genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27226256--27226452	66	3.0	66	93	0	331	25	30	15	28	1.96
27228093--27228128	17	2.1	17	89	5	54	38	0	5	55	1.23
27228281--27228318	19	2.0	20	89	5	60	39	5	0	55	1.23
27247976--27248013	18	2.1	18	100	0	76	21	23	42	13	1.88
27248792--27248838	21	2.2	22	81	11	62	29	10	6	53	1.60
27253543--27254184	177	3.6	177	88	0	890	31	18	23	27	1.97
27253680--27253950	88	3.1	88	62	20	193	32	17	23	26	1.96
27254786--27254822	18	2.0	19	94	5	67	5	24	0	70	1.08
27257975--27258007	17	2.0	17	88	5	50	18	6	15	60	1.54
27259202--27259240	18	2.2	17	86	4	51	61	7	0	30	1.24
27260199--27260257	23	2.8	20	79	20	66	47	1	3	47	1.29
27263267--27263295	13	2.1	14	93	6	51	58	13	13	13	1.63
27263267--27263295	7	4.3	7	91	8	51	58	13	13	13	1.63
27264979--27265048	32	2.3	30	82	7	79	35	1	14	48	1.53
27265493--27265547	18	3.1	18	81	0	74	25	9	23	41	1.83
27266745--27266786	12	3.4	12	81	12	50	26	7	19	47	1.74
27268134--27268171	18	2.1	18	90	0	58	81	5	13	0	0.85
27269410--27269516	40	2.7	40	82	0	124	28	22	25	23	1.99
27269452--27269577	40	3.2	40	82	8	150	23	25	29	22	1.99
27274612--27274687	26	2.8	27	84	4	91	36	22	10	30	1.88
27274791--27274949	27	5.9	26	81	7	174	18	23	20	36	1.95
27274794--27274949	54	2.9	54	90	1	224	19	23	20	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27281891--27282056	27	6.2	26	78	7	152	17	21	22	37	1.94
27281891--27282056	54	3.1	54	88	1	235	17	21	22	37	1.94
27281891--27282078	54	3.5	54	80	8	163	17	22	22	37	1.94
27287531--27287605	30	2.5	30	82	2	89	52	18	6	22	1.69
27290646--27290802	49	3.2	49	82	0	161	19	18	30	31	1.96
27291306--27291426	5	24.2	5	83	3	127	33	6	18	42	1.76
27291986--27292024	13	3.0	13	92	0	69	28	7	25	38	1.83
27294031--27294095	33	2.0	33	100	0	130	29	15	24	30	1.96
27296892--27296942	26	1.9	27	92	4	86	43	0	0	56	0.99
27310256--27310306	26	1.9	27	88	4	77	49	3	0	47	1.20
27313389--27313442	20	2.7	21	71	26	53	24	5	1	68	1.21
27313389--27313442	21	2.7	20	78	16	58	24	5	1	68	1.21
27316689--27316728	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
27322615--27322794	38	4.7	38	93	2	299	22	30	21	26	1.99
27322575--27322794	76	2.8	78	88	4	311	23	30	22	24	1.99
27330614--27330824	78	2.7	78	85	2	235	24	29	20	26	1.99
27330642--27330824	39	4.7	39	90	0	285	24	29	19	26	1.98
27332876--27332938	26	2.4	26	83	2	72	57	1	0	41	1.08
27333588--27333704	3	39.0	3	94	3	209	67	0	31	0	0.97
27333997--27334045	24	2.0	25	84	7	66	34	0	16	48	1.46
27334206--27334243	14	2.7	14	95	0	67	34	0	21	44	1.52
27334220--27334276	16	3.5	15	76	13	51	38	1	7	52	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27336452--27336487	17	2.1	17	94	0	63	30	5	13	50	1.65
27336817--27336861	19	2.4	19	81	7	56	77	2	11	8	1.07
27336804--27336847	18	2.6	16	80	16	52	77	2	15	4	1.04
27340318--27340376	3	19.7	3	100	0	118	33	0	32	33	1.58
27343280--27343363	40	2.1	40	95	0	150	33	14	20	32	1.92
27347088--27347301	65	3.3	65	84	1	286	23	18	21	35	1.96
27347103--27347277	64	2.7	64	87	0	233	25	18	20	35	1.95
27347347--27347404	26	2.2	26	87	0	80	25	17	15	41	1.89
27364531--27364633	29	3.6	28	81	5	116	29	33	15	22	1.95
27371825--27371902	40	2.0	40	84	5	104	35	32	12	19	1.89
27374198--27374360	49	3.5	49	80	14	209	29	9	31	28	1.89
27374252--27374333	40	2.0	40	100	0	164	28	9	34	28	1.89
27374456--27374540	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
27376361--27376605	40	6.1	40	95	0	355	27	20	26	24	1.99
27376779--27376971	29	6.7	29	96	0	341	26	16	32	24	1.96
27380349--27380511	49	3.5	49	80	14	209	29	9	31	28	1.89
27380403--27380484	40	2.0	40	100	0	164	28	9	34	28	1.89
27380607--27380691	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
27387459--27387668	49	4.4	49	91	3	347	30	30	7	32	1.85
27387459--27387665	96	2.2	94	91	5	342	29	29	7	32	1.85
27391695--27391906	47	4.7	47	80	10	253	32	23	14	30	1.94
27391738--27391940	38	4.8	40	71	19	153	30	24	14	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27391688--27391865	85	2.1	85	94	0	320	33	24	13	29	1.93
27391775--27391913	48	2.9	48	84	1	190	30	21	15	32	1.94
27391695--27391940	133	1.9	132	88	0	375	31	24	14	29	1.94
27392225--27392286	31	2.0	31	100	0	124	45	16	0	38	1.47
27398312--27398416	31	3.4	31	97	0	192	28	26	18	26	1.98
27398635--27398784	26	5.8	26	89	0	230	26	22	23	28	1.99
27399581--27399664	27	3.1	26	85	10	89	21	26	20	32	1.98
27399603--27399681	27	2.9	27	88	3	106	18	25	21	34	1.96
27399726--27400034	27	11.4	27	76	10	103	32	9	20	38	1.84
27399790--27399857	26	2.6	27	84	11	79	26	4	23	45	1.71
27399815--27399965	54	2.8	54	84	3	180	28	9	22	39	1.86
27399814--27400007	80	2.4	80	78	5	212	29	8	22	39	1.84
27399971--27400155	81	2.3	81	83	0	244	38	7	21	33	1.80
27399985--27400135	27	5.6	27	86	0	203	43	7	18	31	1.77
27399984--27400135	54	2.8	54	90	0	250	42	7	18	31	1.77
27400362--27400395	9	3.9	9	84	7	52	20	35	26	17	1.95
27400356--27400394	17	2.3	17	100	0	78	15	38	30	15	1.88
27402289--27402379	37	2.4	37	92	1	155	24	32	18	24	1.97
27402475--27402778	49	6.4	49	89	6	473	28	32	9	29	1.88
27402496--27402773	89	3.0	89	90	6	421	28	32	8	29	1.88
27402475--27402724	138	1.8	138	96	0	464	29	32	9	28	1.88
27406153--27406403	29	8.7	29	96	0	448	25	32	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27406577--27406780	40	5.1	40	92	1	284	24	26	20	27	1.99
27406577--27406759	79	2.3	79	89	0	276	24	27	21	26	1.99
27409975--27410165	40	4.8	40	80	6	192	24	22	28	24	1.99
27409974--27410165	79	2.4	80	81	6	221	23	22	28	25	1.99
27409974--27410191	79	2.7	78	77	7	199	24	22	27	25	1.99
27419418--27419636	40	5.6	40	82	4	250	25	26	22	24	2.00
27434696--27434720	13	1.9	13	100	0	50	32	28	0	40	1.57
27435211--27435266	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
27441936--27441990	27	2.0	27	82	6	67	67	3	1	27	1.17
27442838--27442890	22	2.4	22	87	6	72	43	22	5	28	1.76
27448635--27448770	7	19.1	7	71	11	89	40	38	0	19	1.57
27448808--27448838	14	2.2	14	94	0	53	51	22	0	25	1.48
27449004--27449264	41	6.4	41	91	0	416	19	22	24	34	1.97
27449004--27449264	122	2.1	123	91	2	418	19	22	24	34	1.97
27451858--27451891	2	17.0	2	93	0	59	50	2	0	47	1.16
27463024--27463049	13	2.0	13	100	0	52	15	38	30	15	1.88
27470017--27470068	25	2.1	25	82	13	63	48	21	9	21	1.78
27474853--27474993	70	2.0	70	98	0	273	37	14	20	27	1.91
27474853--27475010	70	2.3	70	92	2	237	39	13	18	27	1.89
27485231--27485438	40	5.2	39	83	4	222	24	27	23	24	2.00
27485231--27485438	80	2.6	80	82	3	249	24	27	23	24	2.00
27487848--27487968	47	2.6	46	80	16	133	29	16	28	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27488827--27488905	41	1.9	42	87	10	119	21	24	37	16	1.93
27490645--27490750	47	2.3	47	98	0	203	54	4	7	33	1.49
27493505--27493562	13	4.5	13	68	23	50	53	6	0	39	1.28
27494848--27494878	11	2.8	11	95	0	53	0	9	0	90	0.46
27494848--27494879	16	2.1	15	94	5	55	0	9	0	90	0.45
27497196--27497234	11	3.5	11	85	0	51	25	7	2	64	1.33
27497507--27497545	15	2.5	15	83	4	51	48	0	0	51	1.00
27497577--27497615	19	2.0	21	90	10	64	51	0	0	48	1.00
27498074--27498106	9	3.7	9	95	0	57	39	12	18	30	1.87
27498074--27498119	9	5.0	9	89	2	56	39	15	15	30	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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