genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.307.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  307  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89090860--89090901	16	2.7	16	74	3	50	14	26	23	35	1.93
89094089--89094193	27	3.9	27	79	2	95	26	18	11	43	1.83
89098042--89098214	46	3.8	46	78	14	205	28	30	21	20	1.98
89098049--89098218	91	1.8	92	94	2	306	27	30	21	20	1.98
89105614--89105785	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
89105607--89105782	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
89106821--89106889	27	2.6	26	79	4	75	39	26	5	28	1.79
89106875--89106998	27	4.6	27	84	1	169	41	19	7	32	1.79
89106859--89107024	80	2.1	81	80	4	185	39	20	9	30	1.83
89106875--89106998	54	2.3	54	92	1	205	41	19	7	32	1.79
89106952--89107041	26	3.4	26	84	4	110	41	17	14	26	1.88
89110715--89110899	27	6.9	27	84	0	226	40	20	8	31	1.82
89110722--89110899	54	3.3	54	94	0	302	40	20	7	30	1.81
89110715--89110927	81	2.6	81	86	1	257	39	20	9	30	1.84
89110722--89110926	27	7.6	26	82	3	203	40	20	9	29	1.84
89110722--89110926	54	3.8	53	90	2	230	40	20	9	29	1.84
89117181--89117205	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
89117814--89117877	24	2.6	25	87	4	87	32	31	15	20	1.94
89117901--89117950	24	2.1	24	88	0	73	34	28	10	28	1.89
89117906--89118280	94	4.0	94	97	0	689	40	19	10	30	1.85
89125765--89125952	94	2.0	94	94	0	331	38	19	10	30	1.86
89129827--89129908	28	2.9	28	89	3	121	32	21	21	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89130015--89130163	28	5.3	28	93	1	246	31	8	26	33	1.86
89134763--89134802	20	2.0	20	100	0	80	35	10	15	40	1.80
89142161--89142333	46	3.7	46	78	11	192	23	20	26	29	1.99
89142158--89142328	93	1.8	93	91	2	281	22	21	27	28	1.99
89142558--89142595	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
89144559--89144613	25	2.2	26	77	9	60	61	3	27	7	1.39
89145900--89146003	29	3.6	28	83	5	127	28	17	25	28	1.97
89145928--89146037	57	1.9	58	85	5	152	30	16	22	30	1.96
89147732--89147862	29	4.5	29	88	0	163	29	15	31	23	1.95
89155700--89155810	29	3.8	29	91	0	159	31	14	29	24	1.94
89156228--89156286	27	2.2	27	81	6	66	27	18	27	27	1.98
89156239--89156301	27	2.3	27	91	0	99	23	15	20	39	1.91
89156257--89156461	27	7.6	27	83	1	241	29	9	20	40	1.84
89156284--89156461	54	3.3	54	94	0	302	30	7	20	40	1.81
89156284--89156488	81	2.5	81	83	0	194	31	7	21	39	1.82
89160128--89160186	25	2.3	27	88	8	88	25	15	16	42	1.88
89160169--89160292	27	4.6	27	85	2	169	30	7	20	41	1.79
89160276--89160346	27	2.6	27	75	4	72	29	7	26	36	1.83
89160169--89160292	54	2.3	54	92	0	203	30	7	20	41	1.79
89160166--89160319	81	1.9	81	79	2	175	31	7	21	38	1.82
89163972--89164024	27	2.0	27	92	0	88	24	18	20	35	1.95
89163973--89164034	27	2.3	27	85	0	79	24	16	17	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89163990--89164196	54	3.8	51	86	6	202	28	9	20	41	1.83
89163988--89164197	81	2.6	81	86	1	269	29	9	20	40	1.83
89164017--89164201	27	6.9	27	84	0	235	30	7	20	41	1.80
89164017--89164196	54	3.3	54	93	0	297	30	7	20	41	1.80
89167674--89168049	94	4.0	94	95	0	653	31	10	18	39	1.85
89175424--89175483	30	2.0	30	86	0	84	28	23	8	40	1.83
89176377--89176439	3	21.0	3	96	0	117	31	0	1	66	1.01
89177620--89177713	40	2.5	37	78	13	93	17	23	27	31	1.96
89180154--89180256	29	3.6	28	86	5	127	27	28	16	28	1.97
89188213--89188315	29	3.6	28	86	5	127	27	28	16	28	1.97
89198352--89198505	43	3.6	42	81	6	150	32	24	19	23	1.97
89198352--89198507	44	3.6	43	81	7	149	32	24	19	23	1.97
89202813--89202885	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
89210866--89210914	3	16.3	3	95	0	89	67	2	0	30	1.02
89210977--89211060	3	28.0	3	70	17	59	72	0	2	25	0.96
89210978--89211037	13	4.6	13	79	18	63	73	0	0	26	0.84
89210978--89211078	23	4.5	23	74	16	86	74	0	2	22	0.96
89210983--89211079	17	5.2	18	74	15	72	74	0	3	22	0.96
89211001--89211090	42	2.1	44	83	8	114	74	0	5	20	1.01
89215661--89215717	31	1.9	30	89	7	89	54	17	5	22	1.63
89215894--89215995	28	3.5	28	74	12	87	28	24	21	25	1.99
89215896--89215967	33	2.1	34	84	2	101	27	26	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89223458--89223581	62	2.0	63	96	1	232	50	15	9	24	1.73
89223717--89223750	16	2.1	16	89	10	52	55	5	0	38	1.24
89229211--89229255	22	2.0	22	100	0	90	31	0	13	55	1.38
89236957--89237120	56	2.9	56	88	0	238	29	14	24	31	1.94
89239848--89239977	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
89245352--89245481	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
89254599--89254640	19	2.2	19	83	8	50	40	0	11	47	1.40
89254796--89254903	47	2.3	45	81	10	119	30	18	14	36	1.91
89254817--89254892	24	3.3	22	73	10	71	27	22	14	35	1.93
89254886--89254946	25	2.4	25	84	7	79	32	22	18	26	1.97
89261370--89261438	28	2.5	28	90	6	106	44	27	7	20	1.77
89267660--89267749	42	2.1	42	91	0	144	26	30	27	15	1.96
89271917--89272190	47	5.8	48	70	12	178	25	31	17	25	1.97
89275856--89276076	46	4.8	46	81	11	263	30	29	19	20	1.97
89279367--89279396	10	3.0	10	90	0	51	86	3	0	10	0.67
89284606--89284632	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
89291296--89291471	87	2.0	87	96	0	325	19	32	21	26	1.97
89295666--89295774	42	2.6	42	79	7	123	31	23	18	26	1.97
89295657--89295813	43	3.6	44	75	10	137	29	24	19	25	1.98
89295665--89295821	86	1.8	85	83	6	210	31	24	19	25	1.98
89302041--89302128	27	3.2	26	85	7	113	15	22	25	36	1.94
89303131--89303567	50	8.9	50	84	4	514	24	27	19	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89309567--89309679	44	2.7	41	80	9	127	35	26	15	22	1.94
89313946--89314002	26	2.2	26	80	3	60	26	19	17	36	1.94
89317755--89317779	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
89326371--89326409	21	1.9	20	84	5	51	17	28	38	15	1.91
89327931--89328252	47	6.8	48	70	17	212	26	18	29	26	1.98
89328076--89328252	96	1.8	98	86	8	263	24	18	30	25	1.98
89336089--89336200	27	4.2	26	85	7	143	37	23	24	15	1.93
89336089--89336200	54	2.1	54	88	3	163	37	23	24	15	1.93
89337586--89337656	24	3.0	24	93	0	115	25	36	1	36	1.65
89343872--89343913	21	2.0	21	86	9	59	38	4	16	40	1.70
89344587--89344763	40	4.5	40	87	4	227	22	23	28	25	1.99
89344590--89344763	79	2.2	79	86	4	235	22	22	28	25	1.99
89351963--89351994	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
89352808--89353024	40	5.5	40	90	3	307	22	23	28	25	1.99
89352808--89353024	79	2.7	79	90	3	312	22	23	28	25	1.99
89354711--89354822	27	4.2	26	85	7	143	37	22	24	16	1.93
89354711--89354822	54	2.1	54	89	3	172	37	22	24	16	1.93
89356242--89356288	24	2.0	24	86	0	67	25	38	2	34	1.68
89359242--89359461	46	4.7	47	81	6	214	24	27	20	28	1.99
89359242--89359461	94	2.3	94	83	3	282	24	27	20	28	1.99
89363915--89364072	43	3.7	44	77	12	148	25	18	26	29	1.98
89372009--89372160	39	3.9	39	90	6	227	22	31	21	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89384448--89384587	41	3.4	41	71	4	111	23	18	25	32	1.97
89384474--89384584	42	2.7	41	76	5	116	20	20	27	31	1.98
89385716--89385751	18	1.9	19	88	5	56	27	11	2	58	1.46
89392118--89392179	30	2.1	30	87	0	88	25	19	24	30	1.98
89392352--89392470	63	1.9	63	82	0	148	28	6	31	32	1.83
89392486--89392652	62	2.7	61	79	5	165	26	8	30	34	1.86
89394279--89394376	51	1.9	51	87	8	146	48	7	1	42	1.37
89395031--89395088	29	2.0	29	83	6	73	34	10	13	41	1.79
89412661--89412767	44	2.4	44	93	3	178	20	18	24	36	1.95
89413965--89414142	52	3.5	52	84	6	215	28	14	29	28	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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