Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   

This is table  412  of  425  ( 50925 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
125430300--125430364
20
3.0
21
80
17
71
50
1
0
47
1.10
125430293--125430364
8
9.2
8
80
8
69
51
1
0
47
1.09
125435072--125435182
47
2.4
47
80
6
127
36
22
14
26
1.92
125435976--125436005
4
7.5
4
92
0
51
3
26
0
70
1.03
125436029--125436059
14
2.2
14
94
0
53
22
16
0
61
1.34
125440899--125441019
38
3.1
38
86
2
170
20
20
24
33
1.97
125443241--125443514
46
6.0
46
92
0
415
21
23
15
39
1.92
125449983--125450093
47
2.4
47
80
6
127
36
21
15
27
1.93
125450846--125450924
4
19.2
4
72
10
61
3
26
5
64
1.31
125450846--125450956
50
2.2
51
87
6
165
6
25
6
62
1.43
125451648--125451685
19
2.0
20
89
5
60
47
0
2
50
1.15
125453611--125453669
27
2.2
27
81
6
66
57
3
6
32
1.41
125453625--125453678
27
2.0
26
92
3
90
59
3
5
31
1.38
125457597--125457753
51
3.1
50
89
1
233
31
15
23
29
1.95
125459229--125459272
22
2.0
22
90
0
70
34
2
18
45
1.62
125461495--125461535
18
2.3
18
100
0
82
31
0
4
63
1.15
125461495--125461549
18
2.9
18
89
5
65
32
1
7
58
1.36
125467023--125467064
5
8.2
5
89
5
66
40
16
2
40
1.62
125468845--125468902
21
2.7
22
92
5
93
17
31
36
15
1.91
125469852--125470028
35
5.1
35
84
5
225
35
22
13
28
1.92
125472063--125472106
22
2.0
22
86
8
63
50
4
0
45
1.22
125474387--125474433
19
2.6
18
84
15
62
65
2
0
31
1.04
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
125475479--125475503
2
12.5
2
100
0
50
48
0
0
52
1.00
125484161--125484185
1
25.0
1
100
0
50
100
0
0
0
0.00
125484200--125484258
31
1.9
31
89
3
93
47
10
6
35
1.64
125486851--125486910
23
2.5
23
81
10
68
28
6
3
61
1.37
125487236--125487287
24
2.2
24
86
6
72
25
1
9
63
1.35
125493237--125493295
19
3.2
17
69
17
55
44
25
1
28
1.64
125507404--125507495
44
2.1
44
86
8
125
34
22
20
21
1.96
125508687--125508724
14
2.6
15
84
16
53
57
2
0
39
1.12
125509851--125509984
57
2.3
57
85
3
180
43
2
2
51
1.29
125510064--125510102
16
2.4
16
91
0
60
30
28
7
33
1.85
125516810--125516844
11
3.2
11
87
0
52
17
0
11
71
1.14
125518340--125518373
16
2.2
16
90
10
54
35
5
5
52
1.50
125518683--125518709
9
3.0
9
100
0
54
11
22
0
66
1.22
125522883--125522938
21
2.6
22
77
5
69
37
17
1
42
1.60
125522883--125522939
11
5.3
11
71
12
55
36
17
1
43
1.60
125522876--125522937
32
1.9
32
83
6
81
41
16
1
40
1.57
125523072--125523206
48
2.8
46
79
10
146
32
10
5
51
1.60
125528405--125528438
16
2.1
17
94
5
61
35
0
32
32
1.58
125541531--125541571
21
2.0
21
85
9
57
36
0
0
63
0.95
125544888--125544931
18
2.5
19
85
10
58
68
0
0
31
0.90
125546962--125547017
27
2.1
27
86
0
76
64
0
32
3
1.11
125546796--125547331
93
5.8
92
82
7
588
54
4
32
8
1.50
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
125547010--125547277
84
3.1
82
72
17
236
54
4
33
8
1.50
125547150--125547194
12
3.5
12
77
16
54
62
0
31
6
1.21
125547061--125547367
84
3.6
84
79
11
336
57
3
31
8
1.45
125547319--125547367
12
3.8
12
75
15
53
65
0
30
4
1.11
125546965--125547367
177
2.3
175
88
3
587
56
3
32
7
1.47
125549162--125549200
2
19.5
2
89
0
60
51
5
0
43
1.24
125554615--125554659
23
2.0
23
82
8
56
35
15
11
37
1.83
125560321--125560361
21
2.0
21
90
0
64
19
29
21
29
1.98
125569767--125569803
19
1.9
19
88
0
56
45
0
0
54
1.00
125569881--125569930
26
1.9
26
87
0
73
56
0
0
44
0.99
125569879--125569930
13
3.9
15
87
9
53
57
0
0
42
0.98
125569894--125569930
13
2.8
13
100
0
74
54
0
0
45
1.00
125570849--125570980
49
3.0
43
82
10
124
27
26
13
32
1.94
125570900--125571070
47
3.6
48
85
6
197
29
26
15
28
1.96
125571092--125571302
31
6.8
31
88
0
296
27
26
17
28
1.97
125571282--125571406
50
2.5
51
86
2
180
26
23
14
36
1.93
125574178--125574225
3
16.0
3
100
0
96
66
0
0
33
0.92
125574334--125574401
25
2.6
25
75
15
66
55
5
5
32
1.48
125574619--125574681
21
2.9
22
84
13
69
55
7
0
36
1.29
125574629--125574669
20
2.0
21
85
4
57
58
7
0
34
1.26
125574631--125574681
20
2.6
21
79
17
56
58
5
0
35
1.22
125574693--125574778
22
3.7
21
71
28
68
60
6
2
30
1.35
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
125584629--125584805
50
3.5
50
90
0
255
37
16
20
24
1.93
125584781--125584898
31
3.8
31
87
4
175
27
18
27
26
1.98
125584989--125585101
56
2.0
56
94
3
201
27
12
28
31
1.93
125585057--125585171
42
2.7
43
89
4
171
30
14
26
27
1.95
125587004--125587050
22
2.0
24
88
8
71
63
0
0
36
0.94
125591411--125591460
25
2.0
25
92
7
84
60
16
8
16
1.58
125594105--125594133
10
2.9
10
100
0
58
0
37
0
62
0.96
125607432--125607508
18
4.3
18
83
6
102
42
18
11
27
1.84
125607444--125607508
9
7.2
9
79
6
78
43
20
9
27
1.82
125607531--125607569
6
6.2
6
82
11
51
17
0
5
76
0.96
125613733--125613777
8
5.5
8
85
12
56
84
0
6
8
0.78
125626613--125626740
35
3.5
35
86
5
157
32
9
25
33
1.87
125626613--125626783
75
2.4
75
83
7
203
32
11
22
33
1.89
125626616--125626781
35
4.6
35
81
10
149
32
11
22
33
1.90
125629013--125629135
61
2.0
64
85
7
173
34
15
11
39
1.83
125629281--125629428
47
3.3
47
65
21
125
28
17
25
29
1.97
125629245--125629468
88
2.6
88
90
0
351
27
17
27
28
1.98
125629430--125630402
44
22.4
44
89
2
1468
29
17
31
21
1.96
125629416--125630402
216
4.6
218
88
2
1433
29
17
31
21
1.96
125629416--125630402
260
3.8
258
89
2
1498
29
17
31
21
1.96
125630693--125630736
17
2.6
17
89
3
63
84
0
4
11
0.77
125631013--125631048
2
18.0
2
100
0
72
50
0
0
50
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
125631639--125631665
2
13.5
2
100
0
54
48
0
0
51
1.00
125631933--125631970
19
2.0
19
94
0
67
31
23
10
34
1.89
125633539--125633568
16
1.9
15
93
6
51
76
0
3
20
0.92
125634343--125634403
28
2.1
29
85
8
81
18
6
1
73
1.12
125638670--125638726
29
2.0
29
86
6
80
49
14
10
26
1.75
125652906--125652947
19
2.3
19
84
12
52
28
23
0
47
1.52
125653044--125653101
23
2.5
23
100
0
116
46
43
3
6
1.47
125653590--125653626
2
18.5
2
100
0
74
51
0
0
48
1.00
125653622--125653672
15
3.4
15
80
0
66
50
9
1
37
1.47
125654969--125655010
18
2.4
17
84
7
57
61
2
2
33
1.21
125654974--125655010
18
2.1
18
90
5
58
62
2
2
32
1.23
125658113--125658147
17
2.1
17
89
5
54
42
0
0
57
0.99
125664399--125664431
15
2.2
15
94
0
57
21
24
45
9
1.80
125670758--125670794
19
1.9
20
88
5
58
29
2
5
62
1.31
125682732--125682764
18
1.9
18
88
11
52
48
0
3
48
1.17
125683167--125683193
13
2.1
13
100
0
54
59
14
14
11
1.62
125688349--125688393
21
2.0
21
83
8
54
24
2
6
66
1.27
125688360--125688392
14
2.4
14
85
5
50
24
0
3
72
0.98
125695988--125696095
44
2.4
44
87
3
144
29
23
13
33
1.93
125702127--125702234
44
2.4
44
87
3
144
29
23
13
33
1.93
125707579--125707608
5
6.0
5
100
0
60
60
0
0
40
0.97
125707585--125707632
13
3.5
13
82
5
51
66
4
0
29
1.10
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
125708319--125708366
24
2.0
25
84
12
64
20
0
4
75
0.97
125708519--125708544
1
26.0
1
100
0
52
0
0
0
100
0.00
125710187--125710234
19
2.4
21
74
19
57
66
0
0
33
0.92
125711318--125711401
26
3.2
26
96
0
150
33
4
25
36
1.77
125717084--125717167
26
3.2
26
96
0
150
33
4
25
36
1.77
125722024--125722092
31
2.2
31
82
5
86
36
13
10
40
1.78
125723510--125723550
19
2.2
19
95
0
73
34
34
7
24
1.83
125724739--125724781
21
2.0
22
90
4
70
13
9
13
62
1.53
125726400--125726444
22
2.0
23
87
12
67
62
4
6
26
1.39
125729914--125729965
2
26.0
2
100
0
104
50
0
0
50
1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425