genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14359026--14359192	46	3.6	46	82	3	174	22	28	20	28	1.99
14360711--14360754	20	2.1	21	95	4	81	61	0	13	25	1.32
14366406--14366458	15	3.6	14	77	7	52	66	3	5	24	1.31
14367880--14367910	16	1.9	16	93	0	53	32	0	0	67	0.91
14367835--14367918	18	4.6	19	71	15	52	30	4	0	64	1.14
14391445--14391523	41	2.0	41	84	2	106	25	12	29	32	1.93
14392169--14392256	6	14.3	6	73	17	65	46	15	19	18	1.84
14392169--14392256	19	4.8	18	72	16	65	46	15	19	18	1.84
14392178--14392256	31	2.5	31	89	0	122	46	15	20	17	1.83
14392671--14392816	27	5.4	27	88	1	193	26	21	18	33	1.96
14392672--14393122	54	8.1	54	86	6	596	25	20	19	35	1.96
14392671--14393122	81	5.4	81	84	7	591	25	20	19	34	1.96
14392754--14392882	66	1.9	67	93	1	224	27	18	16	37	1.92
14392821--14393122	27	11.2	27	94	0	487	24	19	19	35	1.95
14393105--14393177	27	2.7	27	93	0	119	28	5	23	42	1.76
14397514--14397566	17	3.0	17	78	10	61	35	15	9	39	1.79
14399572--14399628	29	2.0	29	89	0	87	33	10	26	29	1.90
14404607--14404758	40	3.8	40	83	5	164	28	22	26	22	1.99
14404605--14404790	40	4.7	39	75	9	144	27	22	26	23	1.99
14410916--14411085	46	3.7	45	77	8	155	28	17	28	25	1.98
14417207--14417239	5	6.8	5	86	6	50	21	0	0	78	0.75
14417682--14417737	11	5.1	11	77	14	53	32	3	7	57	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14417682--14417737	22	2.5	22	77	13	62	32	3	7	57	1.43
14417679--14417734	27	2.1	27	93	0	94	30	5	5	58	1.42
14417687--14417737	16	3.1	16	77	5	57	33	1	7	56	1.39
14421639--14421672	12	2.9	12	86	4	52	32	0	0	67	0.91
14421797--14421859	30	2.1	30	88	5	92	53	17	3	25	1.58
14426592--14426703	41	2.7	41	94	0	188	28	16	25	30	1.96
14428374--14428436	24	2.6	24	90	7	92	36	4	3	55	1.37
14428515--14428570	20	2.7	21	84	10	71	37	0	1	60	1.07
14429588--14429629	15	2.7	16	85	7	59	64	7	0	28	1.20
14432134--14432310	89	2.0	91	86	6	254	36	20	15	27	1.93
14432327--14432375	13	3.8	13	80	0	62	34	8	22	34	1.84
14437884--14437995	33	3.4	32	78	9	118	27	10	43	17	1.82
14437898--14438036	66	2.1	66	80	6	156	25	11	43	18	1.84
14440007--14440070	22	2.9	22	77	13	60	62	4	0	32	1.16
14440044--14440085	16	2.9	15	86	13	61	59	7	0	33	1.25
14440133--14440906	112	6.9	111	94	2	1241	51	15	1	32	1.52
14440133--14440906	334	2.3	336	92	3	1283	51	15	1	32	1.52
14441176--14441236	3	19.3	3	77	9	59	1	39	0	59	1.08
14441176--14441229	10	5.9	10	75	16	55	1	38	0	59	1.08
14441176--14441243	22	3.0	22	84	2	91	1	39	0	58	1.07
14448284--14448321	20	2.0	20	89	5	60	60	0	2	36	1.11
14448285--14448327	20	2.2	20	83	4	52	65	0	2	32	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14449929--14450001	38	1.9	37	83	10	94	53	8	2	35	1.45
14460956--14461007	26	2.0	26	92	0	86	28	11	28	30	1.92
14466080--14466109	13	2.3	13	94	0	51	36	6	20	36	1.79
14469060--14469092	9	3.5	10	84	16	52	45	0	9	45	1.35
14473292--14473354	31	2.0	32	84	9	85	46	0	4	49	1.23
14473431--14473464	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
14475125--14475242	47	2.4	51	75	18	138	17	19	20	42	1.90
14475121--14475222	47	2.1	47	89	5	152	19	20	20	39	1.93
14476568--14476685	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
14476536--14476699	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
14484134--14484251	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
14484102--14484265	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
14485690--14485778	36	2.4	36	83	1	106	37	12	13	37	1.82
14485690--14485778	18	4.9	18	72	6	81	37	12	13	37	1.82
14493674--14493784	47	2.4	47	84	6	154	25	16	23	35	1.95
14500912--14501022	47	2.4	47	84	6	154	25	16	23	35	1.95
14509730--14509900	92	1.8	93	93	1	299	27	29	21	21	1.98
14509722--14509896	46	3.8	46	79	11	205	28	29	21	21	1.98
14509727--14509915	46	4.1	46	73	16	142	28	29	21	21	1.98
14512285--14512373	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
14512285--14512364	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
14512296--14512373	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14515300--14515471	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
14515292--14515467	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
14518799--14518900	47	2.2	48	87	5	154	18	11	21	48	1.80
14520664--14520704	16	2.5	16	92	4	64	19	4	2	73	1.13
14520677--14520724	17	2.7	17	81	15	53	20	12	0	66	1.24
14521069--14521108	20	2.0	20	85	9	55	15	5	2	77	1.04
14522254--14522283	14	2.1	14	100	0	60	56	16	6	20	1.62
14525044--14525074	16	1.9	16	93	0	53	32	3	16	48	1.62
14532584--14532617	17	1.9	18	88	5	52	20	2	2	73	1.09
14540264--14540371	26	4.2	26	89	4	164	37	23	6	33	1.80
14546816--14546923	26	4.2	26	91	0	180	36	23	7	33	1.83
14551815--14551848	9	3.9	9	88	7	52	0	11	0	88	0.52
14551814--14551844	14	2.2	14	94	0	53	0	12	0	87	0.55
14551815--14551848	17	2.0	17	88	0	50	0	11	0	88	0.52
14555476--14555526	18	2.9	18	76	2	59	27	1	1	68	1.11
14555493--14555559	30	2.2	30	82	7	82	37	1	2	58	1.23
14555527--14555615	39	2.3	37	80	12	99	48	2	1	48	1.21
14555732--14555787	30	1.9	29	82	7	69	37	0	10	51	1.37
14564649--14564736	45	2.0	45	97	0	167	26	3	26	44	1.70
14564746--14564778	9	3.7	9	100	0	66	33	0	9	57	1.30
14564732--14564788	18	3.2	18	82	9	80	29	3	10	56	1.50
14565444--14565511	34	2.0	34	97	0	127	48	8	19	23	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14569806--14569864	30	2.0	30	83	9	77	35	3	5	55	1.38
14569965--14569991	5	5.4	5	100	0	54	59	0	0	40	0.98
14570960--14571009	24	2.1	24	81	7	57	12	2	20	66	1.34
14570972--14571018	24	1.9	25	86	4	69	12	2	17	68	1.31
14574680--14574717	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
14575119--14575239	53	2.3	53	91	0	188	16	19	22	42	1.89
14575442--14575512	18	3.9	18	74	7	63	33	9	15	40	1.80
14576656--14576688	18	1.9	17	88	11	50	30	15	12	42	1.83
14578760--14578888	40	3.3	39	82	7	111	23	26	25	24	2.00
14578795--14578941	78	1.9	80	85	5	210	24	27	23	24	2.00
14578776--14578941	40	4.2	37	77	9	125	24	27	24	24	2.00
14580764--14580901	60	2.3	59	82	9	156	26	26	21	26	1.99
14585414--14585503	42	2.2	41	96	4	171	51	23	7	17	1.71
14586381--14586409	14	2.1	14	100	0	58	79	0	0	20	0.74
14592945--14593240	49	6.0	49	81	4	333	28	25	19	27	1.99
14592952--14593238	100	2.9	100	93	1	468	28	25	19	26	1.99
14595013--14595060	26	1.9	24	87	8	69	64	4	0	31	1.12
14595031--14595089	21	2.8	22	85	7	70	69	6	0	23	1.12
14597664--14597714	25	2.1	24	85	3	66	23	27	15	33	1.95
14597700--14597761	25	2.5	25	77	12	74	22	20	20	35	1.96
14607672--14607711	16	2.5	16	95	0	71	17	25	0	57	1.40
14613549--14613943	131	3.0	132	83	2	458	27	18	17	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14615528--14615555	11	2.5	11	100	0	56	67	17	0	14	1.22
14617854--14617960	53	2.0	53	96	0	196	39	18	13	28	1.88
14618151--14618206	24	2.3	24	76	11	69	44	0	1	53	1.11
14618398--14618422	13	1.9	13	100	0	50	40	12	8	40	1.72
14618431--14618455	13	1.9	13	100	0	50	40	24	0	36	1.55
14623940--14623971	7	4.6	7	96	0	55	71	3	12	12	1.25
14624873--14624923	16	3.4	14	78	19	50	68	3	0	27	1.07
14624907--14624939	11	2.9	11	95	4	57	60	9	3	27	1.42
14627520--14627587	28	2.5	28	85	7	86	29	14	25	30	1.95
14638040--14638087	15	3.1	16	83	16	57	70	2	0	27	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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