Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167923.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_187, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Found at i:4556 original size:45 final size:44
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Indices: 4500--4888 Score: 361
Period size: 45 Copynumber: 8.7 Consensus size: 44
4490 GCACCAAAGC
*
4500 CCAGCATGTGCCGATGGTGTTCGACGCAACCGCCTGCACCAGGGG
1 CCAGCATGTGCCGATGGTGTTCGAGGCAACCGCCTGCACCA-GGG
* * * * * *
4545 CCATCTTGTGCCGATGGTGGTCAAGGCAATCGCCTGCACCAAGG
1 CCAGCATGTGCCGATGGTGTTCGAGGCAACCGCCTGCACCAGGG
* * *
4589 CCAAGCACGTGCTGATGGTGTTCGAGGCAACCGCCTGCACCAAGG
1 CC-AGCATGTGCCGATGGTGTTCGAGGCAACCGCCTGCACCAGGG
* * * * * *
4634 CTCGGCATGCGTCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCT-TACCATGGC
1 C-CAGCATGTGCCGATGGTGTTCGAGGCAACCG-CCTGCACCA-GGG
* * **
4680 CCAGCATGTGCCGATGGTGTTCGATGCAACCACCCACACCAGGGG
1 CCAGCATGTGCCGATGGTGTTCGAGGCAACCGCCTGCACCA-GGG
* * * *
4725 CCATCTTGTGCCGATGGTGATT-GAGGCAAACGCCCGCACCAAGGG
1 CCAGCATGTGCCGATGGTG-TTCGAGGCAACCGCCTGCACC-AGGG
* * *
4770 CC-GACTTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAAGGG
1 CCAG-CATGTGCCGATGGTGTTCGAGGCAACCGCCTGCACC-AGGG
* * *
4815 CCAGCATGTGCCGATGGTGATCGAAGCAACCGCCTGCACCATGGC
1 CCAGCATGTGCCGATGGTGTTCGAGGCAACCGCCTGCACCA-GGG
* * *
4860 CCAGCTTGTGCCGATGGCGGTCGAGGCAA
1 CCAGCATGTGCCGATGGTGTTCGAGGCAA
4889 GTGCCCATAC
Statistics
Matches: 282, Mismatches: 51, Indels: 22
0.79 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
44 8 0.03
45 264 0.94
46 10 0.04
ACGTcount: A:0.20, C:0.32, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (44 bp):
CCAGCATGTGCCGATGGTGTTCGAGGCAACCGCCTGCACCAGGG
Found at i:4901 original size:135 final size:134
Alignment explanation
Indices: 4503--4928 Score: 424
Period size: 135 Copynumber: 3.2 Consensus size: 134
4493 CCAAAGCCCA
* * * * * * *
4503 GCATGTGCCGATGGTGTTCGACGCAACCGCCTGCACCAGGGGCCATCTTGTGCCGATGGTGGTC-
1 GCATGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAAGGGCCAGCATGTGCCGATGGTGATCG
* * ** * * * *
4567 AAGGCAATCGCCTGCACCAAGGCCAAGCACGTGCTGATGGTGTTCGAGGCAACCGCCTGCACCAA
66 AA-GCAACCGCCTGCACCAAGGCCCAGCTTGTGCCGATGGTGATCGAGGCAAACGCCCGCACCAA
4632 -GGCTC
130 GGGC-C
* * ** * * *
4637 GGCATGCGTCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCTTACCATGGCCCAGCATGTGCCGATGGTGTTC
1 -GCATGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAAGGGCCAGCATGTGCCGATGGTGATC
* * ** * * * *
4702 GATGCAACCACCCACACCAGGGGCCATCTTGTGCCGATGGTGATTGAGGCAAACGCCCGCACCAA
65 GAAGCAACCGCCTGCACCAAGGCCCAGCTTGTGCCGATGGTGATCGAGGCAAACGCCCGCACCAA
4767 GGGCC
130 GGGCC
*
4772 GACTTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAAGGGCCAGCATGTGCCGATGGTGATC
1 G-CATGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAAGGGCCAGCATGTGCCGATGGTGATC
* * * ** **
4837 GAAGCAACCGCCTGCACCATGGCCCAGCTTGTGCCGATGGCGGTCGAGGCAAGTGCCCATACCAA
65 GAAGCAACCGCCTGCACCAAGGCCCAGCTTGTGCCGATGGTGATCGAGGCAAACGCCCGCACC-A
*
4902 AGGGCA
129 AGGGCC
* *
4908 GCCTGTGCCGATGATGGTCGA
1 GCATGTGCCGATGGTGGTCGA
4929 TGCATGTGCC
Statistics
Matches: 234, Mismatches: 53, Indels: 8
0.79 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
134 1 0.00
135 222 0.95
136 11 0.05
ACGTcount: A:0.20, C:0.31, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (134 bp):
GCATGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAAGGGCCAGCATGTGCCGATGGTGATCG
AAGCAACCGCCTGCACCAAGGCCCAGCTTGTGCCGATGGTGATCGAGGCAAACGCCCGCACCAAG
GGCC
Found at i:11038 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 10922--11081 Score: 119
Period size: 45 Copynumber: 3.6 Consensus size: 45
10912 CGGGCGGTTG
* * * * * * **
10922 CCTCGAGCACCATCGGCACAT-CTCGCCCTTTGTGTGGGCTCTTA
1 CCTCGAACACCATTGGCACATGCTGGCCCCTAGTGCGGGCAATTA
* * * *
10966 CCTC-AACCACCATTGGAAAAAGATGGCCCCT-GATGCGGGCAATTA
1 CCTCGAA-CACCATTGGCACATGCTGGCCCCTAG-TGCGGGCAATTA
** ** *
11011 TGTCGAACACCATTGGCACATGCTGGCCCCTAGTGCGGGCTGTTG
1 CCTCGAACACCATTGGCACATGCTGGCCCCTAGTGCGGGCAATTA
*
11056 CCTTGAACACCATTGGCACATGCTGG
1 CCTCGAACACCATTGGCACATGCTGG
11082 GCCTCAGTGT
Statistics
Matches: 88, Mismatches: 23, Indels: 9
0.73 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
43 1 0.01
44 15 0.17
45 69 0.78
46 3 0.03
ACGTcount: A:0.21, C:0.31, G:0.25, T:0.23
Consensus pattern (45 bp):
CCTCGAACACCATTGGCACATGCTGGCCCCTAGTGCGGGCAATTA
Found at i:11101 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 11015--11343 Score: 167
Period size: 45 Copynumber: 7.3 Consensus size: 45
11005 CAATTATGTC
*
11015 GAACACCATTGGCACATGCTGGCCCCTAGTGCGGGCTGTTGCCTT
1 GAACACCATTGGCACATGCTGGCCCCTAGTGCGGGCGGTTGCCTT
* **
11060 GAACACCATTGGCACATGCTGG-GCCTCAGTGTTGGCGGTTGCCTT
1 GAACACCATTGGCACATGCTGGCCCCT-AGTGCGGGCGGTTGCCTT
* * * * * * * * * ** *
11105 GACCACCATCGGTAGAAGATGGCCCTTGGTGTGGGCTCTT-TCTT
1 GAACACCATTGGCACATGCTGGCCCCTAGTGCGGGCGGTTGCCTT
* * * * * * * * * * *
11149 CAACCACCATTGGTAGAAGATGGCCCCTGGTACGAGCAGTTGCGTC
1 GAA-CACCATTGGCACATGCTGGCCCCTAGTGCGGGCGGTTGCCTT
* * * * * *
11195 GAACACCATCGGCACATCCTAGCCCCTAGTACGAGCGGTTGCCTC
1 GAACACCATTGGCACATGCTGGCCCCTAGTGCGGGCGGTTGCCTT
* * * * * *
11240 GAACACCATCGGCACGTGCTGGGCCTTAGTGCGGGCGATTGCCTC
1 GAACACCATTGGCACATGCTGGCCCCTAGTGCGGGCGGTTGCCTT
* * ** * * * * * * *
11285 GAGCACCATCGATACAAGCTAGCCCTTGGTGTGGGCGGTTACCTC
1 GAACACCATTGGCACATGCTGGCCCCTAGTGCGGGCGGTTGCCTT
*
11330 GAACACCATCGGCA
1 GAACACCATTGGCA
11344 TGTGCTAGGC
Statistics
Matches: 218, Mismatches: 62, Indels: 8
0.76 0.22 0.03
Matches are distributed among these distances:
44 7 0.03
45 206 0.94
46 5 0.02
ACGTcount: A:0.19, C:0.30, G:0.29, T:0.22
Consensus pattern (45 bp):
GAACACCATTGGCACATGCTGGCCCCTAGTGCGGGCGGTTGCCTT
Found at i:11160 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 10872--11338 Score: 488
Period size: 180 Copynumber: 2.6 Consensus size: 180
10862 TGGTGCGGGT
* * ** * ** * * *
10872 GGTTACCTCAAACACCATCGGCATGTGCTAGGCCTTGGTACGGGCGGTTGCCTCGAGCACCATCG
1 GGTTGCCTCGAACACCATCGGCACATGCTGGGCCTCAGTGCGGGCGATTGCCTCGACCACCATCG
** ** * * *
10937 GCAC-ATCTCGCCCTTTGTGTGGGCTCTTACCTCAACCACCATTGGAAAAAGATGGCCCCTGATG
66 ATACAAGATAGCCCTTGGTGTGGGCTCTTACCTCAACCACCATTGGAAAAAGATGGCCCCTGATA
* * * * * * *
11001 CGGGCAATTATGTCGAACACCATTGGCACATGCTGGCCCCTAGTGCGGGC
131 CGAGCAATTACGTCGAACACCATCGGCACATCCTAGCCCCTAGTACGAGC
* * * ** * *
11051 TGTTGCCTTGAACACCATTGGCACATGCTGGGCCTCAGTGTTGGCGGTTGCCTTGACCACCATCG
1 GGTTGCCTCGAACACCATCGGCACATGCTGGGCCTCAGTGCGGGCGATTGCCTCGACCACCATCG
* * * * * * * *
11116 GTAGAAGATGGCCCTTGGTGTGGGCTCTTTCTTCAACCACCATTGGTAGAAGATGGCCCCTGGTA
66 ATACAAGATAGCCCTTGGTGTGGGCTCTTACCTCAACCACCATTGGAAAAAGATGGCCCCTGATA
* *
11181 CGAGCAGTTGCGTCGAACACCATCGGCACATCCTAGCCCCTAGTACGAGC
131 CGAGCAATTACGTCGAACACCATCGGCACATCCTAGCCCCTAGTACGAGC
* * *
11231 GGTTGCCTCGAACACCATCGGCACGTGCTGGGCCTTAGTGCGGGCGATTGCCTCGAGCACCATCG
1 GGTTGCCTCGAACACCATCGGCACATGCTGGGCCTCAGTGCGGGCGATTGCCTCGACCACCATCG
* **
11296 ATACAAGCTAGCCCTTGGTGTGGGCGGTTACCTCGAA-CACCAT
66 ATACAAGATAGCCCTTGGTGTGGGCTCTTACCTC-AACCACCAT
11339 CGGCATGTGC
Statistics
Matches: 232, Mismatches: 54, Indels: 3
0.80 0.19 0.01
Matches are distributed among these distances:
179 52 0.22
180 178 0.77
181 2 0.01
ACGTcount: A:0.19, C:0.30, G:0.28, T:0.23
Consensus pattern (180 bp):
GGTTGCCTCGAACACCATCGGCACATGCTGGGCCTCAGTGCGGGCGATTGCCTCGACCACCATCG
ATACAAGATAGCCCTTGGTGTGGGCTCTTACCTCAACCACCATTGGAAAAAGATGGCCCCTGATA
CGAGCAATTACGTCGAACACCATCGGCACATCCTAGCCCCTAGTACGAGC
Found at i:11332 original size:90 final size:90
Alignment explanation
Indices: 11229--11536 Score: 332
Period size: 90 Copynumber: 3.4 Consensus size: 90
11219 CCTAGTACGA
* *
11229 GCGGTTGCCTCGAACACCATCGGCACGTGCTGGGCCTTAGTGCGGGCGATTGCCTCGAGCACCAT
1 GCGGTTACCTCGAACACCATCGGCACGTGCTGGGCCTTAGTGCGGGCGATTGCCTCGACCACCAT
* * *
11294 CGATACAAGCTAGCCCTTGGTGTGG
66 CGATAGAAGATGGCCCTTGGTGTGG
* * * * * * *
11319 GCGGTTACCTCGAACACCATCGGCATGTGCTAGGCCTTGGTACGAGCGGTTACCTCGACCACCAT
1 GCGGTTACCTCGAACACCATCGGCACGTGCTGGGCCTTAGTGCGGGCGATTGCCTCGACCACCAT
* * *
11384 CAATAGAAGATGGTCCTTGGTATGG
66 CGATAGAAGATGGCCCTTGGTGTGG
* * * * * * **
11409 GTGGTTGCCTCGACCACCATCGGCATAAGT-C-GGCCCTTAGTGCAGGCTCTTGCCTCGACCACC
1 GCGGTTACCTCGAACACCATCGGC--ACGTGCTGGGCCTTAGTGCGGGCGATTGCCTCGACCACC
* *
11472 ATCGATAGAAGATGGCCCCTGGTGCGG
64 ATCGATAGAAGATGGCCCTTGGTGTGG
* * *
11499 GCGGTCACATCGAACACCATCGGCACATGCTGGGCCTT
1 GCGGTTACCTCGAACACCATCGGCACGTGCTGGGCCTT
11537 GGTGTAGGCA
Statistics
Matches: 173, Mismatches: 41, Indels: 8
0.78 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
88 2 0.01
89 1 0.01
90 166 0.96
91 1 0.01
92 3 0.02
ACGTcount: A:0.19, C:0.30, G:0.29, T:0.21
Consensus pattern (90 bp):
GCGGTTACCTCGAACACCATCGGCACGTGCTGGGCCTTAGTGCGGGCGATTGCCTCGACCACCAT
CGATAGAAGATGGCCCTTGGTGTGG
Found at i:11351 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 11178--11384 Score: 180
Period size: 45 Copynumber: 4.6 Consensus size: 45
11168 ATGGCCCCTG
* * * * *
11178 GTACGAGCAGTTGCGTCGAACACCATCGGCACATCCTAGCCCCTA
1 GTACGAGCGGTTACCTCGAACACCATCGGCACATGCTAGCCCTTA
* * * *
11223 GTACGAGCGGTTGCCTCGAACACCATCGGCACGTGCTGGGCCTTA
1 GTACGAGCGGTTACCTCGAACACCATCGGCACATGCTAGCCCTTA
* * * * * ** * *
11268 GTGCGGGCGATTGCCTCGAGCACCATCGATACAAGCTAGCCCTTG
1 GTACGAGCGGTTACCTCGAACACCATCGGCACATGCTAGCCCTTA
** * ** * *
11313 GTGTGGGCGGTTACCTCGAACACCATCGGCATGTGCTAGGCCTTG
1 GTACGAGCGGTTACCTCGAACACCATCGGCACATGCTAGCCCTTA
*
11358 GTACGAGCGGTTACCTCGACCACCATC
1 GTACGAGCGGTTACCTCGAACACCATC
11385 AATAGAAGAT
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 32, Indels: 0
0.80 0.20 0.00
Matches are distributed among these distances:
45 130 1.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.32, G:0.28, T:0.20
Consensus pattern (45 bp):
GTACGAGCGGTTACCTCGAACACCATCGGCACATGCTAGCCCTTA
Found at i:11489 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 11371--11489 Score: 118
Period size: 45 Copynumber: 2.6 Consensus size: 45
11361 CGAGCGGTTA
* * * * *
11371 CCTCGACCACCATCAATAGAAGATGGTCCTTGGTATGGGTGGTTG
1 CCTCGACCACCATCGATAGAAGATGGCCCTTGGCATGGCTGCTTG
** *
11416 CCTCGACCACCATCGGCATAAG-TCGGCCCTTAGTGCA-GGCT-CTTG
1 CCTCGACCACCATCGATAGAAGAT-GGCCCTT-G-GCATGGCTGCTTG
11461 CCTCGACCACCATCGATAGAAGATGGCCC
1 CCTCGACCACCATCGATAGAAGATGGCCC
11490 CTGGTGCGGG
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 11, Indels: 8
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
44 1 0.02
45 51 0.86
46 5 0.08
47 2 0.03
ACGTcount: A:0.22, C:0.31, G:0.25, T:0.22
Consensus pattern (45 bp):
CCTCGACCACCATCGATAGAAGATGGCCCTTGGCATGGCTGCTTG
Found at i:11660 original size:113 final size:113
Alignment explanation
Indices: 11458--11662 Score: 259
Period size: 113 Copynumber: 1.8 Consensus size: 113
11448 GTGCAGGCTC
* * * * *
11458 TTGCCTCGACCACCATCGATAGAAGATGGCCCCTGGTGCGGGCGGTCACATCGAACACCATCGGC
1 TTGCCTCGACCACCATCGACACAAGATGGCCCCTGGTGCAGGCAGTCACATCGAACACCATCGAC
* * *
11523 ACATGCTGGGCCTTGGTGTAGGCACATGCCTCGAGCTGGTGTGGGCGG
66 ACACGCTGGCCCTTGGTGCAGGCACATGCCTCGAGCTGGTGTGGGCGG
* * * * *
11571 TTGCCTCGACCACCATCGACACACGCTGGCCCTTGGTGCAGGCAGTCGCATC-AACCATCATCGA
1 TTGCCTCGACCACCATCGACACAAGATGGCCCCTGGTGCAGGCAGTCACATCGAA-CACCATCGA
* *
11635 CACGCGCTGGCCCTTGGTGCGGGCACAT
65 CACACGCTGGCCCTTGGTGCAGGCACAT
11663 ACCCTAACCA
Statistics
Matches: 76, Mismatches: 15, Indels: 2
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
112 2 0.03
113 74 0.97
ACGTcount: A:0.18, C:0.33, G:0.30, T:0.19
Consensus pattern (113 bp):
TTGCCTCGACCACCATCGACACAAGATGGCCCCTGGTGCAGGCAGTCACATCGAACACCATCGAC
ACACGCTGGCCCTTGGTGCAGGCACATGCCTCGAGCTGGTGTGGGCGG
Found at i:18863 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 18799--18906 Score: 144
Period size: 45 Copynumber: 2.4 Consensus size: 45
18789 CAAGATGGCC
* * * * *
18799 CGGTTACATTGAACACCATCGACACATGCTGGGTCATGGTGCGGG
1 CGGTTACCTTGAACACCATCAACACATGCTGAGTCATGCTACGGG
* * *
18844 CGGTTGCCTTGACCACCATCAACACATGCTGAGTCTTGCTACGGG
1 CGGTTACCTTGAACACCATCAACACATGCTGAGTCATGCTACGGG
18889 CGGTTACCTTGAACACCA
1 CGGTTACCTTGAACACCA
18907 GTGGCATGTG
Statistics
Matches: 53, Mismatches: 10, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
45 53 1.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.29, G:0.26, T:0.23
Consensus pattern (45 bp):
CGGTTACCTTGAACACCATCAACACATGCTGAGTCATGCTACGGG
Found at i:19165 original size:45 final size:43
Alignment explanation
Indices: 19116--19271 Score: 161
Period size: 45 Copynumber: 3.5 Consensus size: 43
19106 GTGTAGGTGA
* **
19116 TTGCCTCGAACACCATCGGCACGTGTCGGGCATTGGTGCGGGCAG
1 TTGCCTCGAACACCATCGGCAC-TGTCGGCCCCTGGTGCGGGC-G
* * *
19161 TTGCCTCGAGCACCATCGGCACTAGTCGACCCCTGGTGCGTGCGG
1 TTGCCTCGAACACCATCGGCACT-GTCGGCCCCTGGTGCGGGC-G
* *
19206 TTGCCTCGACCACCATCGGCACAAGAT-GGCCCCTGGTGCGGGCG
1 TTGCCTCGAACACCATCGGCAC-TG-TCGGCCCCTGGTGCGGGCG
* *
19250 GTGCGTCGAACACCATCGGCAC
1 TTGCCTCGAACACCATCGGCAC
19272 ATGCTAGGCC
Statistics
Matches: 94, Mismatches: 14, Indels: 7
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
44 21 0.22
45 72 0.77
46 1 0.01
ACGTcount: A:0.16, C:0.34, G:0.32, T:0.18
Consensus pattern (43 bp):
TTGCCTCGAACACCATCGGCACTGTCGGCCCCTGGTGCGGGCG
Found at i:21739 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 21725--21753 Score: 58
Period size: 9 Copynumber: 3.2 Consensus size: 9
21715 TCACCCTTGG
21725 AGGTGCTAA
1 AGGTGCTAA
21734 AGGTGCTAA
1 AGGTGCTAA
21743 AGGTGCTAA
1 AGGTGCTAA
21752 AG
1 AG
21754 ACCTTTAGTA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
9 20 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.10, G:0.34, T:0.21
Consensus pattern (9 bp):
AGGTGCTAA
Found at i:29871 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 29842--29894 Score: 88
Period size: 26 Copynumber: 2.0 Consensus size: 26
29832 CCTGTCCGAT
* *
29842 CTTAGACTGTGAATGACCTCCGTATG
1 CTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATG
29868 CTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATG
1 CTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATG
29894 C
1 C
29895 CTAAGTCAAC
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 25 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.23, G:0.25, T:0.28
Consensus pattern (26 bp):
CTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATG
Found at i:42863 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 42825--42877 Score: 97
Period size: 26 Copynumber: 2.0 Consensus size: 26
42815 TCGGTCCGAT
*
42825 CTTAGACTGGGAATGAACTCTGTATG
1 CTTAGACTAGGAATGAACTCTGTATG
42851 CTTAGACTAGGAATGAACTCTGTATG
1 CTTAGACTAGGAATGAACTCTGTATG
42877 C
1 C
42878 CTAAGTCAAC
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 26 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.17, G:0.25, T:0.30
Consensus pattern (26 bp):
CTTAGACTAGGAATGAACTCTGTATG
Found at i:43338 original size:173 final size:170
Alignment explanation
Indices: 42845--43415 Score: 513
Period size: 171 Copynumber: 3.3 Consensus size: 170
42835 GAATGAACTC
* *
42845 TGTATGCTTAGACTAGGAATGAACTCTGTATGCCTAAGTCAACCCACGAAATGAGTGTGCGGGCG
1 TGTATGCTTAGACTGGGAATGAACTCTGTATGCCTAAGTCAACCCACGAAATGAGCGTGCGGGCG
* * * * * * * *
42910 TTGAGCCGGCCAGAGAGGCATAATGCGCAAGCCGGGGATCAGCCCGGTCCCCCTTTGCGTGCTGT
66 CTCAGCCAGCCAGAGAGGCAGAATGCGTAAGCCGAGGATCAGTCCGG-CCCCCCTTGCGTGCTGT
**** * * * *
42975 CGATCCTGCTACCAATCCTGTTGCCATAACCTTCAATCCGAC
130 CGATCCTGCT-GTGGTCCTGCTGCCACAACCCTCAATCCGAT
** * * * * * *
43017 TG-GGGCTTAGAC-GTGGAATGAACTCCGTATGCCTAGGCCAACCCACAAAATGAGCGTGTGGGT
1 TGTATGCTTAGACTG-GGAATGAACTCTGTATGCCTAAGTCAACCCACGAAATGAGCGTGCGGGC
* * * * *
43080 GCTTAGTCAG-CTGAAGAGGTAGAATGCGTAAGCCGAGGAT-TGATCCGGTCCCCCCTTGCGTGC
65 GCTCAGCCAGCCAG-AGAGGCAGAATGCGTAAGCCGAGGATCAG-TCCGG-CCCCCCTTGCGTGC
* *
43143 TGTCTATCCTGCTGCTGGTCCTGCTACCACAACCCTCAATCCGATT
127 TGTCGATCCTGCTG-TGGTCCTGCTGCCACAACCCTCAATCCGA-T
* * ** *
43189 TGTATGCTTAGACTGGGAATGAACTCTGTATGCCTAAGTCAACCCATGAAATGAGCGTACATGCA
1 TGTATGCTTAGACTGGGAATGAACTCTGTATGCCTAAGTCAACCCACGAAATGAGCGTGCGGGCG
* * * *
43254 CTCAGCCAGCCAGAGAGGCAGAATACGTAAGCCGAGGATCAGTTCGGCCCCCCTCTACGTGCTGC
66 CTCAGCCAGCCAGAGAGGCAGAATGCGTAAGCCGAGGATCAGTCCGGCCCCCCT-TGCGTGCTGT
* * * * * **
43319 CGATCCCGTTGTGGGTCCTGCTGTCGCAACCCTCGATTTGAT
130 CGATCCTGCTGT-GGTCCTGCTGCCACAACCCTCAATCCGAT
** * * * * *
43361 CCTAT-CTTAGACTGGGAATAAACTTTATATGCCTAAGTCAACCTATGAAATGAGC
1 TGTATGCTTAGACTGGGAATGAACTCTGTATGCCTAAGTCAACCCACGAAATGAGC
43416 AGGTAGGCAC
Statistics
Matches: 319, Mismatches: 69, Indels: 23
0.78 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 3 0.01
171 176 0.55
172 16 0.05
173 120 0.38
174 4 0.01
ACGTcount: A:0.24, C:0.27, G:0.25, T:0.24
Consensus pattern (170 bp):
TGTATGCTTAGACTGGGAATGAACTCTGTATGCCTAAGTCAACCCACGAAATGAGCGTGCGGGCG
CTCAGCCAGCCAGAGAGGCAGAATGCGTAAGCCGAGGATCAGTCCGGCCCCCCTTGCGTGCTGTC
GATCCTGCTGTGGTCCTGCTGCCACAACCCTCAATCCGAT
Found at i:44117 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 44099--44123 Score: 50
Period size: 13 Copynumber: 1.9 Consensus size: 13
44089 CAATGGCACA
44099 TGATGGCACATGG
1 TGATGGCACATGG
44112 TGATGGCACATG
1 TGATGGCACATG
44124 TATCGTCCAC
Statistics
Matches: 12, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 12 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.16, G:0.36, T:0.24
Consensus pattern (13 bp):
TGATGGCACATGG
Found at i:44344 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 44130--44927 Score: 470
Period size: 45 Copynumber: 17.7 Consensus size: 45
44120 CATGTATCGT
* * **
44130 CCACCATCGACACAGGCT-GCCCTTTGGTACGGGCACTTGCCTCGA
1 CCACCATCGACACAAGCTGGCCC-TTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGA
* * * ** *
44175 CTACCATTGGCACAAGCTGGGCCC-TGGTAAGAGCGGTTAGCC-CGA
1 CCACCATCGACACAAGCT-GGCCCTTGGTGCGGGCGGTT-GCCTCGA
* * * * * * * *
44220 TCACCATC-AGTACATG-TCGACCCTTGATGCGTGCAGTTGCCTCAA
1 CCACCATCGA-CACAAGCT-GGCCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGA
* * *
44265 CCACCATCGACACAAGATGGCCCTTGGCGAGGGCGGTTGCCTCGA
1 CCACCATCGACACAAGCTGGCCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGA
* * * *
44310 CCACCATCGACACAAGATGGCCCTTAGTGTGGGCGGTTGCATCGA
1 CCACCATCGACACAAGCTGGCCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGA
* * * * * ** *
44355 ACACCATCGGCACATGCTGG-GCTGTGGTGCAGGTTGTTGCCTCAA
1 CCACCATCGACACAAGCTGGCCCT-TGGTGCGGGCGGTTGCCTCGA
* * *
44400 CCACCATC-AGCACATGCCGAG-CCTTGGTGCGGGTGGTTGCCTCGA
1 CCACCATCGA-CACAAGCTG-GCCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGA
* * *** * **
44445 ACACCATCGGCATGTGCCTGG-CCTTGGTGCAGGCCATTGCCTCGA
1 CCACCATCGACACAAG-CTGGCCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGA
* * * * * * *
44490 GCACCATAGGCACCAG-TCGACCCTTGTTACGGGCGGTTGCCTCGA
1 CCACCATCGACACAAGCT-GGCCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGA
* * * *
44535 CCACCATCGACACAAGATGGCCCCTGGTGCAGGCGGTTGCATCGA
1 CCACCATCGACACAAGCTGGCCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGA
* * * * *
44580 ACACCATCGACACATGCTAGG-CCTTGGTACGAGCGGTTGCCTCTA
1 CCACCATCGACACAAGCT-GGCCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGA
** * * * *** *
44625 CCACCATCGGTAGAAGTTGGCCCCTGGTGCGGATAGTTACCTCGA
1 CCACCATCGACACAAGCTGGCCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGA
* * * *** * *
44670 ACAGCATCCG-TATGTGCCAGG-CCTTGGTGCAGGCGGTTGCCTCGA
1 CCACCAT-CGACACAAG-CTGGCCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGA
* * * * * *
44715 GCACTATCGACACTAGCTGGCCCTTGATGCGGGTGGTTGCCTTGA
1 CCACCATCGACACAAGCTGGCCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGA
* * * * * * *
44760 CCACCATCGGCACAAGATGGCCCCTGGTACGGGCGGTTACATCAA
1 CCACCATCGACACAAGCTGGCCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGA
* * * *
44805 ACACCATCGACACATGCTGGGCCTTGGTGCGGGCGATTGCCTCGA
1 CCACCATCGACACAAGCTGGCCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGA
** * * * *
44850 CCACCATCGGTAGAAGATGGCCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGG
1 CCACCATCGACACAAGCTGGCCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGA
* *
44895 GCACCATCGGCACAAGCTGGCCCTTGGTGCGGG
1 CCACCATCGACACAAGCTGGCCCTTGGTGCGGG
44928 TGTCCCAGGC
Statistics
Matches: 559, Mismatches: 172, Indels: 44
0.72 0.22 0.06
Matches are distributed among these distances:
43 1 0.00
44 18 0.03
45 519 0.93
46 17 0.03
47 4 0.01
ACGTcount: A:0.19, C:0.31, G:0.30, T:0.20
Consensus pattern (45 bp):
CCACCATCGACACAAGCTGGCCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGA
Found at i:44924 original size:225 final size:223
Alignment explanation
Indices: 44255--44906 Score: 759
Period size: 225 Copynumber: 2.9 Consensus size: 223
44245 GATGCGTGCA
* * ** *
44255 GTTGCCTCAACCACCATCGACACAAGATGGCCCTTGGCGAGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGA
1 GTTGCCTCGAGCACCATCGACACAAG-TGGCCCTTGATGCGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGA
* * * *
44320 CACAAGATGGCCCTTAGTGTGGGCGGTTGCATCGAACACCATCGGCACATGCTGGG-CTGTGGTG
65 CACAAGATGGCCCCTGGTGCGGGCGGTTGCATCGAACACCATCGACACATGCTGGGCCT-TGGTG
** * * * * ** *
44384 CAGGTTGTTGCCTCAACCACCATCAGCACATGCCGAG-CCTTGGTGCGGGTGGTTGCCTCGAACA
129 C-GGGCGTTGCCTCAACCACCATCGGTAGAAGATG-GCCCCTGGTGCGGGTGGTTGCCTCGAACA
44448 CCATCGGCATGTGCCTGGCCTTGGTGCAGGCC
192 CCATCGGCATGTGCCTGGCCTTGGTGCAGGCC
* * * * * * *
44480 ATTGCCTCGAGCACCATAGGCACCAGTCGACCCTTGTTACGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGA
1 GTTGCCTCGAGCACCATCGACACAAGT-GGCCCTTGATGCGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGA
* * *
44545 CACAAGATGGCCCCTGGTGCAGGCGGTTGCATCGAACACCATCGACACATGCTAGGCCTTGGTAC
65 CACAAGATGGCCCCTGGTGCGGGCGGTTGCATCGAACACCATCGACACATGCTGGGCCTTGGTGC
* * * * * * *
44610 GAGCGGTTGCCTCTACCACCATCGGTAGAAGTTGGCCCCTGGTGCGGATAGTTACCTCGAACAGC
130 GGGC-GTTGCCTCAACCACCATCGGTAGAAGATGGCCCCTGGTGCGGGTGGTTGCCTCGAACACC
* * * *
44675 ATCCGTATGTGCCAGGCCTTGGTGCAGGCG
194 ATCGGCATGTGCCTGGCCTTGGTGCAGGCC
* * * * *
44705 GTTGCCTCGAGCACTATCGACACTAGCTGGCCCTTGATGCGGGTGGTTGCCTTGACCACCATCGG
1 GTTGCCTCGAGCACCATCGACACAAG-TGGCCCTTGATGCGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGA
* * *
44770 CACAAGATGGCCCCTGGTACGGGCGGTTACATCAAACACCATCGACACATGCTGGGCCTTGGTGC
65 CACAAGATGGCCCCTGGTGCGGGCGGTTGCATCGAACACCATCGACACATGCTGGGCCTTGGTGC
* * **
44835 GGGCGATTGCCTCGACCACCATCGGTAGAAGATGGCCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGGGCACC
130 GGGCG-TTGCCTCAACCACCATCGGTAGAAGATGGCCCCTGGTGCGGGTGGTTGCCTCGAACACC
44900 ATCGGCA
194 ATCGGCA
44907 CAAGCTGGCC
Statistics
Matches: 355, Mismatches: 66, Indels: 12
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
224 4 0.01
225 348 0.98
226 3 0.01
ACGTcount: A:0.19, C:0.31, G:0.30, T:0.20
Consensus pattern (223 bp):
GTTGCCTCGAGCACCATCGACACAAGTGGCCCTTGATGCGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGAC
ACAAGATGGCCCCTGGTGCGGGCGGTTGCATCGAACACCATCGACACATGCTGGGCCTTGGTGCG
GGCGTTGCCTCAACCACCATCGGTAGAAGATGGCCCCTGGTGCGGGTGGTTGCCTCGAACACCAT
CGGCATGTGCCTGGCCTTGGTGCAGGCC
Found at i:49908 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 49859--50663 Score: 434
Period size: 45 Copynumber: 17.9 Consensus size: 45
49849 TAATCTATAG
* * *
49859 AAGATGGCCCCTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGATAA
1 AAGATGGCCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGACAC
* * * * * *
49904 AAGATGGCCCCTGGTGCGGGTGGTTACGTCGAACACCATCGGCAC
1 AAGATGGCCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGACAC
* * * *
49949 ATGCTGGGCCTTGGTGCTGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGACAC
1 AAGATGGCCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGACAC
* * * * * *
49994 ATGCTGGGCCTTGGTACGGGCGGTTGCCTCGAACACCATCGGCAC
1 AAGATGGCCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGACAC
* * * * * *
50039 ATGCTAGG-CCTTGGTGCGGACGGTTACCTCGAGCACCATCGGCAC
1 AAGAT-GGCCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGACAC
* * ** ** * * *
50084 AAGTTGACCCTTGGTAAGGGCTCTTGCCTTGACCACCATCGGCAG
1 AAGATGGCCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGACAC
* * * * * * *
50129 AAGATGGCCCCTGGTGCAGGTGGTTTCGTCGAACACCATCGGCAC
1 AAGATGGCCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGACAC
* * * * ** * *
50174 ATGCTGGCCCCTCGTGCAAGCGGTTGCCTCGAACACCATCGACAT
1 AAGATGGCCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGACAC
**** * * * * * *
50219 GTCTTGGGCTTTGGTGCAGGCGGTTGCCTTGACCACCATCGATAG
1 AAGATGGCCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGACAC
* * *
50264 AAGATGGCCTTTGGTGAGGGCGG-GGTCCTCGACCACCATCTG-CAC
1 AAGATGGCCCTTGGTGCGGGCGGTTG-CCTCGACCACCATC-GACAC
** ** * * * *
50309 AAGCCGGCCCTTGGTGCGGGCTCTTACCTCGACCACCATTGATAG
1 AAGATGGCCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGACAC
* * * * * *
50354 AAGATGGCCCCTGGTGTGAGCGGTTACCTCGAACACCATCGGCAC
1 AAGATGGCCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGACAC
** * * * * *
50399 GTGCTGGGCCTTGGTGTGGGTGGTTGCCTCGACCACCATC-AGCAA
1 AAGATGGCCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGA-CAC
* * * * *
50444 AAGATGGCCCTTGGTGCGGGTGGTTACCTCGAACACCATTGGCAC
1 AAGATGGCCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGACAC
** * * * * *
50489 GTGCTAGG-CCTTGGTACGGGCAGTTGCCTCGACCACCTTCGACAT
1 AAGAT-GGCCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGACAC
** ** ** * * ** *
50534 AAGCCGGCCCTTGGTTTGGGCTCTTACCTTGACCACCATCGGTAG
1 AAGATGGCCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGACAC
* * * * * *
50579 AAGATGG-CCTCTGGTGTGGGTGGTTACGTTGACCACCATCGGCAC
1 AAGATGGCCCT-TGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGACAC
* ** * * * * *
50624 ATGCCGGACCTGGGTGTGAGCGGTTGCCTCGAACACCATC
1 AAGATGGCCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCACCATC
50664 AGCACATGTC
Statistics
Matches: 577, Mismatches: 171, Indels: 24
0.75 0.22 0.03
Matches are distributed among these distances:
44 8 0.01
45 561 0.97
46 8 0.01
ACGTcount: A:0.18, C:0.30, G:0.31, T:0.22
Consensus pattern (45 bp):
AAGATGGCCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGACAC
Found at i:50026 original size:90 final size:90
Alignment explanation
Indices: 49870--50671 Score: 588
Period size: 90 Copynumber: 8.9 Consensus size: 90
49860 AGATGGCCCC
* * * * * *
49870 TGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGATAAAAGATGGCCCCTGGTGCGGGTGGTTACGTCG
1 TGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGACACAAGATGGCCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCG
49935 AACACCATCGGCACATGCTGGGCCT
66 AACACCATCGGCACATGCTGGGCCT
* * * * *
49960 TGGTGCTGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGACACATGCTGGGCCTTGGTACGGGCGGTTGCCTCG
1 TGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGACACAAGATGGCCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCG
*
50025 AACACCATCGGCACATGCTAGGCCT
66 AACACCATCGGCACATGCTGGGCCT
* * * * * * ** ** *
50050 TGGTGCGGACGGTTACCTCGAGCACCATCGGCACAAGTTGACCCTTGGTAAGGGCTCTTGCCTTG
1 TGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGACACAAGATGGCCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCG
* * * * * *
50115 ACCACCATCGGCAGAAGATGGCCCC
66 AACACCATCGGCACATGCTGGGCCT
* * * * * * * * * * **
50140 TGGTGCAGGTGGTTTCGTCGAACACCATCGGCACATGCTGGCCCCTCGTGCAAGCGGTTGCCTCG
1 TGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGACACAAGATGGCCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCG
*
50205 AACACCATC-G-ACATGTCTTGGGCTT
66 AACACCATCGGCACATG-C-TGGGCCT
* * * * * * *
50230 TGGTGCAGGCGGTTGCCTTGACCACCATCGATAGAAGATGGCCTTTGGTGAGGGCGG-GGTCCTC
1 TGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGACACAAGATGGCCCTTGGTGCGGGCGGTTG-CCTC
* * * * *
50294 GACCACCATCTGCACAAGCCGGCCCT
65 GAACACCATCGGCACATGCTGGGCCT
** * * * * * * * *
50320 TGGTGCGGGCTCTTACCTCGACCACCATTGATAGAAGATGGCCCCTGGTGTGAGCGGTTACCTCG
1 TGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGACACAAGATGGCCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCG
*
50385 AACACCATCGGCACGTGCTGGGCCT
66 AACACCATCGGCACATGCTGGGCCT
* * * * *
50410 TGGTGTGGGTGGTTGCCTCGACCACCATC-AGCAAAAGATGGCCCTTGGTGCGGGTGGTTACCTC
1 TGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGA-CACAAGATGGCCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTC
* * *
50474 GAACACCATTGGCACGTGCTAGGCCT
65 GAACACCATCGGCACATGCTGGGCCT
* * * * ** ** ** * *
50500 TGGTACGGGCAGTTGCCTCGACCACCTTCGACATAAGCCGGCCCTTGGTTTGGGCTCTTACCTTG
1 TGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGACACAAGATGGCCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCG
* * * * *
50565 ACCACCATCGGTAGAAGAT-GGCCT
66 AACACCATCGGCACATGCTGGGCCT
* * * * * * * ** * * * *
50589 CTGGTGTGGGTGGTTACGTTGACCACCATCGGCACATGCCGGACCTGGGTGTGAGCGGTTGCCTC
1 -TGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGACACAAGATGGCCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTC
*
50654 GAACACCATCAGCACATG
65 GAACACCATCGGCACATG
50672 TCAAGCCTTG
Statistics
Matches: 547, Mismatches: 156, Indels: 18
0.76 0.22 0.02
Matches are distributed among these distances:
88 3 0.01
89 8 0.01
90 529 0.97
91 3 0.01
92 4 0.01
ACGTcount: A:0.18, C:0.30, G:0.31, T:0.22
Consensus pattern (90 bp):
TGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGACACAAGATGGCCCTTGGTGCGGGCGGTTGCCTCG
AACACCATCGGCACATGCTGGGCCT
Found at i:50079 original size:135 final size:135
Alignment explanation
Indices: 49870--50663 Score: 569
Period size: 135 Copynumber: 5.9 Consensus size: 135
49860 AGATGGCCCC
** * * * *
49870 TGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGATAAAAGATGGCCCCTGGTGCGGGTGGTTACGTCG
1 TGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGGCACAAGATGGCCCTTGGTGCGGGCGGTTACCTCG
*
49935 AACACCATCGGCACATGCTGGGCCTTGGTGCTGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGACACATGCTG
66 AACACCATCGGCACATGCTGGGCCTTGGTGCTGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGACACAAGCTG
50000 GGCCT
131 GGCCT
* * * * *
50005 TGGTACGGGCGGTTGCCTCGAACACCATCGGCACATGCTAGG-CCTTGGTGCGGACGGTTACCTC
1 TGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGGCACAAGAT-GGCCCTTGGTGCGGGCGGTTACCTC
* * * ** *** ** * * * *
50069 GAGCACCATCGGCACAAGTTGACCCTTGGTAAGGGCTCTTGCCTTGACCACCATCGGCAGAAGAT
65 GAACACCATCGGCACATGCTGGGCCTTGGTGCTGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGACACAAGCT
* *
50134 GGCCCC
130 GGGCCT
* * * * * * * * * ** *
50140 TGGTGCAGGTGGTTTCGTCGAACACCATCGGCACATGCTGGCCCCTCGTGCAAGCGGTTGCCTCG
1 TGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGGCACAAGATGGCCCTTGGTGCGGGCGGTTACCTCG
* * * * * *
50205 AACACCATC-G-ACATGTCTTGGGCTTTGGTGCAGGCGGTTGCCTTGACCACCATCGATAGAAGA
66 AACACCATCGGCACATG-C-TGGGCCTTGGTGCTGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGACACAAGC
50268 T-GGCCTT
129 TGGGCC-T
* * * ** **
50275 TGGTGAGGGCGG-GGTCCTCGACCACCATCTGCACAAGCCGGCCCTTGGTGCGGGCTCTTACCTC
1 TGGTGCGGGCGGTTG-CCTCGACCACCATCGGCACAAGATGGCCCTTGGTGCGGGCGGTTACCTC
* * ** * * * * * * * * **
50339 GACCACCATTGATAGAAGATGGCCCCTGGTG-TGAGCGGTTACCTCGAACACCATCGGCACGTGC
65 GAACACCATCGGCACATGCTGGGCCTTGGTGCTG-GCGGTTGCCTCGACCACCATCGACACAAGC
50403 TGGGCCT
129 TGGGCCT
* * * * *
50410 TGGTGTGGGTGGTTGCCTCGACCACCATCAGCAAAAGATGGCCCTTGGTGCGGGTGGTTACCTCG
1 TGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGGCACAAGATGGCCCTTGGTGCGGGCGGTTACCTCG
* * * * * * * * *
50475 AACACCATTGGCACGTGCTAGGCCTTGGTACGGGCAGTTGCCTCGACCACCTTCGACATAAGCCG
66 AACACCATCGGCACATGCTGGGCCTTGGTGCTGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGACACAAGCTG
*
50540 GCCCT
131 GGCCT
** ** * * * * * * * *
50545 TGGTTTGGGCTCTTACCTTGACCACCATCGGTAGAAGATGG-CCTCTGGTGTGGGTGGTTACGTT
1 TGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGGCACAAGATGGCCCT-TGGTGCGGGCGGTTACCTC
* * * * *
50609 GACCACCATCGGCACATGCCGGACCTGGGTG-TGAGCGGTTGCCTCGAACACCATC
65 GAACACCATCGGCACATGCTGGGCCTTGGTGCTG-GCGGTTGCCTCGACCACCATC
50664 AGCACATGTC
Statistics
Matches: 499, Mismatches: 146, Indels: 28
0.74 0.22 0.04
Matches are distributed among these distances:
133 4 0.01
134 11 0.02
135 473 0.95
136 8 0.02
137 3 0.01
ACGTcount: A:0.18, C:0.30, G:0.31, T:0.22
Consensus pattern (135 bp):
TGGTGCGGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGGCACAAGATGGCCCTTGGTGCGGGCGGTTACCTCG
AACACCATCGGCACATGCTGGGCCTTGGTGCTGGCGGTTGCCTCGACCACCATCGACACAAGCTG
GGCCT
Found at i:50683 original size:225 final size:222
Alignment explanation
Indices: 49889--50684 Score: 814
Period size: 225 Copynumber: 3.5 Consensus size: 222
49879 CGGTTGCCTC
*
49889 GACCACCATCGATAAAAGATGGCCCCTGGTGCGGGTGGTTACGTCGAACACCATCGGCACATGCT
1 GACCACCATCGATAGAAGATGGCCCCTGGTGCGGGTGGTTACGTCGAACACCATCGGCACATGCT
* * *
49954 GGGCCTTGGTGCTG-GCGGTTGCCTCGACCACCATCGACACATGCTGGGCCTTGGTACGGGCGGT
66 GGGCCTTGGTG-TGAGCGGTTGCCTCGAACACCATCG-CACATGCTAGGCCTTGGTGCGGGCGGT
* * * * *
50018 TGCCTCGAACACCATCGGCACATGCTAGGCCTTGGTGCGGACGGTTACCTCGAGCACCATCGGCA
129 TGCCTCGAACACCATCGGCACGTGCTAGGCCTTGGTACGGGC-GTTGCCTCGACCACCATC-GCA
** * *
50083 CAAGTTGACCCTTGGTAAGGGCTCTTGCCTT
192 CAAGCCGGCCCTTGGTAAGGGCTCTTACCTT
** * *
50114 GACCACCATCGGCAGAAGATGGCCCCTGGTGCAGGTGGTTTCGTCGAACACCATCGGCACATGCT
1 GACCACCATCGATAGAAGATGGCCCCTGGTGCGGGTGGTTACGTCGAACACCATCGGCACATGCT
* * * ** * * *
50179 GGCCCCTCGTGCAAGCGGTTGCCTCGAACACCATCG-ACATGTCTTGGGCTTTGGTGCAGGCGGT
66 GGGCCTTGGTGTGAGCGGTTGCCTCGAACACCATCGCACATG-C-TAGGCCTTGGTGCGGGCGGT
* * ** * * **
50243 TGCCTTGACCACCATCGATA-GAAGAT-GGCCTTTGGTGA-GGGCGGGGTCCTCGACCACCATCT
129 TGCCTCGAACACCATCGGCACG-TGCTAGGCC-TTGGT-ACGGGCGTTG-CCTCGACCACCATC-
** *
50305 GCACAAGCCGGCCCTTGGTGCGGGCTCTTACCTC
189 GCACAAGCCGGCCCTTGGTAAGGGCTCTTACCTT
* * * * * *
50339 GACCACCATTGATAGAAGATGGCCCCTGGTGTGAGCGGTTACCTCGAACACCATCGGCACGTGCT
1 GACCACCATCGATAGAAGATGGCCCCTGGTGCGGGTGGTTACGTCGAACACCATCGGCACATGCT
* * * * * * *
50404 GGGCCTTGGTGTGGGTGGTTGCCTCGACCACCATCAGCAAAAGAT-GGCCCTTGGTGCGGGTGGT
66 GGGCCTTGGTGTGAGCGGTTGCCTCGAACACCATC-GCACATGCTAGG-CCTTGGTGCGGGCGGT
* * *
50468 TACCTCGAACACCATTGGCACGTGCTAGGCCTTGGTACGGGCAGTTGCCTCGACCACCTTCGACA
129 TGCCTCGAACACCATCGGCACGTGCTAGGCCTTGGTACGGGC-GTTGCCTCGACCACCATCG-CA
* **
50533 TAAGCCGGCCCTTGGTTTGGGCTCTTACCTT
192 CAAGCCGGCCCTTGGTAAGGGCTCTTACCTT
* * * * * *
50564 GACCACCATCGGTAGAAGATGGCCTCTGGTGTGGGTGGTTACGTTGACCACCATCGGCACATGCC
1 GACCACCATCGATAGAAGATGGCCCCTGGTGCGGGTGGTTACGTCGAACACCATCGGCACATGCT
* * *
50629 GGACCTGGGTGTGAGCGGTTGCCTCGAACACCATCAGCACATG-TCAAGCCTTGGTG
66 GGGCCTTGGTGTGAGCGGTTGCCTCGAACACCATC-GCACATGCT-AGGCCTTGGTG
50685 TGGAACATGC
Statistics
Matches: 462, Mismatches: 92, Indels: 34
0.79 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
223 5 0.01
224 11 0.02
225 434 0.94
226 9 0.02
227 3 0.01
ACGTcount: A:0.18, C:0.30, G:0.30, T:0.22
Consensus pattern (222 bp):
GACCACCATCGATAGAAGATGGCCCCTGGTGCGGGTGGTTACGTCGAACACCATCGGCACATGCT
GGGCCTTGGTGTGAGCGGTTGCCTCGAACACCATCGCACATGCTAGGCCTTGGTGCGGGCGGTTG
CCTCGAACACCATCGGCACGTGCTAGGCCTTGGTACGGGCGTTGCCTCGACCACCATCGCACAAG
CCGGCCCTTGGTAAGGGCTCTTACCTT
Found at i:50816 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 50722--50830 Score: 121
Period size: 45 Copynumber: 2.4 Consensus size: 45
50712 GATTGCCTCG
* * * * *
50722 ACCACTATCGACACACGCTGGCCCTTGGTGCGGGTAGTCGCATCG
1 ACCACCATCGGCACATGCTGGCCCTTGGTGCGGGTAGTCGCACCA
* * *
50767 ACCACCATCGGCACATGCTGGCCCTTGGTGTGGGTA-TATGCCCCA
1 ACCACCATCGGCACATGCTGGCCCTTGGTGCGGGTAGT-CGCACCA
*
50812 ACCACCATCGGCACCTGCT
1 ACCACCATCGGCACATGCT
50831 CACCTTCGGT
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 9, Indels: 2
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
44 1 0.02
45 53 0.98
ACGTcount: A:0.18, C:0.36, G:0.26, T:0.20
Consensus pattern (45 bp):
ACCACCATCGGCACATGCTGGCCCTTGGTGCGGGTAGTCGCACCA
Done.