Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167915.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_18, whole genome shotgun sequence
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Warning! 90000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 74 of 117
Found at i:15731577 original size:355 final size:352
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* * * * *
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* * *
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* * * *
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* * ** * *
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* * * * *
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* * * * ** *
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1 AAAACAAAAGGTCAAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAATTGGT
* * * * *
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* ** * *
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127 TTATTTTATTCTGAATAAATTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGAA-AAACAAAA-GGTTA
* * * *
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190 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTAGTTTGATAAAAAATT
* *
15731274 ATTTTTTAAATATCTTA-TAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGATTTATTTTATTACAAATAA
255 ATTTTTTAAATCTCTTACTAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGATTTATTTTATTTCAAATAA
* * *
15731338 ACTT-GGATGAGCTGAAATAATTATTTTATAAC
320 ACTTAGGAAGAGCTGAAAAAATTATTTTACAAC
* * * * *
15731370 AAAACAAAAGGT-TATCATGATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGTCTTAATTGTTTGAATTG
1 AAAACAAAAGGTCAAAC-T-ATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAATTG
* * * *
15731434 GTTTGACAAACAAATTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTTAGAATATTAGTAATTTAGT
64 GTTTG-CAAACAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCA-AATATTAATAA-TTAGT
** * *
15731499 ATTATTTCGCTT-TGAATAAATTTATATGAACAAAAATAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTT
126 ATTATTT-TATTCTGAATAAATTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGA-AAAACAAAAGGTT
* *
15731563 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAAG-CATAATTATTTGAACTTA-TTTGGTAAACA
189 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AGTTATAATTATTTGAAC-TAGTTTGATAAA-A
* * * * *
15731626 AATTTATTTTTTGAATCTCATACT-AATTCTTAAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTGTTTC
251 AA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAT-TTATTTTATTTC
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314 AAATAAA
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Consensus pattern (352 bp):
AAAACAAAAGGTCAAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAATTGGT
TTGCAAACAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAATATTAATAATTAGTATTAT
TTTATTCTGAATAAATTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGAAAAACAAAAGGTTATAACAA
TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTAGTTTGATAAAAAATTATTTTT
TAAATCTCTTACTAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGATTTATTTTATTTCAAATAAACTTAG
GAAGAGCTGAAAAAATTATTTTACAAC
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* * * * *
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1 ATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTT-G-TTTGATAAACA
* * * * * *
15730731 GATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTCAAGATATTAATAAATTAATATTATTTT-AT
64 -AATTATTTTTTAAATCTC--A--TATAAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTGTT
* * * * * * *
15730795 TCTAAACAAATTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTA
124 TC-AAATAAATTGATATGAACAAAAATAATTATTTTATAAC-AAA-AAAAA-GTT
* * ** * * * *
15730850 ATAACAATTTAAAATAGATAATCATTCAAATATTCATAATTATTTGAACTAGTTCGGCT-AACAA
1 ATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTT-TGATAAAC-A
* * * *
15730914 AATTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCAAT-TTATTTTATT
64 AATTATTTTTTAAATCTC--A--TATAAATTTTTAAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTGTT
* * * * * * * * * *
15730977 TCGAATAAGTT-AGTAAGAGCTGAAAA-AATTGTTTTACAATAAAATACAATGTC
124 TCAAATAAATTGA-TATGAAC-AAAAATAATTATTTTATAACAAAA-A-AAAGTT
* * * ** * * * * **
15731030 A-AAC-TTTTGAAATAGATAATTGTTCATATAACCTTAACTATTTGAAGTGGTTTGGCAAACAAT
1 ATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGATAAACAA-
* * * * * * ** * *
15731093 TTTAATTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTATCAAAATATTATTTGATTAGAATTATTTT-ATTC
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** * * * *
15731157 TGGATAAGCTTG-TATGAACAGAAATAATTGTTTTATAACAAAAAAAGGGTT
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* * * * *
15731208 ATAACAATTTGAAATATACAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTTAATAAA-AAA
1 ATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAA
* * * * *
15731272 TTATTTTTTAAATATCTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-ATTTATTTTATTACAAAT
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* * **
15731336 AAACTTG-GATGAGCTGAAATAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTT
130 AAA-TTGATATGAACAAAAATAATTATTTTATAACAAAA-AAAA-GTT
* ** * * * * *
15731383 ATCATGATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGTCTTAATTGTTTGAA-TTGGTTTGACAAACAA
1 ATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTT-GTTTGATAAACAA
* * * * *
15731447 ATTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTTAGAATATTAGTAATTTAGTATTATTTCGCTTT
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* * * * *
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125 CAAATAAATTGATATGAACAAAAATAATTATTTTAT-A-ACAAAAAAAAGTT
* * *
15731563 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAAG-CATAATTATTTGAACTTATTTGGTAAACAA
1 ATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT-AGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGATAAACAA
* *
15731627 ATTTATTTTTTGAATCTCATACT-AATTCTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTTCAA
65 A-TTATTTTTTAAATCTCATA-TAAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTTCAA
* ** * * *
15731691 ATAAAATGATATGTTCAAAAATAATTGTTTTATGACAAAAAGAAAGAT
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1 A-TAACAATTT
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Statistics
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TTATTTTTTAAATCTCATATAAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTTCAAATA
AATTGATATGAACAAAAATAATTATTTTATAACAAAAAAAAGTT
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1 ATTT
15734006 GTACTTATTC
Statistics
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ATTTAAATAGCATAATT
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* * * * * ***
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* *
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* * * * * * *
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*
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65 ACGAT-TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TCAGTAAACAGATT
* *
15732051 TATCTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCA-AA-AGTTAATAAATTGGTATT
128 TAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATA-TTAATAAATTAGTATT
* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
15732282 ATTTT-TATTCAAATCAGCTTGAATGATTAGAAATAATTGTTTTATGACCAAAC-AAAGATCATA
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* * * * * * * ** *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * ** *
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* * * *
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* * * * * ***
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1 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * ** * * *
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* * * *
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* * * ** * * *
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1 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** * * * *
15732890 CGATTTGGGATGGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACAGATTTA
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* *
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* * * **
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1 ATTTTATTTCGAATAAGCT-TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * ** * ** * *
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* * ** *
15733130 ATTTTTTAAATCTCCTAC-CATTAATTTAAAGAATATTAATAAAGTAGTATT
129 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * ** * * **
15733181 ATTTTATTCCAAATAAACTTTTACAAATAGAAAGAATTGTTTTATGATAAAACAAAATATCATAA
1 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * *
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* * *
15733308 TTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAAATTTTGGAATATTAATAAATT--TAATT
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* * * *
15733360 ATTTTATTTGGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA
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* * * *
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*
15733490 TTTTTTAAAATCT-TGTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTGA-T
130 TTTTTT-AAATCTCT-TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGT-ATT
* * * * * * *
15733542 ATCTTATTTTGAATAAGCCTATATAAACT-GATACAATTGTTTTATGACAAAACAATAGGTCATA
1 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * *
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* * * * *
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129 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * *
15733722 ATATTA-ATCTGAATAGGCTTGTATGAAGA-AAATTAATT-TTGTCATGACAAAA-AATAAAGTC
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* * * * *
15733783 TTAAGGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTC-GATAAATAG
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* * * * *
15733847 ATTTATTTTTTTAATC-CTTTACTTATTAGTTGTTT-GAATATTAATGAATTTGTATG
125 ATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATT-TTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
* *
15733903 ATTTTATTT-GAAATAAGCTTGCATGAATAGAAA-AATT-TTTTATGACAAAA-AAAAGGTTATA
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* **
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* * * * * * * *
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* * ** * ** * *
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15734326 AAGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTAATTGAACTGGTTTAGTAAACAGATTT
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* * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * * * *
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** * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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** * * * *
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* * *
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** * * * * * **
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * **
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* * * ** * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* *
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* * * *
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* * **
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* * *
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* * * * * * * *
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** ** ***
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* * *
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* * * **
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* * * *
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** **
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* * *** * * *
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* * * * * * * * * * ** *
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* *
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* * * ** * *
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* **
15737147 TATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATT-GTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAAT
1 TATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC-AATTCGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAAT
* * * * * *
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* * * *
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** * *
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* ** * * *
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256 AAAAACTTATTTGAAACAAAATAATATGAACTTATTACAATTCCAAAAACTAATGAGTAAAAGAT
*
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* * *
15737509 TATGACTATTTGAACAAGTATCTATTTCAATTCGTTATGACCTTTTGTTTTGGCATAAAACAATT
1 TATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAATTCGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATT
* * *
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* *
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128 ATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTGAACACATTCAAATAGTAATAACTATTTGAA
* *
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193 TAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TATC-AGTTCAG
* * * *
15737766 AAAAACTTATTTGGAATAAAATAATACT-AATTTATT-CAAATTCTC-AAAACTAGT-AGGTAAA
256 AAAAACTTATTTGAAACAAAATAATA-TGAACTTATTAC-AATTC-CAAAAACTAATGA-GTAAA
* ** *
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317 AGATTTAAAAAGTAAATCTGTTTACCGAGACAGTTCAAAGAGT
* * * * * * *
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1 TATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAATTCGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATT
** * * *
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66 GTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATA-TTTCAAAGTTAA
* * * *
15738000 TAAG---AGATTTAAAAACTAAATCCATTTAT-TGAAC-CAATTCAAATAGTTATAACTATTTGA
129 TAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTT-TCTGAACAC-ATTCAAATAGTAATAACTATTTGA
* * * * * * * *
15738060 ACAATTATTTATCTT-AAATTGGTAT-A-ATCTTGATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTG-TCT
192 ATAATTATCTAT-TTCAAATTGTTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTATCAGTTC-
* * * * * * * * * * * *
15738121 ATACAAACTTA-TTCAAAGTAAAATACTTCTAAAC-TAATA-ATATTCTAAAAATTTATAAGTAA
254 AGAAAAACTTATTTGAAA-CAAAATA-ATATGAACTTATTACA-ATTCCAAAAACTAATGAGTAA
* * * * *** * *
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316 AAGATTTAAAAAGTAAATCTGTTTACCGAGA-CAGTTCAAAGAGT
* * * * * * * * *
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1 TATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC-AATTCGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAAT
* * * * *
15738291 TATTTC-AGTTCATAC-AGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTATTTTATTAA-AATTCAAAAAA
65 TGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTC--AAAG
** * * ** * * *
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125 TTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTGAACACA-TTCAAATAGTAATAACTAT
* * * * * * * *
15738413 TTGAACAATTATC-ATTTTAAAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAATAATTGTTTCATT
188 TTGAATAATTATCTA-TTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTATCAGT
* *
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252 TCAGAAAAACTTAT
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GTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATAATTTATTAATATTTCAAAGTTAATA
AGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTGAACACATTCAAATAGTAATAACTATTTGAATAA
TTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTATCAGTTCAGAAAAA
CTTATTTGAAACAAAATAATATGAACTTATTACAATTCCAAAAACTAATGAGTAAAAGATTTAAA
AAGTAAATCTGTTTACCGAGACAGTTCAAAGAGT
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*
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1 AAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAAGTGAG
15738571 AA
1 AA
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AAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAAGTGAG
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1 TTTGTTCATAATAAA
15739059 ATAATATTAA
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15739304 TACCAGTGCA
* * ** *
15739314 AATAGTTATGACTGTCTAAACAATTA-TCTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTTATTTTGTCACA
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* * * * * *
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*
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* * * * * *
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* * * * **
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*
15739626 CAATTAATAAATAAAAGATTTAAAA
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AACAATTGTTTATATTCATACAAGCTTATTGCAATTAAAATAATACAAATTTATTATCATTCCAA
AAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAGCTGAATTCGTTTATCAAACAAGTTCG
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* * * ** * *
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* ** ** * * * *
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* * * * *** *
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** * ** * ** * ** *
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* * ** * * * * * * *
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** ** * *
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* * * *
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1 TTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTG--AAACAAT
** ** * * * * ** * *
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63 T-TTTTATGATAAAACAAAATCTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCT-TAAC
* * * * **
15740296 TATTTGAACTGATTCGGTAAAC-TAATTTATTTTTTAAATATCAAGCTTATTAA-T
126 TATTTAAACTTATTCAGTAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATT
* * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* *
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* * * *
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65 TTTATGATAAAACAAAATCTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATT
* * *
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130 TAAACTTATTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATT
*** * * *** * * *
15740709 TTCAAAATATTATTAAATTAATATTATTTT-TATCCAAATAAGCTTATATTATCAT-AAACAATT
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* * * * * * * * * *
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64 T-TTTATGATAAAACAAAATCTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCT-TAACT
* ** * **
15740835 ATTTAAA-TTGATTCCA-AAAACAGGTTTAATTTTTAAATCTCTTGCTTGCTAA-T
127 ATTTAAACTT-ATT-CAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATT
* * * * *
15740888 TTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTACTTTATTTT-AGATAAG-TT-TTTAAATTGAAACAATT
1 TTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATT
* * ** * * ** * ***
15740950 GTTTTATAATAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTTAAATATTTAATTATTCAAATAGTCATCTTTA
64 -TTTTATGATAAAACAAAATCTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTA
* * ** *
15741015 TTTAAGCTTGTTTGGTAAATATATTTATTTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATT
128 TTTAAACTTATTCAGTAAACATATTTA--TTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATT
* * * * *
15741070 TTTTGAATGTTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTGT
1 TTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATT-T
** * *
15741135 TTTATGACT-AAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTAT
65 TTTATGA-TAAAACAAAATCTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTAT
15741199 TT
129 TT
15741201 GAATTGGTTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAACTTATTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATT
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* ** * ** **** *
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* * *
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* * ** *
15740469 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTTCAAATCTCTT
131 TCATAACCATTTAAACTAATTCAACAAACATATTTATTTTTTCAAA-CTCTT
* *** * * *** *
15740521 GCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGCATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT
1 GCTTACTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAACATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACT
* * *
15740586 GAAACAATTAT-TTTATGATAAAACAAAA-TCTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAAT
66 GAAACAATT-TGTTTATGACAAAACAAAAGT-TCAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * *
15740649 AGTCTTAACCATTTAAACTAATTCAGCAAACATATTTATTTTTT-AAA-TC-T
129 AATCATAACCATTTAAACTAATTCAACAAACATATTTATTTTTTCAAACTCTT
* * * *
15740699 -CTTACTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAATATTATTTT-TATCCAAATAAGCTTATATTATC
1 GCTTACTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAACATTATTTTAT-TCCAAATAAGCTTATATGAAC
* * * * * * *
15740762 AT-AAACAATTTGTTTATGACAAAAC-AAA-TATCATAGCGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAA
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** ** * * * * ** *
15740824 TGGTTGTAGCTATTTAAATTGATTCCAA-AAACAGGTTTAATTTTT-AAATCTCTT
128 TAATCATAACCATTTAAACTAATT-CAACAAACATATTTATTTTTTCAAA-CTCTT
* ** * ** * ** * * * *
15740878 GCTTGCTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTACTTTATTTTAGATAAG-TT-TTTAAATT
1 GCTTACTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAACATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACT
* * * * * * * **
15740941 GAAACAA-TTGTTTTATAATAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTTAAATATTTAATTATTCAAATA
66 GAAACAATTTG-TTTATGACAAAACAAAAGTTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* **** * ** **** * *
15741005 GTCATCTTTATTTAAGCTTGTTTGGTAAATATATTTATTTTTTTTAAATCTCTT
130 ATCATAACCATTTAAACTAATTCAACAAACATATTTA-TTTTTTCAAA-CTCTT
* *** * *** * * * *
15741059 GCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATT
1 GCTTACTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAACATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACT
* * * * * *
15741124 GAAATAA-TTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATA
66 GAAACAATTTG-TTTATGACAAAACAAAAGTTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
15741188 GTCTTAACTA
Statistics
Matches: 523, Mismatches: 123, Indels: 40
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
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177 73 0.14
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ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (181 bp):
GCTTACTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAACATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACT
GAAACAATTTGTTTATGACAAAACAAAAGTTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAA
TCATAACCATTTAAACTAATTCAACAAACATATTTATTTTTTCAAACTCTT
Found at i:15741901 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 15741231--15742662 Score: 1010
Period size: 181 Copynumber: 8.1 Consensus size: 180
15741221 ATTTATTTTT
* * * * * * *
15741231 TATTATTAAATTAGTATTATCTTAATCCAAATAGGCTAATATGAGAAGAAACAATTGTTCTATGA
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTATATGA-AAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * *
15741296 CAAAA-TAAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTAATTGAACTG
65 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * *
15741360 GTTT-GATAAATAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAA-TTTCAAAA
130 GTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAA
* * * * * **
15741406 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA-TTCTATATGAACAAAAATAATTGTTTTACA
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* * *
15741470 ACAAAACAAAAGGTTA-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTT-AACT
64 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * ***
15741533 TGTTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATTTTTGGAA
129 TGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAA
** * * * *
15741585 TATTAATAAATTAATATT-TTTT--T-TGAATAAGCCTATATG-ATAATACAATTGTTTTATTAC
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTATATGAAAAAAACAATTGTTTTATGAC
** * * *
15741645 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGCTATAGATAACTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTG
66 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * *
15741710 TTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAA
131 TTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAA
* * *
15741760 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCACATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGA
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* * * *
15741825 CAAAATGAAAA-GTCATAACGATTTAAAATAAATAATTGCTT-AAATAGTCATAACTACTTGAAC
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* * * **
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* * * * *
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* * *
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* * **
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* * * * * * * * * *
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1 TATTAATAAATTA-ATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTATATGAA-AAAAACAATTGTTTTATG
* * * * * **
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* * ***
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** * * * * * *
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* * * * * * ** *
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* * * *
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* * ** * * * * *
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1 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTATATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * * *
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*
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* * * *
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* * * * *
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* *
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* *
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* * * * * *
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* ** * * * *
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* * * * *
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* *
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* ** * * ** * *
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** * * * * * *
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* * * * * *
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* * ** * * ** * * * * * ** * *
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** ** * * ** *
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** * * * * * * * * *
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** **
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166 ACAAACAAAAGGTC
* * * * * * ** * * * * *
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* * * * * * * * *
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** ** * * ** * *
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111 AAT-TAGT-ATTATTTTA-TTTCAAATAAGCTT-TTATGA-ATAAAACAATTGT-TTT---ATGA
* * ****
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167 -C--AAACAAAAGGTC
* ** * ** * * * * *
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* * *
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** * * * * *
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* ** * * * **
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* * * * *
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* * * * ** * *
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** * * * * **
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* *
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65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * *
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*** * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * ** * * *
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* ** ** * * * *
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1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACT-G
* * * * * *
15747105 ATTCATTTTTAAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATCAATAACA-CAGTATTATTTTATT
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATT
* * *
15747169 TCAAATAACCTTATATGAATTGAAATA-AATT-TTTTATGATAAAACAAAAGGTC
129 TCAAATAAGCTTTTATGAA-T-AAA-ACAATTGTTTTATGA-CAAACAAAAGGTC
* * * *
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* * * * * **
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* * * * * *
15742738 TGATTTA-TCTTTTAAATCTCTAACTTATCT-ATTTTTATAATATTAATAAAGTAATTTTATTTT
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * ** *
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* * * * *
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* * * * * **
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1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGCAACACAT
* * * * *
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* * * * * * *
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129 AAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAA-TGATTTGA-A
* *
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192 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCGATAAAAAGATTTA-TTTTTAAAT
* * **
15743288 CT-CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATGAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAA
255 CTACTTATTAATTTTTGAAATA-TAATAATTTA-TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
* *
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318 TAGA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTC
* * * *
15743385 ATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGACATGACTATTTGAACTTGTTCTGTAA-ACT
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGCAACAC-
* * *
15743448 AATTAATTTTTTAAAT-CTTCAACTTATTAGTTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTAT
64 ATTTATTTTTTTAAATCCTT--ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-
* * * * * *
15743511 TCTGAAGAAGGTTTTTTGAATAGAAACAATTAG-TTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTT
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* * * *
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189 G-AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCGATAAAA-AGATTTA-TTTT
* **
15743639 TAAATTTTTACTTATTAATTTTTAGAACAT-TAATAAGTTTATATTATTTTATTTCAAATAAGCT
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* * **
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310 TGTATGAATAGAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTC
* * * * *
15743744 ATAATGTTTTTAAATAGATAATTATTCAAATATTCATTACTATTTGAACTTGTTCGGCAAACAGA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGC-AACACA
* * * *
15743809 TTTATTCTTTTAATTCTCTTACTCT-TTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
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* * *
15743873 TCAAATAAGTTTATATGAATTGAAACAATTATTTTATTG-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
128 T-AAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTA-TGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * * * * *
15743937 AAGTAGACAATTATTCAAATAGTCATGACTGTTTAAATTTGTTTGGT--AAACATATATTTTTAA
190 AA-TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGTTCGATAAAAAGATTTATTTTTAA
* * * *
15744000 ATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAATTTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTCGT
253 ATC---TACTTATTAATTTTTGAAATA-TAATAATTT-ATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
* * * *
15744065 ATGGACAGAAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAAAGTC
313 ATGAATAG-AACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAATGTC
* * * * *
15744105 ATAA-GAATTTGAAATAAATAA-TAGTTCAAATAGTTATAACGATTTGAACTTGTTTAGTG-AAT
1 ATAATG-ATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCG-GCAAC
* * *
15744167 AGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTT
62 ACATTTATTTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATT-T-TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* ** * * * ** * * * **
15744229 TATTTGAAATAAGCTTGCATGAACAAAAAAAATCATTTTATTACAAACTAAAAGGTTATAGCGAT
124 TATCT-AAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA-AAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * * *
15744294 TCTAAATCGATAATTGTTCAAATGGTCATAATTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAA-ATTTATTT
187 T-TGAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCGATAAA-AAGATTTATTT
* *
15744358 TTAAAATCTTTTAATTATTAATTTTCGAAATA
249 TT-AAATC---TACTTATTAATTTTTGAAATA
15744390 GTCATATTAA
Statistics
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ATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAATAGA
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ATTAATTTTTGAAATATAATAATTTATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAACAA
TTGTTTTATGACAAAACAAAATGTC
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* * * * * * *
15742739 GATTTATCTTTTAAATCTCTAACTTATCT-ATTTTTATAATATTAATAAAGTAATTTTATTTTAT
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* * * * * * * * * *
15742803 TTCAGATAAGCTTTTATGAGCTA-AAACAATTGTTTTATGATAAGATAAAAGGTCATAACGATTT
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* * * * *
15742867 TAAATAGATAATTATTTAAATAGTCAAAACTATTTGAACTTGTTCA-GTAAATAGA--T-TTTTT
128 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTT-AGGT-AATAAATTTATTTTT
* * * * *
15742928 ---TC--TTACTTATTAATTTTTTG-ATTGTTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGC
191 AAATCTTTTACTTATTAA--TTTTGAAATATTAATAATTTAATATTATTTTAATTT-GAATAAGC
* * ** * * * * * *
15742986 ATATATGAGCTGAAGCAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAAT
253 TTGTATG-GAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAA-
* * ** * ** *
15743051 TA-TTCTAGTAGTCT-TAACTATTTGAACCAGTTCGGCAACA
316 TAGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTTGTTTGTAAATA
* * * * * * *
15743091 CATTTATTTTTTTAAAATC-CTTACTTATTAATGTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTA
1 GATTTA-TTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAAT-TTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * ** * *
15743155 CTCT-AAATAAGCATGTATGAATAGAAATAAATGTTTTAGGACAAAA-TAAAGATCATAACT-AT
63 -TTTGAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAA-TGAT
* * * * * * * *
15743217 TTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGCTCGATAAAAAGATTTAGTTT
126 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTAGGTAATAA-ATTTA-TTT
* * * * * **
15743282 TTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATGAGTATTATTTTATTTTGAATAATT
189 TTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAATTTAATATTATTTTAATTTGAATAAGC
* * * *
15743343 TTGTATGAATAGAGA-AATTGTTTTATGACAAAACAACATGTTATAATGATTTGAAATAGATAAT
253 TTGTATGGA-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
** *
15743407 AGTTCAAATAGACATGACTATTTGAACTTGTTCTGTAAACTA
317 AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTT-TGTAAA-TA
* ** *
15743449 -ATTAATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAGTTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATT
1 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * *
15743512 CTG-AAGAAGGTTTTTTGAATAGAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTG
65 -TGAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * *** *
15743576 AAATAGATAATTTTTCAAATAATTATAACTATTTGAACATGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTA
129 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTT-AGGTAATAAATTTA-TTTTTA
* * *
15743641 AAT-TTTTACTTATTAATTTTTAGAACATTAATAAGTTT-ATATTATTTT-ATTTCAAATAAGCT
192 AATCTTTTACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAA-TTTAATATTATTTTAATTT-GAATAAGCT
* * * ** * *
15743703 TGCAT-GAATGAACCAATTGTTTTCTGATGAAACAAAATGTCATAATGTTTTTAAATAGATAATT
254 TGTATGGAA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAA-T
* * * *
15743767 A-TTCAAATA-TTCATTACTATTTGAACTTGTTCGGCAAACA
317 AGTTCAAATAGTT-ATAACTATTTGAACTTGTT-TGTAAATA
* *
15743807 GATTTATTCTTTTAATTCTCTTACTCT-TTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
1 GATTTATT-TTTTAAATCTTTTACT-TATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * *
15743871 TTTCAAATAAGTTTATATGAATTGAAACAATTATTTTATTGCAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
63 TTTGAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * * * * * *
15743936 GAAGTAGACAATTATTCAAATAGTCATGACTGTTTAAATTTGTTTGGTAA-ACATATATTTTTAA
128 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTAGGTAATAAATTTATTTTTAA
* *
15744000 ATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAATTTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTCGT
193 ATCTTTTACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAATTTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGT
* * *
15744065 ATGGACAGAAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAAAGTCATAA-GAATTTGAAATAAATAATAG
257 ATGGA-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAATGTCATAATG-ATTTGAAATAGATAATAG
* *
15744129 TTCAAATAGTTATAACGATTTGAACTTGTTTAGTGAATA
319 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTT-GTAAATA
*
15744168 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTAT
1 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * * * * * **
15744232 TTGAAATAAGCTTGCATGAACAAAAAAAATCATTTTATTAC-AAACTAAAAGGTTATAGCGATTC
64 TTGAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATTACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATT-
* * * * *
15744296 T-AAATCGATAATTGTTCAAATGGTCATAATTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTT
127 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTAGGT-AATAAATTTATTTTT
* * * * * * *
15744360 AAAATCTTTTAATTATTAATTTTCGAAATAGTCATATTAAACTTGTTCGATAAATAGATTCATTT
191 -AAATCTTTTACTTATTAATTTT-GAAATA-T--TAAT-AA--T-TT-AAT-ATTA-TTTTAATT
* * * ** ** * * * * * * *
15744425 TTAA-AATC-TCT-T--AATTATTAATT-TTTGGAATATTA-ATAACATAATATTAT-TTTATTT
244 TGAATAAGCTTGTATGGAAGAAACAATTGTTT----TATGACAAAACAAAATGTCATAATGA-TT
* * ** * * ** * ** *
15744482 TGAAAAACCTTATATGAACAG-AAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAAATCATAAGTATTTG-
304 TG--AAA---TAGAT-AATAGTTCA-AATAG--TTAT-----AAC--TATTTGA-ACTTGTTTGT
15744545 AAATA
352 AAATA
* * * ** * * * * * * * *
15744550 -AATAATTGTTTAAATAGTATAATGATTTGAACTTATTCAATA--AACAAATATATTTTTTAAAT
1 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA-TT-AA-TTTTTGAATATTAATAAAT-TA-GTATT--A-
* * * *** *
15744612 CTTTTACCTATT--AATTATCTTAATATTAATA-AATTTGTATTATTTTATT-CAAAATAGATTG
58 -TTTTA--T-TTGAAATAAGCTT-ATATGAATAGAA--ACAATTATTTTATTACAAAACA-A---
* ** * * * * * * *
15744673 TATGAACAAAAAAAATTATTTTATGACAAACAAAAGGTTATAGTGATTCCAA-A-TCGATAATTA
112 -AAGGTC----ATAATGA--TT-TG----A-AATA-G--ATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTA
* ** ** * *
15744736 TTCAAATGGTCATAATTATTTAAACTTGTTCAGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTA
160 TTTAAA----C-TTGTTAGGTA---------A-TAAAT---TT-A-TTTTTAAATCTTTTACTTA
* ** * * ** *
15744801 TTAAATTTTGAAATATTATTAACATAATATTATTTT-ATTTCGAATAACCTTATATAAAATAAA-
205 TT-AATTTTGAAATATTAATAATTTAATATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGGAAGAAAC
* * *
15744864 ATATT-TTTT-TGACAAAATAAAAAGGT-ATAATAATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTT
268 A-ATTGTTTTATGACAAAA-CAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTT
* * * * *
15744925 ATGACTATTTGATCTAGTTCGATAAACA
330 ATAACTATTTGAACTTGTTTG-TAAATA
* * * ***
15744953 TATTTATTTTTAAAAAT-TTTTATTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAGTATT-TTATTA
1 GATTTATTTTT-TAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATT-TT-
* * * * * * *
15745016 ATCT-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTATTTTGTAACAAAACAAAAAGTCATAACGATT
62 ATTTGAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * * * * * *
15745080 TGAAATAAATAATTGCTT-AAATATTCAAAATTATTTGAACTAGTTTA-ATGAATAGATTTATTT
127 TGAAATAGATAATT-ATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTG-TTAGGT-AATAAATTTA-TT
* * * *
15745143 TTTAAATC---T-CTTATTAATTTTAAAAATATTAATAGA-TTAGTATTATTTTATTTTGAACAA
188 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-GAAATATTAATA-ATTTAATATTATTTTAATTTGAATAA
* * * * *
15745203 -ATTAATATGAGCAA-AAACATTTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
251 GCTT-GTATG-G-AAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * ** * * * * * *
15745266 TAATTGTTCGAGCAGTCATAATTATTTGAACTGGTTAGACAAACA
313 TAATAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTTG-TAAATA
* * * * * * * *
15745311 TAATTA-TTTTTAAATCTCTTCCTGATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTTGTTTTATTTTATT
1 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * **
15745375 TCG-AATAAG-TCAGTAAGAACTA-AAAAAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
65 T-GAAATAAGCTTA-TATGAA-TAGAAACAATTATTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * ** * * * * * **
15745437 TGAAATA-AGGAATTGTTCATGTAGCCTTAACTATTTGAACTAGCTCAGCAAATAAATTTATTTT
127 TGAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTG-TTAGGTAATAAATTTA-TTT
* * * * * *
15745501 TTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTATTACA-TTAGTATTATTTT-ATTCCGAATAA
189 TTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATA-ATTTAATATTATTTTAATT-TGAATAA
** ** * * * * ** *
15745564 GCTTGTATAAATAGAATTAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATA
251 GCTTGTATGGA-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATA
* * *** *
15745629 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGTCCAATAAACA
315 ATAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTT-GT-TTGTAAATA
* ** *
15745672 AATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
1 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-T
* * * * * * * **
15745737 TTG-AATAGGTTTGTATG-AT-GAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCAGAACAATT
64 TTGAAATAAGCTTATATGAATAG-AAA-CAATTATTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * * ** * * **
15745799 TGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTAACCTAATTCGATAAATTGATTTATGTTT
127 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTAGGT-AATAAATTTAT-TTT
* * * * ** * * *
15745864 TAAATCTCTAACTTATCAATTTTTATAATATTAATAAAGTAACATTATTTTATTTTGGATAAGCT
190 TAAATCTTTTACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAATTTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCT
* * * * * * *
15745929 TTTAT-GAACTAAAACAATTATTTTATGATAAAATAAAAAGTCATAATGATTTTAAATAGATAAG
254 TGTATGGAA--GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAA-
* * * * * *
15745993 TA-TTCAAATAGTCAAAACTATTTGAGCATGTTCGATAAACA
316 TAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTTG-TAAATA
* * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * ** * * * * *
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* * * * * *
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* * * **
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314 AATAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTTGTAA-ATA
* * *
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* * ** * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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188 TTTAAATCTTTTACT-TATTAA-TTTTGAAATATTAATAATTTAATATTATTTTAATTT-GAATA
* * * * * * * *
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250 AGCTTGTATGGAA--GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAA-TAG
* * * *
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* * * ** * *
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1 GATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** ** * * * * * *
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* ** * * *
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* * **
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* * * * ** ** * * * * ** ** *
15746994 AACTTGTATGAACAAAAAAAAATCATTTTATGATGAACCAAAAGGTTATAGTGGCTCCAAATTGA
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* * * * *
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313 TAA-TAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTTG-TAAATA
* * * * * *
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1 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * *
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* * * * * * **
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* * * *
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* * ** * * * *
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222 ATAAT-TTAATATTATTTTAATT-TGAATAAGCTTGTATGGA-AGAAACAATTGTTTTATGACAA
* ** * * *
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** * *
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348 TTGTAAATA
* * **
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1 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAT
** * * * * *
15747562 TTGAAATAAGCTTGCATAAATAGAACCAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGTTTTG
64 TTGAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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243 -T-TGAA-T-AAGC--TTG---TATGGA-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATA
* * * * * *
15747819 ATGATTTGAAATACATAATTA-TTTAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCGAAAAATA
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* * * *
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* * * * * * **
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64 TTGAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * ** * *
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* * ** * * **
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* * ** * * * * * *
15748134 CTTGTATGAATAGAAAAAATCATTTTACGACAAAAC-AAATGGTTATAGT-AGCTTCAAATAGCT
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* * * * * *
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* * * * * *
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1 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
15748303 TATGACAAAA
Statistics
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* * *
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* * ** *
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** ** * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * **
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* * * * *
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* * *
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** * * * *
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* * ** * *
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* * ** * * *
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* * * * * *
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* * * * * ** * *
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* ** * * *
15745433 GATTTGAAATA-AGGAATTGTTCATGTAGCCTTAACTATTTG
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* * * *
15745474 AACTAGCTC-AGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTATTA
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** * * ** *
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* * * *
15745603 AAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTCCAATA
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** *
15745668 AACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTT
193 AACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
*** * * * * *
15745733 TATTTTGAATAGGTTTGTATGATGAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCAGAACAAT
258 TATTCCAAATAAGCTTGTATGATGAAAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGAT
* *
15745798 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTT-
322 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTG
* * * * * *
15745835 AACCTAATTCGATAAATTGATTTATGTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTATAATATTAATA
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* * ** * * * *
15745900 AAGTAACATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGATAAAATA
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* * * * * * *
15745964 AAAAGTCATAATGATTTTAAATAGATAAGTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAGCA-TGTTCGA
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* * *
15746028 TAAACATATTT-TTTTCT-AAT-TTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATT
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* * * * * * * *
15746089 ATTTTATTTCGAATAAGCATGTATGAGCTG-ACACAATTATTTTATGTCTAAACAAAGGTT-AGA
254 ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGA--TGAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATA
* * *
15746152 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTG
317 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTG
* * * ** * * * * * *
15746195 AATTGGTTTGGCAAACACA--T-TTTTTTAAA-ATC--ATTATTAATGTTGAGAATATTATTA-A
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* * * * * * * * * *
15746253 TTTAGCAATATTTCACTCTGAATACGCTTGT-TGAATAGAAATAAATGTTTTAGGATAAAAC-AA
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* ** * * * *
15746316 AGATCATAACGA-TTGAAGATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACGTGTTTAA-A
130 AGGTCATAATAATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCAATA
* * * *
15746379 ATATAAATTTATTTTTTTTAAT-TTTTATTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTA
193 A-ACAAATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTA
* * ** * * *
15746442 TTTTATAT--AAATAAGCTTGAACGAAT-AGAGCCAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATA
255 TTTTAT-TCCAAATAAGCTTGTATG-ATGA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATA
* *
15746504 AAGTTTTGAAATAGATAATTGTT-AAGATAGTCATAATTATTTG
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* * * * * * * ** *
15746547 AACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTGTTTTAAATCTTTTACTCTTTTAATTTTTGGAATATTAAT
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* ** ** * * * *
15746612 AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTTAAAAAATTATTTTATTACAAAACA
63 ACATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACA
* * * * **
15746677 AAAGGTCACAATAATTT-AAAGTAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTAGTTGAACTTGTTCGG
128 AAAGGTCATAATAATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCAA
* * * *
15746741 TAAAC--A--TATTTTTTAAAATCTTTTACCTATTAA-TTGTCAAATATTAATAAATTATTATTA
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* * * *
15746801 TTTTAATCCAAATAAGCTCGTATGGATCG-AAACAATTGTTTTATGACATAACCAAAAAG-TCAT
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* * **
15746864 AA-GAATTTGAAATAAATAATTGGTCAAATA-TCATAACAATTTG
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* * * *
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15746966 ATAAATTTGTATTATTTTA-TTCAAAGTAAACTTGTATGAACAAAAAAAAATCATTTTATGATGA
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* * * *** ** * * * * *
15747030 ACCAAAAGGTTATAGTGGCTCCAAATTGATAATTATTCAAATGGTCATAATTATTTAAACTTGTT
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* * * * *
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* ** * * **
15747222 ATAACGATTTGAAATGGATAATAATTCGAATAGCCATGATGACTAAATAAAT-
314 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-A--A-T---TATTTG
* * * * * * * *
15747274 AATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTCTCTTTGAAAACAAATTTAATTTTTAAATCTTT
1 AACTAGTTC-GATA--AAT-A-GATTT--A-T-T-TTTTAAATC---TCTAATTATT-AA---TT
* * * *** * *
15747338 TACTTAATAATTTTTGGAATTTTAATATATTAGTATAATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAAC
49 T--TTAA-AA----T---A--TTATTACATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAAT
* * * * *
15747403 AAAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATA
102 AGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * **
15747468 GTCATAATTATTTGAACGTGCTCAGA-AAACATATTTA-TTTTAAAAAATTTTACTTATTAATTT
167 GTCATAACTATTTGAA-TTGTTCA-ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* ** * * *
15747531 TTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATAAAT-AGAACCAATTA
230 TTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTAT-GATGA-AAACAATTA
* * * * * * * *
15747594 TTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGTTTTGAAATAAATAATTGTTCAGATATTCATAACTAT
292 TTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTAT
*
15747659 TAG
357 TTG
* * * * * * * ** *
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1 AAC-TAGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC-TAATTATTAATTTTTAAAATATTATTA
* * **
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64 CATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAA-T------A--G----------AAACAA
* * * * * * * *
15747791 TTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTTACAATGATTTGAAATACATAATTATTTAAATAGTCATGAC
110 TTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * *
15747856 TATTTGAACTTGTTCGAA-AAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATA
175 TATTTGAA-TTGTTC-AATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * *** ** *
15747920 TTAATAAATTAATATTATGTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACA
238 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATG-ATGAAAACAATTATTTTATGACA
* * * * * * ** *
15747985 AAACAAAAAG-TCATAACAATTT-AAGGTAAATAATTATTCAAGTCA-TGATAAAGATTTA
302 AAAC-AAAAGTTCATAACGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAAT-AGTCATAATTATTTG
* * * * * * ** * * *
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1 AACTAGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC-TCTAATTATTAATT-TTTAAAATATTATTA
* *** * * ** * *
15748107 AATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATCATTTTACGACAAAACAA
64 CATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAA
* * * ** * * * * * * *
15748172 ATGGTTATAGTAGCTTCAAATAGCTAATTGTTGAAATAGTTATAATTATTTAAACTTGTTCGATA
129 AAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCAATA
* * * * * * * *
15748237 AACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAATAACTTCGTATTTTTT
193 AACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
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258 T
15748303 TATGACAAAA
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TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAA
GGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTCAATAAAC
AAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
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AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTG
Found at i:15746719 original size:183 final size:181
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* * * * * * *
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* * * * * * **
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** * * *
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* ** * *
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* * * * * *
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* * * ** * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* *
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* * * * * * * ***
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* * ** * * *
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* ** * * * * *
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* *** * * * *** *
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** * * ** * *
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* * * ** *
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* * ** * * * * *
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* * * * * ** *
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* * * ** * *
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* * * * * * * ** * *
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* * * * ** * *
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* * * *
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* ** ** *
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* ** * * * * *
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* * * * * * *
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** * *** * * * * **
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* ** *** * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
15746017 AGCATGTTCGATAAACATATTT-TTTTCT-AAT-TTCTTACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATA
1 AACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATA
* * * * * * *
15746079 AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCATGTATGAGCT-GACACAATTATTTTATG-TCTAAAC
65 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGA-ATAGAAAAAATTATTTTATGAT-AAAAC
* * ** * * *
15746142 -AAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTG
128 AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * *
15746195 AA-TTGGTTTGGCAAACACA-TT-TTTTTAAAATC----A-TTATTAA-TGTTGAGAATATTATT
1 AACTT-GTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-GAATATTAAT
* * * * * * * * * *
15746251 AATTTAGCAATATTTCA-CTCTGAATACGCTTGT-TGAATAGAAATAAA-TGTTTTAGGATAAAA
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* ** * * *
15746313 C-AAAGATCATAACGA-TTGAAGATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTA
127 CAAAAGGTCATAATAATTTGAA-ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* *** * * *
15746367 AACGTGTT-TAAAATATAAATTTATTTTTTTTAAT-TTTTATTTATTAATTTTTGGAATATTAAT
1 AACTTGTTCGGTAA-ACAAATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAAT
* * *** *
15746430 AAATTTA-TATTATTTTATAT-AAATAAGCTTGA-ACGAATAGAGCCAATTGTTTTATGATAAAA
64 AAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-ATATGAATAGAAAAAATTATTTTATGATAAAA
* * *
15746492 CAAAAGGTCATAA-AGTTTTGAAATAGATAATTGTT-AAGATAGTCATAATTATTTG
127 CAAAAGGTCATAATA-ATTTGAAATAGATAATTATTCAA-ATAGTCATAACTATTTG
*
15746547 AACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTGTTTTAAATCTTTTACTCTTTTAATTTTTGGAATATTAAT
1 AACTTGTTCGGTAAACAAATTTATT-TTTTAAATCTTTTACT-TATTAATTTTTGGAATATTAAT
** * *
15746612 AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTTAAAAAATTATTTTATTACAAAACA
64 AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAAAAATTATTTTATGATAAAACA
* * *
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* * **
15746730 AACTTGTTCGGTAAAC--A--TATTTTTTAAAATCTTTTACCTATTAA-TTGTCAAATATTAATA
1 AACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATA
* * * ** * * * * * *
15746790 AATTATTATTATTTTAATCCAAATAAGCTCGTATGGATCGAAACAATTGTTTTATGACATAACCA
65 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAAAAATTATTTTATGATA-AAACA
* * * ** *
15746855 AAAAGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTGGTCAAATA-TCATAACAATTTG
129 AAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * *
15746907 AAC-T-TTCAGTAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTATACTTATTAATTATCTT--AATATTAA
1 AACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTT-TACTTATTAATT-T-TTGGAATATTAA
* * * * * * *
15746967 TAAATTTGTATTATTTTA-TTCAAAGTAAACTTGTATGAACAAAAAAAAATCATTTTATGATGAA
63 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA-TAAGCTTATATGAA-TAGAAAAAATTATTTTATGATAAA
* * * *** ** * * * *
15747031 CCAAAAGGTTATAGTGGCTCCAAATTGATAATTATTCAAATGGTCATAATTATTTA
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* * * * * * * *
15747087 AACTTGTTCGATAAATAGATTCATTTTTAAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATCAATAA
1 AACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAA
* * *
15747152 CA-CAGTATTATTTTATTTCAAATAACCTTATATGAATTGAAATAAATT-TTTTATGATAAAACA
66 -ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAA-AAATTATTTTATGATAAAACA
** * * *
15747215 AAAGGTCATAACGATTTGAAATGGATAATAATTCGAATAG
129 AAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
15747255 CCATGATGAC
Statistics
Matches: 2083, Mismatches: 476, Indels: 233
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Matches are distributed among these distances:
171 8 0.00
172 70 0.03
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174 1 0.00
175 17 0.01
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Consensus pattern (181 bp):
AACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAA
ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAAAAATTATTTTATGATAAAACAAA
AGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
Found at i:15747429 original size:214 final size:213
Alignment explanation
Indices: 15747058--15747457 Score: 502
Period size: 214 Copynumber: 1.9 Consensus size: 213
15747048 CTCCAAATTG
* * * * * *
15747058 ATAATTATTCAAATGGTCATAATTATTTAAACTTGTTCGATAAATAGATTCATTTTTAAAATCTC
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* * *
15747123 TTAATTATTAATTTTTGGAATATCAATAACACAGTATTATTTTATTTCAAATAACCTTATATGAA
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* * * * *
15747188 TTGAAATAAATTTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATGGATAATAATTCGAAT
131 -TCAAAAAAATTATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATAATTCGAAT
15747253 AGCCATGATGACTAAATAA
195 AGCCATGATGACTAAATAA
*
15747272 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTCTCTTTGA-AAACAAATTTAATTTTT-AAATC
1 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-TCTTCGATAAACAAA-TTAATTTTTAAAATC
* * * * ** * *
15747335 TTTTACTTAATAATTTTTGGAATTTTAATATA-TTAGTATAATTTTATTCCAAATAAGCTTTTAT
64 TCTTAATTAATAATTTTTGGAATATCAATA-ACACAGTATAATTTTATTCCAAATAACCTTATAT
*
15747399 GAA-CAAAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
128 GAATCAAAAA-AATT-ATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
15747458 TCTTCAAATA
Statistics
Matches: 157, Mismatches: 24, Indels: 10
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
212 4 0.03
213 4 0.03
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (213 bp):
ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTCTTCGATAAACAAATTAATTTTTAAAATCTC
TTAATTAATAATTTTTGGAATATCAATAACACAGTATAATTTTATTCCAAATAACCTTATATGAA
TCAAAAAAATTATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATAATTCGAATA
GCCATGATGACTAAATAA
Found at i:15747537 original size:180 final size:177
Alignment explanation
Indices: 15747266--15748302 Score: 525
Period size: 181 Copynumber: 5.6 Consensus size: 177
15747256 CATGATGACT
* *
15747266 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTCTCTTTGAAAACAAATTTAATTTTTA
1 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCTC--AGAAAACAAATTT-A-TTTTA
** * * * * * *
15747331 AATCTTTTACTTAATAATTTTTGGAATTTTAATATATTAGTATAATTTTATTCCAAATAAGCTTT
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*
15747396 TATGAACAAAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
127 TATGAACAAAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTG
* * * *
15747447 AAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACGTGCTCAGAAAACATATTTATTTTAAA
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* *
15747512 AAATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTG
63 AAATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA
* * * * * *
15747576 CATAAATAGAACCAATT-ATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGTTTTG
127 TATGAACAAAAACAATTGA-TTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTG
* * * * * ** * * * * ***
15747627 AAATAAATAATTGTTCAGATATTCATAACTATTAGAACATATTTGGTAAATAGATTAATTTTTTG
1 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-T-CTCAGAAAACAAATTTATTTTAAA
* * *
15747692 AGTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAAGCTTA
64 AAT-T-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA
* * * * ** * * *
15747757 TATGAACTAAAACAATTGTTTTATTATAAAACAATTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTTACAATG
127 TATGAACAAAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAG--GTA--AT------AATGATT----TG
* * *
15747822 ATTTGAA-ATACATAATTATTTAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTC-GAAAA-ATATATTT
1 A----AATA-A-ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-T-CTCAGAAAACA-A-ATTT
** * * * * **
15747884 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATGTTATTTTGAA
56 A--TTTTAAAAATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
* * * * **
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* * * ** * * * * * *
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1 AA-ATAAATAATTATTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAAC-T-CTCAGAAAACAAATT--TATTT
** * * *
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* * * * * * * * *
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** * * * * * * * * **
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1 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-T-CTCAGA-AAACAAATTTATTTTAA
* * * *
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TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATG
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* * *
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* ** * * * * * *
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** * *
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* * * * * * *
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* *
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* * * *
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* * * * ** * * **
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* * *
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** * * * * *
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AAATTTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGC
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TAAAACAATTGTTTTATTA
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* * * * *
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* ** * * * *
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*
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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** *
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196 CAAAA
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CAAAA
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* * *
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* *
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* * * * * *
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* *** * **
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* * * *
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*
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* * * * *
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* * * * * **
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* * *
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* * *
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* * * * * * * * *
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*
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AAATATTAATAAATTAATATTATGTTATTTGAAATAAGCTTGCATAAACAAAAACAATTATTTTA
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TAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATTAT
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* * * * *
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* ** * ** *
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* *
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* * * * *
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*
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* *
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* ** * *
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* * * * * *
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1 ATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * *
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* * ** *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * **
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* * * * * * * * *
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** * * * * * *
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* * * * ** **
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* * * * * * * * * *
15749532 AATTATTTTATAATACAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAGTAG---GA
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* * * * * *
15749594 A-CTA---G---T--CTCG-TAAACAGATTTATTTTCTAAATCTCCTTCATATTAATTTTTG-AA
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* * ** *
15749648 TATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTAATAATAGGCTTCTATG-ATGAAAAAC
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* * * ** ** * *
15749700 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTTGTAATGATATGAAATAGATAATTATTCAAAT-GGCAAT
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* ** ** * * * *
15749764 AAT-TATTTGAACTTA-TTCAAGT-AATTGATTTATTTTTTAAACCTCTAACTTATCAATTTTTG
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* * * * * * * * * *
15749826 AACTATTAATAAAGTAATATTAATTTATTTTAGATAAAGTTTTATGAACT-AAAAC
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* * * * *** * *
15749881 AATTATTTTATGAAAAAATAAAATGTCATATTTATTTTAAATAG-TAATTATTCAAAAAGTCATA
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* * * * * ** *
15749945 AT-TATTTGAACTTA-TTCGATAAATAGATTT-TTTTAAAAAATTTCTTGTGTATTAATTTTTG-
66 ATCTATTTGAA-ATAGTTTGATAAACAGATTTATTTT-TAAAA-TCCTACT-TATTAATTATTGA
*
15750006 AATATTAATAAATTAATATTATTTTA
127 AATATTAATAAATTAGTA-TATTTTA
15750032 TGACTAAACA
Statistics
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TTAATAAATTAGTATATTTTAATTCAAACAAACTTATATGAATAAAAAC
Found at i:15748714 original size:18 final size:20
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Indices: 15748671--15748726 Score: 61
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15748661 AAAACAAAAG
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*
15748706 GTCATAATT-ATTTGAACTA
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15748725 GT
1 GT
15748727 TAAGTAAACA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 1, Indels: 10
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (20 bp):
GTCATAATTGATTTGAAATA
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Indices: 15749441--15749755 Score: 388
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15749431 TTCAACAAAT
* *
15749441 AGATTTTTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAAGATTATTAAATTAGTATTATTTTATT
1 AGATTTTTTTCTAAATCTCTTAG-TATTAATTTTTGGAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * *
15749506 CTGAATATGCTTATATGAATTGAAACAATTATTTTATAATACAATAAAAGGTTATAACGATTTGA
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*
15749571 AATAGATAATTGTTCAAGTAGGAACTAGTCTCGTAAAC
130 AATAGATAATTATTCAAGTAGGAACTAGTCTCGTAAAC
*
15749609 AGATTTATTTTCTAAATCTCCTTCA-TATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
1 AGATTT-TTTTCTAAATCT-CTT-AGTATTAATTTTTGGAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * *
15749672 TTAAT-AATAGGCTTCTATG-A-TGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTTGTAATGA
63 TT-ATGAATAGGCTTATATGAATTG--AAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACGA
15749734 TATGAAATAGATAATTATTCAA
125 TATGAAATAGATAATTATTCAA
15749756 ATGGCAATAA
Statistics
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167 1 0.01
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170 3 0.02
171 1 0.01
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Consensus pattern (167 bp):
AGATTTTTTTCTAAATCTCTTAGTATTAATTTTTGGAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTA
TGAATAGGCTTATATGAATTGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACGATATGAA
ATAGATAATTATTCAAGTAGGAACTAGTCTCGTAAAC
Found at i:15749760 original size:528 final size:520
Alignment explanation
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Period size: 528 Copynumber: 2.8 Consensus size: 520
15748573 TTAAACCTCT
*
15748583 TATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATT-TTTT-TTCAA-ACAAA-CTTATATGAATAAA
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* * * * *
15748644 AACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTC
63 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTAATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TTAAATGGCC
* * * * * *
15748709 ATAATTATTTGAACTAGTTAAGTAAACAAAATTAATTTTTAAATCCCTTACATATTAATTTCTAA
127 ATAATTATTTGAATTA-TTAAGTAAACAGATTTAATTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTAA
* * * * * * * *
15748774 AATATTAATAAATTCATTTTTATTTTGTTCTGAGTAAGCTAGTATGAATTGAA-AATTTTTTTTA
191 AATATTAATAAATT-AATATTATTTTATT-TCAATAAGCTTGTATGAACTGAACAA-TTATTTTA
* * * * * *
15748838 TGACAAAACAAAAA--C----GATTTGAAATAGAGAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTGGAAT
253 TGACAAAACAAAAAGTCATATAATTTCAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTATTTGAAC
* * * * *
15748897 TAGTTTAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTGTTATATT
318 T-GTTCAACAAATAGATTT-TTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTT-GAATATTATTAAATT
* * * * * *
15748962 TGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTATATGAACAAAAGTAATTGTTTTATGATAGAACACAAGGT
380 AGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTATATGAACAAAAGCAATTATTTTATAATACAACAAAAGGT
* * * * ** * * *
15749027 TATAATGATTTGAAGTATACAATTATTTAAATAGTCATAATTCTTTAAACTGGTTCGGTATTTGT
445 TATAACGATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGGAATAATTCTGTAAACAGATT--GTATTTGT
*
15749092 TAAATCTCATACT
508 TAAATCTCATACA
* *
15749105 TATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAAAG--TGTATGATAAA
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT---AATAAAAGCTTATATGAT-AA
* ** *
15749168 AAATAATTGTTACATGAC-AAACAAAA-TGTAATAACGATTTTTGAAATAGATAATTGTTAAATG
62 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGT-TAATAATGA--TTTGAAATAGATAATTGTTAAATG
* ** * * *
15749231 GCCGTAATTATTTGAATTGATTTGGTAAACAGATTTACTTTTTACATCACTTCCTTATTAATTTT
124 GCCATAATTATTTGAATT-ATTAAGTAAACAGATTTAATTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTT
* *
15749296 TAAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTTCAATCAAGCTTGTATGAACTGTAACAATTGTTT
188 TAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAT-AAGCTTGTATGAACTG-AACAATTATTT
* *
15749360 TATGACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTCAAATAGATAATTGTTTATATAGTCTTAATTATTTA
251 TATGACAAAACAAAAAGTCAT-ATAATTTCAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTATTTG
*
15749425 AACTGCTTCAACAAATAGATTTTTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAAGATTATTAAA
315 AACTG-TTCAACAAATAGATTTTTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTT-GAATATTATTAAA
* ** *
15749490 TTAGTATTATTTTATTCTGAATATGCTTATATGAATTGAAA-CAATTATTTTATAATACAATAAA
378 TTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTATATGAA-CAAAAGCAATTATTTTATAATACAACAAA
* * * *
15749554 AGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAGTAGGAACT-AGTCTCGTAAACAGATT-TAT
441 AGGTTATAACGATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGGAA-TAATTCT-GTAAACAGATTGTAT
* *
15749617 TT-TCTAAATCTCCTTCA
504 TTGT-TAAATCTCATACA
* *
15749634 TATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTAATAATAGGCTTCTATGATGAAAA
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTAATAA-AAGCTTATATGAT-AAAA
** * * *
15749698 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTTGTAATGATATGAAATAGATAATTATTCAAATGGCAA
64 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-AAATGGCCA
** * * * * * *
15749763 TAATTATTTGAACTTATTCAAGT-AATTGATTTATTTTTTAAACCTCTAACTTATCAATTTTTGA
128 TAATTATTTGAA-TTATT-AAGTAAACAGATTTAATTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTAA
* * * * * *
15749827 ACTATTAATAAAGTAATATTAATTTATTTTAGATAAAG-TTTTATGAACTAAAACAATTATTTTA
191 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCA-AT-AAGCTTGTATGAACT-GAACAATTATTTTA
* * * * * * * * *
15749891 TGAAAAAATAAAATGTCATATTTATTTTAAATAG-TAATTATTCAAAAAGTCATAATTATTTGAA
253 TGACAAAACAAAAAGTCATA-TAATTTCAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTATTTGAA
* * * ** * *
15749955 CTTATTCGATAAATAGATTTTTTTAAAAAATTTCTT-GTGTATTAATTTTTGAATATTAATAAAT
317 C-TGTTCAACAAATAGATTTTTTT-TTAAATCTCTTAGT-TATTAATTTTTGAATATTATTAAAT
*
15750019 TAATATTATTTTAT
379 TAGTATTATTTTAT
15750033 GACTAAACAA
Statistics
Matches: 757, Mismatches: 129, Indels: 78
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
522 34 0.04
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (520 bp):
TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTAATAAAAGCTTATATGATAAAAAC
AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTAAATGGCCATAA
TTATTTGAATTATTAAGTAAACAGATTTAATTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTAAAATAT
TAATAAATTAATATTATTTTATTTCAATAAGCTTGTATGAACTGAACAATTATTTTATGACAAAA
CAAAAAGTCATATAATTTCAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTATTTGAACTGTTCAAC
AAATAGATTTTTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT
ATTTGAATAAGCTTATATGAACAAAAGCAATTATTTTATAATACAACAAAAGGTTATAACGATTT
GAAATAGACAATTATTCAAATAGGAATAATTCTGTAAACAGATTGTATTTGTTAAATCTCATACA
Found at i:15750486 original size:181 final size:178
Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 17.7 Consensus size: 178
15750241 ACTAGTTTGA
* * * * * *
15750251 TAAACAAATTTAGTTTTTAAATCT--CTTATTAGTTTTCAAAATATTAAAAAATTAGTATTATTT
1 TAAACAAATTTATTTTTTAATTCTAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* *
15750314 TA-TTCTTAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTACGACAAAATAAAATG-TCATAATG
66 TATTTC-AAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTACGACAAAACAAAA-GATCATAATG
* * * * *
15750377 ATTTGAAATAGATGATAGTTCAAAT-GAACATGATTATTTGAACTTGTTTAG
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15750428 TAAACAAATTTATTTTTTCAATCTCTAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACAAATTTATTTTTT-AAT-TCTAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * * * * **
15750493 TTTATTTCAAATAAAATTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATAATAACA
64 TTTATTTCAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTACGACAAAACAAAAGATCATAATG
* * * *
15750558 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTGATAACTATTT-ATACTTGCTCGG
129 ATTTGAAATAGATAA-TATTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTTGTTCAG
* * * * *
15750609 TAAATAGATTTATTTTTTAAAATTTTTTAA-TTATTAATTTTTTGAATTTTAATAAATTAGTATT
1 TAAACAAATTTATTTTTT--AA--TTCTAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
* * * *
15750673 ATTTTATTCCAAAT-ATGCTTT-TTTGAATAGAAACAATT-TATTTATGACAAAA-AAAAGGTCA
62 ATTTTATTTCAAATAAT--TTTGTATGAATAGAAACAATTAT-TTTACGACAAAACAAAAGATCA
* * * * *
15750734 CAATGACTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTCTTCA-
124 TAATGATTTGAAATAGATAA-TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG
* * * *
15750789 -AAATATATATTTATTTTTTTAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATT
1 TAAACA-A-ATTTA-TTTTTTAATTCTAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATT
* ** * ** * * *
15750852 ATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAACGGAACCAATTATTTTATC-ACAAAACAAAAGTTCTTA
62 ATTTTATTTCAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTA-CGACAAAACAAAAGATCATA
* * * *
15750916 ATGTTTTGAAATAGATAATTATTC--AT--T--TTACTA-AT--A-TTGTTTAG
126 ATGATTTGAAATAGATAA-TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG
* * * *
15750960 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTGTT-GAAATATTAATAAATTAATATT
1 TAAACAAATTTATTTTTT-AAT-TCTAACTTATTAATTT-TTAG-AATATTAATAAATTAGTATT
* ** * * * * *
15751023 ATTTTAATTT-GAATAAGCTTATAT-ATTCAGAAACAATTTTTTTATGATAAAACAAAA-AGTCA
62 ATTTT-ATTTCAAATAATTTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTACGACAAAACAAAAGA-TCA
** * * * * ** *
15751085 TAACAATTTAAAATA-AAAATTGTTCTAATAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTCAA
124 TAATGATTTGAAATAGATAA-TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG
* * * * * * * *
15751140 TACACAGATTTTATTTTTTAA--AT-A-TT-TTACTTATT---A-ATT-GTAAATTTGCATTA-T
1 TAAACA-AATTTATTTTTTAATTCTAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
** * ** * * ***** * * *
15751194 TTA-TTCAAAATAAGCTTGTATAAATAG-AA-AAGGA-TATA--TCAATTTTGAATA-GATAATT
65 TTATTTC-AAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTACGACAAAACAAAAGATCATAATG
* * * * * * *
15751252 A-TTGAAATAG-T--TA-T-AATTATTTA-AACTTGTTTGGTAAACATATTCAT
129 ATTTGAAATAGATAATATTCAAATAGTCATAAC-TATTT-G--AACTTGTTCAG
**** * * ** *
15751299 TTTTTAAATCTCTTAATT-A-T-TAA-TT-TT-A----GA-AATATTAATAACA-TAGTATTACT
1 TAAACAAATTTATTTTTTAATTCTAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAA-ATTAGTATTA-T
* * * * *
15751352 TTTATTTCAAATAATTTTATATGAATTGAAATAATTTTTTTATC-ACAATACAAAAGATCATAA-
64 TTTATTTCAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTA-CGACAAAACAAAAGATCATAAT
* * * * ** **
15751415 CATCTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTCATGACTATTTGACCAAGTTTGG
128 GAT-TTGAAATAGATA-ATATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG
* * * * * * *
15751468 TAAACATATTTATTTTTAAATTTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACAAATTTATTTTTTAA--TTCTAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * ** * * * ** * *
15751533 TTTAATCCAAATAACCTTGTATAAACAGAAACTATTATTTTATAATAGAAA-AAAAG-TCATAAC
64 TTTATTTCAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTACGACA-AAACAAAAGATCATAAT
* * * * * *
15751596 AATTTGAAATAAATAAT-TCCTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTAGTT-TG
128 GATTTGAAATAGATAATAT--TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG
* * * *
15751647 ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCT--CTTATTAATTTTT-GAAATACTAATAGATTAGTATTTT
1 -TAAACAAATTTATTTTTTAATTCTAACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTA-TTA
* * ** * * * *
15751709 TTTTATTTCGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTATTTTAC-AGCAAAACAAAATG-TCATA
63 TTTTATTTCAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTACGA-CAAAACAAAA-GATCATA
** * * * *
15751772 ACAATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTT-AAATATGTT-AGG
126 ATGATTTGAAATAGATAA-TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCA-G
* * *
15751826 TAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTCA-T-TT
1 TAAACAAATTTATTTTTT-AAT-TCTAACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATT-AGTATT
* * * * *
15751888 AATTTTA-TTCTAAAT-ATGCTAT-TATGAATTGAAAAAATTATTTTATGGCAAAAC---A-A--
62 -ATTTTATTTC-AAATAAT--TTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTACGACAAAACAAAAGATC
* * * *
15751944 A-AATGATTTAAAATAGATAAT-TGCTCATATTA-TCTTAACTATTTGAACTAGTT-AGG
123 ATAATGATTTGAAATAGATAATAT--TCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-G
* * * * * *
15752000 CAGACAAATTTATTTTTTAAATCTCTAAGTTATTAATTTTT-GAAATATTATTATATTGGTATTA
1 TAAACAAATTTATTTTTT-AAT-TCTAACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTA
** * * * * * * * * *
15752064 TTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAAT
63 TTTTATTTCAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTACGACAAAACAAAAGATCATAAT
* * * * * * *
15752129 GATTTGAAGTATACAGTTATTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTAATTCAA
128 GATTTGAAATAGATA-ATATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAG
* * * *
15752181 TAAACAGATTTATTTTGTAAATCT--CTTATTAATTTTT-GAAAGATTAATAAATTAGTATTATT
1 TAAACAAATTTATTTTTTAATTCTAACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATT
* * ** * * * * * * * * * *
15752243 TTATTCCCAATAAACTTGTA-CAATCAAAAACAATTGTTGTATGACCAAGCAAAAGGTAATAACG
65 TTATTTCAAATAATTTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTACGACAAAACAAAAGATCATAATG
* * ** * * *
15752307 ATTTGAAATAGATAATTGTTGAAAGGGCCATAATTATTTGAA-TTGATT-TG
129 ATTTGAAATAGATAA-TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAG
* * * * * * *
15752357 ATAAATAGATTCACTTTTTAAATCACTTAA-TTATTAGTTTTT-GAAATATTAATAAATTAGCAT
1 -TAAACAAATTTA-TTTTTTAAT-TC-TAACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTAT
* ** ** **
15752420 CATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACT-GAAACAATTATTTTGTGACAAAACAAAATG-TCA
61 TATTTTATTTCAAATAATTTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTACGACAAAACAAAA-GATCA
* *** * * * *
15752483 TAACGATTTTTGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTCTTCGG
124 TAATGATTTGAAATAGATAA-TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG
* * * * *
15752539 TAAAAAAATTTATTTTTTTAAATTTTTATTTATTAATTTTT-GAAATATTAAGAAATTAGTATTA
1 TAAACAAATTTA-TTTTTT-AATTCTAACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTA
** * ** * ** *
15752603 TTTTATTTTGGATTAGCTTT-TATGAATTA-AAACAA-TAGTTTTAAGTTAAAACAAAAGGTCAT
63 TTTTA-TTTCAAATAATTTTGTATGAA-TAGAAACAATTA-TTTTACGACAAAACAAAAGATCAT
* * * * **
15752665 AATGATTTTAAATA-ATTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAATTTGTTTGG
125 AATGATTTGAAATAGA-TAA-TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG
** * ** * ** * * *
15752720 TAAACGGATTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTAATTAATTTTTTTAATTTTAATAAATTGGGATTA
1 TAAACAAATTTATTTTTT--AAT-TCTAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * *** * * * * * * *
15752785 TTTTATTCCGAATAAGCATGCAAG-ATATGAAACACA-TATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGA
63 TTTTATTTCAAATAATTTTGTATGAATA-GAAACA-ATTATTTTACGACAAAACAAAAGATCATA
* * **
15752848 ATGATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAA-TTAGTTCAG
126 ATGATTTGAAATAGATAA-TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAG
* * * * * *
15752902 CAAATAAACTTCT-TTTTTTAAATCT--CTTGTTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTAT
1 TAAACAAA-TT-TATTTTTTAATTCTAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * ** * * * * * ** * *
15752964 TTT-TAACTGAATAAACTTCTATGAACAAAAATAATTGTTTTATTACAAAAC-AAAGATCTTAAC
64 TTTATTTC-AAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTACGACAAAACAAAAGATCATAAT
* * * * * *
15753027 AATTT-AAGACTA-ATAATTGTTCAAATAGTCATACCTATTTGAA-TTATTGAA
128 GATTTGAA-A-TAGATAA-TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG
* * *
15753078 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTGTTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTA
1 TAAACAAATTTATTTTTT-AAT-TCTAACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTA
** * * * * *
15753142 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACAATTATTTTATGACACAACAAAAGGTGATAA
63 TTTTATTTCAAATAATTTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTACGACAAAACAAAAGATCATAA
* * * * * ** * **
15753206 CGATTTGAAATAGATAATCGTTCATATGGCCATAGTTACTTT-AA-TTAATTTGG
127 TGATTTGAAATAGATAAT-ATTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAACTT-GTTCAG
* * * *
15753259 TAAATAATTTTATTTTTTAAATT-T--CTTAGTTACTATTTTAGGAAATATTAATAAATTAATAT
1 TAAACAAATTTATTTTTT-AATTCTAACTTA-TTAAT-TTTTA-G-AATATTAATAAATTAGTAT
* * ** * * * * *
15753321 TATTTTATTCCAACTAAGCTTGTATTAACT-TAAACAATTATTTTATGACAAATCAAAA-AGTTA
61 TATTTTATTTCAAATAATTTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTACGACAAAACAAAAGA-TCA
15753384 TAATGATTT
124 TAATGATTT
15753393 TAATAGACAA
Statistics
Matches: 2242, Mismatches: 520, Indels: 402
0.71 0.16 0.13
Matches are distributed among these distances:
155 3 0.00
156 11 0.00
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Consensus pattern (178 bp):
TAAACAAATTTATTTTTTAATTCTAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
TATTTCAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTACGACAAAACAAAAGATCATAATGAT
TTGAAATAGATAATATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG
Found at i:15750649 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 15750629--15750661 Score: 50
Period size: 15 Copynumber: 2.2 Consensus size: 15
15750619 TATTTTTTAA
15750629 AATTTTTT-AATTATT
1 AATTTTTTGAATT-TT
15750644 AATTTTTTGAATTTT
1 AATTTTTTGAATTTT
15750659 AAT
1 AAT
15750662 AAATTAGTAT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 2
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
15 13 0.76
16 4 0.24
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Consensus pattern (15 bp):
AATTTTTTGAATTTT
Found at i:15750704 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 15750435--15750859 Score: 473
Period size: 182 Copynumber: 2.4 Consensus size: 179
15750425 TAGTAAACAA
* * * *
15750435 ATTTATTTTTTCAATCTCTAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATTTTTAA-TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * *
15750500 CAAATAAAATTGTATAAATAGAAACAATTGT-TTTATGATAAAACAAAAGATAATAACAATTTGA
65 CAAATAAAATTGTATAAATAGAAACAATT-TATTTATGACAAAA-AAAAGATAACAACAACTTGA
* * **
15750564 AATAAATAATTATTCAAATAGTGATAACTATTT-ATACTTGC-TCGGTAA-ATAG
128 AATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACGT-CTTC-AAAATATAG
* *
15750616 ATTTATTTTTTAAAATTTTTTAATTATTAATTTTTTGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTT-AAA-TTTTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
*** * * * * * **
15750681 CCAAATATGCTTTTTTGAATAGAAACAATTTATTTATGACAAAAAAAAGGTCACAATGACTTGAA
64 CCAAATAAAATTGTATAAATAGAAACAATTTATTTATGACAAAAAAAAGATAACAACAACTTGAA
* * *
15750746 ATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTCTTCAAAATATAT
129 ATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTCTTCAAAATATAG
* * *
15750797 ATTTATTTTTTTAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATTTTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT
15750860 TGAAATAAGC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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182 77 0.37
183 5 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.07, T:0.46
Consensus pattern (179 bp):
ATTTATTTTTTAAATTTTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
AAATAAAATTGTATAAATAGAAACAATTTATTTATGACAAAAAAAAGATAACAACAACTTGAAAT
AAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTCTTCAAAATATAG
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Period size: 358 Copynumber: 5.9 Consensus size: 360
15751246 ATAATTATTG
* * *
15751256 AAATAGTTATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAACATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTA
1 AAATAGTTATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC---ATTATTA
* * * ** *** *
15751321 ATTTTAGAAATATTAATAACATAGTATTACTTTTATTTCAAATAATTTTATATGAATTGAAATAA
63 ATTTTTGAAATATTAATAA-TTAGTATTA-TTTTATTTCGAATAAACTTATATGAACAAAAACAA
* * *
15751386 TTTTTTTATC--ACAATACAAAA-GATCATAAC-ATCTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTCA
126 TTATTTTA-CAGACAAAACAAAATG-TCATAACGAT-TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * ** * * * * * * * **
15751447 TGACTATTTGACCAAGTTTGGTAAACATATTTA-TTTTTAAATTTTTTTACTTATTAATTGTCAA
188 TAACTATTTAAATATGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAA-TCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * ** *
15751511 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAACCTTGTATAAACAG-AAACTATTATTTTA
252 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAAACAATTATTTTA
* *
15751575 TA-ATAGAAAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTCCTC
317 TACATAGAAAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTC
* *
15751618 AAATAGTTATAACTATTTAAACTAGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTATTAATT
1 AAATAGTTATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCATTATTAATT
* * * *
15751682 TTTGAAATACTAATAGATTAGTATTTTTTTTATTTCGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTA
66 TTTGAAATATTAATA-ATTAGTA-TTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTA
* * * *
15751747 TTTTACAG-CAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAATTA
129 TTTTACAGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
*
15751811 TTTAAATATGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTA
194 TTTAAATATGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * *
15751876 ATAAATTCA-T-TTAATTTTATTCTAAATATGCTAT-TATGAATTGAAAA-AATTATTTTATGGC
259 ATAAATT-AGTATT-ATTTTATTCCAAATAAGCT-TGTATGAATTGAAAACAATTATTTTAT-AC
* * *
15751937 A-A-AACAAAA---AT---GATTTAAAATAGATAATTGCTC
320 ATAGAAAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTC
* * * * * *
15751970 ATATTA-TCT-TAACTATTTGAACTAGTTAGGCAGACAAATTTATTTTTTAAATCTCTAAGTTAT
1 A-AATAGT-TATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC--A-TTAT
* * * ** * *
15752033 TAATTTTTGAAATATTATTATATTGGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAACAAAAATA
61 TAATTTTTGAAATATTAATA-ATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAACAAAAACA
* * * * * * * * * *
15752098 ATTGTTTTA-TGACAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTATACAGTTATTCAAATAGTCATA
125 ATTATTTTACAGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * *
15752162 ACTATTTAAATTAAT-TCA-ATAAACAGATTTATTTTGTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAA
190 ACTATTTAAA-T-ATGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * ** * *
15752221 AGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCCAATAAACTTGTA-CAATCAAAAACAATTGTTGTAT
253 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAAACAATTATTTTAT
* * * * * *
15752285 GACCA-AG-CAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTG
318 -A-CATAGAAAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTC
** ** * * * * * * * *
15752328 AAAGGGCCATAATTATTTGAA-TTGATTTGATAAATAGATTCACTTTTTAAATCACTTAATTATT
1 AAATAGTTATAACTATTTAAACTTG-TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT--C-TCATTATT
* * * * * **
15752392 AGTTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATCATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTGAAACAA
62 AATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAACAAAAACAA
** *** *
15752457 TTATTTT-GTGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTTTGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
126 TTATTTTACAGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
* * * * * *
15752521 CTATTTGAATTTCTTCGGTAAA-AAAATTTATTTTTTTAAAT-TTTTATTTATTAATTTTTGAAA
191 CTATTTAAATATGTTAGGTAAACAAAA-TTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* **** * *
15752584 TATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATTAGCTTTTATGAATT-AAAACAA-TAGTTTTA-
254 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAAACAATTA-TTTTAT
** * * * *
15752646 AGTTA-AAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAATTAATTGTTC
318 ACATAGAAA-AAAA-GTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTC
* * * ** **
15752690 AAATAGTCATAACTATTTCAATTTGTTTGGTAAACGGATTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTAATT
1 AAATAGTTATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCAT--T-ATT
** * * * * * * ** * **
15752755 AATTTTTTTAATTTTAATAAATTGGGATTATTTTATTCCGAATAAGCATGCAAGATA-TGAAACA
62 AATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGA-ACAAAAACA
* * * * * * * * **
15752819 CA-TATTTTA-TGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTTTT
125 -ATTATTTTACAGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * *
15752882 AACTATTTGAAT-TAGTTCA-GCAAATAAACTTCTTTTTTTAAA--TC-T-CTTGTTAATTTTTG
189 AACTATTTAAATAT-GTT-AGGTAAACAAAATT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * ** * * ** * *
15752941 GAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACTGAATAAACTTCTATGAA-CAAAAATAATTGTTT
251 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAAACAATTATTT
* * * *
15753004 TATTAC--A-AAACAAAGATCTTAACAATTT-AAGACT-AATAATTGTTC
315 TA-TACATAGAAAAAAAG-TCATAACGATTTGAA-A-TAAATAATTGCTC
* * * * * * *
15753049 AAATAGTCATACCTATTTGAA-TT-ATTGAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTGTT
1 AAATAGTTATAACTATTTAAACTTGTTTG-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC--A-TTATT
* * * *
15753112 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAA
62 AATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAACAAAAACAA
* * * * ** * * * *
15753177 TTATTTTA-TGACACAACAAAAGGTGATAACGATTTGAAATAGATAATCGTTCATATGGCCATAG
126 TTATTTTACAGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
* * * ** * * * *
15753241 TTACTTTAATTAAT-TT-GGTAAATAATTTTATTTTTTAAATTTCTTAGTTACT-ATTTTAGGAA
191 CTA-TTTAAAT-ATGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAA
* * *
15753303 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAACTAAGCTTGTATTAACTT--AAACAATTATTTTA
253 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TTGAAAACAATTATTTTA
15753366 T
317 T
15753367 GACAAATCAA
Statistics
Matches: 1353, Mismatches: 303, Indels: 189
0.73 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
350 9 0.01
351 55 0.04
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353 6 0.00
354 1 0.00
355 110 0.08
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363 138 0.10
364 5 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (360 bp):
AAATAGTTATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCATTATTAATT
TTTGAAATATTAATAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTATT
TTACAGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
TAAATATGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
AAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAAACAATTATTTTATACATAGAA
AAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTC
Found at i:15752246 original size:177 final size:175
Alignment explanation
Indices: 15751286--15753392 Score: 1141
Period size: 181 Copynumber: 11.7 Consensus size: 175
15751276 ACTTGTTTGG
* * *
15751286 TAAACATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTAGAAATATTAATAACA-TAGTATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTTGAAATATTAATAA-ATTAGTATTA
** ** * *** * * * * * *
15751350 CTTTTATTTCAAATAATTTTATATGAATTGAAATAATTTTTTTATCACAATACAAAAGATCATAA
61 -TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA
* * * ** ***
15751415 C-ATCTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTCATGACTATTTG-ACCAAGTTTGG
125 CGAT-TTGAAAT--ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAA-TTCAA
* * * **
15751468 TAAACATATTTA-TTTTTAAATTTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAA----TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* *** * * * * * * * *
15751532 TTTTAATCCAAATAACCTTGTATAAACAGAAACTATTATTTTATAATAGAAA-AAAA-GTCATAA
61 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGTTATAA
* ** * * * * **
15751595 CAATTTGAAATAAATAATTCCTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTAGTTTGA
125 CGATTTGAAAT--ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAATTCAA
* * * *
15751648 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATACTAATAGATTAGTATTTTTTTT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTT
* * * * * * * * * *
15751713 ATTTCGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTATTTTA-CAGCAAAACAAAATGTCATAACAAT
65 ATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTTATAACGAT
* * * * *
15751777 TTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTT-AAAT-ATGTTAGG
129 TTGAAAT--ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAAT-TCA-A
* *
15751826 TAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-T-TTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-T---TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATT-
* * * ** * *
15751889 ATTTTATTCTAAATATGCTAT-TATGAATTGAAAA-AATTATTTTATGGCAAAACAAAA----AT
60 ATTTTATTTTGAATAAGCT-TGTATGAA-CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
* * * * * * *
15751948 ---GATTTAAAATAGATAATTGCTCATATTA-TCTTAACTATTTGAACTAGTT-AGG
123 AACGATTTGAAAT--ATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAATTAATTCA-A
* * * * * *
15752000 CAGACAAATTTATTTTTTAAATCTCTAAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTATATTGGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * *
15752065 TTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAATG
62 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACG
* * *
15752130 ATTTGAAGTATACAGTTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTAATTCAA
127 ATTTGAAATATA-A-TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAATTCAA
* *
15752181 TAAACAGATTTATTTTGTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
*** * * * * * *
15752246 TTCCCAATAAACTTGTA-CAATCAAAAACAATTGTTGTATGACCAAGCAAAAGGTAATAACGATT
66 TTTTGAATAAGCTTGTATGAA-CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATT
* ** * * * **
15752310 TGAAATAGATAATTGTTGAAAGGGCCATAATTATTTGAATTGATTTGA
130 TGAAAT--ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAATTCAA
* * * * * *
15752358 TAAATAGATTCACTTTTTAAATCACTTAATTATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATCAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ATTA--A-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* ** * * * *
15752423 TTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTGTGACAAAACAAAATGTCATAACG
62 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACG
* * ** **
15752488 ATTTTTGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTCTTCGG
127 A--TTTGAAATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAATTCAA
* * * * *
15752539 TAAAAAAATTTATTTTTTTAAATTTTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTA-TTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * ** * * ** * *
15752604 TTTATTTTGGATTAGCTTTTATGAATTAAAACAATAGTTTTAAGTTAAAACAAAAGGTCATAATG
62 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACG
* * ** ***
15752669 ATTTTAAATAATTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAATTTGTTTGG
127 ATTTGAAAT-A-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAATTCAA
* * ** * * *
15752720 TAAACGGATTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTAATTAATTTTTTTAATTTTAATAAATTGGGATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTT-AAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
** * * * ** * * *
15752785 TTTTATTCCGAATAAGCATGCAAGATA-TGAAACACA-TATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGA
61 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATA
* * * ** * *
15752848 ATGATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAATTAGTTCAG
124 ACGATTTGAAAT--ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAATTCAA
* * * * * *
15752902 CAAATAAACTTCT-TTTTTTAAATCTCTTGTTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTT
1 TAAACAGA-TT-TATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
** * * * * * *
15752966 T-TAACTGAATAAACTTCTATGAACAAAAATAATTGTTTTATTACAAAAC-AAAGATCT-TAACA
64 TAT-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-TATAACG
* *
15753028 ATTT-AAGACTAATAATTGTTCAAATAGTCATACCTATTTGAATT-ATTGAA
127 ATTTGAA-A-T-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAATTCAA
*
15753078 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTGTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA----TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * * *
15753143 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTATTTTATGACACAACAAAAGGTGATAACG
62 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACG
* * * * ** ***
15753208 ATTTGAAATAGATAATCGTTCATATGGCCATAGTTACTTT-AATTAATTTGG
127 ATTTGAAAT--ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAATTAATTCAA
* * * *
15753259 TAAATA-ATTTTATTTTTTAAATTTCTTAGTTACTATTTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTA
1 TAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA--ATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTA
** * ** * * *
15753323 TTTTA-TTCCAACTAAGCTTGTATTAACTTAAACAATTATTTTATGACAAATCAAAAAGTTATAA
61 TTTTATTTTGAA-TAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA
*
15753387 TGATTT
125 CGATTT
15753393 TAATAGACAA
Statistics
Matches: 1507, Mismatches: 324, Indels: 189
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
173 5 0.00
174 122 0.08
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177 231 0.15
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180 116 0.08
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185 4 0.00
186 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (175 bp):
TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
TTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTT
GAAATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAATTCAA
Found at i:15752696 original size:539 final size:535
Alignment explanation
Indices: 15751237--15757062 Score: 2332
Period size: 539 Copynumber: 10.9 Consensus size: 535
15751227 ATATATCAAT
* * * * * *
15751237 TTTG-AATAGATAATTATTGAAATAGTTATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAACATATTCATTT
1 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTGTTTGATAAATAGATTCATTT
* *
15751301 TTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTAGAAATATTAATAACA-TAGTATTACTTTTATT-TCAAAT
65 TTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAA-ATTAGTATTA-TTTTATTCT-GAAT
** * * * * *
15751364 AATTTTATATGAATTGAAATAATTTTTTTATCACAATACAAAAGATCATAAC-ATCTTGAAATAG
127 AAACTTATATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGAT-TTAAAATAG
* * * ** * * * *
15751428 ATATTTATTCAAATAGTCATGACTATTTG-ACCAAGTTTGGTAAACATATTTA-TTTTTAAATTT
190 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAA-TC
* * ** * * * *
15751491 TTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAACCTTGTAT-
253 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG
* * * **
15751555 AAACAGAAACTATTA-TTTTATA-ATAGAAA-AAAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTCC
318 AAA-AAAAAC-AATAGTTTTA-AGATA-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT-AATAATTGT
* * *
15751616 TCAAATAGTTATAACTATTTAAACTAGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAAT
378 TCAAATAGTCATAACTATTTAAATTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAAT
* * * * * * * *
15751681 TTTTGAAATACTAATAGATTAGTATTTTTTTTATTTCGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTT
443 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTCCCAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATT
* * * *
15751746 ATTT-TACAGCAAAACAAAATGTCATAACAA
507 ATTTAT-GA-CAAAACAAAAGGTTATAACGA
* * * * * * *
15751776 TTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAATATGTTAGGTAAACAAAATT-ATT
1 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAAT-TGTTTGATAAA-TAGATTCATT
*
15751840 TTTTAAATCTCTTACA-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-T-TTAATTTTATTCTAAA
64 TTTTAAATCTCTTA-ATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATT-ATTTTATTCTGAA
** * * * *
15751902 TATGC-TATTATGAATTGAAAAAATTATTTTATGGCAAAACAAAA---AT---GATTTAAAATAG
126 TAAACTTA-TATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACGATTTAAAATAG
* * * * ** *
15751960 ATAATTGCTCATATTA-TCTTAACTATTTGAAC-TAGTTAGGCAGACAAATTTATTTTTTAAATC
190 ATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* * * * * * *
15752023 TCTAAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTATATTGGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATG
253 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG
* * * * * * * * * *
15752088 AACAAAAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGT-ATACAGTTATTCA
318 AAAAAAAACAATAGTTTTAAGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAATA-A-TTGTTCA
* ** *
15752152 AATAGTCATAACTATTTAAATTAATTCAATAAACAGATTTATTTTGTAAATCTCTTATTAATTTT
381 AATAGTCATAACTATTTAAATTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTT
* * *
15752217 TGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCCAATAAACTTGTA-CAATCAAAAACAATTGTT
446 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCCAATAAACTTGTATGAA-CAAAAACAATTATT
* * *
15752281 GTATGACCAAGCAAAAGGTAATAACGA
510 -TATGACAAAACAAAAGGTTATAACGA
* * ** * *
15752308 TTTGAAATAGATAATTGTTGAAAGGGCCATAATTATTTGAATTGATTTGATAAATAGATTCACTT
1 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTG-TTTGATAAATAGATTCATTT
* * * * *
15752373 TTTAAATCACTTAATTATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATCATTTTATTTTGAATAAA
65 TTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAA
* * * * ***
15752438 CTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTGTGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTTTGATAGATAA
130 CTTATATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTAAAATAGATAA
* * * * *
15752503 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTCTTCGGTAAAAAAATTTATTTTTTTAAAT-TTTTA
194 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * * **
15752567 TTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATTAGCTTTTATGAATTA
258 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAAAA
* * *
15752632 AAACAATAGTTTTAAGTTAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAATTAATTGTTCAAATAGT
323 AAACAATAGTTTTAAGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAA-TAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
15752697 CATAACTATTTCAATTTGTTTGGTAAACGGATTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTAATTAATTTTT
387 CATAACTATTTAAATTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTT-AAATC---T-CTTATTAATTTTT
** * * * * * * * * **
15752762 TTAATTTTAATAAATTGGGATTATTTTATTCCGAATAAGCATGCAAGATA-TGAAACACA-TATT
447 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCCAATAAACTTGTATGA-ACAAAAACA-ATTA-T
* * *
15752825 TTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGA
509 TTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGA
* * ** * * * * *
15752852 TTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAATTAG-TTCAGCAAATAAACTTCTT
1 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAATT-GTTTGA-TAAATAGA-TTCAT
* * * *
15752916 TTTTTAAATCTC----TTGTTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACTGAAT
63 TTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTGAAT
* ** * * * *
15752976 AAACTTCTATGAACAAAAATAATTGTTTTATTACAAAAC-AAAGATCTTAACAATTTAAGACTA-
127 AAACTTATATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTAA-AATAG
* *
15753039 ATAATTGTTCAAATAGTCATACCTATTTGAA-TTATT-GAATAAACATATTTATTTTTTAAATCT
190 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCG-ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
* *
15753102 CTTACTTGTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA
254 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA
** * * * * * *
15753167 TCAAAAACAATTA-TTTTATGACACAACAAAAGGTGATAACGATTTGAAATAGATAATCGTTCAT
319 AAAAAAACAA-TAGTTTTAAGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA-ATAATTGTTCAA
* * ** * * * *
15753231 ATGGCCATAGTTACTTT-AATTAATTTGGTAAATA-ATTTTATTTTTTAAATTTCTTAGTTACTA
382 ATAGTCATAACTA-TTTAAATTAGTTTGATAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA--A
* * * * **
15753294 TTTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-CCAACTAAGCTTGTATTAACTTAAACAA
442 TTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCCAA-TAAACTTGTATGAACAAAAACAA
*
15753358 TTATTTTATGACAAATC--AA----A-AA-G-
505 TTA-TTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGA
* * * *
15753381 -TT---ATA-ATGATT-TT--AATAG--ACAATTATTT-AACTG---GA-AAATAGATTAATTTT
1 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGTTTGATAAATAGATTCA-TTT
** * ** * * *
15753431 TTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTAAATGCTAATAAATTATTATTAATTTATTCTGAATAAG
65 TTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAA
* * * * * * * *
15753496 CTTGTATGAACTGGAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAAAATGATTTCAAATAGATAA
130 CTTATATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTAAAATAGATAA
* * * * *
15753561 TTATTCTAATACTCTTAACCATTTGAA-TTGATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
194 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * *
15753625 CTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCAGAATAAGCTTGTA-CAAAC
258 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAAAA
* * * * * * * *
15753688 AAAACAATTGTTTTACGATAAAAGAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTTATATAG
322 AAAACAATAGTTTTAAGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA-ATAATTGTTCAAATAG
* * * ** * ** * * *
15753753 TCTTAACTATTTGAACTAGTTCAACAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTCAATTATTAAGTTTC
386 TCATAACTATTTAAATTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAA--ATCTC--TTATTAATTTTT
* * * * * * * *
15753818 AAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATAGTATGAACAAAACCAATTGTTTG
447 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCCAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTATTT-
* * *
15753883 ATAACAAAATAAAAGGTTATAACAA
511 ATGACAAAACAAAAGGTTATAACGA
* * * * * * * *
15753908 TTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGCTTGGTAAATAGATTTACTT
1 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTG-AATTGTTTGATAAATAGATTCATTT
* * *
15753973 TTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
65 TTTAAATCTCTTAATTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAA
* * ** * * * * * *
15754037 ACTTATCTTAACCAAAATAGTTGTTTTATGACAACA-AAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATGA
129 ACTTATATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACGATTTAAAATAGATAA
* * ** * * *
15754101 TTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTCTAAATCTCTTAC
194 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * ** * * * ****
15754166 TTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATCCTATTCCTAATATGCTTGTATGAGTTGA
259 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAAAAA
* * * * * * *
15754231 AATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAG--
324 AACAATAGTTTTAAGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT-AATAATTGTTCAAATAGTC
* * * ** * * * *
15754294 -T--C---TT-AATT-GTTTGA-ACAAAAG-GTCA---TAAAAAT-T-TGA--AATATAT-AAAG
388 ATAACTATTTAAATTAGTTTGATA-AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAAT
* * * * * *
15754341 GTTAAT-AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTATTATATGAC
452 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCCAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTATT-TATGAC
* * * * * *
15754405 TAAATAAAAGATCAAAATGA
516 AAAACAAAAGGTTATAACGA
* * * * * * * ** * *
15754425 TTTGAAATAGATAATTATT-ATAATACTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAGCAAGCACATTTATT
1 TTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAGTCATAATTATTTGAATTGTTTGA-TAAATAGATTCATT
* * * *
15754489 TTTTAAATCTC----CTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCTAAATA
64 TTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTGAATA
** * ** * * * *** * * *
15754549 AACTTGGATGATCAAAAAAAATTG--TCATAACAATTTAAAA-TAAATAATG-GTTAATAATTAG
128 AACTTATATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGT-CATAACGATTTAA-AA-TAG
* * * **** *
15754610 TACTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAA-TTATTATATGACTAAACAAAAGGT
190 -A-TA-ATT-GTTCAAAT-AG--T-CAT-AACTATTTGAACTTA-T-T-CGA-TAAAC-AAA--T
** ** * * * * * *
15754674 CAAAATGAATTGAAATAGATAATTATTCTAATACTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACAC
239 --TTAT-TTTTTAAAT--CT-CTTA--CT--TA---TTAA-TTTTTGAAATA-TT-A--ATA-A-
* * * * ** * * ** *
15754739 ATT--TATT-TTTTAAATCTCCTATTAA--TT-TTTGGAATATTATTAA-ATTAGTATT-ATTTT
284 ATTAGTATTATTTT--AT-TTCGAATAAGCTTGTAT-GAA-A--AAAAACAATAGTTTTAAGATA
* * * ** * * * **** * * * *
15754796 TATCTAAATAAG-C-T-TGGATGATCAAA-AACAATTGTTTTTGTGAG--AAAACAAAGATGATA
342 AAAC-AAA-AGGTCATAACGAT-TTGAAATAATAATTGTTCAAAT-AGTCATAAC-TA-TTTA-A
* * ** * * * * * * *
15754855 ATGA-TTTG--AGATTGATTT-TTGTTCAAATAGTC--A-TAACTATTTGAACTGGTTCAAAAAA
400 ATTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAAT-CTCTTATTAA-TTTTTGAAAT-ATT-AATAAA
* ** ** * * *
15754913 TGGTTTTAGTTTTTAAATCTTTTACTTCTTAAT--TTTTGAAATATTAATAAAGTAA-TATTATT
461 -----TTAG-TATT--A--TTTTA-TTCCCAATAAACTTG---TATGAACAAA--AACAATTA-T
* ** * * * *
15754975 TTATTTGAGATAAGTTTTTATGAA-CTGA-AACAA
509 TTA--TGACA-AA----ACA-AAAGGTTATAACGA
*** * * * * * *
15755008 TTGTTTTATGGA-ACGATTATTCAGAA-AGTCA-AATCTTTTTTAACTTTTTTGGTAAACAGATT
1 TT-TGAAATAGATA--ATTATTCA-AATAGTCATAAT-TATTTGAA-TTGTTTGATAAATAGATT
* * ** * * * * *
15755070 TATTTTTTTAATCTCTTGCTCT-TTCATGTTTCAAATGTTAATAAACTAGTATTATTTTATTCTG
60 CATTTTTTAAATCTCTTAAT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG
* * * * * * ** *
15755134 AATAAGCTTGTATGTACTGAAATAATTTTTTTAT-ATCTAAACAAAATGTCAAAATAATTCAAAA
124 AATAAACTTATATGAACTGAAATAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAA-GTCATAACGATTTAAAA
* * * * * *
15755198 TAAATAATTATTCAAATAGTCGTAACTATTTGAA-TTAGCTC-AGCAAACACATTTATTTTTTAA
187 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAA
* * *
15755261 ATCTCTTACTTATTAA-TTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATAT-GAATAAGCTTG
250 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAGCTTG
* * ** * * * * * *
15755324 TATGGAGAGGAACAATTGCTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAAC-ATTT-AAGATAGATAATTG
314 TATGAAAAAAAACAATAGTTTTAAGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA-ATA-ATAATTG
* * ** * * * *
15755386 TTTAAATAGTTATAACTATTTGGACT-GTTTCAGAAACCAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTA
377 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTAGTTTGATAAA-CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTA
** * * ** * *
15755450 ATTTTCAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTAATCTGAAT-AATTTTTCATGAACAAAAACAA
441 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCCAATAAACTTGT-ATGAACAAAAACAA
* * *
15755514 TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATACCAA
505 TTA-TTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGA
* * * * *
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* * * * *
15755607 TTTTTTAAATCTC-CAACTTATTATTTTTTTGAAA-ATTAATAAGTTAGCATTATTTTATT-TCA
62 TTTTTTAAATCTCTTAA-TTATTA-ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-G
* * * * * * *
15755669 AATAAAATTTTATTAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAACAAAA-AAAAGATTATAATGATTTGAA
124 AATAAACTTATATGAACT-GAAATAATTGTTTTATG-ACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTAAA
* * * * * * *
15755732 ATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTCACTCGATAAATATATTTATTTTTTAAA
186 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAA
* * * * *
15755797 TCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTAGTATTTTATTTCCAATAAG-TTGTT
251 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG-T
* * * * * * * * * *
15755861 ATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACGATCTAAAATATATAATTATT
315 ATGAAAAAAAACAATAGTTTTAAGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA-ATAATTGTT
* * * * * * *
15755926 CAAATAATCATAACTATTTGAA--CGTGTTCA-AAAAATGTATTTATTTTTTAAATTTTTATTTA
379 CAAATAGTCATAACTATTTAAATTAGT-TTGATAAACA-G-ATTTATTTTTTAAA--TCT-CTTA
* ** * ** * * * * *
15755988 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTCTATTGTTTTATTCGAAATAAGCTTGCATGAATAGAACC
438 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCCAATAAACTTGTATGAACAAAAAC
* * * ** *
15756053 AATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAGTGT
503 AATT-ATTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGA
* * * * * * **
15756087 TTTGAAATAGATAATTGTTTAGATATTCATAACTATTTGAACATGTTCAATAAATAGATTCATTT
1 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTGTTTGATAAATAGATTCATTT
* ** * * *
15756152 TTTAATTCTCTTTGTCATTAA-TTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATA
65 TTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATA
* * * * * * *
15756215 AGCTTATATGAA-TGGAAACAATTGTTTTATTATAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
128 AACTTATATGAACT-GAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTAAAATAGA
* * * * * *
15756279 TAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTT-TAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTT
191 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * * *
15756343 TTACTTATT-ATTTGTAGAAATATTAATCAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTTTG-
255 TTACTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA
* * * * * * * ** * *
15756406 GATAGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAAAATTTAAAATAGATAATTGTTAAAA
319 AAAAAAACAATAGTTTTAAGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA-ATAATTGTTCAAA
* * * *
15756471 TAGTCATAA-AATTTGAACTT-GTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
383 TAGTCATAACTATTT-AAATTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAAT
* * *** *
15756534 TATCTT--AATACTAAT--A-TAATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAA-AAT
443 T-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCCAATAAACTTGTATGAACAAAAACAAT
* * * *
15756593 CATTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAGCAA
506 TA-TTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGA
* * * * *
15756624 TTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTT-AACTTCTTTGGTAAACAGATTCATTT
1 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTGTTTGATAAATAGATTCATTT
* * ** * *
15756688 TGTAAATCTCTTAATTATTAA-TTTTG------GAATAGCTTAGTATTATTTTATTTTGACT-AA
65 TTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAA
* * * * * *
15756745 TTTCATATTAACTGAAATAATT-TTTTAATG--ATAA-ATAA-T--T-----TTTGAAATATATA
130 CTT-ATATGAACTGAAATAATTGTTTT-ATGACAAAACAAAAGTCATAACGATTTAAAATAGATA
* * * * * * * *
15756798 TTTATTCAAAAAGTCATGACTATTTGATC-TAGTTC-AGTAAACATATTTA-TTTTTAAATTTTT
193 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT
* * * * * *
15756860 TATTTATTAATTGTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTAATAT-GAATAAGCATGTAAGAA
256 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
* * ** * * ** * * *
15756924 CATAAACTGTTGTTTTATA-ACAAAACAAAAAATCATAACAATTT-AGAATAAATAATTGCTCAT
320 AAAAAACAATAGTTTTA-AGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA-AAT-AATAATTGTTCAA
* * * * * *
15756987 ATAGTTATAACTATTTAAACTAGTTTAATAAACAGATTTAATTTTTAAATTTCATATTAA-TTTT
382 ATAGTCATAACTATTTAAATTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTT
15757051 GAAATATTAATA
447 GAAATATTAATA
15757063 TAGTACAACA
Statistics
Matches: 3989, Mismatches: 955, Indels: 711
0.71 0.17 0.13
Matches are distributed among these distances:
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TTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAAC
TTATATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACGATTTAAAATAGATAATT
GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAAAAAAA
CAATAGTTTTAAGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAATAATTGTTCAAATAGTCATA
ACTATTTAAATTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTA
ATAAATTAGTATTATTTTATTCCCAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTATTTATGACAAAAC
AAAAGGTTATAACGA
Found at i:15753197 original size:720 final size:708
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* * * * * * * *
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** ** * *
15751300 TTTTAAATCTC-TTAATTATTAATTTTAGAAATATTAATAACA-TAGTATTACTTTTATT-TCAA
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** * * * * * * * *
15751362 ATAATTTTATATGAATTGAAATAATTTTTTTATCAC-AATACAAAAGATCATAA-CATCTTGAAA
124 ATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACTAA-ACAAAAGGTTAAAATGAT-TTGAAA
* * * * * *** ** *
15751425 TAGATATTTATTCAAATAGTCATGACTATTTGACCAAGTTTGGTAAACATATTTA-TTTTTAAAT
186 TAAATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAA-
* * ** * *
15751489 TTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAACCTTGTA
250 ---TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAA-CCGAATAAACTTGTA
* * * * * * * **
15751554 TAAACAGAAACTATTATTTTATAATAGAAAAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTCCTC
310 TAAACAAAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * *
15751618 AAATAGTTATAACTATTTAAACTAGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC----TTATTA
374 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTA
* * * * * * *
15751679 ATTTTTGAAATACTAATAGATTAGTATTTTTTTTATTTCGAACAAACTTATATGAACAAAAACAT
438 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACAAAAACAA
* * *
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502 TTATTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * *
15751808 TTATTTAAATATGTTAGGTAAACAAAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTT-TGAAA
566 CTATTTGAATTTCTT-GGTAAA-AAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTATGAAA
* * *
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* *
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690 A-AGTAAAACAAATCAAATG
* * * * * * * *
15751949 ATTTAAAATAGATAATTGCTCATATTA-TCTTAACTATTTGAACTAGTTAGGCAGACAAATTTAT
1 ATTTTAAATA-ATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTT-AA-T-GTTTGGAAAACAGATTTAT
** * * * *
15752013 TTTTTAAATCTCTAAG-TTATTAATTTTTGAAATATTATTATATTGGTATTATTTTATTTTGAAT
61 TTTTTAAATCTCTTTGCTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTCTGAAT
* ** * * * *
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126 AAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACTA-AACAAAAGGTTAAAATGATTTGAAATAA
* * * * * * * * *
15752141 ACAGTTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTAATTCAATAAACAGATTTATTTTGTAAATCTC
189 ATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * *
15752206 TTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCCAATAAACTTGTACAATCAAA
254 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-ACCGAATAAACTTGTATAAACAAA
* * * * * * * ** *
15752271 AACAATTGTTGTATGACCAAGCAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAAGGGCC
318 AACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * * *
15752336 ATAATTATTTGAATTGATTTGATAAATAGATTCACTTTTTAAATCACTTAATTATTAGTTTTTGA
382 ATAACTATTTGAACT-AGTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGA
* * ** ** *
15752401 AATATTAATAAATTAGCATCATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTGT
446 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTAT
* * ***
15752466 GACAAAACAAAATGTCATAACGATTTTTGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
511 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
* * *
15752531 TTCTTCGGTAAAAAAATTTATTTTTTTAAAT-TTTTATTTATTAATTTT-TGAAATATTAAGAAA
576 TTCTT-GGTAAAAAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTATGAAATATTAATAAA
*
15752594 TTAGTATTATTTTATTTTGGATTAGCTTTTATGAATTAAAACAA-TAGTTTTAAGTTAAAACAAA
639 TTAGTATTATTTTATTTTGAATTAGCTTTTATGAATTAAAACAATTA-TTTTAAG-TAAAAC-AA
15752658 AGGTCATAATG
701 A--TCA-AATG
* *
15752669 ATTTTAAATAATTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAATTTGTTTGGTAAACGGATTTATT
1 ATTTTAAATAA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AA--TGTTTGGAAAACAGATTTATT
* * * * *
15752734 TTTTCAAATCT-TTTGCTAATTAATTTTTTTAATTTTAATAAATTGGGATTATTTTATTCCGAAT
62 TTTT-AAATCTCTTTGCTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTCTGAAT
* * * * *
15752798 AAGCATGCAAGATATGAAACACA-TATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAA
126 AAGCTTGTATGA-ATGAAACA-ATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAAAATGATTTGAAATAA
* * *
15752862 ATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAATTAGTTCAGCAAATAAACTTCT-TTTTTTAAATC
189 ATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTAGTTCAGTAAACAAA-TT-TATTTTTTAAATC
* * * * * *
15752926 TCTTGTTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAACTGAATAAACTTCTATGAACA
252 TCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTAACCGAATAAACTTGTATAAACA
* * *
15752991 AAAATAATTGTTTTATTACAAAACAAAGATCTTAACAATTT-AAGACTA-ATAATTGTTCAAATA
316 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAACAATTTGAA-A-TAGATAATTGTTCAAATA
* * * * *
15753054 GTCATACCTATTTGAATTA-TTGAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTGTTAATTTT
379 GTCATAACTATTTGAACTAGTTG-ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTT
* *
15753118 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTATTT
443 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTATTT
* * * * * * * **
15753183 TATGACACAACAAAAGGTGATAACGATTTGAAATAGATAATCGTTCATATGGCCATAGTTACTTT
508 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTT
* * * * * *
15753248 -AATTAAT-TTGGTAAATAATTTTATTTTTTAAATTTCTTAGTTACT-ATTTTAGGAAATATTAA
572 GAATT--TCTTGGTAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTATGAAATATTAA
* ** * * * *
15753310 TAAATTAATATTATTTTA-TTCCAACTAAGCTTGTATTAACTT-AAACAATTATTTT-A-T--GA
635 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA-TTAGCTTTTATGAA-TTAAAACAATTATTTTAAGTAAAA
15753369 CAAATCAAA--
698 CAAATCAAATG
** * * * * * *
15753378 AAGTT--ATAATGATT-TT--AATAG--ACAATTATTTAA---CTGGAAAATAGATTAATTTTTT
1 ATTTTAAATAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAATGTTTGGAAAACAGATTTA-TTTTT
** ** *
15753433 TAAATCTCTTT-CTTATTAATTTTTTAAATGCTAATAAATTATTATTAATTTATTCTGAATAAGC
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* * *
15753497 TTGTATGAACTGGAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAAAATGATTTCAAATAGATAAT
130 TTGTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAAAATGATTTGAAATAAATAAT
* *
15753562 TATTCTAATACTCTTAACCATTTGAATT-GATTC-GATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
194 TATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTAG-TTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-
* * * * * *
15753625 CTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCAGAATAAGCTTGTACAAAC-A
253 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTAACCGAATAAACTTGTATAAACAA
* * * * * * *
15753689 AAACAATTGTTTTACGATAAAAGAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTTATATAGT
317 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
15753754 CTTAACTATTTGAACTAGTTCA-ACAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTCAATTATTAAGTTTC
381 CATAACTATTTGAACTAGTTGATA-AA-CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTT
* * * * * * *
15753818 AAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATAGTATGAACAAAACCAATTGTTTG
444 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTATTTT
* * * * * *
15753883 ATAACAAAATAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGA
509 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-
** * * * * *
15753948 AATGGCTTGGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCT-AAATATTAATAA
573 AATTTCTTGGTAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTATGAAATATTAATAA
* * * * * ** * * * * *
15754012 ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATCTTAACCAAAATAGTTGTTTTATG-ACAACAAAA
638 ATTAGTATTATTTTATTTTGAATTAGCTTTTATGAATTAAAACAATTATTTTAAGTA-AA-ACAA
*
15754076 AGTAATAATG
701 A-TCA-AATG
* * * * * * *
15754086 ATTTGAAATAGATGATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTATT
1 ATTTTAAATA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AA-TGTTTGGA-AAACAGATTTATT
* * * * * * **
15754151 TTCTAAATCTC-TTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATCCTATTCCT-AAT
62 TTTTAAATCTCTTTGCTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATT-CTGAAT
* * * * * * * **
15754214 ATGCTTGTATGAGTTGAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAA
126 AAGCTTGTATGA-ATGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAAAATGATTTGAAATAAA
* * *
15754279 TAATTGTTC-ATATAGTCTTAATTGTTTGAA
190 TAATTATTCTA-ATAGTCTTAACTATTTGAA
15754309 CAAAAGGTCA
Statistics
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TTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAA
TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAACCGAATAAACTTGTATAAACAAAAACAATTG
TTTTATGACAAAACAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
TGAACTAGTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATA
AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
AAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTCTTGGTAA
AAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTATGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
TATTTTGAATTAGCTTTTATGAATTAAAACAATTATTTTAAGTAAAACAAATCAAATG
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15753406 TTTAACTGGA
* * * ** *
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1 AAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAA
** * **
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* * * * *
15753546 ATTTCAAATAGATAATTATTCTAATACTCTTAACCATTTGAATTGATTCGAT
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* * *
15753598 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATT-AT
1 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAAT
* * ** * * * * * *
15753662 TTTTATCAGAATAAGCTTGTACAAACAAAACAATTGTTTTACGATAAAAGAAAAAGTCATAACAA
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* * * * *
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130 TTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGA-TTCGAT
* * * * * * * * *
15753778 AATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTCAATTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATT
1 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAAT
* ** * * * * *
15753843 TTATT-TCAAATAAAATAGTATGAACAAAACCAATTGTTTGATAACAAAATAAAAGGTTATAACA
66 TTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAAAACA
** * * *
15753907 ATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGCTT-GGT
129 ATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACT-GATTCGAT
* * *
15753959 AAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAAAATATTAATAAATTAGTATTAA
* * * * * * * * *
15754023 TTTATTTTGAATAAACTTATCTTAACCAAAATAGTTGTTTTATGAC--AACAAAAAG-TAATAAT
65 TTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-CAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAA-AAC
* * * * * *
15754085 GATTTGAAATAGATGATTGTTCAAATAGT-TATAATTATTTGAACTGGTTCGAT
128 AATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAACTGATTCGAT
* * * *
15754138 AAATAGATTTATTTTCTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-TTTAT
1 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAAT
* * *** * * * *
15754202 CCTATTCCT-AATATGCTTGTATGAGTTGAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAAC
66 -TTATT-CTGAATAAGCTTGTATGA-ACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAAAAC
* * * * * *
15754266 AATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAATTGTTTGAAC
128 AATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAAC
15754310 AAAAGGTCAT
Statistics
Matches: 561, Mismatches: 130, Indels: 43
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Matches are distributed among these distances:
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AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAAT
TTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAAAACAAT
TTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTCGAT
Found at i:15754771 original size:257 final size:257
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15754305 TGAACAAAAG
* * *
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* *
15754380 TGAACTAAAACAATTATTATATGACTAAATAAAAGATCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTA
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* *
15754445 TAATACTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAGCAAGCACATTTATTTTTTAAATCTCCTATTAATTT
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* * *
15754572 GTCATAACAATTTAAAATAAATAATGGTTAATAATTAGTACTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTA
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* *
15754637 TGAACTAAAACAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGAATTGAAATAGATAATTATTC
66 TGAACTAAAACAATTATTATATGACTAAACAAAAGATCAAAATGAATTGAAATAGATAATTATTA
15754702 TAATACTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCCTATTAATTT
131 TAATACTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCCTATTAATTT
* *
15754767 TTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCTAAATAAGCTTGGATGATCAAAAACAATT
196 TTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCTAAATAAACTTGGATGATCAAAAAAAATT
15754829 GT
1 GT
15754831 TTTTGTGAGA
Statistics
Matches: 245, Mismatches: 14, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (257 bp):
GTCATAAAAATTTAAAATAAATAAAGGTTAATAATTAGTACTATTTTATTTCAAATAAGCTTATA
TGAACTAAAACAATTATTATATGACTAAACAAAAGATCAAAATGAATTGAAATAGATAATTATTA
TAATACTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCCTATTAATTT
TTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCTAAATAAACTTGGATGATCAAAAAAAATT
Found at i:15755326 original size:180 final size:180
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15755049 AACTTTTTTG
* * * * ** * *
15755059 GTAAACAGATTTATTTTTTTAATCTCTTGCTCT-TTCATGTTTCAAATGTTAATAAACTAGTATT
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* * * * *
15755123 ATTTTAT-TCTGAATAAGCTTGTATGTACT-GAAATAATTTTTTTAT-ATCTAAACAAAATGTCA
64 ATTTTATCTC-GAATAAGCTTGTATG-AATAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCA
* * * * * *
15755185 AAATAATTCAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCGTAACTATTTGAA-TTAGCTCA
126 TAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCA
* * *
15755240 GCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTAT
1 GTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * *
15755305 TTTAATAT-GAATAAGCTTGTATGGAGAGGAACAATTGCTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAA-
66 TTT-ATCTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * * *
15755367 CATTTAAGATAGATAATTGTTTAAATAGTTATAACTATTTGGAC-TGTTTCA
130 GATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCA
* * ** *
15755418 G-AAACCAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATTAGTATT
1 GTAAA-CATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-GGAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
15755478 ATTTTAATCT-GAATAA-TTTTTCATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
64 ATTTT-ATCTCGAATAAGCTTGT-ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
*** * *
15755541 ACCAATTTGAAATAGATAA--AGTTCAAAT-GAACATAACTATTTGAACTTGATTC-
127 AATGATTTAAAATAGATAATTA-TTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTG-TTCA
* ** * * * * *
15755594 GTAAATATATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTATTTTTTTGAAAATTAATAAGTTAGCATTA
1 GTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA-ATTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * ** * * * *
15755659 TTTTATTTCAAATAAAATTTTATTAATAGAAACAATTGTTTTATGAACAAAA-AAAAGATTATAA
65 TTTTATCTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG-ACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * ***
15755723 TGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTCACTC-
129 TGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA
* * * *
15755774 GATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTAGT
1 G-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATT
* * * *
15755839 ATTTTATTTCCAATAAG-TTGTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAATAAAAGGTCATA
64 ATTTTATCTCGAATAAGCTTG-TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * *
15755903 ACGATCTAAAATATATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACGTGTTCA
128 ATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA
** ** * * ** *
15755956 AAAAATGTATTTATTTTTTAAAT-TTTTATTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTCTATTG
1 GTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * *
15756020 TTTTAT-TCGAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAG
65 TTTTATCTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * *
15756084 TGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATATTCATAACTATTTGAACATGTTCA
129 TGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA
* * * * * ** * *
15756136 ATAAATAGATTCATTTTTTAATTCTCTTTGTCATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTA
1 GTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-GGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * *
15756201 TTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATGGAAACAATTGTTTTATTATAAAATAAAAGGTCATAAT
65 TTTTATCTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * *
15756266 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTA
130 GATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA
* * * *
15756317 GTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTGTAGAAATATTAATCAATTAATATT
1 GTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-T-GGAATATTAATAAATTAGTATT
* * *
15756381 ATTTTAATC-CGAATAAGCTTGTTTGGATAG-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATA
64 ATTTT-ATCTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
** * * *
15756444 AAAATTTAAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAA-AATTTGAACTTGTTC-
128 ATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA
* * * *
15756495 GATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCT-TAATACTAAT--A-TAATAT
1 G-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TGGAATATTAATAAATTAGTAT
* * * ** * *
15756556 TATTTTAT-TTGAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAAAATCATTTTATGACAAAATAAAAGGTTAT
63 TATTTTATCTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
*** * * * * **
15756619 AGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTT-AACTTCTTTG
127 AATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA
* * * * **
15756672 GTAAACAGATTCATTTTGTAAATCTCTTAATTATTAATTTTGG------AATAGCTTAGTATTAT
1 GTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * *
15756731 TTTATTTTGACTAA-TTTCATATTAACT-GAAATAATT-TTTTAATG-------ATAA----ATA
66 TTTATCTCGAATAAGCTT-GTATGAA-TAGAAACAATTGTTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * *
15756782 AT-TTTTGAAATATATATTTATTCAAAAAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCA
128 ATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA
* * * * *
15756834 GTAAACATATTTA-TTTTTAAATTTTTTATTTATTAATTGTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTA
1 GTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTGGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * ** * **
15756898 TTTTAATAT-GAATAAGCATGTAAGAACATAAACTGTTGTTTTATAACAAAACAAAAAATCATAA
65 TTTT-ATCTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** * * ** * * * * *
15756962 CAATTTAGAATAAATAATTGCTCATATAGTTATAACTATTTAAACTAGTTTA
129 TGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA
* * * * *
15757014 ATAAACAGATTTAATTTTTAAA--T-TT-CATATTAATTTTGAAATATTAATA
1 GTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGGAATATTAATA
15757063 TAGTACAACA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (180 bp):
GTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATCTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
ATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA
Found at i:15755889 original size:361 final size:355
Alignment explanation
Indices: 15755195--15756712 Score: 1220
Period size: 361 Copynumber: 4.2 Consensus size: 355
15755185 AAATAATTCA
* * * * * * *
15755195 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCGTAACTATTTGAA-TTAGCTCAGCAAACACATTTATTTTTT
1 AAATAGATAA-TATTCAAATA-ACATAACTATTTGAACTT-GTTC-GTAAATATATTTATTTTTT
* * * * * ** *
15755259 AAATCTCTTACTTATTAATTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATAT-GAATAAGCTT
62 AAATCTTTTACTTATTATTTTTAGAAAATTAAT-AATTAACATTATTTT-AT-TCAAATAAGCTT
* * * * * * *
15755323 GTATGGAGAGGAACAATTGCTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAA-CATTT-AAGATAGATAATT
124 TTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAA-ATAGATAATT
* * * * ** * *
15755385 GTTTAAATAGTTATAACTATTTGGACTGTTTCAGA-AACCAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CT
188 GTTAAAATAATCATAACTATTTGAACTG-TTC-GATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * * * * * * *
15755445 TATTAATTTTCAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTA-ATCTGAATAA-TTTTTCATGAACAA
251 TATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTAGTATTTTATTTC-AAATAAGCTTAT-ATGAATAG
* * * *
15755508 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATACCAATTTG
314 AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTG
15755550 AAATAGATAA-AGTTCAAATGAACATAACTATTTGAACTTGATTCGTAAATATATTTATTTTTTA
1 AAATAGATAATA-TTCAAAT-AACATAACTATTTGAACTTG-TTCGTAAATATATTTATTTTTTA
*** * * **
15755614 AATCTCCAACTTATTATTTTTTTGAAAATTAATAAGTTAGCATTATTTTATTTCAAATAAAATTT
63 AATCTTTTACTTATTA-TTTTTAGAAAATTAATAA-TTAACATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTT
* * * *
15755679 TATTAATAGAAACAATTGTTTTATGAACAAAA-AAAAGATTATAATGATTTGAAATAAATAATTA
125 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATG-ACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* **
15755743 TTCAAATAATCATAACTATTTGAACTCACTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
189 TTAAAATAATCATAACTATTTGAACT-GTTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
** * * *
15755808 TTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTAGTATTTTATTTCCAATAAG-TTGTTATGAATAGAAA
253 TTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTAGTATTTTATTTCAAATAAGCTT-ATATGAATAGAAA
* * *
15755872 CAATTGGTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACGATCTA
317 CAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTG
* * ** *
15755911 AAATATATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACGTGTTCAAAAAATGTATTTATTTTTTA
1 AAATAGATAA-TATTCAAATAA-CATAACTATTTGAACTTGTTC-GTAAATATATTTATTTTTTA
* * * * *
15755976 AAT-TTTTATTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT-TCTATTGTTTTATTCGAAATAAGCTT
63 AATCTTTTACTTATT-ATTTTTAGAAAATTAAT-AATTAAC-ATTATTTTATTC-AAATAAGCTT
** * * * * *
15756039 GCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAGTGTTTTGAAATAGATAATTG
124 TTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * * * * *
15756104 TTTAGATATTCATAACTATTTGAACATGTTCAATAAATAGATTCATTTTTTAATTCTCTTT-GTC
189 TTAAAATAATCATAACTATTTGAAC-TGTTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTT
* *
15756168 ATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATGGAAA
252 ATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTAGTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAA
* * *
15756233 CAATTGTTTTATTATAAAATAAAAGGTCATAATGATTTG
317 CAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * *
15756272 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTA
1 AAATAGATAA-TATTCAAATA-ACATAACTATTTGAACTTG-TTCGTAAATATATTTATTTTTTA
* * * *
15756337 AATCTTTTACTTATTATTTGTAGAAATATTAATCAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTG
63 AATCTTTTACTTATTATTTTTAGAAA-ATTAAT-AATTAACATTATTTT-ATTCAAATAAGCTT-
* ** *
15756402 TT-TGGATAG-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAAAAATTTAAAATAGATAATT
124 TTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * *
15756464 GTTAAAATAGTCATAA-AATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
188 GTTAAAATAATCATAACTATTTGAAC-TGTTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* ** * * * *
15756528 ATTAATTATCTTAATACTAATATAA-TA-T--TATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACA-AA
252 ATTAATTTTCAGAATATTAATA-AATTAGTAGTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAA
* ** * * * *
15756588 AAAATCATTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAGCAATTTC
316 ACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * * * * * * *
15756628 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTT-AACTTCTTTGGTAAACAGATTCATTTTGTA
1 AAATAGATAA-TATTCAAATA-ACATAACTATTTGAACTT-GTTCGTAAATATATTTATTTTTTA
* * *
15756692 AATCTCTTAATTATTAATTTT
63 AATCTTTTACTTATTATTTTT
15756713 GGAATAGCTT
Statistics
Matches: 944, Mismatches: 176, Indels: 86
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
353 1 0.00
354 56 0.06
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360 66 0.07
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363 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (355 bp):
AAATAGATAATATTCAAATAACATAACTATTTGAACTTGTTCGTAAATATATTTATTTTTTAAAT
CTTTTACTTATTATTTTTAGAAAATTAATAATTAACATTATTTTATTCAAATAAGCTTTTATGAA
TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAAT
AATCATAACTATTTGAACTGTTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
CAGAATATTAATAAATTAGTAGTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTT
TATGACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTG
Found at i:15757969 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 15757330--15759111 Score: 1517
Period size: 181 Copynumber: 9.9 Consensus size: 181
15757320 ATAAACAAAT
* * * * ** **
15757330 AATCTCTTACTTGTTAATTTTTTA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTGTTCCAAATTGGCTT
1 AATCTTTTACTTATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTT
* * * *
15757394 GTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-AAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
65 ATATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* *** ** *
15757456 GTTCAAAT-GGCAATAACTATTTGAAC-TGATTCAATAAACTGATTTAGTTTTTA
129 GTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTA
** * * * * * * *
15757509 AATCTTCAACTTCTCAATTTTT-GAGATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAACTT
1 AATCTTTTACTTATTAATTTTTAGA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTT
* * * * * *
15757573 TTCTGAA-ATGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAATAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATT
65 ATATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * ** * * *
15757637 GTTC-AATAGTTATAATTATTTGAACTTATTCAGTAAATAGATTTATTTTTGTG
129 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTT-TA
* * * * * * *
15757690 AAT-TCCTTGCTTATTAATTTTCTA-AATGTTAATAAAATATTATAATTTTATT-TCAAATAAG-
1 AATCT-TTTACTTATTAATTTT-TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGC
* * * * * *
15757751 TATGTGTGAACTA-AAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATA
63 T-TATATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
* * * * * *
15757815 ATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTG-A-TTGGTTTAGCAAATACATTTATTTTTTA
126 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTA
* * ** * * * *
15757870 AATCTTTTACTTATTAATTTTTATAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCTGAATAAGTTTA
1 AATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTA
* * * * *** *
15757935 TATGAATAGAAACAACTATTTTATGAAAAAAC-AAAGATCATACCAATTTAAAATAGATAATTGT
66 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * *
15757999 TCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTCTGATAAACAGATTTAGTTTTTG
131 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTA
* * * * * *
15758050 AATC---T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAATAGCATTATTTTATTTTGAATAA-TTTC
1 AATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTT-
* * * * *
15758110 ATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATCGATAATAG
65 ATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * *
15758175 CTCAAATGGAT-ATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTA
130 TTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTA
*** * ** * *
15758227 AATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATCTTATTCCAAATAAACTTG
1 AATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTA
* * * * * * * * *
15758292 TATAAATACAAACTATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATTATAATGATTTGGAATAAATAATTAT
66 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * *
15758357 TTAAATTGTCATAACTATTTGAACTCGCTTGGTAAACAAATTTATTTTTTA
131 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTA
* * * *
15758408 AATCTTTTAGTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTT
1 AATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAG-CTT
* *
15758473 -TATGAACA-AAAGCAATTAG-TTTATGACAAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
65 ATATGAATAGAAA-CAATT-GTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
* * * *
15758535 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGAAAACAAATTTATTTTCTA
127 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTA
* * * *
15758590 AAT-TTTTACTTATTAATCTTTGGAATATTAGTAAATTTA-TATTATTTTAGT-TGAAATAAGCT
1 AATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGCT
* * * * * *
15758652 TGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTAGAAATAAATAGTT
64 TATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* *
15758717 GTTCAAATAGTCATAACTATTTTAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTA
129 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTA
* * * * * *
15758770 AATCTTTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAGTTACTATTATTTTATT-TCAAATAAGCCT
1 AATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTT
* ** * * *
15758834 ATATGAATTGATGCAATT-TTTT-TGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAAATAGATAATTA
65 ATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * *
15758897 TTCAAATAGTTATTACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATAGTTATTTTTTTA
130 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTTA
* * * * * *
15758950 AATCTTTCACTTATTAA-TTGTCGATATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTT
1 AATCTTTTACTTATTAATTTTTAGA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTT
* * * * * * * * *
15759014 TTATGAAAAAAAATAATTGTTTTATTATAAAACAAAAAGGTCATAACGGTTTGAAATAAATAATT
65 ATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* *
15759079 GTTCAAATAGTCATAACTATTTTAACTTATTTG
129 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG
15759112 ATGAACATAT
Statistics
Matches: 1295, Mismatches: 256, Indels: 100
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 3 0.00
176 71 0.05
177 68 0.05
178 10 0.01
179 188 0.15
180 300 0.23
181 487 0.38
182 114 0.09
183 54 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
AATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTA
TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTA
Found at i:15758603 original size:362 final size:361
Alignment explanation
Indices: 15757070--15759111 Score: 1673
Period size: 362 Copynumber: 5.7 Consensus size: 361
15757060 ATATAGTACA
* * * * *
15757070 ACAAAACAAAAA-GACATAACGATTTGAAATAAATAATTACTT-ATAT-GTCTTAACTATTTGAA
1 ACAAAA-AAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * *
15757132 CTGGTTT-GACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTAAGTTATTAATTTTCATG-ATATTATTAG
64 CTTGTTTAGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTAACTTATTAATTTTTA-GAATATTAATAA
* * * * * *
15757195 ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAA
128 ATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAA
* * * * * * * * *
15757260 AGGTTATAATGACTT-AAATATAA-AATTATTCAAATAATCATAATTATTTAAACTAGTTTGATA
193 AGGTCATAACGATTTGAAATA-AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTA
* * *
15757323 AACA-A---A-----T-AATCTCTTACTTGTTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTT
257 AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * *
15757378 TGTTCCAAAT-TGGCTTGTATGATGA-AAAACAATTGTTTTATG
322 TATTTCAAATAAGCCTT-TATGA--ACAAAACAATTG-TTTATG
* *
15757420 AC--AAAAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GGCAATAACTATTTGAAC
1 ACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAAC
* ** * * * *
15757482 -TGATTCA-ATAAACTGATTTAGTTTTTAAATCTTCAACTTCTCAATTTTT-GAGATATTAATAA
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* * * * * * *
15757544 AGTAATATTATTTTATTTTGGATAAACTTTTCTGAAAT-GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAA
128 ATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTAT-AAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAA
* * * * * * **
15757608 TAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTC-AATAGTTATAATTATTTGAACTTATTCAGTA
192 AAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTA
* * * * * * *
15757672 AATAGATTTATTTTTGTGAAT-TCCTTGCTTATTAATTTTCT-AAATGTTAATAAAATATTATAA
257 AACAGATTTATTTTT-TAAATCT-CTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTA
** * * *
15757735 TTTTATTTCAAATAAGTATGTGTGAACTAAAACAATTATTTTATG
319 TTTTATTTCAAATAAGCCTTTATGAAC-AAAACAATT-GTTTATG
* * * * * * *
15757780 ACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTG-A-T
1 ACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * * **
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66 T-GTTTAGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
* * * * * * * * *
15757907 TAGCAATATTTTACTCTGAATAAGTTTATATGAATAGAAACAACTATTTTATGAAAAAAC-AAAG
130 TAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAG
* * * * * * *
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195 GTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAA
* * ** * *
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259 CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
** * *
15758096 TTTTGAATAA--TTTCATATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
324 TTTCAAATAAGCCTT--TATGAACA-AAACAATTG-TTTATG
* * * * * * * *
15758136 TCAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATCGATAATAGCTCAAATGGAT-ATGACTATTTGAAC
1 ACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAAC
* * **
15758200 TTGTTT-GGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
65 TTGTTTAGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
* ** * * *
15758264 TAGTATTATCTTATTCCAAATAAACTTGTATAAATACAAACTATTGTTTTATGATAAAACAAAAG
130 TAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAG
* * * * * * * * *
15758329 ATTATAATGATTTGGAATAAATAATTATTTAAATTGTCATAACTATTTGAACTCGCTTGGTAAAC
195 GTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC
* * * * *
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**
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*
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1 AC-AAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * *
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65 TTGTTTAGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-
* * * * *
15758626 TTA-TATTATTTTAGT-TGAAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
129 TTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAA
* * * *
15758689 AGGTCATAATGATTAGAAATAAATAGTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAACTTGTTTGGTAA
193 AGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAA
* * * * *
15758754 ACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAGTTACTATTATTTT
258 ACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* ** ** *
15758819 ATTTCAAATAAGCCTATATGAATTGATGCAATT-TTTTTG
323 ATTTCAAATAAGCCTTTATGAA-CAAAACAATTGTTTATG
* * * * * * *
15758858 ACAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATTACTATTTGAACT
1 ACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * *
15758923 TG-TTCGATAAACATAGTTATTTTTTTAAATCTTTCACTTATTAA-TTGTCGATATATTAATAAA
66 TGTTTAGATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTTTAACTTATTAATTTTTAGA-ATATTAATAAA
* * * * * * *
15758986 TTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTTTATGAAA-AAAAATAATTGTTTTATTATAAAACAAA
129 TTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTAT-AAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAAC-AA
* * *
15759050 AAGGTCATAACGGTTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAACTTATTTG
192 AAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG
15759112 ATGAACATAT
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Consensus pattern (361 bp):
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TGTTTAGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT
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GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
TCAAATAAGCCTTTATGAACAAAACAATTGTTTATG
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Alignment explanation
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15758995 TTTTAATCCG
** * * **
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* *
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* * *
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*
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66 TAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTATT
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Statistics
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AATAAGCTAGTATGAAAAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
TAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTATTTGATGAACATATTTGA
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Alignment explanation
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15759508 AAACAAATTA
* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * ** *
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1 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCT-TAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACA
** * * *
15760127 AAATTATTTTTTAAATCTCTTA--TAAGT--TT-TTGAAATATTGAT-AAGTTAGTTTTATTTTA
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* * * * * *
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* * * * *** * *
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1 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-CTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACA
* * * * * * *
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65 AAATTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTAAT-AATTGTCAAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTT
* * * * * *
15760367 ATT-TCAAATAAATT-TATATAAATAGAAATAATTATTTTATAAC-AAAACAAAAGG
128 ATTAT-AAATAAGTTGTAT-GAACTA-AAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAAAGG
* * * * * *
15760421 TTATAACAATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTGGTAAAC
1 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-CTTAACTATTTGAAC-TAGTTTGGCAAAC
* * *
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Consensus pattern (181 bp):
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ATAAATAAGTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAAAGG
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Alignment explanation
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15759516 TATCATAATA
* * * * * * * *
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* * * * ** * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * ** * *
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* * *
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* * *
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* * * * *
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128 TAAACTTATATAAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GGTTATAACAATTTAAAATA
* *
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192 AATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAATTGGTTTGATAAACAAAATTATTTTTTAAATCT
* *
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257 CTTACTAA-TTTTTGAAATATTGATAAATTA-TTTTATTTTATTACAAATAAACTTAGGAAGAAC
* *
15760208 T-AAAATAATTATTTTA-TAACAAAACAAAAGGTCATAACG
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* * * *
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*** *
15760310 TTTTTTTAAATATCTTAGTT-ATGAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGTATTATTTTATTTCAA
64 -TTTTTTAAATATCTTAGTTAAT-AATTGCCAAAATATTATTAATTTAGTATTATTTTATTTCAA
* * *
15760374 ATAAATTTATATAAATAGAAATAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTCAAATA
127 ATAAACTTATATAAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATA
* * * * * * *
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192 AATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAA-TTGGTTTGATAAACAAAATTATTTTTTAAATC
* * * *
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256 TCT-TACTAATTTTTGAAATATTGATAAATT-ATTTTATTTTATTACAAATAAACTT
15760559 CTAAATCCAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (358 bp):
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TTTTAAATATCTTAGTTAATAATTGCCAAAATATTATTAATTTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
ACTTATATAAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAAATA
ATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAATTGGTTTGATAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTA
CTAATTTTTGAAATATTGATAAATTATTTTATTTTATTACAAATAAACTTAGGAAGAACTGAAAA
AATTATTTTACGAAAAAAAAAAAGGTCATAACG
Found at i:15760720 original size:19 final size:20
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15760686 GAGTAAAACT
* *
15760696 AATTTATTA-AGATTTCAAA
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15760715 AATTTATAAGAGATTTAAAA
1 AATTTATAAGAGATTTAAAA
15760735 AAT
1 AAT
15760738 AATTCTATTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AATTTATAAGAGATTTAAAA
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15760886 TATCAAACCA
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*
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1 ATTTCAAATTGTTATGACTATTTG
15760990 TTTCGTTATA
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 1, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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Period size: 543 Copynumber: 4.2 Consensus size: 540
15760923 AATTATTTAT
* * * * *
15760933 TTCAAATTGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTCGTTA
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* * * *
15760998 TAAGATAA-TAGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACCAATTTATTAATATT
66 TAAAACAATTA-TTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* ** * * *
15761062 TCAACAATTAATGAGTAAAAAATTTAAAACTTAAATATGCTTATCGAACTAGATCAAATAGTCTT
130 TCAACAAATAATGAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGCTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * * **
15761127 GTCTATTTCAATAATTATCTATGTCAAATCATTATGGTCATTTGTTTTGTGATAAAAAAATCATT
195 GACTATTTGAATAATTAT-TTTTTCAAATCATTATGATCATTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTT
* ** * *
15761192 TCGATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-ATGTTATCACTATTCTAAAAATTAATA
259 TCAATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTCTAAAAATTAATA
** * * *
15761256 ATTAAGAGATTTAAAAAATGGATCTGTTTAATGAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACA
323 ATTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAATGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * *
15761321 ATTATCTATTTGAAATCACTATTACCTTTTGTTTTCTCATAAAATGATTTTTTTCTATTCATACA
388 ATTATCTATTTCAAATCATTATCACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGA-TTGTTTCTATTCATACA
15761386 AGCATATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATCT
452 AGCATATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCAA-A-AATTAATAAGTAAAA-ATCT
*
15761450 -AACAAATAAATTTATTTATC-AAACAAG
514 AAAC-AATAAATATATTT-TCTAAACAAG
** * * *
15761477 TTCAAATCTTTGTGACTTTTTGAACAATTATTTATTTCAATTTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * *
15761542 TAAAACAATTATTTCTGTTTATACAAGCTTATTCAAATTAAAA-AAAATTACTTTATTAATATTT
66 TAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * *
15761606 CGACAAATAATGAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATGGTCATG
131 CAACAAATAATGAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGCTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATG
* * * * * *
15761671 AGTATATGAATAATTAGTTTTTTCACATCATTGTGACCCTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTT
196 ACTATTTGAATAATTA-TTTTTTCAAATCATTATGATCATTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTT
* *
15761736 CAATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAG
260 CAATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAT
* * * * * * *
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* * ** * *
15761865 TTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGCAA
389 TTATCTATTTCAAATCATTATCACC-TTTTGTTTTGTCATAAAATGATTGTTTCTATTCATACAA
* * *
15761930 GCTTATTTTGAATAAAA-AATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAA
453 GCATATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAATCTAAA
* * *
15761994 CAATAAATATGTTTTCTGAACACG
517 CAATAAATATATTTTCTAAACAAG
* * * ** *
15762018 TTCAATTAGTTATAACTATTTGAATAATTACCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTTGTTTTGTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACC-TTTTGTTTTGTC
* * * * * * * *
15762083 ATCAACCAATTGTTTTTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATT
65 ATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * * * ** **
15762148 CCAA-AAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAGATCTGCTTACCGAGCGAGTTTGAATAGTTG
130 TCAACAAA-TAATGAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGCTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCA
** * * *
15762212 TGACCCTTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGT
194 TGACTATTTGAATAATTATTT-TTTCAAATCATTATGATCATTTGTTTTGTAATAAAACAATTGT
** * ** * *
15762277 TTCTCTTCATACAATTTTATTTGAAACAGAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAATA
258 TTCAATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
* * * * * * ** *
15762341 AGTT-GGAAATTTAAAAAATAAATCTACTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGTTTATTTGAAT
323 A-TTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAATGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * *
15762405 TATTATCTATTTCAAATCATTATCACATTTTGTTTTGTCGTAAAATGATTGTTTCTATTTATACA
387 AATTATCTATTTCAAATCATTATCACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTGTTTCTATTCATACA
* ** * * * *
15762470 A-AATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTTATATTTCAAAAATTAAT-A--AAAGATTTA
452 AGCA-TATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAATCTA
* * * * * *
15762531 AGA-ATTAACTCTATTTATC-GATCCAG
515 A-ACAATAAATATATTT-TCTAAACAAG
* * * * ** * *
15762557 TTTAAAT-GCATATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTA
1 TTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * *
15762620 ATAAAACAATTGCTTT-TGTTCATACAAACTTATTCGAAGTAAAATATTACTAAATTAATAATA-
65 ATAAAACAATT-ATTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * ** * * * * ** * *
15762683 TTC--CAAA-AATTAATAAGAGCTTTGAAAAATAAATGTGTTTGTTAAACTAGTTCAAATAGTTA
129 TTCAACAAATAATGAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGCTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCA
* * ** * * * * * * *
15762745 AGACTATTAGAATAATTATCTATTTT-AAATTGTTCTTACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTA
194 TGACTATTTGAATAATTAT-T-TTTTCAAATCATTATGATCATTTGTTTTGTAATAAAACAATTG
* * * * **
15762809 TTTCAGTTCATACAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATAGTAATTTATTAACATTAAAAAAAATTA
257 TTTCAATTCATATAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CTAAAAATTA
* ** * * *
15762873 ATGAGCAAAAGATTTAAATAAAATAAATCTATTT-ATCAAACAAGTTCAAATAGATT-TGACTAT
320 ATAATTAAGAGATTT-AA-AAAATAAATCTATTTAAT-GAACCAGTTCAAATAG-TTATGACTAT
* ** * * * ** *
15762936 TTGAACGATTATCTATTT-AAAGTTGTTATGACCTTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTC-A
381 TTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATCACC-TTTTGTTTTGTCATAAAATGATTGTTTCTA
* * * *** * *
15762999 TTTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCT
444 -TTCATACAAGCATATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAG-T
* * * * * *
15763064 AGAGATTTAAA-ACTAAAGT-TGTTTTCTAAACTAG
506 AAAAATCTAAACAATAAA-TATATTTTCTAAACAAG
* ** ** * * *
15763098 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTT-AAATCATTATGATC-TTTGCTTTCTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTAT-TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* ** * * *
15763161 ATAAAACAATTGTTTTCTAATCATATC-AGCTTATTCGAATAAAAATAATACTAATTTAATAATA
65 ATAAAACAATT-ATTTCTGTTCATA-CAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATA
15763225 TT
128 TT
15763227 CCAAACATTA
Statistics
Matches: 1409, Mismatches: 293, Indels: 97
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Matches are distributed among these distances:
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ACTATTTGAATAATTATTTTTTCAAATCATTATGATCATTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTC
AATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATT
AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAATGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
ATCTATTTCAAATCATTATCACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTGTTTCTATTCATACAAGCA
TATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAATCTAAACAAT
AAATATATTTTCTAAACAAG
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15760923 AATTATTTAT
* ** * ** * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * ** * **
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* * * * * * *
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1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
** * * ** *
15761360 TAAAATGATTTTTTTCTATTCATACAAGCATATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-T
66 TAAAACAATTGTTTT-TATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * **
15761424 TAAGACAATTAATAAGTAAAAG-ATCTAACAAATAAATTTATTTATCAAACAAGTTCAAATCTTT
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* * * **
15761488 GTGACTTTTTGAACAATTATTTATTTCAATTTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA
191 -TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA
* * * * * * * *
15761553 TTTCTGTTTATACAAGCTTATTCAAATTAAAA-AAAATTACTTTATTAATATTTCGACAAA-TAA
255 TTTCTATTCATACAAGCTTATT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAAATTAA
*
15761616 TGAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-GAACAAG
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* * * * * * * * *
15761657 TTCAAATGGTCATGAGTATATGAATAATTAGT-TTTTTCACATCATTGTGACCCTTTGTTTTGTA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA-TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
** * *
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65 ATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
*
15761785 TCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATTAATCTATTTATCAAACATGTTCAAATAGTTA
129 T-TAAAAATTAATGAGTAAAAGAATTAAAAAATTAATCTATTTATCAAACA-GTTCAAATAGTT-
* * * * *
15761850 TAACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
191 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA
* * **
15761915 GTTCTATTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAA-AATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAA
255 TTTCTATTCATACAAGCTTA-TTAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAA
*
15761978 TAAGTAAAAATTTAAACAATAAATATGTTTTCTGAACACG
318 TAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACA-G
* * * * **
15762018 TTCAATTAGTTATAACTATTTGAATAATTACCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTTGTTTTGTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTC
* * * * *
15762083 ATCAACCAATTGTTTTTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATT
65 ATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * ** * * * **
15762148 CCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAA-TAGATCTGCTTACCGAGCGAGTTTGAATAGTTG
130 -TAAAAATTAATGAGTAAAAGAATTAAAAAATTA-ATCTATTTATCAAAC-AGTTCAAATAGTT-
** * * * * * *
15762212 TGACCCTTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGT
191 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT
* ** * * * *
15762277 TTCTCTTCATACAATTTTATTTGAAACAGAATAATACTAATTTATTAATATT-CTAAAATTAATA
256 TTCTATTCATACAAGCTTA-TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
** * ** *
15762341 AGTTGGAAATTTAAAAAATAAATCTACTTACTGAACAAG
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* ** * * * *
15762380 TTCAAATAGTCATGTTTATTTGAATTATTATCTATTTCAAATCATTATCACATTTTGTTTTGTCG
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
** * * ** *
15762445 TAAAATGATTGTTTCTATTTATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTTATATTT
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* * ** * *
15762510 CAAAAATT-A--A-TAAAAG-ATTTAAGAATTAACTCTATTTATCGATCCAGTTTAAAT-GCATA
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* * * *
15762569 TGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTAATAAAACAATTGC
191 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-A
* * * * * * *
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255 TTTCTATTCATACAAGCTTATT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
** * * *
15762697 AAG---AGCTTTGAAAAATAAATGTGTTTGT-TAAACTAG
319 AAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTGAAC-AG
* * * ** * * *
15762733 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTCTTACCTTTTGTTTAGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
15762798 TAAAACAATT-ATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATAGTAATTTATTAACATT
66 TAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * *
15762862 AAAAAAAATTAATGAGCAAAAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGA
130 --TAAAAATTAATGAGTAAAAGAATT-AA-AAAATTAATCTATTTATCAAAC-AGTTCAAATAG-
* ** * *
15762927 TTTGACTATTTGAACGATTATCTATTT-AAAGTTGTTATGACCTTTTTATTTTATCATAAAACAA
189 TTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * *
15762991 TTATTTC-ATTTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAAT
252 TTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAAT
* * * *
15763055 TAATAAGCTAGAGATTT-AAAACTAAAGT-TGTTTTCTAAACTAG
315 TAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAA-TATGTTTTCTGAAC-AG
* * * * * *
15763098 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTT-AAATCATTATGATC-TTTGCTTTCTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* *
15763161 ATAAAACAATTGTTTTCTAATCATATC-AGCTTATTC-GAATAAAAATAATACTAATTTAATAAT
65 ATAAAACAATTGTTTT-TATTCATA-CAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * * * * ** *
15763224 ATTCCAAACA-T--T-AGTGAAACATTTAAGAAATAAATGTATTTGTTTGACCAGTTCAAATAGT
127 ATT-TAAAAATTAATGAGTAAAAGAATTAAAAAATTAATCTATTT-ATCAAACAGTTCAAATAGT
** * * * * * * * * *
15763285 TAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTTAAATCATTCTAACATTTTGTTAATATTTTGAAAATTA
190 T-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-T--T-TTGTCATAA--A
** ** * *** * * * * ** * *
15763350 ATCAGTAAGAAATGTAAAAAGTA-AAACTGT-TTACCAA-AACAT-TTCAAAAAGTTT-TGACTA
248 A-CA--ATTATTTCTATTCA-TACAAGCT-TATTA-AAATAAAATAAT-ACTAA-TTTATTAATA
* * * ** * ** * ** ** * * *
15763410 TTTCAATAATTATCTATTTCAATTTGTTATAACCT-TTTAT-TTTGTCATCAAATAA
305 TTCCAAAAATTA-ATAAGTAAAAAT-TTAAAAAATAAATATGTTT-TC-T-GAACAG
**** * * * * *
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***** ** *** * * * * * *
15763527 TTAATAACAAAGAAAATTAAAA-AATAAATCTAATT-GT-CTAACCATT-TCCA-ATAGTAAGAC
54 TT--T-GTTTTG-TCA-TAAAACAATTGTTTTTATTCATAC-AAGC-TTATTCAGA-A-TAA-AA
* * * * * *** ** *
15763587 T-ATA-TGAA-TGATTATCTATTT-CAAATTGGCATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAA-TAAT-
109 TAATACT-AATTTATTA-ATATTTAAAAATT--AATGA-GTAAAAG-AAT-T-AAAAAATTAATC
* * * * ** * ** * * * *
15763645 TGTTTAT-GATCA-TACAGCTTA-TTTGATTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAA-AA
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** ** *** * * * ** ** * *
15763706 TTAAT-A-AGTAAGAGATCT-AAAAAATAAATATATTTGCTGAACCAATTTAA-ATAATTAAAAC
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* * *** *
15763767 TATTAAAATAATTA-TATATTT-TAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAATTAG-AAAATATTTGTT
280 -A-TAAAATAA-TACTA-ATTTATTAAT-ATTCCAA-----AAATTAATAAGTAAAA-A----TT
** *** * * * *
15763829 TCGTATCTTACAATCT-TATTT-GGAATAAAA
330 T-AAAAAATA-AATATGT-TTTCTG-A-ACAG
* * * * * *
15763859 TAATCCAAAT--TTATTAAC-ATTTGAAAAATTAATAGGGAACATATTTGAAA-AAATAT-ATCT
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* * * *** * *
15763919 GTTTATTGAATAAGTTCAAATAATGATGACTATTTGAACAATTATTTATT--TAC-CTTTTGTTT
54 -TTTGTT---T-TG-TC--ATAA--A--AC-AATTG-----TT-TTTATTCATACAAGCTTATTC
* * ** * * * **
15763981 TGATATAAAACAAT--TTTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAA-TAA--AATAATACTAATTT
100 AGA-ATAAAATAATACTAATTTA--T--TAATA--TT-T-AAAAATTAATGAGTAA-AAGAA--T
* * * ** * * * * * ** ** * *
15764041 CTTAATATTTCAA-AAATTAATAAGCAAGAGTTTAAAAAAATAAATTAGTTTACCAAACAAATTC
153 -TAAAAAATT-AATCTATTTATCA--AACAGTTCAAATAGTTTGACTA-TTT---GAAC-AA-T-
* * ** * * ** * *
15764105 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
207 ---TA--T-C---TATTT---CAA--ATC-A-TTATGA-CCTTTTG---TTTTG--TCATAAAA-
* * *
15764170 AACAATTGTTTCAATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA
249 --CAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA
* ** * ** *
15764235 AAATTAATGA-TAAGTGA-TT---AAATAAACT-TGTTTACCAAATCAA
311 AAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAA-TATGTTTTCTGAA-CAG
* * * * * * *
15764278 TTCAAATAATTATGGCCATTTCATTAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * *
15764343 TATAACAATTGTTTTTTATT-ATACAAGTTTATTC-GAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATCT
66 TAAAACAATTG-TTTTTATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * * * * *
15764406 CTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACCAGTTTAAATAATTA
129 -TTAAAAATTAATGAGTAAAAGAATTAAAAAATTAATCTATTTA-TCAAACAGTTCAAATAGTT-
* * * * * * *
15764471 TGACTATTTGAATAATTGTATACTTCAAAT-AGTTATAAGCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTA
191 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA
* * * * * *
15764535 TTTATGTTCATACAAGCTTATTTGAAATATAATAATACTAATATA-AAATATTCCAAAAAATTAA
255 TTTCTATTCATACAAGCTTA-TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCC-AAAAATTAA
*
15764599 TAA--AAGAGAGA-TTAAAAAA-AAAT-TGTTTGCT-AACTAG
318 TAAGTAA-A-A-ATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAAC-AG
* ** *** *
15764636 TTCAAATAGTTAAGACTATACGAACCGTTATCTATTTCAAATC---AT----TTTTGTCTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
** * * * * * *
15764694 TAAAACAACTT-TTTCAATTCATGCTAGCTTATTCAAAATGAAATAA-AATAAATTTATTCATAT
66 TAAAACAA-TTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAT
* * * * * * *
15764757 TAAAAAATTAAT-ATGCAAGAGACTTAAAAAA-TAATTCTATTTACCCAACCAGTTCAAATAATT
129 TTAAAAATTAATGA-GTAAAAGAATTAAAAAATTAA-TCTATTTA-TCAAACAGTTCAAATAGTT
* * * * * * *
15764820 ATGACTATCTAAACAATTATTTTTTTCCAATCACTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT
191 -TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * * * * * *
15764885 GTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTAGAATAAAAGAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAA
254 ATTTCTATTCATACAAGCTT-ATTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAA
* * **
15764950 TAAG---AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAAACAG
318 TAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTGAACAG
** * * ** * * * *
15764987 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTGCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTATTA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * ** *
15765052 TAAAACAATAGGTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATA-TCAATTTATTAATATT
66 TAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT
* * * * * ** * * * *
15765116 TCAACAATTAATAAGTAAAA-AATTTTAAAAATAAATATGCTTACCTAACTAGATCAAATAATTA
130 T-AAAAATTAATGAGTAAAAGAA-TTAAAAAATTAATCTATTTATCAAAC-AGTTCAAATAGTT-
* * * * *
15765180 TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTGTTTGGTCATAAAAAAATCAT
191 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT
* * * * * *
15765244 TTC-ATTCATATAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAAATTATCAATATTCTAAAAATTAATA
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* * * * * **
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* * * * * * *
15765347 TTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTGAAATCATTGTAACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
** * * *
15765412 T-AAATGATTTTTTTCTATTTATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-
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* * *
15765474 TTAAGACAATTAATAAGTAAAAG-ATCTAAAAAATAAATTTATTTA-CTAAACAAGTTCAAAT--
129 TTAA-A-AATTAATGAGTAAAAGAAT-TAAAAAATTAATCTATTTATC-AAAC-AGTTCAAATAG
* * * * * **
15765535 TTTGACTATTTCAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTATTATAAAATGATT
189 TTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * ** *
15765600 GTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAATTAAAA-ATATATTAATTTATTGATATTTTGACAAA-T
254 ATTTCTATTCATACAAGCTTA-TTAAAATAAAATA-ATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAAATT
*
15765663 AATAAGTAAAAGATTTAAACAATAAATATGTTTATC-GAACAAG
316 AATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTGAAC-AG
* * * * *
15765706 TTCAAATAGTCATGAGTATTTGAATAATTATTTA-TT----TC--GATGACCTTTTGTTTTGTAA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * *
15765764 TAAAACAATTG-CTTTAGTTCACATAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
66 TAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * **
15765827 TCTAAAAATTAATGAGCAAGAGAATTAAAAAATTAATCTATTTATTGAACATGTTCAAATAGTTA
129 T-TAAAAATTAATGAGTAAAAGAATTAAAAAATTAATCTATTTATCAAACA-GTTCAAATAGTT-
* * * **
15765892 TAACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGG
191 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT
* * * **
15765957 TTATGTTCATGCAA-CTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
256 TTCTATTCATACAAGCTTA-TTAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
*
15766020 AAGTAAAAATTCT-AAAAATAAATATGTTTTCTGAACACA
319 AAGTAAAAATT-TAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACA-G
* * **
15766059 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * * *
15766124 TAAACCAATTGTTTCTATTGACAAAAGCTTAATT-AAAATAAAATAATACTAATTTTTCTAAAAT
66 TAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTT-ATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAT-TAATAT
* * * * * * *
15766188 TCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAGAAAATAAATCTATTTACCGAACGAGTTCAAATAGTTA
129 T-TAAAAATTAATGAGTAAAAGAATTAAAAAATTAATCTATTTATCAAAC-AGTTCAAATAGTT-
** ** * * * * * *
15766253 TGACCCTTCAAACAATTATTTATTTCAAATCATTTTGATCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGT
191 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT
** * * *
15766318 TTCTATTCATACAATTTTACTTCAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATA
256 TTCTATTCATACAAGCTTA-TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
* ** * * * * *
15766383 GGTTGGAGATCTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAGCAAG
320 AG-TAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTGAAC-AG
* * * * * *
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** * ** *
15766487 TAAAATGATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
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* * * * *
15766552 TGAAAATTAATGAG----AG-ATTTAAGAATTAAATCTGTTTATCAAATCAGTTCAAATACTTAT
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* * ** ** * *
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* * * * * * *
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* * * * *
15766739 G-AAAGAGATTTAAAGAATAAATGTGTTGATC-AAACCAA
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* ** ** * * *
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* * * * *
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* * *
15766905 CAAAAAATTAAT-A--AACAAGAAATTTAAAAAAATAAATCTGTTTA-CGAAACAAGTTCAAATA
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* * * * *
15766966 GTTAT-ATCTATTTGAACAATTATCTGTTT-AGAATAAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAT
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * ** * *
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* * *
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* * * * * *
15767266 TTTTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAA-TAATTCTGTTTA-C---C-G---AAGTAG-T
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* * * ** * * * * * * *
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* * ** * * * *
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* ** * *
15767450 A-CAAGAAGATTTAAAAAATAAACCTATTTGCTGAAACAG
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* * * * ** * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* ** * * * * *
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* * * ** * * *
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* * * * **
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* * * * * * **
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* * ** *
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* * * * * *
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* * * ** * * * *
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* * * * * * * * *
15768097 ATGTTTTTGTTCATACAAGTTTGTTCAAAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATT
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* * * * *
15768162 AGTAAG---AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACAAG
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* ** * * * *
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* ** * * ** **
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* * * * * * * * * * * *
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130 TAAAAATTAATGAGTAA-AAGAATTAAAAAATTAATCTATTTATCAAAC-AGTTCAAATAGT-TT
* * *
15768395 GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAGGACAC-TTTGTTTTGTCATAAAAAAATTAT
192 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT
* * * * *** *
15768459 TTCAATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTATGAAAATTAAAA
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* * * * *
15768524 ATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTGTC-GAACAAG
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* * * * * ** * **
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** * * ** *
15768627 ATAAAATGATTTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-T
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* *
15768691 TAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
130 TAA-A-AATTAATGAGTAAAAGAATTAAAAAA
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Statistics
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Consensus pattern (356 bp):
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TAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
AAAAATTAATGAGTAAAAGAATTAAAAAATTAATCTATTTATCAAACAGTTCAAATAGTTTGACT
ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA
TTCATACAAGCTTATTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAA
AATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACAG
Found at i:15762599 original size:177 final size:175
Alignment explanation
Indices: 15760596--15763333 Score: 1278
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15760586 ACAGTTAAGG
* * * * ** * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * *
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128 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCAAACAAGTTCAAATAGA-TATGA
* * * * * *
15760773 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACTTTTTATTTTGTAATAAAAAAATTTTTTT
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* * * ** * * * *
15760838 GTTAATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAGTACTAATTTGTTAATATTTATCAAACCAATT--T-
65 ATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT-TCAAA--AATTAATA
* * * * ** * * *
15760900 CAA-ATTGT----TAT-GA-CTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA
126 AAAGATT-TAAAAAATAAATCTATTT-ATCAA--A-CAAGTTCAAATAGATATGA
* * ** * * * * *
15760948 CTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTCGTTATAAGATAA-TAGTTT
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* ** * * *
15761012 CTGTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAACAATTAATGAG
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* ** * ** * * * * *
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124 TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGAT-ATGA
* * * * * * *
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* ** * * *
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64 C-ATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTC-AAAAATTAAT-
** * * * *
15761256 ATTAAGAGATTTAAAAAATGGATCTGTTTAAT-GAACCAGTTTAAATA-ATTATGA
125 A--AA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTT-ATCAAACAAGTTCAAATAGA-TATGA
* * * * * * *
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* ** *
15761375 CTATTCATACAAGCA-TATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAAT
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* * * *** *
15761437 AAGTAAAAGATCTAACAAATAAATTTATTTATCAAACAAGTTCAAATCTTTGTGA
122 AA-TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGATATGA
* * * ** *
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* * ** * * * * *
15761557 TGTTTATACAAGCTTATTCA-AATTAAAA-AAAATTACTTTATTAATATTTCGACAAATAATGAG
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* * * *
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* * * * * * ** * *
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* ** *
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* * * * *
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* * * * **
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* ** ** *
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* * * * * * * * *
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* * * ** * * * *
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* * * * *
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* * ** * * * * ** * *
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** * * * * *
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* ** * *
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* * *
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* ** * ** *
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* *
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* * * * * * *
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* * * *
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** * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * ** * * *
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** * * * **
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*
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* ** * * *
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTAT-A-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATT
* *
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* * * *
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* * * * * *
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* ** * * * *
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* * * * * *** * * **
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* * * *
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* * * * *
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* * * * **
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* * * * * *
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* * * *
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** * * *
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* *
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Indices: 15763343--15770473 Score: 3786
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15763333 TAATATTTTG
* * * * * * * * * *
15763343 AAAATTAATCAGTAAGAAATGTAAAAAGTAAAACTGTTTACCAAA-ACATTTCAAAAAGTTTTGA
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* * * * ** * * * *
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* * * * ** * * * *
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15763536 AAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGTCTAACCATTTCCAATAG-TAAGACTATATGAATGATT
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* * ** * * *
15763600 ATCTATTTCAAATTGGCATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTATGATCATAC-AGCT
256 ATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTATCATACAAGCT
* * * *
15763664 TATTTG-ATTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATCTAAAA
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* ** * * ** ** * *
15763728 AATAAATATATTTGCTGAACCAATTTAAATAATTAAAACTATTAAAATAATTATATATTTTAAAT
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* * ** * * * * * * *
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* * * * * * *
15763858 ATAATCCAAATTTATTAACATT-TGAAAAATTAATAGGGAACATATTTGAAAAAATATATCTGTT
514 ATAATCTAAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGAAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTT
* * *
15763922 TATTGAATAAGTTCAAATAATGATGACTATTTGAACA-AT-TATTT-ATT-T-ACCTTTTGTTTT
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* * *
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15764046 TATTTCA
705 TA-TTCA
*
15764053 AAAATTAATAAGCAAGAG-TTTAAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATG
1 AAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTA-TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * *
15764116 ACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
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* *
15764181 CAATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAT
129 CTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAT
* * * * * *
15764246 AAGTGATT-AAATAAA-CTTGTTTACCAAATCAATTCAAATAATTATGGCCATTTCATTAATTAT
194 AAGAGATTAAAATAAATC-TGTTTATCAAATCAATTCAAATAGTTATGGCTATTTGAATAATTAT
* * * * * * *
15764309 CTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTTTATTATACAAGTTTA
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* * * *
15764374 TTCGAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATCTCTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
323 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * *
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* * * * * * *
15764503 TTATAAGCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTTGAAATATAAT
452 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTT-CGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAAT
* * *
15764568 AATACT-AATATA-AAATATTCCAAAAAATTAATAA-AAGAGAGA-TTAAAAAA-AAAT-TGTTT
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** * * ** * * * * *
15764627 GCT-AACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATACGAACCGTTATCTATTTCAA--ATCA-TTTTTGTC
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** * * * *
15764688 TTGTCATAAAACAACTTTTTCAATTCATGCTAGCTTATTCAAAATGAAATAA-AATAAATTTATT
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* *
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* * * * * *
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1 AAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * * *
15764825 TATCTAAACAATTATTTTTTTCCAATCACTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTT
66 TATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
* * * * * * *
15764890 TGTTCATATAAGTTTGTTTAGAATAAAAGAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATT-A--ATA
130 TATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGATA
* * * **
15764952 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTA
195 AGAGA-TT--AAAATAAATCTGTTTATCAAATCAATTCAAATAGTTATGGCTATTTGAATAATTA
* * * * * * * *
15765017 TTTATTGCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATAGGTTTTGT-TCATACAAGCT
257 TTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTTTTATCATACAAGCT
* * * * * *
15765081 TATTTGGATTAAAATAATA-TCAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAA
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* ** * * *
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385 AATAAATCTATTTA-TTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA
* * * * * * *
15765209 TCGTTATGACC-TTTGTTTGGTCATAAAAAAATCATTTCATTCATATAAACTTATTTGAAATAAA
449 TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAA
* ** * *
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* * * *
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578 ATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-A-TATCTATTT---A--ATTGTAACCTTT
** * * * *
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699 TATTAATATTCA
* * * * *
15765477 AGACAATTAATAAGTAAAAGATCTAAAAAATAAATTTATTTACTAAACAAGTTCAAAT--TT-TG
1 A-A-AATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * *
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64 ACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
* ** * * * * * *
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129 CTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATA-ATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATG
* * * *
15765667 AGTAAAAGATTTAAACAATAAATATGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTCATGAG-TATTTGAA
192 A-TAAGAGA-TT-AA-AATAAATCTGTTTATCAAATCAA-TTCAAATAGTTATG-GCTATTTGAA
* ** *
15765730 TAATTATTTA-TT----TCG--ATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGCTTTAGT-TCACA
251 TAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTTTATCATA
* * * *
15765787 TAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATGAGCAAGAGAA
315 CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * *
15765851 TTAAAAAATTAATCTATTTATTGAA-CATGTTCAAATAGTTATAACTATCTGAACAATTATCTAT
379 TTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACCA-GTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * *
15765915 TTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTAT-GTTCATGCAA-CTTATTT
443 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATT-ATT-TCGTTCATACAAGCTTATTT
* * *
15765978 TGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAA-A-ATTCT-AAAAATA
506 GGAATAAAATAATCTAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-AAAGAGATT-TAAAAAATA
*
15766040 AATATGTTT-TCTGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTG
569 AATCTGTTTAT-TGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-A-TATCTATTT--AATTG
* * * * *
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628 -TA--ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTATTCATACAAGCTT-ATTCAAAATAAAA
* *
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688 TAATACTAATTTAT-TAATATT-CA
* * * * *
15766192 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAGAAAATAAATCTATTTACCGAACGAGTTCAAATAGTTATGAC
1 AAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
** * * * *
15766257 CCTTCAAACAATTATTTATTTCAAATCATTTTGATCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT
66 TATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT
* * *
15766322 ATTCATACAATTTTACTTC-AAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAGG
131 ATTCATACAAGTTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT-GA
** * * * * * * *
15766385 TTGGAGATCTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAGCAAGTTCAAATTGTCATGTCTATTTGAATTA
193 TAAGAGAT-T--AAAATAAATCTGTTTATCAAATCAA-TTCAAATAGTTATGGCTATTTGAATAA
* * ** *
15766449 TTATTTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATGATTG-TTTCTATTCATACAA
254 TTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTA-TCATACAA
** **
15766513 AATTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT--G--AGAGATTTA
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* * * ** * * * * *
15766573 AGAATTAAATCTGTTTATCAAATCAGTTCAAATACTTATGACTATTTGGACAATTATCTATATCA
382 AAAAATAAATCTATTTATTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
** ** * * * * * *
15766638 AATTGTTATGTTC-TTTGTTTTGTAATAAAACAATTACTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGATT
447 AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTC-GTTCATACAAGCTTATTTGGAAT
* * * *
15766702 AAAATATTGCTAAA-TTAATAATATTCTAAAAA--AATAAGAAAGAGATTTAAAGAATAAATGTG
511 AAAATAAT-CTAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* ** * ** * *
15766764 TTGATCAAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATTGT-TCTTA
575 TTTATTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CA-TATCTATTT--AATTGTAAC---
* * * * *
15766827 CTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACATGCTTATTCAAAATTAAATAATACTA
632 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
*
15766892 ATTTATTAACATTCAA
696 ATTTATTAATATTC-A
* * * *
15766908 AAAATTAATAAACAAGAAATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACGAAACAAGTTCAAATAGTTAT-A
1 AAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * *
15766972 TCTATTTGAACAATTATCTGTTT-AGAATAAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTC
65 -CTATTTAAACAATTATTTATTTCA-AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTT
* * * * * *
15767036 TC-AGTTCATAAAAGCTTA-TCTAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATTTTTCAAAAACTAAT
128 TCTA-TTCATACAAGTTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * ** * * *
15767099 AAGTTAA-AGATTTAAAAAATAAGTCAATTTATCGAATCGATTCAAATAATTATGG-TCATTTGA
191 --GATAAGAGA-TT--AAAATAAATCTGTTTATCAAATCAATTCAAATAGTTATGGCT-ATTTGA
* * * * *
15767162 ATAATTATTTATTTCAAATTGTTACGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCATCATA
250 ATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTATCATA
* ** * *
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315 CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * *
15767292 TAAAAAAT-AAT-TCTGT-TT--ACC-G---AAGT-AGT-T-CCTATTTGAATAATTATCTATTT
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* ** * * * * * * * * *
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* * * *
15767410 ATAAAATAATACT-AATTTAATATTATT-TCAAAAATTGATAA-CAAGAAGATTTAAAAAATAAA
509 ATAAAATAAT-CTAAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGAAAG-AGATTTAAAAAATAAA
* * ** * * * * ** *
15767472 CCTATTTGCTGAA-ACAGTTCAAACAATTAAGATTAAATGAACA-ATTACATGTTTACCAAAAAT
571 TCTGTTTATTGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACATA-T-C-TATTT------AAT
* ** * * * *
15767535 TATGGCCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTTTTTTCA-TCATTCTAGCTTATTCAAAATAAAATA
626 TGTAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
* *
15767599 ATATTAATTTATTAATCTTTCA
690 ATACTAATTTATTAAT-ATTCA
* * ** *
15767621 AAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAATAAACTAGTTCAAATA--TATGAC
1 AAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* ** * * * * * * *
15767680 TATTTGAACAA-TAGTAAACTTT-AAATCGTTATAACCTTTTATTCTATCATAAAACAATTATTT
66 TATTTAAACAATTA-TTTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
* * * * * * * * *
15767743 TTGTTCATACAAGTTTAGTCGAAATAAAATAAAACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAAC
129 CTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGA-
* * ** * * * * * *
15767808 TAAGAGAATTAAAAAATACATTTGTTTGCCAAA-CTAGTTCAAATATTTAAAGACTATATGAACA
193 TAAGAG-ATT--AAAATAAATCTGTTTATCAAATC-AATTCAAATAGTT-ATGGCTATTTGAATA
* * * * * *
15767872 AATATCTATTTGAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTT-TTTTTGAATTCATA
253 ATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTTT-TA-TCATA
* * * *
15767936 CTAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTT-AAAAA--ATTAA-TAAGAGAT
315 CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
** * ** * *
15767996 TTAAAAAATAGTTC-GTTTA-CCAATCCAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTAT
379 TTAAAAAATAAATCTATTTATTGAA-CCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* ** * * * * * * * *
15768059 TACAAATTGTTTTGGCATTTTGTTTTGTTATAAAACAAATGT-TTTTGTTCATACAAGTTTGTTC
443 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAAT-TATTTCGTTCATACAAGCTTATTT
** * * *
15768123 AAAATAAAGTAATACT-AATCTATTAATATT-TCAAAAA-T--T-AGTAAGAGATTTAAAAAATA
506 GGAATAAAATAAT-CTAAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATA
* ** * * *
15768182 AATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATCAT-
569 AATCTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-A-TATCTATTT--AAT--TG
* * * * ** * * *****
15768246 TATGACTTTTTGTTCTATCATAAAACGATTGTTACTGTTCATATAAGCTTATTTGGGTTAAAATA
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**
15768311 ATACTAATTTATTAATATTTTG
690 ATACTAATTTATTAATA-TTCA
* * * * * * * * * * *
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1 AAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * *
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* * * * * * **
15768462 AATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTAT-GAAAATTAAAAAT
130 TATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATGA-
* * * * * * * * *
15768526 TAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTGTCGAA-CAAGTTTAAATAATTTTGACTATTTCG-ACA
193 TAAGAGA-TT--AAAATAAATCTGTTTATCAAATCAA-TTCAAATAGTTATGGCTATTT-GAATA
* * *** * ** ** *
15768589 ATTATCTATTTGAAATCACCATAACCTTTCATTTTGTCATAAAATGATT-TTTTTTGTTCATACA
253 ATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTT-ATCATACA
* *
15768653 AGCTTATTTTG-AATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGAT
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* ** * * *** * * *
15768715 TTAAAAAA-AATTCTATTTACCGAACAATTTCAAATTGGTATGACTTTTTG--T-TTTGTC-A--
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* * *** * **
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** * * ** ** ** * * * *
15768822 -AATTTATTAGTATTTTGA-CAATTAATA-AGTAAAACATTTAAAAAATAAATATGTTTTTCAAA
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* * * ** * *
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* * * * * * * *
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* * * ** ** *
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* * * ** *
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* * ** *
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* * * * * * * *
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192 A-TAAGAG-ATT--AAAATAAATCTGT-TTATCAAATCA-ATTCAAATAGTTATGGCTATTTGAA
* * * * * * * * * * * *
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** *
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315 CAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * * *
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379 TTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACCA-GTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* * ** * * **
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* * * *
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* * * * * * * *
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** * * * * * *
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*** * * * * * * * * *
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** * * *
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* * * * * * ** * *
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* * * * *
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* * * * * *
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320 TTATTTGA-AATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * *** * * * * * *
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382 AAAAATAAATCTATTTATTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
* * * * * * ***
15770170 AATCATTCTTACCTTTTG-CTTGTCAT-AAAATAGTATTTTCAGTTCATACATGCTTATTCAAAA
447 AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTA-TTTC-GTTCATACAAGCTTATTTGGAA
* * ** * *
15770233 TTAAATAATGCT-AATTTGTTAGCATTC-AGAAAATTAATAA-ACAACAAATTTTAAAAAATAAA
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* * * *
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* * * ** * * *
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* * *
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* * **
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Statistics
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257 TTATTTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAT--TCATACAA
* * ** *
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320 GCTTATTTAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-AG-AAGAGATTTA
* * * * ** ** * * *
15763725 AAAAATAAATATATTT-GCTGAACCAATTTAAATAATTAAAACTATTAAAATAATTATATATTTT
382 AAAAATAAATCTATTTATC-GAA-CAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * ** * * * * * * * * *
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* * * ** * * * * *
15763853 ATAAAATAAT-CCAAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAGGGAACATATTTGAAAAAATATAT
508 ATAAAATAATACTAAA-TTAATAATATTCCAAAAA-TAATAAGAAAGAGATTT--AAAAATAAAT
* * * * * *
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569 -TG-TTATCGAACAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTA
* * *
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631 CCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
*
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694 TAATTTATTAATA-TTCAA
* *
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1 AAAATTAATAAGCAAGAAATTT-AAAAAATAAATCTA-TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * *
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*
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* * * * * * * *
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191 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-TGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * *
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254 TAATTATTTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTTATTCATA
* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* *
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507 AATAAAATAATACTAAAT-TAATAATATTCC-AAAAA-TAATAAGAA-AGAGATTTAAAAATAAA
* * **
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* * * * * *
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630 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
* *
15764741 ATAAATTTATTCATATT-AA
693 CT-AATTTATTAATATTCAA
* * * * * * *
15764760 AAAATTAATATGCAAGAGACTTAAAAAATAATTCTATTTACCCAACCAGTTCAAATAATTATGAC
1 AAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * *
15764825 TATCTAAACAATTATTTTTTTCCAATCACTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTT
66 TATTTAAACAATTATTTATTT-AAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTT
** * * * * * *
15764890 TGTTCATATAAGTTTGTTTAGAATAAAAGAATACTAATCTATTAATATT-TCAAAAA-T--TAA-
128 CATTCATACAAGTTTATCTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTCAAAAATTAATAAG
* **
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* ** * * * * * *
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257 TTATTTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTTATTCATACAAG
* * * * * * *
15765079 CTTATTTGGATTAAAATAATA-TCAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTTA
321 CTTATTTAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-AG-AAGAGATTTAA
* ** * * * *
15765143 AAAATAAATATGCTTACCTAACTAGATCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
383 AAAATAAATCTATTTATCGAAC-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * * *
15765208 ATCGTTATGACCTTTGTTTGGTCATAAAAAAATCATTT-CATTCATATAAACTTATTTGAAATAA
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* ** *
15765272 AATAATACTAAATT-ATCAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATT
512 AATAATACTAAATTAAT-AATATTCCAAAAA-TAATAAGAAAGAGATTTAAAAA-TAAAT-T-GT
* * * * * * ** *
15765336 TAAT-GAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTGAAATCATTGTAACCT
572 T-ATCGAACAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCT-ACCT
** * * * * *
15765400 TTTGTTTTGTCATAAATGATTTTTTTCTATTTATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATACAAA
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15765464 TTTATTAATATT-AA
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* * * * *
15765478 GACAATTAATAAGTAA-AAGATCTAAAAAATAAATTTATTTACTAAACAAGTTCAAAT--TT-TG
1 -AAAATTAATAAGCAAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * *
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* * * * * * * * *
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128 C-ATTCATACAAGTTTATCTAAAATAAAATA-ATACTAATTTATTAATATTCTCAAAAATTAATA
* * * * *
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191 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* * * * * *
15765732 ATTATTTA-TT----TC--GATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGCTTTAGTTCACATAA
256 ATTATTTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAA
* *
15765790 GCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGCAAGAGAATTA
320 GCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-AG-AAGAGATTTA
* * * * *
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382 AAAAATAAATCTATTTATCGAACA-GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * ** * *
15765919 AAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTATGTTCATGCAA-CTTATTTTG-AA
446 AATCGTTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATATTCATACAAGCTTA-TTTGAAA
*
15765982 TAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAA-A-ATTCTAAAAATAAATA
509 TAAAATAATACTAAA-TTAATAATATTCCAAAAA-TAATAAG-AAAGAGATT-TAAAAATAAAT-
* * * * *
15766044 TGTTTTCTGAACACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGTTATGA
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* * * *
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631 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTT-ATTCAAAATAAAATAATAC
* * *
15766173 TAATTTTTCTAAAATTCCA
694 TAATTTAT-TAATATTCAA
* * * *
15766192 AAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAGAAAATAAATCTATTTACCGAACGAGTTCAAATAGTTATGA
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** * * * *
15766256 CCCTTCAAACAATTATTTATTTCAAATCATTTTGATCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
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* * * *
15766321 TATTCATACAATTTTA-CTTCAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCT-AAAAATTAATAG
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** * * * * * * *
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** *
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257 TTATTTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAG
* * *
15766514 ATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT-G-AGAGATTTAAGAA
321 CTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAGAAGAGATTTAAAAA
* * * * * * *
15766577 TTAAATCTGTTTATCAAATCAGTTCAAATACTTATGACTATTTGGACAATTATCTATATCAAATT
386 ATAAATCTATTTATCGAA-CAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
** * * * *
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* * *
15766706 TATTGCTAAATTAATAATATTCTAAAAA-AATAAGAAAGAGATTTAAAGAATAAATGTGTTGATC
514 TAATACTAAATTAATAATATTCCAAAAATAATAAGAAAGAGATTTAAA-AATAAAT-TGTT-ATC
* * *
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* * * *
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*
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703 AATATTCAA
* * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * *
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** * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* *
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* * ** *
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* ** * * * * * * *
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** * * * *
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* * * ** * * *
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* * * *
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** * * * *
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* * * * * * * * * * * **
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* * * *
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* * ** * * * ** * *
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* * * * * * *****
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***
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697 TTTATTAATATTCAA
* * * * * * * * * *
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* * * * * *
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66 TATTTAAACAATTATTTATTT-AAATCATTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
* * * * * * *
15768462 AATTCATATAAGCTTAT-TCGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTAT-GAAAATTAAAAA
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* * * * * * * *
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* * ** * * ** * * * *
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256 ATTATTTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTTATTCATACAA
* * *
15768654 GCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATA--TTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTT
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* * *
15768717 AAAAAA-AATTCTATTTACCGAACAATTTCAAAT
381 AAAAAATAAATCTATTTATCGAAC-AGTTCAAAT
15768750 TGGTATGACT
Statistics
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Consensus pattern (711 bp):
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TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAGAAGAGATTTAAAAAATAAA
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ACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT
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CAATTGTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAA
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Indices: 15768753--15770558 Score: 1179
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* * ** *** *
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* * * * * *
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* *
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* * * *
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* * ** * * *
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* * *
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* * * * * **
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**
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* * * * *
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* * * * * * **
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** * * * * ** * *
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* * * * * *
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* * * * * **
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* * ** **
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* * * * *
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*** * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * ** * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * **
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* *
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* *
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* *
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* * *
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* * * * * * * * *
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* *
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* * * *
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* ** * * * * * *
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* * * * * *
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* * * ** * * * *
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* * * * * * * * *
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* *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* ** *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* *
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** * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * ** * * **
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* * * * * * * * * *
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TAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
TAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTG
TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAATTTATT
AATAGTTTCAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTTCTAAACCAATTCAAATA
GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAACAAT
TGTTTTTGTTCATACAAGCC
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* * * * * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAT-AAAT
* * * * * *
15780842 -TGTTGGT-CT-GACCAGTGCAAATGGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
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* * * * *
15780904 TAACCTATTGTTTTATCACAAAATAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTG-
128 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTA-TTGA
* * * * ** *
15780957 AATAACATAATTCT-ATTTGATTAATATTCTGAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATGAAT
1 AATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * * *
15781021 TTTTTTA-TCAAAAAAGTACAAATAATTATGACTATGTGAATAGTTATCTATTTCAAATCACCTA
65 CTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTA-TTA
* * * *
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128 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTGA
* * * * * * *
15781139 AATAAAAT--TACATAAATTTATTAGTATTTGGACACA-TAGTAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
1 AATAAAATAATAC-T-AATTTATTAATATTT-TAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * *
15781201 ATTTATTTA-TCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTT
63 ATCTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATT
* * * * * *** * * *
15781265 ATGACTTTTTGTTTTGTCATGACACAATTATTTTTCTTCATATAAGCCTATTCA
127 ATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTGA
* * * * * **
15781319 GATTAAAATAATATTAATTTATTAAGATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-TGAAATAAAT
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * **
15781383 ATGTTTA-TCGAACAAGTT-AAAGAGTCATAACTGTTTGAATAATTATCTATTCCAAATCGTTAT
65 CTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTAT
* * * * *
15781446 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTCGA
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* *
15781499 AATAAAAT-ATCACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAAATGA
1 AATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT--AAAAAATAA
* * * *
15781563 ATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTA
63 ATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTA
* * *
15781628 TAACCTTTTGTTTT-TCCATAAAATAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCA
128 TAACCTTTTGTTTTGT-CATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTA-TTGA
** * * *
15781682 AATAAAATAAT--TAAATTTATTAATATTCCAAAATTTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * *
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* * * ** * *
15781808 CACCTTTTGTTTTGTGATAAACCAATTGTTTTTGTCCATACAAGCTTATTCAA
129 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT-GA
* * * *
15781861 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAAACAAA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT--AAAAAATAAA
* * * ** * * * * * *
15781926 TATATTTACTGAGTAAGCTCAAATAGTTATGACTGTTTGAGCAATTTTTTATTT-AAAATAGTTA
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* * ** * * * *
15781990 TGATCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTATTT-ATATTCATACAAGTTTATTTGG
128 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-GTTCATACAAGCTTA-TTGA
* * ** * * *
15782044 AATAAAGTAATACTACTTTATTAAATATTTTGTAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATT-AATATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * *
15782109 TTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCCATTTCAAATTGTTTTG
65 CTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATA
* * *
15782174 ACCTTTTGTTTTGT-AGTAAAACAATTGTTTTTA-TTCATAC-AGAATTATTCAA
130 ACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTG-TTTCAGTTCATACAAG-CTTATT-GA
* * *
15782226 AATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTTGAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAACTAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * ** *
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* * ** * *
15782351 ATC-TTTATTTTGTCATACAAA-AATTGTTTCTTTTCACATAAGCTTATTCG-
130 ACCTTTTGTTTTGTCATA-AAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT-GA
* * * * * * *
15782401 ATTAAAATGATAATAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGCAAGAGATCTAAAAAATAAATA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * *
15782466 TATTTA-TCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTA
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* * * * *
15782530 ACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGG
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* ** *
15782582 AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTAAAAAAATTAATAAGCAAGGGATTTAAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAAT
* * * * *
15782647 CTGTTTACTAAACAATTTCAATTAGATATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTATCT-T
65 CTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTAT-TAT
* * * * *
15782711 AACCTTTTGTTTTATTATAAAACAATTGTTTCAGTTAATA-AAACTTATCTAA
129 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTAT-TGA
* * * * * *
15782763 AATAAAATAATACTACTTTATTAATAGTTCAAAAATTATTAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAAGT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAA-T
* * * * * * * **
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* * * * ** * * *
15782891 GA-TTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGATCATACAAGCTGATTTGGGT
129 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TT--GA
* * * *
15782945 AA-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATG
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * * *
15783009 TGTTTTCCAAATC-AGTTCAAATAGTTAAGATTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTC
66 TGTTTACTAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATA
* * *
15783073 A-CTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTGTTTCCA-TTCATACAAGCTTATTCGA
130 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-CAGTTCATACAAGCTTATT-GA
* ** *
15783124 AAGAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGGAAAAATAAA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAA
* * * * * *
15783188 TCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGCTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTAT
64 TCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTAT
* * * * * * **
15783253 GAACTTTTTGTTTTGGCATAAAACAATTGTTTCAGTTTACAAAAGTTTATCCAA
129 -AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTAT-TGA
*
15783307 AATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-CAAGAGATTTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * ** * * * * * *
15783368 AGTTTACTGAATTAGTTTAAATAATTATGGA-TATTTAAACAATGATCTATTTCAAATCATTATT
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** *
15783432 ACCTTTCATTTTATCATAAAACAATTGTTT
130 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
15783462 TTCAACATGC
Statistics
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* * * *
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* * * *
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** * ***
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* * * * * *
15783710 CATATAAATTTATTAGAAATAAAATAATACTAAATTAATA-ATGTTCTAAAAATTCATAACTAAT
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** * *
15783774 AGATTTAAAAATAAATTTGTTTGTTGAACT-AGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATT
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* * * * *
15783838 TATTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTCAGCT
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* * * *
15783893 CATCCAAGTTTATTTGTAATAAAATAAAACTGATTTATTGATATTTCAAAAATTTA-TAAGAGAT
1 CATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATT-ATATTTCAAAAATTTACTAAGAGAT
15783957 TTAAAAAATAAATTTGTTTA
65 TT-AAAAATAAATTTGTTTA
15783977 ACTATTTGTA
Statistics
Matches: 213, Mismatches: 40, Indels: 24
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (175 bp):
CATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTATATTTCAAAAATTTACTAAGAGATT
TAAAAATAAATTTGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTC
AAATCATTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTAGCT
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15784013 GAAATCCGTT
* * * * ** *
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* * ** * *
15784087 ACAAACAATTGTTTTATGACTAAGCAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATT
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* * * * * *
15784152 A-TTATAACTACTTGAA-TTGGTTTGGTAAATAGATTTGTTTTCTT-AAATCTCTTATTAATTTT
127 AGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACAGATTTATTTT-TTAAAATCTCTTATTAATTTT
** * * ** * * * ***
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** * * * * *
15784279 TACCACAAAACAAAAAGGTCAT-ATCGAATTGAAATAGATAATTATTCATATAGCCTTAACTATT
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* ** * *
15784343 TAAATTGGTTCAACAAACAAATTTATTTTTAAAATTTC-A
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* * * ** * * * * *
15784382 TAGTTATTGATTTTCATCATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAAC
1 -ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT
* * * * * * * ** *
15784447 ATAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTAAAATATACCATTATTCAAATA
65 AGAAACAATTGTTTTATGA-TAAA-AAAAAGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * **
15784512 GTAATAACTATTT-AAATTGGTTTGGT-AACTATATTTATTTTTCAATTCTCCTACTTATTAATT
128 GTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAAC-AGATTTATTTTTTAA-AAT-CT-CTTATTAATT
* * * * ** *
15784575 TTTGAACTATTAATAAAATTAGTATTATTGTATTTTAAATAAACTTGTATG-ATGAAAAACAATT
188 TTTGAAATATTAAT-AAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGGTTGTATGAAT--AAAACAATA
** * * *
15784639 GTTTTATAATAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTA
250 AATTTATAACAAAAAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTA
* * **
15784704 TTTGAACTGATTCGATAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTA
314 TTTGAATTGGTTCGGCAAAC-AATTTATTTTTTAAATCTCTA
* * * * * * * *
15784746 ACCTCTCAATTTTT-GAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGAT-AGGTTTTATTGAA
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* * * *
15784809 TTGAAACAATTGTTTTATAATAAAAAAAAGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTACAAATAA
64 TAGAAACAATTGTTTTATGATAAAAAAAAGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAG
*
15784874 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAAATTTCTTGCTTATTAATTTT
129 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAAA--TC-T-CTTATTAATTTT
** * *
15784939 TTTAATGTTAATAAAATT-ATATTATTTTATT-TCAAATTAGGTTGTATGAACTAAAA-AA-AAA
190 TGAAATATTAAT-AAATTAATATTATTTTATTCT-AAATAAGGTTGTATGAA-TAAAACAATAAA
* * * * *
15785000 TTTATAACAAAATAAAAAGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGCCTTAACTATT
252 TTTATAACAAAA-AAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATT
* *
15785065 AT-AATTGGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTT
316 -TGAATTGGTTCGGCAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTA
* ** * ** *
15785105 ACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAGTTTAGCATTATTTTATGATGAATAAGCTTGCATGAATA
1 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATA
* * * *
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* * * * *
15785233 TCATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAATAGATTTAGTTTTT-AAATCTCTTATTAATTTTTGAA
129 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTATTAATTTTTGAA
** *** *
15785297 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAATAAAACAATTGTTTTACAA
194 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGGTTGTATGAATAAAACAATAAATTTATAA
* * **
15785362 CAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATGGACATGGTTATTTGAACT
259 CAAAA-AAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATGGCCATAATTATTTGAA-T
* *
15785426 T-GTTCAGCAAACATATTTATTTTTTACATCTAC-A
321 TGGTTCGGCAAACA-ATTTATTTTTTAAATCT-CTA
*
15785460 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATA
1 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATA
* * * *
15785525 GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
66 GAAACAATTGTTTTATGAT-AAA-AAAAAGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* *
15785590 TCATAACTATTTGAACTCGCTC-ATTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTATTAATTTTT-A
129 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTATTAATTTTTGA
* ** * * ** * * * *
15785652 GAATTTTAATAAATTGGTAGTATTTTTATTCCAAATAATTTTTTATGAACAAAAACAATTAGTTT
193 -AATATTAATAAATTAATATTA-TTTTATTCTAAATAAGGTTGTATGAA-TAAAACAATAAATTT
* * * * ** *
15785717 ATGACAAAACAAATGATCAT-ATGATTTGAAATGGATAATTATTCAAA-CACTCATAACTATTT-
255 ATAACAAAAAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGC-CATAATTATTTG
** * * *
15785779 AAACGTGTT---TAGA-AA---ACTTTTT---T-T-T-
318 AATTG-GTTCGGCAAACAATTTATTTTTTAAATCTCTA
* ** * *
15785804 -CTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTATTTAAAATAAGCTTGCACGAA
1 ACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
* * ** * * *
15785866 CA-AAACCAATTGTTTTGTGGCAAAATGAAAGGTCATAAT-ATTTTAAAATAGATAATTATTCAG
64 TAGAAA-CAATTGTTTTATGATAAAA--AAAAGTCATAATGATTTT-AAATAGATAATTGTTCAA
* ** *
15785929 ATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCTG-TAAACAGATTCT-TTTTTTAGTTATCTTACTCATTA
125 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GATAAACAGATT-TATTTTTTA-AAATC-T-CTTATTA
* * * ** * *
15785992 ATTTGTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTC-AAATAAACTTATATGAATTGAAACAA
185 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCTAAATAAGGTTGTATGAA-TAAAACAA
*** * * * * * * * *
15786056 TTGTTTTATTACAATAGAAAAGGTCATAATCATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGAC
248 TAAATTTATAACAA-AAAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAAT
* * * *
15786121 TATTTGAACTT-GTTTGGTAAACATATTTACTTTTTTAAATCTTTT
312 TATTTGAA-TTGGTTCGGCAAACA-ATTTA-TTTTTTAAATCTCTA
* * * * * * * * *
15786166 ACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATAATTTTAATTT-ACATAAACTTATATGAAC
1 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTATGAAT
*
15786230 AAAAACAATTGTTTTATGA
65 AGAAACAATTGTTTTATGA
15786249 CAGAACAAAA
Statistics
Matches: 1476, Mismatches: 296, Indels: 185
0.75 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
341 1 0.00
342 11 0.01
343 126 0.09
344 4 0.00
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ATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTATTAATTTTTGAAAT
ATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGGTTGTATGAATAAAACAATAAATTTATAACA
AAAAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAATTGGTT
CGGCAAACAATTTATTTTTTAAATCTCTA
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* *
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1 TCATAACTATTTAAATAG
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1 TCATAACTATTTAAA
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TCATAACTATTTAAATAG
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* * * * *** *
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* * * * * * *
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* * ** * *
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* * * * * ** * *
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* * ** * * *
15784267 AAATATTTGTTTTACCACAAAACAAAAAGGTCAT-ATCGAATTGAAATAGATAATTATTCATATA
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGATCATAAT-GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * ** * *
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128 GTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-T
* * * ** * * * **
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1 -CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAAA-
* * * * * **
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64 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * ** * * *
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127 AGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAAC-AGATTTATTTTTTAA--AT-CT
* * **
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1 -CTTATTAATTTTTAGAA-TATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGA-
* * * * *
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62 AAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * *
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127 AGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAG-TAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCT
* * * * ** **
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** * * * * *
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* *
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124 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTT-AAA--TC-T
** * * **
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1 -CTTATTAATTTTTAGAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAATTTTGTATGAA
** * * * *
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* * ** * *
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* ** * ** * ** *
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1 -CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAA-A
* * * * *
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64 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTATTCAAATA
* ** * *
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128 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* *
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1 CTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAAAA
** *
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65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATA
* *** * * *
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128 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* * **
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1 ----CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGA
* * * * * *
15785522 ATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
62 A-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * *
15785587 TAGTCATAACTATTTGAACTCGCTCATTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
126 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * * *
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1 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAA-A
* * *
15785703 AAAACAATTAG-TTTATGACAAAACAAATGATCAT-ATGATTTGAAATGGATAATTATTCAAACA
64 AAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * *
15785766 CTCATAACTATTTAAACGTGTTTAG--AA-A-A---CTTTTTT---T-T
128 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* ** * *
15785804 CTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTATT-TAAAATAAGCTTGCACGAA
1 CTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCT-AAATAATTTTGTATGAA
* * * ** * * *
15785866 CAAAACCAATTGTTTTGTGGCAAAATGAAAGGTCATAAT-ATTTTAAAATAGATAATTATTCAGA
63 -AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * *
15785930 TAGTCATAACTATTTGAACTTATTCTGTAAACAGATTCT-TTTTTTAGTTATCTT
126 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATT-TATTTTTTA--AATC-T
* * * ** *
15785984 ACTCATTAATTTGTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTC-AAATAAACTTATATGAAT
1 -CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGTATGAA-
** * * * * *
15786048 TGAAACAATTGTTTTATTACAATAGAAAAGGTCATAATCATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
63 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* ** *
15786113 GTCATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTACTTTTTTAAATCTTTT
128 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATC---T
* * * * * * ** *
15786166 ACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATAATTTTAATT-TACATAAACTTATATGAAC
1 -CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAATTTTGTATGAA-
*
15786230 AAAAACAATTGTTTTATGACAGAACAAAA
63 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
15786259 ACAATTGTTT
Statistics
Matches: 1620, Mismatches: 328, Indels: 214
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Matches are distributed among these distances:
164 1 0.00
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AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
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1 GAACAAAAACAATTGTTTTATGACA
*
15786276 AAACAAAAA
1 GAACAAAAA
15786285 GCCATAACAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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GAACAAAAACAATTGTTTTATGACA
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Indices: 15786050--15786465 Score: 452
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15786040 ATATGAATTG
* * * * * * * * *
15786050 AAACAATTGTTTTATTACAATAGAAAAGGTCATAATCATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
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* * ** * *
15786115 CATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTACTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTC
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* * *
15786180 AAAATATTAATAAATTAATATAATTTTAATTTACATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTT
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*
15786245 ATGACAGAACAA
196 ATGACAAAACAA
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1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGCCATAATC-AGTTGAAATAAATAA-TGATACAAATA
*
15786320 GTCATAACAATTTGAACTTGTTCAGTGAACAAATTTA-TTTTTTAAATATTTTACATT-TGTAAT
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** * * * * * *
15786383 TGTCTTAATATTAATAAATTTGAT-TTATATT-ATTTGAAATAAGA-TTGTGTGAATAGATAA-A
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15786444 ATTCTTTTATGACAAAACAA
188 ATTCTTTTATGACAAAACAA
15786464 AA
1 AA
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGCCATAATCAGTTGAAATAAATAATGATACAAATAGT
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AAAATATTAATAAATTAATATAATATTAATTTAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTCTTTT
ATGACAAAACAA
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15786470 TTAGCGATTT
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1 CAAATAG-CATAATTAT
15786513 TTAAACTTTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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CAAATAGCATAATTATG
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15786666 GTTCGGCAAT
* * * ** * *
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* * * * * * * * *
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* * * ** *
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* * * * *
15786856 CAAATTTATTTTTTAAATCTCATATTTATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
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* * * * * * * * * * *
15786921 TTGC-AAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATT
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* * * * * *
15786985 TCAAATAAATAATTGTTCAAATAATTATAATTATTTTATAATTACTTAAACTAATTTGGTAAA
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* * * *
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1 TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT--AATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * *
15787113 -TTCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATGACAATT
64 TTTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAATAATT
*
15787177 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTATTTTGGTAAA
129 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTAATTTGGTAAA
* * *
15787229 TAGATTTA-TTTTTAGATCTCTTAC-TA-AATCTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATT
1 TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * *
15787291 TC-AAATTAGCTTGTATG--TTGAAAACGAATTGTTTAATGATAAAACAAAAGGTAATAATGATT
66 TCTAAATAAGCTTGTATGAATAG-AAAC-AATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAATAATT
* * * * * *
15787353 TGAAATATATAATTGTTCAAAT-GGCAATAATTAATTTG-AACTGATTTGATAAA
129 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACT-ATTTGAAATTAATTTGGTAAA
* *
15787406 CT-GAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTT
1 -TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-TAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
** *
15787470 ATTT-TGGATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAA-GTTCATAATAA
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* * * * ** *
15787533 TTTTAAATAGATAATTGTTCAATTAATAATAACTATTTGAGCTT-GTTTGGTAAA
127 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTAATTTGGTAAA
* * *
15787587 CATATTTATTTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTA-TT
1 TAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTA-TAA--TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* ** * *
15787650 TATTATTCTGAATTTGCTTGTATGAACT-GAAACAATTATTTTATGACT-AAACAAAAGGTTAGA
62 TA-T-TTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGGTTATA
* * * * * *
15787713 ATGATTTGAAATAGATAATTATTC-AATAGTCTTAACCATTTGAAA-TAATTCGGCAAA
123 ATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTAATTTGGTAAA
* * * *
15787770 CACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTATAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA
1 TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-TAATTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * * * ***
15787835 -ATCTTAATAAGCTTGTATG-ATAAGAAATAACTT-TTTCATAACAAAAC-AAAGATCATAGCGA
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* * * * * *** * ** ***
15787896 TTTGAGATTGATATTTATTCAAATGGTTGCAACTATTTG-AACTGGTTTAAAAAA
127 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTAATTTGGTAAA
* * * * *
15787950 TAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTGA-TTAATAATTTTTGAAATATTAATGAAGTAGCATTATTTT
1 TAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTT-ATAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * ** * * * * * * *
15788014 ACTTC-GAATAAATTTTTATGAATTGCAACAATTGTTTTATGATAAAAAAAAAAGTCATAACAAT
63 ATTTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAATAAT
* *
15788078 TTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATATCTATTTGAA
128 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
15788118 TTTGTTAGGT
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Consensus pattern (181 bp):
TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
TCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAATAATTTG
AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTAATTTGGTAAA
Found at i:15787505 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 15787033--15788117 Score: 897
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15787023 TAATTACTTA
* * * * * *
15787033 AACTAATTTGGTAAA-TAGAATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATAAAATTTTGAAATATTAAGA
1 AACTGATTTGGTAAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* * * * * *
15787097 AATTAGTTTTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGATAGAACAA
66 AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAA
* * *
15787162 AAGGTTATGACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-
131 AAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GGCATAACTATTTG
* * * * *
15787213 AAATTATTTTGGTAAA-TAGATTTA-TTTTTAGATCTCTTAC-TA--AA-TCTTGAAATATTAGT
1 AACTGA-TTTGGTAAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
** * * *
15787272 AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATTAGCTTGTATG--TTGAAAACGAATTGTTTAATGATAAAA
65 AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAG-AAAC-AATTGTTTTATGATAAAA
* ** * *
15787335 CAAAAGGTAATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATGGCAATAATTAATTTG
128 CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGC-ATAACT-ATTTG
* *
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1 AACTGATTTGGTAAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* * *
15787455 AAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAA
66 AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAA
* * * * ***
15787520 AAGTTCATAATAATTTTAAATAGATAATTGTTCAATTAATAATAACTATTTG
131 AAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GGCATAACTATTTG
* * *
15787572 AGCTTG-TTTGGTAAAC-ATATTTATTTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATGTTA
1 AAC-TGATTTGGTAAACTAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTA
* ** *
15787634 ATAAATTAGTATTATTTATTATTCTGAATTTGCTTGTATGAACT-GAAACAATTATTTTATGACT
63 ATAAATTAGTATTA-TT-TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA-T
* * ** * * * *
15787698 -AAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTC-AATAGTCTTAACCATTTG
124 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GGCATAACTATTTG
* * * * * * * *
15787755 AAATAATTCGGCAAAC-ACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTATAAAATATTATTA
1 AACTGATTTGGTAAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* * * * *
15787819 AATTAGTATTATTTTAATCTT-AATAAGCTTGTATG-ATAAGAAATAACTT-TTTCATAACAAAA
66 AATTAGTATTATTTT-ATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAA-TTGTTTTATGATAAAA
* * * * * * * *
15787881 C-AAAGATCATAGCGATTTGAGATTGATATTTATTCAAATGG-TTGCAACTATTTG
128 CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCAT--AACTATTTG
* ** * * * *
15787935 AACTGGTTT-AAAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTGA-TTAATAATTTTTGAAATATTAAT
1 AACTGATTTGGTAAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * * * ** * * * *
15787998 GAAGTAGCATTATTTTACTTCGAATAAATTTTTATGAATTGCAACAATTGTTTTATGATAAAAAA
65 AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACA
* * * *
15788063 AAAAGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATATCTATTTG
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1 AA
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Statistics
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AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAA
AAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCATAACTATTTG
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Alignment explanation
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* * * *
15787033 AACTAATTTGGTAAA-TAGAATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATAAAATTTTGAAATATTAAGA
1 AACTAATTTGGTAAACT-GAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* * *
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65 AATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAA
* * * *
15787162 AAGGTTATGACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTATTTTGGT
130 AAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAAATT-GTTTGGT
* * *
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* * *
15787285 T-TTATT-TCAAATTAGCTTGTATG-TTGAAAACGAATTGTTTAATGA-TAAAACAAAAGGTAAT
258 TATTATTCT-AAATTAGCTTGTATGACTG-AAAC-AATTATTTAATGACT-AAACAAAAGGTAAG
* * *
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319 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAATA-GGC-ATAA-CAATTTG
* *
15787391 AACTGATTTGATAAACTGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
1 AACTAATTTGGTAAACTGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
* * ** * *
15787456 AGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAA
66 ATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAA
* * * **
15787521 A-GTTCATAATAATTTTAAATAGATAATTGTTCAATTAATAATAACTATTTGAGCTTGTTTGGTA
131 AGGTT-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAAATTGTTTGGTA
* * *
15787585 AACATATTTATTTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATT
195 AACAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTACTTA-TAA-TTCTTGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * *
15787650 TATTATTCTGAATTTGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAAT
258 TATTATTCTAAATTAGCTTGTATG-ACTGAAACAATTATTTAATGACTAAACAAAAGGTAAGAAT
* * *
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322 GATTTGAAATAGATAATTATTCAATAGGCATAACAATTTG
* * * ** * * * *
15787755 AAATAATTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTATAAAATATTATTAA
1 AACTAATTTGGTAAACTGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
* * *
15787820 ATTAGTATTATTTTAATCTTAATAAGCTTGTATGA
66 ATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGA
15787855 TAAGAAATAA
Statistics
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AACTAATTTGGTAAACTGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
ATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAA
AGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAAATTGTTTGGTAA
ACAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTACTTATAATTCTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTAT
TATTCTAAATTAGCTTGTATGACTGAAACAATTATTTAATGACTAAACAAAAGGTAAGAATGATT
TGAAATAGATAATTATTCAATAGGCATAACAATTTG
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15786691 ATTTTCTTGG
* * * * * * *
15786701 TTATTAAGTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTC-CAA-AAGAAATAGTATGAACA
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* * * ** * *
15786764 GAACTAATTGTTTGATGACAAAACAATAA-GTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATA
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* * * * * * *
15786828 GTCAA-AA-TATTTGAAA-TGGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCATATTTATTAATT
127 AT-AATAACTATTT-AAATTAGTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTA-CTA--AATC
* * ** * * *
15786890 TTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTGCAAACAAACTTATATGAAC-AAAAAC-AATT
186 TT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATTAGCTTGTATG--CTGAAAACGAATT
* * * * * * * ***
15786953 ATTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAATTATAATTA
248 ATTTAATGATAAAACAAAAGGTAAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTC--A-AATGGCAA-TA
* * ** * * *
15787018 TTTTAT-AATTACTTAAACTAATTTGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTTTTAC
309 ----ATCAATT--TGAAA-TAATTCGACAAACACAATTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * *
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1 TTAT-TAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTTAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * * *
15787138 AATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATGACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
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* * *
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* * *
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* * * * * *
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* * **
15787398 TTGATAAACTGAATTATTTTTTAAATCTCTTAC
325 TCGACAAACACAATTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * *
15787431 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTT-ATTTTGGATAAGCTTTTATGAATAG
1 TTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTT-AATAAGCTTGTATGAATAG
* * * *
15787495 AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAA-GTTCATAATAATTTTAAATAGATAATTGTTCAATTAA
64 AAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTT-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAA
** *
15787559 TAATAACTATTTGAGCTT-GTTTGGTAAACATATTTATTTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTT
128 TAATAACTATTT-AAATTAGTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTT-AAATCTCTTAC-TA--AA--T
* * * *
15787623 TTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTA-TTTATTATTCTGAATTTGCTTGTATGAACTG-AAAC-A
185 CTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-T-TTC-AAATTAGCTTGTATG--CTGAAAACGA
* * * *
15787684 ATTATTTTATGACT-AAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTC-AATAGTC-TT
245 ATTATTTAATGA-TAAAACAAAAGGTAAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-GGCAAT
* * *
15787746 AA-CCATTTGAAATAATTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
308 AATCAATTTGAAATAATTCGACAAACACAATTATTTTTTAAATCTCTTAC
* *
15787795 TTATTAATTTATAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCTTAATAAGCTTGTATG-ATAAG
1 TTATTAATTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTTAATAAGCTTGTATGAAT-AG
15787859 AAATAA
64 AAATAA
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (357 bp):
TTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTTAATAAGCTTGTATGAATAGAA
ATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATAA
TAACTATTTAAATTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTTACTAAATCTTGAAATATT
AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATTAGCTTGTATGCTGAAAACGAATTATTTAATGATAAA
ACAAAAGGTAAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCAATAATCAATTTGAAATAATT
CGACAAACACAATTATTTTTTAAATCTCTTAC
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15787972 TGATTAATAA
* * * * ** * * * *
15787982 TTTTTGAAATATTAATGAAGTAGCATTATTTTACTTCGAATAAATTTTTATGAATTGCAACAATT
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* ** * * * *
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64 GTTTTATGACT-AAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAATCATAACT
* * * * *
15788111 ATTTGAATTTGTTAGG-TAAACATATTAAT
128 ATTTGAACTGGATAGGCAAAACAAATTAAT
* *
15788140 TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATAAACTGAAATAATTG
1 TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATAAA-TGAAATAATTG
* * * * *
15788205 TTCTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGCTCTAATAATCTTAACTAT
65 TTTTATGACTAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAATCATAACTAT
* *
15788270 TTGAACTGGATCGGCAAAACAAATTTAT
130 TTGAACTGGATAGGCAAAACAAATTAAT
* * * *
15788298 TTTTT---TATTATTAAATTAGTATTATCTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAATAATTG
1 TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTAT-AAATGAAATAATTG
* * * * * *
15788360 TTTTATGAC-AAAAATAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAGTAGTTATAACTA
65 TTTTATGACTAAAAA-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAATCATAACTA
15788424 TTTGAACTG
129 TTTGAACTG
15788433 ATTTAGTAAA
Statistics
Matches: 241, Mismatches: 47, Indels: 13
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
154 4 0.02
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (157 bp):
TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATAAATGAAATAATTGT
TTTATGACTAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAATCATAACTATT
TGAACTGGATAGGCAAAACAAATTAAT
Found at i:15788456 original size:155 final size:153
Alignment explanation
Indices: 15788043--15788457 Score: 419
Period size: 155 Copynumber: 2.7 Consensus size: 153
15788033 GAATTGCAAC
* * ** * *
15788043 AATTGTTTTATGATAAAAAAAAAAGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAAAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTTATA
* * * *
15788108 TCTATTTGAA-T-TTGTTAGGTAAACATATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
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* * *
15788171 ATTTCAAATAAGCTTGTATAAACTGAAAT
125 AATCCAAATAAGCTTGTATAAACAGAAAT
* * * * * *
15788200 AATTGTTCTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGCTCTAATAATCT-T
1 AATTGTTTTATGAC-AAAAAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGT-TAT
** * * *
15788264 AACTATTTGAACTGGA-TCGGCAAAACAAATTTATTTTTT-TATTATTAAATTAGTATTATCTTA
63 AACTATTTGAACT-GATTTAG-TAAACATATTTATTTTTTATATTAATAAATTAGTATTATCTTA
*
15788327 ATCCGAATAAGCTTGTATGAAA-AGAAAT
126 ATCCAAATAAGCTTGTAT-AAACAGAAAT
*
15788355 AATTGTTTTATGACAAAAATAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAGTAGTTATA
1 AATTGTTTTATGACAAAAA-AAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA-TAGTTATA
*
15788420 ACTATTTGAACTGATTTAGTAAACATATTTAGTTTTTA
64 ACTATTTGAACTGATTTAGTAAACATATTTATTTTTTA
15788458 AATCTCTGAT
Statistics
Matches: 208, Mismatches: 38, Indels: 26
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
154 24 0.12
155 104 0.50
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ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (153 bp):
AATTGTTTTATGACAAAAAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAATAGTTATAAC
TATTTGAACTGATTTAGTAAACATATTTATTTTTTATATTAATAAATTAGTATTATCTTAATCCA
AATAAGCTTGTATAAACAGAAAT
Found at i:15788730 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 15788303--15789425 Score: 1026
Period size: 181 Copynumber: 6.2 Consensus size: 180
15788293 TTTATTTTTT
* * * * * *
15788303 TATTATTAAATTAGTATTATCTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAATAATTGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * *
15788368 CAAAA-ATAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAGTAGTTATAACTATTTGAAC-
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* * *
15788431 TGATTTAGTAAACATATTTAGTTTTTAAATC---T--CTGATTAATTTTTAAAA
130 TG-TTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACCT-ATTAA-TTTTAGAA
* * * * ** * * **
15788480 TATTAATAAATCA-AATTATTTTATTCTATATAATTTTGCATGAACAGAAACAATTGTTTTACAA
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* * * **
15788544 CAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGACATGGCTATTTGAACTT
66 CAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * ***
15788609 GTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACCTATTAAGTTTTAGAA
131 GTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAA-TTTTAGAA
* *
15788660 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * ** *
15788725 CAAAACAAAATA-TCATAACTG-TTTGAAATAAATAGTTGTTCAAACGGTCATAACTATTTGATC
66 CAAAACAAAA-AGTCATAAC-GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * *
15788788 TTGCTTGGTAAACATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAA
129 TTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAA-TTTTAGAA
* * * * * *
15788840 TACTAACAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGA
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* * *
15788905 CAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA--T
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*** * * *
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** *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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*** * * * * **
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* ** * * * * *
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* * * *
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* * * *
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GTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTTTAGAA
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* * * * * * *
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* * * *
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** * * **
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* * * ** * * *
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* * * *
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* * * * *
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*
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* * * *
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* * * * *
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* * * ***
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* * * * * **
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* **** * * **
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* * * * * * *
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** * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * *
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* * ** * * *
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* * * * * * * ***
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** * * * * * * ****
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * ** *
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* * * * *
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* * * * *
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* * ** * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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*
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*
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* * * * *** **
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*
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CTAAAATAAGCTTGTATGAAAAAA
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* * * * ** * *
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* *
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* * * ** * * *
15789894 AATATTAATAAATTAGCATTACTTTATCATGAATAAGACTATATGACTAGAAACAATTGTTTTAT
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* *
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* * * *
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* * * * * **
15790088 AACATTATTTTATTCCCAACAAACTTATTTGAA-A-AATTTTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
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* *
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*
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* * * * * *
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** * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
15790444 AGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGACAGAACACAAGG
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** * * ** **** * * * ** *
15790509 TTATAACAATTTGGAATAT-ACAATTGTTCAAATAGTCATAACCATTTGCGCTAGCTCGGTAAAC
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* * * * * *
15790573 AGATTTA-TTTTTAAATCTC-CTACTTATTAATTTTTGA
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* * *** * *
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* * * * * * * ** *
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*** * * ** * *
15790737 ACT-GATTT-GATAAATTGATTTGTTTTTTAAATCTCCAACTTATCAGTTTTTAAAATATTAATA
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* * * * * *
15790800 AAGTAATATTATTTTATTTCAGATAAGA-TTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGATAAAA-
190 AATTAA-ATTATTTTATTCCAAATAA-ACTTGTATGAAC-AGAAATAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * * *
15790862 TAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC--AACTATTTCAACTT-GTTTG
252 AAAAGGT-ATAATGATTTGAAATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTT-AAATTGGGTAG
** * * * * * **
15790924 GTAAATAGATTTATTTTTTTAATTTC-TT-GCTTATTAATTTTTTG
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* * * * * *
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1 AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTTGAATAAG-ATTATATGAA-TAGAAAAAATTGTTTT
** * * * * * *
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* * * * *
15791096 ATTA-TTTGGTAGACACATCTATTTTTTAA
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Statistics
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AATGATTTGAAATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTAAATTGGGTAGACAAAGAGAAT
CATTTTTTAAATTCATTAGTGATTAATTTTTAA
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * ** * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * **
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* * * * * ** ***
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* * * * * *
15792206 TAA-ACTAA--TAAT-AT--TCTAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAATAAATAAATGTGTTTGCT
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* ** * * *
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** * * * *
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* * * * * *
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** * * *
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* * ** * ** * *
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* * ** **
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* * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * **
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* * * * *
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1 TAATACTAATTTATTAATATTCA--AAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
** ** * * * * *
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* * ** * * *
15793054 GCTTTG-CAATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTC-AGAATAAAA
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* * ** *
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* * * * * * * * * * * * *
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* * * * * ** *
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* * * * * * **
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* * * * * *
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* * * *
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* *
15793463 TAATTCTAATTTATTAATATTCTAAAAATT-A-A-TAAGAGATTTAAAAATTAAATCTGTTTA-T
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* * * * * ** * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* ** * * * * *
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* ** * * * * * *
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1 TAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * * * * *
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** * * * * * *** *
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* *
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* * ** * * **
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* * * * *
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* * *
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* * *
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* ** *
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* *
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* *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** *
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* * ** * * *
15794723 TAATAATAATCTATTAATATTTTGAAAATT-A-A-TAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTACC
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* * * *
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* * ** ** * *
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* * ** * * * *
15794895 TAAT-TTAATAATATT-CCA---AAAATTAATA-AGTAAGAAATTTAAAAAATAAATGTGTTTAC
1 TAATACTAAT-TTATTAATATTCAAAAATTA-ATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
** * * ** * * *
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64 TGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
* * * * * *
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* * *
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** * * * *
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* ** * * * *
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* *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * ***
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* * *
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* ** * * ** *
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* * * * * * *
15791614 ATGTTTTTGTTCTATCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTC-GAAATAAAATAAT
124 ---CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAAT
* * * * * *
15791678 AC-AAATTATTTATA-TTCTGAAAATTAATAGCTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTACCAA
185 ACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAG-TA-GAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAA
* * * * *
15791741 A-TAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTATGACCTTTTGTT
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* * * * *
15791805 TTGTTATAAAACAA-TATATC-AGTTCATGCAAGCTTATTTAAAATAAAA
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* * * *
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1 TAATACTAATTTATTAATATTAT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTT
* * * * * * * *
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64 ACCGAACAAGTTCAAATA-ATTATGA-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCT
* * * * *** * * * *
15791980 TTTGGTTTGTCAAAAAATAATTATTTCAATTCATAAAAACTTATTC-GAAATAAAATAATATTAC
126 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAA
* * * * * * ** *
15792044 TTTACTAATATCTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTACCGGACTAGC
190 TTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AGT-AGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGT
* * * *
15792109 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTTTGA--TATTTATTTT-T--
253 TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCA
* *** * *
15792169 T---TC---TG--TC----CATACAAGCTTATTTGGAGTATAA
317 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * ** * * * * * *
15792200 TATTGCTAAACTAATAATATTCT-AAAATTTATAAGTAAGAGATTTAATAAATAAATGTGTTTGC
1 TAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * ** * *
15792264 TGAATC-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGATCTTTT
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** * *** * * *
15792328 GTTTAATCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACATGCTTATT-TGAACTAAAATAATACTATTTT
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* * * * *
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* * * *
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* ** * ** *
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* * * * ** **
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* * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * * * *
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194 TTAATATTTCAAAAATTAATAGTAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAAT
* * * * * * * * *
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* * * * ** * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * ** *
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* * **
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* *
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*
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Statistics
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* * * * *
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* * * *
15798200 ATTGTATCAGTTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAAT
66 ATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAAT
* * * * * *
15798265 TATTGAGTAAGAGATTTAAAATATGAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAAT
129 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAAT
* * * * * *
15798316 AGTTATGACTATTTGAACAATTTTCTATTTTAAACCATTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACA
1 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * *
15798381 ATTATTT-ATGTTCATACAAGCTTATTCCAAATAGAATAATA-TAAATTTATTAATATTCTAAAA
66 ATTGTTTCA-GTTCATACAAGCTTATTCGAAA-AAAATAATACT-AATTTATTAATATTC-AAAA
* * * * **** *
15798444 ATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAATCTATTTTTTGAACATGTTCAAAT
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AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
ATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTA
ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAAT
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15794854 TTGTTTCTTT
* * *
15794864 TCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAG
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* * *
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65 AAATTTAAAAAATAAATGTGATTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAAAACAATTATC
* ** * * * *
15794994 TGCTTCAAATTGTTTTGACCTATTGTTTAGTTATAAAATAATTATTTTAATTCATACAAGCTTAT
130 TACTTCAAATCATTCTAACCTATTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTAT
*
15795059 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATACTCAAAAAATTAATGAGCAAAAGATTTAAAAAAAA
195 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATACTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAAAA
* *
15795124 ATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGATTTGACTATTTGAACAAGTATCAATTTAAAGTCATTA
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* *
15795189 GACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAAACCTTATCCAAAATAAAATAAT
325 GACCTTTTATTTTGCCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAACCTTATCCAAAATAAAATAAT
* *
15795254 ACTACTT-TATTAATTTTTCAAAAATTAAAAAGTAAGTTATGACTATTTAAACAAATATCAATCT
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* * *
15795363 TCATACAAGCTTATTCAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAGTGAG-AG-
1 TCATACAAGCTTATTCAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAAGA
* ** * *
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66 AATTTAAAAAATAAATGTGATTA-CCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAAAACAATTATC
* * * * *
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130 T-ACTTCAAATCATTCTAACCTATTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTA
** * *
15795554 TTTGAAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAA
194 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATACTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTT-AAAAAA
* * *
15795618 TAAATTTGTTTACCGAACAAATTCAAATA-ATTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATC
258 -AAATCTGTTTACCAAACAAATTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAAGTATCAATTTAAAATC
* *
15795682 ATTATGACCTTTTGTTTTGCCAT-AAACAATTGTTTTAGTTCAT-AAAAGCTTATCCAAAATAAA
321 ATTA-GACCTTTTATTTTGCCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAACCTTATCCAAAATAAA
*
15795745 ATAATACTATTGTACTAATATTTCAAAAGTTAA
385 ATAATACTATTGTACTAATATTTCAAAAATTAA
15795778 TAAGAGATTT
Statistics
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TCATACAAGCTTATTCAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAAGA
AATTTAAAAAATAAATGTGATTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAAAACAATTATCT
ACTTCAAATCATTCTAACCTATTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATT
CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATACTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAAAAA
TCTGTTTACCAAACAAATTCAAATAGATTTGACTATTTGAACAAGTATCAATTTAAAATCATTAG
ACCTTTTATTTTGCCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAACCTTATCCAAAATAAAATAATA
CTATTGTACTAATATTTCAAAAATTAAAAAGTAAGTTATGACTATTTAAACAAATATCAATCTCA
AATCATTATGATCTTTGTTTTCTCATAAAATAACTATTTCTGA
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15795629 ACCGAACAAA
* * *
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* *
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15795768 CAAAAGTTAATAAGAGATTTAAAAAACAAATCAG
130 CAAAA-TTAATAAGAGATTTAAAAAACAAATCAG
* * * ** * *
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* * *
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* * *
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127 TTTCAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAACAAAT
15795962 ATGTTTACCA
Statistics
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Consensus pattern (162 bp):
TTCAAATAATTATGACCATTTAAACAACTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGCCA
TAAACAATTGTTTTAGATCATAAAAGCCTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTC
AAAATTAATAAGAGATTTAAAAAACAAATCAG
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Period size: 180 Copynumber: 11.6 Consensus size: 180
15796371 TTTGTAACCG
* * * * * * *
15796381 TTTGTTCTGTTATAAAATAATTATTATTTCAGTTTATACATGCTTAGTCGGAATAAAATAATACT
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* * * *
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* * * ** * *
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126 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCT
** * * * **
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** * **
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* * * * * * ** * *
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127 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCT
* * * * * * ** *
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1 TTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTTTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
*
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* * * * *
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128 -TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCT
* * * * **
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1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTA-GTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* * * * * * ** *
15796987 TCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAAAGAATTAAAAATAAATTTATTTGTCAAACCATTT
65 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACCAGTT
* * * * * *
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130 CAAATAGTTATGACTAT-TTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCT
** * * * * **
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1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAAT
* * * * *
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* * * *
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* ** * * * ** **
15797285 TTTGTTTTGTCATAAAGCAAATGCTTTT-GTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAGCAATACTAA
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* * * * *
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* * * ** **
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129 TCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCT
* * * * *
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1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
** * * * ** *
15797526 TTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTTTAAAA-AAATATGTTTACCAAAGTAGA
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* * * *
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129 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCT
* * * * * * * * * *
15797642 TTTTTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCAGTTCACATAAG-TACATTGA-AATAAAATAATGCCAA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTAGTTCATACAAGCT-TATTCAGAATAAAATAATACTAA
* * * * * * *
15797705 TTTGTTAGT-TTTCTACAAATTAATAA-TGAAAAGAATTAAAAAATGAATTTGTTTACCAAACAA
65 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT-AAAAG-ATTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACCA
* * * *
15797768 GTTTAAATAGTTATGA-TAATTTGAAC-ATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCT
127 GTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCT
* * *
15797821 TTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCCA-TTCATACAAGCCTATTTCA-AATAAAAATAATA-T
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTT-TAGTTCATACAAGCTTA-TTCAGAAT-AAAATAATACT
* ***
15797883 ATATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGTTAAA
63 A-ATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATATGTTTACCAAA
* * * **
15797946 CAAGTTCAAATCA-TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAACTGGCATGA-CT
124 CCAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCT
* * * * *
15798002 TTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATATAAGATTATTC-GAATTAAAATAATATTA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACTA
* * * * *
15798065 ATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAACAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAG
64 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACCAG
* * *
15798130 TTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT
128 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCT
* * * * * * *
15798182 TTTGTTTAG-CATAAAACAATTGTATCAGTTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAAT
* * * * * * *
15798246 TTATTAATA-TTCTAAAAATTATTGAGTAAGAGATTTAAAATATGAATCTATTTACCAAACAAGT
66 TTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA-ATAAATATGTTTACCAAACCAGT
* * *** *
15798310 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTTTCTATTTTAAACCATTATGACAT
129 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCT
* * *
15798362 TTTATTTTGTCATAAAACAA-TTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCCA-AATAGAATAATA-TA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTA-GTTCATACAAGCTTATT-CAGAATAAAATAATACT-
15798424 AATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAAT
63 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAATAAAT
15798473 CTATTTTTTG
Statistics
Matches: 1510, Mismatches: 325, Indels: 150
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 4 0.00
176 8 0.01
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAAT
TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACCAGTTC
AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCT
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Period size: 539 Copynumber: 6.0 Consensus size: 535
15795278 TTAAAAAGTA
* ** * ** * * *
15795288 AGTTATGACTATTTAAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGA-TCTTTGTTTTCTCATAAAATA
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* * * **
15795352 ACTATTTCTGA-TCATACAAGCTTATTCAG-ATAAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAA
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* * * * **
15795414 AA-T--T-AGTGAGAGATTTTAAAAA-ATAA-ATGTATTAGCTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGA
126 AATTAATAACTAAAAGATATTAAAAATA-AATATGT-TTA-CCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGA
* * * * * * * * *
15795473 CTAT-TAAAATAATT-TTTAATTTC-AAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAGAATAATTGT
188 CTATAT-GAACAATTATCT-ATTTCAAAAT-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * ** *
15795535 TTCAGTTCATACAAGCTTATT-TGAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATA
250 TTCAGTTCATA-TAGCTTATTCAGAATAAAATAATAAAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
* * * * *
15795599 AGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATT-TGTTTACCGAACAAATTCAAATAATTATGACTATTTGAA
314 AGTAAGAGATTT-AAAAAATGAATTCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * * *
15795663 CAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAACAATTGTTTTAGTTCATAAA
378 CAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACAAATGTTTTTGTTCATATA
* * * *
15795728 AGCTTA-TCCAAAATAAAATAATACT-ATTGTACTAATATTTCAAAAGTTAATAAGAGATTT---
443 AGCTTATTTC-GAATAAAATAATACTAATT-TATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAA
*
15795788 -AA-AAA-------A-CAAATCAGTTCAAAT
505 AAATAAATCTGTTTATCAAACCAGTTCAAAT
* * * * * * * * *
15795809 AATTATGGCCATTTAAACAACTATCTATTTCAAATTGTTATTACTTTTTGTTTTCTCCTAAAACA
1 AGTTATGACTATTT-AACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAC-TTTTGTTCTATCATAAAACA
* * ** *** * * *
15795874 ATTGCTTT-TCAAT-ATAGAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTT-GAAG
64 ATTG-TTTCT-ATTCATACAAGATTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAA
* * * *
15795936 A-T--TAA-TAAGAGAT-TTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATCAGTTTAAATAGTTATGACTA
127 ATTAATAACTAAAAGATATT-AAAAATAAATATGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTA
* * * * * * * *
15795996 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAAGCTTTTGTTCTATCATAGAACAATTATTTCTA-
191 TATGAACAATTATCTATTTCAAAATGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AG
* * ** * *
15796060 CTCATATAAGCCTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTCTAAAAATTAATAACTA
255 TTCATAT-AGCTTATTCAG-AATAAAATAATAAAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTA
* * ** * * * * **
15796124 AGAAATTTAAAAAAT-AAATCCATTTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTACATGAACAATT
318 AGAGATTTAAAAAATGAATTCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * ** * * * *
15796188 ATTTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAAA-ACAATCGTCTTTATTAATATAAG-
383 ATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACA-AAT-GTTTTTGTTCATATAAGC
*
15796251 TT-TGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATGTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAA
446 TTAT-TTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TCAAAAATTAAT-A--A-GAGATTTAA
* * * *
15796315 AAAATAAATGTGTTTATCGAACTAGTTC--CT
504 AAAATAAATCTGTTTATCAAACCAGTTCAAAT
* * * * * * * *
15796345 A-TT-TG---A-GT---AATTAGTTATTTCAAATCT-TTGTAACCGTTTGTTCTGTTATAAAATA
1 AGTTATGACTATTTAACAATTATTTATTTCAAAT-TGTTATGA-CTTTTGTTCTATCATAAAACA
* * * * * * *
15796400 ATTATTATTTCAGTTTATACATGCTTAGTCGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAA
64 ATTGTT-TCT-A-TTCATACAAGATTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAA
* * * * * * *
15796465 AATTTATAGCTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAAGCAGTTCAAACAATTAAGACTA
126 AATTAATAACTAAAAGATATTAAAAATAAATATGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTA
* * * * **
15796530 CATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATCATTTCAGT
191 TATGAACAATTATCTATTTCAAAATGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGT
* * *
15796595 TCATACAAGCTTATT-TGAAATAAAATGATAAAAATTTATTAATATTC-AAAACATTAATAAGTA
256 TCATA-TAGCTTATTCAG-AATAAAATAATAAAAATTTATTAATATTCTAAAA-ATTAATAAGTA
* * * * * * * *
15796658 AGTGATTTAAAAAGTGAATTC-GTTTACCAATTC-ATTTCAAATAATTATGGCCATTTCAACAAT
318 AGAGATTTAAAAAATGAATTCTGTTTACCAA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * * *
15796721 AATCTATTTCAAATCATTTTTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAAATGTTTTTGATAAT-TCAAG
382 TATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AACAAATGTTTTTGTTCATAT-AAG
* * *
15796785 CTTATTTTGAATAAAATGATACTAATTTATTAATCATTCAAAAATTAATAAGAGATTTACAAAAT
445 CTTATTTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAT
* * *
15796850 AAATATGTTTACCGAACC-GATTCAAAT
509 AAATCTGTTTATCAAACCAG-TTCAAAT
* * * *
15796877 AGTTATGACTATTTAAACAATTGTATACTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACA
1 AGTTATGACTATTT-AACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTCTATCATAAAACA
* * * * *
15796942 ATTATTTATGTTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAAT
64 ATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAAT
* * ** * *
15797007 TAATAACTAAAAGA-ATTAAAAATAAATTTATTTGTCAAACCATTTCAAATATTTAAGACTATAA
129 TAATAACTAAAAGATATTAAAAATAAATATGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTAT-A
* * ** * * * *
15797071 T-AACAATTATCCATTTCAAAATGTTTTGACCTTTAATTTTGTCATAAAATAATTTTTTTAATTC
193 TGAACAATTATCTATTTCAAAATGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTC
*
15797135 ATACTAGCTTATTCAGAATAAAATAAAAAAAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGA
258 ATA-TAGCTTATTCAGAATAAAATAATAAAAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGA
* * *
15797199 GATTTAAAAAAAT-AATTCTGTTTACCTAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAGTTA
321 GATTT-AAAAAATGAATTCTGTTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
** * * *
15797262 TCTATTTTAAATTGTTATGACGTTTTGTTTTGTCATAAAGCAAATGCTTTTGTTCATATAAGTTT
384 TCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA-CAAATGTTTTTGTTCATATAAGCTT
* * ** * *
15797327 GTTTGGAATAAAGCAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAACTAATAAGAGATTTAAAAAATAAA
448 ATTTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAA
*
15797392 TCTATTTATCAAACCAGTTCAAAT
512 TCTGTTTATCAAACCAGTTCAAAT
* * * ** * *
15797416 AGTTATAAGTATTTGACAAATTATTTATTTCAAATCCTTATGATTTTTTGTTCTATTATAAAACA
1 AGTTATGACTATTTAAC-AATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTCTATCATAAAACA
* ** * * ** *
15797481 ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAAT
64 ATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAAT
* * * * ** * * * *
15797546 TAATAAGTAAAAAATTTTTAAAA-AAATATGTTTACCAAAGTAGATCAATTAGTGATGACTATAT
129 TAATAACTAAAAGATATTAAAAATAAATATGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATAT
* * * *
15797610 GAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCAGTTCA
194 GAACAATTATCTATTTCAAAATGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA
* * * *** * * * * *
15797675 CATAAG-TACATTGA-AATAAAATAATGCCAATTTGTTAGTTTTCTACAAATTAATAA-TGAAAA
259 TAT-AGCT-TATTCAGAATAAAATAATAAAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT-AAGA
* *
15797737 GAATTAAAAAATGAATT-TGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGA-TAATTTGAAC-ATTAT
321 GATTTAAAAAATGAATTCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTAT
* *** * * * *
15797799 CTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA-ATAAT-TTTTTCCATTCATACAAGCC
385 CTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACA-AATGTTTTT--GTTCATATAAGCT
*
15797862 TATTTCAAATAAAAATAATA-TATATTTATTAATATT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
447 TATTTCGAAT-AAAATAATACTA-ATTTATTAATATTCAA-A-AATTAATAAG----AGATTTAA
* * *
15797925 AAAATAAATCTGTTTGTTAAACAAGTTCAAAT
504 AAAATAAATCTGTTTATCAAACCAGTTCAAAT
* ** * **
15797957 CA-TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAACTGGCATGACTTTTGTTTTGCCATAAAACA
1 -AGTTATGACTATTT-AACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTGTTCTATCATAAAACA
* * * * *
15798021 ATTGTTTCTATTCATATAAGATTA-TTCGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAA
64 ATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTTGGAA-TAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA
* * * * * * * *
15798085 TTAATAAGTAACAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCAA-ACTATT
128 TTAATAACTAAAAGATATTAAAAATAAATATGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATA
* *
15798149 TGAACAATTATCTATTTC-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTAG-CATAAAACAATTGTATCAGTT
193 TGAACAATTATCTATTTCAAAAT-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTT
* ** * *
15798212 CATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTATTGAGTAAGA
257 CATATA-GCTTATTCAGAATAAAATAATAAAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGA
* * *
15798277 GATTTAAAATATGAA-TCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTTTC
321 GATTTAAAAAATGAATTCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * *
15798341 TATTTTAAACCATTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTAT
386 TATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGCTTAT
* * * * *
15798406 TCCAAATAGAATAATA-TAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATA
450 TTCGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATA
* * **
15798470 AATCTATTTTTTGAA-CATGTTCAAAT
510 AATCTGTTTATCAAACCA-GTTCAAAT
15798496 AGTTATGAC
1 AGTTATGAC
15798505 CTTTTATTTT
Statistics
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0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
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525 9 0.00
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543 5 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (535 bp):
AGTTATGACTATTTAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTGTTCTATCATAAAACAAT
TGTTTCTATTCATACAAGATTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTA
ATAACTAAAAGATATTAAAAATAAATATGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGA
ACAATTATCTATTTCAAAATGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA
TAGCTTATTCAGAATAAAATAATAAAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
AAAAAATGAATTCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
TAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGCTTATTTCGAA
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT
CAAACCAGTTCAAAT
Found at i:15798521 original size:145 final size:146
Alignment explanation
Indices: 15798353--15798624 Score: 440
Period size: 145 Copynumber: 1.9 Consensus size: 146
15798343 TTTTAAACCA
* *
15798353 TTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCCAAATAGAAT
1 TTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCATATTCCAAATAAAAT
* *
15798418 AATA-TAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAATCTATTTTT
66 AATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTTT
15798481 TGAACATGTTCAAATAG
130 TGAACATGTTCAAATAG
* * * *
15798498 TTATGACCTTTTATTTTGTCATAAACCAATTATTTTTGTTCATACAAGCATATTCGAAATAAAAT
1 TTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCATATTCCAAATAAAAT
*
15798563 AATACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
66 AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
15798625 ACCCGAGCAA
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 9, Indels: 3
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
145 95 0.82
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ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.06, T:0.41
Consensus pattern (146 bp):
TTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCATATTCCAAATAAAAT
AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTTTT
GAACATGTTCAAATAG
Found at i:15798704 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 15798489--15799140 Score: 654
Period size: 182 Copynumber: 3.6 Consensus size: 179
15798479 TTTGAACATG
* * * *
15798489 TTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAACCAATTATTTTTGTTCATACAAGCATATTCG
1 TTCAAATAGTTATGA-TTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCATATTCG
* *
15798554 AAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
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* * * *
15798619 CTATTTACCCGAGCAAGTTCAATTAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTAT
129 CTATTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * *
15798671 TTCAAATAGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAGTTGTTTATGTTCATATAAGTC-TGTTC
1 TTCAAATAGTTATGAT-TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAG-CATATTC
* * * * * * *
15798735 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTTGAAAACTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAA
64 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * *
15798800 TCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAACAATTATCTAA
128 TCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * *
15798852 TTCAAATTGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATGCAA-AATTATT
1 TTCAAATAGTTATGA--TTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCA-TATT
* * * * *
15798916 C-AGAATAAAATAATA-TCGATCTATTAATATTTTTAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAACTA
63 CGA-AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATA
** *
15798976 AATCTATTTACTGAATTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
126 AATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * * * * * * * *
15799030 CACAGATCGTTAAGATCTTTATTTTGTCATAAAACGATTGTTTCT-TTCCATATAAGCTTATTCG
1 TTCAAATAGTTATGATTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTT-CATACAAGCATATTCG
* * * *
15799094 AATTATAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATCAGTAA
65 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA
15799141 GCCATTCAAA
Statistics
Matches: 382, Mismatches: 72, Indels: 35
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 2 0.01
176 69 0.18
177 2 0.01
178 67 0.18
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182 189 0.49
183 2 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
TTCAAATAGTTATGATTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCATATTCGA
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCT
ATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
Found at i:15800105 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 15799424--15801269 Score: 1008
Period size: 181 Copynumber: 10.3 Consensus size: 180
15799414 TTTTTTTTGA
* ** ** * *
15799424 AATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCCAGAGATTTAAAAACTAAAGTT-GTTTTT
1 AATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TTAG-TTTA
* * * * ** * * *
15799488 TAAA-CTAGTTCAAATAGTTATGATTATTTAAACAAATATGAATCTCAAATCGTTATGA--TATT
64 TAAATC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCT-TT
* * *** * * **
15799550 TGTTTTCTCATAAAACAATTATTTTTTATTATAGAAGCTTATT-GGAATAAAAAT
127 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGCTTATACAAACTTATTCAAAAT-AAAAT
* * ** * * *
15799604 AATACTAATTTAATAGTA--TTCCAAA--AATCAA-TAAGATATTTAAAAAAGAAA-AATGTTTG
1 AATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTA-GTTT-
** * * * * * *
15799663 CCAAA-CTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTCTGACCTTT
63 ATAAATC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTT
* * * * * * * *
15799727 TGGTTAGTCATATAATAATTGTTTCAG-TTCACACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
127 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGCTT-ATACAAACTTATTCAAAATAAAAT
* * * *
15799781 AATATTAATTTATTAACA-TTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTGAATAAATAAATTTGTTTA
1 AATACTAATTTATTAATATTTTG-AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTAGTTTA
* * * * * *
15799845 TCCAAT-AAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTT
64 T-AAATCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTT
* * *
15799909 TGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTAGCTTATGA-AAAATTATCCAAAATAAAAT
127 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGCTTAT-ACAAACTTATTCAAAATAAAAT
* * *
15799963 AATACTACTTTATTAATATTTTGAAAGTTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATTAGTTTACT
1 AATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTA-T
* * * ** * * *
15800028 AAATCAATTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAACCATCTATTTCAAATAGTTATTACCTTTTAT
65 AAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGT
* * *
15800093 TTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAAC--ATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
130 TTTGTCATAAAACAATT-GTTTT-AGCTTATACAAACTTATTCAAAATAAAAT
* * ** * *
15800144 TATACTAACTTGCTAATA-TTTCAAGAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCT-GTTTA
1 AATACTAATTTATTAATATTTTGAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTA
* * * *
15800203 T-CATACAAGTACAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTACAATCTTT
64 TAAAT-CAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTT
* * * * * *
15800267 TGTTTTATCATAAGACAATTATTTCTA-TTTGTACAAACTTATTCGAAATAAAAT
127 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGCTTATACAAACTTATTCAAAATAAAAT
* * ** * * ** *
15800321 AATACTAATTTAGTAATATTCTGAAAACAAATAACTAAGAGATTT-AAAAGTAAATCCGTTT-GA
1 AATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTATA
* * * ** * ** *
15800384 ACT-AGTTCAAACAGTTAAAACTATATG-ACGGTTATTTATTTCAAATTGTTATGAA-CTTTTGT
66 AATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AACCTTTTGT
* * * ** *
15800446 TTTGTCGTAAAAAAATTATTTTAGCTTATACAAGGTTATTCAAAATAGAAT
130 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGCTTATACAAACTTATTCAAAATAAAAT
* * ** * * * *
15800497 AAAACTAATTTATAAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAATTCTA-TTTAC
1 AATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTAT
* * ** * * * * * ** * *
15800561 GAACCGGTTCAAAGAATTATAACTATTTGAACAATTATTTGTTTCAAATCATTATTACTTTTTGT
65 AAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGT
* * * ** *
15800626 TTTGTCATAAAACAATTGCTTTT-G-TTAATA-TAAGTATGTTTGAAACAAAAT
130 TTTGTCATAAAACAATTG-TTTTAGCTT-ATACAAACT-TATTCAAAATAAAAT
* * *
15800677 AATACTAATTTATTAATATTTAT-AAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAAACTA-TTTA
1 AATACTAATTTATTAATATTT-TGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATTAGTTTA
* * * * * *
15800740 CCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTGAAATTGTTATAACCTTTT
64 -TAAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTT
* * * * ** *** *
15800805 ATTTTGTCATCAAACAATTG-GTTATG-TT-CACACATTTTATTTGGAACAAAAT
128 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-GCTTATACA-AACTTATTCAAAATAAAAT
* * ** * * *
15800857 ACTACTAATTTAATAATATTTTGAAACA-TAATAACCAAGAAAATTAAAAAAATAAATCTAATTG
1 AATACTAATTTATTAATATTTTGAAA-ATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAAT-TAGTT-
** * * * * *
15800921 T-CGAACCAGTTCAAATAGTTA-GTACTATATG----A--ATCTATTTCAAATTGTTATGACTTT
62 TATAAATCAATTCAAATAGTTATG-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTT
* * ** * * * * * *
15800978 TTCTTTTTTTGTAAAATAATTGTTTT-GTTTGTACAAGCTT-TTCTAATTAAAAT
126 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGCTTATACAAACTTATTCAAAATAAAAT
* ** * * *
15801031 AATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATTTGGTTAT
1 AATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTAGTTTAT
* * * * * * * * ** * * *
15801096 CAAAACAGTTCAATTGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTTAAATCATTTTGACCTTTTA
65 -AAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTG
* * * * * * *
15801161 TTTAGTCATAAAGCAATTGTTTCAG-TCCATACAAGCTTATTCATAATAAATT
129 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGCT-TATACAAACTTATTCAAAATAAAAT
* * *
15801213 ACTACTAATTTATTAACA-TTTGAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAAT
1 AATACTAATTTATTAATATTTTG-AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAAT
15801270 CTATTTACTA
Statistics
Matches: 1278, Mismatches: 305, Indels: 164
0.73 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
172 1 0.00
173 7 0.01
174 72 0.06
175 51 0.04
176 181 0.14
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178 22 0.02
179 32 0.03
180 232 0.18
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182 199 0.16
183 10 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (180 bp):
AATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTATA
AATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTT
TTGTCATAAAACAATTGTTTTAGCTTATACAAACTTATTCAAAATAAAAT
Found at i:15800243 original size:540 final size:527
Alignment explanation
Indices: 15799147--15800341 Score: 1206
Period size: 540 Copynumber: 2.2 Consensus size: 527
15799137 GTAAGCCATT
* * ** *
15799147 CAAATAGTTAAAACTATTATG-ACAATTATCTAGTTCAAATCATTCTGACCTTTTATTTAGTCAT
1 CAAATAGTTAAGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTGACCTTTTAGTTAGTCAT
* * * *
15799211 AAAATAATTATTTCAATTTATACAAGCTTGTTCAGAATAAAATAATACTACTTTATTAACATTCA
65 AAAATAATTATTTCAATTCACACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCA
*
15799276 AAAAAATTAGTAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTTAAATACATTTAACT
130 AAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTTAAATACATTTAACT
*
15799341 ATTTGAACAATTATCTATTTAAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAG
195 ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAG
* ** *** *
15799406 TACATAAATTTTTTTTGAAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCCAGAGATTTAA
260 TACAAAAATTTAATAAAAAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAA
* ** * * ** * *
15799471 AAACTAAAGTTGTTTTTTAAACTAGTTCAAATAGTTATGATTATTTAAACAAATATGAATCTCAA
325 AAAATAAAGTTGTTTACTAAACTAATTCAAATAATTATGACCATTTAAACAAACATCAATCTCAA
* * * ** * **
15799536 ATCGTTATGATATTTGTTTTCTCATAAAACAATTATTTTTTATTATAGAAGCTTATTGGAATAAA
390 ATAGTTATGATATTTATTTTCTCATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTAAAATAAA
* * * *
15799601 AATAATACTAATTTAATAGTATTCCAAAAATCAATAAGATATTTAAAAAAGAAAAATGTTTGCCA
455 AATAATACTAACTTAATAATATTCCAAAAATCAATAAGAGATTTAAAAAAGAAAAATGTTTACCA
* *
15799666 AACTAGTT
520 AACAAGTA
* * *
15799674 CAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTCTGACCTTTTGGTTAGTCATA
1 CAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTGACCTTTTAGTTAGTCATA
* * * * **
15799739 TAATAATTGTTTCAGTTCACACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAACATT-TG
66 AAATAATTATTTCAATTCACACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAA
* * * * * * *
15799803 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTGAATAAATAAATTTGTTTATCCAATAAGTTCAAATA-GTTAT
131 AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTA-CC-A-AACTT-AAATACATT-T
* * * * *
15799867 GATTGTTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTT
191 AACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* ** *
15799932 TTAGCTTATGAAAAATTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGAAAGTTAATAA
256 TTAG--TA-CAAAAATT-T----AATAAAA-AATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * *
15799997 GTAAGATATTTAAAAAATAAA-TTAGTTTACTAAA-TCAATTCAAATAATTATGGCCATTTGAAC
312 GCAAGAGATTTAAAAAATAAAGTT-GTTTACTAAACT-AATTCAAATAATTATGACCATTTAAAC
* * * * *
15800060 AACCATCTATTTCAAATAGTTATTACCT-TTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAACATAC
375 AAACATCAATCTCAAATAGTTATGA--TATTTATTTTCTCATAAAACAATTATTTTTCAACATAC
* ** * * *
15800124 AAGCTTATTCAAAAT-AAAATTATACTAACTTGCTAATATTTCAAGAATTAATAAGAGATTTAAA
438 AAGCTTATT-AAAATAAAAATAATACTAACTTAATAATATTCCAAAAATCAATAAGAGATTTAAA
** ** * *
15800188 AACTAAATCTGTTTATCATACAAGTA
502 AAAGAAAAATGTTTACCAAACAAGTA
* * *
15800214 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAC-AATCTTTT-GTTTTA-TC
1 CAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTT-CTGACCTTTTAG--TTAGTC
* * * *** * * *
15800276 ATAAGACAATTATTTCTATTTGTACAAACTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATAT
63 ATAAAATAATTATTTCAATTCACACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAACAT
15800340 TC
127 TC
15800342 TGAAAACAAA
Statistics
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CAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTGACCTTTTAGTTAGTCATA
AAATAATTATTTCAATTCACACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAA
AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTTAAATACATTTAACTA
TTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT
ACAAAAATTTAATAAAAAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAA
AAATAAAGTTGTTTACTAAACTAATTCAAATAATTATGACCATTTAAACAAACATCAATCTCAAA
TAGTTATGATATTTATTTTCTCATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTAAAATAAAA
ATAATACTAACTTAATAATATTCCAAAAATCAATAAGAGATTTAAAAAAGAAAAATGTTTACCAA
ACAAGTA
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1 TTCAAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTA-T
* * * *
15799208 CATAAAATAATTA--TTTCAATTTATACAAGCTTGTTCAGAATAAAATAATACT-ACTTTATTAA
64 CATAAAACAATTATTTTTCAA--CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAC-TTATTAA
* * * *
15799270 CA-TTCAAAAAAATTAGTAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC---
126 TATTTC--AAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT-AAAAAATAAAT-TGTTTATCAAACAAG
* * * *
15799325 TT-AAATACATT-TAACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTGT
1 TTCAAATA-GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTAT
* *** *** * *
15799387 CATAAAACAATTGTTTTAGTACATA-AA--TT-TT--TTTTGAAATACTACT---TTATTAATAT
64 CATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATAT
* * * *
15799443 TTCAAAAATTAATAAGCCAGAGATTTAAAAACTAAAGTTGTTTTTTAAACTAG
129 TTCAAAAATTAAT-A---AGAGATTTAAAAAATAAA-TTGTTTATCAAACAAG
* * * ** * *
15799496 TTCAAATAGTTATGATTATTTAAACAAATATGAATCTCAAATCGTTATGA--TATTTGTTTTCTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTATC
* ** * ** * * *
15799559 ATAAAACAATTATTTTTTATTATAGAAGCTTATT-GGAATAAAAATAATACTAATTTAATAGTAT
65 ATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAACTTATTAATAT
* * * * * ** *
15799623 TCCAAAAATCAATAAGATATTTAAAAAAGAAAAATGTTTGCCAAACTAG
129 TTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAA-TAAATTGTTTATCAAACAAG
* * * * * *
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1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTA-TC
* * * * * * *
15799736 ATATAATAATTGTTTCAGTTC-AC--ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAAC
65 ATAAAACAATTATTT---TTCAACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAAT
* * * *
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127 ATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT-AAAAAATAAA-TTGTTTATCAAACAAG
* * * * *
15799854 TTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCA
* * ** *
15799919 TAAAACAATT-GTTTT-AGCTTATGA-AAAATTATCCAAAATAAAATAATACT-ACTTTATTAAT
66 TAAAACAATTATTTTTCAAC--AT-ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAC-TTATTAAT
** *
15799980 ATTTTGAAAGTTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATTAGTTTA-CTAAATCAA-
127 ATTTCAAAAATTAATAAG--AG--ATTTAAAAAATAAATT-GTTTATC-AAA-CAAG
* * * ** * * * *
15800035 TTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAACCATCTATTTCAAATAGTTATTACCTTTTATTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCA
* **
15800100 TAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATTATACTAACTTGCTAATATTT
66 TAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTT
* * *
15800165 CAAGAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATCATACAAG
131 CAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTATCAAACAAG
* * ** *
15800212 TACAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTACAATCTTTTGTTTTATCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCA
* * *** * * * *
15800277 TAAGACAATTATTTCT-ATTTGTACAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATT
66 TAAAACAATTATTTTTCA-ACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATT
* * * * * *
15800341 CTGAAAACAAATAACTAAGAGATTT-AAAAGTAAATCCG-TT-T-GAACTAG
130 -T-CAAA-AATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTATCAAACAAG
* ** * ** * * * * *
15800389 TTCAAACAGTTAAAACTATATG-ACGGTTATTTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCG
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCA
* * * * * * *
15800453 TAAAAAAATTA-TTTT-AGCTTATACAAGGTTATTCAAAATAGAATAAAACTAATTTATAAATAT
66 TAAAACAATTATTTTTCAAC--ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATAT
* * * * **
15800516 TTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAATTCTATTTA-CGAACCGG
129 TTCAAAAA--T-TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTATCAAACAAG
* * * * * * * * *
15800568 TTCAAAGAATTATAACTATTTGAACAATTATTTGTTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCA
* * * * ** * *
15800633 TAAAACAATTGCTTTTGT-TA-ATATAAG-TATGTTTGAAACAAAATAATACTAATTTATTAATA
66 TAAAACAATT-ATTTT-TCAACATACAAGCT-TATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATA
* * * * * *
15800695 TTT-ATAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAAACTATTTACCAAACCAT
128 TTTCA-AAAATT-A--A-TAAGAGATTTAAAAAAT-AAATTGTTTATCAAACAAG
* * * * * * *
15800749 TTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTGAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCA
* * ** *** * * * *
15800814 TCAAACAATTGGTTATGTTC-AC--AC-ATTTTATTTGGAACAAAATACTACTAATTTAATAATA
66 TAAAACAATT-ATT-T-TTCAACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATA
* * * * * ** * * *
15800875 TTTTGAAACATAATAACCAAGAAAATTAAAAAAATAAATCTAATTGTCGAACCAG
128 -TTTCAAA-A-ATTAA-TAAG-AGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTATCAAACAAG
* * * * * *
15800930 TTCAAATAGTTA-GTACTATATG----A--ATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTCTTTTTTT
1 TTCAAATAGTTATG-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATC
* * * *** * * * *
15800988 GTAAAATAATTGTTTTGT--TTGTACAAGCTT-TTCTAATTAAAATAATACTAATTTAATAATAT
65 ATAAAACAATTATTTT-TCAACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATAT
*
15801050 TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATTTGGTTATCAAA-ACAG
129 TTCAAAAATTAATAAG----AGATTT-AAAAAATAAA-TTGTTTATCAAACA-AG
* * * * * * * * *
15801104 TTCAATTGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTTAAATCATTTTGACCTTTT-ATTTAGTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTA-TC
* * * * * * * *
15801168 ATAAAGCAA-T-TGTTTCAGTCCATACAAGCTTATTCATAATAAATTACTACTAATTTATTAACA
65 ATAAAACAATTATTTTTCA--ACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATA
*
15801231 TTTGAAAAATTAATAAGA
128 TTTCAAAAATTAATAAGA
15801249 AAGAGATTTA
Statistics
Matches: 1463, Mismatches: 337, Indels: 250
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Matches are distributed among these distances:
166 4 0.00
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Consensus pattern (176 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCA
TAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTT
CAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTGTTTATCAAACAAG
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15801137 ATTTTAAATC
* * * *
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* * ** * *
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15801276 ACTAAACAAATTTCAACTT
129 ACTAAACAAATTTCAACTT
* * * * *
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1 ATTTTGAACTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATCCATACAAGCTTATTTCAAACAAAA
*
15801360 TAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAAAAATTAAAAATATAAAT
66 TAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAAAAATTAAAAAAATAAAT
15801417 TAGTAAACTG
Statistics
Matches: 105, Mismatches: 16, Indels: 3
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Matches are distributed among these distances:
147 15 0.14
148 87 0.83
149 3 0.03
ACGTcount: A:0.46, C:0.10, G:0.06, T:0.38
Consensus pattern (147 bp):
ATTTTGAACTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATCCATACAAGCTTATTTCAAACAAAA
TAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAAAAATTAAAAAAATAAATCTATTTAC
TAAACAAATTTCAACTT
Found at i:15801793 original size:180 final size:180
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Indices: 15801299--15803616 Score: 1812
Period size: 181 Copynumber: 13.0 Consensus size: 180
15801289 CAACTTATTT
* * ** * * *
15801299 TGAACTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACATGCTTATT-TGAAACAAAATAA
1 TGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAG-AA-TAAATAA
* * * * * * **
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64 TATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAAATTTGTTTACT
** * **
15801426 GAAA-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTCAAACAATTATCTATTTAAAATCAATA
127 -AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * ** * *
15801480 T-AACTTTCTATTTTATCATAAAACAATTATTTCAATTCATAAAAGCTTA-T-A-AA-AAAAAAT
1 TGAACTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAATAAT
* * * * * * *
15801540 ATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAGTAAATTAGTTTATTGAA
65 ATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAA
** * * * * *
15801605 TTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAAATATCTATTTTAAATCGTTA
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* *
15801656 TGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTCTTCAGAATAAATAAT
1 TGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-ATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAATAAT
* * *
15801720 ATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATCTAAAAAATATATTTGTTTACTAAA
65 ATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAA
* * * * * *
15801785 CCAGTTCAAATAGCTATTACTATTTGAACAATTATATATTTCAATTTGTTA
130 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * * * *
15801836 T-AACTTTTTGTTCTATCATAAAAAAATTATTTCTATCCATATAAGCTTATTTAGAATAAAATAA
1 TGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAAT-AAATAA
* * * * * * *
15801900 TACTAATGTAATAATATTAT-AAAAATTAATAACTATGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCA
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* * * * * * *
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* ** * ** * * *
15802017 TGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAACAAAAT-TTTCAATTCTTACTAAG-TTATTCATAATAAAAAA
1 TGAACTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTTATTCATAC-AAGCTTATTCAGAATAAATAA
* * * * *
15802080 AATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAT-AATTCTATTTGCCA
64 TATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACTA
* * * * *
15802143 AACCAGTTCCAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTA
128 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * ** *
15802196 TGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATATAAGATTGTTTGGAATAAAATAAG
1 TGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAAT-AAATAAT
** * *
15802261 ATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAGAAATAAATATGTTTACTAAA
65 ATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAA
* * * * * * * *
15802326 CTAGTTCAATTACTTATAATTATTTGAAGAATTATTTATTTCAAATTGTTA
130 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * **
15802377 TGATCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-TGTCTTATTTGGAATAAAGTAA
1 TGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAG-CTTATTCAGAATAAA-TAA
** * * * * * **
15802441 TGCTAATTTATTAATA-TTCTTAAAATTAATAGGT-AGTGGATTTAAAAAATGAAA-CTATTGGC
64 TATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAAT-AAATTTGTTTAC
** * ** * * *
15802503 TTGACTAGCGCAAATAGTTATAACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA
126 TAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * *
15802558 TGATCCTTTGTTTTATCATAAAACAGTTGTTTCTATTCA-A-AA---TA---A-CAT-AAT--T-
1 TGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAATAATA
* * *
15802610 CTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTAAAC
66 TTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAAC
* * * *
15802671 AAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAAAATTATGC-ATTTCAAATTGCTA
131 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-CTATTTCAAATCGTTA
* * * *
15802721 T-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTCTATTCATAGAAGCTTATTTCA-AATAAAAC
1 TGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TATTCATACAAGCTTA-TTCAGAAT-AAAT
*** * * * *
15802784 AATGCAAATTTAGTAACA-TTCAAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTCTTTAC
62 AATATTAATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
* * * * * *
15802848 TAGATAAATTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCCTTA
126 TAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * * *
15802903 -GGACTTTTTTTTTGTCAAAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCATATTAAAATAAT
1 TGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAAT-AAATAAT
* * **** * * *
15802967 ATTAATTTCTTCATATTTTGGCAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTA-TCAA
65 ATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AA
* * * *
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129 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* ** * * * *
15803083 TGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTG-TATCAGTTCATATAGGCTTATTC-GAAATAAAATA
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* * * * * * * *
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** * * * * * **
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* * *
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* * *
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703 AC
* * *
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*
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* * * * * * *
15806643 CAAA-AATTGTTTTTCA-TCATATAAACCTATTTGGAATAAAATAATTCTAACTTATTAATATT-
374 AAAACAATTGTTTCT-ATTCATA-CAGCTTATTTGG-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * * * *
15806705 TCAAAAATTACTAAGTATGAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTA-TCGAACTAGTTCAAATAGTT
436 T-TAAAATTAATAGGTA-GAGATTTAAAAAATGAAA-CTATTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * * * *
15806768 ATGACTATTTAAATAATTATATATTTCAAATCGTTAT-AACCTTTTATTTTGTCATAAAAAAATT
497 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * *
15806832 ATTTATGTTCATACAACCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTAT-GAAAATTA
561 GTTTCTATTC--ACAA----ATT--AAA-ATAAT-A-ACTAATTTAATAATATT-TCAAAAATTA
* * * ** * *
15806896 ATAACTAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTT-AAATAGTTAAGGGTATATA
614 ATAA-T-AGAAATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTG
* * ***
15806960 AATAATTATCTTTTTCAAATCATTATGAC
676 AACAATTATCTATTTCAAATTGCTATGAC
* ** * * * * *
15806989 ATTTTGTTTTGTTGTAAAGCAAGTGTTTT-TGTTCATATCAA-TTTATTCAGAGTAAAATAATAG
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTTTTTCTATTCATA-CAAGCTTATTCA-AATAAAATAAT-G
* * ** **
15807052 -TAATTTATTAATATTTTTAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATTTGCTTACCAAAC
62 CAAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAAC
* * * * * * * * *
15807112 CAGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAATAATTATTTATTTCAAAT-TTTATGACCATTTGTTTTG
127 AAGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-GAACTTTTGTTTTG
* * * * * **
15807176 TCATAAAAGAATTGTTTCTATTGATA-TAGTCTTATTCAAAATAATGTAATACTAATTTATTAAT
190 TCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAG-CTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * ** * *
15807240 GTTCTAAAAATTAATAAGTAATAGATTT-AAAA-AAATGA-ATTTATTGGCCTACCAGTGCAAAT
254 ATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAAT-ATGTTTA-T--CAAACAAGTTCAAAT
* * * * *
15807302 AGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACA
315 AGTCATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * * * * * *
15807367 ATTGTTTCTGTTTGTATA-AACTTATTCGGAATAACATAATTCTAACTTATTATTATTAC-AAAA
380 ATTGTTTCT-ATT-CATACAGCTTATTTGG-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CTTAAA
* * * * * * * * * *
15807430 ATTAATAAGTAAGAGGTTCAAAAACTGAATCTGTTTA-TCGAATAGGTTTAAATAGTTATAACTA
441 ATTAATAGGT-AGAGATTTAAAAAATGAAACTATTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * *
15807494 TTTGAACAATTACCTATTTCAAATTGCTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTA
504 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * * * **
15807558 TTCATACAAGCTTATTTCAATTAA-AATAATGCAAATTTATTAACA-TTCAGACAATTCGTAAGT
568 TTC--ACAA----A-TT-AA--AATAATAA--CTAATTTAATAATATTTCA-AAAATTAATAA-T
* * ** * * * *
15807621 AAAAGATTTAAAAAATAACTCAGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATT
619 AGAA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATT
* ***
15807686 ATTTATTTCAAATCATTATGAC
683 ATCTATTTCAAATTGCTATGAC
* * * ***
15807708 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT-TATTCATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATATT
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATGCA
* * * * ** * *
15807772 AATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAA-TTTTTAAAAATAAATACATTTACCGAGCAA
64 AATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAA
* * * * * * * **
15807836 GTTCAAATAATCATAACTATTTGAATATTTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTCATC
129 GTTCAAAT-ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-GAACTTTTGTTTTGTC
* * * * *
15807901 ATAAAACAATT-ATATTAGTTCATATAGGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
192 ATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * *
15807964 TTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTA-CAGAACAAGTTCAAATAGT
255 TTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATATGTTTATCA-AACAAGTTCAAATAGT
* * * * ** **
15808028 TATGACTATTTGAACAATTTTCTATTTTAAATTGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
318 CATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
*** ** *
15808093 GTTTCTATTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATGA
383 GTTTCTATTCATAC-AGCTTATT-TGGATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTTAAAATTA
* * * * *
15808157 ATA-GCAAAAATTTAAAAAAT-AAATCTATTTTCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
445 ATAGGTAGAGATTTAAAAAATGAAA-CTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * *
15808220 TCAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAACCTATTGTTTCTATTCAT
509 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC--
* * * * *
15808284 ACAAGTGTATTTGAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGTAAAAGAT
571 ACAA----A-TT-AAA-ATAAT-A-ACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAA-TAGAA-AT
* * * * * * * * *
15808349 TTGAAAAAATAAATATGTTTACTGAGCAAGTTCAAATATTTATGATTGTTTGAACAAATATTTAT
625 TT-AAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * *
15808414 TTGAAATAGTTATGATG
689 TTCAAATTGCTATGA-C
* * * * * * * *
15808431 C-TTAGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATTCATACTAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATGCAA
* * ** * * *
15808495 ATTTATTAACA-TTCTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAA
65 ATTTATTAACATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAA
* * * * * ** *
15808559 GTTCAAATAATCATGTCTATTTGAACAATCATCTATTTCAAACCAATATGTCCTTTTGTTTTCTC
129 GTTCAAAT-ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-GAACTTTTGTTTTGTC
* * * ** * * * * *
15808624 ATAAAACAATTGTTCTTGTTCATGCAAAATTATTCAGAATAAACTAATATTGATCTATTACTATT
192 ATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * *
15808689 TT-AAAA--ATTAA-T--GAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTGTCGAAAC-AGTTCAAATAGTTA
257 TTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATATGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTCA
* * * ** *
15808747 TGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGGTC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGT
320 TAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * **
15808811 TTCTTTTCA-ACAAGCTTATTTGGATTAAAATAACACTAATTTAATAATATTCCAAAAAATTAAT
385 TTCTATTCATAC-AGCTTATTTGGA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CTTAAAATTAAT
* * * * * * ** * * * *
15808875 ATGTAAAAGCTTTAAAAAAT-AAATGTGTTTGCCAAACCAA-TTCAAATAGTTAGGATTACTAGA
447 AGGT-AGAGATTTAAAAAATGAAA-CTATTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
** * * * *
15808938 ACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGA-CCTTTTGTTTAGGCAT-AAACAATTATTTC-AGTTCA
509 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTC-
* * *
15809000 TATAACCTTATTTGTAGTAAATAAT-ACTAATTTATTAAT-GTTCAAAAAATTAATGAGCA-AGA
571 -ACAA----A--T-TA--AAATAATAACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAAT-A--ATAGA
* * * *
15809062 GATTTAAAACAATAAATTTATTTA-TCGAACAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTA
622 AATTTAAAA-AATAAATTTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAG-TTAAGACTATTTGAACAATTA
*
15809125 TCTATTT-AAAGT-CATTATGAC
684 TCTATTTCAAATTGC--TATGAC
* * *
15809146 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATAAAAAG-TTA-TC---TAAAAT-A---A
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA-TTCAT-ACAAGCTTATTCAAATAAAATAATGCA
* * * * * * *
15809201 AATAATACT-AC-TTT-----ATTAATAAG----AGATTTAGAAAATAAATGTGTTTGCTAAAC-
64 AAT-TTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACA
* * * * ** * *
15809254 CGTTCAAATAGTTAAGATTATTAGATTAATTATCTATTTCAAATCATTTTG-ACATTTTG-TTAG
128 AGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTAGAAC-TTTTGTTTTG
* * ** * * * * *
15809317 TCATATAATAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATTTAGAATAACATAATACTAATTTATTAACA
190 TCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
*** * * * **
15809382 TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGT
255 TTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGT
* * * * * * ***
15809447 TATGACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACATTTTGTTCCATCATAAAACAATT
318 CATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* **** * * * *
15809512 GTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTAGTAAT-TTTTTGAAAGTT
383 GTTTCTA-TTCAT-ACAGCTTAT-TTGGATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTT-AAAATT
* * * * * *
15809575 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAATCAATTTACTGAATCAA-TTCAAATAATTATGGCCATT
444 AATAGGT-AGAGATTTAAAAAATGAAA-CTATTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * *** * * * *
15809638 TCAATAACTATCTATTTCAAACCATTATTA-CTTTTGTTTTGTCACAAAATAATTGTTTTTCAAC
506 TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTT---C
* * * *
15809702 ATAGAAGCTT-ATTCAAAATAAAAAAAT-ACTAATTTACTAATATTTCAAGAATTAAT-A-AGAA
566 -T---A--TTCA--CAAATTAAAATAATAACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAATAGAA
* * * * * * * *
15809763 ATTTAAAAAATATATCTGTTTATTGAACTAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTT
623 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * *
15809828 TTTCAATTTGTTGTAAC
688 TTTCAAATTGCTATGAC
* * * * * * ** * *
15809845 CTTTTGTTCTATCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAGGCTTATTTGGAATAAAATAATACTA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATGCAA
** * * * * * *
15809910 ATTTAGGAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT-TGTTATCGAACC
65 ATTTATTAACATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTAT-TTACCAAACA
* * * * ** * *
15809973 AGTTCAAGCA-ATTAAGACTATATAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTA
128 AGTTCAA--ATATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-GAACTTTTGTTTTG
* * ** * * *
15810037 TCATAAAATAATTATTTCAACTT-ATACAAGCTTATT-TGAAATAGAACTAA-ACTAATTGATTA
190 TCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAG-AATA-AAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * *
15810099 ATA-TTTCAAAAATATATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAATTCTATTTACCAAACTAGTTCAAAT
252 ATATTTTGAAAATTA-ATAAGTAAGAGATTTA-AAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAAT
* * * * * * *
15810163 -GATTATTACTGTTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCAT-AAAT
315 AG-TCATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * *
15810226 AATTGTTTTTCTT-ATAAAGCAATTGTTTTTGTTAATATAAATTTGTTCAAAATAAAATAATACT
379 AATTGTTTCTATTCAT--A-C-A--------G---CT-T--ATTTG-----GATAAAATAATACT
* * **
15810290 AATTTATTAATA-T-TTACCAAATTAATCA-GTAAGAGATTTAAAAAGT-AAATCTATTTTCCAA
421 AATTTATTAATATTCTTA--AAATTAAT-AGGT-AGAGATTTAAAAAATGAAA-CTATTTACTGA
* * * * * * * *
15810351 ACCATTTCAAATAATTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTC-AATTCATTAT-AACCTTTTAT
481 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATT-GTTATGATCC-TTTGT
* * *
15810414 TTTGTCAT-AAATAATTAG-TTCTATTCATACTATTTTATTCTGAATAA-AATGATATTAATTTA
544 TTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTC--AC-A----AAT-T-AA-AATAAT-A-ACTAATTTA
* * * * * * ** * * *
15810476 ATAATATTT-GAAACTTAATAAGCAAGAAAATTAAAAAGTAAATCTAATTGCCAAACTAGGTT-A
596 ATAATATTTCAAAAATTAATAA--TAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAAC-AAGTTCA
* * * * *
15810539 AATAGTTAAGATTATATGAACGATTATTTATTTCAAATTGTTATGAC
658 AATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATGAC
* * * * * * * ** * *
15810586 ATTTTCTTTTGTCGTAAAACAATTGTTT-TGTTCGTATAAGCTTATTCTGATCAAAATAATACTA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAT-AAAATAATGCAA
* * * *
15810650 ATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAATAATAA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCA
65 ATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAA-CA
* * * ** * * * * *
15810714 A-TTTAAATGGTTAAGACTATTAAAATAATTATCTATTTGAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGT
128 AGTTCAAAT-ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTAGAACTTTTGTTTTGT
** * * * * *
15810778 CATAAAACAA-TCATTTCAGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAATTAATACTAATTTATTAAGA
191 CATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * * * *
15810842 -TTCAAAATATTAATTAGAAAGAGGTTTAAAAAAATAAA-ATTGTTT-GCTAAACAAGTTCAAAT
255 TTTTGAAA-ATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAAATAAATA-TGTTTATC-AAACAAGTTCAAAT
15810904 AGT
315 AGT
15810907 TTTTACAGTT
Statistics
Matches: 6907, Mismatches: 1442, Indels: 1051
0.73 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
673 1 0.00
674 71 0.01
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (704 bp):
CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATGCAAA
TTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGT
TCAAATATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAGAACTTTTGTTTTGTCATAA
AACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGA
AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTCATAACTA
TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
TCATACAGCTTATTTGGATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTTAAAATTAATAGGTAGAGA
TTTAAAAAATGAAACTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
TTCAAATTGTTATGATCCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCACAAATTAAAATAAT
AACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAATAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAAC
AAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATGAC
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15801303 CTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACATGCTTATTTGAAACAAAATAATACTA
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* ** * * * *
15801368 ATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAG-AAAAAAATTAAAAATATAAAT-T-AGTAAACTGAAA
66 ATTTATTAATATT-TTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-ATAAATATGA-T-TA-TCAAA
* ** * * * *
15801430 -AAGTTCAAATAGTTATGACTATTCAAACAATTATCTATTTAAAATCAATAT-AACTTTCTATTT
126 CAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT-TGTTT
* * * * *
15801493 TATCATAAAACAAT-TATTTCAATTCATAAAAGCTTA-T--AAA-AAAA-AATATTACTTTATTA
190 CATCATAAAACAATGTA--T-AGTT-AT--ATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * **
15801552 ATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAGTAAAT-TAGTTTATTGAATTAGTTCAAAT
249 ATATTTCAAAAA-T--TAAGTAAGAGATTTAAAAA-TGAATCTA-TTTACTAAACAAGTTCAAAT
* * * * *
15801616 AATTATGGCCATTTGAACAAATATCTATTTTAAATCGTTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAAC
309 AATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * *
15801680 AATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCT-CTTCAGAAT-AAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAA
373 AATTGTTTTT-ATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAAGA--AATTTATTAATA-TTCAAA
** * * * ** *
15801742 AATTAATAAGTAGGAGATCTAAAAAATATATTTGTTTACTAAACCAGTTCAAATAGC-TATTACT
433 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAATAAGTTCAAATA-CTTATGACT
* * * *
15801806 ATTTGAACAATTATATATTTCAATTTGTTAT-AA
497 ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * * * *
15801839 CTTTTTGTTCTATCATAAAAAAATTATTTCTATCCATATAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT
1 CTTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * ** * * **
15801904 AATGTAATAATATTATAAAAATTAATAACTATGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACAA
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* * * * * **
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129 GTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCAT
** * ** * * *
15802033 TGTAAAACAAAATTTTCAATTCTTACTAAG-TTATTCATAATAAAA-AA-AATAAATTTATTAAT
193 CATAAAAC--AA-TGT--ATAGTTA-TATGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT
* * * *
15802095 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAT-AATTCTATTTGCCAAACCAGTTCCAATAAT
251 ATTTCAAAAA-T--TAAGTAAGAGATTTAAAAATGAA-TCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAAT
*
15802159 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
312 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * **
15802223 TGTTTTTATTCATATAAGATTGTTTGGAATAAAATAAGATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTA
376 TGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAGA--AATTTATTAATA-TTCAAAAATTA
* * * * * * *
15802288 ATAAGTAAGAGATTTAAGAAATAAATATGTTTACTAAACT-AGTTCAATTACTTATAATTATTTG
438 ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAA-TAAGTTCAAATACTTATGACTATTTG
* * *
15802352 AAGAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAT
502 AACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGAC
* * * *** * *
15802381 CATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-TGTCTTATTTGGAATAAAGTAATGCT
1 CTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTCAAAATAAAATAATACT
* *** ** *
15802445 AATTTATTAATATTCTTAAAATTAATAGGTAGTGGATTTAAAAAATGAAACTATTGGCT-T--GA
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* ** * **
15802507 CTAGCGCAAATAGTTATAACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCC-TTTGTTT
126 CAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTT
* * *
15802571 TATCATAAAAC-A-GT-T-G-T-T-T-C-TATTCAAAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTT
190 CATCATAAAACAATGTATAGTTATATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
*
15802627 CAAAAATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAATTATGACT
255 CAAAAATTAAGTAAGAGATTT-AAAAATGAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAATTATGACT
* *** * *
15802691 ATTTGAAAAATTATGC-ATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTC
319 ATTTGAACAATTAT-CTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-
* * * * *
15802755 TATTCATAGAAGCTTATTTCAAATAAAACAATGCAAATTTAGTAACATTCAAACAATTAATAAGT
382 TATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA-G-AAATTTATTAATATTCAAA-AATTAATAAGT
* * *
15802820 AAAAGATTTAAAAAATAAATTTCTTTACTAGATAAATTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATT
444 AAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAATAAGTTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATT
** *
15802885 ATTTATTTCAAATCCTTAGGA-
509 ATTTATTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * * *
15802906 CTTTTTTTTTGTCAAAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCATATTAAAATAATATTA
1 CTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * ** * *
15802971 ATTTCTTCATATTTTGGCAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAG
66 ATTTATTAATATTTT-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGATTATCAAACAAG
* *
15803036 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCATCA
130 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCATCA
*
15803101 TAAAACAATTGTATCAGTTCATATAGGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT
195 TAAAACAA-TGTAT-AGTT-ATAT--GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * *
15803165 CTAAAAATTATTGAGTAAGAGATTTTAAATATGAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAACAGTTAT
255 C-AAAAATTA---AGTAAGAGA-TTTAAAAATGAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAATTAT
* *
15803230 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
315 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * *
15803295 TTTGTTCGTACAAGCTTATTTTGAAA-AAAATAAAAAAATAATTAATATTCCAAAAATTAATAAT
380 TTTATTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAAGAAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAG
* ** * * * * * *
15803359 TATAA-ATTTAAAAAATAAATTTATTTTTTAAACACGTTTAAATAGTTTTGACTATTTGAATAAT
443 TAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAATAAGTTCAAATACTTATGACTATTTGAACAAT
* *
15803423 TATCTATTTCAAAAAGTTATGAC
508 TATTTATTTCAAATAGTTATGAC
* * *
15803446 CTTTTTTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAACATAATAATACTA
1 CTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * *
15803511 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTATCAAGCAAG
66 ATTTATTAATATTT-TAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGATTATCAAACAAG
* *
15803575 TGT-AAATAGTTATGACTATTT-AAGCAATTATTTATTTC-AA--A-TA-G------T-TTT-AT
130 T-TCAAATAGTTATAACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCAT
* * * * *
15803625 CATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAAT-ACACTAATTTATTAATA
193 CATAAAACAA-TG--TATAGTT-AT--ATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * * * * * * *
15803688 TTTTGAGAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAAT-AACTCTGTTTA-TCGAACAAATTTAAATAG
252 TTTCAAAAATT-A-A-GTAAGAGATTT-AAAAATGAA-TCTATTTACT-AAACAAGTTCAAATAA
* * * *
15803751 TCATGTC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATTAAACAAT
311 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * ** * * *
15803815 TGTTTCTGTTCATA-AAGAATTATTCAT-AGTTAAAATAATATTGATTTATTAATATTTTAAAAA
376 TGTTTTTATTCATACAAG-CTTATT--TGAAATAAAATAAGA--AATTTATTAATA-TTCAAAAA
* * ** ** *
15803878 TTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATT
435 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAATAAGTTCAAATACTTATGACTATT
* * * * *
15803939 TGAACAATTATCTCTTTGAAATTGTTATGAT
500 TGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * * *** *
15803970 C-TTTATTTTGTCGTAGAACAATTATTTCTTTTCATATAAGCTTATTTGCATTAAAATAATACTA
1 CTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * * * * *
15804034 ATTTAATAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATGTGTTTATCGAACCA
66 ATTTATTAATATTT-TAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATATGATTATCAAACAA
* * *
15804098 GTTTAAATAGTTA-AGACTATTAGCACAATTATCTATTT-AAATCATTCAT-ACCTTTTGTTT-A
129 GTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT-ATGACCTTTTGTTTCA
** *
15804159 GTCATAAAACAAT-TATTTTAGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAA
192 -TCATAAAACAATGTA---TAGTT-AT--ATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * *
15804223 CA-TTCAAAAATTTAATAAGAAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTGCCAAACAAGTTCAAA-
250 TATTTCAAAAA--T--TAAGTAAGAGATTT--AAAAATGAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAAT
* * * *
15804286 CATATATGAATATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
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* * * * * * *
15804351 AATTG-TTTAAGTTCATAAAAACTTATCTAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAA
373 AATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAGA--AATTTATTAATA-TTCAAAA
* * * * * * * * * *
15804415 AATAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAAGTTGTTTTCCAAATCAGTTCAACTAGTTATGACTAT
434 ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAATAAGTTCAAATACTTATGACTAT
* ** * *
15804480 TTGAACAAATATCAATCTCAAATCA-TTATGAT
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* ***
15804512 C-TTTGTTTTGTCATAAAAC-ATTGTTTCTGA-TCATACAAGCTTATT-TGGATAAAAGTAATAC
1 CTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA-TAATAC
* * * * * * * * * **
15804573 TAATTGAATAGTATTTCAAAAATTAATAAGT----GATTTAGAAAATAAATGTGTTTGTCGAATT
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * **
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251 ATTTC-AAAAAT---TAAGTAAGAGATTT--AAAAATGAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATA
* ** * * ** * *
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310 ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * *** * *
15804888 ATTG-TTTTAGTTCATAAAAGCATCTCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAA
374 ATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAGA--AATTTATTAATA-TTCAAAAA
* * * * * * *
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* * * * *
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** * * * * * **
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1 CTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * * ** *
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* ** * * *
15805166 AA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTA
127 AAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCA
* * * * *** *
15805230 TCATAAAGCAAT-TATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAAT
192 TCATAAAACAATGTA---TAGTT-AT--ATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* ** * ** * *
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251 ATTTC-AAAAA-T--TAAGTAAGAGATTTAAAAATGAAT-CTATTTACTAAACAAGTTCAAATAA
* * * ** * *
15805357 TTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
311 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * *
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376 TGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAGA--AATTTATT--A-ATATT-CAAAA
* * * * * ** * * *
15805486 TTTTATAAGTAAGAGATTTTTAAAAAAT-AATTCTACTTACTGAACCAGTTTAAATAATTATAAC
434 ATTAATAAGTAAAAGA--TTTAAAAAATAAATT-TATTTACTAAATAAGTTCAAATACTTATGAC
* * *
15805550 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATTA-
496 TATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGAC
* * * * * * *
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1 CTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * ** ** * *
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* * * * * * * * **
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*
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CAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATAC
AAGCTTATTTGAAATAAAATAAGAAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA
AAATAAATTTATTTACTAAATAAGTTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA
TAGTTATGAC
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* * * *
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*
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* *
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* * *
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** * * ** * * *
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*
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* * * * *
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* * *
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* * * * * *** ** *
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* * * * *
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* * * * * *
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Statistics
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AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGATTATCGAACAAATGTAAAT
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15803442 TGACCTTTTT
* * * *
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*
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* *
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* * *
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** * * ** * * *
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*
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTATCAAGCAAATGTAAAT
AGTCATGACTATTTAAGCAATTATCTATTTCAAATAG
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* * * * *
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** * * * * * *
15803681 ATTAATATTTTGAGAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAACTCTGTTTATCGAACAAATTTA
65 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCA
* *
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* * ** * *
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1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAG-CTTATT--TGAAATAAAATAATACTAAT
* * *
15803860 TTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAGTT
63 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTT
* * ** *
15803921 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTCTTTGAAATTGTTATGATCTTT
128 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * * * * * *
15803974 ATTTTGTCGTAGAACAATTATTTCTTTTCATATAAGCTTATTTGCATTAAAATAATACTAATTTA
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * *
15804039 ATAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAAATTTAAAAAATAAATGTGTTTATCGAACCAGTTTAA
66 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAA
* * *
15804104 ATAGTTAAGACTATTAGCACAATTATCTATTT-AAATCATTCAT-ACCTTTT
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* * * ** *
15804154 GTTTAGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATGCTAATTT
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
* * * ** *
15804218 ATTAACA-TTCAAAAATTTAATAAGAAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTGCCAAACAAGTT
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* * * * *
15804282 CAAACA-TATATGAATATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTAACCTTTT
128 CAAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTT
** * * * * *
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1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * *
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* * * * *
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128 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * *
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1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA-TAATACTAATTT
* * * * * **
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65 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCA
* * * * * *
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130 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * ** * *
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1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * *
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66 TTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTC
** * * ** *
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129 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACCTTT
* * * * * *** *
15804872 ATTTTGTCGTAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCATCTCCAAAATAAAATAATACTACTTT
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
* * *
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* * * * *
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* * * *** * *
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1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * *
15805112 TTAATATTTCAAGAA-T--T-GGTAAGAGATTTAGAAAATAAATTTATTTATTGAGCTAA-TTCA
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** *
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130 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTT
* * * * * * *
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1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * **
15805289 ATAATA-TTCAAAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAA-AAATAC-G-TTCGCTGAACAAGTT
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* * * ** *
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128 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTT
* * * *
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1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * ** *
15805469 TTAAATATATTGCAAAATTTTATAAGTAAGAGATTTTTAAAAAATAATTCTACTTA-CTGAACCA
66 TT-AATAT-TT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGA--TTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAA
* * * * *
15805533 GTTTAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTA-CTTT
125 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * * * * * ** *
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1 GT-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
* * * ** * * * * *
15805653 ATTAATATTTAAAAAATTAATCAGTAAGGGATTTAAAACGTAAATCTATTTATCAAACCATTTTA
65 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCA
* * * *
15805718 AATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATAACCTTT
130 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * ** ** *
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1 -GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
* ** * * * * * *
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* * ** * **
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** * * * ** **
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1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA-CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
*
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TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAA
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Found at i:15805038 original size:361 final size:359
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* * * *
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* * * *
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* ** * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * ** *
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* * * *
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* * * ** *
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* * * *
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* * * * *
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* * *** * * *
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* * * * ** *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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** * * ** * *
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* * * *
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* * * *
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* *
15805014 T-TTTGTACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTATCTTTT
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* * * * * *
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* * * * * *** *
15805114 AAT-AT-TTCAAGAA-T--T-GGTAAGAGATTTAGAAAATAAATTTATTTATTGAGCTAA-TTCA
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** * *
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* * * * * *** *
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* * * ** *
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256 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-CTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * *
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* * *
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* * ** ** *
15805468 ATTAAATATATTGCAAAATTTTATAAGTAAGAGATTTTTAAAAAAT-AATTCTACTTACTGAACC
64 ATT--A-ATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGA--TTTAAAAAATAAATT-TGTTTACCAAACA
* * * * *
15805532 AGTTTAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT-TACTTTT-TGTTTG
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* * * * *
15805595 ACATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAAT
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* * * ** * * * *
15805659 ATTTAAAAAATTAATCAGTAAGGGATTTAAAACGTAAATCTATTTA-TCAAACCATTTTAAATAG
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* * * * *
15805723 TTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATAACCTTTC
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* * * ** ** *
15805770 GTTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTGTTCATATTATTTTATTTGAAATTAAATAATACTAATTTA
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* ** * * * * * * *
15805835 TTAGTATT-ATAAAATTAATGAA-TTGGAGACTCAAATAATTAATCTATTTACCGAACAAGTTCA
65 TTAATATTCA-AAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCA
* * ** * **
15805898 AATAGTCATGTCCGTTTGAA-ATATTATC--TTT--AATTATTATGATA-TTTTGTTTTGTTGTA
128 AATAGTTATGACTATTTGAACA-ATTATCTATTTCAAATCATTATGA-ACTTTTGTTTTGTCATA
* * *
15805957 AAATAATT-TTTTA-TTCA-AGGAAA-ATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
191 AAACAATTGTTTTAGTTCATA--AAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * *
15806018 CAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT-AAAACTAAATCTATTTACCAGACCAA-TTCAAATTGTTAT
254 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTTAT
15806077 GA
318 GA
15806079 TCTTTATTTT
Statistics
Matches: 1680, Mismatches: 334, Indels: 188
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
350 33 0.02
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353 2 0.00
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367 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (359 bp):
GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAATAAAATAATACTAATTTAT
TAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAAT
AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACA
ATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACTTTT
Found at i:15805570 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 15805538--15805570 Score: 50
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15805528 AACCAGTTTA
15805538 AATAATTATAACTATTTG
1 AATAATTAT-ACTATTTG
15805556 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
15805571 CAAATCATTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
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Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTG
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15799135 CAGTAAGCCA
** * * ** * * *
15799145 TTCAAATAGTTAAAACTATTATG-ACAATTATCTAGTTCAAATCATTCTGACCTTTTATTTAGTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA--TTTTGTTTTGTC
* * * * * * *
15799209 ATAAAATAATTATTTCAATTTATACAAGCTT-GTTCAGAATAAAATAATACTACTTTATT-A-AC
63 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * *
15799271 ATTCAAAAAAATTAGTAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTAC-C-AA-ACTT-AAATA
127 ATTC---AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAATTCT-CTTACTCGAACAATTCAAATA
* *
15799332 CATT-TAACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
187 -GTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACTTTTTG-TTTGTCATAAAAC
* * *** * *
15799395 AATTGTTT-TAGTACATA-AA--TT-TT----TTTTGA-AATACTACTTTATTAATATTTCAAAA
249 AATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAA
* * * **** * * *
15799450 ATTAATAAGCCAGAGATTTAAAAACTAAAGT-TGTTTTTTAAACTAGTTCAAATAGTTATGATTA
313 ATTAATAAG-AAAAGATTTAAAAAATAAA-TATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTA
* * ** * * * * * * *
15799514 TTTAAACAAATATGAATCTCAAATCGTTATG-A-TATTTGTTTTCTCATAAAACAATTATTTTTT
376 TTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGAACT-TTTATTTTGTCGTAAAACAA-T-TGTTTT
* * *** * * * *
15799577 A-TT-ATAGAAGCTTATTGGAATAAAAATAATACTAATTTAATAGTATTCCAAAAA-T--CAA-T
438 AGTTCATATAAGCATATCCAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * ** * * * *
15799636 AAGATATTTAAAAAAGAAA-AATGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAAT
502 AAGAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
** * * * * * ** * *
15799700 TATCTATTTCAAATTGTTCTGACCTTTTGGTTAGTCATATAATAATTGTTTCAGTTCACACAAGC
566 TATCTATTTCAAATCATTATTA-CTTTT-GTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAAC
* * * *
15799765 TTA-TTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTGAA
629 TTATTTGA-AATAAAATAATACT-A---ATTAATATTTCAAAAA-T--T-AGTAAGAGATTT-AA
* * ** * * * * *
15799829 TAAATAAATTTGTTTATCCAATAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTAAA
684 AAAATAAATTTATTTATTAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
* * * * ** **
15799894 ATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTT-TAGCTT-ATGA-AAAATTATCCAAA
748 ATAGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTAT-G-TTCAT-ACAAGCTTATTTAAA
* * ** * *
15799956 ATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGAAAGTTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATTA
810 ATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TC
* *
15800021 GTTTACTAAATCAA-
873 GTTTTCTAAAGCAAG
* * * ** * * * *
15800035 TTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAACCATCTATTTCAAATAGTTATTACCTTTTATTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA--TTTTGTTTTGTCA
* * * * * **
15800100 TAAAACAATTATTTTTCA-ACATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATTATACTAACTTGCTAATAT
64 TAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * *
15800163 -TTCAAGAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTA-TC-ATACAAGTACAAATAG
127 ATTCAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCT-CTTACTCGA-ACAA-TTCAAATAG
* ** * * * *
15800221 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA-CAATCTTTTGTTTTATCATAAGACAA
188 TTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT-TTTTG-TTTGTCATAAAACAA
* ** * * *
15800285 TTATTTCTATTTGTACAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTGAAAACA
251 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-T-AAAA-A
* * ** * * *
15800350 AATAACTAAG---AGATTT-AAAAGTAAATCCGTTT---GAACTAGTTCAAACAGTTAAAACTAT
313 ATTAA-TAAGAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTAT
* ** * * * * *
15800408 ATG-ACGGTTATTTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCGTAAAAAAATTATTTTAGCT
377 TTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGAACTTTTATTTTGTCGTAAAACAATTGTTTTAG-T
* ** * * * * *
15800472 T-ATACAAGGTTATTCAAAATAGAATAAAACTAATTTATAAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAG
441 TCATATAAGCATA-TCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * ** * * *
15800536 AGATTTAGAAAATAATTCTA-TTTAC-GAACCGGTTCAAAGAATTATAACTATTTGAACAATTAT
505 AGATTTAAAAAATAAATC-AGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * *
15800599 TTGTTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTTTGTTAATA-TAAGTAT
569 CTATTTCAAATCATTATTAC-TTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAACT-T
* *
15800663 GTTTGAAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-ATAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAA
631 ATTTGAAATAAAATAATACT-A---ATTAATATTTCA-AAAA-T--T-AGTAAGAGATTTAAAAA
* ** ** * * * *
15800727 GTAAAACTATTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTGAAATT
687 ATAAATTTATTTATTAAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATA
* * * ** ** *
15800792 GTTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTATGTTCACAC-ATTTTATTTGGAACAAAA
751 GTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAA
* * * * ** * *
15800856 TACTACTAATTTAATAATATTTTGAAACATAATAACCAAGAAAATTAAAAAAATAAATC-TAATT
816 TAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATCGT--TT
* *
15800920 GTC-GAA-CCAG
877 -TCTAAAGCAAG
* * * * *
15800930 TTCAAATAGTTA-GTACTATATG----A--ATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTCTTTTTTT
1 TTCAAATAGTTATG-ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA--TTTTGTTTTGTC
* * * ** * *
15800988 GTAAAATAATTGTTT-TGTTTGTACAAGC-T-TTTCTAATTAAAATAATACTAATTTAATAATAT
63 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * *
15801050 -TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATT-TGGTTA-TCAAAACAGTTCAATTG
127 ATTC-AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAAT-AATTCT-CTTACTC-GAACAATTCAAATA
* * * * * * *
15801112 GTTA-AGACTATTAGAATAATTATCTATTTTAAATCATTTTGACCTTTTATTTAGTCATAAAGCA
187 GTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTT-GTCATAAAACA
* * * * * *
15801176 ATTGTTTC-AGTCCATACAAGCTTATTCATAATAAATTACTACTAATTTATTAACATTTGAAAAA
250 ATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAA
15801240 TTAATAAGAAAGAGATTT---AAA-AAA-A----T-----A-AA--TC---TA-TT-T-ACTA--
314 TTAATAAGAAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATT
* * * * * * * *
15801280 --AACAAATT-TCAACTT---A-T-TT-TGAACTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATT
378 TGAAC-AATTATCTATTTAAAATTGTTATGAACTTTTATTTTGTCGTAAAACAATTGTTTTAGTT
* * * ** * * *
15801336 CATACATGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAG-AAA
442 CATATAAGCATA-TCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAG
* * * *** * **
15801399 AAAATTAAAAATATAAATTAGTAAACTGAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTCAAACAATTAT
505 AGATTTAAAAA-ATAAATCAGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * ***
15801464 CTATTTAAAATCAATATAACTTTCTATTTTATCATAAAACAATTATTTCAATTCATA-AAAGCTT
569 CTATTTCAAATCATTATTACTTT-T-GTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAA-CTT
* * * * * *
15801528 A--TAAAAAAAAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAGTAA
631 ATTTGAAATAAAATAATAC-TAATTAATATTTCAAAAA-T--T-AGTAAGAGATTTAAAAAATAA
** * * * * * * * *
15801591 A-TTAGTTTATTGAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAAATATCTATTTTAAATCGTT
691 ATTTA-TTTATT-AAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTT
* * ** * * * *
15801655 ATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCCTCTTCAGAAT-AAATA
754 AT-AACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATA
* * * * * *
15801718 ATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATCTAAAAAATATATTTGTTTACTA
818 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-AATCGTTTTCTA
*
15801783 AA-CCAG
881 AAGCAAG
* * * * * * *
15801789 TTCAAATAGCTATTACTATTTGAACAATTATATATTTCAATTTGTTATAACTTTTTGTTCTATCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA--TTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
15801854 TAAAAAAATTATTTCTATCCATATAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATACTAATGTAATAATAT-
64 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATA
* * * * * *
15801917 TATAAAAATTAATAACTATGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTGC-CAAACAAGTTCAAATAGT
128 T-TCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCT-CTTACTCGAACAA-TTCAAATAGT
* * * * * * **
15801980 TA-AGGCTATATGAACAATTCTTTCTTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAACAAA
189 TATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTG-TTTGTCATAAAAC-AA
* * * * * *
15802044 AT-TTTCAATTCTTACTAAG-TTATTCATAATAAAA-AA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAAA
251 TTGTTTCTATTCATAC-AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTAAAAAA
* * * * * * * * * *
15802105 TTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAATTCTATTTGCCAAACCAGTTCCAATAATTATGACTATT
314 TTAATAAG-AAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATT
** * *
15802169 TGAACAATTATCTATTTCAAAA-CATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-T
378 TGAACAATTATCTATTT-AAAATTGTTATGAACTTTTATTTTGTCGTAAAACAATTG-TTTTAGT
* *** * * **
15802232 TCATATAAG-ATTGTTTGGAATAAAATAAGATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAA
441 TCATATAAGCA-T-ATCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * * * *
15802296 GAGATTTAAGAAATAAAT-ATGTTTACTAAACTAGTTCAATTACTTATAATTATTTGAAGAATTA
504 GAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* ** * * * * ***
15802360 TTTATTTCAAATTGTTATGATCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACTGTCTT
568 TCTATTTCAAATCATTATTA-CTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAACTT
* * * * * * *
15802425 ATTTGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTTAAAATTAATAGGTAGTGGATTTAAAAAA
631 ATTTGAAATAAAATAATACTAA-TTAAT-AT-TTC-AAAAATTAGTA---AG-AGATTTAAAAAA
* ** * *** * * *
15802490 TGAAA-CTATTGGCTT-GACTAGCGCAAATAGTTATAACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
688 T-AAATTTATT-TATTAAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
* * * * *
15802553 TGTTATGATCC-TTTGTTTTATCATAAAAC-A--G--T-TGTT--T-----C-TATTCAAAATAA
750 AGTTAT-AACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAA
* * * *
15802603 CATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAAT--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTA
814 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-GTTTT
15802665 CTAAA-CAAG
878 CTAAAGCAAG
* * ** * *
15802674 TTCAAATAATTATGACTATTTGAAAAATTATGCATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA--TTTTGTTTTGTCA
* * * * * * * *
15802739 TAAAATAATTTTTTTCTATTCATAGAAGCTTATTTCAAATAAAACAATGCAAATTTAGT-A-ACA
64 TAAAACAA-TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATA
* * *
15802802 TTCAAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATT-TCTTTACTAGATA-AATTCAAATAC
128 TTC-AA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTC-TTACTCGA-ACAATTCAAATAG
* * * * * * *
15802865 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCCTTAGGACTTTTTTTTTGTCAAAAAATAATT
188 TTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * * * ****
15802930 GTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCATATTAAAATAATATTAATTTCTTCATATTTTGGCAATTAA
253 GTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAA
* * * *
15802995 TAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
318 TAAG-AAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
* * ** * * ** * * *
15803060 AAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATCAGTTCATAT
382 CAATTATCTATTTAAAATTGTTATGAACTTTTATTTTGTCGTAAAACAATTGTTTTAGTTCATAT
* * * * *
15803125 AGGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTATTGAGTAAGAGATT
447 AAGCATA-TCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * *
15803189 TTAAATATGAATCTA-TTTACTGAACAAGTTCAAACAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
510 TAAAAAATAAATC-AGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * *
15803253 TCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCGTACAAGCTTATTTTG
574 TCAAATCATTATTAC-TTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAACTTA-TTTG
* * * * * *
15803318 AAA-AAAATAAAAAAATAATTAATATTCCAAAAATTAATAATTATAAATTTAAAAAATAAATTTA
636 AAATAAAAT--AATACTAATTAATATTTCAAAAATTAGT-A--AGAGATTTAAAAAATAAATTTA
* * * * * *
15803382 TTTTTTAAACACGTTTAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAAAGTTATGACC
696 TTTATTAAACA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACC
* * * * * * *
15803447 TTTTTTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAACATAATAATACTAA
760 TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAA
* * * *
15803512 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC-TATTATCAAGCAAG
825 TTTATTAATATTTCAAAAA-TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCGTTTTCTAAAGCAAG
*
15803575 TGT-AAATAGTTATGACTATTT-AAGCAATTATTTATTTC-AA-----AT-A----GTTTTATCA
1 T-TCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATTTTGTTTTGTCA
* * *
15803627 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTA-TTCAGAATAAAAT-ACACTAATTTATTAATATT
64 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATA
* * * * * * * *
15803690 TTGAGAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAACTCTGTTTA-TCGAACAAATTTAAATAGTCA
128 TTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCT-CTTACTCGAAC-AATTCAAATAGTTA
** * *
15803754 TGTC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATTAAACAATTGT
191 TAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGT
* * ** * * *
15803818 TTCTGTTCATA-AAGAATTATTCATAGTTAAAATAATATTGATTTATTAATATTTTAAAAATTAA
255 TTCTATTCATACAAG-CTTATTCA-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAA
* * *
15803882 TAAG---AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
318 TAAGAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC
* * * * * *
15803944 AATTATCTCTTTGAAATTGTTATGATC-TTTATTTTGTCGTAGAACAATTATTTCT-TTTCATAT
383 AATTATCTATTTAAAATTGTTATGAACTTTTATTTTGTCGTAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAT
* * * * * *
15804007 AAGCTTATTTGC-ATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAAATT
447 AAGC--ATATCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
** * * * * *
15804071 TAAAAAATAAATGTGTTTATC-GAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGCACAATTATCTATT
510 TAAAAAATAAATCAGTTT-TCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * **
15804135 T-AAATCATTCA-TACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAACTTATTCA
574 TCAAATCATT-ATTA-CTTTTGTTT-GTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAACTTATTTG
* * * *
15804198 AAATAAAATAATGCTAATTTATTAACATTCAAAAATTTAATAAGAAAGAGATTTGAAAAAATAAA
636 AAATAAAATAATACTAA-TTAAT-A-TTTCAAAAA--T--T-AGTAAGAGATTT-AAAAAATAAA
* *** * *
15804263 TCTATTTGCCAAACAAGTTCAAACA-TATATGAATATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TT
692 TTTATTTATTAAACAA-TTCAAATAGT-TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTT
* * * * * *
15804326 TTAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTAAGTTCATAAAAACTTATCTAAAATAAAATAA
754 ATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAA
* * * *
15804391 TACTACTTTATTAATATTTCAAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAAGTTGTTTTCCAA
819 TACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCGTTTTCTAA
*
15804456 ATC-AG
882 AGCAAG
* * ** * **
15804461 TTCAACTAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCAT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAT-TTTGTTTTGTCAT
** * * *
15804526 AAAAC-ATTGTTTCTGA-TCATACAAGCTTATTT-GGATAAAAGTAATACTAATTGAATAGTAT-
65 AAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAA-TAATACTAATTTATTAATATA
* * * * ** * *
15804587 TTCAAAAATTAATAAGT----GATTTAGAAAATAAATGTGTTTGTCGAATTAGTTCAAATAGTTA
128 TTC-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTCTTACTCGAA-CAATTCAAATAGTTA
* * * * * * * *
15804648 -AGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAAC-CTTTGTTTAGTCATCAAATAATTG
191 TA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTT-GTCATAAAACAATTG
* * * * * *
15804711 TTTCAATTCATACAAGCTTATTCGATATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATCAAT
254 TTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAT
* * *
15804776 AAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTAAAATTATTTGAA
319 AAG-AAAAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
*
15804841 CAATTAT-TATTTAAAATTGTTATGAACTTTTATTTTGTCGTAAAACAATTGTTTTAGTTCATAA
382 CAATTATCTATTTAAAATTGTTATGAACTTTTATTTTGTCGTAAAACAATTGTTTTAGTTCATAT
* * *
15804905 AAGCATCTCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAACTAATAAGTAAGAGATTT
447 AAGCATATCC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * *
15804970 AAAAAATAAATCAGTTTTCTGAATAAGTTCAAATAGTTATGGCCT-TTTGTACAATTATCTATTT
511 AAAAAATAAATCAGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * *** *
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575 CAAATCATTATTA-CTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAACTTATTTGAA
* * * *
15805098 ATAAAATAATACT-ATTAATATTTCAAGAATTGGTAAGAGATTTAGAAAATAAATTTATTTATTG
638 ATAAAATAATACTAATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATTA
* * *
15805162 AGCTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATT
703 AAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTATT
* * * * * ** *
15805227 TTATCATAAAGCAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATA
767 TTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * ** *
15805292 ATA-TTCAAAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAA-AAATACGTTCGCTGAA-CAAG
832 ATATTTC-AAAAA-TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-CGTTTTCTAAAGCAAG
* *
15805348 TTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATG--ATTTTGTTTTGTCA
* * * *
15805413 TAAAACAATTATTTC-AGCTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAATAT
64 TAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATT-AATAT
* * *
15805477 ATTGCAAAATTTTATAAGTAAGAGATTTTTAAAAAATAATTCTACTTACT-GAACCAGTTTAAAT
127 ATT-CAAAA-TTAATAAGTAAGAGA--TTTAAAAAATAATTCT-CTTACTCGAA-CAATTCAAAT
* * * *
15805541 AATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTGACATAAAACAA
186 AGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTGTCATAAAACAA
* * * * *
15805606 TTGTTTTTATTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTAAAAAATT
251 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATT
* ** ** * * * * * * * * *
15805671 AATCAGTAAGGGATTTAAAACGTAAATCTATTTATCAAACCATTTTAAATAGTTTTGACTATTTG
316 AATAAG-AAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTG
* * ** ** * * *
15805736 AATAATTATCTATTTTAAATCATTAT-AACCTTTCGTTTTGTCATCAAACAATTGGTTCT-GTTC
380 AACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGAA-CTTTTATTTTGTCGTAAAACAATT-GTTTTAGTTC
* *** ** * * **
15805799 ATATTATTTTATTTGAAATTAAATAATACTAATTTATTAGTA-TT-ATAAAATTAATGAA-TTGG
443 ATATAAGCATA-TCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAAT-AAGTAAG
* * * * * * * * **
15805861 AGACTCAAATAATTAATCTA-TTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCGTTTGAA-ATATTA
505 AGATTTAAAAAATAAATC-AGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA-ATTA
* ** * * * *
15805924 TC--TTT--AATTATTATGATA-TTTTGTTTTGTTGTAAAATAA-T-TTTTTATTCA-AGGAAAA
568 TCTATTTCAAATCATTAT--TACTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATA-CAAAC
** * * *
15805981 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTT-AAAACTA
629 TTATTTGAAATAAAATAATACT-A---ATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* ** * * * *
15806045 AATCTATTTACCAGACCAATTCAAATTGTTATGA-T-CTT---T-A-T-T-T-TGTC--ATA---
690 AATTTATTTATTA-AACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTT
* *** * * *
15806095 A-AA-CTATTA--TT-TC------C--------AT-TT-ATACAAGCTTATTCGCAGTAAATTAT
754 ATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAA
* ** * * * **
15806139 TGCTAAACTAATAATA-TTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTCAAAAATAAAT-GTGTTTGCCG
819 TACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCGT-TTT-CTA
*
15806202 AA-CTAG
881 AAGCAAG
* * * * * * *
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* * * * * * *
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64 TAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATA
* * * * * * * *
15806336 TTAGAAAATTAGTAAGCAAGAAATTAAAAAAATAAATCTATTTACT-GAACAAATTCAAACAGTT
128 TT-CAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCT-CTTACTCGAAC-AATTCAAATAGTT
* * * * * * *
15806400 TTGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATAATAAAATAATTG
190 ATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTG
* * * *
15806465 TTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAATAATAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAA
254 TTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AA-AAT-AATACTA--A-TTTATTAATATTTAAAA
* * *** * * * * *
15806529 AATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAACTAAAT-TAATTTATCGAATC-AGTTCAAATAATTATAGC
312 AATTAATAAG-AAAAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATAAC
* * * ** ** * *
15806592 CATTTGAATAATTATCTATTTGAAATCATTATGAACTTTCCTTTTGTCATCCAAA-AATTGTTTT
374 TATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGAACTTTTATTTTGTCGT-AAAACAATTGTTTT
*** * * *** * * *
15806656 TCATCATATAAACCTATTTGGAATAAAATAATTCTAACTTATTAATATTTCAAAAATTACTAAGT
438 AGTTCATATAAGCATA-TCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * *
15806721 ATGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAAT
502 AAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTT-TCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * * * *
15806785 TATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAAAAATTATTTATGTTCATACAACC
566 TATCTATTTCAAATCATTATTA-CTTTT-GTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAAC
* *
15806850 TTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATT-ATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAA
629 TTATTTGAAATAAAATAATACTAAT-TAAT-AT-TTCA--AAAA-T--T-AGTAAGAGATTT-AA
* ** * * ** * * *
15806914 AAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTT-AAATAGTTAAGGGTATATAAATAATTATCTTTTTCAA
684 AAAATAAATTTATTTATTAAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
* * * ** * * * * * * *
15806978 ATCA-TTATGACATTTTGTTTTGTTGTAAAGCAAGTGTTTTTGTTCATATCAA-TTTATTCAGAG
748 AT-AGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATA-CAAGCTTATTTAAAA
* ** * *
15807041 TAAAATAATAGTAATTTATTAATATTTTTAAAAT--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGC
811 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCGT
* * *
15807103 TTACCAAA-CCAG
875 TTTCTAAAGCAAG
* * * * *
15807115 TTCAATTAGTTATAACAATTTGAATAATTATTTATTTCAAATT-TTATGACCATTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA--TTTTGTTTTGTCA
* * * ** *
15807179 TAAAAGAATTGTTTCTATTGATA-TAGTCTTA-TTCAAAATAATGTAATACTAATTTATTAATGT
64 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * * * *
15807242 -TCTAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAAATGAATT-TATTGGC-CTACCAGTGCAAATAG
127 AT-TCAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAAT-AATTCTCTT-ACTCGAACAATTCAAATAG
* * *
15807304 TTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTAT-TTTGTCATAAAACAA
188 TTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTT-TGTTTGTCATAAAACAA
* ** * * ** * * * *
15807368 TTGTTTCTGTTTGTATAAACTTATTCGGAATAACATAATTCTAACTTATTATTA-TTACAAAAAT
251 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAAAT
* * * * * * * * * *
15807432 TAATAAGTAAGAGGTTCAAAAACTGAATCTGTTTATCGAATAGGTTTAAATAGTTATAACTATTT
315 TAATAAG-AAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTT
* * * * * * *
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379 GAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGAA-CTTTTATTTTGTCGTAAAACAATTGTTT-TAGTT
* * * * * * * * ** *
15807560 CATACAAGCTTATTTCAATTAAAATAATGCAAATTTATTAACA-TTCAGACAATTCGTAAGTAAA
442 CATATAAGCATA-TCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAG
* * * * *
15807624 AGATTTAAAAAATAACTCAGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATT
505 AGATTTAAAAAATAAATCAGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * *
15807689 TATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGCTTAT
570 TATTTCAAATCATTATTAC-TTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAACTTAT
* * * * * *
15807754 TTGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAATTTTTAAAAATAA
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** *** * * * * * * *
15807819 ATACATTTACCGAGCAAGTTCAAATAATCATAACTATTTGAATATTTATCTATTTAAAATCGTTA
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* * ** * * * *
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755 TAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGT-TTATGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAA
* *
15807948 TACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATC-TATTTAC-
819 TACTAATTTATTAATATTTC-AAAAA-TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCGT-TTT-CT
15808010 AGAA-CAAG
880 A-AAGCAAG
*
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1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATT-TATTTCAAATTGTTATG--ATTTTGTTTTGTC
*
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* * * * * * * *
15808146 -TCCAAAAATGAAT-AGCAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATT-TTCTAAACAAGTTCAAATAGT
127 ATTC-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTCTTACTC-GAACAA-TTCAAATAGT
* * * * *
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189 TATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACTTTTTG-TTTGTCATAAAACAAT
** * *
15808271 TGTTTCTATTCATACAAG-TGTATTTGAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTTCAAAAATT
252 TGTTTCTATTCATACAAGCT-TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATT
* * * * * * *
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316 AATAAG-AAAAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTT
* * * * * **
15808400 GAACAAATATTTATTTGAAATAGTTATG-A-TGCTTAGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTA-T
379 GAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGAACT-TTTA-TTTTGTCGTAAAACAATTGTTT-TAGT
** ** * * *
15808462 TCATACT-AGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCTGAAAATTAATAGGTA
441 TCATA-TAAGCATA-TCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTA
* * * * * * *
15808525 GGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAATCATGTCTATTTGAACAATC
503 AGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTT-TCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * * *
15808589 ATCTATTTCAAACCAATATGTCCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTCTTGTTCATGCAAAAT
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* * * * * * *
15808654 TA-TTCAGAATAAACTAATATTGATCTATTACTATTTTAAAAATTA--ATGAGATTTAAAAACTA
630 TATTTGA-AATAAAATAATACT-A---ATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * * *
15808716 AATCTGTTTGTCGAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCA-T
690 AATTTATTTAT-TAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-AGT
*** * * ** *
15808780 TATGGTC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCA-ACAAGCTTATTTGGATTAAAATA
753 TATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATA
* * * * * *
15808843 ACACTAATTTAATAATATTCCAAAAAATTAATATGTAAAAGCTTTAAAAAATAAAT-GTGTTTGC
818 ATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAA-TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCGT-TTT-C
* *
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879 TAAAGCAAG
* * * * * ** * * *
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1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA--TTTTGTTTTGTCA
* * * ** * *
15808980 T-AAACAATTATTTC-AGTTCATATAACCTTATTTGTAGT-AAATAATACTAATTTATT-A-ATG
64 TAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATA
* * *
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128 TTC--AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA-AAT-AATTCT-CTTACTCGAACAA-TTCAAATA
*
15809103 GATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAC
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* * *
15809166 AATTATTTC-AGTTCATAAAAAG-TTA-TCTAAAATAAAATAATAC--------T-A-CTTT---
249 AATTGTTTCTA-TTCAT-ACAAGCTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAA
* * * ** * *
15809215 --ATTAATAAG---AGATTTAGAAAATAAATGTGTTTGCTAAAC-CGTTCAAATAGTTA-AGATT
311 AAATTAATAAGAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATA-ACT
* ** * ** * * * * * * *
15809273 ATTAGATTAATTATCTATTTCAAATCATTTTG-ACATTTT-GTTAGTCATATAATAATTGTTTCA
375 ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGAAC-TTTTATTTTGTCGTAAAACAATTGTTTTA
* * * * ** * * *
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* *
15809400 AAGAGATTTGAAAAAATAAATTTA-TTTAT-TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACA
502 AAGAGATTT-AAAAAATAAA-TCAGTTT-TCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * ** *
15809463 ATTATCTATTTAAAATCATTATAACATTTTGTTCCATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATA-AA
564 ATTATCTATTTCAAATCATTATTAC-TTTTGTT-TGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAA
*** * * * * *
15809527 AGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTAGTAATTTTTTGAAAGTTAATAAGTAAAAGATTTA
627 A-CTTATTTGAAATAAAATAATACTA----ATTAA-TATTTCAAA---AATTAGTAAGAGATTTA
** * * * * * * *
15809592 AAAAATAAATCAATTTACTGAATCAATTCAAATAATTATGGCCATTTCAATAACTATCTATTTCA
683 AAAAATAAATTTATTTA-TTAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
* * * * * * *** * *
15809657 AACCA-TTATTA-CTTTTGTTTTGTCACAAAATAATTGTTTTTCAACATAGAAGCTTATTCAAAA
747 AA-TAGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTAAAA
* * * * *
15809720 TAAAAAAATACTAATTTACTAATATTTCAAGAAT--TAA-TAAGAAATTTAAAAAATATATCTGT
811 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-GT
* *
15809782 TTAT-TGAA-CTAG
875 TT-TCTAAAGCAAG
* * * * * *
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1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TTATTTCAAATTGTTATGA--TTTTGTTTTGTC
* * * ** **
15809858 ATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAGGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAGGAATAT-
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* * * * * ** *
15809922 TCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTTGTTA-TCGAACCAGTTCAAGCAATT
128 T-TCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTCTTACTCGAA-CAATTCAAATAGTT
* * * ** * * *
15809986 A-AGACTATATAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATT
190 ATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTG-TTTGTCATAAAACAATT
* * ** * * *
15810050 ATTTCAACTT-ATACAAGCTTATTTGAAATAGAACTAA-ACTAATTGATTAATATTTCAAAAA-T
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* * * * * * * * *
15810112 ATATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAATTCTATTTACCAAACTAGTTCAAAT-GATTATTACTGTT
316 A-ATAAG-AAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAG-TTATAACTATT
** * *
15810176 TGAACAATTATCTATTTAAAATCATTAT-TACTTTTTGTTTTGTCATAAATAATTGTTTTTCTTA
378 TGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGAAC-------TTT-T-AT---T--TTG----TCGTA
* * *** * *
15810240 TAAAGCAATTGTTTTTGTTAATATAAATTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
425 -AAA-CAATTGTTTTAGTTCATATAAGCAT-ATCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * ** * * * *
15810305 -ACCAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTA-TTTTCCAAACCATTTCAAATAATTT
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* * * * *
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550 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTA-CTTTT-GTTTGTCATAAAACAATT-G
* * * ** * * *
15810432 -TTCTATTCATACTATTTTATTCTG-AATAAAATGATATTAATTTAATAATATTTGAAACTTAAT
612 TTTTTGTTCATACAAACTTATT-TGAAATAAAATAATACTAA--T--TAATATTTCAAA---AAT
* * * * * * * *** * * * *
15810495 AAGCAAGAAAATTAAAAAGTAAATCTAATTGCCAAACTAGGTT-AAATAGTTAAGATTATATGAA
669 TAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATTAAAC-A-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
** * * * * * * * *
15810559 CGATTATTTATTTCAAATTGTTATGACATTTTCTTTTGTCGTAAAACAATTGTTT-TGTTCGTAT
732 TAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATAC
* * * * *
15810623 AAGCTTATTCT--GATCAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAATAATAAAT
797 AAGCTTATT-TAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-TAATAAGTAAGAGAT
* * * *
15810686 TTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAA-
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* * * ** * * * ** * *
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1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA--TTTTGTTTTGTCA
** * * *
15810780 TAAAACAATCATTTC-AGTTCATACAAGTTTA-TTCAAAATAAATTAATACTAATTTATT-A-AG
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* * *
15810841 ATTCAAAATATTAATTAGAAAGAGGTTTAAAAAA
127 ATTC-AAA-ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
15810875 ATAAAATTGT
Statistics
Matches: 8366, Mismatches: 1830, Indels: 1257
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
854 1 0.00
855 74 0.01
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (887 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATTTTGTTTTGTCATA
AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATATTC
AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTCTTACTCGAACAATTCAAATAGTTATAACT
ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGAAAA
GATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCT
ATTTAAAATTGTTATGAACTTTTATTTTGTCGTAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCATATC
CAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
TCAGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
TACTTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATACT
AATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATTAAACAATTCAAATA
GTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAA
TTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATA
ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCGTTTTCTAAAGCAAG
Done.