Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167916.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_180, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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Found at i:544 original size:179 final size:181
Alignment explanation
Indices: 5--3794 Score: 2106
Period size: 181 Copynumber: 21.5 Consensus size: 181
1 ACAC
* * * *
5 TTGTTTC-AGTTCATATAAGC--TTTTGAAGTAAGATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAAT
1 TTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * * * * *
66 TAATGAGTAAGAGAATT-AAATA-AAATATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGATTAT
65 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTAT-TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * *
129 CTGAATAATTATCTATTTCAAAACATTATAATTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
129 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * ** * *
182 TTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAAT-ATTTTAAATTTATTAATAATCCAAAAAT
1 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTTTTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * * *
246 TAATAAGT-AAA-ATTTTAAAAATAAATATGTTTT--CTAACATGTTCAAATAGTTATGACTATT
65 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* ** * *
307 TGAAGAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTT-TTTTGTCATAAACCAA
130 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAA
** * * * * *
358 TTGTTTCTATTTGTAAAACCTTTTTTGACATAAAATAATACAAATTTATTAA-ATTCCAAAAATT
1 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* *
422 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTTACCGAGCAAGTTCAAATAG-TATGACTATTT
66 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * *
486 GAACAATTATTTATTTTAAATCATTATGATCTTTGTTTTTTCATAAAACAA
131 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * *
537 TTGTTTCTATTCATACAA-TTTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAGTATTTCTAAAAA
1 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTT-TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAA
*** * * * *
601 TTAATAAGTTTGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTA-CAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCAT
64 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * *
664 TTGAACTATT-TCTATTTCAAATCATAATGA-CATTGTTTTGTCGTAAAATAA
129 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * * ** * * * ** *
715 TTGTTTTTGTTCATGCAA-ATTATTCAAAATAAAATAATACTTATATATTAAGATTTTGATAATT
1 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * *
779 -A-AA--AAGAGATTTAAAAACA-AAATCTA-TTTACCAAAACAA-TTCAAATATTTATGACTAT
66 AATAAGTAAAAGATTTAAAAA-ATAAATTTATTTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * *
837 TTGAACACTTATCTATCTCAAATCTTTATGATCTTTATTTTGTC--AAAA-AA
129 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * * * * *
887 ------CAATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTAAATAATATTCCAAAAGTT
1 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * * *
946 AGTAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATGTATTTGT--CAAACTAGTTCCAAGTAGTTAAGACTA
66 AATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATTTATTT-TACCAAACAAGTT-CAAATAGTTATGACTA
* * * * *
1008 TTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTT-TTAACTTT-TTTTAGTCAT-AAACAA
128 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTGTTTT-GTCATAAAACAA
* * ** * *
1060 TTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTC-AAAAG
1 TTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * * * * * *
1122 T-ATGAGCAATACATTTAAAAAAATATAAATT-GTTTGCCAAACAAGTTGAAATAGATT-TGACT
65 TAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATA-AATTTATTTTACCAAACAAGTTCAAATAG-TTATGACT
* * *
1184 ATTTGAACAATTATTTCTTT-AAAGTCATTATGA-CTTTTTTGTTTGTCATAAAACAA
127 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGATC-TTTGT-TTTGTCATAAAACAA
* * * * * *
1240 TTTGTTT-AAGTTCATAAAAACTTATCTGAAATAAAATAATACTACTTTATT-ATATTTC-AAAA
1 -TTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
** * * * * * *
1302 GCAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTGAATATT-TTTT------GAAGTTCAAATAATTATGACTA
64 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TTATTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * *
1360 TTTGAA-AA-TATCAATCTCAAATCATTATGAT-TTTTTTTTCTCATAAAACAA
128 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * *
1411 TTG-TT-T-TTCAT--AAGCTTATTCGATA-AAAATAACACT-ATTTA-TAATA-TTC-AAAATT
1 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * * * *
1466 AATAAG----AGATTT-AAAAATGAA-GT-GTTT--GAATC-ACTTC-AATAGTTATGACTATTT
66 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * *
1520 G-A-AA-TA--TATCTCAAATCATT-TGA-CCTT-TTTT-TC-TATAACAA
131 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * *
1561 -T-TTTC-AATCAT--AAGC-TTATTCAAATAAAAATAATACTAATTT-TT-ACA-TTC--AAAT
1 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTTTTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
** * * * * * *
1615 TAAT-AGGCATAGATTT-GAAAATAAATGT-GTTTGCCAAATCAAGTTCAAAAAGTTTATGACTA
65 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAG-TTATGACTA
* * *
1677 TTTCAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGA-CATTTGTTTTATCATAAAACAA
128 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * *** *
1731 TTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAAT
1 TTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * * * * * *
1795 TAATAAGTAAGAA-ATTTTAAAAAATAAA-TCAGTTTATCGAATC-AGTTCAAATAATCATGGCC
65 TAATAAGTAA-AAGA-TTTAAAAAATAAATTTATTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * *
1857 ATTTAAATAACTATCTATTTTAAATCATTATTACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA
127 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * *
1913 TTGTTT-TCAAT-GTACAAGCTGTTTTCT-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGA
1 TTGTTTCT-ATTCATACAAGCT-TTTT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
* * * * ** *
1975 ATTAATCAG---AA-ATTTAAAAAACAAA-TCAATTTATTAAACCAA-TTTAAATAGTTATGACT
63 ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACT
** * * * * *
2034 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTTTTATAACCTTTGTTCTATCATAAAATAA
127 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * *
2089 TT-TTTCTACTCATACAAGC-TTATTCAGAATAAAATAATAATAATTTAGTAATA-TTCTAAAAA
1 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTTTTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAA
* * * * * * * *
2151 TTAATAACTATAAGATTTAAAAAATAAATTCATTTGT--CGATCCAGTTCAAACAGTTAAGACTA
64 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTT-TACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * ** * * * *
2214 TATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAAACTTTTGCTTTATCATAAAACAA
128 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * * * * *
2269 TTATTTC-AGCTCATACAAGCTTATTCGACATAGAATAAAATTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
1 TTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * * * *
2333 TTATAAGTAAAGGATTTAGAAAAT-AATTCTA-TTTACAAAACGAGTTCAAATAGTTATAACTAT
65 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATT-TATTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * *
2396 TTGCACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTATATTTTGTTTTGTCATAAAACAA
129 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAT-CTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * * *
2450 TTGTTTTTGTTAATATAAG-TTTGTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAAT
1 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTT-TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * * * * *
2514 TAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTA-CTTGCCAAACAATTTCAAATAGTGT-T-ACTAT
65 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTTACCAAACAAGTTCAAATAGT-TATGACTAT
* * * *
2576 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACTTTTATTTTGTCATCAAACAA
129 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * ** * * * * *
2629 TTGGTTCTATTTATATTA--TTTCATTAGAAATAAAATAATGCAAATTTAATAATATTTCAAAAC
1 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTT--TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
** * * * * *
2692 TTAATAACCAAGAA-AATT-AAAAATAAAGTTAATTGTT--GAACCAA-TTCAAATAGTTAAGAC
64 TTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAA-TTTATT-TTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* *** * * * *
2752 TATATGAGTGATTGTCTATTTCAAATCGTTATGACCTCTT-TTTTGTTCGT-AAACAA
126 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCT-TTGTTTTG-TCATAAAACAA
* ** * *
2808 TTATTT-TATTTGTACAAGCTTATTCTG-ATTAAAATAATACTAATTTCA-TAATATTTC---AA
1 TTGTTTCTATTCATACAAGCTT-TTTTGAAATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTTCAAAAA
* * * ** * * *
2867 CTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT-GTTTATTGAATC-ATTTCAAATAGTTAAGACTA
64 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * * * *
2930 TTAGAATAATTATATACTTT-AAATCGTTTTGACTTTTTGTTTAGTCATAAAAAAA
128 TTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGA-TCTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * *
2985 TTGTTTC-ATTTCATACAAGC-TTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTT-AAAAA
1 TTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTTTTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * ** *
3047 TTTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTGCTGAGCAAGTTCAAATAGTTATGATT
64 -TTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATTTATTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG---
* * * * *
3110 ATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTAT-AACATTT-TAATTTGTCATAAGATAA
124 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC-TTTGT--TTTGTCATAAAACAA
* * *** * * **
3169 TTGTTTCAATTAATACAAGCTTAAATGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCCTAAATT
1 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * *
3234 AATAAG---AA-ATTTAAAAAATAAA--TATGTTTACCAAATC-AGTTAAAATAATTATGGCCAT
66 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTAT-TTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * *
3292 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTATTTTGTCATAAAACAA
129 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA--TCTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* ** *
3347 TTGTTT-TGA-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTTCAAAAAT
1 TTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * * * * * *
3410 TAATAGGTAACAGATTTAAACAATAAATCT-GTTTACTGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTAG
65 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTTAC-CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* ** ** *
3473 TTAAACAATTATC-ATTCTCAAATTGTTAAAATCTTTGTTTTTTCATAAAA-AA
129 TTGAACAATTATCTATT-TCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * ** * *
3525 TTGTTTCTAATCATAGAAG-TTTATTTG-GTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAA
1 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTT-TTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* ** * **
3588 TTAATAAG----AGA-TT--AAAA-AAATGTATTTGT--TGAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTA
64 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTT-TACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * * *
3643 TTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCA-AACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAT
128 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT-ATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * * * * * **
3698 TTGTTTC-ATGTCTTAGAAGCTTATTCGAAAT-AAATAATCCAAATTTATGAACATTTGGAAAAT
1 TTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * *
3761 TAAAAAGCAAAAGATTTAAAAAATTAATCTATTT
65 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTT
3795 ATTGAACAAG
Statistics
Matches: 2813, Mismatches: 568, Indels: 461
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
149 9 0.00
150 23 0.01
151 17 0.01
152 9 0.00
153 18 0.01
154 19 0.01
155 4 0.00
156 7 0.00
157 26 0.01
158 14 0.00
159 4 0.00
160 12 0.00
161 1 0.00
162 16 0.01
163 9 0.00
164 10 0.00
165 22 0.01
166 12 0.00
167 38 0.01
168 4 0.00
169 6 0.00
170 23 0.01
171 86 0.03
172 131 0.05
173 73 0.03
174 46 0.02
175 128 0.05
176 172 0.06
177 323 0.11
178 237 0.08
179 438 0.16
180 191 0.07
181 454 0.16
182 112 0.04
183 22 0.01
184 90 0.03
185 7 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TTGTTTCTATTCATACAAGCTTTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAA
Found at i:1655 original size:157 final size:157
Alignment explanation
Indices: 1342--1735 Score: 376
Period size: 150 Copynumber: 2.5 Consensus size: 157
1332 TTTTTTGAAG
* **
1342 TTCAAATAATTATGACTATTTGAAAATATCAATCTCAAATCATTATGATTTTTTTTTCTCATAAA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAATAT-AATCTCAAATCATTATGACCTTTTTTTCTCAT-AA
** * *
1407 ACAATTGTTTTTCATAAGCTTATTCGATAAAAATAACACTATTTATAATATTCAAAATTAATAAG
64 ACAATTGTTAATCATAAGCTTATTCAATAAAAATAACACTATTTATAACATTCAAAATTAATAAG
*
1472 AGATTTAAAAATGAAGTGTTTGAATC-AC
129 AGATTTAAAAATAAAGTGTTTGAATCAAC
1500 TTC-AATAGTTATGACTATTTG-AAATAT-ATCTCAAATCATT-TGACCTTTTTTTCT-AT-AAC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAATATAATCTCAAATCATTATGACCTTTTTTTCTCATAAAC
* *
1559 AATT-TTCAATCATAAGCTTATTCAAATAAAAATAATACTAATTT-TTACATTC-AAATTAATAG
66 AATTGTT-AATCATAAGCTTATTC-AATAAAAATAACACT-ATTTATAACATTCAAAATTAATA-
* * *
1621 GCATAGATTTGAAAATAAATGTGTTTGCCAAATCAAG
127 --AGAGATTTAAAAATAAA-GTGTTTG---AATCAAC
* * * * * * *
1658 TTCAAAAAGTTTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTGTTTTATCA
1 TTCAAATAG-TTATGACTATTTGAA-AA-TAT-AATCTCAAATCATTATGACCTTT-TTTTCTCA
1723 TAAAACAATTGTT
61 T-AAACAATTGTT
1736 TTAGTTCATA
Statistics
Matches: 193, Mismatches: 19, Indels: 35
0.78 0.08 0.14
Matches are distributed among these distances:
149 2 0.01
150 30 0.16
151 19 0.10
152 6 0.03
153 26 0.13
154 20 0.10
156 6 0.03
157 21 0.11
158 7 0.04
159 4 0.02
160 12 0.06
161 1 0.01
162 2 0.01
163 3 0.02
165 11 0.06
166 7 0.04
167 5 0.03
168 2 0.01
170 7 0.04
171 2 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (157 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAATATAATCTCAAATCATTATGACCTTTTTTTCTCATAAAC
AATTGTTAATCATAAGCTTATTCAATAAAAATAACACTATTTATAACATTCAAAATTAATAAGAG
ATTTAAAAATAAAGTGTTTGAATCAAC
Found at i:3125 original size:719 final size:700
Alignment explanation
Indices: 108--3790 Score: 2193
Period size: 719 Copynumber: 5.2 Consensus size: 700
98 TTACCAAATA
* * * * * * *
108 AGTTCAAATAGTTATGATTATCT-GAATAATTATCTATTTCAAAAC-ATTATAATTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTAAGACTAT-TAGAATAATTATATATTTCAAATCGTTTA-AACTTTTGTTTAG
* * * * **
171 TCATAAAACAATTGGTTCTAT-TCATGCAAGCTTATTTCAAATAAA-ATATTTTAAATTTATTAA
64 TCATAAAAAAATTGTTTC-ATCTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAATA-ATACT-AATTTATTAA
* * * * * * * * *
234 TAATCCAAAAATTAATAAG-TAA-A-ATTTTAAAAATAAATATGTTTTC-TAACATGTTCAAATA
125 CATTTCAAAAATTAATAAGCAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCAAAACAAGTTCAAATA
* * * ** * * *
295 GTTAT-GACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC-CTTT-TTTTGTCATAAACCA
190 GTTATATACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACA
** * * * * *
357 ATTGTTTCTA-TTTGTAAAACCTTT-TTTGACATAAAATAATACAAATTTATTAA-ATTCCAAAA
255 ATTGTTT-TAGTTAATAAAA-GTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
* * * * * *
419 ATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATTTATTTTACCGAGCAAGTTCAAATAGTATGACTA
318 ATTAAT-AGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCAAAC-AGTTCAAATAATTTG-CCA
* * * * *
483 TTTGAACAATTATTTATTTTAAATCATTATGATCTTTGT-TTTT-TCATAAAACAATTGTTTCTA
378 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT-ACCTTT-TATTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTA
* * * * *
546 TTCATACAATTTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAGTATTTCTAAAAATTAATA-AGT
441 TTTATA-AAATTTA-TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC--AAAATTAATACA--
* * ** * * * * *
610 TTGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATT-TACAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTAT
500 -AGAAATTT-AAAAATAAAT-TAATTATTGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTA-TTGAACAAT
** * * * * * * ** * *
673 T-TCTATTTCAAATCATAATGACAT-TGTTTTGTCGTAAAATAATTGTTTTTGTTCATGCAA-AT
560 TATCTATTTCAAATTGTTAT-ACCTCTTTTTTTTCATAAAA-AATT-TTTCTAATCATACAAGCT
** * * * * ** *
735 TATTCAAAATAAAATAATACTTATATATTAAGATTTTGATAATTAAAAAGAGATTTAAAAACA-A
622 TATTCTGATTAAAATAATACTAATTTA-TAATATTTCAATAA-TAATAAGAGATTTAAAAA-ATA
* **** *
799 AATCTATTTACCAAAAC
684 AATTTATTTGTTGAATC
* * * * * * * * *
816 AATTCAAATATTTATGACTATTTGAACACTTATCTATCTCAAATC-TTTATGATCTTTAT-TTT-
1 AGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATATATTTCAAATCGTTTA--AACTTT-TGTTTA
* * * * * *
878 GTCA-AAAAACA-------AT-TCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTAAATAAT
63 GTCATAAAAAAATTGTTTCATCTCATACAAGCTTA-TTCGAAT-AAATAATACTAATTTATTAAC
* * * * * * * * *
934 ATTCCAAAAGTTAGTAAG-TAAGAAATTTAAAAAATAAATGTATTTGTC-AAACTAGTTCCAAGT
126 ATTTCAAAAATTAATAAGCAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTG-CAAAACAAGTT-CAAAT
* * * * * * *
997 AGTTA-AGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTAAC-TTTT-TTTAGTCAT-AAAC
189 AGTTATATACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * * * *
1058 AATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTC-AAAA
254 AATTGTTTTAGTTAATAAAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * * * * * *
1121 GT-ATGAGCAATACATTTAAAAAAATATAAAT-TGTTTGCCAAACAAGTTGAAATAGATTTGACT
319 TTAAT-AGTAAGAAATTT--AAAAA-ATAAATCTATTTACCAAAC-AGTTCAAATA-ATTTG-CC
* * * * *
1184 ATTTGAACAATTATTTCTTT-AAAGTCATTATGA-CTTTTTTGTTTGTCATAAAACAATTTGTT-
377 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCATTAT-ACCTTTTAT-TTTGTCATAAAACAATTGGTTC
* * * * **
1246 TAAGTTCATAAAAACTTATCTGAAATAAAATAATACTACTTTATT-ATATTTCAAAAGCAATAAG
439 T-A-TTTAT-AAAATTTAT-TAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAAT-A-
* * * * * *
1310 CAAGAGATTTAAAAACTGAA-TATTTTTTG-A--AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAA-AA-T
498 CAAGAAATTTAAAAA-TAAATTAATTATTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTA-TTGAACAATT
* * ** *
1369 ATCAATCTCAAATCATTATGA--TTTTTTTTTCTCATAAAACAATTGTTT-T--TCAT--AAGCT
561 ATCTATTTCAAATTGTTAT-ACCTCTTTTTTT-TCATAAAA-AATT-TTTCTAATCATACAAGCT
* * *
1427 TATTC-GATAAAAATAACACT-ATTTATAATA-TTCAA-AATTAATAAGAGATTT-AAAAATGAA
622 TATTCTGATTAAAATAATACTAATTTATAATATTTCAATAA-TAATAAGAGATTTAAAAAATAAA
* *
1487 ---GTGT-TTGAATC
686 TTTATTTGTTGAATC
* * * * * * *
1498 ACTTC-AATAGTTATGACTATTTG---AA--ATATATCTCAAATCATTT-GACCTTT-TTT--TC
1 AGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATATATTTCAAATCGTTTAAACTTTTGTTTAGTC
* * * *
1553 -TATAACAA-T-TTTCA-ATCAT--AAGCTTATTCAAATAAAAATAATACTAATTT-TT-ACA-T
66 ATAAAAAAATTGTTTCATCTCATACAAGCTTATTCGAAT--AAATAATACTAATTTATTAACATT
* * * * * *
1609 TC--AAATTAATAGGC--ATAGATTT-GAAAATAAATGTGTTTGCCAAATCAAGTTCAAAAAGTT
129 TCAAAAATTAATAAGCAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTG-CAAAACAAGTTCAAATAGTT
* * *
1669 -TATGACTATTTCAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACA-TTTGTTTTATCATAAAACAAT
193 ATAT-ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * *
1732 TGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTA
257 TGTTTTAGTTAATAAAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * *
1797 ATAAGTAAGAAATTTTAAAAAATAAATC-AGTTTATCGAATCAGTTCAAATAATCATGGCCATTT
322 AT-AGTAAGAAA-TTTAAAAAATAAATCTA-TTTA-CCAAACAGTTCAAATAAT--TTGCCATTT
* * * * * * * *
1861 AAATAACTATCTATTTTAAATCATTATTACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTCAATGT
381 GAATAATTATCTATTTCAAATCATTA-TACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTG-GTTCTATTT
* ** *
1926 ACAAGCTGTT-TTCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAAT-C-AGAAAT
444 ATAAAAT-TTATT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AATTAATACAAGAAAT
* * * *
1988 TTAAAAAACAAATCAATTTATTAAACCAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
506 TT-AAAAATAAATTAA-TTATTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTA-TTGAACAATTATCTATT
* * * * *
2053 TCAAATTTTTATAACCT-TTGTTCTATCATAAAATAATTTTTCTACTCATACAAGCTTATTCAGA
568 TCAAATTGTTAT-ACCTCTT-TTTTTTCATAAAA-AATTTTTCTAATCATACAAGCTTATTCTGA
* * *
2117 ATAAAATAATAATAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAATAACTATA-AGATTTAAAAAATAAATT
630 TTAAAATAATACTAATTTA-TAATATT-T--CAA-TAATAA-TA-AGAGATTTAAAAAATAAATT
* *
2181 CATTTGTCG-ATCC
688 TATTTGTTGAAT-C
* * * *
2194 AGTTCAAACAGTTAAGACTA-TATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAAACTTTTGCTTTA
1 AGTTCAAATAGTTAAGACTATTA-GAATAATTATATATTTCAAATCGTT-TAAACTTTTG-TTTA
* * * * * *
2258 -TCATAAAACAATTATTTCAGCTCATACAAGCTTATTCGACATAGAATAAAATTAATTTATTAAT
63 GTCATAAAAAAATTGTTTCATCTCATACAAGCTTATTCGA-ATA-AATAATACTAATTTATTAAC
* * * * * * *
2322 ATTTCAAAAATTTATAAGTAAAG-GATTTAGAAAATAATTCTATTTACAAAACGAGTTCAAATAG
126 ATTTCAAAAATTAATAAGCAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCAAAACAAGTTCAAATAG
* * * * *
2386 TTATA-ACTATTTGCACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTATATTTTGTTTTGTCATAAAACAA
191 TTATATACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * *
2450 TTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATT
256 TTGTTTTAGTTAATAAAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * * * * * *
2515 AATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTACTTGCCAAACAATTTCAAATAGTGTTACTATTTGA
321 AAT-AGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC-AGTTCAAATAAT-TTGCCATTTGA
* * *
2580 ATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTATTTATAT
383 ATAATTATCTATTTCAAATCATTATACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTTATAA
* * * * *
2645 TATTTCATTAGAAATAAAATAATGCAAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAATT
448 AATTT-ATTA-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA-TTAAT-A-CAAGAAATTT
* * *** *
2710 AAAAATAAAGTTAATTGTTGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAGTGATTGTCTATTTCA
508 AAAAATAAA-TTAATTATTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTAT-TGAACAATTATCTATTTCA
* * * * **
2775 AATCGTTATGACCTCTTTTTTGTTCGTAAACAATTATTT-TATTTGTACAAGCTTATTCTGATTA
571 AATTGTTAT-ACCTCTTTTTT-TTCATAAAAAATT-TTTCTAATCATACAAGCTTATTCTGATTA
* *
2839 AAATAATACTAATTTCATAATATTTCAACTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAT
633 AAATAATACTAATTT-ATAATATTTCAA-TAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGT
2904 TGAATC
695 TGAATC
* **
2910 ATTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATATACTTT-AAATCGTTTTGACTTTTTGTTTAG
1 AGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATATA-TTTCAAATCGTTTAAAC-TTTTGTTTAG
*
2974 TCATAAAAAAATTGTTTCATTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACA
64 TCATAAAAAAATTGTTTCATCTCATACAAGCTTATTC-GAATAAA-TAATACTAATTTATTAACA
** *
3039 TTT-AAAAATTTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCTGAGCAAGTTCAAATAG
127 TTTCAAAAA-TTAATAAGCAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCAAAACAAGTTCAAATAG
* ** * *
3102 TTATGATTATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACATTTTAATTTGTCATAAGAT
191 TTAT-A-TACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * * * * **
3167 AATTGTTTCAATTAATACAAGCTTAAAT-GGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCCTAA
254 AATTGTTTTAGTTAATAAAAG-TTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
* * *
3231 ATT-A-A-TAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATCAGTTAAAATAATTATGGCCATT
318 ATTAATAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-CAGTTCAAATAATT-T-GCCATT
*
3293 TGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTATTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTGA-
380 TGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT-ACC-TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTTCT-AT
* ** * * *
3356 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAGGTAAC
442 TTATA-AAATTTATT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATA--CAAG
* ** * *
3421 AGATTTAAACAATAAATCTGTTTACTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTAGTTAAACAATTATC
502 AAATTTAAA-AATAAAT-TAATTATTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTA-TTGAACAATTATC
** * *
3486 -ATTCTCAAATTGTTA-AAATCTTTGTTTTTTCATAAAAAATTGTTTCTAATCATAGAAGTTTAT
564 TATT-TCAAATTGTTATACCTC-TT-TTTTTTCATAAAAAATT-TTTCTAATCATACAAGCTTAT
* * *
3549 T-TGGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAGA-TT--AAAA-AAAT
625 TCTGATT-AAAATAATACTAATTT-ATAATATTTCAATAA-TAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* *
3609 GTATTTGTTGAACC
687 TTATTTGTTGAATC
* * * *
3623 AGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCAAACCTTTTGTTTAGT
1 AGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATATATTTCAAATCGTTTAAA-CTTTTGTTTAGT
* * * * * * * *
3688 CATAAAATATTTGTTTCATGTCTTAGAAGCTTATTCGAAATAAATAATCCAAATTTATGAACATT
65 CATAAAAAAATTGTTTCATCTCATACAAGCTTATTCG-AATAAATAATACTAATTTATTAACATT
** * *
3753 TGGAAAATTAAAAAGCAAA-AGATTTAAAAAATTAATCT
129 TCAAAAATTAATAAGCAAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
3791 ATTTATTGAA
Statistics
Matches: 2350, Mismatches: 437, Indels: 372
0.74 0.14 0.12
Matches are distributed among these distances:
668 24 0.01
669 46 0.02
670 24 0.01
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675 48 0.02
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680 4 0.00
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687 16 0.01
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (700 bp):
AGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATATATTTCAAATCGTTTAAACTTTTGTTTAGTC
ATAAAAAAATTGTTTCATCTCATACAAGCTTATTCGAATAAATAATACTAATTTATTAACATTTC
AAAAATTAATAAGCAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCAAAACAAGTTCAAATAGTTATA
TACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
TTAGTTAATAAAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAG
TAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAGTTCAAATAATTTGCCATTTGAATAATTAT
CTATTTCAAATCATTATACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTTATAAAATTTATT
AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATACAAGAAATTTAAAAATAAATTAA
TTATTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATACCTCT
TTTTTTTCATAAAAAATTTTTCTAATCATACAAGCTTATTCTGATTAAAATAATACTAATTTATA
ATATTTCAATAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGTTGAATC
Found at i:5684 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 5296--7229 Score: 1458
Period size: 180 Copynumber: 10.8 Consensus size: 181
5286 AAGCATAGAT
* * * ** * *
5296 AAAGATCATAACGATTTGAGATGGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATCGTT-TCCA
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* *
5360 -TGAACAAATTTA-TTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATCAGTATTA
64 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * ** * * *
5419 TATTA-TTCTAAA-AGAA-TTTTCACAAACAGAAACAATTGTTTAATGACAAAAGA
129 TTTTATTTC-AAATA-AACTTGT-ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * * *
5472 AAATGTTATAA-TGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATTGACATAACTATTTGAACTTGTTCAG
1 AAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG
* *
5536 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTA-TCTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT-
65 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA
* *
5599 TTTTATTCCAAATAAACTTGTTTGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
129 TTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * * * * *
5652 AAAGATCATAACTATTTTAAAGAAACAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAACTTGCTCGGT
1 AAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGT
* * * * ** *
5717 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATCAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTATTATT
66 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
** *
5782 TTATTTCAAATATGCTTGTATGAATAGAAACAATT-TCTTTATGGCAAAACA
131 TTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGT-TTTATGACAAAACA
* * * *
5833 AAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAGTTGATGAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGCTT-A
1 AAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TG-TTCA
* * ** * * * *
5896 G--AA-AACTTT-TTTTTT-AAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTTGAATCA
64 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * *
5955 TTTTATTTAAAATAAGCTTGTATAAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACA
129 TTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * * * * *
6008 AAAAGTTATAGCAATTTGATAT-AGTACTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGT
1 AAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGT
* * * * *
6072 AAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATC
66 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
*** * * * *
6137 TTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTGTGATAAAACA
131 TTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
** * * *
6188 AAAGGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGCACTTG-TC---
1 AAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGT
* * * * * * * *
6249 CAACAAATTCATTTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTTAGAATGTTAATAAAGTAGCATTACT
66 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
*
6314 TTA-TTCTAAATAAGAC-TGTATGAATAGAAACAATTCTTTTATGACAAAACA
131 TTATTTC-AAATAA-ACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * * * *
6365 AATGGTCATCACAATTTAAAATAAATAATGGTTCAAATAGT-ATAACTAATTGAA-TTGGTTTAG
1 AAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAG
* * *
6428 TAAACAAATTTATATTTTAAATCTCTTA-TT-TTTATTTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTA
65 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
6491 TTTTACTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAACATTTG-TTTATGATGAAAACA
129 TTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACA
* *** * * *
6544 AAAGGTAATATGGATTTGAAAATAGATAATTGTTTTGCAAATAGTCATAATTA-TTGAAACTAGT
1 AAAGGTCATAACTATTTG-AAATAAATAATTG--TT-CAAATAGTCATAACTATTTG-AACTTGT
* * * *
6608 T-GGATAAACAAAGTTATTTTTTAAATC-CTTACTTATTAA-TTTTGAAA-ATTAATAAATTTTG
61 TCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAG
* ** * * * * * * *
6669 TTTTA-TTTATTTTGAATTAAGTTACTAAGAACTAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACA
124 TATTATTTTATTTCAAATAAACTT-GTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * * * * * **
6728 AAAGGT-ATTA-TGACTT-AAATAAAGAATTGTTCATATAGTCTTAGCTATTTAAACTGGTTTGG
1 AAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG
* *** * * * * *
6790 CAAATGCATTTATTTTTTAAACCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTACCATTAGTATTA
65 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATA-AATTAGTATTA
* * * * * * *
6855 TTTTATTTCGAATACACTTGTATGAACAGAAATAGTTGTTCTAT-ATCATAACAA
129 TTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAAC-A
* * * *
6909 AAAGGTTATAA-TAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATCTAGTTTA
1 AAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTTGTTCA
* * *
6973 GTAAACATATTTATTTTTTACATCTC-TACTTATTAATTTTTTAAATATTAGA-AAATTAGTATT
64 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTA-ATAAATTAGTA-T
* * ** * *
7036 ATAAAATTTTATATCGAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTATTTTATGACAAAACA
127 -T---ATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * * *
7095 AAAGTTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-GCCCATAATTTTTTGAACTAAT-TT
1 AAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACT--TGTT
* * * * * *
7157 GA-TAAACTAATTTATTTTTTTAAATCTC-TATCTTATCAA-TTTTGAAATATTAAT-AAGTAAT
62 CAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGT
7218 ATTATTTTATTT
125 ATTATTTTATTT
7230 TGGATACGCT
Statistics
Matches: 1405, Mismatches: 273, Indels: 156
0.77 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
173 2 0.00
174 32 0.02
175 105 0.07
176 74 0.05
177 148 0.11
178 64 0.05
179 87 0.06
180 308 0.22
181 201 0.14
182 54 0.04
183 90 0.06
184 86 0.06
185 31 0.02
186 76 0.05
187 46 0.03
188 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGT
AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
Found at i:6088 original size:355 final size:349
Alignment explanation
Indices: 5324--7229 Score: 1047
Period size: 355 Copynumber: 5.3 Consensus size: 349
5314 AGATGGATAA
* * ** *
5324 TTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TCGTTTCCATGAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTA
1 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * * ** *
5387 --T-TAATTTTTAAAATATTAATAAATCAGTATTATATTA-TTCTAA-AAGAATTTTCACAAACA
65 CTTATAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-CTTAT-ATGAATA
* * * * * ** * * * **
5447 GAAACAATTGTTTAATGACAAAAGAAAATGTTATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATTG
128 GAAACAATT-TTTTATG-GAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAG
* * * **
5512 ACATAACTATTTG-AACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTA-TCTATTAATTT
191 TCATAACTATTTGCAA-TTG-TC---CAACA-AATTATTTTTTAAATCTGTTACT-TATTAATTT
* * * * * *
5575 TTAAAATATTAATAAATTAGTATTTTTTATTCCAAATAAACTTGTTTGAATAGAAACAATTGTTT
249 TTAGAATATTAATAAATTAGAATATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
* * *
5640 TATGACAAAAC-AAAAGATCATAACTATTT-TAAAGAAAC
313 TATGACAAAACAAAAAG-TCAT-ACAATTTATATAG-TAC
* * * * * *
5678 AATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAACTTGCTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
1 --TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * *
5743 ACTTATCAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCAAATATGCTTGTATGAATA
64 ACTTAT-AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATA
* * * * *
5808 GAAACAATTTCTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAGTTGA-TGAAATA
128 GAAACAATTT-TTTATGG-AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATT-ATTCAAACA
* * *
5872 GTCATAACTATTTG-AA-TGTGCTTAGA-AAACTT-TTTTTTTAAT-TTTTACTTATTAATTTTT
190 GTCATAACTATTTGCAATTGT-C-CA-ACAAA-TTATTTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTT
* * * * *
5932 GGAATATTAACAAATTTGAATCATTTTATTTAAAATAAGCTTGTATAAATAGAAAAAATTGTTTT
251 AGAATATTAATAAATTAGAAT-ATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
*
5997 ATGACAAAACAAAAAGTTATAGCAATTTGATATAGTAC
314 ATGACAAAACAAAAAGTCATA-CAATTT-ATATAGTAC
*
6035 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAC
1 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * *** *
6100 TTAATAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATCTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATAGA
66 TT-ATAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGA
* * *
6165 AACAATTGTTTTGTGATAAAACAAAAGGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTC
130 AACAATT-TTTTATG-GAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTC
* *
6230 ATAACTATTTGCACTTGTCCAACAAATTCATTTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTTAGAATG
193 ATAACTATTTGCAATTGTCCAACAAATT-ATTTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * * *
6295 TTAATAAAGTAGCATTACTTTATTCTAAATAAGAC-TGTATGAATAGAAACAATTCTTTTATGAC
257 TTAATAAATTAG-AATATTTTATT-TAAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
** * * *
6359 AAAACAAATGGTCATCACAATTTAAAATAAATAA
319 AAAACAAAAAGTCAT-ACAATTT-ATAT-AGTAC
* * ** *
6393 TGGTTCAAATAGT-ATAACTAATTGAA-TTGGTTTAGTAAACAAATTTATATTTTAAATCTCTTA
1 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * * * *
6456 -TTTTTATTTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTACTTCAAATAAACTTATATGAACAA
65 CTTATAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAG
* *** * *
6520 AAAC-ATTTGTTTATGATGAAAACAAAAGGTAATATGGATTTGAAAATAGATAATTGTTTTGCAA
129 AAACAATTT-TTTATG--GAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG-AAATAAATAA-T-TATT-CAA
* * * * *
6584 ATAGTCATAATTA-TTGAAACTAGTTGGAT-AAACAAAGTTATTTTTTAAATC-CTTACTTATTA
187 ACAGTCATAACTATTTG---C-AATT-G-TCCAACAAA-TTATTTTTTAAATCTGTTACTTATTA
* * * * * * * *
6646 A-TTTT-GAAAATTAATAAATTTTG-TTTTATTTATTTTGAATTAAG-TTACTAAGAACTAAAAA
245 ATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGAATAT-TTTA-TTT-AAATAAGCTT-GTATGAA-TAGAAA
* * * * * * * *
6707 AAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT-ATTATGACTTAAATAAAG-AA
304 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCA-TA-CAATT-TATATAGTAC
* * * * * * * *** * *
6754 TTGTTCATATAGTCTTAGCTATTTAAACTGGTTTGGCAAATGCATTTATTTTTTAAACCTCTTAG
1 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * *
6819 TTATTAATTTTTAGAATATTATTACCATTAGTATTATTTTATTTCGAATACA-CTTGTATGAACA
66 TTA-TAATTTTTAGAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTCAAATA-AGCTTATATGAATA
* * * * * * * * *
6883 GAAATAGTTGTTCTATAT-CATAACAAAAAGGTTATAATAATTTGAAATATATAATTGTTCAAAT
128 GAAACAATT-TT-T-TATGGAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAAC
** * * *
6947 AGTCATAACTATTTG-AATCTAGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTACATCT-CTACTTATTAAT
189 AGTCATAACTATTTGCAAT-T-G--T--CCAACA-AATTATTTTTTAAATCTGTTACTTATTAA-
** * *
7010 TTTTTA-AATATTAGA-AAATTAGTATTATAAAATTTTATATCGAATAGGCTTGTATG-ATGAAA
246 TTTTTAGAATATTA-ATAAATTAG-A--AT---ATTTTAT-TTAAATAAGCTTGTATGAAT-AGA
* * *
7072 AACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCATA-ATGATTTGAAATAGATAA
302 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATACA--ATTT-ATATAG-TAC
* * * * ** * * *
7123 TTATTCAAAT-GCCCATAATTTTTTGAACTAATTTGATAAACTAATTTATTTTTTTAAATCTC-T
1 TTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTT
* * *
7186 ATCTTATCAATTTTGA-AATATTAAT-AAGTAATATTATTTTATTT
64 A-CTTAT-AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
7230 TGGATACGCT
Statistics
Matches: 1213, Mismatches: 232, Indels: 199
0.74 0.14 0.12
Matches are distributed among these distances:
354 5 0.00
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370 23 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (349 bp):
TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
TTATAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAA
ACAATTTTTTATGGAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATA
ACTATTTGCAATTGTCCAACAAATTATTTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAA
TAAATTAGAATATTTTATTTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
AAAGTCATACAATTTATATAGTAC
Found at i:6476 original size:536 final size:533
Alignment explanation
Indices: 5330--6665 Score: 1369
Period size: 536 Copynumber: 2.5 Consensus size: 533
5320 ATAATTGTTT
*
5330 AAATAGTCATAACTATTTGAATCGT--TTCCATGAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTA--TTAA
1 AAATAGTCATAACTAATTGAAT-GTGCTT--A-GAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTATTTTAA
** * * * * * *
5391 TTTTTAAAATATTAATAAATCAGTATTATATTATTCTAAAAGAA-TTTTCACAAACAGAAACAAT
62 TTTTTAAAATATTAATAAATTTGAATTATTTTATT-TAAAATAACTTAT-ATAAACAGAAAAAAT
* * * * * * *
5455 TGTTTAATGACAAAAGAAAATGTTATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATTGACATAACT
125 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTAT-AGGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * *
5520 ATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTA-TCTATTAATTTTTAAAATAT
189 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACA-AATTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTAGAATAT
* *
5584 TAATAAATTAGTATTTTTTATTCCAAATAAACTTGTTTGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
252 TAATAAATTAGAATTTCTTATTCCAAATAAACTTGTTTGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * *
5649 ACAAAAGATCATAACTATTTTAAAGAAACAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAACTTGCTC
317 ACAAAAGATCATAACAATTTGAAAGAAACAATTATTCAAACAATCATAACTATTTGAACTTGCTC
* * * * *
5714 GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATCAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTATT
382 -GCAAATAGATTCATTTTTTAAATCTGTTACTTATCAATTTTTAGAATATTAATAAACTAGCATT
* * *
5779 ATTTTATTTCAAATATGCTTGTATGAATAGAAACAATTTCTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAA
446 ACTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTTCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * *
5844 CTATTTGAAATAGATAGTTGATG
511 CAATTTAAAATAAATAATGGATC
* * * *
5867 AAATAGTCATAACTATTTGAATGTGCTTAGAA-AACTTT-TTTTTTAAT-TTTTACTTATTAATT
1 AAATAGTCATAACTAATTGAATGTGCTTAGAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTA-TT-TTAATT
** * * * *
5929 TTTGGAATATTAACAAATTTGAATCATTTTATTTAAAATAAGCTTGTATAAATAGAAAAAATTGT
64 TTTAAAATATTAATAAATTTGAATTATTTTATTTAAAATAA-CTTATATAAACAGAAAAAATTGT
* * *
5994 TTTATGACAAAACAAAAAGTTATAGCAATTTGATATAG-TACTTGTTCAAATAGTCATAACTATT
128 TTTATGACAAAACAAAAAGTTATAG-GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
*
6058 TGAACTTGTTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTTTAGAATATTAAT
192 TGAACTTGTTCGGTAAACAAATT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT
**** * * *
6123 AAATTAGAATTATCTTATTTTGGATAAGCTT-TTATGAATAGAAACAATTGTTTTGTGATAAAAC
256 AAATTAGAATT-TCTTATTCCAAATAAACTTGTT-TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * *
6187 AAAAGGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGCACTTG-TC-C
319 AAAAGATCATAACAATTTGAAAGAAACAATTATTCAAACAATCATAACTATTTGAACTTGCTCGC
* * *
6250 AACA-A-ATTCATTTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTTAGAATGTTAATAAAGTAGCATTAC
384 AA-ATAGATTCATTTTTTAAATCTGTTACTTATCAATTTTTAGAATATTAATAAACTAGCATTAC
* *
6313 TTTA-TTCTAAATAAGAC-TGTATGAATAGAAACAA-TTCTTTTATGACAAAACAAATGGTCATC
448 TTTATTTC-AAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTTC-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
*
6375 ACAATTTAAAATAAATAATGGTTC
510 ACAATTTAAAATAAATAATGGATC
* *
6399 AAATAGT-ATAACTAATTGAAT-TGGTTTAGTAAACAAATTTATATTTTAAATCTCTTATTTTTA
1 AAATAGTCATAACTAATTGAATGT-GCTTAG--AACAAATTTAT-TTTTAAATCTCTTATTTTAA
* * * * *
6462 TTTTTCAAAATATTAATAAA-TTAATATTATTTTACTTCAAATAAACTTATATGAACA-AAAACA
62 TTTTT-AAAATATTAATAAATTTGA-ATTATTTTATTTAAAAT-AACTTATATAAACAGAAAAAA
* * *
6525 TT-TGTTTATGATGAAAACAAAAGGTAATATGGATTTGAAAATAGATAATTGTTTTGCAAATAGT
124 TTGT-TTTATGA-CAAAACAAAAAGTTATA-GGATTTG-AAATAGATAATTG--TT-CAAATAGT
* *
6589 CATAATTA-TTGAAACTAGTT-GGATAAACAAAGTTATTTTTTAAATC-CTTACTTATTAA-TTT
182 CATAACTATTTG-AACTTGTTCGG-TAAACAAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
*
6650 T-GAAAATTAATAAATT
244 TAGAATATTAATAAATT
6666 TTGTTTTATT
Statistics
Matches: 665, Mismatches: 96, Indels: 75
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
530 1 0.00
531 24 0.04
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542 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (533 bp):
AAATAGTCATAACTAATTGAATGTGCTTAGAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTATTTTAATTTT
TAAAATATTAATAAATTTGAATTATTTTATTTAAAATAACTTATATAAACAGAAAAAATTGTTTT
ATGACAAAACAAAAAGTTATAGGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
CTTGTTCGGTAAACAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT
AGAATTTCTTATTCCAAATAAACTTGTTTGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGAT
CATAACAATTTGAAAGAAACAATTATTCAAACAATCATAACTATTTGAACTTGCTCGCAAATAGA
TTCATTTTTTAAATCTGTTACTTATCAATTTTTAGAATATTAATAAACTAGCATTACTTTATTTC
AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTTCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAA
TAAATAATGGATC
Found at i:7767 original size:181 final size:183
Alignment explanation
Indices: 7394--7783 Score: 466
Period size: 181 Copynumber: 2.1 Consensus size: 183
7384 TTGTTCTGAC
* * * * *
7394 TTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTTCAATTCATATATGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATATAATAATTGTTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTA
* * * *
7459 ATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAATATAAATTTATTTATCGAACAA
66 ATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATTCATTTACCAAACAA
* * * *
7524 GTTCAAATGTTTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACT
131 GTTCAAATGATTATGAACATTTGAACAACTATATATTTAAAATCGTTATAACT
* * * * *
7577 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-AGTTTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAAATAATGCT
1 TTTTGTTTTGTCATATAATAATTGTTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAAT-AAAATAATACT
* * * * *
7641 ACTTTATTAATTTTC-AAAAGTTAATAAGTAGGAGATTT-AAAAAATAAA-TCAGTTTACCAAAT
65 AATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATTCA-TTTACCAAA-
** * * *
7703 C-AGTTCAAATGATTATGGCCATTTGAACAACTATATATTTCAAATCGTTATTAGT
128 CAAGTTCAAATGATTATGAACATTTGAACAACTATATATTTAAAATCGTTATAACT
7758 TTTTGTTTTGTCATATAATAATTGTT
1 TTTTGTTTTGTCATATAATAATTGTT
7784 ATTATAACAA
Statistics
Matches: 174, Mismatches: 30, Indels: 8
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
180 2 0.01
181 85 0.49
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183 48 0.28
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (183 bp):
TTTTGTTTTGTCATATAATAATTGTTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTA
ATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATTCATTTACCAAACAA
GTTCAAATGATTATGAACATTTGAACAACTATATATTTAAAATCGTTATAACT
Found at i:7985 original size:241 final size:242
Alignment explanation
Indices: 7547--7989 Score: 548
Period size: 241 Copynumber: 1.8 Consensus size: 242
7537 TGAATATTTG
** * * * **
7547 AACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTTAT
1 AACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCCTTTGTTTTGTCAAAAAACAATTATTATAGTGCAT
** * * * *
7612 AAAAGCTTATCCAAAATAAAAATAATGCTACTTTATTAATTTTCAAAAGTTAATAAGTAGGAGAT
66 AAAAGCTTATCCAAAATAAAAATAATAATAATTTAATAATTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * *
7677 TTAAAAAATAAATCAGTTTACCAAATCAGTTCAAATGATTATGGCCATTTGAACAACTATATATT
131 CTAAAAAATAAATCAGATTACCAAATCAGTTCAAATGATTAAGACCATTAGAACAACTATATATT
7742 TCAAATCGTTATTAGTTTTTGTTTTGTCATATAATAATTGTTATTAT
196 TCAAATCGTTATTAGTTTTTGTTTTGTCATATAATAATTGTTATTAT
* * * * *
7789 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTGTGACCCTTTGTTTTGTGAAAAAACAATTATTAT-GTGCGT
1 AACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCCTTTGTTTTGTCAAAAAACAATTATTATAGTGCAT
* * * *
7853 ACAAGCTTATTC-AGATTAAAATAATAATAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
66 AAAAGCTTATCCAAAATAAAAATAATAATAATTTAATAAT-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
** * * * * * *
7917 TCTAAAAAATAAATTTGATTATCGAATCAGTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTAT
130 TCTAAAAAATAAATCAGATTACCAAATCAGTTCAAATGATTAAGACCATTAGAACAACTATATAT
7982 TTCAAATC
195 TTCAAATC
7990 ATTTTGACCT
Statistics
Matches: 165, Mismatches: 35, Indels: 3
0.81 0.17 0.01
Matches are distributed among these distances:
240 21 0.13
241 95 0.58
242 49 0.30
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (242 bp):
AACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCCTTTGTTTTGTCAAAAAACAATTATTATAGTGCAT
AAAAGCTTATCCAAAATAAAAATAATAATAATTTAATAATTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
CTAAAAAATAAATCAGATTACCAAATCAGTTCAAATGATTAAGACCATTAGAACAACTATATATT
TCAAATCGTTATTAGTTTTTGTTTTGTCATATAATAATTGTTATTAT
Found at i:8098 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 7783--8700 Score: 730
Period size: 181 Copynumber: 5.1 Consensus size: 179
7773 TAATAATTGT
* * * * * *
7783 TATTATAACAATTATCTATTTCAAATCGTTGTGACCCTTTGTTTTGTGAAAAAACAATTATTATG
1 TATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAAAAAACAATTATTTTG
* * * * * *
7848 TGCGTACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATAATAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
66 TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAA
* * * * *
7913 GAGATCTAAAAAATAAATTTGATTATCGAATCAGTTCAAATGGTTAAGAC
131 GAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTACCGAATCAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * *
7963 TATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCAAAAAATAGTTGTTTTA
1 TATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAAAAAACAATTATTTT-
* * *
8028 GTTCATACATGCTTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGA
65 GTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGA
* * * *
8092 AAGAGATTTAAGAAATAAATCTATTTACC-AAACAAATTCAAATGGTTACT-AC
129 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTACCGAATC-AGTTCAAATAGTTA-TGAC
* * * * * * *
8144 TATGT-GAATAATTGTCTATTT-AGAATCATTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTT
1 TAT-TAGAACAATTATCTATTTCA-AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAAAAAACAATTATTT
* * * * * **
8207 CAGTTAATACTAGCTTAGAT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAA
64 -TGTTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * *
8271 GTAAA-AAATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAATCAGTTAAAATAGTTATTG-C
127 G-AAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTACCGAATCAGTTCAAATAGTTA-TGAC
* * * * * *
8325 CATTTGAACAATTATCGATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTT
1 TATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAAAAAACAATTATTTTG
* *
8390 TATCATACAAGTTTATTCA-AAGTAAAATAGTACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT----
66 T-TCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGA
* * *
8450 AAGCGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGAC
129 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTACCGAATCAGTTCAAATAGTTATGAC
* ** ** * * * *
8502 TATTTGAACAATTATAAATCTT-AAATTTTTAAGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
1 TATTAGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAAAAAACAATTATTTT
* * * ** *
8565 -TAGTCTTAGAAGCTTATT-TGGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAAT--
65 GT--TCATACAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * ** **
8626 --AAGAGATTTAAAACATAACTATGT-TTGTCGAA-CTAGTTCAAATAGTTAAAAC
127 GAAAGAGATTTAAAAAATAA--ATCTATTACCGAATC-AGTTCAAATAGTTATGAC
* *
8678 TATTGGAATAATTATCTATTTCA
1 TATTAGAACAATTATCTATTTCA
8701 CCTTTTGTTT
Statistics
Matches: 597, Mismatches: 111, Indels: 64
0.77 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 5 0.01
176 130 0.22
177 62 0.10
178 5 0.01
180 67 0.11
181 316 0.53
182 12 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (179 bp):
TATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAAAAAACAATTATTTTG
TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAA
GAGATTTAAAAAATAAATCTATTACCGAATCAGTTCAAATAGTTATGAC
Found at i:8897 original size:141 final size:139
Alignment explanation
Indices: 8743--9002 Score: 308
Period size: 139 Copynumber: 1.9 Consensus size: 139
8733 ATCTTACAAG
* * * *
8743 CTTATCTAGAATAAAATAATCCAAATTTATT-AGCTTTAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAA
1 CTTATCCAAAATAAAATAATACAAATTTATTAAGATTTAAAAAATTAATAAGCAAAAG-TTT--A
** *
8807 AAAAAATAAATATGTTTA-TTAAGCAAGTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATTGTTT
63 AAAAAATAAATATGTTTACCAAAGAAAGTTAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATATTGTTT
8871 CGGTTCATAAAAT
127 CGGTTCATAAAAT
* * * * * * *
8884 CTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGGAAGAGTTTTAAA
1 CTTATCCAAAATAAAATAATACAAATTTATTAAGATTTAAAAAATTAATAAGCAAAAGTTTAAAA
* * * *
8949 CAATAAATTTGTTTACCAAATAAATTTAAATAGTTTGACTATTTGAACAATTAT
66 AAATAAATATGTTTACCAAAGAAAGTTAAATAGTTTGACTATTTGAACAATTAT
9003 CTATTTAAAA
Statistics
Matches: 99, Mismatches: 18, Indels: 6
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
139 35 0.35
140 14 0.14
141 29 0.29
142 21 0.21
ACGTcount: A:0.46, C:0.08, G:0.08, T:0.37
Consensus pattern (139 bp):
CTTATCCAAAATAAAATAATACAAATTTATTAAGATTTAAAAAATTAATAAGCAAAAGTTTAAAA
AAATAAATATGTTTACCAAAGAAAGTTAAATAGTTTGACTATTTGAACAATTATATTGTTTCGGT
TCATAAAAT
Found at i:10092 original size:171 final size:173
Alignment explanation
Indices: 9795--10119 Score: 399
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 173
9785 AGTTTTGTTC
*
9795 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAA
1 AGAATAAAATAATACTAATATATTAATATTCTAAAAATTAATA-G-AGGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * *
9860 TCTATTTACTGAACCAATTCAAATAGTCATGTATGTTTGAAAAATTATCTATTTGAAATCGTCAT
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*
9925 GACCTTTTGTTTTG-CATAAAACAAACTAGTCATTCAAAATTATTT
129 GACC-TTTATTTTGTCATAAAACAAACTAGTCATTCAAAATTATTT
* * * *
9970 AGAATAAAATAATACTAATATATTAATATTTTGAAAATTAATA-A-GAGATTTAAAAACTAAATT
1 AGAATAAAATAATACTAATATATTAATATTCTAAAAATTAATAGAGGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * *
10033 TGTTCA-AGAAAACATTTCAAATAGTTAT-AACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTAT
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*
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Found at i:11405 original size:181 final size:181
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** * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* ** * * * *
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* * * * * *
9225 ATT-TTT-TTTATCATACAAGTTTAATC-GAAATCAAATAATACTAATTTATTAATCTTTTAAAA
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* * * * * * * *
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64 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * * * * *
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128 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * * * * * *
9405 ATTATTTTTGTTCATACTAGTTTATTCAAAATAAAATAATATTAATCTAATAATA-TTCCAAAAT
1 ATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * * * * * * * *
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* * *
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* * ** *
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* * * * * *
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* * * *
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126 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * *
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1 ATTGTTTATGTTCATACAAG-CTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAA
* * * * * * * *
9831 ATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACCAATTCAAATAGTCATGTA-TG
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* * *
9895 TTTGAAAAATTATCTATTTGAAATCGTCATGACCTTTTGTTTTG-CATAAAACA
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** * ** * * **
9948 A---ACTA-G-TCATTCAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATATATTAATATTTTGAAAA-
1 ATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * * * *
10007 T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTCA-AGAAAAC-ATTTCAAATAGTTATAACTAT
66 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCG--AACTAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * *
10067 TTGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAACA
129 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * *
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1 ATTGTTT-ATGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * ** * * * *
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65 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAA-AATAAATCTGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * * * *
10248 TAGAACAATTATCAATTTTAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGGCATAAAACA
129 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * * * * *
10301 ATTATTT-TAGTTCATACGAGCTTATTTAAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAACATTTAAAAAA
1 ATTGTTTAT-GTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* ** * * ** *
10365 TTAATCAGCCAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTG-A--AGAACAAATAGATT-TGAGTA
65 TTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAGTTCAAATAG-TTATGACTA
* *
10426 TTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACA
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* * * * * * * *
10480 ATTGTTT-TAGCTAATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTACTAATATTTCAAAAA
1 ATTGTTTAT-GTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * * *** *
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65 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * *
10609 TGAACAATTATCTATCTCAAATCATTTTGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACA
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* * * * ** * * * ** * *
10660 ATTGCTTCTATTCATACAAGCATATTTGGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATA-TTCTAAAA-
1 ATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * * * * *
10723 T--TAA-TAAGAGTTTTAAAAAATAAATATGTTTGCCGAACTAATTCAAATAGTCAAGACTATTA
66 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * *
10785 GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAAAA
131 GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
*
10836 ATTGTTTCA-GTTCATACATGCTTATTCTA-AATAAAATAATACT-A--T-TT--TA-TTCAAAA
1 ATTGTTT-ATGTTCATACAAGCTTATTC-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAA
* * * * * * *
10892 AATTAATAAGCAAAAAAGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTAGGACT
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* * * * * * *
10957 ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTGTGACATTTTGTTTTATAATAACATA
127 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * * * *
11012 ATTATTTCA-GTTCATAAAAGCTTATCCAAAATGAAATAATATTAATTTATTAAAATTTCAAAAA
1 ATTGTTT-ATGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * ** * ** * * * *
11076 TTAAGATGTTGGAGATTGAAAAAATAAATCAATTTATCGAACTAGTT----TAATTATGGCAATT
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* *
11137 TGAACAATTATCTATTTCAAATTC-TTATGAACATTTGTTTTGTCATAAAACA
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* * ** * * *
11189 ATTATTTTTCATCATAAAAGCCTATTC-GAAATAAAATAGTACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
1 ATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * ** * *
11253 TTATTGAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACTCGTTCAAATAGTTATGAATATT
65 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * *
11318 TGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
130 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * *
11370 ATTATTTATGTTCATACAAACTTATTCAGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTAT-GAAAA
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* * * * * * * * * * * *
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65 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* *
11499 TGAATAATTATCTATTTCAAATGGTTATGACCTTTTTGTTTTGT-AGTAAAACA
130 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCA-TAAAACA
* * * * * * * **
11552 AATGTTTTTGTTCATATAAGTTTTTTCATAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAA-
1 ATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * ** * * *
11616 T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAATTTACC-AAATCAAATCAATTAGTTATAACAAT
66 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACCGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * *
11676 TTGAACAATTATTTATTTCTAATTGTTATGA-CTATTTG--TTGTCATAAAACA
129 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * * * ** *
11727 ATTTTTTCTATTGATACAATCTTATTCAGAATAAAGTAATGTTAATTTATCAATA-TTCTAAAAA
1 ATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAA
** * * * *
11791 TTAATAAGTAATG-GACATAAAAAATGAATTCATTGGCTTGACC-AA-T-G--CAAATAATTTTG
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* * * *
11850 ACTATTTGAACAAATATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAGCA
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* * ** ** ** *
11908 ATTGTTTCTGTTCCTACAAGCTTATTTGGAATAATTTAATTTTAATTTATTAATATTCCAAAAAT
1 ATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * * * *
11973 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAACTGAATCTGTTTATC-AAATAAATTCAAATAGTTATGACTATT
66 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * * *
12037 TGAGCGATTACCTATTTCAAATGGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATA
130 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * *
12089 ATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-ATTAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTCAAACA
1 ATTGTTTATGTTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-A
* * * * * * * * *
12152 CTTAATAAGTAAAATATTTAAAAAACAACTCT-ATTACCGAA-TAAATTCCAATAGTTATAACTA
64 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * *
12215 TTTGAACAATTATTTATTTTAAATTGTTATGA-CTCCTTGTTTTGTCAT--AA-A
128 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * ** * * * * * *
12266 ATAGTTTTTGTTCATAGAAGCTTATTTGGATTAGAGTAATATTAATTTATCAATATTTCAACAAT
1 ATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * * ** *
12331 TAATAAGTAAGAGATTTCAAAAACAAATATGTTTACCTAAAAAGTTCAAATAGTCA-GAACTATT
66 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATG-ACTATT
* * * **
12395 TGAATAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTTGTTTCATCATAAAACA
130 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * * * *
12448 ATTGTATCA-ATTCATATAGGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTTATTTATTAATATTCCAAAA
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** * * * * * * ** * *
12511 ATTAATGGGCAAGAGATTTAAAAAATGAATTTATTTA-CTAACAAGTTTGAATTGTTATGATTAT
64 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * * *
12575 TTAAATAATTTTTTATTTCAAATCGTTATGA-CATTTGTTTTGTCATAAAATA
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* **
12627 ATT-TTT-TGTTCATACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATCCCAAAAA
1 ATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAA
* * * *** *
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64 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTA-GTTCAAATAGTTATGACTA
* * ** * *
12752 TTTGAATAATTATGTATTTCAAAAAGTTATGACCTTTCGTTTTGTCATAAATCA
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* * * * *
12806 ATTGTTTCTATTCATACAAGCGTATTC-GAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCCAAAAA
1 ATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * * *
12870 -T--TAA-T-A-AGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTG-AGTAAGTTTAAATAGTTATTATAC
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* * * *
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* * * * * * **
12984 ATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTAAAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTTTGAAAAT
1 ATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * * * * * * *
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66 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * *
13113 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTATTTTTTAATAAAATA
130 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * ** * * * **
13166 ATTATTTTTGTTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTGATATATTAATATTTTGAAAAT
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* * * * * *
13231 TAAT-A--AA-AGATTTAAAAACTAAATTTG-TTACAGAAAC-AGTTTAAATAGTTTTGACTATG
66 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCG-AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * * ** *
13290 TAAAGAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTATTTCATCGTAAAACA
130 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * * * *
13341 ATTGTTTCTTTTCATACAAACTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAAT
1 ATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * * * *
13406 TAAAAAGTAAGAGA-TT-AAAAA-AAA--TGTTTGCCAAACTAGTTCTAATAGTTAAGACTATTA
66 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * * * * * *
13466 GAATAATTTTATGTTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCCTAAAATA
131 GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * *
13517 ATTATTTTAAT-TT-ATACAAGCTTATTCAGAATAAAGTAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAA
1 ATT-GTTT-ATGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
* * * * *
13579 ATTTAATGAGTAAGAGATTT-AAAAA-AAATCTATTCACCGAACAAGTTCAAATAGATT-TGAGT
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* * * * *
13641 ATTTGAACAATTATTTATTT-AAAGTTGTTA-GACCTTTTATTTTGACATAAAATA
127 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* ** * * *
13695 ATTGTTTCA-ATTCATTA-AAAATTA-TCCGAAATAAAA-AATACTACTTTATTAATATTTCAAT
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63 AATTAA
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Consensus pattern (181 bp):
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Found at i:12485 original size:359 final size:357
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8882 ATCTTATCCA
* *
8892 AAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGGAAGAGT-TTTAAACAATA-A
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* * * * * * * *
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* * * * * ** **
9019 TGAC-CTTTTCTTTGGTCATAAAACATTTGTATCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
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* *** * * **
9083 TACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAATGACTTAAAAAGTGAATATGTTTACCGA
189 TATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-CAAATATGTTTACC-A
* * * * * * * ** * *
9148 ATC-AGCTCAAATAATTATGGCCATTTCAGTAATTATCTATTTCAAATCGTTATTAGCTTTTGTT
252 AACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTT
* * * * * * *
9212 TGGTCATATAACAATTTTTTTTA-TCATACAAGTTTAATCG
317 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * ** * * *
9252 AAATCAAATAATACTAATTTATTAATCTTTTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAAAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-AA-ATATTT-AAAAAACAAT
* ** * * * * * * * *
9317 TTGCTTACCAAATCAA-TTTAAATAGTTTTGACTATTTAAACAATTGTATACTTGAAATCGTTAT
63 CTATTTACCGAAT-AAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTAT
* * * * * * **
9381 AACT-TTTTGTTTTATCATAA-AATAATTATTTTTGTTCATACTAGTTTATTCAAAATAAAATAA
127 GACTCTTTTGTTTTGTCATAACAAT-A--GTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
* * * ** * * * *
9444 TATTAATCTAATAATATTCC-AAAATTAATAACTAAGGGATTTAAAAA-ATAATTTTTTTTGCCG
189 TATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAACA-AA-TATGTTTACCA
* * * * * * * *
9507 AACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATATGACCAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTT
252 AACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTT
* * * * *
9572 TTGACATAAAACAATTTTTTTCAATTTATACTAGCTTATTTG
317 TTGTCATAAAACAA-TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * * *
9614 GAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAT
1 AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-GAA-ATATTTAAAAAACAAT
* * * ** * * * * * * *
9678 TTCGTTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTAT
63 CT-ATTTACCGAATAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTAT
* * * * * *
9743 GAC-CTTCTGTTTTGTTATAAAACAA-ATGTTTTTGTTCATATAAG-TTTTGTTCAGAATAAAAT
127 GACTCTTTTGTTTTGTCAT--AACAATA-GTTTCTGTTCATACAAGCTTAT-TTGA-AATAAAAT
* * * ** * * *
9805 AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT
187 AATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAACAAATATGTTTAC-
* * * * * * *
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*
9933 GTTTTG-CATAAAACAAACTAG--TC-ATTCA-A-AA--TTATTT-
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* *** *
9970 AGAATAAAATAATACTAATATATTAATATTTTGAAAATTAATAAG--AGATTT-AAAAACTAAAT
1 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAATATTTAAAAAAC--AAT
* * * * * * * *
10032 TTGTTCA-AGAA-AACATTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTA
63 CTATTTACCGAATAA-GTTT-AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTA
* * * *
10095 TGA-TC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCT-TTCATACAAGCTTATTT-AGATTAAAAC
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* * * * * **
10156 AATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAATAATAAATGTGTTTGT
187 AATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAA-AACAAATATGTTTAC
* * * * * * * * *
10221 CAAACTAA-TTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTATCAATTTTAAATCATTCTGACCTTTT
250 CAAAC-AAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTT
* * * * *
10285 GTTTAGGCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATACGAGCTTATTTA
314 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTG
* * * ** * * * *
10329 AAATAAAGTAATGCTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATCAGCCAGAGATTTAAAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG--AAATATTT-AAAAAA-CAA
* * * * * * * * *
10394 TTTGTTTACTGAAGAA---CAAATAGATT-TGAGTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTTGTT
62 TCTATTTACCGAATAAGTTTAAATAG-TTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA-TCGTT
* * * * * ***
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125 ATGACTCTTTTGTTTTGTCAT--AACAATAGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * * * * * **
10517 AATACTACTTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAACTAAATCTATTTAGT
187 AATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAC-AAATATGTTTACC
* * * * * * *
10582 AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTTTGATC-TTTGT
251 AAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGT
* *
10646 TTTGTCATAAAACAATTGCTTCTATTCATACAAGCATATTTG
316 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * ** * * * * *
10688 GAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATT-CTAAAATTAATAAG-AGT-TTTAAAAAATAAATAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAATATTTAAAAAA-CAATCT
* * * * * * * *
10750 GTTTGCCGAACTAA-TTCAAATAGTCA-AGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTA
65 ATTTACCGAA-TAAGTTTAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATG
* * * * *
10813 AC-CTTTTGTTTAGTCATAAAAAAATTGTTTCAGTTCATACATGCTTATTCT-AAATAAAATAAT
128 ACTCTTTTGTTTTGTCAT--AACAATAGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT-TGAAATAAAATAAT
* * * * * * *
10876 ACT-A--T-TT--TATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAAAGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGA
190 ATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTT-AAAAACAAATATGTTTACCAA
* * * * * * *
10935 ACAAATTCAAATAGTTAGGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTGTGACATTTTGTTT
253 ACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTT
* * * * * * ***
11000 TATAATAACATAATTATTTC-AGTTCATAAAAGCTTATCCA
318 TGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTG
* * * * * * ** * * *
11040 AAATGAAATAATATTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAAGATGTTGGAGATTGAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG--AAATATTTAAAAAA-CAAT
* * ** * *
11105 CAATTTATCGAACT-AGTTT--A-A-TTATGGCAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTC-TTA
63 CTATTTACCGAA-TAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA-TCGTTA
* * * ** * * *
11164 TGA-ACATTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTTTTCATCATAAAAGCCTATTCGAAATAAAATA
126 TGACTCTTTTGTTTTGTCAT--AACAA-TAGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * * * * ** * * ***
11227 GTACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATTGAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTG
188 ATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAACAAATATGTTTACCA
** * * * *
11292 AACTCGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTT
252 AACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTT
* * * * *
11357 TTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAACTTA-TTC
317 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * *** * *
11397 AGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAGTA-A
1 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-GAA-ATATTTAAAAA--ACA
* * * * * * * * * * * * *
11461 ATTTGTTTGCCAAACCAA-TTCAATTAGTGA-AGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATGGT
61 ATCTATTTACCGAA-TAAGTTTAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGT
* * * *
11524 TATGAC-CTTTTTGTTTTGT-AGTAAAACAA-ATGTTTTTGTTCATATAAG-TTTTTTCATAATA
124 TATGACTC-TTTTGTTTTGTCA-T--AACAATA-GTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATA
*** * *
11585 AAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAAT-TAAT
183 AAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAACAAATAT-GT
* * * * * * * * *
11645 TTACCAAATCAA-ATCAATTAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCTAATTGTTATGA-C
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* * * *
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* ** * * * ** *
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1 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAT--ATTTAAAAAA-CAA
** * ** ** * * * * * *
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* * * * **
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * *
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1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA-AATTAATAAG--AAATATTTAAAAAACAA-
* ** * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* *
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** * * * *
12436 CATCATAAAACAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTTG
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* ** * *
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1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-AA-ATATTTAAAAAA-CAAT
* * * * * * * * * *
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* * * *
12605 A--CATTTGTTTTGTCATAA-AATAATTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAT
128 ACTCTTTTGTTTTGTCATAACAAT-AGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAT
* * * * * ****
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192 TAATTTATTAATATTCC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAACAAATATGTTTACCAAAC
* * * * * ** * *
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* * *
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* * *
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1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAATATTTAAAAAA-CAATCT
* * *
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* * * **
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* * *** * ** *
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* * * * * *
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* * * * * * * ** **
13154 TTTAATAAAATAATTATTTTTGTTCATGCAAAATTATTCA
318 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * *** *
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1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAATATTTAAAAAAC--AATC
* * * * * * * * *
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* * * * * *
13318 GA-TCTTTAT-TTCATCGT-AAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAACTTATTT-AGATTAAAATA
127 GACTCTTT-TGTT--TTGTCATAACAATAGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATA
* * * * *
13379 ATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAAAAAGTAAGAGA-TT-AAAA-AAA-ATGTTTGCCAA
188 ATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAACAAATATGTTTACCAA
* * * * * * * * * * * *
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253 ACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTT
* * * * * *
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* * * *
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1 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA-TTAATAAG-AA-ATATTTAAAAAACAA
* * * * * *
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* *
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Statistics
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* * * *
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* * * * * *
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* * * *
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**
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* * * *
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* * * * * ** *
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* *
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* * * **
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* * * * * * * * * * * *
14985 AGTTTAAATGGTTAAGATTATTAGAATAGTTATCTATTTGAAATCGTTTTGACCATTTGTTTAGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
* * * *
15050 CATAAAAAAATTGTTTC-AGTTTATACAAGCTTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACA
66 CATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * *
15114 -TTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATCT--AAAA-AAATCTGTTTA-TCAAACA
130 TTTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAACC
* * * * **
15163 AGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTAATTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
* * **
15228 CACAAAACAATTGTTTC-AGTTAATACAAGCTTA-GAAGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
66 CATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCA-GAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * **
15291 ACTT-ACTAAAA-TAATAAGTAAGAAACTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TCGAATT
129 ATTTCA-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAACC
* * *** * ** * *
15344 AGTT-AGAATAATTAT-AGCCATTTGAGCGATTATCTATTACAAATTGTTATGACTTTTTGTTTT
1 AGTTCA-AATAGTTATGA-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTT
* * * * *
15407 GTCATAAAACAATTATTTTTAATCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
64 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * ** *
15472 ATCTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATC
129 ATTTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACC
* * * * * ** *
15525 -GATTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCAATCTCAAATTGTTA-AGATC-TTTGTTTT
1 AG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATA-ACCTTTTGTTTT
* * * *
15587 GTCATAAAACAATTGTTTCTGA-TCATAGAAGCTTATT-TGATTAAAAATAATACTAATTTAATA
64 GTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTA
* * * * ** **
15650 ATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAGTC
127 ATATTTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACC
* * * * * * * *
15705 AATTTAAATAGTTA-GAACTATTAGAATAAATATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTATTTAG
1 AGTTCAAATAGTTATG-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTG
* * * * * *
15769 TCATAAAATATTTGTTTCATATT-TTACAAGCTTTTTTAGAATAAAATAAT-CTAAATTTATTAC
65 TCATAAAACAATTGTTTC-TATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAA
* * * *
15832 TA-TTCAAAAAATTAATAAGGAA-ATGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCAAACA
128 TATTTCAAAAAATTAATAAGTAAGA-GATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTAAACC
* * * * * * **
15887 AGTTCAAATAGTGATGACTATTTAAATAATTATTTATTTAAAATTATTATGACCTTTTGTTTTAA
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
* * * *
15952 CATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAAT
66 CATAAAACAATTGTTTCTA-TTCAT-ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* ** * * ** *
16016 A-AT-AGAAAAATTAATAACCAAGAG--TT-GAAAATAAATTTGTTTA-TCGCACA
129 ATTTCA-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAACC
* * * ** * * * *
16066 AATTCAAATAGTTATGACCATGTGAGCAATTGTCTATTTAAAAT-GTTATGACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
* ** * * *
16130 CATAAAGCAATTGTTTGAATTCATACAAGCTTAGTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTACTAT
66 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
** ** * * ** **
16195 TT-TGAAAATTAAT--G--AGCA-ATTTAAAAGGTGAATCTATTTACCGATTC
131 TTCAAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACC
* * * * * * * * * *
16242 AGTTTAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTCTTGTTTGGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
** * * * * * * *
16307 CATGTAACAATTGATTTTTA-TCATATATGTTTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATC
66 CATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* ** *
16371 TTTCAAAAAA-CAATAAGTAAGAGATTT-AAAAA-AAATCT-TTATACCGAACT
130 TTTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT-TACTAAACC
* * ** * * * *
16421 AGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAGCAATTGTATAATTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGC
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * *
16486 CATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAACAATACTAA--TATGAAAAT
66 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
** * * * * * * *
16549 ATTCTTAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAATATAAATTTATTTGCCAAACT
131 -TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACC
* * *
16602 AGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATC---AT----TTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
* * * * * **
16660 CGTAAAACAATTTTTTTGCAACTCATACTAGCTTATTTGGAA-AAAA-AAT--TGAATTTATTAA
66 CATAAAACAA-TTGTTT-CTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAA
* * *
16721 TATTTC-AAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCT-AACC
128 TATTTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAAACC
* * *** *
16775 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATGACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * * * *
16840 CATAAAACAAATGTTTTTGTTCACATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATAT
66 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
*
16905 TTC-AAAAATTAATAA-T---AGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTAAC-AAATC
131 TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTT-ACTAAACC
* ** * * * ** *
16953 AGTTTAAA-ACGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTGAAATTCA-TATGATTTTTTGTTAT
1 AGTTCAAATA-GTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCATTATAACCTTTTGTTTT
* * * ** * * * * * * * *
17016 ATTACAAAACAATAATTTTTGCTT-GTAAAAGTTTAATCAG-ATTAAATAATACTATTTTATTAA
64 GTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * *** * * * *
17079 TATTTC-AACAATTAATAAGTAA-AAATTTTTTTAAATAAATATGTTTATTGAACA
128 TATTTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACC
** * * * * * ** *
17133 AAATCAAATAGTCATGACTATTTGAGTAAGTATTTATTTGAAAATTGTTA-AGACCTTTTATTTT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT-CAAATCATTATA-ACCTTTTGTTTT
* * * * * *
17197 ATCATAAAA-AATTATTTC-AGTTCATATTAA-C-TAGTT-TGAAATAAAATATTACTAAGTTAT
64 GTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA-CAAGCTTA-TTCAG-AATAAAATAATACTAATTTAT
** * * * * * * * *
17257 TAATA-TTCTGAAAATTAATGATTAAGAAATTTAAAAAATGAATATATTTACCAAACA
125 TAATATTTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACC
* * * * * * **
17314 AGTTTAAATAATTATAAGTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
* * * * * ** *
17379 CACCAAAAGATTTTTTTCTATTCATACAAGTTTATTTTGAATAAAATAATA-TACTTTATTAATA
66 CA-TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * *
17443 -AT-AAGACAATTAAT-AGTTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACA
130 TTTCAA-AAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACC
** * * ** *
17495 AGTTCAAATCTTTATGGCTAATTGAACGATTATTTATTTCAAAT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
17539 TGTTGGGTAA
Statistics
Matches: 2681, Mismatches: 620, Indels: 294
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
172 1 0.00
173 82 0.03
174 27 0.01
175 41 0.02
176 261 0.10
177 317 0.12
178 311 0.12
179 206 0.08
180 355 0.13
181 708 0.26
182 299 0.11
183 70 0.03
184 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (182 bp):
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACC
Found at i:14930 original size:539 final size:535
Alignment explanation
Indices: 13912--16849 Score: 1541
Period size: 539 Copynumber: 5.5 Consensus size: 535
13902 TTGCTTAACT
* * * * * * * *
13912 AGTTCAAATATTTAAGACTATTAGAATAATT-TTTAATTTCAAATTATTCTGACCCTTTGTTTAG
1 AGTTCAAATAGTTATGATTATT-GAACAATTATCT-ATTTCAAATTGTTAT-AACCTTTGTTTA-
* * * ** *
13976 TCATATAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA-AAAAATTTAATAAAA
62 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATA
* * *
14040 TTCAAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTGAAAAAATAACTTTGTTTACTAAA-CAAGTTCAAATAG
127 TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAAATAAATCTGTTTACTAAACCAA-TTTAAATAG
* * * * * * ** * *
14100 TTATGACTATCTAAATAATTATCAATTTAAAATCGTTACGACCTTTTGTTTTATCAT--AAACAA
189 TTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAAACAA
* ** * * * * * * * *
14163 TTGTTTTAGTTCACAAAAACTTATCCAA-AATAAAATAATACTACTGTATTAATA-TTTC-AAAA
254 TTGGTCCAGTTAATACAAGCTTA--CAAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATACTTACTAAAA
* * * * * *** * *
14225 GTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TACTT-TACTATGTTAGTTCA-AATAATTATGGC
317 --TAATAAGTAAAAAAATTAAAAAATAAATCTAATTAT-CGA-ACCAATT-AGAATAATTATAGC
* * ** * * * *
14287 CATTTAAATAACTATCTATTTCAAATTGTTATTACC-TTTTGTTTTCTCACAAAACAATTGCTTT
377 CATGTGAACGATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG-TTT
* * *
14351 TCAAT-ATAGAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATAT-TAATTTACTAATATTTCAAGAATTAATA
441 T-AATCATACAAGCTTATTCTG-AATAAAATAAT-TCTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATA
* * *
14413 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTATACCGAACC
503 AGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATC
* *
14446 AGTTCAAATAGTTATGACTATTGAACAATTATCTATTTCATATTGTTATAACCTTTTGTTCTATC
1 AGTTCAAATAGTTATGATTATTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACC-TTTGTT-TATC
* * * * * * *
14511 ATAAGACAATTTTTTCTATTCACATAAGTTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATT
64 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-T
* *
14576 TCAAAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACTAAACCATTTTAAATAGTT
128 TCAAAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTGTTTACTAAACCAATTTAAATAGTT
* *
14640 TTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTATTTTGTCATC-AGACAATT
191 TTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAAACAATT
* * *
14704 GGTCCTA-TTCATACTA-CTTTATTCAA-AATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TT-TTGAAA
256 GGTCC-AGTTAATACAAGC-TTA--CAAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATACTTACT-AAA
* *
14764 CTTAAT-AGTCAAAAAAATTAAAAAAATAAATCTAATTA-CTGAACCAATTCA-AATAGTTA-AG
316 -ATAATAAGT-AAAAAAATT-AAAAAATAAATCTAATTATC-GAACCAATT-AGAATAATTATAG
* * ** *
14825 ACTATGTGAATGATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTCTTTTATCATAAAACAA-TGTT
376 -CCATGTGAACGATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTT
* * * *
14889 TTATTCATACATGCTTATTCTGATTAAAGTAATTCTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG
440 TTAATCATACAAGCTTATTCTGAATAAAATAATTCTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * *
14954 ATATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATT
505 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATC
* * * * * * * * *
14985 AGTTTAAATGGTTAAGATTATTAGAATAGTTATCTATTTGAAATCGTTTTGACCATTTGTTTAGT
1 AGTTCAAATAGTTATGATTATT-GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACC-TTTGTTTA-T
* * * * *
15050 CATAAAAAAATTGTTTC-AGTTTATACAAGCTTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACA
63 CATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATA
* * *
15114 TTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATCT-AAAA-AAATCTGTTTA-TCAAA-CAAGTTCAAATAGT
127 TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACT-AAACCAA-TTTAAATAGT
* * * *
15175 TATT-ACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTAATTTGTCA-CAAAACAA
190 T-TTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAAACAA
* * * *
15238 TTGTTTCAGTTAATACAAGCTTAGAAGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATACTTACTAAAAT
254 TTGGTCCAGTTAATACAAGCTTACAA-GAATAAAATAATACTAATTTAATAATACTTACTAAAAT
* * * ** ** * *
15303 AATAAGTAAGAAACTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATTAGTTAGAATAATTATAGCCATTTG
318 AATAAGTAAAAAAATTAAAAAATAAATCTAATTATCGAACCAATTAGAATAATTATAGCCATGTG
* * * *
15368 AGCGATTATCTATTACAAATTGTTATGA-CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTAATCA
383 AACGATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-GTTTTAATCA
* ** * * *
15432 TACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATCTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
447 TACAAGCTTATTCTGAATAAAATAATTCTAATTTAATAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGA
15497 TTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATC
508 TTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATC
* * * * *
15525 -GATTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCAATCTCAAATTGTTA-AGATCTTTGTTTTG
1 AG-TTCAAATAGTTATGATT-ATTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATA-ACCTTTG-TTTA
* * *
15588 TCATAAAACAATTGTTTCTGA-TCATAGAAGCTTATT-TGATTAAAAATAATACTAATTTAATAA
62 TCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTAATAA
* * * * ** **
15651 TATTCTAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAGTCAATTTAAATAG
125 TATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACTAAACCAATTTAAATAG
* * * * * * *
15716 -TTAGAACTATTAGAATAAATATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTATTTAGTCAT-AAAATA
189 TTTTG-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAAACA
* * * ** *** * * *
15779 TTTGTTTCA-TATTTTACAAGCTTTTTTAGAATAAAATAAT-CTAAATTTATTACTA-TT-CAAA
253 ATTGGTCCAGT-TAATACAAGC-TTACAAGAATAAAATAATACT-AATTTAATAATACTTAC-TA
* ** * * * * * *
15840 AAATTAATAAGGAAATGATTTGAAAAAATAAATCTATTTA-CCAAACAAGTTCA-AATAGTGAT-
314 AAA-TAATAAGTAAAAAAATT-AAAAAATAAATCTAATTATCGAACCAA-TT-AGAATAATTATA
* * * ** * * * *
15902 GACTATTTAAATAATTATTTATTTAAAATTATTATGACC-TTTTGTTTTAACATAAAACAATTGT
375 G-CCATGTGAACGATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGT
* * * * ** * ** * **
15966 TTCAGTTCATAAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATAATAGAAAAATTAAT
439 TTTA-ATCAT-ACAAGCTTATTCTGAATAAAATAATTCTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * * *
16031 AACCAAGAGTT-GAAAATAAATTTGTTTATCGCA-C
502 AA--GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATC
* ** * * * * *
16065 AAATTCAAATAGTTATGACCATGTGAGCAATTGTCTATTT-AAAATGTTATGACCTTTTGTTTTG
1 -AGTTCAAATAGTTATGATTAT-TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACC-TTTG-TTTA
* ** * * * *
16129 TCATAAAGCAATTGTTTGAATTCATACAAGCTTAGTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTACTA
62 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATA
*** * * * ** ** * *
16194 TTTTGAAAATTAAT--G--AGCA-ATTTAAAAGGTGAATCTATTTACCGATTCAGTTTAAATAAT
127 TTCAAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAA-ATAAATCTGTTTACTAAACCAATTTAAATAGT
* * * * * * * * * * **
16254 TATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTCTTGTTTGGTCAT-GTAACAAT
190 TTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAAACAAT
* ** * * * * * * *
16318 TGAT--TTTTATCATATATGTTTATTCAA-AATAAAATAATAGTAATTTATTAAT-CTTTCAAAA
255 TGGTCCAGTTA--ATACAAGCTTA--CAAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATACTTAC-TAA
* * * * * * * *
16379 AACAATAAGT-AAGAGATTTAAAAA-AAATCT--TTATACCGAACTAGTTTA-AATAGTTATAAC
315 AATAATAAGTAAAAAAATTAAAAAATAAATCTAATTAT--CGAACCA-ATTAGAATAATTATAGC
* * * * * * * ** * ** *
16439 TATTTGAGCAATTGTATAATTCAAATCATTATAACC-TTTTGTTTTGCCATAAAACAATTATTTA
377 CATGTGAACGATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-
** ** * * * * *
16503 TGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAACAATACTAATATGAA-AATATTCTTAAAATTAATAAT
441 TAATCATACAAGCTTATTCTGAATAAAATAATTCTAAT-TTAATAATATT-TCAAAA--ATTAA-
* * * * *
16567 TAAGAGATTTAAAATATAAATTTATTTGCC-AAAC
501 TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATC
* * * * *
16601 TAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAA---TCAT---TTTTGTTTTGT
1 -AGTTCAAATAGTTATGATTAT-TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTG-TTTAT
* * * * * ** *
16660 CGTAAAACAATTTTTTTGCAACTCATACTAGCTTATTTGGAA-AAAA-AAT--TGAATTTATTAA
63 CATAAAACAA-TTGTTT-CTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTAATAA
* * * * *
16721 TATTTC-AAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCT-AACCAGTTCAAAT
125 TA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTA-CTAAACCAATTTAAAT
* * * *** * *
16784 AATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAAC
187 AGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAAAC
16848 AA
252 AA
16850 ATGTTTTTGT
Statistics
Matches: 1884, Mismatches: 397, Indels: 247
0.75 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
528 1 0.00
529 20 0.01
530 23 0.01
531 10 0.01
532 24 0.01
533 180 0.10
534 144 0.08
535 89 0.05
536 241 0.13
537 132 0.07
538 98 0.05
539 274 0.15
540 230 0.12
541 160 0.08
542 132 0.07
543 83 0.04
544 43 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (535 bp):
AGTTCAAATAGTTATGATTATTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTGTTTATCAT
AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCA
AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACTAAACCAATTTAAATAGTTTTGAC
TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAAACAATTGGTCC
AGTTAATACAAGCTTACAAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATACTTACTAAAATAATAAGTA
AAAAAATTAAAAAATAAATCTAATTATCGAACCAATTAGAATAATTATAGCCATGTGAACGATTA
TCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAATCATACAAGCTT
ATTCTGAATAAAATAATTCTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAA
TATGTTTACCGAATC
Found at i:15649 original size:897 final size:891
Alignment explanation
Indices: 13914--16919 Score: 2415
Period size: 897 Copynumber: 3.4 Consensus size: 891
13904 GCTTAACTAG
* * * * * *
13914 TTCAAATATTTAAGACTATTAGAATAATT-TTTAATTTCAAATTATTCTGACCCTTTGTTTAGTC
1 TTCAAATAGTTAAGACTATT-GAATAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTAGTC
**
13978 ATATAATA-AT-TGTTTCA-ATTCATACAAGCTTATTC-AGAATAAAATAA-AAAAATTTAATAA
64 ATA-AA-ACATATGTTT-ATATT-ATACAAGCTT-TTCTAGAATAAAATAATCTAAATTTAATAA
* * * * *
14038 AATTCAAAAAATTAATAA-G-A-GATTTGAAAAAATAACTTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAG
124 TATTCAAAAAATTAATAAGGAATGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAG
* * * * * * * * *
14100 TTATGACTATCTAAATAATTATCAATTTAAAATCGTTACGACCTTTTGTTTTATCAT-AAACAAT
189 TGAAGACTATTTAAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCATTTGTTTTAACATAAAAAAAT
* * * * * * ** *
14164 TGTTTTAGTTCACAAAAA-CTTATCCAAAATAAAATAATACTACTGTATTAATATTTCAAAAGTT
254 TGTTTCAGTTCATAAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACAATAGAAAAATT
* * * * **** * * * *
14228 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TACTTTA-CTATGTTAGTTCAAATAATTATGGCCATT
319 AATAA-CAA-AGAGTT-GAAAATAAATCT-GTTTATC-AAACAAATTCAAATAGTTATGACCATG
* * * * * * * ** *
14291 TAAATAACTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTCTCACAAAACAATTGCTTTTCAA-
379 TGAACAATTGTCTATTT-AAAATATTATAACCTTTTAATTTGTCACAAAACAATTG--TTTCAAT
* *** * * * *
14355 T-ATAGAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTACTAATATT-TCAAGAATTAATAAGAGA
441 TAATACAAGCTTA-GCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAA-AATTAATAAGAAA
* * * ** * * * *
14418 TTTAAAAAATAAATCTGTATACCGAACCAGTTCAAATAGTTAT-GAC-TATTGAACAATTATCTA
504 CTTAAAAAATAAATCTATTTACCGATTCAGTTTAAATAATTATAGCCAT-TTCAACAATTATCTA
* * * * * *
14481 TTTCATATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAGACAATT-TTTTCTATTCACATAAGTTTATT
568 TTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT-TAATCATATAAGTTTATT
** * *
14545 CGGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTTCAAAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAGT
632 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAAT
** * * * *
14609 AAATCTATTTACTAAACCATTTTAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
695 AAATCT-TTTACCGAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-AATTCAAATCAT
* * * * * * *
14674 TATAACTTTTTATTTTGTCATCAGACAATTGGTCCT-ATTCATACTA-CTT-TATTCAAAATAAA
758 TATAA-TCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGA-TCATACAAGCTTAT-TTCAAAATAAA
* * * *
14736 ATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAGTCAAAAAAATTAAAAAAATAAATCTAATT
820 ATAATACTAATTTAATAATATTTT-AAAATTAATAGT--AAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTT
* *
14801 ACTGAACCAA
882 GCCGAACCAA
* *
14811 TTCAAATAGTTAAGACTATGTGAATGATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTCTTTTA-T
1 TTCAAATAGTTAAGACTAT-TGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTT-ATTTAGT
* * *
14875 CATAAAACA-ATGTTT-TATTCATACATGCTTATTCT-GATTAAAGTAATTCT-AATTTAATAAT
63 CATAAAACATATGTTTATATT-ATACAAGCTT-TTCTAGAATAAAATAA-TCTAAATTTAATAAT
* * * * ** * *
14936 ATTTC-AAAAATTAATAA-G-AT-ATTT-AAAAAATAAATTTGTTTATCGAATTAGTTTAAATGG
125 A-TTCAAAAAATTAATAAGGAATGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAG
* * * * * * *
14996 TTAAGATTA-TTAGAATAGTTATCTATTTGAAATCGTTTTGACCATTTG-TTTAGTCATAAAAAA
189 TGAAGACTATTTA-AATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCATTTGTTTTA-ACATAAAAAA
* * * * * *
15059 ATTGTTTCAGTTTAT-ACAAGCTTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCA-AAAA
252 ATTGTTTCAGTTCATAAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACAAT-AGAAAA
* * * * *
15122 ATTAATAAGAAAGAGATCT-AAAA-AAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATT
316 ATTAATAACAAAGAG-T-TGAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAATTCAAATAGTTATGACCATG
*
15185 TGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTAATTTGTCACAAAACAATTGTTTCAGTTA
379 TGAACAATTGTCTATTTAAAAT-ATTATAACCTTTTAATTTGTCACAAAACAATTGTTTCAATTA
15250 ATACAAGCTTAG-AAGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATACTTACT-AAAATAATAAGTAAG
443 ATACAAGCTTAGCAA--AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT-CTGAAAAT--TAA-TAAG
* * * * * *
15313 AAACTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATT-AG-TTAGAATAATTATAGCCATTTGAGCGATTA
501 AAACTTAAAAAATAAATCTATTTACCG-ATTCAGTTTA-AATAATTATAGCCATTTCAACAATTA
* * * * **
15376 TCTATTACAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTAATCATACAAACTT
564 TCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTAATCATATAAGTTT
*
15441 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATCTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
629 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * *
15506 TAAATATGTTTACCGAATC-GATTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCAATCTCAAATT
694 TAAATCT-TTTACCGAACCAG-TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAAT-TCAAATC
* * * **
15570 GTTA-AGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGATCATAGAAGCTTATTTGATTA-AAA
756 ATTATA-ATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGATCATACAAGCTTATTTCAAAATAAA
* * * *
15633 ATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATGTGTTTG
820 ATAATACTAATTTAATAATATT-TTAAAATTAAT-AGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTG
**
15698 CCGAGTCAA
883 CCGAACCAA
* * *
15707 TTTAAATAGTT-AGAACTATTAGAATAAATATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTATTTAGTC
1 TTCAAATAGTTAAG-ACTATT-GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTAGTC
* * * * * *
15771 ATAAAATATTTGTTTCATATTTTACAAGCTTTTTTAGAATAAAATAATCTAAATTTATTACTATT
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15836 CAAAAAATTAATAAGGAAATGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTGA
128 CAAAAAATTAATAAGG-AATGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTGA
* * * * *
15901 TGACTATTTAAATAATTATTTATTTAAAATTATTATGACCTTTTGTTTTAACATAAAACAATTGT
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* *
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* * ** *
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* * ** * * * *
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* * * * * ** *
16161 TAGTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTTGAAAATTAATGAGCAATTTAAAAGGTGA
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* *
16226 ATCTATTTACCGATTCAGTTTAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
516 ATCTATTTACCGATTCAGTTTAAATAATTATAGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA
* * * ** *
16291 TTACCTCTTGTTTGGTCATGTAACAATTGATTTTT-ATCATATATGTTTATTCAAAATAAAATAA
581 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTTTAATCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAA
* * **
16355 TAGTAATTTATTAATCTTTCAAAAAACAATAAGTAAGAGATTT-AAAAA-AAATCTTTATACCGA
645 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTTT-TACCGA
* * * *
16418 ACTAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAGCAATTGTAT-AATTCAAATCATTATAACCTTTTGTT
709 ACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-T-TATCAATTCAAATCATTATAATC-TTTGTT
* * * * * *
16482 TTGCCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAACAATACTAATATGAA
771 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTGATCATACAAGCTTATTTCAAAATAAAATAATACTAAT-TTAA
* * * * * * *
16546 -AATATTCTTAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAATATAAATTTATTTGCCAAACTAG
835 TAATATT-TTAAAATTAAT-AGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTGCCGAACCAA
* * *
16604 TTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATT-T----TTGT-TTT-GTCG
1 TTCAAATAGTTAAGACTAT-TGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTAGTCA
* * * * * * *
16662 TAAAACA-ATTTTTTTGCAACTCATACTAGCTTATT-TGGAA-AAAA-AAT-TGAATTTATTAAT
65 TAAAACATATGTTTAT---A-TTATACAAGCTT-TTCTAGAATAAAATAATCTAAATTTAATAAT
* * * * * *
16722 ATTTC-AAAAATTAATATGTAAGAGATTT-AAAAAATAATTCTATTTACCTAACCAGTTCAAATA
125 A-TTCAAAAAATTAATAAGGAA-TGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATA
* * * * * * *** * **
16785 ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
188 GTGAAGACTATTTAAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCATTTGTTTTAACATAAAA-AA
** * * * * * * * * **
16850 A-TGTTTTTGTTCA-CATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAA
252 ATTGTTTCAGTTCATAAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACAATAGAAAAA
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317 TTAATAA
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Statistics
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TATTTAAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCATTTGTTTTAACATAAAAAAATTGTTTCA
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TATTTAAAATATTATAACCTTTTAATTTGTCACAAAACAATTGTTTCAATTAATACAAGCTTAGC
AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGAAACTTAAAAAATAAATCTA
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TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTTTTACCGAACCAGTT
TAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTCAAATCATTATAATCTTTGTTTTGTCATAAA
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*
18713 AATAAAATTCAAA-AAATT
1 AATAAAA-TAAAACAAATT
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1 AATAA
18736 GAGATTTGAA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 3
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Matches are distributed among these distances:
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AATAAAATAAAACAAATT
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* * * *
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* * * * ** * ** * *
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* * * * * * *
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** * ****
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* * * * * ** * * *
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* * * * * *
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* * **
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* * ** * * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGT
* * * * * *
19190 CATAAGACAATTTTTTCTATTCATATAAGTTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATAT
66 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* *
19255 TTCAAAAAATAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACTAAACC
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* * * *
19306 ATTTTAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTATTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGT
* * * * * * * *
19371 CATCAGATAATTGGTCCTATTCATACTA-CTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA
66 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC-TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** ** * * **
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* * * * * * * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC-TTTTATTTTG
* * * * *
19553 TCATAAAACAA-TGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCTGATTAAAGTAATTCTAATTTAATAATA
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* * * **
19616 TTTC-AAAAAT--TAA-TAAGATATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TCGAATT
130 TTTCAAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAACC
* * * * * * * * * * * *
19664 AGTTTAAATGGTTAAGATTATTAGAATAATTATCTATTTGAAATCTTTCTGACCATTTGTTTAGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGT
* * * *
19729 CATAAAAAAATTGTTTC-AGTTTATACAAGCTTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACA
66 CATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * *
19793 -TTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATCT--AAAA-AAATTTGTTTA-TCAAACA
130 TTTCAAAAAA-TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAACC
* * * * *
19842 AGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTAATTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGT
* * **
19907 CACAAAACAATTGTTTC-AGTTAATACAAGCTTA-GAAGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
66 CATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCA-GAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * **
19970 ACTT-ACTAAAATAATAAGTAAGAAACTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TCGAATT
129 ATTTCA-AAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAACC
* * ** * ** * * *
20023 AGTT-AGAATAATTAT-AGCCATTTGAACGATTATCTATTACAAATTGTTATGACTTTTTGTTTT
1 AGTTCA-AATAGTTATGA-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTT
* * * *
20086 GTCATAAAACAATTATTTTTCA-TCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
64 GTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * ** *
20150 TATCTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATC
128 TATTTCAAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACC
* * * * * * ** * *
20204 AATTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCAATCTCAAATTGTTA-AGATC-TTTATTTTA
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATA-ACCTTTTATTTTG
* * * * *
20267 TCATAAAATAATTGTTTCTGA-TCATAGAAGCTTATT-TGATTAAAAATAATACTAATTTAATAA
65 TCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * ** **
20330 TA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAGTC
128 TATTTC-AAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACC
* * * * * * *
20384 AATTTAAATAGTTA-GAACTATTAGAATAAATATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTATTTAG
1 AGTTCAAATAGTTATG-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTG
* * * * *
20448 TCATAAAATATTTGTTTCATATT-TTACAAGCTTTTTTAGAATAAAATAAT-CTAAATTTATTAA
65 TCATAAAACAATTGTTTC-TATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAA
* * * *
20511 TA-TTCAAAAAATTAATAAGGAA-ATGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCAAACA
128 TATTTCAAAAAA-TAATAAGTAAGA-GATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTAAACC
* * * * * * * **
20566 AGTTCAAATAGTGATGACTATTTAAATAATTATTTATTTAAAATTATTATGACCTTTTGTTTTAA
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGT
* * * *
20631 CATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAAT
66 CATAAAACAATTGTTTCTA-TTCAT-ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * ** * * ** *
20695 AATACAAAAATTAATAACCAAGAG--TT-GAAAATAAATTTGTTTA-TCGCACA
129 ATTTCAAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAACC
* * ** * * * * *
20745 AATTCAAATAGTTATGACCATTTGAGCAATTGTCTATTTAAAAT-GTTATGACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGT
* ** * * *
20809 CATAAAGCAATTGTTTGAATTCATACAAGCTTAGTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTACTAT
66 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
** * ** * * ** **
20874 TT-TGAAAAT--TAA-TGAGCA-ATTTAAAAGGTGAATCTATTTACCGATTC
131 TTCAAAAAATAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACC
* * * * * * * * * * *
20921 AGTTTAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTCTTGTTTGGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGT
** * * * * * * *
20986 CATGTAACAATTGATTTTTA-TCATATATGTTTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATC
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** *
21050 TTTCAAAAAATAATAAGTAAGAGATTT-AAAAA-AAATCT-TTATACCGAACT
130 TTTCAAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT-TACTAAACC
* * * ** * * * ** *
21100 AGTTTAAATAGTTATAACTCTTTGAGCAATTGTATAATTCAAATCATTATAACCTTTTGGTTTGC
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGT
* * * * * * * *
21165 CATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAACAATACCAA--TATGAAAAT
66 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * * * * * *
21228 ATTCTTAAAATTAAGAATTAAGAGATTTAAAATATAAATTTATTTGCCAAACT
131 -TTC-AAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACC
* * * *
21281 AGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATC---AT----TTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGT
* * * * ** * *
21339 CATAAAACAATTTTTTTGCAACTCATACTAGCTTATTTGGAAAAAAATAA-ATTGAATTTATTAA
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* * * *
21403 TATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCT-AACC
128 TATTTCAAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAAACC
* * * **
21457 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-TCTATGACAATTT-TTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT-TATAACCTTTTATTTTG
** * * * ** * *
21520 -CA-ACTCATAATAG-CT-TATT--TGGAA----A--AAG-AT---AT-ATATTGAATTTATTAA
65 TCATA-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAA
* * * *
21568 TATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCT-AACC
128 TATTTCAAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAAACC
* * * ** * *
21622 AGTTCAAATAATTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATGACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGT
* * * * * * * * *
21687 CATAAAACAAATGTTTTTGTTCACATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATAT
66 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* *
21752 TTC-AAAAAT--TAA-TAATAGATTTAAAAAAATAAATCCGTTTAAC-AAACC
131 TTCAAAAAATAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTT-ACTAAACC
** * * * *
21800 AGTTCAAA-AGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTC-TTATGA-TTTTTTTTTAT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCATTATAACCTTTTATTT-T
* * * ** * * * * * * * *
21862 ATTACAAAACAATAATTTCTGCTT-GTAAAAGTTTAATCACATTAAAATAATACTAATTTGTTAA
64 GTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
** * * ** *** * * * *
21926 TATTTCAACTATTAATAAGTAAAATTTTTTTTAAATAAATATGTTTATTGAACA
128 TATTTCAAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACC
** * * * * * **
21980 AAATCAAATAGTCATGACTATTTGAGTAAGTATTTATTTGAAAATTGTTA-AGACCTTTTATTTT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT-CAAATCATTATA-ACCTTTTATTTT
* * * * * *
22044 ATCATAAAA-AATTATTTC-AGTTCATATTAA-C-TAGTT-TGAAATAAAATATTACTAAGTTAT
64 GTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA-CAAGCTTA-TTCAG-AATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * * * *
22104 TAATA-TTCTAAAAATTAATGATTAAGAAATTTAAAAAATGAATATATTTACCAAACA
125 TAATATTTC-AAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACC
* * * * * * ** *
22161 AGTTTAAATAATTATAAGTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGT
* * * * * * ** *
22226 CACCAAAAGATTTTTTTCAATTCATACAAGTTTATTTTGAATAAAATAATA-TACTTTATTAATA
66 CA-TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * *
22290 -CT-AAGACAATTAAT-AGTTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACA
130 TTTCAA-A-AAATAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACC
** * * *
22342 AGTTCAAATTTTTATGGCTAATTGAATAATTATTTATTTCAAAT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
22386 TGTTGGGTAG
Statistics
Matches: 2813, Mismatches: 646, Indels: 313
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
164 1 0.00
165 123 0.04
166 5 0.00
167 6 0.00
168 3 0.00
169 4 0.00
171 3 0.00
173 2 0.00
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183 74 0.03
184 10 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGT
CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
TTCAAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACC
Found at i:20783 original size:361 final size:357
Alignment explanation
Indices: 18626--22385 Score: 2244
Period size: 358 Copynumber: 10.5 Consensus size: 357
18616 ATAATTTTTA
* * * * *
18626 ATTTCAAATTATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTCA-ATTCATACAAACTTAT
1 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCATATT-ATACAAGCTTAT
* * * * *
18690 TCGGAATAAAATAAAACAAATTTAATAAAATTCAAAAAATTAATAAG--AGATTTGAAAAAATAA
65 TCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAAAGATTT-AAAAAATAA
* * * * * * * * ** *
18753 CTTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATCTGAATAATTTTCAATTTGTAATCGTTA
129 ATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * *
18818 CGACCTTTTGTTTTATCATAAAA-AATTGTTTTAGTTCACAAAAACTTATCCAAAATAAAATAAT
194 TGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTAT-CAAAATAAAATAAT
* * * ** *
18882 ACTACTATATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTACTTTA-CTAT
258 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG--TTAAAAAATAAATTTGTTTATCGA-
** * * * * *
18946 GTTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTAAATAACTATCT
320 ACTAGTTTAAATAGTTATGACCATTTGAATAATTATCT
** * * * * *
18984 ATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTCTCACAAAACAATTGCTTTTCA-A-TATAGAAGCTTA
1 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG--TTTCATATTATACAAGCTTA
* * * *
19047 TT-TGAAATAAAATAATATTAATTTACTAATATTTC-AAGAATTAATAAG--AGATTTAAAAAAT
64 TTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGAAAGATTTAAAAAAT
* * * * **
19108 AAATCTGTATACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTGAACAATTATCTATTTCATATTGT
127 AAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * **
19172 TATAACCTTTTGTTCTATCATAAGACAATTTTTTCTA-TTCATATAAGTTTATTCGGAATAAAAT
192 TATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCTTA-TCAAAATAAAAT
* * * * *
19236 AATACTAATTTAGTAATATTTCAAAAAATAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTA-
255 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AAGTAAGAG--TTAAAAAATAAATTTGTTTAT
* * * * *
19299 CTAAACCATTTTAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCT
317 C-GAACTAGTTTAAATAGTTATGACCATTTGAATAATTATCT
* * * * * * * *
19341 ATTTCAAATCATTATAACTTTTTATTTTGTCATCAGATAATTG-GTCCTATTCATACTA-CTTTA
1 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCATATT-ATACAAGC-TTA
* * *** * *
19404 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAACTTAAT-AGTCAAAAAATTTTAAAAA
64 TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAG---AAAGA-TTTAAAAA
** * * * ** *
19468 ATAAATCTAATTACTAAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATGTGAATGATTCTCTATTTCAAAT
125 ATAAATCTGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * ** *
19532 CATTATGACCTTTTTCTTTTATCATAAAACAA-TGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCTGATTAA
189 CATTATGACC-TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTA-TCAAAATAA
* * * * *
19595 AGTAATTCTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG--ATATTTAAAAAATAAATTTGTTTAT
252 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTAAAAAATAAATTTGTTTAT
* * * ** *
19658 CGAATTAGTTTAAATGGTTAAGATTATTAGAATAATTATCT
317 CGAACTAGTTTAAATAGTTATGACCATTTGAATAATTATCT
* * * * * *
19699 ATTTGAAATCTTTCTGACCATTTGTTTAGTCATAAAAAAATTGTTTCAGT-TTATACAAGCTTAT
1 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCA-TATTATACAAGCTTAT
* * ** **
19763 TCAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATCTAAAA-AAA
65 TCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAAAGATTTAAAAAATAAA
* * * * *
19827 TTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTAT
130 TCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* ** * * * * *
19892 AACCTTTTAATTTGTCACAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTA-GAAGGAATAAAATAAT
195 GACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCAA--AATAAAATAAT
* * *
19956 ACTAATTTATTAATACTTACTAAAA-TAATAAGTAAGAAACTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGA
258 ACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAG--AGTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGA
* * **
20020 ATTAG-TTAGAATAATTAT-AGCCATTTGAACGATTATCT
320 ACTAGTTTA-AATAGTTATGA-CCATTTGAATAATTATCT
* ** * * * * * *
20058 ATTACAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TTCATCATACAAACTTAT
1 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAT-ATTATACAAGCTTAT
*
20122 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATCTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
65 TCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TCAAAAAATTAATAAG-AA-AGATTTAAAAAAT
* * * * * * **
20186 AAATATGTTTACCGAATCAA-TTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCAATCTCAAATTG
127 AAATCTGTTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * *** *
20250 TTAAGATC-TTTATTTTATCATAAAATAATTGTTTCTGATCATAGAAGCTTATTTGATTAAAAAT
191 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCAAAAT-AAAAT
* * * **
20314 AATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATGTGTTTGC
255 AATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAG--AGTTAAAAAATAAATTTGTTTAT
* * * * *
20378 CG-AGTCAATTTAAATAGTTA-GAACTATTAGAATAAATATCT
317 CGAACT-AGTTTAAATAGTTATG-ACCATTTGAATAATTATCT
* * * * * *
20419 ATTTCAAATCATTTTGACCTTTTATTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATATTTTACAAGCTTTTT
1 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCATATTATACAAGCTTATT
*
20484 TAGAATAAAATAAT-CTAAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGGAAATGATTTGAAAAAAT
66 CAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAA-GAAA-GATTT-AAAAAAT
* * * * * * *
20548 AAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTGATGACTATTTAAATAATTATTTATTTAAAATTAT
127 AAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
*
20613 TATGACCTTTTGTTTTAACATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAAGCTTATCCAAAATAAAAT
192 TATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCAT-AAAAGCTTAT-CAAAATAAAAT
* * * ** * *
20678 AATACTAATTTCTTAATAATACAAAAATTAATAACCAAGAGTT-GAAAATAAATTTGTTTATCGC
255 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGA
* * * ** *
20742 ACAAATTCAAATAGTTATGACCATTTGAGCAATTGTCT
320 ACTAGTTTAAATAGTTATGACCATTTGAATAATTATCT
* * ** * *
20780 ATTTAAAAT-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTGA-ATTCATACAAGCTTAG
1 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCATATT-ATACAAGCTTAT
* * *** * * ** *
20843 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTTGAAAATTAATGAG-CA-ATTTAAAAGGTGAA
65 TCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAAAGATTTAAAAAATAAA
* ** * * * * * *
20906 TCTATTTACCGATTC-AGTTTAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
130 TCTGTTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * ** ** * * * *
20970 TTACCTCTTGTTTGGTCATGTAACAATTGATTT--TTATCATATATGTTTATTCAAAATAAAATA
194 TGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG-TTTCAGT-TCATAAAAGCTTA-TCAAAATAAAATA
* * * * * *
21033 ATAGTAATTTATTAATCTTTCAAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-AAATCTT-TATACCG
256 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTAAAAAATAAAT-TTGTTTATCG
* ** * *
21096 AACTAGTTTAAATAGTTATAACTC-TTTGAGCAATTGTAT
319 AACTAGTTTAAATAGTTATGAC-CATTTGAATAATTATCT
* * * * * * *
21135 AATTCAAATCATTATAACCTTTTGGTTTGCCATAAAACAATTATTT-ATGTTCATACAAGCTTAT
1 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCATATT-ATACAAGCTTAT
* * * * * ** * * *
21199 TCAAAATAAAACAATACCAATATGA-AAATATTCTTAAAATTAAGAATTAAGAGATTTAAAATAT
65 TCAGAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTCAAAAAATTAATAA-GAA-AGATTTAAAAAAT
* * * * * *
21263 AAATTTATTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATC--
127 AAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * ** ** **
21326 -AT----TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTGCAACTCATACTAGCTTATTTGGAAA-AAA
192 TATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA-TTGTTT-CAGTTCATAAAAGCTTA--TCAAAATAAA
* * *
21385 ATAA-ATTGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTATT
253 ATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG--TTAAAAAATAAATT-TGTT
* * * * * * *
21448 TACCTAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT
314 TATCGAACTAGTTTAAATAGTTATGACCATTTGAATAATTATCT
** *
21492 ATTTCAAATC-TCTATGACAATTT-TTTTG-C-------AA----CTCATA--AT---AGCTTAT
1 ATTTCAAATCAT-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCATATTATACAAGCTTAT
** * *
21538 TTGGAA-AAAGATATATATTGAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAA
65 TCAGAATAAA-ATA-ATACT-AATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAG-AA-AGATTTAAAA
* * * * * *
21601 AATAATTCTATTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
124 AATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
** * * ** * * * *
21666 CGCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCACATAAGTTTGTTCAAAATAAA
189 CATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTT-ATCAAAATAAA
* * ** *
21731 ATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-T-AGATTTAAAAAAATAAATCCGTTTAA
253 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTT-AAAAAATAAATTTGTTTAT
* * * * ** *
21794 CAAACCAGTTCAAA-AGTTATGACTATTTGAGCAATTATTT
317 CGAACTAGTTTAAATAGTTATGACCATTTGAATAATTATCT
* * * * * * ** * * * *
21834 ATTTCAAATTC-TTATGA-TTTTTTTTTATATTACAAAACAATAATTTC-TGCTTGTAAAAGTTT
1 ATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTT-TGTCATAAAATAATTGTTTCAT-ATTATACAAGCTT
* * * * ** ***
21896 AATCACATTAAAATAATACTAATTTGTTAATATTTC-AACTATTAATAAGTAAA-ATTTTTTTTA
63 ATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAG-AAAGA--TTTAAAA
* *** ** * ** * * *
21959 AATAAATATGTTTATTGAACAAAATCAAATAGTCATGACTATTTGAGTAAGTATTTATTTGAAAA
124 AATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-CAAA
** * * * *
22024 TTGTTAAGACCTTTTATTTTATCATAAAA-AATTATTTCAGTTCATATTAACTAG-TT-T-GAAA
188 TCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA--AA--AGCTTATCAAAA
* * * * * * *
22085 TAAAATATTACTAAGTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATGATTAAGAAATTTAAAAAATGAATAT
249 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAG--AGTTAAAAAATAAATTT
* * * * * * ** *
22149 ATTTACCAAACAAGTTTAAATAATTATAAGTATTTGAACAATTATCT
311 GTTTATCGAACTAGTTTAAATAGTTATGACCATTTGAATAATTATCT
* ** * * * * * *
22196 ATTTGAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCACCAAAAGATTTTTTTCA-ATTCATACAAGTTTA
1 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAATAATTGTTTCATATT-ATACAAGCTTA
** * * *
22260 TTTTGAATAAAATAATA-TACTTTATTAATACT-AAGACAATTAAT-AGTTAAAAGATTTAAAAA
64 TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAA-AAAATTAATAAG---AAAGATTTAAAAA
* ** * * * *
22322 ATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATTTTTATGGCTAATTGAATAATTATTTATTTCAAAT
125 ATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
22386 TGTTGGGTAG
Statistics
Matches: 2630, Mismatches: 608, Indels: 325
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
338 3 0.00
339 12 0.00
340 5 0.00
341 88 0.03
342 46 0.02
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345 7 0.00
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365 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (357 bp):
ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCATATTATACAAGCTTATT
CAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAAAGATTTAAAAAATAAAT
CTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
ACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCAAAATAAAATAATACT
AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACTAGT
TTAAATAGTTATGACCATTTGAATAATTATCT
Found at i:21069 original size:898 final size:886
Alignment explanation
Indices: 18593--22386 Score: 2526
Period size: 898 Copynumber: 4.2 Consensus size: 886
18583 GCTTAACTAG
* * * * * *
18593 TTCAAATATTTAAGACTA-GTAGAAT-AATTTTTAATTTCAAATTATTCTGACCTTTTGTTTAGT
1 TTCAAATAGTTAAGACTATGT-GAATAAATATCT-ATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTAGT
* * ** * *
18656 CATATAATAATTGTTTCA-ATTCATACAAACTTATTCGGAATAAAATAAAAC-AAATTTAATAAA
64 CATAAAAT-ATTGTTTCATATTCATACAAGCTT-TTTTGAATAAAAT-AATCTAAATTTAATAAT
* * *
18719 ATTCAAAAAATTAATAAGA-GATTTGAAAAAATAACTTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAATTA
126 ATTCAAAAAATTAATAAGATGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * * *
18783 TGACTATCTGAATAATT-TTCAATTTGTAATCGTTACGACCTTTTGTTTTATCATAAAAAATTGT
191 TGACTATTTAAATAATTATT-TATTTGAAAT-TTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAAATTGT
* * * * * *
18847 TTTAGTTCACAAAAA-CTTATCCAAAATAAAATAATACTACTATATTAATATTTCAAAAGTTAAT
254 TTCAGTTCATAAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTCAAAAATTAAT
* ** *** * * *
18911 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTACTTTA-CTATGTTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTAAA
319 AAGAAAGAGA-TT--AAAATAAATTTGTTTATC-A-ACAAGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAA
* * * * * *
18975 TAACTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTCTCACAAAACAATTGCTTTTCAA-TATA
379 CAATTGTCTATTT-AAAATGTTATAACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTG--TTTCAATTATA
* * * * * *
19039 GAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTACTAATATTTCAAGAATTAATAAGAGATTTAAA
441 CAAGCTTA-GTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAA-AATTAATAAGA-ATTTAAA
* ** * * * * *
19104 AAATAAATCTGTATACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTGAACAATTATCTATTTCATA
503 AAATAAATCTGTTTACCGATTCAGTTTAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* **
19168 TTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAGACAATT-TTTTCTATTCATATAAGTTTATTCGGAATA
568 TTGTTATAACCTTTTGTT-TGTCATAA-ACAATTATTTT-TA-TCATATAAGTTTATTCAAAATA
* * *
19232 AAATAATACTAATTTAGTAATATTTCAAAAAATAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTAT
629 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATAT
* * * * * * * *
19296 TTACTAAACCATTTTAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTT
693 TTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATCTCAAATCATTATAACTC
* * * *
19361 TTTATTTTGTCATCAGATAATTGGTCCTATTCATACTACTTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
758 TTTATTTTATCATAAAATAATTGGTCCTATTCATACAACTTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * *
19426 TTAATAATATTTTGAAACTTAATAGTCAAAAAATTTTAAAAAATAAATCTAATTACTAAACCAA
823 TTAATAATATTCTAAAAATTAATAGTCAAAAAATTTTAAAAAATAAATCTAATTACCAAACCAA
* * * *
19490 TTCAAATAGTTAAGACTATGTGAATGATTCTCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTCTTTTA-T
1 TTCAAATAGTTAAGACTATGTGAATAAATATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTT-ATTTAGT
* * * * *
19554 CATAAAACAATGTTT--TATTCATACAAGCTTATTCTGATTAAAGTAATTCT-AATTTAATAATA
64 CATAAAATATTGTTTCATATTCATACAAGCTT-TTTTGAATAAAATAA-TCTAAATTTAATAATA
* * ** * *
19616 TTTC-AAAAATTAATAAGAT-ATTT-AAAAAATAAATTTGTTTATCGAATTAGTTTAAATGGTTA
127 -TTCAAAAAATTAATAAGATGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * *
19678 AGATTA-TTAGAATAATTATCTATTTGAAATCTTTCTGACCATTTG-TTTAGTCATAAAAAAATT
191 TGACTATTTA-AATAATTATTTATTTGAAAT-TTTATGACCTTTTGTTTTA-TCAT-AAAAAATT
* * * * * *
19741 GTTTCAGTTTAT-ACAAGCTTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTATTAA-CATTCAAAAAATT
252 GTTTCAGTTCATAAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTC-AAAAATT
* *
19804 AATAAGAAAGAGATCTAAAA-AAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAA
316 AATAAGAAAGAGAT-TAAAATAAATTTGTTTATC-AACAAGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAA
* ** *
19868 CAATTGTCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTAATTTGTCACAAAACAATTGTTTCAGTTAATAC
379 CAATTGTCTATTTAAAAT-GTTATAACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCAATT-ATAC
* *
19933 AAGCTTAG-AAGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATACTTACTAAAATAATAAGTAAGAAACT
442 AAGCTTAGTAA--AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT-TTAAAAT--TAA-TAAG-AATT
* * * *
19997 TAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATT-AG-TTAGAATAATTATAGCCATTTGAACGATTATCTAT
499 TAAAAAATAAATCTGTTTACCG-ATTCAGTTTA-AATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTAT
* * * * **
20060 TACAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCATCATACAAACTTATTCA
562 TTCAAATTGTTATAACCTTTTG-TTTGTCAT-AAACAATTATTTTT-ATCATATAAGTTTATTCA
* *
20125 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATCTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
624 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * **
20190 ATGTTTACCGAATCAATTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCAATCTCAAATTGTTA-A
689 ATATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATCTCAAATCATTATA
* * * ** *
20254 GA-TCTTTATTTTATCATAAAATAATTGTTTCTGA-TCATAGAAGC-TTATT-TGATTAAAAATA
754 -ACTCTTTATTTTATCATAAAATAATTGGTCCT-ATTCATACAA-CTTTATTCAAAAT-AAAATA
* * * ** *
20315 ATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGT-AAGATA-TTTAAAAAATAAATGTGTTTGC
815 ATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAAT-AGTCAAAAAATTTTAAAAAATAAATCTAATTAC
* **
20378 CGAGTCAA
879 CAAACCAA
* *
20386 TTTAAATAGTT-AGAACTAT-TAGAATAAATATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTATTTAGT
1 TTCAAATAGTTAAG-ACTATGT-GAATAAATATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTAGT
* *
20449 CATAAAATATTTGTTTCATATT-TTACAAGCTTTTTTAGAATAAAATAATCTAAATTTATTAATA
64 CATAAAATA-TTGTTTCATATTCATACAAGCTTTTTT-GAATAAAATAATCTAAATTTAATAATA
* *
20513 TTCAAAAAATTAATAAGGAAATGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGT
127 TTCAAAAAATTAATAA-G--ATGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGT
* * *
20578 GATGACTATTTAAATAATTATTTATTTAAAATTATTATGACCTTTTGTTTTAACATAAAACAATT
189 TATGACTATTTAAATAATTATTTATTTGAAATT-TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAA-AATT
* *
20643 GTTTCAGTTCATAAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATAATACAAAAATTA
252 GTTTCAGTTCATAAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTCAAAAATTA
** * * *
20708 ATAACCAAGAG-TTGAAAATAAATTTGTTTATCGCACAAATTCAAATAGTTATGACCATTTGAGC
317 ATAAGAAAGAGATT-AAAATAAATTTGTTTATC-AACAAGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAAC
* * * *
20772 AATTGTCTATTTAAAATGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTGAATTCATACAA
380 AATTGTCTATTTAAAATGTTATAACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCAATT-ATACAA
* * **
20837 GCTTAGTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTTGAAAATTAATGAGCAATTTAAAAGG
444 GCTTAGT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT-AAAATTAATAAG-AATTTAAAAAA
* * * *
20902 TGAATCTATTTACCGATTCAGTTTAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCG
506 TAAATCTGTTTACCGATTCAGTTTAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTG
* * * *
20967 TTATTACCTCTTGTTTGGTCATGTAACAATTGATTTTTATCATATATGTTTATTCAAAATAAAAT
571 TTATAACCTTTTGTTT-GTCAT-AAACAATT-ATTTTTATCATATAAGTTTATTCAAAATAAAAT
* * *
21032 AATAGTAATTTATTAATCTTTCAAAAAATAATAAGTAAGAGATTT-AAAAA-AAATCT-TTATAC
633 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATT-TAC
* * * * * * *
21094 CGAACTAGTTTAAATAGTTATAACTCTTTGAGCAATTGTAT-AAT-TCAAATCATTATAAC-CTT
697 CAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-T-TATCAATCTCAAATCATTATAACTCTT
** * ** ** * * *
21156 T-TGGTTTGCCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGC-TTATTCAAAATAAAACAATACCAA
760 TAT--TTTATCATAAAATAATTGGTCCTATTCATACAA-CTTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * * * * * * *
21219 TATGAA-AATATTCTTAAAATTAAGAATTAAGAGA-TTTAAAATATAAATTTATTTGCCAAACTA
822 T-TTAATAATATTCTAAAAATTAATAGTCAAAAAATTTTAAAAAATAAATCTAATTACCAAACCA
*
21282 G
886 A
* * * *
21283 TTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATT-T----TTGT-TTT-GTCA
1 TTCAAATAGTTAAGACTATGTGAATAAATATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTAGTCA
* * * * * * * *
21341 TAAAACAATTTTTTTGCA-ACTCATACTAGCTTATTTGGAAAAAAATAAAT-TGAATTTATTAAT
66 TAAAA-TA-TTGTTT-CATATTCATACAAGCTT-TTTTGAATAAAAT-AATCTAAATTTAATAAT
* * *
21404 ATTTC-AAAAATTAATATGTAAGA-GATTT-AAAAAAT-AATTCTATTTACCTAACCAGTTCAAA
126 A-TTCAAAAAATT-A-A--TAAGATGATTTGAAAAAATAAATT-TGTTTACCAAACAAGTTCAAA
* * * * * * ** *
21465 TAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTCTATGACAATTT-TTTT-GC------A
185 TAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTGAAAT-TTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAA
* *** * * *
21522 A------C---TCAT-AATAGCTTATTTGGAAA-AAGATATATATTGAATTTATTAATATTTCAA
249 ATTGTTTCAGTTCATAAAAAGCTTA-TCCAAAATAAAATA-ATACT-AATTTATTAATAATTCAA
* * * * * * * * *
21576 AAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATTACT
311 AAATTAATAAGAAAGAGA-TTAAAATA-AATT-TGTTTATC-AACAAGTTCAAATAGTTATGACC
* * * * * * ***
21641 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTG
372 ATTTGAACAATTGTCTATTTAAAAT-GTTATAACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCAA
* * * * * *
21706 TTCACATAAG-TTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAG
436 TT-ATACAAGCTTAG-T-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-TAAAATTAATAAGA-
* * * ** * * * * * *
21770 ATTTAAAAAAATAAATCCGTTTAACAAACCAGTTCAAA-AGTTATGACTATTTGAGCAATTATTT
496 ATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGATTCAGTTTAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCT
* * ** * * * ** ** * *
21834 ATTTCAAATTCTTATGATTTTTTTTTATATTACA-AAACAATAATTTCTGCTTGTAAAAGTTTAA
560 ATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTT-T-GT-CATAAACAATTATTT-TTATCATATAAGTTTAT
* * * ** * * ** ***
21898 TCACATTAAAATAATACTAATTTGTTAATATTTCAACTATTAATAAGTAAAATTTTTTTTAAATA
621 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* *** * * * ** * ** * * **
21963 AATATGTTTATTGAACAAAATCAAATAGTCATGACTATTTGAGTAAGTATTTATTTGAAAATTGT
686 AATATATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATCT-CAAATCAT
** * * **
22028 TA-AGAC-CTTTTATTTTATCATAAAA-AATTATTTC-AGTTCATATTAAC--TAGTTTGAAATA
750 TATA-ACTC-TTTATTTTATCATAAAATAATTGGTCCTA-TTCATA-CAACTTTA-TTCAAAATA
* * * * * * *
22087 AAATATTACTAAGTTATTAATATTCTAAAAATTAAT-GATTAAGAAA-TTTAAAAAATGAATATA
810 AAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAG-TCAAAAAATTTTAAAAAATAAATCTA
*
22150 TTTACCAAA-CAA
874 ATTACCAAACCAA
* * * * * * * ** * * *
22162 GTTTAAATAATTATA-AGTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGT
1 -TTCAAATAGTTA-AGACTATGTGAATAAATATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTAGT
* * * * * * *
22226 CACCAAAAGATTTTTTTCA-ATTCATACAAGTTTATTTTGAATAAAATAATAT-ACTTTATTAAT
64 CA-TAAAATA-TTGTTTCATATTCATACAAGCTT-TTTTGAATAAAATAATCTAAATTTAATAAT
* * * * *
22289 ACT-AAGACAATTAATAGTTAAAAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATT
126 ATTCAA-AAAATTAATA---AGATGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATA
* * * * *
22352 TTTATGGCTAATTGAATAATTATTTATTTCAAATT
187 GTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTGAAATT
22387 GTTGGGTAGT
Statistics
Matches: 2316, Mismatches: 439, Indels: 297
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
872 13 0.01
873 12 0.01
874 29 0.01
875 5 0.00
876 7 0.00
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TAAAATATTGTTTCATATTCATACAAGCTTTTTTGAATAAAATAATCTAAATTTAATAATATTCA
AAAAATTAATAAGATGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
ATTTAAATAATTATTTATTTGAAATTTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAAATTGTTTCAGTT
CATAAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTCAAAAATTAATAAGAAAG
AGATTAAAATAAATTTGTTTATCAACAAGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTGTCTATT
TAAAATGTTATAACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCAATTATACAAGCTTAGTAAAAT
AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAATTAATAAGAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCG
ATTCAGTTTAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTT
TGTCATAAACAATTATTTTTATCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
TTTCAAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACCAATTCAAATAGTT
ATGACTATTTGAACAATTATCAATCTCAAATCATTATAACTCTTTATTTTATCATAAAATAATTG
GTCCTATTCATACAACTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAAT
AGTCAAAAAATTTTAAAAAATAAATCTAATTACCAAACCAA
Found at i:21330 original size:897 final size:880
Alignment explanation
Indices: 18578--22386 Score: 2700
Period size: 897 Copynumber: 4.3 Consensus size: 880
18568 TAAAAATTAG
** * * * * *
18578 TATTTGCTTAACTAGTTCAAATATTTAAGACTAGTA-GAATAATT-TTTAATTTCAAATTATTCT
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* * * * *
18641 GACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTCAATTCATACAAACTTATTCGGAATAAAATAAAA
64 GACCTTTT-TTTAGTCATAAAATATTTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAAAT
* * * * *
18706 C-AAATTTAATAA-AATTCAAAAAATTAATAAGAGATTTGAAAAAATAACTTTGTTTACTAAACA
128 CTAAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAATAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACA
* * * * * * *
18769 AGTTCAAATAATTATGACTATCTGAATAATTTTCAATTTGTAATCGTTACGACCTTTTGTTTTAT
191 AGTTCAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTGAAAT-TTTATGACCTTTTGTTTTAT
* * * * *
18834 CATAAAAAATTGTTTTAGTTCACAAAAA-CTTATCCAAAATAAAATAATACTACTATATTAATAT
255 CATAAAAAATTGTTTCAGTTCATAAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAA
* * ** *** *
18898 TTCAAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTACTTTA-CTATGTTAGTTCAAATAATT
320 TTCAAAAATTAATAAGAAAGAGA-TT--AAAATAAATTTGTTTATC-A-ACAAGTTCAAATAGTT
* * * * * * * *
18962 ATGGCCATTTAAATAACTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTCTCACAAAACAATTG
380 ATGACCATTTGAACAATTGTCTATTT-AAAATGTTATAACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTG
* * * * * *
19027 CTTTTCAA-TATAGAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTACTAATATTTCAAGAATTAA
444 --TTTCAATTATACAAGCTTA-GTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAA-AATTAA
* ** * * * *
19091 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTATACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTGAACAAT
505 TAAGA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGATTCAGTTTAAATAATTATGGCCATTTGAACAAT
* *
19155 TATCTATTTCATATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAGACAATT-TTTTCTATTCATATAAG
569 TATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTT-TGTCATAA-ACAATTATTTT-TA-TCATATAAG
** *
19219 TTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTTCAAAAAATAATCAA-TAAGAGATTTAA
630 TTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATAAT-AAGTAAGAGATTTAA
** * * * * * *
19283 AAAGTAAATCTATTTACTAAACCATTTTAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
694 AAA-TAAATCTATTTACCGAACTAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-TATAATTCAA
* * * * * * *
19348 ATCATTATAACTTTTTATTTTGTCATCAGATAATTGGTCCTATTCATACTA-CTTTATTCAAAAT
757 ATCATTATAAC-CTTT-TTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGC-TTATTCAAAAT
* * * *
19412 AAAATAATACTAATTTAATAATATT-TTGAAACTTAATAGTCAAAAAATTTTAAAAAATAAATC
819 AAAATAATACTAATTTAATAATATTCTT-AAAATTAATAATTAAGAAA-TTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * *
19475 TAATTACTAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATGTGAATGATTCTCTATTTCAAATCATTATGA
1 TATTTGCCAAACTAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGA
* * * * * *
19540 CCTTTTTCTTTTA-TCATAAAACA-ATGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCT-GATTAAAGTAAT
66 CC--TTT-TTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCAATTCATACAAGCTTATT-TGGAATAAAATAAA
* * * * * **
19601 TCT-AATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGATATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATTA
127 TCTAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAA
* ** * * * *
19665 GTTTAAATGGTTAAGATTA-TTAGAATAATTATCTATTTGAAATCTTTCTGACCATTTG-TTTAG
192 GTTCAAATAATTATGACTATTTA-AATAATTATCTATTTGAAAT-TTTATGACCTTTTGTTTTA-
* * * * *
19728 TCATAAAAAAATTGTTTCAGTTTAT-ACAAGCTTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTATTAA-
254 TCAT-AAAAAATTGTTTCAGTTCATAAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
*
19791 CATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATCTAAAA-AAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTT
318 AATTC-AAAAATTAATAAGAAAGAGAT-TAAAATAAATTTGTTTATC-AACAAGTTCAAATAGTT
* * * **
19855 ATTACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTAATTTGTCACAAAACAATTG
380 ATGACCATTTGAACAATTGTCTATTTAAAAT-GTTATAACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTG
* *
19920 TTTCAGTTAATACAAGCTTAG-AAGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATACTTACTAAAATAA
444 TTTCAATT-ATACAAGCTTAGTAA--AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT-TTAAAAT--
* * * *
19984 TAAGTAAGAAACTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATT-AG-TTAGAATAATTATAGCCATTTG
502 TAA-TAAG-AATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCG-ATTCAGTTTA-AATAATTATGGCCATTTG
* * * *
20047 AACGATTATCTATTACAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCATCAT
563 AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTG-TTTGTCAT-AAACAATTATTTTT-ATCAT
* ** * *
20112 ACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATCTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
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* * * * *
20177 TTAAAAAATAAATATGTTTACCGAA-TCAATTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAA-TTATCAA
690 TT-AAAAATAAATCTATTTACCGAACT-AATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTTAT-AA
** * * * *
20240 TCTCAAATTGTTA-AGATCTTTATTTTATCATAAAATAATTGTTTCTGATCATAGAAGCTTATT-
752 T-TCAAATCATTATA-ACCTTT-TTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTC
** * * * *
20303 TGATTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAA
814 AAAAT-AAAATAATACTAATTTAATAATATTCTTAAAATTAATAATTAAGAAATTTAAAAAATAA
*
20368 ATG
878 ATC
* * * * *
20371 TGTTTGCC-GAGTCAATTTAAATAGTT-AGAACTAT-TAGAATAAATATCTATTTCAAATCATTT
1 TATTTGCCAAACT-AATTCAAATAGTTAAG-ACTATAT-GAATAATTATCTATTTCAAATCATTT
* * *
20433 TGACCTTTTATTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATATT-TTACAAGCTTTTTTAGAATAAAAT-A
63 TGACCTTTT-TTTAGTCATAAAATATTTGTTTCA-ATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAA
*
20496 ATCTAAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGGAAATGATTTGAAAAAATAAATCTATTTAC
126 ATCTAAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAATAA-G--A-GATTT-AAAAAATAAATCTATTTAC
* * * *
20560 CAAACAAGTTCAAATAGTGATGACTATTTAAATAATTATTTATTTAAAATTATTATGACCTTTTG
185 CAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTGAAATT-TTATGACCTTTTG
* *
20625 TTTTAACATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTC
249 TTTTATCATAAAA-AATTGTTTCAGTTCATAAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* ** * *
20690 TTAATAATACAAAAATTAATAACCAAGAG-TTGAAAATAAATTTGTTTATCGCACAAATTCAAAT
313 TTAATAATTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATT-AAAATAAATTTGTTTATC-AACAAGTTCAAAT
* * * *
20754 AGTTATGACCATTTGAGCAATTGTCTATTTAAAATGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGCAA
376 AGTTATGACCATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATGTTATAACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAA
* *
20819 TTGTTTGAATTCATACAAGCTTAGTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTTGAAAATT
441 TTGTTTCAATT-ATACAAGCTTAGT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT-AAAATT
* ** * * *
20884 AATGAGCAATTTAAAAGGTGAATCTATTTACCGATTCAGTTTAAATAATTATGGCCATTTCAACA
503 AATAAG-AATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGATTCAGTTTAAATAATTATGGCCATTTGAACA
* * * * *
20949 ATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTCTTGTTTGGTCATGTAACAATTGATTTTTATCATATAT
567 ATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTT-GTCAT-AAACAATT-ATTTTTATCATATAA
* *
21014 GTTTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATCTTTCAAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAA
629 GTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * *
21079 AAA-AAATCT-TTATACCGAACTAGTTTAAATAGTTATAACTCTTTGAGCAATTGTATAATTCAA
694 AAATAAATCTATT-TACCGAACTAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-TATAATTCAA
* * * *
21142 ATCATTATAACCTTTTGGTTTGCCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATA
757 ATCATTATAACCTTTT--TTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATA
* * * * * * *
21207 AAACAATACCAATATGAA-AATATTCTTAAAATTAAGAATTAAGAGATTTAAAATATAAATT
820 AAATAATACTAAT-TTAATAATATTCTTAAAATTAATAATTAAGAAATTTAAAAAATAAATC
* *
21268 TATTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTT--
1 TATTTGCCAAACTAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGA
* * * * * *
21330 --TTGTTTT-GTCATAAAACAATTTTTTTGCAACTCATACTAGCTTATTTGGAAAAAAATAAAT-
66 CCTTTTTTTAGTCATAAAA-TATTTGTTT-CAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAAATC
* * * *
21391 TGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTAAC
129 TAAATTTAATAATATTTCAAAAATT-A-A--TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC
* * * * * **
21456 CAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTCTATGACAATTT-TTTT-
190 AAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTGAAAT-TTTATGACCTTTTGTTTTA
* * *** * *
21519 GC------AA------C---TCAT-AATAGCTTATTTGGAAA-AAGATATATATTGAATTTATTA
254 TCATAAAAAATTGTTTCAGTTCATAAAAAGCTTA-TCCAAAATAAAATA-ATACT-AATTTATTA
* * * * * * *
21567 ATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTAACCAGTTCAAATA
316 ATAATTCAAAAATTAATAAGAAAGAGA-TTAAAATA-AATT-TGTTTATC-AACAAGTTCAAATA
* * * * * * * *
21632 ATTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
377 GTTATGACCATTTGAACAATTGTCTATTTAAAAT-GTTATAACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAA
* *** * * * * *
21697 ATGTTTTTGTTCACATAAG-TTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAAT
441 TTGTTTCAATT-ATACAAGCTTAG-T-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-TAAAAT
* * * * ** * * * * *
21761 TAATAATAGATTTAAAAAAATAAATCCGTTTAACAAACCAGTTCAAA-AGTTATGACTATTTGAG
502 TAATAAGA-ATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGATTCAGTTTAAATAATTATGGCCATTTGAA
* * * ** * * * ** **
21825 CAATTATTTATTTCAAATTCTTATGATTTTTTTTTATATTACA-AAACAATAATTTCTGCTTGTA
565 CAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTT-T-GT-CATAAACAATTATTT-TTATCATA
* * * * * ** * * **
21889 AAAGTTTAATCACATTAAAATAATACTAATTTGTTAATATTTCAACTATTAATAAGTAAAATTTT
626 TAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATAATAAGTAAGA-GAT
** * * ** * * * * ** *
21954 TTTTAAATAAATATGTTTATTGAACAAAATCAAATAGTCATGACTATTTGAGTAAGTATT-TATT
690 TTAAAAATAAATCTATTTACCGAACTAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-T-TTATAAT
* ** * * * *
22018 TGAAAATTGTTA-AGACCTTTTATTTTATCATAAAA-AATTATTTCAGTTCATATTAA-C-TAGT
753 T-CAAATCATTATA-ACC-TTT-TTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATA-CAAGCTTA-T
** * * * * * *
22079 TTGAAATAAAATATTACTAAGTTATTAATATTCTAAAAATTAATGATTAAGAAATTTAAAAAATG
812 TCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTTAAAATTAATAATTAAGAAATTTAAAAAATA
*
22144 AATA
877 AATC
* * * * * * * ** *
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1 TATTTGCCAAACTAA-TTCAAATAGTTA-AGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTT
* * * * * * *
22211 AACCTTTTGTTTTGTCACCAAAAGATTTTTTTCAATTCATACAAGTTTATTTTGAATAAAAT-AA
64 GACCTTTT-TTTAGTCA-TAAAATATTTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAAA
* * * * * * *
22275 TAT-ACTTTATTAATA-CT-AAGACAATTAATAGTTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACC
127 TCTAAATTTAATAATATTTCAA-A-AATT-A-A--TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC
** * * * * *
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CCTTTTTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAAATCTA
AATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTC
AAATAATTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTGAAATTTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAA
AAATTGTTTCAGTTCATAAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTCAAA
AATTAATAAGAAAGAGATTAAAATAAATTTGTTTATCAACAAGTTCAAATAGTTATGACCATTTG
AACAATTGTCTATTTAAAATGTTATAACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCAATTATAC
AAGCTTAGTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAATTAATAAGAATTTAAAAAAT
AAATCTGTTTACCGATTCAGTTTAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGT
TATAACCTTTTGTTTGTCATAAACAATTATTTTTATCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATA
CTAATTTATTAATATTTCAAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCTATTTACCGAACT
AATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTTATAATTCAAATCATTATAACCTTTTTTTGTCAT
AAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCT
TAAAATTAATAATTAAGAAATTTAAAAAATAAATC
Found at i:21519 original size:163 final size:165
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21335 TTGTCATAAA
*
21345 ACAATTTTTTTGCAACTCATACTAGCTTATTTGGAAAAA-A-ATAAATTGAATTTATTAATATTT
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*
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*
21508 ACAATTTTTTTGCAACTCATAATAGCTTATTTGGAAAAAGATATATATTGAATTTATTAATATTT
1 ACAATTTTTTTGCAACTCATAATAGCTTATTTGGAAAAAGATATAAATTGAATTTATTAATATTT
*
21573 CAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATT
66 CAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATG
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1 AC
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CAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATG
ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATG
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Statistics
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AAAAGCTCACAAAGAAG
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24269 TAATGATTTA
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24312 TGAACTGGTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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AAATAGTATAATTATTC
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24255 ACACTCTGGT
* * * * *
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* * * * * * * *
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* * ** * *
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** * * * * * * *
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1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTTGATAAAT
* * *
24506 GGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTAT
65 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * *
24571 TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATTATAGAATAAAAT
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* ** * *
24622 GTTATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGATTTGGTTTCG-TAAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTT-GATAAA
* * * * ** *
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64 TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * *
24747 TTTTGAATAAGCTTGTATG-TTGAAAAACAATTGTTTTATTACATAACAAAAT
129 TTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* ** * * * * * *
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1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTGA-TAAA
* * * * *
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* * * *
24926 TCTTTTGAATAAGCTTTTGTGAACTA-AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
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* * * *
24980 GTCATAATGATTTTAAATCGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTCTTTGAACTTGTTT-AGTAAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTGA-TAAA
* * * * *
25044 CAAATTTATATTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTT-AGGAATGTTAATAAATTAGTATTATTT
64 TAGATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCA-GAATATTAATAAATTAGTATTATTT
*** * * *
25108 TATTCCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTATTATAGGACAAAACAAAAG
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* * * * * * * **
25162 GTTAGAATGATTTGAAATATATAATTATTCTAATAGTC-TCAGCTATTTGAACTAGTTTGGCAAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAA-TTGTTTGATAAA
* * * * *
25226 TACATTTATTTTTAAAATCT-TT-C--ACTAATTGTT-GGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT
64 TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
** * * * * *
25286 -TATCCGAATAAGCTTATATGATTAGAAATAATTATTTTATGAGAAAAC-AAAG
128 AT-TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * *
25338 ATCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGA-AAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTT-TGATAAA
* * * * * *
25402 CA-ACTTTA-GTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTT-TGAAATGTTAATAAAGTAGTATTATTT
64 TAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTT
*
25464 TATTTTGAATAAGACTT-TATGAA-ATGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAG
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* *
25518 GTCATAATGACTTT-AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA-AATATATTTGAACTTGTTTGATAA
1 GTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAA-TTGTTTGATAA
* * *
25581 ATAGATTTATTTTATTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTC-GAA-AGTTAATAAATTACTATTA
63 ATAGATTTA-TTT-TTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTCAGAATA-TTAATAAATTAGTATTA
* * * *
25644 TTTTATTTTGAATAATCTTGTATGAACT-GAAATAATTGTTTTATGACTAAATAAAAG
124 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * *
25701 GTAAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTAAATTGGTTTGGTAAAC
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTTGATAAA-
* * * * * * * *
25766 T-CATTTATTTTTTAAATCCCTTTCTTATTATTTTTTAGAATATTATTAATTTAGTAATATTTTA
64 TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * *
25830 CTTTGAATAAGCTTGTATGAACA-AAAGCAATTGTTTTATTACAAAAC-AAAG
129 TTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * *
25881 ATCATAATGATATGAGATAGATAATTATTCAACTAGTCATAAGTATTTGAATTGGTTCGATAAAT
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTTGATAAAT
* * * *
25946 AGATTTAATTCTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTACAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
65 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* ** * ** * * *
26007 TCTGAATAATTTTGTATTAATAGAAACAATCATTTTATGATAAAATAAAAT
130 TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
** * * * * * * *
26058 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATAATTCAAATAGACATGACTATTTAAACTTGTTCGGTAGAC
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTGATAAAT
** * *
26123 AGATTTATTTTTTCAAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTCATAAATTAGTATTATTTT
65 AGATTTATTTTTT--AAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
** ** *
26188 ATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTG-TTTATGAAAAAACAAAAG
128 ATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * ** ** * * * * *
26240 ATCAAAATGATTTGAAATAAATAATTATTTGAAGGGTCATAACTATTCGAACTCGCTCGGTAAAT
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTGATAAAT
* * * ** * *
26305 AGATTTACTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATCATTTTAT
65 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
*** * * * * * *
26370 TCCAAATAAACTTTTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACGAAACAAAAG
130 TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* ** * * * * ** * *
26421 CTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACGTGTTCAAAAAAC
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTGATAAAT
* * * *
26486 ATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAAATTA-TATTATTTT
65 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAG-AATATTAAT-AAATTAGTATTATTTT
* * * *
26548 A-TTCGAAATAAGCTGGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAACA-
128 ATTTTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AG
* * * * *
26601 ATCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTT-TAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCGATAAAT
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTGATAAAT
* * *
26665 AGATTAATTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTA
65 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTA
** * * * * * *
26730 TTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATTACAAAACAAAAA
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* * * *** *
26782 GTCACAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATA--C-T--C-A--TG-ACCATTTGA-ACAT-
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTGATAAATA
* * * * * *
26836 G-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTGTTGA-AATATTAATAAATTAATATTTTTTTAA
66 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * *
26899 TCTGAATAACCTTGTATAAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
130 TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* ** * **
26950 GTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAGTA-TCATAAAGATTTGAACTTGTTT-AGTAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTGA-TAA
* * * * **
27013 ATAGATTTATTTGTTAGATCTTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTTA-TATTATTT
63 ATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTT
* * * ** *
27077 TA-TTTGAAATAAACTTCTATGAATAGAAAAAAAATCATTTTAT-AAATAAACAAAAG
127 TATTTTG-AATAAGCTTGTATGAATAG--AAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAG
* *** * * * * * *
27133 GTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATCATTATTTAAATT-TATTCGTTAAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGT-TT-GATAAA
* * * * * *
27197 CAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAAAATATTAAGAACTTAGTATTATTTTA
64 TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
** * * ** * *
27262 TTTTGAATAAGCTCATTTGAACCA-AAATGATT-TTTTATGAGAAAACAAAAA
129 TTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * *
27313 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAATCATGACTATTTG-ATCTAGTTTGGTAAG
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-T-GTTTGATAAA
* * * * * * * * * *
27377 CATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTCATTATTGA-AATATTAATAAATTGGCATTAATTT
64 TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* *** * * * * * *
27441 AATCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACTATTGTTTTATAATAGAACAAAAA
128 ATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* ** * * **
27494 GTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAAC-ATTTTTTATTGGTTTGATAAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAATT-GTTTGATAAA
27558 TA
64 TA
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
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GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTGATAAATA
GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
TTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
Found at i:25734 original size:539 final size:539
Alignment explanation
Indices: 24279--27540 Score: 2386
Period size: 540 Copynumber: 6.1 Consensus size: 539
24269 TAATGATTTA
* * * * * * * * *
24279 AAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTGAAC-TGGTT-TGATAAATAAAATTATTTCT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTAGTTCAGA-AAACAGATTTATTTTT
* * * * * *
24342 AAA-TC-T-CTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAACTA-TTTCTACTCTATTTCGAATAAGCTT
65 AAATTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTAT-TATTTTATTTTGAATAAGCTT
** ** * * * * * *
24403 GTATGAGCTGAAGTAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAA-AAATTTGAGATAAATAATT
129 -TATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTGAAATAGATAATT
* * * * *
24467 ATTCATATAGTCATAAT-TGTTTGAA-TTGGTTTGACAAATGGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTA
193 GTTCAAATAGTCA-AATATATTTGAACTT-GTTTGATAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTT-
* * **
24529 G-TTATTAATTTTCAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-T
255 GCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * * * * ** * * * *
24592 AGAAATAATTGTTTTATTATAGAATAAAATGTTATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATA
320 -GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAAGAATGATTTGAAATAAATAATTATTCTAATA
** * * * * * * * *
24657 GTCATAACTATTTGATTTGGTTTCGTAAACAAATTTATTTTTTAAACCTCT-TATTAAATTTTGA
384 GTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATACATTTATTTTTAAAATCTTTCTATTAATTTTTGG
* ** ***
24721 AATATT-TGTAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTA
449 AATATTAT-TAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA
* * *
24785 TTACATAACAAA-ATGTAATAACAATATG
513 TGACAAAACAAAGA--TCATAACAATATG
* * * * * * * *
24813 AAATAGATAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTTA-TTTAGTAAACTGATTTATTTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTAGTTCAGAAAACAGATTTA-TTTTT
* * * * * *
24877 AAATCTCTTACTTATTAACTTTCGAAATAATAATAAAGTAGCACTATTTTCTTTTGAATAAGCTT
65 AAAT-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC-T
* * * * *
24942 TTGTGAACTAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTT-AAATCGATAATT
128 TTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTGAAATAGATAATT
* * * * *
25006 GTTCAAATAGT--AATAACTCTTTGAACTTGTTT-AGTAAACAAATTTATATTTTCAAATCTCTT
193 GTTCAAATAGTCAAAT-A-TATTTGAACTTGTTTGA-TAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTT
* *
25068 GCTTATTAA-TTTTAGGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAC
255 GCTTATTAATTTTTA-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * *
25132 TGAAACAATTATTATAGGACAAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATATATAATTATTCTAATA
319 TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAAGAATGATTTGAAATAAATAATTATTCTAATA
* * * * *
25197 GTC-TCAGCTATTTGAACTAGTTTGGCAAATACATTTATTTTTAAAATCTTTC-ACTAATTGTTG
384 GTCAT-AACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATACATTTATTTTTAAAATCTTTCTATTAATTTTTG
* ** * * *
25260 GAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCCGAATAAGCTTATATGATTAGAAATAATTATTTT
448 GAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAT-TCCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTT
* ** *
25324 ATGAGAAAACAAAGATCATAATGATTTG
512 ATGACAAAACAAAGATCATAACAATATG
* * * *
25352 AGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCAGAAAACA-ACTTTAGTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTAGTTCAGAAAACAGA-TTTATTTTT
* *
25415 AAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATGTTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGACT
65 AAAT-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-CT
* * *
25480 TTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGACTTT-AAATAAATAATT
128 TTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTGAAATAGATAATT
25544 GTTCAAATAGTCAAATATATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTATTTAAATCTCTTGC
193 GTTCAAATAGTCAAATATATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTT-TTTAAATCTCTTGC
* * * ** *
25609 TCATTAATTTTTCGAA-AGTTAATAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAATCTTGTATGAACTG
257 TTATTAATTTTTAGAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * * *
25673 AAATAATTGTTTTATGACTAAATAAAAGGTAAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGT
321 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAAGAATGATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGT
* * * * *
25738 CTTAACTATTTAAATTGGTTTGGTAAACT-CATTTATTTTTTAAATCCCTTTCTTATTATTTTTT
386 CATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAA-TACATTTATTTTTAAAAT--CTTTC-TATTAATTTTT
* * * * *
25802 AGAATATTATTAATTTAGTAATATTTTACTT-TGAATAAGCTTGTATGAACAAAAGCAATTGTTT
447 GGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TTCCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTT
* **
25866 TATTACAAAACAAAGATCATAATGATATG
511 TATGACAAAACAAAGATCATAACAATATG
* * * * * * * *
25895 AGATAGATAATTATTCAACTAGTCATAAGTATTTGAA-TTGGTTC-GATAAATAGATTTAATTCT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTAGTTCAGA-AAACAGATTT-ATTTT
*** * * **
25958 TAAA-TC-T-CTTATTAATTTACAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATTTT
64 TAAATTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
* ** * * *
26020 GTAT-TAATAGAAACAATCATTTTATGATAAAATAAAATGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAAT
129 -TATGAAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTGAAATAGATAAT
** * * * * * * * *
26083 AATTCAAATAG--ACATGACTATTTAAACTTGTTCGGTAGACAGATTTATTTTTTCAAAATCTCC
192 TGTTCAAATAGTCAAAT-A-TATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTT-TAAATCTCT
** * **
26146 AACTTATTAATTTTTAGAATATTCATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAA-
254 TGCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC
* *
26210 TAGAAACAATTG-TTTATGAAAAAACAAAAGATCAA-AATGATTTGAAATAAATAATTATT-TGA
319 T-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-AAGAATGATTTGAAATAAATAATTATTCT-A
** * * * * *
26272 AGGGTCATAACTATTCGAACTCGCTCGGTAAATAGATTTACTTTTTAAATAT-TTTACTTATTAA
381 ATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATACATTTA-TTTTTAAA-ATCTTT-C-TATTAA
* * * * * *
26336 TTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATCATTTTATTCCAAATAAACTTTTATGAACAAAAACAATT
442 TTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATT
* * * * *
26401 GGTTTATGACGAAACAAAAGCTCATAACAATTTC
507 GTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACAATATG
* * * *
26435 AAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACGT-GTTCAAAAAACATATTTATTTTTA
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTAGTTCAGAAAACAGATTTATTTTT-
* * *
26499 AAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAGCT
65 AAATTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAAGTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCT
** * *
26562 GGCATG-AATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAACA-ATCATAATG-TTTTGAAATAGATA
128 -TTATGAAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTTGAAATAGATA
* * * * * *
26624 ATTGTT-TAATAGTCATAA-CTATTTGAACATGTTCGATAAATAGA-TTAATTTTTTAATTCTCT
190 ATTGTTCAAATAGTCA-AATATATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCT
* *
26686 TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA
254 TGCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
** * * * * * *
26751 CAAAAACAATTATTTTATTACAAAACAAAAAGTCACAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT
318 CTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAAGAATGATTTGAAATAAATAATTATTCTAAT
* * *
26816 ACTCATGACCATTTGAACAT-G--T--T---T--A--T-TTTTT-AAATCTTT-TACTTATTATT
383 AGTCATAACTATTTGAAC-TGGTTTGGTAAATACATTTATTTTTAAAATCTTTCTA-TTA--ATT
* * * * * * * * *
26866 TGTTGAAATATTAATAAATTAATATTTTTTTAATCTGAATAACCTTGTATAAACATAAACAATTG
444 T-TTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTG
* * *
26931 TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTG
508 TTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACAATATG
* ** * * * *
26964 AAATAAATAATTGTTCAAAGTA-TCATAAAGATTTGAAC-TTGTTTAGTAAATAGATTTATTTGT
1 AAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACGTAGTTCAGAAAACAGATTTATTT-T
* * *
27027 TAGATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTTGAAATA
64 TAAAT-TCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAA-GTAGTATTATTTTATTTTG-AATA
* * ** * * * *
27088 AACTTCTATG-AATAGAAAAAAAATCATTTTAT-AAATAAACAAAAGGTTAT-A-GCAATTTCAA
124 AGCTT-TATGAAAT-G--AAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAATG-ATTTTGAA
* * * * * * * * *
27149 ATAGATAATTGTTCAAATAATCATCAT-TATTTAAATTTATTCGTTAAACAGATTCA-TTTTTTA
183 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATATATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTTA
** * * * * ** **
27212 AATCTCTTAATTATTAATTTTCAAAATATTAAGAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTCA
247 AATCTCTTGCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
* ** ** * * * * *
27277 TTTGAACCAAAATGATT-TTTTATGAGAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
312 TATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAAGAATGATTTGAAATAAATAATTAT
* * * * * * ** * *
27341 TCAAACAATCATGACTATTTGATCTAGTTTGGTAAGCATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTAT
377 TCTAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATACATTTATTTTTAAAA-TCTTT-C-TAT
* * * * * * * * * * *
27406 TCATTATTGAAATATTAATAAATTGGCATTAATTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACT
439 TAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACA
* * * * * *
27471 ATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTTATAACAATTTG
504 ATTGTTTTATGACAAAACAAAGA-TCATAACAATATG
* *
27508 AAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAAC-ATTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
27541 TTTATTGGTT
Statistics
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AATTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTA
TGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTGAAATAGATAATTGTT
CAAATAGTCAAATATATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTTAT
TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACA
ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAAGAATGATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCATAA
CTATTTGAACTGGTTTGGTAAATACATTTATTTTTAAAATCTTTCTATTAATTTTTGGAATATTA
TTAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
CAAAGATCATAACAATATG
Found at i:26973 original size:168 final size:169
Alignment explanation
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26661 AAATAGATTA
* * *
26671 ATTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTTCAA
1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTTATCTCAA
* * * **
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* *
26801 AATAATTATTCAAA-TACTCATGACCATTTGAACATGTTT
131 AATAATTATTCAAAGTA-TCATAAACATTTGAACATGTTT
*
26840 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTGTT-GAAATATTAATAAATTAATATT-TTTTTAATCT
1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTT-ATCT
* * * * * * *
26902 -GAATAACCTTGTATAAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAA
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* * *
26966 ATAAATAATTGTTCAAAGTATCATAAAGATTTGAACTTGTTT
128 ATAAATAATTATTCAAAGTATCATAAACATTTGAACATGTTT
27008 A
1 A
27009 GTAAATAGAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (169 bp):
ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTTATCTCAA
ATAACCTTATATAAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCACAACAATTTGAAATA
AATAATTATTCAAAGTATCATAAACATTTGAACATGTTT
Found at i:27975 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 27555--28753 Score: 1008
Period size: 181 Copynumber: 6.7 Consensus size: 179
27545 TTGGTTTGAT
* ** * * * * *
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1 AAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTT
* * ** * ** *
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* * * * *
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* * * ** *
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1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTT
* * * * * * *
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65 ATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
** * **
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130 ATT-GTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTATTAATTTTTG
* *
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1 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTT
* * * * * * * *
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65 ATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* *
28043 ACTAGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-T--TATTAATTTTTG
130 A-TTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTATTAATTTTTG
* * * * * * *
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1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAT-AAAAACAATTGTTTT
* * * * * *
28155 ATGATAAAACAAAAGGTAATAACAAATTGAAATAGATAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGA
65 ATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * *
28220 ACTTATTCAGTAAACCAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTGTTAACTTTTG
130 A-TTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-TATTAATTTTTG
* * * ****
28272 AAATAATAATAAAGTAGTATTATTTTCTTTTGGATAAGCTT-TATGAACT-AAAACAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTT
* * * *
28335 ATGACAAAACAAAAGGTCAT-ACTGATTTTAAATCA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTTTTT
65 ATGACAAAACAAAAGGTAATAAC-AATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* *
28398 GAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATCTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTG
128 GAA-TTGTTCAGTAAACAAATTTAT-TTTTTAAATCTCTTAC-TATTAATTTTTG
* * * ** * * *
28453 GAATGTTAATAAATTAGTATTATTCTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTATTAT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTT
* * * * * *
28517 AGGACTAAAA-AAAA-GTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTG
65 ATGAC-AAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * *
28580 AATTGGTTCGGCAAATACATATATTTTTTTAAATCTC--AC---TAATTTTTG
129 AATT-GTTCAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTATTAATTTTTG
* * * *
28628 AAATATTATTAAATTAGTATT-TTTTTTGTCCAAATAAGCTTTTATGATAAAAAAACAATTGTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCCAAATAAGCTTGTATGA-ATAAAAACAATTGTTT
* * ** * * *
28692 TATGAGAAAACAAATA--TCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATT
64 TATGACAAAACAAA-AGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
28754 AATTTTTGAA
Statistics
Matches: 826, Mismatches: 163, Indels: 66
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Matches are distributed among these distances:
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175 47 0.06
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183 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTA
TGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
TTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTATTAATTTTTG
Found at i:28242 original size:358 final size:356
Alignment explanation
Indices: 27555--28753 Score: 1063
Period size: 358 Copynumber: 3.3 Consensus size: 356
27545 TTGGTTTGAT
* * * * *
27555 AAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTTATTTTAAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTTAAATAAGCTT-TATGAA-TAAAACAATTGTTTT
* * * ** *
27620 ATGACAAAATAAAAAGTAATAATGATTTGAAAGAGATAATTGTTCAAATAGTTGTAATTATTTGA
63 ATGACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * *
27685 ACTAGTTTAGTAAATAGAA-TTATTTTCTAAATCTCTTATAAATTTTTTAAATATTAATAAATTA
128 ACTAGTTCAGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * *
27749 GTTTTACTTTATTCCGAATAAGCTTGTATAAGTTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
192 GTATTATTTTATTCCAAACAAGCTTGTATAAGTTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * * * ** **
27814 CATAACAATTTGAGATAAATAATTGTTCATATAATCATAGCTGTTTGAATTGGTTTGGCAAATGA
257 AATAACAAATTGAAATAAATAATTGTTCAAATAACCATAACTATTTGAATTGATTCAGCAAACCA
*
27879 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGC-TATTAA-TTTTT
322 ATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAACTTTTG
* **
27913 AGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
1 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTT-TATGAATA-AAACAATTGTTTT
* * * * * * * * *
27978 ATTATAGAACAAAATGTTATAACAATATGAAATAGATAATTGTTCAAATTGTCATAACCATTTGA
63 ATGACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * *
28043 ACTAGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAA
128 ACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * *
28108 TATTATTTTATTTCAAACAAGC-T-TATATGTTGAAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGG
193 TATTATTTTATTCCAAACAAGCTTGTATAAGTTG--AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * ** * *
28171 TAATAACAAATTGAAATAGATAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTT-ATTCAGTAAAC
256 TAATAACAAATTGAAATAAATAATTGTTCAAATAACCATAACTATTTGAA-TTGATTCAGCAAAC
*
28235 CAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTGTTAACTTTTG
320 CAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTG
* * * **
28272 AAATAATAATAAAGTAGTATTATTTTCTTTTGGATAAGCTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTAT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTTATGAA-TAAAACAATTGTTTTAT
* * * *
28337 GACAAAACAAAAGGTCAT-ACTGATTTTAAATCA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTTTTTGA
65 GACAAAACAAAAAGTAATAAC-GATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * *
28400 ACTTGTTCAGTAAACAAATTTATCTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGGAATGTTAATAA
128 ACTAGTTCAGTAAACAAATTTAT-TTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
* ** * * * * * *
28465 ATTAGTATTATTCTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-CTGAAACAATTATTATAGGACTAAAA-A
188 ATTAGTATTATTTTATTCCAAACAAGCTTGTAT-AAGTTGAAATAATTGTTTTATGAC-AAAACA
* * * * * * ** * * *
28528 AAA-GTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCGGC
251 AAAGGTAATAACAAATTGAAATAAATAATTGTTCAAATAACCATAACTATTTGAATTGATTCAGC
* * *
28592 AAA-TACATATATTTTTTTAAATCTC--AC----TAATTTTTG
316 AAACCA-ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTG
* * *
28628 AAATATTATTAAATTAGTATT-TTTT-TTGTCCAAATAAGCTTTTATGATAAAAAAACAATTGTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-T-TAAATAAGC-TTTATG--AATAAAACAATTGTT
* * * * * * *
28691 TTATGAGAAAACAAATA-TCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATT
61 TTATGACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
28754 AATTTTTGAA
Statistics
Matches: 682, Mismatches: 129, Indels: 61
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
354 2 0.00
355 5 0.01
356 42 0.06
357 137 0.20
358 325 0.48
359 26 0.04
360 7 0.01
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362 74 0.11
363 5 0.01
364 5 0.01
365 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (356 bp):
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTTATGAATAAAACAATTGTTTTATG
ACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
AGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
TATTTTATTCCAAACAAGCTTGTATAAGTTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATA
ACAAATTGAAATAAATAATTGTTCAAATAACCATAACTATTTGAATTGATTCAGCAAACCAATTT
ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTG
Found at i:29228 original size:489 final size:489
Alignment explanation
Indices: 28262--29230 Score: 1259
Period size: 490 Copynumber: 2.0 Consensus size: 489
28252 CTCTTACTTG
* *** *
28262 TTAACTTTTGAAATAATAATAAAGTAGTATTATTTTCTTTTGGATAAGCTTTATGAACTAAAACA
1 TTAACTTTTGAAATAATAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTATGAAATAAAACA
* * *
28327 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATACTGATTTTAAATCAATAATTGTTCAAATAGTCATAA
66 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAC-GACTTTAAATCAATAATTATTCAAATAGTCATAA
*
28392 CTTTTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATCTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGGAAT
130 CTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATCTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGGAAT
* *
28457 GTTAATAAATTAGTATTATTCTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTATAGGAC
195 GTTAATAAATTACTATTATTCTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTATAGGAC
* * * * *
28522 TAAAAAAAAGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGT
260 TAAAAAAAAGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATCTTAACTATTTGAACTAGT
* * * * *
28587 TCGGCAAATACATATATTTTTTTAAATCTCACTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTTTT
325 TCAGCAAACACATATATTTTTTCAAAGCTCACTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATT
** * *
28652 TTTGTCCAAATAAGCTTTTATGATAAAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAATATCATAATGA
390 TTAATCCAAATAAGCTTGTATGATAAAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAATATCACAATGA
* *
28717 TTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTA
455 TTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * *
28752 TTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTTTATGAAATGAAAC
1 TTAACTTTTGAAATAATAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-CTTTATGAAATAAAAC
* *
28817 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-ACTTTAAAT-AGATAGTTATTCAAATAGTTA-
65 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-ACGACTTTAAATCA-ATAATTATTCAAATAGTCAT
** * * * * *
28879 AATCTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTT-T-TTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTG
128 AA-CTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATCTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGG
* * * * * * *
28942 AATGTTAATAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTAAAATAATTGTTTTAT
192 AATGTTAATAAATTACTATTATTCTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTATAG
* * * *
29007 TACTAAACAAAATGTCAAAATAATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAATCTTAACTATTTGAAC
257 GACTAAA-AAAAAGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATCTTAACTATTTGAAC
* * * * * *
29072 TAGTTTAGCAAACACATTTA-TTTTTCAAAGCGCTTATTAATTTTTGGAATATTGTTAAATTAGT
321 TAGTTCAGCAAACACATATATTTTTTCAAA--GCTCACTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGT
** * * *
29136 ATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGA-AAAGAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAATATCA
384 ATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGATAAAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAATATCA
29200 CAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATA
449 CAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATA
29231 TTAATAATTA
Statistics
Matches: 410, Mismatches: 62, Indels: 15
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
488 97 0.24
489 129 0.31
490 141 0.34
491 41 0.10
492 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (489 bp):
TTAACTTTTGAAATAATAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTATGAAATAAAACA
ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATACGACTTTAAATCAATAATTATTCAAATAGTCATAAC
TATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATCTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGGAATG
TTAATAAATTACTATTATTCTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTATAGGACT
AAAAAAAAGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATCTTAACTATTTGAACTAGTT
CAGCAAACACATATATTTTTTCAAAGCTCACTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTT
TAATCCAAATAAGCTTGTATGATAAAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAATATCACAATGAT
TTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
Found at i:29807 original size:179 final size:181
Alignment explanation
Indices: 28750--31535 Score: 2133
Period size: 181 Copynumber: 15.5 Consensus size: 181
28740 TAGTCATAAC
* ** * *
28750 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTTTATGAA-ATGA
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATA-GA
* * *
28814 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACACTTT-AAATAGATAGTTATTCAAATAGTT
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTT
** * * * *
28878 A-AATCTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTT-TTTTTTAAATCTTTTGCT
130 ATAA-CTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* *
28929 TATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTA-
1 TATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAG
* * * * * * ** *
28992 AAATAATTGTTTTATTACTAAACAAAATGTCAAAATAATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAAT
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * * * *
29057 CT-TAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAACACATTTATTTTTCAAA--GC--GCT
129 -TATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* ** * * *
29106 TATTAATTTTTGGAATATTGTTAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAAAAGAA
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * * ** * *
29171 ACAATTGTTTTATGATAAAATAAATA--TCACAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATA-TT
66 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTT
* * * * * *
29233 AATAATTATTTAAACTAT-ATCAGTAAACAGATGTAGTTTTTAAA--TC-T-CT
130 -ATAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* ** * *
29282 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTTGAATAATTTTGCATGAATAAA
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * *
29347 AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAACTGT-TTC-GATGG
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA-T-TATTCAAATAG
** * * * *
29410 ACATGACTATTTGAACTTGTTC-GATAAACAAATTTTTTTTTTAAATCT-TCTACC
128 TTATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCT-TACT
* * * *
29464 TATTAA-TTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATACA-CTGGCAAT-AATA
1 TATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA-AGCTTG-TATGAATA
* * * ** * * *
29526 GAAATAATTGTTTTACGATAAAACAAAACATCATAACTATTTGAAATCA-ATAATTGTTCAAACA
63 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT-AGATAATTATTCAAA-T
* * * * * *
29590 AG-CATAGCTATTTGAACTTGTTCGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
126 AGTTATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* *
29645 TATT-ATTTTTGAAATATTAATAAACTAGTATTA-TTTATTTTGAATATGCTTGTATGAATAGAA
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* ** *
29708 ACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATTATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTTA
66 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTA
* * **
29773 TAACTATTTGAACGTGCTCAAAAAACATATTTA-TTTTTAGAAT-T-TTACT
131 TAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTA-AATCTCTTACT
* *
29822 TGTTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAACA
1 TATTAATTTTTGA-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAATA
* * * ** * * * * * *
29884 GAAGCAATTATTTTATTACAAAACAAAATATCATAACAATTTGGAATAAAAAATTGTTTATATAG
63 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* ** * *
29949 TTATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
128 TTATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* ** * * *
30003 CATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAGCT-GA
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ATAGA
* * **
30067 TATAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTT
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTT
* * * * * *
30132 ATGACTATTTAAACTTGGTCAATAAACATATTTATTTTTAAAATCTGTTACT
130 ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* ** * * * * * * *
30184 TATTAATTATCAAAATGTTAATAAATTAATATTATTTTAATTTAAATAAACTTGTATGAACAAAA
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * * * * * *
30249 ACAATTGTTTTATGAAAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATATTTATTTAAATAGTCA
66 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTA
* * * * * * * *
30314 TAATTTTTTGAATTTATTCAGTAAACATAGTTA-TTTTTAAGTCTTTTATT
131 TAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * * *
30364 TATTCATTGTCTG-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-ATTGAAATAAGCTTGTATGAATAG
1 TATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAATAG
* * * ** * * *
30427 AAAAAATTATTTTATGACAAAA-AAAAGCT-ATAGTAATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAAT
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * * *
30490 CATAACTATTTGTACTTGTTCAATAAACAGATTTAGTTTTTAAATATCTTACT
129 TATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * ** * *
30543 TATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGAATTATGCTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAAAA
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * * ** * * * *
30608 ATAATTGTTTTTTCATTAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAACAGTTA
66 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTA
* * * ** * *
30673 TAACTGTTTGCAC-TGGTCAAGCCAACATATTCATTTTTAAAATC-CATTACT
131 TAACTATTTGAACTTGTTC-AGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTC-TTACT
* * * ** * * *
30724 TATTAGTTTCT-AGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCAAATAAGATTGCATCAATAGA
1 TATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * ** * * * * *
30788 GACAATTGTTTTATAACAAAA-ATATTGGTTATAACGATTGGAAATAAATAATTATTCAAATTGT
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * ** *
30852 TATAACTAATTGAACTGGTTTGGTAAACATA--TATATTTTAAATCTCTTA--
129 TATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
** * * * * * * * *
30901 -A-TAATTTTCAAAATATTAATAATTTAATATTATTTTATTTCGAACAAACATATATGAACCA-A
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGA
* * * * *
30963 AACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAGTCATTCATATAGCT
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-T
* * * * * * *
31028 T-TTACTACTTGAA-TTGGTTCGGCAAATACA-TT-TTTTTTAAATCTCTTAGT
129 TATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * * ** * *
31078 TATTAA-TTTTCATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACATA
1 TATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * * ** * * * * * *
31142 AATAATTATTTTATGATAAAACAAAAAATTATAATAATTTGAAATATATAATTGTTTAAATAGTC
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTT
* * * * *
31207 ATAATTATTTGAACTAGTT-TGCTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACT
130 ATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * * ** * **
31259 CATTAATTTTTGAAATACTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCAAATAGGCTTAAATG-AT-GAA
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAG-A
* * * * *
31322 AAGTAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAGATGGC
65 AA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * * **
31387 CACAATTATTTGAAC-TGATT-TGATAAA-TTGATTTATTTTTTAAATCTCCAACT
129 TATAACTATTTGAACTTG-TTCAG-TAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * * * * *
31440 T-TCCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTCTTTTTG-ATAAGCTTTTATGTACT-
1 TAT-TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTTGAATAAGCTTGTATG-AATA
* * *
31502 GAAATAATTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTCAT
63 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
31536 TAGGATTTTA
Statistics
Matches: 2056, Mismatches: 457, Indels: 186
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 2 0.00
175 127 0.06
176 112 0.05
177 122 0.06
178 155 0.08
179 489 0.24
180 190 0.09
181 801 0.39
182 56 0.03
183 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAA
ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTA
TAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
Found at i:30974 original size:175 final size:177
Alignment explanation
Indices: 30793--31120 Score: 378
Period size: 175 Copynumber: 1.9 Consensus size: 177
30783 ATAGAGACAA
** * * *
30793 TTGTTTTATAACAAAA-ATATTGGTTATAACGATTGGAAATAAATAATTATTCAAATTG-TTATA
1 TTGTTTTATAACAAAACA-AAAGGTCATAACGATTGGAAATAAATAATCATTCAAATAGCTT-TA
* * *
30856 ACTAATTGAACTGGTTTGGTAAACATATATATTTTAAATCTCTTA-A-TAATTTTCAAAATATTA
64 ACTAATTGAACTGGTTCGGCAAACACATATATTTTAAATCTCTTATATTAATTTTCAAAATATTA
30919 ATA-ATTTAATATTATTTTATTTCGAACAAACATATATGAACCAAAACAT
129 ATAGA-TTAATATTATTTTATTTCGAACAAACATATATGAACCAAAACAT
* * * * * *
30968 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAGTCATTCATATAGCTTTTAC
1 TTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTGGAAATAAATAATCATTCAAATAGCTTTAAC
* * * * * *
31033 TACTTGAATTGGTTCGGCAAATACATTTTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAATATTA
66 TAATTGAACTGGTTCGGCAAACACATATATTTTAAATCTCTTA--TATTAATTTTCAAAATATTA
* *
31098 TTAGATTAGTATTATTTTATTTC
129 ATAGATTAATATTATTTTATTTC
31121 AAATAAGCTT
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 22, Indels: 10
0.79 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 84 0.68
176 3 0.02
178 1 0.01
179 35 0.28
180 1 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (177 bp):
TTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTGGAAATAAATAATCATTCAAATAGCTTTAAC
TAATTGAACTGGTTCGGCAAACACATATATTTTAAATCTCTTATATTAATTTTCAAAATATTAAT
AGATTAATATTATTTTATTTCGAACAAACATATATGAACCAAAACAT
Found at i:31402 original size:535 final size:530
Alignment explanation
Indices: 28753--31724 Score: 2148
Period size: 535 Copynumber: 5.6 Consensus size: 530
28743 TCATAACTAT
** * * * *
28753 TAATTTTTGAAATATTAATAAA-GTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTTTATGAA-ATGAAA
1 TAATTTTCAAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACA-GAAA
* * *
28816 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACACTTT-AAATAGATAGTTATTCAAATAGTTAA
64 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTTA
* * * * *
28880 ATCTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTTTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTGAAT
129 A-CTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTTTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAT-AAT
* * * * *
28945 GTTAATAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TTAAAATAATTGTTTTATTA
192 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAT-AAATAATTGTTTTATGA
* * * ** * *
29009 CT-AAACAAAATGTCAAAATAATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAATCTTAACTATTTGAACT
256 -TAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * **
29073 AGTTTAGCAAACACATTTATTTTTCAAA--GC--GCTTATTAATTTTTGGAATATTGTTAAATTA
320 AGTTT-GCAAACATATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * *
29134 GTATTATTTTA-ATCTGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAA-TA
384 GTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATG-AAA-AAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGT-
* * * * * * *
29197 TCACAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATATTAATAATTATTTAAACT-ATATCAGTAAAC
445 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGAT-TCAGTAAAC
* *
29261 AGATGTAGTTTTTAAATCTCTTAT
509 ATAT-TA-TTTTTAAATCTCTTAA
* ** * * *
29285 TAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTTG-AATAATTTTGCATGAATAAAA
1 TAATTTTCAAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA--TTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAA
* * * *
29348 ATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAACTGT-TTC-GATGGA
63 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA-T-TATTCAAATAG-
** * * * *
29411 CATGACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTTTTTTTTAAATCT-TCTACCTATTAATTTTC
125 TTTAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAA-TTTTTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTT-
* * * * *
29475 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATACA-CTGGCAAT-AATAGAAATAATTGT
187 ATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATA-AGCTTG-TATGAACATAAATAATTGT
* ** * *
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* * * * *
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* ** * *
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* ** * * * *
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** * **
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* * *
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1 TAATTTTCAAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACA
* ** * * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* **** * * ** * *
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* * *
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* * * * * *
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* *
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511 A-TTATTTTTAAATCTCTTA---A
* * ** * * * *
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1 -TAATTTTCAAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* ** * * * *
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* ** * * * * *
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* ** * * * * * *
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* * * * * * * * *
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** * * * *
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* * * * * * **
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* * * * * * * **
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* *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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** * * * *
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* * * * *
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* * ** **
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* * * * * *
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445 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCAG-TAAAC
* *
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** * * * *** * * *
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* * * * * ** **
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* * * ** * *
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126 TTAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAATAAATTTTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-AT
* ** * *
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* * *
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* *
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* * * * * * ***
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** * * * **
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** * * * * * * * *** *
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** * * * * * **
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** **
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* * *
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** * * * *
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** * *
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* * * * * * * *
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** * * * * *
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1 -TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAA
* * * * * * *
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65 TAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTAC
* * * * * *
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* * * * ***
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* * * * *
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64 ATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTGTTTA
* * ** *
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128 CCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * *
35740 TAATAATC-TTTATTTTGTCATACAACAATTGTTTCTTTTCACATAAGCTTATTT-GATTAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAAT
* * * * * * **
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* * *
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* * * * *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAA
* * * * * *
35983 TAATACTAATTTATTAACATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACAAAATCTGTTCAC
65 TAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTGTTTAC
* * * * * * * *
36048 TGAACAATTTCAATTAGATATGACTATTTGGACAATTATTTATTTAAAATTA
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* * * * * * * ***
36100 TTTTAACCTTTTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTC-AGTTAATAAAAACTTA-TCAAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAA
* * * ** * * *
36163 TAATACTACTTTATTAATATT-TCAAAATTATTAAACAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTTTC
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** * * * * *
36227 TAAAGCAA-TTCTAGTAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATGTCAAATCA
129 CGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
36279 TTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGA-TCATATAAGCTGATTCGG-GTAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGGAAT-AAA
* * * * * *
36341 ATAAAATTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTG
64 ATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTA
* * * * *
36406 CCGAATCAA-TTCAAATAGTTAAGATTATTAGAATAATTGTCTATTTCAAATCA
128 CCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
36459 TTTTGA-CTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTT-TAGTTCATACAAGC-TATTTGAAAGAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAA
** * *
36521 TAATACTAATTTATTAACT-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATATGTTT
65 TAATACTAATTTATTAA-TATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAAATAAATCTGTTT
* * * * * * *
36585 ACTGAACAAGTTCAAATAGCTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATCG
127 ACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * ****
36639 TTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTT-TAGTTCACAAAAGTTTATCCAAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAA
*
36703 TAATACTAGTTTATTAAT
65 TAATACTAATTTATTAAT
36721 TATGGATATT
Statistics
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175 153 0.04
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AATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACCG
AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * **
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* * * **
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* * * * **
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* *
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* * ** *
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* * * * * **
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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64 AATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAATAAATCT-GTTGCC
* * * * * ** *
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* * ** * *
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* * * ** * *
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* * ** * *
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* * * * * * * * ** *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTCTA-TTCATA-A-AGCTTATTCGGAATAAAA
* ** * * * ***
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* * * ** ** *
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* * * ** * * * * * *
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* * * * * **
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* ** *
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* * * * * * * * *
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* ** * * * **
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* * * ** * *
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* * * * * * **
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* * * * * * * * * *
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** * * * *
33726 ATAGTTA-AGGGTATATG-A-ATTTTTTTATTTCAAATCA
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* * * * * * * * *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTCTA-TTCATA-AAGCTTATTCGGAATAAAAT
* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* *
34020 -TTAATATTTTGAAAATTAAGAAGTAAGAAATTTAAAAATAAATATGTTTACTAAACCAGTTTCA
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* * *
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* * * * * *
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* * * *
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65 ATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAA-AAT-AAATCTGTT-GCC
* * * *
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127 TGACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * * * * ** * *
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192 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTAGAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * * * *
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257 ATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAA-TAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATA
* * * *
34447 ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCG
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* * * * *
34483 CTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAAAATATTCTATTCATAAAAGCTTATTTC-CAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTATTCTATTCAT-AAAGCTTA-TTCGGAATAAAA
* *
34547 T--TACATAAATTTATTAATATTTAGACACA-TAATAAGTAA-AAGATTTAAAAA-AAAT-TGTT
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** * * *
34606 -TATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGATCTATTTGAACAATTAGT-TATTTCAAATCATTAAGAC
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* * * * * * * * * *
34669 TTTTTATTTTGTCATGACACAATTGTTTTTCTTCATACAAGCCTATTTGGATTAAAATAATATTA
185 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACTA
* * *
34734 ATTTATTAATATTTT-AAAAGTTAATAAGTAA-AAGATTTTAAAATAAATATATTTACCAAACAA
249 ATTTATTAATATTTTGAAAA-TTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAATAAATATGTTTACTAAACAA
* * * * * *
34797 GTTTAAAGAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTGTTTCAAATCG
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* * * * *
34842 TTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTCAGAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT-TCTATTCATA-AAGCTTATTCGGAATAAAAT
* * * * *
34907 -ATCATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTTAAAAAAATAAATCTGTTT
64 AAT-ACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGA-AATTT--AAAAATAAATCTGTTG
* * * ** *
34971 ACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTT
125 CCT-GACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* *
35036 TGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCCA-AATAAAATAAT--TAAAT
189 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT--AGAATAAAATAATACT-AAT
** * * * * *
35098 TTATTAATA-TTCCAAAATTTAATAAGTAA-AAATTTAAAAATTAATTTTTTTTC-GAACACA-T
251 TTATTAATATTTTGAAAA-TTAATAAGTAAGAAATTTAAAAATAAATATGTTTACTAAACA-AGT
* *
35159 TCAAATAGTTTTAACTATTTGAACAATCATCTATTTCAAAT-A
314 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
** * * * *
35201 GTTATGACCTTTTGTTTTGTGGTAAACCAATTGTTTCTATCCATACAAGCTTATTCGAAATAAAA
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*** * **
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* * * * * * * * ** *
35330 CTAAGTAAGCTCAAATAATTATGACTATTTGAGCAATTTTTTATTTCCAAT-AGTCGTGATCTTT
126 CTGACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTT
* * * * * *
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189 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTAG-AATAAAATAATACTAATTT
* * * * * * * *
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* * ** *
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* * * * * **
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* * * * **
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* * * * * * * *
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* * * *
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*
35880 ATAGTTA-AGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCA
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* * * * *
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* * * * * * * * * * *
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*** * * *
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* * * * *
36596 TCAAATAGCTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATCG
314 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * **
36639 TTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTAGTTCACAAAAGTTTATCCAAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTCTA-TTCA-TAAAGCTTATTCGGAATAAAAT
*
36704 AATACTAGTTTATTAAT
64 AATACTAATTTATTAAT
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TACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAATAAATCTGTTGCCTGAC
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TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
TTTGAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTAT
AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
Found at i:38036 original size:164 final size:164
Alignment explanation
Indices: 37378--39882 Score: 608
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* * * * *
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* *
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* *
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*** * * * * * * ** *
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1 ATTTGAAATA-ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTCGTTC-GGAAAACATTTATTT
* * * * * * *
37602 TTTAAATCT-CTTAGTTATTATTTTCATAATAGTATTAGATAGTATTTATTTTATTGGATAAGTT
64 TTTAAATCTACTTA-TTA--ATTTT--TAA-ATTAATA-AAATTATATATTTTATTTGAAAAGTT
* * ** *
37666 TTATTGAACT-AAACAATTGTTT-TATGAAAACAAAAG-TCATAA-
122 GTA-TGAA-TGAAAAAATT-TTTATAACAAAAAAAAAGATCATAAT
* * * * *
37708 ATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-AATAATAGATTTATT
1 ATTTGAAATA-ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTCGTTCGGA-AA-ACATTTATT
* * **
37771 TTTTAAAATTTTCTGCTTATTAATTTTCTGAATGTTAATAAAATTATATTATTTTATTAAATAAA
63 TTTT-AAA---TCTACTTATTAATTTT-T-AA-ATTAATAAAATTATA-TATTTTATTTGA-AAA
* *
37836 GCTTGTATGAATGAAAAAAATTTTTATAAC-AAAAAAAGGTTCATAA-
119 G-TTGTATGAATG-AAAAAATTTTTATAACAAAAAAAAAGATCATAAT
* * *
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* **
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* * *
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124 ATGAATGAAAAAAT-TTTTATAACAAAAAAAAAGATCATAAT
* * *
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1 ATTTGAAATAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTCGTTCGG-AAAACATTTATTTT
* * *
38113 TTAAATCTTCTTATTAATTTTTGAATTAATAAAATTATATATTTTATTTGAAAATTTGTATGAA-
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* *
38177 GAAAAAAATTTT-TAAC---AAAAAA-AT-TTAAT
130 GAAAAAATTTTTATAACAAAAAAAAAGATCATAAT
* * * ** * *
38206 AATTTGAAATAGATTA-TAGTTCAAATGGACATGGCTATTT-AACTTGGTTCGGCAAATATATTT
1 -ATTTGAAATA-ATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TCGTTCGG-AAA-ACATTT
*
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60 ATTTTTTAAATC-T--ACTTATTAA-TTTT-TAA-ATTAATAAAATT-ATA-TATTTTATTT-G-
* * * *
38333 ATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAT
115 A-AAAGTTGTATGAAT-GAAA-AAAT-TTTTATAACAAAAAAAAAGATCATAAT
* * * ** * *
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1 -ATTTGAAAT-AATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTCGTTC-GGAAA-ACATTTAT
*
38452 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATTTTAAT-AAATTAGTATTATTTTTATTCCGAA
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* **
38516 TAAGTTTTTATGAACAAAAACAATTAGTTTATAACAAAACAAAAA-ATCAT-AT
117 -AAG-TTGTATGAATGAAAA-AATT--TTTATAACAAAA-AAAAAGATCATAAT
* * * * *
38568 AATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAATCATAACTATTTGAACGT-GTTCAGAAAAC----A-T
1 -ATTTGAAATA-ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TCGTTCGGAAAACATTTATT
* * * **
38627 TTTT---T-T-CTTATTAATTTCTAGAATATTAATAAATTTAAATTATTTTATTCAAAATAAGCT
63 TTTTAAATCTACTTATTAATTT-T-TAA-ATTAATAAAATTATA-TATTTTATT-TGAA-AAG-T
* * * ** ** *
38687 TGCATGAA-CAAAACCAATTTTTTGTGGCAAAATGAAAGGTCATAAT
121 TGTATGAATGAAAA--AA-TTTTTATAACAAAAAAAAAGATCATAAT
* * * * ** * * *
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1 A-TTTGAAATA-ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTCGTTCGGA-AAACA-TTTAT
** **
38797 TTTTTAGTTCT-CTTAGTCATTAATTTTTGGAATATTAAT-AAATTAATAATATTTTACTTCAAA
62 TTTTTAAATCTAC-T--T-ATTAATTTTT--AA-ATTAATAAAATT-AT-ATATTTTA-TT-TGA
* * * * * * *
38860 TAAACTTATATGAACTGAACAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAGGTCATAAT
116 -AAAGTTGTATGAA-TGAAAAAAT-TTTTATAACAAAAAAAAAGATCATAAT
* * * * * * *
38912 GACTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTAT
1 -ATTTGAAATA-ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTCGTTCGG-AAA-ACATTTAT
* * ** *
38977 TTTTAAAATTTTTACTTATTAATTATGAAATATTAAT-AAATTAATATTATTTTAATATGAATAA
62 TTTTTAAA--TCTACTTATTAATT-TTTAA-ATTAATAAAATT-ATA-TATTTT-ATTTG-A-AA
* * * * *
39041 ACTTGTATGAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-GCATAACA
118 AGTTGTATG-A-ATGAAA-AAAT-TTTTATAACAAAA-AAAAAGATCATAA-T
* * * * * *
39092 AGTTGAAATAAATAATTGCA-T-AAATAGTCATAACAATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTA
1 ATTTGAAAT-AATAATT--ATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTCGTTCGG-AAA-ACATTTA
* * * * * *
39155 TTTTTTAAATCTTTTACATTTTTAACTGTCTTAATATTAATAAATTTGATTTATATTATTTAAAT
61 TTTTTTAAATC---TAC-TTATTAA-T-TTTTAA-ATTAATAAAATT-ATATATTTTATTTGAA-
* * * * *
39220 AAGATTGTATGAATAGATAAAATTTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCA-
117 AAG-TTGTATGAAT-GA-AAAAATTTTTATAACAAAAAAAAAGATCATA--AT
* * * * ** * *
39272 ATTTCAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAATTATTTAAACTTTTTCAGTAAACAGATTCT-T
1 ATTTGAAATA-ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTCGTTC-GGAAA-ACATT-TAT
** * *
39336 ATTTTTAAATTTCTTTA-TTATTAATTTTTGGATTACTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCGAA
62 -TTTTTAAA--TC--TACTTATTAATTTTTAAATTAAT-A-AAATTA-TA-TATTTTATTT-GAA
* * * * * *
39400 TAAGCTTATATGAACTGAAACAATTCTTTTATGA-TAAAAAAAAGGTCATAACG
117 -AAG-TTGTATGAA-TGAAA-AAAT-TTTTATAACAAAAAAAAAGATCATAA-T
* * * * * * * * * * *
39453 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAAAAATCATGATTATTTGATCTAGTTAGTAAACATATTTGTTT
1 ATTTGAAATA-ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTCGTTCGGAAA-ACATTTATTT
* * * **
39518 TTTAAATTTTACTTATCAATTGTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAG-
64 TTTAAA-TCTACTTATTAATT-TT-TAA-ATTAATAAAATTA-TA-TATTTT-ATTTGAA-AAGT
** * * * *
39581 CATAT--ATGAACAATTGTTTTATAACAGAACAAAAAG-TCATAACG
121 TGTATGAATGAAAAAAT-TTTTATAACA-AAAAAAAAGATCATAA-T
** * * * * * * *
39625 ATTTGAAATAAATAATTGCTAAAATAGTCAAAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAAATTTATT
1 ATTTGAAAT-AATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTCGTTCG-GAAA-ACATTTATT
* * * *
39690 TTTTAAATCT-CTTATTAATATTTGAAATATTAAT-AGATTAGTATTACTTTATTTTGAACAAAC
63 TTTTAAATCTACTTATTAAT-TTT-TAA-ATTAATAAAATTA-TA-TATTTTA-TTTG-A-AAAG
* * * * *
39753 TTATATGAA-CAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTTATAAT
120 TTGTATGAATGAAAAA-A--T-TTTTATAACAAAA-AAAAAGATCATAAT
* * * * * * * * *
39802 GATTTGAAATGGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACTAGTTAGGTAAATAAAATTAT
1 -ATTTGAAAT-AATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTCGTTCGG-AAA-ACATTTAT
39867 TTTTTAAATCT-CTTAT
62 TTTTTAAATCTACTTAT
39883 GTATTAATTT
Statistics
Matches: 1827, Mismatches: 304, Indels: 407
0.72 0.12 0.16
Matches are distributed among these distances:
158 3 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (164 bp):
ATTTGAAATAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTCGTTCGGAAAACATTTATTTTT
TAAATCTACTTATTAATTTTTAAATTAATAAAATTATATATTTTATTTGAAAAGTTGTATGAATG
AAAAAATTTTTATAACAAAAAAAAAGATCATAAT
Found at i:38496 original size:181 final size:180
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Indices: 38207--41302 Score: 1985
Period size: 180 Copynumber: 17.4 Consensus size: 180
38197 AAATTTAATA
* * * * ** * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACAGATTTAT
** *
38270 TTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTATAATATTAATTAAATTAATATTATTTTATTTCGAAT
65 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAA-TAAATTAATATTATTTTATTTCGAAT
* * * *
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* * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATT
* * *
38453 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCCGAATA
66 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAATATTA-TTTTATTTCGAATA
** * * * * **
38518 AGTTTTTATGAACAAAAACAATTAG-TTTATAACAAAACAAAAAATCATATA--
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* * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATT
* *
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66 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT-TTGAATATTAATAAA-TTAATATTATTTTATTTC-GAAT
* * * * * ** *
38682 AAGCTTGCATGAACA-AAACCAATT-TTTTGTGGCAAAATGAAAGGTCATAA-T
128 AAACTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * *
38733 ATTTTAAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAACTTATTC-GATAAATAGA-TTC
1 A-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTA
** * * * * * *
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64 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAAT
* * * *
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128 AAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * ** *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATT
* * *
38978 TTTAAAAT-TTTTACTTATTAA-TTATGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATAT-GAATA
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* * *
39040 AACTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGG-CATAACA
129 AACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACG
* * * * ** *
39092 AGTTGAAATAAATAATTGCAT-AAATAGTCATAACAATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTAT
* * * * *
39156 TTTTTAAATCTTTTACATTTTTAACTGTCTT-AATATTAATAAATTTGAT-TTATATTATTT-AA
65 TTTTTAAATCTTTTAC-TTATTAA-T-TTTTGAATATTAATAAA-TTAATATTATTTTATTTCGA
* * *
39218 ATAAGA-TTGTATGAATAGATAA-AATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCA
126 ATAA-ACTTGTATGAATAGA-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * *
39272 ATTTCAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAATTATTTAAACTTTTTCAGTAAACAGATTCT-T
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATT-TAT
* * * **
39336 ATTTTTAAATTTCTTTA-TTATTAATTTTTGGATTACTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCGAA
65 -TTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAA
* * * *
39400 TAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTCTTTTATGATAAAA-AAAAGGTCATAACG
127 TAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * * * *
39453 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAAAAATCATGATTATTTGATCTAGTT-AGTAAACATATTTGTT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATT
* * * * *
39517 TTTTAAA--TTTTACTTATCAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAA
66 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAA
* * * * *
39580 GC--ATAT--AT-G-AACAATTGTTTTATAACAGAACAAAAAGTCATAACG
130 ACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * * *
39625 ATTTGAAATAAATAATTGCTAAAATAGTCAAAACTATTTGAACTAGTT-TGATAAATAAATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTAT
* * * * * *
39689 TTTTTAAATC---T-CTTATTAATATTTGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTTTGAACA
65 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATA
* * * * * *
39750 AACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTTATAATG
129 AACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACG
* * * * * * *
39803 ATTTGAAATGGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACTAGTT-AGGTAAATAAAATTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-GTAAACAGATTTAT
* * * *
39867 TTTTTAAATCTCTTA-TGTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCAT-TTCATTTTATTCCAAA
65 TTTTTAAATCTTTTACT-TATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAATATT-ATTTTATTTCGAA
* * * * * *
39930 TAAGCTAT-TATGAATTAAAAAAAACTTATTTTATTATAAAACAAAAGGTCATAACG
127 TAAACT-TGTATGAA-TAGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * * * *
39986 ATTTAAAATACATAATTATTCATATAGTCTTAAATATTTGAACTAGTTCAGCAAACAAATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATT
* * * * * * * *
40051 TTTTAATTCTTGTAGTTTTTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
66 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAA
* * * * * * * *
40116 GCTTGAATGAACAAAAATAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGATTATAACA
130 ACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* ** * * ** * * *
40166 ATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTTATTGCTATTTGAACTGGATCAGTAAACAAATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATT
* * * * *
40231 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATGTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
66 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAA
* * * * * *
40296 AATTGAATG-TTCA-AACACAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTAATAACA
130 ACTTGTATGAAT-AGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * *
40347 ATTTGAAATAGATAATTGTTGACATAGCCATAATTATTTGAAC-TGATTC-GATAAACAGATTCA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAG-TAAACAGATTTA
* * *** * *
40410 CTTGTTAAATAACTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAGTTAGTATTATTTTATTT-GAAT
64 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAAT
* * * *
40474 AAGCTTCTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAACG
128 AAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * ** *
40527 ATTTCAAAGAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAAC-TGTTTTGGCAAACAGATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAGATTTAT
* * * * * * * *
40591 TTTTTAAATATCTTAGTTATTAGTTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA
65 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATA
* * ** ** * * *
40656 AGCTTATATGAACT-GAAACAATAATTTTACAATAGAACAAAAGGTTATAAC-
129 AACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* ** * * *
40707 AATTGAAAATAGATAATTGCCCAAATAG---GAAC----CG-A----TTCAGTAAACAAATTTAT
1 ATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTAT
* * * * * *
40760 TTTTTAAATCTCCTT-CTTCTTTATTTTTGAAATTTTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAAT
65 TTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAAT
** * * * * ** *
40824 AGGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAATAAAAAGCTTGTAATG
128 AAACTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACG
* * * ** *
40878 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAAC-----CA--ATTC-GATGTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATT
* * * ** * *
40935 TTTTAAATC-TCTAATATATCAAAATTTGAAGTATTAATAAAGTAATATTATTTTA-TTCTAGAT
66 TTTTAAATCTTTTACT-TATTAATTTTTGAA-TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGA-AT
* * * * ***
40998 AAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATATTT
128 AAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* ** * *
41051 ATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTTGAAAAACAAATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTAT
* * ** * *
41116 TTTTTAAAAT-TTGT--TTATTAATTTTCTAAATGCTAATAAATTAGTA--ATTTTATTTTGAAT
65 TTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAAT
* * * * * * * *
41176 AAGCATGTATGAACTA-AAA-ATACTATTTTATGAC-AAGCCAAAGGTCAAAACA
128 AAACTTGTATGAA-TAGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * ** * * *
41228 ATTTGAAATAAATAATTATTCTAATATTC-TGAACTATTTGAA-TTGGTTTGGCAAATACATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACAGATTTA
41291 TTTTTTAAATCT
64 TTTTTTAAATCT
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TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAA
CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
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38452 TTTTTAAATC
* * * ** * **
38462 TTTTACTTATTAATTTTTAGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCCGAATAAGTTTTTAT
1 TTTTACTTATTAATTTCTAGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTTATTCAAAATAAGCTTGCAT
* *
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*
38628 TTTTTCTTATTAATTTCTAGAATATTAATAAATTTA-AATTA-TTTTATTCAAAATAAGCTTGCA
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* * * ** ** ** *
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65 TGAACAAAAACAATTAGTTTATAACAAAACAAAAAATCAT-ATAATTTAAAATAGATAATTGTTC
* *
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129 AAATAATCATAACTATTTGAAC
38777 TTATTCGATA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTTTACTTATTAATTTCTAGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTTATTCAAAATAAGCTTGCAT
GAACAAAAACAATTAGTTTATAACAAAACAAAAAATCATATAATTTAAAATAGATAATTGTTCAA
ATAATCATAACTATTTGAACGTGTTCAGAAAACATT
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37333 GACTATCAAT
* * * * *
37343 AAAACAATTGTTTTATGAC-AAACCAAA--TTATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT-G
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
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* * * *
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* *** * * *
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* * * * * * * *
37576 GAATTGGTTCAATAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTATTTTCATAATAGTATTAG
259 GAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTAAT-TTTTGA-AATATTAATAA
* *
37640 A-TAGTATTTATTTTA-TT-GGATAAG-TTTTATTGAAC-
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*
37675 TAAACAATTGTTTTATG--AAAACAAAA-GTCATAA--ATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
37734 TCATAACTATTTGAACTTGTTCA-AT-AATAGATTTATTTTTTAAAAT-TTTCTGCTTATTAATT
66 TCATAACTATTTGAACTAGTT-AGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCT-TACTTATTAATT
*
37796 TTCTG-AATGTTAATAAAATTA-TATTATTTTATT--AAATAAAGCTTGTATGAATGAAAAA-AA
128 TT-TGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT-AAGCTTGTATGAAT-AAAAACAA
* * * *
37856 -T-TTTTATAAC-AAA-AAAAGGTTCATAA--ATTTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTA
189 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* *
37915 ACTATTAT-AACTGGTTC-GGAAAC--ATTTATTTTTTAAATCTCAACTT-TTAATTTTT--AA-
252 ACTATT-TGAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT---CTTATTAATTTTTGAAAT
* * * **
37972 ATT-AT-TAGTA-TATTATTTTACTTT-GAACAAG-TT-TATGAATG
313 ATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCGAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * *
38013 AAAA-AA-TGTTTTATGATAAAAAAAAAGATCATACT-ATTTGAGATA-ATAATTATTCAAATAG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
38074 TCATAACTATTTAAACTCGTTTGG-AAA-AAGATTTATTTTTTAAA--TCTT-CTTATTAATTTT
66 TCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
** * *
38134 TG--A-ATTAATAAAATTA-TA-TATTTTATT-TGAA-AA-TTTGTATGAAGAAAAA-AA-T-TT
130 TGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTT
* * * * * * **
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194 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * *
38246 -AACTTGGTTCGGCAAATATATTTA-TTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTT-ATAATATTAA
259 GAAC-TAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC-T---CTTATTAATTTTTGA-AATATTAA
* * *
38308 TTAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATA
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* * * * *
38350 GAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
38415 TCATAACTATTTGAACTCGCTCA-TTAAACAGATTTACTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
66 TCATAACTATTTGAACTAG-TTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * *
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130 TGA-AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATT-G
* ** * * *
38543 -TTTATAACAAAACAAAAAATCAT-ATAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAATCATAACTAT
192 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* *
38606 TTGAACGT-GTTCAG---A-AAA--CA-TTTTT---T-TCTTATTAATTTCT-AGAATATTAATA
257 TTGAAC-TAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGA-AATATTAATA
* * *
38658 AATTTA-AATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGCATGAACA
320 AA-TTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACA
* * * ** * *
38697 AAACCAATT-TTTTGTGGCAAAATGAAAGGTCATAAT-ATTTTAAAATAGATAATTGTTCAGATA
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * ** * *
38760 GTCATAACTATTTGAACTTA-TTCGATAAATAGA-TTCTTTTTTAGTTCTCTTAGTCATTAATTT
65 GTCATAACTATTTGAAC-TAGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * *
38823 TTGGAATATTAATAAATTAATAATATTTTACTT-CAAATAAACTTATATGAACT--GAACAATTG
129 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTG
* * * * * *
38885 TTTTATTACAAAAGAAAAGGTCATAATGACTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTAT
192 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* ** * * * *
38950 TTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAA-TTATGAAATATTAAT
257 TTGAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * *
39014 AAATTAATATTATTTTAATAT-GAATAAACTTGTATGAACA
319 AAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA
* ** * * *
39054 TAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGG-CATAACAAGTTGAAATAAATAATTGCAT-AAAT
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAAT
* * * * *
39117 AGTCATAACAATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACATTTTTAACT
64 AGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-TTATTAA-T
* * * * * *
39182 GTCTT--AATATTAATAAATTTG-ATTTATATTATT-TAAATAAGATTGTATGAATAGATAA-AA
127 -TTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATA-AAAACAA
* *** * * *
39242 TT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAAT
189 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* ** * * * *
39306 TATTTAAACTTTTTCAGTAAACAGATTCT-TATTTTTAAATTTCTTTATTATTAATTTTTGGATT
254 TATTTGAACTAGTTCAGTAAACAAATT-TAT-TTTTTAAA--TC--TCTTATTAATTTTTGAAAT
* * * *
39370 ACTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACT
313 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * * *
39416 GAAACAATTCTTTTATGATAAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAAAA
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
39480 TCATGATTATTTGATCTAGTTA-GTAAACATATTTGTTTTTTAAAT-T-TTACTTATCAATTGTT
66 TCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * **
39542 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGC----AT--ATATGAACAATTGTTTT
131 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTT
* * * * * * * *
39601 ATAACAGAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTAAAATAGTCAAAACTATTTGA
196 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * *
39666 ACTAGTT-TGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATATTTGAAATATTAATAGATTA
261 ACTAGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * *
39730 GTATTACTTTATTTTGAACAAACTTATATGAACA
325 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA
* * *
39764 AAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTTATAATGATTTGAAATGGATAATTGTTCAAATA
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * *
39829 ATCATAATTATTTGAACTAGTTAGGTAAATAAAATTATTTTTTAAATCTCTTA-TGTATTAATTT
65 GTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTT
*
39893 TTGAAATATTAATAAATTCA-T-TTCATTTTATTCCAAATAAGCTAT-TATGAATTAAAAAAAAC
129 TTGAAATATTAATAAATT-AGTATT-ATTTTATTCCAAATAAGCT-TGTATGAA-TAAAAACAA-
* * * * * * * * * *
39955 TTATTTTATTATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATACATAATTATTCATATAGTCTTAAA
189 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* *
40020 TATTTGAACTAGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAATTCT-TGTAGTTTTTAATTTTTGAAATA
254 TATTTGAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT-TA----TTAATTTTTGAAATA
* * * *
40084 TTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGAATGAACA
314 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA
* * * ** * ** *
40129 AAAATAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGATTATAACAATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* ** * * *
40193 TTATTGCTATTTGAACTGGATCA-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATGTT
66 TCATAACTATTTGAACTAG-TTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * ** * * *
40257 TGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGAATG-TTCAAACACAATTGTT
130 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAT-AAAAACAATTGTT
* * ** * * * *
40321 ATATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGACATAGCCATAATTATTT
194 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * *
40386 GAACT-GATTC-GATAAACAGATTCACTTGTTAAATAACTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTA
259 GAACTAG-TTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAAT--C-T-CTTATTAATTTTTGA-AATATTA
* * *
40448 ATAAGTTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTCTATGAACT
317 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * * * *
40489 GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAACGATTTCAAAGAGATAATTATTCATATAG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
40554 TCTTAACTATTTGAACT-GTTTTGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATATCTTAGTTATTAGTTTT
66 TCATAACTATTTGAACTAG-TTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * **
40618 TGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATAATT
130 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTT
** * * * * * ** *
40682 TTACAATAGAACAAAAGGTTATAA-CAATTGAAAATAGATAATTGCCCAAATAG---GAAC----
194 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * *
40739 ----CGA-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTTCTTCTTTATTTTTGAAATTTTAAT
258 TGAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--T-C-TCTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * * **
40799 AAATTAATATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATGATGA
319 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA
* * * ** *
40839 AAAACAATTGTTTTATGAAAAAATAAAAAGCTTGTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * * **
40904 GCCATAATTATTTGAACCA---A--T--TC-GATGTATTTTTTAAATCTC-TAATATATCAAAAT
65 GTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTT
* * * * * * **
40960 TTGAAGTATTAATAAAGTAATATTATTTTATTCTAGATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTT
129 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTT
* * * *
41025 TTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
194 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* ** * * * **
41090 GAACTTGTTTTGAAAAACAAATTTATTTTTTAAAATTTGTTTATTAATTTTCT-AAATGCTAATA
259 GAACTAGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTT-AAATCT-CTTATTAATTTT-TGAAATATTAATA
* *
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320 AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC-A
* * * * * * ** * * * *
41192 AAAA-TACTATTTTATGAC-AAGCCAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAT
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
41255 TC-TGAACTATTTGAATTGGTTTGGCAAATACATTTATTTTTTAAA--TC-T-C---TT-A---T
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* * * ** * *
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130 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTT
* * * * * *
41362 TATGACAAAACAAATA--TCATAATGACTTGAGATATATAATTGTTCAAAAAAATCATAATTATT
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* * * * * * * * *
41425 TGAATTGGTT-TGATATACAGATTAAGTTTTTAAATCTTTTATTAATTTTTGAAATACTAATAAA
258 TGAACTAGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* ** *
41489 TTAGAATTATTTTA-TTCTGAATAATTTTGTATGAATA
322 TTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * ** * * *
41526 GAAACAACTCTTTTACGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGATATAGATAATAGTTCAAATGG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* ** * * ** *
41591 AT-ATGACTATTTGGGCTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAACTTT
66 -TCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * *
41655 T-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTTTATGAATAGAAACAATTGTT
130 TGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTT
* * * * * * *
41719 TTATAATAAAATAGAAGATTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA-AGTCATAACTATTT
194 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * *
41783 GAACTTGCTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTTTTGGAATTTTAATA
259 GAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* * * * *
41848 AGTTAGTATTGTTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAATA
320 AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA
* ** * * * * * *
41887 GAAATGATTGGTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTCAAATAAATAATTATTCAAATAG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* *** * * * *
41952 TCATAACTATTTGAAAGT-GTTAAAAAAATATATTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTCATTAATTTT
66 TCATAACTATTTG-AACTAGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
** ** * * * *
42014 TGAAATATTAATAAATTTTTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAGTAGAACCAGA-TGTT
130 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACA-ATTGTT
* * * * * * * *
42078 TAATGAGAAAACAAAATGTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTGTTTAGATAGTAATAACTATTT
194 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * *
42143 GAAC-ATGTTC-G-ATAACAAGATTCATTTTTTAATTCTCTTTCTCATTAATTTCT-AGAATATT
259 GAACTA-GTTCAGTA-AACAA-ATTTATTTTTTAAATCTC--T-T-ATTAATTTTTGA-AATATT
* * * *
42204 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCGTATATGAACT
316 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * ** *
42247 AAAATAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAAATAATAATTCATATAG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* ** * * *
42312 TCATAACTATTTAAAC-ATGTTCA-GT-AACAAGATTCCTTTTTTAATTCTCTTTCTCATTAATT
66 TCATAACTATTTGAACTA-GTT-AGGTAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * * *
42374 TTTGGAATATTAATAAACTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTG
128 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTG
* * * * * * * *
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* ** * * * * *
42503 TTGAACTTGTTTGGAAAACATATTTATTTTTTAAATGTTCTACTATTAATTGTTGAAATATTAAA
257 TTGAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-CTCT--TATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * * *
42568 AAATAAATATT-TTGTGA-ATCAGAATAAACATT-TATG-ACA
319 AAATTAGTATTATT-TTATTTC-GAATAAGC-TTGTATGAACA
* * * * * * *** * * *
42607 GAAATAATTATTTTACGACAAAACAAAAAGTTATACCAATTTCAAATAAATAATTTTTCAAATAG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
** * * * *
42672 TCATAAAGATTTGAAATTGTTCA-ATAAATC-AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTG
66 TCATAACTATTTGAACTAGTT-AGGTAAA-CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-
* * * *
42735 TCTT--AATATTAATAAAGTT-GTATTATTTTATTCAAAATAAACTTGTATGAATAGAAA-AATC
128 T-TTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATT
* * * * * *
42796 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTAATTTTG-AATAGATAATTG-TCAAAATAGTCAAAAT
191 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATAGTCATAAC
* * * * *
42859 TATTTAAACTTA-TTC-G-ACAAGCAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCATAA
254 TATTTGAAC-TAGTTCAGTA-AA-CAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-ATTA--ATTTTTGA-AA
* * * * ** **
42921 TATTAATAACTTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTACATGAATT
312 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * * * *
42968 GAAATAATT-TTTTAAGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATCGAAAATTATTCCAAATA
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-CAAATA
* * * * * *
43032 GTCATGACTATTTGATCTAGTTCA-GTAAACATATTTACTTTTTAAAT-TAATTACTTATCAATT
65 GTCATAACTATTTGAACTAGTT-AGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATT
* * * * * *
43095 GTCGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-ACTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTA
128 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-CAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTG
* * * * * * *
43159 TTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAATGATTTG-AATAAATAATTGCTCAAATAGTCAAAACTAT
192 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * *
43223 TTGAACTATTTGAACTTGTTTGATAA-ATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCGAGA
257 TTGAACTAGTT---C-AG--T-A-AACA-A-ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAA
* * * * * * *
43287 TATTAATATATTAATATTACTTTATTCCAAACACA-CTTATATGAACA
312 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA-AGCTTGTATGAACA
* * *
43334 AAAACATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAA
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
*
43399 TCATAATTATTTGAACTAGTTAGGTAAACATAATTGTA--TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
66 TCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACA-AATT-TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * *
43462 TTGAAATATTAATAAATTCA-T-TTTTTTTATTTCAAATAAGCTAGTATGAATTCAAAAA-ACTT
129 TTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-T-AAAAACAATT
* * * * *
43524 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTTAAAT
191 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACT
* * * * *
43589 ATTTAAACTAGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAATTTTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATT
255 ATTTGAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAA--ATC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATT
* * * * *
43654 ATTAGATTAGCATTATTTTA-TTCTAAATAAACTTGTATGAACA
316 AATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * ** * * * *
43697 AAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGT-TACAATTGCTC-AATAG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
43760 TCAT-A-TATTTAAACTAGTTCA-GTAAACAAATGTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTGTTAATTTT
66 TCATAACTATTTGAACTAGTT-AGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * *
43818 TGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAG-TTGGAATG-ATAAAAAAAAATTGT
130 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTT-GTATGAAT-AAAAACAATTGT
* * * * * * * * * ** * *
43881 TATATGACTAAACAAAAGGCCATAGT-TTTTAGTAAACAAATAATTGTTCATATAATTTTAATTG
193 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT-G-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * ** * * ** *
43945 TTTGAA-TTGTTTTAGCAAATAGGTTTATTTTTTTGAATCTCCTTTATCAATTTTCAAAATAATA
256 TTTGAACTAG-TTCAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCT-C-TTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * * *
44009 TTAAATTAGTATTATTTT-TTCCAAATAAGCTTATATGAACT
317 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA
* * *
44050 AAAACAATTATTTTATAACAAAA-AAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
44114 --A-AACTA---G---T--TCA-GTAAACAAAATTATTTTTTAAACCTCCTACTTATTAATTTTT
66 TCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* *** * *
44167 GAAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTTGAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAATAATTGTTT
131 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAT-AAAAACAATTGTTT
* ** ** * * * *
44231 TATGACAAAACAAAAGTTTGTAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAGT-GACCATAATTATTT
195 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTT
* * * * ** * **
44295 AAACCAATT-TGATAAACTGACTTATTTTTTAAATCTTTAACTTATTGGTTTTTGAAATATTAAT
259 GAACTAGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATC--T--CTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * * *
44359 AAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACT
319 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * *
44399 AAGACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTCT-AAATAGATAATTGTTTAAATA
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * * * **
44463 GTTATGACAATTTGAAATTGCTCA-ATAAACAGATTTATTTTTTAAAATTTCTTGTTTATTAATT
65 GTCATAACTATTTGAACTAG-TTAGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-T
* * *** **
44527 TTTTG-AATGTTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTTGAATAAGAATGTATGAACT-AAAACAATT
127 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATT
* * * * * * * *
44590 ATTTTATGACTAAATAAAAGATAAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTA
191 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * *
44655 TTTGAATTAGTTCAGTAAACAAATTTATATTTTAAATCTCTT-TCT-TTTTTTTAGAATATTATT
256 TTTGAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAT-TAATTTTTGA-AATATTAAT
* * * * * *
44718 AATTTAGCAATATTTTACTAT-GAATAAGTTTGTATCAACA
319 AAATTAGTATTATTTTA-TTTCGAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * * ** *
44758 GAAGCAGTTGTTTTATTACAAAA-TAAAGATCATAACAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * ** * * * *
44822 CCATAAGTATTTGAACTGGTTCGACAAATAGATTTAATTCTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTT
66 TCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* ** ** * *
44883 GAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTTAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATCGTTTT
131 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTT
* ** ** *
44948 ATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAATTCAAATAAACATGACTATTTGA
196 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* ** * *
45013 ACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACCTATTAATTATT-AGAATATTAATAA
261 ACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT----CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAA
* ** *
45077 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATA
321 ATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA
* * * **
45115 GAAACAATTATTTTATGAC---A-AAAA----A-AATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAGGG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * *
45171 TCATAACTATTTGAATTCA-CTCGGTAAATAGATATATTTGTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
66 TCATAACTATTTGAACT-AGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * * *
45235 TGGAAT-TTAATAAATTAGTATTGTTTTATTCTATATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTT
130 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTT
** *
45299 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTG
195 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * * *
45364 AACGT-GTTTAGAAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAACTATT-AGAATATTAATA
260 AAC-TAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATA
* * *
45427 AATTTA-TATTATTTTATTTCAAATAAACTTGCATGAACA
320 AA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * *
45466 AAATCAATTTTTTTACGATAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
** * * * * *
45531 TCATAACTATTTGAAC-ATGTTTTGTAAATAGATTAATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTT
66 TCATAACTATTTGAACTA-GTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * *
45595 T-ATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTGT
130 TGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGT
* * * * *
45658 TTTAT--TAAAA-AAAAGGTCACAATGATTTGAAATA-ATTAATTATTCAAATATTCATGACTAT
193 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * *
45719 TTGAACTTA-TTC-GATAAACATATTTA-TTTTTAAATTTTTTACTT-ATTATTTGTCAAAATAT
257 TTGAAC-TAGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTAATT-TTTG---AAATAT
* * * * *
45780 TAATAAATTAATA-T-TTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATA
315 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA
* ** *
45822 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
45887 TCA-AA-GATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTAGATCTTTTACTTATTAATTGTA
66 TCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-
* * * **
45949 TT--AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGTTTGTATGAATAGAAAAAAATCA
129 TTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATA-AAAACAATTG
* *** * * *
46011 TTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAGCAATTTCAAATAGATAATTGCTC-AATAGTCAATAATTA
192 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTA
* * * * * *
46075 TTTAAACTTA-TTCATTAAATAGATTTATTTTTTAAATATCTTAATT-ATTAAGTTTTAGAATAT
256 TTTGAAC-TAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-ATTAATT---TTTGA-AATAT
* * * *
46138 TAATAACTTAGTATT-TTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACT
315 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA
* ** * *
46181 GAAATGATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * * * *
46245 TCATGACTATTTGATCTAAGTTCGATAAGCATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGT
66 TCATAACTATTTGAACT-AGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * * * *
46310 TGAAATATTAATAAAATGGTATTATTTTAAT-CGAATAAGCATGTATGAACAAAAACTATTGCTT
130 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTT
* * * ** * *
46374 TATAATAGAAA-AAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTT
195 TATGACA-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * *
46438 AAATTGATTTGA-TGAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAGAT
259 GAACT-AGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
** * * * *
46502 TAGTATCCTTTTA-TTCTGAACAAACTTATATAAACA
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* * * ** * *
46538 AAAACATTTGTTTTACGAGAAAATGAAAGGTCATAGCT-ATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAATA
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * ** * * *
46602 GTCATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAA-AAGAAATATTTTTTAAACCTTTTACATATTAATTT
65 GTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
** * * * *** * * **
46666 TTTTAGTATGAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTTGAATAAG-TTAGTGTGAATTGAAAA-TTTT
129 TTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTT-GTATGAA-TAAAAACAATT
* * ** * *
46728 GTTTTATG-----ACGAAA----A-AATGATTTGAAATAAATAACGGTTCATATAGTCTTAACTA
191 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * *
46783 TTTAAACTAGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTCTCAGTTATTAATTTTTGGAATATT
256 TTTGAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTT-AAA--TCTC--TTATTAATTTTTGAAATATT
** * *
46848 TTTATATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACA
316 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * * *
46891 AAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACT-ATTTGAAGTATACAACTATTCAAATA
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
46955 GTCATAATTA-TTCAAATTGTTTA-GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
65 GTCATAACTATTTGAACTAG-TTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * ** *
47018 TTGAGAGATTAATAAAATACTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTAT-AATAAAAAACAATTGT
129 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAT-AAAAACAATTGT
* * ** * * * * *
47082 TATATGACCAAACAAAAGGT-AGTAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCACAATTAT
193 TTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * ** ** * ***
47146 TTG-AGTTGATTTGGTAAACCTATTTACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTCCAAAATATTA
257 TTGAACTAG-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT--C-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * **
47210 ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATATGCTTGTATGAATT
317 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA
* * * *
47252 GAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
** * * * * *
47317 TTGTAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACTAATTTATTTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTT
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* **** * *
47381 TGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACT-GAAACAATTGTT
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* * * * *
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* * * * * *
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258 TGAACTAGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTT-AAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * * * *
47573 ATAAATTTGGATTATTTTATTCCGAATAAGATTGTAAGATA-T
317 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA-ACA
* * * * * * * * * * *
47615 GAAACAAATATTTTCTAACTAGAA-AAAAGGTCAAAATGATTTAAAATATATAATTATTCTAATA
1 AAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
** * * * ** * *
47679 GTTTTAACTATTTAAACTGGTTCGACAAACATATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTT
65 GTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * * *
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130 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTT
* * * * * ** * *
47807 TTATGACAAAACAAAA-ATCTTAATGATTTGAGATTGATAACTACTCAAATAGTCATAATTACTT
194 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
** * * *
47871 GAACGGGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
259 GAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* * *
47936 -GATATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGATCA
324 AG-TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA
* **
47971 AAAACAATTGTTTTATGGA-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCGTTCATGTA
1 AAAACAATTGTTTTAT-GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* *** * * ** * * * * * *
48035 GTC-TTACTATTTGAAAGGGTTCGACT-ATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTAGTTATTAAGTG
65 GTCATAACTATTTGAACTAGTTAG-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* *
48098 TTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTC
129 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
48131 TGAATAAAAT
Statistics
Matches: 8196, Mismatches: 1707, Indels: 1083
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (358 bp):
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TCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTT
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TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA
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Alignment explanation
Indices: 41350--48282 Score: 4822
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41340 ATACAAACAA
* * * * *
41350 AAACAATTGCTTTATGACAAAACAAATA--TCATAATGACTTGAGATATATAATTGTTCAAAAAA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATA
* * * * * *
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* * * **
41472 TTTGAAATACTAATAAATTAGAATTATTTTA-TTCTGAATAATTTTGTATGAATAG
127 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * ** * * *
41527 AAACAACTCTTTTACGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGATATAGATAATAGTTCAAATGGA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-
* ** * * *** *
41592 T-ATGACTATTTGGGCTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAACTTTT
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* *
41656 -AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTTTATGAATAG
130 GA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * * * *
41708 AAACAATTGTTTTATAATAAAATAGAAGATTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA-AGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * *
41772 CATAACTATTTGAACTTGCTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTTTTG
66 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
* * * * *
41837 GAATTTTAATAAGTTAGTATTGTTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAATAG
131 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG
** * * * * * *
41888 AAATGATTGGTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTCAAATAAATAATTATTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
** * ** * * *
41953 CATAACTATTTGAAAGTGTTAAAAAAATATATTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTCATTAATTTTTG
66 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
** * * *
42016 AAATATTAATAAATTTTTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAGTAG
131 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * * * * *
42067 AACCAGA-TGTTTAATGAGAAAACAAAATGTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTGTTTAGATAG
1 AAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
42131 TAATAACTATTTGAACATGTTC-G-ATAACAAGATTCATTTTTTAATTCTCTTT-CTCATTAATT
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTA-AAC-AGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATT
* * *
42193 TCT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCGTATATGAACTA-
127 TTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAG
* * * * ** *
42248 AAATAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAAATAATAATTCATATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * ** * *
42313 CATAACTATTTAAACATGTTCAGT-AACAAGATTCCTTTTTTAATTCTCTTT-CTCATTAATTTT
66 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTT
* * * *
42376 TGGAATATTAATAAACTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT-G
129 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAG
* * * * *
42429 AAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAAGTCACAAAGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * ** * * * * *
42494 TATGACTAGTTGAACTTGTTTGGAAAACATATTTATTTTTTAAATGTTCTAC-TATTAATTGTTG
66 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * * *
42558 AAATATTAAAAAATAAATATT-TTGTGA-ATCAGAATAAACATT-TATG-ACAG
131 AAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTTCA-AATAAGC-TTGTATGAATAG
* * * * * *** * * *
42608 AAATAATTATTTTACGACAAAACAAAAAGTTATACCAATTTCAAATAAATAATTTTTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
** * *
42673 CATAAAGATTTGAAATTGTTCAATAAATCA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTC
66 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAA-CAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-
*
42737 TT--AATATTAATAAAGTT-GTATTATTTTA-TTCAAAATAAACTTGTATGAATAG
128 TTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAG
** * * *
42789 AAA-AATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTAATTTTG-AATAGATAATTG-TCAAAATA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATA
* * * * * * *
42851 GTCAAAATTATTTAAACTTATTC-G-ACAAGCAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAA-T
64 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTA-AA-CAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
* * * ** * ** *
42913 TTTCATAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTACATGAATTG
127 TTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * * * *
42969 AAATAATT-TTTTAAGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATCGAAAATTATTCCAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-CAAATAG
* * * * * * * *
43033 TCATGACTATTTGATCTAGTTCAGTAAACATATTTACTTTTTAAAT-TAATTACTTATCAATTGT
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTT
* ** *
43097 CGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAACTCGAATAAGCTTGTATGAATAG
129 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * * * *
43150 AAACAATTATTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAATGATTTG-AATAAATAATTGCTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* *
43214 CAAAACTATTTGAACTATTTGAACTTGTT-TGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTA
66 -----C-A--T-AACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * * * * * * * *
43274 TTAATTTTCGAGATATTAATATATTAATATTACTTTATTCCAAACACA-CTTATATGAACAA
121 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA-AGCTTGTATGAATAG
* * *
43335 AAACATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAAT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * *
43400 CATAATTATTTGAACTAGTT-AGGTAAACATAATTGTATTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
66 CATAACTATTTGAACTTGTTCA-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * **
43464 GAAATATTAATAAATTCA-T-TTTTTTTATTTCAAATAAGCTAGTATGAATTC
130 GAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * *
43515 AAAAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAG
1 AAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * *
43580 TCTTTAAATATTTAAACTAGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTT-AATTTTCTTAGTTATTAATTT
65 TC-ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTT
* * * * * * *
43644 TTGGAATATTATTAGATTAGCATTATTTTA-TTCTAAATAAACTTGTATGAACAA
128 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * ** * * * *
43698 AAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGT-TACAATTGCTC-AATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
43761 CAT-A-TATTTAAACTAGTTCAGTAAACAAATGTAGTTTTTAAATC---T-CTTGTTAATTTTTG
66 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
* * * * *
43820 AAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAG-TTGGAATG-ATAAA
131 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-GTATGAAT-AG
* * * * * * * * *
43871 AAAAAATTGTTATATGACTAAACAAAAGGCCATAGT-TTTTAGTAAACAAATAATTGTTCATATA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT-G-AAATAGATAATTGTTCAAATA
* ** * * * * * * * ** *
43935 ATTTTAATTGTTTGAA-TTGTTTTAGCAAATAGGTTTATTTTTTTGAATCTCCT--TTATCAATT
64 GTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
** * * * *
43997 TTCAAAATAATATTAAATTAGTATTATTTT-TTCCAAATAAGCTTATATGAACTA-
127 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAG
* * *
44051 AAACAATTATTTTATAACAAAA-AAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * **
44114 -A-AAC----T--A---GTTCAGTAAACAAAATTATTTTTTAAACCTCCTACTTATTAATTTTTG
66 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
* ** * *
44168 AAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTTGAATAGGCTTGTATG-ATGAA
131 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AG
* * ** ** * *
44219 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTTGTAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAGT-GA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-
* * * * * * * * **
44283 CCATAATTATTTAAACCAAT-TTGA-TAAACTGACTTATTTTTTAAATCTTTAACTTATTGGTTT
65 TCATAACTATTTGAA-C-TTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* * *
44346 TTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACTA-
128 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAG
* * * * *
44400 AGACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTCT-AAATAGATAATTGTTTAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * **
44464 TTATGACAATTTGAAATTGCTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAAAT-TTCTTGTTTATTAATTT
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTT-TTACTTATTAA-TT
* * ** **
44528 TTTG-AATGTTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTTGAATAAGAATGTATGAACTA-
127 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAG
* * * * * * *
44582 AAACAATTATTTTATGACTAAATAAAAGATAAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * *
44647 CTTAACTATTTGAA-TTAGTTCAGTAAACAAATTTATATTTTAAATCTCTTT-CTT-TT--TTTT
66 CATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTT
* * * * * * * * * *
44707 AG-AATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTAT-GAATAAGTTTGTATCAACAG
129 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * * ** * *
44759 AAGCAGTTGTTTTATTACAAAA-TAAAGATCATAACAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGC
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
44823 CATAAGTATTTGAACTGGTTC-GACAAATAGATTTAATTCTTAAATC---T-CTTATTAATTTTT
66 CATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * **
44883 GAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTTAAATAATTTTGTATGAATAG
130 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * ** **
44935 AAACAATCGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAATTCAAATAAA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* ** * *** * *
45000 CATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACCTATTAATTATT-
66 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
**
45064 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAG
131 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * **
45116 AAACAATTATTTTATGAC---A-AAAA----A-AATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAGGGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
** * * * *
45172 CATAACTATTTGAA-TTCACTCGGTAAATAGATATATTTGTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
66 CATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * *
45236 GGAAT-TTAATAAATTAGTATTGTTTTA-TTCTATATAAGCTTTTATGAATAG
130 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAG
* **
45287 AAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
45352 TATAACTATTTGAACGTGTTTAGAAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAACTATT-
66 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
* * *
45415 AGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTCAAATAAACTTGCATGAACA-
131 A-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * *
45466 AAATCAATTTTTTTACGATAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAG
1 AAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* ** * * * * *
45531 TCATAACTATTTGAACATGTTTTGTAAATAGATTAATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTT
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
*
45596 -ATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT-G
130 GA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAG
* * * *
45648 AAACAATTGTTTTAT--TAAAA-AAAAGGTCACAATGATTTGAAATA-ATTAATTATTCAAATAT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAG
* * * *
45709 TCATGACTATTTGAACTTATTC-GATAAACATATTTA-TTTTTAAATTTTTTACTTATT-ATTTG
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT-
** * * *
45771 TCAAAATATTAATAAATTAATA-T-TTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAG
128 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG
** *
45823 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* ** *
45888 CA-AA-GATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTAGATCTTTTACTTATTAATTGTAT
66 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-T
*
45950 T--AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAGTTTGTATGAATAG
129 TGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAG
* ** * *** * *
46001 AAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAGCAATTTCAAATAGATAATTGCTC-AATAG
1 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * * *
46065 TCAATAATTATTTAAACTTATTCATTAAATAGATTTATTTTTTAAATATCTTAATTATTAAGTTT
65 TC-ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* ** *
46130 T-AGAATATTAATAACTTAGTATT-TTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACT-G
129 TGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAG
** * *
46182 AAATGATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
46246 CATGACTATTTGATCTAAGTTC-GATAAGCATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGT
66 CATAACTATTTGAACT-TGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * * * * * *
46310 TGAAATATTAATAAAATGGTATTATTTTA-ATCGAATAAGCATGTATGAACAA
129 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * * ** * *
46362 AAACTATTGCTTTATAATAGAAA-AAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
46426 TCATAACTATTT-AAATTGATT-TGATGAACAAATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTT
65 TCATAACTATTTGAACTTG-TTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* * ** * * * * *
46485 TTAAAATATTAATAGATTAGTATCCTTTTATTCTGAACA-AA-CTTATATAAACAA
128 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAA-ATAAGCTTGTATGAATAG
* * * ** * *
46539 AAACATTTGTTTTACGAGAAAATGAAAGGTCATAGCT-ATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * ** * *
46603 TCATAATTATTTGAACTGGTT-AGGTAAAAAGAAATATTTTTTAAACCTTTTACATATTAATTTT
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTCA-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
** * * * ** * *
46667 TTTAGTATGAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTTGAATAAG-TTAGTGTGAATTG
129 TGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-GTATGAATAG
* * * ** *
46720 AAA-ATTTTGTTTTATG-----ACGAAA----A-AATGATTTGAAATAAATAACGGTTCATATAG
1 AAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * * *
46774 TCTTAACTATTTAAACTAGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTCTCAGTTATTAATTTT
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTT
* ** * ** * *
46839 TGGAATATTTTTATATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAA
129 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * * * *
46892 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACT-ATTTGAAGTATACAACTATTCAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
46956 TCATAATTA-TTCAAATTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * * * * *
47020 GAGAGATTAATAAAATACTATTATTTTA-TTCTGAATAAACTTGTAT-AATAAA
130 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAAT-AG
* * ** * *
47072 AAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGT-AGTAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * ** ** * ** *
47136 CCACAATTATTTG-AGTTGATTTGGTAAACCTATTTACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTC
65 TCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
** ** * *
47200 CAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATATGCTTGTATGAATTG
129 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * *
47253 AAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
** * * * *
47318 TGTAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACTA-ATTTATTTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTT
66 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAC-AGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* *** *
47381 TGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACT-G
129 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAG
* * * *
47434 AAACAATTGTTTTAT-ATCAAAAGAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
47498 TCATCACTATTTGAATTTGTTC-GATAAATAGATTTATTTTTTCAAATCTTTTCCTTATTAATTT
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTT
* * * * * * * *
47562 TTCAAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTCCGAATAAGATTGTAAG-ATATG
128 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA-G
* * * * * * * * * *
47616 AAACAAATATTTTCTAACTAGAA-AAAAGGTCAAAATGATTTAAAATATATAATTATTCTAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
** * * * * * *
47680 TTTTAACTATTTAAACTGGTTC-GACAAACATATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTT
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * * ** * *
47744 TGGAATATTATTAAATTAGTAGTATTTT-TAACCAAATAAGC-TCTATGATTAG
129 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * * **
47796 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-ATCTTAATGATTTGAGATTGATAACTACTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * ** * *
47860 CATAATTACTTGAACGGGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTG
66 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
** * *
47921 AAATATTAATAAATT-GATATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATG-ATCAA
131 AAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AG
* **
47972 AAACAATTGTTTTATGGA-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCGTTCATGTAG
1 AAACAATTGTTTTAT-GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* *** * ** * * * *
48036 TC-TTACTATTTGAAAGGGTTCGACT-ATTAGATTTATTTTTT-AATTTTCTTAGTTATTAAGTG
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTC-AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTT
* * * ** *
48098 TTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAAATAGTATGAATAG
128 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAG
** * * * *
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1 AAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * ** * * * *
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* *
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* * * * * * *
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** *
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* * * *
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* *
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* ** *
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* *
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* * * * * *
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* *
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* * * *
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* * * * * *
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*
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* *
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* * * *
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** * * * * * *
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* * * * * *
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*
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* * * * ** * *
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* * *
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* *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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556 ATTATTTTATTTC-AAATAAACTTATATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * *
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* * *
43788 -AATGTAGTTTTTAAA-T--CT-CTT
684 TAAT-TACTTTTTAAATTAATTACTC
* * * * * *
43809 GTTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAG-TTGGA-ATG-ATAAA
1 ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT--ATATGAAT-AG
* * * * * * * * *
43871 AAAAAATTGTTATATGACT-AAACAAAAGGCCATAGT-TTTTAGTAAACAAATAATTGTTCATAT
63 AAACAATTGTTTTAT-AATAAAACAAAAAGTCATAATGATTT-G-AAATAAATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * * * * * * *
43934 AATTTTAATTGTTTGAA-TTGTTTTAGCAAATAGGTTTATTTTTTTGAATCTCCT-TTATCAATT
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* * * * * * *
43997 TTCAAAATAATATTAAATTAGTATTATTTTTTCCAAATAAGC-TTATATGAACTA-AAACAATTA
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* * * * * * * *
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* * **
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* ** *
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* ** * * * * * * *
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* * * * ** * * *
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* * * * *
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* *** * ** * * * * * * *
44431 ATATTTATTCT-AAAT-AGATAATTGTT-TAAATAGTTATGACAATTTGAAA-TTGCTCAATAAA
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* * * ** ** *
44492 CAGATTTATTTTTTAAAATTTCTTGTTT
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* * * ** ** *
44520 ATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTTGAATAAGAATGTATGAACTA-AA
1 ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-TAGAA
* * * * * * *
44584 ACAATTATTTTATGACT-AAA-TAAAAGATAAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGT
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* * * * * *
44647 CT-TAACTATTTGAA-TTAG-TTCAGTAAACAAATTTATATTTTAAATCTCTTTCT-TT--TTTT
128 -TATGACTATTTGAACTT-GTTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATTTC-TACTATTAATTTT
* * * ** * * ** * ** * *
44706 TAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTAT-GAAT-AAGTTTGTATCAACAGAAGCAGTTGT
189 GA-AATATTAATAAATTAATATTA-TTTA-T-TCAAATAAACATT-TATGAACAGAAATAATTAT
* * * * * * * * * *
44769 TTTATTACAAAA-TAAAGATCATAACAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAAGTATT
249 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTCAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAATATT
* * * * * * *
44833 TGAACTGGTTCGACAAAT-AGATTTAATTCTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAA
314 TGAAATTGTT-AATAAATCATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAA
* * ** *
44893 TAAATTAGTGTTATTTTATTTTAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATCGTTTTATGACAAAAC
377 TAAATT--TATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AAT-ATTTTATGACAAAAC
* ** * * * *
44958 AAAATGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATAAT-TCAAATAAACATGACTATTTGAACTTGTTT
437 AAAAGGTCATAAT-ATTTTG-AATAGATAAT--TGTCAAATAGTCA-AAATATTTAAAC-T-ATT
* * * * * *
45021 GGTA-AACAAATTTATTTTTTAAATCTC-CAACCTATTAATTATTAGAATATTAATAAATTAGTA
495 CG-ACAACAGATTCATTTTTTAATTCTCTTAA-TTATTAATT-TTAGAATATTAATAAATTAGTA
* * * *
45084 TTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAA--T--
557 TTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACTA-AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
** ** * * * *
45143 ----GATTTGAAAT-AAATAATTGTT-CAAAGGGTCATAACTATTTGAATTCA-CTCGGT-AA-A
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* *
45199 TAGATATA-TTTGTTAAATCT-TTTACTT
684 TA-AT-TACTTT-TTAAAT-TAATTACTC
* * *
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* * * * ** *
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65 ACAATTGTTTTATAATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTA
* * * * * *
45354 TAACTATTTGAACGTGTTTAGA-AAACATATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAACTATT-AG
130 TGACTATTTGAACTTGTTT-GATAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTAC-TATTAA-TTTTGA-
* * *
45417 AATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTCAAATAAAC-TTGCATGAACA-AAATCAATTTTTTT
191 AATATTAATAAATTAATATTA-TTTA-TTCAAATAAACATT-TATGAACAGAAAT-AATTATTTT
* * * * * * * * *
45480 ACGATAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGA
252 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTCAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGA
** * * * * *
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* * *
45608 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTGTTTTAT--TAAAA-A
379 AATT--TATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAA-AA-TATTTTATGACAAAACA
* * * * * *
45669 AAAGGTCACAATGA-TTTGAAATA-ATTAATTATTCAAATATTCATGACTATTTGAACTTATTCG
438 AAAGGTCATAAT-ATTTTG-AATAGA-TAATT-GTCAAATAGTCA-AAATATTTAAAC-TATTCG
* * * * * * * *
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* * * * * *
45794 -TTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
559 ATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACTA-AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCACA
** ** * * * ** * *
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* * *
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* *
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* * * ** * * *
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* * * *
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** * * * * * *
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* * * * * *
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434 AACAAAAGGTCATAATATTTTG-AATAGATAATTG-TCAAATAGTCA-AAATATTTAAACT-ATT
* * * * * * * * *
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* * * * * * * * * ** *
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* * * * * * * * *
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* *
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** * * * ** * *
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** * ** *
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* ** * * ** * * *
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187 TTGAAATATTAATAAATTAATATTA-TTTA-TTCAAATAAACATT-TATGAACAGAAATAATTAT
* * * * * * * *
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249 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTCAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAATATT
* * * * * *
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* * * * *
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* ** * * * * * * *
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** ** * * * * * *
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* * *** *
47372 ATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACT-GAA
1 ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-TAGAA
* * * * *
47436 ACAATTGTTTTAT-ATCAAAAGAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
65 ACAATTGTTTTATAAT-AAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTT
* * * * * * *
47500 ATCACTATTTGAATTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTCAAATCTTTTCCTTATTAATTTTTC
129 ATGACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTT-AAAT-TTCTAC-TATTAA-TTTTG
* *** * * * * * *
47565 AAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTCCGAAT-AAGATTGTAAGATA-TGAAACAAATATTT
190 AAATATTAATAAATTAATATTA-TTTATT-CAAATAAACATT-TATGA-ACAGAAATAATTATTT
* * * * * * * * ** *
47628 TCTAACTAGAA-AAAAGGTCAAAATGATTTAAAATATATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTT
251 TATGAC-AAAACAAAAGGTCATAACGATTTCAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTT
* * * * * * *
47692 -AAACTGGTTCGACAAA-CATATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAT
315 GAAA-TTGTT-AATAAATCATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAA
* ** * * *
47755 TAAATTAGTAGTATTTTTAACCAAATAAGC-TCTATGATTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
377 TAAATT--TATTA-TTTTATTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AA-TATTTTATGACAAAAC
* * * ** * * * **
47819 AAAA-ATCTTAATGA-TTTGAGATTGATAACTACTCAAATAGTCATAATTACTTGAACGGGTTCG
437 AAAAGGTCATAAT-ATTTTGA-ATAGATAA-TTGTCAAATAGTCA-AAATATTTAAAC-TATTC-
* * * *
47882 GTA-AATAGATTTATTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-GATAT
496 G-ACAACAGATTCATTTTTTAATTCTCTTAATTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAG-TAT
** * * * * * * *
47941 TATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGGA-AAAACAAAAGGTCAT
558 TATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACTAAAATAATTGTTTTAT-GACAAAACAAAAGGTCAC
*
48005 AATGATTTGAAAT
622 AACGATTTGAAAT
48018 AGATAATCGT
Statistics
Matches: 4423, Mismatches: 899, Indels: 660
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
699 1 0.00
700 1 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (708 bp):
ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAA
CAATTGTTTTATAATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTAT
GACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTACTATTAATTTTGAAATAT
TAATAAATTAATATTATTTATTCAAATAAACATTTATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAAAA
CAAAAGGTCATAACGATTTCAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAAATTGTTAA
TAAATCATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTTATTATTT
TATTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATATTTTG
AATAGATAATTGTCAAATAGTCAAAATATTTAAACTATTCGACAACAGATTCATTTTTTAATTCT
CTTAATTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAA
CTAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCACAACGATTTGAAATCAAAAATAATTCCAAA
TAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAGTAAACATAATTACTTTTTAAATTAATTACTC
Found at i:48997 original size:360 final size:355
Alignment explanation
Indices: 48280--50680 Score: 2033
Period size: 360 Copynumber: 6.7 Consensus size: 355
48270 AAATATTAAT
* * * * * *
48280 AAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTT-A
1 AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA
* * * * * * *
48344 GCAAATACATTTATTTTTTAAATCTTTCAC-TA-T--TTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTA
66 -TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * *
48405 TTTTTATTC-AAATAAGCTTGTATG-ATCAGAAACAATTATTTTATAAGAAAACAAAA-ATCATA
130 -TTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAT-A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
** * * * * ** * ** **
48467 TTAATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAACAAGTTCAAAAAACAACTTT
192 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAATTAATGA-TTT
* *
48532 A-GTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCGA
256 ATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GA
* *
48596 ATAAGTTTTTATGAA-ATGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
315 ATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * *
48637 AAAAGGTCATGACAACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTGAACTTGTTT
1 AAAAGGTCATAATAA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTT
* * * *
48700 GATAAATAGATTTATTTTATTTAAATCTTTTGCTCATTAATTTTTTGAA-AGTTAATAAATTACT
64 GATAAACAGATTTA-TTT-TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAATA-TTAATAAATTAGT
* *
48764 ATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAGTAAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGT-A
126 ATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * *
48828 GGAATAATTTGAAATTGATAATTGTTCTAATAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTTAATTAATGCA
190 -TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAATTAATG-A
* * * * * *
48893 TTTATTTTTCAAAGCTCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTTTGAAT
253 TTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAT
* * *
48958 AAGTTTGTATGAATAGAAGCAATTGTTTTATTACAAAAC
317 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * *
48997 -AAAGATCATAATGATTTGAGATGGATAATTATTCAAATAGTCATAAGTATTTGAA-TTGGTTTG
1 AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTG
* * *
49060 ATAAACATATTTAATTCTTAAATC---T-CTTATTAA-TTTTTGAGATATTAATAAATTAGTATT
65 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGA-ATATTAATAAATTAGTATT
* ** ** * *
49120 ATTTTATTCTTAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATCATTTTACGAC-AAACAAAATGTCATAA
129 ATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** *** * * *
49184 TGATTTGAAATAGATAACAATTCAAATAGAT-ATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAGTAGATT
193 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTGGTTTAATTAA-T-GATT
*
49247 TATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTGCA
255 TATTTTTTAAATCT----CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTG--
**
49310 AATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAC
314 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * ** ** * * *
49351 AAAAGATCAAAATGATTTGAAATAAATAATTATTTGAAGGGTCATAACTATTCGAACTTG-CTCA
1 AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA
49415 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTTTTGAA-ATTATAATAAATTAGTAT
66 -TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAATA-T-TAATAAATTAGTAT
* *
49478 TATTTTATTCTAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
128 TATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * **
49543 ACAATTTGAAATGGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTCAGAAAACAT-AT
192 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-GTTTA-ATTA-ATGAT
* * *
49606 TTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATAAATAAATTTA-TATTATTTTATTCGA
254 TTATTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTG-
* * * *
49670 AATAAGCTTGCATGAATAGAACCAACTGTTTTATGACAAAAT
314 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* ** * *
49712 AAAAAGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-CATAACTATTTGAACATGTTTGG
1 AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA
* * * * * * *
49776 TATATAGATTAATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
66 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * *
49841 TTTATT-TCAAATAAGCTTATATGTACTAAAACAATTGTTTTATTACAAAAAAAAAAGATCACAT
131 TTTATTCT-AAATAAGCTTGTATG-AATAAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAA
** ** * * * ** * *
49905 TGATTTGAAATA-ATTAATTACTCAAATAGTCATGACCATTTGAACTTGTTCGATAAATATATTT
193 CAATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAATTAAT-GATTT
* * * * * * *
49969 ATTTTTTAAATTTTTTACTTATTATTTGCTGCAATATTAATAAATTAATATTTTTTTAATCTGAA
256 ATTTTTTAAATCTCTTA-TTA--ATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAA
*
50034 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAAC
316 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * ** *
50074 AAAAGGTCATAACAATTAGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTTGG
1 AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA
* * * * *
50139 TAAATAGATTTATTTGTTAGATCTTTTACTTATTAATTGTCTT-AATATTAATAAATTTGTATTA
66 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTTGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * ** * *
50203 TTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATA
130 TTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAT---AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * *
50268 GCGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TAATTT-AAAT-TTATTCATTAAACGTA
192 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTGGT-TTAATT-AATG-A
* * * * *
50330 TTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAGAATATTGATAACTTAGTATTATTTTATTTT
253 TTTATTTTTTAAATCTCTT-ATTA--ATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTT
* * ** * *
50395 GAATAAGCTTATATGAATCGAAATGATTTTTTTATGACAAAAT
313 GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * *
50438 AAAAGGTCATAATGATTTG-AATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTTGA
1 AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA
* * * * * *
50502 TAAGCATATTTATGTTTTAAATATTTTACTTATTAA-TTGTTGAAATATTAATAAATTAGTGTTA
66 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * * * * * * *
50566 TTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACTATTGCTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAAC
130 TTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* *
50631 AATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTT
194 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTT
50681 GATAAATATT
Statistics
Matches: 1655, Mismatches: 296, Indels: 181
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
351 6 0.00
352 74 0.04
353 67 0.04
354 8 0.00
355 121 0.07
356 17 0.01
357 67 0.04
358 21 0.01
359 161 0.10
360 289 0.17
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362 119 0.07
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365 25 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (355 bp):
AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA
TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAA
TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAATTAATGATTTATTTT
TTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTA
TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
Found at i:49610 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 48294--53826 Score: 2954
Period size: 181 Copynumber: 30.4 Consensus size: 181
48284 GGTTAGAATG
* * * * * *
48294 ATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTTAGCAAATACATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACATATTTATT
* * * *
48359 TTTTAAATCTTTCAC-TA-T--TTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTTTATTC-AAATA
66 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCTAAATA
* * * * **
48419 AGCTTGTATG-ATCAGAAACAATTATTTTATAAGAAAACAAAA-ATCATATTA
130 AGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * ** *
48470 ATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAACAAGTTCAAAAAACA-ACTTTA-
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACATA-TTTAT
* * * * *
48533 GTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATT-TCGAA
65 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAA
* * *
48597 TAAGTTTTTATGAA-ATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATGACA
128 TAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * *
48651 ACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTGAACTTGTT-TGATAAATAGATTT
1 A-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTCAGA-AAACATATTT
* * * *
48713 ATTTTATTTAAATCTTTTGCTCATTAATTTTTTGAAA-GTTAATAAATTACTATTATTTTATTCT
63 A-TTT-TTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* * * *
48777 AAATAAGCTTGTATGAAGTA-AAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGT-AGGAATA
125 AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAACA
* * * * * * **
48834 ATTTGAAATTGATAATTGTTCTAATAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTTA-ATTA-ATGCATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAT--ATTTA
* * * * * * *
48897 TTTTTCAAAGC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTT-TGAA
64 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAA
* * * * **
48957 TAAGTTTGTATGAATAGAAGCAATTGTTTTATTACAAAAC-AAAGATCATAATG
128 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * *
49010 ATTTGAGATGGATAATTATTCAAATAGTCATAAGTATTTGAA-TTGGTT-TGATAAACATATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGA-AAACATATTTA
* * * *
49073 ATTCTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAGATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTTAAT
64 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT
** ** * * **
49134 AATTTTGTATGAATAGAAACAATCATTTTACGAC-AAACAAAATGTCATAATG
129 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
*** * ** *
49186 ATTTGAAATAGATAACAATTCAAATAGAT-ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAGTAGATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACATATTTAT
*** *
49250 TTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTGC-AAAT
65 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CTAAAT
** * * **
49313 AAAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGATCAAAATG
129 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * ** ** * * * *
49365 ATTTGAAATAAATAATTATTTGAAGGGTCATAACTATTCGAACTTGCTCAGTAAACAGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACATATTTATT
*
49430 TTTTAAATCTTTTACTTATTATTTTTTGAAAT-TATAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATA
66 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATAT-TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATA
* *
49494 AGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
130 AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* *
49546 ATTTGAAATGGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTCAGAAAACATATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAGAAAACATATTTAT
* *
49610 TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATAAATAAATTTA-TATTATTTTATTCGAAAT
65 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTAAAT
* * * * * **
49673 AAGCTTGCATGAATAGAACCAACTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAATG
129 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * ** * * * * *
49726 TTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-CATAACTATTTGAACATGTTTGGTATATAGATTAATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACATATTTATT
* * *
49790 TTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAAT
66 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAAT
* * * * * * ***
49853 AAGCTTATATGTACTA-AAACAATTGTTTTATTACAAAAAAAAAAGATCACATTG
129 AAGCTTGTATG-AATAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAACA
** * * *
49907 ATTTGAAATA-ATTAATTACTCAAATAGTCATGACCATTTGAACTTGTTC-GATAAATATATTTA
1 ATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGA-AAACATATTTA
* * * * * * *
49970 TTTTTTAAATTTTTTACTTATT-ATTTGCTGCAATATTAATAAATTAATATTTTTTTAATCTGAA
64 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAA
*
50034 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
128 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * ** ** * * *
50088 ATTAGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACATATTTATT
* * * *
50153 TGTTAGATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAAT
66 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT
* ** * * * *
50216 AAGCTTGTATGAATAGAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAGCG
129 AAGCTTGTATGAATAG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * ** * *
50271 ATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TAATTTAAATTTATTCATTAAACGTATTCAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTCAGAAAACATATTTAT
* * * * * * *
50335 TTTTTAAATCTCTTAATTATTAA-TTTTCAGAATATTGATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAAT
65 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT
* * ** * * **
50399 AAGCTTATATGAATCGAAATGATTTTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATG
129 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * * *
50452 ATTTG-AATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTT-TGATAAGCATATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGA-AAACATATTTAT
* * * * * **
50515 GTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTAATCCGAATA
65 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATA
* * * * * * * *
50580 AGCTTGTATGAACAAAAACTATTGCTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAACA
130 AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACATATTTATT
** * * ** * * * * *
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66 TTTTA--AATCTTTTACTTATT-AAT--TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CT
* ** * * * * ** * * *
50754 AAATAAAAACTAATAATTATTTGAAATAGATAATTGTT-T-A-AATAGATATAA--TTATTTGAA
125 AAAT--AAGCTTGT-ATGAATAGAAACA-ATTGTT-TTATGACAA-A-ACAAAAGGTCA--T-AA
50814 CTA
180 C-A
* * * * * * * * * * * **
50817 GTTCAAT-AAATAAAATTATT-TTCTAAAT-CTCTTATAAATTTTTCAA-ATATTAATAAATTAG
1 ATT---TGAAAT-AGATAATTGTTC-AAATAGTC--ATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACA-
* * * * *
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58 TATTTA-TTT-TTT--AA--A---TCT-TTTACT-TATTAA---TTTT-TGA-AATATTAATAA-
* * ** * *** * * *
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106 ATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGA-ATAG---AAAC-AATT-G-TT--TTATGA
* ** **** * * *
50999 TAAATGGATTTATTTTTTATATCT
162 CAAA---A-CAAAAGGTCATAACA
** * * * * ** *
51023 A-TT-AGTTA-TTAATT-TTTAGAATA-TTACTAAATTAGTATT-ATTTTATTCTA-AATAAGC-
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCA-T-AACTA-T-TTGAACTTGTTC-AGAA-AA-CA
* ** ** * *** * * * *
51080 T-TGTATGGATAGAAATGATTGTT--TTATT-ATAAAATAAAATGTT-ATAACAATTTGAAATAG
58 TATTTAT-TTTTTAAAT-CTT-TTACTTATTAAT-TTTTGAAATATTAAT-A-AA-TT--AGTAT
* ** * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * * *
51234 ATAATTTGAAATAAATAGTTGGTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTTATTCAGTAAAC-TAATT
1 AT-TTG--AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAT-ATT
* * * * * *
51298 TATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAACTTTTGAAATAATAATAAATTAGTATTATTTT-CTCTTG
62 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-TA
* * * * *
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* * * * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACATATTTAT-
* * * * * **
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACATA--TTTA
* * * * * *
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** * * ** * **
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* * * * * * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACATA-TTTAT
** * ** * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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** * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * **
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* * ** * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * ** * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * ** *
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* * * **
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* * * * ** * * *
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* * * *
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* * * * * **
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* * * * * ** * * *
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* ** * *
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* * * *
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* *** * ** * *
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** * * * * * * * * *
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* * ** * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * ** *
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* * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* ** * * * * *
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* * *
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* *
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* * * * *
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* * * * * **
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* * * *
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* * ** * * *
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* * * *
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259 TAGTTTAGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTT--T-ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT
** * * * * *
52957 AGTATTATTTTATTTGGAATAAGCCTATATGAACT-GATAT
320 AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAATAGAAAC
* * * ** * * *
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1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * *
53062 ACTATTTAAACTTGTTTAATAAGCATATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTGTCAAAAT
66 ACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAAT
* * * * * * *
53127 GTTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTAAGAACAAAAACAATTGTTTTATGGC
131 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * **
53192 AAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATATTTATTTA-AATAGTCACAACTATTTGAATTT
196 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATAATAGTCATAACTATTT-AAACT
* * * * * * *
53256 A-TTTGGTAAATATAGTTATTTTTAAATCT-TTTATTTATTAATTGTATGAATATTAATAAATTT
260 AGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTTATTAATT--TT-T-GGAATATTAATAAATTA
* * *
53319 GTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATG-AATAGAAAA
321 GTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAATAGAAAC
* * *** * *
53358 AATT-ATTTATGACAAAACAAAATG-TTATAGCAATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAATCAT
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * *
53421 AACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTAAAA
65 AACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAA
* ** *** * * *
53486 TATTAATAAATTAGAATTATGCTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTCTTGTGA
130 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * ** *
53551 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTTATAATTATTTGCATT
195 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATAATAGTCATAACTATTTAAACT
* ** ** * * * *
53615 GGTCAAGCCAATAAATTCATTTTTTAAAT-TCGTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAACT
260 AGTTTAGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTC--T--TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT
* * * * *
53679 AGCATTATTTTATTCCAAATAAAAC-TATAT-CAATAGAAAC
320 AGTATTATTTTATTTCAAAT-AAGCTTGTATGAAATAGAAAC
* * * * * *
53719 AATTGTTTTATGACAAAACAGATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATTGTTATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * *
53784 ACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATATATTTATATTTTAAATCT
66 ACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCT
53827 CTTAATGTTA
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ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAATAGAAAC
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ATAATTATTCAGATAG
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* * * * * * * * *
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* * * * ** **** * * *
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* * *
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*
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** * * * * *
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* * * ** * *
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*
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** * * * * * ** * **
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1 -ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATATATTTAT
* * * * * * **
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* * ** * * * *
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* * * * * * *
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* * **
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** * * ** ***
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* ** * **
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383 TAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * *
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* * *
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** ** * * * ** * *
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1 -ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATATATTTAT
* * *
49429 TTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTTTTGAAAT-TATAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT
65 TTTTTAAATCTTTT-CTTATTAATTTTTGGAATAT-TAATAAATTAGTAATATTTT-TTC-AAAT
* * * * * ** *
49493 AAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATGGA
126 AAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGATTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGA-TTGAAATAGA
* * * ** * * * * *
49558 TAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAAT-TT
190 TAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACT-TGTTTGGTAAATAAATTTAGTTTTTAAATCTC
* *
49621 TTACTTATTAATTTTTGAAATATAAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGCATG
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* * * * *** *
49684 -AATAGAACCAACTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTCA
317 AAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* *** * * * * * *
49748 AATAG-CATAACTATTTGAACATGTTTGGTATATAGATTAATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAA
381 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * * * *
49812 TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGTACTA-AAACAAT
446 TTTTTAGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTGTATG-AATAGAAACAAT
* * * * * *
49876 TGTTTTATTACAAAAAAAAAAGATCA-CATT
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* * * * * * *
49906 GATTTGAAATAATTAATTACTCAAATAGTCATGACCATTTGAACTTGTTCGATAAATATATTTAT
1 -ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATATATTTAT
* * * * * *
49971 TTTTTAAATTTTTTACTTATT-ATTTGCTGCAATATTAATAAATTAAT-ATTTTTTTAATCTGAA
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* * * * ** *
50034 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTAGAAATAA
125 TAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGATTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATT-GAAATAG
* * ** * *
50099 ATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTA-TTTGTTAGATCT
189 ATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAAATTTAGTTT-TTAAATCT
* * *
50163 TTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTA
253 CTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTA
* ** * * * * *
50225 TG-AATAGAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAGCGATTTCAAATAGATAATTG
315 TGAAAT-G--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTG
* * * * ** * *
50289 TTCAAATAGTCATAA-TAATTTAAATTTATTCATTAAACGTATTCATTTTTTAAATCTCTTAATT
377 TTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * * ** * * *
50353 ATTAATTTTCAGAATATTGATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATCGAAA
441 ATTAATTTTTAGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTGTATGAATAGAAA
** * * *
50418 TGATTTTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAA-T
506 CAATTGTTTTATGATAAAA-CAAAGGTCATAACT
* * * * **
50451 GATTTG-AATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTTGATAAGCATATTTAT
1 -ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATATATTTAT
* * * * ** * *
50515 GTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTAATCCGAATA
65 TTTTTAAATCTTTT-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTAATATTTT--TTCAAATA
* * * * * * ** *
50580 AGCTTGTATGAACAAAAACT-ATTGCTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAA
127 AGCTTGTATGAACAGAAA-TAATTGATTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGA-TTGAAATAGA
* * * * ** **
50644 TAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTT-G---ATAAA--TA-TTAATAAAT-TAG
190 TAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAAATTTAGTTTTTAAATCTCT
* * ** * * * * *
50701 TAC-TATT-TTATTTTGAATAAACTTATATTAACAAACAATATTGTTTTATTACAAAATAAAAAC
255 TACTTATTAAT-TTTTGAA-ATA-TTA-A-T-A-AATTAGTATTATTTTATTTC-GAAT--AAGC
* * * * * * ** *** * *
50764 TAATAATTATTTGAAAT-AGATAATTGTTTAAATAGATATAATTATTTG-AACTAGTTCAA--T-
310 T--T--GTA--TGAAATGAAACAATTGTTT-TAT-GACAAAACAAAAGGTCA-TA--ACAATTTG
* * * * * * * * * **
50824 AAATAAAATTATT-TTCTAAAT-CTCTTATAAATTTTTCAA-ATATT-AATAAATTAGTTTTACT
364 AAAT-AGATAATTGTTC-AAATAGTC--ATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAA-CAAATTTA-T
* * * * *** * * * **
50885 TTATTTCGAATGAGCTTCTATGTGCTAAAATAATTGTTTTATGACA-AACAA-AAGGTCAGAACA
423 TT-TTT--AA--A---TCTCT-TACT-TATTAA-T-TTTTA-GA-ATGTTAATAA-ATTAGTATT
* * * * * *
50948 ATTTAAGAT--AAAT-AA-TTGT-TCATATAGTCTTAACTATTTGGATTGGTT-TGATAAATGGA
473 ATTTTA-TTCCGAATAAACTTGTATGA-ATAG---AAAC-AATT-G-TT--TTATGATAAA---A
* **** * *
51007 TTTATTTTTTATATCT
525 --CAAAGGTCATAACT
* * * * * * * * * **
51023 A-TT--AGTTATTAATT-TTTAGAATA-TTACTAA--ATTAGTATTATTTTATTCTAAATA-AGC
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCA-AATAGTCA-TAACTATTTGAACTA-GTT-TGGTAAATATA--
** ** * *** ** * * *
51080 TTGTATGGATAGAAATGATTGTT-TTATT-ATAAAATAAAATGTT-ATAACAATTTGAAATAGAA
60 TT-TAT-TTTTTAAAT-CTT-TTCTTATTAAT-TTTTGGAATATTAAT-A-AA-TT--AGTA-AT
* * * * * * * * *
51142 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTGA-AAAA-T
114 ATTTTTTC-AA-A-T-A-AGC---TTGTATGAA--CAG-AAATA-ATTGA-TTTATGACAAAACA
* * * ** * * *
51205 AATTG-CTTTATGACAGACAAAAGGTAATAATAATTTGAAATAAATAGTTGGTCAAATGGCCATA
166 AAATGTCATAATGATTG---AAA--T-A-GATAA-TT--ATTCAA-A-----T--AAT---CATA
* * ** * * *
51269 ATTATTTGAACTTATTCAGTAAACT-AATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAACTTTTGAAA
210 ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAA-TAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * * *
51333 TAATAATAAATTAGTATTATTTTCTCTT-GAATAAGCTTTTCTGAACTAAAACAATTG-TTTATG
274 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * *
51396 AAAAAACAAAACGTCTTAACAATTTTAAATCGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTCTTTGAACT
338 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
** * * * *
51461 TGTTCGGTAAACACATTTATCTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGGAATGTTAATAAATT
403 TGTTCAATAAACAAATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATGTTAATAAATT
* * * * * *
51526 AGTATTATTTTATTCCGAATAAGCGTGTATGAATTGAAACAATTATTATAAGACT-AAACAAAAG
467 AGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-TAAAAC-AAAG
* *
51590 GTTAGAACT
530 GTCATAACT
* * * **
51599 ATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCCTAACTATTTGAACTGGTTTGACAAATACT-TTTAT
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATA-TATTTAT
* * * * * *
51663 TTTTTAAATC-CTTC--ACTAAGTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTGTCCAAATAA
65 TTTTTAAATCTTTTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTAATATTTTT-T-CAAATAA
* * * * ** * * *
51725 GCTTGTATGATCAGAAATGATCGCTTTATGAGGAAAC-AAA-GATCATAATGA-TGAGATTGGTA
128 GCTTGTATGAACAGAAATAATTGATTTATGACAAAACAAAATG-TCATAATGATTGAAATAGATA
* * * * * * * * * * * * *
51787 TTTGTTCCAATAGTCCTAACTATTTAAACTAGTTTAGAAAACAACTTTAG-CTTTAAATCTCTTG
192 ATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * *
51851 TTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTGTTATTTTATTTCTAATAAGTTTTTATGAAATG
257 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAATG
* * * * * *
51916 AAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATGACTTT-AAATAGATAATTGTCCAAATAG
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* * ** * * * * *
51980 TCA-AATCTATTTGAACATATTTGATAAATAGATTTATATTTTTTAAATCTTTTGCTCATTAATT
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** * ** * *
52044 TTTTTAATGTTAATAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAAGA-TTGTATGAATTGAAATAATTG
448 TTTAGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAA-ACTTGTATGAATAGAAACAATTG
*
52108 TTTTATGACT-AAACAAAAGGTCATAACA
512 TTTTATGA-TAAAAC-AAAGGTCATAACT
* * * * * * * *
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1 ATTTGAAATAAATAATTATTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATATATTTAT
* * * *
52200 TTTTCAAAGC---TCTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGT-ATAATTTTAATCCAAATA
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* * * * * *
52261 AGCTTGTATGAAAAGAAATAATTGTTTTATAACAAAATAAATAT-T-ATAACGATTTTAAATAGA
127 AGCTTGTATGAACAGAAATAATTGATTTATGACAAAACAAA-ATGTCATAATGA-TTGAAATAGA
* *
52324 TAATTATTCAAATAATAATAACTATTT-AAGC-TGCTTTGGTAAACAAATTTAGTTTTTAAA--T
190 TAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAA-CTTG-TTTGGTAAATAAATTTAGTTTTTAAATCT
** * * ** *
52385 C-T-CTTATTAATTTTAAAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCAT-A
253 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA
* * * *
52447 AATAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAT
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* * * * *
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* ** *
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* * * * * * *
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* * ** *
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* * * * *
52799 GCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAATGTCATAATTATTGAGATAGATAA
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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323 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * * * *
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388 ATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG
* * * * *
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** * *
53188 TGGCAAAACAAAAAGTCATAACG
517 TGATAAAAC-AAAGGTCATAACT
* * * * *
53211 ATTTGAAATAAATATTTATTTAAATAGTCACAACTATTTGAATTTA-TTTGGTAAATATAGTTA-
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTAGTTTGGTAAATATATTTAT
* * * * *
53274 TTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTGTAT-GAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATTGAAAT
65 TTTTTAAATCTTTT-CTTATTAATT-TTTGGAATATTAATAAATTAGTAATATTTT--TTCAAAT
* * * *** *
53338 AAGCTTGTATGAATAGAAAAAATT-ATTTATGACAAAACAAAATGTTATAGCAATTTGAAATAGG
126 AAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGATTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGA-TTGAAATAGA
* * *
53402 TAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCT
190 TAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAAATTTAGTTTTTAAATCTCT
* * * ** * *
53467 TACTTATAAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGAATTATGCTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAA
255 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAA
* * * **
53532 AGAAACAATTGTCTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
320 TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * ** * *
53597 GTTATAATTATTTGCA-TTGGTCAAGCCAATAAATTCATTTTTTAAAT-TCGTTACTTATTAATT
385 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATT
* * * * * *
53660 TTTAGAATATTAATAAACTAGCATTATTTTATTCCAAATAAAAC-TATATCAATAGAAACAATTG
448 TTTAGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAAT-AAACTTGTATGAATAGAAACAATTG
* *
53724 TTTTATGACAAAACAGATGGTCATAA-T
512 TTTTATGATAAAACA-AAGGTCATAACT
* *
53751 GATTTGAAATAAATAATTATTCAAATTGTTATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATATATTTAT
1 -ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATATATTTAT
*
53816 ATTTTAAATCT
65 TTTTTAAATCT
53827 CTTAATGTTA
Statistics
Matches: 3831, Mismatches: 875, Indels: 572
0.73 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
530 2 0.00
531 67 0.02
532 62 0.02
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537 355 0.09
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (538 bp):
ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATATATTTATT
TTTTAAATCTTTTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTAATATTTTTTCAAATAAGCT
TGTATGAACAGAAATAATTGATTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTGAAATAGATAATTA
TTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTA
TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAATGAAAC
AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
ACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAAT
GTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAT
AAAACAAAGGTCATAACT
Done.