genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.201.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   

This is table  201  of  433  ( 51894 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63498679--63498725	20	2.3	20	96	0	85	34	21	10	34	1.88
63498762--63498811	25	2.0	25	88	0	73	26	16	24	34	1.95
63505513--63505582	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
63505513--63505594	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
63513335--63513404	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
63513335--63513416	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
63518593--63518715	24	4.9	26	88	5	159	26	22	21	30	1.99
63518764--63518830	20	3.3	20	89	0	98	32	22	10	34	1.88
63518867--63518914	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
63522287--63522379	29	3.2	29	87	0	123	33	16	27	22	1.95
63522287--63522392	29	3.7	29	82	5	115	30	16	31	22	1.95
63530216--63530308	29	3.2	29	87	0	123	33	16	27	22	1.95
63530216--63530321	29	3.7	29	82	5	115	30	16	31	22	1.95
63535765--63535906	42	3.3	43	78	9	137	27	19	25	28	1.98
63545694--63545768	25	2.9	27	86	9	111	38	18	8	34	1.80
63545700--63545874	27	6.6	27	78	8	121	39	16	12	32	1.85
63545752--63545874	27	4.6	26	80	6	122	40	15	13	30	1.85
63545882--63545952	26	2.7	26	95	0	133	32	14	19	33	1.92
63554385--63554418	17	2.0	17	100	0	68	35	5	5	52	1.50
63558224--63558404	48	3.9	47	75	10	176	29	23	19	27	1.98
63558688--63558814	68	1.9	68	98	0	245	37	14	5	42	1.70
63561555--63561678	26	4.7	27	82	6	130	40	17	12	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63564490--63564649	46	3.5	46	90	0	223	19	21	13	45	1.84
63564482--63564692	91	2.3	90	80	6	221	19	19	15	45	1.86
63564660--63564786	45	2.8	45	77	2	130	22	19	20	37	1.94
63566674--63566848	49	3.5	49	83	3	233	27	18	24	29	1.98
63566669--63566855	100	1.9	100	94	0	329	26	19	24	28	1.99
63572154--63572198	23	1.9	24	90	4	74	22	24	11	42	1.86
63572326--63572521	55	3.6	53	78	9	173	21	26	17	34	1.96
63577119--63577160	14	2.9	15	79	13	52	42	0	19	38	1.51
63577284--63577420	43	3.2	43	87	5	190	24	16	26	33	1.95
63584297--63584365	28	2.5	28	92	2	113	18	11	26	43	1.84
63585996--63586033	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
63586803--63587117	47	6.7	47	91	1	477	33	7	31	28	1.84
63586895--63587067	25	7.3	24	61	16	74	33	6	30	29	1.84
63598289--63598486	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
63598355--63598472	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
63598323--63598486	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
63621837--63622003	80	2.1	81	89	2	257	26	20	25	27	1.99
63621837--63621983	40	3.7	40	95	0	258	25	20	25	28	1.99
63621865--63622030	80	2.1	80	84	4	210	28	22	24	24	1.99
63634681--63634832	39	3.8	40	86	0	119	26	31	20	21	1.98
63634717--63634840	39	3.2	39	91	1	194	26	32	18	22	1.97
63641594--63641690	40	2.4	41	84	6	128	25	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63644371--63644549	40	4.4	40	83	0	205	25	22	25	25	2.00
63644371--63644549	80	2.2	81	87	3	254	25	22	25	25	2.00
63644405--63644589	80	2.3	80	82	2	203	28	22	23	25	2.00
63646505--63646622	43	2.8	44	79	7	136	34	22	15	27	1.94
63655566--63655735	40	4.2	40	84	3	225	25	24	28	21	1.99
63659887--63659923	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
63661005--63661205	99	2.0	99	85	3	269	30	26	16	25	1.97
63661953--63662013	30	2.0	30	87	0	86	29	22	8	39	1.83
63664069--63664095	13	2.1	13	100	0	54	22	37	25	14	1.93
63668134--63668240	55	1.9	55	82	0	133	14	24	30	29	1.95
63679991--63680102	43	2.6	43	87	1	145	26	20	30	22	1.98
63693441--63693504	13	4.9	13	84	0	92	28	7	28	35	1.85
63693441--63693504	26	2.5	26	89	0	110	28	7	28	35	1.85
63698019--63698079	28	2.2	28	94	2	106	31	24	14	29	1.95
63702741--63702805	15	4.4	15	78	16	73	9	13	13	63	1.53
63702737--63702805	30	2.3	31	83	14	92	8	13	17	60	1.56
63704097--63704160	13	4.9	13	84	0	92	28	7	28	35	1.85
63704097--63704160	26	2.5	26	89	0	110	28	7	28	35	1.85
63705633--63705819	50	3.8	49	83	7	216	25	18	28	27	1.98
63710992--63711148	27	5.9	27	90	3	221	40	19	7	31	1.80
63711198--63711518	27	11.9	27	88	2	414	27	23	9	39	1.86
63710993--63711581	27	21.9	27	84	4	219	33	22	8	35	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63712919--63712966	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
63713010--63713068	20	3.0	20	92	0	100	35	11	20	32	1.89
63713119--63713261	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
63713119--63713261	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
63713119--63713262	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
63713453--63713547	31	3.1	31	98	0	181	38	15	22	23	1.92
63717439--63717533	24	4.0	24	86	6	131	29	21	21	28	1.98
63717460--63717532	23	3.1	23	94	2	119	31	19	20	28	1.97
63717583--63717642	20	3.0	20	85	0	84	33	20	13	33	1.91
63720490--63720609	43	2.8	44	80	7	122	34	25	15	25	1.94
63724218--63724396	27	6.7	27	87	4	238	41	20	7	31	1.79
63724218--63724444	81	2.8	81	82	5	230	40	20	7	30	1.81
63724218--63724454	27	8.8	26	79	10	117	40	20	8	30	1.82
63724450--63724845	27	14.7	27	88	3	528	27	22	9	40	1.84
63724419--63724889	81	5.8	81	82	3	275	28	22	9	39	1.85
63734850--63734937	20	4.4	20	74	8	81	10	32	22	34	1.88
63734850--63734960	39	2.8	40	77	8	102	11	31	22	34	1.90
63734831--63734959	20	6.6	19	71	13	64	13	30	22	34	1.92
63737204--63737411	40	5.2	39	81	3	193	24	25	24	25	2.00
63737204--63737410	80	2.6	80	81	3	229	24	26	24	25	2.00
63746004--63746062	27	2.3	26	82	5	66	35	18	23	22	1.96
63746103--63746154	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63753476--63753527	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
63760371--63760430	28	2.2	26	77	11	66	26	26	11	35	1.91
63760385--63760456	28	2.6	28	86	0	81	29	26	12	31	1.93
63766390--63766493	34	3.0	33	84	4	127	26	25	21	26	1.99
63766905--63766993	27	3.3	27	84	1	117	17	16	23	41	1.90
63766920--63767004	27	3.1	27	84	3	73	20	15	25	38	1.91
63766986--63767127	27	5.3	27	86	3	196	38	16	12	33	1.86
63766987--63767131	54	2.7	55	88	4	222	37	16	12	33	1.86
63773265--63773394	66	1.9	67	84	10	174	33	16	30	20	1.94
63782499--63782558	30	2.0	30	83	6	77	28	26	6	38	1.81
63783370--63783450	33	2.5	33	87	0	108	28	18	20	32	1.97
63784979--63785024	25	1.9	25	82	8	60	26	21	13	39	1.90
63786860--63787066	24	8.6	24	95	0	333	36	24	17	21	1.95
63791340--63791555	40	5.5	40	90	6	309	23	24	27	24	2.00
63791340--63791555	78	2.8	79	90	5	325	23	24	27	24	2.00
63791340--63791555	118	1.8	118	88	5	330	23	24	27	24	2.00
63798839--63799055	40	5.5	40	92	2	334	23	23	28	23	2.00
63801744--63801786	17	2.6	17	81	3	52	41	20	4	32	1.73
63805345--63805550	56	3.7	56	86	1	281	29	15	22	32	1.95
63805344--63805582	112	2.2	109	79	6	257	28	16	24	31	1.96
63808446--63808617	46	3.7	46	80	8	161	29	19	27	23	1.98
63811980--63812006	4	6.8	4	100	0	54	25	0	0	74	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63812592--63812760	40	4.2	40	90	3	252	20	21	27	30	1.98
63812599--63812756	81	2.0	79	89	2	244	20	20	27	31	1.98
63815831--63816087	40	6.5	41	86	7	277	26	27	21	24	1.99
63815866--63816087	79	2.8	80	88	4	324	27	28	21	22	1.99
63815866--63816085	119	1.8	120	88	2	336	27	28	20	23	1.99
63824039--63824295	40	6.5	40	87	3	333	26	28	21	23	1.99
63824039--63824295	79	3.2	80	87	4	344	26	28	21	23	1.99
63824074--63824295	119	1.9	120	88	2	340	27	28	21	22	1.99
63830664--63830885	46	4.7	46	76	10	173	29	19	28	22	1.98
63830663--63830934	47	5.8	47	75	10	186	29	19	27	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433