGAACT-ACTTAGA
* * ** *
15713936 TAAACACATTTATTTTTTAAATCTC-T--T-ATTAATTATCAAAATATTATTAAATTAGTATTAT
1 CAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTAATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTAT
* *** * * * * *
15713997 TTT-TATCCAAATAAGCTTAT-ATGGTAAAAAACAATTTTTTTATAAGAAAAC-AAAGATCATAA
65 TTTAT-TCCAAATAAACTTATAAAAAT-AAAAATAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTTATAA
* * * * * ** * * * * *
15714059 CGATTTCAGATTGATATTTACTCAAACAGTCATAACTATTTAAAGTGGTTTA-GAAAACAGTTTT
128 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG--A-AAC-ATTTGAA-----TTAGGTAAATAGATTT
* * *
15714123 AGTTTTTTAAATCT-TTTCCAAATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTA
184 A-TTTTTTAAATCTACTT----ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
** ** * * * * * * *
15714187 GGTAAGGTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATGATGACTTT-AAA
244 AATAAGCATGTATG-A-TAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACGA-TTTGAAA
* * * * * * * * *
15714251 TATATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTCAACTTG-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTTAA
306 TAGATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAAC-CGATTAGATAAACA-AATTA-GTTTTTAA
* * * * * * * *
15714314 ATCTTTTTCTCATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTGTTA-TTT-TTTCTAAATAAGCTT
368 ATC-TCTACTTATCAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTATTTTATTTC-AGATAAGCTT
* * * * * * * * * * * *
15714376 GTATCAATTGAAA-TAA-TTGTTTTATGACTAAACAGAAGGTTAAAACGATTTGAAATAGATAAT
430 GTATGAACTCAAACAAACCTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGACAAT
* * * * *
15714439 TATTC-TAATAGTCTTAACTATTTAAACTGA-TTCGG
495 TGTTCAT-ATAGTCTTAAATATTTGAACT-ACTTAGA
* * * * *
15714474 TAAACACATTTATTTTTTAAATCTC-T--T-ACTAATTTTTGGAATATTATTATATTAGTATTAT
1 CAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTAATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTAT
* * * * ** * * * * * *
15714535 TTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAGCAT--TTGTTTTATGACAAAATAAAA-ATCATAA
65 TTTATTCCAAATAAAC-T-TATAAAAATAAAAATAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTTATAA
* *
15714597 -AGATTT----TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTAAATT-GTTTCAGTAAATAGATT
128 CA-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG----AAACATTTGAATTAG-----GTAAATAGATT
* * ** * * *
15714656 T-TGTTTTTAAATC-CCTTATTAATTATCAAAATATTAATAGATCAATATTATTTTA-TTCTAAA
183 TAT-TTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAA
*** * * * * * * * *
15714718 TAATTTTGCATGAATAGAAACACTTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATTATGATTTGAAATAG
246 TAAGCATGTATG-ATA-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAG
** * * * ** * * *
15714783 ATAATACTTCAAATGGACATGACCATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTTA-TCTTTTAAATC
309 ATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAAC-CGATTAGATAAACAAA-TTAGT-TTTTAAATC
* * * * * * **
15714846 TCAAACTTATTAATTTTT-AGAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA-AATGTAT
371 TC-TACTTATCAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATTTTATTTTATTTCAGATAAGCTTGTAT
* * * * * * * * *
15714909 GAA-T-AGGAAC-AA-TTGTTTTATGACAAAAGAAATGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTA
434 GAACTCA--AACAAACCTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGACAATTG
* ** *
15714970 TTCATATAGTCATAAATATTTGAGGTTGCTT-GA
497 TTCATATAGTCTTAAATATTTGA-ACTACTTAGA
* * * * * * * *
15715003 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATACATTAGTATTAT
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* * ** * * ** * * *
15715068 TTTATTTCAAA-AAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAT
65 TTTATTCCAAATAAA-CTTATAAAAATAAAAATAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTTATAAC
* * * * *
15715132 GATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTGAA-TATGTTCAAAAAACATATTTA
129 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG--A-AAC-ATTTGAATTA-GGT----AAATAGATTTA
* * *
15715196 TTTTTTAAAATTTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTATTTGAAA
185 TTTTTT-AAA-TCTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAA
* * * * * * *
15715259 TAAGCTTGCATGA-ACAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGTTTTGAAATA
246 TAAGCATGTATGATA-A-AA-AAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATA
* * * * ** * * * ** ** * *
15715323 GATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAGCTTATTCGGTAATCATGTTCTTTTTTTAATTTT
308 GATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAACCGATTAGATAAACAAATT-AGTTTTTAAATCT
* * * * * * * ** * *
15715388 CTTACTCATTAATTTATGGAATATTAATAAATTACTATTA--TCA--AAAAATAAGCTTATATGA
372 C-TACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTATTTTATTTCAGATAAGCTTGTATGA
* * * * * * ** * * *
15715449 ACTTAAA-TAA-GTGTTTTATTACAATAGA-AAAATGTCATAATGATTTGAAATCGATAATTATT
436 ACTCAAACAAACCTATTTTATGACAA-A-ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGACAATTGTT
* * * * ** *
15715511 CAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTTG-
499 CATATAGTCTTAAATATTTGAAC-TACTTAGA
* * * * * * * * **
15715542 TAAATATATTTATTTTTTGAATATTTTACTTATTAATTGTCAAAATATT-TATAAATTAATATTA
1 CAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTAATTAATTTTTGAAATATTAT-TAAATTAATATTA
* * * *** * * * * * * *
15715606 TTTTAATCCGAATAAACTTGTATGGACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAAC
64 TTTTATTCCAAATAAACTTATAAAAATAAAAATAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTTATAAC
* * * *
15715671 AAGTTT-AAATAAATAATTACTT-AAATAACCATAACGATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTT
129 AA-TTTGAAATAGATAATT-GTTCAAAT-A-GA-AAC-ATTTGAA-TTA---GGTAAATAGATTT
*
15715734 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTCA
184 ATTTTTTAAATC---TACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-
* * * * * * * * * *
15715796 AAATAAGCTTGGATGAATAGAAGAAATTCTTTTATGGCAAAACAAAAGGTTATAGCTATTTTAAA
243 AAATAAGCATGTATG-ATA-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAA
* * * * * * *
15715861 TAGATAATTATTCAAACAGTCC-TAATTATTTAAATTC-ATTTAG-GAAATAGATTTAGTTTTTA
306 TAGATAATTGTTCAAATAG-CCATAATTATTTGAA-CCGA-TTAGATAAACA-AATTAGTTTTTA
* * * * * * *
15715923 AATCTCTTTA-TTATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTAGTGTTACTTTATTT-TGAATAAGCT
367 AATCTC--TACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTATTTTATTTCAG-ATAAGCT
* ** ** *
15715986 TATATGAACT-ACAACAATTCT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
429 TGTATGAACTCA-AACAAACCTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGACA
* * * * * * * *
15716049 ATTATTCA-AGTAGTCATGATTATTTG-ATTAAGTTTGG
493 ATTGTTCATA-TAGTCTTAAATATTTGAACT-ACTTAGA
* * * * * * * ** * * *
15716086 TAAATATATTTATTTTTAAAAT-TTTATACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTG
1 CAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCT-TAGTAATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTA
* * * ** * * * * * * *
15716150 TTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTCTTATAATAGAACAAAAAGTCATAGC
64 TTTTATTCCAAATAAACTTATAAAAATAAAAATAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTTATAAC
* * ** *
15716215 AATTTGAAATAAATAACTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTAT
129 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG--A-AAC-ATTTGAATTAG---G-TAAATAGATTTAT
* * * * *
15716280 TTTTTAAATC-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTCCAGATAAAC
186 TTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC
* * *
15716344 ATATATGA-ACAAAAACATTTGTTTTACGACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATATATAA
251 ATGTATGATA-AAAAA-A-TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAA
* * * *
15716408 TTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACCGGTTAGGTAAACAAAATAGTCTTTTAAATCTCTTAC
313 TTGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAACCGATTAGATAAACAAATTAGT-TTTTAAATCTC-TAC
* * * * * * * * *
15716473 TTA-CTAATTTTTAAAATGTTAATAAATTCATTTTATTTCATTCCAAATAAGCTAGTTTGAATTC
376 TTATC-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTATTTTATTTCAGATAAGCTTGTATGAACTC
* **
15716537 AAACAAACCTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGGTAATTGTTCATATA
440 AAACAAACCTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGACAATTGTTCATATA
* ** *
15716602 GTTTTAAATATTTGAACTGGTTTGA
505 GTCTTAAATATTTGAACTACTTAGA
* * * * * * *
15716627 CAAACAATTTATTTTTTAATTCTCTTTGTTATTAATTTTTGGAATATTATTATATTAGTGTTATT
1 CAAACAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTAATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATT
* * ** * *
15716692 TTATTCTAAATAAACTTGTACGAATAAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACAA
66 TTATTCCAAATAAACTTATAAAAATAAAAATAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTTATAACAA
* ** * *
15716757 TTTGAAGTTTATAATTGTTCAAATAGTCAAACTATTTGAATTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAA
131 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG--AAAC-ATTTGAATTAGGTAAATAGATTTATTTTTTAA
* * * * * * *
15716822 ATCT-CTTATTAATTTTTTAAAGATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAAAAAGCTTGAATG
193 ATCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATGTATG
* * * ** * * *
15716886 TTCAAATAAAATTCTTATATGATGAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAC
258 AT-AAA-AAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
** * * *
15716951 ATAGCCATAATTATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTCAGTTTTTAAA--TC-ACTTATTAAAT
321 ATAGCCATAATTATTTGAACCGATTAGATAAACAAATT-AGTTTTTAAATCTCTACTTATCAATT
* * * *
15717013 TTTGGAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTT-TGAATAAGCTTGTAT-AAGCT-AAA-ATGA
385 TTTGAAATATTAATAAATTAATTTTATTTTATTTCAG-ATAAGCTTGTATGAA-CTCAAACA-AA
* * * ** *
15717074 -TTGTTTTATGATAAAGTAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGACAATTGTTCATATAGTCTTAA
447 CCTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGACAATTGTTCATATAGTCTTAA
* *
15717138 TTGTTTGAACTACTTCAG-
512 ATATTTGAACTACTT-AGA
15717156 CAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTAATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTAT
1 CAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTAATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTAT
** * * * *
15717221 TTT-TTCCAAATAATGTTATAAAAACT-GAAATAGTTATTTTGTAATAGAACAAAAGGTTATAAC
65 TTTATTCCAAATAAACTTATAAAAA-TAAAAATAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTTATAAC
* * * *
15717284 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-GA-A-TT-AGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA
129 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGAAACATTTGAATTAGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA
* * * * *
15717345 TCTCCTACTTATAAATATTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAGGCGTGTA
194 --T-CTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATGTA
** * * * * *
15717410 TGATAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATTTCATAACAATTCGAAATAGATAATTATTTA
256 TGATAAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * *
15717475 AATGGCCATAATTATTTGAACCGATTTGATAAACTAACTTA-TTTTTCAAATCTCTAACTTATCA
320 AATAGCCATAATTATTTGAACCGATTAGATAAAC-AAATTAGTTTTT-AAATCTCT-ACTTATCA
* * * * * *
15717539 ATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATGTTATTTTATTTCAGATAAGCTTTTCTGAAATGAAAC-AA
382 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTATTTTATTTCAGATAAGCTTGTATGAACTCAAACAAA
* * *** * * * * *
15717603 -TTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCAT-TTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAA
447 CCTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGACAATTGTTCATATAGTCTTAA
* **
15717666 CTATTTGAACATGTTTAGA
512 ATATTTGAAC-TACTTAGA
* * * * ** * * *
15717685 -AAAGAATTTACTTTTTTACATTTCTT-GTGTATTAATTTTTTTAATTTTAATAAATTAGTATTA
1 CAAACAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTAGT-AATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTA
*** * * * * * * *
15717748 TTTTATTTTGAATAAGCATGTAT-GAATTGAAAA-AATTATTTTATGACT-AAACAAAAGGTCAA
64 TTTTATTCCAAATAAAC-T-TATAAAAATAAAAATAATTATTTTAT-AATAAAACAAAAGGTTAT
* *
15717810 AACAATTTGAAGTAGATAATTGTTCTAATAG
126 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
15717841 TCTTAACTAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (529 bp):
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TTATTCCAAATAAACTTATAAAAATAAAAATAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTTATAACAA
TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGAAACATTTGAATTAGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC
TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATGTATGATA
AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGC
CATAATTATTTGAACCGATTAGATAAACAAATTAGTTTTTAAATCTCTACTTATCAATTTTTGAA
ATATTAATAAATTAATTTTATTTTATTTCAGATAAGCTTGTATGAACTCAAACAAACCTATTTTA
TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGACAATTGTTCATATAGTCTTAAATATTTGAA
CTACTTAGA
Found at i:15718209 original size:323 final size:323
Alignment explanation
Indices: 15717714--15718324 Score: 690
Period size: 323 Copynumber: 1.9 Consensus size: 323
15717704 ATTTCTTGTG
** * * * *
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* * * * * * *
15717779 AAAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAGTAGATAATTGTTCTAATAGTCT
66 AAAATTATTTTACGACAAAAAAAAAGGTCAAAACAATTTGAAGTAGATAATAGTTCAAATAGACA
** * ***
15717844 TAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACACATGTGTATTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTCTAGA
131 TAACTATTTGAACTGGTTTAACAAACACATGTATATTTTAAATCTCAAACTTATTAATTTCTAGA
* * * * * * * *
15717909 TTATTATTAATTTTGCAATATTTTACTCCGAATAAGCA-TGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTA
196 ATATTAATAAATTAGCAATATTTTACTCCAAATAA-AATTGAAT-AAGTAGAAACAATTGTTCTA
* *
15717972 TGACAAAA-TAAAGATCATAACGATTTGAACTGGCATGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCT
259 TGAAAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAACTGGCATGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCT
*** *
15718036 TATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTAATTTTGAATAATTTTTTATGAATAGAA
1 TATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTAATTTTGAATAAGCATGTATGAATAGAA
* * * * * *
15718101 ACAATTTTTTTACGACAAAAAAAAAATGTCATAACAATTTGAAGTAGATGATAGTTCAAATGGAC
66 AAAATTATTTTACGAC-AAAAAAAAAGGTCAAAACAATTTGAAGTAGATAATAGTTCAAATAGAC
* * * * * * * *
15718166 ATGACTATTTGAACT-TTTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCAAACTTATTAATTTTTA
130 ATAACTATTTGAACTGGTTT-AACAAACACATGTATATTTTAAATCTCAAACTTATTAATTTCTA
* * * *
15718230 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGAATAAGTAGAAACAATTGTTCTA
194 GAATATTAATAAATTAGCAATATTTTACTCCAAATAAAATTGAATAAGTAGAAACAATTGTTCTA
*
15718295 TGAAAAAACAAAAGATTATAACGATTTGAA
259 TGAAAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAA
15718325 ATAAATAATT
Statistics
Matches: 232, Mismatches: 52, Indels: 8
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (323 bp):
TATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTAATTTTGAATAAGCATGTATGAATAGAA
AAAATTATTTTACGACAAAAAAAAAGGTCAAAACAATTTGAAGTAGATAATAGTTCAAATAGACA
TAACTATTTGAACTGGTTTAACAAACACATGTATATTTTAAATCTCAAACTTATTAATTTCTAGA
ATATTAATAAATTAGCAATATTTTACTCCAAATAAAATTGAATAAGTAGAAACAATTGTTCTATG
AAAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAACTGGCATGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCT
Found at i:15718844 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 15718034--15721346 Score: 2046
Period size: 181 Copynumber: 18.6 Consensus size: 181
15718024 TTTTAAATCT
** * * * ** *
15718034 CTTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTAATTTTGAATAATTTTTTATGAATAG
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* * * ** * * * *
15718099 AAACAATTTTTTTACGACAAAA-AAAAAATGTCATAACAATTTGAAGTAGATGATAGTTCAAATG
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* * * * * * **
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* * * **
15718216 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGA-AT-AAGT
1 CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTT-ATATGAA-T
* * * * *
15718279 AGAAACAATTGTTCTATGAAAAAACAAAAGATTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
64 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * *
15718344 GTCATAACTATTTAAACTT-TCTTGGTAAAC--ATAT-TTTTTTAAATCTTTTA
129 GTCATAACTATTTGAACTTGT-TCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * ** * **
15718394 CTTATTAATTTT-GAAATTTTAATACATTAGTATTATTTTA-TTCCAATAAGCTTTTATGAGCAG
1 CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAATAG
* * *
15718457 AAACAATTGATTTATGACAAAACAAAA-AGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAG
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
15718521 TCATAACAATTTGAATGTTTTTAGA-AAACATATTTATTTTTTAAAAT-T-TTA
130 TCATAACTATTTGAA-CTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTA
*** * ** ** *
15718572 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATTAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACA
1 CTTATTAATTTTCAAAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAATA
* * * * * *
15718636 TAACCAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATAATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAG
65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
15718701 TCATAATTATTTGAACATGTTCGACAAA-AAATTTCATTTTTTAATTCTCTTA
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTT-ATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * *
15718753 CTCATTAATTTTCAAAATATTGATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATCTAAATTG
1 CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAATAG
* * * * * *
15718818 AAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGCTTACAATGATTTGAAGTAGATAATTACTT-AAATAG
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAG
* * *
15718882 TCATGACTATTTGAACTTGTTCGGA-AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTA
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTC-GATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * *
15718934 CTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTTTTTTCCAAATAAGCTTGTATGAAT
1 CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT--AAATAAGCTTATATGAAT
* **
15718999 AAAAACAATTGTTTTATGATGAAACAAAA-AGTCATAACT-ATTTGAAATCA-ATAATTGTTCAA
64 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAA-TGATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAA
** * * * *
15719061 ATAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATATTTTA
126 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * *
15719117 CTTATTAATTATCATAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAG
1 CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAATAG
* ** * * * * * * * *
15719182 AAAAAATCATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAGA-AATTTCAAATAGGTAATTGTTGAAAAAG
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATA-ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
15719246 TTATAAGTGTTTAAACTTATTCGATAAA-ATAGATTCA-TTTTTAGATCTCTTA
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACA-A-ATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* ** * * *
15719298 ATTATTAATTTT-GGAATATTAGTAACTTAGTATTATTTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACT
1 CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAA-T
* * * * * * * *
15719362 -GAAATAATTTTTTTATGATAGAACAAAAGGTCATAAGGATTTGAAATAGATATTTATTCAAATA
64 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * ** * * *
15719426 GTAATGACTATTTGATCTAATTC-AGTAAACATAA-TTATTTTCTAAATTTTTTA
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * *** *
15719479 ATTTTTAATTATCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATAG
1 CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAATAG
* * ** * * * * * *
15719544 AAACTATT-TTTTGTGTTAGAGCAAAA-AGTCATAATAATTTGAAACAAATAATTGCTCAAATAG
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
15719607 TCAT-ACATATTT-AAATTAGTTTGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
130 TCATAAC-TATTTGAACTT-GTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * *
15719659 -TTAATT--TTTGC--AATATTATTAGATTAG---TATTTT-TTTTAACA-AA-CTTATATGAAC
1 CTT-ATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAA-ATAAGCTTATATGAAT
* * * * ** *
15719713 AAAAACATTTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCGAATA
64 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * *
15719778 GTCATAATTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAAATTATTTTTTAAATC-CTTTA
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTA
* * * * *
15719831 CATATTAA-TTTCTAAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCTGAATAA-ATTAGTATGAA
1 CTTATTAATTTTC-AAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTA-TATGAA
* * * *
15719893 TTGAAA-ATTTGTTTTATGACAAAACACAAG--C---A--ATTTGAAATAGATAATTGTTCATAT
63 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * *
15719950 AGTC-TGAATTATTAGAA-TTAGTT-TAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTCA
128 AGTCAT-AACTATTTGAACTT-GTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * ** * * * * * *
15720004 ATCATTAATTTTTGAAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAA
1 CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAATAG
* * * * * * * ** * *
15720069 AAATAGTTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGT-GTACAATTGTTCAAATAG
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATAG
** * * * *
15720133 TCATAGTTATTTAAACTGGTTC-AGTAAACATATTTATATTTTT-AATCTCATA
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAAATTTAT-TTTTTAAATCTCTTA
* * * * * *
15720185 CTTATTAATTTTTGAAAGT-TTAATAAATTAGTA-TATTTAATTTCAAATAAACTTGTATG-ATA
1 CTTATTAA-TTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAAT-
* * * * * * * * *
15720247 AAAAATAATTCTTATATGAC-AAAC-AAAGCATAATAACGATTAGAAATAGATAATTATTGAAAT
64 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-ATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * *** * *
15720310 GGCCATAATTATTTGAAC-AGATTTGGTAAATGGATTCATTTTTTAAATCACTTA
128 AGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
** * ** * *
15720364 CTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTGTTTCGAATAAGGTTGTATGAACT-
1 CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAA-TA
* * * *
15720427 GAAAAAAATTATTTTATGACAAATCAAAA-ACTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC--AT
65 G-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * ** * * * * * *
15720489 ATTCTTAACTATTTAAACTACTTTGGTAAATAGATTTGTATTTTAAATCTCTTA
128 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * *
15720543 GTTATTAATTTTTC-GAATATTATTAAATTAGTA-T-TTTT-TTTT-AATAAACTTATATGAACT
1 CTTATTAA-TTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAA-T
* * * ** * * *
15720603 -GAAATAATTATTTTATAACAAAGTAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
64 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * *
15720667 G----GACCA---G-TC-TG--C--TAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TCTA
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT-TA
* ** * * * *
15720707 TTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAGGCTTGTACG-ATGA
1 CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAAT-A
* * * * ** *
15720771 AAAATAATTGTTTTATGACAAAACATAAGTTTC-TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATG
65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-ATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * ** * * *
15720835 GCCATAATTATTTGAACTAATTCGATAAACTAGA-TTATTTTTTAAATTTCTAA
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAAC-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * *
15720888 CTTATCAA-TTT-----T-TGAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTT-TATGAACT-
1 CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAA-TA
* * * * * * * *
15720944 TAAACTATTGTTTTATTG-TAAAACAAAAGGTTATATTTATTTTAAATA-AGTAATTGTTCAAAT
65 GAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAAT
* *
15721007 AGTCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAA-AAGATTTATTTTTTAAAATTTCTT-
128 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAA-ATTTATTTTTT-AAATCTCTTA
* *** * ** * * *
15721061 GTGTATTAATTTTTTTGAATGTTAATAAATTAACATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATG-A-
1 CT-TATTAA-TTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAAT
** * * * * * * *
15721124 A-AAA-AATTACTTTGTGACTAAACAAAAGGTCATAA-CATTTAAAATAGATAATTATTCTAATA
64 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * ** *
15721186 GTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTA
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * * * * *** * *
15721239 TTTATTAATTTTTATAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCGAATAAGCTTCTATTAATAG
1 CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAATAG
*
15721304 AAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAA
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAA
15721347 CCAGTTCAAT
Statistics
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0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (181 bp):
CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAATAG
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
Found at i:15719307 original size:545 final size:536
Alignment explanation
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15718179 CTTTTTCAAT
* *
15718189 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTC-AAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 AAATAGATTCATTTTTT-AATCTCTTAA-TTATTAA-TTTTAGAATATT-ATAAATTAGTATTAT
* ** * * *
15718253 TTTATTTCAAATAAAATTGA-ATAAGTAGAAACAATTGTTCTATGAAAAAACAAAAGATTATAAC
62 TTTATTTTAAATAAGCTT-ATATAAATTGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGATTATAAC
* * * * *
15718317 GATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTTCTTGGTAAACATA-T-TT
126 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTT-TCGGTAAACATATTATT
** * *
15718380 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGAAATTTTAATACATTAGTATTATTTTATTCCAATAAGC
190 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAATAAGC
* ** * * * *
15718445 TTTTATGAGCAGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAAT-AGATAA
255 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAATCA-ATAA
* * * * *
15718509 TTCTTCAAATAGTCATAACAATTTGAATGTTTTTAGA-AAACATATTTATTTTTTAAA-ATTTTA
319 TTGTTCAAATAGTCATAA-AATTTGAA-ATTGTTAGATAAATAAATTTATTTTTTAAATATTTTA
* ** * *
15718572 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATTAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACAT
382 CTTATTAATTATCAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACAG
** * ** * * *
15718637 AACCAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATAATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGT
447 AAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGATAATAATAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAAAAGT
* * *
15718702 CATAATTATTTGAACATGTTCGACA
512 CATAAGTATTTAAACATATTCGACA
* * *
15718727 AAA-A-ATTTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTCAAAATATTGATAAATTAGTATTAT
1 AAATAGA-TTCATTTTTTAA-TCTCTTAATTATTAATTTT-AGAATATT-ATAAATTAGTATTAT
* * * * * *
15718790 TTTATTTTAAATAAGCTTATCTAAATTGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGCTTACAATG
62 TTTATTTTAAATAAGCTTATATAAATTGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGATTATAACG
* *
15718855 ATTTGAAGTAGATAATTACTT-AAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCGGAAAACATATTTAT
127 ATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTT-TTCGGTAAACATA-TTAT
* *
15718919 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTTTTTTCCAAA
189 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TCAAAATATTAATAAATTAGTATTA--TTTTATTCC-AA
* *
15718984 TAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAAGTCATAACT-ATTTGAAATC
250 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAA-TAATTTGAAATC
* * *
15719048 AATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATAT
314 AATAATTGTTCAAATAGTCATAAA-ATTTGAAATTGTTAGATAAATAAATTTATTTTTTAAATAT
* * ** *
15719113 TTTACTTATTAATTATCATAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGA
378 TTTACTTATTAATTATCAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGA
* * * * * *
15719178 ATAGAAAAAATCATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAGA-AATTTCAAATAGGTAATTGTTGAA
443 ACAGAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGATAATA-ATAATTTCAAATAGATAATTGTTCAA
* * * *
15719242 AAAGTTATAAGTGTTTAAACTTATTCGATA
507 AAAGTCATAAGTATTTAAACATATTCGACA
* *
15719272 AAATAGATTCA-TTTTTAGATCTCTTAATTATTAATTTTGGAATATTAGTAACTTAGTATTATTT
1 AAATAGATTCATTTTTTA-ATCTCTTAATTATTAATTTTAGAATATTA-TAAATTAGTATTA-TT
* * * * * * * * * *
15719336 TTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATTTTTTTATGATAGAACAAAAGGTCATAAGGA
63 TTATTTTAAATAAGCTTATATAAATTGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGATTATAACGA
* * * * *
15719401 TTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTAATGACTATTTGATCTAATTCAGTAAACATAATTATTT
128 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACT-TTTCGGTAAACAT-ATTATTT
* * * * *
15719466 TCTAAATTTTTTAATTTTTAATTATCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAG
191 TTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC-AATAAG
* * * * *
15719531 CTTGTATGAATAGAAACTATT-TTTTGTGTTAGAGCAAAAAGTCATAATAATTTGAAA-CAAATA
254 CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAATC-AATA
* * * *
15719594 ATTGCTCAAATAGTCATACATATTT-AAATTAGTTTGATAAATAAATTTATTTTTT-AA-A-TCT
318 ATTGTTCAAATAGTCATA-AAATTTGAAATT-GTTAGATAAATAAATTTATTTTTTAAATATTTT
** * * * **
15719655 -CTTATTAATT-TTTGCAATATTATTAGA-TTAGTATT-TTTT-TT-AACA-AA-CTTATATGAA
381 ACTTATTAATTATCAG-AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAA
* ** * * * * * *
15719712 CA-AAAACATTTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCGAA
444 CAGAAAA-AATCATTTTATGACAAAACAAAAGATAATAATAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * *
15719776 TAGTCATAATTATTTGAAC-TGGTTTGATA
508 AAGTCATAAGTATTTAAACAT-ATTCGACA
* * *
15719805 AACA-AAATT-ATTTTTTAAATC-CTTTACA-TATTAATTTCTAAAATATTAATAAATTCA-TTT
1 AA-ATAGATTCATTTTTT-AATCTC-TTA-ATTATTAATTT-TAGAATATT-ATAAATT-AGTAT
* * * * * * *
15719865 TATTTTATTCTGAATAA-ATTAGTATGAATTGAAA-ATTTGTTTTATGACAAAACACAAG-----
59 TATTTTATTTTAAATAAGCTTA-TATAAATTGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGATTAT
* * * * * ** * *
15719923 --CAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTC-TGAATTATTAGAA-TTAGTTTAGCAAACAAA
123 AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATG-ACTATTTGAACTT--TTCGGTAAACATA
* * * * ** * *
15719984 TTTATTTTTTAAATCTCTCAATCATTAATTTTTGAAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTC
185 -TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTC
* * * * * * * * * * *
15720049 AAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAGTTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAG
247 CAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAA
** * ** * * *
15720114 TGTACAATTGTTCAAATAGTCATAGTTATTT-AAACTGGTTCAG-TAAACATATTTATATTTTT-
312 TCAATAATTGTTCAAATAGTCATA-AAATTTGAAA-TTGTT-AGATAAATAAATTTAT-TTTTTA
* ** ** * *
15720176 AATCTCATACTTATTAATT-TTTGAA-AGTTTAATAAA-TTAGTA-TATTTAATTTC-AAATAAA
373 AATATTTTACTTATTAATTATCAGAATA--TTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAG
* * ** **
15720236 CTTGTATGATA-A-AAAATAATTC-TTATATGAC-AAAC-AAAGCATAATAACGATTAGAAATAG
434 CTTGCATGA-ACAGAAAA-AA-TCATTTTATGACAAAACAAAAG-ATAATAATAATTTCAAATAG
* * ** * * * * * **
15720296 ATAATTATTGAAATGGCCATAATTATTTGAACAGATTTG-GT
495 ATAATTGTTCAAAAAGTCATAAGTATTTAAACATATTCGACA
* * * *
15720337 AAATGGATTCATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA-ATAATTAGTATTATT
1 AAATAGATTCATTTTTT-AATCTCTTAATTATTAATTTTAG-AATATTATA-AATTAGTATTATT
* ** * * * * * * * * *
15720401 TTGTTTCGAATAAGGTTGTATGAACTGAAAAAAATTATTTTATGACAAATCAAAA-ACTCATAAC
63 TTATTTTAAATAAGCTTATATAAATTG-AAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGA-TTATAAC
* * * * * * *
15720465 GATTTGAAATAGATAATTGTTC--ATATTCTTAACTATTTAAACTACTTT-GGTAAATAGATT-T
126 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACT--TTTCGGTAAACATATTAT
* * * * *
15720526 GTATTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTC-GAATATTATTAAATTAGTATT-TTTT-TT-TAA
189 -T-TTTTAAATCTTTTACTTATTAA--TTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAA
* * * * * * ** * * **
15720587 TAAACTTATATGAACT-GAAATAATTATTTTATAACAAAGTAAAAGGTTATAACGATTTGAAAT-
250 TAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAATC
* ** * * * *
15720650 AGATAATTGTTCAAATAG---GACCA---G----T-CT-GCTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
314 A-ATAATTGTTCAAATAGTCATAAAATTTGAAATTGTTAGATAAATAAATTTATTTTTTAAATAT
* * ** * * * *
15720703 TCTATTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTAAATAGGCTTGTAC
378 TTTACTTATTAATTATCAG-AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCAT
** ** * * ** * *
15720766 GATGA-AAAATAATTGTTTTATGACAAAACATAAGTTTCTAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
441 GAACAGAAAA-AATCATTTTATGACAAAACAAAAGATAATAATAATTTCAAATAGATAATTGTTC
** * * * *
15720830 AAATGGCCATAATTATTTGAAC-TAATTCGATA
505 AAAAAGTCATAAGTATTTAAACAT-ATTCGACA
* * * * *
15720862 AACTAGATT-ATTTTTTAAATTTC-TAACTTATCAATTTTTG---A--ATAAAGTAGTATTATTT
1 AAATAGATTCATTTTTT-AATCTCTTAA-TTATTAATTTTAGAATATTATAAATTAGTATTATTT
* * * * * * ***
15720920 TATTTTGAATAAACTT-TATGAACTT-AAACTATTGTTTTATTG-TAAAACAAAAGGTTATATTT
64 TATTTTAAATAAGCTTATAT-AAATTGAAACAATTGTTTTA-TGAAAAAACAAAAGATTATAACG
* * * * * *
15720982 ATTTTAAATA-AGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAAAAGATTTAT
127 ATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTT-TTCGGTAAACATA-TTAT
* *** * ** *
15721046 TTTTTAAAAT-TTCTT-GTGTATTAATTTTTTTGAATGTTAATAAATTAACATTATTTTATTTCA
189 TTTTT-AAATCTT-TTACT-TATTAA--TTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCC
* ** * * * *
15721109 AATAAACTTGTATG-A-A-AAA-AATTACTTTGTGACT-AAACAAAAGGTCATAA-CATTTAAAA
248 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAA
* * * * * * * ** * *
15721168 T-AGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAA
312 TCA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAA-AATTTGAAATTGTTAGATAAATAAATTTATTTTTTAAA
* * * * * * * * * * **
15721232 TCTCTTATTTATTAATTTTTATAATATT-ATTAATTTAGCAATATTTTACTCCGAATAAGCTT-C
375 TATTTTACTTATTAATTATCAGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGC
* * * * * *
15721295 TATTAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTT
439 -ATGAACAGAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGATAATAATAATTT
15721344 GAACCAGTTC
Statistics
Matches: 2076, Mismatches: 390, Indels: 309
0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
515 1 0.00
516 42 0.02
517 7 0.00
518 61 0.03
519 45 0.02
520 42 0.02
521 13 0.01
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524 95 0.05
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528 1 0.00
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530 29 0.01
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547 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (536 bp):
AAATAGATTCATTTTTTAATCTCTTAATTATTAATTTTAGAATATTATAAATTAGTATTATTTTA
TTTTAAATAAGCTTATATAAATTGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGATTATAACGATTT
GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTTTCGGTAAACATATTATTTTTTAA
ATCTTTTACTTATTAATTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAATAAGCTTGTAT
GAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAATCAATAATTGTTCA
AATAGTCATAAAATTTGAAATTGTTAGATAAATAAATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAAT
TATCAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACAGAAAAAATCA
TTTTATGACAAAACAAAAGATAATAATAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAAAAGTCATAAGTAT
TTAAACATATTCGACA
Found at i:15721770 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 15721381--15723525 Score: 1312
Period size: 181 Copynumber: 11.9 Consensus size: 180
15721371 TTTAAATCGT
* ** *
15721381 TTATTAATTTTTG-AAATATTAA-AAATTAGTATTATTTTA-TTCTTAATAATTTTGTATAAATA
1 TTATTAATTTTTGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATA
** ** * *
15721443 GAAACAATTGTTTTACAAC-AAACAAAATG-TCATAATAATTTGAAATATATGA-TAGTTCAAAT
65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAACGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAAT
* * * ***
15721505 A--CATGACTATTTGAACTTATTCGTTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCAAC
128 AGTCATAACTATTTGAAC-TATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTAC
* * * ** *
15721558 TTATTAATTTTT-AGAATATTTATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAATTGTCTGAATAG
1 TTATTAATTTTTGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * *
15721622 AAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAATATCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGT
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * *
15721687 CATAACTATTTAAACTCACTCGATAAATAGATTAATTTTTAAAATTTTGTAC
131 CATAACTATTTGAACT-ATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATTTT-TAC
* * *
15721739 TTATTAATTTTTGAAAAT-TTAATAAATTAGTACTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAATAG
1 TTATTAATTTTTGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * *
15721803 AAACAATTGATTTATGATGAAAGA-AAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATA
66 AAACAATTGTTTTATGA-CAAA-ACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * *
15721867 GTCATAACTATTTGAACGTGTTTAGA-AAACATATCTATTTTTTAATTTTTTAA
129 GTCATAACTATTTGAAC-T-ATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTAC
* * *
15721920 TTATTAATTTTTG-GAATAGTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGCATGAAT
1 TTATTAATTTTTGAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAAT
* * * * ** *
15721982 -GAACCAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCGTAA-TTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
64 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * *
15722045 GTCATAACTATTTGAGCATGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTT-AATTCTCTTAC
129 GTCATAACTATTTGAAC-TATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATT-T-TTAC
* *
15722099 TCATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAATTTCAAATAAGCTTAT
1 TTATTAATTTTTGAAAATATTAATAAATTAGTATTA---T-TTT----ATTTCAAATAAGCTTGT
* * * * *
15722163 ATAAACT-GAAACAATTATTTTATTG-CAAAACCAAAA-ATCACAATGATTTAAAATAGATAATT
58 ATGAA-TAGAAACAATTGTTTTA-TGACAAAA-CAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATT
*** * * * *
15722225 ATTTGCATAGTAATAACTATTTGAACTTATGC-AGTAAATAGATTTATTTTTTTAATCTTTTAC
120 ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTAC
* * * *
15722288 TTATTAATTGTT-AAATTATTAATAAATTAATATTATTTTAATTT-TAATAAGCTTGTAT-AATT
1 TTATTAATTTTTGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-T
* * * * * *
15722350 AGAAACAA-TATTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAACAATTTTAAAATAAAAAATTGA-TCGA
64 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAACGA-TTTGAAATAGATAATT-ATTCAA
** * *
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* * * * *
15722469 TCATTAATTGTCTT---AATATTAATTAAATTTGTATTATCTTATTTGAAATAAGCTTGTATAAA
1 TTATTAATT-T-TTGAAAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
* ** * * * * * * * * *
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63 TAG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * * * * * * ** *
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126 ATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTAC
* * ** * ** * * *
15722652 TTATTACTTTTTG-GAATATTAATAACGTAGTATTATTCTA-TTCAAATAATTTTATGTGAATTG
1 TTATTAATTTTTGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * ** * * *
15722715 AAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAA-AGTTGTAATGATTTGAAATAGATACTTAATCAAATAG
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* * * * ** *
15722779 TCATGACTATTTGATCTAGTTTGGTAAACCTATTTATTTTTAAAATTTTTTA-
130 TCATAACTATTTGAACTA-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAA-TTTTTAC
* * * *
15722831 TTATTAA-TTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-ATCTAAATAAGCTTGTATGAACA
1 TTATTAATTTTTGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * * * *
15722894 AAAACTATTGTTTTATAATAGAACAAAA-ATCATAACAATTTGAAATAAATAATTCA-TCAAATA
65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAATA
* * * * * *
15722957 CTTATAATTATTTGAACTAGTTTGATAAATATG-TTTATTTTTTAAA--TCT-C
129 GTCATAACTATTTGAACTA-TTCGATAAACA-GATTTATTTTTTAAATTTTTAC
* * * * * * *
15723007 TTATT--CTTTTGAGAAATATTAATATAA-TAGTATTTTTTTATCTCAAACAAACTTATATGAAC
1 TTATTAATTTTTGA-AAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT
* * * ** * * * *
15723069 AAAAACATTTATTTTACAACAAAACAAGAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
64 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * *
15723134 GTCATAATTATTTGAACTGGTT-AAGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTAC
129 GTCATAACTATTTGAACT-ATTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTAC
* * * *
15723188 ATATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTA-TTCTGAATAAGCTAGTATGAAT
1 TTATTAATTTTTGAAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAAT
* * * * *
15723250 TGAAAAAATTGTTTTATGGC---A-AAAA-A--AT---GATTTAAAATAGATAATTATTCATATA
64 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * ** * * * *
15723305 GTCTTAACTGTTTGAACTAGTTTGGCAAATAAATTT-TTTTTTAAATCTCTTAG
129 GTCATAACTATTTGAACTA-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTAC
** * * * *
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1 TTATTAATTTTTGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * * * * * *
15723421 AAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAATGATTT-AAAGTATACAATTGTTCAAACAG
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATAG
* * *
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CATAACTATTTGAACTATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTAC
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* * * ** * * * * * *
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* * * * *
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* * * * ** *
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* * * * * * * * * * *
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** * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * **
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* * * *
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**** * * * * * ** ** * * *
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* * * ** **
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* * * * * * * * * *
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1 TCATAATTATTTGAACTA-GTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATT-A-TTG
** * * * **
15722110 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAATTTCAAATAAGCTTATATAAACTGAAAC
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* *** * ** * * ***
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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** * * * * * *
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** * ** * * * *
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** * * * * * * * * **
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* ** ** * * * * * * *
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* * * * * * * **
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1 TCATAATTATTTGAACTAGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTC-TTATTATTA--TTGC
** ** * * * ** * *** *
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** ** ** *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * *
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*
15723021 AATATTAATATAA-TAGTATT-TTTTTATCTCAAACAAACTTATATGAACAAAAAC-ATTTATTT
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** **
15723083 TACAACAAAACAAGAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
127 TACAACAAAACAA-AAATCATAACAATTTGAAATAGATAATTAATCAAATAG
* * * *
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1 TCATAATTATTTGAACTAGTTTGA-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTA
15723187 CATATTAATT
Statistics
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ACAAAACAAAAATCATAACAATTTGAAATAGATAATTAATCAAATAG
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15723098 GGTCATAACA
* * * * *
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*
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**
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* * * ** * *
15723279 ATTTAAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTGTTTGAACTAGTTTGGCAAA-TAAATTTTT
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** ** *
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66 TTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TATTATTTTATTCT-GAAT
*
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129 AAGCTAGTATGAATCAAAAA-AATTGTTTTATG
15723437 ATAAAACAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATATTATTTTATTCTGAATAA
GCTAGTATGAATCAAAAAAATTGTTTTATGGCAAAAAAATG
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15723379 TATATTAGTA
** *
15723389 TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTAT
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*
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*
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*
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1 TTATTTT
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AATGATTTAAAGTATACAATTGTTCAAACAGACATAACTATTTAAACTAATTCGGTAAACAAATT
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15724190 AAATTTTTTG
* * * *
15724200 CTTATTTATTTTTG-AATGTTAATAAATT--TATTATTTTATGC-AATAAGAATGTAAGAT-ATG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCCGAATAAGAATCTAAGATCA-G
* * * *
15724260 AAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGT-TAGAACGATTTGA-AATAGATAATTATTCTAATA
65 AAACAAATATTTAACGA-TAAAC-AAAGATCT-GAACGATTTGAGAATA-ATAATTATTCAAATA
* * * * * *
15724323 GTTTTAACTATTTGCATAGGTTTAATAAATAAATGTCTTTTTTAGATCT
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* * * *
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* * * * *
15724437 AAATAACTATTTAACGATAAACTAAGATCTTAACGATTTGAGACTAATAATTATTCAAATAGTTA
65 AAACAAATATTTAACGATAAACAAAGATCTGAACGATTTGAGAATAATAATTATTCAAATAGTTA
* * * *
15724502 TAACTATTTGAATTGGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCT
130 TAACTATTTGAATAGGTTCAATAAACAAATGTATTTTTTAAATCT
* ** ** * *
15724547 CTTACTTCCTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA
1 CTTA--T--TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TCCGAATAAGAATCTAAGA
* * * *** * * * *
15724612 CCAAAAACAATTATTTTTGGACATAACAAA-ATGTCAT-AACAATTT-AAAATAGATAATCATTC
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** * * * * ** * *
15724674 AAATAGGCATAATTATTTTAATTGATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATTT
121 AAATAGTTATAACTATTTGAATAGGTTCAATAAACAAATGTATTTTTTAAATCT
*
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1 CTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
15724769 TCCATCTAAA
Statistics
Matches: 321, Mismatches: 57, Indels: 35
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (174 bp):
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AACAAATATTTAACGATAAACAAAGATCTGAACGATTTGAGAATAATAATTATTCAAATAGTTAT
AACTATTTGAATAGGTTCAATAAACAAATGTATTTTTTAAATCT
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Indices: 15726668--15726710 Score: 61
Period size: 20 Copynumber: 2.1 Consensus size: 20
15726658 ATTTTAATCT
15726668 AAATAATTTTTCATGAACAA
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*
15726688 AAATAATTATTTTATG-ACAA
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1 AAA
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* * * *
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* * * * *
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** * * * * * *
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* * * * * *
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1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * * * * * *
15726168 AAAAGAAAAGCTCATAATGACTTTAAATAGTTAGAATGATTGTTCAAAAAGTCAAAACTTTTTAA
65 AAAAAAAAAGATCATAA-CAATTTGAA-A--TAG-ATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGA
* * * * * * *
15726233 ACTTTTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTTGCTCATTAATTTTTTGAATG
125 ACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
*** * * *
15726290 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTCTATGAACTA-AAATAATTGTTTTATAAC
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * * *
15726354 TAAACAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTTTTAACTATTT-AAGCTA
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* * *
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* * ** * *
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1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* ** * * *
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** * * * *
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129 GTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
** * * * * * * * *
15726642 TTAATAGGTTAGTATTATTTTAATCTAAATAA-TTTTTCATGAACAAAAATAATTATTTTATGAC
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGT-ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * ** *
15726706 AAAAAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAA-TAGCTCAAATGGACATGACTATTTGAACTT
65 AAAAAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTT
* * **
15726770 G-TTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATA
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** * *
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1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * *
15726887 AAAAAAAATATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTAAAACTATTTGAACTCGT
66 AAAAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGT
* * *
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* * * * * * *
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1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * **
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66 AAA-AAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACT-T
**** * * *
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* * * * *
15727182 TTAATTAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACAGAACCAATTGTTTTATGAC
1 TTAA-TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * ** * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * *
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1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * *
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* * *
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* * * * * ** *
15727544 TTAATAAATTAATATTATTTTAATCCCAATAAGCTTGTATGAACATAATTAATTATTTTATGACA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * * **
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* * * * ***
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* * * * **
15727725 TTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGC-AATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATCATTTTATGA
1 TTAATAAA-TTAGTATTATTTTA-TTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
** * * * * * * * *
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** * * *
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129 GTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * *** ** * * * *
15727905 TTAATAACTTAGAATTATTTTATTTTGAATAATTTTG-ATTAACAGAAATAATTTTTTTATGACA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* ** * * *
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** * * * * *
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130 TTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATA
* * ** * * * ** *
15728084 TTAATAAATCAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATAAAGATAAACTCTTGTTTTATAACA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* *
15728149 TAACAAAAAG-TCAT-ACTATTTGAA
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15728173 CCGATTTAAT
Statistics
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AAAAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGT
TTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
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15725739 TAAATAAATG
* * * * **
15725749 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTGTGAATTGAAATAATTATTATATGATT
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* * * * * * *
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* * *
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131 TTAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTA
* * * * * * *
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196 TTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCA
** * * * * * *
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260 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAAAAAACATA-
* * * * ** *
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* ** * * * * * *
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* * * * * * * *
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452 -A--TAG-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGATTCATTTTT
* * * *
15726260 TAAATATCTTGCTCATTAATTTTTTGAATG
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* * *
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1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAATAATTGTTTTATGAC
* * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * ** *
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** * * *
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* * * * * * * *
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** *
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516 ATCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATA
* * ** * * *
15726822 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAAATTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGATA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACA
* ** ** * * *
15726887 AAAAAAAATATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTAAAACTATTTGAACTCGT
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* * * * * *
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* * * *
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* **
15727082 AACAATCTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG-TGTGTGTTCAAAAAACATAT
261 AACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAAAAAACATAT
* ***
15727146 TTA-TTTTTAAAT-TTTTATTTATTAATTTTTGGAATATTAATTAATTTA-TATTATTTTATTCA
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* * * * **
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388 AAATAAGCTTGCATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAAT-TTGAA
* * * * * * *
15727272 ATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAACATATTCGCTAAACAGATTCATTTTTTAAT
452 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGATTCATTTTTTAAA
* * *
15727337 TCTCTTACTCATTCATTTTCAAAATA
517 TCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATA
* * * * * *
15727363 TTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATGGAAACAATTGTTTTATTACA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACA
* * * *
15727428 AAACAAAAGGTCACAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGT
66 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGT
* * * *
15727493 TTAG-TAA-ACATATATTTTTTAAAAATCTTTTACTTATT-ATTTGTAGAAATATTAATAAATTA
131 TTAGCAAACACATTTATTTTTT--AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTA
* * * * ** * *
15727555 ATATTATTTTAATCCCAATAAGCTTGTATGAACATAATTAATTATTTTATGACAAAACAAATAGT
193 GTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGT
* * * * ** *** *
15727620 CATAGCAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTCGGTAAGCAT
258 CATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAAAAAACAT
* * **
15727685 ATTTA-TTTGTTAAATCCTTTACTTATTAATTATCCTAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTAT
323 ATTTAGTTT-TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAAT-AATTTAGTATTATTTTA-
* * * * * * *
15727748 TTGC-AATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACCAATGGTTATAACAATTT
385 TT-CAAATAAGCTTGCATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTT
* * * *
15727812 CAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATTATTTAAACTTGTTCAGTAAACATATTCATTTTTT
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* * *
15727876 AAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATA
514 AAATCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATA
* * * ** * * *
15727905 TTAATAACTTAGAATTATTTTATTTTGAATAATTTTG-ATTAACAGAAATAATTTTTTTATGACA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACA
** * *
15727969 AAACAAAAACTCATAATGATTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTTATAACTATTTGATCTAGT
66 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGT
* * * * * * *
15728034 TCAGCAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTGTT-GAAATTTTAATAAATCAGT
131 TTAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGT
* ** * *
15728097 ATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTAT-AA-AGATAAACTCTTGTTTTATAACATAACAAAAAGT
195 ATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATAGA-AAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGT
* ** * * * * * * * **
15728160 CAT-ACTATTTG-AACCGAT--TTAAT-AATTAGAT-TTAA-T-TTTTAA-AT-CTCATATTA-A
258 CATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCAAAAAACA
** * ** * ** * **** * *
15728214 T-TTTGAAATATTAATAGATTCTGACAAAATAAAAGGACATAATGATT-TTAA-TTAGATAATTA
322 TATTT-AGTTTTTAA-ATCTT-TTAC-TTATTAATTTTCAAAAT-ATTAATAATTTAG-T-ATTA
* * ** * * **
15728276 -TTTATAT-AACCTTAA-CTATTTGAATTGGTTCGACAAACAAATTTATTTT-TTA-AATCTCTT
380 TTTTAT-TCAA--ATAAGC---TTGCA-T-GAAC-AAAAAC-AA-TTATTTTATGACAA-AAC--
** * * * * * *
15728336 AGTTATTAATTTTCA-AGA-AATTATTAGATTAGTATTATTTATTTCGAATAAG-CATGTA-TGA
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* * * ** ***** ** * *
15728397 ATATAAACAATTGTT---TAATCATAAAACAAAAGGCTATAATGACTTGAATACA-TAATTATTC
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15728458 A-AATA
537 AGAATA
* * * * ** ** ** * * * * *
15728463 GTCATAATTATTTGAACTGGTTCGATAAACAAATAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
1 TTAATAA--ATTAGTA-TTATTTTAT-TTCGAATAAGCT--T--GTATGAA----T---AGA--A
* ** * * *
15728528 ATAAATTAGTACTATTTTACTCTGAATTGGCTTGTATGATGAAAA--ACA-ATTGTTTTAAGACA
49 AT-AATT-G-----TTTTA---TG-A----C----A-AAACAAAAGGTCATAATGATTT--GA-A
* * * * * *
15728590 AAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGCCATACCTATTTGAACTAAT
91 ATAGATAA-TT-AT-TCAA-AT----------A--GTT---A-T---A-A-CTATTTGAACTAGT
* ** ** * * * *
15728655 TCAATAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAATTTTT-GAAATATTAATAAAGTAA
131 TTAGCAAAC-ACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAG
* * ** * * * * *
15728718 TATTATCTTATTTTGGAA-AAACTTTTATGAA-ATGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGG
194 TATTATTTTA-ATCCGAATAAGCTTGTATGAATA-GAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG
* * * * ** * * *
15728781 GCATAACGATTTTAAATAGATAATTATTGAAATAGTCATAACTATTTGAACTTACTCGATAAATA
257 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAAAAAACA
* * * * *** ** ** * *
15728846 GATTTATTGTTTTAAAT-TCCTTACTTACTAATTTTTTGAACGTTAATAAAAATATTATTGTTTT
322 TATTTAGT-TTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAAT-AATTTAGTATTATTTT
** * ** * * * * * * *
15728910 ATTTTGAATAAG-TATGTATGAACTTAAACAATTA-TTTATAACTAAATAAAAGGTTAGAACGAT
384 A-TTCAAATAAGCT-TGCATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAAT
* * * * * * *
15728973 TTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTT-GA-TTGGTTCGGCAAATACATTTATTT
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*
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* ** * * * * * * *
15729068 TTATTAGTTTA-TCAATATTTTACTCCAAATAAGTTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
1 TTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGAC
* * * *
15729132 AAAAC-AAAGATCAT-ATCGATTTGAAATAGATAATTGTT-ACAATAGTCATAACTATTTGAATT
65 AAAACAAAAGGTCATAAT-GATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAGTTATAACTATTTGAACT
* ** * ** * * * * * *
15729194 GGTTCGGTAATTAGATTTAGTTTTTGAA--TC-T-CTTAGTAATTTTTAAAATATTAATAAAGTA
128 AGTTTAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTA
* * ** ** * ** *
15729255 GTATTATTCTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAATGT
193 GTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGT
* ** * * * ***
15729320 AATAATGATTCGAAATAGATAA-TAGTTCAAATGGAC-TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA
258 CATAACAATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAAAAAACA
* *** * * *
15729383 TATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATCTTATT
322 TATTTAGTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAATTTAGTATTATTTTA-T
* ** * * * ** * **
15729448 TCGAATAAATTTGTATGAATAGAAATTATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGA
386 TCAAATAAGCTTGCATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGA
* * * * * * ** * * *
15729513 AATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCTCAATAACCAGATTTATCTTTTAA
451 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGATTCATTTTTTAA
* * * * *
15729578 ATCAT-TTAGTTATTAATTTTTTGAGTT
516 ATC-TCTTACTCATTAATTTTTAGAATA
* * *
15729605 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCCTT-TATGAATAGAAACAATTAG-TTTATGA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-CTTGTATGAATAGAAATAATT-GTTTTATGA
* * *
15729668 -TAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAAC-A
64 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTA
* * * * * *
15729730 TGTTTAGAAAACATATTTATTTTTTAAATAT-TTACTTATTAATCTTTGGAAT-TTAGTAAATTT
129 -GTTTAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TT
* * * * * *
15729793 A-TATTATTTT-ATTCGAAATAAGCTTGTATTAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACCAAAA
192 AGTATTATTTTAATCCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA
** * * * *
15729856 GTCATAATGATTTGAAATGGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAATAAAC
256 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAAAAAAC
* * * * ** * *
15729921 ATATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAAATTTT-GGATTATTAA-AATTTTACTATTATTTT
321 ATATTTAGTTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTTTCAAAATATTAATAA-TTTAGTATTATTTT
* * ** *** * *
15729984 ATTTCGAATAAGCATATATGAATTGATACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATT
384 A-TTCAAATAAGCTTGCATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATT
* * * * * * * * * *
15730048 TGAAATCGATAATTATGCAAATAGTTATTACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTATTTTT
448 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGATTCATTTTT
* * *
15730113 AAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAAATA
513 TAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAG-AATA
** * * * *
15730143 TTAATAAATTAACATTATTTTA-ATCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGAC
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGAC
** * *
15730207 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTGATAACTATTTGAACTTA
65 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC-TA
* ** * * *** *** * * **
15730272 -TTCAATAAACAGATTTGAAATAAGCTTGTATAAA--TAGAAAAAATT--GTTTTATGACAAAAC
129 GTTTAGCAAACACATTT---AT----TT-TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-GA-ATATT
* ** * * *** * ** *
15730332 AA-AAGCTTA-TAGCAATTTAAAAT-AG-ATAATTGCTCAAATAGCCATAGCTAATTGAATGTGA
184 AATAA-ATTAGTA-TTATTT-TAATCCGAATAA--GCTTGTAT-G-AATAG--AA-AAAAT-TGT
** * * ** *
15730393 TTGGT-A-AATAGATTCAATAATTTTTGAA-ATATTAAT-AAATTAGAATTATGTTATTCCAAAT
238 TTTATGACAA-A-A--CAAAAAGTCAT-AACA-ATT--TGAAA-TAG-A-TA-ATTATT-CAAAT
* ** * * * * *
15730454 AAGCTTGTACAAATAGAAAC-AATT-ATTTTGTGACAAAACAAAAGGTCA-TAACGATTTGAAAT
290 -A----GT-C--AT---AACTATTTGAACTTGT-TCAAAA-AACA--T-ATTTA-GTTTTTAAAT
*** * * *** * * * * **
15730516 AGATGA-TTGTTCAAACAATC-AACTATTTATACTTGTCAGGCCAATAGATACATT-TTCTAAAT
338 CTTTTACTTATT--AATTTTCAAAATATTAATAATT-T-A-G----TA-TTATTTTATTC-AAA-
* * * * * * * *
15730578 TCATTA-CTT--ATTAATTTTAAATTAGCATTACTTTATTTTA-AATAAGACAATATGAAT-AGA
391 T-A--AGCTTGCATGAA---CAAA--AACA--A--TTATTTTATGACAAAACAA-AAG-ATCATA
*** ** * * *
15730638 AGCAA-TTGTTTTATGATAA---AACAAATGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
442 A-CAATTTGAAATA-GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TT----T-AA-ACTTGTTC----
* *
15730699 GGTTATAACTAATTGAATTGGTTTTGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTT
494 GG-TA-AAC--A--G-A------TT-----C------ATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTT
*
15730764 TCA-AGATA
535 TTAGA-ATA
* * * ** * * * * *
15730772 TTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCTAAACAAATTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGAC
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGAC
* ** * * *
15730836 AAAACAAAAAGGTAATAACAATTTAAAATAGATAATCATTCAAATA-TTCATAATTATTTGAACT
65 AAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTT-ATAACTATTTGAACT
** * * *
15730900 AGTTCGGCTAACAAAATTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATT
128 AGTTTAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATT
* * * * * ** * * *
15730963 CAAT-TTATTTTATTTCGAATAAG-TTAGTAAGAGCT-GAAAAAATTGTTTTACAATAAAATACA
192 -AGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTT-GTATGA-ATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * * ** * * * ****
15731025 ATGTCA-AAC-TTTTGAAATAGATAATTGTTCATATAACCTTAACTATTTGAAGTGGTTTGGCAA
254 AAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAAAAA
* * * * * * *
15731088 ACA-ATTTTAATTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTATCAAAATATTATTTGA-TTAGAATTATT
319 ACATA-TTTAGTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTA-ATAATTTAGTATTATT
** * * * * * * * *
15731151 TTATTCTGGATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATAACAAAA-AAAGGGTTATAACAA
382 TTATTC-AAATAAGCTTGCATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAA
* * * * * * *** *
15731215 TTTGAAATATACAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTTAATAAA-AAATT-ATTT
446 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGATTCATTT
*
15731278 TTTAAATATCTTA-T-A--AATTTTT-GAAATA
511 TTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAG-AATA
* * * * * * *
15731306 TTAATAAATTAG-ATTTATTTTATTACAAATAAACTTGGATGAGCT-GAAATAATTATTTTATAA
1 TTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAATAATTGTTTTATGA
* * * * * * *
15731369 CAAAACAAAAGGTTATCATGATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGTCT-TAATTGTTTGAATT
64 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACT
* * * * * *
15731433 GGTTT-GACAAACA-AATTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTTAGAATATTAGTAATTT
128 AGTTTAG-CAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT
*** ** ** * * * * * *
15731496 AGTATTATTTCGCTTTGAATAAATTTATATGAACA-AAAATAATTATTTTATGATAGAACAAAAG
192 AGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAA
* * * * ****
15731560 GTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAAG-CATAATTATTTGAACTTATTTGGTAAA
256 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAAAAAA
* * * * * *
15731624 CAAATTTATTTTTTGAATC---T-CATACTAATTCTT-AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
320 CATATTTAGTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTCAAAATATTAATAATTTAGTATTATTTT
* ** * ** * *
15731684 GTTTCAAATAA-AATGATATGTTCAAAAATAATTGTTTTATGACAAAA-AGAAAGAT-ACTAACA
384 -ATTCAAATAAGCTTG-CATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACA-AAAGATCA-TAAC-
* * ** * * ** * ** ***
15731746 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAAA-A-ACA-ATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTAA
444 A----ATTTGAAAT-AGATAAT-TGTTCAAATAGTCATA-ACTATT-T-A-AACTTGTTCGGTAA
* * *** * ** * **
15731808 TA-ATGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATCGCAACAATTATTT-GAACTGA
499 -ACA-GA-TT-CATTTTTTAAAT-CTCTTA-CTCATTAATT-TTTAGAA-T-A
* * * ** * * ** * * *
15731859 TTCAGTAATTTGATTTATT-TTTTAAATCCCTTATTAATTTTTAAAATATTAATA-AAGTAGTAT
1 TT-AATAAATT-A-GTATTATTTT--ATTTC-GAATAA-GCTT---GTATGAATAGAAATA--AT
* * ** * * **** *
15731922 TATTTTATTTTGGATAAACTTTTGTGAACTGAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATA
54 TGTTTTA---T-GA-CAA--------AAC--AAA-AGGTC-ATAATGATTTGA-AATAG---AT-
* * * * *
15731987 ACGATCTTAAATAT-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATT
97 A--A--TT--AT-TCA-AA----T--AGT--T-ATAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAACACATT
* * ** *
15732051 TATCTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCA-AA-AGTTAATAAATTGGTATTATTTTCTTT
145 TAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTAATC
* * * * * * * * *
15732114 TGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTCAA
207 CGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAA
* * * * ** * *
15732179 ATAGAT-A--ATTCTAATAATCTTAACTAATTGAAC-TGATTC-ACTAACACATTTATTTTTTAA
272 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAAAAAACATATTTAGTTTTTAA
* * * * * *
15732239 ATATCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTCAAATCAGCTTGA
336 ATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAATTTAGTATTA-TTTTATTCAAATAAGCTTGC
** * * * * ** * * *
15732304 ATGATTAGAAATAATTGTTTTATGACCAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTT
400 ATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * * *
15732368 GAAATAGTCGTAACTA-TTAGAA-TTGCTTTGGAAAACA-ACTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTT
465 CAAATAGTCATAACTATTTA-AACTTG-TTCGGTAAACAGA-TTCATTTTTTAAATCTCTTACTC
*
15732430 AATAATTTTT-GAA-A
527 ATTAATTTTTAGAATA
* * * * * *
15732444 TTATAATAAAGTAGAATTATTTTATTTC-AGATAAGTTTTTATTAACT-GAAACAATTGTTTTAT
1 -T-TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAATAATTGTTTTAT
* * ** * * *
15732507 GACAAAGCAAAAGGTCAAAACAATTTTAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATATCTATTTGAA
62 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
* * * * * * * * *
15732571 ATTGTTTTGTAGACAGATTTATTTTTTCTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAA
126 CTAGTTTAGCAAACACATTTA-TTTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAA
* * * * * * * *
15732636 ATTCGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTATTTTATGACTAAACAAA
189 ATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* *** ** * * * * ***
15732701 AGGTTGGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAATTATTTGAA-TTGGTTTGGCA
254 AAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-G-TTCAAA
* * * ** * * * *
15732765 AAA-ATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTTTTGAAATATTACTAAATTAGTGTCATT
317 AAACATATTTAGTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAATTTAGTATTATT
* * * * ** * * *
15732829 TTAATTCGAATAAGCTTGTATGAA-AAGAAACAATTGTTGTAACACAAAA-TAAAGATCATTACG
382 TT-ATTCAAATAAGCTTGCATGAACAA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACA
** * * * * ** * *
15732892 ATTTGGGATGGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACAGATTTAGT
445 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGATTCATT
*
15732957 TTTTAAATCTC-T--T-ATTAATTTTTAAAATA
510 TTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATA
* * * *
15732986 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAA-TTCTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGAC
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCT-TGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGAC
** * * ** ** * *
15733049 AAAACAAAAAATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGTCTACTTGAACTTG
65 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAG
* * * * * * ** *
15733114 TTTGGTAAGCATATTTATTTTTTAAATCTCCTAC-CATTAATTTAAAGAATATTAATAAAGTAGT
130 TTTAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGT
* * * * ** * *
15733178 ATTATTTTATTCCAAATAAACTTTTACAAATAGAAAGAATTGTTTTATGATAAAACAAAATA-TC
195 ATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-AGTC
** * * * * * ** * * *
15733242 ATAAGTATTTGAAATAAAAAATTGTTGAAACTA-TCATAACTATTTGAGCTTACTCGATAAACAA
259 ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAAAAAACAT
* **
15733306 ATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAAATTTT-GGAATATTAATAAATTTA--ATTATTTTAT
323 ATTTAGTTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTTTCAAAATATTAAT-AATTTAGTATTATTTTA-
** * * * * *
15733367 TTGGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTG
385 TTCAAATAAGCTTGCATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTG
* * * *
15733432 AAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATGTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTCATTTTTTA
450 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGATTCATTTTTT-
15733497 AAATCT-TGTACTCATTAATTTTTAGAATA
514 AAATCTCT-TACTCATTAATTTTTAGAATA
* * * * * * *
15733526 TTAATAAATTAGTGA-TATCTTATTTTGAATAAGCCTATATAAACT-GATACAATTGTTTTATGA
1 TTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAATAATTGTTTTATGA
* * * * *
15733589 CAAAACAATAGGTCATAAAGATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTT
64 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTA
* * * * * * * *
15733654 GTTCAGTAAACATATTTA-TTTTAAAATATTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAA
129 GTTTAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAG
* * * *
15733718 TATTATATTAATCTGAATAGGCTTGTATG-A-AGAAAATTAATT-TTGTCATGACAAAA-AATAA
194 TATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA--AATTGTT-TTATGACAAAACAA-AA
* ** * * * *
15733779 AGTCTTAAGGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTCGATAA
255 AGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAAAAA
* * * * * * ** *
15733843 ATAGATTTATTTTTTTAATCCTTTACTTATTAGTTGTT-TGAATATTAATGAATTT-GTATGATT
319 ACATATTTAGTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTCAAAATATTAAT-AATTTAGTATTATT
* * * * * ***
15733906 TTATTTGAAATAAGCTTGCATGAATAGAAA-AATT-TTTTATGACAAAA-AAAAGGTTATAGTGA
382 TTA-TTCAAATAAGCTTGCATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAA
* * * * ** * *
15733968 TTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAATTATTTGTACTTATTCGGTAAACAAATTCATTT
446 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGATTCATTT
*
15734033 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
511 TTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATA
* ** * * * * * * *
15734065 TTAATAAAATAAAATTATGTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAATAAAAACAATTATTTTGTGACA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACA
* * ** * * * * *
15734130 AAATAAAAGCTCATAACAATTTAAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGTACTTGT
66 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGT
** * * * * * * * *
15734195 CAAGCCAATAGATTCACTTTTTAAATATGTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTA
131 TTAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTA
* * ** * * * * **
15734260 TTACTTTATTTTGAATAAGAC-TGCATGAATAGAAACAATTGTTTCATGACAAAATAAATGGTCA
196 TTATTTTAATCCGAATAAG-CTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCA
* * * * * ** *
15734324 TAA-AGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTAATTGAACTGGTTTAGTAAACAGA
260 TAACA-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAAAAAACATA
* * ** *
15734388 TTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAACTAATATTATTTTATTC
324 TTTAGTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAATTTAGTATTATTTTATT-
* * ** * * * * **
15734452 CAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGA
387 CAAATAAGCTTGCATGAACAAAAACA-ATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGA
* * * * ** * * *
15734517 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTCAACTAGTTAAGCAAACATAATT-GTTTTTTA
451 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACA-GATTCATTTTTTA
* *
15734581 AATCTCTTACTAATTAAGTTTT-GAAATA
515 AATCTCTTACTCATTAATTTTTAG-AATA
* * * * * *
15734609 TTAATAAATTTGCT-TTATTTTATTTTGAATAAG-TTATTAAGAACT-GAAAAAATTATTTTATG
1 TTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTCGAATAAGCTT-GTATGAA-TAGAAATAATTGTTTTATG
* ** * * * * *
15734671 ACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAGCCT-TAACTATTTGAAC
63 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TTATAACTATTTGAAC
* * * * * * *
15734735 TAGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTATATC
127 TAGTTTAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT
* * * * * * * *
15734800 AGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACA-AAAATAATTGTTTTATGAGATAATAAAAG
192 AGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAA
* ** * * * **
15734864 GTTATATTAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AGTTGGTTCAGTAAA
256 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAAAAAA
* * * * ** * * *
15734928 CAGATTAACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTAATATTTTA
320 CATATTTAGTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAATTTAGTATTATTTTA
* * * ** * * * * * *
15734993 TTCTGAATAGGCTTGTATGATGAAAAGCATTTGTTTTACGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTT
385 TTC-AAATAAGCTTGCATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTT
* * * * * ** ** * * * *
15735058 GAAATAGATAATTATTCTAA-CGGCTATAATTATTCGAACTAATTTGATAAACTGATTTATTTTT
449 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGATTCATTTTT
** * * *
15735122 TAAATCTCAAACTTATCAATATTT-GAAATA
513 TAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAG-AATA
* * * * * * * * *
15735152 TTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAACTTTTATGTACT-GAAATAGTTGTTTTATGAT
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-AATAGAAATAATTGTTTTATGAC
* * * *
15735216 AAAATAAAAGGTCATAACT-ATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGGTATAACTATTTGAACTT
65 AAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC-T
* * * * * * * * *
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* * ** * * * * *
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* * * * ** * * **
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* ** * * * *
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319 ACATATTTAGTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAATTTAGTATTATTTT
* ** ** * * * * *
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* * * * * ** * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * **
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* * * ** * * *
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* *** * *
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* * * ***
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* * * * * * * * *
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519 TCTT
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* * * * * ** * * *
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* * ** ** * * *
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* ** * * * * * * * * *
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* * * *** * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * *
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***
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* *
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* ** * * *
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* * ** *
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* * * *
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* * * *
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*
15726789 TTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA
322 TTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTGTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA
* * * * * * * *
15726853 AAATTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAAAAAAATA-TCATAACAATTTGAAATAAA
387 AGATTGTATGAACATAAACAATTATTTTATGA-CAAAAAAAATAGTCATAGCAATTTAAAATAAA
* * * * *
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451 TAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT
* ** *
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516 TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTCTATGAAT
* * * *
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580 A-AAAAAATCGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
** * *
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15727176 GGAATA
708 GGAATA
* **
15727182 TTAATTAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACAGAACCAATTGTTTTATGAC
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* * *
15727246 AAAACAAATGATCATAATGTCTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAAC-AT
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* * * * *
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* *** * * *
15727374 ATATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTAT-ATGAATGGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAG
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* * * **
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*** *
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* * * ** *
15727563 TTAATCCCAATAAGCTTGTATGAACATAATTAATTATTTTATGACAAAACAAATAGTCATAGCAA
375 TTATTCCAAATAAGATTGTATGAACATAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAATAGTCATAGCAA
* * * *
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440 TTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA-AAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATT
* * *** *
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* * * * * * *
15727756 AGCTTGTATGAACAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACCAATGGTTATAACAATTTCAAATAGAT
567 AGCTTCTATGAA-TAAAAAAATCGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAT
* * * *
15727821 AATTGTTCAAATAGTCA-AATTATTTAAACT-TGTTCAGTAAACATATTCATTTTTTAAATCTCT
631 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAGTGTGTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAAT-T-T
15727884 TAATTATTAATTTTTGGAATA
693 TAATTATTAATTTTTGGAATA
* * * ** * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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*
15728097 ATTATTTTAATCTGAATAA
188 ATTATTTTAATCTAAATAA
15728116 GCTTGTATAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (713 bp):
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AATCTAAATAACTTATCATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAAGATCACAACAATT
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GTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGAATAAGCTTCTATGAATAAAAAA
ATCGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
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Period size: 538 Copynumber: 3.8 Consensus size: 528
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* * * * * * ** *
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* * * ** *
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* * * * * *
15728362 GATTAGTATTA-TTTATTTCGAATAAGCATGTATGAATATAAACAATTGTTTAATCATAAAACAA
126 AATTACTATTATTTTATTTCGAATAAGTATGTATGAAT-TAAACAATT-TTTTATGACAAAACAA
* * * * * * * *
15728426 AAG-GCTATAATGACTTG-AATACATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCGAT
189 AAGATC-ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGTTCGAT
* *
15728489 AAACA-A---A-----T-AATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-ACTAT
252 AAACACATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTA-TCATTAT
* ** ** * * *
15728543 TTTACTCTGAATTGGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAGTTCATAAC
314 TTTAATCCAAATAAGCTT-TATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * * *
15728607 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGCCATACCTATTTGAACTAATTCAATAAACTAATTTAT
377 AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAT-GTTCAGTAAA-TAATTTAT
15728672 TTTTTAAATCTCCAACTT-CTCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTA-TCTTATTTTGGA
440 TTTTTAAATCT---ACTTACT-AATTTTTGAAATATTAATAAAGT-ATATTATTC-TATTTT-GA
*
15728735 AAAACTTT-TATGAAATGAAACAATTGTTTTA
498 ATAACTTTGTATGAAA-GAAACAATTGTTTTA
* * * * *
15728766 TGATAAAACAAAAGGGCATAACGATTTTAAATAGATAATTATTGAAATAGTCATAACTATTTGAA
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** * * *
15728831 CTTACTCGATAAATAGATTTATTGTTTTAAATTCCTTACTTACTAATTTTTTGAACGTTAATAAA
65 CTTGTTCGATAAACATATTTATT-TTTTAAATTCCTTACTTATTAATTTTTTGAA--TTAATAAA
* * * * * * * *
15728896 AATATTATTGTTTTATTTTGAATAAGTATGTATGAACTTAAACAATTATTTATAACTAAATAAAA
127 ATTACTATTATTTTATTTCGAATAAGTATGTATGAA-TTAAACAATTTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * **
15728961 GGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTG-ATTGGTTCGGCAAA
191 GATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATT-GTTCGATAAA
* * ** *
15729025 TACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAGTTTATCAATATTTTA
255 CACATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTATCATTATTTTA
* * * * *
15729090 CTCCAAATAAGTTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATATCGATTT
318 ATCCAAATAAGCTT-TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
* * * * *
15729154 GAAATAGATAATTGTT-ACAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAATTAGATTTAGTTTT
382 GAAATAGATAATTATTCA-AATAGTCATAACTATTTGAAAT-GTTCAGTAAATA-ATTTATTTTT
* * * *
15729218 TGAATCT-CTTAGTAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTCTATTTTGAATAATTTTGT
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508 ATGAA-AGAAACAATTGTTTTA
** * * * *
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* * **
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* * * * * **
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* * * * * *
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* * * * * *
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* *
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* * * * *
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* * * * * * * *
15729750 TTTTTAAATATTTACTTATTAATCTTTGGAAT-TTAGTAAATTTATATTATTTTA-TTCGAAATA
440 TTTTT-AA-ATCTACTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAA-GTATATTATTCTATTTTG-AATA
* *
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* * *
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* * * * * *
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* * *
15729970 TTTACTATTATTTTATTTCGAATAAGCATATATGAATTGATACAATTTTTTATGACAAAACAAAA
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* * * * *
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* * *
15730099 ACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAACATTATTTT
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** * * * *
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* *
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TTGTTTTA
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* *
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** * * *
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* * *
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** * * **
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** * *
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* * * * * * *
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* *
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* * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* ** *
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* * * * * *
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CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTA
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* * * *
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* * *
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1 ATT
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*
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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** * ** * * *
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* * * * *
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** *
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** * ** *
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* * *
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* ** * * * * * *
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* *
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* * * * *
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* * * ** *
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* * * ** * * * *
15731731 -AGAAA-GATACTAACAATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGAC
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* ** * * * * ** * * *
15731794 AAAATGAA-AGGTAATAATGATTTG-AAATAGATAATTGCTCAAATCGC--A--A-CAATTATTT
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*
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* * * * * ** * * * *
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*** **** * * **
15731927 TATTTTGGATAAAC-TTTTGTGAACTGAAACAATTCTTTTATGACAA-A-ACAAAAGTTCATAA-
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* * * * * * *
15731988 CGATCTTAAATATAT-AATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAA-CAGAT
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* * * *
15732050 -TTATCTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAAAGTTAA
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* * * * * * *** * * * *
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* * * * * * * * * * **
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15732219 CTAACACATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAT
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* * ** * * *
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15732514 CAAAAGGTCAAAACAATTTTAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCAT-ATCTATTTGAAATT-GTT
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* * * * * * *
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* * * *** * * *
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* *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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1 TAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACT-TATATGAACAAAAATAATTGTTTTATAACAAAA
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* * * * * * *
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1 TAAATTAGT-ATTATTTTATTCT-AAATAAACTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATAACAAA
* * * *
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15733475 CAGTAAACAGATTCATTTTTTAAAATCT-TGTACTCATTAATTTTTAGAATATTAA
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1 TAAATTAGT-ATTATTTTATTCTAAATAAACTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATAACAAAA
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1 TAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTATATGAACAAAAATAATTGTT-TTATAACAAAA
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128 T-GGCAAACA-AATTATTTTTTAAATCTC-TTA-TTATTAATT-TTTAGAATATTAA
* * * * ** * * *
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1 TAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAACTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATAACAAAA
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*
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15735507 TAAATTGGTATGATTTTATTCTGAATAATTTTGTGTGAACAGAAACAATTATTTTATGACATAAT
1 TAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATAACAAAAC
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* * * *
15735636 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAGAAGAATAA
130 GCAAACAAA-TTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTAGAATATTAA
* * * * * *
15735688 TAAATTAGCATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAAA-AATTATTTTATGACAAAA
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65 CAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAATTATTTGAA-TTGGTTT
* * * * * * *
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129 GGCAAACA-AATTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTAGAATATTAA
* * * * * * * **
15735868 TAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGGCAAAAC
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15736112 ACAAATGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTGAGATAGTCATAATTATTTGAA
64 ACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAATTATTTGAA
15736170 CTTGTTCAGT
Statistics
Matches: 4089, Mismatches: 1017, Indels: 576
0.72 0.18 0.10
Matches are distributed among these distances:
172 1 0.00
173 75 0.02
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Consensus pattern (179 bp):
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CAAACAAATTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTAGAATATTAA
Done.