Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167915.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_18, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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Warning! 90000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 75 of 117
Found at i:15806416 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 15806064--15809221 Score: 2261
Period size: 181 Copynumber: 17.5 Consensus size: 179
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* * * * * *
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* * * * * ** * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * * * * ***
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1 TTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTTG
* * * ** *
15806489 AAATAAATAATAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAA
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* * * *
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* * ** * * * *
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* * * * * *
15806673 TTGGAATAAAATAATTCTAACTTATTAATATTTCAAAAATTACTAAGTATGAGATTTAAAAAATA
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* * * * *
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* * * * * * *
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1 TTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA--TTCATACAAGCTTATTT
* * * * *
15806856 GAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAAATAA
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* * ** * * ** * * * *
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* ** * * ** *
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1 TTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCATTCATA-CAAGCTTATTT
* * * *
15807036 CAGAGTAAAATAATAGTAATTTATTAATATTTTTAAAATTAATAAG--AG--ATTTAAAAAATAA
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* ** ** * * * * * *
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* * * *
15807150 TTCAAAT-TTTATGACCA-TTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCTATTGATA-TAGTCTTATT
1 TTCAAATCGTTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAG-CTTATT
** ** * * * *
15807212 CAAAATAATGTAATACTAATTTATTAATGTTCTAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAAATG
63 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAAATA
* ** * * *
15807277 AATTTATTGGCCT--ACCAGTGCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTAT
126 AATCTATT-TACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * ** * * *
15807330 TTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTTGTATAAACTTATTCG
1 TTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * * * ** * * *
15807395 GAATAACATAATTCTAACTTATTATTATTACAAAAATTAATAAGTAAGAGGTTCAAAAACTGAAT
65 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAAT
* * * * * *
15807460 CTGTTTA-TCGAATAGGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTACCTAT
129 CTATTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
15807511 TTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC
1 TTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * * * ** *
15807576 AATTAAAATAATGCAAATTTATTAACATTCAGACAATTCGTAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAC
65 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAA
* * *
15807640 TC-AGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATTTAT
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* * * *
15807692 TTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTTG
1 TTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * *
15807757 AATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAA-AATTTTTAAAAATAAAT
65 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
15807821 AC-ATTTACCGAGCAAGTTCAAATAATCATAACTATTTGAATATTTATCTAT
129 -CTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * ** * * *
15807872 TTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTATATT-AGTTCATATAGGCTTATTT
1 TTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCA-TTCATACAAGCTTATTT
* * *
15807936 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAA
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* *
15808001 TCTATTTACAGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTTTCTAT
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* * * **
15808053 TTTAAATTGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCC
1 TTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTG
* * *
15808118 AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATGAAT-AGCAA-AAATTTAAAAAATAAA
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* * *
15808180 TCTATTTTCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAATTATCTAT
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* * * *
15808232 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCTATTGTTTCTATTCATACAAG-TGTATTT
1 TTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCT-TATTT
* *
15808296 GAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGTAA-AAGATTTGAAAAAATA
64 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTT-AAAAAATA
* * * * * * * *
15808360 AATATGTTTACTGAGCAAGTTCAAATATTTATGATTGTTTGAACAAATATTTAT
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* * *** * * * *
15808414 TTGAAATAGTTATGATGCTTAGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATTCATACTAGTTTATTTG
1 TTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * *
15808479 AAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAAT
65 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAAT
* * * * * *
15808544 CTGTTTA-TCAAACAAGTTCAAATAATCATGTCTATTTGAACAATCATCTAT
129 CTATTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** * * * ** * ** *
15808595 TTCAAACCAATATGTCCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTCTTGTTCATGCAAAATTA-TTC
1 TTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TCATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * * *
15808659 AGAATAAACTAATATTGATCTATTACTATTTTAAAAATTAAT--G--AG--ATTTAAAAACTAAA
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* * *
15808718 TCTGTTT-GTCGAA-ACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
128 TCTATTTACT-GAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
15808770 CTCAAATCATTATG--GTCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCA-ACAAGCTTATTT
1 TTCAAATCGTTATGACAT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTT
* * * * * * *
15808832 GGATTAAAATAACACTAATTTAATAATATTCCAAAAAATTAATATGTAA-AAGCTTTAAAAAATA
64 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT--TAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATA
* * * ** * * * *
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126 AATCTATTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * *
15808950 TTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGGCAT-AAACAATTATTTCAGTTCATATAACCTTATTTG
1 TTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTTG
* * * * * * *
15809014 TAGT-AAATAATACTAATTTATTAATGTTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAACAATAAA
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*
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* * * * *
15809130 TT-AAAGTCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAAG-TTATC
1 TTCAAA-TCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-TTCAT-ACAAGCTTATT
* *
15809193 TAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATA
63 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
15809222 AGAGATTTAG
Statistics
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ATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
Found at i:15806804 original size:17 final size:18
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15806742 TGTTTATCGA
*
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*
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*
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1 ACTATTTCAAATAGTTAT
15806805 A
1 A
15806806 ACCTTTTATT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 4, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
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* * **
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* * * * *
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* * *
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* * * ** * * *
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** * * * ** *
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* * * ** * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * ** * *
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1 GTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATT-TTACATTTTGTT-TATC
** * * * *
15809858 ATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAGGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAGGAATATT
64 ATAAAATAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATT
* *
15809923 CTAAAAATTAATAA-CTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT-TGTTATCGAACCA
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** * * * ** * *
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1 GTTCAAATAGTTATGACTAT-TAGAACAATTATCTATTTCAAATCATT-TTACATTTTG-TTTAT
* * * * *
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* * *** *
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125 TA-TTCAAAAATTA-ATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TATTTATTGAACAA
* * * * * *
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1 GTTCAAATAG-TTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATT-TTACATTTTG-TTTAT
* * *
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* * * * * * * *
15810280 -AAATAATACTAATTTATTAATATTTACCAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTAT
113 CTAAT-TTAGTAA--TATT--CA---A--AAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTAT
** *
15810344 TT-TCCAAACCA
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* * * * * * * * * *
15810355 TTTCAAATAATTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAATTCATTATAACCTTTTATTTTGTC
1 GTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATT-TTACATTTT-GTTTATC
* ** ** * * *
15810420 AT-AAATAATTAG-TTCTATTCATACTATTTTATTCT-GAATAAAATGATATTAATTTAATAATA
64 ATAAAATAATT-GTTTCAATTCATAAAAGCTTATT-TAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATA
** * * * * * * **** *
15810482 TTTGAAACTTAATAAGCAAGAAAATTAAAAAGTAAATCTAATTGCCAAACTAG
127 TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATTGAAC-AA
* * * * ** * * *
15810535 GTT-AAATAGTTAAGATTA-TATGAACGATTATTTATTTCAAATTGTTATGACATTTTCTTTTGT
1 GTTCAAATAGTTATGACTATTA-GAACAATTATCTATTTCAAATCATT-TTACATTTT-GTTTAT
* * ** * * *
15810598 CGTAAAACAATTGTTT-TGTTCGTATAAGCTTATTCT-G-ATCAAAATAATACTAATTTAATAAT
63 CATAAAATAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATT-TAGAAT-AAAATAATACTAATTTAGTAAT
** * * * ***
15810660 ATTTCAAAAATTAATAAATAATAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAA
126 A-TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATTGAA-CAA
* * * * * * *
15810715 -TTTAAATGGTTAAGACTATTAAAATAATTATCTATTTGAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTC
1 GTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTT-ACATTTTGTTTA-TC
* ** * * * * * * * *
15810779 ATAAAACAATCATTTCAGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAATTAATACTAATTTATTAAGATT
64 ATAAAATAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATT
* * * * * ** *
15810844 CAAAATATTAATTAGAAAGAGGTTTAAAAAAATAAAATTGTTTGCTAAACAA
129 CAAAA-ATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTATTTATTGAACAA
15810896 GTTCAAATAGTT
1 GTTCAAATAGTT
15810908 TTTACAGTTG
Statistics
Matches: 1133, Mismatches: 251, Indels: 175
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
175 6 0.01
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Consensus pattern (178 bp):
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AAAATAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCA
AAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATTGAACAA
Found at i:15809905 original size:357 final size:360
Alignment explanation
Indices: 15809284--15809958 Score: 837
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15809274 TTAGATTAAT
* * *
15809284 TATCTATTTCAAATCATTTTGACATTTTGTTAGTCATATAATAATTGTTTCAATTCATAAAAACT
1 TATCTATTTCAAACCATTTTGACATTTTGTTAGTCACAAAATAATTGTTTCAA-TCATAAAAACT
* * * * *
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* *
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* * * * * * *
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* *
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* * *
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* * * * * *
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* ** * * * * * * ****
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*
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TAAATCTATTTATTGAACAAGTTAAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCA
TTATAACATTTTGTTCCATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAAT
AATACTAATTTAGGAATATTCTAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACT
GAATCAATTCAAATAATTATGGCCATTTCAATAAC
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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*** * *
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** * * * * *
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* * **
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* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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** * * * * * ** * *
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** * * * **
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* * *** * * * *
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446 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA
* * *
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* * * *** **
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* * * * ** ** * *
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* * * *
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* * ** * * * * * * * * *
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194 CAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
* * * * * * * * * * *
15807430 ATTAATAAGTAAGAGGTTCAAAAACT-GAATCTGTTTATCGAATAGGTTTAAATAGTTATAACTA
259 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* *** * *
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324 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC-
* * *
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* * * * * *
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* *
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* * * *
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* * * * *
15807778 TTAATATT-TCAACAATTAATAAGTAA-A-ATTTTTAAAAATAAATACAT-TTACCGAGCAAGTT
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* * * * * * * *
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126 CAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATA
* *
15807904 AAACAATTATATT-AGTTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTC
191 AAACAATTAT-TTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* *
15807967 TAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAT-GAATCTATTTA-CAGAACAAGTTCAAATAGTTA
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* * **
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* * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* ** * ** * * * * * *
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381 TTTTTCATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * *
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* ** *
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509 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
15808918 AAATAGTTAGGATTA-CTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTG-TTTAGGCAT
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* * * * *
15808981 -AAACAATTATTTCAGTTCATATAACCTTATTTGTAGT-AAATAATACTAATTTATTAAT-GTTC
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* * * * *
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*
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* * * * *
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* * ** * * * * * *
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* *
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* * * * *
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* * * * **
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* * * *** * * * **
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* ** * *
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516 TTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
15809981 CAATTAAGACTATATAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAT
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* * *
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* * * *
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* * *
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* *
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* * * * ** * *
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428 ATATTT--CAAA--AATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT-TGAACTAGTTCAAAT
* * * * *
15810363 AATTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAATTCATTATAACCTTTTA
488 AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* ** * *
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1 TTTTGTCATAAAATAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTATT-TGGAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * * * ** ** * *
15810475 AATAATATT-TGAAACTTAATAAGCAAGAAAATTAAAAAGTAAATCTAATTGCCAAACTAGGTT-
64 ATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTGTTATCGAAC-AAGTTC
* * * * * * * * * * *
15810538 AAATAGTTAAGATTATATGAACGATTATTTATTTCAAATTGTTATGACATTTTCTTTTGTCGTAA
127 AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
* * * * *
15810603 AACAATTGTTT-TGTTCGTATAAGCTTATTCTG--ATCAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC
192 AACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATT-TGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * * * * * *
15810665 AAAAATTAATAAATAATAAATTTAAAAAAT-AAATTTGTTTACCAAATCAA-TTTAAATGGTTAA
255 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAATCTATTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTAT
** * * * *
15810728 GACTATTAAAATAATTATCTATTTGAAATCATT-TTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAA-T-C
319 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATT-A-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * *
15810790 ATTTCAGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAATTAATACTAATTTATTAAGA-TTCAAAATATTA
382 TTTTCA--TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAA-ATTA
15810854 AT
443 AT
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TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTATCGAACAAGTTCAAAT
AGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACA
ATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCA
TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAA
AAAATAAATCTGTTTATTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
ATCATTATGACCTTTTG
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15810266 ATTTGTTCAA
* * * * *
15810276 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTACCAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATC
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* * * ** * *
15810341 TATTTTCCAAACCATTTCAAATAATTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAATTCATTATAA
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* * **
15810406 CCTTTTATTTTGTCAT-AAATAATTAGTTCTATTCATACT-ATTTTATTCTG
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* * *
15810456 AATAAAATGATATTAATTTAATAATATTTGA-AACTTAATAAGCAAGAAAATTAAAAAGTAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT-ACAAATTAATAAGCAAGAAAATTAAAAAGTAAATC
* * * * * *
15810520 TAATTGCCAAACTAGGTT-AAATAGTTAAGATTATATGAACGATTATTTATTTCAAATT-GTTAT
65 TAATTGCCAAACCA-GTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTC-AATTCATTAT
* * * * * *
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* ** * * *
15810635 -ATCAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAATAATAAATTTAAAAAATAAAT
1 AAT-AAAATAATACTAATTTAATAATATTT-ACAAATTAATAAGCAAGAAAATTAAAAAGTAAAT
* ** * * * * ** * * * * *
15810699 TTGTTTACCAAATCAATTTAAATGGTTAAGACTAT-TAAAATAATTATCTATTTGAAATCATTTT
64 CTAATTGCCAAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATAT-GAACAATTATCTATTTCAATTCATTAT
* * * * * * **
15810763 GACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATCAT-TTC-AGTTCATACAAGTTTATTCAA
128 AACATTTTATTTTGTCATAAAACAAT--TGTTCTA-TTCATATAAGCTTATTCTG
*
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AATTGCCAAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAATTCATTATAAC
ATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTCTATTCATATAAGCTTATTCTG
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15810266 ATTTGTTCAA
* * * *
15810276 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTACCAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTA-AAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAGTAAATC
* * * ** * * *
15810341 TATTTTCCAAACCATTTCAAATAATTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAATTCATTATAA
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* **
15810406 CCTTTTATTTTGTCAT-AAATAATTAGTTCTATTCATACTATTTTATTCTG
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* * * * * *
15810456 AATAAAATGATATTAATTTAATAATATTTGAAACTTAATAAGCAAGAAAATTAAAAAGTAAATCT
1 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAGTAAATCT
* * ** * ** * **
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* * * * * *
15810585 CATTTTCTTTTGTCGTAAAACAATT-GTTTTGTTCGTA-TAAGCTTATTCTG
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* * *
15810635 -ATCAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAATAATAAATTTAAAAAATAAAT
1 AAT-AAAATAATACTAATTTAATAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAGTAAAT
* * * * * *
15810699 TTGTTTACCAAATCAATTTAAATGGTTAAGACTATTAAAATAATTATCTATTTGAAATCATTTTG
64 CTATTTACCAAA-CAATTTAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * **
15810764 ACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATCATTTC-AGTTCATACAAGTTTATTCAA
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* * * * * * **
15810816 AATAAATTAATACTAATTTATTAAGATTCAAAATATTAATTAGAAAGAGGTTTAAAAA
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15810874 AATAAAATTG
Statistics
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AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAGTAAATCT
ATTTACCAAACAATTTAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
TTTTATTTTGTCATAAAACAATTAGTTCTATTCATACTAGCTTATTCTG
Found at i:15812026 original size:181 final size:181
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* ** ** *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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1 AATTGTTTTATGACAAAA-AAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* *
15811404 AACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTTAAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTCT
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* ** *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * *
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1 AATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * **
15811762 ACTATTTGAAC-TGGTTCGATCAAGAGATTTAGGTTTTAAA---TCT-CTTATTAATTTTTAAAA
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** * * * **
15811822 TAGCAAAAAACTAATATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAAC
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* * ** * * * * *
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1 AATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* *
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* *
15812004 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAAC
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* * * *
15812055 AATTGTTTTATGATAAAACAAGAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA-A
1 AATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
*** * * * * * **
15812119 AGCTATTTGAACTCACTTAGTAAACAAATTTATGTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGGAA
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* * *
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* ** *
15812235 AATTGGTTTATGACAAAACAAATTG-TCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
1 AATTGTTTTATGACAAAA-AAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* ** ** * * ** **
15812299 AACTATTTAAAGGTG-TTAAAAAATAGCTTTATTTTCCAAAAT-TT-TA-TTATTAATTTTTGGA
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* * *
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* *
15812413 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * ** * **
15812478 ACTATTTCAACTTGTTCAATAAATAGATTCTTTTTTTTAATC-TCTTACTCT-TTAATTTTTGGA
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** * *
15812541 ATATTAATAAATTAGCGTTATTTTATTTCAAACAAGCTTATATGAACTA-AAAC
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* * * *
15812594 AATTGTTTTATTATAAAACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
1 AATTGTTTTATGACAAAA-AAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
** * * * * * * *
15812659 GGCTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATA-TATATTTTTTAAATCTTTTACTTATAAATTATCAAA
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* * * * ** *
15812723 ATATTAATAAATTAATATCATTTTAATTT-GAATAAGCTTGCATGAGCAGAAAA
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* *
15812776 AATTATTTTATGATAAAATAAAAAG
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15812801 CCATAACAAT
Statistics
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ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
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Period size: 361 Copynumber: 20.9 Consensus size: 360
15811150 TTTCAAAAAT
* ** ** *
15811160 AATTGTTTTATGACAAAAAAAAGT-TCATAACAATTTGAAATAGGCAATTGTTCAAAT-GGCTAT
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* * * * * *
15811223 AATTATTTGAATTGATTCGATAAACT-GATTTATGTTTTGAATC-TCTAACTTATTGATTTTTAA
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* * * * * * * *
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* * * *
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*
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* *
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* * * * * * *
15811523 AATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGA-AATTGTTCTAATAGTCTTA
1 AATTGTTTTATGACAAAAAAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * *
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* * * ** * * ** * * * * *
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129 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * *
15811711 CAAAACAAAGATCATAATGATTTGAGATAGGTAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGG
194 TAAAACAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * * * * *
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* **
15811838 TTATTTTATTCT-AAATAATTTTGTATGAA-TAGAAAC
323 TTATTTTATTTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAGAAAC
* * ** * * * * *
15811874 AATTGTTTTATAACAAAAAAAAATATCATAACAATTTGAAATCGATAATAGTTCAAATGGACATG
1 AATTGTTTTATGACAAAAAAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* *
15811939 ACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGAATAATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAAAAT
66 ACTATTTGAA-TTGATTAGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAAAAT
* *
15812004 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAT
130 ATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAT
*
15812069 AAAACAAGAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA-AAGCTATTTGAACTC
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** * * * *
15812133 ACTT-AGTAAACAAATTTATGTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTA
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* * *
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* * * *
15812235 AATTGGTTTATGACAAAACAAATTGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAAAAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * ** * * ** * **
15812300 ACTATTTAAAGGTG-TTAAAAAATAGCTTTATTTTCCAAAAT-TT-TA-TTATTAATTTTTGGAA
66 ACTATTTGAA-TTGATTAGTAAATAGATTAATTTT-TTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAAAA
* ** * *
15812361 TATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGA
129 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * *
15812426 CAAAACAAAAGATCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTT
194 TAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * *
15812491 GTTCAATAAATAGATTCTTTTTTTTAATCTCTTACTCT-TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA
258 GTTCAGTAAATAGATT-TATGTTTTAA-ATCTTACT-TATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTA
** * *
15812555 GCGTTATTTTA-TTTCAAACAAGCTTATATGAACTA-AAAC
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* * * *
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** * * ** * * *
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* ** * ** * *
15812722 AATATTAATAAATTAATATCATTTTAATT-TGAATAAGCTTGCATGAGCAGAAAAAATTATTTTA
127 AATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * ** * * * * * * *
15812786 TGATAAAATAAAAAGCCATAACAATTTGAACTTG-T--TTGGT-AAACA-T-ATTTACTTTTTAA
191 TGATAAAACAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGA
* * * * *
15812845 ATCTT-TT-ACGTATTAATTG-TCTTAATATTAATAAATTTGTA-TTATT--TTCTTTGAATTAA
254 A-CTTGTTCA-GTA--AATAGAT-TT-ATGTT-TTAAATCT-TACTTATTAATT-TTTGAAAT-A
* ** ** ** * ** * * * ** * *
15812904 GCTTGTATGAAGAGAAAAAAACATTTTATGATGAAACAAAAGATTATA-GCAGTTTCAAATAGAT
309 G--T-AAT-AA-A-TTAGTATTATTTTAT-TTTCAA-ATAAGCTTGTATG-A-ACT-AGA-A-AC
** * ** * ***
15812968 AATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAATTTGTTCGATAAACTGATTCAATTTTTAAATCTCTT
1 AATTGTT-TTAT-GACA-AA--A---AAAAATG-TC-AT-AA-TG-----A-TTTGAAAT-AGAT
* * * ** * * * * *
15813033 AATTATT-AAAT-TTCATAA-TAGTTTGAACTTGGTATTATCTTATTTTGAATAAGCTTATATGA
47 AATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAA-TT-G-ATTA--GTAAATAGATTAA--TTTTTTAA
* * * ** * * * * ** * *
15813095 A--TTGAAATAATT--TTTTTATGATA-AAAGAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT--AAATAA--
104 ATCTTCAACTTATTAATTTTTAAAATATTAA-TAAA-TTAAT-ATTATTT-TATTCCAAATAAGC
* * * * * * * ** ** * *
15813151 TTATTTAAATAGTTATGACTATTTGATTTAT-TTCACTAAACATATATTTTTTTTTAAT-TTTTT
165 TTGTATGAATAG--A-AAC-AATTGTTTTATGAT-A--AAACA-A-A---GATCATAATGATTTG
** * * * * * *
15813214 ACTTA-TTAATT-TTCAAAATATTCAAAGAGTTATGACTATTTG-ATTTAGTTCACTAAACATAT
218 AAATAGATAATTGTTC-AAATAGTC----A--TA--ACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAATAGAT
* * * * * * * *
15813276 TTATTTTTTAAATTTTTTGCTTATAAATTTTTAAAATAATAATAAATTAGTATTATTTTA-ATCC
273 TTATGTTTTAAA--TCTTACTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTC
*
15813340 GAATAAGCTTGTAT--A--A-AAA-
336 AAATAAGCTTGTATGAACTAGAAAC
* * * ** * *
15813359 AATTGTTTTATAAC-AGAACAAATGTCATAACAATTTGAAATAAATAATAGCTT-AAATAGTCAT
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
15813482 ATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATG
128 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* ** * * *
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** * * * * * **
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* * * * * * * * *
15813674 TCCA-TTTTATTTTA-TTACGAATAAGCTAGCATG-ATTTGAAAA
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* * * ** * ** *
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* * * * * * *** *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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193 ATAAAACAAAGA-TC-ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
** * * * * * *
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256 TT-GTTCAGTAAATAGATTTATGTTTTAAA--TCTTACTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAAT
* * *
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* * * * * * * * * * *
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1 AATTGTTTTATGACAAAAAAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * *
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* * * * * *
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128 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTAT
* * * ** ** *
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* * * * * * * **
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256 TTGTTCAGTAAATAGATTTATGTTTT-AAA-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATT
** * *
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319 AGTATTATTTTATTTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAGAAAC
* ** * * * * * *
15814429 AATTTTTTTTATGACAAATCGAAAA-GTTATAATGATTTTAAATAGACAATTATTCAAATAATAA
1 AA-TTGTTTTATGACAAA-AAAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
** * * * ** * **
15814493 TAACTATTTGAACTTTTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATC-TCTTTCTTATTGATTTTCC
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* * ** ***
15814557 AAATGTTAATAAATTAGTATTAAATTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAAC-ATTGTTTT
126 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTT
* * ** * ** * *
15814620 AAGACT-AAACAGAAGA-CTAGAATGATTCAAAATAGATAATTATTCTCATAGTCTTAACCATTT
190 ATGA-TAAAACA-AAGATC-ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * *
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252 GAACTTG-TTCAG-TAAATAGATTTATGTTTTAAAT-CTTACTTATTAATTTTTGAAATAGTAAT
* * * * * *
15814746 AAATTAGTATTATTTTA-ATCCAAAAAAGCTTGTACGAAC-AAAAAA
314 AAATTAGTATTATTTTATTTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAGAAAC
* ** * * * ** ** * * *
15814791 AATTATTTTACAATAAAAGAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCATTCACATAATCTTA
1 AATTGTTTTATGACAAAAAAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * *** * * * *
15814856 ACTATTTGAACTGGTTCAGTAATTAGATTTATTTTTT-AATTTTCTTGGTTGTTAAGTTTCATAA
66 ACTATTTGAATTGATT-AGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTTC-AACTTATTAATTTTTAAAA
* * * ** * * * *
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* * * * ** * * * *
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* ** ** * ** *
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** * * * * * *
15815111 TTAACATTATTTTGTTTT--GATCAAACTTATATTAAC-AAAAAC
317 TTAGTATTATTTTATTTTCAAAT-AAGCTTGTATGAACTAGAAAC
* * * *
15815153 AATTGTTTTATGAC-CAAAAAAA--TAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATA
1 AATTGTTTTATGACAAAAAAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * * *
15815215 ATTATTTGAGTTGGTTTGGTAAATAGAATT-ATTCTCTAAATC-T---CTTATAAATTTTTGAAA
66 ACTATTTGAATT-GATTAGTAAATAG-ATTAATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * * * * *
15815275 TATTAATGAATTAGTTTTATTCTATTCCAAATAAGCTTGTATGAGTTGAAACAATTATTCTAT--
129 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * * *
15815338 T----C-TA-A--ATAA-G-CTTGAAATAAAAAATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTTGAACTGG
194 TAAAACAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * *
15815393 TTCGGCAAAT-GAATTTAT-TTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTT-AGAATATTACTAAATTA
259 TTCAGTAAATAG-ATTTATGTTTTAAA--TCTTACTTATTAATTTTTGA-AATAGTAATAAATTA
* *
15815455 GTATTATTTTATTTT-AAATAAGCTTATAAG-ACTAGAAAC
320 GTATTATTTTATTTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAGAAAC
* * * * * ** *
15815494 AAATTGTTTTATGATAAGACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAAATGTTCAAATAGTCAT
1 -AATTGTTTTATGACAAAAAAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * ** * * ** *
15815559 AACTATTTGAACTGGTTCAATAACCAAATTTATTTTTTAAATC-T---CTTATTAATCCTTGAAA
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* * *** * *
15815620 TATTAATAAATTATTATTACTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG--TTGAAAAAAATTGTTTTATG
129 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * * *
15815683 ACAACACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTAAAC-
193 ATAAAACAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * *
15815747 CGATTC-GATAAATTGATTTATATTTTAAGTCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAG
257 TG-TTCAG-TAAATAGATTTATGTTTTAA--ATCTTACTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAAT
* ** *
15815811 TAGCATTATTTTATTTT-GGATAAGCTTTTATGAACTA-AAAC
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* *
15815852 AATTGTTTTATGAC-AAAACAAATGATCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
1 AATTGTTTTATGACAAAAAAAAATG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
** * * * * *
15815916 AACTATTTGAACTTTTTTGGTACATAGATTTATTTTTTCAAATC-TCATGCTTATTAATTTTTTG
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* * * * *
15815980 AAA-GTTAATAAATTAGTATT-TTTT-TTCCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTATA
126 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * * * * *
15816042 TGACTAAACCAAAGGTCAAAATAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA
191 TGA-TAAAACAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
** * * * * *
15816107 -TTGGTTCAACAAACACATTTA--TTTTAAAT-TT-CTTATGAATTTTTGGAAT-GTTATTAAAT
255 CTT-GTTCAGTAAATAGATTTATGTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTTGAAATAG-TAATAAAT
* * * * *
15816166 TGGTATTATTTT-TATCCAAATAAGCTCGTATGATC-AGAAAC
318 TAGTATTATTTTATTTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAGAAAC
* * * * ** * *
15816207 AATTGTTTCATGA-GAAAACAAA-GATCATAATGATTTGAGATTTA-AACTGGTTTGAAA-A---
1 AATTGTTTTATGACAAAAAAAAATG-TCATAATGATTTGAAATAGATAA-TTG-TTCAAATAGTC
* * * * * * *
15816265 ACAGC--TTTG----G-TT--T---T---TAAATCTCTT--A-CTT--A-TTA--ATTTTTGAAA
63 ATAACTATTTGAATTGATTAGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAAA
* * * * * * *
15816307 TA--TTAATAAAGTAGTATTATTTTATT-CTAATAGGATTTTATGAACT-GAAACAATTATTTTA
128 -ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTA
* * * * * *
15816368 TAACAAAGCAAAAAGTCATAATGAATTT-AAATAGATAATTGTTCAAACAATCA-AATCTATTTG
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*** * * * * * *
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* * * * *
15816480 TTAGTATTATTTTATTTT-GAATAAACTTATATGAACT-TAAAT
317 TTAGTATTATTTTATTTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAGAAAC
* * * * * * * ** * * *
15816522 AATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTCAGAACGATTTCATTTAAATAATTGTTCTAATAGTCTTA
1 AATTGTTTTATGACAAAAAAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * * **
15816587 ACTATTTGAACT-AGTTCAGCAAACATATTTA-TTTTTAAATC-TCTTACTTACTAATTTTTTGA
66 ACTATTTGAATTGA-TT-AGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTTC-AACTTATTAATTTTTAAA
* * * *
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128 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTAT-GAATAGAAACAATTGTTTTAT
** * * * * * *
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* * * * *
15816776 TTATTTTAGTAAACT-GATTTA-GTGTTTAAATC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAGAT
256 TT-GTTCAGTAAA-TAGATTTATGT-TTTAAATCTTACTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAAT
* * * * ** *
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* * * * * ** * *
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1 AATTGTTTTATGACAAAAAAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* ** * * * * * * ***
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* * * ** *** *
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128 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * ** * *
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* ** * * * *
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* * * * * *
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* * ** ** * * ** *
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* * * *
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* * * * * * **
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* * * * * *
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* * * * *** * *
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* * ** * *
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319 AGTATTATTTTATTTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAGAAAC
* * * ** * * * *
15817593 AATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATGGATAATTGTTCAAATGGACATG
1 AATTGTTTTATGACAAAAAAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * ** * * * * * ** *
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* ** * *
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* * * ** *
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* * * * * * *
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* ** *
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* * * *
15817954 AATTGGTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCA
1 AATTGTTTTATGACAAAAAAAAATG-TCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * * *
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* * * **
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* * * * * * * * * *
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157 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAGATCATAATGATTTGAAAT
* *
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* * * * **
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* *
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346 GTATGAACTAGAAAC
* * * * * *
15818346 AATTGCTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATG
1 AATTGTTTTATGACAAAAAAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * ** * * ** * * *
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66 ACTATTTGAA-TTGATTAGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAAAAT
* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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15818669 TATTATTTTATTTT
321 TATTATTTTATTTT
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Statistics
Matches: 5317, Mismatches: 1354, Indels: 980
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (360 bp):
AATTGTTTTATGACAAAAAAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
ACTATTTGAATTGATTAGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAAAATA
TTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATA
AAACAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
CAGTAAATAGATTTATGTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTA
TTTTATTTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAGAAAC
Found at i:15812469 original size:539 final size:534
Alignment explanation
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Period size: 539 Copynumber: 2.7 Consensus size: 534
15811289 GTTGATAAAG
* * * *
15811299 TAATATTATTTTATTTCAAATACGCTTTTATGAACT-GAAACAACTGTTTTATGATAAAATAAAA
1 TAATATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAA
* *
15811363 AGTCATAATGATTTT-AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAA
63 AATCATAATG-TTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAA
*
15811427 ATAGATTTATTTTTTTAAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTCTAAATGTTAATAAATTAGTATTAT
127 ATAGA-TTATTTTTTT-AAATCTTCTTACTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * * *
15811491 TTTATTTTGAAT-AAGTATGTATGAACT-GAAATAATTATTTTATGACT-AAACAAAAGGTCAAA
189 TTTATTTCAAATAAACT-TGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCATA
* * * * *
15811553 ATGATTTGAAATAGA-AATTGTTCTAATAGTCTTAA-CTATTT-AATTGGATCAGCAAACATATT
252 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-AAAGCTATTTGAACT--ATTAGTAAACATATT
* * * * * * * *
15811615 TATTTTTTTAAATC-----CTTGTTAATTTTTAGAATATTATTGATTTAGCAATATTTTACTCTG
314 TA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTG
* * * *
15811675 -AATAAGATTGTATGAACAAAAACAAATGTTTTAGGACAAAACAAAGATCATAATGATTTGAGAT
377 AAATAAGATAGTATGAACAAAAACAAATGGTTTAGGACAAAACAAAGATCATAATGATTTAAAAT
* * * * **
15811739 AGGTAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATCAAGAGATTTAGGTTTTAAATC
442 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAGGTTCAAAAAAGAGATTTA-GTTTTAAATC
*
15811804 TCTTATTAATTTTTAAAATAGCAAAAAAC
506 TATTATTAATTTTTAAAATAGCAAAAAAC
** *
15811833 TAATATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAAAAAAAT
1 TAATATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAA-
*** * * * * * *
15811898 ATCATAACAATTTGAAATCGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTAGTAAAT
64 ATCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAT
* * *
15811963 AGAATAATTTTTTAAATCTTC-AACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
129 AGATTATTTTTTTAAATCTTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * *
15812027 TTCCAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAGAGATCATAATGATT
193 TTTCAAATAAACTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * *
15812091 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAAAGCTATTTGAACTCACTTAGTAAACAAATTTATGTTT
258 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAGCTATTTGAACT-A-TTAGTAAACATATTTATTTTT
* * *
15812156 TAAATCTTTTACTTATTAATTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAAT-AGCT
321 TAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAAATAAGAT
* * * * *
15812220 AGTTTGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATTG-TCATAATGATTTAAAATAGATAAT
386 AGTATGAACAAAAACAAATGGTTTAGGACAAAACAAA--GATCATAATGATTTAAAATAGATAAT
* * * *
15812284 TGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AA-AGGTGTTAAAAAATAGCTTTA-TTTTCCAAAATTTTAT
449 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAGGT-TCAAAAAAGAGATTTAGTTTT---AAA-TCTAT
** ** * *
15812346 TATTAATTTTTGGAATATTAATAAAT
509 TATTAATTTTTAAAATAGCAAAAAAC
* * * *
15812372 TTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
1 TAATATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAA
* *
15812437 ATCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTTGTTCAATAAAT
64 ATCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAT
* * * **
15812502 AGATTCTTTTTTTTAATC-TCTTACTCT-TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGCGTTATTTT
129 AGATTATTTTTTTAAATCTTCTTACT-TATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * *
15812565 ATTTCAAACAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTATTATAAAACAAAAAGGTCATAATGA
192 ATTTCAAATAAACTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGATAAAAC-AAAAGGTCATAATGA
* ** * *
15812629 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGGCTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATATATTT
256 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAGCTATTTGAAC-TATT-AGTAAACATATTTATTT
* * * * *
15812694 TTTAAATCTTTTACTTATAAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATCATTTTAATTTG-AATAA
319 TTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAAATAA
15812758 G
383 G
15812759 CTTGCATGAG
Statistics
Matches: 765, Mismatches: 125, Indels: 65
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
531 3 0.00
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Consensus pattern (534 bp):
TAATATTATTTTATTTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAAT
CATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAG
ATTATTTTTTTAAATCTTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
CAAATAAACTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
AATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAGCTATTTGAACTATTAGTAAACATATTTATTTTTTAAAT
CTTTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAAATAAGATAGTAT
GAACAAAAACAAATGGTTTAGGACAAAACAAAGATCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAA
ATAGTCATAACTATTTGAACAGGTTCAAAAAAGAGATTTAGTTTTAAATCTATTATTAATTTTTA
AAATAGCAAAAAAC
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Alignment explanation
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15812653 AGTCATGGCT
* *
15812663 ATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATATATTTTTTAAATCTTTTACTTATAAATTATCAAAATATT
1 ATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATATACTTTTTAAATCTTTTACGTATAAATTATCAAAATATT
**
15812728 AATAAATTAATATCATTTTAATTTGAATAAGCTTGCATGAGCAGAAAAAATTATTTTATGATAAA
66 AATAAATTAATATCATTTTAATTTGAATAAGCTTGCATGAGCAGAAAAAAACATTTTATGATAAA
*
15812793 ATAAAAAGCCATAACA
131 ACAAAAAGCCATAACA
** * * * **
15812809 ATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTACTTTTTAAATCTTTTACGTATTAATTGTCTTAATATT
1 ATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATATACTTTTTAAATCTTTTACGTATAAATTATCAAAATATT
** * * * *
15812874 AATAAATTTGTATTATTTT-CTTTGAATTAAGCTTGTATGAAG-AGAAAAAAACATTTTATGATG
66 AATAAATTAATATCATTTTAATTTGAA-TAAGCTTGCATG-AGCAGAAAAAAACATTTTATGATA
15812937 AAACAAAA
129 AAACAAAA
15812945 GATTATAGCA
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 18, Indels: 4
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
145 6 0.05
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (146 bp):
ATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATATACTTTTTAAATCTTTTACGTATAAATTATCAAAATATT
AATAAATTAATATCATTTTAATTTGAATAAGCTTGCATGAGCAGAAAAAAACATTTTATGATAAA
ACAAAAAGCCATAACA
Found at i:15813299 original size:80 final size:80
Alignment explanation
Indices: 15813152--15813313 Score: 245
Period size: 80 Copynumber: 2.0 Consensus size: 80
15813142 AATAAATAAT
* * * *
15813152 TATTTAAATAGTTATGACTATTTGATTTATTTCACTAAACATATATTTTTTTTTAATTTTTTACT
1 TATTCAAAGAGTTATGACTATTTGATTTAGTTCACTAAACATATATTTTTTTTAAATTTTTTACT
*
15813217 TATTAATTTTCAAAA
66 TATAAATTTTCAAAA
*
15813232 TATTCAAAGAGTTATGACTATTTGATTTAGTTCACTAAACATAT-TTATTTTTTAAATTTTTTGC
1 TATTCAAAGAGTTATGACTATTTGATTTAGTTCACTAAACATATATT-TTTTTTAAATTTTTTAC
*
15813296 TTATAAATTTTTAAAA
65 TTATAAATTTTCAAAA
15813312 TA
1 TA
15813314 ATAATAAATT
Statistics
Matches: 74, Mismatches: 7, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
79 2 0.03
80 72 0.97
ACGTcount: A:0.35, C:0.07, G:0.06, T:0.52
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TATTCAAAGAGTTATGACTATTTGATTTAGTTCACTAAACATATATTTTTTTTAAATTTTTTACT
TATAAATTTTCAAAA
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Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 16.8 Consensus size: 180
15813257 TTTAGTTCAC
* * * * * * *
15813267 TAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTTGCTTATAAATTTTTAAAATAATAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACA-AATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * **
15813332 TTTAATCCGAATAAGCTTGTAT----AAAAA-AATTGTTTTATAACAGAAC-AAATGTCATAACA
65 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * *
15813391 ATTTGAAATAAATAATAGCTT-AAATAGTCATAACTATTAGAACTAGTTTGA
130 ATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGG
* * * * ** *
15813442 TAAATAGATTTATTTTGTAAA--TC-T-CTTATTAGTTTTCAAAATATTAATAGATTAGTATTAT
1 TAAACA-AATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * **
15813503 TTTATTTCGAATAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACA
65 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * ** *
15813568 ATTTGAAATAAATACTTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAATTAGG
130 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGG
* * ** * * *
15813619 TAAACATAATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTACTTTTCAAAATGTTAATAAATCCA-TTTTA
1 TAAACA-AATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT-TAGTATTA
* * * * *** *
15813683 TTTTATTACGAATAAGCTAGCATGATTTGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGACATAA
64 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** * ** * * * * *
15813747 CAATTTGAAATAGAAAATTGTTCATGTAGTCTTAACCATTTAAACTAGTTCAG
128 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGG
* ** * * *
15813800 TAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTGGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTACTATTAT
1 TAAACAAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
*
15813865 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-CTATAAT
65 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAAT
* * * * * * *
15813929 GATTTGAAGTATACAATTGCTCAAATAGTCATAACAATTTGAATTGGTTTGG
129 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGG
* * *
15813981 CAAACATATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATT
1 TAAACAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * *
15814046 TTATTCCAAATAAGCTTCTAT-AATAAAAAACAATTGTTATATGAC-CAACAAAAGGTAATAATG
66 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * * * * * *
15814109 ATTTGGAATAGATAACTATTGAAATTGCCATAATTATTTAAATTGATTTGG
130 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGG
* * *
15814160 TAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTA
1 TAAACAAATT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA
* * ** * * *
15814224 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATAAATTAAAATATTTGTTTTATGAGAAAACAAAAGGTCATAAT
64 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* ** ** * * **
15814289 -AATT----T---TAATTGTTCAAATAGTTGTAACTATTCAAATTTGTTCAA
129 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGG
* * * **
15814333 TATACAAATTATTTTTTAAAACTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGGAATTAGTATTATT
1 TAAACAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
*** * ** * * * *
15814398 TTATTTTTGATAAGCTTTTATGAACTGAAATAATTTTTTTTATGACAAATCGAAAA-GTTATAAT
66 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAA-TTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAAT
* * * * * ** **
15814462 GATTTTAAATAGACAATTATTCAAATAATAATAACTATTTGAACTTTTTTAG
129 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGG
* * ** *
15814514 TAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTGATTTTCCAAATGTTAATAAATTAGTATTA
1 TAAACAAA-TTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
** ** ** * * * * *
15814579 AATTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAAC-ATTGTTTTAAGACTAAACAGAA-GACTAGAA
64 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAA
** * ** * * * *
15814642 TGATTCAAAATAGATAATTATTCTCATAGTCTTAACCATTTGAACTGATTCGA
128 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGG
* * *
15814695 TAAATAAATTTATTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATTGTTGAAATATTATTAAATTAGTATTAT
1 TAAACAAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * ** * * **
15814759 TTTAATCCAAAAAAGCTTGTACGAACAAAAAAAATTATTTTACAATAAAAGAAAAGGTCATAACA
65 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
** * * * *
15814824 ATTTGAAATAGATAATCATTCACATAATCTTAACTATTTGAACTGGTTCAG
130 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGG
** * * * ** * * * *
15814875 TAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTGTTAA-GTTTCATAATATTATTAAATTAGTATTA
1 TAAACA-AATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA
** * * * * * *
15814939 TTTTATTTCAAATAAAATAGTGTGAAC-AGAACTAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAA
64 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** * * * * *
15815003 CAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGG
128 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGG
* * * ** **
15815056 TAAGCAAATTTACTTTTTAAATCTCCTA-TGGGTTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAACATT
1 TAAACAAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATT
* ** * * * * *
15815119 ATTTTGTTT-TGATCAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGACCAAA-AAAA--TAATA
63 ATTTTATTTCAAAT-AAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * ** *
15815180 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAGTTGGTTTGG
127 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGG
* * * * *
15815234 TAAATAGAATTATTCTCTAAATCTCTTA--TA--AATTTTTGAAATATTAATGAATTAGTTTTAT
1 TAAACA-AATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * **** * * * *
15815295 TCTATTCCAAATAAGCTTGTATGAGTTGAAACAATTATTCTAT------TC-TAA----ATAA-G
65 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * *
15815348 -CTTGAAATAAAAAATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTTGAACTGGTTCGG
130 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGG
* ** * *
15815398 CAAATGAATT-TATTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTT-AGAATATTACTAAATTAGTATTA
1 TAAACAAATTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * *
15815461 TTTTATTTTAAATAAGCTTATAAG-ACTAGAAACAAATTGTTTTATGATAAGACAAAAGGTTATA
64 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
** * **
15815525 ACAATTTGAAATAGATAAATGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAA
127 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGG
* ** * *
15815579 TAACCAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATCCTTGAAATATTAATAAATTATTATTAC
1 TAAACAAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
** *** * * *
15815640 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGTTGAAAAA-AATTGTTTTATGACAACACAAAAAGTAATAATG
65 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * * *
15815704 ATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTAAACCGATTCGA
130 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGG
** * * * * *
15815755 TAAATTGATTTATATTTTAAGTCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGCATTAT
1 TAAA-CAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
*** * * * *
15815820 TTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGATCATAATG
65 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* ** *
15815885 ATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTTGG
130 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGG
* * * * * *
15815936 TACATAGATTTATTTTTTCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTGAAA-GTTAATAAATTAGTATT
1 TAAACA-AATTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* *** * * * * *
15816000 -TTTT-TTCCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTATATGACTAAACCAAAGGTCAAAA
63 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * **
15816063 TAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCAA
128 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGG
* * * * * * * *
15816116 CAAACACATT-TATTTTAAA--T-TT-CTTATGAATTTTTGGAATGTTATTAAATTGGTATTATT
1 TAAACAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * *
15816176 TT-TATCCAAATAAGCTCGTATGATCAGAAACAATTGTTTCATGAGAAAAC-AAAGATCATAATG
66 TTAT-TTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
15816239 ATTTGA
130 ATTTGA
15816245 GATTTAAACT
Statistics
Matches: 2195, Mismatches: 518, Indels: 181
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
162 1 0.00
163 17 0.01
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165 3 0.00
166 5 0.00
167 49 0.02
168 11 0.01
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179 130 0.06
180 438 0.20
181 699 0.32
182 55 0.03
183 82 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TAAACAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGG
Found at i:15815782 original size:176 final size:180
Alignment explanation
Indices: 15815404--15816103 Score: 544
Period size: 180 Copynumber: 3.9 Consensus size: 180
15815394 TCGGCAAATG
* * * *
15815404 AATTTAT-TTTTAAATCTCTTAATTATTAAT-TTTTAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTAT
1 AATTTATATTTTAAA-CTCTTACTTATTAATCCTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * * **
15815467 TTTAAATAAGCTTATAAGACTAGAAACAAATTGTTTTATGATAAGACAAAAGGTTATAACAATTT
64 TTTGAATAAGCTTATATGA-TTGAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTT
* * * * *
15815532 GAAATAGATAAATGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAACCA
128 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACCGATTCAATAAACA
* * *
15815585 AATTTATTTTTTAAA-TC-T-CTTATTAATCCTTGAAATATTAATAAATTATTATTACTTTATTT
1 AATTTATATTTTAAACTCTTACTTATTAATCCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* *
15815647 TGAATAAGCTTGTATG-TTGAAAAAAATTGTTTTATGACAACACAAAAAGTAATAATGATTTGAA
66 TGAATAAGCTTATATGATTGAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAA
* * * * * **
15815711 ATAGATAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTAAACCGATTCGATAAATT
131 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACCGATTCAATAAACA
* * ** * *
15815761 GATTTATATTTTAAGTCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGCATTATTTTATT
1 AATTTATATTTTAA-ACTCTTACTTATTAATCCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * *
15815826 TTGGATAAGCTTTTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAATGATCATAATGATTT
65 TTGAATAAGCTTATATG-ATTGAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TAATAATGATTT
* * *** *** * *
15815889 TAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTTGGTACATA
128 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACCGATTCAATAAACA
* * * * ** *
15815942 GATTTATTTTTTCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTGAAA-GTTAATAAATTAGTATT-TTTT-
1 AATTTATATTTT-AAA-CTCTTACTTATTAA-TCCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
*** * * * * * * * *
15816004 TTCCAAATAAGCTTGTATGAATTG-AAACAATTATTATATGACTAAACCAAAGGTCAA-AATAAT
63 TTTTGAATAAGCTTATATG-ATTGAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGT-AATAATGAT
* * *
15816067 TTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTT
126 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
15816104 GAATTGGTTC
Statistics
Matches: 423, Mismatches: 81, Indels: 31
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 90 0.21
178 49 0.12
179 5 0.01
180 134 0.32
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182 36 0.09
183 9 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AATTTATATTTTAAACTCTTACTTATTAATCCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
TGAATAAGCTTATATGATTGAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAA
ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACCGATTCAATAAACA
Found at i:15816575 original size:164 final size:163
Alignment explanation
Indices: 15816275--15816575 Score: 349
Period size: 164 Copynumber: 1.8 Consensus size: 163
15816265 ACAGCTTTGG
* * *
15816275 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCTAATAG
1 TTTTTAAATCTCTTACTCATAAATGTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCTAATAG
* * * * *
15816340 GATTTTATGAACTGAAACAATTATTTTATAACAAAGCAAAAAGTCATAATGAATTTAAATAGATA
66 AATTATATGAACTGAAACAATTATTTTATAACAAAGCAAAAAGTCAGAACGAATTTAAATAAATA
15816405 ATTGTTCAAACAATCAAATCTATTTGAACTTTT
131 ATTGTTCAAACAATCAAATCTATTTGAACTTTT
* * * * *
15816438 TTTTTAAATCTCTTGCTCACTAAATGTTTG-AATGTTAATACATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
1 TTTTTAAATCTCTTACTCA-TAAATGTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCT-AAT
* * * * * **
15816502 A-AACTTATATGAACTTAAATAATTATTTTATGACTAAA-TAAAAGGTCAGAACG-ATTTCATTT
64 AGAA-TTATATGAACTGAAACAATTATTTTATAAC-AAAGCAAAAAGTCAGAACGAATTT-AAAT
15816564 AAATAATTGTTC
126 AAATAATTGTTC
15816576 TAATAGTCTT
Statistics
Matches: 113, Mismatches: 20, Indels: 9
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
163 48 0.42
164 62 0.55
165 3 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (163 bp):
TTTTTAAATCTCTTACTCATAAATGTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCTAATAG
AATTATATGAACTGAAACAATTATTTTATAACAAAGCAAAAAGTCAGAACGAATTTAAATAAATA
ATTGTTCAAACAATCAAATCTATTTGAACTTTT
Found at i:15817097 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 15816566--15818025 Score: 929
Period size: 181 Copynumber: 8.2 Consensus size: 179
15816556 TTTCATTTAA
* * * ** *
15816566 ATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACATATTTATTTTTAAATCTCT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTAAATCTCT
* ** * * * * *
15816631 TACTTACTAATTTTTTGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATG-GA
66 TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAACTTG--TGCAA
* * * * * * *
15816695 A-AGAAACAATTATTTTATGACGAAA-TAAAGATCATAGCTATTTTAGATAG
129 ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ATATTTGAAATAG
* * * * * ** *
15816745 ATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTT-AAATTATTTTAGTAAACTGATTTAGTGTTTAAA--T
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCT
* * * * * * * * *
15816807 C-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAGATCAGTATTAATTTATTTTGACT-AA-TTTTGCAT
64 CTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAACTTGTGCA-
* * * * **
15816868 GAACAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTTACAGCGATTTGAAATAG
128 -AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ATATTTGAAATAG
* * * *
15816922 GTAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTTGTTCAACAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTC
* *** * * * *
15816987 TTACTTATTAACTTTGGGAATATTAATAAATTAAAATTATGTTAATCTGAATAAGCTTGTGCAAA
65 TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAACTTGTGCAAA
*
15817052 TAGAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
130 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAG
** * * * *** * * *
15817103 ATTTTTGTTCAATTAGTCATAACTATTTGCAC-TGGTCAGGCCAATAGATTCATTTTTTAAATCT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-ATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCT
* ** * * *
15817167 GTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTT-ATTTCGAATAAAAC---TGC
64 CTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCT-AAAT-AAACTTGTGC
* * * * * *
15817228 ATCAATAGAAACAATTCTTTTATGGCAAAACTAATGGTCATAACAATTTGAAATAA
127 A--AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAG
* ** * * * * * * *
15817284 ACAATTGTTCAAATTCTTATAACTAATT-AAATTGGTTTAGTAAATAGATTT-TTTTTAAA--TC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAATAAACAAATTTATTTTTAAATCTC
* * * * * *
15817345 -T-CTTATTAATTTTCAAAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAACAAACTTATATG-A
65 TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAAC-T-TGTGCA
** * ** * * *
15817407 ACGA-AAACATTTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTCTTAAAGATTTAAAATAG
128 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AATATTTGAAATAG
* * * *
15817459 ATAATTATTCATAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTTGAA-AAATAAATTTAATTTTTAAA--
1 ATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAATAAACAAATTT-ATTTTTAAATC
** * * *
15817521 TC-T-CTTATTAATTTCCAAAATATTAATAAATAAATATTATTTTATTCTAAAT-AA-TTTTGCA
63 TCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAACTTGTGCA
* * * *
15817582 TGAATAAAAACAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATGG
128 --AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAG
* * * * * * * *
15817637 ATAATTGTTCAAATGGACATGATTGTTTGAACTTATTCGATAAGCAAATTTATTCTTTAAATCTC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATT-TTTAAATCTC
* ** * * * * ***
15817702 CTACCCATTAATTTTTAGAATATTAATGAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAA
65 TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAACTTGTGCAAA
* * *
15817767 TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAA
130 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAG
* ** * * * *
15817818 ATAACTGTTCAACCAATCATAACTA-TTGAACTTGCTT-GATAAACATATTTATTTTTTAAATAT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCT
* ** * * * * *
15817881 TTTACTTATTAATTTTTGGAATATGAATAAACTAGTATTATTTT-ATTTCAAATACGAA--TGTA
64 CTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCT-AAATA--AACTTGTG
* * * * *
15817943 CGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAA
126 CAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAG
*
15817998 ATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
15818026 AAATGTGTTT
Statistics
Matches: 997, Mismatches: 230, Indels: 106
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
172 2 0.00
174 9 0.01
175 85 0.09
176 94 0.09
177 108 0.11
178 113 0.11
179 58 0.06
180 160 0.16
181 348 0.35
182 11 0.01
183 9 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTAAATCTCT
TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAACTTGTGCAAAT
AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATATTTGAAATAG
Found at i:15817579 original size:715 final size:713
Alignment explanation
Indices: 15816741--15818029 Score: 1593
Period size: 715 Copynumber: 1.8 Consensus size: 713
15816731 GCTATTTTAG
* * * * * *
15816741 ATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAATTATTTTAGTAAACTGATTTAGTGTTTAAA
1 ATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAACTATTTTAGAAAAATAATTTAATGTTTAAA
** * * * * * *
15816806 TCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAGATCAGTATTAATTTATTTTGACTAATTTTGCATGAA
66 TCTCTTATTAATTTCCAAAATATTAATAAATAAATATTAATTTATTCTAAATAATTTTGCATGAA
* * * * * *
15816871 CAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTTACAGCGATTTGAAATAGG-TAATTGTTCAAA
131 CAAAAACAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTCACAACAATTTGAAAT-GGATAATTGTTCAAA
** * * **
15816935 TAGTTATAACTATTTAAACTTGTTCAACAAACAAATTTAGTT-TTTAAATCTCTTACTTATTAAC
195 TAGACATAACTATTTAAACTTATTCAACAAACAAATTTA-TTCTTTAAATCTCCTACCCATTAAC
* * * *
15816999 TTTGGGAATATTAATAAATTAAAATTATGTTAATCTGAATAAGCTTGTGCAAATAGAAACAATTG
259 TTTGAGAATATTAATAAATTAAAATTATGTTAATCTGAATAAACTTGTACAAATAGAAACAATTA
* * * *** ** *
15817064 TTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATTTTTGTTCAATTAGTCATAACTA
324 TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAACTGTTCAACCAATCATAACTA
* * * * * *
15817128 TTTGCACTGG-TCAGGCCAATAGATTCATTTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTTAAAATATT
388 -TTGAACTGGCT-AGACAAACAGATTCATTTTTTAAATATGTTACTTATTAATTTTTAAAATATG
* * * * *
15817192 AATAAATTAGCATTACTTTATTTCGAATA-AAACTGCATC-AATAGAAACAATTCTTTTATGGCA
451 AATAAACTAGCATTACTTTATTTCAAATACAAA-TGCA-CGAACAGAAACAATTCGTTTATGACA
* * * * *
15817255 AAACTAATGGTCATAACAATTTGAAATAAACAATTGTTCAAATTCTTATAACTAATTAAATTGGT
514 AAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAACAATTGTTCAAATACTCATAACTAATTAAATTGGT
15817320 TTAGTAAATAGATTTTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATGTTAATAAATTAATATTATTT
579 TTAGTAAATAGATTTTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATGTTAATAAATTAATATTATTT
15817385 TATTCCAAACAAACTTATATGAACGAAAACATTTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTCTTAAAGAT
644 TATTCCAAACAAACTTATATGAACGAAAACATTTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTCTTAAAGAT
15817450 TTAAA
709 TTAAA
* * *
15817455 ATAGATAATTATTCATAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTT-GAAAAATAAATTTAATTTTTA
1 ATAGATAATTATTCA-AATAATCATAACTATTTAAACTATTTTAGAAAAAT-AATTTAATGTTTA
*
15817519 AATCTCTTATTAATTTCCAAAATATTAATAAATAAATATTATTTTATTCTAAATAATTTTGCATG
64 AATCTCTTATTAATTTCCAAAATATTAATAAATAAATATTAATTTATTCTAAATAATTTTGCATG
* *
15817584 AATAAAAACAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATGGATAATTGTTCAA
129 AACAAAAACAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTCACAACAATTTGAAATGGATAATTGTTCAA
* * * * * * * * *
15817649 ATGGACATGATTGTTTGAACTTATTCGATAAGCAAATTTATTCTTTAAATCTCCTACCCATTAAT
194 ATAGACATAACTATTTAAACTTATTCAACAAACAAATTTATTCTTTAAATCTCCTACCCATTAAC
* * * * * **
15817714 TTTTAGAATATTAATGAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTA
259 TTTGAGAATATTAATAAATTAAAATTATGTTAATCTGAATAAACTTGTACAAATAGAAACAATTA
15817779 TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAACTGTTCAACCAATCATAACTAT
324 TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAACTGTTCAACCAATCATAACTAT
* * * * * * **
15817844 TGAACTTGCTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATGAAT
389 TGAACTGGCTAGACAAACAGATTCATTTTTTAAATATGTTACTTATTAATTTTTAAAATATGAAT
* * * * *
15817909 AAACTAGTATTATTTTATTTCAAATACGAATGTACGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACA
454 AAACTAGCATTACTTTATTTCAAATACAAATGCACGAACAGAAACAATTCGTTTATGACAAAACA
* * * * *
15817974 AAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAAT
519 AAAGATCATAACAATTTGAAATAAACAATTGTTCAAATACTCATAACTAATTAAAT
15818030 GTGTTTTATG
Statistics
Matches: 472, Mismatches: 95, Indels: 16
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
713 1 0.00
714 169 0.36
715 301 0.64
716 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (713 bp):
ATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAACTATTTTAGAAAAATAATTTAATGTTTAAA
TCTCTTATTAATTTCCAAAATATTAATAAATAAATATTAATTTATTCTAAATAATTTTGCATGAA
CAAAAACAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTCACAACAATTTGAAATGGATAATTGTTCAAAT
AGACATAACTATTTAAACTTATTCAACAAACAAATTTATTCTTTAAATCTCCTACCCATTAACTT
TGAGAATATTAATAAATTAAAATTATGTTAATCTGAATAAACTTGTACAAATAGAAACAATTATT
TTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAACTGTTCAACCAATCATAACTATTG
AACTGGCTAGACAAACAGATTCATTTTTTAAATATGTTACTTATTAATTTTTAAAATATGAATAA
ACTAGCATTACTTTATTTCAAATACAAATGCACGAACAGAAACAATTCGTTTATGACAAAACAAA
AGATCATAACAATTTGAAATAAACAATTGTTCAAATACTCATAACTAATTAAATTGGTTTAGTAA
ATAGATTTTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCCA
AACAAACTTATATGAACGAAAACATTTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTCTTAAAGATTTAAA
Found at i:15818026 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 15817978--15818029 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 3.0 Consensus size: 17
15817968 AAAACAAAAG
15817978 ATCATAACTATTTGAAAT
1 ATCATAACTATTT-AAAT
* * *
15817996 A-AATAATTGTTTAAAT
1 ATCATAACTATTTAAAT
15818012 AGTCATAACTATTTAAAT
1 A-TCATAACTATTTAAAT
15818030 GTGTTTTATG
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 6, Indels: 4
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.19
17 8 0.31
18 13 0.50
ACGTcount: A:0.46, C:0.08, G:0.06, T:0.40
Consensus pattern (17 bp):
ATCATAACTATTTAAAT
Found at i:15818396 original size:392 final size:396
Alignment explanation
Indices: 15817684--15818419 Score: 875
Period size: 396 Copynumber: 1.9 Consensus size: 396
15817674 CGATAAGCAA
* * * *
15817684 ATTTATTCTTTAAATCTCCTACCCATTAATTTTTAGAATATTAATGAATTAATATTATTTTATTC
1 ATTTATTCTTTAAATCTCCTACCCATTAAGTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATA
* *
15817749 TGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAA
66 TGAATAAACTTGTATGAAAAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAA
* * * * *
15817814 ATAAATAACTGTTCAACCAATCATAACTATTGAACTTGCTTGATAAACATATTTATTTTTTAAAT
131 ATAAATAACTGTTCAAACAATCATAACTATTGAACTTGCTTCATAAACAGATTTAGTTTCTAAAT
* ** * *
15817879 ATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATGAATAAACTAGTATTATTTTATTTCAAATACGAATGTAC
196 ATTCTACTTATTAATTTTTCAAATATGAATAAACTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGAATGCAC
* * * *
15817944 GAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTTA
261 GAACAAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCA
*
15818009 AATAGTCATAACTATTTAAATGTGTTTTATGACAAAATTGTCTTAACTATTTGAGCTAGTTTGGC
326 AATAGACATAACTATTTAAATGTGTTTTATGACAAAATTGTCTTAACTATTTGAGCTAGTTTGGC
15818074 AAACAC
391 AAACAC
* * ** * * *
15818080 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATA
1 ATTTATTCTTTAAATCTCCTACCCATTAAGTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATA
** * * * * *
15818145 TGAATAAGTTTGTGTGAAAAGAAACAATTTTTTTATGACAAAA-TAAAGATTATAACGATTTGAG
66 TGAATAAACTTGTATGAAAAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAA
* * * * * *
15818209 ATAGATAA-TGATTTAAATAGTCA-AACTATTTTGAAC-TGTTTCATTAAATAGATTTAGTTTCT
131 ATAAATAACTG-TTCAAACAATCATAACTA--TTGAACTTGCTTCA-TAAACAGATTTAGTTTCT
* *
15818271 -AA-A-TCTA-TTATTAA-TTTTCAAAGTATGAATAGA-TAAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAT
192 AAATATTCTACTTATTAATTTTTCAAA-TATGAATAAACT-AGTATTATTTTATTTC-AAATAAG
** * *
15818329 TTTGCATGAACAAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAACGATTTGAAATAGATA
254 AATGCACGAACAAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAACGATTTGAAATAAATA
* *
15818393 ATTGTTCAAATGGACATGACTATTTAA
318 ATTGTTCAAATAGACATAACTATTTAA
15818420 CTTGCTTGGT
Statistics
Matches: 283, Mismatches: 49, Indels: 20
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
391 10 0.04
392 110 0.39
393 4 0.01
394 8 0.03
395 39 0.14
396 112 0.40
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Consensus pattern (396 bp):
ATTTATTCTTTAAATCTCCTACCCATTAAGTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATA
TGAATAAACTTGTATGAAAAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAA
ATAAATAACTGTTCAAACAATCATAACTATTGAACTTGCTTCATAAACAGATTTAGTTTCTAAAT
ATTCTACTTATTAATTTTTCAAATATGAATAAACTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGAATGCAC
GAACAAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCA
AATAGACATAACTATTTAAATGTGTTTTATGACAAAATTGTCTTAACTATTTGAGCTAGTTTGGC
AAACAC
Found at i:15818500 original size:180 final size:181
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15818064 CTAGTTTGGC
* * * * * * * *
15818074 AAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTT-TTGGAATATTATTAAATTAGTATTAT
1 AAACATATTTATTTTTTAAATCGCCTACCTATTAA-TTCTTAGAATATTAATAAAATAATATTAT
* * * * * ** *
15818138 TTTAATATGAATAAGTTTGTGTGAA-AAGAAACAATTTTTTTATGACAAAATAAAGAT-T-ATAA
65 TTTATTCTAAATAATTTTGTATGAACAA-AAACAATTGCTTTATGACAAAACAAA-ATGTCATAA
* * * * * * * *
15818200 CGATTTGAGATAGATAA-TGATTTAAATAGTCA-AACTATTTTGAACTGT-TTCATT
128 CTATTTGAAATAAATAATTG-TTCAAACAGACATAACTA-TTTAAACT-TATTCAGT
* * * * * * *
15818254 AAATAGATTTAGTTTCTAAAT---CTA-TTATTAATT-TTCA-AAGTATGAAT-AGATAAGTATT
1 AAACATATTTATTTTTTAAATCGCCTACCTATTAATTCTT-AGAA-TATTAATAAAATAA-TATT
*
15818312 ATTTTATTCTAAATAATTTTGCATGAACAAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAATGTCATAA
63 ATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAACAAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAATGTCATAA
* * ** * * *
15818377 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGACTATTT-AACTTGCTT-GGT
128 CTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGACATAACTATTTAAACTT-ATTCAGT
* * ** *
15818430 AAGCATATTTATTTTTTAAATCGCCTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAGTTAATGTTATT
1 AAACATATTTATTTTTTAAATCGCCTACCTATTAATTCTTAGAATATTAATAAAATAATATTATT
*** * * * *
15818495 TTATTCTAAATAAACGTGTGTGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAATGATCATAACT
66 TTATTCTAAATAATTTTGTATGAACAAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAACT
* **
15818559 ATTTTAAATAAATAATTGTTCAAACAGTTATAACTATTTAAACTTATTCAGT
130 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGACATAACTATTTAAACTTATTCAGT
*** * *
15818611 AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTCTTGGAATATTAATAAAATAATATTATT
1 AAACATATTTATTTTTTAAATCGCCTACCTATTAATTCTTAGAATATTAATAAAATAATATTATT
* * * * * * * *
15818676 TTATTTTGAAT-ATGTTTGTATAAACAAAAACGACTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACT
66 TTATTCTAAATAAT-TTTGTATGAACAAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACT
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130 ATTTGAA
15818747 TGCATTCAGA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AAACATATTTATTTTTTAAATCGCCTACCTATTAATTCTTAGAATATTAATAAAATAATATTATT
TTATTCTAAATAATTTTGTATGAACAAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACTA
TTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGACATAACTATTTAAACTTATTCAGT
Found at i:15818719 original size:181 final size:178
Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 3.8 Consensus size: 178
15818064 CTAGTTTGGC
* * * *
15818074 AAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATT
1 AAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAAATAATATTATT
* * * * * * * *
15818139 TTAATATGAATAAGTTTGTGTGAAA-AGAAACAATTTTTTTATGACAAAATAAA-GATTATAACG
65 TTATTCTAAATAAGTTTGTAT-AAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGATCATAACG
* * *
15818202 ATTTGAGATAGATAA-TGATTTAAATAGTCA-AACTATTTTGAACTGTTTCATT
129 ATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTA-TTT-AACT-TTTCAGT
* * * * ** * *
15818254 AAATAGATTTAGTTTCTAAA--TC-TA-TTATTAATTTTCAAAGTATGAAT-AGATAAGTATTAT
1 AAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGGAA-TATTAATAAAATAA-TATTAT
* * * *
15818314 TTTATTCTAAATAATTTTGCATGAACAAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAAC
64 TTTATTCTAAATAAGTTTGTATAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAATGATCATAAC
* * * *
15818378 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGACTATTTAACTTGCTT-GGT
128 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAACTT--TTCAGT
* * * * * ** *
15818430 AAGCATATTTATTTTTTAAATCGCCTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAGTTAATGTTATT
1 AAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAAATAATATTATT
*** * * * * *
15818495 TTATTCTAAATAAACGTGTGTGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGATCATAACTA
65 TTATTCTAAATAAGTTTGTATAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGATCATAACGA
* * * *
15818560 TTTTAAATAAATAATTGTTCAAACAGTTATAACTATTTAAACTTATTCAGT
130 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AACTT-TTCAGT
*
15818611 AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTCTTGGAATATTAATAAAATAATATTATT
1 AAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTGGAATATTAATAAAATAATATTATT
* * * * * * * * * *
15818676 TTATTTTGAATATGTTTGTATAAACAAAAACGACTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACTA
65 TTATTCTAAATAAGTTTGTATAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGATCATAACGA
15818741 TTTGAA
130 TTTGAA
15818747 TGCATTCAGA
Statistics
Matches: 388, Mismatches: 86, Indels: 37
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Matches are distributed among these distances:
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178 10 0.03
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
AAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGGAATATTAATAAAATAATATTATTT
TATTCTAAATAAGTTTGTATAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGATCATAACGAT
TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAACTTTTCAGT
Found at i:15819034 original size:315 final size:315
Alignment explanation
Indices: 15818459--15819061 Score: 730
Period size: 315 Copynumber: 1.9 Consensus size: 315
15818449 ATCGCCTACC
* * *
15818459 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAGTTAATGTTATTTTATTCTAAATAAACGTGTGTGAATAGAA
1 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC-AAATAAACGTGTATGAATAGAA
* * * *
15818524 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGATCATAACTATTTTAAATAAATAATTGTTCAAACAGTTA
65 ACAATTATTTTATGACAAAACAAATGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGTCA
* * * * *
15818589 TAACTATTTAAACTTATTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTCTTGGA
130 TAACTATTTAAACTTATTCAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTCTTAGA
* ** * *
15818654 ATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTGAATATGTTTGTATAAACAAAAACGACTGGTTTATG
195 ATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATAAACAAAAACGACTGCTTTATG
*
15818719 ATAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAATGCATTCAGAAAATATATTATTTTTACT
260 ATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAATGCATTCAGAAAATATATTATTTTTACT
* * * * *
15818775 TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTC-AGTACAAGCTTGTATGAATGGA
1 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCAAATA-AA-CGTGTATGAATAGA
* * * * * *
15818839 AACAATTATTTTAT-ATGAAAATAAA-GGTCATAACGATTTGAAATTAATAATTGTTTAAATAGT
64 AACAATTATTTTATGA-CAAAACAAATGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGT
* * ** *
15818902 CATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATT-TTC
128 CATAACTATTTAAACTTATTCAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTCTT-
* * * * ** * *
15818966 AGAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACTGATAC-AGTTGCTT
192 AGAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATAAACAAAAACGA-CTGCTT
*
15819030 TATGATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
256 TATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
15819062 ATAGATAATT
Statistics
Matches: 239, Mismatches: 43, Indels: 11
0.82 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
314 6 0.03
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (315 bp):
TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCAAATAAACGTGTATGAATAGAAA
CAATTATTTTATGACAAAACAAATGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGTCAT
AACTATTTAAACTTATTCAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTCTTAGAA
TATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATAAACAAAAACGACTGCTTTATGA
TAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAATGCATTCAGAAAATATATTATTTTTACT
Found at i:15819101 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 15818769--15819963 Score: 725
Period size: 181 Copynumber: 6.6 Consensus size: 179
15818759 ATATATTATT
* ** * * * * * *
15818769 TTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAGTACAAGCTTGTATG
1 TTTACTTATTAATTATCAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCCTATATG
*** ** * * *
15818833 AATGGAAACAATTATTTTAT-ATGAAA-ATAAAGGTCATAACGATTTGAAATTAATAATTGTTTA
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* *
15818896 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATC
128 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC
* * * * *
15818948 TCTTACTCATTAATTTTCAGAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATG
1 T-TTACTTATTAATTATCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCCTATATG
*** * *
15819013 AACTGATACAGTTGCTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAA
65 AAAAAAAACAATTGCTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA-ATAATTATTCAA
* * * * *
15819078 ATAG-CTATGACTATTTAAACTTGTTCGGGAAATATATTTATTTTTAAAATC
129 ATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC
* * * * * *
15819129 TTCTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAACTAATATTATTTTAATCTGAATATGCTTATATG
1 TT-TACTTATTAATTATCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCCTATATG
* ** * *
15819194 AAAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATATTTATTCAA
65 AAAAAAAACAATTGCTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT-AATAATTATTCAA
* * * *
15819259 ATGGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATATTTTAAATC
129 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC
* * * * *
15819310 ATTTACTTATTAATTATCTGAATGA-TAATAAATTTGTATTATTTTAAT-TGAAAAAAGCTTGTA
1 -TTTACTTATTAATTATCAGAAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTG-AATAAGCCTATA
* ** * * * * * *
15819373 GGAACAAAAAA-AATAT--TTTATGACAAAATAAAAGGTTATGGA-GATTTGAAATAGGTAATTG
63 TGAA-AAAAAACAAT-TGCTTTATGATGAAACAAAAGGTCAT-AACAATTTGAAATA-ATAATTA
* * * * * * * *
15819434 TTCAAGTAGTTATAACTATTTGAACTTATTCGATAAACAAACTTAGTTTTTAAATC
124 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC
* * ** * * * ** * * *
15819490 TCTTATTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCCCAATCAGCTTGTATG
1 T-TTACTTATTAATTATCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCCTATATG
* * * * *** * * * * * **
15819555 AACAGAAACAATTGTTTTGTGGCAAAATAAATGTTCATAACGATTTGAAATGGATAATTGGTCAA
65 AAAAAAAACAATTGCTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT-AATAATTATTCAA
* * * * * * * *
15819620 ACAATCATAACAATTTGCACTAG-TCAAGCT-AACAGATTCATTTTTTAAATTC
129 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC--GGTAAATAGATTTATTTTTTAAA-TC
* * * * * * * *
15819672 GTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTATTTT-ATTTCAAATAAGACTATATC
1 TTTACTTATTAATTATCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCT-GAATAAGCCTATATG
* * * ** ** * * * *
15819736 AATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACAATATGAAATAAATAATTGTTTAA
65 AAAAAAAACAATTGCTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT-AATAATTATTCAA
* * * * * * *
15819801 ATTGTTATAACTAATTGAAC-CGATTTGGTAAATAAATTTATTGTTTAAATC
129 ATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC
* * * * * * * * *
15819852 --T-CTTATTAATTTTCA-AAAATTAACAAATTAATATTATTTTATTCTAAACAAACTTATATGA
1 TTTACTTATTAATTATCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCCTATATGA
* * * ** * * *
15819913 ACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAATGACATAACGATTTGAAATA
66 AAAAAAACAATTGCTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
15819964 GTTCAACAAA
Statistics
Matches: 803, Mismatches: 181, Indels: 68
0.76 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.00
176 72 0.09
177 15 0.02
178 1 0.00
179 12 0.01
180 211 0.26
181 473 0.59
182 18 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
TTTACTTATTAATTATCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCCTATATGA
AAAAAAACAATTGCTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAATAATTATTCAAAT
AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC
Found at i:15819454 original size:361 final size:355
Alignment explanation
Indices: 15818771--15821951 Score: 1229
Period size: 361 Copynumber: 8.9 Consensus size: 355
15818761 ATATTATTTT
*** * * *
15818771 TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAGTACA-AGCTTGTATGAA
1 TACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC--TAAATAGCTTATATGAA
*** * * * * * *
15818835 TGGAAACAATTATTTTAT-ATGAAAA-TAAAGGTCATAACGATTTGAAATTAATAATTGTTTAAA
64 CAAAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
* * * *
15818898 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATT
128 TAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAA-T
* * ** * * *
15818963 TTCAGAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCCTATATGAACTGATACAGT-T
191 TTCTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAG-CTATATGAACAAAAAAAATAT
** * * *
15819026 GCTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCTATGACTA
254 --TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTA
* * *
15819091 TTTAAACTTGTTCGGGAAATATATTTATTTTTAAAATCTTC
317 TTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTT-AAATC-TC
* * * * *
15819132 TACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAACTAATATTATTTTAATCTGAATATGCTTATATGAAA
1 TACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATA-GCTTATATGAAC
* * * * *
15819197 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATATTTATTCAAATG
65 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* *
15819262 GTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATATTTTAAATCATTTACTTATTAATTAT
130 GTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTCATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATT-T
* * * * *
15819327 CTGAATGA-TAATAAATTTGTATTATTTTAATTGAAAAAAGCTTGTAGGAACAAAAAAAATATTT
193 CTGAAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGC-TATATGAACAAAAAAAATATTT
* * * * * *
15819391 TATGACAAAATAAAAGGTTATGGA-GATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAGTAGTTATAACTATTT
256 TATGACAAAACAAAAGGTCAT-AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTT
* * * *
15819455 GAACTTATTCGATAAACAAACTTAGTTTTTAAATCTC
320 GAACTTGTTCGGTAAATAAATTTA-TTTTTAAATCTC
* *** * ** *
15819492 TTATTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGA-ATTATGTTATTCCCAATCAGCTTGTATGA
1 -TACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTCTAAAT-AGCTTATATGA
* * * * ** *
15819556 ACAGAAACAATTGTTTTGTGGCAAAA-TAAATGTTCATAACGATTTGAAATGGATAATTGGTCAA
63 ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
* * * * * * *
15819620 ACAATCATAACAATTTGCAC-TAGTCAAGCT-AACAGATTCATTTTTTAAATTCGTTACTTATTA
127 ATAGTCATAACTATTTGAACTTATTC--GGTAAACAGATTCATTTTTTAAA-TCTTTACTTATTA
* * * * * * *
15819683 ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCAAATAAGACTATATCAATAGAAATAAT
189 ATTTCT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAG-CTATATGAACA-AAAAAAA
* * * * *
15819748 TATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACAATATGAAATAAATAATTGTTTAAATTGTTATAACT
251 TATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACT
* * *
15819813 AATTGAAC-CGATTTGGTAAATAAATTTATTGTTTAAA--TC
316 ATTTGAACTTG-TTCGGTAAATAAATTTATT-TTTAAATCTC
* * *
15819852 T-CTTATTAATTTTCAAAA-ATTAACAAATTAATATTATTTTATTCTAAACAAACTTATATGAAC
1 TACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAA-TAGCTTATATGAAC
* *
15819915 AAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAATGACATAACGATTTG----AAAT-A--GTTCAACA-
65 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAA-AT
* * ** ** * ** * * *
15819972 A-ACA-AATTTATTT-TTCAAATCTC--TTAA-TTATT-ATATTTCATAAT-ATTA-TTAGATTA
129 AGTCATAA-CTATTTGAACTTAT-TCGGTAAACAGATTCATTTTTTA-AATCTTTACTT--ATTA
* * ** * * ** ** *
15820028 GTATTAT-TTTATTCGAATAAGCTT-GTATGA----ACAT-AAATAATTTTTTATG-ACAAAATA
189 AT-TTCTGAATATT--AATAA-ATTAGTATTATTTTATTTGAAATAA-GCTATATGAACAAAA-A
* * **** * * * * * *
15820085 AAA-A-ATTATAACAACTTGAAA--T-ATATA-ATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGG
248 AAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ACAAT-TTGAAATAG--ATAATT-GTTCAAATAG
* ** * * * * *
15820144 TTCACTAAATAGAT-AA--T-CTC-CT-ACT-AATTAATTTTTGAAATAT-
308 TT-A-TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTT-AAATCTC
* * * * *** * ** *** * *
15820187 TAATAAATTAGTATT-ATTTTATT-CTAAA-TAGACT-TGTATGATA-AAAACAATTG-TTTTAT
1 TACT-TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTA-A-TAT-TATTTTATTCTA-AATAGCTTATAT
** * ** **** ** * **
15820246 -AAC-AAAACAAAAG-TTCAAAACAATTTGAAATAG--ATAATTA-TTCAAATGGCCATAATCAT
61 GAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAT-GTCATAACGATTTGAAAT--AAATAAT--T
* * * *** * ** ** *
15820305 -TTGAATTGATTCGATAAACTAATTTATGTTTTTAATCTCT-AAC-TTTTCAATTTTTTAAATAT
121 GTTCAAAT-AGTC-AT-AACT-A-TT-TGAACTTATTCGGTAAACAGATTC-ATTTTTTAAAT-C
* * * * * *
15820367 TAATAAAGTATTTCTTTCTTAATTTTTAAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTG-GATA
178 T--T----TA---C-TTATTAATTTCT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATA
* * * * * ** *
15820431 AGCTTTTATGAA-ATGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTTGTAACAATTTTAAA-ATG
231 AGC-TATATGAACA--AAAAAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA-G
* * * * *
15820494 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAAAT-T
292 ATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTTA-TTTTT-AAATCT
15820558 CC
355 -C
* *** * * * * *
15820560 TTGCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCATGTATGA
1 -TACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCT-AAAT-AGCTTATATGA
* * * * * * * * *
15820624 ACTAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAA
63 ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
* *** ** * * * * *
15820689 TAGTCTTAACTATTTGAACAGGTTTAGCAAATACATTTATTTTTTAAATCTCGTACTTATTAATT
128 TAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATT
* * * *** * ** * * * * *
15820754 TTTAAAATATTATTTGTTTAGTAATATTGTGCTCTG-AATAAGTTTGTATAGATA-AAAACAATT
192 TCT-GAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTTGAAATAAG-CTATAT-GA-ACAAAAAAAAT
* * *** * *
15820817 GTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATATTGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
252 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTA
* * * * * *
15820881 TTTGAA-ATGGTCTGATAAATAGATTTAGCTTTTGAA--TC
317 TTTGAACTTGTTC-GGTAAATAAATTTA-TTTTTAAATCTC
* * ** *
15820919 T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAA
1 TACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTA-TTTTATTCTAAAT-AGCTTATATGAA
* * * ** * * *
15820983 TAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAAT
64 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
* * * * *
15821048 AGTCATAACTATTTGAACTCACTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
129 AGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTCATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTT
* * ** * * * * * *
15821113 TTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGATTTTATGAATAGAAACAATTAGT
193 CT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAG-CTATATGAACA-AAAAAAATATT
* ** * *
15821178 TTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTT
255 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTT
* * * * * * *
15821243 GAACATGTTCAGAAAACATATTTATTTTTCAAATTTT
320 GAACTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTT-AAATCTC
** * * * *
15821280 TACTTATTAATCTTT-GGAATATTAGTAAATTTATATTATTTTATT-TGGAATAAGCTTGTATG-
1 TACTTATTAAT-TTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCT-AAAT-AGCTTATATGA
* * * * * *
15821342 ACTAGAAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAA
63 AC-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
* ** * *
15821407 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAGCAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAAT
127 ATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAAT
* * * * * *** ** * *
15821472 TT-TCGAAATAGTAA-AAGTTAGTATTATTTTATTCG-AATAGGCTTGTATGAATTGATCAATTG
191 TTCT-G-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGC-TATATGAACAAAAAAAATA
** * *
15821534 TTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATTACTAT
253 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAT
* * * *
15821599 TTGAACTTGTTCAGT-AA-ACATAT-TTTTTAAATCATT
318 TTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTAAATC-TC
* ** * *
15821635 TACTTATTAATTGTCAAAATATTAAT-GGTTAATATTATTTTAATCCAAATAAGC-TAGTATGAA
1 TACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAAT-AGCTTA-TATGAA
* * * * **
15821698 TAAAAATAATTTTTTTATGACAAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
64 CAAAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
* * * *
15821763 TAGTTATAACTATTCGAAATTATTCGGT------A---ATTTTTTAAATTGTTTACTTATTAATT
128 TAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTCATTTTTTAAA-TCTTTACTTATTAATT
** ** * * ** * * *
15821819 GTCAAAATATTAATAGGTTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTATATGAATAAAAATAATTGTT
192 -TCTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTATATGAACAAAAA-AAATATT
* * * * *
15821884 TTATGACAAAAAAAAACGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTT
255 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTT
15821949 GAA
320 GAA
15821952 ATAAATAATT
Statistics
Matches: 2099, Mismatches: 537, Indels: 381
0.70 0.18 0.13
Matches are distributed among these distances:
330 2 0.00
331 5 0.00
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344 8 0.00
345 15 0.01
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351 1 0.00
352 1 0.00
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371 5 0.00
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378 12 0.01
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381 6 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (355 bp):
TACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAGCTTATATGAACA
AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
TCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTCTG
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTATATGAACAAAAAAAATATTTTATGA
CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTT
GTTCGGTAAATAAATTTATTTTTAAATCTC
Found at i:15821051 original size:358 final size:355
Alignment explanation
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Period size: 358 Copynumber: 4.4 Consensus size: 355
15820375 TATTTCTTTC
* ** * * *
15820385 TTAATTTTTAAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTT-TATGA-AATGAA
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* * * ** ** *
15820448 ACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTTGTAACAATTTTAAA-ATGATAATTGTTCAAATAGTC
61 ACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATA-GATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * *
15820512 ATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAAATTCCTTGCTTATTAATTTTTT
124 ATAACTATTTGAAATGGTCTGATAAACAGATTTA-TTTTTAAAATT-CTTACTTATTAATTTTTA
* * * * *
15820577 GAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCATGTATGAACTA-AAACAATTATTTT
187 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTT
* * * * * *
15820641 ATGACTAAACAAAAGGTTAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGA
251 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * *
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316 ACA-GTTCA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * **
15820748 TTAATTTTTAAAATATTATTTGTTTAGTAATATTGTGCTCTGAATAAGTTTGTATAGATAAAAAC
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAG-TTAGTATTATTTTATTC-GAATAAGTTTGTAT-GATAAAAAC
* * *
15820813 AATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATATTGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
63 AATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * *
15820878 CTATTTGAAATGGTCTGATAAATAGATTTAGCTTTT-GAA-TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATA
128 CTATTTGAAATGGTCTGATAAACAGATTTA-TTTTTAAAATTCTTACTTATTAATTTTTAAAATA
** *
15820939 TTAATAAATTAGTATTATTTT-TATTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGA
192 TTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
** * *
15821003 CAAAACAAAAAATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTC
255 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA--C
* *
15821068 A-CTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
318 AGTTC-ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * *
15821106 TTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGATTT-TATGAATAGAAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAAT-AGTTAGTATTATTTTATT-CGAATAAG-TTTGTATG-ATAAAAA
* *
15821170 CAATTAG-TTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCA
62 CAATT-GTTTTATGACAAAA-CAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * **
15821234 TAACTATTTGAACATGTTCAGA-AAACATATTTATTTTTCAAATTTTTACTTATTAATCTTTGGA
125 TAACTATTTGAA-ATGGTCTGATAAACAGATTTATTTTTAAAATTCTTACTTATTAATTTTTAAA
* ** *
15821298 ATATTAGTAAATTTA-TATTATTTTATTTGGAATAAGCTTGTATGACTAGAAACAATTGTTTTAT
189 ATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * *
15821362 GGCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
253 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * *
15821427 TTGTTCAATAAGCAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCA
318 -AGTTC-ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * ** *
15821467 TTAATTTTCGAAATAGTAAAAGTTAGTATTATTTTATTCGAATAGGCTTGTATGA-ATTGATCAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAGTTAGTATTATTTTATTCGAATAAGTTTGTATGATA-AAAACAA
** ** * * *
15821531 TTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATTAC
65 TTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * *
15821596 TATTTGAACTTGT-TCAGTAAAC--A--TATTTTTTAAA-TCATTTACTTATTAATTGTCAAAAT
129 TATTTGAAATGGTCTGA-TAAACAGATTTATTTTTAAAATTC--TTACTTATTAATTTTTAAAAT
** * * * * * * *
15821655 ATTAAT-GGTTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTAGTATGAATAAAAATAATTTTTTTATGAC
191 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * *
15821719 AAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTCGAA-A-
256 -AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAG
* ** * *
15821782 TT-AT--TC--GGTAATTTTTTAAAT-TGTTTACTTA
320 TTCATAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTA
* ** * * * * * *
15821813 TTAATTGTCAAAATATTAATAGGTTAATATTATTTTAATCCAAATAAG-CTATATGAATAAAAAT
1 TTAATTTTTGAAATATTAATA-GTTAGTATTATTTT-ATTCGAATAAGTTTGTATG-ATAAAAAC
* * * * *
15821877 AATTGTTTTATGACAAAAAAAAACGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATA
63 AATTGTTTTATGAC-AAAACAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
*
15821942 ATTATTTGAAAT
127 ACTATTTGAAAT
15821954 AAATAATTGT
Statistics
Matches: 977, Mismatches: 186, Indels: 101
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
345 1 0.00
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349 4 0.00
350 2 0.00
352 2 0.00
353 4 0.00
354 52 0.05
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362 103 0.11
363 63 0.06
364 2 0.00
365 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (355 bp):
TTAATTTTTGAAATATTAATAGTTAGTATTATTTTATTCGAATAAGTTTGTATGATAAAAACAAT
TGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
TTTGAAATGGTCTGATAAACAGATTTATTTTTAAAATTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA
TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAGTTCATA
AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
Found at i:15821376 original size:180 final size:182
Alignment explanation
Indices: 15820385--15821951 Score: 1413
Period size: 180 Copynumber: 8.8 Consensus size: 182
15820375 TATTTCTTTC
* * * * * *
15820385 TTAATTTTTAAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAA-ATGAAA
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATA-GAAA
* * * ** ** *
15820449 CAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTTGTAACAATTTTAAA-ATGATAATTGTTCAAATAGTCA
65 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA-GATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * *
15820513 TAACTATTTGAACTTGTT-TGATAAACAGATTTATTTTTTAAAAT-TCCTTGCTTA
129 TAACTATTTGAACATGTTCAGATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCT-TTTACTTA
* * *
15820567 TTAATTTTTTGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCATGTATGAACTA-AAA
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAA
* * * * * *
15820631 CAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTT
65 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * **
15820696 AACTATTTGAACAGGTTTAG-CAAATACATTTATTTTTTAAATCTCGTACTTA
130 AACTATTTGAACATGTTCAGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * *** * * ** * *
15820748 TTAATTTTTAAAATATTATTTGTTTAGTAATATTGT-GCTCTGAATAAGTTTGTAT-AGATAAAA
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGA-ATAGAA
* * *
15820811 ACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATATTGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
64 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * ** *
15820875 TAACTATTTGAA-ATGGTCTGATAAATAGATTTAGCTTTTGAATC---T-CTTA
129 TAACTATTTGAACATGTTCAGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * **
15820924 TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TATTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAA
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* ** * * *
15820988 ATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCA
64 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
** *
15821053 TAACTATTTGAAC-TCACTC-GATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
129 TAACTATTTGAACAT-GTTCAGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * * * *
15821106 TTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGATTTTATGAATAGAAAC
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
* *
15821171 AATTAG-TTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCAT
66 AATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* *
15821235 AACTATTTGAACATGTTCAGA-AAACATATTTATTTTTCAAAT-TTTTACTTA
130 AACTATTTGAACATGTTCAGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * * *
15821286 TTAATCTTTGGAATATTAGTAAATTTA-TATTATTTTATTTGGAATAAGCTTGTATGACTAGAAA
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* *
15821350 CAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
65 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * *
15821415 AACTATTTGAACTTGTTCA-ATAAGCAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCA
130 AACTATTTGAACATGTTCAGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * * * *
15821467 TTAA-TTTTCGAAATAGTAA-AAGTTAGTATTATTTTA-TTCGAATAGGCTTGTATGAATTG-AT
1 TTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
** ** * *
15821528 CAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAT
65 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * *
15821593 TACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAAC--A--TATTTTTTAAATCATTTACTTA
130 AACTATTTGAACATGTTCAGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * ** * * * * * * *
15821641 TTAATTGTCAAAATATTAAT-GGTTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTAGTATGAATAAAAAT
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
* * * *
15821705 AATTTTTTTATGACAAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTAT
66 AATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * *
15821770 AACTATTCGAA-A--TT---AT--TC-G-GTAATTTTTTAAAT-TGTTTACTTA
130 AACTATTTGAACATGTTCAGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTA
* * * ** * * * * * * *
15821813 TTAATTGTCAAAATATTAATAGGTTAATATTATTTTAATCCAAATAAGC-TATATGAATAAAAAT
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
* * * * *
15821877 AATTGTTTTATGACAAAAAAAAACGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATA
66 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
*
15821942 ATTATTTGAA
131 ACTATTTGAA
15821952 ATAAATAATT
Statistics
Matches: 1168, Mismatches: 177, Indels: 91
0.81 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.00
171 57 0.05
172 66 0.06
173 28 0.02
174 45 0.04
175 19 0.02
176 48 0.04
177 96 0.08
178 151 0.13
179 30 0.03
180 241 0.21
181 201 0.17
182 181 0.15
183 3 0.00
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (182 bp):
TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
ACTATTTGAACATGTTCAGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
Found at i:15821402 original size:539 final size:533
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15820375 TATTTCTTTC
* * * *
15820385 TTAATTTTTAAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTT-TATGAA-ATGAA
1 TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAA-CTTTGTATGAATA-GAA
* * ** * *
15820448 ACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTTGTAACAATTTTAAA-ATGATAATTGTTCAAATAGTC
64 ATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATA-GATAATTATTCAAATAGTC
* * *
15820512 ATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAAAT-TCCTTGCTTATTAATTTTT
128 ATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACA-ATTTATTTTTT-AAATCT-TTTACTTATTAATTTTT
* * * *
15820576 TGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCA-TGTATGAACTAAAACAATTATTT
190 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAG-ATTGTATGAA-TAAAACAATTATTT
* * * * *
15820640 TATGACTAAACAAAAGGTTAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTG
253 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * ** **
15820705 AACAGGTTTAGCAAATACATTTATTTTTTAAATCTCGTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTTG
318 AACATGTTCAG-AAA-ATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTATAAG
* ** * *
15820770 TTTAGTAATATTGTGCTCTGAATAAGTTTGTATAGATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AA
379 TTTA-TATTATT-TTATTTGAATAAGCTTGTAT-GATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * *
15820834 AGATCATATTGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGG-TCTGATA
441 AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTC-AATA
* * *
15820898 AATAGATTTAGCTTTTGAATCTC-T-T-A
505 AACAGATTCAGCTTTTAAATCTCTTATCA
* *
15820924 TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAA
1 TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCTGAATAACTTTGTATGAATAGAAA
* * ** * *
15820989 TAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCAT
65 TAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
*** *
15821054 AACTATTTGAACTCACTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAA
130 AACTATTTGAACTTGTTCGATAAAC-AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAA
* * *
15821119 TTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGATTTTATGAATAGAAACAATTAGTTTATGA
194 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGATTGTATGAATA-AAACAATTATTTTATGA
* *
15821184 CAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTGAACAT
258 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT
* ** *
15821249 GTTCAGAAAACATATTTATTTTTCAAATTTTTACTTATTAATCTTTGGAATATTAGTAAATTTAT
323 GTTCAG-AAA-ATATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAAT-TTTAAAATATTA-TAAGTTTAT
* *
15821314 ATTATTTTATTTGGAATAAGCTTGTATGACTAGAAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCA
384 ATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * *
15821379 TAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAGCAGAT
447 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTCAATAAACAGAT
**
15821444 TCATTTTTTAAATCTCTTACTCA
512 TCAGCTTTTAAATCTCTTA-TCA
** * * * *
15821467 TTAATTTTCGAAATAGTAA-AAGTTAGTATTATTTTATTC-GAATAGGC-TTGTATGAATTG--A
1 TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATA-ACTTTGTATGAATAGAAA
* * *
15821527 TCAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTA
65 T-AATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * *
15821592 TTACTATTTGAACTTGTTC-AGTAAAC-A--TATTTTTTAAATCATTTACTTATTAATTGTCAAA
129 TAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGA
** * * * * * *
15821653 ATATTAAT-GGTTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTAGTATGAATAAAAATAATTTTTTTATG
193 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGATTGTATGAAT-AAAACAATTATTTTATG
* * * *
15821717 ACAAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTCGAA-
257 AC-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * *
15821781 ATTATTC-G---GTA---ATTTTTTAAATTGTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAGGTTA
321 A-TGTTCAGAAAATATTTATTTTTTAAATT-TTTACTTATTAATT-TTAAAATATT-ATAAGTTT
*** * * * *
15821839 ATATTATTTTAATCCAAATAAGC-TATATGAATAAAAATAATTGTTTTATGACAAAAAAAAACGT
382 ATATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATG-ATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * *
15821903 CATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAAAT
445 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAT
15821954 AAATAATTGT
Statistics
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0.81 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
526 90 0.10
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Consensus pattern (533 bp):
TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAACTTTGTATGAATAGAAAT
AATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
ACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATA
TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGATTGTATGAATAAAACAATTATTTTATGACAA
AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTT
CAGAAAATATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTAAAATATTATAAGTTTATATTATTT
TATTTGAATAAGCTTGTATGATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTCAATAAACAGATTCAGCTTTT
AAATCTCTTATCA
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15821894 AAAAAACGTC
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*
15821939 ATAATTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
1 ATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
15821971 ATTACTGAAC
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 1, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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ATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTT
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15821905 TAATAATTTG
15821915 AAATAAATAATTGTTC
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* * *
15821931 AAATAGTTATAATTATTTG
1 AAATA--AATAATT-GTTC
15821950 AAATAAATAATTGTTC
1 AAATAAATAATTGTTC
15821966 AAATAA
1 AAATAA
15821972 TTACTGAACA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 6, Indels: 6
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Matches are distributed among these distances:
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AAATAAATAATTGTTC
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15821962 GTTCAAATAA
* * * ** * ** * * * * *
15821972 TTACTGAACAAGTACAAATAATTGTGACTACTTGAATGATTATCTATTTAAAATTGCTATAACAT
1 TTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT
* * * * * *
15822037 TTTGTTTTGTCATAAAAAATTTTTGTCTATTCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATTATACAAA
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* * * * *
15822101 TTTATTAATATTC-AAACAACTAATACATAAAAGA-TTAAAAAATAAATCTATTTA-TCGAATAA
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* * * ** *
15822163 GTTCAAATAGTTGTGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTC
188 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-TTTTTATTTTGTC
* ** * * *
15822228 ATGATGCAATTATTT-TCTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATT
252 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATA-CAATTTATTAATATT
** * *
15822292 TTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAATAAATATAT
316 CCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAATAAATTTGT
* * *
15822331 ATACCGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT
1 TTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT
* ***
15822396 ATTTTTTTGTCATGAAACAATTGTACCAATTCATGTTGGCTTATTCAAAATAAAAT-ATCACTAA
66 -TTTTTTTGTCAT-AAACAATTGTTCC-ATTCAT-AAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT-ACTAA
*
15822460 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTGTCTACTAAACAAG
126 TTTATTAATATTCTAAAAATTAAT-AGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAG
*
15822525 TTCAAATAGTAATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTATTTTGTCA
189 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-TTTTTATTTTGTCA
* * *
15822590 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCTGAGTAAAATAATTA-AATTTATTCATATTC
253 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAA-TACAATTTATTAATATTC
* *
15822654 CCAAATTTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAATTTGT
317 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTT-AAAATAAATTTGT
* * ** * *
15822692 TTTCTGAACACA-TTCAAATAGTTTTGACTATCTT-AACAATTATCTTTTTCAAATAGTTATGAC
1 TTACCGAACA-AGTTCAAATAGTCATGACTAT-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* * * **
15822755 CTTTTGTTTTGTGATAAACTAATTGTTTCTATCCATAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
64 CTTTT-TTTTGTCATAAAC-AATTG-TTCCATTCATAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * **
15822820 TTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAGTAA
126 TTTATTAATATTCT-AAAAATTAAT-AGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAA
* * * * *
15822884 GCTCAAATAATTATG---A-TT-AAACAATTTTTTATTTCAAAT-AGTTATGATATTTTGTTTTG
188 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAA-AATTATCTATTTCAAATCA-TTATGAT-TTTTATTTTG
* * * ** * *
15822943 TTATAAAACGATTGTTTCTATTCACACAAATTTATTCAGAATAAAATAATACTACTTTATTAATA
250 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATAC-AATTTATTAATA
* * * * ** *
15823008 TTCTACAAATTGATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
314 TTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-TAAAATAAATTTGT
* * *
15823050 TTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCT
1 TTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT
* * * **
15823115 TGTATTTTGTCGTAATACAATTGTTTCCATTCTTACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
66 T-TTTTTTGTCATAA-ACAATTG-TTCCATTCATA-AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * *
15823180 TTATTAATATTTTGAAAATT-A-A-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTACCAAACTAGTTC
127 TTATTAATATTCTAAAAATTAATAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTC
* * * * *
15823242 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATAATGATCTTTATTTTGTCATACA
192 AAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGATTTTTATTTTGTCATAAA
* * * * * * * *
15823307 ATAGTTGTTTCTTTTCATACAAGCTTGTTCAGATTAAAATGATACTACTTTAATAATATTTCAAA
257 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATAC-AATTTATTAATATTCCAAA
15823372 AATTAATAA
321 AATTAATAA
15823381 TATTTCAAAT
Statistics
Matches: 854, Mismatches: 155, Indels: 84
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
354 34 0.04
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358 121 0.14
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360 111 0.13
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363 2 0.00
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TTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT
TTTTTTTGTCATAAACAATTGTTCCATTCATAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
TAATATTCTAAAAATTAATAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAAT
AGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGATTTTTATTTTGTCATAAAACAA
TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACAATTTATTAATATTCCAAAAATTA
ATAAGTAAAAGATTTTAAAATAAATTTGT
Found at i:15823140 original size:181 final size:180
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Indices: 15821972--15823380 Score: 1279
Period size: 179 Copynumber: 7.9 Consensus size: 180
15821962 GTTCAAATAA
* * * * * ** * * * * * *
15821972 TTACTGAACAAGTACAAATAATTGTGACTACTTGAATGATTATCTATTTAAAATTGCTATAACAT
1 TTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCT
* * * * *
15822037 TTTGTTTTGTCATAAAAAATTTTTGTCTATTCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATTATACAAA
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* *
15822101 TTTATTAATATTC-AAACAACTAATACA-TAAAAGA-TTAAAAAATAAATCTAT
129 TTTATTAATATTCTAAA-AATTAATA-AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * * *
15822152 TTATCGAATAAGTTCAAATAGTTGTGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTT
1 TTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCT
* ** * * * *
15822217 TTTGTTTTGTCATGATGCAATTATTT-TCTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATATTAAT
66 TTTATTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAAT
* * * *
15822281 TTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-TAAAATAAATATAT
130 TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * *
15822331 ATACCGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT
1 TTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCT
** * **** *
15822396 ATTT-TTTTGTCATGAAACAATTGTACCAATTCATGTTGGCTTATTCAAAATAAAAT-ATCACTA
66 -TTTATTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAT-ACTA
*
15822459 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTGT
128 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGT
* ** * * * * *
15822513 CTACTAAACAAGTTCAAATAGTAATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTT
1 TTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCT
* *
15822578 TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCTGAGTAAAATAAT--TAAA
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* ** * * *
15822641 TTTATTCATATTCCCAAATTTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAATTTGT
129 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * *
15822692 TTTCTGAACACA-TTCAAATAGTTTTGACTATCTT-AACAATTATCTT-TTTCAAATAGTTATGA
1 TTACCGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTAT-TTGAACAATTAT-TTATTTCAAATCGTTATGA
* * * *
15822754 CCTTTTGTTTTGTGATAAACTAATTGTTTCTATCCATA-AAGCTTATT-TGAAATAAAATAATAC
63 CCTTTTATTTTGTCATAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATAC
*
15822817 TAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATTTGT
126 TAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTGT
** ** * * * * * **
15822873 TTATTGAGTAAGCTCAAATAATTATG---A-TTAAACAATTTTTTATTTCAAATAGTTATGATAT
1 TTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCT
* * * * ** *
15822934 TTTGTTTTGTTATAAAACGATTGTTTCTATTCACACAAATTTATTCAGAATAAAATAATACTACT
66 TTTATTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAAT
* * * ** *
15822999 TTATTAATATTCTACAAATTGATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
130 TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * *
15823050 TTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCT
1 TTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCT
* * * * ** *
15823115 TGTATTTTGTCGTAATACAATTGTTTCCATTCTTACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
66 TTTATTTTGTCATAA-ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAAT
* * *
15823180 TTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAACTAAATCTGT
130 TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * * * *
15823227 TTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATAATGATC-
1 TTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCT
* * * * * * *
15823291 TTTATTTTGTCATACAATAGTTGTTTCTTTTCATACAAGCTTGTTCAGATTAAAATGATACTACT
66 TTTATTTTGTCATA-AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAAT
*
15823356 TTAATAATATT-TCAAAAATTAATAA
130 TTATTAATATTCT-AAAAATTAATAA
15823381 TATTTCAAAT
Statistics
Matches: 1016, Mismatches: 176, Indels: 78
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.00
176 74 0.07
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178 81 0.08
179 260 0.26
180 150 0.15
181 174 0.17
182 109 0.11
183 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCT
TTTATTTTGTCATAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATT
TATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGT
Found at i:15823403 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 15823356--15823403 Score: 51
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15823346 TGATACTACT
*
15823356 TTAATAATATTTCAAAAA
1 TTAAGAATATTTCAAAAA
* *
15823374 TTAATAATATTTCAAATAG
1 TTAAGAATATTTCAAA-AA
*
15823393 TTAAGACTATT
1 TTAAGAATATT
15823404 AGAACAGTTA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 3, Indels: 1
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
18 16 0.62
19 10 0.38
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.04, T:0.42
Consensus pattern (18 bp):
TTAAGAATATTTCAAAAA
Found at i:15823515 original size:145 final size:146
Alignment explanation
Indices: 15823239--15823523 Score: 342
Period size: 146 Copynumber: 2.0 Consensus size: 146
15823229 ACCAAACTAG
* * * *
15823239 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATAATGATCTTTATTTTGTCAT
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATCTCAAATCATAATAACCTTTATTTTGTCAT
* * * * ** * * * * * *
15823304 ACAATAGTTGTTTCTTTTCATACAAGCTTGTTCAGATTAAAATGATACTACTTTAATAATATTTC
66 AAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAGTAAAATAATACTAATTTAATAACATTTC
15823369 -AAAAATTAATAATAT
131 AAAAAATTAATAATAT
* * **
15823384 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAGTTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTT-TGTTTAGTC
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATCTCAAATCATAATAACCTTTAT-TTT-GTC
*
15823448 ATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAGTAAAATAATACTAATTTATTAACA-T
64 ATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAGTAAAATAATACTAATTTAATAACATT
15823512 TCAAAAAATTAA
129 TCAAAAAATTAA
15823524 GAGATTTAAA
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 21, Indels: 5
0.82 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
144 1 0.01
145 53 0.46
146 62 0.53
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (146 bp):
TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATCTCAAATCATAATAACCTTTATTTTGTCAT
AAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAGTAAAATAATACTAATTTAATAACATTTC
AAAAAATTAATAATAT
Found at i:15824005 original size:176 final size:176
Alignment explanation
Indices: 15823384--15824327 Score: 522
Period size: 176 Copynumber: 5.3 Consensus size: 176
15823374 TTAATAATAT
*
15823384 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAGTTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCA
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCA
* * * *
15823449 TAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAGT-AAAATAATACTAATTTATTAACA--
66 TAAAACAATTATTTCAATTTATACAAG-TTATTTAGA-TAAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * *
15823511 TTCAAAA--AATTAAGAGATTTAAAAAAAATAAATTTGTTTATTGAATAAT
129 TTAAAAATTAAGTAAGAGATTT--AAAAAATAAATGTGTTT-TTGAATCAG
* * * * * ** * * *
15823560 TTTACATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTTGTC
1 TTCAAATAG-TTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTC
* * * * * * * * *
15823624 ACAAAATAATTATTTCAGTTAATAAAAACTT-TTTTGAAATAAAATAATACTATTTTATTAATAT
65 ATAAAACAATTATTTCAATTTAT-ACAAGTTATTTAGATA-AAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * *
15823688 TTCAAAAATTATTAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAA-GTTATTTTTTGAAACAG
128 TT-TAAAA--ATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATG-T-GTTTTTGAATCAG
* * * * * ** * * * * *
15823741 TTCTAATAGTTAGGATTATTTA-AACAAATATCAAACTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGTC
1 TTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTC
* ** * *
15823804 ATAAAACAATTGTTT-TTTATTATACAAGTTGATTTGGATAAAAATAATATTAATTTCA-TAATA
65 ATAAAACAATTATTTCAAT-TTATACAAGTT-ATTTAGATAAAAATAATACTAATTT-ATTAATA
* *
15823867 TTTTGAAAATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTGAATCAG
127 TTTTAAAAATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTTTGAATCAG
* * * *
15823916 TTCAAACAGTTAAGATTATTAGAATAATTATCTATTTCAAGTCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCA
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCA
* * * * *
15823981 TAAAATAATTGTTTCAATTTATACAAGCTTATTTTTGAAAGAAAATAATACTAATTTGTTAACT-
66 TAAAACAATTATTTCAATTTATACAAG-TTA-TTTAGATA-AAAATAATACTAATTTATTAA-TA
** * * * * *
15824045 TTCAAAAAATTAA-TAAGCTAGAGATTCGAGAAAAA-AAATCTATTTACTT-AATAAA
127 TTTTAAAAATTAAGT-A---AGAGATT-TA-AAAAATAAATGTGTTT--TTGAATCAG
* * * * * * *** * *
15824100 TTTAAATAGTTATGACCATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGCTATGAAACTTTTGTTTTA-T
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCT-AACCTTTTG-TTTAGT
* * ** ** * * * * *
15824164 CATAATACAATTGTTTCTGTGCACAAAAGTTTATCTA-AAATAAAATAATACTATTTTATTAATA
64 CATAAAACAATTATTTCAATTTATACAAG-TTATTTAGATA-AAAATAATACTAATTTATTAATA
* ***
15824228 TTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTCAAAAAATAAATCAATTTATTGAATCAG
127 TTTTAAAAA-T--TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTT-TTGAATCAG
* * * * * *
15824282 TTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATT
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
15824328 ATTACCTTCC
Statistics
Matches: 588, Mismatches: 135, Indels: 84
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
174 3 0.01
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184 48 0.08
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187 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (176 bp):
TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCA
TAAAACAATTATTTCAATTTATACAAGTTATTTAGATAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT
AAAAATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTTTGAATCAG
Found at i:15824531 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 15824512--15824540 Score: 58
Period size: 14 Copynumber: 2.1 Consensus size: 14
15824502 AATAAATATG
15824512 TTTACCGTATAAGT
1 TTTACCGTATAAGT
15824526 TTTACCGTATAAGT
1 TTTACCGTATAAGT
15824540 T
1 T
15824541 CAAATAGTTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 15 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.14, G:0.14, T:0.45
Consensus pattern (14 bp):
TTTACCGTATAAGT
Found at i:15824826 original size:181 final size:182
Alignment explanation
Indices: 15824537--15825868 Score: 817
Period size: 181 Copynumber: 7.4 Consensus size: 182
15824527 TTACCGTATA
* * * * *
15824537 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAATTTGTTAT-AGCC-TTTGTTCTA
1 AGTTCAAATAATTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGA-CCTTTTGTTTTA
* * * ** *
15824600 TCATAAAACAATTATTTCTATTCATA-TAAATTTATTTAGAATAAAATAATACTAAATTAATAAT
65 TTATAAAATAATTATTTCTACTCATACTAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAAATTAATAAT
* * * * * *
15824664 ATTTTAAAAATTCATAACTAAGAGATTCAAAAAAATAAATTTGTTTGTCGAACT
130 ATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATT-TAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACC
* * * * * * *
15824718 AGTTTAAATAGTTA-GACTATATGGATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAATTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTAT
* * * * *
15824782 TATAAAATAATTATTTCGACTCAT-CTAAGCTTATTCATAATAAAATAAAACTAATTTTATTAAT
66 TATAAAATAATTATTTCTACTCATACTAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA-ATTAATAAT
* ** * * **
15824846 ATTTCAAAATTTTTTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTT-ATAGAACC
130 ATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCA-AACC
* * * * * * * * * *
15824899 AATTCAAATAATTATAACTATTTGAACATTTATATATTTCAAATTGTTATAATCTTTTGTTCTAA
1 AGTTCAAATAATTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTAT
* * *
15824964 AATAAAATAATTATTTCTATTCATAC-AAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT-AATCTAATAAT
66 TATAAAATAATTATTTCTACTCATACTAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAAAT-TAATAAT
** * * *
15825027 ATTTTGACAATTAATAACTAAGAGATTTAGAAAATAATTTTGTTTGCCAAACC
130 ATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACC
* * * * * * **
15825080 ACTTCAAATAATTAAGGCTATATGAACAATTATCTATTTTCAAATAAGTATGACATTTTACTTTA
1 AGTTCAAATAATTATGACTATATGAACAATTATCTA-TTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTA
* * * ** * * *
15825145 TTGTAAAATAATTTTTTCAACTTTTACTAA-CTTATTC-GAAATAAAATAAT-TTGAATTTATTA
65 TTATAAAATAATTATTTCTACTCATACTAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACT-AAATTAATA
* * * *
15825207 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATGTAAAAAATAATTTTGTTAGCCAAACC
128 ATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACC
* * * * * *
15825262 AGCTT-AAATAATTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTG
1 AG-TTCAAATAATTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTA
* * * * ** ** * * * *
15825326 TCATAAAACAA-AAGTTTTTGTTCATA-TAAATTTGTTCAGAATAAAATAATA-TTATTTATTAA
65 TTATAAAATAATTA-TTTCTACTCATACTAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAAATTAATAA
* * * ** *
15825388 TATCTT-GAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTAAAAAATTAAATCTACTTACCAAACC
129 TAT-TTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAA-TAAATTTGTTTGCCAAACC
* * * * * * * *
15825442 AGTTCAACTAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTAT
1 AGTTCAAATAATTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTAT
* * * * ** * * *
15825507 CATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAC--AGTCTTATTCAGAATAAAGTGATGC--------T-A-
66 TATAAAATAATTATTTCTACTCATACTAAG-CTTATTCAGAATAAAATAATACTAAATTAATAAT
* * ** * * **
15825560 ATTT--AAAATTAATAAGTAATG-GATTTAGAAAATGTATATGTTAGCCTGACC
130 ATTTCAAAAATTAATAACTAA-GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACC
* * * * *
15825611 AGTGCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTC-AATTCATTATGACCTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAATTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATT-ATTATGACCTTTTGTTTT-
* * * * ** * ** * * * * *
15825675 A-CAGAAAATAATTGTTTTTGTTCTTAC-AAGCTTATTTGGATTAACATAATTCTAATTTATTAA
64 ATTATAAAATAATTATTTCTACTCATACTAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAAATTAATAA
* * * * * * * * * *
15825738 TATTCCAAAAATTAACAAGTAAGGGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCGAACA
129 TATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACC
* * * * ** * *
15825792 AGTTCAAATAGTTTTGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAATTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTAT
* *
15825857 CATAAAACAATT
66 TATAAAATAATT
15825869 TTATTTATTT
Statistics
Matches: 898, Mismatches: 207, Indels: 92
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.00
169 116 0.13
170 13 0.01
171 2 0.00
172 1 0.00
173 1 0.00
177 1 0.00
178 1 0.00
179 13 0.01
180 169 0.19
181 320 0.36
182 250 0.28
183 7 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (182 bp):
AGTTCAAATAATTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTAT
TATAAAATAATTATTTCTACTCATACTAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATA
TTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACC
Found at i:15825103 original size:363 final size:361
Alignment explanation
Indices: 15824539--15825427 Score: 942
Period size: 363 Copynumber: 2.5 Consensus size: 361
15824529 ACCGTATAAG
* * * **
15824539 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAATTTGTTATAGCC-TTTGTTCTATCA
1 TTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATA-CCTTTTGTTCTAAAA
* *
15824603 TAAAACAATTATTTCTATTCATATAAATTTATTTAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTT
65 TAAAACAATTATTTCTATTCATACAAACTTATTTAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTT
* * * * * * *
15824668 TAAAAATTCATAACTAAGAGATTCAAAAAAATAAATTTGTTTGTCGAACTAGTTTAAATAGTTAG
130 TAAAAATTAATAACTAAGAGATTCAAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCACTTCAAATAATTAG
* * * * * ** *
15824733 ACTATATGGATAATTATCTA-TTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTATT
195 ACTATATGAACAATTATCTATTTTAAAATAAGTATGACATTTTACTTTATTATAAAATAATTATT
* * *
15824797 TCGACTCAT-CTAAGCTTATTC-ATAATAAAATAAAACT-AATTTTATTAATATTTCAAAATTTT
260 TCAACTCATACTAA-CTTATTCGA-AATAAAAT-AAACTGAA-TTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * *
15824859 TTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATAG-AACCA-A
321 ATAAGTAAGAGATGTAAAAAAT-AATTT-TGT-TAGCAACCAGA
* * *
15824901 TTCAAATAATTATAACTATTTGAACATTTATATATTTCAAATTGTTATAATCTTTTGTTCTAAAA
1 TTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-ACCTTTTGTTCTAAAA
* *
15824966 TAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT-AATCTAATAATATT
65 TAAAACAATTATTTCTATTCATACAAACTTATTTAGAATAAAATAATACTAAAT-TAATAATATT
* * * * *
15825030 TTGACAATTAATAACTAAGAGATT-TAGAAAATAATTTTGTTTGCCAAACCACTTCAAATAATTA
129 TTAAAAATTAATAACTAAGAGATTCAAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCACTTCAAATAATT-
* * * *
15825094 AGGCTATATGAACAATTATCTATTTTCAAATAAGTATGACATTTTACTTTATTGTAAAATAATTT
193 AGACTATATGAACAATTATCTATTTTAAAATAAGTATGACATTTTACTTTATTATAAAATAATTA
** **
15825159 TTTCAACTTTTACTAACTTATTCGAAATAAAATAATTTGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
258 TTTCAACTCATACTAACTTATTCGAAATAAAATAAACTGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
*
15825224 AAGTAAGAGATGTAAAAAATAATTTTGTTAGCCAAACCAGC
323 AAGTAAGAGATGTAAAAAATAATTTTGTTAG-C-AACCAGA
* * ***
15825265 TT-AAATAATTATGAA-TATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTC
1 TTCAAATAATTAT-AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA-TACCTTTTGTTCTAAA
* * * * * * * * * *
15825328 ATAAAACAA-AAGTTTTTGTTCATATAAATTTGTTCAGAATAAAATAATA-TTATTTATTAATAT
64 ATAAAACAATTA-TTTCTATTCATACAAACTTATTTAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATAT
* * * *
15825391 CTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATT-AAAAAATTAAAT
128 TTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTCAAAAAAATAAAT
15825428 CTACTTACCA
Statistics
Matches: 438, Mismatches: 73, Indels: 32
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
360 3 0.01
361 2 0.00
362 122 0.28
363 243 0.55
364 63 0.14
365 5 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (361 bp):
TTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATACCTTTTGTTCTAAAAT
AAAACAATTATTTCTATTCATACAAACTTATTTAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTTT
AAAAATTAATAACTAAGAGATTCAAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCACTTCAAATAATTAGA
CTATATGAACAATTATCTATTTTAAAATAAGTATGACATTTTACTTTATTATAAAATAATTATTT
CAACTCATACTAACTTATTCGAAATAAAATAAACTGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
TAAGAGATGTAAAAAATAATTTTGTTAGCAACCAGA
Found at i:15825988 original size:120 final size:120
Alignment explanation
Indices: 15825775--15826012 Score: 309
Period size: 120 Copynumber: 2.0 Consensus size: 120
15825765 TTAAAAAATG
* * * * * *
15825775 AATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTTTGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCT
1 AATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTACT
* *
15825840 ATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTATTTATTTATACAAGCTTATTTCA
66 ATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATT-TTTATTCATAAAAGCTTATTTCA
* * * *
15825895 AATCTATTTACTAAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-GCTTATTTAAAATTAT
1 AATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTAAAATTAC
* * *
15825959 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAGAACAATTATTTTTGTTCATAAAAGCTTATTT
65 TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATAAAAGCTTATTT
15826013 GGATTAAAAT
Statistics
Matches: 101, Mismatches: 15, Indels: 4
0.84 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
119 1 0.01
120 98 0.97
121 2 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.08, T:0.45
Consensus pattern (120 bp):
AATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTACT
ATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATAAAAGCTTATTTCA
Found at i:15826182 original size:301 final size:301
Alignment explanation
Indices: 15825615--15826182 Score: 685
Period size: 301 Copynumber: 1.9 Consensus size: 301
15825605 CTGACCAGTG
* * *
15825615 CAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAATTCATTATGACCTTTTGTTTTGACAGA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAATTCATTATGACCTTTTGTTTTGACAGA
* * * * *
15825680 AAATAATTGTTTTTGTTCTTACAAGCTTATTTGGATTAACATAATTCTAATTTATTAATATTCCA
66 AAACAATTATTTTTGTTCATAAAAGCTTATTTGGATTAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCA
* ** * * * ** **
15825745 AAAATTAACAAGTAAGGGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTTTGGC
131 AAAATTAACAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATAAC
* ** * **
15825810 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTATTT
196 TATTTGAACAATTATCTATTCCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTATCA
15825875 ATTTATACAAGCTTATTTCAAATCTATTTACTAAATAAATT
261 ATTTATACAAGCTTATTTCAAATCTATTTACTAAATAAATT
* *
15825916 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-GCTTATTTAAAATT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTT-AAATTCATTATGACCTTTTGTTTTGACA
* *
15825979 TAGAACAATTATTTTTGTTCATAAAAGCTTATTTGGATTAAAATAATAT-TAATTTATTAATATT
64 GAAAACAATTATTTTTGTTCATAAAAGCTTATTTGGATTAAAATAAT-TCTAATTTATTAATATT
*** * * * ** * *
15826043 TTGACAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTTTCAAATAAGTTTAAATAGTAA
128 CCAAAAATTAACAAATAAAAGATTT-AAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAA
* * * * *
15826108 TAACTATTTGAATAATTATTTATTCCAAATCATTGTAATCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTGT
192 TAACTATTTGAACAATTATCTATTCCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
15826172 ATCAATTTATA
257 ATCAATTTATA
15826183 TAGGCATATT
Statistics
Matches: 220, Mismatches: 43, Indels: 8
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
300 1 0.00
301 137 0.62
302 82 0.37
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (301 bp):
CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAATTCATTATGACCTTTTGTTTTGACAGA
AAACAATTATTTTTGTTCATAAAAGCTTATTTGGATTAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCA
AAAATTAACAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATAAC
TATTTGAACAATTATCTATTCCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTATCA
ATTTATACAAGCTTATTTCAAATCTATTTACTAAATAAATT
Found at i:15826665 original size:331 final size:331
Alignment explanation
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* * *
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1 ATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAAATAAATATATTTTTCAAACAAGTTAAAATAGTAATAACTA
* * *
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66 TTTGAACAATTATCTATTCCAAATCATTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAAAATTGTATCAATT
* * * *
15826179 TATATAGGCATATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGCAAGA
131 TATAAAGGCATATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAAAATTCCAAAAATTAATGAACAAAA
* * * *
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* * *
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325 TCCAAAG
* * * * *
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1 ATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAAATAAATATATTTTTC-AAACAAGTT-AAAATAGTAATAAC
* * * *
15826442 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTT-TTGTGTGTCATAAACCAATTGTTT
64 TATTTGAACAATTATCTATTCCAAATCATTATAATCTTTTGTT-T-TGTCATAAA-AAATTGTAT
** * **
15826505 CTGTTTATAAATGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAA-TTCATTAAAATTCCAAAAATTAAT-A
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* * * * * *
15826568 ACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCGAGCAAGCTT-AAATATTTATGACTATTTAAAT
190 AC-AAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACAA-ATTCAAATAGTTATAACTATTTAAAT
* * *
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TTTGAACAATTATCTATTCCAAATCATTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAAAATTGTATCAATT
TATAAAGGCATATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAAAATTCCAAAAATTAATGAACAAAA
GATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATCT
ATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTCTTCATAAAACAATAGTTTATGTTCATAAAAGCTTATT
CCAAAG
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15826361 ATAAAAGCTT
* *
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* * *
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* *
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* * * *
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1 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-TCTAAACAAG-TTAAAATA
* * * * *
15826615 TTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGA-TATTTTGTTTCTTCATAAAAC
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* *
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* ** * * * * *
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* * *** * * ** * *
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* * * ** * * *
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*** * * * * * *
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1 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-TCTAAACAAGTTAAAATAG
* * ***
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* * ** ** * * * ** * *
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** * * ** * *
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1 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT--AAATCTATTTTCTAAACAAGTTAAAATA
* * * * * * * * *
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* * * * ** * *
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* * * * * * *
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1 ATTCCA-AAAATTAATAAGTAA--AAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-TCTAAACAAGTTAAAA
* * * *
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62 TAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTATTTTGTGTGTCATAAAA
* * * * * * * *
15827390 TAATTGTTTC-ATTTCATAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAATA-TTACTATATTGAT
126 CAATAGTTTCTATTT-ATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGT-TATTAAA
** * * *** * * * *
15827446 ATTTTAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTAT-TGAATC-AGTTCAAGTA
1 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-TCT-AAACAAGTTAAAATA
* * * *
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64 GTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTA-TTTTGTGTGTCATAAAACA
* * * * * *
15827571 ATTA-TTTTTCA-TCATACAAGCCATT-TT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
128 A-TAGTTTCT-ATTTATACAAG--TTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAAA
* ** * * *
15827625 ATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGA-TT-----AT---T-TATTTATC-AAACTAGTTCAAATAA
1 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-TCTAAACAAGTTAAAATAG
* ** * * *
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* * * * * * * *
15827743 TTA-TTTATGTTCATACAAGCTTATTCTAAGTAAAATAATACTAA-TCTAATAAT
129 -TAGTTTCTATTTATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGT-TATTAAA
* * * * * ** *
15827796 A-T-CATGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGCTTGT-TGAATTAGTTCAAAT
1 ATTCCA--AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTTTCTAAACAAGTTAAAAT
* ** * *
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15827900 TCTTTTTTTT
Statistics
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GTTTCTATTTATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAAA
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*
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1 TAATAATAGATTTAAAAA
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* * * *
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*
15827629 CA-AAAATTAATAAGTAGGAGATTATTTATTTATCAAACT
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*
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* ** * *
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15827796 ATCATGAAAATTAATAAGTAAGAGATT
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15827823 TAAAAAATAA
Statistics
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GAAAATTAATAAGTAAGAGATTATTTATTTATCAAACT
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15827967 ATTAAACCAA
*
15827977 TTCAAATAATTATGA-TATTTAAGTAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTATCA
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* *
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64 TAAAACAATTA-TTTATGTTTATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTATTAAAATT
* * * * *
15828105 TCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTAGAAAATAAAGATGTTTATC-AAATTAGA-TCAAATAGTC
128 T-AACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAAGATG-TTACCTAAA-CAAATTCAAATAATC
* * *
15828168 ATGAATATTTTAATAAATATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTA
190 ATGAATATTTGAATAAATATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTAATAAAAAAATTA
* * * * *
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* * * * *
15828295 AATAATTAAAAGATTTAAAAAAAGAATCTGTTTACTGAATAAATTTAAATA-AT-CTAT-T-TGA
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* ** * ** *
15828356 -TA-TT-GC-TATAACCTTTTATTTTGTCTATAAAATGATT-TTTTTGTTTATACAAGCTTATTT
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*
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507 AATATGTTTAATGAACAAG
** * * *
15828498 TTCAAATCTTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTTTTTGTCAT
1 TTCAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTTTTTATCAT
* * * *
15828563 AAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTACTCGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTA
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* * *
15828628 TACAAATAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATATGTTACCTAAACAAATTCAAATAATCATGA
130 -ACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAAGATGTTACCTAAACAAATTCAAATAATCATGA
* * * * *
15828693 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACATTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTCTC
194 ATATTTGAATAAATATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTAATAAAAAAATTATCTC
* * ** *
15828758 CATTCGCATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGT
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* * ** *
15828823 AAGAGAATTAAAAAATGAATATGTTTACCGAATATGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATT
324 AAAAGAATTAAAAAAAGAATATGTTTACCGAATAAATTCAAATA--TAT-ACTATCT-----ATG
* * *
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381 A-CTATTT---AACA-TATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTCATGTTCATACAAGCT
*
15828953 TATTTCGAATAAAATAATATAAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTACAAATTTAAAAAAT
441 TATTTCGAATAAAATAATATAAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAAT
** *
15829018 AAATATGTTTTCTGAACACG
506 AAATATGTTTAATGAACAAG
* * * * *
15829038 TTCAAATAGTTATGACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTATTTTATCA
1 TTCAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTT-TTTTATCA
* * * * * * * *
15829103 TAAACCATTTTTTTCTATTTATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTC
64 TAAAACAATTATTTATGTTTATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTATTAAAATT-
* * * * * * * *
15829168 TAA-AATTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTAT-TTA-TTGAGCGAGTTCAAAT-AGC
128 TAACAA-TTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAA--GATGTTACCTAAACAAATTCAAATAATC
* * * * * * *
15829229 TAT-ATCTATTTGAATAATTATTTATTTCAAA-CTGTTATAATC-TTTTGTTTTGTTATAAAACA
190 -ATGA-ATATTTGAATAAATATCTATTTCAAATC-ATTATGA-CATTTTGTTTTGTAATAAAAAA
* * * * ** ** *
15829291 ATTGTTTCTATT--CATATGCGTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAAT
251 ATTATCTCCATTAGCATAAGATTATTTGAAATAAAATAATACTAAGCTATTAATATTCCAAAAAT
* * ** ** * * * **
15829354 TAATGAGTAAGAGAA-GCAAAAAATTATTTGTTTACCAAACATGTTCAAATAGCTATGACTACCT
316 TAATAAGTAAAAGAATTAAAAAAAGAATATGTTTACCGAATAAATTCAAATA--TAT-ACTA--T
* * ** * * *
15829418 GAACAATTATCCGTTTCAAAACATTATATAACCGTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGGTTC-TGT
376 ---CTATGA-CTATTT---AAC---ATATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGG-TCATGT
* * * * *
15829482 TCA-AGCAAGCTTATTTCAAATAAAAAAATATAAATTTATTAATATTTGAAAAAATAATAAATAA
430 TCATA-CAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATAAA-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* ** * *
15829546 AATTTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAACACG
493 AAATTTAAAAAATAAATATGTTTAATGAACAAG
* * * * * * * *
15829579 TTTAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAC-TTTT-TTTTATCA
** ** * * * * ** *
15829644 TAACCCAATCGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTC-GAAAAAAATGATACTAATTTATTAAAATTC
64 TAAAACAATTATTTATGTTTATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTATTAAAATT-
* * * * ** ** * * *
15829708 CAAAAATTAATAGGTAAAAGATTTAAAAAAAGTAAATTTGTTTACC-AAGTAAGTTCAAATAGTT
128 TAACAATTAATAAGTAAAAAATTT-AAAAAA-TAAAGATG-TTACCTAAACAAATTCAAATAATC
* * * * * * ** **
15829772 ATGACTCTTTGAACAATTATTTATTTCAAA-CTGTTATGATC-TTTTGTTTTGTTCTAAACTAAT
190 ATGAATATTTGAATAAATATCTATTTCAAATC-ATTATGA-CATTTTGTTTTGTAATAAAAAAAT
* * * * ** * ** *
15829835 TGTTTCTATTCA-TATAATTTTATTTGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAA-ATTCTAAAAATT
253 TATCTCCATT-AGCATAAGATTATTTGAAATAAAATAATACTAAGCTATTAATATTCCAAAAATT
*** * * ** * * *
15829898 AATAAGTTGGAG-ATTAAAAATAA-AATTTTGTTCACTAAACAAGTTCAAATAATCATGTTCATT
317 AATAAGTAAAAGAATTAAAAA-AAGAA-TATGTTTACCGAATAAATTCAAAT-AT-A---T-A-C
* * * * * * **
15829961 TGAGCTATTATCTATTTCAAATAGTTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTAT-T
373 T-ATCTATGA-CTATTT--AACA--TATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATT-GGTC-ATGT
* ** * *
15830025 T-ATAAAAAATTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---
430 TCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATA-TAAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* ** * * *
15830085 AGATTTAAAAACCAAATCTATTT-ATCAAACCAA-
493 AAATTTAAAAAATAAATATGTTTAAT-GAA-CAAG
* * * * * ** * *
15830118 TTCAAATAGTTATGACTATTTCAACAATTATCTATCTC-AATCATTATGATCTTTATTTTGTCAT
1 TTCAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTTTTTATCAT
* * * * * * * * *
15830182 AAAACAATTACTTCTATTCATACAATCTTATTCGAAGTAAAATATTGCTAA---ATT--AA--T-
65 AAAACAATTATTTATGTTTATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTA
** ** * * * * *
15830239 --AA-T-AT---TCTAAAA-TTAAAAAATAAATG-TGTT-TGTCGAACCAATTCAAATAGTTAAG
130 ACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAA-GATGTTACCT-AAACAAATTCAAATAATCATG
* * * * * * * * * * *
15830294 ACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTATTCTAACTTTTTGTTTAGTCATAAAATAATT-T-T
193 AATATTTGAATAAATATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTAATAAAAAAATTATCT
* * ** *
15830357 --TTTAGTTCATACATGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATT-C-AAAA--AA
258 CCATTAG--CATA-A-GATTATTTGAAATAAAATAATACTAAGCTATTAATATTCCAAAAATTAA
* ** * *
15830416 T---TAAAA-AA--AAAAAATA-AATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
319 TAAGTAAAAGAATTAAAAAA-AGAATATGTTTACCGAATAAATTCAAATA--TAT-ACTA--T--
* * * * * * * **
15830474 ATAATTATCTATTTGTAAGAAGTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACGATT-GTTTTAGTTCAT
376 CT-ATGA-CTA-TT-TAA-CA-TATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTCAT-GTTCAT
* * * ** * *
15830538 AAAAGCTTA-TTAGAAATAGAATAATATTACTTTATTAATATTTCAATAATTGAA-AAGTTAAAG
434 ACAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATA-TAAATTATTAATATTTCAAAAATT-AATAAG-TAAAA
* * *
15830601 ATTTAAAAAATAAGTCA-GTTT-ATCAA-ATCAC
495 ATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTAATGAACA--AG
* * * * *
15830632 TTCAAATAATTATG-GTCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTACGAACTTTTGTTTTATC
1 TTCAAATAATTATGACT-ATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATG-ACTTTT-TTTTATC
* * **** * * * * *
15830696 ATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
63 ATAAAACAATTATTTATGTTTATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTATTAAAATT
* * * * * * *
15830761 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AA-AT-CTA-TTTATCAAA-TC-AAT--T--T
128 T-AACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAAGATGTTACCTAAACAAATTCAAATAATCAT
* * * * * * * * * *
15830816 --CTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTT-TTTCTATTATAAAATAATTGT
192 GAATATTTGAATAAATATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTT-TGTAATAAAAAAATTAT
* * * * * * ** * * *
15830878 TTCAATTCA-TATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAGTAATTTAATAGTATTCCAAAAATTGAT
256 CTCCATT-AGCATAAGATTATTTGAAATAAAATAATACTAAGCTATTAATATTCCAAAAATTAAT
* * ** ** *
15830942 AACT--AAGATTTAAAAAATA-AATCCGTTGGCCGAAGT-AGTTCAAATAATTAAGATTA-TATG
320 AAGTAAAAGAATTAAAAAA-AGAATATGTTTACCGAA-TAAATTCAAAT-A-T---A-TACTAT-
* * * ** * * * * ** *
15831002 AATAATTATCTATTTATAAAAATTATGGCCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTTGATCAT
376 -CT-ATGA-CTA-TT-T-AACA-TATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTCATGTTCAT
* * * * *
15831067 TCAAGCCTA-TTCAGAATAAAATAATACT-AATTCATTAATCTTTCAAAAAGTAATAAATAAGAA
434 ACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATA-TAAATT-ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AA
* ** *
15831130 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACTAG
495 ATTTAAAAAATAAATATGTTTAATGAACAAG
* * * * * ** * ** * * * *
15831161 TTCGAAT-A-TATAACTATTTGAACAATTGTAAACCTT-AAATCATTATAACCTTTTGTTATGTA
1 TTCAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATTTA-TTTCAAATTGTTATGA-CTTTT-TTTTATC
* * ** * * * * *
15831223 ATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAATATAATAATATT
63 ATAAAACAATTATTTATGTTTATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTATTAAAATT
* * ** ** * * * *
15831288 CTGAA-AATTAATAACTAAAAGCA-TTAAAAAATAACTTTAT-TTGTC-GAACCAGTTCAAATAT
128 -T-AACAATTAATAAGTAAAA-AATTTAAAAAATAA--AGATGTTACCTAAACAAATTCAAATAA
* * * * * * * * * *
15831349 TTAAGACTATAT-AACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTTTTCATAAAATAAG
188 TCATGAATATTTGAATAAATATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTAATAAAA-AA-
* * * ** * * * * ** *
15831413 TTTTTTTTGATT-TCATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAA
251 ATTATCTCCATTAGCATA--AGATTATTTGAAATAAAATAATACT-AAGCTATTAATATTCCAAA
* * * * * * ** * *
15831476 AATTAATAAGTAAGAG-ATTTAAAAAATAATTTCATTTACCTAACCAGTTTAAATAATTATGACT
313 AATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAAAGAATAT-GTTTACCGAATAAATTCAAAT-A-TAT-AC-
* * ** * * * * * **
15831540 GTTTGAACAATTGTTTATTTCAAATCATTATGACCTTTCATTTTGTCATAAAAGAAATGTTTTTG
373 ---T-ATCTA-TGACTATTT--AA-CA-TATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTCATG
* * * * *
15831605 TTCATATAAGTTTGTTT-GAAATACAGTAATACT-AATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-
429 TTCATACAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATA-TAAAT-TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * *
15831667 --AGATTTAAAATATAAATCTATTT-ATCAA-ATGAG
491 AAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTAATGAACA--AG
* * ** * * *
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1 TTCAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTT-TT-TTTTATCA
* * * * * * * *
15831765 TAAAATAATTTTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATGCTAATTTATTTATATTT
64 TAAAACAATTATTTATGTTTATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTATTAAAATTT
* * *
15831830 CAACAATTAATAAGTAAAAAAATTT-AAAAATAAATATGTTTA-CTAAACTAGA-TCAAATAGTC
129 -AACAATTAATAAGT-AAAAAATTTAAAAAATAAAGATG-TTACCTAAAC-AAATTCAAATAATC
* * * * *
15831892 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTA
190 ATGAATATTTGAATAAATATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTAATAAAAAAATTA
* * * * * * *** *
15831957 T-TTCAGTTCA-TATAAGCTTATTTAAAATAAAATAACACTAAGTTATTAATATTATGAATATTA
255 TCTCCA-TT-AGCATAAGATTATTTGAAATAAAATAATACTAAGCTATTAATATTCCAAAAATTA
* * * * * * * * * *
15832020 ATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATGAATCTGTTTATCGAACAAGTTGAAATAATTATTCAAT-AAT
318 ATAAGTAA-AAGAATTAAAAAAAGAATATGTTTACCGAATAAATTCAAAT-A-TATACTATCTAT
* * * ** ** *
15832083 TATCTTTTTGAA-ATTGCTATAACC--TT-TTTTATCATAAAATGATTTTTC-TATTCATACAAG
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* * * * *
15832143 CTTATTTCGAATAAAATAATACAAATTTATTAACATAAT-GACAATTAATAAGTAGAAAATTT-A
439 CTTATTTCGAATAAAATAATATAAA-TTATTAATAT-TTCAAAAATTAATAAGTA-AAAATTTAA
* **
15832206 AAAATAAATCTGTTTACCGAACAAG
501 AAAATAAATATGTTTAATGAACAAG
* * * *
15832231 TTCAAAT-CTTATGACTATTTGAACAATTA-TTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAC-TTTT-TTTTATCA
* * ** ** * * **
15832294 TAAAACAATTGTTTTTGTTCCTACAAGCTTATTCAAATTACAATAATATTAATTTATTAATTTTT
64 TAAAACAATTATTTATGTTTATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTATTAA-AATT
* * * * * ** * * * *
15832359 TGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAACAGATAAATATGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTCTTG
128 TAACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAAGATGTTACCTAAACAAATTCAAATAATCATG
* * * * * * * *
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193 AATATTTGAATAAATATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTAATAAAAAAATTATCT
* * * * * ***
15832488 TCAGTTCA-TATAAGCTTATTTGAAATAAAAATATTATTATTTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
258 CCA-TT-AGCATAAGATTATTTGAAAT-AAAATAATACTAAGCTATTAATATTCCAAAAATTAAT
* * ** * * * * * *
15832552 AAATAAGAGAATTAAAAATTGAATCTATTTACCAAACATATTCAAATACTTATGACTATTTGAAT
320 AAGTAAAAGAATTAAAAAAAGAATATGTTTACCGAATAAATTCAAATA--TAT-ACTA--T--CT
* * * * * * *
15832617 AATTATCTATTTCAAAATGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGGTTCTAT-TT-ATG
378 -ATGA-CTATTT-AACA---TATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGG-TC-ATGTTCATA
* *
15832680 CAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAAAATTT
435 CAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATAAA-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTT
* ** *
15832745 AAAAATTAAATATGTTTTCTGAACACG
499 AAAAAATAAATATGTTTAATGAACAAG
* * * * *
15832772 TTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTT-TTTTATCA
* ** * * * * * *
15832837 TAAACCAATTGCTTCTATTCAT-CAAAGCTTATTTGGAATAAAATAAAACTAATTTATTAAAATT
64 TAAAACAATTATTTATGTTTATAC-AAGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTATTAAAATT
* * ** * * * * *
15832901 CTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC-AAGCGAGTTCAAATAGTTA
128 -TAACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAAGATG-TTACCTAAACAAATTCAAATAATCA
* * * * ** * * *
15832965 TGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGCTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG
191 TGAATATTTGAATAAATATCTATTTCAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTAATAAAAAAATTA
* * * ** *
15833029 TTTTCATT--CATATAAATTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTA
255 TCTCCATTAGCATA-AGA-TTATTTGAAATAAAATAATACTAAGCTATTAATATTCCAAAAATTA
15833092 AT
318 AT
15833094 GAGTTGGAGA
Statistics
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506 1 0.00
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508 1 0.00
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Consensus pattern (525 bp):
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AAACAATTATTTATGTTTATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTAA
CAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAAGATGTTACCTAAACAAATTCAAATAATCATGAAT
ATTTGAATAAATATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTAATAAAAAAATTATCTCCA
TTAGCATAAGATTATTTGAAATAAAATAATACTAAGCTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
AAGAATTAAAAAAAGAATATGTTTACCGAATAAATTCAAATATATACTATCTATGACTATTTAAC
ATATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTCATGTTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAAT
AATATAAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTAATGA
ACAAG
Found at i:15829715 original size:361 final size:358
Alignment explanation
Indices: 15828405--15834019 Score: 3220
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15828395 TTTGTTTATA
**
15828405 CAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TTAAGACAATTAATAAGTAAAAGA
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* ** * *
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* * * * *
15828533 TTTAAATTGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTACTCG
127 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-
** * *
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* *
15828660 ATATG-TTACCTAAACAAATTCAAATA-ATCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
252 ATATGTTTACC-AAACAAGTTCAAATAGAT-ATGACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * *
15828723 TGT-GACATTTTGTTTTGTAATAAAAC-AATTGTCTCCATTC--G
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* * * *
15828764 CATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGA
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* * * * * *
15828829 ATTAAAAAATGAATATGTTTACCGAATATGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTAT
63 TTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACA-GTTCAAATAGTTAAGACTATTTAAACAATTATCTAT
*** * * *
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* * *
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190 CGAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA-AAATTTAAAAAATAAAT
* ** * * *
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* * * ** * *
15829087 AT--CTTTTATTTTATCATAAACCATTTTTTTCTATTTATA-
318 ATACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATTGTTCTATTCA-AG
* * *
15829126 AAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCTAAAATTTAATAAGTAAAAGAT
1 CAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
* * * * * * * * *
15829190 TTAAAAAATAAATCTATTTATTGAGCGAGTTCAAATAGCTATA-TCTATTTGAATAATTATTTAT
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* * * * * * *
15829254 TTCAAACTGTTATAATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCAT--ATGCGTATTTG
127 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCG
* * *** *
15829317 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAAGCAAAAAAT-TAT
192 AAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTAAAAAATAAAT
* * * * * ** *
15829381 TTGTTTACCAAACATGTTCAAATAGCTATGACTACCTGAACAATTATCCGTTTCAAAACATTATA
254 ATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGATATGACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATA
* * *
15829446 TAACCGTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGGTTCTGTTCAAG
319 T-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATTGTTCTATTCAAG
* * * *
15829487 CAAGCTTATTTCAAATAAAAAAATA-TAAATTTATTAATATTTGAAAAAATAATAAATAAAA-TT
1 CAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGAT
* * * *
15829550 TTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAACACGTTTAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATT
64 TTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACA-GTTCAAATAGTTAAGACTATTTAAACAATTATCTATT
* * ** * *
15829615 TTAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAACCCAATCGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCGA
128 TCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA
* * *
15829680 AAAAAATGATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAGGTAAAAGATTTAAAAAAAGTAAAT
193 AAAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-AAA-ATTT-AAAAAA-TAAAT
* ** * * *
15829745 TTGTTTACCAAGTAAGTTCAAATAGTTATGACT-CTTTGAACAATTATTTATTTCAAA-C-TGT-
254 ATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGATATGACTAC-TTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT-TA
* *
15829806 TATGATCTTTTGTTTTGTTC-T-AAACTAATTGTTTCTATTCATA-
317 TAT-ACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAAATTG-TTCTATTCA-AG
* ** * * ***
15829849 TAATTTTATTTGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAA-ATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGA-T
1 CAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
* * * * * * * * * *
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* * * * * * * **
15829975 TTTCAAATAGTTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTTATAAAAAATTATTC
126 TTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
* * * ** *
15830040 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AGATTTAAAAACCAAATC
191 GAAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAATTTAAAAAATAAATA
* * * * * * *
15830103 TATTTATCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTCAACAATTATCTATCTC-AATCATTATG
255 TGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGATATGACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT-
* *
15830166 AT--C-TTTATTTTGTCATAAAAC-AATTACTTCTATTCATA-
318 ATACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATT-GTTCTATTCA-AG
* * * * **
15830204 CAATCTTA-TTCGAAGTAAAATATTGCTAA---ATT-A-A--T---AA-T-AT-TCT-AAA-A-T
1 CAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
* * *
15830252 TAAAAAATAAATGTGTTT-GTCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAACAATTATCTAT
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* * * * * * * * *
15830315 TTCAAATTATTCTAACTTTTTGTTTAGTCATAAAATAATT-TTTTTAGTTCATACATGCTTATTT
127 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC
* * *
15830379 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATT-CAAAAA--ATTAA--AAAA---AAAAAATAAATC
191 GAAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAATTTAAAAAATAAATA
* * * ** ** * *
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* * *
15830500 ACCTTTTGTTTTATCATAAAAC-GATTGTTTTAGTTCATA-
320 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATTGTTCTA-TTCA-AG
* ** * * * * *
15830539 AAAGCTTATTAGAAATAGAATAATATTACTTTATTAATATTTCAATAATTGAA-AAGTTAAAGAT
1 CAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATT-AATAAGTAAAAGAT
* * * * * *
15830603 TTAAAAAATAAGTCA-GTTTA-TCAAATCACTTCAAATAATTATG-GTCATTTAAACAATTATCT
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* * * * * * *
15830665 ATTTCAAATCGTTACGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCA-ACATACAAGCCTAT
125 ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTAT
* * *
15830729 TCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
189 TC-GAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTAAAAAATA
* * * * * *
15830794 AATCTATTTATC--A-AA--TC-AAT---T-T--CTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATT
251 AATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGATATGACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * *
15830847 ATA-ACCTTTT-TTTCTATTATAAAA-TAATTGTTTCAATTCATA-
316 ATATACCTTTTGTTT-TGTCATAAAACAAATTG-TTCTATTCA-AG
* ** * * * * * *
15830889 TAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAGTAATTTAATAGTATTCCAAAAATTGATAACT--AAGATT
1 CAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
** ** * * * * * * *
15830952 TAAAAAATAAATCCGTTGGCCGAAGTAGTTCAAATAATTAAGATTATATGAATAATTATCTATTT
65 TAAAAAATAAATATGTTTACTGAA-CAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTAAACAATTATCTATTT
*** * * * * * *
15831017 -ATAAAAATTATGGCCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTTGA-TCATTCAAGCCTATTCA
129 CA-AATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTC-
* * * * * *
15831080 GAATAAAATAATACTAATTCATTAATCTTTCAAAAAGTAATAAATAAGAAATTTAAAAAATAAAT
191 GAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-A-AAATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * ** *
15831145 TTGTTTACCGAACTAGTTCGAAT--ATATAACTATTTGAACAATTGTAAACCTT-AAATCATTAT
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* * *
15831207 A-ACCTTTTGTTATGTAATAAAACAATTATT-TT-TGTTCATA-
318 ATACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA--ATTGTTCTATTCA-AG
* * * * *
15831247 CAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAACACTAATATAATAATATTCTGAAAATTAATAACTAAAAGCA
1 CAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAG-A
* * * * * *
15831311 -TTAAAAAATAACTTTATTT-GTCGAACCAGTTCAAATATTTAAGACTATAT-AACAATTATCTA
63 TTTAAAAAATAAATATGTTTACT-GAA-CAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTAAACAATTATCTA
** * * * * * *
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* * * *
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188 -TTCGAAAAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTAAAAAA
* * * * * ** * * *
15831502 T-AATTTCATTTACCTAACCAGTTTAAATA-ATTATGACTGTTTGAACAATTGTTTATTTCAAAT
249 TAAATAT-GTTTACCAAACAAGTTCAAATAGA-TATGACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
* ** * * *
15831565 CATTAT-GACCTTTCATTTTGTCATAAAAGAAA-TGTTTTTGTTCATA-
312 CATTATATACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATTG-TTCTATTCA-AG
* * * * * * *
15831611 TAAGTTTGTTTGAAATACAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATT
1 CAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATT
* * * * * * * * *
15831672 TAAAATATAAATCTATTTA-TCAAATGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATT
65 TAAAAAATAAATATGTTTACT-GAA-CAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTAAACAATTATCTATT
* * * * *
15831736 TCAAATAGTTATGA-CTTGTTGTTTTGTTATAAAATAATTTTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCA
128 TCAAATTGTTATGACCTT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-
** * * * *
15831800 GATTAAAATAATGCTAATTTATTTATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAAATTT-AAAAATAAA
191 GAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT---AAAATTTAAAAAATAAA
* * * * *
15831864 TATGTTTACTAAACTAGATCAAATAG-TCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTA
253 TATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGAT-ATGACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTA
* *
15831928 T-GACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAATTATT-TCAGTTCATA-
317 TATACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATTGTTCT-A-TTCA-AG
* * * * * *
15831969 TAAGCTTATTTAAAATAAAATAACACTAAGTTATTAATATTATGAATATTAATAAGTAAGAA-AT
1 CAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAA-AAGAT
* * * * * * *
15832033 TTAAAAAATGAATCTGTTTA-TCGAACAAGTT-GAA-A--T-A-ATTA-TTCAATAATTATCTTT
64 TTAAAAAATAAATATGTTTACT-GAAC-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTTAAACAATTATCTAT
* * * * **
15832090 TTGAAATTGCTATAACC--TT-TTTTATCATAAAATGATT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTC
127 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTC
* * * **** *
15832151 GAATAAAATAATACAAATTTATTAACATAATGACAATTAATAAGTAGAAAATTT-AAAAATAAAT
191 GAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT--AAAATTTAAAAAATAAAT
* * ** * * **
15832215 CTGTTTACCGAACAAGTTCAAAT-CTTATGACTATTTGAACAATTAT-TATTTCAAATTGTTAT-
254 ATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGATATGACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATA
* * * * *
15832277 GACTTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTTGTTCCTA-
319 TACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATTG-TTCTATT-CAAG
* * * * *
15832317 CAAGCTTA-TTCAAATTACAATAATATTAATTTATTAATTTTTTGACAATTAATAAGTAAAAGAT
1 CAAGCTTATTTCAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTTAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
* * * * * *
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64 TTAAAAAATAAATATGTTTACTGAAC-AGTTCAAATAGT-TAAGACTATTTAAACAATTATCTAT
* ** * *
15832445 TTTAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTG-CAATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATT
127 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT
* * * * * * * *
15832508 TGAAATAAAAATATTATTATTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAATAAGAGAATTAAAAATTG
190 CG-AA-AAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTAAAAAATA
* * ** *
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251 AATATGTTTACCAAACA-AGTTCAAATAGATATGACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * *
15832635 GT-TATGACATTTTGTTTTGTCATAAAA-TAATTGGTTCTATTTATG
315 -TATAT-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATT-GTTCTATTCAAG
**
15832680 CAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAAA-AT
1 CAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGAT
* * * * * * *
15832743 TTAAAAATTAAATATGTTTTCTGAACACGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATT
64 TTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACA-GTTCAAATAGTTAAGACTATTTAAACAATTATCTATT
* * * *
15832808 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGCTTCTATTCAT-CAAAGCTTATTTG
128 TCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-AAGCTTA-TTC
* * * *
15832872 GAATAAAATAAAACTAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
191 GAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-AAA-ATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * **
15832937 CTGTTTACCAAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGCTATG
254 ATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGATATGACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT-
* *
15833002 AT--CTTTTGTTTTGTCATAAAA-TAATTGTTTTCATTCATA-
318 ATACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATTGTTCT-ATTCA-AG
* ** * * ***
15833041 TAAATTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTTGGAGATT
1 CAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
* * ** * ** * * * * *
15833106 TAAAAAATAAATTTGTTCACCAAACAAGTTTAAATAGCCATA-TCCATTTGAGCATTTATCTATT
65 TAAAAAATAAATATGTTTACTGAAC-AGTTCAAATAGTTA-AGACTATTTAAACAATTATCTATT
** **
15833170 TCAAATTGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTC-A--CA-A-AA--TTATTTAA
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* * * * *
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* * * * * * * * * **
15833290 TTTTATCAAACCAA-TGCTAATGGTTATGATTA-TATGAACAATTATCTATCTCAAATTGTTATG
256 GTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGATATGACTACT-TGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT-
*
15833353 AT--C-TTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTATATTCATA-
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* ** * * * * *
15833391 CAAGCTTATTTGAAGCAAAATATTGCTAAATTAATAGTATTCTAAAAATTAATAAG----AGATT
1 CAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
* ** * *
15833452 TAAAAAA-AAATTTGTTTGTTGAACCAATTCAAATAATTAAGACTA-TTAGAA-AATTATCTA--
65 TAAAAAATAAATATGTTTACTGAA-CAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTA-AACAATTATCTATT
* * * * * *
15833512 T--AATCGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAAGTT-TTT-TAGTTCATACATGCTTATTT
128 TCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC
* * **
15833573 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAACAACAAATTTAAAAAA-AAA
191 GAAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-AAGTA-AAATTTAAAAAATAAA
* * * * *
15833637 T-TCGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAT-AGCTATTTGAACAATTATCTATTTAAAAT-A-A
253 TAT-GTTTACCAAACAAGTTCAAATAGATATGA-CTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATT
* *
15833698 ATATGACCTTTTGTTTTATCATGAAAC-AATTGGTTC-AGTTCATA-
316 ATAT-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATT-GTTCTA-TTCA-AG
* * * * * * * * * *
15833742 AAAGCCTATATGAAATAAAACAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGATAAGTTAGAGATT
1 CAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
* * * * * * *
15833807 TAAAAAATAAGTCA-GTTTA-TCAA-ATTGGTTCAAATAATTATGACCATTTGAATAATTATCTA
65 TAAAAAATAAAT-ATGTTTACTGAACA---GTTCAAATAGTTAAGACTATTTAAACAATTATCTA
** * * *
15833869 TTTCAAATTGTTACAAACTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGGC-TAT
126 TTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAA-GCTTAT
* * * *
15833932 TCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAT
189 TC-GAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTT-AAAAAAT
* * * *
15833997 AAATTTATTTACCGAACTAGTTC
250 AAATATGTTTACCAAACAAGTTC
15834020 CTATTTGAAT
Statistics
Matches: 4162, Mismatches: 787, Indels: 610
0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
332 3 0.00
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AATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAAA
AAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTA
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TGTTTTGTCATAAAACAAATTGTTCTATTCAAG
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Alignment explanation
Indices: 15828366--15837874 Score: 4955
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* ** * * *
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* *
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* ** * * * *
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* * * * * *
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189 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTAT
* * *
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* * * * *
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* * * * ** *
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* * * * * * ** *
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* * ** *
15828856 ATGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAA-ACATTATGACCTTTTGTTTT
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* * * *
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* * * ** *
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* *
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* * * * * * * * *
15829087 ATCTTTTATTTTATCATAAACCATTTTTTTCTATTTATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
* * * * * * *
15829152 TAATTTATTAAAATTCTAAAATTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-TCTATTTATTGAGC
66 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA-AAATTTTGTTTACTAAAC
* ** * * * *
15829216 GAGTTCAAATAGCTAT-ATCTATTTGAATAATTATTTATTTCAAACT-GTTATAATCTTTTGTTT
130 AAGTTCAAATAATTATGA-CTATTTG-ACAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGACCTTTTGTTT
* * * *
15829279 TGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCAT--ATGCGTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
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* * *** * *
15829342 TA-TTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAAGCAAAAAAT-TATTTGTTTACCAAACATGTTCAAATA
256 TATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATA
* ** ** * * *
15829405 GCTATGACTACCTGAACAATTATCCGTTTCAAAACATTATATA
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* * * * * *
15829448 ACCGTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGGTTCTGTTCA-AGCAAGCTTATTTCAAATAAAAAAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
* * * * *
15829512 -TAAATTTATTAATATT-TGAAAAAATAATAAATAAAA-TTTTAAAAAATAAA-TATGTTTTCTA
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* * * * * * *
15829573 AACACGTTTAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATGACTTTTTGTT
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** * * * *
15829638 TTGTCATAACCCAATCGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCGAAAAAAATGATACTAATTTATTAA
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* * * **
15829703 AATTCCAAAAATTAATAGGTAAAAGATTTAAAAAAAGTAAATTTGTTTACCAAGTAAGTTCAAAT
256 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAA-TAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAAT
* *
15829768 AGTTATGACTCTTTGAACAATTATTTATTTCAAA-CTGTTATG
319 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-GTTATG
* * **
15829810 ATCTTTTGTTTTGTTC-T-AAACTAATTGTTTCTATTCATATAATTTTATTTGAAATAAAATAAT
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* *** *
15829873 GCTAATTTATTAA-ATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGA-TTAAAAATAAAATTTTGTTCACTAA
64 ACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-AAAATTTTGTTTACTAA
* * * * *
15829936 ACAAGTTCAAATAATCATG-TTCATTTGAGCTATTATCTATTTCAAATAGTTATAACATTTTGTT
128 ACAAGTTCAAATAATTATGACT-ATTTGA-CAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTT
* * * * ** *
15830000 TTGTCATAAAATAATTATTTCTATTTATAAAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
191 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTA
** * * *
15830065 ATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAACCAAATCTATTTATCAAACCAA-TTCAAAT
255 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAA-CAAGTTCAAAT
* * *
15830125 AGTTATGACTATTTCAACAATTATCTATCTC-AATCATTATG
319 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * ** * * * * *
15830166 ATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTACTTCTATTCATACAATCTTATTCGAAGTAAAATATTGC
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
* * * * * *
15830230 TAAATTAATAATATTCT-AAAA-T--T-A--AAAA-A--T------AAA-TGTGTTTGTCGAACC
66 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAAAATTTTGTTT-ACTAAAC
* * * * * * * *
15830278 AA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTAT-TT-CAAATTA-TTCTAACTTTTTGTT
130 AAGTTCAAATAATTATGACTATTTG-ACAA-T-TATCTATTTCAAA-TAGTTATGACCTTTTGTT
* * * * *
15830339 TAGTCATAAAATAATT-TTTTTAGTTCATACATGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATT
191 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATACTAATTTATT
* * * *
15830403 AACA-TTC-AAAA--AAT---TAAAA-A--AAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAAT
254 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAAT
* * *
15830458 AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTGTAAGA-AG-TATG
319 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-CAA-ATCGTTATG
* * * * *
15830500 ACCTTTTGTTTTATCATAAAACGATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATTAGAAATAGAATAATA
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* * * * * * **
15830564 TTACTTTATTAATATT-TCAATAATTGAA-AAGTTAAAGATTTAAAAAATAAGTCAGTTTA-TCA
65 CTAATTTATTAATATTCT-AAAAATT-AATAAGTAAAAGATTTAAAAAAAAATTTTGTTTACT-A
* * * * * *
15830626 AATC-ACTTCAAATAATTATG-GTCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTACGAACTTTTG
127 AA-CAAGTTCAAATAATTATGACT-ATTT-GACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTG
* * * * *
15830689 TTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCA-ACATACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTA
189 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTA
* * * *
15830753 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC--A-AA--TC--
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* * *
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* * * * * *
15830850 ACCTTTT-TTTCTATTATAAAATAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATA
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* * * * * * ** ** **
15830914 GTAATTTAATAGTATTCCAAAAATTGATAACT--AAGATTTAAAAAATAAA-TCCGTTGGCCGAA
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** * * * * * * *
15830976 GTAGTTCAAATAATTAAGATTATATGAATAATTATCTATTT-ATAAAAATTATGGCCTTTTGTTT
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* * * * * *
15831040 GGTCATATAACAATTGTTTTTGA-TCATTCAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACTAATTCATTA
192 TGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * *
15831104 ATCTTTCAAAAAGTAATAAATAAGAA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACTAGTTCGAAT
255 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAAT
* * ** * * *
15831168 A--TATAACTATTTGAACAATTGTAAACCTT-AAATCATTATA
319 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATG
* * * * * ** *
15831208 ACCTTTTGTTATGTAATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACAC
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
* * * * * * * * *
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66 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAG-ATTTAAAAAAAAATTTTGTTTACT-AAA
* * * * * *
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129 CAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * * *
15831400 TTCATAAAATAAGTTTTTTTTGATTTCATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTAT
193 GTCATAAAACAA-TTGTTTCT-A-TTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATACT-AATTTAT
* * * * *
15831464 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTCATTTACCTAACCAGTTTAA
253 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTT-GTTTACCAAACAAGTTCAA
* * * * *
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317 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
** * * * * * * * * *
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1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
* * * *
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66 TAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA-AAAAATTTTGTTTACT-AA
** * *
15831695 ATGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATAGTTATGA-CTTGTTGTT
128 ACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGA-CAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTT-TTGTT
* * * * * * *
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191 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * *
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255 ATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAAT
* *
15831888 AGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
319 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * * *
15831930 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTC-AGTTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAACA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
* * * * * * *
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65 CTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAA-AAATTTTGTTTACT-A
* * * * * * * *
15832056 AACAAGTTGAAATAATTAT-TC-A----ATAATTATCTTTTTGAAATTGCTATAACC--TT-TTT
127 AACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTT
* ** *
15832112 TATCATAAAATGATT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACAAATTTATTAA
192 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * *
15832176 CATAAT-GACAATTAATAAGTAGAAA-ATTT-AAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAAT
256 TAT-TTCAAAAATTAATAAGTA-AAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAAT
* *
15832238 -CTTATGACTATTTGAACAATTAT-TATTTCAAATTGTTATG
319 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * * * *
15832278 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCCTACAAGCTTA-TTCAAATTACAATAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAA-TAAAATAATA
* * * * * * * * * *
15832342 TTAATTTATTAATTTTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAACAGATAAA-TATGTTTTCTGAA
65 CTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA-AAAAAAATTTTGTTTACTAAA
* * * *
15832406 CAAGTTCAAATAGTCT-TGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCA-TTGTGACCTTTTGTT
129 CAAGTTCAAATAAT-TATGACTATTTG-ACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTT
* * * * *
15832469 TTG-CAATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAAATATTATTATTTTA
191 TTGTC-ATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCG-AAT-AAAATAATACTAATTTA
* * * * * * * *
15832532 TTAATATTCCAAAAATTAATAAATAAGAGAATTAAAAATTGAATCTATTTACCAAACATA-TTCA
252 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACA-AGTTCA
* *
15832596 AATACTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAAT-GTTATG
316 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCGTTATG
* * * * *
15832641 ACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGGTTCTATTTATGCAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATA
* * * *
15832705 -TAAATTTATTAATATT-TGAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAATTAAA-TATGTTTTCTG
65 CT-AATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-AAAATTTTGTTTACTA
* * * *
15832766 AACACGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
127 AACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTG-ACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTT
* * * *
15832831 TTGTCATAAACCAATTGCTTCTATTCAT-CAAAGCTTATTTGGAATAAAATAAAACTAATTTATT
191 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-AAGCTTA-TTCGAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * *
15832895 AA-AATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAGCGAGTTCAAA
254 AATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAA
* *
15832959 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGCTATG
318 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * **
15833002 ATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TCATTCATATAAATTTATTTGAAATAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
* *** * *
15833066 CTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTTGGAGATTTAAAAAATAAA-TTTGTTCACCAAA
65 CTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA-AAATTTTGTTTACTAAA
* *** * * * **
15833130 CAAGTTTAAATAGCCAT-ATCCATTTGAGCATTTATCTATTTCAAATTGTTATGATATTTTGTTT
129 CAAGTTCAAATAATTATGA-CTATTTGA-CAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTT
** *
15833194 TGTCATAAAACAATTG-TTC-A--CA-A-AA--TTATTTAAAATAAAATAATACCAATTTATTAA
192 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * *
15833251 TATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAACTAAATCTTTTTTATCAAACCAA-TGCTAAT
256 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TTGTTTACCAAA-CAAGTTCAAAT
* * * * *
15833311 GGTTATGATTATATGAACAATTATCTATCTCAAATTGTTATG
319 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * ** * *
15833353 ATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAGCTTATTTGAAGCAAAATATTGC
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
* * * ** *
15833417 TAAATTAATAGTATTCTAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAAAAA-TTTGTTTGTTGAACC
66 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAAAATTTTGTTTACT-AAAC
* * * * * *
15833477 AA-TTCAAATAATTAAGACTATTAGAAAATTATCTA--T--AATCGTTCTGACCTTTTGTTTAGT
130 AAGTTCAAATAATTATGACTATTTGACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *
15833537 CATAAAATAAGTT-TTT-TAGTTCATACATGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAC
195 CATAAAACAA-TTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
** *
15833600 A-TTCAAAAAATTAATAAACAACAA-ATTTAAAAAA-AAATTCGTTTACCAAACAAGTTCAAATA
257 ATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATA
* ***
15833662 GTTAT-AGCTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATG
320 GTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * * * * *
15833703 ACCTTTTGTTTTATCATGAAACAATTGGTTC-AGTTCATAAAAGCCTATATGAAATAAAACAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
* * * * * * * * **
15833767 TTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAGTCAGTTTA-TCAAA
65 CTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAAAATTTTGTTTACT-AAA
*** * * * ** *
15833831 TTGGTTCAAATAATTATGACCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTACAAACTTTTGTTTT
129 CAAGTTCAAATAATTATGACTATTTG-ACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTT
* * *
15833896 GTTATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGGC-TATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTA
193 GTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAA-GCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * *
15833959 ATATTTCAAAAATTGATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTATTTA-C---C--G---AACT
255 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAAT
* *
15834015 AG-T-T-CCTATTTGAATAATTATCTATTTC--AT--TT-T-
319 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * *** ***** * *
15834048 ---TTCTATTATAAAATAATTGTTTTAG-TTC-ATAT---A-AA-CTTATTTGGAATACAATAAT
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
* * * * * *
15834103 ACTAATTCAATAATATT-TCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATTAATCTATT-TGT-C
64 ACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA-AAAT-T-TTGTTTAC
** * * ** * *
15834165 -AAAGTAGTTCAAACAGTTACAACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTT-
125 TAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTG-ACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTG
* * *
15834227 TTTTGTCTTAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTGAACTAAAATAATAATAATAAT
189 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAA-T--AA-AATAATACTAAT
* * ** **
15834291 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAGTGAATTTTGTTTATTGAATTAA-
249 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAATTTGTTTA-CCAAACAAG
* * * * * * * *
15834351 TTCAAATAATTATGGCCATGTCAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATT
312 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * * * * * *
15834400 ACCTTTTGCTTGGTCATATAATAATTGTATT-TGA-ACATTCAAGCTTGTTCGAAATAAAATAAT
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
* * * * * * * *
15834463 ACTAATTTATTAATCTT-TCAAAAATTGATAAATAAGAGATTTAAAAGATAAA-TCTATTTACTG
64 ACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA-AAAAATTTTGTTTACTA
* * * ** * * * *
15834526 AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTTTAAACTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTA
127 AACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTG-ACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTT
* * * * * * * * ** *
15834591 CTATCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TTATCCAATA
191 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * ** ** *
15834655 ATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAGAATT-AAAAATAAATTTGTTTGTCGCACCAGTTCAAATA
255 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATA
* * * *
15834719 TTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
320 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * * * * * * ** *
15834760 ACCTTTCGTTTTGTAATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAGTAATAC
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
** * *** *** * *
15834825 TAATCAATTAATATTTTGAATATTAATCTATTTATTTTTTAAATTTTTTATAAAACAATTGTT-T
66 TAATTTATTAATATTCT-AA-A--AAT-TA---A-TAAGTAAAAGATTTAAAAAAAAATT-TTGT
** * ** * * *
15834889 TTGTTCATACAAGCTT-ATTTGAATTA-AAATA-AT-ACTAATTTAT-TAACATTTCAACA-A-T
121 TTACT-AAACAAG-TTCAAAT-AATTATGACTATTTGAC-AA-TTATCT---ATTTCAA-ATAGT
** **** * * * * *
15834947 TAAT-AAATAAAAAATTTT-T-A-AAATA-AATATGTTTACGGA-GC-TAGAA-CAAATAATC--
177 T-ATGACCT--TTTGTTTTGTCATAAA-ACAAT-TGTTT-C-TATTCATACAAGC--TTATTCGA
* ** * ** * * *** * * *
15835002 ATGACCT-TTGGT-TTTGTCATAAAATAATTGT-TTCAATTCAT-A-TAAACATATTGGGAATAA
233 ATAAAATAATACTAATT-T-AT-TAAT-ATT-TCAAAAATTAATAAGTAAA-AGATT--TAA-AA
** ** * * * * ** * *
15835062 AATAATATTAATTTA-TTAATAA-TCTGAAAATTAATAATATAGA-AATTAAAAAAATGAATCTA
289 AATAA-ATTTGTTTACCAAACAAGT-T-CAAA-TAGT--TAT-GACTATTTGAACAAT-TATCTA
*
15835124 TTTACTAAATAAGTTTAAAT-
346 TTT-C-AAAT-CG-TT--ATG
* * * ** * ** * * **
15835144 A-ATTATGACTGTTTG--A-ACAATTATCTATTTGAAATTGC-TATAACCTTTTATTTTGTTATA
1 ACCTTTTG--T-TTTGTCATAAAACAAT-TGTTT-CTATT-CATACAAGC--TTA-TTTGAAATA
* * * * * * * * *
15835204 AAAGAATTTTTTCT-ATTCATACAAGCTTATT-T-CAAATAAAAAAATACAA-ATTTATTAATAT
57 AAATAA----TACTAATTTAT-TAA---TATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA--AA-A-
* * * * * * *
15835265 TAAGATAA-TTAG-TAAGT-AA-AAGATAT-AAA-AAATA-AATCTATTT-ATCAA--AT-AAGT
110 -AA-A-AATTTTGTTTACTAAACAAG-T-TCAAATAATTATGA-CTATTTGA-CAATTATCTATT
* * *
15835319 TCAAATCGTTATGA-CTATTTG---TG--------CAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATAC-
168 TCAAATAGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCG
** *
15835371 ATATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAAATA
232 A-A-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT--AAAAAATA
* * * * ** * *
15835436 AATATCTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCGTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC-AT
293 AATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
15835500 AGTG
358 A-TG
* * * * * * * *
15835504 ACCTTTTCTTTTATAATGAAACAATT-TTT-TAGTTCATATAAGTTTGTTTGAACTAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
* * ** ** * * * *
15835567 CTAATTTACTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAGGAGAAGTAATAAAAGAA-TCTATTTA-TCGA
65 CTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA-AAAAAAATTTTGTTTACT-AA
* ** * * * *
15835630 ATAAGTTCAAATTGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-ACATTATGACCCTTTGCT
128 ACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTG-ACAATTATCTATTTCAAATA-GTTATGACCTTTTGTT
* * * *
15835694 TTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATTA-AAATTTATT
191 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAA-TACTAATTTATT
* * * * * **** *
15835758 AATATTCCAAGAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAATATAAATCTGTTTTTTGAACACGTTCAAAT
254 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAAT
*
15835822 AGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATG
319 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * * * * * *
15835864 ACCTTTTATTTTATCATAAACCCATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATACTAC
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
* * * * * * * * *
15835929 TAATTTATTAAAATTCCAAAAATCAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTATCTCCTGAAC
66 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAA-AATTTTGTTTACTAAAC
* * * * * * * * * * *
15835994 GACTTCGAATAGTTATGATTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAATCTTTTATTTTG
130 AAGTTCAAATAATTATGACTATTT-GACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
15836059 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATA
194 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* *** * * * * * *
15836124 TTAT-AAAAATTAATAATTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTAATAAGTTTAAACAAT
258 TT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGT
* * * * * *
15836188 CATGTCTATTTGAGCTATTATCTATTTTAAATCATTATG
322 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * * * * ** ** *
15836227 ACATTTTGTTTGGTCGTAAAATAATTGTTTTTATTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATTC
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
* * *
15836292 TAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG----AGATTGAAAAACTAAA-TTTGTTTACAAAA
66 TAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-AAAATTTTGTTTACTAAA
* * * *
15836351 TC-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCA-TTATGATC-TTTATT
129 -CAAGTTCAAATAATTATGACTATTTG-ACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTT
* * * ** *
15836413 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCGTACAAGCTTATTCGAAGTAAAATATTGCTAAACTAATA
191 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAA-TAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * *
15836478 ATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATCAATGTGTTTACTGAACCAA-TTCAAA
255 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC-CAAACAAGTTCAAA
* * * * * *
15836541 TAGTTAAGACTATTAGAGCAATTATCTATTTCAAATCATTCTA
318 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * * *
15836584 ACCTTTTATTTAGTCATAAGATAATTGTTTC-AGTTCATACATA-CTTATTCGAAATAAAATAAT
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACA-AGCTTATTTGAAATAAAATAAT
** * * * * * *
15836647 ACTCTTTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCCAAAAG-TTTAAAAAAATAAATCTGTTTGCTG
64 ACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-TAAAAGATTTAAAAAAA-AATTTTGTTTACT-
* * *
15836711 AAA-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCA-TTATGACCTTTTG
126 AAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTG-ACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTG
* * * * * * * *
15836774 TTTTATCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAATATAATATTACTTTA
189 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTA
* * *** *** *** ** *
15836838 TTAATATTT-AAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATTGAATTAGTTTAA
252 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAA
* ** * *
15836902 ATAATTATCTCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCTTTATG
317 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * * *
15836946 A--TTTT-TTTTGTAATAAAATAATTGTTTTTAATCATTCAAGAC-TATTTTG-AATAAAATAAT
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTA-TTTGAAATAAAATAAT
* * * ** * * *
15837006 ACTAATTTAATAATATT-TCAAAATTAATAAATAGGAGATTTAAAAAATAAA-TATGCTTACTGA
64 ACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA-AAATTTTGTTTACTAA
* * * * *
15837069 ACCAGTTCATAA-AGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTT
128 ACAAGTTCA-AATAATTATGACTATTTG-ACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTT
* * * * * * *
15837133 TTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTTGAAATACAATAATACTAATATAATA
191 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * * *
15837198 ATATTAT-GAAAATTAATAACT-AAGGCATTTAAAAAATAATTTTTTTTGCTGAACCAA-TTCAA
255 ATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAG-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC-CAAACAAGTTCAA
* * * * *
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* * * ** *
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** * * * * *
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* * * * *** *
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* **
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* * * * * **
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* * * ***
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* * * * * * * * *
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* * * * ***
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* * * *
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* *
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* * * * * * *
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* * * * * **
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* * * * * **
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313 TATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTGT-TCC--T-ACA-AA-ATTATTCAAAATAAAAT
* * * * * *
15828787 AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATATG-TTTAC
372 AATACCAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--A-AGATTTAACAAATAAATATGTTTTA-
** * * * * * * *
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433 TAAACAAGTGCAAATAGTCT-TGACTATATGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * *
15828915 GTTTTGTC-ATAAAACAATTG-GTCATGTTCATGCAAGCTTATTTCG-AA-TAAAATAATA-TAA
497 GTTTTG-CAATAAAACAATTGTTTCA-ATTCATACAAGCTTATTT-GAAAGAAAAATATTACTAA
* * * * * **
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** * * *
15829036 CGTTCAAATAGTTATGACTACTT-GAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATC-TTTTATTTT
620 TATTCAAATAATTAAGACTA-TTAGAATAATTATCTA-TT-AAAT-GTTATGA-CATTTTGTTTT
* * * * *
15829099 ATCATAAACCAT-TTTTTTCTA-TTTATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
680 GTCATAAA--ATAATTTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * * * *
15829162 AAATTCTAAAATTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAGCGAGTTCAAATA
742 ATATTC-AAAAATTAATAA--AAAAAATTT-AAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATA
* * * * *
15829227 GCTAT-ATCTATTTGAATAATTATTTATTTCAAA-CTGTTATAATCTTTTGTTTTGTTATAAAAC
803 GTTATGA-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAC
*
15829290 AATTGTTTCTA-TTCAT--
865 AATTGCTTC-AGTTCATAA
* * * * * * ***
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1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * * ** * ***
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66 AAAAAATAAATCTGTTTATCAAACGA-GTTCAAATA-TTATGACTATTTGAATAATTATTTATTT
* * * * * *
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129 C--AA-ATTGCTATAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTC-ATTCATA-CAAGCTTAT
* * * * *
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188 TTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAGGAGA-TTTAAAAAA
* ** * * * * * *
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250 TAAATTTGTTCACCAAACAAGTTCAAATCA--T-ATACCATTTGAACAATTAT-TATTTCAAATT
** * * *
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311 GTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTGTTCCTA--C--AAAA--TTATTCAAAATAAA
* * * * * * *
15829685 ATGATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAGGTAAAAGATTTAAAAAAAGTAAATTTG-T
370 ATAATACCAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA---AGAAGATTT-AACAAA-TAAATATGTT
* ** * * * * * * *
15829749 TTACCAAGTAAGTTCAAATAGT-TATGACTCTTTGAACAATTATTTATTTCAAA-CTGTTATGAT
430 TTA-TAAACAAGTGCAAATAGTCT-TGACTATATGAACAATTATCTATCTCAAATC-ATTATGAC
*** * * ** * * *
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492 CTTTTGTTTTGCAATAAAAC-AATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAAGAAAAATATTAC
* * * * ** * *
15829875 TAATTTATTAA-ATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAG-ATTAAAAATAAAAT-TTTGTTCACTAAA
556 TAAATTAATAATATTCCAAAAATT-ATAAATAAGAGAATTAAAAATAAAATCTAT-TT-ACCAAA
* * * * * *
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618 CATA-TTCAAATAATTAAGACT-ATTAGA-ATAATTATCTA-TT-AAAT-GTTATGACATTTTGT
* * ** **
15829999 TTTGTCATAAAATAATTATTTCTA-TTTATAAAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
677 TTTGTCATAAAATAATT-TTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * *
15830063 TAATATTTCAAAAATTAAT--AAGAGATTTAAAAACCAAATCTATTTA-TCAAACCAA-TTCAAA
740 TAATA-TTCAAAAATTAATAAAAAAAATTTAAAAA-TAAATATGTTTACT-AAA-CAAGTTCAAA
* * * * * *
15830124 TAGTTATGACTATTTCAACAATTATCTATCTC-AATCATTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAAC
801 TAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAC
* *
15830187 AATTACTTCTA-TTCATAC
865 AATTGCTTC-AGTTCATAA
* * * *** *
15830205 AATCTTATTCGAAGTAAAATATTGCTAA---ATTAATA--AT----A-T--T--CT-AAA-A-TT
1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * * * * * * *
15830253 AAAAAATAAATGTGTTTGTCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTC
66 AAAAAATAAATCTGTTTATCAAACGAGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTC
** * * * *
15830318 AAATTATTCTAACTTTTTGTTTAGTCATAAAATAATT-TTTTTAGTTCATACATGCTTATTTGAA
130 AAATTGCTATAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTCA-TTCATACAAGCTTATTTGAA
* * *
15830382 ATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATT-A-AA--A--A-A---AAAAAATAAATCT
193 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * * * *
15830437 GTTTACTAAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTGTAAGA-AG-TAT
257 GTTCACCAAACAAGTTCAAATCA--TAT-ACCATTTGAACAATTAT-TATTT-CAA-ATTGTTAT
* * * * * *
15830499 GACCTTTTGTTTTATCATAAAACGATTGTTTTAGTTCATA-AAAGCTTATT-AGAAATAGAATAA
316 GACTTTTTGTTTTGTCATAAAAC-A---ATTT-GTTCCTACAAA-ATTATTCA-AAATAAAATAA
** * * * *
15830562 TATTACTTTATTAATATTTCAATAATTGAA-AAGTTAAAGATTTAAAAAATAAGTCA-G-TTTAT
374 TACCAATTTATTAATATTTCAAAAATT-AATAAG---AAGATTTAACAAATAAAT-ATGTTTTAT
* * * * * * * * * *
15830624 CAAATC-ACTTCAAATAAT-TATG-GTCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTACGAACTT
434 -AAA-CAAGTGCAAATAGTCT-TGACT-ATATGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGACCTT
* * * * * *
15830686 TTGTTTTATC-ATAAAACAATTGTTTTTCAA--CATACAAGCCTA-TTCAGAA-TAAAATAATAT
495 TTGTTTT-GCAATAAAACAATTG--TTTCAATTCATACAAGCTTATTTGA-AAGAAAAATATTAC
* * * * * *
15830746 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAAATCTATTTATC--A-
556 TAAATTAATAATATTCCAAAAATT-ATAAATAAGAGAATTAAAAATA-AAATCTATTTACCAAAC
* * * *
15830807 A-A-TC-AAT--TT----CTATTTA-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTT-TTTC
619 ATATTCAAATAATTAAGACTA-TTAGAATAATTATCTA-TT-AAAT-GTTATGACATTTTGTTT-
* * * * * * * * *
15830861 TATTATAAAATAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAGTAATTTAATAG
679 TGTCATAAAATAATT-TTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* ** * ** ** ** ** *
15830926 TATTCCAAAAATTGATAACTAAGATTTAAAAAATAAATCCGTTGGCCGAAGTAGTTCAAATAATT
743 TATT-CAAAAATTAATAAAAAAAATTT-AAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTT
* * * *** * *
15830991 AAGATTATATGAATAATTATCTATTT-ATAAAAATTATGGCCTTTTGTTTGGTCATATAACAATT
806 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA-AATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AACAATT
* ** * **
15831055 GTTTTTGATCATTC
869 GCTTCAGTTCATAA
* * * * * * *
15831069 AAGCCTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTCATTAATCTT-TCAAAAAGTAATAAATAAGAA-A
1 AAGCTTATTTGA-AATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTAT-AAAAATTAATAAGTAA-AAGA
* * * * * * * * ** *
15831131 TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACTAGTTCGAATA-TATAACTATTTGAACAATTGTAAACC
63 TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACGAGTTCAAATATTATGACTATTTGAATAATTATTTA-T
*** * * * * ** **
15831195 TT-AAATCATTATAACCTTTTGTTATGTAATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCA
127 TTCAAATTGCTATAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTCATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * * ** *
15831259 AAATAAAATAACACTAATATAATAATATTCTGAAAATTAATAACTAAAAGCA-TTAAAAAATAAC
191 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAGGAG-ATTTAAAAAATAAA
* *** * * * * * ** *
15831323 TTTATTTGTCGAACCAGTTCAAAT-ATTTAAGACTATAT-AACAATTATCTATTTCAAATCATTT
254 TTTGTTCACCAAACAAGTTCAAATCA--T-ATACCATTTGAACAATTAT-TATTTCAAATTGTTA
* * * * * ** ***
15831386 TGACCTTTTGTTTTTTCATAAAATAAGTTTTTTTTGATTTCATACTAGCTTATTTGGAATAAAAT
315 TGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAA------TTTG--TTCCTACAAAATTATTCAAAATAAAAT
* ** * * **
15831451 AAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTCATTTAC
372 AATACCAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--A-AGATTTAACAAATAAATATGTTTTA-
* ** * * * * * *
15831515 CT-AACCAGTTTAAATAAT-TATGACTGTTTGAACAATTGTTTATTTCAAATCATTATGACCTTT
433 -TAAACAAGTGCAAATAGTCT-TGACTATATGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGACCTTT
** * * *** * * * * * * *
15831578 CATTTTGTC-ATAAAAGAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGAAA-TACAGTAATACT-AA
496 TGTTTTG-CAATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAAGAAAAATATTACTAAA
* * * *
15831640 TCTATTAATATTTCAAAAA-T-T-AATAAGAG-ATTTAAAATATAAATCTATTTATC-AA-ATGA
560 T-TAATAATATTCCAAAAATTATAAATAAGAGAATTAAAAATA-AAATCTATTTACCAAACAT-A
* * * ** *
15831699 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATAGTTATGAC-TTGTTGTTTTGT
622 -TTCAAATAATTAAGACTATTAGAATAATTATCTA-TT-AAAT-GTTATGACATT-TTGTTTTGT
* * * * * *
15831763 TATAAAATAATTTTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCAGATTAAAATAATGCTAATTTATTTATA
682 CATAAAATAATTTTTT-AGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * *
15831827 TTTCAACAATTAATAAGTAAAAAAATTTAAAAATAAATATGTTTACTAAACTAGATCAAATAGTC
745 -TTCAAAAATTAAT-A--AAAAAAATTTAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTT
* *
15831892 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTA
806 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTG
* *
15831957 TTTCAGTTCATAT
870 CTTCAGTTCATAA
* * * * *
15831970 AAGCTTATTTAAAATAAAATAACACTAAGTTATTAATATTATGAATATTAATAAGTAAGAA-ATT
1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAA-AAGATT
* * * * *
15832034 TAAAAAATGAATCTGTTTATCGAACAAGTTGAAATA--AT---TA-TTCAATAATTATCTT-TTT
65 TAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACGAGTTCAAATATTATGACTATTTGAATAATTAT-TTATTT
* * * *
15832092 GAAATTGCTATAAC-CTT-TTTTATCATAAAATGA-T-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCG-
129 CAAATTGCTATAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTC-ATTCATACAAGCTTATTT-GA
* * * * * * * *
15832152 AATAAAATAATACAAATTTATTAACATAATGACAATTAATAAGTAGAAAATTT-AAAAATAAATC
192 AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * *
15832216 TGTTTACCGAACAAGTTCAAATCTTATGACTATTTGAACAATTATTATTTCAAATTGTTATGACT
256 TGTTCACCAAACAAGTTCAAATCATAT-ACCATTTGAACAATTATTATTTCAAATTGTTATGACT
** * * **
15832281 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCCTACAAGCTTATTCAAATTACAATAATATTAA
320 TTTTGTTTTGTCATAAAACAA-----TTTGTTCCTACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACCAA
* ** * * * *
15832346 TTTATTAATTTTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAACAGATAAATATGTTTTCTGAACAAGT
380 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AAGATTTAACAAATAAATATGTTTTATAAACAAGT
* * * * * *
15832411 TCAAATAGTCTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGCAAT
442 GCAAATAGTCTTGACTATATGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGCAAT
* * * * ** *
15832476 AAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAAATATTATTATTTTATTAATATTC
507 AAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAAGAAAAATATTACTAAATTAATAATATTC
** * *
15832541 CAAAAATTAATAAATAAGAGAATTAAAAATTGAATCTATTTACCAAACATATTCAAATACTTATG
572 CAAAAATT-ATAAATAAGAGAATTAAAAATAAAATCTATTTACCAAACATATTCAAATAATTAAG
*
15832606 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAATGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGGTT
636 ACTATTAGAATAATTATCTA-TT--AAATGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATT--TT
* * * *
15832671 CTA-TTTATGCAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTGAAAAATTAAT
696 TTAGTTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAAT
* * * * * *
15832733 AAGTAAAAATTTAAAAATTAAATATGTTTTCTGAACACGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATA
758 AA-AAAAAATTTAAAAA-TAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
*
15832798 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGCTTCTA-TTCATCA
821 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA-CAATTGCTTC-AGTTCATAA
* * *
15832861 AAGCTTATTTGGAATAAAATAAAACTAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * *
15832926 AAAAAATAAATCTGTTTACCAAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC
66 AAAAAATAAATCTGTTTATCAAACGAGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTC
* * * **
15832991 AAATCGCTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTCATTCATATAAATTTATTTGAAA
130 AAATTGCTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTCATTCATACAAGCTTATTTGAAA
* *
15833056 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTG
194 TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTG
* * *
15833121 TTCACCAAACAAGTTTAAATAGCCATAT-CCATTTGAGCATTTATCTATTTCAAATTGTTATGA-
258 TTCACCAAACAAGTTCAAAT---CATATACCATTTGAACAATTAT-TATTTCAAATTGTTATGAC
*
15833184 TATTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTT-C-ACAAAATTATTTAAAATAAAATAATACCAATTT
319 T-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTGTTCCTACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACCAATTT
* * *
15833246 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AGATTTAA-AAACTAAATCTTTTTTATCAAACCAA-TGCT
383 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGATTTAACAAA-TAAATATGTTTTAT-AAA-CAAGTGCA
* * ** *
15833308 AATGGT-TATGATTATATGAACAATTATCTATCTCAAATTGTTATGATC-TTTGTTTTGTC-ATA
445 AATAGTCT-TGACTATATGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-CAATA
* * *
15833370 AAACAATTGTTT-ATATTCATACAAGCTTATTTG-AAGCAAAATATTGCTAAATTAATAGTATTC
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* * * * *** *
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572 CAAAAATTATAAATAAGAGAATTAAAAATAAAATCTATTT-ACCAAACATATTCAAATAATTAAG
* * *
15833493 ACTATTAGAA-AATTATCTA-T-AATCGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAAGTTTTTTA
636 ACTATTAGAATAATTATCTATTAAAT-GTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAA-TTTTTTA
* *
15833555 GTTCATACATGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAACA
699 GTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAA-A
* * *
15833620 ACAAATTTAAAAAAAAAT-TCGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAT-AGCTATTTGAACAATT
762 A-AAATTTAAAAATAAATAT-GTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAATAATT
* *** * *
15833683 ATCTATTTAAAATAAATATGACCTTTTGTTTTATCATGAAACAATTGGTTCAGTTCATAA
824 ATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGCTTCAGTTCATAA
* * * * * * * * * *
15833743 AAGCCTATATGAAATAAAACAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGATAAGTTAGAGATTT
1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * * *
15833808 AAAAAATAAGTCAGTTTATCAAATTG-GTTCAAATAATTATGACCATTTGAATAATTATCTATTT
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* * * * *
15833872 CAAATTGTTACAAACTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGGC-TA-TTC
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* * *
15833934 AGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAA
191 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAGGAGATTT-AAAAAATAA
* * * * *
15833999 ATTTATTTACCGAACTAGTTC----C---T---ATTTGAATAATTATCTATTTC--A---TT-T-
253 ATTTGTTCACCAAACAAGTTCAAATCATATACCATTTGAACAATTAT-TATTTCAAATTGTTATG
* * * *** **** * * * *** * *
15834047 --TTTCTATTATAAAAT-AATTGTTTTAGTTCATATAAACTTATTTGGAATACAATAATACTAAT
317 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTT-GTTCCTACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACCAAT
* * * * * * * * **
15834109 TCAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATTAATCTATTTGT-CAAAGTAGT
381 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAA--GA-AGATTTAACAAATAAATATGTTT-TATAAACAAGT
* * ** * **
15834173 TCAAACAGT-TACAACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTT-TTTTGTC-
442 GCAAATAGTCT-TGACTATATGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-CA
* * * * * *
15834234 TTAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAACTA-AAATAATAATAATAATTTATTAA
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* * * * * * * *** *
15834298 TATTTCAAAAA-T-T-AATAAGTGATTTAAAAAGTGAATTTTGTTTATTGAA-TTAATTCAAATA
567 TATTCCAAAAATTATAAATAAGAGAATTAAAAA-TAAAATCTATTTACCAAACAT-ATTCAAATA
* * * * * * * * *
15834359 ATTATGGCCATGT-CAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGCTTGGTCATATAATA
630 ATTAAGACTAT-TAGAATAATTATCTA-TT-AAA-TGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATA
** * * * *
15834423 ATTGTATTT-GAACATTCAAGCTTGTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAA
691 ATT-T-TTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAA
* * * * * *
15834487 TTGATAAATAAGAGATTTAAAAGATAAATCTATTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATT
753 TTAATAAA-AA-AAATTTAAAA-ATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * ** * * * ** * * ** **
15834552 TGAACAATTTTAAACTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTACTATCATAAAATAATTATTTTTGTTC
815 TGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGCTTCAGTTC
*
15834617 ATAC
879 ATAA
** * * ** * ** * *
15834621 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TTATCCAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAGAATT
1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * ** * * * * *
15834685 -AAAAATAAATTTGTTTGTCGCACCAGTTCAAATATTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTC
66 AAAAAATAAATCTGTTTATCAAACGAGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTC
* * * * * * ** * * * **
15834749 AAATTGTTATGACCTTTCGTTTTGTAATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAA
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* **
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15834841 TGAATATTAA
Statistics
Matches: 4353, Mismatches: 862, Indels: 664
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
859 6 0.00
860 90 0.02
861 6 0.00
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Consensus pattern (882 bp):
AAGCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
AAAAAATAAATCTGTTTATCAAACGAGTTCAAATATTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCA
AATTGCTATAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTCATTCATACAAGCTTATTTGAAATA
AAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTC
ACCAAACAAGTTCAAATCATATACCATTTGAACAATTATTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGT
TTTGTCATAAAACAATTTGTTCCTACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATAT
TTCAAAAATTAATAAGAAGATTTAACAAATAAATATGTTTTATAAACAAGTGCAAATAGTCTTGA
CTATATGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGCAATAAAACAATTGTTTC
AATTCATACAAGCTTATTTGAAAGAAAAATATTACTAAATTAATAATATTCCAAAAATTATAAAT
AAGAGAATTAAAAATAAAATCTATTTACCAAACATATTCAAATAATTAAGACTATTAGAATAATT
ATCTATTAAATGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTAGTTCATACAAGCTTATT
TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAAAAAAATTTAAAAATAAATAT
GTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
CTTTTGTTTTGTCATAAACAATTGCTTCAGTTCATAA
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Period size: 179 Copynumber: 4.4 Consensus size: 180
15834045 TTTTTCTATT
* * * * * *
15834055 ATAAAATAATTGTTTTAGTTCATATAAACTTATTTGGAATACAATAATACTAATTCAATAATATT
1 ATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTCAATAATATT
* * * *
15834120 TCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATTAATCTATTTGTCAAAGTAGTTCAAACAGTTAC
66 TCAAAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTGTCGAACTAGTTCAAATAGTTA-
15834185 A-ACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTT-TTTTGTC
129 AGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * ** * * * * *
15834234 TTAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAACTAAAATAATAATAATAATTTATTAAT
1 ATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAA--ATAA-AATAATACTAATTCAATAAT
* * * * * * * * *
15834299 ATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGTGATTTAAAAAGTGAATTTTGTTTATTGAATTAATTCAAATAA
63 ATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAA-T-AAATCTATTTGTCGAACTAGTTCAAATAG
* * * * * * * * *
15834360 TTATGGCCATGTCAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGCTTGGTC
126 TTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * ** * * * * *
15834415 ATATAATAATTGTATTTGAACATTCAAGCTTGTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTT
1 ATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTCAATAATATT
* * *
15834480 TCAAAAATTGATAAATAAGAGATTTAAAAGATAAATCTATTT-ACTGAACTAGTTCAAATAGTTA
66 TCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAA-ATAAATCTATTTGTC-GAACTAGTTCAAATAGTTA
* * * ** * * ** *
15834544 TGACTATTTGAACAATTTTAAACTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTACTATC
129 AGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * *
15834596 ATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TTATCCAATAATATT
1 ATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTCAATAATATT
* * * * * * * *
15834660 CCAAAAATTAATAACTAAAAGAATTAAAAATAAATTTGTTTGTCGCACCAGTTCAAATATTTAAG
66 TCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAATAAATCTATTTGTCGAACTAGTTCAAATAGTTAAG
* *
15834725 ACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTCGTTTTGTA
131 ACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * *
15834775 ATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAGTAATACTAA-TCAATTAATAT
1 ATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTCAA-TAATAT
15834839 TT
65 TT
15834841 TGAATATTAA
Statistics
Matches: 474, Mismatches: 116, Indels: 33
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
177 5 0.01
178 38 0.08
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180 49 0.10
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182 41 0.09
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
ATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTCAATAATATT
TCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAATAAATCTATTTGTCGAACTAGTTCAAATAGTTAAG
ACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
Found at i:15835360 original size:135 final size:136
Alignment explanation
Indices: 15835208--15835476 Score: 344
Period size: 135 Copynumber: 2.0 Consensus size: 136
15835198 GTTATAAAAG
* * *
15835208 AATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAAAAATACAAATTTATTAATATTAAGATA
1 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TACATAATAAAAAAATACAAATTTATTAATATTAAGACA
* * * * * *
15835272 ATTAGTAAGTAAAAGA-TATAAAAAATAAATCTATTTATCAAATAAGTTCAAATCGTTATGACTA
65 ATTAATAAGTAAAAGATTAAAAAAAATAAATATATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTA
15835336 TTTGTGC
130 TTTGTGC
* * * * **
15835343 AATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATACATATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAA
1 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATACATAATAAAAAAATACAAATTTATTAATATTAAGACAA
* * *
15835408 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAAATAAATATCTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCGTGACTA
66 TTAATAAGTAAAAGA-TTAAAAAAAATAAATATATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTA
15835473 TTTG
130 TTTG
15835477 AATAATTATC
Statistics
Matches: 113, Mismatches: 18, Indels: 4
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
134 3 0.03
135 66 0.58
137 44 0.39
ACGTcount: A:0.45, C:0.09, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (136 bp):
AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATACATAATAAAAAAATACAAATTTATTAATATTAAGACAA
TTAATAAGTAAAAGATTAAAAAAAATAAATATATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTAT
TTGTGC
Found at i:15836727 original size:720 final size:711
Alignment explanation
Indices: 15835815--15837874 Score: 1918
Period size: 720 Copynumber: 2.9 Consensus size: 711
15835805 TTTGAACACG
* * * *
15835815 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCA
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCA
* * * *
15835880 TAAACCCATTGTTTCTGTTCATA-AAAGCTTATTTGGAATAAAATACTACTAATTTATTAAAATT
66 TAAA-CAATTGTTTCTGTTCATACATA-CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATT
* * * * ** * *
15835944 CCAAAAATCAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTATCTCCTGAACGACTTCGAATAGTTA
129 CAAAAAATTAATAAG-AAAAG-TTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAAAAAGTTCAAATAGTTA
* * * * *
15836009 TGATTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGT
192 TGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
**
15836074 TTCTATTCAAACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTATAAAAATTAATA
257 TTCTATTCAAACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATT-TAAAAATTAATA
* * *
15836139 ATTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCT-AATAAGTTTAAACAATCATGTCTATTTGAGC
321 AGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAATAAGTTTAAACAATCATCTCTATTTGA-A
* ** *
15836203 T-ATTATCTATTTTAAATCATTATGACATTTTGTTTGGTCGTAAAATAATTGTTTTTATTCATGC
384 TAATTATCTATTTCAAATCATTATG--ATTTT-TTTGGTAATAAAATAATTGTTTTTAATCATGC
* * *
15836267 AAAATTATTCAAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A-A-GAGATTGA
446 AAAACTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAATTAATAATAGGAGATTGA
* * * * * * *
15836329 AAAACTAAATTTGTTTACAAAATCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCA
510 AAAAATAAATATGCTTACAAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * *
15836394 AATCATTATGATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCGTACAAGCTTATTCGAAGTA
575 AATCATTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAA-TA
* *
15836459 AAATATTGCTAAACTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATCAATGTGTT
639 AAATATT-CTAAA-TAATAATATTATAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAAT-AATCTGTT
15836524 TACTGAACCAA
701 TACTGAACCAA
* * *
15836535 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAGCAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTA-TTTAGTC
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTA-TC
* * * ** *
15836599 ATAAGATAATTGTTTCAGTTCATACATACTTATTCGAAATAAAATAATACTCTTTTATTAACATT
65 ATAA-ACAATTGTTTCTGTTCATACATACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATT
* *
15836664 CAAAAAATTAATAAGCCAAAAGTTTAAAAAAATAAATCTGTTTGCTGAAAAAGTTCAAATAGTTA
129 CAAAAAATTAATAAG--AAAAGTTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAAAAAGTTCAAATAGTTA
* * * * * * *
15836729 TGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTAT
192 TGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * *
15836794 TTC-AGTTCATAA-AAGCTTATCCAAAATAATATAATATTACTTTATTAATATTTAAAAATTGAG
257 TTCTA-TTCA-AACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTAAAAATTAAT
** * * * *
15836857 AAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATTGAATTAGTTTAAATAATTATCTCTATTTGAAT
320 AAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATAAGTTTAAACAATCATCTCTATTTGAAT
* * * *
15836922 AATTATCTATTTCAAATCTTTATGATTTTTTTTGTAATAAAATAATTGTTTTTAATCATTCAAGA
385 AATTATCTATTTCAAATCATTATGATTTTTTTGGTAATAAAATAATTGTTTTTAATCATGCAAAA
*** *
15836987 CTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAATTAATAAATAGGAGATTTAAAAA
450 CTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAATTAAT-AATAGGAGATTGAAAAA
** *
15837052 ATAAATATGCTTACTGAACCAGTTCATAA-AGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAAT
514 ATAAATATGCTTACAAAACCAGTTCA-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
** * * * * *
15837116 TGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTTGAAATACA
578 CATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG-AATAAA
* * * ** * * *
15837181 ATAATACTAATATAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGGCATTTAAAAAATAATTTTTTTTG
641 AT-ATTCTAA-ATAATAATATTATAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAA-TCTGTTTA
15837246 CTGAACCAA
703 CTGAACCAA
* * *
15837255 TTCAAATAGTTAAGGCTA-TATGAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCATTTAATTTTA
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTA-GAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACC-TTTTATTTTA
* * * * * *
15837318 ACGTAAAACAAATGTTTTTGTTCATATCAGT--TTGTTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAA
63 TCAT-AAACAATTGTTTCTGTTCATA-CA-TACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* *** * * * *
15837381 TATTTTCAAAATTAATAAG-AGA-TTT-AAAAAGTAAATCTATTTAC-CAAACTAGTTCAAATAG
125 AATTCAAAAAATTAATAAGAAAAGTTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAAA-AAGTTCAAATAG
* * * *
15837442 TTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATAACCATTTGCTTTGTCATAAAACAAT
189 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * ** * *
15837507 TGTTTCTATTTATAC-AGTTTTATTCAAAATAAAGTAATGCTAATTTGTTAATATTTTAAAAATT
254 TGTTTCTATTCAAACAAG-TTTATTCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATA-TTTAAAAATT
*** * ** * ** * * * ** *
15837571 AATAAGTAACAGATTTAAAAAATGAATCTGTTGGCCTGACT-AGTACAAATAGTTATAGCTGTTT
317 AATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT-TACTGAATAAGTTTAAACAATCATCTCTATTT
* * * * * * * ** *
15837635 GAATAATTATCTATTTCAAAGCGTTATAACATTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTGTTCG
381 GAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT--GATTTT-TTTGGTAATAAAATAATTGTTTTTAATCA
* * * * * ** * *
15837700 TAC-AAGCTGACTT-GAAATAACATAA-ATCTAACTTCTTAATATTCCAAAAATTAATAAATAAG
443 TGCAAAACT-A-TTCAAAATAAAATAATA-CTAATTTAATAATATTTC-AAAATTAAT-AATAGG
* * * * * * * * * *
15837762 AGATTTAAAAATTGAATTTGTTTATC-GATCAATTTCAAATAGTTATGACTTTTTGAACAATTAT
503 AGATTGAAAAAATAAATATGCTTA-CAAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
** * * *
15837826 CTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTC
567 CTATTTCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
15837875 AAAGTAATTG
Statistics
Matches: 1100, Mismatches: 200, Indels: 79
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
715 15 0.01
716 179 0.16
717 86 0.08
718 9 0.01
719 170 0.15
720 442 0.40
721 189 0.17
722 9 0.01
723 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (711 bp):
TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCA
TAAACAATTGTTTCTGTTCATACATACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCA
AAAAATTAATAAGAAAAGTTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAAAAAGTTCAAATAGTTATGAC
TATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
ATTCAAACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTTG
GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATAAGTTTAAACAATCATCTCTATTTGAATAATTAT
CTATTTCAAATCATTATGATTTTTTTGGTAATAAAATAATTGTTTTTAATCATGCAAAACTATTC
AAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAATTAATAATAGGAGATTGAAAAAATAAATA
TGCTTACAAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
CCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAATAAAATATTCTAAA
TAATAATATTATAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAATCTGTTTACTGAACCAA
Found at i:15836766 original size:539 final size:536
Alignment explanation
Indices: 15835342--15837873 Score: 1911
Period size: 539 Copynumber: 4.7 Consensus size: 536
15835332 ACTATTTGTG
* * * *
15835342 CAATTGTTTCTATTCATACAAG-TTTA-TAC-ATATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTG
1 CAATTGTTTCTATTCATACAAGACTTATTTCGA-A-TAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTA
* * * *
15835404 ACAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAAAATAAATATCTTTA-TCGAA-CAAGTTCAAATAGTC
64 AAAATTAATAAGTAAGAA-ATTT--AAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACCAA-TTCAAATAGTT
* * * * ** * * * * *
15835466 GTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCATAGTGACCTTTTCTTTTATAATGAAACAATT
124 ATGACTATTAGAACAATTATATATTTCAAATTGTTA-TAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * * * *
15835530 -TTTTAGTTCATATAAGTTTGTTTGAACTAAAATAATACTAATTTACTAATATTCTAAAAATTAA
188 GTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-CTTTATTAATATTATAAAAATTAA
* * * ** * * * * * *
15835594 TGAGTAGGAGAAGTAATAAAA-GAATCTATTT-ATCGAATAAGTTCAAATTGTTATGATTATTTG
252 TAACTA-AAGATTTAA-AAAATAAATCTGTTTGCT-GAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* ** * * * *
15835657 AACAATTATCTATTTCAAAA-CATTATGACCCTTTGCTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCA
314 AATAATTATCTATTT-AAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTATTCA
** *** * * * *
15835721 TGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAAT-TAAAATTTATTAATATTCCAAGAATTAATAAGTAAAAA
378 TGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGA
* * ** * * *
15835785 TTTTAAATATAAATCTGTTTTTTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTAT
439 -TTTAAAAATAAATCTATTTACTAAACA-GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * *
15835850 TTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAC
502 TTCAAATCATTATGACCATTTATTTTGTCATAAAA
* * * * * * * **
15835885 CCATTGTTTCTGTTCATAAAAG-CTTATTTGGAATAAAATACTACTAATTTATTAAAATTCCAAA
1 CAATTGTTTCTATTCATACAAGACTTATTTCGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAA
* * * * * * * *
15835949 AATCAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAAATAAATCTATCTCCTGAACGACTTCGAATAGTTATGAT
66 AATTAATAAGTAAGAA-ATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAATTCAAATAGTTATGAC
* *
15836013 TATTTA-AACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
129 TA-TTAGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * *
15836077 TA-TTCAAACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTATAAAAATTAATAAT
193 -AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-CTTTATTAATATTATAAAAATTAATAA-
* ** * * * * * * * *
15836141 TTGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCT-AATAAGTTTAAACAATCATGTCTATTTGAGCT-
255 CTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-GCTGAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA-ATA
* ** * *
15836204 ATTATCTATTTTAAATCATTATGACATTTTGTTTGGTCGTAAAATAATTGTTTTTATTCATGCAA
318 ATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTATTCATGCAA
*
15836269 AATTATTCAAAATAAAATAAT-TCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTGAAAAA
383 AATTATTCAAAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA
* * * * *
15836333 CTAAATTTGTTTACAAAATCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATC
447 -TAAATCTATTTACTAAA-CAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
*
15836398 ATTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAA
510 ATTATGACCATTTATTTTGTCATAAAA
* * * **
15836424 CAATTGTTTCTATTCGTACAAG-CTTA-TTCGAAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATTTTAA
1 CAATTGTTTCTATTCATACAAGACTTATTTCGAA-TAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAA
* * *
15836487 AAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATCAATGTGTTTACTGAACCAATTCAAATAGTTAAGACT
65 AAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAATTCAAATAGTTATGACT
* * ** * * * *
15836552 ATTAGAGCAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTATTTAGTCATAAGATAATTGTTTCAG
130 ATTAGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAG
* *
15836617 TTCATACATA-CTTATTCGAAATAAAATAATACTCTTTTATTAACATTCA-AAAAATTAATAAGC
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* * * * * * * *
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** * **
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* * * * * *
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* **
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* * * * * * **
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* * * * * ** * * *
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* * * * **
15839455 A-TGTAAATAATTATTTTATGAT-AGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGA
128 ACAG-AAACAATTATTTTATGATGA-AAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * * *
15839508 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-AGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
1 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TCT-ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * ** **
15839572 --AC----TAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTA-TATTTTATTTCAAATAGGCTTGTATGTT
64 TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA
* *
15839630 GAAAAACAATTATTTTATGA
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TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATCTATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACA
GAAACAATTATTTTATGATGAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
Found at i:15839052 original size:543 final size:536
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* ** * * *
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* * ** * ** * *
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* * * **
15838007 TATGAAAGA-AAT-ATTTTATGACT-AAAAGAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCT
126 -A-CAAAAACAATCATTTTATGACTAAAAAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCT
* * * * *
15838069 AATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCGTACTTATTAA
189 AATAGTTTTAACTATTTAAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * *
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** * ** * * * * *
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318 GTTTTACGACGAACA--AAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATTGTTCATATAGTCTTAACT
* * * * *
15838263 ATTTTAACTGATCCT-ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAACAT
381 ATTTGAACTGGT-TTGATAAACAAATTTATTTTTT-AATCTCTTAGTTATTAATTTTAGAAATAT
* * * * * *
15838327 TAATAAATTAGTATTATTTTACTCCATATAAGCTAGTATTAACTGAAACAATTATTTTTTGACGA
444 TATTAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAACTAGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGAC-A
* *
15838392 AAA-AAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGA
507 AAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGA
* * * * * ** * *
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1 TAATTGTTCAAATAGTCAA-AACTATTTGAAATAGTTTAGTAAACAGATTT-ATTTTTT-AA-AT
* * * *
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** ** *
15838550 ACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAAAAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAA
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* * * *
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* * * ** *
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256 TT-AAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAAAAATT
*
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318 GTTTTACGACGAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTAT
** * ** * *
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383 TTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATT-TTTTAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTAGAAATATTA
* * * * * *
15838872 TTAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAAC-AATATGAACAGAACCAATTGTTTGATGACAAA
446 TTAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAAT-AAACTAGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAA
** *
15838936 ACAAAATTTTATAATGATTTGAAATAGA
509 ACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGA
* * **
15838964 TAATTATTACAAATAGTCAAAACTATTTGAAATAGTTTAGTAAACATATTTACCTTTTAAATCGC
1 TAATTGTT-CAAATAGTCAAAACTATTTGAAATAGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT--C
* * * *
15839029 TTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTCTACGAA
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* * ** * * *
15839094 CAAAAACAATCATTTT-GGGCTAAAACAAAAAATAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
127 CAAAAACAATCATTTTATGACTAAAA-AAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAA
* * * * *
15839158 TAGTTATAATTATTTAAACTGGTTCTGTAAATAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAAA
191 TAGTTTTAACTATTTAAACTGGTTCGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT-TAA
* * * * * * ** *
15839222 TTTTGAAATATTAACAAATTAGTTTTATTTT-ATTTCAAATAAACTTGTATGAGCTGAAATAATT
254 TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATT
* * *
15839286 GTTTTACGACAACACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAT-ATAATTATTCATATAGTCTTAACT
318 GTTTTACGACGA-ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT-TGATAATTGTTCATATAGTCTTAACT
* ** * *
15839350 ATTTGAACTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTCTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTCA-AAATAT
381 ATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTT-TTAATCTCTTAGTTATTAATTTT-AGAAATAT
* * *
15839414 TATTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAA-TGTAAATAATTATTTTATGATA
444 TATTAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAACTAGTATGAACTG-AAACAATTATTTTATGACA
* *
15839478 GAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGA
507 AAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGA
* *
15839508 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-T
1 TAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAA-TAGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
* * * * * ***
15839571 -C-ACTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTA-TATTTTATTTCAAATAGGCTTGTATGTTGAA
65 ACTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTACGAACAA
*
15839633 AAACAATTATTTTATGAC-AAAA
130 AAACAATCATTTTATGACTAAAA
15839655 TGAAAAGTAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATAGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTA
CTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTACGAACAAA
AACAATCATTTTATGACTAAAAAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTT
TTAACTATTTAAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAA
ATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATTGTTTTACG
ACGAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTG
GTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAATCTCTTAGTTATTAATTTTAGAAATATTATTAAATTAGT
ATTATTTTATTCAAATAAACTAGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
AACGATTTGAAATAGA
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Alignment explanation
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15839129 TAATGATTTG
15839139 AAATAG-ATAATTATTC
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15839155 AAATAGTTATAATTATT
1 AAATAG-TATAATTATT
15839172 TAAACTGGTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAATAGTATAATTATTC
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Alignment explanation
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15839994 TTTATTTTTT
* * *
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* * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * *
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* *
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* * * *
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*
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451 AATTATTCACAAAGTCATAACTATTTGAGCTTATTCAGTAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTTA
* **
15840522 ACTTATTAATTTTTGGCA
516 ACTTATTAATTGTTGAAA
* * ** * *
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1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATT-TTTTATGA
* *
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* * ** **
15840669 GTTTAG-AAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTACTTATTAATAGTTGGAATATTAATAAATTTA
128 GGTTAGCAAAACAGATTTAGTTTTTAAA--TC-ACTTATTAAT-GTTAAAATATTAATAAATCAA
* * * ** * ** ** * *
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189 TATTATTTTATTCT-GAATAA-CTCTATATGAACAAAAAAAAAAGTTTTACAACAAAACAAAAGG
** * *
15840795 TAAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACA
252 TAAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACA
**
15840860 TCTTCA-TTTTTAAATCT-CT-TATTAATTTTTAAAATATCAATAAATTAGTATTATTTTATT-T
317 AATTCATTTTTTAAATCTCCTATATTAATTTTTAAAATATCAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
** * * ** *
15840921 CAAATAAGCCTATATGAGCTGAT-ACAATTGTTTTATAATGAAACAAAA-AGTTATAACAATTTG
382 C-AATAAAACTATATGA-AT-ATAAAAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGA-TCATAACAATTTG
* * * * * ** * *
15840984 AAATAGATAATTATTTA-AATAGTTATGACTATTTG-GACTTGTTTGGTAAATATATTTATTTTT
443 AAATAAATAATTATTCACAA-AGTCATAACTATTTGAG-CTTATTCAGTAAACAGATTTATTTTT
*
15841047 AAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAA
506 AAAATCTTTAACTTATTAATTGTTGAAA
* *
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1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATT-TTTTATGA
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65 C-AAACAAAAGATCATAACTATTTAA
15841164 ACTTATTCGA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTTTTTATGAC
AAACAAAAGATCATAACTATTTAAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTAACATGGT
TAGCAAAACAGATTTAGTTTTTAAATCACTTATTAATGTTAAAATATTAATAAATCAATATTATT
TTATTCTGAATAACTCTATATGAACAAAAAAAAAAGTTTTACAACAAAACAAAAGGTAAAAACAA
TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAAATTCATTT
TTTAAATCTCCTATATTAATTTTTAAAATATCAATAAATTAGTATTATTTTATTCTCAATAAAAC
TATATGAATATAAAAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTA
TTCACAAAGTCATAACTATTTGAGCTTATTCAGTAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTTAACTTA
TTAATTGTTGAAA
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15839994 TTTATTTTTT
* * *
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1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAA-AAACAATTGTTTTATG
* * * *
15840067 ACAAAATAAAGA-TCATAACGATTT-AAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-TAC
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* * * * *
15840129 TTGGTTC-GCAAAATAGATTTAGTTTTTAAATC---CCTTATTAATTTTAAAA
129 TT-GTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTGAAA
* * * * * * ** *
15840178 TATTAATAAATCAATATTATTTT-ATTCTGAATAA-TTCTATATGAACAAAAAAAAAAGTTTTAC
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTC-AAATAAGCT-TGTATGAACAAAAACAATTGTTTTAT
* * * * *
15840241 AACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATGATTATTTGAAC
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* * * * *
15840306 TTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACATATTAATTTTTAGAA
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* ** *
15840359 TATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTCAATAAAATTGTATGAATATAAAA-AATTGTTTTAT
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTC-AAATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTAT
* * *
15840422 GACAAAAC-AAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCACAA-AGTCATAACTATTTGA
64 GACAAAACAAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGA
* * **
15840485 GCTTATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTAACTTATTAATTTTTGGCA
127 ACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTT-ACTTATTAA-TTTTGAAA
* * ** * *
15840540 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAATTGTATGAACAAAAATAATTGGTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * * *
15840605 C-AAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACAT
66 CAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * *
15840669 GTTTAGAAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTACTTATTAATAGTTGGAA
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** ** * **
15840719 TATTAATAAATTTA-TATTATTTTGTTTGGAATAAGCTTGTATGAATAGTAACAATTG-TTTATG
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* * * * **
15840782 ACAAAATAAAATGTAAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
65 ACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * ** * *
15840847 TATTCGGTAAACATCTTCA-TTTTTAAATC--T-CTTATTAATTTTTAAAA
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* * * * * ** * *
15840894 TATCAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAGCTGATACAATTGTTTTATAA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
** * * * * * *
15840959 TGAAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGACTATTTGGACTT
66 CAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
** * * *
15841024 GTTTGGTAAATATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAA
131 GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATT-TTGAAA
* * *
15841075 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATACAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
15841140 CAAAACAAAAA
66 CAAAACAAAAA
15841151 TATAACTATT
Statistics
Matches: 794, Mismatches: 142, Indels: 67
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (179 bp):
TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
CAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTGAAA
Found at i:15841623 original size:181 final size:174
Alignment explanation
Indices: 15841184--15841943 Score: 463
Period size: 176 Copynumber: 4.3 Consensus size: 174
15841174 TAAATAGATT
* * *
15841184 TTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTT-GAATATTAATAAATTTGTAGTATTT-TATTTGAA
1 TTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAGAATATTAATAAATTAG-ATTATTTAT-TTTG-A
* * * * *
15841247 ATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATCACAAAGCAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATA
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* * * * ** *
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126 CAAATTTGTTCAAACAATAATAACTATTTGAACTTGCTAACAGATTCAA
* * *
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** * * * * *
15841426 AGCTTGTACAAATAGAAACAATTGTTGTGTGATAAAACAAAAGGTTATAACTATCTGAAGTACAT
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* *
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128 AATTTGTTCAAACAATAATAACTATTTGAACT--T---GCTAACAGATTCAA
15841542 TTTTTAAATC-CATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTTGAAT
1 TTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAG-ATTA-TTTATTTTGAAT
* * * * * * * * *
15841606 AAGACTT-TATGAATAGAAACAGTTCTTTTATGACTAAACAAATGGTCATAATAATTTGAAATA-
63 AAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTGTATCACAAAACAAAAGGTTATAACAATCTGAAATAC
* * ** * ** ** *
15841669 AATAATTGTTCATATCGTTAAATTAATTAGACTG-GTTTAG-TAAACAGATT-TA
127 AA-ATTTGTTCA-AACAAT-AA-TAACTA-TTTGAACTT-GCT-AACAGATTCAA
* * * * * *
15841721 TTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATACTAATAAATTAATATTATTTTATTTGGAACA
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT-AGATTA-TTTATTTTGAATA
* * * * * * * * *
15841786 AACTTATTTGAATA-AAA-AATTTGTT-TATGACAAAAGAATAGGTCATAACAATTTGAAATAGA
64 AGCTTGTATGAATAGAAACAA-TTGTTGTATCACAAAACAAAAGGTTATAACAATCTGAAATACA
* * * * * * *
15841848 TAA-TTGTTCAAATAGA-CATAATTATTTGAATTAGTTTGGTAAATAGAATT-AT
128 -AATTTGTTCAAACA-ATAATAACTATTTG-A--A-CTTGCT-AACAG-ATTCAA
*
15841900 TTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATT
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATT
15841944 TATTTTATTT
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184 6 0.01
185 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (174 bp):
TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGATTATTTATTTTGAATAAG
CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTGTATCACAAAACAAAAGGTTATAACAATCTGAAATACAAAT
TTGTTCAAACAATAATAACTATTTGAACTTGCTAACAGATTCAA
Found at i:15841637 original size:499 final size:494
Alignment explanation
Indices: 15840687--15841647 Score: 1087
Period size: 499 Copynumber: 1.9 Consensus size: 494
15840677 AACAGATTTA
* * *
15840687 TTTTTTAAATTTCTACTTATTAATAGTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTGTTTGGAATA
1 TTTTTTAAATTTCTACTTATTAATAGTTGGAATATTAATAAATTTATAGTATTTTATTTGAAATA
* * * * * **
15840752 AGCTTGTATGAATAGTAACAATTGTTTATGACAAAATAAAATGTAAAAATGATTTGAAATAGATA
66 AGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTATCACAAAACAAAAGGTAAAAACAATTTGAAATAGATA
**
15840817 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACATCTTCATTTTTAAATCTCTTAT
131 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATT--GTAAACAGATTCATTTTTAAATCTCTTAT
* * * ** *
15840882 TAATTTTTAAAATATCAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAGCTGATACA
194 TAAGTTTTAAAATATCAATAAATTAGTATTATGTTATTTCAAATAAGCCTATATCAAATGAAACA
* * * * * * * * *
15840947 ATTGTTTTATAATGAAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGA
259 ATTGTTGTATAATAAAACAAAAAGTTATAACAATCTGAAATACATAATTATTCAAACAATAATAA
* * ** * * **
15841012 CTATTTGGACTTGTTTGGTAAATATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATA
324 CTATTTGCACTGGTCAGGTAAAGATATTAATTTTTAAAATCCATTACTTATTAATTGTTGAAATA
* *
15841077 TTAATAAATTAATATTATTTTAATACAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACA
389 TTAATAAATTAACATTACTTTAATACAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACA
15841142 AAACAAAAATATAACTATTTAAACTTATTCGATAAATAGAT
454 AAACAAAAATATAACTATTTAAACTTATTCGATAAATAGAT
* * * *
15841183 TTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTTGAATATTAATAAATTTGTAGTATTTTATTTGAAA
1 TTTTTT-AAAT-TTCTACTTATTAATAGTTGGAATATTAATAAATTTATAGTATTTTATTTGAAA
* * * *
15841248 TAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATCACAAAGCAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAG
64 TAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTG-TTTATCACAAAACAAAAGGTAAAAACAATTTGAAATAG
15841313 A-AATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-TT-T-AACAGATTCATTTTTTAAATCTCT
128 ATAA-TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTGTAAACAGATTCA-TTTTTAAA--TC-
* * * * * *
15841374 TACTTATTAAGTTTTAGAATATTAATAAGTTAG-ACTTATGTTATTTCGAATAAGCTTGTA-CAA
188 T-CTTATTAAGTTTTAAAATATCAATAAATTAGTA-TTATGTTATTTCAAATAAGCCTATATCAA
* * * * * *
15841437 ATAGAAACAATTGTTGTGTGATAAAACAAAAGGTTATAACTATCTGAAGTACATAATTGTTCAAA
251 AT-GAAACAATTGTTGTATAATAAAACAAAAAGTTATAACAATCTGAAATACATAATTATTCAAA
15841502 CAATAATAACTATTTGCACTGGTCAGGCTAACAGAT-TTAATTTTT-AAATCCATTACTTATTAA
315 CAATAATAACTATTTGCACTGGTCAGG-TAA-AGATATTAATTTTTAAAATCCATTACTTATTAA
* * * *** * * *
15841565 TT-TTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTTGAATAAGACTT-TATGAATAGAAACAG
378 TTGTTGA-AATATTAATAAATTAACATTACTTTAATACAAATAAG-CTTGTATGAACAAAAACAA
* *
15841628 TTCTTTTATGACTAAACAAA
441 TTATTTTATGACAAAACAAA
15841648 TGGTCATAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (494 bp):
TTTTTTAAATTTCTACTTATTAATAGTTGGAATATTAATAAATTTATAGTATTTTATTTGAAATA
AGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTATCACAAAACAAAAGGTAAAAACAATTTGAAATAGATA
ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTGTAAACAGATTCATTTTTAAATCTCTTATTA
AGTTTTAAAATATCAATAAATTAGTATTATGTTATTTCAAATAAGCCTATATCAAATGAAACAAT
TGTTGTATAATAAAACAAAAAGTTATAACAATCTGAAATACATAATTATTCAAACAATAATAACT
ATTTGCACTGGTCAGGTAAAGATATTAATTTTTAAAATCCATTACTTATTAATTGTTGAAATATT
AATAAATTAACATTACTTTAATACAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAA
ACAAAAATATAACTATTTAAACTTATTCGATAAATAGAT
Found at i:15841765 original size:179 final size:178
Alignment explanation
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Period size: 179 Copynumber: 6.4 Consensus size: 178
15841164 ACTTATTCGA
* * * * *** * *
15841174 TAAATAGATTT-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTT-GAATATTAATAAATTTGTAGTAT
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* * * * * * * * *
15841237 TTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATCAC-AAAGCAAAAGGTTATAGC
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* * * *
15841301 AATTTGAAATAGAA-ATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT--TTT--
127 AATTTGAAATA-AATAATTGTTCAAATAGACATAATTATTAGAACTAGTTTAG
* * * *
15841349 T-AACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTAGAATATTAATAAGTTAGAC-TTA
1 TAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA-ACATTA
* * * * ** * * * * *
15841412 -TGTTATTTCGAATAAGCTTGTACAAATAGAAACAA-TTGTTGTGTGATAAAACAAAAGGTTATA
64 CT-TTATTTGGAACAAACTTATATGAATA-AAA-AATTTGTT-TATGACAAAAGAATAGGTCATA
* * * * * * * * * * *
15841475 ACTATCTGAAGTACATAATTGTTCAAACA-ATAATAACTATTTGCACT-GGTCAGG
125 ACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGA-CATAATTATTAGAACTAGTTTA-G
* *
15841529 CT-AACAGATTTAATTTTTAAATC-CATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATT
1 -TAAACAGATTT-ATTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAACATT
* * *
15841592 ACTTTATTTTGAATAAGACTT-TATGAATAGAAACAGTTCT-TTTATGACTAAACA-AAT-GGTC
63 ACTTTATTTGGAACAA-ACTTATATGAATA-AAA-AATT-TGTTTATGAC-AAA-AGAATAGGTC
* * * ** *
15841653 ATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATCGTTA-AATTAATTAG-ACTGGTTTAG
122 ATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGACATAATT-ATTAGAACTAGTTTAG
* * * *
15841709 TAAACAGATTTATTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATACTAATAAATTAATATTATT
1 TAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAACATTACT
*
15841774 TTATTTGGAACAAACTTATTTGAATAAAAAATTTGTTTATGACAAAAGAATAGGTCATAACAATT
66 TTATTTGGAACAAACTTATATGAATAAAAAATTTGTTTATGACAAAAGAATAGGTCATAACAATT
* * * *
15841839 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATAATTATTTGAATTAGTTTGG
131 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGACATAATTATTAGAACTAGTTTAG
* * * * * ** *
15841887 TAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATTTTAT
1 TAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAACATTAC
* * * * * * *
15841952 TTTGTTCT-GAA-TAAGTTAATAAGAACTAAAAAAATGGTTTAAT-ACAAACA-AA-AGGTCCTA
65 TTTATT-TGGAACAAACTT-ATATGAA-TAAAAAATTTGTTT-ATGACAAA-AGAATAGGTCATA
** ** * * * * *
15842012 ATGATTTGAGGTAAAGAATTGTTCATATAGCCATAACTACTT-GAACTAGTTTGG
125 ACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGACATAATTA-TTAGAACTAGTTTAG
* * * * * * * * * ** *
15842066 CAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTTAGTTCTTAATTTTCAGAATATTATTACATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAACATTAC
** * * * * * * * * * *
15842131 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAACTAT-TTTATGATAGAACAAAAGGTTATAAC
65 TTTATTTGGAACAAACTTATATGAA-TAAAA-AA-TTTGTTTATGACAAAAGAATAGGTCATAAC
* * * * **
15842195 AATTTAAAATATATAATTGTTCAAATAGTC--AACTATTTA-AACT-GCTTCGG
127 AATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGACATAATTA-TTAGAACTAG-TTTAG
* * * * * *
15842245 TAGACATATTTATTTTTTCAATCTCCTA-TGTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTA
1 TAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAACATTA
*
15842309 TTTTATT
64 CTTTATT
15842316 CCAATTAGGC
Statistics
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183 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
TAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAACATTACT
TTATTTGGAACAAACTTATATGAATAAAAAATTTGTTTATGACAAAAGAATAGGTCATAACAATT
TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGACATAATTATTAGAACTAGTTTAG
Found at i:15843157 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 15842394--15843336 Score: 721
Period size: 181 Copynumber: 5.3 Consensus size: 177
15842384 ATAATTGATC
* * * * * * *
15842394 AAGCTTTTATGAACTA-AAATAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAG
1 AAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAA
* ** * * * * * * *
15842458 ATGATTTTTCAAATAGTCAT--CTATTTGTACTTATTCGATAAATAGATTTATTTTTTTAATTTC
65 ATAATAGTTCAAATGGACATAACTATTTGAACTTGTTAG-TAAAAAGATTTATTTTTTAAATTTC
* * * * * * *
15842521 TTGCCTGTTAATTTTTTGTATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAGT
129 ---CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * * * ** *
15842573 AAGCTT-TATGAACTA-AAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAC
1 AAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAA
* * * * * * * *
15842636 ATAATAGTTCTAATAGTA-TTAACTATTTAAACTAGTTTAGCAAACACATTTATTTTTTAAA--T
65 ATAATAGTTCAAAT-GGACATAACTATTTGAACTTG-TTAGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATTT
* * * * * * *
15842698 CCTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTGTACTCCAACT
128 CCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTT-TATTTCAAAT
* * * * * * *
15842749 AAGGTTGTATGAATAGAAACAAATGTTTTAGGACAAAA-AAAAGATTATAATTATTTGAGATAGA
1 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAA
* * * * * *
15842813 TAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAGAAGATTTAGTTTTTAAATTT-
66 TAA-TAGTTCAAATGGACATAACTATTTGAACTTGTT-AGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATTTC
* * * *
15842876 CTTAATAATTTTCAAAATAGTAATAAA-TAGTATTATTTTA-TTCTAAAT
129 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAAT
** * *
15842924 AATTTTGTAAGAATAGAAACAATTGTTTTTATGACAAAACAGAATG-TCATAATGATTTGAAATA
1 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG-TTTTATGACAAAACA-AAAGATCATAATGATTTGAAATA
* * * * *
15842988 TATAATAGTTTAAATGGACATGACTAGTTGAACTTGTGTAGTAAAAAGATTAATTTTTTAAATCT
64 AATAATAGTTCAAATGGACATAACTATTTGAACTTGT-TAGTAAAAAGATTTATTTTTTAAAT-T
*
15843053 TCAACTTATTAATTTTTAGAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
127 TC--CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
*
15843106 AAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAA
1 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAA
* * * * * * * *
15843171 AAATTGTTCAAA-GAGTCATAACTATTTGAATTTGCATGGTAAATAGATTTATCTTTTAAATCTT
66 TAATAGTTCAAATG-GACATAACTATTTGAACTTG-TTAGTAAAAAGATTTATTTTTTAAAT-TT
* * * * *
15843235 CTACTTA-TAAATTTTGGAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTCCGAAT
128 C--CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * * * *
15843286 AATCTTGTTTAAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATGGTCATAA
1 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA
15843337 CTATTTAGTC
Statistics
Matches: 606, Mismatches: 131, Indels: 53
0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 2 0.00
175 58 0.10
176 95 0.16
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179 6 0.01
180 113 0.19
181 115 0.19
182 39 0.06
183 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAA
TAATAGTTCAAATGGACATAACTATTTGAACTTGTTAGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATTTCCT
TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
Found at i:15843617 original size:64 final size:63
Alignment explanation
Indices: 15843536--15843669 Score: 151
Period size: 63 Copynumber: 2.1 Consensus size: 63
15843526 CATAACTTTT
** * * * * **
15843536 TAAACTTGTTTGATAAACAGATTCATTTTTTTAATTCTTTTACTTATTCATTTTTGAAATATTAA
1 TAAA-TTGTTTGATAAACAGATTCA-TTTTGAAAATCTTTTACCTATTAATTGTCAAAATATTAA
* * *
15843601 TAAATTGTTTGGTAAACATATTTATTTTGAAAATCTTTTACCTATTAATTGTCAAAATATTAA
1 TAAATTGTTTGATAAACAGATTCATTTTGAAAATCTTTTACCTATTAATTGTCAAAATATTAA
15843664 TAAATT
1 TAAATT
15843670 AATATTATTT
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 11, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
63 37 0.64
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Consensus pattern (63 bp):
TAAATTGTTTGATAAACAGATTCATTTTGAAAATCTTTTACCTATTAATTGTCAAAATATTAA
Found at i:15843738 original size:25 final size:24
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Indices: 15843704--15843760 Score: 87
Period size: 25 Copynumber: 2.3 Consensus size: 24
15843694 TTGATTGAAC
15843704 AAAAACAATTGTTTTATGACAGAAA
1 AAAAACAATTGTTTTATGACA-AAA
*
15843729 AAAAATAATTGTTTTATGACAAAA
1 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
*
15843753 CAAAACAA
1 AAAAACAA
15843761 AAAGTTATCC
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 3, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
24 9 0.31
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Consensus pattern (24 bp):
AAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
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Indices: 15843778--15847110 Score: 1811
Period size: 181 Copynumber: 18.6 Consensus size: 175
15843768 TCCCAAGTTA
* ** ** * * * *
15843778 AAATAAATAATTGCACAAATAGTCATAACGATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTA
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTA
* * * *
15843843 TATCTTTTACTTACTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCT
66 -AAC-TCTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTG-AATAAGCT
** * * * *
15843906 TGTATGAATAGAATAAATCATTTTATGACAAAACAAAATGTTATAGCTATTTC
126 TGTATGAATA-AA-AAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ATATTTG
* * * *
15843959 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCGTTAAACAGATTCATTTTTTA
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTA
* * * * * * *
15844024 AATTTCTAGATTATTAATTTTTGGAATACTAATAGCA-TAGTATTATTTTATTTTCAATAAGCCT
66 AA-CTCTA-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTT
* * * * ** *
15844088 ATATAAACTGAAATAATTTTTTTATGATTAAACTAAAGGTC-----A----
127 GTATGAA-T-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATATTTG
* * * * * * ** * *
15844130 AAA-CGATAATTATTCAAATAGTCTTGACTATTTGATCTAATTCGATAAACATATTTATTTTTAA
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* * * ** *
15844194 AATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTAATATTTTAATTTGAATAAGCTTG
66 AA--CTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTG
* * * * * * *
15844259 TGTGAACAAAAACTATTGTTTTATAACAGAACAAAAAGTAATAAGATTTG
128 TATGAATAAAAA--ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATATTTG
* * ** * * *
15844309 AAATAAATAATTGCTT-AAATTGTCATAATTATTTGAACTAATTTGATAAATAGATTTATTTTTT
1 AAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTT
** * * *** * * *
15844373 -AACTCT-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATTAATATTATTTTATCCCAAATAAACGTAT
65 AAACTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTGAATAAGCTTGT
* *
15844436 ATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTG
129 ATGAATAAAAA-A-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTG
* * * * * *
15844486 AAATAGATACTTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAAATGGTT-AAGTAAACAAAATTAATTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGA-TAAAC-AAATTTA-TTTT
* * * *
15844550 TTAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTGTTCTAAATAAGC
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* * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * *
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* * ** * * ** * *
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* * *
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* * ***
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* * * * *
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* * * * * * *** *
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* * * *
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*** * * * * * ***
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* ** * * *
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* * * * * *
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* *
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* * * *
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* * * * *
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** * * * * * * ** * * *
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** * ** * ** *
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* * * *** *
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* * * *
15846710 CTTACTGATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAAAAAGCTTGTATG
63 C-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATG
* * * * * *
15846774 --TTGAAAAGAAATTGTTTTATGACAAAACGATAGCTAATAGA-GATTTGAAATA
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*** * * * * * *** *
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* * * * * * *
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* * * *
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*
15847071 CTCATGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTAT
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15847111 GTAAGATTAT
Statistics
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184 8 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTA
CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTA
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
Found at i:15845736 original size:356 final size:355
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Period size: 359 Copynumber: 9.1 Consensus size: 355
15843857 TAATTGTCTT
* * * **
15843867 AATATTAATAAATTTGTATTA-TTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAATA-AATCATTTT
1 AATATT-ATAAATTAGTATTATTTTTA-CTG-AATAAGCTTATATGAA-A-AA-ACAATTGTTTT
* * * * * * *
15843930 ATGACAAAACAAAATG-TTATAGCTATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTA
60 ATGACAAAACAAAA-GATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
** * * * * * *
15843994 AACTTG-TTCGTTAAACAGATTCATTTTTTAAAT-TTCTAGATTATTAATTTTTGGAATACTAAT
124 AA-TTGATTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA-CTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * * * * * *
15844057 AGCA-TAGTATTATTTTATTTTCAATAAGCCTATAT-AA-ACTGAAATAATTTTTTTATGATTAA
187 A-AATTAGGATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATA-TGAAACAA-TTATTTATGACTAA
* * * * * * *
15844119 AC-TAAAGG---T--C-A----AAA-CGATAATTATTCAAATAGTCTTGACTATTTGATCTAATT
249 ACAAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTTTTAACTATTTGAACTAGTT
** * * * * **
15844172 CGATAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAA
314 CGGCAAACAAATTTATTTTTTAAA---TCT-CTTATTAATTTTTGA
* * * * * *
15844218 AATATTAATAAATTAGTAATATTTTAATTTGAATAAGCTTGTGTGAACAAAAACTATTGTTTTAT
1 AATATT-ATAAATTAGTATTATTTTTA-CTGAATAAGCTTATATG-A-AAAAACAATTGTTTTAT
* * * * *
15844283 AACAGAACAAAA-AGTAATAA-GATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATTGTCATAATTATTTGA
62 GACAAAACAAAAGA-TCATAACGATTTGAAATAAATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * * * ** *
15844345 ACTAATTTGATAAATAGATTTATTTTTT-AA-C-TCT-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGA
125 ATTGATTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
** **** * * * * * * * *
15844406 TTAATATTATTTTATCCCAAATAAACGTATATGAACA-AAAACATTTGTTTTATGACAAAAC-AA
190 TTAGGATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATATGAAACAATT-ATTTATGACTAAACAAA
* * * ** * * * ** *
15844469 AAGGTTATAATGATTTGAAATAGATACTTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAAATGGTTAAGTA
254 AAGGTTATAACGATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTTTTAACTATTTGAACTAGTTCGGCA
* *
15844534 AACAAAATTAATTTTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
319 AAC-AAATTTA-TTTTTTAA-ATC-T-CTTATTAATTTTTGA
* * *
15844576 AATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTGTTCTAAATAAGCTAGTATAAATTG-AAAAA-AATTGTT
1 AATATT-ATAAATT-AGTATTATTTT-TACTGAATAAGCT--TAT--A-TGAAAAAACAATTGTT
* * * * **
15844638 TTATCACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTTTTAACTATTT
58 TTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * *
15844703 GAA-TGGTTC-AGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATACTATT
123 GAATTGATTCGA-CAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * * * *
15844766 AGATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA-AAAATAATTATTTTATGA-TAGAA
187 AAATTAGGATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATATGAAACAATTA-TTTATGACTA-AA
* * *
15844829 C-AAAAGGTTATAACGATTTGAAGT-GAACAAATGTTCAAATAGTTATT-ACTATTTGAACTAGT
250 CAAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAG-ACAATTATTCAAATAGTT-TTAACTATTTGAACTAGT
**
15844891 TCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGA
313 TCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGA
* * *
15844934 AAGATTGATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGATAAAAAAAACAATTGTTAT
1 AATATT-ATAAATTAGTATTATTTT-TACTGAATAAGCTTATATG----AAAAAACAATTGTTTT
* * * * * * * *
15844999 ATGACCAAACAAAAGGA-AATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATGGCCATAATTATTTG
60 ATGACAAAACAAAA-GATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * *
15845063 AATTGATTCCATAAACAAATTAATTTTTTAAATC----ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAA
124 AATTGATTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
* * *
15845124 ATTAGTG-TCAATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
189 ATTAG-GAT-TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATATGAAACAATT-ATTTATGACTAAAC
* * * ** * * * * *
15845187 AAAAA-GTCATAATGATTTTAAATAGACAATTATTCAAATAGTCATAATTATCTAAATTTGTTCG
251 AAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTTTTAACTATTTGAACTAGTTCG
15845251 GCAAACAAATTTACTTTTTTAAACTCTTGCTTATTAATTTTTGA
316 GCAAACAAATTTA-TTTTTTAAA-TC-T-CTTATTAATTTTTGA
* * * * *
15845295 AATATTAAGAAATTAGTATTATTTTT-TTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTG-GTTATG
1 AATATT-ATAAATTAGTATTATTTTTACTGAATAAGCTTATATGAA--AAAACAATTGTTTTATG
* * *
15845358 TCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
63 ACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-T
* * * ** *
15845423 TG-TTCGACAAACATATTTATTTTTTCCAATCTTTTGCTTATTAATTTTCCAAATGTTAATAAAT
127 TGATTCGACAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
* * * * *
15845487 TTGGATTATTTTATTCTGAATAGGCTTGTA-AAATATGAAACAAATATTTATGACTAAACAAAAA
191 TAGGATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATATGAAACAATTATTTATGACTAAACAAAAA
* * * * * *
15845551 GGTTAGAACGATATGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAA
256 GGTTATAACGATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTTTTAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAA
* * * **
15845616 CACATTTATTTTTTAGATCTCTTATTAATCTTCAA
321 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGA
* * *
15845651 AATATTATTAAATTAGCATTATTTTTAACTAAATAAGCTTATATG-AGAAACAATTGTTTTATGA
1 AATATTA-TAAATTAGTATTATTTTT-ACTGAATAAGCTTATATGAAAAAACAATTGTTTTATGA
** ** * * * * *
15845715 CAAAA-ACAAAGATTTTAACGATTT-AAGATTGATATTTGTTCAATTAGTTATAACGATTTGAAC
64 CAAAACA-AAAGATCATAACGATTTGAA-ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
* ** * * * *
15845778 TGATTTGGTATACAAATTTATTGTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATT
127 TGATTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
** * * *
15845843 ACTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATCA-AAAAGAATTTTTTTATGAC--AACACAA
192 AGGATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-ATGAAACAA-TTATTTATGACTAAACA-AA
* * * * * * * * * *
15845904 AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCTATAATTATTTTAACT-GATTCAGT
254 AAGGTTATAACGATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTTTTAACTATTTGAACTAG-TTCGGC
* * *
15845968 AAACAGATCTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAA-TTTGGAA
318 AAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTG-A
* * * ***
15846010 AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCCATATAAGCTTGTATTAGCTGAAACAATTGTTTTA
1 AATATT-ATAAATTAGTATTATTTTTACT-GA-ATAAGCTTATA-T-GAAAAAACAATTGTTTTA
** * * * * * ** * * * * * * * *
15846074 TGATGAATCACAAGGTTAAAATTATTTTAAATAGACAACTATTCAAATAATAATAACTATTTCAA
61 TGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * *
15846139 CTTG-TTC-AGTAAATAGATTTTAATTTTTTAATTCTCTTT-CTTA-TAATATTTTG-AATGTTA
126 -TTGATTCGA-CAAACA-AATTT-ATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAAT-TTTTGAAATATTA
** * * * * *
15846199 ATAAATTACTATTAATTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTA--AAACAATTGTTTTATAACTA
185 ATAAATTAGGATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TATGAAACAATT-ATTTATGACTA
* * * * * * * * * * * * *
15846262 AAC-AAAATGTCAAAAACAATTTGAAATAAATAATTTTTCTAATAATCTTAGCGATTTGAA-TTG
248 AACAAAAAGGT-TATAACGATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTTTTAACTATTTGAACTAG
* * *
15846325 ATTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAAAT-TCTTATTAATTTTTGA
312 -TTCGGCAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTATTAATTTTTGA
* ** * * * **
15846370 AATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTACGAGCAAAAA-AATTGTTCTGC
1 AATATTA-TAAATTAGTATTATTTTTA-CTGAATAAGCTTATATGA--AAAAACAATTGTTTTAT
* * * * * * * * * * * *
15846434 GGCAAAAGAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGATAATCGTTCATATAGTCTTAACTATTTCAAC
62 GACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
* ** * * * * * ** *
15846499 TGGTTC-AGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTTTTGGC-TATTAAGTTTCAAAATATT-ATTAA
127 TGATTCGA-CAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * ** * * * * * *
15846561 TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAATAGTATGAA-AAGAACCGATTGTTT-GGTAGC-AAA-AT
190 TTAGGATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATATGAAACAATTATTTATG-A-CTAAACA-
* * * *** * *
15846622 AAAATGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAAT-GATTTG
252 AAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTTTTAACTATTTGAACTAG-TTCG
* *** * *
15846686 G-TAAGTGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTATTGA
316 GCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-T--T-ATTAATTTTTGA
* * * * *
15846729 AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCAAAAAAGCTTGTATGTTGAAAAGA-AATTGTTTT
1 AATATT-ATAAATTAGTATTATTTTTA-CT-GAATAAGC-T-TAT-ATGAAAAAACAATTGTTTT
* * * * * *** * * * *
15846792 ATGACAAAACGATAGCTAATAGA-GATTTGAAATAGATTGCTATT-TAA-AGGCTATAATTATTT
60 ATGACAAAACAAAAGATCATA-ACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTT
* * ** *** * * **
15846854 GAACTGATTTGGTAAATTGATTTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATA
123 GAATTGATTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* ** * * * * *
15846919 AAGTATTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTA-G-AACAATTGTGTGATGACAAAAC
188 AATTAGGATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TATGAAACAATTAT-TTATGACTAAAC
* * * * * * * * ** * *
15846982 -AAATGGTCATCATGATTTTAAGTAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCG
251 AAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTTTTAACTATTTGAACTAGTTCG
* * *
15847046 GTAAATAGATTTATTTTTTTCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTG-
316 GCAAACAAATTTA-TTTTTT-AAA--TC-T-CTTATTAA-TTTTTGA
*
15847092 AATGTTAATAAATTAGTAT
1 AATATT-ATAAATTAGTAT
15847111 GTAAGATTAT
Statistics
Matches: 2231, Mismatches: 494, Indels: 324
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
345 3 0.00
346 65 0.03
347 2 0.00
348 4 0.00
349 4 0.00
350 55 0.02
351 58 0.03
352 11 0.00
353 3 0.00
354 10 0.00
355 164 0.07
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357 219 0.10
358 165 0.07
359 350 0.16
360 337 0.15
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366 2 0.00
367 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (355 bp):
AATATTATAAATTAGTATTATTTTTACTGAATAAGCTTATATGAAAAAACAATTGTTTTATGACA
AAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGAT
TCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGGA
TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATATGAAACAATTATTTATGACTAAACAAAAAGGTTA
TAACGATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTTTTAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAACAAAT
TTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGA
Found at i:15846001 original size:715 final size:710
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Indices: 15843833--15846062 Score: 1804
Period size: 717 Copynumber: 3.1 Consensus size: 710
15843823 GTAAATAGAT
* * * * *
15843833 TTATTTTTTATATCTTTTACTTACTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATT-
1 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTC
* * * ** * * * * * *
15843895 TGAAATAAGCTTGTATGAA-T-AGAATAAATCATTTTATGACAAAACAAAATGTTATAGCTATTT
64 T-AAATAAGCTAGTATAAACTGA-AAAAAATTGTGTTATCACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * * * * * * *
15843958 CAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTC-GTTAAACAGATTCATTTTT
127 GAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGGTTCAG-CAAACATATTTATTTTT
* *** * *
15844022 TAAATTTC-TAGATTATTAATTTTTGGAATACTAATAGCA-TAGTATTATTTTATTTTC-AATAA
190 TAAATCTCTTAG-TTATTAATTTTCCAAATACTAATA-AATTAGGATTATTTTA-TTTCGAATAA
* * ** * * * * * *
15844084 GCCTATATAAACTGAAATAATTTTTTTATGATTA-AACTAAAGGTCAAAACG--AT--AAT----
252 GCTTGTATAAACAAAAACAAATATTTTATGA-TAGAACAAAAGGTTAGAACGATATGAAATGAAC
* * * * * * *
15844140 ---TATTCAAATAGTCT-TGACTATTTGATCTAATTCGATAAACATATTTATTTTTAAAATTTTT
316 AAATATTCAAATAGT-TATTACTATTTGAACTAGTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAA---TC
* * * * * * * *
15844201 TACTTATTAAT-TGTCAAAATATTAATAAATTAGTAATATTTTA-ATTTGAATAAGCTTGTGTGA
377 T-CTTATTAATCT-TCAAAAGATTGATAAATTAGCATTATTTTATA-CTAAATAAGCTTATATG-
* * * * *
15844264 ACAAAAACTATTGTTTTAT-AACAGAACAAAAAGTAATAA-GATTTGAAATAAATAATTGCTT-A
438 A-AAAAACAATTGTTATATGACCA-AACAAAAAGAAATAACGATTTGAAATAGATAATTG-TTAA
* * ** * ** * * * * * *
15844326 AATTGTCATAATTATTTGAACTAATTTGATAAATAGATTTATTTTTTAACTCTCTTATTAATTTT
500 AATAGCCATAACGATTTGAACTGATTCCATAAACAAATTAATTGTTTAAATCACTTATTAATTTT
** **** * * * * *
15844391 CAAAATATTAATAGATTAATATTATTTTATCCCAAATAAACGTATATGAACAAAAACATTTGTTT
565 TGAAATATTAATA-ATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAAAATTT-TTT
* * *
15844456 TATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATACTTATTCAAATAGTCATAATTATTTG
628 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTA
*
15844521 AAATGGTTAAGTAAACAAAA
693 AAAT-GTTCAGTAAAC-AAA
* *
15844541 TTAATTTTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTGTTC
1 TT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTGTTC
* * *
15844605 TAAATAAGCTAGTATAAATTGAAAAAAATTGTTTTATCACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
64 TAAATAAGCTAGTATAAACTGAAAAAAATTGTGTTATCACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* **
15844670 AATAAATAATTGTTCATATAGTTTTAACTATTTGAATGGTTCAGCAAACATATTTATTTTTTAAA
129 AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATGGTTCAGCAAACATATTTATTTTTTAAA
** * * *
15844735 TCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATACTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTA
194 TCTCTTAGTTATTAATTTTCCAAATACTAATAAATTAGGATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTA
* * * * * * *
15844800 TGAACAAAAATAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAGTGAACAAATGTTC
259 TAAACAAAAACAAATATTTTATGATAGAACAAAAGGTTAGAACGATATGAAATGAACAAATATTC
* *
15844865 AAATAGTTATTACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTT
324 AAATAGTTATTACTATTTGAACTAGTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATCT
** * * *
15844930 TTGAAAGATTGATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGATAAAAAAAACAATTG
389 TCAAAAGATTGATAAATTAGCATTATTTTATACTAAATAAGCTTATATG----AAAAAACAATTG
* * * **
15844995 TTATATGACCAAACAAAAGGAAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATGGCCATAATTAT
450 TTATATGACCAAACAAAAAGAAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGCCATAACGAT
* * *
15845060 TTGAATTGATTCCATAAACAAATTAATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA
515 TTGAACTGATTCCATAAACAAATTAATTGTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AA
* * * ** * *
15845125 TTAGTGTCAATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
579 TTAATAT-TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAAAATTTTTTTATGACAAAACAAA
* * * * * * *
15845190 AAGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTATTCAAATAGTCATAATTATCTAAATTTGTTCGGCAA
642 AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAA-ATGTTCAGTAA
15845255 ACAAA
706 ACAAA
* *
15845260 TTTACTTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTT-TT-
1 -TTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTC
** ** * * ** *
15845322 TGGATAAGCTTTTATGAACT-AAAACAATTG-GTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTA
64 TAAATAAGCTAGTATAAACTGAAAAAAATTGTGTTATCACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
*
15845385 AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GACAAACATATTTATTTTTTC
129 AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGGTTCAG-CAAACATATTTATTTTTT-
* * ** * *
15845449 CAATCT-TTTGCTTATTAATTTTCCAAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTA-TTCTGAATAGGC
191 AAATCTCTTAG-TTATTAATTTTCCAAATACTAATAAATTAGGATTATTTTATTTC-GAATAAGC
* *
15845512 TTGTA-AAATATGAAACAAATA-TTTATGACTA-AACAAAAAGGTTAGAACGATATGAAAT-AGA
254 TTGTATAAACA-AAAACAAATATTTTATGA-TAGAAC-AAAAGGTTAGAACGATATGAAATGA-A
* * * * * * * *
15845573 TAATTATTCTAATAGTT-TTAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAGATCTC
315 CAAATATTCAAATAGTTATT-ACTATTTGAACTAGTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* *
15845637 TTATTAATCTTCAAAATATT-ATTAAATTAGCATTATTTT-TAACTAAATAAGCTTATATG-AGA
379 TTATTAATCTTCAAAAGATTGA-TAAATTAGCATTATTTTAT-ACTAAATAAGCTTATATGAAAA
* ** * * * *
15845699 AACAATTGTTTTATGA-CAAA-AACAAAGATTTTAACGATTT-AAGATTGATATTTGTTCAATTA
442 AACAATTGTTATATGACCAAACAA-AAAGA-AATAACGATTTGAA-ATAGATAATTGTTAAAATA
** *** * *
15845761 GTTATAACGATTTGAACTGATTTGGTATACAAATTTATTGTTTAAATCTATTACTTATTAATTTT
504 GCCATAACGATTTGAACTGATTCCATAAACAAATTAATTGTTTAAATC----ACTTATTAATTTT
*
15845826 TGAAATATTAATCAATTACTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAAGAATTTTTT
565 TGAAATATTAAT-AATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAA-AATTTTTT
* *
15845891 TATGACAACACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-GGCTATAATTATTT
628 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAATTATTT
* * *
15845955 TAACTGATTCAGTAAACAGA
692 AAAATG-TTCAGTAAACAAA
* * *
15845975 TCTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAA-TTTGGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
1 T-TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTC
* * * * *
15846039 CATATAAGCTTGTATTAGCTGAAA
64 TAAATAAGCTAGTATAAACTGAAA
15846063 CAATTGTTTT
Statistics
Matches: 1240, Mismatches: 215, Indels: 124
0.79 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
707 2 0.00
708 10 0.01
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Period size: 23 Copynumber: 2.3 Consensus size: 22
15865995 TGAAATAATA
15866005 ATAATATATATTTAATAAATATT
1 ATAA-ATATATTTAATAAATATT
15866028 ATTAAATATATTT-ATAATATATTT
1 A-TAAATATATTTAATAA-ATA-TT
15866052 ATAAAT
1 ATAAAT
15866058 TAAATGATAA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 6
0.82 0.00 0.18
Matches are distributed among these distances:
22 4 0.15
23 17 0.63
24 6 0.22
ACGTcount: A:0.51, C:0.00, G:0.00, T:0.49
Consensus pattern (22 bp):
ATAAATATATTTAATAAATATT
Found at i:15866463 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 15866446--15866489 Score: 54
Period size: 14 Copynumber: 3.1 Consensus size: 14
15866436 TTAATTATTC
15866446 TTTATATATTAAAT
1 TTTATATATTAAAT
*
15866460 TTTA-ATATAATAAT
1 TTTATATATTA-AAT
15866474 TTTAATATATTAAAT
1 TTT-ATATATTAAAT
15866489 T
1 T
15866490 ATAATTTATA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 5
0.78 0.06 0.16
Matches are distributed among these distances:
13 5 0.20
14 10 0.40
15 5 0.20
16 5 0.20
ACGTcount: A:0.45, C:0.00, G:0.00, T:0.55
Consensus pattern (14 bp):
TTTATATATTAAAT
Done.